AS 4 25

CO CL1Contig1 733 4 9 U
GGGCCCGCGTCCGTCTCTCTTCACTTGTTATCTTCTTCCACTCCTTCGTAGGAAAACAGG
AACCCTAATCATCAAATCTCAAGATGAATCGTGAGAAGTTGATGAAGATGGCTAACACTG
TCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTTAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATA
CTACCGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTAAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATTCCAG
CTATTGAAGAAGTTAACATCTTCAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTCATCAACCCTAAAG
TGCAAGCTGCAGTTGGTGCAAATACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAAT
TGGAAGATATCCTTCCTCAGATTTTTAGCCATCTCGGACCAGACAACATGGAGAATCTGA
AGAAGCTAGCAGAGCAGTTCAAGAAGCAAACTCCTGGTGGAGGTAATGTCCCGGCTACCA
TTCAAGAGGATGATGAGGACGACGATGATGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGACTTTCG
AAGCCGCCGCTGAAGA*AAAGTAGCTGCTGCTGCTTCTTCTTAAGACAAAAGAGCGAGAG
ACCACAACAACAACAAAAACAGCACTTTGGATTATTACATATCTTTATAATTTTGCTTGT
TCGCTCTATCCTCTTTTTGTAGTGTTTCCTACCGGATTCTTGTTTCCCAGATAATGATTT
AAAAGTTTTTATC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD84TF U 47
AF RR3BJ07JQ C 91
AF RR3AF28JQ C 1
AF RR3AF28TF U 1
BS 1 2 RR3AF28JQ
BS 3 49 RR3AF28TF
BS 50 59 RR3GD84TF
BS 60 60 RR3AF28TF
BS 61 164 RR3GD84TF
BS 165 383 RR3AF28TF
BS 384 384 RR3AF28JQ
BS 385 722 RR3AF28TF
BS 723 733 RR3AF28JQ

RD RR3GD84TF 118 0 0
CGA
AGGAAAACAGAAACCCTAATCATCAAATCTCAAGATGAATCGTGAGAAGTTGATGAAGAT
GGCTAACACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTTAGAAGAAAGAAGAAGGCT

QA 4 118 4 118
DS 

RD RR3BJ07JQ 512 0 0
GTGAGAAGTTGATGAAGATGGCTAACACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTTAGAA
GAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACTACCGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCT
TAAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATTCCAGCTATTGAAGAAGTTAACATCTTCAAGGATG
ATGTTGTTATTCAGTTCATCAACCCTAAAGTGCAAGCTGCAGTTGGTGCAAATACATGGG
TTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAGATATCCTTCCTCAGATTTTTAGCC
ATCTCGGACCAGACAACATGGAGAATCTGAAGAAGCTAGCAGAGCAGTTCAAGAAGCAAA
CTCCTGGTGGAGGTAATGTCCCGGCTACCATTCAAGAGGATGATGAGGACGACGATGATG
TCCCGGATCTTGTGGCTGGTGAGACTTTCGAAGCCGCCGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTG
CTGCTTCTTCTTAAGACAAAAGAGCGAGAGAC

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR3AF28JQ 733 0 0
GGGCCCGCGTCCGTCTCTCTTCACTTGTTATCTTCTTCCACTCCTTCGTAGGAAAACAGG
AACCCTAATCATCAAATCTCAAGATGAATCGTGAGAAGTTGATGAAGATGGCTAACACTG
TCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTTAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATA
CTACCGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTAAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATTCCAG
CTATTGAAGAAGTTAACATCTTCAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTCATCAACCCTAAAG
TGCAAGCTGCAGTTGGTGCAAATACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAAT
TGGAAGATATCCTTCCTCAGATTTTTAGCCATCTCGGACCAGACAACATGGAGAATCTGA
AGAAGCTAGCAGAGCAGTTCAAGAAGCAAACTCCTGGTGGAGGTAATGTCCCGGCTACCA
TTCAAGAGGATGATGAGGACGACGATGATGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGACTTTCG
AAGCCGCCGCTGAAGA*AAAGTAGCTGCTGCTGCTTCTTCTTAAGACAAAAGAGCGAGAG
ACCACAACAACAACAAAAACAGCACTTTGGATTATTACATATCTTTATAATTTTGCTTGT
TCGCTCTATCCTCTTTTTGTAGTGTTTCCTACCGGATTCTTGTTTCCCAGATAATGATTT
AAAAGTTTTTATC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3AF28TF 733 0 0
GG
GCCCGCGTCCGTCTCTCTTCACTTGTTATCTTCTTCCACTCCTTCGTAGGAAAACAGGAA
CCCTAATCATCAAATCTCAAGATGAATCGTGAGAAGTTGATGAAGATGGCTAACACTGTC
CGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTTAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACT
ACCGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTAAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATTCCAGCT
ATTGAAGAAGTTAACATCTTCAAGGATGATGTTGTTATTCAGTTCATCAACCCTAAAGTG
CAAGCTGCAGTTGGTGCAAATACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTG
GAAGATATCCTTCCTCAGATTCTTAGCCATCTCGGACCAGACAACATGGAGAATCTGAAG
AAGCTAGCAGAGCAGTTCAAGAAGCAAACTCCTGGTGGAGGTAATGTCCCGGCTACCATT
CAAGAGGATGATGAGGACGACGATGATGTCCCGGATCTTGTAGCTGGTGAGACTTTCGAA
GCCGCCGCTGAAGA*AAAGTAGCTGCTGCTGCTTCTTCTTAAGACAAAAGAGCGAGAGAC
CACAACAACAACAAAAACAGCACTTTGGATTATTACATATCTTTATAATTTTGCTTGTTC
GCTCTATCCTCTTTTTGTAGTGTTTCCTACCGGATTCTTGTTTCCCAGATAATGATTTAA
AAGTTTTTATC

QA 3 722 3 722
DS 



CO CL1Contig2 808 13 8 U
GGGCCGCCCGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGA
GAAACCAGCTAATAATCAAATCTCAAGATGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAAC
ACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTCAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACC
AATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCT
AAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAAT
CTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCA
ACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAA
GCTGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCT
GCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTTCTTCCTAGACAAGAAAAAAAAGCACTTGGATTTCT
GCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGTGTTTCCGACCAGA
TTCTACTTTCCCAGATAATGATTTTAAGTTTTTCTTTTTTATCTAATTGATTATTTCATC
TGGTTCTCGTGTCTCCATTTCTACATGG


BQ
40 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 
20 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 55 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 60 60 60 60 60 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 20 35 35 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 55 35 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 50 50 50 50 50 50 35 45 45 45 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D695TF U 2
AF RR3FB38TF U 5
AF RR3CK49TF U 1
AF RR3AO19TF U 1
AF RR3FP48TF U 1
AF RR3B772JQ C 1
AF RR3B772TF U 1
AF RR3GF80TF U 1
AF RR3CK49JQ C 24
AF RR3AO19JQ C 34
AF RR3FB38JQ C 89
AF RR3GF80JQ C 93
AF RR3G189TF U 72
BS 1 95 RR3AO19TF
BS 96 96 RR3D695TF
BS 97 424 RR3AO19TF
BS 425 425 RR3D695TF
BS 426 636 RR3AO19TF
BS 637 637 RR3CK49TF
BS 638 780 RR3AO19TF
BS 781 808 RR3G189TF

RD RR3D695TF 620 0 0
GGCCGCCCGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGAG
AAACCAGCTAATAATCAAATCTCAAGATGAGTAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACA
CTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTCAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCA
ATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATTC
CAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTA
AGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAA
AATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAATC
TGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCAA
CCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAAG
CTGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTG
CTGCTCCTGCTGCTCCTGCT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3FB38TF 669 0 0
G
GCCCGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGAGAAAC
CAGCTAATAATCAAATCTCAAGATGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACTGT
CCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTCAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATAC
AACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATTCCAGG
AATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGT
TCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATT
GGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTGAG
GAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCAACCAT
CCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAAGCTGC
TGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTGC
TCCTGCTGCTCCTGCTGCTTCTTCCTAGACAG**AAAAAAAGCACTTGGATTTCTGCGTA
TCTTTATA

QA 2 669 2 669
DS 

RD RR3CK49TF 692 0 0
GGGCCGCCCGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGA
**AACCAGCTAATAATCAAATCTCAAGATGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAAC
ACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTGCAGCCAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACC
AATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCT
AAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAAT
CTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCGACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCA
ACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAA
GCTGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCT
GCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTTCTTCCTAGACAAG*AAAAAAAGCACTTGGATTTCT
GCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTC
ATCC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3AO19TF 785 0 0
GGGCCGCCCGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGA
GAAACCAGCTAATAATCAAATCTCAAGATGAATAGAGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAAC
ACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTCAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACC
AATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCT
AAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAAT
CTGAAGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCA
ACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAA
GCTGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCT
GCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTTCTTCCTAGACATGAAAAAAAAGCACTTGGATTTCT
GCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGTGTTTCCGACCAGA
TTCTACTTTCCCAGATAATGATTTTAAGTTTTTCTTTTTTATCTAATTGATTATTTCATC
TGGTT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3FP48TF 752 0 0
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GAAACCAGCTAATAATCAAATCTCAAGATGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAAC
ACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTCAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACC
AAT******GATGACAAGAAGCTTCAAATCACCTTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCT
AAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAAT
CTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCA
ACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAA
GCTGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTACTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCT
GCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTTCTTCCTAGACAAG*AAAAAAAGCACTTGGATTTCT
GCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGTGTTTCCGACCATA
TTCTACTTTCC*AGATAATGATTTTAAGTTTT

QA 1 752 1 752
DS 

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GAAACCAGCTAATAATCAAATCTCAAGATGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAAC
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AATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCT
AAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAAT
CTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCA
ACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAA
GCTGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCT***GCTGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCT
GCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTTCTTCCTAGACAAGAAAAGAAAGCACTTGGATTTCT
GCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGTGTTTCCGACCAGA
TTCTACTTTCCCAGATAATGATTTTAAGTTTTTCTTTTTTATC
G

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3B772TF 760 0 0
GGGCCGCCCGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCCCTCTTCAAAGAGA
GAAACCAGCTAATAATCAAATCTCAAGATGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAAC
ACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTCAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACC
AATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCT
AAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAAT
CTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCA
ACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAA
GCTGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCT***GCTGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCT
GCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTTCTTCCTAGACAAGAAAAGAAAGCACTTGGATTTCT
GCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGTGTTTCCGACCAGA
TTCTACTTTCCCAGATAATGATTTTAAGTTTTTCTTTTTT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3GF80TF 765 0 0
GGGCCGCCCGCATCTCTCTCTGTTTATTTATTCTTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGG
**AACCAGCTAATAATCAAATCTCAAGATGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAAC
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AATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATT
CCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCT
AAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAA
AAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAAT
CTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCA
ACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCAGACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAA
GCTGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCT
GCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTTCTTCCTAGACAAGAAAAAAAAGCACTTGGATTTCT
GCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGTGTTTCCGACCAGA
TTCTACTTTCCCAGATAATGATTTTAAGTTTTTCTTTTTTATCTA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3CK49JQ 730 0 0
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CAAGATGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGG
TGCAGCCAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACAACTGATGACAAGAAGCT
TCAAAGCACCTTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATTCCAGGAATTGAAGAAGTTAACAT
CTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGC
AAACACATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAGATATCCTTCCTCA
AATCCTCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTT
GAAGAAGCGACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCAACCATCCAAGAGGAGGATGACGA
TGATGTCCCAGACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAAGCTGCTGCTGCTGAAGAGAAAGT
ACCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGC
TTCTTCCTAGACAAGAAAAAAAAGCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTT
CTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGTGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGATT
TTAAGTTTTT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3AO19JQ 752 0 0
TTATCTCCTTTGCACTCTTCAAAGAGAGAAACCAGCTAATAATCAAATCTCAAGATGAAT
AGAGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTCAGA
AGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACC
TTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATTCCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGAT
GATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGG
GTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGT
CAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTGAAGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAA
CCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCAACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCCA
GACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAAGCTGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTGCTGCT
GCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTTCTTCCTAG
ACAAGAAAAAAAAGCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCC
TTTTCTTTTGTAGTGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGATTTTAAGTTTTT
CTTTTTTATCTAATTGATTATTTCATC
TGGTT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3FB38JQ 692 0 0
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TCAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAA
GCACCTTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATTCCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTA
AAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACA
CATGGGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCC
TCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGA
AGCAACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCAACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATG
TCCCAGACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAAGCTGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTG
CTGCTGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTTCTT
CCTAGACAAGAAAAAAAAGCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTC
CATCCTTTTCTTTTGTAGTGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGATTTTAAG
TTTTTCTTTTTTATCTAATTGATTATTTCATC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3GF80JQ 685 0 0
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AAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCAC
CTTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATTCCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGA
TGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATG
GGTTGTTAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAG
TCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCA
ACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCAACCATCCAAGAGGAGGATGACGATGATGTCCC
AGACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAAGCTGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTACCTGCTGC
TGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTTCTTCCTA
GACAAGAAAAAAAAGCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATC
CTTTTCTTTTGTAGTGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGATTTTAAGTTTT
TCTTTTTTATCTAATTGATTATT
CC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3G189TF 737 0 0
G
TAATCAAATCTCAAGATGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACTGTCCGCACT
GGCGGAAAGGGTACAGTCAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACAACTGAT
GACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATTCCAGGAATTGAA
GAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTTCAAGCT
TCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTTAGCGATTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAGAT
ATCCTTCCTCAAATCCTCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTGAGGAAGCTA
GCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCAACCATCCAAGAG
GAGGATGACGATGATGTCCCAGACCTTGTAGCTGGTGAGACGTTCGAAGCTGCTGCTGCT
GAAGAGAAAGTACCT***GCTGCTGCTGCTGCTCCTGCTGCTCCTGCTGCTGCTCCTGCT
GCTCCTGCTGCTTCTTCCTAGACAAGAAAAAAAAGCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTAT
ATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGTTTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCC
AGATAATGATTTTAAGTTTTTCTTTTT*ATCTAATTGATTATTTCATCTGGTTCTCGTGT
CTCCATTTCTACATGG

QA 2 737 2 737
DS 



CO CL1Contig3 716 2 2 U
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AAACAAGCTAATAATCAGATAAAGATGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACT
GTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAAT
ACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATTCCA
GGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAG
GTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTCAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAA
TTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTG
AGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCAACC
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3BD68JQ C 1
AF RR3BD68TF U 1
BS 1 713 RR3BD68TF
BS 714 716 RR3BD68JQ

RD RR3BD68JQ 716 0 0
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AAACAAGCTAATAATCAGATAAAGATGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACT
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GTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTCAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAA
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GCCGCTGCTGAAGAGAAAGTAGCTACTCCTGCTGCTGCGTCTTCCTAGACGGAAAAAAAG
CACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGT
GTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGATTTTAAGTTTTTCTTTTTTATC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3BD68TF 716 0 0
GGGCCGCCCGCATCTCTCCTGTTTATTTATTCTTATCTCCCTTCCACTCTTCAAAGAGAG
AAACAAGCTAATAATCAGATAAAGATGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACT
GTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAAT
ACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACCTTGAAGAGAATCGGAGTTAACTCCATTCCA
GGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGATGATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAG
GTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGGGTTGTCAGCGGTTCTCCTCAGACCAAAAAA
TTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGTCAGCTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTG
AGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAACCTCCTGGTGAAGGTAATGCCTCAGCAACC
ATCCAAGAGGAGGATGACGAAGATGTCCCAGATCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAAGCT
GCCGCTGCTGAAGAGAAAGTAGCTACTCCTGCTGCTGCGTCTTCCTAGACGGAAAAAAAG
CACTTGGATTTCTGCGTATCTTTATATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGT
GTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCCAGATAATGATTTTAAGTTTTTCTTTTTT
ATC

QA 1 713 1 713
DS 



CO CL1Contig4 711 6 8 U
TTATCTCTTTTCCACTCTCCAAAGAGATAAACCAGCTAATAATCAAATCTCAAGATGAAT
AGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCCAACACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGTACAGTCAGA
TGAAAGAAGAAGGCTGTGCACAAGACCAATACAACTGATGACAAGAAGCTTCAAAGCACC
TTGAAGAGAATTGGAGTTAACTCCATTCCAGGAATTGAAGAAGTTAACATCTTTAAAGAT
GATGTTGTTATTCAGTTCACCAATCCTAAGGTTCAAGCTTCAATTGCTGCAAACACATGG
GTTGTTAACGGTTCTCCTCAGACCAAAAAATTGGAAGATATCCTTCCTCAAATCCTCAGC
CAACTCGGGCCAGACAACATGGACAATCTGAGGAAGCTAGCAGAGCAGTTGAAGAAGCAA
CCTACTGGTGAAGGTGATGCCTCAGCAACCATCCAAGAAGAGGATGACGATGATGTCCCA
GACCTTGTAGCTGGTGAGACATTCGAAGCTGCTGCTGCTGAAGAGAAAGTAGCTGCTCCT
GCTGCTGCTGCTTCTTCCTAGACAAGAAAAAA**GCACTTGGATTTCTGCGTATCTTTAT
ATATGTTTGTTCTCTCCATCCTTTTCTTTTGTAGTGTTTCCGACCAGATTCTACTTTCCC
AGATAATGATTTTAAGGTTTTCTTTTTTTATCTAATTGATTATTTCATCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

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AF RR3GA79TF U 12
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A

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CT

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TTTCATCTG

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DS 



AS 2 23

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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 
25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3AL70TF U 1
AF RR3EC13TF U 124
AF RR3HB94TF U 124
AF RR3DY83TF U 176
AF RR3BN94TF U 415
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AF RR3HB94JQ C 492
AF RR3DY83JQ C 605
AF RR3BN94JQ C 502
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BS 312 312 RR3EC13TF
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BS 586 586 RR3EC13TF
BS 587 727 RR3AL70TF
BS 728 728 RR3EC13TF
BS 729 801 RR3HB94TF
BS 802 828 RR3DY83TF
BS 829 1014 RR3BN94TF
BS 1015 1015 RR3AL70JQ
BS 1016 1112 RR3BN94TF
BS 1113 1113 RR3AL70JQ
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BS 1127 1139 RR3BN94TF
BS 1140 1145 RR3AL70JQ
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BS 1147 1242 RR3AL70JQ
BS 1243 1249 RR3HB94JQ

RD RR3AL70TF 727 0 0
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CATACACTATGGGGATGGTGAGAAGAGATATATTTTACATCCCAGAGGGGCTATAATTGG
AGATACCATTGTTTCTGGTACAGAAGTTCCTATAAAAATGGGAAATGCCCTACCTTTGAG
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ATTGAAA*GCTAAGCAGTGGTAATTCTAAAGATTCCCCCGGGGAAAAATAGAGATGTCTC
CTACGTTACCCATAATATGTGGAAGTATCGACGTAATTTCATAGATTCATTCGGTCTGAA
TGCTACATGAAGAACATAAGCCAGATGACGGAACGGGAAGACCTAGTATGTAGAAGATCA
TAACATAAGTTATTCGGCAGATTTTGATTCCTATATATCCACTCGTGTGGTACTTCTACC
ATATATA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3EC13TF 605 0 0
G
ACCATTGTTTCTGGTACAGAAGTTCCTATAAAAATGGGAAATGCCCTACCTTTGGGTGCG
GTTTGAACTATTTGATTTACGTAATTGGAAGTAACCAATTAGGTTTACGATAAAACCTAG
AAATCGATCACTGATCCAATTTGAGTACCTCTGCAGGATAGACCTCAACAGAAAACTGAA
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GTTACCCATAATATGTGGAAGTATCGACGTAATTTCATAGAGTCATTCGGTCTGAATGCT
ACATGAAGAACATAAGCCAGATGACGGAACGGGAAGACCTAGTATGTAGAAGATCATAAC
ATAAGTTATTCGGCAGATTTTGATTCCTATATATCCACTCGTGTGGTACTTCTACCATAT
ATAG

QA 2 605 2 605
DS 

RD RR3HB94TF 678 0 0
G
ACCATTGTTTCTGGTACAGAAGTTCCTATAAAAATGGGAAATGCCCTACCTTTGAGTGCG
GTTTGAACTATTTGATTTACGTAATTGGAAGTAACCAATTAGGTTTACGACAAAACCTAG
AAATCGATCACTGATCCAATTTGAGTACCTCTGCAGGATAGACCTCAACAGAAAACTGAA
GAGTAACGGCAGCAAGTGATTGAGTTCAGTAGTTCCTCATATAAAATTATTGACTCTAGA
GATATAGTAATATGGAGAAGACAAAATTGTTTCAAGCACCGACAGAACCATAAGCGCCCC
TTGTTTCAAAGAGAGGAGGACGGGTTATTCACATTTCATTTGATGGTCAGAGGCGAATTG
AAA*GCTAAGCAGTGGTAATTCTAAAGATTCCCCCGGGGAAAAATAGAGATGTCTCCTAC
GTTACCCATAATATGTGGAAGTATCGACGTAATTTCATAGAGTCATTCGGTCTGAATGCT
ACATGAAGAACATAAGCCAGATGACGGAACGGGAAGACCTAGTATGTAGAAGATCATAAC
ATAAGTTATTCGGCAGATTTTGATTCCTATATATCCACTCGTGTGGTACTTCTACCATAT
ATAGAAGAATTCTACGATATATATAAGATCCATCCGTATAGATATCATCATCTACATTCA
GAAAGCCGTATGCTTTG

QA 2 678 2 678
DS 

RD RR3DY83TF 653 0 0
GTGA
GTGCGGTTTGAACTATTTGATTTACGTAATTGGAAGTAACCAATTAGGTTTACGACAAAA
CCTAGAAATCGATCACTGATCCAATTTGAGTACCTCTGCAGGATAGACCTCAACAGAAAA
CTGAAGAGTAACGGCAGCAAGTGATTGAGTTCAGTAGTTCCTCATATAAAATTATTGACT
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GCCCCTTGTTTCAAAGAGAGGAGGACGGGTTATTCACATTTCATTTGATGGTCAGAGGCG
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CATATATAGAAGAATTCTACGATATATATAAGATCCATCCGTATAGATATCATCATCTAC
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QA 5 653 5 653
DS 

RD RR3BN94TF 725 0 0
G
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GGCGAATTGAAA*GCTAAGCAGTGGTAATTCTAAAGATTCCCCCGGGGAAAAATAGAGAT
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GTTTGGGTAGAGCCGGATCGAAATGTTGGCTAGGTAAGCGTCCTGTAGTA*GAGGAGTAG
TTAT

QA 2 725 2 725
DS 

RD RR3AL70JQ 762 0 0
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CTACGTTACCCATAATATGTGGAAGTATCGACGTAATTTCATAGATTCATTCGGTCTGAA
TGCTACATGAAGAACATAAGCCAGATGACGGAACGGGAAGACCTAGTATGTAGAAGATCA
TAACATAAGTTATTCGGCAGATTTTGATTCCTATATATCCACTCGTGTGGTACTTCTACC
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AACCCCGTCGACCACCCCCATGGAGGTGGTGAAGGGAGGGCTCCAATTGGTAGAAAAAAA
CCCGTAACCCCCTGGGGTTATCCTGCGCTTGGAAGAAGAACT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3HB94JQ 758 0 0
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ATAATATGTGGAAGTATCGACGTAATTTCATAGAGTCATTCGGTCTGAATGCTACATGAA
GAACATAAGCCAGATGACGGAACGGGAAGACCTAGTATGTAGAAGATCATAACATAAGTT
ATTCGGCAGATTTTGATTCCTATATATCCACTCGTGTGGTACTTCTACCATATATAGAAG
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CCCCCCCCATGGAGGTGGTGAAGGGAGGGCTCCAATTGGTAGAAAAAAACCCGTAACCCC
CTGGGGTTATCCTGCGCTTGGAAGAAGAACTAGAAAAA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3DY83JQ 640 0 0
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ATAAGTTATTCGGCAGATTTTGATTCCTATATATCCACTCGTGTGGTACTTCTACCATAT
ATAGAAGAATTCTACGATATATATAAGATCCATCCGTATAGATATCATCATCTACATTCA
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CTGTCGACCACCCCCATGGAGGTGGTGAAGGGAGGGCTCCAATTGGTAGAAAAAAACCCG
TAACCCCCTGGGGTTATCCTGCGCTTGGAAGAAGAACTAG

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3BN94JQ 743 0 0
AATTCTAAAGATTCCCCCGGGGAAAAATAGAGATGTCTCCTACGTTACCCATAATATGTG
GAAGTATCGACGTAATTTCATAGAGTCATTCGGTCTGAATGCTACATGAAGAACATAAGC
CAGATGACGGAACGGGAGGACCTAGTATGTAGAAGATCATAACATAAGTTATTCGGCAGA
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GGAGGTGGTGAAGGGAGGGCTCCAATTGGTAGAAAAAAACCCGTAACCCCCTGGGGTTAT
CCTGCGCTTGGAAGAAGAACTAG

QA 1 743 1 743
DS 



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ATAATGCGAAGCAATGAGTTGCTTAGGTTATTTATTAATGCTGTAGTTATTAGTTGCTCT
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ATTTCGACTTTCTTATACATTAATCCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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A
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GCTTATTTTTTT*CTTAAACATAAAAAAGAA*GACTACAAGTTTTTATTTTTATTTCTTT
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CCCCATAAATAGTTCGAACTGTATAGGAACAATAATCAATTTTAGCTTCAATTGTTTGTA
AAGGAACTCTGCCTTCTCTGACCCATTCAACACGTGCAATTTCTTTTCCGTCGATAC

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DS 

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G
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TAATGCGAAGCAATGAGTTGCTTAGGTTATTTATTAATGCTGTAGTTATTAGTTGCTCTT
ATAGGTAAGTTCTTTTTTTTTTTATCGTAATCTAACCCTAAACCAACGAGTCACACACTA
AGCATAGCAATTATATCAAAGGAGTTTTGATGGAAA*TGTTTATTCAACCTTATAGAATT
GCTTATTTTTTTTCTTAAACATAAAAAAGAA*GACTACAAGTTTTTATTTTTATTTCTTT
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CCCCATAAATAGTTCGAACTGTATAGGAACAATAATCAATTTTAGCTTCAATTGTTTGTA
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DS 

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GCACAATTAAGTTCTTTTTGAACATTCAT

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DS 

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GATTCTTTTTTGAAT
C

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DS 

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T
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TTTCTTTATAGTGTTATACTATATAGTTTTCGTTTTTTATCATTGGATAAAATGTAAAGA
CAAATAAAGTTTTTTTATTCTTCGTCTACGAATATCCAAATTTTTATTCCTAAAACCCCA
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GCTTTTCGAAAAGAAACACGATTTTTTAATTGGCCAGCTATAAATTCTGCAAGAATATTA
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C

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DS 

RD RR3GT09JQ 737 0 0
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TTTTTATTCTTCGTCTACGAATATCCAAATTTTTATTCCTAAAACCCCATAAATAGTTCG
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TCGTATTTTTTTATCTTCTTCTAAACCTTCAGAATACTTTTTT*GGTTGTGCAAACCAAA
TAGAATGATGACTTTG
C

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ATAGAATGATGACT
C

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DS 

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TGCAATTCCCTCCATACCAAAGGATATTCTTATATTTTTTTGGACATAATTTTTAATACA
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AAATAGAATGATGACTTTGGGTTGTACCAAGTCTGAAACCAAGTGGATTTATTTTTT*GT
CCCATAGGC

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DS 

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TCCTGCAATTTGTACTTGAATTCCTTTTGTATTCGCCTGTTCAGTTAATTCAATAGCTTT
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GATTTATTTTTT*GTCCCATAGGCCTCCACTACTATATGTATCGTAACATGTTAGATTTA
TGTTTTCATTGCTGCATCCAGGTTTTTTAAAATACATTAAATA
C

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DS 

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GGA
ATAATTTTTAATACAGTCTCGTATTTTTTTATCTTCTTCTAAACCTTCAGAATACTTTTT
T*GGTTGTGCAAACCAAATAGAATGATGACTTTGGGTTGTACCAAGTCTGAAACCAAGTG
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TTCATTTAATTAACGACGAGATCTATTATCATTTTTCGCGTGTCCTCGAAAATTTATAGT
AGGTGAAAATTCTCCCAATTTATGTCCTACC

QA 4 754 4 754
DS 

RD RR3G253TF 722 0 0
TTTTTTGTCCCATAGGCCTCCACTACTATATGTATCGTAACATGTTAGATTTATGTTTTC
ATTGCTGCATCCAGGTTTTTTAAAATACATTAAATATTCTTCATATTGTTGATATAAGGA
TATATCTTCCAATACGATAGTTATATGACAAGTGGATCTTTTTATTGGGAAAATCCGTCC
TCGTGCCCGAGGTTTTAATTTTTTCAACGTATTTCCTTGATTCACTTCAGCTTTACTAAT
GACTAAATTGGTTTCTTTGAAACCCTTATTGTGACTAGCATTTGCTGCTGCAGAATAAAC
TAATTTAAAAATGGGATAACATCCTCGATACGGCATAAGTTCTAATATCATAAGTGCTTC
TTCGTAGGAACGTCCACGGATCTGATCAATAACTCTCCGTGCTTTGTGGGCAGACATAGA
TATATATTGCCCTAAAGCATATACGGAAGTATATGATTTCTTCTTTTTCTTCTTTATCAT
AAGGTTTACCTCTCACTAAAAAAAAATTTATATTCATTATTCATTTTTT*GAATTCATTT
AATTAACGACGAGATCTATTATCATTTTTCGCGTGTCCTCGAAAATTTATAGTAGGTGAA
AATTCTCCCAATTTATGTCCTACCATAAGGTCGATTATATAAACGGGTAAGTGTTCCCTT
CCATTATGTATAGCGATAGTATGGCCAACCATTGTGGGTATAATAGTAGATGCCCGGGAC
C
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3HA94TF 727 0 0
ACTAGCATTTGCTGCTGCAGAATAAAATAATTTAAAAATGGGATAACATCCTCGATACGG
CATAAGTTCTAATATCATAAGTGCTTCTTCGTAGGAACGTCCACGGATCTGATCAATAAC
TCTCCGTGCTTTGTGGGCAGACATAGATATATATTGCCCTAAAGAATATACGGAAGTATA
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TCTCCTATTTACTACGGCGACGAAGAATCAAAGTCTCACTATATTTTTTCCTTTTTCTAG
TTCTTCTTCCAAGCGCAGGATAACCCCAGGGGGTTACGGGTTTTTTTCTACCAATTGGAG
CCCTCCC

QA 1 727 1 727
DS 

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CATTGTGGGTATAATAGTAGATGCCCGGGACCAAGTTATTATGATTCCTTTTTCCGCCTT
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ATGTACACATTCTTCACAAACATTCATTTCGACTTTCTTATACATTAATCCC

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3CE61TF 592 0 0
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GTCGATTATATAAACGGGTAAGTGTTCCCTTCCATTATGTATAGCGATAGTATGGCCAAT
CATTGTGGGTATAATAGTAGATGCCCGGGACCAAGTTATTATGATTCCTTTTTCCGCCTT
TGTATTAAGCTTCTCTATTTTTCTTAATAAATGCTTTGCTACAAAAGGATTTTTTTTTAG
TGAACGTGTCACAGTTAATTAACTCCTATTTTTTTTT*AAGACGAAGAAAGAAATTCTAT
TTTCTCTCCTATTTACTACGGCGACGAAGAATCAAAGTCTCACTATATTTTTTCCTTTTT
CTAGTTCTTCTTCCAAGCGCAGGATAACCCCAGGGGGTTACGGGTTTTTTTCTACCAATT
GGAGCCCTCCCTCGAATGAAATTTAATGGGATCCGCAGAGACCATGTCTTCATCCATAGG
ATTCCAAGTACCCGGATCAATCAAAAGCTCAATTCTCTCTGAACTGGTCATTTTCAAATA
ATGTACACATTCTTCACAAACATTCATTTCGACTTTCTTATACATTAATCCC

QA 1 592 1 592
DS 



AS 2 17

CO CL3Contig1 993 15 28 U
GGACTCTCACCCAGTCACA***AAAAAAAACATAAAATCAACAAAAAAGAAGAAACGTTC
AAATGGCTGCCTCAACCATGGCTCTGTCCTCCCCTGCCTTCGCCGGAAAGGCCGTGAAGC
TCTCACCAGGAGCCTCCGAAGTCTTCGGAACCGGCCGTGTCACCATGCGCAAAACCGTCA
AACCCACCGGTCCATCAGGCTCCCCATGGTACGGATCCGACAGGGTTAAGTACTTGGGTC
CATTCTCCGGCGAGCCCCCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGACTACGGGTGGG
ACACCGCCGGTCTATCAGCCGACCCCGAGACCTTCGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTA
TCCACTGCAGATGGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGCTGTGTTTTCCCTGAGCTCTTGGCTC
GTAACGGAGTGAAGTTCGGAGAAGCCGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGCG
AAGGAGGACTTGACTACTTGGGCAACCCGAGCCTTGTCCACGCTCAGAGCATCTTAGCCA
TTTGGGCTACTCAGGTGATCCTCATGGGAGCTGTTGAGGGTTACAGAGTCGCCGGAGAGG
GACCGTTGGGAGAAGCAGAGGACTTGCTTTACCCAGGAGGCAGCTTCGACCCATTGGGCC
TCGCTACCGACCCAGAGGCTTTCGCCGAGTTGAAGGTGAAGGAGATCAAGAACGGAAGGT
TGGCTATGTTCTCTATGTTTGGATTCTTTGTTCAGGCTATTGTCACCGGAAAGGGACCGT
TGGAGAATCTCGCTGATCATTTGGCTGACCCAGTCAACAACAACGCATGGGCCTTCGCTA
CCAACTTCGTCCCCGGAAAGTGAGCAGCTTATTGTAATGTGAGTGAGAGCCAGAGAAAGA
GTTTGTTTGTGATCTTTCCTATGTAAAATTGTGCAATTTCCTTTGTCGTATCTTTGTATG
ATTCATCAGAAATCGAACCTCTTTTTCTCAACT


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 40 25 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 45 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 20 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 20 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 25 75 75 75 75 75 75 75 75 25 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 15 75 75 75 75 75 75 75 75 25 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 20 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 25 75 75 75 75 75 35 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 25 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 
70 70 70 70 30 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 0 70 70 0 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 30 60 60 60 35 60 35 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 10 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 30 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3GN20TF U 1
AF RR3CJ58TF U 1
AF RR3FQ38TF U 1
AF RR3GP88TF U 1
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AF RR3B206TF U 7
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AF RR3EB85JQ C 336
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BS 20 22 RR3DR27TF
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BS 371 371 RR3HA48TF
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BS 756 869 RR3B206TF
BS 870 987 RR3BW24JQ
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CCCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGTGACTACGGGTGGGACACCGCCGGTCTATC
AGCCGACCCCGAGACTTTCGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTATCCACTGCAGATGGGC
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CGGTGAAGCCGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCGCAGATCTTCAGCGAAGGAGGACTTGACTA
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DS 

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QA 1 635 1 635
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TTTGGGCCACTCAGGTGATCCTCATGGGAGCTGTTGAGGGTTACAGAGTCGCCGGAGAGG
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CATTCTCCGGCAAGCCCCCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGACTACGGATGGG
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TCCACTGCAGATGGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGCTGTGTTTTCCCTGAGCTCTTGGCTC
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TCGC

QA 1 664 1 664
DS 

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AACCCACCGGTCCATCAGGCTCCCCATGGTACGGATCCGACAGGGTTAAGTACTTGGGTC
CATTCTCCGGCGAGCCCCCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGACTACGGATGGG
ACACCGCCGGTCTATCAGCCGACCCCGAGACCTTCGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTA
TCCACTGCAGATGGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGCTGTGTTTTCCCTGAGCTCTTGGCTC
GTAACGGAGTCAAGTTCGGAGAAGCCGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGCG
AAGGAGGACTCGACTACTTGGGCAACCCGAGCCTTGTCCACGCTCAGAGCATCTTAGCCA
TCTGGGCTACTCAGGTGATCCTCATGGGAGCTGTTGAGGGTTACAGAGTTGCCGGAGAGG
GACCGTTGGGAGA*GCAGAGGACTTGCTTTACCCAGGAG*CAGCTTCGACCCATTGGGCC
TCGC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3BM45TF 622 0 0
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CCATCAGGCTCCCCATGGTACGGATCCGACAGGGTTAAGTACTTGGGTCCATTCTCCGGC
GAGCCCCCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGTGACTACGGGTGGGACACCGCCGGT
CTATCAGCCGACCCCGAGACTTTCGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTATCCACTGCAGA
TGGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGCTGTGTTTTCCCTGAGCTCTTGGCTCGTAACGGAGTG
AAGTTCGGTGAAGCCGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCGCAGATCTTCAGCGAAGGAGGACTT
GACTACTTGGGTAACCCGAGCCTTGTCCATGCTCAGAGCATCTTAGCCATTTGGGCTACT
CAGGTGATCCTCATGGGAGCTGTTGAGGGTTACAGAGTCGCCGGAGAGGGACCGTTGGGA
GAGGCAGAGGACTTGCTTTACCCAAGAGGCAGCTTCGACCCATTGGGCCTCGCTACCGAC
CCAGAAGCTTTCGCCGAGTTGA

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DS 

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GACTCTCACCAGTCAC
AAAAAAAACATAAAATCAACAAAAAAGAAGAAACGTTCAAATGGCTGCCTCAACCATGGC
TCTGTCCTCCCCTGCCTTCGCCGGAAAGGCCGTGAAGCTCTCACCAGGAGCCTCCGAAGT
CTTCGGAACCGGCCGTGTCACCATGCGAAAAACCGTCAAACCCACCGGTCCATCAGGCTC
CCCATGGTACGGATCCGACAGGGTTAAGTACTTGGGTCCATTCTCCGGCGAGCCCCCGAG
CTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGTGACTACGGGTGGGACACCGCCGGTCTATCAGCCGA
CCCCGAGACTTTCGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTATCCACTGCAGATGGGCCATGCT
CGGAGCCCTAGGCTGTGTTTTCCCTGAGCTCTTGGCTCGTAACGGAGTGAAGTTCGGTGA
AGCCGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCGCAGATCTTCAGTGAAGGAGGACTTGACTACTTGGG
TAACCCGAGCCTTGTCCATGCTCAGAGCATCTTAGCCATTTGGGCTACTCAGGTGATCCT
CATGGGAGCTGTTGAGGGTTACAGAGTCGCCGGAGAGGGACCGTTGGGAGAGGCAGAGGA
CTTGCTTTACCCAGGAGGCAGCTTCGACCCATTGGGCCTCGCTACCGACCCAGAAGCTTT
CGCCGAGTTGAAGGTGAAGGAGATCAAGAACGGAAAGTTGGCTATGTTCTCTATGTTTGG
ATTCTTTGTTCACGCTATTGTCACCGGAAAGGGACCGTTGGAGAATCTCGCTGATCATTT
GGCTGACCCAGTCAACAACAACGCATGGGCCTTCGCTACCAACTTCGTCCCCGGAAAGTG
AGCAGCT

QA 17 863 17 863
DS 

RD RR3BW24JQ 738 0 0
GAGCCCCCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGACTACGGGTGGGACACCGCCGGT
CTATCAGCCGACCCCGAGACCTTCGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTATCCACTGCAGG
TGGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGCTGTGTTTTCCCTGAGCTCTTGGCTCGTAACGGAGTC
AAGTTCGGAGAAGCCGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGCGAAGGAGGACTC
GACTACTTGGGCAACCCCAGCCTTGTCCACGCTCAGAGCATCTTAGCCATTTGGGCCACT
CAGGTGATCC*CATGGGAGCTGTTGAGGGTTACAGAGTCGCCGGAGAGGGACCGTTGGGA
GAAGCGGAGGACTTGCTTTACCCAGGAGGCAGCTTCGACCCGTTGGGCCTCGCTACCGAC
CCAGAGGCTTTCGCCGAGTTGAAGGTGAAGGAGATCAAGAACGGAAGGTTGGCTATGTTC
TCTATGTTTGGATTCTTTGTTCAGGCTATTGTCACCGGAAAGGGACCATTGGAGAATCTC
GCCGACCATTTGGCTGACCCAGTCAACAACAACGCATGGGCCTTCGCTACCAACTTCGTC
CCCGGAAAGTAAGCAGCTTATTGTAATGTGAGTGAGAGCCAGAGAAAGAGTTTGTTTGTG
ATCTTTCCTATGTAAAATTGTGCAATTTCCTTTGTCGTATCTTTGTATGATTCATCAGAA
ATCGAACCTCTTTTTC
CC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3CJ58JQ 491 0 0
TGGGCAACCCCAGCCTTGTCCACGCTCAGAGCATTTTAGCCATTTGGGCCACTCAGGTGA
TCCTCATGGGAGCTGTTGAGGGTTACAGAGTCGCCGGAGAGGGACCGTTGGGAGAAGCGG
AGGACTTGCTTTACCCAGGAGGCAGTTTCGACCCGTTGGGCCTCGCTACCGACCCAGAGG
CTTTCGCCGAGTTGAAGGTGAAGGAGATCAAGAACGGAAGGTTGGCTATGTTCTCTATGT
TTGGATTCTTTGTTCAGGCTATTGTCACCGGAAAGGGACCATTGGAGAATCTCGCCGACC
ATTTGGCTGACCCAGTCAACAACAACGCATGGGCCTTCGCTACCAACTTCGTCCCCGGAA
AGTAAGCAGCTTATTGTAATGTGAGTGAGAGCCAGAGAAAGAGTTTGTTTGTGATCTTTC
CTATGTAAAATTGTGCAATTTCCTTTGTCGTATCTTTGTATGATTCATCAGAAATCGAAC
CTCTTTTTC
CC

QA 1 489 1 489
DS 

RD RR3DR27JQ 741 0 0
AGCCCCCGAGCTACCTTACCGGAGAGTTCCCCGGAGACTACGGGTGGGACACCGCCGGTC
TATCAGCCGACCCCGAGACCTTCGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTATCCACTGCAGGT
GGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGCTGTGTTTTTCCTGAGCTTTTGGCTCGTAACGGAGTGA
AGTTCGGAGAAGCCGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGCGAAGGAGGACTTG
ACTACTTGGGCAACCCGAGCCTTGTCCACGCTCAGAGCATCTTAGCCATTTGGGCTACTC
AGGTGATCCTCATGGGAGCTGTTGAGGGTTACAGAGTCGCCGGAGAGGGACCGTTGGGAG
AAGCGGAGGACTTGCTTTACCCAGGAGGCGGCTTCGACCCATTGGGCCTCGCTACCGACC
CAGAGGCTTTCGCCGAGTTGAAGGTGAAGGAGGTCAAGAACGGAAGGTTGGCTATGTTCT
CTATGTTTGGATTCTTTGTTCAGGCTATTGTCACCGGAAAGGGACCGTTGGAGAATCTCG
CTGATCATTTGGCTGACCCAGTCAACAACAACGCATGGGCCTTCGCTACCAACTTCGTCC
CCGGAAAGTGAGCAGCTTATTGTAATGTGAGTGAGAGCCAGAGAAAGAGTTTGTTTGTGA
TCTTTCCTATGTAAAATTGTGCAATTTCCTTTGTCGCATCTTTGTATGATTCATCAGAAA
TCGAACCTCTTTTTCTCAACT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3BM45JQ 714 0 0
GAGTTCCCCGGTGACTACGGGTGGGACACCGCCGGTCTATCAGCCGACCCCGAGACTTTC
GCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTATCCACTGCAGATGGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGC
TGTGTTTTCCCTGAGCTCTTGGCTCGTAACGGAGTGAAGTTCGGTGAAGCCGTTTGGTTC
AAGGCCGGTTCGCAGATCTTCAGCGAAGGAGGACTTGACTACTTGGGTAACCCGAGCCTT
GTCCATGCTCAGAGCATCTTAGCCATTTGGGCTACTCAGGTGATCCTCATGGGAGCTGTT
GAGGGTTACAGAGTCGCCGGAGAGGGACCGTTGGGAGAGGCAGAGGACTTGCTTTACCCA
AGAGGCAGCTTCGACCCATTGGGCCTCGCTACCGACCCAGAAGCTTTCGCCGAGTTGAAG
GTGAAGGAGATCAAGAACGGAAGGTTGGCTATGTTCTCTATGTTTGGATTCTTTGTTCAG
GCTATTGTCACCGGAAAGGGACCGTTGGAGAATCTCGCTGATCATTTGGCTGACCCAGTC
AACAACAACGCATGGGCTTTCGCTACCAACTTCGTCCCCGGAAAGTGAGCAGCTTATTGT
AATGTAAGTGAGAGCCAGAGAAAGAGTTTGTTTGTGATCTTTCCTATGTAAAATTGTGCA
ATTTCCTTTGTCGTATCTTTGTATGATTCATCAGAAATCGAACCACTTTTTC
AC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3B206JQ 139 0 0
CCCCGGAAAGTGAGCAGCTTATTGTAATGTAAGTGAGAGCCAGAGAAAGAGTTTGTTTGT
GATTTTTCCTATGTAAAATTGTGCAATTTCCTTTGTGGTATTTTTGTATGATTCATCAGA
AATCGAACCACTTTTT
TTC

QA 1 136 1 136
DS 

RD RR3EB85JQ 658 0 0
GCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTATCCACTGCAGGTGGGCCATGCTCGGAGCCCTAGGC
TGTGTTTTTCCTGAGCTTTTGGCTCGTAACGGAGTGAAGTTCGGAGAAGCCGTTTGGTTC
AAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGCGAAGGAGGACTTGACTACTTGGGCAACCCGAGCCTT
GTCCACGCTCAGAGCATCTTAGCCATTTGGGCTACTCAGGTGATCCTCATGGGAGCTGTT
GAGGGTTACAGAGTCGCCGGAGAGGGACCGTTGGGAGAAGCGGAGGACTTGCTTTACCCA
GGAGGCGGCTTCGACCCATTGGGCCTCGCTACCGACCCAGAGGCTTTCGCCGAGTTGAAG
GTGAAGGAGGTCAAGAACGGAAGGTTGGCTATGTTCTCTATGTTTGGATTCTTTGTTCAG
GCTATTGTCACCGGAAAGGGACCGTTGGAGAATCTCGCTGATCATTTGGCTGACCCAGTC
AACAACAACGCATGGGCCTTCGCTACCAACTTCGTCCCCGGAAAGTGAGCAGCTTATTGT
AATGTGAGTGAGAGCCAGAGAAAGAGTTTGTTTGTGATCTTTCCTATGTAAAATTGTGCA
ATTTCCTTTGTCGCATCTTTGTATGATTCATCAGAAATCGAACCTCTTTTTC
TCAACT

QA 1 652 1 652
DS 



CO CL3Contig2 745 2 5 U
GAGAAAAAGAGGTTCGATTTCTGATGAATCATACAAAGATACGACAAAGGAAATTGCACA
ATTTTACATAGGAAAGATCACAAACAAACTCTTTCTCTGGCTCTCACTCACATTACAATA
AGATTCAACTCGCTCACTTTCCGGGGACGAAGTTGGTAGCGAAGGCCCATGCGTTGTTGT
TGACTGGGTCAGCCAAATGGTCGGCAAGATTCTCCAACGGTCCCTTTCCGGTGACAATAG
CCTGAACAAAGAATCCAAACATAGAGAACATAGCCAACCTTCCGTTCTTGATCTCCTTCA
CCTTCAACTCGGCGAAAGCCTCTGGGTCCGTAGCGAGGCCCAATGGGTCGAAACTGCCTC
CTGGGTAAAGCAAGTCCTCTGCCTCTCCCAACGGTCCCTCTCCGGCAACTCTGTAACCCT
CAACAGCTCCCATGAGGATCACCTGAGTAGCCCAGATGGCTAAGATGCTCTGAGCGTGGA
CAAGGCTCGGGTTGCCCAAGTAGTCGAGTCCTCCTTCGCTGAAGATCTGTGAACCGGCCT
TGAACCAAACGGCTTCTCCGAACTTGACTCCGTTACGAGCCAAGAGCTCAGGGAAAACAC
AGCCTAGGGCTCCGAGCATGGCCCATCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCACGGTTCCTGG
CGAAGGTCTCGGGGTCGGCTGATAGACCGGCGGTGTCCCATCCGTAGTCTCCGGGGAACT
CTCCGGTAAGGTAGCTCGGGGGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN20JQ U 268
AF RR3GP88JQ U 1
BS 1 277 RR3GP88JQ
BS 278 278 RR3GN20JQ
BS 279 352 RR3GP88JQ
BS 353 353 RR3GN20JQ
BS 354 745 RR3GP88JQ

RD RR3GN20JQ 176 0 0
ACATAGCCAACCTTCCGTTCTTGATCTCCTTCACCTTCAACTCGGCGAAAGCCTCTGGGT
CCGTAGCGAGGCCCAATGGGTCGAAACTGCCTCCTGGGTAAAGCAAGTCCTCTGCCTCTC
CCAACGGTCCCTCTCCGGCAACTCTGTAACCCTCCACAGCTCCCATGAGGATCACC

QA 1 176 1 176
DS 

RD RR3GP88JQ 745 0 0
GAGAAAAAGAGGTTCGATTTCTGATGAATCATACAAAGATACGACAAAGGAAATTGCACA
ATTTTACATAGGAAAGATCACAAACAAACTCTTTCTCTGGCTCTCACTCACATTACAATA
AGATTCAACTCGCTCACTTTCCGGGGACGAAGTTGGTAGCGAAGGCCCATGCGTTGTTGT
TGACTGGGTCAGCCAAATGGTCGGCAAGATTCTCCAACGGTCCCTTTCCGGTGACAATAG
CCTGAACAAAGAATCCAAACATAGAGAACATAGCCAATCTTCCGTTCTTGATCTCCTTCA
CCTTCAACTCGGCGAAAGCCTCTGGGTCCGTAGCGAGGCCCAATGGGTCGAAGCTGCCTC
CTGGGTAAAGCAAGTCCTCTGCCTCTCCCAACGGTCCCTCTCCGGCAACTCTGTAACCCT
CAACAGCTCCCATGAGGATCACCTGAGTAGCCCAGATGGCTAAGATGCTCTGAGCGTGGA
CAAGGCTCGGGTTGCCCAAGTAGTCGAGTCCTCCTTCGCTGAAGATCTGTGAACCGGCCT
TGAACCAAACGGCTTCTCCGAACTTGACTCCGTTACGAGCCAAGAGCTCAGGGAAAACAC
AGCCTAGGGCTCCGAGCATGGCCCATCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCACGGTTCCTGG
CGAAGGTCTCGGGGTCGGCTGATAGACCGGCGGTGTCCCATCCGTAGTCTCCGGGGAACT
CTCCGGTAAGGTAGCTCGGGGGCTC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 2 20

CO CL4Contig1 748 11 13 U
GGACCTTTACTTTACTTCCTTCGGACTTCGATCCACAACCCTCTCTCTAAGTCTCTCTCT
CTCTTCTCGAAAATGGCGAAACTAGTGATCTTGATGGTCCTCTGCATCTTGCCGGCGATA
GCCATGGCGGCGAGGAAGCAGCCACGCATCGGAAAGAACACTCTTGTCGTTCAAGGCATC
ACTTACTGCGACACATGCAAGTTCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCTTCCC
GGCGCGACGGTGAAGCTTTCTTGCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAGTGAC
GTGGCCGTGTCGAACCGTCACGGGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAAAGAC
GAGATGTGCGATGTGATGCTCGTGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTCAAAG
GGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGATATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGATTAGG
CATGCGAACAACATGGGGTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATT
AAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGTCAAT
GTTGTGATCTGATGTTTTTTTTT*AATATATTTATGTCTTGGATGATGATCGGAACTCTG
GTTGTGTAAGCTTTCTTTATATTTGATGATGTGTTACTTCCCTGCTTGGGAAGTGTCTTT
AATATTTGATTATTTCGTTACTTCTGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 
25 25 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 40 
40 40 30 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH13TF U 366
AF RR3GG21JQ C 114
AF RR3BT50JQ C 23
AF RR3C429JQ C 237
AF RR3H555TF U 23
AF RR3C329TF U 1
AF RR3C329JQ C 338
AF RR3AH28JQ C 106
AF RR3GG21TF U 23
AF RR3BT50TF U 23
AF RR3AH28TF U 28
BS 1 22 RR3C329TF
BS 23 24 RR3GG21TF
BS 25 376 RR3C329TF
BS 377 377 RR3GG21TF
BS 378 522 RR3C329TF
BS 523 523 RR3GG21TF
BS 524 560 RR3C329TF
BS 561 561 RR3GG21TF
BS 562 627 RR3C329TF
BS 628 628 RR3GG21TF
BS 629 664 RR3C329TF
BS 665 666 RR3GG21TF
BS 667 748 RR3C329TF

RD RR3BH13TF 275 0 0
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TGAGCAGTCGCGCGTGATATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGATTAGGCATGC
GAACAACATGGGGTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCCCTGAGTTGATTAAGAA
GTATCAGGTTGATGAAGATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGTCAATGTTGT
GATCTGATGTTTTTTTTTTAATATATTTATGTCT
G

QA 1 274 1 274
DS 

RD RR3GG21JQ 569 0 0
GGCGATAGCCATGGCGGTGAGGAAGCAGCCACGCATCGGAAAGAACACTCCTGTCGTTCA
AGGCATCACTTACTGCGACACATGTAAGTTCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGT
CCTTCCC**CGCGACGGTGAAGCTTTCTTGCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTA
CAGTGACGTGGCCGTGTCGGACCGTCACGGGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCA
CAAAGACGAGATGTGCGATGTGATGCTCGTGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAAT
CTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGATATTGAACCATTACAATGGTGTCGCTGAGCA
GATTAGGCATGCGAACAACATGGGGTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGA
GTTGATTTAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCT
TGTCAATGTTGTGATCTGATGTTTTTTTTT*AATATATTTATGTCTTGGATGATGATCGG
AACTCTGGTTGTGTAAGCTTTCTTTATAT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3BT50JQ 698 0 0
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TAGTGATCTTGATGGTCCTCTGCATCTTGCCGGCGATAGCCATGGCGGCGAGGAAGCAGC
CACGCATCGGAAAGAACACTCTTGTCGTTCAAGGCATCACTTACTGCGACACATGCAAGT
TCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCTTCCCGGCGCGACGGTGAAGCTTTCTT
GCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAGTGACGTGGCCGTGTCGAACCGTCACG
GGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAAAGACGAGATGTGCGATGTGATGCTCG
TGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGA
TATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGATTAGGCATGCGAACAACATGGGGTTCG
AGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAG
ATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGTCAATGTTGTGATCTGATGTTTTTTTT
T*AATATATTTATGTCTTGGATGATGATCGGAACTCTGGTTGTGTAAGCTTTCTTTATAT
TTGATGATGTGTTACTTCCCTGCTTGGGAAGTGTCTTT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3C429JQ 484 0 0
TCCCGGCGCGACGGTGAAGCTTTCTTGCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAG
TGACGTGGCCGTGTCGAACCGTCACGGGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAA
AGACGAGATGTGCGATGTGATGCTCGTGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTC
AAAGGGGCGTAAGCAGTCGCGCGTGATATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGAT
TAGGCATGCTAACAACATGGGGTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTT
GATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGT
CAATGTTGTGATCTGATGTTTTTTTTT*AATATATTTATGTCTTGGATGATGATCGGAAC
TCTGGTTGTGTAAGCTTTCTTTATATTTGATGATGTGTTACTTCCCTGCTTGGGAAGTGT
CTTT

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR3H555TF 695 0 0
GGACTTCGATCCACAACCCTCTCTCTAAGTCTCTCTCTCTCTTCTCGAAAATGGCGAAAC
TAGTGATCTTGATGGTCCTCTGCATCTTGCCGGCGATAGCCATGGCGGCGAGGAAGCAGC
CACGCATCGGAAAGAACACTCTTGTCGTTCAAGGCATCACTTACTGCGACACATGCAAGT
TCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCTTCCCGGCGCGACGGTGAAGCTTTCTT
GCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAGTGACGTGGCCGTGTCGAACCGTCACG
GGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAAAGACGAGATGTGCGATGTGATGCTCG
TGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGA
TATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGATTAGGCATGCGAACAACATGGGGTTCG
AGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAG
ATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGTCAATGTTGTGATCTGATGTTTTTTTT
**AATATATTTATGTCTTGGATGATGATCGGAACTCTGGTTGTGTAAGCTTTCTTTATAT
TTGATGATGTGTTACTTCCCTGCTTGGGAAGTGTC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3C329TF 748 0 0
GGACCTTTACTTTACTTCCTTCTCACTTCGATCCACAACCCTCTCTCTAAGTCTCTCTCT
CTCTTCTCGAAAATGGCGAAACTAGTGATCTTGATGGTCCTCTGCATCTTGCCGGCGATA
GCCATGGCGGCGAGGAAGCAGCCACGCATCGGAAAGAACACTCTTGTCGTTCAAGGCATC
ACTTACTGCGACACATGCAAGTTCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCTTCCC
GGCGCGACGGTGAAGCTTTCTTGCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAGTGAC
GTGGCCGTGTCGAACCGTCACGGGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAAAGAC
GAGATGTGCGATGTGACGCTCGTGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTCAAAG
GGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGATATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGATTAGG
CATGCGAACAACATGGGGTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGCTTTGCTCTGAGTTGATT
AAGAAGTATCAGGTTGATGA*GATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGTCAAT
GTTGTGATCTGATGTTTTTTTTT*AATGTATTTATGTCTTGGATGATGATCGGAACTCTG
GTTG**TAAGCTTTCTTTATATTTGATGATGTGTTACTTCCCTGCTTGGGAAGTGTCTTT
AATATTTGATTATTTCGTTACTTCTGGA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3C329JQ 405 0 0
TCGTCCACGAAGACCACAAAGACGAGATGTGCGATGTGATGCTCGTGAAAAGCTCGGACA
AGGGTTGTTCGAAAATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGATATTGAACCATTACA
ATGGTATCGCTGAGCAGATTAGGCATGCGAACAACATGGGGTTCGAGAAGGATGTTAGCG
ATGTGCTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGATGA*GATGAGATTTGAGATT
AGTAGATCTGTTTTCTTGTCAATGTTGTGATCTGATGTTTTTTTTT*AATGTATTTATGT
CTTGGATGATGATCGGAACTCTGGTTG**TAAGCTTTCTTTATATTTGATGATGTGTTAC
TTCCCTGCTTGGGAAGTGTCTTTAATATTTGAT
TATTTCGTTACT

QA 1 393 1 393
DS 

RD RR3AH28JQ 618 0 0
ATCTTGCCGGCGATAGCCATGGCGGCGAGGAAGCAGCCACGCATCGGAAAGAACACTCTT
GTCGTTCAAGGCATCACTTACTGCGACACATGCAAGTTCGGTTTCGAGACTGCCGAATCC
TCCTACGTCCTTCCCGGCGGGACGGTGAAGCTTTCTTGCAAAGACAGGAAGACGATGGAA
GAGATTTACAGTGACGTGGCCGTGTCGAACCGTCACGGGAAGTACATGTTCGTCGTCCAC
GAAGACCACAAAGACGAGATGTGCGATGTGATGCTCGTGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGT
TCGAAAATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGATATTGAACCATTACAATGGTATC
GCTGAGCAGATTAGGCATGCGAACAACATGGGGTTCGAGAAGGATGTTAGCGATGTGTTT
TGCTTTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGGGATTTGAGATTAGTAGATC
TGTTTTCTTGTCAATGTTGTGATTTGATGTTTTTTTTTTAATATATTTATGTCTTGGATG
ATGATCGGAACTCTGGTTGTGTAAGCTTTCTTTATATTTGATGATGTGTTACTTCCCTGC
TTGGGAAGTGTCTTTAAT

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3GG21TF 717 0 0
GGACTTCGATCCACAACCCTCTCTCTAAGTCTCTCTCTCTCTTCTCGAAAATGGCGAAAC
TAGTGATCTTGATGGTCCTCTGCATCTTGCCGGCGATAGCCATGGCGGTGAGGAAGCAGC
CACGCATCGGAAAGAACACTCCTGTCGTTCAAGGCATCACTTACTGCGACACATGTAAGT
TCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCTTCCC**CGCGACGGTGAAGCTTTCTT
GCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAGTGACGTGGCCGTGTCGGACCGTCACG
GGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAAAGACGAGATGTGCGATGTGATGCTCG
TGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGA
TATTGAACCATTACAATGGTGTCGCTGAGCAGATTAGGCATGCGAACAACATGGGGTTCG
AGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTTAGAAGTATCAGGTTGATGAAG
ATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGTCAATGTTGTGATCTGATGTTTTTTTT
T*AATATATTTATGTCTTGGATGATGATCGGAACTCTGGTTGTGTAAGCTTTCTTTATAT
TTGATGATGTGTTACTTCCCTGCTTGGGAAGTGTCTTTAATATTTGAT
CAAAAAAAA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3BT50TF 706 0 0
GGACTTCGATCCACAACCCTCTCTCTAAGTCTCTCTCTCTCTTCTCGAAAATGGCGAAAC
TAGTGATCTTGATGGTCCTCTGCATCTTGCCGGCGATAGCCATGGCGGCGAGGAAGCAGC
CACGCATCGGAAAGAACACTCTTGTCGTTCAAGGCATCACTTACTGCGACACATGCAAGT
TCGGTTTCGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCTTCCCGGCGCGACGGTGAAGCTTTCTT
GCAAAGACAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAGTGACGTGGCCGTGTCGAACCGTCACG
GGAAGTACATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAAAGACGAGATGTGCGATGTGATGCTCG
TGAAAAGCTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGA
TATTGAACCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGATTAGGCATGCGAACAACATGGGGTTCG
AGAAGGATGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAG
ATGAGATTTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGTCAATGTTGTGATCTGATGTTTTTTTT
T*AATATATTTATGTCTTGGATGATGATCGGAACTCTGGTTGTGTAAGCTTTCTTTATAT
TTGATGATGTGTTACTTCCCTGCTTGGGAAGTGTCTTTAATA
AAAA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3AH28TF 696 0 0
GG
GATCCACAACCCTCTCTCTAAGTCTCTCTCTCTCTTCTCGAAAATGGCGAAACTAGTGAT
CTTGATGGTCCTCTGCATCTTGCCGGCGATAGCCATGGCGGCGAGGAAGCAGCCACGCAT
CGGAAAGAACACTCTTGTCGTTCAAGGCATCACTTACTGCGACACATGCAAGTTCGGTTT
CGAGACTGCCGAATCCTCCTACGTCCTTCCCGGCGCGACGGTGAAGCTTTCTTGCAAAGA
CAGGAAGACGATGGAAGAGATCTACAGTGACGTGGCCGTGTCGAACCGTCACGGGAAGTA
CATGTTCGTCGTCCACGAAGACCACAAAGACGAGATGTGCGATGTGATGCTCGTGAAAAG
CTCGGACAAGGGTTGTTCGAAAATCTCAAAGGGGCGTGAGCAGTCGCGCGTGATATTGAA
CCATTACAATGGTATCGCTGAGCAGATTAGGCATGCGAACAACATGGGGTTCGAGAAGGA
TGTTAGCGATGTGTTTTGCTCTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGGGAT
TTGAGATTAGTAGATCTGTTTTCTTGTCAATGTTGTGATCTGATGTTTTTTTTTTAATAT
ATTTATGTCTTGGATGATGATCGGAACTCTGGTTGTGTAAGCTTTCTTTATATTTGATGA
TGTGTTACTTCCCTGCTTGGGAAGTGTCTTTAAT

QA 3 696 3 696
DS 



CO CL4Contig2 1258 9 16 U
GGGTAGACTCTAAAAATACCCTTGGTACTTTATTGACGATCTCACAAAGATGTAATCTCA
GTGAATTTGAGTTTACTGATTCATCTTTTACAGAATCGATTCCCTACGAGAATATCTGGA
GTTCAGTATGTCTGGAAGCACAGGAGAACGTTCTTTTGCTGATATTATTACCAGTATTCG
ATACTGGGTCATTCATAGCATTACTATACCTTCCCTATTCATTGCGGGCTGGTTATTCGT
CAGCACCGGTTTAGCTTACGACGTGTTTGGGAGCCCTCGCCCAAACGAGTATTTTACAGA
GAGCCGACAAGGCATTCCATTAATAACAGGCCGTTTTGATTCTTTGGAACAACTCGACGA
ATTTAGTAGATCTTTTTAGGAGGACCCAATGACTATAGATAGGACCTATCCAATTTTTAC
AGTGCGCTGGTTGGCTGTTCATGGACTAGCTGTACCTACCGTTTTTTT***GGGGTCAAT
ATCAGCAATGCAGTTCATCCAACGATAAACCGAATTCAATTATAGAGCTATGACACAATC
AAATCC*GAACGAACAAAATGTTGAATTAAATCGTACCAGTCTCTATTGGGGG*TTATTA
CTCATTTTTGTACTTGCTGTTTTATTTTCGAATTATTTCTTCAATTAAAATTAAGAAAAG
AGCGTAGAATAATAAAATAAAAAAGAAAGAGTAGTAATTTTCTTATCCCATTCGGATGGA
TTATATATCATAATTATCTCTGACTGTTTATGTTTCTAGCATGACCACTCGATGAAATGT
GGAGGGAAGCGGGATAAATGGCTGATACTACTGGAAGGATTCCTCTTTGGGTAATAGGTA
CTGTAGCTGGTATTCTTGTGATCGGTTTAATAGGTATTTTCTTTTATGGTTCATATTCAG
GATTAGGTTCATCCCTGTAGAAATTGGATGAACTGAGTTATAGACGTGAAAACATAAGAA
CTCAACGGGGCCCAACTCTTCCTTCTTTGTCTGATTCGAGGGGGTCCCGTTGAACTGCTA
ATAATCAGAACAATTTTTATCGTGTTTTTGAAAAATGAACTTAATTAGATTAGTAGGTTA
CGAACATATAGTATTTATTATTAACCTTTCAAAGATAGAAAAAAAGGGGGGGAATCACTT
AATTTTATTTTTCTGCTTTCCCGGCTGACACAATATTTTTTATCATTAGATCTATCATTA
AACTTTTGTCTATACTAATAGAAGTTTTTTCTTATTTTTTATTTATTTAGTATTTCAC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G244TF U 1
AF RR3BA70JQ C 2
AF RR3BA70TF U 2
AF RR3CW55TF U 279
AF RR3FZ94TF U 172
AF RR3G244JQ C 173
AF RR3FZ94JQ C 172
AF RR3F157JQ U 472
AF RR3F157TF C 476
BS 1 45 RR3G244TF
BS 46 46 RR3BA70TF
BS 47 124 RR3G244TF
BS 125 125 RR3BA70TF
BS 126 468 RR3G244TF
BS 469 471 RR3BA70TF
BS 472 515 RR3G244TF
BS 516 516 RR3BA70TF
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GTGAATTTGAGTTTACTGATTCATCTTTTACAGAATCGATTCCCTACGAGAATATCTGGA
GTTCGGTATGTCTGGAAGCACAGGAGAACGTTCTTTTGCTGATATTATTACCAGTATTCG
ATACTGGGTCATTCATAGCATTACTATACCTTCCCTATTCATTGCGGGCTGGTTATTCGT
CAGCACCGGTTTAGCTTACGACGTGTTTGGGAGCCCTCGCCCAAACGAGTATTTTACAGA
GAGCCGACAAGGCATTCCATTAATAACAGGCCGTTTTGATTCTTTGGAACAACTCGACGA
ATTTAGTAGATCTTTTTAGGAGGACCCAATGACTATAGATAGGACCTATCCAATTTTTAC
AGTGCGCTGGTTGGCTGTTCATGGACTAGCTGTACCTACCGTTTTTTTTTTGGGGTCAAT
ATCAGCAATGCAGTTCATCCAACGATAAACCGAATCCAATTATAGAGCTATGACACAATC
AAATCC*GAACGAACAAAATGTTGAATTAAATCGTACCAGTCTCTATTGGGGG*TTATTA
CTCATTTTTGTACTTGCTGTTTTATTTTCGAATTATTTCTTCAATTAAAATTAAGAAAAG

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DS 

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TGAATTTGAGTTTACTGATTCATCTTTTACAGAATCGATTCCCTACGAGAATATCTGGAG
TTCAGTATGTCTGGAAGCACAGGAGAACGTTCTTTTGCTGATATTATTACCAGTATTCGA
TACTGGGTCATTCATAGCATTACTATACCTTCCCTATTCATTGCGGGCTGGTTATTCGTC
AGCACCGGTTTAGCTTACGACGTGTTTGGGAGCCCTCGCCCAAACGAGTATTTTACAGAG
AGCCGACAAGGCATTCCATTAATAACAGGCCGTTTTGATTCTTTGGAACAACTCGACGAA
TTTAGTAGATCTTTTTAGGAGGACCCAATGACTATAGATAGGACCTATCCAATTTTTACA
GTGCGCTGGTTGGCTGTTCATGGACTAGCTGTACCTACCGTTTTTTT***GGGGTCAATA
TCAGCAATGCAGTTCATCCAACGATAAACCGAATTCAATTATAGAGCTATGACACAATCA
AATCC*GAACGAACAAAATGTTGAATTAAATCGTACCAGTCTCTATTGGGGG*TTATTAC
TCATTTTTGTACTTGCTGTTTTATTTTCGAATTATTTCTTCAATTAAAATTAAGAAAAG

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3BA70TF 659 0 0
GGTAGACTCTAAAAATACCCTTGGTACTTTATTGACGATCTCACAAAGATGTAATCTCAG
TGAATTTGAGTTTACTGATTCATCTTTTACAGAATCGATTCCCTACGAGAATATCTGGAG
TTCAGTATGTCTGGAAGCACAGGAGAACGTTCTTTTGCTGATATTATTACCAGTATTCGA
TACTGGGTCATTCATAGCATTACTATACCTTCCCTATTCATTGCGGGCTGGTTATTCGTC
AGCACCGGTTTAGCTTACGACGTGTTTGGGAGCCCTCGCCCAAACGAGTATTTTACAGAG
AGCCGACAAGGCATTCCATTAATAACAGGCCGTTTTGATTCTTTGGAACAACTCGACGAA
TTTAGTAGATCTTTTTAGGAGGACCCAATGACTATAGATAGGACCTATCCAATTTTTACA
GTGCGCTGGTTGGCTGTTCATGGACTAGCTGTACCTACCGTTTTTTT***GGGGTCAATA
TCAGCAATGCAGTTCATCCAACGATAAACCGAATTCAATTATAGAGCTATGACACAATCA
AATCC*GAACGAACAAAATGTTGAATTAAATCGTACCAGTCTCTATTGGGGGGTTATTAC
TCATTTTTGTACTTGCTGTTTTATTTTCGAATTATTTCTTCAATTAAAATTAAGAAAAG

QA 1 659 1 659
DS 

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ATTCTTTGGAACAACTCGACGAATTTAGTAGATCTTTTTAGG**GACCCAATGACTATAG
ATAGGACCTATCCAATTTTTACAGTGCGCTGGTTGGCTGTTCATGGACTAGCTGTACCTA
CCGTTTTTTTTT*GGGGTCAATATCAGCAATGCAGTTCATCCAACGATAAACCGGATTCA
ATTATAGAGCTATGACACAATCAAATCCCGAACGAACAAAATGTTGAATTAAATCGTACC
AGTCTCTATTGGGGG*TTATTACTCATTTTTGTACTTGCTGTTTTATTTTCGAATTATTT
CTTCAATTAAAATTAAGAAAAGAGCGTAGAATAATAAA
TAAAAA

QA 1 398 1 398
DS 

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CGGG
ATTCGATACTGGGTCATTCATAGCATTACTATACCTTCCCTATTCATTGCGGGCTGGTTA
TTCGTCAGCACCGGTTTAGCTTACGACGTGTTTGGGAGCCCTCGCCCAAACGAGTATTTT
ACAGAGAGCCGACAAGGCATTCCATTAATAACAGGCCGTTTTGATTCTTTGGAACAACTC
GACGAATTTAGTAGATCTTTTTAGGAGGACCCAATGACTATAGATAGGACCTATCCAATT
TTTACAGTGCGCTGGTTGGCTGTTCATGGACTAGCTGTACCTACCGTTTTTTT***GGGG
TCAATATCAGCAATGCAGTTCATCCAACGATAAACCGAATTCAATTATAGAGCTATGACA
CAATCAAATCC*GAACGAACAAAATGTTGAATTAAATCGTACCAGTCTCTATTGGGGG*T
TATTACTCATTTTTGTACTTGCTGTTTTATTTTCGAATTATTTCTTCAATTAAAATTAAG
AAAAGAGCGTAGAATAATAAAATAAAAAAGAAAGAGTAGTAATTTTCTTATCCCATTCGG
ATGGATTATATATCATAATTATCTCTGGCTGTTTATGTTTCTAGCATGACCACTCGATGA
AATGTGGAGGGAAGCGGGATAAATGGCTGATACTACTGGAAAGATTCCTCTTTGGGTA

QA 5 662 5 662
DS 

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AGTATTCGATACTGGGTCATTCATAGCATTACTATACCTTCCCTATTCAT*GCGGGCTGG
TTATTCGTCAGCACCGGTTTAGCTTACGACGTGTTTGGGAGCCCTCGCCCAAACGAGTAT
TTTACAGAGAGCCGACAAGGCATTCCATTAATAACAGGCCGTTTTGATTCTTTGGAACAA
CTCGACGAATTTAGTAGATCTTTTTAGGAGGACCCAATGACTATAGATAGGACCTATCCA
ATTTTTACAGTGCGCTGGTTGGCTGTTCATGGACTAGCTGTACCTACCGTTTTTTTTTTG
GGGTCAATATCAGCAATGCAGTTCATCCAACGATAAACCGAATCCAATTATAGAGCTATG
ACACAATCAAATCC*GAACGAACAAAATGTTGAATTAAATCGTACCAGTCTCTATTGGGG
G*TTATTACTCATTTTTGTACTTGCTGTTTTATTTTCGAATTATTTCTTCAATTAAAATT
AAGAAAAGAGCGTAGAATAATAAAATAAAAAAGAAAGAGTAGTAATTTTCTTATCCCATT
CGGATGGATTATATATCATAATTATCTCTGACTGTTTATGTTTCTAGCATGACCACTCGA
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AATAGGTACTGTAGCTGGTATTCTTGTGATCGGTTTAATAGGTATTTTCTTTTATGGTTC
ATATTCAGGATTAGGTTCATCCCTGTAGAAATTGGATGAACTGAGTTATAGACG
TG

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DS 

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CGGG
ATTCGATACTGGGTCATTCATAGCATTACTATACCTTCCCTATTCATTGCGGGCTGGTTA
TTCGTCAGCACCGGTTTAGCTTACGACGTGTTTGGGAGCCCTCGCCCAAACGAGTATTTT
ACAGAGAGCCGACAAGGCATTCCATTAATAACAGGCCGTTTTGATTCTTTGGAACAACTC
GACGAATTTAGTAGATCTTTTTAGGAGGACCCAATGACTATAGATAGGACCTATCCAATT
TTTACAGTGCGCTGGTTGGCTGTTCATGGACTAGCTGTACCTACCGTTTTTTT***GGGG
TCAATATCAGCAATGCAGTTCATCCAACGATAAACCGAATTCAATTATAGAGCTATGACA
CAATCAAATCC*GAACGAACAAAATGTTGAATTAAATCGTACCAGTCTCTATTGGGGG*T
TATTACTCATTTTTGTACTTGCTGTTTTATTTTCGAATTATTTCTTCAATTAAAATTAAG
AAAAGAGCGTAGAATAATAAAATAAAAAAGAAAGAGTAGTAATTTTCTTATCCCATTCGG
ATGGATTATATATCATAATTATCTCTGGCTGTTTATGTTTCTAGCATGACCACTCGATGA
AATGTGGAGGGAAGCGGGATAAATGGCTGATACTACTGGAAGGATTCCTCTTTGGGTAAT
AGGTACTGTAGCTGGTATTCTTGTGATCGGTTTAATAGGTATTTTCTTTTATGGTTCATA
TTCAGGATTAGGTTCATCCCTGTAGAAATTGGATGAACTGAGTTATAGACG
GG

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DS 

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GGGGTCAATATCAGCAATGCAGTTCATCCAACGATAAACCGAATTCAATTATAGAGCTAT
GACACAATCAAATCC*GAACGAACAAAATGTTGAATTAAATCGTACCAGTCTCTATTGGG
GG*TCATTACTCATTTTTGTACTTGCTGTTTTATTTTCGAATTATTTCTTCAATTAAAAT
TAAGAAAAGAGCGTAGAATAATAAAATAAAAAAGAAAGAGTAGTAATTTTCTTATCCCAT
TCGGATGGATTATATATCATAATTATCTCTGACTGTTTATGTTTCTAGCATGACCACTCG
ATGAAATGTGGAGGGAAGCGGGATAAATGGCTGATACTACTGGAAGGATTCCTCTTTGGG
TAATAGGTACTGTAGCTGGTATTCTTGTGATCGGTTTAATAGGTATTTTCTTTTATGGTT
CATATTCAGGATTAGGTTCATCCCTGTAGAAATTGGATGAACTGAGTTATAGACGTGAAA
ACATAAGAACTCAACGGGGCCCAACTCTTCCTTCTTTGTCTGATTCGAGGGGGTCCCGTT
GAACTGCTAATAATCAGAACAATTTTTATCGTGTTTTTGAAAAATGAACTTAATTAGATT
AGTAGGTTACGAACATATAGTATTTATTATTAACCTTTCAAAGATAGAAAAAAAGGGGGG
GAATCACTTAATTTTATTTTTCTGCTTTCCCGGCTGACACAATATTTTTTATCATTAGAT
CTATCATTAAACTTTTGTCTATACTAATAGAAGTTTTTTCTTATTTTTTATTTATTTAGT
ATTTCAC

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DS 

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GTC
ATATCAGCAATGCAGT*CATCCAACGATAAAC*GAATTCAATTATAGAGCTATGACACAA
TCAAATCC*GAACGAACAAAATGTTGAATTAAATCGTACCAGTCTCTATTGGGGG*TCAT
TACTCATTTTTGTACTTGCTGTTTTATTTTCGAATTATTTCTTCAATTAAAATTAAGAAA
AGAGCGTAGAATAATAAAATAAAAAAGAAAGAGTAGTAATTTTCTTATCCCATTCGGATG
GATTATATATCATAATTATCTCTGACTGTTTATGTTTCTAGCATGACCACTCGATGAAAT
GTGGAGGGAAGCGGGATAAATGGCTGATACTACTGGAAGGATTCCTCTTTGGGTAATAGG
TACTGTAGCTGGTATTCTTGTGATCGGTTTAATAGGTATTTTCTTTTATGGTTCATATTC
AGGATTAGGTTCATCCCTGTAGAAATTGGATGAACTGAGTTATAGACGTGAAAACATAAG
AACTCAACGGGGCCCAACTCTTCCTTCTTTGTCTGATTCGAGGGGGTCCCGTTGAACTGC
TAATAATCAGAACAATTTTTATCGTGTTTTTGAAAAATGAACTTAATTAGATTAGTAGGT
TACGAACATATAGTATTTATTATTAACCTTTCAAAGATAGAAAAAAAGGGGGGGAATCAC
TTAATTTTATTTTTCTGCTTTCCCGGCTGACACAATATTTTTTATCATTAGATCTATCAT
TAAACTTTTGTCTATACTAATAGAAGTTTTTTCTTATTTTTTATTTATTTAGTATTTCAC

QA 4 783 4 783
DS 



AS 3 19

CO CL5Contig1 1154 8 35 U
TTTTTATAGACACAAAGAGGAAAAACAGAGAGCCTTATCCTGTGAGCAGCAACAATGGTG
AAGGCAACAAAGGCGGAGAAGAAGATAGCTTACGACGCGAAGCTATGTCAACTCATCGAC
GAGTTCACTCAGATCCTTGTCGTCGCAGCCGACAACGTCGGATCGACTCAGCTGCAGAAC
ATCAGGAAGGGACTTCGTGGAGACTCAGTGGTTCTCATGGGGAAGAACACCATGATGAAG
CGTTCGGTTAAGATTCACGCTGAGAATACCGGAAACACTGGAATCCTCAATCTCATGCCC
CTCCTTCAGGGAAATGTTGGTTTGATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAG
GAAGTTGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTCCTGCTCGTGTTGGATTGGTTGCCCCAATAGAT
GTGGTTGTCCAGCCTGGAAACACCGGTTTAGATCCATCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTT
CTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGGGTACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTC
ATCAAGCAAGGCGACAAGGTCGGTTCTTCCGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAACTTGGAATC
AGGCCGTTTTCATACGGTCTTGTTGTCCAGTCGGTTTACGACAATGGCTCAGTCTTCAGC
CCAGAGGTTCTTGATCTGACAGAAGACGACCTTGTCCAGAAGTTTGCTGCTGGTATCTCC
ATGGTCACTTCC*TTGGCTCTAGCCATCTCTTACCCTACACTCGCTGCCGCCCCGCATAT
GTTCATCAACGCCTACAAGAATGCATTGGCTATCTCTATTGCCACTGAGTACACTTTCCC
ACAAGCAGAGAAGGTCAAGGAGTACTTGAAGGATCCTAGCAAGTTTGCTGTTGCTGTAGC
GGCGGTGTCTGCGGATGCAGGTGGTGGTGCTTCGGGTGGAGCTGCCAAGGTAGAGGAGAA
GAAGGAAGTTGTTGAGGAATCAGATGAAGAAGACTACGGTGGTTTCGATATGTTCGGTGA
TGAATAGATTAAAAATATATCTATCGAGGTTATGTTTTTGTCGATGCTACACAAGTGTTG
CTTCTTTACAAACGATGTTTTCAATGTTCTTGATTTTGACAGATTCAGATTTATGTTATT
GTCTTTTTAGTTCT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

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GGGGGAGACAGAAGCCT
TTATCCTGTGAGCAGCAACAATGGTGAAGGCAACAAAGGCGGAGAAGAAGATAGCTTACG
ACGCGAAGCTATGTCAGCTCATCGACGAGTTCACTCAGATCCTTGTCGTCGCCGCCGACA
ACGTCGGATCGACTCAGCTGCAGAACATCAGGAAGGGTCTTCGTGGTGACTCAGTGGTGC
TCATGGGGAAGAACACCATGATGAAGCGGTCGGTTAAGATTCACGCTGAGAATACCGGAA
ACACTGGAATCCTCAATCTCATGCCCCTCCTTCAGGGAAATGTTGGTTTGATCTTCACCA
AGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAGGAAGTTGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTCCTGCTC
GTGTTGGATTGGTTGCCCCAATTGATGTGGTTGTCCAGCCTGGAAACACCGGTTTAGATC
CTTCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTGAACATCCCAACTAAGATTAACAAGGGTACAG
TCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGCGACAAGGTCGGCTCTTCTGAGG
CCGCCCTTCTAGCCAAACTTGGAAT

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DS 

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CCGACAACGTCGGATCGACTCAGCTGCAGAACATCAGGAAGGGACTTCGTGGAGACTCAG
TGGTTCTCATGGGGAAGAACACCATGATGAAGCGTTCGGTTAAGATTCACGCTGAGAATA
CCGGAAACACTGGAATCCTCAATCTCATGCCCCTCCTTCAGGGAAATGTTGGTTTGATCT
TCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAGGAAGTTACCAAGTACAAGGTTGGTGCTC
CTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATAGATGTGGTTGTCCAGCCTGGAAACACCGGTT
TAGATCCATCCCAGACATCTTTCTTCTAGGTTCTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGG
GTACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTG*GCTCATCAAGCAAGGCGACAAGGTCGGTTCTT
CCGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAACTTGGAATCAGGCCGTTTTCATACGGTCTTGTTGTCC
AGTCGGTTTACGACAATGGCTCAGTCTTCAGCCC

QA 1 574 1 574
DS 

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AAGGCAACAAAGGCGGAGAAGAAGATCGCTTACGACGCGAAGCTATGTCAACTC*TCGAC
GAGTTCACTCAGATCCTTGTCGTCGCAGCCGACAACGTCGGATCGACTCAGCTGCAGAAC
ATCAGGAAGGGACTTCGTGGAGACTCAGTGGTTCTCATGGGGAAGAACACCATGATGAAG
CGTTCGGTTAAGATTCACGCTGAGAATACCGGAAACACTGGAATCCTCAATCTCATGCCC
CTCCTTCAGGGAAATGTTGGTTTGATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAG
GAAGTTGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATAGAT
GTGGTTGTCCAGCCTGGAAACACCGGTTTAGATCCATCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTT
CTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGGGTACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTC
ATCAAGCAAGGCGACAAGGTCGGTTCTTCCGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAACTTGGAATC
AGGCCGTTTTCATACGGTCTTGTTGTCCAGTCGGTTTACGACAATGGCTCAGTCTTCAGC
CCAGAGGTTCTTGATCTGACAGA*GACGACCTTGTCCAGAAGTTTGCTGCTGGTATCTCC
ATGGTCACTTCCCTTGGCTCTAGCCATCTCTTACCCTAC

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DS 

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AACAAAGGCGGAGAAGAAGATAGCTTACGACGCGAAGCTATGTCAGCTCATCGACGAGTT
CACTCAGATCCTTGTCGTCGCCGCCGACAACGTCGGATCGACTCAGCTGCAGAACATCAG
GAAGGGTCTTCGTGGTGACTCAGTGGTGCTCATGGGGAAGAACACCATGATGAAGCGGTC
GGTTAAGATTCACGCTGAGAATACCGGAAACACTGGAATCCTCAATCTCATGCCCCTCCT
TCAGGGAAATGTTGGTTTGATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAGGAAGT
TGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTCCTGCTCGTGTTGGATTGGTTGCCCCAATTGATGTGGT
TGTCCAGCCTGGAAACACCGGTTTAGATCCTTCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTGAA
CATCCCAACTA*GATTAACAAGGGTACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAA
GCAAGGCGACAAGGTCGGCTCTTCTGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAACTTGGAATCAGGCC
GTTTTCGTACGGTCTTGTTGTCCAGTCTGTTTACGACAATC*CTCAGTCTTCAGCCCAGA
GGTTCTTGATCTCACAGAAGACGACCTTGTCCAGAAGTTTGCTGCTGGTATCTCCATGGT
CACTTCC*TTGGCTCTAGCCATCTCTTACCCTACACTCGC

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DS 

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TTTTT
ATAGACACAAAGAGGAAAAACAGAGAGCCTTATCCTGTGAGCAGCGACAATGGTGAAGGC
AACAAAGGCGGAGAAGAAGATCGCTTACGACGCGAAGCTATGTCAACTCATCGACGAGTT
CACTCAGATCCTTGTCGTCGCAGCCGACAACGTCGGATCGACTCAGCTGCAGAACATCAG
GAAGGGACTTCGTGGAGACTCAGTGGTTCTCATGGGGAAGAACACCATGATGAAGCGTTC
GGTTAAGATTCACGCTGAGAATACCGGAAACACTGGAATCCTCAATCTCATGCCCCTCCT
TCAGGGAAATGTTGGTTTGATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAGGAAGT
TGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTCCTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCCCCAATAGATGTGGT
TGTCCAGCCTGGAAACACCGGTTTAGATCCATCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTTAA
CATCCCAACTAAGATTAACAAGGGTACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAA
GCAAGGCGACAAGGTCGGTTCTTCCGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAACTTGGAATCAGGCC
GTTTTCATACGGTCTTGTTGTCCAGTCGGTTTACGACAATGGCTCAGTCTTCAGCCCAGA
GGTTCTTGATCTGACAGAAGACGACCTTGTCCAGAAGTTTGCTGCTGGTATCTCCATGGT
CACTTCC*TTGGCTCTAGCCATCTCTTACCCTACACTCGCTGCCGCCCCGCATATGTTCA
TC

QA 6 787 6 787
DS 

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TGCTCCTGCTCGTGTTGGATTGGTTGCCCCAATTGATGTGGTTGTCCAGCCTGGAAACAC
CGGTTTAGATCCTTCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTGAACATCCCAACTA*GATTAA
CAAGGGTACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGCGACAAGGTCGG
CTCTTCTGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAACTTGGAATCAGGCCGTTTTCGTACGGTCTTGT
TGTCCAGTCTGTTTACGACAATC*CTCAGTCTTCAGCCCAGAGGTTCTTGATCTCACAGA
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CCATTTCTTACCCTACACTCGCTGCCGCCCCGCACATGTTCATCAACGCCCACAAGAATG
CATTGGCTATCAGTATTGCCACTGAGTACACTTTCCCACAAGCAGAGAAGGTCAAGGAGT
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GCGGTGCTTCGGCTGGAGCTGCCAAGGTAGAGGAGAAGAAGGAAGTGGTTGAGGAATCAG
ATGAAGAAGACTACGGTGGTTTCGATATGTTCGGTGATGAGTAGATTAAAAATATATCTA
TCGATGTTATGTTTTTGTCGATGCTACACAAGTGTTGCTTCTTTACAAACGATGTTTTCA
ATGTTCTTGAT

QA 1 791 1 791
DS 

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CTTTCTTCCAGGTTCTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGGGTACAGTCGAAATCATCA
CCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGCGACAAGGTCGGTTCTTCCGAGGCCGCCCTTCTAG
CCAAACTTGGAATCAGGCCGTTTTCATACGGTCTTGTTGTCCAGTCGGTTTACGACAATG
GCTCAGTCTTCAGCCCAGAGGTTCTTGATCTGACAGAAGACGACCTTGTCCAGAAGTTTG
CTGCTGGTATCTCCATGGTCACTTCC*TTGGCTCTAGCCATTTCTTACCCTACACTCGCT
GCCGCCCCGCATATGTTCATCAACGCCTACAAGAATGCATTGGCTATCTCTATTGCCACT
GAGTACACTTTCCCACAAGCAGAGAAGGTCAAGGAGTACTTGAAGGATCCTAGCAAGTTT
GCTGTTGCTGTAGCGGCGGTGTCTGCGGATGCAGGTGGTGGTGCTTCAGGTGGAGCTGCC
AAGGTAGAGGAGAAGAAGGAAGTTGTTGAGGAATCAGATGAAGAAGACTACGGTGGTTTC
GATATGTTCGGTGATGAATAGATTAAAAATATATCTATCGAGGTTATGTTTTTGTCGATG
CTACACAAGTGTTGCTTCTTTACAAACGATGTTTTCAATGTTCTTGATTTTGACAGATTC
AGATTTATGTTATTGTCTTTTTAGT
C

QA 1 745 1 745
DS 

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TTAGATCCATCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAG
GGTACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGCGACAAGGTCGGTTCT
TCCGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAACTTGGAATCAGGCCGTTTTCATACGGTCTTGTTGTC
CAGTCGGTTTACGACAATGGCTCAGTCTTCAGCCCAGAGGTTCTTGATCTGACAGAAGAC
GACCTTGTCCAGAAGTTTGCTGCTGGTATCTCCATGGTCACTTCC*TTGGCTCTAGCCAT
CTCTTACCCTACACTCGCTGCCGCCCCGCATATGTTCATCAACGCCTACAAGAATGCATT
GGCTATCTCTATTGCCACTGAGTACACTTTCCCACAAGCAGAGAAGGTCAAGGAGTACTT
GAAGGATCCTAGCAAGTTTGCTGTTGCTGTAGCGGCGGTGTCTGCGGATGCAGGTGGTGG
TGCTTCGGGTGGAGCTGCCAAGGTAGAGGAGAAGAAGGAAGTTGTTGAGGAATCAGATGA
AGAAGACTACGGTGGTTTCGATATGTTCGGTGATGGATAGATTAAAAATATATCTATCGA
GGTTATGTTTTTGTCGATGCTACACAAGTGTTGCTTCTTTACAAACGATGTTTTCAATGT
TCTTGATTTTGACAGATTCAGATTTATGTTATTGTCTTTTTAGTTCT

QA 1 707 1 707
DS 



CO CL5Contig2 1237 7 21 U
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CAACAACAATGGTGAAGGCAACAAAGGCTGAGAAGAAGATCGCTTACGACGCGAAGCTAT
GTCAGCTCATCGACGAGTTCACCCAGATCTTGGTCGTTGCAGCCGACAACGTCGGCTCGA
CTCAGCTCCAGAACATCAGGAAAGGTCTTCGTGGGGACTCAGTTGTCCTCATGGGCAAGA
ACACTATGATGAAGCGTTCCGTTAAGATTCACGCTGAGAACACTGGAAACACTGGAATCC
TCAATCTCATGCCCCTCCTTCAGGGAAATGTTGGTTTGATCTTTACCAAGGGTGACCTCA
AGGAAGTGAGTGAGGAAGTTGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTCCTGCTCGTGTGGGTTTGG
TTGCGCCAATTGATGTGGTTGTCCAACCTGGTAACACTGGTCTCGATCCATCTCAGACAT
CTTTCTTCCAGGTTCTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGGGAACAGTCGAAATCATCA
CCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGTGACAAGGTCGGTTCTTCCGAGGCTGCCCTTCTAG
CCAAGCTCGGCATCAGGCCGTTCTCGTACGGTCTTGTTGTCCAGTCTGTTTACGACAATG
GCTCTGTCTTCAGCCCAGAGGTTCTCGATCTTACGGAAGATGACCTTGTCCAGAAGTTTG
CCGCTGGTATCTCCATGGTCACTTCCTTGGCGCTAGCTATCTCTTACCCTACCCTTGCTG
CTGCTCCCCATATGTTCATCAATGCATACAAGAACGCATTGGCCATCTCAGTTGCCACTG
AGTACACTTTCCCACAAGCAGAGAAGGTCAAGGAGTACTTGAAGGATCCTAGCAAGTTCG
CTGTTGCTGCAGCGGCTGTATCTGCCGATGCAGGTGGTGGGGCTTCGGCTGGAGCTGCCA
AGGTAGAGGAGAAGAAGGAAGTGGTTGAGGAATCAGATGAAGAAGACTACGGTGGTTTCG
ATATGTTCGGTGATGAGTAGATCCATTTGTTATATCTCTCCCGAGTTCCACCTTTTTTGT
CGTTGCTATAAGTGCTGCTTCGTTTGTAGTATGATGACTTGTGTTTTCTTGATTTTGTCC
ATTTCAGATTTGTGCTATTGTCTTTCTAGTTTGAATATGTTTCGAACTTCGAGTTGTTTT
GTTAGTCTTGGCTCTTTAATTTCCCAAGTGTTATACC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 0 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 10 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 
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AF RR3EN55TF U 1
AF RR3BG59TF U 3
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AF RR3BO88TF U 410
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AF RR3EN55JQ C 525
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CAACAACAATGGTGAAGGCAACAAAGGCTGAGAAGAAGATCGCTTACGACGCGAAGCTAT
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CTCAGCTCCAGAACATCAGGAAAGGTCTTCGTGGGGACTCAGTTGTCCTCATGGGCAAGA
ACACTATGATGAAGCGTTCCGTTAAGATTCACGCTGAGAACACTGGAAACACTGGAATCC
TCAATCTCATGCCCCTCCTTCAGGGAAATGTTGGTT*GATCTTTACCAAGGGTGACCTCA
AGGAAGTGAGTGAGGAAGTTGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTCCTGCTCGTGTGGGTTTGG
TTGCGCCAATTGATGTGGTTGTCCAACCTGGTAACACTGGTCTCGATCCATCTCAGACAT
CTTTCTTCCAGGTTCTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGGGAACAGTCGAAATCATCA
CCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGTGACAAGGTCGGTTCTTCCGAGGCTGCCCTTCTAG
CCAAGCTCGGCATCAGGCCGTTCTCGTACGGTCTTGTTGTCCAGTCTGTTTACGACAATG
GTTCTGTCT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3BG59TF 833 0 0
GG
AATCTCCGTCACTCTTTCTGCAGACAAAGAGCAAAAAACGAGTCTCATCCCGTGAGCAAC
AACAATGGTGAAGGCAACAAAGGCTGAGAAGAAGATCGCTTACGACGCGAAGCTATGTCA
GCTCATCGACGAGTTCACCCAGATCTTGGTCGTTGCAGCCGACAACGTCGGCTCGACTCA
GTTCCAGAACATCAGGAAAGGTCTTCGTGGGGACTCAGTTGTCCTCATGGGCAAGAACAC
TATGATGAAGCGTTCCGTTAAGATTCACGCTGAGAACACTGGAAACACTGGAATCCTCAA
TCTCATGCCCCTCCTTCAGGGAAATGTTGGTTTGATCTTTACCAAGGGTGACCTCAAGGA
AGTGAGTGAGGAAGTTGCCAAGTACAAGGTTGGTGCTCCTGCTCGTGTGGGTTTGGTTGC
GCCAATTGATGTGGTTATCCAACCTGGTAACACTGGTCTCGATCCATCTCAGACATCTTT
CTTCCAGGTTCTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGGGAACAGTCGAAATCATCACCCC
TGTTGAGCTCATCAAGCAAGGTGACAAGGTCGGTTCTTCCGAGGCTGCCCTTCTAGCCAA
GCTCGGCATCAGGCCGTTCTCGTACGGTCTTGTTGTCCAGTCTGTTTACGACAATGGCTC
TGTCTTCAGCCCAGAGGTTCTCGATCTTACGGAAGATGACCTTGTCCAGGAGTTTGCCGC
TGGTATCTCCATGGTCACTTCCTTGGCGCTAGCTATCTCTTACCCTACCCTTGCTGCTGC
TCCCCATATGTTCATCAATGCTTACAAGAACGCATTGGCTATCTCAGTTGC

QA 3 833 3 833
DS 

RD RR3BY20TF 788 0 0
G
CTGCTCGTGTTGGTTTGGTTGCGCCAATTGATGTGGTTGTCCAACCTGGTAACACTGGTC
TCGATCCATCTCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGG
GAACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGCGACAAGGTCGGTTCTT
CTGAGGCTGCCCTTCTAGCCAAGCTCGGCATCAGGCCGTTCTCGTACGGTCTTGTTGTCC
AGTCTGTTTACGACAATGGCTCTGTCTTCAGCCCAGAGGTTCTCGATCTTACGGAAGATG
ACCTTGTCCAGAAGTTTGCCGCTGGTATCTCCATGGTCACTTCCTTGGCGCTAGCTATCT
CTTACCCTACCCTTGCTGCTGCTCCTCATATGTTCATCAATGCATACAAGAACGCATTGG
CCATCTCAGTTGCCACTGAGTACACTTTCCCACAAGCAGAGAAGGTCAAGGAGTACTTGA
AGGATCCTAGCAAGTTCGCTGTTGCTGCAGCGGCTGTATCTGCCGATGCAGGTGGTGGGG
CTTCGGCTGGAGCTGCCAAGGTAGAGGAGAAGAAGGAAGTGGTTGAGGAATCAGATGAAG
AAGACTACGGTGGTTTCGATATGTTCGGTGATGAGTATATCCATTTGTTATATCTCTCCC
GAGTTCCACCTTTTTTGTCGTTGCTATAAGTGCTGCTTCGTTTGTAGTATGATGACTTGT
GTTTTCTTGATTT*GTCCATTTCAGATTTGTGCTAT*GTCTTTCTAGTTTGAATATGTTT
CGAACTT

QA 2 788 2 788
DS 

RD RR3BO88TF 801 0 0
G
GTTGGTTTGGTTGCGCCAATTGATGTGGTTGTCCAACCTGGTAACACTGGTCTCGATCCA
TCTCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTTAACATCCCAACTAAGATTAACAAGGGAACAGTC
GAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGCGACAAGGTCGGTTCTTCTGAGGCT
GCCCTTCTAGCCAAGCTCGGCATCAGGCCGTTCTCGTACGGTCTTGTTGTCCAGTCTGTT
TACGACAATGGCTCTGTCTTCAGCCCAGAGGTTCTCGATCTTACGGAAGATGACCTTGTC
CAGAAGTTTGCCGCTGGTATCTCCATGGTCACTTCCTTGGCGCTAGCTATCTCTTACCCT
ACCCTTGCTGCTGCTCCTCATATGTTCATCAATGCATACAAGAACGCATTGGCCATCTCA
GTTGCCACTGAGTACACTTTCCCACAAGCAGAGAAGGTCAAGGAGTACTTGAAGGATCCT
AGCAAGTTCGCTGTTGCTGCAGCGGCTGTATCTGCCGATGCAGGTGGTGGGGCTTCGGCT
GGAGCTGCCAAGGTAGAGGAGAAGAAGGAAGTGGTTGAGGAATCAGATGAAGAAGACTAC
GGTGGTTTCGATATGTTCGGTGATGAGTAGATCCATTTGTTATATCTCTCCCGAGTTCCA
CCTTTTTTGTCGTTGCTATAAGTGCTGCTTCGTTTGTAGTATGATGACTTGTGTTTTCTT
GATTT*GTC*ATTTCAGATTTGTGCTATTGTCTTTCTAGTTTGA*TATGTTTCGA*CTTC
GAGTTGTTT
GTAGTCTGGCT

QA 2 790 2 790
DS 

RD RR3BY20JQ 533 0 0
TCGATCTTACGGAAGATGACCTTGTCCAGAAGTTTGCCGCTGGTATCTCCATGGTCACTT
CCTTGGCGCTAGCTATTTCTTACCCTACCCTTGCTGCTGCTCCTCATATGTTCATCAATG
CATACAAGAACGCATTGGCCATTTCAGTTGCCACTGAGTACACTTTCCCACAAGCAGAGA
AGGTCAAGGAGTACTTGAAGGATCCTAGCAAGTTCGCTGTTGCTGCAGCGGCTGTATCTG
CCGATGCAGGTGGTGGGGCTTCGGCTGGAGCTGCCAAGGTAGAGGAGAAGAAGGAAGTGG
TTGAGGAATCAGATGAAGAAGACTACGGTGGTTTCGATATGTTCGGTGATGAGTATATCC
ATTTGTTATATCTCTCCCGAGTTCCACCTTTTTTGTCGTTGCTATAAGTGCTGCTTCGTT
TGTAGTATGATGACTTGTGTTTTCTTGATTTTGTCCATTTCAGATTTGTGCTATTGTCTT
TCTAGTTTGAATATGTTTCGAACTTCGAGTTGTTT
TGTTAGTCTTGGCTCTCT

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3BG59JQ 511 0 0
TACGGAAGATGACCTTGTCCAGGAGTTTGCCGCTGGTATCTCCATGGTCACTTCCTTGGC
GCTAGCTATTTCTTACCCTACCCTTGCTGCTGCTCCCCATATGTTCATCAATGCTTACAA
GAACGCATTGGCTATTTCAGTTGCCACTGAGTACACTTTCCCACAAGCAGAGAAGGTCAA
GGAGTACTTAAAGGATCCTAGCAAGTTCGCTGTTGCTGCAGCGGCTGTATCTGCCGATGC
AGGTGGTGGGGCTTCGGCTGGAGCTGCCAAGGTAGAGGAGAAGAAGGAAGTGGTCGAGGA
ATCAGATGAAGAAGACTACGGTGGTTTCGATATGTTCGGTGATGAGTAGATCCGTTTGTT
ATATTTCTCCCGAGTTCCCCCTTTTTTGTCGTTGCTATAAGTGCTGCTTCGTTTGTAGTA
TGATGACTTGTGTTTTCTTGATTTTGTCCATTTCAGATTTGTGCTATTTTCTTTTTAGTT
TGAATATGTTTCGAACTTCGAGTTGTTT
TGT

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR3EN55JQ 713 0 0
ACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGTGACAAGGTCGGTTCTTCC
GAGGCTGCCCTTCTAGCCAAGCTCGGCATCAGGCCGTTCTCGTACGGTCTTGTTGTCCAG
TCTGTTTACGACAATGGTTCTGTCTTCAGCCCAGAGGTTCTCGATCTTACGGAAGATGAC
CTTGTCCAGAAGTTTGCCGCTGGTATCTCCATGGTCACTTCCTTGGCGCTAGCTATCTCT
TACCCTACCCTTGCTGCTGCTCCCCATATGTTCATCAATGCTTACAAGAACGCATTGGCT
ATCTCAGTTGCCACTGAGTACACTTTCCCACAAGCAGAGAAGGTCAAGGAGTACTTAAAG
GATCCTAGCAAGTTCGCTGTTGCTGCAGCGGCTGTATCTGCCGGTGCAGGTGGTGGGGCT
TCGGCTGGAGCTGCCAAGGTAGAGGAGAAGAAGGAAGTGGTCGAGGAATCAGATGAAGAA
GACTACGGTGGTTTCGATATGTTCGGTGATGAGTAGATCCGTTTGTTATATCTCTCCCGA
GTTCCACCTTTTTTGTCGTTGCTATAAGTGCTGCTTCGTTTGTAGTATGATGACTTGTGT
TTTCTTGATTTTGTCCATTTCAGATTTGTGCTATTTTCTTTCTAGTTTGAATATGTTTCG
AACTTCGAGTTGTTTTGTTAGTCTTGGCTCTTTAATTTCCCAAGTGTTATACC

QA 1 713 1 713
DS 



CO CL5Contig3 1140 4 6 U
GGGAGAACAGAGGAACTCGAGTCTTTACTCCGCAAGCAAGCAACAATGGTGAAGGCAACA
AAGGCGGAGAAGAAGATCGCTTACGACGCGAAGCTATGCCAGCTCATCGACGAGTTCACA
CAGATCTTAGTCGTCGCCGCGGACAACGTGGGATCGACTCAACTACAGAACATCAGGAAG
GGACTTCGCGGAGACTCAGTGGTGCTCATGGGGAAGAACACCATGATGAAACGTTCGGTT
AAGATCCACGCCGAGAACACGGGGAACACTGGGATCCTCAATCTCATGCCCCTCCTTCAG
GGAAATGTTGGTTTGATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAGGAAGTTGCC
AAGTACAAGGTCGGTGCTCCTGCTCGTGTGGGTTTGGTAGCCCCAATTGATGTGGTTGTC
CAGCCTGGTAACACCGGTCTCGATCCATCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTTAACATT
CCAACTAAGATTAACAAGGGAACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAA
GGTGACAAAGTCGGTTCTTCTGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAGCTCGGCATCAGGCCGTTC
TCATACGGTCTTGTTGTCCAGTCGGTTTACGACAATGGCTCAGTCTTCAGCCCAAAGGTT
CTTGATCTCACGGAAGATGACCTTGTCCAGAAGTTTGCCGCTGGTATCTGCATGGTCACT
TCCTTGGCTCTAGCTATCTCTTACCCTACCCTTGCTGCTGCCCCGCATATGTTCATCAAT
GCGTACAAGAATGCCTTGGCTATCTCTGTTGCCACTGAGTACACTTTCCCTCAAGCAGAG
AAGGTTAAAGAGTTCTTGAAGGATCCTAGCAAGTTTGCTGTTGCTGTAGCGGCTGTGTCT
GCTGATGCGGGTGGTGGTGCTTCAGCTGGAGCTGCCAAGGTAGAGGAGAAGAAGGAAGTG
GTTGAGGAATCAGATGAAGAAGACTATGGTGGTTTTGACATGTTCGGTGATGAGTAGATT
AATATATGATTTTTTTACACAAAGACACATTATGACTTCTCTATTACATCAAGAGACACA
TTGCATTGAGACACTTTTTAGTGTTGATTTGTCCATTTTATCTTTTTTACCATCTGATCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FV76TF U 3
AF RR3FO67TF U 1
AF RR3DT77JQ C 317
AF RR3FV76JQ C 384
BS 1 653 RR3FO67TF
BS 654 812 RR3DT77JQ
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BS 843 1140 RR3DT77JQ

RD RR3FV76TF 587 0 0
GG
GAACAGAGGAACTCGAGTCTTTACTCCGCAAGCAAGCAACAATGGTGAAGGCAACAAAGG
CGGAGAAGAAGATCGCTTACGACGCGAAGCTATGCCAGCTCATCGACGAGTTCACACAGA
TCTTAGTCGTCGCCGCGGACAACGTGGGATCGACTCAGCTACAGAACATCAGGAAGGGAC
TTCGCGGAGACTCAGTGGTGCTCATGGGGAAGAACACCATGATGAAACTTTCGGTTAAGA
TCCACGCCGAGAACACGGGGAACACTGGGATCCTCAATCTCATGCCCCTCCTTCAGGGAA
ATGTTGGTTTGATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAGGAAGTTGCCAAGT
ACAAGGTCGGTGCTCCTGCTCGTGTGGGTTTGGTAGCCCCAATTGATGTGGTTGTCCAGC
CTGGTAACACCGGTCTCGATCCATCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTTAACATTCCAA
CTAAGATTAACAAGGGAACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGTG
ACAAAGTCGGTTCTTCTGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAGCTCGGCA

QA 3 587 3 587
DS 

RD RR3FO67TF 653 0 0
GGGAGAACAGAGGAACTCGAGTCTTTACTCCGCAAGCAAGCAACAATGGTGAAGGCAACA
AAGGCGGAGAAGAAGATCGCTTACGACGCGAAGCTATGCCAGCTCATCGACGAGTTCACA
CAGATCTTAGTCGTCGCCGCGGACAACGTGGGATCGACTCAACTACAGAACATCAGGAAG
GGACTTCGCGGAGACTCAGTGGTGCTCATGGGGAAGAACACCATGATGAAACGTTCGGTT
AAGATCCACGCCGAGAACACGGGGAACACTGGGATCCTCAATCTCATGCCCCTCCTTCAG
GGAAATGTTGGTTTGATCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAGGAAGTTGCC
AAGTACAAGGTCGGTGCTCCTGCTCGTGTGGGTTTGGTAGCCCCAATTGATGTGGTTGTC
CAGCCTGGTAACACCGGTCTCGATCCATCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTTAACATT
CCAACTAAGATTAACAAGGGAACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAA
GGTGACAAAGTCGGTTCTTCTGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAGCTCGGCATCAGGCCGTTC
TCATACGGTCTTGTTGTCCAGTCGGTTTACGACAATGGCTCAGTCTTCAGCCC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3DT77JQ 824 0 0
TCTTCACCAAGGGTGACCTCAAGGAAGTGAGCGAGGAAGTTGCCAAGTACAAGGTCGGTG
CTC*TGCTCGTGTGGGTTTGGTAGCCCCAATTGATGTGGTTGTCCAGCCTGGTAACACCG
GTCTCGATCCATCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTTAACATTCCAACTAAGATTAACA
AGGGAACAGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGTGACAAAGTCGGTT
CTTCTGAGGCCGCCCTTCTAGCCAAGCTCGGCATCAGGCCGTTCTCATACGGTCTTGTTG
TCCAGTCGGTTTACGACAATGGCTCAGTCTTCAGCCCAAAGGTTCTTGATCTCACGGAAG
ATGACCTTGTCCAGAAGTTTGCCGCTGGTATCTGCATGGTCACTTCCTTGGCTCTAGCTA
TCTCTTACCCTACCCTTGCTGCTGCCCCGCATATGTTCATCAATGCGTACAAGAATGCCT
TGGCTATCTCTGTTGCGACTGAGTACACTTTCCCTCAAGCAGAGAGGGTTAAAGAGTTCT
TGAAGGATCCTAGCAAGTTTGCTGTTGCTGTAGCGGCTGTGTCTGCTGATGCGGGTGGTG
GTGCTTCAGCTGGAGCTGCCAAGGTAGAGGAGAAGAAGGAAGTGGTTGAGGAATCAGATG
AAGAAGACTATGGTGGTTTTGACATGTTCGGTGATGAGTAGATTAATATATGATTTTTTT
ACACAAAGACACATTATGACTTCTCTATTACATCAAGAGACACATTGCATTGAGACACTT
TTTAGTGTTGATTTGTCCATTTTATCTTTTTTACCATCTGATCC

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR3FV76JQ 736 0 0
TCGTGTGGGTTTGGTAGCCCCAATTGATGTGGTTGTCCAGCCTGGTAACACCGGTCTCGA
TCCATCCCAGACATCTTTCTTCCAGGTTCTTAACATTCCAACTAAGATTAACAAGGGAAC
AGTCGAAATCATCACCCCTGTTGAGCTCATCAAGCAAGGTGACAAAGTCGGTTCTTCTGA
GGCCGCCCTTCTAGCCAAGCTCGGCATCAGGCCGTTTTCATACGGTCTTGTTGTCCAGTC
GGTTTACGACAATGGCTCAGTCTTCAGCCCAGAGGTTCTTGATCTCACGGAAGATGACCT
TGTCCAGAAGTTTGCCGCTGGTATCTGCATGGTCACTTCCTTGGCTCTAGCTATTTCTTA
CCCTACCCTTGCTGCTGCCCCGCATATGTTCATCAATGCGTACAAGAATGCCTTGGCTAT
TTCTGTTGCCACTGAGTACACTTTCCCTCAAGCAGAGAAGGTTAAAGAGTTCTTGAAGGA
TCCTAGCAAGTTTGCTGTTGCTGTAGCGGCTGTGTCTGCTGATGCGGGTGGTGGTGCTTC
AGCTGGAGCTGCCAAGGTAGAGGAGAAGAAGGAAGTGGTTGAGGAATCAGATGAAGAAGA
CTATGGTGGTTTTGACATGTTCGGTGATGAGTAGATTAATATATGATTTTTTTACACAAA
GACACATTATGACTTCTCTATTACATCAAGAGACACATTGCATTGAGACACTTTTTAGTG
TTGATTTGTCCATTTT

QA 1 736 1 736
DS 



AS 2 22

CO CL6Contig1 1161 16 48 U
AGATCTCATTACAACTAGAAAAATAAAAAAACACAACA*CAGAGAGAGAGATCTCAAAGT
TAGAAGTCTGATCCGAAA*AA*CAACAATGGCGTCTCTCAAAGTCCCGAGCAATGTCCCT
CTCCCCGAAGATGATGCCGAGCAACTCCACAAGGCTTTCTCAGGATGGGGTACAAACGAG
AAGCTGATCATATCAATTCTAGCACACAGGAACGCAGCACAACGCAGCATGATCCGCAGC
GTTTACGCCGCTACTTACAATGAGGATCTCCTCAAGGCCTTAGACAAAGAGCTCTCTAGT
GACTTTGAGAGAGCTGTGATGTTGTGGACGCTTGATCCAGCGGAGAGAGACGCTTACTTG
GCCAAAGAATCCACCAAAATGTTCACCAAGAACAACTGGGTCCTCGTCGAGATCGCTTGC
ACGAGGTCTGCCGTCGAGCTTTTCAAGGTAAAGCAAGCTTACCAAGCTCGTTACAAAAAA
TCCCTCGAGGAAGACGTTGCTCAGCACACATCCGGTGACCTCCGCAAGCTCCTGCTTCCT
CTGGTCAGCACTTTCAGGTACGAAGGAGACGACGTGAACATGATGCTCGCGAGATCC*GA
AGCC*AAGCTGCTTCACGAGAAAGTCTCCGAGAAAGCCTTCAACGACGATGACTTCATCA
GAATCTTGACCACGAGAAGCAAAGCTCAGCTCGGTGCTACTCTCAACCACTACAACAATG
AACATGGTAACTCCATCAACAAGAACTTGAAGGAAGGTTCGGATGATGATTACCTGAAAC
TACTGAGAGCTGCGATCACTTGTTTGACGTACCCTGAGAAGCATTTTGAGAAGGTGTTGC
GTCTAGCCATCAACAAAATGGGAACCGACGAGTGGGGACTGACCAGAGTTGTGACTACGA
GAACCGAAGTTGACATGGAACGCATCAAAGAGGAGTATCAGCGTAGGAACAGCGTTCCTT
TGGACCGTGCCGTCGCCAAAGACACTTCTGGTGATTATGAGGACATGCTCGTTGCTCTTC
TCGGACATGGAGATGTCTGAATACTTATTCTGTTTTCCCTTTTGGTTTGTTTTGAATAAT
AAAGAGTTGTGTGAAACTTGTTCCCGCAAACTATGTTTACTTGAGTGTGTGTTGAATTGA
ATTAAAAAAACTGTTTTTCTC


BQ
0 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 65 65 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 15 70 70 70 70 70 70 55 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 55 55 70 70 70 70 70 70 70 70 15 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 15 
70 70 70 70 70 15 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 15 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 15 70 70 70 70 70 70 70 70 15 70 70 70 70 70 15 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 15 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 65 65 65 50 50 65 65 65 65 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 55 70 15 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 55 70 70 15 70 70 70 70 55 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 55 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 55 55 55 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 50 50 65 50 65 35 60 60 60 55 55 40 40 30 40 15 0 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 10 

AF RR3G594TF U 42
AF RR3E326TF U 6
AF RR3DS44TF U 1
AF RR3CV95TF U 1
AF RR3H771TF U 1
AF RR3CE73TF U 2
AF RR3AI66TF U 558
AF RR3G925TF U 1
AF RR3H414TF U 9
AF RR3AC05TF U 14
AF RR3CK11TF U 271
AF RR3H414JQ C 847
AF RR3G594JQ C 283
AF RR3AI66JQ C 285
AF RR3D934TF U 655
AF RR3AC05JQ C 1040
BS 1 223 RR3DS44TF
BS 224 224 RR3G925TF
BS 225 332 RR3DS44TF
BS 333 333 RR3CV95TF
BS 334 382 RR3DS44TF
BS 383 383 RR3G925TF
BS 384 401 RR3DS44TF
BS 402 402 RR3CV95TF
BS 403 422 RR3DS44TF
BS 423 423 RR3CV95TF
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BS 484 509 RR3DS44TF
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BS 800 800 RR3H414TF
BS 801 808 RR3G925TF
BS 809 831 RR3H414TF
BS 832 833 RR3AC05TF
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BS 835 853 RR3AC05TF
BS 854 942 RR3CK11TF
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RD RR3G594TF 512 0 0
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AGTCCCGAGCAATGTCCCTCTCCCCGAAGATGACGCCGAGCAACTCCACAAGGCTTTCTC
AGGATGGGGTACGAACGAGAAGCTGATCATATCAATCCTAGCTCACAGGAACGCAGCACA
ACGCAGCATGATCCGCAGCGTTTACGCCGCTACTTACAATGAGGATCTCCTCAAGGCCTT
AGACAAAGAGCTCTCTAGTGACTTTGAGAGAGCTGTGATGTTGTGGACGCTTGATCCAGC
GGAGAGAGACGCTTACTTGGCCAAAGAATCCACCAAAATGTTCACCAAGAACAACTGGGT
CCTCGTCGAGATCGCTTGCACGAGGTCTGCCGTCGAGCTTTTCAAGGTAAAGCAAGCTTA
CCAAGCTCGTTACAAAAAATCCCTCGAGGAAGACGTTGCTCAGCACACATCCGGTGACCT
CCGCAAGCTCCTGCTTCCTCTGGTCAGCACTT

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR3E326TF 654 0 0
GG
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CTGATCCGAAA*AA*CAACAATGGCGTCTCTCAAAGTCCCGAGCAATGTCCCTCTCCCCG
AAGATGATGCCGAGCAACTCCACAAGGCTTTCTCAGGATGGGGTACAAACGAGAAGCTGA
TCATATCAATTCTAGCACACAGGAACGCAGCACAACGCAGCATGATCCGCAGCGTTTACG
CCGCTACTTACAATGAGGATCTCCTCAAGGCCTTAGACAAAGAGCTCTCTAGTGACTTTG
AGAGAGCTGTGATGTTGTGGACGCTCGATCCAGCGGAGAGAGACGCTTACTTGGCCAAAG
AATCCACCAAAATGTTCACCAAGAACAACTGGGTTCTCGTCGAGATCGCTTGCACTAGGT
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AGGAAGACGTTGCTCAGCACACTTCCCGTGACCTCCGCAAGCTCCTGCTTCCTCTGGTCA
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QA 3 654 3 654
DS 

RD RR3DS44TF 726 0 0
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TAGAAGTCTGATCCGAAA*AA*CAACAATGGCGTCTCTCAAAGTCCCGAGCAATGTCCCT
CTCCCCGAAGATGATGCCGAGCAACTCCACAAGGCTTTCTCAGGATGGGGTACAAACGAG
AAGCTGATCATATCAATTCTAGCACACAGGAACGCAGCACAACTCAGCATGATCCGCAGC
GTTTACGCCGCTACTTACAATGAGGATCTCCTCAAGGCCTTAGACAAAGAGCTCTCTAGT
GACTTTGAGAGAGCTGTGATGTTGTGGACGCTCGATCCAGCGGAGAGAGACGCTTACTTG
GCCAAAGAATCCACCAAAATGTCCACCAAGAACAACTGGGTTCTCGTCGAGATCGCTTGC
ACTAGGTCCGCCGTCGAGCTTTTCAAGATAAAGCAAGCTTACCAAGCCCGTTACAAGAAA
TCACTCGAGGAAGACGTTGCTCAGCACACTTCCGGTGACCTCCGCAAGCTCCTGCTTCCT
CTGGTCAGCACTTTCAGGTACGAAGGAGACGACTTCAACATGATGCTCGCGAGATCC*GA
AGCC*AAGCTGCTTCACGAGAAAGTCTCCGAGAAAGCTTTCAACGACGATGACTTCATCA
GAATCTTGACCACGAGAAGCAAAGCTCAGCTCGGTGCTACTCTCAACCACTACAACAATG
AACATG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3CV95TF 749 0 0
GGATCTCATTACAACAAGAAAAA****AAAACACAACA*CAGAGAGAGA**TCTCAAAGT
TAGAAGTCTGATCCCAAA*AAACAACAATGGCGTCTCTCAAAGTCCCGAGCAATGTCCCT
CTCCCCGAAGATGACGCCGAGCAACTCCACAAGGCTTTCTCAGGATGGGGTACGAACGAG
AAGCTGATCATATCAATCCTAGCTCACAGGAACGCAGCACAACGCAGCATGATCCGCAGC
GTTTACGCCGCTACTTACAATGAGGATCTCCTCAAGGCCTTAGACAAAGAGCTCTCTAGT
GACTTTGAGAGAGCTGTGATGTTGTGGACGCTTGATCCAGCGGAGAGAGACGCTTACTTG
GCCAAAGAATCCACCAAAATGTTCACCAAGAACAACTGGGTCCTCGTCGAGATCGCTTGC
ACGAGGTCTGCCGTCGAGCTTTTCAAGGTAAAGCAAGCTTACCAAGCTCGTTACAAAAAA
TCCCTCGAGGAAGACGTTGCTCAGCACACATCCGGTGACCTCCGCAAGCTCCTGCTTCCT
CTGGTCAGCACTTTCAGGTACGAAGGAGACGACGTGAACATGATGCTCGCGAGATCC*GA
AGCC*AAGCTGCTTCACGAGAAAGTCTCCGAGAAAGCCTTCAACGACGATGACTTCATCA
GAATCTTGACCACGAGAAGCAAAGCTCAGCTCGGTGCTACTCTCAACCACTACAACAATG
AACATGGTAACTCCATCAACAAGA
CTTGA

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DS 

RD RR3H771TF 754 0 0
G
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AGCTGATCATATCAATTCTAGCACACAGGAACGCAGCACAACGCAGCATGATCCGCAGTG
TTTACGCCGCTACTTACAATGAGGATCTCCTCAAGGCCTTAGACGAAGAGCTCTCTAGTG
ACTTTGAGAGAGCTGTGATGTTGTGGACGCTCGATCCAGCGGAGAGAGACGCCTACTTGG
CCAAAGAATCCACCAAAATGTTCACCAAGAT*AACTGGGTTCTCGTCGAGATCGCTTGCA
CTAGGTCCGCCGTCGAGCTTTTCAAGATAAAGCAAGCTTACCAAGCCCGTTACAAGAAAT
CACTCGAGGAAGACGTTGCTCAGCACACTTCCGGTGACCTCCGCAAGCTCCTGCTTCCTC
TGGTCAGCACTTTCAGGTACGAAGGAGACGACGTCGACATGATGCTCGCGAGATCC*GAA
GCC*AAGCTGCTTCACGAGAAAGTCTCCGAGAAAGCTTTCAACGACAATGACTTCATC*G
AATCTTGACCACGAGAAGCAAAGCTCAGCTCGGTGCTACTCTCAACCACTACAACAATGA
ACATGGTAACTCCATCAACAAGAACTTGAAGGA

QA 2 754 2 754
DS 

RD RR3CE73TF 782 0 0
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AGAAGTCTGATCCGAAA*AA*CAACAATGGCGTCTCTCAAAGTCCCGAGCAATGTCCCTC
TCCCCGAAGATGATGCCGAGCAACTCCACAAGGCTTTCTCAGGATGGGGTACAAACGAGA
AGCTGATCATATCAATTCTAGCACACAGGAACGCAGCACAACGCAGCATGATCCGCAGCG
TTTACGCCGCTACTTACAATGAGGATCTCCTCAAGGCCTTAGACAAAGAGCTCTCTAGTG
ACTTTGAGAGAGCTGTGATGTTGTGGACGCTCGATCCATCGGAGAGAGACGCTTACTTGG
CCAAAGAATCCACCAAAATGTTCACCAAGAACAACTGGGTTCTCGTCGAGATCGCTTGCA
CTAGGTCCGCCGTCGAGCTTTTCAAGATAAAGCAAGCTTACCAAGCCCGTTACAAGAAAT
CACTCGAGGAAGACGTTGCTCAGCACACTTCCTGTGACCTCCGCAAGCTCCTGCTTCCTC
TGGTCAGCACTTTCAGGTACGAAGGAGACGACGTCAACATGATGCTCGCGAGATCC*GAA
GCC*AAGCTGCTTCACGAGAAAGTCTCCGAGAAAGCTTTCAACGACGATGACTTCATCAG
AATCTTGACCACGAGAAGCAAAGCTCAGCTCGGTGCTACTCTCA*CCACTACAC**ATGA
ACATGGTAACTCCATCAC**AGA*CTTGAAGGA**GGTCGGATGATGAT
ACATGAACTACTG

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3AI66TF 191 0 0
TACGA
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AGTCTCCGAGAAAGCCTTCAACGACGATGACTTCATCAGAATCTTGACCACGAGAAGCAA
AGCTCAGCTCGGTGCTACTCTCAACCACTACAACAATGAACATGGTAACTCCATCAACAA
GAACTT

QA 6 191 6 191
DS 

RD RR3G925TF 809 0 0
G
GATCTCATTACAACTAGAAAAATAAAAAAACACAACA*CAGAGAGAGAGATCTCAAAGTT
AGAAGTCTGATCCGAAA*AA*CAACAATGGCGTCTCTCAAAGTCCCGAGCAATGTCCCTC
TCCCCGAAGATGATGCCGAGCAACTCCACAAGGCTTTCTCAGGATGGGGTACAAACGAGA
AGCTGATCATATCAATTCTAGCACACAGGAACGCGGCACAACGCAGCATGATCCGCAGCG
TTTACGCCGCTACTTACAATGAGGATCTCCTCAAGGCCTTAGACAAAGAGCTCTCTAGTG
ACTTTGAGAGAGCTGTGATGTTGTGGACGCTCGATCCAGCGGAGAGAGACGCTTACTTGG
CCAAAGAATCCACCAAAATGTTCACCAAGAACAACTGGGTTCTCGTCGAGATCGCTTGCA
CTAGGTCCGCCGTCGAGCTTTTCAAGATAAAGCAAGCTTACCAAGCCCGTTACAAGAAAT
CACTCGAGGAAGACGTTGCTCAGCACACTTCCGGTGACCTCCGCAAGCTCCTGCTTCCTC
TGGTCAGCACTTTCAGGTACGAAGGAGACGACGTCAACATGATGCTCGCGAGATCC*GAA
GCC*AAGCTGCTTCACGAGAAAGTCTCCGAGAAAGCTTTCAACGACGATGACTTCATCAG
AATCTTGACCACGAGAAGCAAAGCTCAGCTCGGTGCTACTCTCAACCACTACAACAATGA
ACATGGTAACTCCATCAACAAGA*CTTGAAGAA**GTTCGGATGATGATTACATGAAACT
ACTGAGAGCTGCGATCACGTGTTTGACA

QA 2 809 2 809
DS 

RD RR3H414TF 823 0 0
GGATCTCATTACAACG
AAAAAAACACAACAACACAGAGAGAGATCTCAAAGTTAGAAGTCTGATCCCAAAGAAACA
ACAATGGCGTCTCTCAAAGTCCCGAGCAATGTCCCTCTCCCCGAAGATGACGCCGAGCAA
CTCCACAAGGCTTTCTCAGGATGGGGTACGAACGAGAAGCTGATCATATCAATCCTAGCT
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TGGACGCTTGATCCAGCGGAGAGAGACGCTTACTTGGCCAAAGAATCCACCAAAATGTTC
ACCAAGAACAACTGGGTCCTCGTCGAGATCGCTTGCACGAGGTCTGCCGTCGAGCTTTTC
AAGGTAAAGCAAGCTTACCAAGCTCGTTACAAAAAATCCCTCGAGGAAGACGTTGCTCAG
CACACATCCGGTGACCTCCGCAAGCTCCTGCTTCCTCTGGTCAGCACTTTCATGTACGAA
GGAGACGACGTGAACATGATGCTCGCGAGATCC*GAAGCC*AAGCTGCTTCACGAGAAAG
TCTCCGAGAAAGCCTTCAACGACGATGACTTCATCAGAATCTTGACCACGAGAAGCAAAG
CTCAGCTCGGTGCTACTCTCA*CCACTACAACAATGAACATGGTAACTCCATCAACAATA
ACTTGAGGAG**GTTCGGATGATGATTACCTGAA*CTACTGAGAGCTGCGATCACTTGTT
*GACGTACCCTGAGAAGCATTTTGAGA

QA 17 823 17 823
DS 

RD RR3AC05TF 840 0 0
GGATTACAACG
AAAAAAACACAACAACACAGAGAGAGATCTCAAAGTTAGAAGTCTGATCCCAAAGAAACA
ACAATGGCGTCTCTCAAAGTCCCGAGCAATGTTCCTCTCCCCGAAGATGACGCCGAGCAA
CTCCACAAGGCTTTCTCAGGATGGGGTACGAACGAGAAGCTGATCATATCAATCCTAGCT
CACAGGAACGCAGCACAACGCAGCATGATCCGCAACGTTTACGCCGCTACTTACAATGAG
GATCTCCTCAAGGCCTTAGACAAAGAGCTCTCTAGTGACTTTGAGAGAGCTGTGATGTTG
TGGACGCTTGATCCAGCGGAGAGAGACGCTTACTTGGCCAAAGAATCCACCAAAATGTTC
ACCAAGAACAACTGGGTCCTCGTCGAGATCGCTTGCACGAGGTCTGCCGTCGAGCTTTTC
AAGGTAAAGCAAGCTTACCAAGCTCGTTACAAAAAATCCCTCGAGGAAGACGTTGCTCAG
CACACATCCGGTGACCTCCGCAAGCTCCTGCTTCCTCTGGTCAGCACTTTCAGGTACGAA
GGAGACGACGTGAACATGATGCTCGCGAGATCC*GAAGCC*AAGCTGCTTCACGAGAAAG
TCTCCGAGAA*GCCTTCAACGACGATGACTTCATCAGAATCTTGACCACGAGAAGCAAAG
CTCAGCTCGGTGCTACTCTCAACCACTACAACAATGAACATGGTAACTCCATCAACAAGA
ACTTGAAAGAAAGTTCGGATGATGATTACCTGAAACTACTGAGAGCTGCGATCACTTGTT
TGACGTACCCTGAGAAGCATTTTGAGAAG*TGTTGCGTCTAGCCATCAA

QA 12 840 12 840
DS 

RD RR3CK11TF 672 0 0
GG
CAAGGCCTTAGACAAAGAGCTCTCTAGTGACTTTGAGAGAGCTGTGATGTTGTGGACGCT
TGATCCAGCGGAGAGAGACGCTTACTTGGCCAAAGAATCCACCAAAATGTTCACCAAGAA
CAACTGGGTCCTCGTCGAGATCGCTTGCACGAGGTCTGCCGTCGAGCTTTTCAAGGTAAA
GCAAGCTTACCAAGCTCGTTACAAAAAATCCCTCGAGGAAGACGTTGCTCAGCACACATC
CGGTGACCTCCGCAAGCTCCTGCTTCCTCTGGTCAGCACTTTCAGGTACGAAGGAGACGA
CGTGAACATGATGCTCGCGAGATCC*GAAGCC*AAGCTGCTTCACGAGAAAGTCTCCGAG
AAAGCCTTCAACGACGATGACTTCATCAGAATCTTGACCACGAGAAGCAAAGCTCAGCTC
GGTGCTACTCTCAACCACTACAACAATGAACATGGTAACTCCATCAACAAGAACTTGAAG
GAAGGTTCGGATGATGATTACCTGAAACTACTGAGAGCTGCGATCACTTGTTTGACGTAC
CCTGAGAAGCATTTTGAGAAGGTGTTGCGTCTAGCCATCAACAAAATGGGAACCGACGAG
TGGGGACTGACCAGAGTTGTGACTACGAGAACCGAAGTTGACATGGAACGCATCAAAGAG
GAGTATCAGC

QA 3 672 3 672
DS 

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AAGTTGACATGGAACGCATCAAAGGGGAGTATCAGCGTAGGAACAGCGTTCCTTTGGACC
GTGCCGTCGCCAAAGACACTTCTGGTGATTATGAGGACATGCTCGTTGCTCTTTTCGGAC
ATGGAGATGTTTGAATACTTATTCTGTTTTCCCTTTTGGTTTGTTTTGAATAATAAAGAG
TTGTGTGAAACTTGTTCCCGCAAACTA

QA 1 267 1 267
DS 

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*AGAGAGACGCTTACTTGGCCAAAGAATCCACCAAAATGTTCACCAAGAACAACTGGGTC
CTCGTCGAGATCGCTTGCACGAGGTCTGCCGTCGAGCTTTTCAAGGTAAAGCAAGCTTAC
CAAGCTCGTTACAAAAAATCCCTCGAGGAAGACGTTGCTCAGCACACATCCGGTGACCTC
CGCAAGCTCCTGCTTCCTCTGGTCAGCACTTTCAGGTACGAAGGAGACGACGTGAACATG
ATGCTCGCGAGATCC*GAAGCC*AAGCTGCTTCACGAGAAAGTCTCCGAGAAAGCCTTCA
ACGACGATGACTTCATCAGAATCTTGACCACGAGAAGCAAAGCTCAGCTCGGTGCTACTC
TCAACCACTACAACAATGAACATGGTAACTCCATCAACAAGAACTTGAAGGAAGGTTCGG
ATGATGATTACCTGAAACTACTGAGAGCTGCGATCACTTGTTTGACGTACCCTGAGAAGC
ATTTTGAGAAGGTGTTGCGTCTAGCCATCAACAAAATGGGAACCGACGAGTGGGGACTGA
CCAGAGTTGTGACTACGAGAACCGAAGTTGACATGGAACGCATCAAAGAGGAGTATCAGC
GTAGGAACAGCGTTCCTTTGGACCGTGCCGTCGCCAAAGACACTTCTGGTGATTATGAGG
ACATGCTCGTTGCTCTTCTCGGACATGGAGATGTCTGAATACTTATTCTGTTTTCCCTTT
TGGTTTGTTTTGAATAATAAAGAGTTGTGTGAAACTTGTTCCCGCAAACTATGTTTACTT
GAGTGTGTGTTGAATTGAATTAAAAAAACTGTTTTTC
CT

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DS 

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GAGAGACGCTTACTTGGCCAAAGAATCCACCAAAATGTTCACCAAGAACAACTGGGTCCT
CGTCGAGATCGCTTGCACGAGGTCTGCCGTCGAGCTTTTCAAGGTAAAGCAAGCTTACCA
AGCTCGTTACAAAAAATCCCTCGAGGAAGACGTTGCTCAGCACACATCCGGTGACCTCCG
CAAGCTCCTGCTTCCTCTGGTCAGCGCTTTCAGGTACGAAGGAGACGACGTGAACATGAT
GCTCGCGAGATCC*GAAGCC*AAGCTGCTTCACGAGAAAGTCTCCGAGAAAGCCTTCAAC
GACGATGACTTCATCAGAATCTTGACCACGAGAAGCAAAGCTCAGCTCGGTGCTACTCTC
AACCACTACAACAATGAACATGGTAACTCCATCAACAAGAACTTGAAGGAAGGTTCGGAT
GATGATTACCTGAAACTACTGAGAGCTGCGATCACTTGTTTGACGTACCCTGAGAAGCAT
TTTGAGAAGGTGTTGCGTCTAGCCATCAACAAAATGGGAACCGACGAGTGGGGACTGACC
AGAGTTGTGACTACGAGAACCGAAGTTGACATGGAACGCATCAAAGAGGAGTATCAGCGT
AGGAACAGCGTTCCTTTGGACCGTGCCGTCACCAAAGACACTTCTGGTGATTATGAGGAC
ATGCTCGTTGCTCTTCTCGGACATGGAGATGTCTGAATACTTATTCTGTTTTCCCTTTTG
GTTTGTTTTGAATAATTAAGAGTTGTGTGAAACTTGTTCCCGCAAACTATGTTTACTTGA
GTGTGTGTTGAATTGAATTAAAAAAACTGTTTTTCTC

QA 1 877 1 877
DS 

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G
CATCAGAATCTTGACCACGAGAAGCAAAGCTCAGCTCGGTGCTACTCTCAACCACTACAA
CAATGAACATGGTAACTCCATCAACAAGAACTTGAAGGAAGGTTCGGATGATGATTACCT
GAAACTACTGAGAGCTGCGATCACTTGTTTGACGTACCCTGAGAAGCATTTTGAGAAGGT
GTTGCGTCTAGCCATCAACAAAATGGGAACCGACGAGTGGGGACTGACCAGAGTTGTGAC
TACGAGAACCGAAGTTGACATGGAACGCATCAAAGAGGAGTATCAGCGTAGGAACAGCGT
TCCTTTGGACCGTGCCGTCGCCAAAGACACTTCTGGTGATTATGAGGACATGCTCGTTGC
TCTTCTCGGACATGGAGATGTCTGAATACTTATTCTGTTTTCCCTTTTGGTTTGTTTTGA
ATAATAAAGAGTTGTGTGAAACTTGTTCCCGCAAACTATGTTTACTTGAGTGTGTGTTGA
ATTGAATTAAAAAAACTGTTTTTC
TT

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DS 

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AATACTTATTCTGTTTTCCCTTTTGGTTTGTTTTGAATAATAAAGAGTTGTGTGAAACTT
GTTCCCCCAAACTATGTTTACTTGAGTGTGTGTTGAATTGAATTAAAAAAACTGTTTTT
TTT

QA 1 119 1 119
DS 



CO CL6Contig2 885 6 35 U
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ACAAGTTTCACACAACTCTTATTATTATTCAAAACAAACCAAAAGGGAAACAGAATCAGT
ATTATTCAGACATCTCCATGTCCGAAAAGAGCAACGAGCATGTCTTCATAATCACCAGAA
GTGTCTTTGGCGACGGCACGGTCCAAAGGAACGCTGTTCCTACGCTGATACTCCTCTTTG
ATGCGTTCCATGTCAACTTCAGTTCTCGTAGTCACGACTCTGGTTAGTCCCCACTCGTCA
GTTCCCATTTTGTTGATGGCTAGACGCAGAACCTTCTCAAAATGCTTCTCAGGGTATGTC
AAACACGTGATCGCAGCTCTCAGTAGTTTCATGTAATCATCATCCGAACCTTCCTTCAAG
TTCTTGTTGATGGAGTTACCATGTTCATTGTTGTAGTGGTTGAGAGTAGCACCGAGCTGA
GCTTTGCTTCTCGTGGTCAAGATTCTGATGAAGTCATCGTCGTTGAAAGCTTTCTCGGAG
ACTTTCTCGTGAAGCAGCTTGGCTTCGGATCTCGCGAGCATCATGTTGACGTCGTCTCCT
TCGTACCTGAAAGTGCTGACCAGAGGAAGCAGGAGCTTGCGGAGGTCACCGGAAGTGTGC
TGAGCAACGTCTTCCTCGAGTGATTTCTTGTAACGGGCTTGGTAAGCTTGCTTTATCTTG
AAAAGCTCGACGGCGGACCTAGTGCAAGCGATCTCGACGAGAACCCAGTTGTTCTTGGTG
AACATTTTGGTGGATTCTTTGGCCAAGTAAGCGTCTCTCTCCGCTGGATCGAGCGTCCAC
ACATCACAGCTCTCTCAAGTCACTAGAGAGCTCTTTGTCTAGCCT


BQ
10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E326JQ U 1
AF RR3G925JQ U 1
AF RR3CE73JQ U 1
AF RR3CR26JQ U 2
AF RR3FH85JQ U 2
AF RR3DS44JQ U 1
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BS 165 165 RR3CE73JQ
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BS 191 234 RR3G925JQ
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BS 271 275 RR3G925JQ
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BS 277 299 RR3G925JQ
BS 300 300 RR3CE73JQ
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BS 711 879 RR3FH85JQ
BS 880 885 RR3DS44JQ

RD RR3E326JQ 633 0 0
AA
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QA 3 633 3 633
DS 

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DS 

RD RR3CE73JQ 710 0 0
AA
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QA 3 710 3 710
DS 

RD RR3CR26JQ 739 0 0
G
GAAAAACAGATTTTT*GATTCAATTCAACACAC**TCAAGTAAACATAGTTTGCGG*AAC
AAGTTTCACACAACTCTTATTATTATTCAAAACAAACCAAAAGGGAAACAGAATCAGTAT
TATTCAGACATCTCCATGTCCGAAAAGAGCAACGAGCATGTCTTCATAATCACCAGAAGT
GTCTTTGGCGACGGCACGGTCCAAAGGAACGCTGTTCCTACGCTGATACTCCTCTTTGAT
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TCCCATTTTGTTGATGGCTAGACGCAGAACCTTCTCAAAATGCTTCTCAGGGTATGTCAA
ACACGTGATCGCAGCTCTCAGTAGTTTCATGTAATCATCATCCGAACCTTCCTTCAAGTT
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AAGCTCGACGGCGGACCT

QA 2 739 2 739
DS 

RD RR3FH85JQ 878 0 0
A
GAAAAACAGTTTTTTTGATTCAATTCAACACACACTCAAGTAAACATAGTTTGCGGGAAC
AAGTTTCACACAACTCTT**TATTATTCAAAACAAACCAAAAGGGAAACATAATCAGTAC
TATTCAGACATCTCCATGTCCGAGAAGAGCAACAAGCATGTCCTCATAATCACCAGAAGT
GTCTTTGGCGACGGCACGGTCCAAAGGAACGCTGTTCCTACGCTGATACTCCTCTTTGAT
GCGTTCCATGTCAACTTCGGTTCTCGTTGTCACAACTCTGGTTAGTCCCCACTCGTCGGT
TCCCATTTTGTTGATGGCTAGACGCAAAACCTTCTCAAAATGCTTCTCAGGGTATGTCAA
ACACGTGATCGCAGCTCTCAGTAGTTTCATGTAATCATCATCCGAACCTTCCTTCAAGTT
CTTGTTGATGGAGTTACCATGTTCATTGTTGTAGTGGTTGAGAGTAGCACCGAGCTGAGC
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TTTCTCGTGAAGCAGCTTGGCTTCGGATCTCGCGAGCATCATGTTGACGTCGTCTCCTTC
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AGCAACGTCTTCCTCGAGTGATTTCTTGTAACGGGCTTGGTAAGCTTGCTTTATCTTGAA
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ATCACAGCTCTCTCAAGTCACTAGAGAGCTCTTTGTC

QA 2 878 2 878
DS 

RD RR3DS44JQ 885 0 0
AA
GAAAAACAGATTTTT*GATTCAATTCAACACAC**TCAAGTAAACATAGTTTGCGG*AAC
AAGTTTCACACAACTCTTATTATTATTCAAAACAAACCAAAAGGGAAACAGAATCAGTAT
TATTCAGACATCTCCATGTCCGAGAAGAGCAACGAGCATGTCTTCATAATCACCAGAAGT
GTCTTTGGCGACGGCACGGTCCAAAGGAACGCTGTTCCTACGCTGATACTCCTCTTTGAT
GCGTTCCATGTCAACTTCAGTTCTCGTAGTCACGACTCTGGTTAGTCCCCACTCGTCAGT
TCCCATTTTGTTGATGGCTAGACGCAGAACCTTCTCAAAATGCTTCTCAGGGTATGTCAA
ACACGTGATCGCAGCTCTCAGTAGTTTCATGTAATCATCATCCGAACCTTCCTTCAAGTT
CTTGTTGATGGAGTTACCATGTTCATTGTTGTAGTGGTTGAGAGTAGCACCGAGCTGAGC
TTTGCTTCTCGTGGTCAAGATTCTGATGAAGTCATCGTCGTTGAAAGCTTTCTCGGAGAC
TTTCTCGTGAAGCAGCTTGGCTTCGGATCTCGCGAGCATCATGTTGAAGTCGTCTCCTTC
GTACCTGAAAGTGCTGACCAGAGGAAGCAGGAGCTTGCGGAGGTCACCGGAAGTGTGCTG
AGCAACGTCTTCCTCGAGTGATTTCTTGTAACGGGCTTGGTAAGCTTGCTTTATCTTGAA
AAGCTCGACG*CGGACCTAGTGCAAGCGATCTCGACGAGAACCCAGTTGTTCTTGGTGGA
CATTTTGGTGGATTCTTTGGCCAAGTAAGCGTCTCTCTCCGCTGGATCGAGCGTCCACAC
ATCACAGCTCTCTCAAGTCACTAGAGAGCTCTTTGTCTAGCCT

QA 3 885 3 885
DS 



AS 2 21

CO CL7Contig1 223 2 1 U
GGGTTGCTAACTCAACGGTAGAGTACTCGGCTTTTAAGTGCGACTAGCATCTTTTACACA
TTTGTATGAAGAAAAGGATTCGTCCAGATCTGCGGTAGAGTTTGTAAGGCCACGACTGAT
CCTGAAAGGAATGAACGGAAAAAATAGCATGTCGTATCAAGGGAGAATTCAGATACCATT
TTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTCTGATCGGTACAACCTTGTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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QA 1 223 1 223
DS 

RD RR3D152TF 223 0 0
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CCTGAAAGGAATGAACGGAAAAAATAGCATGTCGTATCAAGGGAGAATTCAGATACCATT
TTTTTTTTTTTTTTTTGCTTTTCTGATCGGTACAACCTTGTCG

QA 1 223 1 223
DS 



CO CL7Contig2 1314 19 33 U
TTTTTTTTTGGGGGGGGGGTTGCTAACTCAACGGTAGAGTACTCGGCTTTTAAGTGCGAC
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TAAGACCACGACTGATCCTGAAAGGAATGAACGGAAAAAATAGCATGTCGTATCAAGGGA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 40 40 40 40 45 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
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75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 5 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 15 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 15 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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QA 1 216 1 216
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G
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G
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TCCAATTTGGGTCGAGTGAA
AAAA

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ATTATCAATTTTTTCGTGAGCCCTAATTATTTTTTCCCTAGTTCGTTTGGGTTAGGTTGG
AGATGGATGTGTAAAA*GAAGCAGTATATTGATAAAAAAAATATATATATATATATTTCC
AAAATCAAAAGAGCGATTAGGTTCAAAAA**TAAAGGATTTCTAATCATCTTGTTTTGTT
ATTCTATAATATAACGAACAGAAACCTATTAAAGATAGA

QA 1 639 1 639
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DS 

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DS 

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G
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QA 2 722 2 722
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QA 1 618 1 618
DS 



AS 2 19

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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TTGTTTTGAGTGATCTAATCTTTTACGAAGATGGGTGTTTTTGTCTACTTATTATTGTCC
TGAATTCACACGTCGAATCCAACGTGGCATCTCTCTCCACTGTATGCCAGCTCACTCACA
CTCCCTCCCCTTTATAAATGTCCTCCTCTCTCACTCGTATCCTCCACTGAGTCTAGTGTG
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GTTCATGTGTATGTTGATGATGGTGTGTGTGATTTCCTGTGGTGAAGCAGCTCCAGGAGC
TAAGTTCGAGGATCTTTACCGTTCAAGTTGGGCTATGGATCATTGTGTCAACGACGGAGA
AGTCACGAAACTCAAGCTTGACAATTTCTCTGGAGCTGGGTTCGAGTCGAGGAGCAAGTA
CTTGTTCGGTAAAGTCTCTATCCAGGTTAAGCTCGTGGAGGGTGATTCAGCAGGAACCGT
CACTGCTCTCTACATGTCTTCAGAAGGTTCGAACCACAACGAGTTTGATTTCGAGTTCCT
AGGCAACACAACCGGCGAGCCTTACATAGTCCAAACAAACGTCTACGTGA

QA 1 650 1 650
DS 

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TGTATGTTGATGATGGTGTGCGTGATTTCCTGTGGTGAAGCAGCTCCAGGAGCTAAGTTC
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AAACTCAAGCTTGACAATTTCTCTGGAGCTGGGTTCGAGTCGAGGAGCAAGTACTTGTTC
GGTAAAGTCTCTATCCAGATTAAGCTCGTGGAGGGTGATTCAGCAGGAACCGTCACTGCT
TTCTACATGTCTTCAGAAGGTTCGAACCACAACGAGTTTGATTTCGAGTTCCTAGGCAAC
ACAACCGGCGAGCCTTACATAGTCCAAACAAACGTCTACGTGAACGGAGTTGGAAACAGA
GAGCAAAGACTCAACCTTCGGTTCGATCCCACCACTGAGTTCCACACTTACTCTATCCTC
TGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGATGAGACTCCTATTCGTGTCCACAAGAAC
CTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGATCAAGCGATGGGAGTGTACAGCTCCATT
TGGAATGCAGATGATTGGGCTACAC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3BJ23TF 705 0 0
AGACT
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AAACTCAAGCTTGACAATTTCTCTGGAGCTGGGTTCGAGTCGAGGAGCAAGTACTTGTTC
GGTAAAGTCTCTATCCAGATTAAGCTCGTGGAGGGTGATTCAGCAGGAACCGTCACTGCT
TTCTACATGTCTTCAGAAGGTTCGAACCACAACGAGTTTGATTTCGAGTTCCTAGGCAAC
ACAACCGGCGAGCCTTACATAGTCCAAACAAACGTCTACGTGAACGGAGTTGGAAACAGA
GAGCAAAGACTCAACCTTTGGTTCGATCCCACCACTGAGTTCCACACTTACTCTATCCTC
TGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGATGAGACTCCTATTCGTGTCCACAAGAAC
CTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGATCAAGCGATGGGAGTGTACAGCTCCATT
TGGAATGCAGATGATTGGGCTACACAAGGAGGTCTTGTGAAAACAGATTGGACTCACGCT
CCTTTCATTGCTTCTTACAAAGATTTCAAGATTGATGCTT

QA 6 705 6 705
DS 

RD RR3CU71TF 622 0 0
TTCATGTGTATGTTGATGATGGTGTGTGTGATTTCCTGTGGTGAAGCAGCTCCAGGAGCT
AAGTTCGAGGATCTTTACCGTTCAAGTTGGGCTATGGATCATTGTGTCAACGACGGAGAA
GTCACGAAACTCAAGCTTGACAATTTCTCTGGAGCTGGGTTCGAGTCGAGGAGCAAGTAC
TTGTTCGGTAAAGTCTCTATCCAGATTAAGCTCGTGGAGGGTGATTCAGCAGGAACCGTC
ACTGCTTTCTACATGTCTTCAGAAGGTTCGAACCACAACGAGTTTGATTTCGAGTTCCTA
GGCAACACAACCGGCGAGCCTTACATAGTCCAAACAAACGTCTACGTGAACGGAGTTGGA
AACAGAGAGCAAAGACTCAACCTTTGGTTCGATCCCACCACTGAGTTCCACACTTACTCT
ATCCTCTGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGATGAGACTCCTATTCGTGTCCAC
AAGAACCTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGATCAAGCGATGGGAGTGTACAGC
TCCATTTGGAATGCAGATGATTGGGCTACACAAGGAGGTCTTGTGAAA*CAGATTGGACT
CACGCTCCTTTCATTGCTTCTT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3DU09TF 709 0 0
GTAGAGTGAAAAAAAAGAGTCAAATAAAAAAACAAAATGGTGGGTATGGGTTTGTTCATG
TGTATGTTGATGATGGTGTGTGTGATTTCCTGTGGTGAAGCAGCTCCAGGAGCTAAGTTC
GAGGATCTTTACCGTTCAAGTTGGGCTATGGATCATTGTGTCAACGACGGAGAAGTCACG
AAACTCAAGCTTGACAATTTCTCTGGAGCTGGGTTCGAGTCGAGGAGCAAGTACTTGTTC
GGTAAAGTCTCTATCCAGATTAAGCTCGTGGAGGGTGATTCAGCAGGAACCGTCACTGCT
TTCTACATGTCTTCAGAAGGTTCGAACCACAACGAGTTTGATTTCGAGTTCCTAGGCAAC
ACAACCGGCGAGCCTTACATAGTCCAAACAAACGTCTACGTGAACGGAGTTGGAAACAGA
GAGCAAAGACTCAACCTTTGGTTCGATCCCACCACTGAGTTCCACACTTACTCTATCCTC
TGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGATGAGACTCCTATTCGTGTCCACAAGAAC
CTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGATCAAGCGATGGGAGTGTACAGCTCCATT
TGGAATGCAGATGATTGGGCTACACAAG*AGGTCTTGTGAAAACAGATTGGACTCACGCT
CCTTTCATTGCTTCTTACAAAGATTTCAAGATTGATGCTTGTGAGGT
CC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3AA44TF 854 0 0
GTAGAGTAAAAAAAAAGAGTCAAATAAAAAAACAAAATGGTGGGTATGGGTTTGTTCATG
TGTATGTTGATGATGGTGTGTGTGATTTCCTGTGGTGAAGCAGCTCCAGGAGCTAAGTTC
GAGGATCTTTACCGTTCAAGTTGGGCTATGGATCATTGTGTCAACGACGGAGAAGTCACG
AAACTCAAGCTTGACAATTTCTCTGGAGCTGGGTTCGAGTCGAGGAGCAAGTACTTGTTC
GGTAAAGTCTCTATCCAGATTAAGCTCGTGGAGGGTGATTCAGCAGGAACCGTCACTGCT
TTCTACATGTCTTCAGAAGGTTCGAACCACAACGAGTTTGATTTCGAGTTCCTAGGCAAC
GCAACCGGCGAGCCTTACATAGTCCAAACAAACGTCTACGTGAACGGAGTTGGAAACAGA
GAGCAAAGACTCAACCTTTGGTTCGATCCCACCACTGAGTTCCACACTTACTCTATCCTC
TGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGATGAGACTCCTATTCGTGTCCACAAGAAC
CTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGATCAAGCGATGGGAGTGTACAGCTCCATT
TGGAATGCAGATGATTGGGCTACACAAGGAGGTCTTGTGAAAACAGATTGGACTCACGCT
CCTTTCATTGCTTCTTACAAAGATTTCAAGATTGATGCTTGCGAGGTTCCGACAACAACT
GACCTAAGCAAGTGTAGTGGAGAAGATCAGAGATTCTGGTGGGATGAGCCGACTGTGTCT
GAGCTTAGCCTTCATCAGAATCATCAGCTTATTTGGGTTCGAGCTAACCATATGATCTAT
GACTATTGCTATGA

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR3FN06TF 715 0 0
G
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CAGATTAAGCTCGTGGAGGGTGATTCAGCAGGAACCGTCACTGCTTTCTACATGTCTTCA
GAAGGTTCGAACCACAACGAGTTTGATTTCGAGTTCCTAGGCAACACAACCGGCGAGCCT
TACATAGTCCAAACAAACGTCTACGTGAACGGAGTTGGAAACAGAGAGCAAAGACTCAAC
CTTTGGTTCGATCCCACCACTGAGTTCCACACTTACTCTATCCTCTGGAGTAAACGCAGT
GTTGTGTTTATGGTGGATGAGACTCCTATTCGTGTCCACAAGAACCTTGAAGATAAAGGC
ATCCCATTTGCTAAAGATCAAGCGATGGGAGTGTACAGCTCCATTTGGAATGCAGATGAT
TGGGCTACACAAGGAGGTCTTGTGAAAACAGATTGGACTCACGCTCCTTTCATTGCTTCT
TACAAAGATTTCAAGATTGATGCTTGCGAGGTTCCGACAACAACTGACCTAAGCAAGTGT
AGTGGAGAAGATCAGAGATTCTGGTGGGATGAGCCGACTGTGTCTGAGCTTAGCCTTCAT
CAGAATCATCAGCTTATTTGGGTTCGAGCTAACCATATGATCTATGACTATTGCTATGAT
GCTGCGAGGTTTCCTGTTACTCCTCTTGAGTGCCAACACCATCGCCATTTGTAG

QA 2 715 2 715
DS 

RD RR3FN06JQ 533 0 0
TCTGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGATGAGACTCCTATTCGTGTCCACAAGA
ACCTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGATCAAGCGATGGGAGTGTACAGCTCCA
TTTGGAATGCAGATGATTGGGCTACACAAGGAGGTCTTGTGAAAACAGATTGGACTCACG
CTCCTTTCATTGCTTCTTACAAAGATTTCAAGATTGATGCTTGCGAGGTTCCGACAACAA
CTGACCTAAGCAAGTGTAGTGGAGAAGATCAGAGATTCTGGTGGGATGAGCCGACTGTGT
CTGAGCTTAGCCTTCATCAGAATCATCAGCTTATTTGGGTTCGAGCTAACCATATGATCT
ATGACTATTGCTATGATGCTGCGAGGTTTCCTGTTACTCCTCTTGAGTGCCAACACCATC
GCCATTTGTAGTCCAAAGTTGATCTTCTGTTTAACTTGGGCAACAAGTTGTTGTTGTCAA
GAGTACATGTGGCTCCTTGATGATTCTGTTTATGTACAAATAATCAAATTATC

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR3D957JQ 713 0 0
TTTCTACATGTCTTCAGAAGGTTCGAACCACAACGAGTTTGATTTCGAGTTCCTAGGCAA
CACAACCGGCGAGCCTTACATAGTCCAAACAAACGTCTACGTGAACGGAGTTGGAAACAG
AGAGCAAAGACTCAACCTTCGGTTCGATCCCACCACTGAGTTCCACACTTACTCTATCCT
CTGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGATGAGACTCCTATTCGTGTCCACAAGAA
CCTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGATCAAGCGATGGGAGTGTACAGCTCCAT
TTGGAATGCAGATGATTGGGCTACACAAGGAGGTCTTGTGAAAACAGATTGGACTCACGC
TCCTTTCATTGCTTCTTACAAAGATTTCAAGATTGATGCTTGCGAGGTTCCGACAACAAC
TGACCTAAGCAAGTGTAGTGGAGAAGATCAGAGATTCTGGTGGGATGAGCCGACTGTGTC
TGAGCTTAGCCTTCATCAGAATCATCAGCTTATTTGGGTTCGAGCTAACCATATGATCTA
TGACTATTGCTATGATGCTGCGAGGTTTCCTGTTACTCCTCTTGAGTGCCAACACCATCG
CCATTTGTAGTCCAAAGTTGATCTTCTGTTTAACTTGGGCAACAAGTTGTTGTTGTCAAG
AGTACATGTGGCTCCTTGATGATTCTGTTTATGTATAAATAATCAAATTATCT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3AA44JQ 888 0 0
AGTCACGAAACTCAAGCTTGACAATTTCTCTGGAGCTGGGTTCGAGTCGAGGAGCAAGTA
CTTGTTCGGTAAAGTCTCTATCCAGATTAAGCTCGTGGAGGGTGATTCAGCAGGAACCGT
CACTGCTTTCTACATGTCTTCAGAAGGTTCGAACCACAACGAGTTTGATTTCGAGTTCCT
AGGCAACGCAACCGGCGAGCCTTACATAGTCCAAACAAACGTCTACGTGAACGGAGTTGG
AAACAGAGAGCAAAGACTCAACCTTTGGTTCGATCCCACCACTGAGTTCCACACTTACTC
TATCCTCTGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGATGAGACTCCTATTCGTGTCCA
CAAGAACCTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGATCAAGCGATGGGAGTGTACAG
CTCCATTTGGAATGCAGATGATTGGGCTACACAAGGAGGTCTTGTGAAAACAGATTGGAC
TCACGCTCCTTTCATTGCTTCTTACAAAGATTTCAAGATTGATGCTTGCGAGGTTCCGAC
AACAACTGACCTAAGCAAGTGTAGTGGAGAAGATCAGAGATTCTGGTGGGATGAGCCGAC
TGTGTCTGAGCTTAGCCTTCATCAGAATCATCAGCTTATTTGGGTTCGAGCTAACCATAT
GATCTATGACTATTGCTATGATGCTGCGAGGTTTCCTGTTACTCCTCTTGAGTGCCAACA
CCATCGCCATTTGTAGTCCAAAGTTGATCTTCTGTTTAACTTGGGCAACAAGTTGTTGTT
GTCAAGAGTACATGTGGCTCCTTGATGATTCTGTTTATGTATAAATAATCAAATTATCTA
TTGATTTTGTTGAATTTAGTTTTGGTTTTAAATAGAAAATGCGATATT

QA 1 888 1 888
DS 

RD RR3GZ84JQ 574 0 0
G
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TGAGACTCCTATTCGTGTCCACAAGAACCTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGA
TCAAGCGATGGGAGTGTACAGCTCCATTTGGAATGCAGATGATTGGGCTACACAAGGAGG
TCTTGTGAAAACAGATTGGACTCACGCTCCTTTCATTGCTTCTTACAAAGATTTCAAGAT
TGATGCTTGCGAGGTTCCGACAACAACTGACCTAAGCAAGTGTAGTGGAGAAGATCAGAG
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TTGGGTTCGAGCTAACCATATGATCTATGACTATTGCTATGATGCTGCGAGGTTTCCTGT
TACTCCTCTTGAGTGCCAACACCATCGCCATTTGTAGTCCAAAGTTGATCTTCTGTTTAA
CTTGGGCAGCAAGTTGTTGTTGTCAAGAGTACATGTGGCTCCTTGATGATTCTGTTTATG
TATAAATAATCAAATTATCTATTGATTTTGTTG

QA 2 574 2 574
DS 

RD RR3GZ84TF 574 0 0
G
CACTGAGTTCCACACTTACTCTATCCTCTGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGA
TGAGACTCCTATTCGTGTCCACAAGAACCTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGA
TCAAGCGATGGGAGTGTACAGCTCCATTTGGAATGCAGATGATTGGGCTACACAAGGAGG
TCTTGTGAAAACAGATTGGACTCACGCTCCTTTCATTGCTTCTTACAAAGATTTCAAGAT
TGATGCTTGCGAGGTTCCGACAACAACTGACCTAAGCAAGTGTAGTGGAGAAGATCAGAG
ATTCTGGTGGGATGAGCCGACTGTGTCTGAGCTTAGCCTTCATCAGAATCATCAGCTTAT
TTGGGTTCGAGCTAACCATATGATCTATGACTATTGCTATGATGCTGCGAGGTTTCCTGT
TACTCCTCTTGAGTGCCAACACCATCGCCATTTGTAGTCCAAAGTTGATCTTCTGTTTAA
CTTGGGCAGCAAGTTGTTGTTGTCAAGAGTACATGTGGCTCCTTGATGATTCTGTTTATG
TATAAATAATCAAATTATCTATTGATTTTGTTG

QA 2 574 2 574
DS 

RD RR3A909JQ 835 0 0
CTCTGGAGCTGGGTTCGAGTCGAGGAGCAAGTACTTGTTCGGTAAAGTCTCTATCCAGGT
TAAGCTCGTGGAGGGTGATTCAGCAGGAACCGTCACTGCTCTCTACATGTCTTCAGAAGG
TTCGAACCACAACGAGTTTGATTTCGAGTTCCTAGGCAACACAACCGGCGAGCCTTACAT
AGTCCAAACAAACGTCTACGTGAACGGAGTTGGAAACAGAGAGCAAAGACTCAACCTTTG
GTTCGATCCCACCACTGAGTTCCACACTTACTCTATC*TCTGGAGTAAACGCAGTGTTGT
GTTTATGGTGGATGAGACTCCTATTCGTGTCCACAAGAACCTAGAAGATAAAGGCATCCC
ATTTGCTAAAGATCAAGCGATGGGAGTGTACAGCTCCATTTGGAATGCAGATGATTGGGC
TACACAAGGAGGTCTTGTGAAAACAGATTGGACTCACGCTCCTTTCATTGCTTCTTACAA
AGATTTCAAGATTGATGCTTGTGAGGTTCCGACAACAACTGACCTAAGCAAGTGTAGTGG
AGAAGGTCAGAGATTCTGGTGGGATGAGCCGACTGTGTCTGAGCTTAGCCTTCATCAGAA
TCATCAGCTTATTTGGGTTCGAGCTAACCATATGATCTATGACTATTGCTATGATGCTGC
GAGGTTTCCTGTTACTCCTCTTGAGTGCCAACACCACCGCCATTTGTAGTCCAAAGTTGA
TCTTCTGTTTAACTTGGGCAACAAGTTGTTGTTGTCAAGAGTACATGTGGCTCCTTGATG
ATTCTGTTTATGTATAAATAATCAAATTATCTATTGATTTTGTTGAATTTA
AAAC

QA 1 831 1 831
DS 

RD RR3BJ23JQ 848 0 0
CACGAAACTCAAGCTTGACAATTTCTCTGGAGCTGGGTTCGAGTCGAGGAGCAAGTACTT
GTTCGGTAAAGTCTCTATCCAGATTAAGCTCGTGGAGGGTGATTCAGCAGGAACCGTCAC
TGCTTTCTACATGTCTTCAGAAGGTTCGAACCACAACGAGTTTGATTTCGAGTTCCTAGG
CAACACAACCGGCGAGCCTTACATAGTCCAAACAAACGTCTACGTGAACGGAGTTGGAAA
CAGAGAGCAAAGACTCAACCTTTGGTTCGATCCCACCACTGAGTTCCACACTTACTCTAT
CCTTTGGAGTAAACGCAGTGTTGTGTTTATGGTGGATGAGACTCCTATTCGTGTCCACAA
GAACCTTGAAGATAAAGGCATCCCATTTGCTAAAGATCAAGCGATGGGAGTGTACAGCTC
CATTTGGAATGCAGATGATTGGGCTACACAAGGAGGTCTTGTGAAAACAGATTGGACTCA
CGCTCCTTTCATTGCTTCTTACAAAGATTTCAAGATTGATGCTTGCGAGGTTCCGACAAC
AACTGACCTAAGCAAGTGTAGTGGAGAAGATCAGAGATTCTGGTGGGATGAGCCGACTGT
GTTTGAGCTTAGCCTTCATCAGAATCATCAGCTTATTTGGGTTCGAGCTAACCATATGAT
CTATGACTATTGCTATGATGCTGCGAGGTTTCCTGTTACTCCTCTTGAGTGCCAACACCA
TCGCCATTTGTAGTCCAAAGTTGATCTTCTGTTTAACTTGGGCAACAAGTTGTTGTTGTC
AAGAGTACATGTGGCTCCTTGATGATTCTGTTTATGTATAAATAATCAAATTATCTATTG
ATTTTGT
G

QA 1 847 1 847
DS 



CO CL8Contig2 1032 5 12 U
CAATAGATAATTGATTATTTATACATAAAACAGAATCATCAAAGAGCTACAACATGTTAT
CTTTGATCACAACAACTTCATGACTAAGTTAAAACACAAAGATGAACTTTTAAGACTACA
AATGGCGATGGTGTTGGCACTCAAGAGGAGTAACAGGAAACCTCGCAGCATCAAAACAAT
AATCATAAATTATATGGTTAGCTCTAACCCAAATAAGCTGGTGATTCTGATGAAGACTCA
ACTCAGACACAGTTGGCTCATCCCACCAGAATCTCTGGTCTTCTCCATTACACTTGCTTA
GATCAGTTGTCGTCGGAACCTCACAAGCATCAATCTTGAAATCTTTGTAAGAAGCAATGA
AAGGAGCGTGACTCCAATCTGTTTTCACAAGACCTCCTTGGGTTGCCCAGTCATCTGCAT
TCCAAATCGAACTGTACACTCCCATGGCTTGGTCTTTAGCAAATGGGATGCCTTTATCTT
CAAGATTCTTGTGGACACGAATAGGAGTCTCATCTACCATAAATACAACACTGCGTTTAC
TCCAGAGGATAGAGTAAGTGTGAAACTCAGTGGTGGGATCGAACCAAAGGTTGAGTCTTT
GCTCTCTGTTTCCAACTCCGTTCACATAAACGTTTGTCTGGACTATGTAAGGCTCACCCG
TTGTGTTACCTAAGAACTCGAAGTCAAACTCATTGTGGTTCGAACCTTCTGAAGACATGT
AGAAAGCAGTGACGGTTCCTGCTGAGTCACCCTCGACGAGCTTAATCTGGATAGAGACTT
TACCAAACAAGTACTTGCCTATCGACTCAAACCCAGCTCCAGAGGAGTTGTCAAGCTTGA
GTTTTGTGACTTCCCCATCGTTGATACAATGGTCCATAGCCCAGCTCGAGCGGTAAAGTT
CCTCGAACTTAGCTCCTGGAGCAGCTTCCCCACAAGAAATCACACACACCGCAATCATCA
TACACATGAACCAACCCATTCCCACCATTTTTTTTAAATATTCACTCTACAGTCTCACAC
ACTTTGACTCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AR05JQ U 1
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AF RR3AR05TF C 323
AF RR3CQ95TF C 403
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TCCAGAGGATAGAGTAAGTGTGAAACTCAGTGGTGGGATCGAACCAAAGGTTGAGTCTTT
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DS 

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CATCCACCATAAACACAACACTGCGTTCACTCCAGAGGATAGAGTAAGTGTGGAACTCAG
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CGTTGTGGTTCGAACCTTCTGAAGACATGTAGAAAGCAGTGACGGTTCCTGCTGAGTCAC
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AATGGCGATGGTGTTGGCACTCAAGAGGAGTAACAGGAAACCTCGCAGCATCAAAACAAT
AATCATAAATTATATGGTTAGCTCTAACCCAAATAAGCTGGTGATTCTGATGAAGACTCA
ACTCAGACACAGTTGGCTCATCCCACCAGAATCTCTGGTCTTCTCCATTACACTTGCTTA
GATCAGTTGTCGTCGGAACCTCACAAGCATCAATCTTGAAATCTTTGTAAGAAGCAATGA
AAGGAGCGTGACTCCAATCTGTTTTCACAAGACCTCCTTGGGTTGCCCAGTCATCTGCAT
TCCAAATCGAACTGTACACTCCCATGGCTTGGTCTTTAGCAAATGGGATGCCTTTATCTT
CAAGATTCTTGTGGACACGAATAGGAGTCTCATCTACCATAAATACAACACTGCGTTTAC
TCCAGAGGATAGAGTAAGTGTGAAACTCAGTGGTGGGATCGAACCAAAGGTTGAGTCTTT
GCTCTCTGTTTCCAACTCCGTTCACATAAACGTTTGTCTGGACTATGTAAGGCTCACCCG
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DS 

RD RR3AR05TF 706 0 0
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TCC

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DS 

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ATACAACACTGCGTTTACTCCAGAGGATAGAGTAAGTGTGAAACTCAGTGGTGGGATCGA
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CACACACCGCAATCATCATACACATGAACCAACCCATTCCCACCATTTTTTTTAAATATT
CACTCTACAGTCTCACACACTTTGACTCCC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 3 18

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GTTATCTACGACGTGGAAGGGAAGGCATACCAGAATGTCTTCTACAATGGAACCATTGAG
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GCTCTCCTCCTCCTCCTCGGTCTATGGGCATACAGCCAAGTTCAGCGTCTCACTAAGAAA
ACCAAAAAGGTGTCAAAGGTGGAAGTAGGAACAAGGTCTGTCGACGCATCACCGGACGAG
TGGCTCGAGGGAACTCATTTGGCCAAGACATTGTCTGGGAAATCAAAGAGCAAGAAGAAC
TAAAAGAGAGCCTTTTTGGCTCCTTTACAGCTTATAGACTTCAGCTTTTGGCGTTTTTAA
AGAGTTTTAAGTTTGTCTTTGAGGAAGTTTTAGGGTTACGTTACCTCTTTTTTGTTCATG
CATTGCATACGTTACCTCTTTTTTGGCTCATTCATGCATTTTTTGTTCATGCAAAAGAAA
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TTTTGC


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 10 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH40TF U 1
AF RR3AD80TF U 1
AF RR3B841TF U 1
AF RR3AH39TF U 1
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RD RR3GH40TF 729 0 0
TT
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GAAGATGAAGATGAATGTTAGGGTTTTGTTTCTGGCTCTCCTTCTCCTCGCATCTCCTCT
GCTCCAAGTTGCTAGATGTCAAGTGGACGATGATCATTCCAGCATTGTTGACGATGTTGT
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TGTGATGGGAATTAGGGCCAGCGTTCATCTTCCTTATGATCATAAGTTGTTGGTTCAGAA
TCTTACCGTCCTGAGAATCAACAATGCCTCCATCCCATATTCAGTTCAAGCAACATTCTC
CTACGTCTTTGCTGTCAGCCAGTACCTACAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTTATGT
TATCTACGACGTGGAAGGGAAGGCATACCAGAATGTCTTCTACAATGGAACCATTGAGGT
GGTTGAATCTGGAGGTCTTCTCAGCGGTGAGTCTGTCTTCCTTATAACACTTGGGATTGC
TCTCCTCCTCCTCCTCGGTCTATGGGCATACAGCCAAGTTCAGCGTCTCACTA
GAAACCAAAAGTGT

QA 3 715 3 715
DS 

RD RR3AD80TF 725 0 0
GGGTGAAAAAAATCTCCGTTGACCCGAGCGAAACAAGAAAAAAAAAGAGAGGCGAAGAAG
AAGAAGATGAAGATGAATGCTAGGGTTTTGTTTCTGGCTCTCCTTCTCCTCGCATCTCCT
CTGCTCCAAGTTGCTAGATGTCAAGTGGACGATGATCATTCCAGCATTGTTGACGATGTT
GTTGGAGAACACAGTGATTCGGGTGCTGAGGAAGATGACCAGGACTTGGATCTTAACTTG
ACCTCAGCTCCAGGAGTTGAGACTGTCTCTGTTTTCCCCCAAAACAGTGGCAGATTGGTT
ATAGCTGGAGAAGATACTGAGCTCGTTGTTGCTCTCAGAAATGATGGGAAATCTAGAGTT
GGTGTGATGGGAATTAGGGCCAGCGTCCATCTTCCTTATGATCATAAGATGTTGGTTCAG
AATCTTACCGTGCTGAGAATCAACAATGCCTCCATCCCATTTTCTGTTCAAGCTACATTC
TCCTACGTCTTTGCAGTCAGCCAGTACCTGCAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTTAT
GTCATCTACGACGTGGAAGGCAAGGCATACCAGAATGTCTTCTACAATGGAACCATTGAG
GTGGTTGAATCTGGAGGTCTTCTCAGCGGTGAGTCAGTCTTCCTTATCACACTTGGGATT
GCTCTCCTCCTCCTCCTCGGTCTATGGGCATACAGCCAAGTTCAGCGTCTCACTAAGAAA
ACCAA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3B841TF 724 0 0
GG
GTGAAAAAAATCTCCGTTGACCTGAGCGAAACAAGAAAAAAAA*GAGAGGCGAAGAAGAA
GAAGATGAAGATGAATGTTAGGGTTTTGTTTCTGGCTCTCCTTCTCCTCGCATCTCCTCT
GCTCCAAGTTGCTAGATGTCAAGTGGACGATGATCATTCCAGCATTGTTGTCGATGTTGT
GGGAGAACACAGTGATTCTGGTGCCGAGGAAGATGACCAGGACTTGGATCTCAACTTGAC
CTCAGCTCCAGGAGTTGAGACTGTCTCTGTTTTCCCCCATAACAGTGGTAGATTGGTTAT
AGCTGGAGAAGATACTGAGCTCATTGTTGCTCTCAGGAATGATGGGAAATCTAGAGTTGG
TGTGATGGGAATTAGGGCCAGCGTTCATCTTCCTTATGATCATAAGTTGTTGGTTCAGAA
TCTTACCGTCCTGAGAATCAACAATGCCTCCATCCCATATTCAGTTCAAGCAACATTCTC
CTACGTCTTTGCTGTCAGCCAGTACCTACAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTTATGT
TATCTACGACGTGGAAGGGAAGGCATACCAGAATGTCTTCTACAATGGAACCATTGAGGT
GGTTGAATCTGGAGGTCTTCTCAGCGGTGAGTCTGTCTTCCTTATAACACTTGGGATTGC
TCTCCTCCTCCTCCTCGGTCTATGGGCATACAGCCAAGTTCAGCGTCTCACTAAGAAAAC
CA

QA 3 724 3 724
DS 

RD RR3AH39TF 815 0 0
GG
GTGAAAAAAATCTCCGTTGACCTGAGCGAAACAAGAAAAAAAAAGAGAGGCGAAGAAGAA
GAAGATGAAGATGAATGTTAGGGTTTTGTTTCTGGCTCTCCTTCTCCTCGCATCTCCTCT
GCTCCAAGTTGCTAGATGTCAAGTGGACGATGATCATTCCAACATTGTTGACGATGTTGT
GGGAGAACACAGTGATTCTGGTGCCGAGGAAGATGACCAGGACTTGGATCTCAACTTGAC
CTCAGCTCCAGGAGTTGAGACTGTCTCTGTTTTCCCCCATAACAGTGGTAGATTGGTTAT
AGCTGGAGAAGATACTGAGCTCATTGTTGCTCTCAGGAATGATGGGAAATCTAGAGTTGG
TGTGATGGGAATTAGGGCCAGCGTTCATCTTCCTTATGATCATAAGTTGTTGGTTCAGAA
TCTTACCGTCCTGAGAATCAACAATGCCTCCATCCCATATTCAGTTCAAGCAACATTCTC
CTACGTCTTTGCTGTCAGCCAGTACCTACAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTTATGT
TATCTACGACGTGGAAGGGAAGGCATACCAGAATGTCTTCTACAATGGAACCATTGAGGT
GGTTGAATCTGGAGGTCTTCTCAGCGGTGAGTCTGTCTTCCTTATAACACTTGGGATTGC
TCTCCTCCTCCTCCTCGGTCTATGGGCATACAGCCAAGTTCAGCGTCTCACTAAGAAAAC
CAAAAAG*TGTCAAAGGTGGAAGTAGGAACAAG*TCTGTCGACGCATCACCGGACGAGTG
GCTCGAGGGAACTCATTTGGCCAAGACATTGTC

QA 3 815 3 815
DS 

RD RR3GH40JQ 785 0 0
AACACAGTGATTCTGGTGCCGAGGAAGATGACCAGGACTTGGATCTCAACTTGACCTCAG
CTCCAGGAGTTGGGACTGTCTCTGTTTTCCCCCATAACAGTGGTAGATTGGTTATAGCTG
GAGAAGATACTGAGCTCATTGTTGCTCTCAGGAATGATGGGAAATCTAGGGTTGGTGTGA
TGGGAATTAGGGCCAGCGTTCATCTTCCTTATGATCATAAGTTGTTGGTTCAGAATCTTA
CCGTCCTGAGAATCAACAATGCCTCCATCCCATATTCAGTTCAAGCAACATTCTCCTACG
TCTTTGCTGTCAGCCAGTACCTACAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTTATGTTATCT
ACGACGTGGAAGGGAAGGCATACCAGAATGTCTTCTACAATGGAACCATTGAGGTGGTTG
AATCTGGAGGTCTTCTCAGCGGTGAGTCTGTCTTCCTTATAACACTTGGGATTGCTCTCC
TCCTCCTCCTCGGTCTATGGGCATACAGCCAAGTTCAGCGTCTCACTAAGAAAACCAAAA
AGGTGTCAAAGGTGGAAGTAGGAACAAGGTCTGTCGACGCATCACTGGACGAGTGGCTCG
AGGGAACTCATTTGGCCAAGACATTGTCTGGGAAATCAAAGAGCAAGAAGAACTAAAAGA
GAGCCTTTTTGGCTCCTTTACAGCTTATAGACTTCAGCTTTTGGCGTTTTTAAAGAGTTT
TAAGTTTGTCTTTGAGGAAGTTTTAGGGTTACGTTACCTCTTTTTTGTTCATGCATTG
CATACGT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3AH39JQ 793 0 0
TCCAGGAGTTGAGACTGTCTCTGTTTTCCCCCATAACAGTGGTAGATTGGTTATAGCTGG
AGAAGATACTGAGCTCATTGTTGCTCTCAGGAATGATGGGAAATCTAGAGTTGGTGTGAT
GGGAATTAGGGCCAGCGTTCATCTTCCTTATGATCATAAGTTGTTGGTTCAGAATCTTAC
CGTCCTGAGAATCAACAATGCCTCCATCCCATATTCAGTTCAAGCAACATTCTCCTACGT
CTTTGCTGTCAGCCAGTACCTACAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTTATGTTATCTA
CGACGTGGAAGGGAAGGCATACCAGAATGTCTTCTACAATGGAACCATTGAGGTGGTTGA
ATCTGGAGGTCTTTTCAGCGGTGAGTCTGTCTTCCTTATAACACTTGGGATTGCTCTCCT
CCTCCTCCTCGGTCTATGGGCATACAGCCAAGTTCAGCGTCTCACTAAGAAAACCAAAAA
GGTGTCAAAGGTGGAAGTAGGAACAAGGTCTGTCGACGCATCACCGGACGAGTGGCTCGA
GGGAACTCATTTGGCCAAGACATTGTCTGGGAAATCAAAGAGCAAGAAGAACTAAAAGAG
AGCCTTTTTGGCTCCTTTACAGCTTATAGACTTCAGCTTTTGGCGTTTTTAAAGAGTTTT
AAGTTTGTCTTTGAGGAAGTTTTAGGGTTACGTTACCTCTTTTTTGTTCATGCATTGCAT
ACGTTACCTCTTTTTTGGCTCATTCATGCATTTTTTGTTCATGCAAAAGAAAATAGAACA
AAACACCATTAAC

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3B841JQ 835 0 0
AGGAGTTGAGACTGTCTCTGTTTTCCCCCATAACAGTGGTAGATTGGTTATAGCTGGAGA
AGATACTGAGCTCATTGTTGCTCTCAGGAATGATGGGAAATCTAGAGTTGGTGTGATGGG
AATTAGGGCCAGCGTTCATCTTCCTTATGATCATAAGTTGTTGGTTCAGAATCTTACCGT
CCTGAGAATCAACAATGCCTCCATCCCATATTCAGTTCAAGCAACATTCTCCTACGTCTT
TGCTGTCAGCCAGTACCTACAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTTATGTTATCTACGA
CGTGGAAGGGAAGGCATACCAGAATGTCTTCTACAATGGAACCATTGAGGTGGTTGAATC
TGGAGGTCTTTTCAGCGGTGAGTCTGTCTTCCTTATAACACTTGGGATTGCTCTCCTCCT
CCTCCTCGGTCTATGGGCATACAGCCAAGTTCAGCGTCTCACTAAGAAAACCAAAAAGGT
GTCAAAGGTGGAAGTAGGAACAAGGTCTGTCGACGCATCACTGGACGAGTGGCTCGAGGG
AACTCATTTGGCCAAGACATTGTCTGGGAAATCAAAGAGCAAGAAGAACTAAAAGAGAGC
CCTTTTGGCTCCTTTACAGCTTATAGACTTCAGCTTTTGGCGTTTTTAAAGAGTTTTAAG
TTTGTCTTTGAGGAAGTTTTAGGGTTACGTTACCTCTTTTTTGTTCATGCATTGCATACG
TTACCTCTTTTTTGGCTCATTCATGCATTTTTTGTTCATGCAAAAGAAAATAGAACAAAA
CAACATTAACAAGAGGTTTTGAACAAAAAAAACAACATTAACAAGAGGATTTTGC

QA 1 835 1 835
DS 



CO CL9Contig2 525 3 14 U
GCCAGTACCTGCAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTTATATCATCTACGACGTGGAGG
GGAAGGCACACCAGAGTGTCTTCTACAATGGGACCATTGAGGTAGTTGAATCTGGAGGTC
TTCTCAGCGGTGAGTCTGTCTTCCTCGTAACACTTGGGATTGCTCTCCTCCTCCTCCTCG
GTCTATGGGCATACAGCCAAGTGCAGCGTCTCACTAAGAAAACCAAAAAGGTGTCCAAGG
TGGAAGTAGGAACCAGGTCTACCGACGCATTAATGGACGAGTGGCTCGAGGGAACTCATT
TGGCCAAGACATTGTCTGGGAAATCAAAGAGCAAGAAGAACTAAGAACAAAACTTATTTG
CTCCTTGCAGTTTTTAGAGACTCGGCTTGTTTTAGCGTTTTGAAAGAGTTTACAAGTTCT
AAAGTTGAGTCTTGAGGAACTTTAGGGTTTATAAGGGTTACTTTCCTCTTTTTTTTTTTG
TTCATGCATTTGTGCACTTTTTAGACAATCTTATTACTCTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3BC95TF U 1
AF RR3FW75TF U 16
AF RR3FW75JQ C 153
BS 1 196 RR3BC95TF
BS 197 197 RR3FW75TF
BS 198 270 RR3BC95TF
BS 271 271 RR3FW75TF
BS 272 418 RR3BC95TF
BS 419 419 RR3FW75TF
BS 420 454 RR3BC95TF
BS 455 455 RR3FW75TF
BS 456 477 RR3BC95TF
BS 478 479 RR3FW75TF
BS 480 494 RR3BC95TF
BS 495 495 RR3FW75TF
BS 496 523 RR3BC95TF
BS 524 525 RR3FW75JQ

RD RR3BC95TF 523 0 0
GCCAGTACCTGCAGCCTGGAGCATTTGATCTGGTGGGTTATATCATCTACGACGTGGAGG
GGAAGGCACACCAGAGTGTCTTCTACAATGGGACCATTGAGGTAGTTGAATCTGGAGGTC
TTCTCAGCGGTGAGTCTGTCTTCCTCGTAACACTTGGGATTGCTCTCCTCCTCCTCCTCG
GTCTATGGGCATACAGTCAAGTGCAGCGTCTCACTAAGAAAACCAAAAAGGTGTCCAAGG
TGGAAGTAGGAACCAGGTCTACCGACGCATCAATGGACGAGTGGCTCGAGGGAACTCATT
TGGCCAAGACATTGTCTGGGAAATCAAAGAGCAAGAAGAACTAAGAACAAAACTTATTTG
CTCCTTGCAGTTTTTAGAGACTCGGCTTGTTTTAGCGTTTTGAAAGAGTTTACAAGTTTT
AAAGTTGAGTCTTGAGGAACTTTAGGGTTTATAAAGGTTACTTTCCTCTTTTTTTTT**G
TTCATGCATTTGTGTACTTTTTAGACAATCTTATTACTCTTCC

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR3FW75TF 510 0 0
G
TGGAGCATTTGATCTGGTGGGTTATATCATCTACGACGTGGAGGGGAAGGCACACCAGAG
TGTCTTCTACAATGGGACCATTGAGGTAGTTGAATCTGGAGGTCTTCTCAGCGGTGAGTC
TGTCTTCCTCGTAACACTTGGGATTGCTCTCCTCCTCCTCCTCGGTCTATGGGCATACAG
CCAAGTGCAGCGTCTCACTAAGAAAACCAAAAAGGTGTCCAAGGTGGAAGTAGGAACCAG
GTCTACCGACGCATTAATGGACGAGTGGCTCGAGGGAACTCATTTGGCCAAGACATTGTC
TGGGAAATCAAAGAGCAAGAAGAACTAAGAACAAAACTTATTTGCTCCTTGCAGTTTTTA
GAGACTCGGCTTGTTTTAGCGTTTTGAAAGAGTTTACAAGTTCTAAAGTTGAGTCTTGAG
GAACTTTAGGGTTTATAAGGGTTACTTTCCTCTTTTTTTTTTTGTTCATGCATTTGTGCA
CTTTTTAGACAATCTTATTACTCTTCC
CC

QA 2 508 2 508
DS 

RD RR3FW75JQ 373 0 0
CTTGGGATTGCTCTCCTCCTCCTCCTCGGTCTATGGGCATACAGCCAAGTGCAGCGTCTC
ACTAAGAAAACCAAAAAGGTGTCCAAGGTGGAAGTAGGAACCAGGTCTACCGACGCATTA
ATGGACGAGTGGCTCGAGGGAACTCATTTGGCCAAGACATTGTCTGGGAAATCAAAGAGC
AAGAAGAACTAAGAACAAAACTTATTTGCTCCTTGCAGTTTTTAGAGACTCGGCTTGTTT
TAGCGTTTTGAAAGAGTTTACAAGTTCTAAAGTTGAGTCTTGAGGAACTTTAGGGTTTAT
AAGGGTTACTTTCCTCTTTTTTTTTTTGTTCATGCATTTGTGCACTTTTTAGACAATCTT
ATTACTCTTCCCC

QA 1 373 1 373
DS 



CO CL9Contig3 1037 8 15 U
AGTTAAAAGTTGTTTGATGAGGAAGAGTAGTAATAAGATTGTCTAAAAAGTACACAAATG
CATGAACAGAAAAAAAAAAGGAAAGTAACGTTTATAAACCCTAAAGTTCCTCAAGACTCA
ACTTTAAAACTTGTAAACTCTTTCAAAACGCTAAAAGCCGAGTCTCTAAAAACTGCAAGG
AGCCAATAAGTTTTCTTCTTAGTTCTTCTTGCTCTTTGATTTCCCAGACAATGTCTTGGC
CAAATGAGTTCCCTCGAGCCACTCGTCCATTGATGCGTCGGTAGACCTGGTTCCTACTTC
CACCTTGGACACCTTTTTGGTTTTCTTAGTGAGACGCTGCACTTGGCTGTATGCCCATAG
ACCGAGGAGGAGGAGGAGAGCAATCCCAAGTGTTATGAGGAAGACAGACTCACCGCTGAG
AAGACCTCCAGATTCAACAACCTCAATGGTCCCATTGTAGAAGACACTCTGGTGTGCCCT
TCCCTCCACGTCGTAGATGATATAACCCACCAGATCAAATGCTCCAGGCTGAAGGTACTG
GCTGACTGCAAAGATGTAAGAGAATGTTGCTTGAACAGAAGTTGGGATGGACGCATTGTT
GAATCTCATCATGGTAAGATTCTGAACCAAGAGCTTATGATCATAAGGAAGATGGACGCT
GGCCCTAATCCCCATCACACCTACGTTAGATTTGCCATCGTTTTTGAGAGCAACAAGGAG
CTCGGTCTCTTCTCCAGCTGGCACCAATTTGGCACTGTTTTTGGGGAAAACAGAGAGAGT
CTCAACTCCAGGAGCAGAGGTCAAGTTGATATCCAAATCCTGATCATCTTCCTCAGCACC
AGCATCGCTGTGTTCTCCCACAACATCGTCAACAATACTCGAATGATCCTCCGAATCTAC
TTGACATCTAGCTACTTGAAGCAGCGGAGATGCAAGGAGAAGGAGAGCCAGAAACAGAAC
CCTAACATTCATCTTCGATGCCCTTTTTTTCTTTTTGTTATCAGGTCAACGAACAAGAAA
ATGCACAAGAGAAATCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DA30JQ U 77
AF RR3AR79JQ U 5
AF RR3CZ54JQ U 1
AF RR3DM18JQ U 77
AF RR3CZ54TF C 320
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AF RR3DM18TF C 446
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ACACCTACGTTAGATTTGCCATCGTTTTTGAGAGCAACAAGGAGCTCGGTCTCTTCTCCA
GCTGGCACCAATTTGGCACTGTTTTTGGGGAAAACA

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TAAAACTTGTAAACTCTTTCAAAACGCTAAAAGCCGAGTCTCTAAAAACTGCAAGGAGCC
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CACCTTGGACACCTTTTTGGTTTTCTTAGTGAGACGCTGCACGTGGCTGTATGCCCATAG
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AGCAT

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TCTTAGTTCTTCTTGCTCTTTGATTTCCCAGACAATGTCTTGGCCAAATGAGTTCCCTCG
AGCCACTCGTCCATTGATGCGTCGGTAGACCTGGTTCCTACTTCCACCTTGGACACCTTT
TTGGTTTTCTTAGTGAGACGCTGCACTTGGCTGTATGCCCATAGACCGAGGAGGAGGAGG
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GG
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TAAGAGAATGTTGCTTGAACAGAAGTTGGGATGGACGCATTGTTGAATCTCATCATGGTA
AGATTCTGAACCAAGAGCTTATGATCATAAGGAAGATGGACGCTGGCCCTAATCCCCATC
ACACCTACGTTAGATTTGCCATCGTTTTTGAGAGCAACAAGGAGCTCGGTCTCTTCTCCA
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GAGGTCAAGTTGATATCCAAATCCTGATCATCTTCCTCAGCACCAGCATCGCTGTGTTCT
CCCACAACATCGTCAACAATACTCGAATGATCCTCCGAATCTACTTGACATCTAGCTACT
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C

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ATAACCCACCAGATCAAATGCTCCAGGCTGAAGGTACTGGCTGACTGCAAAGATGTAAGA
GAATGTTGCTTGAACAGAAGTTGGGATGGACGCATTGTTGAATCTCATCATGGTAAGATT
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TTAGATTTGCCATCGTTTTTGAGAGCAACAAGGAGCTCGGTCTCTTCTCCAGCTGGCACC
AATTTGGCACTGTTTTTGGGGAAAACAGAGAGAGTCTCAACTCCAGGAGCAGAGGTCAAG
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TCGTCAACAATACTCGAATGATCCTCCGAATCTACTTGACATCTAGCTACTTGAAGCAGC
GGAGATGCAAGGAGAAGGAGAGCCAGAAACAGAACCCTAACATTCATCTTCGATGCCCTT
TTTTTCTTTTTGTTATCAGGTCAACGAACAAGAAAATGCACAAGAGAAATCC

QA 1 592 1 592
DS 



AS 3 21

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TGAAGTCATCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTG
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CTATATTGCTTCTTCGTCTTGGTTACTTTCTGATGGCTG


BQ
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60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 35 65 65 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 
80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 
60 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 40 70 70 
70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 10 55 55 55 55 
55 55 55 50 50 50 50 45 45 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GB44JQ C 120
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TACCGTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAA
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GG
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QA 3 476 3 476
DS 

RD RR3EK91TF 687 0 0
GGCGAAGT
AAGTTAAGAGAA*AAGAAGAAGAAGAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTTTCCTCCGCT
GCTGTTGTTACCCCACCCGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCA
TCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAGCAAC
GGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACC
CTCTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTC
CGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAG
CACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCCCTTG
TTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGAGTAC
CCTAACGCCTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCATCAGT
TTCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCATCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCACATAA
TAATAATCCCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCTGTTT
CTCATACATTCTATATCGG

QA 9 687 9 687
DS 

RD RR3ET68TF 715 0 0
GGAAGTAAGTTAAGAGAA
AAGA*AG*AAGAGGAAGAAGAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTTTCCTCCGCTGCTGT
TGTTACCTCACCCGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCGC
TGCATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGAGG
AAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTCTC
TTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCGCAA
CAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCACGG
AAGCACACCCGAATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCCCTTGTTCGG
ATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGAGTACCCTAA
CGCCTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCATCAGTTTCAT
CGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCACATATTAATA
ATCCCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCTGTTTCTCAG
ACATTCTATATCGGATTGTCAA*TGTCTGATTGTGAA

QA 19 715 19 715
DS 

RD RR3GB44TF 681 0 0
AAAAGA
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTTTCCTCCGCTGCTGTTGT
TACCTCACCCGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCGCTGC
GTTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGAGGAAG
AGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTCTCTTA
CCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCGCAACAA
GTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCACGGAAG
CACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCCCTTGTTCGGATG
CACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGAGTACCCTAACGC
CTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCATCAGTTTCATCGC
CTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTGTGTCATTCACATATTAATAATC
CCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCTGTTTCTCAGACA
TTCTATATCGGATTG

QA 7 681 7 681
DS 

RD RR3EK91JQ 724 0 0
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CCTCCGCTGCTGTTGTTACCCCACCCGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCT
TGAAGTCATCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTG
CAAGCAACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGT
TTGAGACCCTCTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACT
ACCTTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGT
ACCGTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAAC
TTCCCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAA
AAGAGTACCCTAACGCCTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGT
GCATCAGTTTCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCATCGATGCTTAATTTGCTATGTCAT
TCACATAATAATAATCCCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGAT
TTCTGTTTCTCATACATTCTATATCGGATTGTCAAATGTCTGATTGTGAACATGTAATTT
CTAT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3HB56TF 755 0 0
GGGAAGT
AAGTTAAGAGAA*AAGAAGAAGAAGAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTTTCCTCCGCT
GCTGTTGTTACCTCACCCGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCA
TCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAGCAAC
GGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACC
CTCTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTC
CGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAG
CACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCCCTTG
TTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGAGTAC
CCTAACGCCTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCATCAGT
TTCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCACATAA
TAATAATCCCTGCTCATTTCATTTCCAATCCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCTGTTT
CTCAGACATTCTATATCGGATTGTCAA*TGTCTGATTGTGAACATGTAATTTCTATATTG
CTTCTTCGTCTTGGTTA
AGAAAAAAAAA

QA 8 744 8 744
DS 

RD RR3CY12TF 737 0 0
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AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTTTCCTCCGCTGCTGTTG
TTACCTCACCCGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGGAGTCATCCGCTG
CATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGAGGAA
GAGTTAGTTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTCTCTT
ACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCGCAACA
AGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCACGGAA
GCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCCCTTGTTCGGAT
GCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGAGTACCCTAACG
CCTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCATCAGTTTCATCG
CCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCGTTCACATATTAATAAT
CCCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCTGTTTCTCAGAC
ATTCTATATCGGATTGTCAAATGTCTGATTGTGAACATGTACTTTCTATATTGCTTCTTC

QA 18 737 18 737
DS 

RD RR3CY12JQ 731 0 0
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTTTCCTCCGCTGCTGTTGT
TACCTCACCCGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGGAGTCATCCGCTGC
ATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGAGGAAG
AGTTAGTTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTCTCTTA
CCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCGCAACAA
GTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCACGGAAG
CACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCCCTTGTTCGGATG
CACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGAGTACCCTAACGC
CTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCATCAGTTTCATCGC
CTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCGTTCACATATTAATAATC
CCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCTGTTTCTCAGACA
TTCTATATCGGATTGTCAAATGTCTGATTGTGAACATGTACTTTCTATATTGCTTCTTCG
TCTTGG
TTACT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3GY11TF 736 0 0
GG
AAGTTAAGAGAA*AAGAAGAAGAAGAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTTTCCTCCGCT
GCTGTTGTTACCTCACCCGCCCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCA
TCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAGCAAC
GGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACC
CTCTCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTC
CGCAACATGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGAAGCACGGATTTGTGTACCGTGAG
CACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCCCTTG
TTCGGATGCACTGACTCTGCTCGAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAATGAGTAC
CCTAACGCCTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCATCAGT
TTCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCACATAA
TAATAATCCCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCTGTTT
CTCAGACATTCTATATCGGATTGTCAAATGTCTGATTGTGAACATGTAATTTCTATATTG
CTTCTTCGTCTTGG

QA 3 736 3 736
DS 

RD RR3ET68JQ 729 0 0
AAGAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTTTCCTCCGCTGCTGTTGTTACCTCACCCGCTC
AAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCGCTGCATTCCCAGTCACCC
GCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGA
AGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTCTCTTACCTTCCTGACCTTT
CCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTG
TTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCACGGAAGCACACCCGAATACT
ATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCCCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTC
AAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGAGTACCCTAACGCCTTCATCAGGATCA
TCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAACCACCAA
GCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCACATATTAATAATCCCTGCTCATTTCAT
TTCCAATTCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCTGTTTTTCAGACATTCTATATCGGATT
GTCAAATGTCTGATTGTGAACATGTAATTTCTATATTGCTTCTTCGTCTTGGTTACTTTC
TGATGGCTG

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3CU19TF 652 0 0
TACCTCACCCGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCGCTGC
ATTCCCAGTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAACAACGGAGGAAG
AGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTCTCTTA
CCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCGCAACAA
GTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCACGGAAG
CACACCCGGATACTATGATGGACGGCACTGGACAATGTGGAAACTTCCCTTGTTCGGATG
CACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGAGTACCTTAACGC
CTTCATCAGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCATCAGTTTCATCGC
CTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCACATAATAATAATC
CCTGCTCATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGTCCCCCTTTGGATTTCTGTTTCTCAGACA
TTCTATATCGGATTGTCAAATGTCTGATTGTGAACATGTAGTTTCTATATTG

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3F364JQ 647 0 0
CCCGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCGCTGCATTCCCA
GTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGAGGAAGAGTTAGC
TGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTCTCTTACCTTCCT
GACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCGCAACAAGTGGATT
CCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCACGGAAGCACACCC
GGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCCCTTGTTCGGATGCACTGAC
TCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGAGTACCCTAACGCCTTCATC
AGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAA
CCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCACATAATAATAATCCCTGCTC
ATTTCATTTCCAATTCTGTTTTCGCTCCCCTTTGGATTTCTGTTTCTCAGACATTCTATA
TCGGATTGTCAAATGTCTGATTGTGAACATGTAATTTCTATATTGCT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3HB56JQ 647 0 0
CCCGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCATCCGCTGCATTCCCA
GTCACCCGCAAAGCAAACAACGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGAGGAAGAGTTAGC
TGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTCTCTTACCTTCCT
GACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCGCAACAAGTGGATT
CCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCACGGAAGCACACCC
GGATACTATGATGGACGGTACTGGACAATGTGGAAACTTCCCTTGTTCGGATGCACTGAC
TCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAATGCAAAAAAGAGTACCCTAACGCCTTCATC
AGGATCATCGGATTTGACAACAACCGTCAGGTTCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAA
CCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTGCTATGTCATTCACATAATAATAATCCCTGCTC
ATTTCATTTCCAATCCTGTTTTCGTTCCCCTTTGGATTTCTGTTTTTCAGACATTCTATA
TCGGATTGTCAAATGTCTGATTGTGAACATGTAATTTCTATATTGCT

QA 1 647 1 647
DS 



CO CL10Contig2 716 5 11 U
GGAGTAAGAGTTAAGAGAACGAAGAAGAATTAGTCATGGCTTACTCTATGCTCTCCTCCG
CCGCTGTTGTTACCTCACCGGCTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGT
CTTCCGCTGCATTCCCAGTCACCCAGAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCA
ACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGA
CCCTTTCTTACTTTCCTGACCTTTCTGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTC
TCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTG
AGCACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCT
TGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGT
ACCCCAATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCA
GTTTCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCGCGTCCATATAATAAT
ATCTTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTTCTCTTTGGATTTCTGTTTAT
GAGACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAAACATGTAATTTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3GX43TF U 1
AF RR3E504TF U 4
AF RR3H147TF U 4
AF RR3GX43JQ C 117
AF RR3E504JQ C 298
BS 1 29 RR3GX43TF
BS 30 30 RR3E504TF
BS 31 51 RR3GX43TF
BS 52 52 RR3E504TF
BS 53 639 RR3GX43TF
BS 640 640 RR3E504TF
BS 641 666 RR3GX43TF
BS 667 667 RR3E504TF
BS 668 701 RR3GX43TF
BS 702 713 RR3GX43JQ
BS 714 716 RR3E504JQ

RD RR3GX43TF 714 0 0
GGAGTAAGAGTTAAGAGAACGAAGAAGAAGTAGTCATGGCTTACTCTATGCCCTCCTCCG
CCGCTGTTGTTACCTCACCGGCTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGT
CTTCCGCTGCATTCCCAGTCACCCAGAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCA
ACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGA
CCCTTTCTTACTTTCCTGACCTTTCTGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTC
TCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTG
AGCACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCT
TGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGT
ACCCCAATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCA
GTTTCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCGCGTCCATATAATAAT
ATCTTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTT*CTCTTTGGATTTCTGTTTAT
GAGACTATATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAA
CATGTAATTTCCA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3E504TF 668 0 0
GG
AAGAGTTAAGAGAACGAAGAAGAATTAGTCATGGCTTACTCTATGCTCTCCTCCGCCGCT
GTTGTTACCTCACCGGCTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCTTCC
GCTGCATTCCCAGTCACCCAGAAGGCCAACAACTACATTACTTCCATCGCTAGCAACGGA
GGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTT
TCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGGCTACCTTCTCCGC
AACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATCTGTGTACCGTGAGCAC
GGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTC
GGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACCCC
AATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCATCAGTTTC
ATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCGCGTCCATATAATAATATCTT
CTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTTCTCTTTGGATTTCTGTTTATGAGAC
TTTATA

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR3H147TF 710 0 0
GG
AAGAGTTAAGAGAACGAAGAAGAATTAGTCATGGCTTACTCTATGCTCTCCTCCGCCGCT
GTTGTTACCTCACCGGCTCAAACCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCTTCC
GCTGCATTCCCAGTCACCCAGAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCTAGCAACGGA
GGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTT
TCTTACCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTACCTTCTCCGC
AACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTACCGTGAGCAC
GGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTC
GGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACCCC
AATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCGGTGCATCAGTCTC
ATCGCCTACAAGCCGCCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCGCGTCCATATAATAATATCTT
CTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTTCTCTTTGGATTTCTGTTTATGAGAC
TTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAA
ACATGCAATTTC

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR3GX43JQ 598 0 0
AAGTCTTCCGCTGCATTCCCAGTCACCCAGAAGGCCAACAACGACATTACTTCCATCGCT
AGCAACGGAGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTT
GAGACCCTTTCTTACTTTCCTGACCTTTCTGATGTTGAGTTGGCTAAGGAAGTCGACTAC
CTTTTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATTTGTGTAC
CGTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTT
CCCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAG
GAGTACCCCAATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGC
ATCAGTTTCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCGCGTCCATATAA
TAATATCTTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTTCTCTTTGGATTTCTGT
TTATGAGACTATATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAAACATGTAATTTC
C

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3E504JQ 419 0 0
TTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTCGAGTTGGAGCACGGATCTGTGTACC
GTGAGCACGGAAGCACACCCGGATATTACGATGGCCGTTACTGGACAATGTGGAAGCTTC
CCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTGTTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGG
AGTACCCCAATGCCTTTATCAGAATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTGCAGTGCA
TCAGTTTCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACTGATGCTTAAGTCGCGTCCATATAAT
AATATCTTCTCATTTCATTTTCAATAAGTCTGTTGCTTTTTTTCTCTTTGGATTTCTGTT
TATGAGACTTTATATATCGGATTGTAAAATGTCTGATTTATGAAACATGTAATTTCTAC

QA 1 419 1 419
DS 



CO CL10Contig3 677 2 3 U
AGAATGTCTGAGAAACAGAAATCCAAAGGGGAACGAAAACAGAATTGGAAATGAAATGAG
CAGGGATTATTATTATGTGAATGACATAGCAAATTAAGCCATCGGTGAAGCTTGGGTGGG
TTTGTAGGCGATGAAACTGATGCACTGAACCTGACGGGTTGTTGTAAAATCCGATGATCC
TGATGAAGGGCGTTAGGGTACTCTTTTTTGCATTCTTGGACTTCCTTCAACACTTGAGCA
GAGTCAGTGCATCCGAACAAGGGAAGCTTCCACATTGTCCAGTAACGGCCATCGTAGTAT
CCGGGTGTGCTTCCGTGCTCACGGTACACAAATCCGTGCTCCAACTCGAATTCAACACAA
GGAATCCACTTGTTGCGGAGAAGGTAGTCGACTTCCTTAGCCAACTCAACATCGGAAAGG
TCAGGAAGGTAAGAAAGGGTCTCAAACTTCTTCTTTCCAATTGGTGGCCACACCTTCATG
CAGCTAACTCTTCCTCCGTTGCTAGCGATGGAAGTAATGTCGTTGTTGGCCTTCTGGGTG
ACTGGGAATGCAGCGGAAGACTTCAAGCCGGTGAATGGAGCGACCATGGTGGTTTGAGCC
GGTGAGGTAACAACAGCGGCGGAGGAGAGCATAGAGTAAGCCATGACTACTTCTTCTTCG
TTCTCTTAACTCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H054JQ U 7
AF RR3H054TF C 1
BS 1 10 RR3H054TF
BS 11 251 RR3H054JQ
BS 252 677 RR3H054TF

RD RR3H054JQ 245 0 0
CTGA
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TATTATGTGAATGACATAGCAAATTAAGCCATCGGTGAAGCTTGGGTGGGTTTGTAGGCG
ATGAAACTGATGCACTGAACCTGACGGGTTGTTGTAAAATCCGATGATCCTGATGAAGGG
CGTTAGGGTACTCTTTTTTGCATTCTTGGACTTCCTTCAACACTTGAGCAGAGTCAGTGC
A

QA 5 245 5 245
DS 

RD RR3H054TF 677 0 0
AGAATGTCTGAGAAACAGAAATCCAAAGGGGAACGAAAACAGAATTGGAAATGAAATGAG
CAGGGATTATTATTATGTGAATGACATAGCAAATTAAGC*ATCGGTGAAGCTTGGT**GG
TTTGTAGGCGATGAAACTGATGCACTGAACCTGACGG*TTGTTGTAAAATCCGATGATCC
TGATGAAGG*CGTTAGGGTACTCTTTTTTGCATTCTTGGACTTCCTTCAACACTTGAGCA
GAGTCAGTGCATCCGAACAAGGGAAGCTTCCACATTGTCCAGTAACGGCCATCGTAGTAT
CCGGGTGTGCTTCCGTGCTCACGGTACACAAATCCGTGCTCCAACTCGAATTCAACACAA
GGAATCCACTTGTTGCGGAGAAGGTAGTCGACTTCCTTAGCCAACTCAACATCGGAAAGG
TCAGGAAGGTAAGAAAGGGTCTCAAACTTCTTCTTTCCAATTGGTGGCCACACCTTCATG
CAGCTAACTCTTCCTCCGTTGCTAGCGATGGAAGTAATGTCGTTGTTGGCCTTCTGGGTG
ACTGGGAATGCAGCGGAAGACTTCAAGCCGGTGAATGGAGCGACCATGGTGGTTTGAGCC
GGTGAGGTAACAACAGCGGCGGAGGAGAGCATAGAGTAAGCCATGACTACTTCTTCTTCG
TTCTCTTAACTCTTCCC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 2 18

CO CL11Contig1 787 15 18 U
GGGCAGAAAAAAAAGTGAGAGAGACTGAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCCCCTCTTCCTA
GTAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGA
GGATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTC
GCGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAA
GAGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCT
TTTAAGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTC
CACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAG
GCAGCCGTATTCACAACAAGCAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACG
TCTCCGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGT
CACGCCGTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCT
TGGATGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGACTTAGGG
GGATGTAATCTTTCTTTCTTTCTTTATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACT
TATCTTGTCGAGTGTGTTTCTTGCTTCGGACCATTTGTTATTATGAATGAACTTTCCCGC
TTAATCC


BQ
35 40 45 45 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 
85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 70 85 85 85 70 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 70 70 70 55 70 70 
70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 55 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 
45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 
25 25 25 25 10 10 10 

AF RR3EV59TF U 2
AF RR3AH31TF U 1
AF RR3BJ93TF U 3
AF RR3A814JQ C 1
AF RR3C139TF U -2
AF RR3CS81TF U 7
AF RR3GU50TF U 2
AF RR3AD87TF U 1
AF RR3A814TF U 1
AF RR3BJ93JQ C 3
AF RR3EV59JQ C 476
AF RR3AH31JQ C 1
AF RR3AD87JQ C 81
AF RR3DU46JQ C 116
AF RR3GU50JQ C 460
BS 1 1 RR3AH31TF
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BS 702 709 RR3C139TF
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BS 785 787 RR3DU46JQ

RD RR3EV59TF 640 0 0
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TAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAG
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CGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAG
AGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTT
TTAAGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTCC
ACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAGG
CAGCCGTATTCACAACAAGTAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACGT
CTCCGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGTC
ACGCCGTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCTT
GGATGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGG

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3AH31TF 654 0 0
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GGATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTC
GCGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAA
GAGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCT
TTTAAGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTC
CACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAG
GCAGCCGTATTCACAACAAGCAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACG
TCTCCGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGT
CACGCCGTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCT
TGGATGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGAC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3BJ93TF 652 0 0
GG
AGAAAAAAAAGTGATAGAGACTGAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCCCCTCTTCCTAGTAA
CCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAGGAT
CTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTCGCGA
CAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAGAGA
AAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCCTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTTTTA
AGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTTAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTCCACA
ACGCTAGCACCTCCAACTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAGGCAG
CCGTATTCACAACAAGCAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACGTCTC
CGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGTCACG
CCGTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCTTGGA
TGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGAC

QA 3 652 3 652
DS 

RD RR3A814JQ 779 0 0
GGGCAGAAAAAAAAGTGAGAGAGACTGAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCCCCTCTTCCTA
GTAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGA
GGATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTC
GCGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAA
GAGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCT
TTTAAGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTC
CACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAG
GCAGCCGTATTCACAACAAGCAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACG
TCTCCGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGT
CACGCCGTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCT
TGGATGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGACTTAGGG
GGATGTAATCTTTCTTTCTTTCTTTATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACT
TATCTTGTCGAGTGTGTTTCTTGCTTCGGGCCATTTGTTATTATGAATGAACTTTCCCG

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3C139TF 747 0 0
GGGGA
GCAGAAAAAAAAGTGAGAGAGACTGAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCCCCTCTTCCTAGT
AACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAGG
ATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTCGC
GACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAGA
GAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTTT
TAAGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTCCA
CAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAGGC
AGCCGTATTCACAACAAGCAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACGTC
TCCGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGTCA
CGCCGTAATGGCTCTATCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCTTG
GATGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGACTTAGGGG*
ATGTAATCTTTCTTTCTTTCTTTATTGTGTGGAGCTTT*GTCTCAAA*TTTTAAGACT*A
TCTTGTCGAGTGTGTTTCTTGC

QA 6 747 6 747
DS 

RD RR3CS81TF 737 0 0
AAAAAAAAGTGAGAGAGACTGAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCCCCTCTTCCTAGTAACC
ATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAGGATCT
TTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTCGCGACA
GGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAGAGAAA
GATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACGAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTTTTAAG
GATCTTGGTATTCAAGAAGTCAAACTCATTCAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTCCACAAC
GCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAGGCAGCC
GTATTCACAACAAGCAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACGTCTCCG
GCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCGGCTTCCATAAAAGATGGTCACGCC
GTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGATCTTGCCTTGGATG
GGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGACTTAGGGG*ATGT
AATCTTTCTTTCTTTCTTTATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAA*TTTTAAGACT*ATCTT
GTCGAGTGTGTTT
TTGC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3GU50TF 743 0 0
GGG
AGAAAAAAAAGTGAGAGAGACTGAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCCCCTCTTCCTAGTAA
CCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAGGAT
CTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTCGCGA
CAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAGAGA
AAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTTTTA
AGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTCCACA
ACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAGGCAG
CCGTATTCACAACAAGCAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACGTCTC
CGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAACTTCCATAAAAGATGGTCACG
CCGTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCTTGGA
TGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGACTTAGGGG*AT
GTAATCTTTCTTTCTTTCTTTATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAATACTTATC
TTGTCGAGTGTGTTTCTTGC

QA 4 743 4 743
DS 

RD RR3AD87TF 768 0 0
GGGCAGAAAAAAAAGTGAGAGAGACTGAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCCCCTCTTCCTA
GTAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGA
GGATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTC
GCGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAGGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAA
GAGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCT
TTTAAGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTC
CACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAG
GCAGCCGTATTCACAACAAGCAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACG
TCTCCGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGT
CACGCCGTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCT
TGGATGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGACTTATGG
GGATGTAATCTTTCTTTCTTTCTTTATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACT
TATCTTGTCGAGTGTGTTTCTTGCTTCGGACCATTTGTTATTATGAAT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3A814TF 779 0 0
GGGCAGAAAAAAAAGTGAGAGAGACTGAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCCCCTCTTCCTA
GTAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGA
GGATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTC
GCGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAA
GAGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCT
TTTAAGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTC
CACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAG
GCAGCCGTATTCACAACAAGCAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACG
TCTCCGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGT
CACGCCGTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCT
TGGATGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGACTTAGGG
GGATGTAATCTTTCTTTCTTTCTTTATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACT
TATCTTGTCGAGTGTGTTTCTTGCTTCGGGCCATTTGTTATTATGAATGAACTTTCCCG

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3BJ93JQ 779 0 0
GG
AGAAAAAAAAGTGATAGAGACTGAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCCCCTCTTCCTAGTAA
CCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAGGAT
CTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTCGCGA
CAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAGAGA
AAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCCTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTTTTA
AGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTTAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTCCACA
ACGCTAGCACCTCCAACTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAGGCAG
CCGTATTCACAACAAGCAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACGTCTC
CGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGTCACG
CCGTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCTTGGA
TGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGACTTAGGGGGAT
GTAATCTTTCTTTCTTTCTTTATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACTTATC
TTGTCGAGTGTGTTTCTTGCTTCGGACCATTTGTTATTATGAATGAACTTTCCCGC
G

QA 3 778 3 778
DS 

RD RR3EV59JQ 305 0 0
GAACGTCTCCGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAG
ATGGTCACGCCGTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCT
TGCCTTGGATGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGACT
TAGGGGGATGTAATCTTTCTTTCTTTCTTTATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTA
AGACTTATCTTGTCGAGTGTGTTTCTTGCTTCGGACCATTTGTCATTATGAATGAACTTT
CCCGC

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR3AH31JQ 786 0 0
GGGCAGAAAAAAAAGTGAGAGAGACTGAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCCCCTCTTCCTA
GTAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGA
GGATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTC
GCGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAA
GAGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCT
TTTAAGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTC
CACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAG
GCAGCCGTATTCACAACAAGCAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACG
TCTCCGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGT
CACGCCGTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCT
TGGATGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGACTTAGGG
GGATGTAATCTTTCTTTCTTTCTTTATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACT
TATCTTGTCGAGTGTGTTTCTTGCTTCGGACCATTTGTTATTATGAATGAACTTTCCCGC
TTAA
TC

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3AD87JQ 706 0 0
CTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAGGATCTTTGTTAGACGAATG
TAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTCGCGACAGGGAAGGCACCAAA
TCCATCTAAGAGGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAGAGAAAGATCCAAAGTGTTT
GTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTTTTAAGGATCTTGGTATTCA
AGAAGCCAAACTCATTCAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTCCACAACGCTAGCATCTCCAA
CTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAGGCAGCCGTATTCACAACAAG
CAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAGGAACGTCTCCGGCAACTCCAGCGAT
GTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGTCACGCCGTAATGGCTCTAGC
CTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTGCCTTGGATGGGTTTGGCCTAGAC
TGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGACTTAGGGGGATGTAATCTTTCTTTCTT
TCTTTATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACTTATCTTGTCGAGTGTGTTTC
TTGCTTCGGACCATTTGTTATTATGAATGAACTTTCCCGCTTAA
AG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3DU46JQ 672 0 0
GAGGAGGATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGG
ATTTCGCGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATTGAAGGAA
TAAAAGAGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGAC
AAGCTTTTAAGGATCTTGGTATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAGCTTCCAACTTCTTGTC
AGCTCCACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTTGGGATTTTGCCAAGCTCAC
CAGAGGCAGCCGTATTCACAACAAGCAATGCTACCTCAACAACACCGTCTGCACCGGGAG
GAACGTCTCCGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAG
ATGGTCGCGCCGTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCT
TGCCTTGGATGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTTGGCAAGGCACGTGACT
TAGGGGGATGTAATCTTTCTTTCTTTCTTTATTGTGTGGAGCTTTTGTCCCAAAATTTTA
AGACTTATCTTGTCGAGTGTGTTTCTTGCTTCGGACCATTTGTTATTATGAATGAACTTT
CCCGCTTAATCC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3GU50JQ 328 0 0
CCGTCTGCACCGGGAGGAACGTTTCCGGCAACTCCAGCGATGTCTAGCGAGAAAGCAGGA
TCAACTTCCATAAAAGATGGTCACGCCGTAATGGCTCTAGCCTTCGCTTCGATGCCCGTC
TCCTTCCTCTCGCCCTTCCCTTGGATGGGTTTGGCCTAGACTGTAGTCACGTGATGCTTT
GGCAAGGCACGTGACTTAGGGGGATGTAATCTTTCTTTCTTTCTTTATTGTGTGGAGCTT
TTGTCTCAAAATTTTAATACTTATCTTGTCGAGTGTGTTTCTTGCTTCGGACCATTTGTT
ATTATGAATGAACTTTCCCGCTTAA
TCC

QA 1 325 1 325
DS 



CO CL11Contig2 745 3 20 U
GGGCAGAAAAAAAGTGAGAGAGACTAAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCACCTCTTCCTAG
TAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAG
GATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTCG
CGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAG
AGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTT
TTAAGGATCTTGGCATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAACTTCCAACTTCTTGTCAGCTCC
ACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTCGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAAG
CAGCCGTATTCACAAGCAATGCTACGTCAACAACAACACCGATGGCACCGGGAGGAAAGT
CTCCGGCAGCTCCATCGACGACTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGTC
ACGCCGTAATGGCTCTAGCCGTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTTCCTT
GGATGGGTTTGGCCTAGTCTGTAGGCACGTGACATTAGGGGGGTGTAATCTTTTCTTTAT
TGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACTCTTTGTCGTGTGTGTTTCTTGGTTCAG
ACCATTTTGCTGTAATGAACGAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BL06TF U 52
AF RR3FS69TF U 1
AF RR3FE26TF U 175
BS 1 150 RR3FS69TF
BS 151 153 RR3BL06TF
BS 154 260 RR3FS69TF
BS 261 261 RR3BL06TF
BS 262 312 RR3FS69TF
BS 313 313 RR3BL06TF
BS 314 460 RR3FS69TF
BS 461 461 RR3BL06TF
BS 462 624 RR3FS69TF
BS 625 625 RR3FE26TF
BS 626 642 RR3FS69TF
BS 643 643 RR3FE26TF
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BS 674 674 RR3FE26TF
BS 675 682 RR3FS69TF
BS 683 685 RR3FE26TF
BS 686 687 RR3FS69TF
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BS 689 708 RR3FS69TF
BS 709 745 RR3FE26TF

RD RR3BL06TF 439 0 0
TCTTCCTAGTAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGG
CGGGAGGAGGATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATATTCAAACGGTGACTTTGTGTT
TGGATTTCGCGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAG
GAATAAAAGAGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAG
GACAAGCTTTTAAGGATCTTGGCATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAACTTCCAACTTCTT
GTCAGCTCCACAACGCTAACATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTCGGGATTTTGCCAAGCT
CACCAGAAGCAGCCGTATTCACAAGCAATGCTACGTCAACAACAACACCGATGGCACCGG
GAGGAAAGTCTCCGGCAGC

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR3FS69TF 708 0 0
GGGCAGAAAAAAAGTGAGAGAGACTAAAAATGAAGGGTTTCTACTTTCACCTCTTCCTAG
TAACCATGACGGTCGTTGCCTCCATCTCCGCTGCTACACCGGCGGCTCCGGCGGGAGGAG
GATCTTTGTTAGACGAATGTAGCAAAGATA***AAACGGTGACTTTGTGTTTGGATTTCG
CGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAATAAAAG
AGAAAGATCCAAAGTGTTTGAGTTTCTTGATACAACAAGCCAAGTCAGGAGGACAAGCTT
TTAAGGATCTTGACATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAACTTCCAACTTCTTGTCAGCTCC
ACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTCGGGATTTTGCCAAGCTCACCAGAAG
CAGCCGTATTCACAAGCAATGCTACGTCAACAACAACACCTATGGCACCGGGAGGAAAGT
CTCCGGCAGCTCCATCGACGACTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAGATGGTC
ACGCCGTAATGGCTCTAGCCGTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCTTTCCTT
GGATGGGTTTGGCCTAGTCTGTAG*CACGTGACATTAGGGGG*TGTAATCTTTTCTTTAT
TGTGTGGAGCTTT*GTCTCAAA***TTTAGACTCTTTGTCGTGTGTGT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3FE26TF 571 0 0
ATTTCGCGACAGGGAAGGCACCAAATCCATCTAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGGAA
TAAAAGAGAAAGATCCAAAGTGTTTGTGTTTCTTGGTACAACAAGCCAAGTCAGGAGGAC
AAGCTTTTAAGGATCTTGGCATTCAAGAAGCCAAACTCATTCAACTTCCAACTTCTTGTC
AGCTCCACAACGCTAGCATCTCCAACTGTCCAAAACTCCTCGGGATTTTGCCAAGCTCAC
CAGAAGCAGCCGTATTCACAAGCAATGCTACGTCAACAACAACACCGATGGCACCGGGAG
GAAAGTCTCCGGCAGCTCCATCGACGACTAGCGAGAAAGCAGGATCAGCTTCCATAAAAG
ATGGTCACGCCGTAATGGCTCTAGCCGTCGCTTCGATGACCGTCTCCTTCCTCTCGACCT
TTCCTTGGATGGGTTTGGCCTAGTCTGTAGGCACGTGACATTAGGGGGGTGTAATCTTTT
CTTTATTGTGTGGAGCTTTTGTCTCAAAATTTTAAGACTCTTTGTCGTGTGTGTTTCTTG
GTTCAGACCATTTTGCTGTAATGAACGAACT

QA 1 571 1 571
DS 



AS 2 19

CO CL12Contig1 815 2 19 U
GCCAACAAAAGACTTGTAAGTTTTATAAATCACGTAACATACAAGAAACATAGCTCTCTT
TTTGGAACTAATAAGAAACATAGCTAAACAATAGAATAATAACATAAATTCAGGTCCAAA
CAAAGCATAAACATAACGTACCAACAGGCATACATATTTCATAGCAATCTTTTGAACAGA
TGCATGATATTCATAATAATCCGGTCCATTGAAAGTTTGAAACCCTTAGTAGTACTCACA
CGTCTCTGTCCCTTTTACATTCGGCTGGCATAACTGGGAACCTTGTACGGTCGGTACAGT
AGTTGTAGATGGTCCATTTCATGCGAACCCATTTAAGACGACGATATTGTTCGGCATCAA
GGTCACGGAACTCATTCTGGTCCCACCACATGCGGCCTTGGGTAGCACAGTACTTGGCCT
CCACAGAAGCTTGGCAGCCATCGATGTGGAATCCTCTGTAGGAAGCTATGAAGGGTGCAT
TAGCCCAATTGGTTTTCTCTAGACCTCCTCTGGTGGCCCAATCGTCAGCGTTCCAAAGGC
TCGAGTATAGCTTCATCGGTTGGTTGAATGGGAAACGTACTCCTAGATCCTTAGCGTTCT
TGAACACACGGATTGGTATGTTGTCAACAAAGAATACAATTTGGTAGAGATTCCAGAGGA
TGGAGTAAGTATGATAAGCCTTTGAAGGGTCGAACCAGAGATAAATGCGTTGCTCTCTGT
TTCCCTTTCCTCCTGTGAACACATTCGTCTGCAATATTGCTGGCTGGCCTGTCCTGTTCC
CGAGAAACTCGAAGTCTATCTCGTCATGCTCGTTG


BQ
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AF RR3BE85JQ U 1
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DS 

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CGAGAAACTCGAAGTCTATCTCGTCATGCTCGTTG

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DS 



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CTATCACGTGATTTATAAAACTTACAAGTCTTTTATTGGC


BQ
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 35 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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BS 530 530 RR3DT19TF
BS 531 739 RR3CM12TF
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BS 741 778 RR3CM12TF
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BS 1175 1180 RR3GA64JQ

RD RR3GA64TF 341 0 0
GCTCTGTTTCTAATGGCCTCTTCTACTGTAATGGCGATTCCTCCACGTAAGGCCATTGAT
GTGCCATTCGGCCGAAACTACGTCCCAACTTGGGCTTTTGACCACCAGAAGCAACTCAAT
GGCGGTTCTGAACTCCAACTCATCCTCGACAAATACACTGGGACAGGGTTTCAATCCAAA
GGGTCATATTTGTTCGGACATTTCAGTATGCACATAAAGCTGCCAGCTGGTGATACCGCT
GGGGTCGTCACTGCATTTTATCTGTCGTCGACTAACAACGAGCATGACGAGATAGACTTC
GAGTTTCTCGGTAACAGGACAG*GCCAGCCAGCAATATTGC

QA 1 341 1 341
DS 

RD RR3EH65TF 605 0 0
GGACCACATCATTCACCATCATCACATCTCTCTCTCTCTCTTCAAACCAGCCATGGCTAT
TTCTTCAACTCCATGGGCTCTCATAGCTCTGCTTCTAATGGCCTCTTCTACTGTAATGGC
GATTCCTCCACGGAAGGCCATTGATGTGCCATTCGGCCGAAACTACGTCCCAACTTGGGC
TTTTGACCACCAGAAGCAACTCAATGGCGGTTCTGAACTCCAACTCATCCTCGACAAATA
CACTGGGACAGGGTTTCAATCCAAAGGGTCATATTTGTTCGGACATTTCAGTATGCACAT
AAAGCTGCCAGCTGGTGATACCGCTGGGGTCGTCACTGCATTTTATCTGTCGTCGACTAA
CAACGAGCATGACGAGATAGACTTCGAGTTTCTCGGTAACAGGACAG*GCCAGCCAGCAA
TATTGCAGACGAATGTGTTCACAGGAGGGAAGGG*AAACAGAGAGCAACGCATTTATCTC
TGGTTCGACCCTTCAAAGGCTTATCATACTTACTCCATCCTCTGGAATCTCTACCAAATT
GTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCC*GTGTGTTCAAGAACGCAAAGGATCTAGGAGT
ACGTT

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3DT19TF 670 0 0
GTC
ACCACATCATTCACCATCATCACATCTCTCTCTCTCTCTTCAAACCAGCCATGGCTGTTT
CTTCAACTCCATGGGCTCTCATAGCTCTGTTTCTAATGGCCTCTTCTACTGTAATGGCGA
TTCCTCCACGGAAGGCCATTGATGTGCCATTCGGCCGAAACTACGTCCCAACTTGGGCTT
TTGACCACCAGAAGCAACTCAATGGCGGTTCTGAACTCCAACTCATCCTCGACAAATACA
CTGGGACAGGGTTTCAATCCAAAGGGCCATATTTGTTCGGACATTTCAGTATGCACATAA
AGCTGCCAGCTGGTGATACCGCTGGGGTCGTCACTGCATTTTATCTGTCGTCGACTAACA
ACGAGCATGACGAGATAGACTTCGAGTTTCTCGGTAACAGGACAG*GCCAGCCAGCAATA
TTGCAGACGAATGTGTTCACAGGAGGGAAGGG*AAACAGAGAGCAACGCATTTATCTCTG
GTTCGACCCTTCAAAGGCTTATCATACTTACTCCATCCTCTGGAATCTCTACCAAATTGT
ATTCTTTGTTGACAACATACCAATCC*GTGTGTTCAAGAACGCAAAGGATCTAGGAGTAC
GTTTCCCATTCAACCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCTTTGGAACGCTGACGATTGGG
CCACCAG

QA 4 670 4 670
DS 

RD RR3DA80TF 668 0 0
GGACCACATCATTCACCATCATCACATCTCTCTCTCTCTCTTCAAACCAGCCATGGCTGT
TTCTTCAACTCCATGGGCTCTCATAGCTCTGTTTCTAATGGCCTCTTCTACTGTAATGGC
GATTCCTCCACGGAAGGCCATTGATGTGCCATTCGGCCGAAACTACGTCCCAACTTGGGC
TTTTGACCACCAGAAGCAACTCAATGGCGGTTCTGAACTCCAACTCATCCTCGACAAATA
CACTGGGACAGGGTTTCAATCCAAAGGGTCATATTTGTTCGGACATTTCAGTATGCACAT
AAAGCTGCCAGCTGGTGATACCACTGGGGTCGTCACTGCATTTTATCTGTCGTCGACTAA
CAACGAGCATGACGAGATAGACTTCGAGTTTCTCGGTAACAGGACAG*GCCAGCCAGCAA
TATTGCAGACGAATGTGTTCACAGGAGGGAAGGG*AAACAGAGAGCAACGCATTTATCTC
TGGTTCGACCCTTCAAAGGCTTATCATACTTACTCCATCCTCTGGAATCTCTACCAAATT
GTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCC*GTGTGTTCAAGAACGCAAAGGATCTAGGAGT
ACGTTTCCCATTCAACCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCTTTGGAACGCTGACGATTG
GGCCACCA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3FP33TF 666 0 0
GGACCACATCATTCACCATCATCACATCTCTCTCTCTCTCTTCAAACCAGCCATGGCTGT
TTCTTCAACTCCATGGGCTCTCATAGCTCTGTTTCTAATGGCCTCTTCTACTGTAATGGC
GATTCCTCCACGGAAGGCCATTGATGTGCCATTCGGCCGAAACTACGTCCCAACTTGGGC
TTTTGACCACCAGAAGCAACTCAATGGCGGTTCTGAACTCCAACTCATCCTCGACAAATA
CACTGGGACAGGGTTTCAATCCAAAGGGTCATATTTGTTCGGACATTTCAGTATGCACAT
AAAGCTGCCAGCTGGTGATACCGCTGGGGTCGTCACTGCATTTTATCTGTCGTCGACTAA
CAACGAGCATGACGAGATAGACTTCGAGTTTCTCGGTAACAGGACAG*GCCAGCCAGCAA
TATTGCAGACGAATGTGTTCACAGGAGGGAAGGGGAAACAGAGAGCAACGCATTTATCTC
TGGTTCGACCCTTCAAAGGCTTATCATACTTACTCCATCCTCTGGAATCTCTACCAAATT
GTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCC*GTGTGTTCAAGAACGCAAAGGATCTAGGAGT
ACGTTTCCCATTCA*CCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCTTTGGA*CGCTGACGATTG
GGCCAC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3CM12TF 778 0 0
GGACCACATCACTCACCATCATCACATCTCTCTCTCTCTCTTCAAACCAGCCATGGCTGT
TTCTTCAACTCCATGGGCTCTCATAGCTCTGTTTCTAATGGCCTCTTCTACTGTAATGGC
GATTCCTCCACGGAAGGCCATTGATGTGCCATTCGGCCGAAACTACGTCCCAACTTGGGC
TTTTGATCACCAGAAGCAACTCAATGGCGGTTCTGAACTCCAACTCATCCTCGACAAATA
CACTGGGACAGGGTTTCAATCCAAAGGGTCATATTTGTTCGGACATTTCAGTATGCACAT
AAAGCTGCCAGCTGGTGATACCGCTGGGGTCGTCACTGCATTTTATCTGTCGTCGACTAA
CAACGAGCATGACGAGATAGACTTCGAGTTTCTCGGTAACAGGACAG*GCCAGCCAGCAA
TATTGCAGACGAATGTGTTCACAGGAGGGAAGGG*AAACAGAGAGCAACGCATTTATCTC
TGGTTCGACCCTTCAAAGGCTTATCATACTTACTCCATCCTCTGGAATCCCTACCAAATT
GTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCC*GTGTGTTCAAGAACGCAAAGGATCTAGGAGT
ACGTTTCCCATTCAACCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCTTTGGAACGCTGACGATTG
GGCCACCAGAGGAGGTCTAGAGAAAACCAATTGGGCTAATGCACCCTTCATAGCTTCCTA
CAGAGGATTCCACATCGAC*GCTGCCAAGCTTCTGTGGAGGCCAAGTACTGTGCTACC

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3BB34TF 718 0 0
CTGTTTCTTCAACCCCATGGGCTCTCATAGCTCTGTTTCTAATGGCCTCTTCTACTGTAA
TGGCGATTCCTCCACGGAAGGCCATTGATGTGCCATTCGGCCGAAACTACGTCCCAACTT
TGGCTTTTGACCACCAGAAGCAACTCAATGGCGGTTCTGAACTCCAACTCATCCTCGACA
AATGCACTGGGACAGGGTTTCAATCCAAAGGGTCATATTTGTTCGGACATTTCAGTATGC
ACATAAAGCTGCCAGCTGGTGATACCGCTGGGGTCGTCACTGCATTTTATCTGTCGTCGA
CTAACAACGAGCATGACGAGATAGACTTCGAGTTTCTCGGTAACAGGACAGAGCCAGCCA
GCAATATTGCAGACGAATGTGTTCACAGGAGGGAAGAGGAAACAGAGAGCAACGCATTTA
TCTCTGGTTCGACCCTTCAAAGGCTTATCATACTTACTCCATCCTCTGGAATCTCTACCA
AATTGTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCCCGTGTGTTCAAGAACGCAAAGGATCTAG
GAGTACGTTTCCCATTCAACCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCTTTGGAACGCTGACG
ATTGGGCCACCAGAGGAGGTCTAGAGAAAACCAATTGGGCTAATGCACCCTTCATAGCTT
CCTACAGAGGAT*CCACATCGACAGCTGCCAAGCTTCTGTGGAGGCCAAGTACTGTGC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3BE85TF 721 0 0
GACCACATCATTCACCATCATCACATCTCTCTCTCTCTCTTCAAACCAGCCATGGCTGTT
TCTTCAACTCCATGGGCTCTCATAGCTCTGTTTCTAATGGCCTCTTCTACTGTAATGGCG
ATTCCTCCACGGAAGGCCATTGATGTGCCATTCGGCCGAAACTACGTCCCAACTTGGGCT
TTTGACCACCAGAAGCAACTCAATGGTGGTTCTGAACTCCAACTCATCCTCGACAAATAC
ACTGGGACAGGGTTTCAATCCAAAGGGTCATATTTGTTCGGACATTTCAGTATGCACATA
AAGCTGCCAGCTGGTGATACCGCTGGGGTCGTCACTGCATTTTATCTGTCGTCGACTAAC
AACGAGCATGACGAGATAGACTTCGAGTTTCTCGGGAACAGGACAG*GCCAGCCAGCAAT
ATTGCAGACGAATGTGTTCACAGGAGGAAAGGG*AAACAGAGAGCAACGCATTTATCTCT
GGTTCGACCCTTCAAAGGCTTATCATACTTACTCCATCCTCTGGAATCTCTACCAAATTG
TATTCTTTGTTGACAACATACCAATCC*GTGTGTTCAAGAACGCTAAGGATCTAGGAGTA
CGTTTCCCATTCAACCAACCAATGAAGCTATACTCGAGCCTTTGGAACGCTGACGATTGG
GCCACCAGAGGAGGTCTAGAGAAAACCAATTGGGCTAATGCACCCTTCATAGCTTCCTAC
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3AW52TF 722 0 0
CTGTTTCTTCAACTCCATGGGCTCTCATAGCCCTGTTTCTAATGGCCTCTTCTACTGTAA
TGGCGATTCCTCCACGGAAGGCCATTGATGTGCCATTCGGCCGAAACTACGCCCCAACTT
GGGCTTTTGACCACCAGGAGCAACTCAATGGCGGTTCTGAACTCCAACTCATCCTCGACA
AATACACTGGGACAGGGTTTCAATCCAAAGGGTCATATTTGTTCGGACATTTCAGTATGC
ACATAAAGCTGCCAGCTGGTGATACCGCTGGGGTCGTCACTGCATTTTATCTGTCGTCGA
CTAACAACGAGCATGACGAGATAGACTTCGAGTTTCTCGGTAACAGGACAG*GCCAGCCA
GCAATATTGCAGACGAATGTGTTCACAGGAGGGAAGGG*AAACAGAGAGCAACGCATTTA
TCTCTGGTTCGACCCTTCAAAGGCTTATCATACTTACTCCATCCTCTGGAATCTCTACCA
AATTGTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCC*GTGTGTTCAAGAACGCAAAGGATCTAG
GAGTACGTTTCCCATTCAACCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCTTTGGAACGCTGACG
ATTGGGCCACCAGAGGAGGTCTAGAGAAAACCAATTGGGCTAATGCACCCTTCATAGCTT
CCTACAGAGGATTCCACATCGAC*GCTGCCAAGCTTCTGCGGAGGCCAAGTACTGTGCTA
CC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3AW52JQ 898 0 0
GAACTCCAACTCATCCTCGACAAATACACTGGGACAGGGTTTCAATCCAAAGGGTCATAT
TTGTTCGGACATTTCAGTATGCACATAAAGCTGCCAGCTGGTGATACCGCTGGGGTCGTC
ACTGCATTTTATCTGTCGTCGACTAACAACGAGCATGACGAGATAGACTTCGAGTTTCTC
GGTAACAGGACAG*GCCAGCCAGCAATATTGCAGACGAATGTGTTCACAGGAGGGAAGGG
*AAACAGAGAGCAACGCATTTATCTCTGGTTCGACCCTTCAAAGGCTTATCATACTTACT
CCATCCTCTGGAATCTCTACCAAATTGTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCC*GTGTG
TTCAAGAACGCAAAGGATCTAGGAGTACGTTTCCCATTCAACCAACCGATGAAGCTATAC
TCGAGCCTTTGGAACGCTGACGATTGGGCCACCAGAGGAGGTCTAGAGAAAACCAATTGG
GCTAATGCACCCTTCATAGCTTCCTACAGAGGATTCCACATCGACGGCTGCCAAGCTTCT
GCGGAGGCCAAGTACTGTGCTACCCAAGGCCGCATGTGGTGGGACCAGAATGAGTTCCGT
GACCTTGATGCCGAACAATATCGTCGTCTCAAATGGGTTCGCATGAAATGGACCATCTAC
AACTACTGTACCGACCGTACAAGGTTCCCAGTTATGCCAGCCGAATGTAAACGGGACAGA
GACGTGTGAGTACTATTTAAGGTTTCAAAACTCTCAATGAACCGGATTATTATGAGTATT
GTGCATCTGTTCAAAAGATTGCTATGAAATATGTATGCCTGTTGGTACGTTATGTTTATG
CTTTGTTTGGACCTATATTTATGTTATTATTCTATTGTTTAGCTATGTTTCTTATTAG

QA 1 898 1 898
DS 

RD RR3EH65JQ 571 0 0
GGAATCTCTACCAAATTGTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCC*GTGTGTTCAAGAAC
GCAAAGGATCTAGGAGTACGTTTCCCATTCAACCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCTT
TGGAACGCTGACGATTGGGCCACCAGAGGAGGTCTAGAGAAAACCAATTGGGCTAATGCA
CCCTTCATAGCTTCCTACAGAGGATTCCACATCGACGGCTGCCAAGCTTTTGTGGAGACC
AAGTACTGTGCTACCCAAGGCCGCATGTGGTGGGACCAGAATGAGTTCCGTGACCTTGAT
GCCGAACAATATCGTCGTCTCAAATGGGTTCGCATGAAATGGACCATTTACAACTACTGT
ACCGACCGTACAAGGTTCCCAGTTATGCCAGCCGAATGTAAACGGGACAGAGACGTGTGA
GTACTATTTAAGGTTTCAAAACTCTCAATGAACCGGATTATTATGAGTATTGTGCATCTG
TTCAAAAGATTGCTATGAAATATGTATGCCTGTTGGTACGTTATGTTTATGCTTTGTTTG
GACCTATATTTATGTTATTATTCTATTGTTT

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3DA80JQ 821 0 0
ATATTGTCGGACA
TTCAGTATGCACATAAAGCTGCCAGCTGGTGATACCACTGGGGTCGTCACTGCATTTTAT
CTGTCGTCGACTAACAACGAGCATGACGAGATAGACTTCGAGTTTCTCGGTAACAGGACA
G*GCCAGCCAGCAATATTGCAGACGAATGTGTTCACAGGAGGGAAGGG*AAACAGAGAGC
AACGCATTTATCTCTGGTTCGACCCTTCAAAGGCTTATCATACTTACTCCATCCTCTGGA
ATCTCTACCAAATTGTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCC*GTGTGTTCAAGAACGCA
AAGGATCTAGGAGTACGTTTCCCATTCAACCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCTTTGG
AACGCTGACGATTGGGCCACCAGAGGAGGTCTAGAGAAAACCAATTGGGCTAATGCACCC
TTCATAGCTTCCTACAGAGGATTCCACATCGACGGCTGCCAAGCTTCTGTGGAGGCCAAG
TACTGTGCTACCCAAGGCCGCATGTGGTGGGACCAGAATGAGTTCCGTGACCTTGATGCC
GAACAATATCGTCGTCTCAAATGGGTTCGCATGAAATGGACCATCTACAACTACTGTACC
GACCGTACAAGGTTCCCAGTTATGCCAGCCGAATGTAAACGGGACAGAGACGTGTGAGTA
CTATTTAAGGTTTCAAAACTCTCAATGAACCGGATTATTATGAGTATTGTGCATCTGTTC
AAAAGATTGCTATGAAATATGTATGCCTGTTGGTACGTTATGTTTATGCTTTGTTTGGAC
CTATATTTATGTTATTATTCTATTGTT
C

QA 14 820 14 820
DS 

RD RR3BB34JQ 834 0 0
ACATTTCAGTATGCACATAAAGCTGCCAGCTGGTGATACCGCTGGGGTCGTCACTGCATT
TTATCTGTCGTCGACTAACAACGAGCATGACGAGATAGACTTCGAGTTTCTCGGTAACAG
GACAG*GCCAGCCAGCAATATTGCAGACGAATGTGTTCACAGGAGGGAAGGG*AAACAGA
GAGCAACGCATTTATCTCTGGTTCGACCCTTCAAAGGCTTATCATACTTACTCCATCCTC
TGGAATCTCTACCAAATTGTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCC*GTGTGTTCAAGAA
CGCAAAGGATCTAGGAGTACGTTTCCCATTCAACCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCT
TTGGAACGCTGACGATTGGGCCACCAGAGGAGGTCTAGAGAAAACCAATTGGGCTAATGC
ACCCTTCATAGCTTCCTACAGAGGATTCCACATCGACGGCTGCCAAGCTTCTGTGGAGGC
CAAGTACTGTGCTACCCAAGGCCGCATGTGGTGGGACTAGAATGAGTTCCGTGACCTTGA
TGCCGAACAATATCGTCGTCTCAAATGGGTTCGCATGAAATGGACCATCTACAACTACTG
TACCGACCGTACAAGGTTCCCAGTTATGCCAGCCGAATGTAAACGGGACAGAGACGTGTG
AGTACTATTTAAGGTTTCAAAACTCTCAATGAACCGGATTATTATGAGTATTGTGCATCT
GTTCAAAAGATTGCTATGAAATATGTATGCCTGTTGGTACGTTATGTTTATGCTTTGTTT
GGACCTATATTTATGTTATTATTCTATTGTTTAGCTATGTTTCTTATTAGTTCC

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR3CM12JQ 793 0 0
GTTTCTCGGTAACAGGACAG*GCCAGCCAGCAATATTGCAGACGAATGTGTTCACAGGAG
GGAAGGG*AAACAGAGAGCAACGCATTTATCTCTGGTTCGACCCTTCAAAGGCTTATCAT
ACTTACTCCATCCTCTGGAATCCCTACCAAATTGTATTCTTTGTTGACAACATACCAATC
C*GTGTGTTCAAGAACGCAAAGGATCTAGGAGTACGTTTCCCATTCAACCAACCGATGAA
GCTATACTCGAGCCTTTGGAACGCTGACGATTGGGCCACCAGAGGAGGTCTAGAGAAAAC
CAATTGGGCTAATGCACCCTTCATAGCTTCCTACAGAGGATTCCACATCGACGGCTGCCA
AGCTTCTGTGGAGGCCAAGTACTGTGCTACCCAAGGCCGCATGTGGTGGGACCAGAATGA
GTTCCGTGACCTTGATGCCGAACAATATCGTCGTCTCAAATGGGTTCGCATGAAATGGAC
CATCCACAACTACTGTACCGACCGTACAAGGTTCCCAGTTATGCCAGCCGAATGTAAACG
GGACAGAGACGTGTGAGTACTATTTAAGGTTTCAAAACTCTCAATGAACCGGATTATTAT
GAGTATTGTGCATCTGTTCAAAAGATTGCTATGAAATATGTATGCCTGTTGGTACGTTAT
GTTTATGCTTTGTTTGGACCTATATTTATGTTATTATTCTATTGTTTAGCTATGTTTCTC
ATTAGTTCCAAAAAAGAGAGCTACGTTTCTTATCTATCACGTGATTTATAAAACTTACAA
GTCTTTT
ATTGAC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3FP33JQ 761 0 0
CCAGCAATATTGCAGACGAATGTGTTCACAGGAGGGAAGGG*AAACAGAGAGCAACGCAT
TTATCTCTGGTTCGACCCTTCAAAGGCTTATCATACTTACTCCATCCTCTGGAATCTCTA
CCAAATTGTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCC*GTGTGTTCAAGAACGCAAAGGATC
TAGGAGTACGTTTCCCATTCAACCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCTTTGGAACGCTG
ACGATTGGGCCACCAGAGGAGGTCTAGAGAAAACCAATTGGGCTAATGCACCCTTCATAG
CTTCCTACAGAGGATTCCACATCGACGGCTGCCAAGCTTCTGTGGAGGCCAAGTACTGTG
CTACCCAAGGCCGCATGTGGTGGGACCAGAATGAGTTCCGTGACCTTGATACCGAACAAT
ATCGTCGTCTCAAATGGGTTCGCATGAAATGGACCATCTACAACTACTGTACCGACCGTA
CAAGGTTCCCAGTTATGCCAGCCGAATGTAAACGGGACAGAGACGTGTGAGTACTATTTA
AGGTTTCAAAACTCTCAATGAACCGGATTATTATGAGTATTGTGCATCTGTTCAAAAGAT
TGCTATGAAATATGTATGCCTGTTGGTACGTTATGTTTATGCTTTGTTTGGACCTATATT
TATGTTATTATTCTATTGTTTAGCCATGTTTCTTATTAGTTCCAAAAAAGAGAGCTACGT
TTCTTATCTATCACGTGATTTATAAAACTTACAAGTCTTTT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3GA64JQ 691 0 0
CCTTCAAAGGCTTATCATACTTACTCCATCCTCTGGAATCTCTACCAAATTGTATTCTTT
GTTGACAACATACCAATCC*GTGTGTTCAAGAACGCAAAGGATCTAGGAGTACGTTTCCC
ATTCAACCAATCGATGAAGCTATACTCGAGCCTTTGGAACGCTGACGATTGGGCCACCAG
AGGAGGTCTAGAGAAAACCAATTGGGCTAATGCACCCTTCATAGCTTCCTACAGAGGATT
CCACATCGACGGCTGCCAAGCTTCTGTGGAGGCCAAGTACTGTGCTACCCAAGGCCGCAT
GTGGTGGGACCAGAATGAGTTCCGTGACCTTGATGCCGAACAATATCGTCGTCTCAAATG
GGTTCGCATGAAATGGACCATCTACAACTACTGTACCGACCGTACAAGGTTCCCAGTTAT
GCCAGCCGAATGTAAACGGGACAGAGACGTGTGAGTACTATTTAAGGTTTCAAAACTCTC
AATGAACCGGATTATTATGAGTATTGTGCATCTGTTCAAAAGATTGCTATGAAATATGTA
TGCCTGTTGGTACGTTATGTTTATGCTTTGTTTGGACCTATATTTATGTTATTATTCTAT
TGTTTAGCTATGTTTCTTATTAGTTCCAAAAAAGAGAGCTACGTTTCTTATCTATCACGT
GATTTATAAAACTTACAAGTCTTTTATTGGC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3DT19JQ 656 0 0
GAATCTCTACCAAATTGTATTCTTTGTTGACAACATACCAATCC*GTGTGTTCAAGAACG
CAAAGGATCTAGGAGTACGTTTCCCATTCAACCAACCGATGAAGCTATACTCGAGCCTTT
GGAACGCTGACGATTGGGCCACCAGAGGAGGTCTAGAGAAAACCAATTGGGCTAATGCAC
CCTTCATAGCTTCCTACAGAGGATTCCACATCGACGGCTGCCAAGCTTCTGTGGAGGCCA
AGTACTGTGCTACCCAAGGCCGCATGTGGTGGGACCAGAATGAGTTCCGTGACCTTGATG
CCGAACAATATCGTCGTCTCAAATGGGTTCGCATGAAATGGACCATCTACAACTACTGTA
CCGACCGTACAAGGTTCCCAGTTATGCCAGCCGAATGTAAACGGGACAGAGACGTGTGAG
TACTATTTAAGGTTTCAAAACTCTCAATGAACCGGATTATTATGAGTATTGTGCATCTGT
TCAAAAGATTGCTATGAAATATGTATGCCTGTTGGTACGTTATGTTTATGCTTTGTTTGG
ACCTATATTTATGTTATTATTCTATTGTTTAGCTATGTTTCTTATTAGTTCCAAAAAAGA
GAGCTACGTTTCTTATCTATCACGTGATTTATAAAACTTACAAGTCTTTT
ATTGAC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 19

CO CL13Contig1 1412 19 30 U
GATCACACAACACAAGGGTATATATAAAGGGGGAACTGACAAGGCTGTGGGCTTTGGCAC
TGAAACCTACATTGAATTCAAGTAAGGCCCAAATAGTTTTTCTTATTCAATTTGACTATT
TGATGTAAGACGTA*****GTAGGGGTGTGAAAGCATACTACATAAGCTGAAACTAATTA
AAACCAACATCGCTAATCATCGTTTTAGTCCTTTATTTTTCAAACTTCTCCAAGACAA*A
GAGAGAGTTTCTACTTCAACCACAATTACATCGCCGACTGGAAGATCATCTCAGCGAGTT
CCTGTTTAGCAGAAGGAACCTTTGGTTCTCCAAACTCTTTAGCCTTCTTCTCAAGATACT
CAAAATCAGCTTTGCCTTCTTCTATTTGCTTCCCAAGTTCAGTGTTCCAGCTTGAGTATC
TCTTGCCTACCAATTCACCTAGACGTCCATCCTCCAAGATCTTGGCTGCATTTCTCAGTC
CACGAGCGACTGTGTCCATCCCACTAATATGAGCAATGAACAAGTCTTCAACATCTGTAC
TCTCTCTTCGCAGTTTGGCATCGAAGTTGAAGCCTCCTGGAGCAATCCCACCGTTTTTGA
TGACACTCATCATAACCATGGTTGCTTCACCAACATCTGTAAGAAACTGATCTGTATCCC
ATCCAGTTTGAGCATCGCCAGTGTTTGCATCAATGTTACCAAGCAAACCGTTAATTCTTG
CAGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGTGTGACCAGAAAGCGTTGCGTGGTTACACTCAATGT
TGAGTTTAAACTCGTTGATAAGTCCGTATTTCCTGAGGAAGTTGGCAGCTGTTGCAGCAT
CCCAGTCATACTGGTGCTTGGTTGGTTCTTGAGGCTTCGGCTCGATTAAAAGCGTTCCGT
TGAATCCAATCTTCTTCTTGTAAGCAACAGCAGCTTCAAAGAACCTGGCCATATGATCAA
GCTCTCTTTCCATATCAGTGTTCAGAAGTGTCTGATAACCTTCACGACCACCCCAGAAAA
CATAGTTTTCACCTCCCAGGTAATGTGTCACCTCCATGGCCTTCTTCACCTGAGCGGCAG
CGTAAGCATAGACTCCAACCTCAGAGCTGGTTGCTCCTCCATGCATGTAACGAGGATGCA
AGAAAAGCTGAGCTGTTCCCCACAATGGTTTGATCTTGCTTCCCTTTTGGAGTTCTTTGG
CGAGTTCGATAACTTCATCCAAATTTTTGTTAGATTCCTCAAGTGTGTTGCCATCAGGGG
CAATGTCTCTGTCATGGAAACACCACCAATCAACTCCAAGTTTCTTCAAAAACTCAAAGT
TGGCTCTCATTCTTCTCTTGGCCATAGAGACAGAGTTAGTACCATCTTCCCAGGGCCAAT
ACTTTGTAGCAGCACCAAATGGGTCACCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 40 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 
50 50 50 15 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 35 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 10 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 10 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 30 30 55 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 
50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 10 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 30 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 
70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 0 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 15 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 20 80 50 20 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 90 90 90 90 90 90 40 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 60 90 90 20 90 90 90 90 90 90 90 90 20 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 75 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 40 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 
95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 80 80 80 75 35 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 35 30 30 30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 30 30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AAACCAACATCGCTAATCATCGTTTTAGTCCTTTATTTTTCAAACTTCTCC

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DS 

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AT
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TGTGAAAGCATAATACATAAGCTGAAACTAATTAAAACCAACATCTCTAATCATCGTTTT
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TACATCGCCGACTGGA

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DS 

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TGTGAAAGCATAATACATGAGCTGAAACTAATTAAAACCAACATCTCTAATCATCGTTTT
AGTCCTTTATTTTTCAAACTTCTCCAAGACAA*AGAGAGAGTTTCTACTTCAACCACAAT
TACATCGCCGACTGGAAGATCATCTCAGCGAGTTCCTGTTTAGCAGAAGGAACCTTTGGT
TCTCCAAACTCTTTAGCCTTCTTCTCAAGATACTCAAAATCAGCTTTGCCTTCTTCTATT
TGCTTCCCAAGTTCAGAGTTCCAGCTTGAGTATCTCTTTCCTACCAATTCACTTAGACGT
CCATCCTCCAAGATCTTGGCTGCATTTCTCAGTCCACGAGCGACTGTGTCCATTCCACTA
ATATGAGCAATGAACAAGTCTTCAACATCTGTACTCTCTCTTCGCAGTTTAGCGTCGAAG
TTGAAGCCTCCTGGAGCAATCCCACCGTTTTTGATGACACTCATCATAACCATTGTTGCT
TCTCCAACATCTGTAAGAAACTGATCTGTATCCCATCCAGTTTGAGCATCGCCAGTGTTT
GCATCAATGTTACCAAGCAAACCGTTAATTCTTGCAGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGTG
TGACCAGAAAGCGTTGCGTGGTTACACTCAATGTTGAGTTTAAACTCGTTGATAAGTCCG
TATTTCC

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DS 

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CTCCAAACTCTTTAGCCTTCTTCTCAAGATACTCAAAATCAGCTTTGCCTTCTTCTATTT
GCTTCCCAAGTTCAGAGTTCCAGCTTGAGTATCTCTTTCCTACCAATTCACTTAGACGTC
CATCCTCCAAGATCTTGGCTGCATTTCTCAGTCCACGAGCGACTGGGTCCATTCCACTAA
TATGAGCAATGAACAAGTCTTCAACATCTGTACTCTCTCTTCGCAGTTTAGTGTCGAAGT
TGAAGCCTCCTGGAGCAATCCCACCGTTTTTGATGACACTCATCATAACCATTGTTGCTT
CTCCAACATCTGTAAGAAACTGATCTGTATCCCATCCAGTTTGAGCATCGCCAGTGTTTG
CATCAATGTTACCAAGCAAACCGTTAATTCTTGCAGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGTGT
GACCAGAAAGCGTTGCGTGGTTACACTCAATGTTGAGTTTAAACTCGTTGATAAGTCCGT
ATT
C

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DS 

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GACTGGAAGATC***TCAGCGAGTTCCTGTTTAGCAGAAGGAACCTTTGGTTCTCCAAAC
TCTTTAGCCTTCTTCTCAAGATACTCAAAATCAGCTTTGCCTTCTTCTATTTGCTTCCCA
AGTTCAGAGTTCCAGCTTGAGTATCTCTTTCCTACCAATTCACTTAGACGTCCATCCTCC
AAGATCTTGGCTGCATTTCTCAGTCCACGAGCGACTGGGTCCATTCCACTAATATGAGCA
ATGAACAAGTCTTCAACATCTGTACTCTCTCTTCGCAGTTTAGTGTCGAAGTTGAAGCCT
CCTGGAGCAATCCCACCGTTTTTGATGACACTCATCATAACCATTGTTGCTTCTCCAACA
TCTGTAAGAAACTGATCTGTATCCCATCCAGTTTGAGCATCGCCAGTGTTTGCATCAATG
TTACCAAGCAAACCGTTAATTCTTGCAGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGTGTGACCAGAA
AGCGTTGCGTGGTTACACTCAATGTTGAGTTTAAACTCGTTGATAAGTCCGTATT
C

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DS 

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G
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TTCTCCAAACTCTTTAGCCTTCTTCTCAAGATACTCAAAATCAGCTTTGCCTTCTTCTAT
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TGCATCAATGTTACCAAGCAAACCGTTAATTCTTGCAGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGT
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TTCTCCAAACTCTTTAGCCTTCTTCTCAAGATACTCAAAATCAGCTTTGCCTTCTTCTAT
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AATATGAGCAATGAACAAGTCTTCAAAATCTGTACTCTCTCTTCGCAGTTTGGCATCGAA
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TGCATCAATGTTACCAAGCAAACCGTTAATTCTTGCAGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGT
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TTCT

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DS 

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AATATGAGCAATGAACAAGTCTTCAACATCTGTACTCTCTCTTCGCAGTTTAGCGTCGAA
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DS 

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G
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TAGTCAT**ATTTTTCAAACTTCTCCAAGACAAGAGAGAGAGTTTCTACTTCAACCACAA
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TCCATCCTCCAAGATCTTGGCTGCATTTCTCAGTCCACGAGCGACTGTGTCCATCCCACT
AATATGAGCAATGAACAAGTCTTCAACATCTGTACTCTCTCTTCGCAGTTTGGCATCGAA
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TGCATCAATGTTACCAAGCAAACCGTTAATTCTTGCAGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGT
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GTATTTCCTGAGGAAGTTGGCAGCTGTTGCAGCATCCCAGTCATACTGGTGCT

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DS 

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AGAGAGTTTCTACTTCAACCACAATTACATTGCCGACTGGAAGATCATCTCAGCGAGTTC
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ACGAGCGACTGTGTCCATCCCACTAATATGAGCAATGAACAAGTCTTCAACATCTGTACT
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AGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGTGTGACCAGAAAGCGTTGCGTGGTTACACTCAATGTT
GAGTTTAAACTCGTTGATAAGTCCGTATTTCCTGAGGAAGTTGGCAGCTGTTGCAGCATC
CCAGTCATACTGGTGCTTGGTTGGTTCTTGAG*CTTCG*CTCGATTAAAAGCGTTCCGTT
GAATCCA

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DS 

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C
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GTGTGAAAGCATACTACATAAGCTGAAACTAATTAAAACCAACATCGCTAATCATCGTTT
TAGTCCTTTATTTTTCAAACTTCTCCAAGACAAGAGAGAGAGTTTCTACTTCAACCACAA
TTACATTGCCGACTGGAAGATCATCTCAGCGAGTTCCTGTTTAGCAGAAGGAACCTTTGG
TTC**CAAACTCTTTAGCCTTCTTCTCAAGATACTCAAAATCAGCTTTGCCTTCTTCTAT
TTGCTTCCCAAGTTCAGTGTTCCAGCTTGGGTATCTCTTGCCTACCAATTCACCTAGACG
TCCATCCTCCAAGATCTTGGCTGCATTTCTCAGTCCACGAGCGACTGTGTCCATCCCACT
AATATGAGCAATGAACAAGTCTTCAACATCTGTACTCTCTCTTCGCAGTTTGGCATCGAA
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TTCACCAACATCTGTAAGAAACTGATCTGTATCCCATCCAGTTTGAGCATCGCCAGTGTT
TGCATCAATGTTACCAAGCAAACCGTTAATTCTTGCAGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGT
GTGACCAGAAAGCGTTGCGTGGTTACACTCAATGTTGAGTTTAAACTCGTTGATAAGTCC
GTATTTCCTGAGGAAGTCGGCAGCTGTTGCAGCATCCCAGTCATACTGGTGCTTGGTTGG
TTCTTGAGGCTTCG*CTCGATTAAA*GCGTTCCGTTGAATCCAATCTTCTTCTTGTAG**
CACAGCAGCTTCAAG**ACCTGGCCATATGATCA
GCTC

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DS 

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A
TTTTCAAACTTCTCCAAGACAA*AGAGAGAGTTTCTACTTCAACCACAATTACATCGC*G
ACTGGAAGATCATCTCAGCGAGTTCCTGTTTAGCAGAAGGAACCTTTGGTTCTCCAAACT
CTTTAGCCTTCTTCTCAAGATACTCAAAATCAGCTTTGCCTTCTTCTATTTGCTTCCCAA
GTTCAGAGTTCCAGCTTGAGTATCTCTTTCCTACCAATTCACTTAGACGTCCATCCTCCA
AGATCTTGGCTGCATTTCTCAGTCCACGAGCGACTGTGTCCATTCCACTAATATGAGCAA
TGAACAAGTCTTCAACATCTGTACTCTCTCTTCGCAGTTTAGCGTCGAAGTTGAAGCCTC
CTGGAGCAATCCCACCGTTTTTGATGACACTCATCATAACCATTGTTGCTTCTCCAACAT
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TACCAAGCAAACCGTTAATTCTTGCAGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGTGTGACCAGAAA
GCGTTGCGTGGTTACACTCAATGTTGAGTTTAAACTCGTTGATAAGTCCGTATTTCCTCA
GGAAGTTGGCAGCTGTTGCAGCATCCCAGTCATACTGGTGCTTGGTTGGTTCTTGAGGCT
TCGGCTCGATTAAAAGCGTTCCGTTGAATCCAATCTTCTTCTTGTAA
C

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CATTTCTCAGTCCACGAGCGACTGTGTCCATCCCACTAATATGAGCAATGAACAAGTCTT
CAACATCTGTACTCTCTCTTCGCAGTTTGGCATCGAAGTTGAAGCCTCCTGGAGCAATCC
CACCGTTTTTGATGACACTCATCATAACCATGGTTGCTTCACCAACATCTGTAAGAAACT
GATCTGTATCCCATCCAGTTTGAGCATCGCCAGTGTTTGCATCAATGTTACCAAGCAAAC
CGTTAATTCTTGCAGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGTGTGACCAGAAAGCGTTGCGTGGT
TACACTCAATGTTGAGTTTAAACTCGTTGATAAGTCCGTATTTCCTGAGGAAGTTGGCAG
CTGTTGCAGCATCCCAGTCATACTGGTGCTTGGTTGGTTCTTGAGGCTTCGGCTCGATTA
AAAGCGTTCCGTTGAATCCAATCTTCTTCTTGTAAGCAACAGCAGCTTCAAAGAACCTGG
CCATATGATCAAGCTCTCTTTCCATATCAGTGTTCAGAAGTGTCTGATAACCTTCACGAC
CACCCCAGAAAACATAGTTTTCACCTCCCAGGTAATGTGTCACCTCCATGGCCTTCTTCA
CCTGAGCGGCAGCGTAAGCATAGACTCCAACCTCAGAGCTGGTTGCTCCTCC
C

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DS 

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GTGTCCATCCCACTAATATGAGCAATGAACAAGTCTTCAACATCTGTACTCTCTCTTCGC
AGTTTGGCATCGAAGTTGAAGCCTCCTGGAGCAATCCCACCGTTTTTGATGACGCTCATC
ATAACCATGGTTGCTTCACCAACATCTGTAAGAAACTGATCTGTATCCCATCCAGTTTGA
GCATCGCCAGTGCTTGCATCAATGTTACCAAGCAAACCGTTAATTCTTGCAGTTTCAAGC
TCGTGATGGCAGGTGTGACCAGAAAGCGTTGCGTGGTTACACTCAATGTTGAGTTTAAAC
TCGTTGATAAGTCCGTATTTCCTGAGGAAGTTGGCAGCTGTTGCAGCATCCCAGTCATAC
TGGTGCTTGGTTGGTTCTTGAGGCTTCGGCTCGATTAAAAGCGTTCCGTTGAATCCAATC
TTCTTCTTGTAAGCAACAGCAGCTTCAAAGAACCTGGCCATATGATCAAGCTCTCTTTCC
ATATCAGTGTTCAGAAGTGTCTGATAACCTTCACGACCACCCCAGAAAACATAGTTTTCA
CCTCCCAGGTAATGTGTCACCTCCATGGCCTTCTTCACCTGAGCGGCAGCGTAAGCATAG
ACTCC
CC

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DS 

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CCCACTAATATGAGCAATGAACAAGTCTTCAACATCTGTACTCTCTCTTCGCAGTTTGGC
ATCGAAGTTGAAGCCTCCTGGAGCAATCCCACCGTTTTTGATGACGCTCATCATAACCAT
GGTTGCTTCACCAACATCTGTAAGAAACTGATCTGTATCCCATCCAGTTTGAGCATCGCC
AGTGCTTGCATCAATGTTACCAAGCAAACCGTTAATTCTTGCAGTTTCAAGCTCGTGATG
GCAGGTGTGACCAGAAAGCGTTGCGTGGTTACACTCAATGTTGAGTTTAAACTCGTTGAT
AAGTCCGTATTTCCTGAGGAAGTTGGCAGCTGTTGCAGCATCCCAGTCATACTGGTGCTT
GGTTGGTTCTTGAGGCTTCGGCTCGATTAAAAGCGTTCCGTTGAATCCAATCTTCTTCTT
GTAAGCAACAGCAGCTTCAAAGAACCTGGCCATATGATCAAGCTCTCTTTCCATATCAGT
GTTCAGAAGTGTCTGATAACCTTCACGACCACCCCAGAAAACATAGTTTTCACCTCCCAG
GTAATGTGTCACCTCCATGGCCTTCTTCACCTGAGCGGCAGCGTAAGCATAGACTCC
CC

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DS 

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CCATCCAGTTTGAGCATCGCCAGTGTTTGCATCAATGTTACCAAGCAAACCGTTAATTCT
TGCGGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGTGTGACCAGAAAGCGTTGCGTGGTTACACTCAAT
GTTGAGTTTAAACTCGTTGATAAGTCCGTATTTCCTCAGGAAGTTGGCAGCTGTTGCAGC
ATCCCAGTCATACTGGTGCTTGGTTGGTTCTTGAGGCTTCGGCTCGATTAAAAGCGTTCC
GTTGAATCCAATCTTCTTCTTGTAAGCAACAGCAGCTTCAAAGAACCTGGCCATATGATC
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AACATAGTTTTCACCTCCCAGGTAATGTGTCACTTCCATGGCCTTCTTCACCTGAGCGGC
GGCGTAAGCATAGACTCCAACCTCAGAGCTGGTTGCTCCTCC
C

QA 1 522 1 522
DS 

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AGCCTCCTGGAGCAATCCCACCGTTTTTGATGACACTCATCATAACCATGGTTGCTTCAC
CAACATCTGTAAGAAACTGATCTGTATCCCATCCAGTTTGAGCATCGCCAGTGTTTGCAT
CAATGTTACCAAGCAAACCGTTAATTCTTGCAGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGTGTGAC
CAGAAAGCGTTGCGTGGTTACACTCAATGTTGAGTTTAAACTCGTTGATAAGTCCGTATT
TCCTGAGGAAGTTGGCAGCTGTTGCAGCATCCCAGTCATACTGGTGCTTGGTTGGTTCTT
GAGGCTTCGGCTCGATTAAAAGCGTTCCGTTGAATCCAATCTTCTTCTTGTAAGCAACAG
CAGCTTCAAAGAACCTGGCCATATGATCAAGCTCTCTTTCCATATCAGTGTTCAGAAGTG
TCTGATAACCTTCACGACCACCCCAGAAAACATAGTTTTCACCTCCCAGGTAATGTGTCA
CCTCCATGGCCTTCTTCACCTGAGCGGCAGCGTAAGCATAGACTCCAACCTCAGAGCTGG
TTGCTCCTCCATGCATGTAACGAGGATGCAAGAAAAGCTGAGCTGTTCCCCACAATGGTT
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DS 

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TTTTGATGACACTCATCATAACCATGGTTGCTTCACCAACATCTGTAAGAAACTGATCTG
TATCCCATCCAGTTTGAGCATCGCCAGTGTTTGCATCAATGTTACCAAGCAAACCGTTAA
TTCTTGCAGTTTCAAGCTCGTGATGGCAGGTGTGACCAGAAAGCGTTGCGTGGTTACACT
CAATGTTGAGTTTAAACTCGTTGATAAGTCCGTATTTCCTGAGGAAGTCGGCAGCTGTTG
CAGCATCCCAGTCATACTGGTGCTTGGTTGGTTCTTGAGGCTTCGGCTCGATTAAAAGCG
TTCCGTTGAATCCAATCTTCTTCTTGTAAGCAACAGCAGCTTCAAAGAACCTGGCCATAT
GATCAAGCTCTCTTTCCATATCAGTGTTCAGAAGTGTCTGATAACCTTCACGACCACCCC
AGAAAACATAGTTTTCACCTCCCAGGTAATGTGTCACCTCCATGGCCTTCTTCACCTGAG
CGGCAGCGTAAGCATAGACTCCAACCTCAGAGCTGGTTGCTCCTCCATGCATGTAACGAG
GATGCAAGAAAAGCTGAGCTGTTCCCCACAATGGTTTGATCTTGCTTCCCTTTTGGAGTT
CTTTGGCGAGTTCGATAACTTCATCCAAATTTTTGTTAGATTCCTCAAGTGTGTTGCCAT
CAGGGGCAATGTCTCTGTCATGGAAACACCACCAATCAACTCCAAGTTTCTTCAAAAA

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DS 

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CTCAATGTTGAGTTTAAACTCGTTGATAAGTCCGTATTTCCTGAGGAAGTTGGCAGCTGT
TGCAGCATCCCAGTCATACTGGTGCTTGGTTGGTTCTTGAGGCTTCGGCTCGATTAAAAG
CGTTCCGTTGAATCCAATCTTCTTCTTGTAAGCAACAGCAGCTTCAAAGAACCTGGCCAT
ATGATCAAGCTCTCTTTCCATATCAGTGTTCAGAAGTGTCTGATAACCTTCACGACCATC
CCAGAAAACATAGTTTTCACCTCCCAGGTAATGTGTCACCTCCATGGCCTTCTTCACCTG
AGCGGCAGCGTAAGCATAGACTCCAACCTCAGAGCTGGTTGCTCCTCCATGCATGTAACG
AGGATGCAAGAAAAGCTGAGCTGTTCCCCACAATGGTTTGATCTTGCTTCCCTTTTGGAG
TTCTTTGGCGAGTTCGATAACTTCATCCAAATTTTTGTTAGATTCCTCAAGTGTGTTGCC
ATCAGGGGCAATGTCTCTGTCATGGAAACACCACCAATCAACTCCAAGTTTCTTCAAAAA
CTCAAAGTTGGCTCTCATTCTTCTCTTGGCCATAGAGACAGAGTTAGTACCATCTTCCCA
GGGCCAATACTTTGTAGCAGCACCAAATGGGTCACCTCCC

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DS 



AS 3 19

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CTTTATTAATTCACACGCATGCAACACACAAACATGAAACAAAACAAAAGAAACCAAACT
CGTTTGAGGTCTGGTTTTGGATCATATCTTGGCGAAGTCAACGGTCTTCTTTCCATCATG
TGCTTTCTTGAAGAAGTACCTGACATAATCAGAGTACACAACGTCTTTATAAATCGGTTC
CTCACCCTTTGCGACCACCTCAGGGAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTTTTGGATTCAC
AAAGATAGGAACCGAGATTCTGTTGTTGCTACCGTTAGCTAAGACACGATGCTCCACGCT
CTTGTAACGACCGTTGCTCAAGATCTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCACAAAGGATCC
GGGAACCGGTGGCACGTGGACCCAGTTCCCTGAGGATAGGGAACGAACGTGGAGGCCACC
GATTTGGTCTTGTAAGAAAATGGTGAGGGAAGAGACGTCTGAGTGGCGACCAACGCCAAC
GGTTAAGTCAGGGTTAGGACAGATGGGATAGTAGTTGAGGTTGACTCGGATTGAGCCCAT
GAAGAGTGACTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTTTCACGTTGAGATTCTTTCCTAAATACTC
TAGAAGCTTCCTCACCATTGTCTTTGACTTGTTCATGTACTCTAGAGCTTCATTCTTGCA
AACATCAGGCCAAAACTGTTCAGCTTCAGCTTCGGACACAAAGAAGAGACTGAGGTAATC
TTTCCACTCGAGAGCTTTCTCAGCCCGAGGACTGAAACTAGTACCAAACCTAACATTGGT
CGAAAGAGAGTTCTCCTTTGTGTACTTGCTCTTCTCCTCAACAGGAAGATTAAAGAACCT
GTGAGTGGCGGCCTTCACGTTTTCAAGAACATCCAAAGGAACTCCATGGTTGATCACTTG
AAAGAAACCCCATTTCTCAGCAGCGTCACAGATAGCTTCAGCTACTTTGTGCTCGTCGGG
GTTCGACATGTCGATGACTGGTATAGCCTCGTCTGTCTCGTTGACGAACTTGTTGATGAG
ACGCTCTTCGAATGGTTGAATGTATTGGTCTGGAAGAGCTTTGATTCCTGTCTCTGATAA
ACCCTTTACGCCATTGCCTTTGTTGACCACGAACTCGGTTACTTCAGCTGGGTCTGCGAA
CTGTGCCATGGAGAGTGTTGGAGCCATTTGTGTTGAAAACTTGGAATAAAGGTTTGGAGC
TTTGGATTTGGATTGTGTTGTCC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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C

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DS 

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GG
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AAATCGGTTCCTCACCCTTTGCGACCACCTCAGGGAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTT
TTGGATTCACAAAGATAGGAACCGAGATTCTGTTGTTGCTACCGTTAGCTAAGACACGAT
GCTCCACGCTCTTGTAACGACCGTTGCTCAAGATCTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCA
CAAA

QA 3 366 3 366
DS 

RD RR3G918JQ 440 0 0
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CTTTATTAATTCACACGCATGCAACACACAAACATGAAACAAAACAAAAGAAACCAAACT
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TGCTTTCTTGAAGAAGTACCTGACATAATCAGAGTACACAACGTCTTTATAAATCGGTTC
CTCACCCTTTGCGACCACCTCAGGGAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTTTTGGATTCAC
AAAGATAGGAACCGAGATTCTGTTGTTGCTACCGCTAGCTAAGACACGATGCTCCACGCT
CTTGTAAAGACCGTTGCTCAAGATCTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCACAAAAGATCC
GGGAACCGGTGGCACGTGGA

QA 1 440 1 440
DS 

RD RR3D391JQ 515 0 0
GCAACACTTTTAGTTTTATAAAAGAGAAATTGTATACAACACAGTATTGAAGAGAGTCTT
CTTTATTAATTCACACGCATGCAACACACAAACATGAAACAAAACAAAAGAAACCAAACT
CGTTTGAGGTCTGGTTTTGGATCATATCTTGGCGAAGTCAACGGTCTTCTTTCCATCCTG
TGCTTTCTTGAAGAAGTACCTGACATAATCAGAGTACACAACGTCTTTATAAATCGGTTC
CTCACCCTTTGCGACCACCTCAGGGAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTTTTGGATTCAC
AAAGATAGGAACCGAGATTCTGTTGTTGCTACCGTTAGCTAAGACACGATGCTCCACGCT
CTTGTAACGACCGTTGCTCAAGATCTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCACAAAGGATCC
GGGAACCGGTGGCACGTGGACCCAGTTCCCTGAGGATAGGGAACGAACGTGGAGGCCACC
GATTTGGTCTTGTAAGAAAATGGTGAGGGAAGAGA

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3FY78JQ 463 0 0
GG
AGAGAGTCTTCTTTATTAATTCACACGCATGCAACACACAAACATGAAACAAAACAAAAG
AAACCAAACTCGTTTGAGGTCTGGTTTTGGATCATATCTTGGCGAAGTCAACGGTCTTCT
TTCCATCATGTGCTTTCTTGAAGAAGTACCTGACATAATCAGAGTACACAACGTCTTTAT
AAATAGGTTCCTCACCCTTTGCGACCACCTCAGGGAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTT
TTGGATTCACAAAGATAGGAACCGAGATTCTGTTGTTGCTACCGTTAGCTAAGACACGAT
GCTCCACGCTCTTGTAACGACCGTTGCTCAAGATCTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCA
CAAAGGATCCGGGAACCGGTGGCACGTGGACCCAGTTCCCTGAGGATAGGGAACGAACGT
GGAGGCCACCGATTTGGTCTTGTAAGAAAATGGTGAGGGAA

QA 3 463 3 463
DS 

RD RR3E843JQ 670 0 0
GG
AGAGAGTCTTCTTTATTAATTCACACGCATGCAACACACAAATATGAAACAAAACAAAAG
AAACCAAACTCGTTTGAGGTCTGGTTTTGGATCATCTCTTGGCGAAGTCAACGGTCTTCT
TTCCATCATGTGCTTTCTTGAAGAAGTACCTGACGTAATCAGAGTACACAACGTCTTTAT
AAATCGGTTCCTCACCCTTTGCGACCACCTCGGGGAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTT
TTGGATTCACAAAGATAGGAACCGAGATTCTGTTGTTGCTACCGTTAGCTAAGACACGAT
GCTCCACGCTCTTGTAACGACCGTTGCTCAAGATCTGCATGGCATCTCCTATGTTGATCA
CAAAGGATCCGGGAACCGGTGGTACGTGGACCCAGTTCTCTGAGGATAAGGAACGCACGT
GGAGGCCACCGATTTGGTCTTGTAAGAAAATGGTGAGGGAAGAGACGTCTGAGTGACGAC
CAACGCCAACGGTTAAGTCAGGATTAGGACAGACGGGGTAGTAGTTGAGGTTGACACGGA
TTGAGCCCATGAAAAGTGACTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTTTCACGTTGAGATTTTTTC
CTAAATACTCTAGAAGCTTCCTCACCATTGTCTTTGACTTGTTCATGTACTCTAGAGCTT
CATTC
GTG

QA 3 667 3 667
DS 

RD RR3FJ78JQ 800 0 0
GCAACACTTTTAGTTTTATAAAAGAGAAATTGTATACAACACAGTATTGAAGAGAGTCTT
CTTTATTAATTCACACGCATGCAACACACAAACATGAAACAAAACAAAAGAAACCAAACT
CGTTTGAGGTCTGGTTTTGGATCATATCTTGGCGAAGTCAACGGTCTTCTTTCCATCATG
TGCTTTCTTGAAGAAGTACCTGACATAATCAGAGTACACAACGTCTTTATAAATCGGTTC
CTCACCCTTTGCGACCACCTCAGGGAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTTTTGGATTCAC
AAAGATAGGAACCGAGATTCTGTTGTTGCTACCGTTAGCTAAGACACGATGCTCCACGCT
CTTGTAACGACCGTTGCTCAAGATCTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCACAAAGGATCC
GGGAACCGGTGGCACGTGGACCCAGTTCCCTGAGGATAGGGAACGAACGTGGAGGCCACC
GATTTGGTCTTGTAAGAAAATGGTGAGGGAAGAGACGTCTGAGTGGCGACCAACGCCAAC
GGTTAAGTCAGGGTTAGGACAGATGGGATAGTAGTTGAGGTTGACTCGGATTGAGCCCAT
GAAGAGTGACTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTTTCACGTTGAGATTCTTTCCTAAATACTC
TAGAAGCTTCCTCACCATTGTCTTTGACTTGTTCATGTACTCTAGAGCTTCATTCTTGCA
AACATCAGGCCAAAACTGTTCAGCTTCAGCTTCGGACACAAAGAAGAGACTGAGGTA*TC
TTTCCACTCGAGAGCTTTCT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3GA50JQ 740 0 0
GAAGAGAGTCTTCTTTATTAATTCACACGCATGCAACACACAAATATGAAACAAAACAAA
AGAAACCAAACTCGTTTGAGGTCTGGTTTTGGATCATATCTTGGCGAAGTCAACGGTCTT
CTTTCCACCATGTGCTTTCTTGAAGAAGTACCTGACGTAATCAGAGTACACAACGTCTTT
ATAAAT*GGTTCCTCACCCTTTGCGACCAACTCGGGGAGAGGACCAATCACGGACTCTGG
TTTTGGATTCACAAAGATAGGAACCGAGATTCTGTTGTTGCTACCGTTAGCTAAGACACG
ATGCTCCACGCTCTTGTAACGACCGTTGCTCAAGATCTGCATGGCATCTCCTATGTTGAT
CACAAAGGATCCGGGAACCGGTGGTACGTGGACCCAGTTCTCTGAGGATAAGGAACGCAC
GTGGAGGCCACCGATTTGGTCTTGTAAGAGAATGGTGAGGGAAGAGACGTCTGAGTGACG
ACCAACGCCAACGGTTAAGTCAGGATTAGGACAGACGGGGTAGTAGTTGAGGTTGACACG
GATTGAGCCCATGAAAAGTGACTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTTTCACGTTGAGATTTTT
TCCTAAATACTCTAGAAGCTTCCTCACCATTGTCTTTGACTTGTTCATGTACTCTAGAGC
TTCATTCTTGCAAACATCAGGCCAAAACTTTTCAGCTTCAGCTTCGGACACAAAGAAGAG
ACTGAGGTAATCTTTCCACT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3D391TF 534 0 0
CCAACGGTTAAGTCAGGGTTAGGACAGATGGGATAGTAGTTGAGGTTGACTCGGATTGAG
CCCATGAAGAGTGACTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTTTCACGTTGAGATTCTTTCCTAAA
TACTCTAGAAGCTTCCTCACCATTGTCTTTGACTTGTTCATGTACTCTAGAGCTTCATTC
TTGCAAACATCAGGCCAAAACTGTTCAGCTTCAGCTTCGGACACAAAGAAGAGACTGAGG
TAATCTTTCCACTCGAGAGCTTTCTCAGCCCGAGGACTGAAACTAGTACCAAACCTAACA
TTGGTCGAAAGAGAGTTCTCCTTTGTGTACTTGCTCTTCTCCTCAACAGGAAGATTAAAG
AACCTGCGAGCGGCGGCCTTCACGTTTTCAAGAACATCCAAAGGAACTCCATGGTTGATC
ACTTGAAAGAAACCCCATTTCTCAGCAGCGTCACAGATAGCTTCAGCTACTTTGTGCTCG
TCGGGGTTCGACATGTCGATGACTGGTATAGCCTCGTCTGTCTCGTTGACGAAC

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR3G918TF 791 0 0
CTGTAGAGAT
GTGAGGGAAGAGACGTCTGAGTGGCGACCAACGCCAACGGTTAAGTCAGG*TTAGGACAG
ATGGGATAGTAGTTGAGGTTGACTCGGATTGAGCCCATGAAGAGTGACTCTTTGGTCTCG
TCTAGCTCTTTCACGTTGAGATTCTTTCCTAAATACTCTAGAAGCTTCCTCACCATTGTC
TTTGACTTGTTCATGTACTCTAGAGCTTCATTCTTGCAAACATCAGGCCAAAACT**TCA
GCTTCAGCTTCGGACACAAAGAAGAGACTGAGGTAATCTTTCCACTCGAGAGCTTTCTCA
GCCCGAGGACTGAAACTAGTACCAAACCTAACATTGGTCGAAAGAGAGTTCTCCTTTGTG
TACTTGCTCTTCTCCTCAACAGGAAGATTAAAGAACCCGTGAGTGGCGGCCTTCACGTTT
TCAAGAACATCCAAAGGAACTCCATGGTTGATCACTTGAAAGAAACCCCATTTCTCAGCA
GCGTCACAGATAGCTTCAGCTACTTTGTGCTCGTCGGGGTTCGACATGTCGATGACTGGT
ATAGCCTCGTCTGTCTCGTTGACGAACTTGTTGATGAGACGCTCTTCGAATGGTTGAATG
TATTGGTCTGGAAGAGCTTTGATTCCTGTCTCTGATAAACCCTTTACGCCATTGCCTTTG
TTGACCACGAACTCGGTTACTTCAGCTGGGTCTGCGAACTGTGCCATGGAGAGTGTTGGA
GCCATTTGTGTTGAAAACTTGGAATAAAGGTTTGGAGCTTTGGATTTGGATTGTGTTGTC
C

QA 11 791 11 791
DS 

RD RR3C794TF 781 0 0
GTGAGGGAAGAGACGTCTGAGTGGCGACCAACGCCAACGGTTAAGTCAGGGTTAGGACAG
ATGGGATAGTAGTTGAGGTTGACTCGGATTGAGCCCATGAAGAGTGACTCTTTGGTCTCG
TCTAGCTCTTTCACGTTGAGATTCTTTCCTAA*TACTCTAGAAGCTTCCTCACCATTGTC
TTTGACTTGTTCATGTACTCTAGAGCTTCATTCTTGCAAACATCAGGCCAAAACTGTTCA
GCTTCAGCTTCGGACACAAAGAAGAGACTGAGGTAATCTTTCCACTCGAGAGCTTTCTCA
GCCCGAGGACTGAAACTAGTACCAAACCTAACATTGGTCGAAAGAGAGTTCTCCTTTGTG
TACTTGCTCTTCTCCTCAACAGGAAGATTAAAGAACCTGTGAGTGGCGGCCTTCACGTTT
TCAAGAACATCCAAAGGAACTCCATGGTTGATCACTTGAAAGAAACCCCATTTCTCAGCA
GCGTCACAGATAGCTTCAGCTACTTTGTGCTCGTCGGGGTTCGACATGTCGATGACTGGT
ATAGCCTCGTCTGTCTCGTTGACGAACTTGTTGATGAGACGCTCTTCGAATGGTTGAATG
TATTGGTCTGGAAGAGCTTTGATTCCTGTCTCTGATAAACCCTTTACGACATTGCCTTTG
TTGACCACGAACTCGGTTACTTCAGCTGGGTCTGCGAACTGTGCCATGGAGAGTGTTGGA
GCCATTTGTGTTGAAAACTTGGAATAAAGGTTTGGAGCTTTGGATTTGGATTGTGTTGTC
C

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3FY78TF 743 0 0
GGTTAAGTCAGG*TTAGGACAGATGGGATAGTAGTTGAGGTTGACTCGGATTGAGCCCAT
GAAGAGTGACTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTTTCACGTTGAGATTCTTTCCTAAATACTC
TAGAAGCTTCCTCACCATTGTCTTTGACTTGTTCATGTACTCTAGAGCTTCATTCTTGCA
AACATCAGGCCAAAACTGTTCAGCTTCAGCTTCGGACACAAAGAGGAGACTGAGGTAATC
TTTCCACTCGAGAGCTTTCTCAGCCCGAGGACTGAAACTAGTACCAAACCTAACATTGGT
CGAAAGAGAGTTCTCCTTTGTGTACTTGCTCTTCTCCTCAACAGGAAGATTAAAGAACCT
GTGAGTGGCGGCCTTCACGTTTTCAAGAACATCCAAAGGAACTCCATGGTTGATCACTTG
AAAGAAACCCCATTTCTCAGCAGCGTCACAGATAGCTTCAGCTACTTTGTGCTCGTCGGG
GTTCGACATGTCGATGACTGGTATAGCCTCGTCTGTCTCGTTGACGAACTTGTTGATGAG
ACGCTCTTCGAATGGTTGAATGTATTGGTCTGGAAGAGCTTTGATTCCTGTCTCTGATAA
ACCCTTTACGCCATTGCCTTTGTTGACCACGAACTCGGTTACTTCAGCTGGGTCTGCGAA
CTGTGCCATGGAGAGTGTTGGAGCCATTTGTGTTGAAAACTTGGAATAAAGGTTTGGAGC
TTTGGATTTGGATTGTGTTGTCC

QA 1 743 1 743
DS 



CO CL14Contig2 774 3 1 U
GGACAACACAATCCAAACCCAAAGCTCCAAACCTTTATTCCAAGTTTCAACACAAATGGC
TCCAACACTCTCCACGGCACAGTTCGCAGATCCAGCCGAAGTAACCGAGTTCGTGGTCAA
CAAAGGCAATGGCGTAAAGGGTTTATCAGAGACAGGAATCAAAGCTCTTCCGGACCAATA
CATTCAACCATTCGAAGAACGTCTCATCAACAAGTTCGTCAACGAGACGGACGAGGCTAT
ACCAGTCATCGACATGTCGGACCCGGACGAGCACAAAGTAGCTAAAGCTATCTGTGACGC
TGCTGAGAAATGGGGTTTCTTTCAAGTGATCAACCATGGAGTTCCTTTGGATGTTCTTGA
TAACGTGAAGGCCGCCACTCACAGGTTCTTTAACCTTCCTGTTGAGGAGAAGAGCAAGTA
CACAAAGGAGAACTCACTGTCGACCAACGTTAGGTTCGGTACTAGTTTTAGTCCTCGTGC
TGAGAAAGCTCTTGAGTGGAAAGATTACCTCAGTCTCTTCTTTGTGTCCGAAGCTGAAGC
TGAAAAGTTTTGGCCTGATGTTTGCAAGAATGAAGCTCTAGAGTACATGAACAAGTCAAA
GACAATGGTGAGGAAGCTTCTAGAGTATTTAGGAAAAATCTCAACGTGAAAGAGCTAGAC
GAGACCAAAGAGTCACTTTTCATGGGCTCAATCCGTGTCAACCTCAACTACTACCCCGTC
TGTCCTAATCCTGACTTAACCGTTGGCGTGGTCGTCACTCAGACGTCTCTTCCT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA50TF U 23
AF RR3E843TF U 3
AF RR3FH30TF U 1
BS 1 774 RR3FH30TF

RD RR3GA50TF 450 0 0
AGCTCCAAACCTTTATTCCAAGTTTCAACACAAATGGCTCCAACACTCTCCACGGCACAG
TTCGCAGATCCAGCCGAAGTAACCGAGTTCGTGGTCAACAAAGGCAATGGCGTAAAGGGT
TTATCAGAGACAGGAATCAAAGCTCTTCCGGACCAATACATTCAACCATTCGAAGAACGT
CTCATCAACAAGTTCGTCAACGAGACGGACGAGGCTATACCAGTCATCGACATGTCGGAC
CCGGACGAGCACAAAGTAGCTAAAGCTATCTGTGACGCTGCTGAGAAATGGGGTTTCTTT
CAAGTGATCAACCATGGAGTTCCTTTGGATGTTCTTGATAACGTGAAGGCCGCCACTCAC
AGGTTCTTTAACCTTCCTGTTGAGGAGAAGAGCAAGTACACAAAGGAGAACTCACTGTCG
ACCAACGTTAGGTTCGGTACTAGTTTTAGT

QA 1 450 1 450
DS 

RD RR3E843TF 593 0 0
GG
AACACAATCCAAACCCAAAGCTCCAAACCTTTATTCCAAGTTTCAACACAAATGGCTCCA
ACACTCTCCACGGCACAGTTCGCAGATCCAGCCGAAGTAACCGAGTTCGTGGTCAACAAA
GGCAATGGCGTAAAGGGTTTATCAGAGACAGGAATCAAAGCTCTTCCGGACCAATACATT
CAACCATTCGAAGAACGTCTCATCAACAAGTTCGTCAACGAGACGGACGAGGCTATACCA
GTCATCGACATGTCGGACCCGGACGAGCACAAAGTAGCTAAAGCTATCTTTGACGCTGCT
GAGAAATGGGGTTTCTTTCAAGTGATCAACCATGGAGTTCCTTTGGATGTTCTTGATAAC
GTGAAGGCCGCCACTCACAGGTTCTTTAACCTTCCTGTTGAGGAGAAGAGCAAGTACACA
AAGGAGAACTCACTGTCGACCAACGTTAGGTTCGGTACTAGTTTTAGTCCTCGTGCTGAG
AAAGCTCTTGAGTGGAAAGATTGCCTCAGTCTCTTCTTTGTGTCCGAAGCTGAAGCTGAA
AAGTTTTGGCCTGATGTTTGCACGAATGAAGCTCTAGAGTACATGAACAAG

QA 3 593 3 593
DS 

RD RR3FH30TF 774 0 0
GGACAACACAATCCAAACCCAAAGCTCCAAACCTTTATTCCAAGTTTCAACACAAATGGC
TCCAACACTCTCCACGGCACAGTTCGCAGATCCAGCCGAAGTAACCGAGTTCGTGGTCAA
CAAAGGCAATGGCGTAAAGGGTTTATCAGAGACAGGAATCAAAGCTCTTCCGGACCAATA
CATTCAACCATTCGAAGAACGTCTCATCAACAAGTTCGTCAACGAGACGGACGAGGCTAT
ACCAGTCATCGACATGTCGGACCCGGACGAGCACAAAGTAGCTAAAGCTATCTGTGACGC
TGCTGAGAAATGGGGTTTCTTTCAAGTGATCAACCATGGAGTTCCTTTGGATGTTCTTGA
TAACGTGAAGGCCGCCACTCACAGGTTCTTTAACCTTCCTGTTGAGGAGAAGAGCAAGTA
CACAAAGGAGAACTCACTGTCGACCAACGTTAGGTTCGGTACTAGTTTTAGTCCTCGTGC
TGAGAAAGCTCTTGAGTGGAAAGATTACCTCAGTCTCTTCTTTGTGTCCGAAGCTGAAGC
TGAAAAGTTTTGGCCTGATGTTTGCAAGAATGAAGCTCTAGAGTACATGAACAAGTCAAA
GACAATGGTGAGGAAGCTTCTAGAGTATTTAGGAAAAATCTCAACGTGAAAGAGCTAGAC
GAGACCAAAGAGTCACTTTTCATGGGCTCAATCCGTGTCAACCTCAACTACTACCCCGTC
TGTCCTAATCCTGACTTAACCGTTGGCGTGGTCGTCACTCAGACGTCTCTTCCT

QA 1 774 1 774
DS 



CO CL14Contig3 1155 4 5 U
CGGGTAAAATAACCAATTTCAAAAATATTGCATAATACTCGAAGCTTATAATAAAAAATA
CAAATACAAACGAATAAATCATGGGCAAATTGCGTAACACTTAAGTAGACAAAAAGAGAA
ATTGCAGCTTATACAACACTATCAAATAAAGTCCCAAGAAGCCATCAGACTATGTCTCTT
CTTTATTCACACACAAATACAGACAAGGAGCAACAAACAAATAAAACCAAGAAACCAAAC
TCCATCGAGAGCTGATTGTGATCATATCTTGGCATAATCAACGGTCTTCTTTCCATCATG
TGCCTTCTTGAAGAAGTACCTGACATAATCAGAGTACACGACATCTCTGTAGATAGGTTC
CTCTCCATTTGCTATCACCTCAGGAAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTTTTGGATTCAC
AAAGATAGGAACCGAGATTCTGTTGTTACTACCGTTAGCTAAGACACGATGCTCCACGCT
CTTGTAACGACCATTGCTCAAGATCTGCATGGCGTCTCCGATGTTAATCACGAAAGATCC
GGGGACCGGTGGCACGTGAACCCAGTTCCCTGACGACAGAGAACGCACGTGGAGGCCACC
GATCTGGTCTTGTAAGAGAATGGTGAGGGAAGAGACGTCTGAGTGGCGACCAACGCCAAC
AGTTAGGTCAGGGTTAGGACAGATGGGATAGTAGTTGAGGTTGACTCGAACTGAACCCAT
GAAGAGTGACTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTTTCACATTGAGGTTCTTCCCTAAGTACTC
TAGAAGCTTCCTCACCATTGTCTTGGACTTGTTCATGTACTCTAGAGCTTCATTCTTGCA
AACATCAGGCCAAAAATGTTCAGCTTCAGCTTCAGAGACAAAGAAGAGACTGAGATAATC
TTTCCACTCCAGAGCCTTCTCTGCACGAGGACTAAAACTCGTACCGAACCTAACATTTGT
AGACAGAGAATTCTCCTTTGTGTATTTGCTCTTCTCCTCAACTGGGAGATTAAAGAACAT
GTGAGTAGCGGCCTTCACGTTGTCAAGAACTTCCAAAGGAACTCCATGGTTGATCACTTG
GAAGAAACCCCAATTCTCAGCAGCGTCACATATAGCTTCAGCGACTTTGCTCTCGTCGGG
GTTGACATGTCGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AM94JQ U 27
AF RR3FI08JQ U 1
AF RR3FI08TF C 130
AF RR3AM94TF C 408
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BS 948 1155 RR3AM94TF

RD RR3AM94JQ 589 0 0
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TCTTGGCATAATCAACGGTCTTCTTTCCATCATGTGCCTTCTTGAAAAAGTACCTGACAT
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TCCCTG**GACAGAGAACGCACGTGGAGGCCACCGATCTGGTCTTGTAA

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DS 

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ATTGCAGCTTATACAACACTATCAAATAAAGTCCCAAGAAGCCATCAGACTATGTCTCTT
CTTTATTCACACACAAATACAGACAAGGAGCAACAAACAAATAAAACCAAGAAACCAAAC
TCCATCGAGAGCTGATTGTGATCATATCTTGGCATAATCAACGGTCTTCTTTCCATCATG
TGCCTTCTTGAAGAAGTACCTGACATAATCAGAGTACACGACATCTCTGTAGATAGGTTC
CTCTCCATTTGCTATCACCTCAGGAAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTTTTGGATTCAC
AAAGATAGGAACCGAGATTCTGTTGTTACTACCGTTAGCTAAGACACGATGCTCCACGCT
CTTGTAACGACCATTGCTCAAGATCTGCATGGCGTCTCCGATGTTAATCACGAAAGATCC
GGGGACCGGTGGCACGTGAACCCAGTTCCCTGACGACAGAGAACGCACGTGGAGGCCACC
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AGTTAGGTCAGGGTTAGGACAGATGGGATAGTAGTTGAGGTTGACTCGAACTGAACCCAT
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AT

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CACACAAATACAGACAAGGAGCAACAAACAAATAAAACCAAGAAACCAAACTCCATCGAG
AGCTGATTGTGATCATATCTTGGCATAATCAACGGTCTTCTTTCCATCATGTGCCTTCTT
GAAGAAGTAC*TGACATAATCAGAGTACACGACATCTCTGTAGATAGGTTCCTCTCCATT
TGCTATCACCTCAGGAAGAGGACCAATCACGGACTCTGGTTTTGGATTCACAAAGATAGG
AACCGAGATTCTGTTGTTACTACCGTTAGCTAAGACACGATGCTCCACGCTCTTGTAACG
ACCATTGCTCAAGATCTGCATGGCGTCTCCGATGTTAATCACGAAAGATCCGGGGACCGG
TGGCACGTGAACCCAGTTCCCTGACGACAGAGAACGCACGTGGAGGCCACCGATCTGGTC
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CCTCACCATTGTCTTGGACTTGTTCATGTACTCTAGAGCTTCATTCTTGCAAACATCAGG
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C

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DS 

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GATGCTCCACGCTCTTGTAACGACCATTGCTCAAGATCTGCATGGCGTCTCCGATGTTAA
TCACGAAAGATCCGGGGACCGGTGGCACGTGAACCCAGTTCCCTG**GACAGAGAACGCA
CGTGGAGGCCACCGATCTGGTCTTGTAAGAGAATGGTGAGGGAAGAGACGTCTGAGTGGC
GACCAACGCCAACAGTTAGATCAGGGTTAGGACAGATGGGATAGTAGTTGAGGTTGACTC
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TCCCTAAGTACTCTAGAAGCTTCCTCACCATTGTCTTGGACTTGTTCATGTACTCTAGAG
CTTCATTCTTGCAAACATCAGGCCAAAAATGTTCAGCTTCAGCTTCAGAGACAAAGAAGA
GACTGAGATAATCTTTCCACTCCAGAGCCTTCTCTGCACGAGGACTAAAACTCGTACCGA
ACCTAACATTTGTAGACAGAGAATTCTCCTTTGTGTATTTGCTCTTCTCCTCAACTGGGA
GATTAAAGAACATGTGAGTAGCGGCCTTCACGTTGTCAAGAACTTCCAAAGGAACTCCAT
GGTTGATCACTTGGAAGAAACCCCAATTCTCAGCAGCGTCACATATAGCTTCAGCGACTT
TGCTCTCGTCGGGGTTGACATGTCGATC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 3 17

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ATTTCGTCAACCGATTCTGTGAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAG
AATGCCGAGCCGACAGAATGCGATGTGCAAGTTGCTCAGGCTTTGTTTGATTTAGAGAAC
ACTAACCAGGAGTTGAAAAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATG
GACATCTCTGGAAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGATTGAGGAAAGCT
TTCCGCAAGATCCACCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGAAAGGAT
GTTATCTTTGTTGCCACAAGAAGGATCATGCGTCCACCAAAGAAGGGTGCTGCTGTTCAG
AGGCCACGCAACAGGACTCTAACCTCTGTTCATGAAGCTATGCTCGAGGACGTGGCTTAC
CCTGCTGAGATCGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTCGATGGATCCAAAGTCATGAAG
GTGTATTTGGAGGCCAAGGAAAGGAACAACACAGAGTACAAGCTCGAGACTATGGTGGG*
AGTGTACCGCAAACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTTGAGTACCCGGTGGAAGCTTGATG
ATGGATGATGCTCTGAAGAATCATCATCAAGATAGAGAAGTGAGGTTTTGAATTTATATG
TTGTGGTATTCACAATCTTTAATGTTACATTTCACAAAGACTTGTGTCTGTACTTTTCAA
TTTTGAAACCTATTTTATAGTTCCAGTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 30 30 30 30 60 60 60 60 60 60 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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AF RR3DX53TF U 7
AF RR3A594TF U 4
AF RR3D875JQ C 1
AF RR3AI54JQ C 2
AF RR3AI54TF U 215
AF RR3A825JQ C 7
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RD RR3DX53TF 351 0 0
GG
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GCCGACAGAATGCGATGTGCAAGTTGCTCAGGCTTTGTTTGTTTTAGAGAACACTAACCA
GGAGTTGAAAAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTC
TGGAAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGATTGAGGAAAGCTTTCCGCAA
GATCCACCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAA*TTCAGTGGAAAG

QA 3 351 3 351
DS 

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GG
CTTGTAAGAAGAAGCCGCAAAACCTCTCTCGACAGACGCTTCTTCATCCTTGCAGATTTC
GTCAACCGATTCTGTGAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGC
CGAGCCGACAGAATGCGATGTGCAAGTTGCTCAGGCTTTGTTTGATTTAGAGAACACTAA
CCAGGAGTTGAAAAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACAT
CTCTGGAAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGATTGAGGAAAGCTTTCCG
CAAGATCCACCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGAAAGGATGTTAT
CTTTGTTGCCACAAGAAGGATCATGCGTCCACCAAAGAAGGGTGCTGCTGTTCAGAGGCC
ACGCAACAGGACTCTAACCTCTGTTCATGAAGCTATGCTCGAGGACGTGGCTTACCCTGC
TGAGATCGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTCGATGGATCCAAAGTCAT

QA 3 533 3 533
DS 

RD RR3D875JQ 812 0 0
GCGGTCTTGTAAGAAGAAGCCGCAAA*CCTCTCTCGACAGACGCTTCTTCATC*TTGCAG
ATTTCGTCAACCGATTCTGTGAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAG
AATGCCGAGCCGACAGAATGCGATGTGCAAGTTGCTCAGGCTTTGTTTGATTTAGAGAAC
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GACAT*TCTGGAAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGATTGAGGAAAGCT
TTCCGCAAGATCCACCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGAAAGGAT
GTTATCTTTGTTGCCACAAGAAGGATCATGCGTCCACCAAAGAAGGGTGCTGCTGTTCAG
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GTGTATTTGGAGGCCAAGGAAAGGAACAACACAGAGTACAAGCTCGAGACTATGGTGGG*
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TTGTGGTATTCACAATCTTTAATGTTACATTTCACAAAGACTTGTGTCTGTACTTTTCAA
TTTTGAAACCTATTTTATAGTTCCAGTTTCTC

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3AI54JQ 808 0 0
GGGT
CTTGTAAGAAGAAGCCGCAAAACCTCTCTCGACAGACGCTTCTTCATCCTTGCAGATTTC
GTCAACCGATTCTGTGAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGC
CGAGCCGACAGAATGCGATGTGCAAGTTGCTCAGGCCTTGTTTGATTTAGAGAACACTAA
CCAGGAGTTGAAAAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACAT
CTCTGGAAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGATTGAGGAAAGCTTTCCG
CAAGATCCACCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTT****GGAAAGGATGTTAT
CTTTGTTGCCACAAGAAGGATCATGCGTCCACCAAAGAAGGGTGCTGCTGTTCAGAGGCC
ACGCAACAGGACTCTAACCTCTGTTCATGAAGCTATGCTCGAGGACGTGGCTTACCCTGC
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TTTGGAGGCCAAGGAAAGGAACAACACAGAGTACAAGCTCGAGACTATGGTGGG*AGTGT
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GTATTCACAATCTTTAATGTTACATTTCACAAAGACTTGTGTCTGTACTTTTCAATTTTG
AAACCTATTTTATAGTTCC
AGTTT

QA 5 803 5 803
DS 

RD RR3AI54TF 595 0 0
TTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTGGAAACCGCAAGGCTATTGTGATTT
ACGTCCCATTCAGATTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATCCACCCCCGTCTCGTTAGAGAGC
TTGAGAAGAAGTT****GGAAAGGATGTTATCTTTGTTGCCACAAGAAGGATCATGCGTC
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AAGCTATGCTCGAGGACGTGGCTTACCCTGCTGAGATCGTTGGAAAACGTACTCGTTACC
GTCTCGATGGATCCAAAGTCATGAAGGTGTATTTGGAGGCCAAGGAAAGGAACAACACAG
AGTACAAGCTCGAGACTATGGTGGGGAGTGTACCGCAAACTTACTGGAAAGGACGTCACT
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GAGAAGTGAGGTTTTGAATTTATATGTTGTGGTATTCACAATCTTTAATGTTACATTTCA
CAAAGACTTGTGTCTGTACTTTTCAATTTTGAAACCTATTTTATAGTTCC
AGTTT

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3A825JQ 799 0 0
GG
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AACCGATTCTGTGAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCCGA
GCCGACAGAATGCGATGTGCAAGTTGCTCAGGCTTTGTTTGATTTAGAGAACACTAACCA
GGAGTTGAAAAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTC
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GATCCACCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGAAAGGATGTTATCTT
TGTTGCCACAAGAAGGATCATGCGTCCACCAAAGAAGGGTGCTGCTGTTCAGAGGCCACG
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GGAGGCCAAGGAAAGGAACAACACAGAGTATAAGCTCGAGACTATGGTGGG*AGTGTACC
GCAAACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTTGAGTACCCGGTGGAAGCTTGATGATGGATGA
TGCTTTGAAGAATCATCATCAAGATAGAGAAGTGAGGTTTTGAATTTATATGTTGTGGTA
TTCACAATCTTTAATGTTACATTTCACAAAGACTTGTGTCTGTACTTTTCAATTTTGAAA
CCTATTTTATAGTTCC
G

QA 3 798 3 798
DS 

RD RR3A825TF 799 0 0
GG
GTAAGAAGAAGCCGCAAAACCTCTCTCGACAGACGCTTCTTCATCCTTGCAGATTTCGTC
AACCGATTCTGTGAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCCGA
GCCGACAGAATGCGATGTGCAAGTTGCTCAGGCTTTGTTTGATTTAGAGAACACTAACCA
GGAGTTGAAAAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTC
TGGAAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGATTGAGGAAAGCTTTCCGCAA
GATCCACCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGAAAGGATGTTATCTT
TGTTGCCACAAGAAGGATCATGCGTCCACCAAAGAAGGGTGCTGCTGTTCAGAGGCCACG
CAACAGGACTCTAACCTCTGTTCATGAAGCTATGCTCGAGGACGTGGCTTACCCTGCTGA
GATCGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTCGATGGATCCAAAGTCATGAAGGTGTATTT
GGAGGCCAAGGAAAGGAACAACACAGAGTATAAGCTCGAGACTATGGTGGG*AGTGTACC
GCAAACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTTGAGTACCCGGTGGAAGCTTGATGATGGATGA
TGCTCTGAAGAATCATCATCAAGATAGAGAAGTGAGGTTTTGAATTTATATGTTGTGGTA
TTCACAATCTTTAATGTTACATTTCACAAAGACTTGTGTCTGTACTTTTCAATTTTGAAA
CCTATTTTATAGTTCC
G

QA 3 798 3 798
DS 

RD RR3A594JQ 749 0 0
TTGCAGATTTCGTCAACCGATTCTGTGAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATCAAGAAG
GACAAGAATGCCGAGCCGACAGAATGCGATGTGCAAGTTGCTCAGGCTTTGTTTGATTTA
GAGAACACTAACCAGGAGTTGAAAAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTT
AACATGGACATCTCTGGAAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGATTGAGG
AAAGCTTTCCGCAAGATCCACCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGA
AAGGATGTTATCTTTGTTGCCACAAGAAGGATCATGCGTCCACCAAAGAAGGGTGCTGCT
GTTCAGAGGCCACGCAACAGGACTCTAACCTCTGTTCATGAAGCTATGCTCGAGGACGTG
GCTTACCCTGCTGAGATCGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTCGATGGATCCAAAGTC
ATGAAGGTGTATTTGGAGGCCAAGGAAAGGAACAACACAGAGTACAAGCTCGAGACTATG
GTGGG*AGTGTACCGCAAACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTTGAGTACCCGGTGGAAGC
TTGATGATGGATGATGCTCTGAAGAATCATCATCGAGATAGAGAAGTGAGGTTTTGAATT
TATATGTTGTGGTATTCACAATCTTTAATGTTACATTTCACAAAGACTTGTGTCTGTACT
TTTCAATTTTGAAACCTATTTTATAGTTC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3DJ39TF 706 0 0
G
CAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCCGAGCCGACAGAATGCGATGTGCAAGTTGCT
CAGGCTTTGTTTGATTTAGAGAACACTAACCAGGAGTTGAAAAGCGAGTTGAAAGATCTT
TACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTGGAAACCGCAAGGCTATTGTGATTTAC
GTCCCATTCAGATTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATCCACCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTT
GAGAAGAAGTTCAGTGGAAAGGATGTTATCTTTGTTGCCACAAGAAGGACCATGCGTCCA
CCAAAGAAGGGTGCTGCTTTCCAGAGGCCACGCAACAGGACTCTAACCTCTGTTCATGAA
GCTATGCTCGAGGACGTGGCTTACCCTGCTGAGATCGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGT
CTCGATGGATCCAAAGTCATGAAGGTGTATTTGGAGGCCAAGGAATG*AACAACACAGAG
TACAAGCTCGAGACTATGGTGGG*AGTGTACCGCAAACTTACTGGAAAGGATGTCACTTT
TGAGTACCCGGTGGAAGCTTGATGATGGATGATGCTCTGAAGAATCATCATCAAGATAGA
GAAGTGAGGTTTTGAATTTATATGTTGTGGTATTCACAATCTTTAATGTTACATTTCACA
AAGACTTGTGTCTGTACTTTTCAATTTTGAA*CCTATTTTATAGT

QA 2 706 2 706
DS 

RD RR3DX53JQ 707 0 0
CCGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCCGAGCCGACAGAATGCGATGTGCAAG
TTGCTCAGGCTTTGTTTGTTTTAGAGAACACTAACCAGGAGTTGAAAAGCGAGTTGAAAG
ATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTGGAAACCGCAAGGCTATTGTGA
TTTACGTCCCATTCAGATTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATCCACCCCCGTCTCGTTAGAG
AGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGAAAGGATGTTATCTTTGTTGCCACAAGAAGGATCATGC
GTCCACCAAAGAAGGGTGCTGCTGTTCAGAGGCCACGCAACAGGACTCTAACCTCTGTTC
ATGAAGCTATGCTCGAGGACGTGGCTTACCCTGCTGAGATCGTTGGAAAACGTACTCGTT
ACCGTCTCGATGGATCCAAAGTCATGAAGGTGTATTTGGAGGCCAAGGAAAGGAACAACA
CAGAGTACAAGCTCGAGACTATGGTGGG*AGTGTACCGCAAACTTACTGGAAAGGATGTC
ACTTTTGAGTACCCGGTGGAAGCTTGATGATGGATGATGCTCTGAAGAATCATCATCAAG
ATAGAGAAGTGAGGTTTTGAATTTATATGTTGTGGTATTCACAATCTTTAATGTTACATT
TCACAAAGACTTGTGTCTGTACTTTTCAATTTTGAAACCTATTTT
GT

QA 1 705 1 705
DS 



CO CL15Contig2 800 4 5 U
GGATCTTTCGTTTCTTCAATCTTGAGCTCTTCTTCTTCGTTCCTGAGACTTTTTCGCTAT
ACGACTTGTGAAGATGTTCTCGGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCAGCTCC
AACAGAATGCGATGAGCAAGTTGCTCAGGCTCTGTTTGATTTGGAGAACACCAACCAGGA
GTTGAAGAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTGG
AAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCTTTCAGACTTAGGAAAGCCTTCCGCAAGAT
TCATCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTTAGTGGAAAGGATGTTATCTTTGT
TGCGACAAGAAGGATCATGCGTCCACCGAAGAAGGGTGCTGCTGTGCAGAGGCCACGCAA
CAGAACGCTAACCTCTGTTCATGAAGCAATGCTCGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGAT
TGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCTATTTGGA
GGCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTCGAGACTATGATGGGTGTGTACCGGAA
ACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTCGAGTACCCTGTTGAAGCTTGAAGACGTTGATGATA
CTGAAGAATCTCATCAGGATAGAGCTTTTGATTCTGTTTTGTGGTGTTTAGGATGAAGTA
CACTCTGTTTTGATTCAGTTATTCACAATCTTCATATTACAAAGACTTAACTTTCTGTGC
TTTTCAAATTTGAAACCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ21TF U 1
AF RR3D961TF U 7
AF RR3DV90TF U 1
AF RR3DV90JQ C 82
BS 1 677 RR3DV90TF
BS 678 678 RR3DV90JQ
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BS 763 763 RR3DV90JQ
BS 764 800 RR3DV90TF

RD RR3EZ21TF 609 0 0
GGATCTTTCG
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AAGATGTTCTCGGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCAGCTCCAACAGAATGC
GATGAGCAAGTTGCTCAGGCTCTGTTTGATTTGGAGAACACCAACCAGGAGTTGAAGAGC
GAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTGGAAACCGCAAG
GCTATTGTGATTTACGTCCCTTTCAGACTTAGGAAAGCCTTCCGCAAGATTCATCCCCGT
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AGGATCATGCGTCCACCGAAGAAGGGTGCTGCTGTGCGGAGGCCACGCAACAGAACGCTA
ACCTCTGTTCATGAAGCAATGCTCGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAA
CGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCTATTTGGAGGCCAAGGAA
AGGAACAACACTGAGTACAAGCTCGAGACTATGATGGGTGTGTGCCGGAAACTTACTGG

QA 11 609 11 609
DS 

RD RR3D961TF 633 0 0
GGGT
TTTCTTCAATCTTGAGCTCTTCTTCTTCGTTCCTGAGACTTTTTCGCTATACGACTTGTG
AAGATGTTCTCGGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCAGCTCCAACAGAATGC
GATGAGCAAGTTGCTCAGGCTCTGTTTGATTTGGAGAACACCAACCAGGAGTTGAAGAGC
GAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTGGAAACCGCAAG
GCTATTGTGATTTACGTCCCTTTCAGACTTAGGAAAGCCTTCCGCAAGATTCATCCCCGT
CTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTTAGTGGAAAGGATGTTATCTTTGTTGCGACAAGA
AGGATCATGCGTCCACCGAAGAAGGGTGCTGCTGTGCAGAGGCCACGCAACAGAACGCTA
ACCTCTGTTCATGAAGCAATGCTCGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAA
CGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCTATTTGGAGGCCAAGGAA
*GGAACAACACTGAGTACAAGCTCGAGACTATGATGGGTGTGTACCGGAA*CTTACTGGA
AAGGATGTCACTTTCGAGTACCCTGTTGA

QA 5 633 5 633
DS 

RD RR3DV90TF 800 0 0
GGATCTTTCGTTTCTTCAATCTTGAGCTCTTCTTCTTCGTTCCTGAGACTTTTTCGCTAT
ACGACTTGTGAAGATGTTCTCGGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCAGCTCC
AACAGAATGCGATGAGCAAGTTGCTCAGGCTCTGTTTGATTTGGAGAACACCAACCAGGA
GTTGAAGAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTGG
AAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCTTTCAGACTTAGGAAAGCCTTCCGCAAGAT
TCATCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTTAGTGGAAAGGATGTTATCTTTGT
TGCGACAAGAAGGATCATGCGTCCACCGAAGAAGGGTGCTGCTGTGCAGAGGCCACGCAA
CAGAACGCTAACCTCTGTTCATGAAGCAATGCTCGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGAT
TGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCTATTTGGA
GGCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTCGAGACTATGATGGGTGTGTACCGGAA
ACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTCGAGTACCCTGTTGAAGCTTGAAGACGTTGATGATA
CTGAAGAATCTCATCAG*ATAGAGCTTTTGATTCTGTTTTGTGGTGTTTAGGATGAAGTA
CACTCTGTTTTGATTCAGTTATTCACAATCTTCATATTACAA*GACTTAACTTTCTGTGC
TTTTCAAATTTGAAACCTAT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3DV90JQ 703 0 0
GGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCAGCTCCAACAGAATGCGATGAGCAAGT
TGCTCAGGCTCTGTTTGATTTGGAGAACACCAACCAGGAGTTGAAGAGCGAGTTGAAAGA
TCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTGGAAACCGCAAGGCTATTGTGAT
TTACGTCCCTTTCAGACTTAGGAAAGCCTTCCGCAAGATTCATCCCCGTCTCGTTAGAGA
GCTTGAGAAGAAGTTTAGTGGAAAGGATGTTATCTTTGTTGCGACAAGAAGGATCATGCG
TCCACCGAAGAAGGGTGCTGCTGTGCAGAGGCCACGCAACAGAACGCTAACCTCTGTTCA
TGAAGCAATGCTCGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAACGTACTCGTTA
CCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCTATTTGGAGGCCAAGGAAAGGAACAACAC
TGAGTACAAGCTCGAGACTATGATGGGTGTGTACCGGAAACTTACTGGAAAGGATGTCAC
TTTCGAGTACCCTGTTGAAGCTTGAAGACGTTGATGATACTGAAGAATCTCATCAGGATA
GAGCTTTTGATTCTGTTTTGTGGTGTTTAGGATGAAGTACACTCTGTTTTGATTCAGTTA
TTCACAATCTTCATATTACAAAGACTTAACTTTCTGTGCTTTT

QA 1 703 1 703
DS 



CO CL15Contig3 796 3 5 U
GGGTTTTCTTCAATCTTGAGCTCTTCTTCTTCGTTCCTGAGATTTTTTCGCTATACGACT
TGTGAAGATGTTCTCGGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCCACTCCAACAGA
ATGCGATGAGCAAGTTGCTCAGGCTCTGTTTGATCTGGAGAACACCAACCAGGAGTTGAA
GAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTGGAAACCG
CAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATTCATCC
CCGTCTCGTTAGAGAGCTCGAGAAGAAGTTCAGCGGAAAGGATGTTATCTTTGTTGCGAC
AAGAAGGATCATGCGTCCACCTAAGAAGGGTGCTGCTGTGCAGAGGCCACGCAACAGGAC
TCTAACCTCTGTTCATGAAGCAATGCTCGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTTGG
AAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCTATTTGGAGGCCAA
GGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTCGAGACTATGATGGGTGTGTACCGGAAACTTAC
TGGAAAGGATGTCACTTTCGAGTACTCTGTTGAAGCTTGAAGACGTTGATGATGCTGAAG
AATCTCATCAG*ATAGAGAAGAGAGAGCTTTTGATTCTGTTTTGGTGGTGTTTTAGGATG
ATGTAAACTCTGTTTTGATTCAGTTCTCCTTATTCACATCTTCATATACAAAAGACTAAA
AGTTTCTGTGCTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H907JQ C 158
AF RR3G515TF U 43
AF RR3H907TF U 1
BS 1 702 RR3H907TF
BS 703 703 RR3G515TF
BS 704 716 RR3H907TF
BS 717 717 RR3G515TF
BS 718 796 RR3H907TF

RD RR3H907JQ 597 0 0
GAGAACACCAACCAGGAGTTGAAGAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTT
AACATGGACATCTCTGGAAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGACTGAGG
AAAGCTTTCCGCAAGATTCATCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTCGAGAAGAAGTTCAGCGGA
AAGGATGTTATCTTTGTTGCGACAAGAAGGATCATGCGTCCACCTAAGAAGGGTGCTGCT
GTGCAGAGGCCACGCAACAGGACTCTAACCTCTGTTCATGAAGCAATGCTCGAGGATGTC
GCTTACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATC
ATGAAGGTCTATTTGGAGGCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTCGAGACTATG
ATGGGTGTGTACCGGAAACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTCGAGTACTCTGTTGAAGCT
TGAAGACGTTGATGATGCTGAAGAATCTCATCAGGATAGAGAAGAGAGAGCTTTTGATTC
TGTTTTGGTGGTGTTTTAGGATGATGTAAACTCTGTTTTGATTCAGTTCTCCTTATT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3G515TF 716 0 0
T
TTTTTCGCTATACGACTTGTGAAGATGTTCTCGGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAG
AATGCCACTCCAACAGAATGCGATGAGCAAGTTGCTCAGGCTCTGTTTGATCTGGAGAAC
ACCAACCAGGAGTTGAAGAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATG
GACATCTCTGGAAACCGCAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGACTGAGGAAAGCT
TTCCGCAAGATTCATCCCCGTCTCGTTAGAGAGCTCGAGAAGAAGTTCAGTGGAAAGGAT
GTTATCTTTGTTGCGACAAGTAGGATCATGCGTCCACCTAAGAAGGGTGCTGCTGTGCAG
AGGCCACGCAACAGGACTCTAACCTCTGTTCATGAAGCAATGCTCGAGGATGTCGCTTAC
CCTGCTGAGATTGTTGGAAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAG
GTCTATTTGGAGGCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTCGAGACTATGATGGGT
GTGTACCGGAAACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTCGAGTACCCTGTTGAAGCTTGAAGA
CGTTGATGATGCTGAAGAATCTCATCAG*ATAGAGAAGAGAGAGCTTTTGAT*CTGTTTT
GGTGGTGTTTTAGGATGATGTAAACTCTGTTTTGATTCAGTTCTCCTTATT
CACA

QA 2 712 2 712
DS 

RD RR3H907TF 796 0 0
GGGTTTTCTTCAATCTTGAGCTCTTCTTCTTCGTTCCTGAGATTTTTTCGCTATACGACT
TGTGAAGATGTTCTCGGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATGCCACTCCAACAGA
ATGCGATGAGCAAGTTGCTCAGGCTCTGTTTGATCTGGAGAACACCAACCAGGAGTTGAA
GAGCGAGTTGAAAGATCTTTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACATCTCTGGAAACCG
CAAGGCTATTGTGATTTACGTCCCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATTCATCC
CCGTCTCGTTAGAGAGCTCGAGAAGAAGTTCAGCGGAAAGGATGTTATCTTTGTTGCGAC
AAGAAGGATCATGCGTCCACCTAAGAAGGGTGCTGCTGTGCAGAGGCCACGCAACAGGAC
TCTAACCTCTGTTCATGAAGCAATGCTCGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTTGG
AAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCTATTTGGAGGCCAA
GGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTCGAGACTATGATGGGTGTGTACCGGAAACTTAC
TGGAAAGGATGTCACTTTCGAGTACTCTGTTGAAGCTTGAAGACGTTGATGATGCTGAAG
AATCTCATCAG*ATAGAGAAGAGAGAGCTTTTGATTCTGTTT*GGTGGTGTTTTAG*ATG
ATGTAAACTCTGTTTTGATTCAGTTCTCCTTATTCACATCTTCATATACAAAAGACTAAA
AGTTTCTGTGCTTTAC

QA 1 796 1 796
DS 



AS 3 18

CO CL16Contig1 840 5 19 U
GGGCCCAATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACCTTCCTCTCCTT
CTCATCCCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTTTCTCCTTCCTCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGG
CGGCGTCTCTCTCATCAACCCCCGCCGTCCCCAATCTGCTTCCTTCTCCGCCTCGAAGAA
GACATCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTC
CGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGT
TCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATAC
AACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGC
TCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGG
CGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGT
TGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCT
TAGCCTGACCACTGGAAATGCAGGCGGGAGATTGGCATGCGG*TGTGGTTGGTTTGACGC
CGCTCTAAGTCTGGGGCTAAGTAACGTACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTGGTCTGTT
GAATCAGATGTCAAATAATGTTGGCTGAGAATAATCTTTTGATGTTTCTCTTGCTGGAGT
TGTGCCTTTGTAAACTTGTTTGTTACTTTTGGTTTAAATCTGCATTCGATCGTTTTAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW79TF U 44
AF RR3BI36TF U 1
AF RR3CW79JQ C 178
AF RR3FG52TF U 5
AF RR3BI36JQ C 173
BS 1 80 RR3BI36TF
BS 81 81 RR3FG52TF
BS 82 183 RR3BI36TF
BS 184 184 RR3FG52TF
BS 185 488 RR3BI36TF
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BS 490 598 RR3BI36TF
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BS 600 623 RR3BI36TF
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BS 625 653 RR3BI36TF
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BS 781 840 RR3BI36JQ

RD RR3CW79TF 503 0 0
CACACCTTCCTCTCCTTCTCATCCCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTTTCTCCTTCCTCCACT
CTCCGCTCCTCTTTCGGCGGCGTCTCTCTCATCAACCCCCGCCGTCCCCAATCTGCTTCC
TTCTCCGCCTCGAAGAAGACATCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCT
GTGTTCAAGGGTAACTCCGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGT
CCGACAAAAGTGAGTGTTCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTC
CATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAAC
AACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATT
ATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACT
GGTCCTAATTCTGTTGTTGGGAG

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR3BI36TF 653 0 0
GGGCCCAATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACCTTCCTCTCCTT
CTCATCCCCTCCGCGCCTCCCCCTCGTTTCTCCTTCCTCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGG
CGGCGTCTCTCTCATCAACCCCCGCCGTCCCCAATCTGCTTCCTTCTCCGCCTCGAAGAA
GACGTCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTC
CGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGT
TCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATAC
AACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGC
TCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGG
CGTGGCAGGAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGT
TGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGTT
TAGCCTGACCACTGGAAATGCAG*CGGGAGATTGGCATGCGG*TGTGGTTGGT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3CW79JQ 446 0 0
GAAGACATCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGTTCAAGGGTAA
CTCCGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAG
TGTTCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGA
TACAACAAATGGTTGCATTTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGG
AGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGA
TGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGT
TGTTGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGA
GCTTAGCCTGACCCCTGGAAATGCAG

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3FG52TF 781 0 0
GG
AATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACCTTCCTCTCCTTCTCATC
CCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTTTCTCCTTCCTCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGGCGGCGT
CTCTCTCATCAACCCCCGCCGTCCCCAATCTGCTTCCTTCTCCGCCTCGAAGAAGACATC
GCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAATCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTCCGATGT
CGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACAACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGTTCGTAT
CACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAA
TGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCTCA
AGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGC
AGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGTTGGGAG
AGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCTTAGCCT
GACCACTGGAAATGCAGGCGGGAGAT*GGCATGCGGGTGTGGTTGGTTTGACGCCGCTCT
AAGTCTGGGGCTAAGTA*CGTACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCTGGTCTGTTGAATCA
GATGTCAAATAATGTTGGCTGAGAT**ATCTTTTGATGTT*CTCTTGCTGGAGT
GTGCC

QA 3 776 3 776
DS 

RD RR3BI36JQ 668 0 0
TCGAAGAAGACGTCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAG
GGTAACTCCGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAA
GTGAGTGTTCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTT
GGTGATACAACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACA
CACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAAC
GCCGATGGCGTGGCAGGAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAAT
TCTGTTGTTGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGG
CATGAGTTTAGCCTGACCACTGGAAATGCAGGCGGGAGATTGGCATGCGG*TGTGGTTGG
TTTGACGCCGCTCTAAGTCTGGGGCTAAGTAACGTACTTTGGTGTCTACTGTGTTGTTCT
GGTCTGTTGAATCAGAT*TCAAATAATGTTGGCTGAGAATAATCTTTTGATGTTTCTCTT
GCTGGAGTTGTGCCTTTGTAAACTTGTTTGTTACTTTTGGTTTAAATCTGCATTCGATCG
TTTTAGAC

QA 1 668 1 668
DS 



CO CL16Contig2 906 11 22 U
GGATCTCACATTTACCCAATCACACACTTGGTTCCAAACCCCCAAAAAA*GCAGCAGGAG
CCAATGGCTGCTCACACCATCCTCTCCTTCTCGTCTCCTTGTCATCATCGCCTTCTCATT
TCTCCCTCATCCAACCCCAACCCACCACTCCGTTCCTCTTTCCGCGGCGTGTCTCTCAAC
CTCCACCGTCCCCGATCAGTTACCTTCTCCGCCTCGAAGAAATGGCTAACAGTCGTTTCC
GCCGCGAAGAAAGCCGTTGCAGTGCTCAAGGGTAACTCCGACGTCGAAGGAGTTGTTACT
CTCACTCAAGAAGACACAGGTCCAACAACAGTGAATGTTCGTATCACTGGTCTCACTCCA
GGGCCGCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGATGCATCTCAACA
GGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCAT
GCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTG
GACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAACTCTGTTGTCGGAAGAGCCTTTGTGGTTCAC
GAGCTTCAGGATGATCTCGGAAAGGGTGGGCATGAGCTTAGTCTGACCACTGGTAACGCA
GGCGGGAGACTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCCGCTCTAAGTCTGGAATAAGTAA
AGTACTCTTCTGTCTACTGTATTGTGTCTTTGTTTCTTGTCAAATATTGTTCGGCTGATT
AAACTTTTGATGTTTATATTCATAGCATCAAAAAAAA*TACTCTCTCTTTGGATTTGTGC
CTTTGTAAAACTACTCATGGACCAAATCTGCTTTCCAATTTATATTAGTGATACGTTTGC
TTTCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 30 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 
50 50 50 25 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 30 55 50 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 20 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 

AF RR3GU65TF U 16
AF RR3D211TF U 30
AF RR3FE91TF U 21
AF RR3FC35TF U 1
AF RR3BR39TF U 1
AF RR3FM55TF U 16
AF RR3FC35JQ C 18
AF RR3A919TF U 40
AF RR3GU65JQ C 637
AF RR3BR39JQ C 140
AF RR3FE91JQ C 219
BS 1 49 RR3BR39TF
BS 50 50 RR3GU65TF
BS 51 365 RR3BR39TF
BS 366 366 RR3GU65TF
BS 367 604 RR3BR39TF
BS 605 605 RR3GU65TF
BS 606 608 RR3BR39TF
BS 609 609 RR3FM55TF
BS 610 661 RR3BR39TF
BS 662 662 RR3A919TF
BS 663 754 RR3BR39TF
BS 755 757 RR3FC35TF
BS 758 763 RR3BR39TF
BS 764 764 RR3FC35JQ
BS 765 779 RR3BR39TF
BS 780 780 RR3A919TF
BS 781 789 RR3BR39TF
BS 790 805 RR3A919TF
BS 806 806 RR3FC35JQ
BS 807 861 RR3A919TF
BS 862 901 RR3BR39JQ
BS 902 906 RR3FE91JQ

RD RR3GU65TF 592 0 0
GG
AATCACACACTTGGTTCCAAACCCCCAAAAAA*GCAGCAGGAGCCAATGGCTGCTCACAC
CATCCTCTCCTTCTCGTCTCCTTGTCATCATCGCCTTCTCATTTCTCTCTCATCCAACCC
CAACCCACCACTCCGTTCCTCTTTCCGCGGCGTGTCTCTCAACCTCCACCGTCCCCGATC
AGTTACCTTCTCCGCCTCGAAGAAATGGCTAACAGTCGTTTTCGCCGCGAAGAAAGCCGT
TGCAGTGCTCAAGGGTAACTCCGACGTCGGAGGAGTTGTTACTCTCACTCAAGAAGACAC
AGGTCCAACAACAGTGAATGTTCGTATCACTGGTCTCACTCCAGGGCCGCATGGCTT*CA
CCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGATGCATCTCAACAGGACCACATTTCAACCC
TAACAACATGACACACGGAGCTCCTCAAGGCGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAA
CATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCT
GACTGGTCCTAACTCTGTTGTCGGAAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTC

QA 3 592 3 592
DS 

RD RR3D211TF 577 0 0
GGTTCCAAACCCCCAAAAAA*GCAGCAGGAGCCAATGGCTGCTCACACCATCCTCTCCTT
CTCGTCTCCTTGTCATCATCGCCTTCTCATTTCTCCCTCATCCAACCCCAACCCACCACT
CCGTTCCTCTTTCCGCGGCGTGTCTCTCAACCTCCACCGTCCCCGATCAGTTACCTTCTC
CGCCTCGAAGAAATGGCTAACAGTCGTTTCCGCCGCGAAGAAAGCCGTTGCAGTGCTCAA
GGGTAACTCCGACGTCGAAGGAGTTGTTACTCTCACTCAAGAAGACACAGGTCCAACAAC
AGTGAATGTTCGTATCACTGGTCTCACTCCAGGGCCGCATGGCTTTCGCCTCCATGAGTT
TGGTGATACAACAAATGGATGCATCTCAACAGGACCACATTTCAACCCTAACAACATGAC
ACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAA
CGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAA
CTCTGTTGTCGGAAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTT

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3FE91TF 585 0 0
G
ACACACTTGGTTCCAAACCCCCAAAAAA*GCAGCAGGAGCCAATGGCTGCTCACACCATC
CTCTCCTTCTCGTCTCCTTGTCATCATCGCCTTCTCATTTCTCCCTCATCCAACCCCAAC
CCACCACTCCGTTCCTCTTTCCGCGGCGTGTCTCTCAACCTCCACCGTCCCCGATCAGTT
ACCTTCTCCGCCTCGAAGAAATGGCTAACAGTCGTTTCCGCCGCGAAGAAAGCCGTTGCA
GTGCTCAAGGGTAACTCCGACGTCGAAGGAGTTGTTACTCTCACTCAAGAAGACACAGGT
CCAACAACAGTGAATGTTCGTATCACTGGTCTCACTCCAGGGCCGCATGGCTTTCACCTC
CATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGATGCATCTCAACAGGACCACATTTCAACCCTAAC
AACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATT
ATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACT
GGTCCTAACTCTGTTGTCGGAAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCT

QA 2 585 2 585
DS 

RD RR3FC35TF 773 0 0
GGATCTCACATTTACCCAATCACACACTTGGTTCCAAACCCCCAAAAAA*GCAGCAGGGG
CCAATGGCTGCTCACACCATCCTCTCCTTCTCGTCTCCTTGTCATCATCGCCTTCCCATT
TCTCCCTCATCCAACCCCAACCCACCACTCCGTTCCTCTTTCCGCGGCGTGTCTCTCAAC
CTCCACCGTCCCCGATCAGTTACCTTCTCCGCCTCGAAGAAATGGCTAACAGTCGTTTCC
GCCGCGAAGAAAGCCGTTGCAGTGCTCAAGGGTAACTCCGACGTCGAAGGAGTTGTTACT
CTCACTCAAGAAGACACAGGTCCAACAACAGTGAATGTTCGTATCACTGGTCTCACTCCA
GGGCCGCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGATGCATCTCAACA
GGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCAT
GCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTG
GACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAACTCTGTTGTCGGAAGAGCCTTTGTGGTTCAC
GAGCTTCACGATGATCTCGGAAAGGGTGGGCATGAGCTTAGTCTGACCACTGGTAACGCA
G*CGGGAGACTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCCGCTCTAAGTCTGGAATAAGTAA
AGTACTCTTCTGTCTACTGTAT*GTGTCTTTGTTTCTTGTCAA*TATTGTTCG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3BR39TF 794 0 0
GGATCTCACATTTACCCAATCACACACTTGGTTCCAAACCCCCAAAAAAAGCAGCAGGAG
CCAATGGCTGCTCACACCATCCTCTCCTTCTCGTCTCCTTGTCATCATCGCCTTCTCATT
TCTCCCTCATCCAACCCCAACCCACCACTCCGTTCCTCTTTCCGCGGCGTGTCTCTCAAC
CTCCACCGTCCCCGATCAGTTACCTTCTCCGCCTCGAAGAAATGGCTAACAGTCGTTTCC
GCCGCGAAGAAAGCCGTTGCAGTGCTCAAGGGTAACTCCGACGTCGAAGGAGTTGTTACT
CTCACTCAAGAAGACACAGGTCCAACAACAGTGAATGTTCGTATCACTGGTCTCACTCCA
GGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGATGCATCTCAACA
GGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCAT
GCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTG
GACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAACTCTGTTGTCGGAAGAGCCTTTGTGGTTCAC
GAGCCTCACGATGATCTCGGAAAGGGTGGGCATGAGCTTAGTCTGACCACTGGTAACGCA
G*CGGGAGACTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCCGCTCTAAGTCTGGAATAAGTAA
AGTACTCTTCTGTCTACTGTATTGTGTCTTTGTT**CTGTCAA*TATTGTTCGGCTGAT*
AAACTTTTG
TGTTT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3FM55TF 774 0 0
GG
AATCACACACTTGGTTCCAAACCCCCAAAAAA*GCAGCAGGAGCCAATGGCTGCTCACAC
CATCCTCTCCTTCTCGTCTCCTTGTCATCATCGCCTTCTCATTTCTCCCTCATCCAACCC
CAACCCACCACTCCGTTCCTCTTTCCGCGGCGTGTCTCTCAACCTCCACCGTCCCCGATC
AGTTACCTTCTCCGCCTCGAAGAAATGGCTAACAGTCGTTTCCGCCGCGAAGAAAGCCGT
TGCAGTGCTCAAGGGTGACTCCGACGTCGAAGGAGTTGTTACTCTCACTCAAGAAGACAC
AGGTCCAACAACAGTGAATGTTCGTATCACTGGTCTCACTCCAGGGCCGCATGGCTTTCA
CCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGATGCATCTCAACAGGACCACATTTCAACCC
TAACAACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAA
CATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAA*CAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCT
GACTGGTCCTAACTCTGTTGTCGGAAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTCAGGATGATCT
CGGAAAGGGTGGGCATGAGCTTAGTCTGACCACTGGTAACGCAG*CGGGAGACTGGCATG
CGGTGTGGTTGGTTTGACGCCGCTCTAAGTCTGGAATAAGTAA*GTACTCTTCTGTCTAC
TGTATTGTGTCTTTGTTTCTTGTCAA*TATTGTTCGGCTGAT*AAACTTTTG

QA 3 774 3 774
DS 

RD RR3FC35JQ 815 0 0
AATCACACACTTGGTTCCAAACCCCCAAAAA**GCAGCAGG*GCCAATGGCTGCTCACAC
CATCCTCTCCTTCTCGTCTCCTTGTCATCATCGCCTTCCCATTTCTCCCTCATCCAACCC
CAACCCACCACTCCGTTCCTCTTTCCGCGGCGTGTCTCTCAACCTCCACCGTCCCCGATC
AGTTACCTTCTCCGCCTCGAAGAAATGGCTAACAGTCGTTTCCGCCGCGAAGAAAGCCGT
TGCAGTGCTCAAGGGTAACTCCGACGTCGAAGGAGTTGTTACTCTCACTCAAGAAGACAC
AGGTCCAACAACAGTGAATGTTCGTATCACTGGTCTCACTCCAGGGCCGCATGGCTTTCA
CCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGATGCATCTCAACAGGACCACATTTCAACCC
TAACAACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAA
CATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCT
GACTGGTCCTAACTCTGTTGTCGGAAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTCAGGATGATCT
CGGAAAGGGTGGGCATGAGCTTAGTCTGACCACTGGTAACGCAGGCGGGAGACTGGCATG
CGGTGTGGTTGGTTTGACGCCGCTCTAAGTCTGGAATAAGTAAAGTACTCTTCTGTCTAC
TGTATTGTGTCTTTGTTTCTTGTCAAATATTGTTCGGCTGATTAAACTTTTGATGTTTAT
ATTCATAGCATCAAAAAAAA*TACTCTCTCTTTGG

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR3A919TF 822 0 0
GG
CCAAAAAA*GCAGCAGGAGCCAATGGCTGCTCTCACCATCCTCTCCTTCTCGTCTCCTTG
TCATCATCGCCTTCTCATTTCTCTC*CATCCAACCCCAACCCACCACTCCGTTCCTCTTT
CCGCGGCGTGTCTCTCAACCTCCACCGTCCCCGATCAGTTACCTTCTCCGCCTCGAAGAA
ATGGCTAACAGTCGTTTCCGCCGCGAAGAAAGCCGTTGCAGTGCTCAAGGGTAACTCCGA
CGTCGAAGGAGTTGTTACTCTCACTCAAGAAGACACAGGTCCAACAACAGTGAATGTTCG
TATCACTGGTCTCACTCCAGGGCCGCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAAC
AAATGGATGCATCTCAACAGGACCACATTTCAACCCTAACAGCATGACACACGGAGCTCC
TCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGGCGT
GGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAACTCTGTTGTCGG
AAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTCAGGATGATCTCGGAAAGGGTGGGCATGAGCTTAG
TCTGACCACTGTTAACGCAGGCGGGAGACTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCCGCT
CTAAGTCTGGAATAAGTAAAGTACTCTTCTGTCTACTGTATTGTGTCTTTGTTTCTTGTC
AAGTATTGTTCGGCTGATTAAACTTTTGATGTTTATATTCATAGTATCAAAAAAAA*TAC
TCTCTCTTTGGATTTGTGCCTTTGTAAAACTACTCATGGA

QA 3 822 3 822
DS 

RD RR3GU65JQ 257 0 0
CTTAGTCTGACCACTGGTAACGCAGGCGGGAGACTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACG
CCGCTCTAAGTCTGGAATAAGTAAAGTACTCTTCTGTCTACTGTATTGTGTCTTTGTTTC
TTGTCAAATATTGTTCGGCTGATTAAACTTTTGATGTTTATATTCATAGCATCAAAAAAA
A*TACTCTCTCTTTGGATTTGTGCCTTTGTAAAACTACTCATGGACCAAATCTCCCTTCC
AATTTATATTAGTGATA

QA 1 257 1 257
DS 

RD RR3BR39JQ 764 0 0
C
CCCACCACTCCGT*CCTCTTTCCGCGGCGTGTCTCTCAACCTCCACCGTCCCCGATCAGT
TACCTTCTCCGCCTCGAAGAAATGGCTAACAGTCGTTTCCGCCGCGAAGAAAGCCGTTGC
AGTGCTCAAGGGTAACTCCGACGTCGAAGGAGTTGTTACTCTCACTCAAGAAGACACAGG
TCCAACAACAGTGAATGTTCGTATCACTGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCT
CCATGAGTTTGGTGATACAACAAATGGATGCATCTCAACAGGACCACATTTCAACCCTAA
CAACATGACACACGGAGCTCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACAT
TATTGCCAACGCCGATGGCGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGAC
TGGTCCTAACTCTGTTGTCGGAAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCCTCAGGATGATCTCGG
AAAGGGTGGGCATGAGCTTAGTCTGACCACTGGTAACGCAGGCGGGAGACTGGCATGCGG
TGTGGTTGGTTTGACGCCGCTCTAAGTCTGGAATAAGTAAAGTACTCTTCTGTCTACTGT
ATTGTGTCTTTGTTTCTTGTCAAATATTGTTCGGCTGATTAAACTTTTGATGTTTATATT
CATAGCATCAAAAAAAA*TACTCTCTCTTTGGATTTGTGCCTTTGTAAAACTACTCATGG
ACCAAATCTGCTTTCCAATTTATATTAGTGATACGTTTGCT
GC

QA 2 762 2 762
DS 

RD RR3FE91JQ 688 0 0
GAAATGGCTAACAGTCGTTTCCGCCGCGAAGAAAGCCGTTGCAGTGCTCAAGGGTAACTC
CGACGTCGAAGGAGTTGTTACTCTCACTCAAGAAGACACAGGTCCAACAACAGTGAATGT
TCGTATCACTGGTCTCACTCCAGGGCCGCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATAC
AACAAATGGATGCATCTCAACAGGACCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGC
TCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGG
CGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAACTCTGTTGT
CGGAAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTCAGGATGATCTCGGAAAGGGTGGGCATGAGCT
TAGTCTGACCACTGGTAACGCAGGCGGGAGACTGGCATGCGGTGTGGTTGGTTTGACGCC
GCTCTAAGTCTGGAATAAGTAAAGTACTCTTCTGTCTACTGTATTGTGTCTTTGTTTCTT
GTCAAATATTGTTCGGCTGATTAAACTTTTGATGTTTATATTCATAGCATCAAAAAAAAA
TACTCTCTCTTTGGATTTGTGCCTTTGTAAAACTACTCATGGACCAAATCTGCTTTCCAA
TTTATATTAGTGATACGTTTGCTTTCCC

QA 1 688 1 688
DS 



CO CL16Contig3 600 2 8 U
GGGCCCAATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACCTTCCTCTCCTT
CTCATCCCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTCTCTCCTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGG
CGGCGTCTCTCTCATCAACCTCCGCCGTCCCCAATCTGTTTCCTTCTCCGCTACGAAGAA
GAAATCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTC
CGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGT
TCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATAC
AACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGC
TCCTCAAGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGG
CGTGGCAGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGT
TGGGAGAGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C990TF U 1
AF RR3CE30TF U 1
BS 1 48 RR3C990TF
BS 49 49 RR3CE30TF
BS 50 123 RR3C990TF
BS 124 124 RR3CE30TF
BS 125 426 RR3C990TF
BS 427 427 RR3CE30TF
BS 428 451 RR3C990TF
BS 452 600 RR3CE30TF

RD RR3C990TF 451 0 0
GGGCCCAATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACTTTCCTCTCCTT
CTCATCCCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTCTCTCCTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGG
CGGTGTCTCTCTCATCAACCTCCGCCGTCCCCAATCTGTTTCCTTCTCCGCTACGAAGAA
GAAATCGCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTC
CGATGTCGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGT
TCGTATCACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATAC
AACAAATGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGC
TCCTCAGGACGAGATCCGTCATGCGGGTGAC

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR3CE30TF 600 0 0
GGGCCC
AATCACTTCTTCCAAACGACATCCCATGGCTGCTCCTCACACCTTCCTCTCCTTCTCATC
CCCTCCGCGCCTCCTCCTCGTCTCTCCTTCATCCACTCTCCGCTCCTCTTTCGGCGGCGT
CTCTCTCATCAACCTCCGCCGTCCCCAATCTGTTTCCTTCTCCGCTACGAAGAAGAAATC
GCTGACTGTCGTCTCCGCCGCGAAGAAAGCTGTTGCTGTGCTCAAGGGTAACTCCGATGT
CGAAGGAGTTGTTACTTTGACTCAAGACGACTCAGGTCCGACAAAAGTGAGTGTTCGTAT
CACCGGTCTCACTCCAGGGCCTCATGGCTTTCACCTCCATGAGTTTGGTGATACAACAAA
TGGTTGCATCTCAACAGGGCCACATTTCAACCCTAACAACATGACACACGGAGCTCCTCA
AGACGAGATCCGTCATGCGGGTGACCTGGGAAACATTATTGCCAACGCCGATGGCGTGGC
AGAAACAACACTTGTGGACAATCAGATTCCTCTGACTGGTCCTAATTCTGTTGTTGGGAG
AGCCTTTGTGGTTCACGAGCTTAAGGATGACCTCGGAAAGGGCGGGCATGAGCT

QA 7 600 7 600
DS 



AS 5 18

CO CL17Contig1 1064 4 13 U
GACTGAGAATTCGGGATTTACTGGAGAAACAAGTTCTGAACATGAGATATAAGGATCAAG
AAAGGTAGATTTAGAGTCTATGAGACATAACTTATTGGGACGAACACACTAGAAACACCA
GAAGAGACAAACACAAGCTGTACAGAGAAACAAAAGACAAAACAGAGATCACAACACTAC
ACATCCCCAACCATTTGATAGCTTAAAGAAAAACTCATAGAACAGCTTCTTGTTTTCTCT
ACATCATTATTTTGGAGTTTCGATATTAAGAGAGATGGAGCTTGATTTTTTTTT*CTTTT
CTCAATCTCCATGTGCAAGAACTGCTGCTCCTTCCACCTTGAAGGTGGCTCCCCAAATTT
CTTCCTCTTTAGCAGGAATGGCAGTGATCTTGTTCTTAGGGTTCTCAAAGCTCCTAAGCC
CACCTAACGCAGTCGAGTAAAAACAGCCTTGAGGGAAGGAAGCAAGAGATTTGCCACAAG
CACCTTTTAGCAACTCAACATCATCAGCAAATGCCACATACCCATCAGCTGTTATTCCCC
AATACAATGGAACCTTACCTTCTTGGTCAGAAGCTACAAACAGAGTGGAGGTTGATTTGT
CGAAAACCACAAAGGCGAAATCGCCGCTTAGGTGAGACACGACATGGTTTGCTGGGTAAG
GAGCTCTGTCACGGAGAGTCTTATAAGCCTCGATGACCAAGAGAACCTCGTTTGCGTTCT
TTGCAAGCCCATATTGTTGTTTCAAGCTTCCTAGGTTGTCAAGTGGTCCTTGGAACAAGC
AGAATATCTCATCCTTAGCCCCAAATGACCTTGGACACAGCGGAGGGATTTTTCTCTACG
AACTTGTTGACTAGGACCGATCCAGTTGTCTTCGGTGACGGAGTTCGGTTCCCGGCGGCC
ACCAGCTCTTCCGGCAAAGATACTATAGCTCCACTGAAAATTCCCAACATTTTTATCTCT
CTTCCGACGATACCAACTAAAACCCCAAAAAGACTAGTTTTGTAGAAAATTAAACTGGTT
TGAATTCTCTTGCTGTTAAAATATATCGGACAAGGAGGTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA24JQ U 67
AF RR3AL54JQ U 1
AF RR3FR65JQ U 97
AF RR3CS09TF C 354
BS 1 174 RR3AL54JQ
BS 175 175 RR3EA24JQ
BS 176 293 RR3AL54JQ
BS 294 294 RR3EA24JQ
BS 295 505 RR3AL54JQ
BS 506 506 RR3FR65JQ
BS 507 604 RR3AL54JQ
BS 605 610 RR3FR65JQ
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BS 620 620 RR3CS09TF
BS 621 624 RR3FR65JQ
BS 625 1064 RR3CS09TF

RD RR3EA24JQ 377 0 0
G
GATTTAGAGTCTATGAGACATAACTTATTGGGACGAACACACTAGAAACACTAGAAGAGA
CAAACACAAGCTGTACAGAGAAACTAAAGACAAAACAGAGATCACAACACTACACATCCC
CAACCATTTGATAGCTTAAAGAAAAACTCATAAAACAGCTTCTTGTTTTCTCTACATCAT
TATTTTGGAGTTTCGATATTAAGAGAGATGGAGCTTGATTTTTTTTTTCTTTTCTCAATC
TCCATGTGCAAGAACTGCTGCTCCTTCCACCTTGAAGGGGGCTCCCCAAATTTCTTCCTC
TTTAGCAGGAATGGCAGTGATCTTGTTCTTAGGGTTCTCAAAGCTCCTTAGCCCACCTAA
CGCAGTCGAGTAAAAA

QA 2 377 2 377
DS 

RD RR3AL54JQ 604 0 0
GACTGAGAATTCGGGATTTACTGGAGAAACAAGTTCTGAACATGAGATATAAGGATCAAG
AAAGGTAGATTTAGAGTCTATGAGACATAACTTATTGGGACGAACACACTAGAAACACCA
GAAGAGACAAACACAAGCTGTACAGAGAAACAAAAGACAAAACAGAGATCACAAAACTAC
ACATCCCCAACCATTTGATAGCTTAAAGAAAAACTCATAGAACAGCTTCTTGTTTTCTCT
ACATCATTATTTTGGAGTTTCGATATTAAGAGAGATGGAGCTTGATTTTTTTT**CTTTT
CTCAATCTCCATGTGCAAGAACTGCTGCTCCTTCCACCTTGAAGGTGGCTCCCCAAATTT
CTTCCTCTTTAGCAGGAATGGCAGTGATCTTGTTCTTAGGGTTCTCAAAGCTCCTAAGCC
CACCTAACGCAGTCGAGTAAAAACAGCCTTGAGGGAAGGAAGCAAGAGATTTGCCACAAG
CACCTTTTAGCAACTCAACATCATC*GCAAATGCCACATACCCATCAGCTGTTATTCCCC
AATACAATGGAACCTTACCTTCTTGGTCAGAAGCTACAAACAGAGTGGAGGTTGATTTGT
CGAA

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3FR65JQ 528 0 0
GGGACGAACACACTAGAAACACCAGAAGAGACAAACACAAGCTGTACAGAGAAACAAAAG
ACAAAACAGAGATCACAACACTACACATCCCCAACCATTTGATAGCTTAAAGAAAAACTC
ATAGAACAGCTTCTTGTTTTCTCTACATCATTATTTTGGAGTTTCGATATTAAGAGAGAT
GGAGCTTGATTTTTTTTT*CTTTTCTCAATCTCCATGTGCAAGAACTGCTGCTCCTTCCA
CCTTGAAGGTGGCTCCCCAAGTTTCTTCCTCTTTAGCAGGAATGGCAGTGATCTTGTTCT
TAGGGTTCTCAAAGCTCCTTAGCCCACCTAACGCAGTCGAGTAAAAACAGCCTTGAGGGA
ACGAAGCAAGAGATTTGCCACAAGCACCTTTTAGCAACTCAATATCATCAGCAAATGCCA
CATACCCATCAGCTGTTATCCCCCAATACAATGGAACCTTACCTTCTTGGTCAGAGGCTA
CAAACAGAGTGGAGGTTGATTTGTCGAAAACCACGAAGGCGAAGTCGC

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR3CS09TF 711 0 0
CAAATTTCTTCCTCTTTAGCAGGAATGGCAGTGATCTTGTTCTTAGGGTTCTCAAAGCTC
CTAAGCCCACCTAACGCAGTCGAGTAAAAACAGCCTTGAGGGAAGGAAGCAAGAGATTTG
CCACAAGCACCTTTTAGCAACTCAACATCATCAGCAAATGCCACATACCCATCAGCTGTT
ATTCCCCAATACAATGGAACCTTACCTTCTTGGTCAGAAGCTACAAACAGAGTGGAGGTT
GATTTGTCGAAGACCACAAAGGCGAAATCGCCGCTTAGGTGAGACACGACATGGTTTGCT
GGGTAAGGAGCTCTGTCACGGAGAGTCTTATAAGCCTCGATGACCAAGAGAACCTCGTTT
GCGTTCTTTGCAAGCCCATATTGTTGTTTCAAGCTTCCTAGGTTGTCAAGTGGTCCTTGG
AACAAGCAGAATATCTCATCCTTAGCCCCAAATGACCTTGGACACAGCGGAGGGATTTTT
CTCTACGAACTTGTTGACTAGGACCGATCCAGTTGTCTTCGGTGACGGAGTTCGGTTCCC
GGCGGCCACCAGCTCTTCCGGCAAAGATACTATAGCTCCACTGAAAATTCCCAACATTTT
TATCTCTCTTCCGACGATACCAACTAAAACCCCAAAAAGACTAGTTTTGTAGAAAATTAA
ACTGGTTTGAATTCTCTTGCTGTTAAAATATATCGGACAAGGAGGTTGTCC

QA 1 711 1 711
DS 



CO CL17Contig2 771 2 2 U
GGACAACCTCCATGTCCAATATATCTCTCACAGCAAGAGAACTCAAAACAGTTTAATTAT
CAAAAAAACTAGTCTTTTTGGGGTTTTAGTTGGTATCGTCGGAAGAGAGATAAAAATGTT
GGGAATTTTCAGCGGAGCTATAGTATCTTTGCCGGAAGAGCTGGTGGCCGCCGGGAACCG
AACTCCATCGCCGAAGACAACCGGCTCGGTCCTAGTCAACAAGTTCGTTGAGAAAAATCC
CTCCGCCGTGTCCGTACAGGTCGGCGACTATGTGCAGCTTGCGTACAGCCACCACAAAGA
GAGTCCTCTCCGGCCAAGGTCATTTGGGGCTAAGGATGAGATATTCTGCTTGTTCCAAGG
ATCACTTGACAACCTAGGAAGCTTGAAACAACAATATGGGCTTGCAAAGAACGCAAACGA
GGTTCTCTTGGTCATCGAGGCTTATAAGACTCTCCGTGACAGAGCTCCTTACCCGGCCAA
CCATGTCGTGTCTCACCTAAGCGGCGACTTCGCCTTCGTGGTTTTCGACAAATCAACCTC
CACTCTGTTTGTAGCCTCTGACCAAGAAGGTAAGGTTCCATTGTATTGGGGGATAACAGC
TGATGGGTATGTGGCATTTGCTGATGATATTGAGTTGCTAAAAGTGCTTGTGGCAAATCT
CTTGCTTCGTTCCCTCAAGCTGTTTTACTCGACTGCGTTAGTGGGCTAAGAGCTTTGAGA
ACCCTAAGACAGATCACTGCCATCCTGCTAAGAGAGAACTGGGAGCACTTC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA24TF U 1
AF RR3FR65TF U 3
BS 1 186 RR3EA24TF
BS 187 771 RR3FR65TF

RD RR3EA24TF 186 0 0
GGACAACCTCCATGTCCAATATATCTCTCACAGCAAGAGAACTCAAAACAGTTTAATTAT
CAAAAAAACTAGTCTTTTTGGGGTTTTAGTTGGTATCGTCGGAAGAGAGATAAAAATGTT
GGGAATTTTCAGCGGAGCTATAGTATCTTTGCCGGAAGAGCTGGTGGCCGCCGGGAACCG
AACTCC

QA 1 186 1 186
DS 

RD RR3FR65TF 769 0 0
ACAACCTCCATGTCCAATATATCTCTCACAGCAAGAGAACTCAAAACAGTTTAATTATCT
AAAAAACTAGTCTTTTTGGGGTTTTAGTTGGTATCGTCGGAAGAGAGATAAAAATGTTGG
GAATTTTCAGCGGAGCTATAGTATCTTTGCCGGAAGAGCTGGTGGCCGCCGGGAACCGAA
CTCCATCGCCGAAGACAACCGGCTCGGTCCTAGTCAACAAGTTCGTTGAGAAAAATCCCT
CCGCCGTGTCCGTACAGGTCGGCGACTATGTGCAGCTTGCGTACAGCCACCACAAAGAGA
GTCCTCTCCGGCCAAGGTCATTTGGGGCTAAGGATGAGATATTCTGCTTGTTCCAAGGAT
CACTTGACAACCTAGGAAGCTTGAAACAACAATATGGGCTTGCAAAGAACGCAAACGAGG
TTCTCTTGGTCATCGAGGCTTATAAGACTCTCCGTGACAGAGCTCCTTACCCGGCCAACC
ATGTCGTGTCTCACCTAAGCGGCGACTTCGCCTTCGTGGTTTTCGACAAATCAACCTCCA
CTCTGTTTGTAGCCTCTGACCAAGAAGGTAAGGTTCCATTGTATTGGGGGATAACAGCTG
ATGGGTATGTGGCATTTGCTGATGATATTGAGTTGCTAAAAGTGCTTGTGGCAAATCTCT
TGCTTCGTTCCCTCAAGCTGTTTTACTCGACTGCGTTAGTGGGCTAAGAGCTTTGAGAAC
CCTAAGACAGATCACTGCCATCCTGCTAAGAGAGAACTGGGAGCACTTC

QA 1 769 1 769
DS 



CO CL17Contig3 1038 6 17 U
CGGAGAATTGCAATATTTACGGGAGAAACAGGAGATGCAAACATCAAGAGAAGGTAGATT
TATTGGGACGAAGACGCTAAAAACACCCAGAAGAGACAGACAAGGGCTGTACAATGAAAC
AGAAGACAAAAGAGGGATACAACACTAAACACTTCATCACCAACCATTGATAGCTTTAAA
GAAACTCATAGGACAGCTTGTTTTTTCTACATCATTATTTCTTTTTGCTGTTAAAGAGTT
CTCATTCTCAATCTGCAAGAACTGTTGCTCCTTCCACCTTGAAAGTGGCTCCCCAAATTT
CTTCCTCTTTAGCAGGAATGGCAGTGATCTTATTCTTAGGGTTCTCAAAGCTCCTAAGCC
CACCTAACGCAGTTGAATAAAAGCATCCTTGAGGGAAAGAAGCAAGAGATTTTCCACAAG
CCCCTTTTAGCAACTCAAGATCATCAGCAAATGCCACATATCCATCAGCTGTTATCCCCC
AATACAATGGAACCTTACCAACTTGGTCAGAGGCTACAAACAGAGTGGAGGTTGATTTAT
CAAAGACCACAAAGGCGAAATCGCCACTTAGGTGTGACACAACGTGGTTAGCCGGGTAAG
GAGCTCTGTCACGGAGAGTCTTGTAAGCCTCGATGACCAAGAGAACCTCGTTTGCATTTT
TTGCAAGCCCATATTGCTGCTTCAAGCTTCCTAGGTTGTCAAGGGAGCCTTGGAACAAAC
AAAATATCTCATCCTTAGCCCCAAATGACCTTGGCCGGAGAGGACTCTCTTTGTGGTGGG
TATAGGCAAGCTGCACATAGTCGCCGACTTGTACGGACACAGCGGATGGGTTTTTCTCGA
CGAACTTGTTAACTAGAGCCGACCCGGTTGTCTTTGGAGAAGGAGTCCGACTGCCGGCCG
CAACCAGCTCTTCCGGTAGCGATACTATGGCTCCGCTGAAAATTCCCAACATCTTCTACC
TCCACCGATGATAATTACTTGCTGAATCTTTGAGTTCTCTCTCTGTTTGAGATATATCAT
ATATGGGACAATGGACCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 15 35 
35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 5 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3FG02JQ U 161
AF RR3EJ87JQ U 1
AF RR3EZ62JQ U 3
AF RR3CU26JQB U 37
AF RR3D544TF C 322
AF RR3GY86TF C 682
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BS 489 658 RR3EJ87JQ
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BS 723 752 RR3EZ62JQ
BS 753 784 RR3CU26JQB
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BS 815 1033 RR3D544TF
BS 1034 1038 RR3GY86TF

RD RR3FG02JQ 238 0 0
CAACCATTGATAGCTTTAAAAAAACTCATAGGACAGCTTGTTTTTTCTACATCATTATTT
CTTTTTGCTGTTAAAAAGTTCTCATTCTCAATCTGCAAAAACTGTTGCTCCTTCCCCCTT
GAAAGTGGCTCCCCAAATTTCTTCCTCTTTAGCAGGAATGGCAGTGATCTTATTCTTAGG
GTTCTCAAAGCTCCTAAGCCCACCTAACGCAGTTGAATAAAAGCATCCTTGAGGGAAA

QA 1 238 1 238
DS 

RD RR3EJ87JQ 686 0 0
CGGAGAATTGCAATATTTACGGGAGAAACAGGAGATGCAAACATCAAGAGAAGGTAGATT
TATTGGGACGAAGACGCTAAAAACACCCAGAAGAGACAGACAAGGGCTGTACAATGAAAC
AGAAGACAAAAGAGGGATACAACACTAAACACTTCATCACCAACCATTGATAGCTTTAAA
GAAACTCATAGGACAGCTTGTTTTTTCTACATCATTATTTCTTTTTGCTGTTAAAGAGTT
CTCATTCTCAATCTGCAAGAACTGTTGCTCCTTCCACCTTGAAAGTGGCTCCCCAAATTT
CTTCCTCTTTAGCAGGAATGGCAGTGATCTTATTCTTAGGGTTCTCAAAGCTCCTAAGCC
CACCTAACGCAGTTGAATAAAAGCATCCTTGAGGGAAAGAAGCAAGAGATTTTCCACAAG
CCCCTTTTAGCAACTCAAGATCATCAGCAAATGCCACATATCCATCAGCTGTTATCCCCC
AATACAACGGAACCTTACCAACTTGGTCAGAGGCTACAAACAGAGTGGAGGTTGATTTAT
CAAAGACCACAAAGGCGAAATCGCCACTTAGGTGTGACACAACGTGGTTAGCCGGGTAAG
GAGCTCTGTCACGGAGAGTCTTGTAAGCCTCGATGACCAAGAGAACCTCGTTTGCATTCT
TAGCAAGCCCATATTGCTGCTTCAAG

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3EZ62JQ 750 0 0
GAGAATTGCAATATTTACGGGAGAAACAGGAGATGCAAACATCAAGAGAAGGTAGATTTA
TTGGGACGAAGACGCTAAAAACACCCAGAAGAGACAGACAAGGGCTGTACAATGAAACAG
AAGACAAAAGAGGGATACAACACTAAACACTTCATCACCAACCATTGATAGCTTTAAAGA
AACTCATAGGACAGCTTGTTTTTTCTACATCATTATTTCTTTTTGCTGTTAAAGAGTTCT
CATTCTCAATCTGCAAGAACTGTTGCTCCTTCCACCTTGAAAGTGGCTCCCCAAATTTCT
TCCTCTTTAGCAGGAATGGCAGTGATCTTATTCTTAGGGTTCTCAAAGCTCCTAAGCCCA
CCTAACGCAGTTGAATAAAAGCATCCTTGAGGGAAAGAAGCAAGAGATTTTCCACAAGCC
CCTTTTAGCAACTCAAGATCATCAGCAAATGCCACATATCCATCAGCTGTTATCCCCCAA
TACAACGGAACCTTACCAACTTGGTCAGAGGCTACAAACAGAGTGGAGGTTGATTTATCA
AAGACCACAAAGGCGAAATCGCCACTTAGGTGTGACACAACGTGGTTAGCCGGGTAAGGA
GCTCTGTCACGGAGAGTCTTGTAAGCCTCGATGACCAAGAGAACCTCGTTTGCATTCTTA
GCAAGCCCATATTGCTGCTTCAAGCTTCCTAGGTTGTCAAGCGAGCCTTGGAACAAACAG
AATATCTCATCCTTAGCCCCAAATGACCTT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3CU26JQB 778 0 0
GCAAACA
TCAAGAGAAGGTAGATTTATTGGGACGAAGACACTAAAAACACC*AGAAGAGACAGACAA
GGGCTGTACAATGAAACAGAAGACAAAAGAGGGATACAACACTAAACGCTTCATCACCAA
CCATTGATAGCTTTAAAGAAACTCATGGGACAGCTTGTTTTTTCTACATCATTATTTCTT
TTTGCTGTTAA*GAGTTTTCATTCTCAATCTGCAAGAACTGTTGCTCCTTCCACCTTGAA
GGTGGCTCCCCAAATTTCTTCCTCTTTAGCAGGAATGGCAGTGATCTTATTCTTAGGGTT
CTCAAAGCTCCTAAGCCCACCTAACGCAGTTGAGTAAAAGCATCCTTGAGGGAAAGAAGC
AAGAGATTTTCCACAAGCCCCTTTTAGCAACTCAAGATCATCAGCAAATGCCACATATCC
ATCAGCTGTTATCCCCCAATACAATGGAACCTTTCCAACTTGGTCAGAGGCTACAAACAG
AGTGGAGGTTGATTTATCAAAGACCACAAAGGCGAAATCGCCACTTAGGTGTGACACAAC
GTGGTTAGCCGGGTAAGGAGCTCTGTCACGGAGAGTCTTGTAAGCCTC*ATGACCAAGAG
AACCTCGTTTGCATTTTTTGCAAGCCCATATTGCTGCTTCAAGCTTCCTAGGTTGTCAAG
GGAGCCTTGGAACAAACAGAATATCTCATCCTTAGCCCCAAATGACCTTGGCCGGAGAGG
ACTCTCTTTGTGGTGGGTATACGCAAGCTGCACATAGTCGCCGACTTGTAC

QA 8 778 8 778
DS 

RD RR3D544TF 714 0 0
CAGTGATCTTAT*CTTAGGGTTCTCAAAGCTC*TAAGTCCAC*TAACGCAGTTGAGTAAA
AGCATC*TTGAGGGAAAGAAGCAAGAGATTTTCCACAAGCCCCTTTTAGCGACTCAAGAT
CATCAGCAAATGCCACATATCCATCAGCTGTTATCCCCCAATACAATGGAACCTTACCAA
CTTGGTCAGAGGCTACAAACAGAGTGGAGGTTGATTTATCAAAGACCACAAAGGCGAAAT
CGCCACTTAGGTGTGACACAACGTGGTTAGCCGGGTAAGGAGCTCTGTCACGGAGAGTCT
TGTAAGCCTCGATGACCAAGAGAACCTCGTTTGCATTTTTTGCAAGGCCATATTGCTGCT
TCAAGCTTCCTAGGTTGTCAAGGGAGCCTTGGAACAAACAAAATATCTCATCCTTAGCCC
CAAATGACCTTGGCCGGAGAGGACTCTCTTTGTGGTGGGTATAGGCAAGCTGCACATAGT
CGCCGACTTGTACGGACACAGCGGATGGGTTTTTCTCGACGAACTTGTTAACTAGAGCCG
ACCCGGTTGTCTTTGGAGAAGGAGTCCGACTGCCGGCCGCAACCAGCTCTTCCGGTAGCG
ATACTATGGCTCCGCTGAAAATTCCCAACATCTTCTACCTCCACCGATGATAATTACTTG
CTGAATCTTTGAGTTCTCTCTCTGTTTGAGATATATCATATATGGGACAATG
CC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3GY86TF 357 0 0
TCAAGCTTCCTAGGTTGTCAAGGGAGCCTTGGAACAAACAAAATATCTCATCCTTAGCCC
CAAATGACCTTGGCCGGAGAGGACTCTCTTTGTGGTGGGTATAGGCAGGCTGCACATAGT
CGCCGACTTGTACGGACACAGCGGATGGGTTTTTCTCGACGAACTTGTTAACTAGAGCCG
ACCCGGTTGTCTTTGGAGAAGGAGTCCGACTGTCGGCCGCAACCAGCTCTTCCGGTAGCG
ATACTATGGCTCCGCTGAAAATTCCCAACATCTTCTACCTCCACCGATGATAATTACTTG
CTGAATCTTTGAGTTCTCTCTCTGTTTGAGATATATCATATATGGGACAATGGACCC

QA 1 357 1 357
DS 



CO CL17Contig4 793 4 13 U
GGATGTCCATTGTCCCATATTATCTCAAACAGAGAGAGAACTCAAAGATTCAGCAAGTAG
TTACGTTATTATCAATTTATCATCGGTGGAGGTAGAAGATGTTGGGAATTTTCAGCGGAG
CCATAGTATCGCTACCGGAAGAGCTGGTTGCGGCCGGCAGTCGGACTCCTTCTCCAAAGA
CAACCGGGTCGGCTCTAGTTAACAAGTTCGTCGAGAAAAACCCATCCGCTGTGTCCGTAC
AAGTCGGCGACTATGTGCAGCTTGCGTATACCCACCACAAAGAGAGTCCTCTCCGGCCAA
GGTCATTTGGGGCTAAGGATGAGATATTCTGTTTGTTCCAAGGCTCGCTTGACAACCTAG
GAAGCTTGAAGCAGCAATATGGGCTTGCTAAGAATGCAAACGAGGTTCTCTTGGTCATCG
AGGCTTACAAGACTCTCCGTGACAGAGCTCCTTACCCGGCTAACCACGTTGTGTCACACC
TAAGTGGCGATTTCGCCTTTGTGGTCTTTGATAAATCAACCTCCACTCTGTTTGTAGCCT
CTGACCAAGTTGGTAAGGTTCCGTTGTATTGGGGGATAACAGCTGATGGATATGTGGCAT
TTGCTGATGATCTTGAGTTGCTAAAAGGGGCTTGTGGAAAATCTCTTGCTTCTTTCCCTC
AAGGATGCTTTTATTCAACTGCGTTAGGTGGGCTTAGGAGCTTTGAGAACCCTAAGAATA
AGATCACTGCCATTCCTGCTAAAGAGGAAGAAATTTGGGGAGCACTTTCAAGTGGAAGGA
GCAACAGTTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ62TF U 7
AF RR3G673TF U 10
AF RR3FG02TF U 1
AF RR3EJ87TF U 1
BS 1 629 RR3EJ87TF
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BS 631 687 RR3EJ87TF
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BS 699 717 RR3EJ87TF
BS 718 718 RR3FG02TF
BS 719 742 RR3EJ87TF
BS 743 743 RR3FG02TF
BS 744 748 RR3EJ87TF
BS 749 749 RR3FG02TF
BS 750 793 RR3EJ87TF

RD RR3EZ62TF 653 0 0
GGATT
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TCAATTTATCATCGGTGGAGGTAGAAGATGTTGGGAATTTTCAGCGGAGCCATAGTATCG
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GGTAAAGTTCCGTTGTATTGGGGGATAACAGCTGATGGATATGTGGCATTTGCTGATGAT
CTTGAGTTGCTAAAAGGG*CTTGTGGAAAATCTCTTGCTTCTTTCCCT

QA 6 653 6 653
DS 

RD RR3G673TF 706 0 0
GG
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TCAATTTATCATCGGTGGAGGTAGAAGATGTTGGGAATTTTCAGTGGAGCCATAGTATCG
CTACCGGAAGAGCTGGTTGCGGCCGGCAGTCGGACTCCTTCTCCAAAGACAACCGGGTCG
GCTCTAGTTAACAAGTTCGTCGAGAAAAACCCATCCGCTGTGTCCGTACAAGTCGGCGAC
TATGTGCAGCTTGCGTATACCCACCACAAAGAGAGTCCTCTCCGGCCAAGGTCATTTGGG
GCTAAGGATGAGATATTCTGTTTGTTCCAAGGCTCGCTTGACAACCTAGGAAGCTTGAAG
CAGCAATATGGGCTTGCTAAGAATGCAAACGAGGTTCTCTTGGTCATCGAGGCTTACAAG
ACTCTCCGTGACAGAGCTCCTTACCCGGCTAACCACGTTGTGTCACACCTAAGTGGCGAT
TTCGCCTTTGTGGTCTTTGATAAATCAACCTCCACTCTGTTTGTAGCCTCTGACCAAGTT
GGTAAGGTTCCGTTGTATTGGGGGATAACAGCTGATGGATATGTGGCATTTGCTGATGAT
CTTGAGTTGCTAAAAGGGGCTTGTGGAAAATCTCTTGCTTCTTTCCCTCAAGGATGCTTT
TATTCAACTGCGTTAGGTGGGCTTAGGAGCTTTGAGAACCCTAA

QA 3 706 3 706
DS 

RD RR3FG02TF 763 0 0
GGATGTCC
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TTATCAATTTATCATCGGTGGAGGTAGAAGATGTTGGGAATTTTCAGCGGAGCCATAGTA
TCGCTACCGGAAGAGCTGGTTGCGGCCGGCAGTCGGACTCCTTCTCCAAAGACAACCGGG
TCGGCTCTAGTTAACAAGTTCGTCGAGAAAAACCCATCCGCTGTGTCCGTACAAGTCGGC
GACTATGTGCAGCTTGCGTATACCCACCACAAAGAGAGTCCTCTCCGGCCAAGGTCATTT
GGGGCTAAGGATGAGATATTCTGTTTGTTCCAAGGCTCGCTTGACAACCTAGGAAGCTTG
AAGCAGCAATATGGGCTTGCTAAGAATGCAAACGAGGTTCTCTTGGTCATCGAGGCTTAC
AAGACTCTCCGTGACAGAGCTCCTTACCCGGCTAACCACGTTGTGTCACACCTAAGTGGC
GATTTCGCCTTTGTGGTCTTTGATAAATCAACCTCCACTCTGTTTGTAGCCTCTGACCAA
GTTGGTAAGGTTCCGTTGTATTGGGGGATAACAGCTGATGGATATGTGGCATTTGCTGAT
GATCTTGAGTTGCTAAAAGGGGCTTGTGGAAAATCTCTTGCTTCTTTCCCTCAAGGATGC
TTTTATTCAACTGCGTTAGGTGGGCTTAGGAGCTTTGAGAACCCTAAGAATAAGATCACT
GCCATTCCTGCTAAAGAGGAAGAAATTTGGGGAGC

QA 9 763 9 763
DS 

RD RR3EJ87TF 793 0 0
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TTACGTTATTATCAATTTATCATCGGTGGAGGTAGAAGATGTTGGGAATTTTCAGCGGAG
CCATAGTATCGCTACCGGAAGAGCTGGTTGCGGCCGGCAGTCGGACTCCTTCTCCAAAGA
CAACCGGGTCGGCTCTAGTTAACAAGTTCGTCGAGAAAAACCCATCCGCTGTGTCCGTAC
AAGTCGGCGACTATGTGCAGCTTGCGTATACCCACCACAAAGAGAGTCCTCTCCGGCCAA
GGTCATTTGGGGCTAAGGATGAGATATTCTGTTTGTTCCAAGGCTCGCTTGACAACCTAG
GAAGCTTGAAGCAGCAATATGGGCTTGCTAAGAATGCAAACGAGGTTCTCTTGGTCATCG
AGGCTTACAAGACTCTCCGTGACAGAGCTCCTTACCCGGCTAACCACGTTGTGTCACACC
TAAGTGGCGATTTCGCCTTTGTGGTCTTTGATAAATCAACCTCCACTCTGTTTGTAGCCT
CTGACCAAGTTGGTAAGGTTCCGTTGTATTGGGGGATAACAGCTGATGGATATGTGGCAT
TTGCTGATGATCTTGAGTTGCTAAAAGGG*CTTGTGGAAAATCTCTTGCTTCTTTCCCTC
AAGGATGCTTTTATTCAACTGCGTTAG*TGGGCTTAG*AGCTTTGAGAACCCTAAGA*TA
AGATCACTGCCATTCCTGCTAA*GAGGA*GAAATTTGGGGAGCACTTTCAAGTGGAAGGA
GCAACAGTTCTTG

QA 1 793 1 793
DS 



CO CL17Contig5 747 2 1 U
GGTCAAGAGAAGGCAAATTTATTGGGACGAAGATACTAAAAACACCAGAAGAGACAGACT
TTGGCTGTACAAAGAAGCAAAAGACAAAGGAGAGATACAACACTACACACATCATCACCA
ACCACCATTGATAGCTTTAAAGCTCATAGAACAGCTTCTTGTTTTTTCTAAATCGTTATT
ATTATTATTTTTTTGCTGTTAAGAGTTCTCATTCTCAATCTGCAAGAACTGTTGCTCCTT
CCACCTTGAAAGTGGCCCCCCAAATTTCTTCCTCTTTAGCAGGAATGGCAGTGATCTTAT
TCTTAGGGTTCTCAAAGCTCCTAAGTCCACCTAACGCAGTTGAGTAAAAGCATCCTTGAG
GGAAAGAAGCAAGAGATTTTCCACAAGCCCCTTTTAGCAACTCAAGATCATCAGCAAATG
CCACATATCCATCAGCTGTTATCCCCCAATACAATGGAACCTTACCAACTTGGTCAGAGG
CTACAAACAGAGTGGAGGTTGATTTATCAAAGACCACAAAGGCGAAATCGCCACTTAGGT
GTGACACAACGTGGTTAGCCGGGTAAGGAGCTCTGTCACGGAGAGTCTTGTAAGCCTCGA
TGACCAAGAGAACCTCGTTTGCATTTTTTGCAAGGCCATATTGCTGCTTCAAGCTTCCTA
GGTTGTCAAGGGAGCCTTGGAACAAACAAAATATCTCATCCTTAGCCCCAAATGACCTTG
GCCGGAGAGGACTCTCTTTGTGGTGGG


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY86JQ U 1
AF RR3D544JQ U 4
BS 1 747 RR3GY86JQ

RD RR3GY86JQ 747 0 0
GGTCAAGAGAAGGCAAATTTATTGGGACGAAGATACTAAAAACACCAGAAGAGACAGACT
TTGGCTGTACAAAGAAGCAAAAGACAAAGGAGAGATACAACACTACACACATCATCACCA
ACCACCATTGATAGCTTTAAAGCTCATAGAACAGCTTCTTGTTTTTTCTAAATCGTTATT
ATTATTATTTTTTTGCTGTTAAGAGTTCTCATTCTCAATCTGCAAGAACTGTTGCTCCTT
CCACCTTGAAAGTGGCCCCCCAAATTTCTTCCTCTTTAGCAGGAATGGCAGTGATCTTAT
TCTTAGGGTTCTCAAAGCTCCTAAGTCCACCTAACGCAGTTGAGTAAAAGCATCCTTGAG
GGAAAGAAGCAAGAGATTTTCCACAAGCCCCTTTTAGCAACTCAAGATCATCAGCAAATG
CCACATATCCATCAGCTGTTATCCCCCAATACAATGGAACCTTACCAACTTGGTCAGAGG
CTACAAACAGAGTGGAGGTTGATTTATCAAAGACCACAAAGGCGAAATCGCCACTTAGGT
GTGACACAACGTGGTTAGCCGGGTAAGGAGCTCTGTCACGGAGAGTCTTGTAAGCCTCGA
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GGTTGTCAAGGGAGCCTTGGAACAAACAAAATATCTCATCCTTAGCCCCAAATGACCTTG
GCCGGAGAGGACTCTCTTTGTGGTGGG

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3D544JQ 727 0 0
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GCTGTACAAAGAAGCAAAAGACAAAGGAGAGATACAACACTACACACATCATCACCAACC
ACCATTGATAGCTTTAAAGCTCATAGAACAGCTTCTTGTTTTTTCTACATCGTTATTATT
ATTATTTTTTTGCTGTTAAGAGTTCTCATTCTCAATCTGCAAGAACTGTTGCTCCTTCCA
CCTTGAAAGTGGCTCCCCAAATTTCTTCCTCTTTAGCAGGAATGGCAGTGATCTTATTCT
TAGGGTTCTCAAAGCTCCTAAGTCCACCTAACGCAGTTGAGTAAAAGCATCCTTGAGGGA
AAGAAGCAAGAGATTTTCCACAAGCCCCTTTTAGCGACTCAAGATCATCAGCAAATGCCA
CATATCCATCAGCTGTTATCCCCCAATACAATGGAACCTTACCAACTTGGTCAGAGGCTA
CAAACAGAGTGGAGGTTGATTTATCAAAGACCACAAAGGCGAAATCGCCACTTAGGTGTG
ACACAACGTGGTTAGCCGGGTAAGGAGCTCTGTCACGGAGAGTCTTGTAAGCCTCGATGA
CCAAGAGAACCTCGTTTGCATTTTTTGCAAGGCCATATTGCTGCTTCAAGCTTCCTAGGT
TGTCAAGGGAGCCTTGGAACAAACAAAATATCTCATCCTTAGCCCCAAATGACCTTGGCC
GGAGAGG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 3 15

CO CL18Contig1 944 4 18 U
GGACTCCTCCCAAAAGAACTGACTTCGCACCACTCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCAT
TCTCTCTTTCTTCCATTCATTTGCCTCTGGGTCAAGAGCCATGGTGGATACAGAGTTCCT
CCGAACACTAGATCGCCAGATTCTCTTGGGTGTCTTCGTCGCTTTCGTCGCCGTCGGTGC
CGGTGCTGCTTACTATCTCTCTTCCTCCAAAAAACGCAGAGGGTGTTTGGATCCAGAGAA
CTTCAAGGATTTTAAGCTTGTTAAGAAGCAACAGCTCAGTCACAATGTGGCTAAATTCGT
GTTTGAGCTTCCAACTTCTACCTCCCTTTTGGGTCTTCCCATTGGTCAACACATCAGCTG
CAGGGGAAAAGATGCTCAAGGAGAGGATGTTGTTAAGCCTTACACTCCCACAACCTTAGA
TTCTGACCTTGGACGTTTTGAACTTGTTATCAAGATGTATCCGCAAGGAAGGATGTCTCA
TCATTTCAGGGAGATGCGTGTTGGAGACCATCTTGCTGTCAAGGGACCAAAGGGTAGGTT
CAAGTATCAGCCAGGTCAGTTTAGGGCATTTGGAATGCTTGCTGGAGGTTCAGGCATCAC
TCCCATGTTCCAAGTGGCAAGAGCAATTCTAGAAAACCCAACAGACAAGACACAGGTTCA
GCTCGTTTACGCCAATGTCACATACGAGGACATTTTCTTAAAGGAAGAATTGGAGAGTCT
TACATCCAATTACCCAGACCAGTTCAAAATTTACTATGTTTTGAACCAGCCCCCGGAAAC
ATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATTTAAGGAAATGATTCAGGCCCATTGCCCTGCACC
AGCTTTTGATATTCAGATCCTGAGATGTGGACCACCGCCGATGAACAAGGCCATGGCTGC
AAACCTTGAAGCTCTTGGTTACTCTCCAGAGATGCAATTCCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3C421TF U 8
AF RR3B417TF U 1
AF RR3B417JQ C 478
AF RR3DA38JQ C 521
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RD RR3C421TF 567 0 0
GG
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TCCAACTTCTACCTCCCTTTTGGGTCTTCCCATTGGTCAACACATCAGCTGCAGGGGAAA
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TGGACGTTTTGAACTTGTTATCAGGATGTATCCGCAAGGAAGGATGTCTCATCATTTCAG
GGAGATGCGTGTTGGAGACCATCTTGCTGTCAAGGGACCAAAGGGTAGGTTCAAGTATCA
GCCAGGTCAGTTTAGGGCATTTGGA

QA 3 567 3 567
DS 

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CGGTGCTGCTTACTATCTCTCTTCCTCCAAAAAACGCAGAGGGTGTTTGGATCCAGAGAA
CTTCAAGGATTTTAAGCTTGTTAAGAAGCAACAGCTCAGTCACAATGTGGCTAAATTCGT
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TCATTTCAGGGAGATGCGTGTTGGAGACCATCTTGCTGTCAAGGGACCAAAGGGTAGGTT
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TCCCATGTTCCAAGTGGCAAGAGCAATTCTAGAAAACCCAACAGACAAGACACAGGTTCA
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TACATCCAATTACCCAGACCAGTTCAAAATCTACTATGTTCTGAACCAGCCCCCGGAAAC
ATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATCTAAG
AAATGAT

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3B417JQ 467 0 0
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GTTCAAGTATCAGCCAGGTCAGTTTAGGGCATTTGGAATGCTTGCTGGAGGTTCAGGCAT
CACTCCCATGTTCCAAGTGGCAAGAGCAATTCTAGAAAACCCAACAGACAAGACACAGGT
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TCTTACATCCAATTACCCAGACCAGTTCAAAATTTACTATGTTTTGAACCAGCCCCCGGA
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QA 1 467 1 467
DS 

RD RR3DA38JQ 424 0 0
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GCTGGAGGTTCAGGCATCACTCCCATGTTCCAAGTGGCAAGAGCAATTCTAGAAAACCCA
ACAGACAAGACACAGGTTCAGCTCGTTTACGCCAATGTCACATACGAGGACATTTTTTTA
AAGGAAGAATTGGAGAGTTTTACATCCAATTACCCAGACCAGTTCAAAATTTACTATGTT
TTGAACCAGCCTCCGGAAACATGGGATGGTGGTGTTGGATTTGTATTTAAGGAAATGATT
CAGGCCCATTGCCCTGCACCAGCTTTTGATATTCAGATCCTGAGATGTGGACCACCGCCG
ATGAACAAGGCCATGGCTGCAAACCTTGAAGCTTTTGGTTACTCTCCAGAGATGCAATTC
CA
GT

QA 1 422 1 422
DS 



CO CL18Contig2 1125 9 19 U
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GCCTAACCAAATCGTTAAAAAGCAAACCGGAACTCCCTATGGGATAACACAACAGAAGCA
CAAGTCTCACTCAATTAAGACACAAGTCTCAGTGAAATTGTAACAAAAATTATTTGATCA
AAGAAATAAGTGTTTTTTTT*TAAAATAGTTCCATCTTTTTAGGACCAATTAGAATTGGA
ATTGCATCTCTGGAGAGTAACCAAGAGCTTCAAGGTTTGCAGCCATGGCCTTGTTCATTG
GCGGTGGTCCACATCTCAAGACCTGAATATCGGATGCAGGTGCAGGGCAATGAGCCTGGA
TCATTTCCTTTGATACAAATCCAACACCACCATCCCATGTCTCCGGAGGCTGGTTCAAAA
CATAGTAGATTTTGAATTGATCTGGGTAATTGGCTGTAAGACTCTCCAATTCTTCCCTTA
AGAGAATGTCTTCGTATGTGACATTGGCATAAATGAGATGCACCTTTGTCTTGTCTGTTG
GGTTTTCAAGAATCGCTCTTGCAACTTGGAACATGGGAGTGATGCCTGAACCTCCAGCAA
GCATTCCAAATGCCCTAAACTGACCTGGCTGATACTTGAACCTCCCCTTTGGTCCTTTTA
CAGCAAGATGGTCTCCAACACGCATCTCCCTGAAATGATGAGACATCCTTCCTTGTGGAT
ACATCTTAATGACAAGCTCAAAGCGTCCAAGATCTGAATCTAACGTTGTGGGAGTGTAAG
GCTTAATAACATCCTCTCCTTGAGCATCCTTTCCCCTGCAACTGATGTGTTGTCCAATGG
GAAGACCCAAGACAGCAGCAGAAGAAGGGAGTTCAAAAACGAATTTGGCGACATTGTGAC
TGAGTTGCTGCTTCTTAACAAGCTTGAACTCTTTGAAATTCTCTGGATCCAAACACCCTC
TGCGTTTCTTGGAGGAGGAGAGATAAAAAGCAGCACCGGCACCGACGGCGACGAAAGCAA
CGAAGACGCCCAAGAGAATCTGGCGATCTAAGGTGCGGAGAAACTCGGTATCCATTGCAA
ACGAAGAGGATCAAATTAGAATGAGTTGTTTTTGGAGTGGTGTCC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 5 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 20 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 30 55 55 40 55 55 55 10 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F519JQ U 1
AF RR3EF52JQ U 4
AF RR3ED25JQ U 5
AF RR3BM83JQ U 5
AF RR3AH07JQ U 5
AF RR3D183JQ U 5
AF RR3FJ52JQ U 116
AF RR3AH07TF C 327
AF RR3ED25TF C 379
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BS 79 80 RR3EF52JQ
BS 81 199 RR3F519JQ
BS 200 200 RR3EF52JQ
BS 201 337 RR3F519JQ
BS 338 338 RR3EF52JQ
BS 339 490 RR3F519JQ
BS 491 491 RR3EF52JQ
BS 492 715 RR3F519JQ
BS 716 731 RR3BM83JQ
BS 732 858 RR3FJ52JQ
BS 859 859 RR3AH07TF
BS 860 867 RR3FJ52JQ
BS 868 1002 RR3AH07TF
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BS 1004 1113 RR3AH07TF
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AAGAAATAAGTGTTTTTTTA*TAAAATAGTTCCATCTTTTTAGGACCAATTAGAATTGGA
ATTGCATCTCTGGAGAGTAACCAAGAGCTTCAAGGTTTGCAGCCATGGCCTTGTTCATTG
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TCATTTCCTTTGATACAAATCCAACACCACCATCCCATGTCTCCGGAGGCTGGTTCAAAA
CATAGTAGATTTTGAATTGATCTGGGTAATTGGCTGTAAGACTCTCCAATTCTTCCCTTA
AGAGAATGTCATCGTATGTGACATTGGCATAAATGAGATGCACCTTTGTCTTGTCTGTTG
GGTTTTCAAGAATCGCTCTTGCAACTTGGAACATGGGAGTGATGCCTGAACCTCCAGCAA
GCATTCCAAATGCCCTAAACTGACCTGGCTGATACTTGAACCTCCCCTTTGGTCCTTTTA
CAGCAAGATGGTCTCCAACACGCATCTCCCTGAAATGATGAGACATCCTTCCTTG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3EF52JQ 689 0 0
C
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CATCTCTGGAGAGTAACCAAGAGCTTCAAGGTTTGCAGCCATGGCCTTGTTCATTGGCGG
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TTCCTTTGATACAAATCCAACACCACCATCCCATGTCTCCGGAGGCTGGTTCAAAACATA
GTAAATTTTGAATTGATCTGGGTAATTGGCTGTAAGACTCTCCAATTCTTCCCTTAAGAG
AATGTCTTCGTATGTGACATTGGCATAAATGAGATGCACCTTTGTCTTGTCTGTTGGGTT
TTCAAGAATCGCTCTTGCAACTTGGAACATGGGAGTGATGCTTGAACCTCCAGCAAGCAT
TCCAAATGCCCTAAACTGACCTGGCTGATACTTGAACCTCCCCTTTGGTCCTTTTACAGC
AAGATGGTCTCCAACACGCATCTCCCTG

QA 2 689 2 689
DS 

RD RR3ED25JQ 693 0 0
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TCTCACTCAATTAAGACACAAGTCTCAGTGAAATTGTAACAAAAATTATTTGATCAAAGA
AATAAGTGTTTTTTTT***AAATAGTTCCATCTTTTTAGGACCAATTAAAATTGGAATTG
CATCTCTGGAGAGTAACCAAGAGCTTCAAGGTTTGCAGCCATGGCCTTGTTCATTGGCGG
TGGTCCACATCTCAAGACCTGAATATCGGATGCAGGTGCAGGGCAATGAGCCTGGATCAT
TTCCTTTGATACAAATCCAACACCACCATCCCATGTCTCCGGAGGCTGGTTCAAAACATA
GTAAATTTTGAATTGATCTGGGTAATTGGCTGTAAGACTCTCCAATTCTTCCCTTAAGAA
AATGTCTTCGTATGTGACATTGGCATAAATGAAATGCACCTTTGTCTTGTCTGTTGGGTT
TTCAAGAATCGCTCTTGCAACTTGGAACATGGGAGTGATGCCTGAACCTCCAGCAAGCAT
TCCAAATGCCCTAAACTGACCTGGCTGATACTTGAACCTCCCCTTTGGTCCTTTTACAGC
AAGATGGTCTCCAACACGCATCTCCCTGAAATG

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3BM83JQ 727 0 0
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TCTCACTCAATTAAGACACAAGTCTCAGTGAAATTGTAACAAAAATTATTTGATCAAAGA
AATAAGTGTTTTTTTTATAAAATAGTTCCATCTTTTTAGGACCAATTAGAATTGGAATTG
CATCTCTGGAGAGTAACCAAGAGCTTCAAGGTTTGCAGCCATGGCCTTGTTCATTGGCGG
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TTCCTTTGATACAAATCCAACACCACCATCCCATGTCTCCGGAGGCTGGTTCAAAACATA
GTAGATTTTGAATTGATCTGGGTAATTGGCTGTAAGACTCTCCAATTCTTCCCTTAAGAG
AATGTCATCGTATGTGACATTG*CATAAATGAGATGCACCTTTGTCTTGTCTGTTGGGTT
TTCAAGAATCGCTCTTGCAACTTGGAACATGGGAGTGATGCCTGAACCTCCAGCAAGCAT
TCCAAATGCCCTAAACTGACCTGGCTGATACTTGAACCTCCCCTTTGGTCCTTTTACAGC
AAGATGGTCTCCAACACGCATCTCCCTGAAATGATGAGACATCCTTCCTTGTGGATACAT
CTTAATG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3AH07JQ 717 0 0
GCCAG
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AATCGTTAAAAAGCAAACCGGAACTCCCTATGGGATAACACAACAGAAATACAAGTCTCA
CTCAATTAAGACACAAGTCTCAGTGAAATTGTAACAAAAATTATTTGATCAAAGAAATAA
GTGTTTTTTTT***AAATAGTTCCATCTTTTTAGGACCAATTAAAATTGGAATTGCATCT
CTGGAGAGTAACCAAGAGCTTCAAGGTTTGCAGCCATGGCCTTGTTCATTGGCGGGGGTC
CACATCTCAAGACCTGAATATCGGATGCAGGTGCAGGGCAATGAGCCTGGATCATTTCCT
TTGATACAAATCCAACACCACCATCCCATGTCTCCGGAGGCTGGTTCAAAACATAGTAAA
TTTTGAATTGATCTGGGTAATTGGCTGTAAGACTCTCCAATTCTTCCCTTAAGAAAATGT
CTTCCTATGTGACATTGGCATAAATGAGATGCACCTTTGTCTTGTCTGTTGGGTTTTCAA
GAATCGCTCTTGCAACTTGGAACATGGGAGTGATGTCTGAACCTCCAGCAAGCATTCCAA
ATGCCCTAAACTGACCTGGCTGATACTTGAACCTCCCCTTTGGTCCTTTTACAGCAAGAT
GGTCTCCAACACGCATCTCCCTGAAATGATGAGACATCCTTCCTTGTGGATA

QA 6 717 6 717
DS 

RD RR3D183JQ 718 0 0
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AACCAAATCGTTAATCAGCAAACCGGAACTCCCTATGGGATAACACAACAGAAGCACAAG
TCTCACTCAATTAAGACACAAGTCTCAGTGAAAT***AACAAAAATTATTTGATCAAAGA
AATAAGTGTTTTTTTTATAAAATAGTTCCATCTTTTTAGGACCAATTAAAATTGGAATTG
CATCTCTGGAGAGTAACCAAGAGCTTCAAGGTTTGCAGCCATGGCCTTGTTCATTGGCGG
TGGTCCACATCTCAAGACCTGAATATCGGATGCAGGTGCAGGGCAATGAGCCTGGATCAT
TTCCTTTGATACAAATCCAACGCCACCATCCCATGTCTCCGGAGGCTGGTTCAAAACATA
GTAGACTTTGAATTGATCTGGGTAATTGGCTGTAAGACTCTCCAATTCTTCCCTTAAGAG
AATGTCATCGTATGTGACATTGGCATAAATGAGATGCACCTTTGTCTTGTCTGTTGGGTT
TTCAAGAATCGCTCTTGCAACTTGGAACATGGGAGTGATGCCTGAACCTCCAGCAAGCAT
TCCAAATGCCCTAAACTGACCTGGCTGATACTTGAACCTCCCCTTTGGTCCTTTTACAGC
AAGATGGTCTCCAACACGCATCTCCCTGAAATGATGAGACATCCTTCCTTGTGGATAC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3FJ52JQ 752 0 0
CG
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GGAATTGCATCTCTGGAGAGTAACCAAGAGCTTCAAGGTTTGCAGCCATGGCCTTGTTCA
TTGGCGGTGGTCCACATCTCAAGACCTGAATATCGGATGCAGGTGCAGGGCAATGAGCCT
GGATCATTTCCTTTGATACAAATCCAACACCACCATCCCATGTCTCCGGAGGCTGGTTCA
AAACATAGTAGATTTTGAATTGATCTGGGTAATTGGCTGTAAGACTCTCCAATTCTTCCC
TTAAGAGAACGTCATCGTATGTGACATTGGCATAAATGAGATGCACCTTTGTCTTGTCTG
TTGGGTTTTCAAGAATCGCTCTTGCAACTTGGAACATGGGAGTGATGCCTGAACCTCCAG
CAAGCATTCCAAATGCCCTAAACCGACCTGGCTGATACTTGAACCTCCCCTTTGGTCCTT
TTACAGCAAGATGGTCTCCAACACGCATCTCCCTGAAATGATGAGACATCCCTCCTTGTG
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AAGGCTTAATAACATCCTCTCCTTGAGCATCCTTTCCCCTGCAACTGATGTGTTGTCCAA
TGGGAAGACCCAAGACAGCAGTAGAAGAAG

QA 3 752 3 752
DS 

RD RR3AH07TF 796 0 0
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CCACCATCCCATGTCTCCGGAGGCTGGTTCAAAACATAGTAGATTTTGAATTGATCTGGG
TAATTGGCTGTAAGACTCTCCAATTCTTCCCTTAAGAGAATGTCTTCGTATGTGACATTG
GCATAAATGAGATGCACCTTTGTCTTGTCTGTTGGGTTTTCAAGAATCGCTCTTGCAACT
TGGAACATGGGAGTGATGTCTGAACCTCCAGCAAGCATTCCAAATGCCCTAAACTGACCT
GGCTGATACTTGAACCTCCCCTTTGGTCCTTTTACAGCAAGATGGTCTCCAACACGCATC
TCCCTGAAATGATGAGACATCCTTCCTTGTGGATACATCTTAATGACAAGCTCAAAGCGT
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TCCTTTCCCCTGCAACTGATGTGTTGTCCAATGGGAAGACCCAAGACAGCAGCAGAAGAA
GGGAGTTCAAAAACGAATTTGGCGACATTGTGACTGAGTTGCTGCTTCTTAACAAGCTTG
AACTCTTTGAAATTCTCTGGATCCAAACACCCTCTGCGTTTCTTGGAGGAGGAGAGATAA
AAAGCAGCACCGGCACTGACGGCGACGAAAGCAACGAAGACGCCCAAGAGAATCTGGCGA
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TGTTTTT
GGAGTGGTC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3ED25TF 747 0 0
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TGACATTGGCATAAATGAGATGCACCTTTGTCTTGTCTGTTGGGTTTTCAAGAATCGCTC
TTGCAACTTGGAACATGGGAGTGATGCCTGAACCTCCAGCAAGCATTCCAAATGCCCTAA
ACTGACCTGGCTGATACTTGAACCTCCCCTTTGGTCCTTTTACAGCAAGATGGTCTCCAA
CACGCATCTCCCTGAAATGATGAGACATCCTTCCTTGTGGATACATCTTAATGACAAGCT
CAAAGCGTCCAAGATCTGAATCTAACGTTGTGGGAGTGTAAGGCTTAATAACATCCTCTC
CTTGAGCATCCTTTCCCATGCGACTGATGTGTTGTCCAATGGGAAGACCCAAGACAGCAG
CAGAAGAAGGGAGTTCAAAAACGAATTTGGCGACATTGTGACTGAGTTGCTGCTTCTTAA
CAAGCTTGAACTCTTTGAAATTCTCTGGATCCAAACACCCTCTGCGTTTCTTGGAGGAGG
AGAGATAAAAAGCAGCACCGGCACCGACGGCGACGAAAGCAACGAAGACGCCCAAGAGAA
TCTGGCGATCTAAGGTGCGGAGAAACTCGGTATCCATTGCAAACGAAGAGGATCAAATTA
GAATGAGTTGTTTTTGGAGTGGTGTCC

QA 1 747 1 747
DS 



CO CL18Contig3 654 2 6 U
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TTAGATCCAGAGAATTTCAAGGAGTTCAAGCTTGTAAAGAAGCAGCAACTTAGTCACAAT
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CCCACAACGTTAGATTCAGATCTTGGACGCTTTGAGCTTGTCATTAAGATGTATCCACAA
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CCAAAGGGGAGGTTCAAGTATCAGCCAGGTCAGTTTAGGGCATTTGGAATGCTTGCTGGA
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AAGACAAAGGTGCATCTCATTTATGCCAATGTCACATACGATGACATTCTCTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F519TF U 1
AF RR3D183TF U 2
BS 1 412 RR3F519TF
BS 413 413 RR3D183TF
BS 414 416 RR3F519TF
BS 417 417 RR3D183TF
BS 418 477 RR3F519TF
BS 478 654 RR3D183TF

RD RR3F519TF 478 0 0
GGACACCACTCCAAAAATATTTGATTCTTTTCATTTGCAATTTGTGATTAAGAGCCAATG
GATACCGAGTTTCTTCGAACCCTAGATCGCCAGATTCTCTTGGGCGTCTTCGTCGCTTTC
GTCGCCGTCAGTGCCGGTGCTGCTTATTATCTCTCCTCCTCCAAGAAACGCAGAGGGTGT
TTAGATCCAGAGAATTTCAAGGAGTTCAAGCTTGTAAAGAAGCAGCAACTTAGTCACAAT
GTCGCCAAATTCGTTTTTGAACTCCCTTCTTCTACTGCTGTCTTGGGTCTTCCCATTGGA
CAACACATCAGTTGCAGGGGAAAGGATGCTCAAGGAGAGGATGTTATTAAGCCTTACACT
CCCACAACGTTAGATTCAGATCTTGGACGCTTTGAGCTTGTCATTAAGATGTGTCCCCAA
GGAAGGATGTCTCATCATTTCAGGGAGATGCGTGTTGGAGACCATCTTGCTGTAAAA
A

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR3D183TF 653 0 0
GGGAC
CACTCCAAAAATATTTGATTCTTTTCATTTGCAATTTGTGATTAAGAGCCAATGGATACC
GAGTTTCTTCGAACCCTAGATCGCCAGATTCTCTTGGGCGTCTTCGTCGCTTTCGTCGCC
GTCAGTGCCGGTGCTGCTTATTATCTCTCCTCCTCCAAGAAACGCAGAGGGTGTTTAGAT
CCAGAGAATTTCAAGGAGTTCAAGCTTGTAAAGAAGCAGCAACTTAGTCACAATGTCGCC
AAATTCGTTTTTGAACTCCCTTCTTCTACTGCTGTCTTGGGTCTTCCCATTGGACAACAC
ATCAGTTGCAGGGGAAAGGATGCTCAAGGAGAGGATGTTATTAAGCCTTACACTCCCACA
ACGTTAGATTCAGATCTTGGACGCTTTGAGCTTGTCATTAAGATGTATCCACAAGGAAGG
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GGGAGGTTCAAGTATCAGCCAGGTCAGTTTAGGGCATTTGGAATGCTTGCTGGAGGTTCA
GGCATCACTCCCATGTTCCAAGTTGCAAGAGCGATTCTTGAAAACCCAACAGACAAGACA
AAGGTGCATCTCATTTATGCCAATGTCACATACGATGACATTCTCTTA

QA 6 653 6 653
DS 



AS 3 18

CO CL19Contig1 974 13 16 U
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*TTCATATGGAAACAATAACTCATTACAAATTAAATCAAATCTTTGGTCGCAACATTGAA
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CCTGAGGCCGTGCGACGGTGGTTGGCTGCTTGGAGAACGTGAGCGTAGTTGCCTTTCTCG
AGGAAGAGTTGGTTAAAGTGATGCCGGCAATAGAGAACGCCATCCAGGGAAGCGTACGAG
GAATGAGTCAGCGTGCAGCCACCGTGAGCGCACTTGAAACATGTCTTGTGGAAGCATTCT
CCTTCCATTTGCACCTTTTCAAGAGGGTAAACAGTTTTCTCACAAGCAGCACACTTGTCT
TGTGTTCCACAGAAGATTGAAGATATCTTGCTTGGAGTCTTATTCTGCTCCGGCTTCTCA
GTTTTTCCTGGTTGGAAATTTTTGCTGAAATTGCCAGATTCCTTGAAGAGTTGCTCAAAA
TGAGTCTTGCAGTACAAGACTCCGTCCATGGATGAATAGTTGCTCATCACAAGGGTGCCT
TTGCAATGGGTGCATTTGAAGCAAGACTTGTGGTAAGGCATTCCTTCAATGGACAACATG
TCCATCACATAGACTGTCTTATCGCAAGCATTGCATTTGTCAGTAGTTCCTGTGAAAGAC
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CCTCCTCTCCAGGATCCTAATAAATGAACCAGATCAAGAGCTCGTCTGAGGAAGCAATTA
AAGAAGGAAACCCACAAAAGAAAAAAGAAAAAGAAATTTGACAATGAGTTTTTTTTTCTG
GTTACCTCAGACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 45 45 45 10 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 
25 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 20 55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 
65 70 70 70 70 55 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 40 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 35 50 50 50 45 30 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 10 30 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3A718JQ U 195
AF RR3DB65JQ U 10
AF RR3E637JQ U 50
AF RR3A885JQ U 1
AF RR3G271JQ U 28
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AF RR3H534TF C 245
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RD RR3A718JQ 140 0 0
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AAAGTGATGCCGGCAATA
AA

QA 1 138 1 138
DS 

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GCT
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GTGCAGCCACCGTGAGCGCACTTGAAACATGTCTTGTGGAAGCATTCTCCTTCCATTTGC
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QA 4 599 4 599
DS 

RD RR3E637JQ 655 0 0
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CACACTTGTCTTGTGTTCCACAGAAGATTGAAGGTATCTTGCTTGGAGTCTTATTCTGCT
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QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3A885JQ 816 0 0
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QA 1 816 1 816
DS 

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GCTTGGAGAACGTGAGCGTAGTTGCCTTTTTCGAGGAAGAGTTGGTTAAAGTGATGCCGG
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DS 

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GCTTGGAGAACGTGAGCGTAGTTGCCTTTCTCGAGGAAGAGTTGGTTAAAGTGATGCCGG
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GCATTGCATTTGTCAGTAGTTCCTGTGAAAGACATTCTTTTTTGTTTTCTCTCTCTC**T
TTCTTTTTTGGG*TTTTTTTTTGTTT
CC

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3AU68JQ 789 0 0
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TTTTGTTTT*CAAGACTCTGAAACGTCGTTCTCTTCTTTGGCTTCGACGGCTACCTCTTC
AGTGGTCTCCGGAGGAAGAGTGTTGCCTGAGGCCGTGCGACGGTGGTTGGCTGCTTGGAA
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AACGCCATCCAGGGAAGCGTACGAGGAATGAGTCAGCGTGCAGCCACCGTGAGCGCACTT
GAAACATGTCTTGTGGAAGCATTCTCCTTCCATTTGCACCTTTTCAAGAGGGTAAACAGT
TTTCTCACAAGCAGCACACTTGTCTTGTGTTCCACAGAAGATTGAAGATATCTTGCCTGG
AGTCTTATTCTGCTCCGGCTTCTCAGTTTTTCCTGGTTGGAAATTTTTGCTGAAATTGCC
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ATAGTTGCTCATCACAAGGGTGCCTTTGCAATGGGTGCATTTGAAGCAAGACTTGTGGTA
AGGCATTCCTTCAATGGACAACATGTCCATCACATAGACTGGCTTATCGCAAGCATTGCA
TTTGTCAGTAGTTCCTGTGAAAGACATTCTTTTTTGTTTTCTCTCTCTC**TTTCTTTTT
TGGGTTTTT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3BG81TF 806 0 0
AAATACGAAAAC
AAAGTATTAAATAATGTC***TCATATGGAAACAATAACTCATTACAAATTAAATCAATT
CTTTGGTCGCAACATTGAATTCAAATCACTCACAAACTGATCAACGGAAGATGTTTTTGT
TTT*CAAGACTCTGAAACGTCGTTCTCTTCTTTGGCTTCGACGGCTACCTCTTCAGTGGT
CTCCGGAGGAAGAGTGTTGCCTGAGGCCGTGCGACGGTGGTTGGCTGCTTGGAGAACGTG
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ATTCTGCTCCGGCTTCTCAGTTTTTCCTGGTTGGAAATTTTTGCTGAAATTGCCAGATTC
CTTGAAGAGTTGCTCAAAATGAGTCTTGCAGTACAAGACTCCGTCCATGGATGAATAGTT
GCTCATCACAAGGGTGCCTTTGCAATGGGTGCATTTGAAGCAAGACTTGTGGTAAGGCAT
TCCTTCAATGGACAACATGTCCATCACATAGACTGTCTTATCGCAAGCATTGCATTTGTC
AGTAGTTCCTGTGAAAGACATTCTTTTTTGTTTTCTCTCTCTC**TTTCTTTTTTGGG*T
TTTTTTTTGTTT
CC

QA 13 804 13 804
DS 

RD RR3E637TF 537 0 0
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GAATGAGTCAGCGTGCAGCCACCGTGAGCGCACTTGAAACATGTCTTGTGGAAGCATTCT
CCTTCCATTTGCACCTTTTCAAGAGGGTAAACAGTTTTCTCACAAGCAGCACACTTGTCT
TGTGTTCCACAGAAGATTGAAGGTATCTTGCTTGGAGTCTTATTCTGCTCCGGCTTCTCA
GTTTTTCCTGGTTGGAAATTTTTGCTGAAATTGCCAGATTCCTTGAAGAGTTGCTCAAAA
TGAGTCTTGCAGTACAAGACTCCGTCCATGGATGAATAGTTGCTCATCACAAGGGTGCCT
TTGCAATGGGTGCATTTGAAGCAAGACTTGTGGTAAGGCATTCCTTCAATGGACAACATG
TCCATCACATAGACTGTCTTATCGCAAGCATTGCATTTGTCAGTAGTTCCTGTGAAAGAC
ATTCTTTTTTGTTTTCTCTCTCTC**TTTCTTTTTTGGGGTTTTTT
GTTTGTTTTCC

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR3B167JQ 842 0 0
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CATTACAAATTAAATCAAATCTTTGGTCGCAACATTGAATTCAAATCACTCACAAACTGA
TCAACGGAAGATATTTTTGTTTT*CAAGACTCTGAAACGTCGTTCTCTTCTTTGGCTTCG
ACGGCTACCTCTTCAGTGGTCTCCGGAGGAAGAGTGTTGCCTGAGGCCGTGCGACGGTGG
TTGGCTGCTTGGAGAACGTGAGCGTAGTTGCCTTTCTCGAGGAAGAGTTGGTTAAAGTGA
TGCCGGCAGTAGAGAACGCCATCCAGGGAAGCGTACGAGGAATGAGTCAGCGTGCAGCCA
CCGTGAGCGCACTTGAAACATGTCTTGTGGAAGCATTCTCCTTCCATTTGCACCTTTTCA
AGAGGGTAAACAGTTTTCTCACAAGCAGCACACTTGTCTTGTGTTCCACAGAAGATTGAA
GATATCTTGCTTGGAGTCTTATTCTGCTCCGGCTTCTCAGTTTTTCCTGGTTGGAAATTT
TTGCTGAAATTGCCAGATTCCTTGAAGAGTTGCTCAAAATGAGTCTTGCAGTACAAGACT
CCGTCCATGGATGAATAGTTGCTCATCACAAGGGTGCCTTTGCAATGGGTGCATTTGAAG
CAAGACTTGTGGTAAGGCATTCCTTCAATGGACAACATGTCCATCACATAGACTGTCTTA
TCGCAAGCATTGCATTTGTCAGTAGTTCCTGTGAAAGACATTCTTTTTTGTTTTCTCTCT
CTC**TTTCTTTTTTGGGGTTTTTTTTTGTTTGTTGTT*CCTCCTCTCCAGGATCCTCAG
AC

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR3H534TF 671 0 0
AGGCCGTGCGACGGTGGTTGGCTGCTTGGAGAACGTGAGCGTAGTTGCCTTTCTCGAGGA
AGAGTTGGTTAAAGTGATGCCGGCAATAGAGAACGCCATCCAGGGAAGCGTACGAGGAAT
GAGTCAGCGTGCAGCCACCGTGAGCGCACTTGAAACATGTCTTGTGGAAGCATTCTCCTT
CCATTTGCACCTTTTCAAGAGGGTAAACAGTTTTCTCACAAGCAGCACACTTGTCTTGTG
TTCCACAGAAGATTGAAGATATCTTGCTTGGAGTCTTATTCTGCTCCGGCTTCTCAGTTT
TTCCTGGTTGGAAATTTTTGCTGAAATTGCCAGATTCCTTGAAGAGTTGCTCAAAATGAG
TCTTGCAGTACAAGACTCCGTCCATGGATGAATAGTTGCTCATCACAAGGGTGCCTTTGC
AATGGGTGCATTTGAAGCAAGACTTGTGGTAAGGCATTCCTTCAATGGACAACATGTCCA
TCACATAGACTGTCTTATCGCAAGCATTGCATTTGTCAGTAGTTCCTGTGAAAGACATTC
TTTTTTGTTTTCTCTCTCTCTCTTTCTTTTTTGGGGTTTTTGTTTGTTTGTTGTTTCCTC
CTCTCCAGGATCCTAATAAATGAACCAGATCAAGAGCTCGTCCGAGGAAGCAATTAAAGA
*GGAAACCCAC

QA 1 671 1 671
DS 

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CGCACATGAA
TCAAATCACTCACAAACTGATCAACGGAAGATGTTTT*GTTT**CAAGACTCTGAAACGT
CGTTCTCTTCTTTGGCTTCGACGGCTACCTCTTCAGTGGTCTCCGGAGGAAGAGTGTTGC
GTGAGGCCGTGCGACGGTGGTTGGCTGCTTGGAGAACGTGAGCGTAGTTGCCTTTCTCGA
GGAAGAGTTGGTTAAAGTGATGCCGGCAATAGAGAACGCCATCCAGGGAAGCGTACGAGG
AATGAGTCAGCGTGCAGCCACCGTGAGCGCACTTGAAACATGTCTTGTGGAAGCATTCTC
CTTCCATTTGCACCTTTTCAAGAGGGTAAACAGTTTTCTCACAAGCAGCACACTTGTCTT
GTGTTCCACAGAAGATTGAAGATATCTTGCCTGGAGTCTTATTCTGCTCCGGCTTCTCAG
TTTTTCCTGGTTGGAAATTTTTGCTGAAATTGCCAGATTCCTTGAAGAGTTGCTCAAAAT
GAGTCTTGCAGTACAAGACTCCGTCCATGGATGAATAGTTGCTCATCACAAGGGTGCCTT
TGCAATGGGTGCATTTGAAGCAAGACTTGTGGTAAGGCATTCCTTCAATGGACAACATGT
CCATCACATAGACTGGCTTATCGCAAGCATTGCATTTGTCAGTAGTTCCTGTGAAAGACA
TTCTTTTTTGTTTTCTCTCTCTC**TTTCTTTTTTGGG*TTTTTTTTTGTTTGTTGTTTC
CTCCTCTCCAGGATCCTAATAAATGAACCAGATCAAGAGCTCGTCTGAGGAAGCAATTAA
AGAAGGAAACCCACAAAAGAAAAAAGAAAAAGAAATTTGACAATGAGTTTTTTTTTCTGG
TTACCTCAGAC
CC

QA 11 861 11 861
DS 

RD RR3A885TF 761 0 0
TCAGTGGTCTCCGGAGGAAGAGTGTTGC*TGAGGCCGCGCGACGGTGGTTGGCTGCTTGG
AGAACGTGAGCGTAGTTGCCTTTCTCGAGGAAGAGTTGGTTAAAGTGATGCCGGCAATAG
AGAACGCCATCCAGGGAAGCGTACGAGGAATGAGTCAGCGTGCAGCCACCGTGAGCGCAC
TTGAAACATGTCTTGTGGAAGCATTCTCCTTCCATTTGCACCTTTTCAAGAGGGTAAACA
GTTTTCTCACAAGCAGCACACTTGTCTTGTGTTCCACAGAAGATTGAAGATATCTTGCTT
GGAGTCTTATTCTGCTCCGGCTTCTCAGTTTTTCCTGGTTGGAAATTTTTGCTGAAATTG
CCAGATTCCTTGAAGAGTTGCTCAAAATGAGTCTTGCAGTACAAGACTCCGTCCATGGAT
GAATAGTTGCTCATCACAAGGGTGCCTTTGCAATGGGTGCATTTGAAGCAAGACTTGTGG
TAAGGCATTCCTTCAATGGACAACATGTCCATCACATAGACTGTCTTATCGCAAGCATTG
CATTTGTCAGTAGTTCCTGTGAAAGACATTCTTTTTTGTTTTCTCTCTCTC**TTTCTTT
TTTGGG**TTTTTTTTGTTTGTTGTTTCCTCCTCTCCAGGATCCTAATAAATGAACCAGA
TCAAGAGCTCGTCTGAGGAAGCAATTAAAGAAGGAAACCCACAAAAGAAAAAAGAAAAAG
AAATTTGACAATGAGTTTTTTTTTCTGGTTACCTCAGACCC

QA 1 761 1 761
DS 



CO CL19Contig2 788 3 26 U
GGGCTCAACTCCAATCACTTTTGCCATCCCAATTATATCTCATTCATTTTGCAAAACACA
CAAAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAAGAAGAAGAAAGTTTGTTCCGTTACAGCCTCACAAT
TGCAACAAAGTTTCGTATAAAAGAAGACATAAATTTCGCTGGTTCCTCCTTTGTCTGAGG
ATCCTGGAGAGGAGGAA*CAACAAACAAAAAAAA*CCCCAAAAAAGAAAGAGAGAGAGAA
AACAAAAAAGAATGTCTTTCACAGGAACTACTGACAAATGCAATGCTTGCGATAAGACAG
TCTATGTGATGGACATGTTGTCCATTGAAGGAATGCCTTACCACAAGTCTTGCTTCAAAT
GCACCCATTGCAAAGGCACCCTTGTGATGAGCAACTATTCATCCATGGACGGAGTCTTGT
ACTGCAAGACTCATTTTGAGCAACTCTTCAAGGAATCTGGCAATTTCAGCAAAAATTTCC
AACCAGGAAAAACTGAGAAGCCGGAGCAGAATAAGACTCCAAGCAAGATATCTTCAATCT
TCTGTGGAACACAAGACAAGTGTGCTGCTTGTGAGAAAACTGTTTACCCTCTTGAAAAGG
TGCAAATGGAAGGAGAATGCTTCCACAAGACATGTTTCAAGTGCGCTCACGGTGGCTGCA
CGCTGACTCATTCCTCGTACGCTTCCCTGGATGGCGTTCTCTACTGCCGGCATCACTTTA
ACCAACTCTTCCTCGAGAAAG*CAACTACGCTCACGTTCTCCAAGCAGCCAACCACCGTC
GCACGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 15 

AF RR3DB65TF U 1
AF RR3G271TF U 33
AF RR3B167TF U 60
BS 1 74 RR3DB65TF
BS 75 81 RR3G271TF
BS 82 159 RR3DB65TF
BS 160 160 RR3G271TF
BS 161 165 RR3DB65TF
BS 166 166 RR3G271TF
BS 167 197 RR3DB65TF
BS 198 198 RR3G271TF
BS 199 218 RR3DB65TF
BS 219 219 RR3G271TF
BS 220 225 RR3DB65TF
BS 226 226 RR3G271TF
BS 227 317 RR3DB65TF
BS 318 318 RR3G271TF
BS 319 739 RR3DB65TF
BS 740 740 RR3G271TF
BS 741 744 RR3DB65TF
BS 745 745 RR3G271TF
BS 746 761 RR3DB65TF
BS 762 763 RR3G271TF
BS 764 771 RR3DB65TF
BS 772 772 RR3G271TF
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BS 786 787 RR3DB65TF
BS 788 788 RR3G271TF

RD RR3DB65TF 799 0 0
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CAAAGAGAGAGAGA*******AGAAGAAGAAGAAAGTTTGTTCCGTTACAGCCTCACAAT
TGCAACAAAGTTTCGTATAAAAGAAGACATAAATTTCGCCGGTTCTTCCTTTGTCTGAGG
ATCCTGGAGAGGAGGAAACAACAAACAAAAAAAA*CCC*AAAAAATAAAGAGAGAGAGAA
AACAAAAAAGAATGTCTTTCACAGGAACTACTGACAAATGCAATGCTTGCGATAAGACAG
TCTATGTGATGGACATGCTGTCCATTGAAGGAATGCCTTACCACAAGTCTTGCTTCAAAT
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TCTGTGGAACACAAGACAAGTGTGCTGCTTGTGAGAAAACTGTTTACCCTCTTGAAAAGG
TGCAAATGGAAGGAGAATGCTTCCACAAGACATGTTTCAAGTGCGCTCACGGTGGCTGCA
CGCTGACTCATTCCTCGTACGCTTCCCTGGATGGCGTTCTCTACTGCCGGCATCACTTTA
ACCAACTCTTCCTCGAGAAGG*CA*CTACGCTCACGTTCTC**AGCAGCCA*CCACCGTC
GCACAGC
TCAGCACACTCT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3G271TF 756 0 0
GG
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AGTTTGTTCCGTTACAGCCTCACAATTGCAACAAAGTTTCGTATAAAAGAAGACATAAAT
TTCGCTGGTTCCTCCTTTGTCTGAGGATCCTGGAGAGGAGGAA*CAACAAACAAAAAAAA
*CCCCAAAAAAGAAAGAGAGAGAGAAAACAAAAAAGAATGTCTTTCACAG*AACTACTGA
CAAATGCAATGCTTGCGATAAGACAGTCTATGTGATGGACATGTTGTCCATTGAAGGAAT
GCCTTACCACAAGTCTTGCTTCAAATGCACCCATTGCAAAGGCACCCTTGTGATGAGCAA
CTATTCATCCATGGACGGAGTCTTGTACTGCAAGACTCATTTTGAGCAACTCTTCAAGGA
ATCTGGCAATTTCAGCAAAAATTTCCAACCAGGAAAAACTGAGAAGCCGGAGCAGAATAA
GACTCCAAGCAAGATATCTTCAATCTTCTGTGGAACACAAGACAAGTGTGCTGCTTGTGA
GAAAACTGTTTACCCTCTTGAAAAGGTGCAAATGGAAGGAGAATGCTTCCACAAGACATG
TTTCAAGTGCGCTCACGGTGGCTGCACGCTGACTCATTCCTCGTACGCTTCCCTGGATGG
CGTTCTCTACTGCCGGCATCACTTTAACCAACTCTTCCTCGAAAAAG*CAACTACGCTCA
CGTTCTCCAAGCAGCCAACCACCGTCGCACGGCC

QA 3 756 3 756
DS 

RD RR3B167TF 729 0 0
GG
AAAGAGAGAGAGAGACAGAGAGAAGAAGAAGAAAGTTTGTTCCGTTACAGCCTCACAATT
GCAACAAAGTTTCGTATAAAAGAAGACATAAATTTCGCTGGTTCCTCCTTTGTCTGAGGA
TCCTGGAGAGGAGGAA*CAACAAACAAAAAAAAACCCCAAAAAAGAAAGAGAGAGAGAAA
ACAAAAAAGAATGTCTTTCACAGGAACTACTGACAAATGCAATGCTTGCGATAAGACAGT
CTATGTGATGGACATGTTGTCCATTGAAGGAATGCCTTACCACAAGTCTTGCTTCAAATG
CACCCATTGCAAAGGCACCCTTGTGATGAGCAACTATTCATCCATGGACGGAGTCTTGTA
CTGCAAGACTCATTTTGAGCAACTCTTCAAGGAATCTGGCAATTTCAGCAAAAATTTCCA
ACCAGGAAAAACTGAGAAGCCGGAGCAGAATAAGACTCCAAGCAAGATATCTTCAATCTT
CTGTGGAACACAAGACAAGTGTGCTGCTTGTGAGAAAACTGTTTACCCTCTTGAAAAGGT
GCAAATGGAAGGAGAATGCTTCCACAAGACATGTTTCAAGTGCGCTCACGGTGGCTGCAC
GCTGACTCATTCCTCGTACGCTTCCCTGGATGGCGTTCTCTACTGCCGGCATCACTTTAA
CCAACTCTTCCTCGAGAAAGGCAACTACGCTCACGTTCTCCAAGCAGCCAACCACCGTCG
CACGGCC

QA 3 729 3 729
DS 



CO CL19Contig3 624 2 4 U
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AAAAAAGAATGTCTTTCACAGGAACTACTGACAAATGCAATGCTTGCGATAAGACAGTCT
GTGTGATGGACATGTTGTCCATTGAAGGAATGCCTTACCACAAGTCTTGCTTCAAATGCA
CCCATTGCAAAGGCATCACTTTAACCAACTCTTCCTCGAGAAAGGCAACTACGCTCACGT
TCTCCAAGCAGCCAACCACCGTCGCACGGCCTCAGGCAACACTCTTCCTCCGGAGACCAC
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TTTAATTTGTAATGAGTTATTGTTTCCATATGAAGACATTATTTAATACTTTTGTTTTCG
TTATTTATACATAATTTACACGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F469TF U 1
AF RR3F469JQ C 7
BS 1 24 RR3F469TF
BS 25 25 RR3F469JQ
BS 26 527 RR3F469TF
BS 528 624 RR3F469JQ

RD RR3F469TF 527 0 0
GTCTGAGGTAACCAGAAAAAAAAA*CTCATTGTCAAATTTCTTTTTCTTTTTTCTTTTGT
GGGTTTCCTTCTTTAATTGCTTCCTCAGACGAGCTCTTGATCTGGTTCATTTATTAGGAT
CCTGGAGAGGAGGAAACAACAAACAAAAAAAAACCCAAAAAAGAAAGAGAGAGAGAAAAC
AAAAAAGAATGTCTTTCACAGGAACTACTGACAAATGCAATGCTTGCGATAAGACAGTCT
GTGTGATGGACATGTTGTCCATTGAAGGAATGCCTTACCACAAGTCTTGCTTCAAATGCA
CCCATTGCAAAGGCATCACTTTAACCAACTCTTCCTCGAGAAAGGCAACTACGCTCACGT
TCTCCAAGCAGCCAACCACCGTCGCACGGCCTCAGGCAACACTCTTCCTCCGGAGACCAC
TGAAGAGGTAGCCGTCGAAGCCAAAGAAGAGAACGACGTTTCAGAGTCTTGAAAACAAAA
ACATCTTCCGTTGATCAGTTTGTGAGTGATTTGAATTCAATGTTGCG

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR3F469JQ 618 0 0
GGTAACCAGAAAAAAAAAACTCATTGTCAAATTTCTTTTTCTTTTTTCTTTTGTGGGTTT
CCTTCTTTAATTGCTTCCTCAGACGAGCTCTTGATCTGGTTCATTTATTAGGATCCTGGA
GAGGAGGAAACAACAAACAAAAAAAAACCCAAAAAAGAAAGAGAGAGAGAAAACAAAAAA
GAATGTCTTTCACAGGAACTACTGACAAATGCAATGCTTGCGATAAGACAGTCTGTGTGA
TGGACATGTTGTCCATTGAAGGAATGCCTTACCACAAGTCTTGCTTCAAATGCACCCATT
GCAAAGGCATCACTTTAACCAACTCTTCCTCGAGAAAGGCAACTACGCTCACGTTCTCCA
AGCAGCCAACCACCGTCGCACGGCCTCAGGCAACACTCTTCCTCCGGAGACCACTGAAGA
GGTAGCCGTCGAAGCCAAAGAAGAGAACGACGTTTCAGAGTCTTGAAAACAAAAACATCT
TCCGTTGATCAGTTTGTGAGTGATTTGAATTCAATGTTGCGACCAAAGATTTGATTTAAT
TTGTAATGAGTTATTGTTTCCATATGAAGACATTATTTAATACTTTTGTTTTCGTTATTT
ATACATAATTTACACGGC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 2 19

CO CL20Contig1 691 3 2 U
GGATTCATCAAAAACAAATCCAAAATCAAACAGAGAGAGAGAGAGAAAGAAAGAACAGAG
AAAAATGGCCGCACCAGCAGAATTGATCCCAGCAGGAGAAGTGATCGCTTGCCACACCGT
CGATGACTGGAACAACAAGTTCAAGGCCGCCAAAGACTCCAACAAACTGATTGTGATAGA
CTTCACAGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGC
TAAGAAGCACCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGC
TAAGGATTTCGAAGTTGAGGCCATGCCGACCTTTGTCTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGT
CGACAAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTTGAGAAGCACTCTCA
AGTTGCTTCGGCTTGATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATGT
TTGGTGTTTTTTAATAAAAATCCTTTGTTGCGTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCAT
CTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGCCTCTACATGCCTTGGGTATGTGAATAAATG
TTTGCAGACTTTATAACTCGCAGCTATGCTAAATTTTCATGTTATTAACTCTTGAGGTTA
TTGTGTTACGTCAGATTTCAGTTTTACGTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CF07JQ C 1
AF RR3CF07TF U 1
AF RR3A347TF U 440
BS 1 613 RR3CF07TF
BS 614 691 RR3A347TF

RD RR3CF07JQ 614 0 0
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CTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGCCTCTACATGCCTTGGGTATGTGAATAAATG
TTTGCAGACTTTA
G

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3CF07TF 614 0 0
GGATTCATCAAAAACAAATCCAAAATCAAACAGAGAGAGAGAGAGAAAGAAAGAACAGAG
AAAAATGGCCGCACCAGCAGAATTGATCCCAGCAGGAGAAGTGATCGCTTGCCACACCGT
CGATGACTGGAACAACAAGTTCAAGGCCGCCAAAGACTCCAACAAACTGATTGTGATAGA
CTTCACAGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGC
TAAGAAGCACCTTGATGTCGTTTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGC
TAAGGATTTCGAAGTTGAGGCCATGCCGACCTTTGTCTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGT
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CTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGTGGTGCCTCTACATGCCTTGGGTATGTGAATAAATG
TTTGCAGACTTTA
G

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3A347TF 252 0 0
GGG
TTATCGTTCTCTTCATAACTATTTGCCTAGTAGTATGTTTGGTGTTTTTTAATAAAAATC
CTTTGTTGCGTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCATCTTTCCCTTTGTGTTGGTTTGG
TGTGGTGCCTCTACATGCCTTGGGTATGTGAATAAATGTTTGCAGACTTTATAACTCGCA
GCTATGCTAAATTTTCATGTTATTAACTCTTGAGGTTATTGTGTTACGTCAGATTTCAGT
TTTACGTCT

QA 4 252 4 252
DS 



CO CL20Contig2 697 16 8 U
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AAAAATGGCCGCACCAGCAGAATTGATCCCAGCAGGAGAAGTGATCGCTTGCCACACCGT
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TTGGTGTTTTTAATAAAAATCCGTTGTTGCGTTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCTT
TCCCTTTGTGTTGGTTTGGTGCCTACATGCCTTGGGTGTGTGAATAAATGTCTGCAGACT
TTATAACTCGCACGCAGCTATGCTAAATTTACATGTTATTAACTCTTTGAGGTTATTGTG
TTACGCCAGATTTCAGTTTTACGTCTACATGGCTTAA


BQ
20 20 20 20 25 25 70 70 70 70 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 65 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 65 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
0 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 0 80 0 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 
80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 65 50 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 90 90 90 90 90 90 60 90 90 90 90 90 75 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 60 90 60 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 60 90 90 75 90 75 90 90 60 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 60 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 50 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DF47JQ C 1
AF RR3DF47TF U 1
AF RR3AB34TF U 5
AF RR3AB34JQ C 268
AF RR3DL08TF U 5
AF RR3CE34JQ C 5
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AF RR3CE34TF U 5
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AF RR3GX37TF U 5
AF RR3DL08JQ C 5
AF RR3CA81JQ C 6
AF RR3CA81TF U 6
AF RR3GJ14JQ C 5
AF RR3GJ14TF U 5
BS 1 4 RR3DF47TF
BS 5 6 RR3CR55TF
BS 7 180 RR3DF47TF
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BS 666 697 RR3GJ14TF

RD RR3DF47JQ 514 0 0
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CT

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR3DF47TF 514 0 0
GGATTCATCAAAAACAAATCCAAAATCAAACAGAGAGAGAGAG**AAAGAAAGAACAGAG
AAAAATGGCCGCACCAGCAGAATTGATCCCAGCAGGAGAAGTGATCGCTTGCCACACCGT
CGATGACTGGAACAACAAGTTCAAGGCCGCCAAAGACTCCAACAAACTGATTGTGATAGA
TTTCACAGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGC
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TAAGGATTTCGAAGTTGAGGCCATGCCGACATTTGTCTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGT
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TTGGTGTTTTTAATAAAAATCCGTTGTTGCGT
CT

QA 1 512 1 512
DS 

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GG
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QA 3 641 3 641
DS 

RD RR3AB34JQ 378 0 0
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TGCCTTGGGTGTGTGAATAAATGTTTGCAGACTTTATAACTCGCACGCAGCTATGCTAAA
TTTACATGTTATTAACTC

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR3DL08TF 618 0 0
GG
ATCAAAAACAAATCCAAAATCAAACAGAGAGAGAGAGAGAAAGAAAGAACAGAGAAAAAT
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AGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGCTAAGAA
GCACCTTGATGTCGTCTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAGGA
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TTTTTAATAAAAATCCGTTGTTGCGTTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCTTTCCCTT
TGTGTTGGTTTGGTGCCTACATGCCTTGGGTGTGT*AATAAATGTCTGCAGACTTTATAA
CTCGCACGCAGCTATG

QA 3 618 3 618
DS 

RD RR3CE34JQ 628 0 0
GGATCAAAAACAAATCCAAAATCAAACAGAGAGAGAGAG***************AGAAAA
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GACTGGAACGAGAAGTTCAAGGCCGCCAAGGACTCCAACAAACTGATTGTGATAGACTTC
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GCTTCGGCTTGATTTGGTTTATCGTTCTCTTTATAACTATTTACCTAGTAGTATGTTTGG
TGTTTTTAATAAAAATCCGTTGTTGCGTTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCTTTCCC
TTTGTGTTGGTTTGGTGCCTACATGCCTTGGGTGTGTGAATAAATGTCTGCAGACTTTAT
AACTCGCACGCAGCTATGCTAAATTTAC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3CR55TF 603 0 0
GGATCAAAAACAAATCCAAAATCAAACAGAGAGAGAGAG***************AGAAAA
ATGGCCGCACCAGCAGAATTGATCCCAGCAGCAGAAG**ATCGCTTGCCACACCGTCGCT
GACTGGAACGAGAAGTTCAAGGCCGCCAAAGACTCCAACAAACTGATTGTGATAGACTTC
ACAGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGCTAAG
AAGCACCTTGATGTCGTCTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAG
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GCTTCGGCTTGATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTACCTAGTAGTATGTTTGG
TGTTTTTAATAAAAATCCGTTGTTGCGTTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCTTTCCC
TTTGTGTTGGTTTGGTGCCTACATGCCTTGGGTGTGTGAATAAATGTCTGCAGACTTTAT
AAC

QA 1 603 1 603
DS 

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AAGCACCTTGATGTCGTCTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAG
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AAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTTGAGAAGCACTCTCAAGTT
GCTTCGGCTTGATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTACCTAGTAGTATGTTTGG
TGTTTTTAATAAAAATCCGTTGTTGCGTTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCTTTCCC
TTTGTGTTGGTTTGGTGCCTACATGCCTTGGGTGTGTGAATAAATGTCTGCAGACTTTAT
AACTC

QA 1 605 1 605
DS 

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AAGCACCTTGATGTCGTCTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAG
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AAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTTGAGAAGCACTCTCAAGTT
GCTTCGGCTTGATTTGGTTTATCGTTCTCTTTATAACTATTTACCTAGTAGTATGTTTGG
TGTTTTTAATAAAAATCCGTTGTTGCGTTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCTTTCCC
TTTGTGTTGGTTTGGTGCCTACATGCCTTGGGTGTGTGAATAAATGTCTGCAGACTTTAT
AACTCGCACGCAGCTATGCTAAATTTAC

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DS 

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GTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTTGAGAAGCACTCTCAAGTTGCTTCGGCTT
GATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTACCTAGTAGTATGTTTGGTGTTTTTAAT
AAAAATCCGTTGTTGCGTTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCTTTCCCTTTGTGTTGG
TTTGGTGCCTACATGCCTTGGGTGTGTGAATAAATGTCTGCAGACTTTATAACTCGCACG
CAGCTATGCTAAATTTACATGTTATTAAC
C

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DS 

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GACTGGAACGAGAAGCTCAAGGCCGCCAAAGACTCCAACAAACTGATTGTGATAGACTTC
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AAGCACCTTGATGTCGTCTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAG
GATTTCGAAGTTGAGGCCATGCCGACATTTGTCTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGTCGAC
AAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTTGAGAAGCACTCTCAAGTT
GCTTCGGCTTGATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTACCTAGTAGTATGTTTGG
TGTTTTTAATAAAAATCCGTTGTTGCGTTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCTTTCCC
TTTGTGTTGGTTTGGTGCCTACATGCCTTGGGTGTGTGAATAAATGTCTGCAGACTTTAT
AACTCGCACGCAGCTATGCTAAATTTACATGTTATTAA

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DS 

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GG
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CTGGAACAACAAGTTCAAGGCCGCCAAAGACTCCAACAAACTGATTGTGATAGACTTCAC
AGCAACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGCTAAGAA
GCACCTTGATGTCGTCTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAGGA
TTTCGAAGTTGAGGCCATGCCGACATTTGTCTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGTCGACAA
GGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTTGAGGAGCACTCTCAAGTTGC
TTCGGCTTGATTTGGTTTATCTTTCTCTTCATAACTATTTACCTAGTAGTATGTTTGGTG
TTTTTAATAAAAATCCGTTGTTGCGTTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCTTTCCCTT
TGTGTTGGTTTGGTGCCTACATGCCTTGGGTGTGT*AATAAATGTCTGCAGACTTTATAA
CTCGCACGCAGCTATGCTAAATTTACATGTTATTAACTCTTTGAGGTTATTGTGT

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DS 

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GGATC
AAAACAAATCCAAAATCAAACAGAGAGAGAGAG**AAAGAAAGAACAGAGAAAAATGGCC
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AACAACAAGTTCAAGGCCGCCAAAGACTCCAACAAACTGATTGTGATAGACTTCACAGCA
ACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGCTAAGAAGCAC
CTTGATGTCGTCTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAGGATTTC
GAAGTTGAGGCCATGCCGACATTTGTCTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGTCGACAAGGTG
GTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTTGGGAAGCACTCTCAAGTTGCTTCG
GCTTGATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTACCTAGTAGTATGTTTGGTGTTTT
TAATAAAAATCCGTTGTTGCGTTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCTTTCCCTTTGTG
TTGGTTTGGTGCCTACATGCCTTGGGTGTGTGAATAAATGTCTGCAGACTTTATAACTCG
CACGCAGCTATGCTAAATTTACATGTTATTAACTCTTTGAGGTTATTGTGTTACG
TC

QA 6 660 6 660
DS 

RD RR3CA81TF 662 0 0
GGATC
AAAACAAATCCAAAATCAAACAGAGAGAGAGAG**AAAGAAAGAACAGAGAAAAATGGCC
GCACCAGCAGAATTGATCCCAGCAGGAGAAGTGATCGCTTGCCACACCGTCGATGACTGG
AACAACAAGTTCAAGGCCGCCAAAGACTCCAACAAACTGATTGTGATAGACTTCACAGCA
ACATGGTGCCCACCTTGCCGTTTCATTGCACCCATCTTCGTCGAGTTGGCTAAGAAGCAC
CTTGATGTCGTCTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAGGATTTC
GAAGTTGAGGCCATGCCGACATTTGTCTACATGAAGGGTGAAGAGAAGGTCGACAAGGTG
GTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTTGGGAAGCACTCTCAAGTTGCTTCG
GCTTGATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTACCTAGTAGTATGTTTGGTGTTTT
TAATAAAAATCCGTTGTTGCGTTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCTTTCCCTTTGTG
TTGGTTTGGTGCCTACATGCCTTGGGTGTGTGAATAAATGTCTGCAGACTTTATAACTCG
CACGCAGCTATGCTAAATTTACATGTTATTAACTCTTTGAGGTTATTGTGTTACG
TC

QA 6 660 6 660
DS 

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GCTTCGGCTTGATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTACCTAGTAGTATGTTTGG
TGTTTTTAATAAAAATCCGTTGTTGCGTTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCTTTCCC
TTTGTGTTGGTTTGGTGCCTACATGCCTTGGGTGTGTGAATGAATGTCTGCAGACTTTAT
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GCCAGATTTCAGTTTTACGTCTACATGGCTTAA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3GJ14TF 693 0 0
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GACTGGAACGAGAAGTTCAAGGCCGCCAAAGACTCCAACAAACTGATTGTGATAGACTTC
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AAGCACCTTGATGTCGTCTTCTTCAAGGTCGATGTCGATGAATTGAATTCTGTTGCTAAG
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AAGGTGGTCGGTGCTGCGAAAGATGAAATCGTAGCCAAGCTTGAGAAGCACTCTCAAGTT
GCTTCGGCTTGATTTGGTTTATCGTTCTCTTCATAACTATTTACCTAGTAGTATGTTTGG
TGTTTTTAATAAAAATCCGTTGTTGCGTTTATTGTCACTTTCACTTGAGTCATCTTTCCC
TTTGTGTTGGTTTGGTGCCTACATGCCTTGGGTGTGTGAATGAATGTCTGCAGACTTTAT
AACTCGCACGCAGCTATGCTAAATTTACATGTTATTAACTCTTTGAGGTTATTGTGTTAC
GCCAGATTTCAGTTTTACGTCTACATGGCTTAA

QA 1 693 1 693
DS 



AS 5 15

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GAACAAACAAACAATAATAGGAGAAGAATAAATGTTGTGAAATAGGAGAAGAATCTGCAA
CTGCAGGTTTCTTTGAACAAAACTTCTTTTAACGGTAGTTTCTGTAGACAGGACTGTACA
TGCAGCTCTCTGCAAACTTCACCAGATCTTTTGGACGTGGGAGGTTCGATGCCAATCCGA
GCTCATAGGTTTTGGCGGCAACACTGGCTGCAATGTTAGCAGAGATCTCTCTGATGTTTG
AGAATGGCGGGTAGATCAGACCGTTGGCGAAATTCTCTTCTGTGACTTGAGCGGCCAATG
CTTCAGAGGCTGCAAGGAGCATGTCATCACGGACACGAATTGCACCGGACATGATCAAAC
CAAGACCAAGACCAGGGAAAATGTAACAGTTGTTTGCCTGGCCAGGGAAGTAAGTTTTGC
CATCGTACTCAACAGGATCAAACGGGCTTCCACTACCAAAGATCGCACGACCCTTGGTCC
ATGTGTAAGCCTGTTCTGCGGTACACTCAGCTCGAGAAGTAGGGTTTGAGAGTGCAAGAA
TCAATGGTTTCTCGTTGTTGGTAGCCATGGCTTCAACAACTTCCTGTGTGAAAGTTTGAC
CAACACCAGAGGTTCCAATGAGAACGGTTGGTTTGATTGCATTCACAGCACCAATGAGGT
CCTTGACAGGTTCATGCTCATGCGCCCATGGCTGCTTGAAGTGCTGAAGCGATCCTTTGC
GCGAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3CX31JQ U 1
AF RR3BI73JQ U 1
AF RR3AJ05JQ U 1
BS 1 421 RR3AJ05JQ
BS 422 422 RR3BI73JQ
BS 423 572 RR3AJ05JQ
BS 573 573 RR3BI73JQ
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RD RR3CX31JQ 232 0 0
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TGC

QA 1 229 1 229
DS 

RD RR3BI73JQ 782 0 0
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DS 

RD RR3AJ05JQ 785 0 0
TATTCATCAAACGAATACAAGG*ACAAAAGAGTTGAGTACTCAAAACATAACATAAGGTA
GAACAAACAAACAATAATAGGAGAAGAATAAATGTTGTGAAATAGGAGAAGAATCTGCAA
CTGCAGGTTTCTTTGAACAAAACTTCTTTTAACGGTAGTTTCTGTAGACAGGACTGTACA
TGCAGCTCTCTGCAAACTTCACCAGATCTTTTGGACGTGGGAGGTTCGATGCCAATCCGA
GCTCATAGGTTTTGGCGGCAACACTGGCTGCAATGTTAGCAGAGATCTCTCTGATGTTTG
AGAATGGCGGGTAGATCAGACCGTTGGCGAAATTCTCTTCTGTGACTTGAGCGGCCAATG
CTTCAGAGGCTGCAAGGAGCATGTCATCACGGACACGAATTGCACCGGACATGATCAAAC
CGAGACCAAGACCAGGGAAAATGTAACAGTTGTTTGCCTGGCCAGGGAAGTAAGTTTTGC
CATCGTACTCAACAGGATCAAACGGGCTTCCACTACCAAAGATCGCACGACCCTTGGTCC
ATGTGTAAGCCTGTTCTGCGGTACACTCAGCTTGAGAAGTAGGGTTTGAGAGTGCAAGAA
TCAATGGTTTCTCGTTGTTGGTAGCCATGGCTTCAACAACTTCCTGTGTGAAAGTTTGAC
CAACACCAGAGGTTCCAATGAGAACGGTTGGTTTGATTGCATTCACAGCACCAATGAGGT
CCTTGACAGGTTCATGCTCATGCGCCCATGGCTGCTTGAAGTGCTGAAGCGATCCTTTGC
GCGAA

QA 1 785 1 785
DS 



CO CL21Contig2 763 2 3 U
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ACAGTAAAATGGGAAGCACTCCGGCTGAAGTACCATGCGACGTTGTTTCGGACAACAGAT
CCGGCTTAGGAGGTGGGATCTCCGACGTGTACGGTGAGGATTTAGCCACCTTGGATCAGC
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ACAACAAGGGACTTGCTTTCACTGATAAAGAGAGAGATGCTCATTACTTGACTGGTCTTC
TCCCCCCCGTTGTCCTAAGCCAGGAAGTTCAGGAGAGGAAGCTGATGCACAATCTCCGCC
AATACACTGTTCCTCTACAGCGTTACATGGCCCTCATGGATCTTCAAGAAAGGAACGAGA
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GCCAGGGTATGGGAATTCCAGTTGGGAAGCTTTCTCTTTACACTGCTTTGGGAGGAATCC
GTCCTTCAGCTTGCCTTCCAATCACCATTGATGTGGGTACAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CX31TF U 320
AF RR3AJ05TF U 1
BS 1 406 RR3AJ05TF
BS 407 407 RR3CX31TF
BS 408 763 RR3AJ05TF

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CTCATGGATCTTCAAGAAAGGAACGAGAGGTTGTTCTATAAGCTTTTGATTGATAACGTC
GAGGAGTTGCTTCCAGT
CGTCT

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DS 

RD RR3AJ05TF 763 0 0
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CCGGCTTAGGAGGTGGGATCTCCGACGTGTACGGTGAGGATTTAGCCACCTTGGATCAGC
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TCCCCCCCGTTGTCCTAAGCCAGGAAGTTCAGGAGAGGAAGCTGATGCACAATCTCCGCC
AATACACTGTTCCTCTACAGCGTTACATGGCCCTCATGGATCTTCAGGAAAGGAACGAGA
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GCCAGGGTATGGGAATTCCAGTTGGGAAGCTTTCTCTTTACACTGCTTTGGGAGGAATCC
GTCCTTCAGCTTGCCTTCCAATCACCATTGATGTGGGTACAAC

QA 1 763 1 763
DS 



CO CL21Contig3 1348 4 13 U
GGGGAATGGGAATTCCAGTGGGGAAACTTTCACTTTACACAGCTTTGGGAGGAATCCGTC
CATCAGCTTGCCTTCCAATCACTATTGATGTGGGTACAAACAACCAGAAATTGCTGGATG
ATGAATTCTACATTGGCCTTAAACAGAGAAGAGCAACTGGCCAGGAATATTCAGACTTTC
TGCATGAGTTCATGTGCGCTGTGAAGCAGAACTATGGAGAGAAAGTGTTGGTACAGTTTG
AAGATTTTGCAAACCACAATGCGTTTGACCTTCTGTCTAAGTACATGGACACTCATCTTG
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TTCTTGCTCTCTCAAACCCTACTTCTCAAGCTGAGTGTACCGCAGAACAGGCTTACACAT
GGACCGAGGGTCGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAGCCCGTTTGATCCCGTTGAGTACAACG
GCAAAACTTACTTACCTGGCCAGGCAAACAACTGTTACATTTTCCCGGGTCTGGGACTTG
GTTTGATCATGTCCGGTGCTATTCGTGTCCGTGATGACATGCCTCTCGCAGCTTCTGAAG
CGTTGGCAGCTCAAGTCACGGAAGAGAATTTCGCCAACGGTCTGATCTACCCTCCGTTCT
CTAACATCAGAGAGATCTCTGCTAACATTGCCGCCAGTGTCGCCGCAACAACCTATGACC
TCGGATTGGCGTCGAACCTCCCACGCGCAAAGGATCTGGTGAAGTTTGCAGAGAGCTGCA
TGTACAGCCCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAAAGAAGTGTTGCTGAAGAAACCACCTG
CAGATTCTTCTTGTATTCACAACCTTGTTGAGGCTTTGCATAAGTGTTGTTTGTGTTGTT
TTCTACTTTCTACTACACTATGATGCTTCGAGCACTCCTTCTTTTGTCTTTGCTTCTTTG
TTTCTGGAATAATAAAATCCAATCTACC


BQ
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AF RR3CO11TF U 1
AF RR3ER04TF U 180
AF RR3CO11JQ C 508
AF RR3ER04JQ C 596
BS 1 468 RR3CO11TF
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BS 638 845 RR3ER04TF
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BS 1130 1130 RR3ER04JQ
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RD RR3CO11TF 637 0 0
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TGCATGAGTTCATGTGCGCTGTGAAGCAGAACTATGGAGAGAAAGTGTTGGTACAGTTTG
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ACCTCATTGGTGCTGTGAATGCAATCAAACCAACTGT

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3ER04TF 710 0 0
G
TGCATGAGTTCATGTGCGCTGTGAAGCAGAACTATGGAGAGAAAGTGTTGGTACAGTTTG
AAGATTTTGCAAACCACAATGCGTTTGACCTTCTGTCTAAGTACATGGACACTCATCTTG
TCTTCAATGACGATATCCAGGGTACTGCATCAGTGGTGCTTGCTGGGCTTATTGCCGCTC
AGAAGGTGCTTGGTAAAAGCCTGGCTGACCATACCTTCTTGTTCTTGGGTGCCGGAGAGG
CTGGAACTGGTATTGCTGAGTTAATTGCTCTTAAAATTTCGAAAGAGACTGGAGCTCCCA
TAGAGGAGACCAGGAACAAGATTTGGCTCGTGGACTCCAAGGGACTGATCGTTAGCTCCC
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GTCAGACTTTCACAAAGGAAGTTGTCGAGTCCATGGCTACCAACAACGAGAAACCGTTGA
TTCTTGCTCTCTCAAACCCTACTTCTCAAGCTGAGTGTACCGCAGAACAGGCTTACACAT
GGACCGAGGGTCGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAGCCCGTTTGATCCCGTTGAGTACAACG
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QA 2 710 2 710
DS 

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AGCCATGGGCGCATGAGTACGAACCTGTCAAAGACCTCATTGGTGCTGTGAATGCAATCA
AACCAACTGTTCTCATTGGAACATCAGGTGTGGGTCAGACTTTCACAAAGGAAGTTGTCG
AGGCCATGGCTACCAACAACGAGAAACCGTTGATTCTTGCTCTCTCAAACCCTACTTCTC
AAGCTGAGTGTACCGCAGAACAGGCTTACACATGGACCGAGGGTCGTGCAATCTTTGTTA
GTGGAAGCCCGTTTGATCCCGTTGAGTACAACGGCAAAACTTACTTACCTGGCCAGGCAA
ACAACTGTTACATTTTCCCGGGTCTGGGACTTGGTTTGATCATGTCCGGTGCTATTCGTG
TCCGTGATGACATGCCTCTCGCAGCTTCTGAAGCGTTGGCAGCTCAAGTCACGGAAGAGA
ATTTCGCCAACGGTCTGATCTACCCTCCGTTCTCTAACATCAGAGAGATCTCTGCTAACA
TTGCCGCCAGTGTCGCCGCAACAACCTATGACCTCGGATTGGCGTCGAACCTCCCACGCG
CAAAGGATCTGGTGAAGTTTGCGGAGAGCTGCATGTACAGCCCTGTCTACAGAAACTACC
GTTAAAAAGAAGTGTTGCTGAAGAAACCACCTGCAGATTCTTCTTGTATTCACAACCTTG
TTGAGGCTTTGCATAAGTGTTGTTTGTGTTGTTTTCTACTTTCTACTACACTATGATGCT
TCGAGCACTCCTTCTTTTGTCTTTGCTTCTTTGTTTCTGGAATAATAAAATCCAATCTAC
C

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR3ER04JQ 753 0 0
CAAAT
ACCTCATTGGTGCTGTGAATGCAATCAAACCAACTGTTCTCATTGGAACATCAGGTGTGG
GTCAGACTTTCACAAAGGAAGTTGTCGAGTCCATGGCTACCAACAACGAGAAACCGTTGA
TTCTTGCTCTCTCAAACCCTACTTCTCAAGCTGAGTGTACCGCAGAACAGGCTTACACAT
GGACCGAGGGTCGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAGCCCGTTTGATCCCGTTGAGTACAACG
GCAAAACTTACTTACCTGGCCAGGCAAACAACTGTTACATTTTCCCGGGTCTGGGACTTG
GTTTGATCATGTCCGGTGCTATTCGTGTCCGTGATGACATGCTTCTCGCAGCTTTTGAAG
CGTTGGCAGCTCAAGTCACGGAAGAGAATTTCGCCAACGGTCTGATCTACCCTCCGTTCT
CTAACATCAGAGAGATTTCTGCTAACATTGCCGCCAGTGTCGCCGCAACAACCTATGACC
TCGGATTGGCGTCGAACCTCCCACGCGCAAAGGATCTGGTGAAGTTTGCAGAGCGCTGCA
TGTACAGCCCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAAAGAAGTGTTGCTGAAGAAACCCCCTG
CAGATTCTTCTTGTATTCACAACCTTGTTGAGGCTTTGCATAAGTGTTGTTTGTGTTGTT
TTCTACTTTCTACTACACTATGATGCTTCGAGCACTCCTTCTTTTGTCTTTGCTTCTTTG
TTTCTGGAATAATAAAATCCAATCTACC

QA 6 753 6 753
DS 



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GCTCGAAGCATCATAGTGTAGTAGAAAGTGAGAAAACAAACAAACAACACTTAATACAAA
GCCTCAACAAGGTTGTGAATACAAGAAGAATCTGCAGGTGGTTTCTTCAGCAACACTTCT
TTTTAACGGTAGTTTCTGTAGACAGGGCTGTACATGCAGCTCTCTGCAAACTTCACCAGA
TCCTTTGCACGTGGCAGGTTCGACGCCAATCCGAGGTCATAGGTTGTTGCGGCGACACTG
GCTGCAATATTAGCAGAGATCTCTCTGATGTTTGAGAATGGTGGGTAGATCAAACCGTTG
GCGAAGTTCTCCTCCGTGACTTGAGCTGCCAATGCTTCAAAAGCTGCGAGGAGCATGTCA
TCACGGACACGAATGGCACCGGACATGATCAAACCAAGTCCCAGACCCGGGAAAATGTAG
CAGTTGTTTGCCTGGCCAGGCAAGTAAGTTTTGCCGTTGTACTCAACGGGATCAAACGGG
CTTCCACTACCAAAGATTGCACGACCCTCGGTCCATGTGTAAGCCTGTTCAGCGGTACAC
TCAGCTTGAGAAGTAGGGTTTGAGAGAGCAAGAATCAACGGTTTCTCGTTGTTGGTAGCC
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CAT


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3EF44JQ U 5
AF RR3EF44TF C 5
AF RR3H010JQ U 5
AF RR3FV03JQ U 1
BS 1 443 RR3FV03JQ
BS 444 444 RR3H010JQ
BS 445 783 RR3FV03JQ

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CAAT
C

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR3EF44TF 305 0 0
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CAACAAGGTTGTGAATACAAGAAGAATCTGCAGGTGGTTTCTTCAGCAACACTTCTTTTT
AACGGTAGTTTCTGTAGACAGGGCTGTACATGCAGCTCTCTGCAAACTTCACCAGATCCT
TTGCACGTGGCAGGTTCGACGCCAATCCGAGGTCATAGGTTGTTGCGGCGACACTGGCTG
CAAT
C

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR3H010JQ 754 0 0
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CAACAAGGTTGTGAATACAAGAAGAATCTGCAGGTGGTTTCTTCAGCAACACTTCTTTTT
AACGGTAGTTTCTGTAGACAGGGCTGTACATGCAGCTCTCTGCAAACTTCACCAGATCCT
TTGCACGTGGCAGGTTCGACGCCAATCCGAGGTCATAGGTTGTTGCGGCGACACTGGCTG
CAATATTAGCAGAGATCTCTCTGATGTTTGAGAATGGTGGGTAGATCAAACCGTTGGCGA
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QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3FV03JQ 783 0 0
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GCTCGAAGCATCATAGTGTAGTAGAAAGTGAGAAAACAAACAAACAACACTTAATACAAA
GCCTCAACAAGGTTGTGAATACAAGAAGAATCTGCAGGTGGTTTCTTCAGCAACACTTCT
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GCTGCAATATTAGCAGAGATCTCTCTGATGTTTGAGAATGGTGGGTAGATCAAACCGTTG
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TCACGGACACGAATGGCACCGGA*ATGATCAAACCAAGTCCCAGACCCGGGAAAATGTAG
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CTTCCACTACCAAAGATTGCACGACCCTCGGTCCATGTGTAAGCCTGTTCAGCGGTACAC
TCAGCTTGAGAAGTAGGGTTTGAGAGAGCAAGAATCAACGGTTTCTCGTTGTTGGTAGCC
ATGGCTTCAACAACTTCCTTTGTGAAAGTCTGACCCACGCCTGATGTTCCAATGAGAACA
GTTGGTTTGATTGCATTCACAGCACCAATGAGGTCCTTGACAGGTTCGTACTCATGCGCC
CAT

QA 1 783 1 783
DS 



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GCTTCAGCACTTCAAGCAGCCATGGGCGCATGAGTACGAACCTGTCAAGGACCTCATTGG
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GTGTACCGCTGAACAGGCTTACACATGGACCGAGGGTCGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAG
CCCGTTTGATCCCGTTGAGTACAACGGCAAAACTTACTTGCCTGGCCAGGCAAACAACTG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GO83TF U 1
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BS 727 956 RR3GO83JQ

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TGGTAAAAGCTTGGCTGACCATACCTTCTTGTTCTTGGGTGCCGGAGAGGCTGGAACTGG
TATTGCTGAGTTAATTGCTCTTAAAATTTCGAAAGAGACTGGAGCTCCCATCGAGGAGAC
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GCTTCAGCACTTCAAGCAGCCATGGGCGCATGAGTACGAACCTGTCAAGGACCTCATTGG
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GTGTACCGCTGAACAGGCTTACACATGGACCGAGGGTCGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAG
CCCGTTTGATCCCGTTGAGTACAACGGCAAAACTTACTTGCCTGGCCAGGCAAACAACTG
CTACATTTTCCCGGGTCTGGGACTTGGTTTGATCATGTCCGGTGCCATTCGTGTCCGTGA
TGACATGCTCCTCGCAGCTTCTGAAGCATTGGCAGCTCAAGTCACAGAGGAGAACTTCGC
CAACGGTTTGATCTACCCACCATTCTCAAACATCAGAGAGATCTCTGCTAATATTGCAGC
CAGTGTCGCCGCAACAACCTATGACCTCGGATTGGCGTCGAACCTGCCACGTGCAAAGGA
TCTGGT

QA 1 726 1 726
DS 

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TTGTGGACTCCAAGGGACTGATCGTTAGCTCCCGCAAAGAGTCGCTTCAGCACTTCAAGC
AGCCATGGGCGCATGAGTACGAACCTGTCAAGGACCTCATTGGTGCTGTGAATGCAATCA
AACCGTTGATTCTTGCTCTCTCAAACCCTACTTCTCAAGCTGAGTGTACCGCTGAACAGG
CTTACACATGGACCGAGGGTCGTGCAATCTTTGGTAGTGGAAGCCCGTTTGATCCCGTTG
AGTACAACGGCAAAACTTACTTGCCTGGCCAGGCAAACAACTGCTACATTTTCCCGGGTC
TGGGACTTGGTTTGATCATGTCCGGTGCCATTCGTGTCCGTGATGACATGCTCCTCGCAG
CTTCTGAAGCATTGGCAGCTCAAGTCACAGAGGAGAACTTCGCCAACGGTTTGATCTACC
CACCATTCTCAAACATCAGAGAGATCTCTGCTAATATTGCAGCCAGTGTCGCCGCAACAA
CCTATGACCTCGGATTGGCGTCGAACCTGCCACGTGCAAAGGATCTGGTGAGGTTTGCAG
AGAGCTGCATGTACAGCCCTGTCTACAGAAACTACCGTTAAAAAGAAGTGTTGCTGAAGA
AACCACCTGCAGATTCTTCTTGTATTCACAACCTTGTTGAGGCTTTGTATTAAGTGTTGT
TTGTTTGTTTTCTCACTTTCTACTACACTATGATGCTTCGAGCACTCTGTCTTTTGTCTT
TGCTTCTTTGTTTCTGGAATAATAAAAATCCAATCTACC

QA 1 819 1 819
DS 



AS 3 18

CO CL22Contig1 1030 5 12 U
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CGCCGTCTTGTTCTCTCATAAACTCTTGGACTCGCTTCTTCTCGATCTCCGCAACTTCGG
TTTCGTCAATGGCTTTACCGAACCAGCAAACCGTCGATTACCCTAGCTTCAAGCTCGTCA
TCGTTGGTGATGGAGGCACAGGAAAAACCACGTTTGTCAAGAGACATCTCACTGGAGAGT
TTGAGAAGAAATATGAACCCACTATTGGTGTTGAGGTTCACCCTTTAGATTTCTTCACAA
ACAGTGGCAAGATCCGGTTCTACTGTTGGGATACTGCTGGACAAGAGAAGTTTGGTGGGT
TAAGGGATGGATACTACATCCATGGTCAATGTGCCGTCATCATGTTTGATGTCACAGCAC
GTCTGACATACAAGAATGTTCCAACATGGCACCGTGATCTTTGCAGGGTCTGTGAAAACA
TCCCGATTGTACTCTGTGGAAACAAAGTTGATGTGAAGAACAGGCAAGTGAAGGCGAAGC
AGGTGACATTCCACAGGAAGAAGAATCTCCAGTACTACGAGATATCTGCCAAGAGCAACT
ACAACTTCGAGAAGCCCTTCTTGTACCTTGCTAGGAAACTCGCCGGGGACCCTAACCTCC
ACTTTGTGGAATCACCTGCCCTTGCTCCCCCAGAAGTACAGATTGACATGGCTGCTCAGC
AACAGCATGAGGCAGAGCTCGCAGCCGCAGCAAGTCAGCCACTCCCTGATGACGATGATG
ACACGTTCGAGTAGAGAGAGAGAGAGACACTATTATCATTTCTTGTTTTTTTCTCTAGTG
GAGCTATTTCTGTTTGTGTTTGTATTCTTCAAGATATGAAGTTTGAAAATCTGAGGTTTG
CGATGGCACTAGTCATTTCCATTCGGAGTCTTTCTGATACTAGTTGAAGCAAAAGCCAAG
CTTTCTTATAAAAAAGCACCTTTTTTGGTAACCTTTTTTCTTATTAAGAACACTAAGTTA
TTACTTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 15 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BN69TF U 1
AF RR3D981TF U 32
AF RR3GH80TF U 189
AF RR3D981JQ C 336
AF RR3BN69JQ C 175
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TTGAGAAGAAATATGAACCCACTATTGGTGTTGAGGTTCACCCTTTAGATTTCTTCACAA
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TAAGGGATGGATACTACATCCATGGTCAATGTGCCGTCATCATGTTTGATGTCACAGCAC
GTCTGACATACAAGAATGTTCCAACATGGCACCGTGATCTTTGCGGGGTCTGTGAAAACA
TCCCGATTGTACTCTGTGGAAACAAAGTTGATGTGAAGAACAGGCAAGTGAAAGCGAA

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DS 

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CCGCAACTTCGGTTTCGTCAATGGCTTTACCGAACCAGCAAACCGTCGATTACCCTAGCT
TCAAGCTCGTCATCGTTGGTGATGGAGGCACAGGAAAAACCACGTTTGTCAAGAGACATC
TCACTGGAGAGTTTGAGAAGAAATATGAACCCACTATTGGTGTTGAGGTTCACCCTTTAG
ATTTCTTCACAAACTGTGGCAAGATCCGGTTCTACTGTTGGGATACTGCTGGACAAGAGA
AGTTTGGTGGGTTAAGGGATGGATACTACATCCATGGTCAATGTGCCGTCATCATGTTTG
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TCTGTGAAAACATCCCGATTGTACTCTGTGGAAACAAAGTTGATGTGAAGAACAGGCAAG
TGAAGGCGAAGCAGGTGACATTCCACAGGAAGAAGAATCTCCAGTACTACGAGATATCTG
CCAAGAGCAACTACAACTTCGAGAAGCCCTTCTTGTACCTTGCTAGGAAACTCGCCGGGG
ACCCTAACCTCCACTTTGTGGAATCACCTGCCCTTGCTCCCCCAGAAGTACAGATTGACA
TGGCTGCTCAGCAACAGCATGAG*CAGAGCTCGCAGCCGCAGCAAGTCAGCCACTCCCTG
ATGACGATGATGACACGTTCGAGTAGAGAGAGAGAGAGA
CGCTA

QA 18 776 18 776
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GGATACTACATCCATGGTCAGTGTGCCGTCATCATGTTTGATGTCACAGCACGTCTGACA
TACAAGAATGTTCCAACATGGCACCGTGACCTTTGCAGGGTCTGTGAAAACATCCCGATT
GTACTTTGTGGAAACAAAGTTGATGTGAAGAACAGGCAAGTGAAGGCGAAGCAGGTGACA
TTCCACAGGAAGAAGAATCTCCAGTACTACGAGATATCTGCCAAGAGTAACTACAACTTC
GAGAAGCCATTCTTGTACCTTGCTAGGAAACTCGCCGGGGACCCTAACCTTCACTTTGTG
GAATCACCTGCCCTTGCTCCCCCAGAAGTACAGATTGACATGGCTGCTCAGCAACAGCAT
GAGGCGGAGCTCGCCGCCGCAGCAAGTCGGCCACTCCCTGATGACGATGATGACACGTTC
GAGTAGAGAGAGAGGGA**CACTATTATCATTTCTTGTTTTTTT
TTTTTTCTCTAGTGGAGC

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DS 

RD RR3D981JQ 585 0 0
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GTCATCATGTTTGATGTCACAGCACGTCTGACATACAAGAATGTTCCAACATGGCACCGT
GATCTTTGCAGGGTCTGTGAAAACATCCCGATTGTACTCTGTGGAAACAAAGTTGATGTG
AAGAACAGGCAAGTGAAGGCGAAGCAGGTGACATTCCACAGGAAGAAGAATCTCCAGTAT
TACGAGATATCTGCCAAGAGCAACTACAACTTCGAGAAGCCCTTCTTGTACCTTGCTAGG
AAACTCGCCGGGGACCCTAACCTCCACTTTGTGGAATCACCTGCCCTTGCTCCCCCAGAA
GTACAGATTGACATGGCTGTTCAGCAACAGCATGAGGCAGAGCTCGCAGCCGCAGCAAGT
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TCATTTCTTGTTTTTTTCTCTAGTGGAGCTATTTCTGTTTGTGTTTGTATTCTTCAAGAT
ATGAAGTTTGAAAATCTGAGGTTTGCGATGGCACTAGTCATTTCC

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3BN69JQ 856 0 0
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GAGAGTT*GAGAAGAAATATGAACCCACTATTGGTGTTGAGGTTCACCCTTTAGATTTCT
TCACAAACAGTGGCAAGATCCGGTTCTACTGTTGGGATACTGCTGGACAAGAGAAGTTTG
GTGGGTTAAGGGATGGATACTACATCCATGGTCAATGTGCCGTCATCATGTTTGATGTCA
CAGCACGTCTGACATACAAGAATGTTCCAACATGGCACCGTGATCTTTGCGGGGTCTGTG
AAAACATCCCGATTGTACTCTGTGGAAACAAAGTTGATGTGAAGAACAGGCAAGTGAAGG
CGAAGCAGGTGACATTCCACAGGAAGAAGAATCTCCAGTACTACGAGATATCTGCCAAGA
GCAACTACAACTTCGAGAAGCCCTTCTTGTACCTTGCTAGGAAACTCGCCGGGGACCCTA
ACCTCCACTTTGTGGAATCACCTGCCCTTGCTCCCCCAGAAGTACAGATTGACATGGCTG
CTCAGCAACAGCATGAGGCAGAGCTCGCAGCCGCAGCAAGTCAGCCACTCCCTGATGACG
ATGATGACACGTTCGAGTAGAGAGAGAGAGAGACACTATTATCATTTCTTGTTTTTTTCT
CTAGTGGAGCTATTTCTGTTTGTGTTTGTATTCTTCAAGATATGAAGTTTGAAAATCTGA
GGTTTGCGATGGCACTAGTCATTTCCATTCGGAGTCTTTCTGATACTAGTTGAAGCAAAA
GCCAAGCTTTCTTATAAAAAAGCACCTTTTTTGGTAACCTTTTTTCTTATTAAGAACACT
AAGTTATTACTTGCCC

QA 1 856 1 856
DS 



CO CL22Contig2 567 2 9 U
CGATAAAAGCAAACTTCGACTTTTAAAATTCATATTTTGAACACACAAATAAAAGTAGCA
CCATCAAAAAAAAAAAGAAATGACAATACTTGTGACGGAATCACATAGTGCGGAACTCTC
TCTCTCTCTCTCTCCCTACTCGAAGGTGTCATCATCGTCATCAGGGAGTGGCTGACTTGC
TGCCGCTGCAAGCTCCGCCTCATGCTGTTGCTGAGCAGCCATGTCAATCTGGACTTCTGG
AGGAGCAAGGGCAGGTGACTCCACAAAGTGAAGGTTAGGGTCACCGGCGAGTTTTCTAGC
AAGGTACAAGAATGGCTTCTCGAAATTGTAGTTGCTCTTGGCAGAAATCTCGTAATACTG
GAAATTCTTCTTCCTGTGGAATATCACCTGCTTAGCCTTCACTTGCCTGTTCTTCACATC
AACTTTGTTCCCACAAAGAACAATCGGGATGTTTTCACAGACCCTGCAAAGATCACGATG
CCATGTTGGGACGTTCTTGTACGTCAAACGTGCTGTGACATCAAACATGATGACGGCACA
CTGCCCATGGATGTAGTAACCATCCCT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ22JQ U 3
AF RR3C973JQ U 1
BS 1 79 RR3C973JQ
BS 80 80 RR3FQ22JQ
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BS 355 355 RR3FQ22JQ
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RD RR3FQ22JQ 501 0 0
G
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DS 

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TCTCTCTCTCTCTCCCTACTCGAAGGTGTCATCATCGTCATCAGGGAGTGGCTGACTTGC
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CCATGTTGGGACGTTCTTGTACGTCAAACGTGCTGTGACATCAAACATGATGACGGCACA
CTGCCCATGGATGTAGTAACCATCCCT

QA 1 567 1 567
DS 



CO CL22Contig3 971 11 40 U
TTTTTCTAACTCTTTCGCCGTCTTGTTCTCTTTTATACTCCTAGACTCGCTTCTCTTCTC
TTCTCGATCTCCGCTACTTCAGTTTCATCATCCATGGCTTTACCTAACCAGCAAACCGTC
GATTACCCTAGCTTCAAGCTCGTCATCGTTGGTGATGGAGGCACAGGGAAAACGACCTTT
GTGAAGAGACATCTCACTGGAGAGTTTGAGAAGAAATACGAACCCACCATTGGTGTTGAG
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GCTGGACAAGAGAAGTTTGGTGGTCTAAGGGATGGTTACTACATCCATGGGCAGTGTGCC
GTCATCATGTTTGATGTCACAGCACGTCTGACATACAAGAATGTCCCTACATGGCACCGT
GATCTTTGCAGGGTCTGTGAAAACATCCCGATTGTTCTTTGTGGGAACAAAGTTGATGTG
AAGAACAGGCAAGTGAAGGCAAAGCAGGTGACATTCCACAGGAAGAAGAATCTCCAGTAT
TACGAGATCTCTGCCAAGAGCAACTACAATTTCGAGAAGCCATTCTTGTACCTTGCTAGA
AAACTTGCCGGTGACCCTAACCTTCACTTTGTGGAATCACCTGCCCTTGCTCCTCCAGAA
GTCCAGATTGACATGGCTGCTCAGCAACAGCATGAGGCGGAGCTTGCAGCGGCAGCAAGT
CAGCCACTCCCTGATGACGATGATGACACCTTCGAGTAGGGAGAGAGAGAGAGAG****T
TCCGCACTATGTGATTCCGTCACTAGTATTATCATTTCTTTTTTTTT*GATGGTGCTACT
TTTATTTGTGTGTTCAAAATATGAATTTTAAAAATCGAGGTTTGCTTTTATCGATGTCAC
TAGTATTTTCCCGTTTAAGTCCCACCTTTTAATTCTAGTTATGAAAACTATAAAATTTCA
TAATTTGAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 
65 65 65 65 65 65 65 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 35 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 

AF RR3BM47JQ C 428
AF RR3FQ22TF U 1
AF RR3F094TF U 63
AF RR3C973TF U 6
AF RR3EI26TF U 63
AF RR3FW50TF U 93
AF RR3FW50JQ C 123
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AF RR3F094JQ C 187
AF RR3FP36JQ C 357
AF RR3FP36TF U 357
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BS 175 176 RR3FQ22TF
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QA 1 120 1 120
DS 

RD RR3FQ22TF 727 0 0
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TTCTCGATCTCCGCTACTTCAGTTTCATCATCCATGGCTTTACCTAACCAGCAAACCGTC
GATTACCCTAGCTTCAAGCTCGTCATCGTTGGTGATGGAGGCACAGGGAAAACCACGTTT
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GTTCACCCTTTAGACTTCTTCACTAACTGTGGGAAGATCCGGTTTTACTGCTGGGATACT
GCTGGACAAGAGAAGTTTGGTGGTCTAAGGGATGGTTACTACATCCATGGGCAGTGTGCC
GTCATCATGTTTGATGTCACAGCACGTCTGACGTACAAGAACGTCCCAACATGGCATCGT
GATCTTTGCAGGGTCTGTGAAAACATCCCGATTGTTCTTTGTGGGAACAAAGTTGATGTG
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TACGAGATCTCTGCCAAGAGCAACTACAATTTCGAGAAGCCATTCTTGTACCTTGCTAGA
AAACTCGCCGGTGACCCTAACCTTCACTTTGTGGAGTCACCTGCCCTTGCTCCTCCAGAA
GTCCAGATTGACATGGCTGCTCAGCAACAGCATGAGGCGGAGCTTGCAGCGGCAGCAAGT
CAGCCAC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3F094TF 694 0 0
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GGTCTGTGAAAACATCCCGATTGTTCTTTGTGGGAACAAAGTTGATGTGAAGAACAGGCA
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TGACCCTAACCTTCACTTTGTGGAATCACCTGCCCTTGCTCCTCCAGAAGTCCAGATTGA
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TGATGACGATGATGACACCTTCGAG

QA 10 694 10 694
DS 

RD RR3C973TF 792 0 0
GG
AACTCTTTCGCCGTCTTGTTCTCTTTTATACTCCTAGACTCGCTTCTCTTCTCTTCTCGA
TCTCCGCTACTTCAGTTTCATCATCCATGGCTTTACCTAACCAGCAAACCGCCGATTACC
CTAGCTTCAAGCTCGTCATCGTTGGTGATGGAGGCACAGGGAAAACCACGTTTGTGAAGA
GACATCTCACTGGAGAGTTTGAGAAGAAATATGAACCCACTATTGGTGTTGAGGTTCACC
CTTTAGACTTCTTCACTAACTGTGGGAAGATCCGGTTTTACTGCTGGGATACTGCTGGAC
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TGTTTGATGTCACAGCACGTCTGACGTACAAGAACGTCCCAACATGGCATCGTGATCTTT
GCAGGGTCTGTGAAAACATCCCGATTGTTCTTTGTGGGAACAAAGTTGATGTGAAGAACA
GGCAAGTGAAGGCTAAGCAGGTGACATTCCACAGGAAGAAGAATCTCCAGTACTACGAGA
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TCCCTGATGACGATGATGACACCTTCGAGTAGG*AGAGAGAGAGAGAGAGAGTTCCGCAC
TATGTGATTC

QA 3 792 3 792
DS 

RD RR3EI26TF 786 0 0
GGGATCTCA
CGCTGCTTCAGTTTCTTCATCCATGGCTTTACCTAACCAGCAAACCGTCGATTACCCTAG
CTTCAAGCTCGTCATCGTTGGTGATGGAGGCACAGGGAAAACGACCTTTGTGAAGAGACA
TCTCACTGGAGAGTTTGAGAAGAAATACGAACCCACCATTGGTGTTGAGGTTCACCCTTT
AGACTTCTTCACTAACTGTGGAAAGATCAGGTTTTACTGCTGGGATACTGCTGGACAAGA
GAAGTTTGGTGGTCTAAGGGATGGTTACTACATCCATGGGCAGTGTGCCGTCATCATGTT
TGATGTCACAGCACGTCTGACATACAAGAATGTCCCTACATGGCACCGTGATCTTTGCAG
GGTCTGTGAAAACATCCCGATTGTTCTTTGTGGGAACAAAGTTGATGTGAAGAATAGGCA
AGTGAAGGCAAAGCAGGTGACATTCCACAGGAAGAAGAATCTCCAGTATTACGAGATCTC
TGCCAAGAGCAACTACAATTTCGAGAAGCCATTCTTGTACCTTGCTAGAAAACTTGCCGG
TGACCCTAACCTTCACTTTGTGGAATCACCTGCCCTTGCTCCTCCAGAAGTCCAGATTGA
CATGGCTGCTCAGCAACAGCATGAGGCGGAGCTTGCAGCGGCAGCAAGTCAGCCACTCCC
TGATGACGATGATGACACCTTCGAGTATG*AGAGAGAGAGAGAG*****TCCGCACTATG
TGATCC*GTCACTAGTATTATCATTTCTTTTTTTTT*GATGGTGCTACTTTTATTTG

QA 10 786 10 786
DS 

RD RR3FW50TF 764 0 0
G
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GAGTAGG*AGAGAGAGAGAGAG****TTCCGCACTATGTGATTCCGTCACTAGTATTATC
ATTTCTTTTTTTTTTGATGGTGCTACTTTTATTTGTGTGTTCA

QA 2 764 2 764
DS 

RD RR3FW50JQ 789 0 0
TTACCCTAGCTTCAAGCTCGTCATCGTTGGT**TGGAGGCACAGGGAAAACGACCTTTGT
GAAGAGACATCTCACTGGAGAGTTTGAGAAGAAATACGAACCCACCATTGGTGTTGAGGT
TCACCCTTTAGACTTCTTCACTAGCTGTGGAAAGATCAGGTTTTACTGCTGGGATACTGC
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GAACAGGCAAGTGAAGGCAAAGCAGGTGACATTCCACAGGAAGAAGAATCTCCAGTATTA
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CGCACTATGTGATTCCGTCACTAGTATTATCATTTCTTTTTTTTTTGATGGTGCTACTTT
TATTTGTGTGTTCAAAATATGAATTTTAAAAATCGAGGTTTGCTTTTATCGATGTCACTA
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QA 1 789 1 789
DS 

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TTTGGTGGTCTAAGGGATGGTTACTACATCCATGGGCAGTGTGCCGTCATCATGTTTGAT
GTCACAGCACGTCTGACATACAAGAATGTCCCTACATGGCACCGTGATCTTTGCAGGGTC
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TCCGTCACTAGTATTATCATTTCTTTTTTTTTTGATGGTGCTACTTTTATTTGTGTGTTC
AAAATATGAATTTTAAAAATCGAGGTTTGCTTTTATCGATGTCACTAGTATTTTCCC
GC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3F094JQ 785 0 0
AGACATCTCACTGGAGAGTTTGAGAAGAAATACGAACCCACCATTGGTGTTGAGGTTCAC
CCTTTAGACTTCTTCACTAACTGTGGAAAGATCAGGTTTTACTGCTGGGATACTGCTGGA
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TGTGTGTTCAAAATATGAATTTTAAAAATCGAGGTTTGCTTTTATCGATGTCACTAGTAT
TTTCCCATTTAAGTCCCACCTTTTAATTCTAGTTATGAAAACTATAAAATTTCATAATTT
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QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3FP36JQ 615 0 0
G
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QA 2 615 2 615
DS 

RD RR3FP36TF 615 0 0
G
GCCGTCATCATGTTTGATGTCACAGCACGTCTGACATACAAGAATGTCCCTACATGGCAC
CGTGATCTTTGCAGGGTCTGTGAAAACATCCCGATTGTTCTTTGTGGGAACAAAGTTGAT
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GAAGTCCAGATTGACATGGCTGCTCAGCAACATCATGAGGCGGAGCTTGCAGCGGCAGCA
AGTCAGCCACTCCCTGATGACGACGATGACACCTTCGAGTAGGGAGAGAGAGAGAGAG**
**TTCCGCACTATGTGATTCCGTCACTAGTATTATCATTTCTTTTTTTTT*GATGGTGCT
ACTTTTATTTGTGTGTTCAAAATATGAATTTTAAAAATCGAGGTTTGCTTTTATCGATGT
CACTAGTATTTTCCCGTTTAAGTCCCACCTTTTAATTCTAGTTATGAAAACTATAAAATT
TCATAATTTGAGAC

QA 2 615 2 615
DS 



AS 1 18

CO CL23Contig1 1658 18 16 U
TTTTTTTCTTGCTTGTCGATGTATAACCATGTCCCACTTCTTCAAATTCCTGTATCTGTA
ATCTATAAGGGCTTTGATCCTTTATTTGTTTTGGACTAGAAAATAAACTAAAGATTAGAT
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AAGGGTTTTTCAATGAATCAGTTACGTGAATTCTGAATCCTGAGATGGTACAGATGCCAA
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BQ
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
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40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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AF RR3GR91TF U 510
AF RR3GR91JQ C 595
AF RR3A345JQ C 692
AF RR3A345TF U 692
AF RR3DH08JQ C 864
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BS 577 615 RR3DH08TF
BS 616 616 RR3BJ75JQ
BS 617 698 RR3DH08TF
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BS 1022 1022 RR3A345TF
BS 1023 1169 RR3GR91TF
BS 1170 1170 RR3A345TF
BS 1171 1240 RR3GR91TF
BS 1241 1241 RR3A345TF
BS 1242 1249 RR3GR91TF
BS 1250 1250 RR3A345TF
BS 1251 1265 RR3GR91TF
BS 1266 1298 RR3A345TF
BS 1299 1658 RR3DH08JQ

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TTAGATAAAATGAAAATTCAAGAGGGTGGTTTCTAATTCTAATAATTCATTAAGGAAATT
CTCATATTGTCCCAAGTCAATTGAATCCAAAACCCATCAATTTCATTTTTGTTGCATATG
CATA
C

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DS 

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C

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DS 

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TTTCACTCTATTTTCTATATAATATCGAAAGAAAAAAA

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CGTTCC

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CGTTCC

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DS 

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CGTTCC

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3DN21TF 606 0 0
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CGTTCC

QA 1 606 1 606
DS 

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CGTTCC

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3G346TF 606 0 0
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GCTTTGATCCTTTATTTGTTTTGGACTAGAAAATAAACTAAAGATTAGATAAAATGAAAA
TTCAAGAGGGTGGTTTCTAATTCTAATAATTCATTAAGGAAATTCTCATATTGTCCCAAG
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CGTTCC

QA 1 606 1 606
DS 

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ATCTATAAGGGCTTTGATCCTTTATTTGTTTTGGACTAGAAAATAAACTAAAGATTAGAT
AAAATGAAAATTCAAGAGGGTGGTTTCTAATTCTAATAATTCATTAAGGAAATTCTCATA
TTGTCCCAAGTCAATTGAATCCAAAACCCATCAATTTCATTTTTGTTGCATATGCATAAT
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TGACTGATCTCGTTCTCCGTGTAGGATACTGCTTTTTGGTTTAATTTCATAGATTAAATG
AAGAAAACTGCTCTACTATATTAATCTACTTTATTCAA

QA 1 698 1 698
DS 

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TTCAAGAGGGTGGTTTCTAATTCTAATAATTCATTAAGGAAATTCTCATATTGTCCCAAG
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GGAATTAATTTCCAGTAACAAGAAAAGGAAGAATAGTTTTGGATCAATTCAAAAGAACAA
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TTGCTAATTACAAGTTTTAAAAATCTCGTTAAAATAAATAACTATTTTTTTGACTGATCT
CGTTCTCCGTGTAGGATACTGCTTTTTGGTTTAATTTCATAGATTAAATGAAG

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3BK77TF 711 0 0
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GTTTCTAATTCTAATAATTCATTAAGGAAAT*CTCATATTGTCCCAAGTCAATTGAATCC
AAAACCCATCAATTTCATTTT*GTTGCATATGCATAATTGTAGAAGAGATTTTTTTGTAA
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TTTTT*CTTTCTTTAACTAACTACAAAGATGATGGGTTTTTCACTCTATTTTCTATATAA
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TTTTATGTATTATTTTTTCTTATTAATTTCTTAAAGTAAAGGGTTTTTCAATGAATCAGT
TACGTGAATTCTGAATCCTGAGATGGTACAGATG

QA 18 711 18 711
DS 

RD RR3F637JQ 740 0 0
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TATGCATAATTGTAGAAGAGATTTTTTTGTAATGATAATGTGACCCCCCCTTTTTTGCTT
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GTTTTAACTGAAGTTATATAATAGAGTTATTTTTTTATGTATTATTTTTTCTTATTAATT
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CAGATGCCAAAGACGATGAATTTAGTTTTTTTCTTTTTATCTATTTTTGTTCATACCACC
GATAATGATTGATAACTCAC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3GR91TF 756 0 0
G
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AAATCTCGTTAAAATAAATAACTATTTTTTTGACTGATCTCGTTCTCCGTGTAGGATACT
GCTTTTTGGTTTAATTTCATAGATTAAATGAAGAAAACTGCTCTACTATATTAATCTACT
TTATTCAAAAAAAGTTCTATGTTTTAACTGAAGTTATATAATAGAGTTATTTTTTTATGT
ATTATTTTTTCTTATTAATTTCTTAAAGTAAAGGGTTTTTCAATGAATCAGTTACGTGAA
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GATTTATATGGTATTTCATATGTTCGATAGTTCTTTACCGTGTTAATTACCCAATTTTGG
TCATTGAGAT*CATCGGCA*TACAGATTAAGAGCT

QA 2 756 2 756
DS 

RD RR3GR91JQ 704 0 0
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TAAATGAAGAAAACTGCTCTACTATATTAATCTACTTTATTCAAAAAAAGTTCTATGTTT
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CGATAGTTCTTTACCGTGTTAATTACCCAATTTTGGTCATTGAGATTCATCGGCAATACA
GATTAAGAGCTAGGAATAGATAGTACCCC*CTTTTCTCCCTTTC

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DS 

RD RR3A345JQ 607 0 0
G
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TATTTTTTCTTATTAATTTCTTAAAGTAAAGGGTTTTTCAATGAATCAGTTACGTGAATT
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ATTTTTGTTCATACCACCGATAATGATTGATAACTCACAAATTTTCAAGTGAATTTTTTG
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CCTTTC

QA 2 607 2 607
DS 

RD RR3A345TF 607 0 0
G
ATTCAAAAAAAGTTCTATGTTTTAACTGAAGTTATATAATAGAGTTATTTTTTTATGTAT
TATTTTTTCTTATTAATTTCTTAAAGTAAAGGGTTTTTCAATGAATCAGTTACGTGAATT
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ATTTTTGTTCATACCACCGATAATGATTGATAACTCACAAATTTTCAAGTGAATTTTTTG
ATTCTTGGAACTAGTATTTGTATCTATCTTAAAAATTTTTTTT*ATTGAAACTTCGGGAA
GTACTTTAGAAACATATGTATAAAAAAACATATTTTATTGAGTCCCTTCATGCTTACTAT
AACTAGTTATTTCGGTTTTCTACTAGCAGCTTTAACTATAACCTCAGTTCTATTTATTGG
TCTAAGCAAAATACGACTTATTTGAAATTAATTGAATGAATCTTTTTTGATCAAAAAAGA
TTTATATGGTATTTCATATGTTCGATAGTTCTTTACCGTGTTAATTACCCAATTTTGGTC
ATTGAGATTCATCGGCAATACAGATTAAGAGCTAGGAATAGATAGTACCTCTCTTTTCTC
CCTTTC

QA 2 607 2 607
DS 

RD RR3DH08JQ 795 0 0
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AATTTTTTGATTCTTGGAACTAGTATTTGTATCTATCTTAAAAATTTTTTTTTATTGAAA
CTTCGGGAAGTACTTTAGAAACATATGTATAAAAAAACATATTTTATTGAGTCCCTTCAT
GCTTACTATAACTAGTTATTTCGGTTTTCTACTAGCAGCTTTAACTATAACCTCAGTTCT
ATTTATTGGTCTAAGCAAAATACGACTTATTTGAAATTAATTGAATGAATCTTTTTTGAT
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ATTTTGGTCATTGAGATTCATCGGCAATACAGGTTAAGAGCTAGGAATAGATAGTACCTC
TCTTTTCTCCCTTTCAAAAATGAAAACAAAAGAAAATTGAAATGATTGAAGTTTCTTTAT
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TTGAACCTACGACATTGGGTTTTGGAGACCCACGTTCTACCGAACTGAACTAAGAGCGCT
TTTCTTGTTTTTTCC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 2 18

CO CL24Contig1 647 3 16 U
AACCACAAATTTATTTGACTTGTTATTAAATTAAACAAAGTTCACATACACACACATGCG
TGCGGGTATTATCTCAACCCATTATTTTTAGCCATGGACGAGTCTCATGCTTTTTTTACA
TTTCATGATCTTGACACTAGTAGAATGGGAACATCCTCAGACCTAGCTTCTCAACACGTG
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TCTTAGCCTCATCATTGGTGACAAGTAGCTGTGGTGCACTCAACCAAGCCCCTGGGGTAG
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TCTTAAACAAGCTATTTGGAGCCGTCCGTTCACCACCGATGATAATGGCAGGCTCCTTGT
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TGTCGGACTCGAACTTGATGTTTATAGTGGTAGATGAGACAATGTAGTCTGTGCCGACAA
AAGGTGGATAATATCCGAAGCTAACCGGCAGGCCCGGTTGGTACGGAAGAAGTGTTTGGG
TGATGCCAAGTGGACAAAACGGAAGTATGTTAATGGCGGCTGGAACC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3DF42JQ U 1
AF RR3FB73JQ U 1
AF RR3FB73TF C 19
BS 1 81 RR3DF42JQ
BS 82 82 RR3FB73JQ
BS 83 142 RR3DF42JQ
BS 143 143 RR3FB73JQ
BS 144 159 RR3DF42JQ
BS 160 160 RR3FB73JQ
BS 161 182 RR3DF42JQ
BS 183 183 RR3FB73JQ
BS 184 185 RR3DF42JQ
BS 186 186 RR3FB73JQ
BS 187 342 RR3DF42JQ
BS 343 343 RR3FB73JQ
BS 344 353 RR3DF42JQ
BS 354 354 RR3FB73JQ
BS 355 511 RR3DF42JQ
BS 512 647 RR3FB73JQ

RD RR3DF42JQ 511 0 0
AACCACAAATTTATTTGACTTGTTATTAAATTAAACAAAGTTCACATACACACACATGCG
TGCGGGTATTATCTCAACCCACTATTTTTAGCCATGGACGAGTCTCATGCTTTTTTTACA
TTTCATGATCTTGACACTAGTAAAATGGGAACATCCTCAAACCTAGCTTCTCAACACGTG
AAAAAAAAGTAGTAGCCTTAGTAGCATCATCATCAACCTTCACGAACTTGACGAGTAAGG
TCTTAGCCTCATCATTGGTGACAAGTAGCTGTGGTGCACTCAACCAAGCCCCTGGGGTAG
TTCCAACGGTTCCATATGAGGTGGTCAACTTGTAAGTGTGTGTTCCTGCATCTCTTTCTA
TCTTAAACAAGCTATTTGGAGCCGTCCGTTCACCACCGATGATAATGGCAGGCTCCTTGT
TAGCGGATGAGGAAACATCGACTGCCCATAACTTGGAAAGCTCGTTGCATACAGGCCAGA
TGTCGGACTCGAACTTGATGTTTATAGTGGT

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR3FB73JQ 647 0 0
AAC
CACAAATTTATTTGACTTGTTATTAAATTAAACAAAGTTCACATACACACACATGCGTGC
GGGTATTATCTCAACCCATTATTTTTAGCCATGGACGAGTCTCATGCTTTTTTTACATTT
CATGATCTTGACACTAGTAGAATGGGAACATCCTCAGACCTAGCTTCTCAACACGTGAAG
AAGAAGTAGTAGCCTTAGTAGCATCATCATCAACCTTCACGAACTTGACGAGTAAGGTCT
TAGCCTCATCATTGGTGACAAGTAGCTGTGGTGCACTCAACCAAGCCCCTGGGGTAGTTC
CAACGGTTCCATATGAGGTGGTCAACTTGTAAGTGTGTGCTCCTGCATCTTTTTCTATCT
TAAACAAGCTATTTGGAGCCGTCCGTTCACCACCGATGATAATGGCAGGCTCCTTGTTAG
CGGATGAGGAAACATCGACTGCCCATAACTTGGAAAGCTCGTTGCATACAGGCCAGATGT
CGGACTCGAACTTGATGTTTATAGTGGTAGATGAGACAATGTAGTCTGTGCCGACAAAAG
GTGGATAATATCCGAAGCTAACCGGCAGGCCCGGTTGGTACGGAAGAAGTGTTTGGGTGA
TGCCAAGTGGACAAAACGGAAGTATGTTAATGGCGGCTGGAACC

QA 4 647 4 647
DS 

RD RR3FB73TF 629 0 0
CTTGTTATTAAATTAAACAAAGTTCACATACACACACATGCGTGCGGGTATTATCTCAAC
CCATTATTTTTAGCCATGGACGAGTCTCATGCTTTTTTTACATTTCATGATCTTGACACT
AGTAGAATGGGAACATCCTCAGACCTAGCTTCTCAACACGTGAAGAAGAAGTAGTAGCCT
TAGTAGCATCATCATCAACCTTCACGAACTTGACGAGTAAGGTCTTAGCCTCATCATTGG
TGACAAGTAGCTGTGGTGCACTCAACCAAGCCCCTGGGGTAGTTCCAACGGTTCCATATG
AGGTGGTCAACTTGTAAGTGTGTGCTCCTGCATCTTTTTCTATCTTAAACAAGCTATTTG
GAGCCGTCCGTTCACCACCGATGATAATGGCAGGCTCCTTGTTAGCGGATGAGGAAACAT
CGACTGCCCATAACTTGGAAAGCTCGTTGCATACAGGCCAGATGTCGGACTCGAACTTGA
TGTTTATAGTGGTAGATGAGACAATGTAGTCTGTGCCGACAAAAGGTGGATAATATCCGA
AGCTAACCGGCAGGCCCGGTTGGTACGGAAGAAGTGTTTGGGTGATGCCAAGTGGACAAA
ACGGAAGTATGTTAATGGCGGCTGGAAC
C

QA 1 628 1 628
DS 



CO CL24Contig2 890 15 46 U
GGCGAACACAACTCACTCAAAACCCTAAAACACACCCAAACAAAGCAATCAAAATGAAGA
AACCTTCAGTGACCCCTTTCCTCATCACTCTCCTTTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACG
GCAAAGAAGTGGTGAAGGACTCTAACGGGAATCCAGTTAAGATCGGTGCCAAATACTTCA
TCCAGCCGGTTAAGAGCAACGGCGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAACATACTTCCGT
TTTGTCCACTTGGCATCACCCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTCCCAGTTATCT
TCGGATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAACA
TCCAGTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCG
ATGTTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTC
CAAACAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCT
CATATGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCA
CCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGATGATGCTACTA
AGGCTACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTTCCCATTCTACT
AGTGTCAAGATCATGAAATGTAAAAAAA*GCCTGAGACTCGTCCATGGCTAAAAATAATG
GGTTGAGATAATACCCGCACGCATGTGTGTGTATGTGAACTTTGTTTAGTTTAATAACAA
GTCAAGTAAATTTGTGCTTTTGAGCGCTTTATGAGACATAACTTTACCTT


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 60 60 65 65 50 65 65 65 50 65 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 45 75 75 75 75 75 60 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 80 80 80 80 80 80 65 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 65 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 
80 80 80 80 65 80 65 40 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 35 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
70 30 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3EQ13TF U 32
AF RR3E858TF U 3
AF RR3AT38TF U 334
AF RR3DF42TF U 1
AF RR3EN04TF U 1
AF RR3AT38JQ C 336
AF RR3H077TF U 3
AF RR3CU34JQB C 116
AF RR3E858JQ C 327
AF RR3EN04JQ C 304
AF RR3B705JQ C 308
AF RR3H077JQ C 432
AF RR3H996JQ C 342
AF RR3H996TF U 342
AF RR3B705TF U 308
BS 1 94 RR3DF42TF
BS 95 95 RR3EN04TF
BS 96 274 RR3DF42TF
BS 275 275 RR3EN04TF
BS 276 289 RR3DF42TF
BS 290 290 RR3EN04TF
BS 291 292 RR3DF42TF
BS 293 293 RR3EN04TF
BS 294 297 RR3DF42TF
BS 298 298 RR3EN04TF
BS 299 337 RR3DF42TF
BS 338 338 RR3EN04TF
BS 339 341 RR3DF42TF
BS 342 342 RR3EN04TF
BS 343 362 RR3DF42TF
BS 363 363 RR3EN04TF
BS 364 368 RR3DF42TF
BS 369 369 RR3EN04TF
BS 370 370 RR3DF42TF
BS 371 371 RR3EN04TF
BS 372 379 RR3DF42TF
BS 380 380 RR3EN04TF
BS 381 437 RR3DF42TF
BS 438 439 RR3EN04TF
BS 440 452 RR3DF42TF
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BS 642 661 RR3DF42TF
BS 662 662 RR3H996TF
BS 663 696 RR3DF42TF
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BS 698 703 RR3H077TF
BS 704 704 RR3H996TF
BS 705 727 RR3H077TF
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BS 729 747 RR3H077TF
BS 748 873 RR3H996TF
BS 874 888 RR3B705TF
BS 889 890 RR3B705JQ

RD RR3EQ13TF 150 0 0
ACACCCAAACAAAGCAATCAAAATGAAGAAACCTTCAGTGACCCCTTTCCTCATCACTCT
CCTGTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGCAAAGAAGTGGTGAAGGACTCTAACGGGAA
TCCAGTTAAGATCGGTGCCAAATACTTCAT

QA 1 150 1 150
DS 

RD RR3E858TF 597 0 0
GG
AACACAACTCACTCAAAACCCTAAAACACACCCAAACAAAGCAATCAAAATGAAGAAACC
TTCAGTGACCCCTTTCCTCATCACTCTCCTTTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGCAA
AGAAGTGGTGAAGGACTCCAACGGGAATCCAGTTAAGATCGGTGCCAAATACTTCATCCA
GCCGGTTAAGAGCAACGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAACATACTTCCGTTTTG
TCCACTTGGCATCACCCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTCCCAGTTATCTTCGG
ATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAACATCCA
GTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGT
TTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTCCAAA
CAGTTTGTTTAAGATAGAAAAAGATGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATA
TGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTC

QA 3 597 3 597
DS 

RD RR3AT38TF 327 0 0
ACATTGTCACATCTACCACTATAAACATCCAGTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCA
ACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGTTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCG
TTATCATCAGTGGTGAACGGACAGCTCCAAACAACTTGTTTAAGATAGAAAAAGATGCAG
GAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATATGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTT
GGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGT
TCGTGAAGGTTGATGATGATGCTACTA

QA 1 327 1 327
DS 

RD RR3DF42TF 705 0 0
GGCGAACACAACTCACTCAAAACCCTAAAACACACCCAAACAAAGCAATCAAAATGAAGA
AACCTTCAGTGACCCCTTTCCTCATCACTCTCCTGTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACG
GCAAAGAAGTGGTGAAGGACTCTAACGGGAATCCAGTTAAGATCGGTGCCAAATACTTCA
TCCAGCCGGTTAAGAGCAACGGCGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAACATACTTCCGT
TTTGTCCACTTGGCATCACCCAAACACTTCTTCCGTACCAACCGGGCCTGCCGGTTAGCT
TCGGATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATCGTCTCATCTACCACTATAAACA
TCAAGTTCGAGTCCGACATCTGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCG
ATGTTTCCTCATCCGCTAACAAGGAGCCTGCCATTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTC
CAAATAGCTTGTTTAAGATAGAAAGAGATGCAGGAACACACACTTACAAGTTGACCACCT
CATATGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCA
CCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAA*GTTGATGATGATGCTACTA
A*GCTACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAG
TCTGAGATG

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3EN04TF 692 0 0
GGAC
AACACAACTCACTCAAAACCCTAAAACACACCCAAACAAAGCAATCAAAATGAAGAAACC
TTCAGTGACCCCTTTCCTCATCACTCTCCTTTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGCAA
AGAAGTGGTGAAGGACTCCAACGGGAATCCAGTTAAGATCGGTGCCAAATACTTCATCCA
GCCGGTTAAGAGCAACGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAACATACTTCCGTTTTG
TCCACTTGGCATCACCCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTCCCAGTTATCTTCGG
ATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAACATCCA
GTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGT
TTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTCCAAA
CAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATA
TGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAA
TGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAAGTTGATGATGATGCTACTAAAGC
TACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAG

QA 5 692 5 692
DS 

RD RR3AT38JQ 327 0 0
ATTGTCACATCTACCACTATAAACATCCAGTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAAC
GAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGTTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTT
ATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTCCAAACAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATGCAGGA
GCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATATGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGG
TTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTC
GTGAAGGTTGATGATGATGCTACTAAG

QA 1 327 1 327
DS 

RD RR3H077TF 745 0 0
GG
AACACAACTCACTCAAAACCCTAAAACACACCCAAACAAAGCAATCAAAATGAAGAAACC
TTCAGTGACCCCTTTCCTCATCACTCTCCTTTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGCAA
AGAAGTGGTGAAGGACTCCAACGGGAATCCAGTTAAGATCGGTGCCAAATACTTCATCCA
GCCGGTTAAGAGCAACGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAACATACTTCCGTTTTG
TCCACTTGGCATCACCCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTCCCAGTTATCTTCGG
ATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAACATC*A
GTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGT
TTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTCCAAA
CAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATA
TGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAA
TGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAAGTTGATGATGATGCTACTAA*GC
TACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAG*TCTGAG*ATGTTCCCATTCTACTAGTG
TCA*GATCATGAAATGTAAAAAA

QA 3 745 3 745
DS 

RD RR3CU34JQB 744 0 0
CCACGGCAAAGAAGTGGTGAAGGACTCTAACGGGAATCCAGTTAAGATCGGTGCCAAATA
CTTCATCCAGCCGGTTAAGAGCAACGGCGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAACATACT
TCCGTTTTGTCCACTTGGCATCACCCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTCCCAGT
TATCTTCGGATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTAT
AAACATCCAGTTCCATTCCGACATCTGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGC
AGTCGATGTTTCTTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATTATCGGTGGTGAACGGAC
GGCTCCAAACAGTTTGTTTAAGATAGAAAAAGATGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGAC
CACCTCATATGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACT
TGTCACCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGATGATGC
TACTAAGGCTACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTTCCCATT
CTACTAGTGTCAAGATCATGAAATGTAAAAAAAAGCCCGAGACTCGTCCATGGCTAAAAA
TAATGGGTTGAGATAATACCCGCACGCATGTGTGTGTATGTGAACTTTGTTTAGTTTAAT
AACAAGTCAAGTAAATTTGTGCTT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3E858JQ 532 0 0
ACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAACATCCAGTTCCATTCCGACATATGGCCT
GTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGTTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAG
CCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTCCAAACAGTTTGTTTAAGATAGAAAAA
GATGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATATGGAACCGTTGGAACTACCCCA
GGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTC
GTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGATGATGCTACTAAGGCTACTACCTCTTCTTCACGTGTT
GAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTTCCCATTCTACTAGTGTCAAGATCATGAAATGTAAAAA
AAAGCCTGAGACTCGTCCATGGCTAAAAATAATGGGTTGAGGTAATACCCGCACGCATGT
GTGTGTATGTGAACTTTGTTTAGTTTAATAACAAGTCAAGTAAATTTGTGCT

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR3EN04JQ 555 0 0
GATATTATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAACATCC
AGTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATG
TTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTCCAA
ACAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCAT
ATGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCA
ATGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGATGATGCTACTAAGG
CTACTACTTTTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTTCCCATTTTACTAGT
GTCAAGATCATGAAATGTAAAAAAAAGCCTGAGACTCGTCCATGGCTAAAAATAATGGGT
TGAGATAATACCCGCACGCATGTGTGTGTATGTGAACTTTGTTTAGTTTAATAACAAGTC
AAGTAAATTTGTGCT

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3B705JQ 583 0 0
G
TATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAACATCCAGTTC
CATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGTTTCC
TCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTCCAAACAGC
TTGTTTAAGATAGAAAAAGATGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATATGGA
ACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGAT
GAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGATGATGCTACTAAGGCTACT
ACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTTCCCATTCTACTAGTGTCAA
GATCATGAAATGTAAAAAAA*GCCTGAGACTCGTCCATGGCTAAAAATAATGGGTTGAGA
TAATACCCGCACGCATGTGTGTGTATGTGAACTTTGTTTAGTTTAATAACAAGTCAAGTA
AATTTGTGCTTTTGAGCGCTTTATGAGACATAACTTTACCTT

QA 2 583 2 583
DS 

RD RR3H077JQ 457 0 0
TCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTCCAAACAGCTTG
TTTAAGATAGAAAAAGATGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATATGGAACC
GTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGAG
GCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGATGATGCTACTAAGGCTACTACT
TTTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTTCCCATTCTACTAGTGTCAAGAT
CATGAAATGTAAAAAAA*GCCTGAGACTCGTCCATGGCTAAAAATAATGGGTTGAGATAA
TACCCGCACGCATGTGTGTGTATGTGAACTTTGTTTAGTTTAATAACAAGTCAAGTAAAT
TTGTGCTTTTGAGCGCTTTATGAGACATAACTTTACC

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR3H996JQ 532 0 0
GG
ATCTACCACTATAAACATCCAGTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTC
*AAGTTATGGGCAGTCGATGTTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGG
TGGTGAACGGACGGCTCCAAACAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATGCAGGAGCACACAC
TTACAAGTTGACCACCTCATATGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGC
ACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGT
TGATGATGATGCTACTAAGGCTACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAG
GATGTTCCCATTCTACTAGTGTCAAGATCATGAAATGTAAAAAAA*GCCTGAGACTCGTC
CATGGCTAAAAATAATGGGTTGAGATAATACCCGCACGCATGTGTGTGTATGTGAACTTT
GTTTAGTTTAATAACAAGTCAAGTAAATTTGTGCTTTTGAGCGCTTTATG

QA 3 532 3 532
DS 

RD RR3H996TF 532 0 0
GG
ATCTACCACTATAAACATCCAGTTCCATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTC
*AAGTTATGGGCAGTCGATGTTTCCTCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGG
TGGTGAACGGACGGCTCCAAACAGCTTGTTTAAGATAGAAAAAGATGCAGGAGCACACAC
TTACAAGTTGACCACCTCATATGGAACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGC
ACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGT
TGATGATGATGCTACTAAGGCTACTACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAG
GATGTTCCCATTCTACTAGTGTCAAGATCATGAAATGTAAAAAAA*GCCTGAGACTCGTC
CATGGCTAAAAATAATGGGTTGAGATAATACCCGCACGCATGTGTGTGTATGTGAACTTT
GTTTAGTTTAATAACAAGTCAAGTAAATTTGTGCTTTTGAGCGCTTTATG

QA 3 532 3 532
DS 

RD RR3B705TF 583 0 0
G
TATCCACCTTTTGTCGGCACAGACTACATTGTCACATCTACCACTATAAACATCCAGTTC
CATTCCGACATATGGCCTGTATGCAACGAGCTTTCCAAGTTATGGGCAGTCGATGTTTCC
TCATCCGCTGCCAAGGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACGGACGGCTCCAAACAGC
TTGTTTAAGATAGAAAAAGATGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATATGGA
ACCGTTGGAACTACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGAT
GAGGCTAAGACCTTACTCGTCAAGTTCGTGAAGGTTGATGATGATGCTACTAAGGCTACT
ACTTCTTCTTCACGTGTTGAGAAGCTAGGTCTGAGGATGTTCCCATTCTACTAGTGTCAA
GATCATGAAATGTAAAAAAA*GCCTGAGACTCGTCCATGGCTAAAAATAATGGGTTGAGA
TAATACCCGCACGCATGTGTGTGTATGTGAACTTTGTTTAGTTTAATAACAAGTCAAGTA
AATTTGTGCTTTTGAGCGCTTTATGAGACATAACTTTACC
TT

QA 2 581 2 581
DS 



AS 3 14

CO CL25Contig1 727 2 19 U
GGAAAAAGAAAATGGATAAAAGATGGAATCTTCAAGGTATGACTGCTCTTGTAACTGGTG
GAGGCAGAGGAATCGGCTATGCCATAGTAGAAGAGTTAGCTGGTTTTGGAGCTAAAATCC
ATGTATGTGACATATCCCAAGTTTTGCTCAATCAAAGTTTAAGGGAATGGGAAAAGAAAG
GGTTTCAAGTGAGTGGTTCAGTATGCGATGTAACTTCTCGACCCGAGAGAGAAACTTTGA
TGCAAAAGGTCTCCTCTCTGTTCAATGGCAAGCTCAATATTTTCGTGAACAATGTGGGCG
GACTTCGTTCAAAGCCAACGACAGAATATGATGCAGACGATTTTAATTTCCATATCACAA
CAAACTTGGAACCTGCTTTCCATTTTTGCCAGCTTTCACATCCTCTCCTAAAGGCTTCAG
GCTATGGAAGTATCGTCTTCATTTCATCTGTTGCTGGGGTTGTATTCTTTGAATCTGGAT
CCCTTTATAGTCTAGCCAAAGGAGCTCTGAATCAGCTAGCAAGAAATTTGGCATGTGAAT
GGGCAAAAGATGGTATAAGAACCAACGCTGTTGCTCCTAATGTTATCAAGACTCCTCTGT
CTCAACCATATCTTGATGACGTCGGTTTCAAGGAGGGATTGTTTGGTAGAACTCCACTTG
CTCGCGCTGGACCACCAAATGAAGTTGCATCACTGGTGGTATTCTTGTGTCTACCTGCAG
CGTCTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU87TF U 1
AF RR3AH32TF U 1
BS 1 27 RR3AH32TF
BS 28 28 RR3FU87TF
BS 29 76 RR3AH32TF
BS 77 77 RR3FU87TF
BS 78 119 RR3AH32TF
BS 120 120 RR3FU87TF
BS 121 149 RR3AH32TF
BS 150 150 RR3FU87TF
BS 151 202 RR3AH32TF
BS 203 203 RR3FU87TF
BS 204 205 RR3AH32TF
BS 206 206 RR3FU87TF
BS 207 221 RR3AH32TF
BS 222 222 RR3FU87TF
BS 223 356 RR3AH32TF
BS 357 357 RR3FU87TF
BS 358 560 RR3AH32TF
BS 561 561 RR3FU87TF
BS 562 727 RR3AH32TF

RD RR3FU87TF 621 0 0
GGGATTTA
AAAATGGATAAACGATGGAATCTTCAAGGTATGACTGCTCTTGTAACTGGTGGAGGCAGA
GGAATCGGCTATGCCATAGTAGAAGAGTTAGCTGGTTTTGGAGCTAAAATCCATGTATGT
GACATATCCGAAGTTTTGCTCAATCAAAGTTTAAGGGAATGGGAAAAGAAAGGGTTTCAA
GTGAGTGGTTCAGTATGCGATGTAACTTCTCGTCCCGAGAGAGAAACTTTGATGCAAAAG
GTCTCCTCTCTGTTCAATGGCAAGCTCAATATTTTCGTGAACAATGTGGGCGGACTTCGT
TCAAAGCCAACGACAGAGTATGATGCAGACGATTTTGATTTCCGTATCACAACAAACTTG
GAACCTGCTTTCCATTTTTGCCAGCTTTCACATCCTCTCCTAAAGGCTTCAGGCTATGGA
AGTATCGTCTTCATTTCATCTGTTGCTGGGGTTGTATTCTTTGAATCTGGATCCCTTTAT
AGTCTAGCCAAAGGAGCTCTGAATCAGCTAGCAAGAAATTTGGCATGTGAATGGGCAAAA
GATGGTATAAGAACCAACGCTGTTGCTCCTAATGTTATCAAGACTCCTCTGTCTCAACCA
TATCTTGATGACG

QA 9 621 9 621
DS 

RD RR3AH32TF 727 0 0
GGAAAAAGAAAATGGATAAAAGATGGAGTCTTCAAGGTATGACTGCTCTTGTAACTGGTG
GAGGCAGAGGAATCGGGTATGCCATAGTAGAAGAGTTAGCTGGTTTTGGAGCTAAAATCT
ATGTATGTGACATATCCCAAGTTTTGCTCGATCAAAGTTTAAGGGAATGGGAAAAGAAAG
GGTTTCAAGTGAGTGGTTCAGTCTGTGATGTAACTTCTCGATCCGAGAGAGAAACTTTGA
TGCAAAAGGTCTCCTCTCTGTTCAATGGCAAGCTCAATATTTTCGTGAACAATGTGGGCG
GACTTCGTTCAAAGCCAACGACAGAATATGATGCAGACGATTTTAATTTCCATATCGCAA
CAAACTTGGAACCTGCTTTCCATTTTTGCCAGCTTTCACATCCTCTCCTAAAGGCTTCAG
GCTATGGAAGTATCGTCTTCATTTCATCTGTTGCTGGGGTTGTATTCTTTGAATCTGGAT
CCCTTTATAGTCTAGCCAAAGGAGCTCTGAATCAGCTAGCAAGAAATTTGGCATGTGAAT
GGGCAAAAGATGGTATAAGAGCCAACGCTGTTGCTCCTAATGTTATCAAGACTCCTCTGT
CTCAACCATATCTTGATGACGTCGGTTTCAAGGAGGGATTGTTTGGTAGAACTCCACTTG
CTCGCGCTGGACCACCAAATGAAGTTGCATCACTGGTGGTATTCTTGTGTCTACCTGCAG
CGTCTTA

QA 1 727 1 727
DS 



CO CL25Contig2 1095 2 2 U
GGACATGCATAACACACACAAAATGGATAAAAGATGGAGTCTTCAAGGAATGACTGCTCT
AGTAACTGGTGGAGGCAGAGGAATCGGGTATGCCATAGTAGGGAGCTGGCTGGTTTTGGA
GCTAAAATCCATGTATGTGACATATCCGAGACTTTGCTCAATCAAAGTTTAAGCGAATGG
GAAAAGAAAGGGTTTCAAGTGAGTGGTTCAGTCTGTGATGTAACTTCTCGACCCGAGAGA
GAAACTTTGATGCAAACTGTCTCCTCTCTGTTCAATGGCAAGCTCAATATTTTCGTGAAC
AATGTGGGTGGACTTCGTTCAAAGCCAACGACAGAATATGATGCAGACGATTTTGATTTC
CATATCAAAACAAACTTGGAAGCTGCTTTCCATTTTTGCCAGCTTTCACATCCTCTGCTA
AAGGCTTCAGGCTATGGAAGCATCGTCTTCATTTCGTCTGTTGCTGGGATTGTATTCTTT
GAATCTGGATCAATTTATGGTCTAGCCAAAGGTAACCAAAGTACTACTAGAGGAAAGATT
AAATGTTTTTCTTTTTCTTTTGGTTATTCCACATACAAGTCTTTTACAGGAGCTCTTAAT
CAGCTAGCAAAAAATTTGGCATGTGAATGGGCAAAAGATGGTATAAGAGCAAACGCTGTT
GCTCCTAATGTTATCAAGACTTCAATGGCTCAACCAGTAATCGGATATTTGATAAGACAG
CTTATACATTTCTACTAAAAAATTAACAACTTCAATTCCTCTAATCATCTCTCAAATTTT
GTTTTCTTAAAGTATCTTGATGACGTCACTTTCAAGGAGGGATTTTTGGGTAGAACTCCA
CTTGGTCGTGCTGGAGAGCCAAATGAAGTTGCATCAACGGTGGTCTTCTTGTGTCTACCT
GCAGCGTCTTATATAACTGGTCAAACAATTTGCGTTGATGGAGGCCTCACCGTTAACGGT
CTCTCCTATCAACCACATGGTTGAGAATGGCCTTCTCGCGTTTTATTTACTTCAACTGTC
TTCGAACTCTTAAAATCTGCTCTCTAATAAAAAAATGTCACACTGTGAGTTCATATACAA
AAATTTAGGTATGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3AX90JQ C 292
BS 1 814 RR3AX90TF
BS 815 1095 RR3AX90JQ

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GAATCTGGATCAATTTATGGTCTAGCCAAAGGTAACCAAAGTACTACTAGAGGAAAGATT
AAATGTTTTTCTTTTTCTTTTGGTTATTCCACATACAAGTCTTTTACAGGAGCTCTTAAT
CAGCTAGCAAAAAATTTGGCATGTGAATGGGCAAAAGATGGTATAAGAGCAAACGCTGTT
GCTCCTAATGTTATCAAGACTTCAATGGCTCAACCAGTAATCGGATATTTGATAAGACAG
CTTATACATTTCTACTAAAAAATTAACAACTTCAATTCCTCTAATCATCTCTCAAATTTT
GTTTTCTTAAAGTATCTTGATGACGTCACTTTCA

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR3AX90JQ 804 0 0
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CCTCTGCTAAAGGCTTCAGGCTATGGAAGCATCGTCTTCATTTCGTCTGTTGCTGGGATT
GTATTCTTTGAATCTGGATCAATTTATGGTCTAGCCAAAGGTAACCAAAGTACTACTAGA
GGAAAGATTAAATGTTTTTCTTTTTCTTTTGGTTATTCCACATACAAGTCTTTTACAGGA
GCTCTTAATCAGCTAGCAAAAAATTTGGCATGTGAATGGGCAAAAGATGGTATAAGAGCA
AACGCTGTTGCTCCTAATGTTATCAAGACTTCAATGGCTCAACCAGTAATCGGATATTTG
ATAAGACAGCTTATACATTTCTACTAAAAAATTAACAACTTCAATTCCTCTAATCATCTC
TCAAATTTTGTTTTCTTAAAGTATCTTGATGACGTCACTTTCAAGGAGGGATTTTTGGGT
AGAACTCCACTTGGTCGTGCTGGAGAGCCAAATGAAGTTGCATCAACGGTGGTCTTCTTG
TGTCTACCTGCAGCGTCTTATATAACTGGTCAAACAATTTGCGTTGATGGAGGCCTCACC
GTTAACGGTCTCTCCTATCAACCACATGGTTGAGAATGGCCTTCTCGCGTTTTATTTACT
TCAACTGTCTTCGAACTCTTAAAATCTGCTCTCTAATAAAAAAATGTCACACTGTGAGTT
CATATACAAAAATTTAGGTATGCC

QA 1 804 1 804
DS 



CO CL25Contig3 919 10 11 U
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AGAGTTCAAAGACAGTTGAAGTAAATAAAACGCGAGAAGGCCATTCTCAACCATGTGGTT
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TTGCCCATTCACATGCCAAATTTTTTGCTAGCTGATTAAGAGCTCCTTTGGCTAGACCAT
AAATTGATCCAGATTCAAAGAATACAATCCCAGCAACAGACGAAATGAAGACGATGCTTC
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GAAACCCTTTCTTTTCCCATTCGCTTAAACTTTGATTGAGCAAAGTCTCGGATATGTCAC
ATACATGGATTTTAGCTCCAAAACCAGCCAACTCCTCTACTATGGCATACCCGATTCCTC
TGCCTCCACCAGTTACTAGAGCAGTCATTCCTTGAAGACTCCATCTTTTATCCATTTTGT
GTGTGTTATGCATGTCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 35 50 50 50 
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50 35 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

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CC

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CC

QA 1 482 1 482
DS 

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TCTCTCTCGGGTCGAGAAGTTACATCAC

QA 1 688 1 688
DS 

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AGAGTTCAAAGACAGTTGAAGTAAATAAAACGCGAGAAGGCCATTCTCAACCATGTGGTT
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AAGACGCTGCAGGTAGACACAAGAAGACCACCATTGATGCAACTTCATTTGGCTCTCCAG
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TTGCCCATTCACATGCCAAATTTTTTGCTAG**************CTTTGGCTGGACCAT
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CATAGCCTGAAGCCTTTAGCAGAGGATGTGAAAGCTGGCAAAAATGGAAAGCAGCTTCCA
AGTTTGTTTTGATATGGAAATCAAAATCGTCTGCATCATATTCTGTCGTTGGCTTTGAAC
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TTTGCATCAAAGTTTCTCTCTCGGGTCGAGAAGTTACATCACAGACTGAACCACTCACTT
GAAACCCTTTCTTTTCCCATTCGCTTAAACTTTGATTGAGC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3C577JQ 787 0 0
C
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CGTTAACGGTGAGGCCTCCATCAACGCAAATTGTTTGACCAGTTATATAAGACGCTGCAG
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GAGTTCTACCCAAAAATCCCTCCTTGAAAGTGACGTCATCAAGATATGGTTGAGCCATTG
AAGTCTTGATAACATTAGGAGCAACAGCGTTTGCTCTTATACCATCTTTTGCCCATTCAC
ATGCCAAATTTTTTGCTAGCTGATTAAAAGCTCCTTTGGCTAGACCATAAATTGATCCAG
ATTCAAAGAATACAATCCCAGCAACAGACGAAATGAAGACGATGCTTCCATAGCCTGAAG
CCTTTAGCAGAGGATGTGAAAGCTGGCAAAAATGGAAAGCAGCTTCCAAGTTTGTTTTGA
TATGGAAATCAAAATCGTCTGCATCATATTCTGTCGTTGGCTTTGAACGAAGTCCACCCA
CATTGTTCACGAAAATATTGAGCTTGCCATTGAACAGAGAGGAGACAGTTTGCATCAAAG
TTTCTCTCTCGGGTCGAGAAGTTACATCACAGACTGAACCACTCACTTGAAACCCTTTCT
TTTCCCATTCGCTTAAACTTTGATTGAGCAAAGTCTCGGATATGTCACATACATGGATTT
TAGCTC

QA 2 787 2 787
DS 

RD RR3H196TF 789 0 0
ACCGTTAACGGTGAGGCCTCCATCAACGCAAATTGTTTGACCAGTTATATAAGACGCTGC
AGGTAGACACAAGAAGACCACCATTGATGCAACTTCATTTGGCTCTCCAGCACGACCAAG
TGGAGTTCTACCCAAAAATCCCTCCTTGAAAGTGACGTCATCAAGATATGGTTGAGCCAT
TGAAGTCTTGATAACATTAGGAGCAACAGCGTTTGCTCTTATAC*ATCTTTTGCCCATTC
ACATGCCAAATTTTTTGCTAGCTGATTAAGAGCTCCTTTGGCTAGACCATAAATTGATCC
AGATTCAAAGAATACAATCCCAGCAACAGACGAAATGAAGACGATGCTTCCATAGCCTGA
AGCCTTTAGCAGAGGATGTGAAAGCTGGCAAAAATGGAAAGCAGCTTCCAAGTTTGTTTT
GATATGGAAATCAAAATCGTCTGCATCATATTCTGTCGTTGGCTTTGAACGAAGTCCACC
CACATTGTTCACGAAAATATTGAGCTTGCCATTGAACAGAGAGGAGACAGTTTGCATCAA
AGTTTCTCTCTCGGGTCGAGAAGTTACATCACAGACTGAACCACTCACTTGAAACCCTTT
CTTTTCCCATTCGCTTAAACTTTGATTGAGCAAAGTCTCGGATATGTCACATACATGGAT
TTTAGCTCCAAAACCAGCCAACTCCTCTACTATGGCATACCCGATTCCTCTGCCTCCACC
AGTTACTAGAGCAGTCATTCCTTGAAGACTCCATCTTTTATCCATTTTGTGTGTGTTATG
CATGTCCCT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3E991TF 288 0 0
TTGAGCTTGCCATTGAACAGAGAGGAGACAGTT*GCATCAAAGTTTCTCTCTCGGGTCGA
GAAGTTACATCACAGACTGAACCACTCACTTGAAACCCTTTCTTTTCCCATTCGCTTAAA
CTTTGATTGAGCAAAGTCTCGGATATGTCACATACATGGATTTTAGCTCCAAAACCAGCC
AACTCCTCTACTATGGCATACCCGATTCCTCTGCCTCCACCAGTTACTAGAGCAGTCATT
CCTTGAAGACTCCATCTTTTATCCATTTTGTGTGTGTTATGCATGTCC

QA 1 288 1 288
DS 

RD RR3D195TF 743 0 0
TTATATAAGACGCTGCAGGTAGACACAAGAAGACCACCATTGATGCAACTTAATTTGGCT
CTCCAGCACGACCAAGCGGAGTTCTACCCAAAATTCCCTC*TTGAAAGTGACGTCATCAA
GATATGGTTGAGCCATTGAAGTCTTGATAACATTAGGAGCAACAGCGTTTGCTCTTATAC
CATCTTTTGCCCATTCACATGCCAAATTTTTTGCTAGCTGATTCAGAGCTCCTTTGGCTA
GACCATAAATTGATCCAGATTCAAAGAATACAATCCCAGCAACAGACGAAATGAAGACGA
TGCTTCCATAGCCTGAAGCCTTTAGCAGAGGATGTGAAAGCTGGCAAAAATGGAAAGCAG
CTTCCAAGTTTGTTTTGATATGGAAATCAAAATCGTCTGCATCATATTCTGCCGTTGGCT
TTGAACGAAGTCCGCCCACATTGTTCACGAAAATATTGAGCTTGCCATTGAACAGGGAGG
AGACAGTTTGCATCAAAGTTTCTCTCTCGGGTCGAGAAGTTACATCACAGACTGAACCAC
TCACTTGAAACCCTTTCTTTTCCCATTCGCTTAAACTTTGATTGAGCAAAGTCTCGGATA
TGTCACATACATGGATTTTAGCTCCAAAACCAGCCAACTCCTCTACTATGGCATACCCGA
TTCCTCTGCCTCCACCAGTTACTAGAGCAGTCATTCCTTGAAGACTCCATCTTTTATCCA
TTTTGTGTGTGTTATGCATGTCC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 2 18

CO CL26Contig1 831 10 15 U
CAAACAAACATATTTTTTATAAATGCTATCCAAGTAACCAAACACACCAAATTTTTTTAA
TACTCTTATCCAAGTATCCAAACACACCGAAATTGTACTTCAGCTTTAATAAGATAGATA
GATGTTCTCCTTGGATTTGATGTTTGCTCAATATGACTACAACTCTGTGAAACGTCATGA
ATCTTTGAACATATTCTTGTAATGTGAGACTGATACCAGAATCTTCTTGATGCTGCGTTC
TAGGAGATTGAGGAATATATAAATGTGGGAATTTTTCACATTTTATTTGCCAAGAACTAT
ATGATTACATGTATAAAGTATAAGATCAGGAGATTAATATTAGAATCATCCAATTGATTT
GTTCATAATGCGTTTGCTCTTTAAGGACATCCACTTATTCTTATAGCTCCATGACCGTTG
ATACATAGTCCTCTTTTCAGTTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAAAGGGACAC
CCAGATCAACATTACATTTAGAAGGTAGTTGTTTGGAATTGTCATCGTTGATTCCAGGGA
TTGTGTTAGACACACTCTTCAAGCATTGACAAGCTGTTTGCCTATCTGCCTTCCCAGGCG
CAGCGGCTTTTAGACTGCTAAGCCCGCCACAACACTGTTGAGAGGGGTTTCCTCCAGATC
TTAGATAAGACAAACATGGTGCTAAGAACATGTTTACCTGCGAACATGATATAGCTTCTC
CCTCATGATACGCAATCACCGTTAAAAGTATGACGACAAACATTAACATGTTCCTTGTTT
TAGAAGTAATGTTCCTCATCTTTTTACTTGAAAACTGTGTGTTTTTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 35 35 35 35 30 30 30 30 10 

AF RR3D857JQ U 1
AF RR3GY13TF C 498
AF RR3D857TF C 68
AF RR3BR36JQ U 108
AF RR3BR36TF C 134
AF RR3CF37TF C 261
AF RR3F695JQ U 264
AF RR3EY10JQ U 267
AF RR3EY10TF C 267
AF RR3CF37JQ U 462
BS 1 212 RR3D857JQ
BS 213 213 RR3BR36JQ
BS 214 218 RR3D857JQ
BS 219 219 RR3BR36JQ
BS 220 342 RR3D857JQ
BS 343 343 RR3BR36JQ
BS 344 354 RR3D857JQ
BS 355 355 RR3BR36JQ
BS 356 499 RR3D857JQ
BS 500 559 RR3BR36JQ
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BS 591 591 RR3F695JQ
BS 592 830 RR3BR36JQ
BS 831 831 RR3CF37JQ

RD RR3D857JQ 499 0 0
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TACTCTTATCCAAGTATCCAAACACACCGAAATTGTACTTCAGCTTTAATAAGATAGATA
GATGTTCTCCTTGGATTTGATGTTTGCTCAATATGACTACAACTCTGTGAAACGTCATGA
ATCTTTGAACATATTCTTGTAATGTGAGACTGTTACCAAAATCTTCTTGATGCTGCGTTC
TAGGAGATTGAGGAATATATAAATGTGGGAATTTTTCACATTTTATTTGCCAAGAACTAT
ATGATTACATGTATAAAGTATAAGATCAGGAGATTAATATTAAAATCATCCAATCGATTT
GTTCATAATGCGTTTGCTCTTTAAGGACATCCACTTATTCTTATAGCTCCATGACCGTTG
ATACATAGTCCTCTTTTCAGTTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAAAGGGACAC
CCAGATCAACATTACATTT

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR3GY13TF 273 0 0
TTAGAAGGTAGTTGTTTGGAATTGTCATCGTTGATTCCAGGGATTGTGTTAGACACACTC
TTCAAGCATTGACAAGCTGTTTGCCTATCTGCCTTCCCAGGCGCAGCGGCTTTTAGACTG
CTAAGCCCGCCACAACACTGTTGAGAGGGGTTTCCTCCAGATCTTAGATAAGACAAACAT
GGTGCTAAGAACATGTTTACCTGCGAACATGATATAGCTTCTCCCTCATGATACGCAATC
ACCGTTAAAAGTATGACGACAAACATTAACAT
C

QA 1 272 1 272
DS 

RD RR3D857TF 761 0 0
ATCCAAGTATCCAAACACAC*GAAATTGTACT*CAGCTTTA*TAAGATAGATAGATGT*C
TC*TTGGATTTGATGTT*GCTCAATATGACTACAACTCTGTGAAACGTCATGAATCTTTG
AACATATTCTTGTAATGTGAGACTGTTACCAGAATCTTCTTGATGCTGCGTTCTAGGAGA
TTGAGGAATATATAAATGTGGGAATTTTTCACATTTTATTTGCCAAGAACTATATGATTA
CATGTATAAAGTATAAGATCAGGAGATTAATATTAGAATCATCCAATCGATTTGTTCATA
ATGCGTTTGCTCTTTAAGGACATCCACTTATTCTTATAGCTCCATGACCGTTGATACATA
GTCCTCTTTTCAGTTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAAAGGGACACCCAGATC
AACATTACATTTAGAAGGTAGTTGTTTGGAATTGTCATCGTTGATTCCAGGGATTGTGTT
AGACACACTCTTCAAGCATTGACAAGCTGTTTGCCTATCTGCCTTCCCAGGCGCAGCGGC
TTTTAGACTGCTAAGCCCGCCACAACACTGTTGAGAGGGGTTTCCTCCAGATCTTAGATA
AGACAAACATGGTGCTAAGAACATGTTTACCTGCGAACATGATATAGGTTCTCCCTCGTG
ATACACAATCACCATTAAAAGTATGACGACAAACATTAACATGTTCCTTGTTTTAGAAGT
AATGTTCCTCATCTTTTTACTTGAAAACTGTGTGTTTTT
CC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3BR36JQ 723 0 0
A
ATAAGATAGATAGATGTTCTCCTTGGATTTGATGTTTGCTCAATATGACTACAACTCTGT
GAAACGTCATGAATCTTTGAACATATTCTTGTAATGTGAGACTGATACCAGAATCTTTTT
GATGCTGCGTTCTAGGAGATTGAGGAATATATAAATGTGGGAATTTTTCACATTTTATTT
GCCAAGAACTATATGATTACATGTATAAAGTATAAGATCAGGAGATTAATATTAGAATCA
TCCAATTGATTTGTTCATAATGCGTTTGCTCTTTAAGGACATCCACTTATTCTTATAGCT
CCATGACCGTTGATACATAGTCCTCTTTTCAGTTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAG
AGAAAGGGACACCCAGATCAACATTACATTTAGAAGGTAGTTGTTTGGAATTGTCATCGT
TGATTCCAGGGATTGTGTTAGACACACTCTTTAAGCATTGACAAGCTGTTTGCCTATCTG
CCCTCCCAGGCGCAGCGGCTTTTAGACTGCTAAGCCCGCCACAACACTGTTGAGAGGGGT
TTCCTCCAGATCTTAGATAAGACAAACATGGTGCTAAGAACATGTTTACCTGCGAACATG
ATATAGCTTCTCCCTCATGATACGCAATCACCGTTAAAAGTATGACGACAAACATTAACA
TGTTCCTTGTTTTAGAAGTAATGTTCCTCATCTTTTTACTTGAAAACTGTGTGTTTTTGA
TC

QA 2 723 2 723
DS 

RD RR3BR36TF 697 0 0
GATTTGATGTTTGCTCAATATGACTACAACTCTGTGAAACGTCATGAATCTTTGAACATA
TTCTTGTAATGTGAGACTGATACCAGAATCTTTTTGATGCTGCGTTCTAGGAGATTGAGG
AATATATAAATGTGGGAATTTTTCACATTTTATTTGCCAAGAACTATATGATTACATGTA
TAAAGTATAAGATCAGGAGATTAATATTAGAATCATCCAATTGATTTGTTCATAATGCGT
TTGCTCTTTAAGGACATCCACTTATTCTTATAGCTCCATGACCGTTGATACATAGTCCTC
TTTTCAGTTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAAAGGGACACCCAGATCAACATT
ACATTTAGAAGGTAGTTGTTTGGAATTGTCATCGTTGATTCCAGGGATTGTGTTAGACAC
ACTCTTTAAGCATTGACAAGCTGTTTGCCTATCTGCCCTCCCAGGCGCAGCGGCTTTTAG
ACTGCTAAGCCCGCCACAACACTGTTGAGAGGGGTTTCCTCCAGATCTTAGATAAGACAA
ACATGGTGCTAAGAACATGTTTACCTGCGAACATGATATAGCTTCTCCCTCATGATACGC
AATCACCGTTAAAAGTATGACGACAAACATTAACATGTTCCTTGTTTTAGAAGTAATGTT
CCTCATCTTTTTACTTGAAAACTGTGTGTTTTTGATC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3CF37TF 571 0 0
AAATGTGGGAATTTTTCACATTTTATTTGCCAAGAACTATATGATTACATGTATAAAGTA
TAAGATCAGGAGATTAATATTAGAATCATCCAATTGATTTGTTCATAATGCGTTTGCTCT
TTAAGGACATCCACTTATTCTTATAGCTCCATGACCGTTGATACATAGTCCTCTTTTCAG
TTTATGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAAAGGGACACCCAGATCAACATTACATTTA
GAAGGTAGTTGTTTGGAATTGTCATCGTTGATTCCAGGGATTGTGTTAGACACACTCTTC
AAGCATTGACAAGCTGTTTGCCTATCTGCCTTCCCAGGCGCAGCGGCTTTTAGACTGCTA
AGCCCGCCACAACACTGTTGAGAGGGGTTTCCTCCAGATCTTAGATAAGACAAACATGGT
GCTAAGAACATGTTTACCTGCGAACATGATATAGCTTCTCCCTCATGATACGCAATCACC
GTTAAAAGTATGACGACAAACATTAACATGTTCCTTGTTTTAGAAGTAATGTTCCTCATC
TTTTTACTTGAAAACTGTGTGTTTTTGATC
C

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3F695JQ 561 0 0
C
GTGGGAATTTTTCACATTTTATTTGCCAAGAACTATATGATTACATGTATAAAGTATAAG
ATCAGGAGATTAATATTAGAATCATCCAATTGATTTGTTCATAATGCGTTTGCTCTTTAA
GGACATCCACTTATTCTTATAGCTCCATGACCGTTGATACATAGTCCTCTTTTCAGTTTA
TGCTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAAAGGGACACCCAGATCAACATTACATTTAGAAG
GTAGTTGTTTGGAATTGTCATCGTTGATTCCAGGGATTGTGTTAGACACACTCTTCAAGC
ATTGACAAGCTGTTTGCCTATCTGCCTTCCCAGGCGTAGCGGCTTTTAAACTGCTAAGCC
CGCCACAACACTGTTGAGAGGGGTTTCCTCCAGATCTTAAATAAGACAAACATGGTGCTA
AGAACATGTTTACCTGCGAACATGATATAGCTTCTCCCTCATGATACGCAATCACCGTTA
AAAGTATGACGACAAACATTAACATGTTCCTTGTTTTAGAAGTAATGTTCCTCATCTTTT
TACTTGAAAACTGTGTGT
CC

QA 2 559 2 559
DS 

RD RR3EY10JQ 553 0 0
GGGAATTTTTCACATTTTATTTGCCAAGAACTATATGATTACATGTATAAAGTATAAGAT
CAGGAGATTAATATTAGAATCATCCAATTGATTTGTTCATAATGCGTTTGCTCTTTAAGG
ACATCCACTTATTCTTATAGCTCCATGACCGTTGATACATAGTCCTCTTTTCAGTTTATG
CTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAAAGGGACACCCAGATCAACATTACATTTAGAAGGT
AGTTGTTTGGAATTGTCATCGTTGATTCCAGGGATTGTGTTAGACACACTCTTCAAGCAT
TGACAAGCTGTTTGCCTATCTGCCTTCCCAGGCGCAGCGGCTTTTAGACTGCTAAGCCCG
CCACAACACTGTTGAGAGGGGTTTCCTCCAGATCTTAGATAAGACAAACATGGTGCTAAG
AACATGTTTACCTGCGAACACGATATAGCTTCTCCCTCATGATACGCAATCACCGTTAAA
AGTATGACGACAAACATTAACATGTTCCTTGTTTTAGAAGTAATGTTCCTCATCTTTTTA
CTTGAAAACTGTG

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3EY10TF 553 0 0
GGGAATTTTTCACATTTTATTTGCCAAGAACTATATGATTACATGTATAAAGTATAAGAT
CAGGAGATTAATATTAGAATCATCCAATTGATTTGTTCATAATGCGTTTGCTCTTTAAGG
ACATCCACTTATTCTTATAGCTCCATGACCGTTGATACATAGTCCTCTTTTCAGTTTATG
CTGTTACAGTCCACGCTCTTAGAGAAAGGGACACCCAGATCAACATTACATTTAGAAGGT
AGTTGTTTGGAATTGTCATCGTTGATTCCAGGGATTGTGTTAGACACACTCTTCAAGCAT
TGACAAGCTGTTTGCCTATCTGCCTTCCCAGGCGCAGCGGCTTTTAGACTGCTAAGCCCG
CCACAACACTGTTGAGAGGGGTTTCCTCCAGATCTTAGATAAGACAAACATGGTGCTAAG
AACATGTTTACCTGCGAACACGATATAGCTTCTCCCTCATGATACGCAATCACCGTTAAA
AGTATGACGACAAACATTAACATGTTCCTTGTTTTAGAAGTAATGTTCCTCATCTTTTTA
CTTGAAAACTGTG

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3CF37JQ 370 0 0
CTCTTAGAGAAAGGGACACCCAGATCAACATTACATTTAGAAGGTAGTTGTTTGGAATTG
TCATCGTTGATTCCAGGGATTGTGTTAGACACACTCTTCAAGCATTGACAAGCTGTTTGC
CTATCTGCCTTCCCAGGCGCAGCGGCTTTTAGACTGCTAAGCCCGCCACAACACTGTTGA
GAGGGGTTTCCTCCAGATCTTAGATAAGACAAACATGGTGCTAAGAACATGTTTACCTGC
GAACATGATATAGCTTCTCCCTCATGATACGCAATCACCGTTAAAAGTATGACGACAAAC
ATTAACATGTTCCTTGTTTTAGAAGTAATGTTCCTCATCTTTTTACTTGAAAACTGTGTG
TTTTTGATCC

QA 1 370 1 370
DS 



CO CL26Contig2 576 8 9 U
GGATCAAAAACACACAAAGTTTTCAAGTAAAAGATGAGGAACATTACTTCTAAAACACGG
AACATGTTAATGTTTGTCGTCACACTTTTAACGGTGATTGCGTATCACGAGGGAGAAGCT
ATATCATGTTCGCAGGTAAACATGTTCTTAGCACCATGTTTGTCTTATCTAAGATCTGGA
GGAAACCCCTCTCAACAGTGCTGTGGCGGGCTTAGCAGTCTAAAAGCCGCTGCGCCTGGG
AAGCCAGATAGACAAACAGCTTGTCAATGCTTGAAGAGTGTATCTAACACAATCCCTGGA
ATCAACGATGACAATTCCAAACAGCTACCTTCTAAATGTGGTGTTGATTTAGGGGTCCCT
TTCTCTAAGAGCGTGGACTGTAACAGCATAAACTGAAAAGAGGACTATGTATCAACGGTC
ATGCAGCTATAATAATAAGTGGATGTCCTTAAAGAGCAAACGCATTATGAACAGATCAAT
TGGATAATTCTAATATTAATCTTCTGATCTTATACTTTATACATGTAATCATATAGTTCT
TGGTAAATAAAGTGTGAAAATTCCCACTTTTACATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 

AF RR3G938JQ C 186
AF RR3F006TF U 8
AF RR3G938TF U 1
AF RR3F006JQ C 8
AF RR3GX42JQ C 165
AF RR3BZ10TF U 249
AF RR3E342JQ C 302
AF RR3E342TF U 302
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BS 481 481 RR3F006TF
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AGATAGACAAACAGCTTGTCAATGCTTGAAGAGTGTATCTAACACAATCCCTGGAATCAA
CGATGACAATTCCAAACAGCTACCTTCTAAATGTGGTGTTGATTTAGGG*TCCCTTTCTC
TAAGAGCGTGGACTGTAACAGCATAAACTGAAAAGAGGACTATGTATCAACGGTCATGCA
GCTATAATAATAAGTGGATGTCCTTAAAGAGCAAACGCATTATGAACAGATCAATAGGAT
AATTCTAATATTAATCTT

QA 1 318 1 318
DS 

RD RR3F006TF 524 0 0
AGGG
ACACAAAGTTTTCAAGTAAAAGATGAGGAACATTACTTCTAAAACACGGAACATGTTAAT
GTTTGTCGTCACACTTTTAACGGTGATTGCGTATCACGAGGGAGAAGCTATATCATGTTC
GCAGGTAAACATGTTCTTAGCACCATGTTTGTCTTATCTAAGATCTGGAGGAAACCCCTC
TCAACAGCGCTGTGGCGGGCTTAGCAGTCTAAAAGCCGCTGCGCCTGGGAAGCCAGATAG
ACAAACAGCTTGTCAATGCTTGAAGAGTGTATCTAACACAATCCCTGGAATCAACGATGA
CAATTCCAAACAGCTACCTTCTAAATGTGGTGTTGATTTAGGGGTCCCTTTCTCTAAGAG
CGTGGACTGTAACAGCATAAACTGAAAAGAGGACTATGTATCATCGGTCATGCAGCTATA
ATAATAAGTGGATGTCCTTAAAGAGCAAACGCATTATGAACAGATCAATTGGATAATTCT
AATATTAATCTTCTGATCTTATACTTTATACATGTAATCA

QA 5 524 5 524
DS 

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AACATGTTAATGTTTGTCGTCACACTTTTAACGGTGATTGCGTATCACGAGGGAGAAGCT
ATATCATGTTCGCAGGTAAACATGTTCTTAGCACCATGTTTGTCTTATCTAAGATCTGGA
GGAAACCCCTCTCAACAGTGCTGTGGCGGGCTTAGCAGTCTAAAAGCCGCTGCGCCTGGG
AAGCCAGATAGACAAACAGCTTGTCAATGCTTGAAGAGTGTATCTAACACAATCCCTGGA
ATCAACGATGACAATTCCAAACAGCTACCTTCTAAATGTGGTGTTGATTTAGGG*TCCCT
TTCTCTAAGAGCGTGGACTGTAACAGCATAAACTGAAAAGAGGACTATGTATCAACGGTC
ATGCAGCTATAATAATAAGTGGATGTCCTTAAAGAGCAAACGCATTATGAACAGATCAAT
AGGATAATTCTAATATTAATCTTCTGATCTTATATTTTATACATGTAATCATATAGTTCT
TGGTAAATAAAGTGTGAAAATTCCC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3F006JQ 564 0 0
AGGG
ACACAAAGTTTTCAAGTAAAAGATGAGGAACATTACTTTTAAAACACGGAACATGTTAAT
GTTTGTCGTCACACTTTTAACGGTGATTGCGTATCACGAGGGAGAAGCTATATCATGTTC
GCAGGTAAACATGTTTTTAGCACCATGTTTGTTTTATTTAAGATTTGGAGGAAACCCCTT
TCAACAGCGCTGTGGCGGGCTTAGCAGTTTAAAAGCCGCTGCGCCTGGGAAGCCAGATAG
ACAAACAGCTTGTCAATGCTTGAAGAGTGTATTTAACACAATCCCTGGAATCAACGATGA
CAATTCCAAACAGCTACCTTTTAAATGTGGTGTTGATTTAGGGGTCCCTTTCTTTAAGAG
CGTGGACTGTAACAGCATAAACTGAAAAGAGGACTATGTATCAACGGTCATGCAGCTATA
ATAATAAGTGGATGTCCTTAAAGAGCAAACGCATTATGAACAGATCAATTGGATAATTCT
AATATTAATCTTCTGATCTTATACTTTATACATGTAATCATATAGTTCTTGGTAAATAAA
GTGTGAAAATTCCCACTTTT

QA 5 564 5 564
DS 

RD RR3GX42JQ 412 0 0
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AGCCGCTGCGCCTGGGAAGCCAGATAGACAAACAGCTTGTCAATGCTTGAAGAGTGTATC
TAACACAATCCCTGGAATCAACGATGACAATTCCAAACAGCTACCTTCTAAATGTGGTGT
TGATTTAGGGGTCCCTTTCTCTAAGAGCGTGGACTGTAACAGCATAAACTGAAAAGAGGA
CTATGTATCAACGGTCATGCAGCTATAATAATAAGTGGATGTCCTTAAAGAGCAAACGCA
TTATGAACAGATCAATTGGATAATTCTAATATTAATCTCCTGATCTTATACTTTATACAT
GTAATCATATAGTTCTTGGTAAATAAAGTGTGAAAATTCCCACTTTT
ACATT

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DS 

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G
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GACAATTCCAAACAGCTACCTTCTAAATGTGGTGTTGATTTAGGGGTCCCTTTCTCTAAG
AGCGTGGACTGTAACAGCATAAACTGAAAAGAGGACTATGTATCAACGGTCATGCAGCTA
TAATAATAAGTGGATGTCCTTAAAGAGCAAACGCATTATGAACAGATCAATTGGATAATT
CTAATATTAATCTTCTGATCTTATACTTTATACATGTAATCATATAGTTCTTGGTAAATA
AAGTGTGAAAATTCCCACTTTT

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DS 

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G
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GCAGCTATAATAATAAGTGGATGTCCTTAAAGAGCAAACGCATTATGAACAGATCAATTG
GATAATTCTAATATTAATCTTCTGATCTTATACTTTATACATGTAATCATATAGTTCTTG
GTAAATAAAGTGTGAAAATTCCCACTTTTACATT

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DS 

RD RR3E342TF 275 0 0
G
CAACGATGACAATTCCAAACAGCTACCTTCTAAATGTGGTGTTGATTTAGGGGTCCCTTT
CTCTAAGAGCGTGGACTGTAACAGCATAAACTGAAAAGAGGACTATGTATCAACGGTCAT
GCAGCTATAATAATAAGTGGATGTCCTTAAAGAGCAAACGCATTATGAACAGATCAATTG
GATAATTCTAATATTAATCTTCTGATCTTATACTTTATACATGTAATCATATAGTTCTTG
GTAAATAAAGTGTGAAAATTCCCACTTTT
ACATT

QA 2 270 2 270
DS 



AS 3 18

CO CL27Contig1 1066 6 15 U
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AAGATCTGCGTGAAATCAAATCGGCGAAAAGATGACGGAGGAGCACAAACACGAAGAAGA
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CGGAAGGGAGAAGCCTGTTCACAAAGTCCTCGGCGGTGGAAAACCTGCTGATATATTCAT
GTGGAAGAACAAGAAGATGTCTGGTGGTGTTCTCGGTGGTGCGACAGCTGGGTGGGTTCT
GTTTGAGTTGATGGAGTATCATCTTCTCACTTTGATGTGTCATGTGATGATTGTTGTTCT
TGCGGTTCTGTTTCTCTGGTCTAATGCCACCGTGTTTATTCACAAGTCACCACCGAAGAT
TCCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTGTTCTTCAGCTTGCGTCTGGGCTCAGGATAGA
GATAAACCGTGGGTTCTCTTCTCTTCGTGAGATTGCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTT
CATCTCCGCTGTTGCTGGCTTGTGGGTTCTTTCAATCTTGGGAGGATGGTTCAATTTCTT
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CGAAGACAAAGTGGATCCATTAGGTGAGAAAGCAATGATAGAGATCAAGAAGCAGTACGC
GGTGTTGGACGAGAAGGTGTTGAGCAAGATCCCGTTGGGCCCGTTGAAGAACAAGAAGAG
AGATTAGTAGGTTCTCTACGAAATGGTAATACGTTGTTAGTTTAAAAAGGGTGTTGTTGA
AATTGTGTCAGGATCTGTGTGTTACTACATCTTTTTAGTATGTTTATTTGATTCAGGTGG
ATTGTTGTAAGAAGTTTTAGACTTAATACAGTATCTTACTACCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 5 40 40 5 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 5 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 15 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 5 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F074TF U 1
AF RR3GC62TF U 32
AF RR3FK55TF U 33
AF RR3BK92TF U 198
AF RR3H309TF U 156
AF RR3H309JQ C 307
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RD RR3F074TF 752 0 0
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AAGATCTGCGTGAAATCAAATCGGCGAAAAGATGACGGAGGAGCACAAACACGAAGAAGA
ACCCTTGACCGCGTCGGAGCCAGCGGTGGAGATTTCTGAGAGGGGATCGTTGATGGACAA
GATATCGGAGAAGATCCACCACGGCTGCGATTCGTCGTCGTCTTCTTCATCCTCAGACGA
CGAGGACGATAAGAAGAAGAAGAAACCGTCTTCGATGGAATCGAAAGTCTACCGCTTGTT
CGGAAGGGAGAAGCCTGTTCACAAAGTCCTCGGCGGTGGAAAACCTGCTGATATATTCAT
GTGGAAGAACAAGAAGATGTCTGGTGGTGTTCTCGGTGGTGCGACAGCTGGGTGGGTTCT
GTTTGAGTTGATGGAGTATCATCTTCTCACTTTGATGTGTCATGTGATGATTGTTGTTCT
TGCGGTTCTGTTTCTCTGGTCTAATGCCACCGTGTTTATTCACAAGTCACCACCGAAGAT
TCCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTGTTCTTCAGCTTGCGTCTGGGCTCAGGATAGA
GATAAACCGTGGGTTCTCTTCTCTTCGTGAGATTGCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTT
CATCTCCGCTGTTGCTGGCTTGTGGGTTCTTTCA*TCTTGTGAGGATGGTTCAATTTCTT
GACACTGGCATACATA*CTCTTGTGCTGCTCT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3GC62TF 722 0 0
GCCGTC
GTTCAATCAAATCGGAAAGTTAAAAGATCTGCGTGAAATCAAATCGGCGAAAAGATGACG
GAGGAGCACAAACACGAAGAAGAACCCTTGACCGCGTCGGAGCCAGCGGTGGAGATTTCT
GAGAGGGGATCGTTGATGGACAAGATATCGGAGAAGATCCACCACGGCGGCGATTCGTCG
TCGTCTTCTTCATCCTCAGACGACGAGGACGATAAGAAGAAGAAGAAACCGTCTTCGATG
GAATCGAAAGTCTACCGCTTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTTCACAAAGTCCTCGGCGGT
GGAAAACCTGCTGATATATTCATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCTGGTGGTGTTCTCGGT
GGTGCGACAGCTGGGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTATCATCTTCTCACTTTGATG
TGTCATGTGATGATTGTTGTTCTTGCGGTTCTGTTTCTCTGGTCTAATGCCACCGTGTTT
ATTCACAAGTCACCACCGAAGATTCCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTGTTCTTCAG
CTTGCGTCTGGGCTCAGGATAGAGATAAACCGTGGGTTCTCTTCTCTTCGTGAGATTGCA
TCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTTCATCTCCGCTGTTGCTGGCTTGTGGGTTCTTTCAATC
TTGGGAGGATGGTTCAATTTCTTGACACTGGCATACATAGCTCTTGTGCTGCTCTT

QA 7 722 7 722
DS 

RD RR3FK55TF 762 0 0
GGGTC
GTTCAATCAAATCGGAAAGTTAAAAGATCTGCGTGAAATCAAATCGGCGAAAAGATGACG
GAGGAGCACAAACACGAAGAAGAACCCTTGACCGCGTCGGAGCCAGCGGTGGAGATTTCT
GAGAGGGGATCGTTGATGGACAAGATATCGGAGAAGATCCACCACGGCGGCGATTCGTCG
TCGTCTTCTTCATCCTCAGACGACGAGGACGATAAGAAGAAGAAGAAACCGTCTTCGATG
GAATCGAAAGTCTACCGCTTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTTCACAAAGTCCTCGGCGGT
GGAAAACCTGCTGATATATTCATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCTGGTGGTGTTCTCGGT
GGTGCGACAGCTGGGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTATCATCTTCTCACTTTGATG
TGTCATGTGATGATTGTTGTTCTTGCGGTTCTGTTTCTCTGGTCTAATGCCACCGTGTTT
ATTCACAAGTCACCACCGAAGATTCCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTGTTCTTCAG
CTTGCGTCTGGGCTCAGGATAGAGATAAACCGTGGGTTCTCTTCTCTTCGTGAGATTGCA
TCTGGAAGGGGTCTCAAGAAGTTCATCTCCGCTGTTGCTGGCTTGTGGGTTCTTTCAATC
TTGGGAGGATGGTTCAATTTCTTGACACTGGCATACATAGCTCTTGTGCTGCTCTTCACG
GTGCCTCTTGTCTACGACA
GTACGAGACAAGTGGATC

QA 6 744 6 744
DS 

RD RR3BK92TF 594 0 0
ACCACGGCGGCGATTCGTCGTCGTCTTCTTCATCCTCAGACGACGAGGACGATAAGAAGA
AGAAGAAACCGTCTTCGATGGAATCGAAAGTCTACCGCTTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTG
TTCACAAAGTCCTCGGCGGTGGAAAACCTGCTGATATATTCATGTGGAAGAACAAGAAGA
TGTCTGGTGGTGTTCTCGGTGGTGCGACAGCTGGGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGT
ATCATCTTCTCACTTTGATGTGTCATGTGATGATTGTTGTTCTTGCGGTTCTGTTTCTCT
GGTCTAATGCCACCGTGTTTATTCACAAGTCACCACCGAAGATTCCTGAAGTTCATATCC
CTGAGGAGCCTGTTCTTCAGCTTGCGTCTGGGCTCAGGATAGAGATAAACCGTGGGTTCT
CTTCTCTTCGTGAGATTGCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTTCATCTCCGCTGTTGCTG
GCTTGTGGGTTCTTTCA*TCTTGGGAGGATGGTTCAATTTCTTGACACTGGCATACATAG
CTCTTGTGCTGCTCTTCACGGTGCCTCTTGTCTACGACA
GTACGAGACAGAGTG

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3H309TF 641 0 0
GG
GAGAGGGGATCGTTGATGGACAAGATATCTGAGAAGATCCACCACGGCGGCGATTCGTCG
TCGTCCTCTTCATCCTCAGACGACGAAGACGATAAGAAGAAGAAGAAACCGTCTTCGATG
GAATCTAAAGTGTACCGCTTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTTCACAAAGTCCTCGGCGGT
GGAAAATCTGCTGATATATTCATGTGGAAGAACATGAAGATGTCTGGTGGTGTTCTCGGT
GGTGCTACGGCCGCGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTATCATCTTCTCACTTTGCTT
TGCCATGTGATGATTGTTGTTCTTGCGGTTCTGTTTCTCTGGTCTAATGCAACCGTGTTC
ATTCACAAGTCACCACCGAAGATTCCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTGTTCTCCAG
CTTGCGTCTGGGCTTAGGATAGAGATCAACCGTGGGTTCTCTTCTCTTCGTGAGATTGCA
TCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTTCATCTCTGCTGTTGCTGGCTTGTGGGTTCTATCAATC
TTGGGAGGATGGTTCAACTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTTGTTCTACTCTTCACG
GTGCCTATTGTCTACGACAAGTACGAAGACAAAGTGGAT

QA 3 641 3 641
DS 

RD RR3H309JQ 760 0 0
A
GAGAAGCCTGTTCACAAAGTCCTCGGCGGTGGAAAATCTGCTGATATATTCATGTGGAAG
AACATGAAGATGTCTGGTGGTGTTCTCGGTGGTGCTACGGCCGCGTGGGTTCTGTTTGAG
TTGATGGAGTATCATCTTCTCACTTTGCTTTGCCATGTGATGATTGTTGTTCTTGCGGTT
CTGTTTCTCTGGTCTAATGCAACCGTGTTCATTCACAAGTCACCACCGAAGATTCCTGAA
GTTCATATCCCTGAGGAGCCTGTTCTCCAGCTTGCGTCTGGGCTTAGGATAGAGATCAAC
CGTGGGTTCTCTTCTCTTCGTGAGATTGCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTTCATCTCT
GCTGTTGCTGGCTTGTGGGTTCTATCAATCTTGGGAGGATGGTTCAACTTCTTGACATTG
GCATACATAGCTCTTGTTCTACTCTTCACGGTGCCTATTGTCTACGACAAGTACGAAGAC
AAAGTGGATCCATTAGGTGAGAAAGCAATGATAGAGATCAAGAAGCAGTACGCGGTGTTG
GACGAGAAGGTGTTGAGCAAGATCCCGTTGGGCCCGTTGAAGAACAAGAAGAGAGATTAG
TAGGTTCTCTACGAAATGGTAATACGTTGTTAGTTTAAAAAGGGTGTTGTTGAAATTGTG
TCAGGATCTGTGTGTTACTACATCTTTTTAGTATGTTTATTTGATTCAGGTGGATTGTTG
TAAGAAGTTTTAGACTTAATACAGTATCTTACTACCCCT

QA 2 760 2 760
DS 



CO CL27Contig2 1042 6 16 U
GGGTTCAATCAAATCGGAAAGTTAAAAGATCTGCGCGAAATCGAATCGGCGAAAAAGATG
ACGGAGGAGCAGAAACACGAAGAAGAACCTTTGACCGCTTCGGAGCCAGCGGTGGAGATT
TCGGAGAGGGGATTGATGGACAAGATATCTGAGAAGATCCACCACGGCGGCGATTCGTCG
TCTTCTTCTTCATCCTCAGACGACGATGACGATAAGAAGAAGAAGAAACCGTCTTCCCCG
TTCTTCGATGCAATCGAAAGTTTACCGCTTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTTCACAAAGT
CCTCGGCGGTGGAAAACCTGCTGATATATTCATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCTGGTGG
TGTTCTCGGTGGTGCGACAGTTGCGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTACCATCTTCT
CACTTTGCTTTGCCATGTGATGATTGTTGTCCTTGCGGTTCTGTTTCTCTGGTCTAATGC
CACCGTGTTTATTCACAAGTCACCACCGAAGATTCCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCC
TGTTCTTCAGCTAGCGTCTGGGCTCAGGATAGAGATGAACCGTGGGTTCTCTTCTCTTCG
TGAGATTGCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTTCATCTCTGCTGTTGCTGGATTGTGGGT
TCTTTCAATCTTGGGAGGATGGTTCAATTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTTGTGCT
GCTCTTCACGGTGCCTCTTGTCTACGACAAGTACGAAGACAAAGTGGACCCATTAGGTGA
GAAAGCAATGATAGAGATCAAGAAGCAGTACGCGGTGTTGGACGAGAAGGTGTTGAGCAA
GATCCCGTTGGGCCCGTTGAAGAACAAGAAGAGAGATTAGTAGGGTTCTCTACGAAATGG
TAACTAATACGTTGTTAGTTAAAAAAGGCTGTTGTTGAAATGGTGTCAGAATCTGTGTGT
TACTACATCTTTTTTAGTATGTTTATTTGATTCAGGTGAATTGTTGTAAGAAGTTTTAGA
CTTAATACAGTATCTTACTACC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F875TF U 1
AF RR3G186TF U 1
AF RR3AE15TF U 2
AF RR3G186JQ C 746
AF RR3F875JQ C 513
AF RR3AE15JQ C 252
BS 1 184 RR3F875TF
BS 185 185 RR3G186TF
BS 186 236 RR3F875TF
BS 237 380 RR3G186TF
BS 381 381 RR3AE15TF
BS 382 450 RR3G186TF
BS 451 451 RR3AE15TF
BS 452 567 RR3G186TF
BS 568 568 RR3AE15TF
BS 569 587 RR3G186TF
BS 588 588 RR3AE15TF
BS 589 615 RR3G186TF
BS 616 768 RR3AE15TF
BS 769 808 RR3AE15JQ
BS 809 809 RR3G186JQ
BS 810 1042 RR3AE15JQ

RD RR3F875TF 245 0 0
GGGTTCAATCAAATCGGAAAGTTAAAAGATCTGCGCGAAATCGAATCGGCGAAAAAGATG
ACGGAGGAGCAGAAACACGAAGAAGAACCTTTGACCGCTTCGGAGCCAGCGGTGGAGATT
TCGGAGAGGGGATTGATGGACAAGATATCTGAGAAGATCCACCACGGCGGCGATTCGTCG
TCTTTTTCTTCATCCTCAGACGACGATGACGATAAGAAGAAGAAGAAACCGTCTTC
CCCGTCTTC

QA 1 236 1 236
DS 

RD RR3G186TF 615 0 0
GG
GTTCAATCAAATCGGAAAGTTAAAAGATCTGCGCGAAATCGAATCGGCGAAAAAGATGAC
GGAGGAGCAGAAACACGAAGAAGAACCTTTGACCGCTTCGGAGCCAGCGGTGGAGATTTC
GGAGAGGGGATTGATGGACAAGATATCTGAGAAGATCCACCACGGCGGCGATTCGTCGTC
TTCTTCTTCATCCTCAGACGACGATGACGATAAGAAGAAGAAGAAACCGTCTTCCCCGTT
CTTCGATGCAATCGAAAGTTTACCGCTTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTTCACAAAGTCC
TCGGCGGTGGAAAACCTGCTGATATATTCATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCTGGTGGTG
TTCTCGGTGGTGCGACAGCTGCGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTACCATCTTCTCA
CTTTGCTTTGCCATGTGATGATTGTTGTTCTTGCGGTTCTGTTTCTCTGGTCTAATGCCA
CCGTGTTTATTCACAAGTCACCACCGAAGATTCCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTG
TTCTTCAGCTAGCGTCTGGGCTCAG*ATAGAGATGAACCGTGGGTCCTCTTCTCTTCGTG
AGATTGCATCTGG

QA 3 615 3 615
DS 

RD RR3AE15TF 769 0 0
G
GTTCAATCAAATCGGAAAGTTAAAAGATCTGCGCGAAATCGAATCGGCGAAAAAGATGAC
GGAGGAGCAGAAACACGAAGAAGAACCTTTGACCGCTTCGGAGCCAGCGGTGGAGATTTC
GGAGAGGGGATTGATGGACAAGATATCTGAGAAGATCCACCACGGCGGCGATTCGTCGTC
TTCTTCTTCATCCTCAGACGACGATGACGATAAGAAGAAGAAGAAACCGTCTTCCCCGT*
CTTCGATGCAATCGAAAGTTTACCGCTTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTTCACAAAGTCC
TCGGCGGTGGAAAACCTGCTGATATATTCATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCTGGTGGTG
TTCTCGGTGGTGCGACAGTTGCGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTACCATCTTCTCA
CTTTGCTTTGCCATGTGATGATTGTTGTCCTTGCGGTTCTGTTTCTCTGGTCTAATGCCA
CCGTGTTTATTCACAAGTCACCACCGAAGATTCCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTG
TTCTTCAGCTAGCGTCTGGGCTCAGGATAGAGATGAACCGTGGGTTCTCTTCTCTTCGTG
AGATTGCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTTCATCTCTGCTGTTGCTGGATTGTGGGTTC
TTTCAATCTTGGGAGGATGGTTCAATTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTTGTGCTGC
TCTTCACGGTGCCTCTTGTCTACGACAAGTACGAAGACAAAGTGGA
CC

QA 2 767 2 767
DS 

RD RR3G186JQ 254 0 0
GACAAGTACGAAGACAAAGTGGACCCATTAGGTGAGAAAGCAATGATAGAGATCAAGAAG
CAGTACGCGGTGTTGGACGAGAAGGTGTTGAGCAAGATCCCGTTGGGCCCGTTGAAGAAC
AAGAAGAGAGATTAGTAGGGTTCTCTACGAAATGGTAACTAATACGTTGTTAGTTAAAAA
AGGCTGTTGTTGAAATGGTATCAGAATCTGTGTGTTACTACATCTTTTTTAGTATGTTTA
TTTGATTCAGGTGA

QA 1 254 1 254
DS 

RD RR3F875JQ 482 0 0
TTCCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTGTTCTTCAGCTAGCGTCTGGGCTCAGGATAG
AGATGAACCGTGGGTTCTCTTCTCTTCGTGAGATTGCATCTGGAAGGGATCTCAA**AGT
TCATCTCTGCTGTTGCTGGATTGTGGGTTCTTTCAATCTTGGGAGGATGGTTCAATTTCT
TGACATTGGCATACATAGCTCTTGTGCTGCTCTTCACGGTGCCTCTTGTCTACGACAAGT
ACGAATACAAAGTGGACCCATTAGGTGAGAAAGCAATGATAGAGATCAAGAAGCAGTACG
CGGTGTTGGACGAGAAGGTGTTGAGCAAGATCCCGTTGGGCCCGTTGAAGAACAAGAAGA
GAGATTAGTAGGGTTCTCTACGAAATGGTAACTAATACGTTGTTAGTTAAAAAAGGCTGT
TGTTGAAATGGTGTCAGAATCTGTGTGTTACTACATCTTTTTTAGTATGTTTATTTGATT
CA

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR3AE15JQ 791 0 0
AATCGAAAGTTTACCGCTTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTTCACAAAGTCCTCGGCGGTG
GAAAACCTGCTGATATATTCATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCTGGTGGTGTTCTCGGTG
GTGCGACAGTTGCGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTACCATCTTCTCACTTTGCTTT
GCCATGTGATGATTGTTGTCCTTGCGGTTCTGTTTCTCTGGTCTAATGCCACCGTGTTTA
TTCACAAGTCACCACCGAAGATTCCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTGTTCTTCAGC
TAGCGTCTGGGCTCAGGATAGAGATGAACCGTGGGTTCTCTTCTCTTCGTGAGATTGCAT
CTGGAAGGGATCTCAAGAAGTTCATCTCTGCTGTTGCTGGATTGTGGGTTCTTTCAATCT
TGGGAGGATGGTTCAATTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTTGTGCTGCTCTTCACGG
TGCCTCTTGTTTACGACAAGTACGAAGACAAAGTGGACCCATTAGGTGAGAAAGCAATGA
TAGAGATCAAGAAGCAGCACGCGGTGTTGGACGAGAAGGTGTTGAGCAAGATCCCGTTGG
GCCCGTTGAAGAACAAGAAGAGAGATTAGTAGGGTTCTCTACGAAATGGTAACTAATACG
TTGTTAGTTAAAAAAGGCTGTTGTTGAAATGGTGTCAGAATCTGTGTGTTACTACATCTT
TTTTAGTATGTTTATTTGATTCAGGTGAATTGTTGTAAGAAGTTTTAGACTTAATACAGT
ATCTTACTACC

QA 1 791 1 791
DS 



CO CL27Contig3 866 6 6 U
AAAACATAGACTAAACGTCATACTTACCAATAATTGGACTAACGTCAGACTGAATAAAGA
GGAGGTAGTAAGATACTGTTTTAAGTCTAAAACTTCTTACAACAATTCACCTGAATCAAA
TAAACATACTAAAAAGATGTAGTAACACACAGATTGTGACACCATTTCAACAACAGCCTT
TTTTAACTAACAACGTATTACCATTCCGTAGAGAACCTACTAATCTCTCTTCTTGTTCTT
CAACGGACCCAACGGGATCTTGCTCAACACCTTCTCGTCCAACACCGCGTACTGCTTCTT
GATCTCTATCATTGCTTTCTCACCTAATGGATCCACTTTGTCTTCGTACTTGTCGTAGAC
AAGAGG*CACCGTGAAGAGCAGCACAAGAGCTATGTATGCCAGTGTCAAGAAA*TTGAAC
CATCCTCCCAAGATTGAAAGAACCCACAAGCCAGCAACAGCGGAGATGAACTTCTTGAGA
TCCCTTCCAGATGCAATCTCACGAAGAGAAGAGAACCCACGGTTTATCTCTATCCTGAGC
CCAGACGCAAGCTGAAGAACAGGCTCCTCAGGGATATGAACTTCAGGAATCTTCGGTGGT
GACTTGTGAATAAACACGGTGGCATTAGACCAGAGAAACAGAACCGCAAGAACAACAATC
ATCACATGACACATCAAAGTGAGAAGATGATACTCCATCAACTCAAACAGAACCCACCCA
GCTGTCGCACCACCGAGAACACCACCAGACATCTTCTTGTTCTTCCACATGAATATATCA
GCAGGTTTTCCACCGCCGAGGACTTTGTGAACAGGCTTCTCCCTTCCGAACAAGCGGTAG
ACTTTCGATCCATCGAAGACGGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BG30TF C 278
AF RR3FK55JQ U 1
AF RR3BG30JQ U 81
AF RR3F074JQ U 74
AF RR3GC62JQ U 63
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GAACTTCAGGAATCTTCGGTGGTGACTTGTGAATAAACACGGTGGCATTAGACCAGAGAA
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DS 

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GGAGGTAGTAAGATACTGTTTTAAGTCTAAAACTTCTTACAACAATTCACCTGAATCAAA
TAAACATACTAAAAAGATGTAGTAACACACAGATTGTGACACCATTTCAACAACAGCCTT
TTTTAACTAACAACGTATTACCATTCCGTAGAGAACCTACTAATCTCTCTTCTTGTTCTT
CAACGGACCCAACGGGATCTTGCTCAACACCTTCTCGTCCAACACCGCGTACTGCTTCTT
GATCTCTATCATTGCTTTCTCACCTAATGGATCCACTTTGTCTTCGTACTTGTCGTAAAC
AAGAGG*CACCGTGAAGAGCAGCACAAGAGCTATGTATGCCAGTGTCAAGAAA*TTGAAC
CATCCTCCCAAGATTGAAAGAACCCACAAGCCAGCAACAGCGGAGATGAACTTCTTGAGA
CCCCTTCCAGATGCAATCTCACGAAGAGAAGAGAACCCACGGTTTATCTCTATCCTGAGC
CCAGACGCAAGCTGAAGAACAGGCTCCTCAGGGATATGAACTTCAGGAATCTTCGGTGGT
GACTTGTGAATAAACACGGTGGCATTAGACCAGAGAAACAGAACCGCAAGAACAACAATC
ATCACATGACACATCAAAGTGAGAAGATGATACTCCATCAACTCAAACAGAACCCACCCA
GCTGTCGCACCACCGAGAACACCACCAGACATCTTCTTGTTCTTCCACATGA
TATATC

QA 1 772 1 772
DS 

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AGTAACACACAGATTGTGACACCATTTCAACAACAGCCTTTTTTAACTAACAACGTATTA
CCATTCCGTAGAGAACCTACTAATCTCTCTTCTTGTTCTTCAACGGACCCAACGGGATCT
TGCTCAACACCTTCTCGTCCAACACCGCGTACTGCTTCTTGATCTCTATCATTGCTTTCT
CACCTAATGGATCCACTTTGTCTTCGTACTTGTCGTAGACAAGAGG*CACCGTGAAGAGC
AGCACAAGAGCTATGTATGCCAGTGTCAAGAAA*TTGAACCATCCTCCCAAGATTGAAAG
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ACGAAGAGAAGAGG*CCCACGGTTTATCTCTATCCTGAGCCCAGACGCAAGCTGAAGAAC
AGGCTCCTCAGGGATATGAACTTCAGGAATCTTCGGTGGTGACTTGTGAATAAACACGGT
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GAGAAGATGATACTCCATCAACTCAAACAGAACCCACCCAGCTGTCGCACCACCGAGAAC
ACCACCAGACATCTTCTTGTTCTTCCAC
C

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DS 

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GGGATCTTGCTCAACACCTTCTCGTCCAACACCGCGTACTGCTTCTTGATCTCTATCATT
GCTTTCTCACCTAATGGATCCACTTTGTCTTCGTACTTGTCGTAAACAAGAGG*CACCGT
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TTGAAAGAACCCACAAGCCAGCAACAGCGGAGATGAACTTCTTGAGATCCCTTCCAGATG
CAATCTCACGAAGAGAAGAGAACCCACGGTTTATCTCTATCCTGAGCCCAGACGCAAGCT
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ACACGGTGGCATTAGACCAGAGAAACAGAACCGCAAGAACAACAATCATCACATGACACA
TCAAAGTGAGAAGATGATACTCCATCAACTCAAACAGAACCCACCCAGCTGTCGCACCAC
CGAGAACACCACCAGACATCTTCTTGTTCTTCCACATGAATATATCAGCAGGTTTTCCAC
CGCCGAGGACTTTGTGAACAGGCTTC

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DS 

RD RR3GC62JQ 804 0 0
A
GGTAGTAAGATACTGTTTTAAGTCTAAAACTTCTTACAACAATTCACCTGAATCAAATAA
ACATACTAAAAAGATGTAGTAACACACAGATTGTGACACCATTTCAACAACAGCCTTTTT
TAACTAACAACGTATTACCATTCCGTAGAGAACCTACTAATCTCTCTTCTTGTTCTTCAA
CGGACCCAACGGGATCTTGCTCAACACCTTCTCGTCCAACACCGCGTACTGCTTCTTGAT
CTCTATCATTGCTTTCTCACCTAATGGATCCACTTTGTCTTCGTACTTGTCGTAGACAAG
AGG*CACCGTGAAGAGCAGCACAAGAGCTATGTATGCCAGTGTCAAGAAA*TTGAACCAT
CCTCCCAAGATTGAAAGAACCCACAAGCCAGCAACAGCGGAGATGAACTTCTTGAGATCC
CTTCCAGATGCAATCTCACGAAGAGAAGAGAACCCACGGTTTATCTCTATCCTGAGCCCA
GACGCAAGCTGAAGAACAGGCTCCTCAGGGATATGAACTTCAGGAATCTTCGGTGGTGAC
TTGTGAATAAACACGGTGGCATTAGACCAGAGAAACAGAACCGCAAGAACAACAATCATC
ACATGACACATCAAAGTGAGAAGATGATACTCCATCAACTCAAACAGAACCCACCCAGCT
GTCGCACCACCGAGAACACCACCAGACATCTTCTTGTTCTTCCACATGAATATATCAGCA
GGTTTTCCACCGCCGAGGACTTTGTGAACAGGCTTCTCCCTTCCGAACAAGCGGTAGACT
TTCGATCCATCGAAGACGGTTTC

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DS 

RD RR3BK92JQ 779 0 0
G
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ACTAAAAAGATGTAGTAACACACAGATTGTGACACCATTTCAACAACAGCCTTTTTTAAC
TAACAACGTATTACCATTCCGTAGAGAACCTACTAATCTCTCTTCTTGTTCTTCAACAGA
CCCAACGGGATCTTGCTCAACACCTTCTCGTCCAACACCGCGTACTGCTTCTTGATCTCT
ATCATTGCTTTCTCACCTAATGGATCCACTCTGTCTTCGTACTTGTCGTAGACAAGAGG*
CACCGTGAAGAGCAGCACAAGAGCTATGTATGCCAGTGTCAAGAAA*TTGAACCATCCTC
CCAAGATTGAAAGAACCCACAAGCCAGCAACAGCGGAGATGAACTTCTTGAGATCCCTTC
CAGATGCAATCTCACGAAGAGAAGAGAACCCACGGTTTATCTCTATCCTGAGCCCAGACG
CAAGCTGAAGAACAGGCTCCTCAGGGATATGAACTTCAGGAATCTTCGGTGGTGACTTGT
GAATAAACACGGTGGCATTAGACCAGAGAAACAGAACCGCAAGAACAACAATCATCACAT
GACACATCAAAGTGAGAAGATGATACTCCATCAACTCAAACAGAACCCACCCAGCTGTCG
CACCACCGAGAACACCACCAGACATCTTCTTGTTCTTCCACATGAATATATCAGCAGGTT
TTCCACCGCCGAGGACTTTGTGAACAGGCTTCTCCCTTCCGAACAAGCGGTAGACTTT

QA 2 779 2 779
DS 



AS 2 14

CO CL28Contig1 1056 9 13 U
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ATTTGAAAAGCCTTACGATAAACCAAAGAAAACCTCAATTGTGATTGTGAACAGGTACTG
AATAACAAAAGTGAAACTGCAAAGGGTTCAATCGAACTGTCCATCAGTCTTTGAGTCGAC
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TCTATTCCAACCATCCAAGGCTCGTGTCAACCGAACGGTCTTAGGTTTTCCCGAAAGAAA
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CACCACCGTCTTCTTCTCCTCCTGATCCTTCAGGACGCTCTCCACCGTTACCACCACCGC
CTCCTCCACGTGGAGGAACGTTGCCGCTGCTGTCAGTATCATAAAAGTCTTTCTTTTGAA
TCTGCTCCCGCAACATATCTTCAACCGACTTCTTACCCATAGCTTTCTCTATTGCTTTCC
ATGGTGATATCTCGTCACCACCATTGGACTTATCCTTGCCACCAAACAAGCAAACAGCAG
AACTCTGCTTCCATTTCCCACTACGCCGGTGACTTAACAGAGGCGAAAACAGAGTAGACA
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TCGTCACAGGAGAGTGGTAGGATGGTCTAAAACAATTAGCCTGAGTAAAGCTCATCTCTT
TCCCCCAATACTTAGTGCATTAACTTTCTGATGTTAACTTGTGAAAGCCTTAACGGAGAC
GAGAATTCGAGAGGAAAGGGAAACAATCGCCAGAGAAGACGAAAGAACAGTGAGGAGCCC
AAGGTGAAGCGATCCCCTATGTTTTTTTTTATCTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 20 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV81JQ U 1
AF RR3DN05JQ U 81
AF RR3DF79JQ U 1
AF RR3A270JQ U 21
AF RR3GU37JQ U 65
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AF RR3DF79TF C 248
AF RR3DN05TF C 514
AF RR3GU37TF C 357
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BS 439 439 RR3DF79JQ
BS 440 509 RR3AV81JQ
BS 510 671 RR3DF79JQ
BS 672 672 RR3A270JQ
BS 673 679 RR3DF79JQ
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BS 828 1020 RR3AV81TF
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ATAAGCCTTGAGCACTTGCTTGTACTTCTCGGGACTGTCGTACCAGGTAGGCGTGTTGAT
GATCGCCTTCTCTAGCCAGTACTCATCATACTCTTTCGGCTTCGACATCGTCGCCATGAA
TCTATTCCAACCATCCAAGGCTCGTGTCAACCGAACGGTCTTAGGTTTTCCCGAAAGAAA
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AAAAGATGAAGCCTAAGGGGGCTAAAACCACTTGCAGAGTCTCTTCAGCAATCCCAGCGA
CACCACCGTCTTCTTCTCCTCCTGATCCT

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DS 

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AAAGGGTTCAATCGAACTGTCCATCAGTCTTTGAGTCGACATAAGCCTTGAGCACTTGCT
TGTACTTCTCGGGACTGTCGTACCAGGTAGGCGTGTTGATGATCCCCTTCTCTAGCCAGT
ACTCATCATACTCTTTCGGCTTCCACATCGTCCCCATGAATCTTTTCCAACCATCCAAGG
CTCGTGTCAACCGAACGGTCTTAGGTTTTCCCGAAAGAAACCTAAAGTAATCTCTTGCGA
GCTTGATCAACTCC*TCCCCATTGATAATGTAAGTGTACAAAAAAATGAAGCCTAAGGGG
GCTAAAACCACTTGCAAAGTCTCTTCAGCAATCCCAGCGACACCACCGTCTTCTTCTCCT
CCTGATCCTTCAG

QA 1 433 1 433
DS 

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ATTTGAAAAGCCTTACGATAAACCAAAGAAAACCTCAATTGTGATTGTGAACAGGTACTG
AATAACAAAAGTGAAACTGCAAAGGGTTCAATCGAACTGTCCATCAGTCTTTGAGTCGAC
ATAAGCCTTGAGCACTTGCTTGTACTTCTCGGGACTGTCGTACCAGGTAGGCGTGTTGAT
GATCGCCTTCTCTAGCCAGTACTCATCATACTCTTTCGGCTTCGACATCGTCGCCATGAA
TCTATTCCAACCATCCAAGGCTCGTGTCAACCGAACGGTCTTAGGTTTTCCCGAAAGAAA
CCTAAAGTAATCTCTTGCGAGCTTGATCAACTCC*TACCCATTGATAATGTAAGTGTACA
AAAAGATGAAGCCTAAGGTGGCTAAAACCACTTGCAGAGTCTCTTCAGCAATCCCAGCGA
CACCACCGTCTTCTTCTCCTCCTGATCCTTCAGGACGCTCTCCACCGTTACCACCACCGC
CTCCTCCACGTGGAGGAACGTTGCCGCTGCTGTCAGTATCATAAAAGTCTTTCTTTTGAA
TCTGCTCCCGCAACATATCTTCAACCGACTTCTTACCCATAGCTTTCTCTATTGCTTTCC
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AACTCTGCTTCCATTTCCCACT

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DS 

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AACCAAAGAAAACCTCAATTGTGATTGTGAACAGGTACTGAATAACAAAAGTGAAACTGC
AAAGGGTTCAATCGAACTGTCCATCAGTCTTTGAGTCGACATAAGCCTTGAGCACTTGCT
TGTACTTCTCGGGACTGTCGTACCAGGTAGGCGTGTTGATGATCGCCTTCTCTAGCCAGT
ACTCATCATACTCTTTCGGCTTCGACATCGTCGCCATGAATCTATTCCAACCATCCAAGG
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GCTAAAACCACTTGCAGAGTCTCTTCAGCA*TCCCAGCGACACCACCGTCTTCTTCTCCT
CCTGATCCTTCAGGACGCTCTCCACCGTTACCACCACCGCCTCCTCCACGTGGAGGAACG
TTGCCGCTGCTGTCAGTATCATAAAAGTCTTTCTTTTGAATCTGCTCCCGCAACATATCT
TCAACCGACTTCTTACCCATAGCTTTCTCTATTGCTTTCCATGGTGATATCTCGTCACCA
CCATTGGACTTATACTTGCCACCAAACAAGCAAACAGCAGAACTCTGCTTCCATTTCCCA
CTACGCCGGTGACTTAACAGAGGCGAAAACAGAGTAGACACCGAAGCAGTTGCTCTAACA
GGTACACTGGTGGAGACACCATTAGCT

QA 1 807 1 807
DS 

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ACAAAAGTGAAACTGCAAAGGGTTCAATCGAACTGTCCATCAGTCTTTGAGTCGACATAA
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GCCTTCTCTAGCCAGTACTCATCATACTCTTTCGGCTTCGACATCGTCACCATGAATCTA
TTCCAACCATCCAAGGCTCGTGTCAACCGAACGGTCTCAGGTTTTCCCTAAAGAAGCCTA
AAGTAATCTCTTGCGAGCTTGATCAACTCC*TCCCCATTGATAATGTAAGTGTACAAAAA
GATGAAGCCTAAGGTGGCTAAAACCACTTGCAGAGTCTCTTCAGCAATCCCAGCGACACC
ACCGTCTTCTTCTCCTCCTGATCCTTCAGGACGCTCTCCACCGTTACCACCACCGCCTCC
TCCACGTGGAGGAACGTTGCCGCTGCTGTCAGTATCATAAAAGTCTTTCTTTTGAATCTG
CTCCCGCAACATATCTTCAACCGACTTCTTACCCATAGCTTTCTCTATTGCTTTCCATGG
TGATATCTCGTCACCACCATTGGACTTATCCTTGCCACCAAACAAGCAAACAGCAGAACT
CTGCTTCCATTTCCCACTACGCCGGTGACTTAACAGAGGCGAAAACAGAGTAGACACTGA
AGCAGTTGCTCTA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3AV81TF 820 0 0
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ACTCATCATACTCTTTCGGCTTCGACATCGTCGCCATGAATCTATTCCAACCATCCAAGG
CTCGTGTCAACCGAACGGTCTTAGGTTTTCCCGAAAGAAACCTAAAGTAATCTCTTGCGA
GCTTGATCAACTCC*TACCCATTGATAATGTAAGTGTACAAAAAGATGAAGCCTAAGGTG
GCTAAAACCACTTGCAGAGTCTCTTCAGCAATCCCAGCGACACCACCGTCTTCTTCTCCT
CCTGATCCTTCAGGACGCTCTCCACCGTTACCACCACCGCCTCCTCCACGTGGAGGAACG
TTGCCGCTGCTGTCAGTATCATAAAAGTCTTTCTTTTGAATCTGCTCCCGCAACATATCT
TCAACCGACTTCTTACCCATAGCTTTCTCTATTGCTTTCCATGGTGATATCCCGTCACCT
CCATTGGACTTATCCTTGCCACCAAACAAGCAAACAGCAGAACTCTGCTTCCATTTCCCA
CTACGCCGGTGACTTAACAGAGGCGAAAACAGAGTAGACACTGAAGCAGTTGCTCTAACA
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GATGGTCTAAAACAATTAGCCTGAGTAAAGCTCATCTCTTTCCCCCAATACTTAGTGCAT
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AAACAATCGCCAGAGAAGACGAAAGAACAGTGAGGAGCCC

QA 1 820 1 820
DS 

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TTT
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CCATCCAAGGCTCGTGTCAACCGAACGGTCTTAGGTTT*CCCGAAAGAAAC*TAAAGTAA
TCTCTTGCGAGCTTGATCAACTCC*TACCCATTGATAATGTAAGTGTACAAAAAGATGAA
GCCTAAGGTGGCTAAAACCACTTGCAGAGTCTCTTCAGCAATCCCAGCGACACCACCGTC
TTCTTCTCCTCCTGATCCTTCAGGACGCTCTCCACCGTTACCACCACCGCCTCCTCCACG
TGGAGGAACGTTGCCGCTGCTGTCAGTATCATAAAAGTCTTTCTTTTGAATCTGCTCCCG
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CCCGTCACCTCCATTGGACTTATCCTTGCCACCAAACAAGCAAACAGCAGAACTCTGCTT
CCATTTCCCACTACGCCGGTGACTTAACAGAGGCGAAAACAGAGTAGACACTGAAGCAGT
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CTTAGTGCATTAACTTTCTGATGTTAACTTGTGAAAGCCTTAACGGAGACGAGAATTCGA
GAGGAAAGGGAAACAATCGCCAGAGAAGACGAAAGAACAGTGAGGAGCCC

QA 4 773 4 773
DS 

RD RR3DN05TF 507 0 0
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TACCCATAGCTTTCTCTATTGCTTTCCATGGTGATATCTCGTCACCACCATTGGACTTAT
CCTTGCCACCAAACAAGCAAACAGCAGAACTCTGCTTCCATTTCCCACTACGCCGGTGAC
TTAACAGAGGCGAAAACAGAGTAGACACTGAAGCAGTTGCTCTAACAGGTACACTGGTGG
AGACACCATTAGCTTTAGGTATCCTCGTCGTCACAGGAGAGTGGTAGGATGGTCTAAAAC
AATTAGCCTGAGTAAAGCTCATCTCTTTCCCCCAATACTTAGTGCATTAACTTTCTGATG
TTAACTTGTGAAAGCCTTAACGGAGACGAGAATTCGAGAGGAAAGGGAAACAATCGCCGG
AGAAGACGAAAGAACAGTGAGGAGCCC

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR3GU37TF 700 0 0
GAAG
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AAAAGATGAAGCCTAAGGTGGCTAAAACCACTTGCAGAGTCTCTTCAGCAATCCCAGCGA
CACCACCGTCTTCTTCTCCTCCTGATCCTTCAGGACGCTCTCCACCGTTACCACCACCGC
CTCCTCCACGTGGAGGAACGTTGCCGCTGCTGTCAGTATCATAAAAGTCTTTCTTTTGAA
TCTGCTCCCGCAACATATCTTCAACCGACTTCTTACCCATAGCTTTCTCTATTGCTTTCC
ATGGTGATATCTCGTCACCACCATTGGACTTATCCTTGCCACCAAACAAGCAAACAGCAG
AACTCTGCTTCCATTTCCCACTACGCCGGTGACTTAACAGAGGCGAAAACAGAGTAGACA
CTGAAGCAGTTGCTCTAACAGGTACACTGGTGGAGACACCATTAGCTTTAGGTATCCTCG
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TCCCCCAATACTTAGTGCATTAACTTTCTGATGTTAACTTGTGAAAGCCTTAACGGAGAC
GAGAATTCGAGAGGAAAGGGAAACAATCGCCGGAGAAGACGAAAGAACAGTGAGGAGCAA
AAGGTGAAGCGATCCCCTATGTTTTTTTTTATCTCC

QA 5 700 5 700
DS 



CO CL28Contig2 1039 5 9 U
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AAGAGATGAGCTTTACTCAGGCCAATTGTTTTAGACCATCCTACCACTCTCCTGTGACAA
CGAGGATACCTAAAGCTAATGGTGTCTCCACCAGTGTACCTGTTAGAGCAACTGCTTCGG
TGTCTACTCTGTTTTCGCCTCTGTTAAGTCACCGGCGTAGTGGGAAATGGAAGCAAAGTT
CTGCTGTTTGCTTGTTTGGTGGTGGCAAGGATAAGTCCAATGGTGGCGGTGACGAGATAT
CACCATGGAAAGCAATAGAGAAAGCTATGGGGAAGAAGTCAGTTGAAGATATGTTACGGG
AGCAGATTCAAAAGAAAGATTTTTATGATACTGAAAGCGGCGGCGGCAACGTTCCTCCAC
GTGGAGGAGGAGGCGGTGGTGGTAACGGTGGAGAGCGTCCTGAAGGATCAGGAGGAGAAG
AAGACGGTGGTGTCGCTGGGATTGCTGAAGAGACTCTGCAAGTGGTTTTAGCCACCTTAG
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GATTACTTTAGGTTTCTTTCGGGGAAACCTAAGACCGTTCGGTTGACACGAGCCTTGGAT
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GAGAAGGCGATCATCAACACGCCTACCTGGTACGACAGTCCCGAGAAGTACAAGCAAGTC
CTCAAGGCTTATGTCGACTCAAAGACTGATGAACAGCTCGATTAAACCCCTTGTCAGTTT
CACTTTTGTTTACTCAGTACCTATTCACAATCACAATTGAGGTTTTCTTTGGTTTATCGT
AAGGCTTTTCAAATAAATGATCCTGTTCTTGAATGTTAATATCTTTCAAAATTCAGTTTA
TAAGTAAAAATTGCAGACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FR83TF U 1
AF RR3BI62TF U 1
AF RR3ET41TF U 8
AF RR3ET41JQ C 366
AF RR3FR83JQ C 307
BS 1 782 RR3BI62TF
BS 783 786 RR3ET41TF
BS 787 787 RR3FR83JQ
BS 788 796 RR3ET41TF
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BS 798 826 RR3ET41TF
BS 827 876 RR3FR83JQ
BS 877 877 RR3ET41JQ
BS 878 1039 RR3FR83JQ

RD RR3FR83TF 710 0 0
GGGCTCCTCACTGTTCTTTCGTCTTCTCCGGCGATTGTTTCCCTTTCCTCTCGAATTCTC
GTCTCCGTTAAGGCTTTCACAAGTTAACATCAGAAAGTTAATGCACTAAGTATTGGGGGA
AAGAGATGAGCTTTACTCAGGCCAATTGTTTTAGACCATCCTAC*ACTCTCCTGTGACAA
CGAGGATACCTAAAGCTAATGGTGTCTCCACCAGTGTACCTGTTAGAGCAACTGCTTCGG
TGTCTACTCTGTTTTCGCCTCTGTTAAGTCACCGGCGTAGTGGGAAATGGAAGCAAAGTT
CTGCTGTTTGCTTGTTTGGTGGTGGCAAGGATAAGTCCAATGGTGGCGGTGACGAGATAT
CACCATGGAAAGCAATAGAGAAAGCTATGGGGAAGAAGTCAGTTGAAGATATGTTACGGG
AGCAGATTCAAAAGAAAGATTTTTATGATATTGAAAGCGGCGGCGGCAACGTTCCTCCAC
GTGGAGGAGGAGGCGGTGGTGGTAACGGTGGAGAGCGTCCTGAAGGATCAGGAGGAGAAG
AAGACGGTGGTGTCGCTGGGATTGCTGAAGAGACTCTGCAAGTGGTTTTAGCCACCTTAG
GCTTCATCTTTTTGTACACTTACATTATCAATGGGG*AGGAGTTGATAAACCTTGCAAGA
AATTACTTTAG*TTTCTTTCGGGGAAACCTAAGACCGTTCGGTTGACACG

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3BI62TF 782 0 0
GGGCTCCTCACTGTTCTTTCGTCTTCTCCGGCGATTGTTTCCCTTTCCTCTCGAATTCTC
GTCTCCGTTAAGGCTTTCACAAGTTAACATCAGAAAGTTAATGCACTAAGTATTGGGGGA
AAGAGATGAGCTTTACTCAGGCCAATTGTTTTAGACCATCCTACCACTCTCCTGTGACAA
CGAGGATACCTAAAGCTAATGGTGTCTCCACCAGTGTACCTGTTAGAGCAACTGCTTCGG
TGTCTACTCTGTTTTCGCCTCTGTTAAGTCACCGGCGTAGTGGGAAATGGAAGCAAAGTT
CTGCTGTTTGCTTGTTTGGTGGTGGCAAGGATAAGTCCAATGGTGGCGGTGACGAGATAT
CACCATGGAAAGCAATAGAGAAAGCTATGGGGAAGAAGTCAGTTGAAGATATGTTACGGG
AGCAGATTCAAAAGAAAGATTTTTATGATACTGAAAGCGGCGGCGGCAACGTTCCTCCAC
GTGGAGGAGGAGGCGGTGGTGGTAACGGTGGAGAGCGTCCTGAAGGATCAGGAGGAGAAG
AAGACGGTGGTGTCGCTGGGATTGCTGAAGAGACTCTGCAAGTGGTTTTAGCCACCTTAG
GCTTCATCTTTTTGTACACTTACATTATCAATGGGG*AGGAGTTGATAAAACTTGCAAGA
GATTACTTTAGGTTTCTTTCGGGGAAACCTAAGACCGTTCGGTTGACACGAGCCTTGGAT
GGTTGGAATAGATTCATGGCGACGATGTCGAAGCCCAAAGAGTATGATGAGTACTGGCTA
GA

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3ET41TF 831 0 0
GG
ACTGTTCTTTCGTCTTCTCCGGCGATTGTTTCCCTTTCCTCTCGAATTCTCGTCTCCGTT
AAGGCTTTCACAAGTTAACATCAGAAAGTTAATGCACTAAGTATTGGGGGAAAGAGATGA
GCTTTACTCAGGCCAATTGTTTTAGACCATCCTACCACTCTCCTGTGACAACGAGGATAC
CTAAAGCTAATGGTGTCTCCACCAGTGTACCTGTTAGAGCAACTGCTTCGGTGTCTACTC
TGTTTTCGCCTCTGTTAAGTCACCGGCGTAGTGGGAAATGGAAGCAAAGTTCTGCTGTTT
GCTTGTTTGGTGGTGGCAAGGATAAGTCCAATGGTGGCGGTGACGAGATATCACCATGGA
AAGCAATAGAGAAAGCTATGGGGAAGAAGTCAGTTGAAGATATGTTACGGGAGCAGATTC
AAAAGAAAGATTTTTATGATACTGAAAGCGGCGGCGGCAACGTTTCTCCACGTGGAGGAG
GAGGCGGTGGTGGTAACGGTGGAGAGCGTCCTGAAGGATCAGGAGGAGAAGAAGGCGGTG
GTGTCGCTGGGATTGCTGAAGAGACTCTGCAAGTGGTTTTAGCCACCTTAGGCTTCATCT
TTTTGTACACTTACATTATCAATGGGGGAGGGGTTGATAAAACTTGCAAGAGATTACTTT
AGGTTTCTTTCGGGGAAACCTAAGACCGTTCGGTTGAACCGAGCCTTGGATGGTTGGAAT
AGATTCATGGCGACGATGTCGA*GCCCAAAGAGTATGATGAGTACTGGCTAGAGAAG*CG
ATCATCA*CACGCCTACCTGGTACGACAGTCCCGAGA
GTACAGCAGTCC

QA 3 819 3 819
DS 

RD RR3ET41JQ 626 0 0
TGGAAAGCAATAGAGAAAGCTATGGGGAAGAAGTCAGTTGAAGATATGTTACGGGAGCAG
ATTCAAAAGAAAGATTTTTATGATACTGAAAGCGGCGGCGGCAACGTTTCTCCACGTGGA
GGAGGAGGCGGTGGTGGTAACGGTGGAGAGCGTCCTGAAGGATCAGGAGGAGAAGAAGGC
GGTGGTGTCGCTGGGATTGCTGAAGAGACTCTGCAAGTGGTTTTAGCCACCTTAGGCTTC
ATCTTTTTGTACACTTACATTATCAATGGGG*AGGGGTTGATAAAACTTGCAAGAGATTA
CTTTAGGTTTCTTTCGGGGAAACCTAAGACCGTTCGGTTGACACGAGCCTTGGATGGTTG
GAATAGATTCATGGCGACGATGTCGAAGCCCAAAGAGTATGATGAGTACTGGCTAGAGAA
GGCGATCATCAACACGCCTACCTGGTACGACAGTCCCGAGAAGTACAAGCAAGTCCTCAA
GGCTTATGTCGACTCAAAGACTGATGAACAGCTCGATTAAACCCCTTGTCAGTTTCACTT
TTGTTTACTCAGTACCTATTCACAATCACAATTGAGGTTTTCTTTGGTTTATCGTAAGGC
TTTTCAAATAAATGATCCTGTTCTTG

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3FR83JQ 733 0 0
TTTGCTTGTTTGGTGGTGGCAAGGATAAGTCCAATGGTGGCGGTGACGAGATATCACCAT
GGAAAGCAATAGAGAAAGCTATGGGGAAGAAGTCAGTTGAAGATATGTTACGGGAGCAGA
TTCAAAAGAAAGATTTTTATGATATTGAAAGCGGCGGCGGCAACGTTCCTCCACGTGGAG
GAGGAGGCGGTGGTGGTAACGGTGGAGAGCGTCCTGAAGGATCAGGAGGAGAAGAAGACG
GTGGTGTCGCTGGAATTGCTGAAGAGACTCTGCAAGTGGTTTTAGCCACCTTAGGCTTCA
TCTTTTTGTACACTTACATTATCAATGGGG*AGGAGTTGATAAACCTTGCAAGAAATTAC
TTTAGGTTTCTTTCGGGGAAACCTAAGACCGTTCGGTTGACACGAGCCTTGGATGGTTGG
AATAGATTCATGGCGACGATGTCGAAGCCCAAAGAGTATGATGAGTACTGGCTAGAGAAG
GCAATCATCAACACGCCTACCTGGTACGACAGTCCCGAGAAGTACAAGCAAGTCCTCAAG
GCTTATGTCGACTCAAAGACTGATGAACAGTTCGATTAAACCCCTTGTCAGTTTCACTTT
TGTTTACTCAGTACCTATTCACAATCACAATTGAGGTTTTCTTTGGTTTATCGTAAGGCT
TTTCAAATAAATGATCCTGTTCTTGAATGTTAATATCTTTCAAAATTCAGTTTATAAGTA
AAAATTGCAGACC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 2 16

CO CL29Contig1 937 13 9 U
GTAACCAACCCGAGTTTTATAAAGCTATATTTCCAGAACCAAATAAATACCCAAATTTTA
AAATACAAATTATATACTACTTAAAAGATACGGCAAAGATGGTAAATAAAGACTTAACAG
AGTGTGATTAAGTTTACAACACATGCACACCAAAGCAATCATTCTCCACATGCATACTAT
AGATTCAAGATCGATCTTTATTGTAGGCCAAGTTTATTATAATATAGATCCCGCTTTTTA
GAAGCAGGGGACAGAGAGAGAGATAGAGAGAGAGCTCTCTAAACAGATGCGTTAATGGCT
TTCTTCACGAAGTTATCAACATATTCCTTCCTTGCAGGAAGATGGTCGTGTGGACGATTG
TACGGCGTCCACACCGGTTCACCCACGAAAAGACGCATTGCCTTGATATAGTTGTCAGAA
TCCACGGTGAAGCGATGATAAATTCCAGCAGGCAAGACTATCATTCCTCCCTTCTTCACC
CAAACTCTGATCCAAGCTTCGTTGCGGTCCCTCACATCAAAGTAGCCACTTCCTGCAACG
CAGTAACGGATCTCTTCATCAGTGTGAAGATGTTCCTCGAAAAAGCTCTTAACTTTCTCT
TCATAATTTGGAAGCTTCTCAGGGCATACCTCACAGAAGTCCATGTAGGAGTAACCACGA
GAGTCGCGGATCTTTTTCAACTCCTCATCAGTTTCGTAGTGATCAGCATCAAGTCTCCAG
CTAAGGACTCCAAGCTCTGCAAGTTTGTCGAGGGAGATGAAGTCTTTAGGATCCTTGTGG
TGAGGAAGTCGCTGATCCTCTTGGCTATCATCCATGTACCATGCTTGAATCACGTCTTCT
CTTCCATCCTTCACGGCTTCACCCATCGTCTGTCTTCGTTATGCGTTTGTTCCCTTCCTC
GTCTCGTCAAAACCACGCGAATTGAATGAATTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 35 35 40 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 15 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 
70 70 70 70 70 70 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 60 60 60 
60 60 60 40 25 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL85JQ U 247
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AF RR3EK51TF C 328
BS 1 170 RR3AG19JQ
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BS 261 261 RR3DE10JQ
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BS 917 937 RR3EK51TF

RD RR3GL85JQ 122 0 0
GGGGACAGAGAGAGAGATAGAGAGAGAGCTCTCTAAACAGATGCGTTAATGGCTTTCTTC
ACGAAGTTATCAACATATTCCTTCCTTGCAGGAAGATGGTCGTGTGGACGACTGTACGGC
GT

QA 1 122 1 122
DS 

RD RR3BZ68TF 288 0 0
GTCCACACCGGTTCACCCACGAAAAGACGCATTGCCTTGATATAGTTGTCAGAATCCACG
GTGAAGCGATGATAAATTCCAGCAGGCAAGACTATCATTCCTCCCTTCTTCACCCAAACT
GTGATCCAAGCTTCGTTGCGGTCCCTCACATCAAAGTAGCCACTTCCTGCAACGCAGTAA
CGGATCTCTTCATCAGTGTGAAGATGTTCCTCGAAAAAGCTCTTAACTTTCTCTTCATAA
TTTGGAAGCTTCTCAGGGCATACCTCACAGAAGTCCATGTAGGAGTAA

QA 1 288 1 288
DS 

RD RR3D878JQ 568 0 0
G
CGGCAAAGATGGTAAATAAAGACTTAACAGAGTGTGATTAAGTTTACAACACATGCACAC
CAAAGCAATCATTCTCCACATGCATACTATAGATTCAAGATCGATCTTTATTGTAGGCCA
AGTTTATTATAATATAGATCCCGCTTTTTAGAAGCAGGGGACAGAGAGAG**ATAGAGAG
AGAGCTCTCTAAACAGATGCGTTAATGGCTTTCTTCACGAAGTTATCAACATATTCCTTC
CTTGCAGGAAGATGGTCGTGTGGACGATTGTACGGCGTCCACACCGGTTCACCCACGAAA
AGACGCATTGCCTTGATATAGTTGTCAGAATCCACGGTGAAGCGATGATAAATTCCAGCA
GGCAAGACTATCATTCCTCCCTTCTTCACCCAAACTCTGATCCAAGCTTCGTCGCGGTCC
CTCACATCAAAGTAGCCACTTCCTGCAACGCAGTAACGGATCTCTTCATCAGTGTGAAGA
TGTTCCTCGAAAAAGCTCTTAACTTTCTCTTCATAATTTGGAAGCTTCTCAGGGCATACC
TCACAGAAGTCCATGTAGGAGTAACCA

QA 2 568 2 568
DS 

RD RR3DK55JQ 569 0 0
GG
TGGTAAATAAAGACTTAACAGAGTGTGATTAAGTTTACAACACATGCACACCAAAGCAAT
CATTCTCCACATGCATACTATAGATTCAAGATCGATCTTTATTGTAGGCCAAGTTTATTA
TAATATAGATCCCGCTTTTTAGAAGCAGGGGACAGAGAGAGAGATAGAGAGAGAGCTCTC
TAAACAGATGCGTTAATGGCTTTCTTCACAAAGTTATCAACATATTCCTTCCTTGCAGGA
AGATGGTCGTGTGGACGATTGTACGGCGTCCACACCGGTTCACCCACGAAAAGACGCATT
GCCTTGATATAGTTGTCAGAATCCACGGTGAAGCGATGATAAATTCCAGCAGGCAAGACT
ATCATTCCTCCCTTCTTCACCCAAACTCTGATCCAAGCTTCGTTGCGGTCCCTCACATCA
AAGTAGCCACTTCCTGCAACGCAGTAACGGATCTCTTCATCAGTGTGAAGATGTTCCTCG
AAAAAGCTCTTAACTTTCTCTTCATAATTTGGAAGCTTCTCAGGGCATACCTCACAGAAG
TCCATGTAGGAGTAACCACGAGAG
CGC

QA 3 566 3 566
DS 

RD RR3AG19JQ 721 0 0
GTAACCAACCCGAGTTTTATAAAGCTATATTTCCAGAACCAAATAAATACCCAAATTTTA
AAATACAAATTATATACTACTTAAAAGATACGGCAAAGATGGTAAATAAAGACTTAACAG
AGTGTGATTAAGTTTACAACACATGCACACCAAAGCAATCATTCTCCACACGCATACTAT
AGATTCAAGATCGATCTTTATTGTAGGCCAAGTTTATTATAATATAGATCCCGCTTTTTA
GAAGCAGGGGACAGAGAGAGGGATAGAGAGAGAGCTCTCTAAACAGATGCGTTAATGGCT
TTCTTCACGAAGTTATCAACATATTCCTTCCTTGCAGGAAGATGGTCGTGTGGACGATTG
TACGGCGTCCACACCGGTTCACCCACGAAAAGACGCATTGCCTTGATATAGTTGTCAGAA
TCCACGGTGAAGCGATGATAAATTCCAGCAGGCAAGACTATCATTCCTCCCTTCTTCACC
CAAACTCTGATCCAAGCTTCGTTGCGGTCCCTCACATCAAAGTAGCCACTTCCTGCAACG
CAGTAACGGATCTCTTCATCAGTGTGAAGATGTTCCTCGAAAAAGCTCTTAACTTTCTCT
TCATAATTTGGAAGCTTCTCAGGGCATACCTCACAGAAGTCCATGTAGGAGTAACCACGA
GAGTCGCGGATCTTTTTCAACTCCTCATCAGTTTCGTAGTGATCAGCATCAAGTCTCCAG
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3DE10JQ 682 0 0
GATA
CGGCAAAGATGGTAAATAAAGACTTAACAGAGTGTGATTAAGTTTACAACACATGCACAC
CAAAGCAATCATTCTCCACATGCATACTATAGATTCAAGATCGATCTTTATTGTAGGCCA
AGTTTATTATAATATAGATCCCGCTTTTTAGAAGCAGGGGACAGAGAGAGAGATAGAGAG
AGAGCTCTCTAAACAGATGCGTTAATGGCTTTCTTCACGAAGTTATCAACATATTCCTTC
CTTGCAGGAAGATGGTCGTGTGGACGATTGTACGGCGTCCACACCGGTTCACCCACGAAA
AGACGCATTGCCTTGATATAGTTGTCAGAATCCACGGTGAAGCGATGATAAATTCCAGCA
GGCAAGACTATCATTCCTCCCTTCTTCACCCAAACTCTGATCCAAGCTTCGTTGCGGTCC
CTCACATCAAAGTAGCCACTTCCTGCAACGCAGTAACGGATCTCTTCATCAGTGTGAAGA
TGTTCCTCGAAAAAGCTCTTAACTTTCTCTTCATAATTTGGAAGCTTCTCAGGGCATACC
TCACAGAAGTCCATGTAGGAGTAACCACGAGAGTCGCGGATCCTTTTCAACTCCTCATCA
GTTTCGTAGTGATCAGCATCAAGTCTCCAGCTAAGGACTCCAAGCTCTGCAAGTTTGTCG
AGGGAGATGAAGTCTTTA

QA 5 682 5 682
DS 

RD RR3GV47JQ 733 0 0
GGTAAATAAAGACTTAACAGAGTGTGATTAAGTTTACAACACATGCACACCAAAGCAATC
ATTCTCCACATGCATACTATAGATTCAAGATCGATCTTTATTGTAGGCCAAGTTTATTAT
AATATAGATCCCGCTTTTTAGAAGCAGGGGACAGAGAGAGAGATAGAGAGAGAGCTCTCT
AAACAGATGCGTTAATGGCTTTCTTCACGAAGTTATCAACATATTCCTTCCTTGCAGGAA
GATGGTCGTGTGGACGATTGTACGGCGTCCACACCGGTTCACCCACGAAAAGACGCATTG
CCTTGATATAGTTGTCAGAATCCACGGTGAAGCGATGATAAATTCCAGCAGGCAAGACTA
TCATTCCTCCCTTCTTCACCCAAACTCTGATCCAAGCTTCGTTGCGGTCCCTCACATCAA
AGTAGCCACTTCCTGCAACGCAGTAACGGATCTCTTCATCAGTGTGAAGATGTTCCTCGA
AAAAGCTCTTAACTTTCTCTTCATAATTTGGAAGCTTCTCAGGGCATACCTCACAGAAGT
CCATGTAGGAGTAACCACGAGAGTTGCGGATCTTTTTCAACTCCTCATCAGTTTCGTAGT
GATCAGCATCAAGTCTCCAGCTAAGGACTCCAAGCTCTGCAAGTTTGTCGAGGGAGATGA
AGTATTTAGGATCCTTGTGGTGAGGAAGTCGCTGATCCTCTTGGCTATCATCCATGTACC
ATGCTTGAATCAC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3DE10TF 544 0 0
GCAGGAAGATGGTCGTGTGGACGATTGTACGGCGTCCACACCGGTTCACCCACGAAAAGA
CGCATTGCCTTGATATAGTTGTCAGAATCCACGGTGAAGCGATGATAAATTCCAGCAGGC
AAGACTATCATTCCTCCCTTCTTCACCCAAACTCTGATCCAAGCTTCGTTGCGGTCCCTC
ACATCAAAGTAGCCACTTCCTGCAACGCAGTAACGGATCTCTTCATCAGTGTGAAGATGT
TCCTCGAAAAAGCTCTTAACTTTCTCTTCATAATTTGGAAGCTTCTCAGGGCATACCTCA
CAGAAGTCCATGTAGGAGTAACCACGAGAGTCGCGGATCCTTTTCAACTCCTCATCAGTT
TCGTAGTGATCAGCATCAAGTCTCCAGCTAAGGACTCCAAGCTCTGCAAGTTTGTCGAGG
GAGATGAAGTCTTTAGGATCCTTGTGGTGAGGAAGTCGCTGATCCTCTTGGCTATCATCC
ATGTACCATGCTTGAATCACGTCTTCTCTTCCATCCTTCACGGCTTCACCCATCGTCTGT
CT
CC

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR3EK51JQ 793 0 0
C
GATGGTAAATAAAGACTTAACAGAGTGTGATTAAGTTTACAACACATGCACACCAAAGCA
ATCATTCTCCACATGCATACTATAGATTCAAGATCGATCTTTATTGTAGGCCAAGTTTAT
TATAATATAGATCCCGCTTTTTAGAAGCAAGGGACAGAGAGAGAGATAGAGAGAGAGCTC
TCTAAACAGATGCGTTAATGGCTTTCTTCACGAAGTTATCAACATATTCCTTCCTTGCAG
GAAGATGGTCGTGTGGACGATTGTACGGCGTCCACACCGGTTCACCCACGAAAAGACGCA
TTGCCTTGATATAGTTGTCAGAATCCACGGTGAAGCGATGATAAATTCCAGCAGGCAAGA
CTATCATTCCTCCCTTCTTCACCCAAACTCTGATCCAAGCTTCGTTGCGGTCCCTCACAT
CAAAGTAGCCACTTCCTGCAACGCAGTAACGGATCTCTTCATCAGTGTGAAGATGTTCCT
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AGTGATCAGCATCAAGTCTCCAGCTAAGGACTCCAAGCTCTGCAAGTTTGTCGAGGGAGA
TGAAGTCTTTAGGATCCTTGTGGTGAGGAAGTCGCTGATCCTCTTGGCTATCATCCATGT
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GTTATGCGTTTG

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DS 

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TTTCTTCACAAAGTTATCAACATATTCCTTCCTTGCAGGAAGATGGTCGTGTGGACGATT
GTACGGCGTCCACACCGGTTCACCCACGAAAAGACGCATTGCCTTGATATAGTTGTCAGA
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CCAAACTCTGATCCAAGCTTCGTTGCGGTCCCTCACATCAAAGTAGCCACTTCCTGCAAC
GCAGTAACGGATCTCTTCATCAGTGTGAAGATGTTCCTCGAAAAAGCTCTTAACTTTCTC
TTCATAATTTGGAAGCTTCTCAGGGCATACCTCACAGAAGTCCATGTAGGAGTAACCACG
AGAG*CGCGGATCTTTTTCAACTCCTCATCAGTTTCGTAGTGATCAGCATCAAGTCTCCA
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TCTTCCATCCTTCACGGCTTCACCCATCGTCTGTCTTCGTT
CC

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DS 

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TCCACATGCATACTATAGATTCAAGATCGATCTTTATTGTAGGCCAAGTTTATTATAATA
TAGATCCCGCTTTTTAGAAGCAGGGGACAGAGAGAGAGATAGAGAGAGAGCTCTCTAAAC
AGATGCGTTAATGGCTTTCTTCACGAAGTTATCAACATATTCCTTCCTTGCAGGAAGATG
GTCGTGTGGACGATTGTACGGCGTCCACACCGGTTCACCCACGAAAAGACGCATTGCCTT
GATATAGTTGTCAGAATCCACGGTGAAGCGATGATAAATTCCAGCAGGCAAGACTATCAT
TCCTCCCTTCTTCACCCAAACTCTGATCCAAGCTTCGTTGCGGTCCCTCACATCAAAGTA
GCCACTTCCTGCAACGCAGTAACGGATCTCTTCATCAGTGTGAAGATGTTCCTCGAAAAA
GCTCTTAACTTTCTCTTCATAATTTGGAAGCTTCTCAGGGCATACCTCACAGAAGTCCAT
GTAGGAGTAACCACGAGAGTTGCGGATCTTTTTCAACTCCTCATCAGTTTCGTAGTGATC
AGCATCAAGTCTCCAGCTAAGGACTCCAAGCTCTGCAAGTTTGTCGAGGGAGATGAAGTA
TTTAGGATCCTTGTGGTGAGGAAGTCGCTGATCCTCTTGGCTATCATCCATGTACCATGC
TTGAATCACGTCTTCTCTTCCATCCTTCACGGCTTCACCCATCGTCTGTCTTCGTTAT
CC

QA 1 778 1 778
DS 

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AGATA
CGGCAAAGATGGTAAATAAAGACTTAACAGAGTGTGATTAAGTTTACAACACATGCACAC
CAAAGCAATCATTCTCCACACGCATACTATAGATTCAAGATCGATCTTTATTGTAGGCCA
AGTTTATTATAATATAGATCCCGCTTTTTAGAAGCAGGGGACAGAGAGAGGGATAGAGAG
AGAGCTCTCTAAACAGATGCGTTAATGGCTTTCTTCACGAAGTTATCAACATATTCCTTC
CTTGCAGGAAGATGGTCGTGTGGACGATTGTACGGCGTCCACACCGGTTCACCCACGAAA
AGACGCATTGCCTTGATATAGTTGTCAGAATCCACGGTGAAGCGATGATAAATTCCAGCA
GGCAAGACTATCATTCCTCCCTTCTTCACCCAAACTCTGATCCAAGCTTCGTTGCGGTCC
CTCACATCAAAGTAGCCACTTCCTGCAACGCAGTAACGGATCTCTTCATCAGTGTGAAGA
TGTTCCTCGAAAAAGCTCTTAACTTTCTCTTCATAATTTGGAAGCTTCTCAGGGCATACC
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GTTTCGTAGTGATCAGCATCAAGTCTCCAGCTAAGGACTCCAAGCTCTGCAAGTTTGTCG
AGGGAGATGAAGTCTTTAGGATCCTTGTGGTGAGGAAGTCGCTGATCCTCTTGGCTATCA
TCCATGTACCATGCTTGAATCACGTCTTCTCTTCCATCCTTCACGGCTTCACCCATCGTC
TGTCTTCGTTATGCGTTTGTTCCCTTCCTCGTCTCGTCAAAACCAC
GCGAATTCC

QA 6 831 6 831
DS 

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CTT
CTTGCAGGAAGATGGTCGTGTGGACGATTGTACGGCGTCCACACCGGTTCACCCACGAAA
AGACGCATTGCCTTGATATAGTTGTCAGAATCCACGGTGAAGCGATGATAAATTCCAGCA
GGCAAGACTATCATTCCTCCCTTCTTCACCCAAACTCTGATCCAAGCTTCGTTGCGGTCC
CTCACATCAAAGTAGCCACTTCCTGCAACGCAGTAACGGATCTCTTCATCAGTGTGAAGA
TGTTCCTCGAAAAAGCTCTTAACTTTCTCTTCATAATTTGGAAGCTTCTCAGGGCATACC
TCACAGAAGTCCATGTAGGAGTAACCACGAGAGTCGCGGATCTTTTTCAACTCCTCATCA
GTTTCGTAGTGATCAGCATCAAGTCTCCAGCTAAGGACTCCAAGCTCTGCAAGTTTGTCG
AGGGAGATGAAGTCTTTAGGATCCTTGTGGTGAGGAAGTCGCTGATCCTCTTGGCTATCA
TCCATGTACCATGCTTGAATCACGTCTTCTCTTCCATCCTTCACGGCTTCACCCATCGTC
TGTCTTCGTTATGCGTTTGTTCCCTTCCTCGTCTCGTCAAAACCACGCGAATTGAATGAA
TTTCCCC

QA 4 610 4 610
DS 



CO CL29Contig2 895 3 10 U
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CAAACTGAGTCGATACAAATTTTCGTAAAAACGGATACGGCAAAGATGGTAAATAAAGAC
TTAACAGAGTGTGATTAAGTTTACAAGACATGCATACCAAAGCAATCATTCTCCACATGC
ATACTCTCTTTATTGCAGGCCAAGTTTATTTATAGATCATGTTTCTTTAGAACCAAGAGG
GAGAGAGAGAGCTCTCTAAGCAGAGGCGTTAACGGCCTTGTTCACGAAGTTATCAACATA
TTCTTTCCTTGCAGGAAGATGGTCGTGTGGACGATTGTATGGTGTCCACACCGGTTCACC
CACGAAAAGACGCATTGCCTTGATATAGTTGTCAGAATCCACGGTGAAGCGATGATAAAT
TCCAGCAGGTAAGACTATCATTCCTCCCTTCTTCACCCAAACTCTGATCCAAGCTTCGTT
GCGGTCCCTCACATCAAAGTAGCCACTTCCTGCAACGCAGTAACGGATCTCTTCATCAGT
GTGAAGATGTTCCTCGAAAAAGCTCTTAACTTTCTCTTCATAATTTTGAAGCTTCTCAGG
GCATACCTCACAGAAGTCCATGTAGGAGTAACCACGAGAGTCGCGGATCTTTTTCAACTC
CTCGTCGGTTTCGTAGTGATCAGCATCAAGTCTCCAGCTAAGGACTCCAAGCTCTGCAAG
TTTGTCGAGAGAGAGAAACTCTTTAGGATCCTTGTGG*TGAGGAAGTCGCTGATCCTCTT
GGCTATCATCCATGTACCATGCCTGAATCACTTCTTCTCTTCCATCCTTCACGGCTTCAC
CCATCGTCGTCTTCGTTATGCGTTTGTTCCCTTCCTCGTCTCCTCAAAACCACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3CR27JQ U 1
AF RR3B608JQ U 108
AF RR3B608TF C 108
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RD RR3CR27JQ 815 0 0
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TTCT

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DS 

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AACCACCC

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DS 

RD RR3B608TF 788 0 0
GGTAAATAAAGACTTAACAGAGTGTGATTAAGTTTACAAGACATGCATACCAAAGCAATC
ATTCTCCACATGCATACTCTCTTTATTGCAGGCCAAGTTTATTTATAGATCATGTTTCTT
TAGAACCAAGAGGGAGAGAGAGAGCTCTCTAAGCAGAGGCGTTAACGGCCTTGTTCACGA
AGTTATCAACATATTCTTTCCTTGCAGGAAGATGGTCGTGTGGACGATTGTATGGTGTCC
ACACCGGTTCACCCACGAAAAGACGCATTGCCTTGATATAGTTGTCAGAATCCACGGTGA
AGCGATGATAAATTCCAGCAGGTAAGACTATCATTCCTCCCTTCTTCACCCAAACTCTGA
TCCAAGCTTCGTTGCGGTCCCTCACATCAAAGTAGCCACTTCCTGCAACGCAGTAACGGA
TCTCTTCATCAGTGTGAAGATGTTCCTCGAAAAAGCTCTTAACTTTCTCTTCATAATTTT
GAAGCTTCTCAGGGCATACCTCACAGAAGTCCATGTAGGAGTAACCACGAGAGTCGCGGA
TCTTTTTCAACTCCTCGTCGGTTTCGTAGTGATCAGCATCAAGTCTCCAGCTAAGGACTC
CAAGCTCTGCAAGTTTGTCGAGAGAGAGAAACTCTTTAGGATCCTTGTGG*TGAGGAAGT
CGCTGATCCTCTTGGCTATCATCCATGTACCATGCCTGAATCACTTCTTCTCTTCCATCC
TTCACGGCTTCACCCATCGTCGTCTTCGTTATGCGTTTGTTCCCTTCCTCGTCTCCTCAA
AACCAC
CC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 3 18

CO CL30Contig1 775 2 5 U
GGGCCTCGATCAAAACACACTACTCAGTTCAGAAAATGTGGAGCGTCACCGGAGCATTGG
GCGTGGTAACGGCGCCAACCGCCGCCGCTTGCCGTACGAAACCGTTACTCGTCTCCTCTA
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TATCGTCACATTTCTCCTCCTCCTCTTTCATAACCGCTGCCACCTCCGTTGAACAACAGT
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CTTAGAGTGCTTTTCTTGTTTTGTATTACTGAGCTTCTTGTATTTCCTGTGTACT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3A860TF U 1
AF RR3H641TF U 1
BS 1 72 RR3A860TF
BS 73 73 RR3H641TF
BS 74 455 RR3A860TF
BS 456 456 RR3H641TF
BS 457 775 RR3A860TF

RD RR3A860TF 775 0 0
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CTTAGAGTGCTTTTCTTGTTTTGTATTACTGAGCTTCTTGTATTTCCTGTGTACT

QA 1 775 1 775
DS 

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GCGTGGTAACGGCGCCAACCGCCGCCGCTTGCCGTACGAAACCGTTACTCGTCTCCTCTA
CTCTTCTTCCGAAGCAGACGAATAAGCTCCATCTCTCCCCGCAGCAGCAGCCTCTGTCTC
TATCGTCACATTTCTCCTCCTCCTCTTTCATAACCGCTGCCACCTCCGTTGAACAACAGT
CTGATAATAAGGGAGTTAGCAGCAAGTACTACTTCCTGGTAGCGAACGCCAAGTTCATGC
TTGACGAAGAGGAACACTTTCAGGAGCAATTGTTCGAGCGTCTTCGTTACTACGGAGAGA
ATGAAAAGGAGCTAGACTTCTGGCTCGTCATCGAGCCTAAGTTCCTCGACAAGTTCCCCA
AGATCACTCAAAGGCTCCGTCGCCCTGCCGTCGCTCTTGTCTCCACCAATGGTCCCTGGA
TCACGTTCATGAAGTTAAGGTTGGATCGAGTTCTAGCTGATTCCTTTGAAGCTACCTCTC
TTGATGAAGCCTTGGCCTTCACTCCTACTACTTTAGAGTTCGACAAGCCTAAGAATTGGG
TGGCGCCGTACCCCAAGTATGAACCGGGATGGTGGGAAACCTTCTTGCCCAAAGCAAAAC
AAGAATCTCTAGCATAGTAGTACTTTTTTTGTCATTGTTGTCCGAATCCAACAGCTTTGT
CTTAGAGTGCTTTTCTTGTTTTGTATTACTGAGC

QA 1 754 1 754
DS 



CO CL30Contig2 750 2 3 U
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ATTCTTGTTTTGCTTTGGGCAAGAAGGTTTCCCACCATCCCGGTTCATACTTGGGGTACG
GCGCCACCCAATTTTTAGGCTTGTCGAACTCTAAAGTAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTT
CATCAAGAGAGGTAGCTTCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGA
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TGATGTTGGGGAACTTGTCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCT
TTTCATTCTCTCCGTAGTAACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTT
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TATCAGACTGTTGTTCAACGGAGGTGGCAGCAGCGGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAAT
GTGAGGAGGATAGAGACAGAGGCTGTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CZ03JQ U 312
AF RR3CZ03TF C 1
BS 1 314 RR3CZ03TF
BS 315 706 RR3CZ03JQ
BS 707 750 RR3CZ03TF

RD RR3CZ03JQ 395 0 0
TTT
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TTGTCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCG
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TTTGCGTTCGCTACCAGGAAGTAGTACTTACTGCTCTCTCCCTTATTATCAGACTGTTGT
TCAACGGAGGTGGCAGCAGCGGTTATGAAAGA

QA 4 395 4 395
DS 

RD RR3CZ03TF 750 0 0
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CTTTGCCAAGTAGAAACAGATTTTGATCGATTCTGGTCACTAGACTCAACTGAGTTGCAA
CATATTTGTAGTACACAGGAAATACAAGAAGCTCAGTAGTAGTACAAAACAAGAAAAGCA
CTCTAAGACAAAGCTGTTGGATCCGGACAATGACAAAAAAAGAGTACTACTATGCTAGAG
ATTCTTGTTTTGCTTTGGGCAAGAAGGTTTCCCACCATCCCGGTTCATACTTGGGGTACG
GCGCCACCCAATTTTTAGGCTTGTCGAACTCTAAAGTAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTT
CATCAAGAGAGGTAGCTTCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGA
ACGTGATCCAGGGACCATTGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAG
TGATGTTGGGGAACTTGTCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCT
TTTCATTCTCTCCGTAGTAACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTT
CGTCAAGCATGAACTTTGCGTTCGCTACCAGGAAGTAGTACTTACTGCTCTCTCCCTTAT
TATCAGACTGTTGTTCAACGGAGGTGGCAGCAGCGGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAAT
GTGAGGAGGATAGAGACAGAGGCTGTTGCC

QA 1 750 1 750
DS 



CO CL30Contig3 899 14 30 U
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ATTTTGATCGATTCTGGTCACAACTGAGTTGCAACATATTTTGTAGTACACAGGAAATAC
AAGAAGCTCAGTAATACAAAACAAGAAAAGCACTCTAAGACAAAGCTGTTGGATTCGGAC
AACAATGACAAAAAAAAGTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGGGCAAGAAG
GTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCACCCAATTCTTAGGCTTGTC
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CTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAGTAACGAAG
ACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAACTTTGCGTTCGC
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CTGCGGAGAGGGATGGAGCTTATTCGTCTGCTTGGGAAGAAGAGTAGAGGAGACGAGTAA
CGGTTTCGTACGGCAAGCGGCGGCCGTTGGCACCGCTACCACGCCAAATGCTCCGGTGAC
GCTCCACATTTTCTGAACTGAGTAGTGTGTTTTGATCGAGGCACAGGAATCTGGAAAAA


BQ
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60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 45 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 45 
45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 40 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3D087JQ U 1
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AF RR3B883TF C 54
AF RR3B883JQ U 66
AF RR3C802TF C 89
AF RR3D514TF C 282
AF RR3E832TF C 126
AF RR3EH22TF C 197
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BS 166 273 RR3D087JQ
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BS 392 425 RR3A860JQ
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BS 593 600 RR3A860JQ
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BS 732 742 RR3A860JQ
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BS 746 872 RR3B883JQ
BS 873 883 RR3C802TF
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BS 885 894 RR3C802TF
BS 895 899 RR3EH22TF

RD RR3D087JQ 391 0 0
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ATTTTGATCGATTCTGGTCACAACTGAGTTGCAACATATTTTGTAGTACACAGGAAATAC
AAGAAGCTCAGTAATACAAAACAAGAAAAGCACTCTAAGACAAAACTGTTGGATTCGGAC
AACAATGACAAAAAAAAGTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGGGCAAGAAG
GTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTACGGCGCCACCCAATTCTTAGGCTTGTC
GAACTCTAAAGAAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCTTCAAAGGA
ATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTC

QA 1 391 1 391
DS 

RD RR3D087TF 391 0 0
G
GGAAGAAATCACAACTCTTGATTGATCAAAAACATGTGCACTTTGCCAAGTAGAAACAGA
TTTTGATCGATTCTGGTCACAACTGAGTTGCAACATATTTTGTAGTACACAGGAAATACA
AGAAGCTCAGTAATACAAAACAAGAAAAGCACTCTAAGACAAAACTGTTGGATTCGGACA
ACAATGACAAAAAAAAGTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGGGCAAGAAGG
TTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTACGGCGCCACCCAATTCTTAGGCTTGTCG
AACTCTAAAGAAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCTTCAAAGGAA
TCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTC

QA 2 391 2 391
DS 

RD RR3C802JQ 435 0 0
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GCTCAGTAATACAAAACAAGAAAAGCACTCTAAGACAAAGCTGTTGGATTCGGACAACAA
TGACAAAAAAAAGTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGGGCAAGAAGGTTTC
CCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCCCCCAATTCTTAGGCTTGTCGAACT
CTAAAGAAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCTTCAAAGGAATCAG
CTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCAGGGACCATTGGTGGAGACAA
GAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGGGAACTTGTCGAGGAACTTAG
GCTCGATGACGAGCC

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DS 

RD RR3H641JQ 455 0 0
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GCTTTGGGCAAGAAGGTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTACGGCGCCACCCA
ATTCTTAGGCTTGTCGAACTCTAAAGTAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGA
GGTAGCTTCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCA
GGGACCATTGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGG
GAACTTGTCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCC

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR3E832JQ 656 0 0
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CTGTTGGATTCGGACAACAATGACAAAAAAAAGTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTT
GCTTTGGGCAAGAAGGTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCACCCA
ATTCTTAGGCTTGTCGAACTCTAAAGAAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGA
GGTAGCTTCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCA
GGGACCATTGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGG
GAACTTGTCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGGAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTC
TCCGTAGTAACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCAT
GAACTTTGCGTTCGCAACCAGGAAGTAGTACTTACTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTG
TTGTTCAACGGAGGAGGTGGCAGCGGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAATGTGAGG

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DS 

RD RR3A860JQ 697 0 0
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CTGTTGGATTCGGACAACAATGACAAAAAAA*GTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTT
GCTTTGGGCAAGAAGGTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTACGGCGCCACCCA
ATTCTTAGGCTTGTCGAACTCTAAAGTAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGA
GGTAGCTTCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCA
GGGACCATTGGTGGAGACAAAAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGG
GAACTTGTCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTC
TCCGTAGTAACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCAT
GAACTTGGCGTTCGCTACCAGGAAGTAGTACTTGCTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTG
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AGACAGAGGCTGCTGCTGCGGGGAGAGATGGAGCTTA

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DS 

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CTGTTGGATTCGGACAACAATGACAAAAAAAAGTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTT
GCTTTGGGCAAGAAGGTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCACCCA
ATTCTTAGGCTTGTCGAACTCTAAAGAAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGA
GGTAGCTTCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCA
GGGACCATTGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGG
GAACTTGTCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGGAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTC
TCCGTAGTAACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCAT
GAACTTTGCGTTCGCAACCAGGAAGTAGTACTTACTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTG
TTGTTCAACGGAGGAGGTGGCAGCGGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAATGTGAGGATAG
AGACAGAGGCTGTTGCTGCGGAGAGGGATGGAGCTTATTC

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DS 

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TGACAAAAAAAAGTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGGGCAAGAAGGTTTC
CCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCACCCAATTCTTAGGCTTGTCGAACT
CTAAAGAAGTAAGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCTTCAAAGGAATCAG
CTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCAGGGACCATTGGTGGAGACAA
GGGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGGGAACTTGTCGAGGAACTTAG
GCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAGTAACGAAGACGCT
CGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAACTTTGCGTTCGCAACCA
GGAAGTAGTACTTACTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTGTTGTTCAACGGAGGAGGTGG
CAGCGGTTATGAAAGAGGGGGAGGAGAAATGTGAGGATAGAGACAGAGGCTGTTGCTGCG
GAGAGGGATGGAGCTTATTCGTCT

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DS 

RD RR3B883TF 765 0 0
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GAAATACAAGAAGCTCAGTAATACAAAACAAGAAAAGCACTCTAAGACAAAGCTGTTGGA
TTCGGACAACAATGACAAAAAAAAGTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGGG
CAAGAAGGTTTCCCACCATCCCCGGTTCATACTTGGGGTACGGCGCCACCCAATTCTTAG
GCTTGTCGAACTCTAAAGAAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCTT
CAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCAGGGACCAT
TGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATGTTGGGGAACTTGT
CGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAGT
AACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAACTTTG
CGTTCGCAACCAGGAAGTAGTACTTACTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTGTTGTTCAA
CGGAGGAGGTGGCAGCGGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAATGTGAGGATAGAGACAGAG
GCTGTTGCTGCGGAGAGGGATGGAGCTTATTCGTCTGCTTGGGAAGAAGAGTAGAGGAGA
CGAGTAACGGTTTCGTACGGCAAGCGGCGGCCGTTGGCACCGCTA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3B883JQ 810 0 0
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GCTCAGTAATACAAAACAAGAAAAGCACTCTAAGACAAAGCTGTTGGATTCGGACAACAA
TGACAAAAAAAAGTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGGGCAAGAAGGTTTC
CCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTACGGCGCCACCCAATTCTTAGGCTTGTCGAACT
CTAAAGAAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCTTCAAAGGAATCAG
CTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCAGGGACCATTGGTGGAGACAA
GAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATGTTGGGGAACTTGTCGAGGAACTTAG
GCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAGTAACGAAGACGCT
CGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAACTTTGCGTTCGCAACCA
GGAAGTAGTACTTACTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTGTTGTTCAACGGAGGAGGTGG
CAGCGGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAATGTGAGGATAGAGACAGAGGCTGTTGCTGCG
GAGAGGGATGGAGCTTATTCGTCTGCTTGGGAAGAAGAGTAGAGGAGACGAGTAACGGTT
TCGTACGGCAAGCGGCGGCCGTTGGCACCGCTACCACGCCAAATGCTCCGGTGACGCTCC
ACATTTTCTGAACTGAGTAGTGTGTTT
GAT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3C802TF 806 0 0
G
TGCAACATATTTTGTAGTACACAGGAAATACAAGAAGCTCAGTAATACAAA*CAAGAAAA
GCACTCTAAGACAAAGCTGTTGGATTCGGACAACAATGACAAAAAAA*GTACTACTATGC
TAGAGATTCTTGTTT*GCTTTGGGCAAGAAGGTTTCCCACCATCCC*GGTTCATACTTGG
GGTATGGCGCCACCCAATTCTTAGGCTTGTCGAACTCTAAAGAAGTAGGAGTGAAGGCCA
AGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCTTCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACT
TCATGAACGTGATCCAGGGACCATTGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCC
TTTGAGTGATCTTGGGGAACTTGTCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGAAGTCTA
GCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAGTAACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCCGA**GTGTT
CCTCTTCGTCAAGCATGAACTTTGCGTTCGCAACCAGGAAGTAGTACTTACTGCTAACTC
CCTTATTATCAGACTGTTGTTCAACGGAGGGGGTGGCAGCGGTTATGAAAGAGGAGGAGG
AGAAATGTGAGGATAGAGACAGAGGCTGTTGCTGCGGAGAGGGATGGAGCTTATTCGTCT
GCTTGGGAAGAAGAGTAGAGGAGACGAGTAACAGTTTCGTACGGCAAGCGGCGGCCGTTG
GCACCGCTACCACGCCAAATGCTCCGGTGACGCTCCACATTTTCTGAACTGAGTAGTGTG
TTTTGATCGAGGCAGAGGAATCTGG

QA 2 806 2 806
DS 

RD RR3D514TF 603 0 0
CCCAATTCTTAGGCTTGTCGAACTCTAAAGAAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAA
GAGAGGTAGCTTCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGA
TCCAGGGACCATTGGTGGAGACAAGAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCT
TGGGGAACTTGTCGAGGAACTTAGGCTCGATGACGAGCCAGGAGTCTAGCTCCTTTTCAT
TCTCTCCGTAGTAACGAAGACGCTCGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAA
GCATGAACTTTGCGTTCGCAACCAGGAAGTAGTACTTACTGCTAACTCCCTTATTATCAG
ACTGTTGTTCAACGGAGGAGGTGGCAGCGGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAATGTGAGG
ATAGAGACAGAGGCTGTTGCTGCGGAGAGGGATGGAGCTTATTCGTCTGCTTGGGAAGAA
GAGTAGAGGAGACGAGTAACGGTTTCGTACGGCAAGCGGCGGCCGTTGGCACCGCTACCA
CGCCAAATGCTCCGGTGACGCTCCACATTTTCTGAACTGAGTAGTGTGTTTTGATCGAGG
CCC

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3E832TF 759 0 0
GCTCAGTAATACAAAACAAGAAAAGCACTCTAAGACAAAGCTGTTGGATTCGGACAACAA
TGACAAAAAAA*GTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGGGCAAGAAGGTTTC
CCACCATCCC*GGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCACCCAATTCTTAGGCTTGTCGAACT
CTAAAGAAGTAGGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCTTCAAAGGAATCAG
CTAGAACTCGATCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCAGGGACCATTGGTGGAGACAA
GAGCGACGGCAGGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGGGAACTTGTCGAGGAACTTAG
GCTCGATGACGAGCCAGGAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAGTAACGAAGACGCT
CGAACAATTGCTCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAACTTTGCGTTCGCAACCA
GGAAGTAGTACTTACTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTGTTGTTCAACGGAGGAGGTGG
CAGCGGTTATGAAAGAGGAGGAGGAGAAATGTGAGGATAGAGACAGAGGCTGTTGCTGCG
GAGAGGGATGGAGCTTATTCGTCTGCTTGGGAAGAAGAGTAGAGGAGACGAGTAACGGTT
TCGTACGGCAAGCGGCGGCCGTTGGCACCGCTACCACGCCAAATGCTCCGGTGACGCTCC
ACATTTTCTGAACTGAGTAGTGTGTTTTGATCGAGGCCC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3EH22TF 703 0 0
AGTACTACTATGCTAGAGATTCTTGTTTTGCTTTGGGCAAGAAGGTTTCCCACCATCCC*
GGTTCATACTTGGGGTATGGCGCCACCCAATTCTTAGGCTTGTCGAACTCTAAAGAAGTA
AGAGTGAAGGCCAAGGCTTCATCAAGAGAGGTAGCTTCAAAGGAATCAGCTAGAACTCGA
TCCAACCTTAACTTCATGAACGTGATCCAGGGACCATTGGTGGAGACAAGGGCGACGGCA
GGGCGACGGAGCCTTTGAGTGATCTTGGGGAACTTGTCGAGGAACTTAGGCTCGATGACG
AGCCAGAAGTCTAGCTCCTTTTCATTCTCTCCGTAGTAACGAAGACGCTCGAACAATTGC
TCCTGAAAGTGTTCCTCTTCGTCAAGCATGAACTTTGCGTTCGCAACCAGGAAGTAGTAC
TTACTGCTAACTCCCTTATTATCAGACTGTTGTTCAACGGAGGAGGTGGCAGCGGTTATG
AAAGAGGGGGAGGAGAAATGTGAGGATAGAGACAGAGGCTGTTGCTGCGGAGAGGGATGG
AGCTTATTCGTCTGCTTGGGAAGAAGAGTAGAGGAGACGAGTAACGGTTTCGTACGGCAA
GCGGCGGCCGTTGGCACCGCTACCACGCCAAATGCTCCGGTGACGCTCCACATTTTCTGA
ACTGAGTAGTGTGTTTTGATCGAGGCAGAGGAATCTGGAAAAA

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 18

CO CL31Contig1 1169 18 23 U
CGGGGGATGCAAGCATCTCATAGTCTGTTTATGTTGCTACTTCTCCTGCGTATCTGAGTA
CACTTGGCAAACCAGGAACGAAACAAATTGGATGTCATTACATTCTAACTGGTTAGAAAC
TATTCCACGCCAGCCTCTGTGGTTCTTTATAAAGATTCTCACTCTCTCCCTCTACTTATA
TAAAATCCTCACTTTCGATTATTCGTTTCCTCACATCTTAAGAGAGAAGGCAAGAGGTGG
CCTCATGGCAACTTTGATCTCCGGAGCTATGCTTAGTGGATTGGGTTCTACTGTCTCGAT
CAGCAGGAGAAGCAGCGTCGGCCGTATAGATATGAGAGTTGGCTGGAAGAATGTGATCAT
TTCACCTCAGCGCAAGAAGTCGTGGGTCATGGCCGCCGTGAAAGATGATGATGGCAACTC
AAAGCTAGATCCAAAA*TGGCTCGATGATGCCTCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAGG
AGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCACATGAAGGACAAGAGGTTTTAGATCACA
TACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAAGCTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACTG
AAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCGGAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAAG
CTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAAG
ATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAAGAGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAAA
CGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGAGGCAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAATT
CTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCCTAACGTCTAAACAAATACAAGGTGTTGAT
ATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATATAAAAAAAACTGTTATAATCAGTGGTTT
ATCTTTTACTGAAAATTTTAATTCGAATATATTTGCAAAATAAGCCATACACAGTTATTT
TCAGTTTTGATATAACTGAAATATGTGTTGGTCGTTCCCGATTCTCAGATGTATATTGGA
ACCCTATACATATAAATCAATTTGAGGCAGTAATGTATTTTATTTTTATTTTGTGAGAAT
ATATTGATACATAAACTTGGTGGTTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 50 50 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 
97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 97 70 70 70 97 97 97 70 97 97 97 97 97 97 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 
65 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 90 90 90 90 90 45 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 55 55 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 60 
85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 25 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 60 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 70 85 85 85 85 85 85 85 85 55 30 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 75 75 75 45 45 75 75 75 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 45 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 30 30 30 30 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 20 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 30 30 30 30 30 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E219TF U 1
AF RR3A455JQ C 469
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AF RR3EW19TF U 211
AF RR3A455TF U 176
AF RR3AC40TF U 211
AF RR3B378TF U 178
AF RR3EC52JQ C 292
AF RR3AO38JQ C 431
AF RR3AO38TF U 451
AF RR3BT46JQ C 456
AF RR3EW19JQ C 456
AF RR3E219JQ C 370
AF RR3B378JQ C 246
AF RR3AC40JQ C 257
AF RR3CO94JQ C 326
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BS 468 468 RR3A455TF
BS 469 638 RR3E219TF
BS 639 661 RR3A455TF
BS 662 663 RR3CO94TF
BS 664 806 RR3A455TF
BS 807 807 RR3B378TF
BS 808 844 RR3A455TF
BS 845 845 RR3B378TF
BS 846 891 RR3A455TF
BS 892 892 RR3B378TF
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BS 1000 1000 RR3AC40TF
BS 1001 1034 RR3A455TF
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BS 1036 1080 RR3B378TF
BS 1081 1081 RR3AO38TF
BS 1082 1095 RR3B378TF
BS 1096 1102 RR3AO38TF
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TAAAATCCTCACTTTCGATTATTCGTTTCCTCACATCTTAAGAGAGAAGGCAAGAGGTGG
CCTCATGGCAACTTTGATCTCCGGAGCTATGCTTAGTGGATTGGGTTCTACTGTCTCGAT
CAGCAGGAGAAGCAGCGTCGGCCGTATAGATATGAGAGTTGGCTGGAAGAATGTGATCAT
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TACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAAGCTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACTG
AAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCGGAAAAA

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DS 

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TGGAGGAAGAAGC**TTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAAAAAACAG
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TGAGC

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DS 

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GGAT
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TCAGCAGGAGAAACAGCGTCGGCCGTATAGATATGAGAGTTGGCTGGAAGAATGTGATCA
TTTCACCTCAGCGCAAGAAGTCGTGGGTCATGGCCGCCGTGAAAGATGATGATGGCAACT
CAAAGCTAGATCCAAAA*TGGCTCGATGATGCCTCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAG
GAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCACATGAAGGACAAGAGGTTTTAGATCAC
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GAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCGGAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAA
GCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAA
GATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAAGAGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAA

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DS 

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GGGTTCTACTGTCTCGATCAGCAGGAGAAGTAGCGTCGGCCGTATAGATATGAGAGTTGG
CTGGAAGAATGTGATCATTTCACCTCAGCGCAAGAAGTCGTGGGTCATGGCCGCCGTGAA
AGATGATGATGGCAACTCAAAGCTAGATCCAAAA*TGGCTCGATGATGCCTCAGAGAAAG
CTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCACATGAAGGAC
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CCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCGGAAAAAGCCA
AAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAAA
AAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAAGAGTTGGCGA
CGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGAG*CAAAAGAAG
CGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCCTAACGTCTAAA
CAAATACAA*GTGTTGATATACAAA*CATACTTTTTATCACGTGAGAA*ATAAAAAAA

QA 11 728 11 728
DS 

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GG
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CCGCCGTGAAAGATGATGATGGCAACTCAAAGCTAGATCCAAAA*TGGCTCGATGATGCC
TCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCA
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GCTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCG
GAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTC
GTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAA
GAGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGAG
GCAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCCT
AACGTCTAAACAAATACAA*GTGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATA
TAAAAAAA*CTGTTATAATCAGTGGTTTATCTTTTACTGAAA
TTTTAAT

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GG
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TTAGTGGATTGGGTTCTACTGTCTCGATCAGCAGGAGAAGCAGCGTCGGCCGTATAGATA
TGAGAGTTGGCTGGAAGAATGTGATCATTTCACCTCAGCGCAAGAAGTCGTGGGTCATGG
CCGCCGTGAAAGATGATGATGGCAACTCAAAGCTAGATCCAAAA*TGGCTCGATGATGCC
TCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCA
CATGAAGGACAAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCAAAACACTGCTTTATGGAGAAA
GCTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCG
GAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTC
GTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAA
GAGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAA*ACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGAG
GCAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCCT
AACGTCTAA*CAAATACAA*GTGTTGATATACAAA*CATACTTTTTATCACGTGAGA*TA
TAAAAAAA*CTGT*ATAATCAGTGGTTTATCTTT
ACTGAAATTTTAT

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DS 

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GGAT
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TCAGCAGGAGAAGCAGCGTCGGCCGTATAGATATGAGAGTTGGCTGGAAGAATGTGATCA
TTTCACCTCAGCGCAAGAAGTCGTGGGTCATGACCGCCGTGAAAGATGATGATGGCAACT
CAAAGCTAGATCCAAAA*TGGCTCGATGATGCCTCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAG
GAGAAGGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCACATGAAGGACAAGAGGTTTTAGATCAC
ATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAAGCTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACT
GAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCGGAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAA
GC**TTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAA
GATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAAGAGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAA
ACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAACCGAGGCAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAAT
TCTGA*GAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCCTAACGTCTAAACAAATACAAAGTGTTGA
TATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATATAAAAAAAACTGTTATAATCAGTGGTT
TATCTTTTACTGAAAATTTTAATTCGAATATATTTGCAAA*TAAGCCATACACAGTTATT
TTCAGTTTTGATATA
C

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DS 

RD RR3AC40TF 811 0 0
GG
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TTAGTGGATTGGGTTCTACTGTCTCGATCAGCAGGAGAAGCAGCGTCGGCCGTATAGATA
TGAGAGTTGGCTGGAAGAATGTGATCATTTCACCTCAGCGCAAGAAGTCGTGGGTCATGG
CCGCCGTGAAAGATGATGATGGCAACTCAAAGCTAGATCCAAAA*TGGCTCGATGATGCC
TCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCA
CATGAAGGACAAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAA
GCTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCG
GAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTC
GTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAA
GAGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAGACGGCTATA**CATTGGAGAGAAAGCAGCCGAG
GCAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCCT
AACGTCTAAACAAATACAAAGTGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATA
TAAAAAAAACTGTTATAATCAGTGGTTTATCTTTTACTGAAAATTTTAATTCGAATATAT
TTGCAAAATAAGCCATACACAGTTATTTT

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DS 

RD RR3B378TF 918 0 0
GG
ATAAAATCCTCACTTTCGATTATTCGTTTCCTCACATCTTAAGAGAGAAGGCAAGAGGTG
GCCTCATGGCAACTTTGATCTCCGGAGCTATGCTTAGTGGATTGGGTTCTACTGTCTCGA
TCAGCAGGAGAAGCAGCGTCGGCCGTATAGATATGAGAGTTGGCTGGAAGAATGTGATCA
TTTCACCTCAGCGCAAGAAGTCGTGGGTCATGGCCGCCGTGAAAGATGATGATGGCAACT
CAAAGCTAGATCCAAAA*TGGCTCGATGATGCCTCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAG
GAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCACATGAAGGACAAGAGGTTTTAGATCGC
ATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAAGCTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACT
GAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTT***GGCGGAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAGGAA
GCTGTTTCAATTACGGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAA
GATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAAGAGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAA
ACGGCTATATACATTGTAGAGAAAGCAGCCGAGGCAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAAT
TCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCCTAACGTCTAAACAAATACAAGGTGTTGA
TATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATATAAAAAAAACTGTTATAATCAGTGGTT
TATCTTTTACTGAAAATTTTAATTCGAATATATTTGCAAA*TAAGCCATACACAGTTATT
TTCAGTTTTGATATA*CTGAAATATGTGTTGGTCGTTCCCGATTCTCAGATGTATATTGG
A*CCCTATACATATAA

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DS 

RD RR3EC52JQ 836 0 0
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TGTGATCATTTCACCTCAGCGCAAGAAGTCGTGG*TCATGGCCGCCGTGAAAGATGATGA
TGGCAACTCAAAGCTAGATCCAAAA*TGGCTCGATGATGCCTCAGAGAAAGCTTCCGAGT
ACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCACATGAAGGACAAGAGGTTT
TAGATCACATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAAGCTGGTGTAGCCATGGACA
TGGTGACTGAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCGGAAAAAGCCAAAGTGATGG
AGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAAAAAACAGGTG
AAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAAGAGTTGGCGACGGATATGA
GCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGAGGCAAAAGAAGCGATATTGC
CTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTTTAGAGCCCTAACGTCTAAACAAATACAA
GGTGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATATAAAAAAAACTGTTATAAT
CAGTGGTTTATCTTTTACTGAAAATTTTAATTCGAATATATTTGCAAAATAAGCCATACA
CAGTTATTTTCAGTTTTGATATAACTGAAATATGTGTTGGTCGTTCCCGATTCTCAGATG
TATATTGGAACCCTATACATATAAATCAATTTGAGGCAGTAATGTATTTTATTT
CT

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR3AO38JQ 689 0 0
G
CAAAA*TGGCTCGATGATGCCTCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGC
GAAGTTGGACACTTGACTGCACATGAAGGACAAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCA
GAACACTACTTTATGGAGAAAGCTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCAC
ATAGCTTCAGATTTTGTGGCAGAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATT
ACAGAGAAAGCCAAAGATTTCGTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATC
GAAAAAGCTGGTGAAGCCAAAGAGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATAC
ATTGGAGAGAAAGCAGCCGAGGCAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAG
ATTGTATTTGTCTACAGCCCTAACGTCTAAACAAATACAAGGTGTTGATATACAAAACAT
ACTTTTTATCACGTGAGAATATAAAAAA**CTGTTATAATCAGTGGTTTATCTTTTACGA
AAATTTTTAATTCGAATATATTTGCAAAATAAGCCATACACAGTTATTT*CAGTTTTGAT
ATAACTGAAATATGTGTTGGTCGTTC*******TCAGATGTATATTGGAACCCTATACAT
ATAAATCAATT*GAGGCAGTAATGTATT

QA 2 689 2 689
DS 

RD RR3AO38TF 669 0 0
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CACATGAAGGACAAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCAGAACACTACTTTATGGAGA
AAGCTGGTGTAGCCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCACATAGCTTCAGATTTTGTGG
CAGAAAAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAGAAAGCCAAAGATT
TCGTAGTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCA
AAGAGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCG
AGGCAAAAGAAGCGATATTGCCTCCAAATTCTGAAGAATAGATTGTATTTGTCTACAGCC
CTAACGTCTAAACAAATACAAGGTGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAA
TATAAAAAA**CTGTTATAATCAGTGGTTTATCTTTTACGAAAATTTTTAATTCGAATAT
ATTTGCAAAATAAGCCATACACAGTTATTT*CAGTTTTGATATAACTGAAATATGTGTTG
GTCGTTC*******TCAGATGTATATTGGAACCCTATACATATAAATCAATT*GAGGCAG
TAATGTATT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3BT46JQ 669 0 0
GAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTTGACTGCACAT
GAAGGACAAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCAAAACACTACTTTATGGAGAAAGCT
GGTGTAGCCATGGACATGGTGACTGAAAATGCTCACACAGCTTCAGATTTTGTGGCGGAA
AAAGCCAAAGTGATGGAGGAAGAAGCTGTTTCAATTACAGAAAAAGCCAAAGATTTCGTA
GTTGAAAAAACAGGTGAAGCTAAAGATTTCATCATCGAAAAAGCTGGTGAAGCCAAAGAG
TTGGCGACGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGCAGCCGAGGCA
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GTCTAAACAAATACAAGGTGTTGATATACAAAACATACTTTTTATCACGTGAGAATATAA
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DS 

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GAAGGACAAGAGGTTTTAGATCACATACAAAGAGCAAAACACTGCTTTATGGAGAAAGCT
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QA 1 651 1 651
DS 

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DS 

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GGAGAAGCAGCGTCGGCCGTATAGATATGAGAGTTGGCTGGAAGAATGTGATCATTTCAC
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ATACATATAAATCAATTTGAGGCAGTAATGTATTTTATTTTTATTTTGTGAGAATATATT
GATACAT
AC

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DS 

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ATCTCCGGAGCTATGCTTAGTGGATTGGGTTCTACTGTCTCGATCAGCAGGAGAAGCAGC
GTCGGCCGTATAGATATGAGAGTTGGCTGGAAGAATGTGATCATTTCACCTCAGCGCAAG
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TTGGTGGTTTGTG

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DS 

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GTCATGGCCGC*GTGAAAGATGATGATGGCAACTCAAAGCTAGATCCAAAA*TGGCTCGA
TGATGCCTCAGAGAAAGCTTCCGAGTACGTGAAGGAGAAAGGAAGCGAAGTTGGACACTT
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AGCCAAAGAGTTGGCGACGGATATGAGCAAAAAAACGGCTATATACATTGGAGAGAAAGC
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GAGAATATAAAAAAAACTGTTATAATCAGTGGTTTATCTTTTACTGAAAATTTTAATTCG
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TGTTGGTCGTTCCCGATTCTCAGATGTATATTGGAACCCTATACATATAAATCAATTTGA
GGCAGTAATGTATTTTATTTTTATTTTGTGAGAATATATTGATACAT

QA 1 827 1 827
DS 



AS 2 17

CO CL32Contig1 1205 14 26 U
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AGTCCAAAACCACTCTCAAAAGGATCGTTCTTACATCTTCTTGCTCCTCCATACGGTACC
GCTTCGACGCCACCAAAGCCTCTCCGCTCAACGAGTCGCATTGGAGCGACACTGAATACT
GCAAACGCTTCAACCTTTGGTACGCATATGCAAAGACTCTTGGTGAGAAAGAGGCTTGGA
GGATAGCTGAAGAGAAAGGGTTGAACTTAGTGGTTGTGAATCCTTCCTTTGTGGTTGGTC
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TTGCTCATTGGTCTGAGATCATTGAGTTGCTAAGAAACAAGTATCCTAATTACCCACTTG
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GCAGCTTTCAGGAGAAGGGTCTGCTCTGATGATAGTACCAAATCCATGTCGTTTCTGGAT
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TTACC


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 55 55 55 55 55 55 30 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 45 45 
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50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 

AF RR3CK62TF U 1
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AF RR3CP20TF U 1
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QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3FW45TF 682 0 0
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CATTGCTTGGACCTAAACCAACAAGCACTCTTCTTTATATCCTCTCCATTGTCAAAG*TC
TTGCTGGAGAGTACCGGAATTT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3AD75TF 752 0 0
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GGCTGAAGATGTTCAAAGCTGATTTAACGGTTGATGGAAGCTTTGACGAAGCAGTAAACG
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AAGAAACACTGGTCGATCCTATCATAAAGGGTACAACCAATGTGATGAACTCTTGTTCCA
AGTCCAAAACCACTCTCAAAAGGATCGTTCTTACATCTTCTTGCTCCTCCATACGGTACC
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GCAAACGCTTCAACCTTTGGTACGCATATGCAAAGACTCTTGGTGAGAAAGAGGCTTGGA
GGATAGCTGAAGAGAAAGGGTTGAACTTAGTGGTTGTGAATCCTTCCTTTGTGGTTGGTC
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TTGCTGGAGAGTACCGGAATTTTACG*TCGGGTTTGTGCACATAGACGATGTAGTTGCTG
CACACGTGTTAGCCATGGAAGAGCCTAAAGCA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3CP20TF 777 0 0
GGACGGCAGAGACAGAGAAAGAGATGTCAGAGTATCTGGTCACTGGAGGAACTGGTTTCA
TCGCTTCTTACATCATCAAATCACTCCTCGAACTCGGACACACCGTTCGAACCACTGTCC
GAAACCCTCAGGATGAAGAGAAAGTAGGTTTCCTATGGGAACTGAGAGGAGCGAAAGAGA
GGCTGAAGATGTTCAAAGCTGATCTAACGGTTGATGGAAGCTTTGACGAAGCAGTAAACG
GCGTAGATGGAGTCTTCCACACGGCCTCTCCTGTTATTGTTCCACAGGATCACAACATTC
AAGAAACATTGGTTGATCCTATCATAAAGGGTACAACCAACGTGATGAACTCTTGTGCCA
AATCCAAAACCACTCTCAAAAGGATCGTTCTTACATCTTCTTGCTCCTCCATACGGTACC
GTTTCGACGCCACCAAAGCCTCTCCGCTCAACGAGTCGCATTGGAGCGACATTGAATACT
GCAAACGCTTCAACCTTTGGTACGCGTATGCAAAGACTCTAGGTGAGAAAGAGGCTTGGA
GGATAGCTGAAGAGAAAGGGTTGAACTTAGTGGTAGTGAATCCTTCCTTTGTGGTTGGTC
CATTGCTTGGACCTAAACCAACAAGCACTCTTCTTTATATCCTCTCCGTTGTCAAAGGTC
TTGCTGGAGAGTACCGGAATTTTACGGTCGGGTTTGTGCACATAGACGATGTAGTTGATG
CACATGTGTTAGCCATGGAAGAGCCTAAAGCATCAGG*AGAATCATATGCTCAAGTT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3AI05TF 856 0 0
GGACGGCAGAGACAGAGAAAGAGATGTCAGAGTATCTGGTCACTGGAGGAACTGGTTTCA
TCGCTTCTTACATCATCAAATCACTCCTCGAACTCGGACACACCGTTCGAACCACTGTCC
GAAACCCTCAGGATGAAGAGAAAGTAGGTTTCCTATGGGAACTGAGAGGAGCGAAAGAGA
GGCTGAAGATGTTCAAAGCTGATCTAACGGTTGATGGAAGCTTTGACGAAGCAGTAAACG
GCGTAGATGGAGCCTTCCACACGGCCTCTCCTGTTATTGTTCCACAGGATCACAACATTC
AAGAAACATTGGTTGATCCTATCATAAAGGGTACAACCAACGTGATGAACTCTTGTGCCA
AATCCAAAACCACTCTCAAAAGGATCGTTCTTACATCTTCTTGCTCCTCCATACGGTACC
GTTTCGACGCCACCAAAGCCTCTCCGCTCAACGAGTCGCATTGGAGCGACATTGAATACT
GCAAACGCTTCAACCTTTGGTACGCGTATGCAAAGACTCTAGGTGAGAAAGAGGCTTGGA
GGATAGCTGAAGAGAAAGGGTTGAACTTAGTGGTAGTGAATCCTTCCTTTGTGGTTGGTC
CATTGCTTGGACCTAAACCAACAAGCACTCTTCTTTATATCCTCTCCGTTGTCAAAGGTC
TTGCTGGAGAGTACCGGAATTTTACGGTCGGGTTTGTGCACATAGACGATGTAGTTGAC*
CACATGTGTTAGCCATGGAAGAGCCTAAAGCATCAGGGAGAATCATATGCTCAAGTTCGG
TTGCTCACTGGTCTGAGATCATTGAGTTGCTACGAAACAAGTATCCTAATTACCCACTTG
AGAACAAGTGCAGTGA

QA 1 856 1 856
DS 

RD RR3B533TF 885 0 0
GGACGGCAGAGACAGAGAAAGAGATGTCAGAGTATCTGGTCACTGGAGGAACTGGTTTCA
TCGCTTCTTACATCATCAAATCACTCCTCGAACTCGGACACACCGTTCGAACCACTGTCC
GAAGCC*TCAGGATGAAGAGAAAGTAGGTTTCCTATGGGAACTGAGAGGAGCGAAAGAGA
GGCTGAAGATGTTCAAAACTGATTTAACGGTTGATGGAAGCTTTGACGAAGCAGTAAACG
GCGTAGATGGAGTCTTCCACACGGCTTCTCCTGTTCTCGTTCCACAGGATCACAATATTC
AAGAAACACTGGTCGATCCTATCATAAAGGGTACAACCAATGTGATGAACTCTTGTGCCA
AGTCCAAAACCACTCTCAAAAGGATCGTTCTTACATCTTCTTGCTCCTCCATACGGTACC
GCTTCGACGCCACCAAAGCCTCTCCGCTCAACGAGTCGCATTGGAGCGACACTGAATACT
GCAAACGCTTCAACCTTTGGTACGCATATGCAAAGACTCTTGGTGAGAAAGAGGCTTGGA
GGATAGCTGAAGAGAAAGGGTTGAACTTAGTGGTTGTGAATCCTTCCTTTGTGGTTGGTC
CATTGCTTGGACCTAAACCAACAAGCACTCTTCTTTATATCCTCTCCATTGTCAAAGGTC
TTGCTGGAGAGTACCGGAATTTTACGGTCGGGTTTGTGCACATAGACGATGTAGTTGCTG
CACACGTGTTAGCCATAGAAGAGCCTAAAGCATCAGGGAGAATCGTGTGTTCGAGTTCGG
TTGCTCATTGGTCTGAGATCATTGAGTTGCTAAGAAACAAGTATCCTAATTACCCACTTG
AGAACAAGTGCAGTGACAAAGAAGGGGACA
CATCCACATAGTATG

QA 1 870 1 870
DS 

RD RR3B533JQ 868 0 0
GTAAACGGCGTAGATGGAGTCTTCCACACGGCTTCTCCTGTTCTCGTTCCACAGGATCAC
AATATTCAAGAAACACTGGTCGATCCTATCATAAAGGGTACAACCAATGTGATGAACTCT
TGTGCCAAGTCCAAAACCACTCTCAAAAGGATCGTTCTTACATCTTCTTGCTCCTCCATA
CGGTACCGCTTCGACGCCACCAAAGCCTCTCCGCTCAACGAGTCGCATTGGAGCGACACT
GAATACTGCAAACGCTTCAACCTTTGGTACGCATATGCAAAGACTCTTGGTGAGAAAGAG
GCTTGGAGGATAGCTGAAGAGAAAGGGTTGAACTTAGTGGTTGTGAATCCTTCCTTTGTG
GTTGGTCCATTGCTTGGACCTAAACCAACAAGCACTCTTCTTTATATCCTCTCCATTGTC
AAAGGTCTTGCTGGAGAGTACCGGAATTTTACGGTCGGGTTTGTGCACATAGACGATGTA
GTTGCTGCACACGTGTTAGCCATAGAAGAGCCTAAAGCATCAGGGAGAATCGTGTGTTCG
AGTTCGGTTGCTCATTGGTCTGAGATCATTGAGTTGCTAAGAAACAAGTATCCTAATTAC
CCACTTGAGAACAAGTGCAGTGACAAAGAAGGGGACAACAATCCACATAGTATGGATACA
AGGAAGATACATGAGTTAGGATTTGCATCGTTCAAGTCATTGCCTGAGATGTTTGATGAT
TGTATCCGCAGCTTTCAGGAGAAGGGTCTGCTCTGATGATAGTACCAAATCCATGTCGTT
TCTGGATCGTGTTTTGTTACCGGTTGAAACACCTCTTTAGTTTATGGTTCCAGTATAATA
ATAAAAACTTAATAAGCTGGATTTGA
CT

QA 1 866 1 866
DS 

RD RR3FW45JQ 622 0 0
TGCAAACGCTTCAACCTTTGGTACGCATATGCAAAGACTCTTGGTGAGAAAGAGGCTTGG
AGGATAGCTGAAGAGAAAGGGTTGAACTTAGTGGTTGTGAATCCTTCCTTTGTGGTTGGT
CCATTGCTTGGACCTAAACCAACAAGCACTCTTCTTTATATCCTCTCCATTGTCAAAGGT
CTTGCTGGAGAGTACCGGAATTTTACGGTCGGGTTTGTGCACATAGACGATGTAGTTGCT
GCACACGTGTTAGCCATGGAAGAGCCTAAAGCATCAGGGAGAATCGTGTGTTCGAGTTCG
GTTGCTCATTGGTCTGAGATCATTGAGTTGCTAAGAAACAAGTATCCTAATTACCCACTT
GAGAACAAGTGCAGTGACAAAGAAGGGGACAACAATCCACATAGTATGGATACAAGGAAG
ATACATGAGTTAGGATTTGCATCGTTCAAGTCATTGCCTGAGATGTTTGATGATTGTATC
CGCAGCTTTCAGGAGAAGGGTCTGCTCTGATGATAGTACCAAATCCATGTCGTTTCTGGA
TCGTGTTTTGTTACCGGTTGAAACACCTCTTTAGTTTATGGTTCCAGTATAATAATAAAA
ACTTAATAAGCTGGATTTGATT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3AI63JQ 672 0 0
TCCGCTCAACGAGTCGCATTGGAGCGACACTGAATACTGCAAACGCTTCAACCTTTGGTA
CGCATATGCAAAGACTCTTGGTGAGAAAGAGGCTTGGAGGATAGCTGAAGAGAAAGGGTT
GAACTTAGTGGTTGTGAATCCTTCCTTTGTGGTTGGTCCATTGCTTGGACCTAAACCAAC
AAGCACTCTTCTTTATATCCTCTCCATTGTCAAAGGTCTTGCTGGAGAGTACCGGAATTT
TACGGTCGGGTTTGTGCACATAGACGATGTAGTTGCTGCACACGTGTTAGCCATGGAAGA
GCCTAAAGCATCAGGGAGAATCGTGTGTTCGAGTTCGGTTGCTCATTGGTCTGAGATCAT
TGAGTTGCTAAGAAACAAGTATCCTAATTACCCACTTGAGAACAAGTGCAGTGACAAAGA
AGGGGACAACAATCCACATAGTATGGATACAAGGAAGATACATGAGTTAGGATTTGCATC
GTTCAAGTCATTGCCTGAGATGTTTGATGATTGTATCCGCAGCTTTCAGGAGAAGGGTCT
GCTCTGATGATAGTACCAAATCCATGTCGTTTCTGGATCGTGTTTTGTTACCGGTTGAAA
CACTTCTTTAGTTTATGGTTCCAGTATAATAATAAAAACTTAATAAGCTGGATTTGATTA
ATCGCTTGCTCT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3C590JQ 736 0 0
TTCGACGCCACCAAAGCCTCTCCGCTCAACGAGTCGCATTGGAGCGACACTGAATACTGC
AAACGCTTCAACCTTTGGTACGCATATGCAAAGACTCTTGGTGAGAAAGAGGCTTGGAGG
ATAGCTGAAGAGAAAGGGTTGAACTTAGTGGTTGTGAATCCTTCCTTTGTGGTTGGTCCA
TTGCTTGGACCTAAACCAACAAGCACTCTTCTTTATATCCTCTCCATTGTCAAAGGTCTT
GCTGGAGAGTACCGGAATTTTACGGTCGGGTTTGTGCACATAGACGATGTAGTTGCTGCA
CACGTGTTAGCCATGGAAGAGCCTAAAGCATCAGGGAGAATCGTGTGTTCGAGTTCGGTT
GCTCATTGGTCTGAGATCATTGAGTTGCTAAGAAACAAGTATCCTAATTACCCACTTGAG
AACAAGTGCAGTGACAAAGAAGGGGACAACAATCCACATAGTATGGATACAAGGAAGATA
CATGAGTTAGGATTTGCATCGTTCAAGTCATTGCCTGAGATGTTTGATGATTGTATCCGC
AGCTTTCAGGAGAAGGGTCTGCTCTGATGATAGTACCAAATCCATGTCGTTTCTGGATCG
TGTTTTGTTACCGGTTGAAACACCTCTTTAGTTTATGGTTCCAGTATAATAATAAAAACT
TAATAAGCTGGATTTGATTAATCGCTTGCTCTAATCTTCTTGTATTAAGCGTCTTGTGCA
GTCTATAGTTTTTTCC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3EX35JQ 249 0 0
G
GGATTTGCATCGTTCAAGTCATTGCCTGAGATGTTTGATGATTGTATCCGCAGCTTTCAG
GAGAAGGGTTTGCTTTGATGATAGTACCAAATCCATGTCGTTTTTGGATCGTGTTTTGTT
ACCGGTTGAAACACCTCTTTAGTTTATGGTTCCAGTATAATAATAAAAACTTAATAAGCT
GGATTTGATTAATCGCTTGCTCTAATCTTCTTGTATTAAGCGTCTTATGCAGTCTATAGT
TTTTTCC
G

QA 2 248 2 248
DS 

RD RR3EX35TF 249 0 0
G
GGATTTGCATCGTTCAAGTCATTGCCTGAGATGTTTGATGATTGTATCCGCAGCTTTCAG
GAGAAGGGTCTGCTCTGATGATAGTACCAAATCCATGTCGTTTCTGGATCGTGTTTTGTT
ACCGGTTGAAACACCTCTTTAGTTTATGGTTCCAGTATAATAATAAAAACTTAATAAGCT
GGATTTGATTAATCGCTTGCTCTAATCTTCTTGTATTAAGCGTCTTATGCAGTCTATAGT
TTTTTCC
G

QA 2 248 2 248
DS 

RD RR3H815JQ 502 0 0
G
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GTGTGTTCGAGTTCGGTTGCTCATTGGTCTGAGATCATTGAGTTGCTAAGAAACAAGTAT
CCTAATTACTCACTTGAGAACAAGTGCAGTGACAAAGAAGGGGACAACAATCCACATAGT
ATGGATACAAGGAAGATACATGAGTTAGGATTTGCATCGCTCAAGTCATTGCTTGAGATG
TTTGATGATTGTATCCGCAGCTTTCAGGAGAAGGGTCTGCTCTGATGATAGTACCAAATC
CATGTCGTTTCTGGATCGTGTTTTGTTACCGGTTGAAACACCTCTTTAGTTTATGGTTCC
AGTATAATAATAAAAACTTAATAAGCTGGATTTGATTAATCGCTTGCTCTAATCTTCTTG
CATTAAGCGTCTTATGCAGTCTATAGTTTTTTCCAAGAGCTGTGCATTGCTAGTTAGTAA
TAGCCCACAATGAAAATTACC

QA 2 502 2 502
DS 

RD RR3H815TF 502 0 0
G
GACGATGTAGTTGCTGCACACGTGTTAGCCATGGAAGAGCCTAAAGCATCAGGGAGAATC
GTGTGTTCGAGTTCGGTTGCTCATTGGTCTGAGATCATTGAGTTGCTAAGAAACAAGTAT
CCTAATTACTCACTTGAGAACAAGTGCAGTGACAAAGAAGGGGACAACAATCCACATAGT
ATGGATACAAGGAAGATACATGAGTTAGGATTTGCATCGCTCAAGTCATTGCTTGAGATG
TTTGATGATTGTATCCGCAGCTTTCAGGAGAAGGGTCTGCTCTGATGATAGTACCAAATC
CATGTCGTTTCTGGATCGTGTTTTGTTACCGGTTGAAACACCTCTTTAGTTTATGGTTCC
AGTATAATAATAAAAACTTAATAAGCTGGATTTGATTAATCGCTTGCTCTAATCTTCTTG
CATTAAGCGTCTTATGCAGTCTATAGTTTTTTCCAAGAGCTGTGCATTGCTAGTTAGTAA
TAGCCCACAATGAAAATTACC

QA 2 502 2 502
DS 



CO CL32Contig2 877 3 2 U
GGAAAAAACTATAGACTGCGAAAAGACGCTTAATACAAGATTAGAGCAAGCGATTAATCA
AATCCAGCTTATTAAGTTTTATTATTATTATACTGGAACCATAAACTAAAGAGGTGCTTC
AACCAGTAACAAAACACCATCCAGAAACGACATGGATTTGGAAATATCATCAGAGCAGAC
CCTTCTCCTGAAAACTGCGGATACAATCATCAAACATCTCAGGCAATGACTTGAAAGATG
CAAATCCTAACTCATGTATCTTCCTTGTATCCATACTATGTGGATTGTTGTCCCCTTCTT
TGTCACTGCACTTGTTCTCAAGTGGGTAATTAGGATACTTGTTTCGTAGCAACTCAATGA
TCTCAGACCAGTGAGCAACCGAACTTGAGCATATGATTCTCCCTGATGCTTTAGGCTCTT
CCATGGCTAACACATGTGCATCAACTACATCGTCTATGTGCACAAACCCGACCGTAAAAT
TCCGGTACTCTCCAGCAAGACCTTTGACAACGGAGAGGATATAAAGAAGAGTGCTTGTTG
GTTTAGGTCCAAGCAATGGACCAACCACAAAGGAAGGATTCACTACCACTAAGTTCAACC
CTTTCTCTTCAGCTATCCTCCAAGCCTCTTTCTCACCTAGAGTCTTTGCATACGCGTACC
AAAGGTTGAAGCGTTTGCAGTATTCAATGTCGCTCCAATGCGACTCGTTGAGCGGAGAGG
CTTTGGTGGCGTCGAAACGGTACCGTATGGAGGAGCAAGAAGATGTAAGAACGATCCTTT
TGAGAGTGGTTTTGGATTTGGCACAAGAGTTCATCACGTTGGTTGTACCCTTTATGATAG
GATCAACCAATGTTTCTTGAATGTTGTGATCCTGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK62JQ U 54
AF RR3CP20JQ U 1
AF RR3AI05JQ U 66
BS 1 824 RR3CP20JQ
BS 825 877 RR3AI05JQ

RD RR3CK62JQ 677 0 0
CTG
ATCAAATCCAGCTTATTAAGTTTTATTATTATTATACTGGAACCATAAACTAAAGAGGTG
CCTCAACCAGTAACAAAACACCATCCAGAAACGACATGGATTTGGAAATATCATCAGAGC
AAACCCTTCTCCTGAAAACTGCGGATACAATCATCAAACATCTCAGGCAATGACTTGAAA
GATGCAAATCCTAACTCATGTATCTTCCTTGTATCCATACTATGTGGATTGTTGTCCCCT
TCTTTGTCACTGCACTTGTTCTCAAGTGGGTAATTAGGATACTTGTTTCGTACCAACTCA
ATGATCTCAGACCAGTGAGCAACCGAACTTGAGCATATGATTCTCCCTGATGCTTTAGGC
TCTTCCATGGCTAACACATGTGCATCAACTACATCGTCTATGTGCACAAACCCGACCGTA
AAATTCCGGTACTCTCCAGCAAGACCTTTGACAACGGAGAGGATATAAAGAAGAGTGCTT
GTTGGTTTAGGTCCAAGCAATGGACCAACCACAAAGGAAGGATTCACTACCACTAAGTTC
AACCCTTTCTCTTCAGCTATCCTCCAAGCCTCTTTCTCACCTAGAGTCTTTGCATACGCG
TACCAAAGGTTGAAGCGTTTGCAGTATTCAATGTCGCTCCAATGCGACTCGTTGAGCGGA
GAGGCTTTGGTGGC

QA 4 677 4 677
DS 

RD RR3CP20JQ 824 0 0
GGAAAAAACTATAGACTGCGAAAAGACGCTTAATACAAGATTAGAGCAAGCGATTAATCA
AATCCAGCTTATTAAGTTTTATTATTATTATACTGGAACCATAAACTAAAGAGGTGCTTC
AACCAGTAACAAAACACCATCCAGAAACGACATGGATTTGGAAATATCATCAGAGCAGAC
CCTTCTCCTGAAAACTGCGGATACAATCATCAAACATCTCAGGCAATGACTTGAAAGATG
CAAATCCTAACTCATGTATCTTCCTTGTATCCATACTATGTGGATTGTTGTCCCCTTCTT
TGTCACTGCACTTGTTCTCAAGTGGGTAATTAGGATACTTGTTTCGTAGCAACTCAATGA
TCTCAGACCAGTGAGCAACCGAACTTGAGCATATGATTCTCCCTGATGCTTTAGGCTCTT
CCATGGCTAACACATGTGCATCAACTACATCGTCTATGTGCACAAACCCGACCGTAAAAT
TCCGGTACTCTCCAGCAAGACCTTTGACAACGGAGAGGATATAAAGAAGAGTGCTTGTTG
GTTTAGGTCCAAGCAATGGACCAACCACAAAGGAAGGATTCACTACCACTAAGTTCAACC
CTTTCTCTTCAGCTATCCTCCAAGCCTCTTTCTCACCTAGAGTCTTTGCATACGCGTACC
AAAGGTTGAAGCGTTTGCAGTATTCAATGTCGCTCCAATGCGACTCGTTGAGCGGAGAGG
CTTTGGTGGCGTCGAAACGGTACCGTATGGAGGAGCAAGAAGATGTAAGAACGATCCTTT
TGAGAGTGGTTTTGGATTTGGCACAAGAGTTCATCACGTTGGTT

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR3AI05JQ 812 0 0
AGCTTATTAAGTTTTATTATTATTATACTGGAACCATAAACTAAAGAGGTGCTTCAACCA
GTAACAAAACACCATCCAGAAACGACATGGATTTGGAAATATCATCAGAGCAGACCCTTC
TCCTGAAAACTGCGGATACAATCATCAAACATCTCAGGCAATGACTTGAAAGATGCAAAT
CCTAACTCATGTATCTTCCTTGTATCCATACTATGTGGATTGTTGTCCCCTTCTTTGTCA
CTGCACTTGTTCTCAAGTGGGTAATTAGGATACTTGTTTCGTAGCAACTCAATGATCTCA
GACCAGTGAGCAACCGAACTTGAGCATATGATTCTCCCTGATGCTTTAGGCTCTTCCATG
GCTAACACATGTGG*TCAACTACATCGTCTATGTGCACAAACCCGACCGTAAAATTCCGG
TACTCTCCAGCAAGACCTTTGACAACGGAGAGGATATAAAGAAGAGTGCTTGTTGGTTTA
GGTCCAAGCAATGGACCAACCACAAAGGAAGGATTCACTACCACTAAGTTCAACCCTTTC
TCTTCAGCTATCCTCCAAGCCTCTTTCTCACCTAGAGTCTTTGCATACGCGTACCAAAGG
TTGAAGCGTTTGCAGTATTCAATGTCGCTCCAATGCGACTCGTTGAGCGGAGAGGCTTTG
GTGGCGTCGAAACGGTACCGTATGGAGGAGCAAGAAGATGTAAGAACGATCCTTTTGAGA
GTGGTTTTGGATTTGGCACAAGAGTTCATCACGTTGGTTGTACCCTTTATGATAGGATCA
ACCAATGTTTCTTGAATGTTGTGATCCTGTGG

QA 1 812 1 812
DS 



AS 3 17

CO CL33Contig1 635 5 4 U
GGTTTAGACTGAAAAATATCTTATTAAAATATAAAATGAAGCATAACATGTAGGAAGTAA
TACATGATTTAAGATAATTAAAAAGAGAGACACTTGAGTAAGTAAGCATCTCTAATTTGC
AATAGCTTCTTTAGCCACTGCAGGCTTCTCAACCTCAGGAACCACAAAAGCTGAAACAGG
GAAAGTCCTGGACAATCCGGTCGGTGTCCTGAAATTGATCTTCCCAGAACTTGTTGGCTG
CTCCAAGACAAGCTCATTGAGAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCCTTAACACCGGT
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TTTGTTTTTGAGATCTCTGTCTTTTGTGTTTTTCC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3DW27JQ U 20
AF RR3DW27TF C 20
AF RR3D715JQ U 1
AF RR3D715TF C 27
AF RR3F033JQ U 1
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BS 356 634 RR3D715JQ
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AGAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCCTTAACACCGGTAAGCTTCTTGATCTTTCCG
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ACCTCTTCAATGTCCTTCAATGGCAATAACCCATTAGGCATATCAACTTC
TGAGGAACC

QA 1 470 1 470
DS 

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AAAAAGAGAGACACTTGAGTAAGTAAGCATCTCTAATTTGCAATAGCTTCTTTAGCCACT
GCAGGCTTCTCAACCTCAGGAACCACAAAAGCTGAAACAGGGAAAGTCCTGGACAATCCG
GTCGGTGTCCTGAAATTGATCTTCCCAGAACTTGTTGGCTGCTCCAAGACAAGCTCATTG
AGAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCCTTAACACCGGTAAGCTTCTTGATCTTTCCG
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ACCTCTTCAATGTCCTTCAATGGCAATAACCCATTAGGCATATCAACTTC
TGAGGAACC

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TCTCAACCTCAGGAACCACAAAAGCTGAAACAGGGAAAGTCCTGGACAATCCGGTCGGTG
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TCTTCTCGCGGCATAGCTCATCTCCTGTGTATTTCTCTGCCCTAGCTCTCACTTCATCTG
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TGTTTTTC

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TACATGATTTAAGATAATTAAAAAGAGAGACACTTGAGTAAGTAAGCATCTCTAATTTGC
AATAGCTTCTTTAGCCACTGCAGGCTTCTCAACCTCAGGAACCACAAAAGCTGAAACAGG
GAAAGTCCTGGACAATCCGGTCGGTGTCCTGAAATTGATCTTCCCAGAACTTGTTGGCTG
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ATCAACTTCCTTGAGGAACTCCTTGGTCTTCTCGCGGCATAGCTCATCTCCTGTGTATTT
CTCTGCCCTAGCTCTCACTTCATCTGTAACCAAACCCATATCCCTGTTTTTTTTTGCTTC
TTTGTTTTTGAGATCTCTGTCTTTTGTGTTTTTCC

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DS 



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ATTGCAATTGAAGGACATTGAAGAGGTTGGATACGACAGAGAAACCGGTGTTGTGTGGCT
GAAGCAGAAGAAGAGCATCACTCACAAGTTTGAATCTATTGGGAAACTTGTCTCTTACGG
CACTGAGGTCACTGCCGTGGTGGAAGTCGGAAAGATCAAGAAGCCTACCGGTGTTAAGGC
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TTATGCTTCATTTTATATTTTAATAAGATATTTTTCAGTCTAAACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DA37TF U 1
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BS 1 151 RR3DA37TF
BS 152 586 RR3DA37JQ

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ATGCTGTTGAGTAGGGTTTTATCGAGAGTTTCTCAAGGAAGTTGATATGCCTAATGGGTT
ATTGCAATTGAAGGACATTGAAGAGGTTGGA

QA 1 151 1 151
DS 

RD RR3DA37JQ 586 0 0
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ATGCTGTTGAGTAGGGTTTTATCGAGAGTTTCTCAAGGAAGTTGATATGCCTAATGGGTT
ATTGCAATTGAAGGACATTGAAGAGGTTGGATACGACAGAGAAACCGGTGTTGTGTGGCT
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CACTGAGGTCACTGCCGTGGTGGAAGTCGGAAAGATCAAGAAGCCTACCGGTGTTAAGGC
CAAGGAGCTTCTTATCTGGGTCACTCTCAATGAGCTTGTCTTGGAGCAGCCAACAAGTTC
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CTTACTTACTCAAGTGTCTCTCTTTTTAATTATCTTAAATCATGTATTACTTCCTACATG
TTATGCTTCATTTTATATTTTAATAAGATATTTTTCAGTCTAAACC

QA 1 586 1 586
DS 



CO CL33Contig3 654 10 19 U
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ATAGAAGAGGTTGGATACGACAGAGAAACAGGTGTTGTGTGGCTGAAGCAGAAGAAGAGC
ATCACTCACAAGTTTGAAACTATTGGGAAACTTGTCTCTTACGGCACCGAGGTCACTGCT
GTGGTGGAAGTTGGAAAGATCAAGAAGCTGACCGGTGTTAAGGCCAAAGAGCTTCTTATT
TGGGTCACTCTCAATGAGCTTGTCTTGGAGCAGCCAACAAGTTCAGGTAAGATCAATTTC
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TTTCTGCTTCTGCTGCTTAATTTTCTACATTAATAAGAGTTATGATTCCACTTG


BQ
50 30 60 60 60 60 10 60 10 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 30 30 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 40 40 10 10 10 

AF RR3F037TF U 0
AF RR3DW68JQ C 1
AF RR3FX71JQ C 1
AF RR3FX71TF U 1
AF RR3F037JQ C 0
AF RR3DW93JQ C 1
AF RR3AJ54JQ C -1
AF RR3AJ54TF U -1
AF RR3DW93TF U 1
AF RR3DW68TF U 1
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BS 7 7 RR3AJ54TF
BS 8 8 RR3F037TF
BS 9 9 RR3AJ54TF
BS 10 10 RR3F037TF
BS 11 11 RR3AJ54TF
BS 12 30 RR3F037TF
BS 31 31 RR3AJ54TF
BS 32 42 RR3F037TF
BS 43 44 RR3AJ54TF
BS 45 146 RR3F037TF
BS 147 147 RR3AJ54TF
BS 148 311 RR3F037TF
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BS 313 395 RR3F037TF
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BS 474 474 RR3AJ54TF
BS 475 651 RR3FX71TF
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G
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DS 

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C

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DS 

RD RR3FX71TF 652 0 0
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TGGGTCACTCTCAATGAGCTTGTCTTGGAGCAGCCAACAAGTTCAGGTAAGATCAATTTC
AGGACACCGACTGGTCTCTCCAGGACTTTTCCAGTTTCAGCTTTTGTGGTTCCTGAGGTT
GAGAAGCCTGCAATGGTGAAGAACAATGCAACCACTGAAGTTAAAGAGGCTGTTGCAGTC
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TTTCTGCTTCTGCTGCTTAATTTTCTACATTAATAAGAGTTATGATTCCAC
C

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3F037JQ 652 0 0
G
GGAAAA*AGACAGATCTCAAAAACAAAAAA**CACAGAAAAA**CAGAGAGATGGGTTTG
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DS 

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C

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3AJ54JQ 651 0 0
GGC
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GCGATGCTTAGTTACTTAAGCCGCACTCTCTATTTTTAATTATCTTAATCACGTAATACT
TTCTGCTTCTGCTGCTTGATTTTCTACATTAATAAGAGTTATGATTCC

QA 4 651 4 651
DS 

RD RR3AJ54TF 651 0 0
GGC
CAAAAGACAGAGATCTCAAAAACAAAAAAA*CACAGAAAAAAACAGAGAGATGGGTTTGG
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TCACTCACAAGTTTGAAACTATTGGGAAACTTGTCTCTTACGGCACCGAGGTCACTGCTG
TGGTGGAAGTTGGAAAGATCAAGAAGCTGACCGGTGTTAAGGCCAAAGAGCTTCTTATTT
GGGTCACTCTCAATGAGCTTGTCTTGGAGCAGCCAACAAGTTCAGGTAAGATCAATTTCA
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GCGATGCTTAGTTACTTAAGCCGCACTCTCTATTTTTAATTATCTTAATCACGTAATACT
TTCTGCTTCTGCTGCTTGATTTTCTACATTAATAAGAGTTATGATTCC

QA 4 651 4 651
DS 

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GTGGTGGAAGTTGGAAAGATCAAGAAGCTGACCGGTGTTAAGGCCAAAGAGCTTCTTATT
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QA 1 643 1 643
DS 

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TTTCTGCTTCTGCTGCTTAATTTTCTACATTAATAAGAGTTATGATTCCAC
TTG

QA 1 651 1 651
DS 



AS 2 17

CO CL34Contig1 658 11 13 U
GGAGATCAGAGTTTTCGAGAAAGCGCGAGAGGGGATGTCGTATCTTCTACCGCATCTACA
CTCCGGTTGGGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACG
TTTCGGCCACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGC
AGAGACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTT
CAACACCATGTACGAGCTCTACGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCA
CATTATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAA
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GGTGATTGCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAA
AAACATTGGATCGAAACTCCTTATGTCGAGTGATTCTCTGATCATTTGAAATATATCCTA
TGAACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTTGCTTGCTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCA
TTATGTGTGTGTGTAAGTGCTTCAAACTTACTTCAGTGAAATGATTACTTAGAAGCCG


BQ
35 35 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 30 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 10 

AF RR3B027JQ C 1
AF RR3D151JQ C 95
AF RR3BE42JQ C -4
AF RR3BE42TF U -4
AF RR3BF34TF U 18
AF RR3E244JQ C 6
AF RR3E244TF U 6
AF RR3D151TF U 1
AF RR3B027TF U 1
AF RR3DK94JQ C 1
AF RR3DK94TF U 1
BS 1 2 RR3D151TF
BS 3 261 RR3BE42TF
BS 262 262 RR3BF34TF
BS 263 333 RR3BE42TF
BS 334 334 RR3BF34TF
BS 335 391 RR3BE42TF
BS 392 392 RR3BF34TF
BS 393 437 RR3BE42TF
BS 438 438 RR3BF34TF
BS 439 612 RR3BE42TF
BS 613 614 RR3BF34TF
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RD RR3B027JQ 657 0 0
GGAGATCAGAGTTTTCGAGAAAGCGCGAGAGGGGATGTCGTATCTTCTACCGCATCTACA
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TTTCGGCCACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGC
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CATTATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAA
GCAGGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCT
GGTGATTGCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAA
AAACATTGGATCGAAACTCCTTATGTCGAGTGATTCTCTGATCATTTGAAATATATCCTA
TGAACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTTGCTTGCTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCA
TTATGTGTGTGTGTAAGTGCTTCAAACTTACTTCAGTGAAATGATTACTTAGAAGCC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3D151JQ 563 0 0
GAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACGTTTCGGCCACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAG
ATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGCAGAGACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTG
GTGGACATCACTGAGGTTCTGGACTTCAACACCATGTACGAGCTCTACGATCCATCCACG
GTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCACATTATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAAC
AAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAAGCAGGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTC
CGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCTGGTGATTGCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATAC
CGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAAAAACATTGGATCGAAACTCCTTATGTCGAGTGAT
TCTCTGATCATTTGAAATATATCCTATGAACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTTGCTTG
CTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCATTATGTGTGTGTGTAAGTGCTTCAAACTTACTTC
AGTGAAATGATTACTTAGAAGCC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3BE42JQ 662 0 0
GGGAAAC
AGATCAGAGTTTTCGAGAAAGCGCGAGAGGGGATGTCGTATCTTCTACCGCATCTACACT
CCGGTTGGGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACGTT
TCGGCCACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGCAG
AGACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTTCA
ACACCATGTACGAGCTCTATGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCACA
TTATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAATAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAAGC
AGGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCCTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCTGG
TGATTGCTCCTAAAGGTTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAAAA
ACATTGGATCGAAACTCCTTATGTCGAGTGATTCTCTGATCATTTGAAATATATCCTATG
AACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTTGCTTGCTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCATT
ATGTGTGTGT**AAGTGCTTCAAACTTACTTCAGTGAAATGATTACTTAGAAGCC

QA 8 662 8 662
DS 

RD RR3BE42TF 662 0 0
GGGAAAC
AGATCAGAGTTTTCGAGAAAGCGCGAGAGGGGATGTCGTATCTTCTACCGCATCTACACT
CCGGTTGGGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACGTT
TCGGCCACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGCAG
AGACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTTCA
ACACCATGTACGAGCTCTATGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCACA
TTATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAATAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAAGC
AGGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCCTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCTGG
TGATTGCTCCTAAAGGTTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAAAA
ACATTGGATCGAAACTCCTTATGTCGAGTGATTCTCTGATCATTTGAAATATATCCTATG
AACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTTGCTTGCTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCATT
ATGTGTGTGT**AAGTGCTTCAAACTTACTTCAGTGAAATGATTACTTAGAAGCC

QA 8 662 8 662
DS 

RD RR3BF34TF 638 0 0
G
GAAAGCGCGAGAGGGGATGTCGTATCTTCTACCGCATCTACACTCCGGTTGGGCCGTCGA
TCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACGTTTCGGCCACGATTGGGA
TGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGCAGAGACGATAAAGAACTT
TGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTTCAACACCATGTACGAGCT
CTACGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCACATTATGATCGATCTTGG
AACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAAGCAGGAGTTCATCGATAT
CATTGAAACCGTCTTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCTGGTGATTGCTCCTAAAGA
TTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAAAAACATTGGATCGAAACT
CCTTATGTCGAGTGATTCTCTGATCATTTGAAATATATCCTATGAACTTGTGATTTGTTA
TTCCGGATTTTGCTTGCTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCATTATGTGTGTGTGTAAGT
GCTTCAAACTTACTTCAGTGAAATGATTACTTAGAAG

QA 2 638 2 638
DS 

RD RR3E244JQ 652 0 0
GG
AGAGTTTTCGAGAAAGCGCGGGAGGGGATGTCGTATCTTCTACCGCATCTACACTCCGGT
TGGGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGTAAGAGCGTCTCGTCGTCATACGTTTCGGC
CACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGTTTGCATCAGTTGCAGAGACG
ATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTTCAACACC
ATGTACGAGCTCTACGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCACATTATG
ATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAAGCAGGAG
TTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCTGGTGATT
GCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAAAAACATT
GGATCGAAACTCCTTATGTCGAGTGATTCTCTGATCATTTGAAATATATCCTATGAACTT
GTGATTTGTTATTCCGGATTTTGCTTGCTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCATTATGTG
TGTGTGTAAGTGCTTCAAACTTACTTCAGTGAAATGATTACTTAGAAGCC

QA 3 652 3 652
DS 

RD RR3E244TF 652 0 0
GG
AGAGTTTTCGAGAAAGCGCGGGAGGGGATGTCGTATCTTCTACCGCATCTACACTCCGGT
TGGGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGTAAGAGCGTCTCGTCGTCATACGTTTCGGC
CACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGTTTGCATCAGTTGCAGAGACG
ATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTTCAACACC
ATGTACGAGCTCTACGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCACATTATG
ATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAAGCAGGAG
TTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCTGGTGATT
GCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAAAAACATT
GGATCGAAACTCCTTATGTCGAGTGATTCTCTGATCATTTGAAATATATCCTATGAACTT
GTGATTTGTTATTCCGGATTTTGCTTGCTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCATTATGTG
TGTGTGTAAGTGCTTCAAACTTACTTCAGTGAAATGATTACTTAGAAGCC

QA 3 652 3 652
DS 

RD RR3D151TF 657 0 0
GGAGATCAGAGTTTTCGAGAAAGCGCGAGAGGGGATGTCGTATCTTCTACCGCATCTACA
CTCCGGTTGGGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACG
TTTCGGCCACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGC
AGAGACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCTGGACTT
CAACACCATGTACGAGCTCTACGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCA
CATTATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAA
GCAGGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCT
GGTGATTGCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAA
AAACATTGGATCGAAACTCCTTATGTCGAGTGATTCTCTGATCATTTGAAATATATCCTA
TGAACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTTGCTTGCTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCA
TTATGTGTGTGTGTAAGTGCTTCAAACTTACTTCAGTGAAATGATTACTTAGAAGCC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3B027TF 657 0 0
GGAGATCAGAGTTTTCGAGAAAGCGCGAGAGGGGATGTCGTATCTTCTACCGCATCTACA
CTCCGGTTGGGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACG
TTTCGGCCACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGC
AGAGACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTT
CAACACCATGTACGAGCTCTACGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCA
CATTATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAA
GCAGGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCT
GGTGATTGCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAA
AAACATTGGATCGAAACTCCTTATGTCGAGTGATTCTCTGATCATTTGAAATATATCCTA
TGAACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTTGCTTGCTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCA
TTATGTGTGTGTGTAAGTGCTTCAAACTTACTTCAGTGAAATGATTACTTAGAAGCC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3DK94JQ 658 0 0
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CTCCGGTTGGGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACG
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AGAGACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTT
CAACACCATGTACGAGCTCTACGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCA
CATTATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAA
GCAGGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCT
GGTGATTGCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAA
AAACATTGGATCGAAACTCCTTATGTCGAGTGATTCTCTGATCATTTGAAATATATCCTA
TGAACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTTGCTTGCTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCA
TTATGTGTGTGTGTAAGTGCTTCAAACTTACTTCAGTGAAATGATTACTTAGAAGCCG

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3DK94TF 658 0 0
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CTCCGGTTGGGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACG
TTTCGGCCACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGC
AGAGACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTT
CAACACCATGTACGAGCTCTACGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCA
CATTATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAA
GCAGGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCT
GGTGATTGCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAA
AAACATTGGATCGAAACTCCTTATGTCGAGTGATTCTCTGATCATTTGAAATATATCCTA
TGAACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTTGCTTGCTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCA
TTATGTGTGTGTGTAAGTGCTTCAAACTTACTTCAGTGAAATGATTACTTAGAAGCC
G

QA 1 657 1 657
DS 



CO CL34Contig2 696 6 6 U
GGAGATCAGAGTTTTCGAGAAAGCGCGAGAGGGGATGTCGTATCTTCTACCGCATCTACA
CTCCGGTTGGGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACG
TTTCGGCCACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGC
AGAGACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTT
CAACACCATGTACGAGCTCTATGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCA
CATTATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAA
GCAGGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCT
GGTGATTGCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAA
AAACATTGGATCGAAGACTCTTATATCGAGTGATTCTGATCATTTGAAATATATATCCTA
TGAACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTGCTTGCTCTCTCTATCGGCTCTTTGCCATTTA
TGTGTGTGTATAAGTGCTTCAAACTTCAGTGAAATGATATTATTTAGAAGCCAAATATTG
TGTTTATTTAGTATTAAGTACAAGGGTTTTTGATCC


BQ
20 20 25 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT41JQ C 1
AF RR3DP12TF U -4
AF RR3BK51JQ C 2
AF RR3DT41TF U 1
AF RR3BK51TF U 2
AF RR3DP12JQ C 10
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RD RR3DT41JQ 654 0 0
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AGAGACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTT
CAACACCATGTACGAGCTCTATGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCA
CATTATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAA
GCAGGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCTCGGTGCA*GGGATGGTCGTGGGCT
GGTGATTGCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAA
AAACATTGGATCGAAGACTCTTATATCGAGTGATTCTGATCATTTGAAATATATATCCTA
TGAACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTGCTTGCTCTCTCTATCGGCTCTTTGCCATTTA
TGTGTGTGTATAAGTGCTTCAAACTTCAGTGAAATGATATTATTTAGAAGCCA
G

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3DP12TF 622 0 0
GGGAAAC
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AGACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTTCA
ACACCATGTACGAGCTCTATGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCACA
TTATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAAGC
AGGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCTGG
TGATTGCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAAAA
ACATTGGATCGAAGACTCTTGTATCGAGTGATTCTGATCATTTGAAATATATATCCTATG
AACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTGCTTGCTCTCTCTATCGGCTCTTTGCCATTTATG
TGTGTGTATAAGTGC

QA 8 622 8 622
DS 

RD RR3BK51JQ 651 0 0
GG
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CGGTTGGGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACGTTT
CGGCCACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGCAGA
GACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTTCAA
CACCATGTACGAGCTCTATGATCCATCCACGGTTATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCACAT
TATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAAGCA
GGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCTGGT
GATTGCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAAAAA
CATTGGATCGAAGACTCTTATATCGAGTGATTCTGATCATTTGAAATATATATCCTATGA
ACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTGCTTGCTCTCTCTATCGGCTCTTTGCCATTTATGT
GTGTGTATAAGTGCTTCAAACTTCAGTGAAATGATATTATTTAGAAGCC

QA 3 651 3 651
DS 

RD RR3DT41TF 654 0 0
GGAGATCAGAGTTTTCGAGAAAGCGCGAGAGGGGATGTCGTATCTTCTACCGCATCTACA
CTCCGGTTGGGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACG
TTTCGGCCACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGC
AGAGACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTT
CAACACCATGTACGAGCTCTATGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCA
CATTATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAA
GCAGGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCTCGGTGCA*GGGATGGTCGTGGGCT
GGTGATTGCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAA
AAACATTGGATCGAAGACTCTTATATCGAGTGATTCTGATCATTTGAAATATATATCCTA
TGAACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTGCTTGCTCTCTCTATCGGCTCTTTGCCATTTA
TGTGTGTGTATAAGTGCTTCAAACTTCAGTGAAATGATATTATTTAGAAGCCA
G

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3BK51TF 659 0 0
GG
GATCAGAGTTTTCGAGAAAGCGCGAGAGGGGATGTCGTATCTTCTACCGCATCTACACTC
CGGTTGGGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACGTTT
CGGCCACGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGCAGA
GACGATAAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTTCAA
CACCATGTACGAGCTCTATGATCCATCCACGGTTATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCACAT
TATGATCGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAAGCA
GGAGTTCATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCTGGT
GATTGCTCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAAAAA
CATTGGATCGAAGACTCTTATATCGAGTGATTCTGATCATTTGAAATATATATCCTATGA
ACTTGTGATTTGTTATTCCGGATTTGCTTGCTCTCTCTATCGGCTCTTTGCCATTTATGT
GTGTGTATAAGTGCTTCAAACTTCAGTGAAATGATATTATTTAGAAGCCA
AAAAAAA

QA 3 652 3 652
DS 

RD RR3DP12JQ 687 0 0
AGTTTTCGAGAAAGCGCGAGAGGGGATGTCGTATCTTCTACCGCATCTACACTCCGGTTG
GGCCGTCGATCAGGCGATTCTAGCTGAGGAAGAGCGTCTCGTCGTCATACGTTTCGGCCA
CGATTGGGATGAGACTTGTATGCAGATGGATGAGGTGCTTGCATCAGTTGCAGAGACGAT
AAAGAACTTTGCAGTGATATATCTGGTGGACATCACTGAGGTTCCGGACTTCAACACCAT
GTACGAGCTCTATGATCCATCCACGGTCATGTTCTTCTTTAGGAACAAGCACATTATGAT
CGATCTTGGAACTGGTAACAACAACAAGATCAATTGGGCTATGAAGGACAAGCAGGAGTT
CATCGATATCATTGAAACCGTCTTCCGCGGTGCAAGGAAAGGTCGTGGGCTGGTGATTGC
TCCTAAAGATTACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAAAAACATTGG
ATCGAAGACTCTTGTATCGAGTGATTCTGATCATTTGAAATATATATCCTATGAACTTGT
GATTTGTTATTCCGGATTTGCTTGCTCTCTCTATCGGCTCTTTGCCATTTATGTGTGTGT
ATAAGTGCTTCAAACTTCAGTGAAATGATATTATTTAGAAGCCAAATATTGTGTTTATTT
AGTATTAAGTACAAGGGTTTTTGATCC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 3 11

CO CL35Contig1 992 4 34 U
AGGGGAAGCGTCGTCGATCGCCAAAGCCGTTTTCTCTCTCTCTCT**TTTGTGGCTATCG
TCTCGACCTGAGAGAAGATGAAGTTTAACGTCGCCAATCCAACCACTGGTTGCCAGAAGA
AGCTCGAGATCGACGATGACCAGAAACTCCGTGCGTTTTATGATAAGAGACTCTCTCAAG
AAGTCACTGGAGATGCTTTGGGCGAGGAGTTCAAGGGATACGTTTTCAAGATTATGGGTG
GGTGCGACAAGCAAGGTTTCCCCATGAAGCAGGGAGTTTTGACTCCTGGCCGTGTTCGCC
TTTTGCTTCACCGAGGAACTCCTTGCTTCAGAGGACATGGAAGGAGGACTGGAGAGAGGA
GAAGAAAGTCTGTTCGTGGTTGCATTGTCAGCCAAGACCTCTCCGTTCTTAACCTTGTCA
TTGTCAAGAAGGGTGAGAAGGATCTTCCCGGGCTTACCGATACCGAGAAGCCAAGGATGA
GGGGACCCAAGAGAGCTTCCAAGATCCGTAAACTGTTTAACCTCACCAAGGATGATGATG
TCAGGAAGTACGTCAACACTTACCGCCGCAAGTTCACTAACAAGAAAGGTAAGGAAGTGA
GCAAAGCCCCTAAGATCCAGAGGCTTGTGACTCCGTTGACCCTTCAGAGGAAGAGAGCTA
GAATCGCTGACAAGAAGAAGAGGATTGCTAAGGCTAACTCCGATGCTGCTGAGTACCAGA
AGCTTCTTGCCTCGAGGTTGAAGGAACAACGTGAAAAGAGGAGTGAGAGTTTGGCAAAGA
AGAGGTCTAGGCTCTCTTCCGCTGCCGCCAAGCCTTCCGTTACTGCTTAAAAATCCTGAG
AATCTCATTTCTAGTTTTGTTTTGTTCTTTTTTGCTTCATTTGCATTAAAAAACGTTAGT
TCGAGTTTATATTTCTGTTGTTCCATCCATGACATCGATTTTGTACTCGTGTTGCTTGAT
TTATTCTCTTTTAGTTGGAAGACTACCTTAAT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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G
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ATTTCTGTTGTTCCATCCATGACATCGATTTTGTACTCGTGTTGCTTGATTTATTCTCTT
TTAGTTGGAAGACTACCTTAAT

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DS 



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GCGACGTTAAACTTCATCGTCACCGATTGAAACTGCCACTAACAGCTTCCTGCGAGAGCA
AATGAAAGATATAAACGG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BA12JQ U 124
AF RR3BA12TF C 10
AF RR3DZ07JQ U 1
AF RR3CL78JQ U 1
AF RR3CL78TF C 309
BS 1 75 RR3CL78JQ
BS 76 76 RR3DZ07JQ
BS 77 135 RR3CL78JQ
BS 136 137 RR3DZ07JQ
BS 138 168 RR3CL78JQ
BS 169 169 RR3BA12JQ
BS 170 172 RR3CL78JQ
BS 173 173 RR3BA12JQ
BS 174 786 RR3CL78JQ
BS 787 978 RR3CL78TF

RD RR3BA12JQ 132 0 0
GACTA
AGAGAGAGAACGAAGTCTTTTGATGATTGGAATGG**TTTCAAGTAGCAACGGGCTTAGC
GGCAGCGGAAGAAAGCCTAGACCTCTTCTTGGCCAAACTTTCACTACGGCGATCACGCTG
CTCCTT
C

QA 6 131 6 131
DS 

RD RR3BA12TF 246 0 0
G
GTTCAAAAACTTTAATATAATAGAAAGGTTTAAGAGCTAAGACAAAGCAGAAACCAAAAA
AAAA**GACGTTCAAAACGGAGTTTACATGTCCAAATACGACGCAGAGACAGACTAAGAG
AGAGA**ACGAAGTCTTTTGATGATTGGAATGG**TTTCAAGTAGCAACGGGCTTAGCGG
CAGCGGAAGAGAGCCTAGACCTCTTCTTGGCCAAACTTTCACTACGGCGATCACGCTGCT
CCTT
C

QA 2 245 2 245
DS 

RD RR3DZ07JQ 553 0 0
GG
GCAAACAAGTTCAAAAACTTTAATATAATAGAAAGGTTAAAGAGCTAAGACAAAGCAGAA
ACCAAAAAAAAAA*GACGTTCAAAACGGAGTTTACATGTCCAAATACGACGCAGAAACAG
ACAAAGAGAGAGA**ACGAAGTCTTTTGATGATTGGAATGGGTTTTTAAGCAGCAACGGG
CTTAGCGGCAGCGGAAGAGAGCCTAGACCTCTTCTTGGCCAAACTTTCACTACGGCGATC
ACGCTGCTCCTTGAGCCTGGAGGCAAGAAGCTTCTGGTACTCAGCAGCATCAGAGTTAGC
CTTGGCGATTCTCTTCTTCTTGTCGGCAATTCTAGCTCTCTTCCTCTGAAGTGTCAAAGG
AGTCACAAGCCTCTGGATTTTGGGGGCTTTGCTCACTTCCTTACCTTTCTTGTTAGTGAA
TTTGCGGCGGTAAGTGTTGACGTACTTCCTGACATCATCATCCTTAGTGAGGTTGAACAA
CTTGCGGATCTTTGACGCTCTCTTGGGACCTCTCATCCTTGGCTTCTCGGTGTCGGTAAG
CCCGGGGAGAT

QA 3 553 3 553
DS 

RD RR3CL78JQ 802 0 0
GAGCAAACAAGTTCAAAAACTTTAATATAATAGAAAGGTTAAAGAGCTAAGACAAAGCAG
AAACCAAAAAAAAAAAGACGTTCAAAACGGAGTTTACATGTCCAAATACGACGCAGAAAC
AGACTAAGAGAGAGAGAACGAAGTCTTTTGATGATTGGAATGG**TTTTAAGCAGCAACG
GGCTTAGCGGCAGCGGAAGAGAGCCTAGACCTCTTCTTGGCCAAACTTTCACTACGGCGA
TCACGCTGCTCCTTGAGCCTGGAGGCAAGAAGCTTCTGGTACTCAGCAGCATCAGAGTTA
GCCTTGGCGATTCTCTTCTTCTTGTCGGCAATTCTAGCTCTCTTCCTCTGAAGTGTCAAA
GGAGTCACAAGCCTCTGGATCTTGGGGGCTTTGCTCACTTCCTTACCTTTCTTGTTAGTG
AATTTGCGGCGGTAAGTGTTGACGTACTTCCTGACATCATCATCCTTAGTGAGGTTGAAC
AACTTGCGGATCTTAGAAGCTCTCTTGGGACCTCTCATCCTTGGCTTCTCGGTGTCGGTA
AGCCCAGGAAGATCCTTCTCACCCTTCTTGACAATGACCAAGTTAAGAACAGAAAGGTCC
TGGCTGACAATGCAACCACGGACAGACTTTCTTCTCCTCTCTCCAGTCCTCCTTCCGTGT
CCTCTGAAACAAGGAGTACCTCGGTGAAGCAAAAGGCGGACACGACCAGGGGTGAGAACT
CCCTGTTTCATTGGAAAACCTTGCTTGTCACATCCTCCCATGATCTTGAACACGTACCCC
TTGAAT
CCTCGCCAAAGCATCA

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3CL78TF 670 0 0
CGATTCTC
TCTTCTTGTCGGCAATTCTAGCTCTCTTCCTCTGAAGTGTCAAAGGAGTCACAAGC*TCT
GGATCTTGGGGGCTTTGCTCACTTCCTTACCTTTCTTGTTAGTGAATTTGCGGCGGTAAG
TGTTGACGTACTTCCTGACATCATCATCCTTAGTGAGGTTGAACAACTTGCGGATCTTAG
AAGCTCTCTTGGGACCTCTCATCCTTGGCTTCTCGGTGTCGGTAAGCCCAGGAAGATCCT
TCTCACCCTTCTTGACAATGACCAAGTTAAGAACAGAAAGGTCCTGGCTGACAATGCAAC
CACGGACAGACTTTCTTCTCCTCTCTCCAGTCCTCCTTCCGTGTCCTCTGAAACAAGGAG
TACCTCGGTGAAGCAAAAGGCGGACACGACCAGGGGTGAGAACTCCCTGTTTCATTGGAA
AACCTTGCTTGTCACATCCTCCCATGATCTTGAACACGTACCCCTTGAATTCCTCGCCCA
AAGCATCACCGCTAACTTCCTGAGAGAGCCTCTTGTCGTAAAAAGCACGGAGCTTTTGGT
CATCGTCGATCTCGAGCTTCTTCTGGCAACCAGTGGTGGGATTCGCGACGTTAAACTTCA
TCGTCACCGATTGAAACTGCCACTAACAGCTTCCTGCGAGAGCAAATGAAAGATATAAAC
GG

QA 9 670 9 670
DS 



CO CL35Contig3 317 2 2 U
GACGTCAACACTTACCGCCGCAAGTTCACAAACAAGAAAGGTAAGGAAGTGAGCAAAGCT
CCCAAGATCCAGAGGCTTGTGACTCCTTTGACACTTCAGAGGAAGAGAGCTAGAATCGCC
GACAAGAAGAAGAGGATTGCTAAGGCTAACTCTGATGCTGCTGAGTACCACAAGCTTCTT
GCCTCAAGGTTGAAGGAACAGCGTGACAAGAGGAGTGAGAGTTTGGCAAAGAAGAGGTCT
AGACTTTCTTCTGCTGCTGCCAAGCCTTCCGTTACTGCTTGAGAATCACCGTTCTAGTTT
TGTTTTGCTTCTCCGAC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GW29JQ C 1
AF RR3GW29TF U 1
BS 1 1 RR3GW29JQ
BS 2 317 RR3GW29TF

RD RR3GW29JQ 317 0 0
GACGTCAACACTTACCGCCGCAAGTTCACAAACAAGAAAGGTAAGGAAGTGAGCAAAGCT
CCCAAGATCCAGAGGCTTGTGACTCCTTTGACACTTCAGAGGAAGAGAGCTAGAATCGCC
GACAAGAAGAAGAGGATTGCTAAGGCTAACTCTGATGCTGCTGAGTACCACAAGCTTCTT
GCCTCAAGGTTGAAGGAACAGCGTGACAAGAGGAGTGAGAGTTTGGCAAAGAAGAGGTCT
AGACTTTCTTCTGCTGCTGCCAAGCCTTCCGTTACTGCTTGAGAATCACCGTTCTAGTTT
TGTTTTGCTTCTCCGAC

QA 1 317 1 317
DS 

RD RR3GW29TF 317 0 0
G
ACGTCAACACTTACCGCCGCAAGTTCACAAACAAGAAAGGTAAGGAAGTGAGCAAAGCTC
CCAAGATCCAGAGGCTTGTGACTCCTTTGACACTTCAGAGGAAGAGAGCTAGAATCGCCG
ACAAGAAGAAGAGGATTGCTAAGGCTAACTCTGATGCTGCTGAGTACCACAAGCTTCTTG
CCTCAAGGTTGAAGGAACAGCGTGACAAGAGGAGTGAGAGTTTGGCAAAGAAGAGGTCTA
GACTTTCTTCTGCTGCTGCCAAGCCTTCCGTTACTGCTTGAGAATCACCGTTCTAGTTTT
GTTTTGCTTCTCCGAC

QA 2 317 2 317
DS 



AS 1 17

CO CL36Contig1 877 17 17 U
GGAAGTCGTTTTGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCTTGGAGCAGAGCTCCG
TCGTCAATCCTAGCAAGCAATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTCATC
ATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCACAACCAAGCCGATTGCTAGAGTGGGTTT
CTCCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGCTGTACC
ATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGA
GCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAG
GGTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTTTTCAGGACGCT
AACGGATAACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG
*TGTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTC
ACCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGA
TCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGT
GGAGGCCGCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGAGATTGTGAGGA
GGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCATCTTTTGTTCCTTGTTGTTGTGTAT
TTTACCCTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAATCTTTTTTTATGAAAAAAATGTGA
AACTTTTCCCCATGATTCACTGGTTGCGAACTTACTG


BQ
25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 55 55 55 55 40 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 
80 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 70 95 95 95 95 95 95 95 
95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 80 95 95 95 95 95 95 65 95 95 80 95 95 95 
95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 65 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 95 90 90 90 90 90 90 
90 90 60 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 75 90 90 90 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 80 80 80 80 80 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 30 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR3ED19TF U 1
AF RR3FF65TF U 1
AF RR3A787TF U 1
AF RR3GN91TF U 1
AF RR3CW15TF U -3
AF RR3FY54TF U 2
AF RR3B749TF U 127
AF RR3A787JQ C 48
AF RR3CV76JQB C 157
AF RR3GN91JQ C 122
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AF RR3ED19JQ C 170
AF RR3BY05JQ C 247
AF RR3BY05TF U 247
AF RR3FF65JQ C 239
AF RR3B749JQ C 174
AF RR3C470TF U 212
BS 1 12 RR3A787TF
BS 13 13 RR3ED19TF
BS 14 445 RR3A787TF
BS 446 446 RR3ED19TF
BS 447 554 RR3A787TF
BS 555 555 RR3ED19TF
BS 556 669 RR3A787TF
BS 670 680 RR3GN91TF
BS 681 701 RR3FY54TF
BS 702 702 RR3B749TF
BS 703 723 RR3FY54TF
BS 724 832 RR3B749TF
BS 833 834 RR3BY05TF
BS 835 835 RR3A787JQ
BS 836 850 RR3BY05TF
BS 851 872 RR3C470TF
BS 873 877 RR3B749JQ

RD RR3ED19TF 595 0 0
GGAAGTCGTTTTGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCTTGGAGCAGAGCTCCG
TCGTCAATCCTAGCAGGCAATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTCATC
ATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCACAACCAAGCCGATTGCTAGAGTGGGTTT
CTCCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGCTGTACC
ATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGA
GCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAG
GGTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTTTTCAGGACGCT
AACGGATAACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGGGCTCTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG
*TGTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTC
ACCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACAC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3FF65TF 646 0 0
GGAAGTCGTTTTGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCTTGGAGCAGAGCTCCG
TCGTCAATCCTAGCAAGCAATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTCATC
ATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCACAACCAAGCCGATTGCTAGAGTGGGTTT
CTCCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGCTGTACC
ATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGA
GCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAG
GGTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTTTTCAGGACGCT
AACGGATAACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG
*TGTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTC
ACCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGA
TCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3A787TF 669 0 0
GGAAGTCGTTTTAGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCTTGGAGCAGAGCTCCG
TCGTCAATCCTAGCAAGCAATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTCATC
ATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCACAACCAAGCCGATTGCTAGAGTGGGTTT
CTCCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGCTGTACC
ATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGA
GCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAG
GGTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTTTTCAGGACGCT
AACGGATAACATGGTAGTGGGAGTGCCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG
*TGTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTC
ACCCGGTGAAGATGTAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGA
TCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGT
GGAGGCCGC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3GN91TF 680 0 0
GGAAGTCGTTTTGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCTTGGAGCAGAGCTCCG
TCGTCAATCCTAGCAAGCAATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTCATC
ATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCACAACCAAGCCGATTGCTAGAGTGGGTTT
CTCCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGCTGTACC
ATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGA
GCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAG
GGTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTTTTCAGGACGCT
AACGGATAACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG
*TGTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTC
ACCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGA
TCATGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGT
GGAGGCCGCCGGAGCCGTAC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3CW15TF 671 0 0
GGGGAT
AAGTCGTTTTGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCTTGGAGCAGAGCTCCGTC
GTCAATCCTAGCAAGCAATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTCATCAT
TTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCACAACCAAGTCGATTGCTAGAGTGGGTTTCT
CCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGCTGTACCAT
CCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAGC
TCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGTTTTATTGAGGG
TCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTTTTCAGGACGCTAA
CGGATAACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG*T
GTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTCAC
CCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGATC
ACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACAGTGAGGAAGTGG
AG
CCG

QA 7 668 7 668
DS 

RD RR3FY54TF 722 0 0
T
AAGTCGTTTTGGATAAAACACTCTCTTCTCTCCATCCTCCTCTTGGAGCAGAGCTCCGTC
GTCAATCCTAGCAAGCAATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTCATCAT
TTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCACAACCAAGCCGATTGCTAGAGTGGGTTTCT
CCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGCTGTACCAT
CCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGCCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAGC
TCGCTCTAACTTCCCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAGGG
TCAAAAAA*CCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTTTTCAGGACGCTAA
CGGATAACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGGGT
GTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTCTTCTCAC
CCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGATC
ACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGTGG
AGGCCGCCCGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTAT*CAGATGAGATTGTGAGGAGG
A

QA 2 722 2 722
DS 

RD RR3B749TF 706 0 0
GGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCACAACCAAGCCGATTGCTAGAGTGGGTTTCTCCAG
CAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGCTGTACCATCCAA
TGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAGCTCGC
TCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAGGGTTAA
AAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTTTTCAGGACGCTAACGGA
TAACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG*TGTCG
GTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTCACCCGG
TGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGATCACGG
TGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGTGGAGGC
CGCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGAGATTGTGAGGAGGAAAG
AAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCATCTTTTGTTCCTTGTTGTTGTGTATTTTACC
CTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAATCTTTTTTTATGAAAA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3A787JQ 804 0 0
GAGCAGAGCTCCGTCGTCAATCCTAGCAAGCAATGGCTTCCTCAGTCGTCACTTCTTTTC
AACCCAGGTCATCATTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCACAACCAAGCCGATTG
CTAGAGTGGGTTTCTCCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGC
CCATCGCTGTACCATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAG
GTCCATTAGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATG
CTGGTTTATTGAGGGTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCC
TTTTCAGGACGCTAACGGATAACATGGTAGTGGGAGTGCCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGC
TGATACTAGTGGG*TGTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAAT
CTGGGGTTTTCTCACCCGGTGAAGATGTAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAA
GAGAACACGAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCG
ACGGTGAGGAAGTGGAGGCCGCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGAT
GAGATTGTGAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCATCTTTTGTTCCT
TGTTGTTGTGTATTTTACCCTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAATCTTTTTTTAT
GAAAAAAATGTGAAACTTTTCCCC

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3CV76JQB 695 0 0
CAAGCCGATTGCTAGAGTGGGTTTCTCCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGAT
AGGGAAGCAGCCCATCGCTGTACCATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTT
GAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAACTCGCTCTAACTTACCCACGGGAAGTTGAGCTCAT
CAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAGGGTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCA
GATGCACGGCCTTTTCAGGACGCTTACGGACAACATGGTGGTGGGAGTGTCAAAGGGCTT
TGAGAAGAAGCTGATATTAGTGGG*TGTTGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGC
TGGTTCTGAATTTGGGGTTTTTTCACCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAG
TGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGC
AGTTTGTTGCGACGGTGAGGAAGTGGAGGCCGCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGA
AGTATTCAGATGAGATTGTGAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCAT
CTTTTGTTCCTTGTTGTTGTGTATTTTACCCTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAA
TCTTTTTTTATGAAAAAAATGTGAAACTTTTCCCC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3GN91JQ 730 0 0
TTTTTGGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTCACAACCAAGCCGATTGCTAGAGTGGGTTTC
TCCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCGCTGTACCA
TCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAG
CTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAGG
GTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTTTTCAGGACGCTA
ACGGATAACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG*
TGTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTCA
CCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGAT
CATGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGTG
GAGGCCGCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGAGATTGTGAGGAG
GAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCATCTTTTGTTCCTTGTTGTTGTGTATT
TTACCCTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAATCTTTTTTTATGAAAAAAATGTGAA
ACTTTTCCCC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3FY54JQ 763 0 0
GTCGTCACTTCTTTTCAACCCAGGTCATCATTTT*GGGCGATAGAAACGTGTTCAAGGTC
ACAACCAAGCCGATTGCTAGAGTGGGTTTCTCCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCA
AGGATAGGGAAGCAGCCCATCGCTGTACCATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGCCAA
GACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAGCTCGCTCTAACTTCCCCACGCGAAGTTGAG
CTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAGGGTCAAAAAA*CCGTCGAAACTAGAAGAGCT
AACCAGATGCACGGCCTTTTCAGGACGCTAACGGATAACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAG
GGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG*TGTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAA
AGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTCTTCTCACCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTT
GAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGAT
AGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGTGGAGGCCGCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGG
AGTGAAGTATTCAGATGAGATTGTGAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTG
ATCATCTTTTGTTCCTTGTTGTTGTGTATTTTACCCTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGC
GCAAATCTTTTTTTATGAAAAAAATGTGAAACTTTTCCCCATG

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3ED19JQ 703 0 0
AGAGTGGGTTTCTCCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGCCC
ATCGCTGTACCATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGT
CCATTAGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCT
GGTTTATTGAGGGTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTT
TTCAGGACGCTAACGGATAACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGGGCTCTGAGAAGAAGCTG
ATACTAGTGGG*TGTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCT
GGGGTTTTCTCACCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGA
GAACACGAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGAC
GGTGAGGAAGTGGAGGCCGCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGA
GATTGTGAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCATCTTTTGTTCCTTG
TTGTTGTGTATTTTACCCTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAATCTTTTTTTATGA
AAAAAATGTGAAACTTTTCCCCATGATTCACTGGTTGCGAACT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3BY05JQ 604 0 0
G
GTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAGCTCGCT
CTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAGGGTCAAA
AAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTTTTCAGGACGCTAACGGAT
AACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG*TGTCGG
TTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTCACCCGGT
GAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGATCACGGT
GAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGTGGAGGCC
GCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGAGATTGTGAGGAGGAAAGA
AGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCATCTTTTGTTCCTTGTTGTTGTGTATTTTACCC
TTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAATCTTTTTTTATGAAAAAAATGTGAAACTTTT
CCC

QA 2 604 2 604
DS 

RD RR3BY05TF 604 0 0
G
GTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAGCTCGCT
CTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAGGGTCAAA
AAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTTTTCAGGACGCTAACGGAT
AACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG*TGTCGG
TTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTCACCCGGT
GAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGATCACGGT
GAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGTGGAGGCC
GCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGAGATTGTGAGGAGGAAAGA
AGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCATCTTTTGTTCCTTGTTGTTGTGTATTTTACCC
TTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAATCTTTTTTTATGAAAAAA*TGTGAAACTTTT
CCC

QA 2 604 2 604
DS 

RD RR3FF65JQ 613 0 0
CCATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGA
GAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTG
AGGGTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTTTTCAGGACG
CTAACGGATAACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATATTAGTG
GG*TGTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTC
TCACCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAG
GATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAA
GTGGAGGCCGCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGAGATTGTGAG
GAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCATCTTTTGTTCCTTGTTGTTGTGT
ATTTTACCCTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAATCTTTTTTTATGAAAAAAATGT
GAAACTTTTCCCC

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3B749JQ 704 0 0
TGGGTTTCTCCAGCAAGACCATAGAGTGCAAGGAGTCAAGGATAGGGAAGCAGCCCATCG
CTGTACCATCCAATGTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAGACTTGAAAGTCAAAGGTCCAT
TAGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGCTCATCAAAGAAGATGCTGGTT
TATTGAGGGTTAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTAACCAGATGCACGGCCTTTTCA
GGACGCTAACGGATAACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGGGCTTTGAGAAGAAGCTGATAC
TAGTGGG*TGTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAAGAGCTGGTTTTGAATCTGGGG
TTTTCTCACCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTGAAAGTGAAAGTGGAAGAGAAC
ACGAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATAGGGCAGTTTGCTGCGACGGTG
AGGAAGTGGAGGCCGCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGAGTGAAGTATTCAGATGAGATT
GTGAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGATCATCTTTTGTTCCTTGTTGT
TGTGTATTTTACCCTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCGCAAATCTTTTTTTATGAAAAA
AATGTGAAACTTTTCCCCATGATTCACTGGTTGCGAACTTACTG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3C470TF 666 0 0
G
GGATAGGGAAGCAGCCCATCGCTGTACCATCCAATTTAACCATCGCATTGGAAGGTCAAG
ACTTGAAAGTCAAAGGTCCATTAGGAGAGCTCGCTCTAACTTACCCACGCGAAGTTGAGC
TCATCAAAGAAGATGCTGGTTTATTGAGGGTCAAAAAAACCGTCGAAACTAGAAGAGCTA
ACCAGATGCACGGCCTTT*CAGGACGCTAACGGATAACATGGTAGTGGGAGTGTCAAAGG
GCTTTGAGAAGAAGCTGATACTAGTGGG*TGTCGGTTACCGTGCGACGGTGGAAGGGAAA
GAGCTGGTTCTGAATCTGGGGTTTTCTCACCCGGTGAAGATGCAGATACCGGATAGTTTG
AAAGTGAAAGTGGAAGAGAACACGAGGATCACGGTGAGTGGATACGACAAGAGCGAGATA
GGGCAGTTTGCTGCGACGGTGAGGAAGTGGAGGCCGCCGGAGCCGTACAAGGGTAAGGGA
GTGAAGTATTCAGATGAGATTGTGAGGAGGAAAGAAGGCAAAGCTGGAAAGAAGAAGTGA
TCATCTTTTGTTCCTTGTTTTTGTGTATTTTACCCTTTCTATGTTAAATGTGTATTTGCG
CAAATCTTTTTTTATGAAAAAA*TGTGAAACTTTTCCCCATGATTCACTGGTTGCGAACT
TACTG

QA 2 661 2 661
DS 



AS 1 16

CO CL37Contig1 1180 16 15 U
GGAGACGCAGATCTGTGAGATCTAGAGGAAGAAGACGAAGAAGCAGCAGCAAATGGCATC
ATCCATGGCGGCAGGACCAGATCACCTCTTTAATCTGAGAAACAGTTTTTACCTAGGTGC
GTATCAAGCGGCGATCAACAACAGCGAGATCCCTAATCTTTCGCAGGAAGATATCATCGA
GCGCGATTGCCTCGTCCACCGCGCTTACATCGCTCTTGGTAGCTACCAGCTTGTCATCAA
TGAGATCGACGAAGCGTCGGCTACTCCTCTTCAGGCAGTGAAGCTCCTCGCTATGTATCT
ATCGAGCCCTGAAAATAAGGAATCAACGATTGCTAGCTTGAGGGAATGGTTGGCAGATCC
AACTGCTGGAAACAATGCTACTGTTAGGTTGATTGCTGGTACTATCTTCATGCATGAGGA
AGACTATAGCGAGGCTCTCAAGCACACTCATTCTGGAGGAACTATGGACCTGCATGCTTT
GAATGTCCAGATATTCATAAAGATGCACAGGCCAGATTATGCTGAGAAACAGCTGAGAGT
GATGCAACAGTTTGATGAAGACCACACACTCACTCAACTCGCCAGTGCATGGTTGAACCT
GGCAGTAGGGGGTTCCAAGATACAAGAAGCTTATCTAATCTTCCAGGATTTCTCTGAGAA
GTACCCAATGACAAGCTTGATCTTGAACAGCAAGGCGGTTTGTTGCATGCATATGGGTAA
CTTTGAAGAAGCTGAGACTCTTCTGCTTGAAGCACTCAACAAGGATGCGAAAGACCCAGA
AACTCTTGCAAACTTAGTTGTGTGCAGTATTCATGTGGGGAAACAATCATCATCACGTTA
CCTAAGCCAGCTGAAACTGTCGCATCCAGAACATGTACTTGTGAAGAGAGCAGCATCTGC
TGAAGATAACTTCGAGAGAGCGCTTCAATCTTTCGCCTGAAAGAACTCAAAATCCATGGT
TCACTGCTAAAACAATGCATCAGGACTCTCTGTCTCACCTAGAGTCGCTGCTTTTATAAA
TCTATCAGAATGAGCATCTTATTCTTACAACCCTATCGTGAAACTAGTATATGAACTGGT
TTTTTTT*CATTGGACATGTAGCATTTTCTTTGATTTCTACTCACCGAAGCTTTTGTTGT
CTTTCTGTTCGAATTCGACAGTACTAGAGATTTGTTCCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 35 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 55 55 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 60 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 20 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 
60 60 60 60 45 60 60 60 60 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 55 55 
55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3D969TF U 8
AF RR3CE51TF U 426
AF RR3GT01TF U 5
AF RR3CK28TF U 16
AF RR3G453TF U 36
AF RR3CN83TF U 1
AF RR3G389TF U 7
AF RR3GH09TF U 633
AF RR3D969JQ C 899
AF RR3GH09JQ C 743
AF RR3GT01JQ C 739
AF RR3CK28JQ C 649
AF RR3GZ30JQ C 473
AF RR3CN83JQ C 474
AF RR3G389JQ C 742
AF RR3G453JQ C 678
BS 1 500 RR3CN83TF
BS 501 501 RR3GT01TF
BS 502 522 RR3CN83TF
BS 523 523 RR3GT01TF
BS 524 686 RR3CN83TF
BS 687 687 RR3G389TF
BS 688 726 RR3CN83TF
BS 727 729 RR3G389TF
BS 730 750 RR3CN83TF
BS 751 751 RR3G389TF
BS 752 789 RR3CN83TF
BS 790 790 RR3G389TF
BS 791 904 RR3GH09TF
BS 905 1178 RR3GZ30JQ
BS 1179 1180 RR3CN83JQ

RD RR3D969TF 264 0 0
CAT
ATCTGTGAGATCTAGAGGAAGAAGACGAAAAAGCAGCAGCAAATGGCATCATCCATGGCG
GCAGGACCAGATCACCTCTTTAATCTGAGAAACAGTTTTTACCTAGGCGCGTATCAAGCG
GCGATCAACAACAGCGAGATCCCTAATCTTTCGCAGGAAGATATCATCCAGCGCGATTGC
CTCGTCCACCGCGCTTACATCGCTCTTGGTAGCTACCAACTTGTCATCAATGAGATCGAC
GAAGCGTCGGCTACTCCTCTT

QA 4 264 4 264
DS 

RD RR3CE51TF 106 0 0
ATAGCGAGGCTCTTAAGCACACTCATTCTGGAGGAACCATGGACCTGCATGCTTTGAATG
TCCAGATATTCATAAAGATGCACAGGTCAGATTATGCTGAGAAACA

QA 1 106 1 106
DS 

RD RR3GT01TF 652 0 0
GGGCAG
ATCTGTGAGATCTAGAGGAAGAAGACGAAGAAGCAGCAGCAAATGGCATCATCCATGGCG
GCAGGACCAGATCACCTCTTTAATCTGAGAAACAGTTTTTACCTAGGTGCGTATCAAGCG
ACGATCAACAACAGCGAGATCCCTAATCTTTCGCAGGAAGATATCATCGAGCGCGATTGC
CTCGTCCACCGCGCTTACATCGCTCTTGGTAGCTACCAGCTTGTCATCAATGAGATCGAC
GAAGCGTCGGCTACTCCTCTTCAGGCAGTGAAGCTCCTCGCTATGTATCTATCGAGCCCT
GAAAATAAGGAATCGACGATTGCTAGCTTGAGGGAATGGTTGTCAGATCCAACTGCTGGA
AACAATGCTACTGTTAGGTTGATTGCTGGTACTATCTTCATGCATGAGGAAGACTATAGC
GAGGCTCTCAAGCACACTCATTCTGGAGGAACTATGGACCTGCATGCTTTGAATGTCCAG
ATATTCATAAAGATGCACAGGCCAGATTATGCTGAGAAACAGCTGAGAGTGATGCAACAG
TTTGATGAAGACCACACACTCACTCAACTCGCCAGTGCATGGTTGAACCTGGCAGTAGGG
GGTTCCAAGATACAAGAAGCTTATCTAATCTTCCAGGATTTCTCTG

QA 7 652 7 652
DS 

RD RR3CK28TF 668 0 0
TGAGATCTAGAGGAAGAAGACGAAGAAGCAGCAGCAAATGGCATCATCCATGTCGGCAGG
ACCAGATCACCTCTTTAATCTGAGAAACAGTTTTTACCTAGGTGCGTATCAAGCGGCGAT
CAACAACAGCGAGATCCCTAATCTTTCGCAGGAAGATATCATCGAGCGCGATTGCCTCGT
CCACCGCGCTTACATCGCTCTTGGTAGCTACCAGCTTGTCATCAATGAGATCGACGAAGC
GTCGGCTACTCCTCTTCAGGCAGTGAATCTCCTCGCTATGTATCTATCGAGCCCTGAAAA
TAAGGAATCAACGATTGCTAGCTTGAGGGAATGGTTGGCAGATCCAACTGCTGGAAACAA
TGCTACTGTTAGGTTGATTGCTGGTACTATCTTCATGCATGAGGAAGACTATAGCGAGGC
TCTCAAGCACACTCATTCTGGAGGAACTATGGACCTGCATGCTTTGAATGTCCAGATATT
CATAAAGATGCACAGGCCAGATTATGCTGAGAAACAGCTGAGAGTGATGCAACAGTTTGA
TGAAGACCACACACTCACTCAACTCGCCAGTGCATGGTTGAACCTGGCAGTAGGGGGTTC
CAAGATACAAGAAGCTTATCTAATCTTCCAGGATT*CTCTGAGAAGTACCCAATGACAAG
CTTGATCT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3G453TF 742 0 0
G
GAAGAAGCAGCAGCAAATGGCATCATCCATGGCGGCAGGACCAGATCACCTCTTTAATCT
GAGAAACAGTTTTTACCTAGGTGCGTATCAAGCGGCGATCAACAACAGCGAGATCCCTAA
TCTTTCGCAGGAAGATATCATCGAGCGCGATTGCCTCGTCCACCGCGCTTACATCGCTCT
TGGTAGCTACCAGCTTGTCATCAATGAGATCGACGAAGCGTCGGCTACTCCTCTTCAGGC
AGTGAAGCTCCTCGCTATGTATCTATCGAGCCCTGAAAATAAGGAATCAACGATTGCTAG
CTTGAGGGAATGGTTGGCAGATCCAACTGCTGGAAACAATGCTACTGTTAGGTTGATTGC
TGGTACTATCTTCATGCATGAGGAAGACTATAGCGAGGCTCTCAAGCACACTCATTCTGG
AGGAACTATGGACCTGCATGCTTTGAATGTCCAGATATTCATAAAGATGCACAGGCCAGA
TTATGCTGAGAAAC**CTGAGAGTGATGCAACAGTTTGATGAAGACCACACACTCACTCA
ACTCGCCAGT*CATGGTTGAACCTGGCAGTAGGGGGTTCCAAGATACAAGAAGCTTATCT
AATCTTCCAGGATTTCTCTGAGAAGTACCCAATGACAAGCTTGATCTTGAACAGCAAGGC
GGTTTGTTGCATGCATATGGGTAACTTTGAAGAAGCTGAGACTCTTCTGCTTGAAGCACT
CAACAAGGATGCGAAAGACC
A

QA 2 741 2 741
DS 

RD RR3CN83TF 789 0 0
GGAGACGCAGATCTGTGAGATCTAGAGGAAGAAGACGAAGAAGCAGCAGCAAATGGCATC
ATCCATGGCGGCAGGACCAGATCACCTCTTTAATCTGAGAAACAGTTTTTACCTAGGTGC
GTATCAAGCGGCGATCAACAACAGCGAGATCCCTAATCTTTCGCAGGAAGATATCATCGA
GCGCGATTGCCTCGTCCACCGCGCTTACATCGCTCTTGGTAGCTACCAGCTTGTCATCAA
TGAGATCGACGAAGCGTCGGCTACTCCTCTTCAGGCAGTGAAGCTCCTCGCTATGTATCT
ATCGAGCCCTGAAAATAAGGAATCAACGATTGCTAGCTTGAGGGAATGGTTGGCAGATCC
AACTGCTGGAAACAATGCTACTGTTAGGTTGATTGCTGGTACTATCTTCATGCATGAGGA
AGACTATAGCGAGGCTCTCAAGCACACTCATTCTGGAGGAACTATGGACCTGCATGCTTT
GAATGTCCAGATATTCATAAGGATGCACAGGCCAGATTATGCCGAGAAACAGCTGAGAGT
GATGCAACAGTTTGATGAAGACCACACACTCACTCAACTCGCCAGTGCATGGTTGAACCT
GGCAGTAGGGGGTTCCAAGATACAAGAAGCTTATCTAATCTTCCAGGATTTCTCTGAGAA
GTACCCAATGACAAGCTTGATCTTGA*CAGCAAGGCGGTTTGTTGCATGCATATGGGTAA
CTTTGA**GAGCTGAGACTCTTCTGCTTGA*GCACTCAACAAGGATGCGAAAGACCCAGA
AACTCTTGC

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3G389TF 784 0 0
GGGG
ATCTGTGAGATCTAGAGGAAGAAGACGAAGAAGCAGCAGCAAATGGCATCATCCATGGCG
GCAGGACCAGATCACCTCTTTAATCTGAGAAACAGTTTTTACCTAGGTGCGTATCAAGCG
GCGATCAACAACAGCGAGATCCCTAATCTTTCGCAGGAAGATATCATCGAGCGCGATTGC
CTCGTCCACCGCGCTTACATCGCTCCTGGTAGCTACCAGCTTGTCATCAATGAGATCGAC
GAAGCGTCGGCTACTCCTCTTCAGGCAGTGAAGCTCCTCGCTATGTATCTATCGAGCCCT
GAAAATAAGGAATCAACGATTGCTAGCTTGAGGGAATGGTTGGCAGATCCAACTGCTGGA
AACAATGCTACTGTTAGGTTGATTGCTGGTACTATCTTCATGCATGAGGAAGACTATAGC
GAGGCTCTCAAGCACACTCATTCTGGAGGAACTATGGACCTGCATGCTTTGAATGTCCAG
ATATTCATAAAGATGCACAGGCCAGATTATGCTGAGAAACAGCTGAGAGTGATGCAACAG
TTTGATGAAGACCACACACTCACTCAACTCGCCAGTGCATGGTTGAACCTGGCAGTAGGG
GGTTCCAAGATACAAGAAGCTTATCTAATCTTCCAGGATTTCTCTGAGAAGTACCCAATG
ACAAGCTTGATCTTGAACAGCAAGGCGGTTTGTTGCATGCATATGGGTAACTTTGAAGAA
GCTGAGACTCTTCTGCTTGAAGCACTCAACAAGGATGTGAAAGACCCAGAAACTCTTGCA

QA 5 784 5 784
DS 

RD RR3GH09TF 272 0 0
ATCTAATCTTCCAGGATTTCTCTGAGAAGTACCCAATGACAAGCTTGATCTTGAACAGCA
AGGCGGTTTGTTGCATGCATATGGGTAACTTTGAAGAAGCTGAGACTCTTCTGCTTGAAG
CACTCAACAAGGATGCGAAAGACCCAGAAACTCTTGCAAACTTAGTTGTGTGCAGTATTC
ATGTGGGGAAACAATCATCATCACGTTACCTAAGCCAGCTGAAACTGTCGCATCCAGAAC
ATGTACTTGTGAAGAGAGCAGCATCTGCTGAA

QA 1 272 1 272
DS 

RD RR3D969JQ 158 0 0
GCTGAAGATAACTTTGAGAGAGCGCTTCAATCTTTCGCCTGAAAGAACTCAAAATCCATG
GTTCACTGCTAAAACAATGCATCAGGACTCTCTGTCTCACCTAGAGTCGCTGCTTTTATA
AATCTATCAGAATGAGCATCTTATTCTTACAACCCTAT

QA 1 158 1 158
DS 

RD RR3GH09JQ 315 0 0
CTGCTTGAAGCACTCAACAAGGATGCGAAAGACCCAGAAACTCTTGCAAACTTAGTTGTG
TGCAGTATTCATGTGGGGAAACAATCATCATCACGTTACCTAAGCCAGCTGAAACTGTCG
CATCCAGAACATGTACTTGTGAAGAGAGCAGCATCTGCTGAAGATAACTTCGAGAGAGCG
CTTCAATCTTTC*CCTGAAAGAACTCAAAATCCATGGTTCACTGCTAAAACAATGCATCA
GGACTCTCTGTCTCACCTAGAGTCGCTGCTTTTATAAATCTATCAGAATGAGCATCTTAT
TCTTACAACCCTATC

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR3GT01JQ 291 0 0
TTTTT
TGCTTGAAGCACTCAACAAGGATGGGAAAGACCCAGAAACTTTTGCAAACTTAGTTGTGT
GCAGTATTCATGTGGGGAAACAATCATCATCACGTTACCTAAGCCAGCTGAAACTGTCGC
ATCCAGAACATGTACTTGTGAAGAGAGCAGCATTTGCTGAAGATAACTTCGAGAGAGGGC
TTCAATTTTTCGCCTGAAAGAACTCAAAATCCATGGTTCACTGCTAAAACAATGCATCAG
GACTTTCTGTCTCACCTAGAGTCGCTGCTTTTATAAATTTATCAGA

QA 6 291 6 291
DS 

RD RR3CK28JQ 471 0 0
TTTTTT
TGAGAAGTACCCAATGACAAGCTTGATCTTGTACAGCAAGGCGGTTTGTTGCATGCATAT
GGGTAACTTTGAAGAAGCTGAGACTCTTCTGCTTGAAGCACTCAACAAGGATGCGAAAGA
CCCAGAAACTCTTGCAAACTTAGTTGTGTGCAGTATTCATGTGGGGAAACAATCATCATC
ACGTTACCTAAGCCAGCTGAAACTGTCGCATCCAGAACATGTGCTTGTGAAGAGAGCAGC
ATCTGCTGAAGATAACTTCGAGAGAGCGCTTCAATCTTTCGCCTGAAAGAACTCAAAATC
CATGGTTCACTGCTAAAACAATGCATCAGGACTTTCTGTCTCACCTAGAGTCGCTGCTTT
TATAAATCTATCAGAATGAGCATCTTATTCTTACAACCCTATCGTGAAACTAGTATATGA
ACTGGTTTTTTTT*CATTGGACATGTAGCATTTTCTTTGATTTC
C

QA 7 470 7 470
DS 

RD RR3GZ30JQ 707 0 0
CATGCTTTGAATGTCCAGATATTCATAAAGATGCACAGGCCAGATTATGCTGAGAAACAG
CTGAGAGTGATGCAACAGTTTGATGAAGACCACACACTCACTCAACTCGCCAGTGCATGG
TTGAACCTGGCAGTAGGGGGTTCCAAGATACAAGAAGCTTATCTAATCTTCCAGGATTTT
TCTGAGAAGTACCCAATGACAAGCTTGATCTTGAACAGCAAGGCGGTTTGTTGCATGCAT
ATGGGTAACTTTGAAGAAGCTGAGACTCTTCTGCTTGAAGCACTCAACAAGGATGCGAAA
GACCCAGAAACTCTTGCAAACTTAGTTGTGTGCAGTATTCATGTGGGGAAACAATCATCA
TCACGTTACCTAAGCCAGCTGAGACTGTCGCATCCAGAACATGTACTTGTGAAGAGAGCA
GCATCTGCTGAAGATAACTTCGAGAGAGCGCTTCAATCTTTCGCCTGAAAGAACTCAAAA
TCCATGGTTCACTGCTAAAACAATGCATCAGGACTCTCTGTCTCACCTAGAGTCGCTGCT
TTTATAAATCTATCAGAATGAGCATCTTATTCTTACAACCCTATCGTGAAACTAGTATAT
GAACTGGTTTTTTTT*CATTGGACATGTAGCATTTTCTTTGATTTCTACTCACCGAAGCT
TTTGTTGTCTTTCTGTTCGAATTCGACAGTACTAGAGATTTGTTCC
C

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3CN83JQ 707 0 0
ATGCTTTGAATGTCCAGATATTCATAAGGATGCACAGGCCAGATTATGCCGAGAAACAGC
TGAGAGTGATGCAACAGTTTGATGAAGACCACACACTCACTCAACTCGCCAGTGCATGGT
TGAACCTGGCAGTAGGGGGTTCCAAGATACAAGAAGCTTATCTAATCTTCCAGGATTTCT
CTGAGAAGTACCCAATGACAAGCTTGATCTTGAACAGCAAGGCGGTTTGTTGCATGCATA
TGGGTAACTTTGAAGAAGCTGAGACTCTTCTGCTTGAAGCACTCAACAAGGATGCGAAAG
ACCCAGAAACTCTTGCAAACTTAGTTGTGTGCAGTATTCATGTGGGGAAACAATCATCAT
CACGTTACCTAAGCCAGCTGAAACTGTCGCATCCAGAACATGTACTTGTGAAGAGAGCAG
CATCTGCTGAAGATAACTTCGAGAGAGCGCTTCAATCTTTCGCCTGAAAGAACTCAAAAT
CCATGGTTCACTGCTAAAACAATGCATCAGGACTCTCTGTCTCACCTAGAGTCGCTGCTT
TTATAAATCTATCAGAATGAGCATCTTATTCTTACAACCCTATCGTGAAACTAGTATATG
AACTGGTTTTTTTT*CATTGGACATGTAGCATTTTCTTTGATTTCTACTCACCGAAGCTT
TTGTTGTCTTTCTGTTCGAATTCGACAGTACTAGAGATTTGTTCCTT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3G389JQ 410 0 0
TCTGCTTGAAGCACTCAACAAGGATGTGAAAGACCCAGAAACTCTTGCAAACTTAGTTGT
GTGCAGTATTCATGTGGGGAAACAATCATCATCACGTTACCTAAGCCAGCTGAAACTGTC
GCATCCAGAACATGTACTTGTGAAGAGAGCAGCATTTGCTGAAGATAACTTCGAGAGAGC
GCTTCAATCTTTCGCCTGAAAGAACTCAAAATCCATGGTTCACTGCTAAAACAATGCATC
AGGACTTTCTGTCTCACCTAGAGTCGCTGCTTTTATAAATCTATCAGAATGAGCATTTTA
TTCTTACAACCCTATCGTGAAACTAGTATATGAACTGGTTTTTTT**CATTGGACATGTA
GCATTTTCTTTGATTTCTACTCACCGAAGCTTTTGTTGTCTTTCTGTTCG

QA 1 410 1 410
DS 

RD RR3G453JQ 492 0 0
TGATCTTGAACAGCAAGGCGGTTTGTTGCATGCATATGGGTAACTTTGAAGAAGCTGAGA
CTCTTCTGCTTGAAGCACTCAACAAGGATGCGAAAGACCCAGAAACTCTTGCAAACTTAG
TTGTGTGCAGTATTCATGTGGGGAAACAATCATCATCACGTTACCTAAGCCAGCTGAAAC
TGTCGCATCCAGAACATGTACTTGTGAAGAGAGCAGCATCTGCTGAAGATAACTTCGAGA
GAGCGCTTCAATCTTTCGCCTGAAAGAACTCAAAATCCATGGTTCACTGCTAAAACAATG
CATCAGGACTCTCTGTCTCACCTAGAGTCGCTGCTTTTATAAATCTATCAGAATGAGCAT
CTTATTCTTACAACCCTATCGTGAAACTAGTATATGAACTGGTTTTTTTTTCATTGGACA
TGTAGCATTTTCTTTGATTTCTACTCACCGAAGCTTTTGTTGTCTTTCTGTTCGAATTCG
ACAGTACTAGA
C

QA 1 491 1 491
DS 



AS 2 17

CO CL38Contig1 688 9 12 U
GGGAAATCAGTAGAAGCAAAAGATCTCAAAAAAAAGCTTAGGAAGAAAGAAAAATGGCGG
ATCAGCTGACCGATGACCAGATCTCAGAGTTCAAGGAAGCCTTTAGCCTCTTCGATAAGG
ATGGAGATGGTTGCATCACCACCAAGGAGCTCGGGACCGTGATGAGGTCTCTAGGGCAAA
ACCCGACAGAAGCCGAGCTCCAAGACATGATCAACGAAGTCGATGCTGACGGGAACGGGA
CCATTGACTTCCCTGAGTTTCTGAACCTGATGGCGAGGAAGATGAAGGACACTGACTCAG
AGGAAGAGCTCAAGGAAGCGTTCAGGGTTTTCGACAAAGACCAGAATGGTTTCATCTCCG
CAGCTGAGCTTCGACACGTGATGACTAACCTCGGGGAGAAGCTGACCGACGAGGAGGTTG
ATGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGCGATGGTCAGATCAACTATGATGAGTTCG
TCAAAGTTATGATGGCTAAGTGAGACGGAATCTTATTATCCCTTCTGAAAGAAAAAACGA
TTTATGATGTCTGTGACATGTTTTCGCTTTCTGTTATTTGTCTTTTGCTTTTGGTTAGTG
TTATGTGAAGTATGAACTCATGGTTTGCATTATCCTTTTGACAATTTGATGTTCTCTCGT
TTTTATTATTTGTTTTCATCAAAAAAAA


BQ
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX78TF U 85
AF RR3C645JQ C 1
AF RR3C645TF U 1
AF RR3G775JQ C 175
AF RR3G775TF U 2
AF RR3B285TF U 2
AF RR3D172TF U 2
AF RR3D172JQ C 93
AF RR3EX78JQ C 111
BS 1 1 RR3C645JQ
BS 2 120 RR3C645TF
BS 121 121 RR3B285TF
BS 122 262 RR3C645TF
BS 263 263 RR3B285TF
BS 264 453 RR3C645TF
BS 454 454 RR3B285TF
BS 455 644 RR3C645TF
BS 645 651 RR3B285TF
BS 652 652 RR3D172TF
BS 653 663 RR3B285TF
BS 664 688 RR3D172TF

RD RR3EX78TF 311 0 0
CAGAGTTCAAGGAAGCCTTTAGCCTCTTCGATAAGGATGGAGATGGTTGCATCACCACCA
AGGAGCTCGGGACCGTGATGAGGTCTCTAGGGCAAAACCCGACAGAAGCCGGTCTCCAAG
ACATGATCAACGAAGTCGATGCTGACGGGAACGGGACCATTGACTTCCCTGAGTTTCTGA
ACCTGATGGCGAGGAAGATGAAGGACACTGACTCAGAGGAAGAGCTCAAGGAAGCGTTCA
GGGTTTTCGACAAAGACCAGAATGGTTTCATCTCCGCAGCTGAGCTTCGACACGTGATGA
CTAACCTCGGG

QA 1 311 1 311
DS 

RD RR3C645JQ 627 0 0
GGGAAATCAGTAGAAGCAAAAGATCTCAAAAAAAAGCTTAGGAAGAAAGAAAAATGGCGG
ATCAGCTGACCGATGACCAGATCTCAGAGTTCAAGGAAGCCTTTAGCCTCTTCGATAAGG
GTGGAGATGGTTGCATCACCACCAAGGAGCTCGGGACCGTGATGAGGTCTCTAGGGCAAA
ACCCGACAGAAGCCGAGCTCCAAGACATGATCAACGAAGTCGATGCTGACGGGAACGGGA
CCATTGACTTCCCTGAGTTTCTTAACCTGATGGCGAGGAAGATGAAGGACACTGACTCAG
AGGAAGAGCTCAAGGAAGCGTTCAGGGTTTTCGACAAAGACCAGAATGGTTTCATCTCCG
CAGCTGAGCTTCGACACGTGATGACTAACCTCGGGGAGAAGCTGACCGACGAGGAGGTTG
ATGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGCGTTGGTCAGATCAACTATGATGAGTTCG
TCAAAGTTATGATGGCTAAGTGAGACGGAATCTTATTATCCCTTCTGAAAGAAAAAACGA
TTTATGATGTCTGTGACATGTTTTCGCTTTCTGTTATTTGTCTTTTGCTTTTGGTTAGTG
TTATGTGAAGTATGAACTCATGGTTTG

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3C645TF 648 0 0
G
GGAAATCAGTAGAAGCAAAAGATCTCAAAAAAAAGCTTAGGAAGAAAGAAAAATGGCGGA
TCAGCTGACCGATGACCAGATCTCAGAGTTCAAGGAAGCCTTTAGCCTCTTCGATAAGGG
TGGAGATGGTTGCATCACCACCAAGGAGCTCGGGACCGTGATGAGGTCTCTAGGGCAAAA
CCCGACAGAAGCCGAGCTCCAAGACATGATCAACGAAGTCGATGCTGACGGGAACGGGAC
CATTGACTTCCCTGAGTTTCTTAACCTGATGGCGAGGAAGATGAAGGACACTGACTCAGA
GGAAGAGCTCAAGGAAGCGTTCAGGGTTTTCGACAAAGACCAGAATGGTTTCATCTCCGC
AGCTGAGCTTCGACACGTGATGACTAACCTCGGGGAGAAGCTGACCGACGAGGAGGTTGA
TGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGCGTTGGTCAGATCAACTATGATGAGTTCGT
CAAAGTTATGATGGCTAAGTGAGACGGAATCTTATTATCCCTTCTGAAAGAAAAAACGAT
TTATGATGTCTGTGACATGTTTTCGCTTTCTGTTATTTGTCTTTTGCTTTTGGTTAGTGT
TATGTGAAGTATGAACTCATGGTTTGCATTATCCTTTTGACAA
AAAA

QA 2 644 2 644
DS 

RD RR3G775JQ 453 0 0
GGCAAAACCCGACAGAAGCCGAGCTCCAAGACATGATCAACGAAGTCGATGCTGACGGGA
ACGGGACCATTGACTTCCCTGAGTTTCTGAACCTGATGGCGAGGAAGATGAAGGACACTG
ACTCAGAGGAAGAGCTCAAGGAAGCGTTCAGGGTTTTCGACAAAGACCAGAATGGTTTCA
TCTCCGCAGCTGAGCTTCGACACGTGATGACTAACCTCGGGGAGAAGCTGACCGACGAGG
AGGTTGATGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGCGATGGTCAGATCAACTATGATG
AGTTCGTCAAAGTTATGATGGCTAAGTGAGACGGAATCTTATTATCCCTTCTGAAAGAAA
AAACGATTTATGATGTCTGTGACATGTTTTCGCTTTCTGTTATTTGTCTTTTGCTTTTGG
TTAGTGTTATGTGAAGTATGAACTCATGGTTTG

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR3G775TF 646 0 0
GGAAATCAGTAGAAGCAAAAGATCTCAAAAAAAAGCTTAGGAAGAAAGAAAAATGGCGGA
TCAGCTGACCGATGACCAGATCTCAGAGTTCAAGGAAGCCTTTAGCCTCTTCGATAAGGA
TGGAGATGGTTGCATCACCACCAAGGAGCTCGGGACCGTGATGAGGTCTCTAGGGCAAAA
CCCGACAGAAGCCGAGCTCCAAGACATGATCAACGAAGTCGATGCTGACGGGAACGGGAC
CATTGACTTCCCTGAGTTTCTGAACCTGATGGCGAGGAAGATGAAGGACACTGACTCAGA
GGAAGAGCTCAAGGAAGCGTTCAGGGTTTTCGACAAAGACCAGAATGGTTTCATCTCCGC
AGCTGAGCTTCGACACGTGATGACTAACCTCGGGGAGAAGCTGACCGACGAGGAGGTTGA
TGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGCGATGGTCAGATCAACTATGATGAGTTCGT
CAAAGTTATGATGGCTAAGTGAGACGGAATCTTATTATCCCTTCTGAAAGAAAAAACGAT
TTATGATGTCTGTGACATGTTTTCGCTTTCTGTTATTTGTCTTTTGCTTTTGGTTAGTGT
TATGTGAAGTATGAACTCATGGTTTGCATTATCCTTTTGACAA
AAA

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3B285TF 662 0 0
GGAAATCAGTAGAAGCAAAAGATCTCAAAAAAA*GCTTAGGAAGAAAGAAAAATGGCGGA
TCAGCTGACCGATGACCAGATCTCAGAGTTCAAGGAAGCCTTTAGCCTCTTCGATAAGGA
TGGAGATGGTTGCATCACCACCAAGGAGCTCGGGACCGTGATGAGGTCTCTAGGGCAAAA
CCCGACAGAAGCCGAGCTCCAAGACATGATCAACGAAGTCGATGCTGACGGGAACGGGAC
CATTGACTTCCCTGAGTTTCTGAACCTGATGGCGAGGAAGATGAAGGACACTGACTCAGA
GGAAGAGCTCAAGGAAGCGTTCAGGGTTTTCGACAAAGACCAGAATGGTTTCATCTCCGC
AGCTGAGCTTCGACACGTGATGACTAACCTCGGGGAGAAGCTGACCGACGAGGAGGTTGA
TGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGCGATGGTCAGATCAACTATGATGAGTTCGT
CAAAGTTATGATGGCTAAGTGAGACGGAATCTTATTATCCCTTCTGAAAGAAAAAACGAT
TTATGATGTCTGTGACATGTTTTCGCTTTCTGTTATTTGTCTTTTGCTTTTGGTTAGTGT
TATGTGAAGTATGAACTCATGGTTTGCATTATCCTTTTGACAATTTGATGCTCTCTCGTT
TT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3D172TF 687 0 0
GGAAATCAGTAGAAGCAAAAGATCTCAAAAAAAAGCTTAGGAAGAAAGAAAAATGGCGGA
TCAGCTGACCGATGACCAGATCTCAGAGTTCAAGGAAGCCTTTAGCCTCTTCGATAAGGA
TGGAGATGGTTGCATCACCACCAAGGAGCTCGGGACCGTGATGAGGTCTCTAGGGCAAAA
CCCGACAGAAGCCGAGCTCCAAGACATGATCAACGAAGTCGATGCTGACGGGAACGGGAC
CATTGACTTCCCTGAGTTTCTGAACCTGATGGCGAGGAAGATGAAGGACACTGACTCAGA
GGAAGAGCTCAAGGAAGCGTTCAGGGTTTTCGACAAAGACCAGAATGGTTTCATCTCCGC
AGCTGAGCTTCGACACGTGATGACTAACCTCGGGGAGAAGCTGACCGACGAGGAGGTTGA
TGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGCGATGGTCAGATCAACTATGATGAGTTCGT
CAAAGTTATGATGGCTAAGCGAGACGGAATCTTATTATCCCTTCTGAAAGAAAAAACGAT
TTATGATGTCTGTGACATGTTTTCGCTTTCTGTTATTTGTCTTTTGCTTTTGGTTAGTGT
TCTGTGAAGTATGAACTCATGGTTTGCATTATCCTTTTGACAATTTGATGTTCTCTCGTT
TTTATTATTTGTTTTCATCAAAAAAAA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3D172JQ 588 0 0
AAGGAAGCCTTTAGCCTCTTCGATAAGGATGGAGATGGTTGCATCACCACCAAGGAGCTC
GGGACCGTGATGAGGTCTCTAGGGCAAAACCCGACAGAAGCCGAGCTCCAAGACATGATC
AACGAAGTCGATGCTGACGGGAACGGGACCATTGACTTCCCTGAGTTTCTGAACCTGATG
GCGAGGAAGATGAAGGACACTGACTCAGAGGAAGAGCTCAAGGAAGCGTTCAGGGTTTTC
GACAAAGACCAGAATGGTTTCATCTCCGCAGCTGAGCTTCGACACGTGATGACTAACCTC
GGGGAGAAGCTGACCGACGAGGAGGTTGATGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGC
GATGGTCAGATCAACTATGATGAGTTCGTCAAAGTTATGATGGCTAAGCGAGACGGAATC
TTATTATCCCTTCTGAAAGAAAAAACGATTTATGATGTCTGTGACATGTTTTCGCTTTCT
GTTATTTGTCTTTTGCTTTTGGTTAGTGTTCTGTGAAGTATGAACTCATGGTTTGCATTA
TCCTTTTGACAATTTGATGTTCTCTCGTTTTTATTAT
TTGTTTTCATC

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3EX78JQ 557 0 0
TTCGATAAGGATGGAGATGGTTGCATCACCACCAAGGAGCTCGGGACCGTGATGAGGTCT
TTAGGGCAAAACCCGACAGAAGCCGGTTTCCAAGACATGATCAACGAAGTCGATGCTGAC
GGGAACGGGACCATTGACTTCCCTGAGTTTTTGAACCTGATGGCGAGGAAGATGAAGGAC
ACTGACTCAGAGGAAGAGCTCAAGGAAGCGTTCAGGGTTTTCGACAAAGACCAGAATGGT
TTCATCTCCGCAGCTGAGCTTCGACACGTGATGACTAACCTCGGGGAGAAGCTGACCGAC
GAGGAGGTTGATGAGATGATCCGTGAAGCTGATGTTGATGGCGATGGTCAGATCAACTAT
GATGAGTTCGTCAAAGTTATGATGGCTAAGTGAGACGGAATCTTATTATCCCTTTTGAAA
GAAAAAACGATTTATGATGTCTGTGACATGTTTTCGCTTTCTGTTATTTGTCTTTTGCTT
TTGGTTAGTGTTATGTGAAGTATGAACTCATGGTTTGCATTATCCTTTTGACAATTTGAT
GTTCTCTCGTTTTTATT

QA 1 557 1 557
DS 



CO CL38Contig2 670 8 9 U
TTTTTTTTATAATAAAAACGAGAGAACATCAAATTGTCAAAGGATAATGCAAACCATGAG
TTCATACTTCACATAACACTAACCAAAAGCAAAACACAAATAACAGACGGAAAAGAAAGC
GAAAACATGTCGCAGACATCATAAATCGTTTTGATAAGATTCTGTCTCACTTAGCCATCA
TGACTTTGACGAACTCATCATAGTTGATCTGACCATCGCCATCAACATCAGCTTCACGGA
TCATCTCATCAACTTCCTCGTCGGTCAGCTTCTCCCCGAGGTTAGTCATCACGTGTCGAA
GCTCAGCTGCGGAGATGAAACCGTTCTGGTCTTTGTCGAAAACCCTGAAGGCTTCCTTGA
GCTCTTCCTCTGAGTCAGTGTCCTTCATCTTCCTCGCCATCAGGTTCAGAAACTCAGGGA
AGTCAATGGTCCCGTTCCCGTCAGCATCGACTTCGTTGATCATGTCTTGGAGCTCGGCTT
CTGTCGGGTTTTGCCCCAGAGACCTCATCACGGTCCCGAGCTCCTTGGTGGTGATGCAAC
CATCTCCATCCTTATCGAAGAGGCTAAAGGCTTCCTTGAACTCTGAGATCTGGTCATCGG
TCAGCTGATCCGCCATTTTTCTTTCTTCCTAAGCTTTTTTTTT*GAGATCTTTTGCTTCT
ACTGATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3GM28TF C 1
AF RR3GM28JQ U 11
AF RR3GF87JQ U 15
AF RR3B058JQ U 35
AF RR3B058TF C 35
AF RR3AD34JQ U 27
AF RR3AD34TF C 27
AF RR3GF87TF C 88
BS 1 14 RR3GM28TF
BS 15 134 RR3GM28JQ
BS 135 135 RR3GF87JQ
BS 136 408 RR3GM28JQ
BS 409 409 RR3GF87JQ
BS 410 498 RR3GM28JQ
BS 499 608 RR3GF87JQ
BS 609 669 RR3AD34JQ
BS 670 670 RR3GF87TF

RD RR3GM28TF 536 0 0
TTTTTTTTATAATAAAAACGAGAGAACATCAAATTGTCAAAGGATAATGCAAACCATGAG
TTCATACTTCACATAACACTAACCAAAAGCAAAACACAAATAACAGACGGAAAAGAAAGC
GAAAACATGTCGCAGACATCATAAATCGTTTTGATAAGATTCTGTCTCACTTAGCCATCA
TGACTTTGACGAACTCATCATAGTTGATCTGACCATCGCCATCAACATCAGCTTCACGGA
TCATCTCATCAACTTCCTCGTCGGTCAGCTTCTCCCCGAGGTTAGTCATCACGTGTCGAA
GCTCAGCTGCGGAGATGAAACCGTTCTGGTCTTTGTCGAAAACCCTGAAGGCTTCCTTGA
GCTCTTCCTCTGAGTCAGTGTCCTTCATCTTCCTCGCCATCAGGTTCAGAAACTCAGGGA
AGTCAATGGTCCCGTTCCCGTCAGCATCGACTTCGTTGATCATGTCTTGGAGCTCGGCTT
CTGTCGGGTTTTGCCCCAGAGACCTCATCACGGTCCCGAGCTCCTTGGTGGTGATG

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR3GM28JQ 492 0 0
AATA
AAAACGAGAGAACATCAAATTGTCAAAGGATAATGCAAACCATGAGTTCATACTTCACAT
AACACTAACCAAAAGCAAAACACAAATAACAGACGGAAAAGAAAGCGAAAACATGTCGCA
AACATCATAAATCGTTTTGATAAGATTCTGTCTCACTTAGCCATCATGACTTTGACGAAC
TCATCATAGTTGATCTGACCATCGCCATCAACATCAGCTTCACGGATCATCTCATCAACT
TCCTCGTCGGTCAGCTTCTCCCCGAGGTTAGTCATCACGTGTCGAAGCTCAGCTGCGGAG
ATGAAACCGTTCTGGTCTTTGTCGAAAACCCTGAAGGCTTCCTTGAGCTCTTCCTCTGAG
TCAGTGTCCTTCATCTTCCTCGCCATCAGGTTCAAAAACTCAGGGAAGTCAATGGTCCCG
TTCCCGTCAGCATCGACTTCGTTGATCATGTCTTGGAGCTCGGCTTCTGTCGGGTTTTGC
CCCA
AAAA

QA 5 488 5 488
DS 

RD RR3GF87JQ 594 0 0
AAAACGAGAGAACATCAAATTGTCAAAGGATAATGCAAACCATGAGTTCATACTTCACAT
AACACTAACCAAAAGCAAAACACAAATAACAGACGGAAAAGAAAGCGAAAACATGTCGCA
GACATCATAAATCGTTTTGATAAGATTCTGTCTCACTTAGCCATCATGACTTTGACGAAC
TCATCATAGTTGATCTGACCATCGCCATCAACATCAGCTTCACGGATCATCTCATCAACT
TCCTCGTCGGTCAGCTTCTCCCCGAGGTTAGTCATCACGTGTCGAAGCTCAGCTGCGGAG
ATGAAACCGTTCTGGTCTTTGTCGAAAACCCTGAAGGCTTCCTTGAGCTCTTCCTCTGAG
TCAGTGTCCTTCATCTTCCTCGCCATCAGGTTCAGAAACTCAGGGAAGTCAATGGTCCCG
TTCCCGTCAGCATCGACTTCGTTGATCATGTCTTGGAGCTCGGCTTCTGTCGGGTTTTGC
CCCAGAGACCTCATCACGGTCCCGAGCTCCTTGGTGGTGATGCAACCATCTCCATCCTTA
TCGAAGAGGCTAAAGGCTTCCTTGAACTCTGAGATCTGGTCATCGGTCAGCTGA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3B058JQ 628 0 0
C
GTCAAAGGATAATGCAAACCATGAGTTCATACTTCACATAACACTAACCAAAAGCAAAAC
ACAAATAACAGACGGAAAAGAAAGCGAAAACATGTCGCAAACATCATAAATCGTTTTGAT
AAGATTCTGTCTCACTTAGCCATCATGACTTTGACGAACTCATCATAGTTGATCTGACCA
TCGCCATCAACATCAGCTTCACGGATCATCTCATCAACTTCCTCGTCGGTCAGCTTCTCC
CCGAGGTTAGTCATCACGTGTCGAAGCTCAGCTGCGGAGATGAAACCGTTCTGGTCTTTG
TCGAAAACCCTGAAGGCTTCCTTGAGCTCTTCCTCTGAGTCAGTGTCCTTCATCTTCCTC
GCCATCAGGTTCAGAAACTCAGGGAAGTCAATGGTCCCGTTCCCGTCAGCATCGACTTCG
TTGATCATGTCTTGGAGCTCGGCTTCTGTCGGGTTTTGCCCCAAAGACCTCATCACGGTC
CCGAGCTCCTTGGTGGTGATGCAACCATCTCCATCCTTATCGAAGAGGCTAAAGGCTTCC
TTGAACTCTGAGATCTGGTCATCGGTCAGCTGATCCGCCATTTTTCTTTCTTCCTAAGCT
TTTTTTTT*GAGATCTTTTGCTTCT
CC

QA 2 626 2 626
DS 

RD RR3B058TF 628 0 0
C
GTCAAAGGATAATGCAAACCATGAGTTCATACTTCACATAACACTAACCAAAAGCAAAAC
ACAAATAACAGACGGAAAAGAAAGCGAAAACATGTCGCAGACATCATAAATCGTTTTGAT
AAGATTCTGTCTCACTTAGCCATCATGACTTTGACGAACTCATCATAGTTGATCTGACCA
TCGCCATCAACATCAGCTTCACGGATCATCTCATCAACTTCCTCGTCGGTCAGCTTCTCC
CCGAGGTTAGTCATCACGTGTCGAAGCTCAGCTGCGGAGATGAAACCGTTCTGGTCTTTG
TCGAAAACCCTGAAGGCTTCCTTGAGCTCTTCCTCTGAGTCAGTGTCCTTCATCTTCCTC
GCCATCAGGTTCAGAAACTCAGGGAAGTCAATGGTCCCGTTCCCGTCAGCATCGACTTCG
TTGATCATGTCTTGGAGCTCGGCTTCTGTCGGGTTTTGCCCCAGAGACCTCATCACGGTC
CCGAGCTCCTTGGTGGTGATGCAACCATCTCCATCCTTATCGAAGAGGCTAAAGGCTTCC
TTGAACTCTGAGATCTGGTCATCGGTCAGCTGATCCGCCATTTTTCTTTCTTCCTAAGCT
TTTTTTTT*GAGATCTTTTGCTTCT
CC

QA 2 626 2 626
DS 

RD RR3AD34JQ 643 0 0
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AGCTTCTCCCCGAGGTTAGTCATCACGTGTCGAAGCTCAGCTGCGGAGATGAAACCGTTC
TGGTCTTTGTCGAAAACCCTGAAGGCTTCCTTGAGCTCTTCCTCTGAGTCAGTGTCCTTC
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ATCACGGTCCCGAGCTCCTTGATGGTGATGCAACCATCTCCATCCTTATCGAAGAGGCTA
AAGGCTTCCTTGAACTCTGAGATCTGGTCATCGGTCAGCTGATCCGCCATTTTTCTTTCT
TCCTAAGCTTTTTTTTT*GAGATCTTTTGCTTCTACTGATTTC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3AD34TF 643 0 0
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AAGCAAAACACAAATAACAGACGGAAAAGAAAGCGAAAACATGTCGCAGACATCATAAAT
CGTTTTGATAAGATTCTGTCTCACTTAGCCATCATGACTTTGACGAACTCATCATAGTTG
ATCTGACCATCGCCATCAACATCAGCTTCACGGATCATCTCATCAACTTCCTCGTCGGTC
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TGGTCTTTGTCGAAAACCCTGAAGGCTTCCTTGAGCTCTTCCTCTGAGTCAGTGTCCTTC
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TCGACTTCGTTGATCATGTCTTGGAGCTCGGCTTCTGTCGGGTTTTGCCCCAGAGACCTC
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AAGGCTTCCTTGAACTCTGAGATCTGGTCATCGGTCAGCTGATCCGCCATTTTTCTTTCT
TCCTAAGCTTTTTTTTT*GAGATCTTTTGCTTCTACTGATTTC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3GF87TF 583 0 0
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GTTTTGATAAGATTCTGTCTCACTTAGCCATCATGACTTTGACGAACTCATCATAGTTGA
TCTGACCATCGCCATCAACATCAGCTTCACGGATCATCTCATCAACTTCCTCGTCGGTCA
GCTTCTCCCCGAGGTTAGTCATCACGTGTCGAAGCTCAGCTGCGGAGATGAAACCGTTCT
GGTCTTTGTCGAAAACCCTGAAGGCTTCCTTGAGCTCTTCCTCTGAGTCAGTGTCCTTCA
TCTTCCTCGCCATCAGGTTCAGAAACTCAGGGAAGTCAATGGTCCCGTTCCCGTCAGCAT
CGACTTCGTTGATCATGTCTTGGAGCTCGGCTTCTGTCGGGTTTTGCCCCAGAGACCTCA
TCACGGTCCCGAGCTCCTTGGTGGTGATGCAACCATCTCCATCCTTATCGAAGAGGCTAA
AGGCTTCCTTGAACTCTGAAATCTGGTCATCGGTCAGCTGATCCGCCATTTTTCTTTCTT
CCTAAGCTTTTTTTTTTGAGATCTTTTGCTTCTACTGATTTCC

QA 1 583 1 583
DS 



AS 3 12

CO CL39Contig1 1045 5 39 U
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TTGAAGAAAATGGCCTACGCTTCTCGTTTCCTCTCCAGATCTAAGCAGCTACAAGGGAGT
CTGGGCGTTTTGCAGCAGCACAATGCTATTCCAGTCCGAGCTTTTGCCAAGGAAGCTGCT
CGTCCTTCTTTTAAAGGAGATGAGATGTTGAAGGGCGTCTTTACGGAGATCAAAAACAAG
TTTCAGGCTGCAGTTGATATTCTCCGTAAGGAAAAGATCACTCTTGCTCCTGAGGACCCT
GCTGCGGTTAAACACTATGCAAATGTCATGAAGACTATCAGGCAAAAGGCAGACATGTTC
TCCGAATCTCAACGCATTAAATATGATATTGAGAACGAGACTAAAGAGATCCCAGACGCT
CGTGCTTACCTGTTGAAGTTGAAGGACATCCGCACCAGGAGGGGTCTTACTGATGAGCTC
GGTGCTGAGGCCATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATCAAAAAGCCT
CTCTTGAGAAGCGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCCGAATTCGAAAAAGGCAAC
AAAAAGCTTGGGATCAGGAAAGAAGATCTTCCTAAATATGAGGAGAACATGGAGCTAAGC
ATTGCCAAAGCACAACTGGATGAGCTGAAGAGTGATGCTCTTGAAGCAATGGAATCTCAG
AAAAAGAAGGAGGAATTCAAGGATGAAGAAATGCCTGACGTGAAATCGTTGGACATCCGT
AACTTTATTTAAGGTTTGATGGTGATCAAAAGAAGCATTTGATTTGTTGTAAGAAAGGCA
GAAGAAAGATCTCTCTCTCATAAAAAGGGGAAGATCTTAGTTCCCTTTTACTGTTTTTGG
TTTTGGCGTTTAATAAGGTCTCTGTCTCACCATGGATTTTAAGTACCAAATGGTCTAACT
TCCGCTGTGGGTTTACGCTTGAGATTTTTTTACACATAAACGTGGTCTTTATGTTTCTTA
TAACGGTGATAAATGAGTTGAATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A487TF U 1
AF RR3F835TF U 6
AF RR3BC56TF U 15
AF RR3FY27TF U 151
AF RR3FC32JQ C 303
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BS 126 158 RR3A487TF
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BS 235 314 RR3A487TF
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BS 406 406 RR3F835TF
BS 407 431 RR3A487TF
BS 432 432 RR3F835TF
BS 433 503 RR3A487TF
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BS 583 600 RR3A487TF
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RD RR3A487TF 600 0 0
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QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3F835TF 600 0 0
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ATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATCAAAAAGCCTCTCTTGAGAAGCGAC
AAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCCGAATTCGAAAAAGGCAACAAAAA

QA 11 600 11 600
DS 

RD RR3BC56TF 706 0 0
GG
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ATGCAAATGTCATGAAGACTATCAGGCAAAAGGCAGACATGTTCTCCGAATCTCAACGCA
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AGTTGAAGGACATCCGCACCAGGAGGGGTCTTACTGATGAGCTCGGTGCTGAGGCCATGA
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QA 3 706 3 706
DS 

RD RR3FY27TF 638 0 0
G
CAGTCCGAGCTTTTGTCAAGGAAGCTGCTCGTCCTTCTTTTAAAGGAGATGAGATGTTGA
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AAAAGATCACTCTTGCTCCTGAGGACCCTGCTGCGGTTAAACACTATGCAAATGTCATGA
AGACTGTCAGGCAAAAGGCAGACATGTTCTCCGAATCTCAACGCATTAAATATGATATTG
AGAACGAGACTAAAGAGATCCCAGACGCTCGTGCTTACCTGTTGAAGTTGAAGGACATCC
GCACCAGGAGGGGTCTTACTGATGAGCTCGGTGCTGAGGCCATGATGTTCGAGGCTTTGG
AGAAAGTTGAAAAGGATATCAAAAAGCCTCTCTTGAGAAGCGACAAGAAAGAAATGGATC
TTTTGGTTGCCGAATTCGAAAAAGGCAACAAAAAGCTTGGGATCAGGAAAGAAGATCTTC
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TGCCTGACGTGAAATCGTTGGACATCCGTAACTTTAT

QA 2 638 2 638
DS 

RD RR3FC32JQ 743 0 0
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TGCTTACCTGTTGAAGTTGAAGGACATCCGCACCAGGAGGGGTCTTACTGATGAGCTCGG
TGCTGAGGCCATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATCAAAAAGCCTCT
CTTGAGAAGCGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCCGAATTCGAAAAAGGCAACAA
AAAGCTTGGGATCAGGAAAGAAGATCTTCCTAAATATGAGGAGAACATGGAGCTAAGCAT
TGCCAAAGCACAACTGGATGAGCTGAAGAGTGATGCTCTTGAAGCAATGGAATCTCAGAA
AAAGAAGGAGGAATTCAAGGATGAAGAAATGCCTGACGTGAAATCGTTGGACATCCGTAA
CTTTATTTAAGGTTTGATGGTGATCAAAAGAAGCATTTGATTTGTTGTAAGAAAGGCAGA
AGAAAGATCTCTCTCTCATAAAAAGGGGAAGATCTTAGTTCCCTTTTACTGTTTTTGGTT
TTGGCGTTTAATAAGGTCTCTGTCTCACCATGGATTTTAAGTACCAAATGGTCTAACTTC
CGCTGTGGGTTTACGCTTGAGATTTTTTTACACATAAACGTGGTCTTTATGTTTCTTATA
ACGGTGATAAATGAGTTGAATAG

QA 1 743 1 743
DS 



CO CL39Contig2 1120 4 6 U
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CGGATAGGGATCTCAACGCAGCAGCACAAACCCTAATTTCGAGAAAGAGGAGATTCGATT
TCAAAAAAATGGCGTACGCTTCTCGTTTCCTCTCCAGATCTAAGCAGCTACAAGGGAGTC
TAGTCATTTTGCAGCAGCAGCATGCTATTCCCGTCCGCGCTTTTGCCAAGGAAGCTGCTC
GTCCTACTTTTAAAGGAGATGAGATGTTGAAGGGTGTTTTTACGGAGATCAAGAACAAAT
TTCAGGCTGCAGTTGATATTCTCCGTAAGGAAAAGATCACCCTTGATCCTGAGGACCCTG
CTGCCGTCAAACAGTATGCTAATGTCATGAAGACCATCAGGCAAAAGGCAGACATGTTCT
CCGAGTCTCAACGCATCAAATATGATATTGAGAACGAGACTAAGGAGATCCCAGATGCTC
GTGCTTACCTTTTGAAGTTGAAGGATATCCGCACCAGGAGGGGGCCTACTGATGAGCTAG
GTGCTGAGGCGATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATTAAGAAGCCTC
TCTTGAGAAGCGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAGTTCGAAAAAGGCAACA
AAAAGCTTGGGATTAGGAAAGAAGATCTTCCCAAGTACGAGGAGAACGTGGAGCTCAGCA
TTGCCAAAGCACAGTTGGATGAGCTGAAGAGTGATGCTCTTGAAGCAATGGAATCTCAGA
AAAAGAAGGAGGAATTCAAGGATGAGGAGATGCCAGACGTGAAATCGTTGGACATCCGTA
ACTTTATGTAAGGTTTGATGATGATCCTAAGAAGAAGCATTTGATTTCTTTGTAAGAAAG
AAAGAAGAAAGATCTCCCCCTCTCTCCTCTCGTCATTGTCTTTTGCTGTTTTTGGTTTTG
CGGTTAATAAGGTCGGGACTCTCACCATGGACTTGAAATACCAAATGGTCTTATAACTTT
CTCTCTGGTTATTATTACGCTTTGTGATTTTTAGACACAAACGTTGGTTTCATGTTTCTG
ATAATGGTGATATAAATGAAACTCGAGATTACATTTAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3F376TF U 66
AF RR3BC73TF U 1
AF RR3F376JQ C 353
AF RR3BC73JQ C 353
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BS 526 526 RR3F376TF
BS 527 652 RR3BC73TF
BS 653 728 RR3BC73JQ
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AGG
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ATGGCGTACGCTTCTCGTTTCCTCTCCAGATCTAAGCAGCTACAAGGGAGTCTAGTCATT
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TTTAAAGGAGATGAGATGTTGAAGGGTGTTTTTACGGAGATCAAGAATAAATTTCAGGCT
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QA 4 521 4 521
DS 

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CGGATAGGGATCTCAACGCAGCAGCACAAACCCTAATTTCGAGAAAGAGGAGATTCGATT
TCAAAAAAATGGCGTACGCTTCTCGTTTCCTCTCCAGATCTAAGCAGCTACAAGGGAGTC
TAGTCATTTTGCAGCAGCAGCATGCTATTCCCGTCCGCGCTTTTGCCAAGGAAGCTGCTC
GTCCTACTTTTAAAGGAGATGAGATGTTGAAGGGTGTTTTTACGGAGATCAAGAACAAAT
TTCAGGCTGCAGTTGATATTCTCCGTAAGGAAAAGATCACCCTTGATCCTGAGGACCCTG
CTGCCGTCAAACAGTATGCTAATGTCATGAAGACCATCAGGCAAAAGGCAGACATGTTCT
CCGAGTCTCAACGCATCAAATATGATATTGAGAACGAGACTAAGGAGATCCCAGATGCTC
GTGCTTACCTTTTGAAGTTGAAGGATATCCGCACCAGGAGGGGGCTTACTGATGAGCTAG
GTGCTGAGGCGATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATTAAGAAGCCTC
TCTTGAGAAGCGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAGTTCGAAAA

QA 1 652 1 652
DS 

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CATGTTCTCCGAGTCTCAACGCATCAAATATGATATTGAGAACGAGACTAAGGAGATCCC
AGATGCTCGTGCTTACCTTTTGAAGTTGAAGGATATCCGCACCAGGAGGGGGCCTACTGA
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CATCCGTAACTTTATGTAAGGTTTGATGATGATCCTAAGAAGAAGCATTTGATTTCTTTG
TAAGAAAGAAAGAAGAAAGATCTCCCCCTCTCTCCTCTCGTCATTGTCTTTTGCTGTTTT
TGGTTTTGCGGTTAATAAGGTCGGGACTCTCACCATGGACTTGAAATACCAAATGGTCTT
ATAACTTTCTCTCTGGTTATTATTACGCTTTGTGATTTTTAGACAC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3BC73JQ 768 0 0
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CATGTTCTCCGAGTCTCAACGCATCAAATATGATATTGAGAACGAGACTAAGGAGATCCC
AGATGCTCGTGCTTACCTTTTGAAGTTGAAGGATATCCGCACCAGGAGGGGGCTTACTGA
TGAGCTAGGTGCTGAGGCGATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATTAA
GAAGCCTCTCTTGAGAAGCGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAGTTCGAAAA
AGGCAACAAAAAGCTTGGGATTAGGAAAGAAGATCTTCCCAAGTACGAGGAGAACGTGGA
GCTCAGCATTGCCAAATCACAGTTGGATGAGCTGAAGAGTGATGCTCTTGAAGCAATGGA
ATCTCAGAAAAAGAAGGAGGAATTCAAGGATGAGGAGATGCCAGACGTGAAATCGTTGGA
CATCCGTAACTTTATGTAAGGTTTGATGATGATCCTAAGAAGAAGCATTTGATTTCTTTG
TAAGAAAGAAAGAAGAAAGATCTCCCCCTCTCTCCTCTCGTCATTGTCTTTTGCTGTTTT
TGGTTTTGCGGTTAATAAGGTCGGGACTCTCACCATGGACTTGAAATACCAAATGGTCTT
ATAACTTTCTCTCTGGTTATTATTACGCTTTGTGATTTTTAGACACAAACGTTGGTTTCA
TGTTTCTGATAATGGTGATATAAATGAAACTCGAGATTACATTTAAGT

QA 1 768 1 768
DS 



CO CL39Contig3 1088 3 7 U
GGGACAACCCCCAAGTGCTCAGATAAGAGATCTCAACGCAGCAACACAAACCCTAATTTC
GAGAAAGAGGAGATTCGATTTAAAAAAAATGGCGTACGCTACTCGTTTCCTCTCCAGATC
TAAGCAGCTACAAGGGAGTCTGGTTATTATGCAGCAGCACCATGCTATTCCCGTCCGCGC
TTTTGCCAAGGAAGCTGCTCGTCCTACTTTTAAAGGAGATGAAATGTTGAAGGGTGTTTT
CACGGAGATCAAGAACAAATTTCAGGCTGCAGTTGATATTCTCCGTAAGGAAAAGATCAC
CCTTGATCCTGAGGACCCTGCTGCCGTTAAACAGTATGCTAATGTCATGAAGACCATCAG
GCAAAAGGCAGACATGTTCTCCGAATCTCAACGCATCAAATATGATATCGAGAACGAGAC
TAAGGAGATCCCTGATGCTCGTGCTTACCTCTTGAAGTTGAAGGATATCCGCACCAGGAG
GGGGCTTACTGATGAGCTAGGTGCTGAGGCGATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGA
AAAGGATATTAAGAAGCCT*TCTTGAGAAGTGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGC
AGAGTTCGAAAAAGGCAACAAAAAGCTTGGGATTAGGAAAGAAGATCTTCCCAAGTACGA
GGAGAACGTGGAGCTCAGCATTGCCAAAGCACAGTTGGATGAGCTGAAGAGTGATGCTCT
TGAAGCAATGGAATCTCAGAAAAAGAAGGAGGAATTCAAGGATGAGGAGATGCCAGACGT
GAAATCGTTGGACATCCGTAACTTTATGTAAGGTTTGATGATGATCCTAAGAAGAAGCAT
TTTGAGATTTCTTGTAAGAAAGCCAGAAGAAAGATCGCTCTTTCTTTTTATTGTTCCCTT
TTGTTGGTTTTTGGTTAATAAGGTCGGGACTCTCACCATGGACTTGTACCAAATGGTCTT
ATAACTTTCTCTCTGGTTATTAAATACGCTTTGTGATTTTTAGACACAAGCGTGGGTTTC
ATGTTTCTGATAATGGTGATATAATGAAACTCGAGATTACATTTAAATAAAAACTGTTTG
TTAAACCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DZ12TF U 1
AF RR3BW67TF U 5
AF RR3BW67JQ C 334
BS 1 100 RR3DZ12TF
BS 101 101 RR3BW67TF
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BS 561 610 RR3DZ12TF
BS 611 624 RR3BW67TF
BS 625 1088 RR3BW67JQ

RD RR3DZ12TF 610 0 0
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GAGAAAGAGGAGATTCGATTTAAAAAAAATGGCGTACGCTTCTCGTTTCCTCTCCAGATC
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TTTTGCCAAGGAAGCTGCTCGTCCTACTTTTAAAGGAGATGAAATGTTGAAGGGTGTTTT
CACGGAGATCAAGAACAAATTTCAGGCTGCAGTTGATATTCTCCGTAAGGAAAAGATCAC
CCTTGATCCTGAGGACCCTGCTGCCGTTAAACAGTATGCTAATGTCATGAAGACCATCAG
GCAAAAGGCAGACATGTTCTCCGAATCTCAACGCATCAAATATGATATCGAGAACGAGAC
TAAGGAGATCCCTGATGCTCGTGCTTACCTCTTGAAGTTGAAGGATATCCGCACCAGGAG
GGGGCTTACTGATGAGCTAGGTGCTGAGGCGATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGA
AAAGGATATTAAGAAGCCTCTCTTGAGAAGTGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGC
AGAGTTCGAA

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3BW67TF 620 0 0
G
AACCCCCAAGTGCTCAGATAAGAGATCTCAACGCAGCAACACAAACCCTAATTTCGAGAA
AGAGGAGATTCGATTTAAAAAAAATGGCGTACGCTACTCGTTTCCTCTCCAGATCTAAGC
AGCTACAAGGGAGTCTGGTTATTATGCAGCAGCACCATGCTATTCCCGTCCGCGCTTTTG
CCAAGGAAGCTGCTCGTCCTACTTTTAAAGGAGATGAAATGTTGAAGGGTGTTTTCACGG
AGATCAAGAACAAATTTCAGGCTGCAGTTGATATTCTCCGTAAGGAAAAGATCACCCTTG
ATCCTGAGGACCCTGCTGCCGTTAAACAGTATGCTAATGTCATGAAGACCATCAGGCAAA
AGGCAGACATGTTCTCCGAATCTCAACGCATCAAATATGATATCGAGAACGAGACTAAGG
AGATCCCTGATGCTCGTGCTTACCTCTTGAAGTTGAAGGATATCCGCACCAGGAGGGGGC
TTACTGATGAGCTAGGTGCTGAGGCGATGATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGG
ATATTAAGAAGTCT*TCTTGAGAAGTGACAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAGT
TCGAAAAAGGCAACAAAAA

QA 2 620 2 620
DS 

RD RR3BW67JQ 755 0 0
GTATGCTAATGTCATGAAGACCATCAGGCAAAAGGCAGACATGTTCTCCGAATCTCAACG
CATCAAATATGATATCGAGAACGAGACTAAGGAGATCCCTGATGCTCGTGCTTACCTCTT
GAAGTTGAAGGATATCCGCACCAGGAGGGGGCTTACTGATGAGCTAGGTGCTGAGGCGAT
GATGTTCGAGGCTTTGGAGAAAGTTGAAAAGGATATTAAGAAGCCT*TCTTGAGAAGTGA
CAAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAGTTCGAAAAAGGCAACAAAAAGCTTGGGAT
TAGGAAAGAAGATCTTCCCAAGTACGAGGAGAACGTGGAGCTCAGCATTGCCAAAGCACA
GTTGGATGAGCTGAAGAGTGATGCTCTTGAAGCAATGGAATCTCAGAAAAAGAAGGAGGA
ATTCAAGGATGAGGAGATGCCAGACGTGAAATCGTTGGACATCCGTAACTTTATGTAAGG
TTTGATGATGATCCTAAGAAGAAGCATTTTGAGATTTCTTGTAAGAAAGCCAGAAGAAAG
ATCGCTCTTTCTTTTTATTGTTCCCTTTTGTTGGTTTTTGGTTAATAAGGTCGGGACTCT
CACCATGGACTTGTACCAAATGGTCTTATAACTTTCTCTCTGGTTATTAAATACGCTTTG
TGATTTTTAGACACAAGCGTGGGTTTCATGTTTCTGATAATGGTGATATAATGAAACTCG
AGATTACATTTAAATAAAAACTGTTTGTTAAACCG

QA 1 755 1 755
DS 



AS 3 15

CO CL40Contig1 983 6 6 U
AGTGAAATAAACTTTAATGCTTTCATTTTCTTTTCAACTTAGAATGATTACAAAGATAAT
GATACTATTGCTCTAAATGTTTTGCATTACAAACCCTTCAATACAAAAAAAGATTCTGCC
AAAAGACTCGCCCTCTCTCTCTCACATACTAGGCCTTGTTCACCCGAATCTTCTGTCCTT
CCAGCAAAGAGTTGTTAAGAGCCAAAATAGCAGCTTCGACATCTTCATCAGAAGAAAACG
TAACAAACCCAAACCCAGTAGATTTGGAAGTACCAGGCACTCTCGGAACCTTAGCACTCA
GAACTTTCCCTTTCTCAGAAAACAAACTCTCAAGCATCTCTTTAGTAACACTCTTTGCTA
GATTCCCTACATACACTTTGTAAGGACTATCCACAAAAGCTGCATCTTCAGACTGAAGCA
GCGACAAATCAGGAGACGATGATGATGATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTAATATTAACCT
TCACCTCACGTCCTTCAATTGTAGTGCCGTTCAACTTCTCAATGACAGCATTGGCATCTT
CAACTGATTTCATAGTAGCGAAACCAAACCTACGGCTTCTTCCTGAGTACTTATCATACA
TCACCTGGACTTGTTCAACGGCGCCGTGTTCTTCGACGAGTTTGGTGAGCTGTTCGTTAG
TTACGGTTCTTGGTATGTTTCCGATGTAGACGCGTCTTGAGGATTCTGCGTTAGGGTCCA
AAGCGGGTTTTTCTTCCGTCTCCATCGTTGCGCGAGGGATGAGTCTCGTCCTGGAGGTCC
GTGGAAGAGAGATGGCTGTGGGGACAGAAGGAAAGGCTTTGGCTTTGAGAGCGAATGCAT
TGGTCTGAGATTGCAAAGAGGTGGAGGACTCGGAGTGGAATGAGAAGAGTGTGGGTTTGA
TTGAAACGACAGCTGTTAGGAAAGTAGCCATTGTCGGAGAAGGAAGGAAGGAGATAATGG
GTGAAAAGAGAAGAGGGTCCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 15 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ12JQ U 225
AF RR3GZ12TF C 6
AF RR3EO32JQ U 1
AF RR3FX85JQ U 4
AF RR3BM54TF C 292
AF RR3DC44TF C 728
BS 1 285 RR3EO32JQ
BS 286 286 RR3GZ12JQ
BS 287 400 RR3EO32JQ
BS 401 401 RR3GZ12JQ
BS 402 762 RR3EO32JQ
BS 763 983 RR3BM54TF

RD RR3GZ12JQ 206 0 0
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GGAACCTTAGCACTCAAAACTTTCCCTTTCTCAAAAAACAAACTCTCAAGCATCTCTTTA
GTAACACTCTTTGCTAAATTCCCTACATACACTTTGTAAGGACTATCCACAAAAGCTGCA
TCTTCAGACTGAAGCAGCGACAAATC

QA 1 206 1 206
DS 

RD RR3GZ12TF 508 0 0
CT
TAAACTTTAATGCTTTCATTTTCCTTTCAACTTAGAATGATTACAAAGATAATGATACTA
TTGCTCTAAATGTTTTGCATTACAAACCCTTCAATACAAAAAAAGATTCTGCCAAAAGAC
TCGCCCTCTCTCTCTCACATACTAGGCCTTGTTCACCCGAATCTTCTGTCCTTCCAGCAA
AGAGTTGTTAAGAGCCAAAATAGCAGCTTCGACATCTTCATCAGAAGAAAACGTAACAAA
CCCAAACCCAGTAGATTTGGAAGTACCAGGCACTCTCGGAACCTTAGCACTCAGAACTTT
CCCTTTCTCAGAAAACAAACTCTCAAGCATCTCTTTAGTAACACTCTTTGCTAGATTCCC
TACATACACTTTGTAAGGACTATCCACAAAAGCTGCATCTTCAGACTGAAGCAGCGACAA
ATCAGGAGACGATGATGATGATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTAATATTAACCTTCACCTC
ACGTCCTTCAATTGTAGTGCCGTTC
C

QA 3 507 3 507
DS 

RD RR3EO32JQ 766 0 0
AGTGAAATAAACTTTAATGCTTTCATTTTCTTTTCAACTTAGAATGATTACAAAGATAAT
GATACTATTGCTCTAAATGTTTTGCATTACAAACCCTTCAATACAAAAAAAGATTCTGCC
AAAAGACTCGCCCTCTCTCTCTCACATACTAGGCCTTGTTCACCCGAATCTTCTGTCCTT
CCAGCAAAGAGTTGTTAAGAGCCAAAATAGCAGCTTCGACATCTTCATCAGAAGAAAACG
TAACAAACCCAAACCCAGTAGATTTGGAAGTACCAGGCACTCTCGAAACCTTAGCACTCA
GAACTTTCCCTTTCTCAGAAAACAAACTCTCAAGCATCTCTTTAGTAACACTCTTTGCTA
GATTCCCTACATACACTTTGTAAGGACTATCCACAAAAGCCGCATCTTCAGACTGAAGCA
GCGACAAATCAGGAGACGATGATGATGATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTAATATTAACCT
TCACCTCACGTCCTTCAATTGTAGTGCCGTTCAACTTCTCAATGACAGCATTGGCATCTT
CAACTGATTTCATAGTAGCGAAACCAAACCTACGGCTTCTTCCTGAGTACTTATCATACA
TCACCTGGACTTGTTCAACGGCGCCGTGTTCTTCGACGAGTTTGGTGAGCTGTTCGTTAG
TTACGGTTCTTGGTATGTTTCCGATGTAGACGCGTCTTGAGGATTCTGCGTTAGGGTCCA
AAGCGGGTTTTTCTTCCGTCTCCATCGTTGCGCGAGGGATGA
ATCT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3FX85JQ 737 0 0
GGAA
TAAACTTTAATGCTTTCATTTTCTTTTCAACTTAGAATGATTACAAAGATAATGATACTA
TTGCTCTAAATGTTTTGCATTACAAACCCTTCAATACAAAAAAAGATTCTGCCAAAAGAC
TCGCCCTCTCTCTCTCACATACTAGGCCTTGTTCACCCGAATCTTCTGTCCTTCCAGCAA
AGAGTTGTTAAGAGCCAAAATAGCAGCTTCGACATCTTCATCGGAAGAAAACGTAACAAA
CCCAAACCCAGTAGATTTGGAAGTACCAGGCACTCTCGAAACCTTAGCACTCAGAACTTT
CCCTTTCTCAGAAAACAAACTCTCAAGCATCTCTTTAGTAACACTCTTTGCTAGATTCCC
TACATACACTTTGTAAGGACTATCCACAAAAGCTGCATCTTCAGACTGAAGCAGCGACAA
ATCAGGAGACGATGATGATGATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTAATATTAACCTTCACCTC
ACGTCCTTCAATTGTAGTGCCGTTCAACTTCTCAATGACAGCATTGGCATCTTCAACTGA
TTTCATAGTAGCGAAACCAAACCTACGGCTTCTTCCTGAGTACTTATCATACATCACCTG
GACTTGTTCAACGGCGCCGTGTTCTTCGACGAGTTTGGTGAGCTGTTCGTTAGTTACGGT
TCTTGGTATGTTTCCGATGTAGACGCGTCTTGAGGATTCTGCGTTAGGGTCCAAAGCGGG
TTTTTCTTCCGTC

QA 5 737 5 737
DS 

RD RR3BM54TF 692 0 0
TAGCACTCAGAACTTTGCCTTTCTCAGAAAACAAACTCTCAAGCATCTCTTTAGTAACAC
TCTTTGCCAGATTCCCTACATACACTTTGTAAGGACTATCCACAAAAGCTGCATCTTCAG
ACTGAAGCAGCGACAAATCAGGAGACGATGATGATGATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTAA
TATTAACCTTCACCTCACGTCCTTCAATTGTAGTGCCGTTCAACTTCTCAATGACAGCAT
TGGCATCTCCAACTGATTTCATTGTAGCGAAACCAAACCTACGGCTTCTTCCTGAGTACT
TATCATACATCACCTGGACTTGTTCAACGGCGCCGTGTTCTTCGACGAGTTTGGTGAGCT
GTTCTTTAGTTACGGTTCTTGGTATGTTTCCGATGTAGACACGTCTTGAGGATTCTGCGT
TAGGGTCCAAAGCGGGTTTTTCTTCCGTCTCCATCGTTGCGCGAGGGATGAGTCTCGTCC
TGGAGGTCCGTGGAAGAGAGATGGCTGTGGGGACAGAAGGAAAGGCTTTGGCTTTGAGAG
CGAATGCATTGGTCTGAGATTGCAAAGAGGTGGAGGACTCGGAGTGGAATGAGAAGAGTG
TGGGTTTGATTGAAACGACAGCTGTTAGGAAAGTAGCCATTGTCGGAGAAGGAAGGAAGG
AGATAATGGGTGAAAAGAGAAGAGGGTCCCCT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3DC44TF 253 0 0
TTTTTCTTCCGTCTCCATCGTTGCGCGAGGGATGAGTCTCGTCCTGGAGGTCCGTGGAAG
AGAGATGGCTGTGGGGACAGAAGGAAAGGCTTTGGCTTTGAGAGCGAATGCATTGGTCTG
AGATTGCAAAGAGGTGGAGGACTCGGAGTGGAATGAGAAGAGTGTGGGTTTGATTGAAAC
GACAGCTGTTAGGAAAGTAGCCATTGTCGGAGAAGGAAGGAAGGAGATAATGGGTGAAAA
GAGAAGA
GGGTCC

QA 1 247 1 247
DS 



CO CL40Contig2 1056 6 10 U
CGTAGAAGAGACAGCCTATATTTTCTTCATCTAGTCAGAGTGAAATAAACTTAATGCTTT
CATCAACTTAGCATGATTACAAAGATAATGATACTATGCTCTAAATGTTTTGCATTACAA
ACTCCTCAGTACAATACAAAAAAAAACGATTCTGCCAAAAGACTCGCCCTCTCTCTCTCT
CTCTCACACACACACACAC**TAGGCCTTATTCACCCGAATCTTCTGTCCTTCCAGCAAA
GAGTTGTTAAGAGCCAAAATAGCAGCTTCGACATCTTCATCAGAAGAAAACGTAACAAAC
CCAAACCCAGTAGATTTCGAAGTACCAGGCACTCTCGAAACCTTAGCACTCAGAACTTTC
CCTTTCTCAGAAAACAAATTCTCAAGCATCTCTTTAGTAACACTCTTTGCCAGATTCCCT
ACATACACTTTGTAAGGACTATCCACAAAAGCTGAATCTTCAGACTGAAGCAGCGACAAA
TCAGGAGACGATGATGATGATGATGATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTAATATTAACCTTC
ACCTCACGTCCTTCAATTGTAGTGCCGTTCAACTTCTCAATGACAGCATTGGCATCTTCA
ACTGATTTCATTGTAGCGAAACCAAACCTACGGCTTCTTCCTGAGTACTTATCATACATC
ACCTGGACTTGTTCAACGGCGCCGTGTTCTTCGACGAGTTTGGTGAGCTGTTCGTTAGTT
ACGGTTCTTGGTATGTTTCCGATGTAGACGCGTCTTGAGGATTCTGCGTTAGGGTCCAAA
GCGGGTTTTTCTTCGGTCTCCAACGTGGCGCGAGGGATGAGTCTCATCCTGGAGGTCCGT
GGAAGAGAGATGGCTGTGGGGACAGAAGGAAAGGCTTTGGCCTTGAGAGCGAATGCATTG
GTTTGAGATTGCAAAGAGGGGGAGGACTCGGAGTGGAATGAGAAGAGTGTGGGTTTGATT
GAAACGACAGCTGTTAGGAAAGTAGCCATTGTCGGAGAAGGAAGGAAGGAGATAATGGGG
GAAAAGAGAAGAAGGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CTGTAATATTA

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DS 

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CCAAACCCAGTAGATTTCGAAGTACCAGGCACTCTCGAAACCTTAGCACTCAGAACTTTC
CCTTTCTCAGAAAACAAATTCTCAAGCATCTCTTTAGTAACACTCTTTGCCAGATTCCCT
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TCAGGAGACGATGATGATGATGATGATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTAATATTAACCT*C
ACCTCACGTCCTTCAATTGTAGTGCCGTTCAACTTCTCAATGACAGCATTGGCATCTTCA
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ACGGTTCTTGGTATGTTTCCGATGTAGACGCGTCTTGAGGATTCTGCG

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TCTCACACACACACACAC**TAGGCCTTATTCACCCGAATCTTCTGTCCTTCCAGCAAAG
AGTTGTTAAGAGCCAAAATAGCAGCTTCGACATCTTCATCAGAAGAAAACGTAACAAACC
CAAACCCAGTAGATTTCGAAGTACCAGGCACTCTCGAAACCTTAGCACTCAGAACTTTCC
CTTTCTCAGAAAACAAATTCTCAAGCATCTCTTTAGTAACACTCTTTGCCAGATTCCCTA
CATACACTTTGTAAGGACTATCCACAAAAGCTGAATCTTCAGACTGAAGCAGCGACAAAT
CAGGAGACGATGATGATGATGATGATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTAATATTAACCTTCA
CCTCACGTCCTT**ATTGTAGTGCCGTTCAACTTCTCAATGACAGCATTGGCATCTTCAA
CTGATTTCATTGTAGCGAAACCAAACCTACGGCTTCTTCCTGAGTACTTATCATACATCA
CCTGGACTTGTTCAACGGCGCCGTGTTCTTCGACGAGTTTGGTGAGCTGTTCGTTAGTTA
*GGTTCTTGGTATGTTTCCGATGTAGACGCGTCTTGAGGATTCTGCGTTAGGGTCCAAAG
CGGGTTTTTCTTCGGTCTCCAACGTGGCGCGAGGGATGAGTCTCATCCTGGAGGTCCGTG
GAAGAGAGATGGCTGTGGGGACAGAAGG

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CACAC**TAGGCCTTATTAACCCGAATCTTCTGTCCTTCCAGCAAAGAGTTGTTAAGAGC
CAAAATAGCAGCTTCGACATCTTCATCAGAAGAAAACGTAACAAACCCAAACCCAGTAGA
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CAAATTCTCAAGCATCTCTTTAGTAACACTCTTTGCCAGATTCCCTACATACACTTTGTA
AGGACTATCCACAAAAGCTGAATCTTCAGACTGAAGCAGCGACAAATCAGGAGACGATGA
TGATGATGATGATAATTCTAGAGGCTTCTCTGTAATATTAACCTTCACCTCACGTCCTTC
AATTGTAGTGCCGTTCAACTTCTCAATGACAGCATTGGCATCTTCAACTGATTTCATTGT
AGCGAAACCAAACCTACGGCTTCTTTCTGAGTACTTATCATACATCACCTGGACTTGTTC
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GTTTCCGATGTAGACGCGTCTTGAGGATTCTGCGTTAGGGTCCAAAGCGGGTTTTTCTTC
GGTCTCCAACGTGGCGCGAGGGATGAGTCTCATCCTGGAG*TCCGTGGAAGAGAGATGGC
TGTGGGGACAGA

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TTTGCCAGATTCCCTACATACACTTTGTAAGGACTATCCACAAAAGCTGAATCTTCAGAC
TGAAGCAGCGACAAATCAGGAGACGATGATGATGATGATGATAATTCTAGAGGCTTCTCT
GTAATATTAACCTTCACCTCACGTCCTTCAATTGTAGTGCCGTTCAACTTCTCAATGACA
GCATTGGCATCTTCAACTGATTTCATTGTAGCGAAACCAAACCTACGGCTTCTTCCTGAG
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AGCTGTTCGTTAGTTACGGTTCTTGGTATGTTTCCGATGTAGACGCGTCTTGAGGATTCT
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GTGTTCC

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TACATCACCTGGACTTGTTCAACGGCGCCGTGTTCTTCGACGAGTTTGGTGAGCTGTTCG
TTAGTTA*GGTTCTTGGTATGTTTCCGATGTAGACGCGTCTTGAGGATTCTGCGTTAGGG
TCCAAAGCGGGTTTTTCTTCGGTCTCCAACGTGGCGCGAGGGATGAGTCTCATCCTGGAG
GTCCGTGGAAGAGAGATGGCTGTGGGGACAGAAGGAAAGGCTTTGGCCTTGAGAGCGAAT
GCATTGGTTTGAGATTGCAAAGAGGGGGAGGACTCGGAGTGGAATGAGAAGAGTGTGGGT
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ATGGGGGAAAAGAGAAGAAGGTGTTGTGTTGTGTTGTGTTCC

QA 1 462 1 462
DS 



CO CL40Contig3 1036 3 4 U
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TTCCTTGTCCGACAATGGCTACTTTCCTAACAGCTGTTGTTTCAATCAAACCCACACTCT
TCTCATTCCACTCCGAGTCCTCCACCTCTTTGCAATCTCAGACCAATGCATTCGCTCTCA
AAGCCAATGCATTCGCTCTCAAAGCCAAAGCCTTTCCTTCTGTCCCCAGACCCATCTCTC
TTCCACGGACCTCCAGAACGAGATTCATCCCTCGCGCAACGATGGAGACGGAAGAAAAAC
CCGCTTTGGACCCTAACGCAGAATCCTCAAGACGCGTCTACATCGGAAACATACCAAGAA
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AGGTGATGTATGATAAGTACTCAGGAAGAAGCCGTAGGTTTGGTTTCGCTACTATGAAAT
CAGTTGAAGATGCCAATGCTGTCATTGAGAAGTTGAACGGCACTACAATTGAAGGACGTG
AGGTGAAGGTTAATATTACAGAGAAGCCTCTAGAATTATCATCATCATCGTCTCCTGATT
TGTCGCTGCTTCAGTCTGAAGATGCAGCTTTTGTGGATAGTCCTTACAAAGTGTATGTAG
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AAGTTCTGAGTGCTAAGGTTTCGAGAGTGCCTGGTACTTCGAAATCTACTGGGTTTGGGT
TTGTTACGTTTTCTTCTGATGAAGATGTCGAAGCTGCTGTCGTGGCTCTTAACAATTCTT
TGCTGGAAGGACAGAAGATTCGGGTGAATAAGGCCTAGTGTGTGTGTGTGTGTGACAGTG
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TAATGCAAAACATTTAGAGCATAGTGTCATTATCTTTGTAATCATTCTAAGGTGATGAAA
GCATTAAGTTTATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX85TF U 1
AF RR3EO32TF U 20
AF RR3BM54JQ C 297
BS 1 200 RR3FX85TF
BS 201 201 RR3EO32TF
BS 202 707 RR3FX85TF
BS 708 1036 RR3BM54JQ

RD RR3FX85TF 707 0 0
GGACACAACACAACACAACACAACACCTTCTTCTCTTTTCCCCCATTATTATCTCCTTCC
TTCCTTGTCCGACAATGGCTACTTTCCTAACAGCTGTTGTTTCAATCAAACCCACACTCT
TCTCATTCCACTCCGAGTCCTCCACCTCTTTGCAATCTCAGACCAATGCATTCGCTCTCA
AAGCCAATGCATTCGCTCTCGAAGCCAAAGCCTTTCCTTCTGTCCCCAGACCCATCTCTC
TTCCACGGACCTCCAGAACGAGATTCATCCCTCGCGCAACGATGGAGACGGAAGAAAAAC
CCGCTTTGGACCCTAACGCAGAATCCTCAAGACGCGTCTACATCGGAAACATACCAAGAA
CCGTAACTAACGAACAGCTCACCAAACTCGTCGAAGAACACGGCGCCGTTGAACAAGTCC
AGGTGATGTATGATAAGTACTCAGGAAGAAGCCGTAGGTTTGGTTTCGCTACTATGAAAT
CAGTTGAAGATGCCAATGCTGTCATTGAGAAGTTGAACGGCACTACAATTGAAGGACGTG
AGGTGAAGGTTAATATTACAGAGAAGCCTCTAGAATTATCATCATCATCGTCTCCTGATT
TGTCGCTGCTTCAGTCTGAAGATGCAGCTTTTGTGGATAGTCCTTACAAAGTGTATGTAG
GGAATCTAGCAAAGAGTGTTACTAAAGAGATGCTTGAGAGTTTGTTT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3EO32TF 642 0 0
GG
AACACCTTCTTCTCTTTTCCCCCATTATTATCTCCTTCCTTCCTTGTCCGACAATGGCTA
CTTTCCTAACAGCTGTTGTTTCAATCAAACCCACACTCTTCTCATTCCACTCCGAGTCCT
CCACCTCTTTGCAATCTCAGACCAATGCATTCGCTCTCAAAGCCAATGCATTCGCTCTCA
AAGCCAAAGCCTTTCCTTCTGTCCCCAGACCCATCTCTCTTCCACGGACCTCCAGAACGA
GATTCATCCCTCGCGCAACGATGGAGACGGAAGAAAAACCCGCTTTGGACCCTAACGCAG
AATCCTCAAGACGCGTCTACATCGGAAACATACCAAGAACCGTAACTAACGAACAGCTCA
CCAAACTCGTCGAAGAACACGGCGCCGTTGAACAAGTCCAGGTGATGTATGATAAGTACT
CAGGAAGAAGCCGTAGGTTTGGTTTCGCTACTATGAAATCAGTTGAAGATGCCAATGCTG
TCATTGAGAAGTTGAACGGCACTACAATTGAAGGACGTGAGGTGAAGGTTAATATTACAG
AGAAGCCTCTAGAATTATCATCATCATCGTCTCCTGATTTGTCGCTGCTTCAGTCTGAAG
ATGCGGCTTTTGTGGATAGTCCTTACAAAGTGTATGTAGG

QA 3 642 3 642
DS 

RD RR3BM54JQ 740 0 0
AAACCCGCTTTGGACCCTAACGCAGAATCCTCAAGACGTGTCTACATCGGAAACATACCA
AGAACCGTAACTAAAGAACAGCTCACCAAACTCGTCGAAGAACACGGCGCCGTTGAACAA
GTCCAGGTGATGTATGATAAGTACTCAGGAAGAAGCCGTAGGTTTGGTTTCGCTACAATG
AAATCAGTTGGAGATGCCAATGCTGTCATTGAGAAGTTGAACGGCACTACAATTGAAGGA
CGTGAGGTGAAGGTTAATATTACAGAGAAGCCTCTAGAATTATCATCATCATCGTCTCCT
GATTTGTCGCTGCTTCAGTCTGAAGATGCAGCTTTTGTGGATAGTCCTTACAAAGTGTAT
GTAGGGAATCTGGCAAAGAGTGTTACTAAAGAGATGCTTGAGAGTTTGTTTTCTGAGAAA
GGCAAAGTTCTGAGTGCTAAGGTTTCGAGAGTGCCTGGTACTTCGAAATCTACTGGGTTT
GGGTTTGTTACGTTTTCTTCTGATGAAGATGTCGAAGCTGCTGTCGTGGCTCTTAACAAT
TCTTTGCTGGAAGGACAGAAGATTCGGGTGAATAAGGCCTAGTGTGTGTGTGTGTGTGAC
AGTGAGAGAGAGGGCGAGTCTTTTGTCAGAATCTTTTTTTTTTGTATTGTATTTGAGGAG
TTTGTAATGCAAAACATTTAGAGCATAGTGTCATTATCTTTGTAATCATTCTAAGGTGAT
GAAAGCATTAAGTTTATTTC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 2 15

CO CL41Contig1 785 12 6 U
GGGGATCCACAAGAATATCTCAAAGCTTTCGATTTGATCAAATACATCAATCAACAATGG
CGTTCCCTAAGGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAACCAGCGGGAAGGATCGTGA
TGGAGTTGTATACCGATAAGACTCCGAAGACGGCTGAGAACTTCAGAGCTCTGTGCACTG
GAGAGAGGGGAGTGGGGCGTAAGGGAAAAGCCCTTCACTTCAAGGGATCTGCCTTCCACA
GAGTGATCCCTAGTTTCATGTGCCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAG
GTGAGTCCATCTACGGTGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTC
CTGGTAACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCT
GCACCGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAG
GGTTAGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGC
CGGTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTCAGCTCTCTCTCTCTCTC
CTCATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTATGGTGTCTCGTTTGTAGAAGTA
GTCAAAAACTTGGTCTGTGTGTTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGAGAGAGAGAAACTCG
TCACCCTTTATTACCTACTACCATAAATAATGAGAGCTTTAAAACAAAAATGAAATGAAT
TTAGT


BQ
10 10 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 0 70 70 70 70 70 70 70 70 
40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 0 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 

AF RR3F317TF U 3
AF RR3FE87TF U 3
AF RR3BN26JQ C 3
AF RR3BN26TF U 3
AF RR3AM70TF U 1
AF RR3GG58TF U 3
AF RR3F317JQ C 71
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AF RR3FE87JQ C 173
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AF RR3AF43JQ C -1
AF RR3AF43TF U -1
BS 1 231 RR3AM70TF
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BS 682 682 RR3BN26TF
BS 683 746 RR3AM70TF
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RD RR3F317TF 293 0 0
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TTCCCTAAGGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAACCAGCGGGAAGGATCGTGATG
GAGTTGTATACCGATAAGACTCCGAAGACGGCTGAGAACTTCAGAGCTCTGTGCACTGGA
GAGAGGGGAGTGGATCGTAAGGGAAAAGCCCTTCACTTCAAGGGATCTGCCTTCCACATA
GTGATCCCTAGTTTCATGTGCCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGA
GGCGGGAC

QA 1 285 1 285
DS 

RD RR3FE87TF 660 0 0
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TTCCCTAAGGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAACCAGCGGGAAGGATCGTGATG
GAGTTGTATACCGATAAGACTCCGAAGACGGCTGAGAACTTCAGAGCTCTGTGCACTGGA
GAGAGGGGAGTGGGGCGTAAGGGAAAAGCCCTTCACTTCAAGGGATCTGGCTTCCACAGA
GTGATCCCTAGTTTCATGTGCCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAGGT
GAGTCCATCTACGGTGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCT
GGTAACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGC
ACCGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGG
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GTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTCAGCTCTCTCTCTCTCTCCT
CATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTATGGTGTCTCGTTTGTAGAAGTAGT

QA 1 660 1 660
DS 

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TTCCCTAAGGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAACCAGCGGGAAGGATCGTGATG
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ACCGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGG
TTAGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCCG
GTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTCAGCTCTCTCTCTCTCTCCT
CATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTATGGTGTCTCGTTTGTAGAAGTAGT
CAAAAACTTGGTCTGTGTGTTC
CC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3BN26TF 684 0 0
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TTCCCTAAGGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAACCAGCGGGAAGGATCGTGATG
GAGTTGTATACCGATAAGACTCCGAAGACGGCTGAGAACTTCAGAGCTCTGTGCACTGGA
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GAGTCCATCTACGGGGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCT
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ACCGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGG
TTAGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCCG
GTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTCAGCTCTCTCTCTCTCTCCT
CATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTATGGTGTCTCGTTTGTAGAAGTAGT
CAAAAACTTGGTCTGTGTGTTC
CC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3AM70TF 746 0 0
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CGTTCCCTAAGGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAACCAGCGGGAAGGATCGTGA
TGGAGTTGTATACCGATAAGACTCCGAAGACGGCTGAGAACTTCAGAGCTCTGTGCACTG
GAGAGAGGGGAGTGGGGCGTAAGGGAAAAGCCCTTCACTTCAAGGGATCTGGCTTCCACA
GAGTGATCCCTAGTTTCATGTGCCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAG
GTGAGTCCATCTACGGTGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTC
CTGGTAACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCT
GCACCGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAG
GGTTAGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGC
CGGTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTCAGCTCTCTCTCTCTCTC
CTCATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTATGGTGTCTCGTTTGTAGAAGTA
GTCAAAAACTTGGTCTGTGTGCTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGAGAGAGAGAAACTCG
TCACCCTTTATTACCTACTACCATAA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3GG58TF 722 0 0
GGATCCACAAGAATATCTCAAAGCTTTCGATTTGATCAAATACATCAATCAACAATGGCG
TTCCCTAAGGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAACCAGCGGGAAGGATCGTGATG
GAGTTGTATACCGATAAGACTCCGAAGACGGCTGAGAACTTCAGAGCTCTGTGCACTGGA
GAGAGGGGAGTGGGGCGTAAGGGAAAAGCCCTTCACTTCAAGGGATCTGGCTTCCACAGA
GTGATCCCTAGTTTCATGTGCCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAGGT
GAGTCCATCTACGGTGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCT
GGTAACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGC
ACCGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGG
TTAGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCCG
GTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTCAGCTCTCTCTCTCTCTCCT
CATTTTAATTATGGCGTCTCCCCC*TATGTTATGTATGGTGTCTCGTTTGTAGAAGTAGT
CAAAA*CTTGGTCTGTGTG*TCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGAGAGAGAGAAACTCGTC
AC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3F317JQ 690 0 0
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TACCGATAAGACTCCGAAGACGGCTGAGAACTTCAGAGCTCTGTGCACTGGAGAGAGGGG
AGTGGATCGTAAGGGAAAAGCCCTTCACTTCAAGGGATCTGCCTTCCACATAGTGATCCC
TAGTTTCATGTGCCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAGGTGAGTCCAT
CTACGGGGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCTGGTAACCT
TTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGCACCGTGAA
AACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGGTTAGACGT
GGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCCGGTGGTTAT
CGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTCAGCTCTCTCTCTCTCTCCTCATTTTAA
TTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTATGGTGTCTCGTTTGTAGAAGTAGTCAAAAACT
TGGTCTGCGTGTTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGAGAGAGAGAAACTCGTCACCCTTTA
TTACCTACTACCATAAATAATGAGAGCTTT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3GG58JQ 700 0 0
GGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAACCAGCGGGAAGGATCGTGATGGAGTTGTA
TACCGATAAGACTCCGAAGACGGCTGAGAACTTCAGAGCTCTGTGCACTGGAGAGAGGGG
AGTGGGGCGTAAGGGAAAAGCCCTTCACTTCAAGGGATCTGGCTTCCACAGAGTGATCCC
TAGTTTCATGTGCCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAGGTGAGTCCAT
CTACGGTGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCTGGTAACCT
TTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGCACCGTGAA
AACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGGTTAGACGT
GGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCCGGTGGTTAT
CGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTCAGCTCTCTCTCTCTCTCCTCATTTTAA
TTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTATGGTGTCTCGTTTGTAGAAGTAGTCAAAAACT
TGGTCTGTGTGTTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGAGAGAGAGAAACTCGTCACCCTTTA
TTACCTACTACCATAAATAATGAGAGCTTTAAAACAAAAA

QA 1 700 1 700
DS 

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CTTCCACAGAGTGATCCCTAGTTTCATGTGCCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGAAACGG
GACAGGAGGTGAGTCCATCTACGGTGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCA
CACCGGTCCTGGTAACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTT
CTTCATCTGCACCGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGT
GGTGGAAGGGTTAGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCC
GTCGAAGCCGGTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTCAGCTCTCTC
TCTCTCTCCTCATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTATGGTGTCTCGTTTG
TAGAAGTAGTCAAAAACTTGGTCTGTGTGTTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGAGAGAGA
GAAACTCGTCACCCTTTATTACCTACTACCATAAATAATGAGAGCTTT

QA 1 588 1 588
DS 

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CGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAGGTGAGTCCATTTACGGTGATAAGTTCGAGGA
CGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCTGGTAACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGC
CAACACCAACGGATTTCAGTTCTTCATCTGCACCGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAA
GCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGGTTAGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGT
GGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCCGGTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTC
TTAGATGATTTCAGCTCTCTCTCTCTCTCCTCATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATG
TTATGTATGGTGTCTCGTTTGTAGAAGTAGTCAAAAACTTGGTCTGTGTGCTCTCATGGC
AGTCTTTTGGATTGAGAGAGAGAAACTCGTCACCCTTTATTACCTACTACCATAAATAAT
GAGAGCTTTAAAAC

QA 1 734 1 734
DS 

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GGATTC
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GATCCCTAGTTTCATGTGCCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAGGTGA
GTCCATCTACGGGGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCTGG
TAACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGCAC
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AGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCCGGT
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T

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DS 

RD RR3AF43TF 787 0 0
GGATTC
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CCCTAAGGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAACCAGCGGGAAGGATCGTGATGGA
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GATCCCTAGTTTCATGTGCCAGGGAGGCGATTTCACCGCCGGAAACGGGACAGGAGGTGA
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TAACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGCAC
CGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGGTT
AGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCCGGT
GGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTCAGCTCTCTCTCTCTCTCCTCA
TTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTATGGTGTCTCGTTTGTAGAAGTAGTCA
AAAACTTGGTCTGTGTGCTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGAGAGAGAGAAACTCGTCAC
CCTTTATTACCTACTACCATAAATAATGAGAGCTTTAAAACAAAAATGAAATGAATTTAG
T

QA 7 787 7 787
DS 



CO CL41Contig2 737 3 7 U
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TTCCCTAAGGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAGCCAGCGGGAAGGATCGTGATG
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GAGTCCATCTACGGTGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCT
GGTAACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGC
ACCGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGTTCAGGTGGTGGAAGGG
TTAGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCAG
GTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTGAGCTCTCTCTCCCTCTATC
CTCATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGTA
GTCAAAAACTTGGTCTCTGTGTTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGACAGAGAGAAACTCG
TCAGTCACCCTTTTTAC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT83TF U -3
AF RR3CU61TF U 1
AF RR3GT83JQ C 184
BS 1 229 RR3CU61TF
BS 230 230 RR3GT83TF
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BS 464 464 RR3GT83TF
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RD RR3GT83TF 666 0 0
GGATTC
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AGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCAGGT
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QA 7 666 7 666
DS 

RD RR3CU61TF 737 0 0
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GAGTCCATCTACGGTGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCT
GGTAACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGC
ACCGTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGGTCAGGTGGTGGAAGGG
TTAGACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCAG
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QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3GT83JQ 546 0 0
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TCCATCTACGGTGATAAGTTCGAGGACGAGAACTTTGAGAGGAAGCACACCGGTCCTGGT
AACCTTTCCATGGCCAACGCCGGCGCCAACACCAACGGATCTCAGTTCTTCATCTGCACC
GTGAAAACCGATTGGCTGGACGGTAAGCACGTGGTGTTCGTTCAGGTGGTGGAAGGGTTA
GACGTGGTGAAGGCGATGGAGAAGGTGGGATCGTCGTCTGGAAAGCCGTCGAAGCAGGTG
GTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTAGATGATCTGAGCTCTCTCTCCCTCTATCCTC
ATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCTATGTTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGTAGTC
AAAAACTTGGTCTCTGTGTTCTCATGGCAGTCTTTTGGATTGACAGAGAGAAACTCGTCA
GTCACC

QA 1 540 1 540
DS 



AS 2 15

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BQ
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A157TF U 1
AF RR3A511JQ C 1
AF RR3A511TF U 1
AF RR3DG52JQ C 1
AF RR3G482JQ C 1
AF RR3G482TF U 1
AF RR3DG52TF U 1
BS 1 293 RR3A157TF
BS 294 294 RR3A511TF
BS 295 348 RR3A157TF
BS 349 349 RR3A511TF
BS 350 400 RR3A157TF
BS 401 408 RR3A511TF
BS 409 415 RR3G482TF
BS 416 417 RR3DG52TF
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BS 438 463 RR3DG52TF

RD RR3A157TF 400 0 0
GGACAGCACATAAAGCAATCAAAAAGAAGAAAAACAAACAAACTACAACTTTAAATTAAA
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TTGATTGTGTGATTGTCTAATATGTTTCAATTTGTAACTT

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DS 

RD RR3A511JQ 408 0 0
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TTGATTGTGTGATTGTCTAATATGTTTCAATTTGTAACTTAAGAAAAC

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3A511TF 408 0 0
GGACAGCACATAAAGCAATCAAAAAGAAGAAAAACAAACAAACTACAACTTTAAATTAAA
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AACCGGAGGGAAAAATGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTTGAATAAATA
TTTGGCATAATATGTTGCGTAATAACTCTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCTTCTATGTG
TTGATTGTGTGATTGTCTAATATGTTTCAATTTGTAACTTAAGAAAAC

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3DG52JQ 463 0 0
GGACAGCACATAAAGCAATCAAAAAGAAGAAAAACAAACAAACTACAACTTTAAATTAAA
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AACCGGAGGGAAAAATGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTTGAATAAATA
TTTGGCATAATATGTTTCGTAATAACTTTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCTTCTATGTG
TTGATTGTGTGATTGTCTAATATGTTTCAATTTGTAACTTAAGAAAACAAAAAAAAATAT
TGACTTTTGTGATTGTTAAGATTTATCTATGTCTCCTCTCTCC

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR3G482JQ 437 0 0
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GAGAGGAGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGGTTGCAAATGTGGCGA
CTCTTGCAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGCGGATCAAA
CTGTAGCTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTAATTATGGTGTAAATCACATGTATGCAGGAA
AACCGGAGGGAAAAATGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGT**TTGAATAAATA
TTTGGCATAATATGTTGCGTAATAACTCTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCTTCTATGTG
TTGATTGTGTGATTGTCTAATATGTTTCAATTTGTAACTTAAGAAAACAAAAAAA**TAT
TGACTTTTGTGATTGTT

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR3G482TF 437 0 0
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GAGAGGAGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGGTTGCAAATGTGGCGA
CTCTTGCAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGCGGATCAAA
CTGTAGCTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTAATTATGGTGTAAATCACATGTATGCAGGAA
AACCGGAGGGAAAAATGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGT**TTGAATAAATA
TTTGGCATAATATGTTGCGTAATAACTCTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCTTCTATGTG
TTGATTGTGTGATTGTCTAATATGTTTCAATTTGTAACTTAAGAAAACAAAAAAA**TAT
TGACTTTTGTGATTGTT

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR3DG52TF 463 0 0
GGACAGCACATAAAGCAATCAAAAAGAAGAAAAACAAACAAACTACAACTTTAAATTAAA
GAGAAGAGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGGTTGCAAATGTGGCGA
CTCTTGCAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGCGGATCAAA
CTGTAGCTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTAATTATGGTGTAAATCACATGTATGCAGGAA
AACCGGAGGGAAAAATGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTTGAATAAATA
TTTGGCATAATATGTTTCGTAATAACTCTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCTTCTATGTG
TTGATTGTGTGATTGTCTAATATGTTTCAATTTGTAACTTAAGAAAACAAAAAAAAATAT
TGACTTTTGTGATTGTTAAGATTTATCTATGTCTCCTCTCTCC

QA 1 463 1 463
DS 



CO CL42Contig2 445 8 8 U
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AGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGGTTGCAAATGTGGCGACTCTTG
CAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGCGGATCAAACTGTAG
CTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTAATTGTGATGTAAATCACATGTACGCAGGAAAATCGG
TGGGAAAAAATGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTTGAATAAATATTTGG
CATAATATGTTGCGTAATAACTCTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCGTCTATGTGTTGAT
TGTGTGATTGTCTAATATGTTTTCATTTGTAACTTAAGAAAACAAAAAAATATATATTGA
CTTTTGTGATTGTTATGATTTATCC


BQ
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3DW48JQ C 1
AF RR3DW48TF U 1
AF RR3BY56JQ C 1
AF RR3FX55JQ C 300
AF RR3EV89JQ C 1
AF RR3FX55TF U 300
AF RR3EV89TF U 1
AF RR3BY56TF U 1
BS 1 88 RR3DW48TF
BS 89 89 RR3EV89TF
BS 90 346 RR3DW48TF
BS 347 347 RR3FX55TF
BS 348 395 RR3DW48TF
BS 396 437 RR3FX55TF
BS 438 444 RR3BY56TF
BS 445 445 RR3BY56JQ

RD RR3DW48JQ 395 0 0
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CAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGCGGATCAAACTGTAG
CTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTAATTGTGATGTAAATCACATGTACGCAGGAAAATCGG
TGGGAAAAAATGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTTGAATAAATATTTGG
CATAATATGTTGCGTAATAACTCTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCTTCTATGTGTTGAT
TGTGTGATTGTCTAATATGTTTTCATTTGTAACTT

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR3DW48TF 395 0 0
AATCAAAAAGAAGAAGAAAAAACAAACTACAACTTTAAATTTTCTTAAATTAAAGGGAAG
AGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGACGTGGTTCCGGTTGCAAATGTGGCGACTCTTG
CAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGCGGATCAAACTGTAG
CTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTAATTGTGATGTAAATCACATGTACGCAGGAAAATCGG
TGGGAAAAAATGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTTGAATAAATATTTGG
CATAATATGTTGCGTAATAACTCTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCTTCTATGTGTTGAT
TGTGTGATTGTCTAATATGTTTTCATTTGTAACTT

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR3BY56JQ 445 0 0
AATCAAAAAGAAGAAGAAAAAACAAACTACAACTTTAAATTTTCTTAAATTAAAGGGAAG
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CAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGCGGATCAAACTGTAG
CTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTAATTGTGATGTAAATCACATGTACGCAGGAAAATCGG
TGGGAAAAA*TGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTG****TTTGAATAAATATTTGG
CATAATATGTTGCGTAATAACTCTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCTTCTATGTGTTGAT
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CTTTTGTGATTGTTAAGATTTATCC

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR3FX55JQ 138 0 0
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QA 1 138 1 138
DS 

RD RR3EV89JQ 439 0 0
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CTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTAATTGTGATGTAAATCACATGTACGCAGGAAAACCGG
TGGGAAAAAATGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTTGAATAAATATTTGG
CATAATATGTTGCGTAATAACTCTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCGTCTATGTGTTGAT
TGTGTGATTGTCTAATATGTTTTCATTTGTAACTTAAGAAAACAAAAAAATATATATTGA
CTTTTGTGATTGTTATG
AG

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR3FX55TF 138 0 0
GCATAATATGTTGCGTAATAACTCTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCGTCTATGTGTTGA
TTGTGTGATTGTCTAATATGTTTTCATTTGTAACTTAAGAAAACAAAAAAATATATATTG
ACTTTTGTGATTGTTATG

QA 1 138 1 138
DS 

RD RR3EV89TF 439 0 0
AATCAAAAAGAAGAAGAAAAAACAAACTACAACTTTAAATTTTCTTAAATTAAAGGGAAG
AGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGGTTGCAAGTGTGT*GACTCTTG
CAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGCGGATCAAACTGTAG
CTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTAATTGTGATGTAAATCACATGTACGCAGGAAAACCGG
TGGGAAAAAATGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTGTGTTTGAATAAATATTTGG
CATAATATGTTGCGTAATAACTCTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCGTCTATGTGTTGAT
TGTGTGATTGTCTAATATGTTTTCATTTGTAACTTAAGAAAACAAAAAAATATATATTGA
CTTTTGTGATTGTTATG
AG

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR3BY56TF 445 0 0
AATCAAAAAGAAGAAGAAAAAACAAACTACAACTTTAAATTTTCTTAAATTAAAGGGAAG
AGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGGTTGCAAATGTGGCGACTCTTG
CAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGCGGATCAAACTGTAG
CTGTGGGGACAGCTGCAGCTGTTAATTGTGATGTAAATCACATGTACGCAGGAAAATCGG
TGGGAAAAA*TGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTG****TTTGAATAAATATTTGG
CATAATATGTTGCGTAATAACTCTCTTAACCTTAACTTTTTCCTGCTTCTATGTGTTGAT
TGTGTGATTGTCTAATATGTTTTCATTTGTAACTTAAGAAAACAAAAAAA*ATATATTGA
CTTTTGTGATTGTTAAGATTTATC
C

QA 1 444 1 444
DS 



AS 2 16

CO CL43Contig1 745 3 3 U
AAAATATTGCACACAAATTTGTATCTGGAAGATATAACAAGTTCAATAACATAACATCAA
GAGACATTAGTTAAGATAGACTCTTAGGACACTGCAACAATAATCCTTGGAGAAAAACGT
AAAATGATAAAAACAGGTCTAACAAACCTGTACAGACACTATCATACAACACAGAAGCAG
AGCATATATGATTACATTATCATAAGTTCATAACGTTTCACTTAGTAGGAATGATATATT
ATTCGTTAAACTTTATTACAGCCTTGAAGGTTGGTTGATCTTCTGCTAAGCAGTGGGATA
CTCCTCCTTAACAGAGGCATTGTCTCTTGGGACATCTGTCTTCTTGTCTGAAGCAGGGTA
AGGATTCTTGCTGACCAATCTGTCCCGTCTCTTCTCAAGGAATCGTTGAAGCGAATGCCT
CCTTGCAATTGGTAGATCAGCAGCAGATCTGCAGAAGGAAATAGGGTGAACGGGGAATGA
CTGCGCAGCTGGGGAAGCTGCATTGGAGGTGCTTGAGAGAGAAGGAGCTCTGTTCAGTGC
TGGAGAAGCGACAGGACTGGTGTTCGTGGAGTTCTTTGTCTCAATGGATTTAGCAGCAGT
AGAAGCAGCAATACGGATGATTTCTTGAATCTTGTCTGCTGGAATCCCATCAAAGACGCG
AACTTTCCCACCAAAGAAGATAGTAAGTTGATTAGGACGTATGGTTGAAGCTTCTGGCTC
AGAGGAAGGGACTTCCATGCACCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D396JQ U 17
AF RR3DT81JQ U 27
AF RR3BV82JQ U 1
BS 1 220 RR3BV82JQ
BS 221 221 RR3D396JQ
BS 222 745 RR3BV82JQ

RD RR3D396JQ 557 0 0
ATTTGTATCTGGAAGATATAACAAGTTCAATAACATAACATCAAG*GACATTAGTTAAGA
TAGACTCTTAGGACACTGCAACAATAATCCTTGGAGAAAAACGTAAAATGATAAAAACAG
GTCTAACAAACCTGTACAGACACTATCATACAACACAGAAGCAGAGCATATATGATTACA
TTATCATAAGTTCATAACGTTTCACTTAGTAGGAATGATATATTATTCGTTAAACTTTAT
TACAGCCTTGAAGGTTGGTTGATCTTCTGCTAAGCAGTGGGATACTCCTCCTTAACAGAG
GCATTGTCTCTTGGGACATCTGTCTTCTTGTCTGAAGCAGGGTAAGGATTCTTGCTGACC
AATCTGTCCCGTCTCTTCTCAAGGAATCGTTGAAGCGAATGCCTCCTTGCAATTGGTAGA
TCAGCAGCAGATCTGCAGAAGGAAATAGGGTGAACGGGGAATGACTGCGCAGCTGGGGAA
GCTGCATTGGAGGTGCTTGAGAGAGAAGGAGCTCTGTTCAGTGCTGGAGAAGCGACAGGA
CTGGTGTTCGTGGAGTT

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3DT81JQ 665 0 0
GGAAGATATAACA
AGTTCAATAACATAACACCAAGAGACATTAGTTAAGATAGACTCTTAGGACACTGCAACA
ATAATCCTTGGAGAAAAACGTAAAATGATAAAAACAGGTCTAACAAACCTGTACAGACAC
TATCATACAACACAGAAGCAGAGCATATATGATTACATTATCATAAGTTCATAACGTTTC
ACTTAGTAGGAATGATATATTATTCGTTAAACTTTATTACAGCCTTGAAGGTTGGTTGAT
CTTCTGCTAAGCAGTGGGATACTCCTCCTTAACAGAGGCATTGTCTCTTGGGACATCTGT
CTTCTTGTCTGAAGCAGGGTAAGGATTCTTGCTGACCAATCTGTCCCGTCTCTTCTCAAG
GAATCGTTGAAGCGAATGCCTCCTTGCAATTGGTAGATCAGCAGCAGATCTGCAGAAGGA
AATAGGGTGAACGGGGAATGACTGCGCAGCTGGGGAAGCTGCATTGGAGGTGCTTGAGAG
AGAAGGAGCTCTGTTCAGTGCTGGAGAAGCGACAGGACTGGTGTTCGTGGAGTTCTTTGT
CTCAATGGATTTAGCAGCAGTAGAAGCAGCAATACGGATGATTTCTTGAATCTTGTCTGC
TGGAATCCCATCAAAGACGCGAACTTTCCCACCAAAGAAGATAGTAAGTTGA

QA 14 665 14 665
DS 

RD RR3BV82JQ 745 0 0
AAAATATTGCACACAAATTTGTATCTGGAAGATATAACAAGTTCAATAACATAACATCAA
GAGACATTAGTTAAGATAGACTCTTAGGACACTGCAACAATAATCCTTGGAGAAAAACGT
AAAATGATAAAAACAGGTCTAACAAACCTGTACAGACACTATCATACAACACAGAAGCAG
AGCATATATGATTACATTATCATAAGTTCATAACGTTTCAATTAGTAGGAATGATATATT
ATTCGTTAAACTTTATTACAGCCTTGAAGGTTGGTTGATCTTCTGCTAAGCAGTGGGATA
CTCCTCCTTAACAGAGGCATTGTCTCTTGGGACATCTGTCTTCTTGTCTGAAGCAGGGTA
AGGATTCTTGCTGACCAATCTGTCCCGTCTCTTCTCAAGGAATCGTTGAAGCGAATGCCT
CCTTGCAATTGGTAGATCAGCAGCAGATCTGCAGAAGGAAATAGGGTGAACGGGGAATGA
CTGCGCAGCTGGGGAAGCTGCATTGGAGGTGCTTGAGAGAGAAGGAGCTCTGTTCAGTGC
TGGAGAAGCGACAGGACTGGTGTTCGTGGAGTTCTTTGTCTCAATGGATTTAGCAGCAGT
AGAAGCAGCAATACGGATGATTTCTTGAATCTTGTCTGCTGGAATCCCATCAAAGACGCG
AACTTTCCCACCAAAGAAGATAGTAAGTTGATTAGGACGTATGGTTGAAGCTTCTGGCTC
AGAGGAAGGGACTTCCATGCACCTA

QA 1 745 1 745
DS 



CO CL43Contig2 952 13 14 U
GGAAGAACACGACTTTAAAGACGAAGAAAGCAAATCGAAACTGGAGAAGACATATCGACG
AGTTCCAAGAGAATGACCATGGATAAGGTGGAAGAGGAGCCACGAGCTCCCGTCGAAGGT
GG***ATGCGGTTTTGGCGGCGATAACGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTC
GCCGGAGAAGGTGCTGAGAAACCAATTCACGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCT
GAGCCAGAAGCTCCAACCATCCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTT
CGCGTCTTTGATGGGATTCCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCT
ACTGCTGCTCAATCCATTGAGACAAAGAACTCCACGAACACCAGTCCTGTCGCTTCTCCA
GCACTGAACAGAGCTCC*TTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCGCA
GTCATTCCCC*GTTCACCCTATTTCCTTCTGCAGATCTGCTGCTGATCTACCAATTGCAA
GGAGGCATTCGCTTCAACGATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAATC
CTTACCCTGCTTCAGACAAGAAGACAGATGTCCCAAGAGACGATGCTTCTGTTAAGGAGG
AGTATCCCACTGCTTAGCAGAAGATCAACCAACCTTCAAG*CTGTAATAAAGTTTAACGA
AT***ATATCATTCCCCTACTAAGTGAAACGTTATGAACTTATGATAATGTAATCGTCTA
TGCTGCTTCTGTGTTGTATGATAGTGTCTGTACAGGTTTGTTAGACCTGTTTTATCATTT
TACGTTTTTCTCCAAGGATTGTTATTGCAGTGTCCTAAGAGTCTATCTTAACTAATGTCT
CATGGTGTTATGTTATTGAACTCATTTAATGGAATCTAAATGTTATTGTTGT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 50 60 60 60 60 60 45 15 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 25 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 20 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 20 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 
55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 25 70 55 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 25 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 20 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3BV82TF U 15
AF RR3CK67TF U 4
AF RR3D396TF U 16
AF RR3DT81TF U 50
AF RR3FH69TF U 138
AF RR3FH69JQ C 270
AF RR3BQ81TF U 52
AF RR3CY28TF U 1
AF RR3H347TF U 50
AF RR3GN31TF U 140
AF RR3CY28JQ C 141
AF RR3BQ81JQ C 192
AF RR3H347JQ C 439
BS 1 157 RR3CY28TF
BS 158 158 RR3BV82TF
BS 159 700 RR3CY28TF
BS 701 701 RR3H347TF
BS 702 748 RR3CY28TF
BS 749 749 RR3H347TF
BS 750 752 RR3CY28TF
BS 753 753 RR3H347TF
BS 754 757 RR3CY28TF
BS 758 758 RR3H347TF
BS 759 787 RR3CY28TF
BS 788 839 RR3H347TF
BS 840 951 RR3CY28JQ
BS 952 952 RR3BQ81JQ

RD RR3BV82TF 485 0 0
GG
AAAGACGAAGAAAGCAAATCGAAACTGGAGAAGACATATCGACGAGTTCCAAGAGAATGA
CCATGGATAAGGTGGAAGAGGAGCCACGAGCTCCCGTCGAAGGTGG***ATGTGGTTTTG
GCGGCGATAAGGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTCGCCGGAGAAAGTGCTG
AGAAACCAATTCAGGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCTGAGCCAGAAGCTTCAA
CCATACGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTTCGCGTCTTTGATGGGA
TTCCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTTCTACTGCTGCTAAATCCA
TTGAGACAAAGAACTCCACGAACACCAGTCCTGTCGCTTCTCCAGCACTGAACAGAGCTC
C*TTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCC*AGCTGCGCAGTCATTCCCC*GTTCA
CCC

QA 3 485 3 485
DS 

RD RR3CK67TF 640 0 0
G
GAACACGACTTTAAAGACGAAGAAAGCAAATCGAAACTGGAGAAGACATATCGACGAGTT
CCAAGAGAATAACCATGGATAAGGTGGAAGAGGAGCCACGAGCTCCCGTCGAAGGTGG**
*ATGCGGTTTTGGCGGCGATAACGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTCGCCG
GAGAAGGTGCTGAGAAACCAATTCACGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCTGAGC
CAGAAGCTCCAACCATCCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGCTGGGAAAGTTCGCG
TCTTTGATGGGATTCCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTTCTGCTGCCACTG
CTGCTCAATCCATTGAGACAAAGAACTCCACGAACACCAGTCCTGTCGCTTCTCCAGCAC
TGAACAGAGCTCC*TTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCGCAGTCA
TTCCCC*GTTCACCCTATTTCCTTCTGCAGATCTGCTGCTGATCTACCAATTGCAAGGAG
GCATTCGCTTCAACGATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAATCCTTA
CCCTGCTTCAGACAAGAAGACAGATGTCCCAAGAGACGA

QA 2 640 2 640
DS 

RD RR3D396TF 681 0 0
G
AAAGACGAAGAAAGCAAATCGAAACTGGAGAAGACATATCGACGAGTTCCAAGAGAATGA
CCATGGATAAGTTGGAAGAGGAGCCACGAGCTCCCGTCGAAGGTGGTGGATGCGGTTTTG
GCGGCGATAGGGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTCGCCGGAGAAGGTGCTG
AGAAACCAATTCAGGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCTGAGCCAGAAGCTTCAA
CCATCCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTTCGCATCTTTGATGGGA
TTCCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTTCTACTGCTGCTAAATCCA
TTGAGACAAAGAACTCCACGAACACCAGTCCTGTCGCTTCTCCAGCACTGAACAGAGCTC
C*TTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCGCAGTCATTCCCC*GTTCA
CCCTATTTCCTTCTGCAGATCTGCTGCTGATCTACCAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCA
ACGATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAATCCTTACCCTGCTTCAGA
CAAGAAGACAGATGTCCCAAGAGACAATGCCTCTGTTAAGGAGGAGTATCCCACTGCTTA
GCAGAAGATCAACCAACCTT

QA 2 681 2 681
DS 

RD RR3DT81TF 647 0 0
GG
ATATCGACGAGTTCCAAGAGAATGACCATGGATAAGGTGGAAGAGGAGCCACGAGCTCCC
GTCGAAGGTGG***ATGTGGTTTTGGCGGCGATAAGGTCACTGTACATGGTTCCATCGCC
GGATCTGTCGCCGGAGAAAGTGCTGAGAAACCAATTCAGGAAGCTAGGTGCATGGAAGTC
CCTTCCTCTGAGCCAGAAGCTTCAACCATACGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGT
GGGAAAGTTCGCGTCTTTGATGGGATTCCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATT
GCTGCTTCTACTGCTGCTAAATCCATTGAGACAAAGAACTCCACGAACACCAGTCCTGTC
GCTTCTCCAGCACTGAACAGAGCTCC*TTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCC
AGCTGCGCAGTCATTCCCC*GTTCACCCTATTTCCTTCTGCAGATCTGCTGCTGATCTAC
CAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAACGATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCA
GCAAGAATCCTTACCCTGCTTCAGACAAGAAGACAGATGTCCCAAGAGACAATGCCTCTG
TTAAGGAGGAGTATCCCACTGCTTAGCAGAAGATCAACCAACCTT

QA 3 647 3 647
DS 

RD RR3FH69TF 570 0 0
CGGCGATAACGTCACTGTACATGGTTC*ATCGCCGGATCTGTCGCCGGAGAAGGTGCTGA
GAAACCAATTCACGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCTGAGCCAGAAGCTCCAAC
CATCCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTTCGCGTCTTTGATGGGAT
TCCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCTACTGCTGCTCAATCCAT
TGAGACAAAGAACTCCACGAACACCAGTCCTGTCGCTTCTCCAGCACTGAACAGAGCTCC
CTTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCGCAGTCATTCCCCCGTTCAC
CCTATTTCCTTCTGCAGATCTGCTACTGATCTACCAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAA
CGATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAATCCTTACCCTGCTTCAGAC
AAGAAGACAGATGTCCCAAGAGACGATGCTTCTGTTAAGGAGGAGTATCCCACTGCTTAG
CAGAAGATCAACCAACCTTCAAG*CTGTAA

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3FH69JQ 419 0 0
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GATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCTACTGCTGCTCAATCCATTGAGACAAAGAA
CTCCACGAACACCAGTCCTGTCGCTTCTCCAGCACTGAACAGAGCTCC*TTCTCTCTCAA
GCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCGCAGTCATTCCCC*GTTCACCCTATTTCCTTT
TGCAGATTTGCTACTGATCTACCAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAACGATTCCTTGAG
AAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAATCCTTACCCTGCTTCAGACAAGAAGACAGAT
GTCCCAAGAGACGATGCTTCTGTTAAGGAGGAGTATCCCACTGCTTAGCAGAAGATCAA

QA 1 419 1 419
DS 

RD RR3BQ81TF 678 0 0
GG
ATCGACGAGTTCCAAGAGAATGACCATGGATAAGGTGGAAGAGGAGCCACGAGCTCCCGT
CGAAGGTGG***ATGCGGTTTTGGCGGCGATAACGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGG
ATCTGTCGCCGGAGAAGGTGCTGAGAAACCAATTCACGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCC
TTCCTCTGAGCCAGAAGCTCCAACCATCCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGG
GAAGGTTCGCGTCTTTGATGGGATTCCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCGTCCGTATTGC
TGCTGCTACTGCTGCTCAATCCATTGAGACAAAGAACTCCACGAACACCAGTCCTGTCGC
TTCTCCAGCACTGAACAGAGCTCC*TTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAG
CTGCGCAGTCATTCCCC*GTTCACCCTATTTCCTTCTGCAGATCTGCTGCTGATCTACCA
ATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAACGATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGC
AAGAATCCTTACCCTGCTTCAGACAAGAAGACAGATGTCCCAAGAGACGATGCTTCTGTT
AAGGAGGAGTATCCCACTGCTTAGCAGAAGATCAACCAACCTTCAAG*CTGTAATAAAGT
TTAACGAAT***ATAT

QA 3 678 3 678
DS 

RD RR3CY28TF 787 0 0
GGAAGAACACGACTTTAAAGACGAAGAAAGCAAATCGAAACTGGAGAAGACATATCGACG
AGTTCCAAGAGAATGACCATGGATAAGGTGGAAGAGGAGCCACGAGCTCCCGTCGAAGGT
GG***ATGCGGTTTTGGCGGCGATAACGTCACTGTACGTGGTTCCATCGCCGGATCTGTC
GCCGGAGAAGGTGCTGAGAAACCAATTCACGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCT
GAGCCAGAAGCTCCAACCATCCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTT
CGCGTCTTTGATGGGATTCCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCT
ACTGCTGCTCAATCCATTGAGACAAAGAACTCCACGAACACCAGTCCTGTCGCTTCTCCA
GCACTGAACAGAGCTCC*TTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCGCA
GTCATTCCCC*GTTCACCCTATTTCCTTCTGCAGATCTGCTGCTGATCTACCAATTGCAA
GGAGGCATTCGCTTCAACGATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAATC
CTTACCCTGCTTCAGACAAGAAGACAGATGTCCCAAGAGACGATGCTTCTGTTAAGGAGG
AGTATCCCACTGCTTAGCAGAAGATCAACCAACCTTCAAGTCTGTAATAAAGTTTAACGA
AT***ATATCATTCCCCTACTAAGTGAA*CGT*ATGA*CTTATGATAATGTAATCGTCTA
TGCTGCT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3H347TF 790 0 0
GG
ATATCGACGAGTTCCAAGAGAATGACCATGGATAAGGTGGAAGAGGAGCCACGAGCTCCC
GTCGAAGGTGG***ATGCGGTTTTGGCGGCGATAACGTCACTGTACATGGTTCCATCGCC
GGATCTGTCGCCGGAGAAGGTGCTGAGAAACCAATTCACGAAGCTAGGTGCATGGAAGTC
CCTTCCTCTGAGCCAGAAGCTCCAACCATCCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGT
GGGAAAGTTCGCGTCTTTGATGGGATTCCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATT
GCTGCTGCTACTGCTGCTCAATCCATTGAGACAAAGAACTCCACGAACACCAGTCCTGTC
GCTTCTCCAGCACTGAACAGAGCTCC*TTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCC
AGCTGCGCAGTCATTCCCC*GTTCACCCTATTTCCTTCTGCAGATCTGCTGCTGATCTAC
CAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAACGATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCA
GCAAGAATCCTTACCCTGCTTCAGACAAGAAGACAGATGTCCCAAGAGACGATGCTTCTG
TTAAGGAGGAGTATCCCACTGCTTAGCAGAAGATCAACCAACCTTCAAG*CTGTAATAAA
GTTTAACGAAT***ATATCATTCCCCTACTAAGTGAAACGTTATGAACTTATGATAATGT
AATCGTCTATGCTGCTTCTGTGTTGTATGATAGTGTCTGTACAGGTTTGTTAGACCTGTT
TTATCATT

QA 3 790 3 790
DS 

RD RR3GN31TF 658 0 0
GCGATAAGGTCACTGTACATGGTTCCATCGCCGGATCTGTCGCCGGAGAAAGTGCTGAGA
AACCAATTCAGGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCTGAGCCAGAAGCTTCAACCA
TACGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTTCGCGTCTTTGATGGGATTC
CAGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTTCTACTGCTGCTAAATCCATTG
AGACAAAGAACTCCACGAACACCAGTCCTGTCGCTTCTCCAGCACTGAACAGAGCTCC*T
TCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCGCAGTCATTCCCC*GTTCACCC
TATTTCCTTCTGCAGATCTGCTGCTGATCTACCAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAACG
ATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAATCCTTACCCTGCTTCAGACAA
GAAGACAGATGTCCCAAGAGACAATGCCTCTGTTAAGGAGGAGTATCCCACTGCTTAGCA
GAAGATCAACCAACCTTCAAG*CTGTAATAAAGTTTAACGAATAATATATCATTCC**TA
CTAAGTGAAACGTTATGA*CTTATGATAATGTAATCATATATGCT*CTGCT
CTGTGTT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3CY28JQ 811 0 0
CGATAACGTCACTGTACGTGGTTCCATCGCCGGATCTGTCGCCGGAGAAGGTGCTGAGAA
ACCAATTCACGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCTGAGCCAGAAGCTCCAACCAT
CCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAAGTTCGCGTCTTTGATGGGATTCC
AGCAGACAAGATTCAAGAAATCATCCGTATTGCTGCTGCTACTGCTGCTCAATCCATTGA
GACAAAGAACTCCACGAACACCAGTCCTGTCGCTTTTCCAGCACTGAACAGAGCTCC*TT
CTCTTTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCGCAGTCATTCCCC*GTTCACCCT
ATTTCCTTTTGCAGATTTGCTGCTGATCTACCAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAACGA
TTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAATCCTTACCCTGCTTCAGACAAG
AAGACAGATGTCCCAAGAGACGATGCTTCTGTTAAGGAGGAGTATCCCACTGCTTAGCAG
AAGATCAACCAACCTTCAAGTCTGTAATAAAGTTTAACGAAT***ATATCATTCCCCTAC
TAAGTGAAACGTTATGAACTTATGATAATGTAATCGTCTATGCTGCTTCTGTGTTGTATG
ATAGTGTCTGTACAGGTTTGTTAGACCTGTTTTATCATTTTACGTTTTTCTCCAAGGATT
GTTATTGCAGTGTCCTAAGAGTCTATCTTAACTAATGTCTCATGGTGTTATGTTATTGAA
CTCATTTAATGGAATCTAAATGTTATTGTTG

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3BQ81JQ 761 0 0
TGCTGAGAAACCAATTCACGAAGCTAGGTGCATGGAAGTCCCTTCCTCTGAGCCAGAAGC
TCCAACCATCCGTCCTAATCAACTTACTATCTTCTTTGGTGGGAAGGTTCGCGTCTTTGA
TGGGATTCCAGCAGACAAGATTCAAGAAATCGTCCGTATTGCTGCTGCTACTGCTGCTCA
ATCCATTGAGACAAAGAACTCCACGAACACCAGTCCTGTCGCTTCTCCAGCACTGAACAG
AGCTCC*TTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGCGCAGTCATTCCCC*
GTTCACCCTATTTCCTTCTGCAGATCTGCTGCTGATCTACCAATTGCAAGGAGGCATTCG
CTTCAACGATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAATCCTTACCCTGCT
TCAGACAAGAAGACAGATGTCCCAAGAGACGATGCTTCTGTTAAGGAGGAGTATCCCACT
GCTTAGCAGAAGATCAACCAACCTTCAAGGCTGTAATAAAGTTTAACGAAT***ATATCA
TTCCCCTACTAAGTGAAACGTTATGAACTTATGATAATGTAATCGTCTATGCTGCTTCTG
TGTTGTATGATAGTGTCTGTACAGGTTTGTTAGACCTGTTTTATCATTTTACGTTTTTCT
CCAAGGATTGTTATTGCAGCGTCCTAAGAGTCTATCTTAACTAATGTCTCATGGTGTTAT
GTTATTGAACTCATTTAATGGAATCTAAATGTTATTGTTGT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3H347JQ 514 0 0
TTCTCTCTCAAGCACCTCCAATGCAGCTTCCCCAGCTGGGCAGTCATTCCCC*GTTCACC
CTATTTCCTTTTGCAGATCTGCTGCTGATCTACCAATTGCAAGGAGGCATTCGCTTCAAC
GATTCCTTGAGAAGAGACGGGACAGATTGGTCAGCAAGAATCCTTACCCTGCTTCAGACA
AGAAGACAGATGTCCCAAGAGACGATGCTTCTGTTAAGGAGGAGTATCCCACTGCTTAGC
AGAAGATCAACCAACCTTCAAGGCTGTAATAAAGTTTAACGAAT***ATATCATTCCCCT
ACTAAGTGAAACGTTATGAACTTATGATAATGTAATCGTCTATGCTGCTTCTGTGTTGTA
TGATAGTGTCTGTACAGGTTTGTTAGACCTGTTTTATCATTTTACGTTTTTCTCCAAGGA
TTGTTATTGCAGTGTCCTAAGAGTCTATCTTAACTAATGTCTCATGGTGTTATGTTATTG
AACTCATTTAATGGAATCTAAATGTTATTGTTG
T

QA 1 513 1 513
DS 



AS 2 15

CO CL44Contig1 830 12 49 U
GGACTCATCATGCATATATTACTCGTCATCAAGAATTCTTACTCTTCTCTCTGACAAAGA
ACAGAGAGTAAGTAAGAATGGTACATACGAAGAAGTTCAGAGGTGTCAGGCAACGCCATT
GGGGTTCTTGGGTCGCTGAGATTCGTCATCCTCTCTTGAAAAGGAGAATTTGGCTGGGGA
CGTTTGAGAGTGCGGAGGAGGCAGCAAGAGCCTACGACGAGGCCGCTGTTTTAATGAGCG
GCCGCAACGCC*AAGACCAACTTCCCTCTCAACAACAACAACACCGGAGACACGTCTGAG
AGTAAAACCAACGTTTCAGCCTCTGCATCCTCATCCTTATCTTCACCATCTTCACCCCTC
TCTTCCATCCTCAGCGCCAAACTGAGGAAATGCTGCAAGTCTCCTTCGCCATCTCTCACC
TGCCTCCGTCTTGACCCGAACAGCTCCGACATTGGTGTTTGGCAGAAACGCGCCGGTTCC
AATTCTGATTCTAGTTGGGTCATGACGGTGGAGCTTGGCCCCACCGGCTCTTCCCAGGAG
CCTACTGGAAAAGCTTCAGTAGACAATCTTGGTCTGGCCACTGAGGTTGGCGGCGGCAGA
GAAGAAGGAACAATGGACGAGGAAGAGAAGGTTGCTTTGCAAATGATAGAGGAGCTTCTC
AATACAAACTAAATAATATTTGCTTATATATACTATAAACCTATATATATTGCTGATTTA
CAGCCATAATTACCAATTATACCCTAATGTTTATATAGAGTGTTTATATTTACATGTGTT
ATATATTGTATCCTCATTTTGTGTCCAATAAAGTATTCGTATTTGTAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 5 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 
65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 35 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 30 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 50 50 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 50 50 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 30 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 35 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 35 35 35 10 

AF RR3FS26TF U 2
AF RR3CK37TF U 1
AF RR3DD65TF U 8
AF RR3DZ23TF U 49
AF RR3DK10TF U 51
AF RR3CI17TF U 51
AF RR3BG15JQ C 52
AF RR3CI17JQ C 138
AF RR3BG15TF U 52
AF RR3CK41JQ C 53
AF RR3FS26JQ C 100
AF RR3CK41TF U 53
BS 1 120 RR3CK37TF
BS 121 121 RR3FS26TF
BS 122 171 RR3CK37TF
BS 172 172 RR3FS26TF
BS 173 189 RR3CK37TF
BS 190 190 RR3FS26TF
BS 191 238 RR3CK37TF
BS 239 239 RR3DD65TF
BS 240 266 RR3CK37TF
BS 267 267 RR3DD65TF
BS 268 354 RR3CK37TF
BS 355 355 RR3DD65TF
BS 356 374 RR3CK37TF
BS 375 375 RR3DD65TF
BS 376 413 RR3CK37TF
BS 414 414 RR3DD65TF
BS 415 435 RR3CK37TF
BS 436 436 RR3DD65TF
BS 437 437 RR3CK37TF
BS 438 438 RR3DD65TF
BS 439 447 RR3CK37TF
BS 448 448 RR3DD65TF
BS 449 558 RR3CK37TF
BS 559 559 RR3DD65TF
BS 560 593 RR3CK37TF
BS 594 594 RR3DD65TF
BS 595 607 RR3CK37TF
BS 608 608 RR3DD65TF
BS 609 675 RR3CK37TF
BS 676 676 RR3DD65TF
BS 677 693 RR3CK37TF
BS 694 694 RR3DD65TF
BS 695 702 RR3CK37TF
BS 703 705 RR3DD65TF
BS 706 720 RR3CK37TF
BS 721 721 RR3DD65TF
BS 722 730 RR3CK37TF
BS 731 763 RR3DD65TF
BS 764 771 RR3DZ23TF
BS 772 779 RR3CI17TF
BS 780 780 RR3DK10TF
BS 781 781 RR3BG15TF
BS 782 799 RR3CI17TF
BS 800 800 RR3BG15TF
BS 801 807 RR3CI17TF
BS 808 808 RR3BG15TF
BS 809 823 RR3CI17TF
BS 824 829 RR3BG15TF
BS 830 830 RR3CK41JQ

RD RR3FS26TF 190 0 0
GATTCATC
ATGCATATATTACTCGTCATCAAGAATTCTTACTCTTCTCTCTGACAAAGAACAGAGAGT
AAGTAAGAATGGTACACACGAAGAAGTTCAGAGGTGTCAGGCAACGCCATTGGGGTTCTT
GGGTCGCTGAGATTCGTCATCCTCTCTTGAAAAGGAGAATTTGGCTGGGGACGTTTGAGA
GT

QA 9 190 9 190
DS 

RD RR3CK37TF 731 0 0
GGACTCATCATGCATATATTACTCGTCATCAAGAATTCTTACTCTTCTCTCTGACAAAGA
ACAGAGAGTAAGTAAGAATGGTACATACGAAGAAGTTCAGAGGTGTCAGGCAACGCCATT
TGGGTTCTTGGGTCGCTGAGATTCGTCATCCTCTCTTGAAAAGGAGAATTTTGCTGGGGA
CGTTTGAGACTGCGGAGGAGGCAGCAAGAGCCTACGACGAGGCCGCTGTTTTAATGAGTG
GCCGCAACGCC*AAGACCAACTTCCCCCTCAACAACAACAACACCGGAGACACGTCTGAG
AGTAAAACCAACGTTTCAGCCTCTGCATCCTCATCCTTATCTTCACCATCTTCATCCCTC
TCTTCCATCCTCAG*GCCAAACTGAGGAAATGCTGCAAGTCTCCTTCGCCATCCCTCACC
TGCCTCCGTCTTGACACTAACAGCTCCCACATTGGTGTTTGGCAGAAACGCGCCGGTTCC
AATTCTGATTCTAGTTGGGTCATGACGGTGGAGCTTGGCCCCACCGGCTCTTCCCAGGAG
CCTACTGGAAAAGCTTCACTAGACAATCTTGGTCTGGCCACTGAGGTTGGCGGAGGCAGA
GAAGAAG*AACAATGGACGAGGAAGAGAAGGTTGCTTTGCAAATGATAGAGGAGCTTCTC
AATACAAACTAAATAGTATTTGCTTATATATAC*ATAAACCT***TATATTGCTGATTTA
AAGCCATAAT
A

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3DD65TF 756 0 0
GG
ATGCATATATTACTCGTCATCAAGAATTCTTACTCTTCTCTCTGACAAAGAACAGAGAGT
AAGTAAGAATGGTACGTACGAAGAAGTTCAGAGGTGTCAGGCAACGCCATTGGGGTTCTT
GGGTCGCTGAGATTCGTCATCCTCTCTTGAAAAGGAGAATTTGGCTGGGGACGTTTGAGA
GTGCGGAGGAGGCAGCAAGAGCCTACGACGAGGCCGCTGTTTTAATGAGCGGCCGCAACG
CC*AAGACCAACTTCCCTCTCAACAACAACAACACCGGAGACACGTCTGAGAGTAAAACC
AACGTTTCAGCCTCTGCATCCTCATCCTTATCTTCACCATCTTCACCCCTCTCTTCCATC
CTCAGCGCCAAACTGAGGAAATGCTGCAAGTCTCCTTCGCCATCTCTCACCTGCCTCCGT
CTTGACCCGAACAGCTCCGACATTGGTGTTTGGCAGAAACGCGCCGGTTCCAATTCTGAT
TCTAGTTGGGTCATGGCGGTGGAGCTTGGCCCCACCGGCTCTTCCCAGGAGCCTACTGGA
AAAGCTTCAGTAGACAATCTTGGTCTGGCCACTGAGGTTGGCGGCGGCAGAGAAGAAGGA
ACAATGGACGAGGAAGAGAAGGTTGCTTTGCAAATGATAGAGGAGCTTCTCAATACAAAC
TAAATAATATTTGCTTATATATACTATAAACCTATATATATTGCTGATTTACAGCCATAA
TTACCAATTATACCCTAATGTTTATATAGAGTGT

QA 3 756 3 756
DS 

RD RR3DZ23TF 723 0 0
GGTG
GACAAAGAACAGAGAGTAAGTAAGAATGGTACATACGAAGAAGTTCAGAGGTGTCAGGCA
ACGCCATTGGGGTTCTTGGGTCGCTGAGATTCGTCATCCTCTCTTGAAAAGGAGAATTTG
GCTGGGGACGTTTGAGACTGCGGAGGAGGCAGCAAGAGCCTACGACGAGGCCGCTGTTTT
AATGAGTGGCCGCAACGCC*AAGACCAACTTCCCCCTCAACAACAACAACACCGGAGACA
CATCTGAGAGTAAAACCAACGTTTCAGCCTCTGCATCCTCATCCTTATCTTCACCATCTT
CATCCCTCTCTTCCATCCTCAGCGCCAAACTGAGGAAATGCTGCAAGTCTCCTTCGCCAT
CCCTCACCTGCCTCCGTCTTGACACTAACAGCTCCCACATTGGTGTTTGGCAGAAACGCG
CCGGTTCCAATTCTGATTCTAGTTGGGTCATGACGGTGGAGCTTGGCCCCACCGGCTCTT
CCCAGGAGCCTACTGGAAAAGCTTCACTAGACAATCTTGGTCTGGCCACTGAGGTTGGCG
GAGGCAGAGAAGAAGGAACAATGGACGAGGAAGAGAAGGTTGCTTTGCAAATGATAGAGG
AGCTTCTCAATACAAACTAAATAGTATTTGCTTATATATACCATAAACCTAT*TATATTG
CTGATTTAAAGCCATAATTACCAATTATACCCCAATGTTTATATAGAGTGTTTATATTT

QA 5 723 5 723
DS 

RD RR3DK10TF 730 0 0
GG
GACAAAGAACAGAGAGTAAGTAAGAATGGTACATACGAAGAAGTTCAGAGGTGTCAGGCA
ACGCCATTGGGGTTCTTGGGTCGCTGAGATTCGTCATCCTCTCTTGAAAAGGAGAATTTG
GCTGGGGACGTTTGAGACTGCGGAGGAGGCAGCAAGAGCCTACGACGAGGCCGCTGTTTT
AATGAGTGGCCGCAACGCC*AAGACCAACTTCCCCCTCAACAACAACAACACCGGAGACA
CGTCTGAGAGTAAAACCAACGTTTCAGCCTCTGCATCCTCATCCTTATCTTCACCATCTT
CATCCCTCTCTTCCATCCTCAGCGCCAAACTGAGGAAATGCTGCAAGTCTCCTTCGCCAT
CCCTCACCTGCCTCCGTCTTGACACTAACAGCTCCCACATCGGTGTTTGGCAGAAACGCG
CCGGTTCCAATTCTGATTCTAGTTGGGTCATGACGGTGGAGCTTGGCCCCACCGGCTCTT
CCCAGGAGCCTACTGGAAAAGCTTCACTAGACAATCTTGGTCTGGCCACTGAGGTTGGCG
GAGGCAGAGAAGAAAGAACAATGGACGAGGAAGAGAAAGTTGCTTTGCAAATGATAGAGG
AGCTTCTCAATACAAACTAAGTAGTATTTGCTTATATATACCATAAACCTAT*TATATTG
CTGATTTAAAGCCATAATTACCA*TTATACCCCAATGTTTATATAGAGTGTTTATATTTA
CATGTGTT

QA 3 730 3 730
DS 

RD RR3CI17TF 784 0 0
GG
GACAAAGAACAGAGAGTAAGTAAGAATGGTACATACGAAGAAGTTCAGAGGTGTCAGGCA
ACGCCATTGGGGTTCTTGGGTCGCTGAGATTCGTCATCCTCTCTTGAAAAGGAGAATTTG
GCTGGGGACGTTTGAGAGTGCGGAGGAGGCAGCAAGAGCCTACGACGAGGCCGCTGTTTT
AATGAGCGGCCGCAACGCC*AAGACCAACTTCCCTCTCAACAACAACAACACCGGAGACA
CGTCTGAGAGTAAAACCAACGTTTCAGCCTCTGCATCCTCATCCTTATCTTCACCATCTT
CACCCCTCTCTTCCATCCTCAGCGCCAAACTGAGGAAATGCTGCAAGTCTCCTTCGCCAT
CTCTCACCTGCCTCCGTCTTGACCCGAACAGCTCCGACATTGGTGTTTGGCAGAAACGCG
CCGGTTCCAATTCTGATTCTAGTTGGGTCATGACGGTGGAGCTTGGCCCCACCGGCTCTT
CCCAGGAGCCTACTGGAAAAGCTTCAGTAGACAATCTTGGTCTGGCCACTGAGGTTGGCG
GCGGCAGAGAAGAAGGAACAATGGACGAGGAAGAGAAGGTTGCTTTGCAAATGATAGAGG
AGCTTCTCAATACAAACTAAATAATATTTGCTTATATATACTATAAACCTATATATATTG
CTGATTTACAGCCATAATTACCAATTATACCCTAATGTTTATATAGAGTGTT*ATATTTA
CATGTGTA*TATATTGTATCCTCATTT*GTGTCCA*TAAAGTATTCGTATT
GTAAAAAAAAA

QA 3 773 3 773
DS 

RD RR3BG15JQ 778 0 0
GGA
AAAAGAACAGAGAGTAAGTAAGAATGGTACATACGAAGAAGTTCAGAGGTGTCAGGCAAC
GCCATTGGGGTTCTTGGGTCGCTGAGATTCGTCATCCTCTCTTGAAAAGGAGAATTTGGC
TGGGGACGTTTGAGAGTGCGGAGGAGGCAGCAAGAGCCTACGACGAGGCCGCTGTTTTAA
TGAGCGGCCGCAGCGCC*AAGACCAACTTCCCTCTCAACAACAACAACACCGGAGACACG
TCTGAGAGTAAAACCAACGTTTCAGCCTCTGCATCCTCATCCTTATCTTCACCATCTTCA
CCCCTTTCTTCCATCCTCAGCGCCAAACTGAGGAAATGCTGCAAGTCTCCTTCGCCATCT
CTCACCTGCCTCCGTCTTGACCCGAACAGCTCCGACATTGGTGTTTGGCAGAAACGCGCC
GGTTCCAATTCTGATTCTAGTTGGGTCATGACGGTGGAACTTGGCCCCACCGGCTCTTCC
CAGGAGCCTACTGGAAAAGCTTCAGTAGACAATCTTGGTCTGGCCACTGAGGTTGGCGGC
GGCAGAGAAGAAGGAACAATGGACGAGGAAGAGAAGGTTGCTTTGCAAATGATAGAGGAG
CTTCTCAATACAAACTAAATAATATTTGCTTATATATACTATAAACCTATATATATTGCT
GATTTACAGCCATAATTACCAATTATACCCTAATGTTTATATAGAGTGTTTATATTTACA
TGTGTTATATATTGTATCCTCATTTTGTGTCCAATAAAGTATTCGTATTTGTAAC

QA 4 778 4 778
DS 

RD RR3CI17JQ 689 0 0
GAGATTCGTCATCCTCTCTTGAAAAGGAGAATTTGGCTGGGGACGTTTGAGAGTGCGGAG
GAGGCAGCAAGAGCCTACGACGAGGCCGCTGTTTTAATGAGCGGCCGCAACGCC*AAGAC
CAACTTCCCTCTCAACAACAACAACACCGGAGACACGTCTGAGAGTAAAACCAACGTTTC
AGCCTCTGCATCCTCATCCTTATTTTCACCATCTTCACCCCTTTCTTCCATCCTCAGCGC
CAAACTGAGGAAATGCTGCAAGTTTCCTTCGCCATCTCTCACCTGCCTCCGTCTTGACCC
GAACAGCTCCGACATTGGTGTTTGGCAGAAACGCGCCGGTTCCAATTTTGATTCTAGTTG
GGTCATGACGGTGGAGCTTGGCCCCACCGGCTCTTCCCAGGAGCCTACTGGAAAAGCTTC
AGTAGACAATCTTGGTCTGGCCACTGAGGTTGGCGGCGGCAGAGAAGAAGGAACAATGGA
CGAGGAAGAGAAGGTTGCTTTGCAAATGATAGAGGAGCTTCTCAATACAAACTAAATAAT
ATTTGCTTATATATACTATAAACCTATATATATTGCTGATTTACAGCCATAATTACCAAT
TATACCCTAATGTTTATATAGAGTGTTTATATTTACATGTGTTATATATTGTATCCTCAT
TTTGTGTCCAATAAAGTATTCGTATTTGT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3BG15TF 778 0 0
GGA
AAAAGAACAGAGAGTAAGTAAGAATGGTACATACGAAGAAGTTCAGAGGTGTCAGGCAAC
GCCATTGGGGTTCTTGGGTCGCTGAGATTCGTCATCCTCTCTTGAAAAGGAGAATTTGGC
TGGGGACGTTTGAGAGTGCGGAGGAGGCAGCAAGAGCCTACGACGAGGCCGCTGTTTTAA
TGAGCGGCCGCAGCGCC*AAGACCAACTTCCCTCTCAACAACAACAACACCGGAGACACG
TCTGAGAGTAAAACCAACGTTTCAGCCTCTGCATCCTCATCCTTATCTTCACCATCTTCA
CCCCTCTCTTCCATCCTCAGCGCCAAACTGAGGAAATGCTGCAAGTCTCCTTCGCCATCT
CTCACCTGCCTCCGTCTTGACCCGAACAGCTCCGACATTGGTGTTTGGCAGAAACGCGCC
GGTTCCAATTCTGATTCTAGTTGGGTCATGACGGTGGAACTTGGCCCCACCGGCTCTTCC
CAGGAGCCTACTGGAAAAGCTTCAGTAGACAATCTTGGTCTGGCCACTGAGGTTGGCGGC
GGCAGAGAAGAAGGAACAATGGACGAGGAAGAGAAGGTTGCTTTGCAAATGATAGAGGAG
CTTCTCAATACAAACTAAATAATATTTGCTTATATATACTATAAACCTATATATATTGCT
GATTTACAGCCATAATTACCAATTATACCCTAATGTTTATATAGAGTGTTTATATTTACA
TGTGTTATATATTGTATCCTCATTTTGTGTCCAATAAAGTATTCGTATTTGTAAC

QA 4 778 4 778
DS 

RD RR3CK41JQ 778 0 0
GG
AAAAGAACAGAGAGTAAGTAAGAATGGTACATACGAAGAAGTTCAGAGGTGTCAGGCAAC
GCCATTGGGGTTCTTGGGTCGCTGAGATTCGTCATCCTCTCTTGAAAAGGAGAATTTGGC
TGGGGACGTTTGAGAGTGCGGAGGAGGCAGCAAGAGCCTACGACGAGGCCGCTGTTTTAA
TGAGCGGCCGCAACGCC*AAGACCAACTTCCCTCTCAACAACAACA***CCGGAGACACG
TCTGAGAGTAAAACCAACTTTTCAGCCTCTGCATCCTCATCCTTATCTTCACCATCTTCA
CCCCTCTCTTCCATCCTCAGCGCCAAACTGAGGAAATGCTGCAAGTCTCCTTCGCCATCT
CTCACCTGCCCCCGTCTTGACCCGAACAGCTCCGACATTGGTGTTTGGCAGAAACGCGCC
GGTTCCAATTCTGATTCTAGTTGGGTCATGACGGTGGAGCTTGGCCCCACCGGCTCTTCC
CAGGAGCCTACTGGAAAAGCTTCAGTAGACAATCTTGGTCTGGCCACTGAGGTTGGCGGC
GGCAGAGAAGAAGGAACAATGGACGAGGAAGAGAAGGTTGCTTTGCAAATGATAGAGGAG
CTTCTCAATACAAACTAAATAATATTTGCTTATATATACTATAAACCTATATATATTGCT
GATTTACAGCCATAATTACCAATTATACCCTAATGTTTATATAGAGTGTTTATATTTACA
TGTGTTATATATTGTATCCTCATTTTGTGTCCAATAAAGTATTCGTATTTGTAACT

QA 3 778 3 778
DS 

RD RR3FS26JQ 731 0 0
GAGGTGTCAGGCAACGCCATTGGGGTTCTTGGGTCGCTGAGATTCGTCATCCTCTCTTGA
AAAGGAGAATTTGGCTGGGGACGTTTGAGAGTGCGGAGGAGGCAGCAAGAGCCTACGACG
AGGCCGCTGTTTTAATGAGCGGCCGCAACGCCCAAGACCAACTTCCCTCTCAACAACAAC
AACACCGGAGACACGTCTGAGAGTAAAACCAACGTTTCAGCCTCTGCATCCTCATCCTTA
TCTTCACCATCTTCACCCCTTTCTTCCATCCTCAGCGCCAAACTGAGGAAATGCTGCAAG
TCTCCTTCGCCATCTCTCACCTGCCTCCGTCTTGACCCGAACAGCTCCGACATTGGTGTT
TGGCAGAAACGCGCCGGTTCCAATTCTGATTCTAGTTGGGTCATGACGGTGGAGCTTGGC
CCCACCGGCTCTTCCCAGGAGCCTACTGGAAAAGCTTCAGTAGACAATCTTGGTCTGGCC
ACTGAGGTTGGCGGCGGCAGAGAAGAAGGAGCAATGGACGAGGAAGAGAAGGTTGCTTTG
CAAATGATAGAGGAGCTTCTCAATACAAACTAAATAATATTTGCTTATATATACTATAAA
CCTATATATATTGCTGATTTACAGCCATAATTACCAATTATACCCTAATGTTTATATAGA
GTGTTTATATTTACATGTGTTATATATTGTATCCTCATTTTGTGTCCAATAAAGTATTCG
TATTTGTAAC
C

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3CK41TF 778 0 0
GG
AAAAGAACAGAGAGTAAGTAAGAATGGTACATACGAAGAAGTTCAGAGGTGTCAGGCAAC
GCCATTGGGGTTCTTGGGTCGCTGAGATTCGTCATCCTCTCTTGAAAAGGAGAATTTGGC
TGGGGACGTTTGAGAGTGCGGAGGAGGCAGCAAGAGCCTACGACGAGGCCGCTGTTTTAA
TGAGCGGCCGCAACGCC*AAGACCAACTTCCCTCTCAACAACAACA***CCGGAGACACG
TCTGAGAGTAAAACCAACTTTTCAGCCTCTGCATCCTCATCCTTATCTTCACCATCTTCA
CCCCTCTCTTCCATCCTCAGCGCCAAACTGAGGAAATGCTGCAAGTCTCCTTCGCCATCT
CTCACCTGCCCCCGTCTTGACCCGAACAGCTCCGACATTGGTGTTTGGCAGAAACGCGCC
GGTTCCAATTCTGATTCTAGTTGGGTCATGACGGTGGAGCTTGGCCCCACCGGCTCTTCC
CAGGAGCCTACTGGAAAAGCTTCAGTAGACAATCTTGGTCTGGCCACTGAGGTTGGCGGC
GGCAGAGAAGAAGGAACAATGGACGAGGAAGAGAAGGTTGCTTTGCAAATGATAGAGGAG
CTTCTCAATACAAACTAAATAATATTTGCTTATATATACTATAAACCTATATATATTGCT
GATTTACAGCCATAATTACCAATTATACCCTAATGTTTATATAGAGTGTT*ATATTTACA
TGTGTTATATATTGTATCCTCATTT*GTGTCCA*TAAAGTATTCGTATTTGTAAC
T

QA 3 777 3 777
DS 



CO CL44Contig2 1040 3 17 U
GCTCTTAACATTAGCAATCACTCGGTACCAACAACTCCAACTTAATTCTCACACGCTCTC
TCTCTTTCCCTCTATCTTTCTCTCTCTTACAGAATAGCGAGGGTACATAAAATGTAATAA
GAGTAAGACCAAGTACAACCCTTTTCATCCACCAAAATTTAACCTATATATAAATATCCA
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**GGACTATATGATAAATGAAAAAAAAAAAGGAAAAGGAGAATTTGGCTGGGGACGTTTG
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GAACAATGGACGAGAAAGAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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DS 

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C
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CCAACTTCCCTCTCAACAACAACAACACCGGAGACACGTCTGAAAGTAAAACCAACGTTT
CAGCCTCTGCATCCTCATCCTTATCTTCACCATCTTCACCCCTCTCTTCCATCCTCAGCG
CCAAACTGAGGAAATGCTGCAAGTCTCCTTCGCCATCTCTCACCTGCCTCCGTCTTGACC
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A

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DS 

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AAAAAAAAAAGGAAAAGGAGAATTTGGCTGGGGACGTTTGAGAGTGCGGAGGAGGCAGCA
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CTTGGTCTGACCACTGAGGTTGGCGGCGGAAGAGAAGAAGGAACAATGGACGAGAAAGAG

QA 1 660 1 660
DS 



AS 2 13

CO CL45Contig1 854 5 8 U
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ACAGAAAGTACATTTGAGACGATGATAAACTTGAGAATCTTGTTCAGTTTGAGATCACAC
AACCATATAAAAGCCAATAATGTTTTCTATTGAAGAACAAGTTTCTTGCTTAAAATCATG
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GAGTCAGTGAGACCATCCACCAAGTCGAACTCTGGTTTCCATCCCAAGACATGCTTTGCT
TTCTCCACCGAGGCAAAGAAATGCTGGTCACGGAAA*GGGAAGGCCTTCTTCTTCCCAAA
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GCAAGCTCTTGCTAAGCCATCAAAGGTGACGTACTTCTCTCCTGAGATGTTGAATATCTC
TCTGCTTGCTTTCTCGTTACCAAGCACGGCGAGAAAGGCTGTTGCCAAGTCCTTAACGTG
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CAGTAAACACCAGCTGAAGAACAGTAGACGTACTGTTCTAGTTTAGGCAGTGCTTCTATT
ATAGGCTCACTTCT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3A037JQ U 1
AF RR3AH36JQ U 81
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RD RR3BC58JQ 237 0 0
CTTC
GCGCAAGCTCTTGCTAAGCCATCAAAGGGGACGTACTTCTCTCCTGAGATGTTGAATATC
TCTCTGCTGGCTTTCTCGTTACCAAGCACGGCGAGAAAGGGTGTTGCCAAGTCCTTAACG
TGACCGAGTTGTGAGATCTGGATCCCAGAGTTTGGAACTGGGATAGGTCGACCAGCTTTG
AGACGGTGGAAGAACCATTCTTCGACGGGGCTGTAGTTCAATGGACCGTA
TAT

QA 5 234 5 234
DS 

RD RR3FF11JQ 647 0 0
CAAGAGTT
AGACCCCGCGCCGCTTTTCTTTTTTTATAGAAAAAACTCGAACACAATCCATACAGAAAG
TACATTTGAGACGATGATAAACTTGAGAATCTTGTTCAGTTTGAGATCACACAACCATAT
AAAAGCCAATAATGTTTTCTATTGAAGAACAAGTTTCTTGCTTAAAATCATGTCGTCAGT
AGTGAAATCCGCCTCTTTTCTGAAAGTGCCACGACCGAAGTCGAGGTTGTACGAGTCAGT
GAGACCATCCACCAAGTCGAACTCTGGTTTCCATCCCAAGACATGCTTTGCTTTCTCCAC
CGAGGCAAAGAAATGCTGGTCACGGAAAAGGGAAGGCCTTCTTCTTCCCAAAGTCGAACT
CTTTAGGGTTGTAGTGAACAATCTCTGGCTCTGGAAACCCACCAGCCTTTGCGCAAGCTC
TTGCTAAGCCATCAAAGGTGACGTACTTCTCTCCTGAGATGTTGAATATCTCTCTGCTTG
CTTTCTCGTTACCAAGCACGGCGAGAAAGGCTGTTGCCAAGTCCTTAACGTGACCGAGTT
GTGAGATCTGGATCCCAGAGTTTGGAACTGGGATAGGTCGACCAGCTTTGAGACGGTGGA
AGAACCATTCTTCGACGGGGTTGTAGTTCAATGGACCGT

QA 9 647 9 647
DS 

RD RR3A037JQ 735 0 0
CAAGAGCTAGACCCCGCGCCGCTCTTCTTTTTTTATAGAAAAAACTCGAACACAATCCAT
ACAGAAAGTACATTTGAGACGATGATAAACTTGAGAATCTTGTTCAGTTTGAGATCACAC
AACCATATAAAAGCCAATAATGTTTTCTATTGAAGAACAAGTTTCTTGCTTAAAATCATG
TCGTCAGTAGTGAAATCCGCCTCTTTTCTGAAAGTGCCACGACCGAAGTCGAGGTTGTAC
GAGTCAGTGAGACCATCCACCAAGTCGAACTCTGGTTTCCATCCCAAGACATGCTTTGCT
TTCTCCACCGAGGCAAAGAAATGCTGGTCACGGAAA*GGGAAGGCCTTCTTCTTCCCAAA
GTCGAACTCTTTAGGGTTGTAGTGAACAATCTCTGGCTCTGGAAACCCACCAGCCTTTGC
GCAAGCTCTTGCTAAGCCATCAAAGGTGACGTACTTCTCTCCTGAGATGTTGAATATCTC
TCTGCTTGCTTTCTCGTTACCAAGCACGGCGAGAAAGGCTGTTGCCAAGTCCTTAACGTG
ACCGAGTTGTGAGATCTGGATCCCAGAGTTTGGAACTGGGATAGGTCGACCAGCTTTGAG
ACGGTGGAAGAACCATTCTTCGACGGGGTTGTAGTTCAATGGACCGTAAATGTAGACGGG
ACGTATAGAAGTCCAGTTTACACCTCTTGATTGCAGTAAACTCTCTGTCTCCAGCTTACC
CTTGTGCCTGCTCTT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3AH36JQ 690 0 0
GG
TGATAAACTTGAGAATCTTGTTCAGTTTGAGATCACACAACCATATAAAAGCCAATAATG
TTTTCTATTGAAGAACAAGTTTCTTGCTTAGAATCATGTCGTCAGTAGTGAAATCCGCCT
CTTTTCTGAAAGTGCCACGACCGAAGTCGAGGTTGTACGAGTCAGTGAGACCATCCACCA
AGTCGAACTCTGGTTTCCATCCCAAGACATGCTTTGCTTTCTCCACCGAGGCAAAGAAAT
GCTGGTCACGGAAA*GGGAAGGCCTTCTTCTTCCCAAAGTCGAACTCTTTAGGGTTGTAG
TGAACAATCTCTGGCTCTGGAAACCCACCAGCCTTTGCGCAAGCTCTTGCTAAGCCATCA
AAGGTGAAGTACTTCTCTCCTGAGATGTTGAATATCTCTCTGCTTGCTTTCTCGTTACCA
AGCACGGCGAGAAAGGCTGTTGCCAAGTCCTTAACGTGACCGAGTTGTGAGATCTGGATC
CCAGAGTTTGGAACTGGGATAGGTCGACCAGCTTTGAGACGGTGGAAGAACCATTCTTCG
ACGGGGTTGTAGTTCAATGGACCGTAGATGTAGACAGGACGTATAGAAGTCCAGTTTACA
CCTTTTGATTGCAGTAAACTCCCTGTCTCCAGCTTACCCTTGTGCCTGCTCTTCGGGTCA
ACTGCATCCACCTCACAGTGTGGCAAGG

QA 3 690 3 690
DS 

RD RR3DB92JQ 818 0 0
AGAAGAAACTCGAACACAATCCATACAGAAAGTACATTTGAGACGATGATAAACTTGAGA
ATCTTGTTCAGTTTGAGATCACACAACCATATAAAAGCCAATAATGTTTTCTATTGAAGA
ACAAGTTTCTTGCTTAGAATCATGTCGTCAGTAGTGAAATCCGCCTCTTTTCCGAAAGTG
CCACGACCGAAGTCGAGGTTGTACGAGTCAGTGAGACCATCCACCAAGTCGAACTCTGGT
TTCCATCCCAAGACATGCTTTGCTTTCTCCACCGAGGCAAAGAAATGCTGGTCACGGAAA
*GGGAGGGCCTTCTTCTTCCCAAAGTCGAACTCTTTAGGGTTGTAGTGAACAATCTCTGG
CTCTGGAAACCCACCAGCCTTTGCGCAAGCTCTTGCTAAGCCATCAAAGGTGACGTACTT
CTCTCCTGAGATGTTGAATATCTCTCTGCTTGCTTTCTCGTTACCAAGCACGGCGAGAAA
GGCTGTTGCCAAGTCCTTAACGTGACCGAGTTGTGAGGTCTGGATCTCAGAGTTTGGAAC
TGGGATAGGTCGACCAGCTTTGAGACGGTGGAAGAACCATTCTTCGACGGGGTTGTAGTT
CAATGGACCGTAGATGTAGACAGGACGTATAGAAGTCCAGTTTACACCTTTTGATTGCAG
TAAACTCTCTGTCTCCAGCTTACCCTTGTGCCTGCTCTTCGGGTCAACTGCATCCACCTC
ACAGTGTGGCAAGGTATCAGATTTCAGTAAACACCAGCTGAAGAACAGTAGACGTACTGT
TCTAGTTTAGGCAGTGCTTCTATTATAGGCTCACTTCT

QA 1 818 1 818
DS 



CO CL45Contig2 1340 8 27 U
GGACAGGCACTCACATAAGACCTTCTCTTCAGTTTGCTCAGAGAGTGAACCAACAAGCAT
GGCGAAGATGATGATGATGCAACAGAGCCAGCCTTCTTTATCTCTCCTTACTTCTTCTCT
CTCTGACTTTAATGGCGCCAAGCTCAACCTACAAGTCCAGTACAAGAGGAAAGTTCAACA
GCCAAAAGGAGCACTCTATGTATCAGCATCGAGCGAGAAGAAGATTCTTATAATGGGTGG
CACTCGGTTCATTGGTATCTTCTTGTCCAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGACATCAGGTTAC
ATTGTTCACAAGAGGTAAATCTCCTATTGCCAAACAATTGCCTGGCGAATCTGACCAAGA
CTTTGCTGATTTTTCTTCAAAGATTCTTCACTTGAAAGGAGACAGAAAAGACTATGACTT
TGTGAAGTCAAGTCTTTCAGCTGAAGGCTTCGATGTTGTTTATGATATCAACGGGAGAGA
AGCTGAAGAAGTTGAGCCTATAATAGAAGCACTGCCTAAACTAGAACAGTACATCTACTG
TTCTTCAGCTGGTGTTTACCTGAAATCTGATACCTTGCCACACTGTGAGGTGGATGCAGT
TGACCCGAAGAGCAGGCACAAGGGGAAGCTGGAGACAGAGAGCTTACTGCAATCAAAAGG
TGTAAACTGGACTTCTATACGTCCTGTCTACATCTACGGTCCATTGAACTACAACCCCGT
CGAAGAATGGTTCTTCCACCGTCTCAAAGCTGGTCGACCTATCCCAGTTCCAAACTCTGG
GATCCAGATCTCACAACTCGGTCACGTTAAGGACTTGGCAACAGCCTTTCTCGCCGTGCT
TGGTAACGAGAAAGCCAGCAGAGAGATATTCAACATCTCAGGAGAGAAGTACGTCACCTT
TGATGGCTTAGCAAAAGCTTGCGCAAAGGCTGGTGGGTTTCCAGAGCCAGAGATTGTTCA
CTACAACCCTAAAGAGTTCGACTTTGGGAAGAAGAAAGCCTTCCCTTTCCGTGACCAGCA
TTTCTTTGCCTCGGTGGAGAAAGCAAAGCATGTCTTGGGATGGAAACCAGAGTTCGACTT
GGTGGATGGTCTCACTGACTCATACAACCTCGACTTCGGTCGTGGAACTTTCAGAAAAGA
GGCGGATTTCACTACTGACGACATGATTCTAAGCAAGAAACTTGTTCTTCAATAGAAACA
TTCTTGGCTTGTATATGGTTGTGTGTTTGATCTCAAACTGAAGAAGATTCTCAAGTTTAA
CGTCGTCTCAAATGTATTTTCTGTATGGATTGTGTTCGAGTTTTTTCTATAAAAAAAAGC
GGCGCGCGGTCTGGCTCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
5 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF11TF U 3
AF RR3DB92TF U 7
AF RR3H790TF U 2
AF RR3A037TF U 1
AF RR3AH36TF U 7
AF RR3AA81TF U 53
AF RR3GC35JQ C 652
AF RR3AY53JQ C 448
BS 1 238 RR3A037TF
BS 239 239 RR3FF11TF
BS 240 346 RR3A037TF
BS 347 347 RR3FF11TF
BS 348 624 RR3A037TF
BS 625 625 RR3H790TF
BS 626 642 RR3A037TF
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BS 644 656 RR3A037TF
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BS 658 684 RR3A037TF
BS 685 685 RR3H790TF
BS 686 807 RR3A037TF
BS 808 810 RR3AA81TF
BS 811 811 RR3AY53JQ
BS 812 869 RR3AA81TF
BS 870 914 RR3AY53JQ
BS 915 915 RR3GC35JQ
BS 916 996 RR3AY53JQ
BS 997 997 RR3GC35JQ
BS 998 1064 RR3AY53JQ
BS 1065 1065 RR3GC35JQ
BS 1066 1068 RR3AY53JQ
BS 1069 1069 RR3GC35JQ
BS 1070 1225 RR3AY53JQ
BS 1226 1229 RR3GC35JQ
BS 1230 1340 RR3AY53JQ

RD RR3FF11TF 609 0 0
GGAGGC
ACTCACATAAGACCTTCTCTTCAGTTTGCTCAGAGAGTGAACCAACAAGCATGGCGAAGA
TGATGATGATGCAACAGAGCCAGCCTTCTTTATCTCTCCTTACTTCTTCTCTCTCTGACT
TTAATGGCGCCAAGCTCAACCTACAAGTCCAGTACAAGAGGAAAGTTCAACAGCCAAAAG
GAGCACTCTATGTATCAGCATCGAGCGAGAAGAAGATTCTTATAATGGGTGGCACTCGGT
TCATTGGTATCTTCTTGTCCAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGACATCAGGTTACATTGTTCA
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ATTTTTCTTCAAAGATTCTTCACTTGAAAGGAGACAGAAAAGACTATGACTTTGTGAAGT
CAAGTCTTTCAGCTGAAGGCTTCGATGTTGTTTATGATATCAACGGGAGAGAAGCTGAAG
AAGTTGAGCCTATAATAGAAGCACTGCCTAAACTAGAACAGTACATCTACTGTTCTTCAG
CTGGTGTTTACCTGAAATCTGATACCTTGCCACACTGTGAGGTGGATGCAGTTGACCCGA
AGA

QA 7 609 7 609
DS 

RD RR3DB92TF 606 0 0
GG
ACTCACATAAGACCTTCTCTTCAGTTTGCTCAGAGAGTGAACCAACAAGCATGGCGAAGA
TGATGATGATGCAACAGAGCCAGCCTTCTTTATCTCTCCTTACTTCTTCTCTCTCTGACT
TTAATGGCGCCAAGCTTAACCTACAAGTCCAGTACAAGAGGAAAGTTCAACAGCCAAAAG
GAGCACTCTATGTATCAGCATCGAGCGAGAAGAAGATTCTTATAATGGGTGGCACTCGGT
TCATTGGTATCTTCTTGTCCAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGACATCAGGTTACATTGTTCA
CAAGAGGTAAATCTCCTATTGCCAAACAATTGCCTGGCGAATCTGACCAAGACTTTGCTG
ATTTTTCTTCAAAGATTCTTCACTTGAAAGGAGACAGAAAAGACTATGACTTTGTGAAGT
CAAGTCTTTCAGCTGAAGGCTTCGATGTTGTTTATGATATCAACGGGAGAGAAGCTGAAG
AAGTTGAGCCTATAATAGAAGCACTGCCTAAACTAGAACAGTACGTCTACTGTTCTTCAG
CTGGTGTTTACCTGAAATCTGATACCTTGCCACACTGTGAGGTGGATGCAGTTGACCCGA
AGAG

QA 3 606 3 606
DS 

RD RR3H790TF 722 0 0
GACAGAT
ACTCACATAAGACCTTCTCTTCAGTTTGCTCAGAGAGTGAACCAACAAGCATGGCGAAGA
TGATGATGATGCAACAGAGCCAGCCTTCTTTATCTCTACTTACTTCTTCTCTCTCTGACT
TTAATGGCGCCAAGCTCAACCTACAAGTCCAGTACAAGAGGAAGGTTCAACAGCCAAAAG
GAGCACTCTATGTATCAGCATCGAGTGAAAAGAAGATTCTTATTATGGGTGGCACTCGAT
TCATCGGTATCTTCTTGTCCAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGACATCAGGTTACATTGTTCA
CAAGAGGTAAATCTCCTATTGCCAAACAATTGCCTGGTGAATCTGACCAAGACTTTGCTG
ATTTTTCTTCCAAGATTCTTCACTTGAAAGGAGACAGAAAAGACTATGACTTTGTGAAGT
CAAGTCTTTCAGCTGAAGGCTTCGATGTTGTTTATGATATCAACGGGAGGGAAGCTGAAG
AAGTTGAGCCCATAATAGAGGCACTTCCTAAACTAGAACAGTACATCTACTGTTCTTCAG
CTGGTGTTTACCTGAAATCTGATATCTTGCCACACTGTGAGGTGGATGCAGTTGACCCGA
AGAGCAGGCACAAGGGGAAGCTGGAGACAGAGAGCTTACTGCAATCAA*AGGTGTAAACT
GGACTTCCATACGTCCTGTCTACATCTACG*TCCATTGAACTACA*CCCCGTCGA

QA 8 722 8 722
DS 

RD RR3A037TF 807 0 0
GGACAGGCACTCACATAAGACCTTCTCTTCAGTTTGCTCAGAGAGTGAACCAACAAGCAT
GGCGAAGATGATGATGATGCAACAGAGCCAGCCTTCTTTATCTCTCCTTACTTCTTCTCT
CTCTGACTTTAATGGCGCCAAGCTCAACCTACAAGTCCAGTACAAGAGGAAAGTTCAACA
GCCAAAAGGAGCACTCTATGTATCAGCATCGAGCGAGAAGAAGATTCTTATAATGGGTTG
CACTCGGTTCATTGGTATCTTCTTGTCCAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGACATCAGGTTAC
ATTGTTCACAAGAGGTAAATCTCCTATTGCCAAACAATTGCCTGGCTAATCTGACCAAGA
CTTTGCTGATTTTTCTTCAAAGATTCTTCACTTGAAAGGAGACAGAAAAGACTATGACTT
TGTGAAGTCAAGTCTTTCAGCTGAAGGCTTCGATGTTGTTTATGATATCAACGGGAGAGA
AGCTGAAGAAGTTGAGCCTATAATAGAAGCACTGCCTAAACTAGAACAGTACATCTACTG
TTCTTCAGCTGGTGTTTACCTGAAATCTGATACCTTGCCACACTGTGAGGTGGATGCAGT
TGACCCGAAGAGCAGGCACAAGGGTAAGCTGGAGACAGAGAGTTTACTGCAATCAAGAGG
TGTAAACTGGACTTCTATACGTCCCGTCTACATCTACGGTCCATTGAACTACAACCCCGT
CGAAGAATGGTTCTTCCACCGTCTCAAAGCTGGTCGACCTATCCCAGTTCCAAACTCTGG
GATCCAGATCTCACAACTCGGTCACGT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3AH36TF 801 0 0
GG
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TGATGATGATGCAACAGAGCCAGCCTTCTTTATCTCTCCTTACTTCTTCTCTCTCTGACT
TTAATGGCGCCAAGCTCAACCTACAAGTCCAGTACAAGAGGAAAGTTCAACAGCCAAAAG
GAGCACTCTATGTATCAGCATCGAGCGAGAAGAAGATTCTTATAATGGGTGGCACTCGGT
TCATTGGTATCTTCTTGTCCAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGACATCAGGTTACATTGTTCA
CAAGAGGTAAATCTCCTATTGCCAAACAATTGCCTGGCGAATCTGACCAAGACTTTGCTG
ATTTTTCTTCAAAGATTCTTCACTTGAAAGGAGACAGAAAAGACTATGACTTTGTGAAGT
CAAGTCTTTCAGCTGAAGGCTTCGATGTTGTTTATGATATCAACGGGAGAGAAGCTGAAG
AAGTTGAGCCTATAATAGAAGCACTGCCTAAACTAGAACAGTACATCTACTGTTCTTCAG
CTGGTGTTTACCTGAAATCTGATACCTTGCCACACTGTGAGGTGGATGCAGTTGACCCGA
AGAGCAGGCACAAGGGTAAGCTGGAGACAGGGAGTTTACTGCAATCAAAAGGTGTAAACT
GGACTTCTATACGTCCTGTCTACATCTACGGTCCATTGAACTACAACCCCGTCGAAGAAT
GGTTCTTCCACCGTCTCAAAGCTGGTCGACCTATCCCAGTTCCAAACTCTGGGATCCAGA
TCTCACAACTCGGTCACGT

QA 3 801 3 801
DS 

RD RR3AA81TF 817 0 0
GG
AAGCATGGCGAAGATGATGATGATGCAACAGAGCCAGCCTTCTTTATCTCTACTTACTTC
TTCTCTCTCTGACTTTAATGGCGCCAAGCTCAACCTACAAGTCCAGTACAAGAGGAAGGT
TCAACAGCCAAAAGGAGCACTCTATGTATCAGCATCGAGTGAAAAGAAGATTCTTATTAT
GGGTGGCACTCGATTCATCGGTATCTTCTTGTCCAGGCTCCTTGTCAAAGAGGGACATCA
GGTTACATTGTTCACAAGAGGTAAATCTCCTATTGCCAAACAATTGCCTGGCGAATCTGA
CCAAGACTTTGCTGATTTTTCTTCCAAGATT*TTCACTTGAAAGGAGACAGAAAAGACTA
TGACTTTGTGAAGTCAAGTCTTTCAGCTGAAGGCTTCGATGTTGTTTATGATATCAACGG
GAGGGAAGCTGAAGAAGTTGAGCCCATAATAGAGGCACTTCCTAAACTAGAACAGTACAT
CTACTGTTCTTCAGCTGGTGTTTACCTGAAATCTGATATCTTGCCACACCGTGAGGTGGA
TGCAGTTGACCCGAAGAGCAGGCACAAGGGGAAGCTGGAGACAGAGAGCTTACTGCAATC
AAAAGGTGTAAACTGGACTTCCATACGTCCTGTCTACATCTACGGTTCATTGAACTACAA
CCCCGTCGAAGAATGGTTCTTCCACCGTCTCAAAGCTGGTCGACCTATCCCAGTTCCAAA
CTCTGGGATCCAGATCTCACAACTCGGTCACGTTAAAGACTTGGCAACAGCCTTTCTCGC
CGTGCTTGGTAACGAGAAAGCCAGCAGAGAGATAT

QA 3 817 3 817
DS 

RD RR3GC35JQ 680 0 0
CAA
AAAAGGTGTAAACTGGACTTCTATACGTCCTGTCTACATCTACGGTCCATTGAACTACAA
CCCCGTTGAAGAATGGTTCTTCCACCGTCTCAAAGCTGGTCGACCTATCCCAGTTCCAAA
CTCTGGGATCCAGATCTCACAACTCGGTCACGTTAAGGACTTGGCAACAGCCTTTCTTGC
CGTGCTTGGTAACGAGAAAGCCAGCAGAGAGATATTCAACATCTCAGGAGAGAAGTACGT
CACCTTTGATGGCTTAGCAAAAGCTTGCGCAAAGGCTGGTGGGTTTCCAGAGCCAGAGAT
TGTTCACTACAACCCTAAAGAGTTCGACTTTGGGAAGAAGAAAGCCTTCCCTTTCCGTGA
CCAGCATTTCTTTGCCTCGGTGGAGAAAGCAAAGCATGTCTTGGGATGGAAACCAGAGTT
CGACTTGGTGGATGGTCTCACTGACTCATACAACCTCGACTTCGGTCGTGGAACTTTCAG
AAAAGAGGCGGATTTCACTACTGACGACATGATTCTAAGCAAGAAGCTTGTTCTTCAATA
GAAACATTCTTGGCTTGTATATGGTTGTGTGTTTGATCTCAAACTGAAGAAGATTCTCAA
GTTTATCGTCGTCTCAAA*GTATTTTCTGTATGGATTGTGTTCGAGTTTTTTCTATAAAA
AA
GAGGCGCGCGGTCTG

QA 4 665 4 665
DS 

RD RR3AY53JQ 893 0 0
CTTCGATGTTGTTTATGATATCAACGGGAGGGAAGCTGAAGAAGTTGAGCCTATAATAGA
GGCACTTCCTAAACTAGAACAGTACATCTACTGTTCTTCAGCTGGTGTTTACCTGAAATC
TGATATCTTGCCACACTGTGAGGTGGATGCAGTTGACCCGAAGAGCAGGCACAAGGGGAA
GCTGGAGACAGAGAGCTTACTGCAATCAAAAGGTGTAAACTGGACTTCTATACGTCCTGT
CTACATCTACGGTCCATTGAGCTACAACCCCGTAGAAGAATGGTTCTTCCACCGTCTCAA
AGCTGGTCGACCTATCCCAGTTCCAAACTCTGGGATCCAGATCTCACAACTCGGTCACGT
TAAGGACTTGGCAACAGCCTTTCTCGCCGTGCTTGGTAACGAGAAAGCAAGCATAGAGAT
ATTCAACATCTCAGGAGAGAAGTACGTCACCTTTGATGGCTTAGCAAGAGCTTGCGCAAA
GGCTGGTGGGTTTCCAGAGCCAGAGATTGTTCACTACAACCCTAAAGAGTTCGACTTTGG
GAAGAAGAAGGCCTTCCCTTTCCGTGACCAGCATTTCTTTGCCTCGGTGGAGAAAGCAAA
GCATGTCTTGGGATGGACACCGGAGTTCGACTTGGTGGATGGTCTCACTGACTCATACAA
CCTCGACTTCGGTCGTGGAACTTTCAGAAAAGAGGCGGATTTCACTACTGACGACATGAT
TCTAAGCAAGAAACTTGTTCTTCAATAGAAACATTCTTGGCTTGTATATGGTTGTGTG**
**ATCTCAAACTGAAGAAGATTCTCAAGTTTAACGTCGTCTCAAATGTATTTTCTGTATG
GATTGTGTTCGAGTTTTTTCTATAAAAAAAAGCGGCGCGCGGTCTGGCTCTCG

QA 1 893 1 893
DS 



AS 2 17

CO CL46Contig1 838 4 3 U
GGAAGTCACACAAGAAATACAAACACCATGGGTAACAATAAGCCACTGTCATTCATCTCT
TTGTTCCTTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAACCCGTCAAG
GACACAAATGGAAACCCGCTTAAGAGTCAAACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAGAC
AAGAAAGGAGGCGGTCTTGTCCCAGCAAGCACCGACTTAACTCACTTGTGTCCATTAGGT
ATTGTCCAAACACTCCTTCCATTTCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCT
TCCCAAAATGATGATGTATTGACAACAAACACCGATCTGGTTATCGAGTTCCAGTCTCCG
ATATGGCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAAGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAG
AACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACAAGAGAGAGCTTTTTTAGGATTCAGAAA
TATGGAAACGATCAGAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACGCGCTTATTAAA
GGTATTGGTGCAACCACCGGGTTTTTCGGAGCACCCATTCTTGTTCTCAACGATGATAAT
GATGATAAGAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACATCCAAAGAGAATGTG
TTTGCGAAGGGTCTTAGGATGTTCCCTTCCTTCTGATTTATACTTCGATGGTGTTTAATA
AGTTGTATTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGCTTGAT
GTAATAAAAAGTTAAGGGTCTTTGCTTTTGGTTTTAAGGGCCTTTGTTCTTTATGAGG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B131TF U 1
AF RR3CM61TF U 1
AF RR3B669TF U 6
AF RR3B131JQ C 68
BS 1 673 RR3B131TF
BS 674 785 RR3B669TF
BS 786 838 RR3B131JQ

RD RR3B131TF 673 0 0
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GATGATAAGAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACATCCAAAGAGAATGTG
TTTGCGAAGGGTC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3CM61TF 665 0 0
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TTGTTCCTTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAACCCGTCAAG
GACACAAATGGAAACCCGCTTAAGAGTCAAACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAGAC
AAGAAAGGAGGCGGTCTTGTCCCAGCAAGCACCGACTTAACTCACTTGTGTCCATTAGGT
ATTGTCCAAACACTCCTTCCATTTCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCT
TCCCAAAATGATGATGTATTGACAACAAACACCGATCTGGTTATCGAGTTCCAGTCTCCG
ATATGGCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAAGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAG
AACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACAAGAGAGAGCTTTTTTAGGATTCAGAAA
TATGGAAACGATCAGAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACGCGCTTATTAAA
GGTATTGGTGCAACCACCGGGTTTTTCGGAGCACCCATTCCTGTTCTCAACGATGATAAT
GATGATAAGAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACATCCAAAGAGAATGTG
TTT
TC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3B669TF 780 0 0
GG
ACACAAGAAATACAAACACCATGGGTAACAATAAGCCACTGTCATTCATCTCTTTGTTCC
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GAGGCGGTCTTGTCCCAGCAAGCACCGACTTAACTCACTTGTGTCCATTAGGTATTGTCC
AAACACTCCTTCCATTTCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCTCCCCAAA
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TTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAAGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAGAACTATG
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TTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGCTTGATGTAAT

QA 3 780 3 780
DS 

RD RR3B131JQ 771 0 0
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ATGGAAACCCGCTTAAGAGTCAAACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAGACAAGAAAG
GAGGCGGTCTTGTCCCAGCAAGCACCGACTTAACTCACTTGTGTCCATTAGGTATTGTCC
AAACACTCCTTCCATTTCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCTTCCCAAA
ATGATGATGTATTGACAACAAACACCGATCTGGTTATCGAGTTCCAGTCTCCGATATGGC
TTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAAGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAGAACTATG
TAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACAAGAGAGAGCTTTTTTAGGATTCAGAAATATGGAA
ACGATCAGAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACGCGCTTATTAAAGGTATTG
GTGCAACCACCGGGTTTTTCGGAGCACCCATTCTTGTTCTCAACGATGATAATGATGATA
AGAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACATCCAAAGAGAATGTGTTTGCGA
AGGGTCTTAGGATGTTCCCTTCCTTCTGATTTATACTTCGATGGTGTTTAATAAGTTGTA
TTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGCTTGATGTAATAA
AAAGTTAAGGGTCTTTGCTTTTGGTTTTAAGGGCCTTTGTTCTTTATGAGG

QA 1 771 1 771
DS 



CO CL46Contig2 807 13 9 U
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TTGATCCTTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAGCCCGTCAAG
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TCCCAAAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCGATCTAGTTATCGAGTTCCAGTCTTCG
ATATGGCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAG
AACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAA
TATGGAAAAGATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCCGCTATAAAA
GGTATTGGTGCGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTGTTCTTGAAGATGATAAT
AATGATAAAAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACGTCCACAGAGAATGTG
TTTGCGAA*GGGTCTTAGGATGTTCCCTTCATTCTGAGTTATACTTCGATGTTGTTTAAT
AAGTTGAATTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGTTTGA
TGTAATAAAAAGTTAAGGTCTTTGCTT


BQ
35 45 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 50 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 40 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 10 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR3C303TF U 1
AF RR3FJ51TF U 1
AF RR3FF49TF U 1
AF RR3GK85TF U -4
AF RR3CI11TF U 1
AF RR3GU29TF U 1
AF RR3BJ18TF U 1
AF RR3C303JQ C 2
AF RR3GU29JQ C 164
AF RR3GK85JQ C 6
AF RR3CI11JQ C 99
AF RR3FJ51JQ C 186
AF RR3FF49JQ C 132
BS 1 575 RR3BJ18TF
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BS 577 678 RR3BJ18TF
BS 679 679 RR3C303JQ
BS 680 704 RR3BJ18TF
BS 705 705 RR3CI11TF
BS 706 790 RR3BJ18TF
BS 791 802 RR3C303JQ
BS 803 807 RR3FF49JQ

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TTGATCCTTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAGCCCGTCAAG
GACACAAATGGAGACCCACTTAAGAGTCAGACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAAAC
AAGAAAGGAGGTGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTCGCTTGTGTCCATTAGGT
ATTTCCCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCT
TCCCAAAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCGATCTAGTTATCGAGTTCCAGTCTTCG
ATATGGC

QA 1 367 1 367
DS 

RD RR3FJ51TF 665 0 0
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TTGATCCTTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAGCCCGTCAAG
GACACAAATGGAAACCCACTTAAGAGTCAGACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAAAC
AAGAAAGGAGGTGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTCGCTTGTGTCCATTAGGT
ATTTCCCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCT
TCCCAAAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCGATCTAGTTATCGAGTTCCAGTCTTCG
ATATGGCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAG
AACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAA
TATGGAAAAGATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCCGCTATAAAA
GGTATTGGTGCGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTGTTCTTGAAGATGATAAT
AATGATAAAAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACGTCCACAGAGAATGTG
TTTGC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3FF49TF 681 0 0
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TTGATCCTTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAGCCCGTCAAG
GACACAAATGGAAACCCACTTAAGAGTCAGACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAAAC
AAGAAAGGAGGTGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTCTCTTGTGTCCATTAGGT
ATTTCCCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGCAAATTTCTCCAATCCATCT
TCCCAAAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCGATCTAGTTATCGAGTTCCAGTCTTCG
ATATGGCCTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAG
AACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAA
TATGGAAAAGATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCCGCTATAAAA
GGTATTGGTGCGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTGTTCTTGAAGATGATAAT
AATGATAAAAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACGTCCACAGAGAATGTG
TTTGCGAA*GGGTCTTAG*GA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3GK85TF 680 0 0
GGGTCTC
AAGTCACACAAGAAACACAAACACCATGGGTAACAATAAGCCATTGTCATTCATCTCTTT
GATCCTTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAGCCCGTCAAGGA
CACAAATGGAAACCCACTTAAGAGTCAGACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAAACAA
GAAAGGAGGTGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTCGCTTGTGTCCATTAGGTAT
TTCCCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCTTC
CCAAAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCGATCTAGTTATCGAGTTCCAGTCTTCGAT
ATGGCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAGAA
CTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAATA
TGGAAAAGATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCCGCTATAAAAGG
TATTGGTGCGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTGTTCTTGAAGATGATAATAA
TGATAAAAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACGTCCACAGAGAATGTGTT
TGCGAA*GGGTCT

QA 8 680 8 680
DS 

RD RR3CI11TF 763 0 0
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TTGATCCTTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAGCCCGTCAAG
GACACAAATGGAAACCCACTTAAGAGTCAGACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAAAC
AAGAAAGGAGGTGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTCGCTTGTGTCCATTAGGT
ATTTCCCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCT
TCCCAAAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCGATCTAGTTATCGAGTTCCAGTCTTCG
ATATGGCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAG
AACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAG
TATGGAAAAGATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCCGCTATAAAA
GGTATTGGTGCGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTGTTCTTGAAGATGATAAT
AATGATAAAAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACGTCCACAGAGAATGTG
TTTGCGAA*GGGTCTTAG*ATGTTCCCTTCATTCTGAGT*ATACTTCGATGTTGTTTA*T
AAGTTGAATTATGTAAA*TAATGGGTTGAAACAATACCACTAA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3GU29TF 778 0 0
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TTGATCCTTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAGCCCGTCAAG
GACACAAATGGAAACCCACTTAAGAGTCAGGCCCAGTACTTCATCCAACCAGGTCCAAAC
AAGAAAGGAGGTGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTCGCTTGTGTCCATTAGGT
ATTTCCCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCT
TCCCAAAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCTATCTAGTTATCGAGTTCCAGTCTTCG
ATATGGCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAG
AACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAA
TATGGAAAAGATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCCGCTATAAAA
GGTATTGGTACGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTGTTCTTGGAGATGATAAT
AATGATAAAAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACGTCCACAGAGAATGTG
TTTGCGAAAGGGTCTTAG*ATGTTCCCTTCATTCTGAGTTATACTTCGATGTTGTTTAAT
AAGTTGAATTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGTTT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3BJ18TF 790 0 0
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TTGATCCTTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAGCCCGTCAAG
GACACAAATGGAAACCCACTTAAGAGTCAGACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAAAC
AAGAAAGGAGGTGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTCGCTTGTGTCCATTAGGT
ATTTCCCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCT
TCCCAAAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCGATCTAGTTATCGAGTTCCAGTCTTCG
ATATGGCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAG
AACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAA
TATGGAAAAGATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCCGCTATAAAA
GGTATTGGTGCGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCCTATCTTGTTCTTGAAGATGATAAT
AATGATAAAAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACGTCCACAGAGAATGTG
TTTGCGAA*GGGTCTTAG*ATGTTCCCTTCATTCTGAGTTATACGTCGATGTTGTTTAAT
AAGTTGAATTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGTTTGA
TGTAATAAAA

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3C303JQ 804 0 0
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TGATC*TTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAGCCCGTCAAGG
ACACAAATGGAGACCCACTTAAGAGTCAGACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAAACA
AGAAAGGAGGTGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTCGCTTGTGTCCATTAGGTA
TTTCCCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCTT
CCCAAAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCGATCTAGTTATCGAGTTCCAGTCTTCGA
TATGGCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAGA
ACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAAT
ATGGAAAAGATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCCGCTATAAAAG
GTATTGGTGCGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTGTTCTTGAAGATGATAATA
ATGATAAAAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACGTCCACAGAGAATGTGT
TTGCGAA*GGGTCTTAGGATGTTCCCTTCATTCTGAGTTATACTTCGATGTTGTTTAATA
AGTTGAATTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGTTTGAT
GTAATAAAAAGTTAAGGTCTT
TGC

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3GU29JQ 646 0 0
TCCAACCAGGTCCAAACAAGAAAGGAGGTGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTC
GCTTGTGTCCATTAGGTATTTCCCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGTAA
ATTTCTCCAATCCATCTTCCCAAAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCTATCTAGTTA
TCGAGTTCCAGTCTTCGATATGGCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCT
CCTCAAGTTCTGACAAGAACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCT
TTTTCAGGATTCAGAAATATGGAAAAGATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGA
GTGACTCCGCTATAAAAGGTATTGGTACGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTG
TTCTTGGAGATGATAATAATGATAAAAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACA
CGTCCACAGAGAATGTGTTTGCGAA*GGGTCTTAGGATGTTCCCTTCATTCTGAGTTATA
CTTCGATGTTGTTTAATAAGTTGAATTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAA
ACCATCTTTTGGTTTTATGTAATAAAAAGTTAAGGT
TTTGCTTTTG

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3GK85JQ 803 0 0
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CCTTCTCGTGTCAGCTGTTGCAATATCAGCTGGAGATGAAGTGGAGCCCGTCAAGGACAC
AAATGGAAACCCACTTAAGAGTCAGACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAAACAAGAA
AGGAGGTGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTCGCTTGTGTCCATTAGGTATTTC
CCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTCTCCAATCCATCTTCCCA
AAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCGATCTAGTTATCGAGTTCCAGTCTTCGATATG
GCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAGAACTA
TGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAATATGG
AAAAGATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCCGCTATAAAAGGTAT
TGGTGCGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTGTTCTTGAAGATGATAATAATGA
TAAAAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACGTCCACAGAGAATGTGTTTGC
GAA*GGGTCTTAGGATGTTCCCTTCATTCTGAGTTATACTTCGATGTTGTTTAATAAGTT
GAATTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGTTTGATGTAA
TAAAAAGTTAAGGTCTT
TGCTCT

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3CI11JQ 704 0 0
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CTTCATCCAACCAGGTTCAAACAAGAAAGGAGGTGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTT
TACTCGCTTGTGTCCATTAGGTATTTCCCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCC
TGTAAATTTCTCCAATCCATCTTCCCAAAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCGATCT
AGTTATCGAGTTCCAGTTTTCGATATGGCTTTGCCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGA
TACCTCCTCAAGTTTTGACAAGAACTATGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGA
GAGCTTTTTCAGGATTCAGAAGTATGGAAAAGATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTA
CGAGAGTGACTCCGCTATAAAAGGTATTGGTGCGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTA
TCTTGTTCTTGAAGATGATAATAATGATAAAAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGT
TGACACGTCCACAGAGAATGTGTTTGCGAA*GGGTCTTAGGATGTTCCCTTCATTTTGAG
TTATACTTCGATGTTGTTTAATAAGTTGAATTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACC
ACTAAACCATCTTTTGGTTTGATGTAATAAAAAGTTAAGGTCTT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3FJ51JQ 617 0 0
AGGAGGTGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTCGCTTGTGTCCATTAGGTATTTC
CCAAACACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGTAAATTTTTCCAATCCATCTTCCCA
AAATGGTGATGTATTGACAACAAACACCGATTTAGTTATCGAGTTCCAGTTTTCGATATG
GCTTTGCCCTTTTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTTTGACAAGAACTA
TGTAACCACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAATATGG
AAAAGATGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGATTCCGCTATAAAAGGTAT
TGGTGCGACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTGTTCTTGAAGATGATAATAATGA
TAAAAATGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACGTCCACAGAGAATGTGTTTGC
GAA*GGGTCTTAGGATGTTCCCTTCATTTTGAGTTATACTTCGATGTTGTTTAATAAGTT
GAATTATGTAAAATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCATCTTTTGGTTTGATGTAA
TAAAAAGTTAAGGTCTT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3FF49JQ 676 0 0
AAACCCACTTAAGAGTCAGACCCAGTACTTCATCCAACCAGGTTCAAACAAGAAAGGAGG
TGGTCTTGTCCCAGCAAGCACTGACTTTACTCTCTTGTGTCCATTAGGTATTTCCCAAAC
ACTCCTTCCATATCAGCCAGGCCTTCCTGCAAATTTCTCCAATCCATCTTCCCAAAATGG
TGATGTATTGACAACAAACACCGATCTAGTTATCGAGTTCCAGTCTTCGATATGGCCTTG
CCCTTCTTCAAAGATATGGAAGGTCGATACCTCCTCAAGTTCTGACAAGAACTATGTAAC
CACTGGTGGTAGCTCCAGCACGAGGGAGAGCTTTTTCAGGATTCAGAAATATGGAAAAGA
TGAAAACACTTACAAGCTAGTTCACTACGAGAGTGACTCCGCTATAAAAGGTATTGGTGC
GACCACCGGTTTATTCGGAGCACCTTATCTTGTTCTTGAAGATGATAATAATGATAAAAA
TGTTTTCCCTGTTAAGTTCCGTGAGGTTGACACGTCCACAGAGAATGTGTTTGCGAA*GG
GTCTTAGGATGTTCCCTTCATTCTGAGTTATACTTCGATGTTGTTTAATAAGTTGAATTA
TGTAAGATAATGGGTTGAAACAATACCACTAAACCACCTTTTGGTTTGATGTAATAAAAA
GTTAAGGTCTTTGCTT

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 16

CO CL47Contig1 988 16 22 U
GGGATCTGTAAGTTCTTTTCTTCATTGAGATTTTCTCTCCAAATTCAAAAACCAGAATCA
AAGAATCGAAATGTTGGCTGTGTTCGAGAAGACGGTAGCGAATAGCCCCGAAGCACTGCA
GAGTCCTCACTCTGGATCATCGCCTTCGTACGCGTTGAAAGAAGGATATCTAGCGAGTCA
ATTCGTCTCCAAAAACTCAAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGC
TTACTCTCTTGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACAT
CTTCTGCGTCTTCAGAGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCT
GAGCAAAGTCACAAACGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCG
TGGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTCGTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCT
CTTCGATGGCACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTT
CTTCTGGGGTACTGATGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAA
GAAAGGTTGCTCCAAATCTTACAGTCCGTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGG
AGGATTGAGGAGCTACGAGCACCCGAAGAACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAG
CTCAGGAGAGGTGTGTGGTGCCACCTTTCAGGTTGATGCCGAGGCTAAGAGAGAGGGTAC
CACCGGCATGCCTAGAGTCGAGAGCTCCCAAAACTGGGCCGGTCATATCTAAACCGGAAA
TGTTTACCGAAATTTCAAAGCTCAAGCAGAGACGAGACTTTGTTTCGTTTGATATATCTC
TGAGACTTTACTTTACCAATGTTGTTTCTCTGTTTCCGTTTGCGTTTCTCGGATTCAAAT
AAAAAAAA*TAAGATTTTTTTTCATCAG


BQ
10 30 30 30 30 30 15 30 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 45 85 85 85 85 45 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 
45 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 50 85 85 50 85 70 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 15 85 85 85 85 85 85 85 85 50 85 85 85 85 85 85 85 85 45 85 70 85 85 85 50 85 85 85 85 85 85 70 70 70 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 50 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 
75 90 90 75 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 90 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 70 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 45 85 70 85 85 85 85 85 85 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 50 80 80 80 80 80 80 40 80 80 80 80 80 80 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 50 65 65 65 
65 65 65 60 60 5 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 55 55 55 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 20 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR3DF70TF U 1
AF RR3FK87TF U 1
AF RR3EY77TF U 1
AF RR3EO02TF U 8
AF RR3CU04TF U 10
AF RR3BE68TF U 2
AF RR3FQ65TF U 2
AF RR3AR02TF U 85
AF RR3CZ51TF U 8
AF RR3BQ05TF U 255
AF RR3AR02JQ C 149
AF RR3CZ51JQ C 255
AF RR3FK87JQ C 504
AF RR3BQ05JQ C 255
AF RR3FQ65JQ C 198
AF RR3DF70JQ C 196
BS 1 561 RR3DF70TF
BS 562 634 RR3EY77TF
BS 635 713 RR3BE68TF
BS 714 714 RR3FQ65TF
BS 715 716 RR3BE68TF
BS 717 717 RR3FQ65TF
BS 718 725 RR3BE68TF
BS 726 726 RR3BQ05TF
BS 727 744 RR3BE68TF
BS 745 751 RR3CZ51TF
BS 752 752 RR3BQ05TF
BS 753 759 RR3CZ51TF
BS 760 760 RR3BQ05TF
BS 761 763 RR3CZ51TF
BS 764 764 RR3BQ05TF
BS 765 780 RR3CZ51TF
BS 781 783 RR3BQ05TF
BS 784 791 RR3CZ51TF
BS 792 792 RR3BQ05TF
BS 793 808 RR3CZ51TF
BS 809 958 RR3BQ05TF
BS 959 988 RR3AR02JQ

RD RR3DF70TF 561 0 0
GGGATCTGTAAGTTCTTTTCTTCATTGAGATTTTCTCTCCAAATTCAAAAACCAGAATCA
AAGAATCGAAATGTTGGCTGTGTTCGAGAAGACGGTAGCGAATAGCCCCGAAGCACTGCA
GAGTCCTCACTCTGGATCATCGCCTTCGTACGCGTTGAAAGAAGGATATCTAGCGAGTCA
ATTCGTCTCCAAAAACTCAAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGC
TTACTCTCTTGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACAT
CTTCTGCGTCTTCAGAGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCT
GAGCAAAGTCACAAACGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCG
TGGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTCGTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCT
CTTCGATGGCACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTT
CTTCTGGGGTACTGATGCTGA

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3FK87TF 600 0 0
G
GGATCTGTAAGTTCTTTTCTTCATTGAGATTTACTCTCCAAATTCAAAAACCAGAATCAA
A**ATCGAAATGTTGGCTGTGTTCGAGAAGACGGTAGCGAATAGCCCCGAAGCACTGCAG
AGTCCTCACTCTGGATCATCGCCTTCGTACGCGTTGAAAGAAGGATATCTAGCGAGTCAA
TTCGTCTCCAAAAACTCAAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCT
TACTCTCTTGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATC
TTCTGCGTCTTCAGAGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTG
AGCAAAGTCACAAACGAGGCCATCATGGTGATCGGGGCCTACAGGACTCTACGTGACCGT
GGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTTGTCAGAGATTTCCATGGAAACTTTGCCTTCATCCTC
TTCGATGGCACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTC
TTCTGGGGTACTGATGCTGAAAGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAA

QA 2 600 2 600
DS 

RD RR3EY77TF 634 0 0
G
GGATCTGTAAGTTCTTTTCTTCATTGAGATTTACTCTCCAAATTCAAAAACCAGAATCAA
AGAATCGAAATGTTGGCTGTGTTCGAGAAGACGGTAGCGAATAGCCCCGAAGCACTGCAG
AGTCCTCACTCTGGATCATCGCCTTCGTACGCGTTGAAAGAAGGGTATCTAGCGAGTCAA
TTCGTCTCCAAAAACTCAAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCT
TACTCTCTTGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATC
TTCTGCGTCTTCAGAGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTG
AGCAAAGTCACAAACGAGGCCATCATGGTGATCGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGT
GGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTTGTCAGAGATTTCCATGGAAACTTTGCCTTCATCCTC
TTCGATGGCACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTC
TTCTGGGGTACTGATGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAAG
AAAGGTTGCTCCAAATCTTACAGTCCGTTCCCT

QA 2 634 2 634
DS 

RD RR3EO02TF 627 0 0
GG
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CAAAAACTCAAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCTTACTCTCT
TGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATCTTCTGCGT
CTTCAGAGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTGAGCAAAGT
CACAAACGAGGCCATCATGGTGATCGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTA
CCCCGTCGACAAAGTTGTCAGAGATTTCCATGGAAGCTTTGCCTTC***CTCTTCGATGG
CACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGG
TACTGATGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAAGAAAGGTTG
CTCCAAATCTTACAGTCCGTTCCCT

QA 3 627 3 627
DS 

RD RR3CU04TF 688 0 0
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AATGTTGGCTGTGTTCGAGAAGACGGTAGCGAATAGCCCCGAAGCACTGCAGAGTCCTCA
CTCTGGATCATCGCCTTCGTACGCGTTGAAAGAAGGATATCTCGCGAGTCAATTCGTCTC
CAAAAACTCCAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCTTACTCTCT
TGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATCTTCTGCGT
CTTCCGAGGCCACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTTAGCAAAGT
CACAAACGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTA
CCCCGTCGACAAAGTTGTCAGAGACTTCCATGGCAACTTCGCCTTCATCCTCTTCGATGG
CACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGATGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGG
TACTGATGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCTATTGTGAAGAAAGGTTG
CTCCAAATCTTACAGTCCTTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTGAG
GAGCTACGAGCACCCGAAGA
CCAGCTCA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3BE68TF 743 0 0
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AGTCCTCACTCTGGATCATCGCCTTCGTACGCGTTGAAAGAAGGATATCTAGCGAGTCAA
TTCGTCTCCAAAAACTCAAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCT
TACTCTCTTGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATC
TTCTGCGTCTTCAGAGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTG
AGCAAAGTCACAAACGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGT
GGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTCGTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCTC
TTCGATGGCACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTC
TTCTGGGGTACTGATGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCACTGTGAAG
AAAGGTTGCTCCAAATCTTACAGTCCGTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGA
GGATTGAGGAGCTACGAGCACCCGAAGAACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGG*GGGTAGC
TCAG*AGAGGTGTGTGGTGCCAC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3FQ65TF 722 0 0
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AGAATCGAAATGCTGGCTGTGTTCGAGAAGACGGTAGCGAATAGCCCCGAAGCACTGCAG
AGTCCTCACTCTGGATCATCGCCTTCGTACGCGTTGAAAGAAGGATATCTCGCGAGTCAA
TTCGTCTCCAAAAACTCCAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCT
TACTCTCTTGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGCGGATGACATC
TTCTGCGTCTTCCGAGGCCACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTT
AGCAAAGTCACAAACGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGT
GGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTTGTCAGAGACTTCCATGGCAACTTCGCCTTCATCCTC
TTCGATGGCACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGATGGTACTGTGCCCTTC
TTCTGGGGTACTGATGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCTATTGTGAAG
AAAGGTTGCTCCAAATCTTACAGTCCTTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGA
GGATTGAGGAGCTACGAGCACCCGAAGAACCAGCTCAAGC*AGTGCCGAGGGTGGATAGC
TC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3AR02TF 663 0 0
G
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TCGTACGCGTTGAAAGAAGGATATCT*GCGAGTCAATTCGTCTCCAAAAACTCAAACTCC
GTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCTTACTCTCTTGATAACACCGATCCT
CTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATCTTCTGCGTCTTCAGAGGACACATT
GAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGCATGGGCTGAGCAAAGTCACAAACGAGGCCATC
ATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTC
GTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCTCTTCGATGGCACCAACAAAACCGTC
TTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGGTACTGATGCTGAAGGT
CACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAAGAAAGGTTGCTCCAAATCTTCCAGT
CCGTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTGAGGAGCTACGAGCACCCG
AAGAACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGCTCAGTAGAGGTGTGTGGTGCCACC
TT

QA 2 663 2 663
DS 

RD RR3CZ51TF 817 0 0
GG
AAGTTCTTTTCTTCATTGAGATTTTCTCTCCAAATTCAAAAACCAGAATCAAAGAATCGA
AATGTTGGCTGTGTTCGAGAAGACGGTAGCGAATAGCCCCGAAGCACTGCAGAGTCCTCA
CTCTGGATCATCGCCTTCGTACGCGTTGAAAGAAGGATATCTAGCGAGTCAATTCGTCTC
CAAAAACTCAAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCTTACTCTCT
TGATAACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATCTTCTGCGT
CTTCAGAGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTGAGCAAAGT
CACAAACGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTA
CCCCGTCGACAAAGTCGTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCTCTTCGATGG
CACCAACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGG
TACTGATGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAAGAAAGGTTG
CTCCAAATCTTACAGTCCGTTCCCTAAAG*TTGCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTGAG
GAGCTACGAGCACCCGAAGAACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGCTCAG*AGA
GGTGTGTGGTGCCACCTTTCAG*TTGATGC*GAG*CTAAGAGAGAGGGTACA**CGGCAT
GC*TAGAGTCGAGAGCTCC
AAACTGGGCCGTCATA

QA 3 801 3 801
DS 

RD RR3BQ05TF 708 0 0
G
CACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATCTTCTGCGTCTTCAG
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CGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTACCCCGT
CGACAAAGTCGTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCTCTTCGATGGCACCAA
CAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGGTACTGA
TGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAAGAAAGGTTGCTCCAA
ATCTTACAGTCCGTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTGAGGAGCTA
CGAGCACCCGAAGAACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGCTCAGGAGAGGTGTG
TGGTGCCACCTTTCAGGTTGATGCCGAGGCTAAGAGAGAGGGTACCACCGGCATGCCTAG
AGTCGAGAGCTCCCAAAACTGGGCCGGTCATATCTAAACCGGAAATGTTTACCGAAATTT
CAAAGCTCAAGCAGAGACGAGACTTTGTTTCGTTTGATATATCTCTGAGACTTTACTTTA
CCAATGTTGTTTCTCTGTTTCCGTTTGCGTTTCTCGGATTCAA
TAAA

QA 2 704 2 704
DS 

RD RR3AR02JQ 840 0 0
TACGCGTTGAAAGAAGGATATCT*GCGAGTCAATTCGTCTCCAAAAACTCAAACTCCGTC
ACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCTTACTCTCTTGATAACACCGATCCTCTT
GTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATCTTCTGCGTCTTCAGAGGACACATTGAG
AACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGCATGGGCTGAGCAAAGTCACAAACGAGGCCATCATG
GTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTACCCCGTCGACAAAGTCGTC
AGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCTCTTCGATGGCACCAACAAAACCGTCTTC
ACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGGTACTGATGCTGAAGGTCAC
CTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAAGAAAGGTTGCTCCAAATCTTCCAGTCCG
TTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTGAGGAGCTACGAGCACCCGAAG
AACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGCTCAGTAGAGGTGTGTGGTGCCACCTTT
CAGGTTGATGCCGAGGCTAAGAGGGAGGGTACCACCGGCATGCCTAGAGTCGAGAGCTCC
CAAAACTGGGCCGGTCATATCTAAACCGGAAATGTTTACCGAAATTTCAAAGCTCAAGCA
GAGACGAGACTTTGTTTCGTTTGATATATCTCTGAGACTTTACTTTACCAATGTTGTTTC
TCTGTTTCCGTTTGCGTTTCTCGGATTCAAATAAAAAAAA*TAAGATTTTTTTTCATCAG

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR3CZ51JQ 729 0 0
ACACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATCTTCTGCGTCTTCA
GAGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTGAGCAAAGTCACAA
ACGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTACCCCG
TCGACAAAGTCGTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCTCTTCGATGGCACCA
ACAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGGTACTG
ATGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAAGAAAGGTTGCTCCA
AATCTTACAGTCCGTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTGAGGAGCT
ACGAGCACCCGAAGAACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGCTCAGGAGAGGTGT
GTGGTGCCACCTTTCAGGTTGATGCCGAGGCTAAGAGAGAGGGTACCACCGGCATGCCTA
GAGTCGAGAGCTCCCAAAACTGGGCCGGTCATATCTAAACCGGAAATGTTTACCGAAATT
TCAAAGCTCAAGCAGAGACGAGACTTTGTTTCGTTTGATATATTTCTGAGACTTTACTTT
ACCAATGTTGTTTCTCTGTTTCCGTTTGCGTTTTTCGGATTCAAATAAAAAAAA*TAAGA
TTTTTTTTC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3FK87JQ 480 0 0
TT
TTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTTTTTTGGGGTACTGATGCTGAAGGT
CACCTTGTTCTTTTTGATGACACTGCCATTGTGAAGAAAGGTTGCTCCAAATTTTACAGT
CCGTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTGAGGAGCTACGAGCACCCG
AAGAACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGCTCAGGAGAGGTGTGTGGTGCCCCC
TTTCAGGTTGATGCCGAGGCTAAGAGAGAGGGTACCACCGGCATGCCTAGAGTCGAGAGC
TCCCAAAACTGGGCCGGTCATATTTAAACCGGAAATGTTTACCGAAATTTCAAAGCTCAA
GCAGAGACGAGACTTTGTTTCGTTTGATATATTTTTGAGACTTTACTTTACCAATGTTGT
TTTTCTGTTTCCGTTTGCGTTTTTCGGATTCAAATAAAAAAA**TAAGATTTTTTTTC

QA 3 480 3 480
DS 

RD RR3BQ05JQ 732 0 0
G
CACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATCTTCTGCGTCTTCAG
AGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTGAGCAAAGTCACAAA
CGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTACCCCGT
CGACAAAGTCGTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCTCTTCGATGGCACCAA
CAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGGTACTGA
TGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCCATTGTGAAGAAAGGTTGCTCCAA
ATCTTACAGTCCGTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTGAGGAGCTA
CGAGCACCCGAAGAACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGCTCAGGAGAGGTGTG
TGGTGCCACCTTTCAGGTTGATGCCGAGGCTAAGAGAGAGGGTACCACCGGCATGCCTAG
AGTCGAGAGCTCCCAAAACTGGGCCGGTCATATCTAAACCGGAAATGTTTACCGAAATTT
CAAAGCTCAAGCAGAGACGAGACTTTGTTTCGTTTGATATATCTCTGAGACTTTACTTTA
CCAATGTTGTTTCTCTGTTTCCGTTTGCGTTTCTCGGATTCAAATAAAAAAAAATAAGAT
TTTTTTTC
ATC

QA 2 729 2 729
DS 

RD RR3FQ65JQ 785 0 0
CC
AACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCTTACTCTCTTGATAACACC
GATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGCGGATGACATCTTCTGCGTCTTCCGAGGC
CACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTTAGCAAAGTCACAAACGAG
GCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTACCCCGTCGAC
AAAGTTGTCAGAGACTTCCATGGCAACTTCGCCTTCATCCTCTTCGATGGCACCAACAAA
ACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGATGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGGTACTGATGCT
GAAGGTCACCTTGTTCTCTCTGATGACACTGCTATTGTGAAGAAAGGTTGCTCCAAATCT
TACAGTCCTTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGAGGATTGAGGAGCTACGAG
CACCCGAAGAACCAGCTCAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGCTCAGGAGAGGTGTGTGGT
GCCACCTTTCAGGTTGATGCCGAGGCTAAGAGAGAGGGTACCACCGGCATGCCTAGAGTC
GAGAGCTCCCAAAACTGGGCCGGTCATATCTAAACCGGAAATGTTTACTTAAATTTCAAA
GCTCAAGCAGAGACGAGACTTTGTTTCGTTTAATATATCTCTGAGACTTTACTTTACCAA
TGTTGTTTCTCTGTTTCCGTTTGCGTTTCTCGGATTCAAATAAAAAAAA*TAAGATTTTT
TT
C

QA 3 784 3 784
DS 

RD RR3DF70JQ 787 0 0
CTCAAACTCCGTCACGCTTAGCCTCGGATCCTCGGGAGTGCTCGCTTACTCTCTTGATAA
CACCGATCCTCTTGTTCACAGATTGTTTGCGGTTGTGGATGACATCTTCTGCGTCTTCAG
AGGACACATTGAGAACCTTCCGTTTCTGAGGCAGCAGTATGGGCTGAGCAAAGTCACAAA
CGAGGCCATCATGGTCATTGAGGCTTACAGGACTCTACGTGACCGTGGCCCTTACCCCGT
CGACAAAGTCGTCAGAGACTTCCATGGAAACTTCGCCTTCATCCTCTTCGATGGCACCAA
CAAAACCGTCTTCACTGCTGCTGATGCTGACGGTACTGTGCCCTTCTTCTGGGGTACTGA
TGCTGAAGGTCACCTTGTTCTCTCCGATGACACTGCCATTGTGAAGAAAGGTTGCTCCAA
ATCTTACAGTCCGTTCCCTAAAGGTTGCTTCTTTACATCATCGGGAGTATTGAGGAGCTA
CGAGCACCCGAAGAACCAGCTTAAGCCAGTGCCGAGGGTGGATAGCTCAGGAGAGGTGTG
TGGTGCCACCTTTCAGGTTGATGCCGAGGCTAAGAGAGAGGGTACCACCGGCATGCCTAG
AGTCGAGAGCTCCCAAAACTGGGCCGGTCATATCTAAACCGGAAATGTTTACCGAAATTT
CAAAGCTCAAGCAGAGACGAGACTTTGTTTCGTTTGATATATCTCTGAGACTTTACTTTA
CCAATGTTGTTTCTCTGTTTCCGTTTGCGTTTCTCGGATTCAAATAAAAAAAAATAAGAT
TTTTTT
C

QA 1 786 1 786
DS 



AS 3 10

CO CL48Contig1 941 5 10 U
GGACACACTTTCATCATATAACTTCAACCAAACACAGATCGCTTAAGAGACAGAGAAGAT
GGCGTACAGCGCGTGTTTCCTACGTCAAAGCGCACTAGCCTCCTCCTCCGCCGCGAGATC
ATCACCTTCCTCATCATCTCAGCGCTACGTGTCACTCTCTAAACTAGTGTGTAAAGCACA
ACAGACTCACGAAAACGATACCTCCGCCGTCTCTCGCCGTCTCGCTCTCACACTCCTCGT
CGGCGCCGCTGCGGTTGGTTTGAAAGTGTCTCCAGCCGATGCTGCCTACGGTGAAGCTGC
AAATGTGTTTGGGAAGCCAAAGCAAAACACAGACTTCACGGCGTACAGTGGAGACGGATT
CCAAGTGCAGGTGCCAGCTAAGTGGAACCCAAGCAGAGAGGTTGAGTATCCAGGACAAGT
CCTTAGGTATGAAGACAACTTTGACGCTACTAGCAACCTCAATGTCATGGTCACTCCTAC
TGATAAGAAGTCCATCACTGATTACGGTTCTCCTGAAGAGTTCCTCTCTCAGGTCAATTA
CCTTCTAGGGAAACAAGCTTACTTCGGTGAGACTGCCTCTGAGGGAGGGTTTGACAACAA
TGCAGTGGCAACAGCAAACATTCTGGAGACGAATATTCAGGACGTTGGTGGGAAACCATA
CTATTACTTGTCTGTGTTGACGAGAACAGCCGATGGAGACGAAGGTGGTAAGCATCAGCT
GATCACAGCCACCGTGAATGGAGGCAAGCTTTATATCTGCAAAGCACAAGCTGGAGACAA
GAGGTGGTTCAAGGGAGCCAATAAATTCGTCGAGAAAGCAGCCACTTCTTTCAGTGTTGC
TTGATTTTAAAAGCTGCACAACTATATGCTCTGCTTGCTTCTTATCTCCATTTGTGTCTT
GTAAAAAAAATTGGAAAATGAAAACTTAGCTTTTGAGAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR3A434TF U 1
AF RR3DG72TF U 121
AF RR3DG72JQ C 244
AF RR3BB94JQ C 455
AF RR3BB94TF U 455
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BS 231 231 RR3DG72TF
BS 232 260 RR3A434TF
BS 261 261 RR3DG72TF
BS 262 636 RR3A434TF
BS 637 851 RR3DG72TF
BS 852 852 RR3BB94TF
BS 853 877 RR3DG72TF
BS 878 937 RR3BB94TF
BS 938 941 RR3BB94JQ

RD RR3A434TF 636 0 0
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ACAGACTCACGAAAACGATACCTCCGCCGTCTCTCGCCGTCTCGCTCTCATACTCCTCGT
CGGCGCCGCTGCGGTTGGTTCGAAAGTGTCTCCAGCCGATGCTGCCTACGGTGAAGCTGC
AAATGTGTTTGGGAAGCCAAAGCAAAACACAGACTTCACGGCGTACAGTGGAGACGGATT
CCAAGTGCAGGTGCCAGCTAAGTGGAACCCAAGCAGAGAGGTTGAGTATCCAGGACAAGT
CCTTAGGTATGAAGACAACTTTGACGCTACTAGCAACCTCAATGTCATGGTCACTCCTAC
TGATAAGAAGTCCATCACTGATTACGGTTCTCCTGAAGAGTTCCTCTCTCAGGTCAATTA
CCTTCTAGGGAAACAAGCTTACTTCGGTGAGACTGCCTCTGAGGGAGGGTTTGACAACAA
TGCAGTGGCAACAGCAAACATTCTGGAGACGAATAT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3DG72TF 757 0 0
GTCA
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GCCGCTGCGGTTGGTTTGAAAGTGTCTCCAGCCGATGCTGCCTACGGTGAAGCTGCAAAT
GTGTTTGGGAAGCCAAAGCAAAACACAGACTTCACGGCGTACAGTGGAGACGGATTCCAA
GTGCAGGTGCCAGCTAAGTGGAACCCAAGCAGAGAGGTTGAGTATCCAGGACAAGTCCTT
AGGTATGAAGACAACTTTGACGCTACTAGCAACCTCAATGTCATGGTCACTCCTACTGAT
AAGAAGTCCATCACTGATTACGGTTCTCCTGAAGAGTTCCTCTCTCAGGTCAATTACCTT
CTAGGGAAACAAGCTTACTTCGGTGAGACTGCCTCTGAGGGAGGGTTTGACAACAATGCA
GTGGCAACAGCAAACATTCTGGAGACGAATATTCAGGACGTTGGTGGGAAACCATACTAT
TACTTGTCTGTGTTGACGAGAACAGCCGATGGAGACGAAGGTGGTAAGCATCAGCTGATC
ACAGCCACCGTGAATGGAGGCAAGCTTTATATCTGCAAAGCACAAGCTGGAGACAAGAGG
TGGTTCAAGGGAGCCAATAAATTCGTCGAGAAAGCAGCCACTTCTTTCAGTGTTGCTTGA
TTTTAAA*GCTGCACAACTATATGCTCTGCTTG

QA 5 757 5 757
DS 

RD RR3DG72JQ 694 0 0
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TGTGTTTGGGAAGCCAAAGCAAAACACAGACTTCACGGCGTACAGTGGAGACGGATTCCA
AGTGCAGGTGCCAGCTAAGTGGAACCCAAGCAGAGAGGTTGAGTATCCAGGACAAGTCCT
TAGGTATGAAGACAACTTTGACGCTACTAGCAACCTCAATGTCATGGTCACTCCTACTGA
TAAGAAGTCCATCACTGATTACGGTTTTCCTGAAGAGTTCCTCTCTCAGGTCAATTACCT
TCTAGGGAAACAAGCTTACTTCGGTGAGACTGCCTTTGAGGGAGGGTTTGACAACAATGC
AGTGGCAACAGCAAACATTCTGGAGACGAATATTCAGGACGTTGGTGGGAAACCATACTA
TTACTTGTCTGTGTTGACGAGAACAGCCGATGGAGACGAAGGTGGTAAGCATCAGCTGAT
CACAGCCACCGTGAATGGAGGCAAGCTTTATATTTGCAAAGCACAAGCTGGAGACAAGAG
GTGGTTCAAGGGAGCCAATAAATTTGTCGAGAAAGCAGCCACTTCTTTCAGTGTTGCTTG
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AAAAAAATTGGAAAATGAAAACTTAGCTTTTGAG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3BB94JQ 487 0 0
G
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AAGAGTTCCTTTTTCAGGTCAATTACCTTTTAGGGAAACAAGCTTACTTCGGTGAGACTG
CCTTTGAGGGAGGGTTTGACAACAATGCAGTGGCAACAGCAAACATTTTGGAGACGAATA
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TTTGCAAAGCCCAAGCTGGAGACAAGAGGTGGTTCAAGGGAGCCAATAAATTTGTCGAGA
AAGCAGCCACTTTTTTCAGTGTTGCTTGATTTTAAAAGCTGCACAACTATATGCTCTGCT
TGCTTCTTATCTCCATTTGTGTCTTGTAAAAAAAATTGGAAAATGAAAACTTAGCTTTTG
AGAATT

QA 2 487 2 487
DS 

RD RR3BB94TF 487 0 0
G
ACCTCAATGTCATGGTCACTCCTACTGATAAGAAGTCCATCACTGATTACGGTTCTCCTG
AAGAGTTCCTCTCTCAGGTCAATTACCTTCTAGGGAAACAAGCTTACTTCGGTGAGACTG
CCTCTGAGGGAGGGTTTGACAACAATGCAGTGGCAACAGCAAACATTCTGGAGACGAATA
TTCAGGACGTTGGTGGGAAACCATACTATTACTTGTCTGTGTTGACGAGAACAGCCGATG
GAGACGAAGGTGGTAAGCATCAGCTGATCACAGCCACCGTGAATGGAGGCAAGCTTTATA
TCTGCAAAGCACAAGCTGGAGACAAGAGGTGGTTCAAGGGAGCCAATAAATTCGTCGAGA
AAGCAGCCACTTCTTTCAGTGTTGCTTGATTTTAAAAGCTGCACAACTATATGCTCTGCT
TGCTTCTTATCTCCATTTGTGTCTTGTAAAAAAAATTGGAAAATGAAAACTTAGCTTTTG
AG
AATT

QA 2 483 2 483
DS 



CO CL48Contig2 1021 3 6 U
AATTAATAAATATCATTATTGCAGATGAGTCTGTTATCACAGGTACACAAGTGAAGCTTC
CTAGGTAGCATCATTAACCAGATAGTTCTCAAAAGCTTAATTTCAAAAGAAAAGCAGAGG
ACTTCTTCTGTTGTGTTGCTTTTCAATTTAAGCAACACTGAAAGAAGTGGCTGCTTTCTC
AACAAATTTATTGGCTCCCTTGAACCACCTCTTGTCTCCAGCTTGCGCTTTGCAGATATA
TAGCTTCCCTCCATTCACGGTGGCTGTGATCAGCTGATGCTTACCACCTTCATCTCCATC
TGCTGTTCTTGTCAACACTGACAAGTAATAATACGGTTTCCCACCAACGTCCTGAATGTT
TGTGTCCAGAATGTTTGCTGTTGCCACTGCATTGTTATCAAAGCCTCCCTCAGAGGCAGT
CTCACCAAAGTAAGCTTGTTTACCTAGGAGATAGTTGACCTGAGAGAGGAACTCTTCAGG
GGAACCGTAGTCAGTGATGGACTTCTTGTCAGTAGGAGTGACCATGACATTGAGATTGCT
AGTGGCGTCAAAGTTGTCTTCATACCTAAGGACTTGCCCTGGATACTCTACCTCTCTGCT
TGGGTTCCATTTAGCTGGCACCTGCACAATGAATCCATCTCCACTGTATGCAGTGAAGTC
TGTGTTCTTCTTTGGCTTCCCAAACACATTTGCAGCTTCACCGTAGGCTGCATCAGCGGG
AGACACTTTGGAACTGACGGCGGCGGCGCCAACGAGGAGTGTGAGAGCTAGACGGCGAGA
GACAGCGGAGTTATCCTCTTCATGGTGCTGTCGTGCTTTACAGACTATCTGGACGGGTCT
GGAGAGTGACAAGTGGCGCTGGGATGAGTTGGAAGACGATGATCGTGCGGCTGAGGAGGC
TAATGCGCTCTGGTGTAGGAAACACGCGCTGTACGCCATTCTATCTCTCTTTCGCTTATT
CTTTCTCTCTCTCTTTCTGGTTTATGATGGAGGTATTTTCTTTTTTGAGGATTGTTTGTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR3FI35JQ U 25
AF RR3D003JQ U 1
AF RR3D003TF C 464
BS 1 99 RR3D003JQ
BS 100 100 RR3FI35JQ
BS 101 330 RR3D003JQ
BS 331 331 RR3FI35JQ
BS 332 702 RR3D003JQ
BS 703 1021 RR3D003TF

RD RR3FI35JQ 385 0 0
ATGAA
TCTGTTATCACAGGTACACAAGTGAAGCTTCCTAGGTAGCATCATTAACTAGATAGTTCT
CAAAAGCTTAATTTCAAAAGAAAAGCAGGGGACTTCTTCTGTTGTGTTGCTTTTCAATTT
AAGCAACACTGAAAGAAGTGGCTGCTTTCTCAACAAATTTATTGGCTCCCTTGAACCACC
TCTTGTCTCCAGCTTGCGCTTTGCAGATATATAGCTTCCCTCCATTCACGGTGGCTGTGA
TCAGCTGATGCTTACCACCTTCATCTCCATCTGCTGTTCTTGTCAACACTGACAAGTAAT
AATACGGTTTCCCACCAACGTCCTGAATGTTTGTGTCCAGAATGTTTGCTGTTGCCACTG
CATTGTTATCAAAGCCTCCC

QA 6 385 6 385
DS 

RD RR3D003JQ 702 0 0
AATTAATAAATATCATTATTGCAGATGAGTCTGTTATCACAGGTACACAAGTGAAGCTTC
CTAGGTAGCATCATTAACCAGATAGTTCTCAAAAGCTTAGTTTCAAAAGAAAAGCAGAGG
ACTTCTTCTGTTGTGTTGCTTTTCAATTTAAGCAACACTGAAAGAAGTGGCTGCTTTCTC
AACAAATTTATTGGCTCCCTTGAACCACCTCTTGTCTCCAGCTTGCGCTTTGCAGATATA
TAGCTTCCCTCCATTCACGGTGGCTGTGATCAGCTGATGCTTACCACCTTCATCTCCATC
TGCTGTTCTTGTCAACACTGACAAGTAATAGTACGGTTTCCCACCAACGTCCTGAATGTT
TGTGTCCAGAATGTTTGCTGTTGCCACTGCATTGTTATCAAAGCCTCCCTCAGAGGCAGT
CTCACCAAAGTAAGCTTGTTTACCTAGGAGATAGTTGACCTGAGAGAGGAACTCTTCAGG
GGAACCGTAGTCAGTGATGGACTTCTTGTCAGTAGGAGTGACCATGACATTGAGATTGCT
AGTGGCGTCAAAGTTGTCTTCATACCTAAGGACTTGCCCTGGATACTCTACCTCTCTGCT
TGGGTTCCATTTAGCTGGCACCTGCACAATGAATCCATCTCCACTGTATGCAGTGAAGTC
TGTGTTCTTCTTTGGCTTCCCAAACACATTTGCAGCTTCACC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3D003TF 558 0 0
GAGAGGAACTCTTCAGGGGAACCGTAGTCAGTGATGGACTTCTTGTCAGTAGGAGTGACC
ATGACATTGAGATTGCTAGTGGCGTCAAAGTTGTCTTCATACCTAAGGACTTGCCCTGGA
TACTCTACCTCTCTGCTTGGGTTCCATTTAGCTGGCACCTGCACAATGAATCCATCTCCA
CTGTATGCAGTGAAGTCTGTGTTCTTCTTTGGCTTCCCAAACACATTTGCAGCTTCACCG
TAGGCTGCATCAGCGGGAGACACTTTGGAACTGACGGCGGCGGCGCCAACGAGGAGTGTG
AGAGCTAGACGGCGAGAGACAGCGGAGTTATCCTCTTCATGGTGCTGTCGTGCTTTACAG
ACTATCTGGACGGGTCTGGAGAGTGACAAGTGGCGCTGGGATGAGTTGGAAGACGATGAT
CGTGCGGCTGAGGAGGCTAATGCGCTCTGGTGTAGGAAACACGCGCTGTACGCCATTCTA
TCTCTCTTTCGCTTATTCTTTCTCTCTCTCTTTCTGGTTTATGATGGAGGTATTTTCTTT
TTTGAGGATTGTTTGTCC

QA 1 558 1 558
DS 



CO CL48Contig3 616 2 2 U
GGTCCTTAGGTATGAAGACAACTTTGACGCCACTAGCAATCTCAATGTCATGGTCACTCC
TACTGACAAGAAGTCCATCACTGACTACGGTTCCCCTGAAGAGTTCCTCTCTCAGGTCAA
CTATCTCCTTGGCAAACAAGCTTACTTTGGTGAGACTGCCTCTGAGGGAGGCTTTGATAA
CAATGCAGTGGCAACAGCAAACATTCTGGACACAAACATTCAGGACGTTGGTGGGAAGCC
ATACTATTACTTGTCAGTGTTGACAAGAACAGCAGATGGAGATGAAGGTGGTAAGCATCA
GCTGATCACAGCCACCGTGAATGGAGGGAAGCTATATATCTGCAAAGCACAAGCTGGAGA
CAAGAGGTGGTTCAAGGGAGCTAATAAATTTGTTGAGAAAGCAGCCACTTCTTTCAGTGT
TGCTTAAATTGAAAAGCAGCACAACAGAAGAAGTCCTCTGCTTTCCTTTCTTCATTTGTC
TCTTTTGTAAAAAAAGGGGGAAAATGAAACTAAGCTTTTGAGAACTATCTAGATAATGAT
GCTACCTAGGAAGCTTCAGTTGTGTACCTGTGATAACAGACTCATTTGCAATAATGATAT
TATTAATTAATAGTCC


BQ
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AF RR3GP91JQ C 1
AF RR3GP91TF U 1
BS 1 1 RR3GP91JQ
BS 2 616 RR3GP91TF

RD RR3GP91JQ 616 0 0
GGTCCTTAGGTATGAAGACAACTTTGACGCCACTAGCAATCTCAATGTCATGGTCACTCC
TACTGACAAGAAGTCCATCACTGACTACGGTTCCCCTGAAGAGTTCCTCTCTCAGGTCAA
CTATCTCCTTGGCAAACAAGCTTACTTTGGTGAGACTGCCTCTGAGGGAGGCTTTGATAA
CAATGCAGTGGCAACAGCAAACATTCTGGACACAAACATTCAGGACGTTGGTGGGAAGCC
ATACTATTACTTGTCAGTGTTGACAAGAACAGCAGATGGAGATGAAGGTGGTAAGCATCA
GCTGATCACAGCCACCGTGAATGGAGGGAAGCTATATATCTGCAAAGCACAAGCTGGAGA
CAAGAGGTGGTTCAAGGGAGCTAATAAATTTGTTGAGAAAGCAGCCACTTCTTTCAGTGT
TGCTTAAATTGAAAAGCAGCACAACAGAAGAAGTCCTCTGCTTTCCTTTCTTCATTTGTC
TCTTTTGTAAAAAAAGGGGGAAAATGAAACTAAGCTTTTGAGAACTATCTAGATAATGAT
GCTACCTAGGAAGCTTCAGTTGTGTACCTGTGATAACAGACTCATTTGCAATAATGATAT
TATTAATTAATAGTCC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3GP91TF 616 0 0
G
GTCCTTAGGTATGAAGACAACTTTGACGCCACTAGCAATCTCAATGTCATGGTCACTCCT
ACTGACAAGAAGTCCATCACTGACTACGGTTCCCCTGAAGAGTTCCTCTCTCAGGTCAAC
TATCTCCTTGGCAAACAAGCTTACTTTGGTGAGACTGCCTCTGAGGGAGGCTTTGATAAC
AATGCAGTGGCAACAGCAAACATTCTGGACACAAACATTCAGGACGTTGGTGGGAAGCCA
TACTATTACTTGTCAGTGTTGACAAGAACAGCAGATGGAGATGAAGGTGGTAAGCATCAG
CTGATCACAGCCACCGTGAATGGAGGGAAGCTATATATCTGCAAAGCACAAGCTGGAGAC
AAGAGGTGGTTCAAGGGAGCTAATAAATTTGTTGAGAAAGCAGCCACTTCTTTCAGTGTT
GCTTAAATTGAAAAGCAGCACAACAGAAGAAGTCCTCTGCTTTCCTTTCTTCATTTGTCT
CTTTTGTAAAAAAAGGGGGAAAATGAAACTAAGCTTTTGAGAACTATCTAGATAATGATG
CTACCTAGGAAGCTTCAGTTGTGTACCTGTGATAACAGACTCATTTGCAATAATGATATT
ATTAATTAATAGTCC

QA 2 616 2 616
DS 



AS 2 15

CO CL49Contig1 989 6 9 U
GTCTCTTCCAAATTGGATTTGTTTACTTTTAATCAGAGAGGATTAACAAACACTATCACA
AGGGAGGGAGGAGTAAAATATAACAGGGCGTTAAAACAAAATCATTAGATAATCCATGAA
GACAATAAAACAACAAACACGAATGAAAATCTTATTTCTTCATCTCTTTCCCTTGCCTTT
GCTTTTAGCATCAAAATGATGAGACTTAAGTTTCTTCTTCCTCACTATCGCCCCTCCTGT
GTTGGCGCTGCTTCCTT*CCCTGAAAGGCATTCCCATCAGAGCCAACAGTCTCTGTCCTT
CGTCATCTGTTTTAGCCGTTGTGCTTATGCATACATCCATTCCTCTTGCTTTCCCTATCG
CATCAAACCTGATTTCAGGGAAAACGCTTTGGTCTTTGACACCAATGCTGTAGTTTCCGT
TGCCATCAAAGCTACTCGGACTCACACCTTGGAAATCTCTTGTTCTTGGAAGTGCTAAAT
TTATCAGACGGTCCAGGAACGAGTACATCACGTCTCCTCTTAGAGTGACGGCAATCCCAA
GAGGTTGATCTTCCCTAATCTTGAAAGTAGCAATGGAAGCTCTAGCTCTTGTCTTGACAG
GCTTCTGCCCTGTTATCAGCGCTATGTCTTTCATTGCTGCCTCCAATCCTTTGTCGTTTT
GCGCTGCATCTCCTATTCCACAGTTCACCACAATCTTCTGAACCTTTGGAACCTGGTGAA
TGTTGATGTATTTGAACTCATCTTTGAGGGCGGGGATGATTCTCTCTAGGTAAGCGGTTT
TGAGGCGCTGCACTTTCTCCGCCTCTGATTTCTCCACCAGCACTGTTCCCGACGCCGACA
CTTTCAACAAGTTCCTCTGAGGCGGAGGAGGTGCGGAGGTGCGAATTGCTAGCGATGGGA
AACGGCAGTGAAACGACGAAGCTGAGGAGTACAGAAGTGAAGGAGATGCCATGGTCGAGG
CTCGGCTCCAAGTGGATAAAATTGCACCC


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CCCCGGC

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CC
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AAAACAACAAACACGAATGAAAATCTTATTTCTTCATCTCTTTCCCTTGCCTTTGCTTTT
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CTGTTTTAGCCGTTGTGCTTATGCATACATCCATTCCTCTTGCTTTCCCTATCGCATCAA
ACCTGATTTCAGGGAAAACGCTTTGGCCTTTGACACCAATGCTGTAGTTTCCGTTGCCAT
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G
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ATTTCTTCATCTCTTTCCCTTGCCTTTGCTTTTAGCATCAAAATGATGAGACTTAAGTTT
CTTCTTCCTCACTATCGCCCCTCCTGTGTTGGCGCTGCCTCCTT*CCCTGAAAGGCATTC
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CATCCATTCCTCTTGCTTTCCCTATCGCATCAAACCTGATTTCAGGGAAAACGCTTTGGT
CTTTGACACCAATGCTGTAGTTTCCGTTGCCATCAAAGCTACTCGGACTCACACCTTGGA
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CTC
GGCTCC

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GCTTATGCATACATCCATTCCTCTTGCTTTCCCTATCGCATCAAACCTGATTTCAGAGAA
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TGCACCC

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DS 



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BQ
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30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 20 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 
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AF RR3F851JQ U 11
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G
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CCAAGAGGTTGATCTTCCCTAATCTTGAAAGTAGCAATGGAAGCTCTAGCTCTTGTCTTC
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TT

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CAAAAGGTTAATCCATCAACATACATGAAGACAAATACAACAACACAAATGAAGATCATC
TTTCTTTCGTTCATCTCTTTCCCTTGCCTTTGCTTTTAGCATCAAAATGATGAGACTTAA
GTTTCTTCTTCCTCACTATCGCCCCTCCTGTGTTGGCGCTGCTTCCTTCCCTGAAAGGCA
TTCCCATCAGAGCCAACAGTCTCTGTCCTTCGTCATCTGTTTTAGCCGTTGTGCTTATGC
ATACATCCATTCCTCTTGCTTTCCCTATCGCATCAAACCTGATTTCAGGGAAGACGCTTT
GGTCTTTGACACCAATGCTGTAGTTACCGTTGCCATCAAAGCTACTGGGGCTCACACCTT
GGAAATCTCTTGTTCTTGGCAGTGCTAAATTGATCAGACGGTCCAGGAACGAGTACATCA
CGTCTCCTCTGAGAGTGACGGCAATCCCAAGAGGTTGATCTTCCCTAATCTTGAAAGTAG
CAATGGAAGCTCTAGCTCTTGTCTTCACGGGCTTCTGCCCTGTTATCAGCGCTATGTCTT
TCATTGCTGCCTCCAAACCCTTGTCGTTCTGCGCTGCATCTCCTATTCCACAGTTCACCA
CAATCTTCTGAACCTTTGGAACCTGGTGAATGTTGATGTATTTGAACTCATCTTTGAGG*
CGGGAATGATTCTCT

QA 1 735 1 735
DS 

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CATGGA
GGATTAACAAACACTATCACAAGGGAGAGGAGTAATATAACATGGGCAGCAAAAGATTAA
TCCATCAACATACATGAAGACAAATACAACAACACAAATGAAAATCATCTTTCTTTCGTT
CATCTCTTTCCCTTGCCTTTGCTTTTAGCATCAAAATGATGAGACTTAAGTTTCTTCTTC
CTCACTATCGCCCCTCCTGTGTTGGCGCTGCTTCCTTCCCTGAAAGGCATTCCCATCAGA
GCCAACAGTCTCTGTCCTTCGTCATCTGTTTTAGCCGTTGTGCTTATGCATACATCCATT
CCTCTTGCTTTCCCTATCGCATCAAACCTGATTTCAGGGAAGACGCTTTGGTCTTTGACA
CCAATGCTGTAGTTACCGTTGCCATCAAAGCTACTGGGACTCACACCTTGGAAATCTCTT
GTTCTTGGCAGTGCTAAATTGATCAGACGGTCCAGGAACGAGTACATCACGTCTCCTCTG
AGAGTGACGGCAATCCCAAGAGGTTGATCTTCCCTAATCTTGAAAGTAGCAATGGAAGCT
CTAGCTCTTGTCTTCACAGGCTTCTGCCCTGTTATCAGCGCTATGTCTTTCATTGCTGCC
TCCAAACCCTTGTCGTTCTGCGCTGCATCTCCTATTCCACAGTTCACCACAATCTTCTGA
ACCTTTGGAACCTGATGAATGTTGATGTATTTGAACTCATCTTTGAGGGCGGGAATGATT
CTCTCGAGGTAAGCGCTTTTGAGGCGCTGCACTTTCTCCGACTCAGATTTCTCCACCAGC
ACTGT

QA 7 791 7 791
DS 

RD RR3G380JQ 759 0 0
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AGACAAATACAACAACACAAATGAAAATCATCTTTCTTTCGTTCATCTCTTTCCCTTGCC
TTTGCTTTTAGCATCAAAATGATGAGACTTAAGTTTCTTCTTCCTCACTATCGCCCCTCC
TGTGTTGGCGCTGCTTCCTTCCCTGAAAGGCATTCCCATCAGAGCCAACAGTCTCTGTCC
TTCGTCATCTGTTTTAGCCGTTGTGCTTATGCATACATCCATTCCTCTTGCTTTCCCTAT
CGCATCAAACCTGATTTCAGGGAAGACGCTTTGGTCTTTGACACCAATGCTGTAGTTACC
GTTGCCATCAAAGCTACTGGGACTCACACCTTGGAAATCTCTTGTTCTTGGCAGTGCTAA
ATTGATCAGACGGTCCAGGAACGAGTACATCACGTCTCCTCTGAGAGTGACGGCAATCCC
AAGAGGTTGATCTTCCCTAATCTTGAAAGTAGCAATGGAAGCTCTAGCTCTTGTCTTCAC
AGGCTTCTGCCCTGTTATCAGCGCTATGTCTTTCATTGCTGCCTCCAAACCCTTGTCGTT
CTGCGCTGCATCTCCTATTCCACAGTTCACCACAATCTTCTGAACCTTTGGAACCTGGTG
AATGTTGATGTATTTGAACTCATCTTTGAGGGCGGGAATGATTCTCTCGAGGTAAGCGCT
TTTGAGGCGCTGCACTTTCTCCGACACAGATTTCTCCAC

QA 1 759 1 759
DS 

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AAGGCATTCCCATCAGAGCCAACAGTCTCTGTC*TTCGTCATCTGTTTTAGCCGTTGTGC
TTATGCATACATCCATTCCTCTTGCTTTCCCTATCGCATCAAACGTGATTTCAGGGAAGA
CGCTTTGGTCTTTGACACCAATGCTGTAGTTACCGTTGCCATCAAAGCTACTGGGGCTCA
CACCTTGGAAATCTCTTGTTCTTGGCAGTGCTAAATTGATCAGACGGTCCAGGAACGAGT
ACATCACGTCTCCTCTGAGAGTGACGGCAATCCCAAGAGGTTGATCTTCCCTAATCTTGA
AAGTAGCAATGGAAGCTCTAGCTCTTGTCTTCACGGGCTTCTGCCCTGTTATCAGCGCTA
TGTCTTTCATTGCTGCCTCCAAACCCTTGTCGTTCTGCGCTGCATCTCCTATTCCACAGT
TCACCACAATCTTCTGAACCTTTGGAACCTGGTGAATGTTGATGTATTTGAACTCATCTT
TGAGGGCGGGAATGATTCTCTCGAGGTAAGCGCTTTTGAGGCGCTGCACTTTCTCCGACT
CAGATTTCTCCACCAGCACTGTTCCCGGCGCCGAGACTTTCAACAAGTTCCTCTGAGGCG
GAGGAGGTGCGGAGGTTGGAATTGCTAGCGATGGGAAACGGCAGTGAAACGAAGAAGCGG
AAGAGTGCAGAAGTGAAGGAGATGCCATGGTCGAGGCTCCGAGTGGATAAAACTTGCAGA
AGTCC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3F851TF 316 0 0
CTATTCCACAGTTCAC*ACAATCTTCTGA*CCTTTGGAACCTGGTGAATGTTGATGTATT
TGAA*TCATCTTTGAGGGCGGGAATGATTCTCTCGAGGTAAGCGCTTTTGAGGCGCTGCA
*TTTCTCCGA*TCAGATTTCTCCACCAGCACTGTTCCCGACGCCGAGACTTTCAACAAGT
TCCTCTGAGGCGGAGGAGGTGCGGAGGTTGGAATTGCTAGCGATGGGAAACGGCAGTGAA
ACGAAGAAGCGGAAGAGTGCAGAAGTGAAGGAGATGCCATGGTCGAGGCTCCGAGTGGAT
AAAACT
GCAGAAGTCC

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR3EC21TF 595 0 0
ATTTCAGGGAAGACGCTTTGGTCTTTGACACCAATGCTGTAGTTACCGTTGCCATCAAAG
CTACTGGGACTCACACCTTGGAAATCTCTTGTTCTTGGCAATACTAAATTGATCAGACGG
TCCAGGAACGAGTACATCACGTCTCCTCTGAGAGTGACGGCAATCCCAAGAGGTTGATCT
TCCCTAATCTTGAAAGTAGCAATGGAAGCTCTAGCTCTTGTCTTCACAGGCTTCTGCCCT
GTTATCAGCGCTATGTCCTTCATTGCTGCCTCCAAACCCTTGTCGTTCTGCGCTGCATCT
CCTATTCCACAGTTCACCACAATCTTCTGAACCTTTGGAACCTGGTGAATGTTGATGTAT
TTGAACTCATCTTTGAGGGCGGGAATGATTCTCTCGAGGTAAGCGCTTTTGAGGCGCTGC
ACTTTCTCCGACTCAGATTTCTCCACCAGCACTGTTCCCGACGCCGAGACTTTCAACAAG
TTCCTCTGAGGCGGAGGAGGTGCGGAGGTTGGAATTGCTAGCGATGGGAAACGGCAGTGA
AACGAAGAAGCGGAAGAGTGCAGAAGTGAAGGAGATGCCATGGTCGAGGCTCC
CC

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3G380TF 609 0 0
TTTCAGGGAAGACGCTTTGGTCTTTGACACCAATGCTGTAGTTACCGTTGCCATCAAAGC
TACTGGGACTCACACCTTGGAAATCTCTTGTTCTTGGCAGTGCTAAATTGATCAGACGGT
CCAGGAACGAGTACATCACGTCTCCTCTGAGAGTGACGGCAATCCCAAGAGGTTGATCTT
CCCTAATCTTGAAAGTAGCAATGGAAGCTCTAGCTCTTGTCTTCACAGGCTTCTGCCCTG
TTATCAGCGCTATGTCTTTCATTGCTGCCTCCAAACCCTTGTCGTTCTGCGCTGCATCTC
CTATTCCACAGTTCACCACAATCTTCTGAACCTTTGGAACCTGGTGAATGTTGATGTATT
TGAACTCATCTTTGAGGGCGGGAATGATTCTCTCGAGGTAAGCGCTTTTGAGGCGCTGCA
CTTTCTCCGACACAGATTTCTCCACCAGCACGGTTCCCGACGCCGAGACTTTCAACAAGT
TCCTCTGAGGCGGAGGAGGTGCGGAGGTTGGAATTGCTAGCGATGGGAAACGGCAGTGAA
ACGAAGAAGCGGAAGAGTGCAGAAGTGAAGGAGATGCCGTGGTCGAGGCTC
CGAGTGGATAAAACTTCC

QA 1 591 1 591
DS 



AS 3 16

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ACGGCGGAAAGCACTCTGCTGGGCCGACACTGACACTGAGAGACGAAAGCTAGGGGATCC
GCGAAAAGGGATGAGTCTGCTGACATTGAACGAAAGGGAAACTACTAAGAGAACCTCCAG
ACCAAGAAAACGCGACATTGGGAGAATTCGTGTAAAGGGATATAGCATCGACCTTCCCCA
AGATGATGTGGAAAGCGCGTTGAGAAAACATTTCTCTTCATGTGGAGAGATCACTGATGT
TTGTGTCCACGTACTCACGGATAATTTACTCAGCGATTGTGGTTTTATTTATTTTCTGGG
AGGACAAGGCACAGTTGACAAGGCTTTGCAACTTAGTGGAACTGACGTTGGAGGATGGAA
TGTCATTGTTAAGCCCTATCCTTTCCAGATAGATGCAGACTGGGACCCTGTTGCCATTGT
TCAAGGATATGACACTTGTCTTAGGAAGTCTGATATCAAGAAAATGTTGTTTGATCATTT
CTCTTCATGTGGAGAGATCGGGGATATCGAGTTTCCCAAGAGCATTAGTGTAGCTTTTGT
GTATCTTTATGGAGAAGGTGCAGAAGACAAGGTGCTAGCTCTTGATGGGTCCTACATGGG
AGGAAGCAAAATACTTGTTAAGCTTATTCCCTCGAAAGGGAATATACACTGTCCACCCTC
GTCGTCGTTATTATGGCTGGCCCAAGTAACTAGGCTACTACTGGGAGAAGGAGAAGGAGA
AGAGGCAGAGACATCTCTGTAGTTTGTATTTGTGAAATAATGCGATGTTCTACTCTAGTA
CTTTTAAGCTATTTTCTATCTTCTGGATTTTAATATTCACTGTAATAATCATCTTCTGCT
TTCAATCGAACTTTCAT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A016TF U 1
AF RR3A016JQ C 1
BS 1 1 RR3A016JQ
BS 2 66 RR3A016TF
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RD RR3A016TF 751 0 0
G
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CGGCG*AAAGCACTCTGCTGGGCCGACACTGACACTGAGAGACGAAAGCTAGGGGATCCG
CGAAAAGGGATGAGTCTGCTGACATTGAACGAAAGGGAAACTACTAAGAGAACCTCCAGA
CCAAGAAAACGCGACATTGGGAGAATTCGTGTAAAGGGATATAGCATCGACCTTCCCCAA
GATGATGTGGAAAGCGCGTTGAGAAAACATTTCTCTTCATGTGGAGAGATCACTGATGTT
TGTGTCCACGTACTCACGGATAATTTACTCAGCGATTGTGGTTTTATTTATTTTCTGGGA
GGACAAGGCACAGTTGACAAGGCTTTGCAACTTAGTGGAACTGACGTTGGAGGATGGAAT
GTCATTGTTAAGCCCTATCCTTTCCAGATAGATGCAGACTGGGACCCTGTTGCCATTGTT
CAAGGATATGACACTTGTCTTAGGAAGTCTGATATCAAGAAAATGTTGTTTGATCATTTC
TCTTCATGTGGAGAGATCGGGGATATCGAGTTTCCCAAGAGCATTAGTGTAGCTTTTGTG
TATCTTTATGGAGAAGGTGCAGAAGACAAGGTGCTAGCTCTTGATGGGTCCTACATGGGA
GGAAGCAAAATACTTGTTAAGCTTATTCCCTCGAAAGGGAATATACACTGTCCACCCTCG
TCGTCGTTATTATGGCTGGCCCAAGTAACT

QA 2 751 2 751
DS 

RD RR3A016JQ 917 0 0
GAGGGGCAGAGGGAATT*CCGGTGGAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCGGAAAGAACACCA
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GCGAAAAGGGATGAGTCTGCTGACATTGAACGAAAGGGAAACTACTAAGAGAACCTCCAG
ACCAAGAAAACGCGACATTGGGAGAATTCGTGTAAAGGGATATAGCATCGACCTTCCCCA
AGATGATGTGGAAAGCGCGTTGAGAAAACATTTCTCTTCATGTGGAGAGATCACTGATGT
TTGTGTCCACGTACTCACGGATAATTTACTCAGCGATTGTGGTTTTATTTATTTTCTGGG
AGGACAAGGCACAGTTGACAAGGCTTTGCAACTTAGTGGAACTGACGTTGGAGGATGGAA
TGTCATTGTTAAGCCCTATCCTTTCCAGATAGATGCAGACTGGGACCCTGTTGCCATTGT
TCAAGGATATGACACTTGTCTTAGGAAGTCTGATATCAAGAAAATGTTGTTTGATCATTT
CTCTTCATGTGGAGAGATCGGGGATATCGAGTTTCCCAAGAGCATTAGTGTAGCTTTTGT
GTATCTTTATGGAGAAGGTGCAGAAGACAAGGTGCTAGCTCTTGATGGGTCCTACATGGG
AGGAAGCAAAATACTTGTTAAGCTTATTCCCTCGAA*GGGAATATACACTGTCCACCCTC
GTCGTCGTTATTATGGCTGGCCCAAGTAACTAGGCTACTACTGGGAGAAGGAGAAGGAGA
AGAGGCAGAGACATCTCTGTAGTTTGTATTTGTGAAATAATGCGATGTTCTACTCTAGTA
CTTTTAAGCTATTTTCTATCTTCTGGATTTTAATATTCACTGTAATAATCATCTTCTGCT
TTCAATCGAACTTTCAT

QA 1 917 1 917
DS 



CO CL50Contig2 1353 10 7 U
CGCACGTGTTCCTAAGAAAAGGGAATTTGTTAATTTTTCGGGGTCTTAAAGGGGCGTGGA
AACACATAAGAACTCTTGAATGGAAATGGAAAAGAGATGTAACTCCAGTTCCTTTGGAAA
TAGGAAGATCTTTGGCGCAAGAATAAAGGATTAATCCGTATCATCTTGACTTGGTTCTGA
TTTCTCTATTTTTTT*AAGTTTAAGAAAAGAATACCGTTTCTCCTACCCGTATCGAATAG
AACATGCTGAGTAAAATCTTCTTCATGTAAAACCGGCTTGATTTAGATCGGGAGAATCGT
ACGGTTTTATGAAACCATGTGCTATGGCTCGAATCCGTAGTCAATCCTATTTCCGATAGG
AGTAGTTGACAATTGAATCCAACTTTTTCCATTATTTTCATTTCATACCCGTAATAGTGC
GAAAGGAAAGCCCGGCTCCAATCCAAGTTGTTCAAGAATAGTGGCCTTGAGTTTCTCGAC
CCTTTGACTTAGGATTAGTCAGTTCTATTTCTTGATGGGGGAAGGGATATAACTCAGCGG
TAGAGTGTCACCTTGACGTGGTGGAAGTCATCAGTTCGAGCCTGATTATCCCTAAACCCA
ATGAATGTGAGTTTTTCTATTTTGACTTGCTCCCTCGCTGTGATCGAATAAGAATGGATA
AGAGGCTCGTGGGATTGACGTGAGGGGGTAGGGGTAGCTATATTTCTGGGAGCGAACTCC
ATGCGAATATGAAGCGCATGGATACAAGTTATGACTTGGAATGAAAGACAATTTCGAATC
AGCTTTGTCTACGAAGAAGGAAGCTATAAGTAATGCAACTATGAATCTCATGGAGAGTTC
GATCCTGGCTTAGGATGAACGCTGGCGGCATGCTTAACACATGCAAGTCGGACGGGAAGT
GGTGTTTCCAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAAGAACCTGCCCTTGGGAGGGGAACA
ACAGCTGGAAACGGCTGCTAATACCCCGTAGGCCAAGGAGCAGATAGAAGAGGTGGGAGT
AATTACAGAAAAGATGAAATCAACTGGAGACACGGTAATCAAGATGCGCATGAAGAGGTG
ATGAGAGCTTCAGCGGCACTTGAGAATCTTCAGCTTGATAGGAAAACTCGGAACATGACA
TCCTCTTGGAGGAATGTGAGGGATGGAGCAAATGAAGATGAAGGGAGGGATTGAGTTAGG
AGGTTGCTAATTAAAAAATGCAGCTTCTGAGAATTGAGTGTTGGTTTGTGTACGTGTGAT
ATGTATGTATGCTCTTTATTTGCAAACTGTGTGTTTCGCGGGAACCCCTTCTGTCTCTTT
TAAGGTTATTCATGAGATCATATTGAACTGTTT


BQ
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EM60JQ U 1
AF RR3EM60TF C 1
AF RR3D283JQ U 1
AF RR3D283TF C 34
AF RR3GM69JQ U 1
AF RR3EI01JQ U 2
AF RR3GM69TF C 16
AF RR3EI01TF C 338
AF RR3CL45JQ C 825
AF RR3CL45TF U 825
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C

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DS 

RD RR3EM60TF 348 0 0
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AACACATAAGAACTCTTGAATGGAAATGGAAAAGAGATGTAACTCCAGTTCCTTTGGAAA
TAGGAAGATCTTTGGCGCAAGAATAAAGGATTAATCCGTATCATCTTGACTTGGTTCTGA
TTTCTCTATTTTTT**AAGTTTAAGAAAAGAATACCGTTTCTCCTACCCGTATCGAATAG
AACATGCTGAGTAAAATCTTCTTCATGTAAAACCGGCTTGATTTAGATCGGGAGAATCGT
ACGGTTTTATGAAACCATGTGCTATGGCTCGAATCCGTAGTCAATCC
C

QA 1 347 1 347
DS 

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TAGGAAGATCTTTGGCGCAAGAATAAAGGATTAATCCGTATCATCTTGACTTGGTTCTGA
TTTCTCTATTTTTTTTAAGTTTAAGAAAAGAATACCGTTTCTCCTACCCGTATCGAATAG
AACATGCTGAGTAAAATCTTCTTCATGTAAAACCGGCTTGATTTAGATCGGGAGAATCGT
ACGGTTTTATGAAACCATGTGCTATGGCTCGAATCCGTAGTCAATCCTATTTCCGATAGG
AGTAGTTGACAATTGAATCCAACTTTTTCCATTATTTTCATTTCATACCCGTAATAGTGC
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CCTTTGACTTAGGATTAGTCAGTTCTATTTCTTGATGGGGGAAGGGATATAACTCAGCGG
TAGAGTGTCACCTTGACGTGGTGGAAGTCATCAGTTCGAGCCTGATTATCCCTAAACCCA
ATGAATGTGAGTTTTTCTATTTTGACTTGCTCCCTCGCTGTG
C

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GAGATGTAACTCCAGTTCCTTTGGAAATAGGAAGATCTTTGGCGCAAGAATAAAGGATTA
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GATGGGGGAAGGGATATAACTCAGCGGTAGAGTGTCACCTTGACGTGGTGGAAGTCATCA
GTTCGAGCCTGATTATCCCTAAACCCAATGAATGTGAGTTTTTCTATTTTGACTTGCTCC
CTCGCTGTG
C

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DS 

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TAGGAAGATCTTTGGCGCAAGAATAA*GGATTAATCCGTATCATCTTGACTTGGTTCTGA
TTTCTCTATTTTTTT*AAGTTTAAGAAAAGAATACCGTTTCTCCTACCCGTATCGAATAG
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ACGGTTTTATGAAACCATGTGCTATGGCTCGAATCCGTAGTCAATCCTATTTCCGATAGG
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GAAAGGAAAGCCCGGCTCCAATCCAAGTTGTTCAAGAATAGTGGCCTTGAGTTTCTCGAC
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TAGAGTGTCACCTTGACGTGGTGGAAGTCATCAGTTCGAGCCTGATTATCCCTAAACCCA
ATGAATGTGAGTTTTTCTATTTTGACTTGCTCCCTCGCTGTGATCGAATAAGAATGGATA

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DS 

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ACACATAAGAACTCTTGAATGGAAGTGGAAAAGAAATGTAACTCCAGTTCCTTTGGAAAT
AGGAAGATCTTTGGCGCAAGAATAAAGGATTAATCCGTATCATCTTGACTTGGTTCTGAT
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CGGTTTTATGAAACCATGTGCTATGGCTCGAATCCGTAGTCAATCCTATTTCCGATAGGA
GTAGTTGACAATTGAATCCAACTTTTTCCATTATTTTCACTTCATACCCGTAATAGTGCG
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CTTTGACTTAGGATTAGTCAGTTCTATTTCTTGATGGGGGAAGGGATATAACTCAGCGGT
AGAGTGTCACCTTGACGTGGTGGAAGTCATCAGTTCGAGCCTGATTATCCCTAAACCCAA
TGAATGTGAGTTTTTCTATTTTGACTTGCTCCCTCGCTGTGATCGAATAAGAATGGATA
AGAGGCT

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TCTATTTTGACTTGCTCCCTCGCTGTGATCGAATAAGAATGGATAAGAGGCTCGTGGGAT
TGACGT

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DS 

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TCACTTCATACCCGTAATAGTGCGAAAGAAAAGCCCGGCTCCAATCCAAGTTGTTCAAGA
ATAGTGGCCTTGAGTTTCTCGACCCTTTGACTTAGGATTAGTCAGTTCTATTTCTTGATG
GGGGAAGGGATATAACTCAGCGGTAGAGTGTCACCTTGACGTGGTGGAAGTCATCAGTTC
GAGCCTGATTATCCCTAAACCCAATGAATGTGAGTTTTTCTATTTTGACTTGCTCCCTCG
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CACATGCAAGTCGGACGGGAAGTGGTGTTTCCAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAAG
AACCTGCCCTTGGGAGGGGAACAACAGCTGGAAACGGCTGCTA
C

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G
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TTGTGTACGTGTGATATGTATGTATGCTCTTTATTTGCAAACTGTGTGTTTCGCGGGAAC
CCCTTCTGTCTCTTTTAAGGTTATTCATGAGATCATATTGAACTGTTT

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DS 

RD RR3CL45TF 529 0 0
G
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AGTCGGACGGGAAGTGGTGTTTCCAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAAGAACCTGCC
CTTGGGAGGGGAACAACAGCTGGAAACGGCTGCTAATACCCCGTAGGCCAAGGAGCAGAT
AGAAGAGGTGGGAGTAATTACAGAAAAGATGAAATCAACTGGAGACACGGTAATCAAGAT
GCGCATGAAGAGGTGATGAGAGCTTCAGCGGCACTTGAGAATCTTCAGCTTGATAGGAAA
ACTCGGAACATGACATCCTCTTGGAGGAATGTGAGGGATGGAGCAAATGAAGATGAAGGG
AGGGATTGAGTTAGGAGGTTGCTAATTAAAAAATGCAGCTTCTGAGAATTGAGTGTTGGT
TTGTGTACGTGTGATATGTATGTATGCTCTTTATTTGCAAACTGTGTGTTTCGCGGGAAC
CCCTTCTGTCTCTTTTAAGGTTATTCATGAGATCATATTGAACTGTTT

QA 2 529 2 529
DS 



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GGAGTTAGCTCACCCTCGCGAGGATCGCGACCCTTTGTCCCGGCCATTGTAGCACGTGTG
TCGCCCAGGGCATAAGGGGCATGATGACTTGACGTCATCCTCACCTTCCTCCGGCTTATC
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CGTTGCGGGACTTAACCCAACACCTTACGGCACGAGCTGACGACAGCCATGCACCACCTG
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CCTCTCGGACCAGCTACTGATCATCGCCTTGGTAAGCTATTGCCTCACCAACTAGCTAAT
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GCAGCCGTTTCCAGCTGTTGTTCCCCTCCCAAGGGCAGGTTCTTACGCGTTACTCACCCG
TCCGCCACTGGAAACACC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FD52JQ U 1
AF RR3FD52TF C 3
AF RR3B069JQ U 521
AF RR3B069TF C 521
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GACTACTGGGGTATCTAATCCCATTCGCTCCCCTAGCTTTCGTCTCTCAGTGTCAGTGTC
GGCCC

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GAG
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CAGGGCATAAGGGGCATGATGACTTGACGTCATCCTCACCT*CCTCCGGCTTATCACCGG
CAGTCTGTTCAGGGTTCCAAACTCAACGGTGGCAACTAAACACGAGGGTTGCGCTCGTTG
CGGGACTTAACCCAACACCTTACGGCACGAGCTGACGACAGCCATGCACCACCTGTGTCC
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CTGGGGTATCTAATCCCATTCGCTCCCCTAGCTTTCGTCTCTCAGTGTCAGTGTCGGCCC
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GAAATTCCCTCTGCCCCTACCGTACTCAAGCTTGGTAGTTTCCACCGCCTGTCCAGGGTT
GAGCCCTGGGATTTGACGGCGGACTTAAAAAGCCACCTACAGACGCTTTACGCCCAATCA
TTCCGGATAACGCTTGCATCCTC
C

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DS 

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TTCGCCCATTGCGGAAAATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCA
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TCTTACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTGGAAACACC

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DS 

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GCTGCTGGCACAGAGTTAGCCGATGCTTATTCCCCAGATACCGTCATTGCTTCTTCTCTG
GGAAAAGAAGTTCAGGACCCGTAGGCCTTCTACCTCCACGCGGCATTGCTCCGTCAGGCT
TTCGCCCATTGCGGAAAATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGGCCGTGTCTCA
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TGCCTCACCAACTAGCTAATCAGACGCGAACCCCTCCTCGGGCGGATTCCTCCTTTTGCT
CCTCAGCCTACGGGGTATTAGCAGCCGTTTCCAGCTGTTGTTCCCCTCCCAAGGGCAGGT
TCTTACGCGTTACTCACCCGTCCGCCACTGGAAACACC

QA 1 638 1 638
DS 



AS 2 15

CO CL51Contig1 745 8 25 U
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ATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAGGGTTTCTTT*GTCTTTCCCA
GTATGTCCTAAACAAGAAAAAA*GCAAAACAAGAGAACCCATGCTACAGTTTCAATCTTT
T*CGCTACTTGTCAATGTTTCCT*ATCTTTTTT**ATCAGATTTGTATTTCTATACTTTT
GGTTAAAGATCATTCGATGAGTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 30 30 30 30 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 10 50 50 50 50 50 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 15 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 30 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 

AF RR3F242TF U 17
AF RR3AS85JQ C 1
AF RR3AS85TF U 1
AF RR3EE46TF U 6
AF RR3CX07TF U 39
AF RR3CX07JQ C 41
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AF RR3F988JQ C 16
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RD RR3F242TF 226 0 0
GG
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*ATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCCTCAACAGCAAACGCTCTCAAGCTCTCTTCTTCTGC
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AGGACTTAAGTATGCAAATTCACATGAGTGGGTGAAACATGAAG

QA 3 226 3 226
DS 

RD RR3AS85JQ 746 0 0
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CAAGCTCTCTTCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCAGCTTTCTCCATCTCCAGATG
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AGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGATCATTTAGGAGAAGTTGT
GTTTGTGGAGCTGCCTGAAGAAAAAAGTTCAGTGACCAAAGAGAAAAACTTTGGAGCGGT
GGAGAGTGTTAAGGCAACGAGTGAGATTATATCTCCAATCTCTGGTGAAGTCATCGAGGT
TAACACAAAGCTCGCTGATTCACCTGGCTTGATTAACTCGAGCCCTTACGAAGATGGTTG
GATGATAAAGGTGAAACCAAGCAACCCCGCAGAGTTGGAATCCTTGATGGGTCCAACGGA
ATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAGGGTTTCTTCAGTCTTTCCCA
GTATGTCCTAAACAAGAAAAAA*GCAAAACAAGAGAACCCATGCTACAGTTTCAATCTTT
AACGCTACTTGTCAATGTTTCCTTATCTTTTTTTTATCAGATTTGTATTTCTATACTTTT
GGTTAAA
AGATCATTCAATAACTTTT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3AS85TF 746 0 0
GGTCTTT
ACCATTTTCCCACTTCCCTTTGAGAAAGAAAACAGAACCAAGAAAAAAAAGAGAGGAAGA
AAACAGAAAAATATGGCACTGAGAATGTGGGCATCCTCAACAGCAAACGCTCTCAAGCTC
TCTTCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCAGCTTTCTCCATCTCCAGATGCTTCTCC
TCAGTATTGGAAGGACTTAAGTATGCAAATTCACATGAGTGGGTGAAACATGAAGGCTCA
GTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTG
GAGCTGCCTGAAGAAAAAAGTTCAGTGACCAAAGAGAAAAACTTTGGAGCGGTGGAGAGT
GTTAAGGCAACGAGTGAGATTATATCTCCAATCTCTGGTGAAGTCATCGAGGTTAACACA
AAGCTCGCTGATTCACCTGGCTTGATTAACTCGAGCCCTTACGAAGATGGTTGGATGATA
AAGGTGAAACCAAGCAACCCCGCAGAGTTGGAATCCTTGATGGGTCCAACGGAATACACC
AAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAGGGTTTCTTCAGTCTTTCCCAGTATGTC
CTAAACAAGAAAAAA*GCAAAACAAGAGAACCCATGCTACAGTTTCAATCTTTAACGCTA
CTTGTCAATGTTTCCTTATCTTTTTTTTATCAGATTTGTATTTCTATACTTTTGGTTAAA
AGATCATTCAATAACTTTT

QA 8 727 8 727
DS 

RD RR3EE46TF 740 0 0
GGACCA
TTTTCCCACTTCCCTTTGAGAAAGAAAACAGAACCAAGAAAACAAAGAGAGAAAGAAAAC
AGAAAAATATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCCTCAACAGCAAACGCTCTCAAGCTCTCTT
CTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCAGCTTTCTCCATCTCCAGATGCTTCTCCTCAG
TATTGGAAGGACTTAAGTATGCAAATTCACATGAGTGGGTGAAACGTGAAGGCTCAGTGG
CTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGC
TGCCTGAAGAAAAAAGTTCAGTGACCAAAGAGAAAAACTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTTA
AGGCAACGAGTGAGATTATATCTCCAATCTCTGGTGAAGTCATCGAGGTTAACACAAGGC
TCGCTGATTCACCTGGCTTGATTAACTCGAGCCCTTATGAAGATGGTTGGATGATAAAGG
TGAAACCAAGCAACCCCGCAGAGTTGGAATCCTTGATGGGTGCAAAGGAATACACCAAGT
TCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCGCACTAGGGTTTCTTT*GTCTTTCCCAGTATGTCCTAA
ACAAGAAAAAA*GCAAAACAAGAGAACCCATGCTACAGTTTCAATCTTTT*CGCTACTTG
TCAATGTTTCCT*ATCTTTTT*****CAGATTTGTATTTCTATACTTTTGGTTAAAGATC
ATTCGATGAGTCTC

QA 7 740 7 740
DS 

RD RR3CX07TF 706 0 0
GG
AGAACCAAGAAAACAAAGAGAGAAAGAAAACAGAAAAATATGGCACTGAGAATGTGGGCT
TCCTCAACAGCGAACGCTCTCAAGCTCTCTTCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCA
GCTTTCTCCATCTCCAGATGCTTCTCCTCAGTATTGGAAGGACTTAAGTATGCAAATTCA
CATGAGTGGGTGAAACATGAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAG
GATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCTGAAGAAAAAAGTTCAGTGACCAAG
GAGAAAAACTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTTAAGGCAACGAGTGAGATTATATCTCCAATC
TCTGGTGAAGTCATCGAGGTTAACACAAAGCTCGCTGATTCACCTGGCTTGATTAACTCG
AGCCCTTATGAAGATGGTTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGCAACCCCGCAGAGTTGGAA
TCCTTGATGGGTGCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAG
GGTTTCTTT*GTCTTTCCCAGTATGTCCTAAACAAGAAAAAAAGCAAAACAAGAGAACCC
ATGCTACAGTTTCAATCTTTT*CGCTACTTGTCAATGTTTCCT*ATCTTTTTT**ACCAG
ATTTGTATTTCTATACTTTTGGTTAAAGATCATTCGATGAGTCT

QA 3 706 3 706
DS 

RD RR3CX07JQ 704 0 0
AGAACCAAGAAAACAAAGAGAGAAAGAAAACAGAAAAATATGGCACTGAGAATGTGGGCT
TCCTCAACAGCGAACGCTCTCAAGCTCTCTTCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCA
GCTTTCTCCATCTCCAGATGCTTCTCCTCAGTATTGGAAGGACTTAAGTATGCAAATTCA
CATGAGTGGGTGAAACATGAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAG
GATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCTGAAGAAAAAAGTTCAGTGACCAAG
GAGAAAAACTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTTAAGGCAACGAGTGAGATTATATCTCCAATC
TCTGGTGAAGTCATCGAGGTTAACACAAAGCTCGCTGATTCACCTGGCTTGATTAACTCG
AGCCCTTATGAAGATGGTTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGCAACCCCGCAGAGTTGGAA
TCCTTGATGGGTGCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAG
GGTTTCTTT*GTCTTTCCCAGTATGTCCTAAACAAGAAAAAAAGCAAAACAAGAGAACCC
ATGCTACAGTTTCAATCTTTT*CGCTACTTGTCAATGTTTCCT*ATCTTTTTT**ACCAG
ATTTGTATTTCTATACTTTTGGTTAAAGATCATTCGATGAGTCT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3F988TF 736 0 0
TT
TTTTCCCACTTCCCTTTGAGAAAGAAAACAGAACCAAGAAAACAAAGAGAGAAAGAAAAC
AGAAAAATATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCCTCAACAGCAAACGCTCTCAAGCTCTCTT
CTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCAGCTTTCTCCATCTCCAGATGCTTCTCCTCAG
TATTGGAAGGACTTAAGTATGCAAATTCACATGAGTGGGTGAAACATGAAGGCTCAGTGG
CTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGC
TGCCTGAAGAAAAAAGTTCAGTGACCAAAGAGAAAAACTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTTA
AGGCAACGAGTGAGATTATATCTCCAATCTCTGGTGAAGTCATCGAGGTTAACACAAAGC
TCGCTGATTCACCTGGCTTGATTAACTCGAGCCCTTATGAAGATGGTTGGATGATAAAGG
TGAAACCAAGCAACCCCGCAGAGTTGGAATCCTTGATGGGTGCAAAGGAATACACCAAGT
TCTGCGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAGGGTTTCTTT*GTCTTTCCCAGTATGTCCTAA
ACAAGAAAAAA*GCAAAACAAGAGAACCCATGCTACAGTTTCAATCTTTT*CGCTACTTG
TCA*TGTTTCCT*ATCTTTTT***ATCAGATTTGTATTTCTATACTTTTGGTTAA*GATC
ATTCGATGAGTCT
A

QA 3 735 3 735
DS 

RD RR3F988JQ 729 0 0
CCCACTTCCCTTTGAGAAAGAAAACAGAACCAAGAAAACAAAGAGAGAAAGAAAACAGAA
AAATATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCCTCAACAGCAAACGCTCTCAAGCTCTCTTCTTC
TGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCAGCTTTCTCCATCTCCAGATGCTTCTCCTCAGTATT
GGAAGGACTTAAGTATGCAAATTCACATGAGTGGGTGAAACATGAAGGCTCAGTGGCTAC
TATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGATCATTTAGGAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCC
TGAAGAAAAAAGTTCAGTGACCAAAGAGAAAAACTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTTAAGGC
AACGAGTGAGATTATATCTCCAATCTCTGGTGAAGTCATCGAGGTTAACACAAAGCTCGC
TGATTCACCTGGCTTGATTAACTCGAGCCCTTATGAAGATGGTTGGATGATAAAGGTGAA
ACCAAGCAACCCCGCAGAGTTGGAATCCTTGATGGGTGCAAAGGAATACACCAAGTTCTG
CGAAGAGGAAGACGCTGCTCACTAGGGTTTCTTT*GTCTTTCCCAGTATGTCCTAAACAA
GAAAAAAAGCAAAACAAGAGAACCCATGCTACAGTTTCAATCTTTT*CGCTACTTGTCAA
TGTTTCCT*ATCTTTTTT**ATCAGATTTGTATTTCTATACTTTTGGTTAAAGATCATTC
GATGAGTCT

QA 1 729 1 729
DS 



CO CL51Contig2 639 7 15 U
CGAATGATATCATCTTTCAACCAAATTAGTATTACAGAGATACAAAGCTGAGAGAGATAG
GGTAAGGAACATTGACAAGTGAAGTGAGATTGAAATCCCTCTAGTGAGCAGCGTCTTCCT
CTTCGCAGAACTTGGTGTATTCCTTTGAGCCCATCAAGGTTTCCAACTCTGCAGGGTTAC
TTGGTTTCACCTTTATCATCCAACCATCTTCATAAGGGCTTGAGTTGATCAAACCAGGCG
AATCGGTGAGCTTTGTGTTAACCTCAACGACTTCACCAGAGATTGGAGATAGAATCTCAC
TTGTGGCCTTGACACTCTCCACAGCTCCAAAGTTCTTTTCTTTGCTCACTGAGCTTTTCT
CTTCTGGCAGCTCCACAAACACAACTTCTCCTAAATGATCCTGGGCATGGTCAGTGATGC
CTATGGTAGCCACTGAGCCATCATGTTTCACCCACTCATGTGAATTTGCATATTTAAGTC
CTTCCAACACTGAGGAGAAGCATCTAGAGATGGAGAAAGCCGGAAGGAGATGAGATTTGG
AGGCAGAAGAAGAGAGCTTGAGAGCGTTTGCTGTAGAGGAAGCCCACATTCTCAGTGCCA
TTTTGCTTTCTTTTCTCAAAGGAAAGTGGGAAAATCCCT


BQ
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 5 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DR29JQ U 54
AF RR3DT47JQ U 1
AF RR3B469JQ U 2
AF RR3FG08JQ U 2
AF RR3FG08TF C 2
AF RR3B469TF C 2
AF RR3DT47TF C 1
BS 1 57 RR3DT47JQ
BS 58 58 RR3B469JQ
BS 59 206 RR3DT47JQ
BS 207 207 RR3B469JQ
BS 208 268 RR3DT47JQ
BS 269 269 RR3B469JQ
BS 270 358 RR3DT47JQ
BS 359 359 RR3B469JQ
BS 360 505 RR3DT47JQ
BS 506 506 RR3B469JQ
BS 507 509 RR3DT47JQ
BS 510 510 RR3B469JQ
BS 511 611 RR3DT47JQ
BS 612 612 RR3B469JQ
BS 613 639 RR3DT47JQ

RD RR3DR29JQ 487 0 0
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TCTTCCTCTTCCCAAAACTTGGTGTATTCCTTTGAGCCCATCAAGGTTTCCAACTCTGCA
GGGTTACTTGGTTTCACCTTTATCATCCAACCACCTTCATAAGGGCTTGAGTTGATCAAA
CCAGGCGAATCGGTGAGCTTTGTGTTAACCTCAACTACTTCACCAGAGATTGGAGATAGA
ATCTCACTTGTGGCCTTGACACTCTCCACAGCTCCAAAGTTCTTTTCTTTGCTCACTGAG
CTTTT*TCTTCTGGCAGCTCCACAAACACAACTTCTCCTAAATGATCCTGGGCATGGTCA
GTGATGCCTATGGTAGCCACTGAGCCATCATGTTTCACCCACTCATGTGAATTTGCATAT
TTAAGTCCTTCCAACACTGAGGAGAAGCATCTGGAGGTGGAGAAAGCCGGAAGGAGATGA
GATTTGG

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR3DT47JQ 639 0 0
CGAATGATATCATCTTTCAACCAAATTAGTATTACAGAGATACAAAGCTGAGAGAGAGAG
GGTAAGGAACATTGACAAGTGAAGTGAGATTGAAATCCCTCTAGTGAGCAGCGTCTTCCT
CTTCGCAGAACTTGGTGTATTCCTTTGAGCCCATCAAGGTTTCCAACTCTGCAGGGTTAC
TTGGTTTCACCTTTATCATCCAACCACCTTCATAAGGGCTTGAGTTGATCAAACCAGGCG
AATCGGTGAGCTTTGTGTTAACCTCAACTACTTCACCAGAGATTGGAGATAGAATCTCAC
TTGTGGCCTTGACACTCTCCACAGCTCCAAAGTTCTTTTCTTTGCTCACTGAGCTTTT*T
CTTCTGGCAGCTCCACAAACACAACTTCTCCTAAATGATCCTGGGCATGGTCAGTGATGC
CTATGGTAGCCACTGAGCCATCATGTTTCACCCACTCATGTGAATTTGCATATTTAAGTC
CTTCCAACACTGAGGAGAAGCATCTGGAGGTGGAGAAAGCCGGAAGGAGATGAGATTTGG
AGGCAGAAGAAGAGAGCTTGAGAGCGTTTGCTGTAGAGGAAGCCCACATTCTCAGTGCCA
TTTTGCTTTCTATTCTCAAAGGAAAGTGGGAAAATCCCT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3B469JQ 632 0 0
GAATGATATCATCTTTCAACCAAATTAGTATTACAGAGATACAAAGCTGAGAGAGATAGG
GTAAGGAACATTGACAAGTGAAGTGAGATTGAAATCCCTCTAGTGAGCAGCGTCTTCCTC
TTCGCAGAACTTGGTGTATTCCTTTGAGCCCATCAAGGTTTCCAACTCTGCAGGGTTACT
TGGTTTCACCTTTATCATCCAACCATATTCATAAGGGCTTGAGTTGATCAAACCAGGCGA
ATCGGTGAGCTTTGTGTTAACCTCAACGACTTCACCAGAGATTGGAGATAGAATCTCACT
TGTGGCCTTGACACTCTCCACAGCTCCAAAGTTCTTTTCTTTGCTCACTGAGCTTTTCTC
TTCTGGCAGCTCCACAAACACAACTTCTCCTAAATGATCCTGGGCATGGTCAGTGATGCC
TATGGTAGCCACTGAGCCATCATGTTTCACCCACTCATGTGAATTTGCATATTTAAGTCC
TTCCAACACTGAGGAGAAGCATCTAGAGATGGAGAAAGCCGGAAGGAGATGAGATTTGGA
GGCAGAAGAAGAGAGCTTGAGAGCGTTTGCTGTAGAGGAAGCCCACATTCTCAGTGCCAT
TTTGCTTTCTTTTCTCAAAGGAAAGTGGG
GCC

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3FG08JQ 618 0 0
GAATGATATCATCTTTCAACCAAATTAGTATTACAGAGATACAAAGCTGAGAGAGATAGG
GTAAGGAACATTGACAAGTGAAGTGAGATTGAAATCCCTCTAGTGAGCAGCGTCTTCCTC
TTCGCAGAACTTGGTGTATTCCTTTGAGCCCATCAAGGTTTCCAACTCTGCAGGGTTACT
TGGTTTCACCTTTATCATCCAACCATCTTCATAAGGGCTTGAGTTGATCAAACCAGGCGA
ATCGGTGAGCTTTGTGTTAACCTCAACGACTTCACCAGAGATTGGAGATAGAATCTCACT
TGTGGCCTTGACACTCTCCACAGCTCCAAAGTTCTTTTCTTTGCTCACTGAGCTTTTCTC
TTCTGGCAGCTCCACAAACACAACTTCTCCTAAATGATCCTGGGCATGGTCAGTGATGCC
TATGGTAGCCACTGAGCCATCATGTTTCACCCACTCATGTGAATTTGCATATTTAAGTCC
TTCCAACACTGAGGAGAAGCATCTAGAGATGGAGAAAGCCGGAAGGAGATGAGATTTGGA
GGCAGAAGAAGAGAGCTTGAGAGCGTTTGCTGTAGAGGAAGCCCACATTCTCAGTGCCAT
TTTGCTTTCTTTTCTC
CC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3FG08TF 618 0 0
GAATGATATCATCTTTCAACCAAATTAGTATTACAGAGATACAAAGCTGAGAGAGATAGG
GTAAGGAACATTGACAAGTGAAGTGAGATTGAAATCCCTCTAGTGAGCAGCGTCTTCCTC
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TGGTTTCACCTTTATCATCCAACCATCTTCATAAGGGCTTGAGTTGATCAAACCAGGCGA
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TGTGGCCTTGACACTCTCCACAGCTCCAAAGTTCTTTTCTTTGCTCACTGAGCTTTTCTC
TTCTGGCAGCTCCACAAACACAACTTCTCCTAAATGATCCTGGGCATGGTCAGTGATGCC
TATGGTAGCCACTGAGCCATCATGTTTCACCCACTCATGTGAATTTGCATATTTAAGTCC
TTCCAACACTGAGGAGAAGCATCTAGAGATGGAGAAAGCCGGAAGGAGATGAGATTTGGA
GGCAGAAGAAGAGAGCTTGAGAGCGTTTGCTGTAGAGGAAGCCCACATTCTCAGTGCCAT
TTTGCTTTCTTTTCTC
CC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3B469TF 632 0 0
GAATGATATCATCTTTCAACCAAATTAGTATTACAGAGATACAAAGCTGAGAGAGATAGG
GTAAGGAACATTGACAAGTGAAGTGAGATTGAAATCCCTCTAGTGAGCAGCGTCTTCCTC
TTCGCAGAACTTGGTGTATTCCTTTGAGCCCATCAAGGTTTCCAACTCTGCAGGGTTACT
TGGTTTCACCTTTATCATCCAACCATATTCATAAGGGCTTGAGTTGATCAAACCAGGCGA
ATCGGTGAGCTTTGTGTTAACCTCAACGACTTCACCAGAGATTGGAGATAGAATCTCACT
TGTGGCCTTGACACTCTCCACAGCTCCAAAGTTCTTTTCTTTGCTCACTGAGCTTTTCTC
TTCTGGCAGCTCCACAAACACAACTTCTCCTAAATGATCCTGGGCATGGTCAGTGATGCC
TATGGTAGCCACTGAGCCATCATGTTTCACCCACTCATGTGAATTTGCATATTTAAGTCC
TTCCAACACTGAGGAGAAGCATCTAGAGATGGAGAAAGCCGGAAGGAGATGAGATTTGGA
GGCAGAAGAAGAGAGCTTGAGAGCGTTTGCTGTAGAGGAAGCCCACATTCTCAGTGCCAT
TTTGCTTTCTTTTCTCAAAGGAAAGTGGG
GCC

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3DT47TF 639 0 0
C
GAATGATATCATCTTTCAACCAAATTAGTATTACAGAGATACAAAGCTGAGAGAGAGAGG
GTAAGGAACATTGACAAGTGAAGTGAGATTGAAATCCCTCTAGTGAGCAGCGTCTTCCTC
TTCGCAGAACTTGGTGTATTCCTTTGAGCCCATCAAGGTTTCCAACTCTGCAGGGTTACT
TGGTTTCACCTTTATCATCCAACCACCTTCATAAGGGCTTGAGTTGATCAAACCAGGCGA
ATCGGTGAGCTTTGTGTTAACCTCAACTACTTCACCAGAGATTGGAGATAGAATCTCACT
TGTGGCCTTGACACTCTCCACAGCTCCAAAGTTCTTTTCTTTGCTCACTGAGCTTTT*TC
TTCTGGCAGCTCCACAAACACAACTTCTCCTAAATGATCCTGGGCATGGTCAGTGATGCC
TATGGTAGCCACTGAGCCATCATGTTTCACCCACTCATGTGAATTTGCATATTTAAGTCC
TTCCAACACTGAGGAGAAGCATCTGGAGGTGGAGAAAGCCGGAAGGAGATGAGATTTGGA
GGCAGAAGAAGAGAGCTTGAGAGCGTTTGCTGTAGAGGAAGCCCACATTCTCAGTGCCAT
TTTGCTTTCTATTCTCAAAGGAAAGTGGG
AAAATCCCT

QA 2 630 2 630
DS 



AS 2 13

CO CL52Contig1 1219 11 23 U
GGAACATACATACACTTCACCATCGAGACAGTTAAAAGATCTAAGAACCTGCAAAGCAAA
AAAATGGCGACCCTTAAGGTTCCATCTCATGTTCCTTCCCCATCCGAAGATGCTGAGCAA
CTGAAAAGCGCCTTTGAGGGATGGGGTACCAACGAGGACTTGATCATATCAATTTTGGCA
CACAGAAGCGCTGAACAGAGGAAGCTGATCAGGCAGACATACCATGAAGCCTGTGGAGAA
GACCTTCTCAAGACTCTTGACAAGGAACTCACTAGCGACTTCGAGAGAGCCATCTTGCTC
TGGACCCTTGAACCCGGTGAGCGTGATGCCTTGTTGGCCAATGAAGCTACCAAAAGATGG
ACTTCAAGCAACCAAGTGCTTATGGAAGTAGCCTGCACAAGGACCTCAACGCAGCTGCTT
CACGCTAGGCAAGCTTACCATGCTCGTTACAAGAAGTCTATTGAAGAGGATGTCGCTCAC
CACACCACCGGTGACTTCAGAAAGCTTTTGGTCTCTCTTGTTACCTCATACAGGTACGAA
GGAGACGAGGTGAACATGACATTGGCGAAGCAAGAAGCAAAGCTGATCCATGAGAAAATC
AAGGACAAGCACTACAGCGATGAGGATGTCATTAGGATTTTGTCCACAAGGAGCAGAGCT
CAGATCAATGCTACTTTCAATCGCTACCAAGATGAGCACGGCGAGGAGATCCTCAAGAGT
CTTGAGGAAGGAGATGAGGACGACAAGTTCCTCGGACTGTTGAGGTCAACCATTCAATGC
TTGACAAGACCAGAGCTCTACTTTGTGGATGTTCTTCGTTCTGCTATCAACAAAACCGGA
ACAGACGAAGGAGCTCTCACTAGAATTGTGACTACAAGAGCTGAGATTGACTTGAAGGTG
ATCGGAGACGAGTATCAGAGGAGGAACAGCATTCCACTGGAGAAGGCCGTTACCAAAGAC
ACTCGCGGAGATTACGAGAAGATGCTCGTCGCACTTCTCGGTGAAGATGATGCTTAAATC
CTCTAGAGAGAAACAAAAGCTTCGCTGGCTTCTGTTTTCTCTCATCTCCCTCTCTCTTTC
TTGTCTTGAAATCGTTTGATTCTGTTCTTTGAAAACTTGTCTGTTGTTTCTATTGTGTGT
TTTGAGTTTCCAAATAATGCGCGAGAGAGAAAGAGAGTCTGTCTGTTAAGTTATTTAAAC
TAATAAAAATAATGCTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 15 30 30 30 30 30 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 
35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3DW15TF U 1
AF RR3EQ94TF U 1
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AF RR3AS78TF U 523
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AF RR3AS78JQ C 610
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BS 788 840 RR3B903TF
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BS 851 888 RR3C106TF
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BS 890 897 RR3C106TF
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BS 899 916 RR3C106TF
BS 917 925 RR3AS78TF
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BS 1198 1198 RR3B903JQ
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BS 1218 1219 RR3AS78JQ

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CACAGAAGCGCTGAACAGAGGAAGC**ATCAGGCAGACATACCATGAAGCCTGTGGAGAA
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TGGACCCTTGAACCCGGTGAGCGTGATGCCTTGTTGGCCAATGAAGCTACCAAAAGATGG
ACTTCAAGCAACCAAGTGCTTATGGAAGTAGCCTGCACAAGGACCTCAACGCAGCTGCTT
CACGCTAGGCAAGCTTACCATGCTCGTTACAAGAAGTCTATTGAAGAGGATGTCGCTCAC
CACACCACCGGTGACTTCAGAAAGCTTTTGGTCTCTCTTGTTACCTCAT

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DS 

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CTGAAAAGCGCCTTTGAGGGATGGGGTACAAACGAGGGCTTGATC*TATCAATTTTGGCT
CGCAGAAGCGCCGAACAGAGGAAGCTGATCAGGCAGACATACCATGAAGCCTGTGGAGAA
GACCTTCTCAAGACTCTTGACAAGGAACTCACTAGCGACTTCGAGAGAGCCATCTTGCTC
TGGACCCTTGAACCTGGTGAGCGTGATGCCTTGTTGGCCAATGAAGCTACCAAAAGATGG
ACTTCAAGCAACCAAGTGCTCATGGAGGTAGCTTGCACGAGGACCTCAACGCAGCTGCTT
CACGCTAGGCATGCTTACCATGCTCGTTACAAGAAGTCTATTGAAGAGGATGTCGCTCAC
CACACCACCGGTGACTTCAGAAAGCTTTTGGTGTCTCTTGTTACCTCATACAGGTACGAA
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DS 

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GACATACCATGAAGCCTGTGGAGAAGACCTTCTCAAGACTCTTGACAAGGAACTCACTAG
CGACTTCGAGAGAGCCATCTTGCTCTGGACCCTTGAACCTGGTGAGCGTGATGCCTTGTT
GGCCAATGAAGCTACCAAAAGATGGACTTCAAGCAACCAAGTGCTCATGGAGGTAGCTTG
CACGAGGACCTCAACGCAGCTGCTTCACGCTAGGCAAGCTTACCATGCTCGTTACAAGAA
GTCTATTGAAGAGGATGTCGCTCACCACACCACCGGTGACTTCAGAAAGCTTTTGGTGTC
TCTTGTTACCTCATACAGGTACGAAGGAGACGAGGTGAACATGACATTGGCGAAGCAAGA
AGCAAAGCTGATCCATGAGAAAATCAAGGACAAGCACTACAGCGATGAGGATGTCATTAG
GATTTTGTC

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DS 

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G
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CTTGACAAGGAACTCACTAGCGACTTCGAGAGAGCCATCTTGCTCTGGACCCTTGAACCC
GGTGAGCGTGATGCCTTGTTGGCCAATGAAGCTACCAAAAGATGGACTTCAAGCAACCAA
GTGCTTATGGAAGTAGCCTGCACAAGGACCTCAACGCAGCTGCTTCACGCTAGGCAAGCT
TACCATGCTCGTTACAAGAAGTCTATTGAAGAGGATGTCGCTCACCACACCACCGGTGAC
TTCGGAAAGCTTTTGGTCTCTCTTGTTACCTCATACAGGTACGAAGGAGACGAGGTGAAC
ATGACATTGGCGAAGCAAGAAGCAAAGCTGATCCATGAGAAAATCAAGGACAAGCACTAC
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TTCAATCGCTACCAAGATGAGCACGGCGAGGAGATCCTCAAGAGTCTTGAGGAAAGAGAT
GAGGACGACAAGTTCCTCGGACTGTTGAGGTCAAC

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DS 

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AAAATGGCGACCCTTAAGGTTCCATCTCATGTTCCTTCCCCATCCGAAGATGCTGAGCAA
CTGAAAAGCGCCTTTGAGGGATGGGGTACCAACGAGGACTTGATCATATCAATTTTGGCA
CACAGAAGCGCTGAACAGAGGAAGCTGATCAGGCAGACATACCATGAAGCCTGTGGAGAA
GACCTTCTCAAGACTCTTGACAAGGAACTCACTAGCGACTTCGAGAGAGCCATCTTGCTC
TGGACCCTTGAACCCGGTGAGCGTGATGCCTTGTTGGCCAATGAAGCTACCAAAAGATGG
ACTTCAAGCAACCAAGTGCTTATGGAAGTAGCCTGCACAAGGACCTCAACGCAGCTGCTT
CACGCTAGGCAAGCTTACCATGCTCGTTACAAGAAGTCTATTGAAGAGGATGTCGCTCAC
CACACCACCGGTGACTTCAGAAAGCTTTTGGTCTCTCTTGTTACCTCATACAGGTACGAA
GGAGACGAGGTGAACATGACATTGGCGAAGCAAGAAGCAAAGCTGATCCATGAGAAAATC
AAGGACAAGCACTACAGCGATGAGGATGTCATTAGGATTTTGTCCACAAGGAGCAGAGCT
CAGATCAATGCTACTTTCAATCGCTACCAAGATGAGCACGGCGAGGAGATCCTCAAGAGT
CTTGAGGAAGGAGATGAGGACGACAAGTTCCTCGGACTGTTGAG*TCAACCATTCAATGC
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TCAAGACTCTTGACAAGGAACTCACTAGCGACTTCGAGAGATCCATCTTGCTCTGGACCC
TTGAACCCGGTGAGCGCGATGCCTTGTTGGCCAATGAAGCTACCAAAAGATGGACTTCAA
GCAACCAAGTGCTTATGGAAGTAGCCTGCACAAGGACCTCAACGCAGCTGCTTCACGCTA
GGCAAGCTTACCATGCTCGTTACAAGAAGTCTATTGAAGAGGATGTCGCTCACCACACCA
CCGGTGACTTCAGAAAGCTTTTGGTCTCTCTTGTTACCTCATACAGGTACGAAGGAGACG
AGGTGAACATGACATTGGCGAAGCAAGAAGCAAAGCTGATCCATGAGAAAATCAAGGACA
AGCACTACAGCGATGAGGATGTCATTAGGATTTTGTCCACAAGGAGCAGAGCTCAGATCA
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AAGGAGATGAGGACGACAAGTTCCTCGGACTGTTGAGGTCAACCATTCAATGCTTGACAA
GACCAGAGCTCTACTTTGTGGATGTTCTTCGTTCTGCTATCAACAAAACCGAAACAGACG
AAAGAGCTCTCACTAGAATTGTGACTACAAGAGCTGAGATTTACTTGAAG*TGATCGGAG
ACGAGTATC

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DS 

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ACCTCAACGCAGCTGCTTCACGCTAGGCAAGCTTACCATGCTCGTTACAAGAAGTCTATT
GAAGAGGATGTCGCTCACCACACCACCGGTGACTTCAGAAAGCTTTTGGTCTCTCTTGTT
ACCTCATACAGGTACGAAGGAGACGAGGTGAACATGACATTGGCGAAGCAAGAAGCAAAG
CTGATCCATGAGAAAATCAAGGACAAGCACTACAGCGATGAGGATGTCATTAGGATTTTG
TCCACAAGGAGCAGAGCTCAGATCAATGCTACTTTCAATCGCTACCAAGATGAGCACGGC
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AGGTCAACCATTCAATGCTTGACAAGACCAGAGCTCTACTTTGTGGATGTTCTTCGTTCT
GCTATCAACAAAACCGGAACAGACGAAGGAGCTCTCACTAGAATTGTGACTACAAGAGCT
GAGATTGACTTGAAGGTGATCGGAGACGAGTATCAGAGGAGGAACAGCATTCCACTGGAG
AAGGCCGTTACCAAAGACACTCGCGGAGATTACGAGAAGATGCTCGTCGCACTTCTCGGT
GAAGATGGTGCTTAAATCCTCTAGAGAGAAACAAAAGCTTCGCTGGCTTCTGTTTTCTCT
CATCTCCCTCTCTCTTTCTTGTCTTGAAATCGTTTGATTCTGTTCTTTGAAAACTTGTCT
GTTGTTTCTATTGTGTGTTTTGAGTTTCCAAATAATGCGCGAGAGAAAAAGAGAGTCTGT
CTGTTAAGTTATTTAAACTAATAAAAATAATGCTT
TC

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CTCTACTTTGTGGATGTTCTTCGTTCTGCTATCAACAAAACCGGAACAGACGGAGGAGCT
CTCACTAGAATTGTGACTACAAGAGCTGAGATTGACTTGAAGGTGATCGGAGACGAGTAT
CAGAGGAGGAACAGCATTCCACTGGAGAAGGCCGTTACCAAAGACACTCGCGGAGATTAC
GAGAAGATGCTCGTCGCACTTCTCGGTGAAGATGATGCTTAAATCCTCTAGAGAGAAACA
AAAGCTTCGCTGGTTTCTGTTTTCTCTCATCTCCCTCTCTCTTTCTTGTCTTGAAATCGT
TTGATTCTGTTCTTTGAAAACTTGTCTGTTGTTTCTATTGTGTGTTTTGAGTTTCCAAAT
AATGCGCGAGAGAGAAAGAGAGTCTGTCTGTTAAGTTATTTAAACTAATAAAAATAATGC
TT
TC

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR3AS78TF 682 0 0
G
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TGATCCATGAGAAAATCAAGGACAAGCACTACAGCGATGAGGATGTCATTAGGATTTTGT
CCACAAGGAGCAGAGCTCAGATCAATGCTACTTTCAATCGCTACCAAGATGAGCACGGCG
AGGAGATCCTCAAGAGTCTTGAGGAAGGAGATGAGGACGACAAGTTCCTCGGACTGTTGA
GGTCAACCATTCAATGCTTGACAAGACCAGAGCTCTACTTTGTGGATGTTCTTCGTTCTG
CTATCAACAAAACCGGAACAGACGAAGGAGCTCTCACTAGAATTGTGACTACAAGAGCTG
AGATTGACTTGAAGGTGATCGGAGACGAGTATCAGAGGAGGATCAGCATTCCACTGGAGA
ATGCCGTTACCAAAGACACTCGCGGAGATTACGAGAAGATGCTCGTCGCACTTCTCGGTG
AAGATGATGCTTAAATCCTCTAGAGAGAAACAAAAGCTTCGCTGGCTTCTGTTTTCTCTC
ATCTCCCTCTCTCTTTCTTGTCTTGAAATCGTTTGATTCTGTTCTTTGAAAACTTGTCTG
TTGTTTCTATTGTGTGTTTTGAGTTTCCAAATAATGCGCGAGAGAGAAAGAGAGTCTGTC
TGTTAAGTTATTTAGACTAAT

QA 2 682 2 682
DS 

RD RR3C106JQ 743 0 0
TCACCACACCACCGGTGACTTCAGAAAGCTTTTGGTCTCTCTTGTTACCTCATACAGGTA
CGAAGGAGACGAGGTGAACATGACATTGGCGAAGCAAGAAGCAAAGCTGATCCATGAGAA
AATCAAGGACAAGCACTACAGCGATGAGGATGTCATTAGGATTTTGTCCACAAGGAGCAG
AGCTCAGATCAATGCTACTTTCAATCGCTACCAAGATGAGCACGGCGAGGAGATCCTCAA
GAGTCTTGAGGAAGGAGATGAGGACGACAAGTTCCTCGGACTGTTGAGGTCAACCATTCA
ATGCTTGACAAGACCAGAGCTCTACTTTGTGGATGTTCTTCGTTCTGCTATCAACAAAAC
CGAAACAGACGAAGGAGCTCTCACTAGAATTGTGACTACAAGAGCTGAGATTTACTTGAA
GGTGATCGGAGACGAGTATCAGAGGAGGAACAGCATTCCACTGGAGAAGGCCGTTACCAA
AGACACTCGCGGAGATTACGAGAAGATGCTCGTCGCACTTCTCGGTGAAGATGATGCTTA
AATCCTCTAGAGAGAAACAAAAGCTTCGCTGGCTTCTGTTTTCTCTCATCTCCCTCTCTC
TTTCTTGTCTTGAAATCGTTTGATTCTGTTCTTTGAAAACTTGTCTGTTGTTTCTATTGT
GTGTTTTGAGTTTCCAAATAATGCGCGAGAGAGAAAGAGAGTCTGTCTGTTAAGTTATTT
AAACTAATAAAAATAATGCTT
TC

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DS 

RD RR3AS78JQ 610 0 0
CACTACAGCGATGAGGATGTCATTAGGATTTTGTCCACAAGGAGCAGAGCTCAGATCAAT
GCTACTTTCAATCGCTACCAAGATGAGCACGGCGAGGAGATCCTCAAGAGTCTTGAGGAA
GGAGATGAGGACGACAAGTTCCTCGGACTGTTGAGGTCAACCATTCAATGCTTGACAAGA
CCAGAGCTTTACTTTGTGGATGTTTTTCGTTCTGCTATCAACAAAACCGGAACAGACGAA
GGAGCTCTCACTAGAATTGTGACTACAAGAGCTGAGATTGACTTGAAGGTGATCGGAGAC
GAGTATCAGAGGAGGATCAGCATTCCACTGGAGAATGCCGTTACCAAAGACACTCGCGGA
GATTACGAGAAGATGCTCGTCGCACTTCTCGGTGAAGATGATGCTTAAATCCTCTAGAGA
GAAACAAAAGCTTCGCTGGCTTCTGTTTTCTCTCATCTCCCTCTCTCTTTCTTGTCTTGA
AATCGTTTGATTCTGTTCTTTGAAAACTTGTCTGTTGTTTCTATTGTGTGTTTTGAGTTT
CCAAATAATGCGCGAGAGAGAAAGAGAGTCTGTCTGTTAAGTTATTTAGACTAATAAAAA
TAATGCTTCC

QA 1 610 1 610
DS 



CO CL52Contig2 1314 2 2 U
GGGACATGTCGGAAAGCATGCAAGAGGCCATGCTCCGTTCCAACTTGGAAACTAGGCAAC
TTACTCCATTCGTCTACCACGCAATGACTTATGCTCAAAGACATTTTTCTTTTACATGCA
GTGGTGTAGGGTATACTAGAAAAGAAGTCCCGCTTCATGTTTTACCGACTTCATCACTTC
TTCAGCTCAGTTCACCTTTAGCCTCTTTTAAAGATCTGCAACGAGTGCTCTACGAGGAGG
AACGAGCAGCATACCACCAATCCGTCCTGCAAAGCATGAGGTTTCTTTATTTTTAAAAAG
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TCTTGATTCTTCTCTAGAAATGGAAAAGTTCATCCCCTTGCTTTCATTCACAACACATCA
ACGTATCAGGCTTCCATGTGCAAGCTGATTGAGTACTGGTTAGTGAAAAGAGTGTGTAAA
ACATTGAAACTGGGTTTTGTGTTATTTGTTGGGATTTTACATACGTAGAGGCTTTTTTTT
GCAGCTTGAGTCCTGCTGTAAACGCACTTCAAGATAAGCTGAGGGAAAACAAGATCCGGG
TATGAATGATTCTCCTTATAAGTAACTGGCTCCATGGATATTGGTTGTGTTTTTGTTTTT
AAAGAAAAAAAAACTGTTGTGTGTTGAGCAGTTAGCAATGCTGATGAATGAAGCTGAGGC
TCTGGAATCACATAAACTTAAAGGAGCAGAGCTCAGATCAATGCTACTTTCAATCGCTAC
CAAGATGAGCACGGCGAGGAAATCCTCAAGAGTCTTGAGGAAGGAGATGAGGACGACAAG
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GATGTTCTTCGTTCCGCTATCAACAAAACCGGAACAGACGAAGGAGCTCTCACTAGAATT
GTGACTACAAGAGCTGAGATTGACTTGAAGGTGATCGGAGAAGAGTATCAGAGGAGGAAC
AGCATTCCACTGGAGAAGGCAATTACCAAAGACACTCGCGGAAATTACGAGAAGATGCTC
GTCGCACTTCTCGGTGAAGATGATGCTTAAATCCTCTAGAGGAGAAGCAAAAGCTTCGCT
GGCTTCTGTTTTCTCTCATCTCCGTCTCTCTTTCTCGTCTTGAAATCGTTTGATTCTGTT
CTTTGAAAACTTGTCTGTTGTTTCTGTTGTGTGTTTTGAGTTTCCAAATAATGCGCGAGA
GAGAAAGAGAGTCTTTCTGTTAAGTTATTATAAACTAATAAAAGTAATGCCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CR01TF U 1
AF RR3CR01JQ C 541
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BS 637 1314 RR3CR01JQ

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TCTTGATTCTTCTCTAGAAATGGAAAAGTTCATCCCCTTGCTTTCATTCACAACACATCA
ACGTATCAGGCTTCCATGTGCAAGCTGATTGAGTACTGGTTAGTGAAAAGAGTGTGTAAA
ACATTGAAACTGGGTTTTGTGTTATTTGTTGGGATTTTACATACGTAGAGGCTTTTTTTT
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TATGAATGATTCTCCTTATAAGTAACTGGCTCCATG

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3CR01JQ 774 0 0
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TATGAATGATTCTCCTTATAAGTAACTGGCTCCATGGATATTGGTTGTGTTTTTGTTTTT
AAAGAAAAAAAAACTGTTGTGTGTTGAGCAGTTAGCAATGCTGATGAATGAAGCTGAGGC
TCTGGAATCACATAAACTTAAAGGAGCAGAGCTCAGATCAATGCTACTTTCAATCGCTAC
CAAGATGAGCACGGCGAGGAAATCCTCAAGAGTCTTGAGGAAGGAGATGAGGACGACAAG
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GATGTTCTTCGTTCCGCTATCAACAAAACCGGAACAGACGAAGGAGCTCTCACTAGAATT
GTGACTACAAGAGCTGAGATTGACTTGAAGGTGATCGGAGAAGAGTATCAGAGGAGGAAC
AGCATTCCACTGGAGAAGGCAATTACCAAAGACACTCGCGGAAATTACGAGAAGATGCTC
GTCGCACTTCTCGGTGAAGATGATGCTTAAATCCTCTAGAGGAGAAGCAAAAGCTTCGCT
GGCTTCTGTTTTCTCTCATCTCCGTCTCTCTTTCTCGTCTTGAAATCGTTTGATTCTGTT
CTTTGAAAACTTGTCTGTTGTTTCTGTTGTGTGTTTTGAGTTTCCAAATAATGCGCGAGA
GAGAAAGAGAGTCTTTCTGTTAAGTTATTATAAACTAATAAAAGTAATGCCTTC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 2 16

CO CL53Contig1 1007 6 26 U
GGCTCTTATCTGAAACTAGAGACTGTTGTCAAAGCAAAACTAAAAGTCATCTTCTTCGTC
ACCAATCAATGGCGTCTTTGTCTTCAATGCAGATGGTTCACACTTCTCAGATTGTTGTTA
AGTCGCGGTTAGTTTCAGCAAACCGAACATCTCAACCAGTTTGTGTCGGAGCTCGTTCCT
CTGGTTCTGCATTGTCTTCGAGACTACACTATGCAGCAAGTTTCCCTCTTAAGCAATTCT
CCGGAGCTTATGCGACTATCAAGAAACAAAGAACAGCTTGTGTCAAATCAATGGCTGCTG
AGGAAGAAGAAGTGCTAGAACCTCCTCAGGCTAAAGTGACACACAAGGTTTACTTTGATG
TGGAGATTTGTGGTGAAGTCGCTGGAAGGATTGTGATAGGTCTGTTTGGTGATGTCGTGC
CTAAAACCGTTGAAAATTTCCGTGTCTTGTGTACTGGTGAGAAGAAGTATGGATACAAGG
GTTCTTCCTTCCATCGTATCATCAAAGATTTCATGATCCAAGGAGGTGACCTCACTGAGG
GAAATGGTACTGGAGGTATTAGTATCTACGGTGCCAAATTCGAAGACGAAAACTTCACAT
TGAAGCATACTGGACCTGGAATCCTGAGTATGGCCAATGCTGGTCCTAATACTAATGGAA
GCCAGTTCTTCATTTGCACTGTCCAAACTTCATGGTTAGATAACAAGCATGTTGTGTTCG
GACAAGTCCTTGAAGGTATGAAGCTTGTGAGGACACTTGAATCTCAGGAGACACGCGCCT
TCAATGTTCCCAAGAAAGGTTGCAGAATCTATGCCTGTGGAGAGCTCCCACTTGAAGCTT
GAAGCCTTCAATGTTGTATCCTTGTTTTTGCTATTATGAGAGTTTCAAGTTATGATGGTC
TTATGTTTTTATTTATTTATGATTACATATGAGTTTGAAAGTACAATGAAAGGTTCCTCT
TAATCACATGTAAGATTCTTATTTAAAGTGTCTGTCTTTTAAGCTTG


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL74TF U 1
AF RR3AQ43TF U 6
AF RR3CB50TF U 6
AF RR3AQ43JQ C 63
AF RR3CB50JQ C 183
AF RR3EL74JQ C 254
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BS 128 368 RR3EL74TF
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BS 579 687 RR3EL74TF
BS 688 735 RR3AQ43TF
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BS 831 965 RR3AQ43JQ
BS 966 1007 RR3EL74JQ

RD RR3EL74TF 687 0 0
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ACCAATCAATGGCGTCTTTGTCTTCAATGCAGATGGTTCACACTTCTCAGATTGTTGTTA
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CTGGTTCTGCATTGTCTTCGAGACTACACTATGCAGCAAGTTTCCCTCTTAAGCAATTCT
CCGGAGCTTATGCGACTATCAAGAAACAAAGAACAGCTTGTGTCAAATCAATGGCTGCTG
AGGAAGAAGAAGTGCTAGAACCTCCTCAGGCTAAAGTGACACACAAGGTTTACTTTGATG
TGGAGATTGGTGGTGAAGTCGCTGGAAGGATTGTGATGGGTCTGTTTGGTGATGTCGTGC
CTAAAACCGTTGAAAATTTCCGTGTCTTGTGTACTGGTGAGAAGAAGTATGGATACAAGG
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GAAATGGTACTGGAGGTATTAGTATCTACGGTGCCAATTTCGAAGACGAAAACTTCACAT
TGAAGCATACTGGACCTGGAATCCTGAGTATGGCCAATGCTGGTCCTAATACTAATGGAA
GCCAGTTCTTCATTTGCACTGTCCAAA

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DS 

RD RR3AQ43TF 775 0 0
GG
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AGAAGTGCTAGAACCTCCTCAGGCTAAAGTGACACACAAGGTTTACTTTGATGTGGAGAT
TTGTGGTGAAGTCGCTGGAAGGATTGTGATAGGTCTGTTTGGTGATGTCGTGCCTAAAAC
CGTTGAAAATTTCCGTGTCTTGTGTACTGGTGAGAAGAAGTATGGATACAAGGGTTCTTC
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TACTGGAGGTATTAGTATCTACGGTGCCAAATTCGAAGACGAAAACTTCACATTGAAGCA
TACTGGACCTGGAATCCTGAGTATGGCCAATGCTGGTCCTAATACTAATGGAAGCCAGTT
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CCTTGAAG*TATGAAGCTTGTGAG*ACACTTGAATCTCAG*AGACACGCGCCT

QA 3 775 3 775
DS 

RD RR3CB50TF 825 0 0
GG
ATCTGAAACTAGAGACTGTTGTCAAAGCAAAACTAAAAGTCATCTTCTTCGTCACCAATC
AATGGCGTCTTTGTCTTCAATGCAGATGGTTCACACTTCTCAGATTGTTGTTAAGTCGCG
GTTAGTTTCAGCAAACCGAACATCTCAACCAGTTTGTGTCGGAGCTCGTTCCTCTGGTTC
TGCATTGTCTTCGAGACTACACTATGCAGCAAGTTTCCCTCTTAAGCAATTCTCCGGAGC
TTATGCGACTATCAAGAAACAAAGAACAGCTTGTGTCAAATCAATGGCTGCTGAGGAAGA
AGAAGTGCTAGAACCTCCTCAGGCTAAAGTGACACACAAGGTTTACTTTGATGTGGAGAT
TTGTGGTGAAGTCGCTGGAAGGATTGTGATAGGTCTGTTTGGTGATGTCGTGCCTAAAAC
CGTTGAAAATTTCCGTGTCTTGTGTACTGGTGAGAAGAAGTATGGATACAAGGGTTCTTC
CTTCCATCGTATCATCAAAGATTTCATGATCCAAGGAGGTGACCTCACTGAGGGAAATGG
TACTGGAGGTATTAGTATCTACGGTGCCAAATTCGAAGACGAAAACTTCACATTGAAGCA
TACTGGACCTGGAATCCTGAGTATGGCCAATGCTGGTCCTAATACTAATGGAAGCCAGTT
CTTCATTTGCACTGTCCAAACTTCATGGTTAGATAACAAGCATGTTGTGTTCGGACAAGT
CCTTGAAG*TATGAAGCTTGTGAG*ACACTTGAATCTCAG*AGACACGCGCTTC**ATGT
TCCCAAGAAAG**TGCA*AATCTATGCCTGTGGAGAGCTCCCA

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DS 

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AAAACCGTTGAAAATTTCCGTGTCTTGTGTACTGGTGAGAAGAAGTATGGATACAAGGGT
TCTTCCTTCCATCGTATCATCAAAGATTTCATGATCCAAGGAGGTGACCTCACTGAGGGA
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ATGTTTTTATTTATTTATGATTACATATGAGTTTGAAAGTACAATGAAAGGTTCCTCTTA
ATC
G

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DS 

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GGAGCTTATGCGACTATCAAGAAACAAAGAACAGCTTGTGTCAAATCAATGGCTGCTGAG
GAAGAAGAAGTGCTAGAACCTCCTCAGGCTAAAGTGACACACAAGGTTTACTTTGATGTG
GAGATTTGTGGTGAAGTCGCTGGAAGGATTGTGATAGGTCTGTTTGGTGATGTCGTGCCT
AAAACCGTTGAAAATTTCCGTGTCTTGTGTACTGGTGAGAAGAAGTATGGATACAAGGGT
TCTTCCTTCCATCGTATCATCAAAGATTTCATGATCCAAGGAGGTGACCTCACTGAGGGA
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AAGCATACTGGACCTGGAATCCTGAGTATGGCCAATGCTGGTCCTAATACTAATGGAAGC
CAGTTCTTCATTTGCACTGTCCAAACTTCATGGTTAGATAACAAGCATGTTGTGTTCGGA
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AATGTTCCCAAGAAAGGTTGCAGAATCTATGCCTGTGGAGAGCTCCCACTTGAAGCTTGA
AGCCTTCAATGTTGTATCCTTGTTTTTGCTATTATGAGAGTTTCAAGTTATGATGGTCTT
ATGTTTTTATTTATTTATGATTACATATGAGTTTGAAAGTACAATGAAAGGTTCCTCTTA
ATC
G

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DS 

RD RR3EL74JQ 754 0 0
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GCTAGAACCTCCTCAGGCTAAAGTGACACACAAGGTTTACTTTGATGTGGAGATTGGTGG
TGAAGTCGCTGGAAGGATTGTGATGGGTCTGTTTGGTGATGTCGTGCCTAAAACCGTTGA
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AGGTATTAGTATCTACGGTGCCAATTTCGAAGACGAAAACTTCACATTGAAGCATACTGG
ACCTGGAATCCTGAGTATGGCCAATGCTGGTCCTAATACTAATGGAAGCCAGTTCTTCAT
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AGGTATGAAGCTTGTGAGGACACTTGAATCTCAGGAGACACGCGCCTTCAATGTTCCCAA
GAAAGGTTGCAGAATCTATGCCTGTGGAGAGCTCCCACTTGAAGCTTGAAGCCTTCAATG
TTGTATCTTTGTTTTTGCTATTATGAGAGTTTCAAGTTATGATGGTCTTATGTTTTTATT
TATTTATGATTACATATGAGTTTGAAAGTACAATGAAAGGTTCCTCTTAATCACATGTAA
GATTCTTATTTAAAGTGTCTGTCTTTTAAGCTTG

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DS 



CO CL53Contig2 1796 10 6 U
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AGGATGAATGAATTTGGAGCTAAGTACGAGTGTTTGTTCTTTGATATGGACGATACTCTA
TACCCTTTGAGCATCGGAATCAACTTAGCTTGTCGAAACAACATCCAAGAGTTCATGCTT
AATCAGCTCGGAATCGAAGAGAGTGAAGTTCCAAAGATGTGTCTTGATCTTTACAAAGAA
TATGGAACCACCATGGCTGGTCTCAAGCTCATGGGTTACGAGTTCGACAACGATGAGTTT
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GAAACACTGAACCCTTCTTCTAACACTAACACTCAGATCCTCTGTAAACCCTCTGTTCAA
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GATGACAGTGTTCGTAACATCGCTAGTGCTAAAGCAGCAGGGCTCAAAACCGTGTTCGTG
GGTGACTCGGTGCTAGTTCCAGGTGCAGACTATGCGCTAAGCAGCATTCACAACATAAAG
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ACATTGTACTTTCAAACTCATGTAATCATAAATAAATAAAAACATAAGACCATAACTCTT
GAAACTCTCATAATAGCAAAAACAAAAATGGGCAATGACAATGGAGTGGGGGTTTCAAGC
TTCAAGTGGGAGCTCTCCACAGGCATAGATTCTGCAACCTTTCTTGGGAACATTGAAGGC
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CACAACATGCTTGTTATCTAACCATGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCC
ATTAGTATTAGGACCAGCGTTTGCCATGCTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGT
GAAGTTTTCATCTTCGAATTTGGCACCGTAGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTC
GGTGAAGTCACCTCCTTGGATCATGAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTT
GTACCCATACTTCTTCTCACCAGTACACAAGACACGGAAGTTCTCAACGGTTTTAGGCAC
GACATCACCAAACAGACCCATCACAATTCTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATC
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AGCCATTGATTTGACACAAGCTGTTCTTTGGTTCTTGATGGTCGCATAAGCTCCGGAGAA
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GATGGAGCGAGAAGTGTGAACCATCTGCATTGAAGACAAAGACGCCATTGATTGGTGACG
AAGAAATGACTTTAGTTTTGCTTTTCACAACAGTCTCTAGTTTCAGATAAGAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EQ69TF U 55
AF RR3GZ52TF U 1
AF RR3EQ69JQ C 460
AF RR3GZ52JQ C 193
AF RR3FO86JQ U 805
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AF RR3B009TF C 1005
AF RR3FO86TF C 1050
AF RR3F177TF C 1032
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BS 805 926 RR3B009JQ
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RD RR3EQ69TF 545 0 0
G
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CTCTATACCCTTTGAGCATCGGAATCAACTTAGCTTGTCGAAACAACATCCAAGAGTTCA
TGCTTAATCAGCTCGGAATCGAAGAGAGTGAAGTTCCAAAGATGTTTCTTGATCTTTACA
AAGAATATGGAACCACCATGGCTGGTCTCAAGCTCATGGGTTACGAGTTCGACAACGATG
AGTTTCATGAATATGTGCATGGAAGACTTCCGTACGAGAAACTAAAGCCTGATCCCATCC
TCCGTAACCTTCTCCTCTCTATGCCTCACCGTAAGATCATCTTTACTAATGCAGACAAAG
CTCACGCGACGCGAACTCTTAACCGTTTGGGTCTAGAGGACTGCTTCGAAGGAATCATTT
GCTTCGAAACACTGAACCCTTCTTCTAACACTAACACTCAGATCCTCTGTAAACCCTCTG
TTCAAGCCTTTGAAGCCGCCATACGCATAGTAGGCATCGTTGATCCACGCAAAACGATGT
TCTT

QA 2 545 2 545
DS 

RD RR3GZ52TF 636 0 0
GGAAGCTCTCACTAAATATATCTCTTAACTCTATTCTTCTTGTTCTTCTTCACGAGATTA
AGGATGAATGAATTTGGAGCTAAGTACGAGTGTTTGTTCTTTGATATGGACGATACTCTA
TACCCTTTGAGCATCGGAATCAACTTAGCTTGTCGAAACAACATCCAAGAGTTCATGCTT
AATCAGCTCGGAATCGAAGAGAGTGAAGTTCCAAAGATGTGTCTTGATCTTTACAAAGAA
TATGGAACCACCATGGCTGGTCTCAAGCTCATGGGTTACGAGTTCGACAACGATGAGTTT
CATGAATATGTGCATGGAAGACTTCCGTACGAGAAACTAAAGCCTGATCCCATCCTCCGT
AACCTTCTCCTCTCTATGCCTCACCGTAAGATCATCTTTACTAATGCAGACAAATCTCAC
GCGACGCGAACTCTTAACCGTTTGGGTCTAGAGGACTGCTTCGAAGGAATCATTTGCTTC
GAAACACTGAACCCTTCTTCTAACACTAACACTCAGATCCTCTGTAAACCCTCTGTTCAA
GCCTTTGAAGCCGCCATACGCATAGTAGGCATCGTTGATCCACGCAAAACGATGTTCTTC
GATGACAGTGTTCGTAACATCGCTAGTGCTAAAGCA

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DS 

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CTCTGTAAACCCTCTGTTCAAGCCTTTGAAGCCGCCATACGCATAGTAGGCATCGTTGAT
CCACGCAAAACGATGTTCTTCGATGACAGTGTTCGTAACATCGCTAGTGCTAAAGCAGCA
GGGCTCAAAACCGTGTTCGTGGGTGACTCGGTGCTAGTTCCAGGTGCAGACTATGCGCTA
AGCAGCATTCACAACATAAAGGAAGCGATACCTGATCTTTGGGAAGACAACAAAGATGAG
AAGGTGGAGCCAATTGTTCAGAAAGTGGCGGTTGAAACCATGGTTCAAGCTTAAAAGACA
GACACTTTAAATAAGAATCTTACATTGTACTTTCAAACTCATGTAATCAT

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DS 

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ATGGCTGGTCTCAAGCTCATGGGTTACGAGTTCGACAACGATGAGTTTCATGAATATGTG
CATGGAAGACTTCCGTACGAGAAACTAAAGCCTGATCCCATCCTCCGTAACCTTCTCCTC
TCTATGCCTCACCGTAAGATCATCTTTACTAATGCAGACAAATCTCACGCGACGCGAACT
CTTAACCGTTTGGGTCTAGAGGACTGCTTCGAAGGAATCATTTGCTTCGAAACACTGAAC
CCTTCTTCTAACACTAACACTCAGATCCTCTGTAAACCCTCTGTTCAAGCCTTTGAAGCC
GCCATACGCATAGTAGGCATCGTTGATCCACGCAAAACGATGTTCTTCGATGACAGTGTT
CGTAACATCGCTAGTGCTAAAGCAGCAGGGCTCAAAACCGTGTTCGTGGGTGACTCGGTG
CTAGTTCCAGGTGCAGACTATGCGCTAAGCAGCATTCACAACATAAAGGAAGCGATACCT
GATCTTTGGGAAGACAACAAAGATGAGAAGGTGGAGCCAATTGTTCAGAAAGTGGCGGTT
GAAACCATGGTTCAAGCTTAAAAGACAGACACTTTAAATAAGAATCTTACATTGTACTTT
CAAACTCATGTAATCATAAATAAATAAAAACATAAGACCATAACTCTTGAAAC
C

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DS 

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ATCATAAATAAATAAAAACATAAAACCATAACTCTTGAAACTCTCATAATAGCAAAAACA
AAAATGGGCAATGACAATGGAGTGGGGGTTTCAAGCTTCAAGTGGGAGCTCTCCACAGGC
ATAAATTCTGCAACCTTTCTTGGGAACATTGAAGGCGCGTGTCTCCTGAAATTCAAGTGT
CCTCACAAGCTTCATACCTTCAAGGACTTGTCCAAACACAACATGCTTGTTATCTAACCA
TGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAAAACTGGCTTCCATTAATATTAGGACCAGCGTTTGC
CATGCTCAAAATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCATCTTCAAATTTGGC
ACCGTAAATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCAT
GAAATCTTTGATGA

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DS 

RD RR3F177JQ 575 0 0
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ATCATAAATAAATAAAAACATAAGACCATAACTCTTGAAACTCTCATAATAGCAAAAACA
AAAATGGGCAATGACAATGGAGTGGGGGTTTCAAGCTTCAAGTGGGAGCTCTCCACAGGC
ATAGATTCTGCAACCTTTCTTGGGAACATTGAAGGCGCGTGTCTCCTGAAATTCAAGTGT
CCTCACAAGCTTCATACCTTCAAGGACTTGTCCAAACACAACATGCTTGTTATCTAACCA
TGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAAAACTGGCTTCCATTAGTATTAGGACCAGCGTTTGC
CATGCTCAAAATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCATCTTCGAATTTGGC
ACCGTAAATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCAT
GAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAAAACCCTTGTACCCATACTTCTTCTCACCAGT
ACAAAAGACACGGAAGTTCTCAACGGTTTTAGGCA

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DS 

RD RR3B009JQ 805 0 0
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ATCATAAATAAATAAAAACATAAGACCATAACTCTTGAAACTCTCATAATAGCAAAAACA
AAGATGGGCAATGACAATGGAGTGGGGGTTTCAAGCTTCAAGTGGGAGCTCTCCACAGGC
ATAGATTCTGCAACCTTTCTTGGGAACATTGAAGGCGCGTGTCTCCTGAGATTCAAGTGT
CCTCACAAGCTTCATACCTTCAAGGACTTGTCCAAACACAACATGCTTGTTATCTAACCA
TGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTATTAGGACCAGCGTTTGC
CATGCTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCATCTTCGAATTTGGC
ACCGTAGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCAT
GAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTACCCATACTTCTTCTCACCAGT
ACACAAGACACGGAAGTTCTCAACGGTTTTAGGCACGACATCACCAAACAGACCCATCAC
AATTCTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTGTGTGTCACTTT
AGCCTGAGGAGGTTCTAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTTGACACAAGCTGT
TCTTTGGTTCTTGATGGTCGCATAAGCTCCGGAGAATTGCTTAAGAGGGAAACTTGCTGC
ATAGTGTAGTCTCGAAGACAATGCA

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DS 

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CAAGGACTTGTCCAAACACAACATGCTTGTTATCTAACCATGAAGTTTGGACAGTGCAAA
TGAAGAACTGGCTTCCATTAGTATTAGGACCAGCGTTTGCCATGCTCAAGATTCCAGGTC
CAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCATCTTCGAATTTGGCACCGTAGATACTAATACCTC
CAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCATGAAATCTTTGATGATACGAT
GGAAGGAAGAACCCTTGTACCCATACTTCTTCTCACCAGTACACAAGACACGGAAGTTCT
CAACGGTTTTAGGCACGACATCACCAAACAGACCCATCACAATTCTTCCAGCGACTTCAC
CACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTGTGTGTCACTTTAGCCTGAGGAGGTTCTAGCA
CTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTTGACACAAGCTGTTCTTTGGTTCTTGATGGTCG
CATAAGCTCCGGAGAATTGCTTAAGAGGGAAACTTGCTGCATAGTGTAGTCTCGAAGACA
ATGCAGAACCGCCGACACAAACTGATTGAGTTGTTTGCTTTGCAGAAACTAACTGCGATT
TGACAACAATCTGAGAGATGGAGCGAGAAGTGTGAACCATCTGCATTGAAGACAAAGACG
CCATTGATTGGTGACGAAGAAATGACTTTAGTTTTGCTTTTCACAACAGTCTCTAGTTTC
AGATAAGAGTCC

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3FO86TF 747 0 0
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TTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTATTAGGACCAGCGTTTGCCATGC
TCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCATCTTCGAATTTGGCACCGT
AGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCACCTCCTTGGATCATGAAAT
CTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTACCCATACTTCTTCTCACCAGTACACA
AGACACGGAAGTTCTCAACGGTTTTAGGCACGACATCACCAAACAGACCCATCACAATTC
TTCCAGCGACTTTACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCTTGTGTGTCACTTTAGCCT
GAGGAGGTTCTAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATTTGACACAAGCTGTTCTTT
GGTTCTTGATGGTCGCATAAGCTCCGGAGAATTGCTTAAGAGGGAAACTTGCTGCATAGT
GTAGTCTCGAAGACAATGCAGAACCGCCGACACAAACTGATTGAGTTGTTTGCTTTGCAG
AAACTAACTGCGATTTGACAACAATCTGAGAGATGGAGCGAGAAGTGTGAACCATCTGCA
TTGAAGACAAAGACGCCATTGATTGGTGACGAAGAAATGACTTTAGTTTTGCTTTTCACA
ACAGTCTCTAGTTTCAGATAAGAGTCC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3F177TF 765 0 0
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TGT*ATCTAACCATGAAGTTTGGACAGTGCAAATGAAGAACTGGCTTCCATTAGTATTAG
GACCAGCGTTTGCCATGCTCAAGATTCCAGGTCCAGTATGCTTCAATGTGAAGTTTTCAT
CTTCGAATTTGGCACCGTAGATACTAATACCTCCAGTACCATTTCCCTCGGTGAAGTCAC
CTCCTTGGATCATGAAATCTTTGATGATACGATGGAAGGAAGAACCCTTGTACCCATACT
TCTTCTCACCAGTACAAAAGACACGGAAGTTCTCAACGGTTTTAGGCACGACATCACCAA
ACAGACCCATCACAATTCTTCCAGCGACTTCACCACCAATCTCCACATCAAAGTAAACCT
TGTGTGTCACTTTAGCCTGAGGAGGTTCTAGCACTTCTTCTTCCTCAGCAGCCATTGATT
TGACACAAGCTGTTCTTTGGTTCTTGATGGTCGCATAAGCTCCGGAGAATTGCTTAAGAG
GGAAACTTGCTGCATAGTGTAGTCTCGAAGACAATGCAGAACCGCCGACACAAACTGATT
GAGTTGTTTGCTTTGCAGAAACTAACCGCGATTTGACAACAATCTGAGAGATGGAGCGAG
AAGTGTGAACCATCTGCATTGAAGACAAAGACGCCATTGATTGGTGACGAAGAAATGACT
TTAGTTTTGCTTTTCACAACAGTCTCTAGTTTCAGATAAGAGTCC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 2 15

CO CL54Contig1 989 6 11 U
GAGTGGTGGTGGTGAGAAGTTTCTGGAAATAAAATAACAATGCGAACCATTCTCCAAGGA
AGTCTCCTTCCTCCTCCTCCTATAAAACTCAGCCACTCGTCCCTTCTCTTCTCCCCATCC
CATTCTCATCCCAACTTAAAATTCACATCCAAATCTTCTCCTTCTCCTCCGACAATCACC
ATGGCCAGCATCAAAGTCCACGGAGTCCCCATGTCCACCGCCACCATGCGGGTTCTCGCT
GCTCTTTACGAGAAGGACCTCGACTTCGAGTTGATCCCCGTCGACATGAGAGCCGGTGCT
CACAAGCAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCAAGAC
GGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGCAATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACAGT
GAGAAAGGTGAGAAGCTTATGTGCCCAGGGTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCAAGGTC
TGGCTTAACGTTGAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGCGT
ATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACCACCGATCCAGCCGCTGTCCAGGAGCTAGAAGGC
AAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACGAGGCAAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCCTCGCT
TGTGATTGCTTCACTTTGGCTGATCTCCACCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGATGGGT
ACTGACTCCAAGACACTCTTTGAGTCTCGCCCTAAGGTTGCCGAGTGGGGCAAGAAGATC
ACTGCCAGGCCTGCTTGGGCTAAGGTCGTTGACCTCCAGAAGCAGTAACCAACGAGGCTT
TTGTTTCATTTTAAATAAAATGATTGTACCTCTCTGTGTGTTTTGTGTTAGTATTGTAAT
CTTCTTTTCACTTTCTTACCCTTTTCCTCTGTTTGTGTGTTTGTTGGGTCGTCGTTTATG
TGCAATAAAACAACATTCTGATTATACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ17TF U 37
AF RR3FV27TF U 1
AF RR3EA16TF U 24
AF RR3EZ17JQ C 320
AF RR3EA16JQ C 544
AF RR3FV27JQ C 608
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BS 424 626 RR3FV27TF
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GG
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GTCCCTTCTCTTCTCCCCATCCCATTCTCATCCCAACTTAAAATTCACATCCAAATCTTC
TCCTTCTCCTCCGACAATCACCATGGCCAGCATCAAAGTCCACGGAGTCCCCATGTCCAC
CGCCACCATGCGGGTTCTCGCTGCTCTTTACGAGAAGGACCTCGACTTCGAGTTGATCCC
CGTCGACATGAGAGCCGGTGCTCACAAGCAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGG
TCAAATCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGCAATCACAGA
GTACATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGTGAGAAGCTTATGTGCC

QA 3 409 3 409
DS 

RD RR3FV27TF 626 0 0
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AGTCTCCTTCCTCCTCCTCCTATAAAACTCAGCCACTCGTCCCTTCTCTTCTCCCCATCC
CATTCTCATCCCAACTTAAAATTCACATCCAAATCTTCTCCTTCTCCTCCGACAATCACC
ATGGCCAGCATCAAAGTCCACGGAGTCCCCATGTCCACCGCCACCATGCGGGTTCTCGCT
GCTCTTTACGAGAAGGACCTCGACTTCGAGTTGATCCCCGTCGACATGAGAGCCGGTGCT
CACAAGCAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCAAGAC
GGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGCAATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACAGT
GA*AAAGGTGAGAAGCTTATGTGCCCAGGGTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCAAGGTC
TGGCTTAACGTTGAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGCGT
ATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACCACCGATCCAGCCGCTGTCCAGGAGCTAGAAGGC
AAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTA

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DS 

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GGGAAAT
AAAATAACAATGCGAACCATTCTCCAAGGAAGTCTCCTTCCTCCTCCTCCTATAAAACTC
AGCCACTCGTCCCTTCTCTTCTCCCCATCCCATTCTCATCCCAACTTAAAATTCACATCC
AAATCTTCTCCTTCTCCTCCGACAATCACCATGGCCAGCATCAAAGTCCGCGGAGTCCCC
ATGTCCACCGCCACCATGCGGGTTCTCGCTGCTCTTTACGAG**GGACCTCGACTTCGAG
TTGATCCCCGTCGACATGAGAGCCGGTGCTCACAAGCAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAAC
CCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGCA
ATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGTGAGAAGCTTATGTGCCCAGGG
TGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAACGTTGAAGGTCAACAGTTCGAC
CCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACCACC
GATCCAGCCGCTGTCCAGGAGCTAGAAAGCAAGCTCGTCAGG
TC

QA 8 589 8 589
DS 

RD RR3EZ17JQ 664 0 0
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AGTCACGAGCAATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGTGAGAAGCTTA
TGTGCCCAGGGTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAACGTTGAAGGTC
AACAGTTCGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTG
GCATGACCACCGATCCAGCCGCTGTCCAGGAGCTAGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGG
ATATCTACGAGGCAAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGG
CTGATCTCCACCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGATGGGTACTGACTCCAAGACACTCT
TTGAGTCTCGCCCTAAGGTTGCCGAGTGGTGCGAGAAGATCACTGCCAGGCCTGCTTGGG
CTAAGGTCGTTGACCTCCAGAAGCAGTAACCAACTAGGCTTTTGTTTCATTTTAAATAAA
ATGATTGTACCTCTCTGTGTGTTTTGTGTTAGTATTGTAATCTTCTTTTCACTTTCTTAC
CCTTTTCCTCTGTTTGTGTGTTTGTTGGGTCGTCGTTTATGTGCAATAAAACAAC
ATTCTGATT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3EA16JQ 446 0 0
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CTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACGAGGCAAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCCTCGCTTGT
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GACTCCAAGACACTCTTTGAGTCTCGCCCTAAGGTTGCCGAGTGGGGCAAGAAGATCACT
GCCAGGCCTGCTTGGGCTAAGGTCGTTGACCTCCAGAAGCAGTAACCAACGAGGCTTTTG
TTTCATTTTAAATAAAATGATTGTACCTCTCTGTGTGTTTTGTGTTAGTATTGTAATCTT
CTTTTCACTTTCTTACCCTTTTCCTCTGTTTGTGTGTTTGTTGGGTCGTCGTTTATGTGC
AATAAAACAACATTCTGATTATACCC

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3FV27JQ 382 0 0
TCAGGGTCTTGGATATTTACGAGGCAAGGCTCTCCAAATTTGAGTTCCTCGCTTGTGATT
GCTTCACTTTGGCTGATTTCCACCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGATGGGTACTGACT
CCAAGACACTCTTTGAGTCTCGCCCTAAGGTTGCCGAGTGGGGCAAGAAGATCACTGCCA
GGCCTGCTTGGGCTAAGGTCGTTGACCTCCAGAAGCAGTAACCAACGAGGCTTTTGTTTC
ATTTTAAATAAAATGATTGTACCTCTCTGTGTGTTTTGTGTTAGTATTGTAATCTTCTTT
TCACTTTCTTACCCTTTTCCTCTGTTTGTGTGTTTGTTGGGTCGTCGTTTATGTGCAATA
AAACAAC
ATTCTGATTATACCC

QA 1 367 1 367
DS 



CO CL54Contig2 1004 9 52 U
GGAAGAACGTGAATAGTGGTGGTGGTGGTGAGAAGTTTCTGGAAATAAAAAATAAACGAT
GAGAACTATTCTCCAAGGAAGTCTCCTTCCTCCTCCTCCTATAAAACTCCTCCACTCGTC
CCTTCTCTTCTCCCCATCCCATTCTCATCCCAACTTAAAATTCACAACCAAATCTTCTCC
TTCTCCTCCGACAATCACCATGGCCAGCATCAAAGTCCACGGAGTCCCCATGTCCACCGC
CACCATGCGCGTTCTCGCTGCTCTTTACGAGAAGGACCTCGACTTCGAGTTGATCCCCGT
CGACATGAGAGCCGGTGCTCACAAACAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCA
AATCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGCCATCACAGAGTA
CATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGCGAGAAGCTTATGTGCCCAGGGTGCAAAAAAGT
CAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAACGTTGAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCTC
CAAGATCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACCACCGATCCAGCTGC
CGTCCAAGACCTCGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACGAGGCGAGGCTCTC
CAAATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCCGATCTTCATCACCTCCCTGT
CATCCACTACTTGATGGGTACTGACTCCAAGGAGCTCTTTGAGTCTCGCCCTAAGGTTTC
CGAGTGGGTCAAGAAGATCACTGCCAGGCCTGCTTGGGCTAAGGTCGTTGACCTCCAGAA
ACAGTAAAGAGGCTATTGTTTAATTTCAAATAAAATTATTGTACCTCT*GTGTGTTTTGT
GTTAGTATTGTAATCTTCTTTTCACTTTCTTACCCTTTCTCCTCTGTTTTGTGTGTTTGT
TGTGTCGTCGTTTTATGTGCAATAAAACAACCGAGATTATGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 40 40 25 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 10 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

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BS 853 876 RR3CS61TF
BS 877 879 RR3D270JQ
BS 880 897 RR3CS61TF
BS 898 938 RR3D270JQ
BS 939 939 RR3EI06JQ
BS 940 971 RR3D270JQ
BS 972 972 RR3GY46JQ
BS 973 973 RR3D270JQ
BS 974 974 RR3EI06JQ
BS 975 1002 RR3D270JQ
BS 1003 1004 RR3EI06JQ

RD RR3GY46TF 746 0 0
GGAAGAACGTGAATAGTGGTGGTGGTGGTGAGAAGTTTCTGGAAATAAAAAATAA*CGAT
GAGAACTATTCTCCAAGGAAGTCTCCTTCCTCCTCCTCCTATAAAACTCCTCCACTCGTC
CCTTCTCTTCTCCCCATCCCATTCTCATTCCAACTTGAAATTTACAACCAAATCTTCTCC
TTCTCCTCCGACAATCACCATGGCCAGCATCAAAGTCCACGGAGTCCCCATGTCCACCGC
CACCATGCGGGTTCTCGCTGCTCTTTACGAGAAGGACCTCGACTTCGAGTTGATCCCCGT
CGACATGAGAGCCGGTGCTCACAAACAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGTTCA
AATCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCAAGAGCCATCACAGAGTA
CATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGCGAGAAGCTAATGTGCCCAGGGTGCAACAAAGT
CAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAATGTTGAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCTC
CAAGACCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACCACCGATCCAGCCGC
CGTCCAAGAGCTCGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACGAG*CGAGGCTCTC
CAAATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCTGATCTTCATCACCTCCCTGT
CATCCACTACTTGATGGGTACTGACT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3G972TF 718 0 0
GG
GAAGTTTCTGGAAATAAAAAATAAACGATGAGAACTATTCTCCAAGGAAGTCTCCTTCCT
CCTCCTCCTATAAAACTCCTCCACTCGTCCCTTCTCTTCTCCCCATCCCATTCTCATCCC
AACTTAAAATTCACAACCAAATCTTCTCCTTCTCCTCCGACAATCACCATGGCCAGCATC
AAAGTCCACGGAGTCCCCATGTCCACCGCCACCATGCGCGTTCTCGCTGCTCTTTACGAG
AAGGACCTCGACTTCGAGTTGATCCCCGTCGACATGAGAGCCGGTGCTCACAAACAGGAG
CCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACT
CTATTTGAGTCACGAGCCATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGCGAG
AAGCTTATGTGCCCAGGGTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAACGTT
GAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGC
ATGTTTGGCATGACCACCGATCCAGCTGCCGTCCAAGACCTCGAAGGCAAGCTCGTCAGG
GTCTTGGATATCTACGAGGCGAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTC
ACTTTGGCCGATCTTCATCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGATGGGTACTGACTC

QA 3 718 3 718
DS 

RD RR3BV96TF 614 0 0
GG
CATCCCATTCTCATCCCAACTTAAAATTCACAACCAAATCTTCTCCTTCTCCTCCGACAA
TCACCATGGCCAGCATCAAAGTCCACGGAGTCCCCATGTCCACCGCCACCATGCGCGTTC
TCGCTGCTCTTTACGAGAAGGACCTCGACTTCGAGTTGATCCCCGTCGACATGAGAGCCG
GTGCTCACAAACAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCC
AAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGCCATCACAGAGTACATAGCGGATGAAT
ACAGTGAGAAAGGCGAGAAGCTTATGTGCCCAGGGTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCA
AGGTCTGGCTTAACGTTGAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCG
AGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACCACCGATCCAGCTGCCGTCCAAGACCTCG
AAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACGAGGCGAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCC
TCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCCGATCTTCATCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGA
TGGGTACTGACT

QA 3 614 3 614
DS 

RD RR3D270TF 713 0 0
CGATGA
GAACTATTCTCCAAGGAAGTCTCCTTCCTCCTCCTCCTATAAAACTCCTCCACTCGTCCC
TTCTCTTCTCCCCATCCCATTCTCATTCCAACTTGAAATTTACAACCAAATCTTCTCCTT
CTCCTCCGACAATCACCATGGCCAGCATCAAAGTCCACGGAGTCCCCATGTCCACCGCCA
CCATGCGGGTTCTCGCTGCTCTTTACGAGAAGGACCTCGACTTCGAGTTGATCCCCGTCG
ACATGAGAGCCGGTGCTCACAAACAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAA
TCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCAAGACCCATCACAGAGTACA
TAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGCGAGAAGCTAATGTGCCCAGGGTGCAACAAAGTCA
AGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAATGTTGAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCTCCA
AGATCGCCTTTGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACCACCGATCCAGCCGCCG
TCCAAGAGCTCGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACGAGGCGAGGCTCTCCA
AATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCTGATCTTCATCACCTCCCTGTCA
TCCACTACTTGATGGGTACTGACTCCAAG*AGCTCTTTGAGTCTCGC

QA 7 713 7 713
DS 

RD RR3CS61TF 779 0 0
GG
ATCCCATTCTCATCCCAACTTAAAATTCACAACCAAATCTTCTCCTTCTCCTCCGACAAT
CACCATGGCCAGCATCAAAGTCCACGGAGTCCCCATGTCCACCGCCACCATGCGCGTTCT
CGCTGCTCTTTACGAGAAGGACCTCGACTTCGAGTTGATCCCCGTCGACATGAGAGCCGG
TGCTCACAAACAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCA
AGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCACGAGCCATCACAGAGTACATAGCGGATGAATA
CAGTGAGAAAGGCGAGAAGCTTATGTGCCCAGGGTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCAA
GGTCTGGCTTAACGTTGAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCTCCAA**TCGCCTTCGA
GCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACCACCGATCCAGCTGCCGTCCAAGACCTCGA
AGTCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACGAGGCGAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCCT
CGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCCGATCTTCATCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGAT
GGGTACTGACTCCAAGGAGCTCTTTGAGTCTCGCCCTAAG*TTTCCGAGTGGGTCAAGAA
GATCACTGCCAGGCCTGCTTGGGCTAAG*TCGTTGACCTCCAGAAACAGTAAAGAG*CTA
TTGTTTAATTTCAAATAAAAT**ATGTACCTCT*GTGTGTTT
GTGTAGTATGTATCT

QA 3 764 3 764
DS 

RD RR3D270JQ 734 0 0
GAGAAGGACCTCGACTTCGAGTTGATCCCCGTCGACATGAGAGCCGGTGCTCACAAACAG
GAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTA
ACTCTATTTGAGTCAAGACCCATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGC
GAGAAGCTAATGTGCCCAGGGTGCAACAAAGTCAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAAT
GTTGAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTTGAGCGTATCTTCAAA
GGCATGTTTGGCATGACCACCGATCCAGCCGCCGTCCAAGAGCTCGAAGGCAAGCTCGTC
AGGGTCTTGGATATTTACGAGGCGAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGC
TTCACTTTGGCTGATCTTCATCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGATGGGTACTGACTCC
AAGGAGCTCTTTGAGTCTCGCCCTAAGGTTTCCGAGTGGGTCAAGAAGATCACTGCCAGG
CCTGCTTGGGCTAAGGTCGTTGACCTCCAGAAACAGTAAAGAGGCTTTTGTTTAATTTCA
AATAAAATTATTGTACCTCT*GTGTGTTTTGTGTTAGTATTGTAATCTTCTTTTCACTTT
CTTACCCTTT*TCCTCTGTTTTGTGTGTTTGTTGTGTCGTCGTCT*ATGTGCAATAAAAC
AACCGAGATTATGT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3GY46JQ 700 0 0
ACATGAGAGCCGGTGCTCACAAACAGGAGCCTTTCGTTTCCCTCAACCCCTTCGTTCAAA
TCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGTCAAGAGCCATCACAGAGTACA
TAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGCGAGAAGCTAATGTGCCCAGGGTGCAACAAAGTCA
AGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAATGTTGAAGGTCAACAGTTCGACCCTATCGCCTCCA
AGACCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCATGACCACCGATCCAGCCGCCG
TCCAAGAGCTCGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATATCTACGAGGCGAGGCTCTCCA
AATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCTGATCTTCATCACCTCCCTGTCA
TCCACTACTTGATGGGTACTGACTCCAAGGAGCTCTTTGAGTCTCGCCCTAAGGTTTCCG
AGTGGGTCAAGAAGATCACTGCCAGGCCTGCTTGGGCTAAGGTCGTTGACCTCCAGAAAC
AGTAAAGAGGCTTTTGTTTAATTTCAAATAAAATTATTGTACCTCT*GTGTGTTTTGTGT
TAGTATTGTAATCTTCTTTTCACTTTCTTACCCTTT*TCCTCTGTTTTGTGTGTTTGTTG
TGTCGTCGTTT*ATGTGCAATAAAACAACCGAGATTATGT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3EI06JQ 665 0 0
TTCCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGA
GTCACGAGCCATCACGGAGTACATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGCGAGAAGCTTAT
GTGCCCAGGGTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAACGTTGAAGGTCA
ACAGTTCGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGG
CATGACCACCGATCCAGCTGCCGTCCAAGACCTCGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGA
TATCTACGAGGCGAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGC
CGATCTTCATCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGATGGGTACTGACTCCAAGGAGCTCTT
TGAGTCTCGCCCTAAGGTTTCCGAGTGGGTCAAGAAGATCACTGCCAGGCCTGCTTGGGC
TAAGGTCTTTGACCTCCAGAAACAGTAAAGAGGCTATTGTTTAATTTCAAATAAAATTAT
TGTACCTCTTGTGTGTTTTGTGTTAGTATTGTAATCTTCTTTTCACTTTCTTACCTTTTC
TCCTCTGTTT*GTGTGTTTGTTGTGTCTTCGTTTTATGTGCAATAAAACAACCGAGATTA
TGTAG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3G972JQ 663 0 0
CCCTCAACCCCTTCGGTCAAATCCCTGCTCTCCAAGACGGTGACTTAACTCTATTTGAGT
CACGAGCCATCACAGAGTACATAGCGGATGAATACAGTGAGAAAGGCGAGAAGCTTATGT
GCCCAGGGTGCAAAAAAGTCAAGGCAATCACCAAGGTCTGGCTTAACGTTGAAGGTCAAC
AGTTCGACCCTATCGCCTCCAAGATCGCCTTCGAGCGTATCTTCAAAGGCATGTTTGGCA
TGACCACCGATCCAGCTGCCGTCCAAGACCTCGAAGGCAAGCTCGTCAGGGTCTTGGATA
TCTACGAGGCGAGGCTCTCCAAATCTGAGTTCCTCGCTTGTGATTGCTTCACTTTGGCCG
ATCTTCATCACCTCCCTGTCATCCACTACTTGATGGGTACTGACTCCAAGGAGCTCTTTG
AGTCTCGCCCTAAGGTTTCCGAGTGGGTCAAGAAGATCACTGCCAGGCCTGCTTGGGCTA
AGGTCGTTGACCTCCAGAAACAGTAAAGAGGCTATTGTTTAATTTCAAATAAAATTATTG
TACCTCTTGTGTGTTTTGTGTTAGTATTGTAATCTTCTTTTCACTTTCTTACCTTTTCTC
CTCTGTTT*GTGTGTTTGTTGTGTCTTCGTTTTATGTGCAATAAAACAACCGAGATTATG
T
AG

QA 1 661 1 661
DS 



AS 4 14

CO CL55Contig1 873 7 12 U
GGCTCCTCCTCCTAATCTCTTCCACTCCCTCCTAAAGCAGCAATCAAATGGCGCTTACCT
TCTCAGATCTACACACAGAGCAGGGTGTCAAATCCGTGGAGGAGCACCTCGCCGGAAAAA
CCTACATCTCCGGAGATCAGTTGTCTGTGGATGATGTGAAGGTATACGCTGCCGTTTCGG
GGAAACCCAGCGATGCTTTCCCCAATGCTAGCAGGTGGTACGATTGCGTCGCTTCCCACC
TTGCTAAAAGTTTCCCTGGAAAAGCCGTTGGAGTGAGTATTGGTGGCTCTGCTGTTGCTG
CTCCTGCTCAAGCTGAGGCACCTGCATCAGCTGTAGCTGAGGATGATGATGATGACATGG
ATCTGTTCGGTGATGAGACCGAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCTA
AGAAGGACACCAAGAAGCCTAAAGAGAGTGGAAAGTCCTCTGTGCTCATGGAAGTGAAAC
CATGGGATGACGAGACAGATATGAAGAAACTTGAGGAGTGTGTTCGTGCTGTTGAGATGC
CTGGTCTTCTATGGGGAGCTTCAAAACTGGTTCCAGTTGGTTACGGTATCAAGAAGCTCA
CGATCATGCTCACAATTGTTGATGACCTCGTGTCCCCTGACAACCTCATTGAAGACTATC
TCACCAGTGAACCTAACAACGAGTACATCCAGAGTGTTGACATCGTTGCATTCAACAAGA
TCTAAGAGACTTTAAAACCTCTCCCTACCCCCCACAAACAATACATTTGATTTCCTTTTA
AGTTTTGTTCTTTTCTGCTATTTGCTTGTTTTCTAGTTGCAAGACCTAGTTCATGTTACT
AGAAACATAAACTATCAATACTTTTTTATCCCT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 15 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 10 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F581TF U 4
AF RR3CU53TF U 1
AF RR3F728TF U 1
AF RR3GP22TF U 82
AF RR3F581JQ C 246
AF RR3F728JQ C 288
AF RR3CI80TF U 585
BS 1 170 RR3CU53TF
BS 171 171 RR3F581TF
BS 172 736 RR3CU53TF
BS 737 737 RR3F728TF
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BS 753 753 RR3GP22TF
BS 754 760 RR3CU53TF
BS 761 773 RR3F728TF
BS 774 830 RR3GP22TF
BS 831 873 RR3CI80TF

RD RR3F581TF 661 0 0
GG
CTCCTCCTAATCTCTTCCACTCCCTCCTAAAGCAGCAATCAAATGGCGCTTACCTTCTCA
GATCTACACACAGAGCAGGGTGTCAAATCCGTGGAGGAGCACCTCGCCGGAAAAACCTAC
ATCTCCGGAGATCAGTTGTCTGTGGATGATGTGAAGGTATACGCTGCCGTTTCGGGGAAA
CCCAGCGATGCTTTCCCCAATGCTAGCAGGTGGTACGATTGCGTCGCTTCCCACCTTGCT
AAAAGTTTCCCTGGAAAAGCCGTTGGAGTGAGTATTGGTGGCTCTGCTGTTGCTGCTCCT
GCTCAAGCTGAGGCACCTGCATCAGCTGTAGCTGAGGATGATGATGA***CATGGATCTG
TTCGGTGATGAGACCGAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCTAAGAAG
GACACCAAGAAGCCTAAAGAGAGTGGAAAGTCCTCTGTGCTCATGGAAGTGAAACCATGG
GATGACGAGACAGATATGAAGAAACTTGAGGAGTGTGTTCGTGCTGTTGAGATGCCTGGT
CTTCTATGGGGAGCTTCAAAACTGGTTCCAGTTGGTTACGGTATCAAGAAGCTCACGACC
ATGCCCACAATTGTTGATGACCTCGTGTCCCCTGACAACCTCATTGAAGACTATCTCAC

QA 3 661 3 661
DS 

RD RR3CU53TF 771 0 0
GGCTCCTCCTCCTAATCTCTTCCACTCCCTCCTAAAGCAGCAATCAAATGGCGCTTACCT
TCTCAGATCTACACACAGAGCAGGGTGTCAAATCCGTGGAGGAGCACCTCGCCGGAAAAA
CCTACATCTCCGGAGATCAGTTGTCTGTGGATGATGTGAAGGTATACGCTCCCGTTTCGG
GGAAACCCAGCGATGCTTTCCCCAATGCTAGCAGGTGGTACGATTGCGTCGCTTCCCACC
TTGCTAAAAGTTTCCCTGGAAAAGCCGTTGGAGTGAGTATTGGTGGCTCTGCTGTTGCTG
CTCCTGCTCAAGCTGAGGCACCTGCATCAGCTGTAGCTGAGGATGATGATGATGACATGG
ATCTGTTCGGTGATGAGACCGAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCTA
AGAAGGACACCAAGAAGCCTAAAGAGAGTGGAAAGTCCTCTGTGCTCATGGAAGTGAAAC
CATGGGATGACGAGACAGATATGAAGAAACTTGAGGAGTGTGTTCGTGCTGTTGAGATGC
CTGGTCTTCTATGGGGAGCTTCAAAACTGGTTCCAGTTGGTTACGGTATCAAGAAGCTCA
CGATCATGCTCACAATTGTTGATGACCTCGTGTCCCCTGACAACCTCATTGAAGACTATC
TCACCAGTGAACCTAACAACGAGTACATCCAGAGTGTTGACATCGTTGCATTCAACAAGA
TCTAAGAGACTTTAAA*CCTCTCC*TACCCCC*ACAAACA
TACAGTTGATT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3F728TF 773 0 0
GGCTC
CTCCTCCTAATCTCTTCCACTCCCTCCTAAAGCAGCAATCAAATGGCGCTTACCTTCTCA
GATCTACACACAGAGCAGGGTGTCAAATCCGTGGAGGAGCACCTCGCCGGAAAAACCTAC
ATCTCCGGAGATCAGTTGTCTGCGGATGATGTGAAGGTATACGCTGCCGTTTCGGGGAAA
CCCAGCGATGCTTTCCCCAATGCTAGCAGGTGGTACGATTGCGTCGCTTCCCACCTTGCT
AAAAGTTTCCCTGGAAAAGCCGTTGGAGTGAGTATTGGTGGCTCTGCTGTTGCTGCTCCT
GCTCAAGCTGAGGCACCTGCATCAGCTGTAGCTGAGGATGATGATGATGACATGGATCTG
TTCGGTGATGAGACCGAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCTAAGAAG
GACACCAAGAAGCCTAAAGAGAGTGGAAAGTCCTCTGTGCTCATGGAAGTGAAACCATGG
GATGACGAGACAGATATGAAGAAACTTGAGGAGTGTGTTCGTGCTGTTGAGATGCCTGGT
CTTCTATGGGGAGCTTCAAAACTGGTTCCAGTTGGTTACG*TATCAAGAAGCTCACGATC
ATGCTCACAATTGTTGATGACCTCGTGTCCCCTGACAACCTCATTGAAGACTATCTCACC
AGTGAACCTAACAACGAGTACATCCAGAGTGTTGACATCGTTGCATTCAACA*GATCTA*
GAGACTTTAAAACCTCTCC*TACCCCC*ACAAACAATACATTTGATTT

QA 6 773 6 773
DS 

RD RR3GP22TF 749 0 0
G
GGGTGTCAAATCCGTGGAGGAGCACCTCGCCGGAAAAACCTACATCTCCGGAGATCAGTT
GTCTGTGGATGATGTGAAGGTATACGCTGCCGTTTCGGGGAAACCCAGCGATGCTTTCCC
CAATGCTAGCAGGTGGTACGATTGCGTCGCTTCCCACCTTGCTAAAAGTTTCCCTGGAAA
AGCCGTTGGAGTGAGTATTGGTGGCTCTGCTGTTGCTGCTCCTGCTCAAGCTGAGGCACC
TGCATCAGCTGTAGCTGAGGATGATGATGATGACATGGATCTGTTCGGTGATGAGACCGA
GGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCTAAGAAGGACACCAAGAAGCCTAA
AGAGAGTGGAAAGTCCTCTGTGCTCATGGAAGTGAAACCATGGGATGACGAGACAGATAT
GAAGAAACTTGAGGAGTGTGTTCGTGCTGTTGAGATGCCTGGTCTTCTATGGGGAGCTTC
AAAACTGGTTCCAGTTGGTTACGGTATCAAGAAGCTCACGATCATGCTCACAATTGTTGA
TGACCTCGTGTCCCCTGACAACCTCATTGAAGACTATCTCACCAGTGAACCTAACAACGA
GTACATCCAGAGTGTTGACATCGTTGCATTCAACAAGATCTAAGAGACTTTAAAACCTCT
CCCTACCCCCCACAAACAATACATTTGATTTCCTTTTAAGTTTTGTTCTTTTCTGCTATT
TGCTTGTTTTCTAGTTGCAAGACCTAGT

QA 2 749 2 749
DS 

RD RR3F581JQ 627 0 0
AAAAGTTTCCCTGGAAAAGCCGTTGGAGTGAGTATTGGTGGCTCTGCTGTTGCTGCTCCT
GCTCAAGCTGAGGCACCTGCATCAGCTGTAGCTGAGGATGATGATGA***CATGGATCTG
TTCGGTGATGAGACCGAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCTAAGAAG
GACACCAAGAAGCCTAAAGAGAGTGGAAAGTCCTCTGTGCTCATGGAAGTGAAACCATGG
GATGACGAGACAGATATGAAGAAACTTGAGGAGTGTGTTCGTGCTGTTGAGATGCCTGGT
CTTCTATGGGGAGCTTCAAAACTGGTTCCAGTTGGTTACGGTATCAAGAAGCTCACGACC
ATGCCCACAATTGTTGATGACCTCGTGTCCCCTGACAACCTCATTGAAGACTATCTCACC
AGTGAACCTAACAACGAGTACATCCAGAGTGTTGACATCGTTGCATTCAACAAGATTTAA
GAGACTTTAAAACCTCTCCCTACCCCCCACAAACAATACATTTGATTTCCTTTTAAGTTT
TGTTCTTTTCTGCTATTTGCTTGTTTTCTAGTTGCAAGACCTAGTTCATGTTACTAGAAA
CATAAACTATCAATACTTTTTT
ATCCC

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3F728JQ 585 0 0
TCTGCTGTTGCTGCTCCTGCTCAAGCTGAGGCACCTGCATCAGCTGTAGCTGAGGATGAT
GATGATGACATGGATCTGTTCGGTGATGAGACCGAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAG
AGGGAGGCTGCTAAGAAGGACACCAAGAAGCCTAAAGAGAGTGGAAAGTCCTCTGTGCTC
ATGGAAGTGAAACCATGGGATGACGAGACAGATATGAAGAAACTTGAGGAGTGTGTTCGT
GCTGTTGAGATGCCTGGTCTTCTATGGGGAGCTTCAAAACTGGTTCCAGTTGGTTACGGT
ATCAAGAAGCTCACGATCATGCTCACAATTGTTGATGACCTCGTGTCCCCTGACAACCTC
ATTGAAGACTATCTCACCAGTGAACCTAACAACGAGTACATCCAGAGTGTTGACATCGTT
GCATTCAACAAGATTTAAGAGACTTTAAAACCTCTCCCTACCCCCCACAAACAATACATT
TGATTTCCTTTTAAGTTTTGTTCTTTTCTGCTATTTTCTTGTTTTCTAGTTGCAAGACCT
AGTTCATGTTACTAGAAACATAAACTATCAATACTTTTTT
ATCCC

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3CI80TF 289 0 0
GGTATCAAGAAGCTCACGATCATGCTCACAATTGTTGATGACCTCGTGTCCCCTGACAAC
CTCATTGAAGACTATCTCACCAGTGAACCTAACAACGAGTACATCCAGAGTGTTGACATC
GTTGCATTCAACAAGATCTAAGAGACTTTAAAACCTCTCCCTACCCCCCACAAACAATAC
ATTTGATTTCCTTTTAAGTTTTGTTCTTTTCTGCTATTTGCTTGTTTTCTAGTTGCAAGA
CCTAGTTCATGTTACTAGAAACATAAACTATCAATACTTTTTTATCCCT

QA 1 289 1 289
DS 



CO CL55Contig2 819 3 5 U
GGTAAGACAAGTTATTTTATTGATATTATGATTTGGTGTGTTCACTTAGCCAATACATAT
TTGGGATAGTTCTTTGAATGACAAAGGCTTTGAATAGAATTTAAAAGCCTTTAAACCAAT
GACAATGGATTTTCAAAAATTTCATAATTCCATTAGAATTCTTAAACCAATAATCCTCCC
TAAACATCTTTCAGGAAGGGAGAGGTTTAAATCTTGTTGAATGCGACGATGTCAACACTC
TGGATGTACTCGTTGTTAGGTTCACTGGTGAGATAGTCCTCAATGAGGTTGTCTGGGGAG
ACGAGGTCATCAACAATTGTGAGCATGATCGTGAGCTTCTTGATACCGTATCCAACTGGT
ACCAGTTTTGAAGCTCCCCATAAAAGACCGGGCATCTCAACACTGCGAACAGCTGCTTCC
AGTTTCTTCATGTCAGTCTCATCATCCCATGGCTTAACTTCCATGAGTACAGATGACTTT
CCACTCTCTTTAGGCTTCTTGGTTTCCTTCTTGGCAGCCTCCCTCTCCTCTGCAGCTTTT
TTCTCTTCCTCAGTCTCGTCACCAAACAGATCCATGTCATCATCGTCAACAGCTGCAGGT
GCCTCAGCTTGAGCAGCAGAACCACCGATCGACACTCCAACGGCTTTTCCCGGGAAACTT
TTAGCGAGGTGGAAGCGACGCAATCGTACCACTTGCTAGCATTGGGGAAAGCATCGCTTG
GTTTCTTCGAAACGGCAGCGTACACCTTCACATCATCCACAGACAATTGATCTCCGGAGA
TGTAGGTTTTTCCGGCGAGGTGTTCCTCCACGGATTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D913JQ U 1
AF RR3CW58JQ U 107
AF RR3CW58TF C 218
BS 1 539 RR3D913JQ
BS 540 540 RR3CW58JQ
BS 541 590 RR3D913JQ
BS 591 795 RR3CW58JQ
BS 796 819 RR3CW58TF

RD RR3D913JQ 590 0 0
GGTAAGACAAGTTATTTTATTGATATTATGATTTGGTGTGTTCACTTAGCCAATACATAT
TTGGGATAGTTCTTTGAATGACAAAGGCTTTGAATAGAATTTAAAAGCCTTTAAACCAAT
GACAATGGATTTTCAAAAATTTCATAATTCCATTAGAATTCTTAAACCAATAATCCTCCC
TAAACATCTTTCAGGAAGGGAGAGGTTTAAATCTTGTTGAATGCGACGATGTCAACACTC
TGGATGTACTCGTTGTTAGGTTCACTGGTGAGATAGTCCTCAATGAGGTTGTCTGGGGAG
ACGAGGTCATCAACAATTGTGAGCATGATCGTGAGCTTCTTGATACCGTATCCAACTGGT
ACCAGTTTTGAAGCTCCCCATAAAAGACCGGGCATCTCAACACTGCGAACAGCTGCTTCC
AGTTTCTTCATGTCAGTCTCATCATCCCATGGCTTAACTTCCATGAGTACAGATGACTTT
CCACTCTCTTTAGGCTTCTTGGTTTCCTTCTTGGCAGCCTCCCTCTCCTCTGCAGCTTTC
TTCTCTTCCTCAGTCTCGTCACCAAACAGATCCATGTCATCATCGTCAAC

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3CW58JQ 689 0 0
GCCTTTAAACCAATGACAATGGATTTTCAAAAATTTCATAATTCCATTAGAATTCTTAAA
CCAATAATCCTCCCTAAACATCTTTCAGGAAGGGAGAGGTTTAAATCTTGTTGAATGCGA
CGATGTCAACACTCTGGATGTACTCGTTGTTAGGTTCACTGGTGAGATAGTCCTCAATGA
GGTTGTCTGGGGAGACGAGGTCATCAACAATTGTGAGCATGATCGTGAGCTTCTTGATAC
CGTATCCAACTGGTACCAGTTTTGAAGCTCCCCATAAAAGACCGGGCATCTCAACACTGC
GAACAGCTGCTTCCAGTTTCTTCATGTCAGTCTCATCATCCCATGGCTTAACTTCCATGA
GTACAGATGACTTTCCACTCTCTTTAGGCTTCTTGGTTTCCTTCTTGGCAGCCTCCCTCT
CCTCTGCAGCTTTTTTCTCTTCCTCAGTCTCGTCACCAAACAGATCCATGTCATCATCGT
CAACAGCTGCAGGTGCCTCAGCTTGAGCAGCAGAACCACCGATCGACACTCCAACGGCTT
TTCCCGGGAAACTTTTAGCGAGGTGGAAGCGACGCAATCGTACCACTTGCTAGCATTGGG
GAAAGCATCGCTTGGTTTCTTCGAAACGGCAGCGTACACCTTCACATCATCCACAGACAA
TTGATCTCCGGAGATGTAGGTTTTTCCGG

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3CW58TF 602 0 0
TGAATGCGACGATGTCAACACTCTGGATGTACTCGTTGTTAGGTTCACTGGTGAGATAGT
CCTCAATGAGGTTGTCTGGGGAGACGAGGTCATCAACAATTGTGAGCATGATCGTGAGCT
TCTTGATACCGTATCCAACTGGTACCAGTTTTGAAGCTCCCCATAAAAGACCGGGCATCT
CAACACTGCGAACAGCTGCTTCCAGTTTCTTCATGTCAGTCTCATCATCCCATGGCTTAA
CTTCCATGAGTACAGATGACTTTCCACTCTCTTTAGGCTTCTTGGTTTCCTTCTTGGCAG
CCTCCCTCTCCTCTGCAGCTTTTTTCTCTTCCTCAGTCTCGTCACCAAACAGATCCATGT
CATCATCGTCAACAGCTGCAGGTGCCTCAGCTTGAGCAGCAGAGCCACCGATCGACACTC
CAACGGCTTTTCCCGGGAAACTTTTAGCGAGGTGGAAGCGACGCAATCGTACCACTTGCT
AGCATTGGGGAAAGCATCGCTTGGTTTCTTCGAAACGGCAGCGTACACCTTCACATCATC
CACAGACAATTGATCTCCGGAGATGTAGGTTTTTCCGGCGAGGTGTTCCTCCACGGATTT
GA

QA 1 602 1 602
DS 



CO CL55Contig3 693 2 2 U
GCTCTCTCTCTCACCCACTAAAGCAGCTAGCTACAATGGCGGTTACCTTTTCAGATCTAC
ACACAGAGCAAGGTCTCAAATCCGTGGAGGACCACCTCGTCGGAAAAACCTACATCTCCG
GAGATCAATTGTCGGTAGATGATGTGAAGGTATACGCTGCCGTTGTTGAGAAACCAAGCG
AGAGTTTCCCCAATGCTAGCAAGTGGTACGACTGTGTTGCCTCCCACCTTGCTAAAAGTT
TCCCTGGTAAAGCCGTAGGAGTTTCAATCGGTGGCTCTGCTGCTGCTCCTGCCCAAGCTG
AGGCACATGCAGTAGCTGCAGCTGATGATGATGATGACATGGATCTGTTTGGTGACGAGA
CTGAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCTAAGAAGGACACCAAGAAGC
CCAAAGAGAGTGGAAAGTCATCCGTGCTCATGGAAGTGAAACCATGGGATGACGAGACAG
ATATGAAGAAACTTGAGGAGTGTGTTCGTGCTGTTGAGATGCCTGGTCTTCTATGGGGAG
CTTCAAAACTGGTTCCAGTTGGTTACGGGATCAAGAAGCTCACGATCATGCTCACAATCG
TTGATGACCTCGTGTCCCCAGACAACCTCATTGAGGACTATTTCACCTTTGAACCTAACA
ACGAGTACATCCAGAGTGTTGACATCGTCGCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E907TF U 1
AF RR3E907JQ C 302
BS 1 627 RR3E907TF
BS 628 693 RR3E907JQ

RD RR3E907TF 627 0 0
GCTCTCTCTCTCACCCACTAAAGCAGCTAGCTACAATGGCGGTTACCTTTTCAGATCTAC
ACACAGAGCAAGGTCTCAAATCCGTGGAGGACCACCTCGTCGGAAAAACCTACATCTCCG
GAGATCAATTGTCGGTAGATGATGTGAAGGTATACGCTGCCGTTGTTGAGAAACCAAGCG
AGAGTTTCCCCAATGCTAGCAAGTGGTACGACTGTGTTGCCTCCCACCTTGCTAAAAGTT
TCCCTGGTAAAGCCGTAGGAGTTTCAATCGGTGGCTCTGCTGCTGCTCCTGCCCAAGCTG
AGGCACATGCAGTAGCTGCAGCTGATGATGATGATGACATGGATCTGTTTGGTGACGAGA
CTGAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCTAAGAAGGACACCAAGAAGC
CCAAAGAGAGTGGAAAGTCATCCGTGCTCATGGAAGTGAAACCATGGGATGACGAGACAG
ATATGAAGAAACTTGAGGAGTGTGTTCGTGCTGTTGAGATGCCTGGTCTTCTATGGGGAG
CTTCAAAACTGGTTCCAGTTGGTTACGGGATCAAGAAGCTCACGATCATGCTCACAATCG
TTGATGACCTCGTGTCCCCAGACAACC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3E907JQ 392 0 0
GGCACATGCAGT
AGCTGCAGCTGATGATGATGATGACATGGATCTGTTTGGTGACGAGACTGAGGAGGAAAA
GAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCTAAGAAGGACACCAAGAAGCCCAAAGAGAGTGG
AAAGTCATCCGTGCTCATGGAAGTGAAACCATGGGATGACGAGACAGATATGAAGAAACT
TGAGGAGTGTGTTCGTGCTGTTGAGATGCCTGGTTTTTTATGGGGAGCTTCAAAACTGGT
TCCAGTTGGTTACGGGATCAAGAAGCTCACGATCATGCTCACAATCGTTGATGACCTCGT
GTCCCCAGACAACCTCATTGAGGACTATTTCACCTTTGAACCTAACAACGAGTACATCCA
GAGTGTTGACATCGTCGCAT

QA 13 392 13 392
DS 



CO CL55Contig4 761 2 2 U
GCACCTCGCCGGAAAAACCTACATCTCCGGAGAACAGTTGTCTGTGATGATGTGAAGGTA
TACGCTGCCGTTTCGGGGAAACCCAGCGATGCTTTCCCCAATGCTAGCAGGTGGTACGAT
TGCGTCGCTTCCCACCTTGCTAAAAGTTTCCCTGGAAAAGCCGTTGGAGTGAGTATCGGT
GGCTCTGCTGTTGCTGCTCCTGCTCAAGCTGAGGCACCCGCTGCAGCTGAGGATGACGAT
GATGACATGGATCTGTTCGGTGATGAGACCGAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGG
GAGGCTGCTAAGAAGGACACCAAGAAGCCTAAAGAGAGTGGAAAGTCCTCTGTGCTCATG
GAAGTGAAGCCATGGGATGATGAGACAGATATGAAGAAACTTGAGGAGTGTGTTCGTGCT
GTTGAGATGCCTGGTCTTCTATGGGGAGCTTCGAAACTGGTTCCAGTTGGTTACGGTATC
AAGAAGCTCACGATCATGCTCACAATTGTTGATGACCTCGTCTCCCCTGACAACCTCATT
GAAGACTATCTCACCAGTGAACCTAACAACGAGTACATCCAGAGTGTTGACATCGTTGCA
TTCAACAAGATCTAGAGACTTTAAAACCTCTCCCTACCCCCACAAACAATACATTTGTTT
TTCTTCAAGTTTTGTTCTTTTCTGCTGTTTGCTTGTTTCTAGTTGCAATACATCTTTCAT
GTTACTAGAAACATAAACTATCAATACTTTTTTTTTCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EM08TF U 1
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BS 1 650 RR3EM08TF
BS 651 761 RR3EM08JQ

RD RR3EM08TF 650 0 0
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TACGCTGCCGTTTCGGGGAAACCCAGCGATGCTTTCCCCAATGCTAGCAGGTGGTACGAT
TGCGTCGCTTCCCACCTTGCTAAAAGTTTCCCTGGAAAAGCCGTTGGAGTGAGTATCGGT
GGCTCTGCTGTTGCTGCTCCTGCTCAAGCTGAGGCACCCGCTGCAGCTGAGGATGACGAT
GATGACATGGATCTGTTCGGTGATGAGACCGAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGG
GAGGCTGCTAAGAAGGACACCAAGAAGCCTAAAGAGAGTGGAAAGTCCTCTGTGCTCATG
GAAGTGAAGCCATGGGATGATGAGACAGATATGAAGAAACTTGAGGAGTGTGTTCGTGCT
GTTGAGATGCCTGGTCTTCTATGGGGAGCTTCGAAACTGGTTCCAGTTGGTTACGGTATC
AAGAAGCTCACGATCATGCTCACAATTGTTGATGACCTCGTCTCCCCTGACAACCTCATT
GAAGACTATCTCACCAGTGAACCTAACAACGAGTACATCCAGAGTGTTGACATCGTTGCA
TTCAACAAGATCTAGAGACTTTAAAACCTCTCCCTACCCCCACAAACAAT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3EM08JQ 744 0 0
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GAAACCCAGCGATGCTTTCCCCAATGCTAGCAGGTGGTACGATTGCGTCGCTTCCCACCT
TGCTAAAAGTTTCCCTGGAAAAGCCGTTGGAGTGAGTATCGGTGGTTCTGCTGTTGCTGC
TCCTGCTCAAGCTGAGGCACCCGCTGCAGCTGAGGATGACGATGATGACATGGATCTGTT
CGGTGATGAGACCGAGGAGGAAAAGAAAGCTGCAGAGGAGAGGGAGGCTGCTAAGAAGGA
CACCAAGAAGCCTAAAGAGAGTGGAAAGTCCTCTGTGCTCATGGAAGTGAAGCCATGGGA
TGATGAGACAGATATGAAGAAACTTGAGGAGTGTGTTCGTGCTGTTGAGATGCCTGGTCT
TCTATGGGGAGCTTCGAAACTGGTTCCAGTTGGTTACGGTATCAAGAAGCTCACGATCAT
GCTCACAATTGTTGATGACCTCGTCTCCCCTGACAACCTCATTGAAGACTATCTCACCAG
TGAACCTAACAACGAGTACATCCAGAGTGTTGACATCGTTGCATTCAACAAGATCTAGAG
ACTTTAAAACCTCTCCCTACCCCCACAAACAATACATTTGTTTTTCTTCAAGTTTTGTTC
TTTTCTGCTGTTTGCTTGTTTCTAGTTGCAATACATCTTTCATGTTACTAGAAACATAAA
CTATCAATACTTTTTTTTTCCCCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 16

CO CL56Contig1 1117 16 10 U
ATATCTTCCGTTTTGTACAAGCAGGATCCGAGGTATCCGCTTTATTGGGTAGAATGCCTT
CTGCTGTGGGTTACCAACCCACCCTTAGTACCGAAATGGGTACTTTACAAGAAAGAATTA
CTTCTACAAAAAAAGGGTCCATAACCTCTATTCAAGCAGTTTATGTACCTGCAGACGATT
TGACTGACCCTGCTCCTGCCACCACATTTGCACATTTAGATGCGACTACCGTACTATCAA
GAGGATTAGCTGCTAAAGGTATCTATCCAGCGGTAGATCCTTTAGATTCAACGTCAACTA
TGCTACAACCTCGAATCGTTGGCGAGGAACATTATGAAACTGCGCAACAAGTTAAGCAAA
CTTTACAACGTTACAAGGAGCTTCAGGACATTATAGCTATCCTGGGGTTGGACGAATTAT
CCGAAGAGGATCGCTTAACCGTCGCAAGAGCACGAAAGATTGAGCGTTTCTTATCACAAC
CTTTTTTCGTAGCAGAAGTATTTACAGGTTCTCCGGGAAAATATGTTGGTCTAGCGGAAA
CAATTAGAGGGTTTAAATTGATCCTTTCCGGAGAATTTGATTCTCTTCCTGAACAGGCCT
TTTACTTAGTGGGTAACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAACTTAGAAATGGAGA
GTAAATTGAAGAAATGACCTTAAATCTTTGTGTACTGACTCCGAATCGAATTGTTTGGGA
TTCAGAAGTAAAAGAAATCATTTTATCTACTAATAGTGGACAAATTGGCGTATTACCAAA
TCACGCGCCGATTGCCACAGCTGTTGATATAGGTATTTTGAAAATACGCCTTAATAACCA
ATGGTTAACAATGGCTCTGATGGGCGGTTTTGCTAGAATAGGCAATAATGAAATTACTAT
TTTAGTAAATGATGCAGAGAAGAATAGTGACATTGATCCACAAGAAGCTCAGCAAACTCT
TGAAATAGCAGAAGCGAACTTGAGAAAAGCTGAAGGTAAGAGACAAACAATTGAGGCAAA
TCTAGCTCTCAGACGAGCTCGGACACGCGTCGAGGCTCTCAATATGATTTGATTTTGTAA
CTAGCTGACGTATAAAAAAATAGGATCCAAAAGCGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 50 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 50 50 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 

AF RR3EP60TF U 1
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ATATCTTCCGTTTTGTACAAGCAGGATCCGAGGTATCCGCTTTATTGGGTAGAATGCCTT
CTGCTGTGGGTTACCAACCCACCCTTAGTACCGAAATGGGTACTTTACAAGAAAGAATTA
CTTCTACAAAAAAAGGGTCCATAACCTCTATTCAAGCAGTTTATGTACCTGCAGACGATT
TGACTGACCCTGCTCCTGCCACCACATTTGCACATTTAGATGCGACTACCGTACTATCAA
GAGGATTAGCTGCTAAAGGTATCTATCCAGCGGTAGATCCTTTAGATTCAACGTCAACTA
TGCTACAACCTCGAATCGTTGGCGAGGAACATTATGAAACTGCGCAACAAGTTAAGCAAA
CTTTACAACGTTACAAGGAGCTTCAGGACATTATAGCTATCCTGGGGTTGGACGAATTAT
CCGAAGAGGATCGCTTAACCGTCGCAAGAGCACGAAAGATTGAGCGTTTCTTATCACAAC
CT

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR3E293TF 629 0 0
G
TGACTGACCCTGCTCCTGCCACCACATTTGCACATTTAGATGCGACTACCGTACTATCAA
GAGGATTAGCTGCTAAAGGTATCTATCCAGCGGTAGATCCTTTAGATTCAACGTCAACTA
TGCTACAACCTCGAATCGTTGGCGAGGAACATTATGAAACTGCGCAACAAGTTAAGCAAA
CTTTACAACGTTACAAGGAGCTTCAGGACATTATAGCTATCCTGGGGTTGGACGAATTAT
CCGAGGAGGATCGCTTAACCGTCGCAAGAGCACGAAAGATTGAGCGTTTCTTATCACAAC
CTTTTTTCGTAGCAGAAGTATTTACAGGTTCTCCGGGAAAATATGTTGGTCTAGCGGAAA
CAATTAGAGGGTTTAAATTGATCCTTTCCGGAGAATTTGATTCTCTTCCTGAACAGGCCT
TTTACTTAGTGGGTAACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAACTTAGAAATGGAGA
GTAAATTGAAGAAATGACTTTAAATCTTTGTGTACTGACTCCGAATCGAATTGTTTGGGA
TTCAGAAGTAAAAGAAATCATTTTATCTACTAATAGTGGACAAATTGGCGTATTACCAAA
TCACGCGCCGATTGCCACAGCTGTTGAT

QA 2 629 2 629
DS 

RD RR3A046TF 833 0 0
GGGTCCATAACCTCTATTCAAGCAGTTTATGTACCTGCAGACGATTTGACTGACCCTGCT
CCTGCCACCACATTTGCACATTTAGATGCGACTACCGTACTATCAAGAGGATTAGCTGCT
AAAGGTATCTATCCAGCGGTAGATCCTTTAGATTCAACGTCAACTATGCTACAACCTCGA
ATCGTTGGCGAGGAACATTATGAAACTGCGCAACAAGTTAAGCAAACTTTACAACGTTAC
AAGGAGCTTCAGGACATTATAGCTATCCTGGGGTTGGACGAATTATCCGAAGAGGATCGC
TTAACCGTCGCAAGAGCACGAAAGATTGAGCGTTTCTTATCACAACCTTTTTTCGTAGCA
GAAGTATTTACAGGTTCTCCGGGAAAATATGTTGGTCTAGCGGAAACAATTAGAGGGTTT
AAATTGATCCTTTCCGGAGAATTTGATTCTCTTCCTGAACAGGCCTTTTACTTAGTGGGT
AACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAACTTAGAAATGGAGAGTAAATTGAAGAAA
TGACCTTAAATCTTTGTGTACTGACTCCGAATCGAATTGTTTGGGATTCAGAAGTAAAAG
AAATCATTTTATCTACTAATAGTGGACAAATTGGCGTATTACCAAATCACGCGCCGATTG
CCACAGCTGTTGATATAGGTATTTTGAAAATACGCCTTAATAACCAATGGTTAACAATGG
CTCTGATGGGCGGTTTTGCTAGAATAGGCAATAATGAAATTACTATTTTAGTAA*TGATG
CAGAGAG**ATAGTGACATTGATCCACAAGAAGCTCAGCAA
CTCTTGAATAGC

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR3G560TF 670 0 0
GA
AAAGGTATCTATCCAGCGGTAGATCCTTTAGATTCAACGTCAACTATGCTACAACCTCGA
ATCGTTGGCGAGGAACATTATGAAACTGCGCAACAAGTTAAGCAAACTTTACAACGTTAC
AAGGAGCTTCAGGACATTATAGCTATCCTGGGGTTGGACGAATTATCCGAAGAGGATCGC
TTAACCGTCGCAAGAGCACGAAAGATTGAGCGTTTCTTATCACAACCTTTTTTCGTAGCA
GAAGTATTTACAGGTTCTCCGGGAAAATATGTTGGTCTAGCGGAAACAATTAGAGGGTTT
AAATTGATCCTTTCCGGAGAATTTGATTCTCTTCCTGAACAGGCCTTTTACTTAGTGGGT
AACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAACTTAGAAATGGAGAGTAAATTGAAGAAA
TGACCTTAAATCTTTGTGTACTGACTCCGAATCGAATTGTTTGGGATTCAGAAGTAAAAG
AAATCATTTTATCTACTAATAGTGGACAAATTGGCGTATTACCAAATCACGCGCCGATTG
CCACAGCTGTTGATATAGGTATTTTGAAAATACGCCTTAATAACCAATGGTTAACAATGG
CTCTGATGGGCGGTTTTGCTAGAATAGGCAATAATGAAATTACTATTTTAGTAAATGATG
CAGAGAAG

QA 3 670 3 670
DS 

RD RR3B393TF 711 0 0
GGATTAGCTGCTAAAGGTATCTATCCAGCGGTAGATCCTTTAGATTCAACGTCAACTATG
CTACAACCTCGAATCGTTGGCGAGGAACATTATGAAACTGCGCAACAAGTTAAGCAAACT
TTACAACGTTACAAGGAGCTTCAGGACATTATAGCTATCCTGGGGTTGGACGAATTATCC
GAAGAGGATCGCTTAACCGTCGCAAGAGCACGAAAGATTGAGCATTTCTTATCACAACCT
TTTTTCGTAGCA**AGTATTTACAGGTTCTCCGGGAAAATATGTTGGTCTAGCGGAAACA
ATTAGAGGGTTTAAATTGATCCTTTCCGGAGAATTTGATTCTCTTCCTGAACAGGCCTTT
TACTTAGTGGGTAACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAACTTAGAAATGGAGAGT
AAATTGAAGAAATGACCTTAAATCTTTGTGTACTGACTCCGAATCGAATTGTTTGGGATT
CAGAAGTAAAAGAAATCATTTTATCTACTAATAGTGGACAAATTGGCGTATTACCAAATC
ACGCGCCGATTGCCACAGCTGTTGATATAGGTATTTTGAAAATACGCCTTAATAACCAAT
GGTTAACAATGGCCCTGATGGGCGGTTTTGCTAGAATAGGCAATAATGAAATTACTATTT
TAGTAAATGATGCAGAGAAGAATAGTGACATTGATCCACAAGAAGCTCAGC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3A139JQ 928 0 0
CTGCTCCTGCCACCACATTTGCACATT*AGATGCGACTACCGTACTATCAAGAGGATTAG
CTGCTAAAGGTATCTATCCAGCGGTAGATCCTTTAGATTCAGCGTCAACTATGCTACAAC
CTCGAATCGTTGGCGAGGAACATTATGAAACTGCGCAACAAGTTAAGCAAACTTTACAAC
GTTACAAGGAGCTTCAGGACATTATAGCTATCCTGGGGTTGGACGAATTATCCGAAGAGG
ATCGCTTAACCGTCGCAAGAGCACGAAAGATTGAGCGTTTCTTATCACAACCTTTTTTCG
TAGCAGAAGTATTTACAGGTTCTCCGGGAAAATATGTTGGTCTAGCGGAAACAATTAGAG
GGTTTAAATTGATCCTTTCCGGAGAATTTGATTCTCTTCCTGAACAGGCCTTTTACTTAG
TGGGTAACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAACTTAGAAATGGAGAGTAAATTGA
AGAAATGACCTTAAATCTTTGTGTACTGACTCCGAATCGAATTGTTTGGGATTCAGAAGT
AAAAGAAATCATTTTATCTACTAATAGTGGACAAATTGGCGTATTACCAAATCACGCGCC
GATTGCCACAGCTGTTGATATAGGTATTTTGAAAATACGCCTTAATAACCAATGGTTAAC
AATGGCTTTGATGGGCGGTTTTGCTAGAATAGGCAA*AATGAAATTACTATTTTAGTAAA
TGATGCAGAGAAGAATAGTGACATTGATCCACAAGAAGCTCAGCAAACTCTTGAAATAGC
AGAAGCGAACTTGAGAAAAGCTGAAGGCAAGAGACAAACAATTGAGGCAAATCTAGCTTT
CAGACGAGCTCGGACACGCGTCGAGGCTCTCAATATGATTTGATTTTGTAACTAGCTGAC
GTATAAAAAAATAGGATCCAAAAGCGAG

QA 1 928 1 928
DS 

RD RR3A046JQ 900 0 0
AGATGCGACTAC*GTACTATCAAGAGGATTAGCTGCTAAAGGTATCTATCCAGCGGTAGA
TCCTTTAGATTCAACGTCAACTATGCTACAACCTCGAATCGTTGGCGAGGAACATTATGA
AACTGCGCAACAAGTTAAGCAAACTTTACAACGTTACAAGGAGCTTCAGGACATTATAGC
TATCCTGGGGTTGGACGAATTATCCGAAGAGGATCGCTTAACCGTCGCAAGAGCACGAAA
GATTGAGCGTTTCTTATCACAACCTTTTTTCGTAGCAGAAGTATTTACAGGTTCTCCGGG
AAAATATGTTGGTCTAGCGGAAACAATTAGAGGGTTTAAATTGATCCTTTCCGGAGAATT
TGATTCTCTTCCTGAACAGGCCTTTTACTTAGTGGGTAACATCGATGAAGCTACTGCGAA
GGCTACGAACTTAGAAATGGAGAGTAAATTGAAGAAATGACCTTAAATCTTTGTGTACTG
ACTCCGAATCGAATTGTTTGGGATTCAGAAGTAAAAGAAATCATTTTATCTACTAATAGT
GGACAAATTGGCGTATTACCAAATCACGCGCCGATTGCCACAGCTGTTGATATAGGTATT
TTGAAAATACGCCTTAATAACCAATGGTTAACAATGGCTCTGATGGGCGGTTTTGCTAGA
ATAGGCAATAATGAAATTACTATTTTAGTAAATGATGCAGAGAAGAATAGTGACATTGAT
CCACAAGAAGCTCAGCAAACTCTTGAAATAGCAGAAGCGAACTTGAGAAAAGCTGAAGGT
AAGAGACAAACAATTGAGGCAAATCTAGCTCTCAGACGAGCTCGGACACGCGTCGAGGCT
CTCAATATGATTTGATTTTGTAACTAGCTGACGTATAAAAAAATAGGATCCAAAAGCGAG

QA 1 900 1 900
DS 

RD RR3BE86JQ 310 0 0
G
ATAGGTATTTTGAAAATACGCCTTAATAACCAATGGTTAACAATGGCTCTGATGGGCGGT
TTTGCTAGAATAGGCAATAATGAAATTACTATTTTAGTAAATGATGCAGAGAAGAATAGT
GACATTGATCCACAAGAAGCTCAGCAAACTCTTGAAATAGCAGAAGCGAACTTGAGAAAA
GCTGAAGGCAAGAGACAAACAATTGAGGCAAATCTAGCTCTCAGACGAGCTCGGACACGC
GTCGAGGCTCTCAATATGATTTGATTTTGTAACTAGCTGACGTATAAAAAAATAGGATCC
AAAAGCGA
C

QA 2 309 2 309
DS 

RD RR3BE86TF 310 0 0
G
ATAGGTATTTTGAAAATACGCCTTAATAACCAATGGTTAACAATGGCTCTGATGGGCGGT
TTTGCTAGAATAGGCAATAATGAAATTACTATTTTAGTAAATGATGCAGAGAAGAATAGT
GACATTGATCCACAAGAAGCTCAGCAAACTCTTGAAATAGCAGAAGCGAACTTGAGAAAA
GCTGAAGGCAAGAGACAAACAATTGAGGCAAATCTAGCTCTCAGACGAGCTCGGACACGC
GTCGAGGCTCTCAATATGATTTGATTTTGTAACTAGCTGACGTATAAAAAAATAGGATCC
AAAAGCGA
C

QA 2 309 2 309
DS 

RD RR3EP60JQ 533 0 0
CTTCCTGAACAGGCCTTTTACTTAGTGGGTAACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACG
AACTTAGAAATGGAGAGTAAATTGAAGAAATGACCTTAAATCTTTGTGTACTGACTCCGA
ATCGAATTGTTTGGTATTCAGAAGTAAAAGAAATCATTTTATCTACTAATAGTGGACAAA
TTGGCGTATTACCAAATCACGCGCCGATTGCCACAGCTGTTGATATAGGTATTTTGAAAA
TACGCCTTAATAACCAATGGTTAACAATGGCTCTGATGGGCGGTTTTGCTAGAATAGGCA
ATAATGAAATTACTATTTTAGTAAATGATGCAGAGAAGAATAGTGACATTGATCCACAAG
AAGCTCAGCAAACTCTTGAAATAGCAGAAGCGAACTTGAGAAAAGCTGAAGGTAAGAGAC
AAACAATTGAGGCAAATCTAGCTTTCAGACGAGCTCGGACACGCGTCGAGGCTCTCAATA
TGATTTGATTTTGTAACTAGCTGACGTATAAAAAAATAGGATCCAAAAGCGAG

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR3H038JQ 611 0 0
GGTTCTCCGGGAAAATATGTTGGTCTAGCGGAAACAATTAGAGGGTTTAAATTGATCCTT
TCCGGAGAATTTGATTCTCTTCCTGAACAGGCCTTTTACTTAGTGGGTAACATCGATGAA
GCTACTGCGAAGGCTACGAACTTAGAAATGGAGAGTAAATTGAAGAAATGACCTTAAATC
TTTGTGTACTGACTCCGAATCGAATTGTTTGGGATTCAGAAGTAAAAGAAATCATTTTAT
CTACTAATAGTGGACAAATTGGCGTATTACCAAATCACGCGCCGATTGCCACAGCTGTTG
ATATAGGTATTTTGAAAATACGCCTTAATAACCAATGGTTAACAATGGCTCTGATGGGCG
GTTTTGCTAGAATAGGCAATAATGAAATTACTATTTTAGTAAATGATGCAGAGAAGAATA
GTGACATTGATCCACAAGAAGCTCAGCAAACTCTTGAAATAGCAGAAGCGAACTTGAGAA
AAGCTGAAGGTAAGAGACAAACAATTGAGGCAAATCTAGCTCTCAGACGAGCTCGGACAC
GCGTCGAGGCTCTCAATATGATTTGATTTTGTAACTAGCTGACGTATAAAAAAATAGGAT
CCAAAAGCGAG

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3H038TF 611 0 0
GGTTCTCCGGGAAAATATGTTGGTCTAGCGGAAACAATTAGAGGGTTTAAATTGATCCTT
TCCGGAGAATTTGATTCTCTTCCTGAACAGGCCTTTTACTTAGTGGGTAACATCGATGAA
GCTACTGCGAAGGCTACGAACTTAGAAATGGAGAGTAAATTGAAGAAATGACCTTAAATC
TTTGTGTACTGACTCCGAATCGAATTGTTTGGGATTCAGAAGTAAAAGAAATCATTTTAT
CTACTAATAGTGGACAAATTGGCGTATTACCAAATCACGCGCCGATTGCCACAGCTGTTG
ATATAGGTATTTTGAAAATACGCCTTAATAACCAATGGTTAACAATGGCTCTGATGGGCG
GTTTTGCTAGAATAGGCAATAATGAAATTACTATTTTAGTAAATGATGCAGAGAAGAATA
GTGACATTGATCCACAAGAAGCTCAGCAAACTCTTGAAATAGCAGAAGCGAACTTGAGAA
AAGCTGAAGGTAAGAGACAAACAATTGAGGCAAATCTAGCTCTCAGACGAGCTCGGACAC
GCGTCGAGGCTCTCAATATGATTTGATTTTGTAACTAGCTGACGTATAAAAAAATAGGAT
CCAAAAGCGAG

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3DG53TF 782 0 0
G
GTTGGCGAGGAACATTATGAAACTGCGCAACAAGTTAAGCAAACTTTACAACGTTACAAG
GAGCTTCAGGACATTATAGCTATCCTGGGGTTGGACGAATTATCCGAAGAGGATCGCTTA
ACCATCGCAAGAGCACGAAAGATTGAGCGTTTCTTATCACAACCTTTTTTCGTAGCAGAA
GTATTTACAGGTTCTCCGGGAAAATATGTTGGTCTAGCGGAAACAATTAGAGGGTTTAAA
TTGATCCTTTCCGGAGAATTTGATTCTCTTCCTGAACAGGCCTTTTACTTAGTGGGTAAC
ATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAACTTAGAAATGGAGAGTAAATTGAAGAAATGA
CCTTAAATCTTTGTGTACTGACTCCGAATCGAATTGTTTGGGATTCAGAAGTAATAGAAA
TCATTTTATCTACTAATAGTGGACAAATTGGCGTATTACCAAATCACGCGCCGATTGCCA
CAGCTGTTGATATAGGTATTTTGAAAATACGCCTTAATAACCAATGGTTAACAATGGCTC
TGATGGGCGGTTTTGCTAGAATAGGCAATAATGAAATTACTATTTTAGTAAATGATGCAG
AGAAGAATAGTGACATTGATCCACAAGAAGCTCAGCAAACTCTTGAAATAGCAGAAGCGA
ACTTGAGAAAAGCTGACG*CAAGAGACAAACAATTGAGC**AATCTAGCTCTCAGACGAG
CTCGGACACGCGTCGAG*CTCTCA*TATGATTTGATTTTGTAACTAGCTGACGTATAAAA
A

QA 2 782 2 782
DS 

RD RR3E293JQ 736 0 0
TTCAGGACATTATAGCTATCCTGGGGTTGGACGAATTATCCGAGGAGGATCGCTTAACCG
TCGCAAGAGCACGAAAGATTGAGCGTTTCTTATCACAACCTTTTTTCGTAGCAGAAGTAT
TTACAGGTTCTCCGGGAAAATATGTTGGTCTAGCGGAAACAATTAGAGGGTTTAAATTGA
TCCTTTCCGGAGAATTTGATTCTCTTCCTGAACAGGCCTTTTACTTAGTGGGTAACATCG
ATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAACTTAGAAATGGAGAGTAAATTGAAGAAATGACTTT
AAATCTTTGTGTACTGACTCCGAATCGAATTGTTTGGGATTCAGAAGTAAAAGAAATCAT
TTTATCTACTAATAGTGGACAAATTGGCGTATTACCAAATCACGCGCCGATTGCCACAGC
TGTTGATATAGGTATTTTGAAAATACGCCTTAATAACCAATGGTTAACAATGGCTCTGAT
GGGCGGTTTTGCTAGAATAGGCAATAATGAAATTACTATTTTAGTAAATGATGCAGAGAA
GAATAGTGACATTGATCCACAAGAAGCTCAGCAAACTCTTGAAATAGCAGAAGCGAACTT
GAGAAAAGCTGAAGGTAAGAGACAAACAATTGAGGCAAATCTAGCTCTCAGACGAGCTCG
GACACGCGTCGAGGCTCTCAATATGATTTGATTTTGTAACTAGCTGACGTATAAAAAAAT
AGGATCCAAAAGCGAG

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3DG53JQ 786 0 0
TTATGAAACTGCGCAACAAGTTAAGCAAACTTTACAACGT*ACAAGGAGCTTCAGGACAT
TATAGCTATCCTGGGGTTGGACGAATTATCCGAAGAGGATCGCTTAACCATCGCAAGAGC
ACGAAAGATTGAGCGTTTCTTATCACAACCTTTTTTCGTAGCAGAAGTATTTACAGGTTC
TCCGGGAAAATATGTTGGTCTAGCGGAAACAATTAGAGGGTTTAAATTGATCCTTTCCGG
AGAATTTGATTCTCTTCCTGAACAGGCCTTTTACTTAGTGGGTAACATCGATGAAGCTAC
TGCGAAGGCTACGAACTTAGAAATGGAGAGTAAATTGAAGAAATGACCTTAAATCTTTGT
GTACTGACTCCGAATCGAATTGTTTGGGATTCAGAAGTAATAGAAATCATTTTATCTACT
AATAGTGGACAAATTGGCGTATTACCAAATCACGCGCCGATTGCCACAGCTGTTGATATA
GGTATTTTGAAAATACGCCTTAATAACCAATGGTTAACAATGGCTCTGATGGGCGGTTTT
GCTAGAATAGGCAATAATGAAATTACTATTTTAGTAAATGATGCAGAGAAGAATAGTGAC
ATTGATCCACAAGAAGCTCAGCAAACTCTTGAAATAGCAGAAGCGAACTTGAGAAAAGCT
GAAGGCAAGAGACAAACAATTGAGGCAAATCTAGCTTTCAGACGAGCTCGGACACGCGTC
GAGGCTCTCAATATGATTTGATTTTGTAACTAGCTGACGTATAAAAAAATAGGATCCAAA
AGCGAG

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3G560JQ 818 0 0
ATGCTACAACCTCGAATCGTTGGCGAGGAACATTATGAAACTGCGCAACAAGTTAAGCAA
ACTTTACAACGTTACAAGGAGCTTCAGGACATTATAGCTATCCTGGGGTTGGACGAATTA
TCCGAAGAGGATCGCTTAACCGTCGCAAGAGCACGAAAGATTGAGCGTTTCTTATCACAA
CCTTTTTTCGTAGCAGAAGTATTTACAGGTTCTCCGGGAAAATATGTTGGTCTAGCGGAA
ACAATTAGAGGGTTTAAATTGATCCTTTCCGGAGAATTTGATTCTCTTCCTGAACAGGCC
TTTTACTTAGTGGGTAACATCGATGAAGCTACTGCGAAGGCTACGAACTTAGAAATGGAG
AGTAAATTGAAGAAATGACCTTAAATCTTTGTGTACTGACTCCGAATCGAATTGTTTGGG
ATTCAGAAGTAAAAGAAATCATTTTATCTACTAATAGTGGACAAATTGGCGTATTACCAA
ATCACGCGCCGATTGCCACAGCTGTTGATATAGGTATTTTGAAAATACGCCTTAATAACC
AATGGTTAACAATGGCTCTGATGGGCGGTTTTGCTAGAATAGGCAATAATGAAATTACTA
TTTTAGTAAATGATGCAGAGAAGAATAGTGACATTGATCCACAAGAGGCTCAGCAAACTC
TTGAAATAGCAGAAGCGAACTTGAGAAAAGCTGAAGGTAAGAGACAAACAATTGAGGCAA
ATCTAGCTCTCAGACGAGCTCGGACACGCGTCGAGGCTCTCAATATGATTTGATTTTGTA
ACTAGCTGACGTATAAAAAAATAGGATCCAAAAGCGAG

QA 1 818 1 818
DS 



AS 2 16

CO CL57Contig1 921 7 10 U
CCATTCCTCGTGAGCCACTTATTTCTCCGAAACAAGAGATCAAAGTGATTTTCCTCCTTT
TTCCCAATAAGTCGACGGCCGTACACCATTGGGATACTTCGAATAAACTAGCATACATAT
AGGATACACCAGTGCTAAAACCTTTTCTCAAGAGATCTTCCAAACTGTTGGGGTCCTTGC
TCTGGATGGTCTTCCCCCGGTGTGAAAGCAGTTGGTTCCGTAGTTTTAGAATTCTGCTGA
TCCCAAGTACTCCATCTCCATCATTGCATATGAAAATATAGAAAGTAAAGAAGAAAAGGC
ATAACCAGAAGAATTGTGAAAAATAAGTGAATTTATCCAGTTGAGGCATGATTAGATTAA
TTGATTTCAGCAAAATGATTCCCTCCAGACAGCTTCACTCCGTCAAGCCTCTAGGAGTAG
TGAAGAACTATAGAAAGTTGTGGTTGGTTGTTGACCAACAAAAGCATGGGAGAAAACCAA
GAAAAAGGGGGCATAGAGATTTCTTCTCTTATGAGATTGATAGTTTGATCGCGGGGGCGG
CCCGGCAGGCTAGCGATCAGAAAAGAAAATCGATTCTATATACGTTATGGTATGGAAAAA
GATTTGACTTCGTTAGAAGAAGATGAGCTGCCTAGATCTTTGTATGTCCAGGTCTCGGTA
ATTGAAGAAAGAATGCCCAGGTGATTAAGCCCGGTAAGACCCCGTGATAAGACATCTTCC
GCAATACAAAATAACAACGGGAGATAAAGGATCCCCCTGTCTCACACCGCCTAACATGAG
AAATATCCTTTTGGAGAACCATTAACCAAGACAGAGAGCTTGGCAGCGTCGAGGTGCTAA
AGCACCTCTCCTTTGCTGTTCGAGTAAACAAGAAATGCTCGAGTTACTAAACACCCCCTA
GGGAGCCCCTCTCTGATAAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

AF RR3CE93JQ U 1
AF RR3CE93TF C 1
AF RR3DO06TF U 463
AF RR3AB94JQ C 427
AF RR3EI82JQ C 600
AF RR3EI82TF U 600
AF RR3AB94TF U 427
BS 1 564 RR3CE93JQ
BS 565 603 RR3DO06TF
BS 604 604 RR3AB94TF
BS 605 669 RR3DO06TF
BS 670 670 RR3EI82TF
BS 671 718 RR3DO06TF
BS 719 741 RR3EI82TF
BS 742 742 RR3AB94TF
BS 743 920 RR3EI82TF
BS 921 921 RR3AB94JQ

RD RR3CE93JQ 564 0 0
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TTCCCAATAAGTCGACGGCCGTACACCATTGGGATACTTCGAATAAACTAGCATACATAT
AGGATACACCAGTGCTAAAACCTTTTCTCAAGAGATCTTCCAAACTGTTGGGGTCCTTGC
TCTGGATGGTCTTCCCCCGGTGTGAAAGCAGTTGGTTCCGTAGTTTTAGAATTCTGCTGA
TCCCAAGTACTCCATCTCCATCATTGCATATGAAAATATAGAAAGTAAAGAAGAAAAGGC
ATAACCAGAAGAATTGTGAAAAATAAGTGAATTTATCCAGTTGAGGCATGATTAGATTAA
TTGATTTCAGCAAAATGATTCCCTCCAGACAGCTTCACTCCGTCAAGCCTCTAGGAGTAG
TGAAGAACTATAGAAAGTTGTGGTTGGTTGTTGACCAACAAAAGCATGGGAGAAAACCAA
GAAAAAGGGGGCATAGAGATTTCTTCTCTTATGAGATTGATAGTTTGATCGCGGGGGCGG
CCCGGCAGGCTAGCGATCAGAAAA

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3CE93TF 564 0 0
CCATTCCTCGTGAGCCACTTATTTCTCCGAAACAAGAGATCAAAGTGATTTTCCTCCTTT
TTCCCAATAAGTCGACGGCCGTACACCATTGGGATACTTCGAATAAACTAGCATACATAT
AGGATACACCAGTGCTAAAACCTTTTCTCAAGAGATCTTCCAAACTGTTGGGGTCCTTGC
TCTGGATGGTCTTCCCCCGGTGTGAAAGCAGTTGGTTCCGTAGTTTTAGAATTCTGCTGA
TCCCAAGTACTCCATCTCCATCATTGCATATGAAAATATAGAAAGTAAAGAAGAAAAGGC
ATAACCAGAAGAATTGTGAAAAATAAGTGAATTTATCCAGTTGAGGCATGATTAGATTAA
TTGATTTCAGCAAAATGATTCCCTCCAGACAGCTTCACTCCGTCAAGCCTCTAGGAGTAG
TGAAGAACTATAGAAAGTTGTGGTTGGTTGTTGACCAACAAAAGCATGGGAGAAAACCAA
GAAAAAGGGGGCATAGAGATTTCTTCTCTTATGAGATTGATAGTTTGATCGCGGGGGCGG
CCCGGCAGGCTAGCGATCAGAAAA

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3DO06TF 256 0 0
G
GCATGGGAGAAAACCAAGAAAAAGGGGGCATAGAGATTTCTTCTCTTATGAGATTGATAG
TTTGATCGCGGGGGCGGCCCGGCAGGCTAGCGATCAGAAAAGAAAATCGATTCTATATAC
GTTATGGTATGGAAAAAGATCTGACTTCGTTAGAAGAAGATGAGCTGCCTAGATCTTTGT
ATGTCCAGGTCTCGGTAATTGAAGAA*GAATGCCCAGGTGATTAAGCCCGGTAAGACCCC
GTGATAAGACATCTT

QA 2 256 2 256
DS 

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G
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GGGGCATAGAGATTTCTTCTCTTATGAGATTGATAGTTTGATCGCGGGGGCGGCCCGGCA
GGCTA*CGATCAGAAAAGAAAATCGATTCTATATACGTTATGGTATGGAAAAAGATTTGA
CTTCGTTAGAAGAAGATGAGCTGCCTAGATCTTTGTATGTCCAGGTCTCGGTAATTGAAG
AAAGAATGCCCAGGTGATTAAGCCCGGTAAGACCCCGTGATAAGACATCTTCCGCAATAC
AAAATAACAACGGGAGATAAAGGGTCCCCCTGTCTCACACCGCCTAACATGAGAAATATC
CTTTTGGAGAACCATTAACCAAGACAGAGAGCTTGGCAGCGTCGAGGTGCTAAAGCACCT
CTCCTTTGCTGTTCGAGTAAACAAGAAATGCTCGAGTTACTAAACACCCCCTAGGGAGCC
CCTCTCTGATAAGG

QA 2 495 2 495
DS 

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GGATC
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AAGAAAGAATGCCCAGGTGATTAAGCCCGGTAAGACCCCGTGATAAGACATCTTCCGCAA
TACAAAATAACAACGGGGGATAAAGGATCCCCCTGTCTCACACCGCCTAACATGAGAAAT
ATCCTTTTGGAGAACCATTAACCAAGACAGAGAGCTTGGCAGCGTCGAGGTGCTAAAGCA
CCTCTCCTTTGCTGTTCGAGTAAACAAGAAATGCTCGAGTTACTAAACACCCCCTAGGGA
GCCCCTCTCTGATAAG
C

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DS 

RD RR3EI82TF 322 0 0
GGATC
TGACTTCGTTAGAAGAAGATGAGCTGCCTAGATCTTTGTATGTCCAGGTCTCGGTAATTG
AAGAAAGAATGCCCAGGTGATTAAGCCCGGTAAGACCCCGTGATAAGACATCTTCCGCAA
TACAAAATAACAACGGGGGATAAAGGATCCCCCTGTCTCACACCGCCTAACATGAGAAAT
ATCCTTTTGGAGAACCATTAACCAAGACAGAGAGCTTGGCAGCGTCGAGGTGCTAAAGCA
CCTCTCCTTTGCTGTTCGAGTAAACAAGAAATGCTCGAGTTACTAAACACCCCCTAGGGA
GCCCCTCTCTGATAAG
C

QA 6 321 6 321
DS 

RD RR3AB94TF 495 0 0
G
CTATAGAAAGTTGTGGTTGGTTGTTGACCAACAAAAGCATGGGAGAAAACCAAGAAAAAG
GGGGCATAGAGATTTCTTCTCTTATGAGATTGATAGTTTGATCGCGGGGGCGGCCCGGCA
GGCTA*CGATCAGAAAAGAAAATCGATTCTATATACGTTATGGTATGGAAAAAGATTTGA
CTTCGTTAGAAGAAGATGAGCTGCCTAGATCTTTGTATGTCCAGGTCTCGGTAATTGAAG
AAAGAATGCCCAGGTGATTAAGCCCGGTAAGACCCCGTGATAAGACATCTTCCGCAATAC
AAAATAACAACGGGAGATAAAGGGTCCCCCTGTCTCACACCGCCTAACATGAGAAATATC
CTTTTGGAGAACCATTAACCAAGACAGAGAGCTTGGCAGCGTCGAGGTGCTAAAGCACCT
CTCCTTTGCTGTTCGAGTAAACAAGAAATGCTCGAGTTACTAAACACCCCCTAGGGAGCC
CCTCTCTGATAAG
G

QA 2 494 2 494
DS 



CO CL57Contig2 1810 9 17 U
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GAGGACTTTGTACCATCCATTCCAGTGTAGTTGAATTAAGTTCAAGAGCCCAAGGACTTG
GAGCACATCTTTTGTTATTTCCACTGCTTAAAGTGATTGTTACGACCACGAAGAAACAAC
AAATCCCAACTACGGATATATAAGAGCCAAAACTGGAAAGGGCATTCCATCCAGCGTAAG
CATCTGGATAATCTGGAATACGACGTGGCATACCTGAAAGCCCTAAGAAATGCATAGGAA
AGAA*GGTCAAATTAACCCCGAAAAAAGTGATCCAAAAATGGATTTGACCTAAAGTTTCA
GGGTATGTCCGACCAAAGATTTTACCCACCCAATAGTAAAATCCTGCAAATAAAGCAAAA
ACGGCTCCCATAGAAAGTACATAATGGAAATGTACAACCACATAATAAGTATCATGTAGA
GCAATGTCTAGCCCTGAATTTGCCAGGACTATTCCAGTGAGTCCTCCTATGGTGAACAAA
AAGATAAATCCTACAGCAAATAACATGGGTGTTTTGTATTGTATCGAACCCCCCCACATG
GTAGCGATCCAACTAAAGATTTTGATTCCAGTGGGGACAGCTATGATCATGGTAGCTGCG
GTGAAGTAGGCACGGGTATCTACGTCTAAGCCCACAGTAAACATATGATGAGCCCAAACA
AGAAATCCTAAGACACCAATACTGATCATGCCATAAACCATGCCTAGATACCCGAAGACC
GGTTTTCCCGAAAAAGTCGAAACGATATGACTTATGATACCGAATCCAGGCAGAATGAGA
ATATACACCTCTGGATGACCGAAGAACCAAAAGAGATGCTGGTATAAAATTGGGTCTCCC
CCTCCAGCGGGATCAAAAAAGGTTGTATTAAAGTTTCGATCGGTTAATAACATGGTAATT
GCCCCTGCCAGTACCGGGAGTGATAATAAAAGTAGGAATGCTGTCACTAGAACGGACCAC
ACAAATAGGGGTAATCTATGCATAGTCATTCCAGGTCCACGCATGTTGAAGATAGTTGTT
ATAAAATTGATAGAACCTAAAGTGGATAAAACACCAGATAGATGAAGACTAAAAATTGCT
AAATCAACCGCTCCTCCAGAATGACTGGTAATACCACTTAAGGGCGGATAGACCGTCCAC
CCAGTGCCGCTACCTACTTCTACTAAGGCTGAGCTTAATAGGAGCAAGAGACTTGGTGGC
AACAACCAGAATGAAATATTATTTAATCGTGGAAATGCCATGTCAGGTGCACCTATCAGA
ATCGGAACAAACCAATTACCAAATCCACCTATCATCGCCGGCATAACCATAAAAAAGATC
ATTAAAAAAGCATGAGCTGTTATTAAAACATTATAAAGTTGATGATTCCCACCAAGAATT
TGATCGCCGGGTCGTGCTAATTCCATCCGAATTAATACTGAGAAGCATGTGCCCATCACT
CCAGCAATGGCACCGAAAATGAAATAGAGAGTCCCTATATCCTTGTGGTTTGTGGAGAAC
AGCCATCGAACCAGATTTTTCATAAATTTGAGATTTTTTCGTTTTTTTCCTTATCAGAGA
GGGGCTCCCTAGGGGGTGTTTAGTAACTCGAGCATTTCTTGTTTACTCGAACAGCAAAGG
AGAGGTGCTTTAGCACCTCGACGCTGCCAAGCTCTCTGTCTTGGTTAATGGTTCTCCAAA
AGGATATTTCTCATGTTAGGCGGTGTGAGACAGGGGATCCTTTATCCCCCGTTGTTATTT
TGTATTGCGC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB88TF C 1
AF RR3HB88JQ U 1
AF RR3ED23JQ U 6
AF RR3DW12JQ U 5
AF RR3B381JQ U 5
AF RR3DO06JQ U 5
AF RR3B381TF C 325
AF RR3ED23TF C 540
AF RR3DW12TF C 1219
BS 1 381 RR3HB88JQ
BS 382 453 RR3DO06JQ
BS 454 454 RR3B381JQ
BS 455 533 RR3DO06JQ
BS 534 534 RR3ED23JQ
BS 535 750 RR3DO06JQ
BS 751 751 RR3B381JQ
BS 752 794 RR3DO06JQ
BS 795 795 RR3B381TF
BS 796 834 RR3DO06JQ
BS 835 835 RR3B381TF
BS 836 840 RR3DO06JQ
BS 841 841 RR3B381TF
BS 842 856 RR3DO06JQ
BS 857 1074 RR3B381TF
BS 1075 1277 RR3ED23TF
BS 1278 1810 RR3DW12TF

RD RR3HB88TF 339 0 0
ACTTC
ACATAGCTTTTCGTCTCCTTGATAGCTGGAAGTTCTCCAAAAGTATGAAAAGCAGGAGGA
CTTTGTACCATCCATTCCAGTGTAGTTGAATTAAGTTCAAGAGCCCAAGGACTTGGAGCA
CATCTTTTGTTATTTCCACTGCTTAAAGTGATTGTTACGACCACGAAGAAACAACAAATC
CCAACTACGGATATATAAGAGCCAAAACTGGAAAGGGCATTCCATCCAGCGTAAGCATCT
GGATAATCTGGAATACGACGTGGCATACCTGAAAGCCCTAAGAAATGCATAGGAAAGAA*
GGTCAAATTAACCCCGAAAAAAGTGATCCAAAAA

QA 6 339 6 339
DS 

RD RR3HB88JQ 382 0 0
ACTTCACATAGCTTTTCGTCTCCTTGATAGCTGGAAGTTCTCCAAAAGTATGAAAAGCAG
GAGGACTTTGTACCATCCATTCCAGTGTAGTTGAATTAAGTTCAAGAGCCCAAGGACTTG
GAGCACATCTTTTGTTATTTCCACTGCTTAAAGTGATTGTTACGACCACGAAGAAACAAC
AAATCCCAACTACGGATATATAAGAGCCAAAACTGGAAAGGGCATTCCATCCAGCGTAAG
CATCTGGATAATCTGGAATACGACGTGGCATACCTGAAAGCCCTAAGAAATGCATAGGAA
AGAA*GGTCAAATTAACCCCGAAAAAAGTGATCCAAAAATGGATTTGACCTAAAGTTTCA
GGGTATGTCCGACCAAAGATT
C

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR3ED23JQ 724 0 0
ACATAGCTTTTCGTCTCCTTGATAGCTGGAAGCTCTCCAAAAGTATGAAAAGCAGGAGGA
CTTTGTACCATCCATTCCAGTGTAGTTGAATTAAGTTCAAGAGCCCAAGGACTTGGAGCA
CATCTTTTGTTATTTCCACTGCTTAAGGTGATTGTTACGACCACGAAAAAACAACAAATC
CCAACTACGGATATATAAGAGCCAAAACTGGAAAGGGCATTCCATCCAGCGTAAGCATCT
GGATAATCTGGAATACGACGTGGCATACCTGAAAGCCCTAAGAAATGCATAGGAAAGAA*
GGTCAAATTAACCCCGAAAAAAGTGATCCAAAAATGGATTTGACCTAAAGTTTCAGGGTA
TGTCCGACCAAAGATTTTACCCAACCAATAGTAAAATCCTGCAAATAAAGCAAAAACGGC
TCCCATAGAAAGTACATAATGGAAATGTGCAACCACATAATAAGTATCATGTAGAGCAAT
GTCTAGCCCTGAATTTGCCAGGACTATTCCAGTGAGTCCTCCTATGGTGAACAAAAAGAT
AAATCCTACAGCAAATAACATGGGTGTTTTGTATTGTATCGAACCCCCCCACATGGTAGC
GATCCAACTAAAGATTTTGATTCCAGTGGGGACAGCTATGATCATGGTATCTGCGGTGAA
GTAGGCACGGGTATCTACGTCTAAGCCCACAGTAAACATATGATGAGCCCAAACAAGAAA
TCCT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3DW12JQ 730 0 0
CAT
ATAGCTTTTCGTCTCCTTGATAGCTGGAAATTCTCCAAAAGTATGAAAAGCAGGAGGACT
TTGTACCATCCATTCCAGTGTAGTTGAATTAAGTTCAAGAGCCCAAGGACTTGGAGCACA
TCTTTTGTTATTTCCACTGCTTAAAGTGATTGTTACGACCACGAAGAAACAACAAATCCC
AACTACGGATATATAAGAGCCAAAACTGGAAAGGGCATTCCATCCAGCGTAAGCATCTGG
ATAATCTGGAATACGACGTGGCATACCTGAAAGCCCTAAGAAATGCATAGGAAAGAAAGG
TCAAATTAACCCCGAAAAAAGTGATCCAAAAATGGATTTGACCTAAAGTTTCAGGGTATG
TCCGACCAAAGATTTTACCCACCCAATAGTAAAATCCTGCAAATAAAGCAAAAACGGCTC
CCATAGAAAGTACATAATGGAAATGTGCAACCACATAATAAGTATCATGTAGAGCAATGT
CTAGCCCTGAATTTGCCAGGACTATTCCAGTGAGTCCTCCTATGGTGAACAAAAAGATAA
ATCCTACAGCAAATAACATGGGTGTTTTGTATTGTATCGAACCCCCCCACATGGTAGCGA
TCCAACTAAAGATTTTGATTCCAGTGGGGACAGCTATGATCATGGTAGCTGCGGTGAAGT
AGGCACGGGTATCTACGTCTAAGCCCACAGTAAACATATGATGAGCCCAAACAAGAAATC
CTAAGAC

QA 4 730 4 730
DS 

RD RR3B381JQ 786 0 0
CAT
ATAGCTTTTCGTCTCCTTGATAGCTGGAAGTTCTCCAAAAGTATGAAAAGCAGGAGGACT
TTGTACCATCCATTCCAGTGTAGTTGAATTAAGTTCAAGAGCCCAAGGACTTGGAGCACA
TCTTTTGTTATTTCCACTGCTTAAAGTGATTGTTACGACCACGAAAAAACAACAAATCCC
AACTACGGATATATAAGAGCCAAAACTGGAAAGGGCATTCCATCCAGCGTAAGCATCTGG
ATAATCTGGAATACGACGTGGCATACCTGAAAGCCCTAAAAAATGCATAGGAAAGAA*GG
TCAAATTAACCCCGAAAAAAGTGATCCAAAAATGGATTTGACCTAAAGTTTCAGGGTATG
TCCGACCAAAGATTTTACCCACCCAATAGTAAAATCCTGCAAATAAAGCAAAAACGGCTC
CCATAGAAAGTACATAATGGAAATGTACAACCACATAATAAGTATCATGTAGAGCAATGT
CTAGCCCTGAATTTGCCAGGACTATTCCAGTGAGTCCTCCTATGGTGAACAAAAAGATAA
ATCCTACAGCAAATAACATGGGTGTTTTGTATTGTATCGAACCCCCCCACATGGTAGCGA
TCCAACTAAAGATTTTGATTCCAGTGGGGACAGCTATGATCATGGTAGCTGCGGTGAAGT
AGGCACGGGTATCTACGTCTAAGCCCACAGTAAACATATGATGAGCCCAAACAAGAAATC
CTAAGACACCAATACTGATCATGCCATAAACCATGCCTAGATACCCGAAGACCGGTTTTC
CCG

QA 4 786 4 786
DS 

RD RR3DO06JQ 871 0 0
C
ACATAGCTTTTCGTCTCCTTGATAGCTGGAAGTTCTCCAAAAGTATGAAAAGCAGGAGGA
CTTTGTACCATCCATTCCAGTGTAGTTGAATTAAGTTCAAGAGCCCAAGGACTTGGAGCA
CATCTTTTGTTATTTCCACTGCTTAAAGTGATTGTTACGACCACGAAGAAACAACAAATC
CCAACTACGGATATATAAGAGCCAAAAATGGAAAGGGCATTCCATCCAGCGTAAGCATCT
GGATAATCTGGAATACGACGTGGCATACCTGAAAGCCCTAAGAAATGCATAGGAAAGAA*
GGTCAAATTAACCCCGAAAAAAGTGATCCAAAAATGGATTTGACCTAAAGTTTCAGGGTA
TGTCCGACCAAAGATTTTACCCACCCAATAGTAAAATCCTGCAAATAAAGCAAAAACGGC
TCCCATAGAAAGTACATAATGGAAATGTGCAACCACATAATAAGTATCATGTAGAGCAAT
GTCTAGCCCTGAATTTGCCAGGACTATTCCAGTGAGTCCTCCTATGGTAAACAAAAAGAT
AAATCCTACAGCAAATAACATGGGTGTTTTGTATTGTATCGAACCCCCCCACATGGTAGC
GATCCAACTAAAGATTTTGATTCCAGTGGGGACAGCTATGATCATGGTAGCTGCGGTGAA
GTAGGCACGGGTATCTACGTCTAAGCCCACAGTAAACATATGATGAGCCCAAACAAGAAA
TCCTAAGACACCAATACTGATCATGGCATAAACCATGCCTAGATACCCGAAGACCGGTTT
TCCCGAAAA*GTCGAAACGATATGACTTATGATACCGAATCCAGGCAGA*TGAGA*TATA
CACCTCTGGAT
GACGAGACCAAAAGAGATG

QA 2 852 2 852
DS 

RD RR3B381TF 751 0 0
AAAGTGATCCAAAAATGGATTTGAC*TAAAGTTTCAGGGTATGTCCGACCAAAGATTTTA
CCCACCCAATAGTAAAATC*TGCAAATAAAGCAAAAACGGCTCCCATAGAAAGTACATAA
TGGAAATGTACAACCACATAATAAGTATCATGTAGAGCAATGTCTAGCCCTGAATTTGCC
AGGACTATTCCAGTGAGTCCTCCTATGGTGAACAAAAAGATAAATCCTACAGCAAATAAC
ATGGGTGTTTTGTATTGTATCGAACCCCCCCACATGGTAGCGATCCAACTAAAGATTTTG
ATTCCAGTGGGGACAGCTATGATCATGGTAGCTGCGGTGAAGTAGGCACGGGTATCTACG
TCTAAGCCCACAGTAAACATATGATGAGCCCAAACAAGAAATCCTAAGACACCAATACTG
ATCATGCCATAAACCATGCCTAGATACCCGAAGACCGGTTTTCCCGAAAAAGTCGAAACG
ATATGACTTATGATACCGAATCCAGGCAGAATGAGAATATACACCTCTGGATGACCGAAG
AACCAAAAGAGATGCTGGTATAAAATTGGGTCTCCCCCTCCAGCGGGATCAAAAAAGGTT
GTATTAAAGTTTCGATCGGTTAATAACATGGTAATTGCCCCTGCCAGTACCGGGAGTGAT
AATAAAAGTAGGAATGCTGTCACTAGAACGGACCACACAAATAGGGGTAATCTATGCATA
GTCATTCCAGGTCCACGCATGTTGAAGATA
C

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3ED23TF 739 0 0
AAAGATAAATC*TACAGCAAATAACATGGGTGTTTTGTATTGTATCGAACCCCCCCACAT
GGTAGCGATCCAACTAAAGATTTTGATTCCAGTGGGGACAGCTATGATCATGGTATCTGC
GGTGAAGTAGGCACGGGTATCTACGTCTAAGCCCACAGTAAACATATGATGAGCCCAAAC
AAGAAATCCTAAGACACCAATACTGATCATGGCATAAACCATGCCTAGATACCCGAAGAC
CGGTTTTCCCGAAAAAGTCGAAACGATATGACTTATGATACCGAATCCAGGCAGAATGAG
AATATACACCTCTGGAT*ACCGAAGAACCAAAGGAGATGCTGGTATAAAATTGGGTCTCC
CCCTCCAGCGGGATCAAAAAAGGTTGTATTAAAGTTTCGATCGGTTAATAACATGGTAAT
TGCCCTTGCCAGTACCGGGAGTGATAATAAAAGTAGGAATGCTGTCACTAGAACGGACCA
CACAAATAGGGGTAATCTATGCATAGTCATTCCAGGTCCACGCATGTTGAAGATAGTTGT
TATAAAATTGATAGAACCTAAAGTGGATAAAACACCAGATAGATGAAGACTAAAAATTGC
TAAATCAACCGCTCCTCCAGAATGACTGGTAATACCACTTAAGGGCGGATAGACCGTCCA
CCCAGTGCCGCTACCTACTTCTACTAAGGCTGAGCTTAATAGGAGCAAGAGACTTGGTGG
CAACAACCAGAATGAAAT
C

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3DW12TF 592 0 0
TCTACTAAGGCTGAGCTTAATAGGAGCAAGAGACTTGGTGGCAACAACCAGAATGAAATA
TTATTTAATCGTGGAAATGCCATGTCAGGTGCACCTATCAGAATCGGAACAAACCAATTA
CCAAATCCACCTATCATCGCCGGCATAACCATAAAAAAGATCATTAAAAAAGCATGAGCT
GTTATTAAAACATTATAAAGTTGATGATTCCCACCAAGAATTTGATCGCCGGGTCGTGCT
AATTCCATCCGAATTAATACTGAGAAGCATGTGCCCATCACTCCAGCAATGGCACCGAAA
ATGAAATAGAGAGTCCCTATATCCTTGTGGTTTGTGGAGAACAGCCATCGAACCAGATTT
TTCATAAATTTGAGATTTTTTCGTTTTTTTCCTTATCAGAGAGGGGCTCCCTAGGGGGTG
TTTAGTAACTCGAGCATTTCTTGTTTACTCGAACAGCAAAGGAGAGGTGCTTTAGCACCT
CGACGCTGCCAAGCTCTCTGTCTTGGTTAATGGTTCTCCAAAAGGATATTTCTCATGTTA
GGCGGTGTGAGACAGGGGATCCTTTATCCCCCGTTGTTATTTTGTATTGCGC

QA 1 592 1 592
DS 



AS 2 12

CO CL58Contig1 1238 10 12 U
GGATTAAAAAGACGTTCACGTTTCTTCCTCCTCACACCAGCATAAGAAGAAAGAAGAACA
ATTGAAGAAAGCAGGCAGGAACATAGATTCTTTCTTGTCCTTTCAGTGAGGGTTTTTGGT
TTTAAGAATCGATTGATTGATTGATTGAGAAGGATGTCGAGTTCTGCCGAGTGTTGGGAA
TTGTCGGGTGAGAGGAAGAGGGTGCTTGAGAAGAAGCCGAGCTTCTCGCAAACATGTAGT
CGATTGAGTCGTTATCTCAAGGAGAAGGGTAGCTTCGGAGATCTCAGCTTAGGGTTGACA
TGCAACCCCGACCTTAATGGGGGTTTTGGTGTGTCACGTGAGCCCACGATGATGAATCTC
TTCCCTTCTACGGCTGCTCAAGACGTTAAACCGAAGAGTGATGTGATTCCTCGCCAATCA
AGCTTTTCTTCTTCCTCGTCCCCTGGTGGAGTCAAGGAAGAAGTCGATAAGATCATGGAT
ACTAAATCTGTGAAGGTGGAGTCTCAATCTGCGCCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAA
GTTATGGTGTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCAC
AAA*GCAAGTGCTAAAAGCTTCACATCTGAACTGAACAGTAGCCAGAGTGCTTATACTCA
AAACATAGCCAAGAATCATAAAGAGATTGCTTCCACTACCCCAAATCCAGCTTCTAGTCC
TGTGAAAACCGCTGCACCAGAGCCAATCCAAGCCAACAAGTCCTCTTTAGCTTGCGGTAA
CGAACTCCCAATTGCTAGAAGAGCTTCACTTCATCGATTCCTTGAGAAGAGAAAGGATAG
GATTTCATCAAAGGCACCGTACCAGATAGACGGTTCTACCGAAGCATCTTCCAAGCCAAA
CACATCTTGGCTCGGTTCCCAGTAATCTCTTTGAGTTGAGACTCCTTTTGATGATGCTCC
CATCGTTTACTATAATATCAAGAAGCTCTACTGATTTCACTCCTAGGAGTTTTGTTGTCT
GTTCAATGCGCCAGAAAAAAAACTCAGTATATCTGTACGAAACTAATCCCTTATAGTTTT
GCTACTTTTTTTTGGGGTTTAAAGCCATTGTGTTATAGACCTTTTCATCTGCTGTTCTCA
GCATTTGCTTGCAACTTTTGTAAGAAACATCAGTTTCTTATTTATTTATTTTTGGTTGTT
GTTGTTGTTGACGACCTTGATATCAGCTTACTTTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 55 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DF61TF U 32
AF RR3FW16TF U 32
AF RR3EC49TF U 32
AF RR3B029TF U 1
AF RR3D846TF U 34
AF RR3EC49JQ C 531
AF RR3FW16JQ C 429
AF RR3D846JQ C 426
AF RR3B029JQ C 317
AF RR3DF61JQ C 596
BS 1 209 RR3B029TF
BS 210 211 RR3DF61TF
BS 212 455 RR3B029TF
BS 456 456 RR3DF61TF
BS 457 750 RR3B029TF
BS 751 751 RR3D846TF
BS 752 827 RR3B029TF
BS 828 857 RR3B029JQ
BS 858 858 RR3DF61JQ
BS 859 892 RR3B029JQ
BS 893 893 RR3DF61JQ
BS 894 1238 RR3B029JQ

RD RR3DF61TF 568 0 0
GG
ACACCAGCATAAGAAGAAAGAAGAACAATTGAAGAAAGCAGGCAGGAACATAGATTCTTT
CTTGTCCTTTCAGTGAGGGTTTTTGGTTTTAAGAATCGATTGATTGATTGATTGAGAAGG
ATGTCGAGTTCTGCCGAGTGTTGGGAATTGTCGGGTGAGAGGAAGAGGGTGCTTGAGAAG
AAGCCGAGCTTCTCGCAAACATGTAGTCGATTGAGTCGTTATCTCAAGGAGAAGGGTAGC
TTCGGAGATCTCAGCTTAGGGTTGACATGCAACCCCGACCTTAATGGGGGTTTTGGTGTG
TCACGTGAGCCCACGATGATGAATCTCTTCCCTTCTACGGCTGCTCAAGACGTTAAACCG
AAGAGTGATGTGATTCCTCGCCAATCAAGCTTTTCTTCTTCCTCGTCCCCTGGTGGAGTC
AAGGAAGAAGTCGATAAGATCATGGATACTAAATCTGTGAAGGTGGAGTCTCAATCTGCG
CCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTATGGTGTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAA
GCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCA

QA 3 568 3 568
DS 

RD RR3FW16TF 567 0 0
GG
ACACCAGCATAAGAAGAAAGAAGAACATTTGAAGAAAGCAGGCAGGAACATAGATTCTTT
CTTGTCCTTTCAGTGAGGGTTTTTGGTTTTAAGAATCGATTGATTGATTGATTGAGAAGG
ATGTCGAGTTCTGCCGAGTGTTGGGAATTGTCGGGTGAGAGGAAGAGGGTGCTTGAGAAG
AAGCCGAGCTTCTCGCAAACATGTAGTCGATTGAGTCGTTATCTCAAGGAGAGGGGTAGC
TTCGGAGATCTCAGCTTAGGGGTGACATGCAACCCCGACCTTAATGGGGGTTTTGGTGTG
TCACGTGAGCCCACGATGATGAATCTCTTCCCTTCTACGGCTGCTCAAGACGTTAAACCG
AAGAGTGATGTGATTCCTCGCCAATCAAGCTTTTCTTCTTCCTCGTCCCCTGGTGGAGTC
AAGGAAGAAGTCGATAAGATCATGGATACTAAATCTGTGAAGGTGGAGTCTCAATCTGCG
CCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTATGGTGTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAA
GCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTC

QA 3 567 3 567
DS 

RD RR3EC49TF 670 0 0
GG
ACACCAGCATAAGAAGAAAGAAGAACAATTGAAGAAAGCAGGCAGGAACATAGATTCTTT
CTTGTCCTTTCAGTGAGGGTTTTTGGTTTTAACAATCGATTGATTGATTGATTGAGAAGG
ATGTCGAGTTCTGCCGAGTGTTGGGAATTGTCGGGTGAGAGGAAGAGGGTGCTTGAGAAG
AAGCCGAGCTTCTCGCAAACATGTAGTCGATTGAGTCGTTATCTCAAGGAGAAGGGTAGC
TTCGGAGATCTCAGCTTAGGGTTGACATGCAACCCCGACCTTAATGGGGGTTTTGGTGTG
TCACGTGAGCCCACGATGATGAATCTCTTCCCTTCTACGGCTGCTCAAGACGTTAAACCG
AAGAGTGATGTGATTCCGCGCCAATCAAGCTTTTCTTCTTCCTCGTCCCCTGGTGGAGTC
AAGGAAGAAGTCGATAAGATCATGGATACTAAATCTGTGAAGGTGGAGTCTCAATCTGCG
CCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTATGGTGTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAA
GCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCACAAA*GCAAGTGCTAAAAGCTTCACATCTGAACT
GAACAGTAGCCAGAGTGCTTATACTCAAAACATAGCC**GAATCATAAAGAGATTGCTTC
CACTACCC

QA 3 670 3 670
DS 

RD RR3B029TF 831 0 0
GGATTAAAAAGACGTTCACGTTTCTTCCTCCTCACACCAGCATAAGAAGAAAGAAGAACA
ATTGAAGAAAGCAGGCAGGAACATAGATTCTTTCTTGTCCTTTCAGTGAGGGTTTTTGGT
TTTAAGAATCGATTGATTGATTGATTGAGAAGGATGTCGAGTTCTGCCGAGTGTTGGGAA
TTGTCGGGTGAGAGGAAGAGGGTGCTTGA**AGAAGCCGAGCTTCTCGCAAACATGTAGT
CGATTGAGTCGTTATCTCAAGGAGAAGGGTAGCTTCGGAGATCTCAGCTTAGGGTTGACA
TGCAACCCCGACCTTAATGGGGGTTTTGGTGTGTCACGTGAGCCCACGATGATGAATCTC
TTCCCTTCTACGGCTGCTCAAGACGTTAAACCGAAGAGTGATGTGATTCCTCGCCAATCA
AGCTTTTCTTCTTCCTCGTCCCCTGGTGGAGTCAAAGAAGAAGTCGATAAGATCATGGAT
ACTAAATCTGTGAAGGTGGAGTCTCAATCTGCGCCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAA
GTTATGGTGTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCAC
AAA*GCAAGTGCTAAAAGCTTCACATCTGAACTGAACAGTAGCCAGAGTGCTTATACTCA
AAACATAGCCAAGAATCATAAAGAGATTGCTTCCACTACCCCAAATCCAGCTTCTAGTCC
TGTGAAAACCGCTGCACCAGAGCCAATCCA*GCCAACAAGTCCTCTTTAGCTTGCGGTAA
CGAACTCCCAATTGCTAGAAGAGCTTCACTTCATCGATTCCTTGAGA
GAGA

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR3D846TF 793 0 0
GG
ACCAGCATAAGAAGAAAGAAGAACAATTGAAGAAAGCAGGCAGGAACATAGATTCTTTCT
TGTCCTTTCAGTGAGGGTTTTTGGTTTTAAGAATCGATTGATTGATTGATTGAGAAGGAT
GTCGAGTTCTGCCGAGTGTTGGGAATTGTCGGGTGAGAGGAAGAGGGTGCTTGAGAAGAA
GCCGAGCTTCTCGCAAACATGTAGTCGATTGAGTCGTTATCTCAAGGAGAAGGGTAGCTT
CGGAGATCTCAGCTTAGGGTTGACATGCAACCCCGACCTTAATGGGGGTTTTGGTGTGTC
ACGTGAGCCCACGATGATGAATCTCTTCCCTTCTACGGCTGCTCAAGACGTTAAACCGAA
GAGTGATGTGATTCCTCGCCAATCAAGCTTTTCTTCTTCCTCGTCCCCTGGTGGAGTCAA
GGAAGAAGTCGATAAGATCATGGATACTAAATCTGTGAAGGTGGAGTCTCAATCTGCGCC
ATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTATGGTGTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAAGC
CAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCACAAA*GCAAGTGCTAAAAGCTTCACATCTGAACTGA
ACAGTAGCCAGAGTGCTTATACTCAAAACATAGCCA*GAATCATAAAGAGATTGCTTCCA
CTACCCCAAATCCAGCTTCTAGTCCTGTGAAA*CCGCTGCACCAGAGCCAATCCAAGCCA
ACAAGTCCTCTTTAGCTTGCGGTA*CGA*CTCCCAATTGCTAGA*GAGCT*CACTTCATC
GATTC
TTGAGA

QA 3 787 3 787
DS 

RD RR3EC49JQ 568 0 0
CGGCGGTCAAGTTATGGTGTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGA
CTTGGCTCACAAA*GCAAGTGCTAAAAGCTTCACATCTGAACTGAACAGTAGCCAGAGTG
CTTATACTCAAAACATAGCC**GAATCATAAAGAGATTGCTTCCACTACCCCAAATCCAG
CTTCTAGTCCTGTGAAAACCGCTGCACCAGAGCCAATCCAAGCCAACAAGTCCTCTTTAG
CTTGCGGTAACGAACTCCCAATTGCTAGAAGAGCTTCACTTCATCGATTCCTTGAGAAGA
GAAAGGATAGGATTTCATCAAAGGCACCGTACCAGATAGACGGTTCTACCGAAGCATCTT
CCAAGCCAAACACATCTTGGCTCGGTTCCCAGTAATCTCTTTGAGTTGAGACTCCTTTTG
ATGATGCTCCCATCGTTTACTATAATATCAAGAAGCTCTACTGATTTCACTCCTAGGAGT
TTTGTTGTCTGTTCAATGCGCCAGAAAAAAAACTCAGTATATCTGTACGAAACTAATCCC
TTATAGTTTTGCTACTTTTTTTGGGGGT

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3FW16JQ 769 0 0
TTCTTCCTCGTCCCCTGGTGGAGTCAAGGAAGAAGTCGATAAGATCATGGATACTAAATC
TGTGAAGGTGGAGTCTCAATCTGCGCCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTATGGT
GTTTGATGATTTTCCTGCTGAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCACAAA*GCAA
GTGCTAAAAGCTTCACATCTGAACTGAACAGTAGCCAGAGTGCTTATACTCAAAACATAG
CCAAGAATCATAAAGAGATTGCTTCCACTACCCCAAATCCAGCTTCTAGTCCTGTGAAAA
CCGCTGCACCAGAGCCAATCCAAGCCAACAAGTCCTCTTTAGCTTGCGGTAACGAACTCC
CAATTGCTAGAAGAGCTTCACTTCATCGATTCCTTGAGAAGAGAAAGGATAGGATTTCAT
CAAAGGCACCGTACCAGATAGACGGTTCTACCGAAGCATCTTCCAAGCCAAACACATCTT
GGCTCGGTTCCCAGTAATCTCTTTGAGTTGAGACTCCTTTTGATGATGCTCCCATCGTTT
ACTATAATATCAAGAAGCTCTACTGATTTCACTCCTAGGAGTTTTGTTGTCTGTTCAATG
CGCCAGAAAAAAAACTCAGTATATCTGTACGAAACTAATCCCTTATAGTTTTGCTACTTT
TTTTTGGGGTTTAAAGCCATTGTGTTATAGACCTTTTCATCTGCTGTTCTCAGCATTTGC
TTGCAACTTTTGTAAGAAACATCAGTTTCTTATTTATTTATTTTTGGT
C

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3D846JQ 778 0 0
CTTTCTC
TCCTCGTCCCCTGGTGGAGTCAAGGAAGAAGTCGATAAGATCATGGATACTAAATCTGTG
AAGGTGGAGTCTCAATCTGCGCCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTATGGTGTTT
GATGATTTTCCTGCTGAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCACAAA*GCAAGTGC
TAAAAGCTTCACATCTGAACTGAACAGTAGCCAGAGTGCTTATACTCAAAACATAGCCAA
GAATCATAAAGAGATTGCTTCCACTACCCCAAATCCAGCTTCTAGTCCTGTGAAAACCGC
TGCACCAGAGCCAATCCAAGCCAACAAGTCCTCTTTAGCTTGCGGTAACGAACTCCCAAT
TGCTAGAAGAGCTTCACTTCATCGATTCCTTGAGAAGAGAAAGGATAGGATTTCATCAAG
AGCACCGTACCAGATAGACGGTTCTACCGAAGCATCTTCCAAGCCAAACACATCTTGACT
CGGTTCCCAGTAATCTCTTTGAGTTGAGACTCCTTTTGATGATGCTCCCATCGTTTACTA
TAATATCAAGAAGCTCTACTGATTTCACTCCTAGGAGTTTTGTTGTCTGTTCAATGCGCC
AGAAAAAAAACTCAGTATATCTGTACGAAACTAATCCCTTATAGTTTTGCTACTTTTTTT
TGGGGTTTAAAGCCATTGTGTTATAGACCTTTTCATCCGCTGTTCTCAGCATTTGCTTGC
AACTTTTGTAAGAAACATCAGTTTCTTATTTATTTATTTTTGGTTGTT
GTT

QA 8 775 8 775
DS 

RD RR3B029JQ 922 0 0
AAT
GGGGTTTTGGTGTGTCACGTGAGCCCACGATGATGAATCTCTTCC*TTCTACGGCTGCTC
AAGACGTTAAACCGAAGAGTGATGTGATTCCTCGCCAATCAAGCTTTTCTTCTTCCTCGT
CCCCTGGTGGAGTCAAAGAAGAAGTCGATAAGATCATGGATACTAAATCTGTGAAGGTGG
AGTCTCAATCTGCGCCATTGACCATATTCTACGGCGGTCAAGTTATGGTGTTTGATGATT
TTCCTGCTGAGAAAGCCAAGCAAGTCATTGACTTGGCTCACAAAAGCAAGTGCTAAAAGC
TTCACATCTGAACTGAACAGTAGCCAGAGTGCTTATACTCAAAACATAGCCAAGAATCAT
AAAGAGATTGCTTCCACTACCCCAAATCCAGCTTCTAGTCCTGTGAAAACCGCTGCACCA
GAGCCAATCCA*GCCAACAAGTCCTCTTTAGCTTGCGGTAACGAACTCCCAATTGCTAGA
AGAGCTTCACTTCATCGATTCCTTGAGAAGAGAAAGGATAGGATTTCATCAAAGGCACTG
TACCAGATAGACGGTTCTACCGAAGCATCTTCCGAGCCAAACACATCTTGGCTCGGTTCC
CAGTAATCTCTTTGAGTTGAGACTCCTTTTGATGATGCTCCCATCGTTTACTATAATATC
AAGAAGCTCTACTGATTTCACTCCTAGGAGTTTTGTTGTCTGTTCAATGCGCCAGAAAAA
AAACTCAGTATATCTGTACGAAACTAATCCCTTATAGTTTTGCTACTTTTTTTTGGGGTT
TAAAGCCATTGTGTTATAGACCTTTTCATCTGCTGTTCTCAGCATTTGCTTGCAACTTTT
GTAAGAAACATCAGTTTCTTATTTATTTATTTTTGGTTGTTGTTGTTGTTGACGACCTTG
ATATCAGCTTACTTTAATT

QA 4 922 4 922
DS 

RD RR3DF61JQ 626 0 0
CTCACAAA*GCAAGTGCTAAAAGCTTCACATCTGAACTGAACAGTAGCCAGAGTGCTTAT
ACTCAAAACATAGCCAAGAATCATAAAGAGATTGCTTCCACTACCCCAAATCCAGCTTCT
AGTCCTGTGAAAACCGCTGCACCAGAGCCAATCCAAGCCAACAAGTCCTCTTTAGCTTGC
GGTAACGAACTCCCAATTGCTAGAAGAGCTTCACTTCATCGATTCCTTGAGAAGAGAAAG
GATAGGATTTCATCAAAGGCACCGTACCAGATAGACGGTTCTACCGAAGCATCTTCCAAG
CCAAACACATCTTGGCTCGGTTCCCAGTAATCTCTTTGAGTTGAGACTCCTTTTGATGAT
GCTCCCATCGTTTACTATAATATCAAGAAGCTCTACTGATTTCACTCCTAGGAGTTTTGT
TGTCTGTTCAATGCGCCAGAAAAAAAACTCAGTATATCTGTACGAAACTAATCCCTTATA
GTTTTGCTACTTTTTTTTGGGGTTTAAAGCCATTGTGTTATAGACCTTTTCATCTGCTGT
TTTCAGCATTTGCTTGCAACTTTTGTAAGAAACATCAGTTTCTTATTTATTTATTTTTGG
TTGTTGTTGTTG
TTGACGACCTTGAT

QA 1 612 1 612
DS 



CO CL58Contig2 649 2 3 U
CTCTTCTCCAGGAATCGATGAAGCGAAGCTCTTCTAGCAATTGGGAGTTCGCAAGCTAAA
GAGGACGTGTTGGTTTGGATTGGCTCTGGTGCTGATGCGGTTATTGCAGGGCTAGGAAAT
TCCTTTTGGTTCTTGGCTAAGTTTTGAGTATAAGCACTTCCTTTGTTAGCCAAGTCAATG
ACTTGTTTGGCTTTCTCAGCAGGGAAATCATCAAACACCATAACTTGACCACCGTAAAAT
ATGGTCAACGGAGACGATTGAGACTCCACGGTCTTCTCCACTTCCTCCTTAACTTGAGAG
GAAGAGGAGGAAGAAAAGCTTGACTGGCGAGGAACCATATGCTTTGGTTTAACGTCTTCA
GGAGGAGACGAACCTTCTTCACAAGGGAAGAGATTCATCATCGTTGGCTGACGTGACACA
GCAAAAACTCCTTTGATGTCGGGGTTGCATGTCATCCCCAAGCTCAGATCTCCGAAGCTA
CCTTTCTCCTTGAGGTAACGACTCAAACGACTACATGTTTCTGAGAAGCTCGGCTTCTTC
TGTAAGCTCGACATCGTTCTTCTGCCTTAAAATTACGGTTTTCTTTCTTTCTTTGATCTC
TCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTGTGCACAAAGTGAGTTTTGTGACGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C066JQ U 114
AF RR3CN76TF C 1
BS 1 113 RR3CN76TF
BS 114 250 RR3C066JQ
BS 251 649 RR3CN76TF

RD RR3C066JQ 137 0 0
AGGAAATTCCTTTTGGTTCTTGGCTAAGTTTTGAGTATAAGCACTTCCTTTGTTAGCCAA
GTCAATGACTTGTTTGGCTTTCTCAGCAGGGAAATCATCAAACACCATAACTTGACCACC
GTAAAATATGGTCAACG

QA 1 137 1 137
DS 

RD RR3CN76TF 649 0 0
CTCTTCTCCAGGAATCGATGAAGCGAAGCTCTTCTAGCAATTGGGAGTTCGCAAGCTAAA
GAGGACGTGTTGGTTTGGATTGGCTCTGGTGCTGATGCGGTTATTGCAGGGCTAGGAACT
TCCTTTTGGTTCTTGGCTAAGTTTTGAGTATAAGCACTTCCTTTGTTAGCCAAGTCAATG
ACTTGTTTGGCTTTCTCAGCAGGGAAATCATCAAACACCATAACTTGACCACCGTAGAAT
ATGGTCAACGGAGACGATTGAGACTCCACGGTCTTCTCCACTTCCTCCTTAACTTGAGAG
GAAGAGGAGGAAGAAAAGCTTGACTGGCGAGGAACCATATGCTTTGGTTTAACGTCTTCA
GGAGGAGACGAACCTTCTTCACAAGGGAAGAGATTCATCATCGTTGGCTGACGTGACACA
GCAAAAACTCCTTTGATGTCGGGGTTGCATGTCATCCCCAAGCTCAGATCTCCGAAGCTA
CCTTTCTCCTTGAGGTAACGACTCAAACGACTACATGTTTCTGAGAAGCTCGGCTTCTTC
TGTAAGCTCGACATCGTTCTTCTGCCTTAAAATTACGGTTTTCTTTCTTTCTTTGATCTC
TCTCTCTCTCTCTGTCTCTCTGTGCACAAAGTGAGTTTTGTGACGAGCC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 3 15

CO CL59Contig1 1240 2 6 U
GCAACATAGGTCGTCGAAAGGATCTCGGAGACCCGCCAAAGCACGAAAGCCAGGATCTTT
CAGAAAATGAATTCCTATTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCG
TCAATTTGGGATCCAATTCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTA
ATAATATCGATTCATAATGGATTCATATCGATACAGAAAAAAAAAAAAAAACGAAGATTT
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BQ
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G
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TGGAAAGCCGTATTCG

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DS 



CO CL59Contig2 1087 5 5 U
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CTGTTCATGGATTAACGAAAATGTGCAAACGCTCTATTTGCCTCTGCCATTCTATGAGTC
TCTTCCTTTTTGCGTATGGCATCGCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAATTCGGAACTT
AATTTGAAAGCCATATTTCGACCCGGACGTTTTCGGGATGCCCCTAATAACCAACGAATG
GCAAGTGCTTTTCCTTGCGTGGATCCTATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCT
ACACGTCTTGCTTTTACTGCTATATCGGGAGTTACTCCACGTATTGCTTGACGTAAAACA
GGTAGTGGATTTGTTTCTATCTTTTGTTGAATCTTTTTCAAGGCTCGATAGATAATTTGA
TAAGCCAATGATTTTTTTCCGTGTTTCAGAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGA
TTACGATAAATTGGATCGGATTTTGCAGTTTTTTCTTCTGCAGTACCTCGACGTGACATG
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ACACTTC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E721JQ U 1
AF RR3C580JQ U 253
AF RR3AP86JQ U 439
AF RR3AP86TF C 439
AF RR3E721TF C 317
BS 1 720 RR3E721JQ
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RD RR3E721JQ 720 0 0
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CTGTTCATGGATTAACGAAAATGTGCAAACGCTCTATTTGCCTCTGCCATTCTATGAGTC
TCTTCCTTTTTGCGTATGGCATCGCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAATTCGGAACTT
AATTTGAAAGCCATATTTCGACCCGGACGTTTTCGGGATGCCCCTAATAACCAACGAATG
GCAAGTGCTTTTCCTTGCGTGGATCCTATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCT
ACACGTCTTGCTTTTACTGCTATATCGGGAGTTACTCCACGTATTGCTTGACGTAAAACA
GGTAGTGGATTTGTTTCTATCTTTTGTTGAATCTTTTTCAAGGCTCGATAGATAATTTGA
TAAGCCAATGATTTTTTTCCGTGTTTCAGAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGA
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AGCGTGAAAGGGGTTCAAGAATCTGTTTTCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTTG
GCTTTTTGACCCCATATTGTAGGGTGGATCTCGAAAGATATGAAAGATCTCCCTCCAAAC
CGTACATACGACTTTCATCGAATACGGCTTTCCACAGAATTCTATATGTATCTATGAAAT

QA 1 720 1 720
DS 

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TTTACTGCTATATCGGGAGTTACTCCACGTATTGCTTGACGTAAAACAGATAGTGGATTT
GTTTCTGTCTTTTGTTGAATCTTTTTCAAGGCTCGATAGATAATTTGATAAGCCAATGAT
TTTTTTCCGTGTTTCAAAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGATTACGATAAATT
GGATCGGATTTTGCAGTTTTTTCTTCTGCAGTACCTCGACGTGACATGAGCGTGAAAGGG
GTTCAAGAATCTGTTTTCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTTGGCTTTTTGACCC
CATATTGTAGGGTGGATCTCGAAAGATATGAAAGATCTCCCTCCAAACCGTACATACGAC
TTTCATCGAATACGGCTTTCCACAGAATTCTATATGTATCTATGAAATCGAGTATGGAAT
TCTGTTTACTCACTTTTAAATTGAGTATCCGTTTCCCTCCTTTTCCTGCTAGGATTGGAA
ATCCTGTATTTTACATATCCATACGATTGAGTCCTTGGGTTTCCGAAATAGTGTAAAAAT
AAGTGCTTCGAATCATTGCTATTTGACCCGGACCTGTTCTAAAAAAGTCGAGGAATTTCG
AATTGTTTGTTGACACGGACAAAGTCAGGGAAAACCTCTGAAATTATTTCAATATTGAAC
CTTGGACATATAAGAGTTCCGAATCGAATCTCTTTTGAAAGAAGATCTTTTGTCTCATGG
TAGCCTGCTTCAGTCCC
CTTA

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3AP86JQ 611 0 0
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GAATCTGTTTTCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTTGGCTTTTTGACCCCATATT
GTAGGGTGGATCTCGAAAGATATGAAAGATCTCCCTCCAAACCGTACATACGACTTTCAT
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TACTCACTTTTAAATTGAGTATCCGTTTCCCTCCTTTTCCTGCTAGGATTGGAAATCCTG
TATTTTACATATCCATACGATTGAGTCCTTGGGTTTCCGAAATAGTGTAAGAATAAGTGC
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TTGTTGACACGGACAAAGTCAGGGAAAACCTCTGAAATTATTTCAATATTGAACCTTGGA
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GCTTCAGTCCC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3AP86TF 611 0 0
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GATTTTGCAGTTTTTTCTTCTGCAGTACCTCGACGTGACATGAGCGTGAAAGGGGTTCAA
GAATCTGTTTTCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTTGGCTTTTTGACCCCATATT
GTAGGGTGGATCTCGAAAGATATGAAAGATCTCCCTCCAAACCGTACATACGACTTTCAT
CGAATACGGCTTTCCACAGAATTCTATATGTATCTATGAAATCGAGTATGGAATTCTGTT
TACTCACTTTTAAATTGAGTATCCGTTTCCCTCCTTTTCCTGCTAGGATTGGAAATCCTG
TATTTTACATATCCATACGATTGAGTCCTTGGGTTTCCGAAATAGTGTAAGAATAAGTGC
TTCGAATCATTGCTATTTGACCCGGACCTGTTCTAAAAAAGTCGAGGCATTTCGAATTGT
TTGTTGACACGGACAAAGTCAGGGAAAACCTCTGAAATTATTTCAATATTGAACCTTGGA
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GCTTCAGTCCC

QA 1 611 1 611
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T*CCGTGTTTCAGAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGATTACGATAAATTGGAT
CGGATTTTGCAGTTTTTTCTTCTGCAGTACCTCGACGTGACATGAGCGTGAAAGGGGTTC
AAGAATCTGTTTTCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTTGGCTTTTTGACCCCATA
TTGTAGGGTGGATCTCGAAAGATATGAAAGATCTCCCTCCAAACCGTACATACGACTTTC
ATCGAATACGGCTTTCCACAGAATTCTATATGTATCTATGAAATCGAGTATGGAATTCCG
TTTACTCACTTTTAAATTGAGTATCCGTTTCCCTCCTTTTCCTGCTAGGATTGGAAATCC
TGTATTTTACATATCCATACGATTGAGTCTTTGGGTTTCCGAAATAGTGTAAAAATAAGT
GCTTCGAATCATTGCTATTTGACCCGGACCTGCTCTAAAAAAGTCGAGGCATTTCGAATT
GTTTGTTGACACGGACAAAGTCAGGGAAAACCTCTGAAATTATTTCAATATTGAACCTTG
GACATATAAGAGTTCCGAATCGAATCTCTTTTGAAAGAAGATCTTTTGTCTCATGGTAGC
CTGCTTCAGTCCCCTTACGAAACTTTCGTTATTGGGTTAGCCATACACTTC

QA 1 771 1 771
DS 



CO CL59Contig3 1050 8 8 U
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ATGTATGGATCCACGGATCTATGTGTCTATATAGATCCTGTTCATGGATTAACGAAAATG
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GCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAATTCGGAACTTAATTTGAAAGCCATATTTCGACC
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TCCTATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCTACACGTCTTGCTTTTACTGCTAT
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TTTCAGAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGATTACGATAAATTGGATCGGATTT
TGCAGTTTTTTCTTCTGCAGTACCTCGACGTGACATGAGCGTGAAAGGGGTTCAAGAATC
TGTTTTCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTTGGCTTTTTGACCCCATATTTAGAA
CGCCCTTGTTGACGATCCTTTACTCCGACAGCATCTAGGGTTCCTA*AACAATGTGATAT
CTCACACCGGGTAAATCCTTAACACTTCCCCCTCTTACTAAGACTACAGAATGTTCTTGT
AAATTATGGCCAATACCAGGTATATAAGCAGTGATTTCAAATCCCGAGGTTAATCGTACT
CTGGCAACTTTACGTAAGGCAGAGTTTGGTTTTTTGGGGGTGATAGTATACACCCGAGTA
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GGGCTGGTTTAGATGGGTTCTAACCGGCTC


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3AP17JQ U 38
AF RR3GC79JQ U 1
AF RR3FX84JQ U 1
AF RR3FX84TF C 1
AF RR3FS46JQ U 1
AF RR3FS46TF C 30
AF RR3AP17TF C 245
AF RR3GC79TF C 321
BS 1 9 RR3FS46JQ
BS 10 10 RR3FX84JQ
BS 11 485 RR3FS46JQ
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BS 745 1050 RR3AP17TF

RD RR3AP17JQ 405 0 0
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AATAGTGGATTTGTTTCCGTCTTTTGTTGAATCTTTTTCAAGGCT

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR3GC79JQ 490 0 0
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TTTCAGAATA

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR3FX84JQ 551 0 0
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ATGTATGGATCCACGGATCTATGTGTCTATATAGATCCTGTTCATGGATTAACGAAAATG
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GCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAATTCGGAACTTAATTTGAAAGCCATATTTCGACC
CGGACGTTTTCGGGATGCCCCTAATAACCAACGAATGGCAAGTGCTTTTCCTTGCGTGGA
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TTTCAGAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGATTACGATAAATTGGATCGGATTT
TGCAGTTTTTT

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DS 

RD RR3FX84TF 551 0 0
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ATGTATGGATCCACGGATCTATGTGTCTATATAGATCCTGTTCATGGATTAACGAAAATG
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TCCTATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCTACACGTCTTGCTTTTACTGCTAT
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TTTCAGAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGATTACGATAAATTGGATCGGATTT
TGCAGTTTTTT

QA 1 551 1 551
DS 

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CGAGAAAGAAATCGATCAATTCCGATTTTTTCTTTTTCTATTGATTCTTTTCGGATCGAG
ATGTATGGATCCACGGATCTATGTGTCTATATAGATCCTGTTCATGGATTAACGAAAATG
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GCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAATTCGGAACTTAATTTGAAAGCCATATTTCGACC
CGGACGTTTTCGGGATGCCCCTAATAACCAACGAATGGCAAGTGCTTTTCCTTGCGTGGA
TCCTATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCTACACGTCTTGCTTTTACTGCTAT
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TTGTTGAATCTTTTTCAAGGCTCGATAGATAATTTGATAAGCCAATGATTTTTTTCCGTG
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TGCAGTTTTTTCTTCTGCAGTACCTCGACGTGACATGAGCGTGAAAGGGGTTCAAGAATC
TGTTTTCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTTGGCTTTTTGACCCCATATTTAGAA
CGCCCTTGTTGACGATCCTTTACTCCGACAGCATCTAGGGTTCCTA*AACAATGTGATAT
CTCACACCGGGTAAATCC
C

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DS 

RD RR3FS46TF 710 0 0
TTTTTCTTTTCTATTGATC
TTTCGGATCGAGATGTATGGATCCACGGATCTATGTGTCTATATAGATC*TGTTCATGGA
TTAACGAAAATGTGCAAACGCTCTATTTGCCTCTGCCATTCTATGAGTCTCTTCCTTTTT
GCGTATGGCATCGCCACTCCCTTTGGCAGCATCCACTAATTCGGAACTTAATTTGAAAGC
CATATTTCGACCCGGACGTTTTCGGGATGCCCCTAATAACCAACGAATGGCAAGTGCTTT
TCCTTGCGTGGATCCTATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCTACACGTCTTGC
TTTTACTGCTATATCGGGAGTTACTCCACGTATTGCTTGACGTAAAACAGATAGTGGATT
TGTTTCTGTCTTTTGTTGAATCTTTTTCAAGGCTCGATAGATAATTTGATAAGCCAATGA
TTTTTTTCCGTGTTTCAGAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGATTACGATAAAT
TGGATCGGATTTTGCAGTTTTTTCTTCTGCAGTACCTCGACGTGACATGAGCGTGAAAGG
GGTTCAAGAATCTGTTTTCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTTGGCTTTTTGACC
CCATATTTAGAACGCCCTTGTTGACGATCCTTTACTCCGACAGCATCTAGGGTTCCTA*A
ACAATGTGATATCTCACACCGGGTAAATCC
C

QA 20 709 20 709
DS 

RD RR3AP17TF 806 0 0
CGTTTTCGGGATGCCC*TAATAACCAACGAATGGCAAGTGCTTTTCCTTGCGTGGATCAT
ATTTCAATGGGAACTTGATGAGTTGATCCGCCTACACGTCTTGCTTTTACTGCTATATCG
GGAGTTACTCCACGTACTGCTTGACGTAAAACAGATAGTGGATTTGTTTCCGTCTTTTGT
TGAATCTTTTTCAAGGCTCGATAGATAATTTGATAAGCCAATGATTTTTTTCCGTGTTTC
AGAATACGGTTAACCAACATGTTAACTAATCGATTACGATAAATTGGATCGGATTTTGCA
GTTTTTTCTTCTGCAGTACCTCGACGTGACATGAGCGTGAAAGGGGTTCAAGAATCTGTT
TTCTTTTTATAAGGGCTCAAATCTTTTATTTTGGCTTTTTGACCCCATATTTAGAACGCC
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TTCCTCGTCGCTGAGGGCATCCCCGAAGCGCTGGGGATTTCGTGACATTTCGGATTGGCT
GTCTTGTATTTCTAATAAGTTGTTTAATGGTTGGCATACGGAATCATATAAATAATGGGC
TGGTTTAGATGGGTTCTAACCGGCTC

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3GC79TF 730 0 0
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TTGCTTGACGTAAAACAGATAGTGGATTTGTTTCTGTCTTTTGTTGAATCTTTT*CAAGG
CTCGATAGATAATTTGATAAGCCAATGATTTTTTTCCGTGTTTCAGAATACGGTTAACCA
ACATGTTAACTAATCGATTACGATAAATTGGATCGGATTTTGCGGTTTTTTCTTCTGCAG
TACCTCGACGTGACATGAGCGTGAAAGGGGTTCAAGAATCTGTTTTCTTTTTATAAGGGC
TCAAATCTTTTATTTTGGCTTTTTGACCCCATATTTAGAACGCCCTTGTTGACGATCCTT
TACTCCGACAGCATCTAGGGTTCCTCGAACAATGTGATATCTCACACCGGGTAAATCCTT
AACACTTCCCCCTCTTACTAAGACTACAGAATGTTCTTGTAAATTATGGCCAATACCAGG
TATATAAGCAGTGATTTCAAATCCCGAGGTTAATCGTACTCTGGCAACTTTACGTAAGGC
AGAGTTTGGTTTTTTGGGGGTGATAGTATACACCCGAGTACATGTTCCTCGTCGCTGAGG
GCATCCCCGAAGCGCTGGGGATTTCGTGACATTTCGGATTGGCTGTCTTGTATTTCTAAT
AAGTTGTTTAATGGTTGGCATACGGAATCATATAAATAATGGGCTGGTTTAGATGGGTTC
TAACCGGCTC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 2 16

CO CL60Contig1 747 11 21 U
GGATTAAAGATACATTATCTATTACTCACCAAAACCGGATCGAGTGAAAGTGAAGATTGG
GAAGGGGGTAGTAGCGAAAAAATGGCGTCGATTGCAGCTTCTTCTACTTTCCATTCCTTT
TCAACAACCAAAAGCCCTAACCTTTCTTCGACCCATCTCCTTCCTCTATCCAAAAACCTC
ACCTTTCCAACCAAACCCATCGGAAACACCAGAGTTTGCAGCTTTACGAAACAGAACAAC
CGCCTTGGGTTGAGGAGGAAGAAGCTTTCGTCCGTTGGCGAAGGAGGAGGAGAAGCCGTC
GCAGTTGCAGATGAAGAGCTGCAACAGACTGTCTCTGTCCCTGTCTCTCCTTTAGACATG
CTCACCATGTTTTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAATGAGGCAGCTATTCCTAATGTGACA
AAGGCCTTACAGGACATGGATGGAGTTTCCAACTTAAAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTT
GCAGTTGTTGAGCTATCAAAGCAAACAACGGTTCAAGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTG
GTGGAGACTATACAAGGAGCTGGCTTTAAGTTACAAACCTTGAACCTGAGCTTTGAAGAC
GAAGATGAAGTTCTTGTCTAATTAATATCATCTTTCTCCTCAAGCCCAACTTTTTGTGAT
TAAAGAAAACACATTAATCTCCAATTTTAATTACAAGAATTACAATGTGCCAATATTACA
AAAGTAATGAACTCTCACTTTCTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 15 15 45 45 45 45 45 30 45 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 0 0 0 45 60 10 10 0 0 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3A602JQ C 37
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AF RR3BX20JQ C 15
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DS 

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CTCACCATGTTTTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAATGAAGCAGCTATTCCTAATGTGACA
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GCAGTTGTTGAGCTATCAAAGCAAACAACGGTCCAAGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTG
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TAAAGAACACACATTAATTTCCAATTTTA
TTACAA

QA 1 689 1 689
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GAGTTTGCAGCTTTACGAAACAGAACAACCGCCTTGGGTTGAGGAGGAAGAAGCTTTCGT
CCGTTGGCGAAGGAGGAGGAGAAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGCAACAGACTG
TCTCTGTCCCTGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCATGTTTTTTCAGGCTGATGGAACTT
TGAATGAAGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATGGAGTTTCTA
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TACAAACCTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATTAATATCAT
CTTTCTTCTCAAGCCCAACTTTTTGTGATTAAAGAACACACATTAATTTCCAATTTTAAT
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QA 18 697 18 697
DS 

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GTCCCTGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCATGTTTTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAAT
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GTCCCTGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCATGTTTTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAAT
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AAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGCAAACAACGGTTCAA
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DS 

RD RR3D635TF 686 0 0
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GTCCCTGTCTCTCCTTTAGACATGCTCACCATGTTTTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAAT
GAGGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATGGAGTTTCCAACTTA
AAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGCAAACAACGCTTCAA
GCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTGGCTTTAAGTTACAA
ACCTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATTAATATCATCTTTC
TCCTCCT*CCATTTTTTTTGTGATTAAAGAAAACACATTAATCTCCAATTTTAATTACAA
GAATTACAATGTGCCAATATTA
AAAA

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DS 

RD RR3D635JQ 572 0 0
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TGACTGTCTCTGTCCCTGTCTCTCCTTTAGACATGCTCACCATGTTTTTTCAGGCTGATG
GAACTTTGAATGAGGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATGGAG
TTTCCAACTTAAAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGCAAA
CAACGCTTCAAGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTGGCT
TTAAGTTACAAACCTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATTAA
TATCATCTTTCTCCTCCT*CCATTTTTTTTGTGATTAAAGAAAACACATTAATCTCCAAT
TTTAATTACAAGAATTACAATGTGCCAATATT

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3GQ86JQ 703 0 0
G
GAAAGTGAAGATTGGGAAGGGGGTAGTAGCGAAAAAATGGCGTCGATTGCAGCTTCTTCT
ACTTTCCATTCCTTTTCAACAACCAAAAGCCCTAACCTTTCTTCGACCCATCTCCTTCCT
CTATCCAAAAACCTCACCTTTCCAACCAAACCCATCGGAAACACCAGAGTTTGCAGCTTT
ACGAAACAGAACAACCGCCTTGGGTTGAGGAGGAAGAAGCTTTCGTCCGTTGGCGAAGGA
GGAGGAGAAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGCAACAGACTGTCTCTGTCCCTGTC
TCTCCTTTAGACATGCTCACCATGTTTTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAATGAGGCAGCT
ATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATGGAGTTTCCAACTTAAGGGTTCAA
GTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTTAGCTATCAAAGCAAACAACGGTTCAAGCAACAGGA
GTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTGGCTTTAAGTTACAAACCTTGAAC
CTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATTAATATCATCTTTCTCCTCCT*C
CATTTTTTTTGTGATTAAAGAAAACACATTAATCTCCAATTTTAATTACAAGAATTACAA
TGTGCCAATATTACAAAAGTAATGAACTCTCACTTTCTTACG

QA 2 703 2 703
DS 

RD RR3A602TF 694 0 0
AAGATTGGGAAGGGGGTAGTAGCGAAAAAATGGCGTCGATTGCAGCTTCTTCTACTTTCC
ATTCCTTTTCAACAACCAAAAGCCCTAACCTTTCTTCGACCCATCTCCTTCCTCTATCCA
AAAACCTCACCTTTCCAACCAAACCCATCGGAAACACCAGAGTTTGCAGCTTTACGAAAC
AGAACAACCGCCTTGGGTTGAGGAGGAAGAAGCTTTCGTCCGTTGGCGAAGGAGGAGGAG
AAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGCAACAGACTGTCTCTGTCCCTGTCTCTCCTT
TAGACATGCTCACCATGTTTTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAATGAGGCAGCTATTCCTA
ATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATGGAGTTTCCAACTTAAAGGTTCAAGTTTCTG
AAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGCAAACAACGGTTCAAGCAACAGGAGTGGCGT
CAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTGGCTTTAAGTTACAAACCTTGAACCTGAGCT
TTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATTAATATCATCTTTCTCCTCCT**CCATTTT
TTTGTGATTAAAGAAAACACATTAATCTCCAATTTTAATTACAAGAATTACAATGTGCCA
ATATTACAAAAGTAATGAACTCTCACTTTCTTAC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3GQ86TF 703 0 0
G
GAAAGTGAAGATTGGGAAGGGGGTAGTAGCGAAAAAATGGCGTCGATTGCAGCTTCTTCT
ACTTTCCATTCCTTTTCAACAACCAAAAGCCCTAACCTTTCTTCGACCCATCTCCTTCCT
CTATCCAAAAACCTCACCTTTCCAACCAAACCCATCGGAAACACCAGAGTTTGCAGCTTT
ACGAAACAGAACAACCGCCTTGGGTTGAGGAGGAAGAAGCTTTCGTCCGTTGGCGAAGGA
GGAGGAGAAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGCAACAGACTGTCTCTGTCCCTGTC
TCTCCTTTAGACATGCTCACCATGTTTTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAATGAGGCAGCT
ATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATGGAGTTTCCAACTTAAGGGTTCAA
GTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTTAGCTATCAAAGCAAACAACGGTTCAAGCAACAGGA
GTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTGGCTTTAAGTTACAAACCTTGAAC
CTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATTAATATCATCTTTCTCCTCCT*C
CATTTTTTTTGTGATTAAAGAAAACACATTAATCTCCAATTTTAATTACAAGAATTACAA
TGTGCCAATATTACAAAAGTAATGAACTCTCACTTTCTTAC
G

QA 2 702 2 702
DS 



CO CL60Contig2 755 5 10 U
GGATTACTCACAAACCGGATCGAGTGAAAGTGAAGATTGGGAAGGGTGGTAGCAGCGAAA
AAATGGCGTCGATTGCAGCTTCTTCTACTTTCCACTCCTTTTCAACAACCAAAAGCCCTA
ACCTTTCTTCGACCCATCTCCTTCCTCTCTCCAAAAACCTCACCTTTCGAACCAAACCCA
TCGGAAACACCAGAGTTTGCAGCTTAACGGAACAGAACAACCCCCTTGGGTTGAAGAAGC
TTTCATCCGTTGGCGAAGGAGGAGGAGGAGAAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGC
AACAGACTGTCTCTGTCCCTGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCATGTTCTTTCAGGCTG
ATGGAACTTTGAATGAAGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATG
GAGTTTCCAACTTAAAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGC
AAACAACGGTTCAAGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTAGAGACTATACAAGGAGCTG
GGTTTAAGTTACAAACCTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAAT
AAATATCATCTTTCTCCTCCTCCCTTTTTTTGTGATTAATGTTACACATCACATTCTTAC
AAAAGCATGGTACTAGTTCAACATACTCCCATGAAACAATGCCTCCACCAAAACTTTTAT
ATCCTTCAATAACAACTTTTCTAAATAGTTTCGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL51TF U 1
AF RR3DL51JQ C 355
AF RR3EM94TF U 17
AF RR3EM94JQ C 17
AF RR3AF42TF U 44
BS 1 16 RR3DL51TF
BS 17 18 RR3EM94TF
BS 19 209 RR3DL51TF
BS 210 210 RR3EM94TF
BS 211 319 RR3DL51TF
BS 320 320 RR3EM94TF
BS 321 478 RR3DL51TF
BS 479 685 RR3EM94TF
BS 686 739 RR3AF42TF
BS 740 755 RR3EM94JQ

RD RR3DL51TF 478 0 0
GGATTACTCACAAACCTTATCGAGTGAAAGTGAAGATTGGGAAGGGTGGTAGCAGCGAAA
AAATGGCGTCGATTGCAGCTTCTTCTACTTTCCACTCCTTTTCAACAACCAAAAGCCCTA
ACCTTTCTTCGACCCATCTCCTTCCTCTCTCCAAAAACCTCACCTTTCGAACCAAACCCA
TCGGAAACACCAGAGTTTGCAGCTTAACGAAACAGAACAACCCCCTTGGGTTGAAGAAGC
TTTCATCCGTTGGCGAAGGAGGAGGAGGAGAAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGC
AACAGACTGTCTCTGTCCCAGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCATGTTCTTTCAGGCTG
ATGGAACTTTGAATGAAGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATG
GAGTTTCCAACTTAAAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAA

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3DL51JQ 333 0 0
AGGCTGATGGAACTTTGAATGAAGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACA
TGGATGGAGTTTCCAACTTAAAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTAT
CAAAGCAAACAATGGTTCAAGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTAGAGACTATACAAG
GAGCTGGGTTTAAGTTACAAACCTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTG
TCTAATAAATATCATCTTTCTCCTCCTCCCTTTTTT*GTGATTAATGTTACACATCACAT
TCTTACAAAAGCATGGTACTAGTTCAACATA
CC

QA 1 331 1 331
DS 

RD RR3EM94TF 669 0 0
GGATCGAGTGAAAGTGAAGATTGGGAAGGGTGGTAGCAGCGAAAAAATGGCGTCGATTGC
AGCTTCTTCTACTTTCCACTCCTTTTCAACAACCAAAAGCCCTAACCTTTCTTCGACCCA
TCTCCTTCCTCTCTCCAAAAACCTCACCTTTCGAACCAAACCCATCGGAAACACCAGAGT
TTGCAGCTTAACGGAACAGAACAACCCCCTTGGGTTGAAGAAGCTTTCATCCGTTGGCGA
AGGAGGAGGAGGAGAAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGCAACAGACTGTCTCTGT
CCCTGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCATGTTCTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAATGA
AGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATGGAGTTTCCAACTTAAA
GGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGCAAACAACGGTTCAAGC
AACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTAGAGACTATACAAGGAGCTGGGTTTAAGTTACAAAC
CTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATAAATATCATCTTTCTC
CTCCTCCCTTTTTTTGTGATTAATGTTACACATCACATTCTTACAAAAGCATGGTACTAG
TTCAACATA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3EM94JQ 739 0 0
GGATCGAGTGAAAGTGAAGATTGGGAAGGGTGGTAGCAGCGAAAAAATGGCGTCGATTGC
AGCTTCTTCTACTTTCCACTCCTTTTCAACAACCAAAAGCCCTAACCTTTCTTCGACCCA
TCTCCTTCCTCTCTCCAAAAACCTCACCTTTCGAACCAAACCCATCGGAAACACCAGAGT
TTGCAGCTTAACGGAACAGAACAACCCCCTTGGGTTGAAGAAGCTTTCATCCGTTGGCGA
AGGAGGAGGAGGAGAAGCCGTCGCAGTTGCAGATGAAGAGCTGCAACAGACTGTCTCTGT
CCCTGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCATGTTCTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAATGA
AGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGCCTTACAGGACATGGATGGAGTTTCCAACTTAAA
GGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCAGTTGTTGAGCTATCAAAGCAAACAACGGTTCAAGC
AACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTAGAGACTATACAAGGAGCTGGGTTTAAGTTACAAAC
CTTGAACCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAAGTTCTTGTCTAATAAATATCATCTTTCTC
CTCCTCCCTTTTTTTGTGATTAATGTTACACATCACATTCTTACAAAAGCATGGTACTAG
TTCAACATACTCCCATGAAACAATGCCTCCACCAAAACTTTTATATCCTTCAATAACAAC
TTTTCTAAATAGTTTCGTC

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3AF42TF 696 0 0
GGGTGGTAGCAGCGAAAAAATGGCGTCGATTGCAGCTTCTTCTACTTTCCACTCCTTTTC
AACAACCAAAAGCCCTAACCTTTCTTCGACCCATCTCCTTCCTCTCTCCAAAAACCTCAC
CTTTCGAACCAAACCCATCGGAAACACCAGAGTTTGCAGCTTAACGAAACAGAACAACCC
CCTTGGGTTGAAGAAGCTTTCATCCGTTGGCGAAGGAGGAGGAGGAGAAGCCGTCGCAGT
TGCAGATGAAGAGCTGCAACAGACTGTCTCTGTCCCTGTCTCTCCTTCAGACATGCTCAC
CATGTTCTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAATGAAGCAGCTATTCCTAATGTGACAAAGGC
CTTACAGGACATGGATGGAGTTTCCAACTTAAAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCAGT
TGTTGAGCTATCAAAGCAAACAACGGTTCAAGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTAGA
GACTATACAAGGAGCTGGGTTTAAGTTACAAACCTTGAACCTGAGCTTTTAAGACGAAGA
TGAAGTTCTTGTCTAATAAATATCATCTTTCTCCTCCTCCCTTTTTTTGTGATTAATGTT
ACACATCACATTCTTACAAAAGCATGGTACTAGTTCAACATACTCCCATGAAACAATGCC
TCCACCAAAACTTTTATATCCTTCAATAACAACTTT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 3 13

CO CL61Contig1 986 4 13 U
AATCTCATTTGCCAAACCCAATTAACCAAAGACAAGTACTGAGTCTCTCCAAATCAGTCA
TTACATTGATAACAAAGCTTTTTATGACCTGAAGAACTTTGTCTTTAACAACAAAATGGA
AGAGACGAGCAATGAGTAAAAGTCAATCTTACACGATACGCTCCAGCTCTCTGGCGTAGC
TTAAAGTCTGGTTGATGAGTTGCAGAGACGGAATCTCTTTGCAAGGTGCAGTTTCTTTGG
CTTTCTGGAACACAACAAACCCTTCCTTCACTTCCCACTCCGGGTGCTCCTCACTGACAT
AGGTTAATAGTTCTTGATCAGAAGAGAAGAGCAACATCTGCTTGGCATCGCTGATGGAGA
CATAATCATAAGCTTTCTCGCTGCATCCAGCTATTTCATCTCTAATGGTCTTTGCCAAGA
GGTCCATGAAATAGACGTAAGTAGCATCAGGTGCAGTCTGTCTAGCACTGAGCACACGGT
TATAAGCACCTTCCATGAAGGACTGCTCAAGTTCAACGGCATGCTTGATGCAAGGATTGT
CCAGAGTAGCAGAGGAGAGTAACTCGAGCTCGGTGTGAAATTCAGCAATTCTGTTCTGCA
CAAGCAGCCTGAGGAGGTTGAGACCAAGGATAAGATTCTCCCGTGGAGACGGTGGAAGAC
GGTTCCTGGCATCGACATAGTAAGGTTTGAGCTGGAAGAAATCTCTCTCGAAAGCGTCTT
GATCCTCAGTTTCGACACTTAGAACAACAGCGTGCTCATAGATATCCCTTGCAAGAGTGA
GCCCGTGAGCAGCATTTGGAGTATTCTCAAACAATGGAGGAAGGCTTGTGAATTTCGTCA
GAAGAACCTTAAGCCGAGACAAGAGATCAGAGCAGGTATTGTAATCCTTCCTAACAAACG
CCGCCTTGAATCTCTCCAACTGCTGCGATACTTCTGTTAGCTGCGGATCCATAGAGCTTT
TTTTTTTTCCGAACTGGCTTGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH22JQ U 1
AF RR3DB44JQ U 6
AF RR3DB44TF C 268
AF RR3DH22TF C 268
BS 1 323 RR3DH22JQ
BS 324 324 RR3DB44JQ
BS 325 325 RR3DH22JQ
BS 326 326 RR3DB44JQ
BS 327 329 RR3DH22JQ
BS 330 330 RR3DB44JQ
BS 331 551 RR3DH22JQ
BS 552 605 RR3DB44JQ
BS 606 732 RR3DB44TF
BS 733 733 RR3DH22TF
BS 734 967 RR3DB44TF
BS 968 968 RR3DH22TF
BS 969 986 RR3DB44TF

RD RR3DH22JQ 551 0 0
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TTACATTGATAACAAAGCTTTTTATGACCTGAAGAACTTTGTCTTTAACAACAAAATGGA
AGAGACGAGCAATGAGTAAAAGTCAATCTTACACGATACGCTCCAGCTCTCTGGCGTAGC
TTAAAGTCTGGTTGATGAGTTGCAGAGACGGAATCTCTTTGCAAGGTGCAGTTTCTTTGG
CTTTCTGGAACACAACAAACCCTTCCTTCACTTCCCACTCCGGGTGCTCCTCACTGACAT
AGGTTAATAGTTCTTGATCAGAAAAAAAGGGCAACATCTGCTTGGCATCGCTGATGGAGA
CATAATCATAAGCTTTCTCGCTGCATCCAGCTATTTCATCTCTAATGGTCTTTGCCAAGA
GGTCCATGAAATAGACGTAAGTAGCATCAGGTGCAGTCTGTCTAGCACTGAGCACACGGT
TATAAGCACCTTCCATGAAGGACTGCTCAAGTTCAACGGCATGCTTGATGCAAGGATTGT
CCAGAGTAGCA

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3DB44JQ 600 0 0
CGT
TTGCCAAACCCAATTAACCAAAGACAAGTACTGAGTCTCTCCAAATCAGTCATTACATTG
ATAACAAAGCTTTTTATGACCTGAAGAACTTTGTCTTTAACAACAAAATGGAAGAGACGA
GCAATGAGTAAAAGTCAATCTTACACGATACGCTCCAGCTCTCTGGCGTAGCTTAGAGTC
TGGTTGATGAGTTGCAGAGACGGAATCTCTTTGCAAGGTGCAGTTTCTTTGGCTTTCTGG
AACACAACAAACCCTTCCTTCACTTCCCACTCCGGGTGCTCCTCACTGACATAGGTTAAT
AGTTCTTGATCAGAAGAGAAGAGCAACATCTGCTTGGCATCGCTGATGGAGACATAATCA
TAAGCTTTCTCGCTGCATCCAGCTATTTCATCTCTAATGGTCTTTGCCAAGAGGTCCATG
AAATAGACGTAAGTAGCATCAGGTGCAGTCTGTCTAGCACTGAGCACACGGTTATAAGCA
CCTTCCATGAAGGACTGCTCAAGTTCAACGGCATGCTTGATGCAAGGATTGTCCAGAGTA
GCAGAGGAGAGTAACTCGAGCTCGGTGTGAAATTCAGCAATTCTGTTCTGCACAAGC

QA 4 600 4 600
DS 

RD RR3DB44TF 719 0 0
TCACTTCCCACTCCGGGTGCTCCTCACTGACATAGGTTAATAGTTCTTGATCAGAAGAGA
AGAGCAACATCTGCTTGGCATCGCTGATGGAGACATAATCATAAGCTTTCTCGCTGCATC
CAGCTATTTCATCTCTAATGGTCTTTGCCAAGAGGTCCATGAAATAGACGTAAGTAGCAT
CAGGTGCAGTCTGTCTAGCACTGAGCACACGGTTATAAGCACCTTCCATGAAGGACTGCT
CAAGTTCAACGGCATGCTTGATGCAAGGATTGTCCAGAGTAGCAGAGGAGAGTAACTCGA
GCTCGGTGTGAAATTCAGCAATTCTGTTCTGCACAAGCAGCCTGAGGAGGTTGAGACCAA
GGATAAGATTCTCCCGTGGAGACGGTGGAAGACGGTTCCTGGCATCGACATAGTAAGGTT
TGAGCTGGAAGAAATCTCTCTCGAAAGCGTCTTGATCCTCAGTTTTGACACTTAGAACAA
CAGCGTGCTCATAGATATCCCTTGCAAGAGTGAGCCCGTGAGCAGCATTTGGAGTATTCT
CAAACAATGGAGGAAGGCTTGTGAATTTCGTCAGAAGAACCTTAAGCCGAGACAAGAGAT
CAGAGCAGGTATTGTAATCCTTCCTAACAAACGCCGCCTTGAATCTCTCCAACTGCTGCG
ATACTTCTGTTAGCTGCGGATCCATAGAGCTTTTTTTTTT*CCGAACTGGCTTGATTCC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3DH22TF 715 0 0
TCACTTCCCACTCCGGGTGCTC*TCACTGACATAGGTTAATAGTTCTTGATCAGAAGAGA
AGGGCAACATCTGCTTGGCATCGCTGATGGAGACATAATCATAAGCTTTCTCGCTGCATC
CAGCTATTTCATCTCTAATGGTCTTTGCCAAGAGGTCCATGAAATAGACGTAAGTAGCAT
CAGGTGCAGTCTGTCTAGCACTGAGCACACGGTTATAAGCACCTTCCATGAAGGACTGCT
CAAGTTCAACGGCATGCTTGATGCAAGGATTGTCCAGAGTAGCAGAGGAGAGTAACTCGA
GCTCGGTGTGAAATTCAGCAATTCTGTTCTGCACAAGCAGCCTGAGGAGGTTGAGACCAA
GGATAAGATTCTCCTGTGGAGACGGTGGAAGACGGTTCCTGGCATCGACATAGTAAGGTT
TGAGCTGGAAGAAATCTCTCTCGAAAGCGTCTTGATCCTCAGTTTCGACACTTAGAACAA
CAGCGTGCTCATAGATATCCCTTGCAAGAGTGAGCTCGTGAGCAGCATTTGGAGTATTCT
CAAACAATGGAGGAAGGCTTGTGAATTTCGTCAGAAGAACCTTAAGCCGAGACAAGAGAT
CAGAGCAGGTATTGTAATCCTTCCTAACAAACGCCGCCTTGAATCTCTCCAACTGCTGCG
ATACTTCTGTTAGCTGCGGATCCATAGAGCTTTTTTTTTTTCCGAACTGGCTT
CC

QA 1 713 1 713
DS 



CO CL61Contig2 1031 6 4 U
GGGCAATCAAGCCAGTTCGGAAAAAAAAAA*GAGAATCGTCGCCGGAAAAGAAAAGATGG
ATCCGCAGCTAACAGAAGTATCGCAGCAGTTGGAGAGATTCAAGGCGGCGTTTGTTAGGA
AAGATTACAATACCTGCTCTGATCTATTGTCTCGGCTTAAGGTTCTTCTGACGAAATTCA
CAAGCCTTCCTCCATTGTTTGAGAATACTCCAAATGCTGCTCACGAGCTCACTCTTGCAA
GGGATATCTACGAGCACGCTGTTGTTCTGAGTGTCAAAACTGAGGATCAAGACGCTTTCG
AGAGAGATTTCTTCCAGCTCAAACCCTACTATGTCGATGCCAGGAACCGTCTTCCACCGT
CCCCACAGGAGAATCTTATCCTTGGTCTAAACCTCCTGAGGCTGCTTGTGCAAAACAGAA
TTGCTGAATTCCACACTGAGCTCGAGTTACTCTCCTCTGCTACTCTGGAGAATCCTTGCA
TCAAGCATGCCGTTGAGCTTGAGCAGTCCTTCATGGAAGGTGCCTATAACCGTGTGCTCA
GTGCTAGACAGACCGCACCTGATGCTACTTACGTCTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAGA
CCATTAGAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGCG
ATGCCAAGCAGATGTTGCTCTTCTCTTCTGATCAAGAACTCTTGACCTATGTCAATGAGG
AGCACCCTGAGTGGGAAGTGAATGAAGGGTTTGTTGTGTTCCAGAAAGCCAAAGAAACTG
CACCTTGCAAAGAGATCCCGTCTCTTCAACTCATCAACCAGACTCTAAGCTATGCCAGAG
AGCTGGAGCGTATCGTGTAAGATGGACTTTTACTCATTACTCGTCTCTTCCATTTTGTTG
TTAAAGAAAAAGATCTTCAGGTCATAAAAAGCTTCGTTATCAATGTAATGACTGATTTGG
AGAGACTCAGTACTTGTCTTTGGTTAATCGGGTTTGGCAAGTGAGATCATTCGCTCTTAC
ATTGTTACATT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BS54TF U 4
AF RR3BS54JQ C 459
AF RR3DU01TF U 1
AF RR3G542TF U 3
AF RR3G542JQ C 336
AF RR3DU01JQ C 334
BS 1 719 RR3DU01TF
BS 720 720 RR3DU01JQ
BS 721 742 RR3DU01TF
BS 743 1031 RR3DU01JQ

RD RR3BS54TF 710 0 0
G
AATCAAGCCAGTTCGGAAAAAAAAAAAGAGACTCGTCGCCGGAAAAGAAAAGATGGATCC
GCAGCTAACAGAAGTATCGCAGCAGTTGGAGAGATTCAAGGCGGCGTTTGTTA**AAAGA
TTACAATACCTGCTCTGATCTATTGTCTCGGCTTAAGGTTCTTCTGACGAAATCCACAAG
CCTTCCTCCATTGTTTGAGAATACTCCAAATGCTGCTCACGAGCTCACTCTTGCAAGGGA
TATCTACGAGCACGCTGTTGTTCTGAGTGTCAAAACTGAGGATCAAGACGCTTTCGAGAG
AGATTTCTTCCAGCTCAAACCCTACTATGTCGATGCCAGGAACCGTCTTCCACCGTCCCC
ACAGGAGAATCTTATCCTTGGTCTAAACCTCCTGAGGCTGCTTGTGCAAAACAGAATTGC
TGAATTCCACACTGAGCTCGAGTTACTCTCCTCTGCTACTCTGGAGAATCCTTGCATCAA
GCATGCCGTTGAGCTTGAGCAGTCCTTCATGGAAGGTGCCTATAACCGTGTACTCAGTGC
TAGACAGACCGCACCTGATGCTACTTACGTCTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAGACCAT
TAGAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGCGATGC
CAAGCAGATGTTGCTCTTCTCTTCTGATCA
GACTCTTGACTATGTCATG

QA 2 691 2 691
DS 

RD RR3BS54JQ 223 0 0
GCTACTCTGGAGAATCCTTGCATCAAGCATGCCGTTGAGCTTGAGCAGTCCTTCATGGAA
GGTGCCTATAACCGTGTACTCAGTGCTAGACAGACCGCCCCTGATGCTACTTACGTCTAT
TTCATGGACCTCTTGGCAAAGACCATTAGAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCT
TATGATTATGTCTCTATCAGCGATGCCAAGCAGATGTTGCT
TT

QA 1 221 1 221
DS 

RD RR3DU01TF 743 0 0
GGGCAATCAAGCCAGTTCGGAAAAAAAAAA*GAGAATCGTCGCCGGAAAAGAAAAGATGG
ATCCGCAGCTAACAGAAGTATCGCAGCAGTTGGAGAGATTCAAGGCGGCGTTTGTTAGGA
AAGATTACAATACCTGCTCTGATCTATTGTCTCGGCTTAAGGTTCTTCTGACGAAATTCA
CAAGCCTTCCTCCATTGTTTGAGAATACTCCAAATGCTGCTCACGAGCTCACTCTTGCAA
GGGATATCTACGAGCACGCTGTTGTTCTGAGTGTCAAAACTGAGGATCAAGACGCTTTCG
AGAGAGATTTCTTCCAGCTCAAACCCTACTATGTCGATGCCAGGAACCGTCTTCCACCGT
CCCCACAGGAGAATCTTATCCTTGGTCTAAACCTCCTGAGGCTGCTTGTGCAAAACAGAA
TTGCTGAATTCCACACTGAGCTCGAGTTACTCTCCTCTGCTACTCTGGAGAATCCTTGCA
TCAAGCATGCCGTTGAGCTTGAGCAGTCCTTCATGGAAGGTGCCTATAACCGTGTGCTCA
GTGCTAGACAGACCGCACCTGATGCTACTTACGTCTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAGA
CCATTAGAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGCG
ATGCCAAGCAGATGTTGCTCTTCTCTTCTGATCAAGAACTCTTGACCTATGTCAATGAG*
AGCACCCTGAGTGGGAAGTGAA
T

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3G542TF 742 0 0
GG
AATCAAGCCAGTTCGGAAAAAAAAAA*GAGAATCGTCGCCGGAAAAGAAAAGATGGATCC
GCAGCTAACAGAAGTATCGCAGCAGTTGGAGAGATTCAAGGCGGCGTTTGTTAGGAAAGA
TTACAATACCTGCTCTGATCTATTGTCTCGGCTTAAGGTTCTTCTGACGAAATTCACAAG
CCTTCCTCCATTGTTTGAGAATACTCCAAATGCTGCTCACGAGCTCACTCTTGCAAGGGA
TATCTACGAGCACGCTGTTGTTCTGAGTGTCAAAACTGAGGATCAAGACGCTTTCGAGAG
AGATTTCTTCCAGCTCAAACCCTACTATGTCGATGCCAGGAACCGTCTTCCACCGTCCCC
ACAGGAGAATCTTATCCTTGGTCTAAACCTCCTGAGGCTGCTTGTGCAAAACAGAATTGC
TGAATTCCACACTGAGCTCGAGTTACTCTCCTCTGCTACTCTGGAGAATCCTTGCATCAA
GCATGCCGTTGAGCTTGAGCAGTCCTTCATGGAAGGTGCCTATAACCGTGTGCTCAGTGC
TAGACAGACCGCACCTGATGCTACTTACGTCTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAGACCAT
TAGAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGCGATGC
CAAGCAGATGTTGCTCTTCTCTTCTGATCAAGAACTCTTGAC*TATGTCA*TGAG*AGCA
CC*TGAGTGGGA
GTGATGAA

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR3G542JQ 685 0 0
GATGCCAGGAACCGTCTTCCACCGTCCCCACAGGAGAATCTTATCCTTGGTCTAAACCTC
CTGAGGCTGCTTGTGCAAAACAGAATTGCTGAATTCCACACTGAGCTCGAGTTACTCTCC
TCTGCTACTCTGGAGAATCCTTGCATCAAGCATGCCGTTGAGCTTGAGCAGTCCTTCATG
GAAGGTGCCTATAACCGTGTGCTCAGTGCTAGACAGACCGCACCTGATGCTACTTACGTC
TATTTCATGGACCTCTTGGCAAAGACCATTAGAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAAA
GCTTATGATTATGTCTCTATCAGCGATGCCAAGCAGATGTTGCTCTTCTCTTCTGATCAA
GAACTCTTGACCTATGTCAATGAGGAGCACCCTGAGTGGGAAGTGAATGAAGGGTTTGTT
GTGTTCCAGAAAGCCAAAGAAACTGCACCTTGCAAAGAGATCCCGTCTCTTCAACTCATC
AACCAGACTCTAAGCTATGCCAGAGAGCTGGAGCGTATCGTGTAAGATGGACTTTTACTC
ATTACTCGTCTCTTCCATTTTGTTGTTAAAGAAAAAGATCTTCAGGTCATAAAAAGCTTC
GTTATCAATGTAATGACTGATTTGGAGAGACTCAGTACTTGTCTTTGGTTAATCGGGTTT
GGCAAGTGAGATCATTCGCTCTTAC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3DU01JQ 698 0 0
TCGATGCCAGGAACCGTCTTCCACCGTCCCCACAGGAGAATCTTATCCTTGGTCTAAACC
TCCTGAGGCTGCTTGTGCAAAACAGAATTGCTGAATTCCACACTGAGCTCGAGTTACTCT
CCTCTGCTACTCTGGAGAATCCTTGCATCAAGCATGCCGTTGAGCTTGAGCAGTCCTTCA
TGGAAGGTGCCTATAACCGTGTGCTCAGTGCTAGACAGACCGCACCTGATGCTACTTACG
TCTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAGACCATTAGAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGA
AAGCTTATGATTATGTCTCTATCAGCGATGCCAAGCAGATGTTGCTCTTCTCTTCTGATC
AAGAACTCTTGACCTATGTCAATGAGGAGCACCCTGAGTGGGAAGTGAATGAAGGGTTTG
TTGTGTTCCAGAAAGCCAAAGAAACTGCACCTTGCAAAGAGATCCCGTCTCTTCAACTCA
TCAACCAGACTCTAAGCTATGCCAGAGAGCTGGAGCGTATCGTGTAAGATGGACTTTTAC
TCATTACTCGTCTCTTCCATTTTGTTGTTAAAGAAAAAGATCTTCAGGTCATAAAAAGCT
TCGTTATCAATGTAATGACTGATTTGGAGAGACTCAGTACTTGTCTTTGGTTAATCGGGT
TTGGCAAGTGAGATCATTCGCTCTTACATTGTTACATT

QA 1 698 1 698
DS 



CO CL61Contig3 807 3 12 U
GGAAGCCAAAATCGAATCGTCGCCGGAAAAAGAAAAGATGGATCCGCAGCTAACGGAAGT
ATCGCAGCAGTTGGAGAGGTTCAAGGCGGCGTTTGTGCGGAAAGATTACAGTACCTGCAG
TGATCTCTTGTCCCGGCTTAAGGTACTTCTGACGAAATTCACAAGTCTTCCTCCGTTGTT
TGAGAACACACCTAATGCAGCTCAGGAGCTCACTCTTGCAAGGGACATTTACGAGCACGC
TGTTGTTCTAAGCGTTAAAACTGAGGATCAAGACGCTTTCGAGAGAGATTTCTTCCAGCT
CAAACCCTACTATGTCGATGCCAGGAACCGTCTTCCACCATCTCCACAGGAGAATCTTAT
CCTTGGTCTCAATCTTCTCAGGCTGCTTGTTCAAAACAGAATTGCTGAATTCCACACCGA
ACTCGAGTTACTCTCCTCGGCTACTCTGGAGAATCCTTGCATCAAGCATGCCGTTGAGCT
TGAGCAGTCCTTCATGGAAGGTGCCTATAACCGTGTGCTCAGTGCTAGACAGACCGCACC
TGATGCTACTTACGTCTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAGACCATTAGAGATGAAATAGC
TGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCCATCAGCGATGCCAAGCAGATGTTGCT
CTTCTCTTCTGATCAAGAACTCTTGACCTATGTCAATGAGAGCACCCTGAGTGGGAAGTG
AAGGACGGGTTTGTTGTGTTCCAGAAAGCCAAGAAACTGCACCTTGCAAGAGATCCATCT
CTGCACTCATCAACAGACTCTAAGCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AN10TF U 9
AF RR3FJ82TF U 1
AF RR3FY44TF U 14
BS 1 23 RR3FJ82TF
BS 24 24 RR3AN10TF
BS 25 245 RR3FJ82TF
BS 246 246 RR3AN10TF
BS 247 320 RR3FJ82TF
BS 321 321 RR3AN10TF
BS 322 595 RR3FJ82TF
BS 596 596 RR3AN10TF
BS 597 741 RR3FJ82TF
BS 742 742 RR3FY44TF
BS 743 782 RR3FJ82TF
BS 783 807 RR3FY44TF

RD RR3AN10TF 691 0 0
GGATC
GAATCGTCGCCGGAAAAAGAAAAGATGGATCCGCAGCTAACGGAAGTATCGCAGCAGTTG
GAGAGGTTCAAGGCGGCGTTTGTGCGGAAAGATTACAGTACCTGCAGTGATCTCTTGTCC
CGGCTTAAGGTACTTCTGACGAAATTCACAAGTCTTCCTCCGTTGTTTGAGAACACACCT
AATGCAGCTCAGGAGCTCACTCTTGCAAGGGACATTTACGAGCACGCTGTTGTTCTAAGC
GTTAAAACTGAGGATCAAGACGCTTTCGAGAGAGATTTCTTCCAGCTCAAACCCTACTAT
GTCGATGCCAGGAACCGTCTTCCACCATCTCCACAGGAGAATCTTATCCTTGGTCTCAAT
CTTCTCAGGCTGCTTGTTCAAAACAGAATTGCTTAACTCCACACCGAACTCGAGTTACTC
TCCTCGGCTACTCTGGAGAATCCTTGCATCAAGCATGCCGTTGAGCTTGAGCAGTCCTTC
ATGGAAGGTGCCTATAACCGTGTGCTCAGTGCTAGACAGACCGCACCTGATGCTACTTAC
GTCTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAGACCATTAGAGATGAAATAGCTGGATGCATCGAG
AAAGCTTATGATTATGTCTCCATCAGCGATGCCAAGCAGATGTTGCTCTTCTCTTCTGAT
CAAGAACTCTTGACCTATGTCAATGA

QA 6 691 6 691
DS 

RD RR3FJ82TF 791 0 0
GGAAGCCAAAATCGAATCGTCGCTGGAAAAAGAAAAGATGGATCCGCAGCTAACGGAAGT
ATCGCAGCAGTTGGAGAGGTTCAAGGCGGCGTTTGTGCGGAAAGATTACAGTACCTGCAG
TGATCTCTTGTCCCGGCTTAAGGTACTTCTGACGAAATTCACAAGTCTTCCTCCGTTGTT
TGAGAACACACCTAATGCAGCTCAGGAGCTCACTCTTGCAAGGGACATTTACGAGCACGC
TGTTGCTCTAAGCGTTAAAACTGAGGATCAAGACGCTTTCGAGAGAGATTTCTTCCAGCT
CAAACCCTACTATGTCGATGTCAGGAACCGTCTTCCACCATCTCCACAGGAGAATCTTAT
CCTTGGTCTCAATCTTCTCAGGCTGCTTGTTCAAAACAGAATTGCTGAATTCCACACCGA
ACTCGAGTTACTCTCCTCGGCTACTCTGGAGAATCCTTGCATCAAGCATGCCGTTGAGCT
TGAGCAGTCCTTCATGGAAGGTGCCTATAACCGTGTGCTCAGTGCTAGACAGACCGCACC
TGATGCTACTTACGTCTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAGACCATTAGAGATGAAGTAGC
TGGATGCAGCGAGAAAGCTTATGATTATGTCTCCATCAGCGATGCCAAGCAGATGTTGCT
CTTCTCTTCTGATCAAGAACTCTTGACCTATGTCAATGAGAGCACCCTGAGTGGGAAGTG
AAGGACGGGTTTGTTGTGTTC*AGAAAGCCAAGAAACTGCACCTTGCAAGAGATCCATCT
CT
ACAACTCAT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3FY44TF 794 0 0
GG
ATCGTCGCCGGAAAAAGAAAAGATGGATCCGCAGCTAACGGAAGTATCGCAGCAGTTGGA
GAGGTTCAAGGCGGCGTTTGTGCGGAAAGATTACAGTACCTGCAGTGATCTCTTGTCCCG
GCTTAAGGTACTTCTGACGAAATTCACAAGTCTTCCTCCGTTGTTTGAGAACACACCTAA
TGCAGCTCAGGAGCTCACTCTTGCAAGGGACATTTACGAGCACGCTGTTGTTCTAAGCGT
TAAAACTGAGGATCAAGACGCTTTCGAGAGAGATTTCTTCCAGCTCAAACCCTACTATGT
CGATGCCAGGAACCGTCTTCCACCATCTCCACAGGAGAATCTTATCCTTGGTCTCAATCT
TCTCAGGCTGCTTGTTCAAAACAGAATTGCTGAATTCCACACCGAACTCGAGTTACTCTC
CTCGGCTACTCTGGAGAATCCTTGCATCAAGCATGCCGTTTAGCTTGAGCAGTCCTTCAT
GGAAGGTGCCTATAACCGTGTGCTCAGTGCTAGACAGACCGCACCTGATGCTACTTACGT
CTATTTCATGGACCTCTTGGCAAAGACCATTAGAGATGAAATAGCTGGATGCAGCGAGAA
AGCTTATGATTATGTCTCCATCAGCGATGCCAAGCAGATGTTGCTCTTCTCTTCTGATCA
AGAACTCTTGACCTATGTCAATGAGAGCACCCTGAGTGGGA*GTGAAGGACGGGTTTGTT
GTGTTCCAGAAAGCCAAGAAACTGCACCTTGCAAGAGATTCATCTCTGCACTCATCAACA
GACTCTAAGCTA

QA 3 794 3 794
DS 



AS 3 12

CO CL62Contig1 868 3 2 U
TAAATATAAGACAAAAGATCAAAGCATGTTACACAACCCACATTTTTAGAATTCTCAGTT
CCTTTGTCCAACTCTCATAAGCTAAGGGGGAAAGGGTTTTCTTGCGCACAACGTAGTCTT
ACAAAAACAAGGGTTCTTTGAGAAATACAGTAAGCAGATAAAAGGGTTTTGGTTCTTGTC
TTTTTGCACGAAGAAGACAAACCAGAGCTTTCAGTTTTAGATACAGCGCGGGAAAAAGGT
TTGACCAACATATCCACCGGTCATGGCCCTCCGGACATTGGTCTCAAATAGCTTCGGGTT
ATCTCTTAAAACTTGTGCTGCATCATGGTTCAATGGATCTTCAGAATTGGGTTCCGTGAA
AAGATGGAAGAGTCCATAGATAACAGTGTTGATGTTGAGAACTGGTTTCCAGTCTTCACG
CAAGATGTTGAGGCAAACGTTTCCTTCCAAATCGATATTGGGATGATAAACCTTGGTTTT
GCATTTAACTTTAGGAGCTTCATGTGGATACACAGGAGACACTTGGAACGTGAAAACAAA
TGTACCATTATGGTAGTAACCATCATCAGGTTTAATGGAGACTTCAAAGTTCATCAAATC
ATCTTTGCCATTAGGAAACGTTATCGTACACGAGCTTGGAAGGTTCAACTCTGATATATC
TTTGTGAAGACGAAGTTCACCAGCAGATTGCTTCTTGACAGAAGCTCCACCTCCTCTACT
AGCGTTCTGAGCTTGTTCTCTTTGCTTTTCCTTTACTTTAAACAACCCAATCATTGCTCC
TACTTCTGACCTCTCTTTTAAGAAACTCACACGACAGAAGATTGTAATTTCGTTACGGAA
CACGAGATCGGAACAGATTAACGACTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FA12JQ U 8
AF RR3C148JQ U 1
AF RR3C148TF C 181
BS 1 741 RR3C148JQ
BS 742 868 RR3C148TF

RD RR3FA12JQ 631 0 0
AAGACAAAAGATCAAAGCATGTTACACAACCCACATTTTTAGAATTCTCAGTTCCTTTGT
CCAACTCTCATAAGCTAAGGGGGAAAGGGTTTTCTTGCGCACAACGTAGTCTTACAAAAA
CAAGGGTTCTTTGAGAAATACAGTAAGCAGATAAAAGGGTTTTGGTTCTTGTCTTTTTGC
ACGAAGAAAACAAACCAGAGCTTTCAGTTTTAGATACAGCGCGGGAAAAAGGTTTGACCA
ACATATCCACCGGTCATGGCCCTCCGGACATTGGTCTCAAATAGCTTCGGGTTATCTCTT
AAAACTTGTGCTGCATCATGGTTCAATGGATCTTCAGAATTGGGTTCCGTGAAAAGATGG
AAGAGTCCATAGATAACAGTGTTGATGTTGAGAACTGGTTTCCAGTCTTCACGCAAGATG
TTGAGGCAAACGTTTCCTTCCAAATCGATATTGGGATGATAAACCTTGGTTTTGCATTTA
ACTTTAGGAGCTTCATGTGGATACACAGGAGACACTTGGAACGTGAAAACAAATGTACCA
TTATGGTAGTAACCATCATCAGGTTTAATGGAGACTTCAAAGTTCATCAAATCATCTTTG
CCATTAGGAAACGTTATCGTACACGAGCTTG

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3C148JQ 741 0 0
TAAATATAAGACAAAAGATCAAAGCATGTTACACAACCCACATTTTTAGAATTCTCAGTT
CCTTTGTCCAACTCTCATAAGCTAAGGGGGAAAGGGTTTTCTTGCGCACAACGTAGTCTT
ACAAAAACAAGGGTTCTTTGAGAAATACAGTAAGCAGATAAAAGGGTTTTGGTTCTTGTC
TTTTTGCACGAAGAAGACAAACCAGAGCTTTCAGTTTTAGATACAGCGCGGGAAAAAGGT
TTGACCAACATATCCACCGGTCATGGCCCTCCGGACATTGGTCTCAAATAGCTTCGGGTT
ATCTCTTAAAACTTGTGCTGCATCATGGTTCAATGGATCTTCAGAATTGGGTTCCGTGAA
AAGATGGAAGAGTCCATAGATAACAGTGTTGATGTTGAGAACTGGTTTCCAGTCTTCACG
CAAGATGTTGAGGCAAACGTTTCCTTCCAAATCGATATTGGGATGATAAACCTTGGTTTT
GCATTTAACTTTAGGAGCTTCATGTGGATACACAGGAGACACTTGGAACGTGAAAACAAA
TGTACCATTATGGTAGTAACCATCATCAGGTTTAATGGAGACTTCAAAGTTCATCAAATC
ATCTTTGCCATTAGGAAACGTTATCGTACACGAGCTTGGAAGGTTCAACTCTGATATATC
TTTGTGAAGACGAAGTTCACCAGCAGATTGCTTCTTGACAGAAGCTCCACCTCCTCTACT
AGCGTTCTGAGCTTGTTCTCT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3C148TF 688 0 0
TTTTTGCA
CGAAGAAGACAAACCAGAGCTTTCAGTTTTAGATACAGCGCGGGAAAAAGGTTTGACCAA
CATATCCACCGGTCATGGCCCTCCGGACATTGGTCTCAAATAGCTTCGGGTTATCTCTTA
AAACTTGTGCTGCATCATGGTTCAATGGATCTTCAGAATTGGGTTCCGTGAAAAGATGGA
AGAGTCCATAGATAACAGTGTTGATGTTGAGAACTGGTTTCCAGTCTTCACGCAAGATGT
TGAGGCAAACGTTTCCTTCCAAATCGATATTGGGATGATAAACCTTGGTTTTGCATTTAA
CTTTAGGAGCTTCATGTGGATACACAGGAGACACTTGGAACGTGAAAACAAATGTACCAT
TATGGTAGTAACCATCATCAGGTTTAATGGAGACTTCAAAGTTCATCAAATCATCTTTGC
CATTAGGAAACGTTATCGTACACGAGCTTGGAAGGTTCAACTCTGATATATCTTTGTGAA
GACGAAGTTCACCAGCAGATTGCTTCTTGACAGAAGCTCCACCTCCTCTACTAGCGTTCT
GAGCTTGTTCTCTTTGCTTTTCCTTTACTTTAAACAACCCAATCATTGCTCCTACTTCTG
ACCTCTCTTTTAAGAAACTCACACGACAGAAGATTGTAATTTCGTTACGGAACACGAGAT
CGGAACAGATTAACGACTGA

QA 9 688 9 688
DS 



CO CL62Contig2 883 3 5 U
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GAGAACGAGAATCCGGTGGGAGAGATCAGAGGGAGAATCGTCGGCGATCTTGAGCTCTCT
AAAAAAACAGAAGCAATGATTGGGTTGTTTAAAGTAAAGGAAAAGCAAAGAGAACAAGCT
CAGAATGCTAGCAGAGGCGGAGGAGCTTCTGTCAAGAAGCAATCTGCTGGTGAACTTCGT
CTTCACAAAGATATATCAGAGTTGAATCTTCCAAGCTCGTGTACGATATCGTTTCCTAAT
GGCAAAGATGATTTGATGAACTTTGAAGTCTCCATTAAACCTGATGATGGTTACTACCAC
AATGGTACATTTGTTTTCACGTTCCAAGTGTCTCCTGTGTATCCTCATGAAGCTCCTAAA
GTTAAATGCAAAACCAAGGTTTATCATCCCAATATCGATTTGGAAGGAAACGCCTGCCTC
AACATCTTGCGTGAAGACTGGAAACCTGTTCTTAACATCAACACTGTTATCTATGGACTC
TTCCATCTTTTCACGGAACCCAACTCTGAAGATCCTTTGAACCATGACGCAGCACAAGTT
TTAAGGGATAACCCAAAGCTGTTCGAGACCAATGTTCGTAGAGCCATGACTGGTGGCTAT
GTTGGCCAAACCTTTTTCCCGCGCTGCATCTAACAAAAGCTCTGGTTCCTTCTTCTTAAA
GCAAAAAAGATAAGAACTGGAACTACCCCACCCTTTATCCGCCCTTGTATCTCTTATTCT
CAGAGGACACACTTGCTTGTTTGTTTGCTTCTGTAATATCACATTCTGCTTAAGCTCTGA
GAGTTCGACAAAGGAATTGTATAACATTCTGTACTATTTGATT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH32TF U 1
AF RR3AO20TF U 3
AF RR3FQ88TF U 516
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GTTGGCCAAACCTTTTTCC*GCGCTGCATCTAACAAAAGCTCTGGTTCCTTCTTCTTAA
GCA

QA 1 719 1 719
DS 

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GAACGAGAATCCGGTGGGAGAGATCAGAGGGAGAATCGTCGGCGATCTTGAGCTCTCTAA
AAAAACAGAAGCAATGATTGGGTTGTTTAAAGTAAAGGAAAAGCAAAGAGAACAAGCTCA
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TCACAAAGATATATCAGAGTTGAATCTTCCAAGCTCGTGTACGATATCGTTTCCTAATGG
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TGGTACATTTGTTTTCACGTTCCAAGTGTCTCCTGTGTATCCTCATGAAGCTCCTAAAGT
TAAATGCAAAACCAAGGTTTATCATCCCAATATCGATTTGGAAGGAAACGTCTGCCTCAA
CATCTTGCGTGAAGACTGGAAACCTGTTCTTAACATCAACACTGTTATCTATGGACTCTT
CCATCTTTTCACGGAACCCAACTCTGAAGATCCTTTGAACCATGACGCAGCACAAGTTTT
AAGGGATAACCCAAAGCTGTTCGAGACCAATGTTCGTAGAGCCATGACTGGTGGCTATGT
TGGCCAAACCTTTTTCCCGCGCTGCATCTAACAAAAGCTCTGGTTCCTTCTTCTTAAAGC
AAAAAAGATAAGAACTGGAACTACCCCACCCTTTATCCGCCCTTGTATCTCTTATTCTCA
GAGGACAC

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3FQ88TF 368 0 0
G
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ATCCGCCCTTGTATCTCTTATTCTCAGAGGACACACTTGCTTGTTTGTTTGCTTCTGTAA
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TTTGATT

QA 2 368 2 368
DS 



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AAGCAAAGGGAACAAGCTCAGAACGCTAGTAGAGGAGGAGCTTCTGTCAAGAAGCAATCT
GCCGGTGAACTTCGTCTCCACAAAGATATATCAGAGTTGAACCTTCCAAGCTCGTGCACG
ATATCATTTCCCAATGGCAAAGATGATTTGATGAACTTTGAAGTCTCCATTAAACCCGAT
GATGGTTACTACCATAATGGTAAGTTTGCTTTCACCTTCCAAGTCTCTCCTGTGTATCCT
CATGAAGCTCCTAAAGTTAAATGCAAAACCAAGGTTTATCATCCCAATATCGATTTGGAA
GGAAACGTTTGCCTCAACATCTTGCGTGAAGACTGGAAACCTGTTCTCAACATTAACACT
GTTATCTATGGTCTCTTCCATCTTTTCACGGAACCCAACTCTGAAGATCCCTTGAACCAT
GAAGCTGCACAGGTTTTAAGGGATAACCCAAAGCTCTTTGAGACCAATGTGCGGAGAGCT
ATGACCGGTGGATATGTTGGTCAAACCTTTTTCCCGCGCTGTATCTAATAAAAAAGCTCT
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TCCTGTCTCAAAGGACCCTTGTTTGTTTGCTTGCCTTTGAAAAATTACGTTCTCCCTTTC
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TTTATAAGTGTGTGGTAATTAATGAACAACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 10 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F448TF U 28
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AF RR3F448JQ C 151
AF RR3GL15TF U 611
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GGGGTGGGTGA
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TGGACTGTTTAAAGTAAAGGAGAAGCAAAGGGAACAAGCTCAGAACGCTAGTAGAGGAGG
AGCTTCTGTCAAGAAGCAATCTGCCGGTGAACTTCGTCTCCACAAAGATATATCAGAGTT
GAACCTTCCAAGCTCGTGCACGATATCATTTCCCAATGGCAAAGATGATTTGATGAACTT
TGAAGTCTCCATTAAACCCGATGATGGTTACTACCATAATGGTAAGTTTGCTTTCACCTT
CCAAGTCTCTCCTGTGTATCCTCATGAAGCTCCTAAAGTTAAATGCAAAACCAAGGTTTA
TCATCCCAATATCGATTTGGAAGGAAACGTTTGCCTCAACATCTTGCGTGAAGACTGGAA
ACCTGTTCTCAACATTAACACTGTTATCTATGGTCTCTTCCATCTTTTCACGGAACCCAA
CTCTGAAGATCCCTTG

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DS 

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GG
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TCAGTCGTAATATCTCTTGCGATCATCTGTGTGTTCTTATCGAATTGATAAACTTCTGTT
GTGTGAGTTAGTTTATTGAAGAAGCAATGATTGGACTGTTTAAAGTAAAGGAGAAGCAAA
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AACTTCGTCTCCACAAAGATATATCAGAGTTGAACCTTCCAAGCTCGTGCACGATATCAT
TTCCCAATGGCAAAGATGATTTGATGAACTTTGAAGTCTCCATTAAACCCGATGATGGTT
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CTCCTAAAGTTAAATGCAAAACCAAGGTTTATCATCCCAATATCGATTTGGAAGGAAACG
TTTGCCTCAACATCTTGCGTGAAGACTGGAAACCTGTTCTCAACATTAACACTGTTATCT
ATGGTCTCTTCCATCTTTTCACGGAACCCAACTCTGAAGATCCCTTGAACCATGAAGCTG
C

QA 3 603 3 603
DS 

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TCTTTTCACGGAACCCAACTCTGAAGATCCCTTGAACCATGAAGCTGCACAGGTTTTAAG
GGATAACCCAAAGCTCTTTGAGACCAATGTGCGGAGAGCTATGACCGGTGGATATGTTGG
TCAAACCTTTTTCCCGCGCTGTATCTAATAAAAAAGCTCTGGTTGGTCTTCTTCGAGCAT
AAAGCTAAGAACCTAGACCCACTTTATCCTCCAAT
TT

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DS 

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GGAACTCGAGCGTCGACAAAAAAGAGAATCCGGTGGGTGAGAGAGAGAGAATTGGCGACC
CTTAGATTCAGTCGTAATATCTCTTGCGATCATCTTTGTGTTCTTATCGAATTGATAAAC
TTCTGTTGTGTGAGTTAGTTTATTGAAGAAGCAATGATTGGACTGTTTAAAGTAAAGGAG
AAGCAAAGGGAACAAGCTCAGAACGCTAGCAGAGGAGGAGCTTCTGTCAAGAAGCAATCT
GCCGGTGAACTTCGTCTCCACAAAGATATATCAGAGTTGAACCTTCCAAGCTCGTGCACG
ATATCATTTCCCAATGGCAAAGATGATTTGATGAACTTTGAAGTCTCCATTAAACCCGAT
GATGGTTACTACCATAATGGTAAGTTTGCTTTCACCTTCCAAGTCTCTCCTGTGTATCCT
CATGAAGCTCCTAAAGTTAAATGCAAAACCAAGGTTTATCATCCCAATATCGATTTGGAA
GGAAACGTTTGCCTCAACATCTTGCGTGAAGACTGGAAACCTGTTCTCAACATTAACACT
GTTATCTATGGTCTCTTCCATCTTTTCACGGAACCCAACTCTGAAGATCCCTTGAACCAT
GAAGCTGCACAGGTTTTAAGGGATAACCCAAAGCTCTTTGAGACCAATGTGCGGAGAGCT
ATGACCGGTGGATATGTTGGTCAAACCTTTTTCCCGCGCTGTATCTAATAAAAA*GCTCT
GGTTGGTCTTCTTCGAGCATAAAGCTAAGA*CCTAAACCCACTTTATCCTCCAATGTA**
TTCTGTCTCAAAGGACCCTTGTTTGTTTGCTTGC
TTTGAAAAT

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AGAGGAGGAGCTTCTGTCAAGAAGCAATCTGCCGGTGAACTTCGTCTCCACAAAGATATA
TCAGAGTTGAACCTTCCAAGCTCGTGCACGATATCATTTCCCAATGGCAAAGATGATTTG
ATGAACTTTGAAGTCTCCATTAAACCCGATGATGGTTACTACCATAATGGTAAGTTTGCT
TTCACCTTCCAAGTCTCTCCTGTGTATCCTCATGAAGCTCCTAAAGTTAAATGCAAAACC
AAGGTTTATCATCCCAATATCGATTTGGAAGGAAACGTTTGCCTCAACATCTTGCGTGAA
GACTGGAAACCTGTTCTCAACATTAACACTGTTATCTATGGTCTCTTCCATCTTTTCACG
GAACCCAACTCTGAAGATCCCTTGAACCATGAAGCTGCACAGGTTTTAAGGGATAACCCA
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TTCCCGCGCTGTATCTAATAAAAAAGCTCTGGTTGGTCTTCTTCGAGCATAAAGCTAAGA
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TTGCCTTTGAAAAATTACGTTCTCCCTTTCCCTTAGAGACTGAAAGGAAATGATAACTCA
AAAATGTGGATTTGGTTTGTTCGGTT
CC

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DS 

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G
GGTTTTAAGGGATAACCCAAAGCTCTTTGAGACCAATGTGCGGAGAGCTATGACCGGTGG
ATATGTTGGTCAAACCTTTTTCCCGCGCTGTATCTAATAAAAAAGCTCTGGTTGGTCTTC
TTCGAGCATAAAGCTAAGAACCTAAACCCACTTTATCCTCCAATGTAATTCCTGTCTCAA
AGGACCCTTGTTTGTTTGCTTGCCTTTGAAAAATTACGTTCTCCCTTTCCCTTAGAGACT
GAAAGGAAATGATAACTCAAAAATGTGGATTTGGTTTGTTCGGTTTCAGTTTATAAGTGT
GTGGTAATTAATGAACAACTG

QA 2 322 2 322
DS 



AS 2 16

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CAAAAGAACTCATCCCATGATAGGAAAAATATCTGAGCTCCTCGTTGGCGTGAACCGATC
TGCAGCCGCAGCGGCTCCGTTCTTGGACGTCTTGATGACGAGCCCTAGAAGCCCACTAGA
TTTCAAGATTCTCCCTCAGATATCTCAAAGAAACAGTTCAAAGAGATTCTACGATGACAA
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GGACTATACGCTGGTAACGTCTCACCATGGTCCTAGTGGAACTTGTAGCACAAGGGTTTA
TGACAAAGATGGTCTCGAGTGTTTCGCAACTAAGGTTAACGAAGAACGTCGTGAGAGACT
TTTCGTGGTCGATGTCGGTACGGAATCTCCAAAGAATACTCCGGAGTTTCAGGGTTTGGG
TTTCCTCAACTCGTGTTACTTATGCAGGAAGAAACTTCACGGCCAGGACATATTTATTTA
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AAGGAAAGAGAGATGTAGATCGAAGTTTTCAACCTCTCCTTACACCGCCGGTCAAATTTT
CTCCGCCGGAGTTCTAGTGACTTAGCTGGAGTTCTTCTACTGAGTATATATATATGGGGG
GAAGGGGTAAATAAAATAGTAACTAGGCATTAATAATATGCGAGAGAAATAAATTAGCAT
ATATAAAAATATGACATGTATGTCCATATAAATGATATATGTGAAATGTGATATGGTGGA
AGAGAAACAACATGAAAATTTTGGGTGAAGGGGGTTTATGAGAGAGAGCTAGTTCTTGAT
CGTCAAGATGGCGAAAATGGAATAACACTCTTGTTTTTTTTTCTATTGTTATTGTGTTTT
GTATTTGGTGCTTATTAACATGTTGAAATAATTTTAATGTTCAAATTGGGTTTTCATTAT
TCTTGTGTCCTTTCTTTTAGTGGATGTTTTGCAAGGTG


BQ
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 20 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 50 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 0 0 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AQ19TF U 1
AF RR3DL94TF U 1
AF RR3AV36TF U 1
AF RR3AU43TF U 1
AF RR3EW75TF U 1
AF RR3GP70TF U 1
AF RR3GR94TF U 1
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QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3DL94TF 613 0 0
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DS 

RD RR3AV36TF 648 0 0
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QA 1 648 1 648
DS 

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QA 1 645 1 645
DS 

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QA 1 648 1 648
DS 

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TGCAGCCGCAGCGGCTCCGTTCTTGGACGTCTTGATGACGAGCCCTAGAAGCCCACTAGA
TTTCAAGATTCTCCCTCAGATACCTCAAAGAAACAGTTCAAAGAGATTCTACGATGACAA
TCTTGGTGGGTCCGTTGGTTTAGGGATTGTAGCCGCACTCGAGAACTCAACCACTCGCCG
GATCACGAGCGTTTCTAGAAATGAACCGAACCAATCCGGCCGGTCTGAACCGGTTCAGTT
CATGAGCCATGTCGGAAGCTCGGACGAGGAAGATGAGGAGATGTTCATAATGGACGAGGA
GGACTATACGCTGGTAACGTCTCACCATGGTCCTAGTGGAACTTGTAGCACAAGGGTTTA
TGACAAAGATGGTCTCGAGTGTTTCGCGACTAAGGTTAACGAAGAACGTCGTGAGAGACT
TTTCGTGGTCGATGTCGGTACGGAATCTCCAAAGAATACTCCGGAGTTTCAGG*TTTGGG
TTTCCTCAACTCGTGTTACTTAT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3GR94TF 723 0 0
GGGTGGAGGTTTCACAAACATCACCAATCTTCTTCTTCTTCTCTCATCATCTTTTTGTTA
CTTCTTATTTTGTTCGCTTGATT*GATCAAAGCCCTTCCCTCGATCAAGATCATGCTTAG
CAAAAGAACTCATCCCATGATAGGAAAAATATCTGAGCTCCTCGTTGGCGTGAACCGATC
TGCAGCCGCAGCGGCTCCGTTCTTGGACGTCTTGATGACGAGCCCTAGAAGCCCACTAGA
TTTCAAGATTCTCCCTCAGATATCTCAAAGAAACAGTTCAAAGAGATTCTACGATGACAA
TCTTGGTGGGTCCGTTGGTCTAGGGATTGTAGCCGCACTCGAGAACTCAACCACTCGCCG
GATCACGAGCGTTTCTAGAAATGAACCGAACCAATCCGGCCGGTCTGAACCGGTTCAGTT
CATGAGCCATGTCGGAAGCTCGGACGAGGAAGATGAGGAGATGTTCATAATGGACGAGGA
GGACTATACGCTGGTAACGTCTCACCATGGTCCTAGTGGAACTTGTAGCACAAGGGTTTA
TGACAAAGATGGTCTCGAGTGTTTCGCAACTAAGGTTAACGAAGAACGTCGTGAGAGACT
TTTCGTGGTCGATGTCGGTACGGAATCTCCAAAGAATACTCCGGAGTTTCAGGGTTTGGG
TTTCCTCAACTCGTGTTACTTATGCA*GAAGAAACTTCACGGCCAGGACATATTTATTTA
CAG

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3B578TF 869 0 0
G
CACCACCAATCTTCTTCTTCTTCTCTCATCATCTTTTTGTTACTTCTTAGTTTGTTCGCT
TGATTTGATCAAAGCCCTTCCCTCGATCAAGATCATGCTTAGCAAAAGAACTCATCCCAT
GATAGGAAAAATATCTGAGCTCCTCGTTGGCGTGAACCGATCTGCAGCCGCAGCGGCTCC
GTTCTTGGACGTCTTGATGACGAGCCCTAGAAGCCCACTAGATTTCAAGATTCTCCCTCA
GATATCTCAAAGAAACAGTTCAAAGAGATTCTACGATGACAATCTTGGTGGGTCCGTTGG
TCTAGGGATTGTAGCCGCACTCGAGAACTCAACCACTCGCCGGATCACGAGCGTTTCTAG
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CTCGGACGAGGAAGATGAGGAGATGTTCATAATGGACGAGGAGGACTATACGCTGGTAAC
GTCTCACCATGGTCCTAGTGGAACTTGTAGCACAAGGGTTTATGACAAAGATGGTCTCGA
GTGTTTCGCAACTAAGGTTAACGATGAACGTCGTGAGAGACTTTTCGTGGTCGATGTCGG
TACGGAATCTCCAAAGAATACTCCGGAGTTTCAGGGTTTGGGTTTCCTCAACTCGTGTTA
CTTATGCACGAAGAAACTTCACGGCCAGGACATATTTATTTACAGAGGAGAAAAAGCTTT
TTGCAGCACAGAGTGTCGATCGAGTCATATAGCAAGTGTTGAAAGGAAAGAGAGATGTAG
ATCGAAGTTTTCA*CCTCTCCTTACACCGCCGGTCAAATTTTCTCCGCCGGAGTTCTAGT
GGCTTAGCTGGAGTTCTTCTACTGAGTA

QA 2 869 2 869
DS 

RD RR3AU43JQ 944 0 0
CCTCAGATATCTCAAAGAAACAGTTCAAAGAGATTCTACGATGACAATCTTGGTGGGTCC
GTTGGTCTAGGGATTGTAGCCGCACTCGAGAACTCAACCACTCGCCGGATCACGAGCGTT
TCTAGAAATGAACCGAACCAATCCGGCCGGTCTGAACCGGTTCAGTTCATGAGCCATGTC
GGAAGCTCGGACGAGGAAGATGAGGAGATGTTCATAATGGACGAGGAGGACTATACGCTG
GTAACGTCTCACCATGGTCCTAGTGGAACTTGTAGCACAAGGGTTTATGACAAAGATGGT
CTCGAGTGTTTCGCAACTAAGGTTAACGAAGAACGTCGTGAGAGACTTTTCGTGGTCGAT
GTCGGTACGGAATCTCCAAAGAATACTCCGGAGTTTCAGGGTTTGGGTTTCCTCAACTCG
TGTTACTTATGCAGGAAGAAACTTCACGGCCAGGACATATTTATTTACAGAGGAGAAAAA
GCTTTTTGCAGCACAGAGTGTCGATCGAGTCATATAGCAAGTGTTGAAAGGAAAGAGAGA
TGTAGATCGAAGTTTTCAACCTCTCCTTACACCGCCGGTCAAATTTTCTCCGCCGGAGTT
CTAGTGACTTAGCTGGAGTTCTTCTACTGAGTATATATATATGGGGGGAAGGGGTAAATA
AAATAGTAACTAGGCATTAATAATATGCGAGAGAAATAAATTAGCATATATAAAAATATG
ACATGTATGTCCATATAAATGATATATGTGAAATGTGATATGGTGGAAGAGAAACAACAT
GAAAATTTTGGGTGAAGGGGGTTTATGAGAGAGAGCTAGTTCTTGATCGTCAAGATGGCG
AAAATGGAATAACACTCTTGTTTTTTTTTCTATTGTTATTGTGTTTTGTATTTGGTGCTT
ATTAACATGTTGAAATAATTTTAATGTTCAAATTGGGTTTTCA
C

QA 1 943 1 943
DS 

RD RR3GP70JQ 757 0 0
CTCGGACGAGGAAGATGAGGAGATGTTCATAATGGACGAGGAGGACTATACGCTGGTAAC
GTCTCACCATGGTCCTAGTGGAACTTGTAGCACAAGGGTTTATGACAAAGATGGTCTCGA
GTGTTTCGCGACTAAGGTTAACGAAGAACGTCGTGAGAGACTTTTCGTGGTCGATGTCGG
TACGGAATCTCCAAAGAATACTCCGGAGTTTCAGGGTTTGGGTTTCCTCAACTCGTGTTA
CTTATGCAGGAAGAAACTTCACGGCCAGGACATATTTATTTACAGAGGAGAAAAAGCTTT
TTGCAGCACAGAGTGTCGATCGAGTCATATAGCAAGTGTTGAAAGGAAAGAGAGATGTAG
ATCGAAGTTTTTAACCTCTCCTTACACCGCCGGTCAAATTTTCTCCGCCGGAGTTCTAGT
GACTTAGCTGGAGTTCTTCTACTGAGTATATATATATGGGGGGAAGGGGTAAATAAAATA
GTAACTAGGCATTAATAATATGCGAGAGAAATAAATTAGCATATATAAAAATATGACATG
TATGTCCATATAAATGATATATGTGA*******TATGGTGGAAGAGAAACAACATGAAAA
TTTTGGGTGAAGGGGGTTTATGAGAGAGAGCTAGTTCTTGATCGTCAAGATGGCGAAAAT
GGAATAACGCTCTTGTTTTTTTT*CTATTGTTATTGTGTTTTGTATTTGGTGCTTATTAA
CATGTTGAAATAATTTTAATGTTCAAATTGGGTTTTC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3EW75JQ 611 0 0
GTCGTGAGAGACTTTTCGTGGTCGATGTCGGTACGGAATCTCCAAAGAATACTCCGGAGT
TTCAGGGTTTGGGTTTCCTCAACTCGTGTTACTTATGCAGGAAGAAACTTCACGGCCAGG
ACATATTTATTTACAGAGGAGAAAAAGCTTTTTGCAGCACAGAGTGTCGATCGAGTCATA
TAGCAAGTGTTGAAAGGAAAGAGAGATGTAGATCGAAGTTTTCAACCTCTCCTTACACCG
CCGGTCAAATTTTTTCCGCCGGAGTTCTAGTGACTTAGCTGGAGTTTTTCTACTGAGTAT
ATATATATGGGGGGAAGGGGTAAATAAAATAGTAACTAGGCATTAATAATATGCGAGAGA
AATAAATTAGCATATATAAAAATATGACATGTATGTCCATATAAATGATATATGTGA***
****TATGGTGGAAGAGAAACAACATGAAAATTTTGGGTGAAGGGGGTTTATGAGAGAGA
GCTAGTTCTTGATCGTCAAGATGGCGAAAATGGAATAACGCTCTTGTTTTTTTTTCTATT
GTTATTGTGTTTTGTATTTGGTGCTTATTAACATGTTGAAATAATTTTAATGTTCAAATT
GGGTTTTCATT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3GR94JQ 654 0 0
AACGTCGTGAGAGACTTTTCGTGGTCGATGTCGGTACGGAATCTCCAAAGAATACTCCGG
AGTTTCAGGGTTTGGGTTTCCTCAACTCGTGTTACTTATGCAGGAAGAAACTTCACGGCC
AGGACATATTTATTTACAGAGGAGAAAAAGCTTTTTGCAGCACAGAGTGTCGATCGAGTC
ATATAGCAAGTGTTGAAAGGAAAGAGAGATGTAGATCGAAGTTTTCAACCTCTCCTTACA
CCGCCGGTCAAATTTTCTCCGCCGGAGTTCTAGTGACTTAGCTGGAGTTCTTCTACTGAG
TATATATATATGGGGGGAAGGGGTAAATAAAATAGTAACTAGGCATTAATAATATGCGAG
AGAAATAAATTAGCATATATAAAAATATGACATGTATGTCCATATAAATGATATATGTGA
AATGTGATATGGTGGAAGAGAAACAACATGAAAATTTTGGGTGAAGGGGGTTTATGAGAG
AGAGCTAGTTCTTGATCGTCAAGATGGCGAAAATGGAATAACACTCTTGTTTTTTT**CT
ATTGTTATTGTGTTTTGTATTTGGTGCTTATTAACATGTTGAAATAATTTTAATGTTCAA
ATTGGGTTTTCATTATTCTTGTGTCCTTTCTTTTAGTGGATGTTTTGCAAGGTG

QA 1 654 1 654
DS 



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AACACAATAACAATAGAAAAAAAAACAAGAGCGTTATTCCATTTTCGCCATCTTGACGAT
CAAGAACTAGCTCTCTCTCATAAACCCCCTTCACCCAAAATTTTCATGATGTTTCTCTTC
CACCATATCACATATATCATTTATATGGACATACATGTCATATTTTTATATATGCTAATT
TATTTCTCTCGCATATTATTAATGCCTAGTTACTATTTTATTTACCCCTTCCCCC*****
CATATATATATACTCAGTAGAAGAACTCCAGCTAAGTCACTAGAACTCCGGCGGAGAAAA
TTTGACCGGCGGTGTAAGGAGAGGTTGAAAACTTCGATCTACATCTCT**TTCCTTTCAA
CACTTGCTATATGACTCGATCGACACTCTGTGCTGCAAAAAGCTTTTTCTCCTATGTAAA
TAAATATGTCCTGGCCGTGAAGTTTCTTCCTGCATAAGTAACACGAGTTGAGGAAACCCA
AACCCTGAAACTCCGGAGTATTCTTTGGAGATTCCGTACCGACATCGACCACGAAAAGTC
TCTCACGACGTTCTTCGTTAACCTTAGTTGCGAAACACTCGAGACCATCTTTGTCATAAA
CCCTTGTGCTACAAGTTCCACTAGGACCATGGTGAGACGTCACCAGCGTATAGTCCTCCT
CGTCCATTATGAACATCTCCTCATCTTCCTCGTCCGAGCTTCCGACATGGCTCATGAACT
GAACCGGTTCAGACCGGCCGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV36JQ U 45
AF RR3C971JQ U 1
AF RR3C971TF C 1
AF RR3AQ19JQ U 30
BS 1 619 RR3C971JQ
BS 620 801 RR3AQ19JQ

RD RR3AV36JQ 328 0 0
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TCGCCATCTTGACGATCAAGAACTAGCTCTCTCTCATAAACCCCCTTCACCCAAAATTTT
CATGTTGTTTCTCTTCCACCATATCACATATATCATTTATATGGACATACATGTCATATT
TTTATATATGCTAATTTATTTCTCTCGCATATTATTAATGCCTAGTTACTATTTTATTTA
CCCCTTCCCCC*****CATATATATA**CTCAGTAGAAGAACTCCAGCTAAGCCACTAGA
ACTCCGGCGGAGAAAATTTGACCGGCGG

QA 1 328 1 328
DS 

RD RR3C971JQ 620 0 0
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TATTTCTCTCGCATATTATTAATGCCTAGTTACTATTTTATTTACCCCTTCCCCC*****
CATATATATATACTCAGTAGAAGAACTCCAGCTAAGTCACTAGAACTCCGGCGGAGAAAA
TTTGACCGGCGGTGTAAGGAGAGGTTGAAAACTTCGATCTACATCTCT**TTCCTTTCAA
CACTTGCTATATGACTCGATCGACACTCTGTGCTGCAAAAAGCTTTTTCTCCTATGTAAA
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AACCCTGAAACTCCGGAGTATTCTTTGGAGATTCCGTACCGACATCGACCACGAAAAGTC
TCTCACGACGTTCTTCGTT
C

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3C971TF 620 0 0
AATGAAAACCCAATTTGAACATTAAAATTATTTCAACATGTTAATAAGCACCAAATACAA
AACACAATAACAATAGAAAAAAAAACAAGAGCGTTATTCCATTTTCGCCATCTTGACGAT
CAAGAACTAGCTCTCTCTCATAAACCCCCTTCACCCAAAATTTTCATGATGTTTCTCTTC
CACCATATCACATATATCATTTATATGGACATACATGTCATATTTTTATATATGCTAATT
TATTTCTCTCGCATATTATTAATGCCTAGTTACTATTTTATTTACCCCTTCCCCC*****
CATATATATATACTCAGTAGAAGAACTCCAGCTAAGTCACTAGAACTCCGGCGGAGAAAA
TTTGACCGGCGGTGTAAGGAGAGGTTGAAAACTTCGATCTACATCTCT**TTCCTTTCAA
CACTTGCTATATGACTCGATCGACACTCTGTGCTGCAAAAAGCTTTTTCTCCTATGTAAA
TAAATATGTCCTGGCCGTGAAGTTTCTTCCTGCATAAGTAACACGAGTTGAGGAAACCCA
AACCCTGAAACTCCGGAGTATTCTTTGGAGATTCCGTACCGACATCGACCACGAAAAGTC
TCTCACGACGTTCTTCGTT
C

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3AQ19JQ 772 0 0
ATTTCAACATGTTAATAAGCACCAAATACAAAACACAATAACAATAGAAAAAAAAACAAG
AGCGTTATTCCATTTTCGCCATCTTGACGATCAAGAACTAGCTCTCTCTCATAAACCCCC
TTCACCCAAAAATTTCATGTTGTTTCTCTTCCACCATATCACATATATCATTTATATGGA
CACACATGTCATATTTTTATATATGCTAATTTATTTCTCTCGCATATTATTAATGCCTAG
TTACTATTTTATTTACCCCTCCCCCCCCCCCCATATATATATACTCAGTAGAAGAACTCC
AGCTAAGTCACTAGAACTCCGGCGGAAAAAATTTGACCGGCGGTGTAAGGAGAGGTTGAA
AACTTCGATCTACATCTCTCTTTCCTTTCAACACTTGCTATATGACTCGATCGACACTCT
GTGCTGCAAAAAGCTTTTTCTCCTCTGTAAATAAATATGTCCTGGCCGTGAAGTTTCTTC
CTGCATAAGTAACACGAGTTGAGGAAACCCAAACCCTGAAACTCCGGAGTATTCTTTGGA
GATTCCGTACCGACATCGACCACGAAAAGTCTCTCACGACGTTCTTCGTTAACCTTAGTT
GCGAAACACTCGAGACCATCTTTGTCATAAACCCTTGTGCTACAAGTTCCACTAGGACCA
TGGTGAGACGTCACCAGCGTATAGTCCTCCTCGTCCATTATGAACATCTCCTCATCTTCC
TCGTCCGAGCTTCCGACATGGCTCATGAACTGAACCGGTTCAGACCGGCCGG

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 15

CO CL64Contig1 1449 15 22 U
GGTGATGGTAAAGAACCATAACAATGGCTTCATCTTCCTTACTACTCATGTCCTTGTTCT
TACTACTTGTTATCCCTTCATCAGTTCTCTCAGCCACTCTTCGATCTGACATTCAAGCTC
TAGAGTCTATCATTCGCAGCATTGATCCAAGTTCCATCTCACCATCCTCTTACCTCAGCA
CATGGGACTTCTCTGAAGACCCCTGTGAAGGCTCAGGGACGTTCTTGGGAGTTATGTGTT
CTTTCACTCTTGAGAACACGACCAGCCGAGTCATAGAGATCGACCTTGACGATGATGGTT
ATGACGGTTTCCTCTCTGAGGCAATAGGGAACCTCACCGAGCTCACTGTACTTAGCCTGA
ACAACAACAGGTTCCGTGGTCCAATACCAGAAACTGTGTTCCAGCTCAGGAAACTCACCA
AGCTCTCTCTCTCGGGAAACTTCTTCACCGGAGATATAACCCCTGGAATCACCAAGCTCA
AGGAGCTCAAGACCATAGACCTGTCCAAGAACAGCATCGCTGGTGAGATACCTCCGAGGA
TCTCAGGCTTGAGAAGTTTGACTCACCTGATCCTATCAAACAACCATATAGACGGAAGAA
TACCTTCGCTCAACGGCTTGTGGAAGCTACAAGTGCTAGAACTCGGTAACAACCATCTTT
TCGGAATGCTTCCTAAGCTTCCAACAAGTCTAAGAACTCTATCTCTCTGTTACAATAGCC
TTGCAGGACGTATATCTCC*TTTGCATAGACTAAAACATCTTGTGTCATTAGATGTGAGC
CAGAACAGATTCTCAGGCACCATTGGCCATGAAATCTTGACGTTTCCAGAGATTTCGCGC
ATCAATGTGTCTTTTAACCAGTTCATATCCATAGAGGTTATTCAGGTTATAGGTATGGAG
ACACACCTGCGCATCCTTGACGCTGAAGGAAACCATTTACAGGGGCCCCTTCCACTGAAC
CTGGCTACTTATGGAAACTTGAAGGACATCAATCTACGGAGCAACATGTTCTCAGGAGAC
ATTCCAAGGATCTATGGGAAAAGACTTGAGAACTCATGGAGAAGCTTGTACTTGGAGAAC
AACTATCTCACAGGTACACTTCCTGAGGAGTTTCAGAGAATCTCCAAACAGATCAAAGGA
AGCCTTTCGAACAACTGTCTGCAATGTCCTAAGAATGTTACAATCTGCCAAGGAGTACAG
AAGCCGAAATCACAATGCACCAACGCAATGCAGGAAGAGGGCTTGGGGTAGAGATCATGC
CAATGGGAAGCAGTTTATAAAAGACAGCATAATCACCAGAGTAAAGTTCATGTCCTTGTA
TGCTTTTAAATAATGATGGTAGAAATGAAGTCTAGAAAAATGACATTCAAAACAAAATAT
TAAAACAGAGATGTGTATTTGAGATGACACTTTTCCTTCATCATATATGTTTGACATAAG
TCTAGACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 35 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 45 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB41TF U 5
AF RR3F696TF U 280
AF RR3DT95TF U 1
AF RR3FB45TF U 3
AF RR3C465TF U 60
AF RR3CS63TF U 51
AF RR3C465JQ C 80
AF RR3BC07TF U 49
AF RR3DQ58TF U 497
AF RR3A673TF U 574
AF RR3FB45JQ C 677
AF RR3F696JQ C 1184
AF RR3DQ58JQ C 678
AF RR3EB41JQ C 741
AF RR3BC07JQ C 692
BS 1 302 RR3DT95TF
BS 303 303 RR3FB45TF
BS 304 475 RR3DT95TF
BS 476 476 RR3FB45TF
BS 477 711 RR3DT95TF
BS 712 761 RR3FB45TF
BS 762 762 RR3BC07TF
BS 763 780 RR3FB45TF
BS 781 793 RR3BC07TF
BS 794 926 RR3DQ58TF
BS 927 927 RR3A673TF
BS 928 1013 RR3DQ58TF
BS 1014 1129 RR3A673TF
BS 1130 1130 RR3FB45JQ
BS 1131 1229 RR3A673TF
BS 1230 1279 RR3FB45JQ
BS 1280 1280 RR3DQ58JQ
BS 1281 1368 RR3FB45JQ
BS 1369 1378 RR3DQ58JQ
BS 1379 1379 RR3EB41JQ
BS 1380 1419 RR3DQ58JQ
BS 1420 1449 RR3BC07JQ

RD RR3EB41TF 226 0 0
GG
GGTAAAGAACCATAACAATGGCTTCATCTTCCTTACTACTCATGTCCTTGTTCTTACTAC
TTGTTATCCCTTCATCAGTTCTCTCAGCCACTCTTCGATCTGACATTCAAGCTCTAGAGT
CTATCATTCGCAGCATTGATCCAAGTTCCATCTCACCATCCTCTTACCTCAGCACATGGG
ACTTCTCTGAAGACCCCTGTGAAGGCTCAGGGACGTTCTTGGGA

QA 3 226 3 226
DS 

RD RR3F696TF 276 0 0
TCGACCTTGACGATGATGGTTATGACGGTTTCCTCTCTGAGGCAATATGGAACCTCACCG
AGCTCACTGTACTTAGCCTGAACAACAACAGGTTCCGTGGTCCAATACCAGAAACTGTGT
TCCAGCTCAGGAAACTCACCAAGCTCTCTCTCTCGGGAAACTTCTTCACCGGAGATATAA
CCCCTGGAATCACCAAGCTCAAGGAGCTCAAGACCATAGACCTGTCCAAGAACAGCATCG
CTGGTGAGATACCTCCGAGGATCTCAGGCTTGAGAA

QA 1 276 1 276
DS 

RD RR3DT95TF 711 0 0
GGTGATGGTAAAGAACCATAACAATGGCTTCATCTTCCTTACTACTCATGTCCTTGTTCT
TACTACTTGTTATCCCTTCATCAGTTCTCTCAGCCACTCTTCGATCTGACATTCAAGCTC
TAGAGTCTATCATTCGCAGCATTGATCCAAGTTCCATCTCACCATCCTCTTACCTCAGCA
CATGGGACTTCTCTGAAGACCCCTGTGAAGGCTCAGGGACGTTCTTGGGAGTTATGTGTT
CTTTCACTCTTGAGAACACGACCAGCCGAGTCATAGAGATCGACCTTGACGATGATGGTT
ATTACGGTTTCCTCTCTGAGGCAATAGGGAACCTCACCGAGCTCACTGTACTTAGCCTGA
ACAACAACAGGTTCCGTGGTCCAATACCAGAAACTGTGTTCCAGCTCAGGAAACTCACCA
AGCTCTCTCTCTCGGGAAACTTCTTCACCGGAGATATAACCCCTGGAATCACCAATCTCA
AGGAGCTCAAGACCATAGACCTGTCCAAGAACAGCATCGCTGGTGAGATACCTCCGAGGA
TCTCAGGCTTGAGAAGTTTGACTCACCTGATCCTATCAAACAACCATATAGACGGAAGAA
TACCTTCGCTCAACGGCTTGTGGAAGCTACAAGTGCTAGAACTCGGTAACAACCATCTTT
TCGGAATGCTTCCTAAGCTTCCAACAAGTCTAAGAACTCTATCTCTCTGTT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3FB45TF 787 0 0
GGAT
GGTAAAGAACCATAACAATGGCTTCATCTTCCTTACTACTCATGTCCTTGTTCTTACTAC
TTGTTATCCCTTCATCAGTTCTCTCAGCCACTCTTCGATCTGACATTCAAGCTCTAGAGT
CTATCATTCGCAGCATTGATCCAAGTTCCATCTCACCATCCTCTTACCTCAGCACATGGG
ACTTCTCTGAAGACCCCTGTGAAGGCTCAGGGACGTTCTTGGGAGTTATGTGTTCTTTCA
CTCTTGAGAACACGACCAGCCGAGTCATAGAGATCGACCTTGACGATGATGGTTATGACG
GTTTCCTCTCTGAGGCAATAGGGAACCTCACCGAGCTCACTGTACTTAGCCTGAACAACA
ACAGGTTCCGTGGTCCAATACCAGAAACTGTGTTCCAGCCCAGGAAATTCACCAAGCTCT
CTCTCTCGGGAAACTTCTTCACCGGAGATATAACCCCTGGAATCACCAAGCTCAAGGAGC
TCAAGACCATAGACCTGTCCAAGAACAGCATCGCTGGTGAGATACCTCCGAGGATCTCAG
GCTTGAGAAGTTTGACTCACCTGATACTATCAAACAACCATATAGACGGAAGAATACCTT
CGCTCAACGGCTTGTGGAAGCTACAAGTGCTAGAACTCGGTAACAACCATCTTTTCGGAA
TGCTTCCTAAGCTTCCAACAAGTCTAAGAACTCTATCTCTCTGTTACAATAGCCTTGCAG
GACGTATATCTCC*TTTGCATAGACTAAAACATCT*GTGTCATTAGATGTGAGC
AGACAGATC

QA 5 778 5 778
DS 

RD RR3C465TF 693 0 0
TTACTACTTGTTATCCCTTCATCAGTTCTCTCAGCCACTCTTCGATCTGACATTCAAGCT
CTAGAGTCTATCATTCGCAGCATTGATCCAAGTTCCATCTCACCATCCTCTTACCTCAGC
ACATGGGACTTCTCTGAAGACCCCTGTGAAGGCTCAGGGACGTTCTTGGGAGTTATGTGT
TCTTTCACTCTTGAGAACACGACCAGCCGAGTCATAGAGATCGACCTTGACGATGATGGT
TATGACGGTTTCCTCTCTGAGGCAATAGGGAACCTCACCGAGCTCACTGTACTTAGCCTG
AACAACAACAGGTTCCGTGGTCCAATACCAGAAACTGTGCTCCAGCTCAGGAAACTCACC
AAGCTCTCTCTCTCGGGAAACTTCTTCACCGGAGATATAACCCCTGGAATCACCAAGCTC
AAGGAGCTCAAGACCATAGACCTGTCCAAGAACAGCATCGCTGGTGAGATACCTCCGAGG
ATCTCAGGCTTGAGAAGTTTGACTCACCTGATCCTATCAAACAACCATATAGACGGAAGA
ATACCTTCGCTCAACGGCTTGTGGAAGCTACAAGTGCTAGAACTCGGTAACAACCATCTT
TTCG*AATGCTTCCTAAGCTTCCAACAAGTCTAAGAACTCTATCTCTCTGTTACA*TAGC
CTTGCAG*ACGTATATCTCC*TTTGCATAGACT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3CS63TF 688 0 0
TCCTTGTTCTTACTACTTGTTATCCCTTCATCAGTTCTCTCAGCCACTCTTCGATCTGAC
ATTCAAGCTCTAGAGTCTATCATTCGCAGCATTGATCCAAGTTCCATCTCACCATCCTCT
TACCTCAGCACATGGGACTTCTCTGAAGACCCCTGTGAAGGCTCAGGGACGTTCTTGGGA
GTTATGTGTTCTTTCACTCTTGAGAACACGACCAGCCGAGTCATAGAGATCGACCTTGAC
GATGATGGTTATGACGGTTTCCTCTCTGAGGCAATAGGGAACCTCACCAAGCTCACTGTA
CTTAGCCTGAACAACAACAGGTTCCGTGGTCCAATACCAGAAACTGTGTTCCAGCTCAGG
AAACTCACCAAGCTCTCTCTCTCGGGAAACTTCTTCACCGGAGATATAACCCCTGGAATC
ACCAAGCTCAAGGAGCTCAAGACCATAGACCTGTCCAAGAACAGCATCGCTGGTGAGATA
CCTCCGAGGATCTCAGGCTTGAGAAGTTTGACTCACCTGATCCTATCAAACAACCATATA
GACGGAAGAATACCTTCGCTCAACGGCTTGTGGAAGCTACAAGTGCTAGAACTCGGTAAC
AACCATCTTTTCGGA*TGCTTCCTAAGCTTCCAACAAGTCTAAGAACTCTATCTCTCTGT
TACA*TAGCCTTGC*GGACGTATATCTC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3C465JQ 673 0 0
ATCAGTTCTCTCAGCCACTCTTCGATCTGACATTCAAGCTCTAGAGTCTATCATTCGCAG
CATTGATCCAAGTTCCATCTCACCATCCTCTTACCTCAGCACATGGGACTTCTCTGAAGA
CCCCTGTGAAGGCTCAGGGACGTTCTTGGGAGTTATGTGTTCTTTCACTCTTGAGAACAC
GACCAGCCGAGTCATAGAGATCGACCTTGACGATGATGGTTATGACGGTTTCCTCTCTGA
GGCAATAGGGAACCTCACCGAGCTCACTGTACTTAGCCTGAACAACAACAGGTTCCGTGG
TCCAATACCAGAAACTGTGCTCCAGCTCAGGAAACTCACCAAGCTCTCTCTCTCGGGAAA
CTTCTTCACCGGAGATATAACCCCTGGAATCACCAAGCTCAAGGAGCTCAAGACCATAGA
CCTGTCCAAGAACAGCATCGCTGGTGAGATACCTCCGAGGATCTCAGGCTTGAGAAGTTT
GACTCACCTGATCCTATCAAACAACCATATAGACGGAAGAATACCTTCGCTCAACGGCTT
GTGGAAGCTACAAGTGCTAGAACTCGGTAACAACCATCTTTTCGGAATGCTTCCTAAGCT
TCCAACAAGTCTAAGAACTCTATCTCTCTGTTACAATAGCCTTGCAGGACGTATATCTCC
*TTTGCATAGACT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3BC07TF 745 0 0
G
GTCCTTGTTCTTACTACTTGTTATCCCTTCATCAGTTCTTTCAGCCACTCTTCGATCTGA
CATTCAAGCTCTAGAGTCTATCATTCGCAGCATTGATCCAAGTTCCATCTCACCATCCTC
TTACCTCAGCACATGGGACTTCTCTGAAGACCCCTGTGAAGGCTCAGGGACGTTCTTGGG
AGTTATGTGTTCTTTCACTCTTGAGAACACGACCAGCCGAGTCATAGAGATCGACCTTGA
CGATGATGGTTATGACGGTTTCCTCTCTGAGGCAATAGGGAACCTCACCGAGCTCACTGT
ACTTAGCCTGAACAACAACAGGTTCCGTGGTCCAATACCAGAAACTGTGTTCCAGCTCAG
GAAACTCACCAAGCTCTCTCTCTCGGGAAACTTCTTCACCGGAGATATAACCCCTGGAAT
CACCAAGCTCAAGGAGCTCAAGACCATAGACCTGTCCAAGAACAGCATCGCTGGTGAGAT
ACCTCCGAGGATCTCAGGCTTGAGAAGTTTGACTCACCTGATCCTATCAAACAACCATAT
AGACGGAAGAATACCTTCGCTCAACGGCTTGTGGAAGCTACAAGTGCTAGAACTCGGTAA
CAACCATCTTTTCGGAATGCTTCCTAAGCTTCCAACAAGTCTAAGAACTCTATCTCTCTG
TTACAATAGCCTTGCAGGACGTATATCTCC*TTTACATAGACTAAAACATCTTGTGTCAT
TAGATGTGAGCCAGAACAGATTCT

QA 2 745 2 745
DS 

RD RR3DQ58TF 517 0 0
G
GACCTGTCCAAGAACAGCATCGCTGGTGAGATACCTCCGAGGATCTCAGGCTTGAGAAGT
TTGACTCACCTGATCCTATCAAACAACCATATAGACGGAAGAATACCTTCGCTCAACGGC
TTGTGGAAGCTACAAGTGCTAGAACTCGGTAACAACCATCTTTTCGGAATGCTTCCTAAG
CTTCCAACAAGTCTAAGAACTCTATCTCTCTGTTACAATAGCCTTGCAGGACGTATATCT
CC*TTTGCATAGACTAAAACATCTTGTGTCATTAGATGTGAGCCAGAACAGATTCTCAGG
CACCATTGGCCATGAAATCTTGACGTTTCCAGAGATTTCGCGCATCAATGTGTCTTTTAA
CCAGTTCATATCCATAGAGGTTATTCAGGTTATAGGTATGGAGACACACCTGCGCATCCT
TGACGCTGACGGAAACCATTTACAGGGGCCCCTTCCACTGAACCTGGCTACTTATGGAAA
CTTGAAGGACATCAATCTACGGAGCAACATGTTCTC

QA 2 517 2 517
DS 

RD RR3A673TF 656 0 0
TATCAAACAACCATATAGACGGAAGAATACCTTCGCTCAACGGCTTGTGGAAGCTACAAG
TGCTAGAACTCGGTAACAACCATCTTTTCGGAATGCTTCCTAAGCTTCCAACAAGTCTAA
GAACTCTATCTCTCTGTTACAATAGCCTTGCAGGACGTATATCTCC*TTTGCATAGACTA
AAACATCTTGTGTCATTAGATGTGAGCCAGAACAGATTCTCAGGCACCATTGGCCATGAA
ATCTTGACGTTTCCAGAGATTTCGCGCATCAATGTGTCTTTTAACCAGTTCATATCCATA
GAGGTTATTCAGGTTATAGGTATGGAGACACACCTGCGCATCCTTGACGCTGAAGGAAAC
CATTTACAGGGGCCCCTTCCACTGAACCTGGCTACTTATGGAAACTTGAAGGACATCAAT
CTACGGAGCAACATGTTCTCAGGAGACATTCCAAGGATCTATGGGAAAAGACTTGAGAAC
TCATGGAGAAGCTTGTACTTGGAGAACAACTATCTCACAGGTACACTTCCTGAGGAGTTT
CAGAGAATCTCCAAACGGATCAAAGGAAGCCTTTCGAACAACTGTCTGCAATGTCCTAAG
AATGTTACAATCTGCCAAGGAGTACAGAAGCCGAAATCACAATGCACCAACGCAAT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3FB45JQ 692 0 0
GCTTCCAACAAGTCTAAGAACTCTATCTCTCTGTTACAATAGCCTTGCAGGACGTATATC
TCCCTTTGCATAGACTAAAACATCTTGTGTCATTAGATGTGAGCCAGAACAGATTCTCAG
GCACCATTGGCCATGAAATCTTGACGTTTCCAGAGATTTCGCGCATCAATGTGTCTTTTA
ACCAGTTCATATCCATAGAGGTTATTCAGGTTATAGGTATGGAGACACACCTGCGCATCC
TTGACGCTGAAGGAAACCATTTACAGGGGCCCCTTCCACTGAACCTGGCTACTTATGGAA
ACTTGAAGGACATCAATCTACGGAGCAACATGTTCTCAGGAGACATTCCAAGGATCTATG
GGAAAAGACTTGAGAACTCATGGAGAAGCTTGTACTTGGAGAACAACTATCTCACAGGTA
CACTTCCTGAGGAGTTTCAGAGAATCTCCAAACAGATCAAAGGAAGCCTTTCGAACAACT
GTCTGCAATGTCCTAAGAATGTTACAATCCGCCAAGGAGTACAGAAGCCGAAATCACAAT
GCACCAACGCAATGCAGGAAGAGGGCTTGGGGTAGAGATCATGCCAATGGGAAGCAGTTT
ATAGAAGACAGCATAATCACCAGAGTAAAGTTCATGTCCTTGTATGCTTTTAAATAATGA
TGGTAGAAATGAAGTCTAGAAAAATGACATTC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3F696JQ 161 0 0
TCTGCCAAGGAGTACAGAAGCCGAAATCACAATGCACCAACGCAATGCAGGAAGAGGGCT
TGGGGTAGAGATCATGCCAATGGGAAGCAGTTTATAAAAGACAGCATAATCACCAGAGTA
AAGTTCATGTCCTTGTATGTTTTTAAATAATGATGGTAGAA

QA 1 161 1 161
DS 

RD RR3DQ58JQ 745 0 0
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TCTGCAATGTCCTAAGAATGCTACAATCTGCCAAGGAGTACAGAAGCCGAAATCACAATG
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GGTAGAAATGAAGTCTAGAAAAATGACATTCAAAACAAAATTTTAAAACAGAGATGTGTA
TTTGAGATGACACTTTTCCTTC
ACC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3EB41JQ 679 0 0
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CATTGGCCATGAAATCTTGACGTTTCCAGAGATTTCGCGCATCAATGTGTCTTTTAACCA
GTTCATATCCATAGAGGTTATTCAGGTTATAGGTATGGAGACACACCTGCGCATCCTTGA
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GAGATGACACTTTTCCTTC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3BC07JQ 758 0 0
AAGAACTCTATCTCTCTGTTACAATAGCCTTGCAGGACGTATATCTCC*TTTACATAGAC
TAAAACATCTTGTGTCATTAGATGTGAGCCAGAACAGATTCTCAGGCACCATTGGCCATG
AAATCTTGACGTTTCCAGAGATTTCGCGCATCAATGTGTCTTTTAACCAGTTCATATCCA
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AGAATGTTACAATCTGCCAAGGAGTACAGAAGCCGAAATCACAATGCACCAACGCAATGC
AGGAAGAGGACTTGGGGTAGAGATCATGCCAATGGGAAGCAGTTTATAAAAGACAGCATA
ATCACCAGAGTAAAGTTCATGTCCTTGTATGCTTTTAAATAATGATGGTAGAAATGAAGT
CTAGAAAAATGACATTCAAAACAAAATATTAAAACAGAGATGTGTATTTGAGATGACACT
TTTCCTTCATCATATATGTTTGACATAAGTCTAGACCC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 14

CO CL65Contig1 1562 14 37 U
GTACTGGTGACCAACTTGCTATTGGTAAGGAGACTGGTCGCAGACTTGGAATGGGAACAA
ACATGTACCCATCTTCTGCTCTTCTTGGAAACCACAAGGACGCAAACCTTGCTTCCATCC
CCGTTGAGGAGCTTATCGAAAAGGCTGATGGATTTGCTGGAGTCTTCCCAGAGCACAAGT
ATGAGATCGTCAAGAAGTTGCAGGAGAGGAAGCATATCGTTGGAATGACCGGTGATGGTG
TCAACGACGCTCCTGCTTTGAAGAAGGCTGATATTGGTATCGCTGTGGATGATGCTACCG
ATGCTGCTCGTGGTGCCTCAGATATCGTTCTCACTGAGCCAGGACTCAGCGTTATCATCA
GTGCTGTCCTCACCAGCAGAGCTATTTTCCAGAGAATGAAGAACTACACCATCTATGCAG
TCTCGATCACAATCCGTATCGTGCTTGGTTTCATGCTCATTGCTCTCATATGGGAGTTTG
ACTTCTCAGCATTCATGGTTCTGATCATTGCCATTCTTAACGATGGTACCATCATGACTA
TCTCAAAGGACAGAGTCAAGCCATCTCCCACACCTGATAGCTGGAAACTCAGAGAGATTT
TCGCTACTGGAGTTGTGCTTGGAACCTACCAAGCCATCATGAGTGTTATTTTCTTCTGGC
TGGCACACAAAACCGACTTTTTCTCGGACAAGTTTGGTGTGAGGTCCATCAGAGACAATA
ACAATGAGCTAATGGGTGCGGTGTATCTGCAAGTTAGTATCATTAGTCAGGCTCTCATCT
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CTTTTGTCGTTGCACAACTGGTTGCTACTTTGATTGCTGTGTACGCCAACTGGGAGTTTG
CAAAGGTTAAGGGTATTGGATGGGGATGGGCTGGAGTGATCTGGATATACAGTATTGTAA
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GGCTCAACTTGTTTGAGAACAGGGTTGCTTTGACTAACAAGAAAGATTTTGGAAAAGAAG
AGAGGGAGGCTCAATGGGCAGTTGCTCAGAGAACACTCCACGGTTTGCAGCCAAAAGAAC
CTGTTAACATCATTCCTGAGCAAGGAGGTTACAGAGAGTTGTTTGAGATTGCAGAGCAAG
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AATCCGTCGTGAAGCTAAAGGGTTTGGACATTGAAACTCCCGGACACTACACTGTCTAAG
TCGCAAGCAAAGAAAAAGAAGATACCAAACATGTGATTTGATCCTTTTTTATCCCACCTT
GTTTTTGTTTTTCTTATTCTTCACCACAATCTTAAGGTTATTGTTTGCATAGGGAGAGAG
AGATCTTTGTTTATTTCCATAACTCTTCCCCCATTCCTATTGTTAGTGTTCTTGTTTCTC
TGATATGTAACCAACCTCCTTTAGAAGAATCAAGGCATGCTTTTATATTTGGCATTTTAC
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 5 30 
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60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 0 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
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60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 10 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 0 55 55 55 55 
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10 10 

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TCTCAAAGGACAGAGTCAAGCCATCTCCCACACCTGATAGCTGGAAACTCAGAGAGATTT
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QA 1 766 1 766
DS 

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G
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CCGTATCGTGCTTGGTTTCATGCTCATTGCTCTCATATGGGAGTTTGACTTCTCAGCATT
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TGTGCTTGGAACCTACCAAGCCATCATGAGTGTTATTTTCTTCTGGCTGGCACACAAAAC
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GGGTGCGGTGTATCTGCAAGTTAGTATCATTAGTCAGGCTCTCATCTTTGTCACAAGATC
AAGGAGTTGGTCCTTTGTTGAACGTCCTGGAGTATTACTGATGGTTGCTTTTGTCGTTGC
ACAACTGGTTGCTACTTTGATTGCTGTGTACGCCAACTGGGAGTTTGCAAAGGTTAAGGG
TATTGGATGGGGATGGTCTGGAGTGATCTGGATATACAGTATTGTAACATACGTCCCACA
GGACATTTTCAAGTTTGCCATTAGATACATCTTGAGTGGA

QA 2 641 2 641
DS 

RD RR3H848TF 576 0 0
GAA
TCTCGATCACAATCCGTATCGT*CTTGGTTTCATGCTCATTGCTCTCATATGGGAGTTTG
ACTTCTCAGCATTCATGGTTCTGATCATTGCCATTCTTAACGATGGTACCATCATGACTA
TCTCAAAGGACAGAGTCAAGCCATCTCCCACACCTGATAGCTGGAAACACAGAGAGATTT
TCGCTACTGGAGTTGTGCTTGGAACCTACCAAGCCATCATGAGTGTTATTTTCTTCTGGC
TTGCACACAAAACCGACTTTTTCTCGGACAAGTTTGGTGTGAGGTCCATCACAGACAACA
ACAATGAGCTAATGGGTGCGGTGTATCTGCAAGTTAGTATCATTATTCAGGCTCTCATCT
TTGTCACAAGATCAAGGAGTTGGTCCTTTGTTGAACGTCCTGGAGTGTTACTGATGGTTG
CTTTTGTCGTTGCACAACTGGTTGCTACTTTGATTGCTGTGTACGCCAACTGGGAGTTTG
CAAAGGTTAAGGGTATTGGATGGGGATGGGCTGGAGTGATCTGGATATACAGTATTGTAA
CATACGTCCCACGGGACATTTTCAAGTTTGCCA

QA 4 576 4 576
DS 

RD RR3F380TF 684 0 0
G
TATCTCAAAGGACAGAGTCAAGCCATCTCCCACACTTGATAGCTGGAAACTCAGAGAGAT
TTTCGCTACTGGAGTTGTGCTTGGAACCTACCAAGCCATCATGAGTGTTATTTTCTTCTG
GCTTGCACACAAAACCGACTTTTTCTCGGACAAGTTTGGTGTGAGGTCCATCAGAGACAA
CAACAATGAGCTAATGGGTGCGGTGTATCTGCAAGTTAGTATCATTAGTCAGGCCCTCAT
CTTTGTCACAAGATCAAGGAGTCGGTCCTTTGTTGAACTTCCTGGAGTGTTACTGATGGT
TGCTTTTGTCGTTGCACAACTGGTTGCTACTTTGATTGCTGTGTACGCCAACTGGGAGTT
TGCAAAGGTTAAGGGTATTGGATGGGGATGGGCTGGAGTGATCTGGATATACAGTATTGT
AACATACGTCCCACAGGACATTTTCAAGTTTGCCATTAGATACATCTTGAGTGGAAAGGC
TTGGCTCAACTTGTTTGAGAACAGGGTTGCTTTAACTAACAAGAAAGATTTTGGAAAAGA
AGAGAGGGAGGCTCAATGGGCAGTTGCTCAGAGGACACTTCACGGGTTGCAGCCAAAAGA
ACCTGTTAACATCATTCCTGAGCAAGGAGGTTACAGAGAGTTGTCTGAGATTGCAGA*CA
AGCCAAGA*GAGAGCTGAGATCG

QA 2 684 2 684
DS 

RD RR3AA80TF 777 0 0
CTCGGACAAGTTTGGTGTGAGGTCCATCAGAGACAATAACAATGAGCTAATGGGTGCGGT
GTATCTGCAAGTTAGTATCATTAGTCAGGCTCTCATCTTTGTCACCAGATCAAGGAGTTG
GTCCTTTGTTGAACGTCCTGGAGTATTACTGATGGTTGCTTTTGTCGTTGCACAACTGGT
TGCTACTTTGATTTCTGTGTACGCCAACTGGGAGTTTGCGAAGGTTAAGGGTATTGGATG
GGGATGGGCTGGAGTGATCTGGATATACAGTATTGTAACATACGTCCCACAGGACATTTT
CAAGTTTGCCATTAGATACATCTTGAGTGGAAAGGCTTGGCTCAACTCGTTTGAGAACAG
GGTTGCTTTGACTAACAAGAAAGATTTTGGAAAAGAAGAGAGGGAGGCTCAATGGGCAGT
TGCTCAGAGAACACTCCACGGTTTGCAGCCAAAAGAACCTGTTAACATCATTCCTGAGCA
AGGAGGTTACAGAGAGTTGTCTGAGATTGCAGAGCAAGCCAAGAAGAGAGCTGAGATCGC
CAGGCTTAGGGAGCTGCACACACTCAAGGGACATGTTGAATCCGTCGTGAAGCTAAAGGG
TTTGGACATTGAAACTCCCGGACACTACACTGTCTAAGTCGCAAGCAAAGAAAAAGAAGA
TACCAAACATGTGATTTGATCCTTTTTTATCCCACCTTGTTTTTGTTTTTCTTATTCTTC
ACCACAATCTTAAAGTTATTGTTTGCATAGGGAGAGAGAGATCTTTTTTTATTTCCA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3BD17JQ 818 0 0
AATGGGTGCGGTGTATCTGCAAGTTAGTATCATTAGTCAGGCTCTCATCTTTGTCACAAG
ATCAAGGAGTTGGTCCTTTGTTGAACGTCCTGGAGTATTACTGATGGTTGCTTTTGTCGT
TGCACAACTGGTTGCTACTTTGATTGCTGTGTACGCCAACTGGGAGTTTGCAAAGGTTAA
GGGTATTGGATGGGGATGGGCTGGAGTGATCTGGATATACAGTATTGTAACATACGTCCC
ACAGGACATTTTCAAGTTTGCCATTAGATACATCTTGAGTGGAAAGGCTTGGCTCAACTT
GTTTGAGAACAGGGTTGCTTTGACTAACAAGAAAGATTTTGGAAAAGAAGAGAGGGAGGC
TCAATGGGCAGTTGCTCAGAGAACACTCCACGGTTTGCAGCCAAAAGAACCTGTTAACAT
CATTCCTGAGCAAGGAGGTTACAGAGAGTTGTTTGAGATTGCAGAACAAGCCAAGAAGAG
AGCTGAGATCGCCAGGCTTAGAGAGCTGCACACACTCAAGGGACATGTTGAATCCGTCGT
GAAGCTAAAGGGTTTGGACATTGAAACTCCCGGACACTACACTGTTTAAGTCGCAAGCAA
AGAAAAAGAAGATACCAAACATGTGATTTGATCCTTTTTTATCCCACCTTGTTTTTGTTT
TTTTTATTCTTCACCACAATCTTAAGGTTATTGTTTGCATAGGGAGAGAGAGATCTTTGT
TTATTTCCATAACTCTTCCCCCATTCCTATTGTTAGTGTTCTTGTTTTTTTGATATGTAA
CCAACCTCCTTTAGAAGAATCAAGGCATGCTTTTAT
AG

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3AJ94TF 214 0 0
G
GAAAAAGAAGATACCAAACATGTGATTTGATCCTTTTTTATCCCACCTTGTTTTTGTTTT
TCTTATTCTTCACCACAATCTTAAGGTTATTGTTTGCATAGGGAGAGAGAGATCTTTGTT
TATTTCCATAACTCTTCCCCCATTCCTATTGTTAGTGTTCTTGTTTCTCTGATATGTAAC
CAACCTCCTTTAGAAGAATCAAGGCATGCTTTT

QA 2 214 2 214
DS 

RD RR3AV21JQ 726 0 0
TGGAGTATTACTGATGGTTGCTTTTGTCGTTGCACAACTGGTTGCTACTTTGATTGCTGT
GTACGCCAACTGGGAGTTTGCAAAGGTTAAGGGTATTGGATGGGGATGGGCTGGAGTGAT
CTGGATATACAGTATTGTAACATACGTCCCACAGGACATTTTCAAGTTTGCCATTAGATA
CATCTTGAGTGGAAAGGCTTGGCTCAACTTGTTTGAGAACAGGGTTGCTTTGACTAACAA
GAAAGATTTTGGAAAAGAAGAGAGGGAGGCTCAATGGGCAGTTGCTCAGAGAACACTCCA
CGGTTTGCAGCCAAAAGAACCTGTTAACATCATTCCTGAGCAAGGAGGTTACAGAGAGTT
GTTTGAGATTGCAGAGCAAGCCAAGAAGAGAGCTGAGATCGCCAGGCTTAGTGAGCTGCA
CACACTCAAGGGACATGTTGAATCCGTCGTGAAGCTAAAGGGTTTGGACATTGAAACTCC
CGGACACTACACTGTTTAAGTCGCAAGCAAAGAAAAAGAAGATACCAAACATGTGATTTG
ATCCTTTTTTATCCCACCTTGTTTTTGTTTTTTTTATTTTTCACCACAATCTTAAGGTTA
TTGTTTGCATAGGGAGAGAGAGATCTTTGTTTATTTCCATAACTCTTCCCCCATTCCTAT
TGTTAGTGTTCTTGTTTTTTTGATATGTAACCAACCTCCTTTAGAAGAATCAAGGCATGC
TTTTAT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3CL69JQ 807 0 0
GGTGTATCTGCAAGTTAGTATCATTAGTCAGGCCCTCATCTTTGTCACAAGATCAAGGAG
TTGGTCCTTTGTTGAACGTCCTGGAGTGTTACTGATGGTTGCTTTTGTCGTTGCACAACT
GGTTGCTACTTTGATTGCTGTGTACGCCAACTGGGAGTTTGCAAAGGTTAAGGGTATTGG
ATGGGGATGGGCTGGAGTGATCTGGATATACAGTATTGTAACATACGTCCCACAGGACAT
TTTCAAGTTTGCCATTAGATACATCTTGAGTGGAAAGGCTTGGCTCAACTTGTTTGAGAA
CAGGGTTGCTTTAACTAACAAGAAAGATTTCGTAAAAGAAGAGAGGGAGGCTCAATGGGC
AGTTGCTCAGAGGACACTTCACGGGTTGCAGCCAAAAGAACCTGTTAACAT***TCCTGA
GCAAGGAGGTTACAGAGAGTTGTTTGAGATTGCAGAACAAGCCAAGAAGAGAGCTGAGAT
CGCTAGGCTTAGGGAGCTGCACACACTCAAGGGACGTGTTGAATCCGTCGTGAAGCTAAA
GGGTTTGGACATTGAAACTCCCGGACACTACACTGTTTAAGTCGCAAGCAAAGAAAAAGA
A*ATACCAAACATGTGATTTGATCCTTTTTTATCCCACCTTGTTTTTGTTTTTTTTATTT
TTCACCACAATCTTAAGGTTATTGTTTGCATAGGGAGAGAGAGATCTTTGTTTATTTCCA
TAACTCTTCCCCCATTCCTATTGTTAGTGTTCTTGTTTTTTTGATATGTAACCAACCTCC
TTTAGAAGAATCAAGACATGCTTTTAT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3AV21TF 776 0 0
G
TGGGTGCGGTGTATCTGCAAGTTAGTATCATTAGTCAGGCTCTCATCTTTGTCACAAGAT
CAAGGAGTTGGTCCTTTGTTGAACGTCCTGGAGTATTACTGATGGTTGCTTTTGTCGTTG
CACAACTGGTTGCTACTTTGATTGCTGTGTACGCCAACTGGGAGTTTGCAAAGGTTAAGG
GTATTGGATGGGGATGGGCTGGAGTGATCTGGATATACAGTATTGTAACATACGTCCCAC
AGGACATTTTCAAGTTTGCCATTAGATACATCTTGAGTGGAAAGGCTTGGCTCAACTTGT
TTGAGAACAGGGTTGCTTTGACTAACAAGAAAGATTTTGGAAAAGAAGAGAGGGAGGCTC
AATGGGCAGTTGCTCAGAGAACACTCCACGGTTTGCAGCCAAAAGAACCTGTTAACATCA
TTCCTGAGCAAGGAGGTTACAGAGAGTTGTCTGAGATTGCAGAGCAAGCCAAGAAGAGAG
CTGAGATCGCCAGGCTTAGTGAGCTGCACACACTCAAGGGACATGTTGAATCCGTCGTGA
AGCTAAAGGGTTTGGACATTGAAACTCCCGGACACTACACTGTCTAAGTCGCAAGCAAAG
AAAAAGAAGATACCAAACATGTGATTTGATCCTTTTTTATCCCACCTTGTTTTTGTTTTT
CTTATTCTTCACCACAATCTTAAAGTTATTGTTTGCATAGGGAGAGAGAGATCTTTGTTT
ATTTCCATAACTCTTCCCCCATTCCTATTGTTAGTGTTCTTGTTTCTCTGATATG

QA 2 776 2 776
DS 

RD RR3H848JQ 658 0 0
CAAAGGTTAAGGGTATTGGATGGGGATGGGCTGGAGTGATCTGGATATACAGTATTGTAA
CATACGTCCCACGGGACATTTTCAAGTTTGCCATTAGATACATCTTGAGTGGAAAGGCTT
GGCTCAACTTGTTTGAGAACAGGGTTGCTTTAACTAACAAGAAAGATTTTGGAAAAGAAG
AGAGGGAGGCTCAATGGGCAGTTGCTCAGAGAACACTTCACGGCTTGCAGCCAAAAGAAC
CTGTTAACATCATTCCTGAGCAAGGAGGTTACAGAGAGTTGTTTGAGATTGCAGAGCAAG
CCAAGAAGAGAGCTGAGATCGCTAGGCTTAGGGAGCTGCACACACTCAAGGGACATGTTG
AATCAGTCGTGAAGCTAAAGGGTTTGGACATTGAAACTCCCGGACACTACACTGTTTAAG
TCGCAAGCAAAGAAAAAGAA*ATACCAAACATGTGATTTGATCCTTTTTTATCCCACCTT
GTTTTTGTTTTTTTTATTCTTCACCACAATCTTAAGGCTATTGTTTGCATAGGGAGAGAG
AGATCTTTGTTTATTTCCATAACTCTTCCCCCATTCCTATTGTTAGTGTTCTTGTTTTTT
TGATATGTAACCAACCTCCTTTAGAAGAATCAAGACATGCTTTTATATTTGGCATTTT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3GB01TF 614 0 0
G
GGAGTGATCTGGATATACAGTATTGTAACATACGTCCCACAGGACATTTTCAAGTTTGCC
ATTAGATACATCTTTAGTGGAAAGGCTTGGCTCAACTTGTTTGAGAACAGGGTTGCTTTA
ACTAACAAGAAAGATTTTGGAAAAGAAGAGAGGGAGGCTCAATGGGCAGTTGCTCAGAGA
ACACTTCACGGCTTGCAGCCAAAAGAACCTGTTAACATCATTCCTGAGCAAGGAGGTTAC
AGAGAGTTGTCTGAGATTGCAGAGCAAGCCAAGAAGAGAGCTGAGATCGCTAGGCTTAGG
GAGCTGCACACACTCAAGGGACATGTTGAATCAGTCGTGAAGCTAAAGGGTTTGGACATT
GAAACTCCCGGACACTACACTGTCTAAGTCTCAAGCAAAGAAAAAGAA*ATACCAAACAT
GTGATTTGATCCTTTTTTATCCTACCTTGTTTTTGTTTTTCTTATTCTTCACCACAATCT
TAAGGTTATTGTTTGCATAGGGAGAGAGAGATCTTTGTTTATTTCCATAACTCTTCCCCC
ATTCCTATTGTTAGTGTTCTTGTTTCTCTGATATGTAACCAACCTCCTTTAGAAGAATCA
AGACATGCTTTTA

QA 2 614 2 614
DS 

RD RR3F380JQ 319 0 0
GATTGCAGAACAAGCCAAGAAGAGAGCTGAGATCGCTAGGCTTAGGGAGCTGCACACACT
CAAGGGACATGTTGAATCCGTCGTGAAGCTAAAGGGTTTGGACATTGAAACTCCCGGACA
CTACACTGTCTAAGTCGCAAGCAAAGAAAAAGAA*ATACCAAACATGTGATTTGATCCTT
TTTTATCCCACCTTGTTTTTGTTTTTCCTATTCTTCACCACAATCTTAAGGTTATTGTTT
GCATAGGGAGAGAGAGATCTTTGTTTATTTCCATAATTCTTCCCCCATTCCTATTGTTAG
TGTTCTTGTTTCTCTGATA

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR3CH52JQ 555 0 0
AGTGGAAAGGCTTGGCTCAACTTGTTTGAGAACAGGGTTGCTTTGACTAACAAGAAAGAT
TTTGGAAAAGAAGAGAGGGAGGCTCAATGGGCAGTTGCTCAGAGAACACTCCACGGTTTG
CAGCCAAAAGAACCTGTTAACATCATTCCTGAGCAAGGAGGTTACAGAGAGTTGTTTGAG
ATTGCAGAGCAAGCCAAGAAGAGAGCTGAGATCGCCAGGCTTAGGGAGCTGCACACACTC
AAGGGACATGTTGAATCCGTCGTGAAGCTAAAGGGTTTGGACATTGAAACTCCCGGACAC
TACACTGTTTAAGTCGCAAGCAAAGAAAAAGAAGATACCAAACATGTGATTTGATCCTTT
TTTATCCC*CCTTGTTTTTGTTTTTTTTATTTTTCACCACAATTTTAAGGTTATTGTTTG
CATAGGGAGAGAGAGACCTTTGTTTATTTCCATAATTTTTCCCCCATTCCTATTGTTAGT
GTTTTTGTTTTTTTGATATGTAACCAACCTCCTTTAGAAGAATCAAGGCATGCTTTTATA
TTTGGCATTTTACTC

QA 1 555 1 555
DS 



AS 3 14

CO CL66Contig1 777 2 6 U
GGGATCTCAGAAGAGGATGGCTTCACTTACTTCTATTGCCACCACCCCTTATCGCAGCTC
AAGCTATCCATCTTCGTCGCAAGCTTTACGTGTCAAACTCACCGGAAACACTCTGTTCTC
AGCTGGAGTTAGATCCCCTGCTTCTTCTTCTTCATCATCGTTTCTGACTATTCGAAGCGC
TGCAACAAAACCTGACAAACCAGCAGCTGAAGTCGATTGGAGACAGAAGAGAGAGCTTCT
ACTGGAGAAAAGGGTGAGAAGTGTGGACGTGAAGGAAGCTCTGCGGTTACAGAAGGAGAA
CAACTTTGTGATTCTCGATGTTAGACCAGAGGCTGAGTACAAGGAGGGGCATCCTCCGGG
AGCTATCAATGTGGAGATGTACAGACTGATAAGGGAATGGACGCCATGGGACATAGCTCG
TCGTCTTGGATTTGCATTCTTCGGTATCTTCTCTGGCACAGAAGAGAATCCAGAGTTTAT
CCAAAGTGTAGAAGCTAAACTTGACAAAGAGGTAAAGATAATAGTAGCTTGTTCATCCGC
AGGGACTATGAAGCCGACTCAGAATCTCCCTGAAGGCCAACAATCTAGGTCTCTCATAGC
TGCTTATGTTCTGGTCCTGAACGGCTATAAGAACGTATTTCACCTTGAAGAAGGAATCTA
CACATGGAGCAAGGAAAGCCTTCCTATTGAATCTGAAGAAGACTAACTTCTCCTCTCACG
TCTTATATCCAGTTTTGTATCTCTGTCGAATTCAGTAGTGGCATTTAGAGGTTGGCT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB78TF U 1
AF RR3C275TF U 2
BS 1 650 RR3AB78TF
BS 651 651 RR3C275TF
BS 652 666 RR3AB78TF
BS 667 667 RR3C275TF
BS 668 751 RR3AB78TF
BS 752 777 RR3C275TF

RD RR3AB78TF 751 0 0
GGGATCTCAGAAGAGGATGGCTTCACTTACTTCTATTGCCACCACCCCTTATCGCAGCTC
AAGCTATCCATCTTCGTCGCAAGCTTTACGTGTCAAACTCACCGGAAACACTCTGTTCTC
AGCTGGAGTTAGATCCCCTGCTTCTTCTTCTTCATCATCGTTTCTGACTATTCGAAGCGC
TGCAACAAAACCTGACAAACCAGCAGCTGAAGTCGATTGGAGACAGAAGAGAGAGCTTCT
ACTGGAGAAAAGGGTGAGAAGTGTGGACGTGAAGGAAGCTCTGCGGTTACAGAAGGAGAA
CAACTTTGTGATTCTCGATGTTAGACCAGAGGCTGAGTACAAGGAGGGGCATCCTCCGGG
AGCTATCAATGTGGAGATGTACAGACTGATAAGGGAATGGACGCCATGGGACATAGCTCG
TCGTCTTGGATTTGCATTCTTCGGTATCTTCTCTGGCACAGAAGAGAATCCAGAGTTTAT
CCAAAGTGTAGAAGCTAAACTTGACAAAGAGGTAAAGATAATAGTAGCTTGTTCATCCGC
AGGGACTATGAAGCCGACTCAGAATCTCCCTGAAGGCCAACAATCTAGGTCTCTCATAGC
TGCTTATGTTCTGGTCCTGAACGGCTATAAGAACGTATTTCACCTTGAAGGAGGAATCTA
CACATGTAGCAAGGAAAGCCTTCCTATTGAATCTGAAGAAGACTAACTTCTCCTCTCACG
TCTTATATCCAGTTTTGTATCTCTGTCGAAT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3C275TF 776 0 0
GG
ATCTCAGAAGAGGATGGCTTCACTTACTTCTATTGCCACCACCCCTTATCGCAGCTCAAG
CTATCCATCTTCGTCGCAAGCTTTACGTGTCAAACTCACCGGAAACACTCTGTTCTCAGC
TGGAGTTAGATCCCCTGCTTCTTCTTCTTCATCATCGTTTCTGACTATTCGAAGCGCTGC
AACGAAACCTGACAAACCAGCAGCTGAAGTCGATTGGAGACAGAAGAGAGAGCTTCTACT
GGAGAAAAGGGTGAGAAGTGTGGACGTGAAGGAAGCTCTGCGGTTACAGAAGGAGAACAA
CTTTGTGATTCTCGATGTTAGACCAGAGGCTGAGTACAAGGAGGGGCATCCTCCGGGAGC
TATCAATGTGGAGATGTACAGACTGATAAGGGAATGGACGCCATGGGACATAGCTCGTCG
TCTTGGATTTGCATTCTTCGGTATCTTCTCTGGCACAGAAGAGAATCCAGAGTTTATCCA
AAGTGTAGAAGCTAAACTTGACAAAGAGGTAAAGATAATAGTAGCTTGTTCATCCGCAGG
GACTATGAAGCCGACTCAGAATCTCCCTGAAGGCCAACAATCTAGGTCTCTCATAGCTGC
TTATGTTCTGGTCCTGAATGGCTATAAGAACGTATTTCACCTTGAAGA**GAATCTACAC
ATGGAGCAAGGAA*GCCT*CCTATTGAATCTGAG**AGACTAACTTCTCCTCTCA*GTCT
TATATCCAGTTT*GTATCTCTGTCGAATTCAGTAGTGGCATTTAGAGGTTGGCT

QA 3 776 3 776
DS 



CO CL66Contig2 963 3 19 U
GATCAAAGTTGTCTGGATTCTGGTTTACTTTTCATTGGTAAATGTCTGAAGTTTTACAAA
CTTAAAAACACATTCTGGAAAAGCCAAACCTCTAAATGCCACTACCTGAATTCGACAGAG
AAACAAAACTGGATATAAGACCTGAGAGGAGAAGTTAGTCTTCTTCAGATTCAATAGGAA
GGCCTTCCTTGCTCCATGTGTAGATTCCACCTTCAAGGTGAAATAAGTTCTTATAGCCGT
TCAGGACCAGAACATAAGCAGCTATGAGAGACCTAGATTGTTGGCCTTCAGGGAGATTCT
GAGTCGGCTTCATAGTCCCTGCGGAAGAACAAGCTACTATTATCTTTACCTCTTTGTCAA
GTTTAGCTTCTACACTTTGGATAAACTCTGGATTCTCTTCTGTGCCAGAAAAGATACCGA
AGAAAGCAAATCCAAGACGACGAGCTATGTCCCATGGCGTCCATTCCCGTATCAGCCTGT
ACATCTCCACATTGATAGCTCCCGGAGGATGACCCTCCTTGTACTCAGCCTCTGGTCTAA
CATCAAGAATCACAAAGTTGTTCTCTTTCTGTAACCGTAGAGCTTCCTTCACGTCCACAC
TTCTCACCCTTTTCTCCAGTAGAAGCTCTCTCTTCTGTCTCCAATCGACTTCAGCTAATC
CCTCCAAGAGACACAACACCAGCAAAAACAAGGGGGTTAATAATCTAAACTTTCACATTT
CAGTATAATATCATTTACACGAACGAGTGTTTGTGTACCTGCTGGTTTGTCAGGTTTCGT
TGCAGCGCTTCGAATAGTCAGAAGCGATGATGAAGAAGAAGAAGCAGGGGATCTAACTCC
AGCTGAGAACAGAGTGTTTCCGGCGAGTTTGACACGTAAAGCTTGCGACGAAGATGGATA
ACTTGAGCTGCGATAAGGGGTGGCAATAGAAGTAAGTGAAGCCATCTTCTTCTGAGATAT
CCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3FI52JQ U 1
AF RR3FS52JQ U 1
AF RR3FS52TF C 684
BS 1 26 RR3FI52JQ
BS 27 27 RR3FS52JQ
BS 28 121 RR3FI52JQ
BS 122 122 RR3FS52JQ
BS 123 208 RR3FI52JQ
BS 209 209 RR3FS52JQ
BS 210 325 RR3FI52JQ
BS 326 326 RR3FS52JQ
BS 327 424 RR3FI52JQ
BS 425 425 RR3FS52JQ
BS 426 450 RR3FI52JQ
BS 451 451 RR3FS52JQ
BS 452 468 RR3FI52JQ
BS 469 469 RR3FS52JQ
BS 470 475 RR3FI52JQ
BS 476 476 RR3FS52JQ
BS 477 503 RR3FI52JQ
BS 504 751 RR3FS52JQ
BS 752 963 RR3FS52TF

RD RR3FI52JQ 503 0 0
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CTTAAAAACACATTCTGGAAAAGCCAAACCTCTAAATGCCACTACCTGAATTCGACAGAG
ATACAAAACTGGATATAAGACCTGAGAGGAGAAGTTAGTCTTCTTCAGATTCAATAGGAA
GGCCTTCCTTGCTCCATGTGTAGATTCCTCCTTCAAGGTGAAATAAGTTCTTATAGCCGT
TCAGGACCAGAACATAAGCAGCTATGAGAGACCTAGATTGTTGGCCTTCAGGGAGATTCT
GAGTCGGCTTCATAGTCCCTGCGGATGAACAAGCTACTATTATCTTTACCTCTTTGTCAA
GTTTAGCTTCTACACTTTGGATAAACTCTGGATTCTCTTCTGTGCCAGAAAAGATACCGA
AGAATGCAAATCCAAGACGACGAGCTATGTTCCATGGCGTCCATTCCCTTATCAGTCTGT
ACATCTCCACATTGATAGCTCCC

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR3FS52JQ 751 0 0
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CTTTTAAACACATTCTGGAAAAGCCAAACCTCTAAATGCCACTACCTGAATTCGACAGAG
AAACAAAACTGGATATAAGACCTGAGAGGAGAAGTTAGTCTTCTTCAGATTCAATAGGAA
GGCCTTCCTTGCTCCATGTGTAGATTCCACCTTCAAGGTGGAATACGTTCTTATAGCCGT
TCAGGACCAGAACATAAGCAGCTATGAGAGACCTAGATTGTTGGCCTTCAGGGAGATTCT
GAGTCGGCTTCATAGTCCCTGCGGAAGAACAAGCTACTATTATCTTTGCCTCTTTGTCAA
GTTTAGCTTCTACACTTTTGATAAACTCTGGATTCTCTTCTGTGCCAGAGAAGATACCGA
AGAAAGCAAATCCAAGACGACGAGCTATGTCCCATGGCGTCCATTCTCGTATCAGCCTGT
ACATCTCCACATTGATAGCTCCCGGAGGATGACCCTCCTTGTACTCAGCCTCTGGTCTAA
CATCAAGAATCACAAAGTTGTTCTCTTTCTGTAACCGTAGAGCTTCCTTCACGTCCACAC
TTCTCACCCTTTTCTCCAGTAGAAGCTCTCTCTTCTGTCTCCAATCGACTTCAGCTAATC
CCTCCAAGAGACACAACACCAGCAAAAACAAGGGGGTTAATAATCTAAACTTTCACATTT
CAGTATAATATCATTTACACGAACGAGTGTT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3FS52TF 280 0 0
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CGAGTGTTTGTGTACCTGCTGGTTTGTCAGGTTTCGTTGCAGCGCTTCGAATAGTCAGAA
GCGATGATGAAGAAGAAGAAGCAGGGGATCTAACTCCAGCTGAGAACAGAGTGTTTCCGG
CGAGTTTGACACGTAAAGCTTGCGACGAAGATGGATAACTTGAGCTGCGATAAGGGGTGG
CAATAGAAGTAAGTGAAGCCATCTTCTTCTGAGATATCCC

QA 1 280 1 280
DS 



CO CL66Contig3 941 9 12 U
GGAATGAATAGTTTGGTCATTGATCAAAGTTGTCTGGATTCTGGTTTACTTTTCATTGGT
AAATGTCTGAAGTTTTACAAACTTTTAAACACATTCTGGAAAAGCCAAACCTCTAAATGC
CACTACCTGAATTCGACAGAGAAACAAAACTGGATATAAGACCTGAGAGGAGAAGTTAGT
CTTCTTCAGATTCAATAGGAAGGCCTTCCTTGCTCCATGTGTAGATTCCACCTTCAAGGT
GGAATACGTTCTTATAGCCGTTCAGGACCAGAACATAAGCAGCTATGAGAGACCTAGATT
GTTGGCCTTCAGGGAGATTCTGAGTCGGCTTCATAGTCCCTGCGGAAGAACAAGCTACTA
TTATCTTTGCCTCTTTGTCAAGTTTAGCTTCTACACTTTTGATAAACTCTGGATTCTCTT
CTGTGCCAGAGAAGATACCGAAGAAAGCAAATCCAAGACGACGAGCTATGTCCCATGGCG
TCCATTCTCGTATCAGCCTGTACATCTCCACATTGATAGCTCCCGGAGGATGACCCTCCT
TGTACTCAGCCTCTGGTCTAACATCAAGAATCACAAAGTTGTTCTCTTTCTGTAACCGTA
GAGCTTCCTTCACGTCCACACTTCTCACCCTTTTCTCCAGTAGAAGCTCTCTCTTCTGTC
TCCAATCGACTTCAGCTGCTGGTTTGTCAGGTTTCGTTGCAGCGCTTCGAATAGTCAGAA
GCGATGATGAAGAAGAAGAAGAAGCAGGGGATCTAACTCCAGCTGAGAACAGAGTGTTTC
CGGCGAGTTTGACACGTAAAGCTTGCGACGAAGATGGATAACTTGAGCTGCGATAAGGGG
TGGCAATAGAAGTAAGTGAAGCCATCTTCTTCTGAGATATTTTTTTTGCTGGAAAATGAG
AGAATTTAAATGCAGGATGATGGAAAGACAGAAAGAGACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 25 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 40 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT38JQ U 1
AF RR3D767JQ U 15
AF RR3GI42TF C 230
AF RR3AB78JQ U 32
AF RR3FV04JQ U 22
AF RR3GI42JQ U 221
AF RR3AA75JQ U 35
AF RR3AA75TF C 133
AF RR3D767TF C 311
BS 1 86 RR3FT38JQ
BS 87 87 RR3D767JQ
BS 88 263 RR3FT38JQ
BS 264 264 RR3D767JQ
BS 265 462 RR3FT38JQ
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BS 464 698 RR3FT38JQ
BS 699 724 RR3FV04JQ
BS 725 740 RR3AA75JQ
BS 741 743 RR3D767TF
BS 744 878 RR3AA75TF
BS 879 941 RR3D767TF

RD RR3FT38JQ 698 0 0
GGAATGAATAGTTTGGTCATTGATCAAAGTTGTCTGGATTCTGGTTTACTTTTCATTGGT
AAATGTCTGAAGTTTTACAAACTTTTGAACACATTCTGGAAAAGCCAAACCTCTAAATGC
CACTACCTGAATTCGACAGAGAAACAAAACTGGATATAAGACCTGAGAGGAGAAGTTAGT
CTTCTTCAGATTCAATAGGAAGGCCTTCCTTGCTCCATGTGTAGATTCCACCTTCAAGGT
GGAATACGTTCTTATAGCCGTTCGGGACCAGAACATAAGCAGCTATGAGAGACCTAGATT
GTTGGCCTTCAGGGAGATTCTGAGTCGGCTTCATAGTCCCTGCGGAAGAACAAGCTACTA
TTATCTTTGCCTCTTTGTCAAGTTTAGCTTCTACACTTTTGATAAACTCTGGATTCTCTT
CTGTGCCAGAGAAGATACCGAAGAAAGCAAATCCAAGACGACAAGCTATGTCCCATGGCG
TCCATTCTCGTATCAGCCTGTACATCTCCACATTGATAGCTCCCGGAGGATGACCCTCCT
TGTACTCAGCCTCTGGTCTAACATCAAGAATCACAAAGTTGTTCTCTTTCTGTAACCGTA
GAGCTTCCTTCACGTCCACACTTCTCACCCTTTTCTCCAGTAGAAGCTCTCTCTTCTGTC
TCCAATCGACTTCAGCTGCTGGTTTGTCAGGTTTCGTT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3D767JQ 672 0 0
GGTCATT
GATCAAAGTTGTCTGGATTCTGGCTTACTTTTCATTGGTAAATGTCTGAAGTTTTACAAA
CTTTTAAACACATTCTGGAAAAGCCAAACCTCTAAATGCCACTACCTGAATTCGACAGAG
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GGCCTTCCTTGCTCCATGTGTAGATTCCACCTTCAAGGTGGAATACGTTCTTATAGCCGT
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GAGTCGGCTTCATAGTCCCTGCGGAAGAACAAGCTACTATTATCTTTGCCTCTTTGTCAA
GTTTAGCTTCTACACTTTTGATAAACTCTGGATTCTCTTCTGTGCCAGAGAAGATACCGA
AGAAAGCAAATCCAAGACGACGAGCTATGTCCCATGGCGTCCATTCTCGTATCAGCCTGT
ACATCTCCACATTGATAGCTCCCGGAGGATGACCCTCCTTGTACTCAGCCTCTGGTCTAA
CATCAAGAATCACAAAGTTGTTCTCTTTCTGTAACCGTAGAGCTTCCTTCACGTCCACAC
TTCTCACCCTTTTCTCCAGTAGAAGCTCTCTCTTCTGTCTCCAATCGACTTCAGCTGCTG
GTTTG

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ATTGTTGGCCTTCAGGGAGATTCTGAGTCGGCTTCATAGTCCCTGCGGAAGAACAAGCTA
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CTTCTGTGCCAGAGAAGATACCGAAGAAAGCAAATCCAAGACGACGAGCTATGTCCCATG
GCGTCCATTCTCGTATCAGCCTGTACATCTCCACATTGATAGCTCCCGGAGGATGACCCT
CCTTGTACTCAGCCTCTGGTCTAACATCAAGAATCACAAAGCTGTTCTCTTTCTGTAACC
GTAGAGCTTCCTTCACGTCCACACTTCTCACCCTTTTCTCCAGTAGAAGCTCTCTCTTCT
GTCTCCAATCGACTTCAGCTGCTGGTT

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CATTCTGGAAAAGCCAAACCTCTAAATGCCACTACCTGAATTCGACAGAGATACAAAACT
GGATATAAGACCTGAGAGGAGAAGTTAGTCTTCTTCAGATTCAATAGGAAGGCCTTCCTT
GCTACATGTGTAGATTCCTCCTTCAAGGTGAAATACGTTCTTATAGCCGTTCAGGACCAG
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CATAGTCCCTGCGGATGAACAAGCTACTATTATCTTTACCTCTTTGTCAAGTTTAGCTTC
TACACTTTGGATAAACTCTGGATTCTCTTCTGTGCCAGAGAAGATACCGAAGAATGCAAA
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ATTGATAGCTCCCGGAGGATGCCCCTCCTTGTACTCAGCCTCTGGTCTAACATCGAGAAT
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TTTCTCCAGTAGAAGCTCTCTCTTCTGTCTCCAATCGACTTCAGCTGCTGGTTTGTCAGG
TTTTGTTGCAGCGCT

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DS 

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GG
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TTTAAACACATTCTGGAAAAGCCAAACCTCTAAATGCCACTACCTGAATTCGACAGAGAA
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CCTTCCTTGCTCCATGTGTAGATTCCACCTTCAAGGTGGAATACGTTCTTATAGCCGTTC
AGGACCAGAACATAAGCAGCTATGAGAGACCTAGATTGTTGGCCTTCAGGGAGATTCTGA
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CTCACCCTTTTCTCCAGTAGAAGCTCTCTCTTCTGTCTCCAATCGACTTCAGCTGCTGGT
TTGTCAGGTTTCGTTGCAGCGCTTCGAATAGTCAGAAGCGA

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DS 

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AGCTATGAGAGACCTAGATTGTTGGCCTTCAGGGAGATTCTGAGTCGGCTTCATAGTCCC
TGCGGAAGAACAAGCTACTATTATCTTTGCCTCTTTGTCAAGTTTAGCTTCTACACTTTT
GATAAACTCTGGATTCTCTTCTGTGCCAGAAAAGATACCGAAGAAAGCAAATCCAAGACG
ACGAGCTATGTCCCATGGCGTCCATTCTCGTATCAGCCTGTACATCTCCACATTGATAGC
TCCCGGAGGATGACCCTCCTTGTACTCAGCCTCTGGTCTAACATCAAGAATCACAAAGCT
GTTCTCTTTCTGTAACCGTAGAGCTTCCTTCACGTCCACACTTCTCACCCTTTTCTCCAG
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AGCGCTTCGAATAGTCAGAAGCGA

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DS 

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C
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CTGGAAAAGCCAAACCTCTAAATGCCACTACCTGAATTCGACAGAGAAACGAAACTGGAT
ATAAGACCTGAGAGGAGAAGTTAGTCTTCTTCAGATTCAATAGGAAGGCCTTCCTTGCTC
CATGTGTAGATTCCACCTTCAAGGTGGAATACGTTCTTATAGCCGTTCAGGACCAGAACA
TAAGCAGCTATGAGAGACCTAGATTGTTGGCCTTCAGGGAGATTCCGAGTCGGCTTCATA
GTCCCTGCGGAAGAACAAGCTACTATTATCTTTGCCTCTTTGTCAAGTTTAGCTTCTACA
CTTTTGATAAACTCTGGATTCTCTTCTGTGCCAGAGAAGATACCGAAGAAAGCAAATCCA
AGACGACGAGCTATGTCCCATGGCGTCCATTCTCGTATCAGCCTGTACATCTCCACATTG
ATAGCTCCCGGAGGATGACCCTCATTGTACTCAGCCTCTGGTCTAACATCAAGAATCACA
AAGTTGTTCTCTTTCTGTAACCATAGAGCTTCCTTCACGTCCACACTTCTCACCCTTTTC
TCCAGTAGAAGCTCTCTCTTCTGTCTCCAATCGACTTCAGCTGCTGGTTTGTCAGGTTTC
GTTGCAGCGCTTCGAATAGTCAGAAGCGATGATGAAGAAGAAGAA

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DS 

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CAATAGGAAGGCCTTCCTTGCTCCATGTGTAGATTCCACCTTCAAGGTGGAATACGTTCT
TATAGCCGTTCAGGACCAGAACATAAGCAGCTATGAGAGACCTAGATTGTTGGCCTTCAG
GGAGATTCCGAGTCGGCTTCATAGTCCCTGCGGAAGAACAAGCTACTATTATCTTTGCCT
CTTTGTCAAGTTTAGCTTCTACACTTTTGATAAACTCTGGATTCTCTTCTGTGCCAGAGA
AGATACCGAAGAAAGCAAATCCAAGACGACGAGCTATGTCCCATGGCGTCCATTCTCGTA
TCAGCCTGTACATCTCCACATTGATAGCTCCCGGAGGATGACCCTCATTGTACTCAGCCT
CTGGTCTAACATCAAGAATCACAAAGTTGTTCTCTTTCTGTAACCATAGAGCTTCCTTCA
CGTCCACACTTCTCACCCTTTTCTCCAGTAGAAGCTCTCTCTTCTGTCTCCAATCGACTT
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AAGAAGAA***GCAGGGGATCTAACTCCAGCTGAGAACAGAGTGTTTCCGGCGAGTTTGA
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TAAGTGAAGCCATCTTCTTCTGAGAT
CCCCT

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DS 

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CTCTTTGTCAAGTTTAGCTTCTACACTTTTGATAAACTCTGGATTCTCTTCTGTGCCAGA
GAAGATACCGAAGAAAGCAAATCCAAGACGACGAGCTATGTCCCATGGCGTCCATTCTCG
TATCAGCCTGTACATCTCCACATTGATAGCTCCCGGAGGATGACCCTCCTTGTACTCAGC
CTCTGGTCTAACATCAAGAATCACAAAGTTGTTCTCTTTCTGTAACCGTAGAGCTTCCTT
CACGTCCACACTTCTCACCCTTTTCTCCAGTAGAAGCTCTCTCTTCTGTCTCCAATCGAC
TTCAGCTGCTGGTTTGTCAGGCTTCGTTGCAGCGCTTCGAATAGTCAGAAGCGATGATGA
AGAAGAAGAAGAAGCAGGGGATCTAACTCCAGCTGAGAACAGAGTGTTTCCGGCGAGTTT
GACACGTAAAGCTTGCGACGAAGATGGATAACTTGAGCTGCGATAAGGGGTGGCAATAGA
AGTAAGTGAAGCCATCTTCTTCTGAGATATTTTTTTTGCTGGAAAATGAGAGAATTTAAA
TGCAGGATGATGGAAAGACAGAAAGAGACCC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 2 12

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GGAGACGTGTAAACCAAACGAACCATCGAAGGTTTCGTGAGGAAGCAGGAAGATGAAGTC
GGCAGTTGCACATTTCTCAACGCCTTTAATCACGGCTAGATTCTTCCCTACAA***CATG
TCTTATTCATCCACAATCGATCTCCACCGTCGCTCTCTCCGCCCTCCGCAATCGAAAGTC
GTCTTCTCTTACCGTGATGGCCTCAGCAGCTCAGTCTTCTTCTCAGGCTGTATCACCAGG
GAATGTCAGCAGTGAGACAGATGTTTTCAAATTGATTCAAGCTCATGAGGCGAAGGCTGC
TCGTCTTTCTCCTGTTGAGGAAATCCGAACTGTGCTTAACGGTAGTGTTTGTGGTATGCT
TTCCACTTTCTCTCAGAAGTATAAGGGTTATCCTTCAGGCTCAATGGTTGATTTTGCATG
TGATGCTGATGGATCTCCCATTCTTGCAGTCAGTAGCCTGGCTGTCCATACAAAGGATCT
GTTAGCTAATCCAAAATGCTCGCTACTGGTTGCTAGAGAGCCAGAAGATAGGACCGGTTT
GAGGATCACCCTACATGGTGATGCAGTGTTGGTTTCTGACAAAGATCAAGCGGCTGTTCG
ATCTGCCTATTTAGCCAAGCATCCCAATGCTTTCTGGGTTGATTTTGGAGACTTCAGCTT
TATGCGAATTGAACCAAAAGTTGTGAGATTTGTTTCAGGGGTTGCAACTGCTTTTCTTGG
ATCTGGAGAATTCAGCAAAGAGGAGTACCAAGGAGCCAAAGTCGATCCTATCGCTCAGTT
TGCAAAGCCTGTAACGTCACACATGAACAAAGACCATGAAGAGGATACCAAAGCTATTGT
ACACCAAGACAGAAAGGACGTCAAGACACTATAGTTGAAATGCTTCAAGCTGCTAAGTCT
GTTTCCAATTAGTTTTGCTAAAATAAAGATGTAAAAAACTTCATGTCTTGTTCTGAACCC
GCTCCCAAGATCTGTGAATATATTAAGACTAGAACAAAACTAGATACATGAAAAAGGGAA
CTCATGTATGCTTATTACAC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX06TF U 91
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AF RR3EI11TF U 2
AF RR3G418TF U 62
AF RR3A857TF U 3
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AF RR3H611JQ C 345
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RD RR3EX06TF 211 0 0
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CGCTCTCTCCGCCCTCCGCAGTCGAAAGTCGTCTTCTCTTACCGTGATGGCCTCAGCAGC
TCA*TCTTCTTCTCAGGCTGTATCACCAGGGAATGTCAGCA*TGATCAAGATGTTTTCAA
*TTGATTCAAGCTCATGAGGCGAAG
CTGCTC

QA 1 205 1 205
DS 

RD RR3DF37TF 693 0 0
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GGCAGTTGCACATTTCTCAACGCCTTTAATCACGGCTAGATTCTTCCCTACAA***CATG
TCTTATTCATCCACAATCGATCTCCACCGTCGCTCTCTCCGCCCTCCGCAATCGAAAGTC
GTCTTCTCTTACCGTGATGGCCTCAGCAGCTCAGTCTTCTTCTCAGGCTGTATCACCAGG
GAATGTCAGCAGTGAGACAGATGTTTTCAAATTGATTCAAGCTCATGAGGCGAAGGCTGC
TCGCCTTTCTCCTGTTGAGGAAATCCGAACTGTGCTTAACGGTAGTGTTTGTGGTATGCT
TTCCACTTTCTCTCAGAAGTATAAGGGTTATCCTTCAGGCTCAATGGTTGATTTTGCATG
TGATGCTGATGGATCTCCCATTCTTGCAGTCAGTAGCCTGGCTGTCCATACAAAGGATCT
GTTAGCTAATCCAAAATGCTCGCTACTGGTTGCTAGAGAGCCAGAAGATAGGACCGGTTT
GAGGATCACCCTACATGGTGATGCAGTGTTGGTTTCTGACAAAGATCAAGCGGCTGTTCG
ATCTGCCTATTTAGCCAGGCATCCCAATGCTTTCTGGGTTGATTTTGGAGACTTCAGCTT
TATGCGAATTGAACCAAAAGTTGTGAGATTTGT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3EI11TF 718 0 0
GG
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AGTTGCACATTTCTCAACGCCTTTAATCACGGCTAGATTCTTCCCTACAA***CATGTCT
TATTCATCCACAATCGATCTCCACCGTCGCTCTCTCCGCCCTCCGCAATCGAAAGTCGTC
TTCTCTTACCGTGATGGCCTCAGCAGCTCAGTCTTCTTCTCAGGCTGTATCACCAGGGAA
TGTCAGCAGTGAGACAGATGTTTTCAAATTGATTCAAGCTCATGAGGCGAAGGCTGCTCG
TCTTTCTCCTGTTGAGGAAATCCGAACTGTGCTTAACGGTAGTGTTTGTGGTATGCTTTC
CACTTTCTCTCAGAAGTATAAGGGTTATCCTTCAGGCTCAATGGTTGATTTTGCATGTGA
TGCTGATGGATCTCCCATTCTTGCAGTCAGTAGCCTGGCTGTCCATACAAAGGATCTGTT
AGCTAATCCAAAATGCTCGCTACTGGTTGCTAGAGAGCCAGAAGATAGGACCGGTTTGAG
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TGCCTATTTAGCCAAGCATCCCAATGCTTTCTGGGTTGATTTTGGAGACTTCAGCTTTAT
GCGAATTGAACCAAAAGTTGTGAGATTTGTTTCAGGG*TTGCAACTGCTTTTCTTG

QA 3 718 3 718
DS 

RD RR3G418TF 633 0 0
GG
AGTTGCTCATTTCTCAACGCCTTTAATCACGGCTAGATTATTCCCTACTACTACATGTCT
TATTCATCCACAATCGATCTCCACCGTCGCTCTCTCCGCCCTCCGCAGTCGAAAGTCGTC
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TGTCAGCAGTGATCAAGATGTTTTCAAATTGATTCAAGCTCATGAGGCGAAGGCTGCTCG
TCTTTCTCCTGTTGAGGAAATACGAACTGTGCTTAACGGTAGAGTTTGTGGTATGCTTTC
CACTTTCTCTCAGAAGTATGAGGGTTATCCCTCCGGCTCAATGGTTGATTTTGCATGTGA
TGCTGATGGTTCTCCGATTCTTGCAGTCAGTAGCTTGGCTGTTCATACAAAGGATCTGTC
AGCTAATCCAAAATGCTCACTACTGGTTGCTAGAGAGCCAGAAGATAGGACCGGTTTGAG
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TGCCTATTTAGCCAAGCATCCTAGTGCTTTCTGGGTTGATTTTGGAGACTTCAGCTTTAT
GCGAATTGAACCAAAAGTTGTGAGATTTGTT

QA 3 633 3 633
DS 

RD RR3A857TF 833 0 0
G
GACGTGTAAACCAAACGAACCATCGAAGGTTTCGTGAGGAAGCAGGAAGATGAAGTCGGC
AGTTGCACATTTCTCAACGCCTTTAATCACGGCTAGATTCTTCCCTACAA***CATGTCT
TATTCATCCACAATCGATCTCCACCGTCGCTCTCTCCGCCCTCCGCAATCGAAAGTCGTC
TTCTCTTACCGTGATGGCCTCAGCAGCTCAGTCTTCTTCTCAGGCTGTATCACCAGGGAA
TGTCAGCAGTGAGACAGATGTTTTCAAATTGATTCAAGCTCATGAGGCGAAGGCTGCTCG
TCTTTCTCCTGTTGAGGAAATCCGAACTGTGCTTAACGGTAGTGTTTGTGGTATGCTTTC
CACTTTCTCTCAGAAGTATAAGGGTTATCCTTCAGGCTCAATGGTTGATTTTGCATGTGA
TGCTGATGGATCTCCCATTCTTGCAGTCAGTAGCCTGGCTGTCCATACAAAGGATCTGTT
AGCTAATCCAAAATGCTCGCTACTGGTTGCTAGAGAGCCAGAAGATAGGACCGGTTTGAG
GATCACCCTACATGGTAATGCAGTGTTGGTTTCTGACAAAGATCAAGCGGCTGTTCGATC
TGCCTATTTAGCCAAGCATCCCAATGCTTTCTGGGTTGATTTTGGAGACTTCAGCTTTAT
GCGAATTGAACCAAAAGTTGTGAGATTTGTTTCAGGGGTTGCAACTGCTTTTCTTGGATC
TGGAGAATTCAGCAAAGAGGAGTACCAAAGAGCCAAAGTCGATCCTATCGCTCAGTTTGC
AAAGCCTGTAACGTCACACATGAACAAAGACCATGAAGAGGATACCAAAGCT

QA 2 833 2 833
DS 

RD RR3H611TF 752 0 0
G
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CAGCAGTGAGACAGATGTTTTCAAATTGATTCAAGCTCATGAGGCGAAGGCTGCTCGTCT
TTCTCCTGTTGAGGAAATCCGAACTGTGCTTAACGGTAGTGTTTGTGGTATGCTTTCCAC
TTTCTCTCAGAAGTATAAGGGTTATCCTTCAGGCTCAATGGTTGATTTTGCATGTGATGC
TGATGGATCTCCCATTCTTGCAGTCAGTAGCCTGGCTGTCCATACAAAGGATCTGTTAGC
TAATCCAAAATGCTCGCTACTGGTTGCTAGAGAGCCAGAAGATAGGACCGGTTTGAGGAT
CACCCTACATGGTGATGCAGTGTTGGTTTCTGACAAAGATCAAGCGGCTGTTCGATCTGC
CTATTTAGCCAAGCATCCCAATGCTTTCTGGGTTGATTTTGGAGACTTCAGCTTTATGCG
AATTGAACCAAAATTTGTGAGATTTGTTTCAGGGGTTGCAACTGCTTTTCTTGGATCTGG
AGAATTCAGCAA*GAGGAGTACCAAGGAGCCAAAGTCGATCCTATCGCTCAGTTTGCAAA
GCCTGTAACGTCACACATGAACAAAGACCATGAAGAGGATACCAAAGCTATTGTACACCA
AGACAGAAAGGACGTCAAGACACTATAGTTGAAATGCTTCAAGCTGCTAAGTCTGTTTCC
AATTAGTTTTGCTAAAATAAAGATGTAAAAA

QA 2 752 2 752
DS 

RD RR3H611JQ 696 0 0
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TGGTTGATTTTGCATGTGATGCTGATGGATCTCCCATTCTTGCAGTCAGTAGCCTGGCTG
TCCATACAAAGGATCTGTTAGCTAATCCAAAATGCTCGCTACTGGTTGCTAGAGAGCCAG
AAGATAGGACCGGTTTGAGGATCACCCTACATGGTGATGCAGTGTTGGTTTCTGACAAAG
ATCAAGCGGCTGTTCGATCTGCCTATTTAGCCAAGCATCCCAATGCTTTTTGGGTTGATT
TTGGAGACTTCAGCTTTATGCGAATTGAACCAAAATTTGTGAGATTTGTTTCAGGGGTTG
CAACTGCTTTTCTTGGATCTGGAGAATTCAGCAAAGAGGAGTACCAAGGAGCCAAAGTCG
ATCCTATCGCTCAGTTTGCAAAGCCTGTAACGTCACACATGAACAAAGACCATGAAGAGG
ATACCAAAGCTATTGTACACCAAGACAGAAAGGACGTCAAGACACTATAGTTGAAATGCT
TCAAGCTGCTAAGTCTGTTTCCAATTAGTTTTGCTAAAATAAAGATGTAAAAAACTTCAT
GTCTTGTTCTGAACCCGCTCCCAAGATCTGTGAATATATTAAGACTAGAACAAAACTAGA
TACATGAAAAAGGGAACTCATGTATGCTTATTACAC

QA 1 696 1 696
DS 



CO CL67Contig2 1206 5 16 U
AAATGTTGTTTTCACTGTTTTATTACTATTTGATATCATAACCATGGCGGATGTGTAATA
AGCATACATGAGTTCCCTTTTTCATGTATCTAGTTTTGTTCTAGTCTTAATATATTCACA
GATCTTGGGAGCGGGTTCAAAACAAGACATGAAGTTTTTTACATCTTTATTTTAGCAAAA
CTAATTGGAAACAGACTTAGCAGCTTGAAGCATTTCCACTATCAGTGTCTTGACGTCCTT
TCTGTCTTGTGCGCGTCTTGGGAACGGAACTCGGATCTTGAAGGTGTTCCCTTGAAAAGT
AGCCTTAACGTTGAAACCAAGGCTGTCCAAATCAAGCATCAACGCGCTCTCCACAGGTAT
GGATGTTGTATGGTGTACAATAACTTTGGTATCCTCTTCATGGTCTTTGTTCATGTGTGA
CGTTACAGGCTTTGCAAACTGAGCGATAGGATCGACTTTGGCTCCTTGGTACTCCTCTTT
GCTGAATTCTCCAGATCCAAGAAAAGCAGTTGCAACCCATGAAACAAATCTCACAACTTT
TGGTTCAATTCGCATAAAGCTGAAGTCTCCAAAATCAACCCAGAAAGCACTGGGATGCTT
GGCTAAATAGGCAGATCGAACAGCCGCTTGGTCTTTGTCAGAAACCAACACTGCATCACC
GTGTAGGGTGATCCTCAAACTGGTCCTATCTTCTGGCTCTCTAGCAACCAGTAGTGAGCA
TTTTGGATTAGCTAACAGATCCTTTGTATGGACAGCCAAGCTACTGACTGCAAGAATGGG
AGATCCATCAGCATCACATGCAAAATCAACCATAGAGCCTGAAGGATAACCCTCATACTT
CTGAGAGAAAGTGGAAAGCATACCACAAACACTACCGTTAAGCACAGTTCGTATTTCCTC
AACAGGAGAAAGACGAGCAGCCTTCGCCTCATGAGCTTGAATCAATTTGAAAACATCCGT
CTCACTGCTGAGATTCACAGCCTGAGAAGAAGATTGAGCTGCTGAGGCCATCACGGTGAA
AGAGGACGACTTTCGACTGCGGAGGGCGGAGAGAGCGACGGTGGAGATCGATTGTGGATG
AATAAGACATGTGGTAGGGAATAATCTAGCCGTGATTAAAGGCGTTGAGAAATGTGCAAC
TACCGACTTCATCTTCCTGCTTCCTCACGAAACCTTCGATGGTTCGTTTGGTTTACACGT
CTTCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3F549JQ U 1
AF RR3EI11JQ U 34
AF RR3FE38JQ U 1
AF RR3A857JQ U 24
AF RR3FE38TF C 518
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BS 801 1206 RR3FE38TF

RD RR3F549JQ 490 0 0
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TCTGTCTTGTGCGCGTCTTGGGAACGGAACTCGGATCTTGAAGGTGTTCCCTTGAAAAGT
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GGATGTTGTATGGTGTACAATAACTTTGGTATCCTCTTCATGGTCTTTGTTCATGTGTGA
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GCTGAATTCT

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR3EI11JQ 474 0 0
TT
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TTTTTACATCTTTATTTTAACAAAACTAATTGGAAACAGACTTAGCAGCTTGAAGCATTT
CCACTATCAGTGTCTTGACGTCCTTTCTGTTTTGTGCGCGTCTTGGGAACGGAACTCGGA
TCTTGAAGGTGTTCCCTTGAAAAGTAGCCTTAACGTTGAAACCAAGGCCGTCCAAATCAA
GCATCAACGCCCTCTCCACAGGTATGGATGTTGTATGGTGTACAATAGCTTTGGTATCCT
CTTCATGGTCTTTGTTCATGTGTGACGTTACAGGCTTTGCAAACTGAGCGATAGGATCGA
CTTTGGCTCCTTGGTACTCCTCTTTGCTGAATTCTCCAAATCCAAGAAAAGC

QA 3 474 3 474
DS 

RD RR3FE38JQ 725 0 0
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AGCATACATGAGTTCCCTTTTTCATGTATCTAGTTTTGTTCTAGTCTTAATATATTCACA
GATCTTGGGCGCGGGTTCAGAACAAGACATGAAGTTTTTTACATCTTTATTTTAGCAAAA
CTAATTGGAAACAGACTTAGCAGCTTGAAGCATTTCCACTATCAGTGTCTTGACGTCCTT
TCTGTCTTGTGCGCGTCTTGGGAACGGAACTCGGATCTTGAAGGTGTTCCCTTGAAAAGT
AGCCTTAACGTTGAAACCAAGGCTGTCCAAATCAAGCATCAACGCGCTCTCCACAGGTAT
GGATGTTGTATGGTGTACAATAACTTTGGTATCCTCTTCATGGTCTTTGTTCATGTGTGA
CGTTACAGGCTTTGCAAACTGAGCTATAGGATCGACTTTGGCTGCTTGGTACTCCTCTTT
GCTGAATTCTCCAGATCCTAAAAAAGCAGTTGCAACCCATGAAACAAATCTCACAACTTT
TGGTTCAATTCGCATAAAGCTGAAGTCTCCAAAATCAACCCAGAAAGCACTGGGATGCTT
GGCTAAATAGGCAGATCGAACAGCCGCTTGGTCTTTGTCAGAAACCAACACTGCATCACC
GTGTAGGGTGATCCTCAAACTGGTCCTATCTTCTGGCTCTCTAGCAACCAGTAGTGAGCA
TTTTG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3A857JQ 777 0 0
ACG
TATTTGATATCATAACCATGGCGGATGTGTAATAAGCATACATGAGTTCCCTTTTTCATG
TATCTAGTTTTGTTCTAGTCTTAATATATTCACAGATCTTGGGAGCGGGTTCAGAACAAG
ACATGAAGTTTTTTACATCTTTATTTTAGCAAAACTAATTGGAAACAGACTTAGCAGCTT
GAAGCATTTCCACTATCAGTGTCTTGACGTCCTTTCTGTCTTGTGCGCGTCTTGGGAACG
GGACTCGGATCTTGAAGGTGTTCCCTTGAAGAGTAGCCTTAACGTTGAAACCAAGGCTGT
CCAAATCAAGCATCAACGCGCTCTCCACAGGTATGGATGTTGTATGGCGTACAATAGCTT
TGGTATCCTCTTCATGGTCTTTGTTCATGTGTGACGTTACAGGCTTTGCAAACTGAGCGA
TAGGATCGACTTTGGCTCCTTGGTACTCCTCTTTGCTGAATTCTCCAGATCCAAGAAAAG
CAGTTGCAACCCCTGAAACAAATCTCACAACTTTTGGTTCAATTCGCATAAAGCTGAAGT
CTCCAAAATCAACCCAGAAAGCATTGGGATGCTTGGCTAAATAGGCAGATCGAACAGCCG
CTTGATCTTTGTCAGAAACCAACACTGCATTACCATGTAGGGTGATCCTCAAACCGGTCC
TATCTTCTGGCTCTCTAGCAACCAGTAGCGAGCATTTTGGATTAGCTAACAGATCCTTTG
TATGGACAGCCAGGCTACTGACTGCAAGAATGGGAGATCCATCAGCATCACATG

QA 4 777 4 777
DS 

RD RR3FE38TF 689 0 0
CA
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CCAGAAAGCACTGGGATGCTTGGCTAAATAGGCAGATCGAACAGCCGCTTGGTCTTTGTC
AGAAACCAACACTGCATCACCGTGTAGGGTGATCCTCAAACTGGTCCTATCTTCTGGCTC
TCTAGCAACCAGTAGTGAGCATTTTGGATTAGCTAACAGATCCTTTGTATGGACAGCCAA
GCTACTGACTGCAAGAATGGGAGATCCATCAGCATCACATGCAAAATCAACCATAGAGCC
TGAAGGATAACCCTCATACTTCTGAGAGAAAGTGGAAAGCATACCACAAACACTACCGTT
AAGCACAGTTCGTATTTCCTCAACAGGAGAAAGACGAGCAGCCTTCGCCTCATGAGCTTG
AATCAATTTGAAAACATCCGTCTCACTGCTGAGATTCACAGCCTGAGAAGAAGATTGAGC
TGCTGAGGCCATCACGGTGAAAGAGGACGACTTTCGACTGCGGAGGGCGGAGAGAGCGAC
GGTGGAGATCGATTGTGGATGAATAAGACATGTGGTAGGGAATAATCTAGCCGTGATTAA
AGGCGTTGAGAAATGTGCAACTACCGACTTCATCTTCCTGCTTCCTCACGAAACCTTCGA
TGGTTCGTTTGGTTTACACGTCTTCCC

QA 3 689 3 689
DS 



AS 1 13

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GAAAAAAAAAAGACACCTTTAGACAGTCTTCTCATCTTATGCTACCAGAGCTTATTTTAA
AATTATTTCAACACATACAGAGCGGTTACAGTCTATCTTTACTTACTTAATAGGTCGATC
CATAGATCTATAT**GATTGGCCTATACCAACCTTGGTTTTATTTCAACCCAACATAAAA
AAAA*TCTCTAAATTATTATTAGCTAGCCTTGAATAAGATATTATATATGTGTAGTGGCA
AAATGAATGTAGTAGATAAAGCAGCCTCTGAGAGAGAGAGCTCAAGGTAGCTTGACTTTG
TCTACACCAACTGTAGTATTTGAAGCAGCCTCGGTCTGGATAGCAGTCTCCACGAACTGA
GTCGTCACTGTTTCCCATCTGGTGATTGTTTGTTTGATCTCTGTTTTTT*GCTCTGCTGT
CACTGCCACTGACCCCTCTACCTTGCCTTGGTTTGCTTCAATGATTTTCTTGTGGATGGC
TTCTAACTCCTGCAGTGCCTTGGCCACCTCTTGTTGGTAGGTCTCCATGGATTTTTTAAC
CTCTGCTGACTTGCCAGTAAATTTTGAACCAATGAAAGACACCGCATCAGATATTTTTCC
AGCTGCAGCAGAGAAGAAACCTTTCTTCTTTTCGGTAGTAACCTTTGTGGAGGCCACCAT
GGTACTCTTTAGTTTCTCGAAGAAAGACTTGTATTCCTCCTTTGGTGGACACTTCTTCTC
CAGCTTCATTATGAATTCCATGACTTCTTTGGATGTCTCAGTCTCAAGTTGTGCCACTGT
TGTGGTTGAGCTAGAGCTGGCGGTGGTGGCACTTGAAACATGTTTTATAAAGGTCACTGA
TGCAAGGAGAAAGGTGAAACATAATAATAACTGAACTCTTGCCATTATTTTATGTTTTGT
GTTTTTATGTTTTGTATTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGGTTTAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 20 55 25 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 10 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 45 
45 45 45 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3GI08JQ U 259
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AF RR3A882JQ U 1
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AF RR3A994JQ U 680
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BS 604 635 RR3CU94JQB
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BS 737 765 RR3CU94JQB
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BS 767 795 RR3CU94JQB
BS 796 908 RR3A994JQ
BS 909 942 RR3AQ60TF
BS 943 947 RR3GI08TF

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TTTGAAGCAGCCTCGGTCTGGATAGCAGTCTCCACGAACTGAGTCGTCACTGTTTCCCAT
CTGGGGATTGTTTGTTTGATCTCTGTTTTTT*GCTCTGCTGTCACTGCCACTGACCCCTC
TACCTTGCCTTGGTTTGCTTCAATGATTTTCTTGTGGATGGCTTCTAACTCCTGCAGTGC
CTTGGCCACCTCTTGTTGGTAGGTCTCCATGGATTTTTTAACCTCTGCTGACTTGCCAGT
AAATTTTGAACCAATGA

QA 1 317 1 317
DS 

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TAT**GATTGGCCTATACCAACCTTGGTTTTATTTCAACCCAACATAAAAAAAAATCTCT
AAATTATTATTAGCTAGCCTTGAATAAAATATTATATATGTGTAGTGGCAAAATGAATGT
AGTAAATAAAGCAGCCTCTGAGAGAGAGAGCTCAAGGTAGCCTGACTTTGTCTACACCAA
CTGTAGTATTTGAAGCAGCCTCGGTCTGGATAGCAGTCTCCACGAACTGAGTCGTCACTG
TTTCCCATCTGGTGATTGTTTGTTTGATCTCTGTTTTTT*GCTCTGCTGTCACTGCCACT
GACCCCTCTACCTTGCCTTGGTTTGCTTCAATGATTTTCTTGTGGATGGCTTCTAACTCC
TGCAGTGCCTTGGCCACCTCTTGTTGGTAGGTCTCCATGGATTTTTTAACCTCTGCTGAC
TTGCCAGTAAATTTTGAACCAATGAAAGACACCGCA

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DS 

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AATTATTTCAACACATACAGAGCGGTTACAGTCTATCTTTACTTACTTAATAGGTCGATC
CATAGATCTATAT**GATTGGCCTATACCAACCTTGGTTTTATTTCAACCCAACATAAAA
AAAA*TCTCTAAATTATTATTAGCTAGCCTTGAATAAGATATTATATATGTGTAGTGGCA
AAATGAATGTAGTAGATAAAGCAGCCTCTGAGAGAGAGAGCTCAAGGTAGCTTGACTTTG
TCTACACCAACTGTAGTATTTGAAGCAGCCTCGGTCTGGATAGCAGTCTCCACGAACTGA
GTCGTCACTGTTTCCCATCTGGTGATTGTTTGTTTGATCTCTGTTTTTT*GCTCTGCTGT
CACTGCCACTGACCCCTCTACCTTGCCTTGGTTTGCTTCAATGATTTTCTTGTGGATGGC
TTCTAACTCCTGCAGTGCCTTGGCCACCTCTTGTTGGTAGGTCTCCATGGATTTTTTAAC
CTCTGCTGACTTGCCAGTAAATTTTGAACCAATGAAAGACACCGCATCAGATATTTTTCC
AGC

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DS 

RD RR3A882TF 603 0 0
GAAAAAAAAAAGACACCTTTAGACAGTCTTCTCATCTTATGCTACCAGAGCTTATTTTAA
AATTATTTCAACACATACAGAGCGGTTACAGTCTATCTTTACTTACTTAATAGGTCGATC
CATAGATCTATAT**GATTGGCCTATACCAACCTTGGTTTTATTTCAACCCAACATAAAA
AAAA*TCTCTAAATTATTATTAGCTAGCCTTGAATAAGATATTATATATGTGTAGTGGCA
AAATGAATGTAGTAGATAAAGCAGCCTCTGAGAGAGAGAGCTCAAGGTAGCTTGACTTTG
TCTACACCAACTGTAGTATTTGAAGCAGCCTCGGTCTGGATAGCAGTCTCCACGAACTGA
GTCGTCACTGTTTCCCATCTGGTGATTGTTTGTTTGATCTCTGTTTTTT*GCTCTGCTGT
CACTGCCACTGACCCCTCTACCTTGCCTTGGTTTGCTTCAATGATTTTCTTGTGGATGGC
TTCTAACTCCTGCAGTGCCTTGGCCACCTCTTGTTGGTAGGTCTCCATGGATTTTTTAAC
CTCTGCTGACTTGCCAGTAAATTTTGAACCAATGAAAGACACCGCATCAGATATTTTTCC
AGC

QA 1 603 1 603
DS 

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GTCTATCTTTACTTACTTAATAGGTCGATCCATAGGTCTATAT**GATTGGCCTATACCA
ACCTTGGTTTTATTTCAACCCAACATAAAAAAAA*TCTCTAAATTATTATTAGCTAGCCT
TGAATAAAATATTATATATGTGTAGTGGCAAAATGAATGTAGTAAATAAAGCAGCCTCTG
AAAGAGAGAGCTCAAGGTAGCTTGACTTTGTCTACACCAGCTGTAGTATTTGAAGCAGCC
TCGGTCTGGATAGCAGTCTCCACGAACTGAGTCGTCACTGTTTCCCATCTGGTGATTGTT
TGTTTGATCTCTGTTTTTT*GCTCTGCTGTCACTGCCACTGACCCCTCTACCTTGCCTTG
GTTTGCTTCAATGATTTTCTTGTGGATGGCTTCTAACTCCTGCAGTGCCTTGGCCACCTC
TTGTTGGTAGGTCTCCATGGATTTTTTAACCTCTGCTGACTTGCCAGTAAATTTTGAACC
AATGAAAGACACCGCATCAGATATTTTTCCAGCTGCA

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3AQ60JQ 552 0 0
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TCTAAATTATTATTAGCTAGCCTTGAATAAAATATTATATATGTGTAGTGGCAAAATGAA
TGTAGTAAATAAAGCAGCCTCTGAAAGAGAGAGCTCAAGGTAGCTTGACTTTGTCTACAC
CAACTGTAGTATTTGAAGCAGCCTCGGTCTGGATAGCAGTCTCCACGAACTGAGTCGTCA
CTATTTCCCATCTGGTGATTGTTTGTTTGATCTCTGTTTTTT*GCTCTGCTGTCACTGCC
ACTGACCCCTCTACCTTGCCTTGGTTTGCTTCAATGATTTTCTTGTGGATGGCTTCTAAC
TCCTGCAGTGCCTTGGCCACCTCTTGTTGGTAGGTCTCCATGGATTTTTTAACCTCTGCT
GACTTGCCAGTAAATTTTGAACCAATGAAAGACACCGCATCAAATATTTTTCCAGCTGCA
CCAAAGAAGAAACCTTTCTTCTTTTCGGTAGTAACCTTTGTGGAGGCCACCATGGTACTC
TTTAGTTTCTCG

QA 1 552 1 552
DS 

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GA
TGACTTGCCAGTAAATTTTGAACCAATGAAAGACACCGCATCAGATATTTTTCCAGCTGC
AGCAGAGAAGAAACCTTTCTTTTTTTCGGTAGTAACCTTTGTGGAGGCCACCATGGGACT
CTTTAGTTTCTCGAAGAAAGACTTGTATTCCTCCTTTGGTGGACA

QA 3 167 3 167
DS 

RD RR3CU94JQB 765 0 0
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GTCTATCTTTACTTACTTAATAGGTCGATCCATAGATCTATATATGATTGGCCTATACCA
ACCTTGGTTTTATTTCAACCCAACAAAAAAGAAAATCTCTAAATTATTATTAGCTAGCCT
TGAATAAGATATTATATATGTGTGGTGGCAAAATGAATGTAGTAGATAAAGCAGCCTCTG
AGA**GAGAGCTCAAGGTAGCTTGACTTTGTCTACACCAACTGTAGTATTTGAAGCAGCC
TCGGTCTGGATAGCAGTCTCCACGAACTGAGTCGTCACTGTTTCCCATCTGGTGATTGTT
TGTTTGATCTCTGTTTTTTTGCTCTGCTGTCACTGCCACTGACCCCTCTACCTTGCCTTG
GTTTGCTTCAATGATTTTCTTGTGGATGGCTTCTAACTCTTGCAGTGACTTGGCCACCTC
TTGTTGGTAGGTCTCCATGGATTTTTTAACCTCTGCTGACTTGCCAGTAAATTTTGAACC
AATGAAAGACACCGCATCAGATATTTTGCCAGCTGCAGCAGAGAAGAAACCTTTCTTCTT
TTCGGCAGTAACCTTTGTGGAGGCCACCATGGTACTCTTTAGTTTCTCGAAGAAAGACTT
GTATTCCTCCTTTGGTGGACACTTCTTTTCCAGCTTCATTATGAACTCCATGACTTCTTT
GGATGTCTCAGTCTCGAGTTGTGCCACTGTTGTGGTTGAGCTAGA

QA 1 765 1 765
DS 

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CTCTGAGAGAGAGAGCTCAAGGTAGCTTGACTTTGTCTACACCAACTGTAGTATTTGAAG
CAGCCTCGGTCTGGATAGCAGTCTCCACGAACTGAGTCGTCACTATTTCCCATCTGGTGA
TTGTTTGTTTGATCTCTGTTTTTT*GCTCTGCTGTCACTGCCACTGACCCCTCTACCTTG
CCTTGGTTTGCTTCAATGATTTTCTTGTGGATGGCTTCTAACTCCTGCAGTGCCTTGGCC
ACCTCTTGTTGGTAGGTCTCCATGGATTTTTTAACCTCTGCTGACTTGCCAGTAAATTTT
GAACCAATGAAAGACACCGCATCAGATATTTTTCCAGCTGCAGCAGAGAAGAAACCTTTC
TTCTTTTCGGTAGTAACCTTTGTGGAGGCCACCATGGTACTCTTTAGTTTCTCGAAGAAA
GACTTGTATTCCTCCTTTGGTGGACACTTCTTCTCCAGCTTCATTATGAAA*CCATGACT
TCTTTGGATGTCTCAGTCTCAAGTTGTGCCACTGTTGTGGTTGAGCTAGAGCTGGCGGTG
GTGGCACTTGAAACATGTTTTATAAAGGTCACTGATGCAAGGAGAAAGGTGAAACATAAT
AATAACTGAACTCTTGCCATTATTTTATGTTTTGTGTTTTTATGTTTTGTATTTTTTGTT
TTGTTTTGTTTTGGTTT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3GI08TF 753 0 0
ATTATTTTAGCTAG
CTTGAATAAGATATTATATATGTGTAGTGGCAAAGTGAATGTAGTAGATAAAGCAGC*TC
TGAGAGAGAGAGCTCAAGGTAGCGTGACTTTGTCTACACCAACTGTAGTATTTGAAGCAG
CCTCGGTCTGGATAGCAGTCTCCACGAACTGAGTCGTCACTGTTTCCCATCTGGTGATTG
TTTGTTTGATCTCTGTTTTTT*GCTCTGCTGTCACTGCCACTGACCCCTCTACCTTGCCT
TGGTTTGCTTCAATGATTTTCTTGTGGATGGCTTCTAACTCCTGCAGTGCCTTGGCCACC
TCTTGTTGGTAGGTCTCCATGGATTTTTTAACCTCTGCTGACTTGCCAGTAAATTTTGAA
CCAATGAA*GACACCGCATCAGATATTTTTCCAGCTGCAGCAGAGAAGAAACCTTTCTTC
TTTTCGGTAGTAACCTTTGTGGAGGCCACCATAGTACTCTTTAGTTTCTCGAAGAAAGAC
TTGTATTCCTCCTTTGGTGGACACTTCTTCTCCAGCTTCATTATGAATTCCATGACTTCT
TTGGATGTCTCAGTCTCAAGTTGTGCCACTGTTGTGGTTGAGCTAGAGCTGGCGGTGGTG
GCACTTGAAACATGTTTTATAAAGGTCACTGATGCAAGGAGAAAGGTGAAACATAATAAT
AACTGAACTCTTGCCATTATTTTATGTTTTGTGTTTTTATGTTTTGTATTTTTTGTTTTG
TTTTGTTTTGGTTTAAAAA

QA 15 753 15 753
DS 

RD RR3AP42TF 647 0 0
CTTTGTCTACACCAACTGTAGTATTTGAAGCAGCCTCGGTCTGGATAGCAGTCTCCACGA
ACTGAGTCGTCACTGTTTCCCATCTGGTGATTGTTTGTTTGATCTCTGTTTTTT*GCTCT
GCTGTCACTGCCACTGACCCCTCTACCTTGCCTTGGTTTGCTTCAATGATTTTCTTGTGG
ATGGCTTCTAACTCCTGCAGTGCCTTGGCCACCTCTTGTTGGTAGGTCTCCATGGATTTT
TTAACCTCTGCTGACTTGCCAGTAAATTTTGAACCAATGAAAGACACCGCATCAGATATT
TTTCCAGCTGCAGCAGAGAAGAAACCTTTCTTCTTTTCGGTAGTAACCTTTGTGGAGGCC
ACCATGGTACTCTTTAGTTTCTCGAAGAAAGACTTGTATTCCTCCTTTGGTGGACACTTC
TTCTCCAGCTTCATTATGAATTCCATGACTTCTTTGGATGTCTCAGTCTCAAGTTGTGCC
ACTGTTGTGGTTGAGCTAGAGCTGGCGGTGGTGGCACTTGAAACATGTTTTATAAAGGTC
ACTGATGCAAGGAGAAAGGTGAAACATAATAATAACTGAACTCTTGCCATTATTTTATGT
TTTGTGTTTTTATGTTTTGTATTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGGTTT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3CK47TF 163 0 0
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ATGTTTTATAAAGGTCAATGATGCAAGAAGAAAGGTGAAACATAATAATAATTGAACTCT
TGCCATTATTTTATGTTTTGTGTTTTTATGTTTTGTATTTTTT

QA 1 163 1 163
DS 

RD RR3A994JQ 230 0 0
AAA
AAAGACTTGTATTCCTCCTTTGGTGGACACTTCTTCTCCAGCTTCATTATGAATTCCATG
ACTTCTTCGGATGTCTCAGTCTCAAGTTGTGCCACTGTTGTGGTTGAGCTAGAGCTGGCG
GTGGTGGCACTTGAAACATGTTTTATAAAGGTCACTGATGCAAGGAGAAAGGTGAAACAT
AATAATAACTGAACTCTTGCCATTATTTTATGTTTTGTGTTTTTAT
C

QA 4 229 4 229
DS 



AS 1 15

CO CL69Contig1 390 15 19 U
GGGGTCCACCTTTGAGAAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATC
GCAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTC
TTGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATAC
GTGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCA
GCTTGAGATTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCAC
TAAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCAGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTCAAGT
CATGCCAATTTCATAGAATGACTTTTGACG


BQ
10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 70 70 20 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 70 55 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 55 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 25 70 85 85 85 85 85 85 70 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 25 25 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 
85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 85 80 80 80 20 80 80 80 80 80 70 70 70 70 70 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

AF RR3DB24JQ C 15
AF RR3DB24TF U 15
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AF RR3FY15JQ C 2
AF RR3FY15TF U 68
AF RR3CT04JQB C 1
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AF RR3C316TF U 2
AF RR3D768JQ C 2
AF RR3D768TF U 55
AF RR3GD02TF U 2
AF RR3GD02JQ C 2
BS 1 1 RR3CT04JQB
BS 2 14 RR3A218TF
BS 15 16 RR3DB24TF
BS 17 17 RR3A218TF
BS 18 177 RR3DB24TF
BS 178 178 RR3GJ71TF
BS 179 195 RR3DB24TF
BS 196 196 RR3GJ71TF
BS 197 248 RR3DB24TF
BS 249 249 RR3A218TF
BS 250 276 RR3DB24TF
BS 277 278 RR3A218TF
BS 279 327 RR3DB24TF
BS 328 328 RR3A218TF
BS 329 333 RR3DB24TF
BS 334 338 RR3GJ71TF
BS 339 376 RR3GM83TF
BS 377 389 RR3D768TF
BS 390 390 RR3D768JQ

RD RR3DB24JQ 319 0 0
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TCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCTTGATATGCTTGGT
GTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATACACGTGATCGTATTTCA
GTACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAGCTTGAGACTATCT
GTTGGTCCATTCAATGTCTTTGTAACTGTTTTAATTATGTAACCACTAAATAAGTTGCTA
TGCAATCTCATCAATTTCC

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR3DB24TF 319 0 0
AGGAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATCGCAGTCCTTCTTCC
TCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCTTGATATGCTTGGT
GTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATACACGTGATCGTATTTCA
GTACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAGCTTGAGACTATCT
GTTGGTCCATTCAATGTCTTTGTAACTGTTTTAATTATGTAACCACTAAATAAGTTGCTA
TGCAATCTCATCAATTTCC

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR3GJ71TF 284 0 0
G
TGATCGCAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAG
AGCTCTTGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTA
TATACGTGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCA
ACTCAGCTTGAGACTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGTAACTGTTTTAATTATGTA
ACCACTAAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCAATTTCCTTATC

QA 2 284 2 284
DS 

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CAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCT
TGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACG
TGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGAGACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAG
CTTGAGATTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCACT
AAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCAGTTTCCTTATC

QA 1 337 1 337
DS 

RD RR3FY15TF 257 0 0
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GCTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACGTGATCG
TATTTCAGAACCGTGAAGGGGAGACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAGCTTGAG
ATTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCACTAAATAA
GTTGCTATGCAATCTCA

QA 1 257 1 257
DS 

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GCAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTC
TTGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTAGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATTTAC
GTGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCA
GCTTGAGATAATCTGTCGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCAC
TAAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCAGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTCAAGT
CATGCCAATTTC
TATTGC

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DS 

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CAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCT
TGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACG
TGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAG
CTTGAGATTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCACT
AAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCAGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTCAAGTC
ATGCCAATTTCATAG

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR3GM83JQ 362 0 0
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TCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCTTGATATGCTTGGT
GTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACGTGATCGTATTTCA
GAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAGCTTGAGACTATCT
GTTGGTCCATTCAATGTCTTTGTAACTGTTTTAATTATGTAACCACTAAATAAGTTGCTA
TGCAATCTCATCAATTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTCAAGTCATGCCAATTTCAT
AG

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR3GM83TF 362 0 0
AGGAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATCGCAGTCCTTCTTCC
TCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCTTGATATGCTTGGT
GTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACGTGATCGTATTTCA
GAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAGCTTGAGACTATCT
GTTGGTCCATTCAATGTCTTTGTAACTGTTTTAATTATGTAACCACTAAATAAGTTGCTA
TGCAATCTCATCAATTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTCAAGTCATGCCAATTTCAT
AG

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR3A218TF 375 0 0
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CAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCT
TGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACG
TGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAG
CTTGAGATTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCACT
AAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCAGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTCAAGTC
ATGCCAATTTCATAG

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR3C316TF 375 0 0
GGGTCCACCTTTGAGAAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATCG
CAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCT
TGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACG
TGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAG
CTTGAGATTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCACT
AAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCAGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTCAAGTC
ATGCCAATTTC
CTAG

QA 1 371 1 371
DS 

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CAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCT
TGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACG
TGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAG
CTTGAGATTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCACT
AAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCAGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTCAAGTC
ATGCCAATTTCATAGAATGACTTTTGACG

QA 1 389 1 389
DS 

RD RR3D768TF 336 0 0
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GAGTTCTTGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCT
ATATACGTGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTC
AACTCAGCTTGAGATTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGT
AACCACTAAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCAGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTAT
TCAAGTCATGCCAATTTCATAGAATGACTTTTGAC
G

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR3GD02TF 389 0 0
GGGTCCACCTTTGAGAAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTCTGCGAGATCTTGATCG
CAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCT
TGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACG
TGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAG
CTTGAGATTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCACT
AAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCAGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTCAAGTC
ATGCCAATTTCATAGAATGACTTTTGAC
C

QA 1 388 1 388
DS 

RD RR3GD02JQ 389 0 0
GGGTCCACCTTTGAGAAAAAATGGCAAGCAATATGGAAGTTTTTTGCGAGATCTTGATCG
CAGTCCTTCTTCCTCCTCTTGGAGTCTGCCTCAAGCGTGGCTGCTGCACTGTAGAGTTCT
TGATATGCTTGGTGTTGACTATCTTGGGCTACATCCCTGGGATAATCTATGCTATATACG
TGATCGTATTTCAGAACCGTGAAGGGGAAACTCAGGACTACAGTGCTCCACTCAACTCAG
CTTGAGATTATCTGTTGGTCCATTCAATGTCTTTGAGACTGTTTTAATTATGTAACCACT
AAATAAGTTGCTATGCAATCTCATCAGTTTCCTTATCATGTATATTCAGCTATTCAAGTC
ATGCCAATTTCATAGAATGACTTTTGAC
C

QA 1 388 1 388
DS 



AS 2 14

CO CL70Contig1 955 10 7 U
CTTACTGATTGAGGATTCCTAATGTGATGAAAGCTAAATTAAAGCTAAAGCTCTTTCTTT
TAAGAAAGCATCTAGTTCCATTTTTCTTTCGTTAGTTAATCCACCTTTAAGGGCTTGTAG
TAATTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGGCTTTCTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGG
CATTCGATCACAGAATCCATTGACAGCTGCATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGG
AAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTACTTCTGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAA
TGCCTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGCCAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATA
TTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGCATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGC
AGACCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGACGTTAATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAA
GAGCTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCATCAGTAATGGAGATCACATTGGTGGGAATATA
GGCCGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAATGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACC
TGTCTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTTCTAAGAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATC
ACCTGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTCGGCGTAACAATAATGACATTTGTCGATATGC
CACCGCCTGTTTACTAAGATCATCATAGATTATTAATGCGTGCATTCCATTATCGCGGAA
ATATTCCCCCATGGCACACCCGGAATATGGGGCCAAAAATTGCAGAGGAGCAGATCCGAA
GCGGTGGCTGCTACAAGAATGGATATTCCAAGCATCGCTTCTTCAGAGTTTGAATAATTG
TCCCACAGTCGAGCGTTCTGTCCATCGCTACATAGACACATACATGTCTCACTCT


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 45 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 30 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
45 45 60 60 45 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP01JQ U 1
AF RR3AP01TF C 1
AF RR3EO24JQ U 90
AF RR3CZ74JQ U 94
AF RR3CZ74TF C 94
AF RR3C002JQ U 4
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AF RR3CN65JQ U 90
AF RR3FM22JQ U 90
AF RR3BX15JQ U 90
BS 1 283 RR3AP01JQ
BS 284 285 RR3C002JQ
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BS 454 741 RR3C002JQ
BS 742 955 RR3BX15JQ

RD RR3AP01JQ 454 0 0
CTTACTGATTGAGGATTCCTAATGTGATGAAAGCTAAATTAAAGCTAAAGCTCTTTCTTT
TAAGAAAGCATCTAGTTCCATTTTTCTTTCGTTAGTTAATCCACCTTTAAGGGCTTGTAG
TAATTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGGCTTTCTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGG
CATTCGATCACAGAATCCATTGACAGCTGCATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGG
AAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTACTTCTGTCAGCCTTA*ACCTCTATTGAGTAA
TGCCTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGCCAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATA
TTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGCATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGC
AGACCCGACACGACTGACAGATAAGCCGACGTT
C

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR3AP01TF 454 0 0
CTT
ACTGATTGAGGATTCCTAATGTGATGAAAGCTAAATTAAAGCTAAAGCTCTTTCTTTTAA
GAAAGCATCTAGTTCCATTTTTCTTTCGTTAGTTAATCCACCTTTAAGGGCTTGTAGTAA
TTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGGCTTTCTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCAT
TCGATCACAGAATCCATTGACAGCTGCATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAG
TGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTACTTCTGTCAGCCTTA*ACCTCTATTGAGTAATGC
CTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGCCAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTG
TGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGCATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGA
CCCGACACGACTGACAGATAAGCCGACGTT
C

QA 4 453 4 453
DS 

RD RR3EO24JQ 544 0 0
CGTTAGTTAATCCACCTTTAAGGGCTTGTAGTAATTCAGGTTTGACACTATTTAAAATGG
CTTTCTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCATTCGATCACAAAATCCATTGACAGCTG
CATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTA
CTTCTGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGCCTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGC
CAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGC
ATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAAACCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGA
CGTTAATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAGCTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCAT
CAGTAATGGAGACCACATTGGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAA
TGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGTCTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTT
CTAA

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR3CZ74JQ 575 0 0
AGTTAATCCACCTTTAAGGGCTTGTAGTAATTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGGCTTT
CTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCATTCGATCACAGAATCCATTGACAGCTGCCTA
AATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTACTTC
TGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGCCTGAGTCGCAGCATCAAGGCCTGAGCCAAA
TTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGCATAC
TTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGACCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGACGTT
AATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAGCTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCATCAGT
AATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAATGAC
GGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGTCTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTTCTAA
GAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACCTGGGA

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR3CZ74TF 575 0 0
AGTTAATCCACCTTTAAGGGCTTGTAGTAATTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGGCTTT
CTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCATTCGATCACAGAATCCATTGACAGCTGCCTA
AATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTACTTC
TGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGCCTGAGTCGCAGCATCAAGGCCTGAGCCAAA
TTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGCATAC
TTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGACCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGACGTT
AATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAGCTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCATCAGT
AATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAATGAC
GGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGTCTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTTCTAA
GAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACCTGGGA

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR3C002JQ 739 0 0
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GAAAGCATCTAGTTCCATTTTTCTTTCGTTAGTTAATCCACCTTTAAGGGCTTGTAGTAA
TTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGGCTTTCTCATACTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCAT
TCGATCACAGAATCCATTGACAGCTTCATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAG
TGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTACTTCTGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGC
CTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGCCAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTG
TGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGCATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGA
CCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGACGTTAATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAG
CTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCATCAGTAATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGC
CGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAATGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGT
CTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTTCTAAGAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACC
TGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTCGGCGTAACAATAATGACATTTGTCGATATGCCAC
CGCCTGTTTACTAAGATC
C

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3C002TF 739 0 0
ACTGATTGAGGATTC*TAATGTGATGAAAGCTAAATTAAAGCTAAAGCTCTTTCTTTTAA
GAAAGCATCTAGTTCCATTTTTCTTTCGTTAGTTAATCCACCTTTAAGGGCTTGTAGTAA
TTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGGCTTTCTCATACTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCAT
TCGATCACAGAATCCATTGACAGCTTCATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAG
TGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTACTTCTGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGC
CTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGCCAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTG
TGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGCATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGA
CCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGACGTTAATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAG
CTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCATCAGTAATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGC
CGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAATGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGT
CTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTTCTAAGAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACC
TGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTCGGCGTAACAATAATGACATTTGTCGATATGCCAC
CGCCTGTTTACTAAGATC
C

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3CN65JQ 725 0 0
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CTTTCTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCATTCGATCGCAGAATCCACTGACAGCTG
CATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTA
CTTCTGTCGGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGCCTGAGTCGCAGCATCAAGGTATGAGC
CAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGC
ATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGACTCGACGCGACTGACAGATAAGCCGA
CGTTAATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAGCTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCAT
CAGTAATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAA
TGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACC***ACCTGTCTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTT
CTAAGAGACGGGAATGTAAATAGAAAACACCACCTGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTC
GGCGTAACAATAATGACATTTGTCGATATGCCACCGCCTGTTTACTAAGATCATCATAGA
TTATTAATGCGTGCATTCCATTATCGCGGAAATATTCCCCCATGGCACACCCGGAATATG
GGGCC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3FM22JQ 724 0 0
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CTTTCTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCATTCGATCACAGAATCCATTGACAGCTG
CATAAATGACTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTA
CTTCTGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGCCTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGC
CAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGC
ATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCGGACCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGA
CGTTAATAGAAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAGCTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCAT
CAGTAATGGAGATCACATTGGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAA
TGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGTCTGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTT
CTAAGAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACCTGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTC
GGCGTAACAATAATGACATTTGTCGATATGCCACCGCCTGTTTACTAAGATCATCATAGA
TTATTAATGCGTGCATTCCATTATCGCGGAAATATTCCCCCATGGCACACCCGGAATATG
GGGC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3BX15JQ 866 0 0
CGTTAGTTAATCCACCTTTAAGGGCTTGTAGTAATTCAGGTTTGACACTATTTAGAATGG
CTTTCTCATATTGAGAGATTCTGTCTAGTGGCATTCGATCACAGAATCCATTGACAGCTG
CATAAATGGCTAGTATTTGTTTTTCAATTGGAAGTGGTGCATATTGTGGTTGTTTCAGTA
CTTCTGTCAGCCTTGCACCTCTATTGAGTAATGCCTGAGTCGCAGCATCAAGGTCTGAGC
CAAATTGAGCAAAGGCGGCCACTTCGCGATATTGTGCCAATTCCAGTTTTAAACTACCGC
ATACTTGTTTCATAGCTTTCAACTGAGCGGCAGACCCGACGCGACTGACAGATAAGCCGA
CGTTAATAGCAGGTCTAATTCCGCGATAAAAGAGCTCTGTTTCCAAACAGATTTGTCCAT
CAGTAATGGAGATCACATGGGTGGGAATATAGGCCGATACGTCTCCAGCTTGTGTTTCAA
TGACGGGTAAGGCGGTCAAGCTACCTGCACCTGTCCGGTCCGATCGTTTAGCCGCTCTTT
CTAAGAGACGGGAATGTAAATAGAAAACATCACCTGGGAAAGCCTCACGGCCTGGTGGTC
GGCGTAACAATAATGACATTTGTCGATATGCCACCGCCTGTTTACTAAGATCATCATAGA
TTATTAATGCGTGCATTCCATTATCGCGGAAATATTCCCCCATGGCACACCCGGAATATG
GGGCCAAAAATTGCAGAGGAGCAGATCCGAAGCGGTGGCTGCTACAAGAATGGATATTCC
AAGCATCGCTTCTTCAGAGTTTGAATAATTGTCCCACAGTCGAGCGTTCTGTCCATCGCT
ACATAGACACATACATGTCTCACTCT

QA 1 866 1 866
DS 



CO CL70Contig2 1201 4 10 U
GTATTGTTGATACTCCTGCAGAGAATCTCTTAGGAGCGAACGCGATCTATTTAGACCTGA
TCTATCAGGGCACGAATAGTCGCTACTTTGCCCAAGCTCTGGAGTTAGTGCTTTCGTTCA
GTTCATAAGGTTGACTTTTTTTTTCTAAAGCGGTATTCCTCCTTGCCTCTGAATTCAAAA
ATGGAATTATGGAATTATCTCCTAGAGCTGCGGAACTAACGAATCTATTCGAAAGTCGAA
TTAGGAACTTTTACGCGAATTTTCAAGTGGATGAGATCGGTCGAGTGGTCTCAGTTGGAG
ATGGGATTGCACAAGTTTATGGATTGAACGAGATTCAAGCTGGGGAAATGGTTCTTTTTG
CCAACGGTGTGAAAGGAATGGCCTTGAATCTTGAGAATGAGAATGTCGGGATTGTTGTCT
TTGGTGGTGATACCGCTATAAAAGAAGGAGATCTTGTCAAGCGCACTGGATCTATTGTGG
ATGTTCCCGCGGGAAAGGCTATGCTAGGGCGTGTGGTCGACGCGATGGGAGTACCTATTG
ATGGAAGAGGGGCTCTAAGCGATCACGAGCAAAGACGTGTCGAAGTGAAAGCCCCTGGGA
TTCTTGAACGTAAATCAGTGCACGAGCCTATGCAAACAGGGTTAAAAGCGGTAGATAGCC
TGGTTCCTATAGGCCGTGGTCAACGAGAACTTCTAATCGGGGACCGACAAACTGGAAAAA
CGACTATTGCTATCGATACCATATTAAACCAAAAGCAAATAAACTCAAGGGCCACCTCTG
AGAGTGAGACAATGTATTGTGTCTATGTAGCGATTGGACAGAAACGCTCGACTGTGGGAC
AATTAATTCAAACTCTTGAAGAAGCGAATGCTTTGGAATATTCCATTCTTGTAGCAGCCA
CCGCTTCGGATCCTGCTCCTCTGCAATTTTTGGCCCCATATTCCGGGTGTGCCATGGGGG
AATATTTCCGCGATAATGGAATGCACGCATTAATAATCTATGATGATCTTAGTAAACAGG
CGGTGGCATATCGACAAATGTCATTATTGTTACGCCGACCACCAGGCCGTGAGGCTTTCC
CAGGTGATGTTTTCTATTTACATTCCCGTCTCTTAGAAAGAGCGGCTAAACGATCGGACC
AGACAGTGCAGTAGCTTGACCGCTTACTCGTCATGAACACAAGCTGGAGACGTATCGGCT
A


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3CN65TF U 1
AF RR3FE92TF U 2
AF RR3EO24TF U 549
AF RR3BX15TF U 394
BS 1 118 RR3CN65TF
BS 119 119 RR3FE92TF
BS 120 668 RR3CN65TF
BS 669 1073 RR3BX15TF
BS 1074 1074 RR3EO24TF
BS 1075 1129 RR3BX15TF
BS 1130 1130 RR3EO24TF
BS 1131 1140 RR3BX15TF
BS 1141 1141 RR3EO24TF
BS 1142 1201 RR3BX15TF

RD RR3CN65TF 668 0 0
GTATTGTTGATACTCCTGCAGAGAATCTCTTAGGAGCGAACGCGATCTATTTAGACCTGA
TCTATCAGGGCACGAATAGTCGCTACTTTGCCCAAGCTCTGGAGTTAGTGCTTTCGTTTA
GTTCATAAGGTTGACTTTTTTTTTCTAAAGCGGTATTCCTCCTTGCCTCTGAATTCAAAA
ATGGAATTATGGAATTATCTCCTAGAGCTGCGGAACTAACGAATCTATTCGAAAGTCGAA
TTAGGAACTTTTACGCGAATTTTCAAGTGGATGAGATCGGTCGAGTGGTCTCAGTTGGAG
ATGGGATTGCACAAGTTTATGGATTGAACGAGATTCAAGCTGGGGAAATGGTTCTTTTTG
CCAACGGTGTGAAAGGAATGGCCTTGAATCTTGAGAATGAGAATGTCGGGATTGTTGTCT
TTGGTGGTGATACCGCTATAAAAGAAGGAGATCTTGTCAAGCGCACTGGATCTATTGTGG
ATGTTCCCGCGGGAAAGGCTATGCTAGGGCGTGTGGTCGACGCGATGGGAGTACCTATTG
ATGGAAGAGGGGCTCTAAGCGATCACGAGCAAAGACGTGTCGAAGTGAAAGCCCCTGGGA
TTCTTGAACGTAAATCAGTGCACGAGCCTATGCAAACAGGGTTAAAAGCGGTAGATAGCC
TGGTTCCT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3FE92TF 667 0 0
G
ATTGTTGATACTCCTGCAGATAATCTCTTAGGAGCGAACGCGATCTATTTAGACCTGATC
TATCAGGGCACGAATAGTCGCTACTTTGCCCAAGCTCTGGAGTTAGTGCTTTCGTTCAGT
TCATAAGGTTGACTTTTTTTTTCTAAAGCGGTATTCCTCCTTGCCTCTGAATTCAAAAAT
GGAATTATGGAATTATCTCCTAGAGCTGCGGAACTAACGAATCTATTCGAAGGTCGAATT
AGGAACTTTTACGCGAATTTTCAAGTGGATGAGATCGGTCGAGTGGTCTCAGTTGGAGAT
GGGATTGCACAAGTTTATGGATTGAACGAGATTCAAGCTGGGGAAATGGTTCTTTTTGCC
AACGGTGTGAAAGGAATGGCCTTGAATCTTGAGAATGAGA*TGTCGGGATTGTTGTCTTT
GGTGGTGATACCGCTATAAAAGAAGGAGATCTTGTCAAGCGCACTGGATCTATTGTGGAT
GTTCCCGCGGGAAAGGCTATGCTAGGGCGTGTGGTCGACGCGATGGGAGTACCTATTGAT
GGAAGAGGGGCTCTAAGCGATCACGAGCAAAGACGTGTCGAAGTGAAAGCCCCTGGGATT
CTTGAACGTAAATCAGTGCACGAGCCTATGCAAACAGGGTTAAAAGCGGTAGATAGCCTG
GTTCCT

QA 2 667 2 667
DS 

RD RR3EO24TF 597 0 0
GGGGCTCTAAGCGATCACGAGCAAAGACGTGTCGAAGTGAAAGCCCCTGGGATTCTTGAA
CGTAAATCAGTGCACGAGCCTATGCAAACAGGGTTAAAAGCGGTAGATAGCCTGGTTCCT
ATAGGCCGTGGTCAACGAGAACTTCTAATCGGGGACCGACAAACTGGAAAAACGACTATT
GCTATCGATACCATATTAAACCAAAAGCAAATAAACTCAAGGGCCACCTCTGAGAGTGAG
ACAATGTATTGTGTCTATGTAGCGATTGGACAGAAACGCTCGACTGTGGGACAATTAATT
CAAACTCTTGAAGAAGCGAATGCTTTGGAATATTCCATTCTTGTAGCAGCCACCGCTTCG
GATCCTGCTCCTCTGCAATTTTTGGCCCCATATTCCGGGTGTGCCATGGGGGAATATTTC
CGCGATAATGGAATGCACGCATTAATAATCTATGATGATCTTAGTAAACAGGCGGTGGCA
TATCGACAAATGTCATTATTGTTACGCCGACCACCAGGCCGTGAGGCTTTCCCAGGTGAT
GTTTTCTATTTACATTCCCGTCTCTTAGAAAGAGCGGCTAAACGATCGGACCAGACA

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3BX15TF 808 0 0
GGAATGAGA
ATGTCGTGATTGTTGTCTTTGGTGGTGATACCGCTATAAAAGAAGGAGATCTTGTCAAGC
GCACTGGATCTATTGTGGATGTTCCCGCGGGAAAGGCTATGCTAGGGCGTGTGGTCGACG
CGATGGGAGTACCTATTGATGGAAGAGGGGCTCTAAGCGATCACGAGCAAAGACGTGTCG
AAGTGAAAGCCCCTGGGATTCTTGAACGTAAATCAGTGCACGAGCCTATGCAAACAGGGT
TAAAAGCGGTAGATAGCCTGGTTCCTATAGGCCGTGGTCAACGAGAACTTCTAATCGGGG
ACCGACAAACTGGAAAAACGACTATTGCTATCGATACCATATTAAACCAAAAGCAAATAA
ACTCAAGGGCCACCTCTGAGAGTGAGACAATGTATTGTGTCTATGTAGCGATTGGACAGA
AACGCTCGACTGTGGGACAATTAATTCAAACTCTTGAAGAAGCGAATGCTTTGGAATATT
CCATTCTTGTAGCAGCCACCGCTTCGGATCCTGCTCCTCTGCAATTTTTGGCCCCATATT
CCGGGTGTGCCATGGGGGAATATTTCCGCGATAATGGAATGCACGCATTAATAATCTATG
ATGATCTTAGTAAACAGGCGGTGGCATATCGACAAATGTCATTATTGTTACGCCGACCAC
CAGGCCGTGAG*CTTTCCCAGGTGATGTTTTCTATTTACATTCCCGTCTCTTAGAAAGAG
CGGCTAA*CGATCGGACCGGACAGTGCAGTAGCTTGACCGCTTACTCGTCATGAACACAA
GCTGGAGACGTATCGGCTA

QA 10 808 10 808
DS 



AS 1 13

CO CL71Contig1 1365 13 27 U
GGATCATCCAAAACATCTTCCTCCTCCAGTCTTGAGCAAAATTCCGGTCCAAGTTCAGTA
ATATCAATGGCGCTACACGAAGTTCACTCAGCAAATATTAGTTCCTACAAAGCTGCTTGT
GAACAACACCCAGAGCTCAAATCCTTTGATGCTTCGCTTCAAGAGGGGGCCAACAAAGTG
TTGAACTCGGTCAACGCTCAAGCCGAGACTGATTCTTATTCCGTACACACATCATACGCG
GAGCTCTACAAGTATCTGCTTGATGCATGCCAAGCTGTGGCAAAGTTCATTACTTCTATC
GAAGGCGACGTGTGGGACAACGAAGATCTAAAAAAGATAGTGGAGGCCTATTTTGAGGAT
ACCATCAAGACTTTACAGTTTTTCAACAGTGTTGATAAACTGGCCGACAAAGCATCAATT
GGCGACCTTTACCTTCAACGCGCGGTGGATCTCTTTGACAAAGAGTCGGCGGAAAATGGT
GGGAATACTATGAACAAGTATGAGAAAGCATTGGAGGACCTGAAGAAGTTTGAAAACATG
AAACACGATTTTGATGGCGACAAGTTAATAGCTCAGTTCGACTTGGTCAAAAAGGAGCAG
G*AAAACCTTCTGGAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATTGATGAGGCATATGAGGC
GTCACAAGCACATAGCAAACTTACGAATATAATTTTCGGCACGTTGTTTGGTGTTGTTGC
TCTCATAGGGGTGGCTACATTTGCATTCGGGGGCGAATTTCTGGTGGAAGGTGCAATAGC
TGCGGGTTTTGCGTTACCAGTCCTTGCCGTGGGATGGGCAGGGACCAAGATTGCAATGCA
GAAACTGGAGGACACTGTGAAGAAACAGAAAGATATAGCAGAACAGGTTGGGAAAGGTTT
GGAAGTCAACAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTCAGGAAACTTTTAAATAA
GATAAAGTCGATGTTGGAGATCGCGGATACTCCTGACGAGGCTAGCGAGAGAGACACGAA
AAATGAACTGAAACTAATCAAGAAGAAATTGGGAGGTTTTACTGACTCAATCAACGAGGT
TGACGAAACCGTGGCTAAACTTAGCAAATTGGTCGTTGAGTCGAGAATTAAGGTTATGGA
AAAGATCCAAGATTAATGGTAAACTATCAATATGCTTTATTGATGTTTATTGTTCAAGAA
TCAAGACACCCACGCTACGTTATATGTTTTAATCTTTGGTTTTCAATAATTTGGGTTTAT
AGCCCATTGTACTTTTTATTTTATTTTGTAACGTTAACCATCCGAAAAGATTGGTTGATG
TACCTCTATCCCCTATTCGTGAAATAAAGTTGTTGTTGTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 
45 45 45 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 35 35 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 10 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 35 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 0 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 0 0 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3CZ21TF U 74
AF RR3ED11TF U 4
AF RR3BW03TF U 1
AF RR3AK01TF U 294
AF RR3B880TF U 452
AF RR3B880JQ C 524
AF RR3BW03JQ C 613
AF RR3G150JQ C 1060
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AF RR3ED11JQ C 717
AF RR3CZ21JQ C 614
AF RR3A406TF U 902
AF RR3AK01JQ C 992
BS 1 135 RR3BW03TF
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BS 137 291 RR3BW03TF
BS 292 292 RR3CZ21TF
BS 293 658 RR3BW03TF
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BS 729 768 RR3B880TF
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BS 1091 1098 RR3G150TF
BS 1099 1099 RR3A406TF
BS 1100 1155 RR3G150TF
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BS 1291 1294 RR3A406TF
BS 1295 1350 RR3G150TF
BS 1351 1361 RR3A406TF
BS 1362 1365 RR3AK01JQ

RD RR3CZ21TF 374 0 0
G
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GCTCAAATCCTTTGATGCTTCGCTTCAAGAGGGGGCCAACAAAGTGTTGAACTCGGTCAA
CGCTCAAGCCGAGACTGATCCTTATTCCGTACACACATCATACGCGGAGCTCTACAAGTA
TCTGCTTGATGCATGCCAAGCTGTGGCAAAGTTCATTACTTCTATCGAAGGCGACGTGTG
GGACAACGAAGATCTAAAGAAGATAGTGGAGGCCTATTTTGAGGATACCATCAAGACTTT
ACAGTTTTTCAACAGTGTTGATAAACTGGCCGACAAAGCATCAATTGGCGACCTTTACCT
TCAACGCGCGGTG

QA 2 374 2 374
DS 

RD RR3ED11TF 590 0 0
GG
ATCCAAAACATCTTCCTCCTCCAGTCTTGAGCAAAATTCCGGTCCAAGTTCAGTAATATC
AATGGCGCTACACGAAGTTCACTCAGCAAATATTAGTTCCTACAAAGCTGCTTGTGAACA
ACACCCAGAGCTCAAATCCTTTGATGCTTCGCTTCAAGAGGGGGCCAACAAAGTGTTGAA
CTCGGTCAACGCTCAAGCCGAGACTGATTCTTATTCCGTACACACATCATACGCGGAGCT
CTACAAGTATCTGCTTGATGCATGCCAAGCTGTGGCAAAGTTCATTACTTCTATCGAAGG
CGACGTGTTGGACAACGAAGATCTAAAAAAGATAGTGGAGGCCTATTTTGAGGAT**CAT
CAAGACTTTACAGTTTTTCAACAGTGTTGATAAACTGGCCGACAAAGCATCAATTGGCGA
CCTTTACCTTCAACGCGCGGTGGATCTCTTTGACAAAGAGTCGGCGGAGAATGGTGGGAA
TACTATGAACAAGTATGAGAAAGCATTGGAGGACCTGAAGAAGTTTGAAAACATGAAACA
CGATTTTGATGGCGACAAGTTAATAGCTCAGTTCGACTTGGTCAAAAA

QA 3 590 3 590
DS 

RD RR3BW03TF 728 0 0
GGATCATCCAAAACATCTTCCTCCTCCAGTCTTGAGCAAAATTCCGGTCCAAGTTCAGTA
ATATCAATGGCGCTACACGAAGTTCACTCAGCAAATATTAGTTCCTACAAAGCTGCTTGT
GAACAACACCCAGAGTTCAAATCCTTTGATGCTTCGCTTCAAGAGGGGGCCAACAAAGTG
TTGAACTCGGTCAACGCTCAAGCCGAGACTGATTCTTATTCCGTACACACATCATACGCG
GAGCTCTACAAGTATCTGCTTGATGCATGCCAAGCTGTGGCAAAGTTCATTGCTTCTATC
GAAGGCGACGTGTGGGACAACGAAGATCTAAAAAAGATAGTGGAGGCCTATTTTGAGGAT
ACCATCAAGACTTTACAGTTTTTCAACAGTGTTGATAAACTGGCCGACAAAGCATCAATT
GGCGACCTTTACCTTCAACGCGCGGTGGATCTCTTTGACAAAGAGTCGGCGGAAAATGGT
GGGAATACTATGAACAAGTATGAGAAAGCATTGGAGGACCTGAAGAAGTTTGAAAACATG
AAACACGATTTTGATGGCGACAAGTTAATAGCTCAGTTCGACTTGGTCAAAAAGGAGCAG
G*AAAACCTTCTGGAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATTGATGAGGCATATGAG*C
GGCACAAGCACATAGCAAACTTACGAATATAATTTTCG*CACGTTGTTTGGTGTTGTTGC
TCTCATAG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3AK01TF 431 0 0
TTCTATCGAAGGCGACGTGTGGGACAACGAAGATCTAAAGAAGATAGTGGAGGCCTATTT
TGAGGATACCATCAAGACTTTACAGTTTTTCAACAGTGTTGATAAACTGGCCGACAAAGC
ATCAATTGGCGACCTTTACCTTCAACGCGCGGTGGATCTCTTTGACAAAGAGTCGGCGGA
AAATGGTGGGAATACTATGAACAAGTATGAGAAAGCATTGGAGGACCTGAAGAAGTTTGA
AAACGTGAAACACGATTTTGATGGTGACAAGTTAATAGCTCAGTTCGACTTGGTCAAAAA
GGAGCAGA*AAAACCTTCTGGAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATTGATGAGGCAT
ATGAGGCGTCACAAGCACATAGCAAACTTACGAATATAATTTTCGGCACGTTGTTTGGTG
TTGTTGCTCTC

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR3B880TF 317 0 0
TCTTTGACAAAGAGTCGGCGGAAAATGGTGGGAATACTATGAACAAGTATGAGAAAGCAT
TGGAGGACCTGAAGAAGTTTGAAAACATGAAACACGATTTTGATGGCGACAAGTTAATAG
CTCAGTTCGACTTGGTCAAAAAGGAGCAGGGAAAACCTTCTGGAGCAAGTGAGTGATCTG
AAAAAGAAGATTGATGAGGCATATGAGGCGTCACAAGCACATAGCAAACTTACGAATATA
ATTTTCGGCACGTTGTTTGGTGTTGTTGCTCTCATAGGGGTGGCTACATTTGCATTCGGG
GGCGAATTTCTGGTGGA

QA 1 317 1 317
DS 

RD RR3B880JQ 827 0 0
AGAAGTTTGAAAACATGAAACACGATTTTGATGGCGACAAGTTAATAGCTCAGTTCGACT
TGGTCAAAAAGGAGCAGG*AAAACCTTCTGGAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATT
GATGAGGCATATGAGGCGTCACAAGCACATAGCAAACTTACGAATATAATTTTCGGCACG
TTGTTTGGTGTTGTTGCTCTCATAGGGGTGGCTACATTTGCATTCGGGGGCGAATTTCTG
GTGGAAGGTGCAATAGCTGCGGGTTTTGCGTTACCAGTCCTTGCCGTGGGATGGGCAGGG
ACCAAGATTGCAATGCAGAAACTGGAGGACACTGTGAAGAAACAGAAAGATATAGCAGAA
CAGGTTGGGAAAGGTTTGGAAGTCAACAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTC
AGGAAACTTTTAAATAAGATAAAGTCGATGTTGGAGATCGCGGATACTCCTGACGAGGCT
AGCGAGAGAGACACGAAAAATGAACTGAAACTAATCAAGAAGAAATTGGGAGGTTTTACT
GACTCAATCAACGAGGTTGACGAAACCGTGGCTAAACTTAGCAAATTGATCGTTGAGTCG
AGAATTAAGGTTATGGAAAAGATCCAAGATTAATGGTAAACTATCAATATGCTTTATTGA
TGTTTATTGTTCAAGAATCAAGACACCCTCGCTATGTTATATGTTTTAATCTTTGGTTTT
CAATAATTTGGGTTTATAGCCCATTGTACTTTTTATTTTATTTTGTAACGTTAACCATCC
GAAAAGATTGGTTGATGTACCTCTATCCCCTATTCGTGAAATAAAGT

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR3BW03JQ 738 0 0
GGAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATTGATGAGGCATATGAGGCGGCACAAGCACA
TAGCAAACTTACGAATATAATTTTCGGCACGTTGTTTGGTGTTGTTGCTCTCATAGGGGT
GGCTACATTTGCATTCGGGGGCGAATTTCTGGTGGAAGGTGCAATAGCTGCGGGTTTTGC
GTTACCAGTCGTTGCCGTGGGATGGGCAGGGACCAAGATTGCAATGCAGAAACTGGAGGA
CACTGTGAAGAAACAGAAAGATATAGCAGAACAGGTTGGGAAAGGTTTGGAAGTCAACAA
AGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTCGAGACCCTTTTAAATAAGATAGAGTCGAT
GTTGGAGATCGCGGATACTCCTGACGAGGCTAGCGAGAGAGACACGAAAAATGAACTGAA
ACTAATCAAGAAGAAATTGGGAGGTTTTACTGACTCAATCAACGAGGTTGACGAAACTGT
GGCTAAGCTTAGCAAATTGGTCGTTGAGTCGAGAATTAAGGTTATGGAAAAGATCCAAGA
TTAGTGGTAAACTATCAATATGCTTTATTGATGTTTATTGTTCAAGAATCAAGACACCCA
CGCTACGTTATATGTTTTAATCTTTGGTTTTCAATAATTTGGGTTTATAGCCCATTGTAC
TTTTTATTTTATTTTGTA****TAACCATCCGAAAAGATTGGTTGATGTACCTCTATCCC
CTATTCGTGAAATAAAGT

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3G150JQ 291 0 0
G
ACTGACTCAATCAACGAGGTTGACGAAACTGTGGCTAAGCTTAGCAAATTGGTCGTTGAG
TCGAGAATTAAGGTTATGGAAAAGATCCAAGATTAGTGGTAAACTATCAATATGCTTTAT
TGATGTTTATTGTTCAAGAATCAAGACACCCACGCTACGTTATATGTTTTAATCTTTGGT
TTTCAATAATTTGGGTTTATAGCCCATTGTACTTTTTATTTTATTTTGTA****TAACCA
TCCGAAAAGATTGGTTGATGTACCTCTATCCCCTATTCGTGAAATAAAGT

QA 2 291 2 291
DS 

RD RR3G150TF 291 0 0
G
ACTGACTCAATCAACGAGGTTGACGAAACTGTGGCTAAGCTTAGCAAATTGGTCGTTGAG
TCGAGAATTAAGGTTATGGAAAAGATCCAAGATTAGTGGTAAACTATCAATATGCTTTAT
TGATGTTTATTGTTCAAGAATCAAGACACCCACGCTACGTTATATGTTTTAATCTTTGGT
TTTCAATAATTTGGGTTTATAGCCCATTGTACTTTTTATTTTATTTTGTA****TAACCA
TCCGAAAAGATTGGTTGATGTACCTCTATCCCCTATTCGTGAAATAAAGT

QA 2 291 2 291
DS 

RD RR3ED11JQ 634 0 0
TTGCTCTCATAGGGGTGGCTACATTTGCATTCGGGGGCGAATTTCTGGTGGAAGGTGCAA
TAGCTGCGGGTTTTGCGTTACCAGTCGTTGCCGTGGGATGGGCAGGGACCAAGATTGCAA
TGCAGAAACTGGAGGACACTGTGAAGAAACAGAAAGATATAGCAGAACAGGTTGGGAAAG
GTTTGGAAGTCAACAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTCGAGACCCTTTTAA
ATAAGATAGAGTCGATGTTGGAGATCGCGGATACTCCTGACGAGGCTAGCGAGAGAGACA
CGAAAAATGAACTGAAACTAATCAAGAAGAAATTGGGAGGTTTTACTGACTCAATCAACG
AGGTTGACGAAACTGTGGCTAAGCTTAGCAAATTGGTCGTTGAGTCGAGAATTAAGGTTA
TGGAAAAGATCCAAGATTAGCGGTCAACTATCAATATGCTTTATTGATGTTTATTGTTCA
AGAATCAAGACACCCACGCTACGTTATATGTTTTAATCTTTGGTTTTCAATAATTTGGGT
TTATAGCCCATTGTACTTTTTATTTTATTTTGTA****TAACCATCCGAAAAGATTGGTT
GATGTACCTCTATCCCCTATTCGTGAAATAAAGT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3CZ21JQ 740 0 0
GAGCAAGTGAGTGATCTGAAAAAGAAGATTGATGAGGCATATGAGGTGTCACAAGCACAT
AGCAAACTTACGAATATAATTTTCGGCACGTTGTTTGGTGTTGTTGCTCTCATAGGGGTG
GCTACATTTGCATTCGGGGGCGAATTTCTGGTGGAAGGTGCAATAGCTGCGGGTTTTGCG
TTACCAGTCCTTGCCGTGGGATGGGCAGGGACCAAGATTGCAATGCAGAAACTGGAGGAC
ACTGTGAAGAAACAGAAAGATATAGCAGAACAGGTTGGGAAAGGTTTGGAAGTCAACAAA
GATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTCAGGAAACTTTTAAATAAGATAAAGTCGATG
TTGGAGATCGCGGACACTCCTGACGAGGCTAGCGAGAGAGACACGAAAAATGAACTGAAA
CTAATCAAGAAGAAATTGGGAGGTTTTACTGACTCAATCAACGAGGTTGACGAAACCGTG
GCTAAACTTAGCAAATTGGTCGTTGAGTCGAGAATTAAGGTTATGGAAAAGATCCAAGAT
TAATGGTAAACTATCAATATGCTTTATTGATGTTTATTGTTCAAGAATCAAGACCCCCTC
GCTATGTTATATGTTTTAATCTTTGGTTTTCAATAATTTGGGTTTATAGCCCATTGTACT
TTTTATTTTATTTTGTAACGTTAACCATCCGAAAAGATTGGTTGATGTACCTCTATCCCC
TATTCGTGAAATAAAGT
TGC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3A406TF 463 0 0
GAAGTCAACAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTCAGGAAACTTTTAAATAAG
ATAAAGTCGTTGTTGGAGATCGCGGATACTCCTGACGAGGCTAGCGAGAGAGACACGAAA
AATGAACTGAAACTAATCAAGAAGAAATTGGGAGGTTTTACTGACTCAATCAACGAGGTT
GACGAAACCGTGGCTAAACTTAGCAAATTGGTCGTTGAGTCGAGAATTAAGGTTATGGAA
AAGATCCAAGATTAATGGTAAACTATCAATATGCTTTATTGATGTTTATTGTTCAAGAAT
CAAGACACCCTCGCTATGTTATATGTTTTAATCTTTGGTTTTCAATAATTTGGGATTATA
GCCCATTGTACTTTTTATTTTATTTTGTAACGTTAACCATCCGAAAAGATTGGTTGATGT
ACCTCTATCCCCTATTCGTGAAATAAAGTTGTTGTTGTTT
CCT

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR3AK01JQ 374 0 0
CCTGAGGAGGCTAGGGGGAGAGACACGAAAAATGAACTGAAACTAATCAAGAAGAAATTG
GGGGGTTTTACTGACTCAATCAACGAGGTTGAGGAAACCGTGGCTAAACTTAGCAAATTG
GTCGTTGAGTCGAGAATTAAGGTTATGGAAAAAATCCAAGATTAATGGTAAACTATCAAT
ATGCTTTATTGATGTTTATTGTTCAAGAATCAAGACCCCCCCGCTATGTTATATGTTTTA
ATTTTTGGTTTTCAATAATTTGGGTTTATAGCCCCTTGTACTTTTTATTTTATTTTGTAA
CGTTAACCATCCGAAAAGATTGGTTGATGTACCTCTATCCCCTATTCGTGAAATAAAGTT
GTTGTTGTTTTTTT

QA 1 374 1 374
DS 



AS 3 15

CO CL72Contig1 853 5 9 U
GGAACTCCTCACTCACTTTAGATTCTTCTACTCTCAAAACACACAATTTCCACCTCTTAA
GAGAACAAAGGTAAGAGATTCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTAGTGGGG
TTGGCTCTTCGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTAAGCGGTGGATCAA
TGAGTGTTGGCCGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGGTCTTAG
CCGCCGTGAAAGGTGATGGAAAATCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCTCAC
AGAAAGCTGGCGAGTTCGTGAAGGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTCAGA
AAGGACAAGAAGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAGCTG
GTGAAGCGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATA
AAGGCAAAGAGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCGTTG
TTGAAAAAGCTGGCGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTAAGT
ACGTTGGAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAA*CGAAGAA
TAGAATATTGTTTATTTGGGACACTAAACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATCTCTTT
TTTTTTTT**GAACACATGAGGCAGTAATCTCAAAAGTATATTTTTACTTTCTGAGAATA
TAGTATGTTTATTTTGTGAGAGAATAAACTGATACATAAATAAATACTGATATAGTCAGT
GACTAATCTAATC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 15 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AA91TF U 1
AF RR3GS80TF U 9
AF RR3DI57TF U 1
AF RR3DI57JQ C 58
AF RR3AA91JQ C 58
BS 1 728 RR3AA91TF
BS 729 730 RR3DI57TF
BS 731 732 RR3AA91JQ
BS 733 741 RR3DI57TF
BS 742 742 RR3AA91JQ
BS 743 755 RR3DI57TF
BS 756 756 RR3AA91JQ
BS 757 775 RR3DI57TF
BS 776 853 RR3AA91JQ

RD RR3AA91TF 736 0 0
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GAGAACAAAGGTAAGAGATTCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTAGTGGGG
TTGGCTCTTCGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTAAGCGGTGGATCAA
TGAGTGTTGGCCGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGGTCTTAG
CCGCCGTGAAAGGTGATGGAAAATCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCTCAC
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GTGAAGCGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATA
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TTGAAAAAGCTGGCGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTAAGT
ACGTTGGAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAA*CGAAGAA
TAGAATATTGTTTATTTGGGACACTAAACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATCTCTTT
TTTTTTTT
TTTGAACA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3GS80TF 716 0 0
G
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CGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTAAGCGGTGGATCAATGAGTGTTG
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AAGGTGATGGAAAATCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCTCACAGAAAGCTG
GCGAGTTCATGAAGGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTCAGAAAGGACAAG
AAGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAGCTGGTGAAGCGA
TGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATAAAGGCAAAG
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ATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAAACGAAGAATAGAATTTT
GTTTATTTGGGACACTAAACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATCTCTTTTTTT

QA 2 716 2 716
DS 

RD RR3DI57TF 775 0 0
GG
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GAACAAAGGTAAGAGATTCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTAGTGGGGTT
GGCTCTTCGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTAAGCGGTGGATCAATG
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GCCGTGAAAGGTGATGGAAAATCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCTCACAG
AAAGCTGGCGAGTTCGTGAAGGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTCAGAAA
GGACAAGAAGTTAAAGATCATATGGAGAGCTCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAGCTG**
*AAGCGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATAAA
GGCAAAGAGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCGTTGTT
GAAAAAGCTGGCGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTAAGTAC
GTTGGAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAA*CGAAGAATA
GAATATTGTTTATTTGGGACACTAAACATATAAAGAACTTTGAG*CAGTAATCTCTTTTT
TTTTTG****ACACATGAG*CAGTAATCTCAAA*GTATATTTTTACTTTCTGA

QA 3 775 3 775
DS 

RD RR3DI57JQ 760 0 0
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TAGCCGCCGTGAAAGGTGATGGAAAATCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCT
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CTG***AAGCGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGG
ATAAAGGCAAAGAGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCG
TTGTTGAAAAAGCTGGCGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTA
AGTACGTTGGAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAA*CGAA
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TTTTTTTTTTT**GAACACATGAGGCAGTAATCTCAAAAGTATATTTTTACTTTCTGAGA
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QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3AA91JQ 796 0 0
TAAGAGAACAAAGGTAAGAGATTCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTAGTG
GGGTTGGCTCTTCGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTAAGCGGTGGAT
CAATGAGTGTTGGCCGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGGTCT
TAGCCGCCGTGAAAGGTGATGGAAAATCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCT
CACAGAAAGCTGGCGAGTTCGTGAAGGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTC
AGAAAGGACAAGAAGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAG
CTGGTGAAGCGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGG
ATAAAGGCAAAGAGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCG
TTGTTGAAAAAGCTGGCGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTA
AGTACGTTGGAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAA*CGAA
GAATAGAATATTGTTTATTTGGGACACTAAACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATCTC
TTTTTTTTTTTTTGAACACATGAGGCAGTAATCTCAAAAGTATATTTTTACTTTCTGAGA
ATATAGTATGTTTATTTTGTGAGAGAATAAACTGATACATAAATAAATACTGATATAGTC
AGTGACTAATCTAATC

QA 1 796 1 796
DS 



CO CL72Contig2 548 2 4 U
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TGTGTTCAAAAAAAAAAAAGAGATTACTGCCTCAAAGTTCTTTATATGTTTAGTGTCCCA
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CTTTATCTCCAACGTACTTAGCGGTTTTCTTGCGCATGTCAGTCGCCGAATCTTTGGCTT
CGCCAGCTTTTTCAACAACGAAATCCTTAGCTTTTTCAGTCATTAAAACAGTTTCTTCCT
TGGTCTCTTTGCCTTTATCCGTCACAAACTCCGAAGCTTTCTTAGCAGTTTCAGCCACCG
TGTCCGTCGCTTCACCAGCTTTCTCAACAATATAGTTTCTTGCGCTCTCCATATGATCTT
TAACTTCTTGTCCTTCACGAACTCGCCAGCTTTCTGTGAGGCATCATCTAGCCATTTGGG
GTCGTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BO38TF C 1
AF RR3BO38JQ U 145
BS 1 144 RR3BO38TF
BS 145 149 RR3BO38JQ
BS 150 150 RR3BO38TF
BS 151 548 RR3BO38JQ

RD RR3BO38TF 548 0 0
GGATGATTAGATTAGTCACTGACTATATCAGTATTTATTTATGTATCAGTTTATTCTCTC
ACAAAATAAACATACTATATTCTCAGAAAGTAAAAATATACTTTTGAGATTACTGCCTCA
TGTGTTCAAAAAAAAAAAAGAGATTACTGCCTCAAAGTTCTTTATATGTTTAGTGTCCCA
AATAAACAATATTCTATTCTTCGTTTTTTGGAGGAAATATAGCTTCTTTAGCCTGTGCTG
CTTTATCTCCAACGTACTTAGCGGTTTTCTTGCGCATGTCAGTCGCCGAATCTTTGGCTT
CGCCAGCTTTTTCAACAACGAAATCCTTAGCTTTTTCAGTCATTAAAACAGTTTCTTCCT
TGGTCTCTTTGCCTTTATCCGTCACAAACTCCGAAGCTTTCTTAGCAGTTTCAGCCACCG
TGTCCGTCGCTTCACCAGCTTTCTCAACAATATAGTTTCTTGCGCTCTCCATATGATCTT
TAACTTCTTGTCCTTCACGAACTCGCCAGCTTTCTGTGAGGCATCATCTAGCCATTTGGG
GTCGTTCT

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3BO38JQ 404 0 0
TACTGGCTCAAAGTTCTTTATATGTTTAGTGTCCCAAATAAACAATATTCTATTCTTCGT
TTTTTGGAGGAAATATAGCTTCTTTAGCCTGTGCTGCTTTATCTCCAACGTACTTAGCGG
TTTTCTTGCGCATGTCAGTCGCCGAATCTTTGGCTTCGCCAGCTTTTTCAACAACGAAAT
CCTTAGCTTTTTCAGTCATTAAAACAGTTTCTTCCTTGGTCTCTTTGCCTTTATCCGTCA
CAAACTCCGAAGCTTTCTTAGCAGTTTCAGCCACCGTGTCCGTCGCTTCACCAGCTTTCT
CAACAATATAGTTTCTTGCGCTCTCCATATGATCTTTAACTTCTTGTCCTTCACGAACTC
GCCAGCTTTCTGTGAGGCATCATCTAGCCATTTGGGGTCGTTCT

QA 1 404 1 404
DS 



CO CL72Contig3 814 8 6 U
GGGAATTTAACTCCTCACTCACTTTAGATTCTTCTACTCTCAAAACACACAATTTCCACC
TCTTAAGAGAACAAAAGTAAGAGATTCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTA
GTGGGGTTGGCTCTTCGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTGAGCGGTG
GATCAATGAGTGTTGGCCGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGG
TCCTAGCCGCCGTGAAAGGTGATGGAAAATCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATG
CCTCACAGAAAGCTGGCGAGTTCGTGAAGGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTG
CTCAGAAAGGACAAGAAGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGA
AAGCTGGTGAAGCGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGA
CGGATAAAGGCAAAGAGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATT
TCATTGTTGAAAAAGCTGATGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCG
CTAAGTACGTTGGAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAACG
AAGAATAGAATATTGTATATTTAGGACACTAAACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATC
TCATAAGTATATTTTTACTTTCTGAGAATATAGTATGTTTATTTTGTGAGAGAATAAACT
GATACATAAATAAGTACTGATATAGTCAGTGGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EK55TF U 2
AF RR3EK55JQ C 436
AF RR3CT36TF U 7
AF RR3DX11TF U 14
AF RR3G118TF U 1
AF RR3FL30TF U 2
AF RR3AO29TF U 15
AF RR3AO29JQ C 64
BS 1 281 RR3G118TF
BS 282 283 RR3EK55TF
BS 284 391 RR3G118TF
BS 392 392 RR3EK55TF
BS 393 769 RR3G118TF
BS 770 814 RR3AO29TF

RD RR3EK55TF 529 0 0
GGAATTT
AACTCCTCACTCACTTTAGATTCTTCTACTCTCAAAACACACAATTTCCACCTCTTAAGA
GAACAAAAGTAAGAGATTCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTAGTGGGGTT
GGCTCTTCGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTGAGCGGTGGATCAATG
AGTGTTGGCCGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGGTCCTAGCC
GCCGTGAAAGGTGATGGAAAATCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCTCACAG
AAAGCTGGCGAGTTCGTGAAGGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTCAGAAA
GGACAAGAAGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAGCTGGT
GAGGCGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATAAA
GGCAAAGAGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAA

QA 8 529 8 529
DS 

RD RR3EK55JQ 164 0 0
TGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATAAAGGCAAAG
AGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCATTGTTGAAAAAG
CTGATGAAGCCAAAGATTCGGGGACTGACATGCGCAAGAAAACC

QA 1 164 1 164
DS 

RD RR3CT36TF 651 0 0
GG
AACTCCTCACTCACTTTAGATTCTTCTACTCTCAAAACACACAATTTCCACCTCTTAAGA
GAACAAAAGTAAGAGATTCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTAGTGGGGTT
GGCTCTTCGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTGAGCGGTGGATCAATG
AGTGTTGGCCGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGGTCCTAGCC
GCCGTGAAAGGTGATGGAAAATCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCTCACAG
AAAGCTGGCGAGTTCGTGAAGGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTCAGAAA
GGACAAGAAGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAGCTGGT
GAAGCGATGGACACAGTGGCTGAAACTGCTAAGAAATCTTCGGAGTTTGTGACGGATAAA
GGCAAAGAGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCATTGTT
GAAAAAGCTGATGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTAAGTAC
GTTGGAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAA

QA 3 651 3 651
DS 

RD RR3DX11TF 639 0 0
GG
CACTCACTTTAGATTCTTCTACTCTCAAAACACACAATTTCCACCTCTTAAGAGAACAAA
AGTAAGAGATTCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTAGTGGGGTTGGCTCTT
CGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTGAGCGGTGGATCAATGAGTGTTG
GCCGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGGTCCTAGCCGCCGTGA
AAGGTGATGGAAAATCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCTCACAGAAAGCTG
GCGAGTTCGTGAAGGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTCAGAAAGGACAAG
AAGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAGCTGGTGAAGCGA
TGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATAAAGGCAAAG
AGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCATTGTTGAAAAAG
CTGATGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTAAGTACGTTGGAG
ATAAAGCAGCACAG*CTAAAGAAGCTATATTTCCTCC

QA 3 639 3 639
DS 

RD RR3G118TF 769 0 0
GGGAATTTAACTCCTCACTCACTTTAGATTCTTCTACTCTCAAAACACACAATTTCCACC
TCTTAAGAGAACAAAAGTAAGAGATTCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTA
GTGGGGTTGGCTCTTCGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTGAGCGGTG
GATCAATGAGTGTTGGCCGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGG
TCCTAGCCGCCGTGAAAGGTGATGGAAAATCAAAGAACGAC**CAAATGGCTAGATGATG
CCTCACAGAAAGCTGGCGAGTTCGTGAAGGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTG
CTCAGAAAGGACAAGAAGTTAAAGATCATATTGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGA
AAGCTGGTGAAGCGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGA
CGGATAAAGGCAAAGAGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATT
TCATTGTTGAAAAAGCTGATGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCG
CTAAGTACGTTGGAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAACG
AAGAATAGAATATTGTATATTTAGGACACTAAACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATC
TCATAAGTATATTTTTACTTTCTGAGAATATAGTATGTTTATTTTGTGA

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3FL30TF 734 0 0
GGAATTT
AACTCCTCACTCACTTTAGATTCTTCTACTCTCAAAACACACAATTTCCACCTCTTAAGA
GAACAAAAGTAAGAGATTCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTAGTGGGGTT
GGCTCTTCGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTGAGCGGTGGATCAATG
AGTGTTGGACGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGGTCCTAGCC
GCCGTGAAAGGTGATGGAAAATCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGATGATGCCTCACAG
AAAGCTGGCGAGTTCGTGAAGGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTCAGAAA
GGACAAGAAGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAGCCGGT
GAAGCGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATAAA
GGCAAAGAGACCAAGGAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCATTGTT
GAAAAAGCTGATGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTAAGTAC
GTTGGAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAA*CGAAGAATAG
AATATTGTATATTTAGGACACTAAACATATAAAGA*CTTTGAG*CAGTA*TCTCATAAGT
ATATTTT

QA 8 734 8 734
DS 

RD RR3AO29TF 800 0 0
GG
ACTCACTTTAGATTCTTCTACTCTCAAAACACACAATTTCCACCTCTTAAGAGAACAAAA
GTAAGAGATTCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTAGTGGGGTTGGCTCTTC
GTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTGAGCGGTGGATCAATGAGTGTTGG
CCGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGGTCCTAGCCGCCGTGAA
AGGTGATGGAAAATCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGGTGATGCCTCACAGAAAGCTGG
CGAGTTCGTGAAGGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTCAGAAAGGACAAGA
AGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAGCTGGTGAAGCGAT
GGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGGATAAAGGCAAAGA
GACCAAGAAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCATTGTTGAAAAAGC
TGATGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTAAGTACGTTGGAGA
TAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAACGAAGAATAGAATATTGT
ATATTTAGGACACTAAACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATCTCATAAGTATATTTTT
ACTTTCTGAGAATATAGTATGTTTATTTTGTGAGAGAATAAACTGATACATAAATAAGTA
CTGATATAGTCAGTGGCT

QA 3 800 3 800
DS 

RD RR3AO29JQ 751 0 0
TAAGAGAACAAAAGTAAGAGATTCTCATGTCGATGTCTATTTCTGGAGCCATGCTTAGTG
GGGTTGGCTCTTCGTTATTGATCAACGGAAGCAAGAAAAGCGACGGCGTGAGCGGTGGAT
CAATGAGTGTTGGCCGGAAGTATGCGACCATTACACCTCAGCGCAAGAAGTCATGGGTCC
TAGCCGCCGTGAAAGGTGATGGAAAATCAAAGAACGACCCCAAATGGCTAGGTGATGCCT
CACAGAAAGCTGGCGAGTTCGTGAAGGACATGGGGAGCGAAGTGGGGCACGTGACTGCTC
AGAAAGGACAAGAAGTTAAAGATCATATGGAGAGCGCAAGAAACTATATTGTTGAGAAAG
CTGGTGAAGCGATGGACACGGTGGCTGAAACTGCTAAGAAAGCTTCGGAGTTTGTGACGG
ATAAAGGCAAAGAGACCAAGAAAGAAACTGTTTTAATGACTGAAAAAGCTAAAGATTTCA
TTGTTGAAAAAGCTGATGAAGCCAAAGATTCGGCGACTGACATGCGCAAGAAAACCGCTA
AGTACGTTGGAGATAAAGCAGCACAGGCTAAAGAAGCTATATTTCCTCCAAAAAACGAAG
AATAGAATATTGTATATTTAGGACACTAAACATATAAAGAACTTTGAGGCAGTAATCTCA
TAAGTATATTTTTACTTTCTGAGAATATAGTATGTTTATTTTGTGAGAGAATAAACTGAT
ACATAAATAAGTACTGATATAGTCAGTGGCT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 2 11

CO CL73Contig1 860 5 33 U
GGTCAAGAACAAAGGTCCAAATAAATGTATGTCCTTAAATTTAACATGGATACATTATAA
AGTTGATCGTCTGTAGTTTATGCATCATTTTGTACATATGAACAGACCTTATGTTACAAC
AAGCATAAACAAACACTATGCACTCCCAAGTGACTTTCAAATAATGTCTTAATCCAATAT
ATATGGGGAACATGATTGTAATCAGATCACTGAGAGACGACATTCGCTGATCATCTTAGG
CCACAACCGGGTACGATGCACATGCCGCAATACCACACATGTTCTTCCCCATCTCCATCT
TGAAGTAACCTTTGTCACCCCAATCTGCTCCCCATGAGTTTTTAATAAGCCAATATGGAA
CACCGTCTTCAATTCCATAACCAACCGCCAAAACAGCATGGTTTACGTCCATTGGAGTCT
TTCCACAGTGACTATCACTGTAAACTCCGCTCTTGTAAAGCCGGAATGAGTGTATAACCT
CGAATCCTATGCTTACTGGTCGTACCAATCCAACCGCATGCTTCAGTTCATCTTCAGCAC
CCAGAGTAATGTTGACAGAGTCAAGGACTTGTACACCGACGTTCTCAGCTGAATATTTGC
AGGTTCCATCTTCACCGGTATAAGGATAAGCTTCCTCTGTGTCGAGGCCCCCGTTGGATT
TGATGTACTCAAAGGCTTGGGAAGGAAGGCCACCATTACAGCCATAGTTGTTGAAAGCAC
CAGCACAATCCACAAGCTGTTGCCCAGAGAGAGATATTCCTTTTCCAAATGCTTGATGGT
AAGCTGCCTCAAGCGCTCCAGTAGTACTGATGTCCAGCAGACCACACCTCCCTGGTCTTT
GACTGGGCTACATACATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GB12JQ U 64
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AF RR3EN66JQ U 1
AF RR3CD51JQ U 31
AF RR3EY34JQ U 57
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C
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AACCGGGTACGATGCACATGCCGCAATACCACACATGTTCTTCCCCATCTCCATCTTGAA
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GTCTTCAATTCCATAACCAACCGCCAAAACAGCATGGTTTACGTCCATTGGAGTCTTTCC
ACAGTGACTATCACTGTAAACTCCGCTCTTGTAAAGCCGGAATGAGTGTATAACCTCGAA
TCCTATGCTTACTGGTCGTACCAATCCAACCGCATGCTTCAGTTCATCTTCAGCACCCAG
AGTAATGTTGAC

QA 2 493 2 493
DS 

RD RR3DU24JQ 626 0 0
CCG
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ATGCATCATTTTGTACATATGAACAGACCTTATGTTACAACAAGCATAAACAAACACTAT
GCACTCCCAAGTGACTTTCAAATAATGTCTTAATCCAATATATATGGGGAACATGATTGT
AATCAGATCACTGAGAGACGACATTCGCTGATCATCTTAGGCCACAACCGGGTACGATGC
ACATGCCGCAATACCACACATGTTCTTCCCCATCTCCATCTTGAAGTAACCTTTGTCACC
CCAATCTGCTCCCCATGAGTTTTTAATAAGCCAATATGGAACACCGTCTTCAATTCCATA
ACCAACCGCCAAAACAGCATGGTTTACGTCCATTGGAGTCTTTCCACAGTGACTATCACT
GTAAACTCCGCTCTTGTAAAGCCGGAATGAGTGTATAACCTCGAATCCTATGCTTACTGG
TCGTACCAATCCAACCGCATGCTTCAGTTCATCTTCAGCACCCAGAGTAATGTTGACAGA
GTCAAGGACTTGTACACCGACGTTCTCAGCTGAATATTTGCAGGTTCCATCTTCACCGGT
ATAAGGATAAGCTTCCTCTGTGT

QA 4 626 4 626
DS 

RD RR3EN66JQ 670 0 0
GGTCAAGAACAAAGGTCCAAATAAATGTATGTCCATAAATTTAACATGGATACATTATAA
AGTTGATCGTCTGTAGTTTATGCATCATTTTGTACATATCAACAGACCTTATGTTACAAC
AAGCATAAACAAACACTATGCACTCCCAAGTGACTTTCAAGTGATGCCTTACTCCAATAT
ATATGGGGAACATGATTGTAATCAGATAACTGAGAGACGACATTCGCTGATCATCTTAGG
CCACAACCGGGTACGATGCACATGCCGCAATACAACACATGTTCTTCCCCATCTCCATCT
TGAAGTAACCTTTGTCACCCCAATCTGCTCCCCACGAGTTTTTGATAAGCCAATATGGAA
CACCGTCTTCAATTCCATAACCAACCGCCAAAACAGCGTGGTTCACGTCCATTGGAGTCT
TTCCACAGTGACTATCACTGTAAACTCCGCTCTTGTAAAGCCGGAATGAGTGTATAACCT
CGAATCCTATGCTTACTGGTCGTACCAATCCAACCGCATGCTTAAGTTCATCTTCAGCAC
CCATAGTAATGTTGACAGAGTCAAGGACTTGTACACCGACGTTCTCAGCTGAATATTTGC
AGGTTCCATCTTCACCGGTATAAGGATAAGCTTCCTCTGTGTCGAGGCCCCCGTTGGATT
TGATGTACTC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3CD51JQ 759 0 0
GTCCTTAAATTTAACATGGATACATTATAAAGTTGATCGTCTGTAGTTTATGCATCATTT
TGTACATATGAACAGACCTTATGTTACAACAAGCATAAACAAACACTATGCGCTCCCAAG
TGACTTTCAAATAATGTCTTAATCCAATATATATGGGGAACATGATTGTAATCAGATCAC
TGAGAGACGACATTCGCTGATCATCTTAGGCCACAACCGGGTACGATGCACATGCCGCAA
TACCACACATGTTCTTCCCCATCTCCATCTTGAAGTAACCTTTGTCACCCCAATCTGCTC
CCCATGAGTTTTTAATAAGCCAATATGGAACACCGTCTTCAATTCCATAACCAACCGCCA
AAACAGCATGGTTTACGTCCATTGGAGTCTTTCCACAGTGACTATCACTGTAAACTCCGC
TCTTGTAAAGCCGGAATGAGTGTATAACCTCGAATCCTATGCGTACTG**CGTACCAATC
CAACCGCATACTTCAGTTCATCTTCAGCACCCAGAGTAATGTTGACAGAGTCAAGGACTT
GTACACCGACGTTCTCAGCTGAATATTTGCAGGTTCCATCTTCACCGGTATAAGGATAAG
CTTCCTCTGTGTCGAGGCCCCCGTTGGATTTGATGTACTCAAAGGCTTGGGAAGGAAGGC
CACCATTACAGCCATAGTTGTTGAAAGCACCAGCACAATCCACAAGCTGTTGCTCAGAGA
GAGATATTCCTTTTCCAAATGCTTGATGGTAAGCTGCCT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3EY34JQ 804 0 0
ATAAAGTTGATCGTCTGTAGTTTATGCATCATTTTGTACATATGAACAGACCTTATGTTA
CAACAAGCATAAACAAACACTATGCACTCCCAAGTGACTTTCAAATAATGTCTTAATCCA
ATATATATGGGGAACATGATTGTAATCAGATCACTGAGAGACGACATTCGCTGATCATCT
TAGGCCACAACCGGGTACGATGCACATGCCGCAATACCACACATGTTCTTCCCCATCTCC
ATCTTGAAGTAACCTTTGTCACCCCAATCTGCTCCCCATGAGTTTTTAATAAGCCAATAT
GGAACACCGTCTTCAATTCCATAACCAACCGCCAAAACAGCATGGTTTACGTCCATTGGA
GTCTTTCCACAGTGACTATCACTGTAAACTCCGCTCTTGTAAAGCCGGAATGAGTGTATA
ACCTCGAATCCTATGCTTACTGGTCGTACCAATCCAACCGCATGCTTCAGTTCATCTTCA
GCACCCAGAGTAATGTTGACAGAGTCAAGGACTTGTACACCGACGTTCTCAGCTGAATAT
TTGCAGGTTCCATCTTCACCGGTATAAGGATAAGCTTCCTCTGTGTCGAGGCCCCCGTTG
GATTTGATGTACTCAAAGGCTTGGGAAGGAAGGCCACCATTACAGCCATAGTTGTTGAAA
GCACCAGCACAATCCACAAGCTGTTGCCCAGAGAGAGATATTCCTTTTCCAAATGCTTGA
TGGTAAGCTGCCTCAAGCGCTCCAGTAGTACTGATGTCCAGCAGACCACACCTCCCTGGT
CTTTGACTGGGCTACATACATCCT

QA 1 804 1 804
DS 



CO CL73Contig2 850 6 5 U
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CTGTGAGAACAATCCTACCATCGTTAGCTCTACTGATTCTCATCGCCGTATCAACGGCGG
CGGAGAGTATCGGATTCGACGAGTCAAACCCGATCCGTATGGTCTCGGACCGTCTACGAG
AAGTAGAGCAAACCGTTGTCGAGATCTTAGGCCAAACCCGCCACGCTCTCTCCTTCGCTC
GGTTCACTCACAGGTACGGGAAAAGGTACGAGAACGCGGAGGAGATGAAGCTCAGGTTCT
CGATATTCAAGGAGAATCTGGATTTGATCAGATCCACCAATAAGAAAGGCTTGTCTTACA
AACTCGGTGTCAATCAGTTTGCTGATATGACGTGGCAAGAGTTTCAAAGGACCAGGCTTG
GTGCTGCTCAAAACTGCTCTGCCGCTTTAAAAGGAACCCACAAACTCACGGAAGCAGCTC
TTCCAGAAACCAAAGACTGGAGGGAGGATGGTATTGTTAGCCCAGTCAAAGACCAGGGAG
GTTGTGGTTCTTGCTGGACATTCAGTACTACTGGAGCGCTTGAGGCAGCTTACCATCAAG
CATTTGGAAAAGGAATATCTCTCTCTGAGCAACAGCTTGTGGATTGTGCTGGTGCTTTCA
ACAACTATGGCTGTAATGGTGGCCTTCCTTCCCAAGCCTTTGAGTACATCAAATCCAACG
GGGGCCTCGACACAGAGGAAGCTTATCCTTATACCGGTGAAGATGGAACCTGCAAATATT
CAGCTGAGAACGTCGTGTACAGTCCTTGACTCTGTCACATTACTATGGGTGCTGAGATGA
CTTAAGCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 10 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CD51TF U 101
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AF RR3GB12TF U 1
AF RR3DU24TF U 5
AF RR3EY34TF U 37
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CCACGCTCTCTCCTTCGCTCGGTTCACTCACAGGTACGGGAAAAGGTACGAGAACGCGGA
GGAGATGAAGCTCAGGTTCTCGATATTCAAGGAGAATCTGGATTTGATCA

QA 1 230 1 230
DS 

RD RR3EN66TF 716 0 0
AGGGG
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GCTCTTGCTGGACATTCAGCACGACTGGAGCGCTTGAGGCAGCTTACCATCAAGCATTTG
GAAAAGGAATATCTCTCTCTGAGCAACAGCTTGTGGATTGTGCTGGTGCTTTCAACAACT
ATGGCTGTAATGGTGGCCTTCCTTCC**AGCCTTTGAGTACATCAA
TCCAA

QA 6 711 6 711
DS 

RD RR3GB12TF 726 0 0
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CGGAGAGTATCGGATTCGACGAGTCAAACCCGATCCGTATGGTCTCGGACCGTCTACGAG
AAGTAGAGCAAACCGTTGTCGAGATCTTAGGCCAAACCCGCCACGCTCTCTCCTTCGCTC
GGTTCACTCACAGGTACGGGAAAAGGTACGAGAACGCGGAGGAGATGAAGCTCAGGTTCT
CGATATTCAAGGAGAATCTGGATTTGATCAGATCCACCAATAAGAAAGGCTTGTCTTACA
AACTCGGTGTCAATCAGTTTGCTGATATGACGTGGCAAGAGTTTCAAAGGACCAGGCTTG
GTGCTGCTCAAAACTGCTCTGCCGCTTTAAAAGGAACCCACAAACTCACGGAAGCAGCTC
TTCCAGAAACCAAAGACTGGAGGGAGGATGGTATTGTTAGCCCAGTCAAAGACCAGGGAG
GTTGTGGTTCTTGCTGGACATTCAGTACTACTGGAGCGCTTGAGGCAGCTTACCATCAAG
CATTTGGAAAAGGAATATCTCTCTCTGAGCAACAGCTTGTGGATTGTGCTGGTGCTTTCA
ACAACTATGGCTGTAATGGTGGCCTTCCTTCCCAAGCCTTTGAGTACATCAAATCCAACG
GGGGC
T

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3DU24TF 788 0 0
GG
AAACCACTGAAGCAAAAGCAGACGCGTTGGTCAAGGAGAAAAAAGCCATGACATCTGTGA
GAACAATCCTACCATCGTTAGCTCTACTGATTCTCATCGCCGTATCAACGGCGGCGGAGA
GTATCGGATTCGACGAGTCAAACCCGATCCGTATGGTCTCGGACCGTCTACGAGAAGTAG
AGCAAACCGTTGTCGAGATCTTAGGCCAAACCCGCCACGCTCTCTCCTTCGCTCGGTTCA
CTCACAGGTACGGGAAAAGGTACGATAACGCGGAGGAGATGAAGCTCAGGTTCTCGATAT
TCAAGGAGAATCTGGATTTGATCAGATCCACCAATAAGAAAGGCTTGTCTTACAAACTCG
GTGTCAATCAGTTTGCTGATATGACGTGGCAAGAGTTTCAAAGGACCAGGCTTGGTGCTG
CTCAAAACTGCTCTGCCGCTTTAAAAGGAACCCACGAACTCACGGAAGCAGCTCTTCCAG
AAACCAAAGACTGGAGGGAGGATGGTATTGTTAGCCCAGTCAAAGATCAGGGAGGTTGTG
GTTCTTGCTGGACATTCAGTACTACTGGAGCGCTTGAGGCAGCTTACCATCAAGCATTTG
GAAAAGGAATATCTCTCTCTGAGCAACAGCTTGTGGATTGTGCTGGTGCTTTCAACAACT
ATGGCTGTAATGGTGGCCTTCCTTCCCAAGCCTTTGAGTACATCAAATCCAACGGGGGCC
TCGACACAGAGGAAGCTTATCCTTATACCGGTGAAGATGGAACCTGCAAATATTCAGCTG
AGAACG

QA 3 788 3 788
DS 

RD RR3EY34TF 762 0 0
GG
AAGGAAAAAAAAGCCATGACATCTGTGAGAACAATCCTACCATCGTTAGCTCTACTGATT
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ATGGTCTCGGACCGTCTACGAGAAGTAGAGCAAACCGTTGTCGAGATCTTAGGCCAAACC
CGCCACGCTCTCTCCTTCGCTCGGTTCACTCACAGGTACGGGAAAAGGTACGAGAACGCG
GAGGAGATGAAGCTCAGGTTCACGATATTCAAGGAGAATCTGGATTTGATCAGATCCACC
AATAAGAAAGGCTTGTCTTACAAACTCGGTGTCAATCAGTTTGCTGATATGACGTGGCAA
GAGTTTCAAAGGACCAGGCTTGGTGCTGCTCAAAACTGCTCTGCCGCTTTAAAAGGAACC
CACAAACTCACGGAAGCAGCTCTTCCAGAAACCAAAGACTGTAGGGAGGATGGTATTGTT
AGCCCAGTCAAAGACCAGGGAGGTTGTGGTTCTTGCTGGACATTCAGTACTACTGGAGCG
CTTGAGGCAGCTTACCATCAAGCATTTGGAAAAGGAATATCTCTCTCTGGGCAACAGCTT
GTGGATTGTGCTGGTGCTTTCAACAACTATGGCTGTAATGGTGGCCTTCCTTCCCAAGCC
TTTGAGTACATCAAATCCAACGGGGGCCTCGACACAGAGGAAGCTTATCCTTATACCGGT
GAAGATGGAACCTGCAAATATTCAGCTGAGAACGTCG
TGT

QA 3 759 3 759
DS 

RD RR3DB22TF 818 0 0
GGGGTC
AAGGAAAAAAAAGCCATGACATCTGTGCGAACAATCCTACCATCGCTAGCTCTACTGATT
CTCATCGCCGTATCAACGGCGGCGGAGAGTATCGGATTCGACGAGTCAAACCCGATCCGT
ATGGTCTCCGACCGTCTACGAGAAGTAGAGGAATCCGTTGTCGAGATCTTAGGCCAAACA
CGCCACGCTCTCTCCTTCGCTCGGTTCACTCACCGGTATGGCAAAAGGTACGAGAACGCG
GAGGAGATGAAGCTCAGGTTCTCGATATTCAAGGATAATCTGGATTTGATCAGATCCACC
AATAAGAAAGGCTTGTCTTACAAACTCGGTGTCAATCAGTTTGCTGATATGACGTGGCAA
GAGTTTCAAAGGACCAGGCTTGGTGCCGCTCAAAACTGCTCTGCCGCTTTAAAGGGAACC
CACAAACTCACGGAAGCAGCTCTTCCAGAAACCAAAGACTGGAGAGAAGATGGTATTGTT
AGCCCAGTCAAAGACCAGGGAGGTTGTGGCTCTTGCTGGACATTCAGCACGACTGGAGCG
CTTGAGGCAGCTTACCATCAAGCATTTGGAAAAGGAATATCTCTCTCTGAGCAACAGCTT
GTGGATTGTGCTGGTGCTTTCAACAACTATGGCTGTAATGGTGGCCTTCCTTCCCAAGCC
TTTGAGTACATCAAATCCAACGGGGGCCTCGACACAGAGGAAGCTTATCCTTATACCGGT
GA*GATGGAACCTGCAA*TAT*CAGCTGAGA*CGTCGTGTACAGTCCTTGACTCTGTCAC
ATTACTATGGGTGCTGAGATGACTTAAGCATG

QA 7 818 7 818
DS 



AS 3 12

CO CL74Contig1 813 5 4 U
GGATCTCCGTTTCTCTCTCATTCATTCACGTCTGAACCAAGCGAGAGAGTGGTTTTAGGG
TTTTTTGCGGAGGATTCAAGGAAGTAAAGTAACGATGGCTGAAGAGCACAAACACGAGGA
ATCAATCATGGAGAAGATAGCTGAGAAGATCCATGGTCACGATAACTCTTCTTCTTCAGA
TTCAGACGACGAGAAGAAAGAATCCTCTATCAAGACGAAGATCTTCCGCCTCTTCGGAAG
AGAAAAGCCTGTTCACAAGGTCTTCGGTGGCGGCAAACCTGCCGACATATTCCTATGGAG
GAACAAGAAGGTATCAGGAGGAGTGTTGGGTGCTGCAACTCTCTCCTGGATCTTATTCGA
GCTGCTTCAGTACAACCTCCTCACTCTCTTCGGCCACATCTCGATTCTCGCTCTCGCTGT
TTTGTTCTTGTGGTCTAGTGCTACTACCTTCATTCACAAGAAACCTCCTCATATCCCTGA
AGTTCACATCCCCGAGGAAGTTGTTCTCCAGCTTGCTTCTGGGCTAAGGATTGAGATCAA
TCGTGGTTTTACTCTTCTTAGGAACATCGCATTAGGGAGAGATCTCAAGAAGTTCCTTAT
GGTTGTTGCTGGCTTGTGGGTTTTGTCCAAAGTTGGTAGCTCATGCAACTTCTTGACCTT
GATCTATATCGCAACTGTTCTTCTCTTCACCGTTCCCGTGCTTTACGAAAAGTATGATGA
TAAAGTAGATGACTTTGCTGAAAAGCAATGACGAGATCAAGAAGCAGTACGCTGTGCTTG
ATGAGAAGTTTGAGTAGGTCATGAGCAAATCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 5 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 15 15 15 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D612TF U 263
AF RR3BJ60TF U 1
AF RR3EI71TF U 22
AF RR3EI63TF U 67
AF RR3DV04TF U 1
BS 1 592 RR3BJ60TF
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RD RR3D612TF 387 0 0
G
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TGTCCAAAGTTGGTAGCTCATGCAAC

QA 2 387 2 387
DS 

RD RR3BJ60TF 751 0 0
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GAACAAGAAGGTATCAGGAGGAGTGTTGGGTGCTGCAACTCTCTCCTGGATCTTATTCGA
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TTTGTTCTTGTGGTCTAGTGCTACTACCTTCATTCACAAGAAACCTCCTCATATCCCTGA
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TCGTGGTTTTACTCTTCTTAGGAACATCGCATTAGGGAGAGATCTCAAGAAG****TTAT
GGTTGTTGCTGGCTTGTGGGTTTTGTCCAAAGTTGGTAGCTCATGCAACTTCTTGACCTT
GATCTATATCGCAACTGTTCTTCTCTTCACCGTTCCCGTGCTTTACGAAAAGTATGATGA
TAAAGTAGATGACTTTGCTGAAAG
GCAATGA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3EI71TF 727 0 0
GG
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CCTCTATCAAGACGAAGATCTTCCGCCTCTTCGGAAGAGAAAAGCCTGTTCACAAGGTCT
TCGGTGGCGGCAAACCTGCCGACATATTCCTATGGAGGAACAAGAAGGTATCAGGAGGAG
TGTTGGGTGCTGCAACTCTCTCCTGGATCTTATTCGAGCTGCTTCAGTACAACCTCCTCA
CTCTCTTCGGCCACATCTCGATTCTCGCTCTCGCTGTTTTGTTCTTGTGGTCTAGTGCTA
CTACCTTCATTCACAAGAAACCTCCTCATATCCCTGAAGTTCACATCCCCGAGGAAGTTG
TTCTCCAGCTTGCTTCTGGGCTAAGGATTGAGATCAATCGTGGTTTTACTCTTCTTAGGA
ACATCGCATTAGGGAGAGATCTCAGGAAGTTCCTTATGGTTGTTGCTGGCTTGTGGGTTT
TGTCCAAAGTTGGTAGCTCATGCAACTTCTTGACCTTGATCTATATCGCAACTGTTCTTC
TCTTCACCGTTCCCGTGCTTTACGAAAAGTATGATGATAAAGTAGATGACTTTGCTGAAA
GCAAT

QA 3 722 3 722
DS 

RD RR3EI63TF 657 0 0
GCGGAGGTTTCAAGGAAGTAAAGTAACGATGGCGGAAGAGCACAAACACGAGGAATCAAT
CATGGAGAAGATAGCTGAGAAGATCCATGGTCACGATTCCTCTTCTTCTTCAGATTCAGA
TGACGAGAAGAAAGAATCCTCTATCAAGACGAAGATCTACCGCCTCTTCGGAAGAGAAAA
GCCTGTTCACAAGGCCTTCGGTGGCGGCAAACCTGCCGACATATTCCTATGGAGGAACAA
GAAGGTATCAGGAGGAGTGTTGGGTGCTGCAACTCTCTCCTGGATCTTGTTCGAGTTGCT
TCAGTACAGCCTCCTCACTCTCTTCGGCCACATCTCGATTCTCGCTCTCGCTGTTTTGTT
CTTGTGGTCTAGTGCTACTACCTTCATTCACAAGAAACCTCCTCATATCCCTGAAGTTCA
CATCCCCGAGGAAGTCGTTCTCCAGCTTGCTTCTGGACTAAGGATTGAAATCAATCGTGG
TTTTACTCTTCTTAGGAACATCGCGTTAGGGAGAGATCTCAAGAAGTTCCTCATGGTTGT
TGCTGGTTTGTGGGTTTTGTCCAAAGTTGGTAGCTCATGCAACTTCTTGACCTTGATCTA
TATCGCAACTGTTCTTCTCTTCACCGTTCCCGTGCTTTACGAAAAGTATGATGATAA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3DV04TF 813 0 0
GGATCTCCGTTTCTCTCTCATTCATTCACGTCTGAACCAAGCGAGAGAGTGGTTTTAGGG
TTTTTTGCGGAGGATTCAAGGAAGTAAAGTAACGATGGCTGAAGAGCACAAACACGAGGA
ATCAATCATGGAGAAGATAGCTGAGAAGATCCATGGTCACGATAACTCTTCTTCTTCAGA
TTCAGACGACGAGAAGAAAGAATCCTCTATCATGACGAAGATCTTCCGCCTCTTCGGAAG
AGAAAAGCCTGTTCACAAGGTCTTCGGTGGCGGCAAACCTGCCGACATATTCCTATGGAG
GAACAAGAAGGTATCAGGAGGAGTGTTGGGTGCTGCAACTCTCTCCTGGATCCTATTCGA
GCTGCTTCAGTACAACCTCCTCACTCTCTTCGGCCACATCTCGATTCTCGCTCTCGCTGT
TTTGTTCTTGTGGTCTAGTGCTACTACCTTCATTCACAAGAAACCTCCTCATATCCCTGA
AGTTCACATCCCCGAGGAAGTTGTTCTCCAGCTTGCTTCTGGGCTAAGGATTGAGATCAA
TCGTGGTTTTACTCTTCTTAGGAACATCGCATTAGGGAGAGATCTCAAGAAGTTCCTTAT
GGTTGTTGCTGGCTTGTGTGTTTTGTCCAAAGTTGGTAGCTCATGCAACTTCTTGACCTT
GATCTATATCGCAACTGTTCTTCTCTTCACCGTTCCCGTGCTTTACGAAAAGTATGATGA
TAAAGTAGATGACTTTGCTGAAAAGCAATGACGAGATCAAGAAGCAGTACGCTGTGCTTG
ATGAGAAGTTTGAGTAGGTCATGAGCAAATCCC

QA 1 813 1 813
DS 



CO CL74Contig2 1180 4 7 U
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GAGTTCATTCAAATTCATATGTTGCGTAAATTTTGGTTAAAAACCCCGAATAAAATCCAC
AGAGAGAGAGACTAAAGGGTTTACTTAACCAAGCCAGCTTCCAATAACAAGTAAACAAAA
AAAACAATCCTTCCGAGTTTCATCTATCAATCTGGGAGACTCAGATGATGATGCAGAGAG
AAACTTACACACTCTTCTAATCCTTCTTCTTGATGAAGGCTCCTCTGGGGATTTTGCTCA
TCACCTTACTCAAAACCTTCTCATCGAGCACAGCGTATTGCTTCTTGATCTCCTTCATTG
TCTTTTCAGCAAAGTCATATACTTTATCATCATACTTTTCGTAAAGCACGGGAACCGTGA
AGAGAAAAACAGTTGCGATATAGATCAAGGTCAAGAAGTTGCATGAGCTACCAACTTTGG
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TGTTCCTAAGAAGAGTAAAACCACGATTGATTTCAATCCTTAGTCCAGAAGCAAGCTGGA
GAACAACTTCCTCGGGGATGTGAACTTCAGGGATATGAGGAGGTTTCTTGTGAATGAAGG
TAGTAGCACTAGACCACAAGAACAACACAGCGAGAGCGAGGATCGAGATGTGGCCGAAGA
GAGTGAGGAGGTTGTACTGAAGCAACTCGAACAAGATCCAGGAGAGAGTTGCAGCACCCA
ACACTCCTCCTGATACCTTCTTGTTCCTCCATAGGAATATGTCGGCAGCTGATTCATTAA
AAAAAAAACAACAACATGTAAATAGCAAATCGAATCGTTCTTCTGAATCTACTTCTGAAT
CTCAGATCCGATGAGAGAAAGTATATAGAATTAGAGATCCATACGTTTTCCGCCGCCGAA
GACCATGTGGACAGGCTTTTCCTTCCGAAGAGGCGGTAGATCTTCGTCTTGATAGACGAC
TCTTTCTTCTCGTCATCTGAATCAGAAGAAGAAGAGTCGTCGTGACCGTGGATCTTCTCG
GCGATCTTCTCCATGATCGATTCCTCGTGTTTGTGCTCTTCCGCCATTGTAAGTTAGCTT
CAAAACCTCCGCAAAAACCCTAAAACTTTGTCTCAGTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV01JQ U 30
AF RR3D612JQ U 1
AF RR3FR21JQ U 14
AF RR3EC67TF C 536
BS 1 45 RR3D612JQ
BS 46 46 RR3FR21JQ
BS 47 271 RR3D612JQ
BS 272 272 RR3FR21JQ
BS 273 549 RR3D612JQ
BS 550 701 RR3FR21JQ
BS 702 1180 RR3EC67TF

RD RR3EV01JQ 337 0 0
ATGGTATTCCATAATAGAATCAACAATAATAGAGTTCATTCAAATTCGTATGTTGCGTAA
ATTTTGGTTAAAAACCCCGAATAAAATCCACAGAGAGAGAGACTAAAGGGTTTACTTAAC
CAAGCCAGCTTCCAATAACAAGTAAACAAAAAAAACAATCCTTCCGAGTTTCATCTATCA
ATCTGTGAGACTCAGATGATGATGCAGAGAGAAACTTACACACTCTTCTAATCCTTCTTC
TTGATGAAGGCTCCTCTGGGGATTTTGCTCATCACCTTACTCAAAACCTTCTCATCGAGC
ACAGCGTATTGCTTCTTGATCTCCTTCATTGTCTTTT

QA 1 337 1 337
DS 

RD RR3D612JQ 549 0 0
AGTTCAAAGATTTGACTATCATAACGAAAATGGTATTCCATAATAAAATCAACAATAATA
GAGTTCATTCAAATTCATATGTTGCGTAAATTTTGGTTAAAAACCCCGAATAAAATCCAC
AGAGAGAGAGACTAAAGGGTTTACTTAACCAAGCCAGCTTCCAATAACAAGTAAACAAAA
AAAACAATCCTTCCGAGTTTCATCTATCAATCTGGGAGACTCAGATGATGATGCAGAGAG
AAACTTACACACTCTTCTAATCCTTCTTCTTAATGAAGGCTCCTCTGGGGATTTTGCTCA
TCACCTTACTCAAAACCTTCTCATCGAGCACAGCGTATTGCTTCTTGATCTCCTTCATTG
TCTTTTCAGCAAAGTCATATACTTTATCATCATACTTTTCGTAAAGCACGGGAACCGTGA
AGAGAAAAACAGTTGCGATATAGATCAAGGTCAAGAAGTTGCATGAGCTACCAACTTTGG
ACAAAACCCACAAACCAGCAACAACCATAAGGAACTTCTTGAGATCTCTTCCTAATGCGA
TGTTCCTAA

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR3FR21JQ 688 0 0
GACTATCATAACGAAGATGGTATTCCATAATAGAATCAACAATAATAGAGTTCATTCAAA
TTCATATGTTGCGTAAATTTTGGTTAAAAACCCCGAATAAAATCCACAGAGAGAGAGACT
AAAGGGTTTACTTAACCAAGCCAGCTTCCAATAACAAGTAAACAAAAAAAACAATCCTTC
CGAGTTTCATCTATCAATCTGGGAGACTCAGATGATGATGCAGAGAGAAACTTACACACT
CTTCTAATCCTTCTTCTTGATGAAGGCTCCTCTGGGGATTTTGCTCATCACCTTACTCAA
AACCTTCTCATCGAGCACAGCGTATTGCTTCTTGATCTACTTCATTGTCTTTTCAGCAAA
GTCATCTACTTTATCATCATACTTTTCGTAAAGCACGGGAACCGTGAAGAGAAAAACAGT
TGCGATATAGATCAAGGTCAAGAAGTTGCATGAGCTACCAACTTTGGACAAAACCCACAA
ACCAGCAACAACCATAAGGAACTTCTTGAGATCTCTTCCTAATGCGATGTTCCTAAGAAG
AGTAAAACCACGATTGATTTCAATCCTTAGTCCAGAAGCAAGCTGGAGAACAACTTCCTC
GGGGATGTGAACTTCAGGGATATGAGGAGGTTTCTTGTGAATGAAGGTAGTAGCACTAGA
CCACAAGAACAACACAGCGAGAGCGAGG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3EC67TF 645 0 0
TGCGATGTTC*TAAGAAGAGTAAAACCACGATTGATTTCAATC*TTAGTCCAGAAGCAAG
CTGGAGAACAACTTCCTCGGGGATGTGAACTTCAGGGATATGAGGAGGTTTCTTGTGAAT
GAAGGTAGTAGCACTAGACCACAAGAACAACACAGCGAGAGCGAGGATCGAGATGTGGCC
GAAGAGAGTGAGGAGGTTGTACTGAAGCAACTCGAACAAGATCCAGGAGAGAGTTGCAGC
ACCCAACACTCCTCCTGATACCTTCTTGTTCCTCCATAGGAATATGTCGGCAGCTGATTC
ATTAAAAAAAAAACAACAACATGTAAATAGCAAATCGAATCGTTCTTCTGAATCTACTTC
TGAATCTCAGATCCGATGAGAGAAAGTATATAGAATTAGAGATCCATACGTTTTCCGCCG
CCGAAGACCATGTGGACAGGCTTTTCCTTCCGAAGAGGCGGTAGATCTTCGTCTTGATAG
ACGACTCTTTCTTCTCGTCATCTGAATCAGAAGAAGAAGAGTCGTCGTGACCGTGGATCT
TCTCGGCGATCTTCTCCATGATCGATTCCTCGTGTTTGTGCTCTTCCGCCATTGTAAGTT
AGCTTCAAAACCTCCGCAAAAACCCTAAAACTTTGTCTCAGTGAG

QA 1 645 1 645
DS 



CO CL74Contig3 685 3 15 U
GTGACGCGAAGATATAAGCTCAAATTTAATATGGTTGTATAAAATTTGGTTAAACCCCCG
AATAAAACCCCCACAAAGCAGATATTTGAGAGACTAAAAGGGTTTATTAACCAACACAGC
TTCCATTACAAGTAAGAAAAAACAATGCTTCGAGATTTATATATCAACCTGGAAGACTCA
GATGATGATGATGATGATGATG***AGAGAAACGTAGACACTCTCTAATCCTTCTTCTTG
AAGGCTCCTTTGGGGATTTTGCTCATGACCTTACTCAAAACCTTCTCATCAAGCACAGCG
TACTGCTTCTTGATCTCCTTCATTGCCTTTTCAGCAAAGTCATCTACTTTATCATCATAC
TTTTCGTAAAGCACGGGAACGGTGAAGAGAAGAACAGTTGCGATATAGATCAAGGTCAAG
AAGTTGCATGAGCTACCAACTTTGGACAAAACCCACAAACCAGCAACAACCATGAGGAAC
TTCTTGAGATCTCTCCCTAACGCGATGTTCCTAAGAAGAGTAAAACCACGATTGATCTCA
ATCCTTAGCCCAGAAGCAAGCTGGAGAACAACTTCCTCGGGGATGTGAACTTCAGGGATA
TGAGGAGGTTTCTTGTGAATGAAGGTAGTAGCACTAGACCACAAGAACAAAACAGCGAGA
GTGAGGAGGTTGTACTGAAGCAACT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EI63JQ U 17
AF RR3EI71JQ U 3
AF RR3F704JQ U 1
BS 1 82 RR3F704JQ
BS 83 83 RR3EI63JQ
BS 84 200 RR3F704JQ
BS 201 202 RR3EI63JQ
BS 203 205 RR3F704JQ
BS 206 206 RR3EI63JQ
BS 207 391 RR3F704JQ
BS 392 392 RR3EI63JQ
BS 393 536 RR3F704JQ
BS 537 537 RR3EI71JQ
BS 538 548 RR3F704JQ
BS 549 549 RR3EI71JQ
BS 550 569 RR3F704JQ
BS 570 570 RR3EI71JQ
BS 571 685 RR3F704JQ

RD RR3EI63JQ 501 0 0
G
GCTCAAATTTAATATGGTTGTATAAAATTTGGTTAAACCCCCGAATAAAACCCCCACAAA
GCAGATATTTGAGAGACTAAAAGGGTTTATTAACCAACACAGCTTCCATTACAAGTAAGA
AAAAACAATGCTTCGAGATTTATATATCAACCTGGAAGACTCAGATGATGATGATGATGA
TGATG***AGAGAAACGTAGACACTCTCTAATCCTTCTTCTTGAAGGCTCCTTTGGGGAT
TTTGCTCATGACCTTACTCAAAACCTTCTCATCAAGCACAGCGTACTGCTTCTTGATCTC
CTTCGTTGCCTTTTCAGCAAAGTCATCTACTTTATCATCATACTTTTCGTAAAGCACGGG
AACGGTGAAGAGAAGAACAGTTGCGATATAGATCAAGGTCAAGAAGTTGCATGAGCTACC
AACTTTGGACAAAACCCACAAACCAGCAACAACCATGAGGAACTTCTTGAGATCTCTCCC
TAACGCGATGTTCCTAAGAA

QA 2 501 2 501
DS 

RD RR3EI71JQ 618 0 0
GACGCGAAGATATAAGCTCAAATTTAATATGGTTGTATAAAATTTGGTTAAACCCCCGAA
TAAAACCC**ACAAAGCAGATATTTGAGAGACTAAAAGGGTTTATTAACCAACACAGCTT
C*ATTACAAGTAAGAAAAAACAATGCTTCGAGATTTATATATCAACCTGGAAGACTCAGA
TGATGATGATGATGATGATGATGAGAGAAACGTAGACACTCTCTAATCCTTCTTCTTGAA
GGCTCCTTTGGGGATTTTGCTCATGACCTTACTCAAAACCTTCTCATCAAGCACAGCGTA
CTGCTTCTTGATCTCCTTCATTGCCTTTTCAGCAAAGTCATCTACTTTATCATCATACTT
TTCGTAAAGCACGGGAACGGTGAAGAGAAGAACAGTTGCGATATAGATCAAGGTCAAGAA
GTTGCATGAGCTACCAACTTTGGACAAAACCCACAAGCCAGCAACAACCATAAGGAACTT
CCTGAGATCTCTCCCTAATGCGATGTTCCTAAGAAGAGTAAAACCACGATTGATCTCAAT
CCTTAGCCCAGAAGCAAGCTGGAGAACAACTTCCTCGGGGATGTGAACTTCAGGGATATG
AGGAGGTTTCTTGTGAAT

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3F704JQ 685 0 0
GTGACGCGAAGATATAAGCTCAAATTTAATATGGTTGTATAAAATTTGGTTAAACCCCCG
AATAAAACCCCCACAAAGCAGACATTTGAGAGACTAAAAGGGTTTATTAACCAACACAGC
TTCCATTACAAGTAAGAAAAAACAATGCTTCGAGATTTATATATCAACCTGGAAGACTCA
GATGATGATGATGATGATGA******GAGAAACGTAGACACTCTCTAATCCTTCTTCTTG
AAGGCTCCTTTGGGGATTTTGCTCATGACCTTACTCAAAACCTTCTCATCAAGCACAGCG
TACTGCTTCTTGATCTCCTTCATTGCCTTTTCAGCAAAGTCATCTACTTTATCATCATAC
TTTTCGTAAAGCACGGGAACGGTGAAGAGAAAAACAGTTGCGATATAGATCAAGGTCAAG
AAGTTGCATGAGCTACCAACTTTGGACAAAACCCACAAACCAGCAACAACCATGAGGAAC
TTCTTGAGATCTCTCCCTAACGCGATGTTCCTAAGAAGAGTAAAACCACGATTGATTTCA
ATCCTTAGTCCAGAAGCAAGCTGGAGAACGACTTCCTCGGGGATGTGAACTTCAGGGATA
TGAGGAGGTTTCTTGTGAATGAAGGTAGTAGCACTAGACCACAAGAACAAAACAGCGAGA
GTGAGGAGGTTGTACTGAAGCAACT

QA 1 685 1 685
DS 



AS 2 12

CO CL75Contig1 974 8 11 U
TCTCTCTAGTAAAAAAAACCCGAATAGGTTGTTTATACATAAACAGAATCTGCTAACATA
AAAATGTTCGAAAACAGAGTTTTACAGATTTTTT*ATTTCTAATTATCAGAGCTGGAGGG
GTTGAGATTTAGTAAAGACAAAGACTCCTCCACCTCCAACAGATCGACCCAAGAGCATGT
TATTATCGAGATAAGAGAGGTAATACAATCCACCTACAGACCTCCTTCCTGGACTGGTTG
CTGTTACTGGAATCTGAGCATTGAAAGTACGTATAAACTGCAAAATCTGAAGGTTTAAGA
ACGAGCGTGGAAGAATTGCAGGTGCGAGAAGAGATTGAACCTGCTCATTGATATTAATGT
TTCTAACACTTATCTCTTCAAACTGAAGGTAGATGTTTCGACTAGAGACCTTATCGAACT
TGGCAGTAACAACGAGTGTTGCACCTTCTTGCTCCTCTAGTAAGCTTGGAAGACTCCACT
GAACAACGTTCCGGATGATCCCACCGTCTGATCGATCTCTGCACTCAAACTTCTGAAAGA
TCTGACCAACCTGAAAGAAGGGAAATCTTGAGGCAGCTTCAAAGAGAACAACAACATCAG
GAGCAGACGTATACTGTAGCCTCCATGTTCCATCTAACTTCATTAGATCAATGGCTTCAC
CCCCGTTAAACCCTTCCACAGTCACCAGAGCCTCCTCGATAACAGAGCGTTGATCAGAAG
TGGCAGTGAGACCTCGTTGAGTTTCTTGTACAGCTCTGAGTAGATCGTGTTTCTTGTATT
CTAAGTCAAGTTCACTGTCCACGACCTTAGCTGTCGGGTCTCCAGAAGCTACTCGACATG
AAAATCTCTTTCTATGATCGGTATTGAAGTTTAGGCCGAAAGGTTTGCTTCTACAAACAC
GAGGCGTTGAAAACAACGCTGGGCAAGAGAAAGTCACAGACGCAATCTCCATCACTACAC
AAAGCCTGCGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 5 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 45 45 5 45 45 
5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E911JQ U 8
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AF RR3EF65JQ U 8
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AF RR3F014JQ U 4
AF RR3F014TF C 181
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G
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DS 

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CCTCTAGCAAGCTTGGAACACTCCACTGAACAACGTTCCGGATGATCCCACCGTCTGATC
GATCTCTGCACTCAAACTTCTGAAA

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DS 

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C

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DS 

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AGATAAGAGAGGTAATACAATCCACCTACAGACCTCCTTCCTGGACTGGTTGCTGTTACT
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AACCCTTCCACAGTCACCAGAGCCTCCTCGATAACAGAGCGTTGATC

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DS 

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G
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CGAAAACAGAGTTTTACAGATTTTTT*ATTTCTAATTATCAGAGCTGGAGGGGTTGAGAT
TTAGTAAAGACAAAGACTCCTCCACCTCCAACAGATCGACCCAAGAGCATGTTATTATCG
AGATAAGAGAGGTAATACAATCCACCTACAGACCTCCTTCCTGGACTGGTTGCTGTTACT
GGAATCTGAACATTGAAAGTACGTATAAACTGCAAAATCTGAAGGTTTAAGAACGAGCGT
GGAAGAATTGCAGGTGCGAGAAGAGATTGAACCTGCTCATTGATATTAATGTTTCTAACA
CTTATCTCTTCAAACTGAAGGTAGATGTTTCGACTAGAGACCTTATCGAACTTGGCAGTA
ACAACGAGTGTTGCACCTTCTTGCTCCTCTAGTAAGCTTGGAAGACTCCACTGAACAACG
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ACCTGAAAGAAGGGAAATCTTGAGGCAGCTTCAAAGAGAACAACAACATCAGGAGCAGAC
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AACCCTTCCACAGTCACCAGAGCCTCCTCGATAACAGAGCGTTGATCAGAAGTGGC

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DS 

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TTCTAACACTTATCTCTTCAAACTGAAGGTAGATGTTTCGACTAGAGACCTTATCGAACT
TGGCAGTAACAACGAGTGTTGCACCTTCTTGCTCCTCTAGTAAGCTTGGAAGACTCCACT
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GAGCAGACGTATATTGTAGCCTCCATGTTCCATCTAACTTCATTAGATCAATGGCTTCAC
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CTAAGTCAAGTTCACTGTCCACGACCTTAGCTGTCGTGTCTC

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DS 

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TCTCTAGT
AAAAAAAACCGAATAGGTTGTTTATACATAAACAGAATCAGCTAACATAATAATGTTCAG
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ATCTGAGCATTGAAAGTACGTATAAACTGCAGAATCTGAAGGTTTAAAAATGAGCGTGGA
AGAATTGCAGGTGCGAGAAGAGATTGAACCTGCTCGTTTATATTAATGTTTTTAACACTT
ATCTCTTCAAACTGAAGGTAGATGTTTCGACTAGAGACCTTATCGAACTTGGCAGTAACA
ACGAGTGTTGCACCTTCTAGCTCCTCTAGCAAGCTTGGAACACTCCACTGAACAACGTTC
CGGATGATCCCACCGTCTGATCGATCTCTGCACTCAAACTTCTGAAAGATCTGACCAACC
TGAAAGAAGGGAAATCTTGAGGCAGCTTCAAAGAGAACAACAACATCAGGAGCAGACGTA
TACTGTAGCCTCCATGTTCCATCTAACTTCGTTAGATCAATGGCTTCACCGCCGTTAAAC
CCTTCCACAGTCATCAGAGCCTCCTCGATGACAGAGCGTTGATCAGAAGTGGCAGTGAGA
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TCACTGTCCACGACCTTAGCTGTCGGGTCTCCAGAAGCTACTCGACATGAAA
TCTCT

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DS 

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GTA
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TTACTGGAATCTGAGCATTGAAAGTACGTATAAACTGCAGAATCTGAAGGTT*AAAAATG
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TAACACTTATCTCTTCAAACTGAAGGTAGATGTTTCGACTAGAGACCTTATCGAACTTGG
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CAGACGTATACTGTAGCCTCCATGTTCCATCTAACTTCGTTAGATCAATGGCTTCACCGC
CGTTAAACCCTTCCACAGTCATCAGAGCCTCCTCGATGACAGAGCGTTGATCAGAAGTGG
CAGTGAGACCTCGTTGAGTTTCTTGTACAGCTCTGAGTAGATCGTGTTTCTTGTATTCTA
AGTCAAGTTCACTGTCCACGACCTTAGCTGTCGGGTCTCCAGAAGCTACTCGACATGAAA
ATCTCTTTCTATGATCGGTATTGAAGTTTAGGCCGAAAGGTTTGCTTCTACAAACACGAG
GCGTTGAAAACAACGCTGGGCAAGAGAAAGTCACAGACGCAATCTCCATCACTACACAAA
GCCTGCGATCC

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DS 



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TCCTGCCCAGCGTT***TTCTACGCCTCGTGTTTGTAGAAGCAAACCTTTTGCTCTAAAC
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GACGGTGGGATCATTAGAAATGTTGTTCAGTGGAGTCTTCCAAGCTTGCTAGAGGAGCAA
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CTCGCACCTGCAATTCTTCCACGCTCGTTCTTAAACCTTCAGATTTTGCAGTTTATACGT
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GGAGTCTTTGTCTTTACTAAATCTCAACCCCTTCAGCTCTGAGAATTCGAAAAAAAAAAT
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GATGATCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H327TF U 1
AF RR3G322TF U 15
AF RR3B407TF U 26
AF RR3H327JQ C 389
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BS 762 1031 RR3H327JQ

RD RR3H327TF 699 0 0
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TCTTGTCCAGCGTTGTTTTCAACGCCTCGTGTTTGTAGAAGCAAACCTTTCGGCCTAAAC
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CAAGAAACTCAACGAGGCCTCACTGCCACTTCTGATCAACGCTCTGTTATCGAGGAGGCT
CTGGTGACTGTGGAAGGGTTTAACGGCGGTGAAGCCATTGATCTAATGAAGTTAGATGGG
ACATGGAGGCTACAGTATACGTCTGCTCCTGATGTTGTTGTTCTCTTTGAAGCTGCCTCA
AGATTTCCCTTCTTTCAGGTTGGTCAGATCTTTCAGAAGTTTGAGTGCAGAGATCGATCA
GACGGTGGGATCATTAGAAATGTTGTTCAGTGGAGTCTTCCAAGCTTGCTAGAGGAGCAA
GAAGGTGCAACACTTGTTGTTACTGCCAAGTTCGATAAGGTCTCTAGTCGAAACATCTAC
CTTCAGTTTGAAGAGATAAGTGTTAGAAACATTAATATCAATGAGCAG*TTCAATCTCTT
CTCGCACCTGCAAT*CTTCCACGCTCGTTCTTAA
CCTCA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3G322TF 742 0 0
GG
ATCGCAGGCTTTGTGTAGTGATGGAGATTGCGTCTGTGACTTTCTCCTGCCCAGCGTT**
*TTCTACGCCTCGTGTTTGTAGAAGCAAACCTTTTGCTCTAAACTTCAATACCGATCATA
GAAAGAGATTTTCATGTCGAGTAGCTTCTGGAGACACGACAGCTAAGGTCGTGGACAGTG
AACTTGACTTAGAATACAAGAAACACGATCTACTCAGGGCTGTTCAAGAAACTCAACGAG
GCCTCACTGCCACTTCTGATCAACGCTCTGTTATCGAGGAGGCTCTGGTGACTGTGGAAG
GGTTTAACGGGGGTGAAGCCATTGATCTAATGAAGTTAGATGGAACATGGAGGCTACAAT
ATACGTCTGCTCCTGATGTTGTTGTTCTCTTTGAAGCTGCCTCAAGATTTCCCTTCTTTC
AGGTTGGTCAGATCTTTCAGAAGTTTGAGTGCAGAGATCGATCAGACGGTGGGATCATCC
GGAACGTTGTTCAGTGGAGTCTTCCAAGCTTACTAGAGGAGCAAGAAGGTGCAACACTCG
TTGTTACTGCCAAGTTCGATAAGGTCTCTAGTCGAAACATCTACCTTCAGTTTGAAGAGA
TAAGTGTTAGAAACATTAATATCAATGAGCAG*TTCAATCTCTTCTCGCACCTGCAATTC
TTCCACGCTCGTTCTTAAACCTTCAGATTTTGCAGTTTATACGTACTTTCAATGCTCAGA
TTCCAGTAACAGCAACCAGT

QA 3 742 3 742
DS 

RD RR3B407TF 736 0 0
TTTGTGTAGTGATGGAGATTGCGTCTGTGACTTTCTCCTGCCCAGCGTT***TTCTACGC
CTCGTGTTTGTAGAAGCAAACCTTTTGCTCTAAACTTCAATACCGATCATAGAAAGAGAT
TTTCACGTCGAGTAGCTTCTGGAGACACGACAGCTAAGGTCGTGGACAGTGAACTTGACT
TAGAATACAAGAAACACGATCTACTCAGAGCTGTTCAAGAAACTCAACGAGGCCTCACTG
CCACTTCTGATCAACGCTCTGTTATCGAGGAGGCTCTGGTGACTGTGGAAGGGTTTAACG
GGGGTGAAGCCATTGATCTAATGAAGTTAGATGGAACATGGAGGCTACAATATACGTCTG
CTCCTGATGTTGTTGTTCTCTTTGAAGCTGCCTCAAGATTTCCCTTCTTTCAGGTTGGTC
AGATCTTTCAGAAGTTTGAGTGCAGAGATCGATCAGACGGTGGGATCATCCGGAACGTTG
TTCAGTGGAGTCTTCCAAGCTTACTAGAGGAGCAAGAAGGTGCAACACTCGTTGTTACTG
CCAAGTTCGATAAGGTCTCTAGTCGAAACATCTACCTTCAGTTTGAAGAGATAAGTGTTA
GAAACATTAATATCAATGAGCAGGTTCAATCTCTTCTCGCACCTGCAATTCTTCCACGCT
CGTTCTTAAACCTTCAGATTTTGCAGTTTATACGTACTTTCAATGCTCAGATTCCAGTAA
CAGCAACCAGTCCAGG

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3H327JQ 643 0 0
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TCTTTCAGAAGTTTGAGTGCAGAGATCGATCAGACGGTGGGATCATTAGAAATGTTGTTC
AGTGGAGTCTTCCAAGCTTGCTAGAGGAGCAAGAAGGTGCAACACTTGTTGTTACTGCCA
AGTTCGATAAGGTCTCTAGTCGAAACATCTACCTTCAGTTTGAAGAGATAAGTGTTAGAA
ACATTAATATCAATGAGCAGGTTCAATCTCTTCTCGCACCTGCAATTTTTCCACGCTCGT
TCTTAAACCTTCAGATTCTGCAGTTTATACGTACTTTCAATGCTCAGATTCCAGTAACAG
CAACCAGTCCAGGAAGGAGGTCTGTAGGTGGATTGTATTACCTCTCTTATCTCGATAATA
ACATGCTCTTGGGTCGATCCGTTGGAGGTGGAGGAGTCTTTGTCTTTACTAAATCTCAAC
CCCTTCAGCTCTGAGAATTCGAAAAAAAAAATCTATAAAACTCAGATTCTGAACATTATT
ATGTTAGCTGATTCTGTTTATGTATAAACAACCTATTCGGGGTTTTTACTAGAGAGATAT
TGTTACAACAAAGCAAAAAAAAAATGTTACTGGATGATCAACC

QA 1 643 1 643
DS 



AS 3 15

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TAGTTTACGAGATAAAGATAAAAGTAGACAAAGTAAACGATGCAGAAGCAAAGAGTAGCA
GAAAAACGAGTGAATAAAGAAAAAAAGCAAACTTAACGGCGTCAGAGCTGTATCCCATTT
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TCCGACAATAACTCCGTTAGATTTATCCGCAAGATTGATAAAAGTATGACAACGAACATG
AAGATGATACTTCCCGGTAATAAGAGTCCCGACCTTCCACCTCACGCGCCCGTCAGCGCG
TATAACCAAATCAACAAACCCACGACTCTGCTCGTCTCCGAGAGCGACGGCGTTATAAGG
AGCGTGACTTGGAAGTTTGAGGTGAGGAGGTTAGGTTGCGTGAGGTTGAAGGCGAAGACG
GTGGCGTCTTGGAGGATGAATCTTGGTTTTGTCGGCTGGAGGATTACCCAGACGAGGAAG
ATTGTTATCAAGACAATGACGATGAAGCCGATGATCACTCCGCATATTCTCCTGGCGGTT
CCTCCCCCGCCCCCTCCGTGCTTCTCACAGTCTTTGGACATTGGTGAAAAGGTTTCTTTT
TATCTTACTTCTTGTGGGATGGATGGAGGAGATGTATGTGTCCCCT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG91JQ U 224
AF RR3AI68JQ U 1
AF RR3AI68TF C 1
BS 1 706 RR3AI68JQ

RD RR3EG91JQ 171 0 0
TACTTAACGATATTTTCTCCGAAAATAACTCCGTTAGATTTATCCGCAAGATTGATAAAA
GTATGACAACGAACATGAAGATGATACTTCCCGGTAATAAAAGTCCCGACCTTCCACCTC
ACGCCCCCGTCAGCGCGTATAACCAAATCAACAAACCCACGACTCTGCTCG

QA 1 171 1 171
DS 

RD RR3AI68JQ 706 0 0
GGCATGTAAGTTATAGTTCATTTAAAATAATTTAGCGACACTGTAATGTCATAAGTGGTA
TAGTTTACGAGATAAAGATAAAAGTAGACAAAGTAAACGATGCAGAAGCAAAGAGTAGCA
GAAAAACGAGTGAATAAAGAAAAAAAGCAAACTTAACGGCGTCAGAGCTGTATCCCATTT
CGTCGTCATCTAAACGTCGACACTGCATTGATTGTCCACAGTGTACTTAACGATATTTTC
TCCGACAATAACTCCGTTAGATTTATCCGCAAGATTGATAAAAGTATGACAACGAACATG
AAGATGATACTTCCCGGTAATAAGAGTCCCGACCTTCCACCTCACGCGCCCGTCAGCGCG
TATAACCAAATCAACAAACCCACGACTCTGCTCGTCTCCGAGAGCGACGGCGTTATAAGG
AGCGTGACTTGGAAGTTTGAGGTGAGGAGGTTAGGTTGCGTGAGGTTGAAGGCGAAGACG
GTGGCGTCTTGGAGGATGAATCTTGGTTTTGTCGGCTGGAGGATTACCCAGACGAGGAAG
ATTGTTATCAAGACAATGACGATGAAGCCGATGATCACTCCGCATATTCTCCTGGCGGTT
CCTCCCCCGCCCCCTCCGTGCTTCTCACAGTCTTTGGACATTGGTGAAAAGGTTTCTTTT
TATCTTACTTCTTGTGGGATGGATGGAGGAGATGTATGTGTCCCCT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3AI68TF 706 0 0
GGC
ATGTAAGTTATAGTTCATTTAAAATAATTTAGCGACACTGTAATGTCATAAGTGGTATAG
TTTACGAGATAAAGATAAAAGTAGACAAAGTAAACGATGCAGAAGCAAAGAGTAGCAGAA
AAACGAGTGAATAAAGAAAAAAAGCAAACTTAACGGCGTCAGAGCTGTATCCCATTTCGT
CGTCATCTAAACGTCGACACTGCATTGATTGTCCACAGTGTACTTAACGATATTTTCTCC
GACAATAACTCCGTTAGATTTATCCGCAAGATTGATAAAAGTATGACAACGAACATGAAG
ATGATACTTCCCGGTAATAAGAGTCCCGACCTTCCACCTCACGCGCCCGTCAGCGCGTAT
AACCAAATCAACAAACCCACGACTCTGCTCGTCTCCGAGAGCGACGGCGTTATAAGGAGC
GTGACTTGGAAGTTTGAGGTGAGGAGGTTAGGTTGCGTGAGGTTGAAGGCGAAGACGGTG
GCGTCTTGGAGGATGAATCTTGGTTTTGTCGGCTGGAGGATTACCCAGACGAGGAAGATT
GTTATCAAGACAATGACGATGAAGCCGATGATCACTCCGCATATTCTCCTGGCGGTTCCT
CCCCCGCCCCCTCCGTGCTTCTCACAGTCTTTGGACATTGGTGAAAAGGTTTCTTTTTAT
CTTACTTCTTGTGGGATGGATGGAGGAGATGTATGT
GTCCCCT

QA 4 699 4 699
DS 



CO CL76Contig2 916 6 35 U
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TCTATCACACATACATCTCCTCCATCCATCACACAACAAGTAAGATAAAAAGAAACCATT
TCACCAATGTCCAAAGACTGTGAGAAGCACGGAGGAGGCGGGGGAGGAACCGCCAGGAGA
ATATGCGGAGTGATCATCGGCTTCATCATCATTGTCTTGATAACAATCTTCCTCGTCTGG
GTAATCCTCCAGCCGACAAAACCAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTC
AACCTCACGCAACCTAACCTCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATACGAAAT
CGAAACTCCAGGATCGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACCGGAAC
CAGCAAATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAAGAAGACAGT
GTTTGGTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAACGCCGTCGCT
CTCGGAGACGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATCTGGTTATACGCGCTGACGGGCGCGTG
AGGTGGAAGGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTCATACT
TTTATCAATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGGG*AAAATATCGTTAAGTA
CACTGTGGACTACCAATGCAGTGTCGACGTTTAGATGACGGTGAAATGGGATACAGCTCT
GACGCCGTTAAGTTTGCTTTTTTCCTTATTCACTCGTTTTTCTGCTACTCCTTGCTTCTG
TATCGTTTAATTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 0 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 0 35 35 
35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F049TF U 159
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BS 908 916 RR3ES12TF

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CGGGGGAGGAACCGCCAGGAGAATATGCGGAGTGATCATCGGCTTCATCATCATTGTCTT
GATAACAATCTTCCTCGTCTGGGTAATCC

QA 1 149 1 149
DS 

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GTCTGGGTAATCCTCCAGCCGACAAAACCAAGATTCGTCCTCCAAGACGCCACCGTCTTC
GCCTTCAACCTCACGCAACCTAACCTCCTCACCTCAAACTT

QA 1 221 1 221
DS 

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AAACTAACTATACCAGTTCTAAATACATATATAAATAATACAAACCACATGCTTTAGCTC
TCTATCATACATACATCTCCTCCATCCATCACACAACAAGTAAGATAAAAAGAAACCATT
TCACTAATGTCCAAAGACTGTGAGAAGCATGGAGGAGGCGGGGGAGGAACCGCCGGGAGA
ATATGCGGAGTGATCATCGGCTTCATCATCATTGTCTTGATAACAATCTTCCTCGTCTGG
GTAATCCTCCAGCCGACAAAACCAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTC
AACCTCACGCAACCTAACCTCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATACGAAAT
CGAAACTCCAGGATCGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACCGGAAC
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GTTTGGTCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAACGCCGTCGCT
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AGGTGGAAG*TCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTCATACT
TT*ATCA*TCTTGCGGATAA*TCTAACGGAGTTATT

QA 1 756 1 756
DS 

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GGAT
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GTCCAAAGACTGTGAGAAGCATGGAGGAGGCGGGGGAGGAACCGCCGGGAGAATATGCGG
AGTGATCATCGGCTTCATCATCATTGTCTTGATAACAATCTTCCTCGTCTGGGTAATCCT
CCAGCCGACAAAACCAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTCAACCTCAC
GCAACCTAACCTCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATACGAAATCGAAACTC
CAGGATCGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACCGGAACCAGCAAAT
CACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAAGAAGACAGTGTTTGGTC
TCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAACGCCGTCGCTCTCGGAGA
CGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATCTGGTTATACGCGCTGACGGGCGCGTGAGGTGGAA
GGTCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTCATACTTTTATCAA
TCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGGG*AAAATATCGTTAAGTACACTGTGG
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QA 5 716 5 716
DS 

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GGATC
ACACATACATCTCCTCCATCCATCACACAACAAGTAAGATAAAAAGAAACCTTTTCACCA
ATGTCCAAAGACTGTGAGAAGCACGGAGGAGGCGGGGGAGGAACCGCCAGGAGAATATGC
GGAGTGATCATCGGCTTCATCATCATTGTCTTGATAACAATCTTCCTCGTCTGGGTAATC
CTCCAGCCGACAAAACCAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTCAACCTC
ACGCAACCTAACCTCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATACGAAACCGAAAC
TCCAGGATCGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACAGGAACCAGCAA
ATCACTTTCCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAAGAAGACAGTGTTTGG
TCTCCTATTATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTACAACGCCGTCGCTCTCGGA
GACGAGCAGAGTCGTGGGTTTGTTGATTTGGTTATACGCGCTGACGGGCTCGTGAGGTGG
AAG*TCGGGACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTCATACTTTTATC
AATCTTGCGGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGAG*AAA*TATCGTTAAGTACACTGT
GGACTACCAATGCAGTGTCGACGTTTAGATGATGGTGAAATGGGATACAGCTCTGACGCC
GTTA*GTTTGCTTTTTTTCTTATTCACTCGTTTT*CTGCTACTCTTTGCT*CTGTATCGT
T
A

QA 6 786 6 786
DS 

RD RR3ES12TF 783 0 0
G
ATCTCCTCCATCCATCACACAACAAGTAAGATAAAAAGAAACCATTTCACTAATGTCCAA
AGACTGTGAGAAGCATGGAGGAGGCGGGGGAGGAACCGCCGGGAGAATATGCGGAGTGAT
CATCGGCATCATCATCATTGTCTTGATAACAATCTTCCTCGTCTGGGTAATCCTCCAGCC
GACAAAACCAAGATTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTCAACCTCACGCAACC
TAACCTCCTCACCTCAAACTTCCAAGTCACGCTCGTTATACGAAATCGAAACTCCAGGAT
CGGAATCTACTACGACCGTCTTCACGTCTACGCCACTTACCGGAACCAGCAAATCACTTT
CCCTACGGCCATTCCACCGAGCTACCAAGGCCATAAAGAAGACAGTGTTTGGTCTCCTAT
TATCTACGGAAACGCCGTCCCCGTCGCTCCTTATAACGCCGTCGCTCTCGGAGACGAGCA
GAGTCGTGGGTTTGTTGATCTGGTTATACGCGCTGACGGGCGCGTGAGGTGGAAGGTCGG
GACTCTTATTACCGGGAAGTATCATCTTCATGTTCGTTGTCATACTTTTATCAATCTTGC
GGATAAATCTAACGGAGTTATTGTCGGGGGAAAATATCGTTAAGTACACTGTGGACTACC
AATGCAGTGTCGACGTTTAGATGACGGTGAAATGGGATACAGCTCTGACGCCGTTAAGTT
TGCTTTTTTCTTTATTCACTCGTTTTTCTGCTACTCCTTGCTTCTGTATCGTTTAATTTG
TC

QA 2 783 2 783
DS 



CO CL76Contig3 894 6 26 U
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CGTCATGAGTGGTATAGTTTACGAGATAAAGATAAAAGTAGACAAAGTAAACGATACAGA
AGCAAAGAGTAGCAGAAAAACGAGTGAATAAAGAAAAAAAGCAAACTTAACGGCGTCAGA
GCTGTATCCCATTTCGTCGTCATCTAAACGTCGACACTGCATTGATTGTCCACAGTGTAC
TTAACGATATTTTCTCCGACAATAACTCCGTTAGATTTATCCGCAAGATTGATAAAAGTA
TGACAACGAACATGAAGATGATACTTCCCGGTAATAAGAGTCCCGACCTTCCACCTCACG
CGCCCGTCAGCGCGTATAACCAAATCAACAAACCCACGACTCTGCTCGTCTCCGAGAGCG
ACGGCGTTATAAGGAGCGACGGGGACGGCGTTTCCGTAGATAATAGGAGACCAAACACTG
TCTTCTTTATGGCCTTGGTAGCTCGGTGGAATGGCCGTAGGGAAAGTGATTTGCTGGTTC
CTGTAAGTGGCGTAGACGTGAAGACGGTCGTAGTAGATTCCGATCCTGGAGTTTCGGTTT
CGTATAACGAGCGTGACTTGGAAGTTTGAGGTGAGGAGGTTAGGTTGCGTGAGGTTGAAG
GCGAAGACGGTGGCGTCTTGGAGGATGAATCTTGGTTTTGTCGGCTGGAGGATTACCCAG
ACGAGGAAGATTGTTATCAAGACAATGATGATGAAGCCGATGATCACTCCGCATATTCTC
CTGGCGGTTCCTCCCCCACCTCCTCCGTGCTTCTCACAGTCTTTGGACATTGGTGAAAAG
GTTTCTTTTTATCTTACTTCTTGTGGGATGGATGGAGGAGATGTATGTGTGATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 5 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC66JQ U 1
AF RR3BZ50JQ U 17
AF RR3ES12JQ U 1
AF RR3C789JQ U 49
AF RR3F049JQ U 76
AF RR3C789TF C 83
BS 1 106 RR3ES12JQ
BS 107 107 RR3C789JQ
BS 108 125 RR3ES12JQ
BS 126 126 RR3FC66JQ
BS 127 195 RR3ES12JQ
BS 196 197 RR3C789JQ
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BS 226 226 RR3ES12JQ
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RD RR3FC66JQ 771 0 0
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GCTGTATCCCATTTCACCGTCATCTAAACGTCGACACTGCATTGGTAGTCCACAGTGTAC
TTAACGATATTTTCCCCGACAATAACTCCGTTAGATTTATCCGCAAGATTGATAAAAGTA
TGACAACGAACATGAAGATGATACTTCCCGGTAATAAGAGTCCCGACCTTCCACCTCACG
CGCCCGTCAGCGCGTATAACCAGATCAACAAACCCACGACTCTGCTCGTCTCCGAGAGCG
ACGGCGTTATAAGGAGCGACGGGGACGGCGTTTCCGTAAATAATAGGAGACCAAACACTG
TCTTCTTTATGGCCTTGGTAGCTCGGTGGAATGGCCGTAGGGAAAGTGATTTGCTGGTTC
CGGTAAGTGGCGTAAACGTGAAGACGGTCGTAGTAGATTCCGATCCTGGAGTTTCGATTT
CGTATAACGAGCGTGACTTGGAAGTTTGAGGTGAGGAGGTTAGGTTGCGTGAGGTTGAAG
GCGAAGACGGTGGCGTCTTGGAGGATGAATCTTGGTTTTGTCGGCTGGAGGATTACCCAG
ACGAGGAAGATTGTTATCAAGACAATGATGATGAAGCCGATGATCACTCCG

QA 1 771 1 771
DS 

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G
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TTTACGAGATAAAGATAAAAGTAGACAAATTAAACGATACAGAAGCAAAGAGTAGCAGAA
AAACGAGTGAATAAAGAAAAAAAGCAAACTTAACGGCGTCAGAGCTGTATCCCATTTCAC
CGTCATCTAAACGTCGACACTGCATTGGTAGTCCACAGTGTACTTAACGATATTTTCCCC
GACAATAACTCCGTTAGATTTATCCGCAAGATTGATAAAAGTATGACAACGAACATGAAG
ATGATACTTCCCGGTAATAAGAGTCCCGACCTTCCACCTCACGCGCCCGTCAGCGCGTAT
AACCAGATCAACAAACCCACGACTCTGCTCGTCTCCGAGAGCGACGGCGTTATAAGGAGC
GACGGGGACGGCGTTTCCGTAGATAATAGGAGACCAAACACTGTCTTCTTTATGGCCTTG
GTAGCTCGGTGGAATGGCCGTAGGGAAAGTGATTTGCTGGTTCCGGTAAGTGGCGTAGAC
GTGAAGACGGTCGTAGTAGATTCCGATCCTGGAGTTTCGATTTCGTATAACGAGCGTGAC
TTGGAAGTTTGAGGTGAGGAGGTTAGGTTGCGTGAGGTTGAAGGCGAAGACGGTGGCGTC
TTGGAGGATGAATCTTGGTTTTGTCGGCTGGAGGATTACCCAGACGAGGAAGATTGTTAT
CAAGACAATGATGATGAAGCCGATGATCACTCCGCATATTCTC

QA 2 764 2 764
DS 

RD RR3ES12JQ 801 0 0
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CGTCATGAGTGGTATAGTTTACGAGATAAAGATAAAAGTAGACAAATTAAACGATACAGA
AGCAAGGAGTAGCAGAAAAACGAGTGAATAAAGAAAAAAAGCAAACTTAACGGCGTCAGA
GCTGTATCCCATTTCACCGTCATCTAAACGTCGACACTGCATTGGTAGTCCACAGTGTAC
TTAACGATATTTTCCCCGACAATAACTCCGTTAGATTTATCCGCAAGATTGATAAAAGTA
TGACAACGAACATGAAGATGATACTTCCCGGTAATAAGAGTCCCGACCTTCCACCTCACG
CGCCCGTCAGCGCGTATAACCAGATCAACAAACCCACGACTCTGCTCGTCTCCGAGAGCG
ACGGCGTTATAAGGAGCGACGGGGACGGCGTTTCCGTAGATAATAGGAGACCAAACACTG
TCTTCTTTATGGCCTTGGTAGCTCGGTGGAATGGCCGTAGGGAAAGTGATTTGCTGGTTC
CGGTAAGTGGCGTAGACGTGAAGACGGTCGTAGTAGATTCCGATCCTGGAGTTTCGATTT
CGTATAACGAGCGTGACTTGGAAGTTTGAGGTGAGGAGGTTAGGTTGCGTGAGGTTGAAG
GCGAAGACGGTGGCGTCTTGGAGGATGAATCTTGGTTTTGTCGGCTGGAGGATTACCCAG
ACGAGGAAGATTGTTATCAAGACAATGATGATGATGCCGATGATCACTCCGCATATTCTC
CCGGCGGTTCCTCCCCC
ACCT

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3C789JQ 770 0 0
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AAACGATACAGAAGCAAAGAGTAGCAGAAAAACGAGTGAATAAAGAAAAAAAGCAAACTT
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TCCACAGTGTACTTAACGATATTTTCTCCGACAATAACTCCGTTAGATTTATCCGCAAGA
TTGATAAAAGTATGACAACGAACATGAAGATGATACTTCCCGGTAATAAGAGTCCCGACC
TTCCGCCTCACGCGCCCGTCAGCGCGTATAACCAAATCAACAAACCCACGACTATGCTCG
TCTCCGAGAGCGACGGCGTTATAAGGAGCGACGGGGACGGCGTTTCCGTAGATAATAGGA
GACCAAACACTGTCTTCTTTATGGCCTTGGTAGCTCGGTGGAATGGCCGTAGGGAAAGTG
ATTTGCTGGTTCCTGTAAGTGGCGTAGACGTGAAGACGGTCGTAGTAGATTCCGATCCTG
GAGTTTCGGTTTCGTATAACGAGCGTGACTTGGAAGTTTGAGGTGAGGAGGTTAGGTTGC
GTGAGGTTGAAGGCGAAGACGGTGGCGTCTTGGAGGATGAATCTTGGTTTTGTCGGCTGG
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CCGCATATTCTCCTGGCGGTTCCTCCCCCACCTCCTCCGTGCTTCTCACA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3F049JQ 761 0 0
AGTTTACGAGATAAAGATAAAAGTAGACAAAGTAAACGATACAGAAGCAAAGAGTAGCAG
AAAAACGAGTGAATAAAGAAAAAAAGCAAACTTAACGGCGTCAGAGCTGTATCCCATTTC
GTCGTCATCTAAACGTCGACACTGCATTGATTGTCCACAGTGTACTTAACGATATTTTCT
CCGACAATAACTCCGTTAGATTTATCCGCAAGATTGATAAAAGTATGACAACGAACATGA
AGATGATACTTCACGGTAATAAGAGTCCCGACCTTCCACCTCACGCGCCCGTCAGCGCGT
ATAACCAAATCAACAAACCCACGACTCTGCTCGTCTCCGAGAGCGACGGCGTTATAAGGA
GCGACGGGGACGGCGTTTCCGTAGATAATAGGAGACCAAACACTGTCTTCTTTATGGCCT
TGGTAGCTCGGTGGAATGGCCGTAGGGAAAGTGATTTGCTGGTTCCTGTAAGTGGCGTAG
ACGTGAAGACGGTCGTAGTAGATTCCGATCCTGGAGTTTCGGTTTCGTATAACGAGCGTG
ACTTGGAAGTTTGAGGTGAGGAGGTTAGGTTGCGTGAGGTTGAAGGCGAAGACGGTGGCG
TCTTGGAGGATGAATCTTGGTTTTGTCGGCTGGAGGATTACCCAGACGAGGAAGATTGTT
ATCAAGACAATGATGATGAAGCCGATGATCACTCCGCATATTCTCCTGGCGGTTCCTCCC
CCACCTCCTCCGTGCTTCTCACAGTCTTTGGACATTGGTGA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3C789TF 812 0 0
GAGATAAAGATAAAAGTAGACAAAGTA*ACGATACAGAAGCAAAGAGTAGCAGAAAA*CG
AGTGAATAAAGAAAAAA*GCAAACTTAACGGCGTCAGAGCTGTATCCCATTTAGTCGTCA
TCTAAACGTCGACACTGCATTGATTGTCCACAGTGTACTTAACGATATTTTCTCCGACAA
TAACTCCGTTAGATTTATCCGCAAGATTGATAAAAGTATGACAACGAACATGAAGATGAT
ACTTCCCGGTAATAAGAGTCCCGACCTTCCGCCTCACGCGCCCGTCAGCGCGTATAACCA
AATCAACAAACCCACGACTATGCTCGTCTCCGAGAGCGACGGCGTTATAAGGAGCGACGG
GGACGGCGTTTCCGTAGATAATAGGAGACCAAACACTGTCTTCTTTATGGCCTTGGTAGC
TCGGTGGAATGGCCGTAGGGAAAGTGATTTGCTGGTTCCTGTAAGTGGCGTAGACGTGAA
GACGGTCGTAGTAGATTCCGATCCTGGAGTTTCGGTTTCGTATAACGAGCGTGACTTGGA
AGTTTGAGGTGAGGAGGTTAGGTTGCGTGAGGTTGAAGGCGAAGACGGTGGCGTCTTGGA
GGATGAATCTTGGTTTTGTCGGCTGGAGGATTACCCAGACGAGGAAGATTGTTATCAAGA
CAATGATGATGAAGCCGATGATCGCTCCGCATATTCTCCTGGCGGTTCCTCCCCCGCCTC
CTCCGTGCTTCTCACAGTCTTTGGACATTGGTGAAAAGGTTTCTTTTTATCTTACTTCTT
GTGGGATGGATGGAGGAGATGTATGTGTGATC

QA 1 812 1 812
DS 



AS 3 14

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GGAGATCGAACAGGAGCAGCTGATTGAGAAGCTTGAGATTTTCAAGATCCATGGAAGAGA
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ATTGGATGTGTTGAAGAAGTATCTAGAGGAGAAGATCTTTCCTCGATTAGGGAGAAAACC
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AGCTCTACGGGCGATCTACGACGCGGTTCCGGTTAACGTAAGAGACAATAATCTCCAGGA
GGTTTACTTCCTCCACCCAGGCCTGCAGTCACGTCTCTTTCTCGCCACTTGCGGACGATT
CCTTTTTTCCGGCGGGCTGTACGGGAAGCTAAGGTACGTAAGCAGAGTTGAGTACTTGTG
GGAACACGTGAGGAGGAACGAGATAGAGATGCCGGAGTTTGTGTACGATCACGACGATGA
TCTGGAGTACCGTCCGATGATGGATTACGGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTACGC
CGGAGCCGCCGTTGATTCTTCAGTCTCCAGTTTCTCCATGAGGTGTATCTCTTAGCGCAG
ATCACGGATCGTGTATTATAAACCATATAATATACGATTAAGAAAATATTAAATATAGAT
GTGCTTTTCGAAGTCAGTGAGCGCTTTTCACGGAAAAGATTAGACAGCTGTTGGCGTTTT
GTATTAGGAGAGGTTGAGAATCTGTAGATTTTTTTTCTTCTTAAACCTGTTCTCTTTTGT
TTTTAATTACATATCGGTTTATCTGGTTATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BK65TF U 1
AF RR3BK65JQ C 146
BS 1 642 RR3BK65TF
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BS 644 705 RR3BK65TF
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BS 749 756 RR3BK65TF
BS 757 757 RR3BK65JQ
BS 758 760 RR3BK65TF
BS 761 761 RR3BK65JQ
BS 762 778 RR3BK65TF
BS 779 874 RR3BK65JQ

RD RR3BK65TF 778 0 0
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TCTGGAGTACCGTCCGATGATGGATTACGGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTACGC
CGGAGCCGCCGTTGATTCTTCAGTCTCCAGTTTCTCCATGAG*TGTATCTCTTAGCGCAG
ATCACGGATCGTGTATTATAAACCATATAATATACGATTAAGAAA*TAT*AAATATAGAT
GTGCTTTTCGA*GTCAGTGAGCGCTTT*CACGGAAA*GAT*AGACAGCTGTTGGCGTT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3BK65JQ 729 0 0
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AAGCTAAGGTACGTAAGCAGAGTTGAGTACTTGTGGGAACACGTGAGGAGGAACGAGATA
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TACGGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTACGCCGGAGCCGCCGTTGATTCTTCAGTC
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TTTCACGGAAAAGATTAGACAGCTGTTGGCGTTTTGTATTAGGAGAGGTTGAGAATCTGT
AGATTTTTTTTCTTCTTAAACCTGTTCTCTTTTGTTTTTAATTACATATCGGTTTATCTG
GTTATGTCC

QA 1 729 1 729
DS 



CO CL77Contig2 1399 4 11 U
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GGAGATCGAACAGGAGCAGTTGATTGAGAAGCTTGAGATTTTCAAGATCCATGGCAGAGA
CAAACGAGGACGTAAGATCCTTCGGATCATCGGCAAGTTCTTTCCAGCTCGGCTTCTATC
ACTGGATGTGTTGAAGAAGTATCTAGAGGAGAAGATCTTTCCTCGTTTAGGGAGAAAACC
TTTCTCCGTTCTCTACGTTCACACCGGCGTACAGAGGACCGAGAATTTCCCGGGAATCTC
AGCTCTACGAGCGATCCACGACGCGATTCCGGTTAACGTAAGAGACAATAATCTCCAGGA
GGTTTACTTCCTCCACCCAGGCCTTCAATCACGTCTCTTCCTCGCCACTTGCGGACGATT
CCTCTTCTCCGGCGGGTTGTACGGGAAGCTAAGGTACATAAGCAGAGTTGAGTACTTGTG
GGAACACGTGAGGAGGAACGAGATAGAGATCCCGGAGTTTGTGTACGATCACGACGACGA
TCTAGAGTATCGTCCGATGATGGATTACGGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTTCGC
CGGAGCCGCCGTTGATTCGTCAGTCTCCAGTTTCTCCATGAGGTGTATCTCTTAGCGTAG
ATCACGGATCGTGTATTATAAACCATATAATATACGATTAAGAAAATATAAAATATTACT
ACAAATAGTGCTTTTCGGAATCAGTGAGCGCTTTTTACGGAAAAGAATAGACAGCTGTTG
GCGTTTTGTATTAGGAGAGGTTGAGAATCTGTAGATTTTTTTTTCTTCTTAAACCTGTTC
TCTTTTGTTTTTATTTACATATCGGTTTATCTGGTTTAGTTCCAGTCAAGTTTGTTTAAC
CGGGAGGAACACTGTATTCTCTACACTACGACTTCAAGAGACAATAATAGCCCAATGTCA
AAACTAGCAAAAAAAAAAAGAGAGAGAACATTACTGTAATAAACAAATATGTCAAGGACT
TGGCTACAATTTTTACAGTAGCTTCATTATCTTGGCCGGTTTCTTGCCATCAGAAACTTC
AGCTGAATGCTTCATCTTTCTGCGGTTCACAAACTCTGAGAATGACGGAATCTCTGGGAG
CCTTATAGGCGAACGACTCGGGCTAGTCACTAGCAGCTGTGTTGGTTCATCGACCTGCGG
CTCGGTTGTGTATGTGTTTCTGTCTTCTTGCTCTATGTTCTCGACTGGTTCTGTCATCGG
GAGTGATTCTCCTGATGGCTCTTCTCCTTTGGCGTAGCTTACCACTGAGCTAAGTCGGGT
CATTAGATCGTCTCCGCTTGCGGTTCCTAACCATCTCACAGTACTTGCTATCTGTGAGTA
GTAAAACGATTTCCCTGCT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G970TF U 6
AF RR3DT02TF U 1
AF RR3G970JQ C 546
AF RR3DT02JQ C 681
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BS 623 705 RR3DT02TF
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BS 741 754 RR3DT02TF
BS 755 933 RR3G970JQ
BS 934 934 RR3DT02JQ
BS 935 955 RR3G970JQ
BS 956 1399 RR3DT02JQ

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TCGAACAGGAGCAGTTGATTGAGAAGCTTGGGATTTTCAAGATCCATGGCAGAGACAAAC
GAGGACGTAAGATCCTTCGGATCATCGGCAAGTTCTTTCCAGCTCGGCTTCTATCACTGG
ATGTGTTGAAGAAGTATCTAGAGGAGAAGATCTTTCCTCGTTTAGGGAGAAAACCTTTCT
CCGTTCTCTACGTTCACACCGGCGTACAGAGGACCGAGAATTTCCCGGGAATCTCAGCTC
TACGAGCGATCCACGACGCGATTCCGGTTAACGTAAGAGACAATAATCTCCAGGAGGTTT
ACTTCCTCCACCCAGGCCTTCAATCACGTCTCTTCCTCGCCACTTGCGGACGATTCCTCT
TCTCCGGCGGGTTGTACGGGAAGCTAAGGTACATAAGCAGAGTTGAGTACTTGTGGGAAC
ACGTG**GAGGAACGAGATAGAGATCCCGGAGTTTGTGTACGATCACGACGACGATCTAG
AGTATCGTCCGATGATGGATTACGGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTTCGCCGGAG
CCGCCGTTGATTCGTCAGTCTCCAGTTTCTCCATGAGGTGTATCTCTTAGCGTAGATCAC
GGATCGTGTATTATAAACCATATAATATACGATTAAGAAA
ATA

QA 1 700 1 700
DS 

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GGAGATCGAACAGGAGCAGTTGATTGAGAAGCTTGAGATTTTCAAGATCCATGGCAGAGA
CAAACGAGGACGTAAGATCCTTCGGATCATCGGCAAGTTCTTTCCAGCTCGGCTTCTATC
ACTGGATGTGTTGAAGAAGTATCTAGAGGAGAAGATCTTTCCTCGTTTAGGGAGAAAACC
TTTCTCCGTTCTCTACGTTCACACCGGCGTACAGAGGACCGAGAATTTCCCGGGAATCTC
AGCTCTACGAGCGATCCACGACGCGATTCCGGTTAACGTAAGAGACAATAATCTCCAGGA
GGTTTACTTCCTCCACCCAGGCCTTCAATCACGTCTCTTCCTCGCCACTTGCGGACGATT
CCTCTTCTCCGGCGGGTTGTACGGGAAGCTAAGGTACATAAGCAGAGTTGAGTACTTGTG
GGAACACGTGAGGAGGAACGAGATAGAGATCCCGGAGTTTGTGTACGATCACGACGACGA
TCTAGAGTATCGTCCGATGATGGATTACGGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTTCGC
CGGAGCCGCCGTTGATTCGTCGGTCTCCAGTTTCTCCATGAGGTGTATCTCTTAGCGTAG
ATCACGGATCGTGTATTATAAACCATATAATATACGATTAAGAAA*TATAAAATATTACT
ACAAATAGTGCTTTTCGGA*TCAGTGAGCGCTTT

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CCGCCGTTGATTCGTCAGTCTCCAGTTTCTCCATGAGGTGTATCTCTTAGCGTAGATCAC
GGATCGTGTATTATAAACCATATAATATACGATTAAGAAAATATAAAATATTACTACAAA
TAGTGCTTTTCGGAATCAGTGAGCGCTTTTTACGGAAAAGAATAGACAGCTGTTGGCGTT
TTGTATTAGGAGAGGTTGAGAATCTGTAGATTTTTTTTTCTTCTTAAACCTGTTCTCTTT
TGTTTTTATTTACATATCGGTTTATCTGGTTTAGTTCCAGTCAAGTTTGTTTAACCGGGA
GGAACACTGTATTCTCTACACTACGACT*CAAGAGACAATAATAGCCCAA
GCAA

QA 1 410 1 410
DS 

RD RR3DT02JQ 719 0 0
AACCATATAATATACGATTAAGAAAATATAAAATATTACTACAAATAGTGCTTTTCGGAA
TCAGTGAGCGCTTTTTACGGAAAAGAATAGACAGCTGTTGGCGTTTTGTATTAGGAGAGG
TTGAGAATCTGTAGATTTTTTTTTCTTCTTAAACCTGTTCTCTTTTGTTTTTATTTACAT
ATCGGTTTATCTGGTTTAGTTCCAGTCAAGTTTGTTTAACCGGGAGGAACGCTGTATTCT
CTACACTACGACTTCAAGAGACAATAATAGCCCAATGTCAAAACTAGCAAAAAAAAAAAG
AGAGAGAACATTACTGTAATAAACAAATATGTCAAGGACTTGGCTACAATTTTTACAGTA
GCTTCATTATCTTGGCCGGTTTCTTGCCATCAGAAACTTCAGCTGAATGCTTCATCTTTC
TGCGGTTCACAAACTCTGAGAATGACGGAATCTCTGGGAGCCTTATAGGCGAACGACTCG
GGCTAGTCACTAGCAGCTGTGTTGGTTCATCGACCTGCGGCTCGGTTGTGTATGTGTTTC
TGTCTTCTTGCTCTATGTTCTCGACTGGTTCTGTCATCGGGAGTGATTCTCCTGATGGCT
CTTCTCCTTTGGCGTAGCTTACCACTGAGCTAAGTCGGGTCATTAGATCGTCTCCGCTTG
CGGTTCCTAACCATCTCACAGTACTTGCTATCTGTGAGTAGTAAAACGATTTCCCTGCT

QA 1 719 1 719
DS 



CO CL77Contig3 1026 8 7 U
GGAAATCTCTTTAAAATCATCAGTTCACCCCACCTTCACTCGCCGCACTTCAACAGCTTT
TTTTTCCACCGTCGAAGCGATGACCACCACTCAGATTTCGGAGATTGAGCAAGAACAGCT
AATCGAGAAGCTTGAGATCTTTAAGATCCATGGCAGAGACAAACGCGGCCGTAAGATCCT
TCGGATCATCGGCAAATTCTTTCCAGCTCGATTTCTGTCACTGGATGTGTTAAACAAGTA
TCTAGAGGAAAAGATCTTTCCTCGATTAGGGAGAAAACCATTCGCCGTGCTTTACGTTCA
CACCGGCGTGCAGAGGAGCGAGAATTTCCCGGGAATCTCAGCTCTACGAGCAATCTACGA
CGCGATTCCCGTTAACGTCAGAGACAATCTCCAGGAGGTTTACTTCCTCCACCCAGGCCT
CCAGTCACGTCTCTTCCTCGCCACTTGCGGCCGATTCCTCTTCTCCGGCGGGTTGTACGG
GAAGCTAAGGTACATAAGCAGAGTTGACTACTTGTGGGAACACGTGAGGAGGAACGAGAT
AGAGATGCCGGAGTTTGTGTACGACCACGACGACGATCTAGAGTACCGTCCGATGATGGA
TTACGGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTACGCCGGAGCCGCCGTAGATTCATCAGT
CTCCAGTTTCTCCATGAGGTGTATCTCTTAGCGTATAAAAAAAAAA*TACACCCACCAGA
TCTCCGATCGCATCTTTTAAAAACCATATAATATACGATTAAAATATCAAAAAGTCACGA
TAGATGTGCTTCTCGCAGCCAGTGAGCGTTTTTTACGGGGGAAAAAAAAGAAAGCTGTTG
GCGTGGATAAGGAAAGGCTGAGAATCTTTAGATTTTTTTTCCCGTAAACCTGTTCTTTTC
TGTTTTTAATGTTTCTTTGTGGAAATTTGTAGATCTTTTCTTTAGTGGTAGTAGTGGGTG
TGAGTTTGATGTCGGAAATCTTGTGTATATGTTAATATAAAAATGTTAGTGTAACATTAG
TTCCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3H951TF U 70
AF RR3EQ02TF U 58
AF RR3GX12TF U 1
AF RR3E016TF U 58
AF RR3GR69TF U 58
AF RR3EJ09TF U 499
AF RR3E016JQ C 245
AF RR3GR69JQ C 459
BS 1 688 RR3GX12TF
BS 689 701 RR3E016TF
BS 702 705 RR3GR69TF
BS 706 706 RR3E016JQ
BS 707 796 RR3EJ09TF
BS 797 1012 RR3E016JQ
BS 1013 1026 RR3GR69JQ

RD RR3H951TF 385 0 0
CGTCGAAGCGATGACCACCACTCAGATTTCGGAGATTGAGCAAGAACAGCTAATCGAGAA
GCTTGAGATCTTTAAGATCCATGGCAGAGACAAACGCGGCCGTAAGATCCTTCGGATCAT
CGGCAAATTCTTTCCAGCTCGATTTCTGTCACTGGATGTGTTAAACAAGTATCTAGAGGA
AAAGATCTTTCCTCGATTAGGGAGAAAACCATTCGCCGTGCTTTACGTTCACACCGGCGT
GCAGAGGAGCGAGAATTTCCCGGGAATCTCAGCTCTACGAGCAATCTACGACGCGATTCC
CGTTAACGTCAGAGACAATCTCCAGGAGGTTTACTTCCTCCACCCAGGCCTCCAGTCACG
TCTCTTCCTCGCCACTTGCGGCCGA

QA 1 385 1 385
DS 

RD RR3EQ02TF 592 0 0
TTTTTTTTCCACCGTCGAAGCGATGACCACCACTCAGATTTCGGAGATTGAGCAAGAACA
GCTAATCGAGAAGCTTGAGATCTTTAAGATCCATGGCAGAGACAAACGCGGCCGTAAGAT
CCTTCGGATCATCGGCAAATTCTTTCCAGCTCGATTTCTGTCACTGGATGTGTTAAGCAA
GTATCTAGAGGAAAAGATCTTTCCTCGATTAGGGAGAAAACCATTCGCCGTGCTTTACGT
TCACACCGGCGTGCAGAGGAGCGATAATTTCCCGGGAATCTCAGCTCTACGAGCAATCTA
CGACGCGATTCCCGTTAACGTCAGAGACAATCTCCAGGAGGTTTACTTCCTCCACCCAGG
CCTCCAGTCACGTCTCTTCCTCGCCACTTGCGGCCGATTCCTCTTCTCCGGCGGGTTGTA
CGGGAAGCTAAGGTACATAAGCAGAGTTGACTACTTGTGGGAACACGTGAGGAGGAACGA
GATAGAGATGCCGGAGTTTGTGTACGACCACGACGACGATCTAGAGTACCGTCCGATGAT
GGATTACGGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTACGCCGGAGCCGCCGTA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3GX12TF 688 0 0
GGAAATCTCTTTAAAATCATCAGTTCACCCCACCTTCACTCGCCGCACTTCAACAGCTTT
TTTTTCCACCGTCGAAGCGATGACCACCACTCAGATTTCGGAGATTGAGCAAGAACAGCT
AATCGAGAAGCTTGAGATCTTTAAGATCCATGGCAGAGACAAACGCGGCCGTAAGATCCT
TCGGATCATCGGCAAATTCTTTCCAGCTCGATTTCTGTCACTGGATGTGTTAAACAAGTA
TCTAGAGGAAAAGATCTTTCCTCGATTAGGGAGAAAACCATTCGCCGTGCTTTACGTTCA
CACCGGCGTGCAGAGGAGCGAGAATTTCCCGGGAATCTCAGCTCTACGAGCAATCTACGA
CGCGATTCCCGTTAACGTCAGAGACAATCTCCAGGAGGTTTACTTCCTCCACCCAGGCCT
CCAGTCACGTCTCTTCCTCGCCACTTGCGGCCGATTCCTCTTCTCCGGCGGGTTGTACGG
GAAGCTAAGGTACATAAGCAGAGTTGACTACTTGTGGGAACACGTGAGGAGGAACGAGAT
AGAGATGCCGGAGTTTGTGTACGACCACGACGACGATCTAGAGTACCGTCCGATGATGGA
TTACGGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTACGCCGGAGCCGCCGTAGATTCATCAGT
CTCCAGTTTCTCCATGAGGTGTATCTCT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3E016TF 644 0 0
TTTTTTTTCCACCGTCGAAGCGATGATCACCACTCAGATTTCGGAGATTGAGCAAGAACA
GCTAATCGAGAAGCTTGAGATCTTTAAGATCCATGGCAGAGACAAACGCGGCCGTAAGAT
CCTTCGGATCATCGGCAAATTCTTTCCAGCTCGATTTCTGTCACTGGATGTGTTAAACAA
GTATCTAGAGGAAAAGATCTTTCCTCGATTAGGGAGAAAACCATTCGCCGTGCTTTACGT
TCACACCGGCGTGCAGAGGAGCGAGAATTTCCCGGGAATCTCAGCTCTACGAGCAATCTA
CGACGCGATTCCCGTTAACGTCAGAGACAATCTCCAGGAGGTTTACTTCCTCCACCCAGG
CCTCCAGTCACGTCTCTTCCTCGCCACTTGCGGCCGATTCCTCTTCTCCGGCGGGTTGTA
CGGGAAGCTAAGGTACATAAGCAGAGTTGACTACTTGTGGGAACACGTGAGGAGGAACGA
GATAGAGATGCCGGAGTTTGTGTACGACCACGACGACGATCTAGAGTACCGTCCGATGAT
GGATTACGGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTACGCCGGAGCCGCCGTAGATTCATC
AGTCTCCAGTTTCTCCATGAGGTGTATCTCTTAGCGTATAAAAA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3GR69TF 648 0 0
TTTTTTTTCCACCGTCGAAGCGATGACCACCACTCAGATTTCGGAGATTGAGCAAGAACA
GCTAATCGAGAAGCTTGAGATCTTTAAGATCCATGGCAGAGACAAACGCGGCCGTAAGAT
CCTTCGGATCATCGGCAAATTCTTTCCAGCTCGATCTCTGTCACTGGATGTGTTAAACAA
GTATCTAGAGGAAAAGATCTTTCCTCGATTAGGGAGAAAACCATTCGCCGCTCTTTACGT
TCACACCGGCGTGCAGAGGAGCGAGAATTTCCCGGGAATCTCAGCTCTACGAGCAATCTA
CGACGCGATTCCCGTTAACGTCAGAGACAATCTCCAGGAGGTTTACTTCCTCCACCCAGG
CCTCCAGTCACGTCTCTTCCTCGCCACTTGCGGCCGATTCCTCTTCTCCGGCGGGTTGTA
CGGGAAGCTAAGGTACATAAGCAGAGTTGACTACTTGTGGGAACACGTGAGGAGGAACGA
GATAGAGATGCCGGAGTTTGTGTACGACCACGACGACGATCTAGAGTACCGTCCGATGAT
GGAT*ACGGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTACGCCGGAGCCGCCGTAGATTCATC
AGTCTCCAGTTTCTCCATGAGGTGTATCTCTTGGCGTATAAAAAAAAA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3EJ09TF 298 0 0
G
AGAGTTGACTACTTGTGGGAACACGTGAGGAGGAACGAGATAGAGATGCCGGAGTTTGTG
TACGACCACGACGACGATCTAGGGTACCGTCCGATGATGGATTACGGTCAAGAGAGCGAT
CACGCTAGGGTTTACGCCGGAGCCGCCGTAGATTCATCAGTCTCCAGTTTCTCCATGAGG
TGTATCTCTTAGCGTATAAAAAAAAA**TACACCCACCAGATCTCCGATCGCATCTTTTA
AAAACCATATAATATACGATTAAAATATCAAAAAGTCACGATAGATGTGCTTCTCGC

QA 2 298 2 298
DS 

RD RR3E016JQ 768 0 0
GAGGAAAAGATCTTTCCTCGATTAGGGAGAAAACCATTCGCCGTGCTTTACGTTCACACC
GGCGTGCAGAGGAGCGAGAATTTCCCGGGAATCTCAGCTCTACGAGCAATCTACGACGCG
ATTCCCGTTAACGTCAGAGACAATCTCCAGGAGGTTTACTTCCTCCACCCAGGCCTCCAG
TCACGTCTCTTCCTCGCCACTTGCGGCCGATTCCTCTTCTCCGGCGGGTTGTACGGGAAG
CTAAGGTACATAAGCAGAGTTGACTACTTGTGGGAACACGTGAGGAGGAACGAGATAGAG
ATGCCGGAGTTTGTGTACGACCACGACGACGATCTAGAGTACCGTCCGATGATGGATTAC
GGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTACGCCGGAGCCGCCGTAGATTCATCAGTCTCC
AGTTTCTCCATGAGGTGTATCTCTTAGCGTATAAAAAAAAAAATACGCCCACCAGATCTC
CGATCGCATCTTTTAAAAACCATATAATATACGATTAAAATATCAAAAAGTCACGATAGA
TGTGCTTCTCGCAGCCAGTGAGCGTTTTTTACGGGGGAAAAAAAAGAAAGCTGTTGGCGT
GGATAAGGAAAGGCTGAGAATCTTTAGATTTTTTTTCCCGTAAACCTGTTCTTTTCTGTT
TTTAATGTTTCTTTGTGGAAATTTGTAGATCTTTTCTTTAGTGGTAGTAGTGGGTGTGAG
TTTGATGTCGGAAATCTTGTGTATATGTTAATATAAAAATGTTAGTGT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3GR69JQ 568 0 0
TCTTCTCCGGCGGGTTGTACGGGAAGCTAAGGTACATAAGCAGAGTTGACTACTTGTGGG
AACACGTGAGGAGGAACGAGATAGAGATGCCGGAGTTTGTGTACGACCACGACGACGATC
TAGAGTACCGTCCGATGATGGAT*ACGGTCAAGAGAGCGATCACGCTAGGGTTTACGCCG
GAGCCGCCGTAGATTCATCAGTCTCCAGTTTCTCCATGAGGTGTATCTCTTGGCGTATAA
AAAAAAAA*TACACCCACCAGATCTCCGATCGCACCTTTTAAAAACCATATAATATACGA
TTAAAATATCAAAAAGTCACGATAGATGTGCTTCTCGCAGCCAGTGAGCGTTTTTTACGG
GGGAAAAAAAAGAAAGCTGTTGGCGTGGATAAGGAAAGGTTGAGAATCTTTAGATTTTTT
TTCCCGTAAACCTGTTCTTTTCTGTTTTTAATGTTTCTTTGTGGAAATTTGTAGATCTTT
TCTTTAGTGGTAGTAGTGGGTGTGAGTTTGATGTCGGAAATCTTGTGTATATGTTAATAT
AAAAATGTTAGTGTAACATTAGTTCCAG

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 15

CO CL78Contig1 1160 15 20 U
GGGCCGTCTAACTGAGCAACTTGTTGGTATGGCAGAACATTATTTGTCAACATCAATACT
ATGCATTATTTTGACTGCTCTTGTCTCCATCGCCGGAGCAAAAGTCCCGGCCATCATTGT
CTTCGGCGACTCTTCCGTAGACTCCGGCAATAACAACTTCATACAAACCATGGCCAGAGC
CAACTTCGAACCTTATGGCCGCGACTTCCCTGGTGGTCGCCCCACCGGCCGCTTTTGCAA
CGGCCGTCTCTCCTCCGATTTCACTTCCGAAGCTTACGGTCTTAAACCGACTGTCCCGGC
CTATCTTGATCCGTCCTACAATATCTCCGATTTCTCCACCGGAGTTTGCTTCGCCTCTGC
CGGCACCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGA
AGTCGAGTACTACAAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGC
CGCAAACATCATCAAAGAATCGCTGTACCTAGTCAGCATAGGAACCAA*CGACTTCCTAG
AGAATTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACT
ACCTCATAGGTATCGCTGAGGTGTTTTTGAAGGATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAAA
TGTCTTTCACCGGAATATCTCCAATGGGATGTCTACCACTGGAAAGAGTGACGAATCTTG
ACGACCCTTTCAGCTGTGCTACGAGTTACAATGACCTGGCGGTTGATTTTAATGGGAGGT
TGAGGAGATTAGTGAGGAAGTTGAATCAAGAACTCAATGGAATGAAGATATACTTCGCTA
ATCCCTATGATATCATTTGGGATATTGTTACAAAACCATCACGTTACGGTCTAGAGGTAT
CTAGTTCTGCGTGCTGTGGAACTGGATTGTTCGAGATGGGGTTTCTTTGCGGCCAGGACA
ATCCGTTAACTTGCAGTGATGCAAATAAGTTTGTTTTCTGGGACGCTTTTCATCCGACCG
AGAGGACTAATCAGATTGTGTCTGATTACTTCTTTAAACATCTAAAGAACCTCTTTCATT
AATCATTATTCACATATCTACGAGTATATTCGTTTATATGAATCCAGGTTCATTTTCAAA
GATTAGAGAATGTTTTTTTT


BQ
30 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 65 50 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 70 
55 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 
55 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 15 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C965TF U 1
AF RR3EM95TF U 21
AF RR3FD72TF U 1
AF RR3FB08TF U 1
AF RR3BU42TF U 1
AF RR3E031TF U 1
AF RR3CV62TF U 2
AF RR3B559TF U 5
AF RR3BU42JQ C 325
AF RR3EM95JQ C 433
AF RR3FP20JQ C 365
AF RR3E031JQ C 328
AF RR3FB08JQ C 360
AF RR3C965JQ C 327
AF RR3B559JQ C 434
BS 1 490 RR3BU42TF
BS 491 491 RR3E031TF
BS 492 528 RR3BU42TF
BS 529 529 RR3E031TF
BS 530 632 RR3BU42TF
BS 633 633 RR3CV62TF
BS 634 659 RR3BU42TF
BS 660 660 RR3B559TF
BS 661 674 RR3BU42TF
BS 675 675 RR3E031TF
BS 676 714 RR3BU42TF
BS 715 715 RR3E031TF
BS 716 746 RR3BU42TF
BS 747 747 RR3B559TF
BS 748 750 RR3E031TF
BS 751 751 RR3B559TF
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BS 775 775 RR3B559TF
BS 776 1137 RR3BU42JQ
BS 1138 1160 RR3B559JQ

RD RR3C965TF 420 0 0
GGGCCGTCTAACTGAGCAACTTGTTGGTATGGCAGAACATTATTTGTCAACATCAATACT
ATGCATTATTTTGACTGCTCTTGTCTCCATCGCCGGAGCAAAAGTCCCGGCCATCATTGT
CTTCGGCGACTCTTCCGTAGACTCCGGCAATAACAACTTCATACAAACCATGGCCAGAGC
CAACTTCGAACCTTATGGCCGCGACTTCCCTGGTGGTCGCCCCACCGGCCGCTTTTGCAA
CGGCCGTCTCTCCTCCGATTTCACTTCCGAAGCTTACGGTCTTAAACCGACTGTCCCGGC
CTATCTTGATCCGTCCTACAATATCTCCGATTTCTCCACCGGAGTTTGCTTCGCCTCTGC
CGGCACCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGA

QA 1 420 1 420
DS 

RD RR3EM95TF 586 0 0
TTT
TTGGTATGGCAGAACATTATTTGTCAACATCAATACTATGCATTATTTTGACTGCTCTTG
TCTCCATCGCCGGAGCAAAAGTCCCGGCCATCATTGTCTTCGGCGACTCTTCCGTAGACT
CCGGCAATAACAACTTCATACAAACCATGGCCAGAGCCAACTTCGAACCTTATGGCCGCG
ACTTCCCTGGTGGTCGCCCCACCGGCCGCTTTTGCAACGGCCGTCTCTCCTCCGATTTCA
CTTCCGAAGCTTACGGTCTTAAACCGACTGTCCCGGCCTATCTTGATCCGTCCTACAATA
TCTCCGATTTCCCCACCAGAGTTTGCTTCGCCTCTGCCGGCACCGGTTATGATAATTCCA
CCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGAAGTCGAGTACTACAAGGAATACC
AACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGCCGCAAACATCATCAAAGAATCGC
TGTACCTAGTCAGCATAGGAACCAA*CGACTTCCTAGAGAATTATTATACATTACCGGAC
AGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACTACCTCA

QA 4 586 4 586
DS 

RD RR3FD72TF 616 0 0
GGGCCGTCTAACTGAGCAACTTGTTGGTATGGCAGAACATTATTTGTCAACATCAATACT
ATGCATTATTTTGACTGCCCTTGTCTCCATCGCCGGAGCAAAAGTCCCGGCCATCATTGT
CTTCGGCGACTCTTCCGTAGACTCCGGCAATAAC***TTCATACAAACCATGGCCAGAGC
CAACTTCGAACCTTATGGCCGCGACTTCCCTGGTGGTCGCCCCACCGGCCGCTTTTGCAA
CGGCCGTCTCGCCTCCGATTTCACTTCCGAAGCTTACGGTCTTAAACCGACTGTCCCGGC
CTATCTTGATCCGTCCTACAATATCTCCGATTTCTCCACCGGAGTTTGCTTCGCCTCTGC
CGGCACCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGA
AGTCGAGTACTACAAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGC
CGCAAACATCATCAAAGAATCGCTGTACCTAGTCAGCATAGGAACCAA*CGACT*CCTAG
AGAATTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACT
ACCTCATAGGTATCGC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3FB08TF 617 0 0
GGGCCGTCTAACTGAGCAACTTGTTGGTATGGCAGAACATTATTTGTCAACATCAATACT
ATGCATTATTTTGACTGCTCTTGTCTCCATCGCCGGAGCAAAAGTCCCGGCCATCATTGT
CTTCGGCGACTCTTCCGTAGACTCCGGCAATAACAACTTCATACAAACCATGGCCAGAGC
CAACTTCGAACCTTATGGCCGCGACTTCCCTGGTGGTCGCCCCACCGGCCGCTTTTGCAA
CGGCCGTCTCTCCTCCGATTTCACTTCCGAAGCTTACGGTCTTAAACCGACTGTCCCGGC
CTATCTTGATCCGTCCTACAATATCTCCGATTTCTCCACCGGAGTT*GCTTCGCCTCTGC
CGGCACCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGA
AGTCGAGTACTACAAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGC
CGCAAACATCATCAAAGAATCGCTGTACCTAGCCAGCATAGGAACCAA*CGACTTCCTAG
AGAATTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACT
ACCTCATAG
TATCGCTG

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3BU42TF 749 0 0
GGGCCGTCTAACTGAGCAACTTGTTGGTATGGCAGAACATTATTTGTCAACATCAATACT
ATGCATTATTTTGACTGCTCTTGTCTCCATCGCCGGAGCAAAAGTCCCGGCCATCATTGT
CTTCGGCGACTCTTCCGTAGACTCCGGCAATAACAACTTCATACAAACCATGGCCAGAGC
CAACTTCGAACCTTATGGCCGCGACTTCCCTGGTGGTCGCCCCACCGGCCGCTTTTGCAA
CGGCCGTCTCTCCTCCGATTTCACTTCCGAAGCTTACGGTCTTAAACCGACTGTCCCGGC
CTATCTTGATCCGTCCTACAATATCTCCGATTTCTCCACCGGAGTTTGCTTCGCCTCTGC
CGGCACCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGA
AGTCGAGTACTACAAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGC
CGCAAACATCGTCAAAGAATCGCTGTACCTAGTCAGCATAGGAACCAAACGACTTCCTAG
AGAATTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACT
ACCTCATAGGTATCGCTGAGGTGTTTTTGAAG*ATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAA*
TGTCTTTCACCGGA*TATCTCCAATGGGATGTCTACCACTGGAAAGAGTGACGA*TCTTG
ACGACCCTTTCAGCTGTGCTACGAGT
ACA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3E031TF 774 0 0
GGGCCGTCTAACTGAGCAACTTGTTGGTATGGCAGAACATTATTTGTCAACATCAATACT
ATGCATTATTTTGACTGCTCTTGTCTCCATCGCCGGAGCAAAAGTCCCGGCCATCATTGT
CTTCGGCGACTCTTCCGTAGACTCCGGCAATAACAACTTCATACAAACCATGGCCAGAGC
CAACTTCGAACCTTATGGCCGCGACTTCCCTGGTGGTCGCCCCACCGGCCGCTTTTGCAA
CGGCCGTCTCTCCTCCGATTTCACTTCCGAAGCTTACGGTCTTAAACCGACTGTCCCGGC
CTATCTTGATCCGTCCTACAATATCTCCGATTTCTCCACCGGAGTTTGCTTCGCCTCTGC
CGGCACCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGA
AGTCGAGTACTACAAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGC
CGCAAACATCATCAAAGAATCGCTGTACCTAGTCAGCATAGGAACCAA*CGACTTCCTAG
AGAATTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACT
ACCTCATAGGTATCGCTGAGGTGTTTTTGAAG*ATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAA*
TGTCTTTCACCGGAATATCTCCAATGGGATGTCTACCACTGGAAAGAGTGACGAATCTTG
ACGACCCTTTCAGCTGTGCTACGAGT*ACA*TGACCTGGCGGTTGATTTTAATG

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3CV62TF 747 0 0
GGCCGTCTAACTGAGCAACTTGTTGGTATGGCAGAACATTATTTGTCAACATCAATACTA
TGCATTATTTTGACTGCTCTTGTCTCCATCGCCGGAGCAAAAGTCCCGGCCATCATTGTC
TTCGGCGACTCTTCCGTAGACTCCGGCAATAACAACTTCATACAAACCATGGCCAGAGCC
AACTTCGAACCTTATGGCCGCGACTTCCCTGGTGGTCGCCCCACCGGCCGCTTTTGCAAC
GGCCGTCTCTCCTCCGATTTCACTTCCGAAGCTTACGGTCTTAAACCGATTGTCCCGGCC
TATCTTGATCCGTCCTACAATATCTCCGATTTCTCCACCGGAGTTTGCTTCGCCTCTGCC
GGCACCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGAA
GTCGAGTACTACAAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGTCCACCGAAAAGCC
GCAAACATCATCAAAGAATCGCTGTACCTAGTCAGCATAGGAACCAA*CGACTTCCTAGA
GAATTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACTA
CCTCATAGGTATCGCTGAGGTGTTTTTGAAGGATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAA*T
GTCTTTCACCGGAATATCTCCAATGGGATGTCTAC*ACTGGAAAGAGTGACGAATCTTGA
CGACCCTTTCAGCTGTGCTACGAGT
AC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3B559TF 771 0 0
G
GTCTAACTGAGCAACTTGTTGGTATGGCAGAACATTATTTGACAACATCAATACTATGCA
TTATTTTGACTGCTCTTGTCTCCATCGCCGGAGCAAAAGTCCCGGCCATCATTGTCTTCG
GCGACTCTTCCGTAGACTCCGGCAATAACAACTTCATACAAACCATGGCCAGAGCCAACT
TCGAACCTTATGGCCGCGACTTCCCTGGTGGTCGCCCCACCGGCCGCTTTTGCAACGGCC
GTCTCTCCTC*GATTTCACTTCCGAAGCTTACGGTCTTAAACCGACTGTCCCGGCCTATC
TTGATCCGTCCTACAATATCTCCGATTTCTCCACCGGAGTTTGCTTCGCCTCTGCCGGCA
CCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGAAGTCG
AGTACTACAAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGCCGCAA
ACACCATCAAAGAATCGCTGTACCTAGTCAGCATAGGAACCAA*CGACTTCCTAGAGAAT
TATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCATTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACTACCTC
ATAGGTATCGCTGAGGTGTTTTTGAAGGATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAAATGTCT
TTCACCGGAATATCTCCAATGGGATGTCTACCACTGGAAAGAGTGACGAATCTTGACGAC
CCTTTCAGCTGTGCTACGAGTTACAATGACCTGGCGGTTGATTTTAATGG

QA 2 771 2 771
DS 

RD RR3BU42JQ 815 0 0
CTCCGATTTCTCCACCGGAGTTTGCTTCGCCTCTGCCGGCACCGGTTATGATAATTCCAC
CGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGAAGTCGAGTACTACAAGGAATACCA
ACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGCCGCAAACATCGTCAAAGAATCGCT
GTACCTAGTCAGCATAGGAACCAA*CGACTTCCTAGAGAATTATTATACATTACCGGACA
GGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACTACCTCATAGGTATCGCTGAGGTGT
TTTTGAAGGATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAAATGTCTTTCACCGGAATATCTCCAA
TGGGATGTCTACCACTGGAAAGAGTGACGAATCTTGACGACCCTTTCAGCTGTGCTACGA
GTTACAATGACCTGGCGGTTGATTTTAATGGGAGGTTGAGGAGATTAGTGAGGAAGTTGA
ATCAAGAACTCAATGGAATGAAGATATACTTCGCTAATCCCTATGATATCATTTGGGATA
TTGTTACAAAACCATCACGTTACGGTCTAGAGGTATCTAGTTCTGCGTGCTGTGGAACTG
GATTGTTCGAGATGGGGTTTCTTTGCGGCCAGGACAATCCGTTAACTTGCAGTGATGCAA
ATAAGTTTGTTTTCTGGGACGCTTTTCATCCGACCGAGAGGACTAATCAGATTGTGTCTG
ATTACTTCTTTAAACATCTAAAGAACCTCTTTCATTAATCATTATTCACATATCTACGAG
TATATTCGTTTATATGAATCCAGGTTCATTTTC
AA

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR3EM95JQ 705 0 0
CAAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGCCGCAAACATCAT
CAAAGAATCGCTGTACCTAGTCAGCATAGGAACCAA*CGACTTCCTAGAGAATTATTATA
CATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACTACCTCATAGGTA
TCGCTGAGGTGTTTTTGAAGGATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAAATGTCTTTCACCG
GAATATCTCCAATGGGATGTCTACCACTGGAAAGAGTGACGAATCTTGACGACCCTTTCA
GCTGTGCTACGAGTTACAATGACCTGGCGGTTGATTTTAATGGGAGGTTGAGGAGATTAG
TGAGGAAGTTGAATCAAGAACTCAATGGAATGAAGATATACTTCGCTAATCCCTATGATA
TCATTTGGGATATTGTTACAAAACCATCACGTTACGGTCTAGAGGTATCTAGTTCTGCGT
GCTGTGGAACTGGATTGTTCGAGATGGGGTTTCTTTGTGGCCAGGACAATCCGTTAACTT
GCAGTGATGCAAATAAGTTTGTTTTCTGGGACGCTTTTCATCCGACCGAGAGGACTAATC
AGATTGTGTCTGATTACTTCTTCAAACATCTAAAGAATCTCTTTCATTAATCCTTATTCA
CATATCTACGAGTATATTCGTTTATATGAATCCAGGTTCATTTTC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3FP20JQ 773 0 0
ACCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAG***TC
GAGTACTACAAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGCCGCA
AACATCATCAAAGAATCGCTGTACCTAGTCAGCATAGGAACCAA*CGACTTCCTAGAGAA
TTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACTACCT
CATAGGTATCGCTGAGGTGTTTTTGAAGGATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAAATGTC
TTTCACCGGAATATCTCCAATGGGATGTCTACCACTGGAAAGAGTGACGAATCTTGACGA
CCCTTTCAGCTGTGCTACGAGTTACAATGACCTGGCGGTTGATTTTAATGGGAGGTTGAG
GAGATTAGTGGGGAAGTTGAATCAAGAACTCAATGGAATGAAGATATACTTCGCTAATCC
CTATGATATCATTTGGGATATTGTTACAAAACCATCACGTTACGGTCTAGAGGTATCTAG
TTCTGCGTGCTGTGGAACTGGATTGTTCGAGATGGGGTTTCTTTGCGGCCAGGACAATCC
GTTAACTTGCAGTGATGCAAATAAGTTTGTTTTCTGGGACGCTTTTCATCCGACCGAGAG
GACTAATCAGATTGTGTCTGATTACTTCTTTAAACATCTAAAGAACCTCTTTCATTAATC
ATTATTCACATATCTACGAGTATATTCGTTTATATGAATCCAGGTTCATTT
CT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3E031JQ 810 0 0
CGATTTCTCCACCGGAGTTTGCTTCGC*TCTGCCGGCACCGGTTATGATAATTCCACCGC
CGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAGAAGTCGAGTACTACAAGGAATACCAACA
CAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGCCGCAAACATCATCAAAGAATCGCTGTA
CCTAGTCAGCATAGGAACCAA*CGACTTCCTAGAGAATTATTATACATTACCGGACAGGA
GATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACTACCTCATAGGTATCGCTGAGGTGTTTT
TGAAGGATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAAATGTCTTTCACCGGAATATCTCCAATGG
GATGTCTACCACTGGAAAGAGTGACGAATCTTGACGACCCTTTCAGCTGTGCTACGAGTT
ACAATGACCTGGCGGTTGATTTTAATGGGAGGTTGAGGAGATTAGTGAGGAAGTTGAATC
AAGAACTCAATGGAATGAAGATATACTTCGCTAATCCCTATGATATCATTTGGGATATTG
TTACAAAACCATCACGTTACGGTCTAGAGGTATCTAGTTTTGCGTGCTGTGGAACTGGAT
TGTTCGAGATGGGGTTTCTTTGCGGCCAGGACAATCCGTTAACTTGCAGTGATGCAAATA
AGTTTGTTTTTTGGGACGCTTTTCATCCGACCGAGAGGACTAATCAGATTGTGTCTGATT
ACTTCTTTAAACATCTAAAGAACCTCTTTCATTAATCATTATTCACATATCTACGAGTAT
ATTCGTTTATATGAATCCAGGTTCATTTTC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3FB08JQ 734 0 0
CCGGCACCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGGTGTGATTCCTTTATGGAAAG
AAGTCGAGTACTACAAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAG
CCGCAAACATCATCAAAGAATCGCTGTACCTAGCCAGCATAGGAACCAA*CGACTTCCTA
GAGAATTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGAC
TACCTCATAGGTATCGCTGAGGTGTTTTTGAAGGATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAA
ATGTCTTTCACCGGAATATCTCCAATGGGATGTCTACCACTGGAAAGAGTGACGAATCTT
GACGACCCTTTCAGCTGTGCTACGAGTTACAATGACCTGGCGGTTGATTTTAATGGGAGG
TTGAGGAGATTAGTGAGGAAGTTGAATCAAGAACTCAATGGAATGAAGATATACTTCGCT
AATCCCTATGATATCATTTGGGATATTGTTACAAAACCATCACGTTACGGTCTAGAGGTA
TCTAGTTTTGCGTGCTGTGGAACTGGATTGTTCGAGATGGGGTTTCTTTGCGGCCAGGAC
AATCCGTTAACTTGCAGTGATGCAAATAAGTTTGTTTTTTGGGACGCTTTTCATCCGACC
GAGAGGACTAATCAGATTGTGTCTGATTACTTCTTTAAACATCTAAAGAACCTCTTTCAT
TAATCATTATTCA
G

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3C965JQ 811 0 0
CTCCGATTCTCCA
CGGAGTTTGCTTCGC*TCTGCGGGCACCGGTTATGATAATTCCACCGCCGGTGTGCTAGG
TGTGATTCCTTTATGGAAAGAAGTCGAGTACTACAAGGAATACCAACACAAGCTGGCCAC
CTATCTCGGCCACCGAAAAGCCGCAAACATCATCAAAGAATCGCTGTACCTAGTCAGCAT
AGGAACCAA*CGACTTCCTAGAGAATTATTATACATTACCGGACAGGAGATCTCAGTTTA
GCATCAGTCAGTACCAAGACTACCTCATAGGTATCGCTGAGGTGTTTTTGAAGGATCTTT
ACAAACTTGGTGCTCGAAAAATGTCTTTCACCGGAATATCTCCAATGGGATGTCTACCAC
TGGAAAGAGTGACGAATCTTGACGACCCTTTCAGCTGTGCTACGAGTTACAATGACCTGG
CGGT*GATTTTAATGGGAGGTTGAGGAGATTAGTGAGGAAGTTGAATCAAGAACTCAATG
GAATGAAGATATACTTCGCTAATCCCTATGATATCATTTGGGATATTGTTACAAAACCAT
CACGTTACGGTCTAGAGGTATCTAGTTCTGCGTGCTGTGGAACTGGATTGTTCGAGATGG
GGTTTCTTTGCGGCCAGGACAATCCGTTAACTTGCAGTGATGCAAATAAGTTTGTTTTCT
GGGACGCTTTTCATCCGACCGAGAGGACTAATCAGATTGTGTCTGATTGCTTCTTTAAAC
ATCTAAAGAACCTCTTTCATTAATCATTATTCACATATCTACGAGTATATTCGTTTATAT
GAATCCAGGTTCATTT
CC

QA 14 809 14 809
DS 

RD RR3B559JQ 727 0 0
AAGGAATACCAACACAAACTGGCCACCTATCTCGGCCACCGAAAAGCCGCAAACACCATC
AAAGAATCGCTGTACCTAGTCAGCATAGGAACCAA*CGACTTCCTAGAGAATTATTATAC
ATTACCGGACAGGAGATCTCATTTTAGCATCAGTCAGTACCAAGACTACCTCATAGGTAT
CGCTGAGGTGTTTTTGAAGGATCTTTACAAACTTGGTGCTCGAAAAATGTCTTTCACCGG
AATATCTCCAATGGGATGTCTACCACTGGAAAGAGTGACGAATCTTGACGACCCTTTCAG
CTGTGCTACGAGTTACAATGACCTGGCGGTTGATTTTAATGGGAGGTTGAGGAGATTAGT
GAGGAAGTTGAATCAAGAACTCAATGGAATGAAGATATACTTCGCTAATCCCTATGATAT
CATTTGGGATATTGTTACAAAACCATCACGTTATGGTCTAGAGGTATCTAGTTCTGCGTG
CTGTGGAACTGGATTGTTCG*GATGGGGTTTCTTTGCGGCCAGGACAATCCGTTAACTTG
CAGTGATGCAAATAAGTTTGTTTTTTGGGGCGCTTTTCATCCGACCGAGAGGACTAATCA
GATTGTGTCTGATTACTTCTTCAAACATCTAAAGAATCTCTTTCATTAATTCTTATTCAC
ATATCTACGAGTATATTCGTTTATATGAATCCAGGTTCATTTTCAAAGATTAGAGAATGT
TTTTTTT

QA 1 727 1 727
DS 



AS 2 15

CO CL79Contig1 909 6 6 U
GGGGCGCCGCGCTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGATAATAGCTTCCGCTCAAAGGAAG
AAATGGCAGAATCTAAGATGGTGGTTCCAGAGTCTGTCTTGAAAAAGATCAAGAGGGAAG
AGGAATGGGCATTGGCCAAGAAGCAAGAAGCTGAAGCTGCTAAGAAGAAGAGCGTTGAGA
CCCGCAAGCTTATCTTCAAGAGAGCTGAGCAATACGCTAAAGAATACGCTGAGAAGGACA
ATGAGTTGATCAGATTGAAGCGTGAGGCTAAGTTAAAAGGAGGCTTCTACGTTGATCCAG
AAGCTAAACTTCTCTTTATCATTCGTATCCGTGGAATCAACGCTATTGATCCAAAAACCA
AGAAGATTCTGCAGCTCCTGCGTTTAAGACAAATCTTCAACGGTGTGTTCCTTAAGGTGA
ACAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGCGTTGAGCCTTACGTGACCTACGGATACCCAA
ACCTGAAGAGCGTTAAGGAGCTGATCTACAAGAGAGGATTTGGAAAGCTGAACCACCAGA
GGATAGCGCTCACGGACAACTCTATAGTGAGCCAAGGTCTAGGAAAGCACAACATCATCT
GCGTGGAGGATCTGATCCACGAGATCATGACCGTTGGACCTCACTTCAAAGAAGCCAACA
ACTTCCTTTGGCCCTTCCAGCTGAAGGCGCCGCTCGGTGGTCTTAAGAAGAAGAGGAACC
ACTACGTTGAAGGTGGTGATGCTGGGAACAGAGAGAACTTCATCAACGAGCTTGTCAGTA
GAATGAAC*GACTGATCAAAAGCTTCCTACTTCTTTTGTCTTTGTTCTTATATCAGTGAC
CGTGTTATGATGATTATGTTACTTGTTTACGATCATCTTATTTGACTTTTGCTTACTTTT
TAAGTCGAA


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG93TF U 1
AF RR3FN70TF U 2
AF RR3A204TF U 380
AF RR3A204JQ C 608
AF RR3CS16JQB C 36
AF RR3GG93JQ C 139
BS 1 517 RR3GG93TF
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AGGAATGGGCATTGGCCAAGAAGCAAGAAGCTGAAGCTGCTAAGAAGAAGAGCGTTGAGA
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ATGAGTTGATCAGATTGAAGCGTGAGGCTAAGTTAAAAGGAGGCTTCTACGTTGATCCAG
AAGCTAAACTTCTCTTTATCATTCGTATCCGTGGAATCAACGCTATTGATCCAAAAACCA
AGAAGATTCTGCAGCTCCTGCGTTTAAGACAAATCTTCAACGGTGTGTTCCTTAAGGTGA
ACAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGCGTTGAGCCTTACGTGACCTACGGATACCCAA
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GGATAGCGCTCACGGACAACTCTATAGTGAGCCAAGGTCTAGGAAAGCACAACATCATCT
GCGTGGAGGATCTGATCCACGAGATCATGACCGTTGGACCTCACTTCAAAGAAGCCAACA
ACTTCCTTTGGCCCTTCCAG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3FN70TF 679 0 0
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AATGGCAGAATCTAAGATGGTGGTTCCAGAGTCTGTCTTGAAAAAGATCAAGAGGGAAGA
GGAATGGGCATTGGCCAAGAAGCAAGAAGCTGAAGCTGCTAAGAAGAAGAGCGTTGAGAC
CCGCAAGCTTATCTTCAAGAGAGCTGAGCAATGCGCTAAAGAATACGCTGAGAAGGACAA
TGAGTTGATCAGATTGAAGCGTGAGGCTAAGTTAAAAGGAGGCTTCTACGTTGATCCAGA
AGCTAAACTTCTCTTTATCATTCGTATCCGTGGAATCAACGCTATTGATCCAAAAACCAA
GAAGATTCTGCAGCTCCTGCGTTTAAGACAAATCTTCAACGGTGTGTTCCTTAAGGTGAA
CAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGCGTTGAGCCTTACGTGACCTACGGATACCCAAA
CCTGAAGAACGTTAAGGAGCTGATCTACAAGAGAGGATTTGGAAAGCTGAACCACCAGAG
GATAGCGCTCACGGACAACTCTATAGTGAGCCAAGGTCTAGGAAAGCACAACATCATCTG
CGTGGAGGATCTGATCCACGAGATCATGACCGTTGGACCTCACTTCAAAGAAGCCAACAA
CTTCCTTTGGCCCTTCCAG

QA 1 679 1 679
DS 

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GTTGCGTCGCGTTGAGCCTTACGTGACCTACGGATACCCAAACCTGAAGAGCGTTAAGGA
GCTGATCTACAAGAGAGGATTTGGAAAGCTGAACCACCAGAGGATAACGCTCACGGACAA
CTCTATAGTGAGCCAAGGTCTAGGAAAGCACAACATCATCTGCGTGGAGGATCTGATCCA
CGAGATCATGACCGTTGGACCTCACTTCAAAGAAGCCAACAACTTCCTTTGGCCCTTCCA
GCTGAAGGCGCCGCTCGGTGGTCTTAAGAAGAAGAGGAACCACTACGTTGAAGGTGGTGA
TGCTGGGAACAGAGAGAACTTCATCAACGAGCTTGTCAGTAGAATGAAC*GACTGATCAA
AAGCTTCCTACTTCTTTTGTCTTTGTTCTTATATCAGTGACCGTGTTATGATGATTATGT
TACTTGTTTACGATCATCTTATTTGACTTTTGCTT

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3A204JQ 262 0 0
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TTGGCCCTTCCAGCTGAAGGCGCCGCTCGGTGGTTTTAAGAAGAAGAGGAACCACTACGT
TGAAGGTGGTGATGCTGGGAACAGAGAGAACTTCATCAACGAGCTTGTCAGTAGAATGAA
C*GACTGATCAAAAGCTTCCTACTTTTTTTGTCTTTGTTTTTATATCAGTGACCGTGTTA
TGATGATTATGTTACTTGTTTA

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DS 

RD RR3CS16JQB 872 0 0
CAGATAT
ACTTCCGCTCAAAGGA*GAAATGGCAGAATCTAAGATGGTGGTTCCAGAGTCTGTCTTGA
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AATACGCTGAGAAGGACAATGAGTTGATCAGGTTGAAGCGTGAGGCTAAGTTGAAAGGAG
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CTATTGATCCAAAAACCAAGAAGATTCTGCAGCTCCTGCGTTTGAGACAAATCTTCAATG
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TGACCTACGGGTACCCAAATCTGAAGAGTGTTAAAGAGCTGATCTACAAGAGAGGATTTG
AAAAGCTGAACCACCAGAGGATAGCGCTCACGGACAACTCTATAGTGAGCCAAGGTCTAG
GAAAGCACAACATCATCTGCGTGGAGGATCTGATCCACGAGATCATGACCGTTGGACCTC
ACTTCAAAGAAGCCAACAACTTCCTTTGGCCCTTCCAGCTGAAGGCGCCGCTCGGTGGAC
TTAAGAAGAAGAGGAACCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCTGGGAACAGAGAGAACTTCA
TCAACGAGCTTGTCAGGAGAATGAACTGACTGATCAAAAGCTTTC**CTTATTTTGTCTC
*GTTCTTATATCAGTGACCGTGTTATGATGATTATGTTACTTGTTTACGATCATCTTATT
TGACTTTTGCTTACTTTTT
TAAGTC

QA 8 866 8 866
DS 

RD RR3GG93JQ 771 0 0
AGAAGCAAGAAGCTGAAGCTGCTAAGAAGAAGAGCGTTGAGACCCGCAAGCTTATCTTCA
AGAGAGCTGAGCAATACGCTAAAGAATACGCTGAGAAGGACAATGAGTTGATCAGATTGA
AGCGTGAGGCTAAGTTAAAAGGAGGCTTCTACGTTGATCCAGAAGCTAAACTTCTCTTTA
TCATTCGTATCCGTGGAATCAACGCTATTGATCCAAAAACCAAGAAGATTCTGCAGCTCC
TGCGTTTAAGACAAATCTTCAACGGTGTGTTCCTTAAGGTGAACAAGGCAACAATCAACA
TGTTGCGTCGCGTTGAGCCTTACGTGACCTACGGATACCCAAACCTGAAGAGCGTTAAGG
AGCTGATCTACAAGAGAGGGTTTGGAAAGCTGAACCACCAGAGGATAGCGCTCACGGACA
ACTCTATAGTGAGCCAAGGTCTAGGAAAGCACAACATCATCTGCGTGGAGGATCTGATCC
ACGAGATCATGACCGTTGGACCTCACTTCAAAGAAGCCAACAACTTCCTTTGGCCCTTCC
AGCTGAAGGCGCCGCTCGGTGGTCTTAAGAAGAAGAGGAACCACTACGTTGAAGGTGGTG
ATGCTGGGAACAGAGAGAACTTCATCAACGAGCTTGTCAGGAGAATGAACTGACTGATCA
AAAGCTTCCTACTTCTTTTGTCTTTGTTCTTATATCAGTGACCGTGTTATGATGATTATG
TTACTTGTTTACGATCATCTTATTTGACTTTTGCTTACTTTTTAAGTCGAA

QA 1 771 1 771
DS 



CO CL79Contig2 952 9 27 U
GGGACTCATTTGTCTTCCTTCTTCCATTCCGCGCCGCGCGCTCTATCTCACTTCCTCTCA
AAGAGAAATGGCTGAATCCAAGGTGGTGGTTCCAGAGTCTGTGCTAAAGAAGATCAAGAG
GGAAGAGGAATGGGCATTGACCAAGAAACAGGAAGCTGCAGCTGCTAAGAAGAAGAGTGT
TGAGACCAGGAAGCTTATCTTCAAAAGAGCTGAGCAATACGCTAAAGAATACGCCGAGAA
GGACAATGAGTTGATCCGTTTGAAGCGTGAGGCTAAGTTGAAAGGAGGGTTCTATGTTGA
CCCTGAGGCTAAATTGCTCTTTATCATTCGTATCCGTGGAATCAACGCTATTGACCCAAA
AACCAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTTAAGACAAATCTTCAATGGTGTGTTCCTTAA
GGTGAACAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGTGTTGAACCTTACGTGACTTACGGGTA
CCCAAACTTGAAGAGTGTTAAGGAGCTAATCTACAAGAGGGGTTTTGGAAAGCTGAACCA
CCAGAGGATAGCACTCACTGACAACTCCATAGTGAATGAAGCTCTAGGAAAGCACAACAT
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CAACAACTTCCTTTGGCCATTCCAGTTGAAGGCACCACTCGGTGGCCTCAAGAAGAAGAG
GAACCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCTGGAAACAGAGAGAATTTCATCAACGAGCTTGT
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TGGATCTGAGTCGTGTTTTGTTTTGACCGTGTGATCTTAGTCGAATATAGGCTTTGATTA
ATAAACTTTGTTTTTGCTTTCTATAGTCAATGCTGATCACATTTTTGAGTTT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 0 25 25 25 25 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 45 45 45 
45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 0 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 
55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 25 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 40 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 25 55 55 55 55 55 55 55 50 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3E305TF U 29
AF RR3EP77TF U 2
AF RR3H751TF U 43
AF RR3GT07TF U 1
AF RR3AC69TF U 34
AF RR3GT07JQ C 137
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RD RR3E305TF 691 0 0
GGGCGCC
GCGCTCTCTATTTCACTTCCTCTCAAAGAGAAATGGCTGAATCCAAGGTGGTGGTTCCAG
AGTCTGTGCTAAAGAAGATCAAGAGAGAAGAGGAATGGGCATTGACCAAGAAACAGGAAG
CTGCAGCTGCTAAGAAGAAGAGTGTTGAGACCAGGAAGCTTATCTTCAAAAGAGCTGAGC
AATATGCTAAAGAATACGCCGAGAAGGACAATGAGTTGATCCGTTTGAAGCGTGAGGCTA
AGTTGAAAGGAGGATTCTATGTTGACCCTGAGGCCAAATTGCTCTTTATCATTCGTATCC
GTGGAATCAACGCTATTGACCCAAAAACCAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTTAAGAC
AAATCTTCAATGGTGTGTTCCTTAAGGTGAACAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGTG
TTGAACCTTACGTGACTTACGGGTACCCAAACTTGAAGAGTGTTAAGGAGCTAATCTACA
AGAGGGGTTTTGGAAAGCTGAACCACCAGAGGATAGCACTTACTGACAACTCCATAGTGA
ATGAAGCTCTAGGAAAGCACAACATCATCTGCGTGGAGGATCTGATCCACGAGATCATGA
CCGTTGGACCTCACTTCAAGGAAGCCAACAACTTCCTTTGGTCATTCCAGTTGAAGGCAC
CACTCGGTGGCCTCAAGAAGAAGA

QA 8 691 8 691
DS 

RD RR3EP77TF 686 0 0
GGACTCATTTGTCTTTCTTCTTCCATTCCGCGCCGCGCTCTCTATCTCACTTCCTCTCAA
AGAGAAATGGCTGAATCCAAGGTGGTGGTTCCAGAGTCTGTGCTAAAGAAGATCAAGAGA
GAAGAGGAATGGGCATTGACCAAGAAACAGGAAGCTGCAGCTGCTAAGAAGAAGAGTGTT
GAGACCAGGAAGCTCATCTTCAAAAGAGCTGAGCAATATGCTAAAGAAT*CGCCGAGAAG
GACAATGAGTTGATCCGTTTGAAGCGTGAGGCTAAGTTGAAAGGAGGATTCTATGTTGAC
CCTGAGGCCAAATTGCTCTTTATCATTCGTATCCGTGGAATCAACGCTATTGACCCAAAA
ACCAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTTAAGACAAATCTTCAATGGTGTGTTCCTTAAG
GTGAACAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGTGTTGAACCTTACGTGACTTACGGGTAC
CCAAACTTGAAGAGTGTTAAGGAGCTAATCTACAAGAGGGGTTTTGGAAAGCTGAACCAC
CAGAGGATAGCACTTACTGACAACTCCATAGTGAATGAATCTCTAGGAAAGCACAACATC
ATCTGCGTGGAGGATCTGATCCACGAGATCATGACCGTTGGACCTCACTTCAAGGA*GCC
AACAACTTCCTTTGGCCATTCCAGTT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3H751TF 644 0 0
GG
ATCTCACTTCCTCTCAAAGAGAAATGGCTGAATCCAAGGTGGTGGTTTCAGAGTCTGTGC
TAAAGAAGATCAAGAGGGAAGAGGAATGGGCATTGACCAAGAAACAGGAAGCTGCAGCTG
CTAAGAGGAAGAGTGTTGAGACCAGGAAGCTTATCTTCAAAAGAGCTGAGCAATACGCTA
AAGAATACGCCGAGAAGGACAATGAGTTGATCCGTTTGAAGCGTGAGGCTAAGTTGAAAG
GAGGGTTCTATGTTGACCCTGAGGCGAAATTGCTCTTTATCATTCGTATCCGTGGAATCA
ACGCTATTGACCCAAAAACCAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTTGAGACAAATCTTCA
ATGGCGTGTTCCTTAAGGTGAACAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGTGTTGAGCCTT
ACGTTACTTACGGATACCCGAACTTGAAGAGTGTGAAGGAGCTAATCTACAAGAGGGGTT
TTGGAAAGCTGAACCACCAGAGGATAGCACTCACTGACAACTCCATAGTGAATGAAGCTC
TAGGAAAGCACAACATCATCTGCGTCGAGGATCTGATCCACGAGATCATGACCGTTGGAC
CTCACTTCAAGGAAGCCAACAACTTCCTTTGGCCATTCCAGT

QA 3 644 3 644
DS 

RD RR3GT07TF 733 0 0
GGGACTCATTTGTCTTCCTTCTTCCATTCCGCGCCGCGCGCTCTATCTCACTTCCTCTCA
AAGAGAAATGGCTGAATCCAAGGTGGTGGTTCCAGAGTCTGTGCTAAAGAAGATCAAGAG
GGAAGAGGAATGGGCATTGACCAAGAAACAGGAAGCTGCAGCTGCTAAGAAGAAGAGTGT
TGAGACCAGGAAGCTTATCTTCAAAAGAGCTGAGCAATACGCTAAAGAATACGCCGAGAA
GGACAATGAGTTGATCCGTTTGAAGCGTGAGGCTAAGTTGAAAGGAGGGTTCTATGTTGA
CCCTGAGGCTAAATTGCTCTTTATCATTCGTATCCGTGGAATCAACGCTATTGACCCAAA
AACCAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTTGAGACAAATCTTCAATGGCGTGTTCCTTAA
GGTGAACAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGTGTTGAGCCTTACGTTACTTACGGATA
CCCGAACTTGAAGAGTGTGAAGGAGCTAATCTACAAGAGGGGTTTTGGAAAGCTGAACCA
CCAGAGGATAGTACTCACTGACAACTCCATAGTGAATGAAGCTCTAGGAAAGCACAACAT
CATCTGCGTCGAGGATCTGATCCACGAGATCATGACCGTTGGACCTCACTTCAAGGAAGC
CAACAACTTCCTTTGGCCATTCCAGTTGAAG*CACCACTCGGTGGTCTCAAGAAGAAGAG
GAACCACTACGTT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3AC69TF 746 0 0
GG
GCGCGCTCTATCTCACTTCCTCTCAAAGAGAAATGGCTGAATCCAAGGTGGTGGTTCCAG
AGTCTGCGCTAAAGAAGATCAAGAGGGAGGAGGAATGGGCATTGGCTAAGAAACAGGAAG
CTGCAGCTGCTAAGAAGAAGAGTGTTGAGACCAGGAAGCTTATCTTCAAAAGAGCTGAGC
AATATGCTAAAGAATACGCCGAGAAGGACAATGAGTTGATCCGTTTGAAGCGTGAGGCCA
AGTTGAAAGGAGGGTTCTATGTTGACCCTGAGGCTAAATTGCTCTTTATCATTCGTATCC
GTGGAATCAACGCTATTGACCCAAAAACCAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTTAAGAC
AAATCTTCAATGGTGTGTTCCTTAAGGTGAACAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGTG
TTGAACCTTACGTGACTTACGGGTACCCAAACTTGAAGAGTGTTGAGGAGCTAGTCTACA
AGAGGGGTTTTGGAAAGCTGAACCACCAGAGGATAGCACTCACTGACAACTCCATAGTGA
ATGAAGCTCTAGGAAAGCACAACATCATCTGCGTCGAGGATCTGATCCACGAGATCATGA
CCGTTGGACCTCACTTCAAGGAAGCCAACAACTTCCTTTGGCCGTTCCAGTTGAAGGCAC
CACTCGGTGGCCTTAAGAAGAAGAGAAACCACTACGTCGAAAGTGGTGATGCTGGAAACA
GAGAGAATTTCATCAACGAGCTTG

QA 3 746 3 746
DS 

RD RR3GT07JQ 816 0 0
CATGACCAAG
AACAGGAAGCTGCAGCTGCTAAGAAGAAGAGTGTTGAGACCAGGAAGCTTATCTTCAAAA
GAGCTGAGCAATACGCTAAAGAATACGCCGAGAAGGACAATGAGTTGATCCGTTTGAAGC
GTGAGGCTAAGTTGAAAGGAGGGTTCTATGTTGACCCTGAGGCTAAATTGCTCTTTATCA
TTCGTATCCGTGGAATCAACGCTATTGACCCAAAAACCAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGC
GTTTGAGACAAATCTTCAATGGCGTGTTCCTTAAGGTGAACAAGGCAACAATCAACATGT
TGCGTCGTGTTGAGCCTTACGTTACTTACGGATACCCGAACTTGAAGAGTGTGAAGGAGC
TAATCTACAAGAGGGGTTTTGGAAAGCTGAACCACCAGAGGATAGTACTCACTGACAACT
CCATAGTGAATGAAGCTCTAGGAAAGCACAACATCATCTGCGTCGAGGATCTGATCCACG
AGATCATGACCGTTGGACCTCACTTCAAGGAAGCCAACAACTTCCTTTGGCCATTCCAGT
TGAAGGCACCACTCGGTGGTCTCAAGAAGAAGAGGAACCACTACGTTGAAGGTGGTGATG
CTGGAAACAGAGAGAATTTCATCAACGAGCTTGTCAGGAGGATGAACTGATGAATGCCTC
CCTTTTTTTTCTTCCCCATTTCATAGTTTTGTTTTGGATCTGAGTCGTGTTTTGTTTTGA
CCGTGTGATCTTAGTCGAATATAGGCTTTGATTAATAAACTTTGTTTTTGCTTTCTATAG
TCAATGCTGATCACATTTTTGAGTTT

QA 11 816 11 816
DS 

RD RR3H751JQ 740 0 0
AGACCAGGAAGCTTATCTTCAAAAGAGCTGAGCAATACGCTAAAGAATACGCCGAGAAGG
ACAATGAGTTGATCCGTTTGAAGCGTGAGGCTAAGTTGAAAGGAGGGTTCTATGTTGACC
CTGAGGCGAAATTGCTCTTTATCATTCGTATCCGTGGAATCAACGCTATTGACCCAAAAA
CCAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTTGAGACAAATCTTCAATGGCGTGTTCCTTAAGG
TGAACAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGTGTTGAGCCTTACGTTACTTACGGATACC
CGAACTTGAAGAGTGTGAAGGAGCTAATCTACAAGAGGGGTTTTGGAAAGCTGAACCACC
AGAGGATAGCACTCACTGACAACTCCATAGTGAATGAAGCTCTAGGAAAGCACAACATCA
TCTGCGTCGAGGATCTGATCCACGAGATCATGACCGTTGGACCTCACTTCAAGGAAGCCA
ACAACTTCCTTTGGCCATTCCAGTTGAAGGCACCACTCGGTGGTCTCAAGAAGAAGAGGA
ACCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCTGGAAACAGAGAGAATTTCATCAACGAGCTTGTCA
GGAGGATGAACTGATGAATGCCTCCCTTTTTTTTCTTCCCCATTTCATAGTTTTGTTTTG
GATCTGAGTCGTGTTTTGTTTTGACCGTGTGATCTTAGTCGAATATAGGCTTTGATTAAT
AAACTTTGTTTTTGCTTTC
T

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3AC69JQ 775 0 0
TGTTGAGACCAGGAAGCTTATCTTCAAAAGAGCTGAGCAATATGCTAAAGAATACGCCGA
GAAGGACAATGAGTTGATCCGTTTGAAGCGTGAGGCCAAGTTGAAAGGAGGGTTCTATGT
TGACCCTGAGGCTAAATTGCTCTTTATCATTCGTATCCGTGGAATCAACGCTATTGACCC
AAAAACCAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTTAAGACAAATCTTCAATGGTGTGTTCCT
TAAGGTGAACAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGTGTTGAACCTTACGTGACTTACGG
GTACCCAAACTTGAAGAGTGTTGAGGAGCTAGTCTACAAGAGGGGTTTTGGAAAGCTGAA
CCACCAGAGGATAGCACTCACTGACAACTCCATAGTGAATGAAGCTCTAGGAAAGCACAA
CATCATTTGCGTCGAGGATCTGATCCACGAGATCATGACCGTTGGACCTCACTTCAAGGA
AGCCAACAACTTCCTTTGGCCGTTCCAGTTGAAGGCACCACTCGGTGGCCTTAAGAAGAA
GAGAAACCACTACGTCGAAGGTGGTGATGCTGGAAACAGAGAGAATTTCATCAACGAGCT
TGTCAGGAGGATGAACTGATGAATGCCTCCCTTTTTTCTCTTCCCCATTTCATAGTTTTG
TTTTGGATCTGAGTCGTGTTTTGTTTTGACCGTGTGATCTTAGTCGAATATAGGCTTTGA
TTAATAAACTTTGTTTTTGCTTTCTATAGTCAATGCTGATCACATTTTTGAGTTT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3EP77JQ 645 0 0
GTTGAAAGGAGGATTCTATGTTGACCCTGAGGCCAAATTGCTCTTTATCATTCGTATCCG
TGGAATCAACGCTATTGACCCAAAAACCAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTTAAGACA
AATCTTCAATGGTGTGTTCCTTAAGGTGAACAAGGCAACAATCAACATGTTGCGTCGTGT
TGAACCTTACGTGACTTACGGGTACCCAAACTTGAAGAGTGTTAAGGAGCTAATCTACAA
GAGGGGTTTTGGAAAGCTGAACCACCAGAGGATAGCACTTACTGACAACTCCATAGTGAA
TGAATCTCTAGGAAAGCACAACATCATCTGCGTGGAGGATCTGATCCACGAGATCATGAC
CGTTGGACCTCACTTCAAGGAAGCCAACAACTTCCTTTGGCCATTCCAGTTGAAGGCACC
ACTCGGTGGCCTCAAGAAGAAGAGGAACCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCTGGAAACAG
AGAGAATTTCATCAACGAGCTTGTCAGGAGGATGAACTGATGAATGCCTCCCTTTTTTCT
CTTCCCCATTTCATAGTTTTGTTTTGGATCTGAGTCGTGTTTTGTTTTGACCGTGTGATC
TTAGTCGAATATAGGCTTTGATTAATAAACTTTGTTTTTGCTTTC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 3 11

CO CL80Contig1 589 3 5 U
GGAGATAACAAGACTTTTATTAATGGAAAATGTAAGTTTTAAGGATTCTGGGGGAACAAA
GTGGAGATCCAAACAACGGATTGTTCGGCGCTTAAAAGAAAAAAAA*CTCAGCTCACATA
TAATAAAGGTTTCGTAAATATTTCTAAATAGCTGAGGAATACTCTTTGCTGAGCTTGGGG
TCAGGTTTCATTGACTTCTCCCCTGGTTTCCATCCTGCAGGGCAGACTTCATCAGGGTTC
TCCTGGATGTACTGTAATGCCTGAAGGGTTCTCATTGTCTCATCAACACTTCGGCCAATA
CCAAGATTGTTGATGGTTGAATGTTGGATCACACCTTCCTTGTCTATTATGAAAAGCACT
CTCAACGCTATCCCCTGGTCAGGGATGAGCACTCCAAAAGATTTTGAGATTGATTTAGTG
ACATCTGATACAAGGGGGTAGTTGAGATCACCAAGTCCTCCAGATTTTCTGTCTGTTTGA
ACCTAAGCAAGGTGGGAGAACACACTATCAACAGAGACACCTAACACCTCTGTGTTCAAC
TTCTCAAATTCTGCATACCGGTCACTGAAGGCAGTAATCTCTGTTGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3BE66JQ U 1
AF RR3BE66TF C 1
AF RR3CM51JQ U 2
BS 1 388 RR3BE66JQ
BS 389 389 RR3CM51JQ
BS 390 407 RR3BE66JQ
BS 408 408 RR3CM51JQ
BS 409 589 RR3BE66JQ

RD RR3BE66JQ 589 0 0
GGAGATAACAAGACTTTTATTAATGGAAAATGTAAGTTTTAAGGATTCTGGGGGAACAAA
GTGGAGATCCAAACAACGGATTGTTCGGCGCTTAAAAGAAAAAAAA*CTCAGCTCACATA
TAATAAAGGTTTCGTAAATATTTCTAAATAGCTGAGGAATACTCTTTGCTGAGCTTGGGG
TCAGGTTTCATTGACTTCTCCCCTGGTTTCCATCCTGCAGGGCAGACTTCATCAGGGTTC
TCCTGGATGTACTGTAATGCCTGAAGGGTTCTCATTGTCTCATCAACACTTCGGCCAATA
CCAAGATTGTTGATGGTTGAATGTTGGATCACACCTTCCTTGTCTATTATGAAAAGCACT
CTCAACGCTATCCCCTGGTCAGGGATGAACACTCCAAAAGATTTTGAAATTGATTTAGTG
ACATCTGATACAAGGGGGTAGTTGAGATCACCAAGTCCTCCAGATTTTCTGTCTGTTTGA
ACCTAAGCAAGGTGGGAGAACACACTATCAACAGAGACACCTAACACCTCTGTGTTCAAC
TTCTCAAATTCTGCATACCGGTCACTGAAGGCAGTAATCTCTGTTGGGC

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3BE66TF 589 0 0
GGAGATAACAAGACT
TTTATTAATGGAAAATGTAAGTTTTAAGGATTCTGGGGGAACAAAGTGGAGATCCAAACA
ACGGATTGTTCGGCGCTTAAAAGAAAAAAAA*CTCAGCTCACATATAATAAAGGTTTCGT
AGATATTTCTAAATAGCTGAGGAATACTCTTTGCTGAGCTTGGGGTCAGGTTTCATTGAC
TTCTCCCCTGGTTTCCATCCTGCAGGGCAGACTTCATCAGGGTTCTCCTGGATGTACTGT
AATGCCTGAAGGGTTCTCATTGTCTCATCAACACTTCGGCCAATACCAAGATTGTTGATG
GTTGAATGTTGGATCACACCTTCCTTGTCTATTATGAAAAGCACTCTCAACGCTATCCCC
TGGTCAGGGATGAGCACTCCAAAAGATTTTGAGATTGATTTAGTGACATCTGATACAAGG
GGGTAGTTGAGATCACCAAGTCCTCCAGATTTTCTGTCTGTTTGAACCTAAGCAAGGTGG
GAGAACACACTATCAACAGAGACACCTAACACCTCTGTGTTCAACTTCTCAAATTCTGCA
TACCGGTCACTGAAGGCAGTAATCTCTGTTGGGC

QA 16 589 16 589
DS 

RD RR3CM51JQ 588 0 0
GTGATAACAAGACT
TTTATTAATGGAAAATGTAAGTTTTAAGGATTCTGGGGGAACAAAGTGGAGATCCAAACA
ACGGATTGTTCGGCGCTTAAAAGAAAAAAAAACTCAGCTCACATATAATAAAGGTTTCGT
AAATATTTCTAAATAGCTGAAAAATACTCTTTGCTGAGCTTGGGGTCAGGTTTCATTGAC
TTCTCCCCTGGTTTCCATCCTGCAGGGCAGACTTCATCAGGGTTCTCCTGGATGTACTGT
AATGCCTGAAGGGTTCTCATTGTCTCATCAACACTTCGGCCAATACCAAGATTGTTGATG
GTTGAATGTTGGATCACACCTTCCTTGTCTATTATGAAAAGCCCTCTCAACGCTATCCCC
TGGTCAGGGATGAGCACTCCAAAAGATTTTGAGATTGATTTAGTGACATCTGATACAAGG
GGGTAGTTGAGATCACCAAGTCCTCCAGATTTTCTGTCTGTTTGAACCCAAGCAAGGTGG
GAGAACACACTATCAACAGAGACACCTAACACCTCTGTGTTCAACTTCTCAAATTCTGCA
TACCGGTCACTGAAGGCAGTAATCTCTGTTGGGC

QA 15 588 15 588
DS 



CO CL80Contig2 1065 4 13 U
GGACACACAACACTACACACAGAGATAAGTGTTTTGTTTGTAGCTCTGAGTAAACAGAGA
GGAGAATCGCAAAGTGTTATCAAATGGCTGCGTCGTCTATAGCTTCTTCGACCACTCTCA
TCTCCTCCTCCACTCGAGTTTCTCCAGCCAAGTCTTCGCTTCCATCTCCCTCCTCCGTCT
CTTTCCTTCCAGCCATACCCTCTTCTACTCTCCGCTCTGGTTTTGCTCTCCGCTCTTCTC
TCAGCTCCACCTCACGCCGTAGCTTTGCTGTCAAGGCACAGGCCGATGATCTCCCATTGG
TTGGAAACAAGGCGCCTGATTTTGAGGCTGAGGCTGTGTTTGATCAGGAGTTCATCAAGG
TTTAGCTTTCTGAGTACGTTGGGAAGAAGTATGTGATTCTCTTTTTCTACCCTTTGGACT
TCACTTTCGTCTGCCCAACAGAGATTACTGCCTTCAGTGACCGGTACGCAGAGTTTGAGA
AGTTGAACACAGAAGTGTTAGGTGTCTCTGTTGATAGTGTGTTCTCCCACCTTGCGTGGG
TCCAGACAGACAGACAATCTGGAGGGCTTGGTGATCTGAACTACCCCCTTGTTTCAGACG
TAACTAAATCAATCTCAAAGTCTTTTGGAGTGCTCATCCATGATCAGGGAATAGCACTGA
GAGGGCTTTTCATAATCGACAAGGAAGGAGTGATCCAACATTCCACCATCAACAATCTTG
GTATTGGCCGAAGCGTCGATGAGACTATGAGAACCCTCCAGGCCTTACAGTACATCCAGG
AGAACCCTGATGAAGTCTGCCCTGCAGGATGGCAACCGGGGTGAGAAGTCAATGAAACCT
GACCCCAAGCTCAGCAAAGAGTACTTTTCAGCTATTTAGAATAGCTGCAACCTTTGCTAT
ATGTGAAATGTGAGGCAGATATTTTATTTTTCTTCTTCTTTTCTTTTACTCTGAACAATA
TCCCTCCGCAAAATGTATCAAATCAATTTTTTTACAGTCCCTTTTGTATGAATATATCAT
TTGTATTTTTTCATATCAATGCTGAAAACAAGAACATATCTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI77TF U 1
AF RR3B170TF U 7
AF RR3DI77JQ C 322
AF RR3B170JQ C 578
BS 1 598 RR3DI77TF
BS 599 599 RR3B170TF
BS 600 681 RR3DI77TF
BS 682 686 RR3B170TF
BS 687 687 RR3DI77JQ
BS 688 783 RR3B170TF
BS 784 931 RR3DI77JQ
BS 932 932 RR3B170JQ
BS 933 934 RR3DI77JQ
BS 935 935 RR3B170JQ
BS 936 963 RR3DI77JQ
BS 964 964 RR3B170JQ
BS 965 1065 RR3DI77JQ

RD RR3DI77TF 681 0 0
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GGAGAATCGCAAAGTGTTATCAAATGGCTGCGTCGTCTATAGCTTCTTCGACCACTCTCA
TCTCCTCCTCCACTCGAGTTTCTCCAGCCAAGTCTTCGCTTCCATCTCCCTCCTCCGTCT
CTTTCCTTCCAGCCATACCCTCTTCTACTCTCCGCTCTGGTTTTGCTCTCCGCTCTTCTC
TCAGCTCCACCTCACGCCGTAGCTTTGCTGTCAAGGCACAGGCCGATGATCTCCCATTGG
TTGGAAACAAGGCGCCTGATTTTGAGGCTGAGGCTGTGTTTGATCAGGAGTTCATCAAGG
TTTAGCTTTCTGAGTACGTTGGGAAGAAGTATGTGATTCTCTTTTTCTACCCTTTGGACT
TCACTTTCGTCTGCCCAACAGAGATTACTGCCTTCAGTGACCGGTACGCAGAGTTTGAGA
AGTTGAACACAGAAGTGTTAGGTGTCTCTGTTGATAGTGTGTTCTCCCACCTTGCGTGGG
TCCAGACAGACAGACAATCTGGAGGGCTTGGTGATCTGAACTACCCCCTTGTTTCAGATG
TAACTAAATCAATCTCAAAGTCTTTTGGAGTGCTCATCCATGATCAGGGAATAGCACTGA
GAGGGCTTTTCATAATCGACA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3B170TF 777 0 0
GG
AACACTACACACAGAGATAAGTGTTTTGTTTGTAGCTCTGAGTAAACAGAGAGGAGAATC
GCAAAGTGTTATCAAATGGCTGCGTCGTCTATAGCTTCTTCGACCACTCTCATCTCCTCC
TCCACTCGAGTTTCTCCAGCCAAGTCTTCGCTTC*ATCTCCCTCCTCCGTCTCTTTCCTT
CCAGCCATACCCTCTTCTACTCTCCGCTCTGGTTTTGCTCTCCGCTCTTCTCTCAGCTCC
ACCTCACGCCGTAGCTTTGCTGTCAAGGCACAGGCCGATGATCTCCCATTGGTTGGACAC
AAGGCGCCTGATTTTGAGGCTGAGGCTGTGTTTGATCAGGAGTTCATCAAGGTTAAGCTT
TCTGAGTACATTGGGAAGAAGTATGTGATTCTCTTTTTCTACCCTTTGGACTTCACTTTC
GTCTGCCCAACAGAGATTACTGCCTTCAGTGACCGGTACGCAGAGTTTGAGAAGTTGAAC
ACAGAAGTGTTAGGTGTCTCTGTTGATAGTGTGTTCTCCCACCTTGCGTGGGTCCAGACA
GACAGACAATCTGGAGGGCTTGGTGATCTGAACTACCCCCTTGTTTCAGACGTAACTAAA
TCAATCTCAAAGTCTTTTGGAGTGCTCATCCATGATCAGGGAATAGCACTGAGAGGGCTT
TTCATAATCGACAAGGAAAGAGTGATCCAACATTCCACCATCAACAATCTTGGTATTGGC
CGAAGCGTCGATGAGACTATGAGAACCCTCCAGGCCTTACAGTACATCCAGGAGA

QA 3 777 3 777
DS 

RD RR3DI77JQ 744 0 0
TTGAGGCTGAGGCTGTGTTTGATCAGGAGTTCATCAAGGTTTAGCTTTCTGAGTACGTTG
GGAAGAAGTATGTGATTCTCTTTTTCTACCCTTTGGACTTCACTTTCGTCTGCCCAACAG
AGATTACTGCCTTCAGTGACCGGTACGCAGAGTTTGAGAAGTTGAACACAGAAGTGTTAG
GTGTCTCTGTTGATAGTGTGTTCTCCCACCTTGCGTGGGTCCAGACAGACAGACAATCTG
GAGGGCTTGGTGATCTGAACTACCCCCTTGTTTCAGATGTAACTAAATCAATCTCAAAGT
CTTTTGGAGTGTTCATCCATGATCAGGGAATAGCACTGAGAGGGCTTTTCATAATCGACA
AGGAAGGAGTGATCCAACATTCCACCATCAACAATCTTGGTATTGGCCGAAGCGTCGATG
AGACTATGAGAACCCTCCAGGCCTTACAGTACATCCAGGAGAACCCTGATGAAGTCTGCC
CTGCAGGATGGCAACCGGGGTGAGAAGTCAATGAAACCTGACCCCAAGCTCAGCAAAGAG
TACTTTTCAGCTATTTAGAATAGCTGCAACCTTTGCTATATGTGAAATGTGAGGCAGATA
TTTTATTTTTTTTTTTCTTTTCTTTTACTCTGAACAATATCCTTCCGCAAAATGTATCAA
ATCAATTTTTTTACAGTCCCTTTTGTATGAATATATCATTTGTATTTTTTCATATCAATG
CTGAAAACAAGAACATATCTGACC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3B170JQ 455 0 0
GAACTACCCCCTTGTTTCAGACGTAACTAAATCAATCTCAAAGTCTTTTGGAGTGCTCAT
CCATGATCAGGGAATAGCACTGAGAGGGCTTTTCATAATCGACAAGGAAGGAGTGATCCA
ACATTCCACCATCAACAATCTTGGTATTGGCCGAAGCGTCGATGAGACTATGAGAACCCT
CCAGGCCTTACAGTACATCCAGGAGAACCCTGATGAAGTCTGCCCTGCAGGATGGCAACC
GGG*TGAGAAGTCAATGAAACCTGACCCCAAGCTCAGCAAAGAGTACTTTTCAGCTATTT
AGAATAGCTGCAACCTTTGCTATATGTGAAATGTGAGGCAGATATTTTATTTTTCTTCTT
CTTTTCTTTTACTCTGAACAATATCCCTCCGCAAAATGTATCAAATCAATTTTTTTACAG
TCCCTTTTGTATGAATATATCATTTGTATTTTT
CC

QA 1 453 1 453
DS 



CO CL80Contig3 1022 4 8 U
GGGAGACACACACACACACAGAGATAAGTGTTCTGTAGCTCTTGAGTAACAGAGAGAAGA
GTTGCAAAGTGATATACAAATGGCGTCGTCTACTATAGCTTCTTCGACCACTCTCATCTC
CTCCTCCACTCGAGTTTCTCCAGCAAAGTCTTCGCTTCCATCTCCCTCCTCCGTCTCTTT
CCTTCCAACCATCATACCCTCTCCTCCTCTCCGCTCTGGTTTTGCTCTCCGCTCTTCCCT
CAGCTCCAGCTCTCGCCGGAGCTTTGCTGTCAAGGCACAGGCCGATGATCTTCCATTGGT
TGGAAACAAGGCGCCTGATTTTGAGGCTGAGGCTGTGTTTGATCAGGAGTTCATCAAGGT
TAAGCTTTCTGAGTACATTGGGAAGAAGTATGTGATTCTCTTTTTCTACCCTTTGGACTT
TACTTTCGTCTGCCCAACAGAGATTACTGCCTTCAGTGACCGGTATGCAGAGTTTGAGAA
GTTGAACACAGAAGTGTTAGGTGTCTCTGTTGATAGTGTGTTCTCCCACCTTGCGTGGGT
TCAGACAGACAGACAATCTGGAGGGCTTGGTGATCTGAACTACCCCCTTGTTTCAGATGT
AACTAAATCAATCTCAAAGTCTTTTGGAGTGCTCATCCATGATCAGGGAATAGCACTGAG
AGGGCTTTTCATAATCGACAAGGAAGGAGTGATCCAACATTCCACCATCAACAATCTTGG
TATTGGCCGAAGCGTCGATGAGACTATGAGAACCCTCCAGGCCTTACAGTACATCCAGGA
TAACCCTGATGAAGTCTGCCCTGCAGGATGGCAACCCGGTGAGAAGTCAATGAAACCTGA
CCCCAAGCTCAGCAAAGAGTACTTTTCAGCTATTTAGAATAGCTACAACCTTTGTTATAT
GTGAAACGTGAGCAGAGTTTTTATTTTTCTTTCTTCTTTTCTTTTTACTCTGAACAATAT
CCTTCCACAAAATGTATCAAATCAATTTCTTTACAGTCCCTTTTGTATGAATATATCATT
TG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3HB65TF U 1
AF RR3FF38TF U 4
AF RR3FF38JQ C 433
AF RR3HB65JQ C 564
BS 1 404 RR3HB65TF
BS 405 405 RR3FF38TF
BS 406 629 RR3HB65TF
BS 630 647 RR3FF38TF
BS 648 648 RR3FF38JQ
BS 649 680 RR3FF38TF
BS 681 988 RR3FF38JQ
BS 989 1022 RR3HB65JQ

RD RR3HB65TF 629 0 0
GGGAGACACACACACACACAGAGATAAGTGTTCTGTAGCTCTTGAGTAACAGAGAGAAGA
GTTGCAAAGTGATATACAAATGGCGTCGTCTACTATAGCTTCTTCGACCACTCTCATCTC
CTCCTCCACTCGAGTTTCTCCAGCAAAGTCTTCGCTTCCATCTCCCTCCTCCGTCTCTTT
CCTTCCAACCATCATACCCTCTCCTCCTCTCCGCTCTGGTTTTGCTCTCCGCTCTTCCCT
CAGCTCCAGCTCTCGCCGGAGCTTTGCTGTCAAGGCACAGGCCGATGATCTTCCATTGGT
TGGAAACAAGGCGCCTGATTTTGAGGCTGAGGCTGTGTTTGATCAGGAGTTCATCAAGGT
TAAGCTTTCTGAGTACATTGGGAAGAAGTATGTGATTCTCTTTT*CTACCCTTTGGACTT
TACTTTCGTCTGCCCAACAGAGATTACTGCCTTCAGTGACCGGTATGCAGAGTTTGAGAA
GTTGAACACAGAAGTGTTAGGTGTCTCTGTTGATAGTGTGTTCTCCCACCTTGCGTGGGT
TCAGACAGACAGACAATCTGGAGGGCTTGGTGATCTGAACTACCCCCTTGTTTCAGATGT
AACTAAATCAATCTCAAAGTCTTTTGGAG

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3FF38TF 677 0 0
GACACA
ACACACACACAGAGATAAGTGTTCTGTAGCTCTTGAGTAACAGAGAGAAGAGTTGCAAAG
TGATATACAAATGGCGTCGTCTACTATAGCTTCTTCGACCACTCTCATCTCCTCCTCCAC
TCGAGTTTCTCCAGCAAAGTCTTCGCTTCCATCTCCCTCCTCCGTCTCTTTCCTTCCAAC
CATCATACCCTCTCCTCCTCTCCGCTCTGGTTTTGCTCTCCGCTCTTCCCTCAGCTCCAG
CTCTCGCCGGAGCTTTGCTGTCAAGGCACAGGCCGATGATCTTCCATTGGTTGGAAACAA
GGCGCCTGATTTTGAGGCTGAGGCTGTGTTTGATCAGGAGTTCATCAAGGTTAAGCTTTC
TGAGTACATTGGGAAGAAGTATGTGATTCTCTTTTTCTACCCTTTGGACTTTACTTTCGT
CTGCCCAACAGAGATTACTGCCTTCAGTGACCGGTATGCAGAGTTTGAGAAGTTGAACAC
AGAAGTGTTAGGTGTCTCTGTTGATAGTGTGTTCTCCCACCTTGCGTGGGTTCAGACAGA
CAGACAATCTGGAGGGCTTGGTGATCTGAACTACCCCCTTGTTTCAGATGTAACTAAATC
AATCTCAAAGTCTTTTGGAGTGCTCATCCATGATCAGG*AATAGCACTGAGAGGGCTTTT
CATAATCGACA

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DS 

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AGTGTTAGGTGTCTCTGTTGATAGTGTGTTCTCCCCCCTTGCGTGGGTTCAGACAGACAG
ACAATCTGGAGGGCTTGGTGATCTGAACTACCCCCTTGTTTCAGATGTAACTAAATCAAT
CTCAAAGTCTTTTGGAGTGTTCATCCATGATCAGGGAATAGCACTGAGAGGGCTTTTCAT
AATCGACAAGGAAGGAGTGATCCAACATTCCACCATCAACAATCTTGGTATTGGCCGAAG
CGTCGATGAGACTATGAGAACCCTCCAGGCCTTACAGTACATCCAGGATAACCCTGATGA
AGTCTGCCCTGCAGGATGGCAACCCGGTGAGAAGTCAATGAAACCTGACCCCAAGCTCAG
CAAAGAGTACTTTTCAGCTATTTAGAATAGCTACAACCTTTGTTATATGTGAAACGTGAG
CAGAGTTTTTATTTTTCTTTCTTCTTTTCTTTTTACTCTGAACAATATCCTTCCACAAAA
TGTATCAAATCAATTT
CTCC

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3HB65JQ 459 0 0
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TTGGAGTGCTCATCCATGATCAGGGAATAGCACTGAGAGGGCTTTTCATAATCGACAAGG
AAGGAGTGATCCAACATTCCACCATCAACAATCTTGGTATTGGCCGAAGGGTCGATGAGA
CTATGAGAACCCTCCAGGCCTTACAGTACATCCAGGATAACCCTGATGAAGTTTGCCCTG
CAGGATGGCAACCCGGTGAGAAGTCAATGAAACCTGACCCCAAGCTCAGCAAAGAGTACT
TTTCAGCTATTTAGAATAGCTACAACCTTTGTTATATGTGAAACGTGAGCAGAGTTTTTA
TTTTTCTTTTTTTTTTTCTTTTTACTTTGAACAATATCCTTCCACAAAATGTATCAAATC
AATTTCTTTACAGTCCCTTTTGTATGAATATATCATTTG

QA 1 459 1 459
DS 



AS 1 12

CO CL81Contig1 1328 12 40 U
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CTTCTTCCTCCAAAAAACCCTAAGCAGTTTATTTAAACCAAAAGAAAACCATGCCTCTCT
TTGACACTCACAACACATGGGCCTTTGTCTTTGGTTTGATGGGGAATGTAATCTCCTTCG
CCGTGTTCCTCTCTCCTGTGCCAACGTTCTATAGGGTGTGGAAGAAGAAGACAACGGAAG
GGTTTCAGTCTCTTCCTTACGTCGTGGCGCTCTTCAGTGCAACACTTTGGCTTTACTACG
CAACACAGAAGAAAGATGTATTCCTCCTTGTCACCATCAACTCCTTTGGATGCTTCATAG
AAACCATCTACATCTCTATCTTCCTT*GCCTTCGCACCCAAGAAA*GCCAGGATGCTGAC
AGTGAAGTTGCTACTTCTTATGAACTTTGGAGGATTTTGCTTGATTCTCCTTCTATGTCA
ATTCTTGGCAAAAGGAACAACACGTGCTAAGATCATCGGAGGAATATGTGTCGGATTCTC
TGTTTGTGTTTTT*GCTGCTCCTCTAAGCATAATCAGGACAGTAATAAAGACCAGAAGTG
TGGAGTACATGCCCTTTAGCTTATCCTTAACCCTTACAATCAGTGCTGTCGTATGGCTCC
TTTATGGTCTTGCTCTCAAGGACATCTATGTTGCTTTCCCTAATGTGATTGGTTTTGCCC
TCGGTGCACTTCAAATGATACTCTACGTGGTTTACAAATACTGTAAAACGCCGCCACATT
TGGGAGAGAAAGAAGTGGAAGCTGCTAAGATACCGGAGGTGACCCTCGATATGCTGAAGC
TAGGCACCGTGTCATCCCCTGATCCAATCGCAGCCGTTCGTCAAACGAACAAGTGTACCT
GCGGAAATGATCGGAGGGCTGAGGTTGAAGATGGACAAAATGCTAAAAACGGCAAGCAGT
CCTCTTCCGCAACAGCCACATGAACAATCTCGTTGACGACTATGCAATGTTGACTTTACC
CCCAACTTGATATACCAACCACCACGTATTCCCGTTATGCTGTCGTATTTTTCTGAGTTA
ATCAAGTGTGCGAAGTAGAGAAATAATTTCCCAGGATAAATATATGCATTTTCGA*TGTT
ATATATATGTTTCTGGAATTAAATTCTCCACTTCTTTTTTAAACTTTTATGTAATTACCT
ATTGGGGATATGTATATTTCCTATTTTCAGGTGTAACGAAAACTATCAAAGTTATCTATT
GGCTGATTGTTTCAACTTTCAAGTAATACTAGAGCTTCACCCGTGCGCCCGCACGGGTTG
TTTAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 20 20 20 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 30 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

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AF RR3FU32TF U 574
AF RR3GN12JQ C 550
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QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3GN12TF 700 0 0
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TTGACACTCACAACACATGGGCCTTTGTCTTTGGTTTGATGGGGAATGTAATCTCCTTCG
CCGTGTTCCTCTCTCCTGTGCCAACGTTCTATAGGGTGTGGAAGAAGAAGACAACGGAAG
GGTTTCAGTCTCTTCCTTACGTCGTGGCGCTCTTCAGTGCAACACTTTGGCTTTACTACG
CAACACAGAAGAAAGATGTATTCCTCCTTGTCACCATCAACTCCTTTGGATGCTTCATAG
AAACCATCTACATCTCTATCTTCCTT*GCCTTCGCACCCAAGAAA*GCCAGGATGCTGAC
AGTGAAGTTGCTACTTCTTATGAACTTTGGAGGATTCTGCTTGATTCTCCTTCTATGTCA
ATTCTTGGCAAAAGGAACCACACGTGCTAAGATCATCGGAGGAATATGTGTCGGATTCTC
TGTTTGTGTTTTT*GCTGCTCCTCTAAGCATAATCAGGACGGTAATAAAGACCAGAAGTG
TGGAGTACATGCCCTTTAGCTTATCCTTAACCCTTACAATCAGTGCTGTCGTATGGCTCC
TTTATGGTCTTGCTCTCA*GGACATCTATGTTGCTTTCCC

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DS 

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CCGTGTTCCTCTCTCCTGTGCCAACGTTCTATAGGGTGTGGAAGAAGAAGACAACGGAAG
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CAACACAGAAGAAAGATGTATTCCTCCTTGTCACCATCAACTCCTTTGGATGCTTCATAG
AAACCATCTACATCTCTATCTTCCTT*GCCTTCGCACCCAAGAAA*GCCAGGATGCTGAC
AGTGAAGTTGCTACTTCTTATGAACTTTGGTGGATTCTGCTTGATTCTCCTTCTATGTCA
ATTCTTGGCAAAAGGAACCACACGTGCTAAGATCATCGGAGGAATATGTGTCGGATTCTC
TGTTTGTGTTTTT*GCTGCTCCTCTAAGCATAATCAGGACGGTAATAAAGACCAGAAGTG
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TCGGTGCACTTCAA
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QA 1 734 1 734
DS 

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TCATCGGAGGAATATGTGTCGGATTCTCTGTTTGTGTTTTTTGCTGCTCCTCTAAGCATA
ATCAGGACAGTAATAAAGACCAGAAGTGTGGAGTACATGCCCTTTAGCTTATCCTTAACC
CTTACAATCAGTGCTGTCGTATGGCTCCTTTATGGTCTTGCTCTCAAGGACATCTATGTT
GCTTTCCCTAATGTGATTGGTTTTGCCCTCGGTGCACTTCAAATGATACTCTACGTGGTT
TACAAATACTGTAAAACGCCGCCACATTTGGGAGAGAAAG

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DS 

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ATTTTGCTTGATTCTCCTTCTATGTCAATTCTTGGCAAAAGGAACAACACGTGCTAAGAT
CATCGGAGGAATATGTGTCGGATTCTCTGTTTGTGTTTTT*GCTGCTCCTCTAAGCATAA
TCAGGACAGTAATAAAGACCAGAAGTGTGGAGTACATGCCCTTTAGCTTATCCTTAACCC
TTACAATCAGTGCTGTCGTATGGCTCCTTTATGGTCTTGCTCTCAAGGACATCTATGTTG
CTTTCCCTAATGTGATTGGTTTTGCCCTCGGTGCACTTCAAATGATACTCTACGTGGTTT
ACAAATACTGTAAAACGCCGCCACATTTGGGAGAGAAAGAAGTGGAAGCTGCTAAGATAC
CGGAGGTGACCCTCGATATGCTGAAGCTAGGCACCGTGTCATCCCCTGATCCAATCGCAG
CCGTTCGTCAAACGAACAAGTGTACCTGCGGAAATGATCGGAGGGCTGAGGTTGAAGATG
GACAAAATGCTAAAAACGGCAAGCAGTCCTCTTCCGCAACAGCCACATGAACAATCTCGT
TGACGACTATGCAATGTTGACTTTACCCCCAACTTGATATACCAACCACCACGTATTCCC
GTTATGCTGTCGTATTTTTCTGAGTTAATCAAGTGTGCGAAGTAGAGAAATAATTTCCCA
GGATAAATATATGCATTTTCGA*TGTTATATATATGTTTCTGGAATTAAATTCTCCACTT
CTTTTTTAAACTTTTATGTAATTACCTATTGGGGATATGTATATTTCCTATTTTCAGGTG
TAACGAAAACTATC

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DS 

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CTTATCCTTAACCCTTACAATCAGTGCTGTCGTATGGCTCCTTTATGGTCTTGCTCTCAA
GGACATCTATGTTGCTTTCCCTAATGTGATTGGTTTTGCCCTCGGTGCACTTCAAATGAT
ACTCTACGTGGTTTACAAATACTGTAAAACGCCGCCACATTTGGGAGAGAAAGAAGTGGA
AGCTGCTAAGATACCGGAGGTGACCCTCGATATGCTGAAGCTAGGCACCGTGTCATCCCC
TGATCCAATCGCAGCCGTTCGTCAAACGAACAAGTGTACCTGCGGAAATGATCGGAGGGC
TGAGGTTGAAGATGGACAAAATGCTAAAAACGGCAAGCAGTCCTCTTCCGCAACAGCCAC
ATGAACAATCTCGTTGACGACTATGCAATGTTGACTTTACCCCCAACTTGATATACCAAC
CACCACGTATTCCCGTTATGCTGTCGTATTTTTTTGAGTTAATCAAGTGTGCGAAGTAGA
GAAATAATTTCCCAGGATAAATATATGCATTTTCGA*TGTTATATATATGTTTCTGGAAT
TAAATTCTCCACTTCTTTTTTAAACTTTTATGTAATTACCTATTGGGGATATGTATATTT
CCTATTTTCAGGTG
C

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3FL85JQ 783 0 0
AGGATTTGCTTGATCT
CTTCTATGTCAATTCTTGGCAAAAGGAACAACACGTGCTAAGATCATCGGAGGAATATGT
GTCGGATTCTCTGTTTGTGTTTTT*GCTGCTCCTCTAAGCATAATCAGGACAGTAATAAA
GACCAGAAGTGTGGAGTACATGCCCTTTAGCTTATCCTTAACCCTTACAATCAGTGCTGT
CGTATGGCTCCTTTATGGTCTTGCTCTCAAGGACATCTATGTTGCCTTCCCTAATGTGAT
TGGTTTTGCCCTCGGTGCACTTCAAATGATACTCTACGTGGTATACAAATACTGTAAAAC
GCCGCCACATTTGGGAGAGAAAGAAGTGGAAGCTGCTAAGATACCGGAGGTGACCCTCGA
TATGCTGAAGCTAGGCACCGTGTCATCCCCTGATCCAATCGCAGCCGTTCGTCAAACGAA
CAAGTGTACCTGCGGAAATGATCGGAGGGCTGAGGTTGAAGATGGACAAAATGCTAAAAA
CGGCAAGCAGTCCTCTTCCGCAACAGCCACATGAACAATCTCGTTGACGACTATGCAATG
TTGACTTTACCCCCAACTTGATATACCAACCACCACGTATTCCCGTTATGCTGTCGTATT
TTTTTGAGTTAATCAAGTGTGCGAAGTAGAGAAATAATTTCCCAGGATAAATATATGCAT
TTTCGA*TGTTATATATATGTTTCTGGAATTAAATTCTCCACTTCTTTTTTAAACTTT*A
TGTAATTACCTATTGGGGATATGTATATTTCCTATTTTCAGGTGTA
G

QA 17 782 17 782
DS 

RD RR3CU12JQB 606 0 0
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GTTTTGCCCTCGGTGCACTTCAAATGATACTCTACGTGGTTTACAAATACTGTAAAACGC
CGCCACATTTGGGAGAGAAAGAAGTGGAAGCTGTTAAGATACCGGAGGTGACCCTCGATA
TGCTGAAGCTAGGCACCGTGTCATCCCCTGATCCAATCGCAGCCGTTCGTCAAACGAACA
AGTGTACCTGCGGAAATGATCGGAGGGCTGAGGTTGAAGATGGACAAAATGCTAAAAACG
GCAAGCAGTCTTCTTCCGCAACAGCCACATGAACAATCTCGTTGACGACTATGCAATGTT
GACTTTACCCCCAACTTGATATACCAACCACCACGTATTCCCGTTATGCTGTCGTATTTT
TTTGAGTTAATCAAGTGTGCGAAGTAGAGAAATAATTTCCCAGGATAAATATATGCATTT
TCGA*TGTTATATATATGTTTCTGGAATTAAATTTTCCACTTCTTTTTTAAACTTTTATG
TAATTACCTATTGGGGATATGTATATTCCCTATTTTCAGGTGTAACGAAAACTATCAAAG
TTATC
C

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3FU32JQ 684 0 0
G
CAGGACGGTAATAAAGACCAGAAGTGTGGAGTACATGCCCTTTAGCTTATCCTTAACCCT
TACAATCAGTGCTGTCGTATGGCTCCTTTATGGTCTTGCTCTCAAGGACATCTATGTTGC
TTTCCCTAATGTGATTGGTTTTGCCCTCGGTGCACTTCAAATGATACTCTACGTGGTTTA
CAAATACTGTAAAACGCCGCCACATTTGGGAGAGAAAGAAGTGGAAGCTGCTAAGTTACC
GGAGGTGACCCTCGATATGCTGAAGCTAGGCACCGTGTCGTCCCCTGATCCAATCGCAGC
CGTTCGTCAAACGAACAAGTGTACCTGCGGAAATGATCGGAGGGCTGAGATTGAAGATGG
ACAAAATGCTAAAAACGGCAAGCAGTCCTCTTCGGCAACAGCCACATGAACAATCTTGTT
GACGACTATGCAATGTTGACTTTACCCCCAACTTGATATACCAACCACCACGTGTT****
*TATGCTGTCGTATTTTTCTGAGTTAATCAAGTGTGCGAAGTAGAGAAATAATTTCCGAG
GATAAATATATGCATTTTCGAATGTTATATATATGTTTCTGGAATTAATTTCTCCACTTC
TTTTTAAAACTTTTATGTAATTACCTATTGGGGATATGTATATTTCCTATTTTCAGGTGT
AACGAAAACTATCAAAGTTATCT

QA 2 684 2 684
DS 

RD RR3FU32TF 684 0 0
G
CAGGACGGTAATAAAGACCAGAAGTGTGGAGTACATGCCCTTTAGCTTATCCTTAACCCT
TACAATCAGTGCTGTCGTATGGCTCCTTTATGGTCTTGCTCTCAAGGACATCTATGTTGC
TTTCCCTAATGTGATTGGTTTTGCCCTCGGTGCACTTCAAATGATACTCTACGTGGTTTA
CAAATACTGTAAAACGCCGCCACATTTGGGAGAGAAAGAAGTGGAAGCTGCTAAGTTACC
GGAGGTGACCCTCGATATGCTGAAGCTAGGCACCGTGTCGTCCCCTGATCCAATCGCAGC
CGTTCGTCAAACGAACAAGTGTACCTGCGGAAATGATCGGAGGGCTGAGATTGAAGATGG
ACAAAATGCTAAAAACGGCAAGCAGTCCTCTTCGGCAACAGCCACATGAACAATCTTGTT
GACGACTATGCAATGTTGACTTTACCCCCAACTTGATATACCAACCACCACGTGTT****
*TATGCTGTCGTATTTTTCTGAGTTAATCAAGTGTGCGAAGTAGAGAAATAATTTCCGAG
GATAAATATATGCATTTTCGAATGTTATATATATGTTTCTGGAATTAATTTCTCCACTTC
TTTTTAAAACTTTTATGTAATTACCTATTGGGGATATGTATATTTCCTATTTTCAG*TGT
AACGAAAACTATCAAAGTTATCT

QA 2 684 2 684
DS 

RD RR3GN12JQ 720 0 0
TTTTTGCTGCTCCTCTAAGCATAATCAGGACGGTAATAAAGACCAGAAGTGTGGAGTACA
TGCCCTTTAGCTTATCCTTAACCCTTACAATCAGTGCTGTCGTATGGCTCCTTTATGGTC
TTGCTCTCAAGGACATCTATGTTGCTTTCCCTAATGTGATTGGTTTTGCCCTCGGTGCAC
TTCAAATGATACTCTACGTGGTTTACAAATACTGTAAAACGCCGCCACATTTGGGAGAGA
AAGAAGTGGAAGCTGCTAAGTTACCGGAGGTGACCCTCGATATGCTGAAGCTAGGCACCG
TGTCGTCCCCTGATCCAATCGCAGCCGTTCGTCAAACGAACAAGTGTACCTGCGGAAATG
ATCGGAGGGCTGAGATTGAAGATGGACAAAATGCTAAAAACGGCAAGCAGTCCTCTTCGG
CAACAGCCACATGAACAATCTCGTTGACGACTATGCAATGTTGACTTTACCCCCAACTTG
ATATACCAACCACCACGTGTTCCCGTTATGCTGTCGTATTTTTCTGAGTTAATCAAGTGT
GCGAAGTAGAGAAATAATTTCCGAGGATAAATATATGCATTTTCGAATGTTATATATATG
TTTCTGGAATTAATTTCTCCACTTCTTTTTAAAACTTTTATGTAATTACCTATTGGGGAT
ATGTATATTTCCTATTTTCAGGTGTAACGAAAACTATCAAAGTTACCTATTGGCTGAT
CG

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3D522TF 610 0 0
G
CTCGGTGCACTTCAAATGATACTCTACGTGGTTTACAAATACTGTAAAACGCCGCCACAT
TTGGGAGAGAAAGAAGTGGAAGCTGCTAAGATACCGGAGGTGATCCTCGATATGCTGAAG
CTAGGCACCGTGTCATCCCCTGATCCAATCGCAGCCGTTCGTCAAACGAACAAGTGTACC
TGCGGAAATGATCGGAGGGCTGAGGTTGAAGATGGACAAAATGCTAAAAACGGCAAGCAG
TCCTCTTCCGCAACAGCCACATGAACAATCTCGTTGACGACTATGCAATGTTGACTTTAC
CCCCAACTTGATATACCAACCACCACGTATTCCCGTTATGCTGTCGTATTTTTCTGAGTT
AATCAAGTGTGCGAAGTAGAGAAATAATTTCCCAGGATAAATATATGCATTTTCGA*TGT
TATATATATGTTTCTGGAATTAAATTCTCCACTTCTTTTTTAAACTTTTATGTAATTACC
TATTGGGGATATGTATATTTCCTATTTTCAGGTGTAACGAAAACTATCAAAGTTATCTAT
TGGCTGATTGTTTCAACTTTCAAGTAATACTAGAGCTTCACCCGTGCGCCCGCACGGGTT
GTTTAAAAA

QA 2 610 2 610
DS 



AS 1 15

CO CL82Contig1 2078 15 42 U
TGTTTAGATAAGGAATCGTGAGGTTGATTGAATTAGTAGGTTGCGGTTAGTTTCAATGAT
GGGTTTGGGGCTGCAAGTTGGTGTTTTTGATTAGCGCACACAAGATGTTTGATACAATGC
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GTGGGAAGGATCTAAGTTGTTATGGGAAGGTCACTTTTGTTATCAGAAAAATTTGATGAG
TTACACGGGTCACAAAAGAACCCGGGCTCTTTGTGAGAAAGAAAGGTCACAATGTACCTC
TGAGTGAGTTTGACTAAGCTCTCCAAGTTCAAGAGAAACCTCTGAGTGAAGCCATGCAAT
ACTCACCAAGTATAGACCAACAATTTTTTCTATGTTTTAAATTGAAGACTACACCTATAG
CTCCTTGTGACCATGCTTCCACTACTTACTCCACCAAGCCATTTGTTTTTTGCGGTTCAA
ACTCAGCATCTTGCTTTCATCCGACGCTCAGTTTGCGGGGGAGTATTAAAGTACACAAGA
CAAGCCCAAGACAAGCCCATTACTATGTTATAAATCCATGTGTGTTAGGGTTCCTTTGCA
AGTAAGTTAGCAGTATAAATAAGATTGTAATGTGTTAGAGAAAGGAACTTTGGCTGCGGT
TTCTAGCAGCCTCTTTTCTCATTTTATGAATCATTATTACAACTCTTGAATCTCTTGCAG
ACAACTAAAGTCTTTCTCATTCAGTTCTTTATATTTTAATAAAGCTCTTAAGAGCTATCT
CTTTATCTATGTTGTTTCTGTGTCAATAAAGTCACTTGCTTTGGTTTATCTTCATGGTAT
CAGAGCTTCAGCCGATCTATGGGATTCATGGGTCTTATCATCTCACTAACATCTGGTTTA
TAGGCTCGGTTGCAACACAATATCCCCAACGAAAAAAAAAAAAAA***AGAAGGAGCTTT
GTCTCAAGTCAAGAGTGGGGTCGGCGAGGTAGCAAGGAAGGAGTGAACGAGTTCTTCTCA
AAGACGGACAGTCATCTCTCTGTCTTTTATTACATCAAAGGAGTTCAAGGTTGAAGCTTT
CATGGGTTTGATTTCGCACGCTTAACCACTCAGGAGCTGGAAGAAGATGACAAACTCTGC
AAGTGGAGCCTGGTTCGTTCTTGCCGATTCATTAAGACCAGACTCAAGCCACTGTCAAGT
ACTACAA*GGGTTCCATTCCATGTCCATACTGTCCTGCTCTCAACTTTTCAAACCGCACC
TGCCCTCAAGGAGCACGTCAAATCTGTTTATCTATGGTATGCATCTGTTCTTTTCTCTGC
GACAGAACAAGTGAATGTCCGTTTGATAGATTGAGAA*GGATGTTAGCTGGCTGGTTTTA
GATAAGGAATCGTGAGGTTGATTGAATTAGTAGGTTGCGGTTAGTTTCAATGATGGGTTT
GGGGCTGCAAGTTGGTGTTTTTGATTAGCGCACACAAGATGTTTGATACAATGCCAAAGA
GAAAGTCAGAAGGTCATACACAGAGTTTAGTTGATTATTGGTGGACGATAGATAGTGGGA
AGGATCTAAGTTGTTATGGGAA*GGTCACTTTTGTTATCAGAAAAATTTGATGAGTTACA
CGGGTCACAAAAGAACCCGGGCTCTTTGTGAGAAAGAAAGGTCACAATGTACCTCTGAGT
GAGATTGACTAAGCTCTCCAAGTTCAAGAGAAACCTCT*AGTGAAGCCATGCAATACTCA
CCAAGTATAGACCAACAATTTCTTCTATGTTTTAAATTGAAGACTACACCTATAGCTCCT
TGTGACCATGCTTCCACTACTTACTCCACCAAGCCATTTGTTTTCTGCGGTTCAAACTCA
GCATCTTGCTTTCATCCGACGCTCAGTTTGCGGGGGAGTATTAAAGTACACAAGACAAGC
CCATTACTATGTTATAAATCCATGTGTGTTAGGGTTCCTTTGCAAGTAAGTTAGCAGTAT
AAATAAGATTGTAATGTGTTAGAGAAAGGAACTTTGGCTGCGGTTTCTAGCAGTCTCTTT
TCTCATTTTATGAATCATTATTACGACTCTTGAATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 5 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3ES73JQ C 23
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AF RR3DP59JQ C 1
AF RR3EE47JQ C 303
AF RR3DT13JQ C 645
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AF RR3F642JQ C 1269
AF RR3EO39JQ C 1419
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BS 139 139 RR3ES73JQ
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BS 236 384 RR3DP59JQ
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TGGGAAGGTCACTTTTGTTATCAGAAAAATTTGATGAGTTACACGGGTCACAAAAGAACC
CGGGCTCTTTGTGAGAAAGAAAGGTCACAATGTACCTCTGAGTGAGTTTGACTAAGCTCT
CCAAGTTCAAGAGAAACCTCTGAGTGAAGCCATGCAATACTCACCAAGTATAGACCAACA
ATTTCTTCTATGTTTTAAATTGAAGACTACACCTATAGCTCCTTGTGACCATGCTTCCAC
TACTTACTCCACCAAGCCATTTGTTTTTTGCGGTTCAAACTCAGCATCTTGCTTTCATCC
GACGCTCAGTTTGCGGGGGAGTATTAAAGTACACAAGACAAGCCCAAGACAAGCCCATTA
CTATGTTATAAATCCATGTGTGTTAGGGTTCCTTTGCAAGCAAGTTAGCAGTATAAATAA
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TTTATGAATCATTATTACAACT

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DS 

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CTCCACCAAGCCATTTGTTTTTTGCGGTTCAAACTCAGCATCTTGCTTTCATCCGACGCT
CAGTTTGCGGGGGAGTATTAAAGTACACAAGACAAGCCCAAGACAAGCCCATTACTATGT
TATAAATCCATGTGTGTTAGGGTTCCTTTGCAAGTAAGTTAGCAGTATAAATAAGATTGT
AATGTGTTAGAGAAAGGAACTTTGGCTGCGGTTTCTAGCAGCCTCTTTT
TTC

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DS 

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GGGTTTGGGGCTGCAAGTTGGTGTTTTTGATTAGCGCACACAAGATGTTTGATACAATGC
CAAAGAGAAAGTCAGAAGTTCATACACAGAGTTTAGTTGATTATTGGTGGACGATAGATA
GTGGGAAGGATCTAAGTTGTTATGGGAAGGTCACTTTTGTTATCAGAAAAATTTTATGAG
TTACACGGGTCACAAAAGAACCCGGGCTCTTTGTGAGAAAGAAAGGTCACAATGTACCTC
TGAGTGAGTTTGACTAAGCTCTCCAAGTTCAAGAGAAACCTCTGAGTGAAGCCATGCAAT
ACTCACCAAGTATAGACCAACAATCTTTTCTATGTTTTAAATCGAAGACTACACCTATAG
CTCCTTGTGACCATGCTTCCACTGCTTACTCCACCAAGCCATTTGTTTTTTGCGGTTCAA
ACTCAGCATCTTGCTTTCATCCGACGCTCAGTTTGCGGGGGAGTATTAAAGTACACAAGA
CAAGCCCAAGACAAGCCCATTACTATGTTATAAATCCATGTGTGTTAGGGTTCCTTTGCA
AGTAAGTTAGCAGTATAAATAAGATTGTAATGTGTTAGAGAAAGGAACTTTGGCTGCGGT
TTCTAGCAGCCTCTTTTCTCATTTTATGAATCATTATTACAACTCTTGAATCTCTTGCAG
ACAACTAAAGTCTTTTTCATTCAGTTCTTTATATTTTAATAAAGCTCTTAAGAGCTATCT
CTTTATCTATGTTGTTTCTGTGTCAATAAAGTCACTTGCTTTGGTTT

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR3EE47JQ 525 0 0
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TCACCAAGTATAGATCAACAATTTTTTTTATGTTTTAAATTGAAGACTACACCTATAGCT
CCTTGTGACCATGCTTCCACTACTTACTCCACCAAGCCATTTGTTTTTTGCGGTTCAAAC
TCAGCATCTTGCTTTCATCCGACGCTCAGTTTGGGGGGGAGTATTAAAGTACACAAGACA
AGCCCAAGACAAGCCCATTACTATGTTATAAATCCATGTGTGTTAGGGTTCCTTTGCAAG
TAAGTTAGCAGTATAAATAAGATTGTAATGTGTTAGAGAAAGGAACTTTGGCTGCGGTTT
TTAGCAGCCTCTTTTTTCATTTTATGAATCATTATTACAACTCTTGAATTTCTTGCAGAC
AACTAAAGTTTTTTTCATTCAGTTCTTTATATTTTAATAAAGCTCTTAAGAGCTATCTCT
TTATTTATGTTGTTTTTGTGTCAATAAAGTCACTTGCTTTGGTTT

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DS 

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GG
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TGAATCTCTTGCAGACAACTAAAGTCTTTCTCATTCAGTTCTTTATATTTTAATAAAGCT
CTTAAGAGCTATCTCTTTATCTATGTTGTTTCTGTGTCAATAAAGTCACTTGCTTTGGTT
TATCTTCATGGTATCAGAGCTTCAGCCGATCTATGGGATTCATGGGTCTTATCATCTCAC
TAACATCTGGTTTATAGGCTCGGTTGCAACACAATATCCCCAACG

QA 3 287 3 287
DS 

RD RR3DT13TF 287 0 0
GG
ACTTTGGCTGCGGTTTCTAGCAGCCTCTTTTCTCATTTTATGAATCATTATTACAACTCT
TGAATCTCTTGCAGACAACTAAAGTCTTTCTCATTCAGTTCTTTATATTTTAATAAAGCT
CTTAAGAGCTATCTCTTTATCTATGTTGTTTCTGTGTCAATAAAGTCACTTGCTTTGGTT
TATCTTCATGGTATCAGAGCTTCAGCCGATCTATGGGATTCATGGGTCTTATCATCTCAC
TAACATCTGGTTTATAGGCTCGGTTGCAACACAATATCCCCAACG

QA 3 287 3 287
DS 

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CTTGAATCTCTTGCAGACAACTAAAGTCTTTCTCATTCAGTTCTTTATATTTTAATAAAG
CTCTTAAGAGCTATCTCTTTATCTATGTTGTTTCTGTGTCAATAAAGTCACTTGCTTTGG
TT*ATCTTCATGGTATCAGAGCTTCAGCCGATCTATGGGATTCATGGGTCTTATCATCTC
ACTAACATCTGGTTTAT*GGCTCGGTTGCAACACAATATCCCCAACGAAAAAAAAAAAA*
*****GAAGGAGCTTTGTCTCAAGTCAAGA*TGGGGTCGGCGAGGTA*CAAGGAAGGA
TGAA

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR3DP59TF 688 0 0
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TCTTGAATCTCTTGCAGACAACTAAAGTCTTTCTCATTCAGTTCTTTATATTTTAATAAA
GCTCTTAAGAGCTATCTCTTTATCTATGTTGTTTCAGTGTCAATAAAGTCACTTGCTTTG
GTTTATCTTCATGGTATCAGAGCTTCAGCCGATCTATGGGATTCATGGGTCTTATCATCT
CACTAACATCTGGTTTATAGGCTCGGTTGCAACACAATATCCCCAACGAAAAAAAAAAAA
AA***AGAAGGAGCTTTGTCTCAAGTCAAGAATGGGGTCGGCGAGGTAGCAAGGAAGGAG
TGAACGAGTTCTTCTCAAAGACGGACAGTCATCTCTCTGTCTTTTATTACATCAAAGGAG
TTCAAGGTTGAAGCTTTCATGGGTTTGATTTCGCACGCTTAACCACTCAGGAGCTGGAAG
AAGATGACAAACTCTGCAAGTGGAGCCTGGTTCGTTCTTGCCGATTCATTAAGACCAGAC
TCAAGCCGCTGTCAAGTACTACAAAGGGTTCCATTCCATGTCCATACTGTCCTGCTCTCA
ACTTTTCAAACCGCACCTGCCCTCAAGGAGCACGTCAAATCTGTTTATCTATGGTATGCA
TCTGTTCTTTTCTCTGCGACAGA
CAAGT

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DS 

RD RR3F642TF 711 0 0
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CTTGAATCTCTTGCAGACAACTAAAGTCTTTCTCATTCAGTTCTTTATATTTTAATAAAG
CTCTTAAGAGCTATCTCTTTATCTATGTTGTTTCTGTGTCAATAAAGTCACTTGCTTTGG
TTTATCTTCATGGTATCAGAGCTTCAGCCGATCTATGGGATTCATGGGTCTTATCATCTC
ACTAACATCTGGTTTAT*GGCTCGGTTGCAACACAATATCCCCAACGAAAAAAAAAAAA*
*****GAAGGAGCTTTGTCTCAAGTCAAGAGTGGGGTCGGCGAGGTAGCAAGGAAGGAGT
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TCAAGGTTGAAGCTTTCATGGGTTTGATTTCGCACGCTTAACCACTCAGGAGCTGGAAGA
AGATGACAAACTCTGCAAGTGGAGCCTGGTTCGTTCTTGCCGATTCATTAAGACCAGACT
CAAGCCACTGTCAAGTACTACAA*GGGTTCCATTCCATGTCCATACTGTCCTGCTCTCAA
CTTTTCAAACCGCACCTGCCCTCAAGGAGCACGTCAAATCTGTTTATCTATGGTATGCAT
CTGTTCTTTTCTCTGCGACAGAACAAGTGAATGTCCGTTTGATAGATTGAG

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DS 

RD RR3ES73TF 743 0 0
G
ACTTTGGCTGCGGTTTCTAGCAGCCTCTTTTCTCATTTTATGAATCATTATTACAACTCT
TGAATCTCTTGCAGACAACTAAAGTCTTTCTCATTCAGTTCTTTTTATTTTAATAAAGCT
CTTAAGAGCTATCTCTTTATCTATGTTGTTTCTGTGTCAATAAAGTCACTTGCTTTGGTT
TATCTTCATGGTATCAGAGCTTCAGCCGATCTATGGGATTCATGGGTCTTATCATCTCAC
TAACATCTGGTTTATAGGCTCGGTTGCAACACAATATCCCCAACGAAAAAAAAAAAAAAA
AAAGAAGGAGCTTTGTCTCAAGTCAAGAGTGGGGTCGGCGAGGTAGCAAGGAAGGAGTGA
ACGAGTTCTTCTCAAAGACGGACAGTCATCTCTCTGTCTTTTATTACATCAAAGGAGTTC
AAGGTTGAAGCTTTCATGGGTTTGATTTCGCACGCTTAACCACTCAGGAGCTGGAAGAAG
ATGACAAACTCTGCAAGTGGAGCCTGGCTCGTTCTTGCCGATTCATTAAGACCAGACTCA
AGCCACTGTCAAGTACTACAA*GGGTTCCATTCCATGTCCATACTGTCCTGCTCTCAACT
TTTCAAACCGCACCTGCCCTCAAGGAGCACGTCAAATCTGTTTATCTATGGTATGCATCT
GTTCTTTTCTCTGCGACAGA*CAAGTGAATGTCCGTTTGATAGATTGAGA***GATGTTA
GCTGGCTGGTTT
AGATAGATCG

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DS 

RD RR3A773TF 766 0 0
GGAACTTTGGCTGCGGTTTCTAGCAGCCTCTTTTCTCATTTTATGAATCATTATTACAAC
TCTTGAATCTCTTGCAGACAACTAAAGTCTTTCTCATTCAGTTCTTTATATTTTAATAAA
GCTCTTAAGAGCTATCTCTTTATCTATGTTGTTTCTGTGTCAATAAAGTCACTTGCTTTG
GTTTATCTTCATGGTATCAGAGCTTCAGCCGGTCTATGAGATTCATGGGTCTTATCATCT
CACTAACATCTGGTTTATAGGCTCGGTTGCAACACAATATCCCCAACGAAAAAAAAAAAA
AA***AGAAGGAGCTTTGTCTCAAGTCAAGAGTGGGGTCGGCGAGGTAGCAAGGAAGGAG
TGAACGAGTTCTTCTCAAAGACGGACAGTCATCTCTCTGTCTTTTATTACATCAAAGGAG
TTCAAGGTTGAAGCTTTCATGGGTTTGATTTCGCACGCTTAACCACTTAGGAGCTGGAAG
AAGATGACAAACTCTGCAAGTGGAGCCTGGTTCGTTCTTGCCGATTCATTAAGACCAGAC
TCAAGCCACTGTCAAGTACTACAA*GGGTTCCATTCCATGTCCATACTGTCCTGCTCTCA
ACTTTTCAAACCGTACCTGCCCTCAAGGAGCACGTCAAATCTGTTTATCTATGGTATGCA
TCTGTTCTTTTCTCTGCGACAGAACAAGTGAATGTCCGTTTGATAGATTGAGAAAGGATG
TTAGCTGGCTGGTTTTAGATAGGGAATCGTGAGGTTGATTGAATTA

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3GV82TF 655 0 0
G
GGAGCTTTGTCTCAAGTCAAGAGTGGGGTCGGCGAGGTAGCAAGGAAGGAGTGAACGAGT
TCTTCTCAAAGACGGACAGTCATCTCTCTGTCTTTTATTACATCAAAGGATTTCAAGGTT
GAAGCTTTCATGGGTTTGATTTCGCACGCTTAACCACTCAGGAGCTGGAAGAAGATGACA
AACTCTGCAAGTCGAGCCTGGTTCGTTCTTGCCGATTCATTAAGACCAGACTCAAGCCAC
TGTCAAGTACTACAA*GGGTTCCATTCCATGTCCATACTGTCCTGCTCTCAACTTTTCAA
ACCGCACCTGCCCTCAAGGAGCACGTCAAATCTGTTTATCTATGGTATGCATCTGTTCTT
TTCTCTGCGACAGAACAAGTGAATGTCCGTTTGATAGATTGAGAA*GGATGTTAGCTGGC
TGGTTTTAGATAAGGAATCGTGAGGTTGATTGAATTAGTAGGTTGCGGTTAGTTTCAATG
ATGGGTTTGGGGCTGCAAGTTGGTGTTTTTGATTAGCGCACACAAGATGTTTGATACAAT
GCCAAAGAGAAAGTCAGAAGGTCATACACAGAGTTTAGTTGATTATTGGTGGACGATAGA
TAGTGGGAAGGATCTAAGTTGTTATGGGAAAGGTCACTTTTGTTATCAGAAAAA

QA 2 655 2 655
DS 

RD RR3EE47TF 725 0 0
GG
GGAAGAAGATGACAAACTCTGCAAGTGGAGCCTGGTTCGTTCTTGCCGATTCATTAAGAC
TAGACTCAAGCCACTGTCAAGTACTACAA*GGGTTCCATTCCATGTCCATACTGTCCTGC
TCTCAACTTTTCAAACCGCACCTGCCCTCAAGGAGCACGTCAAATCTGTTTATCTATGGT
ATGCATCTGCTCTTTTCTCTGCGACAGAACAAGTGAATGTCCGTTTGATAGATTGAGAA*
GGATGTTAGCTGGCTGGTTTTAGATAAGGAATCGTGAGGTTGGTTGAATTAGTAGGTTGC
GGTTAGTTTCAATGATGGGTTTGGGGCTGCAAGTTGGTGTTTTTGATTAGCGCACACAAG
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TGGTGGACGATAGATAGTGGGAAGGATCTAAGTTGTTATGGGAA*GGTCACTTTTGTTAT
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AGGTCACAATGTACCTCTGAGTGAGTTTGACTAAGCTCTCCAAGTTCAAGAGAAACCTCT
GAGTGAAGCCATGCAATACTCACCAAGTATAGATCAACAATCTCTTCTATGTTTTAAATT
GAAGACTACACCTATAGCTCCTTGTGACCATGCTTCCACTACTTACTCCACCAAGCCATT
TGT

QA 3 725 3 725
DS 

RD RR3F642JQ 810 0 0
AGGAGCACGTCAAATCTGTT*ATCTATG*TATGCATCTGTTCTTTTCTCTGCGACAGAAC
AAGTGAATGTCCGTTTGATAGATTGAGAA*GGATGTTAGCTGGCTGGTTTTAGATAAGGA
ATCGTGAGGTTGATTGAATTAGTAGGTTGCGGTTAGTTTCAATGATGGGTTTGGGGCTGC
AAGTTGGTGTTTTTGATTAGCGCACACAAGATGTTTGATACAATGCCAAAGAGAAAGTCA
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AGTTGTTATGGGAA*GGTCACTTTTGTTATCAGAAAAATTTGATGAGTTACACGGGTCAC
AAAAGAACCCGGGCTCTTTGTGAGAAAGAAAGGTCACAATGTACCTCTGAGTGAGATTGA
CTAAGCTCTCCAAGTTCAAGAGAAACCTTT*AGTGAAGCCATGCAATACTCACCAAGTAT
AGACCAACAATTTTTTTTATGTTTTAAATTGAAGACTACACCTATAGCTCCTTGTGACCA
TGCTTCCACTACTTACTCCACCAAGCCATTTGTTTTCTGCGGTTCAAACTCAGCATCTTG
CTTTCATCCGACGCTCAGTTTGCGGGGGAGTATTAAAGTACACAAGACAAGCCCATTACT
ATGTTATAAATCCATGTGTGTTAGGGTTCCTTTGCAAGTAAGTTAGCAGTATAAATAAGA
TTGTAATGTGTTAGAGAAAGGAACTTTGGCTGCGGTTTCTAGCAGTCTCTTTTCTCATTT
TATGAATCATTATTACGACTCTTGAATC
CC

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3EO39JQ 660 0 0
GGTTAGTTTCAATGATGGGTTTGGGGCTGCAAGTTGGTGTTTTTGATTAGCGCACACAAG
ATGTTTGATACAATGCCAAAGAGAAAGTCAGAAGGTCATACACAGAGTTTAGTTGATTAT
TGGTGGACGATAGATAGTGGGAAGGATCTAAGTTGTTATGGGAA*GGTCACTTTTGTTAT
CAGAAAAATTTGATGAGTTACACGGGTCACAAAAGAACCCGGGCTCTTTGTGAGAAAGAA
AGGTCACAATGTACCTCTGAGTGAGATTGACTAAGCTCTCCAAGTTCAAGAGAAACCTCT
*AGTGAAGCCATGCAATACTCACCAAGTATAGACCAACAATTTCTTCTATGTTTTAAATT
GAAGACTACACCTATAGCTCCTTGTGACCATGCTTCCACTACTTACTCCACCAAGCCATT
TGTTTTCTGCGGTTCAAACTCAGCATCTTGCTTTCATCCGACGCTCAGTTTGCGGGGGAG
TATTAAAGTACACAAGACAAGCCCATTACTATGTTATAAATCCATGTGTGTTAGGGTTCC
TTTGCAAGTAAGTTAGCAGTATAAATAAGATTGTAATGTGTTAGAGAAAGGAACTTTGGC
TGCGGTTTCTAGCAGTCTCTTTTCTCATTTTATGAATCATTATTACGACTCTTGAATCCC

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 14

CO CL83Contig1 950 14 19 U
CTTCTCAAATAGTTTACTCCGAGCCATGATCGCATTTTGTTCTTGAACAACGTCTCTGTG
TTTAAATTTTGTTCTTAAACAAAGTCTATTTCAGTGAGACA*AAAGTAGAGAGAAGACAA
AGCGCTTGTAAGAGAGGAAAAGAATCACCGTGTGACCGGCCGGCGGCGTGGGCTTCCATA
GCCACCGTCGGTCGGATTTCGTTTTATAGTTTCCTGTAACTGTCTTTTTAGATGTCTTTT
GGCTGTGGGTTTTAATCTATCAGTTAGATTTCTAGATCTAGAATTTCAGATCTCGTTTTG
GTGGGTGGGATTTGTCGGTGAAGGTTCTCTCGGTTGCTTGTCTGCCCTGATTTTCTTCCT
CCGGCGCTCTCGTTGATGACTCCCCTTCTTAGATCTGGTCGTTTGGTTTTTGCTGCTTCT
TGTAAGAGTTCTACCGCAGATGGATGGTGTGTTGTTCCTTGTCTCCGTTTGCAACGGGAT
GGTTCCAAGTCTGTTTCTTTGTCGGTCTTTAAAAGGTTCTCCGGCTCGTTCTCAAAAAAC
AAAGCCTTGGCTCTTTATGCATCTTGCCGTGGGAGATTATCAGGTAAAAAGCTCTTCCTT
CTTCTCCTTGGGTTGCTGTTCGACTTCTTCGTGGCTCGTTGGTGTGTGTTCCCGAGCAAT
ATATTGAAGTTCGTCTGCTCCCTAATAAAGTTCGGCTCTTGTTGTGCGCTTATTCTCTCC
ATCCTCCTCCGGTGTTCTTCTTGCTAGGGTTCTTATTTGTTCGATCTAGATGTTTTTACT
GGTTGATTTGTAACCCCTGTTTGTAATATCTTATGTTCTTGTCTCCAGAGAATATTGTTA
TTCTGCTGGCTAATGGCTCTGAAGGAGGGATATCTCCTGTCGGCTTAGTGTTTAAAACTC
TGTATCCACCATTGTATGTTTCTCTAGTTATCAATGAAACTTCTAGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 45 20 20 20 50 50 50 25 25 25 25 55 55 30 30 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 30 55 
55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 30 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 30 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 40 70 0 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 30 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 30 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 30 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 30 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 30 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 30 80 80 80 80 10 30 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 25 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 55 45 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
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AAAGCCTTGGCTCTCTATGCATCTTGCCGTGGGAGATTAT

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TTG

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TTGGTGGGTGGTATTTGTCGGCGAAGGTTCTCTCGGTTGCTTGTCTGCCCTGATTTTCTT
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CAAAGCGCTTGTAAGAGAGGAAAAGAATCACCGTGTGACCGGCCGGCGGCATGGGCTTCC
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TTTGGCTGTGGGTTTTAATCTATCAGTTAGATTTCTAGATCTAGAATTTCAGATCTCATT
TTGGTGGGTGGTATTTGTCGGCGAAGGTTCTCTCGGTTGCTTGTCTGCCCTGATTTTCTT
CCTCCGGCGCTCTCGTTGATGACTCCCCTTCTTAGATCTGGTCGTTTGGTTTTTGCTGCT
TCTTGTAAGAGTTCTACCGCAGATGGATGGTGTGTTGTTCCTTGTCTCCGTTTGCAACGG
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AATATATTGAAGTTCGTCTGCTCCCTAATAAAGTTCGGCTCTTGTTGTGCGCTTATTCTC
TCCATCCTCCTCCGGTGTTCTTCTTGCTAGGGTTCTTATTTGTTCGATCTAGATGTTTTT
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GG
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DS 

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C

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DS 

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TCCTTGGGTTGCTGTTCGACTTCTTCGTGGCTCGTTGGTGTGTGTTCCCGAGCAATATAT
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TCCTCCGGTGTTCTTCTTGCTAGGGTTCTTATTTGTTCGATCTAGATGTTTTTACTGGTT
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TCCACCATTGTATGTTTCTCTAGTTATCAATGAAACTTC

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DS 

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TGCCGTGGGAGATTATCAGGTAAAAAGCTCTTCCTTCTTCTCCTTGGGTTGCTGTTCGAC
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ATAAAGTTCGGCTCTTGTTGTGCGCTTATTCTCTCCATCCTCCTCCGGTGTTCTTCTTGC
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AATATCTTATGTTCTTGTCTCCAGAGAATATTGTTATTCTGCTGGCTAATGGCTCTGAAG
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CGCAGATGGATGGTGTGTTGTTCCTTGTCTCCGTTTGCAACGGGATGGTTCCAAGTCTGT
TTCTTTGTCGGTCTTTAAAAGGTTCTCCGGCTCGTTCTCAAGAAACAAAGCCTTGGCTCT
TTATGCATCTTGCCGTGGGAGATTATCAGGTAAAAAGCTCTTCCTTCTTCTCCTTGGGTT
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CGTTTTCAAGGAACAAAGCCTTGGCTCTTTATGCATCTTGCCGTGGGAGATTATCAGGTA
AAAAGCTCTTCCTTTTTCTCCTTGGGTTGCTGTTCGACTTTTTCGTGGCTCGTTGGTGTG
TGTTCCCGAGCAATATATTGAAGTTCGTATGCTCCCTAATAAAGTTCGGCTCTTGTTGTG
CGCTTATTCTCTCCATCCTCCTCCGGTGTTCTACTTGCTAGGGTTTTTATTTGTTCGATC
TAGATGTTTTTACTGGTTGATTTGTAATCCCTGTTTGTAATATCTTATGTTCTTGTCTCC
AGAGAATTTTGTTATTTTGCTGGCTAATGGCTTTGAAGGAGGGATATCTCCTGTCGGCTT
ATTGTTTAAAACTCTGTATCCCCCATTGTATGTTTCTCTAGTTATCAATGAAACTTCTAG
TGTT

QA 1 544 1 544
DS 

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TTTTAATCTATCAGTTAGATTTCTAGATCTAGAATTTCAGATCTCATTTTGGTGGGTGGT
ATTTGTCGGCGAAGGTTCTCTCGGTTGCTTGTCTGCCCTGATTTTCTTCCTCCGGCGCTC
TCGTTGATGACTCCCCTTCTTAGATCTGGTCGTTTGGTTTTTGCTGCTTCTTGTAAGAGT
TCTACCGCAGATGGATGGTGTGTTGTTCCTTGTCTCCGTTTGCAACGGGATGGTTCCAAG
TCTGTTTCTTTGTCGGTCTTTAAAAGGTTCTCCGGCTCGTTCTCAAAAAACAAAGCCTTG
GCTCTCTATGCATCTTGCCGTGGGAGATTATCAGGTAAAAAGCTCTTCCTTCTTCTCCTT
GGGTTGCTGTTCGACTTCTTCGTGGCTCGTTGGTGTGTGTTCCCGAGCAATATATTGAAG
TTCGTCTGCTCCCTAATAAAGTTCGGCTCTTGTTGTGCGCTTATTCTCTCCATCCTCCTC
CGGTGTTCTTCTTGCTAGGGTTCTTATTTGTTCGATCTAGATGTTTTTACTGGTTGATTT
GTAACCCCTGTTTGTAATATCTTATGTTCTTGTCTCCAGAGAATATTGTTATTCTGCTGG
CTAATGGCTCTGAAGGAGGGATATCTCCTGTCGGCTTAGTGTTTAAAACTCTGTATCCAC
CATTGTATGTTTCTCTAGTTATCAATGAAACTTCTAGTGTT

QA 1 761 1 761
DS 



AS 2 15

CO CL84Contig1 696 2 4 U
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GGAATTTACAACATCGACACAGATGGATGTATGGATGATATATTTTTGAGCTAAAAAGAC
ACCTGAGACAAAGAGGATGTATAATTTATTTAGTTACGAGAAGGGAGATTGAATGAAGGA
TGTGGGATGTGTTAGATTCATTCAATTTATGAATTGCCCACCCTAAAAGGCTTCTTCTTC
ATCATCATCTGGTTCAGTTGCTCCATATTATGTCTCTGTATGTGTCCTTCACTTTCTGAA
ACAGAGTCTCCCTGTCTGGCTTGAATATCAGGTTCTTGTAAGCAAACCACCCAGTGTAAC
CAATGCCAACAACTTCAAGAACACCAGGAACCAATGGAAGCCTGTCGATAGCCGAGATGA
CACCAGCAGTTCCCCAAAGAGCCACAAAACCAGAAACTGCGAGAGAACTAACTGCATACT
TATCCTCCACTTTTTCCCAAGCTTCTTGAACGGTCTTGACGATATCCGGTAACTCTGTAC
TCGCAGCTTCGGTATTGGCGGCAGGAGCTTCGACTTGGGTAGTGGCAACAACTTCAACAT
CGGCAGCTCATGTCAAAACGTTCCTCACTATCTTCCGACAGTAAGCAGTGGCTTTGGCGG
CGCGGGTCTGAGACTGAAGCGGCTGAAGAGGAAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C260JQ U 1
AF RR3GZ71JQ U 1
BS 1 609 RR3C260JQ
BS 610 610 RR3GZ71JQ
BS 611 629 RR3C260JQ
BS 630 696 RR3GZ71JQ

RD RR3C260JQ 629 0 0
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GGAATTTACAACATCGACACAGATGGATGTATGGATGATATATTTTTGAGCTAAAAAGAC
ACCTGAGACAAAGAGGATGTATAATTTATTTAGTTACGAGAAGGGAGATTGAATGAAGGA
TGTGGGATGTGTTAGATTCATTCAATTTATGAATTGCCCACCCTAAAAGGCTTCTTCTTC
ATCATCATCTGGTTCAGTTGCTCCATATTATGTCTCTGTATGTGTCCTTCACTTTCTGAA
ACAGAGTCTCCCTGTCTGGCTTGAATATCAGGTTCTTGTAAGCAAACCACCCAGTGTAAC
CAATGCCAACAACTTCAAGAACACCAGGAACCAATGGAAGCCTGTCGATAGCCGAGATGA
CACCAGCAGTTCCCCAAAGAGCCACAAAACCAGAAACTGCGAGAGAACTAACTGCATACT
TATCCTCCACTTTTTCCCAAGCTTCTTGAACGGTCTTGACGATATCCGGTAACTCTGTAC
TCGCAGCTTCGGTATTGGCGGCAGGAGCTTCGACTTGGGTAGTGGCAACAACTTCAACAT
CGGCAGCTCGTGTCAAAACGTTCCTCACT

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3GZ71JQ 696 0 0
GGGCAAA
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ACAAAGAGGATGTATAATTTATTTAGTTACGAGAAGGGAGATTGAATGAAGGATGTGGGA
TGTGTTAGATTCATTCAATTTATGAATTGCCCACCCTAAAAGGCTTCTTCTTCATCATCA
TCTGGTTCAGTTGCTCCCTATTATGTCTCTGTATGTGTCCTTCACTTTCTGAAACAGAGT
CTCCCTGTCTGGCTTGAATATCAGGTTCTTGTAAGCAAACCACCCAGTGTAACCAATGCC
AACAACTTCAAGAACACCAGGAACCAATGGAAGCCTGTCGATAGCCGAGATGACACCAGC
AGTTCCCCAAAGAGCCACAAAACCAGAAACTGCGAGAGAACTAACTGCATACTTATCCTC
CACTTTTTCCCAAGCTTCTTGAACGGTCTTGACGATATCCGGTAACTCTGTACTCGCAGC
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TCATGTCAAAACGTTCCTCACTATCTTCCGACAGTAAGCAGTGGCTTTGGCGGCGCGGGT
CTGAGACTGAAGCGGCTGAAGAGGAAGTG

QA 8 696 8 696
DS 



CO CL84Contig2 975 13 29 U
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CATGGCCTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTCGACAATCATCGACTCAAGAGCTCCTCCTCT
TCCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTATTTCCCTTCCGACACTTCCTCCTCAGTC
GCTTCAGTCTCAGACCCGCGCCGCCAAAGCCACTGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAA
CGTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGC
CGCCAATACCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGC
TTGGGACAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGC
TCTTTGGGGAACTGCTGGTGTAATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGTGT
TCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAA
GCCAGACAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTCAAGGACACATACAGAGACATAATAGGGAG
CAACTGAACCAGATGATGATGAAGAAGAAGCCTTTTAGGGTGGGCAATTCATAAATTGAA
TGAATCTAACACATCCCACATCCTTCATTCAATCTCCCTTCTCGTAACTAAATAAATTAT
ACATCCTCTTTGTCTCAGGTGTCTTTTTAGCTCAAAA*TATATCATCCATACATCCATCT
GTGTCGATGTTGTAAATTCCTCAGACTATATATATAT**GAGATGTTTGGTACATTTTTA
CAAAGGTTTCATACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 10 30 30 30 30 10 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 10 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 45 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 
70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 0 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
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65 65 50 65 65 65 65 65 65 50 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 10 50 50 15 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 30 30 30 30 30 30 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

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GG
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TCTCCACTAATACAATACTAATTACTTCTGATCAACAACATTGTTGCTGCGATTCAAGCC
ATGGCTTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTCGACAATCATCGACTCAAGAGCTCCTCCTCTT
CCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTATTTCCCTTCCGACACTTCCTCCTCAGTCG
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GTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCC
GCCAATAGCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCT
TGGGACAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGCT
CTTTGGGGAACTGCTGGTGTGATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGTGTT
CTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAG
CCAGACAGGGAGACTC

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DS 

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TTCTCCACTAATACAATACTAATTACTTCTGATCAACAACATTGTTGCTGCGATTCAAGC
CATGGCTTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTCGACAATCATCGATTCAAGAGCTCCTCCTCT
TCCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTATTTCCCT*CCGACACTTCCTCCTCAGTC
GCTTCAGTCTCAGACCCGCGCCGCCAAAGCCACTGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAA
CGTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGC
CGCCAATACCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGC
TTGGGACAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGC
TCTTTGGGGAACTGCTGGTGTAATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGTGT
TCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAA
GCCAGACAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTCAAGGACACATACAGAGACATAATAGG*AG
CA*CTGAAC*AGATGATGATGAAGAAGA
GCCTT

QA 1 748 1 748
DS 

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GG
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CTTCTTCCTCGACAATCATCGACTCAAGAGCTCCTCCTCTTCCTTCTCGACAAGCATCTT
CTCCTTCGTGTATTTCCCTTCCGACACTTCCTCCTCAGTCGCTTCAGTCTCAGACCCGCG
CCGCCAAAGCCACTGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAACGTTTTGACACGAGCTGCCG
ATGTTGAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCCGCCAATACCGAAGCTGCGA
GTACAGAGTTACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCTTGGGACAAAGTAGAGGATA
AGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGCTCTTCGGGGAACTGCTGGTG
TAATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGTGTTCTTGAAGTTGTTGGCATTG
GTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAGCCAGACAGGGAGACTCTGT
TTCAGAAAGTCAAGGACACATACAGAGACATAATAGGGAGCAACTGAACCA

QA 3 593 3 593
DS 

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GG
CACACAAAAAAATCTCTCAAAACACTTCTTCTCCACTAATACAATACTAATTACTTCTGA
TCAACAACATTGTTGCTGCGATTCAAGCCATGGCTTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTCGA
CAATCATCGACTCAAGAGCTCCTCCTCTTCCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTA
TTTCCCTTCCGACACTTCCTCCTCAGTCGCTTCAGTCTCAGACCCGCGCCGCCAAAGCCA
CTGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAACGTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTG
TTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCCGCCAATACCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTAC
CGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCTTGGGACAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTA
GTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTTGCTCTTTGGGGAACTGCTGGTGTAATCTCGGCTA
TCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGTGTTCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGT
GGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAGCCAGACAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTCA
AGGACACATACAGAGACATAATAGGGAGCAACTGAACCAGATGATGATGAAGAAGAAGCC
TTTTAGGGTGGGCAATTCATAAATTGAATGAATCTAACACATCCCACATCCTTCATTCAA
TCTCCCTTCT

QA 3 732 3 732
DS 

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GGCACACAAA
AAAAAAATCTCTCAAAACACTTCTTCTCCACTAATACAATACTAATTACTTCTGATCAAC
AACATTGTTGCTGCGATTCAAGCCATGGCCTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTCGACAATC
ATCGACTCAAGAGCTCCTCCTCTTCCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTATTTCC
CTTCCGACACTTCCTCCTCAGCCGCTTCAGTCTCAGACCCGCGCCGCCAAAGCCACTGCT
TACTGTCGGAAGATAGTGAGGAACGTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCC
ACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCCGCCAATACCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGAT
ATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCTTGGGAAAAAGTGGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCT
CTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGCTCTTTGGGGAACTGCTGGTGTCATCTCGGCTATCGAC
AGGCTTCCATTGGTTCCTGGTGTTCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTT
GCTTACAAGAACCTGATATTCAAGCCAGACAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTGAAGGAC
ACATACAGAGACATAATATGGAGCAACTGAACCAGATGATGATGAAGAAGAAGCCTTTTA
GGGTGGGCAATTCATAAATTGAATGAATCTAACACATCCCACATCC

QA 11 716 11 716
DS 

RD RR3AN04TF 869 0 0
GGA
CACAAAAAAAAATCTCTCAAAACACTTCTTCTCCACTAATACAATACTAATTACTTCT**
TCAACAACATTGTTGCTGCGATTCAAGCCATGGCCTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTCGA
CAATCATCGACTCAAGATCTCCTCCTCTTCCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTA
TTTCCCTTCCGACACTTCCTCCTCAGCCGCTTCAGTCTCAGACCCGCGCCGCCAAAGCCA
CTGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAACGTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTG
TTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCCGCCAATACCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTAC
CGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCTTGGGAAAAAGTGGAGGATAAGTATGCAGTTA
GTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGCTCTTTGGGGAACTGCTGGTGTCATCTCGGCTA
TCGACAGGCTTCCATTGGTTCCTGGTGTTCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGT
GGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAGCCAGACAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTGA
AGGACACATACAGAGACATAATAGGGAGCAACTGAACCAGATGATGATGAAGAAGAAGCC
TTTTAGGGTGGGCAATTCATAAATTGAATGAATCTAACACATCCCACGTCCTTCATTCAA
TCTCCCTTCTCGTAACTAAATAAATTATACATCCTCTTTGTCTCAG*TGTCTTTTTAGCT
CAAAAATATATCATCCATACATCCATCTGTGTCGATGTTGTAAATTCCTCAGACTATATA
TATATATGAGATGTTTGG
GTACATTT

QA 4 861 4 861
DS 

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GG
GATCAACAACATTGTTGCTGCGATTCAAGCCATGGCCTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTC
GACAATCATCGACTCAAGAGCTCCTCCTCTTCCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTG
TATTTCCCTTCCGACACTTCCTCCTCAGCCGCTTCAGTCTCAGACCCGCGCCGCCAAAGC
CACTGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAACGTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGT
TGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCCGCCAATACCGAAGCTGCGAGTACAGAGTT
ACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCTTGGGAAAAAGTGGAGGATAAGTATGCAGT
TAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGCTCTTTGGGGAACTGCTGGTGTCATCTCGGC
TATCGACAGGCTTCCATTGGTTCCTGGTGTTCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGG
GTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAGCCAGACAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGT
GAAGGACACATACAGAGACATAATAGGGAGCAACTGAACCAGATGATGATGAAGAAGAAG
CCTTTTAGGGTGGGCAATTCATAAATTGAATGAATCTAACACATCCCACATCCTTCATTC
AATCTCCCTTCTCGTAACTAAATAA*TTATACATCCTCTTTGTCTCAG*TGTCTTTT*AG
CTCAAAAATATATCATCCATACATCATCCTGTGTCGATGT*GTAA*TTCCTCAGACTATA
TATATAT
ATGAGATGT

QA 3 789 3 789
DS 

RD RR3GZ71TF 792 0 0
GG
GCGATTCAAGCCATGGCCTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTCGACAATCATCGACTCAAGA
GCTCCTCCTCTTCCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTATTTCCCTTCCGACACTT
CCTCCTCAGCCGCTTCAGTCTCAGACCCGCGCCGCCAAAGCCACTGCTTACTGTCGGAAG
ATAGTGAGGAACGTTTTGACATGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTC
GAAGCTCCTGCCGCCAATACCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGATATCGTCAAGACC
GTTCAAGAAGCTTGGGAAAAAGTGGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCT
GGTTTTGTGGCTCTTTGGGGAACTGCTGGTGTCATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTG
GTTCCTGGTGTTCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAAC
CTGATATTCAAGCCAGACAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTGAAGGACACATACAGAGAC
ATAATAGGGAGCAACTGAACCAGATGATGATGAAGAAGAAGCCTTTTAGGGTGGGCAATT
CATAAATTGAATGAATCTAACACATCCCACATCCTTCATTCAATCTCCCTTCTCGTAACT
AAATAAATTATACATCCTCTTTGTCTCAG*TGTCTTTTTAGCTCAAAA*TATATCATCCA
TACATCCATCTGTGTCGATGTTGTAAATTCCTCAGACTATATATATAT**GAGATGTTTG
GTACATTTTT

QA 3 792 3 792
DS 

RD RR3FA08JQ 748 0 0
TCCTCGACAATCATCGACTCAAGAGCTCCTCCTCTTCTTTCTCGACAAGCATCTTCTCCT
TCGTGTATTTCCCTTCCGACACTTCCTCCTCAGTCGCTTCAGTCTCAGACCCGCGCTGCC
AAAGCCACTGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAACGTTTTGACACGAGCTGCCGATGTT
GAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCCGCCAATAGCGAAGCTGCGAGTACA
GAGTTACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCTTGGGACAAAGTAGAGGATAAGTAT
GCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGCTCTTTGGGGAACTGCTGGTGTGATC
TCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGTGTTCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTAC
ACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAGCCAGACAGGGAGACTCTGTTTCAG
AAAGTCAAGGACACATACAGAGACATAATAGGGAGCAACTGAACCAGATGATGATGAAGA
AGAAGCCTTTTAGGGTGGGCAATTCATAAATTGAATGAATCTAACACATCCCACATCCTT
CATTCAATCTCCCTTCTCGTAACTAAATAAATTATACATCCTCTTTGTCTCAGGTGTCTT
TTTAGCTCAAAA*TATATCATCCATACATCCATCTGTGTCGATGTTGTAAATTCCTCAGA
CTATATATAT****GAGATGTTTGGTAC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3CT89TF 196 0 0
GT
GTGGGCAATTCATAAATTGAATGAATCTAACGCATCCCACATCCTTCATTCAATCTCCCT
TCTCGTAACTAAATAAATTATACATCCTCTTTGTC**AGGTGTCTTTTTAGCTCAAAA*T
ATATCATCCATACATCCATCTGTGTCGATGTTGTAAATTCCTCAGACTATATATAT****
GAGATGTTTGGTAC

QA 3 196 3 196
DS 

RD RR3AN04JQ 867 0 0
AAATCTCTCAAAACACTTCTTCTCCACTAATACAATACTAATTACTTCT**TCAACAACA
TTGTTGCTGCGATTCAAGCCATGGCCTCACTTTCAGTCTCTTCTTCCTCGACAATCATCG
ACTCAAGATCTCCTCCTCTTCCTTCTCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTATTTCCCTTC
CGACACTTCCTCCTCAGCCGCTTCAGTCTCAGACCCGCGCCGCCAAAGCCACTGCTTACT
GTCGGAAGATAGTGAGGAACGTTTTGACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCCACTA
CCCAAGTCGAAGCTCCTGCCGCCAATACCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGATATCG
TCAAGACCGTTCAAGAAGCTTGGGAAAAAGTGGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCG
CAGTTTCTGGTTTTGTGGCTCTTTGGGGAACTGCTGGTGTCATCTCGGCTATCGACAGGC
TTCCATTGGTTCCTGGTGTTCTTGAAGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTT
ACAAGAACCTGATATTCAAGCCAGACAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTGAAGGACACAT
ACAGAGACATAATAGGGAGCAACTGAACCAGATGATGATGAAGAAGAAGCCTTTTAGGGT
GGGCAATTCATAAATTGAATGAATCTAACACATCCCACGTCCTTCATTCAATCTCCCTTC
TCGTAACTAAATAAATTATACATCCTCTTTGTCTCAGGTGTCTTTTTAGCTCAAAAATAT
ATCATCCATACATCCATCTGTGTCGATGTTGTAAATTCCTCAGACTATATATATATATGA
GATGTTTGGTACATTTTTACA
GAGGCT

QA 1 861 1 861
DS 

RD RR3E990JQ 724 0 0
TCGACAAGCATCTTCTCCTTCGTGTATTTCCCTTCCGACACTTCCTCCTCAGTCGCTTCA
GTCTCAGACCCGCGCCGCCAAAGCCACTGCTTACTGTCGGAAGATAGTGAGGAACGTTTT
GACACGAGCTGCCGATGTTGAAGTTGTTGCCACTACCCAAGTCGAAGCTCCTGCCGCCAA
TACCGAAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCTTGGGA
CAAAGTAGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTGGCTCTTCG
GGGAACTGCTGGTGTAATCTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGTGTTCTTGA
AGTTGTTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAGCCAGA
CAGGGAGACTCTGTTTCAGAAAGTCAAGGACACATACAGAGACATAATAGGGAGCAACTG
AACCAGATGATGATGAAGAAGAAGCCTTTTAGGGGGGGCAATTCATAAATTGAATGAATC
TAACACATCCCACATCCTTCATTCAATCTCCCTTCTCGTAACTAAATAAATTATACATCC
TCTTTGTC**AGGTGTCCTTTTAGCTCAAAA*TATATCATCCATACATCCATCTGTGTCG
ATGTTGTAAATTCCTCAGACTATATATAT****GAGATGTTTGGTACATTTTTACAAAGG
TTTC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3AS13JQ 544 0 0
AAGCTGCGAGTACAGAGTTACCGGATATCGTCAAGACCGTTCAAGAAGCTTGGGACAAAG
TAGAGGATAAGTATGCAGTTAGTTCTCTCGCAGTTTCTGGTTTTGTTGCTCTTTGGGGAA
CTGCTGGTGTAATTTCGGCTATCGACAGGCTTCCATTAGTTCCTGGTGTTCTTGAAGTTG
TTGGCATTGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATATTCAAGCCAGACAGGG
AGACTCTGTTTCAGAAAGTCAAGGACACATACAGAGACATAATAGGGAGCAACTGAACCA
GATGATGATGAAGAAGAAGCCTTTTAGGGTGGGCAATTCATAAATTGAATGAATCTAACA
CATCCCACATCCTTCATTCAATCTCCCTTCTCGTAACTAAATAAATTATACATCCTCTTT
GTC**AGGTGTCTTTTTAGCTCAAAA*TATATCATCCATACATCCATCTGTGTCGATGTT
GTAAATTCCTCAGACTATATATAT****GAGATGTTTGGTACATTTTTACAAAGGTTTCA
TACT

QA 1 544 1 544
DS 



AS 2 14

CO CL85Contig1 1038 2 8 U
GGGATCATCGTAGAGGATTCAGAGATGCATGGTGCTCTTGTCACGGCGCAGTACGCACGG
TTGCATCATCATCACCACTGCAGAGAGAATCAGTGTACCTCTGTTCTCGTCAAATACATT
AAAGCCCCTGTTCATCTTGTAAGCACTTCAAATCTTTTTTCTCGTAATCAGATCTTAGTA
GTAGTACTGTTCTTGTGGAAACTAACGATAGTTGTATAATATTACATGAACTCAGGTTTG
GTCTCTTGTCCGAAGATTTGATCAGCCGCAGAAATACAAACCATTTGTCAGCAGATGCAC
AGTTCATGGCCATCCTGAGATCGGTAGTCTCAGAGAAGTCAACGTCAAATCTGGTCTTCC
GGCTACAACTAGTACTGAGAGACTTGAACAGCTTGATGATGATGAACGCATCCTCGGTAT
CAACATCATTGGTGGTGATCATAGACTTAAGGTATATTACAAAAAATATACAAATCTCTA
TCATAGACTTTTTACAGATTCTGATTTTTGTTTCTCTGCAGAACTATTCTTCAATCTTGA
CTGTACATCCGGAGATGATCGATGGGAGAGCAGGGACTATGGTGATTGAATCTTTTGTTG
TCGATGTTCCTCAAGGCAACACTAAAGATGAGACCTGTTACTTTGTGGAATCGCTTATCA
AGTGTAACTTGAAATTCTTGGCTTGTGTCTCTGAAAGATTGGCTGCTCAGGACATAACCA
CTCCCATCGCCACCACCTTCTGAAGCTATTCATTTAGTCTGGTCATATATATGTATAGAG
AAGCAACATGAGTGGTCACACTGCTATTATGTTTTAGATCAGCTCCATCCATATGCCATT
TTGAGCATGCGGTAAAAGTTTTGATGTAATTTAGTTTCTGGTGTTTGTTGGACAGTGTCT
TTGCATTTATGCACCCATTATAAGAACACAGCAGAGCTACTTAGCATGTTGTTGGACAGT
GTATTTGTATTAGTATTTTTTTTTTGTCAGCAGTATTTGTATTGTTTTTTTGTTTCTGAA
ATGGTGAATTTTGAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FK17TF U 1
AF RR3FK17JQ C 319
BS 1 615 RR3FK17TF
BS 616 616 RR3FK17JQ
BS 617 710 RR3FK17TF
BS 711 711 RR3FK17JQ
BS 712 733 RR3FK17TF
BS 734 734 RR3FK17JQ
BS 735 781 RR3FK17TF
BS 782 1038 RR3FK17JQ

RD RR3FK17TF 789 0 0
GGGATCATCGTAGAGGATTCAGAGATGCATGGTGCTCTTGTCACGGCGCAGTACGCACGG
TTGCATCATCATCACCACTGCAGAGAGAATCAGTGTACCTCTGTTCTCGTCAAATACATT
AAAGCCCCTGTTCATCTTGTAAGCACTTCAAATCTTTTTTCTCGTAATCAGATCTTAGTA
GTAGTACTGTTCTTGTGGAAACTAACGATAGTTGTATAATATTACATGAACTCAGGTTTG
GTCTCTTGTCCGAAGATTTGATCAGCCGCAGAAATACAAACCATTTGTCAGCAGATGCAC
AGTTCATGGCCATCCTGAGATCGGTAGTCTCAGAGAAGTCAACGTCAAATCTGGTCTTCC
GGCTACAACTAGTACTGAGAGACTTGAACAGCTTGATGATGATGAACGCATCCTCGGTAT
CAACATCATTGGTGGTGATCATAGACTTAAGGTATATTACAAAAAATATACAAATCTCTA
TCATAGACTTTTTACAGATTCTGATTTTTGTTTCTCTGCAGAACTATTCTTCAATCTTGA
CTGTACATCCGGAGATGATCGATGGGAGAGCAGGGACTATGGTGATTGAATCTTTTGTTG
TCGATGTTCCTCAAG*CAACACTAAAGATGAGACCTGTTACTTTGTGGAATCGCTTATCA
AGTGTAACTTGAAATTCTTGGCTTGTGTCTCTGAAAGATTGGCTGCTCAG*ACATAACCA
CTCCCATCGCCAC*ACCTTCTGAAGCTATTCATTTAGTCTGGTCATATATATGTATAGAG
A
GCAACATG

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3FK17JQ 720 0 0
GATCGGTAGTCTCAGAGAAGTCAACGTCAAATCTGGTCTTCCGGCTACAACTAGTACTGA
GAGACTTGAACAGCTTGATGATGATGAACGCATCCTCGGTATCAACATCATTGGTGGTGA
TCATAGACTTAAGGTATATTACAAAAAATATACAAATCTCTATCATAGACTTTTTACAGA
TTCTGATTTTTGTTTCTCTGCAGAACTATTCTTCAATCTTGACTGTACATCCGGAGATGA
TCGATGGGAGAGCAGGGACTATGGTGATTGAATCTTTTGTTGTCGATGTTCCTCAAGGCA
ACACTAAAGATGAGACCTGTTACTTTGTGGAATCGCTTATCAAGTGTAACTTGAAATTCT
TGGCTTGTGTTTCTGAAAGATTGGCTGCTCAGGACATAACCACTCCCATCGCCACCACCT
TCTGAAGCTATTCATTTAGTCTGGTCATATATATGTATAGAGAAGCAACATGAGTGGTCA
CACTGCTATTATGTTTTAGATCAGCTCCATCCATATGCCATTTTGAGCATGCGGTAAAAG
TTTTGATGTAATTTAGTTTCTGGTGTTTGTTGGACAGTGTCTTTGCATTTATGCACCCAT
TATAAGAACACAGCAGAGCTACTTAGCATGTTGTTGGACAGTGTATTTGTATTAGTATTT
TTTTTTTGTCAGCAGTATTTGTATTGTTTTTTTGTTTCTGAAATGGTGAATTTTGAGACC

QA 1 720 1 720
DS 



CO CL85Contig2 886 12 18 U
CGCTAGAAGGGTCTCAAAATTCACCATTTCAGAGACAAAAAAACAATACAAATACTGCTG
ACAAAAAAAAAAAA*TACTAATACAAATACACTGTCCAACAACATGCTAAGTAGCTCTGC
TGTGTTCTTATAATGGGTGCATAAATGCAAAGACACTGTCCAACAAACACCAGAAACTAA
ATTACATCAAAACTTTTACCGCATGCTCAAAATGGCATATGGATGGAGCTGATCTAAAAC
ATAATAGCAGTGTGACCACTCATGTTGCTTCTCTATACATATATATGACCAGACTAAATG
AATAGCTTCAGAAGGTGGTGGCGATGGGAGTGGTTATGTCCTGAGCAGCCAATCTTTCAG
AGACACAAGCCAAGGATTTCAAGTTACACTTGATAAGCGATTCCACAAAGTAACAGGTCT
CATCTTTAGTGTTGCCTTGAGGAACATCGACAACAAAAGATTCAATCACCATAGTCCCTG
CTCTCCCATCGATCATCTCCGGATGTACAGTCAAGATTGAAGAATAGTTCTTAAGTCTAT
GATCACCACCAATGATGTTGATACCGAGGATGCGTTCATCATCATCAAGCTGTTCAAGTC
TCTCGGTACTAGTTGTAGCCGGAAGACCAGATTTGACGTTGACTTCTCTGAGACTACCGA
TCTCAGGATGGCCATGAACTGTGCATCTGCTGACAAATGGTTTGTATTTCTGCGGCTGAT
CAAATCTTCGGACAAGAGACCAAACAAGATGAACAGGGGCTTTAATGTATTTGACGAGAA
CAGAGGTACACTGATTCTCTCTGCAGTGGTGATGATGATGCAACCGTGCGTACTGCGCCG
TGACAAGAGCACCATGCATCTCTGA*ATCCTCTACGATGATCTCCC


BQ
10 30 30 30 30 15 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 10 10 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 45 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 35 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 25 60 
25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG03JQ U 8
AF RR3F577JQ U 2
AF RR3EQ50JQ U 101
AF RR3H853JQ U 1
AF RR3AD44JQ U 2
AF RR3AD44TF C 2
AF RR3DD03JQ U 77
AF RR3H853TF C 96
AF RR3FG03TF C 116
AF RR3DD03TF C 344
AF RR3EQ50TF C 567
AF RR3B236TF C 154
BS 1 57 RR3H853JQ
BS 58 58 RR3AD44JQ
BS 59 70 RR3H853JQ
BS 71 73 RR3AD44JQ
BS 74 186 RR3H853JQ
BS 187 187 RR3AD44JQ
BS 188 494 RR3H853JQ
BS 495 495 RR3AD44JQ
BS 496 628 RR3H853JQ
BS 629 731 RR3DD03JQ
BS 732 812 RR3H853TF
BS 813 813 RR3FG03TF
BS 814 833 RR3H853TF
BS 834 834 RR3FG03TF
BS 835 836 RR3H853TF
BS 837 837 RR3FG03TF
BS 838 878 RR3H853TF
BS 879 886 RR3FG03TF

RD RR3FG03JQ 351 0 0
G
GGGTCTCAAAATTCACCATTTCAGAGACAAAAAAACAATACAAATACTGCTGACAAAAAA
AAAAAAATACTAATACAAATACACTATCCAACAACATGCTAAGTAGCTCTGCTGTGTTCT
TATAATGGGTGCATAAATGCAAAGACACTGTCCAACAAACACCAGAAACTAAATTACATC
AAAACTTTTACCGCATGCTCAAAATGGCATATGGATGGAGCTGATCTAAAACATAATAGC
AGTGTGACCACTCATGTTGCTTCTCTATACATATATATGACCAGACTAAATGAATAGCTT
CAGAAGGTGGTGGCGATGGGAGTGGTTATGTCCTGAGCAGCCAATCTTTC

QA 2 351 2 351
DS 

RD RR3F577JQ 494 0 0
GCTAAAAGGGTCTCAAAATTCACCATTTCAAAAACAAAAAAACAATACAAATACTGCTGA
CAAAAAAAAA**A*TACTAATACAAATACACTGTCCAACAACATGCTAAGTAGCTCTGCT
GTGTTCTTATAATGGGTGCATAAATGCAAAGACACTGTCCAACAAACACCAAAAACTAAA
TTACATCAAAACTTTTACCGCATGCTCAAAATGGCATATGGATGGAGCTGATCTAAAACA
TAATAGCAGTGTGACCACTCATGTTGCTTCTCTATACATATATATGACCAAACTAAATGA
ATAGCTTCAAAAGGGGGTGGCGATGGGAGTGGTTATGTCCTGAGCAACCAATCTTTCAAA
AACACAAGCCAAGGATTTCAAGTTACACTTGATAAGCGATTCCACAAAGTAACAGGTCTC
ATCTTTAGTGTTGCCTTGAGGAACATCGACAACAAAAAATTCAACCACCATAGTCCCTGC
TCTCCCATCGATCA

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR3EQ50JQ 465 0 0
AACATGCTAAGTAGCTCTGCTGTGTTCTTATAATGGGGGCATAAATGCAAAAACACTGTC
CAACAAACACCAAAAACTAAATTACATCAAAACTTTTACCGCATGCTCAAAATGGCATAT
GGATGGAGCTGATCTAAAACATAATAGCAGTGTGACCCCTCATGTTGCTTCTCTATACAT
ATATATGACCAAACTAAATGAATAGCTTCAAAAGGGGGGGGCGATGGGAGTGGTTATGTC
CTGAGCAGCCAATCTTTCAAAAACACAAGCCAAGGATTTCAAGTTACACTTGATAAGCGA
TTCCACAAAGTAACAGGTCTCATCTTTAGTGTTGCCTTGAGGAACATCGACAACAAAAGA
TTCAATCACCATAGTCCCTGCTCTCCCATCGAGCATCTCCGGATGTACAGTCAAAATTGA
AAAATAGTTCTTAAGTCTATGATCACCACCAATGATGTTGATACC

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR3H853JQ 628 0 0
CGCTAGAAGGGTCTCAAAATTCACCATTTCAGAGACAAAAAAACAATACAAATACTGATG
ACAAAAAAAA***A*TACTAATACAAATACACTGTCCAACAACATGCTAAGTAGCTCTGC
TGTGTTCTTATAATGGGTGCATAAATGCAAAGACACTGTCCAACAAACACCAGAAACTAA
ATTACACCAAAACTTTTACCGCATGCTCAAAATGGCATATGGATGGAGCTGATCTAAAAC
ATAATAGCAGTGTGACCACTCATGTTGCTTCTCTATACATATATATGACCAGACTAAATG
AATAGCTTCAGAAGGTGGTGGCGATGGGAGTGGTTATGTCCTGAGCAGCCAATCTTTCAG
AGACACAAGCCAAGGATTTCAAGTTACACTTGATAAGCGATTCCACAAAGTAACAGGTCT
CATCTTTAGTGTTGCCTTGAGGAACATCGACAACAAAAGATTCAATCACCATAGTCCCTG
CTCTCCCATCGATCGTCTCCGGATGTACAGTCAAGATTGAAGAATAGTTCTTAAGTCTAT
GATCACCACCAATGATGTTGATACCGAGGATGCGTTCATCATCATCAAGCTGTTCAAGTC
TCTCGGTACTAGTTGTAGCCGGAAGACC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3AD44JQ 622 0 0
GCTAGAAGGGTCTCAAAATTCACCATTTCAGAAACAAAAAAACAATACAAATACTGCTGA
CAAAAAAAAAAAA*TACTAATACAAATACACTGTCCAACAACATGCTAAGTAGCTCTGCT
GTGTTCTTATAATGGGTGCATAAATGCAAAGACACTGTCCAACAAACACCAAAAACTAAA
TTACATCAAAACTTTTACCGCATGCTCAAAATGGCATATGGATGGAGCTGATCTAAAACA
TAATAGCAGTGTGACCACTCATGTTGCTTCTCTATACATATATATGACCAGACTAAATGA
ATAGCTTCAAAAGGTGGTGGCGATGGGAGTGGTTATGTCCTGAGCAGCCAATCTTTCAAA
AACACAAGCCAAGGATTTCAAGTTACACTTGATAAGCGATTCCACAAAGTAACAGGTCTC
ATCTTTAGTGTTGCCTTGAGGAGCATCGACAACAAAAGATTCAATCACCATAGTCCCTGC
TCTCCCATCGATCATCTCCGGATGTACAGTCAAGATTGAAGAATAGTTCTTAAGTCTATG
ATCACCACCAATGATGTTGATACCGAGGATGCGTTCATCATCATCAAGCTGTTCAAGTCT
CTCGGTACTAGTTGTAGCCGG
C

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3AD44TF 622 0 0
GCTAGAAGGGTCTCAAAATTCACCATTTCAGAGACAAAAAAACAATACAAATACTGCTGA
CAAAAAAAAAAAA*TACTAATACAAATACACTGTCCAACAACATGCTAAGTAGCTCTGCT
GTGTTCTTATAATGGGTGCATAAATGCAAAGACACTGTCCAACAAACACCAGAAACTAAA
TTACATCAAAACTTTTACCGCATGCTCAAAATGGCATATGGATGGAGCTGATCTAAAACA
TAATAGCAGTGTGACCACTCATGTTGCTTCTCTATACATATATATGACCAGACTAAATGA
ATAGCTTCAGAAGGTGGTGGCGATGGGAGTGGTTATGTCCTGAGCAGCCAATCTTTCAGA
GACACAAGCCAAGGATTTCAAGTTACACTTGATAAGCGATTCCACAAAGTAACAGGTCTC
ATCTTTAGTGTTGCCTTGAGGAGCATCGACAACAAAAGATTCAATCACCATAGTCCCTGC
TCTCCCATCGATCATCTCCGGATGTACAGTCAAGATTGAAGAATAGTTCTTAAGTCTATG
ATCACCACCAATGATGTTGATACCGAGGATGCGTTCATCATCATCAAGCTGTTCAAGTCT
CTCGGTACTAGTTGTAGCCGG
C

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3DD03JQ 655 0 0
ACTAATACAAATACACTGTCCAACAACATGCTAAGTAGCTCTGCTGTGTTCTTATAATGG
GTGCATAAATGCAAAGACACTGTCCAACAAACACCAGAAACTAAATTACATCAAAACTTT
TACCGCATGCTCAAAATGGCATATGGATGGAGCTGATCTAAAACATAATAGCAGTGTGAC
CACTCATGTTGCTTCTCTATACATATATATGACCAGACTAAATGAATAGCTTCAGAAGGT
GGTGGCGATGGGAGTGGTTATGTCCTGAGCAGCCAATCTTTCAGAGACACAAGCCAAGGA
TTTCAAGTTACACTTGATAAGCGATTCCACAAAGTAACAGGTCTCATCTTTAGTGTTGCC
TTGAGGAACATCGACAACAAAAGATTCAATCACCATAGTCCCTGCTCTCCCATCGATCAT
CTCCGGATGTACAGTCAAGATTGAAGAATAGTTCTTAAGTCTATGACCACCACCAATGAT
GTTGATACCGAGGATGCGTTCATCATCATCAAGCTGTTCAAGTCTCTCGGTACTAGTTGT
AGCCGGAAGACCAGATTTGACGTTGACTTCTCTGAGACTACCGATCTCAGGATGGCCATG
AACTGTGCATCTGCTGACAAATGGTTTGTATTTCTGCGGCTGATCAAATCTTCGG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3H853TF 789 0 0
CCAACAACATGCTAAGTAGCTCTGCTGTGT*CTTATAATGGGTGCA*AAATGCAAAGACA
CTGTCCAACAAACACCAGAAACTAAAT*ACACCAAAACTTTTACCGCATGCTCAAAATGG
CATATGGATGGAGCTGATCTAAAACATAATAGCAGTGTGACCACTCATGTTGCTTCTCTA
TACATATATATGACCAGACTAAATGAATAGCTTCAGAAGGTGGTGGCGATGGGAGTGGTT
ATGTCCTGAGCAGCCAATCTTTCAGAGACACAAGCCAAGGATTTCAAGTTACACTTGATA
AGCGATTCCACAAAGTAACAGGTCTCATCTTTAGTGTTGCCTTGAGGAACATCGACAACA
AAAGATTCAATCACCATAGTCCCTGCTCTCCCATCGATCGTCTCCGGATGTACAGTCAAG
ATTGAAGAATAGTTCTTAAGTCTATGATCACCACCAATGATGTTGATACCGAGGATGCGT
TCATCATCATCAAGCTGTTCAAGTCTCTCGGTACTAGTTGTAGCCGGAAGACCAGATTTG
ACGTTGACTTCTCTGAGACTACCGATCTCAGGATGGCCATGAACTGTGCATCTGCTGACA
AATGGTTTGTATTTCTGCGGCTGATCAAATCTTCGGACAAGAGACCAAACAAGATGAACA
GGGGCTTTAATGTATTTGACGAGAACAGAGGTACACTGATTCTCTCTGCAGTGGTGA*GA
TGATGCAACCGTGCGTACCGCACCGTGACAAGAGCACCATGCATCTCTGA*ATCCTCTAC
GAT
GATCCC

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3FG03TF 771 0 0
TCTGCTGTGT*CTTATAATGGGTGCATAAATGCAAAGACACTGTCCAACAAACACCAGAA
ACTAAATTACATCAAAACTTTTACCGCATGCTCAAAATGGCATATGGATGGAGCTGATCT
AAAACATAATAGCAGTGTGACCACTCATGTTGCTTCTCTATACATATATATGACCAGACT
AAATGAATAGCTTCAGAAGGTGGTGGCGATGGGAGTGGTTATGTCCTGAGCAGCCAATCT
TTCAGAGACACAAGCCAAGGATTTCAAGTTACACTTGATAAGCGATTCCGCAAAGTAACA
GGTCTCATCTTTAGTGTTGCCTTGAGGAACATCGACAACAAAAGATTCAATCACCATAGT
CCCCGCTCTCCCATCGATCATCTCCGGATGTACAGTCAAGATTGAAGAATAGTTCTTAAG
TCTATGATCACCACCAATGATGTTGATACCGAGGATGCGTTCATCATCATCAAGCTGTTC
AAGTCTCTCGGTACTAGTTGTAGCCGGAAGACCAGATTTGACGTTGACTTCTCTGAGACT
ACCGATCTCAGGATGGCCATGAACTGTGCATCTGCTGACAAATGGTTTGTATTTCTGCGG
CTGATCAAATCTTCGGACAAGAGACCAAACAAGATGAACAGGGGCTTTAATGTATTTGAC
GAGAACAGAGGTACACTGATTCTCTCTGCAGTGGTGATGATGATGCAACCGTGCGTACTG
CGCCGTGACAAGAGCACCATGCATCTCTGAGATCCTCTACGATGATCTCCC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3DD03TF 537 0 0
AGCAGCCAATCTTTCAGAGACACAAGCCAAGGATTTCAAGTTACACTTGATAAGCGATTC
CACAAAGTAACAGGTCTCATCTTTAGTGTTGCCTTGAGGAACATCGACAACAAAAGATTC
AATCACCATAGTCCCTGCTCTCCCATCGATCATCTCCGGATGTACAGTCAAGATTGAAGA
ATAGTTCTTAAGTCTATGACCACCACCAATGATGTTGATACCGAGGATGCGTTCATCATC
ATCAAGCTGTTCAAGTCTCTCGGTACTAGTTGTAGCCGGAAGACCAGATTTGACGTTGAC
TTCTCTGAGACTACCGATCTCAGGATGGCCATGAACTGTGCATCTGCTGACAAATGGTTT
GTATTTCTGCGGCTGATCAAATCTTCGGACAAGAGACCAAACAAGATGAACAGGGGCTTT
AATGTATTTGACGAGAACAGAGGTACACTGATTCTCTCTGCAGTGGTGATGATGATGCAA
CCGTGCGTACTGCGCCGTGACAAGAGCACCATGCATCTCTGA*ATCCTCTACGAT
CC

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3EQ50TF 314 0 0
AGA
ATGCGTTCATCATCATCAAGCTGTTCAAGTCTCTCGGTACTAGTTGTAGCCGGAAGACCA
GATTTGACGTTGACTTCTCTGAGACTACCGATCTCAGGATGGCCATGAACTGTGCATCTG
CTGACAAATGGTTTGTATTTCTGCGGCTGATCAAATCTTCGGACAAGAGACCAAACAAGA
TGAACAGGGGCTTTAATGTATTTGACGAGAACAGAGGTACACTGATTCTCTCTGCAGTGG
TGATGATGATGCAACCGTGCGTACTGCGCCGTGACAAGAGCACCATGCATCTCTGA*ATC
CTCTACGAT
CC

QA 4 312 4 312
DS 

RD RR3B236TF 727 0 0
CACTGTCCAACAAACACCAGAAACTAAATTACATCAAAACTTTTACCGCATGCTCAAAAT
GGCATATGGATGGAGCTGATCTAAAACATAATAGCAGTGTGACCACTCATGTTGCTTCTC
TATACATATATATGACCAGACTAAATGAATAGCTTCAGAAGGTGGTGGCGATGGGAGTGG
TTATGTCCTGAGCAGCCAATCTTTCAGAGACACAAGCCAAGGATTTCAAGTTACACTTGA
TAAGCGATTCCACAAAGTAACAGGTCTCATCTTTAGTGTTGCCTTGAGGAACATCGACAA
CAAAAGATTCAATCACCATAGTCCCTGCTCTCCCATCGATCATCTCCGGATGTACAGTCA
AGATTGAAGAATAGTTCTTAAGTCTATGATCACCACCAATGATGTTGATACCGAGGATGC
GTTCATCATCATCAAGCTGTTCAAGTCTCTCGGTACTAGTTGTAGCCGGAAGACCAGATT
TGACGTTGACTTCTTTGAGACTACCGATCTCAGGATGGCCATGAACTGTGCATCTGCTGA
CAAATGGTTTGTATTTCTGCGGCTGATCAAATCTTCGGACAAGAGACCAAACAAGATGAA
CAGGGGCTTTAATGTATTTGACGAGAACAGAGGTACACTGATTCTCTCTGCAGTGGTGAT
GATGATGCAACCGTGCGTACTGCGCCGTGACAAGAGCACCATGCATCTCTGA*ATCCTCT
ACG
CTCC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 14

CO CL86Contig1 862 14 21 U
GGGCTACTGTTTCGATTGAGAAGAAGCAATCACGAAGATGGCGAGATCAACCTCCATTCT
CTTCCTCACACTATTCATTTTGGCTGCTCTGGCTTCAGTCCAGGCAAAGGAAGATCCGAA
GGAGATCACTCACAAAGTTTACTTCGATGTTGAGATTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAGT
TGTTATTGGCCTATTCGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCAGAAAACTTCAGAGCTCTTTG
CACTGGGGAGAAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAACCTCTACACTACAAGGGGAGCAAATT
CCATAGAATCATTCCTAGTTTTATGATCCAGGGAGGTGACTTCACGCACGGGAACGGTAT
GGGTGGAGAATCAATCTACGGTCAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCAAGCTCAAGCACAC
CGGACCAGGTTTGCTTTCGATGGCAAACTCTGGAGAGGACACAAACGGTTCGCAGTTTTT
CATCACGACGGTGACAACTAGCTGGTTAGATGGAAGGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGGT
TCAAGGAATGGATGTTGTCTACAAGATTGAAGCCGAGGGGAAGCAAAGTGGAACTCCTAA
GAGCAAAGTCGTTATTGCAGACAGTGGAGAGCTTCCTCTCTAAACCCTAAGCACTTCTTC
TTCATGAAGAGGATTGTGGGGTTTTTAAGTTGTTCTGTATTTTAAACACACTCGAATGCC
TATCCATCCGAACAAAAGCACTTCAGTTTCAGAGCTTTTTTTAATAAATCATTTTCTAAA
TAGATATTGTGACTTTTGCGTATGTTTTTTTCTGTGAGATTTGTTTTTCTTCTTCTTCAT
GAAGAGAAGTAGGTTTTTAAGC


BQ
25 30 30 30 30 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 
55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 35 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 55 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 50 75 60 45 
60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 60 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 60 
75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 55 55 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 45 35 30 25 
25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK07TF U 1
AF RR3BU91TF U 1
AF RR3FA34TF U 1
AF RR3FZ20TF U 1
AF RR3CT13TF U 2
AF RR3FR47TF U 7
AF RR3C269JQ C 43
AF RR3HB46TF U 88
AF RR3FA34JQ C 75
AF RR3DK07JQ C 71
AF RR3FR47JQ C 60
AF RR3AO30TF U 4
AF RR3AO30JQ C 156
AF RR3BU91JQ C 59
BS 1 406 RR3BU91TF
BS 407 407 RR3DK07TF
BS 408 658 RR3BU91TF
BS 659 661 RR3FA34TF
BS 662 671 RR3BU91TF
BS 672 672 RR3FA34TF
BS 673 702 RR3BU91TF
BS 703 704 RR3FA34TF
BS 705 715 RR3BU91TF
BS 716 716 RR3FA34TF
BS 717 719 RR3BU91TF
BS 720 720 RR3FA34TF
BS 721 731 RR3BU91TF
BS 732 734 RR3FA34TF
BS 735 744 RR3BU91TF
BS 745 753 RR3FA34TF
BS 754 761 RR3FZ20TF
BS 762 762 RR3AO30TF
BS 763 778 RR3CT13TF
BS 779 781 RR3AO30TF
BS 782 862 RR3BU91JQ

RD RR3DK07TF 569 0 0
GGGCTACTGTTTCGATTGAGAAGAAGCAATCACGAAGATGGCGAGATCAACCTCCATTCT
CTTCCTCACACTATTCATTTTGGCTGCTCTGGCTTCAGTCCAGGCAAAGGAAGATCCGAA
GGAGATCACTCACAAAGTTTACTTCGATGTCGAGATTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAGT
TGTTATTGGCCTATTCGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCAAAAAACTTCAGAGCTCTTTG
CACTGGGGAGAAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAACCTCTACACTACAAGGGGAGCAAATT
CCATAGAATCATTCCTAGTTTTATGATCCAGGGAGGTGACTTCACGCACGGGAACGGTAT
GGGTGGAGAATCAATCTACGGTCAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCAAGCTCAAGCACAC
CGGACCAGGTTTGCTTTCGATGGCAAACTCTGGAGAGGACACAAACGGTTCGCAGTTTTT
CATCACGACGGTGACAACTAGCTGGTTAGATGGAAAGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGGT
TCAAGGAATGGATGTTGTCTACAAGATTG

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3BU91TF 744 0 0
GGGCTACTGTTTCGATTGAGAAGAAGCAATCACGAAGATGGCGAGATCAACCTCCATTCT
CTTCCTCACACTATTCATTTTGGCTGCTCTGGCTTCAGTCCAGGCAAAGGAAGATCCGAA
GGAGATCACTCACAAAGTTTACTTCGATGTTGAGATTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAGT
TGTTATTGGCCTATTCGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCAGAAAACTTCAGAGCTCTTTG
CACTGGGGAGAAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAACCTCTACACTACAAGGGGAGCAAATT
CCATAGAATCATTCCTAGTTTTATGATCCAGGGAGGTGACTTCACGCACGGGAACGGTAT
GGGTGGAGAATCAATCTACGGTCAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCTAGCTCAAGCACAC
CGGACCAGGTTTGCTTTCGATGGCAAACTCTGGAGAGGACACAAACGGTTCGCAGTTTTT
CATCACGACGGTGACAACTAGCTGGTTAGATGGAAGGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGGT
TCAAGGAATGGATGTTGTCTACAAGATTGAAGCCGAGGGGAAGCAAAGTGGAACTCCTAA
GAGCAAAGTCGTTATTGCAGACAGTGGAGAGCTTCCTCTCTAAACCCTAAGCACTTCT**
CTCATGAAGAG*ATTGTGGGGTTTTTAAGTTGTTCTGTATTT**AACACACTCGA*TGC*
TATCCATCCGAC**AAAGCACTTC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3FA34TF 753 0 0
GGGCTACTGTTTCGATTGAGAAGAAGCAATCACGAAGATGGCGAGATCAACCTCCATTCT
CTTCCTCACACTATTCATTTTGGCTGCTCTGGCTTCAGTCCAGGCAAAGGAAGATCCGAA
GGAGATCACTCACAAAGTTTACTTCGATGTTGAGATTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAGT
TGTTATTGGCCTATTCGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCAGAAAACTTCAGAGCTCTTTG
CACTGGGGAGAAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAACCTCTACACTACAAGGGGAGCAAATT
CCATAGAATCATTCCTAGTTTTATGATCCAGGGAGGCGACTTCACGCACGGGAACGGTAT
GGGTGGAGAATCAATCTACGGTCAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCAAGCTCAAGCACAC
CGGACCAGGTTTGCTTTCGATGGCAAACTCTGGAGAGGACACAAACGGTTCGCAGTTTTT
CATCACGACGGTGACAACTAGCTGGTTAGATGGAAGGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGGT
TCAAGGAATGGATGTTGTCTACAAGATTGAAGCCGAGGGGAAGCAAAGTGGAACTCCTAA
GAGCAAAGTCGTTATTGTAGACAGTGGAGAGCTTCCTCTCTAAACCCTAAGCACTTCTTC
TTCATGAAGAGGATTGTGGGGTTTTTAAGTTGTTCTGTATTTTAAACACACTCGAATGCC
TATCCATCCGAACAAAAGCACTTCAGTTTCAGA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3FZ20TF 766 0 0
GGGCTACTGTTTCGATTGAGAAGAAGCAATCACGAAGATGGCGAGATCAACCTCCATTCT
CTTCCTCACACTATTCATTTTGGCTGCTCTGGCTTCAGTCCAGGCAAAGGAAGATCCGAA
GGAGATCACTCACAAAGTTTACTTCGATGTTGAGATTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAGT
TGTTATTGGCCTATTCGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCAGAAAACTTCAGAGCTCTTTG
CACTGGGGAGAAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAACCTCTACACTACAAGGGGAGCAAATT
CCATAGAATCATTCCTAGTTTTATGATCCAGGGAGGTGACTTCACGCACGGGAACGGTAT
GGGTGGAGAATCAATCTACGGTCAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCAAGCTCAAGCACAC
CGGACCAGGTTTGCTTTCGATGGCAAACTCTGGAGAGGACACAAACGGTTCGCAGTTTTT
CATCACGACGGTGACAACTAGCTGGTTAGATGGAAGGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGGT
TCAAGGAATGGATGTTGTCTACAAGATTGAAGCCGAGGGGAAGCAAAGTGGAACTCCTAA
GAGCAAAGTCGTTATTGCAGACAGTGGAGAGCTTCCTCTCTAAACCCTAAGCACTTCTTC
TTCATGAAGAGGATTGTGGGGTTTT*AAGTTGTTCTGTATTTTAAACACACTCGAATGCC
TATCCATCCGAACAAAAGCACTTCAGTTTCAGAGCTTTTTT
AAAAA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3CT13TF 777 0 0
GGCTACTGTTTCGATTGAGAAGAAGCAATCACGAAGATGGCGAGATCAACCTCCATTCTC
TTCCTCACACTATTCATTTTGGCTGCTCTGGCTTCAGTCCAGGCAAAGGAAGATCCGAAG
GAGATCACTCACAAAGTTTACTTCGATGTTGAGATTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAGTT
TTTATTGGCCTATTCGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCAGAAAACTTCAGAGCTCTTTGC
ACTGGGGAGAAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAACCTCTACACTACAAGGGGAGCAAATTC
CATAGAATCATTCCTAGTTTTATGATCCAGGGAGGTGACTTCACGCACGGGAACGGTATG
GGTGGAGAATCAATCTACGGTCAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCAAGCTCAAGCACACC
GGACCAGGTTTGCTTTCGATGGCAAACTCTGGAGAGGACACAAACGGTTCGCAGTTTTTC
ATCACGACGGTGACAACTAGCTGGTTAGATGGAAGGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGGTT
CAAGGAATGGATGTTGTCTACAAGATTGAAGCCGAGGGGAAGCAAAGTGGAACTCCTAAG
AGCAAAGTCGTTATTGCAGACAGTGGAGAGCTTCCTCTCTAAACCCTAAGCACTTCTTCT
TCATGAAGAGGATTGTGGGGTTTTTAAGTTGTTCTGTATTTTAAACACACTCGAATGCCT
ATCCATCCGAAC*AAAGCACTTCAGTTTCAGAGCTTTTTT*AATAAATCATTTTCTA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3FR47TF 718 0 0
GG
GTTTCGATTGAGAAGAAGCAATCACGAAGATGGCGAGATCAACCTCCATTCTCTTCCTCA
CACTATTCATTTTGGCTGCTCTGGCTTCAGTCCAGGCAAAGGAAGATCCGAAGGAGATCA
CTCACAAAGTTTACTTCGATGTTGAGATTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAGTTGTTATTG
GCCTATTCGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCAGAAAACTTCAGAGCTCTTTGCACTGGGG
AGAAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAACCTCTACACTACAAGGGGAGCAAATTCCATAGAA
TCATTCCTAGTTTTATGATCCAGGGAGGTGACTTCACGCACGGGAACGGTATGGGTGGAG
AATCAATCTACGGTCAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCAAGCTCAAGCACACCGGACCAG
GTTTGCTTTCGATGGCAAACTCTGGAGAGGACACAAACGGTTCGCAGTTTTTCATCACGA
CGGTGACAACTAGCTGGTTAGATGGAAGGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGGTTCAAGGAA
TGGATGTTGTCTACAAGATTGAAGCCGAGGGGAAGCAAAGTGGAACTCCTAAGAGCAAAG
TCGTTATTGCAGACAGTGGAGAGCTTCCTCTCTAAACCCTAAGCACTTCTTCTTCATGAA
GAGGATTGTGGGGTTTTTAAGTTGTTCTGTATTTTAAACACACTCGAATGCCTATC

QA 3 718 3 718
DS 

RD RR3C269JQ 752 0 0
GAGATCAACCTCCATTCTCTTCCTCACACTATTCATTTTGGCTGCTCTGGCTTCAGTCCA
GGCAAAGGAAGATCCGAAGGAGATCACTCACAAAGTTTACTTCGATGTTGAGATTGATGG
CAAAGAAGCTGGTCGAGTTGTTATTGGCCTATTCGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCAGA
AAACTTCAGAGCTCTTTGCACTGGGGAGAAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAACCTCTACA
CTACAAGGGGAGCAAATTCCATAGAATCATTCCTAGTTTTATGATCCAGGGAGGTGACTT
CACGCACGGGAACGGTATGGGTGGAGAATCAATCTACGGTCAGAAGTTTGCTGATGAGAA
CTTCAAGCTCAAGCACACCGGACCAGGTTTGCTTTCGATGGCAAACTCTGGAGAGGACAC
AAACGGTTCGCAGTTTTTCATCACGACGGTGACAACTAGCTGGTTAGATGGAAGGCATGT
GGTGTTTGGGAAAGTGGTTCAAGGAATGGATGTTGTCTACAAGATTGAAGCCGAGGGGAA
GCAAAGTGGAACTCCTAAGAGCAAAGTCGTTATTGCAGACAGTGGAGAGCTTCCTCTCTA
AACCCTAAGCACTTCTTCTTCATGAAGAGGATTGTGGGGTTTTTAAGTTGTTCTGTATTT
TAAACACACTCGAATGCCTATCCATCCGAACAAAAGCACTTCAGTTTCAGAGCTTTTTTT
AATAAATCATTTTCTAA
ATAGATATTGTGACC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3HB46TF 662 0 0
TCTGGCTTCAGTCCAGGCAAAGGAAGATCCGAAGGAGATCACTCACAAAGTTTACTTCGA
TGTTGAGATTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAGTTGTTATTGGCCTATTCGGCAAGACAGT
CCCTAAAACTGCAGAAAACTTCAGAGCTCTTTGCACTGGGGAGAAAGGTGTTGGGAAGAG
CGGGAAACCTCTACACTACAAGGGGAGCAAATTCCATAGAATCATTCCTAGTTTTATGAT
CCAGGGAGGTGACTTCACGCACGGGAACGGTATGGGTGGAGAATCAATCTACGGTCAGAA
GTTTGCTGATGAGAACTTCAAGCTCAAGCACACCTGACCAGGTTTGCTTTCGATGGCAAA
CTCTGGAGAGGACACAAACGGTTCGCAGTTTTTCATCACGACGGTGACAACTATCTGGTT
AGATGGAAGGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGGTTCAAGGAATGGATGTTGTCTACAAGAT
TGAAGCCGAGGGGAAGCAAAGTGGAACTCCTAAGAGCAAAGTCGTTATTGCAGACAGTGG
AGAGCTTCCTCTCTAAACCCTAAGCACTTCTTCTTCATGAAGAGGATTGTGGGGTTTTTA
AGTTGTTCTGTATTTTAAACACACTCGAATGCCTATCCATCCGAACAAAAGCACTTCAGT
TT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3FA34JQ 703 0 0
TCATTTTGGCTGCTCTGGCTTCAGTCCAGGCAAAGGAAGATCCGAAGGAGATCACTCACA
AAGTTTACTTCGATGTTGAGATTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAGTTGTTATTGGCCTAT
TCGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCAGAAAACTTCAGAGCTCTTTGCACTGGGGAGAAAG
GTGTTGGGAAGAGCGGGAAACCTCTACACTACAAGGGGAGCAAATTCCATAGAATCATTC
CTAGTTTTATGATCCAGGGAGGCGACTTCACGCACGGGAACGGTATGGGTGGAGAATCAA
TCTACGGTCAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCAAGCTCAAGCACACCGGACCAGGTTTGC
TTTCGATGGCAAACTCTGGAGAGGACACAAACGGTTCGCAGTTTTTCATCACGACGGTGA
CAACTAGCTGGTTAGATGGAAGGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGGTTCAAGGAATGGATG
TTGTCTACAAGATTGAAGCCGAGGGGAAGCAAAGTGGAACTCCTAAGAGCAAAGTCGTTA
TTGTAGACAGTGGAGAGCTTCCTCTCTAAACCCTAAGCACTTTTTCTTCATGAAGAGGAT
TGTGGGGTTTTTAAGTTGTTCTGTATTTTAAACACACTCGAATGCCTATCCATCCGAACA
AAAGCACTTCAGTTTCAGAGCTTTTTTTAATAAATCATTTTCT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3DK07JQ 707 0 0
CTATTCATTTTGGCTGCTCTGGCTTCAGTCCAGGCAAAGGAAGATCCGAAGGAGATCACT
CACAAAGTTTACTTCGATGTCGAGATTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAGTTGTTATTGGC
CTATTCGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCAAAAAACTTCAGAGCTCTTTGCACTGGGGAG
AAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAACCTCTACACTACAAGGGGAGCAAATTCCATAGAATC
ATTCCTAGTTTTATGATCCAGGGAGGTGACTTCACGCACGGGAACGGTATGGGTGGAGAA
TCAATCTACGGTCAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCAAGCTCAAGCACACCGGACCAGGT
TTGCTTTCGATGGCAAACTCTGGAGAGGACACAAACGGTTCGCAGTTTTTCATCACGACG
GTGACAACTAGCTGGTTAGATGGAAGGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGGTTCAAGGAATG
GATGTTGTCTACAAGATTGAAGCCGAGGGGAAGCAAAGTGGAACTCCTAAGAGCAAAGTC
GTTATTGCAGACAGTGGAGAGCTTCCTCTCTAAACCCTAAGCACTTCTTCTTCATGAAGA
GGATTGTGGGGTTTTTAAGTTGTTCTGTATTTTAAACACACTCGAATGCCTATCCATCCG
AACAAAAGCACTTCAGTTTCAGAGCTTTTTTTAATAAATCATTTTC
C

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3FR47JQ 718 0 0
TCTTCCTCACACTATTCATTTTGGCTGCTCTGGCTTCAGTCCAGGCAAAGGAAGATCCGA
AGGAGATCACTCACAAAGTTTACTTCGATGTTGAGATTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAG
TTGTTATTGGCCTATTCGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCAGAAAACTTCAGAGCTCTTT
GCACTGGGGAGAAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAACCTCTACACTACAAGGGGAGCAAAT
TCCATAGAATCATTCCTAGTTTTATGATCCAGGGAGGTGACTTCACGCACGGGAACGGTA
TGGGTGGAGAATCAATTTACGGTCAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCAAGCTCAAGCACA
CCGGACCAGGTTTGCTTTCGATGGCAAACTCTGGAGAGGACACAAACGGTTCGCAGTTTT
TCATCACGACGGTGACAACTAGCTGGTTAGATGGAAGGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGG
TTCAAGGAATGGATGTTGTCTACAAGATTGAAGCCGAGGGGAAGCAAAGTGGAACTCCTA
AGAGCAAAGTCGTTATTGCAGACAGTGGAGAGCTTCCTCTCTAAACCCTAAGCACTTCTT
CTTCATGAAGAGGATTGTGGGGTTTTTAAGTTGTTCTGTATTTTAAACACACTCGAATGC
CTATCCATCCGAACAAAAGCACTTCAGTTTCAGAGCTTTTTTTAATAAATCATTTTCT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3AO30TF 778 0 0
GG
ACTGTTTCGATTGAGAAGAAGCAATCACGAAGATGGCGAGATCAACCTCCATTCTCTTCC
TCACACTATTCATTTTGGCTGCTCTGGCTTCAGTCCAGGCAAAGGAAGATCCGAAGGAGA
TCACTCACAAAGTTTACTTCGATGTTGAGATTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAGTTGTTA
TTGGCCTATTCGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCAGAAAACTTCAGAGCTCTTTGCACTG
GGGAGAAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAACCTCTACACTACAAGGGGAGCAAATTCCATA
GAATCATTCCTAGTTTTATGATCCAGGGAGGTGACTTCACGCACGGGAACGGTATGGGTG
GAGGATCAATCTACGGTCAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCAAGCTCAAGCACACCGGAC
CAGGTTTGCTTTCGATGGCAAACTCTGGAGAGGACACAAACGGTTCGCAGTTTTTCATCA
CGACGGTGACAACTAGCTGGTTAGATGGAAGGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGGTTCAAG
GAATGGATGTTGTCTACAAGATTGAAGCCGAGGGGAAGCAAAGTGGAACTCCTAAGAGCA
AAGTCGTTATCGCAGACAGTGGAGAGCTTCCTCTCTAAACCCTAAGCACTTCTTCTTCAT
GAAGAGGATTGTGGGGTTTTTAAGTTGTTCTGTATTTTAAACACACTCGAATGCCTATCC
ATCCGAACAAAAGCACTTCAGTTTCAGAGCTTTTTTTAATAAATCATTTTCTAAAT

QA 3 778 3 778
DS 

RD RR3AO30JQ 626 0 0
TTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAGTTGTTATTGGCCTATTCGGCAAGACAGTCCCTAAAA
CTGCAGAAAACTTCAGAGCTTTTTGCACTGGGGAGAAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAAC
CTTTACACTACAAGGGGAGCAAATTCCATAGAATCATTCCTAGTTTTATGATCCAGGGAG
GGGACTTCACGCACGGGAACGGTATGGGTGGAGGATCAATTTACGGTCAGAAGTTTGCTG
ATGAGAACTTCAAGCTCAAGCACACCGGACCAGGTTTGCTTTCGATGGCAAACTTTGGAG
AGGACACAAACGGTTCGCAGTTTTTCATCACGACGGTGACAACTAGCTGGTTAGATGGAA
GGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGGTTCAAGGAATGGATGTTGTTTACAAGATTGAAGCCG
AGGGGAAGCAAAGTGGAACTCCTAAGAGCAAAGTCGTTATCGCAGACAGTGGAGAGCTTC
CTCTTTAAACCCTAAGCACTTTTTTTTCATGAAGAGGATTGTGGGGTTTTTAAGTTGTTT
TGTATTTTAAACACACTCGAATGCCTATCCATCCGAACAAAAGCACTTCAGTTTCAGAGC
TTTTTTTAATAAATCATTTTTTAAAT

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3BU91JQ 804 0 0
TCTC
TCCTCACACTATTCATTT*GGCTGCTCTGGCTTCAGTCCAGGCAAAGGAAGATCCGAAGG
AGATCACTCACAAAGTTTACTTCGATGTTGAGATTGATGGCAAAGAAGCTGGTCGAGTTG
TTATTGGCCTATTCGGCAAGACAGTCCCTAAAACTGCAGAAAACTTCAGAGCTCTTTGCA
CTGGGGAGAAAGGTGTTGGGAAGAGCGGGAAACCTCTACACTACAAGGGGAGCAAATTCC
ATAGAATCATTCCTAGTTTTATGATCCAGGGAGGTGACTTCACGCACGGGAACGGTATGG
GTGGAGAATCAATCTACGGTCAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCTAGCTCAAGCACACCG
GACCAGGTTTGCTTTCGATGGCAAACTCTGGAGAGGACACAAACGGTTCGCAGTTTTTCA
TCACGACGGTGACAACTAGCTGGTTAGATGGAAGGCATGTGGTGTTTGGGAAAGTGGTTC
AAGGAATGGATGTTGTCTACAAGATTGAAGCCGAGGGGAAGCAAAGTGGAACTCCTAAGA
GCAAAGTCGTTATTGCAGACAGTGGAGAGCTTCCTCTCTAAACCCTAAGCACTTCTTCTT
CATGAAGAGGATTGTGGGGTTTTTAAGTTGTTCTGTATTTTAAACACACTCGAATGCCTA
TCCATCCGAACAAAAGCACTTCAGTTTCAGAGCTTTTTTTAATAAATCATTTTCTAAATA
GATATTGTGACTTTTGCGTATGTTTTTTTCTGTGAGATTTGTTTTTCTTCTTCTTCATGA
AGAGAAGTAGGTTTTTAAGC

QA 5 804 5 804
DS 



AS 2 11

CO CL87Contig1 964 9 4 U
GGGCCACCCACTATCCTCAACCATGGCCGTCGGTAAGAACAAGAGAATCTCTAAGGGAAG
AAAGGGAGGCAAGAAGAAGATTGTTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTGGTATGATATCAA
GGCTCCCTCTCTCTTCACCCAGAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACTCAGGG
TACCAAGATTGCATCAGAGGGTCTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTGTCTCTTGCTGACCT
CAACAAGGATGAGGACCAAGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTCCAGGG
AAGGAATATCTTGACCCAGTTCTGGGGCATGGACTTCACAACCGACAAGCTCAGGTCCTT
GGTGAAAAAGTGGCAGACTTTGATCGAGTCTCATGTCGATGTCAAGACCACCGATAACTA
CACCCTGAGGCTTTTCTGCATTGCCTTCACCAAGAGACGTGCTAACCAAGTCAAGAGAAC
TTGCTACGCTCAATCCAGCCAGATCCGTCAGATCCGCAGCAAGATGAGGGAGATCATGAT
CAAGGAAGCTTCGTCTTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCCGAATCCAT
TGGGAAGGATATTGAGAAGGCAACTCAGGGTATCTACCCTCTTCAGAATGTCTTCATCCG
TAAGGTCAAGATTCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTCGGAAAGCTCATGGAGGTTCACGG
AGACTACACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAGGTTGACAGGCCGGCTGATGAGACTGTCGA
GGAACCTACTGAGATTATTGGAGCTTAAGAGAGGGTTTTTGAAGAAATGTCAAAACTGAG
AGATAGTTTTTTCATCTAAAACTTTTTAGTATCTTTTATCACACTCGTTTGATTCCCCAG
TTTCTTTTTGGTGTATTGATGACTTTTTTTTAGTATGAACTTGCGAGTTTGGATAATTTA
TGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
30 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 

AF RR3G460TF U 11
AF RR3AJ17TF U 1
AF RR3AV10TF U 4
AF RR3EO86TF U 6
AF RR3AJ17JQ C 206
AF RR3EO86JQ C 287
AF RR3AV10JQ C 403
AF RR3CZ86JQ C 548
AF RR3CZ86TF U 548
BS 1 445 RR3AJ17TF
BS 446 446 RR3AV10TF
BS 447 750 RR3AJ17TF
BS 751 964 RR3CZ86TF

RD RR3G460TF 607 0 0
GG
ATCCTCAACCATGGCCGTCGGTAAGAACAAGAGAATCTTTAAGGGAAGAAAGGGAGGCAA
GAAGAAGATTGTTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTGGTATGATATCAAGGCTCTCTCTCT
CTT*ACCCAGAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACTCAGGGTACCAAGATTGC
ATCAGAGGGTCTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTGTCTCTTGCTGACCTCAACAAGGATGA
GGACCAAGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTCCAGGGAAGGAATATCTT
GACCCAGTTCTGGGGCATGGACTTCACAACCGACAAGCTCAGGTCCTTGGTGAAAAAGTG
GCAGACTTTGATCGAGTCTCATGTCGATGTCAAGACCACCGATAACTACACCCTGAGGCT
TTTCTGCATTGCCTTCACCAAGAGACGTGCTAACCAAGTCAAGAGAACTTGCTACGCTCA
ATCCAGCCAGATCCGTCAGATCCGCAGCAAGATGAGGGAGATCATGGTTAAGGAAGCTTC
GTCTTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCCGAATCCATTGGGAAGGATAT
TGAGA

QA 3 607 3 607
DS 

RD RR3AJ17TF 757 0 0
GGGCCACCCACTATCCTCAACCATGGCCGTCGGTAAGAACAAGAGAATCTCTAAGGGAAG
AAAGGGAGGCAAGAAGAAGATTGTTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTGGTATGATATCAA
GGCTCCCTCTCTCTTCACCCAGAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACTCAGGG
TACCAAGATTGCATCAGAGGGTCTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTGTCTCTTGCTGACCT
CAACAAGGATGAGGACCAAGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTCCAGGG
AAGGAATATCTTGACCCAGTTCTGGGGCATGGACTTCACAACCGACAAGCTCAGGTCCTT
GGTGAAAAAGTGGCAGACTTTGATCGAGTCTCATGTCGATGTCAAGACCACCGATAACTA
CACCCTGAGGCTTTTCTGCATTGCCCTCACCAAGAGACGTGCTAACCAAGTCAAGAGAAC
TTGCTACGCTCAATCCAGCCAGATCCGTCAGATCCGCAGCAAGATGAGGGAGATCATGAT
CAAGGAAGCTTCGTCTTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCCGAATCCAT
TGGGAAGGATATTGAGAAGGCAACTCAGGGTATCTACCCTCTTCAGAATGTCTTCATCCG
TAAGGTCAAGATTCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTCGGAAAGCTCATGGAGGTTCACGG
AGACTACACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAA
AGGTTGA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3AV10TF 737 0 0
GGAC
CCACTATCCTCAACCATGGCCGTCGGTAAGAACAAGAGAATCTCTAAGGGAAGAAAGGGA
GGCAAGAAGAAGATTGTTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTGGTATGATATCAAGGCTCCC
TCTCTCTTCACCCAGAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACTCAGGGTACCAAG
ATTGCATCAGAGGGTCTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTGTCTCTTGCTGACCTCAACAAG
GATGAGGACCAAGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTCCAGGGAAGGAAT
ATCTTGACCCAGTTCTGGGGCATGGACTTCACAACCGACAAGCTCAGGTCCTTGGTGAAA
AAGTGGCAGACTTTGATCGAGTCTCATGTCGATGTCAAGACCACCGATAACTACACCCTG
AGGCTTTTCTGCATTGCCTTCACCAAGAGACGTGCTAACCAAGTCAAGAGAACTTGCTAC
GCTCAATCCAGCCAGATCCGTCAGATCCGCAGCAAGATGAGGGAGATCATGATCAAGGAA
GCTTCGTCTTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCCGAATCCATTGGGAAG
GATATTGAGAAGGCAACTCAGGGTATCTACCCTCTTCAGAATGTCTTCATCCGTAAGGTC
AAGATTCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTCGGAAAGCTCATGGAGGTTCACGGAGACTAC
ACAGCAGAGGATG

QA 5 737 5 737
DS 

RD RR3EO86TF 727 0 0
GG
CCACTATCCTCAACCATGGCCGTCGGTAAGAACAAGAGAATCTCTAAGGGAAGAAAGGGA
GGCAAGAAGAAGATTGTTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTGGTATGATATCAAGGCTCCC
TCTCTCTTCACCCAGAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACTCAGGGTACCAAG
ATTGCATCAGAGGGTCTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTGTCTCTTGCTGACCTCAACAAG
GATGAGGACCAAGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTCCAGGGAAGGAAT
ATCTTGACCCAGTTCTGGGGCATGGACTTCACAACCGACAAGCTCAGGTCCTTGGTGAAA
AAGTGGCAGACTTTGATCGAGTCTCATGTCGATGTCAAGACCACCGATAACTACATCCTG
AGGCTTTTCTGCATTGCCTTCACCAAGAGACGTGCTAACCAAGTCAAGAGAACTTGCTAC
GCTCAATCCAGCCAGATCCGTCAGATCCGCAGCAAGATGAGGGAGATCATGATCAAGGAA
GCTTCGTCTTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCCGAATCCATTGGGAAG
GATATTGAGAAAGCAACTCAGGGTATCTACCCTCTTCAGAATGCCTTCATCCGTAAG*TC
AAGATTCTCAAG*CTCCCAAATTCGACCTCGGAAAGCTCATGGAG*TTCACGGAGACTAC
ACAGC

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR3AJ17JQ 749 0 0
AAACACAGAGTTTTCGAGGTGTCTCTTGCTGACCTCAACAAGGATGAGGACCAAGCTTAC
AGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTCCAGGGAAGGAATATCTTGACCCAGTTCTGG
GGCATGGACTTCACAACCGACAAGCTCAGGTCCTTGGTGAAAAAGTGGCAGACTTTGATC
GAGTCTCATGTCGATGTCAAGACCACCGATAACTACACCCTGAGGCTTTTCTGCATTGCC
CTCACCAAGAGACGTGCTAACCAAGTCAAGAGAACTTGTTACGCTCAATCCAGCCAGATC
CGTCAGATCCGCAGCAAGATGAGGGAGATCATGATCAAGGAAGCTTCGTCTTGTGACCTC
AAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCCGAATCCATTGGGAAGGATATTGAGAAGGCAACT
CAGGGTATCTACCCTCTTCAGAATGTCTTCATCCGTAAGGTCAAGATTCTCAAGGCTCCC
AAATTCGACCTCGGAAAGCTCATGGAGGTTCACGGAGACTACACAGCAGAGGATGTTGGT
GTGAAGGTTGACAGGCCGGCTGATGAGACTGTCGAGGAACCTACTGAGATTATTGGAGCT
TAAGAGAGGGTTTTTGAAGAAATGTCAAAACTGAGAGATAGTTTTTTCATCTAAAACTTT
TTAGTATCTTTTATCACACTCGTTTGATTCCCCAGTTTCTTTTTGGTGTATTGATGACTT
TTTTTTAGTATGAACTTGCAAGTTTGGA
C

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3EO86JQ 668 0 0
GAAGATGTCCAGGGAAGGAATATCTTGACCCAGTTCTGGGGCATGGACTTCACAACCGAC
AAGCTCAGGTCCTTGGTGAAAAAGTGGCAGACTTTGATCGAGTCTCATGTCGATGTCAAG
ACCACCGATAACTACATCCTGAGGCTTTTCTGCATTGCCTTCACCAAGAGACGTGCTAAC
CAAGTCAAGAGAACTTGCTACGCTCAATCCAGCCAGATCCGTCAGATCCGCAGCAAGATG
AGGGAGATCATGATCAAGGAAGCTTCGTCTTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTT
ATTCCCGAATCCATTGGGAAGGATATTGAGAAGGCAACTCAGGGTATCTACCCTCTTCAG
AATGCCTTCATCCGTAAGGTCAAGATTCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTCGGAAAGCTC
ATGGAGGTTCACGGAGACTACACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAGGTTGACAGGCCGGCT
TATGAGACTGTCGAGGAACCTACTGAGATTATCGGAGCTTAAGAGAGGGTTTTTGAAGAA
ATGTCAAAACTGAGAGATAGTTTTTTCATCTAAAACTTTTTAGTATCTTTTATCACACTC
GTTTGATTCCCCAGTTTCTTTTTGGTGTATTGATGACTTTTTTTTAGTATGAACTTGCGA
GTTTGGA
C

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3AV10JQ 562 0 0
CAAGACCACCGATAACTACACCCTGAGGCTTTTCTGCATTGCCTTCACCAAGAGACGTGC
TAACCAAGTCAAGAGAACTTGTTACGCTCAATCCAGCCAGATCCGTCAGATCCGCAGCAA
GATGAGGGAGATCATGATCAAGGAAGCTTCGTCTTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAA
GTTTATTCCCGAATCCATTGGGAAGGATATTGAGAAGGCAACTCAGGGTATCTACCCTCT
TCAGAATGTCTTCATCCGTAAGGTCAAGATTCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTCGGAAA
GCTCATGGAGGTTCACGGAGACTACACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAGGTTGACAGGCC
GGCTGATGAGACTGTCGAGGAACCTACTGAGATTATTGGAGCTTAAGAGAGGGTTTTTGA
AGAAATGTCAAAACTGAGAGATAGTTTTTTCATCTAAAACTTTTTAGTATCTTTTATCAC
ACTCGTTTGATTCCCCAGTTTCTTTTTGGTGTATTGATGACTTTTTTTTAGTATGAACTT
GCGAGTTTGGATAATTTATGCA

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3CZ86JQ 417 0 0
GCTTCGTCTTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCCGAATCCATTGGGAAG
GATATTGAGAAGGCAACTCAGGGTATCTACCCTCTTCAGAATGTCTTCATCCGTAAGGTC
AAGATTCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTCGGAAAGCTCATGGAGGTTCACGGAGACTAC
ACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAGGTTGACAGGCCGGCTGATGAGACTGTCGAGGAACCT
ACTGAGATTATTGGAGCTTAAGAGAGGGTTTTTGAAGAAATGTCAAAACTGAGAGATAGT
TTTTTCATCTAAAACTTTTTAGTATCTTTTATCACACTCGTTTGATTCCCCAGTTTCTTT
TTGGTGTATTGATGACTTTTTTTTAGTATGAACTTGCGAGTTTGGATAATTTATGCA

QA 1 417 1 417
DS 

RD RR3CZ86TF 417 0 0
GCTTCGTCTTGTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCCGAATCCATTGGGAAG
GATATTGAGAAGGCAACTCAGGGTATCTACCCTCTTCAGAATGTCTTCATCCGTAAGGTC
AAGATTCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTCGGAAAGCTCATGGAGGTTCACGGAGACTAC
ACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAGGTTGACAGGCCGGCTGATGAGACTGTCGAGGAACCT
ACTGAGATTATTGGAGCTTAAGAGAGGGTTTTTGAAGAAATGTCAAAACTGAGAGATAGT
TTTTTCATCTAAAACTTTTTAGTATCTTTTATCACACTCGTTTGATTCCCCAGTTTCTTT
TTGGTGTATTGATGACTTTTTTTTAGTATGAACTTGCGAGTTTGGATAATTTATGCA

QA 1 417 1 417
DS 



CO CL87Contig2 729 2 4 U
TGCATAAATTATCCAAACTCGCAAGTTCATACTAAAAAAAAGTCATCAATACACCAAAAA
GAAACTGGGGAATCAAACGAGTGTGAATAAAAGATACTAAAAAAGTTTTAGATGAAAAAA
TGATCTCTCAGTTTTGACATTTCTTCAAAACCCCTCTCTAAGCTCCAATAATCTCAGTAG
GTTCCTCGACAATCTCATCAGCCGGCCTGCCAACCTTCACACCAAAATCTTCTGCTGTGT
AGTCTCCGTGAACCTCCATTAGCTTTCCAAGGTCGAATTTGGGAGCCTTGAGGATCTTGA
CTTTACGGATGAACACGTTCTGAAGAGGGTAGATGCCCTGAGTTGCCTTCTCAATCTCCT
TCCCAATAAATTCTGGAATAAACTTGGCAACAAGCTCCTTGAGGTCACAGGACGAAGCTT
CCTTGATCATGATCTCCCTCATCTTGCTGCGGATCTGACGGATCTGGCTCGATTGAGCGT
AACAAGTTCTCTTGACTTGGTTAGAACGTCTCTTGGTGAAGGCGATGCAGAAAAGCCTCA
GTGTGTAGTTATCGGTGGTCTTGACATCGACATGAGACTCGATCAAAGTCTGCCACTTTT
TCACCAAGGACCTGAGCTTGTCGGTTGTGAAGTCCATGCCCCAGAACTGGGTCAAGATGT
TCCTTCCCTGGACATCTTCAGCTCTGAGACGGATCTTCCTGTAAGCTTGGTCCTCATCCT
TGTTGAGAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C453JQ U 1
AF RR3FV44JQ U 1
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BS 483 621 RR3C453JQ
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RD RR3C453JQ 621 0 0
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QA 1 621 1 621
DS 

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GAAACTGGGGAATCAAACGAGTGTGAATAAAAGATACTAAAAAAGTTTTAGGTGAAAAAA
TGATCTCTCAGTTTTGACATTTCTTCAAAACCCCTCTCTAAGCTCCAATAATCTCAGTAG
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AGTCTCCGTGAACCTCCATTAGCTTTCCAAGGTCGAATTTGGGAGCCTTGAGGATCTTGA
CTTTACGGATGAACACGTTCTGAAGAGGGTAGATGCCCTGAGTTGCCTTCTCAATCTCCT
TCCCAATAAATTCTGGAATAAACTTGGCAACAAGCTCCTTGAGGTCACAGGACGAAGCTT
CCTTGATCATGATCTCCCTCATCTTGCTGCGGATCTGACGGATCTGGCTCGATTGAGCGT
AACAAGTTCTCTTGACTTGGTTAGCACGTCTCTTGGTGAAGGCGATGCAGAAAAGCCTCA
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TCCTTCCCTGGACATCTTCAGCTCTGAGACGGATCTTCCTGTAAGCTTGGTCCTCATCCT
TGTTGAGAT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 2 13

CO CL88Contig1 869 6 14 U
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TCTTCTTACACTTGACAGAGACGAAAGACAAAAGAAGAAGAAGAGGAGAAGAAGATGGGA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL84TF U 1
AF RR3AN70JQ C 25
AF RR3AN70TF U 25
AF RR3C315JQ C 25
AF RR3C315TF U 25
AF RR3DL84JQ C 155
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QA 1 491 1 491
DS 

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TC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3AN70TF 716 0 0
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TTTTTTTTTGTGGCTATCAGAGTTTATTAATAACGAGGTGAGATTGATACAGCA
TC

QA 1 714 1 714
DS 

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TTTTTTT**GTGGCTATCAGATTTTATTAATAACGAGGTGAGATTGATACAGCACC
T

QA 1 716 1 716
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CGGCGATGATCTCAGCCGTTAAATATCTGAGCTCGTCTCCGTTCAACACTCGACGACTTT
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AAACTGCTCCGAAGCTCACACTTTTCGGATTCTACTTCTTGCTTGCCTTCGTCGGAGCTA
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GGTTACATGGAGGAGCTGAATCACTTCTTGCTCTCACCAATTTGTTCATCGTGTTGGGTC
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AACAAGAACAAGAAAAATCTTCAGTCTAGTAAAATATGGAATGATATGTATTCTTCTTCC
TTTTTT***GTGGCTATCAGATTTTATTAATAACGAGGTGAGATTGATACAGCACC
TAAA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3DL84JQ 715 0 0
TATCTCGATCTCTAGGAACAAAAGCTTCTTCTTACACTTGACAGAGACGAAAGACAAAAG
AAGAAGAAGAGGAGAAGAAGATGGGAGAGTATCGATCGTGTGTGACGCAGGAGGGATGTT
TCCAGTGGACCCGTGGGCTCCAACCATTGATTCACAGAGCATAGCATCGCAGCTCTTCGC
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TTTGCGCAAGTCTGAAGATAATGATGAAGATACTCCAACCACAACGAGTCAACAAGAACA
AGAAAAATCTTCAGTCTAGTAAAATATGGAATGATATGTATTCTTCTTCCTTTTTTTT*G
TGGCTATCAGATTTTATTAATAACGAGGTGAGATTGATACAGCACCAAACGTCGAGCTTG
ATATGTACCCCCCCCGTCCCACTCTAAGTGGTGTTTTAGGATTTTTATTTTATCCTATTT
TAAGTGATGTTCTCACTAATCTAAGTAGAATTTAATATGATTGAAATTTTATGAC

QA 1 715 1 715
DS 



CO CL88Contig2 803 7 10 U
GGACCCACACCGGTGAGAGTAAAGAGAAAGAGAAGATGATTCTGATGCTTTCTTACTCTC
CGGCGATAATATCAGCCGTTAAATATCAGAGCTCGTCTCCGTTCAACACTCGACGACTTT
CTCAGCCTAGTATCTCGATCTCTATGAACAAAAGCTTCTTCTTACACTTGACAGAGACGA
AAGATAAAAGAAGAAGAAGAGAAAATGGGAGAGTATCGATCGTGTGTGACGCAGGAGGGA
TGTTTCCGGTGGACCCATGGGCTCCAACCATTGATTCACAGAGCATAGCATCTCAGCTCT
TCGCGGTGTCTCTGTTTCCGTACATAGGTTTCCTCTACTTCCTCACTAAGTCCAAAACTG
CTCCGAAGCTCACACTTTTCGGATTCTACTTCTTGCTTGCCTTCGTCGGAGCTACAATAC
CTGCTGGGATATATGCTAAGGTGCATTATGGAACATCATTGTCAAACGTTGATTGGTTAC
ATGGAGGAGCTGAATCACTTCTTGCTCTCACCAATTTGTTCATCGTGTTGGGTCTCAGAC
AAGCTTTGCGCAAGTCTGAAGATAATGATGAAGATACTCCAACCACAACGAGTCAACAAG
AACAAGAAAAATCTTCAGTCTAGTAAAATATGGA*ATGATATGTATTCTTCTTCCTTTTT
TGTCGCCATCAGATTTTATTAATAACGAGGTGAGATTGATACAACACCAATGTCGAGCTT
GATATGTAGTCTTTTTACTTTTAGGAATTTTACTCAAAAGTTTAATTAATTAGGGTTATA
ATAAAATGGCATCTATTAATATG


BQ
15 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 40 40 40 40 25 40 40 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F819TF U 18
AF RR3H496TF U 1
AF RR3FB43TF U 1
AF RR3H496JQ C 196
AF RR3A914JQ C -1
AF RR3A914TF U -1
AF RR3FB43JQ C 2
BS 1 461 RR3FB43TF
BS 462 462 RR3F819TF
BS 463 684 RR3FB43TF
BS 685 685 RR3F819TF
BS 686 689 RR3FB43TF
BS 690 690 RR3F819TF
BS 691 697 RR3FB43TF
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BS 699 750 RR3FB43TF
BS 751 803 RR3FB43JQ

RD RR3F819TF 675 0 0
GTG
AAAGAGAAAGAGAAGATGATTCTGATGCTTTCTTACTCTCCGGCGATAATATCAGCCGTT
AAATATCAGAGCTCGTCTCCGTTCAACACTCGACGACTTTCTCAGCCTAGTATCTCGATC
TCTATGAACAAAAGCTTCTTCTTACACTTGACAGAGACGAAAGATAAAAGAAGAAGAAGA
GAAAATGGGAGAGTATCGATCGTGTGTGACGCAGGAGGGATGTTTCCGGTGGACCCATGG
GCTCCAACCATTGATTCACAGAGCATAGCATCTCAGCTCTTCGCGGTGTCCCTGTTTCCG
TACATAGGTTTCCTCTACTTCCTCACTAAGTCCAAAACTGCTCCGAAGCTCACACTTTTC
GGATTCTACTTCTTGCTTGCCTTCGTCGGAGCTACAATACCTGCTGGGATATATGCTAAG
GTGCATTATGGAACATCATTGTCAAACGTTGATTGGTTACATGGAGGAGCTGAATCACTT
CTTGCTCTCACCAATTTGTTCATCGTGTTGGGTCTCAGACAAGCTTTGCGCAAGTCTGAA
GATAATGATGAAGATACTCCAACCACAACGAGTCAACAAGAACAAGAAAAATCTTCAGTC
TAGTAAAATATGGA*ATGATATGTATTCTTCTTCCTTTTTTGTCGCCATCAGATTTTATT
AATAACGAGGTG

QA 4 675 4 675
DS 

RD RR3H496TF 684 0 0
GGACCCACACCGGTGAGAGTAAAGAGAAAGAGAAGATGATTCTGATGCTTTCTTACTCTC
CGGCGATAATATCAGCCGTTAAATATCAGAGCTCGTCTCCGTTCAACACTCGACGACTTT
CTCAGCCTAGTATCTCGATCTCTATGAACAAAAGCTTCTTCTTACACTTGACAGAGACGA
AAGATAAAAGAAGAAGAAGAGAAAATGGGAGAGTATCGATCGTGTGTGACGCAGGAGGGA
TGTTTCCGGTGGACCCATGGGCTCCAACCATTGATTCACAGAGCATAGCATCTCAGCTCT
TCGCGGTGTCTCTGTTTCCGTACATAGGTTTCCTCTACTTCCTCACTAAGTCCAAAACTG
CTCCGAAGCTCACACTTTTCGGATTCTACTTCTTGCTTGCCTTCGTCGGAGCTACAATAC
CTGCTGGGATATATGCTAAGGTGCATTATGGAACATCATTGTCAAACGTTGATTGGTTAC
ATGGAGGAGCTGAATCACTTCTTGCTCTCACCAATTTGTTCATCGTGTTGGGTCTCAGAC
AAGCTTTGCGCAAGTCTGAAGATAATGATGAAGATACTCCAACCACAACGAGTCAACAAG
AACAAGAAAAATCTTCAGTCTAGTAAAATATGGA*ATGATATGTATTCTTCTTCCTTTTT
TGTCGCCATCAGATTTTATTAATA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3FB43TF 752 0 0
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CGGCGATAATATCAGCCGTTAAATATCAGAGCTCGTCTCCGTTCAACACTCGACGACTTT
CTCAGCCTAGTATCTCGATCTCTATGAACAAAAGCTTCTTCTTACACTTGACAGAGACGA
AAGATAAAAGAAGAAGAAGAGAAAATGGGAGAGTATCGATCGTGTGTGACGCAGGAGGGA
TGTTTCCGGTGGACCCATGGGCTCCAACCATTGATTCACAGAGCATAGCATCTCAGCTCT
TCGCGGTGTCTCTGTTTCCGTACATAGGTTTCCTCTACTTCCTCACTAAGTCCAAAACTG
CTCCGAAGCTCACACTTTTCGGATTCTACTTCTTGCTTGCCTTCGTCGGAGCTACAATAC
CTGCTGGGATATATGCTAAGGTGCATTATGGAACATCATTG*CAAACGTTGATTGGTTAC
ATGGAGGAGCTGAATCACTTCTTGCTCTCACCAATTTGTTCATCGTGTTGGGTCTCAGAC
AAGCTTTGCGCAAGTCTGAAGATAATGATGAAGATACTCCAACCACAACGAGTCAACAAG
AACAAGAAAAATCTTCAGTCTAGTAAAATATGGA*ATGATATGTATTCTTCTTCCTTTTT
TGTCGCCATCAGATTTTATTAATA*CGAG*TGAGATTTATACAACACCAATGTCGAGCTT
GATATGTAGTCTTTTTACTTTTAGGAATTT
AC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3H496JQ 584 0 0
GAAGAGAAAATGGGAGAGTATCGATCGTGTGTGACGCAGGAGGGATGTTTCCGGTGGACC
CATGGGCTCCAACCATTGATTCACAGAGCATAGCATCTCAGCTCTTCGCGGTGTCTCTGT
TTCCGTACATAGGTTTCCTCTACTTCCTCACTAAGTCCAAAACTGCTCCGAAGCTCACAC
TTTTCGGATTCTACTTCTTGCTTGCCTTCGTCGGAGCTACAATACCTGCTGGGATATATG
CTAAGGTGCATTATGGAACATCATTGTCAAACGTTGATTGGTTACATGGAGGAGCTGAAT
CACTTCTTGCTCTCACCAATTTGTTCATCGTGTTGGGTCTCAGACAAGCTTTGCGCAAGT
CTGAAGATAATGATGAAGATACTCCAACCACAACGAGTCAACAAGAACAAGAAAAATCTT
CAGTCTAGTAAAATATGGA*ATGATATGTATTCTTCTTCCTTTTTTGTCGCCATCAGATT
TTATTAATAACGAGGTGAGATTGATACAACACCAATGTCGAGCTTGATATGTAGTCTTTT
TACTTTTAGGAATTTTACTCAAAAGTTTAATTAATTAGGGTTAT

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3A914JQ 744 0 0
GGTC
ACCCACACCGGTGAGAGTAAAGAGAAAGAGAAGATGATTCTGATGCTTTCTTACTCTCCG
GCGATAATATCAGCCGTTAAATATCAGAGCTCGTCTCCGTTCAACACTCGACGACTTTCT
CAGCCTAGTATCTCGATCTCTATGAACAAAAGCTTCTTCTTACACTTGACAGAGACGAAA
GATAAAAGAAGAAGAAGAGAAAATGGGAGAGTATCGATCGTGTGTGACGCAGGAGGGATG
TTTCCGGTGGACCCATGGGCTCCAACCACTGATTCACAGAGCATAGCATCTCAGCTCTTC
GCGGTGTCTCTGTTTCCGTACATAGGTTTCCTCTACTTCCTCACTAAGTCCAAAACTGCT
CCGAAGCTCACACTTTTCGGATTTTACTTCTTGCTTGCCTTCGTCGGAGCTACAATACCT
GCTGGGATATATGCTAAGGTGCATTATGGAACATCATTGTCAAACGTTGATTGGTTACAT
GGAGGAGCTGAATCACTTCTTGCTCTCACCAATTTGTTCATCGTGTTGGGTTTCAGACAA
GCTTTGCGCAAGTCTGAAGATAATGATGAAGATACTCCAACCACAACGAGTCAACAAGAA
CAAGAAAAATCTTCAGTCTAGTAAAATATGGG*ATGATATGTATTCTTCTTCCTTTTTTG
TCGCCATCAGATTTTATTAATAACGAGGTGAGATTGATACAACACCAATGTCGAGCTTGA
TATGTAGTCTTTTTACTTTT

QA 5 744 5 744
DS 

RD RR3A914TF 742 0 0
GGTC
ACCCACACCGGTGAGAGTAAAGAGAAAGAGAAGATGATTCTGATGCTTTCTTACTCTCCG
GCGATAATATCAGCCGTTAAATATCAGAGCTCGTCTCCGTTCAACACTCGACGACTTTCT
CAGCCTAGTATCTCGATCTCTATGAACAAAAGCTTCTTCTTACACTTGACAGAGACGAAA
GATAAAAGAAGAAGAAGAGAAAATGGGAGAGTATCGATCGTGTGTGACGCAGGAGGGATG
TTTCCGGTGGACCCATGGGCTCCAACCACTGATTCACAGAGCATAGCATCTCAGCTCTTC
GCGGTGTCTCTGTTTCCGTACATAGGTTTCCTCTACTTCCTCACTAAGTCCAAAACTGCT
CCGAAGCTCACACTTTTCGGATTCTACTTCTTGCTTGCCTTCGTCGGAGCTACAATACCT
GCTGGGATATATGCTAAGGTGCATTATGGAACATCATTGTCAAACGTTGATTGGTTACAT
GGAGGAGCTGAATCACTTCTTGCTCTCACCAATTTGTTCATCGTGTTGGGTCTCAGACAA
GCTTTGCGCAAGTCTGAAGATAATGATGAAGATACTCCAACCACAACGAGTCAACAAGAA
CAAGAAAAATCTTCAGTCTAGTAAAATATGGGGATGATATGTATTCTTCTTCCTTTTTTG
TCGCCATCAGATTTTATTAATAACGAGGTGAGATTGATACAACACCAATGTCGAGCTTGA
TATGTAGTCTTTTTACTT

QA 5 742 5 742
DS 

RD RR3FB43JQ 802 0 0
GACCCACACCGGTGAGAGTAAAGAGAAAGAGAAGATGAT*CTGATGCTTTCTTACTCTCC
GGCGATAATATCAGCCGTTAAATATCAGAGCTCGTCTCCGTTCAACACTCGACGACTTTC
TCAGCCTAGTATCTCGATCTCTATGAACAAAAGCTTCTTCTTACACTTGACAGAGACGAA
AGATAAAAGAAGAAGAAGAGAAAATGGGAGAGTATCGATCGTGTGTGACGCAGGAGGGAT
GTTTCCGGTGGACCCATGGGCTCCAACCATTGATTCACAGAGCATAGCATCTCAGCTCTT
CGCGGTGTCTCTGTTTCCGTACATAGGTTTCCTCTACTTCCTCACTAAGTCCAAAACTGC
TCCGAAGCTCACACTTTTCGGATTCTACTTCTTGCTTGCCTTCGTCGGAGCTACAATACC
TGCTGGGATATATGCTAAGGTGCATTATGGAACATCATTG*CAAACGTTGATTGGTTACA
TGGAGGAGCTGAATCACTTCTTGCTCTCACCAATTTGTTCATCGTGTTGGGTTTCAGACA
AGCTTTGCGCAAGTCTGAAGATAATGATGAAGATACTCCAACCACAACGAGTCAACAAGA
ACAAGAAAAATCTTCAGTCTAGTAAAATATGGA*ATGATATGTATTCTTCTTCCTTTTTT
GTCGCCATCAGATTTTATTAATA*CGAGGTGAGATTTATACAACACCAATGTCGAGCTTG
ATATGTAGTCTTTTTACTTTTAGGAATTTTACTCAAAAGTTTAATTAATTAGGGTTATAA
TAAAATGGCATCTATTAATATG

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 13

CO CL89Contig1 707 13 6 U
GGACACAACCAATCACTTTATAGTCTATAGCAATAAGACTAAATACTCTCATGGCTACTA
AATTTATTACCCTTGCTCAAGTCCACCGCCCCAAAATCTCGATCTCAACCAGAAAACCTC
GCAGATGCAACCAAAACAAGCCCCGACCATCCAAATCCATAAGCGAAAACATGTTCAACA
ATGTTTTTCCTGGCAAAATGCTTACGGAAATCTATCCTAATGACCTAAACAATTCAGACC
CCCTTACTAATTCTCTACTTTTTATGGAACATCAGCCAGTTAAAGAAGAGGAGTCGACTC
AACAAGAACACGGGAAGCTGTCCATATGCAACCACCAAGACGACGGTAAGTCGATCATCG
CAACGAAAGACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTTGTTGTGGTACATGA
AATGTTCCATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGTG
ATACTTCTGCTGGAAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCAGTTT
TACCTTACAATAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTCTACGTGATTAAAAGTTGTAGTTA
GCATTTCGCTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCCACATATATGTAAAAAATACGTCAACTT
ATGTAACTGATATCGTTGTATCTAAATTAATTCCTTGTTGTGTTGTG


BQ
50 50 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 60 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 35 35 35 35 30 30 10 

AF RR3EO19TF U 1
AF RR3DK40TF U 1
AF RR3BM87JQ C 24
AF RR3A234JQ C 1
AF RR3A234TF U 1
AF RR3BZ33TF U 1
AF RR3D945TF U 1
AF RR3F713TF U 221
AF RR3G166TF U 9
AF RR3BM87TF U -3
AF RR3DU26JQ C 1
AF RR3DU26TF U 1
AF RR3BZ33JQ C 107
BS 1 588 RR3EO19TF
BS 589 648 RR3DK40TF
BS 649 668 RR3A234TF
BS 669 704 RR3BZ33TF
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RD RR3EO19TF 588 0 0
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AATTTATTACCCTTGCTCAAGTCCACCGCCCCAAAATCTCGATCTCAACCAGAAAACCTC
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ATGTTTTTCCTGGCAAAATGCTTACGGAAATCTATCCTAATGACCTAAACAATTCAGACC
CCCTTACTAATTCTCTACTTTTTATGGAACATCAGCCAGTTAAAGAAGAGGAGTCGACTC
AACAAGAACACGGGAAGCTGTCCATATGCAACCACCAAGACGACGGTAAGTCGATCATCG
CAACGAAAGACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTTGTTGTGGTACATGA
AATGTTCCATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGTG
ATACTTCTGCTGGAAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCAGTTT
TACCTTACAATAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTCTACGTGATTAA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3DK40TF 648 0 0
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AATTTATTACCCTTGCTCAAGTCCACCGCCCCAAAATCTCGATCTCAACCAGAAAACCTC
GCAGATGCAACCAAAACAAGCCCCGACCATCCAAATCCATAAGCGAAAACATGTTCAACA
ATGTTTTTCCTGGCAAAATGCTTACGGAAATCTATCCTAGTTACCTAAACAATTCAGACC
CCCTTACTAATTCTCTACTTTTTATGGAACATCAGCCAGTTAAAGAAGAGGAGTCGACTC
AACAAGAACACGGGAAGCTGTCCATATTCAACCACCAAGACGACGGTAAGTCGATCATCG
CAACGAAAGACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTTGTCGTGGTACATGA
AATGTTCCATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGTG
ATACTTCTGCTGGAAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCAGTTC
TACCTTACAATAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTCTACGTGATTAAAAGTTGTAGTTA
GCATTTCGCTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCCACATATATGTAAAAA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3BM87JQ 626 0 0
TCTATAGCAATAAGACTAAATACCCTCATGGCTACTAAATTTATTACCCTTGCTCAAGTC
CACCGCCCCAAAATCTCGATCTCAACCAGAAAACCTCGCAGATGCAACCAAAACAAGCCC
CGACCATCCAAATCCATAAGCGAAAACATGTTCAACAATGTTTTTCCTGGCAAAATGCTT
ACGGAAATCTATCCTAATGACCTAAACAATTCAGACCCCCTTACTAATTCTCTACTTTTT
ATGGAACATCAGCCAGTTAAAGAAGAGGAGTCGACTCAACAAGAACACGGGAAGCTGTCC
ATATGCAACCACCAAGACGACGGTAAGTCGATCATCGCAACGAAAGACAGAGATTTGAGA
CGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTTGTTGTGGTACATGAAATGTTCCATAAGCTTTATATTA
AGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGTGATACTTCTGCTGGAAGTAGCACT
ATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCAGTTTTACCTTACAATAATAATTAGTTT
AATATCTCAAATTCTACGTGATTAAAAGTTGTAGTTAGTATTTCGCTGTGTTGTAATGTG
TTGAAAGTCCACATATATGTAAAAAA

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3A234JQ 668 0 0
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AATTTATTACCCTTGCTCAAGTCCACCGCCCCAAAATCTCGATCTCAACCAGAAAACCTC
GCAGATGCAACCAAAACAAGCCCCGACCATCCAAATCCATAAGCGAAAACATGCTCAACA
ATGTTTTTCCTGGCAAAATGCTTACGGAAATCTATCCTAATGACCTAAACAATTCAGACC
CCCTTACTAATTCTCTACTTTTTATGGAACATCAGCCAGTTAAAGAAGAGGAGTCGACTC
AACAAGAACACGGGAAGCTGTCCATATGCAACCACCAAGACGACGGTAAGTCGATCATCG
CAACGAAAGACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTTGTTGTGGTACATGA
AATGTTCCATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGTG
ATACTTCTGCTGGAAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCAGTTT
TACCTTACAATAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTCTACGTGATTAAAAGTTGTAGTTA
GCATTTCGCTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCCACATATATGTAAAAAATACGTCAACTT
ATGTAACT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3A234TF 668 0 0
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AATTTATTACCCTTGCTCAAGTCCACCGCCCCAAAATCTCGATCTCAACCAGAAAACCTC
GCAGATGCAACCAAAACAAGCCCCGACCATCCAAATCCATAAGCGAAAACATGCTCAACA
ATGTTTTTCCTGGCAAAATGCTTACGGAAATCTATCCTAATGACCTAAACAATTCAGACC
CCCTTACTAATTCTCTACTTTTTATGGAACATCAGCCAGTTAAAGAAGAGGAGTCGACTC
AACAAGAACACGGGAAGCTGTCCATATGCAACCACCAAGACGACGGTAAGTCGATCATCG
CAACGAAAGACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTTGTTGTGGTACATGA
AATGTTCCATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGTG
ATACTTCTGCTGGAAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCAGTTT
TACCTTACAATAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTCTACGTGATTAAAAGTTGTAGTTA
GCATTTCGCTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCCACATATATGTAAAAAATACGTCAACTT
ATGTAACT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3BZ33TF 704 0 0
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AATTTATTACCCTTGCTCAAGTCCACCGCCCCAAAATCTCGATCTCAACCAGAAAACCTC
GCAGATGCAACCAAAACAAGCCCCGACCATCCAAATCCATAAGCGAAAACATGTTCAACA
ATGTTTTTCCTGGCAAAATGCTTACGGAAATCTATCCTAATGACCTAAACAATTCAGACC
CCCTTACTAATTCTCTACTTTTTATGGAACATCAGCCAGTTAAAGAAGAGGAGTCGACTC
AACAAGAACACGGGAAGCTGTCCATATGCAACCACCAAGACGACGGTAAGTCGATCATCG
CAACGAAAGACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTTGTTGTGGTACATGA
AATGTTCCATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGTG
ATACTTCTGCTG*AAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCAGTTT
TACCTTACAATAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTCTACGTGATTAAAAGTTGTAGTTA
GCATTTCGCTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCCACATATATGTAAAAA*TACGTCAACTT
ATGTAACTGATATCGTTGTATCTAAATTAATTCCTTGTTGTGTT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3D945TF 706 0 0
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AATTTATTACCCTTGCTCAAGTCCACCGCCCCAAAATCTCGATCTCAACCAGAAAACCTC
GCAGATGCAACCAAAACAAGCCCCGACCATCCAAATCCATAAGCGAAAACATGTTCAACA
ATGTTTTTCCTGGCAAAATGCTTACGGAAATCTATCCTAATGACCTAAACAATTCAGACC
CCCTTACTAATTCTCTACTTTTTATGGAACATCAGCCAGTTAAAGAAGAGGAGTCGACTC
AACAAGAACACGGGAAGCTGTCCATATGCAACCACCAAGACGACGGTAAGTCGATCATCG
CAACGAAAGACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTTGTTGTGGTACATGA
AATGTTCCATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGTG
ATACTTCTGCTGGAAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCAGTTT
TACCTTACAATAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTCTACGTGATTAAAAGTTGTAGTTA
GCATTTCGCTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCCACATATATGTAAAAAATACGTCAACTT
ATGTAACTGATATCGTTGTATCTAAATTAATTCCTTGTTGTGTTGT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3F713TF 486 0 0
G
GACCTAAACAATTCAGACCCCCTTACTAATTCACTACTTTTTATGGAACATCAGTCAGTT
AAAGAAGAGGAGTCGACTCAACAAGAACACGGGAAGCTGTCCATATGCAACCACCAAGAC
GACGGTAAGTCGATCATCGCAACGAAAGACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTA
AGCTTGTTATGGTACATGAAATGTTCCATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTT
TACAATGAGTTTTCTTGTGATACTTCTGCTGGAAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCA
TATTTTTCTGTTCCAGTTTTACCTTACAATAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTCTACG
TGATTAAAAGTTGTAGTTAGCATTTCGCTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCCACATATAT
GTAAAAAATACGTCAACTTATGTAACTAATATCGTTGTATCTAAATTAATTTCGTGTTGT
GTTGT

QA 2 486 2 486
DS 

RD RR3G166TF 672 0 0
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ACCCTTGCTCAAGTCCACCGCCCCAAAATCTCGATCTCAACCAGAAAACCTCGCAGATGC
AACCAAAACAAGCCCCGACCATCCAAATCCATAAGCGAAAACATGTTCAACAATGTTTTT
CCTGGCAAAATGCTTACGGAAATCTATCCTAATGACCTAAACAATTCAGACCCCCTTACT
AATTCTCTACTTTTTATGGAACATCAGCCAGTTAAAGAAGAGGAGTCGACTCAACAAGAA
CACTGGAAGCTGTCCATATGCAACCACCAAGACGACGGTAAGTCGATCATCGCAACGAAA
GACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTTGTTGTGGTACATGAAATGTTCC
ATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGTGATACTTCT
GCTGGAAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCAGTTTTACCTTAC
AATAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTCTACGTGATTAAAAGTTGTAGTTAGCATTTCG
CTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCCACATATATGTAAAAAATACGTCAACTTATGTAACT
GATATCGTTGTA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3BM87TF 713 0 0
GGATTC
ACACAACCAATCACTTTATAGTCTATAGCAATAAGACTAAATACCCTCATGGCTACTAAA
TTTATTACCCTTGCTCAAGTCCACCGCCCCAAAATCTCGATCTCAACCAGAAAACCTCGC
AGATGCAACCAAAACAAGCCCCGACCATCCAAATCCATAAGCGAAAACATGTTCAACAAT
GTTTTTCCTGGCAAAATGCTTACGGAAATCTATCCTAATGACCTAAACAATTCAGACCCC
CTTACTAATTCTCTACTTTTTATGGAACATCAGCCAGTTAAAGAAGAGGAGTCGACTCAA
CAAGAACACGGGAAGCTGTCCATATGCAACCACCAAGACGACGGTAAGTCGATCATCGCA
ACGAAAGACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTTGTTGTGGTACATGAAA
TGTTCCATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGTGAT
ACTTCTGCTGGAAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCAGTTTTA
CCTTACAATAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTCTACGTGATTAAAAGTTGTAGTTAGT
ATTTCGCTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCCACATATATGTAAAAAATACGTCAACTTAT
GTAACTGATATCGTTGTATCTAAATTAATTCCTTGTTG
CGAAAAAAA

QA 7 704 7 704
DS 

RD RR3DU26JQ 707 0 0
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AATTTATTACCCTTGCTCAAGTCCACCGCCCCAAAATCTCGATCTCAACCAGAAAACCTC
GCAGATGCGACCAAAACAAGCCCCGACCATCCAAATCCATAAGCGAAAACATGTTCAACA
ATGTTTTTCCTGGCAAAATGCTTACGGAAATCTATCCTAATGACCTAAACAATTCAGACC
CCCT*ACTAATTCTCTACTTTTTATGGAACATCAGCCAGTTAAAGAAGAGGAGTCGACTC
AACAAGAACACGGGAAGCTGTCCATATGCAACCACCAAGACGACGGTAAGTCGATCATCG
CAACGAAAGACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTTGTTGTGGTACATGA
AATGTTCCATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGTG
ATACTTCTGCTGGAAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCAGTTT
TACCTTACAATAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTCTACGTGATTAAAAGTTGTAGTTA
GCATTTCGCTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCCACATATATGTAAAAAATACGTCAACTT
ATGTAACTGATATCGTTGTATCTAAATTAATTCCTTGTTGTGTTGT
G

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3DU26TF 681 0 0
GGACACAACCAATCACTTTATAGTCTATAGCAATAAGACTAAATACTCTCATGGCTACTA
AATTTATTACCCTTGCTCAAGTCCACCGCCCCAAAATCTCGATCTCAACCAGAAAACCTC
GCAGATGCGACCAAAACAAGCCCCGACCATCCAAATCCATAAGCGAAAACATGTTCAACA
ATGTTTTTCCTGGCAAAATGCTTACGGAAATCTATCCTAATGACCTAAACAATTCAGACC
CCCT*ACTAATTCTCTACTTTTTATGGAACATCAGCCAGTTAAAGAAGAGGAGTCGACTC
AACAAGAACACGGGAAGCTGTCCATATGCAACCACCAAGACGACGGTAAGTCGATCATCG
CAACGAAAGACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTTGTTGTGGTACATGA
AATGTTCCATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAATGAGTTTTCTTGTG
ATACTTCTGCTGGAAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTTTTCTGTTCCAGTTT
TACCTTACAATAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTCTACGTGATTAAAAGTTGTAGTTA
GCATTTCGCTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCCACATATATGTAAAAAATACGTCAACTT
ATGTAACTGATATCGTTGTAT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3BZ33JQ 601 0 0
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AAACAATTCAGACCCCCTTACTAATTCTTTACTTTTTATGGAACATCAGCCAGTTAAAGA
AGAGGAGTCGACTCAACAAGAACACGGGAAGCTGTCCATATGCAACCACCAAGACGACGG
TAAGTCGATCATCGCAACGAAAGACAGAGATTTGAGACGTGAAGTTGCTCAGTTAAGCTT
GTTGTGGTACATGAAATGTTCCATAAGCTTTATATTAAGGAAGGCAAGAGCGTTTTACAA
TGAGTTTTCTTGTGATACTTTTGCTG*AAGTAGCACTATGGTTGTGGTCGATCCATATTT
TTTTGTTCCAGTTTTACCTTACAATAATAATTAGTTTAATATCTCAAATTTTACGTGATT
AAAAGTTGTAGTTAGCATTTCGCTGTGTTGTAATGTGTTGAAAGTCCACATATATGTAAA
AAATACGTCAACTTATGTAACTGATATCGTTGTATTTAAATTAATTCCTTGTTGTGTTGT
G

QA 1 601 1 601
DS 



AS 2 13

CO CL90Contig1 769 8 14 U
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TAGATCCAATCCGATCTGAAACCGATCATCTAGCGATGGACTTGGCTGAACTCTGGGCGA
TTTTCGGGCCGGGTTTCTCCGGAGCTGTATTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTCGACG
CCGTTGTGTGCAGCTCCATCCAAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCCCGGCATATTCGCAT
CTCTCGGAGCGTTGATGTTCAATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACG
ACGAAGGCGAATGGAGGTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTT
CCCTAGCTGCTTCTGTTGGTCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTAGTCCTTCCA
CCTGGACTGGTGTCGCCGGTGTCTTTCAATGTGTATTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGT
ATTGGACGTCACACTCGGAGTAAGTAGACTCGCAGGCTCATACTTACTCCAACGAAGATA
CATGTGGTGACAACTTACATATGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGTGTCTTG
TTTGGTCCAGCTTGGTGTTGTGTGCTAGATTCCTCCATTGCATTGGTGTGTTTGTTTTAA
ACTTTGTCGTTCTATGCTTGGGTTATATAAGTTGTTGCTTCTTATTGTAGAGGATGGATA
GAAAATAATCTTGAACTTTATGTGAATGTTATGGAACGCCTTGTCGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 5 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
20 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ49TF U 1
AF RR3BU15TF U 5
AF RR3AB39TF U 5
AF RR3AB39JQ C 12
AF RR3C160TF U 20
AF RR3CJ49JQ C 13
AF RR3C160JQ C 119
AF RR3BU15JQ C 47
BS 1 14 RR3CJ49TF
BS 15 15 RR3AB39TF
BS 16 28 RR3CJ49TF
BS 29 29 RR3AB39TF
BS 30 47 RR3CJ49TF
BS 48 48 RR3AB39TF
BS 49 425 RR3CJ49TF
BS 426 426 RR3AB39TF
BS 427 689 RR3CJ49TF
BS 690 690 RR3AB39TF
BS 691 702 RR3CJ49TF
BS 703 742 RR3AB39TF
BS 743 763 RR3CJ49JQ
BS 764 769 RR3BU15JQ

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TAGATCCAATCCGATCTGAAACCGATCATCTAGCGATGGACTTGGCTGAACTCTGGGCGA
TTTTCGGGCCGGGTTTCTCCGGAGCTGTATTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTCGACG
CCGTTGTGTGCAGCTCCATCCAAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCCCGGCATATTCGCAT
CTCTCGGAGCGTTGATGTTCAATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACG
ACGAAGGCGAATGGAGGTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTT
CCCTAGCTGCTTCTGTTGGTCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTAGTCCTTCCA
CCTGGCCTGGTGTCGCCGGTGTCTTTCAATGTGTATTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGT
ATTGGACGTCACACTCGGAGTAAGTAGACTCGCAGGCTCATACTTACTCCAACGAAGATA
CATGTGGTGACAACTTACATATGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGTGTCTTG
TTTGGTCCAGCTTGGTGTTGTGTGCTAGATTCCTCCATTGCATTGGTGTGTTTGTTTTAA
ACTTTGTCGTTCTATGCTTGGGTTATATA*GTTGTTGCTTCT
ATTGTA

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DS 

RD RR3BU15TF 714 0 0
AGGCCGT
GAGTATTGGTGGTTACAAAGATCGTCAAAATTTTCACTGCCACGGGCGTTAGATCCAATC
CGATCTGAAACCGATCATCTAGCGATGGACTTGGCTGAACTCTGGGCGATTTTCGGGCCG
GGTTTCTCCGGAGCTGTATTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTCGACGCCGTTGTGTGC
AGCTCCATCCAAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCCCGGCATATTCGCATCTCTCGGAGCG
TTGATGTTCAATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAA
TGGAGGTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCT
TCTGTTGGTCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTAGTCCTTCCACCTGGACTGGT
GTCGCCGGTGTCTTTCAATGTGTATTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACGTCA
CACTCGGAGTAAGTATACTCGCAGGCTCATACTTACTCCAACGAAGATACATGTGGTGAC
AACTTACATATGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGTGTCTTGTTTGGTCCAGC
TTGGTGTTGTGTGCTAGATTCCTCCATTGCATTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTT
CTATGCTTGGGTTATATAAGTTGTTGCTTCTTATTGTAGAG
ATGGAT

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DS 

RD RR3AB39TF 740 0 0
GGGCCGT
GAGTATTGGTGGTTACAAAGATCGTCAAAATTTTCACTGCCACGGGCGTTAGATCCAATC
CGATCTGAAACCGATCATCTAGCGATGGACTTGGCTGAACTCTGGGCGATTTTCGGGCCG
GGTTTCTCCGGAGCTGTATTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTCGACGCCGTTGTGTGC
AGCTCCATCCAAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCCCGGCATATTCGCATCTCTCGGAGCG
TTGATGTTCAATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAA
TGGAGGTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCT
TCTGTTGGTCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTAGTCCTTCCATCTGGACTGGT
GTCGCCGGTGTCTTTCAATGTGTATTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACGTCA
CACTCGGAGTAAGTAGACTCGCAGGCTCATACTTACTCCAACGAAGATACATGTGGTGAC
AACTTACATATGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGTGTCTTGTTTGGTCCAGC
TTGGTGTTGTGTGCTAGATTCCTCCATTGCATTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTT
CTATGCTTGGGTTATATAAGTTGTTGCTTCTTATTGTAGAGGATGGATAGAAAATAATCT
TGAACTTTATG
CG

QA 8 738 8 738
DS 

RD RR3AB39JQ 733 0 0
GAGT
ATTGGTGGTTACAAAGATCGTCAAAATTTTCACTGCCACGGGCGTTAGATCCAATCCGAT
CTGAAACCGATCATCTAGCGATGGACTTGGCTGAACTCTGGGCGATTTTCGGGCCGGGTT
TCTCCGGAGCTGTATTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTCGACGCCGTTGTGTGCAGCT
CCATCCAAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCCCGGCATATTCGCATCTCTCGGAGCGTTGA
TGTTCAATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGA
GGTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTG
TTGGTCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTAGTCCTTCCATCTGGACTGGTGTCG
CCGGTGTCTTTCAATGTGTATTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACGTCACACT
CGGAGTAAGTAGACTCGCAGGCTCATACTTACTCCAACGAAGATACATGTGGTGACAACT
TACATATGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGTGTCTTGTTTGGTCCAGCTTGG
TGTTGTGTGCTAGATTCCTCCATTGCATTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCTAT
GCTTGGGTTATATAAGTTGTTGCTTCTTATTGTAGAGGATGGATAGAAAATAATCTTGAA
CTTTATG
CG

QA 5 731 5 731
DS 

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GG
GGTTACAAAGATCGTCAAAATTTTCACTGCCACGGGCGTTAGATCCAATCCGATCTGAAA
CCGATCATCTAGCGATGGACTTGGCTGAACTCTGGGCGATTTTCGGGCCGGGTTTCTCCG
GAGCTGTATTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTCGACGCCGTTGCGTGCAGCTCCATCC
GAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCCCGGCATATTCGCATCTCTCGGAGCGTTGATGTTCA
ATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGAGGTTGA
AGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTATTGGTC
TGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTAGTCCTTCCACCTGGACTGGTGTCGCCGGTG
TCTTTCAATGTGTATTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACGTCACACTCGTAGT
AAGTAGACTCGCAGGCTCATACTTACTCCAACGAAGATACATGTGGTGACAACTTACATA
TGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTCGTGTCTTGTTTGGTCCAGCTTGGTGTTGT
GTGCTAGATTCCTCCATTGCATTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCTATGCTTGG
GTTATATAAGTTGTTGCTTCTTATTGTAGAGGATGGATAGAAAATAATCTTGAA

QA 3 716 3 716
DS 

RD RR3CJ49JQ 756 0 0
AGC
ATTGGTGGTTACACAGATCGTCAAAATTTTCATTGCCACGGGCGTTAGATCCAATCCGAT
CTGAAACCGATCATCTAGCGATGGACTTGGCTGAACTCTGGGCGATTTTCGGGCCGGGTT
TCTCCGGAGCTGTATTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTCGACGCCGTTGTGTGCAGCT
CCATCCAAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCCCGGCATATTCGCATCTCTCGGAGCGTTGA
TGTTCAATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGA
GGTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTG
TTGGTCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTAGTCCTTCCACCTGGCCTGGTGTCG
CCGGTGTCTTTCAATGTGTATTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACGTCACACT
CGGAGTAAGTAGACTCGCAGGCTCATACTTACTCCAACGAAGATACATGTGGTGACAACT
TACATATGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGTGTCTTGTTTGGTCCAGCTTGG
TGTTGTGTGCTAGATTCCTCCATTGCATTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCTAT
GCTTGGGTTATATAAGTTGTTGCTTCTTATTGTAGAGGACGGATAGAAAATAATCTTGAA
CTTTATGTGAATGTTATGGAACGCCTTG
TCGAG

QA 4 751 4 751
DS 

RD RR3C160JQ 626 0 0
GATTTTCGGGCCGGGTTTCTCCGGAGCTGTATTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTCGA
CGCCGTTGCGTGCAGCTCCATCCGAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCCCGGCATATTCGC
ATCTCTCGGAGCGTTGATGTTCAATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTA
CGACGAAGGCGAATGGAGGTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGT
TTCCCTAGCTGCTTCTATTGGTCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTAGTCCTTC
CACCTGGACTGGTGTCGCCGGTGTCTTTCAATGTGTATTCGTATTGATAAGTGGGCTAAT
GTATTGGACGTCACACTCGTAGTAAGTAGACTCGCAGGCTCATACTTACTCCAACGAAGA
TACATGTGGTGACAACTTACATATGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTCGTGTCT
TGTTTGGTCCAGCTTGGTGTTGTGTGCTAGATTCCTCCATTGCATTGGTGTGTTTGTTTT
AAACTTTGTCGTTCTATGCTTGGGTTATATAAGTTGTTGCTTCTTATTGTAGAGGATGGA
TAGAAAATAATCTTGAACTTTATGTG

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3BU15JQ 723 0 0
ACTGCCACGGGCGTTAGATCCAATCCGATCTGAAACCGATCATCTAGCGATGGACTTGGC
TGAACTCTGGGCGATTTTCGGGCCGGGTTTCTCCGGAGCTGTATTCGGCACAGGCTGGTG
GTTTTGGGTCGACGCCGTTGTGTGCAGCTCCATCCAAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCC
CGGCATATTCGCATCTCTCGGAGCGTTGATGTTCAATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGA
TTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGAGGTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGT
CGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTGTTGGTTTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAA
AACTAGTCCTTCCACCTGGACTGGTGTCGCCGGTGTCTTTCAATGTGTATTCGTATTGAT
AAGTGGGCTAATGTATTGGACGTCACACTCGGAGTAAGTATACTCGCAGGCTCATACTTA
CTCCAACGAAGATACATGTGGTGACAACTTACATATGCCTCGTTTTTTTTTTCTCTGTAA
ATTCTTGTGTCTTGTTTGGTCCAGCTTGGTGTTGTGTGCTAGATTCCTCCATTGCATTGG
TGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCTATGCTTGGGTTATATAAGTTGTTGCTTCTTATT
GTAGAGGATGGATAGAAAATAATCTTGAACTTTATGTGAATGTTATGGAACGCCTTGTCG
AGG

QA 1 723 1 723
DS 



CO CL90Contig2 955 5 10 U
GTTATGGGCTTCGGTCTGATTGACGTGTCTAAACTCGAGTCTCGATCAAAAACCACCAAA
CAATAATATCTCTCTAAACAGGTTTTCGATAAATTAACAAGGGCGGCCGTGAGTATTGGT
TGTTACAAAGATTTGTCAAAAAATTTCACTGCCACGGGGGTGTTAGATCC*****GATCT
GAAACCGATCATCTGG**CGATGGACTTGGCTGAACTCTGGGCTATTTTCGGGCCGGGTT
TCTCCGGAGCTGTTTTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTGGACGCCGTTGTGTGCAGCT
CCATCCAAGTTCCCTTCCTCCACTACCTTCCCGGCATATTCGCATCTCTCGGAGCTTTGA
TGTTCAATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGA
GGTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTG
TTGGTCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTGGACCTTCCACCTGGACCGGTGTCG
CCGGTGTCTTTCAATGTGTTTTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACATCACACT
CGGAGTAAGTAGACTTGCAGGCACATACTCCAACGCAGATACTTGTGGTTACAACTTACA
GATGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGTCTCTTGTTTGGTCCAGCTTGGTGTT
GTGTGCTAGATTCCTCCATTGCCTTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCTATGCTT
GGGTTATAAGTTGTTGCTTCTTATGTAGAGGATGGATAGATAATAATCTTCAACTTTATG
TGAATGTTATGGGACGCCTTGCCCGTGTCTGCACAGTCTCTTAATTGCATTGGAGTGAAC
GATTGGTAACATTTACCTTTTATTTTGATTAAAAGTGTCGCAACAGTTTCAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 5 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG29TF U 1
AF RR3CC03TF U 123
AF RR3GG29JQ C 70
AF RR3DT10TF U 119
AF RR3DT10JQ C 282
BS 1 620 RR3GG29TF
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BS 622 668 RR3GG29TF
BS 669 695 RR3CC03TF
BS 696 696 RR3DT10TF
BS 697 785 RR3CC03TF
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BS 816 861 RR3DT10TF
BS 862 955 RR3DT10JQ

RD RR3GG29TF 668 0 0
GTTATGGGCTTCGGTCTGATTGACGTGTCTAAACTCGAGTCTCGATCAAAAACCACCAAA
CAATAATATCTCTCTAAACAGGTTTTCGATAAATTAACAAGGGCGGCCGTGAGTATTGGT
TGTTACAAAGATTTGTCAAAAAATTTCACTGCCACGGGGGTGTTAGATCC*****GATCT
GAAACCGATCATCTGG**CGATGGACTTGGCTGAACTCTGGGCTATTTTCGGGCCGGGTT
TCTCCGGAGCTGTTTTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTGGACGCCGTTGTGTGCAGCT
CCATCCAAGTTCCCTTCCTCCACTACCTTCCCGGCATATTCGCATCTCTCGGAGCTTTGA
TGTTCAATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGA
GGTTGAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTG
TTGGTCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTGGACCTTCCACCTGGACCGGTGTCG
CCGGTGTCTTTCAATGTGTTTTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACATCACACT
CGGAGTAAGTAGACTTGCAG*CACATACTCCAACGCAGATACTTGTGGTTACAACTTACA
GATGCCTC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3CC03TF 693 0 0
GG
ACAAAGATTTGTCAAAAAATTTCACTGCCACGGGGGTGTTAGATCC*****GATCTGAAA
CCGATCATCTGG**CGATGGACTTGGCTGAACTCTGGGCGATTTTCGGGCCGGGTTTCTC
CGGAGCTGTTTTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTGGACGCCGTTGTGTGCAGCTCCAT
CCAAGTTCCCTTCCTCCACTACCTTCCCGGCGTATTCGCATCTCTCGGAGCTTTGATGTT
CAATTGCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGAGGTT
GAAGCTATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTGTTGG
TCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTGGACCTTCCACCTGGACCGGTGTCGCCGG
TGTCTTTCAATGTGTTTTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACATCACACTCGGA
GTAAGTAGACTTGCAGGCACATACTCCAACGCAGATACTTGTGGTTACAACTTACAGATG
CCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGTGTCTTGTTTGGTCCAGCTTGGTGTTGTGT
GCTAGATTCCTCCATTGCCTTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCTATGCTTGGGT
TGTAAGTTGTTGCTTCTTATGTAGAGGATGG

QA 3 693 3 693
DS 

RD RR3GG29JQ 773 0 0
CTCTCTAAACAGGTTTTCGATAAATTAACAAGGGCGGCCGTGAGTATTGGTTGTTACAAA
GATTTGTCAAAAAATTTCACTGCCACGGGGGTGTTAGATCC*****GATCTGAAACCGAT
CATCTGG**CGATGGACTTGGCTGAACTCTGGGCTATTTTCGGGCCGGGTTTCTCCGGAG
CTGTTTTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTGGACGCCGTTGTGTGCAGCTCCATCCAAG
TTCCCTTCCTCCACTACCTTCCCGGCATATTCGCATCTCTCGGAGCTTTGATGTTCAATT
GCGTCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGAGGTTGAAGC
TATGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTGTTGGTCTGC
TGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTGGACCTTCCACCTGGACCGGTGTCGCCGGTGTCT
TTCAATGTGTTTTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACATCACACTCGGAGTAAG
TAGACTTGCAGGCACATACTCCAACGCAGATACTTGTGGTTACAACTTACAGATGCCTCG
TTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGTGTCTTGTTTGGTCCAGCTTGGTGTTGTGTGCTAG
ATTCCTCCATTGCCTTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCTATGCTTGGGTTGTAA
GTTGTTGCTTCTTATGTAGAGGATGGATAGATAATAATCTTAAACTTTATGT
C

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3DT10TF 755 0 0
GGGGTT
ACAAAGATTTGTCAAAAAATT*CACTGCCGCGGGGGTGTTAGATCCGATCCGATCTGAAA
CCGATCATCTAGAGCGATGGACTTGGCTGAACTCTGGGCGATTTTCGGGCCGGGTTTCTC
CGGAGCTGTATTCGGCACAGGCTGGTGGTTTTGGGTGGACGCCGTTGTGTGCAGCTCCAT
CAAAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCCTGGCATATTCGCATCTCTGGGAGCTTTGATGTT
CAATTGC*TCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCTTACGACGAAGGCGAATGGAGGTT
GAAGCTAGGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTTGTTTCCCTAGCTGCTTCTGTTGG
TCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTGGTCCTTCCACCTGGACTGGTGTCGCCGG
TGTCTTTCAATGTGTTTTCGTATTGATAAGTGGGCTAATGTATTGGACATCACACTCGGA
GTAAGTAGACTTGCAGGCACATACTCCAACGCAGATACTTGTGGTTACAACTTACAGATG
CCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGTCTCTTGTTTGGTCCAGCTTGGTGTTGTGT
GCTAGATTCCTCCATTGCCTTGGTGTGTTTGTTTTAAACTTTGTCGTTCTATGCTTGGGT
TATAAGTTGTTGCTTCTTATGTAGAGGATGGATAGATAATAATCTTCAACTTTATGTGAA
TGTTATGGGACGCCTTG
CCCGTGTCTGCA

QA 7 743 7 743
DS 

RD RR3DT10JQ 674 0 0
GACGCCGTTGTGTGCAGCTCCATCAAAGTTCCCTTCCTCCACTATCTCCCTGGCATATTC
GCATCTCTGGGAGCTTTGATGTTCAATTGC*TCAGAAAAGAAGATATCGATTACTCTCCT
TACGACGAAGGCGAATGGAGGTTGAAGCTAGGGCTTTTCATAGCGTATGTCGTGGCGTTT
GTTTCCCTAGCTGCTTCTGTTGGTCTGCTGATTCAAGATTCCGTCGTCAAAACTGGTCCT
TCCACCTGGACTGGTGTCGCCGGTGTCTTTCAATGTGTTTTCGTATTGATAAGTGGGCTA
ATGTATTGGACATCACACTCGGAGTAAGTAGACTTGCAGGCACATACTCCAACGCAGATA
CTTGTGGTTACAACTTACAGATGCCTCGTTTTCTTCTTCTCTGTAAATTCTTGTCTCTTG
TTTGGTCCAGCTTGGTGTTGTGTGCTAGATTCCTCCATTGCCTTGGTGTGTTTGTTTTAA
ACTTTGTCGTTCTATGCTTGGGTTATAAGTTGTTGCTTCTTATGTAGAGGATGGATAGAT
AATAATCTTCAACTTTATGTGAATGTTATGGGACGCCTTGCCCGTGTCTGCACAGTCTCT
TAATTGCATTGGAGTGAACGATTGGTAACATTTACCTTTTATTTTGATTAAAAGTGTCGC
AACAGTTTCAAGCC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 2 11

CO CL91Contig1 914 8 22 U
GGAAACACGATCGTGGTTGATTTGGGAATTTAGGTTTTTTTTTTCTACCGAAGATGACGA
CTGCAGCTAGACCAACGTGGGCTCCGGCGAAGGGAGGTAACGAGCAGGGTGGTGCTCGTA
TCTTCGGAGCCTCTCAGAAGTATCCCTCTCGCGATGTCGCCGCTCACACTACTCTAAAGC
CAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAAGAGGAAGTGGAGAAGAAGAATCTCCGTGATGAGC
TTGAGGAGCGTGAGAGGAGACACTTCTCTTCCAAAGACAAATCTTACAATGATGATAGAG
ATCGCAGGAGAGGGAATCAGCTGCTCCTGGAAGGATCTAAAAGAGACCCTGAAGATCGGA
TTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGATGATTCTGATGTTGATATCAAAACTGATGATGATA
GTGATGACGAAAGTGATGATGATGACGAGGACGACACCGAAGCTCTCATGGCTGAACTCG
ACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAAAGCAGAAGCAGATGG
AGGAGCTAAACGCCAAAGAAGAAGAACTTCTCAAAGGAAACCCACTGCTTAATAACAATA
GTCCAACCTCGTTTAGTGTCAAAAGGAGGTGGGATGATGATGTGGTATTCAAGAATCAGG
CTCGTGGTGAAATGAAAGCACCTAAGCGCTTCATCAATGATACAATAAGGAACGACTTCC
ACAGAAAATTCCTGCACAGATACATGAAGTGATTGAACAAGTGTTGTTACTTGTCTGTAT
GATGAATGATCTATAAGGCTTTTATTCCGTCTCTTGTACTAATACAGAAGCCAACCAACA
ACTGTTTTATGTTTGATGTTTTATGTCAAAAGCTCATGCACTTGACTTCAATGCTATTTC
TTAAATTTCTACGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 15 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ90TF U 1
AF RR3AN59TF U 1
AF RR3H729TF U 1
AF RR3B781TF U 45
AF RR3B781JQ C 91
AF RR3H729JQ C 162
AF RR3EE89JQ C 320
AF RR3AN59JQ C 470
BS 1 143 RR3AN59TF
BS 144 144 RR3B781TF
BS 145 452 RR3AN59TF
BS 453 453 RR3H729TF
BS 454 563 RR3AN59TF
BS 564 655 RR3H729TF
BS 656 659 RR3B781TF
BS 660 660 RR3B781JQ
BS 661 696 RR3B781TF
BS 697 697 RR3H729JQ
BS 698 743 RR3B781TF
BS 744 744 RR3H729JQ
BS 745 769 RR3B781TF
BS 770 770 RR3H729JQ
BS 771 797 RR3B781TF
BS 798 798 RR3B781JQ
BS 799 824 RR3B781TF
BS 825 865 RR3B781JQ
BS 866 866 RR3H729JQ
BS 867 875 RR3B781JQ
BS 876 889 RR3H729JQ
BS 890 914 RR3AN59JQ

RD RR3CJ90TF 198 0 0
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CTGCAGCTAGACCAACGTGGGCTCCGGCGAAGGGAGGTAACGAGCAGGGTGGTGCTCGTA
TCTTCGGAGCCTCTCAGAAGTATTCCTCTCGCGATGTCGCCGCTCACACTACTCTAAAGC
CAAGGAGGGAAGGGCAAC

QA 1 198 1 198
DS 

RD RR3AN59TF 563 0 0
GGAAACACGATCGTGGTTGATTTGGGAATTTAGGTTTTTTTTTTCTACCGAAGATGACGA
CTGCAGCTAGACCAACGTGGGCTCCGGCGAAGGGAGGTAACGAGCAGGGTGGTGCTCGTA
TCTTCGGAGCCTCTCAGAAGTATTCCTCTCGCGATGTCGCCGCTCACACTACTCTAAAGC
CAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAAGAGGAAGTGGAGAAGAAGAATCTCCGTGATGAGC
TTGAGGAGCGTGAGAGGAGACACTTCTCTTCCAAAGACAAATCTTACAATGATGATAGAG
ATCGCAGGAGAGGGAATCAGCTGCTCCTGGAAGGATCTAAAAGAGACCCTGAAGATCGGA
TTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGATGATTCTGATGTTGATATCAAAACTGATGATGATA
GTGATGACGAAAGTGATGATGATGACGAGGACTACACCGAAGCTCTCATGGCTGAACTCG
ACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAAAGCAGAAGCAGATGG
AGGAGCTAAACGCCAAAGAAGAA

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3H729TF 655 0 0
GGAAACACGATCGTGGTTGATTTGGGAATTTAGGTTTTTTTTTTCTACCGAAGATGACGA
CTGCAGCTAGACCAACGTGGGCTCCGGCGAAGGGAGGTAACGAGCAGGGTGGTGCTCGTA
TCTTCGGAGCCTCTCAGAAGTATTCCTCTCGCGATGTCGCCGCTCACACTACTCTAAAGC
CAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAAGAGGAAGTGGAGAAGAAGAATCTCCGTGATGAGC
TTGAGGAGCGTGGGAGGAGACACTTCTCTTCCAAAGACAAATCTTACAATGATGATAGAG
ATCGCAGGAGAGGGAATCAGCTGCTCCTGGAAGGATCTAAAAGAGACCCTGAAGATCGGA
TTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGATGATTCTGATGTTGATATCAAAACTGATGATGATA
GTGATGACGAAAGTGATGATGATGACGAGGACGACACCGAAGCTCTCATGGCTGAACTCG
ACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAAAGCAGAAGCAGATGG
AGGAGCTAA*CGCCAAAGAAGAAGAACTTCTCAAAGGAAACCCACTGCTTAATAACAATA
GTCCAACCTCGTTTAGTGTCAAAAGGAGGTGGGATGATGATGTGGTATTCAAGAA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3B781TF 780 0 0
CTACCGAAGATGACGACTGCAGCTAGACCAACGTGGGCTCCGGCGAAGGGAGGTAACGAG
CAGGGTGGTGCTCGTATCTTCGGAGCCTCTCAGAAGTATCCCTCTCGCGATGTCGCCGCT
CACACTACTCTAAAGCCAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAGGAGGAAGTGGAGAAGAAG
AATCTCCGTGATGAGCTTGAGGAGCGTGAGAGGAGACACTTCTCTTCCAAAGACAAATCT
TACAATGATGATAGAGATCGCAGGAGAGGGAATCAGCTGCTCCTGGAAGGATCTAAAAGA
GACCCTGAAGATCGGATTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGATGATTCTGATGTTGATATC
AAAACTGATGATGATAGTGATGACGAAAGTGATGATGATGACGAGGACGACACCGAAGCT
CTCATGGCTGAACTCGACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAGGAA
AAGCAGAAGCAGATGGAGGAGCTAAACGCCAAAGAAGAAGAACTTCTCAAAGGAAACCCA
CTGCTTAATAACAATAGTCCAACCTCGTTTAGTGTCAAAAGGAGGTGGGATGATGATGTG
GTATTCAAGAATCAG*CTCGTGGTGAAATGAAAGCACCTAAGCGCTTCATCA*TGATACA
ATAAGGAACGACTTCCACAGAAAATTCCTGCACAGATACGTGAAGTGATTGAACAAGTGT
TGTTATTTGTCTGTATGATGAATGATCTATAAG*CTTTTATTCCGTCTCTTGTACTAATA

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3B781JQ 785 0 0
AGGGAGGTAACGAGCAGGGTGGTGCTCGTATCTTCGGAGCCTCTCAGAAGTATCCCTCTC
GCGATGTCGCCGCTCACACTACTCTAAAGCCAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAGGAGG
AAGTGGAGAAGAAGAATCTCCGTGATGAGCTTGAGGAGCGTGAGAGGAGACACTTCTCTT
CCAAAGACAAATCTTACAATGATGATAGAGATCGCAGGAGAGGGAATCAGCTGCTCCTGG
AAGGATCTAAAAGAGACCCTGAAGATCGGATTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGATGATT
CTGATGTTGATATCAAAACTGATGATGATAGTGATGACGAAAGTGATGATGATGACGAGG
ACGACACCGAAGCTCTCATGGCTGAACTCGACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGA
GGCTCAGGAAGGAAAAGCAGAAGCAGATGGAGGAGCTAAACGCCAAAGAAGAAGAACTTC
TCAAAGGAAACCCACTGCTTAATAACAATAGTCCAACCTCGTTTAGTGTCAAAAGGAGGT
GGGATGATGATGTGGTATTCAAGAATCAGGCTCGTGGTGAAATGAAAGCACCTAAGCGCT
TCATCA*TGATACAATAAGGAACGACTTCCACAGAAAATTCCTGCACAGATACGTGAAGT
GATTGAACAAGTGTTGTTATTTGTCTGTATGATGAATGATCTATAAGGCTTTTATTCCGT
CTCTTGTACTAATACAGAAGCCAACCAACAACTGTTTTATGTTTGATGTTTTATGCCAAA
AGCTC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3H729JQ 728 0 0
GCTCACACTACTCTAAAGCCAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAAGAGGAAGTGGAGAAG
AAGAATCTCCGTGATGAGCTTGAGGAGCGTGGGAGGAGACACTTCTCTTCCAAAGACAAA
TCTTACAATGATGATAGAGATCGCAGGAGAGGGAATCAGCTGCTCCTGGAAGGATCTAAA
AGAGACCCTGAAGATCGGATTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGATGATTCTGATGTTGAT
ATCAAAACTGATGATGATAGTGATGACGAAAGTGATGATGATGACGAGGACGACACCGAA
GCTCTCATGGCTGAACTCGACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAG
GAAAAGCAGAAGCAGATGGAGGAGCTAA*CGCCAAAGAAGAAGAACTTCTCAAAGGAAAC
CCACTGCTTAATAACAATAGTCCAACCTCGTTTAGTGTCAAAAGGAGGTGGGATGATGAT
GTGGTATTCAAGAATCAGGCTCGTGGTGAAATGAAAGCACCTAAGCGCTTCATCAATGAT
ACAATAAGGAACGACTTCCACAGAAAATTCCTGCACAGATACATGAAGTGATTGAACAAG
TGTTGTTACTTGTCTGTATGATGAATGATCTATAAGGCCTTTATTCCGTCTCTTGTACTA
ATACAGAAGCCAACCAACAACTGTTTTATGTTTGATGTTTTATGTCAAAAGCTCATGCAC
TTGACTTC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3EE89JQ 528 0 0
GCTGCTCCTGGAAGGATCTAAAAGAGACCCTGAAGATCGGATTGTTCCTCGCAGTGTAGA
TGCTGATGATTCTGATGTTGATATCAAAACTGATGATGATAGTGATGACGAAAGTGATGA
TGATGACGAGGACGACACCGAAGCTCTCATGGCTGAACTCGACCAGATTAAGAAAGAAAG
AGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAAAGCAGAAGCAGATGGAGGAGCTAAACGCCAAAGA
AGAAGAACTTCTCAAAGGAAACCCACTGCTTAATAACAATAGTCCAACCTCGTTTAGTGT
CAAAAGGAGGTGGGATGATGATGTGGTATTCAAGAATCAGGCTCGTGGTGAAATGAAAGC
ACCTAAGCGCTTCATCAATGATACAATAAGGAACGACTTCCACAGAAAATTCCTGCACAG
ATACATGAAGTGATTGAACAAGTGTTGTTACTTGTCTGTATGATGAATGATCTATAAGGC
TTTTATTCCGTCTCTTGTACTAATACAGAAGCCAACCAACAACTGTTT

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR3AN59JQ 445 0 0
GGCTGAACTCGACCAGATTAAGAAAGAAAGAGTGGAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAAAGCA
GAAGCAGATGGAGGAGCTAAACGCCAAAGAAGAAGAACTTCTCAAAGGAAACCCACTGCT
TAATAACAATAGTCCAACCTCGTTTAGTGTCAAAAGGAGGTGGGATGATGATGTGGTATT
CAAGAATCAGGCTCGTGGTGAAATGAAAGCACCTAAGCGCTTCATCAATGATACAATAAG
AAACGACTTCCACAGAAAATTCCTGCACAGATACATGAAGTGATTGAACAAGTGTTGTTA
CTTGTCTGTATGATGAATGATCTATAAGGCTTTTATTCCGTCTCTTGTACTAATACAGAA
GCCAACCAACAACTGTTTTATGTTTGATGTTTTATGTCAAAAGCTCATGCACTTGACTTC
AATGCTATTTCTTAAATTTCTACGC

QA 1 445 1 445
DS 



CO CL91Contig2 900 3 5 U
GCCTCATCACTCTCGTCCTCATCTCGATTTTGATTTGCTTACTCTCTAATCGGGAAATAG
GGCTTTTTTAAAAAAAATCCGAAGATGACGACTGCAGCTCGGCCAACGTGGGCTCCGGCC
AAGGGAGGAAACGAGCAAGGTGGTGCTCGTATCTTCGGCGCGTCTCAGAAGTACTCGTCC
CGTGACGTCGCTGCTCACACAACCTTAAAACCAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAAGAG
GAAGTGGAGAAGAAGAATCTTCGTGATGAGCTTGAAGAGCGTGAGAGGAGACACTTCTCT
TCTAAAGACAAATCCTACACTGGTGATGATAGAGACCGCAGGAGAGGGAACCAGCTACTA
CTGGAAGGCTCTAAAAGGGACCTTGAAGATCGGATTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGAT
GATTCTGACGTTGATATCAAAAGTGATGATGATGATAGTGATGACGAAAGTGATGATGAC
GACGAGGACGACACTGAAGCCCTTATGGCTGAACTCGACCAGATAAAGAAAGAAAGGGTG
GAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAAAGCAGCAGCAGATGGAAGAGCTAAACGCCAAAGAAGAA
GAGCTTCTCAAAGGAAACCCACTGCTGAACAACAACACTCCAACTTCGTTTAGTGTCAAA
AGGAGGTGGGATGATGATGTGGTATTCAAGAATCAGGCACGTGGGGAAATGAAAGCACCT
AAGCGATTCATCAATGATACAATCAGGAATGACTTCCACAGAAAGTTCCTACACAGATAC
ATGAAGTGATTGAGCAATTTGTTGCTACATGATGTCTGTATAATGAATGAACTATATACA
AGGCTTTCGTATTCTGTCTCTTGTACTAAAACAGAAGCTAATCAACGAATGTTATATGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E724TF U 1
AF RR3ED92TF U 7
AF RR3GZ76JQ C 121
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BS 665 696 RR3ED92TF
BS 697 900 RR3GZ76JQ

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CGTGACGTCGCTGCTCACACAACCTTAAAACCAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAAGAG
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GAGGAGAGGC

QA 1 550 1 550
DS 

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GG
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TAAAAAAAATCCGAAGATGACGACTGCAGCTCGGCCAACGTGGGCTCCGGCCAAGGGAGG
AAACGAGCAAGGTGGTGCTCGTATCTTCGGCGCGTCTCAGAAGTACTCGTCCCGTGACGT
CGCTGCTCACACAACCTTAAAACCAAGGAGGGAAGGGCAACACACGCAAGAGGAAGTGGA
GAAGAAGAATCTTCGTGATGAGCTTGAAGAGCGTGAGAGGAGACACTTCTCTTCTAAAGA
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CGATGATATCAAAAGTGATGATGATGATAGTGATGACGAAAGTGATGATGACGACGAGGA
CGACACTGAAGCCCTTATGGCTGAACTCGACCAGATAAAGAAAGAAAGGGTGGAGGAGAG
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CAAAGGAAACCCACTGCTGAACAACAACACTCCAACTTCGTTTAGTGTCAAAAGG*GGTG
GGATGATGATGTGGTATTCAAGAATCAG
CACGTG

QA 3 690 3 690
DS 

RD RR3GZ76JQ 780 0 0
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CGTGACGTCGCTGCTCACACAACCTTAAAACCAAGGAGGGAAGGGCAACACACTCAAGAG
GAAGTGGAGAAGAAGAATCTTCGTGATGAGCTTGAAGAGCGTGAGAGGAGACACTTCTCT
TCTAAAGACAAATCCTACACTGGTGATGATAGAGACCGCAGGAGAGGGAACCAGCTACTA
CTGGAAGGCTCTAAAAGGGACCCTGAAGATCGGATTGTTCCTCGCAGTGTAGATGCTGAT
GATTCCGATGTTGATATCAAAAGCGATGATGAT***AGTGATGACGAAAGTGATGATGAT
GACGAGGACGACACCGAAGCCCTTATGGCTGAACTCGACCAGATAAAGAAAGAAAGGGTG
GAGGAGAGGCTCAGGAAGGAAAAGCAGCAGCAGATGGAAGAGCTAAACGCCAAAGAAGAA
GAGCTTCTCAAAGGAAACCCACTGCTGAACAACA***CTCCAACTTCGTTTAGTGTCAAA
AGGAGGTGGGATGATGATGTGGTATTCAAGAATCAGGCACGTGGGGAAATGAAAGCACCT
AAGCGATTCATCAATGATACAATCAGGAATGACTTCCACAGAAAGTTCCTACACAGATAC
ATGAAGTGATTGAGCAATTTGTTGCTACATGATGTCTGTATAATGAATGAACTATATACA
AGGCTTTCGTATTCTGTCTCTTGTACTAAAACAGAAGCTAATCAACGAATGTTATATGGT

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 11

CO CL92Contig1 966 11 20 U
GGGAAGAGTTGGTGAAAATATTAAGTGGGCTTAGCTCATTACAGGCCTGTATAGTAAAAT
CCTATTTCACCCACCATTGTTTCCGTTGTTTAAGCTCCCTTCGAAATCTCCGTCTCTTCT
TCTCTCCCTTTCTCTCTCACTCGATCGGCAATGGCTGCCCCCAACTCCATTTTCACCGCC
GCTCCATCGAGAAATCTCGCACGTATCTCTCTTCACCAGTCATCATTGTCTTCACCGTTG
AGTCCCCGGGTCGCCAGATCGAACTCCGTCGCGTTTCGTCCCAAACCCCGATCCAGCTCG
CTAGTCTCGTGCTCCTCCACCGATGAATCAAAGATCGCCGCCGCTGAGAAAGAGATCCCA
ATTGAACTCAGGTACGAGGCTTATCCGACAGTGATGGACATTAACCAGATACGAGACATT
TTGCCTCACAGGTTTCCGTTTCTGTTAGTGGATAGAGTGATAGAGTACACAGCTGGCGAA
TCTGCGGTAGCTATCAAGAACGTGACCATTAATGACAATTTCTTTCCTGGCCATTTCCCT
GAGCGGCCCATTATGCCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATGGCTCAGGTGGGAGGTATA
GTGATGCTGAATCCAGAAGTGGGGGGATCTAAAAGCAACTTCTTCTTCGCTGGAGTCGAC
AAAGTCAGGTTCAGGAAGCCTGTGATTGCTGGTGACACTCTGGTGATGAGGATGACGCTT
GTGAAGCTGCAGAAGCGGTTTGGGATAGCCAAAATGGAA*GGGAAAGCATACGTAGGGAA
CACTCTGGTGTGCGAA*GGAGAGTTCTTGATGGCTATGGGAAAAGAAGAGGAGTGATCAT
CTTCTCTCATTGCCTTTTGCTTTTTTTTT*CTTACACATTGAGACTCATTTCTATCTGTT
TCTGTTATTTGTTCCGTGTGTTCTTGACCATTTAAAGAAAAGATTGAATCGAAGTTATCA
CATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 50 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3G857TF U 1
AF RR3FA30TF U 101
AF RR3DI81TF U 116
AF RR3FD17TF U 101
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AF RR3DI81JQ C 181
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CTAGTCACGTGCTCCTCCACCGATGAATCAAAGATCGCCGCCGCTGAGAAAGAGATCCCA
ATTGAACTCAGGTACGAGGCTTATCCGACAGTGATGGACATTAACCAGATACGAGACATT
TTGCCTCACAGGTTTCCGTTTCTGTTAGTGGATAGAGTGATAGAGTACACAGCTGGCGAA
TCTGCGGTAGCTATCGAGAACGTGACCATTAATGACAATTTCTTTCCTGGCCATTTCCCT
GAGCGGCCCATTATGCCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATGGCTCAGGTGGGAGGTATA
GTGATGCTGAATCCAGAAGTGGGGGGATCTAAAAGCAACTTCTTCTTCGCTGGAGTCGAC
AAAGTCAG*TTCAGGAAGCCTGTGATTGCTGGTGACAC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3FA30TF 672 0 0
GG
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AACCAGATACGCGACATTTTGCCTCACAGGTTTCCGTTTCTGTTAGTGGATAGAGTGATA
GAGTACACAGCTGGCGAATCTGCGGTAGCTATCAAGAACGTGACCATTAATGACAATTTC
TTTCCTGGCCATTTCCCTGAGCGGCCCATTATGCCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATG
GCTCAGGTGGGAGGTATAGTGATGCTGAATCCAGAAGTGGGGGGATCTAAAAGCAACTTC
TTCTTCGCTGGAGTCGACAAAGTCAGGTTCAGGAAGCCTGTGATTGCTGGTGACACTCTG
GTGATGAGGATGACGCTTGTGAAGCTGCAGAAGCGGTTTGGGATAGCCAAAATGGAA*GG
GAAAGCATAC

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR3DI81TF 641 0 0
GG
TCTTCTCTCCCTTTCTCTCTCACTCGATCGGCAATGGCTGCCCCCAACTCCATTTTCACC
GCCGCTCCATCGAGAAATCTCGCACGTATCTCTCTTCACCAGTCATCATTGTCTTCACCG
TTGAGTCCCCGGGTCGCCAGATCGAACTCCGTCGCGTTTCGTCCCAAACCCCGATCCAGC
TCGCTAGTCTCGTGCTCCTCCACCGATGAATCAAAGATCGCCGCCGCTGAGAAAGAGATC
CCAATTGAACTCAGGTACGAGGCTTATCCGACAGTGATGGACATTAACCAGATACGAGAC
ATTTTGCCTCACAGGTTTCCGTTTCTGTTAGTGGATAGAGTGATAGAGTACACAGCTGGC
GAATCTGCGGTAGCTATCAAGAACGTGACCATTAATGACAATTTCTTTCCTGGCCATTTC
CCTGAGCGGCCCATTATGCCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATGGCTCAGGTGGGAGGT
ATAGTGATGCTGAATCCAGAAGTGGGGGGATCTAAAAGCAACTTCTTCTTCGTTGGAGTC
GACAAAGTCAGGTTCAGGAAGCCTGTGATTGCTGGTGACACTCTGGTGATGAGGATGACG
CTTGTGAAGCTGCAGAAGCGGTTTGGGATAGCCAAAATG

QA 3 641 3 641
DS 

RD RR3FD17TF 672 0 0
GG
GAAATCTCCGTCTCTTCTTCTCTCCCTTTCTCTCTCACTCGATCGGCAATGGCTGCCCCC
AACTCCATTTTCACCGCCGCTCCATCGAGAAATCTCGCACGTATTTCTCTTCACCAGTCA
TCATTGTCTTCACCGTTGAGTCCCCGGGTCGCCAGATCGAACTCCGTCGCGTTTCGTCCC
AAACCCCGATCCAGCTCGCTAGTCTCGTGCTCCTCCACCGATGAATCAAAGATCGCCGCC
GCTGAGAAAGAGATCCCAATTGAACTCAGGTACGAGGCTTATCCGACAGTGATGGACATT
AACCAGATACGAGACATTTTGCCTCACAGGTTTCCGTTTCTGTTAGTGGATAGAGTGATA
GAGTACACAGCTGGCGAATCTGCGGTAGCTATCAAGAACTTGACCATTAATGACAATTTC
TTTCCTGGCCATTTCCCTGAGCGGCCCATTATGCCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATG
GCTCAGGTGGGAGGTATAGTGATGCTGAATCCAGAAGTGGGGGGATCTAAAAGCAACTTC
TTCTTCGCTGGAGTCGACAAAGTCAGGTTCAGGAAGCCTGTGATTGCTGGTGACACTCTG
GTGATGAGGATGACGCTTGTGAAGCTGCAGAAGCGGTTTGGGATAGCCAAAATGGAA*GG
GAAAGCATAC

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR3AT93TF 675 0 0
GG
CTCTCCCTTTCTCTCTCACTCGATCGGCAATGGCTGCCCCCAACTCCATTTTCACCGCCG
CTCCATCGAGAAATCTCGCACGTATCTCTCTTCACCAGTCATCATTGTCTTCACCGTTGA
GTCCCCGGGTCGCCAGATCGAACTCCGTCGCGTTTCGTCCCAAACCCCGATCCAGCTCGC
TAGTCTCGTGCTCCTCCACCGATGAATCAAAGATCGCCGCCGCTGAGAAAGAGATCCCAA
TTGAACTCAGGTACGAGGCTTATCCGACAGTGATGGACATTAACCAGATACGAGACATTT
TGCCTCACAGGTTTCCGTTTCTGTTAGTGGATAGAGTGATAGAGTACACAGCTGGCGAAT
CTGCGGTAGCTATCAAGAACGTGACCATTAATGACAATTTCTTTCCTGGCCATTTCCCTG
AGCGGCCCATTATGCCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATGGCTCAGGTGGGAGGTATAG
TGATGCTGAATCCAGAAGTGGGGGGATCTAAAAGCAACTTCTTCTTCGCTGGAGTCGACA
AAGTCAGGTTCAGGAAGCCTGTGATTGCTGGTGACACTCTGGTGATGAGGATGACGCTTG
TGAAGCTGCAGAAGCGGTTTGGGATAGCCAAAATGGAAAGGGAAAGCATACGTAGGGAAC
ACTCTGGTGTGCG

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR3ES24TF 791 0 0
GG
CTCTCACTCGATCGGCAATGGCTGCCCCCAACTCCATTTTCACCGCCGCTCCATCGAGAA
ATCTCGCACGTATCTCTCTTCACCAGTCATCATTGTCTTCACTGTTGAGTCCCCGGGTCG
CCAGATCGAACTCCGTCGCGTTTCGTCCCAAACCCCGATCCAGCTCGCTAGTCTCGTGCT
CCTCCACCGATGAATCAAAGATCGCCGCCGCTGAGAAAGAGATCCCAATTGAACTCAGGT
ACGAGGCTTATCCGACAGTGATGGACATTAACCAGATACGAGACATTTTGCCTCACAGGT
TTCCGTTTCTGTTAGTGGATAGAGTGATAGAGTACACAGCTGGCGAATCTGCGGTAGCTA
TCAAGAACGTGACCATTAATGACAATTTCTTTCCTGGCCATTTCCCTGAGCGGCCCATTA
TGCCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATGGCTCAGGTGGGAGGTATAGTTATGCTGAATC
CAGAAGTGGGGGGATCTAAAAGCAACTTCTTCTTCGCTGGAGTCGACAAAGTCAGGTTCA
GGAAGCCTGTGATTGCTGGTGACACTCTGGTGATGAGAATGACGCTTGTGAAGCTGCAGA
AGCGGTTTGGGATAGCCAAAATGGAA*GGGAAAGCATACGTAGGGAACACTCTGGTGTGC
GAAAGGAGAGTTCTTGATGGCTATGGGAAAAGAAGAGGAGTGATCATCTTCTCTCATTGC
CTTTTGCTTTTTTTTT*CTTACACATTGAGACTCATTTCTATCTGTTTCTGTTATTTGTT
CCGTGTGTT

QA 3 791 3 791
DS 

RD RR3DI81JQ 771 0 0
GCTCCATCGAGAAATCTCGCACGTATCTCTCTTCACCAGTCATCATTGTCTTCACCGTTG
AGTCCCCGGGTCGCCAGATCGAACTCCGTCGCGTTTCGTCCCAAACCCCGATCCAGCTCG
CTAGTCTCGTGCTCCTCCACCGATGAATCAAAGATCGCCGCCGCTGAGAAAGAGATCCCA
ATTGAACTCAGGTACGAGGCTTATCCGACAGTGATGGACATTAACCAGATACGAGACATT
TTGCCTCACAGGTTTCCGTTTCTGTTAGTGGATAGAGTGATAGAGTACACAGCTGGCGAA
TCTGCGGTAGCTATCAAGAACGTGACCATTAATGACAATTTCTTTCCTGGCCATTTCCCT
GAGCGGCCCATTATGCCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATGGCTCAGGTGGGAGGTATA
GTGATGCTGAATCCAGAAGTGGGGGGATCTAAAAGCAACTTCTTCTTCGTTGGAGTCGAC
AAAGTCAGGTTCAGGAAGCCTGTGATTGCTGGTGACACTCTGGTGATGAGGATGACGCTT
GTGAAGCTGCAGAAGCGGTTTGGGATAGCCAAAATGGAA*GGGAAAGCATACGTAGGGAA
CACTCTGGTGTGCGAA*GGAGAGTTCTTGATGGCTATGGGAAAAGAAGAGGAGTGATCAT
CTTCTCTCATTGCCTTTTGCTTTTTTTTT*CTTACACATTGAGACTCATTTCTATCTGTT
TCTGTTATTTGTTCCGTGTGTTCTTGACCATTTAAAGAAAAGATTGAATC
G

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3AT93JQ 632 0 0
CCGATGAATCAAAGATCGCCGCCGCTGAGAAAGAGATCCCAATTGAACTCAGGTACGAGG
CTTATCCGACAGTGATGGACATTAACCAGATACGAGACATTTTGCCTCACAGGTTTCCGT
TTCTGTTAGTGGATAGAGTGATAGAGTACACAGCTGGCGAATCTGCGGTAGCTATCAAGA
ACGTGACCATTAATGACAATTTCTTTCCTGGCCATTTCCCTGAGCGGCCCATTATGCCTG
GTGTCCTCATGGTTGAGGCGATGGCTCAGGTGGGAGGTATAGTGATGCTGAATCCAGAAG
TGGGGGGATCTAAAAGCAACTTCTTCTTCGCTGGAGTCGACAAAGTCAGGTTCAGGAAGC
CTGTGATTGCTGGTGACACTCTGGTGATGAGGATGACGCTTGTGAAGCTGCAGAAGCGGT
TTGGGATAGCCAAAATGGAA*GGGAAAGCATACGTAGGGAACACTCTGGTGTGCGAA*GG
AGAGTTCTTGATGGCTATGGGAAAAGAAGAGGAGTGATCATCTTCTCTCATTGCCTTTTG
CTTTTTTTTT*CTTACACATTGAGACTCATTTCTATCTGTTTCTGTTATTTGTTCCGTGT
GTTCTTGACCATTTAAAGAAAAGATTGAATC
C

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3G857JQ 468 0 0
GCGGTAGCTATCGAGAACGTGACCATTAATGACAATTTCTTTCCTGGCCATTTCCCTGAG
CGGCCCATTATGCCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATGGCTCAGGTGGGAGGTATAGTG
ATGCTGAATCCAGAAGTGGGGGGATCTAAAAGCAACTTCTTCTTCGCTGGAGTCGACAAA
GTCAGGTTCAGGAAGCCTGTGATTGCTGGTGACACTCTGGTGATGAGGATGACGCTTGTG
AAGCTGCAGAAGCGGTTTGGGATAGCCAAAATGGAA*GGGAAAGCATACGTAGGGAACAC
TCTGGTGTGCGAA*GGAGAGTTCTTGATGGCTATGGGAAAAGAAGAGGAGTGATCATCTT
CTCTCATTGCCTTTTGCTTTTTTTTT*CTTACACATTGAGACTCATTTCTATCTGTTTCT
GTTATTTGTTCCGTGTGTTCTTGACCATTTAAAGAAAAGATTGAATC
G

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR3ES24JQ 549 0 0
GAGGCTTATCCGACAGTGATGGACATTAACCAGATACGAGACATTTTGCCTCACAGGTTT
CCGTTTCTGTTAGTGGATAGAGTGATAGAGTACACAGCTGGCGAATCTGCGGTAGCTATC
AAGAACGTGACCATTAATGACAATTTCTTTCCTGGCCATTTCCCTGAGCGGCCCATTATG
CCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATGGCTCAGGTGGGAGGTATAGTTATGCTGAATCCA
GAAGTGGGGGGATCTAAAAGCAACTTTTTTTTCGCTGGAGTCGACAAAGTCAGGTTCAGG
AAGCCTGTGATTGCTGGTGACACTCTGGTGATGAGAATGACGCTTGTGAAGCTGCAGAAG
CGGTTTGGGATAGCCAAAATGGAA*GGGAAAGCATACGTAGGGAACACTTTGGTGTGCGA
A*GGAGAGTTCTTGATGGCTATGGGAAAAGAAGAGGAGTGATCATCTTCTCTCATTGCCT
TTTGCTTTTTTTTTTCTTACACATTGAGACTCATTTCTATCTGTTTCTGTTATTTGTTCC
GTGTGTTCT

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR3FA30JQ 483 0 0
GCGGTAGCTATCAAGAACGTGACCATTAATGACAATTTCTTTCCTGGCCATTTCCCTGAG
CGGCCCATTATGCCTGGTGTCCTCATGGTTGAGGCGATGGCTCAGGTGGGAGGTATAGTG
ATGCTGAATCCAGAAGTGGGGGGATCTAAAAGCAACTTCTTCTTCGCTGGAGTCGACAAA
GTCAGGTTCAGGAAGCCTGTGATTGCTGGTGACACTCTGGTGATGAGGATGACGCTTGTG
AAGCTGCAGAAGCGGTTTGGGATAGCCAAAATGGAA*GGGAAAGCATACGTAGGGAACAC
TCTGGTGTGCGAA*GGAGAGTTCTTGATGGCTATGGGAAAAGAAGAGGAGTGATCATCTT
CTCTCATTGCCTTTTGCTTTTTTTTTTCTTACACATTGAGACTCATTTCTATCTGTTTCT
GTTATTTGTTCCGTGTGTTCTTGACCATTTAAAGAAAAGATTGAGTCGAAGTTATCACAT
CTC

QA 1 483 1 483
DS 



AS 2 13

CO CL93Contig1 887 9 13 U
GGAGAGTTATTGTTCCTCGCTCTTGAGAGATCGAAGGAAGGAACTGAGGAACAGATCTGA
AGAAGATGGAGTGCGTGTTCGGTCTCGTTGGTAATGGATTCGCTATCGTTGCGGCGGATA
CATCGGCGGTACACAGCATCCTTGTCCACAAGAACAACGAGGACAAGATCATGGCCCTTG
ACTCTCACAAGCTCATCGCCGCAAGCGGCGAGCCTGGTGACCGGGTTCAGTTCACGGAGT
ATGTACAGAAGAATGTGTCACTGTATCAGTTCCGGAACGGGATCCCTTTGACCACCGCTG
CTGCTGCTAACTTCACCCGTGGTGAGCTCGCCACTGCTTTGCGAAAGAATCCTTACTCTG
TGAACATCCTGATGGCTGGCTACGACAAGGAAGCAGGGGCATCTCTTTACTACATTGACT
ACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGCTTTCGGTTACGGCTCTTACTTCTCCC
TCTCCACTATGGACAGGCACTTCCGCGCCGACATGTCTGTCCAAGAAGCCATCGAATTGG
TCGACAAATGCATACTCGAGATCAGGTCCAGGCTGGTCATTGCCCCACCAAACTTTGTGA
TCAAGATCGTCGACAAGGATGGAGCTCGCGAGCACGCTTGGCGTCAGTCTGTACAAGATG
TCACCACTGCTGCTGTCTAAAACTCTCTCATGTTTTTTTTTTTTTT*ACTTTGTTTGAAC
TTGGCAAATTAGTTCCCATATGACTGTTTTAAACTTCGAAATTGAAAACGTTTTTACTTG
CTAAGTTGTGTATAGGAAGCAAAAACGTAATCAGCTTCTCTCACATCACATAAGCCTCCA
TTAATGTGTGAATCAGAAGGAAACTTAAATCAAAAATGTGTTTGGTC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 25 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 15 5 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL23TF U 1
AF RR3E736TF U 33
AF RR3FD18TF U 55
AF RR3GK49TF U 36
AF RR3CL23JQ C 5
AF RR3A655TF U 31
AF RR3GK49JQ C 36
AF RR3A655JQ C 147
AF RR3FD18JQ C 149
BS 1 358 RR3CL23TF
BS 359 359 RR3E736TF
BS 360 607 RR3CL23TF
BS 608 611 RR3E736TF
BS 612 681 RR3FD18TF
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BS 750 750 RR3A655TF
BS 751 767 RR3FD18TF
BS 768 797 RR3A655TF
BS 798 887 RR3A655JQ

RD RR3CL23TF 607 0 0
GGAGAGTTATTGTTCCTCGCTCTTGAGAGATCGAAGGAAGGAACTGAGGAACAGATCTGA
AGAAGATGGAGTGCGTGTTCGGTCTCGTTGGTAATGGATTCGCTATCGTTGCGGCGGATA
CATCGGCGGTACACAGCATCCTTGTCCACAAGAACAACGAGGACAAGATCATGGCCCTTG
ACTCTCACAAGCTCATCGCCGCAAGCGGCGAGCCTGGTGACCGGGTTCAGTTCACGGAGT
ATGTACAGAAGAATGTGTCACTGTATCAGTTCCGGAACGGGATCCCTTTGACCACCGCTG
CTGCTGCTAACTTCACCCGTGGTGAGCTCGCCACTGCTTTGCGAAAGAATCCTTACTCCG
TGAACATCCTGATGGCTGGCTACGACAAGGAAGCAGGGGCATCTCTTTACTACATTGACT
ACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGCTTTCGGTTACGGCTCTTACTTCTCCC
TCTCCACTATGGACAGGCACTTCCGCGCCGACATGTCTGTCCAAGAAGCCATCGAATTGG
TCGACAAATGCATACTCGAGATCAGGTCCAGGCTGGTCATTGCCCCACCAAACTTTGTGA
TCAAGAT

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3E736TF 579 0 0
GG
AGGAAGGAACTGAGGAACAGATCTGAAGAAGATGGAGTGCGTGTTCGGTCTCGTTGGTAA
TGGATTCGCTATCGTTGCGGCGGATACATCGGCGGTACACAGCATCCTTGTCCACAATAA
CAACGAGGACAAGATCATGGCCCTTGACTCTCACAAGCTCATCGCCGCAAGCGGCGAGCC
TGGTGACCGGGTTCAGTTCACGGAGTATGTACAGAAGAATGTGTCACTGTATCAGTTCCG
GAACGGGATCCCTTTGACCACCGCTGCTGCTGCTAACTTCACCCGTGGTGAGCTCGCCAC
TGCTTTGCGAAAGAATCCTTACTCTGTGAACATCCTGATGGCTGGCTACGATAAGGAAGC
AGGGGCATCTCTTTACTACATTGACTACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGC
TTTCGGTTACGGCTCTTACTTCTCCCTCTCCACTATGGACAGGTACTTCCGCGCCGACAT
GTCTGTCCAAGAAGCCATCGAATTGGTCGACAAATGCATACTCGAGATCAGGTCCAGGCT
GGTCATTGCCCCACCAAACTTTGTGATCAAGATCGTC

QA 3 579 3 579
DS 

RD RR3FD18TF 717 0 0
ATCTGAAGAAGATGGAGTGCGTGTTCGGTCTCGTTGGTAATGGATTCGCTATCGTTGCGG
CGGATACATCGGCGGTACACAGCATCCTTGTCCACAAGAACAACGAGGACAAGATCATGG
CCCTTGACTCTCACAAGCTCATCGCCGCAAGCGGCGAGCCTGGTGACCGGGTTCAGTTCA
CGGAGTATGTACAGAAGAATGTGTCACTGTATCAGTTCCGGAACGGGATCCCTTTGACCA
CCGCTGCTGCTGCCAACTTCACCCGTGGTGAGCTCGCCACTGCTTTGCGAAAGAATCCTT
ACTCTGTGAACATCCT*ATGGCTGGCTACGACAAGGAAGCAGGGGCATCTCTTTACTACA
TTGACTACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGCTTTCGGTTACGGCTCTTACT
TCTCCCTCTCCACTATGGACAGGCACTTCCGCGCCGACATGTCTGTCCAAGAAGCCATCG
AATTGGTCGACAAATGCATACTCGAGATCAGGTCCAGGCTGGTCATTGCCCCACCAAACT
TTGTGATCAAGATCGTCGACAAGGATGGAGCTCGCGAGCACGCTTGGCGTCAGTCTGTAC
AAGATGTCACCACTGCTGCTGTCTAAA*CTCTCTCATGTTTTTTTTTT*****ACTTTGT
TTGAACTTGGCAAATTAGTTCCCATATGACTGTTT*AAACTTCGAAATTGAAA
CGTT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3GK49TF 740 0 0
GGAAGGAACTGAGGAACAGATCTGAAGAAGATGGAGTGCGTGTTCGGTCTCGTTGGTAAT
GGATTCGCTATCGTTGCGGCGGATACATCGGCGGTACACAGCATCCTTGTCCACAAGAAC
AACGAGGACAAGATCATGGCCCTTGACTCTCACAAGCTCATCGCCGCAAGCGGCGAGCCT
GGTGACCGGGTTCAGTTCACGGAGTACGTTCAGAAGAATGTGTCACTGTATCAGTTCCGG
AACGGGATCCCTTTGACCACCGCTGCTGCTGCTAACTTCACCCGTGGTGAGCTCACCACT
GCTTTGCGAAAGAATCCTTACTCTGTGAACATCCTGATGGCTGGCTACGACAAGGAAGCA
GGGGCATCTCTTTACTACATTGACTACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGCT
TTCGGTTACGGCTCTTACTTCTCCCTCTCCACTATGGACAGGCACTTCCGCGCCGACATG
TCTGTCCAAGAAGCCATCGAATTGGTCGACAAATGCATACTCGAGATCAGGTCCAGGCTG
GTCATTGCTCCACCAAACTTTGTGATCAAGATCGTCGACAAGGATGTAGCTCGCGAGCAC
GCTTGGCGTCAGTCTGTACAAGATGTCACCACTGCTGCTGTCTAAAACTCTCTCATGTTT
TTTTTTTTTTTTACTTTGTTTGAACTTGGCAAATTAGTTCCCATATGACTGTTTTAAACT
TCGAAATTGAAAACGTTTTT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3CL23JQ 778 0 0
AGTTATTGTTCCTCGCTCTTGAGAGATCGAAGGAAGGAACTGAGGAACAGATCTGAAGAA
GATGGAGTGCGTGTTCGGTCTCGTTGGTAATGGATTCGCTATCGTTGCGGCGGATACATC
GGCGGTACACAGCATCCTTGTCCACAAGAACAACGAGGACAAGATCATGGCCCTTGACTC
TCACAAGCTCATCGCCGCAAGCGGCGAGCCTGGTGACCGGGTTCAGTTCACGGAGTATGT
ACAGAAGAATGTGTCACTGTATCAGTTCCGGAACGGGATCCCTTTGACCACCGCTGCTGC
TGCTAACTTCACCCGTGGTGAGCTCGCCACTGCTTTGCGAAAGAATCCTTACTCCGTGAA
CATCCTGATGGCTGGCTACGACAAGGAAGCAGGGGCATCTCTTTACTACATTGACTACAT
TGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGCTTTCGGTTACGGCTCTTACTTCTCCCTCTC
CACTATGGACAGGCACTTCCGCGCCGACATGTCTGTCCAAGAAGCCATCGAATTGGTCGA
CAAATGCATACTCGAGATCAGGTCCAGGCTGGTCATTGCCCCACCAAACTTTGTGATCAA
GATCGTCGACAAGGATGGAGCTCGCGAGCACGCTTGGCGTCAGTCTGTACAAGATGTCAC
CACTGCTGCTGTCTAAAACTCTCTCATGTTTTTTTTTTTT***ACTTTGTTTGAACTTGG
CAAATTAGTTCCCATATGACTGTTTTAAACTTCGAAATTGAAAACGTTTTTACTTGC
C

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3A655TF 767 0 0
GGGA
AGGAAGGAACTGAGGAACAGATCTGAAGAAGATGGAGTGCGTGTTCGGTCTCGTTGGTAA
TGGATTCGCTATCGTTGCGGCGGATACATCGGCGGTACACAGCATCCTTGTCCACAAGAA
CAACGAGGACAAGATCATGGCCCTTGACTCTCACAAGCTCATCGCCGCTTGCGGCGAGCC
TGGTGACCGGGTTCAGTTCACGGAGTATGTACAGAAGAATGTGTCACTGTATCAGTTCTG
GAACGGGATCCCTTTGACCACCGCTGCTGCTGCTAACCTCACCCGTGGTGAGCTCGCCAC
TGCTTTGCGAAAGAATCCTTACTCTGTGAACATCCTGATGGCTGGCTACGACAAGGAAGC
AGGGGCATCTCTTTACTACATTGACTACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGC
TTTCGGTTACGGCTCTTACTTCTCCCTCTCCACTATGGACAGGCACTTCCGCGCCGACAT
GTCTGTCCAAGAAGCCATCGAATTGGTCGACAAATGCATACTCGAGATCAGGTCCAGGCT
GGTCATTGCCCCACCAAACTTTGTGATCAAGATCGTCGACAAGGATGGAGCTCGCGAGCA
CGCTTGGCGTCAGTCTGTACAAGATGTCACCACTGCTGCTGTCTAAAACTCTCTCATGTT
TTTTTTTTTTTTTACTTTGTTTGAACTTGGCAAATTAGTTCCCATATGACTGTTTTAAAC
TTCGAAATTGAAAACGTTTTTACTTGCTAAGTTGTGTATAGGA

QA 5 767 5 767
DS 

RD RR3GK49JQ 747 0 0
GGAAGGAACTGAGGAACAGATCTGAAGAAGATGGAGTGCGTGTTCGGTCTCGTTGGTAAT
GGATTCGCTATCGTTGCGGCGGATACATCGGCGGTACACAGCATCCTTGTCCACAAGAAC
AACGAGGACAAGATCATGGCCCTTGACTCTCACAAGCTCATCGCCGCAAGCGGCGAGCCT
GGTGACCGGGTTCAGTTCACGGAGTACGTTCAGAAGAATGTGTCACTGTATCAGTTCCGG
AACGGGATCCCTTTGACCACCGCTGCTGCTGCTAACTTCACCCGTGGTGAGCTCACCACT
GCTTTGCGAAAGAATCCTTACTCTGTGAACATCCTGATGGCTGGCTACGACAAGGAAGCA
GGGGCATCTCTTTACTACATTGACTACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGCT
TTCGGTTACGGCTCTTACTTCTCCCTCTCCACTATGGACAGGCACTTCCGCGCCGACATG
TCTGTCCAAGAAGCCATCGAATTGGTCGACAAATGCATACTCGAGATCAGGTCCAGGCTG
GTCATTGCTCCACCAAACTTTGTGATCAAGATCGTCGACAAGGATGTAGCTCGCGAGCAC
GCTTGGCGTCAGTCTGTACAAGATGTCACCACTGCTGCTGTTTAAAACTCTCTCATGTTT
TTTTTTTTTTTTACTTTGTTTGAACTTGGCAAATTAGTTCCCATATGACTGTTTTAAACT
TCGAAATTGAAAACGTTTTTACTTGC
C

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3A655JQ 741 0 0
CACAAGAACAACGAGGACAAGATCATGGCCCTTGACTCTCACAAGCTCATCGCCGCTTGC
GGCGAGCCTGGTGACCGGGTTCAGTTCACGGAGTATGTACAGAAGAATGTGTCACTGTAT
CAGTTCTGGAACGGGATCCCTTTGACCACCGCTGCTGCTGCTAACCTCACCCGTGGTGAG
CTCGCCACTGCTTTGCGAAAGAATCCTTACTCTGTGAACATCCTGATGGCTGGCTACGAC
AAGGAAGCAGGGGCATCTCTTTACTACATTGACTACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGAC
AAGGGAGCTTTCGGTTACGGCTCTTACTTCTCCCTCTCCACTATGGACAGGCACTTCCGC
GCCGACATGTCTGTCCAAGAAGCCATCGAATTGGTCGACAAATGCATACTCGAGATCAGG
TCCAGGCTGGTCATTGCCCCACCAAACTTTGTGATCAAGATCGTCGACAAGGATGGAGCT
CGCGAGCACGCTTGGCGTCAGTCTGTACAAGATGTCACCACTGCTGCTGTCTAAAACTCT
CTCATGTTTTTTTTTTTTTT*ACTTTGTTTGAACTTGGCAAATTAGTTCCCATATGACTG
TTTTAAACTTCGAAATTGAAAACGTTTTTACTTGCTAAGTTGTGTATAGGAAGCAAAAAC
GTAATCAGCTTCTCTCACATCACATAAGCCTCCATTAATGTGTGAATCAGAAGGAAACTT
AAATCAAAAATGTGTTTGGTC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3FD18JQ 723 0 0
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CGAGCCTGGTGACCGGGTTCAGTTCACGGAGTATGTACAGAAGAATGTGTCACTGTATCA
GTTCCGGAACGGGATCCCTTTGACCACCGCTGCTGCTGCCAACTTCACCCGTGGTGAGCT
CGCCACTGCTTTGCGAAAGAATCCTTACTCTGTGAACATCCT*ATGGCTGGCTACGACAA
GGAAGCAGGGGCATCTCTTTACTACATTGACTACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAA
GGGAGCTTTCGGTTACGGCTCTTACTTCTCCCTCTCCACTATGGACAGGCACTTCCGCGC
CGACATGTCTGTCCAAGAAGCCATCGAATTGGTCGACAAATGCATACTCGAGATCAGGTC
CAGGCTGGTCATTGCCCCACCAAACTTTGTGATCAAGATCGTCGACAAGGATGGAGCTCG
CGAGCACGCTTGGCGTCAGTCTGTACAAGATGTCACCACTGCTGCTGTCTAAAACTCTCT
CATGTTTTTTTTTTT****ACTTTGTTTGAACTTGGCAAATTAGTTCCCATATGACTGTT
TTAAACTTCGAAATTGAAAACGTTTTTACTTGCTAAGTTGTGTATAGGAAGCAAAAACGT
AATCAGCTTCTCTCACATCACATAAGCCTCCATTAATGTGTGAATCAGAAGGAAACTTAA
ATC

QA 1 723 1 723
DS 



CO CL93Contig2 738 4 6 U
GGAAGGAACTGAGGAACAGGTCTGAAGAGAGATGGAGTGCGTGTTCGGTCTCGTTGGTAA
TGGATTCGCTATCGTTGCGGCGGATACATCGGCGGTACACAGCATCCTTGTCCACAAGAA
CAACGAGGACAAGATCATGCTCCTTGACTCACACAAGCTCATCGCTGCAAGCGGCGAGCC
TGGTGACCGGGTTCAGTTCACGGAGTATGTACAGAAGAATGTGTCACTGTATCAGTTCCG
GAACGGGATCCCTTTGACTACCGCTGCTGCTGCCAACTTCACTCGCGGTGAGCTCGCCAC
TGCTTTGCGAAAGAACCCGTACTCTGTGAACATCCTGATGGCTGGCTACGACAAAGAAGC
AGGGGCATCTCTCTACTACATTGACTACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGC
CTTCGGTTACGGCTCTTACTTCTCCCTCTCCACTATGGACAGGCACTTCCGCGCCGACAT
GTCTGTTGATGAAGCCATCGAATTGGTCGACAAGTGCATACTCAAGATCAGGTCCAGGCT
GGTCATTGCCCCACCCAACTTTGTGATCAAGATCGTCGACAAGGATGGAGCTCGCGAGCA
CGCTTGGCGTCAGTCTGTACAAGATGTCACCACTGCTGCTGTCTAAAAAAGTCTCTTACG
TTTTTTT*GTGTACTTATCTGACATTTGCTTTGATGTTCGAACTTGGAAAATTAGTTACT
GTTTTAAACTTTGAATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3C366JQ C 324
AF RR3F508TF U 1
AF RR3F508JQ C 112
AF RR3C366TF U 324
BS 1 523 RR3F508TF
BS 524 524 RR3C366TF
BS 525 689 RR3F508TF
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BS 694 694 RR3F508JQ
BS 695 738 RR3C366TF

RD RR3C366JQ 226 0 0
G
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QA 2 226 2 226
DS 

RD RR3F508TF 689 0 0
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TGGATTCGCTATCGTTGCGGCGGATACATCGGCGGTACACAGCATCCTTGTCCACAAGAA
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TGCTTTGCGAAAGAACCCGTACTCTGTGAACATCCTGATGGCTGGCTACGACAAAGAAGC
AGGGGCATCTCTCTACTACATTGACTACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGC
CTTCGGTTACGGCTCTTACTTCTCCCTCTCCACTATGGACAGGCACTTCCGCGCCGACAT
GTCTGTTGATGAAGCCATCGAATTGGTCGACAAGTGCATACTCGAGATCAGGTCCAGGCT
GGTCATTGCCCCACCCAACTTTGTGATCAAGATCGTCGACAAGGATGGAGCTCGCGAGCA
CGCTTGGCGTCAGTCTGTACAAGATGTCACCACTGCTGCTGTCTAAAAAAGTCTCTTACG
TTTTTTT*GTGTACTTATCTGACATTTGC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3F508JQ 623 0 0
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TCAGTTCCGGAACGGGATCCCTTTGACTACCGCTGCTGCTGCCAACTTCACTCGCGGTGA
GCTCGCCACTGCTTTGCGAAAGAACCCGTACTCTGTGAACATCCTGATGGCTGGCTACGA
CAAAGAAGCAGGGGCATCTCTCTACTACATTGACTACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGA
CAAGGGAGCCTTCGGTTACGGCTCTTACTTCTCCCTCTCCACTATGGACAGGCACTTCCG
CGCCGACATGTCTGTTGATGAAGCCATCGAATTGGTCGACAAGTGCATACTCGAGATCAG
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TTAGTTACTGTTTTAAACTTTG
C

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3C366TF 415 0 0
G
TGTGAACATCCTGATGGCTGGCTACGACAAAGAAGCAGGGGCATCTCTCTACTACATTGA
CTACATTGCAACTCTTCACAAGGTTGACAAGGGAGCCTTCGGTTACGGCTCTTACTTCTC
CCTCTCCACTATGGACAGGCACTTCCGCGCCGACATGTCTGTTGATGAAGCCATCGAATT
GGTCGACAAGTGCATACTCAAGATCAGGTCCAGGCTGGTCATTGCCCCACCCAACTTTGT
GATCAAGATCGTCGACAAGGATGGAGCTCGCGAGCACGCTTGGCGTCAGTCTGTACAAGA
TGTCACCACTGCTGCTGTCTAAAAAAGTCTCTTACGTTTTTTTTGTGTACTTATCTGACA
TTTGCTTTGCTGTTCGAACTTGGAAAATTAGTTACTGTTTTAAACTTTGAATTG

QA 2 415 2 415
DS 



AS 2 13

CO CL94Contig1 861 7 11 U
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CAACGAGTTCTGAAGGCAAGTCATTTGCAAACAAAGCAAACGATAGAATCTGAAGTCCTG
GAGAAGAGCTTCCAAAGGCGACAAAGGCCAAAGCAGGACCCTTCCCAGAGTTAAGCTGAA
AATGAAGAAGCCCTTGAGGGAACACC*ATAGAATCACCTTTCTCGAGAGTTTTCAAGTAA
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TCCGAAGCACCGGGGTGAGTGTGAAGAGGAATGACACCACCGCTGGCTAAGTCAAGACGA
GCCATTGAGACGCCAAGTCCATTGGTGCCTGCGAAAGCAGGAGCAAAGGCCGGAGTCACT
GCAGCTTTAATGATGTTGGAAGTGTTTCCAGCTTTGCCTAGACCGGAGAATGCGAAGTCA
TTTTCGGTGACCTGGTCAGGGTTCTTGCAAGAGTATCCTGATGGGCTTTGGGGACCCTTT
GGATCAGCTACACAAAAGTCTTGAACTGAGGCAAAAGATATGGATGAAACCAAGGAAAGG
ATGAAGAAAATATGGATTATCATTTTCATTTTCATTTTCATTTTCTTATAGATTATATAT
TAGAGAGTTTTGAAGTTATCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G452JQ U 496
AF RR3DF32JQ U 1
AF RR3H215JQ U 1
AF RR3EL11JQ U 49
AF RR3H215TF C 183
AF RR3EL11TF C 208
AF RR3DF32TF C 207
BS 1 222 RR3DF32JQ
BS 223 223 RR3H215JQ
BS 224 390 RR3DF32JQ
BS 391 391 RR3H215JQ
BS 392 437 RR3DF32JQ
BS 438 438 RR3H215JQ
BS 439 727 RR3DF32JQ
BS 728 768 RR3H215JQ
BS 769 807 RR3H215TF
BS 808 808 RR3EL11TF
BS 809 861 RR3H215TF

RD RR3G452JQ 153 0 0
TGAGTGTGAAGAGGAATGACACCACCGCTGGCTAAGTCAAGACGAGCCATTGAGACGCCA
AGTCCATTGGTGCCTGCGAAAGCAGGAGCAAAGGCCGGAGTCACTGCAGCTTTAATGATG
TTGGAAGTGTTTCCAGCTTTGCCTAGACCGGAG

QA 1 153 1 153
DS 

RD RR3DF32JQ 727 0 0
GACGTCTGCAATGGAATGTTTATTTCTTATTATAGTTCAAGCCAAATTGATTATAAATGA
AGCACTGAAAACAACACAAAATGACAACCATTAAAATAAAAATCAGAATGGCAGACGAAC
TTGAATTTAAAGAGATAAAAACACAAGAAAACTTTGAAAACAAAAGAGAAGCTTAATTAG
TTCCTCCAAGCACACCCTTAAGCTTCTTAACCTCTGCATCGCCAAGGAATGTAGTGGCTT
CAACGAGTTCTGAAGGCAAGTCATTTGCAAACAAAGCAAACGATAGAATCTGAAGTCCTG
GAGAAGAGCTTCCAAAGGCGACAAAGGCCAAAGCAGGACCCTTCCCAGAGTTAAGCTGAA
AATGAAGAAGCCCTTGAGGGAACACC*ATAAAATCACCTTTCTCGAGAGTTTTCAAGTAA
ACTTTGTTAGCAGAGGAAATAAATCCAGCGCAAATGGTTCCTTGTACGACTACAAGAACT
TCCGAAGCACCGGGGTGAGTGTGAAGAGGAATGACACCACCGCTGGCTAAGTCAAGACGA
GCCATTGAGACGCCAAGTCCATTGGTGCCTGCGAAAGCAGGAGCAAAGGCCGGAGTCACT
GCAGCTTTAATGATGTTGGAAGTGTTTCCAGCTTTGCCTAGACCGGAGAATGCGAAGTCA
TTTTCGGTGACCTGGTCAGGGTTCTTGCAAGAGTATCCTGATGGGCTTTGGGGACCCTTT
GGATCAG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3H215JQ 775 0 0
GG
CGTCTGCAATGGAATGTTTATTTCTTATTATAGTTCAAGCCAAATTGATTATAAATGAAG
CACTGAAAACAACACAAAATGACAACCATTAAAATAAAAATCAGAATGGCAGACGAACTT
GAATTTAAAGAGATAAAAACACAAGAAAACTTTGAAAACAAAAGAGAAGCTTAATTAGTT
CCTCCAAGCACACCCTTAAGCTTCTTAACCTCTGCATCGCTAAGGAATGTAGTGGCTTCA
ACGAGTTCTGAAGGCAAGTCATTTGCAAACAAAGCAAACGATAGAATCTGAAGTCCTGGA
GAAGAGCTTCCAAAGGCGACAAAGGCCAAAGCAGGACCCTTCCCAGAGTTAAGATGAAAA
TGAAGAAGCCCTTGAGGGAACACC*ATAGAATCACCTTTCTCGAGAGTTTTCAAGTAAAC
TTTGTTAGCAGAGGAGATAAATCCAGCGCAAATGGTTCCTTGTACGACTACAAGAACTTC
CGAAGCACCGGGGTGAGTGTGAAGAGGAATGACACCACCGCTGGCTAAGTCAAGACGAGC
CATTGGGACGCCAAGTCCATTGGTGCCTGCGAAAGCAGGAGCAAAGGCCGGAGTCACTGC
AGCTTTAATGATGTTGGAAGTGTTTCCAGCTTTGCCTAGACCGGAGAATGCGAAGTCATT
TTCGGTGACCTGGTCAGGGTTCTTGCAAGAGTATCCTGATGGGCTTTGGGGACCCTTTGG
ATCAGCTACACAAAAGTCTTGAACTGAGGCAAAAGATATGGATGAA
CCAAGAA

QA 3 768 3 768
DS 

RD RR3EL11JQ 698 0 0
GATTATAAATGAAGCACTGAAAACAACACAAAATGACAACCATTAAAATAAAAATCAGAA
TGGCAGACGAACTTGAATTTAAAGAGATAAAAACACAAGAAAACTTTGAAAACAAAAGAG
AAGCTTAATTAGTTCCTCCAAGCACACCCTTAAGCTTCTTAACCTCTGCATCGCTAAGGA
ATGTAGTGGCTTCAACGAGTTCTGAAGGCAAGTCATTTGCAAACAAAGCAAACGATAGAA
TCTGAAGTCCTGGAGAAGAGCTTCCAAAGGCGACAAAGGCCAAAGCAGGACCCTTCCCAG
AGTTAAGCTGAAAATGAAGAAGCCCTTGAGGGAACACC*ATAGAATCACCTTTCTCGAGA
GTTTTCAAGTAAACTTTGTTAGCAGAGGAGATAAATCCAGCGCAAATGGTTCCTTGTACG
ACTACAAGAACTTCCGAAGCACCGGGGTGAGTGTGAAGAGGAATGACACCACCGCTGGCT
AAGTCAAGACGAGCCATTGAGACGCCAAGTCCATTGGTGCCTGCGAAAGCAGGAGCAAAG
GCCGGAGTCACTGCAGCTTTAATGATGTTGGAAGTGTTTCCAGCTTTGCCTAGACCGGAG
AATGCGAAGTCATTTTCGGTGACCTGGTCAGGGTTCTTGCAAGAGTATCCTGATGGGCTT
TGGGGACCCTTTGGATCAGCTACACAAAAGTCTTGAAC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3H215TF 679 0 0
CCTCCAAGCACACCCTTAAGCTTCTTAAC*TCTGCATCGCTAAGGAATGTAGTGGCTTCA
ACGAGTTCTGAAGGCAAGTCATTTGCAAACAAAGCAAACGATAGAATCTGAAGTCCTGGA
GAAGAGCTTCCAAAGGCGACAAAGGCCAAAGCAGGACCCTTCCCAGAGTTAAGATGAAAA
TGAAGAAGCCCTTGAGGGAACACC*ATAGAATCACCTTTCTCGAGAGTTTTCAAGTAAAC
TTTGTTAGCAGAGGAGATAAATCCAGCGCAAATGGTTCCTTGTACGACTACAAGAACTTC
CGAAGCACCGGGGTGAGTGTGAAGAGGAATGACACCACCGCTGGCTAAGTCAAGACGAGC
CATTGGGACGCCAAGTCCATTGGTGCCTGCGAAAGCAGGAGCAAAGGCCGGAGTCACTGC
AGCTTTAATGATGTTGGAAGTGTTTCCAGCTTTGCCTAGACCGGAGAATGCGAAGTCATT
TTCGGTGACCTGGTCAGGGTTCTTGCAAGAGTATCCTGATGGGCTTTGGGGACCCTTTGG
ATCAGCTACACAAAAGTCTTGAACTGAGGCAAAAGATATGGATGAAACCAAGGAAAGGAT
GAAGAAAATATGGATTATCATTTTCGTTTTCATTTTCATTTTCTTATAGATTATATATTA
GAGAGTTTTGAAGTTATCC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3EL11TF 654 0 0
TAACCTCTGCATCGCTAAGGAATGTAGTGGCTTCAACGAGTTCTGAAGGCAAGTCATTTG
CAAACAAAGCAAACGATAGAATCTGAAGTCCTGGAGAAGAGCTTCCAAAGGCGACAAAGG
CCAAAGCAGGACCCTTCCCAGAGTTAAGCTGAAAATGAAGAAGCCCTTGAGGGAACACC*
ATAGAATCACCTTTCTCGAGAGTTTTCAAGTAAACTTTGTTAGCAGAGGAGATAAATCCA
GCGCAAATGGTTCCTTGTACGACTACAAGAACTTCCGAAGCACCGGGGTGAGTGTGAAGA
GGAATGACACCACCGCTGGCTAAGTCAAGACGAGCCATTGAGACGCCAAGTCCATTGGTG
CCTGCGAAAGCAGGAGCAAAGGCCGGAGTCACTGCAGCTTTAATGATGTTGGAAGTGTTT
CCAGCTTTGCCTAGACCGGAGAATGCGAAGTCATTTTCGGTGACCTGGTCAGGGTTCTTG
CAAGAGTATCCTGATGGGCTTTGGGGACCCTTTGGATCAGCTACACAAAAGTCTTGAACT
GAGGCAAAAGATATGGATGAAACCAAGGAAAGGATGAAGAAAATATGGATTATCATTTTC
ATTTTCATTTTCATTTTCTTATAGATTATATATTAGAGAGTTTTGAAGTTATCC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3DF32TF 655 0 0
TCTAA
CTCTGCATCGCCAAGGAATGTAGTGGCT*CAACGAGTTCTGAAGGCAAGTCATTTGCAAA
CAAAGCAAACGATAGAATCTGAAGTCCTGGAGAAGAGCTTCCAAAGGCGACAAAGGCCAA
AGCAGGACCCTTCCCAGAGTTAAGCTGAAAATGAAGAAGCCCTTGAGGGAACACCCATAG
AATCACCTTTCTCGAGAGTTTTCAAGTAAACTTTGTTAGCAGAGGAGATAAATCCAGCGC
AAATGGTTCCTTGTACGACTACAAGAACTTCCGAAGCACCGGGGTGAGTGTGAAGAGGAA
TGACACCACCGCTGGCTAAGTCAAGACGAGCCATTGAGACGCCAAGTCCATTGGTGCCTG
CGAAAGCAGGAGCAAAGGCCGGAGTCACTGCAGCTTTAATGATGTTGGAAGTGTTTCCAG
CTTTGCCTAGACCGGAGAATGCGAAGTCATTTTCGGTGACCTGGTCAGGGTTCTTGCAAG
AGTATCCTGATGGGCTTTGGGGACCCTTTGGATCAGCTACACAAAAGTCTTGAACTGAGG
CAAAAGATATGGATGAAACCAAGGAAAGGATGAAGAAAATATGGATTATCATTTTCATTT
TCATTTTCATTTTCTTATAGATTATATATTAGAGAGTTTTGAAGTTATCC

QA 6 655 6 655
DS 



CO CL94Contig2 838 6 11 U
GGATAACTTCACTCTCTAATAATCTATAAGAAAATGAAAATGATAATCCATATTTTCTTC
ACCCTTTCCTTCGTTTCATCCATATCTTTTGCCTCAGTTCAAGACTTTTGTGTAGCTGAT
CCAAAGGGTCCCCAAAGCCCATCAGGATACTCTTGCAAGAACCCTGACCAGGTCACCGAG
AATGACTTCGCATTCTCTGGTCTAGGCAAAGCTGGAAACACTTCCAACATCATTAAAGCT
GCAGTGACTCCGGCCTTTGCTCCTGCGTTCGCAGGCACCAATGGACTTGGCGTCTCAATG
GCTCGTCTTGACTTAGCCAGCGGTGGTGTCATTCCTCTTCACACTCATCCCGGTGCTTCG
GAAGTTCTTGTAGTCGTACAAGGAACCATTTGCGCTGGATTTATCTCCTCTGCTAACAAA
GTTTACTTGAAGACTCTCGAGAAAGGTGATTCTATGGTGTTCCCTCAAGGGCTTCTTCAT
TTTCAGCTTAACTCTGGGAAGGGTCCTGCATTGGCTTTTGTTGCTTTTGGAAGCTCCTCT
CCGGGGCTCCAGATTCTATCGTTTGCTTTGTTTGCAAATGACTTGCCTTCAGAACTTGTT
GAAGCCACTACGTTCCTTAGCGATGCGGAGGTTAAGAAGCTTAAGGGTGTGCTTGGAGGA
ACTAATTAAGCTTCTCTTTTGTTTTCAAAGTTTTCTTGTGTGTTTTATCTCTTTAAATTC
AAGTTCGTCTGCCATTCTGATTTTTATTTTAATGGTTTCTGTGTTGTTATTGATTTCAGT
GCTTCATTTATAATCACTTTGGCTTGAACTAAGGAATAAACATTCCATTGCAGACGTC


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3DO71TF U 1
AF RR3FG15TF U 1
AF RR3BC40TF U 2
AF RR3DO71JQ C 2
AF RR3BC40JQ C 22
AF RR3FG15JQ C 97
BS 1 474 RR3DO71TF
BS 475 475 RR3FG15TF
BS 476 537 RR3DO71TF
BS 538 611 RR3FG15TF
BS 612 612 RR3BC40TF
BS 613 679 RR3FG15TF
BS 680 680 RR3BC40TF
BS 681 735 RR3FG15TF
BS 736 809 RR3BC40TF
BS 810 811 RR3DO71JQ
BS 812 838 RR3BC40JQ

RD RR3DO71TF 537 0 0
GGATAACTTCACTCTCTAATAATCTATAAGAAAATGAAAATGATAATCCATATTTTCTTC
ACCCTTTCCTTCGTTTCATCCATATCTTTTGCCTCAGTTCAAGACTTTTGTGTAGCTGAT
CCAAAGGGTCCCCAAAGCCCATCAGGATACTCTTGCAAGAACCCTGACCAGGTCACCGAG
AATGACTTCGCATTCTCTGGTCTAGGCAAAGCTGGAAACACTTCCAACATCATTAAAGCT
GCAGTGACTCCGGCCTTTGCTCCTGCGTTCGCAGGCACCAATGGACTTGGCGTCTCAATG
GCTCGTCTTGACTTAGCCAGCGGTGGTGTCATTCCTCTTCACACTCATCCCGGTGCTTCG
GAAGTTCTTGTAGTCGTACAAGGAACCATTTGCGCTGGATTTATCTCCTCTGCTAACAAA
GTTTACTTGAAGACTCTCGAGAAAGGTGATTCTATGGTGTTCCCTCAAGGGCTT*TTCAT
TTTCAGCTTAACTCTGGGAAGGGTCCTGCATTGGCTTTTGTTGCTTTTGGAAGCTCC

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR3FG15TF 735 0 0
G
GATAACTTCACTCTCTAATAATCTATAAGAAAATGAAAATGATAATCCATATTTTCTTCA
CCCTTTCCCTCGTTTCATCCATATCTTTTGCCTCAGTTCAAGACTTTTGTGTAGCTGATC
CAAAGGGTCCCCAAAGCCCATCAGGATACTCTTGCAAGAACCCTGACCAGGTCACCGAGA
ATGACTTCGCATTCTCTGGTCTAGGCAAAGCTGGAAACACTTCCAACATCATTAAAGCTG
CAGTGACTCCGGCCTTTGCTCCTGCGTTCGCAGGCACCAATGGACTTGGCGTCTCAATGG
CTCGTCTTGACTTAGCCAGCGGTGGTGTCATTCCTCTTCACACTCATCCCGGTGCTTCGG
AAGTTCTTGTAGTCGTACAAGGAACCATTTGCGCTGGATTTATCTCCTCTGCCAACAAAG
TTTACTTGAAGACTCTCGAGAAAGGTGATTCTATGGTGTTCCCTCAAGGGCTTCTTCATT
TTCAGCTTAACTCTGGGAAGGGTCCTGCATTGGCTTTTGTTGCTTTTGGAAGCTCCTCTC
CGGGGCTCCAGATTCTATCGTTTGCTTTGTTTGCAAATGACTTGCCTTCAGAACTTGTTG
AAGCCACTACTTTCCTTAGCGATGCGGAGGTTAAGAAGCTTAAGGGTGTGCTTGGAGGAA
CTAATTAAGCTTCTCTTT*GTTTTCAAAGTTTTCTTGTGTGTTTTATCTCTTTAAATTCA
AGTTCGTCTGCCAT

QA 2 735 2 735
DS 

RD RR3BC40TF 808 0 0
GATAACTTCACTCTCTAATAATCTATAAGAAAATGAAAATGATAATCCATATTTTCTTCA
CCCTTTCCTTCGTTTCATCCATATCTTTTGCCTCAGTTCAAGACTTTTGTGTAGCTGATC
CAAAGGGTCCCCAAAGCCCATCAGGATACTCTTGCAAGAACCCTGACCAGGTCACCGAGA
ATGACTTCGCATTCTCTGGTCTAGGCAAAGCTGGAAACACTTCCAACATCATTAAAGCTG
CAGTGACTCCGGCCTTTGCTCCTGCGTTCGCAGGCACCAATGGACTTGGCGTCTCAATGG
CTCGTCTTGACTTAGCCAGCGGTGGTGTCATTCCTCTTCACACTCATCCCGGTGCTTCGG
AAGTTCTTGTAGTCGTACAAGGAACCATTTGCGCTGGATTTATCTCCTCTGCTAACAAAG
TTTACTTGAAGACTCTCGAGAAAGGTGATTCTATGGTGTTCCCTCAAGGGCTTCTTCATT
TTCAGCTTAACTCTGGGAAGGGTCCTGCATTGGCTTTTGTTGCTTTTGGAAGCTCCTCTC
CGGGGCTCCAGATTCTATCGTTTGCTTTGTTTGCAAATGACTTGCCTTCAGAACTTGTTG
AAGCCACTACGTTCCTTAGCGATGCGGAGGTTAAGAAGCTTAAGGGTGTGCTTGGAGGAA
CTAATTAAGCTTCTCTTTTGTTTTCAAAGTTTTCTTGTGTGTTTTATCTCTTTAAATTCA
AGTTCGTCTGCCATTCTGATTTTTATTTTAATGGTTTCTGTGTTGTTATTGATTTCAGTG
CTTCATTTATAATCACTTTGGCTTGAAC

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3DO71JQ 813 0 0
GATAACTTCACTCTCTAATAATCTATAAGAAAATGAAAATGATAATCCATATTTTCTTCA
CCCTTTCCTTCGTTTCATCCATATCTTTTGCCTCAGTTCAAGACTTTTGTGTAGCTGATC
CAAAGGGTCCCCAAAGCCCATCAGGATACTCTTGCAAGAACCCTGACCAGGTCACCGAGA
ATGACTTCGCATTCTCTGGTCTAGGCAAAGCTGGAAACACTTCCAACATCATTAAAGCTG
CAGTGACTCCGGCCTTTGCTCCTGCGTTCGCAGGCACCAATGGACTTGGCGTCTCAATGG
CTCGTCTTGACTTAGCCAGCGGTGGTGTCATTCCTCTTCACACTCATCCCGGTGCTTCGG
AAGTTCTTGTAGTCGTACAAGGAACCATTTGCGCTGGATTTATCTCCTCTGCTAACAAAG
TTTACTTGAAGACTCTCGAGAAAGGTGATTCTATGGTGTTCCCTCAAGGGCTT*TTCATT
TTCAGCTTAACTCTGGGAAGGGTCCTGCATTGGCTTTTGTTGCTTTTGGAAGCTCCTCTC
CGGGGCTCCAGATTCTATCGTTTGCTTTGTTTGCAAATGACTTGCCTTCAGAACTTGTTG
AAGCCACTACGTTCCTTAGCGATGCGGAGGTTAAGAAGCTTAAGGGTGTGCTTGGAGGAA
CTAATTAAGCTTCTCTTTTGTTTTCAAAGTTTTCTTGTGTGTTTTATCTCTTTAAATTCA
AGTTCGTCTGCCATTCTGATTTTTATTTTAATGGTTTCTGTGTTGTTATTGATTTCAGTG
CTTCATTTATAATCACTTTGGCTTGAACTA
AGG

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3BC40JQ 817 0 0
ATCTATAAGAAAATGAAAATGATAATCCATATTTTCTTCACCCTTTCTTTCGTTTCATCC
ATATCTTTTGCCTCAGTTCAAGACTTTTGTGTAGCTGATCCAAAGGGTCCCCAAAGCCCA
TCAGGATACTCTTGCAAGAACCCTGACCAGGTCACCGAGAATGACTTCGCATTCTCTGGT
CTAGGCAAAGCTGGAAACACTTCCAACATCATTAAAGCTGCAGTGACTCCGGCCTTTGCT
CCTGCGTTCGCAGGCACCAATGGACTTGGCGTCTCAATGGCTCGTCTTGACTTAGCCAGC
GGTGGTGTCATTCCTCTTCACACTCATCCCGGTGCTTCGGAAGTTCTTGTAGTCGTACAA
GGAACCATTTGCGCTGGATTTATCTCCTCTGCTAACAAAGTTTACTTGAAGACTCTCGAG
AAAGGTGATTCTATGGTGTTCCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAG
GGTCCTGCATTGGCTTTTGTTGCTTTTGGAAGCTCCTCTCCGGGGCTCCAGATTCTATCG
TTTGCTTTGTTTGCAAATGACTTGCCTTCAGAACTTGTTGAAGCCACTACGTTCCTTAGC
GATGCGGAGGTTAAGAAGCTTAAGGGTGTGCTTGGAGGAACTAATTAAGCTTCTCTTTTG
TTTTCAAAGTTTTCTTGTGTGTTTTATCTCTTTAAATTCAAGTTCGTCTGCCATTCTGAT
TTTTATTTTAATGGTTTCTGTGTTGTTATTGATTTCAGTGCTTCATTTATAATCACTTTG
GCTTGAACTAAGGAATAAACATTCCATTGCAGACGTC

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3FG15JQ 737 0 0
GTTCAAGACTTTTGTGTAGCTGATCCAAAGGGTCCCCAAAGCCCATCAGGATACTCTTGC
AAGAACCCTGACCAGGTCACCGAGAATGACTTCGCATTCTCTGGTCTAGGCAAAGCTGGA
AACACTTCCAACATCATTAAAGCTGCAGTGACTCCGGCCTTTGCTCCTGCGTTCGCAGGC
ACCAATGGACTTGGCGTCTCAATGGCTCGTCTTGACTTAGCCAGCGGTGGTGTCATTCCT
CTTCACACTCATCCCGGTGCTTCGGAAGTTCTTGTAGTCGTACAAGGAACCATTTGCGCT
GGATTTATCTCCTCTGCCAACAAAGTTTACTTGAAGACTCTCGAGAAAGGTGATTCTATG
GTGTTCCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAGGGTCCTGCATTGGCT
TTTGTTGCTTTTGGAAGCTCCTCTCCGGGGCTCCAGATTCTATCGTTTGCTTTGTTTGCA
AATGACTTGCCTTCAGAACTTGTTGAAGCCACTACTTTCCTTAGCGATGCGGAGGTTAAG
AAGCTTAAGGGTGTGCTTGGAGGAACTAATTAAGCTTCTCTTTTGTTTTCAAAGTTTTCT
TGTGTGTTTTATCTCTTTAAATTCAAGTTCGTCTGCCATTCTGATTTTTATTTTAATGGT
TTCTGTGTTGTTATTGATTTCAGTGCTTCATTTATAATCACTTTGGCTTGAACTAAGGAA
TAAACATTCCATTGCAG

QA 1 737 1 737
DS 



AS 2 10

CO CL95Contig1 773 4 5 U
AGATCGAAACGAGCGAATAACTTCATTCAAATCAAAGGGGCACCATGCAGTGAGTCATGG
GATATGTTGACAATCACAACATTTGACTAGAAACAGCTTTATGTTCCCTTGCACATATCC
TAAACAACTCCATCCAATGCAGAAGAAAAAGGGAAAGAAGAAAGCATTCACTAAAACATA
ATGAACCTTGACTTATTGAAACTGAAATGGGAGAGAGGGCATATCATTTGATTGTTGTTC
CCTTTAGCAGGTACAAAATTATTCAGACGGGTCTTGGAGCTGGGCAGTAGACAAATCATT
GATGTGCGGATACACTGCTTTTTCATCCAGCTGGTTCTGAGCCCAAACCAGCATCTTCAA
CAAGCTTGGAAGTTTCGGATCTTTTTCATGACTCTGGCTTGTAAGAATTGCTGCGTTCAC
TTCAATTGCTGTCTTGAGACGGTGGGAGATGTCAAGAAGATCTTTAACAGGACAGTTAGA
GGCGTCTTCAAAAACAAGCAGAGCTACAGTTTTTTCCAGTTCTTGCAGAAACGCTTGGTT
TTCTTCGCCACGTGGAGCAAGTTCCTCCTGAGCAAACTCCAAGGCTTCTTCAGTCTTGCC
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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3AL12JQ U 1
AF RR3CE82JQ U 11
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C

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GAAAC
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CGTGGAGCAAGTTCCTCCTGAGCAAACTCCAAGGCTTCTTCA
C

QA 6 587 6 587
DS 

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TAAACAACTCCATCCAATGCAGAAGAAAAAGGGAAAGAAGAAAGCATTCACTAAAACATA
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QA 1 773 1 773
DS 

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QA 1 712 1 712
DS 



CO CL95Contig2 1179 6 19 U
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CCCGCCCCCCCTAATTATTCTACAATCTCGTCAAGAGGA


BQ
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30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C967JQ U 1
AF RR3C967TF C 1
AF RR3FY51JQ U 61
AF RR3AL75JQ U 162
AF RR3A690JQ U 231
AF RR3FY51TF C 503
BS 1 469 RR3C967JQ
BS 470 857 RR3FY51JQ
BS 858 858 RR3AL75JQ
BS 859 867 RR3FY51JQ
BS 868 927 RR3AL75JQ
BS 928 928 RR3A690JQ
BS 929 947 RR3AL75JQ
BS 948 949 RR3A690JQ
BS 950 950 RR3AL75JQ
BS 951 952 RR3A690JQ
BS 953 954 RR3AL75JQ
BS 955 956 RR3A690JQ
BS 957 959 RR3AL75JQ
BS 960 962 RR3A690JQ
BS 963 969 RR3AL75JQ
BS 970 992 RR3A690JQ
BS 993 993 RR3FY51TF
BS 994 1002 RR3A690JQ
BS 1003 1179 RR3FY51TF

RD RR3C967JQ 469 0 0
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GACAATCACAACATTTGACTAGAAACAGCTTTATGTTCCCTTTGCACATATCCTAAACAA
TTCCATCCAATGCAAAAGAAAAAGGGAAAGAAGAAAGCATTCGCTAAAACATAATGAACC
TTGATTTATTGAAATTGAAATGGGAGAGAGGGCATATCATCGATTGTTGTTCCCTTTAGC
AGGTACAAAATTATTCAGACGGGTCTTGGAGCTGGGCAGTAGACAAATCATTGATGTGCG
GATACACTGCTTTCTCATCCAGCTGGTTCTGAGCCCAAACCAGCATTTTCAACAAGCTTG
GAAGTTTCGGATCTTCTTCATGACGCTGGCTTGTAAGAATTGCTGCGTTCACTTCACTTG
CAGTCTTAAGACGGTGGGAGATGTCGAGAAGATCTTTAACAGGACAGTT

QA 1 469 1 469
DS 

RD RR3C967TF 481 0 0
CTGAA
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TCACAACATTTGACTAGAAACAGCTTTATGTTCCCTTTGCACATATCCTAAACAATTCCA
TCCAATGCAAAAGAAAAAGGGAAAGAAGAAAGCATTCGCTAAAACATAATGAACCTTGAT
TTATTGAAATTGAAATGGGAGAGAGGGCATATCATCGATTGTTGTTCCCTTTAGCAGGTA
CAAAATTATTCAGACGGGTCTTGGAGCTGGGCAGTAGACAAATCATTGATGTGCGGATAC
ACTGCTTTCTCATCCAGCTGGTTCTGAGCCCAAACCAGCATTTTCAACAAGCTTGGAAGT
TTCGGATCTTCTTCATGACGCTGGCTTGTAAGAATTGCTGCGTTCACTTCACTTGCAGTC
TTAAGACGGTGGGAGATGTCGAGAAGATCTTTAACAGGACAGTTAGAGGCATCTTC

QA 6 481 6 481
DS 

RD RR3FY51JQ 807 0 0
GACAATCACAACATTTGACTAGAAACAGCTTTATGTTCCCTTTGCACATATCCTAAACAA
TTCCATCCAATGCGAAAGAAAAAGGGAAAGAAGAAAGCATTCGCTAAAACATAATGAACC
TTGATTTATTGAAATTGAAATGGGAGAGAGGGCATATCATCGATTGTTGTTCCCTTTAGC
AGGTACAAAATTATTCAGACGGGTCTTAGAGCTGGGCAGTAGACAAATCATTGATGTGCG
GATACACTGCTTTCTCATCCAGCTGGTTCTGAGCCCAAACCAGCATTTTCAACAAGCTTG
GAAGTTTCGGATCTTTTTCATGACTCTGGCTTGTAAGAATTGCTGCGTTCACTTCACTTG
CAGTCTTAAGACGGTGGGAGATGTCGAGAAGATCTTTAACAGGACGGTTAGAGGCATCTT
CAAAAACAAGCAGAGCTACAGTTTTTTCCAGTTCTTGCAGAAACGCTTGATTTTCCTCGC
CACGTGGAGCAAGTTCATCCTGAGCAAACTCCAAGGCTTCTTCAGTCTTGCCTTGACGAA
TAAGTTCAATCAACCTTTGCTGCTGAAGATGAAAGAAGAGCTCGGGGTTTGTGTCTAGTA
TCTCAGGATTCAAGTCATTAACTTTTTCAATAGCATCCTCGACATTGCCGTTTTGAACAG
CCTTTTTAACAGCCATTCGATCAGTGATGGTTGCAAGATCTATCTCTGGTTTGGTGCCAG
ACTCCCTTTGGAACTTGTCAGCAGCTTCAACATAACCCTCAGTGACAAGGAAGTTCATGA
CGAGAGTGTTCATGTCT*CTTTCCTAA

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3AL75JQ 810 0 0
CGCTAAAACATAATGAACCTTGATTTATTGAAATTGAAATGGGAGAGAGGGCATATCATC
GATTGTTGTTCCCTTTAGCAGGTACAAAATTATTCAAACGGGTCTTGGAGCTGGACAGTA
GACAAATCATTGATGTGCGGATACACTGCTTTCTCATCCAGCTGGTTCTGAGCCCAAACC
AGCATTTTCAACAAGCTTGGAAGTTTCGGACCTTTTTCATGACTCTGGCTTGTAAGAATT
GCTGCGTTCACTTCACTTGCAGTCTTAAGACGGTGGGAGATGTCGAGAAGATCTTTAACA
GGACAGTTAGAGGCATCTTCAAAAACAAGCAGAGCTACAGTTTTTTCCAGTTCTTGCAGA
AACGCTTGATTTTCCTCGCCACGTGGAGCAAGTTCCTCCTGAGCAAACTCCAAGGCTTCT
TCAGTCTTGCCTTGACGAATAAGTTCAATCAACCTTTGCTGCTGAAGATGAAGGAAGAGC
TCGGGGTTTGTGTCTAGTATCTCAGGATTCAAGTCATTAACTTTTTCAATAGCATCCTCG
ACATTGCCGTTTTGAACAGCCTTTTTAACAGCCATTCGATCAGTGATGGTTGCAAGATCT
ATCTCTGGTTTGGTGCCAGACTCCCTTTGGAACTTGTCAGCAGCTTCAACATAACCCTCA
GTGACAAGGAAGTTCATGACGAGAGTGTTCATGTCTTCTTTCCTAAGCTTTACAGCGTTT
AGCTTCTTCTCCCACTCTTCACGCGTTATAACTTTCTTCGATGTCGTCATATCGTCGTCG
TCCTGAG*AGAGAGAATCTGGCGAAACAAA

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3A690JQ 791 0 0
TCCCTTTAGCAGGTACAAAATTATTCAGACGGGTCTTGGAGCTGGGCAGTAGACAAATCA
TTGATGTGCGGATACACTGCTTTCTCATCCAGCTGGTTCTGAGCCCAAACCAGCATTTTC
AACAAGCTTGGAAGTTTCGGAACTTTTTCATGACTCTGGCTTGTAAGAATTGCTGCGTTC
ACTTCACTTGCAGTCTTAAGACGGTGGGAGATGTCGAGAAGATCTTTAACAGGACAGTTA
GAGGCATCTTCAAAAACAAGCAGAGCTACAGTTTTTTCCAGTTCTTGCAGAAACGCTTGA
TTTTCCTCGCCACGTGGAGCAAGTTCCTCCTGAGCAAACTCCAAGGCTTCTTCAGTCTTG
CCTTGACGAATAAGTTCAATCAACCTTTGCTGCTGAAGATGAAAGAAGAGCTCGGGGTTT
GTGTCTAGTATCTCAGGATTCAAGTCATTAACTTTTTCAATAGCATCCTCGACATTGCCG
TTTTGAACAGCCTTTTTAACAGCCATTCGATCAGTGATGGTTGCAAGATCTATCTCTGGT
TTGGTGCCAGACTCCCTTTGGAACTTGTCAGCAGCTTCAACATAACCCTCAGTGACAAGG
AAGTTCATGACGAGAGTGTTCATGTCTTCTTTCCTAAGCTTTACAGCGTTTAGCTTCTTC
TCCCACTCTTCACGCGTTATAACTTTCTTCGATGTCGCCATATCGTCGTCGTCCTGATTA
ATGAAGATC***CGAAACAGTGACATTAGAACGCGAGTACGG*TCTCATATT
TTGGATCTCAATTCACTTC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3FY51TF 677 0 0
TTTTTCCAGT*CTTGCAGAAACGCTTGATTTTCCTCGCCACGTGGAGCAAGTTCATCGTG
AGCAAACTCCAAGGCTTCTTCAGTCTTGCCTTGACGAATAAGTTCAATCAACCTTTGCTG
CTGAAGATGAAAGAAGAGCTCGGGGTTTGTGTCTAGTATCTCAGGATTCAAGTCATTAAC
TTTTTCAATAGCATCCTCGACATTGCCGTTTTGAACAGCCTTTTTAACAGCCATTCGATC
AGTGATGGTTGCAAGATCTATCTCTGGTTTGGTGCCAGACTCCCTTTGGAACTTGTCAGC
AGCTTCAACATAACCCTCAGTGACAAGGAAGTTCATGACGAGAGTGTTCATGTCTTCTTT
CCTAAGCTTTACAGCGTTTAGCTTCTTCTCCCACTCTTCACGCGTTATAACTTTCTTCGA
TGTCGCCATATCGTCGTCGTCCTGATTAATGAAGATC***CGAAACAGTGACAT*AGAAG
GCGAGTACGGGTCTCATATTTTGGATCTCAATTCAACTTCTTACCTGGAGAAAAAAAAAG
ACGATCTCTCTGAGAGAGAGAATCTGGCGAAACAAAGACGGTGATTCTTTCTGGAGAACT
TGATTGCTTCTAGATTTCCTGCGAAACTTGATTGCTTCCCCGCCCCCCCTAATTATTCTA
CAATCTCGTCAAGAGGA

QA 1 677 1 677
DS 



AS 3 13

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TCGAAGAAAGACAGCTTATAGTGTTTTTACGAAGCAACTTGAATGATAAACTGGAGAGAG
AGAGAGACAAAAACCAACTTCGAAGTGTGTGCCCGCACAAGAGTCAAGGGCACAACTGAA
CGATGATGAATCTCATTGGTGGGAAATCAAAGTCTTCTTCCTCTGCGTCCACCCTTTCTA
CGTGTACTGTCGGTGGGAATTGGAGTCACATCCTCAATACGACCAATCTTCATGCCAGAA
CGAGCAAGGGCTCTGAGAGCAGACTGAGCACCAGGGCCTGGAGTCTTGGTTTTGTTTCCT
CCAGTGGCACGGAGCTTCACGTGCATTGCTGTGATGCCAAGCTCCTTGCATCTTTGAGCA
ACATCTTGAGCTGCAAGCATAGCAGCATAAGGAGAAGACTCATCACGATCAGCCTTAACC
TTCATCCCACCGGTGATACGGACGAGTGTTTCTCTTCCGGACAGATCAGTCACATGAATG
AAAGTGTCATTGAAAGAAGCAAGACATTTTCTCTCGAGAAAGACCGAAGAAATAGCAGAG
AAAGTTTTTATTTAGATTGATCGTTTATAGAAAGTTAATCACAGAATCC


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D318JQ U 1
AF RR3AR35JQ U 1
AF RR3AR35TF C 1
BS 1 649 RR3AR35JQ

RD RR3D318JQ 513 0 0
GC
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AGTGGCACGGAGCTTCACGTGCATTGCTGTGATGCCAAGCTCCTTGCATCTTTGAGCAAC
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CATCCCACCGGTGATACGGACGAGTGTTTCT

QA 3 513 3 513
DS 

RD RR3AR35JQ 649 0 0
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TCGAAGAAAGACAGCTTATAGTGTTTTTACGAAGCAACTTGAATGATAAACTGGAGAGAG
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CCAGTGGCACGGAGCTTCACGTGCATTGCTGTGATGCCAAGCTCCTTGCATCTTTGAGCA
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AAAGTGTCATTGAAAGAAGCAAGACATTTTCTCTCGAGAAAGACCGAAGAAATAGCAGAG
AAAGTTTTTATTTAGATTGATCGTTTATAGAAAGTTAATCACAGAATCC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3AR35TF 649 0 0
GT
TCACTAACAATTCTTCTCGTTCCCAAAACTCCAAAATGCAAGAGTTAAGTTTACAAAGTC
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AGAGACAAAAACCAACTTCGAAGTGTGTGCCCGCACAAGAGTCAAGGGCACAACTGAACG
ATGATGAATCTCATTGGTGGGAAATCAAAGTCTTCTTCCTCTGCGTCCACCCTTTCTACG
TGTACTGTCGGTGGGAATTGGAGTCACATCCTCAATACGACCAATCTTCATGCCAGAACG
AGCAAGGGCTCTGAGAGCAGACTGAGCACCAGGGCCTGGAGTCTTGGTTTTGTTTCCTCC
AGTGGCACGGAGCTTCACGTGCATTGCTGTGATGCCAAGCTCCTTGCATCTTTGAGCAAC
ATCTTGAGCTGCAAGCATAGCAGCATAAGGAGAAGACTCATCACGATCAGCCTTAACCTT
CATCCCACCGGTGATACGGACGAGTGTTTCTCTTCCGGACAGATCAGTCACATGAATGAA
AGTGTCATTGAAAGAAGCAAGACATTTTCTCTCGAGAAAGACCGAAGAAATAGCAGAGAA
AGTTTTTATTTAGATTGATCGTTTATAGAAAGTTAATCACAGAATCC

QA 3 649 3 649
DS 



CO CL96Contig2 460 3 8 U
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CTGTGATGCCAAGCTCCTTGCATCTTTGAGCAACATCTTGGGCGGCAAGCATAGCAGCAT
AAGGAGAGGATTCATCACGGTCAGCCTTCACCTTCATCCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB60JQ U 1
AF RR3EB60TF C 1
AF RR3F628JQ U 1
BS 1 51 RR3EB60JQ
BS 52 52 RR3F628JQ
BS 53 64 RR3EB60JQ
BS 65 65 RR3F628JQ
BS 66 181 RR3EB60JQ
BS 182 182 RR3F628JQ
BS 183 287 RR3EB60JQ
BS 288 460 RR3F628JQ

RD RR3EB60JQ 288 0 0
AATGCAAAATAACTCCAAATGTATAAATGTTTTACAATGCTCAACAAAGACAAAAGTTTT
CAAACCAAACTTGACAGGATGAAATGGAGAGACAAAACTAACTTCAAAGTGTGTACCCAA
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AAAGTCTTCTTCCTCTTCGTCCACCCTTTCTACGTGTACTGTCTGTGGGAATTGGAGTCA
CGTCCTCAATACGACCAATCTTCATGCCAAAACGAGCAAGGGCTCTG
C

QA 1 287 1 287
DS 

RD RR3EB60TF 288 0 0
AATGCAAAATAACTCCAAATGTATAAATGTTTTACAATGCTCAACAAAGACGAAAGTTTT
CAAAGCAAACTTGACAGGATGAAATGGAGAGACAAAACTAACTTCAAAGTGTGTACCCAA
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AGAGTCTTCTTCCTCTTCGTCCACCCTTTCTACGTGTACTGTCTGTGGGAATTGGAGTCA
CGTCCTCAATACGACCAATCTTCATGCCAGAACGAGCAAGGGCTCTG
C

QA 1 287 1 287
DS 

RD RR3F628JQ 460 0 0
AATGCAAAATAACTCCAAATGTATAAATGTTTTACAATGCTCAACAAAGACGAAAGTTTT
CAAAGCAAACTTGACAGGATGAAATGGAGAGACAAAACTAACTTCAAAGTGTGTACCCAA
AAAACTACACGAGTCAAGGGTACAACAGCTGAACGATCATGAGGCTCTCATAGGGCAATC
AGAGTCTTCTTCCTCTTCGTCCACCCTTTCTACGTGTACTGTCTGTGGGAATTGGAGTCA
CGTCCTCAATACGACCAATCTTCATGCCAAAACGAGCAAGGGCTCTGAAAGCAAACTGAG
CACCAGGGCCTGGAGTCTTGGTTTTGTTTCCTCCAGTGGCACGGAGCTTCACGTGCATGG
CTGTGATGCCAAGCTCCTTGCATCTTTGAGCAACATCTTGGGCGGCAAGCATAGCAGCAT
AAGGAGAGGATTCATCACGGTCAGCCTTCACCTTCATCCC

QA 1 460 1 460
DS 



CO CL96Contig3 753 7 24 U
GGTTCTCTTTCTTGTTACCACTGCCTTTCTTTCCAGAGACGCGCATCCACAAGCCCTAAG
CAAATCGTCTCCTGTCTCTCATCCACTGGTGAACATGTCGAGGAGAAAGACCAGAGAGCC
CAAGGAGGAAACCGTCACTCTCGGACCTGCTGTTCGTGACGGAGAGCAAGTCTTCGGTGT
TGTTCACATCTTTGCTTCTTTCAATGACACTTTCATTCATGTGACTGATCTGTCCGGAAG
AGAAACACTCGTCCGTATCACCGGTGGGATGAAGGTTAAGGCTGATCGTGATGAGTCTTC
TCCTTATGCTGCTATGCTTGCAGCTCAAGATGTTGCTCAAAGATGCAAGGAGCTTGGCAT
CACAGCAATGCACGTGAAGCTCCGTGCCACTGGAGGAAACAAAACCAAGACTCCAGGCCC
TGGTGCTCAGTCTGCTCTCAGAGCCCTTGCTCGTTCTGGCATGAAGATTGGTCGTATTGA
GGATGTGACTCCAATTCCCACCGACAGTACACGTAGAAAGGGTGGACGCAGAGGAAGAAG
ACTTTGATTTCCCACCAATGAGATTCATCATCGTTCAGTTGTGCCCTTGACTCTTGTGCG
GGCACACACTTCGAAGTTGGTTTTTGTCTCTCTCTCTCTCCAGTTTATCATTCAAGTTGC
TTCGTAAAA*CACTATAAGCTGTCTTTCTTCGACTTTGTAAACTTAACTCTTGCATTTTG
GAGTTTTGGGAACGAGAAGAATTGTTAGTGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 10 10 

AF RR3DW08TF U 36
AF RR3G686TF U 1
AF RR3BR58TF U 12
AF RR3DZ50TF U 12
AF RR3D318TF U 16
AF RR3DW08JQ C 60
AF RR3DZ50JQ C 146
BS 1 73 RR3G686TF
BS 74 74 RR3BR58TF
BS 75 82 RR3G686TF
BS 83 83 RR3BR58TF
BS 84 86 RR3G686TF
BS 87 87 RR3BR58TF
BS 88 147 RR3G686TF
BS 148 148 RR3BR58TF
BS 149 246 RR3G686TF
BS 247 247 RR3BR58TF
BS 248 347 RR3G686TF
BS 348 348 RR3BR58TF
BS 349 363 RR3G686TF
BS 364 364 RR3BR58TF
BS 365 640 RR3G686TF
BS 641 684 RR3BR58TF
BS 685 697 RR3DZ50TF
BS 698 726 RR3D318TF
BS 727 727 RR3DW08JQ
BS 728 729 RR3D318TF
BS 730 730 RR3DW08JQ
BS 731 737 RR3D318TF
BS 738 738 RR3DW08JQ
BS 739 753 RR3D318TF

RD RR3DW08TF 443 0 0
GG
GACGCGCATCCACAAGCCCTAAGCAAATCGTCTCCTGTCTCTCATCCACTGGTGAACATG
TCGAGGAGAAAGACCAGAGAGCCCAAGGAGGAAACCGTCACTCTCGGACCTGCTGTTCGT
GACGGAGAGCAAGTCTTCGGTGTTGTTCACATCTTTGCTTCTTTCAATGACACTTTCATT
CATGTGACTGATCTGTCCGGAAGAGAAACACTCGTCCGTATCACCGGTGGGATGAAGGTT
AAGGCTGATCGTGATGAGTCTTCTCCTTATGCTGCTATGCTTGCAGCTCAAGATGTTGCT
CAAAGATGCAAGGAGCTTGGCATCACAGCAATGCACGTGAAGCTCCGTGCCACTGGAGGA
AACAAAACCAAGACTCCAGGCCCTGGTGCTCAGTCTGCTCTCAGAGCCCTTGCTCGTTCT
GGCATGAAGATTGGTCGTATT

QA 3 443 3 443
DS 

RD RR3G686TF 647 0 0
GGTTCTCTTTCTTGTTACCACTGCCTTTCTTTCCAGAGACGCGCATCCACAAGCCCTAAG
CAAATCGTCTCCTCTCTCTCATACACCGGTGAACATGTCGAGGAGAAAGACCAGAGAGCC
CAAGGAGGAAACCGTCACTCTCGGACCAGCTGTTCGTGACGGAGAGCAAGTCTTCGGTGT
TGTTCACATCTTTGCTTCTTTCAATGACACTTTCATTCATGTGACTGATCTGTCCGGAAG
AGAAACTCTCGTCCGTATCACCGGTGGGATGAAGGTTAAGGCTGATCGTGATGAGTCTTC
TCCTTATGCTGCTATGCTTGCAGCTCAAGATGTTGCTCAAAGATGCAGGGAGCTTGGCAT
CACTGCAATGCACGTGAAGCTCCGTGCCACTGGAGGAAACAAAACCAAGACTCCAGGCCC
TGGTGCTCAGTCTGCTCTCAGAGCCCTTGCTCGTTCTGGCATGAAGATTGGTCGTATTGA
GGATGTGACTCCAATTCCCACCGACAGTACACGTAGAAAGGGTGGACGCAGAGGAAGAAG
ACTTTGATTTCCCACCAATGAGATTCATCATCGTTCAGTTGTGCCCTTGACTCTTGTGCG
GGCACACACTTCGAAGTTGGTTTTTGTCTCTCTCTCTCTC
TCTCTCC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3BR58TF 673 0 0
GGGTT
ACCACTGCCTTTCTTTCCAGAGACGCGCATCCACAAGCCCTAAGCAAATCGTCTCCTGTC
TCTCATCCACTGGTGAACATGTCGAGGAGAAAGACCAGAGAGCCCAAGGAGGAAACCGTC
ACTCTCGGACCTGCTGTTCGTGACGGAGAGCAAGTCTTCGGTGTTGTTCACATCTTTGCT
TCTTTCAATGACACTTTCATTCATGTGACTGATCTGTCCGGAAGAGAAACACTCGTCCGT
ATCACCGGTGGGATGAAGGTTAAGGCTGATCGTGATGAGTCTTCTCCTTATGCTGCTATG
CTTGCAGCTTAAGATGTTGCTCAAAGATGCAAGGAGCTTGGCATCACAGCAATGCACGTG
AAGCTCCGTGCCACTGGAGGAAACAAAACCAAGACTCCAGGCCCTGGTGCTCAGTCTGCT
CTCAGAGCCCTTGCTCGTTCTGGCATGAAGATTGGTCGTATTGAGGATGTGACTCCAATT
CCCACCGACAGTACACGTAGAAAGGGTGGACGCAGAGGAAGAAGACTTTGATTTCCCACC
AATGAGATTCATCATCGTTCAGTTGTGCCCTTGACTCTTGTGCGGGCACACACTTCGAAG
TTGGTTTTTGTCTCTCTCTCTCTCCAGTTTATCATTCAAGTTGCTTCGTAAAA*CACTAT
AAGCTGTC

QA 6 673 6 673
DS 

RD RR3DZ50TF 686 0 0
GGGTT
ACCACTGCCTTTCTTTCCAGAGACGCGCATCCACAAGCCCTAAGCAAATCGTCTCCTGTC
TCTCATCCACTGGTGAACATGTCGAGGAGAAAGACCAGAGAGCCCAAGGAGGAAACCGTC
ACTCTTGGACCTGCTGTTCGTGACGGAGAGCAAGTCTTCGGTGTTGTCCACATCTTTGCT
TCTTTCAATGACACTTTCATTCATGTGACTGATCTGTCCGGAAGAGAAACACTCGTCCGT
ATCACCGGTGGGATGAAGGTTAAGGCTGATCGTGATGAGTCTTCTCCTTATGCTGCTATG
CTTGCAGCTCAAGATGTTGCTCAAAGATGCAAGGAGCTTGGCATCACAGCAATGCACGTG
AAGCTCCGTGCCACTGGAGGAAACAAAACCAAGACTCCAGGCCCTGGTGCTCAGTCTGCT
CTCAGAGCCCTTGCTCGTTCTGGCATGAAGATTGGTCGTATTGAGGATGTGACTCCAATT
CCCACCGACAGTACACGTAGAAAGGGTGGACGCAGAGGAAGAAGACTTTGATTTCCCACC
AATGAGATTCATCATCGTTCAGTTGTGCCCTTGACTCTTGTGCGGGCACACACTTCGAAG
TTGGTTTTT*TCTCTCTCTCTCTCCAGTTTATCATTCAAGTTGCTTCGTAAAA*CACTAT
AAGCTGTCTTTCTTCGACTTT

QA 6 686 6 686
DS 

RD RR3D318TF 738 0 0
G
ACCACTGCCTTTCTTTCCAGAGACGCGCATCCACAAGCCCTAAGCAAATCGTCTCCTGTC
TCTCATCCACTGGTGAACATGTCGAGGAGAAAGACCAGAGAGCCCAAGGAGGAAACCGTC
ACTCTCGGACCTGCTGTTCGTGACGGAGAGCAAGTCTTCGGTGTTGTTCACATCTTTGCT
TCTTTCAATGACACTTTCATTCATGTGACTGACCTGTCCGGAAGAGAAACACTCGTCCGT
ATCACCGGTGGGATGAAGGTTAAGGCTGATCGTGATGAGTCTTCTCCTTATGCTGCTATG
CTTGCAGCTCAAGATGTTGCTCAAAGATGCAAGGAGCTTGGCATCACAGCAATGCACGTG
AAGCTCCGTGCCACTGGAGGAAACAAAACCAAGACTCCAGGCCCTGGTGCTCAGTCTGCT
CTCAGAGCCCTTGCTCGTTCTGGCATGAAGATTGGTCGTATTGAGGATGTGACTCCAATT
CCCACCGACAGTACACGTAGAAAGGGTGGACGCAGAGGAAGAAGACTTTGATTTCCCACC
AATGAGATTCATCATCGTTCAGTTGTGCCCTTGACTCTTGTGCGGGCACACACTTCGAAG
TTGGTTTTTGTCTCTCTCTCTCTCCAGTTTATCATTCAAGTTGCTTCGTAAAA*CACTAT
AAGCTGTCTTTCTTCGACTTTGTAAACTTAACTCTTGCATTTTGGAGTTT*GGTAACGAG
A*GAATTGTTAGTGAGC

QA 2 738 2 738
DS 

RD RR3DW08JQ 694 0 0
GCAAATCGTCTCCTGTCTCTCATCCACTGGTGAACATGTCGAGGAGAAAGACCAGAGAGC
CCAAGGAGGAAACCGTCACTCTCGGACCTGCTGTTCGTGACGGAGAGCAAGTCTTCGGTG
TTGTTCACATCTTTGCTTCTTTCAATGACACTTTCATTCATGTGACTGATCTGTCCGGAA
GAGAAACACTCGTCCGTATCACCGGTGGGATGAAGGTTAAGGCTGATCGTGATGAGTCTT
CTCCTTATGCTGCTATGCTTGCAGCTCAAGATGTTGCTCAAAGATGCAAGGAGCTTGGCA
TCACAGCAATGCACGTGAAGCTCCGTGCCACTGGAGGAAACAAAACCAAGACTCCAGGCC
CTGGTGCTCAGTCTGCTCTCAGAGCCCTTGCTCGTTCTGGCATGAAGATTGGTCGTATTG
AGGATGTGACTCCAATCCCCACCGACAGTACACGTAGAAAGGGTGGACGCAGAGGAAGAA
GACTTTGATTTCCCACCAATGAGATTCATCATCGTTCAGTTGTGCCCTTGACTCTTGTGC
GGGCACACACTTCGAAGTTGGTTTTTGTCTCTCTCTCTCTCCAGTTTATCATTCAAGTTG
CTTCGTAAAAACACTATAAGCTGTCTTTCTTCGACTTTGTAAACTTAACTCTTGCATTTT
GGAGTTTTGGGAACGAGAAGAATTGTTAGTGA
GC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3DZ50JQ 605 0 0
CCTGCTGTTCGTGACGGAGAGCAAGTCTTCGGTGTTGTCCACATCTTTGCTTCTTTCAAT
GACACTTTCATTCATGTGACTGATCTGTCCGGAAGAGAAACACTCGTCCGTATCACCGGT
GGGATGAAGGTTAAGGCTGATCGTGATGAGTCTTCTCCTTATGCTGCTATGCTTGCAGCT
CAAGATGTTGCTCAAAGATGCAAGGAGCTTGGCATCACAGCAATGCACGTGAAGCTCCGT
GCCACTGGAGGAAACAAAACCAAGACTCCAGGCCCTGGTGCTCAGTTTGCTTTCAGAGCC
CTTGCTCGTTTTGGCATGAAGATTGGTCGTATTGAGGATGTGACTCCAATTCCCACCGAC
AGTACACGTAGAAAGGGTGGACGCAGAGGAAGAAGACTTTGATTTCCCACCAATGAGATT
CATCATCGTTCAGTTGTGCCCTTGACTCTTGTGCGGGCACACACTTCGAAGTTGGTTTTT
*TCTCTCTCTCTCTCCAGTTTATCATTCAAGTTGCTTCGTAAAAACACTATAAGCTGTCT
TTTTTCGACTTTGTAAACTTAACTCTTGCATTTTGGAGTTTTGGGAACGAGAAGAATTGT
TAGTG

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 14

CO CL97Contig1 1439 14 21 U
GAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGGTAAGTTCCGACCCGCACGAA
AGGCGTAACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGA
AGATGCGGACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTTCACTGTTCCCTGGGA
TTGGCTTTGGGCTTTTCCTGCGCAGCTTAGGTGGAAGGCGAAGAAGGCCTCCTTCCGGGG
GGGCCCGAGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCTAGAATTCTAACCTTGTGTCAG
TACCTACGGGCCAAGGGACAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGGGCGTAGGCCTCCCAA
AAGGTAACGGAGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGAGATTGGCCCTCGAGTGCA
AAGGCAGAAGGGAGCTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGCCTT
AGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGGG
ATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGGAAGGTTTGGCACCTCGATGTC
GGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAA*GGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAA
GCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGC
GTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGG
TGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGC
TGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTCCGACTTCCCC
AGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGT
GACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGA
TAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGA
CTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCA
TAGTTCAACTCTTTGACAACACGAAAAAACCATTGTTCAACTCTTTGACAACATAAAAAA
ACCAAAAATTCTGCCCTTCTATCCAAAGGATGGAGGGGGCGGAGGCCTTTGGTGTCCACT
CCAGTCAAGAATTGGAGCCTCACAATCACTAGCCAATATGCTTTTCTCGCATGCCTTTCT
TCGTTCATGGTTCGATATTCTGGTGTCCTAGGCGTAGAGGAACAACACCAATCCATCCCG
AACTTGGTGGTTAAACTCTACTGCGGTGACGATACTGTAGGGGAGGTCCTGCGGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 70 70 70 70 55 70 55 70 70 40 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 60 45 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF41TF U 1
AF RR3D254TF U 519
AF RR3GF41JQ C 444
AF RR3AZ51JQ C 770
AF RR3AZ51TF U 770
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AF RR3D254JQ C 605
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AF RR3EO56TF U 727
AF RR3DD59TF U 670
AF RR3DD59JQ C 1117
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AGGCGTAACGATCTGGGCACTGTCTCGGAGAGAGGCTCGGTGAAATAGACATGTCTGTGA
AGATGCGGACTACCTGCACCTGGACAGAAAGACCCTATGAAGCTTCACTGTTCCCTGGGA
TTGGCTTTGGGCTTTTCCTGCGCAGCTTAGGTGGAAGGCGAAGAAGGCCTCCTTCCGGGG
GGGCCCGAGCCATCAGTGAGATACCACTCTGGAAGAGCTAGAATTCTAACCTTGTGTCAG
TACCTACGGGCCAAGGGACAGTCTCAGGTAGACAGTTTCTATGGGGCGTAGGCCTCCCAA
AAGGTAACGGAGGCGTGCAAAGGTTTCCTCGGGCCGGACGGAGATTGGCCCTCGAGTGCA
AAGGCAGAAGGGAGCTTGACTGCAAGACCCACCCGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGCCTT
AGTGATCCGACGGTGCCGAGTGGAAGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGGG
ATAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGCTCACATCGACGGGAAGGTTTGGCACCTCGATGTC
GGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAAAGGGTTGGGCTGTTCTCCCATTAAA
GCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGTTGTGGGC
GTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGT

QA 1 750 1 750
DS 

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GG
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AGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAA*GGGT
TGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTC
GGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGAC
CGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCA
AGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGC
TCTCCTATTCCGACTTCCCCAGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTC
CGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGA
CGAGCCGTTTATCATTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGG
CATCCTAACAGACCGGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATTAATTCG

QA 3 597 3 597
DS 

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AAGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGGGATAACAGGCTGATCTTCCCCAAG
AGCTCACATCGACGGGAAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGT
AGTATGTTCCAA*GGGTTGGGCTGTTCTCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGA
ACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGTTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTT
CCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGG
TAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCC
CACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTCCGACTTCCCCAGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGA
GACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACAGAAGTTTTGAGAATTCAAG
AGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGT
GATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGAC
CTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGTTCAACTCTTTGACAACACG

QA 1 720 1 720
DS 

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G
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GGATAACTGCTGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTC
CGACTTCCCCATAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCG
GGGATGGAGTGACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTT
ATCATTACGACAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGTATCCTAACA
GACCGGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCA
TCTATTTTCATAGTTCAACTCTTTGACAACA
AG

QA 2 392 2 392
DS 

RD RR3AZ51TF 394 0 0
G
GCACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGC
GGATAACTGCTGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTC
CGACTTCCCCATAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCG
GGGATGGAGTGACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTT
ATCATTACGACAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGTATCCTAACA
GACCGGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCA
TCTATTTTCATAGTTCAACTCTTTGACAACA
AG

QA 2 392 2 392
DS 

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G
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GGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGA
GGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGATGTACCAGTTATCGT
GCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCATCTAAGT
AGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTCCGACTTCCCCAGAGCCTCCGGTAGC
ACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACAGAAGTTTTGAG
AATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGGTGTCAAGTGGA
AGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGCAGACTTGAACCTTGTTCC
TACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGTTCAACTCTTTG
ACAACAC

QA 2 548 2 548
DS 

RD RR3AX19TF 548 0 0
G
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GGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGA
GGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGATGTACCAGTTATCGT
GCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCATCTAAGT
AGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTCCGACTTCCCCAGAGCCTCCGGTAGC
ACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACAGAAGTTTTGAG
AATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGGTGTCAAGTGGA
AGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGCAGACTTGAACCTTGTTCC
TACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGTTCAACTCTTTG
ACAACAC

QA 2 548 2 548
DS 

RD RR3GO75JQ 590 0 0
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CTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAA*GGGTTGGGCTGTTCG
CCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCC
GGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACG
CACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCG
GATAACTGCTGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTCC
GACTTCCCCAGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCGG
GGATGGAGTGACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAACCGTTTA
TCATTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAG
ACCGGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCAT
CTATTTTCATAGTTCAACTCTTTGACAACACG

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DS 

RD RR3GO75TF 590 0 0
GGCGACGGGAAGGTTTGG
CTCGATGTCGGCTCTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAA*GGGTTGGGCTGTTCG
CCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCC
GGTGTGGGCGTTAGAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACG
CACCTCTGGTGTACCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCG
GATAACTGCTGAAAGCATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTCC
GACTTCCCCAGAGCCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCGG
GGATGGAGTGACAGAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAACCGTTTA
TCATTACGATAGGTGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAG
ACCGGTAGACTTGAACCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCAT
CTATTTTCATAGTTCAACTCTTTGACAACACG

QA 19 590 19 590
DS 

RD RR3D254JQ 558 0 0
CTTCGCCACCTGGGGCTGTAGTATGTTCCAA*GGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGG
TACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTA
GAGCATTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACTTCTGGTGTA
CCAGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAA
AGCATTTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTTTCCTATTCCGACTTCCCCAGAG
CCTCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTTTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACA
GAAGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGG
TGTCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTG
AACCTTGTTCCTACATGACCTGATTAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGT
TCAACTCTTTGACAACAC

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DS 

RD RR3EO56JQ 437 0 0
GCATTGGGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTTTGGTGTACC
AGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAG
CATTTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCCCTCCTATTCCGACTTCCCCAGAGCC
TCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTTTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACAGA
AGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGGTG
TCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTGAA
CCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGTTC
AACTCTTTGACAACACG

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DS 

RD RR3EO56TF 437 0 0
GCATTGGGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACC
AGTTATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAG
CATCTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCCCTCCTATTCCGACTTCCCCAGAGCC
TCCGGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACAGA
AGTTTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGGTG
TCAAGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTGAA
CCTTGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGTTC
AACTCTTTGACAACACG

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR3DD59TF 685 0 0
GAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTGTGGGCGTTAGAGCA
TTGAGAGGACCTTTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCTCTGGTGTACCAGT
TATCGTGCCCACGGTAAACGCTGGGTAGCCAAGTGCGGAGCGGATAACTGCTGAAAGCAT
CTAAGTAGTAAGCCCACCCCAAGATGAGTGCTCTCCTATTCCGACTTCCCCAGAGCCTCC
GGTAGCACAGCCGAGACAGCAACGGGTTCTCCGCCCCTGCGGGGATGGAGTGACAGAAGT
TTTGAGAATTCAAGAGAAGGTCACGGCGAGACGAGCCGTTTATCATTACGATAGGTGTCA
AGTGGAAGTGCAGTGATGTATGCAGCTGAGGCATCCTAACAGACCGGTAGACTTGAACCT
TGTTCCTACATGACCTGATCAATTCGATCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGTTCAAC
TCTTTGACAACACGAAAAAACCATTGTTCAACTCTTTGACAACATAAAAAAACCAAAAAT
TCTGCCCTTCTATCCAAGGGATGGAGGGGGCGGAGGCCTTTGGTGTCCACTCCAGTCAAG
AATTGGAGCCTCACAATCACTAGCCAATATGCTTTTCTCGCATGCCTTTCTTCGTTCATG
GTTCGATATTCTGGTGTCCTAG
CGT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3DD59JQ 323 0 0
TCAGGCACTCGCCATCTATTTTCATAGTTCAACTCTTTGACAACACGAAAAAACCATTGT
TCAACTCTTTGACAACATAAAAAAACCAAAAATTCTGCCCTTCTATCCAAAGGATGGAGG
GG*CGGAGGCCTTTGGTGTCCACTCCAGTCAAGAATTGGAGCCTCACAATCACTAGCCAA
TATGCTTTTCTCGCATGCCTTTCTTCGTTCATGGTTCGATATTCTGGTGTCCTAGGCGTA
GAGGAACAACACCAATCCATCCCGAACTTGGTGGTTAAACTCTACTGCGGTGACGATACT
GTAGGGGAGGTCCTGCGGAAAAA

QA 1 323 1 323
DS 



AS 1 14

CO CL98Contig1 1263 14 14 U
GGGAAGCAAACACACAAATTGTTAACAAAAAAAAACAAAATGGAGAAGAAACAGTTTTGG
ATGAACTTGAGAGAGGAAGACTTAACCGAAGAGACCAAGACTCTAATCTCTTCACTTCCT
TCGGAGAAAGAGTACCTTGGTGGAAACCTCTGCAAGTACCAAGGTTCTTGGTATTACTAC
AACTTTCTCCAAGGTGTCCTCAATGTCCAGAGTGGTTTTCAGCCTCAAGACACCGATGTC
ATCGTCGCATCATTCCCCAAATGCGGTACCTTATGGCTCAAGGCACTCACTGTGGCGCTC
TTTGAGAGATCCAAGAACCGTTCCTCTGAGGATCAACATCCTCTTTTCTCCAACAACCCT
CATAACCTCGTACCGGTTCTCGAGATGAATCTGTACCGCGACACCCCAGAACCGGACTTG
ACCAAGCTCTTATCGTCATCTCCAAGGCTCTTTTCGACTCACATGCCGTTCCTTACGCTG
CAAGAAGCTCTCAAAGACTCTCCTTGCAAGGTGGTGTACATTTGCCGGGATGCTAAGGAC
TCTCTGGTGTCACGTTGGCATATCATTTGCAGGTGTCTGAATAAAGAAGAGGACAGAAGC
ATTCTCGAGTCTATGTTCGAGTCTTTCTGCAGTGGGGTTTGCTTGTTTGGTCCCTTTTGG
GATCATATCCTGAGTTACTGGAAAGCTAGCTTGGAAAACCCTAAGCGTGTTCTGTTTATG
AAGTACGATGAAGTGAAGACAGATACTCGTGGTCAGCTCAAGAGACTTGCAGAGTTCTTG
GGTTGTCCCTTTTCTGAGGAAGAAGAAAACAATGGATCTGTGGATGAGATCTTGGAGATG
TGCTCTCTGACTAGCCTCAGCAGCTTGGAGGTTAACAAGACAGGAAAATCGATCAATGGT
ATTGACTACAAGAACCATTTCCGCAAAGGGATAGTTGGTGACTGGAAGAATTATCTAACT
CCGGAGATGGGGAAGAAAATCGACATGATCATGGAGGAGAAACTCAAAGATTCCGGTTTA
AAGTTCTGAGTTATGTCCTGAAATGCATTGTGGTAATAATAAAGTAGCTTGTTCCTTTGA
TGTAATGTAAGGTTCATGCTTTGTAATTCTGAATTATGTCATGTGTTGTTTGTGTGTTTT
GTTTTATTTCCCTTGAGTGATGTCATGTCTTGTTTGTGTGCGTGTTTTATTCC*CCCCGA
GTGATATCATGTCATGTTTGTGTGTGTTGTTTAATAAAAAAGTACATTGACGTTGTGTGA
CTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 25 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 35 55 
55 55 60 60 45 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3GC69TF U 7
AF RR3CV65TF U 8
AF RR3GJ24TF U 20
AF RR3G044TF U 10
AF RR3AV50TF U 1
AF RR3CR71TF U 10
AF RR3EW15TF U 10
AF RR3B762JQ C 908
AF RR3B242TF U 272
AF RR3GC69JQ C 423
AF RR3B242JQ C 665
AF RR3GJ24JQ C 581
AF RR3G044JQ C 476
AF RR3EW15JQ C 373
BS 1 111 RR3AV50TF
BS 112 112 RR3GC69TF
BS 113 313 RR3AV50TF
BS 314 314 RR3GC69TF
BS 315 381 RR3AV50TF
BS 382 382 RR3GC69TF
BS 383 798 RR3AV50TF
BS 799 800 RR3EW15TF
BS 801 917 RR3B242TF
BS 918 918 RR3EW15JQ
BS 919 1091 RR3B242TF
BS 1092 1092 RR3EW15JQ
BS 1093 1132 RR3B242TF
BS 1133 1263 RR3EW15JQ

RD RR3GC69TF 685 0 0
GAAAC
ACACAAATTGTTAACAAAAAAA**CAAAATGGAGAAGAAACAGTTTTGGATGAACTTGAG
AGAGGAAGACTTAACCGAAGAGACCAAGACTCTAATCTCTTCACTTCCTTCGGAGAAAGA
GTACCTTGGTGGAAACCTCTGCAAGTACCAAGGTTCTTGGTATTACTACAACTTTCTCCA
AGGTGTCCTCAATGTCCAGAGTGGTTTTCAGCCTCAAGACACCGATGTCATCGTCGCATC
ATCCCCCAAATGCGGTACCTTATGGCTCAAGGCACTCACTGTGGCGCTCTTTGAGAGATC
CAAGAACCGTTCCTCTGAGGATCAACATCCTCTTTTCTCCAACAACCCTCATAACCTCGT
ACCGGTTCTCGAGATGAATCTGTACCGCGACACCCCAGAACCGGACTTGACCAAGCTCTT
ATCGTCATCTCCAAGGCTCTTTTCGACTCACATGCCGTTCCTTACGCTGCAAGAAGCTCT
CAAAGACTCTCCTTGCAAGGTGGTGTACATTTGCCGGGATGCTAAGGACTCTCTGGTGTC
ACGTTGGCATATCATTTGCAGGTGTCTGAATAAAGAAGAGGACAGAAGCATTCTCGAGTC
TATGTTCGAGTCTTTCTGCAGTGGGGTTTGCTTGTTTGGTCCCTTTTGGGATCATATCCT
GAGTTACTGGAAAGCTAGCT

QA 6 685 6 685
DS 

RD RR3CV65TF 684 0 0
GGAC
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AGAGGAAGACTTAACCGAAGAGACCAAGACTCTAATCTCTTCACTTCCTTCGGAGAAAGA
GTACCTTGGTGGAAACCTCTGCAAGTACCAAGGTTCTTGGTATTACTACAACTTTCTCCA
AGGTGTCCTCAATGTCCAGAGTGGTTTTCAGCCTCAAGACACCGATGTCATCGTCGCATC
ATTCCCCAAATGCGGTACCTTATGGCTCAAGGCACTCACTGTGGCGCTCTTTGAGAGATC
CAAGAACCGTTCCTCTGAGGATCAACATCCTCTTTTCTCCAACAACCCTCATAACCTCGT
ACCGGTTCTCGAGATGAATCTGTACCGCGACACCCCAGAACCGGACTTGACCAAGCTCTT
ATCGTCATCTCCAAGGCTCTTTTCGACTCACATGCCGTTCCTTACGCTGCAAGAAGCTCT
CAAAGACTCTCCTTGCAAGGTGGTGTACATTTGCCGGGATGCTAAGGACTCTCTGGTGTC
ACGTTGGCATATCATTTGCAGGTGTCTGAATAAAGAAGAGGACAGAAGCATTCTCGAGTC
TATGTTCGAGTCTTTCTGCAGTGGGGTTTGCTTGTTTGGTCCCTTTTGGGATCATATCCT
GGGTTACTGGAAAGCTAGCT

QA 5 684 5 684
DS 

RD RR3GJ24TF 672 0 0
GGGTTAAC
AAAAAAAACAAAATGGAGAAGAAACAGTTTTGGATGAACTTGAGAGAGGAAGACTTAACC
GAAGAGACCAAGACTCTAATCTCTTCACTTCCTTCGGAGAAAGAGTACCTTGGTGGAAAC
CTCTGCAAGTACCAAGGTTCTTGGTATTACTACAACTTTCTCCAAGGTGTCCTCAATGTC
CAGAGTGGTTTTCAGCCTCAAGACACCGATGTCATCGTCGCATCATTCCCCAAATACGGT
ACCTTATGGCTCAAGGCACTCACTGTGGCGCTCTTTGAGAGATCCAAGAACCGTTCCTCT
GAGGATCAACATCCTCTTTTCTCCAACAACCCTCATAACCTCGTACCGGTTCTCGAGATG
AATCTGTACCGCGACACCCCAGAACCGGACTTGACCAAGCTCTTATCGTCATCTCCAAGG
CTCTTTTCGACTCACATGCCGTTCCTTACGCTGCAAGAAGCTCTCAAAGACTCTCCTTGC
AAGGTGGTGTACATTTGCCGGGATGCTAAGGACTCTCTGGTGTCACGTTGGCATATCATT
TGCAGGTGTCTGAATAAAGAAGAGGACAGAAGCATTCTCGAGTCTATGTTCGAGTCTTTC
TGCAGTGGGGTTTGCTTGTTTGGTCCCTTTTGGGATCATATCCTGAGTTACTGGAAAGCT
AGCT

QA 9 672 9 672
DS 

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GG
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AGAGGAAGACTTAACCGAAGAGACCAAGACTCTAATCTCTTCACTTCCTTCGGAGAAAGA
GTACCTTGGTGGAAACCTCTGCAAGTACCAAGGTTCTTGGTATTACTACAACTTTCTCCA
AGGTGTCCTCAATGTCCAGAGTGGTTTTCAGCCTCAAGACACCGATGTCATCGTCGCATC
ATTCCCCAAATGCGGTACCTTATGGCTCAAGGCACTCACTGTGGCGCTCTTTGAGAGATC
CAAGAACCGTTCCTCTGAGGATCAACATCCTCTTTTCTCCAACAACCCTCATAACCTCGT
ACCGGTTCTCGAGATGAATCTGTACCGCGACACCCCAGAACCGGACTTGACCAAGCTCTT
ATCGTCATCTCCAAGGCTCTTTTCGACTCACATGCCGTTCCTTACGCTGCAAGAAGCTCT
CAAAGACTCTCCTTGCAAGGTGGTGTACATTTGCCGGGATGCTAAGGACTCTCTGGTGTC
ACGTTGGCATACCATTTGCAGGTGTCTGAATAAAGAAGAGGACAGAAGCATTCTCGAGTC
TATGTTCGAGTCTTTCTGCAGTGGGGTTTGCTTGTTTGGTCCCTTTTGGGATCATATCCT
GAGTTACTGGAAAGCTAGCTTGGAAA*CCCTAAGCGTGTTCTGTTTATGAAGTACGATGA
AGTGAAGACAGATACTCGTGGTCAGCTCA*GAGACTTGCAG

QA 3 763 3 763
DS 

RD RR3AV50TF 801 0 0
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ATGAACTTGAGAGAGGAAGACTTAACCGAAGAGACCAAGACTCTAATCTCTCCACTTCCT
TCGGAGAAAGAGTACCTTGGTGGAAACCTCTGCAAGTACCAAGGTTCTTGGTATTACTAC
AACTTTCTCCAAGGTGTCCTCAATGTCCAGAGTGGTTTTCAGCCTCAAGACACCGATGTC
ATCGTCGCATCATTCCCCAAATGCGGTACCTTATGGCTCAAGGCACTCACTGTGGCGCTC
TTTGAGAGATCCAGGAACCGTTCCTCTGAGGATCAACATCCTCTTTTCTCCAACAACCCT
CATAACCTCGTACCGGTTCTCAAGATGAATCTGTACCGCGACACCCCAGAACCGGACTTG
ACCAAGCTCTTATCGTCATCTCCAAGGCTCTTTTCGACTCACATGCCGTTCCTTACGCTG
CAAGAAGCTCTCAAAGACTCTCCTTGCAAGGTGGTGTACATTTGCCGGGATGCTAAGGAC
TCTCTGGTGTCACGTTGGCATATCATTTGCAGGTGTCTGAATAAAGAAGAGGACAGAAGC
ATTCTCGAGTCTATGTTCGAGTCTTTCTGCAGTGGGGTTTGCTTGTTTGGTCCCTTTTGG
GATCATATCCTGAGTTACTGGAAAGCTAGCTTGGAAAACCCTAAGCGTGTTCTGTTTATG
AAGTACGATGAAGTGAAGACAGATACTCGTGGTCAGCTCAAGAGACTTGCAGAGTTCTTG
GGTTGTCCCTTTTCTGAG
AGA

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3CR71TF 775 0 0
GG
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GTACCTTGGTGGAAACCTCTGCAAGTACCAAGGTTCTTGGTATTACTACAACTTTCTCCA
AGGTGTCCTCAATGTCCAGAGTGGTTTTCAGCCTCAAGACACCGATGTCATCGTCGCATC
ATTCCCCAAATGCGGTACCTTATGGCTCAAGGCACTCACTGTGGCGCTCTTTGAGAGATC
CAAGAACCGTTCCTCTGAGGAT*AACATCCTCTTTTCTCCAACAACCCTCATAACCTCGT
ACCGGTTCTCGAGATGAATCTGTACCGCGACACCCCAGAACCGGACTTGACCAAGCTCTT
ATCGTCATCTCCAAGGCTCTTTTCGACTCACATGCCGTTCCTTACGCTGCAAGAAGCTCT
CAAAGACTCTCCTTGCAAGGTGGTGTACATTTGCCGGGATGCTAAGGACTCTCTGGTGTC
ACGTTGGCATATCATTTGCAGGTGTCTGAATAAAGAAGAGGACAGAAGCATTCTCGAGTC
TATGTTCGAGTCTTTCTGCAGTGGGGTTTGCTTGTTTGGTCCCTTTTGGGATCATATCCT
GAGTTACTGGAAAGCTAGCTTGGAAA*CCCTAAGCGTGTTCTGTTTATGAAGTACGATGA
AGTGAAGACAGATACTCGTGGTCAGCTCAAGAGACTTACAGAGTTCTTGGGT
G

QA 3 774 3 774
DS 

RD RR3EW15TF 791 0 0
GG
ACACAAATTGTTAACAAAAAAAAACAAAATGGAGAAGAAACAGTTTTGGATGAACTTGAG
AGAGGAAGACTTAACCGAAGAGACCAAGACTCTAATCTCTTCACTTCCTTCGGAGAAAGA
GTACCTTGGTGGAAACCTCTGCAAGTACCAAGGTTCTTGGTATTACTACAACTTTCTCCA
AGGTGTCCTCAATGTCCAGAGTGGTTTTCAGCCTCAAGACACCGATGTCATCGTCGCATC
ATTCCCCAAATGCGGTACCTTATGGCTCAAGGCACTCACTGTGGCGCTCTTTGAGAGATC
CAAGAACCGTTCCTCTGAGGATCAACATCCTCTTTTCTCCAACAACCCTCATAACCTCGT
ACCGGTTCTCGAGATGAATCTGTACCGCGACACCCCAGAACCGGACTTGACCAAGCTCTT
ATCGTCATCTCCAAGGCTCTTTTCGACTCACATGCCGTTCCTTACGCTGCAAGAAGCTCT
CAAAGACTCTCCTTGCAAGGTGGTGTACATTTGCCGGGATGCTAAGGACTCTCTGGTGTC
ACGTTGGCATACCATTTGCAGGTGTCTGAATAAAGAAGAGGACAGAAGCATTCTCGAGTC
TATGTTCGAGTCTTTCTGCAGTGGGGTTTGCTTGTTTGGTCCCTTTTGGGATCATATCCT
GAGTTACTGGAAAGCTAGCTTGGAAA*CCCTAAGCGTGT*CTGTTTATGAAGTACGATGA
AGTGAAGACAGATACTCGTGGTCAGCTCA*GAGACTTGCAGAGTTCTTGGGT*GTCCCTT
TTCTGAGGA

QA 3 791 3 791
DS 

RD RR3B762JQ 121 0 0
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TGGGGAAGAAAATTGACATGATCAAGGAGGAGAAACTCAAAGATTCCGGTTTAAAGTT
TTG

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DS 

RD RR3B242TF 861 0 0
G
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TCAACATCCTCTTTTCTCCAACAACCCTCATAACCTCGTACCGGTTCTCGAGATGAATCT
GTACCGCGACACCCCAGAACCGGACTTGACCAAGCTCTTATCGTCATCTCCAAGGCTCTT
TTCGACTCACATGCCGTTCCTTACGCTGCAAGAAGCTCTCAAAGACTCTCCTTGCAAGGT
GGTGTACATTTGCCGGGATGCTAAGGACTCTCTGGTGTCACGTTGGCATATCATTTGCAG
GTGTCTGAATAAAGAAGAGGACAGAAGCATTCTCGAGTCTATGTTCGAGTCTTTCTGCAG
TGGGGTTTGCTTGTTTGGTCCCTTTTGGGATCATATCCTGAGTTACTGGAAAGCTAGCTT
GGAAAACCCTAAGCGTGT*CTGTTTATGAAGTACGATGAAGTGAAGACAGATACTCGTGG
TCAGCTCAAGAGACTTGCAGAGTTCTTGGGTTGTCCCTTTTCTGAGGAAGAAGAAAACAA
TGGATCTGTGGATGAGATCTTGGAGATGTGCTCTCTGACTAGCCTCAGCAGCTTGGAGGT
TAACAAGACAGGAAAATCGATCAATGGTATTGACTACAAGAACCACTTCCGCAAAGGGAT
AGTTGGTGACTGGAAGAATTATCTAACTCCGGAGATGGGGAAGAAAATCGACATGATCAT
GGAGGAGAAACTCAAAGATTCCGGTTTAAAGTTCTGAGTTATGTCCTGAAATGCATTGTG
GTAATAATAAAGTAGCTTGTTCCTTTGATGTAATGTAAG*TTCATGCTTTGTAATTCTGA
ATTATGTCATGTGTTGTTTG

QA 2 861 2 861
DS 

RD RR3GC69JQ 714 0 0
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AGAAGCTCTCAAAGACTCTCCTTGCAAGGTGGTGTACATTTGCCGGGATGCTAAGGACTC
TCTGGTGTCACGTTGGCATATCATTTGCAGGTGTCTGAATAAAGAAGAGGACAGAAGCAT
TCTCGAGTCTATGTTCGAGTCTTTCTGCAGTGGGGTTTGCTTGTTTGGTCCCTTTTGGGA
TCATATCCTGAGTTACTGGAAAGCTAGCTTGGAAAACCCTAAGCGTGTTCTGTTTATGAA
GTACGATGAAGTGAAGACAGATACTCGTGGTCAGCTCAAGAGACTTGCAGAGTTCTTGGG
TTGTCCCTTTTCTGAGGAAGAAGAAAACAATGGATCTGTGGATGAGATCTTGGAGATGTG
CTCTCTGACTAGCCTCAGCAGCTTGGAGGTTAACAAGACAGGAAAATCGATCAATGGTAT
TGACTACAAGAACCATTTCCGCAAAGGGATAGTTGGTGTCTGGAAGAATTATCTAACTCC
GGAGATGGGGAAGAAAATCGACATGATCATGGAGGAGAAACTCAAAGATTCCGGTTTAAA
GTTCTGAGTTATGTCCTGAAATGCATTGTGGTAATAATAAAGTAGCTTGTTCCTTTGATG
TAATGTAAGGTTCATGCTTTGTAATTCTGAATTATGTCATGTGTTGTTTGTGT
T

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3B242JQ 570 0 0
ATATCCTGAGTTACTGGAAAGCTAGCTTGGAAAACCCTAAGCGTGT*CTGTTTATGAAGT
ACGATGAAGTGAAGACAGATACTCGTGGTCAGCTCAAGAGACTTGCAGAGTTCTTGGGTT
GTCCCTTTTCTGAGAAAGAAGAAAACAATGGATCTGTGGATGAGATCTTGGAGATGTGCT
TTCTGACTAGCCTCAGCAGCTTGGAGGTTAACAAGACAGGAAAATCGATCAATGGTATTG
ACTACAAGAACCACTTCCGCAAAGGGATAGTTGGTGACTGGAAGAATTATCTAACTCCGG
AGATGGGGAAGAAAATCGACATGATCATGGAGGAGAAACTCAAAGATTCCGGTTTAAAGT
TCTGAGTTATGTCCTGAAATGCATTGTGGTAATAATAAAGTAGCTTGTTCCTTTGATGTA
ATGTAAGGTTCATGCTTTGTAATTCTGAATTATGTCATGTGTTGTTTGTGTGTTTTGTTT
TATTTCCCTTGAGTGATGTCATGTCTTGTTTGTGTGCGTGTTTTATTCC*CCCCGAGTGA
TATCATGTCATGTTTGTGTGTGTTGTTTA
C

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3GJ24JQ 679 0 0
ATAAAGAAGAGGACAGAAGCATTCTCGAGTCTATGTTCGAGTCTTTCTGCAGTGGGGTTT
GCTTGTTTGGTCCCTTTTGGGATCATATCCTGAGTTACTGGAAAGCTAGCTTGGAAAACC
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AGAGACTTGCAGAGTTCTTGGGTTGTCCCTTTTCTGAGGAAGAAGAAAACAATGGATCTG
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ACTGGAAGAATTATCTAACTCCGGAGATGGGGAAGAAAATCGACATGATCATGGAGGAGA
AACTCAAAGATTCCGGTTTAAAGTTTTGAGTTATGTCCTGAAATGCATTGTGGTAATAAT
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ATGTGTTGTTTGTGTGTTTTGTTTTATTTCCCTTGAGTGATGTCATGTCTTGTTTGTGTG
CGTGTTTTATTCC*CCCCGAGTGATATCATGTCATGTTTGTGTGTGTTGTTTAATAAAAA
AGTACATTGACGTTGTG
CG

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3G044JQ 788 0 0
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AGGACTCTCTGGTGTCACGTTGGCATACCATTTGCAGGTGTCTGAATAAAGAAGAGGACA
GAAGCATTCTCGAGTCTATGTTCGAGTCTTTCTGCAGTGGGGTTTGCTTGTTTGGTCCCT
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TCTTGGGTTGTCCCTTTTCTGAGGAAGAAGAAAACAATGGATCTGTGGATGAGATCTTGG
AGATGTGCTCTCTGACTAGCCTCAGCAGCTTGGAGGTTAACAAGACAGGAAAATCGATCA
ATGGTATTGACTACAAGAACCATTTCCGCAAAGGGATAGTTGGTGACTGGAAGAATTATC
TAACTCCGGAGATGGGGAAGAAAATCGACATGATCATGGAGGAGAAACTCAAAGATTCCG
GTTTAAAGTTCTGAGTTATGTCCTGAAATGCATTGTGGTAATAATAAAGTAGCTTGTTCC
TTTGATGTAATGTAAGGTTCATGCTTTGTAATTCTGAATTATGTCATGTGTTGTTTGTGT
GTTTTGTTTTATTTCCCTTGAGTGATGTCATGTCTTGTTTGTGTGCGTGTTTTATTCCTC
CCCGAGTGATATCATGTCATGTTTGTGTGTGTTGTTTAATAAAAAAGTACATTGACGTTG
TG
TGACTT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3EW15JQ 891 0 0
CGTACGGTCTGAGATG
ATCTGTACCGCGACACCCCAGAACCGGACT*GACCA*GCTCT*ATCGTCATCTCCAAGGC
TCTTT*CGACTCACATGCCGTTC*TTACGCTGCAAGAAGCTCTCAAAGACTCTCCTTGCA
AGGTGGTGTACATTTGCCGGGATGCTAAGGACTCTCTGGTGTCACGTTGGCATACCATTT
GCAGGTGTCTGAATAAAGAAGAGGACAGAAGCATTCTCGAGTCTATGTTCGAGTCTTTCT
GCAGTGGGGTTTGCTTGTTTGGTCCCTTTTGGGATCATATCCTGAGTTACTGGAAAGCTA
GCTTGGAAAACCCTAAGCGTGTTCTGTTTATGAAGTACGATGAAGTGAAGACAGATACTC
GTGGTCAGCTCAAGAGACTTGCAGAGTTCTTGGGTTGTCCCTTTTCTGAGGAAGAAGAAA
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AGGTTAACAAGACAGGAAAATCGATCAATGGTATTGACTACAAGAACCATTTCCGCAAAG
GGATAGTTGGTGACTGGAAGAATTATCTAACTCCGGAGATGGGGAAGAAAATCGACATGA
TCATGGAGGAGAAACTCAAAGATTCCGGTTTAAAGTTCTGAGTTATGTCCTGAAATGCAT
TGTGGTAATAATAAAGTAGCTTGTTCCTTTGATGTAATGTAAGGTTCATGCTTTGTAATT
CTGAATTATGTCATGTGTTGTTTGTGTGTTTTGTTTTATTTCCCTTGAGTGATGTCATGT
CTTGTTTGTGTGCGTGTTTTATTCC*CCCCGAGTGATATCATGTCATGTTTGTGTGTGTT
GTTTAATAAAAAAGTACATTGACGTTGTGTGACTT

QA 17 891 17 891
DS 



AS 2 13

CO CL99Contig1 1200 10 13 U
GGGTAAATCACACCCTTAATTAGTTTCGTTACACTTGAAGCAAAAACATTGGCTTTAGAT
TACTTTGGTTTCGCCATTGAACCCATACAACAATCAAAGGGGAAAAATTATACAGAGATA
CTTTTACTAGAGATGTCTCTAAAACTCAACATTTCGCAAGTAAGGGAAAGAAGGACATTT
AGGATGCAGAAATGTAGCATAGTGCAAAACAACTACAGTGGAGGGTAGAAATAGGAAGAG
ACTGAAAAGCCGAGGAAGAGTAAGCCCCCAACAGTAGCGACCGTGCGTTGTGAGATCCTT
GAAGCCAACATGCTTCCTCCTACAACCGCCAGCGATGTACAAATTGTGTGTCCTACTGAT
GCCCCTATCGCCACTCCTATAGCGTTCTTGTGCGTCGCCAAAGCTATTGTTGCAATCTGG
CTACGGTCTCCCCATTCGGCTAGAAAGGTTAAGATGAAGGACTCTAGAAATATTGGGGTA
CAAAATCTTGAGAAAAAGCGACGGAAGGGTGTCTTCCCTTGGCCTGACTCAAGCTTCTCC
TCAACTTCCTCCATTTCCTTCTTCTGATTCGACTTTGAATCAGATGACCTCCAAGCAATG
TAGAGAAGTCGTAGACCAAAAAATGCATAGAGAACTGTAGCAGCGCTATTAGTGTGCTTC
CTCGAAATCAAGTTTGGCACAATCCTACCAAGTCCAGTGGAAAGTATGGTCATAACAAAC
AAAGCTGAAAGAGCACCAGACAAAACAGTAG**CTTTCGGGT***GTCTCATAGCCATCA
GTGCCGCTATTATGAAAGTCTCATCGCCAATCTCGGTGACAAGTATCATGG*AGAAACTC
GAAAACAAAGCATCAAAGACACCAGGGCCAGTGCCTTCGAGGTTGTTCAAACCAAGATTG
TCATCAACTCCGATTCGATCAGTGCCAATCATTCCACGACGGCCAAGCTCTTTACCAGAT
CGTTCAGATTCCTGCGTCTCATTATCAACCCCAGAAGAATCCTGCGCAGAGATGGCGGAA
ATGAAGATGAAGAAGAAGAAGACGAGAAGCAGGCGGCGGGTGATGAAACCCATGAGGTGA
TGCGAGAGTAGAACAGATGAGTTACGATTCAGAAAATCATTAGGAGAGAGCGTGTGAATA
ATCCTTGCGATGCTGCTGCGAAACAGGGATCTTTGTGGGATTTGAACCGAACGCTATGTC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 30 45 30 45 45 45 30 30 45 45 45 30 45 30 30 30 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE07JQ U 1
AF RR3EG38JQ U 57
AF RR3FX92JQ U 52
AF RR3GM02JQ U 2
AF RR3AD90JQ U 37
AF RR3AD05JQ U 38
AF RR3EG38TF C 975
AF RR3GM02TF C 527
AF RR3AD05TF C 389
AF RR3AD90TF C 526
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BS 833 872 RR3AD05JQ
BS 873 1200 RR3AD05TF

RD RR3DE07JQ 607 0 0
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TACTTTGGTTTCGCCATTGAACCCATACAACAATCAAAGGGGAAAAATTATACAGAGATA
CTTTTACTAGAGATGTCTCTAAAAGTCAACATTTCGCAAGTAAGGGAAAGAAGGACATTT
AGGATGCAGAAATGTAGCATAGTGCAAAACAACTACAGTGGAGGGTAGAAATAGGAAGAG
ACTGAAAAGCCGAGGAAGAGTAAGCCCCCAACAGTAGCGACCGTGCGTTGTGAGATCCTT
GAAGCCAACATGCTTCCTCCTACAACCGCCAGCGATGTACAAATTGTGTGTCCTACTGAT
GCCCCTATCGCCACTCCTATAGCGTTCTTGTGCGTCGCCAAAGCTATTGTTGCAATCTGG
CTACGGTCTCCCCATTCGGCTAGAAAGGTTAAGATGGAGGACTCTAGAAATATTGGGGTA
CAAAATCTTGAGAAAAAGCGACGGAAGGGTGTCTTCCCTTGGCCTGACTCAAGCTTCTCC
TCAACTTCCTCCATTTCCTTCTTCTGATTCGACTTTGAATCAGATGACCTCCAAGCAATG
TAGAGAA

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3EG38JQ 664 0 0
G
GATTACTTTGGTTTCGCCATTGAACCCATACAACAATCAAAGGGGAAAAATTATACAGAG
ATACTTTTACTAGAGATGTCTCTAAAACCCAACATTTCGCAAGTAAGGGAAAGAAGGACA
TTTAGGATGCAGAAATGTAGCATAGTGCAAAACAACTACAGTGGAGGGTAGAAATAGGAA
GGGACTGAAAAGCCGAGGAAGAGTAAGCCCCCAACAGTAGCGACCGTGCGTTGTGAGATC
CTTGAAGCCAACATGCTTCCTCCTACAACCGCCAGCGATGTACAAATTGTGTGTCCTACT
GATGCCCCTATCGCCACTCCTATAGCGTTCTTGTGCGTCGCCAAAGCTATTGTTGCAATC
TGGCTACGGTCTCCCCATTCGGCTAGAAAGGTTAAGATGAAGGACTCTAGAAATATTGGG
GTACAAAATCTTGAGAAAAAGCGACGGAAGGGTGTCTTCCCTTGGCCTGACTCAAGCTTC
TCCTCAACTTCCTCCATTTCCTTCTTCTGATTCGACTTTGAATCAGATGACCTCCAAGCA
ATGTAGAGAAGTCGTAGACCAAAAAATGCATAGAGAACTGTAGCAGCGCTATTAGTGTGC
TTCCTCGAAATCAAGTTTGGCACAATCCTACCAAGTCCAGTGGAAAGTATGGTCATAACA
AAC

QA 2 664 2 664
DS 

RD RR3FX92JQ 729 0 0
GCTTTAGATTACTTTGGTTTCGCCATTGAACCCATACAACAATCAAAGGGGAAAAATTAT
ACAGAGATACTTTTACTAGAGATGTCTCTAAAACTCAACATTTCGCAAGTA*GGGAAAGA
AGGACATTTAGGATGCAGAAATGTAGCATAGTGCAAAACAACTACAGTGGAGGGTAGAAA
TAGGAAGAGACTGAAAAGCCGAGGAAGAGTAAGCCCCCAACAGTAGCGACCGTGCGTTGT
GAGATCCTTGAAGCCAACATGCTTCCTCCTACAACCGCCAGCGATATACAAATTGTGTGT
CCTACTGATGCCCCTATCGCCACTCCTATAGCGTTCTTGTGCGTCGCCAAAGCTATTGTT
GCAATCTGGCTACGGTCTCCCCATTCGGCTAGAAAGGTTAAGATGAAGGACTCTAGAAAT
ATTGGGGTACAAAATCTTGAGAAAAAGCGACGGAAGGGTGTCTTCCCTTGGCCTGACTCA
AGCTTCTCCTCAACTTCCTCCATTTCCTTCTTCTGATTCGACTTTGAATCAGATGACCTC
CAAGCAATGTAGAGAAGTCGTAGACCAAAAAATGCATAGAGAACTGTAGCAGCGCTATTA
GTGTGCTTCCTCGAAATCAAGTTTGGCACAATCCTACCAAGTCCAGTGGAAAGTATGGTC
ATAACAAACAAAGCTGAAAGAGCACCAGACAAAACAGTAGAACAGATGAGTTACGATTCA
GAAA*ATCA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3GM02JQ 806 0 0
A
GTAAATCACACCCTTAATTAGTTTCGTTACACTTGAAGCAAAAACATTGGCTTTAGATTA
CTTTGGTTTCGCCATTGAACCCATACAAAAATCAAAGGGGAAAAATTATACAGAGATACT
TTTACTAGAGATGTCTCTAAAACTCAACATTTCGCAAGTAAGGGAAAGAAGGACATTTAG
GATGCAGAAATGTAGCATAGTGCAAAACAACTACAGTGGAGGGTAGAAATAGGAAGAGAC
TGAAAAGCCGAGGAAGAGTAAGCCCC*AACAGTAGCGACCGTGCGTTGTGAGATCCTTGA
AGCCAACATGCTTCCTCCTACAACCGCCAGCGATGTACAAATTGTGTGTCCTACTGATGC
CCCTATCGCCACTCCTATAGCGTTCTTGTGCGTCGCCAAAGCTATTGTTGCAATCTGGCT
ACGGTCTCCCCATTCGGCTAGAAAGGTTAAGATGAAGGACTCTAGAAATATTGGGGTACA
AAATCTTGAGAAAAAGCGACGGAAGGGTGTCTTCCCTTGGCCTGACTCAAGCTTCTCCTC
AACTTCCTCCATTTCCTTCTTCTGATTCGACTTTGAATCAGATGACCTCCAAGCAATGTA
GAGAAGTCGTAGACAAAAAAATGCATAGAGAACTGTAGCAGCGCTATTAGTGTGCTTCCT
CGAAATCAAGTTTGGCACAATCCTACCAAGTCCAGTGGAAAGTATGGTCATAACAAACAA
AGCTGAAAGAGCACCAGACAAAACAGTAG**CTTTCGGGT***GTCTCATAGCCATCAGT
GCCGCTATTATGAAAGTCTCATCGC

QA 2 806 2 806
DS 

RD RR3AD90JQ 791 0 0
GAAGCA
AAAACATTGGCTTTAGATTACTTTGGTTTCGCCATTGAACCCATACAACAATCAAAGGGG
AAAAATTATACAGAGATACTTTTACTAGAGATGTCTCTAAAACTCAACATTTCGCAAGTA
AGGGAAAGAAGGACATTTAGGATGCAGAAATGTAGCATAGTGCAAAACAACTACAGTGGA
GGGTAGAAATAGGAAGAGACTGAAAAGCCGAGGAAGAGTAAGCCCCCAACAGTAGCGACC
GTGCGTTGTGAGATCCTTGAAGCCAACATGCTTCCTCCTACAACCGCCAGCGATGTACAA
ATTGTGCGTCCTACTGATGCCCCTATCGCCACTCCTATAGCGTTCTTGTGCGTCGCCAAA
GCTATTGTTGCAATCTGGCTACGGTCTCCCCATTCGGCTAGAAAGGTTAAGATGAAGGAC
TCTAGAAATATTGGGGTACAAAATCTTGAGAAAAAGCGACGGAAGGGTGTCTTCCCTTGG
CCTGACTCAAGCTTCTCCTCAACTTCCTCCATTTCCTTCTTCTGATTCGACTTTGAATCA
GATGACCTCCAAGCAATGTAGAGAAGTCGTAGACCAAAAAATGCATAGAGAACTGTAGCA
GCGCTATTAGTGTGCTTCCTCGAAATCAAGTTTGGCACAATCCTACCAAGTCCAGTGGAA
AGTATGGTCATAACAAACAAAGCTGAAAGAGCACCAGACAAAACAGTAG**CTTTCGGGT
***GTCTCATAGCCATCAGTGCCGCTATTATGAAAGTCTCATCGCCAATCTCGGTGACAA
GTATC

QA 7 791 7 791
DS 

RD RR3AD05JQ 835 0 0
GTTGC
AAAACATTGGCTTTAGATTACTTTGGTTTCGCCATTGAACCCATACAACAATCAAAGGGG
AAAAATTATACAGAGATACTTTTACTAGAGATGTCTCTAAAACTCAACATTTCGCAAGTA
AGGGAAAGAAGGACATTTAGGATGCAGAAATGTAGCATAGTGCAAAACAACTACAGTGGA
GGGTAGAAATAGGAAGAGACTGAAAAGCCGAGGAAGAGTAAGCCCCCAACAGTAGCGACC
GTGCGTTGTGAGATCCTTGAAGCCAACATGCTTCCTCCTACAACCGCCAGCGATGTACAA
ATTGTGTGTCCTACTGATGCCCCTATCGCCACTCCTATAGCGTTCTTGTGCGTCGCCAAA
GCTATTGTTGCAATCTGGCTACGGTCTCCCCATTCGGCTAGAAAGGTTAAGATGAAGGAC
TCTAGAAACATTGGGGTACAAAATCTTGAGAAAAAGCGACGGAAGGGTGTCTTCCCTTGG
CCTGACTCAAGCTTCTCCTCAACTTCCTCCATTTCCTTCTTCTGATTCGACTTTGAATCA
GATGACCTCCAAGCAATGTAGAGAAGTCGTAGACCAAAAAATGCAT*GAGAACTGTAGCA
GCGCTATTAGTGTGCTTCCTCGAAATCAAGTTTGGCACAATCCTACCAAGTCCAGTGGAA
AGTATGGTCATAACAAACAAAGCTGAAAGAGCACCAGACAAAACAGTAG**CTTTCGGGT
***GTCTCATAGCCATCAGTGCCGCTATTATGAAAGTCTCATCGCCAATCTCGGTGACAA
GTATCATGGGAGAAACTCGAAAACAAAGCATCAAAGACACCAGGGCCAGT

QA 6 835 6 835
DS 

RD RR3EG38TF 167 0 0
CGTCTCATTATCAACCCCAGAAGAATCCTGCGCAGAGATGGCGGAAATGAAGATGAAGAA
GAAGAAGACGAGAAGCAGGCGGCGGGTGATGAAACCCATGAGGTGATGCGAGAGTAGAAC
AGATGAGTTACGATTCAGAAAATCATTAGGAGAGAGCGTGTGAAT
CC

QA 1 165 1 165
DS 

RD RR3GM02TF 614 0 0
ACTCAAGCTTCTCCTCAACTTCCTCCATTTC*TTCTTCTGATTCGACTTTGAATCAGATG
ACCTCCAAGCAATGTAGAGAAGTCGTAGACAAAAAAATGCATAGAGAACTGTAGCAGCGC
TATTAGTGTGCTTCCTCGAAATCAAGTTTGGCACAATCCTACCAAGTCCAGTGGAAAGTA
TGGTCATAACAAACAAAGCTGAAAGAGCACCAGACAAAACAGTAG**CTTTCGGGT***G
TCTCATAGCCATCAGTGCCGCTATTATGAAAGTCTCATCGCCAATCTCGGTGACAAGTAT
CATGG*AGAAACTCGAAAACAAAGCATCAAAGACACCAGGGCCAGTGCCTTCGAGGTTGT
TCAAACCAAGATTGTCATCAACTCCGATTCGATCAGTGCCAATCATTCCACGACGGCCAA
GCTCTTTACCAGATCGTTCAGATTCCTGCGTCTCATTATCAACCCCAGAAGAATCCTGCG
CAGAGATGGCGGAAATGAAGATGAAGAAGAAGAAGACGAGAAGCAGGCGGCGGGTGATGA
AACCCAGGAGGTGATGAGAGAGTAGAACAGATGAGTTACGATTCAGAAAATCATTAGGAG
AGAGCGTGTGAAT
C

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3AD05TF 812 0 0
TGTGCGTCGCCAAAGCTATTGTTGCAATCTGGCTACGGTCTCCCCATTCGGCTAGAAAGG
TTAAGATGAAGGACTCTAGAAACATTGGGGTACAAAATCTTGAGAAAAAGCGACGGAAGG
GTGTCTTCCCTTGGC*TGACTCAAGCTTCTCCTCAACTTCCTCCATTTCCTTCTTCTGAT
TCGACTT*GAATCAGATGACCTCCAAGCAATGTAGAGAAGTCGTAGACCAAAAAATGCAT
*GAGAACTGTAGCAGCGCTATTAGTGTGCTTCCTCGAAATCAAGTTTGGCACAATCCTAC
CAAGTCCAGTGGAAAGTATGGTCATAACAAACAAAGCTGAAAGAGCACCAGACAAAACAG
TAG**CTTTCGGGT***GTCTCATAGCCATCAGTGCCGCTATTATGAAAGTCTCATCGCC
AATCTCGGTGACAAGTATCATGG*AGAAACTCGAAAACAAAGCATCAAAGACACCAGGGC
CAGTGCCTTCGAGGTTGTTCAAACCAAGATTGTCATCAACTCCGATTCGATCAGTGCCAA
TCATTCCACGACGGCCAAGCTCTTTACCAGATCGTTCAGATTCCTGCGTCTCATTATCAA
CCCCAGAAGAATCCTGCGCAGAGATGGCGGAAATGAAGATGAAGAAGAAGAAGACGAGAA
GCAGGCGGCGGGTGATGAAACCCATGAGGTGATGCGAGAGTAGAACAGATGAGTTACGAT
TCAGAAAATCATTAGGAGAGAGCGTGTGAATAATCCTTGCGATGCTGCTGCGAAACAGGG
ATCTTTGTGGGATTTGAACCGAACGCTATGTC

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3AD90TF 628 0 0
GACTCAAGCTTCTCCTCAACTTCCTCCATTTCCTTCTTCTGATTCGACTTTGAATCAGAT
GACCTCCAAGCAATGTAGAGAAGTCGTAGACCAAAAAATGCATAGAGAACTGTAGCAGCG
CTATTAGTGTGCTTCCTCGAAATCAAGTTTGGCACAATCCTACCAAGTCCAGTGGAAAGT
ATGGTCATAACAAACAAAGCTGAAAGAGCACCAGACAAAACAGTAG**CTTTCGGGT***
GTCTCATAGCCATCAGTGCCGCTATTATGAAAGTCTCATCGCCAATCTCGGTGACAAGTA
TCATGG*AGAAACTCGAAAACAAAGCATCAAAGACACCAGGGCCAGTGCCTTCGAGGTTG
TTCAAACCAAGATTGTCATCAACTCCGATTCGATCAGTGCCAATCATTCCACGACGGCCA
AGCTCTTTACCAGATCGTTCAGATTCCTGCGTCTCATTATCAACCCCAGAAGAATCCTGC
GCAGAGATGGCGGAAATGAAGATGAAGAAGAAGAAGACGAGGAGCAGGCGGCGGGTGATG
AAACCCATGAGGTGATGCGAGAGTAGAACAGATGAGTTACGATTCAGAAAATCATTAGGA
GAGAGCGTGTGAATAATCCTTGCGAT
CC

QA 1 626 1 626
DS 



CO CL99Contig2 620 3 2 U
GGATTCTTTCTCAGATTTAGAAATTGAAACGTATTCGTCGGTCAATCACAGATCTGTTCT
ACTCTCGCATCACCTCATGGGTTTCATCACCCGCCGCCTGCTTCTCGTCTTCTTCTTCTT
CATCTTCATTTCCGCCATCTCTGCGCAGGATTCTTCTGGGGTTGATAATGAGACGCAGGA
ATCTGAACGATCTGGTAAAGAGCTTGGCCGTCGTGGAATGATTGGCACTGATCGAATCGG
AGTTGATGACAATCTTGGTTTGAACAACCTCGAAGGCACTGGCCCTGGTGTCTTTGATGC
TTTGTTTTCGAGTTTCTCCATGATACTTGTCACCGAGATTGGCGATGAGACTTTCATAAT
AGCGGCACTGATGGCTATGAGACACCCGAAAGCTACTGTTTTGTCTGGTGCTCTTTCAGC
TTTGTTTGTTATGACCATACTTTCCACTGGACTTGGTAGGATTGTGCCAAACTTGATTTC
GAGGAAGCACACTAATAGCGCTGCTACAGTTCTCTATGCATTTTTTGGTCTACGACTTCT
CTACATTGCTTGGAGGTCATCTGATTCAAAGTCGAATCAGAAGAAGGAAATGGAGGAAGT
TGAGGAGAAGCTTGAGTCAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3FF84TF U 1
AF RR3DE07TF U 1
AF RR3EE87TF U 11
BS 1 617 RR3DE07TF
BS 618 620 RR3EE87TF

RD RR3FF84TF 535 0 0
GGATTCTTTCTCAGATTTAGAAATTGAAACGTATTCGTCGGTCAATCACAGATCTGTTCT
ACTCTCGCATCACCTTATGGGTTTCATCACCCGCCTCCTGCTTCTCGTCTTCTTCTTCTT
CATCTTCATTTCCGCCATCTCTGCGCAGGATTCTTC*GGGGTTGATAATGAGACGCAGGA
ATCTGAACGATCTGGTAAAGAGCTTGGCCGTCGTGGAATGATTGGCACTGATCGAATCGG
AGTTGATGACAATCTTGGTTTGAACAACCTCGAAGGCACTGGCCCTGGTGTCTTTGATGC
TTTGTTTTCGAGTTTCTCCATGATACTTGTCACCGAGATTGGCGATGAGACTTTCATAAT
AGCGGCACTGATGGCTATGAGACACCCGAAAGCTACTGTTTTGTCTGGTGCTCTTTCAGC
TTTGTTTGTTATGACCATACTTTCCACTGGACTTGGTAGGATTGTGCCAAACTTGATTTC
GAGGAAGCACACTAATAGCGCTGCTACAGTTCTCTATGCATTTTTTGGTCTACGA

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3DE07TF 617 0 0
GGATTCTTTCTCAGATTTAGAAATTGAAACGTATTCGTCGGTCAATCACAGATCTGTTCT
ACTCTCGCATCACCTCATGGGTTTCATCACCCGCCGCCTGCTTCTCGTCTTCTTCTTCTT
CATCTTCATTTCCGCCATCTCTGCGCAGGATTCTTCTGGGGTTGATAATGAGACGCAGGA
ATCTGAACGATCTGGTAAAGAGCTTGGCCGTCGTGGAATGATTGGCACTGATCGAATCGG
AGTTGATGACAATCTTGGTTTGAACAACCTCGAAGGCACTGGCCCTGGTGTCTTTGATGC
TTTGTTTTCGAGTTTCTCCATGATACTTGTCACCGAGATTGGCGATGAGACTTTCATAAT
AGCGGCACTGATGGCTATGAGACACCCGAAAGCTACTGTTTTGTCTGGTGCTCTTTCAGC
TTTGTTTGTTATGACCATACTTTCCACTGGACTTGGTAGGATTGTGCCAAACTTGATTTC
GAGGAAGCACACTAATAGCGCTGCTACAGTTCTCTATGCATTTTTTGGTCTACGACTTCT
CTACATTGCTTGGAGGTCATCTGATTCAAAGTCGAATCAGAAGAAGGAAATGGAGGAAGT
TGAGGAGAAGCTTGAGT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3EE87TF 610 0 0
GG
AGATTTAGAAATTGAAACGTATTCGTCGGTCAATCACAGATCTGTTCTACTCTCGCATCA
CCTCATGGGTTTCATCACCCGCCGCCTGCTTCTCGTCTTCTTCTTCTTCATCTTCATTTC
CGCCATCTCTGCGCAGGATTCTTCTGGGGTTGATAATGAGACGCAGGAATCTGAACGATC
TGGTAAAGAGCTTGGCCGTCGTGGAATGATTGTCACTGATCGAATCGGAGTTGATGACAA
TCTTGGTTTGAACAACCTCGAAGGCACTGGCCCTGGTGTCTTTGATGCTTTGTTTTCGAG
TTTCTCCATGATACTTGTCACCGAGATTGGCGATGAGACTTTCATAATAGCGGCACTGAT
GGCTATGAGACACCCGAAAGCTACTGTTTTGTCTGTTGCTCTTTCAGCTTTGTTTGTTAT
GACCATACTTTCCACTGGACTTGGTAGGATTGTGCCAAACTTGATTTCGAGGAAGCACAC
TAATAGCGCTGCTACAGTTCTCTATGCATTTTTTGGTCTACGACTTCTCTACATTGCTTG
GAGGTCATCTGATTCAAAGTCGAATCAGAAGAAGGGAATGGAGGAAGTTGAGGAGAAGCT
TGAGTCAG

QA 3 610 3 610
DS 



AS 1 14

CO CL100Contig1 1183 14 42 U
GGAATAAAAGTCTGCTCCTTTTATCATCATCGACCGTGGATAGTGGATGATACACTGTGT
GTCGCACACCTAACCAGAGACTTCAGCTCATGGCTTCATCTGATCAAACGGCGAAGATAA
TCGATGGGAAGGCGATTGCTCAAACCATCCGATCAGAGATCGCCGAGGAAGTTCGCGATC
TATCTGAGAAACACGGCAAGGTCCCAGGACTAGCGGTAGTTATAGTTGGGGCACGGAAAG
ATTCACAGACATATGTGACTATGAAGAGGAAAGCGTGTGCTGAGGTTGGGATCAAATCAT
TTGATGTGGACCTACCAGAGGATGTTTCTGAAGCTGATCTTATAACCAAAGTTCATCTAC
TCAATTCAGATCCTGATGTTCATGGTATATTAGTTCAACTCCCATTGCCGAAACATATTA
ATGAGGAGAATGTTTTAAGTGCAATCAGCATTGATAAAGATGTAGATGGCTTCCATCCTC
TGAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCAGAGAACCCCTCTTCCTTCCATGCACCCCTA
AGGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTGGCATAAAGATAAAAGGGCAACGAGCTGTTG
TAGTAGGTCGGAGCAACATCGTTGGATTGCCTGTTTCGCTTCTACTGCTCAA*GGCTGAT
GCTACTGTTACCACCGTACATTCCCACACCAGAGATCCTGAGGCTATCATACGGGAAGCT
GACATCGTTATTGCTGCAGCCGGACAAGCCTGCATGATTAAGGGGGACTGGATTAAGCCA
GGGGCTGCGGTGATCGATGTTGGAACCAATGCAGTGAGCGACCCGAGCAGGAAATCAGGA
TACCGGTTGGTTGGAGATGTGGATTACGCAGAGGCTTGTAAAGTTGCAGGGTTCGTAACT
CCGGTCCCTGGTGGTGTAGGTCCAATGACCGTGGCAATGCTGCTGAGGAACACCTTAGAC
GGCGCCAAGCGGGTCATTGGCCAGTAAGATATCTATCCTACTGTATGTTATAAATGAATC
TCAAGTTTATCCATTATATAATTAAGCTCTCCCTTTCATAACACAATTATTCCTCTAAAA
TAAATTGAAGTTTGCCTGTCCTTTGATTGTTTGTTTTCCCGCCAATTTGTACACAACATG
AGGCTTAGCATCATTTTAATAAATTAAAAAAAAGCTTATGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 30 30 30 30 35 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 60 
60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 70 70 70 70 55 55 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 35 50 65 65 65 65 50 
65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 40 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 40 40 
55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 40 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3E828TF U 36
AF RR3EQ87TF U 40
AF RR3D884TF U 34
AF RR3CK32TF U 1
AF RR3EM68TF U 34
AF RR3H563TF U 31
AF RR3AA41TF U 41
AF RR3A651TF U 605
AF RR3A651JQ C 230
AF RR3D884JQ C 331
AF RR3EM68JQ C 479
AF RR3EQ87JQ C 377
AF RR3E828JQ C 418
AF RR3CK32JQ C 482
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BS 48 48 RR3H563TF
BS 49 129 RR3CK32TF
BS 130 130 RR3H563TF
BS 131 167 RR3CK32TF
BS 168 168 RR3H563TF
BS 169 213 RR3CK32TF
BS 214 214 RR3H563TF
BS 215 375 RR3CK32TF
BS 376 376 RR3H563TF
BS 377 654 RR3CK32TF
BS 655 655 RR3H563TF
BS 656 691 RR3CK32TF
BS 692 692 RR3H563TF
BS 693 701 RR3CK32TF
BS 702 702 RR3AA41TF
BS 703 709 RR3CK32TF
BS 710 716 RR3H563TF
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BS 719 742 RR3H563TF
BS 743 743 RR3AA41TF
BS 744 746 RR3H563TF
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BS 767 773 RR3H563TF
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BS 775 778 RR3H563TF
BS 779 781 RR3AA41TF
BS 782 804 RR3H563TF
BS 805 805 RR3AA41TF
BS 806 806 RR3H563TF
BS 807 808 RR3AA41TF
BS 809 823 RR3H563TF
BS 824 838 RR3AA41TF
BS 839 886 RR3A651JQ
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BS 953 1101 RR3D884JQ
BS 1102 1183 RR3E828JQ

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GG
GGATAGTGGATGATACACTGTGTGTCGCACACCTAACCAGAGACTTCAGCTCATGGCTTC
ATCTGATCAAACGGCGAAGATAATCGATGGGAAGGCGATTGCTCAAACCATCCGATCAGA
G*TCGCCGAGGA

QA 3 134 3 134
DS 

RD RR3EQ87TF 280 0 0
GG
AGTGGATGATACACTGTGTGTCGCACACCTAACCAGAGACTTCAGCTCATGGCTTCATCT
GATCAAACGGCGAAGATAATCGATGGGAAGGCGATTGCTCAAACCATCCGATCAGAGATC
GCCGAGGAAGTTCGCGATCTATCTGAGAAACACGGCAAGGTCCCAGGACTAGCGGTAGTT
ATAGTTGGGGCACGGAAAGATTCACAGACATATGTGACTATGAAGAGGAAAGCGTGTGCT
GAGGTTGGGATCAAATCATTTGATGTGGACCTACCAGA

QA 3 280 3 280
DS 

RD RR3D884TF 615 0 0
GG
GTGGATAGTGGATGATACACTGTGTGTCGCACACCTAACCAGAGACTTCAGCTCATGGCT
TCATCTGATCAAACGGCGAAGATAATCGATGGGAAGGCGATTGCTCAAACCATCCGATCA
GAGATCGCCGAGGAAGTTCGCGATCTATCTGAGAAACACGGCAAGGTCCCAGGACTAGCG
GTAGTTATAGTTGGGGCACGGAAAGATTCACAGACATATGTGACTATGAAGAGGAAAGCG
TGTGCTGAGGTTGGGATCAAATCATTTGATGTGGACCTACCAGAGGATGTTTCTGAAGCT
GATCTTATAACCAAAGTTCATCTACTCAATTCAGATCCTGATGTTCATGGTATATTAGTT
CAACTCCCATTGCCGAAACATATTAATGAGGAGAATGTTTTAAGTGCAATCAGCATTGAT
AAAGATGTAGATGGCTTCCATCCTCTGAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCAGAGAA
CCCCTCTTCCTTCCATGCACCCCTAAGGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTGGCATA
AAGATAAAAGGGCAACGAGCTGTTGTAGTAGGTCGGAGCAACATCGTTGGATTGCCTGTT
TCGCTTCTACTGC

QA 3 615 3 615
DS 

RD RR3CK32TF 709 0 0
GGAATAAAAGTCTGCTCCTTTTATCATCATCGACCGTGGATAGTGGACGATACACTGTGT
GTCGCACACCTAACCAGAGACTTCAGCTCATGGCTTCATCTGATCAAACGGCGAAGATAA
TCGATGGGAGGGCGATTGCTCAAACCATCCGATCAGAGATCGCCGAGTAAGTTCGCGATC
TATCTGAGAAACACGGCAAGGTCCCAGGACTAGTGGTAGTTATAGTTGGGGCACGGAAAG
ATTCACAGACATATGTGACTATGAAGAGGAAAGCGTGTGCTGAGGTTGGGATCAAATCAT
TTGATGTGGACCTACCAGAGGATGTTTCTGAAGCTGATCTTATAACCAAAGTTCATCTAC
TCAATTCAGATCCTGGTGTTCATGGTATATTAGTTCAACTCCCATTGCCGAAACATATTA
ATGAGGAGAATGTTTTAAGTGCAATCAGCATTGATAAAGATGTAGATGGCTTCCATCCTC
TGAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCAGAGAACCCCTCTTCCTTCCATGCACCCCTA
AGGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTGGCATAAAGATAAAAGGGCAACGAGCTGTTG
TAGTAGGTCGGAGCAACATCGTTGGATTGCCTGTTTCGCTTCTACTGCTCAA*GTCTGAT
GCTACTGTTACCACCGTACATTCCCACACCACAGATCCTGATGCTATCA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3EM68TF 635 0 0
GG
GTGGATAGTGGATGATACACTGTGTGTCGCACACCTAACCAGAGACTTCAGCTCATGGCT
TCATCTGATCAAACGGCGAAGATAATCGATGGGAAGGCGATTGCTCAAACCATCCGATCA
GAGATCGCCGAGGAAGTTCGCGATCTATCTGAGAAACACGGCAAGGTCCCAGGACTAGCG
GTAGTTATAGTTGGGGCACGGAAAGATTCACAGACATATGTGACTATGAAGAGGAAAGCG
TGTGCTGAGGTTGGGATCAAATCATTTGATGTGGACCTACCAGAGGATGTTTCTGAAGCT
GATCTTATAACCAAAGTTCATCTACTCAATTCAGATCCTGATGTTCATGGTATATTAGTT
CAACTCCCATTGCCGAAACATATTAATGAGGAGAATGTTTTAAGTGCAATCAGCATTGAT
AAAGATGTAGGTGGCTTCCATCCTCTGAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCAGAGAA
CCCCTCTTCCTTCCATGCACCCCTAAGGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTGGCATA
AAGATAAAAGGGCAACGAGCTGTTGTAGTAGGTCGGAGTAACATCGTTGGATTGCCTGTT
TCGCTTCTACTGCTCAAAGGCTGATGCTACTGT

QA 3 635 3 635
DS 

RD RR3H563TF 801 0 0
GGACC
GTGGATAGCGGATGATACACTGTGTGTCGCACACCTAACCAGAGACTTCAGCTCATGGCT
TCATCTGATCAAACGGCGAGGATAATCGATGGGAAGGCGATTGCTCAAACCATCCGATCA
GAGATCGCCGAGGAAGTTCGCGATCTATCTGAGAAACACGGCAAGGTCCCAGGACTAGCG
GTAGTTATAGTTGGGGCACGGAAAGATTCACAGACATATGTGACTATGAAGAGGAAAGCG
TGTGCTGAGGTTGGGATCAAATCATTTGATGTGGACCTACCAGAGGATGTTTCTGAAGCT
GATCTTATAACCAAAGTTCATCTACTCAATTCAGATCCTGATGTACATGGTATATTAGTT
CAACTCCCATTGCCGAAACATATTAATGAGGAGAATGTTTTAAGTGCAATCAGCATTGAT
AAAGATGTAGATGGCTTCCATCCCCTGAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCAGAGAA
CCCCTCTTCCTTCCATGCACCCCTAAGGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTGGCATA
AAGATAAAAGGGCAACGAGCTGTTGTAGTAGGTCGGAGCAACATCGTTGGATTGCCTGTT
TCGCTTCTACTGCTCAA*GGCTGATACTACTGTTACCACCGTACATTCCCACACCAGAGA
TCCTGA*GCTATCATACGGGAT*CTGACATCGTTATTGCTGCAGCCG*ACA*GCCTGCAT
GATTAAGGGG*ACTGGAT*AAGCA**GGGCTGCGGTGATCGATGTTGGACC**ATGCAGT
GAGCGACC
GAGCAGAA

QA 6 793 6 793
DS 

RD RR3AA41TF 810 0 0
GG
GTGGATGATACACTGTGTGTCGCACACCTAACCAGAGACTTCAGCTCATGGCTTCATCTG
ATCAAACGGCGAAGATAATCGATGGGAAGGTGATTGCTCAAACCTTCCGATCAGAGATCG
CCGAGGAAGTTCGCGATCTATCTGAGAAACACGGCAAGGTCCCAGGACTAGCGGTAGTTA
TAGTTGGGGCACGGAAAGATTCACAGACATATGTGACTATGAAGAGGAAAGCGTGTGCTG
AGGTTGGGATCAAATCATTTGATGTGGACCTACCAGAGGATGTTTCTGAAGCTGATCTTA
TAACCAAAGTTCATCTACTCAATTCAGATCCTGATGTTCATGGTATATTAGTTCAACTCC
CATTGCCGAAACATATTAATGAGGAGAATGTTTTAAGTGCAATCAGCATTGATAAAGATG
TAGATGGCTTCCATCCTCTGAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCAGAGAACCCCTCT
TCCTTCCATGCACCCCTAAGGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTGGCATAAAGATAA
AAGGGCAACGAGCTGTTGTAGTAGGTCGGAGCAACATCGTTGGATTGCTTGTTTCGCTTC
TACTGCTCAA*GGCTGATGCTACTGTTACCACCGTACATTCCCACACCAGAGATCCTGAG
GCTATCATACGGGAAGCTGACATCGTTATTGCTGCAGCCGGACAAGCCTGCATGATTAAG
GGG*ACTGGATTAAGCCAGGGGCTGCGGTGATCGATGTTGGAACCAATGCAGTGAGCGAC
CCGAGCAGGAAATCAG
ATACCCGGTTGG

QA 3 798 3 798
DS 

RD RR3A651TF 206 0 0
AGGTCCGAGCAACATCGTTGGATTGCCTGTTTCGCTTCTACTGCTCAA*GGCTGATGCTA
CTGTTACCACCGTACATTCCCACACCAGAGATCCTGATGCTATCATACGGGAAGCTGACA
TCGTTATTGCTGCAGCCGGACAAGCCTGCATGATTAATGGGGACTGGATTAAGCCAGGGG
CTGCTGTGATCGATGTTGGAACCAAT

QA 1 206 1 206
DS 

RD RR3A651JQ 709 0 0
GGCACGGAAAGATTCACAGACATATGTGACTATGAAGAGGAAAGCGTGTGCTGAGGTTGG
GATCAAATCATTTGATGTGGACCTACCAGAGGATGTTTCTGAAGCTGATCTTATAACCAA
AGTTCATCTACTCAATTTAGATCCTGATGTTCATGGTATATTAGTTCAACTCCCATTGCC
GAAACATATTAATGAGGAGAATGTTTTAAGTGCAATCAGCATTGATAAAGATGTAGATGG
CTTCCATCCTCTGAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCAGAGAACCCCTCTTCCTTCC
ATGCACCCCTAAGGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTGGCATAAAGATAAAAGGGCA
ACGAGCTGTTGTAGTAGGTTGGAGCAACATCGTTGGATTGCCTGTTTCGCTTCTACTGCT
CAA*GGGTGATGCTACTGTTACCACCGTACATTCCCACACCAGAGATCCTGAGGCTATCA
TACGGGAAGCTGACATCGTTATTGCTGCAGCCGGACAAGCCTGCATGATTAAGGGGGACT
GGATTAAGCCAGGGGCTGCGGTGATCGATGTTGGAACCAATGCAGTGAGCGACCCGAGCA
GGAAATCAGGATACCGGTTGGTTGGAGATGTGGATTACGCAGAGGCTTGTAAAGTTGTAG
GGTTCGTAACTCCGGTCCCTGGTGGTGTAGGTCCAATGACCGTGGCAAT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3D884JQ 771 0 0
AAGCTGATCTTATAACCAAAGTTCATCTACTCAATTCAGATCCTGATGTTCATGGTATAT
TAGTTCAACTCCCATTGCCGAAACATATTAATGAGGAGAATGTTTTAAGTGCAATCAGCA
TTGATAAAGATGTAGATGGCTTCCATCCTCTGAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCA
GAGAACCCCTCTTCCTTCCATGCACCCCTAAGGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTG
GCATAAAGATAAAAGGGCAACGAGCTGTTGTAGTAGGTCGGAGCAACATCGTTGGATTGC
CTGTTTCGCTTCTACTGCTCAA*GGCTGATGCTACTGTTACCACCGTACATTCCCACACC
AGAGATCCTGAGGCTATCATACGGGAAGCTGACATCGTTATTGCTGCAGCCGGACAAGCC
TGCATGATTAAGGGGGACTGGATTAAGCCAGGGGCTGCGGTGATCGATGTTGGAACCAAT
GCAGTGAGCGACCCGAGCAGGAAATCAGGATACCGGTTGGTTGGAGATGTGGATTACGCA
GAGGCTTGTAAAGTTGCAGGGTTCGTAACTCCGGTCCCTGGTGGTGTAGGTCCAATGACC
GTGGCAATGCTGCTGAGGAACGCCTTAGACGGCGCCAAGCGGGTCATTGGCCAGTAAGAT
ATCTATCCTACTGTATGTTATAAATGAATCTCAAGTTTATCCATTATATAATTAAGCTCT
CCCTTTCATAACACAATTATTCCTCTAAAATAAATTGAAGTTTGCCTGTCC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3EM68JQ 622 0 0
TCTGAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCAGAGAACCCCTCTTCCTTCCATGCACCCC
TAAGGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTGGCATAAAGATAAAAGGGCAACGAGCTGT
TGTAGTAGGTCGGAGTAACATCGTTGGATTGCCTGTTTCGCTTCTACTGCTCAA*GGCTG
ATGCTACTGTTACCACCGTACATTCCCACACCAGAGATCCTGAGGCTATCATACGGGAAG
CTGACATCGTTATTGCTGCAGCCGGACAAGCCTGCATGATTAAGGGGGACTGGATTAAGC
CAGGGGCTGCGGTGATCGATGTTGGAACCAATGCAGTGAGCGACCCGAGCAGGAAATCAG
GATACCGGTTGGTTGGAGATGTGGATTACGCAGAGGCTTGTAAAGTTGCAGGGTTCGTAA
CTCCGGTCCCTGGTGGTGTAGGTCCAATGACCGTGGCAATGCTGCTGAGGAACACCTTAG
ACGGCGCCAAGCGGGTCATTGGCCAGTAAGATATCTATCCTACTGTATGTTATAAATGAA
TCTCAAGTTTATCCATTATATAATTAAGCTCTCCCTTTCATAACACAATTATTCCTTTAA
AATAAATTGAAGTTTGCCTG
CC

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3EQ87JQ 729 0 0
TGTTCATGGTATATTAGTTCAACTCCCATTGCCGAAACATATTAATGAGGAGAATGTTTT
AAGTGCAATCAGCATTGATAAAGATGTAGATGGCTTCCATCCTCTGAATATTGGTAAGCT
AGCCATGAAAGGCAGATAACCCCTCTTCCTTCCATGCACCCCTAAGGGATGTTTGGAACT
CTTAGTAAGAAGTGGCATAAAGATAAAAGGGCAACGAGCTGTTGTAGTAGGTCGGAGCAA
CATCGTTGGATTGCCTGTTTCGCTTCTACTGCTCAA*GGCTGATGCTACTGTTACCACCG
TACATTCCCACACCAGAGATCCTGAGGCTATCATACGGGAAGCTGACATCGTTATTGCTG
CAGCCGGACAAGCCTGCATGATTAAGGGGGACTGGATTAAGCCAGGGGCTGCGGTGATCG
ATGTTGGAACCAATGCAGTGAGCGACCCGAGCAGGAAATCAGGATACCGGTTGGTTGGAG
ATGTGGATTACGCAGAGGCTTGTAAAGTTGCAGGGTTCGTAACTCCGGTCCCTGGTGGTG
TAGGTCCAATGACCGTGGCAATGCTGCTGAGGAACACCTTAGACGGCGCCAAGCGGGTCA
TTGGCCAGTAAGATATCTATCCTACTGTATGTTATAAATGAATCTCAAGTTTATCCATTA
TATAATTAAGCTCTCCCTTTCATAACACAATTATTCCTCTAAAATAAATTGAAGTTTGCC
TGTCC
TTCG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3E828JQ 766 0 0
TTAATGAGGAGAATGTTTTAAGTGCAATCAGCATTGATAAAGATGTAGATGGCTTCCATC
CTCTGAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCAGAGAACCCCTCTTCCTTCCATGCACCC
CTAAGGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTGGCATAAAGATAAAGGGGCAACGAGCTG
TTGTAGTAGGTCGGAGCAACATCGTTGGATTGCCTGTTTCGCTTCTACTGCTCAA*GGCT
GATGCTACTGTTACCACCGTACATTCCCACACCAGAGATCCTGAGGCTATCATACGGGAA
GCTGACATCGTTATTGCTGCAGCCGGACAAGCCTGCATGATTAAGGGGGACTGGATTAAG
CCAGGGGCTGCGGTGACCGATGTTGGAACCAATGCAGTGAGCGACCCGAGCAGGAAATCA
GGATACCGGTTGGTTGGAGATGTGGATTACGCAGAGGCTTGTAAAGTTGCAGGGTTCGTA
ACTCCGGTCCCTGGTGGTGTAGGTCCAATGACCGTGGCAATGCTGCTGAGGAACACCTTA
GACGGCGCCAAGCGGGTCATTGGCCAGTAAGATATCTATCCTACTGTATGTTATAAATGA
ATCTCAAGTTTATCCATTATATAATTAAGCTCTCCCTTTCATAACACAATTATTCCTCTA
AAATAAATTGAAGTTTGCCTGTCCTTTGATTGTTTGTTTTCCCGCCAATTTGTACACAAC
ATGAGGCTTAGCATCATTTTAATAAATTAAAAAAAAGCTTATGTAC

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3CK32JQ 700 0 0
GAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCAGAGAACCCCTCTTCCTTCCATGCACCCCTAA
GGGATGTTTGGAACTCTTAGTAAGAAGTGGCATAAAGATAAAAGGGCAACGAGCTGTTGT
AGTAGGTCGGAGCAACATCGTTGGATTGCCTGTTTCGCTTCTACTGCTCAA*GTCTGATG
CTACTGTTACCACCGTACATTCCCACACCAGAGATCCTGAGGCTATCATACGGGAAGCTG
ACATCGTTATTGCTGCAGCCGGACAAGCCTGCATGATTAAGGGGGACTGGATTAAGCCAG
GGGCTGCGGTGATCGATGTTGGAACCAATGCAGTGAGCGACCCGAGCAGGAAATCAGGAT
ACCGGTTGGTTGGAGATGTGGATTACGCAGAGGCTTGTAAAGTTGCAGGGTTCGTAACTC
CGGTCCCTGGTGGTGTAGGTCCAATGACCGTGGCAATGCTGCTGAGGAACACCTTAGACG
GCGCCAAGCGGGTCATTGGCCAGTAAGATATCTATCCTACTGTATGTTATAAATGAATCT
CAAGTTTATCCATTATATAATTAAGCTCTCCCTTTCATAACACAATTATTCCTCTAAAAT
AAATTGAAGTTTGCCTGTCCTTTGATTGTTTGTTTTCCCGCCAATTTGTACACAACATGA
GGCTTAGCATCATTTTAATAAATTAAAAAAAAGCTTATG
C

QA 1 699 1 699
DS 



AS 2 10

CO CL101Contig1 798 6 7 U
TTTTCAAAATGACATACTATTAGATATCATATACAATACTTTTGGACTAAACCATATACA
ACACTTGTATATTTAGAGAGTAGAGTATGGCTGTAGATAACGAAAACGCATACATTTATA
ATTATTGTGTACCACGACATACACTAATAAGATGCTATTTGAAAACTTTAGTTCCATCCC
CAAGTAAGAATTATTATTTTGAAAATGCCACGTAATAATTACTACTAAGAAAAGTCGGGT
TAACTAGATTTTTTTATGTTTGACCACAAAAGGTCGTTCGGGTTAACTAGATTTAATTTG
TGAAATTATAATAACAACTATATATCAATTTTTCATATCATCATTTGTCTATGCCACCTT
CTTTTCATTTATTCAGTGCGACCAACGGCCGCCTGGAGAACCTCTGACGAACGTTTAACC
CGAAATTTTTGACAGCTCCTTAACCGTTAATTTCTTGTAGAGCCACGAGATGATGCTGAG
GGCCGTCAAACCGGAGCCGCCCGAGGCGGCTAATCCCGTAGCTAGCAAACCAGTGGTAAT
ACCGGCTGGTACGAGAACCGGACTGAATACGACAAATAGCGGCATAATGGCAATAAATGC
CACGGCTGTGCCAGCGAGGGATAAACCGGCGAGCAACAAGAGGAACATTGCGGCTATGGT
AGCTAAAATGGCCGTCAAGATACCCTTAAACGTCGGCTTTGAATGTTTCTCGTGTTTTTT
CAACAACCCCATTCTCACTATTTTGAATGGCTAGAAGAGAGGGAGAGAACCTGCGTCTTT
GATACCCGATGGTTGTCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 

AF RR3FQ03JQ U 5
AF RR3B911TF C 1
AF RR3B911JQ U 13
AF RR3A967JQ U 256
AF RR3A967TF C 256
AF RR3FQ03TF C 73
BS 1 4 RR3B911TF
BS 5 229 RR3FQ03JQ
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BS 624 718 RR3FQ03JQ
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RD RR3FQ03JQ 714 0 0
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TTGTATATTTAGAGAGTAGAGTATGGCTGTAGATAACGAAAACGCATACATTTATAATTA
TTGTGTACCACGACATACACTAATAAGATGCTATTTGAAAACTTTAGTTCCATCCCCAAG
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TAGATTTTTTTATGTTTGACCACAAAAGGTCGTTCGGGTTAACTAGATTTAATTTGTGAA
ATTATAATAACAACTATATATCAATTTTTCATATCATCATTTGTCTATGCCACCTTCTTT
TCATTTATTCAGTGCGACCAACGGCCGCCTGGAGAACCTCTGACGAACGTTTAACCCGAA
ATTTTTGACAGCTCCTTAACCGTTAATTTCTTGTAGAGCCACGAGATGATGCTGAGGGCC
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GCTGGTACGAGAACCGGACTGAATACGACAAATAGCGGCATAATGGCAATAAATGCCACG
GCTGTGCCAGCGAGGGATGAACCGGCGAGCAACAAGAGGAACATTGCGGCTATGGTAGCT
AAAATGGCCGTCAAGATACCCTTAAACGTCGGCTTTGAATGTTTCTCGTGTTTT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3B911TF 798 0 0
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ACACTTGTATATTTAGAGAGTAGAGTATGGCTGTAGATAACGAAAACGCATACATTTATA
ATTATTGTGTACCACGACATACACTAATAAGATGCTATTTGAAAACTTTAGTTCCATCCC
CAAGTAAGAATTATTATTTTGAAAATGCCACGTAATAATTACTACTAAGAAAAGTCGGGT
TAACTAGATTTTTTTATGTTTGACCACAAAAGGTCGTTCGGGTTAACTAGATTTAATTTG
TGAAATTATAATAACAACTATATATCAATTTTTCATATCATCATTTGTCTATGCCACCTT
CTTTTCATTTATTCAGTGCGACCAACGGCCGCCTGGAGAACCTCTGACGAACGTTTAACC
CGAAATTTTTGACAGCTCCTTAACCGTTAATTTCTTGTAGAGCCACGAGATGATGCTGAG
GGCCGTCAAACCGGAGCCGCCCGAGGCGGCTAATCCCGTAGCTAGCAAACCAGTGGTAAT
ACCGGCTGGTACGAGAACCGGACTGAATACGACAAATAGCGGCATAATGGCAATAAATGC
CACGGCTGTGCCAGCGAGGGATAAACCGGCGAGCAACAAGAGGAACATTGCGGCTATGGT
AGCTAAAATGGCCGTCAAGATACCCTTAAACGTCGGCTTTGAATGTTTCTCGTGTTTTTT
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GATACCCGATGGTTGTCC

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3B911JQ 786 0 0
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TTAGAGAGTAGAGTATGGCTGTAGATAACGAAAACGCATACATTTATAATTATTGTGTAC
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ATTATTTTGAAAATGCCACGTAATAATTACTACTAAGAAAAGTCGGGTTAACTAGATTTT
TTTATGTTTGACCACAAAAGGTCGTTCGGGTTAACTAGATTTAATTTGTGAAATTATAAT
AACAACTATATATCAATTTTTCATATCATCATTTGTCTATGCCACCTTCTTTTCATTTAT
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GAGAACCGGACTGAATACGACAAATAGCGGCATAATGGCAATAAATGCCACGGCTGTGCC
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CGTCAAGATACCCTTAAACGTCGGCTTTGAATGTTTCTCGTGTTTTTTCAACAACCCCAT
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TTGTCC

QA 1 786 1 786
DS 

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GTGCGACCAACGGCCGCCTGGAGAACCTCTGACGAACGTTTAACCCGAAATTTTTGACAG
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AACCGGACTGAATACGACAAATAGCGGCATAATGGCAATAAACGCCACGGCTGTGCCAGC
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T
GGCC

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DS 

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CTCCTTAACCGTTAATTTCTTGTAGAGCCACGAGATGATGCTGAGGGCCGTCAAACCGGA
ACCGCCCGAGGCGGCTAATCCCGTAGCTAGCAAACCAGTGGTAATACCGGCTGGTACGAG
AACCGGACTGAATACGACAAATAGCGGCATAATGGCAATAAACGCCACGGCTGTGCCAGC
GAGGGATAAACCGGCGAGCAACAAGAGGAACATTGCGGCTATGGTAGCTAAAATGGCCGT
CAAGATACCCTTAAACGTCGGCTTTGAATGTTTCTCGTGTTTTTTCAACAACCCCATTCT
CACTATTTTGAATGGCTAGAAGAGAGGGAGAGAACCTGCGTCTTTGATACCCGATGGTTG
T
GGCC

QA 1 541 1 541
DS 

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CACGACATACACTAATAAGATGCTATTTGAAAACTTTAGTTCCATCCCCAAGTAAGAATT
ATTATTTTGAAAATGCCACGTAATAATTACTACTAAGGAAAGTCGGGTTAACTAGATTTT
TTTATGTTTGACCACAAAAGGTCGTTCGGGTTAACTAGATTTAATTTGTGAAATTATAAT
AACAACTATATATCAATTTTTCATATCATCATTTGTCTATGCCACCTTCTTTTCATTTAT
TCAGTGCGACCAACGGCCGCCTGGAGAACCTCTGACGAACGTTTAACCCGAAATTTTTGA
CAGCTCCTTAACCGTTAATTTCTTGTAGAGCCACGAGATGATGCTGAGGGCCGTCAAACC
GGAGCCGCCCGAGGCGGCTAATCCCGTAGCTAGCAAACCAGTGGTAATACCGGCTGGTAC
GAGAACCGGACTGAATACGACAAATAGCGGCATAATGGCAATAAATGCCACGGCTGTGCC
AGCGAGGGATGAACCGGCGAGCAACAAGAGGAACATTGCGGCTATGGTAGCTAAAATGGC
CGTCAAGATACCCTTAAACGTCGGCTTTGAATGTTTCTCGTGTTTTTTCAACAACCCCAT
TCTCACTATTTTGAATGGCTAGAAGAGAGGGAGAGAACCTGCGTCTTTGATACCCGATGG
TTGTCC

QA 1 726 1 726
DS 



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ATGGTATCGTAGAAGGGGTACCTATGATTGCTGCCGCATACATAGCATTTGGTAAAACGC
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TTCATTTATTCAGTGCGACCAACGGCCGCCTGGAGAACCTCTGACGAACGTTTAACCCGA
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CGTCAAACCGGAGCCGCCCGAGGCGGCTAATCCCGTAGCTAGCAAACCAGTGGTAATACC
GGCTGGTACGAGAAGCGGACTGAATACGACAAATAGCGGCATAATGGCAATAAATGCCAC
GGCTGTGCCAGCGAGGGATAAACCGGCGAGTAACAAGAGGAACATTGCGGCTATGGTAGC
TAAAATGGCCGCCAAGATACCCTTAAACGTCGGCTTTGAATGTTTCTCGTGTTTTTTCAA
CAACCCCATTCTCACTATTTTGAATGGCTAGAAGAGAGAGGGAGAGAACCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H690TF C 1
AF RR3BO74JQ U 382
AF RR3AW38JQ U 111
AF RR3AW38TF C 111
BS 1 110 RR3H690TF
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AATTTTTGACAGTTCCTTAACC
CC

QA 1 322 1 322
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DS 

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TCC

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DS 

RD RR3AW38TF 543 0 0
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CTTGTAGTGTTTGTGAAATTATAATAAAAACTATATATCAATTTTTCATATCATCATTTG
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TTTAACCCGAAATTTTTGACAGCTCCCTAACCGTTAATTTCTTGTAGAGCCACGAGATGA
TGCTGAGGGCCGTCAAACCGGAGCCGCCCGAGGCGGCTAATCCCGTAGCTAGCAAACCAG
TGGTAATACCGGCTGGTACGAGAAGCGGACTGAATACGACAAATAGCGGCATAATGGCAA
TAAATGCCACGGCTGTGCCAGCGAGGGATAAACCGGCGAGTAACAAGAGGAACATTGCGG
CTATGGTAGCTAAAATGGCCGCCAAGATACCCTTAAACGTCGGCTTTGAATGTTTCTCGT
GTTTTTTCAACAACCCCATTCTCACTATTTTGAATGGCTAGAAGAGAG
AGGGAGAGAACCTCC

QA 1 528 1 528
DS 



AS 2 12

CO CL102Contig1 488 10 3 U
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AAAATACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTA
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TGTGATGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCTACATATTAC
TTTCAGTT


BQ
10 10 30 30 30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 30 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 45 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 45 60 60 45 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 40 40 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BA23JQ C 4
AF RR3BA23TF U 4
AF RR3E362TF U 4
AF RR3E880TF U 65
AF RR3EP42JQ C 2
AF RR3EP42TF U 2
AF RR3B534TF U 2
AF RR3F021TF U 3
AF RR3A355TF U 1
AF RR3F009TF U 65
BS 1 25 RR3A355TF
BS 26 26 RR3BA23TF
BS 27 488 RR3A355TF

RD RR3BA23JQ 383 0 0
GG
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TTTTTTCCAAGATCAAATCATGTTTACGTGCGGAAACTGCGACTGTGCTGACAAGACCCA
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TAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAAATAAAGCTCCTAAAAT
ACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTTTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTAATATG
AATAAAAGTTGATGTGAGC
CC

QA 3 381 3 381
DS 

RD RR3BA23TF 383 0 0
GG
AAAGCAAAACAACAAAAAAAA*CACACACACAAGAAAAGAACTCAAAAACCTCTCAAGCT
TTTTTTCCAAGATCAAATCATGTCTACGTGCGGAAACTGCGACTGTGCTGACAAGACCCA
GTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTACACCTTGGACGTCGTCGAGACTCAGG*GAGCTACAA
GGAAGCCATGGTCATGGACGTTGGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGTGGCTC
TAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAAATAAAGCTCCTAAAAT
ACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTAATATG
AATAAAAGTTGATGTGAGC
CC

QA 3 381 3 381
DS 

RD RR3E362TF 398 0 0
GG
AAAGCAAAACAACAAAAAAAA*CACACACACAAGAAAAGAACTCAAAAACCTCTCAAGCT
TTTTTTCCAAGATCAAATCATGTCTACGTGCGGAAACTGCGACTGTGCTGACAAGACCCA
GTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTACACCTTGGACGTCGTCGAGACTCAGGAGAGCTACAA
GGAAGCCATGGTCATGGACGTTTGTGCAGAGGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGTGGCTC
TAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAAATAAAGCTCCTAAAAT
ACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTAATATG
AATAAAAGTTGATGTGAGCTC
TCTCTCTTATTACTT

QA 3 383 3 383
DS 

RD RR3E880TF 405 0 0
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AGTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTACACCTTGGACGTCGTCGAGACTCAGGAGAGCTACA
AGGAAGCCATGGTCATGGACGTTGGTGC*GAAGCGAACGGGTGCCAATGCAAGTGTGGCT
CTAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAAATAAAGCTCCTAAAA
TACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTAATAT
GAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGGCATGGTGTGTG
ATGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTAT

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR3EP42JQ 472 0 0
G
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GCTTTTTTTCCAAGATCAAATCATGTCTACGTGCGGAT**TGCGACTGTGCTGACAAGAC
CCAGTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTACACCTTGGACGTCGTCGAGACTCAGGAGAGCTA
CAAGGAAGCCATGGTCATGGACGTTGGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGTGG
CTCTAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAAATAAAGCTCCTAA
AATACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTAAT
ATGAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGGCATGGTGTG
TGATGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCTAC

QA 2 472 2 472
DS 

RD RR3EP42TF 472 0 0
G
GACAAAGCAAAACAACAAAAAAAAACACACACACAAGAAAAGAACTCAAAAACCTCTCAA
GCTTTTTTTCCAAGATCAAATCATGTCTACGTGCGGAT**TGCGACTGTGCTGACAAGAC
CCAGTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTACACCTTGGACGTCGTCGAGACTCAGGAGAGCTA
CAAGGAAGCCATGGTCATGGACGTTGGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGTGG
CTCTAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAAATAAAGCTCCTAA
AATACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTAAT
ATGAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGGCATGGTGTG
TGATGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCTAC

QA 2 472 2 472
DS 

RD RR3B534TF 470 0 0
G
GACAAAGCAAAACAACAAAAAAAAACACACACACAAGAAAAGAACTCAAAAACCTCTCAA
GCTTTTTTTCCAAGATCAAATCATGTCTACGTGCGGAAACTGCTACTGTGCTGACAAGAC
CCAGTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTACACCTTGGACGTCGTCGAGACTCAGGAGTGCTA
CAAGGAAGCCATGGTCATGGACGTTGGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGTGG
CTCTAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAAATAAAGCTCCTAA
AATACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTAAT
ATGAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGGCATGGTGTG
TGATGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATTATGTTATCT

QA 2 470 2 470
DS 

RD RR3F021TF 469 0 0
GGA
AAAGCAAAACAACAAAAAAAA*CACACACACAAGAAAAGAACTCAAAAACCTCTCAAGCT
TTTTTTCCAAGATCAAATCATGTCTACGTGCGGAAACTGCGACTGTGCTGACAAGACCCA
GTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTGCACCTTGGACGTCGTCGAGACTCAGGAGAGCTACAA
GGAAGCCATGGTCATGGACGTTGGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGTGGCTC
TAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAAATAAAGCTCCTAAAAT
ACACATTTAAAAGGGGACCGTGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTAATATG
AATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGGCATGGTGTGTGA
TGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCT

QA 4 469 4 469
DS 

RD RR3A355TF 488 0 0
GTGACAAAGCAAAACAACAAAAAAA**CACACACACAAGAAAAGAACTCAAAAACCTCTC
AAGCTTTTTTTCCAAGATCAAATCATGTCTACGTGCGGAAACTGCGACTGTGCTGACAAG
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TACAAGGAAGCCATGGTCATGGACGTTGGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGT
GGCTCTAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAAATAAAGCTCCT
AAAATACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTA
ATATGAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGGCATGGTG
TGTGATGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCTACATATTAC
TTTCAGTT

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR3F009TF 418 0 0
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AGTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTACACCTTGGACGTCGTCGAGACTCAGGAGAGCTACA
AGGAAGCCATGGTCATGGACGTTGGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGTGGCT
CTAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAAAAATAAAGCTCCTAAAA
TACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTTTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTAATAT
GAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGGCATGGTGTGTG
ATGTAATGGTTCTATGTCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCTACATATTACTT

QA 1 418 1 418
DS 



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AAGGAAGCCATGGTCATGGACGTTAGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGTGGC
TCTAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAGAAATAAACCTCCTAAA
ATACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTGTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTAATA
TGAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGGCATGGTGTGT
GATGTAATGGTTCTATGTCCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3F240TF U 1
AF RR3H842TF U 111
BS 1 442 RR3F240TF
BS 443 443 RR3H842TF
BS 444 447 RR3F240TF
BS 448 448 RR3H842TF
BS 449 469 RR3F240TF
BS 470 471 RR3H842TF

RD RR3F240TF 469 0 0
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GTTTTTTTTCAAGATCAAATCATGTCTTCGTGCGGAAACTGCGACTGTGCTGACAAGACC
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AAGGAAGCCATGGTCATGGACGTTAGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATGCAAGTGTGGC
TCTAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAGAAATAAACCTCCTAAA
ATACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTGTTCTCCTCCTTTTAACTAAAATGTAATA
TGAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGGCATGGTGTGT
GATGTAATGGTTCTATGTCCCC*TTATTCTCTAATACATCATGTTATCT

QA 1 469 1 469
DS 

RD RR3H842TF 361 0 0
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GGAGAGCTACAAGGAAGCCATGGTCATGGACGTTAGTGCAGAAGAGAACGGGTGCCAATG
CAAGTGTGGCTCTAGCTGCAGCTGCGTCAACTGCACTTGCTGCCCCAACTAAAGAAATAA
ACCTCCTAAAATACACATTTAAAAGGGGACCATGTCTCTCTGTTCTCCTCCTTTTAACTA
AAATGTAATATGAATAAAAGTTGATGTGAGCTCATATCTCTCTTATTACTTACTTTCTGG
CATGGTGTGTGATGTAATGGTTCTATGTCCCCCTTATCCTCTAATACATCATGTTATCTA
C

QA 1 361 1 361
DS 



AS 2 14

CO CL103Contig1 849 10 32 U
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AAAACACCAAAGTGAAAGTGTGTTCTACGTTTCTTACAAGTTTTGAAACTGTGTGTTTAA
CTGCTAAACACAAAAAGGAAAAAAAAAA*GCATCGTAACAACCATTCTTAGCTTCATTTC
ACTGACTTAGCGCTTCTTCTTGCTGCCAGCCTTTGCTAAATTGGACTTTGAAGGCGTTGC
TACCAAGTATATGAACAAAACCACCATCGATATCACTGAAACAAGTGATCCATATTTCGC
CAGAATCCTCTTGGCCACGGCAAGCGGGTCAGTTGGAGGGAGGTCTGCGAGAATGTTTAA
AGGTAGTATTGGATTTGAGAAGGCTTGCTGAAGAGCAGTCTTTGTGGGGATGCGGAAAGT
AACGACAGCAGGATTACCATAGAAGGGCCCTTTAACCTTCGCCTCAAGTTCAAAAGAATG
AGACAGAATACCTCCTGCATCAAGTCTCTCCCATGACTTTGAAGTGTTTCCATTAACAAC
ATCAAAAGTTTTCTTAATCCAGGTTTTATCAACCAGAGTCACATCATACGCCGTCGCAGA
TCCTTGGTTGTAGATGTCGAAGGAGACGAGGACGCGCTCGGCGCCAGATTTGAGCCTGTT
GAGAGTAACTTTCTTGTGAACCACCATGAACGGCATTTCCGAGGTCGCGAACGAAGCGGA
GACGAGCGTGAAAACCGCCATGGCGGAGATCAGAAGCTTAGCTAAGGAGATGGCCATGGA
TCTTCGTTGGGATTTGGTATGTCACAGATCTGCGATTGGTTTCCTCCCCTCGTGAACCCT
CCCACCGCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 25 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 45 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 45 60 60 60 60 30 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 
45 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 50 50 50 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AA88JQ U 1
AF RR3E217JQ U 23
AF RR3AA76JQ U 1
AF RR3DQ27JQ U 2
AF RR3FL59JQ U 22
AF RR3AA76TF C 76
AF RR3E217TF C 214
AF RR3AA88TF C 95
AF RR3DQ27TF C 104
AF RR3A908TF C 88
BS 1 148 RR3AA76JQ
BS 149 149 RR3E217JQ
BS 150 281 RR3AA76JQ
BS 282 282 RR3E217JQ
BS 283 302 RR3AA76JQ
BS 303 303 RR3AA88JQ
BS 304 350 RR3AA76JQ
BS 351 351 RR3AA88JQ
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BS 379 379 RR3AA88JQ
BS 380 392 RR3AA76JQ
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BS 600 609 RR3AA76JQ
BS 610 621 RR3DQ27JQ
BS 622 622 RR3AA76TF
BS 623 626 RR3DQ27JQ
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BS 817 828 RR3AA76TF
BS 829 849 RR3A908TF

RD RR3AA88JQ 594 0 0
ACG
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ACACCAAAGTGAAAGTGTGTTCTACGTTTCTTACAAGTTTTGAAACTGTGTGTTTAACTG
CTAAACACAAAAAGGAAAAAAAAAAAGCATCGTAACAACCATTCTTAGCTTCATTTCACT
GACTTAGCGCTTCTTCTTGCTGCCAGCCTTTGCTAAATTGGACTTTGAAGGCGTTGCTAC
CAAGTATATGAACAAAACCACCATCGATATCACTGAAATAAGTGATCCATATTTCGCCAG
AATCCTCTTGGCCACGGCAAGCGGGTCAGTTGGAGGGAGGTCTGCGAGAATGTTTAAAGG
TAGTATTGGATTTGAGAAGGCTTGCTGAAAAGCAGTCTTTGTGGGGATGCGGAAAGTAAC
GACAGCAGGATTACCATAGAAGGGCCCTTTAACCTTCGCCTCAAGTTCAAAAGAATGAGA
CAGAATACCTCCTGCATCAAGTCTCTCCCATGACTTTGAAGTGTTTCCATTAACAACATC
AAAAGTTTTCTTAATCCAGGTTTTATCAACCAGAGTCACATCATACGCCGT

QA 4 594 4 594
DS 

RD RR3E217JQ 570 0 0
G
CGCAAAACCAAAATAACTCTTTAACATAGTCCTCTGCAAAACACCAAAGTGAAAGTGTGT
TCTACGTTTCTTACAAGTTTTGAAACTGTGTGTTTAACTGCTAAACACAAAAAGGGAAAA
AAAA**GCATCGTAACAACCATTCTTAGCTCCATTTCACTGACTTAGCGCTTCTTCTTGC
TGCCAGCCTTTGCTAAATTGGACTTTGAAGGTGTTGCTACCAAGTATATGAACAAAACCA
CCATCGATATCACTGAAACAAGTGATCCATATTTCGCCAGAATCATCTTGGCCACGGCAA
GCGGGTCAGTTGGAGGGAGGTCTGCGAGAATGTTTAAAGGTAGTATTGGATTTGAGAAGG
CTTGCTGAAAAGCAGTATTTGTGGGGATGCGGAAAGTAACGACAGCAGGATTACCATAGA
AGGGCCCTTTAACCTTCGCCTCAAGTTCAAAAGAATGAGACAGAATACCTCCTGCATCAA
GCCTCTCCCATGACTTTGAAGTGTTTCCATTAACAACATCAAAAGTTTTCTTAATCCAGG
TTTTATCAACCAGAGTCACATCATACGCC

QA 2 570 2 570
DS 

RD RR3AA76JQ 609 0 0
ACCCTGTCAAAAAGACGTTATGACGCAAAACCAAAATAACTCTTTAACATAGTCCTCTGC
AAAACACCAAAGTGAAAGTGTGTTCTACGTTTCTTACAAGTTTTGAAACTGTGTGTTTAA
CTGCTAAACACAAAAAGGAAAAAAAAAAAGCATCGTAACAACCATTCTTAGCTTCATTTC
ACTGACTTAGCGCTTCTTCTTGCTGCCAGCCTTTGCTAAATTGGACTTTGAAGGCGTTGC
TACCAAGTATATGAACAAAACCACCATCGATATCACTGAAATAAGTGATCCATATTTCGC
CAAAATCCTCTTGGCCACGGCAAGCGGGTCAGTTGGAGGGAGGTCTGCGAAAATGTTTAA
AGGTAGTATTGGATTTGAAAAGGCTTGCTGAAAAGCAGTCTTTGTGGGGATGCGGAAAGT
AACGACAGCAGGATTACCATAAAAGGGCCCTTTAACCTTCCCCTCAAGTTCAAAAAAATG
AAACAAAATACCTCCTGCATCAAGTCTCTCCCATGACTTTGAAGTGTTTCCATTAACAAC
ATCAAAAGTTTTCTTAATCCAGGTTTTATCAACCAGAGTCACATCATACGCCGTCGCAAA
TCCTTGGTT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3DQ27JQ 625 0 0
GG
CTGTCAAAAAGACGTTATGACGCAAAACCAAAATAACTCTTTAACATAGTCCTCTGCAAA
ACACCAAAGTGAAAGTGTGTTCTACGTTTCTTACAAGTTTTGAAACTGTGTGTTTAACTG
CTAAACACAAAAAGGAAAAAAAAAA*GCATCGTAACAACCATTCTTAGCCTCATTTCACT
GACTTAGCGCTTCTTCTTGCTGCCAGCCTTTGCTAAATTGGACTTTGAAGGCGTTGCTAC
CAAGTATATGAACAAAACCACCATCGATATCACTGAAACAAGTGATCCATATTTCGCCAG
AATCCTCTTGGCCACGGCAAGCGGGTCGGTTGGAGGGAGGTCTGCGAGAATGTTTAAAGG
TAGTATTGGATTTGAGAAGGCTTGCTGAAGAGCAGTCTTTGTGGGGATGCGGAAAGTAAC
GACAGCAGGATTACCATAGAAGGGCCCTTTAACCTTCGCCTCAAGTTCAAAAGAATGAGA
CAGAATACCTCCTGCATCAAGTCTCTCCCATGACTTTGAAGTGTTTCCATTAACAACATC
AAAAGTTTTCTTAATCCAGGTTTTATCAACCAGAGTCACATCATACGCCGTCGCAGATCC
TTGGTTGTAGATGTCGAAAGAGA

QA 3 625 3 625
DS 

RD RR3FL59JQ 593 0 0
GACGCAAAACCAAAATAACTCTTTAACATAGTCCTCTGCAAAACACCAAAGTGAAAGTGT
GTTCTACGTTTCTTACAAGTTTTGAAACTGTGTGTTTAACTGCTAAACACAAAAAGGAAA
AAAAAA**GCATCGTAACAACCATTCTTAGCTTCATTTCACTGACTTAGCGCTTCTTCTT
GCTGCCAGCCTTTGCTAAATTGGGCTTTGAAGGCGCTGCTACCAAGTATATGAACAAAAC
CACCATCGATATCACTGAAACAAGTGATCCATATTTCGCCAGAATCCTCTTGGCCACGGC
AAGCGAGTCAGTTGGAGGGAGGTCTGCGAGAATGTTTAAAGGTAGTATTGGATTTGAAAA
GGCTTGCTGAAGAGCAGTCTTTGTGGGGATGCGGAAAGTAACGACAGCAGGATTACCATA
GAAGGGCCCTTTAACCTTCGCCTCAAGTTCAAAAGAATGAGACAGAATACCTCCTGCATC
AAGTCTCTCCCATGACTTTGAAGTGTTTCCATTAACAACATCAAAAGTTTTCTTAATCCA
GGTTTTATCAACCAGAGTCACATCATACGCCGTCGCAGATCCTTGGTTGTAGA

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3AA76TF 753 0 0
AAGTGTGTTCTACGTTTCTTACAAGTTTTGAAACTGTGTGTTTAACTGCTAAACACAAAA
AGGAAAAAAAAAAAGCATCGTAACAACCATTCTTAGCTTCATTTCACTGACTTAGCGCTT
CTTCTTGCTGCCAGCCTTTGCTAAATTGGACTTTGAAGGCGTTGCTACCAAGTATATGAA
CAAAACCACCATCGATATCACTGAAATAAGTGATCCATATTTCGCCAGAATCCTCTTGGC
CACGGCAAGCGGGTCAGTTGGAGGGAGGTCTGCGAGAATGTTTAAAGGTAGTATTGGATT
TGAGAAGGCTTGCTGAAGAGCAGTCTTTGTGGGGATGCGGAAAGTAACGACAGCAGGATT
ACCATAGAAGGGCCCTTTAACCTTCGCCTCAAGTTCAAAAGAATGAGACAGAATACCTCC
TGCATCAAGTCTCTCCCATGACTTTGAAGTGTTTCCATTAACAACATCAAAAGTTTTCTT
AATCCAGGTTTTATCAACCAGAGTCACATCATACGCCGTCGCAGATCCTTGGTTGTAGAT
GTCGAAGGAGACGAGGACGCGCTCGGCGCCAGATTTGAGCCTGTTGAGAGTAACTTTCTT
GTGAACCACCATGAACGGCATTTCCGAGGTCGCGAACGAAGCGGAGACGAGCGTGAAAAC
CGCCATGGCGGAGATCAGAAGCTTAGCTAAGGAGATGGCCATGGATCTTCGTTGGGATTT
GGTATGTCACAGATCTGCGAGTGGTTTCCTCCC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3E217TF 615 0 0
TGCTAAATTGGACTTTGAAGGTGTTGCTACCAAGTATATGAACAAAACCACCATCGATAT
CACTGAAACAAGTGATCCATATTTCGCCAGAATCATCTTGGCCACGGCAAGCGGGTCAGT
TGGAGGGAGGTCTGCGAGAATGTTTAAAGGTAGTATTGGATTTGAGAAGGCTTGCTGAAG
AGCAGTATTTGTGGGGATGCGGAAAGTAACGACAGCAGGATTACCATAGAAGGGCCCTTT
AACCTTCGCCTCAAGTTCAAAAGAATGAGACAGAATACCTCCTGCATCAAGCCTCTCCCA
TGACTTTGAAGTGTTTCCATTAACAACATCAAAAGTTTTCTTAATCCAGGTTTTATCAAC
CAGAGTCACATCATACGCCGTCGCAGATCCTTGGTTGTAGATGTCGAAGGAGACGAGGAC
GCGCTCGGCGCCAGATTTGAGCCTGTTGAGAGTAACTTTCTTGTGAACCACCATGAACGG
CATTTCCGAGGTCGCGAACGAAGCGGAGACGAGCGTGAAA*CCGCCATGGCGGAGATCAG
AAGCTTAGCTAAGGAGATGGCCATGGATCTTCGTTGGGATTTGGTATGTCACAGATCTGC
GATTGGTTTCCTCCC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3AA88TF 734 0 0
TACAAGTTTTGAAACTGTGTGTTTAACTGCTAAACACAAAAAGGAAAAAAAAAAAGCATC
GTAACAACCATTCTTAGCTTCATTTCACTGACTTAGCGCTTCTTCTTGCTGCCAGCCTTT
GCTAAATTGGACTTTGAAGGCGTTGCTACCAAGTATATGAACAAAACCACCATCGATATC
ACTGAAATAAGTGATCCATATTTCGCCAGAATCCTCTTGGCCACGGCAAGCGGGTCAGTT
GGAGGGAGGTCTGCGAGAATGTTTAAAGGTAGTATTGGATTTGAGAAGGCTTGCTGAAGA
GCAGTCTTTGTGGGGATGCGGAAAGTAACGACAGCAGGATTACCATAGAAGGGCCCTTTA
ACCTTCGCCTCAAGTTCAAAAGAATGAGACAGAATACCTCCTGCATCAAGTCTCTCCCAT
GACTTTGAAGTGTTTCCATTAACAACATCAAAAGTTTTCTTAATCCAGGTTTTATCAACC
AGAGTCACATCATACGCCGTCGCAGATCCTTGGTTGTAGATGTCGAAGGAGACGAGGACG
CGCTCGGCGCCAGATTTGAGCCTGTTGAGAGTAACTTTCTTGTGAACCACCATGAACGGC
ATTTCCGAGGTCGCGAACGAAGCGGAGACGAGCGTGAAAACCGCCATGGCGGAGATCAGA
AGCTTAGCTAAGGAGATGGCCATGGATCTTCGTTGGGATTTGGTATGTCACAGATCTGCG
AGTGGTTTCCTCCC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3DQ27TF 722 0 0
TGAAACTGTGTGTTTAACTGCTAA*CACAAAAAGGAAAAAAAAA**GCATCGTAACAACC
ATTCTTAGCT*CATTTCACTGACTTAGCGCTTCTTCTTGCTGCCAGCGTTTGCTAAATTG
GACTTTGAAGGCGTTGCTACCAAGTATATGAACAAAACCACCATCGATATCACTGAAACA
AGTGATCCATATTTCGCCAGAATCCTCTTGGCCACGGCAAGCGGGTCGGTTGGAGGGAGG
TCTGCGAGAATGTTTAAAGGTAGTATTGGATTTGAGAAGGCTTGCTGAAGAGCAGTCTTT
GTGGGGATGCGGAAAGTAACGACAGCAGGATTACCATAGAAGGGCCCTTTAACCTTCGCC
TCAAGTTCAAAAGAATGAGACAGAATACCTCCTGCATCAAGTCTCTCCCATGACTTTGAA
GTGTTTCCATTAACAACATCAAAAGTTTTCTTAATCCAGGTTTTATCAACCAGAGTCACA
TCATACGCCGTCGCAGATCCTTGGTTGTAGATGTCGAAGGAGACGAGGACGCGCTCGGCG
CCAGAGTTGAGCCTGTTGAGAGTAACTTTCTTGTGAACCACCATGAACGGCGTTTCCGAG
GTCGCGAACGAAGCGGAGACGAGCGTGAAAACCGCCATGGCGGAGATCAGAAGCTTAGCT
AAGGAGATGGCCATGGATCTTCGTTGGGATTTGGTATGTCACAGATCTGCGATTGGTTTC
C
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3A908TF 762 0 0
CGTTTCTTACAAGTTTTGAAACTGTGTGTTTAACTGCTAAACACAAAAAGGAAAAAAAAA
**GCATCGTAACAACCATTCTTAGCTTCATTTCACTGACTTAGCGCTTCTTCTTGCTGCC
AGCCTTTGCTAAATTGGACTTTGAAGGCGTTGCTACCAAGTATATGAACAAAACCACCAT
CGATATCACTGAAACAAGTGATCCATATTTCGCCAGAATCCTCTTAGCCACGGCAAGCGG
GTCAGTTGGAGGGAGGTCTGCGAGAATGTTTAAAGGTAGTATTGGATTTGAGAAGGCTTG
CTGAAGAGCAGTCTTTGTGGGGATGCGGAAAGTAACGACAGCAGGATTACCATAGAAGGG
CCCTTTAACCTTCGCCTCAAGTTCAAAAGAATGAGACAGAATACCTCCTGCATCAAGTCT
CTCCCATGACTTTGAAGTGTTTCCATTAACAACATCAAAAGTTTTCTTAATCCAGGTTTT
ATCAACCAGAGTCACATCATACGCCGTCGCAGATCCTTGGTTGTAGATGTCGAAGGAGAC
GAGGACGCGCTCGGCGCCAGATTTGAGCCTGTTGAGAGTAACTTTCTTGTGAACCACCAT
GAACGGCATTTCCGAGGTCGCGAACGAAGCGGAGACGAGCGTGAAAACCGCCATGGCGGA
GATCAGAAGCTTAGCTAAGGAGATGGCCATGGATCTTCGTTGGGATTTGGTATGTCACAG
ATCTGCGATTGGTTTCCTCAGCTCGTGAACCCTCCCACCGCC

QA 1 762 1 762
DS 



CO CL103Contig2 874 4 10 U
GGGAGGAAACCAATCGCAGATCTGTGACATACCAAATCCCAACGAAGATCCATGGCCATC
TCCTTAGCTAAGCTTCTGGTCTCCGCCATGGCGGTTTTCACGCTCGTCTCCGCTTCGTTC
GCGACCTCGGAAATGCCGTTCATGGTGGTCCACAAGAAAGTTACTCTCAACAGGCTCAAA
TCCGGCGCCGAGCGCGTCCTCGTCTCCTTCGACATCTACAACCAAGGATCTGCGACGGCG
TATGATGTGACTCTGGTTGATAAAACCTGGATTAAGAAAACTTTTGATGTTGTTAACGGA
AACACTTCAAGATCATGGGAGAGACTTGATGCAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTTTCGAA
CTTGAGGCTAAGGTTAAAGGGCCCTTCTATGGTAATCCTGCTGTCGTTACTTTCCGCATC
CCCACAAAGACTGCTCTTCAGCAAGCCTTCTCAAATCCAATACTACCTTTAAACATTCTC
GCAGACCTCCCTCCAACTGACCCGCTTGCCGTGGCCAAGAGGATTCTGGCGAAATATGGA
TCACTTGTTTCAGTGATATCGATGGTGGTTTTGTTCATATACTTGGTAGCAACACCTTCA
AAGTCCAATTTAGCAAAGGCTGGCAGCAAGAAGAAGCGCTAAGTCAGTGAAATGAAGCTA
AGAATGGTTGTCACGATGCTTTTTTTGTGTGTTTAGCTGTTAAAACACAGTTTGAAAACT
TGTAAGAAACGTAGAACACACTTTCACTTTGGTGTTTGCAGAGGACTATGTTAAAGAGTT
ATTTTGGTTTTGCGTCATAACGTCTTTTTGACAGCGTTGAAGTCATGGAGTTTTTTCTTC
TTTTTTTTGTCAACATGGAGTTTTTTCTTTTATT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D425TF U 1
AF RR3BU26TF U 3
AF RR3D425JQ C 67
AF RR3BU26JQ C 115
BS 1 230 RR3D425TF
BS 231 231 RR3BU26TF
BS 232 616 RR3D425TF
BS 617 704 RR3BU26TF
BS 705 705 RR3D425JQ
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BS 729 810 RR3D425JQ
BS 811 874 RR3BU26JQ

RD RR3D425TF 616 0 0
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TCCTTAGCTAAGCTTCTGGTCTCCGCCATGGCGGTTTTCACGCTCGTCTCCGCTTCGTTC
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AAGTCCAATTTAGCAA

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DS 

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GG
GGAAACCAATCGCAGATCTGTGACATACCAAATCCCAACGAAGATCCATGGCCATCTCCT
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GCGCCGAGCGCGTCCTCGTCTCCTTCGACATCTACAACCAAGGATCTGCGACGGCGTATG
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QA 3 726 3 726
DS 

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GTTGTCACGATGCTTTTTTTGTGTGTTTAGCTGTTAAAACACAGTTTGAAAACTTGTAAG
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GTTTTGCGTCATAACGTCTTTTTG
GC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3BU26JQ 760 0 0
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CTCAAATCCGGCGCCGAGCGCGTCCTCGTCTCCTTCGACATCTACAACCAAGGATCTGCG
ACGGCGTATGATGTGACTCTGGTTGATAAAACCTGGATTAAGAAAACTTTTGATGTTGTT
AACGGAAACACTTCAAGATCATGGGAGAGACTTGATGCAGGAGGTATTCTGTCTCATTCT
TTCGAACTTGAGTTTAAGGTTAAAGGGCCCTTCTATGGTAATCCTGCTGTCGTTACTTTC
CGCATCCCCACAAAGACTGCTCTTCAGCAAGCCTTCTCAAATCCAATACTACCTTTAAAC
ATTCTCGCAGACCTCCCTCCAACTGACCCGCTTGCCGTGGCCAAGAGGATTCTGGCGAAA
TATGGATCACTTGTTTCAGTGATATCGATGGTGGTTTTGTTCATATACTTGGTAGCAACA
CCTTCAAAGTCCAATTTAGCAAAGGCTGGCAGCAAGAAGAAGCGCTAAGTCAGTGAAATG
AAGCTAAGAATGGTTGTCACGATGCTTTTTTTGTGTGTTTAGCTGTTAAAACACAGTTTG
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AGAGTTATTTTGGTTTTGCGTCATAACGTCTTTTTGACAGCGTTGAAGTCATGGAGTTTT
TTCTTCTTTTTTTTGTCAACATGGAGTTTTTTCTTTTATT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 3 10

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CTCTGTAAACCCTAAACGACCCTAAACCCAATTCGTGCTTTTCCGATGGCGAGCCTTCGA
TGCCTTCGCGAGCTACGCCGCCGCGCCACGACGGTCCTCTCGATCAACCAGACGCGATTG
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CCGAATCGATCTCTCACTAGAGATCTCCCATGGTACACTCGCTCCCAAGGCCGCCATTTC
TCTTCAAAAACAAACGATACTGATGATAGCAGCGAAGGAGAAGATGATGATGATGATGAT
GATGATGATGATGATTACGAGGATTCGGCGGAGATGGAAGTAGAAAGGGAATATTCACCG
GCGGAGAAAGTGGAAGCAGCGGCGGAGATAGGGTACAAGGTGATGGGTCCTCTCAAACCT
TCGGAGAGACTATTCAAACCCTATGAGCCAGTGTTCGCCGTTGTTCAGATTGGTTCGCAT
CAGTTCAAAGTAAGCAACGGAGACTCTATTTTCACGGAGAAGTTGAAGTTCTGTGACATC
AATGATAAGTTGGTACTGACTAAGGTGCTTCTACTGGGCTCCGCAAGCCAGACGATTATT
GGCAGGCCTATCTTGCCTGATGCTACTGTTCATGCTGTTGTGGAAGAGCATGCATTGGAT
GAAAAAGTGCTCATTTTCAAAAAGAAACGAAGGAAGAATTATAGGAGAACCACAGGACAT
CGACAGGAATTGACAAAGTTGAGAATAACCGATATACAAGGAATTGAGAAACCAGAGCCG
ACGATTGTCCATAAGTTTTCCAAGCCAGCTGATACAGAGCAACCAGAGGCTGAGCTAGTT
GGTTAGAGAGAAGAATCGCTTTTTTTTTTCTTTTGTTGCTGATGCCAATACTTCGAAGTA
AGTTCATCAAACAGTTGCCGATTTGGGCTTCACCTTTTTTGAAGTTTTTTTACAACTAGT
AGCTGAAAAGGCTTTCTTTGTAGTTAATGGCAATGTTGATACTAAGATATGAACTTGAGT
ACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3EH64TF U 1
AF RR3EH64JQ C 308
BS 1 624 RR3EH64TF
BS 625 625 RR3EH64JQ
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AATGATAAGTTGGTACTGACTAAG*TGCTTCTACTGGGCTCCGCAAGCCAGACGATTATT
G

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DS 

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AAGTAAGCAACGGAGACTCTATTTTCACGGAGAAGTTGAAGTTCTGTGACATCAATGATA
AGTTGGTACTGACTAAGGTGCTTTTACTGGGCTCCGCAAGCCAGACGATTATTGGCAGGC
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TCCATAAGTTTTCCAAGCCAGCTGATACAGAGCAACCAGAGGCTGAGCTAGTTGGTTAGA
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QA 1 776 1 776
DS 



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TTCTTCTGAAACAAAAAAAAACAAACCGTATCAAGGAAAAACTGAGCCAGTTCCAGTAGA
AACGAGGTAGCTAAAGGCAAACCACGTTCATATCTTAGAAGCCTAGTAGTTACCAATAAC
TACCAAGAAACGTGAACTCACTTTCAAAGAATTGGCATCAGCAACAACAAAAAAAAGTAG
CAATTCTTCTCTCTAAGCAACTAGCTCAGCCTCTGATTGCTCTTTATCAGCCGCTGCCTT
GGAAGGCTTATGGACAATCTTCGGTTCTGGTTTCTCAATTCCTTGTATGTCGGTTATTCT
CAACTTTGTTAATTCCTGTCGATGTCCTGTGGTTCTTCTGTAATTCTTCCTTCGTTTCTT
TTTGAAAATGAGCACTTTTTCATCCAGTGCATGCTCTTCCACAACAGCATGAACAGTGGC
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TCCGTTGCTTACTTTGAACTGATGCGAACCAATCTGAACAACGGCAAACACAGGCTCATA
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CGCCGCCTCTACC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR3ET63JQ U 1
AF RR3G257JQ U 36
AF RR3G257TF C 153
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BS 219 235 RR3ET63JQ
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RD RR3ET63JQ 790 0 0
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CAACTTTGTTAATTCCTGTCGATGTCCTGTGGTTCTTCTGTAATTCTTCCTTCGTTTCTT
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CGCCGCCTCT

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CCAATAACTACCAAGAAACGTGAACTCACTTTCAAAGAATTGGCATCAGCAACAACAAAA
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CGTTTCTTTTTGAAAATGAGCACTTTTTCATCCAGTGCATGCTCTTCCACAACAGCATGA
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TCTCAATTCCTTGTATGTCGGTTATTCTCAACTTTGTTAATTCCTGTCGATGTCCTGTGG
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GACCCATCACCTTGTACCCTATCTCCGCCGCCGCCTCTACC

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DS 



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TTCCAGTATAAATGAAGAGCAAAATCAAACAGAAGAGGATTAACTAGATAGTCAAAGGTG
CTCAAGTTCATATCTTAGTATCAACATTGCCACTAACTACAAAGAAAGCATTTTCAGCTA
CTAGTTATAAAAAAACTTCAGAGAAGGTGAAGCCCAAATCGGCAACTGTTTGATGAACTT
ACTTCAAAGTGTTGGCATCAGCAACAAGAGAAAAAAAGAAGCGATTCATCTCTCTAAACA
ACTAGCTCAGCCTCTGGTTGCTCTGTATCAGCTGGCTTGGAAGGCTTATGGACAATCGTC
GGCTCTGGTTTCTCAATTCCTTGTATATCGGTTATTCTCAACTTTGTCAATTCCTGTCGA
TGTCCTGTGGTTCTCCTATAATTCTTCCGTCGTTTCTTTTTGAAAATGAGCACTTTTTCA
TCCAATGCATGCTCTTCCACAACAGCATAAACAGTAGCATCAGGCAAGATAGGCCTGCCA
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TGCGAACCAATCTGAACAACGGCGAACACTGGCTCATAGGGTTTGAATAGTCTCTCCGAA
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BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS50JQ U 1
AF RR3F008JQ U 2
AF RR3DS81JQ U 86
AF RR3F008TF C 429
AF RR3DS81TF C 457
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RD RR3GS50JQ 765 0 0
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CTAGTTATAAAAAAACTTCAGAGAAGGTGAAGCCCAAATCGGCAACTGTTTGATGAACTT
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GGCTCTGGTTTCTCAATTCCTTGTATATCGGTTATTCTCAACTTTGTCAATTCCTGTCGA
TGTCCTGTGGTTCTCCTATAATTCTTCCGTCGTTTCTTTTTGAAAATGAGCACTTTTTCA
TCCAATGCATGCTCTTCCACAACAGCATAAACAGTAGCATCAGGCAAGATAGGCCTGCCA
ATAATCGTCTGGCTTGCGGAGCCCAGTAGAAGCACCTTAGTCAGTACCAACTTATCATTG
ATGTCACAGAACTTCAACTTCTCCGTGAAAATAGAGTCTCCGTTGCTTACTTTGAACTGA
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GGTTTGAGAGGACCCATCACCTTGTACCCTATCTCCGCCGCCGCT

QA 1 765 1 765
DS 

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C
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CCAGTATAAATGAAGAGCAAAATCAAACAGAAGAGGATTAACTAGATAGTCAAAGGTGCT
CAAGTTCATATCTTAGTATCAACATTGCCACTAACTACAAAGAAAGCATTTTCAGCTATT
AGTTATAAAAAA*CTTCAGAGAAGGTGAAGCCCAAATCGGCAACTGTTTGATGAACTTAC
TTCAAAGTGTTGGCATCAGCAACAAGAGAAAAAAAGAAGCAATTCATCTCTCTAAACAAC
TAGCTCAGCCTCTGGTTGCTCTGTATCAGCTGGCTTGGAAGGCTTATGGACAATCGTCGG
CTCTGGTTTCTCAATTCCTTGTATATCGGTTATTCTCAACTTTGTCAATTCCTGTCGATG
TCCTGTGGTTCTCCTATAATTCTTCCGTCGTTTCTTTTTGAAAATGAGCACTTTTTCATC
CAATGCATGCTCTTCCACAACAGCATAAACAGTAGCATCAGGCAAGATAGGCCTGCCAAT
AATCGTCTGGCTTGCGGAGCCCAGTAGAAGCACCTTAGTCAGTACCAACTTATCATTGAT
GTCACAGAACTTCAACTTCTCCGTGAAAATAGAGTCTCCGTTGCTTACTTTGAACTGATG
CGAACCAATCTGAACAACGGCGAACACTGGCTCATAGGGTTTGAATAGTCTCTCCGAAGG
TTTGAGAGGACCCATCACCTTGTACCCTATCTCCGC

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR3DS81JQ 797 0 0
CG
AACAGAAGAGGATTAACTAGATAGCCAAAGGTGCTCAAGTTCATATCTTAGTATCAACAT
TGTCACTAACTACAAAGAAAGCATTTTCAGCTACTAGTTATAAAAAAACTTCAAAGAAGG
TGAAGCCCAAATCGGCAACTGTTTGATGAACTTACTTCAAAGTGTTGGCATCAGCAACAA
GAGAAAAAAAGAAGCGATTCATCTCTCTAAACAACTAGCTCAGCCTCTGGTTGCTCTGTA
TCAGCTGGCTTGGAAGGCTTATGGACAATCGTCGGCTCTGGTTTCTCAATTCCTTGTATA
TCGGTTATTCTCAACTTTGTCAATTCCTGTCGATGTCCTGTGGTTCTCCTATAATTCTTC
CGTCGTTTCTTTTTGAAAATGAGCACTTTTTCATCCAATGCATGCTCCTCCACAACAGCA
TAAACAGTAGCATCAGGCAAGATAGGCCTGCCAATAATCGTCTGGCTTGCGGAGCCCAGT
AGAAGCACCTTAGTCAGTACCAACTTATCATTGATGTCACAGAACTTCAACTTCTCCGTG
AAAATAGAGTCTCCGTTGCTTACTTTGAACTGATGCGAACCAATCTGAACAACGGCGAAC
ACTGGCTCATAGGGTTTGAATAGTCTCTCCGAAGGTTTGAGAGGACCCATCACCTTGTAC
CCTATCTCCGCCGCCGCTTCCACTTTCTCCGCCGGTGAATATTCCCTTTCTACTTCCATC
TCCGCCGAATCCTCGTAATCCTCATCATCATCATCTTCTCCTTCGCTGCTTTCATCAGTA
TCGTTTGTTTT
GAAG

QA 3 793 3 793
DS 

RD RR3F008TF 710 0 0
GGTTCTCCTATAATTCTTC*GTCGTTTCTTTT*GAAAATGAGCACTTTT*CATCCAATGC
ATGCTCTTCCACAACAGCATAAACAGTAGCATCAGGCAAGATAGGCCTGCCAATAATCGT
CTGGCTTGCGGAGCCCAGTAGAAGCACCTTAGTCAGTACCAACTTATCATTGATGTCACA
GAACTTCAACTTCTCCGTGAAAATAGAGTCTCCGTTGCTTACTTTGAACTGATGCGAACC
AATCTGAACAACGGCGAACACTGGCTCATAGGGTTTGAATAGTCTCTCCGAAGGTTTGAG
AGGACCCATCACCTTGTACCCTATCTCCGCCGCCGCTTCCACTTTCTCCGCCGGTGAATA
TTCCCTTTCTACTTCCATCTCCGCCGAATCCTCGTAATCCTCATCATCATCATCTTCTCC
TTCGCTGCTTTCATCAGTATCGTTTGTTTTTGAAGACAGGAGGCGGCCTTGGGAGCGAGT
GTACCATGGGAGATCTCTAGTGAGAGATCGATTCGGAATTGGGGTTCCATGAGTAATGCT
GGTACCGAAAGGCTCTGAGTTCCGAAGCGACGAGATCAATCGCGTCTGGTTGATCGAGAG
GACCGTCTTGGCGCGGCGGCTTAGCTCGCGAATGCATCGAAGGCTCGCCATCGGAAAAGC
ACGAATTGGGTTTAGGGTCGTTTAGGGTTTACAGAGACTGAGAGTGTTTT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3DS81TF 656 0 0
TTTTTGAAAATGAGCACTTTTTCATCCAATGCATGCTCCTCCACAACAGCATAAACAGTA
GCATCAGGCAAGATAGGCCTGCCAATAATCGTCTGGCTTGCGGAGCCCAGTAGAAGCACC
TTAGTCAGTACCAACTTATCATTGATGTCACAGAACTTCAACTTCTCCGTGAAAATAGAG
TCTCCGTTGCTTACTTTGAACTGATGCGAACCAATCTGAACAACGGCGAACACTGGCTCA
TAGGGTTTGAATAGTCTCTCCGAAGGTTTGAGAGGACCCATCACCTTGTACCCTATCTCC
GCCGCCGCTTCCACTTTCTCCGCCGGTGAATATTCCCTTTCTACTTCCATCTCCGCCGAA
TCCTCGTAATCCTCATCATCATCATCTTCTCCTTCGCTGCTTTCATCAGTATCGTTTGTT
TTTGAAGACAGGAGGCGGCCTTGGGAGCGAGTGTACCATGGGAGATCTCTAGTGAGAGAT
CGATTCGGAATTGGGGTTCCATGAGTAATGCTGGTACCGAAAGGCTCTGAGTTCCGAAGC
GACGAGATCAATCGCGTCTGGTTGATCGAGAGGACCGTCTTGGCGCGGCGGCTTAGCTCG
CGAATGCATCGAAGGCTCGCCATCGGAAAAGCACGAATTGGGTTTAGGGTCGTTT
C

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 13

CO CL105Contig1 808 13 25 U
AATAGTCATCACAGGTGTCACATTTGGCGTAAGGAATCTGAAATGATGATGATAAATCGT
TCAACATAGTCTAATG**AAAAGAAAAAA*CAGACAGGACAATGGTAGTGGTTTTGAAGA
TGGGAGGAAAAGTTTTAGACAAAAATTACACAGAAACAGCAAACAACAAGAAGTAACAAT
GACCCACAATTTGTTTCAGCATCCTAAAAACAGATGAGAGATTATTTTCAGGCTGTAGCC
TCGACTTCATCGGTGCTTAGAGCTGCACCATTAGGGGTGTCTTCTGATTTTAGCTGAGAG
GACACATCGTCGATAGCAGAGTTGAGCTGAGCAATCTTGTCAGCCAATACCTTGCGAGTT
TTCTCCAAAGCTTTTTCCTCATCATAAATGAACTTAGGCAATTTCCTCATGAGATCCTTT
CGGTCTGCTCCAGCTATAGCCTTGCTGATCTGTGGTGCATACACACATCCAAGAGCACCG
ACTATGAGCCCGCCCAAAATGAACCCTCCCACAAATAGGCCAGTGCTTCCTGAACTGTCA
TCATCTCTGTATGCTGATTGGATGGTTAGGATCCTTTTGCTTCTGGGAGCAGAAAACTGG
AGCTTTTTAGAAGGATTCAGGCCGAAAGAAACGTTGACACGACGAGCAACTGGCTTCAGA
GAAAAGCCAGATGAAGGGTGGAGTTGTTGAGTATTCCTGGGAAGAGAGAGAGATGTTGAA
AGAGTCGCCATCGATGGAACGAATGAGAAAGAAACTTGGATCCTCTCGGAGCTGTTTGTG
AGCTTGGAGGACCTTCGATGATATCTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 40 10 40 45 50 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 30 60 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 0 65 65 65 5 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 45 70 70 
0 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 0 70 70 70 70 70 70 70 70 0 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 0 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 30 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 45 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 35 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 
60 20 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 25 25 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3FS75JQ U 26
AF RR3BA44JQ U 26
AF RR3GE07JQ U 31
AF RR3CF41JQ U 1
AF RR3EC12TF C 103
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AF RR3CF41TF C 1
AF RR3GE07TF C 27
AF RR3EJ07JQ U 32
AF RR3EJ07TF C 291
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BS 776 805 RR3EJ07JQ
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RD RR3FS75JQ 631 0 0
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QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3BA44JQ 587 0 0
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QA 1 587 1 587
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QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3CF41JQ 777 0 0
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GACACATCGTCGATAGCAGAGTTGAGATGAGCAATCTTGTCAGCCAATACCTTGCGAGTT
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GAAAAGCCAGATGGAGGGTGGAGTTGTTGAGTATTCCTGGGAAGAGAGAGAGATGTCGAA
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CC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3EC12TF 678 0 0
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TCTGATTTTAGCTGAGAGGACACATCGTCGATGGCAGAGTTGAGCTGAGCAATCTTGTCA
GCCAATACCTTGCGAGTTTTCTCCAAAGCTTTTTCCTCATCATAAATGAACTTAGGCAAT
TTCCTCATGAGATCCTTTCGGTCTGCTCCAGCTATAGCCTTGCTGATCTGTGGTGCATAC
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CTGGGAGCAGAAAACTGGAGCTTTTTAGAAGGATTCAGGCCGAAAGAAACGTTGACACGA
CGAGCAACTGGCTTCAGAGAAAAGCCAGATGAAGGGTGGAGTTGTTGAGTATTCCTGGGA
AGAGAGAGAGATGTTGAAAGAGTCGCCATCGATGGAACGAATGAGAAAGAAACTTGGATC
CT
GCTCTCGGAGCTGTCC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3B952JQ 734 0 0
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AAAAACAGATGAGAGATTATTTTCAGGCTGTAGCCTCGACTTCATCGGTGCTTAGAGCTG
CACCATTAGGGGTGTCTTCTGATTTTAGCTGAGAGGACACATCGTCGATGGCAGAGTTGA
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TGATCTGTGGTGCATACACACATCCAAGAGCACCTACTATGAGCCCGCCCAAAATGAACC
CTCCCACAAATAGGCCAGTGCTTCCTGAACTGTCATCATCTCTGTATGCTGATTGGATGG
TTAGGATCCTTTTGCTTCTGGGAGCAGAAAACTGGAGCTTTTTAGAAGGATTCAGGCCGA
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QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3B952TF 734 0 0
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AAAA*CAGACAGGACAATGGTAGTGGTTTTGAAGATGGGAGGAAAAGTTT*AGACAAAAA
TTACACAGAAACAGCAAACAACAAGAAGTAACAATGACCCACAATTTGTTTCAGCATCCT
AAAAACAGATGAGAGATTATTTTCAGGCTGTAGCCTCGACTTCATCGGTGCTTAGAGCTG
CACCATTAGGGGTGTCTTCTGATTTTAGCTGAGAGGACACATCGTCGATGGCAGAGTTGA
GCTGAGCAATCTTGTCAGCCAATACCTTGCGAGTTTTCTCCAAAGCTTTTTCCTCATCAT
AAATGAACTTAGGCAATTTCCTCATGAGATCCTTTCGGTCTGCTCCAGCTATAGCCTTGC
TGATCTGTGGTGCATACACACATCCAAGAGCACCTACTATGAGCCCGCCCAAAATGAACC
CTCCCACAAATAGGCCAGTGCTTCCTGAACTGTCATCATCTCTGTATGCTGATTGGATGG
TTAGGATCCTTTTGCTTCTGGGAGCAGAAAACTGGAGCTTTTTAGAAGGATTCAGGCCGA
AAGAAACGTTGACACGACGAGCAACTGGCTTCAGAGAAAAGCCAGATGAAGGGTGGAGTT
GTTGAGTATTCATGGGAAGAGAGAGAGATGTTGAAAGAGTCGCCATCGATGA***GAATG
AGAAAGAAACTTCC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3FS75TF 745 0 0
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ACAGCAAACAACAAGAAGTAACAATGACCCACAATTTGTTTCAGCATCCTAAAAACAGAT
GAGAGATTATTTTCAGGCTGTAGCCTCGACTTCATCGGTGCTTAGAGCTGCACCATTAGG
GGTGTCTTCTGATTTTAGCTGAGAGGACACATCGTCGATGGCAGAGTTGAGCTGAGCAAT
CTTGTCAGCCAATACCTTGCGAGTTTTCTCCAAAGCTTTTTCCTCATCATAAATGAACTT
AGGCAATTTCCTCATGAGATCCTTTCGGTCTGCTCCAGCTATAGCCTTGCTGATCTGTGG
TGCATACACACATCCAAGAGCACCTACTATGAGCCCGCCCAAAATGAACCCTCCCACAAA
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TTTGCTTCTGGGAGCAGAAAACTGGAGCTTTTTAGAAGGATTCAGGCCGAAAGAAACGTT
GACACGACGAGCAACTGGCTTCAGAGAAAAGTCAGATGAAGGGTGGAGTTGTTGAGTATT
CCTGGGAAGAGAGAGAGATGTTGAAAGAGTCGCCATCGATGGAACGAATGAGAAAGAAAC
TTGGATCCT
GCTCTCGGAGCCCCCT

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DS 

RD RR3EC12JQ 665 0 0
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AGGAAAAGTTT*AGACAAAAATTACACAGAAACAGCAAACAACAAGAAGTAACAATGACC
CACAATTTGTTTCAGCATCCTAAAAACAGATGAAAGATTATTTTCAGGCTGTAGCCTCGA
CTTCATCGGTGCTTAGAGCTGCACCATTAGGGGTGTCTTCTGATTTTAGCTGAAAGGACA
CATCGTCGATGGCAGAGTTGAGCTGAGCAATCTTGTCAGCCAATACCTTGCGAGTTTTCT
CCAAAGCTTTTTCCTCATCATAAATGAACTTAGGCAATTTCCTCATGAGATCCTTTCGGT
CTGCTCCAGCTATAGCCTTGCTGATCTGTGGTGCATACACACATCCAGGAGCACCTACTA
TGAGCCCGCCCAAAATGAACCCTCCCA**AATAGGCCAGTGCTTCCTGAACTGTCATCAT
CTCTGTATGCTGATTGGATGGTTAGGATCCTTTTGCTTCTGGGAGCAGAAAACTGGAGCT
TTTTAGAAGGATTCAGGCCGAAAGAAACGTTGACACGACGAGCAACTGGCTTCAGAGAAA
AGCCAGATGAAGGGTGGAGTTGTTGAGTATTCCTGGGAAGAGAGAGAGATGTTGAAAGAG
TCGCC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3CF41TF 778 0 0
AATAGTCATCACAGGTGTCACATTTAGTGTAAGGAATCTGAAATGATGATGATAAATCGT
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TGG*AGGAAAAGTTTTAGACAAAA*TTACACAGAAACAGCAAACAACAAGAAGTAACAAT
GACCCACAATTTGTTTCAGCATCCTAAAAACAGATGAGAGATTATTT*CAGGCTGTAGCC
TCGACTTCATCGGTGCTTAGAGCTGCACCATTAGGGGTGTCTTCTGATTTTAGCTGAGAG
GACACATCGTCGATAGCAGAGTTGAGATGAGCAATCTTGTCAGCCAATACCTTGCGAGTT
TTCTCCAAAGCTTTTTCCTCATCATAAATGAACTTAGGCAATTTCCTCATGAGATCCTTT
CGGTCTGCTCCAGCTATAGCCTTGCTGATCTGTGGTGCATACACACATCCAAGAGCACCG
ACTATGAGCCCGCCCAAAATGAACCCTCCCACAAATAGGCCAGTGCTTCCTGAACTGTCA
TCATCTCTGTATGCTGATTGGATGGTTAGGATCCTTTTGCTTCTGGGAGCAGAAAACTGG
AGCTTTTTAGAAGGATTCAGACCGAAAGAAACGTTGACACGACGAGCAACTGGCTTCAGA
GAAAAGCCAGATGGAGGGTGGAGTTGTTGAGTATTCCTGGGAAGAGAGAGAGATGTCGAA
AGAGCCGCCATCGATGGAACGAATGAGAAAGAAACTTGGATCCTCTCGGAGCTGTT
CC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3GE07TF 754 0 0
TTT
TAAGGAATCTGAAATGATGATGATAAATCGTTCGACATAGTCTAATG**GAAAGAAAAAA
*CAGACAGGACAATGGTAGTGGTTTTGAAGATGG*AGGAAAAGTTTTAGACAAAA*TTAC
ACAGAAACAGCAAACAACAAGAAGTAACAATGACCCACAATTTGTTTCAGCATCCTAAAA
ACAGATGAGAGATTATTT*CAGGCTGTAGCCTCGACTTCATCGGTGCTTAGAGCTGCACC
ATTAGGGGTGTCTTCTGATTTTAGCTGAGAGGACACATCGTCGATAGCAGAGTTGAGCTG
AGCAATCTTGTCAGCCAATACCTTGCGAGTTTTCTCCAAAGCTTTTTCCTCATCATAAAT
GAACTTAGGCAATTTCCTCATGAGATCCTTTCGGTCTGCTCCAGCTATAGCCTTGCTGAT
CTGTGGTGCATACACACATCCAAGAGCACCGACTATGAGCCCGCCCAAAATGAACCCTCC
CACAAATAGGACAGTGCTTCCTGAACTGTCATCATCTCTGTATGCTGATTGGATGGTTAG
GATCCTTTTGCTTCTGGGAGCAGAAAACTGGAGCTTTTTAGAAGGATTCAGACCGAAAGA
AACGTTGACACGACGAGCAACTGGCTTCAGAGAAAAGCCAGATGGAGGGTGGAGTTGTTG
AGTATTCCTGGGAAGAGAGAGAGATGTCGAAAGAGCCGCCATCGATGGAACGAATGAGAA
AGAAACTTGGATCCTCTCGGAGCTGTT
TGTC

QA 4 750 4 750
DS 

RD RR3EJ07JQ 774 0 0
AGGAATCTGAAATGATGATGATAAATCGTTCAACATAGTCTAATG***AAAAAAAAA**C
AGACAGGACAATGGTAGTGGTTGTGAAGACGG*AGGAAAAGTTTTAGACAAAA*TTACAC
AGAAACAGCAAACAACAAGAAGTAACAATGACCCACAATTTGTTTCAGCATCCTAAAAAC
AGATGAGAGATTATTT*CAGGCTGTAGCCTCGACTTCATCAGTGCTTAGAGCTGCACCAT
TAGGGGTGTCTTCTGATTTTAGCTGAGAGGACACATCGTCGATAGCAGAGTTGAGCTGAG
CAATCTTGTCAGCCAATACCTTGCGAGTTTTCTCCAAAGCTTTTTCCTCATCATAAATGA
ACTTAGGCAATTT**TCATGAGATCCTTTCGGTCTGCTCCAGCTATAGCCTTGCTGATCT
GTGGTGCATACACACATCCAAGAGCACCGACTATGAGCCCGCCCAAAATGAACCCTCCCA
CAAATAGGCCAGTGCTTCCTGAACTGTCATCATCTCTGTATGCTGATTGGATGGTTAGGA
TCCTTTTGTTTCTGGGAGCAGAAAACTGGAGCTTTTTAGAAGGATTCAGACCGAAAGAAA
CGTTGACA**ACGAGCAACTGGCTTCAGAGAAAAGCCAGATGAAGGGTGGAGTTGTTGAG
TATTCCTGGGAAGAGAGAGAGATGTTGAAAGAGTCGCCATCGATGGAACGAATGAGAAAG
AAACTTGGATCCTCTCGGAGCTGTTTGTGAGCTTGGAGGACCTTCGATGATATC

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3EJ07TF 518 0 0
TAGCTGAGAGGACACATCGTCGATAGCAGAGTTGAGCTGAGCAATCTTGTCAGCCAATAC
CTTGCGAGTTTTCTCCAAAGCTTTTTCCTCATCATAAATGAACTTAGGCAATTT**TCAT
GAGATCCTTTCGGTCTGCTCCAGCTATAGCCTTGCTGATCTGTGGTGCATACACACATCC
AAGAGCACCGACTATGAGCCCGCCCAAAATGAACCCTCCCACAAATAGGCCAGTGCTTCC
TGAACTGTCATCATCTCTGTATGCTGATTGGATGGTTAGGATCCTTTTGTTTCTGGGAGC
AGAAAACTGGAGCTTTTTAGAAGGATTCAGACCGAAAGAAACGTTGACA**ACGAGCAAC
TGGCTTCAGAGAAAAGCCAGATGAAGGGTGGAGTTGTTGAGTATTCCTGGGAAGAGAGAG
AGATGTTGAAAGAGTCGCCATCGATGGAACGAATGAGAAAGAAACTTGGATCCTCTCGGA
GCTGTTTGTGAGCTTGGAGGACCTTCGATGATATCTCC

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 14

CO CL106Contig1 822 14 15 U
GGATCAACCAAAACAAACAAACAAACAAAAAAGAGTCTAAGCCTTTAAACGAGAGAGAGA
C**ATGGCGACGTCGGGAACATACGTGACGGAGGTTCCATTGAAAGGGACGGTGGAGAAA
CACTACAAGAAGTGGAGAAGCGAGAACCATGCCATCCCGGAAGCCATCGGTCACCACATC
CAAAATGTAACCATTCACGAAGGGAAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGGAC
TACACATGCGATGGGAAGCCGGAGGTGTTCAAGGAAAGGACAGAGATAGACGATGAGAAG
AAAACGGTGACGTATAGAGGACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAATTCAAGGTGTATGAC
GTCATCTTTGAATTTATTCCGAAGTTGGAGGATGGCTGCGTCTGCAAAATCACTATGATA
TGGGAGAAGCGTAACGATGAGTTCCCCGAACCAAGCAACTACATGAAAGTCGTCAAGAGC
ATGATTGCTGACATGGACGACCACGTTCTCAAAGCTTAATCATCATCATCATCATCATCA
TCGCCATCACAATCCACCATATCATTAATTCACCATCACAATCACCGTCACCGTGATCAA
TATCATCTCCATTACAAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAGTTCAATAAATGGGGTCTTG
CTGAGTTTATTTCTTTGTAAGACCATGCTTTTATATGTACTCTTGTGGTCATCGACCGGT
TTGATATGTTCTTGTTTACTTATCAATATATTCCAGTTTTATTAAGTGTGTCAAAGGTTT
GTGGAGAATTTTCTAAATAGATCAAGATTTGAGAGCACGACC


BQ
10 10 10 10 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
20 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 45 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 30 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 50 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 
80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 30 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 0 15 15 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
45 75 75 75 75 75 75 75 75 35 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 50 40 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GP47JQ C 140
AF RR3AR12TF U 4
AF RR3A351JQ C 1
AF RR3E418JQ C 47
AF RR3AB69TF U 4
AF RR3GV80TF U 5
AF RR3GP47TF U 8
AF RR3CT90TF U 5
AF RR3E418TF U 1
AF RR3A351TF U 1
AF RR3DV55TF U 4
AF RR3DV55JQ C 122
AF RR3AR12JQ C 94
AF RR3GV80JQ C 45
BS 1 4 RR3A351JQ
BS 5 5 RR3CT90TF
BS 6 151 RR3AR12TF
BS 152 152 RR3AB69TF
BS 153 542 RR3AR12TF
BS 543 543 RR3AB69TF
BS 544 555 RR3AR12TF
BS 556 556 RR3AB69TF
BS 557 695 RR3AR12TF
BS 696 714 RR3AB69TF
BS 715 715 RR3GV80TF
BS 716 761 RR3AB69TF
BS 762 762 RR3E418TF
BS 763 763 RR3A351TF
BS 764 822 RR3GV80JQ

RD RR3GP47JQ 253 0 0
GCGAGAACCATGCCATCCCGGAAGCCATCGGTCACCACATCCAAAATGTAACCATTCACG
AAGGGGAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGGACTACACATGCGATGGGAAAC
CGGAGGTGTTCAAGGAAAGGACAGAGATAGACGATGAGAAGAAAACGGTGACGTATTG**
GACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAATTCAAGGTGTATGACGTCATCTTTGAATTTAATC
CGAAGTTGGAGGA

QA 1 253 1 253
DS 

RD RR3AR12TF 692 0 0
GG
AACCAAAACAAACAAACAAACAAAAAAGAGTCTAAGCCTTTAAACGAGAGAGAGAC**AT
GGCGACGTCGGGAACATACGTGACGGAGGTTCCATTGAAAGGGACGGTGGAGAAACACTA
CAAGAAGTGGAGAAGCGAGAACCATGTCATCCCGGAAGCCATCGGTCACCACATCCAAAA
TGTAACCATTCACGAAGGGAAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGGACTACAC
ATGCGATGGGAAGCCGGAGGTGTTCAAGGAAAGGACAGAGATAGACGATGAGAAGAAAAC
GGTGACGTATAGAGGACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAATTCAAGGTGTATGACGTCAT
CTTTGAATTTATTCCGAAGTTGGAGGATGGCTGCGTCTGCAAAATCACTATGATATGGGA
GAAGCGTAACGATGAGTTCCCCGAACCAAGCAACTACATGAAAGTCGTCAAGAGCATGAT
TGCTGACATGGACGACCACGTTCTCAAAGCTTAATCATCATCATCATCATCATCATCTCC
ATCACAATCCGCCATATCATTAATTCACCATCACAATCACCGTCACCGTGATCAATATCA
TCTCCATTACAAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAGTTCAATAAATGGGGTCTTGCTGAG
TTTATTTCTTTGTAAGACCATGCTTTTATA

QA 3 692 3 692
DS 

RD RR3A351JQ 763 0 0
GGATCAACCAAAACAAACAAACAAACAAAAAAGAGTCTAAGCCTTTAAACGAGAGAGAGA
C**ATGGCGACGTCGGGAACATACGTGACGGAGGTTCCATTGAAAGGGACGGTGGAGAAA
CACTACAAGAAGTGGAGAAGCGAGAACCATGCCATCCCGGAAGCCATCGGTCACCACATC
CAAAATGTAACCATTCACGAAGGGAAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGGAC
TACACATGCGATGGGAAGCCGGAGGTGTTCAAGGAAAGGACAGAGATAGACGATGAGAAG
AAAACGGTGACGTATAGAGGACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAATTCAAGGTGTATGAC
GTCATCTTTGAATTTATTCCGAAGTTGGAGGATGGCTGCGTCTGCAAAATCACTATGATA
TGGGAGAAGCGTAACGATGAGTTCCCCGAACCAAGCAACTACATGAAAGTCGTCAAGAGC
ATGATTGCTGACATGGACGACCACGTTCTCAAAGCTTAATCACCATCATCATCATCATCA
TCGCCATCACAATCCACCATATCATTAATTCACCATCA*AATCACCGTCACCGTGATCAA
TATCATCTCCATTACAAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAGTTCAATAAATGGGGTCTTG
CTGAGTTTATTTCTTTGTAAGACCACGCTTTTATATGTACTCTTGTGGTCATCGACCGGT
TTGATATGTTCTTGTTTACTTATCAATATATTCCAGTTTTATT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3E418JQ 716 0 0
AAACGAGAGAGAGAC**ATGGCGACGTCGGGAACATACGTGACGGAGGTTCCATTGAAAG
GGACGGTGGAGAAACACTACAAGAAGTGGGGAGGCGAGAACCATGCCATCCCGGAAGCCA
TCGGTCACCACATCCAAAATGTAACCATTCACGAAGGGAAATGGGACTCTCACGGGGCCA
TCAAGACTTGGGACTACACATGCGATGGGAAGCCGGAGGTGTTCAAGGAAAGGACAGAGA
TAGACGATGAGAAGAAAACGGTGACGTATAGAGGACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAAT
TCAAGGTGTATGACGTCATCTTTGAATTTATTCCGAAGTTGGAGGATGGCTGCGTCTGCA
AAATCACTATGATATGGGAGAAGCGTAACGATGAGTTCCCCGAACCAAGCAACTACATGA
AAGTCGTCAAGAGCATGATTGCTGACATGGACGACCACGTTCTCAAAGCTTAATCATCAT
CATCATCATCATCATCGCCATCACAATCCACCATATCATTAATTCACCATCACAATCACC
GTCACCGTGATCAATATCATCTCCATTACAAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAGTTCAA
TAAATGGGGTCTTGCTGAGTTTATTTCTTTGTAAGACCATGCTTTTATATGTACTCTTGT
GGTCATCGACCGGTTTGATATGTTCTTGTTTACTTATCAATATATTCCAGTTTTAT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3AB69TF 758 0 0
GG
AACCAAAACAAACAAACAAACAAAAAAGAGTCTAAGCCTTTAAACGAGAGAGAGAC**AT
GGCGACGTCGGGAACATACGTGACGGAGGTTCCATTGAAAGGGACGGTGGAGAAACACTA
CAAGAAGTGGAGAAGCGAGAACCATGCCATCCCGGAAGCCATCGGTCACCACATCCAAAA
TGTAACCATTCACGAAGGGAAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGGACTACAC
ATGCGATGGGAAGCCGGAGGTGTTCAAGGAAAGGACAGAGATAGACGATGAGAAGAAAAC
GGTGACGTATAGAGGACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAATTCAAGGTGTATGACGTCAT
CTTTGAATTTATTCCGAAGTTGGAGGATGGCTGCGTCTGCAAAATCACTATGATATGGGA
GAAGCGTAACGATGAGTTCCCCGAACCAAGCAACTACATGAAAGTCGTCAAGAGCATGAT
TGCTGACATGGACGACCACGTTCTCAAAGCTTAATCA***TCATCATCATCATCATCGCC
ATCACAATCCACCATATCATTAATTCACCATCACAATCACCGTCACCGTGATCCATATCA
TCTCCATTACAAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAGTTCAATAAATGGGGTCTTGCTGAG
TTTATTTCTTTGTAAGACCATGCTTTTATATGTACTCTTGTGGTCATCGGCCGGTTTGAT
ATGTTCTTGTTTACTTATCAATATATTCCAGTTTTA

QA 3 758 3 758
DS 

RD RR3GV80TF 721 0 0
GGATCAACCA
AAACAAACAAACAAAAAAGAGTCTAAGCCTTTAAACGAGAGAGAGAGAAATGGCGACGTC
GGGAACATACGTGACGGAGGTTCCATTGAAAGGGACGGTGGAGAAACACTACAAGAAGTG
GAGAAGCGAGAACCATGCCATCCCGGAAGCCATCGGTCACCACATCCAAAATGTAACCAT
TCACGAAGGGGAATGGGACTCTCACGGGGCCACCAAGACTTGGGACTACACATGCGATGG
GAAGCCGGAGGTGTTCAAGGAAAGGACAGAGATAGACGATGAGAAGAAAACGGTGACGTA
TAGAGGACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAATTCAAGGTGTATGACGTCATCTTTGAATT
TAATCCGAAGTTGGAGGATGGCTGCGTCTGCAAAATCACTATGATATGGGAGAAGCGTAA
CGATGAGTTCCCCGAACCAAGCAACTACATGAAAGTCGTCAAGAGCATGATTGCTGACAT
GGACGACCACGTTCTCAAAGCTTAATCA***TCATCATCATCATCATCGCCATCACATTC
CACCATATCATTAATTCACCATCACAATCACCGTCACCGTGATCAATATCATCTCCATTA
CAAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAGTTCAATAAATGGGGTCTTGCTGAGTTTATTTCT
TTGTAAGACCATGCTTTTATATGTACTCTTGTGGTCATCGACCGGTTTGAT

QA 11 721 11 721
DS 

RD RR3GP47TF 731 0 0
GGAACCA
AAACAAACAAACAAAAAAGAGTCTAAGCCTTTAAACGAGAGAGAGAA**ATGGCGACGTC
GGGAACATACGTGACGGAGGTTCCATTGAAAGGGACGGTGGAGAAGCACTACAAGAAGTG
GAGAAGCGAGAACCATGCCATCCCGGAAGCCATCGGTCACCACATCCAAAATGTAACCAT
TCACGAAGGGGAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGGACTACACATGCGATGG
GAAACCGGAGGTGTTCAAGGAAAGGACAGAGATAGACGATGAGAAGAAAACGGTGACGTA
TTG**GACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAATTCAAGGTGTATGACGTCATCTTTGAATT
TAATCCGAAGTTGGAGGATGGCTGCGTCTGCAAAATCACTATGATATGGGAGAAGCGTAA
CGATGAGTTCCCCGAACCAAGCAACTACATGAAAGTCGTCAAGAGCATGATTGCTGACAT
GGACGACCACGTTCTCAAAGCTTAATCA***TCATCATCATCATCATCGCCATCACATTC
CACCATATCATTAATTCACCATCACAATCACCGTCACCGTGATCAATATCATCTCCATTA
CAAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAGTTCAATAAATGGGGTCTTGCTGAGTTTATTTCT
TTGTAAGACCATGCTTTTATATGTACTCTTGTGGTCATCGACCGGTTTGATATGTTCTTG
TTTA

QA 8 731 8 731
DS 

RD RR3CT90TF 753 0 0
CAACCAAAACAAACAAACAAACAAAAAAGAGTCTAAGCCTTTAAACGAGAGAGAGAC**A
TGGCGACGTCGGGAACATACGTGACGGAGGTTCCATTGAAAGGGACGGTGGAGAAACACT
ACAAGAAGTGGAGAAGCGAGAACCATGCCATCCCGGAAGCCATCGGTCACCACATCCAAA
ATGTAACCATTCACGAAGGGAAATGGGACTCTCACGGGACCATCAAGACTTGGGACTACA
CATGCGATGGGAAGCCGGAGGTGTTCCAGGAAAGGACAGAGATAGACGATGAGAAGAAAA
CGGTGACGTATAGAGGACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAATTCAAGGTGTATGACGTCA
TCTTTGAATTTATTCCGAAGTTGGAGGATGGCTGCGTCTGCAAAATCACTATGATATGGG
AGAAGCGTAACGATGAGTTCCCCGAACCAAGCAACTACATGAAAGTCGTCAAGAGCATGA
TTGCTGACATGGACGACCACGTTCTCAAAGCTTAATCA***TCATCATCATCATCATCGC
CATCACAATCCACCATATCATTAATTCACCATCACAATCACCGTCACCGTGATCAATATC
ATCTCCATTACAAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAGTTCAATAAATGGGGTCTTGCTGA
GTTTATTTCTTTGTAAGACCATGCTTTTATATGTACTCTTGTGGTCATCGACCGGTTTGA
TATGTTCTTGTTTACTTATCAATATATTCCAGT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3E418TF 762 0 0
GGAT
CAACCAAAACAAACAAACAAACAAAAAAGAGTCTAAGCCTTTAAACGAGAGAGAGAC**A
TGGCGACGTCGGGAACATACGTGACGGAGGTTCCATTGAAAGGGACGGTGGAGAAACACT
ACAAGAAGTGGGGAGGCGAGAACCATGCCATCCCGGAAGCCATCGGTCACCACATCCAAA
ATGTAACCATTCACGAAGGGAAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGGACTACA
CATGCGATGGGAAGCCGGAGGTGTTCAAGGAAAGGACAGAGATAGACGATGAGAAGAAAA
CGGTGACGTATAGAGGACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAATTCAAGGTGTATGACGTCA
TCTTTGAATTTATTCCGAAGTTGGAGGATGGCTGCGTCTGCAAAATCACTATGATATGGG
AGAAGCGTAACGATGAGTTCCCCGAACCAAGCAACTACATGAAAGTCGTCAAGAGCATGA
TTGCTGACATGGACGACCACGTTCTCAAAGCTTAATCATCATCATCATCATCATCATCGC
CATCACAATCCACCATATCATTAATTCACCATCACAATCACCGTCACCGTGATCAATATC
ATCTCCATTACAAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAGTTCAATAAATGGGGTCTTGCTGA
GTTTATTTCTTTGTAAGACCATGCTTTTATATGTACTCTTGTGGTCATCGACCGGTTTGA
TATGTTCTTGTTTACTTATCA*TATATTCCAGTTTTAT

QA 5 762 5 762
DS 

RD RR3A351TF 763 0 0
GGAT
CAACCAAAACAAACAAACAAACAAAAAAGAGTCTAAGCCTTTAAACGAGAGAGAGAC**A
TGGCGACGTCGGGAACATACGTGACGGAGGTTCCATTGAAAGGGACGGTGGAGAAACACT
ACAAGAAGTGGAGAAGCGAGAACCATGCCATCCCGGAAGCCATCGGTCACCACATCCAAA
ATGTAACCATTCACGAAGGGAAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGGACTACA
CATGCGATGGGAAGCCGGAGGTGTTCAAGGAAAGGACAGAGATAGACGATGAGAAGAAAA
CGGTGACGTATAGAGGACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAATTCAAGGTGTATGACGTCA
TCTTTGAATTTATTCCGAAGTTGGAGGATGGCTGCGTCTGCAAAATCACTATGATATGGG
AGAAGCGTAACGATGAGTTCCCCGAACCAAGCAACTACATGAAAGTCGTCAAGAGCATGA
TTGCTGACATGGACGACCACGTTCTCAAAGCTTAATCACCATCATCATCATCATCATCGC
CATCACAATCCACCATATCATTAATTCACCATCA*AATCACCGTCACCGTGATCAATATC
ATCTCCATTACAAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAGTTCAATAAATGGGGTCTTGCTGA
GTTTATTTCTTTGTAAGACCACGCTTTTATATGTACTCTTGTGGTCATCGACCGGTTTGA
TATGTTCTTGTTTACTTATCAATATATTCCAGTTTTATT

QA 5 763 5 763
DS 

RD RR3DV55TF 763 0 0
GG
AACCAAAACAAACAAACAAACAAAAAAGAGTCTAAGCCTTTAAACGAGAGAGAGAC**AT
GGCGACGTCGGGAACATACGTGACGGAGGTTCCATTGAAAGGGACGGTGGAGAAACACTA
CAAGAAGTGGAGAAGCGAGAACCATGCCATCCCGGAAGCCATCGGTCACCACATCCAAAA
TGTAACCATTCACGAAGGGAAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGGACTACAC
ATGCGATGGGAAGCCGGAGGTGTTCAAGGAAAGGACAGAGATAGACGATGAGAAGAAAAC
GGTGACGTATAGAGGACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAATTCAATGTGTATGACGTCAT
CTTTGAATTTATTCCGAAGTTGGAGGATGGCTGCGTCTGCAAAATCACTATGATATGGGA
GAAGCGTAACGATGAGTTCCCCGAACCAAGCAACTACATGAAAGTCGTCAAGAGCATGAT
TGCTGACATGGACGACCACGTTCTCAAAGCTTAATCATCATCATCATCATCATCATCGCC
ATCACAATCCACCATATCATTAATTCACCATCACAATCACCGTCACCGTGATCAATATCA
TCTCCATTACAAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAGTTCAATAAATGGGGTCTTGCTGAG
TTTATTTCTTTGTAAGACCATGCTTTTATATGTACTCTTGTGGTCATCGACCGGTTTGAT
ATGTTCTTGTTTACTTATCA*TATATTCCAGTTTTATT
AAA

QA 3 760 3 760
DS 

RD RR3DV55JQ 642 0 0
ACTACAAGAAGTGGAGAAGCGAGAACCATGCCATCCCGGAAGCCATCGGTCACCACATCC
AAAATGTAACCATTCACGAAGGGAAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGGACT
ACACATGCGATGGGAAGCCGGAGGTGTTCAAGGAAAGGACAGAGATAGACGATGAGAAGA
AAACGGTGACGTATAGAGGACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAATTCAATGTGTATGACG
TCATCTTTGAATTTATTCCGAAGTTGGAGGATGGCTGCGTCTGCAAAATCACTATGATAT
GGGAGAAGGGTAACGATGAGTTCCCCGAACCAAGCAACTACATGAAAGTCGTCAAGAGCA
TGATTGCTGACATGGACGACCACGTTTTCAAAGCTTAATCATCATCATCATCATCATCAT
CGCCATCACAATCCACCATATCATTAATTCACCATCACAATCACCGTCACCGTGATCAAT
ATCATCTCCATTACAAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAGTTCAATAAATGGGGTCTTGC
TGAGTTTATTTCTTTGTAAGACCATGCTTTTATATGTACTCTTGTGGTCATCGACCGGTT
TGATATGTTCTTGTTTACTTATCAATATATTCCAGTTTTATT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3AR12JQ 684 0 0
GTTCCATTGAAAGGGACGGTGGAGAAACACTACAAGAAGTGGAGAAGCGAGAACCATGTC
ATCCCGGAAGCCATCGGTCACCACATCCAAAATGTAACCATTCACGAAGGGAAATGGGAC
TCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGGACTACACATGCGATGGGAAGCCGGAGGTGTTCAAG
GAAAGGACAGAGATAGACGATGAGAAGAAAACGGTGACGTATAGAGGACTTGAAGGTCAC
GTAATGGAACAATTCAAGGTGTATGACGTCATCTTTGAATTTATTCCGAAGTTGGAGGAT
GGCTGCGTCTGCAAAATCACTATGATATGGGAGAAGCGTAACGATGAGTTCCCCGAACCA
AGCAACTACATGAAAGTCGTCAAGAGCATGATTGCTGACATGGACGACCACGTTCTCAAA
GCTTAATCATCATCATCATCATCATCATCTCCATCACAATCCGCCATATCATTAATTCAC
CATCACAATCACCGTCACCGTGATCAATATCATCTCCATTACAAAATACTTATTAAGATG
CTTTTCAGTTCAATAAATGGGGTCTTGCTGAGTTTATTTCTTTGTAAGACCATGCTTTTA
TATGTACTCTTGTGGTCATCGACCGGTTTGATATGTTCTTGTTTACTTATCAATATATTC
CAGTTTTATTAAGTGTGTCAAAGG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3GV80JQ 778 0 0
AAACGA
GAGAGAGAGAA**ATGGCGACGTCGGGAACATACGTGACGGAGGTTCCATTGAAAGGGAC
GGTGGAGAAACACTACAAGAAGTGGAGAAGCGAGAACCATGCCATCCCGGAAGCCATCGG
TCACCACATCCAAAATGTAACCATTCACGAAGGGGAATGGGACTCTCACGGGGCCACCAA
GACTTGGGACTACACATGCGATGGGAAGCCGGAGGTGTTCAAGGAAAGGACAGAGATAGA
CGATGAGAAGAAAACGGTGACGTATAGAGGACTTGAAGGTCACGTAATGGAACAATTCAA
GGTGTATGACGTCATCTTTGAATTTAATCCGAAGTTGGAGGATGGCTGCGTCTGCAAAAT
CACTATGATATGGGAGAAGCGTAACGATGAGTTCCCCGAACCAAGCAACTACATGAAAGT
CGTCAAGAGCATGATTGCTGACATGGACGACCACGTTCTCAAAGCTTAATCA***TCATC
ATCATCATCATCGCCATCACATTCCACCATATCATTAATTCACCATCACAATCACCGTCA
CCGTGATCAATATCATCTCCATTACAAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAGTTCAATAAA
TGGGGTCTTGCTGAGTTTATTTCTTTGTAAGACCATGCTTTTATATGTACTCTTGTGGTC
ATCGACCGGTTTGATATGTTCTTGTTTACTTATCAATATATTCCAGTTTTATTAAGTGTG
TCAAAGGTTTGTGGAGAATTTTCTAAATAGATCAAGATTTGAGAGCACGACC

QA 7 778 7 778
DS 



AS 1 14

CO CL107Contig1 1009 14 17 U
ACCAATAATTTTGTCTACTCGTAATTGCAGATAAAATAAGTAAGAAAGCATTGAAACAAA
AATCATACTAGAAAAGGAACATGGTACATAAAAAAGGAA*ATGGTACATATTACTAGACT
GGTTGTTTTCGGACCAATCACGAAAGACTTTCGTAACTTCTTATTAATACATAAATTATT
AAAAGCTCTTGCAATAGCCGATGATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGGACTTTGAA
AGAACGATCGGCCACAGAAAAACCTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTATTTCCATG
GAGTCTGTAGCCTCTCTTAACCATTCTTGATCGCTGCTCTGATTTGTACTGTGCAGCTGC
TTTCCCTTGATCTTCGTGACCCCTCAACAGGAGATACTCCCAGCCGGAATAACCGGCGTC
CAGGAGATTTTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATGAG
AGTGAAACCAAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAGAAAAACCTGGGGC
TGTACCTTGTAGCACCCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGACCCGTAACC
ATGAGCCTTGTAATACTCGAGGTTCGAGAGGAGCGTCTCATCAATGTCAAAGACCCAAGC
GTCCTTGCCGTCTCCCTTCAGCTTGATCGTTTTAGCGTAGGCGTAGGCGTAACCAGCGAC
TACACTGTAGTCCTTGTCGAACTGGCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGCTTACACA
TTGGGAAGGAACCGTCGTCCACTTTCCGGCATTGTCGGTCTCGACGGCCAGTCTCCAGCT
TGCGCAGTAAGACTCAAGAGAGGAAGAGAGGGACTCATCGAGGGAGGCGGGGAGCTTGAT
GAAGGATGAGACGCGAGAAGAGATGGCGGGACTGACTAAGACAGCGAATAGAAGGAAGGT
GAAGAATCTGCTACGAGGAAACGCCATTGGAGAGAGGCTTTTTCCCCGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 
0 0 0 10 10 25 35 25 40 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 45 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 55 80 80 80 50 80 80 80 
80 50 80 80 80 80 80 80 50 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 65 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 80 25 80 80 80 80 80 75 60 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 25 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ73JQ U 378
AF RR3GZ95JQ U 1
AF RR3A250TF C 344
AF RR3G127TF C 453
AF RR3FB67JQ U 67
AF RR3A250JQ U 17
AF RR3FH15JQ U 49
AF RR3DH52JQ U 47
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AF RR3AR67JQ U 67
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AF RR3AR67TF C 369
AF RR3FB67TF C 429
BS 1 58 RR3GZ95JQ
BS 59 65 RR3A250JQ
BS 66 99 RR3GZ95JQ
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BS 392 552 RR3GZ95JQ
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BS 810 849 RR3DH52JQ
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BS 879 934 RR3B878JQ
BS 935 1009 RR3FB67TF

RD RR3FZ73JQ 155 0 0
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TAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATGAGAGTGAAACCAAGATTCT
GGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAAAAAAA

QA 1 155 1 155
DS 

RD RR3GZ95JQ 585 0 0
ACCAATAATTTTGTCTACTCGTAATTGCAGATAAAATAAGTAAGAAAGCATTGAAACA**
*****TACTAGAAAAGGAACATGGTACATAAAAAAGGAACATGGTACATATTACTAGACT
GGTTGTTTTCGGACCAATCACGAAAGACTTTCGTAACTTCTTATTAATACATAAATTATT
AAAAGCTCTTGCAATAGCCGATGATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGGACTTTGAA
AGAACGATCGGCCACAGAAAAACCTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTATTTCCATG
GAGTCTGTAGCCTCTCTTAACCATTCTTGATCGCTGCTCTGATTTGTACTGTGCAGCTGC
TTTCCCTTGATCTTCGTGACCCCTCAACAGAAGATACTCCCAGCCGGAATAACCGGCGTC
CAGGAGATTTTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATGAG
AGTGAAACCAAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAGAAAAACCTGGGGC
TGTACCTTGTAGAACCCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGG

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3A250TF 228 0 0
TTGTACTGTGCAGCTGCTTTCCCTTGATCTTCGTGACCCCTCAACAGGAGATACTCCCAG
CCGGAATAACCGGCGTCCAGGAGATTTTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGG
CCAGTTAGCAGAATGAGAGTGAAACCAAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTC
GCAGAAAAACCTGGGGCTGTACCTTGTAGCACCCACTCGTTGAAAGCA

QA 1 228 1 228
DS 

RD RR3G127TF 190 0 0
CCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATGAGAGTGAAACCAAGATTCTGGAGACGGGTAAACA
GTTTCAAACTCGCAGAAAAACATGGGGCTGTACCTTGTAGCACCCACTCGTTGAAAGCAA
GCGAGTTGTAAGGCTCAGACCCGTAACCATGAGCCTTGTAATACTCGAGGTTCGAGAGGA
GCGTCTCATC

QA 1 190 1 190
DS 

RD RR3FB67JQ 631 0 0
ACTAGAAAAGGAACATGGTACATAAAAAAGGAA*ATGGTACATATTACTAGACTGGTTGT
TTTCGGACCAATCACGAAAGACTTTCGTAACTTCTTATTAATACATAAATTATTAAAAGC
TCTTGCAATAGCCGATGATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGGACTTTGAAAGAACG
ATCGGCCACAGAAAAACCTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTATTTCCATGGAGTCT
GTAGCCTCTCTTAACCATTCTTGATCGCTGCTCTGATTTGTACTGTGCAGCTGCTTTCCC
TTGATCTTCGTGACCCCTCAACAGGAGATACTCCCAGCCGGAATAACCGGCGTCCAGGAG
ATTTTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATAAGAGTGAA
ACCAAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAGAAAAACCTGGGGCTGTACC
TTGTAGCACCCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGACCCGTAACCATGAGC
CTTGTAATACTCGAGGTTCGAGAGGAGCGTCTCATCAATGTCAAAGACCCAAGCGTCCTT
GCCGTCTCCCTTCAGCTTGATCGTTTTAGCG

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3A250JQ 793 0 0
G
CTCGTAATTGCAGATAAAATAAGTAAGAAAGCATTGAAACAAAAATCATAATAGAAAAGG
AACATGGTACATAAAAAAGGAA*ATGGTACATATTACTAGACTGGTTGTTTTCGGACCAA
TCACGAAAGACTTTCGTAACTTCTTATTAATACATAAATTATTAAAAGCTCTTGCAATAG
CCGATGATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGGACTTTGAAAGAACGATCGGCCACAG
AAAAACCTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTATTTCCATGGAGTCTGTAGCCTCTCT
TAACCATTCTTGATCGCTGCTCTGATTTGTACTGTGCAGCTGCTTTCCCTTGATCTTCGT
GACCCCTCAACAGGAGATACTCCCAGCCGGAATAACCGGCGTCCAGGAGATTTTTCTCGG
TAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATGAGAGTGAAACCAAGATTCT
GGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAGAAAAACCTGGGGCTGTACCTTGTAGCACCC
ACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGACCCGTAACCATGAGCCTTGTAATACT
CGAGGTTCGAGAGGAGCGTCTCATCAATGTCAAAGACCCAAGCGTCCTTGCCGTCTCCCT
TCAGCTTGATCGTTTTAGCGTAGGCGTAGGCGTAACCAGCGACTACACTGTAGTCCTTGT
CGAACTGGCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGCTTACACATTGGGAAGGAACCGTCG
TCCACTTTCCGG

QA 2 793 2 793
DS 

RD RR3FH15JQ 754 0 0
CATTGAAACAAAAAT
CATACTAGAAAAGGAACATGGTACATAAAAAAGGAA*ATGGTACATATTACTAGACTGGT
TGTTTTCGGACCAATCACGAAAGACTTTCGTAACTTCTTATTAATACATAAATTATTAAA
AGCTCTTGCAATAGCCGATGATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGGACTTTGAAAGA
ACGATCGGCCACAGAAAAACCTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTATTTCCATGGAG
TCTGTAGCCTCTCTTAACCATTCTTGATCGCTGCTCTGATTTGTACTGTGCAGCTGCTTT
CCCTTGATCTTCGTGACCCCTCAACAGGAGATACTCCCAGCCGGAATAACCGGCGTCCAG
GAGATTTTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAAAATGAGAGT
GAAACCAAGATTCTGGAGACGGGTGAACAGTTTCAAACTCGCAAAAAAACCTGGGGCTGT
ACCTTGTAGCACCCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGACCCGTAACCATG
AGCCTTGTAATACTCGAGGTTCGAGAGGAGCATCTCATCAATGTCAAAGACCCAAGCGTC
CTTGCCGTCTCCCTTCAGCTTGATCGTTTTAGCGTAGGCGTAGGCGTAACCAGCGACTAC
ACTGTAGTCCTTGTCGAACTGGCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGCTTACACATTG
GGAAGGAACCGTCGTCCAC

QA 16 754 16 754
DS 

RD RR3DH52JQ 832 0 0
AGCATTGAAACAAAAAT
CATACTAGAAAAGGAACATGGTACATAAAAAAGGAA*ATGGTACATATTACTAGACTG*T
TGTTTTCGGACCAATCACGAAAGACTTTCGTAACTTCTTATTAATACATAAATTATTAAA
AGCTCTTGCAATAGCCGATGATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGGACTTTGAAAGA
ACGATCGGCCACAGAAAAACCTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTATTTCCATGGAG
TCTGTAGCCTCTCTTAACCATTCTTGATCGCTGCTCTGATTTGTACTGTGCAGCTGCTTT
CCCTTGATCTTCGTGACCCCTCAACAGGAGATACTCCCAGCCGGAATAACCGGCGTCCAG
GAGATTTTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATGAGAGT
GAAACCAAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAGAAAAACCTGGGGCTGT
ACCTTGTAGCACCCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGACCCGTAACCATG
AGCCTTGTAATACTCGAGGTTCGAGAGGAGCGTCTCATCAATGTCAAAGACCCAAGCGTC
CTTGCCGTCTCCCTTCAGCTTGATCGTTTTAGTGTAGGCGTAGGCGTAACCAGCGACTAC
ACTGTAGTCCTTGTCGAACTGGCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGCTTACACATTG
GGAAGGAACCGTCGTCCACTTTCCGGCATTGTCGGTCTCGACGGCCAGTCTCCAGCTTGC
GCAGTA*GACTCAAGAGAGGA*GAGAGGGACTCAT

QA 18 832 18 832
DS 

RD RR3FJ88JQ 772 0 0
C
GGAACATGGTACATAAAAAAGGAA*ATGGTACATATTACTAGACTGGTTGTTTTCGGACC
AATCACGAAAGACTTTCGTAACTTCTTATTAA**CATAAATTATTAAAAGCTCTTGCAAT
AGCCGATGATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGGACTTTGAAAGAACGATCGGCCAC
AGAAAAACCTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTATTTCCATGGAGTCTGTAGCCTCT
CTTAACCATTCTTGATCGCTGCTCTGATTTGTACTGTGCAGCTGCTTTCCCTTGATCTTC
GTGACCCCTCAACAGGAGATACTCCCAGCCGGAATAACCGGCGTCCAGGAAATTTTTCTC
GGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAAAATGAGAGTGAAACCAAGATT
CTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAAAAAAACCTGGGGCTGTACCTTGTAGCAC
CCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAAACCCGTAACCATGAGCCTTGTAATA
CTCGAGGTTAGAGAGGAGCGTCTCATCAATGTCAAAGACCCAAGCGTCCTTGCCGTCTCC
CTTCAGCTTAATCGTTTTAGCGTAGGCGTAGGCGTAACCAGCGACTACACTGTAGTCCTT
GTCGAACTGGCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGCTTACACATTGGGAAGGAACCGT
CGTCCACTTTCCGGCATTGTCGGTCTCGACGGCCAGTCTCCAGCTTGCGCA

QA 2 772 2 772
DS 

RD RR3G127JQ 777 0 0
AGAAAAGGAACATGGTACATAAAAAAGGAA*ATGGTACATATTACTAGACTGGTTGTTTT
CGGACCAATCACGAAAGACTTTCGTAACTTCTTATTAATACATAAATTATTAAAAGCTCT
TGCAATAGCCGATGATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGGACTTTGAAAGAACGATC
GGCCACAGAAAAACCTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTATTTCCATGGAGTCTGTA
GCCTCTCTTAACCATTCTTGATCGCTGCTCTGATTTGTACTGTGCAGCTGCTTTCCCTTG
ATCTTCGTGACCCCTCAACAGGAGATACTCCCAGCCGGAATAACCGGCGTCCAGGAGATT
TTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATGAGAGTGAAACC
AAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAAAAAAACCTGGGGCTGTACCTTG
TAGCACCCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAAACCCGTAACCATGAGCCTT
GTAATACTCGAGGTTCGAGAGGAGCGTCTCATCAATGTCAAAGACCCAAGCGTCCTTGCC
GTCTCCCTTCAGCTTGATCGTTTTAGCGTAGGCGTAGGCGTAACCAGCGACTACACTGTA
GTCCT*GTCGAACTGGCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGCTTACACATTGGGAAGG
AACCGTCGTCCACTTTCCGGCATTGTCGGTCTCGACGGCCAGTCTCCAGCTTACGCA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3AR67JQ 792 0 0
ACTAGAAAAGGAACATGGTACATAAAAAAGGAACATGGTACATATTACTAGACTGGTTGT
TTTCGGACCAATCACGAAAGACTTTCGTAACTTCTTATTAATACATAAATTATTAAAAGC
TCTTGCAATAGCCGATGATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGGACTTTGAAAGAACG
ATCGGCCACAGAAAAACCTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTATTTCCATGGAGTCT
GTAGCCTCTCTTAACCATTCTTGATCGCTGCTCTGATTTGTACTGTGCAGCTGCTTTCCC
TTGATCTTCGTGACCCCTCAACAGAAGATACTCCCAGCCGGAATAACCGGCGTCCAGGAG
ATTTTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATGAGAGCGAA
ACCGAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAAAAAAACCTGGGGCTGTACC
TTGTAGAACCCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGACCCGTAACCATGAGC
CTTGTAATACTCGAGGTTCGAGAGGAGCGTCTCATCAATGTCAAAGACCCAAGCGTCCTT
GCCGTCTCCCTTCAGCTTGATCGTTTTAGCGTAGGCGTAGGCGTAACCAGCGACTACACT
GTAGTCCTTGTCGAACTGGCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGCTTACACATTGGGA
AGGAACCGTCGTCCACTTTCCGGCATTGTCGGTCTCGACGGCCAGTCTCCAGCTTGCGCA
GTAAGACTCAAG

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3B878JQ 873 0 0
G
CTAGAAAAGGAACATGGTACATAAAAAAGGAACATGGTACATATTACTAGACTGGTTGTT
TTCGGACCAATCACGAAAGACTTTCGTAACTTCTTATTAATACATAAATTATTAAAAGCT
CTTGCAATAGCCGATGATCAAGCAATGTAGTACATTGGATTTGGGACTTTGAAAGAACGA
TCGGCCACAGAAAAACCTTGAAGGTCACTCCATTGATCACCAGTATTTCCATGGAGTCTG
TAGCCTCTCTTAACCATTCTTGATCGCTGCTCTGATTTGTACTGTGCAGCTGCTTTCCCT
TGATCTTCGTGACCCCTCAACAGAAGATACTCCCAGCCGGAATAACCGGCGTCCAGGAGA
TTTTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATGAGAGTGAAA
CCAAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAGAAAAACCTGGGGCTGTACCT
TGTAGAACCCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGACCCGTAACCATGAGCC
TTGTAATACTCGAGGTTCGAGAGGAGCGTCTCATCAATGTCAAAGACCCAAGCGTCCTTG
CCGTCTCCCTTCAGCTTGATCGTTTTAGCGTAGGCGTAGGCGTAACCAGCGACTACACTG
TAGTCCTTGTCGAACTGGCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGCTTACACATTGGGAA
GGAACCGTCGTCCACTTTCCGGCATTGTCGGTCTCGACGGCCAGTCTCCAGCTTGCGCAG
TAGGACTCAAGAGAGGAAGGGAGGGACTCATCGAGGGAGGCGGGGAGCTTGATGAAGGAT
GAGACGCGAGAAGAGATGGCGGGACTG
ACTAA

QA 2 868 2 868
DS 

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TTTTCTCGGTAACACTCCTTTGAGCCTCGTCCCGGCCAGTTAGCAGAATGAGAGCGAAAC
CGAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAGAAAAACCTGGGGCTGTACCTT
GTAGAACCCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGACCCGTAACCATGAGCCT
TGTAATACTCGAGGTTCGAGAGGAGCGTCTCATCAATGTCAAAGACCCAAGCGTCCTTGC
CGTCTCCTTTCAGCTTGATCGTTTTAGCGTAGGCGTAGGCGTAACCAGCGACTACACTGT
AGTCCTTGTCGAACTGGCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGCTTACACATTGGGAAG
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AAGACTCAAGAGAGGAAGAGAGGGACTCATCGAGGGAGGCGGGGAGCTTGATGAAGGATG
AGACGCGAGAAGAGATGGCGGGACTG

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR3FB67TF 581 0 0
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CAAGATTCTGGAGACGGGTAAACAGTTTCAAACTCGCAGAAAAACCTGGGGCTGTACCTT
GTAGCACCCACTCGTTGAAAGCAAGCGAGTTGTAAGGCTCAGACCCGTAACCATGAGCCT
TGTAATACTCGAGGTTCGAGAGGAGCGTCTCATCAATGTCAAAGACCCAAGCGTCCTTGC
CGTCTCCCTTCAGCTTGATCGTTTTAGCGTAGGCGTAGGCGTAACCAGCGACTACACTGT
AGTCCTTGTCGAACTGGCCTTTGTTGTAATAAGTTTCAAGAGAGCTTACACATTGGGAAG
GAACCGTCGTCCACTTTCCGGCATTGTCGGTCTCGACGGCCAGTCTCCAGCTTGCGCAGT
AGGACTCAAGAGAGGAAGAGAGGGACTCATCGAGGGAGGCGGGGAGCTTGATGAAGGATG
AGACGCGAGAAGAGATGGCGGGACTGACTAAGACAGCGAATAGAAGGAAGGTGAAGAATC
TGCTACGAGGAAACGCCATTGGAGAGAGGCTTTTTCCCCGA

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 12

CO CL108Contig1 976 12 32 U
GGAGGGTTTTCGCGACTTGAACATCATCATGGCGACGCAAATCAGCAAGAAGAGGAAGTT
TGTGGCGGACGGTGTGTTCTACGCTGAGTTGAACGAGGTGCTAACCAGGGAGCTAGCAGA
GGATGGTTACTCAGGTGTGGAGGTTAGGGTTACTCCCATGAGGACTGAGATTATCATCAG
AGCCACCCGTACTCAAAATGTTCTCGGTGAGAAGGGAAGGAGAATCAGAGAGTTGACGTC
CCTTGTTCAGAAGAGATTCAGATTCCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAAGGT
TGCCAACAGAGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCCTCGG
TGGTCTTGCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTCATGGAGAGTGGCGC
CAAGGGATGTGAGGTCATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCTCGTGCCAAGTCCATGAA
ATTCAAGGACGGTTACATGGTTTCCTCTGGTCAACCTACCAAGGAATACATTGACTCCGC
AGTCAGACATGTTCTGCTCAGACAGGGTGTGCTCGGAATCAAGGTCAAGGTCATGCTTGA
CTGGGACCCTAAGGGAGTATTGGGACCAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTCATCATCCA
TTCTCCCAAGGAAGATGATGTTAGCTCTGCACCAGCTCAGGTTGCCGCTCCGGCTGCACT
TCTACCAGAAGCTCCCCTCACAGCCGTAGATTACCCTGAGATGATCCCAGTCGCCTAGAA
GATGACTCGTTGGAATGCCTCTCTTTTTT*GTGAAACCTTATCATCGTCTCTTTAAGATA
CTTCTTGTTTTTATGTCTTCGAAGCAGACAAGTTTTTTCTCATGTTGTTTTTAAAACCTA
TGTTCAGTTTTTTTGGCAGTTGAATGCGTTTAGTTCAATGGAATTTTTCGTCTTGAATAA
TGAATTGTTGCAGTGT


BQ
25 25 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 15 30 30 5 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 35 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 40 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 25 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 25 55 55 25 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 40 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 15 55 55 55 55 55 55 35 50 35 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 45 45 45 45 30 45 30 45 45 20 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 5 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3F755TF U -5
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AF RR3AL74TF U 1
AF RR3BF16TF U 1
AF RR3BR20TF U 1
AF RR3BF16JQ C 117
AF RR3CM21TF U 153
AF RR3AL74JQ C 247
AF RR3G134JQ C 626
AF RR3G134TF U 626
AF RR3CM21JQ C 248
AF RR3BC59TF U 718
BS 1 140 RR3AL74TF
BS 141 141 RR3F755TF
BS 142 279 RR3AL74TF
BS 280 280 RR3F755TF
BS 281 431 RR3AL74TF
BS 432 432 RR3F755TF
BS 433 668 RR3AL74TF
BS 669 675 RR3BF16TF
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BS 677 690 RR3BF16TF
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BS 697 700 RR3BR20TF
BS 701 701 RR3CM21TF
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BS 703 703 RR3CM21TF
BS 704 712 RR3BR20TF
BS 713 713 RR3CM21TF
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BS 734 808 RR3CM21TF
BS 809 809 RR3G134TF
BS 810 835 RR3CM21TF
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BS 871 873 RR3G134TF
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BS 892 892 RR3G134TF
BS 893 895 RR3CM21TF
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BS 897 908 RR3CM21TF
BS 909 955 RR3G134TF
BS 956 976 RR3BC59TF

RD RR3F755TF 586 0 0
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QA 9 586 9 586
DS 

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CCTTGTTCAGAAGAGATTCGGATTCCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAAGGT
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CTGGGACCC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3AL74TF 668 0 0
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TGTGGCGGACGGTGTGTTCTACGCTGAGTTGAACGAGGTGCTAACCAGGGAGCTAGCAGA
GGATGGTTACTCAGGTGTGGGGGTTAGGGTTACTCCCATGAGGACTGAGATTATCATCAG
AGCCACCCGTACTCAAAATGTTCTCGGTGAGAAGGGAAGGAGAATCAGAGAGTTGACGTC
CCTTGTTCAGAAGAGATTCAGATTCCCTCAAGACAGTGTCGAGCTTTACGCTGAGAAGGT
TGCCAACAGAGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCCTCGG
TGGTCTTGCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTCATGGAGAGTGGCGC
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AGTCAGACATGTTCTGCTCAGACAGGGTGTGCTCGGAATCAAGGTCAAGGTCATGCTTGA
CTGGGACCCTAAGGGAGTATTGGGACCAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTCATCATCCA
TTCTCCCA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3BF16TF 696 0 0
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GGATGGTTACTCAGGTGTGGAGGTTAGGGTTACTCCCATGAGGACTGAGATTATCATCAG
AGCCACCCGTACTCAAAATGTTCTCGGTGAGAAGGGAAGGAGGATCAGAGAGTTGACGTC
CCTTGTTCAGAAGAGATTCAGATTCCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAAGGT
TGCCAACAGGGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCCTCGG
TGGTCTTGCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTCATGGAGAGTGGCGC
CAAGGGATGTGAGGTCATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCTCGTGCCAAGTCCGTGAA
ATTCAAGGACGGTTACATGGTTTCCTCTGGTCAACCTACCAAGGAATACATTGACTCCGC
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QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3BR20TF 733 0 0
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TGTGGCCGACGGTGTGTTCTACGCTGAGTTGAACGAGGTTCTGACTAGGGAGCTAGCAGA
GGATGGTTACTCAGGTGTGGAGGTTAGGGTTACTCCAATGAGGACTGAGATTATCATCAG
AGCCACACGTACTCAAAATGTTCTCGGTGAGAAGGGAAGGAGAATCAGAGAGTTGACATC
CCTTGTCCAGAAGCGATTCAGATTCCCTCAAGGCAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAAGGT
TGCCAACAGAGGTCTCTGTGCCATTGCTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCCTCGG
TGGTCTTGCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTTATGGAGAGTGGCGC
TAAGGGTTGTGAGGTCATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCACGTGCCAAGTCCATGAA
ATTCAAGGACGGCTACATGGTTTCATCTGGTCAACCTACCAAGGAATACATCGACTCCGC
AGTCAGACATGTTCTGCTCAGACAGGGTGTGTTCGGAATCGAGGTCAAGGTCATGCTTGA
CTGGGACCCTAAGGGAGTATTGGGACCAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTCATCATCCA
TTCTCCCAAGGAAGATGATGTTAGCTCTGCACCAGCTCAG*TCGCCGCTCCG*CTGCACT
TCTACCAGAAGCT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3BF16JQ 845 0 0
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TCAGAGCCACCCGTACTCAAAATGTTCTCGGTGAGAAGGGAAGGAGGATCAGAGAGTTGA
CGTCCCTTGTTCAGAAGAGATTCAGATTCCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGA
AGGTTGCCAACAGGGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCC
TCGGTGGTCTTGCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTCATGGAGAGTG
GCGCCAAGGGATGTGAGGTCATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCTCGTGCCAAGTCCG
TGAAATTCAAGGACGGTTACATGGTTTCCTCTGGTCAACCTACCAAGGAATACATTGACT
CCGCAGTCAGACATGTTCTGCTCAGACAGGGTGTGCTCGGAATCAAGGTCAAGGTCATGC
TTGACTGGGACCCTAAGGGAGTATTGGGACCAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTCATCA
TCCATTCTCCCAAGGAAGAAGATGTTAGCTCTGCTCCAGCTCAGGTTGCTGCCCCGGCTG
CACTTCTACCAGAAGCTCCCCTTACAGCCGTAGATTACCCTGAGATGATCCCTGTCGCCT
AGAAGATGACTCGTTGGAATGCCTCTCTTTTTT*GTCAAACCTTATCATCGTCTCTTTAA
GATACTTCTTGTTTTTATGTCTTCGAAGCAGACAAGTTTTTTCTCATGTTGTTTTGAAA*
CCTATGTTCAGTTTTTTTGGCAGTTGAATGCGTTTAGTTCAATGGAACTTTTCGTCTTGA
A
TAAT

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR3CM21TF 756 0 0
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AGGGAAGGAGAATCAGAGAGTCGACGTCCCTTGTTCAGAAGAGATTCAGATTCCCTCAAG
ACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAAGGTTGCCAACAGAGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGG
CTGAGTCTCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGTCTTGCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTG
TCTTGAGATTTGTCATGGAGAGTGGCGCCAAGGGATGTGAGGTTATTGTGAGTGGAAAGC
TTCGTGCAGCACGTGTCAAGTCCATGAAATTCAAGGACGGTTACATGGTTTCCTCTGGTC
AACCTACCAAAGAGTACATCGACTCCGCAGTCAGACATGTTTTGCTCAGACAGGGTGTGC
TTGGAATCAAGGTTAAGGTCATGCTTGACTGGGACCCTAAGGGAGTATTGGGACCAAAGA
CACCATTGCCTGATGTTGTCATCATCCATTCTCCCAAGGAAGATGATGTTAGCTCTGCAC
CAGCTCAGGTTGCCGCTCCGGCTGCACTTCTACCAGAAGCTCCCCTCACAGCCGTAGATT
ACCCTGAGATGATCCCAGTCGCCTAGAAGATGACTCGTTGGAATGCCTCTCTTTTT**GT
GAAACCTTATCATCGTCTCTTTA*GATACTTCTTGTTTTTATGTCTTCGAAGCAGACAG*
*TTTTTCTCATGTTGTTTT*AAA*CCTATGTTCAGT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3AL74JQ 712 0 0
TCAGAAGAGATTCAGATTCCCTCAAGACAGTGTCGAGCTTTACGCTGAGAAGGTTGCCAA
CAGAGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCCTCGGTGGTCT
TGCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTCATGGAGAGTGGCGCCAAGGG
ATGTGGGGTCATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCTCGTGCCAAGTCCATGAAATTCAA
GGACGGTTACATGGTTTCCTCTGGTCAACCTACCAAGGAATACATTGACTCCGCAGTCAG
ACATGTTCTGCTCAGACAGGGTGTGCTCGGAATCAAGGTCAAGGTCATGCTTGACTGGGA
CCCTAAGGGAGTATTGGGACCAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTCATCATCCATTCTCC
CAAGGAAGAAGATGTTGGCTCTGCTCCAGCTCAGGTTGCTGCTCCGGCTGCACTTCTACC
AGAAGCTCCCCTTACAGCCGTAGATTACCCTGAGATGATCCCTGTCGCCTAGAAGATGAC
TCGTTGGAATGCCTCTCTTTTTT*GTCAAACCTTATCATCGTCTCTTTAAGATACTTCTT
GTTTTTATGTCTTCGAAGCAGACAAGTTTTTTCTCATGTTGTTTTGAAA*CCTATGTTCA
GTTTTTTTGGCAGTTGAATGCGTTTAGTTCAATGGAACTTTTCGTCTTGAA
C

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3G134JQ 330 0 0
G
CAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTCATCATCCATTCTCCCAAGGAAGATGATGTTAGCT
CTGCACCAGCTCAGGTTGCCGCTCCGGCTGCACTTCTACCAGAAGCTCCCCTCACAGCCG
TAGATTACCCTGAGATGATCCCAGTCGCCTAGAAGATGACTCGTTGGAATGCCTCTCTTT
TTT*GTGAAACCTTATCATCGTCTCTTTAAGATACTTCTTGTTTTTATGTCTTCGAAGCA
GACAAGTTTTTTCTCATGTTGTTTTTAAAACCTATGTTCAGTTTTTTTGGCAGTTGAATG
CGTTTAGTTCAATGGAATTTTTCGTCTTG

QA 2 330 2 330
DS 

RD RR3G134TF 330 0 0
G
CAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTCATCATCCATTCTCCCAAGGAAGATGATGTTAGCT
CTGCACCAGCTCAGGTTGCCGCTCCGGCTGCACTTCTACCAGAAGCTCCCCTCACAGCCG
TAGATTACCCTGAGATGATCCCAGTCGCCTAGAAGATGACTCGTTGGAATGCCTCTCTTT
TTT*GTGAAACCTTATCATCGTCTCTTTAAGATACTTCTTGTTTTTATGTCTTCGAAGCA
GACAAGTTTTTTCTCATGTTGTTTTTAAAACCTATGTTCAGTTTTTTTGGCAGTTGAATG
CGTTTAGTTCAATGGAATTTTTCGTCTTG

QA 2 330 2 330
DS 

RD RR3CM21JQ 729 0 0
CAGAAGAGATTCAGATTCCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAAGGTTGCCAAC
AGAGGTCTCTGTGCCATCGCTCAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAGCTCCTCGGTGGTCTT
GCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTTGTCATGGAGAGTGGCGCCAAGGGA
TGTGAGGTTATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCACGTGTCAAGTCCATGAAATTCAAG
GACGGTTACATGGTTTCCTCTGGTCAACCTACCAAAGAGTACATCGACTCCGCAGTCAGA
CATGTTTTGCTCAGACAGGGTGTGCTTGGAATCAAGGTTAAGGTCATGCTTGACTGGGAC
CCTAAGGGAGTATTGGGACCAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTCATCATCCATTCTCCC
AAGGAAGATGATGTTAGCTCTGCACCAGCTCAGGTTGCCGCTCCGGCTGCACTTCTACCA
GAAGCTCCCCTCACAGCCGTAGATTACCCTGAGATGATCCCAGTCGCCTAGAAGATGACT
CGTTGGAATGCCTCTCTTTTTT*GTGAAACCTTATCATCGTCTCTTTAGGATACTTCTTG
TTTTTATGTCTTCGAAGCAGACAAGTTTTTTTTCATGTTGTTTTTAAAACCTATGTTCAG
TTTTTTTGGCAGTTGAATGCGTTTAGTTCAATGGAATTTTTCGTCTTGAATAATGAATTG
TTGCAGTGT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3BC59TF 259 0 0
G
CTTCTACCAGAAGCTCCCCTCACAGCCGTAGATTACCCTGAGATGATCCCAGTCGCCTAG
AAGATGACTCGTTGGAATGCCTCTCTTTTTTTGTGAAACCTTATCATCGTCTCTTTAAGA
TACTTCTTGTTTTTATGTCTTCGAAGCAGACAAGTTTTTTCTCATGTTGTTTTTAAAACC
TATGTTCAGTTTTTTTGGCAGTTGAATGCGTTTAGTTCAATGGAATTTTTCGTCTTGAAT
AATGAATTGTTGCAGTGT

QA 2 259 2 259
DS 



AS 2 14

CO CL109Contig1 840 4 11 U
AGACTATCCACAGTCGATGAAGGATCGCATTGGTCATAGATGCCAAAGTTCACTGAAGCT
GAAAAGAATCCTAAAGAACTCTGCAGATTTTGTCGGAATGAATTATTATACATCATTGTT
TGGTGCTAATATGAAGACAGGTGATTCCAAGAACCCGAGTTGGACGACTGACTCCCTTGT
TCAGTGGGAAAGTAAGACTGTGGATGGATACAAGATTGGTAGCAAGCCTGCCGGTGGGAA
ACTGGATGTGTATTCAAGAGGAATGAGGAAGCTTTTGAAGTATATCAAGGACAACTATGG
AGACCCAGAAATTATGATTACTGAGAATGGATATGGAGAGGATCTTGGAGACTTACACAA
TGACGTCGCAGTTGGAACAAATGATCACAACAGTAAATATTATCTCCAGAGGCATCTTTT
GAGTTTGCATGAAGCCATATGCGACGACAAGGTTAAAGTTACTGGATACTACGTGTGGTC
ATTGATGGACAACTTTGAGTGGCAAGATGGTTACAAGGCTAGGTTCGGGCTTTACTACAT
CGATTTCCAAAACAATTTGACCCGTCACCAGAAAGTTTCCGGCAAATGGTATGCTGATCT
TCTTAAGCCGGGATTTCCAACTTCCAAGATATTGAGGGAAGAACTCTAAGATCAAGAATC
CAAATCCTGAATCCTCTGAAGAATAAGTTAACGTATTGCAAGGGTCTTGTTATTGAGGAT
TACTATCTGTTTTGTGTGTATTATGGATCATCTTTATCGTTTTTATCTATGTTTTCTTTC
ATGTTAGCCAGGCTTGAGGTTCTGTAGTAGTCACCGTATTAATAAGATGTTGTTTACGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3CZ76JQ C 1
AF RR3F545TF U 476
AF RR3FT54JQ C 316
AF RR3FT54TF U 294
BS 1 294 RR3CZ76JQ
BS 295 476 RR3FT54TF
BS 477 480 RR3F545TF
BS 481 481 RR3FT54TF
BS 482 567 RR3F545TF
BS 568 568 RR3FT54TF
BS 569 598 RR3F545TF
BS 599 599 RR3FT54TF
BS 600 813 RR3F545TF
BS 814 814 RR3FT54TF
BS 815 840 RR3F545TF

RD RR3CZ76JQ 840 0 0
AGACTATCCACAGTCGATGAAGGATCGCATTGGTCATAGATGCCAAAGTTCACTGAAGCT
GAAAAGAATCCTAAAGAACTCTGCAGATTTTGTCGGAATGAATTATTATACATCATTGTT
TGGTGCTAATATGAAGACAGGTGATTCCAAGAACCCGAGTTGGACGACTGACTCCCTTGT
TCAGTGGGAAAGTAAGACTGTGGATGGATACAAGATTGGTAGCAAGCCTGCCGGTGGGAA
ACTGGATGTGTATTCAAGAGGAATGAGGAAGCTTTTGAAGTATATCAAGGACAACTATGG
AGACCCAGAAATTATGATTACTGAGAATGGATATGGAGAGGATCTTGGAGACTTACACAA
TGACGTCGCAGTTGGAACAAATGATCACAACAGGAAATATTATCTCCAGAGGCATCTTTT
GAGTTTGCATGAAGCCATATGCGACGACAAGGTTAAAGTTACTGGATACTACGTGTGGTC
TTTGATGGACAACTTTGAGTGGCAAGATGGTTACAAGGCTAGGTTCGGGCTTTACTACAT
CGATTTCCAAAACAATTTGACCCGTCATCAGAAAGTTTCCGGCAAATGGTATGCTGATTT
TCTTAAGCCGGGATTTCCAACTTCCAAGATATTGAGGGAAGAACTCTAAGATCAAGAATC
CAAATCCTGAATCCTCTGAAGAATAAGTTAACGTATTGCAAGGGTCTTGTTATTGAGGAT
TACTATCTGTTTTGTGTGTATTATGGATCATCTTTATCGTTTTTATCTATGTTTTCTTTC
ATGTTAGCCAGGCTTGAGGTTCTGTAGTAGTCATCGTATTAATAAGATGTTGTTTACGTC

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR3F545TF 365 0 0
G
GGTCTTTGATGGACAACTTTGAGTGGCAAGATGGTTACAAGGCTAGGTTCGGGCTTTACT
ACATCGATTTCCAAAACAATTTGACCCGTCATCAGAAAGTTTCCGGCAAATGGTATGCTG
ATTTTCTTAAGCCGGGATTTCCAACTTCCAAGATATTGAGGGAAGAACTCTAAGATCAAG
AATCCAAATCCTGAATCCTCTGAAGAATAAGTTAACGTATTGCAAGGGTCTTGTTATTGA
GGATTACTATCTGTTTTGTGTGTATTATGGATCATCTTTATCGTTTTTATCTATGTTTTC
TTTCATGTTAGCCAGGCTTGAGGTTCTGTAGTAGTCATCGTATTAATAAGATGTTGTTTA
CGTC

QA 2 365 2 365
DS 

RD RR3FT54JQ 525 0 0
GATTACTGAGAATGGATATGGAGAGGATCTTGGAGACTTACACAATGACGTCGCAGTTGG
AACAAATGATCACAACAGTAAATATTATCTCCAGAGGCATCTTTTGAGTTTGCATGAAGC
CATATGCGACGACAAGGTTAAAGTTACTGGATACTACGTGTGGTCATTGATGGACAACTT
TGAGTGGCAAGATGGTTACAAGGCTAGGTTCGGGCTTTACTACATCGATTTCCAAAACAA
TTTGACCCGTCACCAGAAAGTTTCCGGCAAATGGTATGCTGATCTTCTTAAGCCGGGATT
TCCAACTTCCAAGATATTGAGGGAAGAACTCTAAGATCAAGAATCCAAATCCTGAATCCT
TTGAAGAATAAGTTAACGTATTGCAAGGGTCTTGTTATTGAGGATTACTATCTGTTTTGT
GTGTATTATGGATCATCTTTATCGTTTTTATCTATGTTTTCTTTCATGTTAGCCAGGCTT
GAGGTTCTGTAGTAGTCACCGTATTAATAAGATGTTGTTTACGTC

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3FT54TF 556 0 0
G
CTATGGAGACCCAGAAATTATGATTACTGAGAATGGATATGGAGAGGATCTTGGAGACTT
ACACAATGACGTCGCAGTTGGAACAAATGATCACAACAGTAAATATTATCTCCAGAGGCA
TCTTTTGAGTTTGCATGAAGCCATATGCGACGACAAGGTTAAAGTTACTGGATACTACGT
GTGGTCATTGATGGACAACTTTGAGTGGCAAGATGGTTACAAGGCTAGGTTCGGGCTTTA
CTACATCGATTTCCAAAACAATTTGACCCGTCACCAGAAAGTTTCCGGCAAATGGTATGC
TGATCTTCTTAAGCCGGGATTTCCAACTTCCAAGATATTGAGGGAAGAACTCTAAGATCA
AGAATCCAAATCCTGAATCCTCTGAAGAATAAGTTAACGTATTGCAAGGGTCTTGTTATT
GAGGATTACTATCTGTTTTGTGTGTATTATGGATCATCTTTATCGTTTTTATCTATGTTT
TCTTTCATGTTAGCCAGGCTTGAGGTTCTGTAGTAGTCACCGTATTAATAAGATGTTG
TTTACGTCAAAAAAAAA

QA 2 539 2 539
DS 



CO CL109Contig2 1869 10 28 U
GGACCAATTAACTCAACCAGTGTTTAGAGTGAAGGAGAAGGAGAAACACAAAATGGTGAA
GTTCGAGAGGGTTCCTTTACTGTTAGGGTTAGTTCTGGTTGTACTTCTGGTCGGAGCCAA
AGCCAGTGAACCTGTCTGTCGTCAAGCTGAGAAGTTTAGCAGAGCTAGCTTTCCTGAAGG
TTTCCTTTGGGGAACCGCAACCGCAGCGTTTCAGGTTGAAGGAGCTGTTGATGAAGGCTG
CAGAGGTCCAAGCATGTGGGATACTTTCACTAAGAAATATCCACATAGATGCCAAAATCA
TAACGCTGACGTAGCTGTTGATTTCTACCATCGTTACAAGGAAGATATCAAGTTGATGAG
AGACCTCAACACTGATGCTTTTAGACTTTCTCTTGCGTGGCCTCGAATTTTTCCTCATGG
AAGAATGTCTAAGGGAATAAGCAAACAAGGAGTCCAATTCTACCACGACCTCATCGATGA
GCTTCTTAAAAACAAGATAACACCACTAGTCACTGTATTTCACTGGGATACTCCTCAGGA
CTTAGAAGATGAATACGGTGGTTTCTTAAGTGGTAACATTGTGAAGGATTTTACGGAGTA
TGCAAACTTT*ACTTTCCATGAATACGGGCACAAAGTGAAGAACTGGATCACATTCAATG
AGCCATGGGTGTTTAGTCGTGCCGGTTACGACGTCGGGAAGAAAGCTCC*GGGACGTTGT
TCACCATACATTGAAGAATGGGGAAAGCATTGTGAAGATGGACGGTCAGGATTTGAAGCT
TATCAAGTCAGTCACAACTTACTCTTAGCTCATGCTCATTCCGTTGAAGCCTTCAGAGCA
TGCGAACAGTGCGCTGGGGGTAAAATAGGAATTGCACACAGTCCAGCTTGGTTTGAACCA
GCCGACCTTGAGAGTATTGGAGCTCCCATTGAACGTGTGCTTGATTTCATCCTGGGATGG
CATTTGCATCCAACAACTTACGGAGACTATCCACAGTCGATGAAGGATCGCATTGGTCAT
AGATTGCCAAAGTTCACTGAAGCTGAAAAGA*AATCCTAAAGAACTCTGCAGATTTTGTC
GGAATGAATTATTATACATCATTGTTTGGAGCTAATATGAAGACAGGTGATTCCAAGAAC
CCGAGTTGGACGACCGACTCTCTTGTTCAGTGGGAAAGTAAGACTGTGGATGGATACAAG
ATTGGTAGCAAGCCTGCCGGTGGGAAACTGGATGTGTATTCAAGAGGAATGAGGAAGCTC
TTGAAGTATATCAAGGACAACTATGGAGATCCAGAAATTATGATTACTGAGAATGGATAT
GGAGAGGATCTTGGAGACTTTCACAATGACGTTGCAGTTGGAACAAATGATCACAACAGG
AAATATTATCTCCAGAGGCATCTTTTGAGTTTGCATGAAGCCATATGCGACGACAAGGTT
AAAGTTACTGGATACTACGTGTGGTCTTTGATGGACAACTTTGAGTGGCAAGATGGTTAC
AAGGCTAGGTTCGGGCTTTACTACATCGATTTCCAAAACAATTTGACCCGTCATCAGAAA
GTTTCCGGCAAATGGTATGCTGATTTTCTTAAGCCGGGATTTCCAACTTCCAAGATATTG
AGGGAAGAACTCTAAGATCAAGAATCCAAATCTTGAATCCTCTGAAGAAAAAGTTAATTG
CAAGAGTCTTGTTATTGACGATTACTATCTGTTCTGTGTGTTTTATGGATCATGTTTATC
GTTTTAATCTATGTTTTCTTTCATGTTAGCCAGGCTTGAGGTTCTGTAGTAGTCATCGTA
TCAATAAAATGTTGGTGTTGCCTTCTTTTTAGTTCGTTTTATAATAATACTTAAATCTTA
AATTAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 30 
30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ76TF U 540
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AF RR3FR30TF U 1250
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QA 1 115 1 115
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TTTCCTTTGGGGAACCGCAACCGCAGCGTTTCAGGTTGAAGGAGCTGTTGATGAAGGCTG
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TAACGCTGACGTAGCTGTTGATTTCTACCATCGTTACAAGGAAGATATCAAGTTGATGAG
AGACCTCAACACTGATGCTTTTAGACTTTCTCTTGCGTGGCCTCGAATTTTTCCTCATGG
AAGAATGTCTAAGGGAATAAGCAAACAAGGAGTCCAATTCTACCACGACCTGATCGATGA
GCTTCTTAAAAACAAGATAACACCACTAGTCACTGTATTTCACTGGGATACTCCTCAGGA
CTTAGAAGATGAATACGGTGGTTTCTTAAGTGGTAACATTGTGAAGTATTTTACGGAGTA
TGCAAACTTT*ACTTTCCATGAATACGGGCACAAAGTGAAGAACTGGATCACATTCAATG
AGCCATGGGTGTTTAGTCGTGCCGGTTATGACGTCGGGAAGAAAGCTCCCGGGACGTTGT
TCACCATACATTGA*GAATGGGGAAAGCATTGTGA
GATGGA

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DS 

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G
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AACTCCACTAGTCACTGTATTTCACTGGGATACTCCTCAGGACTTAGAAGATGAATACGG
TGGTTTCTTGAGTGGTAACATTGTGAAGGATTTTACGGAGTATGTAAACTTT*ACTTTCC
ATGAATACGGGCACAAAGTGAAGAGCTGGATCACATTCAATGAGCCATGGGTGTTTAGTC
GTGCCGGTTACGACGTCGGGAAGAAAGCTCC*GGGACGTTGTTCACCATACATTGAAGAA
TGGGGAAAGCATTGTGAAGATGTACGGTCAGGATTTGAAGCTTATCAAGTCAGTCACAAC
TTACTCTTAGCTCATGCTCATTCCGTTGAAGCCTTCAGAGCATGCGAACAGTGCGCTGGG
GGTAAAATAGGAATTGCACACAGTCCAGCTTGGTTTGAACCAGCCGACCTTGAGAGTATT
GGAGCTCCCATTGAACGTGTGCTTGATTTCATCCTGGGATGGCATTTGCATCCAACAACT
TACGGAGACTATCCACAGTCGATGAAGGATCGCATTGGTCATAGATTGCCAAAGTTCACT
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TCATTGTTTGGAGCTAATATGAAGACAGGTGATTCCAAGAACCCGAGTTGGACGACCGAC
TCTCTTGTTCAGTGGGAAAGTAAGACTGTGGATGGATACAAGATTG

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DS 

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G
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AGATGGACGGTCAGGATTTGAAGCTTATCAAGTCAGTCACAACTTACTCTTAGCTCATGC
TCATTCCGTTGAAGCCTTCAGAGCATGCGAACAGTGCGCTGGGGGTAAAATAGGAATTGC
ACACAGTCCAGCTTGGTTTGAACCAGCCGACCTTGAGAGTATTGGAGCTCCCATTGAACG
TGTGCTTGATTTCATCCTGGGATGGCATTTGCATCCAACAACTTACGGAGACTATCCACA
GTCGATGAAGGATCGCATTGGTCATAGATTGCCAAAGTTCACTGAAGCTGAAAAGAGAAT
CCTAAAGAACTCTGCAGATTTTGTCGGAATGAATTATTATACATCATTGTTTGGAGCTAA
TATGAAGACAGGTGATTCCAAGAACCCGAGTTGGACGACCGACTCTCTTGTTCAGTGGGA
AAGTAAGACTGTGGATGGATACAAGATTGGTAGCAAGCCTGCCGGTGGGAAACTGGATGT
GTATTCAAGAGGAATGAGGAAGCTCTTGAAGTATGTCAAGGACAACTATGGAGATCCAGA
AATTATGATTACTGAGAATGGATATGGAGAGGATCTTGGAGACTTTCACAATGACGTTGC
AGTTGGAACAAATGATCACAACAGGAAATATTATCTCCAGAGGCATCTTTTGAGTTTGCA
TGAAGC*ATATGCGACGACA**GTTAA**GTACTGGATACTACGTGTGGTCTTTG

QA 2 776 2 776
DS 

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AATATGAAGACAGGTGATTCCAAGAACCCGAGTTGGACGACCGACTCTCTTGTTCAGTGG
GAAAGTAAGACTGTGGATGGATACAAGATTGGTAGCAAGCCTGCCGGTGGGAAACTGGAT
GTGTATTCAAGAGGAATGAGGAAGCTCTTGAAGTATATCAAGGACAACTATGGAGATCCA
*AAATTATGATTACTGAGAATGGATATGGAGAGGATCTTGGAGACTTTCACAATGACGTT
GCAGTTGGAACAAATGATCACAACAGGAAATATTATCTCCAGAGGCATCTTTTGAGTTTG
CATGAAGCCATATGCGACGACAAGGTTAAAGTTACTGGATACTACGTGTGGTCTTTGATG
GACAACTTTGAGTGGCAAGATGGTTACAAGGCTAGGTTCGGGCTTTACTACATCGATTTC
CAAAACAATTTGACCCGTCATCAGAAAGTTTCCGGCAAATGGTATGCTGATTTTCTTAAG
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TGAATCCTCTGAAGAAAAAGTTAATTGCAAGAGTCTTGTTATTGACGATTACTATCTGTT
CTGTGTGTTTTATGGATCATGTTTATCGTTTTAATCTATGTTTTCTTTCATGTTGGCCAG
GCTTGAGGTTCTGTAGTAGTCATCGTATCAATAAAATGTTGGTGTTGCCTTC

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DS 

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CTGGATGTGTATTCAAGAGGAATGAGGAAGCTCTTGAAGTATATCAAGGACAACTATGGA
GATCCAGAAATTATGATTACTGAGAATGGATATGGAGAGGATCTTGGAGACTTTCACAAT
GACGTTGCAGTTGGAACAAATGATCACAACAGGAAATATTATCTCCAGAGGCATCTTTTG
AGTTTGTATGAAGCCATATGCGACGACAAGGTTAAAGTTACTGGATACTACGTGTGGTCT
TTGATGGACAACTTTGAGTGGCAAGATGGTTACAAGGCTAGGTTCGGGCTTTACTACATC
GATTTCCAAAACAATTTGACCCGTCATCAGAAAGTTTCCGGCAAATGGTATGCTGATTTT
CTTAAGCCGGGATTTCCAACTTCCAAGATATTGAGGGAAGAACTCTAAGATCAAGAATCC
AAATCTTGAATCCTCTGAAGAAAAAGTTAATTGCAAGAGTCTTGTTATTGACGATTACTA
TCTGTTCTGTGTGTTTTATGGATCATGTTTATCGTTTTAATCTATGTTTTCTTTCATGTT
AGCCAGGCTTGAG*TTCTGTAGTAGTCATCGTATCAATAAAATG

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DS 

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CATCTTTTGAGTTTGTATGAAGCCATATGCGACGACAAGGTTAAAGTTACTGGATACTAC
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TACTACATCGATTTCCAAAACAATTTGACCCGTCATCAGAAAGTTTCCGGCAAATGGTAT
GCTGATTTTCTTAAGCCGGGATTTCCAACTTCCAAGATATTGAGGGAAGAACTCTAAGAT
CAAGAATCCAAATCTTGAATCCTCTGAAGAAAAAGTTAATTGCAAGAGTCTTGTTATTGA
CGATTACTATCTGTTCTGTGTGTTTTATGGATCATGTTTATCGTTTTAATCTATGTTTTC
TTTCATGTTAGCCAGGCTTGAGGTTCTGTAGTAGTCATCGTATCAATAAAATGTTGGTGT
TGCCTTCTT
TTTAG

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G
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CATGTTTATCGTTTTAATCTATGTTTTCTTTCATGTTAGCCAGGCTTGAGGTTCTGTAGT
AGTCATCGTATCAATAAAATGTTGGTGTTGCCTTCTT
G

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DS 

RD RR3FR30TF 579 0 0
G
GAGGAAGCTCTTGAAGTATATCAAGGACAACTATGGAGATCCAGAAATTATGATTACTGA
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TCACAACAGGAAATATTATCTCCAGAGGCATCTTTTGAGTTTGCATGAAGCCATATGCGA
CGACAAGGTTAAAGTTACTGGATACTACGTGTGGTCTTTGATGGACAACTTTGAGTGGCA
AGATGGTTACAAGGCTAGGTTCGGGCTTTACTACATCGATTTCCAAAACAATTTGACCCG
TCATCAGAAAGTTTCCGGCAAATGGCATGCTGATTTTCTTAAGCCGGGATTTCCAACTTC
CAAGATATTGAGGGAAGAACTCTAAGATCAAGAATCCAAATCTTGAATCCTCTGAAGAAA
AAGTTAATTGCAAGAGTCTTGTTATTGACGATTACTATCTGTTCTGTGTGTTTTATGGAT
CATGTTTATCGTTTTAATCTATGTTTTCTTTCATGTTAGCCAGGCTTGAGGTTCTGTAGT
AGTCATCGTATCAATAAAATGTTGGTGTTGCCTTCTT
G

QA 2 578 2 578
DS 

RD RR3EC87JQ 649 0 0
TGGGAAACTGGATGTGTATTCAAGAGGAATGAGGAAGCTCTTGAAGTATGTCAAGGACAA
CTATGGAGATCCAGAAATTATGATTACTGAGAATGGATATGGAGAGGATCTTGGAGACTT
TCACAATGACGTTGCAGTTGGAACAAATGATCACAACAGGAAATATTATCTCCAGAGGCA
TCTTTTGAGTTTGCATGAAGCCATATGCGACGACAAGGTTAAAGTTACTGGATACTACGT
GTGGTCTTTGATGGACAACTTTGAGTGGCAAGATGGTTACAAGGCTAGGTTCGGGCTTTA
CTACATCGATTTCCAAAACAATTTGACCCGTCATCAGAAAGTTTCCGGCAAATGGTATGC
TGATTTTCTTAAGCCGGGATTTCCAACTTCCAAGATATTGAGGGAAGAACTCTAAGATCA
AGAATCCAAATCTTGAATCCTCTGAAGAAAAAGTTAATTGCAAGAGTCTTGTTATTGACG
ATTACTATCTGTTCTGTGTGTTTTATGGATCATGTTTATCGTTTTAATCTATGTTTTCTT
TCATGTTAGCCAGGCTTGAGGTTCTGTAGTAGTCATCGTATCAATAAAATGTTGGTGTTG
CCTTCTTTTTAGTTCGTTTTATAATAATACTTAAATCTTAAATTAATCC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 3 11

CO CL110Contig1 757 4 12 U
TTTTATTAGGAACGTGGTATATTCAAATATGAATATGCAATTGATATTGGCAAAAATCGA
ATTCCTATTTTGAGCTGAGCCACAAGACTCAATTACAAAAAAAA*TATAACACATATTCT
AGGGATTTGCCTCCTGGCTTATCTGCTGGTCCAGCCGGTTTACCTCCTGGCTTATCTGCT
GCTCCTCCAGCCGGTTTATCTTCTGGCTTATCGGTTGCTCCTCCAGCTGGTTTATCATTT
GGCTTACTCGTTGCTCCTCCAGCTGGTTTATCATTTGGTTTATCTGTTGCTCCACCAGCT
GGTTTAACTGATTCGGTGGGTGGAGCTCCTGCTGGAGGTGGATTATTCTTCGGGTGTACT
CCCATTCTATGCTTAAGGAGCCAAATTATGAGAGCACCCGCCGTCACTCCAAATAAAGCA
ACGGCCGAGAGATTGGTGGCTAAGAGAGTGGTAGCTATAGTTGCTGGTACGAGAACCGGA
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ACGCCGGCCAAAGCAAACAAGACTGCAGTTACAATGACAGCACTAACAACCTGAAAAACC
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CTGAAATTTGGTTTGAATGGGTACTATATTTAATTTTATTTTTGTTAAAAGTTTTGAAGG
AATACTTGGCTCCAAATTTTTGTTCGGATGGTTGTCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3BZ24TF C 169
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CTATTTTGAGCTGAGCCACAAGACTCAATTACAAAAAAAA*TATAACACATATTCTAGGG
ATTTGCCTCCTGGCTTATCTGCTGGTCCAGCCGGTTTACCTCCTGGCTTATCTGCTGCTC
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TACTTGTTGCTCCTCCAGCTGGTTTATCATTTGGTTTATCTGTTGCTCCACCAGCTGGTT
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AAGACTCAATTACAAAAAAAAATATAACATATATTCTAGGGATTTGCCTCCTGGCTTATC
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TGCAGTTACAATGACAGCACTAACAACCTGAAAAACCTGAAAAATTGGGATGAGACGAGA
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DS 

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AAGTTTTGAAGGAATACTTGGCTCCAAATTTTTGTTCGGATGGTTGTCC

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DS 



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AAAATTTGTACACTGGTTATCATTTCCTTGTAACATGTCGTACATTCATAAAAATGATTA
TGAAACATGTAGTTTAGGATAAATTAGGAATAATTTACGGAACCCAAACTACTCCATCCA
GCTATACCATGCGGGAGGTTTATTCTCTCCAGCTGGTTTATCCGTTGATGCTCCAACTGG
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TATCATTTGGCTTACTTGTTGCTTCTCCAGCTGGTTTATCATTTGGTTTATCTGTTGCTC
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GGTGTACTCCCATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F314JQ U 1
AF RR3FM39JQ U 84
AF RR3F314TF C 154
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DS 

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DS 

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CTCCTGCTGGAGGTGGATTATTCTTCGGGTGTACTCCCATTCC

QA 1 703 1 703
DS 



CO CL110Contig3 1107 4 11 U
GGACAACCATCCGAACAAAAATTTGGAGCCAAGTATTCCTTCAAAACTTTTAACAAAAAT
AAAATTAAATATAGTACCCATTCAAACCAAATTTCAGCCGTTGTAATCTAAATCTATATC
CAAAAAAGTGCTCTCTCGTCTCATCCCAATTTTTCAGGTTTTTCAGGTTGTTAGTGCTGT
CATTGTAACTGCAGTCTTGTTTGCTTTGGCCGGCGTAACCCTCGCCGTCTCAGTCGTGGG
ATTAATCGTAGCCACACCTCTTTTCGTGATATTCAGTCCGGTTCTCGTACCAGCAACTAT
AGCTACCACTCTCTTAGCCACCAATCTCTCGGCCGTTGCCTTATTTGGAGTGACGGCGGG
TGCTCTCATAATTTGGCTCCTTAAGTAAAATCTTAACAAAGACTTCTTTCCTTTTTAGTA
TGCTCCTTAAGTCATACATCAACATATCTTTTTCCCCATCATACATCAGCACATCTAGGT
TTATGATTGATTCGATTTCCGTTTATTAGTTATTTATGGATGGTCCTACTCGTTATCAAT
TGGATCATGACTATAAAGAAATCAGCTGTAATATAAATCAAAACCCAAAAATCTAAACTC
AATTGAACGTAAAGTTTAAATTTCAGACAATCAATATGTTCAGTTTTTTTTATTAAACGT
CATTTTCTTCTTTTATGTTTGAGTAAAATCTAGCGTCCTTTAAAAACTCGTGTGAGTGTT
ATGCAGGCATAGAATGGGAGTACACCCGAAGAATAATCCACCTCCAGCAGGAGCTCCACC
CACCGAAGCAGTTAAACCAGCTGGTGGAGCAACAGATAAACCAAATGATAAACCAGCTGG
AGGAGCAACAAGTAAGCCAAATGATAAACCAGCTGGAGGAGCAACCGATAAGCAAGAAGA
TAAACCGGCTGGAGGAGCAGCAGATAAGCCAGGAGGTAAACCGGCTGGACCAGCAGATAA
GCCAGGAGGCAAATCCCTAGAATATGTGTTATATTTTTTTTTGTAATTGAGTCTTGTGGC
TCAGCTCAAAATAGGAATTCGATTTTTGCCAATATCAATTGCATATTCATATTTGAATAT
ACCACGTTCCTAATAACGTTTTAAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW91TF U 23
AF RR3GA07TF U 1
AF RR3CW91JQ C 381
AF RR3GA07JQ C 412
BS 1 488 RR3GA07TF
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BS 490 705 RR3GA07TF
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BS 707 725 RR3GA07TF
BS 726 726 RR3CW91JQ
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BS 772 782 RR3GA07TF
BS 783 969 RR3CW91JQ
BS 970 1107 RR3GA07JQ

RD RR3CW91TF 678 0 0
GG
GGAGCCAAGTATTCCTTCAAAACTTTTAACAAAAATAAAATTAAATATAGTACCCATTCA
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CCCAATTTTTCAGGTTTTTCAGGTTGTTAGTGCTGTCATTGTAACTGCAGTCTTGTTTGC
TTTGGCCGGCGTAACCCTCGCCGTCTCAGTCGTGGGATTAATCGTAGCCACACCTCTTTT
CGTGATATTCAGTCCGGTTCTCGTACCAGCAACTATAGCTATCACTCTCTTAGCCACCAA
TCTCTCGGCCGTTGCCTTATTTGGAGTGACGGCGGGTGCTCTCATAATTTGGCTCCTTAA
GTAAAATCTTAACAAAGACTTCTTTCCTTTTTAGTATGCTCCTTAAGTCATACATCAACA
TATCTTTTTCCCCATCATACATCAGCACATCTAGGTTTATGATTGATTCGATTTCCGTTT
ATTAGTTATTTATGGATGGTCCTACTCGTTATCAATTGGATCATGACTATAAAGAAATCA
GCTGTAATATAAATCAAAACCCAAAAATCTAAACTCAATTGAACGTAAAGTTTAAATTTC
AGACAATCAATATGTTCAGTTTTTTT*ATTAAACGTCATTTTCTTCTTTTATGTTTGAGT
AAA*TCTAGCGTCCTT

QA 3 678 3 678
DS 

RD RR3GA07TF 782 0 0
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AAAATTAAATATAGTACCCATTCAAACCAAATTTCAGCCGTTGTAATCTAAATCTATATC
CAAAAAAGTGCTCTCTCGTCTCATCCCAATTTTTCAGGTTTTTCAGGTTGTTAGTGCTGT
CATTGTAACTGCAGTCTTGTTTGCTTTGGCCGGCGTAACCCTCGCCGTCTCAGTCGTGGG
ATTAATCGTAGCCACACCTCTTTTCGTGATATTCAGTCCGGTTCTCGTACCAGCAACTAT
AGCTACCACTCTCTTAGCCACCAATCTCTCGGCCGTTGCCTTATTTGGAGTGACGGCGGG
TGCTCTCATAATTTGGCTCCTTAAGTAAAATCTTAACAAAGACTTCTTTCCTTTTTAGTA
TGCTCCTTAAGTCATACATCAACATATCTTTTTCCCCATCATACATCAGCACATCTAGGT
TTATGATTTATTCGATTTCCGTTTATTAGTTATTTATGGATGGTCCTACTCGTTATCAAT
TGGATCATGACTATAAAGAAATCAGCTGTAATATAAATCAAAACCCAAAAATCTAAACTC
AATTGAACGTAAAGTTTAAATTTCAGACAATCAATATGTTCAGTTTTTTTTATTAAACGT
CATTTTCTTCTTTTATGTTTGAGTAAAATCTAGCGTCCTTTAAAA*CTCGTGTGAGTGTT
ATGCACGCATAGAATGGGAGTACACCCGAAGAATAATCCACCTCCAGCAG*AGCTCCACC
CA

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3CW91JQ 589 0 0
TTAAGTAAAATCTTAACAAAGACTTCTTTCCTTTTTAGTATGCTCCTTAAGTCATACATC
AACATATCTTTTTCCCCATCATACATCAGCACATCTAGGTTTATGATTGATTCGATTTCC
GTTTATTAGTTATTTATGGATGGTCCTACTCGTTATCAATTGGATCATGACTATAAAGAA
ATCAGCTGTAATATAAATCAAAACCCAAAAATCTAAACTCAATTGAACGTAAAGTTTAAA
TTTCAGACAATCAATATGTTCAGTTTTTTTTATTAAACGTCATTTTCTTCTTTTATGTTT
GAGTAAAATCTAGCGTCCTTTAAAAACTCGTGTGAGTGTTATGCAGGCATAGAATGGGAG
TGCACCCGAAGAATAATCCACCTCCAGCAGGAGCTCCACCCACCGAAGCAGTTAAACCAG
CTGGTGGAGCAACAGATAAACCAAATGATAAACCAGCTGGAGGAGCAACAAGTAAGCCAA
ATGATAAACCAGCTGGAGGAGCAACCGATAAGCAAGAAGATAAACCGGCTGGAGGAGCAG
CAGATAAGCCAGGAGGTAAACCGGCTGGACCAGCAGATAAGCCAGGAGG

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3GA07JQ 696 0 0
TTTTTAGTATGCTCCTTAAGTCATACATCAACATATCTTTTTCCCCATCATACATCAGCA
CATCTAGGTTTATGATTTATTCGATTTCCGTTTATTAGTTATTTATGGATGGTCCTACTC
GTTATCAATTGGATCATGACTATAAAGAAATCAGCTGTAATATAAATCAAAACCCAAAAA
TCTAAACTCAATTGAACGTAAAGTTTAAATTTCAGACAATCAATATGTTCAGTTTTTTTT
ATTAAACGTCATTTTTTTTTTTTATGTTTGAGTAAAATCTAGCGTCCTTTAAAAACTCGT
GTGAGTGTTATGCAGGCATAGAATGGGAGTACACCCGAAGAATAATCCACCTCCAGCAGG
AGCTCCACCCACCGAAGCAGTTAAACCAGCTGGTGGAGCAACAGATAAACCAAATGATAA
ACCAGCTGGAGGAGCAACAAGTAAGCCAAATGATAAACCAGCTGGAGGAGCAACCGATAA
GCAAGAAGATAAACCGGCTGGAGGAGCAGCAGATAAGCCAGGAGGTAAACCGGCTGGACC
AGCAGATAAGCCAGGAGGCAAATCCCTAGAATATGTGTTATATTTTTTTTTGTAATTGAG
TCTTGTGGCTCAGCTCAAAATAGGAATTCGATTTTTGCCAATATCAATTGCATATTCATA
TTTGAATATACCACGTTCCTAATAACGTTTTAAATG

QA 1 696 1 696
DS 



AS 3 13

CO CL111Contig1 1008 3 8 U
GGATGAAAGCTTTTAGTCCAAACAAAAAAATGGTGGCGAGAAAGAGAGTCAAGTACTCCG
TGGTTGATGCTTTCGCTGACTCTGCCTTCAAGGGGAATCCAGCTGCTGTTTGCTTCCTCG
ATGAAGATGATCAGAGAAACGACGTTTGGCTTCAGTCTCTCGCCGCTGAGTTCAACTTAT
CCGAGACCTGTTTCCTTACTCCGATCACCGTCTCAGATGAACATCAAGATGTCCCTCGCT
TTAGTCTCCGGTGGTTCACTCCAGTTGCTGAGGTGGATCTTTGTGGTCATGCGACTTTAG
CATCTGCTCACGTTATCTTCTCAAACAGTTTGGTTGATTCGGAGGTAGTTGAGTTCGCCA
CAAGGTCAGGGATCCTAACTGCCAAACGTGTTCCACTTACTACAGAGCTCAAAGATGGCG
GAGAAAAAGAATCAACCTTTTTGATCGAATTGGATTTCCCCGTCGTTCCAACTTGTGATA
TCAACTCCGTTGATGATCTGTCTGTGTTCTCCAATGCCGTGAATGGAGCTACCATTGTTG
ATATTAAAGCCACACAGAAAGACGTCCTCGTTGTGCTTTCGTCGTGGGAGTCTGTTACTG
AGTTGCAGCCAAGAATAGATGAGATATCGAAATGCCCTTGCGAAAGATTGATGGTGACCG
CTGCAGCTGCTGCTGAAAGATCTCAATATGATTTCTGTAGTCGCTACTTCGCTCCTAACT
TTGGAATCAACGAGGACCCTGTAACTGGAAGTGCACACTGTGCCTTAGCACATTACTGGA
GCACCAAGATGAACAAGTGTGATTTCTTAGCCTACCAGGCGTCAAGCAGAGGAGGAACGC
TGAATGTTCACCTGGACAAAGAGAAGCAGAGGGTTCTGCTGAGAGGCAAAGCAATCACTG
TTATGGAAAGATGTGTCTTAGTTTGATTTCTTCTTGGCTATATCAAATCAGCCTCTCTGT
AAACCCATGAAATGAAATAAATGTAGCTATCTCTTCTTGGAGATATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL76TF U 1
AF RR3AF74TF U 1
AF RR3AJ73TF U 131
BS 1 46 RR3AF74TF
BS 47 47 RR3EL76TF
BS 48 727 RR3AF74TF
BS 728 728 RR3AJ73TF
BS 729 757 RR3AF74TF
BS 758 758 RR3AJ73TF
BS 759 807 RR3AF74TF
BS 808 1008 RR3AJ73TF

RD RR3EL76TF 401 0 0
GGATGAAAGCT
TTTAGTCCAAACAAAAAAATGGTGGCGAGAAAGAGAGTCAAGTACTCCGTGGTTGATGCT
TTCGCTGACTCTGCCTTCAAGGGGAATCCAGCTGCTGTTTGCTTCCTCGATGAAGATGAT
CAGAGAAACGACGTTTGGCTTCAGTCTCTCGCCGCTGAGTTCAACTTATCCGAGACCTGT
TTCCTTACTCCGATCACCGTCTCAGATGAACATCAAGATGTCCCTCGCTTTAGTCTCCGG
TGGTTCACTCCAGTTGCTGAGGTGGATCTTTGTGGTCATGCGACTTTAGCATCTGCTCAC
GTTATCTTCTCAAACAGTTTGGTTGATTCGGAGGTAGTTGAGTTCGCCACAAGGTCAGGG
ATCCTAACTGCCAAACGTGTTCCACTTACT

QA 12 401 12 401
DS 

RD RR3AF74TF 807 0 0
GGATGAAAGCTTTTAGTCCAAACAAAAAAATGGTGGCGAGAAAGAGGGTCAAGTACTCCG
TGGTTGATGCTTTCGCTGACTCTGCCTTCAAGGGGAATCCAGCTGCTGTTTGCTTCCTCG
ATGAAGATGATCAGAGAAACGACGTTTGGCTTCAGTCTCTCGCCGCTGAGTTCAACTTAT
CCGAGACCTGTTTCCTTACTCCGATCACCGTCTCAGATGAACATCAAGATGTCCCTCGCT
TTAGTCTCCGGTGGTTCACTCCAGTTGCTGAGGTGGATCTTTGTGGTCATGCGACTTTAG
CATCTGCTCACGTTATCTTCTCAAACAGTTTGGTTGATTCGGAGGTAGTTGAGTTCGCCA
CAAGGTCAGGGATCCTAACTGCCAAACGTGTTCCACTTACTACAGAGCTCAAAGATGGCG
GAGAAAAAGAATCAACCTTTTTGATCGAATTGGATTTCCCCGTCGTTCCAACTTGTGATA
TCAACTCCGTTGATGATCTGTCTGTGTTCTCCAATGCCGTGAATGGAGCTACCATTGTTG
ATATTAAAGCCACACAGAAAGACGTCCTCGTTGTGCTTTCGTCGTGGGAGTCTGTTACTG
AGTTGCAGCCAAGAATAGATGAGATATCGAAATGCCCTTGCGAAAGATTGATGGTGACCG
CTGCAGCTGCTGCTGAAAGATCTCAATATGATTTCTGTAGTCGCTACTTCGCTCCTAACT
TTGGAATTAACGAGGACCCTGTAACTGGAAGTGCACATTGTGCCTTAGCACATTACTGGA
GCACCAAGATGAACAAGTGTGATTTCT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3AJ73TF 878 0 0
GC
AGAGAGACGACGCTTGGCTTCAGTCTCTCGCCGCTGAGTTCAACTTATCCGAGACCTGTT
TCCTTACTCCCATCACCGTCTCAGATGAACATCAAGATGTCCCTCGCTTTAGTCTCCGGT
GGTTCACTCCAGTTGCTGAGGTGGATCTGTGCGGTCATGCGACTTTAGCATCTGCTCACG
TTATCTTCTCAAACAGTTTGGTTGATTCTGAGGTAGTTGAGTTCGCCACAAGGTCAGGGA
TCCTAACTGCCAAACGTGTTCCACTTACTACAGAGCTCAAAGATGGCGGAGAAAAAGAAT
CAACCTTTTTGATCGAATTGGATTTCCCCGTCGTTCCAACTTGTGATATCAACTCCGTTG
ATGATCTGTCTGTGTTCTCCAATGCCGTGAATGGAGCTACCATTGTTGATATTAAAGCCA
CAGAGAAAGACGTCCTCGTTGTGCTTTCGTCGTGGGAGTCTGTTACTGAGTTGCAGCCAA
GAATAGATGAGATATCGAAATGCCCTTGCGAAGGATTGATGGTGACCGCTGCAGCTGCTG
CTGAAGGATCTCAATATGATTTCTGTAGTCGCTACTTCGCTCCTAACTTTGGAATCAATG
AGGACCCTGTTACTGGGAGTGCGCACTGTGCCTTAGCACATTACTGGAGCACCAAGATGA
ACAAGTGTGATTTCTTAGCCTACCAGGCGTCAAGCAGAGGAGGAACGCTGAATGTTCACC
TGGACAAAGAGAAGCAGAGGGTTCTGCTGAGAGGCAAAGCAATCACTGTTATGGAAAGAT
GTGTCTTAGTTTGATTTCTTCTTGGCTATATCAAATCAGCCTCTCTGTAAACCCATGAAA
TGAAATAAATGTAGCTATCTCTTCTTGGAGATATGT

QA 3 878 3 878
DS 



CO CL111Contig2 1059 2 8 U
GGAGCTTTAGTCCAAACAAAAAAAATGGTGGCGAGAAAGAGAGTCAAGTACTCAGTGGTT
GATGCTTTCGCTGACTCTGCCTTCAAGGGTAATCCAGCTGCTGTTTGCTTCCTCGACGGT
GATGATCAAAGAGACGACGCTTGGCTTCAGTCTCTCGCCGTTGAGTTCAACTTGTCCGAG
ACCTGTTTCCTTACTCCGATCACCATCTCCGAGAACCAAGCTTTCCCACGCTTTAGTCTC
CGGTGGTTCACTCCAGTCGCTGAGGTGGATCTGTGTGGTCATGCGACGTTAGCATCTGCT
CACGTTATCTTCTCAAACGGTTTGGTTGACTCAGAGGTAGTTGAGTTCGCCACAAGATCT
GGGATCCTAACAGCTAAGCGTGTTGCACTTACTTCAGAGCTCAAAGATGGTGAAGAAAAA
GATATAAGCTTTTCGATTGAATTGGATTTCCCCGTCGTTCCTTGTGATATCAACTCCGTT
GATGATCTGTCTGTGTTCTCCAATGCCGTGAATGGAGCTACCATTGTTGATATTAAAGCC
ACAGAGAAAGACGTCCTCGTTGTGCTTTCGTCGTGGGAGTCTGTTACTGAGTTGCAGCCA
AGAATAGATGAGATATCGAAATACCCTTGCGAAAGATTGATGGTGACTGCTGCTGCTTCT
GCAGGATCTCAATATGATTTCTGTAGTCGCTACTTCGCTCCTAACTTTGGAATTAATGAG
GACCCTGTAACTGGGAGTGCACATCGTGCTTTAGCACATTACTGGAGCACCAAGATGAAC
AAGTGTGATTTCTTAGCCTACCAGGCGTCAAGCAGAGGAGGAACGCTGAATGTTCACCTG
GACAAAGAGAAGCAGAGGGTTCTGCTGAGAGGCAAAGCAATCACTGTTATGGAAGGATGT
GTCTTAGTTTGATTTCTTCTTGGCTATTATCAAATTAGCCTCTTCTTGTAAACCCATGAA
ATGGAAATAAAGGAAGCCTATGTCTTCTCCGAGAGATGTTTGTATCCATAAATATTTGAA
TTTGCTTATGATGATGAGATAGATAACAAGGTTGTCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EU46TF U 1
AF RR3EU46JQ C 371
BS 1 664 RR3EU46TF
BS 665 665 RR3EU46JQ
BS 666 700 RR3EU46TF
BS 701 701 RR3EU46JQ
BS 702 759 RR3EU46TF
BS 760 760 RR3EU46JQ
BS 761 770 RR3EU46TF
BS 771 1059 RR3EU46JQ

RD RR3EU46TF 770 0 0
GGAGCTTTAGTCCAAACAAAAAAAATGGTGGCGAGAAAGAGAGTCAAGTACTCAGTGGTT
GATGCTTTCGCTGACTCTGCCTTCAAGGGTAATCCAGCTGCTGTTTGCTTCCTCGACGGT
GATGATCAAAGAGACGACGCTTGGCTTCAGTCTCTCGCCGTTGAGTTCAACTTGTCCGAG
ACCTGTTTCCTTACTCCGATCACCATCTCCGAGAACCAAGCTTTCCCACGCTTTAGTCTC
CGGTGGTTCACTCCAGTCGCTGAGGTGGATCTGTGTGGTCATGCGACGTTAGCATCTGCT
CACGTTATCTTCTCAAACGGTTTGGTTGACTCAGAGGTAGTTGAGTTCGCCACAAGATCT
GGGATCCTAACAGCTAAGCGTGTTGCACTTACTTCAGAGCTCAAAGATGGTGAAGAAAAA
GATATAAGCTTTTCGATTGAATTGGATTTCCCCGTCGTTCCTTGTGATATCAACTCCGTT
GATGATCTGTCTGTGTTCTCCAATGCCGTGAATGGAGCTACCATTGTTGATATTAAAGCC
ACAGAGAAAGACGTCCTCGTTGTGCTTTCGTCGTGGGAGTCTGTTACTGAGTTGCAGCCA
AGAATAGATGAGATATCGAAATACCCTTGCGAAAGATTGATGGTGACTGCTGCTGCTTCT
GCAG*ATCTCAATATGATTTCTGTAGTCGCTACTTCGCTC*TAACTTTGGAATTAATGAG
GACCCTGTAACTGGGAGTGCACATCGTGCTTTAGCACAT*ACTGGAGCAC

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3EU46JQ 689 0 0
CAGCTAAGCGTGTTGCACTTACTTCAGAGCTCAAAGATGGTGAAGAAAAAGATATAAGCT
TTTCGATTGAATTGGATTTCCCCGTCGTTCCTTGTGATATCAACTCCGTTGATGATCTGT
CTGTGTTCTCCAATGCCGTGAATGGAGCTACCATTGTTGATATTAAAGCCACAGAGAAAG
ACGTCCTCGTTGTGCTTTCGTCGTGGGAGTCTGTTACTGAGTTGCAGCCAAGAATAGATG
AGATATCGAAATACCCTTGCGAAGGATTGATGGTGACTGCTGCTGCTTCTGCAGGATCTC
AATATGATTTCTGTAGTCGCTACTTCGCTCCTAACTTTGGAATTAATGAGGACCCTGTAA
CTGGGAGTGCACATCGTGCTTTAGCACATTACTGGAGCACCAAGATGAACAAGTGTGATT
TCTTAGCCTACCAGGCGTCAAGCAGAGGAGGAACGCTGAATGTTCACCTGGACAAAGAGA
AGCAGAGGGTTCTGCTGAGAGGCAAAGCAATCACTGTTATGGAAGGATGTGTCTTAGTTT
GATTTCTTCTTGGCTATTATCAAATTAGCCTCTTCTTGTAAACCCATGAAATGGAAATAA
AGGAAGCCTATGTCTTCTCCGAGAGATGTTTGTATCCATAAATATTTGAATTTGCTTATG
ATGATGAGATAGATAACAAGGTTGTCTGT

QA 1 689 1 689
DS 



CO CL111Contig3 1062 8 4 U
ACAGTTACAGACAACCTTGTTATCTATCTCATCATCATAAGCAAATTCAAATATTTATGG
ATACAAACATCTCTCGGAGAAGACATAGGCTTCCTTTATTTCATTTCATGGGTTTACAAG
AAGAGGCTGATTTGATAATAGCCAAGAAGAAATCAAACTAAGACACATCCTTCCATAACA
GTGATTGCTTTGCCTCTCAGCAGAACCCTCTGCTTCTCTTTGTCCAGGTGAACATTCAGC
GTTCCTCCTCTGCTTGACGCCTGGTAGGCTAAGAAATCACACTTGTTCATCTTGGTGCTC
CAGTAATGTGCTAAAGCACAATGTGCACTCCCAGTTACAGGGTCCTCATTAATTCCAAAG
TTAGGAGCGAAGTAGCGACTACAGAAATCATATTGAGATCCTTCAGCAGCA***GCAGCG
GTCACCATCAATCCTTCGCAAGGGCATTTCGATATCTCATCTATTCTTGGCTGCAACTCA
GTAACAGACTCCCACGACGAAAGCACAACGAGGACGTCTTTCTGTGTGGCTTTAATATCA
ACAATGGTAGCTCCATTCACGGCATTGGAGAACACAGACTGATCATCAGCGGAGTTGATA
TCACAAGTTGGAACGACGGGGAAATCCAATTCAATCAAAAAGGTTGATTCTTTTCCTCCG
CAATCTTTGAGCTCTGAAGTAAGTGGAACACGTTTAGCTGTTAAGATCCCTGACCTTGTG
GCGAACTCAACTACCTCAGAATCAACCAAACTGTTTGAGAAGATAACGTGAGCAGATGCT
AAAGTCGCATGACCACAAAGATCCACCTCAGCGACTGGAGTGAACCACCGGAGACTAAAG
CGAGGGTGGTCATCGGAGACGGTGATCGGAGTAAGGAAACAGGTCTCGGATAAGTTGAAC
TCAGCGGCGAGAGACTGAAGCCAAGCGTCGTCTCTCTTATCATCATTGTCGAGAAAGCAA
ACAGCAGCTGGATTGCCCTTGAAGGCGGAGTCAGCGAAAGCATCAACGACGGAGTAGTTG
ACTCTCTTTCTCGCCACCATTTTTTTGGATTGGTTGGACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL76JQ U 33
AF RR3GF16JQ U 1
AF RR3DO60JQ U 71
AF RR3AF74JQ U 19
AF RR3B340JQ U 19
AF RR3B340TF C 198
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AF RR3GF16TF C 292
BS 1 823 RR3GF16JQ
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BS 825 857 RR3B340JQ
BS 858 1062 RR3B340TF

RD RR3EL76JQ 483 0 0
GG
TCATAAGCAAATTCAAATATTTATGGATGCAAACATCTCTCGGAGAAGACATAGGCTTCC
TTTATTTCATTTCATGGGTTTACAAGAAGAGGCTGATTTGATAATAGCCAAGAAGAAATC
AAACTAAGACACATCCTTCCATAACAGTGATTGCTTTGCCTCTCAGCAGAACCCTCTGCT
TCTCTTTGTCCAGGTGAACATTCAGCGTTCCTCCTCTGCTTGACGCCTGGTAGGCTAAGA
AATCACACTTGTTCATCTTGGTGCTCCAGTAATGTGCTAAGGCACAATGTACACTTCCAG
TTACAGGGTCCTCGTTAATTCCAAAGTTAGGAGCGAAGTAGCGACTACAGAAATCATATT
GAGATCCTTCAGCAGCAGCTGCAGCGGTCACCATCAATCCTTCGCAAGGGCATTTCGATA
TCTCATCTATTCTTGGCTGCAACTCAGTAACAGACCCCCACGACGAAAGCACAACGAGGA
C

QA 3 483 3 483
DS 

RD RR3GF16JQ 825 0 0
ACAGTTACAGACAACCTTGTTATCTATCTCATCATCATAAGCAAATTCAAATATTTATGG
ATACAAACATCTCTCGGAGAAGACATAGGCTTCCTTTATTTCATTTCATGGGTTTACAAG
AAGAGGCTGATTTGATAATAGCCAAGAAGAAATCAAACTAAGACACATCCTTCCATAACA
GTGATTGCTTTGCCTCTCAGCAGAACCCTCTGCTTCTCTTTGTCCAGGTGAACATTCAGC
GTTCCTCCTCTGCTTGACGCCTGGTAGGCTAAGAAATCACACTTGTTCATCTTGGTGCTC
CAGTAATGTGCTAAAGCACAATGTGCACTCCCAGTTACAGGGTCCTCATTAATTCCAAAG
TTAGGAGCGAAGTAGCGACTACAGAAATCATATTGAGATCCTTCAGCAGCA***GCAGCG
GTCACCATCAATCCTTCGCAAGGGCATTTCGATATCTCATCTATTCTTGGCTGCAACTCA
GTAACAGACTCCCACGACGAAAGCACAACGAGGACGTCTTTCTGTGTGGCTTTAATATCA
ACAATGGTAGCTCCATTCACGGCATTGGAGAACACAGACTGATCATCAGCGGAGTTGATA
TCACAAGTTGGAACGACGGGGAAATCCAATTCAATCAAAAAGGTTGATTCTTTTCCTCCG
CAATCTTTGAGCTCTGAAGTAAGTGGAACACGTTTAGCTGTTAAGATCCCTGACCTTGTG
GCGAACTCAACTACCTCAGAATCAACCAAACTGTTTGAGAAGATAACGTGAGCAGATGCT
AAAGTCGCATGACCACAAAGATCCACCTCAGCGACTGGAGTGA
CC

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR3DO60JQ 751 0 0
CTCTCGGAGAAGACATAGGCTTCCTTTATTTCATTTCATGGGTTTACAAGAAGAGGCTGA
TTTGATAATAGCCAAGAAGAAATCAAACTAAGACACATCCTTCCATAACAGTGATTGCTT
TGCCTCTCAGCAGAACCCTCTGCTTCTCTTTGTCCAGGTGAACATTCAGCGTTCCTCCTC
TGCTTGACGCCTGGTAGGCTAAGAAATCACACTTGTTCATCTTGGTGCTCCAGTAATGTG
CTAAAGCACAATGTGCACTCCCAGTTACAGGGTCCTCATTAATTCCAAAGTTAGGAGCGA
AGTAGCGACTACAGAAATCATATTGAGATCCTTCAGCAGCA***GCAGCGGTCACCATCA
ATCCTTCGCAAGGGCATTTCGATATCTCATCTATTCTTGGCTGCAACTCAGTAACAGACT
CCCACGACGAAAGCACAACGAGGACGTCTTTCTGTGTGGCTTTAATATCAACAATGGTAG
CTCCATTCACGGCATTGGAGAACACAGACTGATCATCAGCGGAGTTGATGTCACAAGTTG
GAACGACGGGGAAATCCAATTCAATCAAAAAGGTTGATTCTTTTCCTCCGCAATCTTTGA
GCTCTGAAGTAAGTGGAGCACGTTTAGCTGTTAAGATCCCTGACCTTGTGGCGAACTCAA
CTACCTCAGAATCAACCAAACTGTTTGAGAAGATAACGTGAGCAGATGCTAAAGTCGCAT
GACCACAAAGATCCACCTCAGCGACTGGAGT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3AF74JQ 806 0 0
GTTATCTATCTCATCGTCATAAGCAAATTCAAATATTTATGGATACAAACATCTCTCGGA
GAAGACATAGGCTTCCTTTATTTCATTTCATGGGTTTACAAGAAGAGGCTGATTTGATAA
TAGCCAAGAAGAAATCAAACTAAGACACATCCTTCCATAACAGTGATTGCTTTGCCTCTC
AGCAGAACCCTCTGCTTCTCTTTGTCCAGGTGAACATTCAGCGTTCCTCCTCTGCTTGAC
GCCTGGTAGGCTAAGAAATCACACTTGTTCATCTTGGTGCTCCAGTAATGTGCTAAGGCA
CAATGTGCACTTCCAGTTACAGGGTCCTCGTTAATTCCAAAGTTAGGAGCGAAGTAGCGA
CTACAGAAATCATATTGAGATCCTTCAGCAGCAGCTGCAGCGGTCACCATCAATCCTTCG
CAAGGGCATTTCGATATCTCATCTATTCTTGGCTGCAACTCAGTAACAGACTCCCACGAC
GAAAGCACAACGAGGACGTCTTTCTGTGTGGCTTTAATATCAACAATGGTAGCTCCATTC
ACGGCATTGGAGAACACAGACAGATCATCAACGGAGTTGATATCACAAGTTGGAACGACG
GGGAAATCCAATTCGATCAAAAAGGTTGATTCTTTTTCTCCGCCATCTTTGAGCTCTGTA
GTAAGTGGAACACGTTTGGCAGTTAGGATCCCTGACCTTGTGGCGAACTCAACTACCTCC
GAATCAACCAAACTGTTTGAGAAGATAACGTGAGCAGATGCTAAAGTCGCATGACCACAA
AGATCCACCTCAGCAACTGGAGTGAA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3B340JQ 839 0 0
GTTATCTATCTCATCATCATAAGCAAATTCAAATATTTATGGATACAAACATCTCTCGGA
GAAGACATAGGCTTCCTTTATTTCATTTCATGGGTTTACAAGAAGAGGCTGATTTGATAA
TAGCCAAGAAGAAATCAAACTAAGACACATCCTTCCATAACAGTGATTGCTTTGCCTCTC
AGCAGAACCCTCTGCTTCTCTTTGTCCAGGTGAACATTCAGCGTTCCTCCTCTGCTTGAC
GCCTGGTAGGCTAAGAAATCACACTTGTTCATCTTGGTGCTCCAGTAATGTGCTAAAGCA
CAATGTGCACTCCCAGTTACAGGGTCCTCATTAATTCCAAAGTTAGGAGCGAAGTAGCGA
CTACAGAAATCATATTGAGATCCTTCAGCAGCA***GCAGCGGTCACCATCAATCCTTCG
CAAGGGCATTTCGATATCTCATCTATTCTTGGCTGCAACTCAGTAACAGACTCCCACGAC
GAAAGCACAACGAGGACGTCTTTCTGTGTGGCTTTAATATCAACAATGGTAGCTCCATTC
ACGGCATTGGAGAACACAGACTGATCATCAGCGGAGTTGATATCACAAGTTGGAACGATG
GGGAAATCCAATTCAATCAAAAAGGTTGATTCTTTTCCTCCGCAATCTTTGAGCTCTGAA
GTAAGTGGAACACGTTTAGCTGTTAAGATCCCTGACCTTGTGGCGAACTCAACTACCTCA
GAATCAACCAAACTGTTTGAGAAGATAACGTGAGCAGATGCTAAAGTCGCATGACCACAA
AGATCCACCTCAGCGACTGGAGTGAACCACCGGAGACTAAAGCGAGGGTGGTCATCGGA

QA 1 839 1 839
DS 

RD RR3B340TF 865 0 0
CAGCAGAACCCTCTGCTTCTCTTTGTCCAGGTGAACATTCAGCGTTCCTCCTCTGCTTGA
CGCCTGGTAGGCTAAGAAATCACACTTGTTCATCTTGGTGCTCCAGTAATGTGCTAAAGC
ACAATGTGCACTCCCAGTTACAGGGTCCTCATTAATTCCAAAGTTAGGAGCGAAGTAGCG
ACTACAGAAATCATATTGAGATCCTTCAGCAGCA***GCAGCGGTCACCATCAATCCTTC
GCAAGGGCATTTCGATATCTCATCTATTCTTGGCTGCAACTCAGTAACAGACTCCCACGA
CGAAAGCACAACGAGGACGTCTTTCTGTGTGGCTTTAATATCAACAATGGTAGCTCCATT
CACGGCATTGGAGAACACAGACTGATCATCAGCGGAGTTGATATCACAAGTTGGAACGAT
GGGGAAATCCAATTCAATCAAAAAGGTTGATTCTTTTCCTCCGCAATCTTTGAGCTCTGA
AGTAAGTGGAACACGTTTAGCTGTTAAGATCCCTGACCTTGTGGCGAACTCAACTACCTC
AGAATCAACCAAACTGTTTGAGAAGATAACGTGAGCAGATGCTAAAGTCGCATGACCACA
AAGATCCACCTCAGCGACTGGAGTGAACCACCGGAGACTAAAGCGAGGGTGGTCATCGGA
GACGGTGATCGGAGTAAGGAAACAGGTCTCGGATAAGTTGAACTCAGCGGCGAGAGACTG
AAGCCAAGCGTCGTCTCTCTTATCATCATTGTCGAGAAAGCAAACAGCAGCTGGATTGCC
CTTGAAGGCGGAGTCAGCGAAAGCATCAACGACGGAGTAGTTGACTCTCTTTCTCGCCAC
CATTTTTTTGGATTGGTTGGACTCC

QA 1 865 1 865
DS 

RD RR3DO60TF 688 0 0
GCGACTACAGAAATCATATTGAGATC*TTCAGCAGCA***GCAGCGGTCACCATCAATC*
TTCGCAAGGGCATTTCGATATCTCATCTATTCTTGGCTGCAACTCAGTAACAGACTCCCA
CGACGAAAGCACAACGAGGACGTCTTTCTGTGTGGCTTTAATATCAACAATGGTAGCTCC
ATTCACGGCATTGGAGAACACAGACTGATCATCAGCGGAGTTGATGTCACAAGTTGGAAC
GACGGGGAAATCCAATTCAATCAAAAAGGTTGATTCTTTTCCTCCGCAATCTTTGAGCTC
TGAAGTAAGTGGAGCACGTTTAGCTGTTAAGATCCCTGACCTTGTGGCGAACTCAACTAC
CTCAGAATCAACCAAACTGTTTGAGAAGATAACGTGAGCAGATGCTAAAGTCGCATGACC
ACAAAGATCCACCTCAGCGACTGGAGTGAACCACCGGAGACTAAAGCGAGGGTGGTCATC
GGAGACGGTGATCGGAGTAAGGAAACAGGTCTCGGATAAGTTGAACTCAGCGGCGAGAGA
CTGAAGCCAAGCGTCGTCTCTCTTATCATCATTGTCGAGAAAGCAAACAGCAGCTGGATT
GCCCTTGAAGGCGGAGTCAGCGAAAGCATCAACGACGGAGTAGTTGACTCTCTTTCTCGC
CACCATTTTTTTG
GATTGGTTGGACTCC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3GF16TF 766 0 0
C
TGGTGCTCCAGTAATGTGCTAAAGCACAATGTGCACTCCCAGTTACAGGGTC*TCATTAA
TTCCAAAGTTAGGAGCGAAGTAGCGACTACAGAAATCATATTGAGATC*TTCAGCAGCA*
**GCAGCGGTCACCATCAATCTTTCGCAAGGGCATTTCGATATCTCATCTATTCTTGGCT
GCAACTCAGTAACAGACTCCCACGACGAAAGCACAACGAGGACGTCTTTCTGTGTGGCTT
TAATATCAACAATGGTAGCTCCATTCACGGCATTGGAGAACACAGACTGATCATCAGCGG
AGTTGATATCACAAGTTGGAACGACGGGGAAATCCAATTCAATCAAAAAGGTTGATTCTT
TTCCTCCGCAATCTTTGAGCTCTGAAGTAAGTGGAACACGTTTAGCTGTTAAGATCCCTG
ACCTTGTGGCGAACTCAACTACCTCAGAATCAACCAAACTGTTTGAGAAGATAACGTGAG
CAGATGCTAAAGTCGCATGACCACAAAGATCCACCTCAGCGACTGGAGTGAACCACCGGA
GACTAAAGCGAGGGTGGTCATCGGAGACGGTGATCGGAGTAAGGAAACAGGTCTCGGATA
AGTTGAACTCAGCGGCGAGAGACTGAAGCCAAGCGTCGTCTCTCTTATCATCATTGTCGA
GAAAGCAAACAGCAGCTGGATTGCCCTTGAAGGCGGAGTCAGCGAAAGCATCAACGACGG
AGTAGTTGACTCTCTTTCTCGCCACCATTTTTTTG
GATTGGTTCC

QA 2 756 2 756
DS 



AS 1 11

CO CL112Contig1 1269 11 40 U
CTGTGTTCGAATATAAAG*TTTATTACTATTAAATTTTGAAGAGCACAAATACATA*TAA
ACTCAGGAACTACAATTATACATTCCGAATCATAATAATAACAGTAAAATAAAAAATGGA
GCAGAACAACATCAAACAGTTGAGTCTT*TTTCACTTCC*AGTTATTGGCAACAATGTCA
GCCAAATCAACGACTCTCTGCGAGTAACCCCATTCGTTATCATACCAAGCAATCACTTTA
ACCATATCATCTCCCATAACCATGGTCAGAGAAGAATCAATCGTGGACGACACGTCAGAG
CACCTGAAGTCGACAGAGACAAGAGGCTCGTCGCAGACATCGAGTATACCTTTAAGCTCT
TTCTCAGCCGCATCCCTGAAGGCAGCGTTGACTTCCTCAGCGAAAGTCTTCTTCGAGACC
TGCACGACCAAGTCGACCACCGAGACGTTGGGAGTCGGCACACGCAGCGCGATTCCATTG
AGTTTTCCTTTCAGGTTAGGGAGCACCAGCGCCACGGCTTTAGCTGCTCCTGTAGATGTC
GGAACGATGTTTAGAGCCGCTGCTCTTGCTCTCCTCAGATCACGGTGGCTAGCATCCAAC
AGCCTCTGGTCGCCAGTGTAGGAGTGAGTGGTTGTCATTGTACCCTTTATGATCCCGAAC
TTCTGGTCAAGAACCTTGACGAATGGAGCGAGACAGTTGGTAGTACAAGAAGCATTGCTG
ATGATTGTGTCTTCATGGCTGTAAAGTTCAGCATTGACACCAACCACATAAGTTGGAATA
TCACCTTTACCAGGTGCAGTGATGAGAACCTTCTTGGCTCCTGCTTGAATGTGCTTACCA
GCACCTTCTCTGTCTACAAACACTCCTGTTCCTTCGATGACCAAGTCAATGCCTAGTTCC
CCCCAGGGGAGGTTGGATGGGTTGCGGTCAGAGACAATCTTGATGATCTTTCCATCAACA
GAGAGAGCAGAGTCTCCTGAAGGCTTGACGTCAGCATCGAAGATTCCAAGAGTTGAGTCG
TATTTGAGGAGATGCGTCGCTTGTTTAACACCGCCAGTGTCGTTAATGGCAATGACATCA
AGAGGAGAGTCTTTACGACCATGCCAACATCTCAAGAAGTTCCTACCGATCCTACCGAAT
CCATTGATGGCTACCTTTAGCTTGGCCTCGGTCACTCCTTTCCTGTATCCTCCATTGCTT
CCCATTGCAGAAGTCTGGAAACTGACGAAGGAAACAAACTCATCAGAAGAAGTTTTCTTG
CCCAAGGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 45 45 45 45 45 45 45 50 0 50 50 50 50 50 10 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 45 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 45 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 45 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 10 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3F265JQ U 7
AF RR3F265TF C 7
AF RR3BG14TF C 15
AF RR3ES10JQ U 5
AF RR3AT14JQ U 1
AF RR3AT14TF C 1
AF RR3EN02JQ U 8
AF RR3H132JQ U 8
AF RR3BG14JQ U 24
AF RR3H313JQ U 115
AF RR3ES10TF C 678
BS 1 18 RR3AT14JQ
BS 19 19 RR3F265JQ
BS 20 22 RR3AT14JQ
BS 23 23 RR3F265JQ
BS 24 34 RR3AT14JQ
BS 35 35 RR3F265JQ
BS 36 130 RR3AT14JQ
BS 131 131 RR3EN02JQ
BS 132 148 RR3AT14JQ
BS 149 149 RR3F265JQ
BS 150 281 RR3AT14JQ
BS 282 282 RR3F265JQ
BS 283 293 RR3AT14JQ
BS 294 294 RR3F265JQ
BS 295 329 RR3AT14JQ
BS 330 330 RR3F265JQ
BS 331 380 RR3AT14JQ
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BS 382 417 RR3AT14JQ
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BS 478 506 RR3AT14JQ
BS 507 507 RR3F265JQ
BS 508 524 RR3AT14JQ
BS 525 525 RR3F265JQ
BS 526 573 RR3AT14JQ
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BS 575 596 RR3AT14JQ
BS 597 597 RR3H132JQ
BS 598 598 RR3AT14JQ
BS 599 599 RR3H132JQ
BS 600 620 RR3AT14JQ
BS 621 621 RR3BG14JQ
BS 622 734 RR3AT14JQ
BS 735 767 RR3EN02JQ
BS 768 821 RR3H313JQ
BS 822 1269 RR3ES10TF

RD RR3F265JQ 525 0 0
C
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AACTACAATTATACATTCCGAATCATAATAATAACAGTAAAATAAAAAATGGAGCAGAAC
AACATCAAACAGTTGAGTCTT*TTTCACTTCC*AGTTATTGGCAACAATGTCAGCCAAAT
CAACGACTCTCTGCGAGTAACCCCATTCGTTATCATACCAAGCAATCACTTTAACCATAT
CATCTCCCATAACCATGGTCAGAGAAGAATCAATCGTGGACGACACGTCAGAGCACCTGA
AGTCGACAGAGACAAGAGGCTCGTCGCAAACATCGAGTATACCTTTAAGCTCTTTCTCAG
CCGCATCCCTGAAGGCAGCGTTGACTTCCTCAGCGAAAGTCTTCTTCGAGACCTGCACGA
CCAAGTCGACCACCGAGACGTTGGGAGTCGGCACACGCAGCGCGATTCCATTGAGTTTTC
CTTTCAGGTTAGGGAGCACCAGCGCCACGGCTTTAGCTGCTCC
C

QA 2 524 2 524
DS 

RD RR3F265TF 525 0 0
C
CGAATATAGAG*TTTATTACTATTAAATTTTGAAGAGCACAAATACATA*TAAACTCAGG
AACTACAATTATACATTCCGAATCATAATAATAACAGTAAAATAAAAAATGGAGCAGAAC
AACATCAAACAGTTGAGTCTT*TTTCACTTCC*AGTTATTGGCAACAATGTCAGCCAAAT
CAACGACTCTCTGCGAGTAACCCCATTCGTTATCATACCAAGCAATCACTTTAACCATAT
CATCTCCCATAACCATGGTCAGAGAAGAATCAATCGTGGACGACACGTCAGAGCACCTGA
AGTCGACAGAGACAAGAGGCTCGTCGCAGACATCGAGTATACCTTTAAGCTCTTTCTCAG
CCGCATCCCTGAAGGCAGCGTTGACTTCCTCAGCGAAAGTCTTCTTCGAGACCTGCACGA
CCAAGTCGACCACCGAGACGTTGGGAGTCGGCACACGCAGCGCGATTCCATTGAGTTTTC
CTTTCAGGTTAGGGAGCACCAGCGCCACGGCTTTAGCTGCTCC
C

QA 2 524 2 524
DS 

RD RR3BG14TF 697 0 0
AGAG*TTTATTACTATTAAATTTTGAAGAGCACAAATACATA*TAAACTCAGGAACTACA
ATTATACATTCCGAATCATAATAATAACAGTAAAATAAAAAATGGAGCAGAACAACATCA
AACAGTTGAGTCTT*TTTCACTTCCCAGTTATTGGCAACAATGTCAGCCAAATCAACGAC
TCTCTGCGAGTAACCCCATTCGTTATCATACCAAGCAATCACTTTAACCATATCATCTCC
CATAACCATGGTCAGAGAAGAATCAATCGTGGACGACACGTCAGAGCACCTGAAGTCGAC
AGAGACAAGAGGCTCGTCGCAGACATCGAGTATACCTTTAAGCTCTTTCTCAGCCGCATC
CCTGAAGGCAGCGTTGACTTCCTCAGCGAAAGTCTTCTTCGAGACCTGCACGACCAAGTC
GACCACCGAGACGTTGGGAGTCGGCACACGCAGCGCGATTCCATTGAGTTTTCCTTTCAG
GTTAGGGAGCACCAGCGCCACGGCTTTAGCTGCTCCTGTAGATGTGGGAACGATGTTTAG
AGCCGCTGCTCTTGCTCTCCTCAGATCACGGTGGCTAGCATCCAACAGCCTCTGGTCGCC
AGTGTAGGAGTGAGTGGTTGTCATTGTACCCTTTATGATCCCGAACTTCTGGTCAAGAAC
CTTGACGAATGGAGCGAGACAGTTGGTAGTACAAGAA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3ES10JQ 704 0 0
GTC
CGAATATAGAG*TTTATTACTATTAAATTTTGAAGAGCACAAATACATA*TAAACTCAGG
AACTACAATTATACATTCCGAATCATAATAATAACAGTAAAATAAAAAATGGAGCAGAAC
AACATCAAACAGTTGAGTCTT*TTTTTCTTCC*AGTTATTGGCAACAATGTCAGCCAAAT
CAACGACTCTCTGCGAGTAACCCCATTCGTTATCATACCAAGCAATCTCTTTAACCATAT
CATCTCCCATAACCATGGTCAGAGAAGAATCAATCGTGGACGACACGTCAGAGCACCTGA
AGTCGACAGAGACAAGAGGCTCGTCGCAGACATCGAGTATACCTTTAAGCTCTTTCTCAG
CCGCATCCCTGAAGGCAGCGTTGACTTCCTCAGCGAAAGTCTTCTTCGAGACCTGCACGA
CCAAGTCGACCACCGAGACGTTGGGAGTCGGCACACGCAGCGCGATTCCATTGAGTTTTC
CTTTCAGGTTAGGGAGCACCAGCGCCACGGCTTTAGCTGCTCCTGTAGATGTGGGAACGA
TGTTTAGAGCCGCTGCTCTTGCTCTCCTCAGATCACGGTGGCTAGCATCCAACAGCCTCT
GGTCGCCAGTGTAGGAGTGAGTGGTTGTCATTGTACCCTTTATGATCCCGAACTTCTGGT
CAAGAACCTTGACGAATGGAGCGAGACAGTTGGTAGTACAA

QA 4 704 4 704
DS 

RD RR3AT14JQ 735 0 0
CTGTGTTCGAATATAAAGCTTTTTTACTATTAAAATTTGAAGAGCACAAATACATA*TAA
ACTCAGGAACTACAATTATACATTCCGAATCATAATAATAACAGTAAAATAAAAAATGGA
GCAGAACAACGTCAAACAGTTGAGTCTTCTTTCACTTCC*AGTTATTGGCAACAATGTCA
GCCAAATCAACGACTCTCTGCGAGTAACCCCATTCGTTATCATACCAAGCAATCACTTTA
ACCATATCATCTCCCATAACCATGGTCAGAGAAGAATCAATGGTGGACGACACATCAGAG
CACCTGAAGTCGACAGAGACAAGAGGCTCATCGCAGACATCGAGTATACCTTTAAGCTCT
TTCTCAGCCGCATCCCTGAAAGCAGCGTTGACTTCCTCAGCGAAAGTCTTCTTCGAGGCC
TGCACGACCAAGTCGACCACCGAGACGTTGGGAGTCGGCACACGCAGCGCGATCCCGTTG
AGTTTTCCTTTCAGGTTAGGGAGCACTAGCGCCACGGCTTTAGCCGCTCCTGTAGATGTC
GGAACGATGTTTAGAGCCGCTGCTCTTGCTCTCTTCAGATCACGGTGGCTAGCATCTAGC
AGCCTCTGGTCGCCAGTGTAAGAGTGAGTGGTTGTCATTGTACCCTTTATGATCCCGAAC
TTCTGGTCAAGAACCTTGACGAATGGAGCGAGACAGTTGGTAGTACAAGAAGCATTGCTG
ATGATTGTGTCTTC
C

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3AT14TF 735 0 0
CTGTGTT
CGAATATAAAGCTTTTTTACTATTAAAATTTGAAGAGCACAAATACATA*TAAACTCAGG
AACTACAATTATACATTCCGAATCATAATAATAACAGTAAAATAAAAAATGGAGCAGAAC
AACGTCAAACAGTTGAGTCTTCTTTCACTTCC*AGTTATTGGCAACAATGTCAGCCAAAT
CAACGACTCTCTGCGAGTAACCCCATTCGTTATCATACCAAGCAATCACTTTAACCATAT
CATCTCCCATAACCATGGTCAGAGAAGAATCAATGGTGGACGACACATCAGAGCACCTGA
AGTCGACAGAGACAAGAGGCTCATCGCAGACATCGAGTATACCTTTAAGCTCTTTCTCAG
CCGCATCCCTGAAAGCAGCGTTGACTTCCTCAGCGAAAGTCTTCTTCGAGGCCTGCACGA
CCAAGTCGACCACCGAGACGTTGGGAGTCGGCACACGCAGCGCGATCCCGTTGAGTTTTC
CTTTCAGGTTAGGGAGCACTAGCGCCACGGCTTTAGCCGCTCCTGTAGATGTCGGAACGA
TGTTTAGAGCCGCTGCTCTTGCTCTCTTCAGATCACGGTGGCTAGCATCTAGCAGCCTCT
GGTCGCCAGTGTAAGAGTGAGTGGTTGTCATTGTACCCTTTATGATCCCGAACTTCTGGT
CAAGAACCTTGACGAATGGAGCGAGACAGTTGGTAGTACAAGAAGCATTGCTGATGATTG
TGTCTTC
C

QA 8 734 8 734
DS 

RD RR3EN02JQ 760 0 0
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AACTACAATTATACATTCCGAATCATAATAATAACAGTAAAATAAAAAATGGAGCAGAAC
AACATCAAACAGTTGAGTCTTCTTTCACTTCC*AGTTATTGGCAACAATGTCAGCCAAAT
CAACGACTCTCTGCGAGTAACCCCATTCGTTATCATACCAAGCAATCACTTTAACCATAT
CATCTCCCATAACCATGGTCAGAGAAGAATCAATGGTGGACGACACATCAGAGCACCTGA
AGTCGACAGAGACAAGAGGCTCATCGCAGACATCGAGTATACCTTTAAGCTCTTTCTCAG
CCGCATCCCTGAAAGCAGCGTTGACTTCCTCAGCGAAAGTCTTCTTCGAGACCTGCACGA
CCAAGTCGACCACCGAGACGTTGGGAGTCGGCACACGCAGCGCGATCCCGTTGAGTTTTC
CTTTCAGGTTAGGGAGCACTAGCGCCACGGCTTTAGCCGCTCCTGTAGATGTCGGAACGA
TGTTTAGAGCCGCTGCTCTTGCTCTCCTCAGATCACGGTGGCTAGCATCTAGCAGCCTCT
GGTCGCCAGTGTAAGAGTGAGTGGTTGTCATTGTACCCTTTATGATCCCGAACTTCTGGT
CAAGAACCTCGACGAATGGAGCGAGACAGTTGGTAGTACAAGAAGCATTGCTGATGATTG
TGTCTTCATGGCTGTAAAGTTCAGCATTGACACCAACCAC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3H132JQ 729 0 0
CGAATATAAAG*TTTATTACTATTAAAATT*GAAGAGCACAAATACATAATAAACTCAGG
AACTACAATTATACATTCCGAATCATAATAATAACAGTAAAATAAAAAATGGAGCAGAAC
AACATCAAACAGTTGAATCTT*GTTCACTTCC*AGTTATTGGCAACAATGTCAGCCAAAT
CAACGACTCTCTGCGAGTAACCCCATTCGTTATCATACCAAGCAATCACTTTAACCATAT
CATCTCCCATAACCATGGTCAGAGAAGAATCAATGGTGGATGACAAGTCAGAGCACCTGA
AGTCGACAGATACAAGAGGCTCATCGCAGACATCGAGTATACCTTTAAGCTCTTTCTCAG
CCGCATCCCTGAAAGCAGCGTTGACTTCCTCAGCGAAAGTCTTCTTCGAGACCTGGACGA
CCAAGTCGACCACCGAGACGTTGGGAGTCGGCACACGCAGCGCGATTCCGTTGAGTTTTC
CTTTGAGGTTAGGGAGCACCAGCGCTACGGCTTTAGCTGCTCCTGTAGATGTCGGAACGA
TGTTTAGAGCCGCTGCTCTTGCTCTCCTTAGATCACGGTGGCTAGCATCCAACAGCCTCT
GGTCGCCAGTGTATGAGTGAGTAGTTGTCATTGTACCCTTTATGATCCCGAACTTCTGGT
CAAGAACCTTGACGAATGGAGCGAGACAGTTGGTAGTACAAGAAGCATTGCTGATGATTG
TGTCTTCAT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3BG14JQ 709 0 0
TTACTATTAAATTTTGAAGAGCACAAATACATA*TAAACTCAGGAACTACAATTATACAT
TCCGAATCATAATAATAACAGTAAAATAAAAAATGGAGCAGAACAACATCAAACAGTTGA
GTCTT*TTTCACTTCC*AGTTATTGGCAACAATGTCAGCCAAATCAACGACTCTCTGCGA
GTAACCCCATTCGTTATCATACCAAGCAATCACTTTAACCATATCATCTCCCATAACCAT
GGTCAGAGAAGAATCAATCGTGGACGACACGTCAGAGCACCTGAAGTCGACAGAGACAAG
AGGCTCGTCGCAGACATCGAGTATACCTTTAAGCTCTTTCTCAGCCGCATCCCTGAAGGC
AGCGTTGACTTCCTCAGCGAAAGTCTTCTTCGAGACCTGCACGACCAAGTCGACCACCGA
GACGTTGGGAGTCGGCACACGCAGCGCGATTCCATTGAGTTTTCCTTTCAGGTTAGGGAG
CACCAGCGCCACGGCTTTAGCTGCTCCTGTAGATGTGGGAACGATGTTTAGAGCCGCTGC
TCTTGCTCTCCTCAAATCACGGTGGCTAGCATCCAACAGCCTCTGGTCGCCAGTGTAGGA
GTGAGTGGTTGTCATTGTACCCTTTATGATCCCGAACTTCTGGTCAAGAACCTTGACGAA
TGGAGCGAGACAGTTGGTAGTACAAGAAGCATTGCTGATGATTGTGTC
C

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3H313JQ 707 0 0
G
ATGGAGCAGAACAACATCAAACAGTTGAGTCTT*TTTCACTTCC*AGTTATTGGCAACAA
TGTCAGCCAAATCAACGACTCTCTGCGAGTAACCCCATTCGTTATCATACCAAGCAATCA
CTTTAACCATATCATCTCCCATAACCATGGTCAGAGAAGAATCAATCGTGGACGACACGT
CAGAGCACCTGAAGTCGACAGAGACAAGAGGCTCGTCGCAGACATCGAGTATACCTTTAA
GCTCTTTCTCAGCCGCATCCCTGAAGGCAGCGTTGACTTCCTCAGCGAAAGTCTTCTTCG
AGACCTGCACGACCAAGTCGACCACCGAGACGTTGGGAGTCGGCACACGCAGCGCGATTC
CATTGAGTTTTCCTTTCAGGTTAGGGAGCACCAGCGCCACGGCTTTAGCTGCTCCTGTAG
ATGTGGGAACGATGTTTAGAGCCGCTGCTCTTGCTCTCCTCAGATCACGGTGGCTAGCAT
CCAACAGCCTCTGGTCGCCAGTGTAGGAGTGAGTGGTTGTCATTGTACCCTTTATGATCC
CGAACTTCTGGTCAAGAACCTTGACGAATGGAGCGAGACAGTTGGTAGTACAAGAAGCAT
TGCTGATGATTGTGTCTTCATGGCTGTAAAGTTCAGCATTGACACCAACCACATAAGTTG
GAATATCACCTTTACCAGGTGCAGTGATGAGAACCTTCTTGGCTCC

QA 2 707 2 707
DS 

RD RR3ES10TF 592 0 0
GACGAATGGAGCGAGACAGTTGGTAGTACA*GAAGCATTGCTGATGATTGTGTCTTCATG
GCTGTAAAGTTCAGCATTGACACCAACCACATAAGT*GGAATATCACCTTTACCAGGTGC
AGTGATGAGAAC*TTCTTGGCTCCTGCTTGAATGTGCTTACCAGCACCTTCTCTGTCTAC
AAACACTCCTGTTCCTTCGATGACCAAGTCAATGCCTAGTTCCCCCCAGGGGAGGTTGGA
TGGGTTGCGGTCAGAGACAATCTTGATGATCTTTCCATCAACAGAGAGAGCAGAGTCTCC
TGAAGGCTTGACGTCAGCATCGAAGATTCCAAGAGTTGAGTCGTATTTGAGGAGATGCGT
CGCTTGTTTAACACCGCCAGTGTCGTTAATGGCAATGACATCAAGAGGAGAGTCTTTACG
ACCATGCCAACATCTCAAGAAGTTCCTACCGATCCTACCGAATCCATTGATGGCTACCTT
TAGCTTGGCCTCGGTCACTCCTTTCCTGTATCCTCCATTGCTTCCCATTGCAGAAGTCTG
GAAACTGACGAAGGAAACAAACTCATCAGAAGAAGTTTTCTTGCCCAAGGGA

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 13

CO CL113Contig1 992 13 10 U
GAGACCAAGGAAGAACCGATCCCCATAACCACTACCACATATACAAGAAAACAAAACACA
AGACTATCAATCAATCTCCACTCTTCGTCAATGGCTTCTCTGAAGCTTTCACCTTCTTCG
CCAATCTCTATCCCTAAGAGCAGTGGATGTGTTGGTAGGAGAGGAGTTTCATTTCTTGTC
CGGGCTGAGCAGTCTCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGACGT
GTGGTGGTAACGTTAGGTGTTGTTGCTCCTTGGATCTCATTGCTTAGTAAAGCTCCATCA
TCATTTGCTGCAGAAAGCAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGATGCATAT
GCCTTTGTATATCCCTTTGGGTGGCAGGAAGTTGTGATTGAAGGTCAAGACAAGGTATAC
AAAGATGTGATTGAGCCTTTAGAAAGCGTTAGTGTCAATTTGATCCCTACTAGCAAACAG
ACTATCAAAGATTTCGGCCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAGTTTTG
GCACCACCAAATCAGAAGACTACTCTTATTGATGCATCAGAGCATGAAGTTGATGGGAAG
ACTTATTATCAGTTTGAGTTCACTGCTCAGGCTAGGAACTACACTCGCCATGCTTTGGGC
GTAATTACAGTTTTTAATGGAAAATTCTACACATTGACAACTGGGGCTAATGAGAGGAGG
TGGGAGAAGATGAAAGATAGGCTTCACACTGTGATAGATTCTTTCAAGATCACTGTTTGA
AAAAAATATCAAGTTTGGTTTGGTCACTTTATGTTTTGAAAAAGCCTGAGTTGTATTTTT
TGTTCATTCTTCCTCTCTCT**TTCCCTTAACATTATTCTTCTCCATTAAGAGAGATTCA
ATACTCTGACTTCTTCACATTATCTCCCATTATATAACTGATAGTCCGATGGGAATGATA
TTCTCACTTGTGGTGGCACCGTTCTCTCCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 40 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 45 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
50 50 50 50 35 10 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY22TF U 71
AF RR3DF55TF U 1
AF RR3AN14TF U 57
AF RR3CK75TF U 71
AF RR3GR60TF U 71
AF RR3A449TF U 56
AF RR3GX40TF U 73
AF RR3AL56TF U 67
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AF RR3GX40JQ C 138
AF RR3A449JQ C 212
AF RR3AL56JQ C 176
AF RR3CK75JQ C 202
BS 1 630 RR3DF55TF
BS 631 784 RR3A449TF
BS 785 786 RR3AL56TF
BS 787 820 RR3A449TF
BS 821 875 RR3AL56TF
BS 876 892 RR3B473TF
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BS 894 900 RR3B473TF
BS 901 910 RR3GX40JQ
BS 911 992 RR3CK75JQ

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GG
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TCTCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGACGTGTGGTGGTAACG
TTGGGTGTTGTTGCTCCTTGGATCTCATTGCTTAATAAAGC

QA 3 223 3 223
DS 

RD RR3DF55TF 632 0 0
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AGACTATCAATCAATCTCCACTCTTCGTCAATGGCTTCTCTGAAGCTTTCACCTTCTTCG
CCAATCTCTATCCCTAAGAGCAGTGGATGTGTTGGTAGGAGAGGAGTTTCATTTCTTGTC
CGGGCTGAGCAGTCTCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGACGT
GTGGTGGTAACGTTAGGTGTTGTTGCTCCTTGGATCTCATTGCTTAGTAAAGCTCCATCA
TCATTTGCTGCAGAAAGCAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGATGCATAT
GCCTTTGTATATCCCTTTGGGTGGCAGGAAGTTGTGATTGAAGGTCAAGACAAGGTATAC
AAAGATGTGATTGAGCCTTTAGAAAGCGTTAGTGTCAATTTGATCCCTACTAGCAAACAG
ACTATCAAAGATTTCGGCCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAGTTTTG
GCACCACCAAATCAGAAGACTACTCTTATTGATGCATCAGAGCATGAAGTTGATGGGAAG
ACTTATTATCAGTTTGAGTTCACTGCTCAG
CT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3AN14TF 635 0 0
G
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GTCCGGGCTGAGCAGTCTCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGA
CGTGTGGTGGTAACGTTAGGTGTTGTTGCTCCTTGGATCTCATTGCTTAGTAAAGCTCCA
TCATCATTTGCTGCAGAAAGCAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGATGCA
TATGCCTTTGTATATCCCTTTGGGTGGCAGGAAGTTGTGATTGAAGGTCAAGACAAGGTA
TACAAAGATGTGATTGAGCCTTTAGAAAGCGTTAGTGTCAATTTGATCCCTACTAGCAAA
CAGACTATCAAAGATTTCGGCCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAGTT
TTGGCACCACCAAATCAGAAGACTACTCTTATTGATGCATCAGAGCATGAAGTTGATGGG
AAGACTTATTATCAGTTTGAGTTCACTGCTCAGGCTAGGAACTACACTCGCCATGCTTTG
GGCGTAATTACAGTTTTTAATG
TTTGTGTTGTGC

QA 2 623 2 623
DS 

RD RR3CK75TF 642 0 0
GG
AATCTCCACTCTTCGTCAATGGCTTCTCTGAAGCTTTCACCTTCTTCGCCAATCTCTATC
CCTAAGAGCAGTGGATGTGTTGGTAGGAGAGGAGTTTCATTTCTTGTCCGGGCTGAGCAG
TCTCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGACGTGTGGTGGTAACG
TTAGGTGTTGTTGCTCCTTGGATCTCATTGCTTAGTAAAGCTCCATCATCATTTGCTGCA
GAAAGCAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGACGCATATGCCTTTGTATAT
CCCTTTGGGTGGCAGGAAGTTGTGATTGAAGGTCAAGACAAGGTATACAAAGATGTGATT
GAGCCTTTAGAAAGCGTTAGTGTCAATTTGATCCCTACTAGCAAACAGACTATCAAAGAT
TTCGGCCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAGTTTTGGCACCACCAAAT
CAGAAGACTACTCTTATTGATGCATCAGAGCATGAAGTTGATGGGAAGACTTATTATCAG
TTTGAGTTCACTGCTCAGGCTAGGAACTACACTCGCCATGCTTTGGGCGTAATTACAGTT
TTTAATGGAAAATTCTACACATTGACAACTGGGGCTAATG

QA 3 642 3 642
DS 

RD RR3GR60TF 710 0 0
GG
AATCTCCACTCTTCGTCAATGGCTTCTCTGAAGCTTTCACCTTCTTCGCCAATCTCTATC
CCTAAGAGCAGTGGATATGTTGGTAGGAGAGGAGTTTCATTTCTTGTCCGGGCTGAGTAG
TCTCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGACGTGTGGTGGTAACG
TTGGGTGTTGTTGCTCCTTGGATCTCATTGCTTAGTAAAGCTCCATCATCATTTGCTGCA
GAAAGCAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGATGCATATGCCTTTGTATAT
CCCTTTGGGTGGCAGGAAGTTGTGATTGAAGGTCAAGACAAGGTATACAAAGATGTGATT
GAGCCGTTAGAAAGCGTTAGTGTCAATTTGATCCCTACTAGCAAACAGACTATCAAAGAT
TTCGGCCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAGTTTTGGCACCACCTAAT
CAGAAGACAACTCTTATTGATGCATCAGAGCATGAAGTTGATGGGAAGACTTATTATCAG
TTTGAGTTCACTGCTCAGGCTAGGAACTACACCCGCCATGCTTTGGGCGTAATTACAGTT
TTTAATGGAAAATTCTACACATTGACAACTGGGGCTAATGAGAGGAGGTGGGAGAAGATG
AAAGATAGGCTTCACACTGTGATAGATTCTTTCAAGATCACTGTTTGA

QA 3 710 3 710
DS 

RD RR3A449TF 765 0 0
GG
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TCGCCAATCTCTATCCCTAAGAGCAGTGGATGTGTTGGTAGGAGAGGAGTTTCATTTCTT
GTCCGGGCTGAGCAGTCTCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGA
CGTGTGGTGGTAACGTTAGGTGTTGTTGCTCCATGGATCTCATTGCTTAGTAAAGCTCCA
TCATCATTTGCTGCAGAAAGCAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGATGCA
TATGCCTTTGTATATCCCTTTGGGTGGCAGGAAGTTGTGATTGAAG*TCAAGACAAGGTA
TACAAAGATGTGATTGAGCCTTTAGAAAGCGTTAGTGTCAATTTGATCCCTACTAGCAAA
CAGACTATCAAAGATTTCGGCCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAGTT
TTGGCACCACCAAATCAGAAGACTACTCTTATTGATGCATCAGAGCATGAAGTTGATGGG
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GGCGTAATTACAGTTTTTAATGGAAAATTCTACACATTGACAACTGGGGCTAATGAGAGG
AGGTGGGAGAAGATGAAAGATAGGCTTCACACTGTGATAGATTCTTTCAAGATCACTGTT
TGAAAAA**TATCAAGTTTGGTTTGGTCACTTTATGTTTTGAA

QA 3 765 3 765
DS 

RD RR3GX40TF 746 0 0
GG
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TAAGAGCAGTGGATGTGTTGGTAGGAGAGGAGTTTCATTTCTTGTCCGGGCTGAGCAGTC
TCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGACGTGTGGTGGTAACGTT
AGGTGTTGTTGCTCCTTGGATCTCATTGCTTAGTAAAGCTCCATCATCATTTGCTGCAGA
AAGCAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGATGCATATGCCTTTGTATATCC
CTTTGGGTGGCAGGAAGTTGTGATTGAAGGTCAAGACAAGGTATACAAAGATGTGATTGA
GCCTTTAGAAAGCGTTAGTGTCAATTTGATCCCTACTAGCAAACAGACTATCAAAGATTT
CGGCCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAGTTTTGGCACCACCAAATCA
GAAGACTACTCTTATTGATGCATCAGAGCATGAAGTTGATGGGAAGACTTATTATCAGTT
TGAGTTCACTGCTCAGGCTAGGAACTACACTCGCCATGCTTTGGGCGTAATTACAGTTTT
TAATGGAAA*TTCTACACATTGACAACTGGGGCTA*TGAGAGGAGGTGGGAGAAGATGAA
AGATAG*CTTCACACTGTGATAGAT*CTTTCAAGATCACTGTTTGAAAAAA*TATCAAGT
TTGGTT*GGTCACTTTATGTTT
GA

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR3AL56TF 809 0 0
GG
AATCAATCTCCACTCTTCGTCAATGGCTTCTCTGAAGCTTTCACCTTCTTCGCCAATCTC
TATCCCTAAGAGCAGTGGATGTGTTGGTAGGAGAGGAGTTTCATTTCTTGTCCGGGCTGA
GCAGTCTCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGACGTGTGGTGGT
AACGTTAGGTGTTGTTGCTCCTTGGATCTCATTGCTTAGTAAAGCTCCATCATCATTTGC
CGCAGAAAGCAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGATGCATATGCCTTTGT
ATATCCCTTTGGGTGGCAGGAAGTTGTGATTGAAGGTCAAGACAAGGTATACAAAGATGT
GATTGAGCCTTTAGAAAGCGTTAGTGTCAATTTGATCCCTACTAGCAAACAGACTATCAA
AGATTTCGGCCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAGTTTTGGCACCACC
AAATCAGAAGACTACTCTTATTGATGCATCAGAGCATGAAGTTGATGGGAAGACTTATTA
TCAGTTTGAGTTCACTGCTCAGGCTAGGAACTACACTCGCCATGCTTTGGGCGTAATTAC
AGTTTTTAATGGAAAATTCTACACATTGACAACTGGGGCTAATGAGAGGAGGTGGGAGAA
GATGAAAGATAGGCTTCACACTGTGATAGATTCTTTCAAGATCACTGTTTGAAAAAAATA
TCAAGTTTGGTTTGGTCACTTTATGTTTTGAAAAAGCCTGAGTTGTATTTTTTGTTCATT
CTTCCTCTCTCT**TTCCCTTAACATT

QA 3 809 3 809
DS 

RD RR3B473TF 675 0 0
G
GTCAGAGGAGACGTGTGGTGGTAACGTTGGGTGTTGTGGCTCCTTGGATCTCATTGCTTA
GTAAAGCTCCATCATCATTTGCTGCAGAAAGCAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACA
ATAAGGATGCATATGCCTTTGTATATCCCTTTGGGTGGCAGGAAGTTGTGATTGAAGGTC
AAGACAAGGTATACAAAGATGTGATTGAGCCGTTAGAAAGCGTTAGCGTCAATTTGATCC
CTACTAGCAAACAGACTATCAAAGATTTCGGCCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGG
TAAAGAAAGTTTTGGCACCACCTAATCAGAAGACAACTCTTATTGATGCATCAGAGCATG
AAGTTGATGGGAAGACTTATTATCAGTTTGAGTTCACTGCTCAGGCTAGGAACTACACCC
GCCATGCTTTGGGCGTAATTACAGTTTTTAATGGAAAATTCTACACATTGACAACTGGGG
CTAATGAGAGGAGGTGGGAGAAGATGAAAGATAGGCTTCACACTGTGATAGATTCTTTCA
AGATCACTGTTTGAAAAAAATATCAAGTTTGGTTTGGTCACTTTATGTTTTGAAAAAGCC
TGAGTTGTATTTTTTGTTCATTCTTCCTCTCTCTCTTTCCCTTAACATTATTCTTCTCCA
TTAAGAAAGATTCA

QA 2 675 2 675
DS 

RD RR3GX40JQ 775 0 0
GAGCAGTGGATGTGTTGGTAGGAGAGGAGTTTCATTTCTTGTCCGGGCTGAGCAGTCTCC
GTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGACGTGTGGTGGTAACGTTAGG
TGTTGTTGCTCCTTGGATCTCATTGCTTAGTAAAGCTCCATCATCATTTGCTGCAGAAAG
CAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGATGCATATGCCTTTGTATATCCCTT
TGGGTGGCAGGAAGTTGTGATTGAAGGTCAAGACAAGGTATACAAAGATGTGATTGAGCC
TTTAGAAAGCGTTAGTGTCAATTTGATCCCTACTAGCAAACAGACTATCAAAGATTTCGG
CCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAGTTTTGGCACCACCAAATCAGAA
GACTACTCTTATTGATGCATCAGAGCATGAAGTTGATGGGAAGACTTATTATCAGTTTGA
GTTCACTGCTCAGGCTAGGAACTACACTCGCCATGCTTTGGGCGTAATTACAGTTTTTAA
TGGAAAATTCTACACATTGACAACTGGGGCTAATGAGAGGAGGTGGGAGAAGATGAAAGA
TAGGCTTCACACTGTGATAGATTCTTTCAAGATCACTGTTTGAAAAAAATATCAAGTTTG
GTTTGGTCACTTTATGTTTTGAAAAAGCCTGAGTTGTATTTTTTGTTCATTCTTCCTCTC
TCT**TTCCCTTAACATTATTCTTCTCCATTAAGAGAGATTCAATACTCTGAC
TT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3A449JQ 691 0 0
ATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGACGTGTGGTGGTAACGTTAGGTGTTGTTGCTCCAT
GGATCTCATTGCTTAGTAAAGCTCCATCATCATTTGCTGCAGAAAGCAAGAAAGGATTCA
TGAGTGTCTCTGACAATAAGGATGCATATGCCTTTGTATATCCCTTTGGGTGGCAGGAAG
TTGTGATTGAAG*TCAAGACAAGGTATACAAAGATGTGATTGAGCCTTTAGAAAGCGTTA
GTGTCAATTTGATCCCTACTAGCAAACAGACTATCAAAGATTTCGGCCCACCAAAGGAGA
TTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAGTTTTGGCACCACCAAATCAGAAGACTACTTTTATTG
ATGCATCAGAGCATGAAGTTGATGGGAAGACTTATTATCAGTTTGAGTTCACTGCTCAGG
CTAGGAACTACACTCGCCATGCTTTGGGGGTAATTACAGTTTTTAATGGAAAATTTTACA
CATTGACAACTGGGGCTAATGAGAGGAGGTGGGAGAAGATGAAAGATAGGCTTCACACTG
TGATAGATTCTTTCAAGATCACTGTTTGAAAAAA*TATCAAGTTTGGTTTGGTCACTTTA
TGTTTTGAAAAAGCCTGAGTTGTATTTTTTGTTCATTCTTCCTCTCTCT**TTCCCTTAA
CATTATTTTTCTCCATTAAGAGAGATTCAAT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3AL56JQ 736 0 0
TTGTCCGGGCTGAGCAGTCTCCGTCTTCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGA
GACGTGTGGTGGTAACGTTAGGTGTTGTTGCTCCTTGGATCTCATTGCTTAGTAAAGCTC
CATCATCATTTGCCGCAGAAAGCAAGAAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGATG
CATATGCCTTTGTATATCCCTTTGGGTGGCAGGAAGTTGTGATTGAAGGTCAAGACAAGG
TATACAAAGATGTGATTGAGCCTTTAGAAAGCGTTAGTGTCAATTTGATCCCTACTAGCA
AACAGACTATCAAAGATTTCGGCCCACCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAG
TTTTGGCACCACCAAATCAGAAGACTACTCTTATTGATGCATCAGAGCATGAAGTTGATG
GGAAGACTTATTATCAGTTTGAGTTCACTGCTCAGGCTAGGAACTACACTCGCCATGCTT
TGGGCGTAATTACAGTTTTTAATGGAAAATTCTACACATTGACAACTGGGGCTAATGAGA
GGAGGTGGGAGAAGATGAAAGATAGGCTTCACACTGTGATAGATTCTTTCAAGATCACTG
TTTGAAAAAAATATCAAGTTTGGTTTGGTCACTTTATGTTTTGAAAAAGCCTGAGTTGTA
TTTTTTGTTCATTCTTCCTCTCTCT**TTCCCTTAACATTATTCTTCTCCATTAAGAGAG
ATTCAATACTCTGAC
G

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3CK75JQ 791 0 0
TCCTCTTCTGATCTTCAGGATAAATGTCAGAGGAGACGTGTGGTGGTAACGTTAGGTGTT
GTTGCTCCTTGGATCTCATTGCTTAGTAAAGCTCCATCATCATTTGCTGCAGAAAGCAAG
AAAGGATTCATGAGTGTCTCTGACAATAAGGACGCATATGCCTTTGTATATCCCTTTGGG
TGGCAGGAAGTTGTGATTGAAGGTCAAGACAAGGTATACAAAGATGTGATTGAGCCTTTA
GAAAGCGTTAGTGTCAATTTGATCCCTACTAGCAAACAGACTATCAAAGATTTCGGCCCA
CCAAAGGAGATTGCTGAGACACTGGTAAAGAAAGTTTTGGCACCACCAAATCAGAAGACT
ACTCTTATTGATGCATCAGAGCATGAAGTTGATGGGAAGACTTATTATCAGTTTGAGTTC
ACTGCTCAGGCTAGGAACTACACTCGCCATGCTTTGGGCGTAATTACAGTTTTTAATGGA
AAATTCTACACATTGACAACTGGGGCTAATGAGAGGAGGTGGGAGAAGATGAAAGATAGG
CTTCACACTGTGATAGATTCTTTCAAGATCACTGTTTGAAAAAAATACCAAGTTTGGTTT
GGTCACTTTATGTTTTGAAAAAGCCTGAGTTGTATTTTTTGTTCATTCTTCCTCTCTCT*
*TTCCCTTAACATTATTCTTCTCCATTAAGAGAGATTCAATACTCTGACTTCTTCACATT
ATCTCCCATTATATAACTGATAGTCCGATGGGAATGATATTCTCACTTGTGGTGGCACCG
TTCTCTCCACC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 13

CO CL114Contig1 832 13 35 U
GGTCACTTCCATAGTCTCTTTTCTAGGGTTTTAAGGTTTCCGCACCGTTTCACGAATCCT
CACTACACGTAATCATTCATCATGACTACCGAAGAGAAAGAGATCCTCGCCGCCAAATTG
GAAGAGCAGAAGATCGATCTTGATAAGCCTGAAGTTGAGGACGTTGATGACAACGATGAT
GATGACTCCGAAGACGATGATAATGATGATGATGCAGAGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCA
AAACAAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGTCGCAAAGCCATGCTCAAGCTTGGGATGAAACCT
ATCACTGGTGTCAGCCGTGTCACTGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATGTTCGTCATATCA
AAACCTGATGTGTTCAAGAGCCCTGCATCGGACACGTACGTGATCTTTGGAGAGGCAAAG
ATCGAGGACTTGAGCTCTCAGCTCCAGTCCCAGGCTGCAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGAT
ATCAGCAACGTGGTCTCACAGGGTGAATCTTCCTCGAGTGCTGCTGCGGTGGTGCAAGAT
GATGATGAGGAGATTGACGAGGAGGGTGTTGACTCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACC
CAAGCAGGAGTTCCTAGGCCAAGAGCCGTGAAGGCGCTTAAGGCTGCTGATGGGGATATT
GTCTCTGCCATCATGGAACTTACCACCTAAACCAAAATCTTTTCAACTTTAATGTGCGTG
TGTCAGAGTGATTCAGAAATTTTTGTTTTTCATGTTTCCTTGGAAGTGATTTTCAATGTT
GTATCAGTAAAAAACCTCATAGATTATTGAATTTCAGTTTGATTTGGTTTTG


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 5 75 60 5 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 40 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
45 75 75 75 75 75 75 5 75 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 55 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 40 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 65 60 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 

AF RR3E419TF U 38
AF RR3BF72TF U 1
AF RR3EX91TF U 3
AF RR3HA53TF U 3
AF RR3GQ96TF U 2
AF RR3BO01TF U 21
AF RR3BF72JQ C 38
AF RR3AF07TF U 60
AF RR3GQ96JQ C 76
AF RR3HA53JQ C 157
AF RR3E419JQ C 81
AF RR3EX91JQ C 153
AF RR3AF07JQ C 95
BS 1 108 RR3BF72TF
BS 109 109 RR3GQ96TF
BS 110 117 RR3BF72TF
BS 118 118 RR3GQ96TF
BS 119 323 RR3BF72TF
BS 324 324 RR3EX91TF
BS 325 383 RR3BF72TF
BS 384 384 RR3EX91TF
BS 385 386 RR3BF72TF
BS 387 387 RR3EX91TF
BS 388 389 RR3BF72TF
BS 390 390 RR3EX91TF
BS 391 398 RR3BF72TF
BS 399 399 RR3EX91TF
BS 400 480 RR3BF72TF
BS 481 481 RR3GQ96TF
BS 482 487 RR3BF72TF
BS 488 488 RR3EX91TF
BS 489 497 RR3BF72TF
BS 498 498 RR3EX91TF
BS 499 632 RR3BF72TF
BS 633 633 RR3GQ96TF
BS 634 638 RR3BF72TF
BS 639 641 RR3GQ96TF
BS 642 642 RR3BO01TF
BS 643 733 RR3GQ96TF
BS 734 743 RR3BO01TF
BS 744 744 RR3AF07TF
BS 745 764 RR3BO01TF
BS 765 765 RR3AF07TF
BS 766 775 RR3BO01TF
BS 776 776 RR3AF07TF
BS 777 793 RR3BO01TF
BS 794 830 RR3AF07TF
BS 831 832 RR3GQ96JQ

RD RR3E419TF 452 0 0
TTCCGCACCGTTTCACGAATCCTCACTACACGTAATCATTCATCATGACTACCGAAGAGA
AAGAGATCCTCGCCGCCAAATTGGAAGAGCAGAAGATCGATCTTGATAAGCCTGAAGTTG
AGGACGTTGATGACAACGATGATGATGACTCCGAAGACGATGATAATGATGATGATGCAG
AGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGTCGCAAAGCCA
TGCTCAAGCTTGGGATGAAACCTATCACTGGTGTCAGCCGTGTCACCGTCAAAAAGAGCA
AGAACATCATGTTCGTCATATCAAAACCTGATGTGTTCAAGAGCCCGGCGTCAGACACGT
ATGTGATCTTTGGAGAGGCAAAGATCGAGGACTTGAGCTCTCAGCTCCAGTCCCAGGCTG
CAGAGCA*TTCAAGGCTCCTGATATCAGCAGC

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR3BF72TF 638 0 0
GGTCACTTCCATAGTCTCTTTTCTAGGGTTTTAAGGTTTCCGCACCGTTTCACGAATCCT
CACTACACGTAATCATTCATCATGACTACCGAAGAGAAAGAGATCCTCACCGCCAAACTG
GAAGAGCAGAAGATCGATCTTGATAAGCCTGAAGTTGAGGACGTTGATGACAACGATGAT
GATGACTCCGAAGACGATGATAATGATGATGATGCAGAGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCA
AAACAAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGTCGCAAAGCCATGCTCAAGCTTGGGATGAAACCT
ATCACTGGTGTCAGCCGTGTCACCGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATGTTCGTCATATCA
AAACCTGATGTGTTCAAGAGCCCGGCGTCAGACACGTATGTGATCTTTGGAGAGGCAAAG
ATCGAGGACTTGAGCTCTCAGCTCCAGTCCCAGGCTGCAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGAT
GTCAGCAGCGTGGTCTCGCAGGGTGAATCTTCCTCGAGTGCTGCTGCGGTGGTGCAAGAT
GATGATGAGGAGATTGACGAGGAGGGTGTTGACTCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACC
CAAGCAGGAGTTCCTAGGCCAAGAGCCGTGAAAGCGCT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3EX91TF 635 0 0
GG
ACTTCCATAGTCTCTTTTCTAGGGTTTTAAGGTTTCCGCACCGTTTCACGAATCCTCACT
ACACGTAATCATTCATCATGACTACCGAAGACAAAGAGATCCTCGCCGCCAAATTGGAAG
AGCAGAAGGTCGATCTTGATAAGCCTGAAGTTGAGGACGTTGATGACAACGATGATGACG
ACTCCGAAGACGATGATAATGATGATGATGCAGAGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCAAAAC
AAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGTCGCAAAGCCATGCTCAAGCTTGGGATGAAACCTATCA
CTGGTGTCAGCCGTGTCACTGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATGTTCGTCATATCAAAAC
CTGATGTGTTCAAGAGCCCTGCATCGGACACGTACGTGATCTTTGTAGAGGCAAAGATCG
AGGACTTGAGCTCTCAGCTCCAGTCCCAGGCTGCAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGATATCA
GCAACGTGGTCTCACAGGGTGGATCTTCCTCGAGTGCTGCTGCGGTGGTGCAAGATGATG
ATGAGGAGATTGACGAGGAGGGTGTTGACTCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACCCAAG
CAG*AGTTCCTAGGCCAAGAGCCGTGAAAGCGC

QA 3 635 3 635
DS 

RD RR3HA53TF 634 0 0
GG
ACTTCCATAGTCTCTTTTCTAGGGTTT*AAGGTTTCCGCACCGTTTCACGAATCCTCACT
ACACGTAATCATTCATCATGACTACCGAAGACAAAGAGATCCTCGCCGCCAAATTGGAAG
AGCAGAAGATCGATCTTGATAAGCCTGAAGTTGAGGACGTTGATGACAACGATGATGATG
ACTCCGAAGACGATGATAATGATGATGATGCAGAGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCAAAAC
AAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGTCGCAAAGCCATGCTCAAGCTTGGGATGAAACCTATCA
CTGGTGTCAGCCGTGTCACTGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATGTTCGTCATATCAAAAC
CTGATGTGTTCAAGAGCCCTGCATCGGACACGTACGTGATCTTTGGAGAGGCAAAGATCG
AGGACTTGAGCTCTCAGCTCCAGTCCCAGGCTGCAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGATATCA
GCAACGTGGTCTCACAGGGTGAATCTTCCTCGAGTGCTGCTGCGGTGGTGCAAGATGATG
ATGAGGAGATTGACGAGGAGGGTGTTGACTCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACCCAAG
CAGGAGTTCCTAGGCCAAGAGCCGTGAAGGCG

QA 3 634 3 634
DS 

RD RR3GQ96TF 732 0 0
GGG
ACTTCCATAGTCTCTTTTCTAGGGTTTTAAGGTTTCCGCACCGTTTCACGAATCCTCACT
ACACGTAATCATTCATCATGACTACCGAAGAGAAAGAGATCCTCGCCGCCAAATTGGAAG
AGCAGAAGATCGATCTTGATAAGCCTGAAGTTGAGGACGTTGATGACAACGATGATGATG
ACTCCGAAGACGATGATAATGATGATGATGCAGAGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCAAAAC
AAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGTCGCAAAGCCATGCTCAAGCTTGGGATGAAACCTATCA
CTGGTGTCAGCCGTGTCACCGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATGTTCGTCATATCAAAAC
CTGATGTGTTCAAGAGCCCGGCGTCAGACACGTATGTGATCTTTGGAGAGGCAAAGATCG
AGGACTTGAGCTCTCAGCTCCAGTCCCAGGCTGCAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGATATCA
GCAGCGTGGTCTCGCAGGGTGAATCTTCCTCGAGTGCTGCTGCGGTGGTGCAAGATGATG
ATGAGGAGATTGACGAGGAGGGTGTTGAA**AAAGGACATTGAGTTGGTGATGACCCAAG
CAGGAGTTCCTAGGCCAAGAGCCGTGAAGGCGCTTAAAGCTGCTGATGGGGATATTGTCT
CTGCCATCATGGAACTTACCACCTAAACCAAAATCTTTTCAACTTTAATGTGCGTGTGTC
AGAGTGATT

QA 4 732 4 732
DS 

RD RR3BO01TF 773 0 0
GG
CTAGTGTTTTAAGGTTTCCGCACCGTTTCACGAATCCTCACTACACGTAATCATTCATCA
TGACTACCGAAGACAAAGAGATCCTCGCCGCCAAATTGGAAGAGCAGAAGATCGATCTTG
ATAAGCCTGAAGTTGAGGACGTTGATGACAACGATGATGATGACTCCGAAGACGATGATA
ATGATGATGATGCAGAGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAAGA
AGAGTCGCAAAGCCATGCTCAAGCTTGGGATGAAACCTATCACTGGTGTCAGCCGTGTCA
CTGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATGTTCGTCATATCAAAACCTGATGTGTTCAAGAGCC
CTGCATCGGACACGTACGTGATCTTTGGAGAGGCAAAGATCGAGGACTTGAGCTCTCAGC
TCCAGTCCCAGGCTGCAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGATATCAGCAACGTGGTCTCACAGG
GTGAATCTTCCGCGAGTGCTGCTGCGGTGGTGCAAGATGATGATGAGGAGATTGACGAGG
AGGGTGTTGACTCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACCCAAGCAGGAGTTCCTAGGCCAA
GAGCCGTGAAGGCGCTTAAGGCTGCTGATGGGGATATTGTCTCTGCCATCATGGAACTTA
CCACCTAAACCAAAATCTTTTCAACTTTAATGTGCGTGTGTCAGAGTGATTCAGAAATTT
T*GTTTTTCATGTTTCCTTGGA*GTGATTTTCA*TGTTGTATCAGTAAAAA

QA 3 773 3 773
DS 

RD RR3BF72JQ 795 0 0
TTCCGCACCGTTTCACGAATCCTCACTACACGTAATCATTCATCATGACTACCGAAGAGA
AAGAGATCCTCACCGCCAAACTGGAAGAGCAGAAGATCGATCTTGATAAGCCTGAAGTTG
AGGACGTTGATGACAACGATGATGATGACTCCGAAGACGATGATAATGATGATGATGCAG
AGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGTCGCAAAGCCA
TGCTCAAGCTTGGGATGAAACCTATCACTGGTGTCAGCCGTGTCACCGTCAAAAAGAGCA
AGAACATCATGTTCGTCATATCAAAACCTGATGTGTTCAAGAGCCCGGCGTCAGACACGT
ATGTGATCTTTGGAGAGGCAAAGATCGAGGACTTGAGCTCTCAGCTCCAGTCCCAGGCTG
CAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGATGTCAGCAGCGTGGTCTCGCAGGGTGAATCTTCCTCGA
GTGCTGCTGCGGTGGTGCAAGATGATGATGAGGAGATTGACGAGGAGGGTGTTGACTCAA
AGGACATTGAGTTGGTGATGACCCAAGCAGGAGTTCCTAGGCCAAGAGCCGTGAAGGCGC
TTAAGGCTGCTGATGGGGATATTGTCTCTGCCATCATGGAACTTACCACCTAAACCAAAA
TCTTTTCAACTTTAATGTGCGTGTGTCAGAGTGATTCAGAAATTTTTGTTTTTCATGTTT
CCTTGGAAGTGATTTTCAATGTTGTATCAGTAAAAAACCTCATAGATTATTGAATTTCAG
TTTGATTTGGTTT
CG

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3AF07TF 771 0 0
GG
ACTACACGTAAT*ATTCATCATGACTACCGAAGACAAAGAGATCCTCGCCGCCAAATTGG
AAGAGCAGAAGATCGATCTTGATAAGCCTGAAGTTGAGGACGTTGATGACAACGATGATG
ATGACTCCGAAGACGATGATAATGATGATGATGCAGAGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCAA
AACAAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGTCGCAAAGCCATGCTCAAGCTTGGGATGAAACCTA
TCACTGGTGTCAGCCGTGTCACTGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATGTTCGTCATATCAA
AACCTGATGTGTTCAAGAGCCCTGCATCGGACACGTACGTGATCTTTGGAGAGGCAAAGA
TCGAGGACTTGAGCTCTCAGCTCCAGTCCCAGGCTGCAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGATA
TCAGCAACGTGGTCTCACAGGGTGAATCTTCCTCGAGTGCTGCTGCGGTGGTGCAAGATG
ATGATGAGGAGATTGACGAGGAGGGTGTTGACTCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACCC
AAGCAGGAGTTCCTAGGCCAAGAGCCGTGAAGGCGCTTAAGGCTGCTGATGGGGATATTG
TCTCTGCCATCATGGAACTTACCACCTAAACCAAAATCTTTTCAACTTTAATGTGCGTGT
GTCAGAGTGATTCAGAAATTTTTGTTTTTCATGTTTCCTTGGAAGTGATTTTCAATGTTG
TATCAGTAAAAAACCTCATAGATTATTGAATTTCAGTTTGATTTGGTTT

QA 3 771 3 771
DS 

RD RR3GQ96JQ 757 0 0
TTCATCATGACTACCGAAGAGAAAGAGATCCTCGCCGCCAAATTGGAAGAGCAGAAGATC
GATCTTGATAAGCCTGAAGTTGAGGACGTTGATGACAACGATGATGATGACTCCGAAGAC
GATGATAATGATGATGATGCAGAGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCAAAACAAAGCAGAAGT
GAGAAGAAGAGTCGCAAAGCCATGCTCAAGCTTGGGATGAAACCTATCACTGGTGTCAGC
CGTGTCACCGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATGTTCGTCATATCAAAACCTGATGTGTTC
AAGAGCCCGGCGTCAGACACGTATGTGATCTTTGGAGAGGCAAAGATCGAGGACTTGAGC
TCTCAGCTCCAGTCCCAGGCTGCAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGATATCAGCAGCGTGGTC
TCGCAGGGTGAATCTTCCTCGAGTGCTGCTGCGGTGGTGCAAGATGATGATGAGGAGATT
GACGAGGAGGGTGTTGAA**AAAGGACATTGAGTTGGTGATGACCCAAGCAGGAGTTCCT
AGGCCAAGAGCCGTGAAGGCGCTTAAGGCTGCTGATGGGGATATTGTCTCTGCCATCATG
GAACTTACCACCTAAACCAAAATCTTTTCAACTTTAATGTGCGTGTGTCAGAGTGATTCA
GAAATTTTTGTTTTTCATGTTTCCTTGGAAGTGATTTTCAATGTTGTATCAGTAAAAAAC
CTCATAGATTATTGAATTTCAGTTTGATTTGGTTTTG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3HA53JQ 676 0 0
GAGGACGTTGATGACAACGATGATGATGACTCCGAAGACGATGATAATGATGATGATGCA
GAGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGTCGCAAAGCC
ATGCTCAAGCTTGGGATGAAACCTATCACTGGTGTCAGCCGTGTCACTGTCAAAAAGAGC
AAGAACATCATGTTCGTCATATCAAAACCTGATGTGTTCAAGAGCCCTGCATCGGACACG
TACGTGATCTTTGGAGAGGCAAAGATCGAGGACTTGAGCTTTCAGCTCCAGTCCCAGGCT
GCAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGATATCAGCAACGTGGTCTCACAGGGTGAATCTTCCTCG
AGTGCTGCTGCGGTGGTGCAAGATGATGATGAGGAGATTGACGAGGAGGGTGTTGACTCA
AAGGACATTGAGTTGGTGATGACCCAAGCAGGAGTTCCTAGGCCAAGAGCCGTGAAGGCG
CTTAAGGCTGCTGATGGGGATATTGTCTCTGCCATCATGGAACTTACCACCCAAACCAAA
ATCTTTTCAACTTTAATGTGCGTGTGTCAGAGTGATTCAGAAATTTTTGTTTTTCATGTT
TCCTTGGAAGTGATTTTCAATGTTGTATCAGTAAAAAACCTCATAGATTATTGAATTTCA
GTTTGATTTGGTTTTG

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3E419JQ 752 0 0
CATGACTACCGAAGAGAAAGAGATCCTCGCCGCCAAATTGGAAGAGCAGAAGATCGATCT
TGATAAGCCTGAAGTTGAGGACGTTGATGACAACGATGATGATGACTCCGAAGACGATGA
TAATGATGATGATGCAGAGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAA
GAAGAGTCGCAAAGCCATGCTCAAGCTTGGGATGAAACCTATCACTGGTGTCAGCCGTGT
CACCGTCAAAAAGAGCAAGAACATCATGTTCGTCATATCAAAACCTGATGTGTTCAAGAG
CCCGGCGTCAGACACGTATGTGATCTTTGGAGAGGCAAAGATCGAGGACTTGAGCTCTCA
GCTCCAGTCCCAGGCTGCAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGATATCAGCAGCGTGGTCTCGCA
GGGTGAATCTTCCTCGAGTGCTGCTGCGGTGGTGCAAGATGATGATGAGGAGATTGACGA
GGAGGGTGTTGACTCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACCCAAGCAGGAGTTCCTAGGCC
AAGAGCCGTGAAGGCGCTTAAGGCTGCTGATGGGGATATTGTCTCTGCCATCATGGAACT
TACCACCTAAACCAAAATCTTTTCAACTTTAATGTGCGTGTGTCAGAGTGATTCAGAAAT
TTTTGTTTTTCATGTTTCCTTGGAAGTGATTTTCAATGTTGTATCAGTAAAAAACCTCAT
AGATTATTGAATTTCAGTTTGATTTGGTTTTG

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3EX91JQ 680 0 0
AGTTGAGGACGTTGATGACAACGATGATGACGACTCCGAAGACGATGATAATGATGATGA
TGCAGAGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGTCGCAA
AGCCATGCTCAAGCTTGGGATGAAACCTATCACTGGTGTCAGCCGTGTCACTGTCAAAAA
GAGCAAGAACATCATGTTCGTCATATCAAAACCTGATGTGTTCAAGAGCCCTGCATCGGA
CACGTACGTGATCTTTGTAGAGGCAAAGATCGAGGACTTGAGCTTTCAGCTCCAGTCCCA
GGCTGCAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGATATCAGCAACGTGGTCTCACAGGGTGGATCTTC
CTCGAGTGCTGCTGCGGTGGTGCAAGATGATGATGAGGAGATTGACGAGGAGGGTGTTGA
CTCAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACCCAAGCAGGAGTTCCTAGGCCAAGAGCCGTGAA
GGCGCTTAAGGCTGCTGATGGGGATATTGTCTCTGCCATCATGGAACTTACCACCTAAAC
CAAAATCTTTTCAACTTTAATGTGCGTGTGTCAGAGTGATTCAGAAATTTTTGTTTTTCA
TGTTTCCTTGGAAGTGATTTTCAATGTTGTATCAGTAAAAAACCTCATAGATTATTGAAT
TTCAGTTTGATTTGGTTTTG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3AF07JQ 738 0 0
ACAAAGAGATCCTCGCCGCCAAATTGGAAGAGCAGAAGATCGATCTTGATAAGCCTGAAG
TTGAGGACGTTGATGACAACGATGATGATGACTCCGAAGACGATGATAATGATGATGATG
CAGAGGGACAAGAGGGAGGCAAGTCAAAACAAAGCAGAAGTGAGAAGAAGAGTCGCAAAG
CCATGCTCAAGCTTGGGATGAAACCTATCACTGGTGTCAGCCGTGTCACTGTCAAAAAGA
GCAAGAACATCATGTTCGTCATATCAAAACCTGATGTGTTCAAGAGCCCTGCATTGGACA
CGTACGTGATCTTTGGAGAGGCAAAGATCGAGGACTTGAGCTTTCAGCTCCAGTCCCAGG
CTGCAGAGCAGTTCAAGGCTCCTGATATCAGCAACGTGGTCTCACAGGGTGAATTTTCCT
CGAGTGCTGCTGCGGTGGTGCAAGATGATGATGAGGAGATTGACGAGGAGGGTGTTGACT
CAAAGGACATTGAGTTGGTGATGACCCAAGCAGGAGTTCCTAGGCCAAGAGCCGTGAAGG
CGCTTAAGGCTGCTGATGGGGATATTGTTTCTGCCATCATGGAACTTACCACCTAAACCA
AAATCTTTTCAACTTTAATGTGCGTGTGTCAGAGTGATTCAGAAATTTTTGTTTTTCATG
TTTCCTTGGAAGTGATTTTCAATGTTGTATCAGTAAAAAACCTCATAGATTATTGAATTT
CAGTTTGATTTGGTTTTG

QA 1 738 1 738
DS 



AS 2 13

CO CL115Contig1 832 7 13 U
GGGACTCAAACACCCCAAACACCAAACCTAAAAACACAAGAACATCATCACAATGAAGAT
CTCTTTTCTCATCACTCTCCTCTTGGCGACAGTGGCCTGCACACACGGACAAGAACCGGT
GAAAGACACTGCCGGGAATTCTCTTGAGATAGGTCAGCAATACTTCATCCGGCCGATCAA
GACTGAAAGCCTCAATGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAAATTTCCCCCTTGCCC
ACTTGGCATCAACCAAGCACTCTTTCCGTTCCTACCGGGCCAACCGCTTAGCTTCCAGTT
TTCTGACTCCGTCACAGAATCCATCGTTAAGACATCTACTGATGTAACCATCGAGTTCAA
CGCTAGCAAGCCGCTACCACTCTGCAACGAATTTTCCTTTATATGGGAAGTTGAGTCCTC
ATCGGCTTCCGAGCCAGCAATTCTCCTCGGTGGTATAGCGGGGAGCCAAAATAGCCGGTT
TAAGATAGAGAAAGCCGGAGAAGGATTAGGAGAAAACACTTATAAGCTGACCAGCTTAGA
CGGGACCGTTGGAAGCGTCCCCGGTTTTTTTGGGGCACCAAAACTAGTTCTCACCAATGA
TGACGCTAAGACCATATTCGTCAAATTCAACAAATATAATGAAGCTACTACATCTGCTTC
TCGTGTTGAGAACTCAGGTCTAAGGATGTTCCCATTCTAATAGTCAAGATAATGTAACGT
TAAGCCTAAGACTCGTCCATGGCCAAAAATAAGGGGTTGAGATAATACCCGCATGCATGT
TTCTTTACTTTCCTCATGAATATATAAAATGAAATTATGTTTTATAATGCTC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP77TF U 1
AF RR3EG71TF U 2
AF RR3BG95TF U 7
AF RR3FP17TF U 2
AF RR3FP17JQ C 60
AF RR3BG95JQ C 101
AF RR3EG71JQ C 101
BS 1 196 RR3AP77TF
BS 197 197 RR3EG71TF
BS 198 673 RR3AP77TF
BS 674 677 RR3FP17TF
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BS 679 684 RR3FP17TF
BS 685 685 RR3FP17JQ
BS 686 726 RR3FP17TF
BS 727 727 RR3BG95JQ
BS 728 732 RR3FP17JQ
BS 733 733 RR3BG95JQ
BS 734 822 RR3FP17JQ
BS 823 832 RR3BG95JQ

RD RR3AP77TF 673 0 0
GGGACTCAAACACCCCAAACACCAAACCTAAAAACACAAGAACATCATCACAATGAAGAT
CTCTTTTCTCATCACTCTCCTCTTGGCGACAGTGGCCTGCACACACGGACAAGAACCGGT
GAAAGACACTGCCGGGAATTCTCTTGAGATAGGTCAGCAATACTTCATCCGGCCGATCAA
GACTGAAAGCCTCAATAGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAAATTTCCCCCTTGCCC
ACTTGGCATCAACCAAGCACTCTTTCCGTTCCTACCGGGCCAACCGCTTAGCTTCCAGTT
TTCTGACTCCGTCACAGAATCCATCGTTAAGACATCTACTGATGTAACCATCGAGTTCAA
CGCTAGCAAGCCGCTACCACTCTGCAACGAATTTTCCTTTATATGGGAAGTTGAGTCCTC
ATCGGCTTCCGAGCCAGCAATTCTCCTCGGTGGTATAGCGGGGAGCCAAAATAGCCGGTT
TAAGATAGAGAAAGCCGGAGAAGGATTAGGAGAAAACACTTATAAGCTGACCAGCTTAGA
CGGGACCGTTGGAAGCGTCCCCGGTTTTTTTGGGGCACCAAAACTAGTTCTCACCAATGA
TGACGCTAAGACCATATTCGTCAAATTCAACAAATATAATGAAGCTACTACATCTGCTTC
TCGTGTTGAGAAC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3EG71TF 669 0 0
GGACTCAAACACCCCAAACACCAAACCTAAAAACACAAGAACATCATCACAATGAAGATC
TCTTTTCTCATCACTCTCCTCTTGGCGACAGTGGCCTGCACACACGGACAAGAACCGGTG
AAAGACACTGCCGGGAATTCTCTTGAGATAGGTCAGCAATACTTCATCCGGCCGATCAAG
ACCGAAAGCCTCAATGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAAATTTCCCCCTTGCCCA
CTTGGCATCAACCAAGCACTCTTTCCGTTCCTACCGGGCCAACCGCCTAGCTTCCAGTTT
TCTGACTCCGTCACAGAATCCATCGTTAAGACATCTACTGATGTAACCATCGAGTTCAAC
GCTAGCAAGCCGCTACCACTCTGCAACGAATTTTCCTTTATATGGGAAGTTGAGTCCTCA
TCGGCTTCCGGGCCAGCAATTCTCCTCGGTGGTATAGCGGGGAGCCAAAATAGCCGGTTT
AAGATAGAGAAAGCCGGAGAAGGATTAGGAGAAAACACTTATAAGCTGACCAGCTTAGAC
GGGACCGTTGGAAGCGTCCCCGGTTTTTTTGGGGCACCAAAACTAGTTCTCACCAATGAT
GACGCTAAGACCATATTCGTCAAATTCAACAAATATAATGAAGCTACTACATCTGCTTCT
CGTGTTGAG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3BG95TF 675 0 0
G
AAACACCCCAAACACCAAACCTAAAAACACAAGAATATCATCACAATGAAGATCTCTTTT
CTCATCACTCTCCTCTTGGCGACAGTGGCCTGCACACACGGACAAGAACCGGTGAAAGAC
ACTGCCGGGAATTCTCTTGAGACAGGTCAGCAATACTTCATCCGGCCGATCAAGACTGAA
AGCCTCAATGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAAATTTCCCCCTTGCCCACTTGGC
ATCAACCAAGCACTCTTTCCGTTCCTACCGGGCCAACCGCTTAGCTTCCAGTTTTCTGAC
TCCGTCACAGAATCCATCGTTAAGACATCTACTGATGTAACCATCGAGTTCAACGCTAGC
AAGCCGCTACCACTCTGCAACGAATTTTCCTTTATATGGGAAGTTGAGTCCTCATCGGCT
TCCGAGCCAGCAATTCTCCTCGGTGGTATAGCGGGGAGCCAAAATAGCCGGTTTAAGATA
GAGAAAGCCGGAGAAGGATTACGAGAAAACACTTATAAGCTGACCAGCCTAGACGGGACC
GTTGGAAGCGTCCCCGGTTTTTTTGGGGCACCAAAACTAGTTCTCACCAATGACGACGCT
AAGACCATATTCGTCAAATTCAACAAATATAATGAAGCTACTACATCTGCTTCTCGTGTT
GAGAACTCAGGTCT

QA 2 675 2 675
DS 

RD RR3FP17TF 742 0 0
GGACTCAAACACCCCAAACACCAAACCTAAAAACACAAGAACATCATCACAATGAAGATC
TCTTTTCTCATCACTCTCCTCTTGGCGACAGTGGCCTGCACACACGGACAAGAACCGGTG
AAAGACACTGCCGGGAATTCTCTTGAGATAGGTCAGCAATGCTTCATCCGGCCGATCAAG
ACTGAAAGCCTCAATGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAAATTTCCCCCTTGCCCA
CTTGGCATCAACCAAGCACTCTTTCCGTTCCTACCGGGCCAACCGCTTAGCTTCCAGTTT
TCTGACTCCGTCACAGAATCCATCGTTAAGACATCTACTGATGTAACCATCGAGTTCAAC
GCTAGCAAGCCGCTACCACTCTGCAACGAATTTTCCTTTATATGGGAAGTTGAGTCCTCA
TCGGCTTCCGAGCCAGCAATTCTCCTCGGTGGTATAGCGGGGAGCCAAAATAGCCGGTTT
AAGATAGAGAAAGCCGGAGAAGGATTAGGAGAAAACACTTATAAGCTGACCAGCTTAGAC
GGGACCGTTGGAAGCGTCCCCGGTTTTTTTGGGGCACCAAAACTAGTTCTCACCAATGAT
GACGCTAAGACCATATTCGTCAAATTCAACAAATATAATGAAGCTACTACATCTGCTCCT
CGTGTTGAGAACTCAG*TCTAAG*ATGTTCCCATTCTAATAGTCAAGATAATGTAACGTT
AAGCC
AAGACCCGTCATGGCCA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3FP17JQ 766 0 0
TCTCTTTTCTCATCACTCTCCTCTTGGCGACAGTGGCCTGCACACACGGACAAGAACCGG
TGAAAGACACTGCCGGGAATTCTCTTGAGATAGGTCAGCAATGCTTCATCCGGCCGATCA
AGACTGAAAGCCTCAATGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCCATTAAATTTCCCCCTTGCC
CACTTGGCATCAACCAAGCACTCTTTCCGTTCCTACCGGGCCAACCGCTTAGCTTCCAGT
TTTCTGACTCCGTCACAGAATCCATCGTTAAGACATCTACTGATGTAACCATCGAGTTCA
ACGCTAGCAAGCCGCTACCACTTTGCAACGAATTTTCCTTTATATGGGAAGTTGAGTCCT
CATCGGCTTCCGAGCCAGCAATTCTCCTCGGTGGTATAGCGGGGAGCCAAAATAGCCGGT
TTAAGATAGAGAAAGCCGGAGAAGGATTAGGAGAAAACACTTATAAGCTGACCAGCTTAG
ACGGGACCGTTGGAAGCGTCCCCGGTTTTTTTGGGGCACCAAAACTAGTTCTCACCAATG
ATGACGCTAAGACCATATTCGTCAAATTCAACAAATATAATGAAGCTACTACATCTGCTC
CTCGTGTTGAGAACTCAGGTCTAAGGATGTTCCCATTTTAATAGTCAAGATAATGTAACG
TTAAGCC*AAGACCCGTCCATGGCCAAAAATAAGGGGTTGAGATAATACCCGCATGCATG
TTTCTTTACTTTCCTCATGAATATATAAAATGAAATTATGTTT
TAC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3BG95JQ 732 0 0
ACACACGGACAAGAACCGGTGAAAGACACTGCCGGGAATTCTCTTGAGACAGGTCAGCAA
TACTTCATCCGGCCGATCAAGACTGAAAGCCTCAATGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCC
ATTAAATTTCCCCCTTGCCCACTTGGCATCAACCAAGCACTCTTTCCGTTCCTACCGGGC
CAACCGCTTAGCTTCCAGTTTTCTGACTCCGTCACAGAATCCATCGTTAAGACATTTACT
GATGTAACCATCGAGTTCAACGCTAGCAAGCCGCTACCACTCTGCAACGAATTTTCCTTT
ATATGGGAAGTTGAGTCCTCATCGGCTTCCGAGCCAGCAATTCTCCTCGGTGGTATAGCG
GGGAGCCAAAATAGCCGGTTTAAGATAGAGAAAGCCGGAGAAGGATTAGGAGAAAACACT
TATAAGCTGACCAGCCTAGACGGGACCGTTGGAAGCGTCCCCGGTTTTTTTGGGGCACCA
AAACTAGTTCTCACCAATGACGACGCTAAGACCATATTCGTCAAATTCAACAAATATAAT
GAAGCTACTACATCTGCTTCTCGTGTTGAGAACTCAGGTCTAAGGATGTTCCCATTCTAA
TAGTCAAGATAATGTAACGTTAAGCCTAAGACTCGTCCATGGCCAAAAATAAGGGGTTGA
GATAATACCCGCATGCATGTTTCTTTACTTTCCTCATGAATATATAAAATGAAATTATGT
TTTATAATGCTC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3EG71JQ 726 0 0
ACACACGGACAAGAACCGGTGAAAGACACTGCCGGGAATTCTCTTGAGATAGGTCAGCAA
TACTTCATCCGGCCGATCAAGACCGAAAGCCTCAATGGTGGTGGTCTTGTTCCAGCCGCC
ATTAAATTTCCCCCTTGCCCACTTGGCATCAACCAAGCACTCTTTCCGTTCCTACCGGGC
CAACCGCCTAGCTTCCAGTTTTCTGACTCCGTCACAGAATCCATCGTTAAGACATCTACT
GATGTAACCATCGAGTTCAACGCTAGCAAGCCGCTACCACTTTGCAACGAATTTTCCTTT
ATATGGGAAGTTGAGTCCTCATCGGCTTCCGGGCCAGCAATTCTCCTCGGTGGTATAGCG
GGGAGCCAAAATAGCCGGTTTAAGATAGAGAAAGCCGGAGAAGGATTAGGAGAAAACACT
TATAAGCTGACCAGCTTAGACGGGACCGTTGGAAGCGTCCCCGGTTTTTTTGGGGCACCA
AAACTAGTTCTCACCAATGATGACGCTAAGACCATATTCGTCAAATTCAACAAATATAAT
GAAGCTACTACATCTGCTTCTCGTGTTGAGAACTCAGGTCTAAGGATGTTCCCATTCTAA
TAGTCAAGATAATGTAACGTTAAGCCTAAGACTCGTCCATGGCCAAAAATAAGGGGTTGA
GATAATACCCGCATGCATGTTTCTTTACTTTCCTCATGAATATATAAAATGAAATTATGT
TT
TATG

QA 1 722 1 722
DS 



CO CL115Contig2 825 6 5 U
GAAACATAATTTCATTTTATATATTCATGAGGAAAGTAAAGAAACATGCGTGCGGGTATT
ATCTCAACCCCTTATTTTTGGCCATGGAGGAGTCTTAGGCTTAACATTACATTATCTTGA
CTATTAGAATGGAAACATCCTTAGACCTGACTTCTCAACACGAGAAGCAGATGTAATAGC
TTCATTATATTTGTTGAATTTGACGAATATGGTCTTAGCATCATCATTGGTGAGAACTAG
TTTTGGTGCCCCAAAAAAACCCGGGACGCTTCCAACGGTCCCGTCTAAGCTGGTCAGCTT
ATAAGTGTTTTCTCCTAATCCTTCTCCGGCTTTCTCTATCTTAAACCGGCTATTTTGGCT
CCCCGCTATACCACCGAGGAGAATTGCTGGCTCGGAAGCCGATGATGAGGACTCAACTTC
CCATATAAAGGAAAATTCGTTGCAGAGTGGTAGCGGCTTGCTAGCGTTGAACTCGATGGT
TACATCAGTAGATGTCTTAACGATGGGTTCTGTGACGGAGTCAGCAAACTGGAAGCTAAG
CGGTTGGCCCGGTAGGAACGGAAAGAGTGCTTGGTTGATGCCAAGTGGACAAGGGGGGAA
TTTAATGGCGGCTGGAACAAGACCACCACCATTGAGGCTCGCAGTCTTGATCGGCCGGAT
GAAGTATTGCTGACCTGTCTCAAGAGAATTCCCGGCAGTGTCTTTCACCGGTTCTTGTCC
GTGGGTGCAGGCCACTGTCGCCAAGAGGAGAGTGATGAGAAAAGAGATCTTCATTGTGAT
GATGTTCTTGTGTTTTTAGGTTTGGTGTTTGGGGTGTTTGAGTCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3FY55JQ U 1
AF RR3D450JQ U 2
AF RR3GY38JQ U 2
AF RR3GY38TF C 76
AF RR3FY55TF C 81
AF RR3D450TF C 116
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BS 816 825 RR3FY55TF

RD RR3FY55JQ 670 0 0
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TTCATTATATTTGTTGAATTTGACGAATATGGTCTTAGCATCATCATTGGTGAGAACTAG
TTTTGGTGCCCCAAAAAAACCCGGGACGCTTCCAACGGTCCCGTCTAAGCTGGTCAGCTT
ATAAGTGTTTTCTCCTAATCCTTCTCCGGCTTTCTCTATCTTAAACCGGCTATTTTGGCT
CCCCGCTATACCACCGAGGAGAATTGCTGGCTCGGAAGCCGATGATGAGGACTCAACTTC
CCATATAAAGGAAAATTCGTTGCAGAGTGGTAGCGGCTTGCTAGCGTTGAACTCGATGGT
TACATCAGTAGATGTCTTAACGATGGGTTCTGTGACGGAGTCAGCAAACTGGAAGCTAAG
CGGTTGGCCCGGTAGGAACGGAAAGAGTGCTTGGTTGATGCCAAGTGGACAAGGGGGGAA
TTTAATGGCGGCTGGAACAAGACCACCACCATTGAGGCTCGCAGTCTTGATCGGCCGGAT
GAAGTATTGC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3D450JQ 725 0 0
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TCTCAACCCCTTATTTTTGGCCATGGAGGAGTCTTAGGCTTAACATTACATTATCTTGAC
TATTAGAATGGAAACATCCTTAGACCTGACTTCTCAACACGAGAAGCAGATGTAATAGCT
TCATTATATTTGTTGAATTTGACGAATATGGTCTTAGCATCATCATTGGTGAGAACTAGT
TTTGGTGCCCCAAAAAAACCCGGGACGCTTCCAACGGTCCCGTCTAAGCTGGTCAGCTTA
TAAGTGTTTTCTCCTAATCCTTCTCCGGCTTTCTCTATCTTAAACCGGCTATTTTGGCTC
CCCGCTATACCACCGAGGAGAATTGCTGGCTCGGAAGCCGATGATGAGGACTCAACTTCC
CATATAAAGGAAAATTCGTTGCAGAGTGGTAGCGGCTTGCTAGCGTTGAACTCGATGGTT
ACATCAGTAGATGTCTTAACGATGGGTTCTGTGACGGAGTCAGCAAACTGGAAGCTAAGC
GGTTGGCCCGGTAGGAACGGAAAGAGTGCTTGGTTGATGCCAAGTGGACAAGGGGGGAAT
TTAATGGCGGCTGGAACAAGACCACCACCATTGAGGCTCGCAGTCTTGATCGGCCGGATG
AAGTATTGCTGACCTGTCTCAAGAGAATTCCCGGCAGTGTCTTTCACCGGTTCTTGTCCG
TGGGT

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DS 

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TCTCAACCCCTTATTTTTGGCCATGGAGGAGTCTTAGGCTTAACATTACATTATCTTGAC
TATTAGAATGGAAACATCCTTAGACCTGACTTCTCAACACGAGAAGCAGATGTAATAGCT
TCATTATATTTGTTGAATTTGACGAATATGGTCTTAGCATCATCATTGGTGAGAACTAGT
TTTGGTGCCCCAAAAAAACCCGGGACGCTTCCAACGGTCCCGTCTAAGCTGGTCAGCTTA
TAAGTGTTTTCTCCTAATCCTTCTCCGGCTTTCTCTATCTTAAACCGGCTATTTTGGCTC
CCCGCTATACCACCGAGGAGAATTGCTGGCTCGGAAGCCGATGATGAGGACTCAACTTCC
CATATAAAGGAAAATTCGTTGCAGAGTGGTAGCGGCTTGCTAGCGTTGAACTCGATGGTT
ACATCAGTAGATGTCTTAACGATGGGTTCTGTGACGGAGTCAGCAAACTGGAAGCTAAGC
GGTTGGCCCGGTAGGAACGGAAAGAGTGCTTGGTTGATGCCAAGTGGACAAGGGGGGAAT
TTAATGGCGGCTGGAACAAGACCACCACCATTGAGGCTCGCAGTCTTGATCGGCCGGATG
AAGTATTGCTGACCTGTCTCAAGAGAATTCCCGGCAGTGTCTTTCACCGGTTCTTGTCCG
TGGGTGCAGGCCACTGTCGCCAAGAGGAGAGTGATGAGAAAAGAGATCTTCATTGTGATG
ATGT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3GY38TF 742 0 0
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CATC*TTAGAC*TGACTTCTCAACACGAGAAGCAGATGTAATAGCTTCATTATATTTGTT
GAATTTGACGAATATGGTCTTAGCATCATCATTGGTGAGAACTAGTTTTGGTGCCCCAAA
AAAACCCGGGACGCTTCCAACGGTCCCGTCTAAGCTGGTCAGCTTATAAGTGTTTTCTCC
TAATCCTTCTCCGGCTTTCTCTATCTTAAACCGGCTATTTTGGCTCCCCGCTATACCACC
GAGGAGAATTGCTGGCTCGGAAGCCGATGATGAGGACTCAACTTCCCATATAAAGGAAAA
TTCGTTGCAGAGTGGTAGCGGCTTGCTAGCGTTGAACTCGATGGTTACATCAGTAGATGT
CTTAACGATGGGTTCTGTGACGGAGTCAGCAAACTGGAAGCTAAGCGGTTGGCCCGGTAG
GAACGGAAAGAGTGCTTGGTTGATGCCAAGTGGACAAGGGGGGAATTTAATGGCGGCTGG
AACAAGACCACCACCATTGAGGCTCGCAGTCTTGATCGGCCGGATGAAGTATTGCTGACC
TGTCTCAAGAGAATTCCCGGCAGTGTCTTTCACCGGTTCTTGTCCGTGGGTGCAGGCCAC
TGTCGCCAAGAGGAGAGTGATGAGAAAAGAGATCTTCATTGTGATGATGTTCTTGTGTTT
TTAGGTTTGGTGTTTGGGGT
CC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3FY55TF 745 0 0
GGCCAT
GAGGAGTCTTAGGCTTAACATTACATTATCT*GACTAT*AGAATGGAAACATC*TTAGAC
*TGACTTCTCAACACGAGAAGCAGATGTAATAGCTTCATTATATTTGTTGAATTTGACGA
ATATGGTCTTAGCATCATCATTGGTGAGAACTAGTTTTGGTGCCCCAAAAAAACCCGGGA
CGCTTCCAACGGTCCCGTCTAAGCTGGTCAGCTTATAAGTGTTTTCTCCTAATCCTTCTC
CGGCTTTCTCTATCTTAAACCGGCTATTTTGGCTCCCCGCTATACCACCGAGGAGAATTG
CTGGCTCGGAAGCCGATGATGAGGACTCAACTTCCCATATAAAGGAAAATTCGTTGCAGA
GTGGTAGCGGCTTGCTAGCGTTGAACTCGATGGTTACATCAGTAGATGTCTTAACGATGG
GTTCTGTGACGGAGTCAGCAAACTGGAAGCTAAGCGGTTGGCCCGGTAGGAACGGAAAGA
GTGCTTGGTTGATGCCAAGTGGACAAGGGGGGAATTTAATGGCGGCTGGAACAAGACCAC
CACCATTGAGGCTCGCAGTCTTGATCGGCCGGATGAAGTATTGCTGACCTGTCTCAAGAG
AATACCCGGCAGTGTCTTTCACCGGTTCTTGTCCGTGGGTGCAGGCCACTGTCGCCAAGA
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GTTTGGGGTGTTTGAGTCC

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DS 

RD RR3D450TF 710 0 0
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AACATC*TTAGAC*TGACTTCTCAACACGAGAAGCAGATGTAATAGCTTCATTATATTTG
TTGAATTTGACGAATATGGTCTTAGCATCATCATTGGTGAGAACTAGTTTTGGTGCCCCA
AAAAAACCCGGGACGCTTCCAACGGTCCCGTCTAAGCTGGTCAGCTTATAAGTGTTTTCT
CCTAATCCTTCTCCGGCTTTCTCTATCTTAAACCGGCTATTTTGGCTCCCCGCTATACCA
CCGAGGAGAATTGCTGGCTCGGAAGCCGATGATGAGGACTCAACTTCCCATATAAAGGAA
AATTCGTTGCAGAGTGGTAGCGGCTTGCTAGCGTTGAACTCGATGGTTACATCAGTAGAT
GTCTTAACGATGGGTTCTGTGACGGAGTCAGCAAACTGGAAGCTAAGCGGTTGGCCCGGT
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GGAACAAGACCACCACCATTGAGGCTCGCAGTCTTGATCGGCCGGATGAAGTATTGCTGA
CCTGTCTCAAGAGAATTCCCGGCAGTGTCTTTCACCGGTTCTTGTCCGTGGGTGCAGGCC
ACTGTCGCCAAGAGGAGAGTGATGAGAAAAGAGATCTTCATTGTGATGATGTTCTTGTGT
TTTTAGGTTTGGTGTTTGGGGTGTTTGAGTCC

QA 19 710 19 710
DS 



AS 2 14

CO CL116Contig1 1014 5 8 U
GGGATCTCTCCCCAATCTTCCTGCGCCACATAAATCTCAGTATTTTCTCCAAATCTCTGC
AACTCTCGATCGTTAACGGCGACCGAACTTTTTAACCGGTAAAGATGAACGACTTAGATG
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ACGAGATCTCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGG
CGGAAAAGAAGAAGATCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCTGATGTACGCA
AGAAGATTGATTACTCGATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGG
ATGATATTGTCAATGCCATGAAAGACCAAGCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCG
ATGAGGATGCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGA
AAGAGCCTTCGGTGTTGCTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTC
TTGAGGATGCAAAGGAGGAGTACGCTGGTAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCG
TGGACACAACTATATTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTCACT
GCTCTGG*AGGTGTTGTGCTAGCTTCCCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTC
GATGCTCGTCTTGATGTGGCATTCCGTATGAAACTTCCAGTGATCCGTAGGTCATTGTTT
GGCCAAGTTGCTGCCTAATGAATGAAAGAGATGTGATTCCGACCGGTTTGTGTGTTTGTT
TGTTACCCATTTGGGAAAGATTTATCTTTGTTGTGATTCTTTCTTTCTGCAGAATTTTAC
TTTGATGCCTAAAAGAACCCATCGAATCCTTCGTTTACTCGTGTATTTTTTCCTCCTTCC
TAAATGTTATTATTGGCTATAAAAATAAATAAAGGAATGAAAGACTTTTGTTAG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H518TF U 8
AF RR3H942TF U 6
AF RR3AP43TF U 1
AF RR3AP43JQ C 195
AF RR3H942JQ C 251
BS 1 770 RR3AP43TF
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BS 772 801 RR3AP43TF
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RD RR3H518TF 718 0 0
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TGATTACTCGATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGATAT
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TGCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAGCC
TTCGGTGTTGCTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGA
TGCAAAGGAGGAGTACGCTGGTAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACAC
AACTATATTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGG
GAGGTGTTGTGCTAGCTTCCCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3H942TF 751 0 0
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TCGATCGTTAACGGCGACCGAACTTTTTAACCGGTAAAGATGAACGACTTAGATGTGTCG
AAGCAGATCCAGCAGATGGTGAGATTCATCCGCCAAGAGGCTGAGGAGGAGGCAAACGAG
ATCTCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGGCGGAA
AAGAAGAAGATCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCTGGTGTACGCAAGAAG
ATTGATTACTCGATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGAT
ATTGTCAATGCCATGAAAGACCAAGCAGCAAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGATGAG
GATGCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAG
CCTTCGGTGTTGCTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAG
GATGCAAAGGAGGAGTACGCTGGTAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGAC
ACAACTGTATTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCT
GG*AGGTGTTGTGCTAGCTTCCCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGC
TCGTCTTGATGTGGCATTCCGTATGAAACTT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3AP43TF 801 0 0
GGGATCTCTCCCCAATCTTCCTGCGCCACATAAATCTCAGTATTTTCTCCAAATCTCTGC
AACTCTCGATCGTTAACGGCGACCGAACTTTTTAACCGGTAAAGATGAACGACTTAGATG
TGTCGAAGCAGATCCAGCAGATGGTGAGATTCATCCGCCAAGAGGCTGAGGAGAAGGCAA
ACGAGATCTCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGG
CGGAAAAGAAGAAGATCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCTGATGTACGCA
AGAAGATTGATTACTCGATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGG
ATGATATTGTCAATGCCATGAAAGACCAAGCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCG
ATGAGGATGCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGA
AAGAGCCTTCGGTGTTGCTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTC
TTGAGGATGCAAAGGAGGAGTACGCTGGTAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCG
TGGACACAACTATATTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTCACT
GCTCTGG*AGGTGTTGTGCTAGCTTCCCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTC
GATGCTCGTCTTGATGTGGCATTCCGTATGAAACTTCCAGTGATCCGTAG*TCATTGTTT
GGCCAAGTTGCTGCCTAATGA

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3AP43JQ 820 0 0
TCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGGCGGAAAAGAAGAAG
ATCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCTGATGTACGCAAGAAGATTGATTAC
TCGATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGATATTGTCAAT
GCCATGAAAGACCAAGCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGATGAGGATGCCTAC
AAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAGCCTTCGGTG
TTGCTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGATGCAAAG
GAGGAGTACGCTGGTAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACACAACTATA
TTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGG*AGGTGT
TGTGCTAGCTTCCCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGCTCGTCTTGA
TGTGGCATTCCGTATGAAACTTCCAGTGATCCGTAGGTCATTGTTTGGCCAAGTTGCTGC
CTAATGAATGAAAGAGATGTGATTCCGACCGGTTTGTGTGTTTGTTTGTTACCCATTTGG
GAAAGATTTATCTTTGTTGTGATTCTTTCTTTTTGCAGAATTTTACTTTGATGCCTAAAA
GAACCCATCGAATCCTTCGTTTACTCGTGTATTTTTTCCTCCTTCCTGAATGTTATTATT
GGCTATAAAAATAAATAAAGGAATGAAAGACTTTTGTTAG

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3H942JQ 755 0 0
GAAGATCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCTGGTGTACGCAAGAAGATTGA
TTACTCGATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGATATTGT
CAATGCCATGAAAGACCAAGCAGCAAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGATGAGGATGC
CTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAGCCTTC
GGTGTTGCTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGATGC
AAAGGAGGAGTACGCTGGTAAAGCAAATGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACACAAC
TGTATTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGG*AG
GTGTTGTGCTAGCTTCCCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACCCCCTCGATGCTCGTC
TTGATGTGGCATTCCGTATGAAACTTCCAGTGATCCGTAGGTCATTGTTTGGCCAAGTTG
CTGCCTAATGAATGAAAGAGATGTGATTCCGACCGGTTTGTGTGTTTGTTTGTTACCCAT
TTGGGAAAGATTTATCTTTGTTGTGATTCTTTCTTTCTGCAGAATTTTACTTTGATGCCT
AAAAGAACCCATCGAATCCTTCGTTTACTCGTGTATTTTTTCCTCCTTCCTAAATGTTAT
TATTGGCTATAAAAATAAATAAAGGAATGAAAGAC

QA 1 755 1 755
DS 



CO CL116Contig2 1012 9 24 U
GGGATCTCTCCCCAATCTTCCTGCGCCACATAAATCTCAGTATTTTCTCCAAATCTCCCG
ATCGTTAACGGCGACCAAACTCTTTTACCGGTAAAGATGAACGACTTAGATGTGTCAAAG
CAGATCCAGCAGATGGTGAGATTCATTCGGCAAGAGGCTGAGGAGAAGGCAAACGAGATC
TCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGGCGGAAAAG
AAGAAGGTCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCTGATGTACGCAAGAAGATT
GATTACTCGATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGATATT
GTCAATGCCATGAAAGACCAAGCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGATGAGGAT
GCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAGCCT
TCTGTGTTGTTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGAT
GCAAAGGAGGAGTATGCCGGCAAAGCAAAAGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACACA
ACCATATTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGGA
GGTGTTGTGCTAGCTTCTCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGCTCGT
CTTGATGTGGCATTCCGTATGAAACTCCCAGTGATCCGTAGGTCATTGTTTGGCCAAGTT
GCTGCCTAATGAATGAAAGAGATGTGATTCCGACCGGTTTGTGTGTTTGTTTGTTACCCA
TTTGGGAAAAGATTTATCTTTGTTGTGATTCTTTGTTTCTGCAGAATTTTACTTTGAAGT
CCAAAAGAACCCATCGAACTCGTCGTTTACTCGTGTATTTTTTTTCCTCCTTCCTGAATG
TTATCACTGGCCATAAAAATAAATAAAGGGATGAAAGACTTTTGTTATTGTC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 20 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 
55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 5 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 25 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU85TF U 56
AF RR3D848TF U 7
AF RR3DM40TF U 12
AF RR3DJ63TF U 1
AF RR3EV30TF U 1
AF RR3DJ63JQ C 170
AF RR3FU85JQ C 187
AF RR3EV30JQ C 498
AF RR3D848JQ C 262
BS 1 114 RR3DJ63TF
BS 115 115 RR3FU85TF
BS 116 273 RR3DJ63TF
BS 274 274 RR3FU85TF
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BS 414 414 RR3FU85TF
BS 415 743 RR3DJ63TF
BS 744 744 RR3FU85TF
BS 745 761 RR3DJ63TF
BS 762 762 RR3DJ63JQ
BS 763 766 RR3DJ63TF
BS 767 767 RR3EV30TF
BS 768 785 RR3DJ63TF
BS 786 786 RR3DJ63JQ
BS 787 788 RR3DJ63TF
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BS 790 792 RR3DJ63TF
BS 793 793 RR3DJ63JQ
BS 794 808 RR3DJ63TF
BS 809 809 RR3EV30TF
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BS 841 1004 RR3DJ63JQ
BS 1005 1012 RR3FU85JQ

RD RR3FU85TF 702 0 0
G
CCCGATCGTTAACGGCGACCAAACTCTTTTACCGGTAAAGATGAACGACTTAGATGTGTC
AAAGCAGATCCAGCAGATGGTGAGATTCATTCGGCAAGAGGCTGAGGAGAAGGCAAACGA
GATCTCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGGCGGA
AAAGAAGAAGGTCAGGCAAGACTATGAGTAGAAGGAGAAGCAAGCTGATGTACGCAAGAA
GATTGATTACTCGATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGA
TATTGTCAATGCCATGAAAGACCAAGCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGATGA
GGATGCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGA
GCCTTCTGTGTTGTTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGA
GGATGCAAAGGAGGAGTATGCCGGCAAAGCAAAAGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGA
CACAACCATATTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTC
TGGAGGTGTTGTGCTAGCTTCTCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGC
TCGTCTTGATGTGGCATTCCGTATGAAACTCCCAGTGATCC

QA 2 702 2 702
DS 

RD RR3D848TF 719 0 0
GG
TCCCCAATCTTCCTGCGCCACATAAATCTCAGTATTTTCTCCAAATCTCCCGATCGTTAA
CGGCGACCAAACTCTTTTACCGGTAAAGATGAACGACTTAGATGTGTCAAAGCAGATCCA
GCAGATGGTGAGATTCATTCGGCAAGAGGCTGAGGAGAAGGCAAACGAGATCTCCGTCTC
CGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGGCGGAAAAGAAGAAGGT
CAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCTGATGTACGCAAGAAGATTGATTACTC
GATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGATATTGTCAATGC
CATGAAAGACCAAGCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGATGAGGATGCCTACAA
ACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAGCCTTCTGTGTT
GTTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGATGCAAAGGA
GGAGTATGCCGGCAAAGCAAAAGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACACAATCATATT
CCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGCGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGGAG*TGTTGT
GCTAGCTTCTCGTGATGGGAAAATCGTGTGTGAGAACACCCTCGATGCTCGTCTTGA

QA 3 719 3 719
DS 

RD RR3DM40TF 784 0 0
GG
AATCTTCCTGTGCCACATAAATCTCAGTATTTTCTCCAAATCTCCCGATCGTTAACGGCG
ACCAAACTCTTTTACCGGTAAAGATGAACGACTTAGATGTGTCAAAGCAGATCCAGCAGA
TGGTGAGATTCATTCGGCAAGAGGCTGAGGAGAAGGCAAACGAGATCTCCGTCTCCGCTG
AAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGGCGGAAAAGAAGAAGGTCAGGC
AAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCTGATGTACGCAAGAAGATTGATTACTCGATGC
AGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGATATTGTCAATGCCATGA
AAGACCAAGCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGATGAGGATGCCTACAGACAGC
TTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAGCCTTCTGTGTTGTTGC
GTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGATGCAAAGGAGGAGT
ATGCCGGCAAAGCAAAAGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACGCAACCATATTCCTTC
CCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGGAG*TGTTGTGCTAG
CTTCTCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGA*CACCCCCGATGCTCGTCTTGATGTGGCAT
TCCGTATGAA*CTCCCAGTGATCCGTAG*TCATTGTTTGGCCA
GTTGCTGCTATGATGAAAG

QA 3 765 3 765
DS 

RD RR3DJ63TF 808 0 0
GGGATCTCTCCCCAATCTTCCTGCGCCACATAAATCTCAGTATTTTCTCCAAATCTCCCG
ATCGTTAACGGCGACCAAACTCTTTTACCGGTAAAGATGAACGACTTAGATGTGCCAAAG
CAGATCCAGCAGATGGTGAGATTCATTCGGCAAGAGGCTGAGGAGAAGGCAAACGAGATC
TCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGGCGGAAAAG
AAGAAGGTCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGTAGCAAGCTGATGTACGCAAGAAGATT
GATTACTCGATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGATATT
GTCAATGCCATGAAAGACCAAGCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGACGAGGAT
GCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAGCCT
TCTGTGTTGTTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGAT
GCAAAGGAGGAGTATGCCGGCAAAGCAAAAGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACACA
ACCATATTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGGA
GGTGTTGTGCTAGCTTCTCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGCTCGT
CTTGATGTGGCATTCCGTATGAA*CTCCCAGTGATCCGTAG*TCAT*GTTTGGCCAAGTT
GCTGC*TA*TGA*TGAAAGAGATGTGAT

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3EV30TF 809 0 0
GGGAT
CTCTCCCCAATCTTCCTGCGCCACATAAATCTCAGTATTTTCTCCAAATCTCCCGATCGT
TAACGGCGACCAAACTCTTTTACCGGTAAAGATGAACGACTTAGATGTGTCAAAGCAGAT
CCAGCAGATGGTGAGATTCATTCGGTAAGAGGCTGAGGAGAAGGCAAACGAGATCTCCGT
CTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGGCGGAAAAGAAGAA
GGTCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGAAGCAAGCTGATGTACGCAAGAAGATTGATTA
CTCGATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGATATTGTCAA
TGCCATGAAAGACCAAGCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGATGAGGATGCCTA
CAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTTTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAGCCTTCTGT
GTTGTTGCATTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGATGCAAA
GGAGGAGTATGCCGGCAAAGCAAAAGTTCATGCTCCAGAGGCTGCCGTGGACACAACCAT
ATTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGGAGGTGT
TGTGCTAGCTTCTCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGA*CACCCTCGATGCTCGTCTTGA
TGTGGCATTCCGTATGAA*CTCCCAGTGATCCGTAG*TCATTGTTTGGCCAAGTTGCTGC
*TAATGA*TGAAAGAGATGTGATT

QA 6 809 6 809
DS 

RD RR3DJ63JQ 837 0 0
CAAACGAGATCTC*GTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGT*G
AGGCGGAAAAGAAGAAGGTCAGGCAAGACTATGAGAAGAAGGAGTAGCAAGCTGATGTAC
GCAAGAAGATTGATTACTCGATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTC
AGGATGATATTGTCAATGCCATGAAAGACCAAGCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTG
GCGACGAGGATGCCTACAAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGT
TGAAAGAGCCTTCTGTGTTGTTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTA
TTCTTGAGGATGCAAAGGAGGAGTATGCCGGCAAAGCAAAAGTTCATGCTCCAGAGGTTG
CCGTGGACACAACCATATTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTC
ACTGCTCTGGAGGTGTTGTGCTAGCTTCTCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCC
TCGATGCTCGTCTTGATGTGGCATTCCGTATGAAACTCCCAGTGATCCGTAGGTCATTGT
TTGGCCAAGTTGCTGCCTAATGAATGAAAGAGATGTGATTCCGACCGGTTTGTGTGTTTG
TTTGTTACCCCTTTGGGAAAAGATTTATCTTTGTTGTGATTCTTTGTTTCTGCAGAATTT
TACTTTGAAGTCCAAAAGAACCCATCGAACTCGTCGTTTACTCGTGTATTTTTTTTCCTC
CTTCCTGAATGTTATCACTGGCCATAAAAATAAATAAAGGGATGAAAGACTTTTG
TT

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR3FU85JQ 826 0 0
TCCGCTGAAGAAGAATTCAACATCGAGAAACTGCAGCTAGTTGAGGCGGAAAAGAAGAAG
GTCAGGCAAGACTATGAGTAGAAGGAGAAGCAAGCTGATGTACGCAAGAAGATTGATTAC
TCGATGCAGCTGAATGCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGATATTGTCAAT
GCCATGAAAGACCAAGCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGATGAGGATGCCTAC
AAACAGCTTCTTAAGGATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAGCCTTCTGTG
TTGTTGCGTTGTCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGATGCAAAG
GAGGAGTATGCCGGCAAAGCAAAAGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACACAACCATA
TTCCTTCCCCCTCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGGAGGTGTT
GTGCTAGCTTCTCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGCTCGTCTTGAT
GTGGCATTCCGTATGAAACTCCCAGTGATCCGTAGGTCATTGTTTGGCCAAGTTGCTGCC
TAATGAATGAAAGAGATGTGATTCCGACCGGTTTGTGTGTTTGTTTGTTACCCATTTGGG
AAAAGATTTATCTTTGTTGTGATTCTTTGTTTCTGCAGAATTTTACTTTGAAGTCCAAAA
GAACCCATCGAACTCGTCGTTTACTCGTGTATTTTTTTTCCTCCTTCCTGAATGTTATCA
CTGGCCATAAAAATAAATAAAGGGATGAAAGACTTTTGTTATTGTC

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR3EV30JQ 474 0 0
TCGTGAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGATGCAAAGGAGGAGTATGC
CGGCAAAGCAAAAGTTCATGCTCCAGAGGCTGCCGTGGACACAACCATATTCCTTCCCCC
TCCTCCTACTTCTAGTGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGGAGGTGTTGTGCTAGCTTC
TCGTGATGGGAAAATCGTGTGCGAGAACACCCTCGATGCTCGTCTTGATGTGGCATTCCG
TATGAAACTCCCAGTGATCCGTAGGTCATTGTTTGGCCAAGTTGCTGCCTAATGAATGAA
AGAGATGTGATTCCGACCGGTTTGTGTGTTTGTTCGTTACCCATTTGGGAAAAGATTTAT
CTTTGTTGTGATTCTTTGTTTCTGCAGAATTTTACTTTGAAGTCCAAAAGAACCCATCGA
ACTCGTCGTTTACTCGTGTATTTTTTT*CCTCCTTCCTGAATGTTATCACTGGC

QA 1 474 1 474
DS 

RD RR3D848JQ 745 0 0
GAGAAGAAGGAGAAGCAAGCTGATGTACGCAAGAAGATTGATTACTCGATGCAGCTGAAT
GCGTCAAGGATCAAAGTTCTTCAAGCTCAGGATGATATTGTCAATGCCATGAAAGACCAA
GCAGCTAAAGATCTTCTCAACGTCAGTGGCGATGAGGATGCCTACAAACAGCTTCTTAAG
GATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTCGGTTGAAAGAGCCTTCTGTGTTGTTGCGTTGTCGT
GAAGAGGACTTGGGTTTAGTTGAATCTATTCTTGAGGATGCAAAGGAGGAGTATGCCGGC
AAAGCAAAAGTTCATGCTCCAGAGGTTGCCGTGGACACAATCATATTCCTTCCCCCTCCT
CCTACTTCTAGCGATTCTCATGGTCTTCACTGCTCTGGAGGTGTTGTGCTAGCTTCTCGT
GATGGGAAAATCGTGTGTGAGAACACCCTCGATGCTCGTCTTGATGTGGCATTCCGTATG
AAACTCCCAGTGATCCGTAGGTCATTGTTTGGCCAAGTTGCTGCCTAATGAATGAAAGAG
ATGTGATTCCGACCGGTTTGTGTGTTTGTTTGTTACCCATTTGGGAAAAGATTTATCTTT
GTTGTGATTCTTTGTTTCTGCAGAATTTTACTTTGAAGTCCAAAAGAACCCATCGAACTC
GTCGTTTACTCGTGTATTTTTTTTCCTCCTTCCTGAATGTTATCACTGGCCATAAAAATA
AATAAAGGGATGAAAGACTTTTG
CT

QA 1 743 1 743
DS 



AS 4 12

CO CL117Contig1 799 2 13 U
AATCAACGGTTCTTCACTTTTTCCATTAAGATTATTACATAACCAGCTTTCAAGTTGCTA
GTTTCATTATATTATATACACACACATAAATACACGCTGGTGTGGTCAGCAGTGAGAACC
CTTTTTGCAGTTGAGTGCACCCGATGCTATAGTTAAATCACCAACATGAGAGGACGGTCT
AGCAGCTAGGCTTGAGGCTCTTGAATAGCTTGACGATTTAGTTGGTCCAGCTCCAAAAAG
TGTAAAAAATGCACCGTTAAGCATTAAATCTCCTTCTGATCTCCAGTTCCAATTACTCCA
TTCACTCTCGGGTGCATCCTCATGCTTTGTTACCTCTTTGTCATCAGGACCATCAGGAGC
AAAAAAACGGTTGCCTTGAAAGTTGATGGTAGGACTTGCACTTCCTCCAATTGCATACAT
TTCCCAATGTGTATAGTCGTTGTTCACCACATGGAAATATCCATGTCGGCATCTTGGCAT
TCTTTGGACAAGGCCTTCTCCAAAATGGTTAAAAGCGATAGTGACTTGCATGTTCTTGTC
TTGCACATACGTGTCGCTATGTCCCAATAACATAACCTTATTATGATGCGTCAAGTAATT
ATTAGAGATAGTTATAGCCGTTGATCCACGTATCGCATCAATCAACCCATCGTTACAATT
TGAAAGCGAGCAATGATCAACCCACACGTGGCTCCCGTCGAAGATGGACACACCATCACC
ATCCGATATAGTCCTCCAACCGTAGTGCTCTGGAGGGTCTCGCACGTAAGTGTTCCCACC
TTGTTTACAGTCATGGCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD08JQ U 230
AF RR3AI28JQ U 1
BS 1 235 RR3AI28JQ
BS 236 236 RR3FD08JQ
BS 237 246 RR3AI28JQ
BS 247 247 RR3FD08JQ
BS 248 266 RR3AI28JQ
BS 267 267 RR3FD08JQ
BS 268 362 RR3AI28JQ
BS 363 363 RR3FD08JQ
BS 364 379 RR3AI28JQ
BS 380 380 RR3FD08JQ
BS 381 489 RR3AI28JQ
BS 490 490 RR3FD08JQ
BS 491 799 RR3AI28JQ

RD RR3FD08JQ 372 0 0
GCTCCAAAAAGTGTAAAAAATGCACCGTTAAGCATTAAATCTCCTTCTGATCTCCAGTTC
CAATTACTCCATTCACTCTCGGGTGCATCCTCATGCTTTGTTACCTCTTTGTCATCAGGA
CCATCAGGAGCAAAAAAACGGTTGCCTTGAAAGTTGATGGTAGGATTTGCACTTCCTCCA
ATTGCATACATTTCCCAATGTGTGTAGTCGTTGTTCACCACATGGAAATATCCATGTCGG
CATCTTGGCATTCTTTGGACAAGGCCTTCTCCAAAATGGTTAAAAGCGATAGTGACTTGC
ATGTTCTTGTCTTGCACATACGTGTCGCTATGTTCCAATAACATAACCTTATTATGATGC
GTCAAGTAATTA

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR3AI28JQ 799 0 0
AATCAACGGTTCTTCACTTTTTCCATTAAGATTATTACATAACCAGCTTTCAAGTTGCTA
GTTTCATTATATTATATACACACACATAAATACACGCTGGTGTGGTCAGCAGTGAGAACC
CTTTTTGCAGTTGAGTGCACCCGATGCTATAGTTAAATCACCAACATGAGAGGACGGTCT
AGCAGCTAGGCTTGAGGCTCTTGAATAGCTTGACGATTTAGTTGGTCCAGCTCCAGAAAG
TGTAAAGAATGCACCGTTAAGCATTAGATCTCCTTCTGATCTCCAGTTCCAATTACTCCA
TTCACTCTCGGGTGCATCCTCATGCTTTGTTACCTCTTTGTCATCAGGACCATCAGGAGC
AAGAAAACGGTTGCCTTGAGAGTTGATGGTAGGACTTGCACTTCCTCCAATTGCATACAT
TTCCCAATGTGTATAGTCGTTGTTCACCACATGGAAATATCCATGTCGGCATCTTGGCAT
TCTTTGGACGAGGCCTTCTCCAAAATGGTTAAAAGCGATAGTGACTTGCATGTTCTTGTC
TTGCACATACGTGTCGCTATGTCCCAATAACATAACCTTATTATGATGCGTCAAGTAATT
ATTAGAGATAGTTATAGCCGTTGATCCACGTATCGCATCAATCAACCCATCGTTACAATT
TGAAAGCGAGCAATGATCAACCCACACGTGGCTCCCGTCGAAGATGGACACACCATCACC
ATCCGATATAGTCCTCCAACCGTAGTGCTCTGGAGGGTCTCGCACGTAAGTGTTCCCACC
TTGTTTACAGTCATGGCTA

QA 1 799 1 799
DS 



CO CL117Contig2 762 2 7 U
CATGTTTCGTACAAAAACCTTATAACTTTACAAAGAGCCAAGAACACAATGCTGAATTCC
TCACAAGCATCCTTTGCTCTTATCTTTCTCTGCTGCATTTCCTTTTTCTTGTCTACACTC
GCTTTGTCCTCGCCCGTTTCCAACCCTGAGCTCGTAGTTGAGGAAGTCCACAGGAAAATA
AACGAGTCCATATCACGAAGGAGCTTAGGATACTTCTCGTGTGAGACCGGTAATCCAATC
GACGATTGTTGGCGATGCGACAAAGACTGGGAGAAAAACCGGAAACGGTTAGCTGATTGT
GGAATCGGTTTTGGAAAAAACGCAATTGGTGGTCGCGATGGTGAAATTTATGTGGTCACC
GATCCAGGAAACGATGATCCAGTAAACCCTAAACCGGGAACACTAAGATACGCAGTAATT
CAAGATGCACCGCTCTGGATCATATTCAACCGAGACATGACGATCCAACTAAAAGAAGAA
CTCATAATGAACTCTTTCAAAACTCTAGACGGACGAGGAGCATCAGTCCATATCTCTGGT
GGGCCGTGTATAACCATACAATACGTGACAAACATCATCATCCATGGTTTACACATACAC
GATTGTAAGCAAGGTGGGAACACTTACGTACGAGATTCTCCAGAGCACTACGGGTGGCGG
ACGATATCGGACGGTGACGGTGTTTCGATCTTCGTGGGAGCACGTGTGGGTTGATCATTG
CTCGCTCTCGATTGTACGATGGGTTGATTGATGCGATCCGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ23TF U 37
AF RR3CR88TF U 1
BS 1 134 RR3CR88TF
BS 135 135 RR3EQ23TF
BS 136 182 RR3CR88TF
BS 183 183 RR3EQ23TF
BS 184 277 RR3CR88TF
BS 278 278 RR3EQ23TF
BS 279 762 RR3CR88TF

RD RR3EQ23TF 586 0 0
GGG
AAGAACACAATGCTGAATTCCTCACAAGCATCCTTTGCTCTTATCTTTCTCTGCTGCATT
TCCTTTTTCTTGTCTACACTCGCTTTGTCCTCGCCCGTTTCCAACCCTGAGCTCGTAGTT
GAGGAAGTCCACAGGAAAATAGACGAGTCCATATCACGAAGGAGCTTAGGATACTTCTCG
TGTGAGACCGGTAATCCAATCGACGATTGTTGGCGATGCGACAAAGACTGGGAGAAAAAC
CGGAAACGGTTAGCTGATTGTGGAATCGGTTTTGGAAAAAACGCAATTGGTGGTCGCGAT
GGTGAAATTTATGTGGTCACCGATCCAGGAAACGATGATCCAGTAAACCCTAAACCGGGA
ACACTAAGATACGCAGTAATTCAAGATGCACCGCTCTGGATCATATTCAACCGAGACATG
ACGATCCAACTAAAAGAAGAACTCATAATGAACTCTTTCAAAACTCTAGACGGACGAGGA
GCATCAGTCCATATCTCTGGTGGGCCGTGTATAACCATACAATACGTGACAAACATCATC
ATCCATGGTTTACACATACATGATTGTAGGCAAGGTGGGAACA

QA 4 586 4 586
DS 

RD RR3CR88TF 762 0 0
CATGTTTCGTACAAAAACCTTATAACTTTACAAAGAGCCAAGAACACAATGCTGAATTCC
TCACAAGCATCCTTTGCTCTTATCTTTCTCTGCTGCATTTCCTTTTTCTTGTCTACACTC
GCTTTGTCCTCGCCTGTTTCCAACCCTGAGCTCGTAGTTGAGGAAGTCCACAGGAAAATA
AATGAGTCCATATCACGAAGGAGCTTAGGATACTTCTCGTGTGAGACCGGTAATCCAATC
GACGATTGTTGGCGATGCGACAAAGACTGGGAGAAAAGCCGGAAACGGTTAGCTGATTGT
GGAATCGGTTTTGGAAAAAACGCAATTGGTGGTCGCGATGGTGAAATTTATGTGGTCACC
GATCCAGGAAACGATGATCCAGTAAACCCTAAACCGGGAACACTAAGATACGCAGTAATT
CAAGATGCACCGCTCTGGATCATATTCAACCGAGACATGACGATCCAACTAAAAGAAGAA
CTCATAATGAACTCTTTCAAAACTCTAGACGGACGAGGAGCATCAGTCCATATCTCTGGT
GGGCCGTGTATAACCATACAATACGTGACAAACATCATCATCCATGGTTTACACATACAC
GATTGTAAGCAAGGTGGGAACACTTACGTACGAGATTCTCCAGAGCACTACGGGTGGCGG
ACGATATCGGACGGTGACGGTGTTTCGATCTTCGTGGGAGCACGTGTGGGTTGATCATTG
CTCGCTCTCGATTGTACGATGGGTTGATTGATGCGATCCGTG

QA 1 762 1 762
DS 



CO CL117Contig3 881 6 12 U
AACTTTTAAACGTGTTTAGTGATACTAGTAAGTTTTGCCGACACAAGGACCAAACTCAAA
CGTAATCAACTCCTCGTCACTTCTTCATCAAGATTATTACACAACTAGCTTTGAATTGCT
GGTTTCATTATATTATATATACATAAATACATACAAGCTGGTGGGGCCATGATCAGCAGT
GGGAACCCTTTTTGCAGCTGAGTGCACCAGATGATATAGTTATCTCACCAACATTAGAGG
ACGGTCTAGCAGCTAGACTTGAGGCTCTCGAATAGCTTGACGATTTAGTTGGTCCAGCTC
CAGAAAGTGTAAAGAATGCACCATTAAGCATTAGATCTCCTTCGGATCTCCAATTCCAAT
GACTCCATTCGCTTTCTGGCGCATCCTCATGCTTTGTTACCTCTTTGCTAAAAGAGTTAT
CAGGAGCAAGGAAACGGTTGCCTTGGGAGTTGATGGTAGGATTAGCACTTCCTCCAATTG
CATACATTTCCCAATGTGTATAGTCATTGTTCACCACATGGAAATATCCATGTCGACACC
TTGGCATTCTTTGGACAAGGCCTTCTCCAAAGTGGTTAAAAGCGATAGTGACTTGCATAT
TCTTGTCTTGCTCGTACGTATCACTATGACCCAATAACATAACCTTATTGTGATGCGTCA
AGTAATTATTAGAAATCGTTATAGCCGTCGATCCACGGATCGCATCAATCAACCCATCGT
TACAATTCGAGAGCGAGCAATGATCAACCCACACGTGGCTCCCACCGAAGATCGAAACAC
CGTCACCGTCCGATATCGTCCGCCACCCGTAGTGCTCTGGAGAATCTCGTACGTAAGTGT
TCCCACCTTGCTTACAATCATGTATGTGTAAACCATGGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 10 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ23JQ U 99
AF RR3FO10JQ U 61
AF RR3GO02JQ U 1
AF RR3CR88JQ U 99
AF RR3FH40JQ U 338
AF RR3FO10TF C 194
BS 1 328 RR3GO02JQ
BS 329 329 RR3FO10JQ
BS 330 347 RR3GO02JQ
BS 348 348 RR3FO10JQ
BS 349 659 RR3GO02JQ
BS 660 660 RR3FO10JQ
BS 661 693 RR3GO02JQ
BS 694 694 RR3FO10JQ
BS 695 721 RR3GO02JQ
BS 722 787 RR3CR88JQ
BS 788 817 RR3FH40JQ
BS 818 881 RR3FO10TF

RD RR3EQ23JQ 540 0 0
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TGGTGGGGCCATGATAAGCAGTGGGAACCCTTTTTGTAGCTGAGTGCACCAAATGATATA
GTTATCTCACCAACATTAGAGGACGGTCTAGCAGCTAGACTTGAGGCTCTCGAATAGCTT
GACGATTTAGTTGGTCCAGCTCCAAAAAGTGTAAAGAATGCACCATTAAGCATTAAATCT
CCTTCGGATCTCCAATTCCAATGACTCCATTCGCTTTCTGGCGCATCCTCATGCTTTGTT
ACCTCTTTGCTAAAAGAGTTATCAGGAGCAAGGAAACGGTTGCCTTGGGAGTTGATGGTA
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TGGAAATATCCATGTCGACACCTTGGCATTCTTTGGACAAGGCCTTCTCCAAAGTGGTTA
AAAGCGATAGTGACTTGCATATTCTTGTCTTGCTCGTACGTATCACTATGACCCAATAAC

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR3FO10JQ 635 0 0
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GGTTTCATTATATTATATATACATAAATACATACAAGCTGGTGGGGCCATGATCAGCAGT
GGGAACCCTTTTTGCAGCTGAGTGCACCAAATGATATAGTTATCTCACCAACATTAGAGG
ACGGTCTAGCAGCTAGACTTGAGGCTCTCGAATAGCTTGACGATTTAGTTGGTCCAGCTC
CAGAAAGTGTAAAGAATGCACCATTAAGCATTAAATCTCCTTCGGATCTCCAATTCCAAT
GACTCCATTCGCTTTCTGGCGCATCCTCATGCTTTGTTACCTCTTTGCTAAAAGAGTTAT
CAGGAGCAAGGAAACGGTTGCCTTGGGAGTTGATGGTAGGATTAGCACTTCCTCCAATTG
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TCTTGTCTTGCTCGTACGTATCACTATGACCCAATAACATAACCTTATTGTGATGCGTCA
AGTAATTATTAGAAATCGTTATAGCCGTCGATCCA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3GO02JQ 721 0 0
AACTTTTAAACGTGTTTAGTGATACTAGTAAGTTTTGCCGACACAAGGACCAAACTCAAA
CGTAATCAACTCCTCGTCACTTCTTCATCAAGATTATTACACAACTAGCTTTGAATTGCT
GGTTTCATTATATTATATATACATAAATACATACAAGCTGGTGGGGCCATGATCAGCAGT
GGGAACCCTTTTTGCAGCTGAGTGCACCAGATGATATAGTTATCTCACCAACATTAGAGG
ACGGTCTAGCAGCTAGACTTGAGGCTCTCGAATAGCTTGACGATTTAGTTGGTCCAGCTC
CAGAAAGTGTAAAGAATGCACCATTAAGAATTAGATCTCCTTCGGATATCCAATTCCAAT
GACTCCATTCGCTTTCTGGCGCATCCTCATGCTTTGTTACCTCTTTGCTAAAAGAGTTAT
CAGGAGCAAGGAAACGGTTGCCTTGGGAGTTGATGGTAGGATTAGCACTTCCTCCAATTG
CATACATTTCCCAATGTGTATAGTCATTGTTCACCACATGGAAATATCCATGTCGACACC
TTGGCATTCTTTGGACAAGGCCTTCTCCAAAGTGGTTAAAAGCGATAGTGACTTGCATAT
TCTTGTCTTGCTCGTACGTATCACTATGACCCAATAACATAACCTTATTGTGATGCGTCG
AGTAATTATTAGAAATCGTTATAGCCGTCGATCAACGGATCGCATCAATCAACCCATCGT
T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3CR88JQ 693 0 0
ACACAACTAGCTTTGAATTGCTGGTTTCATTATATTATATATACATAAATACATACAAGC
TGGTGGGGCCATGATCAGCAGTGGGAACCCTTTTTGCAGCTGAGTGCACCAGATGATATA
GTTATCTCACCAACATTAGAGGACGGTCTAGCAGCTAGACTTGAGGCTCTCGAATAGCTT
GACGATTTAGTTGGTCCAGCTCCAGAAAGTGTAAAGAATGCACCATTAAGCATTAGATCT
CCTTCGGATCTCCAATTCCAATGACTCCATTCGCTTTCTGGCGCATCCTCATGCTTTGTT
ACCTCTTTGCTAAAAGAGTTATCAGGAGCAAGGAAACGGTTGCCTTGGGAGTTGATGGTA
GGATTAGCACTTCCTCCAATTGCATACATTTCCCAATGTGTATAGTCATTGTTCACCACA
TGGAAATATCCATGTCGACACCTTGGCATTCTTTGGACAAGGCCTTCTCCAAAGTGGTTA
AAAGCGATAGTGACTTGCATATTCTTGTCTTGCTCGTACGTATCACTATGACCCAATAAC
ATAACCTTATTGTGATGCGTCAAGTAATTATTAGAAATCGTTATAGCCGTCGATCCACGG
ATCGCATCAATCAACCCATCGTTACAATTCGAGAGCGAGCAATGATCAACCCACACGTGG
CTCCCACCGAAGATCGAAACACCGTCACC
GTCC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3FH40JQ 480 0 0
TCCTTCGGATCTCCAATTCCAATGACTCCATTCGCTTTCTGGCGCATCCTCATGCTTTGT
TACCTCTTTGCTAAAAGAGTTATCAGGAGCAAGGAAACGGTTGCCTTGGGAGTTGATGGT
AGGATTAGCACTTCCTCCAATTGCATACATTTCCCAATGTGTATAGTCATTGTTCACCAC
ATGGAAATATCCATGTCGACACCTTGGCATTCTTTGGACAAGGGCTTCTCCAAAGTGGTT
AAAAGCGATAGTGACTTGCATATTCTTGTCTTGCTCGTACGTATCACTATGACCCAATAA
CATAACCTTATTGTGATGCGTCAAGTAATTATTAGAAATCGTTATAGCCGTCGATCCACG
GATCGCATCAATCAACCCATCGTTACAATTCGAGAGCGAGCAATGATCAACCCACACGTG
GCTCCCACCGAAGATCGAAACACCGTCACCGTCCGATATCGTCCGCCACCCGTAGTGCTC

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR3FO10TF 688 0 0
GCAGCTGAGTGCACCAGATGATATAGTTATCTCACCAACATTAGAGGACGGTCTAGCAGC
TAGACTTGAGGCTCTCGAATAGCTTGACGATTTAGTTGGTCCAGCTCCAGAAAGTGTAAA
GAATGCACCATTAAGCATTAGATCTCCTTCGGATCTCCAATTCCAATGACTCCATTCGCT
TTCTGGCGCATCCTCATGCTTTGTTACCTCTTTGCTAAAAGAGTTATCAGGAGCAAGGAA
ACGGTTGCCTTGGGAGTTGATGGTAGGATTAGCACTTCCTCCAATTGCATACATTTCCCA
ATGTGTATAGTCATTGTTCACCACATGGAAATATCCATGTCGACACCTTGGCATTCTTTG
GACAAGGCCTTCTCCAAAGTGGTTAAAAGCGATAGTGACTTGCATATTCTTGTCTTGCTC
GTACGTATCACTATGACCCAATAACATAACCTTATTGTGATGCGTCAAGTAATTATTAGA
AATCGTTATAGCCGTCGATCCACGGATCGCATCAATCAACCCATCGTTACAATTCGAGAG
CAAGCAATGATCAACCCACACGTGGCTCCCACCGAAGATCGAAACACCGTCACCGTCCGA
TATCGTCCGCCACCCGTAGTGCTCTGGAGAATCTCGTACGTAAGTGTTCCCACCTTGCTT
ACAATCATGTATGTGTAAACCATGGATC

QA 1 688 1 688
DS 



CO CL117Contig4 703 2 5 U
GGCCACGTGTGGGTTGATCATTGCTCGCTCTCGAATTGTAACGATGGGTTGATTGATGCG
ATACGTGGATCAACGGCTATAACTATCTCTAATAATTACTTGACGCATCATAATAAGGTT
ATGTTATTGGGACATAGCGACACGTATGTGCAAGACAAGAACATGCAAGTCACTATCGCT
TTTAACCATTTTGGAGAAGGCCTCGTCCAAAGAATGCCAAGATGCCGACATGGATATTTC
CATGTGGTGAACAACGACTACACACATTGGGAAATGTATGCAATTGGAGGAAGTGCAAAT
CCTACCATCAACTCTCAAGGCAACCGTTTTCTTGCTCCTGATGGTCCTGATGACAAAGAG
GTAACAAAGCATGAGGACGCACCCGAGAGTGAATGGAGTAATTGGAACTGGAGATCAGAA
GGAGATCTAACGCTTAACGGTGCATTCTTTACACTTTCTGGAGCTGGACCAACTAAATCG
TCAAGCTATTCAAGAGCCTCAAGCCTAGCTGCTAGACCGTCCTCTCGTGTTGGTGATTTA
ACTATAGCATCGGGTGCACTCAGCTGCAAAAAGGGTTCTCACTGCTGACCACACCAGCCT
GTATTTATGTGTGTGTGTATATAATATAATGAAACTAGCAACTTGAAAGCTAGTTATGTA
ATAATCTTAATGAAAAAAAGTGAAGAAGCGTTGATTACATTTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ11JQ C 1
AF RR3GQ11TF U 1
BS 1 1 RR3GQ11JQ
BS 2 678 RR3GQ11TF
BS 679 679 RR3GQ11JQ
BS 680 696 RR3GQ11TF
BS 697 703 RR3GQ11JQ

RD RR3GQ11JQ 703 0 0
GGCCACGTGTGGGTTGATCATTGCTCGCTCTCGAATTGTAACGATGGGTTGATTGATGCG
ATACGTGGATCAACGGCTATAACTATCTCTAATAATTACTTGACGCATCATAATAAGGTT
ATGTTATTGGGACATAGCGACACGTATGTGCAAGACAAGAACATGCAAGTCACTATCGCT
TTTAACCATTTTGGAGAAGGCCTCGTCCAAAGAATGCCAAGATGCCGACATGGATATTTC
CATGTGGTGAACAACGACTACACACATTGGGAAATGTATGCAATTGGAGGAAGTGCAAAT
CCTACCATCAACTCTCAAGGCAACCGTTTTCTTGCTCCTGATGGTCCTGATGACAAAGAG
GTAACAAAGCATGAGGACGCACCCGAGAGTGAATGGAGTAATTGGAACTGGAGATCAGAA
GGAGATCTAACGCTTAACGGTGCATTCTTTACACTTTCTGGAGCTGGACCAACTAAATCG
TCAAGCTATTCAAGAGCCTCAAGCCTAGCTGCTAGACCGTCCTCTCGTGTTGGTGATTTA
ACTATAGCATCGGGTGCACTCAGCTGCAAAAAGGGTTCTCACTGCTGACCACACCAGCCT
GTATTTATGTGTGTGTGTATATAATATAATGAAACTAGCAACTTGAAAGCTAGTTATGTA
ATAATCTTAATGAAAAAAAGTGAAGAAGCGTTGATTACATTTT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3GQ11TF 703 0 0
G
GCCACGTGTGGGTTGATCATTGCTCGCTCTCGAATTGTAACGATGGGTTGATTGATGCGA
TACGTGGATCAACGGCTATAACTATCTCTAATAATTACTTGACGCATCATAATAAGGTTA
TGTTATTGGGACATAGCGACACGTATGTGCAAGACAAGAACATGCAAGTCACTATCGCTT
TTAACCATTTTGGAGAAGGCCTCGTCCAAAGAATGCCAAGATGCCGACATGGATATTTCC
ATGTGGTGAACAACGACTACACACATTGGGAAATGTATGCAATTGGAGGAAGTGCAAATC
CTACCATCAACTCTCAAGGCAACCGTTTTCTTGCTCCTGATGGTCCTGATGACAAAGAGG
TAACAAAGCATGAGGACGCACCCGAGAGTGAATGGAGTAATTGGAACTGGAGATCAGAAG
GAGATCTAACGCTTAACGGTGCATTCTTTACACTTTCTGGAGCTGGACCAACTAAATCGT
CAAGCTATTCAAGAGCCTCAAGCCTAGCTGCTAGACCGTCCTCTCGTGTTGGTGATTTAA
CTATAGCATCGGGTGCACTCAGCTGCAAAAAGGGTTCTCACTGCTGACCACACCAGCCTG
TATTTATGTGTGTGTGTATATAATATAATGAAACTAGCAACTTGAAAGCTAGTTATGTAA
TAATCTTAATGAAAAAA*GTGAAGAAGCGTTGATT
ACATTTT

QA 2 696 2 696
DS 



AS 2 9

CO CL118Contig1 673 2 5 U
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TGTGGCGAAGAAGCCCGCTAAAGCAGCAGGTCGAAGCAAAGCGGCGGCTAAGGATCCTAA
CAAACCTAAGAGGCCAGCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAGGACTTCCGTCAGACTTA
CAAGAAGGACCACCCCAACAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGTAAAGCTGGTGGAGAAAA
GTGGAAATCCTTGTCTGACTCTGAGAAGGCTCCCTTTGTAGCTAAGGCTGATAAGCGCAA
GGTTGAGTATGAGAAGACCATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGTCCAAAGGA
GGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCCGAGGTGAATGATGAGGATGATGCCGATGA
TGGTAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTAAGCATAATAGGGGCGCTACAA
GGATCTCTGGGATGTTTTTACTTTTTTCTTCTTTCTTATTTACTAATGTTTCAAGTTAGT
AAGCTTGCCACTATCTCTCACTGATTCTGATTCTACGCGTAATGGAAAAAGTGTGTAGAC
TGTTTGAATGAGAGATTTGCAGCTCTATGTAACAATTTAGCTTTTCGTTCTATAATATGT
TATCATCCCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN01TF U 519
AF RR3AI25JQ C 1
BS 1 519 RR3AI25JQ
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BS 578 578 RR3AI25JQ
BS 579 638 RR3GN01TF
BS 639 673 RR3AI25JQ

RD RR3GN01TF 120 0 0
G
TTACTAATGTTTCAAGTTAGTAAGCTTGCCACTATCTCTCACTGATTCTGATTCTACGTG
TAATGGAAAAAGTGTGTAGACTGTTTGAATGAGAGATTTGCAGCTCTATGTAACAATTT

QA 2 120 2 120
DS 

RD RR3AI25JQ 673 0 0
TCAAGATTCGATTATGAAGGGAGGTAAATCAAAGACTGAAACCAGGAGCTCCAAGCTCTC
TGTGGCGAAGAAGCCCGCTAAAGCAGCAGGTCGAAGCAAAGCGGCGGCTAAGGATCCTAA
CAAACCTAAGAGGCCAGCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAGGACTTCCGTCAGACTTA
CAAGAAGGACCACCCCAACAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGTAAAGCTGGTGGAGAAAA
GTGGAAATCCTTGTCTGACTCTGAGAAGGCTCCCTTTGTAGCTAAGGCTGATAAGCGCAA
GGTTGAGTATGAGAAGACCATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGTCCAAAGGA
GGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCCGAGGTGAATGATGAGGATGATGCCGATGA
TGGTAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTAAGCATAATAGGGGCGCTACAA
GGATCTCTGGGATGTTTTTACTTTTTTCTTCTTTCTTATTTACTAATGTTTCAAGTTAGT
AAGCTTGCCACTATCTCTCACTGATTCTGATTCTACGCGTAATGGAAAAAGTGTGTAGAC
TGTTTGAATGAGAGATTTGCAGCTCTATGTAACAATTTAGCTTTTCGTTCTATAATATGT
TATCATCCCTTCC

QA 1 673 1 673
DS 



CO CL118Contig2 759 7 4 U
GGACAAACACGTAGTACGATTCCTTTTGCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTACAACCCCTAC
GATCTTCTTCGTCAAGATTCGAGTATGAAGGGAGGTAAATCAAAGACTGAAACCAGGAGC
TCCAAGCTCTCTGTGGCCAAGAAGCCCGCTAAAGCAGCAGGTCGTAGCAAAGCGGCGGCT
AAGGATCCTAACAAACCAAAGAGGCCTGCTAGTGCCTTCTTCGTGTTCATGGAGGACTTC
CGTCAGACTTACAAGAAGGATCACCCCAACAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGTAAAGCT
GGTGGAGAAAAGTGGAAATCCTTGTCTGACTCTGAGAAGGCTCCCTTTGTAGCTAAGGCT
GATAAGCGCAAGGTTGAGTATGAGAAGACCATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAA
GGTCCAAAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTGAATGATGAGGAT
GATGCCGATGATGGTAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTGAAGCTGGTAG
CATAATAGGGGCGCTACAAGGATCTCTGGGATGT***TTTTTTTTTCTTTCTTTCTTATT
TACTGATGTTTCAAGTTAGTAAGCTTGCCACTATCTCTCACTGATTCTGATTCTACGTGT
AATGGAAAAAGTGTGTAGACTGTTTGAATGAGAGATTTGCAGCTCTATGTAACAATTTAG
CTTTTCGTTCTAAAATATGTTATCATCCCTTTCTTCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 5 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 15 15 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CS76JQB C 75
AF RR3AN92TF U 1
AF RR3F395TF U 10
AF RR3AY66JQ C 2
AF RR3AY66TF U 2
AF RR3AN92JQ C 22
AF RR3AJ03TF U 99
BS 1 535 RR3AN92TF
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BS 538 718 RR3AN92TF
BS 719 759 RR3AJ03TF

RD RR3CS76JQB 488 0 0
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GGCCAAGAAGCCAGCTAAAGCAGCAGGTCGTAGCAAAGCGGCGGCTAAGGACCCTAACAA
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GAAATCCTTGTCTGACTCTGAGAAGGCTCCCTTTGTAGCTAAGGCTGATAAGCGCAAGGT
TGAGTATGAGAAGACCATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGCCCAAAGGAGGA
CGAGGAGGATTCTGACAAGTCCGTGT**GAGGTGAATGATGAGGATGATGCCGATGATGG
TAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTGAAGCTGGTAGCATAATAGGGGCGC
TACAA
AAA

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR3AN92TF 718 0 0
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GATCTTCTTCGTCAAGATTCGAGTATGAAGGGAGGTAAATCAAAGACTGAAACCAGGAGC
TCCAAGCTCTCTGTGGCCAAGAAGCCCGCTAAAGCAGCAGGTCGTAGCAAAGCGGCGGCT
AAGGATCCTAACAAACCAAAGAGGCCTGCTAGTGCCTTCTTCGTGTTCATGGAGGACTTC
CGTCAGACTTACAAGAAGGATCACCCCAACAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGTAAAGCT
GGTGGAGAAAAGTGGAAATCCTTGTCTGACTCTGAGAAGGCTCCCTTTGTAGCTAAGGCT
GATAAGCGCAAGGTTGAGTATGAGAAGACCATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAA
GGTCCAAAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTGAATGATGAGGAT
GATGCCGATGATGGTAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTGAAGCT**TAG
CATAATAGGGGCGCTACAAGGATCTCTGGGATGT***TTTTTTTTTCTTTCTTTCTTATT
TACTGATGTTTCAAGTTAGTAAGCTTGCCACTATCTCTCACTGATTCTGATTCTACGTGT
AATGGAAAAAGTGTGTAGACTGTTTGAATGAGAGATTTGCAGCTCTATGTAACAATTT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3F395TF 699 0 0
GGAC
GTACGATTCCTTTTGCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTACAACCCCTACGATCTTCTTCGTC
AAGATTCGAGTATGAAGGGAGGTAAATCAAAGACTGAAACCAGGAGCTCCAAGCTCTCTG
TGGCGAAGAAGCCAGCTAAAGCAGCAGGTCGTAGCAAAGCGGCGGCTAAGGATCCTAACA
AACCAAAGAGGCCTGCTAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAGGACTTCCGTCAGACTTACA
AAAAGGACCACCCCAACAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGTAAAGCTGGTGGAGAAAAGT
GGAAATCCTTGTCTGACTCTGAGAAAGCTCCCTTTGTAGCTAAGGCTGATAAGCGCAAGG
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ACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCCGAGGTGAATGATGAGGATGATGCCGATGATG
GTAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTGAAGCTGGTAGCATAATAGGGGCG
CTACAAGGATCTCTGGGATGTCTTTTTCTTTTTTTTTCTTTCTTATTTACTGATGTTTCA
AGTTAGTAAGCTTGCCACTATCTCTCACTGATTCTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGTG
TGTAGACTGTTTGAATGAGAGATTTGCAGCTCTAT

QA 5 699 5 699
DS 

RD RR3AY66JQ 704 0 0
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GTACGATTCCTTTTGCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTACAACCCCTACGATCTTCTTCGTC
AAGATTCGAGTATGAAGGGAGGTAAATCAAAGACTGAAACCAGGAGCTCCAAGCTCTCTG
TGGCCAAGAAGCCCGCTAAAGCAGCAGGTCGTAGCAAAGCGGCGGCTAAGGATCCTAACA
AACCAAAGAGGCCTGCTAGTGCCTTCTTCGTGTTCATGGAGGACTTCCGTCAGACTTACA
AGAAAGATCACCCCAACAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGTAAAGCTGGTGGAGAAAAGT
GGAAATCCTTGTCTGACTCTGAGAAGGCTCCCTTTGTAGCTAAGGCTGATAAGCGCAAGG
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ACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTGAATGATTAGGATGATGCCGATGATG
GTAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTGAAGCTGGTAGCATAATAGGGGCG
CTACAAGGATCTCTGGGATGT***TTTTTTTTTCTTTCTTTCTTATTTACTGATGTTTCA
AGTTAGTAAGCTTGCCACTATCTCTCACTGATTCTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGTG
TGTAGACTGTTTGAATGAGAGATTTGCAGC
CC

QA 13 702 13 702
DS 

RD RR3AY66TF 704 0 0
GACAAACACGTA
GTACGATTCCTTTTGCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTACAACCCCTACGATCTTCTTCGTC
AAGATTCGAGTATGAAGGGAGGTAAATCAAAGACTGAAACCAGGAGCTCCAAGCTCTCTG
TGGCCAAGAAGCCCGCTAAAGCAGCAGGTCGTAGCAAAGCGGCGGCTAAGGATCCTAACA
AACCAAAGAGGCCTGCTAGTGCCTTCTTCGTGTTCATGGAGGACTTCCGTCAGACTTACA
AGAAAGATCACCCCAACAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGTAAAGCTGGTGGAGAAAAGT
GGAAATCCTTGTCTGACTCTGAGAAGGCTCCCTTTGTAGCTAAGGCTGATAAGCGCAAGG
TTGAGTATGAGAAGACCATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGTCCAAAGGAGG
ACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTGAATGATTAGGATGATGCCGATGATG
GTAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTGAAGCTGGTAGCATAATAGGGGCG
CTACAAGGATCTCTGGGATGT***TTTTTTTTTCTTTCTTTCTTATTTACTGATGTTTCA
AGTTAGTAAGCTTGCCACTATCTCTCACTGATTCTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGTG
TGTAGACTGTTTGAATGAGAGATTTGCAGC
CC

QA 13 702 13 702
DS 

RD RR3AN92JQ 697 0 0
CCTTTTGCTCTCTCCTCTCTCTCTCTCTACAACCCCTACGATCTTCTTCGTCAAGATTCG
AGTATGAAGGGAGGTAAATCAAAGACTGAAACCAGGAGCTCCAAGCTCTCTGTGGCCAAG
AAGCCCGCTAAAGCAGCAGGTCGTAGCAAAGCGGCGGCTAAGGATCCTAACAAACCAAAG
AGGCCTGCTAGTGCCTTCTTCGTGTTCATGGAGGACTTCCGTCAGACTTACAAGAAGGAT
CACCCCAACAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGTAAAGCTGGTGGAGAAAAGTGGAAATCC
TTGTCTGACTCTGAGAAGGCTCCCTTTGTAGCTAAGGCTGATAAGCGCAAGGTTGAGTAT
GAGAAGACCATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGTCCAAAGGAGGACGAGGAG
GAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTGAATGATGAGGATGATGCCGATGATGGTAGTGAT
GAGGAGGAAGACGATGACTAAAGAAGTTGAAGCT**TAGCATAATAGGGGCGCTACAAGG
ATCTCTGGGATGT***TTTTTTTTTCTTTCTTTCTTATTTACTGATGTTTCAAGTTAGTA
AGCTTGCCACTATCTCTCACTGATTCTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGTGTGTAGACT
GTTTGAATGAGAGATTTGCAGCTCTATGTAACAATTT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3AJ03TF 661 0 0
GGA
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TGCTGCTGTTGGTAAAGCTGGTGGAGAAAAGTGGAAATCCTTGTCTGACTCTGAGAAGGC
TCCCTTTGTAGCTAAGGCTGATAAGCGCAAGGTTGAGTATGAGAAGACCATGAAAGCCTA
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TGAGGTGAATGATGAGGATGATGCCGATGATGGTAGTGATGAGGAGGAAGACGATGACTA
AAGAAGTTGAAGCCGGTAGCATAATAGGGGCGCTACAAGGATCTCTGGGATGT***TTTT
TTTTTCTTTCTTTCTTATTTACTGATGTTTCAAGTTAGTAAGCTTGCCACTATCTCTCAC
TGATTCTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGTGTGTAGACTGTTTGAATGAGAGATTTGCA
GCTCTATGTAACAATTTAGCTTTTCGTTCTAAAATATGTTATCATCCCTTTCTTCACT

QA 4 661 4 661
DS 



AS 2 12

CO CL119Contig1 1476 10 41 U
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CTTTACATTAGAGCTACATGCAACTCACTCACTAGCAGTAATACAGCACTTAAACAAACA
AATAGGATTACAAGAGTACACATGTAAAAAGTACATGAATAAAAGAACAGGTAAAGACAC
TAGGGGG*CAGCGATTCGGATGGATAGTTTGGGTAAAATAAATGCCATTCATTCGGTTGC
AGCTCTTCTAAGCATATGTAGGATTGAGTGCAATGGCTTCCCTGTAGATCATCTCTTTTA
TCTGTTCCTCATCTAGAGGTTGTTGTTCAAAGTCGAAAGAAAATGGCTTTAGACAGATTG
GCTCATCATTTGGGTCGTGCAACTTGGCAAGGTACGGGTGGTTCAAAGCTTCTTCAACAG
TGATTCTTTTGTTGGGGTCAAAAGTCAACATTCTGTCAACAAGATCAATGGCCAATGGGT
TAACATGAGAGAAAAGTTTAGCTAACGGCTGGCGAGGGAAGGTGGGGAGCTGCCGGATGT
ATCTTTTAGCATCCTCGTTGTGTGTAAACCCGAGATCTGATTCTGTCGGCGTGCCAAGCA
ACTCTGTCAATAAGCGCATCTGATGGACATGGTCTTTACCAGGGAACAAAGGCTTTCTGT
TCATGAGCTCCATAAAGATACAACCAACAGACCAAACATCTATAGCAGCAGTGTAATCCG
ATGAGTTCAACAGAAGCTCAGGTGCTCTGTACCATCTGGTAACAACATACTCGGTCATAA
ACTCGTTCTCCGAAGTCGGTCGAGCAAGACCGAAGTCACAGATCTTTAAATCGCAGTTCG
CGTTCAGGAGAAGATTGCTCGGTTTTAGATCTCTGTGGATAACTTTAGCCGAGTGGATGT
ACTTGAGCCCTCGAAGAAGCTGGTACAAGAAGTACTGACAGTGTTCCTCAGACAAACCCT
GGTTGGATCTGATGATTTGATGAAGATCAGTGTCCATTAACTCAGTGGCAATATAAACAT
CACTGAACTGTCTTCTAAGTGGTGGAGGAACCACATCTCTTATAGCTATGATGTTTTCAT
GATCGAGATGACGAAGAAGCTTGATCTCGCGAAGTGTACGCTTGGCGTCCATGTGATTAT
CAAAGGCGTTGGCTATCTTCTTCATCGCCACTAGCTCGTTCGTCTCCGAATCCAAAACAG
AGCAAACGATGCCGTATGCGCCTCGACCGATTGGTACAATCGGAGGACGGTACTTGGATG
TGATCTCGAATAAACTACCGAAGATATCATAGCTTATGAACTGTCCTCCGTGCGTTTGCA
CCGCCGGAAACTCTGGATATTGGCCGCCAGCGTTATTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAATCGATCGATCGATCACGCGCTTAGT
CAACTTCAAAGCTTTGACTCTGTTGTTGTGCTTTGA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 40 40 
55 55 40 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DP03JQ U 1
AF RR3GO49JQ U 1
AF RR3AA11JQ U 33
AF RR3A164JQ U 32
AF RR3H385JQ U 33
AF RR3FY21JQ U 30
AF RR3CM60TF C 538
AF RR3H385TF C 581
AF RR3A164TF C 642
AF RR3AA11TF C 689
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BS 68 68 RR3FY21JQ
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BS 110 132 RR3DP03JQ
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BS 136 177 RR3DP03JQ
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BS 179 187 RR3DP03JQ
BS 188 188 RR3FY21JQ
BS 189 340 RR3DP03JQ
BS 341 341 RR3FY21JQ
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BS 395 395 RR3FY21JQ
BS 396 529 RR3DP03JQ
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BS 648 657 RR3DP03JQ
BS 658 661 RR3GO49JQ
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BS 742 742 RR3FY21JQ
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BS 843 959 RR3CM60TF
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BS 1411 1476 RR3AA11TF

RD RR3DP03JQ 737 0 0
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ACTCTGTCAATAAGCGCATCTGATGGACATGGTCTTTACCAGGGAATAAAGGCTTTC***
*CATGAGCTCCATAAAGATACAACCAACAGACCAAACATCTATAGCAGCAGTGTAATCCG
ATGAGTTCAACAGAAGC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3GO49JQ 770 0 0
CCTTATTGTCCTCGCATTTGAAGTCAGAAAATGTGAAGAAATTATTACATAGCTGGAGTT
CTTTACACTAGAGCTACATGCAACTCACTCACTAGCAGTAATACAGCATTTAAACAAACA
AATAGGATTACAAGGGTACACATGTAAAAAGTACATGAATAAAAGAACAGGTAAAGATAC
TAGGGGGGCAGCGATTCGGATGGATAGTTTGGGTAAAATAAATGCCATTCATTCGGTTGC
AGCTCTTCTAAGCATATGTAGGATTGAGTGCAATAGCTTCCCTGTAGATCATCTCTTTTA
TCTGTTCCTCATCTAGAGGTTGTTGTTCAAAGTCGAAAGAGAATGGCTTTAGACAGATTG
GCTCATCATTTGGGTCGTGCAACTTGGCAAGGTATGGGTGGTTCAGAGCTTCTTCAACAG
TGATTCTTTTGTTGGGGTCAAAAGTCAACATTCTGTCAACAAGATCAATGGCCAATGGGT
TAACATGAGAGAAAAGTTTAGCTAACGGCTGGCGAGGGAAGGGGGGGAGTTGCCGGATGT
ATCTTTTCGCATCCTCGTTGTGTGTAAACCCGAGATCTGATTCTGTCGGCGTGCCAAGCA
ACTCTGTCAATAAGCGCATCTGATGGACATGGTCTTTACCAGGGAATAAAGGCTTTCTGT
TCATGAGCTCCATAAAGATACAACCAACAGACCAAACATCTATAGCAGCAGTGTAATCCG
ATGAGTTCAACAGAAGCTCAG*TGCTCTGTACCATCTGGTAACAACATAC

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3AA11JQ 705 0 0
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ATGGCTTCCCTGTAGATCATCTCTTTTATCTGTTCCTCATCTAGAGGTTGTTGTTCAAAG
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CGAGGGAAGGTGGGGAGCTGCCGGATGTATCTTTTAGCATCCTCGTTGTGTGTAAACCCG
AGATCTGATTCTGTCGGCGTGCCAAGCAACTCTGTCAATAAGCGCATCTGATGGACATGG
TCTTTACCAGGGAACAAAGGCTTTCTGTTCATGAGCTCAATAAAGATACAACCAACAGAC
CAAACATCTATAGCAGTAGTGTAATCCGATGAGTTCAACAGAAGC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3A164JQ 772 0 0
C
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GTAAAATAAATGCCATTCATTCGGTTGCAGCTCTTCTAAGCATATGTAGGATTGAGTGCA
ATGGCTTCCCTGTAGATCATCTCTTTTATCTGTTCCTCATCTAGAGGTTGTTGTTCAAAG
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TACGGGTGGTTCAAAGCTTCTTCAACAGTGATTCTTTTGTTGGGGTCAAAAGTCAACATT
CTGTCAACAAGATCAATGGCCAATGGGTTAACATGAGAGAAAAGTTTAGCTAACGGCTGG
CGAGGGAAGGTGGGGAGCTGCCGGATGTATCTTTTAGCATCCTCGTTGTGTGTAAACCCG
AGATCTGATTCTGTCGGCGTGCCAAGCAACTCTGTCAATAAGCGCATCTGATGGACATGG
TCTTTACCAGGGAACAAAGGCTTTCTGTTCATGAGCTCCATAAAGATACAACCAACAGAC
CAAACATCTATAGCAGCAGTGTAATCCGATGAGTTCAACAGAAGCTCAGGTGCTCTGTAC
CATCTGGTAACAACATACTCGGTCATAAACTCGTTCTCCGAAGTCGGTCGA

QA 2 772 2 772
DS 

RD RR3H385JQ 751 0 0
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TAGCAGTAATACAGCACTTAAACAAACAAATAGGATTACAAGAGTACACATGTAAAAAGT
ACATGAATAAAAGAACAGGTAAAGACACTAGGGGG*CAGCGATTCGGATGGATAGTTTGG
GTAAAATAAATGCCATTCATTCGGTTGCAGCTCTTCTAAGCATATGTAGGATTGAGTGCA
ATGGCTTCCCTGTGGATCATCTCTTTTATCTGTTCCTCATCTAGAGGTTGTTGTTCAAAG
TCGAAAGAAAATGGCTTTAGACAGATTGGCTCATCATTTGGGTCGTGCAACTTGGCAAGG
TACGGGTGGTTCAGAGCTTCTTCAACAGTGATTCTTTTGTTGGGGTCAAAAGTCAACATT
CTGTCAACAAGATCAATGGCCAATGGGTTAACATGAGAGAAAAGTTTAGCTAACGGCTGG
CGAGGGAAGGTGGGGAGCTGCCGGATGTATCTTTTAGCATCCTCGTTGTGTGTAAACCCG
AGATCTGATTCTGTCGGCGTGCCAAGCAACTCTGTCAATAAGCGCATCTGATGGACATGG
TCTTTACCAGGGAACAAAGGCTTTCTGTTCATGAGCTCCATAAAGATACAACCAACAGAC
CAAACATCTATAGCAGCAGTGTAATCCGATGAGTTCAACAGAAGCTCAGGTGCTCTGTAC
CATCTGGTAACAACATACTCGGTCATAAAC
C

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3FY21JQ 813 0 0
AAT
GTGAAGAAATTATTTCATAGCTGGAGTTCTTTACATTAGAGCTACATGCAACTCACTCAC
TAGCAGTAATACAGCACTTAAACAAACAAATAGGATTACAAGAGTACACATGTAAAAAGT
ACATGAATAAAAGAACAGGTAAAGACACTAGGGGG*CAGCGATTCGGATGGATAGTTTGG
GTAAAATAAATGCCATTCATTCGGTTGCAGCTCTTCTAAGCATATGTAGGATTGAGTGCA
ATGGCTTCCCTGTAGATCATCTCTTTTATCTGTTCCTCATCTAGAGGTTGTTGTTCAAAG
TCGAAAGAAAATGGCTTTAGACAGATTGGCTCATCATTTGGGTCGTGCAACTTGGCAAGG
TACGGGTGGTTCAAAGCTTCTTCAACAGTGATTCTTTTGTTGGGGTCAAAAGTCAACATT
CTGTCAACAAGATCAATGGCCAATGGGTTAACATGAGAAAAAAGTTTAGCTAACGGCTGG
CGAGGGAAGGTGGGGAGCTGCCGGATGTATCTTTTAGCATCCTCGTTGTGTGTAAACCCG
AAATCTGATTCTGTCGGCGTGCCAAGCAACTCTGTCAATAAGCGCATCTGATGGACATGG
TCTTTACCAGGGAACAAAGGCTTTCTGTTCATGAGCTCCATAAAGATACAACCAACAGAC
CAAACATCTATAGCAGCAGTGTAATCCGATGAGTCCAACAGAAGCTCAGGTGCTCTGTAC
CATCTGGTAACAACATACTCGGTCATAAACTCGTTCTCCGAAGTCGGTCGAGCAAGACCG
AAGTCACAGATCTTTAAATCGCAGTTCGCG

QA 4 813 4 813
DS 

RD RR3CM60TF 785 0 0
ATGTATC
TTTAGCATCCTCGTTGTGTGTAAACCCGAGATCTGATTCTGTCGGCGTGCCAAGCAACTC
TGTCAATAAGCGCATCTGATGGACATGGTCTTTACCAGGGAACAAAGGCTTTCTGTTCAA
GAGCTCCATAAAGATACAACCAACAGACCAAACATCTATAGCAGCAGTGTAATCCGATGA
GTTCAACAGAAGCTCAGGTGCTCTGTACCATCTGGTAACAACATACTCGGTCATAAACTC
GTTCTCCGAAGTCGGTCGAGCAAGACCGAAGTCACAGATCTTTAAATCGCAGTTCGAGTT
CAGGAGAAGATTGCTCGGTTTTAGATCTCTGTGGATAACTTTAGCCGAGTGGATGTACTT
GAGCCCTCGAAGAAGCTGGTACAAGAAGTACTGACAGTGTTCCTCAGACAAACCCAGGTT
GGATCTGATGATTTGATGAAGATCAGTGTCCATTAACTCAGTGGCAATATAAACATCACT
GAACTGTCTTCTAAGTGGTGGAGGAACCACATCTCTTATAGCTATGATGTTTTCATGATC
GAGATGACGAAGAAGCTTGATCTCGCGAAGTGTACGCTTGGCGTCCATGTGATTATCAAA
GGCGTTGGCTATCTTCTTCATCGCCACTAGCTCGTTCGTCTCCGAATCCAAAACAGAGCA
AACGATGCCGTATGCGCCTCGACCGATTGGTACAATCGGAGGACGGTACTTGGATGTGAT
CTCGAATAAACTACCGA*GATATCATAGCTTATGAACTGTCCTCCGTGCGTTTGCACC

QA 8 785 8 785
DS 

RD RR3H385TF 804 0 0
A
TCTGTCGGCGTGCCAAGCAACTCTGTCAATAAGCGCATCTGATGGACATGGTCTTTACCA
GGGAACAAAGGCTTTCTGTTCATGAGCTCCATAAAGATACAACCAACAGACCAAACATCT
ATAGCAGCAGTGTAATCCGATGAGTTCAACAGAAGCTCAGGTGCTCTGTACCATCTGGTA
ACAACATACTCGGTCATAAACCCGTTCTCCGAAGTCGGTCGAGCAAGACCGAAGTCACAG
ATCTTTAAATCGCAGTTCGCGTTCAGGAGAAGATTGCTCGGTTTTAGATCTCTGTGGATA
ACTTTAGCCGAGTGGATGTACTTGAGCCCTCGAAGAAGCTGGTACAAGAAGTACTGACAG
TGTTCCTCAGACAAACCCTGGTTGGATCTGATGATTTGATGAAGATCAGTGTCCATTAAC
TCAGTGGCAATATAAACATCACTGAACTGTCTTCTAAGTGGTGGAGGAACCACATCTCTT
ATAGCTATGATGTTTTCATGATCGAGATGACGAAGAAGCTTGATCTCGCGAAGTGTACGC
TTGGCGTCCATGTGATTATCAAAGGCGTTGGCTATCTTCTTCATCGCCACTAGCTCGTTC
GTCTTCGAATCCAAAACAGAGCAAACGATGCCGTATGCGCCTCGACCGATTGGTACAATC
GGAGGACGGTACTTGGATGTGATCTCGAATAAACTACCGAAGATATCATAGCTTATGAAC
TGTCCTCCGTGCGTTTGCACCGCCGGAAACTCTGGATATTGGCCGCCAGCGTTATTCATC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
C

QA 2 803 2 803
DS 

RD RR3A164TF 774 0 0
GGGAACAAAGGCTTTCTGTTCATGAGCTCCATAAAGATACAACCAACAGACCAAACATCT
ATAGCAGCAGTGTAATCCGATGAGTTCAACAGAAGCTCAGGTGCTCTGTACCATCTGGTA
ACAACATACTCGGTCATAAACTCGTTCTCCGAAGTCGGTCGAGCAAGACCGAAGTCACAG
ATCTTTAAATCGCAGTTCGCGTTCAGGAGAAGATTGCTCGGTTTTAGATCTCTGTGGATA
ACTTTAGCCGAGTGGATGTACTTGAGCCCTCGAAGAAGCTGGTACAAGAAGTACTGACAG
TGTTCCTCAGACAAACCCTGGTTGGATCTGATGATTTGATGAAGATCAGTGTCCATTAAC
TCAGTGGCAATATAAACATCACTGAACTGTCTTCTAAGTGGTGGAGGAACCACATCTCTT
ATAGCTATGATGTTTTCATGATCGAGATGACGAAGAAGCTTGATCTCGCGAAGTGTACGC
TTGGCGTCCATGTGATTATCAAAGGCGTTGGCTATCTTCTTCATCGCCACTAGCTCGTTC
GTCTCCGAATCCAAAACAGAGCAAACGATGCCGTATGCGCCTCGACCGATTAGTACAATC
GGAGGGCGGTACTTGGATGTGATCTCGAATAAACTACCGAAGATATCATAGCTTATGAAC
TGTCCTCCGTGCGTTTGCACCGCCGGAAACTCTGGATATTGGCCGCCAGCGTTATTCATC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
AAATC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3AA11TF 788 0 0
AGACCAAACATCTATAGCAGTAGTGTAATCCGATGAGTTCAACAGAAGCTCAGGTGCTCT
GTACCATCTGGTAACAACATACTCGGTCATAAACTCGTTCTCCGAAGTCGGTCGAGCAAG
ACCGGAGTCACAGATCTTTAAATCGCAGTTCGCGTTCAGGAGAAGATTGCTCGGTTTTAG
ATCTCTGTGGATAACTTTAGCCGAGTGGATGTACTTGAGCCCTCGAAGAAGCTGGTACAA
GAAGTACTGACAGTGTTCCTCAGACAAACCCTGGTTGGATCTGATGATTTGATGAAGATC
AGTGTCCATTAACTCAGTGGCAATATAAACATCACTGAACTGTCTTCTAAGTGGTGGAGG
AACCACATCTCTTATAGCTATGATGTTTTCATGATCGAGATGACGAAGAAGCTTGATCTC
GCGAAGTGTACGCTTGGCGTCCATGTGATTATCAAAGGCGTTGGCTATCTTCTTCATCGC
CACTAGCTCGTTCGTCTCCGAATCCAAAACAGAGCAAACGATGCCGTATGCGCCTCGACC
GATTGGTACAATCGGAGGACGGTACTTGGATGTGATCTCGAATAAACTACCGAAGATATC
ATAGCTTATGAACTGTCCTCCGTGCGTTTGCACCGCCGGAAACTCTGGATATTGGCCGCC
AGCGTTATTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCTAAATCGATCGATCGATCACGCGCTTAGTCAACTTCAAAGCTTTGACTCTGTTGTTG
TGCTTTGA

QA 1 788 1 788
DS 



CO CL119Contig2 782 2 5 U
GGATCTAAAACTCATTTCAGTCTCTCAATCTAAGTGTACTATATTATATATAAACCGAGT
CACACACCACCCTCAGAGATTCACTACACCACCTCTCAAAGCACAACAACAGAGTCAAAG
CTTTGAAGTTGACTAAGCGCGTGATCGATCGATCGATTTAGAGAGATGAACAACGCCGGC
GGCCAATATCCAGAGTTCCCGGCGGTGCAAACGCACGGAGGACAGTTCATAAGCTATGAT
ATCTTCGGTAGTTTATTCGAGATCACATCCAAGTACCGTCCTCCGATTGTACCAATCGGT
CGAGGCGCATACGGCATCGTTTGCTCTGTTTTGGATTCGGAGACGAACGAGCTAGTGGCG
ATGAAGAAGATAGCCAACGCCTTTGATAATCACATGGACGCCAAGCGTACACTTCGCGAG
ATCAAGCTTCTTCGTCATCTCGATCATGAAAACATCATAGCTATAAGAGATGTGGTTCCT
CCACCACTTAGAAGACAGTTCAGTGATGTTTATATTGCCACTGAGTTAATGGACACCGAT
CTTCATCAAATCATCAGATCCAACCAGGGTTTGTCTGAGGAACACTGTCAGTACTTCTTG
TACCAGCTTCTTCGAGGGCTCAAGTACATCCACTCGGCTAAAGTTATCCACAGGGATCTA
AAACCGAGCAATCTTCTCCTGAACGCCAACTGCGATTTAAAGATCTGTGACTTCGGTCTT
GCTCGTCCGACTTCGGAGAACGAGTTTATGACCGAGTATGTTGTTACAGATGGTACAGAG
CA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3GO49TF U 1
AF RR3DP03TF U 1
BS 1 85 RR3DP03TF
BS 86 86 RR3GO49TF
BS 87 192 RR3DP03TF
BS 193 193 RR3GO49TF
BS 194 782 RR3DP03TF

RD RR3GO49TF 738 0 0
GGATCTAAAACTCATTTCAGTCTCTCAATCTAAGTGTACTATATTATATATAAACCGAGT
CACACACCACCCTCAGAGATTCACTACACCACCTCTCAAAGCACAACAACAGAGTCAAAG
CTTTGAAGTTGACTAAGCGCGTGATCGATCGATCGATTTAGAGAGATGAACAACGCCGGC
GGCCAATATCCAGAGTTCCCGGCGGTGCAAACGCACGGAGGACAGTTCATAAGCTATGAT
GTCTTCGGTAGTTTATTCGAGATCACATCCAAGTACCGTCCTCCGATTGTACCAATCGGT
CGAGGCGCATACGGCATCGTTTGCTCTGTTTTGGATTCGGAGACGAACGAGCTAGTGGCG
ATGAAGAAGATAGCCAACGCCTTTGATAATCACATGGACGCCAAGCGTACGCTTCGCGAG
ATCAAGCTTCTTCGTCATCTCGATCATGAAAACATCATAGCTATAAGAGATGTGGTTCCT
CCACCACTTAGAAGACAGTTCAGTGATGTTTATATTGCCACTGAGTTAATGGACACTGAT
CTTCATCAAATCATCAGATCCAACCAGGGTTTGTCTGAGGAACACTGTCAGTACTTCTTG
TACCAGCTTCTTCGAGGGCTCAAGTACATCCACTCGGCTAAAGTTATCCACAGGGATCTA
AAACCGAGCAATCTTCTCCTGAACGCCAACTGCGATTTAAAGATCTGTGACTTCG*TCTT
GCTCGTCCGACTTCG
AGA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3DP03TF 782 0 0
GGATCTAAAACTCATTTCAGTCTCTCAATCTAAGTGTACTATATTATATATAAACCGAGT
CACACACCACCCTCAGAGATTCACTGCACCACCTCTCAAAGCACAACAACAGAGTCAAAG
CTTTGAAGTTGACTAAGCGCGTGATCGATCGATCGATTTAGAGAGATGAACAACGCCGGC
GGCCAATATCCATAGTTCCCGGCGGTGCAAACGCACGGAGGACAGTTCATAAGCTATGAT
ATCTTCGGTAGTTTATTCGAGATCACATCCAAGTACCGTCCTCCGATTGTACCAATCGGT
CGAGGCGCATACGGCATCGTTTGCTCTGTTTTGGATTCGGAGACGAACGAGCTAGTGGCG
ATGAAGAAGATAGCCAACGCCTTTGATAATCACATGGACGCCAAGCGTACACTTCGCGAG
ATCAAGCTTCTTCGTCATCTCGATCATGAAAACATCATAGCTATAAGAGATGTGGTTCCT
CCACCACTTAGAAGACAGTTCAGTGATGTTTATATTGCCACTGAGTTAATGGACACCGAT
CTTCATCAAATCATCAGATCCAACCAGGGTTTGTCTGAGGAACACTGTCAGTACTTCTTG
TACCAGCTTCTTCGAGGGCTCAAGTACATCCACTCGGCTAAAGTTATCCACAGGGATCTA
AAACCGAGCAATCTTCTCCTGAACGCCAACTGCGATTTAAAGATCTGTGACTTCGGTCTT
GCTCGTCCGACTTCGGAGAACGAGTTTATGACCGAGTATGTTGTTACAGATGGTACAGAG
CA

QA 1 782 1 782
DS 



AS 4 11

CO CL120Contig1 999 2 6 U
GGAACTCTTCCTTTGCCATTTGTTGCAAACACTCAAGTCTTCTGAAATCAGACTTAGAGT
CTTCTTCAAGTTCCAGGGATCCAAATGGCGCAGATCTTGGCAGCTTCTCCAACATGTCAG
ATGAGATTGGCTAAACCCAGCTCCATTGCATCGTCAAAGTTATGGAACTCGGTTGTATTG
AAACAGAAGAAACAGAGCAGCAGCAAAGTCAGAAGCTTCAAAGTGATGGCTCTCCAATCT
GATAACAGTACAATCAACAGAGTTGAGAGTCTTCTCAATCTAGACACCAAACCTTTTACT
GACCGGATCATCGCTGAGTACATCTGGATTGGCGGATCTGGAATTGACCTTAGGAGCAAG
TCAAGGACTCTTGAAAAGCCTGTGGAAGATCCTTCCGAGCTTCCTAAGTGGAACTATGAT
GGTTCAAGTACCGGACAAGCACCTGGTGAAGATAGTGAAGTGATTCTCTATCCGCAAGCT
ATCTTCAGAGATCCTTTCCGTGGAGGCAATAACATATTGGTTATCTGTGATACCTACACA
CCAGCTGGTGAGCCAATTCCGACAAACAAACGTGCAAGAGCTGCTGAGATTTTCAGCAAC
AAGAAGGTCAATGAAGAGATTCCATGGTTTGGCATCGAACAAGAGTACACTTTACTTCAG
CCAAACGTGAACTGGCCTTTGGGTTGGCCCGTTGGAGCATATCCTGGTCCTCAGGGTCCT
TACTACTGTGGAGTTGGAGCTGAAAAGTCTTGGGGACGTGACATTTCAGATGCTCATTAC
AAAGCTTGTTTGTATGCTGGAATTAACATCAGTGGTACTAATGGTGAAGTTATGCCAGGA
CAGTGGGAATTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAGAATCGAAGCAGTGATCATGTTTGGTGTGC
TTGATACTTCTTGAGAGATCACAGACAAGCTGGTGTCGTCTAACCCTTGATCCCAACCGA
TTGAGGTGACTGGAACGGTGCTGGTGCATACCATTACAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3B723TF U 1
AF RR3H764TF U 211
BS 1 354 RR3B723TF
BS 355 355 RR3H764TF
BS 356 401 RR3B723TF
BS 402 402 RR3H764TF
BS 403 704 RR3B723TF
BS 705 999 RR3H764TF

RD RR3B723TF 711 0 0
GGAACTCTTCCTTTGCCATTTGTTGCAAACACTCAAGTCTTCTGAAATCAGACTTAGAGT
CTTCTTCAAGTTCCAGGGATCCAAATGGCGCAGATCTTGGCAGCTTCTCCAACATGTCAG
ATGAGATTGGCTAAACCCAGCTCCATTGCATCGTCAAAGTTATGGAACTCGGTTGTATTG
AAACAGAAGAAACAGAGCAGCAGCAAAGTCAGAAGCTTCAAAGTGATGGCTCTCCAATCT
GATAACAGTACAATCAACAGAGTTGAGAGTCTTCTCAATCTAGACACCAAACCTTTTACT
GACCGGATCATCGCTGAGTACATCTGGATTGGCGGATCTGGAATTGACCTTAGGGGCAAG
TCAAGGACTCTTGAAAAGCCTGTGGAAGATCCTTCCGAGCT*CCTAAGTGGAACTATGAT
GGTTCAAGTACCGGACAAGCACCTGGTGAAGATAGTGAAGTGATTCTCTATCCGCAAGCT
ATCTTCAGAGATCCTTTCCGTGGAGGCAATAACATATTGGTTATCTGTGATACCTACACA
CCAGCTGGTGAGCCAATTCCGACAAACAAACGTGCAAGAGCTGCTGAGATTTTCAGCAAC
AAGAAGGTCAATGAAGAGATTCCATGGTTTGGCATCGAACAAGAGTACACTTTACTTCAG
CCAAACGTGAACTGGCCTTTGGGTTGGCCCGTTGGAGCATATCC
TGGTCCT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3H764TF 789 0 0
G
GAAGCTTCAAAGTGATGGCTCTCCAATCTGATAACAGTACAATCAACAGAGTTGAGAGTC
TTCTCAATCTAGACACCAAACCTTTTACTGACCGGATCATCGCTGAGTACATCTGGATTG
GCGGATCTGGAATTGACCTTAGGAGCAAGTCAAGGACTCTTGAAAAGCCTGTGGAAGATC
CTTCCGAGCTTCCTAAGTGGAACTATGATGGTTCAAGTACTGGACAAGCACCTGGTGAAG
ATAGTGAAGTGATTCTCTATCCGCAAGCTATCTTCAGAGATCCTTTCCGTGGAGGCAATA
ACATATTGGTTATCTGTGATACCTACACACCAGCTGGTGAGCCAATTCCGACAAACAAAC
GTGCAAGAGCTGCTGAGATTTTCAGCAACAAGAAGGTCAATGAAGAGATTCCATGGTTTG
GCATCGAACAAGAGTACACTTTACTTCAGCCAAACGTGAACTGGCCTTTGGGTTGGCCCG
TTGGAGCATATCCTGGTCCTCAGGGTCCTTACTACTGTGGAGTTGGAGCTGAAAAGTCTT
GGGGACGTGACATTTCAGATGCTCATTACAAAGCTTGTTTGTATGCTGGAATTAACATCA
GTGGTACTAATGGTGAAGTTATGCCAGGACAGTGGGAATTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAG
AATCGAAGCAGTGATCATGTTTGGTGTGCTTGATACTTCTTGAGAGATCACAGACAAGCT
GGTGTCGTCTAACCCTTGATCCCAACCGATTGAGGTGACTGGAACGGTGCTGGTGCATAC
CATTACAG

QA 2 789 2 789
DS 



CO CL120Contig2 992 3 4 U
GCCCAGCTGGTGAGCCAATTCCGACAAACAAACGTGCAAGAGCTGCTGAGATTTTCAGCA
ACAAGAAGGTCAATGAAGAGATTCCATGGTTTGGCATCGAACAAGAGTACACTTTACTTC
AGCCAAACGTGAACTGGCCTTTGGGTTGGCCCGTTGGAGCATATCCTGGTCCTCAGGGTC
CTTACTACTGTGGAGTTGGAGCTGAAAAGTCTTGGGGACGTGACATTTCAGATGCTCATT
ACAAAGCTTGTTTGTATGCTGGAATTAACATCAGTGGTACCAATGGTGAAGTTATGCCAG
GACAGTGGGAATTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAGGAATCGAAGCAGGTGATCATGTTTGGT
GTGCTAGATACCTTCTTGAGAGAATCACAGAACAAGCTGGTGTCGTCCTAACCCTTGATC
CCAAACCGATTGAGGGTGACTGGAACGGTGCTGGTTGCCATACCAATTACAGTACAAAGA
GCATGAGAGAGGATGGAGGATTTGAGGTGATTAAAAAGGCCATCTTGAACCTCTCGCTTC
GTCACATGGAGCACATCAGTGCCTACGGTGAAGGCAACGAGAGAAGGTTGACCGGAAAGC
ACGAGACAGCCAGTATCGACCAACTCTCATGGGGCGTGGCTAACCGTGGATGCTCAATTC
GTGTTGGACGTGATACCGAGAAGAAAGGAAAAGGTTACTTGGAAGATAGGCGTCCAGCGT
CTAACATGGACCCATACATTGTGACTTCACTGCTGGCAGAGACCACACTTCTCTGGGAGC
CAACCCTTGAGGCTGAAGCACTTGCTGCTCAGAAGCTTTCTTTGAAAGTTTAATTTATTC
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GGTTCGGATTAAGACATTCTTGCCTCCTTTTTTTTCATTTGCACTGTTGAAAAAACAAGA
ATTTCATGGGCAATCATCATTTTCTATTGGTT


BQ
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AF RR3BZ19TF U 1
AF RR3BZ19JQ C 141
AF RR3BD91TF U 302
BS 1 689 RR3BZ19TF
BS 690 864 RR3BD91TF
BS 865 865 RR3BZ19JQ
BS 866 992 RR3BD91TF

RD RR3BZ19TF 689 0 0
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ACAAGAAGGTCAATGAAGAGATTCCATGGTTTGGCATCGAACAAGAGTACACTTTACTTC
AGCCAAACGTGAACTGGCCTTTGGGTTGGCCCGTTGGAGCATATCCTGGTCCTCAGGGTC
CTTACTACTGTGGAGTTGGAGCTGAAAAGTCTTGGGGACGTGACATTTCAGATGCTCATT
ACAAAGCTTGTTTGTATGCTGGAATTAACATCAGTGGTACCAATGGTGAAGTTATGCCAG
GACAGTGGGAATTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAGGAATCGAAGCAGGTGATCATGTTTGGT
GTGCTAGATACCTTCTTGAGAGAATCACAGAACAAGCTGGTGTCGTCCTAACCCTTGATC
CCAAACCGATTGAGGGTGACTGGAACGGTGCTGGTTGCCATACCAATTACAGTACAAAGA
GCATGAGAGAGGATGGAGGATTTGAGGTGATTAAAAAGGCCATCTTGAACCTCTCGCTTC
GTCACATGGAGCACATCAGTGCCTACGGTGAAGGCAACGAGAGAAGGTTGACCGGAAAGC
ACGAGACAGCCAGTATCGACCAACTCTCATGGGGCGTGGCTAACCGTGGATGCTCAATTC
GTGTTGGACGTGATACCGAGAAGAAAGGA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3BZ19JQ 754 0 0
TTGGGTTGGCCCGTTGGAGCATATCCTGGTCCTCAGGGTCCTTACTACTGTGGAGTTGGA
GCTGAAAAGTCTTGGGGACGTGACATTTCAGATGCTCATTACAAAGCTTGTTTGTATGCT
GGAATTAACATCAGTGGTACCAATGGTGAAGTTATGCCAGGACAGTGGGAATTCCAAGTT
GGCCCGAGCGTAGGAATCGAAGCAGGTGATCATGTTTGGTGTGCTAGATACCTTCTTGAG
AGAATCACAGAACAAGCTGGTGTCGTCCTAACCCTTGATCCCAAACCGATTGAGGGTGAC
TGGAACGGTGCTGGTTGCCATACCAATTACAGTACAAAGAGCATGAGAGAGGATGGAGGA
TTTGAGGTGATTAAAAAGGCCATCTTGAACCTCTCGCTTCGTCACATGGAGCACATCAGT
GCCTACGGTGAAGGCAACGAGAGAAGGTTGACCGGAAAGCACGAGACAGCCAGTATCGAC
CAACTCTCATGGGGCGTGGCTAACCGTGGATGCTCAATTCGTGTTGGACGTGATACCGAG
AAGAAAGGAAAAGGTTACTTGGAAGATCGGCGTCCAGCGTCTAACATGGACCCATACATT
GTGACTTCACTGTTGGCGGAGACCACACTTCTCTGGGAGCCAACCCTTGAGGCTGAAGCA
CTTGCTGCTCAGAAGCTTTCTTTGAAAGTTTAATTTATTCCTGAACACGCGTGTCTATTT
ATGTGGTCTTCCCCGGATCATAAATGCTGTTTAG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3BD91TF 691 0 0
G
CAGTGGGAATTCCAAGTTGGCCCGAGCGTAGGAATCGAAGCAGGTGATCATGTTTGGTGT
GCTAGATACCTTCTTGAGAGAATCACAGAACAAGCTGGTGTCGTCCTAACCCTTGATCCC
AAACCGATTGAGGGTGACTGGAACGGTGCTGGTTGCCATACCAATTACAGTACAAAGAGC
ATGAGAGAGGATGGAGGATTTGAGGTGATTAAAAAGGCCATCTTGAACCTCTCGCTTCGT
CACATGGAGCACATCAGTGCCTACGGTGAAGGCAACGAGAGAAGGTTGACCGGAAAGCAC
GAGACAGCCAGTATCGACCAATTCTCATGGGGCGTGGCTAACCGTGGATGCTCAATTCGT
GTTGGACGTGATACAGAGAAGAAAGGAAAAGGTTACTTGGAAGATAGGCGTCCAGCGTCT
AACATGGACCCATACATTGTGACTTCACTGCTGGCAGAGACCACACTTCTCTGGGAGCCA
ACCCTTGAGGCTGAAGCACTTGCTGCTCAGAAGCTTTCTTTGAAAGTTTAATTTATTCCT
GAACACGCATGTCTATTTATGTTGTCAACCCCGGATCATAAATGCTGTTTAGAACACTGG
TTCGGATTAAGACATTCTTGCCTCCTTTTTTTTCATTTGCACTGTTGAAAAAACAAGAAT
TTCATGGGCAATCATCATTTTCTATTGGTT

QA 2 691 2 691
DS 



CO CL120Contig3 675 3 1 U
GTAAAAGGATGAACACTGCCCATCATGAAGTTTTGAGTATTTTCAACAATGCAAATGAAA
AAAAGAAAACACAGAATGTATTGTCCGAACCAACATTTTATAACAACATTTATGATCGCG
GCAGGGCTACATAGTTAATTTAAACATTCAAAGAAAGCTTTTGAGCTGCAAGTGCTTCAG
CCTCAAGGGTCGGCTCCCAGAAAAGAGTGGTCTCTGCCAAGAGTGAAGTCACAATGTATG
GGTCCATGTTTGATGCTGGACGTCGATCTTCCAAGTAACCTTTTCCTTTCTTCTCGGTAT
CACGTCCCACACGAATTGAGCATCCACGGTTAGACACGCCCCATGAGAATTGGTCGATAT
TAGCTGTCTCGTGCTTTCCGGTCAACCTTCTCTCATTGCCTTCACCGTATGCACTGATGT
GCTCCATGTGACGAAGCGAGAGGTTCAATATGGCCTTTTTAATCACCTCAAATCCTCCTT
CCTCTCTCATGCTTTTAGTACTGTAATTGGTATGGCAACCAGCACCGTTCCAGTCTCCCT
CTATTGGTTTGGGATCAAGTGTTAAGACAACACCAGCTTGTTCTGTGATTCTCTCAAGAA
GGTATCTTGCACACCAAACATGATCACCTGCTTCGATTCCTACGCTCGGGCCAACTTGGA
ATTCCCACTGTCCCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3EM10JQ U 203
AF RR3F454JQ U 1
AF RR3F454TF C 1
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AAAA
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TCTTCCAAGTAACCTTTTCCTTTCTTCTCGGTATCACGTCCCACACGAATTGAGCATCCA
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CTTCTCTCATTGCCTTCACCGTATGCACTGATGTGATCCATGTGACGAAAAGAGAGGTTC
AAGATGGCCTTTTTAATCACCTCAAATCCTCCTTCCTCTCTCATGCTTTTAGTACTGTAA
TTGGTATGGCAACCAGCGCCGTTCCAGTCTCCCTCTATTGGTTTGGGATCAAGTGTTAAG
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QA 5 412 5 412
DS 

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AAAAGAAAACACAGAATGTATTGTCCGAACCAACATTTTATAACAACATTTATGATCGCG
GCAGGGCTACATAGTTAATTTAAACATTCAAAGAAAGCTTTTGAGCTGCAAGTGCTTCAG
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GGTCCATGTTTGATGCTGGACGTCGATCTTCCAAGTAACCTTTTCCTTTCTTCTCGGTAT
CACGTCCCACACGAATTGAGCATCCACGGTTAGACACGCCCCATGAGAATTGGTCGATAT
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GCTCCATGTGACGAAGCGAGAGGTTCAATATGGCCTTTTTAATCACCTCAAATCCTCCTT
CCTCTCTCATGCTTTTAGTACTGTAATTGGTATGGCAACCAGCACCGTTCCAGTCTCCCT
CTATTGGTTTGGGATCAAGTGTTAAGACAACACCAGCTTGTTCTGTGATTCTCTCAAGAA
GGTATCTTGCACACCAAACATGATCACCTGCTTCGATTCCTACGCTCGGGCCAACTTGGA
ATTCCCACTGTCCCC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3F454TF 675 0 0
GTAAAAGGATGAACACTGCCCATCATGAAGTTTTGAGTATTTTCAACAATGCAAATGAAA
AAAAGAAAACACAGAATGTATTGTCCGAACCAACATTTTATAACAACATTTATGATCGCG
GCAGGGCTACATAGTTAATTTAAACATTCAAAGAAAGCTTTTGAGCTGCAAGTGCTTCAG
CCTCAAGGGTCGGCTCCCAGAGAAGAGTGGTCTCTGCCAAGAGTGAAGTCACAATGTATG
GGTCCATGTTTGATGCTGGACGTCGATCTTCCAAGTAACCTTTTCCTTTCTTCTCGGTAT
CACGTCCCACACGAATTGAGCATCCACGGTTAGACACGCCCCATGAGAATTGGTCGATAT
TAGCTGTCTCGTGCTTTCCGGTCAACCTTCTCTCATTGCCTTCACCGTATGCACTGATGT
GCTCCATGTGACGAAGCGAGAGGTTCAATATGGCCTTTTTAATCACCTCAAATCCTCCTT
CCTCTCTCATGCTTTTAGTACTGTAATTGGTATGGCAACCAGCACCGTTCCAGTCTCCCT
CTATTGGTTTGGGATCAAGTGTTAAGACAACACCAGCTTGTTCTGTGATTCTCTCAAGAA
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ATTCCCACTGTCC
CC

QA 1 673 1 673
DS 



CO CL120Contig4 420 3 6 U
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GCTTCTGAACAGCAAGTGCTTCAGCCTCAAGGGTTGGCTCCCAAAAAAGTGTGGTCTCCG
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AACCTTTTCCTTTCTTCTCGGTATCACGTCCAACACGAATTGAGCATCCACGGTTAGCCA
CGCCCCATGAGAATTGGTCAATACTGGCTGTCTCGTGCTTTCCGGTCAACCTTCTCTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3FD76JQ U 1
AF RR3DQ24JQ U 6
AF RR3DQ24TF C 6
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TGAAAAAAAGGAGGCAAGAATGTCTTAATCCGAACCAGTGTTCTAAACAGCATTTATGAT
CCGGGGAAAACCACATAAATAAACACGCGTGTTCAGGAATAAATTAAACTTTCAAA

QA 1 176 1 176
DS 

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AT
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AGACCACATAAATAGACACGCGTGTTCAGGAATAAATTAAACTTTCAAAGAAAGCTTCTG
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TGAAGTCACAATGTATGGGTCCATGTTAGACGCCGGACGCCGATCTTCCAAGTAACCTTT
TCCTTTCTTCTCGGTATCACGTCCAACACGAATTGAGCATCCACGGTTAGCCACGCCCCA
TGAGAATTGGTCAATACTGGCTGTCTCGTGCTTTCCGGTCAACCTTCTCTCAC

QA 3 415 3 415
DS 

RD RR3DQ24TF 415 0 0
AT
CCAATAGAAAATGATGATTGTCCATGAAATTCTTGTTTTTTCAACAGTGAAAATGAAAAA
AAGGAGGCAAGAATGTCTTAATCCGAACCAGTGTTCTAAACAGCATTTATGATCCGGGGA
AGACCACATAAATAGACACGCGTGTTCAGGAATAAATTAAACTTTCAAAGAAAGCTTCTG
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TGAAGTCACAATGTATGGGTCCATGTTAGACGCCGGACGCCGATCTTCCAAGTAACCTTT
TCCTTTCTTCTCGGTATCACGTCCAACACGAATTGAGCATCCACGGTTAGCCACGCCCCA
TGAGAATTGGTCGATACTGGCTGTCTCGTGCTTTCCGGTCAACCTTCTCTCA
C

QA 3 414 3 414
DS 



AS 2 13

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TCTTTGGAGGAGAGAACATTGGCTTCCTCGACATTGCTTGTGGGACCATCTTGGGACCGG
TCTCTGTGATCGAGGCGTTTTCCGGCGTCAAGTTTCTCCGGGAAGAAACGACACCTGGGC
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GCAGTTTATGCAAATGTTAAATGGGATGGAATAATGAATGAATGATGTTTTGTCTGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3C688JQ C 1
AF RR3C688TF U 1
BS 1 596 RR3C688TF
BS 597 598 RR3C688JQ

RD RR3C688JQ 598 0 0
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TCGAGTGGCTCTACACTTGAAATCAGTCAAGTACGAGTACTTGGACGAACCTGATGTTCT
CAACGCAAAGAGCGAACTCCTCCTCAAGTCCAACCCCATCTTCAAGAAAGTCCCTGTTTT
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TCTTTGGAGGAGAGAACATTGGCTTCCTCGACATTGCTTGTGGGACCATCTTGGGACCGG
TCTCTGTGATCGAGGCGTTTTCCGGCGTCAAGTTTTTCCGGGAAGAAACGACACCTGGGC
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GCAGTTTATGCAAATGTTAAATGGGATGGAATAATGAATGAATGATGTTTTGTCTGCC

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3C688TF 598 0 0
GGATCACTTTTAGATCGATAAAAAGGTAAAAAACCATAAGAAAAAAGAAAAAGAAAAGAT
GGCTCAGAATGATACGGTGAAGCTCCTAGGTTCTTGGTCGAGCCCTTATGCCCTCAGGGC
TCGAGTGGCTCTACACTTGAAATCAGTCAAGTACGAGTACTTGGACGAACCTGATGTTCT
CAACGCAAAGAGCGAACTCCTCCTCAAGTCCAACCCCATCTTCAAGAAAGTCCCTGTTCT
CATCCACGGCGATGTTTCCATCTGCGAGTCACTCAACATCGTTCAGCAAAGGGTTAGGGT
TCTTTGGAGGAGAGAACATTGGCTTCCTCGACATTGCTTGTGGGACCATCTTGGGACCGG
TCTCTGTGATCGAGGCGTTTTCCGGCGTCAAGTTTCTCCGGGAAGAAACGACACCTGGGC
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TGGAAGAGTTCATTGCATTCGCAAAGAAGAAGTTTGGTGTTGAGTGATACGGTTGTTTAT
GCAGTTTATGCAAATGTTAAATGGGATGGAATAATGAATGAATGATGTTTTGTCTG
CC

QA 1 596 1 596
DS 



CO CL121Contig2 926 11 44 U
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CTCAGAACGATACGGTTAAACTCCTAGGTTCTTGGTCGAGCCCTTACGCCCTCAGGGCTC
GAGTGGCTCTACACTTGAAATCAGTCAAGTACGAGTACTTGGACGAACCTGATGTTCTCA
ACGCAAAGAGCGAACTCCTCCTCATGTCCAACCCCATCTTCAAGAAAGTCCCTGTTCTCA
TCCACGGCGATGTTTCCATCTGCGAGTCACTCAACATCGTTCAGTACGTCGATGAAGCTT
GGTCCTCTGGTCCTTCCATCCTTCCTTCTCACCCTTACGAACGTGCTAACGCTCGCTTCT
GGGCTCTCTTCGTCGACGACAAGATCTTTGGATCGTTGGATGCGGTGGGAGGAGCAAAAG
ACGACGAAGGGAGGATGGCGGCGGCGGGGAAGCTGATGGAGTGTTTGGCGATGCTTGAAG
AGGCGTTTCAGAAGAGCAGCAAAGGGTTAGGGTTCTTTGGAGGAGAGAACATTGGCTTCC
TCGACATTGCTTGTGGGACCATCTTGGGACCGGTCTCTGTGATCGAGGCGTTTTCCGGCG
TCAAGTTTCTCCGGGAAGAAACGACACCTGGGCTGATCCAGTGGGCCGAGAAGTTTAGGG
CCCATGAAGCTGTCAAGCCTTACATGCCTACCGTGGAAGAGTTCATTGCATTCGCAAAGA
AGAAGTTTGGTGTTGAGTGATACGGTTGTTTATGCAGTTTATGCAAATGTTAAATGGGAT
GGAATAATGAATGAATGATGTTTTGTCTGTCTTTGGGA****TTTTTTTTTCTTATAAGT
TTTCACTGTATGTGCCAAAACT**GTCTTTGTTCTTCGCCCATCTAATGTGATAAAATTT
TAGATGATATGATCATTTAACTTATC


BQ
10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 20 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 15 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 15 15 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY02TF U 1
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AF RR3EV50TF U 1
AF RR3AY07TF U 4
AF RR3AY07JQ C 4
AF RR3CD57TF U 566
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AF RR3BY48TF U 200
AF RR3BQ46JQ C 173
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BS 29 29 RR3BQ46TF
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BS 33 33 RR3EV50TF
BS 34 38 RR3BQ46TF
BS 39 39 RR3EV50TF
BS 40 40 RR3BQ46TF
BS 41 44 RR3EV50TF
BS 45 45 RR3BQ46TF
BS 46 46 RR3EV50TF
BS 47 47 RR3BQ46TF
BS 48 50 RR3EV50TF
BS 51 51 RR3BQ46TF
BS 52 55 RR3EV50TF
BS 56 56 RR3BQ46TF
BS 57 67 RR3EV50TF
BS 68 68 RR3BQ46TF
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BS 77 77 RR3BQ46TF
BS 78 79 RR3EV50TF
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BS 81 106 RR3EV50TF
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BS 205 205 RR3BQ46TF
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BS 314 314 RR3BQ46TF
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BS 347 347 RR3BQ46TF
BS 348 373 RR3EV50TF
BS 374 374 RR3BQ46TF
BS 375 448 RR3EV50TF
BS 449 449 RR3BQ46TF
BS 450 740 RR3EV50TF
BS 741 742 RR3AY07TF
BS 743 743 RR3CD57TF
BS 744 770 RR3AY07TF
BS 771 874 RR3CD57TF
BS 875 904 RR3BY48TF
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BS 909 926 RR3BQ46JQ

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TTTCTCCGGGAAGAAACGACACCTGGGCTGATCCAGTGGGCCGAGAAGT

QA 6 654 6 654
DS 

RD RR3BQ46TF 716 0 0
GGATC
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AACGATACGGTTAAACTCCTAGGTTCTTGGTCGAGCCCTTACGCCCTCAGGGCTCGAGTG
GCTCTACACTTGAAATCAGTCAAGTACGAGTACTTGGACGAACCTGATGTTCTCAACGCA
AAGAGCGAACTCCTCCTCATGTCCGACCCCATCTTCAAGAAAGTCCCTGTTCTCATCCAC
GGCGATGTTTCCATCTGCGAGTCACTCAACATCGTTCAGTACGTCGATGAAGCTTGGTCC
TCTGGTCCTTCCATCCTTCCTTCTCACCCTTACGAACGTGCTAACGCTCGCTTCTGGGCT
CTCTTCGTCGACGACAAGATCTTTGGATCGTTGGATGCGGTGGGAGGAGCAAAAGACGAC
GAAGGGAGGATGGCGGCGGCGGGGAAGCTGATGGAGTGTTTGGCGATGCTTGAAGAGGCG
TTTCAGAAGAGCAGCAAAGGGTTAGGGTTCTTTGGAGGAGAGAACATTGGCTTCCTCGAC
ATTGCTTGTGGGACCATCTTGGGACCGGTCTCTGTGATCGAGGCGTTTTCCGGCGTCAAG
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GAAGCTGTCAAGCCTTACATGC*TACCGTGGAAGAGTTCATTGCAT
CGCAA

QA 6 711 6 711
DS 

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GAGTGGCTCTACACTTGAAATCAGTCAAGTACGAGTACTTGGACGAACCTGATGTTCTCA
ACGCAAAGAGCGAACTCCTCCTCAAGTCCAACCCCATCTTCAAGAAAGTCCCTGTTCTCA
TCCACGGCGATGTTTCCATCTGCGAGTCACTCAACATCGTTCAGTACGTCGATGAAGCTT
GGTCCTCTGGTCCGTCCATCCTTCCTTCTCACCCTTACGAACGTGCCAACGCTCGCTTCT
GGGCTCTCTTCGTTGACGACAAGATCTTTGGATCGTTGGATGCGGTGGGAGGAGCAAAAG
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TTTGGTGTTGAGTGGTATGGTTGTTTATGCAGTTTATGCAAATGT

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DS 

RD RR3AY07JQ 807 0 0
GG
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GCTCTACACTTGAAATCAGTCAAGTACGAGTACTTGGACGAACCTGATGTTCTCAACGCA
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GGCGATGTTTCCATCTGCGAGTCACTCAACATCGTTCAGTACGTCGATGAAGCTTGGTCC
TCTGGTCCTTCCATCCTTCCTTCTCACCCTTACGAACGTGCTAACGCTCGCTTCTGGGCT
CTCTTCGTCGACGACAAGATCTTTGGATCGTTGGATGCGGTGGGAGGAGCAAAAGACGAC
GAAGGGAGGATGGCGGCGGCGGGGAAGCTGATGGAGTGTTTGGCGATGCTTGAAGAGGCG
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GAAGCTGTCAAGCCTTACATGCCTACCGTGGAAGAGTTCATTGCATTCGCAAAGAAGAAG
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AATGAATGAATGATGTTTTGTC
GTC

QA 3 804 3 804
DS 

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GCCTACCGTGGAAGAGTTCATTGCATTCGCAAAGAAGAAGTTTGGTGTTGAGTGATACGG
TTGTTTATGCAGTTTATGCAAATGTTAAATGGGATGGAATAATGAATGAATGATGTTTTG
TCTGTCTTTGGGA****TTTTTTTTTCTTATAAGTTTTCACTGTATGTGCCAAAACT**G
TCTTTGTTC

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DS 

RD RR3EY02JQ 789 0 0
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AACGCAAAGAGCGAACTCCTCCTCATGTCCAACCCCATCTTCAAGAAAGTCCCTGTTCTC
ATCCACGGCGATGTTTCCATCTGCGAGTCACTCAACATCGTTCAGTACGTCGATGAAGCT
TGGTCCTCTGGTCCTTCCATCCTTCCTTCTCACCCTTACGAACGTGCTAACGCTCGCTTC
TGGGCTCTCTTCGTCGACGACAAGATCTTTGGATCGTTGGATGCGGTGGGAGGAGCAAAA
GACGACGAAGGGAGGATGGCGGCGGCGGGGAAGCTGATGGAGTGTTTGGCGATGCTTGAA
GAGGCGTTTCAGAAGAGCAGCAAAGGGTTAGGGTTCTTTGGAGGAGAGAACATTGGCTTC
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TGGAATAATGAATGAATGATGTTTTGTC*GTCTTTGAGAACTTTTTTTTCTTTTTATAAG
TTTTCC**GTATGTGCCAAAACTTTGTCTTTGTTCTT***TCATCTAATGTGATAAAATT
TTATTTGAT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3BY48JQ 708 0 0
G
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TGCGAGTCACTCAACATCGTTCAGTACGTCGATGAAGCTTGGTCCTCTGGTCCTTCCATC
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TACATGCCTACCGTGGAAGAGTTCATTGCATTCGCAAAGAAGAAGTTTGGTGTTGAGTGA
TACGGTTGTTTATGCAGTTTATGCAAATGTTAAATGGGATGGAATAATGAATGAATGATG
TTTTGTCTGTCTTTGGGA****TTTTTTTTTCTTATAAGTTTTCACTGTATGTGCCAAAA
CT**GTCTTTGTTCTTCGCCCATCTAATGTGATAAAATTTTAGA
GTG

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DS 

RD RR3EV50JQ 546 0 0
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ACGACGAAGGGAGGATGGCGGCGGCGGGAAAGCTGATGGAGTGTTTGGCGATGCTTGAAG
AGGCGTTTCAGAAGAGCAGCAAAGGGTTAGGGTTCTTTGGAGGAGAGAACATTGGCTTCC
TCGACATTGCTTGTGGGACCATCTTGGGACCGGTCTCTGTGATCGAGGCGTTTTCCGGCG
TCAAGTTTTTCCGGGAAGAAACGACACCTGGGCTGATCCAGTGGGCCGAGAAGTTTAGGG
CCCATGAAGCTGTCAAGCCTTACATGCCTACCGTGGAAGAGTTCATTGCATTCGCAAAGA
AGAAGTTTGGTGTTGAGTGATACGGTTGTTTATGCAGTTTATGCAAATGTTAAATGGGAT
GGAATAATGAATGAACGATGTTTTGTCTGTCTTTGGGA****TTTTTTTTTCTTATAAGT
TTTCACTGTATGTGCCAAAACT**GTCTTTGTTCTTCGCCCATCTAATGTGATAAAATTT
TAGA
GC

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR3BY48TF 705 0 0
G
CTCAAGTCCAACCCCATCTTCAAGAAAGTCCCTGTTCTCATCCACGGCGATGTTTCCATC
TGCGAGTCACTCAACATCGTTCAGTACGTCGATGAAGCTTGGTCCTCTGGTCCTTCCATC
CTTCCTTCTCACCCTTACGAACGTGCCAACGCTCGCTTCTGGGCTCTCTTCGTTGACGAC
AAGATCTTTGGATCGTTGGATGCGGTGGGAGGAGCAAAAGACGACGAAGGGAGGATGGCG
GCGGCGGGAAAGCTGATGGAGTGTTTGGCGATGCTTGAAGAGGCGTTTCAGAAGAGCAGC
AAAGGGTTAGGGTTCTTTGGAGGAGAGAACATTGGCTTCCTCGACATTGCTTGTGGGACC
ATCTTGGGACCGGTCTCTGTGATCGAGGCGTTTTCCGGCGTCAAGTTTCTCCGGGAAGAA
ACGACACCTGGGCTGATCCAGTGGGCCGAGAAGTTTAGGGCCCATGAAGCTGTCAAGCCT
TACATGCCTACCGTGGAAGAGTTCATTGCATTCGCAAAGAAGAAGTTTGGTGTTGAGTGA
TACGGTTGTTTATGCAGTTTATGCAAATGTTAAATGGGATGGAATAATGAATGAATGATG
TTTTGTCTGTCTTTGGGA****TTTTTTTTTCTTATAAGTTTTCACTGTATGTGCCAAAA
CT**GTCTTTGTTCTTCGCCCATCTAATGTGATAAAATTTTAGA

QA 2 705 2 705
DS 

RD RR3BQ46JQ 754 0 0
TGTTCTCAACGCAAAGAGCGAACTCCTCCTCATGTCCGACCCCATCTTCAAGAAAGTCCC
TGTTCTCATCCACGGCGATGTTTCCATCTGCGAGTCACTCAACATCGTTCAGTACGTCGA
TGAAGCTTGGTCCTCTGGTCCTTCCATCCTTCCTTCTCACCCTTACGAACGTGCTAACGC
TCGCTTCTGGGCTCTCTTCGTCGACGACAAGATCTTTGGATCGTTGGATGCGGTGGGAGG
AGCAAAAGACGACGAAGGGAGGATGGCGGCGGCGGGGAAGCTGATGGAGTGTTTGGCGAT
GCTTGAAGAGGCGTTTCAGAAGAGCAGCAAAGGGTTAGGGTTCTTTGGAGGAGAGAACAT
TGGCTTCCTCGACATTGCTTGTGGGACCATCTTGGGACCGGTCTCTGTGATCGAGGCGTT
TTCCGGCGTCAAGTTTCTCCGGGAAGAAACGACACCTGGGCTGATCCAGTGGGCCGAGAA
GTTTAGGGCCCATGAAGCTGTCAAGCCTTACATGCCTACCGTGGAAGAGTTCATTGCATT
CGCAAAGAAGAAGTTTGGTGTTGAGTGATATGGTTGTTTATGCAGTTTATGCAAATGTTA
AATGGGATGGAATAATGAATGAATGATGTTTTGTC*GTCTTTGAGAACTTTTTTTTCTTT
TTATAAGTTTTCC**GTATGTGCCAAAACTTTGTCTTTGTTCTT***TCATCTAATGTGA
TAAAATTTTATTTGATATGATCATTTAACTTATC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 12

CO CL122Contig1 1031 12 22 U
AGGTAGAATGTTGTATTATTCTTTGAAATTTGGAAACCGACAACTTGGGCATTTATTCAC
TTCAATTATTAGCGGGAGCCACTAACAGAAGCTATCAAAACAAGACAAAGAAACAAACCA
AAGGAAAACCGATTTAAACCGATCTCACATCGAATGAACCCTGTTAATCTAATTCTGGAA
ACTCCAGTCCCAAATCTCGTGACGCTCAACACCACGGCCCATTGAACCGGTAAAACCGGC
GTACATCTTCTCGAGCAGCACATTAGAGAGGTCGAATTT*CTCCTCGATCAATGGCCGGT
TCGGTTTCTTCAAATGCGCGAGACCGATGGTAACCGAGATTACTTTTAAGTTGTTGTTGT
ACTCGACCCAAGCCGTGTACTTATCTCCACTGCTCAGCTTCAAGTCCTTGAACAACCAAC
CGTTTCTTGTCATAACCCAATAACCGGATTTAACCGACTTCACCGAATCGACAGAATTAA
TGTCGATTCCGACATGGTTATCGTTGATGTCTTTAAAAGACTTGTCCTGAAACACGTCGA
ACTCAACAGCAAACAGATGGTTACTGGGATTACCGTTGCTGGTTCGGTTCACGAGACTTA
GGTAGCCTAAACCGGAACCGGCATGTTGGTTACTTGGGACGACGAGGAAGGCGAGACCGT
GACCAGGAGTAGGGTTTGTTCGGTGAGGCGTGATGGAGAAAGTGAAAGAGGTCTTGAAAG
GGTAAACAGAAGAAGCGTTGTTGGGAGGCTTGAAGGTGATTGGGTTGATGAAAATGGCTC
GACCATGAGAGAAAGGAATTTTGTCTTTGGTCAAAGAGAGAGAACCGGACCGGGTCGTGC
CGTCGGTGCCGTGACCATACTCTGCGTCTCCATGGAACGAGAAGAGATCGGAGCCGTTAC
CGAAGTGGTTGAATTTGAATCTGTAAGCATAAGTGGTTTGAGGGGTGAAGATAGCTATGA
AGAGAGTGATGACGCAGAGTGTTTGCATTGTCATCTTTGTTCTCCCTTTTCTTTTGGGGA
AGTGAAGATCC


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 25 45 45 45 25 25 45 45 30 30 10 45 30 20 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 40 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 10 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 45 10 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 10 60 60 
60 60 60 10 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 
45 0 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 15 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H352JQ U 32
AF RR3EI08JQ U 1
AF RR3C338JQ U 2
AF RR3A462JQ U 72
AF RR3FO18JQ U 1
AF RR3AX44JQ U 2
AF RR3EI08TF C 180
AF RR3AX44TF C 149
AF RR3FO18TF C 242
AF RR3H352TF C 818
AF RR3C338TF C 302
AF RR3EM69TF C 549
BS 1 131 RR3EI08JQ
BS 132 132 RR3C338JQ
BS 133 326 RR3EI08JQ
BS 327 327 RR3FO18JQ
BS 328 668 RR3EI08JQ
BS 669 755 RR3FO18JQ
BS 756 756 RR3AX44JQ
BS 757 773 RR3FO18JQ
BS 774 774 RR3AX44JQ
BS 775 782 RR3FO18JQ
BS 783 783 RR3EI08TF
BS 784 797 RR3FO18JQ
BS 798 798 RR3AX44JQ
BS 799 814 RR3FO18JQ
BS 815 829 RR3AX44JQ
BS 830 884 RR3AX44TF
BS 885 885 RR3EI08TF
BS 886 916 RR3AX44TF
BS 917 917 RR3C338TF
BS 918 972 RR3AX44TF
BS 973 1006 RR3FO18TF
BS 1007 1031 RR3C338TF

RD RR3H352JQ 609 0 0
GGAAACCGACAACTTGGGCATTTATTCACTTCAATTATTAGCGGGAGCCACTAACAGAAG
CTATCAAAACAAGACAAAGAAACAAACCAAAGGAAAACCGATTTAAACCGATCTCACATC
GAATGAACCCA**TCATCTAATTCTGGAAACTCCAGTCCCAGATCTCGTGACGCTCAACA
TCACGGCCCATTGAACCGGTAAAACCGGCGTACATCTTCTCGAGCAGCACATTAGAGAGG
TCGAATTT*CTCCTCGATCAATGGCCGGTTCGGTTTCTTCAAATGCGCGAGACCGATCGT
AACCGAGATCACTTTTAAATTGTTGTTGTACTCGACCCAAGCCGTGTACTTATCTCCACT
GCTCAGCTTCAAGTCCTTGAACAACCAACCGTTTCTTGTCATAACCCAATAACCGGATTT
AACCGACTTCACCGAGTCGACAGAGTTAATGTCGATTCCGACATGGTTATCGTTGATGTC
TTTAAAAGACTTGTCCTGGAACACGTCGAACTCAACAGCAAACAGATGGTTGCTGGGATT
ACCGTTGCTGGTTCGGGTCACGAGACTTAGGTAGCCTAAACCGGAACCGGCATGTTGGTT
ACTTGGGAC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3EI08JQ 668 0 0
AGGTAGAATGTTGTATTATTCTTTGAAATTTGGAAACCGACAACTTGGGCATTTATTCAC
TTCAATTATTAGCGGGAGCCACTAACAGAAGCTATCAAAACAAGACAAAGAAACAAACCA
AAGGAAAACCGGTTTAAACCGATCTCACATCGAATGAACCCTGTTAATCTAATTCTGGAA
ACTCCAGTCCCAAATCTCGTGACGCTCAACACCACGGCCCATTGAACCGGTAAAACCGGC
GTACATCTTCTCGAGCAGCACATTAGAGAGGTCGAATTT*CTCCTCGATCAATGGCCGGT
TCGGTTTCTTCAAATGCGCGAGACCGGTGGTAACCGAGATTACTTTTAAGTTGTTGTTGT
ACTCGACCCAAGCCGTGTACTTATCTCCACTGCTCAGCTTCAAGTCCTTGAACAACCAAC
CGTTTCTTGTCATAACCCAATAACCGGATTTAACCGACTTCACCGAATCGACAGAATTAA
TGTCGATTCCGACATGGTTATCGTTGATGTCTTTAAAAGACTTGTCCTGAAACACGTCGA
ACTCAACAGCAAACAGATGGTTACTGGGATTACCGTTGCTGGTTCGGTTCACGAGACTTA
GGTAGCCTAAACCGGAACCGGCATGTTGGTTACTTGGGACGACGAGGAAGGCGAGACCGT
GACCAGGA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3C338JQ 715 0 0
GC
TAGAACGTTGTATTATTCTTTGAAATTTGGAAACCGACAACTTGGGCATTTATTCACTTC
AATTATTAGCGGGAGCCACTAACAGAAGCTATCAAAACAAGACAAAGAAACAAACCAAAG
GAAAACCGATTTAAACCGATCTCACATCGAATGAACCCTGTTA*TCTAATTCTGGAAACT
CCAGTCCCAGATCTCGTGACGCTCAACATCACGGCCCATTGAACCGGTAAAACCGGCGTA
CATCTTCTCGAGCAGCACATTAGAGAGGTCGAATTT*CTCCTCGATCAATGGCCGGTTCG
GTTTCTTCAAATGCGCGAGACCGATCGTAACCGAGATCACTTTTAAATTGTTGTTGTACT
CGACCCAAGCCGTGTACTTATCTCCACTGCTCAGCTTCAAGTCCTTGAACAACCAACCGT
TTCTTGTCATAACCCAATAACCGGATTTAACCGACTTCACCGAGTCGACAGAGTTAATGT
CGATTCCGACATGGTTATCGTTGATGTCTTTAAAAGACTTGTCCTGAAACGCGTCGAACT
CAACAGCAAACAGATGGTTGCTGGGATTACCGTTGCTGGTTCGGGTCACGAGACTTAGGT
AGCCTAAACCGGAACCGGCATGTTGGTTACTTGGGACGACGAGGAAGGCTAGACCATGAC
CGGGAGTAGGGTTTGTTCGGTGAGGAGTGATGGAGAAAGTGAAAGAGGTCTTG

QA 3 715 3 715
DS 

RD RR3A462JQ 597 0 0
GCGGGAGCCACTAACAGAAGCTATCAAAACAAGACAAAGAAACAAACCAAAGGAAAACCG
ATTTAAACCGAACTCACATCGAATGAACCCTGTTA*TCTAATTCTGGAAACTCCAGTCCC
AGAACTCGTGACGCTCAACATCACGGCCCATTGAACCGGTAAAACCGGCGTACATCTTCT
CAAGCAGCACATTAGAGAGGTCGAATTTTCTCCTCGATCAATGGCCGGTTCGGTTTCTTC
AAATGCGCGAGACCGATCGTAACCGAGAACACTTTTAAATTGTTGTTGTACTCGACCCAA
GCCGTGTACTTATCTCCACTGCTCAGCTTCAAGTCCTTGAACAACCAACCGTTTCTTGTC
ATAACCCAATAACCGGATTTAACCGACTTCACCGAGTCGACAGAGTTAATGTCGATTCCG
ACATGGTTATCGTTGATGTCTTTAAAAGACTTGTCCTGAAACACGTCGAACTCAACAGCA
AACAGATGGTTGCTGGGATTACCGTTGCTGGTTCGGGTCACGAGACTTAGGTAGCCTAAA
CCGGAACCGGAATGTTGGTTACTTGGGACGACGAGGAAGGCTAGACCATGACCGGGA

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3FO18JQ 826 0 0
CGG
TAGAATGTTGTATTATTCTTTGAAATTTGGAAACCGACAACTTGGGCATTTATTCACTTC
AATTATTAGCGGGAGCCACTAACAGAAGCTATCAAAACAAGACAAAGAAACAAACCAAAG
GAAAACCGGTTTAAACCGATCTCACATCGAATGAACCCTGTTAATCTAATTCTGGAAACT
CCAGTCCCAAATCTCGTGACGCTCAACACCACGGCCCATTGAACCGGTAAAACCGGCGTA
CATCTTCTCGAGCAGCACATTAGAGAGGTCGAATTT*CTCCTCGATCAATGGCCGGTTCG
GTTTCTTCAAATGCGCGAGACCGATGGTAACCGAGATTACTTTTAAGTTGTTGTTGTACT
CGACCCAAGCCGTGTACTTATCTCCACTGCTCAGCTTCAAGTCCTTGAACAACCAACCGT
TTCTTGTCATAACCCAATAACCGGATTTAACCGACTTCACCGAATCGACAGAATTAATGT
CGATTCCGACATGGTTATCGTTGATGTCTTTAAAAGACTTGTCCTGAAACACGTCGAACT
CAACAGCAAACAGATGGTTACTGGGATTACCGTTGCTGGTTCGGTTCACGAGACTTAGGT
AGCCTAAACCGGAACCGGCGTGTTGGTTACTTGGGACGACGAGGAAGGCGAGACCGTGAC
CAGGAGTAGGGTTTGTTCGGTGAGGCGTGATGGAGAAAGTGAAAGAGGTCTTGAAAGGGT
AAACAGAAGAAGCGTTGTTGGGAGGCTTGAAG*TGATTGGGTTGATGAAA*TGGCTCGA*
CATGAGAGAAAGGA*TTTTGTCTTTGGTCAA
GAGAGAGACCGG

QA 4 814 4 814
DS 

RD RR3AX44JQ 828 0 0
GG
TAGAATGTTGTATTATTCTTTGAAATTTGGAAACCGACAACTTGGGCATTTATTCACTTC
AATTATTAGCGGGAGCCACTAACAGAAGCTATCAAAACAAGACAAAGAAACAAACCAAAG
GAAAACCGGTTTAAACCGATCTCACATCGAATGAACCCTGTTAATCTAATTCTGGAAACT
CCAGTCCCAAATCTCGTGACGCTCAACACCACGGCCCATTGAACCGGTAAAACCGGCGTA
CATCTTCTCGAGCAGCACATTAGAGAGGTCGAATTT*CTCCTCGATCAATGGCCGGTTCG
GTTTCTTCAAATGCGCGAGACCGATGGTAACCGAGATTACTTTTAAGTTGTTGTTGTACT
CGACCCAAGCCGTGTACTTATCTCCACTGCTCAGCTTCAAGTCCTTGAACAACCAACCGT
TTCTTGTCATAACCCAATAACCGGATTTAACCGACTTCACCGAATCGACAGAATTAATGT
CGATTCCGACATGGTTATCGTTGATGTCTTTAAAAGACTTGTCCTGAAACACGTCGAACT
CAACAGCAAACAGATGGTTACTGGGATTACCGTTGCTGGTTCGGTTCACGAGACTTAGGT
AGCCTAAACCGGAACCGGCATGTTGGTTACTTGGGACGACGAGGAAGGCGAGACCGTGAC
CAGGAGTAGGGTTTGTTCGGTGAGGCGTGATGGAGAAAGTGAAAGAGGTCTTGAAAGGGT
AAACAGAAGAAGCGTTGTTGGGAGGCTTGAAGGTGATTGGGTTGATGAAAATGGCTCGAG
CATGAGAGAAAGGAATTTTGTCTTTGGTCAAAGAGAGAGAACCGGA

QA 3 828 3 828
DS 

RD RR3EI08TF 729 0 0
GGAACTCAGTCCC
AATCTCGTGACGCTCA*CACCACGGCCCATTGAACCGGTAAA*CCGGCGTACATCT*CTC
GAGCAGCACATTAGAGAGGTCGAATTT*CTCCTCGATCAATGGCCGGTTCGGTTTCTTCA
AATGCGCGAGACCGGTGGTAACCGAGATTACTTTTAAGTTGTTGTTGTACTCGACCCAAG
CCGTGTACTTATCTCCACTGCTCAGCTTCAAGTCCTTGAACAACCAACCGTTTCTTGTCA
TAACCCAATAACCGGATTTAACCGACTTCACCGAATCGACAGAATTAATGTCGATTCCGA
CATGGTTATCGTTGATGTCTTTAAAAGACTTGTCCTGAAACACGTCGAACTCAACAGCAA
ACAGATGGTTACTGGGATTACCGTTGCTGGTTCGGTTCACGAGACTTAGGTAGCCTAAAC
CGGAACCGGCATGTTGGTTACTTGGGACGACGAGGAAGGCGAGACCGTGACCAGGAGTAG
GGTTTGTTCGGTGAGGCGTGATGGAGAAAGTGAAAGAGGTCTTGAAAGGGTAAACAGAAG
AAGCGTTGTTGGGAGGCTTGAAGGTGATTGGGTTGATGAAAATGGCTCGACCATGAGAGA
AAGGAATTTTGTCTTTGGTCAAAGAGAGAGAACCGGACCGGGTCGTGCCGTCGGTGCCGT
GACCATACTCTGCGTCTCCATGGAACGAGAAGAGATCGGAGCCGTTACCGAAGTG
C

QA 14 728 14 728
DS 

RD RR3AX44TF 824 0 0
ATCGA*TGA**CCTG*TAATCTAAT*CTGGAAACTCCAGTCCCAAATCTCGTGACGCTCA
ACACCACGGCCCATTGAACCGGTAAAACCGGCGTACATCTTCTCGAGCAGCACATTAGAG
AGGTCGAATTT*CTCCTCGATCAATGGCCGGTTCGGTTTCTTCAAATGCGCGAGACCGAT
GGTAACCGAGATTACTTTTAAGTTGTTGTTGTACTCGACCCAAGCCGTGTACTTATCTCC
ACTGCTCAGCTTCAAGTCCTTGAACAACCAACCGTTTCTTGTCATAACCCAATAACCGGA
TTTAACCGACTTCACCGAATCGACAGAATTAATGTCGATTCCGACATGGTTATCGTTGAT
GTCTTTAAAAGACTTGTCCTGAAACACGTCGAACTCAACAGCAAACAGATGGTTACTGGG
ATTACCGTTGCTGGTTCGGTTCACGAGACTTAGGTAGCCTAAACCGGAACCGGCATGTTG
GTTACTTGGGACGACGAGGAAGGCGAGACCGTGACCAGGAGTAGGGTTTGTTCGGTGAGG
CGTGATGGAGAAAGTGAAAGAGGTCTTGAAAGGGTAAACAGAAGAAGCGTTGTTGGGAGG
CTTGAAGGTGATTGGGTTGATGAAAATGGCTCGAGCATGAGAGAAAGGAATTTTGTCTTT
GGTCAAAGAGAGAGAACCGGACCGGGTCGTGCCGTCGGTGCCGTGACCATACTCTGCGTC
TCCATGGAACGAGAAGGGATCGGAGCCGTTACCGAAGTGGTTGAATTTCAATCTGTAAGC
ATAAGTGGTTTGAGGGGTGAAGATAGCTATGAAGAGAGTGATGA

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR3FO18TF 766 0 0
GTACATC
TCTCGAGCAGCACAT*AGAGAGGTCGAATTT*CTCCTCGATCAATGGCCGGTTCGGTTTC
TTCAAATGCGCGAGACCGATGGTAACCGAGATTACTTTTAAGTTGTTGTTGTACTCGACC
CAAGCCGTGTACTTATCTCCACTGCTCAGCTTCAAGTCCTTGAACAACCAACCGTTTCTT
GTCATAACCCAATAACCGGATTTAACCGACTTCACCGAATCGACAGAATTAATGTCGATT
CCGACATGGTTATCGTTGATGTCTTTAAAAGACTTGTCCTGAAACACGTCGAACTCAACA
GCAAACAGATGGTTACTGGGATTACCGTTGCTGGTTCGGTTCACGAGACTTAGGTAGCCT
AAACCGGAACCGGCGTGTTGGTTACTTGGGACGACGAGGAAGGCGAGACCGTGACCAGGA
GTAGGGTTTGTTCGGTGAGGCGTGATGGAGAAAGTGAAAGAGGTCTTGAAAGGGTAAACA
GAAGAAGCGTTGTTGGGAGGCTTGAAGGTGATTGGGTTGATGAAAATGGCTCGACCATGA
GAGAAAGGAATTTTGTCTTTGGTCAAAGAGAGAGAACCGGACCGGGTCGTGCCGTCGGTG
CCGTGACCATACTCTGCGTCTCCATGGAACGAGAAGAGATCGGAGCCGTTACCGAAGTGG
TTGAATTTCAATCTGTAAGCATAAGTGGTTTGAGGGGTGAAGATAGCTATGAAGAGAGTG
ATGACGCAGAGTGTTTGCATTGTCATCTTTGTTCTCCC
C

QA 8 765 8 765
DS 

RD RR3H352TF 190 0 0
AGAGAG
ACCGGACCGGGTCGTGCCGTCGGTGTCGTGACCATACTCTGCGTCTCCATGGAACGAGAA
GAGATCGGAGCCGTTACCGAAGTGGTTGAATTTGAATCTGTAAGCATAAGTGGTTTGAGG
GGTGAAGATAGCTATGAAGAGAGTGATGACGCAGAGTGTTTGCATTGTCATCTTTGTTCT
CCC
C

QA 7 189 7 189
DS 

RD RR3C338TF 730 0 0
TCGG
TTCTTCAAATGCGCGAGACCGATCGTA*CCGAGATCACTTTTAAATTGTTGTTGTACTCG
ACCCAAGCCGTGTACTTATCTCCACTGCTCAGCTTCAAGTCCTTGAACAACCAACCGTTT
CTTGTCATAACCCAATAACCGGATTTAACCGACTTCACCGAGTCGACAGAGTTAATGTCG
ATTCCGACATGGTTATCGTTGATGTCTTTAAAAGACTTGTCCTGAAACGCGTCGAACTCA
ACAGCAAACAGATGGTTGCTGGGATTACCGTTGCTGGTTCGGGTCACGAGACTTAGGTAG
CCTAAACCGGAACCGGCATGTTGGTTACTTGGGACGACGAGGAAGGCTAGACCATGACCG
GGAGTAGGGTTTGTTCGGTGAGGAGTGATGGAGAAAGTGAAAGAGGTCTTGAAAGGGTAA
ACAGAAGAAGCGTTGTTGGGAGGTTTGAAGGTGACTGGGTTGATGAAAATGGCTCGACCG
TGAGAGAAAGGAGTTTTGTCTTTGGTCAATGAGAGAGAACCGGACCGGGTCGTGCCGTCG
GTGTCGTGACCATACTCTGCGTCTCCATGGAACGAGAAGAGATCGGAGCCGTTACCGAAG
TGGTTGAATTTGAATCTGTAAGCATAAGTGGCTTGAGGGGTGAAGATAGCTATGAAGAGA
GTGATGACGCAGAGTGTTTGCATTGTCATCTTTGTTCTCCCTTTTCTTTTGGGGAAGTGA
AGATCC

QA 5 730 5 730
DS 

RD RR3EM69TF 477 0 0
GCAAACAGATGGTTGCTGGGATTACCGTTGCTGGTTCGGGTCACGAGACTTAGGTAGCCT
AAACCGGAACCGGCATGTTGGTTACTTGGGACGACGAGGAAGGCTAGACCATGACCGGGA
GTAGGGTTTGTTCGGTGAGGAGTGATGGAGAAAGTGAAAGAGGTCTTGAAAGGGTAAACA
GAAGAAGCGTTGTTGGGAGGTTTGAAGGTGACTGGGTTGATGAAAACGGCTCGACCGTGA
GAGAAAGGAGTTTTGTCTTTGGTAAATGAGAGAGAACCGGACCGGGTCGTGCCGTCGGTG
TCGTGACCATACTCTGCGTCTCCATGGAACGAGAAGAGATCGGAGCCGTTACCGAAGTGG
TTGAATTTGAATCTGTAAGCATAAGTGGTTTGAGGGGTGAAGATAGCTATGAAGAGAGTG
ATGACGCAGAGTGTTTGCATTGTCATCTTTGTTCTCCCTTTTCTTTTGGGGAAGT
CC

QA 1 475 1 475
DS 



AS 2 13

CO CL123Contig1 731 9 3 U
AGAGCTGATCATCTTTGACATTATCTGCTGGAACGGTATTAGTTTTGAACTTTTACATGA
CTCGCGATTCAAACCAAAGTATCAGGGATTACACAAATCACATTTTAAACAGAGAAACTA
GACAAAA*TAAAAAAAAGGAGTATTACAGAACACCAGCAA*GGACATACAAGATCAGATA
GGTTGTGGTTACTTGGAAACTTTCTTCTTGCCAGCAA*TAGCAA*CTTTCTTGCCCTTAA
GAGTCCTGCAGTTGTTCTTGGTTCTCTGTCCACGACATGGCAGGCC*TTGGATGTGCCTT
ACCCCACGGTAACATTGGATCTCCTTCAGTCTCTTTATAGCAAGCGCGTTGAATCTCCTC
AGATCACCCTCGATCATATACTTGGAGACTTCATCACGAAGCACGATGAGCTCTTCCTCA
GCCATGTCTTTGGTGATTTTGTTCTCCATCTGAAGATCAACGAGAATCTGGCGAGCCCTG
GTTCGGCCAATGCCGTGAATGTACTGAAGAGAGTATTCAATCCTCTTGTTACTCGGAATC
TCCACACCACCAACACGAGCACATCTGATGCTTAGACTCTGCTTATTGGGAGCGTTTGAA
GCTGGGAGAGAAATAGTGTTGCGAGTGAGAGGATTCGATTTCGTCCAGTTGCATATGAGT
GAGAGCGAGTGCGCTACGGGCATCGCAACCATCTGCGCCATTTTTTTTTCT***TGTATC
CTTTGCGACCC


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 5 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 

AF RR3BK08TF C -8
AF RR3DP30JQ U 1
AF RR3AO68JQ U 59
AF RR3BK08JQ U 1
AF RR3H296JQ U 27
AF RR3H296TF C 27
AF RR3DP30TF C -2
AF RR3EX81JQ U 47
AF RR3AO68TF C 59
BS 1 693 RR3BK08JQ
BS 694 715 RR3H296JQ
BS 716 731 RR3EX81JQ

RD RR3BK08TF 325 0 0
TTTTTTTTTA
GAGCTGATCATCTTTGACATTATCTGCTGGAACGGTATTAGTTTTGAACTTTTACATGAC
TCGCGATTCAAACCAAAGTATCAGGGATTACACAAATCACATTTTAAACAGAGAAACTAG
ACAAAAATAAAAAAAAGGAGTATTACAGAACACCAGCAAAGGACATACAAGATCAGATAG
GTTGTGGTTACTTGGAAACTTTCTTCTTGCCAGCAAATAGCAAACTTTCTTGCCCTTAAG
AGTCCTGCAGTTGTTCTTGGTTCTCTGTCCACGACATGGCAGGCCCTTGGATGTGCCTTA
CCCCACGGTAACATT

QA 11 325 11 325
DS 

RD RR3DP30JQ 507 0 0
G
GAGCTGATCATCTTTGACATTATCTGCTGGAACGGTATTAGTTTTGAACTTTTACATGAC
TCGCGATTCAAACCAAAGTATCAGGGATTACACAAATCACATTTTAAACAGAGAAACTAG
ACAAAA*TAAAAAAAAGGAGTATTACAGAACACCAGCAA*GGACATACAAGATCAGATAG
GTTGTGGTTACTTGGAAACTTTCTTCTTGCCAGCAA*TAGCAA*CTTTCTTGCCCTTAAG
AGTCCTGCAGTTGTTCTTGGTTCTCTGTCCACGACATGGCAGGCC*TTGGATGTGCCTTA
CCCCACGGTAACATTGGATCTCCTTCAGTCTCTTTATAGCAAGCGCGTTGAATCTCCTCA
GATCACCCTCGATCATATACTTGGAGACTTCATCACGAAGCACGATGAGCTCTTCCTCAG
CCATGTCTTTGGTGATTTTGTTCTCCATCTGAAGATCAACGAGAATCTGGCGAGCCCTGG
TTCGGCCAATGCCGTGAATGTACTGA

QA 2 507 2 507
DS 

RD RR3AO68JQ 581 0 0
GACTCGCGATTCAAACCAAAGTATCAGGGATTACACAAATCACATTTTAAACAGAGAAAC
TAGACAAAA*TAAAAAAAAGGAGTATTACAGAACACCAGCAA*GGACATACAAGATCAGA
TAGGTTGTGGTTACTTGGAAACTTTCTTCTTGCCAGCAA*TAGCAA*CTTTCTTGCCCTT
AAGAGTCCTGCAGTTGTTCTTGGTTCTCTGTCCACGACATGGCAGGCC*TTGGATGTGCC
TTACCCCACGGTAACATTGGATCTCCTTCAGTCTCTTTATAGCAAGCGCGTTGAATCTCC
TCAGATCACCCTCGATCATATACTTGGAGACTTCATCACGAAGCACGATGAGCTCTTCCT
CAGCCATGTCTTTGGTGATTTTGTTCTCCATCTGAAGATCAACGAGAATCTGGCGAGCCC
TGGTTCGGCCAATGCCGTGAATGTACTGAAGAGAGTATTCAATCCTCTTGTTACTCGGAA
TCTCCACACCACCAACACGAGCACATCTGATGCTTAGACTCTGCTTATTGGGAGCGTTTG
AAGCTGGGAGAGAAATAGTGTTGCGAGTGAGAGGATTCGAT

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3BK08JQ 694 0 0
AGAGCTGATCATCTTTGACATTATCTGCTGGAACGGTATTAGTTTTGAACTTTTACATGA
CTCGCGATTCAAACCAAAGTATCAGGGATTACACAAATCACATTTTAAACAGAGAAACTA
GACAAAA*TAAAAAAAAGGAGTATTACAGAACACCAGCAA*GGACATACAAGATCAGATA
GGTTGTGGTTACTTGGAAACTTTCTTCTTGCCAGCAA*TAGCAA*CTTTCTTGCCCTTAA
GAGTCCTGCAGTTGTTCTTGGTTCTCTGTCCACGACATGGCAGGCC*TTGGATGTGCCTT
ACCCCACGGTAACATTGGATCTCCTTCAGTCTCTTTATAGCAAGCGCGTTGAATCTCCTC
AGATCACCCTCGATCATATACTTGGAGACTTCATCACGAAGCACGATGAGCTCTTCCTCA
GCCATGTCTTTGGTGATTTTGTTCTCCATCTGAAGATCAACGAGAATCTGGCGAGCCCTG
GTTCGGCCAATGCCGTGAATGTACTGAAGAGAGTATTCAATCCTCTTGTTACTCGGAATC
TCCACACCACCAACACGAGCACATCTGATGCTTAGACTCTGCTTATTGGGAGCGTTTGAA
GCTGGGAGAGAAATAGTGTTGCGAGTGAGAGGATTCGATTTCGTCCAGTTGCATATGAGT
GAGAGCGAGTGCGCTACGGGCATCGCAACCATC
C

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3H296JQ 690 0 0
C
CTGGAACGGTATTAGTTTTGAACTTTTACATGACTCGCGATTCAAACCAAAGTATCAGGG
ATTACACAAATCACATTTTAAACAGAGAAACTAGACAAAA*TAAAAAAAAGGAGTATTAC
AGAACACCAGCAA*GGACATACAAGATCAGATAGGTTGTGGTTACTTGGAAACTTTCTTC
TTGCCAGCAA*TAGCAA*CTTTCTTGCCCTTAAGAGTCCTGCAGTTGTTCTTGGTTCTCT
GTCCTCGACATGGCAGGCC*TTGGATGTGCCTTACCCCACGGTAACATTGGATCTCCTTC
AGTCTCTTTATAGCAAGCGCGTTGAATCTCCTCAGATCACCCTCGATCATATACTTGGAG
ACTTCATCACGAAGCACGATGAGCTCTTCCTCAGCCATGTCTTTGGTGATTTTGTTCTCC
ATCTGAAGATCAACGAGAATCTGGCGAGCCCTGGTTCGGCCAATGCCGTGAATGTACTGA
AGAGAGTATTCAATCCTCTTGTTACTCGGAATCTACACACCACCAACACGAGCACATCTG
ATGCTTAGACTCTGCTTATTGGGAGCGTTTGAAGCTGGGAGAGAAATAGTGTTGCGAGTG
AGAGGATTCGATTTCGTCCAGTTGCATATGAGTGAGAGCGAGTGCGCTACGGGCATCGCA
ACCATCTGCGCCATTTTTTTTTCT***TC

QA 2 690 2 690
DS 

RD RR3H296TF 693 0 0
C
CTGGAACGGTATTAGTTTTGAACTTTTACATGACTCGCGATTCAAACCAAAGTATCAGGG
ATTACACAAATCACATTTTAAACAGAGAAACTAGACAAAA*TAAAAAAAAGGAGTATTAC
AGAACACCAGCAA*GGACATACAAGATCAGATAGGTTGTGGTTACTTGGAAACTTTCTTC
TTGCCAGCAA*TAGCAA*CTTTCTTGCCCTTAAGAGTCCTGCAGTTGTTCTTGGTTCTCT
GTCCTCGACATGGCAGGCC*TTGGATGTGCCTTACCCCACGGTAACATTGGATCTCCTTC
AGTCTCTTTATAGCAAGCGCGTTGAATCTCCTCAGATCACCCTCGATCATATACTTGGAG
ACTTCATCACGAAGCACGATGAGCTCTTCCTCAGCCATGTCTTTGGTGATTTTGTTCTCC
ATCTGAAGATCAACGAGAATCTGGCGAGCCCTGGTTCGGCCAATGCCGTGAATGTACTGA
AGAGAGTATTCAATCCTCTTGTTACTCGGAATCTACACACCACCAACACGAGCACATCTG
ATGCTTAGACTCTGCTTATTGGGAGCGTTTGAAGCTGGGAGAGAAATAGTGTTGCGAGTG
AGAGGATTCGATTTCGTCCAGTTGCATATGAGTGAGAGCGAGTGCGCTACGGGCATCGCA
ACCATCTGCGCCATTTTTTTTTCT***TCT
CC

QA 2 691 2 691
DS 

RD RR3DP30TF 734 0 0
TTTG
GAGCTGATCATCTTTGACAT*ATCTGCTGGAACGGTATTAGTTTTGAACTTTTACATGAC
TCGCGATTCAAACCAAAGTATCAGGGATTACACAAATCACATTTTAAACAGAGAAACTAG
ACAAAA*TAAAAAAAAGGAGTATTACAGAACACCAGCAA*GGACATACAAGATCAGATAG
GTTGTGGTTACTTGGAAACTTTCTTCTTGCCAGCAA*TAGCAA*CTTTCTTGCCCTTAAG
AGTCCTGCAGTTGTTCTTGGTTCTCTGTCCACGACATGGCAGGCC*TTGGATGTGCCTTA
CCCCACGGTAACATTGGATCTCCTTCAGTCTCTTTATAGCAAGCGCGTTGAATCTCCTCA
GATCACCCTCGATCATATACTTGGAGACTTCATCACGAAGCACGATGAGCTCTTCCTCAG
CCATGTCTTTGGTGATTTTGTTCTCCATCTGAAGATCAACGAGAATCTGGCGAGCCCTGG
TTCGGCCAATGCCGTGAATGTACTGAAGAGAGTATTCAATCCTCTTGTTACTCGGAATCT
CCACACCACCAACACGAGCACATCTGATGCTTAGACTCTGCTTATTGGGAGCGTTTGAAG
CTGGGAGAGAAGTAGTGTTGCGAGTGAGAGGATTCGATTTCGTCCAGTTGCATATGAGTG
AGAGCGAGTGCGCTACGGGCATCGCAACCATCTGCGCCATTTTTTTTTTC***TGTATCC
TTTGCGACCC

QA 5 734 5 734
DS 

RD RR3EX81JQ 685 0 0
GAACTTTTACATGACTCGCGATTCAAACCAAAGTATCAGGGATTACACAAATCACATTTT
AAACAGAGAAACTAGACAAAA*TAAAAAAAAGGAGTATTACAGAACACCGGCAA*GGACA
TACAAGATCAGATAGGTTGTGGTTACTTGGAAACTTTCTTATTGCCAGCAA*TAGCAA*C
TTTCTTGCCCTTAAGAGTCCTGCAGTTGTTCTTGGTTCTCTGTCCACGACATGGCAGGCC
*TTGGATGTGCCTTACCCCACGGTAACATTGGATCTCCTTCAGTCTCTTTATAGCAAGCG
CGTTGAATCTCCTCAGATCACCCTCGATCATATACTTGGAGACTTCATCACGAAGCACGA
TGAGCTCTTCCTCAGCCATGTCTTTGGTGATTTTGTTCTCCATCTGAAGATCAACGAGAA
TCTGGCGAGCCCTGGTTCGGCCAATGCCGTGAATGTACTGAAGAGAGTATTCAATCCTCT
TGTTACTCGGAATCTCCACACCACCAACACGAGCACATCTGATGCTTAAACTCTG***AT
TGGGAGCGTTTGAAGCTGGGAGAGAAATAGTGTTGCGAGTGAGAGGATTCGATTTCGTCC
AGTTGCATATGAGTGAGAGCGAGTGCGCTACGGGCATCGCAACCATCTGCGCCATTTTTT
TTTTCTTCTGTATCCTTTGCGACCC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3AO68TF 673 0 0
GACTCGCGATTCAAACCAAAGTATCAGGGATTACACAAATCACATTTTAAACAGAGAAAC
TAGACAAAA*TAAAAAAAAGGAGTATTACAGAACACCAGCAA*GGACATACAAGATCAGA
TAGGTTGTGGTTACTTGGAAACTTTCTTCTTGCCAGCAA*TAGCAA*CTTTCTTGCCCTT
AAGAGTCCTGCAGTTGTTCTTGGTTCTCTGTCCACGACATGGCAGGCC*TTGGATGTGCC
TTACCCCACGGTAACATTGGATCTCCTTCAGTCTCTTTATAGCAAGCGCGTTGAATCTCC
TCAGATCACCCTCGATCATATACTTGGAGACTTCATCACGAAGCACGATGAGCTCTTCCT
CAGCCATGTCTTTGGTGATTTTGTTCTCCATCTGAAGATCAACGAGAATCTGGCGAGCCC
TGGTTCGGCCAATGCCGTGAATGTACTGAAGAGAGTATTCAATCCTCTTGTTACTCGGAA
TCTCCACACCACCAACACGAGCACATCTGATGCTTAGACTCTGCTTATTGGGAGCGTTTG
AAGCTGGGAGAGAAATAGTGTTGCGAGTGAGAGGATTCGATCTCGTCCAGTTGCATATGA
GTGAGAGCGAGTGTGCTACGGGCATCGCAACCATCTGCGCCATTTTTTTTTCTT*CTGTA
TCCTTTGCGACCC

QA 1 673 1 673
DS 



CO CL123Contig2 770 4 16 U
GGGACGCTCGCCTTATCCGCTCGGCTCATCTTCGTTCTTCTTCTGGGTCGCAAAGGATAC
AGAAGAAAAAA*GAAATGGCGCAGATGGTTGCGATGCCCGTAGCGCACTCGCTCTCACTC
ATATGCAACTGGACGAAATCGAATCCTCTCACTCGCAACACTATTTCTCTCCCACCTTCA
AACGCTCCCAATAAGCAGAGTCTAAGCATCAGATGTGCTCGTGTTGGTGGTGTGGAGATT
CCGAGTAACAAGAGGATTGAATACTCTCTTCAGTACATTCACGGCATTGGACGAACTAGG
GCTCGCCAGATCCTCGTTGATCTCCAGATGGAGAACAAAATCACCAAAGACATGGCTGAG
GAAGAGCTCATCGCGCTTCGTGATGAAGTCTCCAAGTATATGATCGAGGGTGATCTGAGG
AGATTCAACGCGCTTGCTATAAAGAGACTGAAGGAGATCCAATGTTACCGTGGGGTAAGG
CACATCCAAGGCCTGCCATGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAACTGCAGGACTCTTAAG
GGGAAGAAAGTTGCTATTGCTGGCAAGAAGAAAGTTTCCAAGTAACCTACCTATCTGATC
TTGTATGTCCTTGCTGGTGTTCTGTAATACTCCTTTTCTATTTTGTCTAGTTTCTCTGTT
TAAAATGTGATTTGTGTAATCCCTGATACTTTGGTTTGAATCGCGCGAGTCATGTAAAAG
TTCAAAACTAATACCGTTCCAGCAGATAATGTCAAAGATGATCAGCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3H647TF U 43
AF RR3H647JQ C 43
AF RR3DI35TF U 1
AF RR3DI35JQ C 169
BS 1 44 RR3DI35TF
BS 45 46 RR3H647TF
BS 47 71 RR3DI35TF
BS 72 72 RR3H647TF
BS 73 110 RR3DI35TF
BS 111 111 RR3H647TF
BS 112 373 RR3DI35TF
BS 374 374 RR3H647TF
BS 375 637 RR3DI35TF
BS 638 638 RR3H647TF
BS 639 718 RR3DI35TF
BS 719 719 RR3DI35JQ
BS 720 748 RR3DI35TF
BS 749 749 RR3DI35JQ
BS 750 769 RR3DI35TF
BS 770 770 RR3DI35JQ

RD RR3H647TF 659 0 0
GG
GGGTCGCAAAGGATACAGAAGAAAAAA*GAAATGGCGCAGATGGTTGCGATGCCCGTAGC
GCACTCGCTCTCACTCATATGCAACTGGACGAAATCGAATCCTCTCACTCGCAACACTAT
TTCTCTCCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCAGAGTCTAAGCATCAGATGTGCTCGTGT
TGGTGGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGAATACTCTCTTCAGTACATTCACGG
CATTGGACGAACTAGGGCTCGCCAGATCCTCGTTGATCTCCAGATGGAGAACAAAATCAC
CAAAGACATGGCTGAGGAAGAGCTCATCGCGCTTCGTGATGAAGTCTCCAAGTATATGAT
CGAGGGTGATCTGAGGAGATTCAACGCGCTTGCTATAAAGAGACTGAAGGAGATCCAATG
TTACCGTGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCCATGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAA
CTGCAGGACTCTTAAGGGGAAGAAAGTTGCTATTGCTGGCAAGAAGAAAGTTTCCAAGTA
ACCTACCTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTGGTGTTCTGTAATACTCCTTTTC*ATTTT
GTCTAGTTTCTCTGTTTAAAATGTGATTTGTGTAATCCCTGATACTTTGGTTTGAA
A

QA 3 658 3 658
DS 

RD RR3H647JQ 656 0 0
GG
GGGTCGCAAAGGATACAGAAGAAAAAA*GAAATGGCGCAGATGGTTGCGATGCCCGTAGC
GCACTCGCTCTCACTCATATGCAACTGGACGAAATCGAATCCTCTCACTCGCAACACTAT
TTCTCTCCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCAGAGTCTAAGCATCAGATGTGCTCGTGT
TGGTGGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGAATACTCTCTTCAGTACATTCACGG
CATTGGACGAACTAGGGCTCGCCAGATCCTCGTTGATCTCCAGATGGAGAACAAAATCAC
CAAAGACATGGCTGAGGAAGAGCTCATCGCGCTTCGTGATGAAGTCTCCAAGTATATGAT
CGAGGGTGATCTGAGGAGATTCAACGCGCTTGCTATAAAGAGACTGAAGGAGATCCAATG
TTACCGTGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCCATGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAA
CTGCAGGACTCTTAAGGGGAAGAAAGTTGCTATTGCTGGCAAGAAGAAAGTTTCCAAGTA
ACCTACCTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTGGTGTTCTGTAATACTCCTTTTC*ATTTT
GTCTAGTTTCTCTGTTTAAAATGTGATTTGTGTAATCCCTGATACTTTGGTTTG

QA 3 656 3 656
DS 

RD RR3DI35TF 770 0 0
GGGACGCTCGCCTTATCCGCTCGGCTCATCTTCGTTCTTCTTCTTCGTCGCAAAGGATAC
AGAAGAAAAAAAGAAATGGCGCAGATGGTTGCGATGCCCGTAGCGCACTCCCTCTCACTC
ATATGCAACTGGACGAAATCGAATCCTCTCACTCGCAACACTATTTCTCTCCCACCTTCA
AACGCTCCCAATAAGCAGAGTCTAAGCATCAGATGTGCTCGTGTTGGTGGTGTGGAGATT
CCGAGTAACAAGAGGATTGAATACTCTCTTCAGTACATTCACGGCATTGGACGAACTAGG
GCTCGCCAGATCCTCGTTGATCTCCAGATGGAGAACAAAATCACCAAAGACATGGCTGAG
GAAGAGCTCATCGTGCTTCGTGATGAAGTCTCCAAGTATATGATCGAGGGTGATCTGAGG
AGATTCAACGCGCTTGCTATAAAGAGACTGAAGGAGATCCAATGTTACCGTGGGGTAAGG
CACATCCAAGGCCTGCCATGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAACTGCAGGACTCTTAAG
GGGAAGAAAGTTGCTATTGCTGGCAAGAAGAAAGTTTCCAAGTAACCTACCTATCTGATC
TTGTATGTCCTTGCTGGTGTTCTGTAATACTCCTTTTTTATTTTGTCTAGTTTCTCTGTT
TAAAATGTGATTTGTGTAATCCCTGATACTTTGGTTTGAATCGCGCGAGTCATGTAAA*G
TTCAAAACTAATACCGTTCCAGCAGATA*TGTCAAAGATGATCAGCTCT
T

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3DI35JQ 602 0 0
CTCCCACCTTCAAACGCTCCCAATAAGCAGAGTCTAAGCATCAGATGTGCTCGTGTTGGT
GGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGAATACTTTCTTCAGTACATTCACGGCATT
GGACGAACTAGGGCTCGCCAGATCCTCGTTGATCTCCAGATGGAGAACAAAATCACCAAA
GACATGGCTGAGGAAGAGCTCATCGTGCTTCGTGATGAAGTCTCCAAGTATATGATCGAG
GGTGATCTGAGGAGATTCAACGCGCTTGCTATAAAGAGACTGAAGGAGATCCAATGTTAC
CGTGGGGTAAGGCACATCCAAGGCCTGCCATGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAACTGC
AGGACTCTTAAGGGGAAGAAAGTTGCTATTGCTGGCAAGAAGAAAGTTTCCAAGTAACCT
ACCTATCTGATCTTGTATGTCCTTGCTGGTGTTCTGTAATACTCCTTTTTTATTTTGTCT
AGTTTCTCTGTTTAAAATGTGATTTGTGTAATCCCTGATACTTTGGTTTGAATCGCGCGA
GTCATGTAAAAGTTCAAAACTAATACCGTTCCAGCAGATAATGTCAAAGATGATCAGCTC
TT

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 11

CO CL124Contig1 766 11 51 U
GGATTACATTCGTGTTCTGTCCTAATCCGTTTCGCTTTTTATCAAGACAAGAAAGAATTC
CAGATATTTTCTTAACACAAAGAGATCTTAAAGAAGAACATGGCGATGGTTTCAGGAAGA
CGTTCTACTCTAAACCCCGACGCGCCTCTGTTTGTTCCGGCGGCCGTACGGCAAGTGGAG
GATTTTTCACCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCGACGTGGTACCATGACTACTGG
ATCAGCCAGCACCAAGGAGCAGATGGTTTCTACGATGGTGAAGTTGATGTAGCTGATCTT
CTACCAGAGTCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATCTCTTCGTGGCTGATGAGTTTGAT
GTAGAGATCTACCACGCAGGTGGTTTAGGGAAGAACGGTGAGATGGTGAGGAGATCGAGA
GGGAACAGGAGTCCTAAGTTGATTGTTGAACCGGCTAAGTATTCGGAGAAGCCAGCTAAA
TGGGCAAACCAGAGGGTTGCTGTTCCAAGAAACATCCACCAGCCTCGTTGAACAAGAGAG
GGAGGAGGAGGAGGAGTTGTT*AACTAGTCAGAGTTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCT
TTGTAATTTTTTT**TAGTATTTGCTTTCCCATAAGAGAACATGTAACTTCTTTGTACTT
TTATGATGTTCATTCTCAAAACTTGTTATCATAAAAAA*TGTAAAAACATAAAAAAAA*G
TTGTAAGCTTTGAATGAGAAATGAGAACTAGCTAGAGTTTATTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 
35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 5 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 5 5 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 40 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 
0 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 50 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 10 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 10 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 50 50 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 30 30 

AF RR3EI62TF U 103
AF RR3CX30JQ C 63
AF RR3EI62JQ C 103
AF RR3H921TF U 15
AF RR3DT01JQ C 1
AF RR3FN26JQ C 336
AF RR3CX30TF U 6
AF RR3DT01TF U 1
AF RR3FN26TF U 1
AF RR3DF50TF U 214
AF RR3DF50JQ C 388
BS 1 7 RR3DT01JQ
BS 8 35 RR3CX30TF
BS 36 36 RR3DT01TF
BS 37 42 RR3CX30TF
BS 43 44 RR3DT01TF
BS 45 59 RR3CX30TF
BS 60 60 RR3DT01TF
BS 61 75 RR3CX30TF
BS 76 76 RR3DT01TF
BS 77 244 RR3CX30TF
BS 245 245 RR3EI62TF
BS 246 360 RR3CX30TF
BS 361 361 RR3EI62TF
BS 362 395 RR3CX30TF
BS 396 396 RR3DT01TF
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BS 410 429 RR3CX30TF
BS 430 430 RR3DT01TF
BS 431 462 RR3CX30TF
BS 463 463 RR3DT01TF
BS 464 498 RR3CX30TF
BS 499 499 RR3DT01TF
BS 500 502 RR3CX30TF
BS 503 503 RR3DT01TF
BS 504 529 RR3CX30TF
BS 530 530 RR3DT01TF
BS 531 553 RR3CX30TF
BS 554 555 RR3DT01TF
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BS 719 719 RR3DT01TF
BS 720 726 RR3CX30TF
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BS 728 731 RR3CX30TF
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BS 747 747 RR3DF50TF
BS 748 766 RR3DT01TF

RD RR3EI62TF 500 0 0
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GTTGATGTAGCTGATCTTCTACCAGAGTCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATCTCTTC
GTGGCTGATGAGTTTGATGTAGAGATCTACCACGCAGGTGGTTTAGGGAAGAATGCTGAG
ATGGCGAGGAGATCGAGAGGGAACAGGGGTCCTAAGTTGATTGTTGCACCGGCTAAGTAT
GCGGAGAAGCCAGCTAAATGGGCAAACCAGAGGGTTACTGCTCCAAGAAACATCCACCAG
CCTCGTTAAACAAGAGAGGGAGGAGGAGGAGTTGTTGTTTAACTAGTCAGAGTTGGTTGT
ATGTTAGCCACTGTACCTTT

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR3CX30JQ 630 0 0
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TTCTACTCTAAACCCCGACGCGCCTCTGTTTGTTCCGGCGGCCGTACGGCAAGTGGAGGA
TTTTTCACCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCGACGTGGTACCATGACTACTGGAT
CATCCAGCACCAAGGAGCAGATGGTTTCTACGATGGTGAAGTTGATGTAGCTGATCTTCT
ACCAGAGTCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATCTCTTCGTGGCTGATGAGTTTGATAT
AGAGATCTACCACGCAGGTGGTTTAGGGAAGAATGCTGAGATGGTGTGGAGATCGAGAGG
GAACAGGGGTCCTAAGTTGATTGTTGAACCGGCTAAGTATGCGGAGAAGCCAGCTAAATG
GGCAAACCAGAGGGTTACTGCTCCAAGAAACATCCACCAGCCTCGTTAAACAAGAGAGGG
AGGAGGAGGAGTTGTTGTTTAACTAGTCAGAGTTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCTTT
GTAATTTTTTT**TAGTATTTGCTTTCCCACAAGAGAACATGCAACTTCTTTGTACTTCT
ATGATGTTCATTCTCAAAACTTGTTATCAT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3EI62JQ 588 0 0
GCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCTACTCTAAACCCCGACGCGCCTCTGTTTGTTCCGGCG
GCCGTACGGCAAGTGGAGGATTTTTCACCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCGACG
TGGTACCATGACTACTGGATCAGCCAGCACCAAGGAGCAGATGGTTTTTACGATGGTGAA
GTTGATGTAGCTGATCTTCTACCAGAGTCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATTTCTTC
GTGGCTGATGAGTTTGATGTAGAGATCTACCACGCAGGTGGTTTAGGGAAGAATGCTGAG
ATGGTGAGGAGATCGAGAGGGAACAGGGGTCCTAAGTTGATTGTTGCACCGGCTAAGTAT
GCGGAGAAGCCAGCTAAATGGGCAAACCAGAGGGTTACTGCTCCAAGAAACATCCACCAG
CCTCGTTAAACAAGAGAGGGAGGAGGAGGAGTTGTTGTTTAACTAGTCAGAGTTGGTTGT
ATGTTAGCCACTGTACCTTTGTAATTTTTTT**TAGTATTTGCTTTCCCACAAGAGAACA
TGCAACCTCTTTGTACTTCTATGATGTTCATTCTCAAAACTTGTTATC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3H921TF 674 0 0
TTCTGTCCTAATCCGTTTCGCGTTTTAT**AGACAAGAAAGAATTTCAGATATTTTCTTA
AAACAAAGAGATCTTAAAGAAGAACATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCTACTCTAAA
CCCCGACGCGCCTCTGTTTGTTCCGGCGGCCGTACGGCAAGTGGAGGATTTTTCACCGGA
GTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCGACGTGGTACCATGACTACTGGATCAGCCAGCACCA
AGGAGCAGATGGTTTCTACGATGGTGAAGTTGATGTAGCTGATCTTCTACCAGAGTCGTT
TGATTTCGATGACATGGAAGATCTCTTCGTGGCTGATGAGTTTGATGTAGAGATCTACCA
CGCAGGTGGTTTAGGGAAGAATGCTGAGATGGTGAGGAGATCGAGAGGGAACAGAGGTCC
TAAGTTGATTGTTGAACCGGCTAAGTATGCGGAGAAGCCAGCTAAATGGGCAAACCAGAG
GGTTACTGCTCCAAGAAACATCCACCAGCCTCGTTAAACAAGAGAGGGAGGAGGAGGAGT
TGTTGTTTAACTAGTCAGAGTTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCTTTGTAATTTTTTT*
**AGTATTTGCTTTCCCACAAGAGAACATGCAACTTCTTTGTACTTCTATGATGTTCATT
CTCAAAACTTGTTA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3DT01JQ 766 0 0
GGATTACATTCGTGTTCTGTC*TAATCCGTTTCGCTTTTTATCAAGACAAGAAAGAATTC
CAGATATTTTCTTAACACAAAGAGATCTTAAAGAAGAACATGGCGATGGTTTCAGGAAGA
CGTTCTACTCTAAACCCCGACGCGCCACTGTTTGTTCCGGCGGCCGTACGGCAAGTGGAG
GATTTTTCGCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACATCGATGTGGTACCATGACTACTGG
ATCAGCCAGCACCAAGGGGCAGATGGTTTCTACGACAGTGAAGTCGATGTAGCTGATCTT
CTACCAGAGTCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATCTCTTCGTGGCTGATGAGTTTGAT
TTAGAGATCTACCACGCAGGTGGTTTAGGGAAGAACGGTGAGATGGTGAGGAGATCGAGA
GGGAACAGGAGTCCTAAGTTGATTGTTGAACCGGCTAAGTATTCGGAGAAGCCAGCTAAA
TGGGCAAACCAGAGGGTTGCTGTTCCAAGAAACATCCACCAGCCTCGTTGAACAAGAGAG
GGAGGAGGAGGAGGAGTTGTT*AACTAGTCAGAGTTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCT
TTGTAATTTTTTT**TAGTATTTGCTTTCCCATAAGAGAACATGTAACTTCTTTGTACTT
TTATGATGTTCATTCTCAAAACTTGTTATCATAAAAAA*TGTAAAAACATAAAAAAAA*G
TTGTAAGCTTTGAATGAGAAATGAGAACTAGCTAGAGTTTATTTCT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3FN26JQ 431 0 0
TTTT
TTCGTGGCTGATGAGTTTGATGTAGAGATTTACCACGCAGGTGGTTTAGGGAAGAACGGT
GAGATGGTGAGGAGATCGAGAGGGAACAGGAGTCCTAAGTTGATTGTTGAACCGGCTAAG
TATTCGGAGAAGCCAGCTAAATGGGCAAACCAGAGGGTTGCTGTTCCAAGAAACATCCAC
CAGCCTCGTTGAACAAGAGAGGGAGGAGGAGGAGGAGTTGTT*AACTAGTCAGAGTTGGT
TGTATGTTAGCCACTGTACCTTTGTAATTTTTTTTTTAGTATTTGCTTTCCCATAAGAGA
ACATGTAACTTCTTTGTACTTTTATGATGTTCATTCTCAAAACTTGTTATCATAAAAAA*
TGTAAAA*CATAAAAAAAA*GTTGTAAGCTTTGAATGAGAAATGAGAACTAGCTAGAGTT
TATTTCT

QA 5 431 5 431
DS 

RD RR3CX30TF 749 0 0
GG
ATTCGTGTTCTGTCCTAATCCGTTTCGCGTTTTAT**AGACAAGAAAGAATTTCAGATAT
TTTCTTAAAACAAAGAGATCTTAAAGAAGAACATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCTA
CTCTAAACCCCGACGCGCCTCTGTTTGTTCCGGCGGCCGTACGGCAAGTGGAGGATTTTT
CACCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCGACGTGGTACCATGACTACTGGATCATCC
AGCACCAAGGAGCAGATGGTTTCTACGATGGTGAAGTTGATGTAGCTGATCTTCTACCAG
AGTCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATCTCTTCGTGGCTGATGAGTTTGATATAGAGA
TCTACCACGCAGGTGGTTTAGGGAAGAATGCTGAGATGGTGTGGAGATCGAGAGGGAACA
GGGGTCCTAAGTTGATTGTTGAACCGGCTAAGTATGCGGAGAAGCCAGCTAAATGGGCAA
ACCAGAGGGTTACTGCTCCAAGAAACATCCACCAGCCTCGTTAAACAAGAGAGGGAGGAG
GAGGAGTTGTTGTTTAACTAGTCAGAGTTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCTTTGTAAT
TTTTTT**TAGTATTTGCTTTCCCACAAGAGAACATGCAACTTCTTTGTACTTCTATGAT
GTTCATTCTCAAAACTTGTTATCATAAAAAAATGTAAAAACATAAAAAAAAAGTTGTAAA
CTTTAAATGAGAA
TGAGACTAGCTAGA

QA 3 735 3 735
DS 

RD RR3DT01TF 766 0 0
GGATTAC
ATTCGTGTTCTGTCCTAATCCGTTTCGCTTTTTATCAAGACAAGAAAGAATTCCAGATAT
TTTCTTAACACAAAGAGATCTTAAAGAAGAACATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCTA
CTCTAAACCCCGACGCGCCACTGTTTGTTCCGGCGGCCGTACGGCAAGTGGAGGATTTTT
CGCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACATCGATGTGGTACCATGACTACTGGATCAGCC
AGCACCAAGGGGCAGATGGTTTCTACGACAGTGAAGTCGATGTAGCTGATCTTCTACCAG
AGTCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATCTCTTCGTGGCTGATGAGTTTGATTTAGAGA
TCTACCACGCAGGTGGTTTAGGGAAGAACGGTGAGATGGTGAGGAGATCGAGAGGGAACA
GGAGTCCTAAGTTGATTGTTGAACCGGCTAAGTATTCGGAGAAGCCAGCTAAATGGGCAA
ACCAGAGGGTTGCTGTTCCAAGAAACATCCACCAGCCTCGTTGAACAAGAGAGGGAGGAG
GAGGAGGAGTTGTT*AACTAGTCAGAGTTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCTTTGTAAT
TTTTTT**TAGTATTTGCTTTCCCATAAGAGAACATGTAACTTCTTTGTACTTTTATGAT
GTTCATTCTCAAAACTTGTTATCATAAAAA**TGTAAAA*CATAAAAAAA**GTTGTAAG
CTTTGAATGAGAAATGAGA*CTAGCTAGAGTTTATTTCT

QA 8 766 8 766
DS 

RD RR3FN26TF 759 0 0
GGATTAC
ATTCGTGTTCTGTCCTAATCCGTTTCGCTTTTTATCAAGACAAGAAAGAATTCCAGATAT
TTTCTTAACACAAAGAGATCTTAAAGAAGAACATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCTA
CTCTAAACCCCGACGCGCCACTGTTTGTTCCGGCGGCCGTACGGCAAGTGGAGGATTTTT
CGCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACATCGACGTGGTACCATGACTACTGGATCAGCC
AGCACCAAGGGGCAGATGGTTTCTACGACAGTGAAGTCGATGTAGCTGATCTTCTACCAG
AGTCGTTTGATTTCGATGACATGGAAGATCTCTTCGTGGCTGATGAGTTTGATGTAGAGA
TCTACCACGCAGGTGGTTTAGGGAAGAACGGTGAGATGGTGAGGAGATCGAGAGGGAACA
GGAGTCCTAAGTTGATTGTTGAACCGGCTAAGTATTCGGAGAAGCCAGCTAAATGGGCAA
ACCAGAGGGTTGCTGTTCCAAGAAACATCCACCAGCCTCGTTGAACAAGAGAGGGAGGAG
GAGGAGGAGTTGTT*AACTAGTCAGAGTTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCTTTGTAAT
TTTTTTTTTAGTATTTGCTTTCCCATAAGAGAACATGTAACTTCTTTGTACTTTTATGAT
GTTCATTCTCAAAACTTGTTATCATAAAAA**TGTAAAA*CATAAAAAAA**GTTGTAAG
CTTTGAATGAGAAATGAGA*CTAGCTAGAGTT

QA 8 759 8 759
DS 

RD RR3DF50TF 553 0 0
G
CATCGACGTGGTACCATGACTACTGGATCAGCCAGCACCAAGGGGCAGATGGTTTCTACG
ACAGTGAAGTCGATGTAGCTGATCTTCTACCAGAGTCGTTTGATTTCGATGACATGGAAA
ATCTCTTCGTGGCTGATGAGCTTGATGTAGAGATCTACCACGCAGGTGGTTTAGGGAAGA
ACGGTGAGATGGTGAGGAGATCGAGAGGGAACAGGAGTCCTAAGTTGATTGTTGAACCGG
CTAAGTATTCGGAGAAGCCAGCTAAATGGGCAAACCAGAGGGTTGCTGTTCCAAGAAACA
TCCACCAGCCTCGTTGAACAAGAGAGGGAGGAGGAGGAGGAGTTGTT*AACTAGTCAGAG
TTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCTTTGTAATTTTTTTT*TAGTATTTGCTTTCCCATA
AGAGAGCATGTAACTTCTTTGTGCTTTTATGATGTTCATTCTCAAAACTTGTTATCATAA
AAAA*TGTAAAAACATAAAAAAAA*GTTGTAAGCTTTGAATGAGAAATGAGAACTAGCTA
GAGTTTATTTCT

QA 2 553 2 553
DS 

RD RR3DF50JQ 379 0 0
GGGAAGAACGGTGAGATGGTGAGGAGATCGAGAGGGAACAGGAGTCCTAAGTTGATTGTT
GAACCGGTTAAGTATTCGGAGAAGCCAGCTAAATGGGCAAACCAGAGGGTTGCTGTTCCA
AGAAACATCCCCCAGCCTCGTTGAACAAGAGAGGGAGGAGGAGGAGGAGTTGTT*AACTA
GTCAGAGTTGGTTGTATGTTAGCCACTGTACCTTTGTAATTTTTTTT*TAGTATTTGCTT
TCCCATAAGAGAGCATGTAACTTCTTTGTGCTTTTATGATGTTCATTCTCAAAACTTGTT
ATCATAAAAAA*TGTAAAAACATAAAAAAAA*GTTGTAAGCTTTGAATGAGAAATGAGAA
CTAGCTAGAGTTTATTT
TT

QA 1 377 1 377
DS 



AS 2 11

CO CL125Contig1 861 7 11 U
GGAAAGAAGCAGGACATATCTTGAAACACATGGCAGCGATTTCTCCATGGCTTTCTTCTC
CACAGAGCTTCTCGAATCCCCGCGTTTCCACTCGCTATAGAGGTTCAGCAAGATGCACAT
CACTTCCTCCTGCTGTCGTCTCTGCTCAGGAACATCATCAGATACTGTCAAGAGATGAGG
TTGGGATGAAGAGAAGGGAAGTCATGTTAAACATAGCTTCCTCCTCTGCCTTCTTATTTC
CATCCACCGTTTCACCTGCATTTGCAGAGACAAATGCTTCAGAGGCTTTCCGCGTGTACA
CAGATGAAACAAACAAGTTCGAGATATCAATTCCACAAGACTGGCAAGTCGGACAAGCAG
CAGAACCCAACGGGTTCAAGTCAATCACAGCTTTCTACCCTGAAGAAACTTCATCATACA
ATGTGAGCGTAGCGATCACTGGACTAGGTCCCGACTTTACTAGGATGGAATCTTTTGGAA
AGGTCGAAGCTTTCGCCGAAACACTGGTGAGTGGATTGGATAGAAGCTGGCAGAAACCAG
CAGGAGTGACAGCAAAGCTAGTTGATAGCAGATCTTCCAAAGGGTTCTATTACATTGAGT
ATACATTACAAAACCCTGGAGAAGCTCGTAAGCATTTGTACTCTGCAATCGGGATGGCAA
CTAACGGTTGGTACAACCGTTTGTACACTGTCACTGGACAATTTACAGATGAAGAATCTG
CTGATCAAAGCTCCAAGATCCAGAAGGCAGTCAAGTCTTTCAAATTCATCTGAGCGTGTC
AATCATATCAATCACCAAAACCAAATTGATCAAACATTTTGTTTACTGAACAATCACCTC
TTTCAATCAAATTCTGAGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3AF12TF U 1
AF RR3C082TF U 28
AF RR3C985TF U 9
AF RR3AP81TF U 5
AF RR3AF12JQ C 149
AF RR3C082JQ C 134
AF RR3C985JQ C 134
BS 1 203 RR3AF12TF
BS 204 204 RR3C082TF
BS 205 561 RR3AF12TF
BS 562 562 RR3C082TF
BS 563 744 RR3AF12TF
BS 745 746 RR3AP81TF
BS 747 747 RR3C082JQ
BS 748 790 RR3AP81TF
BS 791 791 RR3C082JQ
BS 792 818 RR3AP81TF
BS 819 861 RR3C082JQ

RD RR3AF12TF 744 0 0
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CACAGAGCTTCTCGAATCCCCGCGTTTCCACTCGCTATAGAGGTTCAGCAAGATGCACAT
CACTTCCTCCTGCTGTCGTCTCTGCTCAGGAACATCATCAGATACTGTCAAGAGATGAGG
TTGGGATGAAGAGAAGGGAAGTCGTGTTAAACATAGCTTCCTCCTCTGCCTTCTTATTTC
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ATGTGAGCGTAGCGATCACTGGACTAGGTCCCGACTTTACTAGGATGGAATCTTTTGGAA
AGGTCGAAGCTTTCGCCGAAACACTGGTGAGTGGATTGGATAGAAGCTGGCAGAAACCAG
CAGGAGTGACAGCAAAGCTAGCTGATAGCAGATCTTCCAAAGGGTTCTATTACATTGAGT
ATACATTACAAAACCCTGGAGAAGCTCGTAAGCATTTGTACTCTGCAATCGGGATGGCAA
CTAACGGTTGGTACAACCGTTTGTACACTGTCACTGGACAATTTACAGATGAAGAATCTG
CTGATCAAAGCTCCAAGATCCAGA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3C082TF 714 0 0
GG
ATGGCAGCGATTTCTCCATGGCTTTCTTCTCCACAGAGCTTCTCGAATCCCCGCGTTTCC
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ACAAATGCTTCAGAGGCTTTCCGCGTGTACACAGATGAAACAAACAAGTTCGAGACATCA
ATTCCACAAGACTGGCAAGTCGGACAAGCAGCAGAACCCAACGGGTTCAAGTCAATCACA
GCTTTCTACCCTGAAGAAACTTCATCATACAATGTGAGCGTAGCGATCACTGGACTAGGT
CCCGACTTTACTAGGATGGAATCTTTTGGAAAGGTCGAAGCTTTCGCCGAAACACTGGTG
AGTGGATTGGATAGAAGCTGGCAGAAACCAGCAGGAGTGACAGCAAAGCTAGTTGATAGC
AGATCTTCCAAAGGGTTCTATTACATTGAGTATACATTACAAAACCCTGGAGAAGCTCGT
AAGCATTTGTACTCTGCAATCGGGATGGCAACTAACGGTTGGTACAACCGTTTGTACACT
GTCACTGGACAATTTACAGATGAAGAATCTGCTGATCAAAGCTCCAAGATCC

QA 3 714 3 714
DS 

RD RR3C985TF 720 0 0
GGAGG
ACATATCTTGAAACACATGGCAGCGATTTCTCCATGGCTTTCTTCTCCACAGAGCTTCTC
GAATCCCCGCGTTTCCACTCGCTATAGAGGTTCAGCAAGATGCACATCACTTCCTCCTGC
TGTCGTCTCTGCTCAGGAACATCATCAGATACTGTCAAGAGATGAGGTTGGGATGAAGAG
AAGGGAAGTCATGTTAAACATAGCTTCCTCCTCTGCCTTCTTATTTCCATCCACCGTTTC
ACCTGCATTTGCAGAGACAAATGCTTCAGAGGCTTTCCGCGTGTACACAGATGAAACAAA
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CAACCGTTTGTACACTGTCACTGGACAATTTACAGATGAAGAATCTGCTGATCAA

QA 6 720 6 720
DS 

RD RR3AP81TF 814 0 0
GGAAGCAGG
ACATATCTTGAAACACATGGCAGCGATTTCTCCATGGCTTTCTTCTCCACAGAGCTTCTC
GAATCCCCGCGTTTCCACTCTCTATAGAGGTTCAGCAAGATGCACATCACTTCCTCCTGC
TGTCGTCTCTGCTCAGGAACATCATCAGATACTGTCAAGAGATGAGGTTGGGATGAAGAG
AAGGGAAGTCATGTTAAACATAGCTTCCTCCTCTGCCTTCTTATTTCCATCCACCGTTTC
ACCTGCATTTGCAGAGACAAATGCTTCAGAGGCTTTCCGCGTGTACACAGATGAAACAAA
CAAGTTCGAGATATCAATTCCACAAGACTGGCAAGTCGGACAAGCAGCAGAACCCAACGG
GTTCAAGTCAATCACAGCTTTCTGCCCTGAAGAAACTTCATCATACAATGTGAGCGTAGC
GATCACTGGACTAGGTCCCGACTTTACTAGGATGGAATCTTTTGGAAAGGTCGAAGCTTT
CGCCGAAACACTGGTGAGTGGATTGGATAGAAGCTGGCAGAAACCAGCAGGAGTGACAGC
AAAGCTAGTTGATAGCAGATCTTCCGAAGGGTTCTATTACATTGAGTATACATTACAAAA
CCCTGGAGAAGCTCGTAAGCATTTGTACTCTGCAATCGGGATGGCAACTAACGGTTGGTA
CAACCGTTTGTACACTGTCACTGGACAATTTACAGATGAAGAATCTGCTGATCAAAGCTC
CAAGATCCAGAAG*CAGTCAAGTCTTTCAAATTCATCTGAGCGTGTCAATCATATCA*TC
ACCAAAACCAAATTGATCAAACATT

QA 10 814 10 814
DS 

RD RR3AF12JQ 684 0 0
GGAACATCATCAGATACTGTCAAGAGATGAGGTTGGGATGAAGAGAAGGGAAGTCGTGTT
AAACATAGCTTCCTCCTCTGCCTTCTTATTTCCATCCACCGTTTCACCTGCATTTGCAGA
GACAAATGCTTCAGAGGCTTTCCGCGTGTACACAGATGAAACAAACAAGTTCGAGATATC
AATTCCACAAGACTGGCAAGTCGGACAAGCAGCAGAACCCAACGGGTTCAAGTCAATCAC
AGCTTTCTACCCTGAAGAAACTTCATCATACAATGTGAGCGTAGCGATCACTGGACTAGG
TCCCGACTTTACTAGGATGGAATCTTTTGGAAAGGTCGAAGCTTTCGCCGAAACACTGGT
GAGTGGATTGGATAGAAGCTGGCAGAAACCAGCAGGAGTGACAGCAAAGCTAGCTGATAG
CAGATCTTCCAAAGGGTTCTATTACATTGAGTATACATTACAAAACCCTGGAGAAGCTCG
TAAGCATTTGTACTCTGCAATCGGGATGGCAACTAACGGTTGGTACAACCGTTTGTACAC
TGTCACTGGACAATTTACAGATGAAGAATCTGCTGATCAAAGCTCCAAGATCCAGAAGGC
AGTCAAGTCTTTCAAATTCATCTGAGCGTGTCAATCATATCAATCACCAAAACCAAATTG
ATCAAACATTTTGTTTACTGAACA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3C082JQ 728 0 0
TGTCGTCTCTGCTCAGGAACATCATCAGATACTGTCAAGAGATGAGGTTGGGATGAAGAG
AAGGGAAGTCATGTTAAACATAGCTTCCTCCTCTGCCTTCTTATTTCCATCCACCGTTTC
ACCTGCATTTGCAGAGACAAATGCTTCAGAGGCTTTCCGCGTGTACACAGATGAAACAAA
CAAGTTCGAGACATCAATTCCACAAGACTGGCAAGTCGGACAAGCAGCAGAACCCAACGG
GTTCAAGTCAATCACAGCTTTCTACCCTGAAGAAACTTCATCATACAATGTGAGCGTAGC
GATCACTGGACTAGGTCCCGACTTTACTAGGATGGAATCTTTTGGAAAGGTCGAAGCTTT
CGCCGAAACACTGGTGAGTGGATTGGATAGAAGCTGGCAGAAACCAGCAGGAGTGACAGC
AAAGCTAGTTGATAGCAGATCTTCCAAAGGGTTCTATTACATTGAGTATACATTACAAAA
CCCTGGAGAAGCTCGTAAGCATTTGTACTCTGCAATCGGGATGGCAACTAACGGTTGGTA
CAACCGTTTGTACACTGTCACTGGACAATTTACAGATGAAGAATCTGCTGATCAAAGCTC
CAAGATCCAGAAGGCAGTCAAGTCTTTCAAATTCATCTGAGCGTGTCAATCATATCAATC
ACCAAAACCAAATTGATCAAACATTTTGTTTACTGAACAATCACCTCTTTCAATCAAATT
CTGAGATT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3C985JQ 728 0 0
TGTCGTCTCTGCTCAGGAACATCATCAGATACTGTCAAGAGATGAGGTTGGGATGAAGAG
AAGGGAAGTCATGTTAAACATAGCTTCCTCCTCTGCCTTCTTATTTCCATCCACCGTTTC
ACCTGCATTTGCAGAGACAAATGCTTCAGAGGCTTTCCGCGTGTACACAGATGAAACAAA
CAAGTTCGAGGTATCAATTCCACAAGACTGGCAAGTCGGACAAGCAGCAGAACCCAACGG
GTTCAAGTCAATCACAGCTTTCTACCCTGAAGAAACTTCATCATACAATGTGAGCGTAGC
GATCACTGGACTAGGTCCCGACTTTACTAGGATGGAATCTTTTGGAAAGGTCGAAGCTTT
CGCCGAAACACTGGTGAGTGGATTGGATAGAAGCTGGCAGAAACCAGCAGGAGTGACAGC
AAAGCTAGTTGATAGCAGATCTTCCAAAGGGTTCTATTACATTGAGTATACATTACAAAA
CCCTGGAGAAGCTCGTAAGCATTTGTACTCTGCAATCGGGATGGCAACTAACGGTTGGTA
CAACCGTTTGTACACTGTCACTGGACAATTTACAGATGAAGAATCTGCTGATCAAAGCTC
CAAGATCCAGAAGGCAGTCAAGTCTTTCAAATTCATCTGAGCGTGTCAATCATATCAATC
ACCAAAACCAAATTGATCAAACATTTTGTTTACTGAACAATCACCTCTTTCAATCAAATT
CTGAGATT

QA 1 728 1 728
DS 



CO CL125Contig2 1159 4 13 U
GGTAATAAGTTGGTGTACTATATAGTAGACACACATACACAAGCATATATATACATAATA
CTAGAATCAAAATCTGATTCTTTCTTTTTTCTTTTAGTCTAAAGTCGTATTACCACTACA
CTTTCTTCAGGTACAGGGGTGTAGTGAGTAAACATTCATAGGTATATAGCCTCTGTCCCA
AGTCCTGCATTGTAAGTAAAAGCATGTTTATACCCTAGGGTTTGTCTCTTCTTCCTTGTC
TGAACACACTGATGAATGATTGTTATCAGAAGCTTCAAAGTATGGAGTTAGTTTTTTTAT
CCCAAGAATTTGATTGAAAGAAGTAATTGTTCAGTAAACAAAATGTTTAATCAATGTGAG
GGGAATGATATTCTCAGATGAATTTGAAAGACTTGACTGCCTTCTGGATCTTGGAGCTTT
GATCAGCAGATTCTTCATCATTAAATTGTCCGGTGACAGTGTATAAACGGTTGTACCAAC
CGTTAGTTGCCATCCCAATTGCAGAGTACAAATGCTTACGAGCTTCTCCAGGGTTTTGTA
GTGTATACTCAATGTAATAGAACCCTTTGGAAGATGTGCTATCAACTAGCTTCGCAGTTA
CTCCTGCTGGTTTCTGCCAGCTTCTATCCAATCCACTGACCAGTGTCTCTGCAAAAGCTT
CGACCTTTCCAAAAGATTCCATCCTAGTGAAATCTGGACCTAGTCCAGTGATCGCTACGC
TCACATTGTACGATGAAGTTTCTTCAGGGTAAAAAGCTGTGATTGACTTGAACCCGTTAG
GTTCTGCTGCTTCTCCGACTTGCCAGTCTTGTGGAATTGATATCTCGAACTTGTTAGCTT
CATCTGTGTACACACGGAAAGCGTCTGTTGCATTTGTCTCTGCAAATGCAGGTGAAACGG
TGAATGGAAGTAAGAAAGCAGAGGAAGAAGCTAAGTTTAACAAGACTTCCCTTCTCTTCA
TCCCAACCTCATCTCTTGACAGTATCTGATGATGTTCCTGAGCAGAGACGACAGCAGGAG
GAAGTGATGTGCATCTTGCTGAACCTGTATAGCGAGTGGAAACGCGGGGATTCGAGAAGC
TCTGTGGAGTAGAAAACCATGGAGAAATCGCTGCCATGTGTTTCAAGATATGTGTCCTGC
TTCTCAGAAAATCTATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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CCC

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ACAAATGCTTACGAGCTTCTCCAGGGTTTTGTAGTGTATACTCAATGTAATAGAACCCTT
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TATAGCGAGTGGAAACGCGGGGATTCGAGAAGCTCTGTGGAGTAGAAAACCATGGAGAAA
TCGCTGCCATGTGTTTCAAGATATGTGTCCTGCTTCTCAGAAAATCTATTCC

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DS 



AS 1 13

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GTTTTTTTGTTTATAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGAT
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TTGAC


BQ
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35 35 35 30 30 

AF RR3E287TF U 1
AF RR3EP08TF U 7
AF RR3DI92TF U 4
AF RR3CK82TF U 18
AF RR3CT27TF U 1
AF RR3GC67TF U 132
AF RR3EU76TF U 12
AF RR3E287JQ C 132
AF RR3EP08JQ C 218
AF RR3EU76JQ C 142
AF RR3DI92JQ C 158
AF RR3GC67JQ C 142
AF RR3CK82JQ C 153
BS 1 144 RR3CT27TF
BS 145 145 RR3E287TF
BS 146 638 RR3CT27TF
BS 639 639 RR3EU76TF
BS 640 699 RR3CT27TF
BS 700 700 RR3GC67TF
BS 701 718 RR3CT27TF
BS 719 721 RR3GC67TF
BS 722 748 RR3CT27TF
BS 749 749 RR3E287JQ
BS 750 760 RR3CT27TF
BS 761 761 RR3EU76TF
BS 762 770 RR3CT27TF
BS 771 773 RR3GC67TF
BS 774 779 RR3CT27TF
BS 780 780 RR3GC67TF
BS 781 791 RR3CT27TF
BS 792 792 RR3GC67TF
BS 793 798 RR3CT27TF
BS 799 801 RR3E287JQ
BS 802 810 RR3CT27TF
BS 811 811 RR3E287JQ
BS 812 813 RR3CT27TF
BS 814 845 RR3E287JQ

RD RR3E287TF 602 0 0
GGAGGAAA
AGGAAAGGTAGAAGCCGTGGAAGTGCTCCAACCTCTCTCTAGAAGTTCTTCAAATATAAT
TGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTTTTTTT
GTTTATA**TACTTCGATCTTTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTT
TCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTC
TCTGCTTTCCTTTTCAAACTGATAATTCCGTTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGT
TAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAG
TATTCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCAGAGTT
TCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCC
TTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACG
GCGAGCAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAG
CGGC

QA 9 598 9 598
DS 

RD RR3EP08TF 597 0 0
GG
AGGAAAGGTAGAAGCCGTGGAAGTGCTCCAACCTCTCTCTAGAAGTTCTTCAAATATAAT
TGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTTTTTTT
GTTTATAAATACTTCGATCCGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTT
TCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTC
TCTGCTTTCCCTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGT
TAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAG
TATTCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTCGATGCAGAGTT
TCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCC
TTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACG
GCGAGCAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAG
CGGCT

QA 3 592 3 592
DS 

RD RR3DI92TF 593 0 0
GGAAA
AGGAAAGGTAGAAGCCGTGGAAGTGCTCCAACCTCTCTCTAGGAGTTCTTCAAATATAAT
TGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTTTTTTT
GTTTATAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTT
TCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTC
TCTGCTTTCCTTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGT
TAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAG
TATTCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCAGAGTT
TCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCC
TTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACG
GCGAGCAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGA

QA 6 593 6 593
DS 

RD RR3CK82TF 586 0 0
AGAAGCCGTGGAAGTGCTCCAACCTCTCTCTAGAAGTTCTTCAAATATAATTGACGCTCG
GTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTTTTTTTGTTTATAAA
TACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTTTCGCTTGGC
GATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTCTCTGCTTTC
CTTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGTTAGATACGT
TTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAGTATTCTTAA
AGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCAGAGTTTCAGATTAG
CCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCCTTGAAACTT
TTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACGGCAAGCAAG
GAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGGCGGC

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3CT27TF 813 0 0
GGAGGAAAAGGAAAGGTAGAAGCCGTGGAAGTGCTCCAACCTCTCTCTAGAAGTTCTTCA
AATATAATTGACGCTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTT
GTTTTTTTGTTTATAAATACTTCGGTCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGAT
CTTCCCTTTCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAA
ATCCGTTCTCTGCTTTCCTTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGT
CTCCTTGTTAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAA
AGGCGAAGTATTCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGAT
GCAGAGTTTCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTAT
CTCTTTCCTTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAA
AATTGACGGCGAGCAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGGC
GGCTGAAGGTTCACAGTCCGGTAGGTTTCCGGCAAGCA*CCAGCGGCGTTCTCTTTGGAT
CCAGAAAATTCGATGGCCACGTAAAGAGCACGTGTCTTC*ATGCTTTCATTGTTATATA*
*TAAATAACACGTGTTTGTATCTGTTTA*TTTTATCTTGT*GGGCATCGAC**GGCTGA*
TATGTATTGGG*ATGATT**ACTACTTGTATTT

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR3GC67TF 683 0 0
TATAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTTTCG
CTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTCCCT
GCTTTCCTTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGTTAG
ATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAGTAT
TCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCAGAGTTTCA
GATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCTTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCCTTG
AAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACGGCG
GGCAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGGCGGCTGAAGGTT
CACAGTCCGGTAGGTTTCCGGCAAGCA*CCAGCGGCGTTCTCTTTGGATCCAGAAAATTC
GATGGCCACGTAAAGAGCACGTGTCTTCCATGCTTTCATTGTTATATTATTAAATAACAC
GTGTTTGTATCTGTTAA*TTTTATCT*GT*GGGCATCGAACGGGCTGAATATGTATTGGG
GATGATT
ACTACTTGTATTTGGG

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3EU76TF 801 0 0
GG
AGGTAGAAGCCGTGGAAGTGCTCCAACCTCTCTCTAGAAGTTCTTCAAATATAATTGACG
CTCGGTGGCCGGTGGCTTTCGCCGCCGGTTACCATCCTTCTCTTTTTGTTTTTTTGTTTA
TAAATACTTCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTTTCGCT
TGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTCTCTGC
TTTCCTTTTCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGTTAGAT
ACGTTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAGTATTC
TTAAAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCAGAGTTTCAGA
TTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCCTTGAA
ACTTTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACGGCGAG
CAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGGCGGCTGAAGGTTCA
CAGTCCGGTAGGTTTCCGGCAAGCAACCAGCGGCGTTCTCTTTGGATCCAGAAAATTCGA
TGGCCACGTAAAGAGCACGTGTCTTCCATGCTTTCATTGTTATATTA*TAAATAACACGT
GTTTGTATCTGTTTA*TTTTATCTTGTTGGGCATCGAC*GGGCTGA*TATGTAT*GGGGA
TGATT
ACTACTTGTATTTG

QA 3 787 3 787
DS 

RD RR3E287JQ 714 0 0
TTTAT
ATACTTCGATCTTTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTTTCGCTTGG
CGATTTTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTCTCTGCTTT
CCTTTTCAAACTGATAATTCCGTTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGTTAGATACG
TTTTATTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAGTATTCTTA
AAGGTATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCAGAGTTTCAGATTA
GCCGGAGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCCTTGAAACT
TTTCACTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACGGCGAGCAA
GGAAAGAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGGCGGCTGAAGGTTCACAG
TCCGGTAGGTTTCCGGCAAGCAACCAGCGGCGTTCTCTTTGGATCCAGAAAATTCGATGG
CCACGTAAAGAGCACGTGTCTTCCATGCTTTCATTGTTATATTATTAAATAACACGTGTT
TGTATCTGTTTAATTTTATCTTGTTGGGCATCGAACGGGCTGAATATGTATTGGGGATGA
TTTACCTACTTGTAATTTGGGCTAAGGTCCTATCAATAAAACTGTTGAC

QA 6 714 6 714
DS 

RD RR3EP08JQ 628 0 0
TTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTCTCTGCTTTCCCTTTCAAACTGATAATTCC
GCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGTTAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAG
AAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAGTATTCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGT
TGATAAAGTGGTGGAGAGTCGATGCAGAGTTTCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGA
GCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCCTTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAG
CACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACGGCGAGCAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGT
GGGATAAATCAGTTGAAGAAGGCGGCTGAAGGTTCACAGTCCGGTAGGTTTCCGGCAAGC
AACCAGCGGCGTTCTCTTTGGATCCAGAAAATTCGATGGCCACGTAAAGAGCACGTGTCT
TCCATGCTTTCATTGTTATATTATTAAATAACACGTGTTTGTATCTGTTTAATTTTATCT
TGTTGGGCATCGAACGGGCTGAATATGTATTGGGGATGATTTACCTACTTGTAATTTGGG
CTAAGGTCCTATCAATAAAACTGTTGAC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3EU76JQ 704 0 0
TCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTTTCGCTTGGCGATT
TTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTCTCTGCTTTCCTTT
TCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGTTAGATACGTTTTA
TTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAGTATTCTTAAAGGT
ATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCAGAGTTTCAGATTAGCCGG
AGCTTTCATCTTGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCCTTGAAACTTTTCA
CTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACGGCGAGCAAGGAAA
GAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGGCGGCTGAAGGTTCACAGTCCGG
TAGGTTTCCGGCAAGCAACCAGCGGCGTTCTCTTTGGATCCAGAAAATTCGATGGCCACG
TAAAGAGCACGTGTCTTCCATGCTTTCATTGTTATATTATTAAATAACACGTGTTTGTAT
CTGTTTAATTTTATCTTGTTGGGCATCGAACGGGCTGAATATGTATTGGGGATGATTTAC
CTACTTGTAATTTGGGCTAAGGTCCTATCAATAAAACTGTTGAC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3DI92JQ 688 0 0
ATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTTTCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTGTCTAG
TTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTCTCTGCTTTCCTTTTCAAACTGATAATTCC
GCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGTTAGATACGTTTTATTTCTTACTTTATAAG
AAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAGTATTCTTAAAGGTATGAAATCGAGATGGT
TGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCAGAGTTTCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCTTGGGA
GCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCCTTGAAACTTTTCACTGGATTCATCTCTAG
CACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACGGCGAGCAAGGAAAGAAGAAACGGTCAAGT
GGGATAAATCAGTTGAAGAAGGCGGCTGAAGGTTCACAGTCCGGTAGGTTTCCGGCAAGC
AACCAGCGGCGTTCTCTTTGGATCCAGAAAATTCGATGGCCACGTAAAGAGCACGTGTCT
TCCATGCTTTCATTGTTATATTATTAAATAACACGTGTTTGTATCTGTTTAATTTTATCT
TGTTGGGCACCGAACGGGCTGAATATGTATTGGGGATGATTTACCTACTTGTAATTTGGG
CTAAGGTCCTATCAATAAAACTGTTG
GC

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3GC67JQ 704 0 0
TCGATCTGTTGATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTTTCGCTTGGCGATT
TTGTATCTTTGTCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTCCCTGCTTTCCTTT
TCAAACTGATAATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGTTAGATACGTTTTA
TTTCTTACTTTATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAGTATTCTTAAAGGT
ATGAAATCGAGATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCAGAGTTTCAGATTAGCCGG
AGCTTTCATCTTGGGAGCTTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCCTTGAAACTTTTCA
CTGGATTCATCTCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACGGCGGGCAAGGAAA
GAAGAAACGGTCAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGGCGGCTGAAGGTTCACAGTCCGG
TAGGTTTCCGGCAAGCAACCAGCGGCGTTCTCTTTGGATCCAGAAAATTCGATGGCCACG
TAAAGAGCACGTGTCTTCCATGCTTTCATTGTTATATTATTAAATAACACGTGTTTGTAT
CTGTTTAATTTTATCTTGTTGGGCATCGAACGGGCTGAATATGTATTGGGGATGATTTAC
CTACTTGTAATTTGGGCTAAGGTCCTATCAATAAAACTGTTGAC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3CK82JQ 693 0 0
ATCGAATCTTATGTTCCGGTTTGCGGATCTTCCCTTTCGCTTGGCGATTTTGTATCTTTG
TCTAGTTTTTTTGTTGTGTGAAATCAAAATCCGTTCTCTGCTTTCCTTTTCAAACTGATA
ATTCCGCTTGATTTTGGAGGTTTCTAGTCTCCTTGTTAGATACGTTTTATTTCTTACTTT
ATAAGAAATCAATCTTTGCTTCAGACAAAGGCGAAGTATTCTTAAAGGTATGAAATCGAG
ATGGTTGATAAAGTGGTGGAGAGTTGATGCAGAGTTTCAGATTAGCCGGAGCTTTCATCT
TGGGAGCGTTCTGGCAAGATTTCTGTATCTCTTTCCTTGAAACTTTTCACTGGATTCATC
TCTAGCACGTAGACGACGAAGCTACCAAAATTGACGGCAAGCAAGGAAAGAAGAAACGGT
CAAGTGGGATAAATCAGTTGAAGAAGGCGGCTGAAGGTTCACAGTCCGGTAGGTTTCCGG
CAAGCAACCAGCGGCTTTCTCTTTGGATCCAGAAAATTCGATGGCCACGTAAAGAGCACG
TGTCTTCCATGCTTTCATTGTTATATTATTAAATAACACGTGTTTGTATCTGTTTAATTT
TATCTTGTTGGGCATCGAACGGGCTGAATATGTATTGGGGATGATTTACCTACTTGTAAT
TTGGGCTAAGGTCCTATCAATAAAACTGTTGAC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 2 12

CO CL127Contig1 852 9 30 U
GTAGTTAACATCGTAATCAAGCATGGTTGATGATTCATACGATTACAGAAAATACATAAA
ATCTTTAACCTTGATGTCTTTTTATACAAAATCACCAAATATATAAACAAGACAGCAAAC
AAACAAAAACCAACTATAAAAGATAACTGAATCACACAAAAAAGGAGAGAGGAAGTATTA
CAAACAATGACATGAGCAACATATTAAATAAAAAGACTTAGAAACATCCACAGGTTGCCT
TGGGAACGACACCAGTGGCTCTATACTTAGCAGCCATTTCTTCAGCTTTGAGAAGCTCTT
CTCCCTTTTTAGCTTCAACCATTGCTCTCTTCTCTTCTGCTTCCTTGTGAATAGCCGCCA
CTTTGTTCTTCATTTTCTCACCATACTCTGCCTTTTTCTTCTCTAGTTTCTCTTCAATCT
TCCTGAGTTGAGCTTCAGTGGCTGCTTTCTTGCTGTTCTCCCAAGCAAGCACATCAGATA
TCTTCTTTTGTGCCTTGTGCTCAGCCTTTGACTTCTCACTCTCTTCCCATGCTTTGATGA
ATGAAGTTTTCTTCTCCTTTTCCAAGTCTGCAAGCTTCACATCTCTATCAACCGAACCAG
CTGAACTTTTCTTTGGTGTGGGCTCCTCAATAGGTTTTTCAACAACGGTAAGAGCTTTGG
ACTCGTCGGGAAGTGGAGTATGAACTTTCTCCTCCGCCACGTCTTTTGAAACTTCCACCG
GGGCAGGAGTAGGTTCCTTCACCGGAGCTACAACCGCAGGAGATTCTACGTCAACTTTAG
TCGGCTTTTGCTCCTCCGCCATTGCCTCTCAGCCAAAGAAGAACAAGAGCTGAACAAATG
GTTTTCTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY60JQ U 29
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AF RR3AE79JQ U 1
AF RR3GY93JQ U 45
AF RR3G588JQ U 45
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AF RR3GY93TF C 85
AF RR3DR31TF C 398
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RD RR3DY60JQ 447 0 0
GG
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ATCACCAAATATATAAACAAGACAGCAAACAAACAAAAACCAACTATAAAAGATAACTGA
ATCACACAAAAAAGGAGAGAGGAAGTATTACAAACAATGACATGAGCAACATATTAAATA
AAAAGACTTAAAAACATCCACAGGTTGCCTTGGGAACGACACCAGTGGCTCTATACTTAG
CAGCCATTTCTTCAGCTTTGAGAAGCTCTTCTCCCTTTTTAGCTTCAACCATTGCTCTCT
TCTCTTCTGCTTCCTTGTGAATAGCCGCCACTTTGTTCTTCATTTTCTCACCATACTCTG
CCTTTTTCTTCTCTAGTTTCTCTTCAATCTTCCTGAGTTGAGCTTCAGTGGCTGCTTTCT
TGCTGTTCTCCCAAGCAAGCACATC

QA 3 447 3 447
DS 

RD RR3B030JQ 555 0 0
GGTT
ACAGAAAATACATAAAATCTTTAACCTTGATGTCTTTTTATACAAAATCACCAAATATAT
AAACAAGACAGCAAACAAACAAAAACCAACTATAAAAGATAACTGAATCACACAAAAAAG
GAGAGAGGAAGTATTACAAACAATGACATGAGAAACATATTAAATAAAAAGACTTAGAAA
CATCCACAGGTTGCCTTGGGAACGACACCAGTGGCTCTATACTTAGCAGCCATTTCTTCA
GCTTTGAGAAGCTCTTCTCCCTTTTTAGCTTCAACCATTGATCTCTTCTCTTCTGCTTCC
TTGTGAATAGCCGCCACTTTGTTCTTCATTTTCTCACCATACTCTACCTTTTTCTTCTCT
AGTTTCTCTTCAATCTTCCTGAGTTGAGCTTCAGTGGCTGCTTTCTTGCTGTTCTCCCAA
GCAAGCACATCAGATATCTTCTTTTGTGCCTTGTGCTCAGCCTTTGACTTCTCACTCTCT
TCCCATGCTTTGATGAATGAAGTTTTCTTCTCCTTTTCCAAGTCTGCAAGTTTCACATCT
CTATCAACCGA

QA 5 555 5 555
DS 

RD RR3DR31JQ 662 0 0
ACAGAAAATACATAAAATCTTTAACCTTGATGTCTTTTTATACAAAATCACCAAATATAT
AAACAAGACAGCAAACAAACAAAAACCAACTATAAAAGATAACTGAATCACACAAAAAAG
GAGAGAGGAAGTATTACAAACAATGACATGAGCAACATATTAAATAAAAAGACTTAGAAA
CATCCACAGGTTGCCTTGGGAACGACACCAGTGGCTCTATACTTAGCAGCCATTTCTTCA
GCTTTGAGAAGCTCTTCTCCCTTTTTAGCTTCAACCATTGCTCTCTTCTCTTCTGCTTCC
TTGTGAATAGCCGCCACTTTGTTCTTCATTTTCTCACCATACTCTGCCTTTTTCTTCTCT
AGTTTCTCTTCAATCTTCCTGAGTTGAGCTTCAGTGGCTGCTTTCTTGCTGTTCTCCCAA
GCAAGCACATCAGATATCTTCTTTTGTGCCTTGTGCTCAGCCTTTGACTTCTCACTCTCT
TCCCATGCTTTGATGAATGAAGTTTTCTTCTCCTTTTCCAAGTCTGCAAGCTTCACATCT
CTATCAACCGAACCAGCTGAACTTTTCTTTGGTGTGGGCTCCCCAATAGGTTTTTCAACA
ACGGTAAGAGCTTTGGACTCGTCGGGAAGTGGAGTATGAACTTTCTCCTCCGCCACGTCT
TT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3AE79JQ 732 0 0
GTAGTTAACATCGTAATCAAGCATGGTTGATGATTCATACGATTACAGAAAATACATAAA
ATCTTTAACCTTGATGTCTTTTTATACAAA*TCACCAAATATATAAACAAGACAGCAAAC
AAACAAAAACCAACTATAAAAGATAACTGAATCACACAAAAAAGGAGAGAGGAAGTATTA
CAAACAATGACATGAGAAACATATTAAATAAAAAGACTTAAAAACATCCACAGGTTGCCT
TGGGAACGACACCAGTGGCTCTATACTTAACAGCCATTTCTTCAGCTTTGAGAAGCTCTT
CTCCCTTTTTAGCTTCAACCATTGCTCTCTTCTCTTCTGCTTCCTTGTAAATAGCCGCCA
ATTTGTTCTTCATTTTCTCACCATACTCTGCCTTTTTCTTCTCTAGTTTCTCTTCAATCT
TCCTGAGTTGAGCTTCAGTGGCTGCTTTCTTGCTGTTCTCCCAAGCAAGCACATCAGATA
TCTTCTTTTGTGCCTTGTGCTCAGCCTTTGACTTCTCACTCTCTTCCCATGCTTTGATGA
ATGAAGTTTTCTTCTCCTTTTCCAAGTCTGCAAGTTTCACATCTCTATCAACCGAACCAG
CTGAACTTTTCTTTGGTGTGGGCTCCTCAATGGGTTTTTCAACAACGGCAAGAGCTTTGG
ACTCGTCGGGAAGTGTAGTATGAACTTTCTCCTCCGCCACGTCTTTAGAAACTTCCACCG
GAGCAGGAGTAG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3GY93JQ 678 0 0
G
CAGAAAATACATAAAATCTTTAACCTTGATGTCTTTTTATACAAAATCACCAAATATATA
AACAAGACAGCAAACAAACAAAAACCAACTATAAAAGATAACTGAATCACACAAAAAAGG
AGAGAGGAAGTATTACAAACAATGACATGAGCAACATATTAAATAAAAAGACTTAGAAAC
ATCCACAGGTTGCCTTGGGAACGACACCAGTGGCTCTATACTTAGCAGCCATTTCTTCAG
CTTTGAGAAGCTCTTCTCCCTTTTTAGCTTCAACCATTGCTCTCTTCTCTTCTGCTTCCT
TGTGAATAGCCGCCACTTTGTTCTTCATTTTCTCACCATACTCTGCCTTTTTCTTCTCTA
GTTTCTCTTCAATCTTCCTGAGTTGAGCTTCAGTGGCTGCTTTCTTGCTGTTCTCCCAAG
CAAGCACATCAGATATCTTCTTTTGTGCCTTGTGCTCAGCCTTTGACTTCTCACTCTCTT
CCCATGCTTTGATGAATGAAGTTTTCTTCTCCTTTTCCAAGTCTGCAAGCTTCACATCTC
TATCAACCGAACCAGCTGAACTTTTCTTTGGTGTGGGCTCCTCAATAGGTTTTTCAACAA
CGGTAAGAGCTTTGGACTCGTCGGGAAGTGGAGTATGAACTTTCTCCTCCGCCACGTCTT
TTGAAACTTCCACCGGG

QA 2 678 2 678
DS 

RD RR3G588JQ 781 0 0
AG
AGAAAATACATAAAATCTTTAACCTTGATGTCTTTTTATACAAAATCACCAAATATATAA
ACAAGACAGCAAACAAACAAAAACCAACTATAAAAGATAACTGAATCACACAAAAAAGGA
GAGAGGAAGTATTACAAACAATGACATGAGCAACATATTAAATAAAAAGACTTAGAAACA
TCCACAGGTTGCCTTGGGAACGACACCAGTGGCTCTATACTTAGCAGCCATTTCTTCAGC
TTTGAGAAGCTCTTCTCCCTTTTTAGCTTCAACCATTGCTCTCTTCTCTTCTGCTTCCTT
GTGAATAGCCGCCACTTTGTTCTTCATTTTCTCACCATACTCTGCCTTTTTCTTCTCTAG
TTTCTCTTCAATCTTCCTGAGTTGAGCTTCAGTGGCTGCTTTCTTGCAGTTCTCCCAAGC
AAGCACATCAGATATCTTCTTTTGTGCCTTGTGCTCAGCCTTTGACTTCTCACTCT**TC
TCATGCTTTGATGAATGAAGTTTTCTTCTCCTTTTCCAAGTCTGCAAGCTTCACATCTCT
ATCAACCGAACCAGCTGAACTTTTCTTTGGTGTGGGCTCCTCAATAGGTTTTTCAACAAC
GGTAAGAGCTTTGGACTCGTCGGGAAGTGGAGTATGAACTTTCTCCTCCGCCACGTCTTT
TGAAACTTCCACCGGGGCAGGAGTAGGTTCCTTCACCGGAGCTACAACCGCAG*AGATTC
TACGTCAACTTTAGTCGGCTTTTGCTCCTCCGCCATTGCCTCTCAGCCAAAGAAGA
CCC

QA 3 778 3 778
DS 

RD RR3G588TF 727 0 0
TATATAAACAAGACAGCAAACAAACAAAAACCAACTATAAAAGATAACTGAATCACACAA
AAAAGGAGAGAGGAAGTATTACAAACAATGACATGAGCAACATATTAAATAAAAAGACTT
AGAAACATCCACAGGTTGCCTTGGGAACGACACCAGTGGCTCTATACTTAGCAGCCATTT
CTTCAGCTTTGAGAAGCTCTTCTCCCTTTTTAGCTTCAACCATTGCTCTCTTCTCTTCTG
CTTCCTTGTGAATAGCCGCCACTTTGTTCTTCATTTTCTCACCATACTCTGCCTTTTTCT
TCTCTAGTTTCTCTTCAATCTTCCTGAGTTGAGCTTCAGTGGCTGCTTTCTTGCAGTTCT
CCCAAGCAAGCACATCAGATATCTTCTTTTGTGCCTTGTGCTCAGCCTTTGACTTCTCAC
TCT**TCTCATGCTTTGATGAATGAAGTTTTCTTCTCCTTTTCCAAGTCTGCAAGCTTCA
CATCTCTATCAACCGAACCAGCTGAACTTTTCTTTGGTGTGGGCTCCTCAATAGGTTTTT
CAACAACGGTAAGAGCTTTGGACTCGTCGGGAAGTGGAGTATGAACTTTCTCCTCCGCCA
CGTCTTTTGAAACTTCCACCGGGGCAGGAGTAGGTTCCTTCACCGGAGCTACAACCGCAG
GAGATTCTACGTCAACTTTAGTCGGCTTTTGCTCCTCCGCCATTGCCTCTCAGCCAAAGA
AGAAC
CC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3GY93TF 764 0 0
TACAAAATCACCAAATATATAAACAAGACAGCAAACAAACAAAAACCAACTATAAAAGAT
AACTGAATCACACAAAAAAGGAGAGAGGAAGTATTACAAACAATGACATGAGCAACATAT
TAAATAAAAAGACTTAGAAACATCCACAGGTTGCCTTGGGAACGACACCAGTGGCTCTAT
ACTTAGCAGCCATTTCTTCAGCTTTGAGAAGCTCTTCTCCCTTTTTAGCTTCAACCATTG
CTCTCTTCTCTTCTGCTTCCTTGTGAATAGCCGCCACTTTGTTCTTCATTTTCTCACCAT
ACTCTGCCTTTTTCTTCTCTAGTTTCTCTTCAATCTTCCTGAGTTGAGCTTCAGTGGCTG
CTTTCTTGCTGTTCTCCCAAGCAAGCACATCAGATATCTTCTTTTGTGCCTTGTGCTCAG
CCTTTGACTTCTCACTCTCTTCCCATGCTTTGATGAATGAAGTTTTCTTCTCCTTTTCCA
AGTCTGCAAGCTTCACATCTCTATCAACCGAACCAGCTGAACTTTTCTTTGGTGTGGGCT
CCTCAATAGGTTTTTCAACAACGGTAAGAGCTTTGGACTCGTCGGGAAGTGGAGTATGAA
CTTTCTCCTCCGCCACGTCTTTTGAAACTTCCACCGGGGCAGGAGTAGGTTCCTTCACCG
GAGCTACAACCGCAGGAGATTCTACGTCAACTTTAGTCGGCATT*GCTCCTCCGCCATTG
CCTCTCAGCCAAAGAAGAACAAGAGCTGAACAAATGGTTTTC
CC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3DR31TF 455 0 0
CTTCTCTAGTTTCTCTTCAATCTTCC*GAGTTGAGCTTCAGTGGCTGCTTTCTTGCTGTT
CTCCCAAGCAAGCACATCAGATATCTTCTTTTGTGCCTTGTGCTCAGCCTTTGACTTCTC
ACTCTCTTCCCATGCTTTGATGAATGAAGTTTTCTTCTCCTTTTCCAAGTCTGCAAGCTT
CACATCTCTATCAACCGAACCAGCTGAACTTTTCTTTGGTGTGGGCTCCCCAATAGGTTT
TTCAACAACGGTAAGAGCTTTGGACTCGTCGGGAAGTGGAGTATGAACTTTCTCCTCCGC
CACGTCTTTTGAAACTTCCACCGGGGCAGGAGTAGGTTCCTTCACCGGAGCTACAACCGC
AGGAGATTCTACGTCAACTTTAGTCGGCTTTTGCTCCTCCGCCATTGCCTCTCAGCCAAA
GAAGAACAAGAGCTGAACAAATGGTTTTCTTTTCC

QA 1 455 1 455
DS 



CO CL127Contig2 880 3 14 U
GGAACGGAGGATATAGACCCTTTCTTCTCCCTTATTGGCTAAAGTCTCAGAGATTTTATC
CAAAAATAGTTTTGTTTAATTCTCTGGAAGGAGAAAACCATTTGATCAGCTCTTGTTCTT
CTTCTCTGGCTGAGAGGCAATGGCGGAGGAGCAAAAGACGGCTAAAGTTGACGTAGAATC
TCCGACGGTTGTAACTCCGGCGAAGGAACCTACTCCTGCTCCGGTGGAAGTTTCTAAAGA
CGTGGCGGAGGAGAAAGTTCATACTACACTTCCCGACGAGTCCAAAGCTCTTGCCGTTGT
TGAAAAACCCATTGAGGAGCCCACACCAAAGAAAAGTTCAGCTGGTTCGGTTGATAGAGA
TGTGAAACTTGCAGACTTGGAAAAGGAGAAGAAAACTTCATTCATCAAAGCATGGGAAGA
GAGTGAGAAGTCAAAGGCTGAGCACAAGGCACAAAAGAAGATATCTGATGTGCTTGCTTG
GGAGAACAGCAAGAAAGCAGCCACTGAAGCTCAACTCAGGAAGATTGAAGAGAAACTAGA
GAAGAAAAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAAGTGGCGGCTATTCACAAGGA
AGCAGAAGAGAAGAGAGCAATGGTTGAAGCTAAAAAGGGAGAAGAGCTTCTCAAAGCTGA
AGAAATGGCTGCTAAGTATAGAGCCACTGGTGTCGTTCCCAAGGCAACCTGTGGATGTTT
CTAAGTCTTTTTATTTAATATGTTTCTCATGTCATTGTTTGTAATACTTCCTCTCTCCTT
TTTTTGTGTGATTCAGTTACCTTTTATAGTTGGTTTTTGTTTGTTTGCTGTCTTGTTTAT
ATATTTGGTGATTTTGTATAAAAGACATCAAGTTAAAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AE79TF U 1
AF RR3GC66JQ C 185
AF RR3B030TF U 44
BS 1 125 RR3AE79TF
BS 126 126 RR3B030TF
BS 127 580 RR3AE79TF
BS 581 581 RR3B030TF
BS 582 592 RR3AE79TF
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BS 594 671 RR3AE79TF
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BS 673 699 RR3AE79TF
BS 700 784 RR3B030TF
BS 785 785 RR3GC66JQ
BS 786 799 RR3B030TF
BS 800 800 RR3GC66JQ
BS 801 880 RR3B030TF

RD RR3AE79TF 699 0 0
GGAACGGAGGATATAGACCCTTTCTTCTCCCTTATTGGCTAAAGTCTCAGAGATTTTATC
CAAAAATAGTTTTGTTTAATTCTCTGGAAGGAGAAAACCATTTGATCAGCTCTTGTTCTT
CTTCTTTGGCTGAGAGGCAATGGCGGAGGAGCAAAAGACGGCTAAAGTTGACGTAGAATC
TCCGACGGTTGTAACTCCGGCGAAGGAACCTACTCCTGCTCCGGTGGAAGTTTCTAAAGA
CGTGGCGGAGGAGAAAGTTCATACTACACTTCCCGACGAGTCCAAAGCTCTTGCCGTTGT
TGAAAAACCCATTGAGGAGCCCACACCAAAGAAAAGTTCAGCTGGTTCGGTTGATAGAGA
TGTGAAACTTGCAGACTTGGAAAAGGAGAAGAAAACTTCATTCATCAAAGCATGGGAAGA
GAGTGAGAAGTCAAAGGCTGAGCACAAGGCACAAAAGAAGATATCTGATGTGCTTGCTTG
GGAGAACAGCAAGAAAGCAGCCACTGAAGCTCAACTCAGGAAGATTGAAGAGAAACTAGA
GAAGAAAAAGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAATTGGCGGCTATTTACAAGGA
AGCAGAAGAGAAGAGAGCAATGGTTGAAGCTAAAAAGGGAGAAGAGCTTCTCAAAGCTGA
AGAAATGGCTGTTAAGTATAGAGCCACTGGTGTCGTTCC

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3GC66JQ 623 0 0
GCGT
TTGTAGCTCCGGCGAAGGAACCTACTCCTGCTCCGGTGGAAGCTTCTAAAGACGTGGCGG
AGGAGAAAGTTCATACTCCACTTCCCGACGAGTCCAAAGCTCTTACCGTTGTTGAAAAAC
CCATTGAGGAGCCCACACCAAAGAAAAGTTCAGCTGGTTCGGTTGATAGAGATGTGAAAC
TTGCAGACTTGGAAAAGGAGAAGAAAACTTCATTTATCAAAGCATGGGAAGAGAGTGAGA
AGTCAAAGGCTGAGCACAAGGCACAAAAGAAGATATCTGATGTGCTTGCTTGGGAGAACA
GCAAGAAAGCAGCCACTGAAGCTCAACTCAGGAAGATTGAAGAGAAACTAGAGAAGAAAA
AGGCAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAAGTGGCGGCTATTCACAAGGAAGCAGAAG
AGAAGAGAGCAATGGTTGAAGCTAAAAAGGGAGAAGAGCTTCTCAAAGCTGAAGAAATGG
CTGCTAAGTATAGAGCCACTGGTGTCGTTCCCAAGGCAACCTGTGGATGTTTCTAAGTCT
TTTTATTTAATATGTTTCTCATGTCATTGTTTGTAATACTTCCTCTCTCCTTTTTTTGTG
TGATTCAGTTACCTTTTA
C

QA 5 622 5 622
DS 

RD RR3B030TF 837 0 0
GG
CTCAGAGATTTTATCCAAAAATAGTTTTGTTTAATTCTCTGGAAGGAGAAAACCATTTGA
TCAGCTCTTGTTCTTCTTCTCTGGCTGAGAGGCAATGGCGGAGGAGCAAAAGACGGCTAA
AGTTGACGTAGAATCTCCGACGGTTGTAACTCCGGCGAAGGAACCTACTCCTGCTCCGGT
GGAAGTTTCTAAAGACGTGGCGGAGGAGAAAGTTCATACTACACTTCCCGACGAGTCCAA
AGCTCTTGCCGTTGTTGAAAAACCCATTGAGGAGCCCACACCAAAGAAAAGTTCAGCTGG
TTCGGTTGATAGAGATGTGAAACTTGCAGACTTGGAAAAGGAGAAGAAAACTTCATTCAT
CAAAGCATGGGAAGAGAGTGAGAAGTCAAAGGCTGAGCACAAGGCACAAAAGAAGATATC
TGATGTGCTTGCTTGGGAGAACAGCAAGAAAGCAGCCACTGAAGCTCAACTCAGGAAGAT
TGAAGAGAAACTAGAGAAGAAAAAGGTAGAGTATGGTGAGAAAATGAAGAACAAAGTGGC
GGCTATTCACAAGGAAGCAGAAGAGAAGAGATCAATGGTTGAAGCTAAAAAGGGAGAAGA
GCTTCTCAAAGCTGAAGAAATGGCTGCTAAGTATAGAGCCACTGGTGTCGTTCCCAAGGC
AACCTGTGGATGTTTCTAAGTCTTTTTATTTAATATGTTTCTCATGTCATTGTTTGTAAT
ACTTCCTCTCTCCTTTTTT*GTGTGATTCAGTTATCTTTTATAGTTGGTTTTTGTTTGTT
TGCTGTCTTGTTTATATATTTGGTGATTTTGTATAAAAGACATCAAGTTAAAGAT

QA 3 837 3 837
DS 



AS 3 9

CO CL128Contig1 856 4 13 U
GGATCATTCGTCTCTTACAAATCATCAAGTATACATTTGATCGTTTCTTATTCTCATCAG
CAGAGCAAACAAAACTTTTTTCGATAACTATGGCAGAGGAAACCAAGAACATTGAGGTGC
CAAAGGTAGAGTCGGAGGAATCATCAGCAGGGGCCACAGAGGTTACAGATCGTGGACTGT
TCGATTTCTTGGGGAAGAAGAAAGATGAAACAAAACCAGAGGAGACCGCCATAGCGTCTG
AGTTTGAGCAAAAGGTTCACGTCTCGGAGCCGGCGCCTGAGGTTAAACACGAGGAAGAAG
AAGAAGAGAAGAAGCATCATAGTCTCCTCGAGAAGCTTCACCGCAGCGACAGCTCTTCAA
GCTCCTCAAGCGAGGAAGAAGGCGAAGATGGTGTGAAGAGGAAGAAGAAGAAGGACAAGA
AGAAGGTAACTACTGAAGGAGGAGAGGTGAAGACAGAGGAGGAGGAGAAGAAAGGGTTTA
TGGATAAGCTGAAGGAGAAGCTTCCTGGACACGGAAAGAAGCCTGAAGATGCTCCACCGG
CACCGGTTGTTGCTCCTCCGGTGGAGGAAGCGCATCCGGCGGAGAAGAAGGGGATCTTGG
AGAAGATTAAGGAGAAGCTTCCAGGCTACCATCCCAAGACTGTAGAGGAGGAAAAGAAGG
ATAAGGATGATCATTAAAGATATGAATCATGATGATGATGATGATGTGTTATTGTGTTGA
GTGTTGATCATCTTTTGCTTTTGTGTTGTTGGAAGTTTGTTGGCTTTTTATTATTTCCTT
TGTTGATTTCAGCTTTCCTTTGTTATGTGTTGTATATGATGATTTCAAAGGTGTTTTAAT
GGTATGATTATTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C568TF U 1
AF RR3ET47TF U 4
AF RR3C568JQ C 80
AF RR3ET47JQ C 249
BS 1 298 RR3C568TF
BS 299 299 RR3ET47TF
BS 300 656 RR3C568TF
BS 657 658 RR3ET47TF
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BS 665 665 RR3C568JQ
BS 666 741 RR3ET47TF
BS 742 742 RR3C568JQ
BS 743 768 RR3ET47TF
BS 769 771 RR3C568JQ
BS 772 818 RR3ET47TF
BS 819 856 RR3C568JQ

RD RR3C568TF 656 0 0
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AGAAGGTAACTACTGAAGGAGGAGAGGTGAAGACAGAGGAGGAGGAGAAGAAAGGGTTTA
TGGATAAGCTGAAGGAGAAGCTTCCTGGACACGGAAAGAAGCCTGAAGATGCTCCACCGG
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AGAAGATTAAGGAGAAGCTTCCAGGCTACCATCCCAAGACTGTAGAGGAGGAAAAG

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3ET47TF 815 0 0
GG
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GTAACTACTGAAGGAGGAGAGGTGAAGACAGAGGAGGAGGAGAAGAAAGGGTTTATGGAT
AAGCTGAAGGAGAAGCTTCCTGGACACGGAAAGAAGCCTGAAGATGCTCCACCGGCACCG
GTTGTTGCTCCTCCGGTGGAGGAAGCGCATCCGGCGTAGAAGAAGGGGATCTTGGAGAAG
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GATCATCTTTTGCTTT*GTGTTGTTGGAAGTTTGTTGGCTTTT**ATATTTCCTTTGTTG
ATTTCAGCTTTCCTTTGTTATGTGTTGTATATG

QA 3 815 3 815
DS 

RD RR3C568JQ 777 0 0
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ATCATCAGCAGGGGCCACAGAGGTTACAGATCGTGGACTGTTCGATTTCTTGGGGAAGAA
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AGGCGAAGATGGTGTGAAGAGGAAGAAGAAGAAGGACAAGAAGAAGGTAACTACTGAAGG
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GCTTCCTGGACACGGAAAGAAGCCTGAAGATGCTCCACCGGCACCGGTTGTTGCTCCTCC
GGTGGAGGAAGCGCATCCGGCGGAGAAGAAGGGGATCTTGGAGAAGATTAAGGAGAAGCT
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TTTGTGTTGTTGGAAGTTTGTTGGCTTTTTATTATTTCCTTTGTTGATTTCAGCTTTCCT
TTGTTATGTGTTGTACATGATGATTTCAAAGGTGTTTTAATGGTATGATTATTTTCG

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3ET47JQ 599 0 0
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AAGAAGCATCATAGTCTCCTCGAGAAGCTTCACCGCAGCGACAGCTCTTCAAGCTCCTCA
AGCGAGGAAGAAGGCGAAGATGGTGTGAAGAGGAAGAAGAAGAAGGACAAGAAGAAGGTA
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CTGAAGGAGAAGCTTCCTGGACACGGAAAGAAGCCTGAAGATGCTCCACCGGCACCGGTT
GTTGCTCCTCCGGTGGAGGAAGCGCATCCGGCGTAGAAGAAGGGGATCTTGGAGAAGATT
AAGGAGAAGCTTCCAGGCTACCATCCCAAGACTGTAGAGGAGGAAAAGAAGGATAAGGAT
GATCATTAAAGATATGAATCATGATGATGATGATGATGTGTTATTGTGTTGAGTGTTGAT
CATCTTTTGCTTTTGTGTTGTTGGAAGTTTGTTGGCTTTTTATTATTTCCTTTGTTGATT
TCAGCTTTCCTTTGTTATGTGTTGTATATGATGATTTCAAAGGTGTTTTAATGGTATGA

QA 1 599 1 599
DS 



CO CL128Contig2 570 3 2 U
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CCACGTGTTTAACCTCAGGCGCCGGCTCTG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY44JQ U 1
AF RR3CW39TF C 1
AF RR3DY80JQ U 1
BS 1 187 RR3GY44JQ
BS 188 570 RR3DY80JQ

RD RR3GY44JQ 187 0 0
TCATACCATTAAAACACCTTTGAAATCATATACAACACATAACAAGGAAAAGCTGAAATC
AACAAAGGAAATAATGAAAAGCCAACAAACTTCCAACAACACAAAAGCAAAAGATGATCA
TCATTCAACACAAAGAACACATCATGATTTCATATCTTTAATGATCATCCTTATCCTTCT
TTTCCTC

QA 1 187 1 187
DS 

RD RR3CW39TF 405 0 0
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AACAAAGGAAATAATGAAAAGCCAACAAACTTCCAACAACACAAAAGCAAAAGATGATCA
TCATTCAACACAAAGAACACATCATGATTTCATATCTTTAATGATCATCCTTATCCTTCT
TTTCCTCCTCTACAGTCTTGGGATGGTAGCCTGGAAGCTTCTCCTTAATCTTCTCCAAGA
TCCCCTTCTTCTCCGCCGGATGCGCTTCCTCCACCGGAGGAGCGACAACCGGTGCGGGTG
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CTTTCTTCTCCTCCTCCTCTGTCTTCACCTCTCCTCCTTCA
CTAC

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR3DY80JQ 570 0 0
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AACAAAGGAAATAATGAAAAGCCAACAAACTTCCAACAACACAAAAGCAAAAGATGATCA
TCATTCAACACAAAGAACACATCATGATTTCATATCTTTAATGATCATCCTTATCCTTCT
TTTCCTCCTCTACAGTCTTGGGATGGTAGCCTGGAAGCTTCTCCTTAATCTTCTCCAAGA
TCCCCTTCTTCTCCGCCGGATGCGCTTCCTCCACCGGAGGAGCGACAACCGGTGCGGGTG
AAGCATCTTCAGGCTTCTTTCCGTGTCCAGGAAGCTTCTCCTTCAGCTTATCCATAAACC
CTTTCTTCTCCTCCTCCTCTGTCTTCACCTCTCCTCCTTCACTAGTTACCTTCTTCTTGT
CCTTCTTCTTCTTCCTCTTCACACCATCTTCGCCTTCTTCCTCGCTTGAGGAGCTTGAAG
AGCTGTCGCTGCGGTGAAGCTTCTCGAGGAGACTATGATGCTTCTTCTCTTCTTCTTCTT
CCACGTGTTTAACCTCAGGCGCCGGCTCTG

QA 1 570 1 570
DS 



CO CL128Contig3 814 2 8 U
TCATACCATTAAAACACCTTTGAAATCATATACAACACATAACAAGGAAAAGCTGAAATC
AACAAAGGAAATAATGAAAAGCCAACAAACTTCCAACAACACAAAAGCAAAAGATGATCA
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TTTCCTCCTCTACAGTCTTGGGATGGTACCCTGGAAGCTTCTCCTTAATCTTCTCCAATA
TCCCCTTCTTCTCCGCCGGATGCGCTCCCTCCACCGGAGGTGCAACAACCGGTGCTGGTG
GAGCATCTTCAGGCTTCTTCCCGTGTCCAGGAAGCTTCTCCTTCAGCTTATACATAAACC
CCTTCTTCTCCTCCCCCTCAGTCTTCACCTCTCCTTCGGTAGTTACCTTCTTCTTGTCCT
TCTTCTTCTTCCTCTTCACACCATCTTCGCCTTCTTCCTCGCTTGAGGAGCTTGAAGAGC
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CGTGTTTAACCTCAGGCGCCGGCTCTGAGACGTGAACCTTTTGCTCAAACTCAGACGCTA
TGGCGGTCTCCTCTGGTTTTGTTTCATCTTTCTTCTTCCCCAAGAAATCGAACAGTCCAC
GATCTGTGACCTCTGTGGCCGCCGCTGATGATTCCTCCGACGCTACCTTTGGCACCTCAA
CGTTCTTGGTTTCCTCTGCCATGGTTATCGAGAACAGTTTTGTGACGAGAATACGAAACG
ATCAAATGTAAACTTGAGATGATTTGTAAGAGAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EI16JQ U 1
AF RR3EJ73JQ U 1
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DS 

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AACAAAGGAAATAATGAAAAGCCAACAAACTTCCAACAACACAAAAGCAAAAGATGATCA
TCATTCAACACAAAGAACACATCATGATTTCATATCTTTAATGATCATCCTTATCCTTCT
TTTCCTCCTCTACAGTCTTGGGATGGTACCCTGGAAGCTTCTCCTTAATCTTCTCCAATA
TCCCCTTCTTCTCCGCCGGATGCGCTCCCTCCACCGGAGGTGCAACAACCGGTGCTGGTG
GAGCATCTTCAGGCTTCTTCCCGTGTCCAGGAAGCTTCTCCTTCAGCTTATACATAAACC
CTTTCTTCTCCTCCTCCTCAGTCTTCACCTCTC*TTCGGTAGTTACCTTCTTCTTGTCCT
TCTTCTTCTTCCTCTTCACACCATCTTCGCCTTCTTCCTCGCTTGAGGAGCTTGAAGAGC
TGTCGCTGCGGTGAAGCTTCTCGAGGAGACTATGATGCTTCTTCTCTTCTCCTTCTTCCT
CGTGTTTAACCTCAGGCGCCGGCTCTGAGACGTGAACCTTTTGCTCAAACTCAGACGCTA
TGGCGGTCTCCTCTGGTTTTGTTTCATCTTTCTTCTTCCCCAAGAAATCGAACAGTCCAC
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CGTTCTTGGTTTCCTCTGCCATGGTTATCGAGAACAGTTTTGTGACGAGAATACGAAACG
ATCAAATGTAAACTTGAGATGATTTGTAAGAGAC

QA 1 814 1 814
DS 



AS 2 12

CO CL129Contig1 1153 9 9 U
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ATTACAAAAAAACAAAAAAAAAACATTTAAAGAAAAAAAACGAATAAGAAAATGGTTAAT
AAAAATGTACTAGCAATATGTCTGATGTTTCTAGTAGCATCAAGTGTGGTGTACGAGGCG
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AGCAATGCCTCGGCCACATCGAAAAGCACAGATACACAGATCACATCACAAGTTGATGGC
CTAGCCAGTGCTATGTCTGAATTAACTGCTGTTAAAGGCAGAGCACCATCAAATACGGAT
TTTAGAGATGCAATGCTGTCAATGGGAAAGACTTTGATTGAGCAGAAGAAAAGTGGTTCA
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AGTCACAACCACCAGATCAGAAAGCAATACTAAAACAGGATCAAACATTCAAATTGGTGT
AAGCACCGAAACTGGTTCTTCAAATCATAAAAACGGAAGTCAAAACAGCGGTTCAGCACC
ATAAGTCACCCTCCGTTGTCTAAACTGGAAAATCTCTGTCGAAGAAGAAAAGAAATAAAT
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CC***CTTTTCTTAATAGTTGACATTTTAGAGAATCTTTTTTGGTTCCACATTAGATGAC
ATTTTTAATTTTCAATTACCCATACTAATTTTTAACAATTTATGTTACAACTAATAGAAT
TATATTGTCTATT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3AH30TF U 1
AF RR3FR38TF U 60
AF RR3GW40TF U 236
AF RR3AH30JQ C 199
AF RR3EV62JQ C 537
AF RR3EV62TF U 537
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BS 769 1051 RR3EV62TF
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RD RR3AH30TF 768 0 0
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ATTACAAAAAAACAAAAAAAAAACATTTAAAGAAAAAAAACGAATAAGAAAATGGTTAAT
AAAAATGTACTAGCAATATGTCTGATGTTTCTAGTAGCATCAAGTGTGGTGTACGAGGCG
CAAGGAACGTTCTTGCTAAAGATGTACTTGAGGAGGAAATTCGTACGAAGGGCCACGGAC
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AGCAATGCCTCGGCCACATCGAAAAGCACAGATACACAGATCACATCACAAGTTGATGGC
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TTTAGAGATGCAATGCTGTCAATGGGAAAGACTTTGATTGAGCAGAAGAAAAGTGGTTCA
CAGAGTATGACATTTCAGCAAAGGAAAGGGTTGGTCGTGGCTATGGTGCATTGGACTAAA
ACGATCGCTATATTGGTGAAAACTGCTGTGGAGTTGAGAGTAGGAAAGTCGATGGATATA
TCGAAGCTAGGGCTTGACGTTGATGTTAACTCCATTGTTGAAAATGGGAAGTGAAAGAAC
CCAAACTGGTTCTTCAA*CACCAACACCGGAG*CGAAAGCGACGTTTC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3FR38TF 712 0 0
AGGTACA
AAAAAACAAAAAAAAA*CATTTAAAGAAAAAAAACGAATAAGAAAATGGTTAATAAAAAT
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TGGTTCTTCAAACACCAACACCGGAG*CAAAAGCGACGTTTC
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G
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TCTCCG

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DS 

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CTCTGTTTCTCTATGTAATCCTTTATATAT****CACTTCATCC***CTTTTCTTAATAG
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G
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AATGTCGTGTTTTAGAAAATCCTCTGTTTCTCTATGTAATCCTTTATATAT****CACTT
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QA 2 512 2 512
DS 

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G
TCACAGAGTATGACATTTCAGCAAAGGAAAGGGTTGGTCGTGGCTATGGTGCATTGGACT
AAAACGATCGCTATATTGGTGAAAACTGCTGTGGAGTTGAGAGTAGGAAAGTCGATGGAT
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AATGTCGTGTTTTAGAAAATCCTCTGTTTCTCTATGTAATCCTTTATATAT****CACTT
CATCC***CTTTTCTTAATAGTTGACATTTTAGA
C

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DS 

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G
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ATCGAACAGCACAGATACACAGATCACATCACAAGTTGATGGCCTAGCCAGTGCTATGTC
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GAAAACTGCTGTGGAGTTGAGAGCAGGAAAGTCGATGGATATATCGAAGCTAGGGCTTGA
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GTCTAAACTGGAAAATCTCTGTCGAAGAAGAAAAGAAATAAATGTCGTGTTTTAGAAAAT
CCTCTGTTTCTCTATGTAATCCCTTATATATTTGACATTTTAGAGAATCTTTTTT
TGTTC

QA 2 716 2 716
DS 

RD RR3GW40JQ 701 0 0
ATTAACTGCTGTTAAAGGCAGAGCACCATCAAATACGGATTTTAGAGATGCAATGCTGTC
AATGGGAAAGACTTTGATTGAGCAGAAGAAAAGTGGTTCACAGAGTATGACATTTCAGCA
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TGATGTTAACTCCATTGTTGAAAATGG*AAGTGAAAGAACCCAAACTGGTTCTTCAAACA
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GACATTTTAGAGAATCTTTTTTGGTTCCACATTAGATGACATTTTTAATTTTCAATTACC
CATACTAATTTTTAACAATTTATGTTACAACTAATAGAA
CC

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DS 

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AAAAGCACAGATACACAGATCACATCACAAGTTGATGGCCTAGCCAGTGCTATGTCTGAA
TTAACTGCTGTTAAAGGCAGAGCACCATCAAATACGGATTTTAGAGATGCAATGCTGTCG
ATGGGAAAGACTTTGATTGAGCAGAAGAAAAGTGGTTCACAGAGTATGACATTTCAGCAA
AGGAAAGGGTTGGTCGTGGCTATGGTGCATTGGACTAAAACGATCGCTATATTGGTGAAA
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GATGTTAACTCCATTGTTGAAAATGG*AAGTGAAAGAACCCAAACTGGTTCTTCAAACAC
CAACACCGGAGGCAAAAGCGACGTTTCCACTTCCGGAAGAGTCACAACCACCAGATCAGA
AAGCAATACTAAAACAGGATCAAACATTCAAATTGGTGTAAGCACCGAAACTGGTTCTTC
AAATCATAAAAACGGAAGTCAAAACAGTGGTTCAGCACCATAAGTCACCCTCCGTTGTCT
AAACTGGAAAATCTCTGTCGAAGAAGAAAAGAAATAAATGTCGTGTTTTAGAAAATCCTC
TGTTTCTCTATGTAATCCTTTATATAT****CACTTCATCC***CTTTTCTTAATAGTTG
ACATTTTAGAGAATCTTTTTTGGTTCCACATTAGATGACATTTTTAATTTTCAATTACCC
ATACTAATTTTTAACAATTTATGTTACAACTAATAGAATTATATTGTCTATT

QA 1 772 1 772
DS 



CO CL129Contig2 997 3 4 U
GTTGTAACATAAATTGTTAATAAATTAATATGGATAATTGAAAATTAAAATGTCATCCAA
TGTGGAACAAAAAAAAATTCTCTAAAATGTCAAATATATAAGGGATTACATAGAGAAACA
GAGGATTTTCTAAAACACGACATTTATTTCTTTTCTTCTTCGACAGAGATTTTCCAGTTT
AGACAACGGAGGGTGATTTATGGTGATGAACCGCTGTTTTGACTTCCGTTTTTAATATTT
GAAGAACCAATTTCGGTGCTTACACCAATTTGAATGTTTGATCCTGTTTTAGTATTGCTT
TCTGATCTGGTGGTTGTGACTCTTCCGGAAGTGGAAACGTCGCTTTCGCCTCCGGTCTTG
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TGCTGAAATGTCATACTCTGTGAATCACTTTTCTTCTGCTCAATCAAAGTCTTTCCCATT
GACAGCATTGCATCTCTAAAATCCGTATTTGATCTGTGTATCTGTGTATCTGTGCTTTTC
GATGTGACCGAGGCATTGCTGATGAATTTCACGTAAGACGTGAAGAGTGGAAAGAATTTC
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TTTTTTGTTTTTTGTAATTTTTGGAAATTTCTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ10JQ U 6
AF RR3GU27JQ U 1
AF RR3GU27TF C 354
BS 1 57 RR3GU27JQ
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BS 739 997 RR3GU27TF

RD RR3CZ10JQ 432 0 0
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AACAAAAAAAGATTCTCTAAAATGTCAAATATATAAGGGATTACATAGAGAAACAGAGGA
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ACCAATTTCGGTGCTTACACCAATTTGAATGTTTGATCCTGTTTTAGTATTGCTTTCTGA
TCTGGTGGTTGTGACTCTTCCGGAAGTGGAAACGTCGCTTTCGCCTCCGGTCTTGTTGTT
TGAAGAACCAGTTTGGGTTCTTTCACTTCCATTTCCAACAATGGAGTTAACATCAACGTC
AAGCCCTAGCTT

QA 1 432 1 432
DS 

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TGTGGAACAAAAAAAAATTCTCTAAAATGTCAAATATATAAGGGATTACATAGAGAAACA
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AGACAACGGAGGGTGATTTATGGTGATGAACCGCTGTTTTGACTTCCGTTTTTAATATTT
GAAGAACCAATTTCGGTGCTTACACCAATTTGAATGTTTGATCCTGTTTTAGTATTGCTT
TCTGATCTGGTGGTTGTGACTCTTCCGGAAGTGGAAACGTCGCTTTCGCCTCCGGTCTTG
TTGTTTGAAGAACCAGTTTGGGTTCTTTCACTTCCATTTCCAACAATGGAGTTAACATCA
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TGCTGAAATGTCATACTCTGTGAATCACTTTTCTTCTGCTCAATCAAAGTCTTTCCCATT
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TTGAACTCTCTAGTCGCG

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3GU27TF 644 0 0
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AACATCAACGTCAAGCCCTAGCTTCGATATATCCATCGACTTTCCTACTCTCAACTCCAC
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TCCCATTGACAGCATTGCATCTCTAAAATCCGTATTTGATCTGTGTATCTGTGTATCTGT
GCTTTTCGATGTGACCGAGGCATTGCTGATGAATTTCACGTAAGACGTGAAGAGTGGAAA
GAATTTCTTGAACTCTCTAGTCGCGGGACACCCACGACGAAGTGTACTCGTCAAAAGTAG
CATACCGTTGCATGCGAATGGTGTAAAGTCCGTGGCCCTTCGTACGAATTTCCTCCTCAA
GTACATCTTTAGCAAGAACGTTCCTTGCGCCTCGTAAACCACACTTGATGCTACTAGAAA
CATCAGACATATTGCTAGTACATTTTTATTAACCATTTTCTTATTCTTTTTTTTTCTTTA
AATGTTTTTTTTTGTTTTTTGTAATTTTTGGAAATTTCTGATCC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 13

CO CL130Contig1 979 13 7 U
GCATGAAGTTCATATGTATGCACTGAATAATATGTTTTGCAATTACTAGCCCGTTCATTG
TTACCATCAGGTACACAGTATAGTAAGCTTATCAAGTTCTTCATATTAAAAAACATAAGT
AAACTTAAGTCAATAAAAATGGTAGCCACTGAAAACAAAAAAAAGGATCTTAGCTATTAT
ATTAAAGTCTTAATTAACTAACACTTGTTTATAATTGTGTTCACCAATTCAACACATAAT
AGAAAAAAGAGACAGAACCTTGAAATATATTCAAACCCTGTTGTATGCAACCGACTTGCT
GAAGAGCTTGCGGATGTAGAGAACCTGAAGACCACTTGCTGCTGCTAGGAATATGTACTC
TCCTACTGTGTAGAATATCACTCGCTTTCTCGTGCTCTCATTGGTATGACGGTGACGGGT
ATCACGTGCTTTCAAATACTTTTGCTCAGCAACAACAGACTCCAAAGCCTCTCTCAGCTC
AGCTATCTTAACATTCACCGGGTCCAGATGCTCGTCTTTAGCTAAGTCATGCTCGTTGGG
GATATGACCAACATGGATGTAGAAGGAGACGGTTTCAGGAGTAGAGTAAGGGTTGTGGAA
ACAGAACTTGTACATTCCACTTTTTGGAGCCTTGAACTCAAACTTATCTCCTGATGTTCC
CTTCAACGTGTGTACTATGTTCCCAGCAGGAGACGTCACCGTGAAATCCAAACCGGGATG
ATCAGATCCCCAGAAGATATCATGGTCGACGACGACGAAGTTTCCAGAGACGTTATCTCC
TTCGTAAAGGACATACTCTTGGACGCATTCATCGTCGCTAACCGTAACCGATAGTGCTGA
GATTCGCTCGATCGAGCTCAATAGTATCAGACCGACCAGTACAAAGACATGGATCTTCGA
GCTCCTCGCTTGTCTTCTCTCCATCTTCATCTTTACTCTCAACTCTCGATCGATATTTTC
CGTTTGTTTCTCGAGAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 30 30 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 55 55 55 55 55 55 10 55 55 55 55 55 55 55 
55 40 55 55 55 55 55 0 55 55 10 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 25 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 30 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 30 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 30 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 20 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 30 70 70 70 70 70 70 70 70 0 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR3AW60JQ U 81
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AF RR3CE67JQ U 85
AF RR3E884JQ U 154
AF RR3AW60TF C 227
AF RR3BL66JQ U 154
AF RR3EH83JQ U 150
AF RR3D346TF C 371
AF RR3GI88TF C 221
AF RR3CT36JQB U 153
AF RR3CE67TF C 311
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AF RR3EH83TF C 286
BS 1 755 RR3GI88JQ
BS 756 915 RR3EH83JQ
BS 916 916 RR3CT36JQB
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BS 923 974 RR3EH83JQ
BS 975 979 RR3CT36JQB

RD RR3AW60JQ 291 0 0
TAGTA
AGCTTATCAAGTTCTTCATATTAAAAAACATAAGTAAACTTAAGTCAATAAAAATGGTAG
CCACTGAAAACAAAAAAAAGGATCTTAGCTATTATATTAAAGTCTTAATTAACTAACACT
TGTTTATAATTGTGTTCACCAATTCAACACATAATAGAAAAAAGAGACAGAACCTTGAAA
TATATTCAAACCCTGTTGTATGCAACCGACTTGCTGAAGAGCTTGCGGATGTAGAGAACC
TGAAGACCACTTGCTGCTGCTAGGAATATGTACTCTCCTACTGTGT

QA 6 291 6 291
DS 

RD RR3GI88JQ 755 0 0
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TTACCATCAGGTACACAGTATAGTAAGCTTATCAAGTTCTTCATATTAAAAAACATAAGT
AAACTTAAGTCAATAAAAATGGTAGCCACTGAAAACAAAAAAAAGGATCTTAGCTATTAT
ATTAAAGTCTTAATTAACTAACACTTGTTTATAATTGTGTTCACCAATTCAACACATAAT
AGAAAAAAGAGACAGAACCTTGAAATATATTCAAACCCTGTTGTATGCAACCGACTTGCT
GAAGAGCTTGCGGATGTAGAGAACCTGAAGACCACTTGCTGCTGCTAGGAATATGTACTC
TCCTACTGTGTAGAATATCACTCGCTTTCTCGTGCTCTCATTGGTATGACGGTGACGGGT
ATCACGTGCTTTCAAATACTTTTGCTCAGCAACAACAGACTCCAAAGCCTCTCTCAGCTC
AGCTATCTTAACATTCACCGGGTCCAGATGCTCGTCTTTAGCTAAGTCATGCTCGTTGGG
GATATGACCAACATGGATGTAGAAGGAGACGGTTTCAGGAGTAGAGTAAGGGTTGTGGAA
ACAGAACTTGTACATTCCACTTTTTGGAGCCTTGAACTCAAACTTATCTCCTGATGTTCC
CTTCAACGTGTGTACTATGTTCCCAGCAGGAGACGTCACCGTGAAATCCAAACCGGGATG
ATCAGATCCCCAGAAGATATCATGGTCGACGACGA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3CE67JQ 664 0 0
G
AGCTTATCAAGTTCTTCATATTAAAAAACAAAAGTAAACTTAAGTCAATAAAAATTGTAG
CCACAGAAAACAAAAAAAAGGATCTTAGCTATTATATTAAAGTCTTAATTAACTAACACT
TGTTTATAATTGTGTTCACCAATTCAA*ACATAATAAAAAAAGGACACAGAACCTTGAAA
TATACTCAAACCCTGTTGTATGCAACCGACTTGCTGAAGAGCTTGCGGATGTAGAGAACC
TGAAGACCACTTGCTGCTGCTAGGAATATGTACTCTCCTACTGTGTAGAATATCACTCGC
TT*CTCGTGCTCTCATTGGTATGACGGTGACGGGTATCACGTGCTTTCAAATACTTCTGC
TCAGCAACAACAGACTCCAAAGCCTCTCTCAGCTCAGCTATCTTAACATTCACCGGGTCC
AAATGTTCGTCTTTAGCTAAGTCATGCTCGTTGGGGATATGACCAACATGAATGTAGAAA
GAGACGGTTTCAGGAGTAGAGTAAGGGTTGTGGAAACAAAACTTGTACATTCCACTTTTT
GGAGCCTTGAACTCAAACTTATCCCCTGATGGTCCCTTCAACGTGTGTACTATGTTCCCA
GCAGGCGACGTCACCGTGAAATCCAAACCGGGATGATCAGATCCCCAGAAGATATCATGG
TCG

QA 2 664 2 664
DS 

RD RR3E884JQ 599 0 0
G
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TTGTGTTCACCAATTCAA*ACATAATAGAAAAAGGACACAGAACCTTGAAATATATTCAA
ACCCTGTTGTATGCAACCGACTTGCTGAAGAGCTTGCGGATGTAGAGAACCTGAAGACCA
CTGGCTGCTGCTAGGAATATGTACTCTCCTACTGTGTAGAATATCACTCGCTTTCTCGTG
CTCTCATTGGTATGACGGTGACGGGTATCACGTGCTTTCAAATACTTCTGCTCAGCAACA
ACAGACTCCAAAGCCTCTCTCAGCTCAGCTATCTTAACATTCACTGGGTCCAAATGTTCG
TCTTTAGCTAAGTCATGCTCGTTGGGGATATGGCCAACATGAATGTAGAAGGAGACGGTT
TCAGGAGTAGAGTAAGGGTTGTGGAAACAGAACTTGTACATTCCACTTTTTGGAGCCTTG
AACTCAAACTTATCTCCTGATGTTCCCTTCAAAGTGTGTACTATGTTTCCAGCAGGCGAC
GTCACCGTGAAATCCAAACCGGGATGATCAGATCCCCAGAAGATATCATGGTCGACGA

QA 2 599 2 599
DS 

RD RR3AW60TF 654 0 0
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GCAACCGACTTGCTGAAGAGCTTGCGGATGTAGAGAACCTGAAGACCACTTGCTGCTGCT
AGGAATATGTACTCTCCTACTGTGTAGAATATCACTCGCTTTCTCGTGCTCTCATTGGTA
TGACGGTGACGGGTATCACGTGCTTTCAAATACTTTTGCTCAGCAACAACAGACTCCAAA
GCCTCTCTCAGCTCAGCTATCTTAACATTCACCGGGTCCAGATGCTCGTCTTTAGCTAAG
TCATGCTCGTTGGGGATATGACCAACATGGATGTAGAAGGAGACGGTTTCAGGAGTAGAG
TAAGGGTTGTGGAAACAGAACTTGTACATTCCACTTTTTGGAGCCTTGAACTCAAACTTA
TCTCCTGATGTTCCCTTCAACGTGTGTACTATGTTCCCAGCAGGAGACGTCACCGTGAAA
TCCAAACCGGGATGATCAGATCCCCAGAAGATATCATGGTCGACGACGACGAAGTTTCCA
GAGACGTTATCTCCTTCGTAAAGGACATACTCTTGGACGCATTCATCGTCGCTAACCGTA
ACCGATAGTGCTGAGATTCGCTCGATCGAGCTCAATAGTATCAGACCGACCAGT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3BL66JQ 802 0 0
AAAC
AAAAAAAGGATCTTAGCTATTATATTAAAGTCTTAATTAACTAACACTTGTTTATAATTG
TGTTCACCAATTCAA*ACATAATAGAAAAAGGACACAGAACCTTGAAATATATTCAAACC
CTGTTGTATGCAACCGACTTGCTGAAGAGCTTGCGGATGTAGAGAACCTGAAGACCACTG
GCTGCTGCTAGGAATATGTACTCTCCTACTGTGTAGAATATCACTCGCTTTCTCGTGCTC
TCATTGGTATGACGGTGACGGGTATCACGTGCTTTCAAATACTTCTGCTCAGCAACAACA
GACTCCAAAGCCTCTCTCAGCTCAGCTATCTTAACATTCACTGGGTCCAAATGTTCGTCT
TTAGCTAAGTCATGCTCGTTGGGGATATGGCCAACATGAATGTAGAAGGAGACGGTTTCA
GGAGTAGAGTAAGGGTCGTGGAAACAGAACTTGTACATTCCACTTTTTGGAGCCTTGAAC
TCAAACTTATCTCCTGATGTTCCCTTCAAAGTGTGTACTATGTTTCCAGCAGGCGACGTC
ACCGTGAAATCCAAACCGGGATGATCAGATCCCCAGAAGATATCATGGTCGACGACGACG
AAGTTGCCAGAGACGTTATCTCCTTCGTAAAGGACATACTCTTGGACGCATTCATCGTCG
CTAACCGTAACCGATAGTGCTGAGATTCGCTCGATCGAGCTCAATAGTATCAGACCGACC
AGTACAAAGACATGGATCTTCGAGCTCCTCGCTTGTCTTCTCTCCATCTTCATCTTTACT
CTCAACTCTCGATCGATA

QA 5 802 5 802
DS 

RD RR3EH83JQ 828 0 0
C
GAAAACAAAAAAAAGGATCTTAGCTATTATATTAAAGTCTTAATTAACTAACACTTATTT
ATAATTGTGTTCACCAATTCAACACATAATAGAAAAAAGAGACAGAACCTTGAAATATAT
TCAAACCCTGTTGTATGCAACCGACTTGCTGAAGAGCTTGCGGATGTAGAGAACCTGAAG
ACCACTTGCTGCTGCTAGGAATATGTACTCTCCTACTGTGTAGAATATCACTCGCTTTCT
CGTGCTCTCATTGGTATGACGGTGACGGGTATCACGTGCTTTCAAATACTTTTGCTCAGC
AACAACAGACTCCAA*GCCTCTCTCAGCTCAGCTATCTTAACATTCACCGGGTCCAGATG
CTCGTCTTTAGCTAAGTCATGCTCGTTGGGGATATGACCAACATGGATGTAGAAGGAGAC
GGTTTCAGGAGTAGAGTAAGGGTTGTGGAAACAGAACTTGTACATTCCACTTTTTGGAGC
CTTGAACTCAAACTTATCTCCTGATGTTCCCTTCAACGTGTGTACTATGTTCCCAGCAGG
AGACGTCACCGTGAAATCCAAACCGGGATGATCAGATCCCCAGAAGATATCATGGTCGAC
GACGACGAAGTTTCCAGAGACGTTATCTCCTTCGTAAAGGACATACTCTTGGACGCATTC
ATCGTCGCTAACCGTAACCGATAGTGCTGAGATTCGCTCGATCGAGCTCAATAGTATCAG
ACCGACCAGTACAAAGACATGGATCTTCGAGCTCCTCGCTTGTCT*CTCTC*ATCTTCAT
CTTTACTCTCAACTCTCGATCGATATTTTCCGTTTGTTTCTCGA
GCC

QA 2 825 2 825
DS 

RD RR3D346TF 604 0 0
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TTCAAATACTTTTGCTCAGCAACAACAGACTCCAAAGCCTCTCTCAGCTCAGCTATCTTA
ACATTCACCGGGTCCAGATGCTCGTCTTTAGCTAAGTCATGCTCGTTGGGGATATGACCA
ACATGGATGTAGAAGGAGACGGTTTCAGGAGTAGAGTAAGGGTTGTGGAAACAGAACTTG
TACATTCCACTTTTTGGAGCCTTGAACTCAAACTTATCTCCTGATGTTCCCTTCAACGTG
TGTACTATGTTCCCAGCAGGAGACGTCACCGTGAAATCCAAACCGGGATGATCAGATCCC
CAGAAGATATCATGGTCGACGACGACGAAGTTTCCAGAGACGTTATCTCCTTCGTAAAGG
ACATACTCTTGGACGCATTCATCGTCGCTAACCGTAACCGATAGTGCTGAGATTCGCTCG
ATCGAGCTCAATAGTATCAGACCGACCAGTACAAAGACATGGATCTTCGAGCTCCTCGCT
TGTCTTCTCTCCATCTTCATCTTTACTCTCAACTCTCGATCGATATTTTCCGTTTGTTTC
TCGA

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3GI88TF 754 0 0
GTCACC
ATTCAACACATAATAGAAAAA*GAGACAGAAC*TTGAAATATA*TCAAACC*TGTTGTAT
GCAAC*GACTTGCTGAAGAGCTTGCGGATGTAGAGAAC*TGAAGACCACTTGCTGCTGCT
AGGAATATGTACTCTC*TACTGTGTAGAATATCACTCGCTTTCTCGTGCTCTCATTGGTA
TGACGGTGACGGGTATCACGTGCTTTCAAATACTTTTGCTCAGCAACAACAGACTCCAAA
GCCTCTCTCAGCTCAGCTATCTTAACATTCACCGGGTCCAGATGCTCGTCTTTAGCTAAG
TCATGCTCGTTGGGGATATGACCAACATGGATGTAGAAGGAGACGGTTTCAGGAGTAGAG
TAAGGGTTGTGGAAACAGAACTTGTACATTCCACTTTTTGGAGCCTTGAACTCAAACTTA
TCTCCTGATGTTCCCTTCAACGTGTGTACTATGTTCCCAGCAGGAGACGTCACCGTGAAA
TCCAAACCGGGATGATCAGATCCCCAGAAGATATCATGGTCGACGACGACGAAGTTTCCA
GAGACGTTATCTCCTTCGTAAAGGACATACTCTTGGACGCATTCATCGTCGCTAACCGTA
ACCGATAGTGCTGAGATTCGCTCGATCGAGCTCAATAGTATCAGACCGACCAGTACAAAG
ACATGGATCTTCGAGCTCCTCGCTTGTCTTCTCTCCATCTTCATCTTTACTCTCAACTCT
CGATCGATATTTTCCGTTTGTTTCTC
CC

QA 7 752 7 752
DS 

RD RR3CT36JQB 827 0 0
AACA
AAAAAAAAGGATCTTAGCTATTATATTAAAGTCTTAATTAACTAACACTTGTTTATAATT
GTGTTCACCAATTCAA*ACATAATAGAAAAAGGACACAGAACCTTGAAATATACTCAAAC
CCTGTTGTATGCAACCGACTTGCTGAAGAGCTTGCGGATGTAGAGAACCTGAAGACCACT
TGCTGCTGCTAGGAATATGTACTCTCCTACTGTGTAGAATATCACTCGCTTTCTCGTGCT
CTCATTGGTATGACGGTGGCGGGTATCACGTGCTTTCAAATACTTTTGCTCAGCAACAAC
AGACTCCAAAGCCTCTCACAGCTCAGCTATCTTAACATTCACCGGGTCCAGATGCTCGTC
TTTAGCTAAGTCATGCTCGTTGGGGATATGACCAACATGGATGTAGAAGGAGACGGTTTC
AGGAGTAGAGTAAGGGTTGTGGAAACAGAACTTGTACATTCCACTTTTTGGAGCCTTGAA
CTCAAACTTATCTCCTGATGTTCCCTTCAAAGTGTGTACTATGTTCCCAGCAGGCGACGT
CACCGTGAAATCCAAACCGGGATGATCAGATCCCCAGAAGATATCATGGTCGACGACGAC
GAAGTTTCCAGAGACGTTATCTCCTTCGTAAAGGACATACTCTTGGACGCATTCATCGTC
GCTAACCGTAACCGATAGTGCTGAGATTCGCTCGATCGAGCTCAATAGTATCAGACCGAC
CAGTACAAAGACATGGATCTTCGAGCTCCTCGCTTGTCTTCTCTCCGTCTTCATCTTTAC
TCTCAACTCTCGATCGATATTTTCCGTTTGTTTCTCGAGAAAA

QA 5 827 5 827
DS 

RD RR3CE67TF 665 0 0
CGGATGTAGAGAAC*TGAAGACCACTTGCTGCTGCTAGGAATATGTACTCTCCTACTGTG
TAGAATATCACTCGCTT*CTCGTGCTCTCATTGGTATGACGGTGACGGGTATCACGTGCT
TTCAAATACTTCTGCTCAGCAACAACAGACTCCAAAGCCTCTCTCAGCTCAGCTATCTTA
ACATTCACCGGGTCCAAATGTTCGTCTTTAGCTAAGTCATGCTCGTTGGGGATATGACCA
ACATGAATGTAGAAAGAGACGGTTTCAGGAGTAGAGTAAGGGTTGTGGAAACAAAACTTG
TACATTCCACTTTTTGGAGCCTTGAACTCAAACTTATCCCCTGATGGTCCCTTCAACGTG
TGTACTATGTTCCCAGCAGGCGACGTCACCGTGAAATCCAAACCGGGATGATCAGATCCC
CAGAAGATATCATGGTCGACGACGACGAAGTTGCCAGAGACGTTATCTCCTTCGTAAAGG
ACATACTCTTGGACGCATTCATCGTCGCGAACCGTAACCGATAGCGCTGAGATTCGCTCG
ATCGAGCTCAATAGTATCAGACCGACCAGTACAAAGACATGGATCTTCGAGCTCCTCGAT
TGTCTTCTCTCCATCTTCATCTTTACTCTCAACTCTCGATCGATATTTTCCGTTTGTTTC
TC
CCC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3E884TF 663 0 0
AGCTTGCGGATGTAGAGAAC*TGAAGACCACTGGCTGCTGCTAGGAATATGTACTCTCCT
ACTGTGTAGAATATCACTCGCTTTCTCGTGCTCTCATTGGTATGACGGTGACGGGTATCA
CGTGCTTTCAAATACTTCTGCTCAGCAACAACAGACTCCAAAGCCTCTCTCAGCTCAGCT
ATCTTAACATTCACTGGGTCCAAATGTTCGTCTTTAGCTAAGTCATGCTCGTTGGGGATA
TGGCCAACATGAATGTAGAAGGAGACGGTTTCAGGAGTAGAGTAAGGGTTGTGGAAACAG
AACTTGTACATTCCACTTTTTGGAGCCTTGAACTCAAACTTATCTCCTGATGTTCCCTTC
AAAGTGTGTACTATGTTTCCAGCAGGCGACGTCACCGTGAAATCCAAACCGGGATGATCA
GATCCCCAGAAGATATCATGGTCGACGACGACGAAGTTGCCAGAGACGTTATCTCCTTCG
TAAAGGACATACTCTTGGACGCATTCATCGTCGCTAACCGTAACCGATAGTGTTGAGATT
CGCTCGATCGAGCTCAATAGTATCAGACCGACCAGTACAAAGACATGGATCTTCGAGCTC
CTCGCTTGTCTTCTCTCCATCTTCATCTTTACTCTCAACTCTCGATCGATATTTTCCGTT
T
CC

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3EH83TF 693 0 0
ATGCAA
CGACTTGCTGAAGAGCTTGCGGATGTAGAGAAC*TGAAGACCACTTGCTGCTGCTAGGAA
TATGTACTCTCCTACTGTGTAGAATATCACTCGCTTTCTCGTGCTCTCATTGGTATGACG
GTGACGGGTATCACGTGCTTTCAAATACTTTTGCTCAGCAACAACAGACTCCAA*GCCTC
TCTCAGCTCAGCTATCTTAACATTCACCGGGTCCAGATGCTCGTCTTTAGCTAAGTCATG
CTCGTTGGGGATATGACCAACATGGATGTAGAAGGAGACGGTTTCAGGAGTAGAGTAAGG
GTTGTGGAAACAGAACTTGTACATTCCACTTTTTGGAGCCTTGAACTCAAACTTATCTCC
TGATGTTCCCTTCAACGTGTGTACTATGTTCCCAGCAGGAGACGTCACCGTGAAATCCAA
ACCGGGATGATCAGATCCCCAGAAGATATCATGGTCGACGACGACGAAGTTTCCAGAGAC
GTTATCTCCTTCGTAAAGGACATACTCTTGGACGCATTCATCGTCGCTAACCGTAACCGA
TAGTGCTGAGATTCGCTCGATCGAGCTCAATAGTATCAGACCGACCAGTACAAAGACATG
GATCTTCGAGCTCCTCGCTTGTCTTCTCTCCATCTTCATCTTTACTCTCAACTCTCGATC
GATATTTTCCGTTTGTTTCTCGA
GCCC

QA 7 689 7 689
DS 



AS 2 13

CO CL131Contig1 790 3 6 U
GCATCAAATGTGAGTGATATTAAAAACCATAACATGTTCAACATACGAGTTTTAAATAAA
GTAGGTTCACAACCATTGAGAATGTCCCACAGGTGAAGAAGCTAAACGCCTTAGCTTCTT
CTCTTATTCATGAGAGAGACAAGAGCGGTGGTGATCATTCTTTTCATTCAAGCGTAGAGA
TCAATCCCCCAAAACTTGGCCGGTTGGTTAGTACGGTACTTCCTGTCCATGCTCTTGATC
ACCTCCATGTCCTCTTTGGTCAGCTCGAAGTCGAAAACCTTGAAATTCTCTTCCAACCTC
TCAGCCTTGGATGTCTTTGGTATCACCACTGTCTTCCTCTGTATTCCCCACCTCAGCACC
ACCTGTGCCACTGTCTTTTTGTACTTCTCCGCCACTTCTTTGAGAGCTGGGTCATCGAGA
CATGAGACGGTACCAAACCACTCTGCATTGGCCGTGGCACCTCCGAGAGGAGTATGAGCT
GTGACACAAATACCATGCTTCTGGCAGAATTTTACAAGAGAGTCGCGTTGAAAGTAAGGA
TGCGTCTCAATCTGATTCACCGCTGGCTTGATCTTGGAATAAGCCAAGCAATCCCTCGTT
AGAAATACGTCATAGTTACTGATTCCAATGCTGCGGACGAGACCCATAGAAACAAGCTTT
TCCATGTCATGCCATGTAGTTTCAAGAGAGATGGTCGTATCTATGTCCAATACTCCATCA
TCGCCCAAAGCACTGTCCGTGGTTCCAACACCAGTGTGCCTAGTTGCAACGGGGAAATGA
AGAGGTAAAG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EK82JQ U 1
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DS 

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CTCTTATTCATGAGAGAGACAAGAGCGGTGGTGATCATTCTTTTCATTCAAGCGTAGAGA
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ACCTCCATGTCCTCTTTGGTCAGCTCGAAGTCGAAAACCTTGAAATTCTCTTCCAACTTC
TCAGCCTTGGATGTCTTTGGTATCACCACTGTCTTCCTCTGTATTCCCCACCTCAGCACC
ACCTGTGCCACTGTCTTTTTGTACTTCTCCGCCACTTCTTTGAGAGCTGGGTCATCGAGA
CATGAAACGGTACCAAACCACTCTGCATTGGCCGTGGCACCTCCGAAAGGAGTATGAGCT
GTGACACAAATACCATGCTTCTGGCAGAATTTTACAAGAGAGTCGCGTTGAAAGTAAGGA
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CGAGGTAAAG

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TCAATCCCCCAAAACTTGGCCGGTTGGTTAGTACGGTACTTCCTGTCCATGCTCTTGATC
ACCTCCATGTCCTCTTTGGTCAGCTCGAAGTCGAAAAACTTGAAATTCTCTTCCAACCTC
TCAGCCTTGGATGTCTTTGGTATCACCACTGTCTTCCTCTGTATTCCCCACCTCAGCACC
ACCTGTGCCACTGTCTTTTTGTACTTCTCCGCCACTTCTTTGAGAGCTGGGTCATCGAGA
CATGAGACGGTACCAAACCACTCTGCATTGGCCGTTGCACCTCCGAGAGGAGTATGAGCT
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A

QA 1 781 1 781
DS 



CO CL131Contig2 1209 10 23 U
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GATTCAGAAAGAAGAAGAAGAA***GATGGAGATAACCCTGAACAGTGGCTACAAGATGC
CGATCGTGGGCTTAGGAGTGTGGAGAATGGAGAAAGAAGGGATTCGAGACCTCATCATCA
ACTCCATCAAGATCGGCTACCGCCACCTCGACTGTGCTGCTGATTATAGGAATGAAGCTG
AAGTTGGTGAGGCTCTCTCAGAAGCATTCAAGACTGGTCTAGTCAAAAGAGAGGATCTCT
TCGTTACAACCAAGCTGTGGAATTCAGACCATGGACATGTAATTGAGGCATGCAAGGACA
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CTAGGCACACTGGTGTTGGAACCACGGACAGTGCTTTGGGAGATGATGGAGTATTGGACA
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CTTATTCCAAGATAAAGCCAGCGGTGAATCAGATTGAGACGCATCCTTACTTCCAACGCG
ACTCTCTTGTAAAGTTCTGCCAGAAGCATGGTATTTGTGTCACAGCTCATACTCCTCTCG
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TCAAGGTTTTCGACTTCGAACTGACGAAAGAGGACATGGAGGTGATCAAGAGCATGGACA
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CAGTTTAGC


BQ
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10 10 

AF RR3DM05TF U 7
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AF RR3E747TF U 3
AF RR3GZ77TF U 1
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AF RR3GS83JQ C 367
AF RR3B403JQ C 531
BS 1 460 RR3DA41TF
BS 461 461 RR3B403TF
BS 462 577 RR3DA41TF
BS 578 578 RR3B403TF
BS 579 599 RR3DA41TF
BS 600 600 RR3GZ77TF
BS 601 613 RR3DA41TF
BS 614 614 RR3B403TF
BS 615 652 RR3DA41TF
BS 653 653 RR3B403TF
BS 654 673 RR3DA41TF
BS 674 674 RR3B403TF
BS 675 684 RR3DA41TF
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BS 686 719 RR3DA41TF
BS 720 723 RR3GZ77TF
BS 724 724 RR3B403TF
BS 725 744 RR3C723TF
BS 745 803 RR3B403TF
BS 804 858 RR3GS83JQ
BS 859 859 RR3B403JQ
BS 860 1178 RR3GS83JQ
BS 1179 1209 RR3B403JQ

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G
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AAAGAAGAAGAAGAA***GATGGAGATAACCCTGAACAGTGGCTACAAGATGCCGATCGT
GGGCTTAGGAGTGTGGAGAATGGAGAAAGAAGGGATTCGAGACCTCATCATCAACTCCAT
CAAGATCGGCTACCGCCACCTCGACTGTGCTGCTGATTATAGGAATGAAGCTGAAGTTGG
TGAGGCTCTCTCAGAAGCATTCAAGACTGGTCTAGTCAAAAGAGAGGATCTCTTCGTTAC
AACCAAGCTGTGGAATTCAGACCATGGACATGTAATTGAGGCATGCAAGGACAGTCTGAA
GAAACTTCAACTTGATTATCTCGACCTTTACCTCGTTCATTTCCCCGTTGCAACTAGGCA
CACTGGTGTTGGAACCACGGACAGTGCTTTGGGCGATGATGGAGTATTGGACATAGATAC
GACCATCTCTCTTGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAGCTTGTTTCTATGGGTCTCGT
CCGCAGCATTGGAATCAGTAACTATGACGTATTTC

QA 2 576 2 576
DS 

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GATTCAGAAAGAAGAAGAAGAA***GATGGAGATAACCCTGAACAGTGGCTACAAGATGC
CGATCGTGGGCTTAGGAGTGTGGAGAATGGAGAAAGAAGGGATTCGAGACCTCATCATCA
ACTCCATCAAGATCGGCTACCGCCACCTCGACTGTGCTGCTGATTATAGGAATGAAGCTG
AAGTTGGTGAGGCTCTCTCAGAAGCATTCAAGACTGGTCTAGTCAAAAGAGAGGATCTCT
TCGTTACAACCAAGCTGTGGAATTCAGACCATGGACATGTAATTGAGGCATGCAAGGACA
GTCTGAAGAAACTTCAACTTGATTATCTCGACCTTTACCTCGTTCATTTCCCCGTTGCAA
CTAGGCACACTGGTGTTGGAACCACGGACAGTGCTTTGGGCGATGATGGAGTATTGGACA
TAGATACGACCATCTCTCTTGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAGCTTGTTTCTATGG
GTCTCGTCCGCAGCATTGGAATCAGTAACTATGACGTATTTCTAACGAGGGATTGCTTGA
CTTATTCCAAGATCAAGCCAGCGGTGAATCAGATTGAGACGCATCCTTACTTTCAACGCG
ACTCTCTTGTAAAATTCTGCCAGA*GCATGGTATTTGTGTCACAGCTCATACTCCTCTC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3E747TF 672 0 0
GGGAGTGACACAG
GACAGACAACTCTCAATCTGACCAGATATTCATTCACCCTATCAGGATTCGGAAAGAAGA
AGAAGAAGAAGATGGAGATAACCCTGAACAGTGGCTACAAGATGCCGATCGTCGGCTTAG
GAGTGTGGAGAATGGAGAAAGAAGGGATTCGAGACCTCATCATCAACTCCATTAAGATCG
GCTACCGCCACCTCGACTGCGCTGCTGATTATAGGAACGAAGCTGAAGTTGGTGAGGCTC
TCTCAGAAGCATTCAAGACTGGTTTAGTCAAGAGAGAGGATCTCTTCGTTACAACCAAGC
TATGGGATTCAGACCATGGACATGTAATTGAAGCTTGCAAGGACAGTCTGAAGAAACTTC
AACTTGATTATCTCGACCTTTACCTCGTTCATTTCCCCGTTGTAACTAGGCACACTGGTG
TTGGAACCACCGACAGTGCTTTGGGAGATGATGGAGTATTGGACATAGATACTACCATCT
CTCTTGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAGCTTGTTTCTATGGGTCTCGTCCGCAGCA
TTGGAATCAGTAACTATGACGTGTTTCTAACGAGGGATTGCTTGGCTTATTCCAAGATAA
AGCCAGCGGTGAATCAGATTGAGACGCATCCTTACTTCCAACGCGACTCTCTTGTAAAG

QA 14 672 14 672
DS 

RD RR3GZ77TF 725 0 0
GGACTCC
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AAAGAAGAAGAAGAA***GATGGAGATAACCCTGAACAGTGGCTACAAGATGCCGATCGT
GGGCTTAGGAGTGTGGAGAATGGAGAAAGAAGGGATTCGAGACCTCATCATCAACTCCAT
CAAGATCGGCTACCGCCACCTCGACTGTGCTGCTGATTATAGGAATGAAGCTGAAGTTGG
TGAGGCTCTCTCAGAAGCATTCAAGACTGGTCTAGTCAAAAGAGAGGATCTCTTCGTTAC
AACCAAGCTGTGGAATTCAGACCATGGACATGTAATTGAGGCATGCAAGGACAGTCTGAA
GAAACTTCAACTTGATTATCTCGACCTTTACCTCGTTCATTTCCCCGTTGCAACTAGGCA
CACTGGTGTTGGAACCACGGACAGTGCTTTGGGCGATGATGGAGTATTGGACATAGATAC
GACCATCTCTCTTGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAGCTTGTTTCTATGGGTCTCGT
CCGCAGCATTGGAATCAGTAACTATGACGTATTTCTAACGAGGGATTGCTTGGCTTATTC
CAAGATCAAGCCAGCGGTGAATCAGATTGAGACGCATCCTTACTTTCAACGCGACTCTCT
TGTAAAATTCTGCCAGAAGCATGGTATTTGTGTCACAGCTCATACTCCTCTCGGAG
TG

QA 8 723 8 723
DS 

RD RR3C723TF 738 0 0
G
AGTGACAAGACACACAACTCTCAATCTGACCAGA****CATTCACCCTATCAGGATTCAG
AAAGAAGAAGAAGAA***GATGGAGATAACCCTGAACAGTGGCTACAAGATGCCGATCGT
GGGCTTAGGAGTGTGGAGAATGGAGAAAGAAGGGATTCGAGACCTCATCATCAACTCCAT
CAAGATCGGCTACCGCCACCTCGACTGTGCTGCTGATTATAGGAATGAAGCTGAAGTTGG
TGAGGCTCTCTCAGAAGCATTCAAGACTGGTCTAGTCAAAAGAGAGGATCTCTTCGTTAC
AACCAAGCTGTGGAATTCAGACCATGGACATGTAATTGAGGCATGCAAGGACAGTCTGAA
GAAACTTCAACTTGATTATCTCGACCTTTACCTCGTTCATTTCCCCGTTGCAACTAGGCA
CACTGGTGTTGGAACCACGGACAGTGCTTTGGGCGATGATGGAGTATTGGACATAGATAC
GACCATCTCTCTTGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAGCTTGTTTCTATGGGTCTCGT
CCGCAGCATTGGAATCAGTAACTATGACGTATTTCTAACGAGGGATTGCTTGGCTTATTC
CAAGATCAAGCCAGCGGTGAATCAGATTGAGACGCATCCTTACTTTCAACGCGACTCTCT
TGTAAAATCCTGCCAGAAGCATGGTATTTGTGTCACAGCTCATACTCCTCTCGGAG*TGC
CACGGCCAATGCAGAGT

QA 2 738 2 738
DS 

RD RR3EK82TF 739 0 0
G
GACCAGA****CATTCACCCTATCAGGATTCAGAAAGAAGAAGAAGAA***GATGGAGAT
AACCCTGAACAGTGGCTACAAGATGCCGATCGTGGGCTTAGGAGTGTGGAGAATGGAGAA
AGAAGGGATTCGAGACCTCATCATCAACTCCATCAAGATCGGCTACCGCCACCTCGACTG
TGCTGCTGATTATAGGAATGAAGCTGAAGTTGGTGAGGCTCTCTCAGAAGCATTCAAGAC
TGGTCTAGTCAAAAGAGAGGATCTCTTCGTTACAACCAAGCTGTGGAATTCAGACCATGG
ACATGTAATTGAGGCATGCGAGGACAGTCTGAAGAAACTTCAACTTGATTATCTCGACCT
TTACCTCGTTCATTTCCCCGTTGCAACTAGGCACACTGGTGTTGGAACCACGGACAGTGC
TTTGGGCGATGATGGAGTATTGGACATAGATACGACCATCTCTCTTGAAACTACATGGCA
TGACATGGAAAAGCTTGTTTCTATGGGTCTCGTCCGCAGCATTGGAATCAGTAACTATGA
CGTATTTCTAACGAGGGATTGCTTGGCTTATTCCAAGATCAAGCCAGCGGTGAATCAGAT
TGAGACGCATCCTTACTTTCAACGCGACTCTCTTGTAAAATTCTGCCAGAAGCATGGTAT
TTGTGTCACAGCTCATACTCCTCTCGGAGGTGCCACGGCCAATGCAGAGTGGTTTGGTAC
CGTTTCATGTCTCGATGA

QA 2 739 2 739
DS 

RD RR3GS83TF 722 0 0
GG
ACCCTATCAGGATTCAGAAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGAGATAACCCTGAACAGTGGC
TACAAGATGCCGATCGTCGGCTTAGGAGTGTGGAGAATGGAGAAAGAAGGGATTCGAGAC
CTCATCATCAACTCCATTAAGATCGGCTACCGCCACCTCGACTGCGCTGCTGATTATAGG
AACGAAGCTGAAGTTGGTGAGGCTCTCTCAGAAGCATTCAAGACTGGTTTAGTCAAGAGA
GAGGATCTCTTCGTTACAACCAAGCTATGGAATTCAGACCATGGACATGTAATTGAAGCT
TGCAAGGACAGTCTGAAGAAACTTCAACTTGATTATCTCGACCTTTACCTCGTTCATTTC
CCCGTTGCAACTAGGCACACTGGTGTTGGAACCACCGACAGTGCTTTGGGAGATGATGGA
GTATTGGACATAGATACTACCATCTCTCTTGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAGCTT
GTTTCTATGGGTCTCGTCCGCAGCATTGGAATCAGTAACTATGACGTGTTTCTAACGAGG
GATTGCTTGGCTTATTCCAAGATAAAGCCAGCGGTGAATCAGATTGAGACGCATCCTTAC
TTCCAACGCGACTCTCTTGTAAAGTTCTGCCAGAAGCATGGTATTTGTGTCACAGCTCAT
ACTCCTCTCGGAG*TGCCACGGCCAATGCAGAGTGGTTTGGTACCGTCTCATGTCTCGAT

QA 3 722 3 722
DS 

RD RR3B403TF 805 0 0
GGACTCGAGTGACACAG
GACAGACAACTCTCAATCTGACCAGATATTCATTCACCCTATCAGGATTCAGAAAGAAGA
AGAAGAAGAAGATGGAGATAACCCTGAACAGTGGCTACAAGATGCCGATCGTCGGCTTAG
GAGTGTGGAGAATGGAGAAAGAAGGGATTCGAGACCTCATCATCAACTCCATTAAGATCG
GCTACCGCCACCTCGACTGCGCTGCTGATTATAGGAACGAAGCTGAAGTTGGTGAGGCTC
TCTCAGAAGCATTCAAGACTGGTTTAGTCAAGAGAGAGGATCTCTTCGTTACAACCAAGC
TATGGAATTCAGACCATGGACATGTAATTGAAGCTTGCAAGGACAGTCTGAAGAAACTTC
AACTTGATTATCTCGACCTTTACCTCGTTCATTTCCCCGTTGCAACTAGGCACACTGGTG
TTGGAACCACCGACAGTGCTTTGGGAGATGATGGAGTATTGGACATAGATACTACCATCT
CTCTTGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAGCTTGTTTCTATGGGTCTCGTCCGCAGCA
TTGGAATCAGTAACTATGACGTGTTTCTAACGAGGGATTGCTTGGCTTATTCCAAGATAA
AGCCAGCGGTGAATCGGATTGAGACGCATCCTTACTTCCAACGCGACTCTCTTGTAAAGT
TCTGCCAGAAGCATGGTATTTGTGTCACAGCTCATACTCCTCTCGGAGGTGCCACGGCCA
ATGCAGAGTGGTTTGGTACCGTCTCATGTCTCGATGACCCAGCTCTCAAAGAAGTGGCGG
AGAAGTAC

QA 18 805 18 805
DS 

RD RR3GS83JQ 812 0 0
AGAAACTTCAACTTGATTATCTCGACCTTTAC*TCGTTCATTTCCCCGTTGCAACTAGGC
ACACTGGTGTTGGAACCAC*GACAGTGCTTTGGGAGATGATGGAGTATTGGACATAGATA
CTACCATCTCTCTTGAAACTACATGGCATGACATGGAAAAGCTTGTTTCTATGGGTCTCG
TCCGCAGCATTGGAATCAGTAACTATGACGTGTTTCTAACGAGGGATTGCTTGGCTTATT
CCAAGATAAAGCCAGCGGTGAATCAGATTGAGACGCATCCTTACTTCCAACGCGACTCTC
TTGTAAAGTTCTGCCAGAAGCATGGTATTTGTGTCACAGCTCATACTCCTCTCGGAGGTG
CCACGGCCAATGCAGAGTGGTTTGGTACCGTCTCATGTCTCGATGACCCAGCTCTCAAAG
AAGTGGCGGAGAAGTACAAAAAGACAGTGGCACAGGTGGTGCTGAGGTGGGGAATACAGA
GGAACACAGTGGTGATACCAAAGACATCCAAGGCTGAGAGGTTGGAAGAGAATTTCAAGG
TTTTCGACTTCGAACTGACGAAAGAGGACATGGAGGTGATCAAGAGCATGGACAGGAAGT
ACCGTACTAACCAACCGGCCAAGTTTTGGGGGATTGATCTCTACGCTTGAATGAATTGAT
CACCGCGGCTCTTGTCTCTATATGAATAAGAGAAGAAGCTAAGGCGTTTAGCTTCTTCAC
CTGTGGGACATTCTCAATGGTTGTAAACCTATTTTATTTAAAATTCGTATGTTGAACATG
TTATAGTTTTTAATATTACTCACATTTGATGC

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3B403JQ 679 0 0
GTTTCTATGGGTCTCGTCCGCAGCATTGGAATCAGTAACTATGACGTGTTTCTAACGAGG
GATTGCTTGGCTTATTCCAAGATAAAGCCAGCGGTGAATCGGATTGAGACGCATCCTTAC
TTCCAACGCGACTCTCTTGTAAAGTTCTGCCAGAAGCATGGTATTTGTGTCACAGCTCAT
ACTCCTCTCGGAGGTGCCACGGCCAATGCAGAGTGGTTTGGTACCGTCTCATGTCTCGAT
GACCCAGCTCTCAAAGAAGTGGCGGAGAAGTACAAAA*GACAGTGGCACAGGTGGTGCTG
AGGTGGGGAATACAGAGGAACACAGTGGCGATACCAAAGACATCCAAGGCTGAGAGGTTG
GAAGAGAATTTCAAGGTTTTCGACTTCGAACTGACGAAAGAGGACATGGAGGTGATCAAG
AGCATGGACAGGAAGTACCGTACTAACCAACCGGCCAAGTTTTGGGGGATTGATCTCTAC
GCTTGAATGAATTGATCACCGCGGCTCTTGTCTCTATATGAATAAGAGAAGAAGCTAAGG
CGTTTAGCTTCTTCACCTGTGGGACATTCTCAATGGTTGTAAACCTATTTTATTTAAAAT
TCGTATGTTGAACATGTTATAGTTTTTAATATTACTCACATTTGATGCATAAGAAGAAAA
AATAAAGTGGCAGTTTAGC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 12

CO CL132Contig1 1055 12 9 U
AAAAGTAAAGATAATAATTATTAAGAGTACGTTTATCATCCAGACACACACACAAACGGC
TCATCATACATAATAATGAGCTCTGACAATAAGCATAAGTAAGAAAGCCCCAAGGTTGCA
TTGTACAAGCTCACACGATTTATTTAATTATTAAACACCAAAGATAGATGTTTGAGAGAG
ATTTTCTAGACAGAAACCCTCTGCTTCTTAAAAGCAGCCCTCTGCTTCTTAAAAGCAGCG
ACCTTGTCGTGGATCTCGCGGGTAAACTCAATCATATGAGCTGGGACAGAGTAGCCGTAA
CAAATTCCACCGCCGGGAGGGGGACGGTTAGTAAAGATTGTAGCTAAGAGACAAACAGCT
ATTTTAGAACCTCCCACTTCAGTTCCACAAAGATCCAGCGCCCTAGCTTCTCCTTCTTTT
TCGTGAAAATAGATATTAGTCTTCTTATCGAGAGTAGAGACAAAAACATGGGTGATCTCT
CCACAGGAAGAGAAGTGTTTCGTCAAAGCGCTCTCGACTTCATCTGCAGGAAGGGAAGTG
TCATATCCCCTAACGGCAACGCCAAACCAAAATCTGCGGTCATTATATATTTCGTCAGCC
AGAGAGGATCTATAAAGGTCTGCCTCCTCGTCTCTTTCCTCCTCTGGTTCAACTTTAACA
AGAGCCTTCCATCCACCAATGTCAGTTCCATTAAGTTGCAAGGCCTTCTCTTCTGCGCCT
TCTCCGAGAAGAATAACCAAAGCACGTCTGTCCAGATTAGGGCTATCAGGGTCTTCGCGA
AGAATAACATTAAAGACTTCGCCACATGATTTGAAGTGATTAATCAATTCATTCTTGAGA
TCATCCTCAGGCAGACAAGGGTCGTATCCCTCCACAGAAATCATAGCTCGGGGCTTGCAT
CTGTACTTCTCCAAAGAGGCTTTTCTAGCAGCCACAGCCTTTCTAGCAGCCACAGCCTTT
CTAGCAGCCACAGCCTTTCTAGCGGATCTCATGGTGAAAGAGGCAATAACCCTAAGCTGC
CGCTTTACGATACTTTTCCAGTTTTAGGGATTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 20 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D206JQ U 13
AF RR3BE18JQ U 1
AF RR3BE18TF C 1
AF RR3EA36JQ U 13
AF RR3E019JQ U 13
AF RR3B341JQ U 11
AF RR3GH05JQ U 36
AF RR3D206TF C 96
AF RR3B341TF C 249
AF RR3EA36TF C 417
AF RR3E019TF C 338
AF RR3GH05TF C 368
BS 1 175 RR3BE18JQ
BS 176 176 RR3D206JQ
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BS 348 348 RR3E019JQ
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BS 711 755 RR3E019JQ
BS 756 765 RR3B341JQ
BS 766 846 RR3D206TF
BS 847 1055 RR3B341TF

RD RR3D206JQ 454 0 0
AATAATTATTAAGAGTACGTTTATCATCCAGACACACACACAAACGGCTCATCATACATA
ATAATGAGCTCTGACAATAAGCATAAGTAAGAAAGCCCCAAGGTTGCATTGTACAAGCTC
ACACGATTTATTTAATTATTAAACACCAAAGATAGATGTTTGAGAGAGATTTTCTAGACA
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CCCACTTCAGTTCCACAAAGATCCAGCGCCCTAGCTTCTCCTTCTTTTTCGTGAAAATAG
ATATTAGTCTTCTTATCGAGAGTAGAGACAAAAA

QA 1 454 1 454
DS 

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TCATCATACATAATAATGAGCTCTGACAATAAGCATAAGTAAGAAAGCCCCAAGGTTGCA
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ATTTTCTAGACAGAAACCCTCTGCTTCTTAAAAGCAGCCCTCTGCTTCTTAAAAGCAGCG
ACCTTGTCGTGGATCTCGCGGGTAAACTCAATCATATGAGCTGGGACAGAGTAGCCGTAA
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ATTTTAGAACCTCCCACTTCAGTTCCACAAAGATCCAGCGCCCTAGCTTCTCCTTCTTTT
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CCACAGGAAGAGAAGTGTTTCGTCAAAGCGCTCTCGACTTCATCTGCAGGAAGGGAAGTG
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AGAGAGGATCTATAAAGGTCTGCCTCCTCGTCTCTTTCCTCCTCTGGTTCAACTTTAACA
AGAGCCTTCCATCCACCAATGTCAGTTCCATTAAGTTGCAAGGCCTTCTC
C

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3BE18TF 711 0 0
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TCATCATACATAATAATGAGCTCTGACAATAAGCATAAGTAAGAAAGCCCCAAGGTTGCA
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ATTTTAGAACCTCCCACTTCAGTTCCACAAAGATCCAGCGCCCTAGCTTCTCCTTCTTTT
TCGTGAAAATAGATATTAGTCTTCTTATCGAGAGTAGAGACAAAAACATGGGTGATCTCT
CCACAGGAAGAGAAGTGTTTCGTCAAAGCGCTCTCGACTTCATCTGCAGGAAGGGAAGTG
TCATATCCCCTAACGGCAACGCCAAACCAAAATCTGCGGTCATTATATATTTCGTCAGCC
AGAGAGGATCTATAAAGGTCTGCCTCCTCGTCTCTTTCCTCCTCTGGTTCAACTTTAACA
AGAGCCTTCCATCCACCAATGTCAGTTCCATTAAGTTGCAAGGCCTTCTC
C

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3EA36JQ 669 0 0
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ATAATGAGCTCTGACAATAAGCATAAGTAAGAAAGCCCCAAGGTTGCATTGTACAAGCTC
ACACGATTTATTTAATTATTAAACACCAAAGATAGATGTTTGAGAGAGATTTTCTAGACA
GAAACCCTCTGCTTCTTAAAAGCAGCCCTCTGCTTCTTAAAAGCAGCGACCTTGTCGTGG
ATCTCGCGGGTAAACTCAATCATATGAGCTGGGACAGAGTAGCCGTAACAAATTCCACCG
CCGGGAGGGGGACGGTTAGTAAAGATTGTAGCTAAGAGACAAACAGCTATTTTAGAACCT
CCCACTTCAGTTCCACAAAGATCCAGCGCCCTAGCTTCTCCTTCTTTTTCGTGAAAATAG
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ACGGCAACGCCAAACCAAAATCTGCGGTCATTATATATTTCGTCAGCCAGAGAGGATCTA
TAAAGGTCTGCCTCCTCGTCTCTTTCCTCCTCTGGTTCAACTTTAACAAGAGCCTTCCAT
CCACCAATG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3E019JQ 743 0 0
AATAATTATTAAGAGTACGTTTATCATCCAGACACACACACAAACGGCTCATCATACATA
ATAATGAGCTCTGACAATAAGCATAAGTAAGAAAGCCCCAAGGTTGCATTGTACAAGCTC
ACACGATTTATTTAATTATTAAACACCAAAGATAGATGTTTGAGAGAGATTTTCTAGACA
GAAACCCTCTGCTTCTTAAAAGCAGCCCTCTGCTTCTTAAAAGCAGCGACCTTGTCGTGG
ATCTCGCGGGTAAACTCAATCATATGAGCTGGGACAGAGTAGCCGTAACAAATTCCACCG
CCGGGAGGGGGACGGTTAGTAAAGATTGTAGCTAAGAGACAAACAGCTATTTTAGAACCT
CCCACTTCAGTTCCACAAAGATCCAGCGCCCTAGCTTCTCCTTCTTTTTCGTGAAAATAG
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AAGTGTTTCGTCAAAGCGCTCTCGACTTCATCTGCAGGAAGGGAAGTGTCATATCCCCTA
ACGGCAACGCCAAACCAAAATCTGCGGTCATTATATATTTCGTCAGCCAGAGAGGATCTA
TAAAGGCCTGCCTCCTCGTCTCTTTCCTCCTCTGGTTCAACTTTAACAAGAGCCTTCCAT
CCACCAATGTCAGTTCCATTAAGTTGCAAGGCCTTCTCTTCTGCGCCTTCTCCGAGAAGA
ATAACCAAAGCACGTCTGTCCAG

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3B341JQ 755 0 0
CTTT
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AATGAGCTCTGACAATAAGCATAAGTAAGAAAGCCCCAAGGTTGCATTGTACAAGCTCAC
ACGATTTATTTAATTATTAAACACCAAAGATAGATGTTTGAGAGAGATTTTCTAGACAGA
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GGCAACGCCAAACCAAAATCTGCGGTCATTATATATTTCGTCAGCCAGAGAGGATCTATA
AAGGTCTGCCTCCTCGTCTCTTTCCTCCTCTGGTTCAACTTTAACAAGAGCCTTCCATCC
ACCAATGTCAGTTCCATTAAGTTGCAAGGCCTTCTCTTCTGCGCCTTCTCCGAGAAGAAT
AACCAAAGCACGTCTGTCCAGATTAGGGCTA

QA 5 755 5 755
DS 

RD RR3GH05JQ 721 0 0
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GCGGTCATTATATATTTCGTCAGCCAGAGAGGATCTATAAAGGTCTGCCTCCTCGTCTCT
TTCCTCCTCTGGTTCAACTTTAACAAGAGCCTTCCATCCACCAATGTCAGTTCCATTAAG
TTGCAAGGCCTTCTCTTCTGCGCCTTCTCCGAGAAGAATAACCAAAGCACGTCTGTCCAG
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3D206TF 751 0 0
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CACCAAAGATAGATGTT*GAGAGAGATTTTCTAGACAGAAACCCTCTGCTTCTTAAAAGC
AGCCCTCTGCTTCTTAAAAGCAGCGACCTTGTCGTGGATCTCGCGGGTAAACTCAATCAT
ATGAGCTGGGACAGAGTAGCCGTAACAAATTCCACCGCCGGGAGGGGGACGGTTAGTAAA
GATTGTAGCTAAGAGACAAACAGCTATTTTAGAACCTCCCACTTCAGTTCCACAAAGATC
CAGCGCCCTAGCTTCTCCTTCTTTTTCGTGAAAATAGATATTAGTCTTCTTATCGAGAGT
AGAGACAAAAACATGGGTGATCTCTCCACAGGAAGAGAAGTGTTTCGTCAAAGCGCTCTC
GACTTCATCTGCAGGAAGGGAAGTGTCATATCCCCTAACGGCAACGCCAAACCAAAATCT
GCGGTCATTATATATTTCGTCAGCCAGAGAGGATCTATAAAGGTCTGCCTCCTCGTCTCT
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TTGCAAGGCCTTCTCTTCTGCGCCTTCTCCGAGAAGAATAACCAAAGCACGTCTGTCCAG
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QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3B341TF 807 0 0
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ACCTCCCACTTCAGTTCCACAAAGATCCAGCGCCCTAGCTTCTCCTTCTTTTTCGTGAAA
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AGAGAAGTGTTTCGTCAAAGCGCTCTCGACTTCATCTGCAGGAAGGGAAGTGTCATATCC
CCTAACGGCAACGCCAAACCAAAATCTGCGGTCATTATATATTTCGTCAGCCAGAGAGGA
TCTATAAAGGTCTGCCTCCTCGTCTCTTTCCTCCTCTGGTTCAACTTTAACAAGAGCCTT
CCATCCACCAATGTCAGTTCCATTAAGTTGCAAGGCCTTCTCTTCTGCGCCTTCTCCGAG
AAGAATAACCAAAGCACGTCTGTCCAGATTAGGGCTATCAGGGTCTTCGCGAAGAATAAC
ATTAAAGACTTCGCCACATGATTTGAAGTGATTAATCAATTCATTCTTGAGATCATCCTC
AGGCAGACAAGGGTCGTATCCCTCCACAGAAATCATAGCTCGGGGCTTGCATCTGTACTT
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GATACTTTTCCAGTTTTAGGGATTTCC

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DS 

RD RR3EA36TF 639 0 0
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CTCTCCACAGGAAGAGAAGTGTTTCGTCAAAGCGCTCTCGACTTCATCTGCAGGAAGGGA
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AGCCAGAGAGGATCTATAAAGGTCTGCCTCCTCGTCTCTTTCCTCCTCTGGTTCAACTTT
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GCGAAGAATAACATTAAAGACTTCGCCACATGATTTGAAGTGATTAATCAATTCATTCTT
GAGATCATCCTCAGGCAGACAAGGGTCGTATCCCTCCACAGAAATCATAGCTCGGGGCTT
GCATCTGTACTTCTCCAAAGAGGCTTTTCTAGCAGCCACAGCCTTTCTAGCAGCCACAGC
CTTTCTAGCAGCCACAGCCTTTCTAGTGGATCTCATGGTGAAAGAGGCAATAACCCTAAG
CTGCCGCTTTACGATACTTTTCCAGTTTTAGGGATTTCC

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DS 

RD RR3E019TF 698 0 0
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GCGCCCTAGCTTCTC*TTCTTTTTCGTGAAAATAGATATTAGTCTTCTTATCGAGAGTAG
AGACAAAAACATGGGTGATCTCTCCACAGGAAGAGAAGTGTTTCGTCAAAGCGCTCTCGA
CTTCATCTGCAGGAAGGGAAGTGTCATATCCCCTAACGGCAACGCCAAACCAAAATCTGC
GGTCATTATATATTTCGTCAGCCAGAGAGGATCTATAAAGGCCTGCCTCCTCGTCTCTTT
CCTCCTCTGGTTCAACTTTAACAAGAGCCTTCCATCCACCAATGTCAGTTCCATTAAGTT
GCAAGGCCTTCTCTTCTGCGCCTTCTCCGAGAAGAATAACCAAAGCACGTCTGTCCAGAT
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GATTAATCAATTCATTCTTGAGATCATCCTCAGGCAGACAAGGGTCGTATCCCTCCACAG
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CCTTT**AGCAGCCACAGCCTTTCTAGCAGCCACAGCCTTTCTAGCGGATCTCATGGTGA
AAGAGGCAATAACCCTAAGCTGCCGCTTTA
AGATCCCT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3GH05TF 688 0 0
GAA
CTCCCACTTCAGTTCCACAAAGATCCAGCGCCCTAGCTTCTCCTTCTTTTTCGTGAAAAT
AGATATTAGTCTTCTTATCGAGAGTAGAGACAAAAACATGGGTGATCTCTCCACAGGAAG
AGAAGTGTTTCGTCAAAGCGCTCTCGACTTCATCTGCAGGAAGGGAAGTGTCATATCCCC
TAACGGCAACGCCAAACCAAAATCTGCGGTCATTATATATTTCGTCAGCCAGAGAGGATC
TATAAAGGTCTGCCTCCTCGTCTCTTTCCTCCTCTGGTTCAACTTTAACAAGAGCCTTCC
ATCCACCAATGTCAGTTCCATTAAGTTGCAAGGCCTTCTCTTCTGCGCCTTCTCCGAGAA
GAATAACCAAAGCACGTCTGTCCAGATTAGGGCTATCAGGGTCTTCGCGAAGAATAACAT
TAAAGACTTCGCCACATGATTTGAAGTGATTAATCAATTCATTCTTGAGATCATCCTCAG
GCAGACAAGGGTCGTATCCCTCCACAGAAATCATAGCTCGGGGCTTGCATCTGTACTTCT
CCAAAGAGGCTTTTCTAACAGCCACAGCCTTTCTAGCAGCCACAGCCTTTCTAGCAGCCA
CAGCCTTTCTAGCGGATCTCATGGTGAAAGGGGCAATAACCCTAAGCTGCCGCTTTACGA
TACTTTTCCAGTTTTAGGGATTTCC

QA 4 688 4 688
DS 



AS 2 12

CO CL133Contig1 1174 3 8 U
GGACTCACGTCTCCCACACTCTCATCGCTCTTCTTCTCCGGTTTGGTTTTTTTTGGTAGC
AATGATGGACCTGACGAAGCTGAAGCCTCCGCAGATCACTTTTTACTGCTCGGCGTTTTC
TGTCTTGATCACACTTCATCTGACGATACAGCTTGTGTCTCAGCATCTCTTTCACTGGAA
GAACCCCAAGGAACAGAAGGCTATACTCGTCATTGTTCTCATGGCTCCTATCTACGCCGT
TGTTTCCTTTGTTGGTTTGTTAGATGTCAAAGGAAGTGAAACCTTCTTCTTGTTTCTTGA
GTCCATCAAAGAATGCTACGAAGCACTCGTCATTGCGAAGTTCTTGGCGTTGATGTATAG
TTACTTGAACATATCTATCAGCAAAAACATTGTGCCTGATGGAATCAAAGGAAGGGAGAT
TCACCATTCTTTTCCAATGACTCTCTTCCAGCCTCATGTAGTCCGTCTGGATCATCGCAC
TCTGAGACTCTTGAAGTACTGGACATGGCAGTTTGTGGTGATCAGACCAGTGTGCTCTAT
CTTGATGATTGCTTTACAAATCATCGGGTCTTATCCTTCTTGGTTGAGCTGGACATTCAC
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GTTTGCCAAGGAGCTTGCTCCTCATAACCCACTCGCAAAGTTCCTCTGCATCAAAGGGAT
CGTCTTCTTTTGCTTTTGGCAGGGAATAGCACTAGACATACCGGTGGCGATGGGAGTGAT
CAAATCACACCATTTCTGGTTGGAGGTGGAACAGATCCAGGAAGCTATTCAGAATGTGTT
GGTGTGTGTTGAGATGGTTATTTTCGCTGCGGTTCAGAAGCATGCTTACCATGTTGGTCC
TTATAGCGGGGAGACAAAGAAGAAGCTCGATAAAAAGACCGAATGATCTTTGGTCCGGTT
TAGAGTGCAAATCGACTTTGAGTCCATTTTGTAGTAAATCCTTTGTGTGTACTGCTATGT
TATTCCTCTTTAGCATAGTGTTTGGGAGACTTGAAACTTTTGGTATGGGAAAAAGATGCA
ATAATGTTGAGATATTCAGATGATATATGGTCAAAAATAATGTTAAACCACTTGTACTAT
ACAATTTGAGTCAATATGATATCATTTCACTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO92TF U 47
AF RR3AA50TF U 1
AF RR3AA50JQ C 484
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BS 396 724 RR3AA50TF
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TCTGTCTTGATCACACTTCATCTGACGATACAGCTTGTGTCTCAGCATCTCTTTCACTGG
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GTTGTTTCCTTTGTTGGTTTGTTAGATGTCAAAGGAAGTGAAACCTTCTTCTTGTTTCTT
GAGTCCATCAAAGAATGCTACGAAGCACTCGTCATTGCGAAGTTCTTGGCGTTGATGTAT
AGTTACTTGAACATATCTATCAGCAAAAACATTGTGCCTGATGGAATCAAAGGAAGGGAG
ATTCACCATTCTTTTCCAATGACTCTCTTCCAGCCTCATGTAGTCCGTCTGGATCATCGC
ACTCTGAGACTCTTGAAGTACTGGACATGGCAGTTTGTGGTGATCAGACCAGTGTGCTCT
ATCTTGATGATTGCTTTACAAATCATCGGGTTTTATCCTTCTTGGTTGAGCTGGACATTC
ACTATCGTTCTCAATATCTCGGTTTCTCTGGCCTTGTATTCTCTTGTGATCTTCTACCAT
GTGTTTGCCAAGGAGCTTGCTCCTCATAACCCACTCGCAAAGTTCCT

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TGTCTTGATCACACTTCATCTGACGATACAGCTTGTGTCTCAGCATCTCTTTCACTGGAA
GAACCCCAAGGAACAGAAGGCTATACTCGTCATTGTTCTCATGGCTCCTATCTACGCCGT
TGTTTCCTTTGTTGGTTTGTTAGATGTCAAAGGAAGTGAAACCTTCTTCTTGTTTCTTGA
GTCCATCAAAGAATGCTACGAAGCACTCGTCATTGCGAAGTTCTTGGCGTTGATGTATAG
TTATTTGAACATATCTATCAGCAAAAACATTGTGTCTGATGGAATCAAAGGAAGGGAGAT
TCACCATTCTTTTCCAATGACTCTCTTCCAGCCTCATGTAGTCCGTCTGGATCATCGCAC
TCTGAGACTCTTGAAGTACTGGACATGGCAGTTTGTGGTGATCAGACCAGTGTGCTCTAT
CTTGATGATTGCTTTACAAATCATCGGGTCTTATCCTTCTTGGTTGAGCTGGACATTCAC
TATCGTTCTCAATATCTCGGTTTCTCTGGCCTTGTATTCTCTTGTGATCTTCTACCATGT
GTTTGCCAAGGAGCTTGCTCCTCATAACCCACTCGCAAAGTTCCTCTGCATCAAAGGGAT
CGTC

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DS 

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GATGATTGCTTTACAAATCATCGGGTCTTATCCTTCTTGGTTGAGCTGGACATTCACTAT
CGTTCTCAATATCTCGGTTTCTCTGGCCTTGTATTCTCTTGTGATCTTCTACCATGTGTT
TGCCAAGGAGCTTGCTCCTCATAACCCACTCGCAAAGTTCCTCTGCATCAAAGGGATCGT
CTTCTTTTGCTTTTGGCAGGGAATAGCACTAGACATACCGGTGGCGATGGGAGTGATCAA
ATCACACCATTTCTGGTTGGAGGTGGAACAGATCCAGGAAGCTATTCAGAATGTGTTGGT
GTGTGTTGAGATGGTTATTTTCGCTGCGGTTCAGAAGCATGCTTACCATGTTGGTCCTTA
TAGCGGGGAGACAAAGAAGAAGCTCGATAAAAAGACCGAATGATCTTTGGTCCGGTTTAG
AGTGCAAATCGACTTTGAGTCCATTTTGTAGTAAATCCTTTGTGTGTACTGCTATGTTAT
TCCTCTTTAGCATAGTGTTTGGGAGACTTGAAACTTTTGGTATGGGAAAAAGATGCAATA
ATGTTGAGATATTCAGATGATATATGGTCAAAAATAATGTTAAACCACTTGTACTATACA
ATTTGAGTCAATATGATATCATTTCACTGCC

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DS 



CO CL133Contig2 1284 9 35 U
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TGACTCAAATTGTATTGGTACATGTGGTTTAACATTATTTTGACCATATAATCTGAATAT
CTCAACATTATTGTATCTTTTTCCCATATCAAAAGTTTCAAGTCTCCCAAACACTATATG
CTAAAGAAGAATAACATAGCAGTCCACAAAATGGACTCAAGTCGATTTGCACTCTAAACC
GGACCAAAGATCATTCGGTCTTTTTATCGAGCTTCTTCTTGGTCTCCCCGCTATAAGGAC
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CCCCCATCGCCACCAGTATGTCTAGTGCTATTCCCTGCCAAAAGCAAAAGAAGACGATCC
CTTT*GATGCAGAGGAACTTTGCAAGTGGATTATGAGGAGAAAGCTCCTTGGCAAAAACA
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GAGCACACTGGTCTGATCACCACAAACTGCCATGTCCAGTACTTCAAGAGTCTCAGAGTG
CGATGATCCAGACGGACTACATGAGGCTGGAAAAGAGTCATTGGAAAAGAATGGTGAATC
TCCCTTCCTTTGATTCCATCAGGGACAATGTTTTTGCTGATAGATATGTTCAAGTAACTA
TACATCAACGCCAAGAACTTAGCAATGACGAGTGCTTCGTAGCATTCTTTGATGGATTCA
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GCGTAGATAGGAGCCATGAGAACAATGACGAGTATAGCCTTCTGTTCCTTGGGGTTCTTC
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AACGCCGAGCAGTAAAAAGTGATCTGCGGAGGCTTCATCTTCGTTAGGTCCATCATTGCG
GAGAAGAAGAGGGATGAGAGTGTGGGAGACGCGAGTAGAATCAGATCTCTCTGTCTTCTT
CTTCTTTAGATCATGAAGAATTGAAGACCGCCACCACTGATGGGAGTTGCAAGTGGGTCC
CACTGATGATGTATTATATTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AN46JQ U 86
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AF RR3CN60JQ U 86
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QA 1 170 1 170
DS 

RD RR3FW40JQ 550 0 0
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CTAAAAAAAAATAACATAGCAGTCCACAAAATGGACTCAAGTCGATTTGCACTCTAAACC
GGACCAAAGATCATTCGGTCTTTTTATCGAGCTTCTTCTTGGTCTCCCCGCTATAAGGAC
CAACATGGTAAGCATGCTTCTGAACAGCAGCGAAAATAACCATCTCCACACACACCAACA
CATTCTGAATAGCTTCCTGGATCTGTTCCACCTCCAACCAAAAATGGGGTGATTTGACCA
CCCCCATCGCCACCAGTATGTCTAGTGCTATTCCCTGCCAAAAACAAAAAAAAACAATCC
CTTT*GATGCAAAGGAACTTTGCAAGTGGATTATGAGGAGAAAGCTACTTGGCAAAAACA
TGGTA
AAAAA

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3CN60JQ 627 0 0
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ATATCAAAAGTTTCAAGTCTCCCAAACACTATATGCTAAAGAAGAATAACATAGCAGTCC
ACAAAATGGACTCAAGTCGATTTGCACTCTAAACCGGACCAAAGATCATTCGGTCTTTTT
ATCGAGCTTCTTCTTGGTCTCCCCGCTATAAGGACCAACATGGTAAGCATGCTTCTGAAC
AGCAGCGAAAATAACCATCTCCACACACACCAACACATTCTGAATAGCTTCCTGGATCTG
TTCCACCTCCAACCAGAAATGGTGTGATTTGATCACCCCCATCGCCACCAGTATGTCTAG
TGCTATTCCCTGCCAAAAGCAAAAGAAGACGATCCCTTT*GATGCAGAGGAACTTTGCAA
GTGGATTATGAGGAGAAAGCTCCTTGGCAAAAACATGGTAGAAGATCACAAGAGAATACA
AGGCAAGGGAAACCGAGATATTGAGAACGATAGTGAATGTCCAGCTCAGCCAAGACGGAT
AAAACCCGACGATTTGTAACGCAATCATCAAGATAGAGCACACTGGTCTGATCACCACGA
ACTGCCATGTCCAGTACTTCAAGAGTC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3FD02JQ 723 0 0
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ATGATACCATATTGACTCAAATTGTATTGGTACATGTGGTTTAACATTATTTTGACCATA
TAATCTGAATATCTCAACATTATTGTATCTTTTTCCCATATCAAAAGTTTCAAGTCTCCC
AAACACTATATGCTAAAGAAGAATAACATAGCAGTCCACAAAATGGACTCAAGTCGATTT
GCACTCTAAACCGGACCAAAGATCATTCGGTCTTTTTATCGAGCTTCTTCTTGGTCTCCC
CGCTATAAGGACCAACATGGTAAGCATGCTTCTGAACAGCAGCGAAGATAACCATCTCCA
CACACGCCAACACATTCTGAATAGCTTCCTGGATCTGTTCCACCTCCAACCAGAAATGGT
GTGATTTGATCACCCCCATCGCCACCAGTATGTCTAGTGCTATTCCCTGCCAAAAGCAAA
AGAAGACGATCCCTTT*GATGCAGAGGAACTTTGCAAGTGGATTATGAGGAGAAAGCTCC
TTGGCAAAAACATGGTAAAAGATCACAAGAGAATACAAGGCCAGGGAAACCGAGATATTG
AGAACGATAGTGAATGTCCAGCTCAGCCAAGACGGATAAAACCCGACGATTTGTAACGCA
ATCATCAAGATAGAGCACACTGGTCTGATCACCACAAACTGCCATGTCCAGTACTTCAAG
AGTCTCAGAGTGCGATGATCCAGACGGACTACATGAGGCTGGAAAAGAGTCATTGGA

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DS 

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CAATTG
ATGATACCATATTGACTCAAATTGTATTGGTACATGTGGTTTAACATTATTTTGACCATA
TAATCTGAATATCTCAACATTATTGTATCTTTTTCCCACATCAAAAGTTTCAAGCCTCCC
AAACACTATATGCTAAAGAAGAATAACATAGCAGTCCACAAAATGGACTCAAGTCGATTT
GCACTCTAAACCGGACCAAAGATCATTCGGTCTTTTTATCGAGCTTCTTCTTGGTCTCCC
CGCTATAAGGACCAACATGGTAAGCATGCTTCTGAACAGCAGCGAAGATAACCATCTCCA
CACAC**CAACACATTCTGAATAGCTTCCTGGATCTGTTCCACCTCCAACCAGAAATGGT
GTGATTTGATCACCCCCATCGCCACCAGTATGTCTAGTGCTATTCCCTGCCAAAAGCAAA
AGAAGACGATCCCTTT*GATGCAGAGGAACTTTGCAAGTGGATTATGAGGAGAAAGCTCC
TTGGCAAAAACATGGTAGAAGATCACAAGAGAATACAAGGCCAGGGAAACCGAGATATTG
AGAACGATAGTGAATGTCCAGCTCAGCCAAGACGGATAAAACCCGACGATTTGTAACGCA
ATCATCAAGATAGAGCACACTGGTCTGATCACCACAAACTGCCATGTCCAGTACTTCAAG
AGTCTCAGAGTGCGATGATCCAGACGGACTACATGAGGCTG*AAAAGAGTCATTGGAAAA
GAATGGTGAATCTCCCTTCCTTT

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DS 

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ATATCAAAAGTTTCAAGTCTCCCAAACACTATATGCTAAAGAAGAATAACATAGCAGTCC
ACAAAATGGACTCAAGTCGATTTGCACTCTAAACCGGACCAAAGATCATTCGGTCTTTTT
ATCGAGCTTCTTCTTGGTCTCCCCGCTATAAGGACCAACATGGTAAGCATGCTTCTGAAC
AGCAGCGAAGATAACCATCTCCACACACACCAACA*ATTCTGAATAGCTTCCTGGATCTG
TTCCACCTCCAACCAGAAATGGTGTGATTTGATCACCCCCATCGCCACCAGTATGTCTAG
TGCTATTCCCTGCCAAAAGCAAAAGAAGACGATCCCTTT*GATGCAGAGGAACTTTGCAA
GTGGATTATGAGGAGAAAGCTCCTTGGCAAAAACATGGTAGAAGATCACAAGAGAATACA
AGGCCAGGGAAACCGAGATATTGAGAACGATAGTGAATGTCCAGCTCAGCCAAGACGGAT
AAAACCCGACGATTTGTAACGCAATCATCAAGATAGAGCACACTGGTCTGATCACCACAA
ACTGCCATGTCCAGTACTTCAAGAGTCTCAGAGTGCGATGATCCAGACGGACTACATGAG
GCTGGAAAAGAGTCATTGGAAAAGAATGGTGAATCTCCCTTCCTTTGATTCCATCAGGGA
CAATGTTTTTGCTGATAGATATGTTCAAGTAACTATACATCAACG

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ATCCCTTTTGATGCAGAGGAACTTTGCAAGTGGATTATGAGGAGAAAGCTCCTTGGCAAA
AACATGGTAGAAGATCACAAGAGAATACAAGGCCAGGGAAACCGAGATATTGAGAACGAT
AGCGAATGTCCAGCTCAGCCAAGACGGATAAAACCCGACGATTTGTAACGCAATCATCAA
GATAGAGCACACTGGTCTGATCACCACAAACTGCCATGTCCAGTACTTCAAGAGTCTCAG
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AATCTCCCTTCCTTTGATTCCATCAGGGACAATGTTTTTGCTGATAGATATGTTCAAGTA
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TTCAAGAAACAAGAAGAAGGTTTCACTTCCTTTGACATCTAACAAACCAACAAAGGAAAC
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CTTCCAGTGAAAGAGATGCTGAGACACGAGCTGAATCGTCAGATGAAGTGTGATCAATAC
GGAAAACGCCGAGCAGTAAAAAGTGATCTGCGGAGGCTTCATCTTCGTTGGGTCCATCAT
TGCGGAGAAGAAGAGGGATGAGAGTGTGGGAGACGCGAGTAGAATCAGATCTCTCTGTCT
TCTTCTTCTTT
CC

QA 1 791 1 791
DS 

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AAGCTCCTTGGCAAAAACATGGTAGAAGATCACAAGAGAATACAAGGCCAGGGAAACCGA
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TAACGCAATCATCAAGATAGAGCACACTGGTCTGATCACCACAAACTGCCATGTCCAGTA
CTTCAAGAGTCTCAGAGTGCGATGATCCAGACGGACTACATGAGGCTGGAAAAGAGTCAT
TGGAAAAGAATGGTGAATCTCCCTTCCTTTGATTCCATCAGGGACAATGTTTTTGCTGAT
AGATATGTTCAAGTAACTATACATCAACGCCAAGAACTTAGCAATGACGAGTGCTTCGTA
GCATTCTTTGATGGATTCAAGAAACAAGAAGAAGGTTTCACTTCCTTTGACATCTAACAA
ACCAACAAAGGAAACAACGGCGTAGATAGGAGCCATGAGAACAATGACGAGTATAGCCTT
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CGTTAGGTCCATCATTGCGGAGAAGAAGAGGGATGAGAGTGTGGGAGACGCGAGTAGAAT
CAGATCTCTCTGTCTTCTTCTTCTTT
CC

QA 1 746 1 746
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GTACTTCAAGAGTCTCAGAGTGCGATGATCCAGACGGACTACATGAGGCTGGAAAAGAGT
CATTGGAAAAGAATGGTGAATCTCCCTTCCTTTGATTCCATCAGGGACAATGTTTTTGCT
GATAGATATGTTCAAGTAACTATACATCAACGCCAAGAACTTAGCAATGACGAGTGCTTC
GTAGCATTCTTTGATGGATTCAAGAAACAAGAAGAAGGTTTCACTTCCTTTGACATCTAA
CAAACCAACAAAGGAAACAACGGCGTAGATAGGAGCCATGAGAACAATGACGAGTATAGC
CTTCTGTTCCTTGGGGTTCTTCCAGTGAAAGAGATGCTGAGACACGAGCTGAATCGTCAG
ATGAAGTGTGATCAATACGGAAAACGCCGAGCAGTAAAAAGTGATCTGCGGAGGCTTCAT
CTTCGTTAGGTCCATCATTGCGGAGAAGAAGAGGGATGAGAGTGTGGGAGACGCGAGTAG
AATCAGATCTCTCTGTCTTCTTCTTCTTTAGATCATGAAGAATTGAAGACCGCCACCACT
GATGGGAGTTGCAAGTGGGTCCCACTGATGATGTATTATATTGTCC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 3 13

CO CL134Contig1 1202 9 21 U
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TTTGCGTTGTTTTCTTTTGATGTTGGTGTTGCTCATCCAGGTTTTGGGTTCGGATGGGGA
AGTAAAGGCCCCAGTATTGGAAGAACTTTCTCCTCGGGTCTCTTCCCACAATTCTACCAA
TTCTCTTGCCCACAAGCTGATGAAATTGTCATGACAGTGCTCGAAAAAGCCATAGCTAGA
AACCCAAGAATGGCAGCATCTTTACTCAGGCTTCACTTCCACGACTGCTTCGTCCAGGGC
TGTGATGCATCAATCTTGTTGGATGATAGTGCTACCATAAGAAGTGAAAAGAATGCAGGA
CCAAACAAGAACTCTATTAAGGGGTTTGAAGTAATAGACGAGATCAAAGCCAAACTAGAG
CAAGTTTGTCCTCAAATAGTCTCTTGCGCTGACATTCTAGCTCTTGCCGCTCGTGGCTCA
ACTATCCTGAGTGGTGGTCCATCATGGGAGCTTCCACTAGGGAGGAGAGACTCGACGACT
GCGAGCCTCAATGGAGCAAACACGAACATTCCTGCACCTAACTCGACTATTCAGAATCTT
TTAACCATGTTCCAACGCAAAGGTTTGAACCAAGAAGACCTTGTTTCCCTCTCAGGAGGT
CATACAATTGGAGTAGCTAGGTGTACAACGTTCAAGCAAAGACTCTACAATCAAAACGGT
AATAACCAACCAGACGAGACGCTAGAGAGGTCTTACTACTATGGTCTGAGATCGATCTGT
CCACCTACTGGAGGCGATAACAATATTTCCCCACTAGACTTGGCCTCTCCTGCAAGATTC
GACAACACATACTTCAAGCTTATCCTCTGGGGAAAAGGCCTATTGACATCAGACCAAGTG
CTTCTCACTGGAAATGTAGGCAATATTGTTGAATTGGTGAAAGCTTATGCAGAAGACGAG
AGCCTTTTTTT*CGAACAATTCGCGAAGTCCATGGTAAACATGGGGAACATTCAGCCTCT
TACTGGAATCAATGGTGAGATCAGGAAAAACTGTCACGTGATTAACTAAAAGAACTTCAG
TTTTTGCATTGTAATATTTTATTATGGGAGATGAGGAATAAGTCGTATTATCTTTAATAT
ATAATGTAATTGAATGGATATGGACTGTTCTTTGAAGAGGTGAAGTGGTAGATGATGTGA
CG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 30 30 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3AS46TF U 1
AF RR3CF95TF U 1
AF RR3CF95JQ C 45
AF RR3DC49TF U 1
AF RR3B663TF U 1
AF RR3E340TF U 210
AF RR3AS46JQ C 273
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AF RR3E340JQ C 387
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BS 654 743 RR3B663TF
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RD RR3AS46TF 653 0 0
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TTAACCATGTTCCAACGCAAAGGTTTGAACCAAGAAGACCTTGTTTCCCTCTC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3CF95TF 624 0 0
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CCAAACAAGAACTCTATTAAGGGGTTTGAAGTAATAGACGAGATCAAAGCCAAACTAGAG
CAAGTTTGTCCTCAAATAGTCTCTTGCGCTGACATTCTAGTTCTTGCCGCTCGTGGCTCA
ACTACCCTGAGTGGTGGTCCATCATGGGAGCTTCCGCTAGGGAGGAGAGACTCGACGACT
GCGAGCCTCAATGGAGCAAACACGAACATTCCTGCACCTAACTCGACTATTCAGAATCTT
TTAACCATGTTCCAACGCAAAGGT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3CF95JQ 653 0 0
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CCCACAATTCTACCAATTCTCTTGCCCACAAGCTGATGAAATTGTCATGACAGTGCTCGA
AAAAGCCATAGCTAGAAACCCAAGAATGGCAGCATCTTTACTCAGGCTTCACTTCCACGA
CTGCTTCGTCCAGGGCTGTGATGCATCAATCTTGTTGGATGATAGTGCTACCATAAGAAG
TGAAAAGAATGCAGGACCAAACAAGAACTCTATTAAGGGGTTTGAAGTAATAGACGAGAT
CAAAGCCAAACTAGAGCAAGTTTGTCCTCAAATAGTCTCTTGCGCTGACATTCTAGTTCT
TGCCGCTCGTGGCTCAACTACCCTGAGTGGTGGTCCATCATGGGAGCTTCCGCTAGGGAG
GAGAGACTCGACGACTGCGAGCCTCAATGGAGCAAACACGAACATTCCTGCACCTAACTC
GACTATTCAGAATCTTTTAACCATGTTCCAACGCAAAGGTTTGAACCAAGAAGACCTTGT
CTCCCTCTCAGGAGGTCATACAATTGGAGTAGCTAGGTGTACAACGTTCAAGC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3DC49TF 715 0 0
GGACAGAACTCTCAAGTCACAAAAATGGCTATGTCTAAGCTTATTCCTTGTCTTGTGGTC
TTTGCGTTGTTTTCTTTTGATGTTGGTGTTGCTCATCCAGGTTTTGGGTTCGGATGGGGA
AGTAAAGGCCCCAGTATTGGAAGAACTTTCTCCTCGGGTCTTTTCCCACAATTCTACCAA
TTCTCTTGCCCACAAGCTGATGAAATTGTCATGACAGTGCTCGAAAAAGCCATAGCTAGA
AACCCAAGAATGGCAGCATCTTTACTCAGGCTTCACTTCCACGACTGCTTCGTCCAGGGC
TGTGATGCATCAATCTTGTTGGATGATAGTGCTACCATAAGAAGTGAAAAGAATGCAGGA
CCAAACAAGAACTCTATTAAGGGGTTTGAAGTAATAGACGAGATCAAAGCCAAACTAGAG
CAAGTTTGTCCTCAAATAGTCTCTTGCGCTGACATTCTAGCTCTTGCCGCTCGTGGCTCA
ACTATCCTGAGTGGTGGTCCACCATGGGAGCTTCCACTAGGGAGGAGAGACTCGACGACT
GCGAGCCTCAATGGAGCAAACACGAACATTCCTGCACCTAACTCGACTATTCAGAATCTT
TTAACCATGTTCCAACGCAAAGGTTTGAACCAAGAAGACCTTGTTTCCCTCTCAGA**GT
CATACAATTGGAGTAGCTAGGTGTACAACGTTCAAGCAAAGACTCTACAATCAAA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3B663TF 838 0 0
GGACAGAACTCTCAACTTACAAAAATGGCTGTGATTAAGCTTATTCCTTGTCTTGTGCTC
TTTGCGTTGTTTTCTTTTGATGTTGGTGTTGCTCATCCAGGTTTTGGGTTCGGATGGGGA
AGTAAAGGCCCCAGTATTGGAAGAACTTTCTCCTCGGGTCTCTTCCCACAATTCTACCAA
TTCTCTTGCCCACAAGCTGATGAAATTGTCATGACAGTGCTCGAAAAAGCCATAGCTAGA
AACCCAAGAATGGCAGCATCTTTACTCAGGCTTCACTTCCACGACTGCTTCGTCCAGGGC
TGTGATGCATCAATCTTGTTGGATGATAGTGCTACCATAAGAAGTGAAAAGAATGCAGGA
CCAAACAAGAACTCTATTAAGGGGTTTGAAGTAATAGACGAGATCAAAGCCAAACTAGAG
CAAGTTTGTCCTCAAATAGTCTCTTGCGCTGACATTCTAGCTCTTGCCGCTCGTGGCTCA
ACTATCCTGAGTGGTGGTCCATCATGGGAGCTTCCGCTAGGGAGGAGAGACTCGACGACT
GCGAGCCTCAATGGAGCAAACACGAACATTCCTGCACCTAACTCGACTATTCAGAATCTT
TTAACCATGTTCCAACGCAAAGGTTTGAACCAAGAAGACCTTGTTTCCCTCTCAGGAGGT
CATACAATTGGAGTAGCTAGGTGTACAACGTTCAAGCAAAGACTCTACAATCAAAACGGT
AATAACCAACCAGACGAGACGCTGGAGAGGTCTTACTACTATGGTCTGAGATCGATCTGT
CCACCTACTGGAGGCGATAACAATATTTCCCCACTAGACTTAGCCTCTCCTGCCAGAT

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR3E340TF 706 0 0
G
ATGACAGTGCTCGAAAAAGCCATAGCTAGAAACCCAAGAATGGCAGCATCTTTACTCAGG
CTTCACTTCCACGACTGCTTCGTCCAGGGCTGTGATGCATCAATCTTGTTGGATGATAGT
GCTACCATAAGAAGTGAAAAGAATGCAGGACCAAACAAGAACTCTATTAAGGGGTTTGAA
GTAATAGACGAGATCAAAGCCAAACTAGAGCAAGTTTGTCCTCAAATAGTCTCTTGCGCT
GACATTCTAGCTCTTGCCGCTCGTGGCTCAACTATCCTGAGTGGTGGTCCATCATGGGAG
CTTCCACTAGGGAGGAGAGACTCGACGACTGCGAGCCTCAATGGAGCAAACACGAACATT
CCTGCACCTAACTCGACTATTCAGAATCTTTTAACCATGTTCCAACGCAAAGGTTTGAAC
CAAGAAGACCTTGTTTCCCTCTCAGGAGGTCATACAATTGGAGTAGCTAGGTGTACAACG
TTCAAGCAAAGACTCTACAATCAAAACGGTAATAACCAACCAGACGAGACGCTAGAGAGG
TCTTACTACTATGGTCTGAGATCAATCTGTCCACCTACTGGAGGCGATAACAATATTTCC
CCACTAGACTTGGCCTCTCCTGCAAGATTCGACAACACATACTTCAAGCTTATCCTCTGG
GGAAAAG*CCTATTGACATCAGACCAAGTGCTTCTCACTGGAAAT

QA 2 706 2 706
DS 

RD RR3AS46JQ 902 0 0
TCACTTCCACGACTGCTTCGTCCAGGGCTGTGATGCATCAATCTTGTTGGATGATAGTGC
TACCATAAGAAGTGAAAAGAATGCAGGACCAAACAAGAACTCTATTAAGGGGTTTGAAGT
AATAGACGAGATCAAAGCCAAACTAGAGCAAGTTTGTCCTCAAATAGTCTCTTGCGCTGA
CATTCTAGCTCTTGCCGCTCGTGGCTCAACTATCCTGAGTGGTGGTCCATCATGGGAGCT
TCCACTAGGGAGGAGAGACTCGACGACTGCGAGCCTCAATGGAGCAAACACGAACATTCC
TGCACCTAACTCGACTATTCAGAATCTTTTAACCATGTTCCAACGCAAAGGTTTGAACCA
AGAAGACCTTGTTTCCCTCTCAGGAGGTCATACAATTGGAGTAGCTAGGTGTACAACGTT
CAAGCAAAGACTCTACAATCAAAACGGTAATAACCAACCAGACGAGACGCTAGAGAGGTC
TTACTACTATGGTCTGAGATCGATCTGTCCACCTACTGGAGGCGATAACAATATTTCCCC
ACTAGACTTGGCCTCTCCTGCAAGATACGACAACACATACTTCAAGCTTATCCTCTGGGG
AAAAGGCCTATTGACATCAGACCAAGTGCTTCTCACTGGAAATGTAGGCAATATTGTTGA
ATTGGTGAAAGCTTATGCAGAAGACGAGAGCCTTTTTTT*CGAACAATTCGCGAAGTCCA
TGGTAAACATGGGGAACATTCAGCCTCTTACTGGAATCAATGGTGAGATCAGGAAAAACT
GTCACGTGATTAACTAAAAGAACTTCAGTTTTTGCATTGTAATATTTTATTATGGGAGAT
GAGGAATAAGTCGTATTATCTTTAATATATAATGTAATTGAATGGATATGGACTGTTCTT
CG

QA 1 900 1 900
DS 

RD RR3DC49JQ 606 0 0
CCTCAATGGAGCAAACACGAACATTCCTGCACCTAACTCGACTATTCAGAATCTTTTAAC
CATGTTCCAACGCAAAGGTTTGAACCAAGAAGACCTTGTTTCCCTCTCAGGAGGTCATAC
AATTGGAGTAGCTAGGTGTACAACGTTCAAGCAAAGACTCTACAATCAAAACGGTAATAA
CCAACCAGACGAGACGCTAGAGAGGTCTTACTACTATGGTCTGAGATCGATCTGTCCACC
TACTGGAGGCGATAACAATATTTCCCCACTAGACTTGGCCTCTCCTGCAAGATTCGACAA
CACATACTTCAAGCTTATCCTCTGGGGAAAAGGCCTATTGACATCAGACCAAGTGCTTCT
CACTGGAAATGTAGGCAATATTGTTGAATTGGTGAAAGCTTATGCAGAAGACGAGAGCCT
TTTTTT*CGAACAATTCGCGAAGTCCATGGTAAACATGGGGAACATTCAGCCTCTTACTG
GAATCAATGGTGAGATCAGGAAAAACTGTCACGTGATTAACTAACAGAACTTCAGTTTCT
GCATTGTAATATTTTATTATGGGAGATGAGGAATAAGTCGTATTATCTTTAATATATAAT
GTAATT

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3E340JQ 816 0 0
TGAAGTAATAGACGAGATCAAAGCCAAACTAGAGCAAGTTT*TCCTCAAATAGTCTCTTG
CGCTGACATTCTAGCTCTTGCCGCTCGTGGCTCAACTATCCTGAGTGGTGGTCCATCATG
GGAGCTTCCACTAGGGAGGAGAGACTCGACGACTGCGAGCCTCAATGGAGCAAACACGAA
CATTCCTGCACCTAACTCGACTATTCAGAATCTTTTAACCATGTTCCAACGCAAAGGTTT
GAACCAAGAAGACCTTGTTTCCCTCTCAGGAGGTCATACAATTGGAGTAGCTAGGTGTAC
AACGTTCAAGCAAAGACTCTACAATCAAAACGGTAATAACCAACCAGACGAGACGCTAGA
GAGGTCTTACTACTATGGTCTGAGATCAATCTGTCCACCTACTGGAGGCGATAACAATAT
TTCCCCACTAGACTTGGCCTCTCCTGCAAGATTCGACAACACATACTTCAAGCTTATCCT
CTGGGGAAAAGGCCTATTGACATCAGACCAAGTGCTTCTCACTGGAAATGTAGGCAATAT
TGTTGAATTGGTGAAAGCTTATGCAGAAGACGATAGCCTTTTTTTTCGAACAATTCGCGA
AGTCCATGGTAAACATGGGGAACATTCAGCCTCTTACTGGAATCAATGGTGAGATCAGGA
AAAACTGTCACGTGATTAACTAAAAGAACTTCAGTTTTTGCATTGTAATATTTTATTATG
GGAGATGAGGAATAAGTCGTATTATCTTTAATATATAATGTAATTGAATGGATATGGACT
GTTCTTTGAAGAGGTGAAGTGGTAGATGATGTGACG

QA 1 816 1 816
DS 



CO CL134Contig2 1142 2 2 U
AGGGACAGAACTCTCAACTTACAAAATGGCTGTGATTAAGCTTATTCCTTGTCTTGTGCT
CTTTGCGTTGTTTTTTTTGATGTTGGTGTTGGTCATCCAGGTTTTGGGTTCGGATGGGGA
AGTAAAGGCCCCAGTATTGGAAGAACTTTCTCCTCGGGTCTCTTCCCACAATTCTACCAA
TTCTCTTGCCCACAAGCTGATGAAATTGTCATGACAGTGCTCGAAAAAGCCATAGCTAGA
AACCCAAGAATGGCAGCATCTTTACTCAGGCTTCACTTCCACGACTGCTTCGTCCAGGGC
TGTGATGCATCAATCTTGTTGGATGATAGTGCTACCATAAGAAGTGAAAAGAATGCAGGA
CCAAACAAGAACTCTATTAAGGGGTTTGAAGTAATAGACGAGTAATAGTCTCTTGCGCTG
ACATTCTAGCTCTTGCCGCTCGTGGCTCAACTATCCTGAGTGGTGGTCCATCATGGGAGC
TTCCGCTAGGGAGGAGAGACTCGACGACTGCGAGCCTCAATGGAGCAAACACGAACATTC
CTGCACCTAACTCGACTATTCAGAATCTTTTAACCATGTTCCAACGCAAAGGTTTGAACC
AAGAAGACCTTGTTTCCCTCTCAGGAGGTCATACAATTGGAGTAGCTAGGTGTACAACGT
TCAAGCAAAGACTCTACAATCAAAACGGTAATAACCAACCAGACGAGACGCTGGAGAGGT
CTTACTACTATGGTCTGAGATCGATCTGTCCACCTACTGGAGGCGATAACAATATTTCCC
CACTAGACTTAGCCTCTCCTGCCAGATTCGACAACACATACTTCGAGCTCATCCTCTGGG
GAAAAGGCTTATTGACATCAGACCAATTGCTTCTCACTGGAAATGTAGGCAATACTGTTG
AATTGGTGAAAGCTTATGCAGAAGACGAGAGCCTTTTTTTCGAACAATTCGCGAAGTCCA
TGGTAAACATGGGGAACATTCAGCCTCTTACTGGAATCAATGGTGAGATCAGGAAAAACT
GTCACGTGATTAACTAAAAGAACTTCAGTTTCTGCATTGTAATATTTTATTATGGGAGAT
GAGGAATAACTCGTTTTATGTTCAATATATAATGTAATTGAATGGATATGGACTGTTCTT
TG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3AY10TF U 1
AF RR3AY10JQ C 291
BS 1 854 RR3AY10TF
BS 855 1142 RR3AY10JQ

RD RR3AY10TF 854 0 0
AGGGACAGAACTCTCAACTTACAAAATGGCTGTGATTAAGCTTATTCCTTGTCTTGTGCT
CTTTGCGTTGTTTTTTTTGATGTTGGTGTTGGTCATCCAGGTTTTGGGTTCGGATGGGGA
AGTAAAGGCCCCAGTATTGGAAGAACTTTCTCCTCGGGTCTCTTCCCACAATTCTACCAA
TTCTCTTGCCCACAAGCTGATGAAATTGTCATGACAGTGCTCGAAAAAGCCATAGCTAGA
AACCCAAGAATGGCAGCATCTTTACTCAGGCTTCACTTCCACGACTGCTTCGTCCAGGGC
TGTGATGCATCAATCTTGTTGGATGATAGTGCTACCATAAGAAGTGAAAAGAATGCAGGA
CCAAACAAGAACTCTATTAAGGGGTTTGAAGTAATAGACGAGTAATAGTCTCTTGCGCTG
ACATTCTAGCTCTTGCCGCTCGTGGCTCAACTATCCTGAGTGGTGGTCCATCATGGGAGC
TTCCGCTAGGGAGGAGAGACTCGACGACTGCGAGCCTCAATGGAGCAAACACGAACATTC
CTGCACCTAACTCGACTATTCAGAATCTTTTAACCATGTTCCAACGCAAAGGTTTGAACC
AAGAAGACCTTGTTTCCCTCTCAGGAGGTCATACAATTGGAGTAGCTAGGTGTACAACGT
TCAAGCAAAGACTCTACAATCAAAACGGTAATAACCAACCAGACGAGACGCTGGAGAGGT
CTTACTACTATGGTCTGAGATCGATCTGTCCACCTACTGGAGGCGATAACAATATTTCCC
CACTAGACTTAGCCTCTCCTGCCAGATTCGACAACACATACTTCGAGCTCATCCTCTGGG
GAAAAGGCTTATTG

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR3AY10JQ 852 0 0
CGTCCAGGGCTGTGATGCATCAATCTTGTTGGATGATAGTGCTACCATAAGAAGTGAAAA
GAATGCAGGACCAAACAAGAACTCTATTAAGGGGTTTGAAGTAATAGACGAGTAATAGTC
TCTTGCGCTGACATTCTAGCTCTTGCCGCTCGTGGCTCAACTATCCTGAGTGGTGGTCCA
TCATGGGAGCTTCCGCTAGGGAGGAGAGACTCGACGACTGCGAGCCTCAATGGAGCAAAC
ACGAACATTCCTGCACCTAACTCGACTATTCAGAATCTTTTAACCATGTTCCAACGCAAA
GGTTTGAACCAAGAAGACCTTGTTTCCCTCTCAGGAGGTCATACAATTGGAGTAGCTAGG
TGTACAACGTTCAAGCAAAGACTCTACAATCAAAACGGTAATAACCAACCAGACGAGACG
CTGGAGAGGTCTTACTACTATGGTCTGAGATCGATCTGTCCACCTACTGGAGGCGATAAC
AATATTTCCCCACTAGACTTAGCCTCTCCTGCCAGATTCGACAACACATACTTCGAGCTC
ATCCTCTGGGGAAAAGGCTTATTGACATCAGACCAATTGCTTCTCACTGGAAATGTAGGC
AATACTGTTGAATTGGTGAAAGCTTATGCAGAAGACGAGAGCCTTTTTTTCGAACAATTC
GCGAAGTCCATGGTAAACATGGGGAACATTCAGCCTCTTACTGGAATCAATGGTGAGATC
AGGAAAAACTGTCACGTGATTAACTAAAAGAACTTCAGTTTCTGCATTGTAATATTTTAT
TATGGGAGATGAGGAATAACTCGTTTTATGTTCAATATATAATGTAATTGAATGGATATG
GACTGTTCTTTG

QA 1 852 1 852
DS 



CO CL134Contig3 894 2 2 U
GCAATTCTCTTGCCCACAAGCTGATGAAATCGTCATGACAGTGCTCGAAAAAGCCATAGC
TAGAAACCCAAGAATGGCAGCATCTTTACTCAGGCTTCACTTCCACGACTGCTTCGTCCA
GGGCTGTGATGCATCAATCTTGTTGGATGATAGTGCTACCGTAAGAAGTGAAAAGAGTGC
AGGACCAAACAAGAACTCTATTAAGGGGTTTGAAGTAATAGACGAGATCAAAGCCAAACT
AGAGCAAGTTTGTCCTCAAATAGTCTCTTGCGCTGACATTCTAGCTCTTGCCGCTCGTGG
CTCAACTATTCTGAGTGGTGGTCCATCATGGGAGCTTCCGCTAGGGAGGAGAGACTCGAC
GACTGCGAGCCTCAATGGAGCAAACACGAACATTTCTGCACCTAACTCGACTATTCAGAA
TCTTTTAACCATGTTCCAACGCAAAGGTTTGAACCAAGAAGACCTTGTTTCCCTCTCAGG
AGGTCATACAATTGGAGTAGCTAGGTGTACAACGTTCAAGCAAAGACTCTACAATCAAAA
CGGTAATAACCAACCAGATTCGACAACACATACTTCAAGCTCATCCTCTGGGGAAAAGGC
TTATTGACATCAGACCAAGTGCTTCTCACTGGAAATGTAGGCAATACTGTTGAATTGGTG
AAAGCTTATGCAGAAGACGAGAGCCTTTTTTTCGAACAATTCGCGAAGTCCATGGTAAAC
ATGGGGAACATTCAGCCTCTTACTGGAATCAATGGTGAGATCAGGAAAAACTGTCACGTG
ATTAACTAAAAGAACTTCAGTTTCTGCATTGTAATATTTTATTATGGGAGATGAGGAATA
ACTCGTTTTATGTTCAATATATAATGTAATTGAATGGATATGGACTGTTCTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F211TF U 1
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C

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DS 

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GGGAAAAGGCTTATTGACATCAGACCAAGTGCTTCTCACTGGAAATGTAGGCAATACTGT
TGAATTGGTGAAAGCTTATGCAGAAGACGAGAGCCTTTTTTTCGAACAATTCGCGAAGTC
CATGGTAAACATGGGGAACATTCAGCCTCTTACTGGAATCAATGGTGAGATCAGGAAAAA
CTGTCACGTGATTAACTAAAAGAACTTCAGTTTCTGCATTGTAATATTTTATTATGGGAG
ATGAGGAATAACTCGTTTTATGTTCAATATATAATGTAATTGAATGGATATGGACTGTTC
TTCG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 13

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CAAGAGAATAGAGAACCAGACCAACCGACAAGTGACGTATTCCAAGAGAAGAAATGGTTT
GTTCAAGAAAGCTCACGAGCTTACGGTTTTGTGTGATGCTAGGGTTTCCATTATCATGTT
CTCTAGCTCTAACAAGCTTCATGAGTTTATAAGCCCTAACACCACAACAAAGGAGATCAT
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TCCGTATTTATCTCTATATTATCATAAGAGTTACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 65 65 65 65 65 65 65 65 70 75 75 
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75 75 75 75 75 75 75 35 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
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75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 
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35 35 35 35 35 35 35 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AAACCATAATCACCATT

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GGAAAACGCTTTCAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTTGGGAATCAGATCGA
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GGAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGCGACTACGACTC
GGTTCTTGGATATCAAATCGAA*GATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAA*CCA
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C*ACCTTCTTGA
TGATAAGGTT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3EP85TF 722 0 0
GG
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AGCTTACGGTTTTGTGTGATGCTAGGGTTTCCATTATCATGTTCCCTAGCTCTAACAAGC
TTCATGAGTTTATAAGCCCTAACACCACAACAAAGGAGATCATAGATCTGTACCAAACGG
TTTCAGATGTTGATGTTTGGAGCGCTCACTATGAGAGAATGCAAGAAACCAAGAGGAAGC
TGTTGGAAACTAATA**AAGCTCCGGACTCAGATTAAGCAGAGGCTAGGTGAGTGTTTGG
ATGAACTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAGAAATGGAAAACACTTTCAAAC
TCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTTGGGAATCAGATCGAAACCGCCAAGAAAAAGA
ACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCTTACATGAGCTGGAGCTAAGAGCGGAAG
ATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGCGACTACGACTCGGTTCTTGGATATCAAA
TCGAAGGATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAAACCATAATCACAATTACCCCA
ACCATGCTCTCCATGCACCATCAGCCTCTGACATCATTACCTTCCACCTTCTTGAATGA
T

QA 3 721 3 721
DS 

RD RR3D769TF 714 0 0
GG
AGAATAGTGGCGAGAGGGAAGATCCAGATCAAGAGAATAGAGAACCAGACCAACCGACAA
GTGACGTATTCCAAGAGAAGAAATGGTTTGTTCAAGAAAGCTCACGAGCTTACGGTTTTG
TGTGATGCTAGGGTTTCCATTATCATGTTCTCTAGCTCTAACAAGCTTCATGAGTTTATA
AGCCTTAACACCACAACAATGGAGATCATAGATCTGTACCAAACGGTTTCAGATGTTGAT
GTTTGGAGCGCTCACTATGAGAGAATGCAAGAAACCAAGAGGAAGCTGTTGGAAACTAAT
AGAAAGCTCCGGACTCAGATTAAGCAGAGGCTAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATT
CAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAGAAATGGAAAACACTTTCAAACTCGTTCGTGAGCGC
AAGTTCAAATCCCTTGGGAATCAGATCGAAACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAA
GACATACAAAAGAATCTCATACATGAGCTGGAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGC
CTAGTAGACAATGGAGGCGACTACGACTCGGTTCTTGGATATCAAATCGAAGGATCACGT
GCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAAACCATAATCACCATTACCCCAACCATGCTCTCCAT
GCACCATCAGCCTCTGACATCATTACCTTCCACCTTCTTGAATGA
TAAGGGC

QA 3 707 3 707
DS 

RD RR3EF79TF 794 0 0
GGAACAAAAGATAAACAGAAACTAAAAAGAAAGAATAATGGCGAGAGGGAAGATCCAGAT
CAAGAGAATAGAGAACCAGACCAACCGACAAGTGACGTATTCCAAGAGAAGAAATGGTTT
GTTCAAGAAAGCTCACGAGCTTACGGTTTTGTGTGATGCTAGGGTTTCCGTTATCATGTT
CTCTAGCTCTAACAAGCTTCATGAGTTTATAAGCCCTAACACCACAACAAAGGAGATCAT
AGATCTGTACCAAACGGTTTCAGATGTTGATGTTTGGAGCGCTCACTATGAGAGAATGCA
AGAAACCAAGAGGAAGCTGTTGGAAACTAATAGAAAGCTCCGGACTCAGATTAAGCAGAG
GCTAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAGGAAAT
GGAAAACACTTTCAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTTGGGAATCAGATCGA
AACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCATACATGAGCT
GGAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGCGACTACGACTC
GGTTCTTGGATATCAAATCGAAAGATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAAACCA
TAATCACCATTACCCCAACCATGCTCTCCATGCACCATCAGCCTCTGACATCATTACCTT
CCACCTTCTTGA*TGA*TAAGGC*TAAAAG*TTGCTGCTATTTATCAT*ATCTATCTACT
TA
TACTACTGAAAG

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3CS71TF 741 0 0
AGATCAAGAGAATAGAGAACCAGACCAACCGACAAGTGACGTATTCCAAGAGAAGAAATG
GTTTGTTCAAGAAAGCTCACGAGCTTACGGTTTTGTGTGATGCTAGGGTTTCCATTATCA
TGTTCTCTAGCTCTAACAAGCTTCATGAGTTTATAAGCCCTAACACCACAACAAAGGAGA
TCATAGATCTGTACCAAACGGTTTCAGATGTTGATGTTTGGAGCGCTCACTATGAGAGAA
TGCAAGAAACCAAGAGGAAGCTGTTGGAAACTAATAGAAAGCTCCGGACTTAGATTAAGC
AGAGGCTAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAG
AAATGGAAAACGCTTTCAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTTGGGAATCAGA
TCGAAACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCATACATG
GGCTGGAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGCGACTACG
ACTCGGTTCTTGGATATCAAATCGAAGGATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAA
ACCATAATCACCATTACCCCAACCATGCTCTCCATGCACCATCAGCCTCTGACATCATTA
CCTTCCACCTTCTTGAATGAATAAGGG*TAAAAG*TTGCTGCTATTTATCAT*ATCTATC
TACTTA
TACTACTTGAAAGCA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3DA01TF 614 0 0
GTT
TAACAAGCTTCATGAGTTTATAAGCCCTAACACCACAACAAAGGAGATCATAGATCTGTA
CCAAACGGTTTCAGATGTTGATGTTTGGAGCGCTCACTATGAGAGAATGCAAGAAACCAA
GAGGAAGCTGTTGGAAACTAATAGAAAGCTCCGGACTCAGATTAAGCAGAGGCTAGGTGA
GTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAGAAATGGAAAACAC
TTTCAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTTGGGAATCAGATCGAAACCACCAA
GAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCATACATGAGCTGGAGCTAAG
AGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGCGACTACGACTCGGTTCTTGG
ATATCAAATCGAAGGATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAAACCATAATCACCA
TTACCCCAACCATGCTCTCCATGCACCATCAGCCTCTGACATCATTACCTTCCACCTTCT
TGAATGAATAAGGGCTAAAAGGTTGCTGCTATTTATCATTATCTATCTACTTAATAACTA
CTTGGAAAGCA

QA 4 614 4 614
DS 

RD RR3EF79JQ 736 0 0
CACAACAAAGGAGATCATAGATCTGTACCAAACGGTTTCAGATGTTGATGTTTGGAGCGC
TCACTATGAGAGAATGCAAGAAACCAAGAGGAAGCTGTTGGAAACTAATAGAAAGCTCCG
GACTCAGATTAAGCAGAGGCTAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGCTGCG
TAGTCTTGAGGAGGAAATGGAAAACACTTTCAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATC
CCTTGGGAATCAGATCGAAACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAA
GAATCTCATACATGAGCTGGAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAA
TGGAGGCGACTACGACTCGGTTCTTGGATATCAAATCGAAGGATCACGTGCTTATGCTTT
TCGTTACCATCAAAACCATAATCACCATTACCCCAACCATGCTCTCCATGCACCATCAGC
CTCTGACATCATTACCTTCCACCTTCTTGAATGAATAAGGGCTAAAAGGTTGCTGCTATT
TATCATTATCTATCTACTTAATAACTACTTGAAAAGCATAAGGCTTGTTCTATTACAACC
TTAAACTATCATGTTTCTTAATTATGTTTTCTTACAATCTTAAGTATGGATTGTGTGATC
AGTAGCTTGCTGTTTGTGGTTGGAATGTTTTCAAGACTATGTATGATATTATATTGTCGA
CTTCCTACTTAACCTT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3D769JQ 751 0 0
AACACCACAACAATGGAGATCATAGATCTGTACCAAACGGTTTCAGATGTTGATGTTTGG
AGCGCTCACTATGAGAGAATGCAAGAAACCAAGAGGAAGCTGTTGGAAACTAATAGAAAG
CTCCGGACTCAGATTAAGCAGAGGCTAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAG
CTGCGTAGTCTTGAGGAAGAAATGGAAAACACTTTCAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTC
AAATCCCTTGGGAATCAGATCGAAACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATA
CAAAAGAATCTCATACATGAGCTGGAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTA
GACAATGGAGGCGACTACGACTCGGTTCTTGGATATCAAATCGAAGGATCACGTGCTTAT
GCTCTTCGTTACCATCAAAACCATAATCACCATTACCCCAACCATGCTCTCCATGCACCA
TCAGCCTCTGACATCATTACCTTCCACCTTCTTGAATGAATAAGGGCTAAAAGGTTGCTG
CTATTTATCATTATCTATCTACTTAATAACTACTTGAAAAGCATAAGGCTTGTTCTATTA
CAACCTTAAACTATCATGTTTCTTAATTATGTTTTCTTACAATCTTAAGTATGGATTGTG
TGATCAGTAGCTTGCTGTTTGTGGTTGGAATGTTTTCAAGACTATGTATGATATTATATT
GTCGACTTCCTACTTAACCTTACTCCGTATT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3C119JQ 679 0 0
G
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ATTAAGCAGAGGCTAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGTTGCGTAGTCTT
GAGGAAGAAATGGAAAACACTTTCAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTTGGG
AATCAGATCGAAACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTT
ATACATGAGCTGGAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGC
GACTACGACTCGGTTCTTGGATATCAAATCGAAGGATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTAC
CATCAAAACCATAATCACCATTACCCCAACCATGCTCTCCATGCACCATCAGCCTCTGAC
ATCATTACCTTCCACCTTCTTGAATGAATAAGGGCTAAAAGGTTGCTGCTATTTATCATT
ATCTATCTACTTAATAACTACTTGAAAAGCATAAGGCTTGTTCTATTACAACCTTAAACT
ATCATGTTTCTTAATTATGTTTTCTTACAATCTTAAGTATGGATTGTGTGATCAGTAGCT
TGCTGTTTGTGGTTGGAATGTTTTCAAGACTATGTATGATATTATATTGTCGACTTCCTA
CTTAACCTTACTCCGTAT

QA 2 679 2 679
DS 

RD RR3C119TF 687 0 0
G
GAGAGAATGCAAGAAACCAAGAGGAAGCTGTTGGAAACTAATAGAAAGCTCCGGACTCAG
ATTAAGCAGAGGCTAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGTTGCGTAGTCTT
GAGGAAGAAATGGAAAACACTTTCAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTTGGG
AATCAGATCGAAACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTT
ATACATGAGCTGGAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGC
GACTACGACTCGGTTCTTGGATATCAAATCGAAGGATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTAC
CATCAAAACCATAATCACCATTACCCCAACCATGCTCTCCATGCACCATCAGCCTCTGAC
ATCATTACCTTCCACCTTCTTGAATGAATAAGGGCTAAAAGGTTGCTGCTATTTATCATT
ATCTATCTACTTAATAACTACTTGAAAAGCATAAGGCTTGTTCTATTACAACCTTAAACT
ATCATGTTTCTTAATTATGTTTTCTTACAATCTTAAGTATGGATTGTGTGATCAGTAGCT
TGCTGTTTGTGGTTGGAATGTTTTCAAGACTATGTATGATATTATATTGTCGACTTCCTA
CTTAACCTTACTCCGTATT
TATCTCT

QA 2 680 2 680
DS 

RD RR3C479JQ 698 0 0
GCAAGAAACCAAGAGGAAGCTGTTGGAAACTAATAGAAAGCTCCGGACTCAGATTAAGCA
GAGGCTAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAGA
AATGGAAAACACTTTCAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTTGGGAATCAGAT
CGAAACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATCTCATACATGA
GCTGGAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGCGACTACGA
CTCGGTTCTTGGATATCAAATCGAAGGATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAAA
CCATAATCACCATTACCCCAACCATGCTCTCCATGCACCATCAGCCTCTGACATCATTAC
CTTCCACCTTCTTGAATGAATAAGGGTTAAAAGGTTGCTGCTATTTATCATTATCTATCT
ACTTAATAACTACTTGAAAAGCATAAGACTTGTTCTATTACAACCTTAAACTATCATGTT
TCTTAATTATGTTTTCTTACAATCTTAAGTATGGATTGTGTGATCAGTAGCTTGCTGTTT
GTGGTTGGAATGTTTTCAAGACTATGTATGATATTATATTGTCGACTTCCTACTTAACCT
TACTCCGTATTTATCTCTATATTATCATAAGAGTTACC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3DA01JQ 685 0 0
CAAGAAACCAAGAGGAAGCTGTTGGAAACTAATAGAAAGCTCCGGACTCAGATTAAGCAG
AGGCTAGGTGAGTGTTTGGATGAACTTGATATTCAGGAGCTGCGTAGTCTTGAGGAAGAA
ATGGAAAACACTTTCAAACTCGTTCGTGAGCGCAAGTTCAAATCCCTTGGGAATCAGATC
GAAACCACCAAGAAAAAGAACAAAAGTCAACAAGACATACAAAAGAATTTCATACATGAG
CTGGAGCTAAGAGCGGAAGATCCTCACTATGGCCTAGTAGACAATGGAGGCGACTACGAC
TCGGTTCTTGGATATCAAATCGAAGGATCACGTGCTTATGCTCTTCGTTACCATCAAAAC
CATAATCACCATTACCCCAACCATGCTCTCCATGCACCATCAGCCTCTGACATCATTACC
TTCCACCTTCTTGAATGAATAAGGGCTAAAAGGTTGCTGCTATTTATCATTATCTATCTA
CTTAATAACTACTTGGAAAGCATAAGGCTTGTTCTATTACAACCTTAAACTATCATGTTT
CTTAATTATGTTTTCTTACAATCTTAAGTATGGATTGTATGATCAGTAGCTTGCTGTTTG
TGGTTGGAATGTTTTCAAGACTATGTATGATATTATATTGTCGACTTCCTACTTAGCCTT
ACTCCGTATTTATCTCTATATTATC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 2 10

CO CL136Contig1 483 2 3 U
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CGTTAAAGGGACAAACTTGGTATCTGGAGATGACCATGGGAAGAAGACAATACTCGGAGC
TGAAGAGTTTGTGTTAGAAGATGGTGAATACCTCACGGTTTTGGAAGGCTACTACGATAA
GATCTTTGGAGTGCAGGAACCGGTGATTATCTCTCTTAAGTTCAAGACAAACAAAAGGGA
TTCAATTCCGTTTAGAATGAATTCCGGTGAGAAGTTCTCACTCGGGGAGAAAGGCCACAA
GATCGTCGGGTTCCATGGGCAAGCTAGTGATGTTCTTCACAGTGTTGGAGTTACTGTTGT
TCCCATCACCCCTACCAAGTGAAACATGCATCTATTGTATGAATAATACTGAATGAACTT
TTAATCAGATTGTCCTTTTAATGGTATTTACTTTGAATAATAAAGTCTATCGGTTCTTTC
CAA


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3A734TF U 1
AF RR3A734JQ C 1
BS 1 1 RR3A734JQ
BS 2 474 RR3A734TF
BS 475 483 RR3A734JQ

RD RR3A734TF 481 0 0
G
GTTAGGAAGATATACGTAGGACAAGGTAACGATGGTGTGTCCTTTGTTAAGTTTGAGTAC
GTTAAAGGGACAAACTTGGTATCTGGAGATGACCATGGGAAGAAGACAATACTCGGAGCT
GAAGAGTTTGTGTTAGAAGATGGTGAATACCTCACGGTTTTGGAAGGCTACTACGATAAG
ATCTTTGGAGTGCAGGAACCGGTGATTATCTCTCTTAAGTTCAAGACAAACAAAAGGGAT
TCAATTCCGTTTAGAATGAATTCCGGTGAGAAGTTCTCACTCGGGGAGAAAGGCCACAAG
ATCGTCGGGTTCCATGGGCAAGCTAGTGATGTTCTTCACAGTGTTGGAGTTACTGTTGTT
CCCATCACCCCTACCAAGTGAAACATGCATCTATTGTATGAATAATACTGAATGAACTTT
TAATCAGATTGTCCTTTTAATGGTATTTACTTTGAATAATAAAGTCTATCGGT
TCTTTCC

QA 2 474 2 474
DS 

RD RR3A734JQ 483 0 0
GGTTAGGAAGATATACGTAGGACAAGGTAACGATGGTGTGTCCTTTGTTAAGTTTGAGTA
CGTTAAAGGGACAAACTTGGTATCTGGAGATGACCATGGGAAGAAGACAATACTCGGAGC
TGAAGAGTTTGTGTTAGAAGATGGTGAATACCTCACGGTTTTGGAAGGCTACTACGATAA
GATCTTTGGAGTGCAGGAACCGGTGATTATCTCTCTTAAGTTCAAGACAAACAAAAGGGA
TTCAATTCCGTTTAGAATGAATTCCGGTGAGAAGTTCTCACTCGGGGAGAAAGGCCACAA
GATCGTCGGGTTCCATGGGCAAGCTAGTGATGTTCTTCACAGTGTTGGAGTTACTGTTGT
TCCCATCACCCCTACCAAGTGAAACATGCATCTATTGTATGAATAATACTGAATGAACTT
TTAATCAGATTGTCCTTTTAATGGTATTTACTTTGAATAATAAAGTCTATCGGTTCTTTC
CAA

QA 1 483 1 483
DS 



CO CL136Contig2 1431 8 23 U
GAACCGATAGACTTTATTATTCAAAGTAAATACCATTAAAAATACAATGAAAGAAGCAAA
GTAAAGACAACTAAAAGGACAATCTGATTAAAAGTTCATTCAGTATTATTCATACAATAG
ATGCATGTTTCACTTGGTAGGGGTGATGGGAACAACAGTAACTCCAACACTGTGAAGAAC
ATCACTAGCTTGCCCATGGAACCCGACGATCTTGTGGCCTTTCTCCCCGAGTGAGAACTT
CTCACCGGAATTCATTCCAAACGGAATTGAATCCCTTTTGTTTGTCTTGAACTTAAGAGA
GATAATCACCGGTTCCTGCACTCCAAAGATCTTATCGTAGTAGCCTTCCAAAACCGTGAG
GTATTCACCATCTTCTAACACAAACTCTTCAGCTCCGAGTATTGTCTTCTTCCCATGGTC
ATCTCCAGATACCAAGTTTGTCCCTTTAACGTACTCAAACTTAACAAAGGACACACCATC
ATTACCTTGTCCTACGTATATCTTCCTAACACCATCGTAGACACCATCATCCCATGCAAC
TCCTCCCTTTCCACCTACCGCTGGTAGTTTTGTGGCTGGAATCACAGGAACAGGAGTAGG
AATAGGTGCAAAATAGGCTCCAACTGCATCAATAGCGTCGCCTTCTCTTCCATGGAATCC
CACAAGTCTTCGATCCTTTTGTTTCAGGACAAACATTTTACCCGTCTTATACCCAAAGAA
ACTTGTTCTCCCCGCTGATGTTTCGAGCTTAAGCGACGTAAGGACCGTGTTGCGAAAGAA
GCTTGTCTTATCATAAGTTGCTTCCACCGATTTGATGTATTCACCCGGGACAAGCACAAT
CTCAAATTGTTTTTCTCCTTTCTTCCCATGGCAACGCGTCTCCAATTTCCCACCTTTCAC
GTACTCACACTCTAAATAAGTGATACGGCTATTATCTTGACCAATCCGCATGGTTTTAAC
ACCATCGTAAAAACCATCATCCCAAACACGCCCCTCTGTACCACCTTGAGCTTCCAGCTT
GTAAACAGGGGTCGGTGTAGTCAGAGAGTCCAGTGCAAAGTAAACTCCAATAGCGTCCAG
AGCATTACCTGACCGTCCATGAAACCCTACGATCTTCTTACCTTGAGTTTCCTCAAAAAT
GAACTTTGTACCGAACAAGTTCGCACCAAAGGTTGGAGACGTTCTACCCTTCGACGTCTT
GAAGACTAGGAACGTGATTACCTCGGTGGCACACAGAGCCACTGACTTGTAGCTTCCCTC
CACCGCTTTGATGTGTTCATCAGGATAAAGTTCAAACTCTTTAGGTTGTTGATGTATTGT
CCCATATTCACGTGTTATTACTGCACCGTCTACCTTCACGTACTCGAATTTGATGTAACT
GATACGTGAGAGATCTTGCCCAACGTACACTTTTCTCACGCCTTCGAATAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 0 0 0 0 35 35 0 35 0 35 0 0 35 0 0 0 0 0 35 35 0 0 
35 35 0 35 35 0 0 0 0 35 0 0 0 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TCCTCCCTTTCCACCTACCGCTGGTAGTTTTGTGGC

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ATCACTAGCTTGCCCATGGAACCCGACGATCTTGTGGCCTTTCTCCCCGAGTGAGAACTT
CTCACCGGAATTCATTCCAAACGGAATTGAATCCCTTTTGTTTGTCTTGAACTTAAGAGA
GATAATCACCGGTTCCTGCACTCCAAAGATCTTATCGTAGTAGCCTTCCAAAACCGTGAG
GTATTCACCATCTTCTAACACAAACTCTTCAGCTCCGAGTATTGTCTTCTTCCCATGGTC
ATCTCCAGATACCAAGTTTGTCCCTTTAACGTACTCAAACTTAACAAAGGACACACCATC
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TCCTCCCTTTCCACCTACCGCTGGTAGTTTTGTGGCTGGAATCACAGGAACAGGAGTAGG
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CACAAGTCTTCGATCCTTTTGTTTCTGGACAAACATTTTACCCGTCTTATACCCAAAGAA
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TTGTTTGTCTTGAACTTAAGAGAGATAATCACCGGTTCCTGCACTCCAAAGATCTTATCG
TAGTAGCCTTCCAAAACCGTGAGGTATTCACCATCTTCTAACACAAACTCTTCAGCTCCG
AGTATTGTCTTCTTCCCATGGTCATCTCCAGATACCAAGTTTGTCCCTTTAACGTACTCA
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TTACCCGTCTTATACCCAAAGAAACTTGTTCTCCCCGCTGATGTTTCGAGCTTAAGCGAC
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T
TTCA

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TTGTTTGTCTTGAACTTAAGAGAGATAATCACCGGTTCCTGCACTCCAAAGATCTTATCG
TAGTAGCCTTCCAAAACCGTGAGGTATTCACCATCTTCTAACACAAACTCTTCAGCTCCG
AGTATTGTCTTCTTCCCATGGTCATCTCCAGATACCAAGTTTGTCCCTTTAACGTACTCA
AACTTAACAAAGGACACACCATCATTACCTTGTCCTACGTATATCTTCCTAACACCATCG
TAGACACCATCATCCCATGCAACTCCTCCCCTTCCACCTACCGCTGGTAGTTTTGTGGCT
GGAATCACAGGAACAGGAGTAGGAATAGGTGCAAAATAGGCTCCAACTGCATCAATAGCG
TCGCCTTCTCTTCCATGGAATCCCACAAGTCTTCGATCCTTTTGTTTCAGGACAAACATT
TTACCCGTCTTAAACCCAAAGAAACTTGTTCTCCCCGCTGATGTTTCGAGCTTAAGCGAC
GTAAGGACCGTGTTGCGAAAGAAGCTTGTCTTATCATAAGTTGC

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ATGGGAACAACAGTAACTCCAACACTGTGAAGAACGTCACTAGCTTGCCCATGGAACCCG
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ATTGAATCCCTTTTGTTTGTCTTGAACTTAAGAGAGATAATCACCGGTTCCTGAACTCCA
AAGATCTTATCGTAGTAGCCTTCCAAAACCGTGAGGTATTCACCATCTTCTAACACAAAC
TCTTCAGCTCCGAGTATTGTCTTCTTCCCATGGTCGTCTCCAGATACCAAGTTTGTCCCT
TTAACGTACTCAAACTTAACAAAGGACACACCATCATTACCTTGTCCTACGTATATCTTC
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AGGACAAACATTTTACCCGTCTTATACCCAAAGAAACTTGTTCTCCCCGCTGATGTTTCG
AGCTTAAGCGACGTAAGGACCGTGTTGCGAAAGAAGCTTGTCTTATCATAAGTTGCTTCC
ACCGATTTGATGTATTCACCCGGGACAAGCACAATCTCAAATTGTTTTTCTCCTTTCTTC
CCATGGCAACGCGTCTCCAATTTCCCACCTTTCACGTACTCACACTCTAAATAAGTGA

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AGGACACACCATCATTACCTTGTCCTACGTATATCTTCCTAACACCATCGTAGACACCAT
CATCCCATGCAACTCCTCCCTTTCCACCTACCGCTGGTAGTTTTGTGGCTGGAATCACAG
GAACAGGAGTAGGAATAGGTGCAAAATAGGCTCCAACTGCATCAATAGCGTCGCCTTCTC
TTCCATGGAATCCCACAAGTCTTCGATCCTTTTGTTTCTGGACAAACATTTTACCCGTCT
TATACCCAAAGAAACTTGTTCTCCCCGCTGATGTTTCGAGCTTAAGCGACGTAAGGACCG
TGTTGCGAAAGAAGCTTGTCTTATCATAAGTTGCTTCCACCGATTTGATGTATTCACCCG
GGACAAGCACAATCTCAAATTGTTTTTCTCCTTTCTTCCCATGGCAACGCGTCTCCAATT
TCCCACCTTTCACGTACTCACACTCTAAATAAGTGATACGGCTATTATCTTGACCAATCC
GCATGGTTTTAACACCATCGTAAAAACCATCATCCCAAACACGCCCCTCTGTACCACCTT
GAGCTTCCAGCTTGTAAACAGGGGTCGGTGTAGTCAGAGAGTCCAGTGCAAAGTAAACTC
CAATAGCGTCCAGAGCATTACCTGACCGTCCAT
C

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DS 

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TTCA
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CTTAAGAGACGTAAGGACCGTGTTGCGAAAGAAGCTTGTCTTATCATAAGTTGCTTCCAC
CGATTTGATGTATTCACCCGGGACAAGCAAAATCTCAAATTGTTTTTCTCCTTTCTTCCC
ATGGCAACGC*TCTCCAATTTCCCACCTTTCACGTACTCACACTCTAAATAAGTGATACG
GCTATTATCTTGACCAATCCGCATGGTTTTAACACCATCGTAAAAACCATCATCCCAAAC
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GTCCAGTGCAAAGTAAACTCCAATAGCGTCCAGAGCATTACCTGACCGTCCATGAAACCC
TACGATCTTCTTACCTTGAGTTTCCTCAAAAATGAACTTTGTACCGAACAAGTTCGCACC
AAAGGTTGGAGACGTTCTACCCTTCGACGTCTTGAAGACTAGGAACGTGATTACCTCGGT
GGCACACAGAGCCACTGACTTGTAGCTTCCCTCCACCGCTTTGATGTGTTCATCAGGATA
AAGTTCAAACTCTTTAGGTTGTTGATGTATTGTCCCATATTCACGTGTTATTACTGCACC
GTCTACCTTCACGTACTCGAATTTGATGTAACTGATACGTGAGAGATCTTGCCCAACGTA
CACTTTTCTCACGCCTTCGAATAC

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DS 



AS 2 11

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ACGAAGGATACATTGTGCAAGACACTTGTTCTTTTGGTGCAGAAATTCTCATCGTTAAAC
CGGCCCTGGTACAAGAGAAAGTCACATTCATATCAAACCCTCCAGACAATGTGTTTACTT
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TTGGAGACAGATACTGGAGATTAGGGTTTAACCCGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G449TF U 1
AF RR3BH89TF U 1
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BS 196 196 RR3G449TF
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BS 636 636 RR3G449TF
BS 637 756 RR3BH89TF

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TCTCTTCCGAGTGGTTGGAAAGTCAATGTTGATCTCAAACTCTTCGTCCACAATCCAAAG
CTGAACAAGTACTTGATCGTCACAGATGGAGCGGTGAAGCGATACAACGCAGGGAAAAAA
GAGTGGGGATTCGGACAATTGATTGCTCTTTCAACATTCGAGAACACCAACGAAGGATAC
ATTGTGCAAGACACTTGTTCTTTTGGTGCAGAAATTCTCATCGTTAAACCGGCCCTGGTA
CAAGAGAAAGTCACATTCATATCAAACCCTCCAGACAATGTGTTTACTTGGAAGATACTT
CATTTCTCCAACTTGGAA

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DS 

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AAGAGACTGAATCTCTTCCCAGTGGCTGGGAAGTCAATGTTGATCTCAAACTCTTTGTCC
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CAGGGAAAAAAGAGTGGGGATTTGGACAATTGATTGCTCTTTCAACATTCGAGAACACCA
ACGAAGGATACATTGTGCAAGACACTTGTTCTTTTGGTGCAGAAATTCTCATCGTTAAAC
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GGAAGATACTTCATTTCTCCAACTTGGAAGATAAATTCTACTATTCTGCCGATTTTCTCG
TTGGAGACAGATACTGGAGATTAGGGTTTAACCCGA

QA 1 756 1 756
DS 



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GACCACATGCACTTCCACTCTTCCTATTTGCTCAAGGCTTTAAGGAAAACGCAGTTGCTA
CAAACACTTGGGGAGCAGTTAACTTGCGGTTGAAGAATCAGCGAAACTCCAACCACAGAC
AATTATATTCTGCAGCTTGGTACCCGATTCGAAGTGATTATGGTGTGGGAGTGAACAATA
TCATATTGTTAGCAGATTTAAAGGATCCATCGAAAGGGTATTTGGTGAATGATGCCATTA
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TGTGTTTTATTTTCTGCTTTGTTATCAATGAAATGAAACTTCCATGGTGTAAAGTATTTT
TTAAAAGATGTTGGGAATGATTATTTGGTTATATGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D784TF U 1
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AF RR3DV75TF U 5
AF RR3H120TF U 5
AF RR3D784JQ C 680
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AF RR3BC36TF U 683
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BS 425 616 RR3D784TF
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BS 671 715 RR3FC75TF
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BS 748 830 RR3AG74TF
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CTTTTCTCTTCTTCACTTGCTCTTCTGCTGAGCTCCTCATTCAACAGGTCACAGAAGGCA
GAGGAACAGAGAACAACAGTACTTATAATGTCGAGGCGCATCTTGGAGAGACAAGAGCGT
TTAGAGAGGAGCGACCACCAAGTAAGATAGTCACAATAGCAGGGTACTCCGTGATTAAAG
GGAGATTCGAACCCTACGAATCCTCTGTTTTTGAAGCTGCTGGTTACAAATGGAGATTAG
TTTTGTACGTGATTGGTAATAAGAACGACGGTGGAGCTGGCCATATATCACTTTACGCGA
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TT**CCACAATCCCAAGACCCATAAGTACTTGACTGTCACAGATGGAACCGTGAAGCGAT
ACAATGCTGCAAAAAAGGAGTGGGGATTTGGAAAATTGATCCCTCTTTCAACATTCGAGA
ATACTAACAATGGGTACATTGTGCAAGACACTTGTTCTTTTGGTGCTGAGATCCTCATTG
TTAAACCTGCCGAGAT

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3FC75TF 715 0 0
GGGAG
ATCACAGCAAAAATGGATAGTCACAAAAGGAGTTTGGGTTTCATATCTCTCGCTTTTCTC
TTCTTCACCTGCACTTCTGCTGAGCTCCTCATTCAACAGGTCACAGAAGGCAGAGGAACA
GAGAACAACAGTACTTATAATGTCGAGGCGCATCTTGGAGAGACAAGAGCGTTTAGAGAG
GAGCGACCATCAAGTAAGATAGTCACAATAGCAGGGTACTCCGTGATTAAAGGGAGATTC
GAACCCTACGAATCCTCTGTTTTTGAAGCTGCTGGTTGCAAATGGAGATTAGTTTTGTAC
GTGATTGGTAATAAGAACGACGGTGGAGCTGGCCATATATCACTTTACGCGAGAATCGAA
GGCGCTGAATCTCTTCCTTATGGTTGGGAAGTCAATGTTGATCTCAAACTCTTTGTCCAC
AATCCCAAGACCCATAAGTACTTGACTGTCACAGATGGAACCGTGAAGCGATACAATGCT
GCAAAAAAGGAGTGGGGATTTGGAAAATTGATCCCTCTTTCAACATTCGAGAATACTAAC
AATGGGTACATTGTGCAAGACACTTGTTCTTTTGGTGCTGAGATCCTCATTGTTAAACCT
GCCGAGATACAAGAGAAAGTCACATTCATATCAAACCCTCCAAACAATATTTTCACTTGG
A*GATACTTCGTTTCTCCAGCTTGGAAGATAAATTTTACTATTCTGC
GAT

QA 6 712 6 712
DS 

RD RR3DV75TF 759 0 0
GGAG
ATCACAGCAAAAATGGATAGTCACAAAAGGAGTTTGGGTTTCATATCTCTCGCTTTTCTC
TTCTTCACTTGCTCTTCTGCTGAGCTCCTCATTCAACAGGTCACAGAAGGCAGAGGAACA
GAGAACAACAGTACTTATAATGTCGAGGCGCATCTTGGAGAGACAAGAGCGTTTAGAGAG
GAGCGACCATCAAGTAAGATAGTCACAATAGCAGGGTACTCCGTGATTAAAGGGAGATTC
GAACCCTACGAATCCTCTGTTTTTGAAGCTGCTGGTTACAAATGGAGATTAGTTTTGTAC
GTGATTGGTAATAAGAACGACGGTGGAGCTGGCCATATATCACTTTACGCGAGAATCGAA
GGCGCTGAATCTCTTCCTTATGGTTGGGAAGTCAATGTTGATCTCAAACTCTTTGTCCAC
AATCCCAAGACCCATAAGTACTTGACTGTCACAGATGGAACCGTGAAGCGACACAATGCT
GCAAAAAAGGAGTGGGGATTTGGAAAATTGATCCCTCTTTCAACATTCGAGAATACTAAC
AATGGGTACATTGTGCAAGACACTTGTTCTTTTGGTGCTGATATCCTCATTGTTAAACCT
GCCGAGATACAAGAGAAAGTCACATTCATATCAAACCCTCCAAACAATATTTTCACTTGG
AAGATACTTCGTTTCTCCAGCT*GGAAGATAAATTTTACTATTCTGCCGATTTTCTCGTT
GGAGACCGATACTGGAGAT
AGCTTTAACCCGAAAG

QA 5 743 5 743
DS 

RD RR3H120TF 724 0 0
GGAG
ATCACAGCAAAAATGGATAGTCACAAAAGGAGTTTGGGTTTCATATCTCTCGCTTTTCTC
TTCTTCACTTGCTCTTCTGCTGAGCTCCTCATTCAACAGGTCACAGAAGGCAGAGGAACA
GAGAACAACAGTACTTATAATGTCGAGGCGCATCTTGGAGAGACAAGAGCGTTTAGAGAG
GAGCGACCATCAAGTAAGATATTCACAATAGCAGGGTACTCCGTGATTAAAGGGAGATTC
GAACCCTACGAATCCTCTGTTTTTGAAGCTGCTGGTTACAAATGGAGATTAGTTTTGTAC
GTGATTGGTAATAAGAACGACGGTGGAGCTGGCCATATATCACTTTACGCGAGAATCGAA
GGCGCTGAATCTCTTCCTT**GGTTGGGAAGTCAATGTTGATCTCAAACTCTTTGTCCAC
AATCCCAAGACCCATAAGTACTTGACTGTCACAGATGGAACCGTGAAGCGATACAATGCT
GCAAAAAAGGAGTGGGGATTTGGAAAATTGATCCCTCTTTCAACATTCGAGAATACTAAC
AATGGGTACATTGTGCAAGACACTTGTTCTTTTGGTGCTGAGATCCTCATTGTTAAACCT
GCCGAGATACAAGAGAAAGTCACATTCATATCAAACCCTCCAAACAATATTTTCACTTGG
AAGATACTTCGTTTCTCCAGCTTGGAAGATAAATTTTACTATTCTGCCGATTTTCTCGTT

QA 5 724 5 724
DS 

RD RR3D784JQ 577 0 0
TTTCTCCAGCTTGGAAGATAAATTTTACTATTCTGCCGATTTTCTCGTTGGAGACCGATA
CTGGAGATTAGGCTTTAACCCGAAAGGGGATGGAGATGGACGACCACATGCACTTCCACT
CTTCCTATTTGCTCAAGGCTTTAAGGAAAACGCAGTTGCTACAAACACTTGGGGAGCAGT
TAACTTGCGGTTGAAGAATCAGCGAAACTCCAACCACAGACAATTATATTCTGCAGCTTG
GTACCCGATTCGAAGTGATTATGGTGTGGGAGTGAACAATATCATATTGTTAGCAGATTT
AAAGGATCCATCGAAAGGGTATTTGGTGAATGATGCCATTATCTTTGAAGCTGAAATGGT
TAAGGTCTCTGTGACCAATATCGTCTCAGCTTAGTAATCTCTACATCTTTTTCATATATA
TGGGTCAAACAACCTTATAAATAAAGAGACGCTTAATGAGATTGTAATAAGATGAAATTA
TCGATGCTTGTGTGATGTAGTCGTCATTTCTGTCCTTGGAGTGTGTTTTATTTTCTGCTT
TGTTATCAATGAAATGAAACTTCCATGG
TGTAAAGCG

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3AG74TF 527 0 0
G
CGTTGGAGACCGATACTGGAGATTAGGCTTTAACCCGAAAGGGGATGGAGATGGACGACC
ACATGCACTTCCACTCTTCCTATTTGCTCAAGGCTTTAAGGAAAACTCAGTTGCTACAAA
CACTTGGGGAGTAGTTAACTTGCGGTTGAAGAATCAGCGAAACTCCAACCACAGACAATT
ATATTCTGCAGCTTGGTACCCGATTCGAAGTGATTATGGTGTGGGAGTGAACAATATCAT
ATTGTTAGCAGATTTAAAGGATCCATCGAAAGGGTATTTGGTGAATGATGCCATTATCTT
TGAAGCTGAAATGGTTAAGGTCTCTGTGACCAATATCGTCTCAGCTTAGTAATCTCTACA
TCTTTTTCATATATATGGGTCAAACAACCTTATAAATAAAGAGACGCTTAATGAGATTGT
AATAAGATGAAATTATTGATGCTTGTGTGATGTAGTCGTCATTTCTGTCCTTGGAGTGTG
TTTTATTTTCTGCTTTGTTATCAATGAAATGAAACTTCCATGG
TGT

QA 2 524 2 524
DS 

RD RR3BC36JQ 567 0 0
G
TCCAGCTTGGAAGATAAATTTTACTATTCTGCCGATTTTCTCGTTGGAGACCGATACTGG
AGATTAGGCTTTAACCCGAAAGGGGATGGAGATGGACGACCACATGCACTTCCACTCTTC
CTATTTGCTCAAGGCTTTAAGGAAAACGCAGTTGCTACAAACACTTGGGGAGCAGTTAGC
TTGCGGTTGAAGAATCAGCGAAACTCCAACCACAGACAATTATATTCTGCAGCTTGGTAC
CCGATTCGAAGTGATTATGGTGTGGGAGTGAACAATATCATATTGTTAGCAGATTTAAAG
GATCCATCGAAAGGGTATTTGGTGAATGATGCCATTATCTTTGAAGCTGAAATGGTTAAG
GTCTCTGTGACCAATATCGTCTCAGCTTAGTAATCTCTACATCTTTTTCATATATATGGG
TCAAACAACCTTATAAATAAAGAGACGCTTAATGAGATTGTAATAAGATGAAATTATCGA
TGCTTGTGTGATGTAGTCGTCATTTCTGTCCTTGGAGTGTGTTTTATTTTCTGCTTTGTT
ATCAATGAAATGAAACTTCCATGG
CG

QA 2 565 2 565
DS 

RD RR3BC36TF 567 0 0
G
TCCAGCTTGGAAGATAAATTTTACTATTCTGCCGATTTTCTCGTTGGAGACCGATACTGG
AGATTAGGCTTTAACCCGAAAGGGGATGGAGATGGACGACCACATGCACTTCCACTCTTC
CTATTTGCTCAAGGCTTTAAGGAAAACGCAGTTGCTACAAACACTTGGGGAGCAGTTAGC
TTGCGGTTGAAGAATCAGCGAAACTCCAACCACAGACAATTATATTCTGCAGCTTGGTAC
CCGATTCGAAGTGATTATGGTGTGGGAGTGAACAATATCATATTGTTAGCAGATTTAAAG
GATCCATCGAAAGGGTATTTGGTGAATGATGCCATTATCTTTGAAGCTGAAATGGTTAAG
GTCTCTGTGACCAATATCGTCTCAGCTTAGTAATCTCTACATCTTTTTCATATATATGGG
TCAAACAACCTTATAAATAAAGAGACGCTTAATGAGATTGTAATAAGATGAAATTATCGA
TGCTTGTGTGATGTAGTCGTCATTTCTGTCCTTGGAGTGTGTTTTATTTTCTGCTTTGTT
ATCAATGAAATGAAACTTCCATGG
CG

QA 2 565 2 565
DS 

RD RR3FC75JQ 522 0 0
GGACGACCACATGCACTTCCACTCTTCCTATTTGCTCAAGGCTTTAAGGAAAACGCAGTT
GCTACAAACACTTGGGGAGCAGTTAACTTGCGGTTGAAGAATCAGCGAAACTCCAACCAC
AGACAATTATATTTTGCAGCTTGGTACCCGATTCGAAGTGATTATGGTGTGGGAGTGAAC
AATATCATATTGTTAGCAGATTTAAAGGATCCATCGAAAGGGTATTTGGTGAATGATGCC
ATTATTTTTGAAGCTGAAATGGTTAAGGTTTTTGTGACCAATATCGTTTCAGCTTAGTAA
TCTTTACATTTTTTTCATATATATGGGTCAAACAACCTTATAAATAAAGAGACGCTTAAT
GAGATTGTAATAAGATGAAATTATCGATGCTTGTGTGATGTAGTCGTCATTTTTGTCCTT
GGAGTGCGTTTTATTTTTTGCTTTGTTATCAATGAAATGAAACTTCCATGGTGTAAAGTA
TTTTTTAAAAGATGTTGGGAATGATTATTTGGTTATATGGAT

QA 1 522 1 522
DS 



AS 3 12

CO CL138Contig1 1133 4 5 U
GGAGAAAGGTAGATATTCAGGTGTTCTTGATCTATTAAAACCTAGAATCAAGAACTGTGT
TTGGAAAGAAAAAAGAGATGAAGCTACAGTGTGATGTGTGTGAGAATGCTCCGGCCACGG
TGATATGTTGCGCCGACGAAGCAGCTCTGTGCCCTAAATGCGACGTGGAGATCCACGCAG
CTAACAAACTCGCAAGCAAGCACCAACGCCTCCATCTCAACTCTCTCTCCACCAAGTTCC
CTCGTTGCGATATCTGCCAAGAGAAGGCAGCTTTTATATTCTGTGTGGAGGATAGAGCTC
TGCTTTGCAGGGACTGTGATGAATCAATCCACGTGGCTAACTCTAGATCTGCAAATCACC
AGAGGTTCTTAGCCACTGG*ATCAAAGTGGCTCTGAGCTCAAGCAGCTGCAGTAAAGAAA
CGGAGAAGAATCATCAATCTGAGCCTTCGAACAACCAACAGAAAGCTAAGGAGATTCCTG
CAGCTAAAACCCCAAGCCAACAACAGCAACAGCCTGCACCTGCTGCTGCTCCTCTTCCAT
GGGCTGTTGACGATTTCTTCCACTTCTCTGATCCTGAGTTCACAGATAAGCAGAAAGGAC
AGCTTGATCTTGGGGAGCTAGAGTGGTTTTCAGACATGGGTTTCTTCGGTGATGAGATTA
GTCAGGAGACCCTTCCCGCAGCTGAAGTTCCAGAGCTTTCCGTTGCGCATTTAGGTCATG
TTCATTCGTACAGACCAATGAAGTCCAACGTTTCGTACAAGAAGCCGAGGTTAGAGATCA
GAGATGATGAGGATGATGATGAAGAGCACTTCATTGTCCCTGATCTAGGCTAAAAGCTAT
ATATGTTGTATAAGCTATGTGTAGTAGACATTTCCTAGAAACCTATCTGCATAAGGAGAA
TGATGTGTGAAGTCGTCAATGTCGTATCTTTTTAGTTTCGTCTAAAGTTGAGTAAGCTAT
GTCTGAGAGCTTATTATTACACACTTTTCTTTACTTTTTTTTTGTCCGAATCTCTGTTAG
ATGTTTTGTGTTTGAGTTTGTTCATATACCTCTTTGAAACCTGGTATTTGCTATATCTTT
GTACTTCTACAAACTCGAGTCTAAACATGAATAAAAGGAGTCTTCCTCTGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB10TF U 272
AF RR3ES46TF U 1
AF RR3CB10JQ C 299
AF RR3ES46JQ C 449
BS 1 379 RR3ES46TF
BS 380 380 RR3CB10TF
BS 381 588 RR3ES46TF
BS 589 1050 RR3CB10JQ
BS 1051 1133 RR3ES46JQ

RD RR3CB10TF 150 0 0
TTTTATA
TTCTGTGTGGAGGATAGAGCTCTGCTTTGCAGGGACTGTGATGAATCAATCCACGTGGCT
AACTCTAGATCTGCAAATCACCAGAGGTTCTTAGCCACTGG*ATCAAAGTGGCTCTGAGC
TCAAGCAGCTGCAGTAAAGAAAC

QA 8 150 8 150
DS 

RD RR3ES46TF 588 0 0
GGAGAAAGGTAGATATTCAGGTGTTCTTGATCTATTAAAACCTAGAATCAAGAACTGTGT
TTGGAAAGAAAAAAGAGATGAAGCTACAGTGTGATGTGTGTGAGAATGCTCCGGCCACGG
TGATATGTTGCGCCGACGAAGCAGCTCTGTGCCCTAAATGCGACGTGGAGATCCACGCAG
CTAACAAACTCGCAAGCAAGCACCAACGCCTCCATCTCAACTCTCTCTCCACCAAGTTCC
CTCGTTGCGATATCTGCCAAGAGAAGGCAGCTTTTATATTCTGTGTGGAGGATAGAGCTC
TGCTTTGCAGGGACTGTGATGAATCAATCCACGTGGCTAACTCTAGATCTGCAAATCACC
AGAGGTTCTTAGCCACTGGGATCAAAGTGGCTCTGAGCTCAAGCAGCTGCAGTAAAGAAA
CGGAGAAGAATCATCAATCTGAGCCTTCGAACAACCAACAGAAAGCTAAGGAGATTCCTG
CAGCTAAAACCCCAAGCCAACAACAGCAACAGCCTGCACCTGCTGCTGCTCCTCTTCCAT
GGGCTGTTGACGATTTCTTCCACTTCTCTGATCCTGAGTTCACAGATA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3CB10JQ 767 0 0
TCTGCTTTGCAGGGACTGTGATGAATCAATCCACGTGGCTAACTCTAGATCTGCAAATCA
CCAGAGGTTCTTAGCCACTGG*ATCAAAGTGGCTCTGAGCTCAAGCAGCTGCAGTAAAGA
AACGGAGAAGAATCATCAATCTGAGCCTTCGAACAACCAACAGAAAGCTAAGGAGATTCC
TGCAGCTAAAACCCCAAGCCAACAACAGCAACAGCCTGCACCTGCTGCTGCTCCTCTTCC
ATGGGCTGTTGACGATTTCTTCCACTTCTCTGATCCTGAGTTCACAGATAAGCAGAAAGG
ACAGCTTGATCTTGGGGAGCTAGAGTGGTTTTCAGACATGGGTTTCTTCGGTGATGAGAT
TAGTCAGGAGACCCTTCCCGCAGCTGAAGTTCCAGAGCTTTCCGTTGCGCATTTAGGTCA
TGTTCATTCGTACAGACCAATGAAGTCCAACGTTTCGTACAAGAAGCCGAGGTTAGAGAT
CAGAGATGATGAGGATGATGATGAAGAGCACTTCATTGTCCCTGATCTAGGCTAAAAGCT
ATATATGTTGTATAAGCTATGTGTAGTAGACATTTCCTAGAAACCTATCTGCATAAGGAG
AATGATGTGTGAAGTCGTCAATGTCGTATCTTTTTAGTTTCGTCTAAAGTTGAGTAAGCT
ATGTCTGAGAGCTTATTATTACACACTTTTCTTTACTTTTTTTTTGTCCGAATCTCTGTT
AGATGTTTTGTGTTTGAGTTTGTTCATATACC
TCTTTGAAACCTGGC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3ES46JQ 685 0 0
GAACAACCAACAGAAAGCTAAGGAGATTCCTGCAGCTAAAACCCCAAGCCAACAACAGCA
ACAGCCTGCACCTGCTGCTGCTCCTCTTCCATGGGCTGTTGACGATTTCTTCCACTTCTC
TGATCCTGAGTTCACAGATAAGCAGAAAGGACAGCTTGATCTTGGGGAGCTAGAGTGGTT
TTCAGACATGGGTTTCTTCGGTGATGAGATTAGTCAGGAGACCCTTCCCGCAGCTGAAGT
TCCAGAGCTTTCCGTTGCGCATTTAGGTCATGTTCATTCGTACAGACCAATGAAGTCCAA
CGTTTCGTACAAGAAGCCGAGGTTAGAGATCAGAGATGATGAGGATGATGATGAAGAGCA
CTTCATTGTCCCTGATCTAGGCTAAAAGCTATATATGTTGTATAAGCTATGTGTAGTAGA
CATTTCCTAGAAACCTATCTGCATAAGGAGAATGATGTGTGAAGTCGTCAATGTCGTATC
TTTTTAGTTTCGTCTAAAGTTGAGTAAGCTATGTCTGAGAGCTTATTATTACACACTTTT
CT**ACTTTTTTTT*GTCCGAATCTCTGTTAGATGTTTTGTGTTTGAGTTTGTTCATATA
CCTCTTTGAAACCTGGTATTTGCTATATCTTTGTACTTCTACAAACTCGAGTCTAAACAT
GAATAAAAGGAGTCTTCCTCTGCTT

QA 1 685 1 685
DS 



CO CL138Contig2 1112 6 9 U
GGACTGATTGTTCCCCAACAACTTGTCAAATCATTTCTTTATTGCCTCATCTCTCCTATT
CTTTGTTACTTCTTCTCCAAGATCCTTTCCACCTTCACCTACATTTTCTGCTAAGCAAAC
AAAGTCAGATTCACG******TCTTCTTGATTTAAAACCAAGAATCTTTAATCAAGAACT
GTGATTTAGAGAACAAGGAAAGATGAAGATACAGTGTGATGTGTGTGAGAAAGCTCCGGC
AACGGTGATATGTTGTGCCGACGAAGCAGCTTTGTGTCCTAGATGCGACGTGGAGATTCA
CGCTGCTAACAAACTCGCAAGCAAGCACCGACGCCTTCATCTCAATGCTCTTGCCACAAA
GTTCCCTCGTTGCGATATCTGCCAAGAGAAGTCAGCTTTCATTTTCTGTGTTGAGGATAG
AGCTCTGCTTTGCAGGGACTGTGATGAATCCATCCATGTAGCTAACTCTAGATCTGCAAA
TCATCAGAGGTTCTTAGCCACTGGGATCAAAGTGGCTCCGAACTCAACTAGTTGCAGCAA
GAATCAATCTGAGCCTTCCAAGAAGCAACAGCAAGCTAAGGAGATTCCAGCTAAAACCCT
AAACCAGCAACAACCTTCCTCTGCTACTCCTCTTCCGTGGGCGGTTGACGATTTCTTTCA
CTTCTCTGACCCTGAGTGTACCGAGAAGAAAGGACAGCTTGATCTTGGTGAGTTAGAGTG
GTTTTCAGACATGGGTTTCTTCGGTACTGATCAGACTAATCAGGAGAGTCTTCCTGCAGC
TGAAGTTCCGGAGCTTTCTGTTTCGCATTTAGGTCATGTTCATTCATACAGACCCACCAT
GAAGTCGAATGCTTCATACAAGAAGTCGAGGTTGGAGTTCAGAGATGATGATGATGATGA
AGAGCACTTCATTGTCCCTGATCTAGGCTAAAATGCTATATGTAAGCTATGTGTAGACAT
TTCTCTATGGAAAAATAAGGAAGATGATGTGTGGATGCAATGTCATATCTTTAGTTTTGT
TTAAAGCTATGTTGATAGCTTATTAGTTATTATACACTTTCTTGTTTTCTGTCCGAATCT
TTATTATAAGATATTTGTGTTTGAGTTTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3FZ70TF U 17
AF RR3GJ70TF U 1
AF RR3G167TF U 69
AF RR3CT51TF U 95
AF RR3GJ70JQ C 348
AF RR3FZ70JQ C 554
BS 1 692 RR3GJ70TF
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BS 746 1108 RR3GJ70JQ
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GGG
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AGATCCTTTCCACCTTCACCTACATTTTCTGCTAAGCAAACAAAGTCAGATTCACG****
**TCTTCTTGATTTAAAACCAAGAATCTTTAATCAAGAACTGTGATTTAGAGAACAAGGA
AAGATGAAGATACAGTGTGATGTGTGTGAGAAAGCTCCGGCAACGGTGATATGTTGTGCC
GACGAAGCAGCTTTGTGTCCTAGATGCGACGTGGAGATTCACGCTGCTAACAAACTCGCA
AGCAAGCACCGACGCCTTCATCTCAATGCTCTTGCCACAAAGTTCCCTCGTTGCGATATC
TGCCAAGAGAAGTCAGCTTTCATTTTCTGTGTTGAGGATAGAGCTCTGCTTTGCAGGGAC
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ACTGGGATCAAAGTGGCTCCGAACTCAACTAGTTGCAGCAAGAATCAATCTGAGCCTTCC
AAGAAGCAACAGCAAGCTAAGGAGATTCCAGCTAAAACCCTAAACCAGCAACAACCTTCC
TCTGCTACTCCTCTTCCGTGGGCGGTTGACGATTTCTTTCACTTCTCTGACCCTGAGTGT
ACCGAGAAG

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DS 

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GTGATTTAGAGAACAAGGAAAGATGAAGATACAGTGTGATGTGTGTGAGAAAGCTCCGGC
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GTTCCCTCGTTGCGATATCTGCCAAGAGAAGTCAGCTTTCATTTTCTGTGTTGAGGATAG
AGCTCTGCTTTGCAGGGACTGTGATGAATCCATCCATGTAGCTAACTCTAGATCTGCAAA
TCATCAGAGGTTCTTAGCCACTGGGATCAAAGTGGCTCCGAACTCAACTAGTTGCAGCAA
GAATCAATCTGAGCCTTCCAAGAAGCAACAGCAAGCTAAGGAGATTCCAGCTAAAACCCT
AAACCAGCAACAACCTTCCTCTGCTACTCCTCTTCCGTGGGCGGTTGACGATTTCTTTCA
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GTTT*CAGACATGGGT

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TCACG******TCTTCTTGATTTAAAACCAAGAATCTTTAATCAAGAACTGTGATTTAGA
GAACAAGGAAAGATGAAGATACAGTGTGATGTGTGTGAGAAAGCTCCGGCAACGGTGATA
TGTCGTGCCGACGAAGCAGCTTTGTGTCCTAGATGCGACGTGGAGATTCACGCTGCTAAC
AAACTCGCAAGCAAGCACCGACGCCTTCATCTCAATGCTCTTGCCACAAAGTTCCCTCGT
TGCGATATCTGCCAAGAGAAGTCAGCTTTCATTTTCTGTGTTGAGGATAGAGCTCTGCTT
TGCAGGGACTGTGATGAATCCATCCATGTAGCTAACTCTAGGTCTGCAAATCATCAGAGG
TTCTTAGCCACTGGGATCAAAGTGGCTCCGAACTCAACTAGTTGCAGCAAGAACCAATCT
GAGCCTTCCAAGAAGTAACAGCAAGCTAAGGAGATTCCAGCTAAAACCCTAAACCAGCAA
CAACCTTCCTCTGCTACTCCTCTTCCGTGGGCGGTTGACGATTTCTTTCACTTCTCTGAC
CCTGAGTGTACCGAGAAGAAAGGACAGCTTGATCTTGGTGAGTTAGAGTGGTTTTCAGAC
ATGGGTTTC

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DS 

RD RR3CT51TF 664 0 0
GG
ACCTACATTTTCTGCTAAGCAAACAAAGTCAGATTCATGCATATGTCTTCTTGATTTAAA
ACCAAGAATCAATAATCAAGAACTGTGATTTAGAGAACAAGGAAAGATGAAGATACAGTG
TGATGTGTGTGAGAAAGCTCCGGCAACGGTGATATGTTGTGCCGACGAAGCAGCTTTGTG
TCCTAGATGCGACGTGGAGATTCACGCTGCTAACAAACTCGCAAGCAAGCACCGACGCCT
TCATCTCAATGCTCTTGCCACCAAGTTCCCTCGTTGCGATGTTTGCCAAGAGAAGTCAGC
TTTCATTTTCTGCGTTGAGGATAGAGCTCTGCTTTGCAGGGACTGTGATGAATCCATCCA
TGCAGCTAACTCTAGATCTGCAAACCACCAGAGGTTCTTAGCCACTGGGATCAAAGTGGC
TCTGAACTCAACTAGTTGCAGCAAGAATCAATCTGAGCCTTCCAAGAAGCAACAGAAAGC
TAAGGAGATTCCAGCTGAAACCCTAAACCAGCAACAACCTTCTTCTGCTACTCCTCTTCC
GTGGGCGGTTGACGATTTCTTTCACTTCTCTGATCCTGAGTGTACCGAGAAGAAAGGACA
GCTTGATCTTGGTGAGTTAGAGTGGTTTTCAGACATGGGTTTCTTCGGT
ACTGATCAGATAA

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DS 

RD RR3GJ70JQ 761 0 0
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GTGTTGAGGATAGAGCTCTGCTTTGCAGGGACTGTGATGAATCCATCCATGTAGCTAACT
CTAGATCTGCAAATCATCAGAGGTTCTTAGCCACTGGGATCAAAGTGGCTCCGAACTCAA
CTAGTTGCAGCAAGAATCAATCTGAGCCTTCCAAGAAGCAACAGCAAGCTAAGGAGATTC
CAGCTAAAACCCTAAACCAGCAACAACCTTCCTCTGCTACTCCTCTTCCGTGGGCGGTTG
ACGATTTCTTTCACTTTTCTGACCCTGAGTGTACCGAGAAGAAAGGACAGCTTGATCTTG
GTGAGTTAGAGTGGTTTTCAGACATGGGTTTCTTCGGTACTGATCAGACTAATCAGGAGA
GTCTTCCTGCAGCTGAAGTTCCGGAGCTTTCTGTTTCGCATTTAGGTCATGTTCATTCAT
ACAGACCCACCATGAAGTCGAATGCTTCATACAAGAAGTCGAGGTTGGAGTTCAGAGATG
ATGATGATGATGAAGAGCACTTCATTGTCCCTGATCTAGGCTAAAATGCTATATGTAAGC
TATGTGTAGACATTTCTCTATGGAAAAATAAGGAAGATGATGTGTGGATGCAATGTCATA
TCTTTAGTTTTGTTTAAAGCTATGTTGATAGCTTATTAGTTATTATACACTTTCTTGTTT
TCTGTCCGAATCTTTATTATAAGATATTTGTGTTTGAGTTT

QA 1 761 1 761
DS 

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CCTTCCAAGAAGCAACAGCAAGCTAAGGAGATTCCAGCTAAAACCCTAAACCAGCAACAA
CCTTCCTCTGCTACTCCTCTTCCGTGGGCGGTTGACGATTTCTTTCACTTCTCTGACCCT
GAGTGTACCGAGAAGAAAGGACAGCTTGATCTTGGTGAGTTAGAGTGGTTTTCAGACATG
GGTTTCTTCGGTACTGATCAGACTAATCAGGAGAGTCTTCCTGCAGCTGAAGTTCCGGAG
CTTTCTGTTTCGCATTTAGGTCATGTTCATTCATACAGACCCACCATGAAGTCGAATGCT
TCATACAAGAAGTCGAGGTTGGAGTTCAGAGATGATGATGATGATGAAGAGCACTTCATT
GTCCCTGATCTAGGCTAAAATGCTATATGTAAGCTATGTGTAGACATTTCTCTATGGAAA
AATAAGGAAGATGATGTGTGGATGCAATGTCATATCTTTAGTTTTGTTTAAAGCTATGTT
GATAGCTTATTAGTTATTATACACTTTCTTGTTTTCTGTCCGAATCTTTATTATAAGATA
TTTGTGTTTGAGTTTGTGC

QA 1 559 1 559
DS 



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TCTTCGGTGATGAGATTAGTCAGGAGACTCTTCCTGCAGCTGAAGTTCCAGAGCTTTCTG
TTGCGCATTTAGGTCATGTTCATTCGTACGGACCAATGAAGTCCAACGTTTCGTACAAGA
AGCCGAGGTTAGAGATCAGAGATGATGAGGATGATGATGAAGAGCACTTCATTGTCCCTG
ATCTAGGCTAAAAGCTATATACAATGTATAAGCTATGTGTAGTAGACATTTCCTAGAAAC
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CTTCCTCTGCT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H974JQ C 1
AF RR3H974TF U 1
BS 1 2 RR3H974JQ
BS 3 551 RR3H974TF

RD RR3H974JQ 551 0 0
GCACCGATAAGAAAGGACAGCTTGATCTAGGGGAGTTAGAGTGGTTTTCAGACATGGGTT
TCTTCGGTGATGAGATTAGTCAGGAGACTCTTCCTGCAGCTGAAGTTCCAGAGCTTTCTG
TTGCGCATTTAGGTCATGTTCATTCGTACGGACCAATGAAGTCCAACGTTTCGTACAAGA
AGCCGAGGTTAGAGATCAGAGATGATGAGGATGATGATGAAGAGCACTTCATTGTCCCTG
ATCTAGGCTAAAAGCTATATACAATGTATAAGCTATGTGTAGTAGACATTTCCTAGAAAC
CTATCTGCATAAAGAGAATGATGTGTGAAGTCGTCAGTGTCGTATCTTTTTAGTTTCGTC
TAAGTTGAGTAAGCTATGTCTGAGAGCTTATTATTACACACTTTTCTTTACCTTTTTTTG
TCCGAAATCTCTGTTAGATGTTTTGTGTTTTGAGTTTGTTCATATACCCTCTTTGAACAT
GGTATTTGCTATATCTTTGGTACTACTACAAACTCGAATCTAAACTTGAATAAAAGGAGT
CTTCCTCTGCT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3H974TF 551 0 0
GC
ACCGATAAGAAAGGACAGCTTGATCTAGGGGAGTTAGAGTGGTTTTCAGACATGGGTTTC
TTCGGTGATGAGATTAGTCAGGAGACTCTTCCTGCAGCTGAAGTTCCAGAGCTTTCTGTT
GCGCATTTAGGTCATGTTCATTCGTACGGACCAATGAAGTCCAACGTTTCGTACAAGAAG
CCGAGGTTAGAGATCAGAGATGATGAGGATGATGATGAAGAGCACTTCATTGTCCCTGAT
CTAGGCTAAAAGCTATATACAATGTATAAGCTATGTGTAGTAGACATTTCCTAGAAACCT
ATCTGCATAAAGAGAATGATGTGTGAAGTCGTCAGTGTCGTATCTTTTTAGTTTCGTCTA
AGTTGAGTAAGCTATGTCTGAGAGCTTATTATTACACACTTTTCTTTACCTTTTTTTGTC
CGAAATCTCTGTTAGATGTTTTGTGTTTTGAGTTTGTTCATATACCCTCTTTGAACATGG
TATTTGCTATATCTTTGGTACTACTACAAACTCGAATCTAAACTTGAATAAAAGGAGTCT
TCCTCTGCT

QA 3 551 3 551
DS 



AS 1 11

CO CL139Contig1 746 11 3 U
GGCATAAGAAAATATGAAGCAAGAAATTCAAAACGAAACAGCTCAGACTCATCTGTCACA
GAGAGAGGGGAGAATGTTTTCTTTTCTCCTCCCAGTGTTAGAGGTTATCAAGGTGGTTAT
GGCTTCCGTTGCCTCCGTAGTCTTTTTAGGCTTCGCCGGTGTAACACTCGCTTGTTCAGC
CGTGGCATTAGCCGTATCCACGCCGCTTTTCATCATCTTCAGTCCGATTCTCGTACCCGC
CACTATAGCCACGACCCTCCTAGCATCTGGGCTCGGCGCTAGTGCCACCCTCGGAGCGAC
GGGCATGGGTCTCCTCATGCGGCTCATTAAGAATCCTGAAGGAGCTTCCCCGGCAACTCA
GCCATCCTTCTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAAG
GTTAATTGATATACCAGGAATTGGAAAATCTGAAGGTAAAAAAGGTAAATCTAAAGGTAA
AAAAGGTAAAGGTAAGAAAAAAGGTAAAGGTTCAAAGGGTAAAGATAAGAAAAAGGGTAA
AGGTTCACGTAAGGGTTCATCTGATGATGAAAGTTCATAAATGGAAGCTCATATAGGAAT
TGTGGTAAATGTATGGGTAAAGATAAATTCATATAAAGATAAATTCATATAAAGATAAAC
ACATTGGTCCATGTATTCCAATATTTAGAATACGTTGTGTATTCATGAATTTATGCCAGC
TATTATAATAAAAGGCTTTGATTAAC


BQ
10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 
55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 40 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 10 

AF RR3DW17TF U 15
AF RR3DB19TF U 1
AF RR3DX45TF U 2
AF RR3AX65TF U 2
AF RR3DW17JQ C 70
AF RR3FH32JQ C 43
AF RR3DI43TF U 2
AF RR3DB19JQ C 2
AF RR3AX65JQ C 43
AF RR3B594TF U 590
AF RR3DX45JQ C 381
BS 1 655 RR3DB19TF
BS 656 745 RR3AX65TF
BS 746 746 RR3AX65JQ

RD RR3DW17TF 449 0 0
C
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GTTTTCTTTTCTCCTCCCAGTGTTAGAGGTTATCAAGGTGGTCATGGCTTCCGTTGCCTC
CGTAGTCTTTTTGGGCTTCGCCGGTGTAACACTCGCTTGTTCAGCCGTGGCATTAGCCGT
ATCCACGCCGCTTTTCATCATCTTCAGTCCGATTCTCGTACCCGCCACTATAGCCACGAC
CCTCCTAGCATCTGGGCTCGGCGCTAGTGCC*CCCTCGGAGCGACGGGCATGGGTCTCCT
CATGCGGCTCATTAAGAATCCTGAAGGAGCTTCCCCGGCAACTCAGCCATCCTTCTTATC
TCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAAGGTTAATTGATATACC
AGGAATTGGAAAATCTGAAGGTAAAAAA

QA 2 449 2 449
DS 

RD RR3DB19TF 660 0 0
GGCATAAGAAAATATGAAGCAAGAAATTCAAAACGAAACAGCTCAGACTCATCTGTCACA
GAGAGAGGGGAGAATGTTTTCTTTTCTCCTCCCAGTGTTAGAGGTTATCAAGGTGGTTAT
GGCTTCCGTTGCCTCCGTAGTCTTTTTAGGCTTCGCCGGTGTAACACTCGCTTGTTCAGC
CGTGGCATTAGCCGTATCCACGCCGCTTTTCATCATCTTCAGTCCGATTCTCGTACCCGC
CACTATAGCCACGACCCTCCTAGCATCTGGGCTCGGCGCTAGTGCCACCCTCGGAGCGAC
GGGCATGGGTCTCCTCATGCGGCTCATTAAGAATCCTGAAGGAGCTTCCCCGGCAACTCA
GCCATCCTTCTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAAG
GTTAATTGATATACCAGGAATTGGAAAATCTGAAGGTAAAAAAGGTAAATCTAAAGGTAA
AAAAGGTAAAGGTAAGAAAAAAGGTAAAGGTTCAAAGGGTAAAGATAAGAAAAAGGGTAA
AGGTTCACGTAAGGGTTCATCTGATGATGAAAGTTCATAAATGGAAGCTCATATAGGAAT
TGTGGTAAATGTATGGGTAAAGATAAATTCATATAAAGATAAATTCATATAAAGA
AAAAA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3DX45TF 621 0 0
GG
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AGAGGGGAGAATGTTTTCTTTTCTCCTCCCAGTGTTAGAGGTTATCAAGGTGGTTATGGC
TTCCGTTGCCTCCGTAGTCTTTTTAGGCTTCGCCGGTGTAACACTCGCTTGTTCAGCCGT
GGCATTAGCCGTATCCACGCCGCTTTTCATCATCTTCAGTCCGATTCTCGTACCCGCCAC
TATAGCCACGACCCTCCTAGCATCTGGGCTCGGCGCTAGTGCCACCCTCGGAGCGACGGG
CATGGGTCTCCTCATGCGGCTCATTAAGAATCCTGAAGGAGCTTCCCCGGCAACTCAGGC
ATCCTTCTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAAGGTT
AATTGATATACCAGGAATTGGAAAATCTGAAGGTAAAAAAGGTAAATCTAAAGGTAAAAA
AGGTAAAGGTAAGAAAAAAGGTAAAGGTTCAAAGGGTAAAGATAAGAAAAAGGGTAAAGG
TTCACGTAAGGGTTCATCTGATGATGAAAGTTCATAAATGGAAGCTCATATAGGAATTGT
GGTAAATGTATGGGTAAAG

QA 3 621 3 621
DS 

RD RR3AX65TF 745 0 0
GG
ATAAGAAAATATGAAGCAAGAAATTCAAAACGAAACAGCTCAGACTCATCTGTCACAGAG
AGAGGGGAGAATGTTTTCTTTTCTCCTCCCAGTGTTAGAGGTTATCAAGGTGGTTATGGC
TTCCGTTGCCTCCGTAGTCTTTTTAGGCTTCGCCGGTGTAACACTCGCTTGTTCAGTCGT
GGCATTAGCCGTATCCACGCCGCTTTTCATCATCTTCAGTCCGATTCTCGTACCCGCCAC
TATAGCCACGACCCTCCTAGCATCTGGGCTCGGCGCTAGTGCCACCCTCGGAGCGACGGG
CATGGGTCTCCTCATGCGGCTCATTAAGAATCCTGAAGGAGCTTCCCCGGCAACTCAGCC
ATCCTTCTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAAGGTT
AATTGATATACCAGGAATTGGAAAATCTGAAGGTAAAAAAGGTAAATCTAAAGGTAAAAA
AGGTAAAGGTAAGAAAAAAGGTAAAGGTTCAAAGGGTAAAGATAAGAAAAAGGGTAAAGG
TTCACGTAAGGGTTCATCTGATGATGAAAGTTCATAAATGGAAGCTCATATAGGAATTGT
GGTAAATGTATGGGTAAAGATAAATTCATATAAAGATAAATTCATATAAAGATAAACACA
TTGGTCCATGTATTCCAATATTTAGAATACGTTGTGTATTCATGAATTTATGCCAGCTAT
TATAATAAAAGGCTTTGATTAA
C

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR3DW17JQ 674 0 0
GAGAATGTTTTCTTTTCTCCTCCCAGTGTTAGAGGTTATCAAGGTGGTCATGGCTTCCGT
TGCCTCCGTAGTCTTTTTGGGCTTCGCCGGTGTAACACTCGCTTGTTCAGCCGTGGCATT
AGCCGTATCCACGCCGCTTTTCATCATCTTCAGTCCGATTCTCGTACCCGCCACTATAGC
CACGACCCTCCTAGCATCTGGGCTCGGCGCTAGTGCC*CCCTCGGAGCGACGGGCATGGG
TCTCCTCATGCGGCTCATTAAGAATCCTGAAGGAGCTTCCCCGGCAACTCAGCCATCCTT
CTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAAGGTTAATTGA
TATACCAGGAATTGGAAAATCTGAAGGTAAAAAAGGTAAATCTAAAGGTAAAAAAGGTAA
AGGTAAGAAAAAAGGTAAAGGTTCAAAGGGTAAAGATAAGAAAAAGGGTAAAGGTTCACG
TAAGGGTTCATCCGATGATGAAAGTTCATAAATGGAAGCTCATATAGGAATTGTGGTAAA
TGTATGGGTAAAGATAAATTCATATAAAGATAAATTCATATAAAGATAAACACATTGGTC
CATGTATTCCAATATTTAGAATACGTTGTGTATTCATGAATTTATGCCAGCTATTATAAT
AAAAGGCTTTGATT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3FH32JQ 701 0 0
TCAGACTCATCTGTCACAGAGAGAGGGGAGAATGTTTTCTTTTCTCCTCCCAGTGTTAGA
GGTTATCAAGGTGGTTATGGCTTCCGTTGCCTCCGTAGTCTTTTTAGGCTTCGCCGGTGT
AACACTCGCTTGTTCAGCCGTGGTATTAGCCGTATCCACGCCGCTTTTCATCATCTTCAG
TCCGATTTTCGTACCCGCCACTATAGCCACGACCCTCCTAGCATCTGGGCTCGGCGCTAG
TGCCACCCTCGGAGCGACGGGCATGGGTCTCCTCATGCGGCTCATTAAGAATCCTGAAGG
AGCTTCCCCGGCAACTCAGCCATCCTTTTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAA
GAGTAAGATGCAAGAAAGGTTAATTGATATACCAGGAATTGGAAAATCTGAAGGTAAAAA
AGGTAAATCTAAAGGTAAAAAAGGTAAAGGTAAGAAAAAAGGTAAAGGTTCAAAGGGTAA
AGATAAGAAAAAGGGTAAAGGTTCACGTAAGGGTTCATCTGATGATGAAAGTTCATAAAT
GGAAGCTCATATAGGAATTGTGGTAAATGTATGGGTAAAGATAAATTCATATAAAGATAA
ATTCATATAAAGATAAACACATTGGTCCATGTATTCCAATATTTAGAATACGTTGTGTAT
TCATGAATTTATGCCAGCTATTATAATAAAAGGCTTTGATT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3DI43TF 727 0 0
GG
ATAAGAAAATATGAAGCAAGAAATTCAAAACGAAACAGTTCAGACTCATCTGTCACAGAG
AGAGGGGAGAATGTTTTCTTTTCTCCTCCCAGTGTTAGAGGTTATCAAGGTGGTTATGGC
TTCCGTTGCCTCCGTAGTCTTTTTAGGCTTCGCCGGTGTAACACTCGCTTGTTCAGCCGT
GGCATTAGCCGTATCCACGCCGCTTTTCATCATCTTCAGTCCGATTCTCGTACCCGCCAC
TATAGCCACGACCCTCCTAGCATCTGGGCTCGGCGCTAGTGCCACCCTCGGAGCGACGGG
CATGGGTCTCCTCATGCGGCTCATTAAGAATCCTGAAGGAGCTTCCCCGGCAACTCAGCC
ATCCTTCTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAAGGTT
AATTGATATACCAGGAATTGGAAAATCTGAAGGTAAAAAAGGTAAATCTAAAGGTAAAAA
AGGTAAAGGTAAGAAAAAAGGTAAAGGTTCAAAGGGTAAAGATAAGAAAAAGGGTAAAGG
TTCACGTAAGGGTTCATCTGATGATGAAAGTTCATAAATGGAAGCTCATATAGGAATTGT
GGTAAATGTATGGGTAAAGATAAATTCATATAAAGATAAATTCATATAAAGATAAACACA
TTGGTCCATGTATTCCAATATTTAGAATACGTTGTGTATTCATGAATTTATGCCAGCTAT
TATAA

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR3DB19JQ 725 0 0
GC
ATAAGAAAATATGAAGCAAGAAATTCAAAACGAAACAGCTCAGACTCATCTGTCACAGAG
AGAGGGGAGAATGTTTTCTTTTCTCCTCCCAGTGTTAGAGGTTATCAAGGTGGTTATGGC
TTCCGTTGCCTCCGTAGTCTTTTTAGGCTTCGCCGGTGTAACACTCGCTTGTTCAGCCGT
GGCATTAGCCGTATCCACGCCGCTTTTCATCATCTTCAGTCCGATTCTCGTACCCGCCAC
TATAGCCACGACCCTCCTAGCATCTGGGCTCGGCGCTAGTGCCACCCTCGGAGCGACGGG
CATGGGTCTCCTCATGCGGCTCATTAAGAATCCTGAAGGAGCTTCCCCGGCAACTCAGCC
ATCCTTCTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAAGGTT
AATTGATATACCAGGAATTGGAAAATCTGAAGGTAAAAAAGGTAAATCTAAAGGTAAAAA
AGGTAAAGGTAAGAAAAAAGGTAAAGGTTCAAAGGGTAAAGATAAGAAAAAGGGTAAAGG
TTCACGTAAGGGTTCATCTGATGATGAAAGTTCATAAATGGAAGCTCATATAGGAATTGT
GGTAAATGTATGGGTAAAGATAAATTCATATAAAGATAAATTCATATAAAGATAAACACA
TTGGTCCATGTATTCCAATATTTAGAATACGTTGTGTATTCATGAATTTATGCCAGCTAT
TAT

QA 3 725 3 725
DS 

RD RR3AX65JQ 704 0 0
TCAGACTCATCTGTCACAGAGAGAGGGGAGAATGTTTTCTTTTCTCCTCCCAGTGTTAGA
GGTTATCAAGGTGGTTATGGCTTCCGTTGCCTCCGTAGTCTTTTTAGGCTTCGCCGGTGT
AACACTCGCTTGTTCAGTCGTGGCATTAGCCGTATCCACGCCGCTTTTCATCATCTTCAG
TCCGATTCTCGTACCCGCCACTATAGCCACGACCCTCCTAGCATCTGGGCTCGGCGCTAG
TGCCACCCTCGGAGCGACGGGCATGGGTCTCCTCATGCGGCTCATTAAGAATCCTGAAGG
AGCTTCCCCGGCAATTCAGCCATCCTTCTTATCTCTGTTGGAAATGCCAAACTTTATTAA
GAGTAAGATGCAAGAAAGGTTAATTGATATACCAGGAATTGGAAAATCTGAAGGTAAAAA
AGGTAAATCTAAAGGTAAAAAAGGTAAAGGTAAGAAAAAAGGTAAAGGTTCAAAGGGTAA
AGATAAGAAAAAGGGTAAAGGTTCACGTAAGGGTTCATCTGATGATGAAAGTTCATAAAT
GGAAGCTCATATAGGAATTGTGGTAAATGTATGGGTAAAGATAAATTCATATAAAGATAA
ATTCATATAAAGATAAACACATTGGTCCATGTATTCCAATATTTAGAATACGTTGTGTAT
TCATGAATTTATGCCAGCTATTATAATAAAAGGCTTTGATTAAC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3B594TF 157 0 0
G
ATATAGGAATTGTGGTAAATGTATGGGTAAAGATAAATTCATATAAAGATAAATTCATAT
AAAGATAAACACATTGGTCCATGTATTCCAATATTTAGAATACGTTGTGTATTCATGAAT
TTATGCCAGCTATTATAATAAAAGGCTTTGATTAA
T

QA 2 156 2 156
DS 

RD RR3DX45JQ 363 0 0
TGGAAATGCCAAACTTTATTAAGAGTAAGATGCAAGAAAGGTTAATTGATATACCAGGAA
TTGGAAAATCTGAAGGTAAAAAAGGTAAATCTAAAGGTAAAAAAGGTAAAGGTAAGAAAA
AAGGTAAAGGTTCAAAGGGTAAAGATAAGAAAAAGGGTAAAGGTTCACGTAAGGGTTCAT
CTGATGATGAAAGTTCATAAATGGAAGCTCATATAGGAATTGTGGTAAATGTATGGGTAA
AGATAAATTCATATAAAGATAAATTCATATAAAGATAAACACATTGGTCCATGTATTCCA
ATATTTAGAATACGTTGGGTATTCATGAATTTATGCCAGCTATTATAATAAAAGGCTTTG
ATT

QA 1 363 1 363
DS 



AS 2 7

CO CL140Contig1 1353 5 33 U
GCTTCTCTGGCTACTAAGGGAGTTGGACACCTCGCTCGCAAGGGTACTGGTGGCAGATCT
TCCGTCAGTGGCATTGTAGCTACGGTGTTTGGAGCCACTGGGTTTCTTGGTCGTTATCTT
GTGCAGCAACTTGCTAAAATGGGATCGCAAGTGCTAGTTCCTTTCCGAGGCTCAGAGGAC
AATCCTCGCCATCTCAAGTTGATGGGAGATTTAGGACAGGAAGTACCCATGAAATTTGAC
CCAAGAGATGAAGACTCAATTAAGGCTGTCATGGCAAAGGCTAATGTCGTTATCAATCTC
ATTGGAAGAGAGTACGAGACCAGAAATTTCAGTTTCGAAGAGGTGAATCATCACATGGCC
GAGAAACTTGCATTGGTGGCCAAGGAACATGGTGGAATAATGAGATTTATTCAAGTTTCT
TGTCTGGGAGCTTCTGTATCATCTCCTTCAAGAATGCAGAGGGCAAAGGCTGCTGCTGAG
GAAGCTGTCTTGAGCGCCCTTCCTGAGGCGACAGTCATGAGACCTGCGACCATGATTGGT
ACAGAGGACAGAATCTTGAACCCCTGGGCAATGTTCGTTAAGAAATATGGTTTCCTCCCG
CTCATAGGTGGCGGGACCAACAAATTCCAGCCCGTATATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCA
ATTGTTGCAGCTCTCAAGGATGATGGCTCTAGCATGGGGAAAACCTATGAATTGGGTGGT
CCAGATGTCTTTACCCCTCATGATTTGGCGGAGATCATGTTTGATATGATCCGTGAATGG
CCTCGATATGTTAAGCTTCCATTTCCAATTGCTAAGGCAATGGCGGGTCCTCGGGATTTC
ATGGTGAACAAAGTCCCGTTTCCTCTACCCTCACCCCAGATCTTCAATCTGGATCAAATC
AATGCGCTTACGACAGATACACTTGTATCTGACAAGGCCTTGACGTTTCAGGATTTGGAC
CTTGTCCCTCATAAGTTGAAGGGATATCCAGTGGAGTTTCTTATCCAATATCGCAAAGGT
GGTCCTAACTTCGGTTCTACTGTGAGTGAAAAGATACCAACAGACTTCTACAATTGATGC
TGCTTCTGCTCCAAGGTCGTTTTCCTGGACTAATTATTTTCTCACAATGAAATTGCGGAA
ACCAGATTTGGTATTTTGATGCCTTTTTCATTTGCTTCTGTCAAATAATAAAATGGTTCT
CCTCTTTCTTGTGTTCTGGACAAAAAGTGTAGCACATAAGTTAGAGAGGGGGCGATATCT
GTCTTGATGGGACGATTTGGTCCCCTTAAAAATTATGCATTTTCAAACTTCATGTGCCAC
TATGCTCTTGAGTATAACTAAAGTGTCATGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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TCCGTCAGTGGCATTGTAGCTACGGTGTTTGGAGCCACTGGGTTTCTTGGTCGTTATCTT
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AATCCTCGCCATCTCAAGTTGATGGGAGATTTAGGACAGGAAGTACCGATGAAATTTGAC
CCAAGAGATGAAGACTCAATTAAGGCTGTCATGGCAAAGGCTAATGTCGTTATCAATCTC
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TGTCTGGGAGCCTCTGTATCATCTCCTTCAAGAATGCAGAGGGCAAAGGCTGCTGCCGAG
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ACAGAGGACAGAATCTTGAACCCCTGGGCAATGTTCGTTAAGAAATATGGTTTCCTCCCG
CTCATAGGTGGTGGGACCAACAAATTCCAGCCTGTATATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCA
ATTGTTGCAGCTCTCAAGGATGATGGCTCTAGCATGGGTAAAACCTACGAATTGGGTGGT
CCAGATGTCTTTACCCCTCATGATTTGGCAGAGATCATGTTTGATATGATCCGTGAATGG
CCTCGATATGTTAAGCTT

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DS 

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GG
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TCCTGAGGCGACAGTCATGAGACCTGCGACCATGATTGGTACAGAGGACAGAATCTTGAA
CCCCTGGGCAATGTTCGTTAAGAAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGCGGGACCAA
CAAATTCCAGCCCGTATATGTGGTTGATGTTGCTGCTGCAATTGTTGCAGCTCTCAAGGA
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TGATTTGGCGGAGATCATGTTTGATATGATCCGTGAATGGCCTCGATATGTTAAGCTTCC
ATTTCCAATTGCTAAG*CAATGGCGGGTC

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G
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CGGGATTTCATGGTGAACAAAGTCCCGTTTCCTCTACCCTCACCCCAGATCTTCAATCTG
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AATTGATGCTGCTTCTGCTCCAAG*TCGTTTTCCTGGACTAATTATTTTCTCACAATGAA
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GCATGGGGAAAACCTATGAATTGGGTGGTCCAGATGTCTTTACCCCTCATGATTTGGCGG
AGATCATGTTTGATATGATCCGTGAATGGCCTCGATATGTTAAGCTTCCATTTCCAATTG
CTAAGGCAATGGCGGGTCCTCGGGATTTCATGGTGAACAAAGTCCCGTTTCCTCTACCCT
CACCCCAGATCTTCAATCTGGATCAAATCAATGCGCTTACGACAGATACACTTGTATCTG
ACAAGGCCTTGACGTTTCAGGATTTGGACCTTGTCCCTCATAAGTTGAAGGGATATCCAG
TGGAGTTTCTTATCCAATATCGCAAAGGTGGTCCTAACTTCGGTTCTACTGTGAGTGAAA
AGATACCAACAGACTTCTACAATTGATGCTGCTTCTGCTCCAAGGTCGTTTTCCTGGACT
AATTATTTTCTCACAATGAAATTGCGGAAACCAGATTTGGTATTTTGATGCCTTTTTCAT
TTGCTTCTGTCAAATAATAAAATGGTTCTCCTCTTTCTTGTGTTCTGGACAAAAAGTGTA
GCACATAAGTTAGAGAGGGGGCGATATCTGTCTTGATGGGACGATTTGGTCCCCTTAAAA
ATTATGCATTTTCA
AACTC

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DS 

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ATTTGGACCTTGTCCCTCATAAGTTGAAGGGATATCCAGTGGAGTTTTTTATCCAATATC
GCAAAGGTGGTCCTAACTTCGGTTTTACTGTGAGTGAAAAGATACCAACAGACTTCTACA
ATTGATGCTGCTTCTGCTCCAAGGTCGTTTTCCTGGACTAATTATTTTCTCACAATGAAT
TTGCGGAAACCAGATTTGGTATTTTGATGCCTTTTTCATTTGCTTCTGTCAAATAATAAA
ATGGTTCTCCTCTTTCTTGTGTTCTGGACAAAAAGTGTAGCACATAAGTTAGAGAGGGGG
CGATATCTGTCTTGATGGGACGATTTGGTCCCCTTAAAAATTATGCATTTTCAAACTTCA
TGTGCCACTATGCTCTTGAGTATAACTAAAGTGTCATGTGC

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DS 



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AGGATGCAGGCAGTTTCCAGGAGATTAGTCCAACGGCCCCTCGGCGGAGGAGCTTCGATC
TATTCATCGTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCCGATCACCACCTGAATGGAGCT
GATAATCGTCGATACTCGTCTTCCCTTGCTACAAAGGGCGTGGGACACCTCGCTCGCAAG
GGTACTGGTGGCAGATCTTCCGTCAGTGGCATTGTAGCTACGGTGTTTGGAGCCACTGGG
TTTCTTGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTTGCTAAAATGGGATCACAAGTGCTAGTTCCT
TTCCGAGGCTCAGAGGATAATCCTCGACATCTCAAGTTGATGGGAGATTTAGGACAAGTA
GTACCGATGAAATTCGATCCAAGAGATGAAGACTCGATTAAGGCTGTCATGGCAAAGGCT
AATGTCGTTATCAATCTCATTGGAAGAGAGTACGAGACCAGAAATTTCAGTTTCGAAGAG
GTGAATCATCACATGGCCGAGAAACTTGCATTGGTGGCTAAGGAACATGGTGGGATAATG
AGATTTATTCAGGTTTCTTGTCTGGGAGCTTCTGTGTCATCTCCTTCAAGAATGCAGAGG
GCAAAAGCTGTTGCTGAGGAAGCTGTCTTGAACGCTCTACCTGAGGCGACAGTCATGAGA
CCTGCGACCATGATTGGTACAGAGGACAGAATCTTGAACCCCTGGGCGATGTTCGTTAAG
AAATATGGTTTCCTCCCGCTCATAGGTGGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP93TF U 1
AF RR3E574TF U 249
BS 1 269 RR3CP93TF
BS 270 270 RR3E574TF
BS 271 416 RR3CP93TF
BS 417 417 RR3E574TF
BS 418 431 RR3CP93TF
BS 432 432 RR3E574TF
BS 433 705 RR3CP93TF
BS 706 706 RR3E574TF
BS 707 747 RR3CP93TF
BS 748 810 RR3E574TF

RD RR3CP93TF 747 0 0
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AGGATGCAGGCAGTTTCCAGGAGATTAGTCCAACGGCCCCTCGGCGGAGGAGCTTCGATC
TATTCATCGTCTTCTCTCAGATCGCTCTACGGAGTCTCCGATCACCACCTGAATGGAGCT
GATAATCGTCGATACTCGTCTTCCCTTGCTACAAAGGGCGTGGGACACCTCGCTCGCAAG
GGTACTGGTGGCAGATCTTCCGTCAGTGGGATTGTAGCTACGGTGTTTGGAGCCACTGGG
TTTCTTGGTCGTTATCTTGTGCAGCAGCTTGCTAAAATGGGATCACAAGTGCTAGTTCCT
TTCCGAGGCTCAGAGGATAATCCTCGACATCTCAAGTTGATGGGAGATTTAGGACAGGTA
GTACCGATGAATTTCGATCCAAGAGATGAAGACTCGATTAAGGCTGTCATGGCAAAGGCT
AATGTCGTTATCAATCTCATTGGAAGAGAGTACGAGACCAGAAATTTCAGTTTCGAAGAG
GTGAATCATCACATGGCCGAGAAACTTGCATTGGTGGCTAAGGAACATGGTGGGATAATG
AGATTTATTCAGGTTTCTTGTCTGGGAGCTTCTGTGTCATCTCCTTCAAGAATGCAGAGG
GCAAAAGCTGTTGCTGAGGAAGCTGTCTTGAACGCTCTACCTGAG*CGACAGTCATGAGA
CCTGCGACCATGATTGGTACAGAGGAC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3E574TF 562 0 0
G
GGCAGATCTTCCGTCAGTGGCATTGTAGCTACGGTGTTTGGAGCCACTGGGTTTCTTGGT
CGTTATCTTGTGCAGCAGCTTGCTAAAATGGGATCACAAGTGCTAGTTCCTTTCCGAGGC
TCAGAGGATAATCCTCGACATCTCAAGTTGATGGGAGATTTAGGACAAGTAGTACCGATG
AAATTCGATCCAAGAGATGAAGACTCGATTAAGGCTGTCATGGCAAAGGCTAATGTCGTT
ATCAATCTCATTGGAAGAGAGTACGAGACCAGAAATTTCAGTTTCGAAGAGGTGAATCAT
CACATGGCCGAGAAACTTGCATTGGTGGCTAAGGAACATGGTGGGATAATGAGATTTATT
CAGGTTTCTTGTCTGGGAGCTTCTGTGTCATCTCCTTCAAGAATGCAGAGGGCAAAAGCT
GTTGCTGAGGAAGCTGTCTTGAACGCTCTACCTGAGGCGACAGTCATGAGACCTGCGACC
ATGATTGGTACAGAGGACAGAATCTTGAACCCCTGGGCGATGTTCGTTAAGAAATATGGT
TTCCTCCCGCTCATAGGTGGC

QA 2 562 2 562
DS 



AS 3 13

CO CL141Contig1 863 3 3 U
GGAGGTAACACATTCGAAAACTAAATTCAATCGGGAGAAGATGTCTATGATCAAGAGGTT
TACCAATCTGGATTGGGTAAAAAGGGCCGAACCGAAGTTATCAGATACTCCAAGAAACTA
TGAGGCCAGTCCCAAAGACGCCAAGGTTCCAATCTCTCCCTCCACTGCACAGCTACGTTC
TGATGTCCTGAAGCCCAAGAATCTGAACAATGGACACATCGAGTCTCGGGTGGACGAGAA
AAACAGCAACTTCATGCTCTATCCAAGGAACCTCTCGATCACTTGGTCGGATGACCCCAA
CTATTGGACTTGGTTTCTCAACAAGGAGTCACCAAATGAGGCAGGTGTAGAAGCTGTGGC
GTTGAAAAACGTGTGTTGGCTCGACATCACGGGAAAATTCGACACGAAGAATCTCACTCC
AGGGATTACGTACGAGGTAGTCTTTAAGGTGAAACTAGAGGATCCGGCATATGGATGGGA
CACGCCGGTGAACATTAAACTAGTGTTGCCTAACGGTAACCACAAACTGCAGGAGCAAAA
GGTGAGTTTAAGGGAAATACCAAGGTATCAATGGGTCGATATTATAGTCGGAGAATTCAA
GCCGGAGAAAAATTCCGCCGGTGAAATCACTTTCTCAATGTATGAGCATGAGAGTGGCGT
TTGGAAGAAAGGGCCCTTCCTCAAAGGTGTTGAAATTTGTCCCAAATATACAAATTAATA
TGGGAATATAAATTTCCAAATGCACCACCACTGAAACTTTATATATATTTCACATCATGA
CATATCTGTAAGGAACGAGTGTGTGCATTTATATGATAAGGTTGATCTATCGTATTATTA
CTTTAGACACCTATTTTGATGTT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C244TF U 1
AF RR3C847TF U 1
AF RR3BW94JQ C 299
BS 1 611 RR3C244TF
BS 612 692 RR3C847TF
BS 693 863 RR3BW94JQ

RD RR3C244TF 613 0 0
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TACCAATCTGGATTGGGTAAAAAGGGCCGAACCGAAGTTATCAGATACTCCAAGAAACTA
TGAGGCCAGTCCCAAAGACGCCAAGGTTCCAATCTCTCCCTCCACTGCACAGCTACGTTC
TGATGTCCTGAAGCCCAAGAATCTGAACAATGGACACATCGAGTCTCGGGTGGACGAGAA
AAACAGCAACTTCATGCTCTATCCAAGGAACCTCTCGATCACTTGGTCGGATGACCCCAA
CTATTGGACTTGGTTTCTCAACAAGGAGTCACCAAATGAGGCAGGTGTAGAAGCTGTGGC
GTTGAAAAACGTGTGTTGGCTCGACATCACGGGAAAATTCGACACGAAGAATCTCACTCC
AGGGATTACGTACGAGGTAGTCTTTAAGGTGAAACTAGAGGATCCGGCATATGGATGGGA
CACGCCGGTGAACATTAAACTAGTGTTGCCTAACGGTAACCACAAACTGCAGGAGCAAAA
GGTGAGTTTAAGGGAAATACCAAGGTATCAATGGGTCGATATTATAGTCGGAGAATTCAA
GCCGGAGAAAA
TT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3C847TF 692 0 0
GG
AGGTAACACATTCGAAAACTAAATTCAATCGGGAGAAGATGTCTATGATCAAGAGGTTTA
CCAATCTGGATTGGGTAAAAAGGGCCGAACCGAAGTTATCAGATACTCCAAGAAACTATG
AGGCCAGTCCCAAAGACGCCAAGGTTCCAATCTCTCCCTCCACTGCACAGCTACGTTCTG
ATGTCCTGAAGCCCAAGAATCTGAACAATGGACACATCGAGTCTCGGGTGGACGAGAAAA
ACAGCAACTTCATGCTCTATCCAAGGAACCTCTCGATCACTTGGTCGGATGACCCCAACT
ATTGGACTTGGTTTCTCAACAAGGAGTCACCAAATGAGGCAGGTGTAGAAGCTGTGGCGT
TGAAAAACGTGTGTTGGCTCGACATCACGGGAAAATTCGACACGAAGAATCTCACTCCAG
GGATTACGTACGAGGTAGTCTTTAAGGTGAAACTAGAGGATCCGGCATATGGATGGGACA
CGCCGGTGAACATTAAACTAGTGTTGCCTAACGGTAACCACAAACTGCAGGAGCAAAAGG
TGAGTTTAAGGGAAATACCAAGGTATCAATGGGTCGATATTATAGTCGGAGAATTCAAGC
CGGAGAAAAATTCCGCCGGTGAAATCACTTTCTCAATGTATGAGCATGAGAGTGGCGTTT
GGAAGAAAGGGCCCTTCCTCAAAGGTGTTG

QA 3 692 3 692
DS 

RD RR3BW94JQ 565 0 0
AACTATTGGACTTGGTTTCTCAACAAGGAGTCACCAAATGAGGCAGGTGTAGAAGCTGTG
GCGTTGAAAAACGTGTGTTGGCTCGACATCACGGGAAAATTCGACACGAAGAATCTCACT
CCAGGGATTACGTACGAGGTAGTCTTTAAGGTGAAACTAGAGGATCCGACATATGGATGG
GACACGCCGGTGAACATTAAACTAGTGTTGCCTAACGGTAACCACAAACTGCAGGAGCAA
AAGGTGAGTTTAAGGGAAATACCAAGGTATCAATGGGTCGATATTATAGTCGGAGAATTC
AAGCCGGAGAAAAATTCCGCCGGTGAAATCACTTTCTCAATGTATGAGCATGAGAGTGGC
GTTTGGAAGAAAGGGCTCTTCCTCAAAGGTGTTGAAATTTGTCCCAAATATACAAATTAA
TATGGGAATATAAATTTCCAAATGCACCACCACTGAAACTTTATATATATTTCACATCAT
GACATATCTGTAAGGAACGAGTGTGTGCATTTATATGATAAGGTTGATCTATCGTATTAT
TACTTTAGACACCTATTTTGATGTT

QA 1 565 1 565
DS 



CO CL141Contig2 454 2 3 U
TCGGTTTTGGTTTTATTCAGTACCAACATCAAAATAGGTGTCTAAAGTAATAATACAATA
AATCAACCTTATCATATAAATGTACACACTCGTTCCTTACAAATATGTCATGACGTGAAA
TATATATATAAAGTTTCAGTGGGGGGGCATTTGGAAATTTATATTCCCATATTAATTTGT
ATATTTGGGACAAATTTCAACACCTTTGAGGAAGGGCCCTTTCTTCCAAACCCCACTCTC
ATGCTCATACATTGAAAAAGTGATTTCACCGGCGGAATTTTTCCCCGGCTTGAATTCCCC
GACTATAATATCGACCCATTGATACCTTGGTATTTCCCTTAAACTCACCTTTTGCTCCTG
CAGTTTGTGGTTACCGTTAGGCAACACTAGTTTAATGTTCACCGGCGTGTCCCATCCATA
TGCCGGATCCTCTAGTTTCACCTTAAAGACTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C847JQ U 1
AF RR3C244JQ U 17
BS 1 56 RR3C847JQ
BS 57 57 RR3C244JQ
BS 58 454 RR3C847JQ

RD RR3C847JQ 454 0 0
TCGGTTTTGGTTTTATTCAGTACCAACATCAAAATAGGTGTCTAAAGTAATAATACGATA
AATCAACCTTATCATATAAATGTACACACTCGTTCCTTACAAATATGTCATGACGTGAAA
TATATATATAAAGTTTCAGTGGGGGGGCATTTGGAAATTTATATTCCCATATTAATTTGT
ATATTTGGGACAAATTTCAACACCTTTGAGGAAGGGCCCTTTCTTCCAAACCCCACTCTC
ATGCTCATACATTGAAAAAGTGATTTCACCGGCGGAATTTTTCCCCGGCTTGAATTCCCC
GACTATAATATCGACCCATTGATACCTTGGTATTTCCCTTAAACTCACCTTTTGCTCCTG
CAGTTTGTGGTTACCGTTAGGCAACACTAGTTTAATGTTCACCGGCGTGTCCCATCCATA
TGCCGGATCCTCTAGTTTCACCTTAAAGACTACC

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR3C244JQ 429 0 0
TCAG
TACCAACATCAAAATAGGTGTCTAAAGTAATAATACAATAAATCAACCTTATCATATAAA
TGTACACACTCGTTCCTTACAAATATGTCATGACGTGAAATATATATATAAAGTTTCAGT
GGGGGGGCATTTGGAAATTTATATTCCCATATTAATTTGTATATTTGGGACAAATTTCAA
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TGATTTCACCGGCGGAATTTTTCTCCGGCTTGAATTCTCCGACTATAATATCGACCCATT
GATACCTTGGTATTTCCCTTAAACTCACCTTTTGCTCCTGCAGTTTGTGGTTACCGTTAG
GCAACACTAGTTTAATGTTCACCGGCGTGTCCCATCCATATGCCGGATCCTCTAGTTTCA
CCTTA

QA 5 429 5 429
DS 



CO CL141Contig3 991 8 5 U
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ACTCGAATTCAAACTTAAAACATTAGTACACCAACTCTCGGTTTTGGTTTTATTCAATAC
CAACATCAAAATAGGTGTCTAAAGTAATAATACCATAGATCAACCTTATCGTATATATGC
ACACACTCGTTCCATACAGATATGTCATGATGTGAAATATATATATAAAGTTTCAGTGGT
GGTGCATTTGGAAATTTATATTCCCATATTAATTTGTATATTTGGGACAAATTTCAACAC
CTTTGAGGAAGAGCCCTTTCTTCCAAAGGCCACTCTCATGCTCATACATTGAGAAAGTGA
TTTCTCCGGCGGAATTTTTCTCCGGCTTGAATTCTCCGACTATAATATCGACCCATTGAT
ACCTTGGTATTTCCCTTAAACTCACCTTTTGCTCCTGCAGTTTGTGGTTACCGTTAGGTA
ACACTAGTTTAATGTTCACCGGCGTGTCCCATCCATAGGCCGGATCCTCTAGTTTCACCT
TAAAGACCACCTCGTACGTAATCCCTGGAGTGAGATTCTTCGTGTCGAATTTTCCCGTGA
TGTCGAGCCAACACACGTTTTTCAACGCCACAGCTTCTACACCTGCCTCGTTTGGTGACT
CCTTGTTGAGAAACCAAGTCCAATAGTTGGGGTCATCCGACCAAGTGATCGAGAGGTTCC
TTGGATAGAGCATGAAGTTGCTGTTTTTCTCGTCCACCCTAGACTCGATGTGTCCATTTT
TCAGATTCTTGGGCTTCAGGACATCAGAACGTAGCTGTGCAGTGGAGGGAGAAATTGGAA
CCTTGGCGTCTTTGGGACTGGCCTCATAGTTTCTTGGAGTATCTGATAACTTCGGTTCAG
CCCTTTTTACCCAATCCCGATTGGTAAGCATCTTGATTATAGACATCTCCCGATTGAATT
TTGTTTTCGAATGTGTTACCTAAGTTTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AS26JQ U 137
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TTTCTCCGGCTTGAATTCTCCGACTATAATATCGACCCATTGATACCTTGGTATTTCCCT
TAAACTCACCTTTTGCTCCTGCAGTTTGTGGTTACCGTTAGGTAACACTAGTTTAATGTT
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GTTTTTCAACGCCACAGCTTCTACACCTGCCTCGTTTGGTGACTCCTTGTTGAGAAACCA
AGTCCAATAGTTGGGGTCATCCGACCAAGTG

QA 1 571 1 571
DS 

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CTTATCGTATATATGCACACACTCGTTCCATACAGATATGTCATGATGTGAAATATATAT
ATAAAGTTTCAGTGGTGGTGCATTTGGAAATTTATATTCCCATATTAATTTGTATATTTG
GGACAAATTTCAACACCTTTGAGGAAAAGCCCTTTCTTCCAAAGGCCACTCTCATGCTCA
TACATTGAGAAAGTGATTTCTCCGGCGGAATTTTTCTCCGGCTTGAATTCTCCGACTATA
ATATCGACCCATTGATACCTTGGTATTCCCCTTAAACTCACCTTTTGCTCCTGCAGTTTG
TGGTTACCGTTAGGTAACACTAGTTTAATGTTCACCGGCGTGTCCCATCCATAGGCCGGA
TCCTCTAGTTTCACCTTAAAGACCACCTCGTACGTAATCCCTGGAGTGAGATTCTTCGTG
TCGAATTTTCCCGTGATGTCGAGCCAACACACGTTTTTCAACGCCACAGCTTCTACACCT
GCCTCGTTTGGTGACTCCTTGTTGAGAAACCAAGTCCAATAGTTGGGGTCATCCGACCAA
GTGGTCGAGAGGTTCCTTGGATAGAGCATGAAGTTGCTGTTTTTCTCGTCCACCCTAGAC

QA 1 720 1 720
DS 

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CAACATCAAAATAGGTGTCTAAAGTAATAATACCATAGATCAACCTTATCGTATATATGC
ACACACTCGTTCCATACAGATATGTCATGATGTGAAATATATATATAAAGTTTCAGTGGT
GGTGCATTTGGAAATTTATATTCCCATATTAATTTGTATATTTGGGACAAATTTCAACAC
CTTTGAGGAAGAGCCCTTTCTTCCAAAGGCCACTCTCATGCTCATACATTGAGAAAGTGA
TTTCTCCGGCGGAATTTTTCTCCGGCTTGAATTCTCCGACTATAATATCGACCCATTGAT
ACCTTGGTATTTCCCTTAAACTCACCTTTTGCTCCTGCAGTTTGTGGTTACCGTTAGGTA
ACACTAGTTTAATGTTCACCGGCGTGTCCCATCCATAGGCCGGATCCTCTAGTTTCACCT
TAAAGACCACCTCGTACGTAATCCCTGGAGTGAGATTCTTCGTGTCGAATTTTCCCGTGA
TGTCGAGCCAACACACGTTTTTCAACGCCACAGCTTCTACACCTGCCTCGTTTGGTGACT
CCTTGTTGAGAAACCAAGTCCAATAGTTGGGGTCATCCGACCAAGTGATCGAGAGGTTCC
TTGGATAGAGCATGAAGTTGCTGTTTTTCTCGTCCACCCTAGACTCGATGTGTCCATTTT
TCAGATTCTTGGGCTTCAG*ACATCAGAACGTAGCTGTGCAGTGGAGGGAGAAATT

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR3DA85JQ 697 0 0
G
GTACACCAACTCTCGGTTTTGGTTTTATTCAATACCAACATCAAAATAGGTGTCTAAAGT
AATAATACCATAGATCAACCTTATCGTATATATGCACACACTCGTTCCATACAGATATGT
CATGATGTGAAATATATATATAAAGTTTCAGTGGTGGTGCATTTGGAAATTTATATTCCC
ATATTAATTTGTATATTTGGGACAAATTTCAACACCTTTGAGGAAGAGCCCTTTCTTCCA
AAGGCCACTCTCATGCTCATACATTGAGAAAGTGATTTCTCCGGCGGAATTTTTCTCCGG
CTTGAATTCTCCGACTATAATATCGACCCATTGATACCTTGGTATTTCCCTTAAACTCAC
CTTTTGCTCCTGCAGTTTGTGGTTACCGTTAGGTAACACTAGTTTAATGTTCACCGGCGT
GTCCCATCCATAGACCGGATCCTCTAGTTTCACCTTAAAGACCACCTCGTACGTAATCCC
TGGAGTGAGATTCTTCGTGTCGAATTTTCCCGTGATGTCGAGCCAACACACGTTTTTCAA
CGCCACAGCTTCTACACCTGCCTCGTTTGGTGACTCCTTGTTGAGAAACCAAGTCCAATA
GTTGGGGTCATCCGACCAAGTGATCGAGAGGTTCCTTGGATAGAGCATGAAGTTGCTGTT
TTTCTCGTCCACCCTAGACTCGATGTGTCCATTTTT

QA 2 697 2 697
DS 

RD RR3B112TF 814 0 0
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GTTTCAGTGGTGGTGCATTTGGAAATTTATATTCCCATATTAATTTGTATATTTGGGACA
AATTTCAACACCTTTGAGGAAGAGCCCTTTCTTCCAAAGGCCACTCTCATGCTCATACAT
TGAGAAAGTGATTTCTCCGGCGGAATTTTTCTCCGGCTTGAATTCTCCGACTATAATATC
GACCCATTGATACCTTGGTATTCCCCTTAAACTCACCTTTTGCTCCTGCAGTTTGTGGTT
ACCGTTAGGTAACACTAGTTTAATGTTCACCGGCGTGTCCCATCCATAGGCCGGATCCTC
TAGTTTCACCTTAAAGACCACCTCGTACGTAATCCCTGGAGTGAGATTCTTCGTGTCGAA
TTTTCCCGTGATGTCGAGCCAACACACGTTTTTCAACGCCACAGCTTCTACACCTGCCTC
GTTTGGTGACTCCTTGTTGAGAAACCAAGTCCAATAGTTGGGGTCATCCGACCAAGTGGT
CGAGAGGTTCCTTGGATAGAGCATGAAGTTGCTGTTTTTCTCGTCCACCCTAGACTCGAT
GTGTCCATTTTTCAGATTCTTGGGCTTCAGGACATCAGAACGTAGCTGTGCAGTGGAGGG
AGAAATTGGAACCTTGGCGTCTTTGGGACTGGCCTCATAGTTTCTTGGAGTATCTGATAA
CTTCGGTTCAGCCCTTTTTACCCAATCCCGATTGGTAAGCATCTTGATTATAGACATCTC
CCGATTGAATTTTGTTTTCGAATGTGTTACCT
CC

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3AS26TF 799 0 0
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AATTTATATTCCCATATTAATTTGTATATTTGGGACAAATTTCAACACCTTTGAGGAAGA
GCCCTTTCTTCCAAAGGCCACTCTCATGCTCATACATTGAGAAAGTGATTTCTCCGGCGG
AATTTTTCTCCGGCTTGAATTCTCCGACTATAATATCGACCCATTGATACCTTGGTATTT
CCCTTAAACTCACCTTTTGCTCCTGCAGTTTGTGGTTACCGTTAGGTAACACTAGTTTAA
TGTTCACCGGCGTGTCCCATCCATAGGCCGGATCCTCTAGTTTCACCTTAAAGACCACCT
CGTACGTAATCCCTGGAGTGAGATTCTTCGTGTCGAATTTTCCCGTGATGTCGAGCCAAC
ACACGTTTTTCAACGCCACAGCTTCTACACCTGCCTCGTTTGGTGACTCCTTGTTGAGAA
ACCAAGTCCAATAGTTGGGGTCATCCGACCAAGTGATCGAGAGGTTCCTTGGATAGAGCA
TGAAGCTGCTGTTTTTCTCGTCCACCCTAGACTCGATGTGTCCATTTTTCAGATTCTTGG
GCTTCAGGACATCAGAACGTAGCTGTGCAGTGGAGGGAGAAATTGGAACCTTGGCGTCTT
TGGGACTGGCCTCATAGTTTCTTGGAGTATCTGATAACTTCGGTTCAGCCCTTTTTACCC
AATCCCGATTGGTAAGCATCTTGATTATAGACATCTCCCGATTGAATTTTGTTTTCGAAT
GTGTTACCTAAGTTTACCC

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DS 

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TATAATATCGACCCATTGATACCTTGGTATTTCCCTTAAACTCACCTTTTGCTCCTGCAG
TTTGTGGTTACCGTTAGGTAACACTAGTTTAATGTTCACCGGCGTGTCCCATCCATAGGC
CGGATCCTCTAGTTTCACCTTAAAGACCACCTCGTACGTAATCCCTGGAGTGAGATTCTT
CGTGTCGAATTTTCCCGTGATGTCGAGCCAACACACGTTTTTCAACGCCACAGCTTCTAC
ACCTGCCTCGTTTGGTGACTCCTTGTTGAGAAACCAAGTCCAATAGTTGGGGTCATCCGA
CCAAGTGATCGAGAGGTTCCTTGGATAGAGCATGAAGTTGCTGTTTTTCTCGTCCACCCT
AGACTCGATGTGTCCATTTTTCAGATTCTTGGGCTTCAGGACATCAGAACGTAGCTGTGC
AGTGGAGGGAGAAATTGGAACCTTGGCGTCTTTTGGACTGGCCTCATAGTTTCTTGGAGT
ATCTGATAACTTCGGTTCAGCCCTTTTTACCCAATCCCGATTGGTAAGCATCTTGATTAT
AGACATCTCCCGATTGAATTTTGTTTTCGAATGTGTTACCTAAGTTTACCC

QA 1 591 1 591
DS 

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TCTTCCAAAGGCCACTCTCATGCTCATACATTGAGAAAGTGATTTCTCCGGCGGAATTTT
TCTCCGGCTTGAATTCTCCGACTATAATATCGACCCATTGATACCTTGGTATTTCCCTTA
AACTCACCTTTTGCTCCTGCAGTTTGTGGTTACCGTTAGGTAACACTAGTTTAATGTTCA
CCGGCGTGTCCCATCCATAGACCGGATCCTCTAGTTTCACCTTAAAGACCACCTCGTACG
TAATCCCTGGAGTGAGATTCTTCGTGTCGAATTTTCCCGTGATGTCGAGCCAACACACGT
TTTTCAACGCCACAGCTTCTACACCTGCCTCGTTTGGTGACTCCTTGTTGAGAAACCAAG
TCCAATAGTTGGGGTCATCCGACCAAGTGATCGAGAGGTTCCTTGGATAGAGCATGAAGT
TGCTGTTTTTCTCGTCCACCCTAGACTCGATGTGTCCATTTTTCAGATTCTTGGGCTTCA
GGACATCAGAACGTAGCTGTGCAGTGGAGGGAGAAATTGGAACCTTGGCGTCTTTGGGAC
TGGCCTCATAGTTTCTTGGAGTATCTGATAACTTCGGTTCAGCCCTTTTTACCCAATCCC
GATTGGTAAGCATCTTGATTATAGACATCTCCCGATTGAATTTTGTTTTCGAATGTGTTA
CCTAAGTTTACCC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 12

CO CL142Contig1 913 12 27 U
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GAAGTGAAGGTGATCGGCGCATGGGCGAGTCCTTTTGTGATGAGGCCGAGGATTGCTCTA
AACCTCAAGTCTGTTCCCTACGAGTTTCTCCAGGAGACATTTGGATCTAAGAGCGAGTTG
CTTCTTAAATCAAATCCTGTTCACAAGAAGATTCCCGTTCTGATTCATGCTGGCAAACCA
GTTTGTGAGTCTAACATCATCGTTGAGTATGTTGATGAGACTTGGAGCGCATCTGGACCG
TCCATGCTACCTTCTAATCCTTATGACCGAGCCATCTCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATT
GACGAAAAGTGGTTTCCCTCTCTAAAAAGTATCCTACAAGCTGAGGGAGAAGAAGCCAAG
AAAGCTGTGCTAGCTCAAGTGGAAGAAGGGACCGCGCTTCTTGAGAAGGCCTTCATCGAT
TGCAGCAAAGGAAAACCATTCTTCAACGGTGAACACATCGGTTACCTCGACATTGCATTC
GGGTCCTTCCTTGGTTGGTTGAGAGTCACCGAGTTGGCAGCTGGTCATAAAGTTCTTGAT
GAGGCCAAGACTCCTTCTCTATCCAAATGGGCTGAGCAATTCTGTAACGATCCTGCTGTG
AAACCTGTCATGCCCGACACTGCAACTCTGGCTGAATTCGCTAAGAAGATCTTTGCCAAG
CCCGCAGCCTAAGTTGATGGTTGTGGTCCTTGTGTATTTGTGGGTTGAGTTCTTGCAAGA
ATAAAATGAGAGTGATAGTACTTATTTATTTATGTTTTAATTTTATTTAGCATTGTTGCT
AAGTGTATTTGGGATATTAAGTTTGTATCAGGCTTGGTGGAATGAAATAATTTTATATAG
GTAGTTTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 
25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 40 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 50 65 65 65 65 65 50 35 65 65 65 65 60 60 
60 60 15 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3FP65TF U 40
AF RR3DC58TF U 1
AF RR3FH84TF U 6
AF RR3FU68TF U 39
AF RR3FH84JQ C 128
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AF RR3DI52JQ C 156
AF RR3D139TF U 273
AF RR3BT85JQ C 272
AF RR3BT85TF U 272
AF RR3DC58JQ C 153
AF RR3D139JQ C 347
BS 1 119 RR3DC58TF
BS 120 120 RR3FH84TF
BS 121 461 RR3DC58TF
BS 462 462 RR3FH84TF
BS 463 560 RR3DC58TF
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BS 719 722 RR3FH84TF
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BS 871 871 RR3FH84JQ
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BS 883 898 RR3FH84JQ
BS 899 899 RR3DC58JQ
BS 900 900 RR3D139JQ
BS 901 908 RR3DC58JQ
BS 909 913 RR3D139JQ

RD RR3FP65TF 404 0 0
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ATGAGGCCGAGGATTGCTCTGAACCTCAAGTCTGTTCCCTACGAGTTTCTCCAGGAGACA
TTTGGATCTAAGAGCGAGTTGCTTCTTAAATCAAATCCTGTTCACAAGAAGATTCCCGTT
CTGATTCATGCTGGCAAACCAGTTTGTGAGTCTAACATCATCGTTGAGTATGTTGATGAG
ACTTGGAGCGCATCTGGACCGTCCATGCTACCTTCTAATCCTTATGACCGAGCCATCTCT
CGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAAAGTGGTTTCCCTCTCTAAAAAGTATCCTACAA
GCTGAGGGAGAAGAAGCCAAGAAAGCTGTGCTAGCTCAAGTGGA

QA 1 404 1 404
DS 

RD RR3DC58TF 722 0 0
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GAAGTGAAGGTGATCGGCGCATGGGCGAGTCCTTTTGTGATGAGGCCGAGGATTGCTCTG
AACCTCAAGTCTGTTCCCTACGAGTTTCTCCAGGAGACATTTGGATCTAAGAGCGAGTTG
CTTCTTAAATCAAATCCTGTTCACAAGAAGATTCCCGTTCTGATTCATGCTGGCAAACCA
GTTTGTGAGTCTAACATCATCGTTGAGTATGTTGATGAGACTTGGAGCGCATCTGGACCG
TCCATGCTACCTTCTAATCCTTATGACCGAGCCATCTCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATT
GACGAAAAGTGGTTTCCCTCTCTAAAAAGTATCCTACAAGCTGAGGGAGAAGAAGCCAAG
AAAGCTGTGCTAGCTCAAGTGGAAGAAGGGACCGCGCTTCTCGAGAAGGCCTTCATCGAT
TGCAGCAAAGGAAAACCATTCTTCAACGGTGAACACATCGGTTACCTCGACATTGCATTC
GGGTCCTTCCTTGGTTGGTTAAGAGTCACCGAGTTGGCAGCTGGTCATAAAGTTCTTGAT
GAGGCCAAGACTCCTTCTCTATCCAAATGGGCTGAGCA*TTCTGTAACGATCCTGCTGTG
AAACCTGTCATGCCCGACACTGCAACACTGGCTGAATTCGCTAATA*GATCTTTGCCA
GCTG

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3FH84TF 717 0 0
GG
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AGGTGATCGGCGCATGGGCGAGTCCTTTTGTGATGAGGCCGAGGATTGCTCTAAACCTCA
AGTCTGTTCCCTACGAGTTTCTCCAGGAGACATTTGGATCTAAGAGCGAGTTGCTTCTTA
AATCAAATCCTGTTCACAAGAAGATTCCCGTTCTGATTCATGCTGGCAAACCAGTTTGTG
AGTCCAACATCATCGTTGAGTATGTTGATGAGACTTGGAGCGCATCTGGACCGTCCATGC
TACCTTCTAATCCTTATGACCGAGCCATCTCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAA
AGTGGTTTCCCTCTCTAAAAAGTATCCTACAAGCTGAGGGAGAAGAAGCCAAGAAAGCTG
TGCTAGCTCAAGTGGAAGAAGGGACCGCGCTTCTTGAGAAGGCCTTCATCGATTGCAGCA
AAGGAAAACCATTCTTCAACGGTGAACACATCGGTTACCTCGACATTGCATTCGGGTCCT
TCCTTGGTTGGTTGAGAGTCACCGAGTTGGCAGCTGGTCATAAAGTTCTTGATGAGGCCA
AGACTCCTTCTCTATCCAAATGGGCTGAGCAATTCTGTAACGATCCTGCTGTGAAACCTG
TCATGCCCGACACTGCAACTCTGGCTGAATTCGCTAAGAAGATCTTTGCCAAGCC

QA 3 717 3 717
DS 

RD RR3FU68TF 736 0 0
G
GAGGTGAAAATGGCTAGCGACGAAGTGAAGGTGATCGGCGCATGGGCGAGTCCTTTTGTG
ATGAGGCCGAGGATTGCTCTAAACCTCAAGTCTGTTCCCTACGAGTTTCTCCAGGAGACA
TTTGGATCTAAGAGCGAGTTGCTTCTTAAATCAAATCCTGTTCACAAGAAGATTCCCGTT
CTGATTCATGCTGGCAGACCAGTTTGTGAGTCTAACATCATCGTTGAGTATGTTGATGAG
ACTTGGAGCGCATCTGGACCGTCCATGCTACCTTCTAATCCTTATGACCGAGCCATCTCT
CGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAAAGTGGTTTCCCTCTCTAAAAAGTATCCTACAA
GCTGAGGGAGAAGAAGCCAAGAAAGCTGTGCTAGCTCAAGTGGAAGAAGGGACCGCGCTT
CTTGAGAAGGCCTTCATCGATTGCAGCAAAGGAAACCCATTCTTCAACGGTGAACACATC
GGTTACCTCGACATTGCATTCGGGTCCTTCCTTGGTTGGTTGAGAGTCACCGAGTTGGCA
GCTGGTCATAAAGTTCTTGATGAGGCCAAGACTCCTTCTCTATCCAAATGGGCTGAGCAA
TTCTGTAACGATCCTGCTGTGAAACCTGTCATGCCCGACACTGCAACTCTGGCTGA*TTC
GCTAAGAAGATCTTTGCCAAGCCCGCAGCCTAAGTTGATGGTTGTGGTCCTTGTGTATTT
GTGGGTTGAGTTCTT

QA 2 736 2 736
DS 

RD RR3FH84JQ 771 0 0
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AATCAAATCCTGTTCACAAGAAGATTCCCGTTCTGATTCATGCTGGCAAACCAGTTTGTG
AGTCCAACATCATCGTTGAGTATGTTGATGAGACTTGGAGCGCATCTGGACCGTCCATGC
TACCTTCTAATCCTTATGACCGAGCCATCTCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAA
AGTGGTTTCCCTCTCTAAAAAGTATCCTACAAGCTGAGGGAGAAGAAGCCAAGAAAGCTG
TGCTAGCTCAAGTGGAAGAAGGGACCGCGCTTCTTGAGAAGGCCTTCATCGATTGCAGCA
AAGGAAAACCATTCTTCAACGGTGAACACATCGGTTACCTCGACATTGCATTCGGGTCCT
TCCTTGGTTGGTTGAGAGTCACCGAGTTGGCAGCTGGTCATAAAGTTCTTGATGAGGCCA
AGACTCCTTCTCTATCCAAATGGGCTGAGCAATTCTGTAACGATCCTGCTGTGAAACCTG
TCATGCCCGACACTGCAACTCTGGCTGAATTCGCTAAGAAGATCTTTGCCAAGCCCGCAG
CCTAAGTTGATGGTTGTGGTCCTTGTGTATTTGTGGGTTGAGTTCTTGCAAGAATAAAAT
GAGAGTGATAGTACTTATTTATTTATGTTTTAATTTTATTTAGCATTGTTGCTAAGTGTA
TTTGGAATATTAAGTTTGTATCAGGCTTGGTGGAATGAAATAATTTTATAT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3FU68JQ 773 0 0
AGTCTG
TCCCTACGAGTTTCTCCAGGAGACATTTGGATCTAAGAGCGAGTTGCTTCTTAAATCAAA
TCCTGTTCACAAGAAGATTCCCGTTCTGATTCATGCTGGCAGACCAGTTTGTGAGTCTAA
CATCATCGTTGAGTATGTTGATGAGACTTGGAGCGCATCTGGACCGTCCATGCTACCTTC
TAATCCTTATGACCGAGCCATCTCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAAAGTGGTT
TCCCTCTCTAAAAAGTATCCTACAAGCTGAGGGAGAAGAAGCCAAGAAAGCTGTGCTAGC
TCAAGTGGAAGAAGGGACCGCGCTTCTTGAGAAGGCCTTCATCGATTGCAGCAAAGGAAA
CCCATTCTTCAACGGTGAACACATCGGTTACCTCGACATTGCATTCGGGTCCTTCCTTGG
TTGGTTGAGAGTCACCGAGTTGGCAGCTGGTCATAAAGTTCTTGATGAGGCCAAGACTCC
TTCTCTATCCAAATGGGCTGAGCAATTCTGTAACGATCCTGCTGTGAAACCTGTCATGCC
CGACACTGCAACTCTGGCTGAATTCGCTAAGAAGATCTTTGCCAAGCCCGCAGCCTAAGT
TGATGGTTGTGGTCCTTGTGTATTTGTGGGTTGAGTTCTTGCAAGAATAAAATGAGAGTG
ATAGTACTTATTTATTTATGTTTTAATTTTATTTAGCATTGTTGCTAAGTGTATTTGGGA
TATTAAGTTTGTATCAGGCTTGGTGGAATGAAATAATTTTATAT
AGG

QA 7 770 7 770
DS 

RD RR3DI52JQ 743 0 0
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CGTTCTGATTCATGCTGGCAAACCAGTTTGTGAGTCTAACATCATCGTTGAGTATGTTGA
TGAGACTTGGAGCGCATCTGGACCGTCCATGCTACCTTCTAATCCTTATGACCGAGCCAT
CTCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAAAGTGGTTTCCCTCTCTAAAAAGTATCCT
ACAAGCTGAGGGAGAAGAAGCCAAGAAAGCTGTGCTAGCTCAAGTGGAAGAAGGGACCGC
GCTTCTTGAGAAGGCCTTCATCGATTGCAGCAAAGGAAAACCATTCTTCAACGGTGAACA
CATCGGTTACCTCGACATTGCATTCGGGTCCTTCCTTGGTTGGTTGAGAGTCACCGAGTT
GGCAGCTGGTCATAAAGTTCTTGATGAGGCCAAGACTCCTTCTCTATCCAAATGGGCTGA
GCAATTCTGTAACGATCCTGCTGTGAAACCTGTCATGCCCGACACTGCAACTCTGGCTGA
ATTCGCTAAGAAGATCTCTGCCAAGCCCGCAGCCTAAGTTGATGGTTGTGGTCCTTGTGT
ATTTGTGGGTTGAGTTCTTGCAAGAATAAAATGAGAGTGATAGTACTTATTTATTTATGT
TTTAATTTTATTTAGCATTGTTGCTAAGTGTATTTGGGATATTAAGTTTGTATCAGGCTT
GGTGGAATGAAATAATTTTATAT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3D139TF 610 0 0
TGATGAGACTTGGAGCGCATCTGGACCGTCCATGCTACCTTCTAATCCTTATGACCGAGC
CATCTCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAAAGTGGTTTCCCTCTCTAAAAAGTAT
CCTACAAGCTGAGGGAGAAGAAGCCAAGAAAGCTGTGCTAGCTCAAGTGGAAGAAGGGAC
CGCGCTTCTTGAGAAGGCCTTCATCGATTGCAGCAAAGGAAAACCATTCTTCAACGGTGA
ACACATCGGTTACCTCGACATTGCATTCGGGTCCTTCCTTGGTTGGTTGAGAGTCACCGA
GTTGGCAGCTGGTCATAAAGTTCTTGATGAGGCCAAGACTCCTTCTCTATCCAAATGGGC
TGAGCAATTCTGTAACGATCCTGCTGTGAAACCTGTCATGCCCGACACTGCAACTCTGGC
TGAATTCGCTAAGAAGATCTTTGCCAAGCCCGCAGCCTAAGTTGATGGTTGTGGTCCTTG
TGTATTTGTGGGTTGAGTTCTTGCAAGAATAAAATGAGAGTGATAGTACTTATTTATTTA
TGTTTTAATTTTAT**AGCATTGTTGCTAAGTGTATTTGGGATATTAAGTTTGTATCACG
CTTGGTGGAA

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3BT85JQ 585 0 0
G
TGATGAGACTTGGAGCACATCTGGACCGTCCATGCTACCTTCTAATCCTTATGACCGAGC
CATCGCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAAAGTGGTTTCCCTCTCTAAAAAGTAT
CCTACAAGCTGAGGGAGAAGAAGAGAAGAAAGCTGTGCTAGCTCAAGTGGAAGAAGGGAC
CGCGCTTCTCGAGAAGGCCTTCATCGATTGCAGCAAAGGAAAACCATTCTTCAACGGTGA
ACACGTCGGTTACCTCGACATTGCATTCGGGTGCTTCCTTGGTTGGTTGAGAGTCACCGA
GTTGGCAGCTGGTCATAAAGTTCTTGATGAGGCCAAGACTCCTTCTCTATCCAAATGGGC
TGAGCAATTTTGTAACGATCCTGCTGTGAAACCTGTCATGCCCGACACCGCAACTCTGGC
TGAATTCGCTAAGAAGATCTTCGCCAAGCCTGCGGCCTAAGTTGATGGTTGTGGTCCTTG
TGTATTTGTGGGATGAGTTCTTGCAAGAATAAAATGAGAGTGATAGTACTTACTTATTTA
TGTTTTAATTTTATTTAGCATTGTTGCTAAGTGTATTTGGGATA

QA 2 585 2 585
DS 

RD RR3BT85TF 597 0 0
G
TGATGAGACTTGGAGCACATCTGGACCGTCCATGCTACCTTCTAATCCTTATGACCGAGC
CATCGCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAAAGTGGTTTCCCTCTCTAAAAAGTAT
CCTACAAGCTGAGGGAGAAGAAGAGAAGAAAGCTGTGCTAGCTCAAGTGGAAGAAGGGAC
CGCGCTTCTCGAGAAGGCCTTCATCGATTGCAGCAAAGGAAAACCATTCTTCAACGGTGA
ACACGTCGGTTACCTCGACATTGCATTCGGGTGCTTCCTTGGTTGGTTGAGAGTCACCGA
GTTGGCAGCTGGTCATAAAGTTCTTGATGAGGCCAAGACTCCTTCTCTATCCAAATGGGC
TGAGCAATTTTGTAACGATCCTGCTGTGAAACCTGTCATGCCCGACACCGCAACTCTGGC
TGAATTCGCTAAGAAGATCTTCGCCAAGCCTGCGGCCTAAGTTGATGGTTGTGGTCCTTG
TGTATTTGTGGGATGAGTTCTTGCAAGAATAAAATGAGAGTGATAGTACTTACTTATTTA
TGTTTTAATTTTATTTAGCATTGTTGCTAAGTGTATTTGGGATATTAAGTTTGTAT

QA 2 597 2 597
DS 

RD RR3DC58JQ 758 0 0
GGAGACATTTGGATCTAAGAGCGAGTTGCTTCTTAAATCAAATCCTGTTCACAAGAAGAT
TCCCGTTCTGATTCATGCTGGCAAACCAGTTTGTGAGTCTAACATCATCGTTGAGTATGT
TGATGAGACTTGGAGCGCATCTGGACCGTCCATGCTACCTTCTAATCCTTATGACCGAGC
CATCTCTCGGTTCTGGGCTGCCTACATTGACGAAAAGTGGTTTCCCTCTCTAAAAAGTAT
CCTACAAGCTGAGGGAGAAGAAGCCAAGAAAGCTGTGCTAGCTCAAGTGGAAGAAGGGAC
CGCGCTTCTCGAGAAGGCCTTCATCGATTGCAGCAAAGGAAAACCATTCTTCAACGGTGA
ACACATCGGTTACCTCGACATTGCATTCGGGTCCTTCCTTGGTTGGTTAAGAGTCACCGA
GTTGGCAGCTGGTCATAAAGTTCTTGATGAGGCCAAGACTCCTTCTCTATCCAAATGGGC
TGAGCAATTCTGTAACGATCCTGCTGTGAAACCTGTCATGCCCGACACTGCAACACTGGC
TGAATTCGCTAATAAGATCTTTGCCAAGCCTGCGGCCTAAGTTGATGGTTGTGGTCCTTG
TGTATTTGTGGGATGAGTTCTTGCAAGAATAAAATGAGAGTGATAGTACTTATTTATTTA
TGTTTTAATTTTATTTAGCATTGTTGCTAAGTGTATTTGGGATATTAAGTTTGTATCAGG
CTTGGTGGAATGAAATAATTTTATATATGTAGTTTT
AG

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3D139JQ 567 0 0
GGGCTGCCTACATTGACGAAAAGTGGTTTCCCTCTCTAAAAAGTATCCTACAAGCTGAGG
GAGAAGAAGCCAAGAAAGCTGTGCTAGCTCAAGTGGAAGAAGGGACCGCGCTTCTTGAGA
AGGCCTTCATCGATTGCAGCAAAGGAAAACCATTTTTCAACGGTGAACACATCGGTTACC
TCGACATTGCATTCGGGTCCTTCCTTGGTTGGTTGAGAGTCACCGAGTTGGCAGCTGGTC
ATAAAGTTCTTGATGAGGCCAAGACTCCTTCTCTATCCAAATGGGCTGAGCAATTCTGTA
ACGATCCTGCTGTGAAACCTGTCATGCCCGACACTGCAACTCTGGCTGAATTCGCTAAGA
AGATCTTTGCCAAGCCCGCAGCCTAAGTTGATGGTTGTGGTCCTTGTGTATTTGTGGGTT
GAGTTCTTGCAAGAATAAAATGAGAGTGATAGTACTTATTTATTTATGTTTTAATTTTAT
**AGCATTGTTGCTAAGTGTATTTGGGATATTAAGTTTGTATCAGGCTTGGTGGAATGAA
ATAATTTTATATAGGTAGTTTTTTTTT

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 12

CO CL143Contig1 870 12 15 U
GGAAGCCTCACAAAACATTTTGATTTACTTTTCTCAATTGTCACTGTAATATTACATGAC
GAGTAACAAAATCCCAAAAGACAAAGCAAACAAACAAACAATTCTTACAAGAAGAGGAGT
AGCAGGCTACCTCTGGAGACTTAAGACAGCAAAAGACTGATGTTGGGTTTGGTGCCTCAT
TTAAAAGTAGAGAGACGAGGAAGTTTGTCCCTCAGATAGTAAAGTCTTGCTCTTCTCACT
TTCCTGTGGCTTACCACTTTTATCTCCTTTATGTTGGGTGAGTATAAAGGAAAGACGATT
TCAACGCCAATGCCAGCAATGATTCTCCGGATACGAATAGTAGTGTGGATGCCTGCGTTT
TGCCTAGACATCACTATCCCTTTGTAGATTGATAACCTACGCCTGTTCTCAGGTACTTCC
AGTTTGATCTCTACAATGTCCCCTGTCCTAATCTCTGGAACCGGTCTTACTTTCTCTGAA
ACCTCAATTGCTTTCTGGTTCAGTATCCCCATGACATCTCCGAGCTTGGTCCTTGGCTTC
CACGGAGTTTTTGCTTCCTCGACCTCAGTGTCTTCTACTGTTTCAGCAACATCCTCCGGA
ACTGCTTCAGTGTCTTCACCTACAGTACTGCTCTCTTCGGCTTTAGCTATAAACTCCCTT
CGCTTCCTGGAACCGATTGCGAATCCAAAGTTCGAGCTGGAATGGTTTAGGGAAACCCTA
GACAATGATATCCGAGAGTTCACTGATGGTATAAATGAAGAAACTCCTAGATTCTTACTT
GGGATTCTCGGTATCATATGCAGTGCCTGAGGAAGAAGAAGATGAGAGCTAGTCGCCATG
TTTGCAGAGTACGAAGCCTTATCAGCTTCC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 50 50 55 55 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 
65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H833JQ U 298
AF RR3A513JQ U 4
AF RR3FZ28JQ U 4
AF RR3G026JQ U 4
AF RR3GF30JQ U 1
AF RR3AX27JQ U 4
AF RR3H833TF C 448
AF RR3FZ28TF C 76
AF RR3GF30TF C 173
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AF RR3A513TF C 178
AF RR3AX27TF C 96
BS 1 8 RR3GF30JQ
BS 9 9 RR3A513JQ
BS 10 66 RR3GF30JQ
BS 67 67 RR3A513JQ
BS 68 212 RR3GF30JQ
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BS 214 261 RR3GF30JQ
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BS 680 680 RR3A513JQ
BS 681 785 RR3GF30JQ
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BS 806 855 RR3AX27JQ
BS 856 870 RR3FZ28TF

RD RR3H833JQ 201 0 0
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TTTTGCCTAGACATCACTATCCCTTTGTAGATTGATAACCTACGCCTGTTCTCAGGTACT
TCCAGTTTGATCTCTACAATGTCCCCTGTCCTAATCTCTGGAACCGGTCTTACTTTCTCT
GAAACCTCAATTGCTTTCTGG

QA 1 201 1 201
DS 

RD RR3A513JQ 702 0 0
G
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AACAAAATCCCAAAAGACAAAGCAAACAAACAAACAATTCTTACAAGAAGAGGAGTAGCA
GGCTACCTCTGGAGACTTAAGACAGCAAAAGACTGATGTTGGGTTTGGTGCCTCATTTAA
AAGTAGAGAGACGAGGAAGTTTGTCCCTCAGATAGTAAAGTCTTGCTCTTCTCACTTTCC
TGTGGCTTACCACTTTTATCTCCTTTATGTTGGGTGAGTATAAAGGAAAGACGATTTCAA
CGCCAATGCCAGCAATGATTCTCCGGATACGAATAGTAGTGTGGATGCCTGCGTTTTGCC
TAAACATCACTATCCCTTTGTAGATTGATAACCTACGCCTGTTCTCAGGTACTTCCAGTT
TGATCTCTACAATGTCCCCTGTCCTAATCTCTGGAACCGGTCTTACTTTCTCTGAAACCT
CAATTGCTTTCTGGTTCAGTATCCCCATGACATCTCCGAACTTGGTCCTTGGCTTCCACG
GAGTTTTTGCTTCCTCGACCTCAGTGTCTTCTACTGTTTCAGCAACATCCTCCGGAACTG
CTTCAGTGTCTTCACCTACAGTACTGCTCTCTTCGGCTTTAGCTATAAACTCCCTTCGCT
TACTGGAACCGATTGCGAATCCAAAGTTCGAGCTGGAATGG

QA 2 702 2 702
DS 

RD RR3FZ28JQ 697 0 0
A
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GGCTACCTCTGGAGACTTAAGACAGCAAAAGACTGATGTTGGGTTTGGTGACTCATTTAA
AAGTAGAGAGACGAGGAAGTTTGTCCCTCAGATAGTAAAGTCTTGCTCTTCTCACTTTCC
TGTGGCTTACCACTTTTATCTCCTTTATGTTGGGTGAGTATAAAGGAAAGACGATTTCAA
CGCCAATGCCAGCAATGATTCTCCGGATACGAATAGTAGTGTGGATGCCTGCGTTTTGCC
TAGACATCACTATCCCTTTGTAGATTGATAACCTACGCCTGTTCTCAGGTACTTCCAGTT
TGATCTCTACAATGTCCCCTGTCCTAATCTCTGGAACCGGTCTTACTTTCTCTGAAACCT
CAATTGCTTTCTGGTTCAGTATCCCCATGACATCTCCGAGCTTGGTCCTTGGCTTCCACG
GAGTTTTTGCTTCCTCGACCTCAGTGTCTTCTACTGTTTCAGCAACATCCTCCGGAACTG
CTTCAGTGTCTTCACCTACAGTACTGCTCTCTTCGGCTTTAGCTATAAACTCCCTTCGCT
TCCTGGAACCGATTGCGAATCCAAAGTTCGAGCTGG

QA 2 697 2 697
DS 

RD RR3G026JQ 755 0 0
G
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AACAAAATCCCAAAAGACAAAGCAAACAAACAAACAATTCTTACAAGAAGAGGAGTAGCA
GGCTACCTCTGGAGACTTAAGACAGCAAAAGACTGATGTTGGGTTTGGTGCCTCATTTAA
AAGTAGAGAGACGAGGAAGTTTGTCCCTCAGATAGTAAAGTCATGCTCTTCTCACTTTCC
TGTGGCTTACCACTTTTATCTCCTTTATGTTGGGTGAGTATAAAGGAAAGACGATTTCAA
CGCCAATGCCAGCAATGATTCTCCGGATACGAATAGTAGTGTGGATGCCTGCGTTTTGCC
TAGACATCACTATCCCTTTGTAGATTGATAACCTACGCCTGTTCTCAGGTACTTCCAGTT
TGATCTCTACAATGTCCCCTGTCCTAATCTCTGGAACCGGTCTTACTTTCTCTGAAACCT
CAATTGCTTTCTGGTTCAGTATCCCCATGACATCTCCGAGCTTGGTCCTTGGCTTCCACG
GAGTTTTTGCTTCCTCGACCTCAGTGTCTTCTACTGTTTCAGCAACATCCTCCGGAACTG
CTTCAGTGTCTTCACCTACAGTACTGCTCTCTTCGGCTTTAGCTATAAACTCCCCTCGCT
TCCTGGAACCGATTGCGAATCCAAAGTTCGAGCTGGAATGGTTTAGGGAAACCCTAGACA
ATGATATCCGAGAGTTCACTGATGGTATAAATGA

QA 2 755 2 755
DS 

RD RR3GF30JQ 805 0 0
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GAGTAAAAAAATCCCAAAAGACAAAGCAAACAAACAAACAATTCTTACAAGAAGAGGAGT
AGCAGGCTACCTCTGGAGACTTAAGACAGCAAAAGACTGATGTTGGGTTTGGTGCCTCAT
TTAAAAGTAGAGAGACGAGGAAGTTTGTCCCTAAGATAGTAAAGTCTTGCTCTTCTCACT
TTCCTGTGGCTTACCACTTTTGTCTCCTTTATGTTGGGTGAGTATAAAGGAAAGACGATT
TCAACGCCAATGCCAGCAATGATTCTCCGGATACGAATAGTAGTGTGGATGCCTGCGTTT
TGCCTAGACATCACTATCCCTTTGTAGATTGATAACCTACGCCTGTTCTCAGGTACTTCC
AGTTTGATCTCTACAATGTCCCCTGTCCTAATCTCTGGAACCGGTCTTACTTTCTCTGAA
ACCTCAATTGCTTTCTGGTTCAGTATCCCCATGACATCTCCGAGCTTGGTCCTTGGCTTC
CACGGAGTTTTTGCTTCCTCGACCTCAGTGTCTTCTACTGTTTCAGCAACATCCTCCGGA
ACTGCTTCAGTGTCTTCACCTACAGTACTGCTCTCTTCGGCTTTAGCTATAAACTCCCTT
CGCTTCCTGGAACCGATTGTGAATCCAAAGTTCGAGCTGGAATGGTTTAGGGAAACCCTA
GACAATGATATCCGAGAGTTCACTGATGGTATAAATGAAGAAACTCCTAGATTCTTACTT
GGGAT*CTCGGTATCATATGCAGTG

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR3AX27JQ 852 0 0
G
GCCTCACAAAACATTTTGATTTACTTT*CTCAATTGTCACTGTAATATTACATGACGAGT
AACAAAATCCCAAAAGACAAAGCAAACAAACAAACAATTCTTACAAGAAGAGGAGTAGCA
GGCTACCTCTGGAGACTTAAGACAGCAAAAGACTGATGTTGGGTTTGGTGCCTCATTTAA
AAGTAGAGAGACGAGGAAGTTTGCCCCTCAGATAGTAAAGTCTTGCTCTTCTCACTTTCC
TGTGGCTTACCACTTTTATCTCCTTTATGTTGGGTGAGTATAAAGGAAAGACGATTTCAA
CGCCAATGCCAGCAATGATTCTCCGGATACGAATAGTAGTGTGGATGCCTGCGTTTTGCC
TAGACATCACTATCCCTTTGTAGATTGATAACCTACGCCTGTTCTCAGGTACTTCCAGTT
TGATCTCTACAATGTCCCCTGTCCTAATCTCTGGAACCGGTCTTACTTTCTCTGAAACCT
CAATTGCTTTCTGGTTCAGTATCCCCATGACATCTCCGAGCTTGGTCCTTGGCTTCCACG
GAGTTTTTGCTTCCTCGACCTCAGTGTCTTCTACTGTTTCAGCAACATCCTCCGGAACTG
CTTCAGTGTCTTCACCTACAGTACTGCTCTCTTCGGCTTTAGCTATAAACTCCCTTCGCT
TCCTGGAACCGATTGCGAATCCAAAGTTCGAGCTGGAATGGTTTAGGGAAACCCTAGACA
ATGATATCCGAGAGTTCACTGATGGTATAAATGAAGAAACTCCTAGATTCTTACTTGGGA
TTCTCGGTATCATATGCAGTGCCTGAGGAAGAAGAAGATGAGAGCTAGTCGCCATGTTTG
CAGAGTACGAA

QA 2 852 2 852
DS 

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CCCATGACATCTCCGAGCTTGGTCCTTGGCTTCCACGGAGTTTTTGCTTCCTCGACCTCA
GTGTCTTCTACTGTTTCAGCAACATCCTCCGGAACTGCTTCAGTGTCTTCACCTACAGTA
CTGCTCTCTTCGGCTTTAGCTATAAACTCCCTTCGCTTCCTGGAACCGATTGCGAATCCA
AAGTTCGAGCTGGAATGGTTTAGGGAAACCCTAGACAATGATATCCGAGAGTTCACTGAT
GGTATAAATGAAGAAACTCCTAGATTCTTACTTGGGATTCTCGGTATCATATGCAGTGCC
TGAGGAAGAAGAAGATGAGAGCTAGTCGCCATGTTTGCAGAGTAC
CC

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR3FZ28TF 795 0 0
C
AAAGACAAAGCAAACAA*CAAACAAT*CTTACA*GAAGAGGAGTAGCAGGCTAC*TCTG*
AGACTTAAGACAGCAAAAGACTGATGTTGGGTTTGGTGACTCATTTAAAAGTAGAGAGAC
GAGGAAGTTTGTCCCTCAGATAGTAAAGTCTTGCTCTTCTCACTTTCCTGTGGCTTACCA
CTTTTATCTCCTTTATGTTGGGTGAGTATAAAGGAAAGACGATTTCAACGCCAATGCCAG
CAATGATTCTCCGGATACGAATAGTAGTGTGGATGCCTGCGTTTTGCCTAGACATCACTA
TCCCTTTGTAGATTGATAACCTACGCCTGTTCTCAGGTACTTCCAGTTTGATCTCTACAA
TGTCCCCTGTCCTAATCTCTGGAACCGGTCTTACTTTCTCTGAAACCTCAATTGCTTTCT
GGTTCAGTATCCCCATGACATCTCCGAGCTTGGTCCTTGGCTTCCACGGAGTTTTTGCTT
CCTCGACCTCAGTGTCTTCTACTGTTTCAGCAACATCCTCCGGAACTGCTTCAGTGTCTT
CACCTACAGTACTGCTCTCTTCGGCTTTAGCTATAAACTCCCTTCGCTTCCTGGAACCGA
TTGCGAATCCAAAGTTCGAGCTGGAATGGTTTAGGGAAACCCTAGACAATGATATCCGAG
AGTTCACTGATGGTATAAATGAAGAAACTCCTAGATTCTTACTTGGGATTCTCGGTATCA
TATGCAGTGCCTGAGGAAGAAGAAGATGAGAGCTAGTCGCCATGTTTGCAGAGTACGAAG
CCTTATCAGCTTCC

QA 2 795 2 795
DS 

RD RR3GF30TF 688 0 0
GTG
CTCATTTAAAAGTAGAGAGACGAGGAAGTTTGTCCCTAAGATAGTAAAGTCTTGCTCTTC
TCACTTTC*TGTGGCTTACCACTTTTGTCTCCTTTATGTTGGGTGAGTATAAAGGAAAGA
CGATTTCAACGCCAATGCCAGCAATGATTCTCCGGATACGAATAGTAGTGTGGATGCCTG
CGTTTTGCCTAGACATCACTATCCCTTTGTAGATTGATAACCTACGCCTGTTCTCAGGTA
CTTCCAGTTTGATCTCTACAATGTCCCCTGTCCTAATCTCTGGAACCGGTCTTACTTTCT
CTGAAACCTCAATTGCTTTCTGGTTCAGTATCCCCATGACATCTCCGAGCTTGGTCCTTG
GCTTCCACGGAGTTTTTGCTTCCTCGACCTCAGTGTCTTCTACTGTTTCAGCAACATCCT
CCGGAACTGCTTCAGTGTCTTCACCTACAGTACTGCTCTCTTCGGCTTTAGCTATAAACT
CCCTTCGCTTCCTGGAACCGATTGTGAATCCAAAGTTCGAGCTGGAATGGTTTAGGGAAA
CCCTAGACAATGATATCCGAGAGTTCACTGATGGTATAAATGAAGAAACTCCTAGATTCT
TACTTGGGATTCTCGGTATCATATGCAGTGCCTGAGGAAGAAGAAGATGAGAGCTAGTCG
CCATGTTTGCAGAGTACGAAGCCT
C

QA 4 687 4 687
DS 

RD RR3G026TF 686 0 0
TTTAAAAGTAGAGAGACGAGGAAGTTTGTCCCTCAGATAGTAAAGTCATGCTCTTCTCAC
TTTCCTGTGGCTTACCACTTTTATCTCCTTTATGTTGGGTGAGTATAAAGGAAAGACGAT
TTCAACGCCAATGCCAGCAATGATTCTCCGGATACGAATAGTAGTGTGGATGCCTGCGTT
TTGCCTAGACATCACTATCCCTTTGTAGATTGATAACCTACGCCTGTTCTCAGGTACTTC
CAGTTTGATCTCTACAATGTCCCCTGTCCTAATCTCTGGAACCGGTCTTACTTTCTCTGA
AACCTCAATTGCTTTCTGGTTCAGTATCCCCATGACATCTCCGAGCTTGGTCCTTGGCTT
CCACGGAGTTTTTGCTTCCTCGACCTCAGTGTCTTCTACTGTTTCAGCAACATCCTCCGG
AACTGCTTCAGTGTCTTCACCTACAGTACTGCTCTCTTCGGCTTTAGCTATAAACTCCCC
TCGCTTCCTGGAACCGATTGCGAATCCAAAGTTCGAGCTGGAATGGTTTAGGGAAACCCT
AGACAATGATATCCGAGAGTTCACTGATGGTATAAATGAAGAAACTCCTAGATTCTTACT
TGGGATTCTCGGTATCATATGCAGTGCCTGAGGAAGAAGAAGATGAGAGCTAGTCGCCAT
GTTTGCAGAGTACGAAGCCT
TATCCC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3A513TF 688 0 0
CATTTAAAAGTAGAGAGACGAGGAAGTTTGTCCCTCAGATAGTAAAGTCTTGCTCTTCTC
ACTTTCCTGTGGCTTACCACTTTTATCTCCTTTATGTTGGGTGAGTATAAAGGAAAGACG
ATTTCAACGCCAATGCCAGCAATGATTCTCCGGATACGAATAGTAGTGTGGATGCCTGCG
TTTTGCCTAGACATCACTATCCCTTTGTAGATTGATAACCTACGCCTGTTCTCAGGTACT
TCCAGTTTGATCTCTACAATGTCCCCTGTCCTAATCTCTGGAACCGGTCTTACTTTCTCT
GAAACCTCAATTGCTTTCTGGTTCAGTATCCCCATGACATCTCCGAGCTTGGTCCTTGGC
TTCCACGGAGTTTTTGCTTCCTCGACCTCAGTGTCTTCTACTGTTTCAGCAACATCCTCC
GGAACTGCTTCAGTGTCTTCACCTACAGTACTGCTCTCTTCGGCTTTAGCTATAAACTCC
CTTCGCTTACTGGAACCGATTGCGAATCCAAAGTTCGAGCTGGAATGGTTTAGGGAAACC
CTAGACAATGATATCCGAGAGTTCACTGATGATATAAATGAAGAAACTCCTAGATTCTTA
CTTGGGATTCTCGGTATCATATGCAGTGCCTGAGGAAGAAGAAGATGAGAGCTAGTCGCC
ATGTTTGCAGAGTACGAAGCCT
TATCCC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3AX27TF 766 0 0
AAACAATTCTTACAAGAAGAGGAGTAGCAGGCTACCTCTGGAGACTTAAGACAGCAAAAG
ACTGATGTTGGGTTTGGTGCCTCATTTAAAAGTAGAGAGACGAGGAAGTTTGCCCCTCAG
ATAGTAAAGTCTTGCTCTTCTCACTTTCCTGTGGCTTACCACTTTTATCTCCTTTATGTT
GGGTGAGTATAAAGGAAAGACGATTTCAACGCCAATGCCAGCAATGATTCTCCGGATACG
AATAGTAGTGTGGATGCCTGCGTTTTGCCTAGACATCACTATCCCTTTGTAGATTGATAA
CCTACGCCTGTTCTCAGGTACTTCCAGTTTGATCTCTACAATGTCCCCTGTCCTAATCTC
TGGAACCGGTCTTACTTTCTCTGAAACCTCAATTGCTTTCTGGTTCAGTATCCCCATGAC
ATCTCCGAGCTTGGTCCTTGGCTTCCACGGAGTTTTTGCTTCCTCGACCTCAGTGTCTTC
TACTGTTTCAGCAACATCCTCCGGAACTGCTTCAGTGTCTTCACCTACAGTACTGCTCTC
TTCGGCTTTAGCTATAAACTCCCTTCGCTTCCTGGAACCGATTGCGAATCCAAAGTTCGA
GCTGGAATGGTTTAGGGAAACCCTAGACAATGATATCCGAGAGTTCACTGATGGTATAAA
TGAAGAAACTCCTAGATTCTTACTTGGGATTCTCGGTATCATATGCAGTGCCTGAGGAAG
AAGAAGATGAGAGCTAGTCGCCATGTTTGCAGAGTACGAAGCCT
CC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 12

CO CL144Contig1 1172 12 9 U
GGACAATTGCGATTTTGTATTTCGTGTATATTTGATATACGTTACTGTCTGAAAGTTAAG
CTATATTGTTGAAACATTGCATTTTATATATAAGATCATTCATTCTTTACCTTTGTCTAC
ACGTTTTCCACTTATACTGGTTTATTGTTAATCAACATATCTTGTTCACGAGTCTAAAGA
GTTAAGAAACAACATGAGATAAATAGCCTTGCTCCACAAGTGAGGCAATGCAGTCATCAA
ACATCTCTTCAAGGGACTTGAACTCGAGCCCAAGACTCTTTATCTTCGAAGTGTCCAAGT
TGTAATGCAGCCTATATAGTTCCTCAAACCTCTTGGGGATAGGGAGTGATGGGTAACGTG
TGGATAAGAAGGAAACCAGTTCCTCTAGAGAGACAACTTTAGAGCTGCAAATGTATCTTC
CATGAGCTGCTTCGTGTTCGAAAACAAGAATGTGGGTTCTTGCCACATCATCGATATGAA
CATACCCCATCTGTCCATGCCACTGGAACTTCTCTGTTTCTCCTTTCAACAACCCGAGGA
CATCGGATGCTGTAGAGCACAGATCAGGAGGCAGGCTTGGTCCGATGAGGAAGGATGGTA
GAACAGTTACAAGGTCAAGGCCATTCTCTTCACAGTATTTCCATGCAGCTTGTTCGGCTA
ATGTCTTTGATAAAGCATACCACACCTGGAAACGCTTGCAAAGTTCAACAGAGGTCCAAA
CTGATTCATCAAGAGGGATGTTAGGATCAAAATCATCTCTGATCCTGACTGTTGAAGAGG
ATGAGGTGAGAACTACACGCTTCAAAGACTGATTCTTCCCGCATGATCTCAGTACATTCA
GTGTACCCTCTATAGCTGGTTTCAAAATCTCCTCCTCTGGATTAGAGGTAGGTTTGAGAA
CAGGAGAAGCAGTATGGAAAACTCCTTGGCATCCCATTATAGCGTTATCAAAACTTCCTT
CTTCCATTAAATCAGCCTTAACCAACCTTAGTCTCTCCTTTGCCCCTTCCAGTTTCCAAA
GGTGTGCAAGCTTCTTCTCATTCCCTGGATCTCTGACTGTTCCTGTAACTTCATACCCCT
CAAGGAGAAGCCTCTTCACAAGCCAAGAAGCTAAGAATCCTGAAGCTCCAGTCACACAAA
CTTTTCCTTTGGTTTGATCCATTCTCCTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 25 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3BC88JQ U 65
AF RR3D545JQ U 71
AF RR3BP93JQ U 99
AF RR3FJ14JQ U 1
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AF RR3BC88TF C 336
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AF RR3CA38TF C 1057
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BS 1 784 RR3FJ14JQ
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BS 786 805 RR3FJ14JQ
BS 806 806 RR3B459JQ
BS 807 831 RR3FJ14JQ
BS 832 881 RR3B459JQ
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BS 883 1151 RR3BC88TF
BS 1152 1172 RR3B459TF

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ATTGTT
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CTTATACTGGTTTATTGTTAATCAACATATCATGTTCACGA

QA 7 107 7 107
DS 

RD RR3D545JQ 706 0 0
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CTTATACTGGTTTATTGTTAATCAACATATCTTGTTCACGAGTCTAAAGAGTTAAGAAAC
AACATGAGATGAATAGCCTTGCTCCACAAGTGAGGCAATGCAGTCATCAAACATCTCTTC
AAGGGACTTGAACTCGAGCCCAAGACTCTTTATCTTCGAAGTGTCCAAGTTGTAATGCAG
CCTATATAGTTCCTCAAACCTCTTGGGGATAGGGAGTGATGGGTAACGTGTGGATAAGAA
GGAAACCAGTTCCTCTAGAGAGACAACTTTAGAGCTGCAAATGTATCTTCCATGAGCTGC
TTCGTGTTCGAAAACAAGAATGTGGGTTCTTGCCACATCATCGATATGAACATACCCCAT
CTGTCCATGCCACTGGAACTTCTCTGTTTCTCCTTTCAACAACCCGAGGACATCGGATGC
TGTAGAGCACAGATCAGGAGGCAGGCTTGGTCCGATGAGGAAGGATGGTAGAACAGTTAC
AAGGTCAAGGCCATTCTCTTCACAGTATTTCCATGCAGCTTGTTCGGCTAATGTCTTTGA
TAAAGCATACCACACCTGGAAACGCTTGCAAAGTTAAACAGAGGTCCAAACTGATTCATC
AAGAGGGATGTTAGGATCAAAATCATCTCTGATCCTGACTGTTGAA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3BP93JQ 677 0 0
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ATCTTGTTCACGAGTCTAAAGAGTTAAGAAACAACATGAGATAAATAGCCTTGCTCCACA
AGTGAG*CAATGCAGTCATCAAACATCTCTTCAAGGGACTTGAACTCGAGCCCAAGACTC
TTTATCTTCGAAGTGTCCAAGTTGTAATGCAGCCTATATAGTTCCTCAAACCTCTTGGGG
ATAGGGAGTGATGGGTAACGTGTGGATAAGAAGGAAACCAGTTCCTCTAGAGAGACAACT
TTAGAGCTGCAAATGTATCTTCCATGAGCTGCTTCGTGTTCGAAAACAAGAATGTGGGTT
CTTGCCACATCATCGATATGAACATACCCCATCTGTCCATGCCACTGGAACTTCTCTGTT
TCTCCTTTCAACAACCCGAGGACATCGGATGCTGTAGAGCACAGATCAGGAGGCAGGCTT
GGTCCGATGAGGAAGGATGGTAGAACAGTTACAAGGTCAAGGCCATTCTCTTCACAGTAT
TTCCATGCAGCTTGTTCGGCTAATGTCTTTGATAAAGCATACCACACCTGGAAACGCTTG
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CTGATCCTGACTGTTGA

QA 1 677 1 677
DS 

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CTATATTGTTGAAACATTGCATTTTATATATAAGATCATTCATTCTTTACCTTTGTCTAC
ACGTTTTCCACTTATACTGGTTTATTGTTAATCAACATATCTTGTTCACGAGTCTAAAGA
GTTAAGAAACAACATGAGATAAATAGCCTTGCTCCACAAGTGAGGCAATGCAGTCATCAA
ACATCTCTTCAAGGGACTTGAACTCGAGCCCAAGACTCTTTATCTTCGAAGTGTCCAAGT
TGTAATGCAGCCTATATAGTTCCTCAAACCTCTTGGGGATAGGGAGTGATGGGTAACGTG
TGGATAAGAAGGAAACCAGTTCCTCTAGAGAGACAACTTTAGAGCTGCAAATGTATCTTC
CATGAGCTGCTTCGTGTTCGAAAACAAGAATGTGGGTTCTTGCCACATCATCGATATGAA
CATACCCCATCTGTCCATGCCACTGGAACTTCTCTGTTTCTCCTTTCAACAACCCGAGGA
CATCGGATGCTGTAGAGCACAGATCAGGAGGCAGGCTTGGTCCGATGAGGAAGGATGGTA
GAACAGTTACAAGGTCAAGGCCATTCTCTTCACAGTATTTCCATGCAGCTTGTTCGGCTA
ATGTCTTTGATAAAGCATACCACACCTGGAAACGCTTGCAAAGTTCAACAGAGGTCCAAA
CTGATTCATCAAGAGGGATGTTAGGATCAAAATCATCTCTGATCCTGACTGTTGAAGAGG
ATGAAGTGAGAACTACACGCTTCAA*GACTGATTCTTCCCGCATGATCTCA

QA 1 831 1 831
DS 

RD RR3B459JQ 797 0 0
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TTGTTAATCAACATATCTTGTTCACGAGTCTAAAGAGTTAAGAAACAACATGAGATAAAT
AGCCTTGCTCCACAAGTGAGGCAATGCAGTCATCAAACATCTCTTCAAGGGACTTGAACT
CGAGCCCAAGACTCCTTATCTTCGAAGTGTCCAAGTTGTAATGCAGCCTATATAGTTCCT
CAAACCTCTTGGGGATAGGGAGTGATGGGTAACGTGTGGATAAGAAGGAAACCAGTTCCT
CTAGAGAGACAACTTTAGAGCTGCAAATGTATCTTCCATGAGCTGCTTCGTGTTCGAAAA
CAAGAATGTGGGTTCTTGCCACATCATCGATATGAACATACCCCATCTGTCCATGCCACT
GGAACTTCTCTGTTTCTCCTTTCAACAACCCGAGGACATCGGATGCTGTAGAGCACAGAT
CAGGAGGCAGGCTTGGTCCGATGAGGAAGGATGGTAGAACAGTTACAAGGTCAAGGCCAT
TCTCTTCACAGTATTTCCATGCAGCTTGTTCGGCTAATGTCTTTGATAAAGCATACCACA
CCTGGAAACGCTTGCAAAGTTCAACAGAGGTCCAAACTGATTCATCAAGAGGGATGTTAG
GATCAAAATCATCTCTGATCCTGACTGTTGAAGAGGATGAGGTGAGAACTACACGCTTCA
AAGACTGATTCTTCCCGCATGATCTCAGTACATTCAGTGTACCCTCTATAGCTGGTTTCA
AAATCTCCTCCTCTGGA

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3CA38JQ 799 0 0
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TGTTAATCAACATATCTTGTTCACGAGTCTAAAGAGTTAAGAAACAACATGAGATAAATA
GCCTTGCTCCACAAGTGAGGCAATGCAGTCATCAAACATCTCTTCAAGGGACTTGAACTC
GAGCCCAAGACTCTTTATCTTCGAAGTGTCCAAGTTGTAATGCAGCCTATATAGTTCCTC
AAACCTCTTGGGGATAGGGAGTGATGGGTAACGTGTGGATAAGAAGGAAACCAGTTCCTC
TAGAGAGACAACTTTAGAGCTGCAAATGTATCTTCCATGAGCTGCTTCGTGTTCGAAAAC
AAGAATGTGGGTTCTTGCCACATCATCGATATGAACATACCCCATCTGTCCATGCCACTG
GAACTTCTCTGTTTCTCCTTTCAACAACCCGAGGACATCGGATGCTGTAGAGCACAGATC
AGGAGGCAGGCTTGGTCCGATGAGGAAGGATGGTAGAACAGTTACAAGGTCAAGGCCATT
CTCTTCACAGTATTTCCATGCAGCTTGTTCGGCTAATGTCTTTGATAAAGCATACCACAC
CTGGAAACGCTTGCAAAGTTCAACAGAGGTCCAAACTGATTCATCAAGAGGGATGTTAGG
ATCAAAATCATCTCTGATCCTGACTGTTGAAGAGGATGAGGTGAGAACTACACGCTTCAA
AGACTGATTCTTCCCGCATGATCTCAGTACATTCAGTGTACCCTCTATAGCTGGTTTCAA
A*TCTCCTCCTCTGGAT
AG

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3BC88TF 816 0 0
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ACTTTAGAGCTGCAAATGTATCTTCCATGAGCTGCTTCGTGTTCGAAAACAAGAATGTGG
GTTCTTGCCACATCATCGATATGAACATACCCCATCTGTCCATGCCACTGGAACTTCTCT
GTTTCTCCTTTCAACAACCCGAGGACATCGGATGCTGTAGAGCACAGATCAGGAGGCAGG
CTTGGTCCGATGAGGAAGGATGGTAGAACAGTTACAAGGTCAAGGCCATTCTCTTCACAG
TATTTCCATGCAGCTTGTTCGGCTAATGTCTTTGATAAAGCATACCACACCTGGAAACGC
TTGCAAAGTTCAACAGAGGTCCAAACTGATTCATCAAGAGGGATGTTAGGATCAAAATCA
TCTCTGATCCTGACTGTTGAAGAGGATGAGGTGAGAACTACACGCTTCAAAGACTGATTC
TTCCCGCATGATCTCAGTACATTCAGTGTACCCTCTATAGCTGGTTTCAAAATCTCCTCC
TCTGGATTAGAGGTAGGTTTGAGAACAGGAGAAGCAGTATGGAAAACTCCTTGGCATCCC
ATTATAGCGTTATCAAAACTTCCTTCTTCCATTAAATCAGCCTTAACCAACCTTAGTCTC
TCCTTTGCCCCTTCCAGTTTCCAAAGGTGTGCAAGCTTCTTCTCATTCCCTGGATCTCTG
ACTGTTCCTGTAACTTCATACCCCTCAAGGAGAAGCCTCTTCACAAGCCAAGAAGCTAAG
AATCCTGAAGCTCCAGTCACACAAACTTTTCCTTTG

QA 1 816 1 816
DS 

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AAACAAGAATGTGGGTTCTTGCCACATCATCGATATGAACATACCCCATCTGTCCATGCC
ACTGGAACTTCTCTGTTTCTCCTTTCAACAACCCGAGGACATCGGATGCTGTAGAGCACA
GATCAGGAGGCAGGCTTGGTCCGATGAGGAAGGATGGTAGAACAGTTACAAGGTCAAGGC
CATTCTCTTCACAGTATTTCCATGCAGCTTGTTCGGCTAATGTCTTTGATAAAGCATACC
ACACCTGGAAACGCTTGCAAAGTTCAACAGAGGTCCAAACTGATTCATCAAGAGGGATGT
TAGGATCAAAATCATCTCTGATCCTGACTGTTGAAGAGGATGAGGTGAGAACTACACGCT
TCAAAGACTGATTCTTCCCGCATGATCTCAGTACATTCAGTGTACCCTCTATAGCTGGTT
TCAAAATCTCCTCCTCTGGATTAGAGGTAGGTTTGAGAACAGGAGAAGCAGTATGGAAAA
CTCCTTGGCATCCCATTATAGCGTTATCAAAACTTCCTTCTTCCATTAAATCAGCCTTAA
CCAACCTTAGTCTCTCCTTTGCCCCTTCCAGTTTCCAAAGGTGTGCAAGCTTCTTCTCAT
TCCCTGGATCTCTGACTGTTCCTGTAACTTCATACCCCTCAAGGAGAAGCCTCTTCACAA
GCCAAGAAGCTAAGAATCCTGAAGCTCCAGTCACACAAACTTTTCCTTTG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3B459TF 788 0 0
CTAGAGAGACAACTTTAGAGCTGCAAATGTATCTTCCATGAGCTGCTTCGTGTTCGAAAA
CAAGAATGTGGGTTCTTGCCACATCATCGATATGAACATACCCCATCTGTCCATGCCACT
GGAACTTCTCTGTTTCTCCTTTCAACAACCCGAGGACATCGGATGCTGTAGAGCACAGAT
CAGGAGGCAGGCTTGGTCCGATGAGGAAGGATGGTAGAACAGTTACAAGGTCAAGGCCAT
TCTCTTCACAGTATTTCCATGCAGCTTGTTCGGCTAATGTCTTTGATAAAGCATACCACA
CCTGGAAACGCTTGCAAAGTTCAACAGAGGTCCAAACTGATTCATCAAGAGGGATGTTAG
GATCAAAATCATCTCTGATCCTGACTGTTGAAGAGGATGAGGTGAGAACTACACGCTTCA
AAGACTGATTCTTCCCGCATGATCTCAGTACATTCAGTGTACCCTCTATAGCTGGTTTCA
AAATCTCCTCCTCTGGATTAGAGGTAGGTTTGAGAACAGGAGAAGCAGTATGGAAAACTC
CTTGGCATCCCATTATAGCGTTATCAAAACTTCCTTCTTCCATTAAATCAGCCTTAACCA
ACCTTAGTCTCTCCTTTGCCCCTTCCAGTTTCCAAAGGTGTGCAAGCTTCTTCTCATTCC
CTGGATCTCTGACTGTTCCTGTAACTTCATACCCCTCAAGGAGAAGCCTCTTCACAAGCC
AAGAAGCTAAGAATCCTGAAGCTCCAGTCACACAAACTTTTCCTTTGGTTTGATCCATTC
TCCTATCC

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3CA38TF 116 0 0
CTGTTCCTGTAACTTCATACCCCTCAAGGAGAAGCCTCTTCACAAGCCAAGAAGCTAAGA
ATCCTGAAGCTCCAGTCACACAAACTTTTCCTTTGGTTTGATCCATTCTCCTATCC

QA 1 116 1 116
DS 

RD RR3D545TF 729 0 0
ACAAGAATGTGGGTTCTTGCCACATCATCGATATGAACATACCCCATCTGTCCATGCCAC
TGGAACTTCTCTGTTTCTCCTTTCAACAACCCGAGGACATCGGATGCTGTAGAGCACAGA
TCAGGAGGCAGGCTTGGTCCGATGAGGAAGGATGGTAGAACAGTTACAAGGTCAAGGCCA
TTCTCTTCACAGTATTTCCATGCAGCTTGTTCGGCTAATGTCTTTGATAAAGCATACCAC
ACCTGGAAACGCTTGCAAAGTTAAACAGAGGTCCAAACTGATTCATCAAGAGGGATGTTA
GGATCAAAATCATCTCTGATCCTGACTGTTGAAGAGGATGAGGTGAGAACTACACGCTTC
AAAGACTGATTCTTCCCGCATGATCTCAGTACATTCAGTGTACCCTCTATAGCTGGTTTC
AAAATCTTCTCCTCTGGATTAGAGGTAGGTTTGAGAACAGGAGAAGCAGTATGGAAAACT
CCTTGGCATCCCATTATAGCGTTATCAAAACTTCCTTATTCCATTAAATCAGCCTTAACC
AACCTTAGTCTCTCCTTTGCCCCTTCCAGTTTCCAAAGGTGTGCAAGCTTCTTCTCATTC
CCTGGATCTCTGACTGTTCCTGTAACTTCATACCCCTCAAGGAGAAGCCTCTTCACAAGC
CAAGAAGCTAAGAATCCTGAAGCTCCAGTCACACAAACTTTTCCTTTGGTTTGATCCATT
CTCCTATCC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3F124TF 781 0 0
GAGACAC
TTAGAGCTGCAAATGTATCTTCCTTGAGCTGCTTCGTGTTCGAAAACAAGAATGTGGGTT
CTTGCCACATCATCGATATGAACATACCCCATCTGTCCATGCCACTGGAACTTCTCTGTT
TCTCCTTTCAGCAACCCAAGGACATCGGATGCTGTAGAACACAGATCAGGAGGCAGGCTT
GGTCCAACGAGGAAGGATGGTAGAACAGTGACAAGGTCAAGACCATTCTCTTCACAGTAT
TTCCATGCAGCTTGCTCGGCTAATGTCTTTGATAAAGCATACCACACCTGGAAACGCTTG
CAAAGTTCAACAGAGGTCCAAATTGATTCATCAAGTGGGATGTTAGGATCAAAATCATCT
CTGATCCTGACTGTTGAAGAGGATGAGGTGAGAACCACACGCTTCAAAGACTGATTCTTC
CTGCATGATCTCAGTACATTCAGTGTGCCCTCTATAGCTGGTTTCAAAATCTCCTCCTCT
GGATTAGAGGTAGGTTTGAGAACAGGAGAAGCAGTATGGAAAACTCCTTGGCATCCCATT
ATAGCGTTATCAAAACTTCCTTCTTCCATTAAATCAGCCTTAACCAACCTTAGTCTCTCC
TTTGCCCCTTCCAGTTTCCAAAGGTGTGCAAGCTTCTTCTCATTCCCTGGATCTCTGACT
GTTCCTGTAACTTCATACCCCTCAAGGAGAAGCCTCTTCACAAGCCAAGAAGCTAAGAAT
CCTGAAGCTCCAGTAACACAAACTTTTCCTTTGGTTTGATCCATTCTCCTATCC

QA 8 781 8 781
DS 



AS 2 12

CO CL145Contig1 1076 8 16 U
GGGACCGAGAGAGAACCCAACAGATTCAATTTGTCTCCGGCGAGATCTCATTCTGATCCT
TCACGGTGGCGTCGACGTCAGGGCAACAACAACAAGGTCTCTCAAGAAGGAAGCCTCCAT
CATCATCTCCATCATCTCCTCCTTCCTCTGATTCCCCCCTACGAACCCCTTCGGCGAGGA
AAGCGAGCCCCGAGTTTCCCTTTTATCAGCAGAACTGGTTCATCGCTCTCCTCTTCCTGA
TGGCTATGGGATTCTTCTGCCTCGCTCTCTTCCTTTACCTCGGCCTTGATCCCGATTCCG
GCTACACCTCTGCCTCCGCCGCAGCGCCTTCCGGTAAAGAAGGCGTCGAGGTAAGTTATG
GGAGTGCGGTTAAGCTGATGCACGAGAAAACGAAGTTCCGTCTGCATTCTCACGATGTGC
CTTATGGATCCGGCAGTGGTCAGCAGTCTGTTACTGGCTTCCCTGGCGTCACTGATTCCA
ACAGCTACTGGATTGTAAAACCTGTGCCTGGGACAAAAGCCAAGCAAGGTGATGCCATCA
AGAATGGAGAAACCATTAGATTGCAGCACATGAAGACCAGAAAATGGCTCCACAGTCACC
TACATGCATCCCCTATCTCTGGAAACTTAGAGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCAAATT
CCGATACTGGGGATCACTGGAAGCTTACAATCGAAGGTAGTGGAAAGATATGGAAACAAG
ACCAAAGAGTCCGTCTTCAACACATTGACACTAGTGGCTACCTCCACAGCCACGACAAGA
AGTACCAACGCATTGCCGGTGGTCAGCAAGAGGTCTGTGGAATCCGGGAGAAGCGGGCTG
ATAATGTTTGGTTGGCAGCAGAAGGAGTCTACCTTCCCGTTAATGAGAGTAGCAAGTAAG
GTGAAGAGTTGTGTTAACTTATCTGTGAGGAGACTCTGAATCTCATCTTTTTACTCTCTA
AACTCAAACAAGAAAATAGAAATATTTTATGTATTTTGCTAATCTGCAATTGATGATGTT
ACTGTAGTCACGCGAATTTACATATTTACATATTGTTTTGGCAGGTATTTCGCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 30 45 45 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 10 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3D208TF U 1
AF RR3AT22TF U 12
AF RR3FN74TF U 12
AF RR3AT22JQ C 423
AF RR3D208JQ C 357
AF RR3C028JQ C 511
AF RR3C028TF U 511
AF RR3FN74JQ C 618
BS 1 739 RR3D208TF
BS 740 740 RR3AT22TF
BS 741 759 RR3D208TF
BS 760 767 RR3AT22TF
BS 768 770 RR3FN74TF
BS 771 771 RR3C028TF
BS 772 777 RR3FN74TF
BS 778 778 RR3C028TF
BS 779 785 RR3FN74TF
BS 786 786 RR3C028TF
BS 787 798 RR3FN74TF
BS 799 799 RR3C028TF
BS 800 808 RR3FN74TF
BS 809 1061 RR3C028TF
BS 1062 1062 RR3FN74JQ
BS 1063 1076 RR3C028TF

RD RR3D208TF 759 0 0
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TCACGGTGGCGTCGACGTCAGGGCAACAACAACAAGGTCTCTCAAGAAGGAAGCCTCCAT
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AAGCGAGCCCCGAGTTTCCCTTTTATCAGCAGAACTGGTTCATCGCTCTCCTCTTCCTGA
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ACAGCTACTGGATTGTAAAACCTGTGCCTGGGACAAAAGCCAAGCAAGGTGATGCCATCA
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ACCAAAGAGTCCGTCTTCA*CACATTGACACTAGTGGCT

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RD RR3AT22TF 756 0 0
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TCATCTCCTCCTTCCTCTGATTCCCCCCTACGAACCCCTTCGGCGAGGAAAGCGAGCCCC
GAGTTTCCCTTTTATCAGCATAACTGGTTCATCGCTCTCCTCTTCCTGATGGCTATGGGA
TTCTTCTGCCTCGCTCTCTTCCTTTACCTCGGCCTTGATCCCGATTCCGGCTACACCTCT
GCCTCCGCCGCAGCGCCTTCCGGTAAAGAAGGCGTCGAGGTAAGTTATGGGAGTGCGGTT
AAGCTGATGCACGAGAAAACGAAGTTCCGTCTGCATTCTCACGATGTGCCTTATGGATCC
GGCAGTGGTCAGCAGTCTGTTACTGGCTTCCCTGGCGTCACTGATTCCAACAGCTACTGG
ATTGTAAAACCTGTGCCTGGGACAAAAGCCAAGCAAGGTGATGCCATCAAGAATGGAGAA
ACCATTAGATTGCAGCACATGAAGACCAGAAAATGGCTCCACAGTCACCTACATGCATCC
CCTATCTCTGGAAACTTAGAGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCAAATTCCGATACTGGG
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CGTCTTCAACACATTGACACTAGTGGCTACCTCCAC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3FN74TF 797 0 0
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TCGACGTCAGGGCAACAACAACAAGGTCTCTCAAGAAGGAAGCCTCCATCATCATCTCCA
TCATCTCCTCCTTCCTCTGATTCCCCCCTACGAACCCCTTCGGCGAGGAAAGCTAGCCCC
GAGTTTCCCTTTTATCAGCAGAACTGGTTCATCGCTCTCCTCTTCCTGATGGCTATGGGA
TTCTTCTGCCTCGCTCTCTTCCTTTACCTCGGCCTTGATCCCGATTCCGGCTACACCTCT
GCCTCCGCCGCAGCGCCTTCCGGTAAAGAAGGCGTCGAGGTAAGTTATGGGAGTGCGGTT
AAGCTGATGCACGAGAAAACGAAGTTCCGTCTGCATTCTCACGATGTGCCTTATGGATCC
GGCAGTGGTCATCAGTCTGTTACTGGCTTCCCTGGCGTCACTGATTCCAACAGCTACTGG
ATTGTAAAACCTGTGCCTGGGACAAAAGCCAAGCAAGGTGATGCCATCAAGAATGGAGAA
ACCATTAGATTGCAGCACATGAAGACCAGAAAATGGCTCCACAGTCACCTACATGCATCC
CCTATCTCTGGAAACTTAGAGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCAAATTCCGATACTGGG
GATCACTGGAAGCTTACAATCGAA*GTAGTGGAAAGATATGGAAACAAGACCAAAGAGTC
CGTCTTCA*CACATTGACACTAGTGGCTACCTC*ACAGC*ACGACA*GAAGTAC*AACGC
ATTGCCG*TGGTCAGCA

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DS 

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AGCTACTGGATTGTAAAACCTGTGCCTGGGACAAAAGCCAAGCAAGGTGATGCCATCAAG
AATGGAGAAACCATTAGATTGCAGCACATGAAGACCAGAAAATGGCTCCACAGTCACCTA
CATGCATCCCCTATTTCTGGAAACTTAGAGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCAAATTCC
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CAAAGAGTCCGTCTTCAACACATTGACACTAGTGGCTACCTCCACAGCCACGACAAGAAG
TACCAACGCATTGCCGGTGGTCAGCAAGAGGTCTGTGGAATCCGGGAGAAGCGGGCTGAT
AATGTTTGGTTGGCAGCAGAAGGAGTCTACCTTCCCGTTAATGAGAGTAGCAAGTAAGGT
GAAGAGTTGTGTTAACTTATCTGTGAGGAGACTCTGAATTTCATCTTTTTACTCTC

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DS 

RD RR3D208JQ 710 0 0
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GTGCCTTATGGATCCGGCAGTGGTCAGCAGTCTGTTACTGGCTTCCCTGGCGTCACTGAT
TCCAACAGCTACTGGATTGTAAAACCTGTGCCTGGGACAAAAGCCAAGCAAGGTGATGCC
ATCAAGAATGGAGAAACCATTAGATTGCAGCACATGAAGACCAGAAAATGGCTCCACAGT
CACCTACATGCATCCCCTATCTCTGGAAACTTAGAGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCA
AATTCCGATACTGGGGATCACTGGAAGCTTACAATCGAAGGTAGTGGAAAGATATGGAAA
CAAGACCAAAGAGTCCGTCTTCAACACATTGACACTAGTGGCTACCTCCACAGCCACGAC
AAGAAGTACCAACGCATTGCCGGTGGTCAGCAAGAGGTCTGTGGAATCCGGGAGAAGCGG
GCTGATAATGTTTGGTTGGCAGCAGAAGGAGTCTACCTTCCCGTTAATGAGAGTAGCAAG
TAAGGTGAAGAGTTGTGTTAACTTATCTGTGAGGAGACTTTGAATCTCATCTTTTTACTC
TCTAAACTCAAACAAGAAAATAGAAATATTTTATGTATTTTGCTAATCTGCAATTGATGA
TGTTACTGTAGTCACGCGAATTTACATATTTACATATTGTTTTGG
TAGGG

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DS 

RD RR3C028JQ 518 0 0
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TGAAGACCAGAAAATGGCTCCACAGTCACCTACATTCATCCCCTATTTCTGGAAACTTAG
AGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCAAATTCCGATACTGGGGATCACTGGAAGCTTACAA
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CTAGTGGCTACCTCCACAGCCACGACAAGAAGTACCAACGCATTGCCGGTGGTCAGCAAG
AGGTCTGTGGAATCCGGGAGAAGCGGGCTGATAATGTTTGGTTGGCAGCAGAAGGAGTCT
ACCTTCCCGTTAATGAGAGTAGCAAGTAAGGTGAAGAGTTGTGTTAACTTATCTGTGAGG
AGACTCTGAATTTCTTCTTTTTACTCTCTAAACTCAAACAAGAAAATAGAAATATTTTAT
GTATTTTGCTAATCTGCAATTGATGATGTTACTGTAGT

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RD RR3C028TF 566 0 0
GGACAAAAGCCAAGCAAGGTGATGCCATCAAGAATGGAGAAACCATTAGATTGCAGCACA
TGAAGACCAGAAAATGGCTCCACAGTCACCTACATTCATCCCCTATCTCTGGAAACTTAG
AGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCAAATTCCGATACTGGGGATCACTGGAAGCTTACAA
TCGAAGGTAGTGGAAAGATATGGAAACAAGACCAAAGAGTCCGTCTTCAACACATTGACA
CTAGTGGCTACCTCCACAGCCACGACAAGAAGTACCAACGCATTGCCGGTGGTCAGCAAG
AGGTCTGTGGAATCCGGGAGAAGCGGGCTGATAATGTTTGGTTGGCAGCAGAAGGAGTCT
ACCTTCCCGTTAATGAGAGTAGCAAGTAAGGTGAAGAGTTGTGTTAACTTATCTGTGAGG
AGACTCTGAATCTCATCTTTTTACTCTCTAAACTCAAACAAGAAAATAGAAATATTTTAT
GTATTTTGCTAATCTGCAATTGATGATGTTACTGTAGTCACGCGAATTTACATATTTACA
TATTGTTTTGGTAGGTATTTCGCACT

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR3FN74JQ 459 0 0
TCTGGAAACTTAGAGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCAAATTCCGATACTGGGGATCAC
TGGAAGCTTACAATCGAAGGTAGTGGAAAGATATGGAAACAAGACCAAAGAGTCCGTCTT
CAACACATTGACACTAGTGGCTACCTCCACAGCCACGACAAGAAGTACCAACGCATTGCC
GGTGGTCAGCAAGAGGTCTGTGGAATCCGGGAGAAGCGGGCTGATAATGTTTGGTTGGCA
GCAGAAGGAGTCTACCTTCCCGTTAATGAGAGTAGCAAGTAAGGTGAAGAGTTGTGTTAA
CTTATCTGTGAGGAGACTTTGAATCTCATCTTTTTACTCTCTAAACTCAAACAAGAAAAT
AGAAATATTTTATGTATTTTGCTAATCTGCAATTGATGATGTTACTGTAGTCACGCGAAT
TTACATATTTACATATTGTTTTGGCAGGTATTTCGCA
TT

QA 1 457 1 457
DS 



CO CL145Contig2 1083 4 11 U
GGGACCGAGAGAGAACCCAACACATTCAATTTGTCTCCGGCGAGATCTCATTTCTGATCC
TTCACGGTGGCGTCGACGTCAGGGCAACAACAAGAAGGTCTCTCAAGAAGGAAGCCTCCT
CCATCATCATCTCCTCCTTCCTCTGATTCGCCTCTACTACGAACTCCCTCGGCGAGGAAA
GCGAGCCCCGAGTTTCCCTTTTATCAGCAGAACTGGTTCATCGCTCTCCTCTTCCTGATG
GCTATGGGATTCTTCTGCCTCGCTCTCTTCCTTTACCTAAGCCTTGATCCCGATTCCGGC
TACACCTCTGCCTCCGCCGCTGCACCTTCCGGTAAAGAAGGCGTCGAGGTAAGTTATGGG
AGTGCGGTTAAGCTGATGCACGAGAAAACGAAGTTTCGTCTGCATTCTCACGATGTGCCT
TATGGATCCGGCAGTGGTCAGCAGTCTGTTACTGGCTTTCCTGGCGTCACTGATTCCAAC
AGCTACTGGATTGTAAAACCTGTGCCTGGGACAAAAGCCAAGCAAGGTGATGCCATCAAG
AATGGAGAAACCGTTAGATTGCAGCACATGAAGACCAGAAAATGGCTCCACAGTCACCTA
CACGCATCCCCTATCTCTGGAAACTTAGAGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCAAATTCC
GATACTGGGGATCACTGGAAGCTTACAATCGAAGGTAGTGGAAAGACATGGAAACAAGAC
CAAAGAGTCCGTCTTCAACACATTGACACTAGTGGCTACCTCCACAGCCACGACAAGAAG
TACCAACGCATTGCCGGTGGTCAGCAAGAGGTCTGTGGAATCCGGGAGAAGCGGGCTGAT
AATGTTTGGTTGGCAGCAGAGGGAGTCTACCTTCCCGTTAATGAGAGTAGCAAGTAAGGT
AAAGAGTTGTGTTAACTTCTCTCGAGGACTTTGAATCTCATCTTTTACTCTCTAAACTCG
AAAACAAGAAAATAGAAAATATATGTATTTTGCTAATCTGCGATTGATGATGATACTGTA
GTCACGCGAATTTACATATTGTTTTGCTAGGTATTTTGCATTAATCTTCTTTTTTTCTTC
CTT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3DO25TF U 1
AF RR3GN25TF U 1
AF RR3GN25JQ C 330
AF RR3BN31JQ C 473
BS 1 694 RR3DO25TF
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BS 702 702 RR3BN31JQ
BS 703 764 RR3GN25JQ
BS 765 765 RR3BN31JQ
BS 766 805 RR3GN25JQ
BS 806 806 RR3BN31JQ
BS 807 958 RR3GN25JQ
BS 959 959 RR3BN31JQ
BS 960 1040 RR3GN25JQ
BS 1041 1083 RR3BN31JQ

RD RR3DO25TF 699 0 0
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TTCACGGTGGCGTCGACGTCAGGGCAACAACAAGAAGGTCTCTCAAGAAGGAAGCCTCCT
CCATCATCATCTCCTCCTTCCTCTGATTCGCCTCTACTACGAACTCCCTCGGCGAGGAAA
GCGAGCCCCGAGTTTCCCTTTTATCAGCAGAACTGGTTCATCGCTCTCCTCTTCCTGATG
GCTATGGGATTCTTCTGCCTCGCTCTCTTCCTTTACCTAAGCCTTGATCCCGATTCCGGC
TACACCTCTGCCTCCGCCGCTGCACCTTCCGGTAAAGAAGGCGTCGAGGTAAGTTATGGG
AGTGCGGTTAAGCTGATGCACGAGAAAACGAAGTTTCGTCTGCATTCTCACGATGTGCCT
TATGGATCCGGCAGTGGTCAGCAGTCTGTTACTGGCTTTCCTGGCGTCACTGATTCCAAC
AGCTACTGGATTGTAAAACCTGTGCCTGGGACAAAAGCCAAGCAAGGTGATGCCATCAAG
AATGGAGAAACCGTTAGATTGCAGCACATGAAGACCAGAAAATGGCTCCACAGTCACCTA
CACGCATCCCCTATCTCTGGAAACTTAGAGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCAAATTCC
GATACTGGGGATCACTGGAAGCTTACAATCGAAG
TAGTG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3GN25TF 689 0 0
GGGACC
GAGAGAGAACCCAACACATTCAATTTGTCTCCGGCGAGATCTCATTTCTGATCCTTCACG
GTGGCGTCGACGTCAGGGCAACAACAAGAAGGTCTCTCAAGAAGGAAGCCTCCTCCATCA
TCATCTCCTCCTTCCTCTTATTCGCCTCTACTACGAACTCCCTCGGCGAGGAAAGCGAGC
CCCGAGTTTCCCTTTTATCAGCAGAACTGGTTCATCGCTCTCCTCTTCCTGATGGCTATG
GGATTCTTCTGCCTCGCTCTCTTCCTTTACCTAAGCCTTGATCCCGATTCCGGCTACACC
TCTGCCTCCGCCGCTGCACCTTCCGGTAAAGAAGGCGTCGAGGTAAGTTATGGGAGTGCG
GTTAAGCTGATGCACGAGAAAACGAAGTTTCGTCTGCATTCTCACGATGTGCCTTATGGA
TCCGGCAGTGGTCAGCAGTCTGTTACTGGCTTTCCTGGCGTCACTGATTCCAACAGCTAC
TGGATTGTAAAACCTGTGCCTGGGACAAAAGCCAAGCAAGGTGATGCCATCAAGAATGGA
GAAACCGTTAGATTGCAGCACATGAAGACCAGAAAATGGCTCCACAGTCACCTACACGCA
TCCCCTATCTCTGGAAACTTAGAGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCAAATTCCGATACT
GGGGATCACTGGAAGCTTACAAT

QA 7 689 7 689
DS 

RD RR3GN25JQ 730 0 0
CGGTAAAGAAGGCGTCGAGGTAAGTTATGGGAGTGCGGTTAAGCTGATGCACGAGAAAAC
GAAGTTTCGTCTGCATTCTCACGATGTGCCTTATGGATCCGGCAGTGGTCAGCAGTCTGT
TACTGGCTTTCCTGGCGTCACTGATTCCAACAGCTACTGGATTGTAAAACCTGTGCCTGG
GACAAAAGCCAAGCAAGGTGATGCCATCAAGAATGGAGAAACCGTTAGATTGCAGCACAT
GAAGACCAGAAAATGGCTCCACAGTCACCTACACGCATCCCCTATCTCTGGAAACTTAGA
GGTTAGCTGCTTTGGAGATGATTCAAATTCCGATACTGGGGATCACTGGAAGCTTACAAT
CGAAGGTAGTGGTAAGACATGGAAACAAGACCAAAGAGTCCGTCTTCAACACATTGACAC
TAGTGGCTACCTCCATAGCCACGACAAGAAGTACCAACGCATTGCCGGTGGTCAGCGAGA
GGTCTGTGGAATCCGGGAGAAGCGGGCTGATAATGTTTGGTTGGCAGCAGAGGGAGTCTA
CCTTCCCGTTAATGAGAGTAGCAAGTAAGGTAAAGAGTTGTGTTAACTTCTCTCGAGGAC
TTTGAATCTCATCTTTTACTCTCTAAACTTGAAAACAAGAAAATAGAAAATATATGTATT
TTGCTAATCTGCGATTGATGATGATACTGTAGTCACGCGAATTTACATATT
GTTTTGCTAGGTATTTTGT

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DS 

RD RR3BN31JQ 611 0 0
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CCATCAAGAATGGAGAAACCGTTAGATTGCAGCACATGAAGACCAGAAAATGGCTCCACA
GTCACCTACACGCATCCCCTATCTCTGGAAACTTAGAGGTTAGCTGCTTTGGAGATGATT
CAAATTCCGATACTGGGGATCACTGGAAGCTTACGATCGAAGGTAGTGGAAAGACATGGA
AACAAGACCAAAGAGTCCGTCTTCAACACATTGACACTAGTGGCTACCTCCACAGCCACG
ACAAGAAGTACCAACGCATTGCCGGTGGTCAGCAAGAGGTCTGTGGAATCCGGGAGAAGC
GGGCTGATAATGTTTGGTTGGCAGCAGAGGGAGTCTACCTTCCCGTTAATGAGAGTAGCA
AGTAAGGTAAAGAGTTGTGTTAACTTCTCTCGAGGACTTTGAATCTCATCTTTTACTCTC
TAAACTCGAAAACAAGAAAATAGAAAATATATGTATTTTGCTAATCTGCGATTGATGATG
ATACTGTAGTCACGCGAATTTACATATTGTTTTGCTAGGTATTTTGCATTAATCTTCTTT
TTTTCTTCCTT

QA 1 611 1 611
DS 



AS 2 12

CO CL146Contig1 923 9 13 U
GGGAAAGCAGAGCCTCCCAGAAAAAATAACAATGGCTTCGCTCTCAATAGGAATCGCCTT
TGCGAACACCGTCCGTAAAGTCCCGAGAATTAATACACGAAGGAGCAAAATCTCCTGCGA
ATGGGATCCCAAAGGTATACTAGGACCAGCACAAACTGGCCATATCGCTCGTCTTGAGTT
CAAACGCAGGATAGAGAGAGACTCCGAGGCTAAAGAAGCTTTCCAGAAACAACTCCGTGA
AGAGAGAGAGCGTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACTTCCGCTGA
GCTGATTGAGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATCGCTAGGCT
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GTTTGCTGTTACAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCTTGAATCACTTCA
GAAGGCCTTAGAAGAAGGAATTGAGGCTTATGACAAAATGCAAAAGGAGCTTATGACGGC
TACAAATAGCTTAACCAAGATCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAACATTGTTGGATAT
GGTGGAGAAAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTGACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTAA
TGCATACAGAGGGAACCAGAAAGAAGCAGGAGATTACATGGAGAAGGTACGTGCTTCGGT
TCTAAAGTACTTGACGGTGTAACATATGAGTGATGAGTCTACAAAGATTTCTCAATCTCT
GGAATGTTTACTATGTTCGGGTAAAATGTATTTATATTTATTTTGTTGAGTAAAATGTAT
TTCTTTTTCCCGAACGAATGTTTTATATCTTTAAGGTCATATTTTCTAAAAAAAATCCGC
ACTTTAACATGTACCATGTCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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55 5 55 40 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
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55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3DR51TF U 2
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AF RR3ET72TF U 7
AF RR3A962TF U 1
AF RR3AL55TF U 7
AF RR3A962JQ C 119
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AF RR3AL31JQ C 175
AF RR3AL55JQ C 389
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BS 706 706 RR3A962JQ
BS 707 714 RR3A962TF
BS 715 715 RR3AL55TF
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BS 810 886 RR3A962JQ
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RD RR3DR51TF 701 0 0
GGAAAGC
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GGATAGAGAGAGACTCCGAGGCTAAAGAAGCTTTCCAGAAACAACTCCGTGAAGAGAGAG
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AGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCAAAATCGCTAGGCTTCGTGGAA
GGTTAAACGACGAGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGGCAAATCCGGTT*GCTG
TTACAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCTTGAATCACTTCAGAAGGCCT
TGGAAGAAGGAATTGAGGCTTATGACAAAATGCAAAAGGAGCTTATGACGGCTACAAATA
GCTTAACCAAGATCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAACATTGTTGGATATGGTGGAGA
AAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTGACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTAATGCATACA
GAGGGAACCAGAAAGAAGCAG
AGATACATGGAGA

QA 8 688 8 688
DS 

RD RR3AL31TF 679 0 0
GG
AGAGCCTCCCAGAAAAAATAACAATGGCTTCGCTCTCAATAGGAATCGCCTTTGCGAACA
CCGTCCGTAAAGTCCCGAGAACTAATACACGAAGGAGCAAAATCTCCTGCGAATGGGATC
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GGATAGAGAGAGACTCCGAGGCTAAAGAAGCTTTCCAGAAACAACTCCGTGAAGAGAGAG
AGCGTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACTTCCGCTGAGCTGATTG
AGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATCGCTAGGCTTCGTGGAA
GGTTAAACGACGAGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGGCAAATCCGGTTTGCTG
TTACAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCTTGAATCACTTCAGGAGGCCT
TAGAAGAAGGAATTGAGGCTTATGACAAAATGCAAAAGGAGCTTATGACGGCTACAAATA
GCTTAACCAAGATCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAACATTGTTGGATATGGTGGAGA
AAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTGACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTAATGCATACA
GAGGGAACCAGAAAGAA

QA 3 679 3 679
DS 

RD RR3ET72TF 657 0 0
GGAGAGCCTTCCGA
AAAAAAAAAAAATGGCTTCGCTCTCAATAGGAATCGCCTTCGCGAATACTGTCCGCACAA
TCCCAAGAATCAATATACGAAGGAGCAAAATCTCCTGCGAATGGGATCCCAAAGGTATAT
TAGGACCAGCACAAACTGGCCATATCGCTCGTCTTGAGTTCAAACGCAGGATAGAGAGAG
ACTCCGAGGCTAAAGAAGCTTTTCAGAAACAACTCCGTGAAGAGAGAGAGCGTCGCCAAG
CTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACTTCTGCTGAGCTGATTGAGTTCTTTCTTG
ACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATCGCTAGGCTTCGTGGAAGGTTAAACGAAG
AGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGGCAAATCCGGTTTGCTGTTACAAAAACCG
CGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCTTGAATCACTTCAGAAAGCCTTAGAAGAAGGAA
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TCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAACATTGTTGGATATGGTGGAGAAAAACGAGATCA
ACAGATCTCTGTTGACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTAATGC

QA 15 657 15 657
DS 

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TGCGAACACCGTCCGTAAAGTCCCGAGAATTAATACACGAAGGAGCAAAATCTCCTGCGA
ATGGGATCCCAAAGGTATACTAGGACCAGCACAAACTGGCCATATCGCTCGTCTTGAGTT
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AGAGAGAGAGCGTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACTTCCGCTGA
GCTGATTGAGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATCGCTAGGCT
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GTTTGCTGTTACAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCTTGAATCACTTCA
GAAGGCCTTAGAAGAAGGAATTGAGGCTTATGACAAAATGCACAAGGAGCTTATGACGGC
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GGTGGAGAAAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTGACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTAA
TGCATACAGAGGGAACCAGAAAGAAGCACGAGATTACATGGAGAAAGTACGTGCCTCGGT
TCTAAAGTACTTGACGGTGTAACATATGAGTGATGAGTCTACAAAGATTTCTCAATCTCT
GGAATGTTTACTATGTTCGGGTAAAATGT

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR3AL55TF 794 0 0
GG
AGAGCCTCCCAGAAAAAATAACAATGGCTTCGCTCTCAATAGGAATCGCCTTTGCGAACA
CCGTCCGTAAAGTCCCGAGAACTAATACACGAAGGAGCAAAATCTCCTGCGAATGGGATC
CCAAAGGTATACTAGGACCAGCACAAACTGGCCATATCGCTCGTCTTGAGTTCAAACGCA
GGATAGAGAGAGACTCCGAGGCTAAAGAAGCTTTCCAGAAACAACTCCGTGAAGAGAGAG
AGCGTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACTTCCGCTGAGCTGATTG
AGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATCGCTAGGCTTCGTGGAA
GGTTAAACGACGAGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGGCAAATCCGGTTTGCTG
TTACAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCTTGAATCACTTCAGGAGGCCT
TAGAAGAAGGAATTGAGGCTTATGACAAAATGCAAAAGGAGCTTATGACGGCTACAAATA
GCTTAACCAAGATCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAACATTGTTGGATATGGTGGAGA
AAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTGACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTAATGCATACA
GAGGGAACCAGAAAGAAGCACGAGATTACATGGAGAAAGTACGTGCTTCGGTTCTAAAGT
ACTTGACGGTGTAACATATGAGTGATGAGTCTACAAAGATTTCTCAATCTCTGGAATGTT
TACTATGTTCGG

QA 3 794 3 794
DS 

RD RR3A962JQ 768 0 0
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TTCAT**GCAGGATAGAGAGAGACTCCGAGGCTAAAGAAGCTTTCCAGAAACAACTCCGT
GAAGAGAGAGAGCGTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACTTCCGCT
GAGCTGATTGAGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATCGCTAGG
CTTCGTGGAAGGTTAAACGACGAGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGGCAAATC
CGGTTTGCTGTTACAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCTTGAATCACTT
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GCTACAAATAGCTTAACCAAGATCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAACATTGTTGGAT
ATGGTGGAGAAAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTGACTCTTCTTGATGAAAACATAGCT
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GTTCTAAAGTACTTGACGGTGTAACATATGAGTGATGAGTCTACAAAGATTTCTCAATCT
CTGGAATGTTTACTATGTTCGGGTAAAATGTATTTATATTTATTTTGTTGAGTAAAATGT
ATTTCTTTTTCCCGAACGAATGTTTTATATCTTTAAGGTCATATTTTC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3DR51JQ 756 0 0
AAGGTATACTAGGACCAGCACAAACTGGCCATATCGCTCGTCTTGAGTTCAAACGCAGGA
TAGAGAGAGACTCCGAGGCTAAAGAAGCTTTCCAGAAACAACTCCGTGAAGAGAGAGAGC
GTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACTTCCGCTGAGCTGATTGAGT
TCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCAAAATCGCTAGGCTTCGTGGAAGGT
TAAACGACGAGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGGCAAATCCGGTT*GCTGTTA
CAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCTTGAATCACTTCAGAAGGCCTTGG
AAGAAGGAATTGAGGCTTATGACAAAATGCAAAAGGAGCTTATGACGGCTACAAATAGCT
TAACCAAGATCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAACATTGTTGGATATGGTGGAGAAAA
ACGAGATCAACAGATCTTTGTTGACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTAATGCATACAGAG
GGAACCAGAAAGAAGCAGGAGATTACATGGAGAAGGTACGTGCTTCGGTTCTAAAGTACT
TGACGGTGTAACATATGAGTGATGAGTCTACAAAGATTTCTCAATCTCTGGAATGTTTAC
TATGTTCGGGTAAAATGTATTTATATTTATTTTGTTGAGTAAAATGTATTTCTTTTTCCC
GAACGAATGTTTTATATCTTTAAGGTCATATTTTC
C

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3AL31JQ 749 0 0
TGAGTTCAAACGCAGGATAGAGAGAGACTCCGAGGCTAAAGAAGCTTTCCAGAAACAACT
CCGTGAAGAGAGAGAGCGTCGTCAAGCTCTTAGAGAGTCTAGAGTTGTACCAGATACTTC
CGCTGAGCTGATTGAGTTCTTTCTTGACACGGAAGCTCAGGAGATTGAATTCGAAATCGC
TAGGCTTCGTGGAAGGTTAAACGACGAGTTTTTTGCGCAAATTCGACTTGAAATCGGGCA
AATCCGGTTTGCTGTTACAAAAACCGCGGAAGATGAAGACAGATTGATTGAGCTTGAATC
ACTTCAGGAGGCCTTAGAAGAAGGAATTGAGGCTTATGACAAAATGCAAAAGGAGCTTAT
GACGGCTACAAATAGCTTAACCAAGATCTTAACCTCAACCGATATCAAAGCAACATTGTT
GGATATGGTGGAGAAAAACGAGATCAACAGATCTTTGTTGACTCTTCTTGATGAAAACAT
AGCTAATGCATACAGAGGGAACCAGAAAGAAGCAGGAGATTACATGGAGAAGGTACGTGC
TTCGGTTCTAAAGTACTTGACGGTGTAACATATGAGTGATGAGTCTACAAAGATTTCTCA
ATCTCTGGAATGTTTACTATGTTCGGGTAAAATGTATTTATATTTATTTTGTTGAGTAAA
ATGTATTTCTTTTTCCCGAACGAATGTTTTATATCTTTAAGGTCATATTTTCTAAAAAAA
ATCCGCACTTTAACATGTACCATGTCTCG

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3AL55JQ 535 0 0
GCGCAAATTCGACTTGAAATCGGGCAAATCCGGTTTGCTGTTACAAAAACCGCGGAAGAT
GAAGACAGATTGATTGAGCTTGAATCACTTCAGGAGGCCTTAGAAGAAGGAATTGAGGCT
TATGACAAAATGCAAAAGGAGCTTATGACGGCTACAAATAGCTTAACCAAGATCTTAACC
TCAACCGATATCAAAGCAACATTGTTGGATATGGTGGAGAAAAACGAGATCAACAGATCT
TTGTTGACTCTTCTTGATGAAAACATAGCTAATGCATACAGAGGGAACCAGAAAGAAGCA
GGAGATTACATGGAGAAGGTACGTGCTTCGGTTCTAAAGTACTTGACGGTGTAACATATG
AGTGATGAGTCTACAAAGATTTCTCAATCTCTGGAATGTTTACTATGTTCGGGTAAAATG
TATTTATATTTATTTTGTTGAGTAAAATGTATTTCTTTTTCCCGAACGAATGTTTTATAT
CTTTAAGGTCATATTTTCTAAAAAAAATCCGCACTTTAACATGTACCATGTCTCG

QA 1 535 1 535
DS 



CO CL146Contig2 793 3 9 U
GGTAAAATGCGGAATTTTATATAAAATATGACCTTAAAAGATATAAAACATTCGTTCAGG
AAAAAGAAATACATTTTACTCAACAAAATAAATATAAATACATTTTACCTGAACATAGTA
AACATTCCAAAGATTGAGAAATCTTTGTCGACTCAATCACTCATATGATTCTAAACCGTC
AAGTACTTTAGAACCGAAGCACGTACCTTCTCCATGTAATCTCCTGCTTCTTTCTGGTTC
CCTCTGTATGCGTTAGCTATGTTTTCATCAAGAAGAGTCAACAGAGATCTGTTGATCTCG
TTTTTCTCCACCATATCCAACAATGTTGCTTTGATATCGGTTGAGGTTAAGATTTTTGTT
AAGCTATTTGTAGCCGTCATAAGCTCCTTTTGCATTTTGTCATAAGCCTCAATTCCTTCT
TCTAAGGCCTTCTGAAGTGATTCAAGCTCAATCAATCTGTCTTCATCTTCCGCGGTTTTT
GTAACAGCAAACCGGATTTGCCCGATTTCAAGTCGAATTTGCGCAAAAAACTCGTCGTTT
AACCTTCCACGAAGCCTAGCGATTTCGAATTCAATCTCCTGAGCTTCCGTGTCAAGAAAG
AACCCAATCAGCTCAGCGGAAGTATCTGGTACAACTCTAGACTCTCAAAGAGCTTGACGA
CGCTCTCTCTCTTCACGGAGTTGTTTCTGGAAAGCTTCTTTAGCCTCGGAGTCTCTCTCT
ATCCTGCGTTTGAACTCAAGACGAGCGATATGGCCAGTTTGTGCTGGTCCTAGTATACCT
TTCGGATCCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ46JQ U 1
AF RR3FC07JQ U 4
AF RR3FC07TF C 79
BS 1 137 RR3CZ46JQ
BS 138 138 RR3FC07JQ
BS 139 603 RR3CZ46JQ
BS 604 604 RR3FC07JQ
BS 605 646 RR3CZ46JQ
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BS 783 793 RR3FC07TF

RD RR3CZ46JQ 770 0 0
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AAAAAGAAATACATTTTACTCAACAAAATAAATATAAATACATTTTACCTGAACATAGTA
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AAGTACTTTAGAACCGAAGCACGTACCTTCTCCATGTAATCTCCTGCTTCTTTCTGGTTC
CCTCTGTATGCGTTAGCTATGTTTTCATCAAGAAGAGTCAACAGAGATCTGTTGATCTCG
TTTTTCTCCACCATATCCAACAATGTTGCTTTGATATCGGTTGAGGTTAAGATTTTTGTT
AAGCTATTTGTAGCCGTCATAAGCTCCTTTTGCATTTTGTCATAAGCCTCAATTCCTTCT
TCTAAGGCCTTCTGAAGTGATTCAAGCTCAATCAATCTGTCTTCATCTTCCGCGGTTTTT
GTAACAGCAAACCGGATTTGCCCGATTTCAAGTCGAATTTGCGCAAAAAACTCGTCGTTT
AACCTTCCACGAAGCCTAGCGATTTCGAATTCAATCTCCTGAGCTTCCGTGTCAAGAAAG
AACTCAATCAGCTCAGCGGAAGTATCTGGTACAACTCTAGACTCTCTAAGAGCTTGACGA
CGCTCTCTCTCTTCACGGAGTTGTTTCTGGAAAGCTTCTTTAGCCTCGGAGTCTCTCTCT
ATCCTGCGTTTGAACTCAAGACGAGCGATATGGCCAGTTTGTGCTGGTCC

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3FC07JQ 783 0 0
AAAATGCGGAATTTTATAT
AAAATATGACCTTAAAAGATATAAAACATTCGTTCAGGAAAAAGAAATACATTTTACTCA
ACAAAATAAATATAAATACATTTTACCTGAACATAGTAAACATTCCAAAGATTGAGAAAT
CTTTGTCGACTCAATCACTCATATGATTCTAAACCGTCAAGTACTTTAGAACCGAAGCAC
GTACCTTCTCCATGTAATCTCCTGCTTCTTTCTGGTTCCCTCTGTATGCGTTAGCTATGT
TTTCATCAAGAAGAGTCAACAGAGATCTGTTGATCTCGTTTTTCTCCACCATATCCAACA
ATGTTGCTTTGATATCGGTTGAGGTTAAGATTTTTGTTAAGCTATTTGTAGCCGTCATAA
GCTCCTTTTGCATTTTGTCATAAGCCTCAATTCCTTCTTCTAAGGCCTTCTGAAGTGATT
CAAGCTCAATCAATCTGTCTTCATCTTCCGCGGTTTTTGTAACAGCAAACCGGATTTGCC
CGATTTCAAGTCGAATTTGCGCAAAAAACTCGTCGTTTAACCTTCCACGAAGCCTAGCGA
TTTCGAATTCAATCTCCTGAGCTTCCGTGTCAAGAAAGAACCCAATCAGCTCAGCGGAAG
TATCTGGTACAACTCTAGACTCTCAAAGAGCTTGACGACGCTCTCTCTCTTCACGGAGTT
GTTTCTGGAAAGCTTCTTTAGCCTCGGAGTCTCTCTCTATCCTGCGTTTGAACTCAAGAC
GAGCGATATGGCCAGTTTGTGCTGGTCCTAGTATACCTTT
CGGA

QA 20 779 20 779
DS 

RD RR3FC07TF 715 0 0
TTACTCACAAAT
AATATAAATACATTT*ACCTGAACATAGTAAACAT*CCAAAGAT*GAGAAATCTTTGTCG
ACTCAATCACTCATATGAT*CTAAACCGTCAAGTACTTTAGAACCGAAGCACGTACCTTC
TCCATGTAATCTCCTGCTTCTTTCTGGTTCCCTCTGTATGCGTTAGCTATGTTTTCATCA
AGAAGAGTCAACAGAGATCTGTTGATCTCGTTTTTCTCCACCATATCCAACAATGTTGCT
TTGATATCGGTTGAGGTTAAGATTTTTGTTAAGCTATTTGTAGCCGTCATAAGCTCCTTT
TGCATTTTGTCATAAGCCTCAATTCCTTCTTCTAAGGCCTTCTGAAGTGATTCAAGCTCA
ATCAATCTGTCTTCATCTTCCGCGGTTTTTGTAACAGCAAACCGGATTTGCCCGATTTCA
AGTCGAATTTGCGCAAAAAACTCGTCGTTTAACCTTCCACGAAGCCTAGCGATTTCGAAT
TCAATCTCCTGAGCTTCCGTGTCAAGAAAGAACCCAATCAGCTCAGCGGAAGTATCTGGT
ACAACTCTAGACTCTCAAAGAGCTTGACGACGCTCTCTCTCTTCACGGAGTTGTTTCTGG
AAAGCTTCTTTAGCCTCGGAGTCTCTCTCTATCCTGCGTTTGAACTCAAGACGAGCGATA
TGGCCAGTTTGTGCTGGTCCTAGTATACCTTTCGGATCCCATC

QA 13 715 13 715
DS 



AS 1 13

CO CL147Contig1 736 13 20 U
GGAAGTAAGT*AAGAGAAAAGA****GAAAAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTCTCCT
CCGCCGCTGTGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGA
AGTCTTCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAA
GCAACGGGGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTG
AGACTTTATCTTATCTTCCCGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACC
TTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACC
GTGAGCATGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTC
CCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGG
AGTACCCTAACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCA
TCAGTTTCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACA
CTCATATAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATT
TCTGTCTGAGACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAAT
TTCTGCATCGCTTCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 25 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 20 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 20 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 65 40 65 65 65 65 50 65 50 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 60 60 60 60 60 
35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 40 55 50 
50 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3D580JQ C 270
AF RR3ED47TF U 1
AF RR3GR59JQ C 277
AF RR3D580TF U 597
AF RR3BA50JQ C 1
AF RR3F881JQ C 257
AF RR3GR59TF U 1
AF RR3BR65JQ C 5
AF RR3B108JQ C 29
AF RR3B108TF U 29
AF RR3BR65TF U 5
AF RR3F881TF U 5
AF RR3BA50TF U 1
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BS 225 259 RR3ED47TF
BS 260 260 RR3GR59TF
BS 261 367 RR3ED47TF
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BS 369 559 RR3ED47TF
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BS 561 597 RR3ED47TF
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BS 600 600 RR3GR59TF
BS 601 657 RR3ED47TF
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BS 727 729 RR3BR65TF
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GAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTAT
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GTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAACGCCTTCATTAGAATCATT
GGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAGCCACCAAGC
TTCACCGATGATTAATTTCCTT

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DS 

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AAGT*AAGAGAAAAGA****GAAAAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTCTCCTCCGCCG
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CCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACG
GGGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTT
TATCTTATCTTCCTGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCC
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ACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGT
TCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACC
CTAACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTT
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TAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGG

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DS 

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GTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGA
GGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTGG
ACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCG
ATGCTTAATTTCCTTTTTAAAACACTCATATAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTT
GCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATT

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DS 

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AATT
CTCATATAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATT
TCTGTCTGAGACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATG

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DS 

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GCAACGGGGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTG
AGACTTTATCTTATCTTCCTGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACC
TTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACC
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CCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGG
AGTACCCTAACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCA
TCAGTTTCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACA
CTCATATAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATT
TCTGTCTGAGACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAAT
TTCTGCATCGCTTCTT

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DS 

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ACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGATGCAC
TGACTTTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAACGCCTT
CATTATAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTA
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TGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTTTGAGACATTT
TCTATCGGATTGTCAAATGTTTGATTTATGGATATATATGTAATTTTTGCATCGCTTCTT

QA 1 480 1 480
DS 

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GGAAGT
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CTGTGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCTT
CCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACG
GGGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTT
TATCTTATCTTCCCGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGC
ATGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGT
TCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAGGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACC
CTAACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTT
TCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATA
TAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTC
TGAGACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCT

QA 7 724 7 724
DS 

RD RR3BR65JQ 737 0 0
GG
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CTGTGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCTT
CCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACG
GGGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTT
TATTTTATCTTCCCGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTTTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGC
ATGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGT
TCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATCGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACC
CTAACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTT
TCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATA
TAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTACCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTT
TGAGACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGC
ATC
AGGAAAAAAAAA

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DS 

RD RR3B108JQ 698 0 0
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AGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCTTCCGCTGCATTCCCAGTCACCCG
CAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGGGAAGAGTTAGCTGCATGAA
GGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTATCTTATCTTCCCGACCTTAG
TGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGT
TGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCATGGAAGCACACCCGGATACTA
TGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCA
AGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAACGCCTTCATTAGAATCAT
TGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAACCACCAAG
CTTCACCGATGCTTAATTTCCCTTCTAAAACACTCATATAATAATCTATGCTCATTTCAC
TTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGAGACATTTTCTATCGGATTG
TCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGC

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DS 

RD RR3B108TF 698 0 0
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AGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCTTCCGCTGCATTCCCAGTCACCCG
CAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACGGGGGAAGAGTTAGCTGCATGAA
GGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTTTATCTTATCTTCCCGACCTTAG
TGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGT
TGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGCATGGAAGCACACCCGGATACTA
TGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCA
AGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACCCTAACGCCTTCATTAGAATCAT
TGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTTTCATCGCCTACAAACCACCAAG
CTTCACCGATGCTTAATTTCCCTTCTAAAACACTCATATAATAATCTATGCTCATTTCAC
TTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTCTGAGACATTTTCTATCGGATTG
TCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3BR65TF 727 0 0
GG
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CTGTGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCTT
CCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACG
GGGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTT
TATCTTATCTTCCCGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGC
ATGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGT
TCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATCGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACC
CTAACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTT
TCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATA
TAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTACCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTC
TGAGACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGC
ATC
AG

QA 3 725 3 725
DS 

RD RR3F881TF 732 0 0
GG
AAGT*AAGAGAAAAGA****GAAAAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTCTCCTCCGCCG
CTGTGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCCCCATTCACCGGCTTGAAGTCTT
CCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAAGCAACG
GGG*AAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACTT
TATCTTATCTTCCCGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACCTTCTCC
GCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACCGTGAGC
ATGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTCCCTTGT
TCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGGAGTACC
CTAACGCCTTCATTATAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCATCAGTT
TCATCGCCTACAAACCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACACTCATA
TAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATTTCTGTC
TGAGACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAATTTCTGC
ATCGCTTCTT

QA 3 732 3 732
DS 

RD RR3BA50TF 736 0 0
GGAAGTAAGTTAAGAGAAAAGAAGAAGAAGAAGTAGTAATGGCTTCCTCTATGCTCTCCT
CCGCCGCTGTGGTTACCTCCCCAGCTCAAGCCACCATGGTTGCTCCATTCACCGGCTTGA
AGTCATCCGCTGCATTCCCAGTCACCCGCAAAACCAACACTGACATTACTTCCATTGCAA
GCAACGGGGGAAGAGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCACCAATCGGAAAGAAGAAGTTTG
AGACTTTATCTTATCTTCCTGACCTTAGTGACGTCGAATTGGCTAAAGAAGTTGACTACC
TTCTCCGCAACAAGTGGATTCCTTGTGTTGAATTTGAGTTGGAGCATGGATTTGTCTACC
GTGAGCACGGAAGCACACCCGGATACTATGATGGACGTTATTGGACAATGTGGAAGCTTC
CCTTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTGCAAGAGTGCAAGAAGG
AGTACCCTAACGCCTTCATTAGAATCATTGGATTCGACAACAACCGTCAGGTCCAGTGCA
TCAGTTTCATCGCCTACAAGCCACCAAGCTTCACCGATGCTTAATTTCCTTTCTAAAACA
CTCATATAATAATCTATGCTCATTTCACTTCCAGTTGCCTGTTTTTATCCTCTTTGGATT
TCTGTCTGAGACATTTTCTATCGGATTGTCAAATGTCTGATTTATGGATATATATGTAAT
TTCTGCATCGCTTCTT

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 12

CO CL148Contig1 536 12 18 U
GGGATTACCATTCCTTTTAGATTTTAAAACCATTATCAATTCACTTCTATCATATATGAT
GAAAAAAATCCCTCAACTATCTTTTACAGTCTTGACTGTCTTAAGCATTCTTGTGCTAGG
AATGATTGCAAATGCACAGGATAAGCAAAAATCGTGTAAACAACATCAGCTCCCTGTAAA
AGATGGGGTGTGTGTTGCTTCTGAATGCCAAGCTAATTGTGTTAAGTCAGTCGGAGCTAA
AGGGAAGAGTTTGTGTTCTGGGTCAAAGGAGAAAAAATCTATGCACTGCCATTGCCTTTG
TTAACATTCTGGTTTAGTATGTTGAATAAATATGATGCTCAACCATGATATTGATCTCTG
AAGTATTTTTTTTTT*AAATTTCTCTCTTGTTTTTT*CTTTAATATTTTTATTGGGAGCC
TTATAATAAAGTATTGAAGTTGACATATAATTGAAATATTGAAATTTTTGTTTTGGATTT
GTTGCATTTTTATAATAATGAATAACATAAATATGAATCAAGACACAATGGTTAGT


BQ
10 30 35 50 50 50 60 60 60 30 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 40 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 20 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 40 40 40 40 35 35 35 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED80TF U 218
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AF RR3CB79TF U 0
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AF RR3E671JQ C 2
AF RR3E671TF U 2
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AF RR3EC06TF U 5
AF RR3CE94TF U 3
AF RR3C501JQ C 1
AF RR3C501TF U 1
AF RR3A350TF U 16
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G
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TCAACCATGATATCGATCTCTGAAGTATTTTTTTTTT*AAATTTCTCTCTTGTTTTTTTC
TTTAATATTTTTATTGGGAGCCTTATAATAAAGTATTGAAGTTGACAT

QA 2 229 2 229
DS 

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GGAC
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TAATAAAGTATTGAAGTTGAC

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DS 

RD RR3CB79TF 445 0 0
GGAC
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GAAGAGTTTGTGTTCTGGGTCAAAGGAGAAAAAATCTATGCACTGCCATTGCCTTTGTTA
ACATTCTGGTTTAGTACGTTGAATAAATATGATGCTCAACCATGATATTTATCTCTGAAG
TATTTTTTTTTT*AAATTTCTCTCTTGTTTTTT*CTTTAATATTTTTATTGGGAGCCTTA
TAATAAAGTATTGAAGTTGAC

QA 5 445 5 445
DS 

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GGAC
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GAAGAGTTTGTGTTCTGGGTCAAAGGAGAAAAAATCTATGCACTGCCATTGCCTTTGTTA
ACATTCTGGTTTAGTATGTTGAATAAATATGATGCTCAACCATGATATTGATCTCTGAAG
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TAATAAAGTATTGAAGTTGACAT

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DS 

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QA 1 471 1 471
DS 

RD RR3E671TF 471 0 0
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GGGAAGAGTTTGTGTTCTGGGTCAAAGGAGAAAAAATCTATGCACTGCCATTGCCTTTGT
TAACATTCTGGTTTAGTATGTTGAATAAATATGATGCTCAACCATGATATTGATCTCTGA
AGTATTTTTTTT***AAATTTCTCTCTTGTTTTTT*CTTTAATATTTTTATTGGGAGCCT
TATAATAAAGTATTGAAGTTGACATATAATTGAAATATTGAAATTTTTGTT

QA 1 471 1 471
DS 

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GG
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GGTGTGTGTTGCTTCTGAATGCCAAGCTAATTGTGTTAAGTCAGTCGGAGCTAAAGGGAA
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TTTTTTTT**AAATTTCTCTCTTGTTTTTT*CTTTAATATTTTTATTGGGAGCCTTATAA
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QA 3 475 3 475
DS 

RD RR3EC06TF 475 0 0
GG
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AATCCCTCAACTATCTTTTACAGTCTTGACTGTCTTAAGCATTCTTGTGCTAGGAATGAT
TGCAAATGCACAGGATAAGCAAAAATCGTGTAAACAACATCAGCTCCCTGTAAAAGATGG
GGTGTGTGTTGCTTCTGAATGCCAAGCTAATTGTGTTAAGTCAGTCGGAGCTAAAGGGAA
GAGTTTGTGTTCTGGGTCAAAGGAGAAAAAATCTATGCACTGCCATTGCCTTTGTTAACA
TTCTGGTTTAGTATGTTGAATAAATATGATGCTCAACCATGATATTGATCTCTGAAGTAT
TTTTTTTT**AAATTTCTCTCTTGTTTTTT*CTTTAATATTTTTATTGGGAGCCTTATAA
TAAAGTATTGAAGTTGACATATAATTGAAATATTGAAATTTTTGCTTTGGATT

QA 3 475 3 475
DS 

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ATAATAAAGTATTGAAGTTGACATATAATTGAAGTATTGAAATTTTTGTTTTGG

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DS 

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GAAAAAAATCCCTCAACTATCTTTTACAGTCTTGACTGTCTTAAGCATTCTTGTGCTAGG
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AGGGAAGAGTTTGTGTTCTGGGTCAAAGGAGAAAAAATCTATGCACTGCCATTGCCTTTG
TTAACATTCTGGTTTAGTATATTGAATAAATATGATGCTCAACCATGATATCGATCTCTG
AAGTATTTTTTTTTT*AAATTTCTCTCTTGTTTTTT*CTTTAATATTTTTATTGGGAGCC
TTATAATAAAGTATTGAAGTTGACATATAATTGAAGTATTGAAATTTTTGTTTTGGATTT
GTTGCATTTTTATAATAATGAATAACATAAATATGAATCAAGACAC

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR3C501TF 526 0 0
G
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AAAAAAATCCCTCAACTATCTTTTACAGTCTTGACTGTCTTAAGCATTCTTGTGCTAGGA
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GATGGGGTGTGTGTTGCTTCTGAATGCCAAGCTAATTGTGTTAAGTCAGTCGGAGCTAAA
GGGAAGAGTTTGTGTTCTGGGTCAAAGGAGAAAAAATCTATGCACTGCCATTGCCTTTGT
TAACATTCTGGTTTAGTATATTGAATAAATATGATGCTCAACCATGATATCGATCTCTGA
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TATAATAAAGTATTGAAGTTGACATATAATTGAAGTATTGAAATTTTTGTTTTGGATTTG
TTGCATTTTTATAATAATGAATAACATAAATATGAATCAAGACAC

QA 2 526 2 526
DS 

RD RR3A350TF 521 0 0
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TGCTTCTGGATGCCAAGCTAATTGTGTTAAGTCAGTCGGAGCTAAAGGGAAGAGTTTGTG
TTCTGGGTCAAAGGAGAAAAAATCTATGCACTGCCATTGCCTTTGTTAACATTCTGGTTT
AGTATATTGAATAAATATGATGCCCAACCATGATATCGATCTCTGAAGTATTTTTTTTTT
TAAATTTCTCTCTTGTTTTTT*CTTTAATATTTTTATTGGGAGCCTTATAATAAAGTATT
GAAGTTGACATATAATTGAAGTATTGAAATTTTTGTTTTGGATTTGTTGCATTTTTATAA
TAATGAATAACATAAATATGAATCAAGACACAATGGTTAGT

QA 1 521 1 521
DS 



AS 2 13

CO CL149Contig1 935 2 4 U
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GGATAGATTTGTTTTGGTTTCTATTTTTTTGGCATTCAAATCCTTCTTTCATTCTTCTTT
ACAACAAGAAAAACCCGAAATAAAGTAGAATAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C340TF U 1
AF RR3C340JQ C 109
BS 1 714 RR3C340TF
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BS 716 729 RR3C340TF
BS 730 935 RR3C340JQ

RD RR3C340TF 734 0 0
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TTGGAGGGAGGCGAATGGTGTAGTGACATTGAAAGTTGTGAATACAATTACAGAGTATTA
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AAAACCTAGTAAACCAAGTCAAGGCTCCATTGTTTATTCTAAATGCTGCATACGATACGT
GGCAGATCCAAGAGAGTTTAACTTCTAAATCTGCAGATCCAACTGGAAGTTGGTCTAACT
GTACATTTAACATCGCCAAGTGCAATGCATCCCAGATCAAGTTCTTTCAAGGGTTCAGGT
CTCAGATGGTGAAGTTGCTCGGTGCATTCAAAGAGCAACGTAAGAATGGAGTGTTTCTTA
ACTCGTGCTTTTCTCATTGTCAAACAGAGAACCAGGACACATGGTATTCCAAAA*CTCTC
CTTCGATTA
GAAAA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3C340JQ 827 0 0
CACAGA
TTTAATGGGACAAATGTGTATCAG*CCGAAA*TCATGATGTCAATTCCAAAGCAAATGTT
ACAATGGTAGGACTCACGCTCATTAAAAATGCTGCTCTGAGATCAGCAGTGTGTCTGGAT
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QA 7 827 7 827
DS 



CO CL149Contig2 1425 11 22 U
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BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 30 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 
50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 5 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CS06TF U 94
AF RR3C674TF U 14
AF RR3CW42TF U 1
AF RR3BV60TF U 2
AF RR3D558TF U 2
AF RR3H443TF U 651
AF RR3H443JQ C 711
AF RR3CW42JQ C 622
AF RR3D558JQ C 678
AF RR3BV60JQ C 718
AF RR3C674JQ C 754
BS 1 473 RR3CW42TF
BS 474 474 RR3CS06TF
BS 475 682 RR3CW42TF
BS 683 683 RR3C674TF
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BS 685 739 RR3CW42TF
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BS 811 1066 RR3H443TF
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BS 1068 1091 RR3H443TF
BS 1092 1092 RR3CW42JQ
BS 1093 1113 RR3H443TF
BS 1114 1114 RR3CW42JQ
BS 1115 1123 RR3H443TF
BS 1124 1226 RR3CW42JQ
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BS 1228 1292 RR3CW42JQ
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BS 1294 1384 RR3CW42JQ
BS 1385 1425 RR3C674JQ

RD RR3CS06TF 509 0 0
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TTCAGGAGCAAAGAATTGGCTCGTTCATTTGGAGGGAGGCGAATGGTGTAGTGACATTGA
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TC

QA 1 507 1 507
DS 

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CCTGCTAATGGGGAGTTTGATAAAATGGAGAAGTTCACAGATTTTAATGGGACAAATGTG
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AAGCATATGGAGAAAAAGATACCTTTTACAGGAATTCTAAGTGACAAAGCCTCCGAAAAT
C*AGACTTTTATAACTGGAACAGAGTAAAAGTTAGGTACTTTGACGGTGGATCC*TTTAT
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TTTGATGACAGATTTGTTGTGGAATGGAATGAGAGAAGCAAAGCAGGGTCTGCTCTCTGG
ATGTTCTGCCGGAGGCCTTGCAGCAATATTCCAATGTGATGACTTTAAGCTTTATCTCAG
TTCTTCCACC
A

QA 1 670 1 670
DS 

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CATCTTAATCCTCCCTGCTAATGGGGAGTTTGATAAAATGGAGAAGTTCACAGATTTTAA
TGGGACAAATGTGTATCAAACCGAAAATCATGATGTCAATTCAAAAGCAAAGGCTACAAT
GGTAGGACTCACTCTCATTAAAAATGCTGCTCTGAGATCAGCAGTGTGTCTAGATGGAAG
TCCTGCCGGTTATCATTTTCATCCCGGGTCTGGTTCAGGAGCAAAGAATTGGCTCGTTCA
TTTGGAGGGAGGCGAATGGTGTAGTGACATTGAAAGTTGTGAATACAGCAAAGAAACTCG
TCACGGATCGTCCAAGCATATGGAGAAAAAGATACCTTTTACAGGAATTCTAAGTGACAA
AGCCTCCGAAAATCCAGACTTTTATAACTGGAACAGAGTAAAAGTTAGGTACTATGACGG
TGGATCC*TTTATGGGAGACAATGAAAATAAGGATGCAAAACTTCAGTTTAGAGGAAAGG
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GTCTGCTCTCTGGATGTTCTGCCGGAGGCCTTGCAGCAATATTCCAATGTGATGACTTTA
AGCTTTATCTCAGTTCTTCCACA*GAACTAAATGTCTGAGTGATGCTGGCTTTTTCGTTG
ATGCCACCGATGTCTCTGG
GAGATCG

QA 1 739 1 739
DS 

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GGGACAAATGTGTATCAAACCGAAAATCATGATGTCAATTCAAAAGCAAAGGCTACAATG
GTAGGACTCACTCTCATTAAAAATGCTGCTCTGAGATCAGCAGTGTGTCTAGATGGAAGT
CCTGCCGGTTATCATTTTCATCCCGGGTCTGGTTCAGGAGCAAAGAATTGGCTCGTTCAT
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GGATC**TTTATGGGAGACAATGAAAATAAGGATGCAAAACTTCAGTTTAGAGGAAAGGC
AATATGGACTGCTTTGATGACAGATTTGTTGTGGAATGGAATGAGAGAAGCAAAGCAGGG
TCTGCTCTCTGGATGTTCTGCCGGAG*CCTTGCAGCAATATTCCAATGTGATGACTTTAA
GCTTTATCTCAGTTCTTCCACCTGAACTAAATGTCTGAGTGATGCTGGCTTTTTCGTTGA
TGC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3D558TF 774 0 0
GGACCTTGTGTCTCTTTTGAAATGAAGAAACTTTTATGGAGTCTGACTCTCTTTGGTGTC
ATCTTAATCCTCCCTGCTAATGGGGAGTTTGATAAAATGGAGAAGTTCACAGATTTTAAT
GGGACAAATGTGTGTCAAACCGAAAATCATGATGTCAATTCAAAAGCAAAGGCTACAATG
GTAGGACTCACTCTCATTAAAA*TGCTGCTCTGAGATCAGCAGTGTGTCTAGATGGAAGT
CCTGCCGGTTATCATTTTCATCCCGGGTCTGGTTCAGGAGCAAAGAATTGGCTCGTTCAT
TTGGAGGGAGGCGAATGGTGTAGTGACATTGAAAGTTGTGAATACAGCAAAGAAACTCGT
CACGGATCGTCCAAGCATATGGAGAAAAAGATACCTTTTACAGGAATTCTAAGTGACAAA
GCCTCCGAAAATCCAGACTTTTATAACTGGAACAGAGTAAAAGTTAGGTACTGTGACGGT
GGATCC*TTTATGGGAGACAATGAAAATAAGGATGCAAAACTTCAGTTTAGAGGAAAGGC
AATATGGACTGCTTTGATGACAGATTTGTTGTGGAATGGAATGAGAGAAGCAAAGCAGGG
TCTGCTCTCTGGATGTTCTGCCGGAG*CCTTGCAGCAATATTCCAATGTGATGACTTTAA
GCTTTATCTCAGTTCTTCCACCAGAACTAAATGTCTGAGTGATGCTGGCTTTTTCGTTGA
TGCCACCGATGTCTCTGGAGATCGATCTCTTAGAAAGT
ATACACGATGTATACA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3H443TF 473 0 0
GATGACTTTAAGCTTTATCTCAGTTCTTCCACCAGAACTAAATGTCTGAGTGATGCTGGC
TTTTTCGTTGATGCCACCGATGTCTCTGGAGATCGATCTCTTAGAAAGTTATACAACGAT
GTAATACAATTACAGAGTATTACAAACGATCTCCCTG***GCTGTTTAGATAATCGTAGT
CCAACTTCGTGTTTTTTCGCACAAAACCTAGTAAACCAAGTCAAGGCTCCATTGTTTATT
CTAAATGCTGCATACGATACGTGGCAGATCCAAGAGAGTTTAACTTCTAAATCTGCAGAT
CCAACTGGAAGTTGGTCTAACTGTACATTTAACATCGCCAAGTGCAATGCATCCCAGATC
AAGTTCTTTCAAGGGTTCAGGTCTCAGATGGTGAAGTTGCTCGGTGCATTCAAAGAACAA
CGTAAGAATGGAGTGTTTCTTTACTCGTGCTTTTCTCATTGTCTAACAGAGAA

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR3H443JQ 599 0 0
TTTTTCGTTGATGCCACCGATGTCTCTGGAGATCGATCTCTTAGAAAGTTATACAACGAT
GTAATACAATTACAGAGTATTACAAACGATCTCCCTG***GCTGTTTAGATAATCGTAGT
CCAACTTCGTGTTTTTTCGCACAAAACCTAGTAAACCAAGTCAAGGCTCCATTGTTTATT
CTAAATGCTGCATACGATACGTGGCAGATCCAAGAGAGTTTAACTTCTAAATCTGCAGAT
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AAGTTCTTTCAAGGGTTCAGGTCTCAGATGGTGAAGTTGCTCGGTGCATTCAAAGAGCAA
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G

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GTGCATTCAAAGAGCAACGTAAGAATGGAGTGTTTCTTAACTCGTGCTTTTCTCATTGTC
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ATGAGTTCAAATCAATTGAGAAGTTCAAGATATTCAACACAAACAACTTATGGGTTAACT
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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BS 233 233 RR3CY96TF
BS 234 583 RR3EB66TF
BS 584 584 RR3CY96TF
BS 585 741 RR3EB66TF
BS 742 813 RR3CY96TF
BS 814 862 RR3GD51TF
BS 863 863 RR3DJ75TF
BS 864 1025 RR3GD51TF
BS 1026 1026 RR3DJ75TF
BS 1027 1052 RR3GD51TF
BS 1053 1053 RR3DJ75TF
BS 1054 1087 RR3GD51TF
BS 1088 1088 RR3DJ75TF
BS 1089 1113 RR3GD51TF
BS 1114 1181 RR3DJ75TF
BS 1182 1182 RR3C423TF
BS 1183 1294 RR3DJ75TF
BS 1295 1295 RR3FC12TF
BS 1296 1318 RR3DJ75TF
BS 1319 1319 RR3FC12TF
BS 1320 1321 RR3DJ75TF
BS 1322 1542 RR3C423TF
BS 1543 1543 RR3FC12TF
BS 1544 1547 RR3C423TF
BS 1548 1548 RR3FC12TF
BS 1549 1592 RR3C423TF
BS 1593 1593 RR3FC12TF
BS 1594 1659 RR3C423TF
BS 1660 1691 RR3EB66JQ
BS 1692 1692 RR3FC12JQ
BS 1693 1693 RR3AA13JQ
BS 1694 1696 RR3EB66JQ
BS 1697 1697 RR3FC12JQ
BS 1698 1753 RR3EB66JQ
BS 1754 1796 RR3CY96JQ

RD RR3EB66TF 746 0 0
GGATCACCACTACTCCTCCCAAACTCCCAATTCGCATATATACACACTCAATCTCTGCGT
TTCAATCTCCATCATCATCATCATCTACAATCTTCTCAAGCTCAAATCGATAATCGACGA
TGACTGCCACCACCGAGAATCTCCCCCAGCTCAAATCCGCCGTCGATGGCCTTACTGAAA
TGAGTGAGAATGAGAGGAGTAGATTCATCAACCTCGTTTCGCGCTACCTCAGTGGTGAGG
CACAGCACATTGAGTGGAGTAAGATCCAGACACCTACTGATGAAATCGTTGTTCCCTACG
AGAAAATGACTCCCGTCTCCGAAGATGTTTCCGAGACCAAGAATCTGTTGGACAAACTTG
TTGTCTTGAAGCTTAATGGAGGTCTTGGGACAACCATGGGATGCACTGGCCCTAAGTCGG
TTATCGAAGTTCGTGATGGTTTGACATTTCTAGATCTGATTGTTATCCAGATTGAGAATC
TCAACAACAAGTATGGCTGCAAGGTCCCGTTGGTTCTCATGAACTCGTTTAATACACATG
ATGACACACAAAAGATTGTGGAGAAGTACACCAACTCTAATGTAGACATTCACACTTTTA
ACCAGAGCAAATATCCCCGTGTTGTTGCTGATGAGTTTGTGCCATGGCCCAGCAAGGGAA
AGACCGACAAGGATGGCTGGTATCCTCCCGGTCATGGTGATGTATTCCCATCCCTCATGA
ACAGTGGAAAGCTCGATGCTT
CTATC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3CY96TF 638 0 0
G
GAAATGAGTGAGAACGAGAGGAGTGGATTCATCAACCTCGTTTCACGCTACCTCAGCGGT
GAGGCACAGCACATTGAGTGGAGTAAGATCCAGACACCTACTGATGAAATCGTTGTTCCT
TACGAGAAAATGGCTCCCGTCTCCGAATATGTTTCCGAGACCAAGAATCTGTTGGACAAA
CTTGTTGTCTTGAAGCTTAATGGAGGTCTTGGGACAACTATGGGATGCACTGGCCCCAAG
TCGGTTATCGAAGTTCGTGATGGTTTGACATTTCTAGATCTGATTGTTATCCAGATTGAG
AATCTCAACAACAAGTATGGCTGCAAGGTCCCGTTGGTTCTCATGAACTCGTTTAATACA
CATGATGACACACAAAAGATTGTGGAGAAGTACACCAACTCTAATGTTGACATTCACACT
TTTAACCAGAGCAAATATCCCCGTGTTGTTGCTGATGAGTTTGTGCCATGGCCCAGCAAG
GGAAAGACCGACAAGGATGGCTGGTATCCTCCCGGTCATGGTGTTGTATTCCCATCCCTC
ATGAACAGTGGAAAGCTCGATGCTTTCTTATCCCAGGGTAAAGAATATGTGTTTGTTGCC
AATTCAGACAACTTGGGTGCCATCGTTGACTTAAAAA

QA 2 638 2 638
DS 

RD RR3GD51TF 774 0 0
G
GAATCTGTTGGACAAACTTGTTGTCTTGAAGCTTAATGGAGGTCTTGGGACAACCATGGG
ATGCACTGGCCCTAAGTCGGTTATCGAAGTTCGTGATGGTTTGACATTTCTAGATCTGAT
TGTTATCCAGATTGAGAATCTCAACAACAAGTATGGCTGCAAGGTCCCGTTGGTTCTCAT
GAACTCGTTTAATACACATGATGACACACAAAAGATTGTGGAGAAGTACACCAACTCTAA
TGTTGACATTCACACTTTTAACCAGAGCAAATATCCCCGTGTTGTTGCTGATGAGTTTGT
GCCATGGCCCAGCAAGGGAAAGACCGACAAGGATGGCTGGTATCCTCCCGGTCATGGTGA
TGTATTCCCATCCCTCATGAACAGTGGAAAGCTCGATGCTTTCTTATCCCGGGGTAAAGA
ATATGTGTTTGTTGCCAATTCAGACAACTTGGGTGCCATCGTTGACTTAAAAATATTGAA
GCACTTGATCCAGAACAAGAATGAGTACTGTATGGAGGTTACCCCCAAAACATTAGCTGA
TGTAAAGGGAGGAACTCTCATCTCTTATGAAGGCAAAGTTCAGCTTTTGGAGATTGCTCA
GGTTCCGGATGAACATGTCAATGAGTTCAAATCAATTGAGAAGTTCAAGATATTCAACAC
AAACAACTTATGGGTTAACTTGAAG*CCATCAAGAAGCTCGTGGAAGCTGATTCACTTAA
AATGGAGATCATTCCTAACCCAAAGGA*GTCGATGGAGTGAAAGTTCTTCAGC

QA 2 774 2 774
DS 

RD RR3DJ75TF 648 0 0
G
GGCTGGTATCCTCCCGGTCATGGTGATGTATTCCCATCCCTCATGAACAGTGGAAAGCTC
GATGCTTTCTTATCCCAGGGTAAAGAATATGTGTTTGTTGCCAATTCAGACAACTTGGGT
GCCATCGTTGACTTAAAAATATTGGAGCACTTGATCCAGAACAAGAATGAGTACTGTATG
GAGGTTACACCCAAAACATTAGCTGATGTAAAGGGAGGAACTCTCATCTCTTATGAAGGC
AAAGTTCAGCTTTTGGAGATTGCTCAGGTTCCTGATGAACATGTCAATGAGTTCAAATCA
ATTGAGAAGTTCAAGATATTCAACACAAACAACTTATGGGTTAACTTGAAGGCCATCAAA
AAGCTCGTGGAAGCTGATGCACTTAAAATGGAGATCATTCCTAACCCAAAGGAAGTCGAT
GGAGTGAAAGTTCTTCAACTGGAAACTGCAGCTGGTGCTGCAATAAGGTTCTTTGACAAT
GCTATCGGTGTTAATGTACCTCGCTCATGGTTCTTGCCAGTGAAGGCAACTTCAGACTTG
CTGCTCGTCCAGTCTGATCTCTACACCCTAGTTGATGGCTTTGTCACCCGAAACCCTGCT
AGAACCAACCCCTCAAACCCGTCAGTTGAATTGGGACCCGAATTTAA

QA 2 648 2 648
DS 

RD RR3AA13TF 582 0 0
G
AACACAAACAACTTATGGGTTAACTTGAAGGCCATCAAAAAGCTCGTGGAAACTGATACA
CTTAAAATGGAGATCATTCCTAACCCAAAGGAAGTCGATGGAGTGAAAGTTCTTCAACTG
GAAACTGCAGCTGGTGCTGCAATAAGGTTCTTTGACAATGCTATCGGTGTTAATGTACCT
CGCTCACGGTTCTTGCCAGTGAAGGCAACTTCAGACTTGCTGCTCGTCCAGTCTGATCTC
TACACCCTAGTTGATGGCTTTGTCACCCGAAACCCTGCTAGAACCAACCCCTCAAACCCG
TCAGTTGAATTGGGACCCGAATTTAAGAAGGTGGCTAATTTCTTTAGCCGGTTCAAGTCC
ATCCCTAGTATTGTCGAGCTCGACAGCCTTAAGGTGTCTGGTGATGTCTATTTTGGCTCT
TCCGTTGTTCTCAAGGGCAAGGTGACTGTAACCGCAAAATCTGGGACAAAGGTGGAAATC
CCCAATGGTGCTGTGATCGAGAACAAGGACATCAATGGTCCGGAGGACCTCTGAATAAGA
AGAATCCGAAGTCTTCTTCCCTTTCTCATGGAAGCCACATC

QA 2 582 2 582
DS 

RD RR3FC12TF 584 0 0
GGGTTAACTTGAAGGTCATCAAGAAGCTCGTGGAAGCTGATGCACTTAAAATGGAGATCA
TTCCTAACCCAAAGGAAGTCGATGGAGTGAAAGTTCTTCAGCTGGAAACTGCAGCTGGTG
CTGCAATAAGGTTCTTTGACAATGCTATCGGTGTTAATGTACCTCGCTCACGGTTCTTGC
CAGTGAAGGCAACTTCAGACTTGCTGCTCGTCCAGTCTGATCTCTACACCCTAGTTGATG
GCTTTGTCACCCGAAACCCTGCTAGAACTAACCCCTCAAACCCATCAGTTGAATTGGGAC
CCGAATTCAAGAAGGTGGCTAATTTCTTGAGCCGGTTCAAGTCCATCCCTAGTATTGTCG
AGCTCGACAGCCTTAAGGTGTCTGGTGATGTCTATTTTGGCTCTTCCGTTGTTCTCGAGG
GCAAGGTGACTGTAACCGCAAAATCTGGGACAAAGGTGGAAATCCCCAATGGTGCTGTGA
TCGAGAACAAGGACATCAATGGTCCGGAGGACCTCTGAATAAGAAGAATCCAAAGT*TTC
TTCCCTTTCTCATGGAAGCCACATCTTGTTCTTCGGTATAAGAA

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3C423JQ 601 0 0
CGGGA
GGAGATCATTCCTAACCCAAAGGAAGTCGATGGAGTGAAAGTTCTTCAACTGGAAACTGC
AGCTGGTGCTGCAATAAGGTTCTTTGACAATGCTATCGGTGTTAATGTACCTCGCTCACG
GTTCTTGCCAGTGAAGGCAACTTCAGACTTGCTGCTCGTCCAGTCTGATCTCTACACCCT
AGTTGATGGCTTTGTCACCCGAAACCCTGCTAGAACCAACCCCTCAAACCCGCCAGTTGA
ATTGGGACCCGAATTTAAGAAGGTGGCTAATTTCTTGAGCCGGTTCAAGTCCATCCCTAG
TATTGTCGAGCTCGACAGCCTTAAGGTGTCTGGTGATGTCTATTTTGGCTCTTCCGTTGT
TCTCAAGGGCAAGGTGACTGTAACCGCAAAATCTGGGACAAAGGTGGAAATCCCCAATGG
TGCTGTGATCGAGAACAAGGACATCAATGGTCCGGAGGACCTCTGAATAAGAAGAATCCG
AAGTCTTCTTCCCTTTCTCATGGAAGCCACATCTTGTTCTTCGGTATAAAAAGAGTCAAC
CAGATCGTTTGTGAAAGAATAATAAATGCTTTTTGCAGTTTAGCAAAGTCTTTTCC

QA 6 601 6 601
DS 

RD RR3C423TF 601 0 0
CGGGA
GGAGATCATTCCTAACCCAAAGGAAGTCGATGGAGTGAAAGTTCTTCAACTGGAAACTGC
AGCTGGTGCTGCAATAAGGTTCTTTGACAATGCTATCGGTGTTAATGTACCTCGCTCACG
GTTCTTGCCAGTGAAGGCAACTTCAGACTTGCTGCTCGTCCAGTCTGATCTCTACACCCT
AGTTGATGGCTTTGTCACCCGAAACCCTGCTAGAACCAACCCCTCAAACCCGCCAGTTGA
ATTGGGACCCGAATTTAAGAAGGTGGCTAATTTCTTGAGCCGGTTCAAGTCCATCCCTAG
TATTGTCGAGCTCGACAGCCTTAAGGTGTCTGGTGATGTCTATTTTGGCTCTTCCGTTGT
TCTCAAGGGCAAGGTGACTGTAACCGCAAAATCTGGGACAAAGGTGGAAATCCCCAATGG
TGCTGTGATCGAGAACAAGGACATCAATGGTCCGGAGGACCTCTGAATAAGAAGAATCCG
AAGTCTTCTTCCCTTTCTCATGGAAGCCACATCTTGTTCTTCGGTATAAAAAGAGTCAAC
CAGATCGTTTGTGAAAGAATAATAAATGCTTTTTGCAGTTTAGCAAAGTCTTTTCC

QA 6 601 6 601
DS 

RD RR3FC12JQ 720 0 0
GGGTTAACTTGAAGGTCATCAAGAAGCTCGTGGAAGCTGATGCACTTAAAATGGAGATCA
TTCCTAACCCAAAGGAAGTCGATGGAGTGAAAGTTCTTCAGCTGGAAACTGCAGCTGGTG
CTGCAATAAGGTTCTTTGACAATGCTATCGGTGTTAATGTACCTCGCTCACGGTTCTTGC
CAGTGAAGGCAACTTCAGACTTGCTGCTCGTCCAGTCTGATCTCTACACCCTAGTTGATG
GCTTTGTCACCCGAAACCCTGCTAGAACTAACCCCTCAAACCCATCAGTTGAATTGGGAC
CCGAATTCAAGAAGGTGGCTAATTTCTTGAGCCGGTTCAAGTCCATCCCTAGTATTGTCG
AGCTCGACAGCCTTAAGGTGTCTGGTGATGTCTATTTTGGCTCTTCCGTTGTTCTCGAGG
GCAAGGTGACTGTAACCGCAAAATCTGGGACAAAGGTGGAAATCCCCAATGGTGCTGTGA
TCGAGAACAAGGACATCAATGGTCCGGAGGACCTCTGAATAAGAAGAATCCAAAGT*TTC
TTCCCTTTCTCATGGAAGCCACATCTTGTTTTTCGGTATAAGAAGAGTCAACCAGATCGT
TTGTGAAAGAATAATAAATGCTTTTTGCAGTTTAGCAAAGTCTTTTCCACCATGGACTTT
CATTACCTTTACTTTTTAAACTCTC*CCGAACATAATTAC****AATCAAGTTTGAGTGT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3EB66JQ 821 0 0
AGATGCTCAGGTTCT
GATGAACATGTCAATGAGTTCAAATCAATTGAGAAGTTCAAGATATTCAACACAAACAAC
TTATGGGTTAACTTGAAGGCCATCAAGAAGCTCGTGGAAGCTGATGCACTTAAAATGGAG
ATCATTCCTAACCCAAAGGAAGTCGATGGAGTGAAAGTTCTTCAGCTGGAAACTGCAGCT
GGTGCTGCAATAAGGTTCTTTGACAATGCTATCGGTGTTAATGTACCTCGCTCACTGTTC
TTGCCAGTGAAGGCAACTTCAGACTTGCTGCTCGTCCAGTCTGATCTCTACACCCTAGTT
GATGGCTTTGTCACCCGAAACCCTGCTAGAACTAACCCCTCAAACCCATCAGTTGAATTG
GGACCCGAATTCAAGAAGGTGGCTAATTTCTTGAGCCGGTTCAAGTCCATCCCTAGTATT
GTCGAGCTCGACAGCCTTAAGGTGTCTGGTGATGTCTATTTTGGCTCTTCCGTTGTTCTC
AAGGGCAAGGTGACTGTAACCGCAAAATCTGGGACAAAAGTGGAAATCCCCAATGGTGCT
GTGATCGAGAACAAGGACATCAATGGTCCGGAGGACCTCTGAATAAGAAGAATCCAAAGT
*TTCTTCCCTTTCTCATGGAAGCCACATCTTGTTCTTCGGTATAAGAAGAGTCAACCAGA
TCGTTTGTGAAAGAATAATAAATGCTTTTTGCAGTTTAGCAAAGTCTTTTCCACCATGGA
CTTTCATTACCTTTACTTTTTAAA**CTCTCCGAACATAATTAC****AATCAAGTTTGA
GTGTATTCTGGTTCTTTCTACAAGTC

QA 16 821 16 821
DS 

RD RR3AA13JQ 751 0 0
G
AACACAAACAACTTATGGGTTAACTTGAAGGCCATCAAAAAGCTCGTGGAAACTGATACA
CTTAAAATGGAGATCATTCCTAACCCAAAGGAAGTCGATGGAGTGAAAGTTCTTCAACTG
GAAACTGCAGCTGGTGCTGCAATAAGGTTCTTTGACAATGCTATCGGTGTTAATGTACCT
CGCTCACGGTTCTTGCCAGTGAAGGCAACTTCAGACTTGCTGCTCGTCCAGTCTGATCTC
TACACCCTAGTTGATGGCTTTGTCACCCGAAACCCTGCTAGAACCAACCCCTCAAACCCG
TCAGTTGAATTGGGACCCGAATTTAAGAAGGTGGCTAATTTCTTTAGCCGGTTCAAGTCC
ATCCCTAGTATTGTCGAGCTCGACAGCCTTAAGGTGTCTGGTGATGTCTATTTTGGCTCT
TCCGTTGTTCTCAAGGGCAAGGTGACTGTAACCGCAAAATCTGGGACAAAGGTGGAAATC
CCCAATGGTGCTGTGATCGAGAACAAGGACATCAATGGTCCGGAGGACCTCTGAATAAGA
AGAATCCGAAGTCTTCTTCCCTTTCTCATGGAAGCCACATCTTGTTCTTCGGTATAAAAA
GAGTCAACCAGATCGTTTGTGAAAGAATAATAAATGCTTTTTGCAGTTTAGCAAAGTCTT
TTCCACCATGGACTTTCATTACTTCTACTTTTTAAATTCTCCCCGAACATAATTAC****
AATCAAGTTTGAGTGTATTCTGGTTCTTTC

QA 2 751 2 751
DS 

RD RR3GD51JQ 800 0 0
CATGTCAATGAGTTCAAATCAATTGAGAAGTTCAAGATATTCAACACAAACAACTTATGG
GTTAACTTGAAGGCCATCAAGAAGCTCGTGGAAGCTGATTCACTTAAAATGGAGATCATT
CCTAACCCAAAGGAAGTCGATGGAGTGAAAGTTCTTCAGCTGGAAACTGTAGCTGGTGCT
GCAATAAGGTTCTTTGACAATGCTATCGGTGTTAATGTACCTCGCTCACGGTTCTTGCCA
GTGAAGGCAACTTCAGACTTGCTGCTCGTCCAGTCTGATCTCTACACCCTAGTTGATGGT
TTTGTTACCCGAAACCCTGCTAGAACTAACCCCTCAAACCCATCAGTTGAATTGGGACCC
GAATTCAAGAAGGTGGCTAATTTCTTGAGCCGGTTCAAGTCCATCCCTAGTATTGTCGAG
CTCGACAGCCTTAAGGTGTCTGATGATGTCTATTTTGGCTCTTCCGTTGTTCTCAAGGGC
AAGGTGACTGTAACCGCAAAATCTGGGACAAAGGTGGAAATCCCCAATGGTGCTGTGATC
GAGAACAAGGACATCAATGGTCCGGAGGACCTCTGAATAAGAAGAATCCAAAGT*TTCTT
CCCTTTCTCATGGAAGCCACATCTTGTTCTTCGGTATAAGAAGAGTCAACCAGATCGTTT
GTGAAAGAATAATAAATGCTTTTTGCAGTTTAGCAAAGTCTTTTCCACCATGGACTTTCA
TTACCTTTACTTTTTAAACTCTC*CCGAACATAATTAC****AATCAAGTTTGAGTGTAT
TCTGGTTCTTTCTACAAGTC

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3CY96JQ 737 0 0
AAATGGAGATCATTCCTAACCCAAAGGAAGTCGATGGAGTGAAAGTTCTTCAGCTGGAAA
CTGCAGCTGGTGCTGCAATAAGGTTCTTTGACAATGCTATCGGTGTTAATGTACCTCGCT
CACGGTTCTTGCCAGTGAAGGCAACTTCAGACTTGCTGCTCGTCCAGTCTGATCTCTACA
CCCTAGTTGATGGCTTTGTCACCCGAAACCCTGCTAGAACTAACCCCTCAAACCCATCAG
TTGAATTGGGACCCGAATTCAAGAAGGTGGCTAATTTCTTGAGCCGGTTCAAGTCCATCC
CTAGTATTGTCGAGCTCGACAGCCTTAAGGTGTCTGGTGATGTCTATTTTGGCTCTTCCG
TTGTTCTCAAGGGCAAGGTGACTGTAACCGCAAAATCTGGGACAAAGGTGGAAATCCCCA
ATGGTGCTGTGATCGAGAACAAGGACATCAATGGTCCGGAGGACCTCTGAATAAGAAGAA
TCCAAAGT*TTCTTCCCTTTCTCATGGAAGCCACATCTTGTTCTTCGGTATAAGAAGAGT
CAGCCAGATCGTTTGTGAAAGAATAATAAATGCTTTTTGCAGTTTAGCAAAGTCTTTTCC
ACCATGGACTTTCGTTACCTTTACTTTTTAAACTCTC*CCGAACATAATTACATACAATC
AAGTTTGAGTGTATTCTGGTTCTTTCTACAAGTCATTTTTGTTTTCTTTCTGATTCTGCT
TATAACTATTTAATTCC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 2 12

CO CL151Contig1 855 4 9 U
GGAAACAAACTTTATTTTAAAATGCACTACTCAGGATCCAATACAAACCACCACACAAAC
ACTGACGCTTGCCCTCACGTATTATTAGGAAACACACAAAAACCAAAGCTTTGAGAACGA
AAGCAGAGCAAAGCATCATCAGAAACAGAAGACACAACACAAGGTTTTATTCAGTATCAG
AGATTATTCTTCCTAAACTCAGCGGCGTACGCAACAATTTTCTCTTGGTCAGGGAGAGAC
TTAGACACGCTCTCTTTCTCCATACACCTCTTAGCCCAAGCAATCAGTTTTGGACTCTCT
GCCTCGATGCTGAAGTTACCAAACTTCTCATATGCTCCGAACCAACTGTAGAATGTAATC
AGTGAAATGTCTACATAGCCAAAGGTATCTCCACCAAAGTAAGGTTTGTCTCCAAGTTCA
GCTTCAAGAATCTTCACTGCCTCAATAAACTCATTCACCCCTGCTGCTTGTTCCTCACCT
TTCGTTCCCCATATCTTGAATTGGGCATCACTAAACTTCTTGTCCACGAAATCAGCCCAA
AACCTAGCCTGAGCTTTCCCGTAAGGATCAGAAGGGAAGAATGGGTTCTTGTCAGACCAA
GCCTCGTCCACGTACTGGACAACGTTGAGAGACTCGCATACTGGTTTACCATTGTGTATC
AGAACCGGGACCTTCTTGTGAATCGGATTACTTTGGAGGAGCAAAGGGCTCTTGTTCGTG
AGATCCTCTTCTCTGGCCTCGAACACAACACCTTCCTCCCTCAACGCGACTCTAGCCCTC
ATACAGAACATGCTTGGCCAGTAATCAAGAAGAATCGTCGAGTTCGCCATTGGTCTTACA
AAGAAATGATATCCC


BQ
10 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

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AF RR3E734TF C 3
AF RR3DL17JQ U 0
AF RR3DL17TF C 307
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BS 829 852 RR3DL17JQ
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RD RR3E734JQ 679 0 0
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AGATTATTCTTCCTAAACTCAGCGGCGTACGCAACAATTTTCTCTTGGTCAGGGAGAGAC
TTAGACACGCTCTCTTTCTCCATACACCTCTTAGCCCAAGCAATCAGTTTTGGACTCTCT
GCCTCGATGCTGAAGTTACCAAACTTCTCATATGCTCCGAACCAACTGTAGAATGTAATC
AGTGAAATGTCTACATAGCCAAAGGTATCTCCACCAAAGTAAGGTTTGTCTCCAAGTTCA
GCTTCAAGAATCTTCACTGCCTCAATAAACTCCTTCACCCCTGCTGCTTGTTCCTCACCT
TTCGTTCCCCATATCTTGAATTGGGCATCACTAAACTTCTTGTCCACGAAATCAGCCCAA
AACCTAGCCTGAGCTTTCCCGTAAGGATCAGAAGGGAAGAATGGGTTCTTGTCAGACCAA
GCCTCGTCCACGTACTGGACAACGTTGAGAGACTCGCATACTGGTTTACCGTTGTGTATC
AGAACCGGGACCTTCTTG
C

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DS 

RD RR3E734TF 677 0 0
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TGACGCTTGCCCTCACGTATTATTAGGAAACACACAAAAACCAAAGCTTTGAGAACGAAA
GCAGAGCAAAGCATCATCAGAAACAGAAGACACAACACAAGGTTTTATTCAGTATCAGAG
ATTATTCTTCCTAAACTCAGCGGCGTACGCAACAATTTTCTCTTGGTCAGGGAGAGACTT
AGACACGCTCTCTTTCTCCATACACCTCTTAGCCCAAGCAATCAGTTTTGGACTCTCTGC
CTCGATGCTGAAGTTACCAAACTTCTCATATGCTCCGAACCAACTGTAGAATGTAATCAG
TGAAATGTCTACATAGCCAAAGGTATCTCCACCAAAGTAAGGTTTGTCTCCAAGTTCAGC
TTCAAGAATCTTCACTGCCTCAATAAACTCCTTCACCCCTGCTGCTTGTTCCTCACCTTT
CGTTCCCCATATCTTGAATTGGGCATCACTAAACTTCTTGTCCACGAAATCAGCCCAAAA
CCTAGCCTGAGCTTTCCCGTAAGGATCAGAAGGGAAGAATGGGTTCTTGTCAGACCAAGC
CTCGTCCACGTACTGGACAACGTTGAGAGACTCGCATACTGGTTTACCGTTGTGTATCAG
AACCGGGACCTTCTTG
C

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DS 

RD RR3DL17JQ 853 0 0
CT
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CTGACGCTTGCCCTCACGTATTATTAGGAAACACACAAAAACCAAAGCTTTGAGAACGAA
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GATTATTCTTCCTAAACTCAGCGGCGTACGCAACAATTTTCTCTTGGTCAGGGAGAGACT
TAGACACGCTCTCTTTCTCCATACACCTCTTAGCCCAAGCAATCAGTTTTGGACTCTCTG
CCTCGATGCTGAAGTTACCAAACTTCTCATATGCTCCGAACCAACTGTAGAATGTAATCA
GTGAAATGTCTACATAGCCAAAGGTATTTCCACCAAAGTAAGGTTTGTCTCCAAGTTCAG
CTTCAAGAATCTTCACTGCCTCAATAAACTCATTCACCCCTGCTGCTTGTTCCTCACCTT
TCTTTCCCCATATCTTGAATTGGGCATCACTAAACTTCTTGTCCACGAAATCAGCCCAAA
ACCTAGCCTGAGCTTTCCCGTAAGGATCAGAAGGGAAGAATGGGTTCTTGTCAGACCAAG
CCTCGTCCACGTACTGGACAACGTTGAGAGACTCGCATACTGGTTTACCATTGTGTATCA
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GATCCTCTTCTCTGGCCTCGAACACAACACCTTCCTCCCTCAACGCGACTCTAGCCCTCA
TACAGAACATGCTTGGCCAGTAATCAAGAAGAATCGTCGAGTTCGC*ATTGGTCTTACAA
AGAAATGATAT

QA 3 853 3 853
DS 

RD RR3DL17TF 549 0 0
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AGAATCTTCACTGCCTCAATAAACTCATTCACCCCTGCTGCTTGTTCCTCACCTTTCTTT
CCCCATATCTTGAATTGGGCATCACTAAACTTCTTGTCCACGAAATCAGCCCAAAACCTA
GCCTGAGCTTTCCCGTAAGGATCAGAAGGGAAGAATGGGTTCTTGTCAGACCAAGCCTCG
TCCACGTACTGGACAACGTTGAGAGACTCGCATACTGGTTTACCATTGTGTATCAGAACC
GGGACCTTCTTGTGAATCGGATTACTTTGGAGGAGCAAAGGGCTCTTGTTCGTGAGATCC
TCTTCTCTGGCCTCGAACACAACACCTTCCTCCCTCAACGCGACTCTAGCCCTCATACAG
AACATGCTTGGCCAGTAATCAAGAAGAATCGTCGAGTTCGCCATTGGTCTTACAAAGAAA
TGATATCCC

QA 1 549 1 549
DS 



CO CL151Contig2 930 8 6 U
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TATCATTTCTTTGTGAGCTTTAGTGATCTAAACCAATGGCGAACTCGACGATTCTTCTTG
ATTACTGGCCAAGCATGTTCTGTATGAGGGCTAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGGTGTTG
TGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCTCACGAACAAGAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATC
CGATTCACAAGAAGGTCCCGGTTCTGATCCACAACGGTAAACCGGTATGCGAGTCTCTCA
ATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGCTTGGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATC
CTTACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTTTTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATG
CCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAAAGGTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTA
TTGAGGCAGCGAAGATTCTCGAAGCTGAGCTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATA
CCTTTGGCTATGTAGACATTGCACTGATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGA
AGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGT
GTATGCAGAAAGAGAGCGTGTCTAAGTCTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACG
CCGCTGAGTTTAGGAAGAATAATCTCTGATACTGCTGAATAAAACCTTGTGTTGTGTCTT
CTGTTTCCGATGATGGTGTGCTCTGCCTTCGTTCTCTTTTAGCTTTGGTTTCTGTGTGTT
TCCTAATAATACGTGAGGGCAAGCGTCAGTGTTTGTGTGGTGGTTTGTATTGGATCCTAA
GTAGTGCATTTTAAAATAAAGTTTGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3ES79TF U 12
AF RR3FT91TF U 1
AF RR3G941TF U 39
AF RR3DW39JQ C 502
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AF RR3DW39TF U 464
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GG
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ATTACTGGCCAAGCATGTTCTGTATGAGGGCTAGAGTCGCGTTGAGGGAGAAAGGTGTTG
TGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCTCACGAACAAGAGCCCTTTGCTCCTCCAAAGTAATC
CGATTCACAAGAAGGTCCCGGTTCTGATCCACAACGGTAAACCGGTATGCGAGTCTCTCA
ATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGCTTGGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATC
CTTACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTTTTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATG
CCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAAAGGTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTA
TTGAGGCAGCGAAGATTCTCGAAGCTGAGCTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATA
CCTTTGGCTATGTAGACATTGCACTGATTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGA
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CCGCTGAGT

QA 1 729 1 729
DS 

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GCGTTGAGGGAGAAAGGTGTTGTGTTCGAGGCCAGAGAAGAGGATCTCACGAACAAGAGC
CCTTTGCTCCTCCAAAGTAATCCGATTCACAAGAAGGTCCCGGTTCTGATCCACAACGGT
AAACCGGTATGCGAGTCTCTCAATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGCTTGGTCTGACAAG
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AAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACTGATTACATTCTAC
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AA*GAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGA

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DS 

RD RR3DW39JQ 278 0 0
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CACTGATTACATTTTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCG
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ATTTTTGATACTGCTGAATAAAACCTTGTGTTGTGTCT

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DS 

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CTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAGAGAGTCC
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TCTTTTAGCTTTGGTTTCTGTGTGTTTCCTAATAATACGTGAGGGCAAGCGTCAGTGTTT
GTGTGGTGGTTTGT

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GAAGGTCCCGGTTCTGATCCACAACGGTAAACCGGTATGCGAGTCTCTCAATGTTGTCCA
GTACGTGGACGAGGCTTGGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATCCTTACGGGAA
AGCTCAGGCTAGGTTTTGGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAA
GATATGGGGAAAGAAAGGTGAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTATTGAGGCAGC
GAAGATTCTCGAAGCTGAGCTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTA
TGTAGACATTGCACTGATTACATTCTACATTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAA
CTTCAGCATCGAGGCAGAGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGCAGAA
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TAGGAAGAATAATCTCTGATACTGCTGAATAAAACCTTGTGTTGTGTCTTCTGTTTCCGA
TGATGGTGTGCTCTGCCTTCGTTCTCTTTTAGCTT*GGTTTCTGTGTGTTTCCTAATAAT
ACGTGAGGGCAAGCGTCAGTGTTTGTGTGGTGGTTTGTATTGGATCCTAAGTAGTGCATT
TTAAAATAAAGTTTGTTTCC

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3DI02JQ 663 0 0
TCCACAACGGTAAACCGGTATGCGAGTCTCTCAATGTTGTCCAGTACGTGGACGAGGCTT
GGTCTGACAAGAACCCATTCTTCCCTTCTGATCCTTACGGGAAAGCTCAGGCTAGGTTTT
GGGCTGATTTCGTGGACAAGAAGTTTAGTGATGCCCAATTCAAGATATGGGGAAAGAAAG
GTAAGGAACAAGCAGCAGGGGTGAAGGAGTTTATTGAGGCAGCGAAGATTCTCGAAGCTG
AGCTTGGAGACAAACCTTACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACTGA
TTACATTCTACAGTTGGTTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAG
AGAGTCCAAAACTGATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGCAGAAAGAGAGCGTGTCTAAGT
CTCTCCCTGACCAAGAGAAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGTTTAGGAAGAATAATCTCT
GATACTGCTGAATAAAACCTTGTGTTGTGTCTTCTGTTTCCGATGATGGTGTGCTCTGCT
TTCGTTCTCTTTTAGCTTTGGTTTCTGTGTGTTTCCTAATAATACGTGAGGGCAAGCGTC
AGTGTTTGTGTGGTGGTTTGTATTGGATCCTAAGTAGTGCATTTTAAAATAAAGTTTGTT
TCC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3DW39TF 467 0 0
G
GGGGTGAAGGAGTTTATTGAGGCAGCGAAGATTCTCGAAGCTGAGCTTGGAGACAAACCT
TACTTTGGTGGAGATACCTTTGGCTATGTAGACATTGCACTGATTACATTCTACAGTTGG
TTCGGAGCATATGAGAAGTTTGGTAACTTCAGCATCGAGGCAGAGAGTCCAAAACTGATT
GCTTGGGCTAAGAGGTGTATGCAGAAAGAGAGCGTGTCTAAGTCTCTCCCTGACCAAGAG
AAAATTGTTGCGTACGCCGCTGAGTTTAGGAAGAATAATCTCTGATACTGCTGAATAAAA
CCTTGTGTTGTGTCTTCTGTTTCCGATGATGGTGTGCTCTGCCTTCGTTCTCTTTTAGCT
TTGGTTTCTGTGTGTTTCCTAATAATACGTGAGGGCAAGCGTCAGTGTTTGTGTGGTGGT
TTGTATTGGATCCTAAGTAGTGCATTTTAAAATAAAGTTTGTTTCC

QA 2 467 2 467
DS 



AS 1 13

CO CL152Contig1 921 13 26 U
GGAATATCACTTACTAACAAGCTCAACTGTGTTTGTGTGTGTTTTGTAATAGAAAAGAGA
GGAAAGATGGTGCTAAAGGTGTACGGACCTCACTTTGCTTCGCCCAAGCGTGCTCTGGTA
ACGCTTATCGAGAAGGGCGTTCCCTTCGAGACCATCCCCGTCGATCTCATGAAAGGAGAG
CACAAGCAGCCTGCTTATCTCGCCTTACAGCCTTTCGGTACCGTTCCAGCTGTTGTCGAC
GGTGACTACAAGATCTTCGAGTCACGTGCGGTGATGAGGTACGTAGCTGAGAAGTACAGG
TCCCAAGGACCTGATCTTTTGGGCAAAACCGTCGAAGACAGAGGTCAAGTTGAGCAATGG
CTCGATGTTGAGGCCACCACTTTCCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACTCCACATCATG
TTCGCATCAGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAGGAGAAG
CTCGCTGCCGTGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTACTTGGCTGGT
GACTTCGTCAGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGATTACTTGGTTGGACCC
ATCGGTAAGGCTTACATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGGATGATATT
AGCAGCCGTCCTGCCTGGAAGGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGA
TGATGAATCATCATCATTGTTCTTGTTCTTGTTTTTGAGTTTCTAAGCAATGTTTGTGTT
TAATGTGGAGGTTTTTTAATAAAGTGTGGAACTGTATGCCTCCTCCTCTTATCTTATGTA
TGTCACCTCTCTGTCTCTTCTGTTTCATATTGTAACTTGTGTGATTGAGTTGAGGTTTGA
ATCAAGAGGAACTTAATAATC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 40 55 55 55 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 30 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 45 60 60 60 60 60 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 50 35 50 50 50 50 35 50 50 50 50 20 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR3DG30JQ C 137
AF RR3BR31TF U 1
AF RR3DB48TF U 1
AF RR3DG30TF U 7
AF RR3BR72TF U 4
AF RR3AI50TF U 1
AF RR3DC56TF U 164
AF RR3AI50JQ C 195
AF RR3DC56JQ C 206
AF RR3EJ18JQ C 255
AF RR3DB48JQ C 250
AF RR3BR72JQ C 291
AF RR3BX28TF U 680
BS 1 680 RR3AI50TF
BS 681 681 RR3BR31TF
BS 682 789 RR3AI50TF
BS 790 790 RR3DC56TF
BS 791 802 RR3AI50TF
BS 803 803 RR3DC56TF
BS 804 808 RR3AI50TF
BS 809 810 RR3DC56TF
BS 811 822 RR3AI50TF
BS 823 825 RR3DC56TF
BS 826 829 RR3AI50TF
BS 830 830 RR3DC56TF
BS 831 834 RR3AI50TF
BS 835 835 RR3DC56TF
BS 836 839 RR3AI50TF
BS 840 840 RR3DC56TF
BS 841 846 RR3AI50TF
BS 847 847 RR3DC56TF
BS 848 864 RR3AI50TF
BS 865 865 RR3BX28TF
BS 866 874 RR3AI50TF
BS 875 875 RR3DC56TF
BS 876 887 RR3AI50TF
BS 888 890 RR3DC56TF
BS 891 919 RR3BX28TF
BS 920 921 RR3BR72JQ

RD RR3DG30JQ 429 0 0
GGCGTT
CCTTCGAGACCATCCC*GTCGATCTCATGAAAGGAGAGCACAAGCAGCCTGCTTATCTCG
CCTTACAGCCTTTCGGTACTGTTCCAGCTGTTGTCGACGGTGACTACAAGATCTTCGAGT
CACGTGCGGTGATGAGGTACGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCAAGGACCTGATCTTTTGG
GCAAAACCGTCGAAGACAGAGGTCAAGTTGAGCAATGGCTCGATGTTGAGGCCACCACTT
TCCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACTCCACATCATGTTCGCATCAGTCATGGGATTCC
CATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAGGAGAAGCTCGCTGCCGTGCTCGATGTTT
ACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTACTTGGCTGGTGACTTCGTCAGCTTGGCTGATT
TGG

QA 7 429 7 429
DS 

RD RR3BR31TF 774 0 0
GGAAT
ATCACTTACTAACAAGCTCAACTGTGTTTGTGTGTGTTTTGTAATAGAAAAGAGAGGAAA
GATGGTGCTAAAGGTGTACGGACCTCACTTTGCTTCGCCCAAGCGTGCTCTGGTAACGCT
TATCGAGAAGGGCGTTCCCTTCGAGACCATCCCCGTCGATCTCATGAAAGGAGAGCACAA
TCAGCCTGCTTATCTCGCCTTACAGCCTTTCGGTACCGTTCCAGCTGTTGTCGACGGTGA
CTACAAGATCTTCGAGTCACGTGCGGTGATGAGGTACGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCA
AGGACCTGATCTTTTGGGCAAAGCCGTCGAAGACAGAGGTCAAGTTGAGCAATGGCTCGA
TGTTGAGGCCACCACTTTCCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACTCCACGTCATGTTCGC
ATCAGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAGGAGAAGCTCGC
TGCCGTGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTACTTGGCTGGTGACTT
CGTCAGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGATTACTTGGTTGGACCCATCGG
TAAGGCTTACATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGGATGATATTAGCAG
CCGTCCTGCCTGGAAGGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAA*GATGATGATG
AATCATCATCATTGTTCT*GTTCTTGTTTTTGAGTT
CTAGCATGTTTGT

QA 6 761 6 761
DS 

RD RR3DB48TF 771 0 0
GGAAT
ATCACTTACTAACAAGCTCAACTGTGTTTGTGTGTGTTTTGTAATAGAAAAGAGAGGAAA
GATGGTGCTAAAGGTGTACGGACCTCACTTTGCTTCGCCCAAGCGTGCTCTGGTAACGCT
TATCGAGAAGGGCGTTCCCTTCGAGACCATCCCCGTCGATCTCATGAAAGGAGAGCACAA
GCAGCCTGCTTTTCTCGCCTTACAGCCTTTCGGTACCGTTCCAGCTGTTGTCGACGGTGA
CTACAAGATCTTCGAGTCACGTGCGGTGATGAGGTACGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCA
AGGACCTGATCTTTTGGGCAAAACCGTCGAAGACAGAGGTCAAGTTGAGCAATGGCTCGA
TGTTGAGGCCACCACTTTCCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACTCCACATCATGTTCGC
ATCAGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAGGAGAAGCTCGC
TGCCGTGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTACTTGGCTGGTGACTT
CGTCAGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGATTACTTGGTTGGACCCATCGG
TAAGGCTTACATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGGATGATATTAGCAG
CCGTCCTGCCTGGAA*GAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGATGATG
AATCATCATCATTGTTCTTGTTCTTGTTTT*GAGTTTCTAAGCAAT

QA 6 771 6 771
DS 

RD RR3DG30TF 752 0 0
GG
ACTTACTAACAAGCTCAACTGTGTTTGTGTGTGTTTTGTAATAGAAAAGAGAGGAAAGAT
GGTGCTAAAGGTGTACGGACCTCACTTTGCTTCGCCCAAGCGTGCTCTGGTAACGCTTAT
CGAGAAGGGCGTTCCCTTCGAGACCATCCCCGTCGATCTCATGAAAGGAGAGCACAAGCA
GCCTGCTTATCTCGCCTTACAGCCTTTCGGTACTGTTCCAGCTGTTGTCGACGGTGACTA
CAAGATCTTCGAGTCACGTGCGGTGATGAGGTACGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCAAGG
ACCTGATCTTTTGGGCAAAACCGTCGAAGACAGAGGTCAAGTTGAGCAATGGCTCGATGT
TGAGGCCACCACTTTCCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACTCCACATCATGTTCGCATC
AGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAGGAGAAGCTCGCTGC
CGTGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTACTTGGCTGGTGACTTCGT
CAGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGATTACTTGGTTGGACCCATCGGTAA
GGCTTACATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGGATGATATTAGCAGCCG
TCCTGCCTGGA*GGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGATGATGA*T
CATCATCATTGTTCT
ATCTTGTTTTGAGTT

QA 3 737 3 737
DS 

RD RR3BR72TF 751 0 0
GG
ATCACTTACTAACAAGCTCAACTGTGTTTGTGTGTGTTTTGTAATAGAAAAGAGAGGAAA
GATGGTGCTAAAGGTGTACGGACCTCACTTTGCTTCGCCCAAGCGTGCTCTGGTAACGCT
TATCGAGAAGGGCGTTCCCTTCGAGACCATCCCCGTCGATCTCATGAAAGGAGAGCACAA
GCAGCCTGCTTATCTCGCCTTACAGCCTTTCGGTACCGTTCCAGCTGTTGTCGACGGTGA
TTACAAGATCTTCGAGTCACGTGCGGTGATGAGGTACGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCA
AGGACCTGATCTTTTGGGCAAAACCGTCGAAGACAGAGGTCAAGTTGAGCAATGGCTCGA
TGTTGAGGCCACCACTTTCCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACTCCACATCATGTTCGC
ATCAGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAGGAGAAGCTCGC
TGCCGTGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTACTTGGCTGGTGACTT
CGTCAGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGATTACTTGGTTGGACCCATCGG
TAAGGCTTACATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGGATGATATTAGCAG
CCGTCCTGCCTGGAA*GAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGATGATG
AATCATCATCATTATTCTTGTTCTTGTTT

QA 3 751 3 751
DS 

RD RR3AI50TF 887 0 0
GGAATATCACTTACTAACAAGCTCAACTGTGTTTGTGTGTGTTTTGTAATAGAAAAGAGA
GGAAAGATGGTGCTAAAGGTGTACGGACCTCACTTTGCTTCGCCCAAGCGTGCTCTGGTA
ACGCTTATCGAGAAGGGCGTTCCCTTCGAGACCATCCCCGTCGATCTCATGAAAGGAGAG
CACAAGCAGCCTGCTTATCTCGCCTTACAGCCTTTCGGTACCGTTCCAGCTGTTGTCGAC
GGTGACTACAAGATCTTCGAGTCACGTGCGGTGATGAGGTACGTAGCTGAGAAGTACAGG
TCCCAAGGACCTGATCTTTTGGGCAAAACCGTCGAAGACAGAGGTCAAGTTGAGCAATGG
CTCGATGTTGAGGCCACCACTTTCCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACTCCACATCATG
TTCGCATCAGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAGGAGAAG
CTCGCTGCCGTGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTACTTGGCTGGT
GACTTCGTCAGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGATTACTTGGTTGGACCC
ATCGGTAAGGCTTACATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGGATGATATT
AGCAGCCGTCCTGCCTGGAAAGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGA
TGATGAATCATCATCATTGTTCTTGTTCTTGTTTTTGAGTTTCTAAGCAATGTTTGTGTT
TAATGTGGATGTTTTTTAATAA*GTGTG**ACTGTATGCCTCT**CTCT*ATCT*ATGTG
TGTCAC*TCTCTGTCTCTTCTGTT*CATATTGTA*CTTGTGTGATTG

QA 1 887 1 887
DS 

RD RR3DC56TF 727 0 0
AGGG
CATGAAAGGAGAGCACAAGCAGCCTGCTTATCTCGCCTTACAGCCTTTCGGTACCGTTCC
AGCTGTTGTCGACGGTGACTACAAGATCTTCGAGTCACGTGCGGTGATGAGGTACGTAGC
TGAGAAGTACAGGTCCCAAGGACCTGATCTTTTGGGCAAAACCGTCGAAGACAGAGGTCA
AGTTGAGCAATGGCTCGATGTTGAGGCCACCACTTTCCACCCACCCCTCCTTAACCTCAC
ACTCCACATCATGTTCGCATCAGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGA
GAGCGAGGAGAAGCTCGCTGCCGTGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAA
GTACTTGGCTGGTGACTTCGTCAGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGATTA
CTTGGTTGGACCCATCGGTAAGGCTTACATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTG
GTGGTATGATATTAGCAGCCGTCCTGCCTGGAAGGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCC
TGCTTAAAGATGATGATGAATCATCATCATTGTTCTTGTTCTTGTTTTTGAGTTTCTAAG
CAATGTTTGTGTT*AATGTGGAGGTTTTTTAATAAAGTGTGGAACTGTATGCCTCCTCCT
CTTATCTTATGTATGTCACCTCTCTGTCTCTTCTGTT*CATATTGTAACTTGTGTGATTG
AGT

QA 5 727 5 727
DS 

RD RR3AI50JQ 709 0 0
TTATCTCGCCTTACAGCCTTTCGGTACCGTTCCAGCTGTTGTCGACGGTGACTACAAGAT
CTTCGAGTCACGTGCGGTGATGAGGTACGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCAAGGACCTGA
TCTTTTGGGCAAAACCGTCGAAGACAGAGGTCAAGTTGAGCAATGGCTCGATGTTGAGGC
CACCACTTTCCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACTCCACATCATGTTCGCATCAGTCAT
GGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAGGAGAAGCTCGCTGCCGTGCT
CGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTACTTGGCTGGTGACTTCGTCAGCTT
GGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGATTACTTGGTTGGACCCATCGGTAAGGCTTA
CATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGGATGATATTAGCAGCCGTCCTGC
CTGGAAGGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGATGATGAATCATCAT
CATTGTTCTTGTTCTTGTTTTTGAGTTTTTAAGCAATGTTTGTGTTTAATGTGGATGTTT
TTTAATAAAGTGTGGAACTGTATGCCTCCTCCTCTTATCTTATGTGTGTCACCTCTCTGT
CTCTTCTGTTTCATATTGTAACTTGTGTGATTGAGTTGAGGTTTGAATC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3DC56JQ 716 0 0
TACAGCCTTTCGGTACCGTTCCAGCTGTTGTCGACGGTGACTACAAGATCTTCGAGTCAC
GTGCGGTGATGAGGTACGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCAAGGACCTGATCTTTTGGGCA
AAACCGTCGAAGACAGAGGTCAAGTTGAGCAATGGCTCGATGTTGAGGCCACCACTTTCC
ACCCACCCCTCCTTAACCTCACACTCCACATCATGTTCGCATCAGTCATGGGATTCCCAT
CTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAGGAGAAGCTCGCTGCCGTGCTCGATGTTTACG
AGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTACTTGGCTGGTGACTTCGTCAGCTTGGCTGATTTGG
CTCACCTCCCTTTCACTGATTACTTGGTTGGACCCATCGGTAAGGCTTACATGATCAAAG
ACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGTATGATATTAGCAGCCGTCCTGCCTGGAAGGAGA
CTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGATGATGAATCATCATCATTGTTCTTG
TTCTTGTTTTTGAGTTTCTAAGCAATGTTTGTGTTTAATGTGGAGGTTTTTTAATAAAGT
GTGGAACTGTATGCCTCCTCCTCTTATCTTATGTATGTCACCTCTCTGTCTCTTCTGTTT
CATATTGTAACTTGTGTGATTGAGTTGAGGTTTGAATCAAGAGGAACTTAATAA
TC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3EJ18JQ 667 0 0
CTTCGAGTCACGTGCGGTGATGAGGTACGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCAAGGACCTGA
TCTTT*GGGCAAAACCGTCGAAGACAGAGGTCAAGTTGAGCAATGGCTCGATGTTGAGGC
CACCACTTTCCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACTCCACATCATGTTCGCATCAGTCAT
GGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAGGAGAAGCTCGCTGCCGTGCT
CGATATTTACGAGGCACAGCTTTCCAAGAGCAAGTACTTGGCTGGTGACTTCGTCAGCTT
GGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGATTACTTGGTTGGACCCATCGGTAAGGCTTA
CATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGGATGATATTAGCAGCCGTCCTGC
CTGGAAGGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGATGATGAATCATCAT
CATTGTTCTTGTTCTTGTTTTTGAGTTTCTAAGCAATGTTTGTGTTTAATGTGGAGGTTT
TTTAATAAAGTGTGGAACTGTATGCCTCCTCCTCTTATCTTATGTATGTCACCTCTCTGT
CTCTTCTGTTTCATATTGTAACTTGTGTGATTGAGTTGGGGTTTGAATCAAGAGGAACTT
AATAA
CC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3DB48JQ 665 0 0
AAGATCTTCGAGTCACGTGCGGTGATGAGGTACGTAGCTGAGAAGTACAGGTCCCAAGGA
CCTGATCTTTTGGGCAAAACCGTCGAAGACAGAGGTCAAGTTGAGCAATGGCTCGATGTT
GAGGCCACCACTTTCCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACTCCACATCATGTTCGCATCA
GTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAGGAGAAGCTCGCTGCC
GTGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTACTTGGCTGGTGACTTCGTC
AGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGATTACTTGGTTGGACCCATCGGTAAG
GCTTACATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGGATGATATTAGCAGCCGT
CCTGCCTGGAAGGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGATGATGAATC
ATCATCATTGTTCTTGTTCTTGTTTTTGAGTTTCTAAGCAATGTTTGTGTTTAATGTGGA
GGTTTTTTAATAAAGTGTGGAACTGTATGCCTCCTCCTCTTATCTTATGTATGTCACCTC
TCTGTCTCTTCTGTTTCATATTGTAACTTGTGTGATTGAGTTGAGGTTTGAATCAAGAGG
AACTT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3BR72JQ 631 0 0
GAAGTACAGGTCCCAAGGACCTGATCTTTTGGGCAAAACCGTGGAAGACAGAGGTCAAGT
TGAGCAATGGCTCGATGTTGAGGCCACCACTTTCCACCCACCCCTCCTTAACCTCACACT
CCACATCATGTTCGCATCAGTCATGGGATTCCCATCTGACGAGAAGCTGATCAAGGAGAG
CGAGGAGAAGCTCGCTGCCGTGCTCGATGTCTACGAGGCACAGCTCTCCAAGAGCAAGTA
CTTGGCTGGTGACTTCGTCAGCTTGGCTGATTTGGCTCACCTCCCTTTCACTGATTACTT
GGTTGGACCCATCGGTAAGGCTTACATGATCAAAGACAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTG
GGATGATATTAGCAGCCGTCCTGCCTGGAAGGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGC
TTAAAGATGATGATGAATCATCATCATTATTCTTGTTCTTGTTTTTGAGTTTCTAAGCAA
TGTTTGTGTTTAATGTGGAGGTTTTTTAATAAAGTGTGGAACTGTATGCCTCCTCCTCTT
ATCTTATGTATGTCACCTCTCTGTCTCTTCTGTTTCATATTGTAACTTGTGTGATTGAGT
TGAGGTTTGAATCAAGAGGAACTTAATAATC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3BX28TF 242 0 0
G
GGAGACTATTGAGAAGTACTCATTCCCTGCTTAAAGATGATGATGAATCATCATCATTGT
TCTTGTTCTTGTTTTTGAGTTTCTAAGCAATGTTTGTGTTTAATGTGGAGGTTTTTTAAT
AAAGTGTGGAACTGTATGCCTCCTCCTCTTATCTTATGTATGTCACCTCTCTGTCTCTTC
TGTTTCATATTGTAACTTGTGTGATTGAGTTGAGGTTTGAATCAAGAGGAACTTAATAA
TC

QA 2 240 2 240
DS 



AS 1 13

CO CL153Contig1 685 13 9 U
GGCTCGCCCCCATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAA
GATGAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCAC
CGCCTCATCGAGCGAGAGACGGGTCATCATGAGCTCACCTCTCTCCACCGACCTCCGCGC
GAAGTACAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGG
TACCTACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCA
CATCGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTTAACGGAACCACCGTGAATGTCGGTGTTCAGCC
GTCGAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGATAGGAAGTCGCTGTTGGAGAG
GAAGGCCAAGGGACGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGA
TGTTATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTATCTTTTAA
GTTTAAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGA
CAAGTGTACGGATCATTTCATTGCAATTTGGATTATGAGTTTGACTCTTTAGCCGTTATC
TATGTTGATGATTTTTATATGAAAC


BQ
30 30 30 5 5 55 55 55 55 55 55 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
5 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 5 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 0 70 70 55 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 50 
40 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AF83TF U 1
AF RR3BH20JQ C 1
AF RR3AG64JQ C 1
AF RR3BH20TF U 4
AF RR3F483TF U 4
AF RR3AG64TF U 1
AF RR3C640TF U 66
AF RR3C640JQ C 4
AF RR3HA79JQ C 4
AF RR3HA79TF U 4
AF RR3F483JQ C 24
AF RR3AS50JQ C 9
AF RR3AS50TF U 9
BS 1 513 RR3AF83TF
BS 514 514 RR3BH20TF
BS 515 622 RR3AF83TF
BS 623 623 RR3AG64TF
BS 624 645 RR3AF83TF
BS 646 647 RR3BH20TF
BS 648 660 RR3AG64TF
BS 661 661 RR3HA79TF
BS 662 685 RR3AS50TF

RD RR3AF83TF 645 0 0
GGCTCGCCCCCATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAA
GATGAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCAC
CGCCTCATCGAGCGAGAGACGGGTCATCATGAGCTCACCTCTCTCCACCGACCTCCGCGC
GAAGTACAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGG
TACCTACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCA
CATCGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTTAACGGAACCACCGTGAATGTCGGTGTTCAGCC
GTCGAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGATAGGAAGTCGCTGTTGGAGAG
GAAGGCCAAGGGACGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGA
TGTTATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCTATTGAGTAAGGTGTTTTATCTTTTAA
GTTTAAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGA
CAAGTGTACGGATCATTTCATTTCAATTTGGATTATGAGTTTGAC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3BH20JQ 611 0 0
GGCTCGCCCCCATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAA
GATGAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCAC
CGCCTCATCGAGCGAGAGACGGGTCATCATGAGCTCACCTCTCTCCACCGACCTCCGCGC
GAAGTACAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGG
TACCTACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCA
CATCGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTTAACGGAACCACCGTGAATGTCGGTGTTCAGCC
GTCGAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGATAGGAAGTCGCTGTTGGAGAG
GAAGGCCAAGGGACGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGA
TGTTATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTATCTTTTAA
GTTTAAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGA
CAAGTGTACGG

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3AG64JQ 661 0 0
GGCTCGCCCCCATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAA
GATGAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCAC
AGCCTCATCGAGCGAGAGACGCGTCATCATGAGCTCCCCTCTCTCCACCGACCTTCGCGC
GAAGTACAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGG
TACCTACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCA
CATCGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTGAACGGAACCACCGTGAATGTCGGAGTTCAGCC
GTCGAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGACAGGAAGTCGCTTTTGGAGAG
GAAGGCCAAGGGACGTGCTGCCGCGGATAAGGACAAGGGTACCAAGTTCACTGCCGAGGA
TGTTATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTGTCTTTTAA
GTTTAAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGA
CATGTGTACGGATCATTTCATTGCAATTTGGATTATGAGTTTGACTCTTTAGCCGTTATC
C

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3BH20TF 644 0 0
TCGCCCCCATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAAGAT
GAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCACCGC
CTCATCGAGCGAGAGACGGGTCATCATGAGCTCACCTCTCTCCACCGACCTCCGCGCGAA
GTACAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGGTAC
CTACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCACAT
CGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTTAACGGAACCACCGTGAATGTCGGTGTTCAGCCGTC
GAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGATAGGAAGTCGCTGTTGGAGAGGAA
GGCCAAGGGACGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGATGT
TATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTATCTTTTAAGTT
TAAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGACAA
GTGTACGGATCATTTCATTTCAATTTGGATTATGAGTTTGACTC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3F483TF 623 0 0
GGGCCCCCATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAAGAT
GAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCACCGC
CTCATCGAGCGAGAGACGGGTCATCATGAGCTCACCTCTCTCCACCGACCTCCGCGCGAA
GTACAACGTCAGATCCATACCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGGTAC
CTACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCACAT
CGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTTAACGGAACCACCGTGAATGTCGGTGTTCAGCCGTC
GAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGATAGGAAGTCGCTGTTGGAGAGGAA
GGCCAAGGGACGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGATGT
TATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTATCTTTTAAGTT
TAAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGACAA
GTGTACGGATCATTTCATTTCAA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3AG64TF 661 0 0
GGCTCGCCCCCATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAA
GATGAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCAC
AGCCTCATCGAGCGAGAGACGCGTCATCATGAGCTCCCCTCTCTCCACCGACCTTCGCGC
GAAGTACAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGG
TACCTACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCA
CATCGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTGAACGGAACCACCGTGAATGTCGGAGTTCAGCC
GTCGAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGACAGGAAGTCGCTTTTGGAGAG
GAAGGCCAAGGGACGTGCTGCCGCGGATAAGGACAAGGGTACCAAGTTCACTGCCGAGGA
TGTTATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTGTCTTTTAA
GTTTAAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGA
CATGTGTACGGATCATTTCATTGCAATTTGGATTATGAGTTTGACTCTTTAGCCGTTATC
C

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3C640TF 594 0 0
AGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCACCGCCT
CATCGAGCGAGAGACGGGTCATCATGAGCTCACCTCTCTCCACCGACCTCCGCGCGAAGT
ACAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTCCAGATCGTTCGCGGTACCT
ACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTATCGTCGCAAGTGGGTGATTCACATCG
AGAGGATCACGAGGGAGAAGGTTAACGGAACCACCGTGAATGTCGGTGTTCAGCCGTCGA
AAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGATAGGAAGTCGCTGTTGGAGAGGAAGG
CCAAGGGACGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGATGTTA
TGCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTATCTTTTAAGTTTA
AATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGACAAGT
GTACGGATCATTTCATTTCA*TTTGGATTATGAGTTTGACTCTTTAGCCCTTAT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3C640JQ 658 0 0
GGGCCCCCATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAAGAT
GAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCACCGC
CTCATCGAGCGAGAGACGGGTCATCATGAGCTCACCTCTCTCCACCGACCTCCGCGCGAA
GTACAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTCCAGATCGTTCGCGGTAC
CTACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTATCGTCGCAAGTGGGTGATTCACAT
CGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTTAACGGAACCACCGTGAATGTCGGTGTTCAGCCGTC
GAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGATAGGAAGTCGCTGTTGGAGAGGAA
GGCCAAGGGACGTGCTGCTGCGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGATGT
TATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTATCTTTTAAGTT
TAAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGACAA
GTGTACGGATCATTTCATTTCAATTTGGATTATGAGTTTGACTCTTTAGCCCTTATCT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3HA79JQ 658 0 0
GGGCCCCCATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAAGAT
GAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCACAGC
CTCATCGAGCGAGAGACGCGTCATCATGAGCTCCCCTCTCTCCACCGACCTTCGCGCGAA
GTACAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGGTAC
CTACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCACAT
CGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTGAACGGAACCACCGTGAATGTCGGAGTTCAGCCGTC
GAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGACAGGAAGTCGCTTTTGGAGAGGAA
GGCCAAGGGACGTGCTGCCGCGGATAAGGACAAGGGTACCAAGTTCACTGCCGAGGATGT
TATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTGTCTTTTAAGTT
TAAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGACAT
GTGTACGGATCATTTCATTGCAATTTGGATTATGAGTTTGACTCTTTAGCCGTTATCT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3HA79TF 658 0 0
GGGCCCCCATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAAGAT
GAAGTACAACCCAAGAGTCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCACAGC
CTCATCGAGCGAGAGACGCGTCATCATGAGCTCCCCTCTCTCCACCGACCTTCGCGCGAA
GTACAACGTCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGGTAC
CTACAAGGGACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCACAT
CGAGAGGATCACGAGGGAGAAGGTGAACGGAACCACCGTGAATGTCGGAGTTCAGCCGTC
GAAAGTGGTGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGACAGGAAGTCGCTTTTGGAGAGGAA
GGCCAAGGGACGTGCTGCCGCGGATAAGGACAAGGGTACCAAGTTCACTGCCGAGGATGT
TATGCAGAACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTGTCTTTTAAGTT
TAAATCGTAAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGACAT
GTGTACGGATCATTTCATTGCAATTTGGATTATGAGTTTGACTCTTTAGCCGTTATCT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3F483JQ 638 0 0
AAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAAGATGAAGTACAACCCAAGAGTCA
CCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCACCGCCTCATCGAGCGAGAGACGGG
TCATCATGAGCTCACCTCTCTCCACCGACCTCCGCGCGAAGTACAACGTCAGATCCATAC
CTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGGTACCTACAAGGGACGTGAGGGAA
AGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGATTCACATCGAGAGGATCACGAGGGAGA
AGGTTAACGGAACCACCGTGAATGTCGGTGTTCAGCCGTCGAAAGTGGTGATTACCAAGC
TCCGTCTCGATAAGGATAGGAAGTCGCTGTTGGAGAGGAAGGCCAAGGGACGTGCTGCTG
CGGATAAGGACAAGGGAACCAAGTTCACTGCTGAGGATGTTATGCAGAACGTTGATTAAT
ACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTATCTTTTAAGTTTAAATCGTAAGCAGTACTTT
TGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGACAAGTGTACGGATCATTTCATTT
CAATTTGGATTATGAGTTTGACTCTTTAGCCCTTATCT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3AS50JQ 677 0 0
GGG
ATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAAGATGAAGTACA
ACCCAAGAGCCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCACAGCCTCATCGA
GCGAGAGACGCGTCATCATGAGCTCCCCTCTCTCCACCGACCTTCGCGCGAAGTACAACG
TCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGGTACCTACAAGG
GACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGACTCACATCGAGAGGA
TCACGAGGGAGAAGGTGAACGGAACCACCGTGAATGTCGGAGTTCAGCCGTCGAAAGTGG
TGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGACAGGAAGTCGCTTTTGGAGAGGAAGGCCAAGG
GACGTGCTGCCGCGGATAAGGACAAGGGTACCAAGTTCACTGCCGAGGATGTTATGCAGA
ACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTGTCTTTTAAGTTTAAATCGT
AAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGACATGTGTACGG
ATCATTTCATTGCAATTTGGATTATGAGTTTGACTCTTTAGCCGTTATCTATGTTGATGA
TTTTTATATGAAAC

QA 4 677 4 677
DS 

RD RR3AS50TF 677 0 0
GGG
ATAAAACCCTAGAAAGAGAGCTTCTCCATTCCCCAAACCCGGCGGCGAAGATGAAGTACA
ACCCAAGAGCCACCTCCTCCCGCAGGAAGAACCGTAAGGCTCATTTCACAGCCTCATCGA
GCGAGAGACGCGTCATCATGAGCTCCCCTCTCTCCACCGACCTTCGCGCGAAGTACAACG
TCAGATCCATGCCTATCCGCAAGGACGACGAGGTTCAGATCGTTCGCGGTACCTACAAGG
GACGTGAGGGAAAGGTTGTCCAGGTGTACCGTCGCAAGTGGGTGACTCACATCGAGAGGA
TCACGAGGGAGAAGGTGAACGGAACCACCGTGAATGTCGGAGTTCAGCCGTCGAAAGTGG
TGATTACCAAGCTCCGTCTCGATAAGGACAGGAAGTCGCTTTTGGAGAGGAAGGCCAAGG
GACGTGCTGCCGCGGATAAGGACAAGGGTACCAAGTTCACTGCCGAGGATGTTATGCAGA
ACGTTGATTAATACAAAGGGTCGATTGAGTAAGGTGTTTTGTCTTTTAAGTTTAAATCGT
AAGCAGTACTTTTGTGTTTTAAATTTTGGTTCGTCGAATGTTTTGCGGACATGTGTACGG
ATCATTTCATTGCAATTTGGATTATGAGTTTGACTCTTTAGCCGTTATCTATGTTGATGA
TTTTTATATGAAAC

QA 4 677 4 677
DS 



AS 1 11

CO CL154Contig1 1118 11 19 U
GGGCGCCGCCTTCTCTCCCTCTCGGAGATTGATTCCTCCCAAAATCAACCCTTCTCCCCC
GAAGTTAATTTCAGTAGCAATCATGGCTGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGA
CGAGCAAGAACTCGCACCCTTTGACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCCT
TCAAGATCCCATCGAGGAACCTACTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTGATTCATTGCCTGC
TAATGATGGTGGCCTTGACGGTCCATCTTTCGGAACCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGCC
TGTTGAATCAAGCTCATTGGATGAAGAAACTGCTGATGCTCCAGAAGATTTGGAGGAGCA
TCCCAATGAAGAGGAAGATGCAGAAGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACG
TTATCCCTGGGAGGGAAGTGATAGGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTCTT
TAACATTCTCCGTGAAAACAATCCGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAG
GCCTCCCCAAGTTCTTCGTGAA*GGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACC
TTTGCAAGACGATGCATCGTCAACCAGACCATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTGG
GAACAAGTGGTTCGCTTGATGGGCAGCAAAGATTGGTTGTCAAGGGAAGATTTGCACCCA
AGAATTTTGAGGGGATTTTGCGTCGTTATGTCACTGAGTACGTCATTTGCCTTGGTTGCA
AGAGCCCGGACACAATTCTCTCAAAGGAGAATCGTCTCTTCTTTCTCAGATGCGAGAAGT
GTGGATCTGGACGATCTGTGGCGCAGATCAAAGCTGGTTTTGTTGCTCGTGTTGGTCGCA
GAAAGACTTGAGGAATTGGACGGTGAACTGAGTGGTCTTTTTGTTTTGGGAAACTACAGA
GCGTTATGCAGTTGAAATACTTGTGTTGTTTTTTTGTTATTGTTTCTGAATATGAGCAAA
TAATCTGGAGACTAAGATTTCACATCAAATATGATCGGAACCTTCTACTTTGTTAGATCA
CGTGGGTCACTTAAATTCATGGAGTTTTTTTGCTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 10 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 
50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3AS76JQ C 24
AF RR3AS76TF U 24
AF RR3EB36TF U 19
AF RR3E696TF U 24
AF RR3G128TF U 1
AF RR3CZ58TF U 6
AF RR3BG53TF U 24
AF RR3E696JQ C 822
AF RR3CZ58JQ C 320
AF RR3BG53JQ C 242
AF RR3EB36JQ C 496
BS 1 23 RR3G128TF
BS 24 25 RR3AS76TF
BS 26 67 RR3G128TF
BS 68 68 RR3EB36TF
BS 69 72 RR3G128TF
BS 73 75 RR3EB36TF
BS 76 167 RR3G128TF
BS 168 170 RR3EB36TF
BS 171 655 RR3G128TF
BS 656 656 RR3EB36TF
BS 657 772 RR3G128TF
BS 773 804 RR3BG53TF
BS 805 805 RR3BG53JQ
BS 806 843 RR3BG53TF
BS 844 844 RR3BG53JQ
BS 845 873 RR3BG53TF
BS 874 994 RR3BG53JQ
BS 995 995 RR3EB36JQ
BS 996 1118 RR3BG53JQ

RD RR3AS76JQ 176 0 0
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TGGCTGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGACGAGCAAGAACTCGCACCCTTTG
ACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCCTTCAAGATCCCATCGAGGAA

QA 1 176 1 176
DS 

RD RR3AS76TF 254 0 0
GGAGATTGATTCCTCCCAAAATCAACCCTTCTCCCCCGAAGTTAATTTCAGTAGCAATCA
TGGCTGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGACGAGCAAGAACTCGCACCCTTTG
ACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCCTTCAAGATCCCATCGAGGAACCTA
CTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTGATTCATTGCCTGCTAATGATGGTGGCCTTGACGGTC
CATCTTTCGGAACC

QA 1 254 1 254
DS 

RD RR3EB36TF 645 0 0
GG
CTCTCAGATTGATTCCTCCCAAAATCAACCCTTCTCCCCCGAAGTTAATTTCAGTAGCAA
TCATGGCTGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGACGAGCAAGAACTCGCACCCT
TTGACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCCTTCAAGATCCCATCGAGGAAC
CTACTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTGATTCATTGCCTGCTAATGATGGTGGCCTCGACG
GTCCATCTTTCGGAACCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGCCTGTTGAATCAAGCTCATTGG
ATGAAGAAACTGCTGATGCTCCAGAAGATTTGGAGGAGCATCCCAATGAAGAGGAAGATG
CAGAAGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACGTTATCCCTGGGAGGGAAATG
ATAGGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTCTTTAACATTCTCCGTGAAAACA
ATCCGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAGGCCTCCCCAAGTTCTTCGTG
AA*GGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACCTTTGCAAGACGATGCATCGT
CAACCAGACCATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTGGGAA

QA 3 645 3 645
DS 

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TGGCTGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGACGAGCAAGAACTCGCACCCTTTG
ACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCCTTCAAGATCCCCTCGAGGAACCTA
CTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTGATTCATTGCCTGCTAATGATGGTGGCCTTGACGGTC
CATCTTTCGGAACCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGCCTGTTGAATCAAGCTCATTGGATG
AAGAAACTGCTGATGCTCCAGAAGATTTGGAGGAGCATCCCAATGAAGAGGAAGATGCAG
AAGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACGTTATCCCTGGGAGGGAAGTGATA
GGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTCTTTAACATTCTCCGTGAAAACAATC
CGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAGGCCTCCCCAAGTTCTTCGTGAAA
GGGACAAAGAAGACTGTGTTTGTCAACTTTATGGACCTTTGCAAGACGATGCATCGTCAA
CCAGACCATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTGGGAACAAGTGGTTCGCTTGATGG

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3G128TF 772 0 0
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GAAGTTAGTTTC***AGCAATCATGGCTGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGA
CGAGCAAGAACTCGCACCCTTTGACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGA***AAGTTGTCCT
TCAAGATCCCATCGAGGAACCTACTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTGATTCATTGCCTGC
TAATGATGGTGGCCTTGACGGTCCATCTTTCGGAACCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGCC
TGTTGAATCAAGCTCATTGGATGAAGAAACTGCTGATGCTCCAGAAGATTTGGAGGAGCA
TCCCAATGAAGAGGAAGATGCAGAAGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACG
TTATCCCTGGGAGGGAAGTGATAGGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTCTT
TAACATTCTCCGTGAAAACAATCCGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAG
GCCTCCCCAAGTTCTTCGTGAA*GGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACC
TTTGCAAGACGATGCATCGTCAACCAGACCATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGATTTGG
GAACAAGTGGTTCGCTTGATGGGCAGCAAAGATTGGTTGTCAAGGGAAGATTTGCACCCA
AGAATTTTGAGGGGATTTTGCGTCGTTATGTCACTGAGTACGTCATTTGCCT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3CZ58TF 758 0 0
CCGCCTT
CTCTCCCTCTCTCAGATTGATTCCTCCCAAAATCAACCCTTCTCCCCCGAAGTTAATTTC
AGTAGCAATCATGGCTGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGACGAGCAAGAACT
CGCACCCTTTGACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCCTTCAAGATCCCAT
CGAGGAACCTACTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTGATTCATTGCCTGCTAATGATGGTGG
CCTTGACGGTCCATCTTTCGGAACCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGCCTGTTGAATCTAG
CTCATTGGATGAAGAAACTGCTGATGCTCCAGAAGATTTGGAGGAGCATCCCAATGAAGA
GGAAGATGCAGAAGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACGTTATCCCTGGGA
GGGAAGTGATAGGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTCTTTAACATTCTCCG
TGAAAACAATCCGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAGGCCTCCCCAAGT
TCTTCGTGAA*GGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACCTTTGCAAGACGA
TGCATCGTCAACCAGACCATATGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGT*GGGAACAAGTGGTT
CGCTTGATGGGCAGCAAAGATTGGTTGTCAAGGGA*GATTTGCACCCA*GAATTTTGAGG
GGATTT*GCGTCGT*ATGTCACTGAGTACGT

QA 8 758 8 758
DS 

RD RR3BG53TF 850 0 0
GGAGATTGATTCCTCCCAAAATCAACCCTTCTCCCCCGAAGTTAATTTCAGTAGCAATCA
TGGCTGACGAGAATAATGAGTTGAAGGAGGTCAAGGACGAGCAAGAACTCGCACCCTTTG
ACCCAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTTGTCCTTCAAGATCCCATCGAGGAACCTA
CTGAGTCACCGGCCGAGCCATCTAATTCATTGCCTGCTAATGATGGTGGCCTTGACGGTC
CATCTTTCGGAACCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGCCTGTTGAATCAAGCTCATTGGATG
AAGAAACTGCTGATGCTCCAGAAGATTTGGAGGAGCATCCCAATGAAGAGGAAGATGCAG
AAGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACGTTATCCCTGGGAGGGAAGTGATA
GGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTCTTTAACATTCTCCGTGAAAACAATC
CGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAGGCCTCCCCAAGTTCTTCGTGAA*
GGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACCTTTGCAAGACGATGCATCGTCAA
CCAGACCATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTGGGAACAAGTGGTTCGCTTGATGGG
CAGCAAAGATTGGTTGTCAAGGGAAAGTTTGCACCCAAGAATTTTGAGGGGATTTTGCGT
CGTTATGTCACTGAGTACGTCATTTGCCTTGGTTGCAAGAGCCCGGACACAATTCTCTCA
A*GGAGAATCGTCTCTTCTTTCTCAGATGCGAGAAGTGTG*ATCTGGACGATCTGTGGCG
CAGATCAAAG

QA 1 850 1 850
DS 

RD RR3E696JQ 238 0 0
TTTTTCAGATGCGAGAAGTGTGGATCTGGACGATCTGTGGCGCAGATCAAAGCTGGTTTT
GTTGCTCGTGTTGGTCGCAGAAAGACTTGAGGAATTGGACGGTGAACTGAGTGGTCTTTT
TGTTTTGGGAAACTACAGAGCGTTATGCAGTTGAAATACTTGTGTTGTTTTTTTGTTATT
GTTTCTGAATATGAGCAAATAATTTGGAGACTAAGATTTCACATCAAATATGATCGGA

QA 1 238 1 238
DS 

RD RR3CZ58JQ 755 0 0
GATGAAGAAACTGCTGATGCTCCAGAAGATTTGGAGGAGCATCCCAATGAAGAGGAAGAT
GCAGAAGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACGTTATCCCTGGGAGGGAAGT
GATAGGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTCTTTAACATTCTCCGTGAAAAC
AATCCGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAGGCCTCCCCAAGTTCTTCGT
GAA*GGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACCTTTGCAAGACGATGCATCG
TCAACCAGACCATATGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTGGGAACAAGTGGTTCGCTTGA
TGGGCAGCAAAGATTGGTTGTCAAGGGAAGATTTGCACCCAAGAATTTTGAGGGGATTTT
GCGTCGTTATGTCACTGAGTACGTCATTTGCCTTGGTTGCAAGAGCCCGGACACAATTCT
CTCAAAGGAGAATCGTCTCTTCTTTCTCAGATGCGAGAAGTGTGGATCTGGACGATCTGT
GGCGCAGATCAAAGCTGGTTTTGTTGCTCGTGTTGGTCGCAGAAAGACTTGAGGAATTGG
ACGGTGAACTGAGTGGTCTTTTTGTTTTGGGAAACTACAGAGCGTTATGCAGTTGAAATA
CTTGTGTTGTTTTTTTGTTATTGTTTCTGAATATGAGCAGATAATCTGGAGACTAAGATT
TCACATCAAATATGATCGGAACCCTCTACTTT
TTT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3BG53JQ 877 0 0
AATGATGGTGGCCTTGACGGTCCATCTTTCGGAACCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGCCT
GTTGAATCAAGCTCATTGGATGAAGAAACTGCTGATGCTCCAGAAGATTTGGAGGAGCAT
CCCAATGAAGAGGAAGATGCAGAAGGAATTGATTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACGT
TATCCCTGGGAGGGAAGTGATAGGGATTACATATATGACGAGCTTCTTGGTAGAGTCTTT
AACATTCTCCGTGAAAACAATCCGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAGG
CCTCCCCAAGTTCTTCGTGAA*GGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACCT
TTGCAAGACGATGCATCGTCAACCAGACCATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTGGG
AACAAGTGGTTCGCTTGATGGGCAGCAAAGATTGGTTGTCAAGGGAAGGTTTGCACCCAA
GAATTTTGAGGGGATTTTGCGTCGTTATGTCACTGAGTACGTCATTTGCCTTGGTTGCAA
GAGCCCGGACACAATTCTCTCAAAGGAGAATCGTCTCTTCTTTTTCAGATGCGAGAAGTG
TGGATCTGGACGATCTGTGGCGCAGATCAAAGCTGGTTTTGTTGCTCGTGTTGGTCGCAG
AAAGACTTGAGGAATTGGACGGTGAACTGAGTGGTCTTTTTGTTTTGGGAAACTACAGAG
CGTTATGCAGTTGAAATACTTGTGTTGTTTTTT*GTTATTGTTTCTGAATATGAGCAAAT
AATCTGGAGACTAAGATTTCACATCAAATATGATCGGAACCTTCTACTTTGTTAGATCAC
GTGGGTCACTTAAATTCATGGAGTTTTTTTGCTTTCG

QA 1 877 1 877
DS 

RD RR3EB36JQ 622 0 0
AAACAATCCGGAGCTTGCTGGAGATAGGCGTCGTACTGTTATGAGGCCTCCCCAAGTTCT
TCGTGAA*GGGACAAAGAAGACAGTGTTTGTCAACTTTATGGACCTTTGCAAGACGATGC
ATCGTCAACCAGACCATGTGATGAATTTCTTGCTTGCTGAGTTGGGAACAAGTGGTTCGC
TTGATGGGCAGCAAAGATTGGTTGTCAAGGGAAGATTTGCACCCAAGAATTTTGAGGGGA
TTTTGCGTCGTTATGTCACTGAGTACGTCATTTGCCTTGGTTACAAGAGCCCGGACACAA
TTCTCTCAAAGGAGAATCGTCTCTTCTTTTTCAGATGCGAGAAGTGTGGATCTGGACGAT
CTGTGGCGCAGATCAAAGCTGGTTTTGTTGCTCGTGTTGGTCGCAGAAAGACTTGAGGAA
TTGGACGGTGAACTGAGTGGTCTTTTTGTTTTGGGAAACTACAGAGCGTTATGCAGTTGA
AATACTTGTGTTGTTTTTTTGTTATTGTTTCTGAATATGAGCAAATAATCTGGGGACTAA
GATTTCACATCAAATATGATCGGAACCTTCTACTTTGTTAGATCACGTGGGTCACTTAAA
TTCATGGAGTTTTTTTGCTT
GC

QA 1 620 1 620
DS 



AS 2 13

CO CL155Contig1 756 5 12 U
GGACAACCATCTCTCTCTACCCTCGAATTTTCAAAGTTGCTAACTTTTTCTCTTCCTCTG
TGTTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAGTGACCAGGGAACCCTT
CAAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACCGCTGCTAAGAACCTTGCTAAT
CACACTTTCATGCTCACCGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGGTTGCTTCA
GTCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTCACA
TCACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGA
GGAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAA
CACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCG
AATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGGATT
GGAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGCATTCACT
AAAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGGATCATTGCTCTCGTCGTCTTCCCCGTTTGG
GCTATCATCTTT*AAGCAAAGATCATTTCACAACTCTCTGTTTCTTTGTACCC*ATTTGT
TTTATGTAAAAGTGAGTTTGTATGATTCTCCCTCAT


BQ
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D914TF U 1
AF RR3GH64TF U 1
AF RR3DX88TF U 1
AF RR3G316TF U 1
AF RR3EC88TF U 1
BS 1 32 RR3D914TF
BS 33 33 RR3DX88TF
BS 34 117 RR3D914TF
BS 118 118 RR3DX88TF
BS 119 166 RR3D914TF
BS 167 167 RR3DX88TF
BS 168 240 RR3D914TF
BS 241 241 RR3DX88TF
BS 242 590 RR3D914TF
BS 591 725 RR3DX88TF
BS 726 742 RR3G316TF
BS 743 756 RR3EC88TF

RD RR3D914TF 590 0 0
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TGTTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAGTGACCAGGGAACC*TT
CAAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACCGCTGCTAGGAACCTTGCTAAT
CACACTTTCATGCTCACCGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGGTTGCTTCA
CTCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTCACA
TCACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGA
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CACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCG
AATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGGATT
GGAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAA

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3GH64TF 686 0 0
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TGTTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAGTGACCAGGGAACCCTT
CAAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACCGCTGCTAAGAACCTTGCTAAT
CACACTTTCATGCTCACCGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGGTTGCTTCA
GTCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTCACA
TCACTTTTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGA
GGAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAA
CACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCG
AATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGGATT
GGAGGTTACTTGCTTCAAGAACCCATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGCATTCACT
AAAGCTAATGGCATCTCCCACACCCTTGGGGTCATTGCTCTCGTCGTCTTCCCCGTTTGG
GCTATCATCTTT*AAGCAAAGATCAT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3DX88TF 725 0 0
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CAAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACCGCTGCTAAGAACCTTGCTAAT
CACACTTTCATGCTCACCGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGGTTGCTTCA
GTCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTCACA
TCACTTTTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGA
GGAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAA
CACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCG
AATCTAATAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGGATT
GGAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGCATTCACT
AAAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGGATCATTGCTCTCGTCGTCTTCCCCGTTTGG
GCTATCATCTTT*AAGCAAAGATCATTTCACAACTCTCTGTTTCTTTGTACCC*ATTTGT
TTTAT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3G316TF 742 0 0
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TGTTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAGTGACCAGGGAACCCTT
CAAAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACCGCTGCTAAGAACCTTGCTAAT
CACACTTTCAT*CTCACCGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGGTTGCTTCA
GTCGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTCACA
TCACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCCTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTGTTCAGA
GGAGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTCGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAA
CACTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCG
AATCTAACAGCCTACACATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGGATT
GGAGGTTACTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGCATTCACT
AAAGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGGATCATTGCTCTCGTCGTCTTCCCCGTTTGG
GCTATCATCTTTTAAGCAAAGATCATTTCACAACTCTCTGTTTCTTTGTACCCCATTTGT
TTTATGTAAAAGTGAGTTTGTA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3EC88TF 756 0 0
GA
ACAACCATCTCTCTCTACCCTCGAATTTTCAAAGTTGCTAACTTTTTCTCTTCCTCTGTG
TTCTCCGGCGAAGTAAATGACTTTCACGGCGATGAGGAGGAGTGACCAGGGAACCCTTCA
AAACATGCTTGGAACAGATCTCAACGAGCTCGCCACCGCTGCTAAGAACCTTGCTAATCA
CACTTTCATGCTCACCGGTTTAGGCTTTGGTACTTCCATCCTCGAGTGGGTTGCTTCAGT
CGCAGCCATATACTTGTTGGTCTTGGACCGAACTAACTGGAAGACCAATATGCTCACATC
ACTATTGATTCCTTACATCTTCTTCAGCCTTCCTTCTGTCATCTTTAGCCTTTTCAGAGG
AGAAGTTGGTAAATGGATTGCGATTGTAGCTGTTGTTCTACAACTCTTCTTCCCTAAACA
CTTCCGAGAATGGTTTGAGTTACCGGCTGCTGCGGTCCTACTCATCGTGGTGGCTCCGAA
TCTAATAGCCTACATATTCAGAGACAACTGGGTTGGCCTATTTATATGCTTAGGGATTGG
AGGTTGCTTGCTTCAAGAACACATTAGAGCTTCTGGTGGATTCAAAAACGCATTCACTAA
AGCTAATGGCATCTCCAACACCCTTGGGATCATTGCTCTCGTCGTCTTCCCCGTTTGGGC
TATCATCTTT*AAGCAAAGATCATTTCACAACTCTCTGTTTCTT*GTACCC*ATTTGTTT
*ATGTAAA*GTGAGTTTGTATGATTCTCCCTCAT

QA 3 756 3 756
DS 



CO CL155Contig2 872 8 9 U
GCAAAGATTTCTCAATTCAATACACACTAGACAAACAGCTCATGATCATTCTTATTTCTT
GAAAGTCTTGACTTGTGAATAGGTCAAGAGGGTAAAACTAAAACAACATTGGTTGACAAG
TTATGAGGGGAGGAATCATACAAACTCACTTTTACATAAAACAAATGGGGTACAAAGAAA
CAGAGAGTTGTGAAATGATCTTT*GCTTAAAAGATGATAGCCCAAACGGGGAAGACGACG
AGAGCAATGATCCCAAGGGTGTTGGAGATGCCATTAGCTTTAGTGAATGCGTTTTTGAAT
CCACCAGAAGCTCTAATGTGTTCTTGAAGCAAGTAACCTCCAATCCCTAAGCATATAAAT
AGGCCAACCCAGTTGTCTCTGAATGTGTAGGCTATTAGATTCGGAGCCACCACGATGAGT
AGGACCGCAGCAGCCGGTAACTCAAACCATTCTCGGAAGTGTTTAGGGAAGAAGAGTTGT
AGAACAACAGCTACAATCGCAATCCATTTACCAACTTCTCCTCTGAAAAGGCTAAAGATG
ACAGAAGGAAGGCTGAAGAAGATGTAAGGAATCAAAAGTGATGTGAGCATATTGGTCTTC
CAGTTAGTTCGGTCCAAGACCAACAAGTATATGGCTGCGACTGAAGCAACCCACTCGAGG
ATGGAAGTACCAAAGCCTAAACCGGTGAGCATGAAAGTGTGATTAGCAAGGTTCCTAGCA
GCGGTGGCGAGCTCGTTGAGATCTGTTCCAAGCATGTTTTGAAGGGTTCCCTGGTCACTC
CTCCTCATCGCCGTGAAAGTCATTTACTTCGCCGGAGGAAGAGAAAAAGTTAGCAACTTT
GAAAATTCGAGGGTAGAGAGAGATGATTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DW82JQ U 243
AF RR3EC88JQ U 33
AF RR3DW82TF C 95
AF RR3DX88JQ U 1
AF RR3D914JQ U 29
AF RR3AD71JQ U 34
AF RR3GH64JQ U 133
AF RR3AD71TF C 34
BS 1 89 RR3DX88JQ
BS 90 90 RR3D914JQ
BS 91 130 RR3DX88JQ
BS 131 131 RR3D914JQ
BS 132 704 RR3DX88JQ
BS 705 764 RR3D914JQ
BS 765 766 RR3AD71JQ
BS 767 808 RR3D914JQ
BS 809 872 RR3AD71TF

RD RR3DW82JQ 299 0 0
AGCAATGATCCCAAGGGTGTTGGAAATGCCATTAGCTTTAGTGAATGCGTTTTTGAATCC
ACCAAAAGCTCTAATGTGTTCTTGAAGCAAGTAACCTCCAATCCCTAAGCATATAAATAG
GCCAACCCAGTTGTCTCTGAATGTGTAGGCTATTAAATTCGGAGCCCCCACGATGAGTAG
GACCGCAGCAGCCGGTAACTCAAACCATTCTCGGAAGTGTTTAGGGAAAAAAAGTTGTAA
AACAACAGCTACAATCGCAATCCATTTACCAACTTCTCCTCTGAAAAGGCTAAAGATGA

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR3EC88JQ 519 0 0
C
AACAGCTCATGATCATTCTTATTTCTTGAAAGTCTTGACTTGTGAATAGGTCAAGAGGGT
AAAACTAAAACAACATTGGTTGACAAGTTATGAGGGGAGGAATCATACAAACTCACTTTT
ACATAAAACAAATGGGGTACAAAGAAACAGAGAGTTGTGAAATGATCTTT*GCTTAAAAG
ATGATAGCCCAAACGGGGAAGACGACGAGAGCAATGATCCCAAGGGTGTTGGAGATGCCA
TTAGCTTTAGTGAATGCGTTTTTGAATCCACCAGAAGCTCTAATGTGTTCTTGAAGCAAG
CAACCTCCAATCCCTAAGCATATAAATAGGCCAACCCAGTTGTCTCTGAATATGTAGGCT
ATTAGATTCGGAGCCACCACGATGAGTAGGACCGCAGCAGCCGGTAACTCAAACCATTCT
CGGAAGTGTTTAGGGAAGAAGAGTTGTAGAACAACAGCTACAATCGCAATCCATTTACCA
ACTTCTCCTCTGAAA*GGCTAAAGATGACAGAAGGAAG

QA 2 519 2 519
DS 

RD RR3DW82TF 507 0 0
AAACTAAAACAACATTGGTTGACAAGTTATGAGGGGAGGAATCATACAAACTCACTTTTA
CATAAAACAAATGGGGTACAAAGATACAGAGAGTTGTGAAATGATCTTT*GCTTAAAAGA
TGATAGCCCAAACGGGGAAGACGACGAGAGCAATGATCCCAAGGGTGTTGGAGATGCCAT
TAGCTTTAGTGAATGCGTTTTTGAATCCACCAGAAGCTCTAATGTGTTCTTGAAGCAAGT
AACCTCCAATCCCTAAGCATATAAATAGGCCAACCCAGTTGTCTCTGAATGTGTAGGCTA
TTAGATTCGGAGCCACCACGATGAGTAGGACCGCAGCAGCCGGTAACTCAAACCATTCTC
GGAAGTGTTTAGGGAAGAAGAGTTGTAGAACAACAGCTACAATCGCAATCCATTTACCAA
CTTCTCCTCTGAAAAGGCTAAAGATGACAGAAGGAAGGCTGAAGAAGATGTAAGGAATCA
ATAGTAATGTGAGCATATTGGTCTTCC

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR3DX88JQ 704 0 0
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GAAAGTCTTGACTTGTGAATAGGTCAAGATGGTAAAACTAAAACAACATTGGTTGACAAG
TTATGAGGGGCGGAATCATACAAACTCACTTTTACATAAAACAAATGGGGTACAAAGAAA
CAGAGAGTTGTGAAATGATCTTT*GCTTAAAAGATGATAGCCCAAACGGGGAAGACGACG
AGAGCAATGATCCCAAGGGTGTTGGAGATGCCATTAGCTTTAGTGAATGCGTTTTTGAAT
CCACCAGAAGCTCTAATGTGTTCTTGAAGCAAGTAACCTCCAATCCCTAAGCATATAAAT
AGGCCAACCCAGTTGTCTCTGAATGTGTAGGCTATTAGATTCGGAGCCACCACGATGAGT
AGGACCGCAGCAGCCGGTAACTCAAACCATTCTCGGAAGTGTTTAGGGAAGAAGAGTTGT
AGAACAACAGCTACAATCGCAATCCATTTACCAACTTCTCCTCTGAAAAGGCTAAAGATG
ACAGAAGGAAGGCTGAAGAAGATGTAAGGAATCAAAAGTGATGTGAGCATATTGGTCTTC
CAGTTAGTTCGGTCCAAGACCAACAAGTATATGGCTGCGACTGAAGCAACCCACTCGAGG
ATGGAAGTACCAAAGCCTAAACCGGTGAGCATGAAAGTGTGATT

QA 1 704 1 704
DS 

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GGACA
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AAAACTAAAACAACATTGGTTGACAAGTTATGAGGGGAGGAATCATACAAACTCACTTTT
ACATAAAACAAATGGGGTACAAAGAAACAGAGAGTTGTGAAATGATCTTT*GCTTAAAAG
ATGATAGCCCAAACGGGGAAGACGACGAGAGCAATGATCCCAAGGGTGTTGGAGATGCCA
TTAGCTTTAGTGAATGCGTTTTTGAATCCACCAGAAGCTCTAATGTGTTCTTGAAGCAAG
TAACCTCCAATCCCTAAGCATATAAATAGGCCAACCCAGTTGTCTCTGAATGTGTAGGCT
ATTAGATTCGGAGCCACCACGATGAGTAGGACCGCAGCAGCCGGTAACTCAAACCATTCT
CGGAAGTGTTTAGGGAAGAAGAGTTGTAGAACAACAGCTACAATCGCAATCCATTTACCA
ACTTCTCCTCTGAAAAGGCTAAAGATGACAGAAGGAAGGCTGAAGAAGATGTAAGGAATC
AATAGTGATGTGAGCATATTGGTCTTCCAGTTAGTTCGGTCCAAGACCAACAAGTATATG
GCTGCGACTGAAGCAACCCACTCGAGGATGGAAGTACCAAAGCCTAAACCGGTGAGCATG
AAAGTGTGATTAGCAAGGTTCCTAGCAGCGGTGGCGAGCTCGTTGAGATCTGTTCCAAGC
ATGTTTTGAAG**TTCCCTGGTCACTCCTCCTCATCGCCGTGAAAGTCATTTACT

QA 6 780 6 780
DS 

RD RR3AD71JQ 761 0 0
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AAAACTAAAACAACATTGGTTGACAAGTTATGAGGGGCGGAATCATACAAACTCACTTTT
ACATAAAACAAATGGGGTACAAAGAAACAGAGAGTTGTGAAATGATCTTTTGCTTAAAAG
ATGATAGCCCAAACGGGGTAGACGACGAGAGCAATGATCCCAAGGGTGTTGGAGATGCCA
TTAGCTTTAGTGAATGCGTTTTTGAATCCACCAGAAGCTCTAATGCGTTCTTGAAGCAAG
TAACCTCCAATCCCTAAGCATATAAATAGGCCAACCCAGTTGTCTCTGAATGTGTAGGCT
ATTAGATTCGGAGCCACCACGATGAGTAGGACCGCAGCAGCCGGTAACTCAAACCATTCT
CGGAAGTGTTTAGGGAAGAAGAGTTGTAGAACAACAGCTACAATCGCAATCCATTTACCA
ACTTCTCCTCTGAAAAGGCTAAAGATGACAGAAGGAAGGCTGAAGAAGATGTAAGGAATC
AAAAGTGATGTGAGCATATTGGTCTTCCAGTTAGTTCGGTCCAAGACCAACAAGTATATG
GCTGCGACTGAAGCAACCCACTCGAGGATGGAAGTACCAAAGCCTAAACCGGTGAGCATG
AAAGTGTGATTAGCAAGGTTCCTAGCAGCGGTGGCGAGCTCGTTGAGATCTGTTCCAAGC
ATGTTTTGAAGGGTTCCCTGGTCACTCCTCCTCATCGCCGT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3GH64JQ 653 0 0
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AAATGATCTTT*GCTTAAAAGATGATAGCCCAAACGGGGAAGACGACGAGAGCAATGATC
CCAAGGGTGTTGGAGATGCCATTAGCTTTAGTGAATGCGTTTTTGAATCCACCAGAAGCT
CTAATGGGTTCTTGAAGCAAGTAACCTCCAATCCCTAAGCATATAAATAGGCCAACCCAG
TTGTCTCTGAATGTGTAGGCTATTAGATTCGGAGCCACCACGATGAGTAGGACCGCAGCA
GCCGGTAACTCAAACCATTCTCGGAAGTGTTTAGGGAAGAAGAGTTGTAAAACAACAGCT
ACAATCGCAATCCATTTACCAACTTCTCCTCTGAAAAGGCTAAAGATGACAGAAGGAAGG
CTGAAAAAAATGTAAGGAATCAAAAGTGATGTGAGCATATTGGTCTTCCAGTTAGTTCGG
TCCAAGACCAACAAGTATATGGCTGCGACTGAAGCAACCCACTCGAGGATGGAAGTACCA
AAGCCTAAACCGGTGAGCATGAAAGTGTGATTAGCAAGGTTCTTAGCAGCGGTGGCGAGC
TCGTTGAGATCTGTTCCAAGCATGTTTTGAAGGGTTCCCTGGTCACTCCTCCT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3AD71TF 839 0 0
AACAGCTCATGATCATTCTTATTTCT*GAAAGTCTTGACTTGTGAATAGGTCAAGAGGGT
AAAACTAAAACAACATTGGTTGACAAGTTATGAGGGGCGGAATCATACAAACTCACTTTT
ACATAAAACAAATGGGGTACAAAGAAACAGAGAGTTGTGAAATGATCTTTTGCTTAAAAG
ATGATAGCCCAAACGGGGTAGACGACGAGAGCAATGATCCCAAGGGTGTTGGAGATGCCA
TTAGCTTTAGTGAATGCGTTTTTGAATCCACCAGAAGCTCTAATGCGTTCTTGAAGCAAG
TAACCTCCAATCCCTAAGCATATAAATAGGCCAACCCAGTTGTCTCTGAATGTGTAGGCT
ATTAGATTCGGAGCCACCACGATGAGTAGGACCGCAGCAGCCGGTAACTCAAACCATTCT
CGGAAGTGTTTAGGGAAGAAGAGTTGTAGAACAACAGCTACAATCGCAATCCATTTACCA
ACTTCTCCTCTGAAAAGGCTAAAGATGACAGAAGGAAGGCTGAAGAAGATGTAAGGAATC
AAAAGTGATGTGAGCATATTGGTCTTCCAGTTAGTTCGGTCCAAGACCAACAAGTATATG
GCTGCGACTGAAGCAACCCACTCGAGGATGGAAGTACCAAAGCCTAAACCGGTGAGCATG
AAAGTGTGATTAGCAAGGTTCCTAGCAGCGGTGGCGAGCTCGTTGAGATCTGTTCCAAGC
ATGTTTTGAAGGGTTCCCTGGTCACTCCTCCTCATCGCCGTGAAAGTCATTTACTTCGCC
GGAGGAAGAGAAAAAGTTAGCAACTTTGAAAATTCGAGGGTAGAGAGAGATGATTGTCC

QA 1 839 1 839
DS 



AS 1 13

CO CL156Contig1 879 13 10 U
GGACCTACACAGAGAAACAGATCGTATCCATTGCCGATAAGCGAGCGAGAGAAAGAAAGA
GAGAGAGATAGAATGTCTGGAATGGTAGATGCGAGCTCGTGGGGAGCAGCGTTGGTAAGG
ATCTCGCCGTATACTTTCTCCGCAATCGGAATCGCCATCTCGATCGGCGTCTCTGTCCTC
GGCGCCGCCTGGGGGATTTACATAACCGGAAGTAGTTTGATCGGTGCTGCCATTGAAGCT
CCTCGTATCACTTCCAAGAATCTCATCAGTGTAATCTTTTGCGAAGCTGTAGCTATATAT
GGCGTTATTGTTGCAATCATTTTGCAAACGAAGTTGGAGAGTGTCCCATCTTCAAAGATG
TATGACGCCGAGTCTCTTAGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCTGGAATCATAGTTGGA
TTCGCCAACCTTGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCA
GATGCTCAGAACTCCACACTGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCT
CTCGGGCTGTTTGGAGTTATTGTTGGGATCATCATGTCCGCACAAGCTACGTGGCCGACC
AAATAGAGAGCATACAACCTTGTCTGAAACTCTGGAAAGAAGATGTTTTCTTGATTATCT
TCATTGTTATATGGATACTTTCATGTCTAGAGAAAAAAGCCAGTGTAAGAACTGAGAACT
TCTTTGTATCCCTGATTGTTTTTTATATATTGTTTTAATACTTTGTAATAAGTCTCTTTG
GAGAACATCTTCTTGTTTGTATTCTCTTTTAATCAAAGACGAGAGTTTGTATATACTGTA
TGACTCTTTTTGGAATTGAAAGTTCTATTCAGTTAATAC


BQ
10 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 75 75 15 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 15 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 15 75 75 75 75 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 55 55 55 55 55 25 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 30 30 15 45 45 45 20 45 20 45 20 45 5 45 20 20 45 20 45 20 45 20 40 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB63TF U 1
AF RR3BI78TF U 1
AF RR3BO93JQ C 192
AF RR3G173TF U 1
AF RR3DC52TF U -1
AF RR3FZ21TF U 2
AF RR3GK26TF U 19
AF RR3EK02TF U 19
AF RR3FB63JQ C 42
AF RR3G173JQ C 545
AF RR3BO93TF U 192
AF RR3FZ21JQ C 378
AF RR3GK26JQ C 170
BS 1 692 RR3BI78TF
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RD RR3FB63TF 595 0 0
G
GACCTACACAGAGAAACAGATCGTATCCATTGCCGATAAGCGAGCGAGAGAAAGAAAGAG
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TCGGGCTGTTTGGAGTTATTGTTGGGATCATCATGTCCGCACAAGCTACGTGGC

QA 2 595 2 595
DS 

RD RR3BI78TF 692 0 0
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TATGACGCCGAGTCTCTTAGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCTGGAATCATAGTTGGA
TTCGCCAACCTTGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCA
GATGCTCAGAACTCCACACTGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCT
CTCGGGCTGTTTGGAGTTATTGTTGGGATCATCATGTCCGCACAAGCTACGTGGCCGACC
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TCATTGTTATATGGATACTTTCATGTCTAGAG

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3BO93JQ 501 0 0
GGGGATTTACATAACCGGAAGTAGTTTGATCGGTGCTGCCATTGAAGCTCCTCGTATCAC
TTCCAAGAATCTCGTCAGTGTAATCTTTTGCGAAGCTGTAGCTATATATGGCGTTATTGT
TGCAATCATTTTGCAAACGAAGTTGGAGAGTGTCCCATCTTCAAAGATGTATGACGCCGA
GTCTCTTAGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCTGGAATCATAGTTGGATTCGCCAACCT
TGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCAGATGCTCAGAA
CTCCACACTGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCTCTCGGGCTGTT
TGGAGTTATTGTTGGGATCATCATGTCCGCACAAGCTACGTGGCCGACCAAATAGAGAGC
ATACAACCTTGTCTGAAACTCTGGAAAGAAGATGTTTTCTTGATTATCTTCATTGTTATA
TGGATACTTTCATGTCTAGAG

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR3G173TF 690 0 0
G
GACCTACACAGAGAAACAGATCGTATCCATTGCCGATAAGCGAGCGAGAGAAAGAAAGAG
AGAGAGATAGAATGTCTGGAATGGTAGATGCGAGCTCGTGGGGAGCAGCGTTGGTAGGGA
TCTCGCCGTATACTTTCTCCGCAATCGGAATCGCCATCTCGATCGGCGTCTCTGTCCTCG
GCGCCGCCTGGGGGATTTACATAACCGGAAGTAGTTTGATCGGTGCTGCCATTGAAGCTC
CTCGTATCACTTCCAAGAATCTCATCAGTGTAATCTTTTGCGAAGCTGTAGCTATATATG
GCGTTATTGTTGCAATCATTTTGCAAACGAAGTTGGAGAGTGTCCCATCTTCAAAGATGT
ATGACGCCGAGTCTCTTAGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCTGGAATCATAGTTGGAT
TCGCCAACCTTGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCACTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCAG
ATGCTCAGAACTCCACACTGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCTC
TCGGGTTGTTTGGAGTTATTGTTGGGATCATTATGTCCGCACAAGCTACATGGCCGACCA
AATAGAGAGCATACAACCGTGTCTGAAACTCTGGAAAGAAGATGGTTTCTTGATTATCTT
CATTGTTATATGGATACTTTCATGTCTAG

QA 2 690 2 690
DS 

RD RR3DC52TF 699 0 0
GGCT
ACCTACACAGAGAAACAGATCGTATCCATTGCCGATAAGCGAGCGAGAGAAAGAAAGAGA
GAGAGATAGAATGTCTGGAATGGTAGATGCGAGCTCGTGGGGAGCAGCGTTGGTAAGGAT
CTCGCCGTATACTTTCTCCGCAATCGGAACCGCCATCTCGATCGGCGTCTCTGTCCTCGG
CGCCGCCTGGGGGATTTACATAACCGGAAGTAGTTTGATCGGTGCTGCCATTGAAGCTCC
TCGTATCACTTCCAAGAATCTCATCAGTGTAATCTTTTGCGAAGCTGTAGCTATATATGG
CGTTATTGTTGCAATCATTTTGCAAACGAAGTTGGAGAGTGTCCCATCTTCAAAGATGTA
TGACGCCGAGTCTCTTAGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCTGGAATCATAGTTGGATT
CGCCAACCTTGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCAGA
TGCTCAGAACTCCACACTGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCTCT
CGGGTTGTTTGGAGTTATTGTTGGGATCATTATGTCCGCACAAGCTACATGGCCGACCAA
ATAGAGAGCATACAACCGTGTCTGAAACTCTGGAAAGAAGATGGTTTCTTGATTATCTTC
ATTGTTATATGGATACTTTCATGTCTAGAGAAAAA

QA 5 699 5 699
DS 

RD RR3FZ21TF 765 0 0
GACCTACACAGAGAAACAGATCGTATCCATTGCCGATAAGCGAGCGAGAGAAAGAAAGAG
AGAGAGATAGAATGTCTGGAATGGTAGATGCGAGCTCGTGGGGAGCAGCGTTGGTAAGGA
TCTCGCCGTATACTTTCTCCGCAATCGGAATCGCCATCTCGATCGGCGTCTCTGTCCTCG
GCGCCGCCTGGGGGATTTACATAACCGGAAGTAGTTTGATCGGTGCTGCCATTGAAGCTC
CTCGTATCACTTCCAAGAATCTCATCAGTGTAATCTTTTGCGAAGCTGTAGCTATATATG
GCGTTATTGTTGCAATCATTTTGCAAACGAAGTTGGAGAGTGTCCCATCTTCAAAGATGT
ATGACGCCGAGTCTCTTAGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCTGGAATCATAGTTGGAT
TCGCCAACCTTGTACGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCAG
ATGCTCAGAACTCCACACTGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCTC
TCGGGCTGTTTGGAGTTATTGTTGGGATCATCATGTCCGCACAAGCTACGTGGCCGACCA
AATAGAGGGCATACAACCTTGTCTGAAACTCTGGAAAGAAGATGTTTTCTTGATTATCTT
CATTGTTATATGGATACTTTCATGTCTAGAGAAAAA*GCCAGTGTAAGAACTGAGAACTT
CTTTGTATCCCTGATTGTTTTT*ATATATTGTTT*AATACTTTGT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3GK26TF 725 0 0
AGATCGTATCCATTGCCGATAAGCGAGCGAGAGAAAGAAAGAGAGAGAGATAGAATGTCT
GGAATGGTAGATGCGAGCTCGTGGGGAGCAGCGTTGGTAAGGATCTCGCCGTATACTTTC
TCCGCAATCGGAATCGCCATCTCGATCGGCGTCTCTGTCCTCGGCGCCGCCTGGGGGATT
TACATAACCGGAAGTAGTTTGATCGGTGCTGCCATTGAAGCTCCTCGTATCACTTCCAAG
AATCTCATCAGTGTAATCTTTTGCGAAGCTGTAGCTATATATGGCGTTATTGTTGCAATC
ATTTTGCAAACGAAGTTGGAGAGTGTCCCATCTTCAAAGATGTATGACGCCGAGTCTCTT
AGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCTGGAATCATAGTTGGATTCGCCAACCTTTTATGC
GGGTTATGTGTAGGAATCATTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCAGATGCTCAGAACTCCACA
CTGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCTCTCGGGTTGTTTGGAGTT
ATTGTTGGGATCATTATGTCCGCACAAGCTACATGGCCGACCAAATAGAGAGCATACAAC
CGTGTCTGAAACTCTGGAAAGAAGATGGTTTCTTGATTATCTTCATTGTTATATGGATAC
TTTCATGTCTAGAGAAAAA**CCAGTGTAAGAACTGAGAACTTCTTTGTATCCCTGATTT
TTTTT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3EK02TF 747 0 0
G
GATCGTATCCATTGCCGATAAGCGAGCGAGAGAAAGAAAGAGAGAGAGATAGAATGTCTG
GAATGGTAGATGCGAGCTCGTGGGGAGCAGCGTTGGTAAGGATCTCGCCGTATACTTTCT
CCGCAATCGGAATCGCCATCTCGATCGGCGTCTCTGTCCTCGGCGCCGCCTGGGGGATTT
ACATAACCGGAAGTAGTTTGATCGGTGCTGCCATTGAAGCTCCTCGTATCACTTCCAAGA
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GAGCTGGATATGCA*TCTTCGCATCTGGAATCATAGTTGGATTCTCCAACCTTGTATGCG
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TGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCTCTCGGGCTGTTTGGAGTTA
TTGTTGGGATCATCATGTCCGCACAAGCTACGTGGCCGACCAAATAGAGAGCATACAACC
TTGTCTGAAACTCTGGAAAGAAGATGTTTTCTTGATTATCTTCATTGTTATATGGATACT
TTCATGTCTAGAGAAAAAAGCCAGTGTAAGAACTGAGAACTTCTTTGTATCCCTGATTGT
TTTTTATATATTGTTTTAATACTTTG

QA 2 747 2 747
DS 

RD RR3FB63JQ 725 0 0
CGAGCGAGAGAAAGAAAGAGAGAGAGATAGAATGTCTGGAATGGTAGATGCGAGCTCGTG
GGGAGCAGCGTTGGTAAGGATCTCGCCGTATACTTTCTCCGCAATCGGAATCGCCATCTC
GATCGGCGTCTCTGTCCTCGGCGCCGCCTGGGGGATTTACATAACCGGAAGTAGTTTGAT
CGGTGCTGCCATTGAAGCTCCTCGTATCACTTCCAAGAATCTCATCAGTGTAATCTTTTG
CGAAGCTGTAGCTATATATGGCGTTATTGTTGCAATCATTTTGCAAACGAAGTTGGAGAG
TGTCCCATCTTCAAAGATGTATGACGCCGAGTCTCTTAGAGCTGGATATGCAATCTTCGC
ATCTGGAATCATAGTTGGATTCGCCAACCTTGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTGG
AAGCAGTTGCGCATTGTCAGATGCTCAGAACTCCACACTGTTTGTGAAGATTCTTGTGAT
TGAGATCTTCGGAAGCGCTCTCGGGCTGTTTGGAGTTATTGTTGGGATCATCATGTCCGC
ACAAGCTACGTGGCCGACCAAATAGAGAGCATACAACCTTGTCTGAAACTCTGGAAAGAA
GATGTTTTCTTGATTATCTTCATTGTTATATGGATACTTTCATGTCTAGAGAAAAAAGCC
AGTGTAAGAACTGAGAACTTCTTTGTATCCCTGATTGTTTTTTATATATTGTTTTAATAC
TTTGT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3G173JQ 246 0 0
GGTTGTTTGGAGTTATTGTTGGGATCATTATGTCCGCACAAGCTACATGGCCGACCAAAT
AGAGAGCATACAACCGTGTCTGAAACTCTGGAAAGAAGATGGTTTCTTGATTATCTTCAT
TGTTATATGGATACTTTCATGTCTAGAGAAAAAAACCAGTGTAAGAACTGAGAACTTCTT
TGTATCCCTGATTTTTTTTTA*ATACTTTGTAATAAGTCTCT***********TTGGAGA
ACCTCT

QA 1 246 1 246
DS 

RD RR3BO93TF 641 0 0
GGGGTTTTACATAACCGGAAGTAGTTTGATCGGTGCTGCCATTGAAGCTCCTCGTATCAC
TTCCAAGAATCTCGTCAGTGTAATCTTTTGCGAAGCTGTAGCTATATATGGCGTTATTGT
TGCAATCATTTTGCAAACGAAGTTGGAGAGTGTCCCATCTTCAAAGATGTATGACGCCGA
GTCTCTTAGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCTGGAATCATAGTTGGATTCGCCAACCT
TGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCAGATGCTCAGAA
CTCCACACTGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCTCTCGGGCTGTT
TGGAGTTATTGTTGGGATCATCATGTCCGCACAAGCTACGTGGCCGACCAAATAGAGAGC
ATACAACCTTGTCTGAAACTCTGGAAAGAAGATGTTTTCTTGATTATCTTCATTGTTATA
TGGATACTTTCATGTCTAGAGAAAAAAGCCAGTGTAAGAACTGAGAACTTCTTTGTATCC
CTGATTGTTTTTTATATATTGTTTTAATACTTTGTAATAAGTCTCTTTGGAGAACATCTT
CTTGTTTGTATTCTCTTTTAATCAAAGACGAGAGTTTGTAT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3FZ21JQ 455 0 0
TAGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCTGGAATCATAGTTGGATTCGCCAACCTTGTACG
CGGGTTATGTGTAGGAATCATTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCAGATGCTCAGAACTCCAC
ACTGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCTCTCGGGCTGTTTGGAGT
TATTGTTGGGATCATCATGTCCGCACAAGCTACGTGGCCGACCAAATAGAGGGCATACAA
CCTTGTTTGAAACTCTGGAAAGAAGATGTTTTCTTGATTATCTTCATTGTTATATGGATA
CTTTCATGTCTAGAGAAAAAAGCCAGTGTAAGAACTGAGAACTTCTTTGTATCCCTGATT
GTTTTTTATATATTGTTTTAATACTTTGTAATAAGTCTCTTTGGAGAACATCTTCTTGTT
TGTATTCTCTTTTAATCAAAGACGAGAGTTTGTAT

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR3GK26JQ 710 0 0
TCTCTGTCCTCGGCGCCGCCTGGGGGATTTACATAACCGGAAGTAGTTTGATCGGTGCTG
CCATTGAAGCTCCTCGTATCACTTCCAAGAATCTCATCAGTGTAATCTTTTGCGAAGCTG
TAGCTATATATGGCGTTATTGTTGCAATCATTTTGCAAACGAAGTTGGAGAGTGTCCCAT
CTTCAAAGATGTATGACGCCGAGTCTCTTAGAGCTGGATATGCAATCTTCGCATCTGGAA
TCATAGTTGGATTCGCCAACCTTTTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTGGAAGCAGTT
GCGCATTGTCAGATGCTCAGAACTCCACACTGTTTGTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCT
TCGGAAGCGCTCTCGGGTTGTTTGGAGTTATTGTTGGGATCATTATGTCCGCACAAGCTA
CATGGCCGACCAAATAGAGAGCATACAACCGTGTCTGAAACTCTGGAAAGAAGATGGTTT
CTTGATTATCTTCATTGTTATATGGATACTTTCATGTCTAGAGAAAAAA*CCAGTGTAAG
AACTGAGAACTTCTTTGTATCCCTGATTTTTTTTTTAATACTTTGTAATAAGTCTCT***
********TTGGAGAACCTCTTCTTGTTTGTATTCTCTTTTAATCAAAGACAAGAGTTTG
TATATACTGTATGACTCTTTTTGGAATTGAAAGTTCTATTCAGTTAATAC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 2 11

CO CL157Contig1 1012 7 13 U
AGATTAAGATACACCAACTTTTATTTCATTATTGTGGGCTATTCGCCAAACAGAGCTACA
CTCAACATGCACTAATGAAAATTCGCAGTTACAATATCAGACAATCTAAAAATTCCCGAA
CACCCTCTAGGACTCATCAGTTGGTAGGTAACAGAGTGGTCTCATCAAGAGAAAGGAACT
TTGAAGTCGTCTTAGGCCAAGCCAACCAGCTTCTCACTGATCTCCCAAACTTTACGAGCC
TTCTCAACATCACTCGCTTCTTCTGACAACTGGTTCTCAAAAGAAGCCGAAGCCTTGTTC
CAGCTCCAGTACACTCCTGATTTCGTCAAACTCGGATCACTCACCACCTGAGCAAGTCTT
TTGCCAGACTCTGTCTCGGAGACGTATCCTTTGGTGATGTACTTCTGAAACGGAGGGAAG
AGGGTACGGAAAAGCGGGATGTGCTCTCTGAATAAACCTGTGGAGGCGATGCAACCAGGG
TAAAGCGAGGCGAATGTGATTCCAGTTTCTTCATGGTAACGCCTGTGAAACTCTTGCATC
GTCAACATGTTGCACACTTTGCTGTCTTTGTAAGCCTTTGCACCGTCGAAATCTCCTCCA
TCGATCATCGCTGAGCTGTTCAAACCGTTCAAGCCACCAGCTAAACCTCTCAAGTCGCCT
AGGTTAGCTTTCGGTGGTACGTTACCAGCCAATGTATTCGTGTTCCCTGTAATGGATCCG
ACAATGATTGGTCGCAACGCTAAGCTCAAACCCTTCTGCGCTGTAAGTAGGCTCTTTAGC
TGTCGGGAAATAGACAGCAGCGTTGCAGACCAAAACATCGAGAGGCATCTCCGATCTCCT
GAAGCTATCGACGAACTGTCTCACGCTGTCTAACGAAGCCAAGTCTAGATGCATCACCGT
GTAGCTGTCTTTAGGCATCCCTGCGGATTTGGCCGCTCTCTCCGCTTTGAGGAAGTACCT
GCACGCCATTATCACGTGCCATTTCCCCGTCTCGGCGAGGGCTTTGGCCGTC


BQ
10 10 10 30 30 30 30 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP43JQ U 2
AF RR3EZ41JQ U 11
AF RR3E657JQ U 1
AF RR3AT31JQ U 7
AF RR3FP43TF C 2
AF RR3EF30JQ U 2
AF RR3EF30TF C 461
BS 1 70 RR3E657JQ
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BS 72 163 RR3E657JQ
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BS 663 770 RR3EF30JQ
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BS 811 1012 RR3EF30TF

RD RR3FP43JQ 603 0 0
GG
TTAAGATACACCAACTTTTATTTCATTATTGTGGGCTATTCGCCAAACAGAGCTACACTC
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AAGTCGTCTTAGGCCAAGCCAACCAGCTTCTCACTGATCTCCCAAACTTTACGAGCCTTC
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CCAGACTCTGTCTCGGAAACGTATCCTTTGGTGATGTACTTCTGAAACGGAGGGAAAAGG
GTACGGAAAAGCGGGATGTGCTCTCTGAATAAACCTGTGGAGGCGATGCAACCAGGGTAA
AGCGAGGCGAATGTGATTCCAGTTTCTTCATGGTAACGCCTGTGAAACTCTTGCATCGTC
AACATGTTGCACACTTTGCTGTCTTTGTAAGCCTTTGCACCGTCGAAATCTCCTCCATCG
A

QA 3 603 3 603
DS 

RD RR3EZ41JQ 648 0 0
ACACCAACTTTTATTTCATTATTGTGGGCTATTCGCCAAACAGAGCTACACTCAACATGC
ACTAATGAAAATTCGCAGTTACAATATCAGACAATCTAAAAATTCCCGAACACCCTCTAG
GACTCATCAGTTGGTAGGTAACAGAGTGGTCTCATCAAGAGAAAGGAACTTTGAAGTCGT
CTTAGGCCAAGCCAACCAGCTTCTCACTGATCTCCCAAACTTTACGAGCCTTCTCAACAT
CACTCGCTTCTTCTGACAACTGGTTCTCAAAAGAAGCCGAAGCCTTGTTCCAGCTCCAGT
ACACTCCTGATTTCGTCAAACTCGGATCACTCACCACCTGAGCAAGTCTTTTGCCAGACT
CTGTCTCGGAGACGTATCCTTTGGTGATGTACTCCTGAAACGGAGGGAAGAGGGTACGGA
AAAGCGGGATGTGCTCTCTGAATAAACCTGTGGAGGCGATGCAACCAGGGTAAAGCGAGG
CGAATGTGATTCCAGTTTCTTCATGGTAACGCCTGTGAAACTCTTGCATCGTCAACATGT
TGCACACTTTGCTGTCTTTGTAAGCCCTTGCACCGTCGAAATCTCCTCCATCGATCATCG
CTGAGCTGTTCAAACCGTTCAAGCCACCAGCTAAACCTCTCAAGTCGC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3E657JQ 662 0 0
AGATTAAGATACACCAACTTTTATTTCATTATTGTGGGCTATTCGCCAAACAGAGCTACA
CTCAACATGCTCTAATGAAAATTCGCAGTTACAATATCAGACAATCTAAAAATTCCCGAA
CACCCTCTAGGACTCATCAGTTGGTAGGTAACAGAGTGGTCTCGTCAAGAGAAAGGAACT
TTGAAGTCGTCTTAGGCCAAGCCAACCAGCTTCTCACTGATCTCCCAAACTTTACGAGCC
TTCTCAACATCACTCGCTTCTTCTGACAACTGGTTCTCAAAAGAAGCCGAAGCCTTGTTC
CAGCTCCAGTACACTCCTGATTTCGTCAAACTCGGATCACTCACCACCTGAGCAAGTCTT
TTGCCAGACTCTGTCTCGGAGACGTATCCTTTGGTGATGTACTTCTGAAACGGAGGGAAG
AGGGTACGGAAAAGCGGGATGTGCTCTCTGAATAAACCTGTGGAGGCGATGCAACCAGGG
TAAAGCGAGGCGAATGTGATTCCAGTTTCTTCATGGTAACGCCTGTGAAACTCTTGCATC
GTCAACATGTTGCGCACTTTGCTGTCTTTGTAAGCCTTTGCACCGTCGAAATCTCCTCCA
TCGATCATCGCTGAGCTGTTCAAACCGTTCAAGCCACCAGCTAAACCTCTCAAGTCGCCT
AG

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3AT31JQ 690 0 0
G
GATACACCAACTTTTATTTCATTATTGTGGGCTATTCGCCAAACAGAGCTACACTCAACA
TGCACTAATGAAAATTCGCAGTTACAATATCAGACAATCTAAAAATTCCCGAACACCCTC
TAGGACTCATCAGTTGGTAGGTAACAGAGTGGTCTCATCAAGAGAAAGGAACTTTGAAGT
CGTCTTAGGCCAAGCCAACCAGCTTCTCACTGATCTCCCAAACTTTACGAGCCTTCTCAA
CATCACTCGCTTCTTCTGACAACTGGTTCTCAAAAGAAGCCGAAGCCTTGTTCCAGCTCC
AGTACACTCCTGACTTCGCCAAACTCGGATCACTCACCACCTGAGCAAGTCTTTTGCCAG
ACTCTGTCTCGGAGACGTATCCTTTGGTGATGTACTTCTGAAACGGAGGGAAGAGGGTAC
GGAAAAGCGGGATGTGCTCTCTGAATAAACCCGTGGAGGCGATGCAACCAGGGTAAAGCG
AGGCGAATGTGATTCCAGTTTCTTCATGGTAACGCCTGTGAAACTCTTGCATCGTCAACA
TGTTGCACACTTTGCTGTCTTTGTAAGCCTTTGCACCGTCGAAATCTCCTCCATCGATCA
TCGCTGAGCTGTTCAAACCGTTCAAGCCACCAGCTAAACCTCTCAAGTCGCCTAGGTTAG
CTTTCGGTGGTACGTTACCAGCCAATGTA

QA 2 690 2 690
DS 

RD RR3FP43TF 719 0 0
GG
TTAAGATACACCAACTTTTATTTCAT*ATTGTGGGCTATTCGCCAAACAGAGCTACACTC
AACATGCACTAATGAAAATTCGCAGTTACAATATCAGACAATCTAAAAATTCCCGAACAC
CCTCTAGGACTCATCAGTTGGTAGGTAACAGAGTGGTCTCATCAAGAGAAAGGAACTTTG
AAGTCGTCTTAGGCCAAGCCAACCAGCTTCTCACTGATCTCCCAAACTTTACGAGCCTTC
TCAACATCACTCGCTTCTTCTGACAACTGGTTCTCAAAAGAAGCCGAAGCCTTGTTCCAG
CTCCAGTACACTCCTGATTTCGTCAAACTCGGATCACTCACAACCTGAGCAAGTCTTTTG
CCAGACTCTGTCTCGGAGACGTATCCTTTGGTGATGTACTTCTGAAACGGAGGGAAGAGG
GTACGGAAAAGCGGGATGTGCTCTCTGAATAAACCTGTGGAGGCGATGCAACCAGGGTAA
AGCGAGGCGAATGTGATTCCAGTTTCTTCATGGTAACGCCTGTGAAACTCTTGCATCGTC
AACATGTTGCACACTTTGCTGTCTTTGTAAGCCTTTGCACCGTCGAAATCTCCTCCATCG
ATCATCGCTGAGCTGTTCAAACCGTTCAAGCCACCAGCTAAACCTCTCAAGTCGCCTAGG
TTAGCTTTCGGTGGTACGTTACCAGCCAATGTATTCGTGTTCCCTGTAATGGATCC
C

QA 3 718 3 718
DS 

RD RR3EF30JQ 816 0 0
GA
TTAAGATACACCAACTTTTATTTCATTATTGTGGGCTATTCGCCAAACAGAGCTACACTC
AACATGCACTAATGAAAATTCGCAGTTACAATATCAGACAATCTAAAAATTCCCGAACAC
CCTCTAGGACTCATCAGTTGGTAGGTAACAGAGTGGTCTCATCAAGAGAAAGGAACTTTG
AAGTCGTCTTAGGCCAAGCCAACCAGCTTCTCACTGATCTCCCAAACTTTACGAGCCTTC
TCAACATCACTCGCTTCTTCTGACAACTGGTTCTCAAAAGAAGCCGAAGCCTTGTTCCAG
CTCCAGTACACTCCTGATTTCGTCAAACTCGGATCACTCACCACCTGAGCAAGTCTTTTG
CCAGACTCTGTCTCGGAGACGTATCCTTTGGTGATGTACTTCTGAAACGGAGGGAAGAGG
GTACGGAAAAGCGGGATGTGCTCTCTGAATAAACCTGTGGAGGCGATGCAACCAGGGTAA
AGCGAGGCGAATGTGATTCCAGTTTCTTCATGGTAACGCCTGTGAAACTCTTGCATCGTC
AACATGTTGCACACTTTGCTGTCTTTGTAAGCCTTTGCACCGTCGAAATCTCCTCCATCG
ATCATCGCTGAGCTGTTCAAACCGTTCAAGCCACCAGCTAAACCTCTCAAGTCGCCTAGG
TTAGCTTTCGGTGGTACGTTACCAGCCAATGTATTCGTGTTCCCTGTAATGGATCCGACA
ATGATTGGTCGCAACGCTAAGCTCAAACCCTTCTGCGCTGTAAGTAG*CTCTTTAGCTGT
CGGGAA*TAGACAGCAGCGTTGCAGAC
AAAACAT

QA 3 809 3 809
DS 

RD RR3EF30TF 552 0 0
TGGAGGCGATGCAACCAGGGTAAAGCGAGGCGAATGTGATTCCAGTTTCTTCATGGTAAC
GCCTGTGAAACTCTTGCATCGTCAACATGTTGCACACTTTGCTGTCTTTGTAAGCCTTTG
CACCGTCGAAATCTCCTCCATCGATCATCGCTGAGCTGTTCAAACCGTTCAAGCCACCAG
CTAAACCTCTCAAGTCGCCTAGGTTAGCTTTCGGTGGTACGTTACCAGCCAATGTATTCG
TGTTCCCTGTAATGGATCCGACAATGATTGGTCGCAACGCTAAGCTCAAACCCTTCTGCG
CTGTAAGTAGGCTCTTTAGCTGTCGGGAAATAGACAGCAGCGTTGCAGACCAAAACATCG
AGAGGCATCTCCGATCTCCTGAAGCTATCGACGAACTGTCTCACGCTGTCTAACGAAGCC
AAGTCTAGATGCATCACCGTGTAGCTGTCTTTAGGCATCCCTGCGGATTTGGCCGCTCTC
TCCGCTTTGAGGAAGTACCTGCACGCCATTATCACGTGCCATTTCCCCGTCTCGGCGAGG
GCTTTGGCCGTC

QA 1 552 1 552
DS 



CO CL157Contig2 1452 4 12 U
GGATCAACTTCAGTAGTCTTCTTCATCGCTATTGCTATCTCTCTCACACTCTGTTTTGTT
CCAAAAATGGCCCTTCAAGCCGCTTCTTTGGTCTCCTCTGCTTTCTCTGTCCGAAAAGAT
GTAAAACTGAATGCTTCTTCATCATCATCCTTCAAGGACTCGAGTCTCTTTGGTGCCTCC
ATTGCCGATCAGATCAAATCCGAACATGGCTCTTCCTCGCTAAGATTCAAGAGGAATGTA
GCGATTAGAGCTCAAACCGCCGCAACTTCGAGCCCCTCCATCACAAAATCTCCAGTTGAC
GGCAAGAAGACCTTGAGGAAAGGCAACGTGGTGGTCACGGGAGCTTCGTCAGGGTTAGGT
CTAGCCACGGCCAAAGCCCTCGCCGAGACGGGGAAATGGCACGTGATAATGGCGTGCAGG
GACTTCCTCAAAGCGGAGAGAGCGGCCAAATCCGCAGGGATGCCTAAAGACAGCTACACG
GTGATGCATCTAGACTTGGCTTCGTTAGACAGCGTGAGACAGTTCGTCGATAGCTTCAGG
AGATCGGAGATGCCTCTCGATGTTTTGGTCTGCAACGCTGCTGTCTATTTCCCGACAGCT
AAAGAGCCTACTTACAGCGCAGAAGGGTTTGAGCTTAGCGTTGCGACCAATCATTTGGGA
CATTTTCTTCTCTCGAGGTTGTTGCTTGATGACTTGAAGAAGTCTGATTACCCTTCAAAG
CGTCTCATCATTGTCGGATCCATTACAGGGAACACGAATACATTGGCTGGTAACGTACCA
CCGAAAGCTAACCTAGGCGACTTGAGAGGTTTAGCTGGTGGCTTGAACGGTTTGAACAGC
TCAGCGATGATCGACGGAGGAGATTTCGACGGTGCAAAGGCTTACAAAGACAGCAAAGTG
TGCAACATGTTGACGATGCAAGAGTTTCACAGGCGTTACCATGAAGAAACTGGAATCACA
TTCGCCTCGCTGTACCCTGGTTGCATCGCCTCCACAGGTTTATTCAGAGAGCACATCCCG
CTTTTCCGTACCCTCTTCCCTCCGTTTCAGAAGTACATCACCAAAGGATACGTCTCCGAG
ACAGAGTCTGGCAAAAGACTTGCTCAGGTGGTGAGTGATCCGAGTTTGACGAAATCTGGA
GTCTACTGGAGCTGGAACAAGGCTTCGGCTTCTTTTGAGAACCAGTTGTCAGAAGAAGCG
AGTGATGTTGGGAAGGCTCGTAAAGTGTGGGAGATCAGTGAGAAGCTCGTTGGCTTGGCC
TAAGACGGACTTCAAAGTTTCTTTCTCTTGATGAGACCTCTCTATTACCACCTACCAACT
GATGAGTCCTAGAGGGTGTTCGGGATTTTTAGATTGTCTGATTTGTAACTGCGAATTTTT
CATTAATGCATGTTGAGTGTAGCTCTGTTTGGCGAATAGCCCACAATAATGAAATAAAAG
TTGGTGTATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E657TF U 1
AF RR3GA33TF U 35
AF RR3AT31TF U 330
AF RR3DA73JQ C 851
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BS 973 992 RR3AT31TF
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RD RR3E657TF 619 0 0
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CCAAAAATGGCCCTTCAAGCCGCTTCTTTGGTCTCCTCTGCTTTCTCTGTCCGAAAAGAT
GTAAAACTGAATGCTTCTTCATCATCATCCTTCAAGGACTCGAGTCTCTTTGGTGCCTCC
ATTGCCGATCAGATCAAATCCGAACATGGCTCTTCCTCGCTAAGATTCAAGAGGAATGTA
GCGATTAGAGCTCAAACCGCCGCAACTTCGAGCCCCTCCATCACAAAATCTCCAGTTGAC
GGCAAGAAGACCTTGAGGAAAGGCAACGTGGTGGTCA*GGGAGCTTCGTCAGGGTTAGGT
CTAGCCACGGCCAAAGCCCTCGCCGAGACGGGGAAATGGCACGTGATAATGGCGTGCAGG
GACTTCCTCAAAGCGGAGAGAGCGGCCAAATCCGCAGGGATGCCTAAAGACAGCTACACG
GTGATGCATCTAGACTTGGCTTCGTTAGACAGCGTGAGACAGTTCGTCGATAGCTTCAGG
AGATCGGAGATGCCTCTCGATGTTTTGGTCTGCAACGCTGCTGTCTATTTCCCGACAGCT
AAAGAGCCTACTTACAGCG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3GA33TF 694 0 0
CTATC
TCTCTCACACTCTGTTTTGTTCCAAAAATGGCCCTTCAAGCCGCTTCTTTGGTCTCCTCT
GCTTTCTCTGTCCGAAAAGATGTAAAACTGAATGCTTCTTCATCATCATCCTTCAAGGAC
TCGAGTCTCTTTGGTGCCTCCATTGCCGATCAGATCAAATCCGAACATGGCTCTTCCTCG
CTAAGATTCAAGAGGAATGTAGCGATTAGAGCTCAAACCGCCGCAACTTCGAGCCCCTCC
ATCACAAAATCTCCAGTTGACGGCAAGAAGACCTTGAGGAAAGGCAACGTGGTGGTCACG
GGAGCTTCGTCAGGGTTAGGTCTAGCCACGGCCAAAGCCCTCGCCGAGACGGGGAAATGG
CACGTGGTAATGGCGTGCAGGGACTTCCTCAAAGCGGAGAGAGCGGCCAAATCCGCAGGG
ATGCCTAAAGACAGCTACACGGTGATGCATCTAGACTTGGCTTCGTTAGACAGCGTGAGA
CAGTTCGTCGATAGCTTCAGGAGATCGGAGATGCCTCTCGATGTTTTGGTCTGCAACGCT
GCTGTCTATTTCCCGACAGCTAAAGAGCCTACTTACAGCGCAGAAGGGTTTGAGCTTAGC
GTTGCGACCAATCGTTTGGGACATTTTCTTCTCTCGAGGTTGTTGCTTGATGACTTGAAG
AAGTCTGATTACCCTTCAAAGCGTCTCAT

QA 6 694 6 694
DS 

RD RR3AT31TF 663 0 0
GGTGGTCAC
GGGAGCTTCGTCAGGGTTAGGTCTAGCCACGGCCAAAGCCCTCGCCGAGACGGGGAAATG
GCACGTGATAATGGCGTGCAGGGACTTCCTCAAAGCGGAGAGAGCGGCCAAATCCGCAGG
GATGCCTAAAGACAGCTACACGGTGATGCATCTAGACTTGGCTTCGTTAGACAGCGTGAG
ACAGTTCGTCGATAGCTTCAGGAGATCGGAGATGCCTCTCGATGTTTTGGTCTGCAACGC
TGCTGTCTATTTCCCGACAGCTAAAGAGCCTACTTACAGCGCAGAAGGGTTTGAGCTTAG
CGTTGCGACCAATCATTTGGGACATTTTCTTCTCTCGAGGTTGTTGCTTGATGACTTGAA
GAAGTCTGATTACCCTTCAAAGCGTCTCATCATTGTCGGATCCATTACAGGGAACACGAA
TACATTGGCTGGTAACGTACCACCGAAAGCTAACCTAGGCGACTTGAGAGGTTTAGCTGG
TGGCTTGAACGGTTTGAACAGCTCAGCGATGATCGATGGAGGAGATTTCGACGGTGCAAA
GGCTTACAAAGACAGCAAAGTGTGCAACATGTTGACGATGCAAGAGTTTCACAGGCGTTA
CCATGAAGAAACTGGAATCACATTCGCCTCGCTTTACCCTGGTTGCATCGCCTC

QA 10 663 10 663
DS 

RD RR3DA73JQ 602 0 0
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TGACGATGCAAGAGTTTCACAGGCGTTGCCATGAAGAAACTGGAATCACATTCGCCTCGC
TGTACCCTGGTTGCATCGCCTCCACAGGTTTATTCAGAGAGCACATCCCGCTTTTCCGTA
CCCTCTTCCCTCCGTTTCAGAAGTACATCACCAAAGGATACGTCTCCGAGACAGAGTCTG
GCAAAAGACTTGCTCAGGTGGTGAGTGATCCGAGTTTGACGAAATCTGGAGTCTACTGGA
GCTGGAACAAGGCTTCGGCTTCTTTTGAGAACCAGTTGTCAGAAGAAGCGAGTGATGTTG
GGAAGGCTCGTAAAGTGTGGGAGATCAGTGAGAAGCTCGTTGGCTTGGCCTAAGACGGAC
TTCAAAGTTTCTTTCTCTTGATGAGACCTCTCTATTACCACCTACCAACTGATGAGTCCT
AGAGGGTGTTCGGGATTTTTAGATTGTCTGATTTGTAACTGCGAATTTTTCATTAATGCA
TGTTGAGTGTAGCTCTGTTTGGCGAATAGCCCACAATAATGAAATAAAAGTTGGTGTATC
TC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 10

CO CL158Contig1 649 10 10 U
AGGGACCGTACTCACTATTACAACAACCAAAGAAGTAAAGAAAGAAAGAAAATCTCTCTT
CTCTGCTACTCTCTGACGAAGAAACTGAGTTGTATTGTATGGCAACCAGATCGAAGAGCT
TTCAATTGATCGCCGGCCTAAGGAAGCTCGCTGTCATCCCACGCGCTTCCTCACGCGCCA
CCTACACTGCTCTCTTCACTTCACGGAGTGGGCATTCCTCAGCTTATGACAAGAACGTGG
AGGATGAATTGCAGGCAACTGCAGTTCCTGATGACGTCATAAAGCCAGATTCTGATAAAT
ACTGGTCTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAG
CAGCAGAGGCTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCA
CAAGTCTCGAGGACTCGGACAAGACTCACCATGTTTAAGTCTGTCTTTCTCCTGCCGTTT
TCTTCGGATGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAG
TAGTATCCTAAAAAACCTTCCAAGGTCTGTTATGTCTGAAGGGTCCTTTTGTTTTCCCTG
TCTAATATGTCTAAGGGTTTTATTATATAATTCAAAACGAACCAAATCG


BQ
10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
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60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3CM86TF U 3
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AF RR3EX27TF U 3
AF RR3G664TF U 3
AF RR3DB95JQ C 67
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GATGAATTGCAGGCAACTGCAGTTCCTGATGACGTCATAAAGCCAGATTCTGATAAATAC
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TTCGGATGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTA
GTATCCTAAAAAA

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CTCTGCTACTCTCTGACGAAGAAACTGAGTTGTATTGTATGGCAACCAGATCGAAGAGCT
TTCAATTGATCGCCGGCCTAAGGAAGCTCGCTGTCATCCCACGCGCTTCCTCACGCGCCA
CCTACACTGCTCTCTTCACTTCACGGAGTGGGCATTCCTCAGCTTATGACAAGAACGTGG
AGGATGAATTGCAGGCAACTGCAGTTCCTGATGACGTCATAAAGCCAGATTCTGATAAAT
ACTGGTCTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAG
CAGCAGAGGCTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGTAGACTGCTTGGTTTCGTCCCA
CAAGTCTCGAGGACTCGGACAAGACCCACCATGTTTAAGTCTGTCTTTCTCCTGCCGTTT
TCTTCGGATGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAG
TAGTATCCTAAAAAACCTTCCAAGGTCTGTTATGTCTGAAGGGTCCTTTTGTTTTCCCTG
TC

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DS 

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TGGTCTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCA
GCAGAGGCTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACA
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TTCGGATGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTA
GTATCCTAAAAAACCTTCCAAGGTCTGTTATGTCTGAAGGGTCCTTTTGTTTTCCCTGTC
TAATATGTCTAAGG*TTTTATTATATAATTCAAAACGAA

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DS 

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TACACTGCTCTCTTCACTTCACGGAGTGGGCATTCCTCAGCTTATGACAAGAACGTGGAG
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TGGTCTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCA
GCAGAGGCTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACA
AGTCTCGAGGACTCGGACAAGACTCACCATGTTTAAGTCTGTCTTTCTCCTGCCGTTTTC
TTCGGATGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTA
GTATCCTAAAAAACCTTCCAAGGTCTGTTATGTCTGAGGGGTCCTTTTGTTTTCCCTGTC
TAATATGTCTAAGGGTTTTATTATATAATTCAAAACGAACC
AA

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DS 

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CCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCAGCAGAG
GCTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAAGTCTC
GAGGACTCGGACAAGACTCACCATGTTTAAGTCTGTCTTTCTCCTGCCGTTTTCTTCGGA
TGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTAGTATCC
TAAAAAACCTTCCAAGGTCTGTTATGTCTGAAGGGTCCTTTTGTTTTCCCTGTCTAATAT
GTCTAAGGGTTTTATTATA
C

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DS 

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GGCCTAAGGAAGCTCGCTGTCATCCCACGCGCTTCCTCACGCGCCACCTACACTGCTCTC
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AATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTAGTATCCTAAAAA
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DS 

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AATTGATCGCCGGCCTAAGGAAGCTCGCTGTCATCCCACGCGCTTCCTCACGCGCCACCT
ACACTGCTCTCTTCACTTCACGGAGTGGGCATTCCTCAGCTTATGACAAGAACGTGGAGG
ATGAATTGTAGGCAACTGCAGTTCCTGATGACGTCATAAAGCCAGATTCTGATAAATACT
GGTCTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCAG
CAGAGGCTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACAA
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TCGGATGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTAG
TATCCTAAAAAACCTTCCAAGGTCTGTTATGTCTGAAGGGTCCTTTTGTTTTCCCTGTCT
AATATGTCTAAGGGTTTTATTATATAATTCAAAACGAACC

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DS 

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TACACTGCTCTCTTCACTTCACGGAGTGGGCATTCCTCAGCTTATGACAAGAACGTGGAG
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TGGTCTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCA
GCAGAGGCTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACA
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TTCGGATGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTA
GTATCCTAAAAAACCTTCCAAGGTCTGTTATGTCTGAAGGGTCCTTTTGTTTTCCCTGTC
TAATATGTCTAAGGGTTTTATTATA
C

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DS 

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TACACTGCTCTCTTCACTTCACGGAGTGGGCATTCCTCAGCTTATGACAAGAACGTGGAG
GATGAATTGCAGGCAACTGCAGTTCCTGATGACGTCATAAAGCCAGATTCTGATAAATAC
TGGTCTCCTCGTCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCA
GCAGAGGCTGCTCGCCAAGACTCGTCGGTGTTGGAGGAGACTGCTTGGTTTCGTCCCACA
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TTCGGATGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTA
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TAATATGTCTAAGGGTTTTATTATATAATTCAAAACGAACC

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DS 

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AATTGCAGGCAACTGCAGTTCCTGATGACGTCATAAAGCCAGATTTTGATAAATACTGGT
CTCCTCATCCTCAAACCGGAGTCTTTGGTCCTTCCACGACTGATCAGAGTGCAGCAGCAG
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TCGAGGACTCGGACAAGACTCACCATGTTTAAGTCTGTCTTTCTCCTGCCGTTTTCTTCG
GATGTTTTAATGTTGTAATAAGTTTCTAAGTAGACAAACTGCATTGTCAAGTAGTAGTAT
CCTAAAAAACCTTCCAAGGTCTGTTATGTTTGAAGGGTCCTTTTGTTTTCCCTGTCTAAT
ATGTCTAAGGGTTTTATTATATAATTCAAAACGAACCAAATCG

QA 1 583 1 583
DS 



AS 2 10

CO CL159Contig1 824 6 16 U
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CGTCAACCATGCTAAGGTGCAGACATCGGCTGGAGAAAAGTCAGTCCGTGAGCTCGTGAA
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AGAGTGGAGTATTGTCCAAGGCCTTCCGATCGATGAAATGTCAAGGAAGAAGATGGATTT
GACAGCAGAGGAGCTGAAGGAAGAGAAGGACTTGGCGTACTCATGCCTCTCTTAAACAAC
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CCTATTGAGCATTGTCCTTGGTCTGTTTCTAAACCAGGATATCGTTTACTCTGTTTCATG
TGTCTTGTTTGGTTTTATCCATAATAAAAAATTTAAAAGTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 0 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 5 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3FU20TF U 1
AF RR3F306TF U 33
AF RR3F306JQ C 51
AF RR3FU20JQ C 98
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AF RR3E544JQ C 105
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RD RR3FU20TF 555 0 0
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CGTGTCTGATGTTAAGAACGTGATCATCTGGGGAAACCACTCGTCCTCACAGTACCCAGA
CGTCAACCATGCTAAGGTGCAGACATCGGCTGGAGAAAAGTCAGTCCGTGAGCTCGTGAA
GAACGATGAATACTTGAATGGAGAATTCATCACCACCGTTCAACAACGTGGAGCTGCAAT
CATCAAGGCGAGGAAGTTGTCAAGTGCACTTTCTGCTGCTAGCTCTGCTTGTGATCACAT
CCGTGACTGGGTCCTTGGAACTCCAGAGGGTACATTTGTTTCAATGGGAGTATACTCCGA
TGGCTCTTACGACGTTCCAGCTGGACTTATCTACTCCTTCCCTGTCACTTGCCGCAATGG
AGAGTGGAGTATTGTCCAAGGCCTTCCGATCGATGAAATGTCAAGGAAGAAGATGGATTT
GACAGCAGAGGAGCT

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3F306TF 739 0 0
G
ATCCATCCCTGAAAAGAACATCAGTTGTTTGACAAGGCTTGACCACAACAGGGCCTTGGG
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TTTATAACCTCTTTGTTGGTTTGTCTTCCTATTGAGCATTGTCCCTGGTCTGTTTCTAAA
CCAGGATATCGTTTACTC

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DS 

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TGAACGTACCCGTGTCTGATGTTAAGAACGTGATCATCTGGGGAAACCACTCGTCATCAC
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AGCTCGTGAAGAACGATGAATACTTGAATGGAGAATTCATCACCACCGTTCAACAACGTG
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GGTTTGTCTTCCTATTGAGCATTGTCCCTGGTCTGTTTCTAAACCAGGATATCGTTTACT
CTGTTTCATGTGTCTTGTTTGGTTTTATCCATAATAAAAAATTTAAAAGTTGAT

QA 1 774 1 774
DS 

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CACTCGTCCTCACAGTACCCAGACGTCAACCATGCTAAGGTGCAGACATCGGCTGGAGAA
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GATATCGTTTACTCTGTTTCATGTGTCTTGTTTGGTTTTATCCATAATAAAAATTTTAAA
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C

QA 1 726 1 726
DS 

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G
ACCGTTCAACAACGTGGAGCTGCAATCATCAAGGCGAGGAAGTTGTCAAGTGCACTTTCT
GTTGCTAGCTCTGCTTGTGATCACATCCGTGACTGGGTCCTTGGAACTCCAGAGGGTACA
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TTATAACCTCTTTGTTGGTTTGTCTTCCTATTGAGCATTGTCCTTGGTCTGTTTCTAAAC
CGGGATATCGTTTACTCTGTTTCATGTGTCTTGTTTGGTTTTATCCATAATAAA
AA

QA 2 535 2 535
DS 

RD RR3E544JQ 704 0 0
AGAGGTTGAACGTACCCGTGTCTGATGTTAAGAACGTGATCATCTGGGGAAACCACTCGT
CCTCACAGTACCCAGACGTCAACCATGCTAAGGTGCAGACATCGGCTGGAGAAAAGTCAG
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CTGCTTGTGATCACATCCGTGACTGGGTCCTTGGAACTCCAGAGGGTACATTTGTTTCAA
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TTTACTCTGTTTCATGTGTCTTGTTTGGTTTTATCCATAATAAA

QA 1 704 1 704
DS 



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GGTAAACGTTATTTTTTATTGCTAAGGGTAAAAACCAAATCAGACACAAAGAAAAACAGA
GTACATGAATATCAGCTCAGGGACAGTGTTTGGAGATCTTTTAAACACACTTTTTATTTC
AACAAAGCCCTCAAAGCTTTGTTTATCTCACACCTGATTGAGACGAAGAGTATTGGTTTA
AGAGAGGCATGAGTATGCCAAGTCCTTCTCTTCCTTCAGCTCCTCTGCAGTCAAATCCAT
CTTCTTCCTTGATACTTCATCGATAGGAAGCCCTTGGACAATACTCCACTCTCCATTGCG
GCAAGTGACAGGGAAGGAGTAGATAAGTCCTGATGGAACGTTGTAAGAGCCATCCGAGTA
TACTCCCATGGAAACAAATGTCCCCTCTGGAGTTCCAAGGACCCAGTCACGGATGTGGTC
ACATGCAGAGCTAGCAGCAGAGAGTGCACTAGACAACTTCCTCGCCTTGATGATTGCAGC
TCCACGTTGCTGAACCGTAGTGATGAACTCTCCATTCAACCACTCATCGTTCTTGACGAG
CTCGCGGACAGGCTTTTCTCCAGAAGAAGTCTGCACCTTAGCGTGGTTGACATCAGGGTA
CTGTGTGGATGAGTGGTTACCCCAGATAATCACGTTCTTAACATCAGAGACAGGCACGCT
CAACCTCTCAGAGATCTGACCCAAGGCCCTGTTGTGGTCAAGCCTTGTCAAACAAGTGAT
GTTCTTCTCAGGGATGGATGGTGCAAATTCCTTCAGGATCAACGCGTTGGTGTTGGCAGG
GTTGGCAACAACAAGAACCTTGCAGTTAGGAGCGGCATGCTTCTCCAAGGCAGCAGCCTG
GGACTTGTAAATGGAGACATTCTTGGACATGACATCCTTCCTCTCCATACCTTCTTTCCT
GGGGAAACCACCAACCATAACAGCAACGTTGACTCCAGTACATCCCTCAACGGCATCAGT
TGTAGCAACAACACCTTTGAGAAGAGGGAAAGCAGCATCGACCAACTCCATCTTGACACC
GTTGAGAGCC


BQ
10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HA10JQ U 1
AF RR3BW32JQ U 2
AF RR3A864TF C 39
AF RR3DY88TF C 471
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BS 569 648 RR3HA10JQ
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BS 906 1030 RR3DY88TF

RD RR3HA10JQ 651 0 0
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AGAGAGGCATGAGTATGCCAAGTCCTTCTCTTCCTTCAGCTCCTCTGCAGTCAAATCCAT
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GCAAGTGACAGGGAAGGAGTAGATAAGTCCTGATGGAACGTTGTAAGAGCCATCTGAGTA
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TCCACGTTGCTGAACCGTAGTGATGAACTCTCCATTCAACCACTCATCGTTCTTGACGAG
CTCGCGGACAGGCTTTTCTCCAGAAGATGTCTGCACCTTAGCGTGGTTGACATCAGGGTA
CTGTGTGGATGAGTGGTTACCCCAGATAATCACGTTCTTAACATCAGA
GAC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3BW32JQ 643 0 0
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TACATGAATATCAGCTCAGGGACAGTGTTTGGAGATCTTTTAAACACACTTTTTATTTCA
ACAAAGCCCTCAAAGCTTTGTTTATCTCACACCTGATTGAGACGAAGAGCATTGGTTTAA
GAGAGGCATGAGTATGCCAAGTCCTTCTCTTCCTTCAGCTCCTCTGCAGTCAAATCCATC
TTCTTCCTTGATACTTCATCGATAGGAAGCCCTTGGACAATACTCCACTCTCCATTGCGG
CAAGTGACAGGGAAGAAGTAGATAAGTCCTGATGGAACGTTGTAAGAGCCATCCGAGTAT
ACTCCCATGGAAACAAATGTCCCCTCTGGAGTTCCAAGGACCCAGTCACGGATGTGGACA
CATGCAGAGCTAGCAGCAGAGAGTGCACTAGACAACTTCCTCGCCTTGATGATTGCAGCT
CCACGTTGCTGAACCGTTGTGATGAACTCTCCATTCAACCACTCATCGTTCTTGACGAGC
TCGCGGACAGGCTTTTCTCCAGAAGAAGTCTGCACCTTAGCGTGGTTGACATCAGGGTAC
TGTGTGGATGAGTGGTTACCCCAGATAATCACGTTCTTAACAT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3A864TF 868 0 0
AATCAGACACAGAG
AAAACAGAGTACATGAATATCAGCTCAGGGACAGTGTTTGGAGATCTTTTAAACACACTT
TTTATTTCAACAAAGCCCTCAAAGCTTTGTTTATCTCACAC*TGATTGAGACGAAGAGTA
TTGGTTTAAGAGAGGCATGAGTATGCCAAGTCTTTCTCTTCCTTCAGCTCCTCTGCAGTC
AAATCCATCTTCTTCCTTGATACTTCATCGATAGGAAGCCCTTGGACAATACTCCACTCT
CCATTGCGGCAAGTGACAGGGAAGGAGTAGATAAGTCCTGATGGAACGTTGTAAGAGCCA
TCCGAGTATACTCCCATGGAAACAAATGTCCCCTCTGGAGTTCCAAGGACCCAGTCACGG
ATGTGGTCACATGCAGAGCTAGCAGCAGAGAGTGCACTAGACAACTTCCTCGCCTTGATG
ATTGCAGCTCCACGTTGCTGAACCGTTGTGATGAACTCTCCATTCAACCACTCATCGTTC
TTGACGAGCTCGCGGACAGGCTTTTCTCCAGAAGAAGTCTGCACCTTAGCGTGGTTGACA
TCAGGGTACTGTGTGGATGAGTGGTTACCCCAGATAATCACGTTCTTAACATCAGAGACA
GGCACGCTCAACCTCTCAGAGATCTGACCCAAGGCCCTGTTGTGGTCAAGCCTTGTCAAA
CAAGTGATGTTCTTCTCAGGGATGGATGGTGCAAATTCCTTGAGGATCAATGCGTTGGTG
TTGGCAGGGTTTGCAACAACAAGAACCTTGCAGTTAGGAGCGGCATGCTTCTCCAAGGCA
GCAGCCTGGGACTTGTAAATGGAGACATTCTTGGACATGACATCCTTCCTCTCCATACCT
TCTTTCCTGGGGA
C

QA 15 867 15 867
DS 

RD RR3DY88TF 560 0 0
TGATTGCAGCTCCACGTTGCTGAACCGTAGTGATGAACTCTCCATTCAACCACTCATCGT
TCTTGACGAGCTCGCGGACAGGTTTTTCTCCAGATGAAGTCTGCACCTTAGCGTGGTTGA
CATAAGGGTACTGTGTGGATGAGTGGTTACCCCAGATGATCACGTTCTTAACATCAGAGA
CAGGCACGCTCAACCTCTCAGAGATCTGACCCAAGGCCCTGTTGTGGTCAAGCCTTGTCA
AACAAGTGATGTTCTTCTCAGGGATGGATGGTGCAAATTCCTTCAGGATCAACGCGTTGG
TGTTTGCAGGGTTGGCAACAACAAGAACCTTGCAGTTAGGAGCGGCATGCTTCTCCAAGG
CAGCAGCCTGGGACTTGTAAATGGAGACATTCTTGGACATGACATCCTTCCTCTCCATAC
CTTCTTTCCTGGGGAAACCACCAACCATAACAGCAACGTTGACTCCAGTACATCCCTCAA
CGGCATCAGTTGTAGCAACAACACCTTTGAGAAGAGGGAAAGCAGCATCGACCAACTCCA
TCTTGACACCGTTGAGAGCC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 2 12

CO CL160Contig1 815 3 6 U
GGAGCTTCTTCTGCCACATTGCCAAATCCATAATCTTTCTCTCGAGGAGCTAACCGAAAG
AAAATGGCAGCTTCTTCTAGTCCGTCTCTCCTTCTACCATTAGGTTCAGCATCTAGAAAC
GGTCCAACCATCAAGACTCCAAGATGTATATCTACAAGAGTCATCATAGCTTCAGAAACA
AGAGACAGAAGCTGTAAAACCAACACTCTCTCTAGCCGTAGAGACGCAATGCTATTGTTT
CTCGGCGTGTCAGGACTCTCGATAAACTACTCTCCTGCGGCCTATGCAGCCGGTTTGCCA
CCAGAGGATAAACCGAGGCTTTGTGAAGCAGAATGCGAGAAAGAGCTTGAAAATGTCCCA
ATGGTAACTACAGAGTCAGGGCTTCAGTATAAAGATATCAAAGTTGGTAAAGGCCCTACT
CCCCCAGTTGGTTTTCAGGTTGCTGCAAACTATGTAGCTATGGTTCCTTCAGGGCAAATT
TTTGACAGTTCTCTAGAGAAAGGTCTACCGTATCTGTTCCGTGTTGGGTCTGGCCAGGTG
ATCAAGGGACTAGATGAAGGACTCTTGACTATGAAAGCTGGTGGTAAACGCAGACTCTAC
ATTCCAGGCCCTTTGGCGTTTCCAAAGGGTCTAGTTTCAGCTCCAGGGAGGCCAAGAGTT
GCACCGAACAGTCCAGTTGTATTTGATGTGAGCTTAGGGTACATACCAGGGCTCGAGTCA
GATGAAGAGTGAAACTATTTTTTTTTTTAAAGTTCAGATTATAATATGAAATACAACATT
ACTTGATTTTATGTGATGGTGTCTCATTTTTACTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E567TF U 11
AF RR3AK30JQ C 1
AF RR3AK30TF U 1
BS 1 12 RR3AK30TF
BS 13 166 RR3E567TF
BS 167 167 RR3AK30TF
BS 168 603 RR3E567TF
BS 604 799 RR3AK30TF
BS 800 815 RR3AK30JQ

RD RR3E567TF 593 0 0
GG
GCCACATTGCCAAATCCATAATCTTTCTCTCGAGGAGCTAACCGAAAGAAAATGGCAGCT
TCTTCTAGTCCGTCTCTCCTTCTACCATTAGGTTCAGCATCTAGAAACGGTCCAACCATC
AAGACTCCAAGATGTATATCTACAAGAGTCATCACAGCTTCAGAAACAAGAGACAGAAGC
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GGACTCTCGATAAACTACTCTCCTGCGGCCTATGCAGCCGGTTTGCCACCAGAGGATAAA
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GAGTCAGGGCTTCAGTATAAAGATATCAAAGTTGGTAAAGGCCCTACTCCCCCAGTTGGT
TTTCAGGTTGCTGCAAACTATGTAGCTATGGTTCCTTCAGGGCAAATTTTTGACAGTTCT
CTAGAGAAAGGTCTACCGTATCTGTTCCGTGTTGGGTCTGGCCAGGTGATCAAGGGACTA
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QA 3 593 3 593
DS 

RD RR3AK30JQ 815 0 0
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GGTCCAACCATCAAGACTCCAAGATGTATATCTACAAGAGTCATCATAGCTTCAGAAACA
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ATGGTAACTACAGAGTCAGGGCTTCAGTATAAAGATATCAAAGTTGGTAAAGGCCCTACT
CCCCCAGTTGGTTTTCAGGTTGCTGCAAACTATGTAGCTATGGTTCCTTCAGGGCAAATT
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ATCAAGGGACTAGATGAAGGACTCTTGACTATGAAAGCTGGTGGTAAACGCAGACTCTAC
ATTCCAGGCCCTTTGGCGTTTCCAAAGGGTCTAGTTTCAGCTCCAGGGAGGCCAAGAGTT
GCACCGAACAGTCCAGTTGTATTTGATGTGAGCTTAGGGTACATACCAGGGCTCGAGTCA
GATGAAGAGTGAAACTATTTTTTTTTT*AAAGTTCAGATTATAATATGAAATACAACATT
ACTTGATTTTATGTGATGGTGTCTCATTTTTACTC

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR3AK30TF 805 0 0
GGAGCTTCTTCTGCCACATTGCCAAATCCATAATCTTTCTCTCGAGGAGCTAACCGAAAG
AAAATGGCAGCTTCTTCTAGTCCGTCTCTCCTTCTACCATTAGGTTCAGCATCTAGAAAC
GGTCCAACCATCAAGACTCCAAGATGTATATCTACAAGAGTCATCATAGCTTCAGAAACA
AGAGACAGAAGCTGTAAAACCAACACTCTCTCTAGCCGTAGAGACGCAATGCTATTGTTT
CTCGGCGTGTCAGGACTCTCGATAAACTACTCTCCTGCGGCCTATGCAGCCGGTTTGCCA
CCAGAGGATAAACCGAGGCTTTGTGAAGCAGAATGCGAGAAAGAGCTTGAAAATGTCCCA
ATGGTAACTACAGAGTCAGGGCTTCAGTATAAAGATATCAAAGTTGGTAAAGGCCCTACT
CCCCCAGTTGGTTTTCAGGTTGCTGCAAACTATGTAGCTATGGTTCCTTCAGGGCAAATT
TTTGACAGTTCTCTAGAGAAAGGTCTACCGTATCTGTTCCGTGTTGGGTCTGGCCAGGTG
ATCAAGGGACTAGATGAAGGACTCTTGACTATGAAAGCTGGTGGTAAACGCAGACTCTAC
ATTCCAGGCCCTTTGGCGTTTCCAAAGGGTCTAGTTTCAGCTCCAGGGAGGCCAAGAGTT
GCACCGAACAGTCCAGTTGTATTTGATGTGAGCTTAGGGTACATACCAGGGCTCGAGTCA
GATGAAGAGTGAAACTATTTTTTTTTTTAAAGTTCAGATTATAATATGAAATACAACATT
ACTTGATTTTATGTGATGG
GTGTCT

QA 1 799 1 799
DS 



CO CL160Contig2 829 9 30 U
GGAGCTTCTTCTGCCACATTGCCAAATCCATAATCTTTCTCTCGAGGAGGGAAACCAAAA
AAGAAAATGGCAGCTTCTTCTTCTCCATCTCTACTTCTACCATTAGGTTCATCATCTAGA
AACGGTCCAACCACTAAGACTCCAAGATGTATATCTACAAGAGTCATCATAGCTTCAGAG
ACAAGAGACAGAAGCTGTAAAACCAATACTCTCTCTAGCCGTAGAGACGCAATGCTATTG
TTTCTCGGCGTTTCAGGACTCTCAACGAGCTACTCTCTTGAGGCTTATGCAGCCGGTTTG
CCACCAGAGGATAAACCGAGGCTTTGTGAAGCAGAATGCGAGAAAGAGCTTGAAAATGTC
CCAATGGTAACTACAGAGTCAGGGCTTCAGTATAAAGATATCAAAGTTGGTAAAGGCCCT
AGTCCCCCTGTTGGTTTTCAGGTTGCTGCTAACTATGTAGCTATGGTTCCTTCAGGGCAG
ATTTTTGACAGTTCTCTAGAGAAAGGTCTACCATATCTGTTCCGTGTTGGGTCTGGCCAG
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TACATTCCAGGGCCTTTGGCGTTTCCAAAGGGTCTAGTCTCAGCTCCAGGGAGGCCAAGA
GTTGCACCGAACAGTCCAGTTGTATTTGATGTGAGCTTAGAGTACATACCAGGGCTCGAG
TCAGATGAAGAGTGAAACTATTTCTTTTTAAAGTTCAGATTATAATATGAAATACAACAT
TACTTGCTTTTATGTGATGGT*GTCTCATTTTTACTTACATCTCGTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 30 30 30 30 30 30 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 20 20 20 20 20 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 30 30 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D040TF U 1
AF RR3D186TF U 50
AF RR3AN78JQ C 278
AF RR3FS81TF U 49
AF RR3FM40TF U 50
AF RR3AN78TF U 50
AF RR3CT73TF U 168
AF RR3FM40JQ C 58
AF RR3FS81JQ C 84
BS 1 49 RR3D040TF
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BS 107 112 RR3FS81TF
BS 113 122 RR3D040TF
BS 123 123 RR3FS81TF
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AAGAAAATGGCAGCTTCTTCTTCTCCATCTCTACTTCTACCATTAG******CATCTAGA
AATGGTCCAAACATTAAGACTCCAAGATGTATATCTACAAGAGTCATCATAGCTTCAGAG
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CCAATGGTAACTACAGAGTCAGGGCTTCAGTATAAAGATATCAAAGTTGGTAAAGGCCCT
AGTCCCCGGGTTGGTTTTCAGGTTGCTGCTAACTATGTAGCTATGGTTCCTTCAGGGCAG
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TACATTCCAGGGCCTTTGGCGTTTCCAAAGGGTCTAGTCTCAGC

QA 1 644 1 644
DS 

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***CATCTAGAAATGGTCCAAACATTAAGACTCCAAGATGTATATCTACAAGAGTCATCA
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TTGAAAATGTCCCAATGGTAACTACAGAGTCAGGGCTTCAGTATAAAGATATCAAAGTTG
GTAAAGGCCCTAGTCCCCGGGTTGGTTTTCAGGTTGCTGCTAACTATGTAGCTATGGTTC
CTTCAGGGCAGATTTTTGACAGTTCTCTAGAGAAAGGTCTACCATATCTGTTCCGTGTTG
GGTCTGGCCAGGTGATCAAGGGACTACATGAAGGACTCTTGACTATGAAAGCTGGTGGTA
AACGCAGACTCTACATTCCAGGG

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3AN78JQ 440 0 0
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GCGAGAAAGAGCTTGAAAATGTCCCAATGGTAACTACAGAGTCAGGGCTTCAGTATAAAG
ATATCAAAGTTGGTAAAGGCCCTAGTCCCCCTGTTGGTTTTCAGGTTGCTGCTAACTATG
TAGCTATGGTTCCTTCAGGGCAGATTTTTGACAGTTTTTTAGAGAAAGGTTTACCATATT
TGTTCCGTGTTGGGTCTGGCCAGGTGATCAAGGGACTAGATGAAGGACTCTTGACTATGA
AAGCTGGTGGTAAACGCAGACTTTACATTCCAGGGCCTTTGGCGTTTCCAAAGGGTTTAG
TTTCAGCTCCAGGGAGGCCAAGAGTTGCACCGAACAGTCCAGTTGTATTTGATGTGAGCT
TAGAGTACATACCAGGGCTC

QA 1 440 1 440
DS 

RD RR3FS81TF 732 0 0
G
GGAAACCAAAAAAGAAAATGGCAGCTTCTTCTTCTCCATCTCTACTTCTACCATTAGGTT
CATCATCTAGAAACGGTCCAACCACTAAGACTCCAAGATGTATATCTACAAGAGTCATCA
TAGCTTCAGAGACAAGAGACAGAAGCTGTAAAACCAATACTCTCTCTAGCCGTAGAGACG
CAATGCTATTGTTTCTCGGCGTTTCAGGACTCTCAACGGGCTACTCTCTTGAGGCTTATG
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TTGAAAATGTCCCAATGGTAACTACAGAGTCAGGGCTTCAGTATAAAGATATCAAAGTTG
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AAATACA
CATA

QA 2 728 2 728
DS 

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TGGCTTCAGAGACAAGAGACAGAAGCTGTAAAACCAATACTCTCTCTAGCCGTAGAGACG
CAATGCTATTGTTTCTCGGCGTTTCAGGACTCTCAACGAGCTACTCTCTTGAGGCTTATG
CAGCCGGTTTGCCACCAGAGGATAAACCGAGGCTTTGTGAAGCAGAATGCGAGAAAGAGC
TTGAAAATGTCCCAATGGTAACTACAGAGTCAGGGCTTCAGTATAAAGATATCAAAGTTG
GTAAAGGCCCTAGTCCCCCTGTTGGTTTTCAGGTTGCTGCTAACTATGTAGCTATGGTTC
CTTCAGGGCAGATTTTTGACAGTTCTCTAGAGAAAGGTCTACCATATCTGTTCCGTGTTG
GGTCTGGCCAGGTGATCAAGGGACTAGATGAAGGACTCTTGACTATGAAAGCTGGTGGTA
AACGCAGACTCTACATTCCAGGGCCTTTGGCGTTTCCAAAGGGTCTAGTCTCAGCTCCAG
GGAGGCCAAGAGTTGCACCGAACAGTCCAGTTGTATTTGATGTGAGCTTAGAGTACATAC
CAGGGCTCGAGTCAGATGAAGAGTGAAACTATTTCTTTTTAAAGTTCAGAT*ATAATATG
AA
TACAC

QA 1 722 1 722
DS 

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CATCATCTAGAAACGGTCCAACCACTAAGACTCCAAGATGTATATCTACAAGAGTCATCA
TAGCTTCAGAGATAAGAGACAGAAGCTGTAAAACCAATACTCTCTCTAGCCGTAGAGACG
CAATGCTATTGTTTCTCGGCGTTTCAGGACTCTCAACGAGCTACTCTCTTGAGGCTTATG
CAGCCGGTTTGCCACCAGAGGATAAACCGAGGCTTTGTGAAGCAGAATGCGAGAAAGAGC
TTGAAAATGTCCCAATGGTAACTACAGAGTCAGGGCTTCAGTATAAAGATATCAAAGTTG
GTAAAGGCCCTAGTCCCCCTGTTGGTTTTCAGGTTGCTGCTAACTATGTAGCTATGGTTC
CTTCAGGGCAGATTTTTGACAGTTCTCTAGAGAAAGGTCTACCATATCTGTTCCGTGTTG
GGTCTGGCCAGGTGATCAAGGGACTAGATGAAGGACTCTTGACTATGAAAGCTGGTGGTA
AACGCAGACTCTACATTCCAGGGCCTTTGGCGTTTCCAAAGGGTCTAGTCTCAGCTCCAG
GGAGGCCAAGAGTTGCACCGAACAGTCCAGTTGTATTTGATGTGAGCTTAGAGTACATAC
CAGGGCTCGAGTCAGATGAAGAGTGAAACTATTTCTTTTTAAAGTTCAGATTATAATATG
AAATACAACATTACTTGCTTTTATGTGATGGGCGTCTCATTTTTACTT
ACATCTC

QA 1 768 1 768
DS 

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G
ATAGCTTCAGAGACAAGAGACAGAAGCTGTAAA***AATACTCTCTCTAGCCGTAGAGAC
GCAATGCTATTGTTTCTCGGCGTTTCAGGACTCTCAACGAGCTACTCTCTTGAGGCTTAT
GCAGCCGGTTTGCCACCAGAGGATAAACCGAGGCTTTGTGAAGCAGAATGCGAGAAAGAG
CTTGAAAATGTCCCAATGGTAACTACAGAGTCAGGGCTTCAGTATAAAGATATCAAAGTT
GGTAAAGGCCCTAGTCCCCCTGTTGGTTTTCAGGTTGCTGCTAACTATGTAGCTATGGTT
CCTTCAGGGCAGATTTTTGACAGTTCTCTAGAGAAAGGTCTACCATATCTGTTCCGTGTT
GGGTCTGGCCAGGTGATCAAGGGACTAGATGAAGGACTCTTGACTATGAAAGCTGGTGGT
AAACGCAGACTCTACATTCCAGGGCCTTTGGCGTTTCCAAAGGGTCTAGTCTCAGCTCCA
GGGAGGCCAAGAGTTGCACCGAACAGTCCAGTTGTATTTGATGTGAGCTTAGAGTACATA
CCAGGGCTCGAGTCAGATGAAGAGTGAAACTATTTCTTTTTAAAGTTCAGATTATAATAT
GAAATACAACATTACTTGCTTTTATGTGATGGT*GTCTCATTTTTACTT
AAAA

QA 2 650 2 650
DS 

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AAAAAGAAAATGGCAGCT*CTTCTTCTCCATCTCTACTTCTACCATTAGATTCATCATCT
AGAAACGGTCCAACCACTAAGACTCCAAGATGTATATCTACAAGAGTCATCATGGCTTCA
GAGACAAGAGACAGAAGCTGTAAAACCAATACTCTCTCTAGCCGTAGAGACGCAATGCTA
TTGTTTCTCGGCGTTTCAGGACTCTCAACGAGCTACTCTCTTGAGGCTTATGCAGCCGGT
TTGCCACCAGAGGATAAACCGAGGCTTTGTGAAGCAGAATGCGAGAAAGAGCTTGAAAAT
GTCCCAATGGTAACTACAGAGTCAGGGCTTCAGTATAAAGATATCAAAGTTGGTAAAGGC
CCTAGTCCCCCTGTTGGTTTTCAGGTTGCTGCTAACTATGTAGCTATGGTTCCTTCAGGG
CAGATTTTTGACAGTTCTCTAGAGAAAGGTCTACCATATCTGTTCCGTGTTGGGTCTGGC
CAGGTGATCAAGGGACTAGATGAAGGACTCTTGACTATGAAAGCTGGTGGTAAACGCAGA
CTCTACATTCCAGGGCCTTTGGCGTTTCCAAAGGGTCTAGTTTCAGCTCCAGGGAGGCCA
AGAGTTGCACCGAACAGTCCAGTTGTATTTGATGTGAGCTTAGAGTACATACCAGGGCTC
GAGTCAGATGAAGAGTGAAACTATTTCTTTTTAAAGTTCAGATTATAATATGAAATACAA
CATTACTTGCTTTTATGTGATGGT*GTCTCATTTTTACTT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3FS81JQ 746 0 0
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AAGATGTATATCTACAAGAGTCATCATAGCTTCAGAGACAAGAGACAGAAGCTGTAAAAC
CAATACTCTCTCTAGCCGTAGAGACGCAATGCTATTGTTTCTCGGCGTTTCAGGACTCTC
AACGGGCTACTCTCTTGAGGCTTATGCAGCCGGTTTGCCACCAGAGGATAAACCGAGGCT
TTGTGAAGCAGAATGCGAGAAAGAGCTTGAAAATGTCCCAATGGTAACTACAGAGTCAGG
GCTTCAGTATAAAGATATCAAAGTTGGTAAAGGCCCTAGTCCCCCTGCTGGTTTTCAGGT
TGCTGCTAACTATGTAGCTATGGTTCCTTCAGGGCAGATTTTTGACAGTTCTCTAGAGAA
AGGTCTACCATATCTGTTCCGTGTTGGGTCTGGCCAGGTGATCAAGGGACTAGATGAAGG
ACTCTTGACTATGAAAGCTGGTGGTAAACGCAGACTCTACATTCCAGGGCCTTTGGCGTT
TCCAAAGGGTCTAGTCTCAGCTCCAGGGAGGCCAAGAGTTGCACCGAACAGTCCAGTTGT
ATTTGATGTGAGCTTAGAGTACATACCAGGGCTCGAGTCAGATGAAGAGTGAAACTATTT
CTTTTTAAAGTTCAGATTATAATATGAAATACAACATTACTTGCTTTTATGTGATGGT*G
CCTCATTTTTACTTACATCTCGTTGT

QA 1 746 1 746
DS 



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AAATATTGGATCTTTCGTTATTTAAATCGTGTATCTCCGTCACTTGTAGTGATTTATCAT
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CATAACCAAATCAAAGTCGTATTTACTTTACTCTTTTTTACCCACGAGGGATTCCTTGTA
TATTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 

AF RR3DN69JQ C 1
AF RR3DN69TF U 1
BS 1 546 RR3DN69TF

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TATTTC

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3DN69TF 546 0 0
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AGTGATACAATTAAAGCTTTTTCGATTCTTTTATTAACTGATTTATGTATCGGATTCCAT
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TATGAACAAATTTTATCTGGTCTAGTTTCTACCTTTCCAGTCATTCTTGATACAATTTTT
AAATATTGGATCTTTCGTTATTTAAATCGTGTATCTCCGTCACTTGTAGTGATTTATCAT
GCAATAAATGACTAAAAAACGATTCACTGATCCAATTCTACTCTTTCTTACTTTATACAT
CATAACCAAATCAAAGTCGTATTTACTTTACTCTTTTTTACCCACGAGGGATTCCTTGTA
TATTTC

QA 1 546 1 546
DS 



CO CL161Contig2 1409 10 16 U
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TAATGGATTCCCCCTCTGAAACAAGAAGTTCTAGGCCTCGAGGGATAATATCAATTACTT
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GAACATCTTTATTAGTAGCAGGGTCTGGGGCAAGAATAGGAGAGGTTATTTCACTATATT
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AGCGAGTAATCTCTTCCCTTATCCAAGAAAAGGTATTTCTAGTTTGCATGGTCCAATCAT
TTATCCCGAAAATTTCTACAATAAAGTTAGGTAGGTCGATAATATACTTCCCTAGCCACA
ATTCTGCTATTTACATTTACTGAAAAAAAAATTTTTTTTTATTGAAATATACAAGGAATC
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AAGAAAGAGTAGAATTGGATCAGTGAATCGTTTTTTAGTCATTTATTGCATGATAAATCA
CTACAAGTGACGGAGATACACGATTTAAATAACGAAAGATCCAATATTTAAAAATTGTAT
CAAGAATGACTGGAAAGGTAGAAACTAGACCAGATAAAATTTGTTCATAATGAGCAAACC
CAAAATCTTTGTAAATATAAATCATTATTTCCCAACCGTGAGGCGAATGGAATCCGATAC
ATAAATCAGTTAATAAAAGAATCGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DQ12JQ U 1
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AF RR3CE80JQ U 305
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AF RR3GJ12TF C 682
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BS 340 340 RR3CE80JQ
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BS 462 462 RR3CE80JQ
BS 463 604 RR3DQ12JQ
BS 605 669 RR3CE80JQ
BS 670 670 RR3CL74JQ
BS 671 810 RR3CE80JQ
BS 811 811 RR3CL74JQ
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BS 832 832 RR3CL74JQ
BS 833 990 RR3CE80JQ
BS 991 1254 RR3CL74JQ
BS 1255 1409 RR3GJ12TF

RD RR3DQ12JQ 604 0 0
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CCGCATCCCCCTGACCAAATCCACCCACATTAGGATTGCTCGTTAATGGTTGATCGAGTT
TAATGGATTCCCCCTCTGAAACAAGAAGTTCTAGGCCTCGAGGGATAATATCAATTACTT
GGCGTTCATTCGGTGCATCCACTACGGTTATTTCGTATCCACCTTTTTCTTTTCGTAAAA
TTTTGCTTATTATCCCTCCTGCCGTAGCATTATAAACTGTATTGTTACTTTTGCTACCAT
CAGGATAAATCTGACCCCTTCCCCTATTTCCACCTACGTATATAGGATATTTTAAGAAGT
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TTTGACCAGGAACAGGACCTATCACAAGAATATTTTTTTTATTGGGGCGATAATTCTGAA
AAGACAGATTTCCTATCTTTTCTTTGATCTCGGGTGAAATACGATCGGGGGGGGCTAATT
CAAA

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DS 

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AAGTACCGCTTGTGGAACCTCAATATCCACGGGCTTACTAGCTAAATGGCAATTGGCACA
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DS 

RD RR3CE80JQ 687 0 0
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ATAAATCTGACCCCTTCCCCTATTTCCACCTACGTATATAGGATATTTTAAGAAGTGAAC
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ACCAGGAACAGGACCTATCACAAGAATATTTTTTTTATTGGGGCGATAATTCTGAAAAGA
CAGATTTCCTATCTTTTCTTTGATCTCGGGTGAAATACGATCGGGGGGGGCTAATTCAAA
CCCCTCAGGTAAAATAAGAACAGCTCCCACATTCAAAGCTCCTTTTTTACCATTAGCTAG
AACTTATTTTAGCTGCATATCATAAGGAATTTTAACAACTGCTTCAAATACAGTATCAGG
AAGTACCGCTTGTGGAACCTCAATATCCACGGGCTTACTAGCTAAATGGCAATTGGCACA
TACAATACGCCCAGTTGCCTCTCGTGAATTTTCATAATTCTGCTGGGAAAAAATTGGATA
TGCACTTGAAATGGATGCCCAAGTTATTATATATATCATGAGTGAGACAGATATGGAGCG
AGTAATCTCTTCCCTTATCCAAGAAAAGGTATTTCTAGTTTGCATGGTCCAATCATTTAT
CCCGAAAATTTCTACAATAAAGTTAG
C

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CTGCTGGGCAAAAATTGGATATGCACTTGAAATGGATGCCCAAGTTATTATATATATCAT
GAGTGAGACAGATATGGAGCGAGTAATCTCTTCCCTTATCCAAGAAAAGGTATTTCTAGT
TTGCATGGTCCAATCATTTATCCCGAAAATTTCTACAATAAAGTTAGGTAGGTCGATAAT
ATACTTCCCTAGCCACAATTCTGCTATTTACATTTACTGAAAAAAAAATTTTTTTTTATT
GAAATATACAAGGAATCCCTCGTGGGTAAAAA

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CTGCTGGGCAAAAATTGGATATGCACTTGAAATGGATGCCCAAGTTATTATATATATCAT
GAGTGAGACAGATATGGAGCGAGTAATCTCTTCCCTTATCCAAGAAAAGGTATTTCTAGT
TTGCATGGTCCAATCATTTATCCCGAAAATTTCTACAATAAAGTTAGGTAGGTCGATAAT
ATACTTCCCTAGCCACAATTCTGCTATTTACATTTACTGAAAAAAAAATTTTTTTT*ATT
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TATTGCATG

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TGCTTCAAATACAGTATCAGGAAGTACCGCTTGTGGAACCTCAATATCCACGGGCTTACT
AGCTAAATGGCAATTGGCACATACAATACGCCCAGTTGCCTCTCGTGGATTTTCATAATT
CTGCTGGGCAAAAATTGGATATGCACTTGAAATGGATGCCCAAGTTATTATATATATCAT
GAGTGAGACAGATATGGAGCGAGTAATCTCTTCCCTTATCCAAGAAAAGGTATTTCTAGT
TTGCATGGTCCAATAATTTATCCCGAAAATTTCTACAATAAAGTTAGGTAGGTCGATAAT
ATACTTCCCTAGCCACAATTCTGCTATTTACATTTACTGAAAAAAAAATTTTTTTTTATT
GAAATATACAAGGAATCCCTCGTGGGTAAAAAAGAGTAAAGTAAATACGACTTTGATTTG
GTTATGATGTATAAAGTAAGAAAGAGTAGAATTGGATCAGTGAATCGTTTTTTAGTCATT
TATTGCATGATAAATCACTACAAGTGACGGAGATACACGATTTAAATAACGAAAGATCCA
ATATTTAAAAA

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DS 

RD RR3GN60TF 603 0 0
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GTATAAAGTAAGAAAGAGTAGAATTGGATCAGTGAATCGTTTTTTAGTCATTTATTGCAT
GATAAATCACTACAAGTGACGGAGATACACGATTTAAATAACGAAAGATCCAATATTTAA
AAA

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DS 

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AT
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CGGGGGGGGCTAATTCAAACCCCTCAGGTAAAATAAGAACAGCTCCCACATTCAAAGCTC
CTTTTTTACCATTAGCTAGAACTTGTTTTAGCTGCATATCATAAGGAATTTTAACAACTG
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GCTGGGCAAAAATTGGATATGCACTTGAAATGGATGCCCAAGTTATTATATATATCATGA
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TTGCATGATAAATCACTACAAGTGACGGAGATACACGA

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DS 

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CCTCTCGTGGATTTTCATAATTCTGCTGGGCAAAAATTGGATATGCACTTGAAATGGATG
CCCAAGTTATTATATATATCATGAGTGAGACAGATATGGAGCGAGTAATCTCTTCCCTTA
TCCAAGAAAAGGTATTTCTAGTTTGCATGGTCCAATCATTTATCCCGAAAATTTCTACAA
TAAAGTTAGGTAGGTCGATAATATACTTCCCTAGCCACAATTCTGCTATTTACATTTACT
GAAAAAAAAATTTTTTTTTATTGAAATATACAAGGAATCCCTCGTGGGTAAAAAAGAGTA
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TCGAAAAA

QA 1 728 1 728
DS 



AS 2 12

CO CL162Contig1 748 7 3 U
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BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3A394TF C 1
AF RR3A394JQ U 1
AF RR3ES80JQ U 2
AF RR3FT16JQ U 1
AF RR3FT16TF C 21
AF RR3GC03JQ U 58
AF RR3GC03TF C 86
BS 1 680 RR3A394JQ
BS 681 743 RR3GC03JQ
BS 744 748 RR3GC03TF

RD RR3A394TF 622 0 0
C
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ATACTAAAGTATTTATCTGACAAAGGAAATAGTTGTACAGAAGAACGGAGAAGAAGACGA
TGGAGGTATCAATGTACAGGGATGCATTGGTGATACATTTCTCTCTGAATCAGTACTTCT
CACATGTGAGCTGTTGTTTCTTTGATTTCCTCTGAAGTAATAGTCTGATCTTTCCCAGCG
AAATCATTGTCAGGAGTTAAGAAAAGCATACAATGGCACTCCTTCCTCTCTCTCATTGGA
ACACAAGGACAGTTCCAAAAGCCCTGTCCAACCTCTGCAGCTTTATCATCATAATGTCTG
CAAGGACAAAGCGGTGCACCATAGGAATCTTTATGCTCAGCCAAACCCTTGATGACGACA
GAAGTAACACCTTTGTCAACACAGAAGTAAGTCCCAGAGCGACGAGCGTACTGCTCCGAG
AACTTCCTCATTATCTCCACTGATTTCTCCGATGGTTCCGATTTGGCATGGATGACAAAT
CGGGAAGTTCTGGGAGAGACGAGTGGAGCAGATACGAAGCCGAAGCTACACGAAACAGCT
TGAGGATTCATTTGAGTCTTT

QA 2 622 2 622
DS 

RD RR3A394JQ 682 0 0
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CATACTAAAGTATTTATCTGACAAAGGAAATAGTTGTACAGAAGAACGGAGAAGAAGACG
ATGGAGGTATCAATGTACAGGGATGCATTGGTGATACATTTCTCTCTGAATCAGTACTTC
TCACATGTGAGCTGTTGTTTCTTTGATTTCCTCTGAAGTAATAGTCTGATCTTTCCCAGC
GAAATCATTGTCAGGAGTTAAGAAAAGCATACAATGGCACTCCTTCCTCTCTCTCATTGG
AACACAAGGACAGTTCCAAAAGCCCTGTCCAACCTCTGCAGCTTTATCATCATAATGTCT
GCAAGGACAAAGCGGTGCACCATAGGAATCTTTATGCTCAGCCAAACCCTTGATGACGAC
AGAAGTAACACCTTTGTCAACACAGAAGTAAGTCCCAGAGCGACGAGCGTACTGCTCCGA
GAACTTCCTCATTATCTCCACTGATTTCTCCGATGGTTCCGATTTGGCATGGATGACAAA
TCGGGAAGTTCTGGGAGAGACGAGTGGAGCAGATACGAAGCCGAAGCTACACGAAACAGC
TTGAGGATTCATTTGAGTCTTTCAAGATCAAACGCGAAAGTAACCTTCTTCTTTCTTCTT
GAAATCTGATTCTTTTTATC
CC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3ES80JQ 667 0 0
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ATACTAAAGTATTTATCTGACAAAGGAAATAGTTGTACAGAAGAACGGAGAAGAAGACGA
TGGAGGTATCAATGTACAGGGATGCATTGGTGATACATTTCTCTCTGAATCAGTACTTCT
CACATGTGAGCTGTTGTTTCTTTGATTTCCTCTGAAGTAATAGTCTGATCTTTCCCAGCG
AAATCATTGTCAGGAGTTAAGAAAAGCATACAATGGCACTCCTTCCTCTCTCTCATTGGA
ACACAAGGACAGTTCCAAAAGCCCTGTCCAACCTCTGCAGCTTTATCATCATAATGTCTG
CAAGGGCAAAGCGGTGCACCATAGGAATCTTTATGCTCAGCCAAACCCTTGATGACGACA
GAAGTAACACCTTTGTCAACACAGAAGTAAGTCCCAGAGCGACGAGCGTACTGCTCCGAG
AACTTCCTCATTATCTCCACTGATTTCTCCGATGGTTCCGATTTGGCATGGATGACAAAT
CGGGAAGTTCTGGGAGAGACGAGTGGAGCAGATACGAAGCCGAAGCTACACGAAACAGCT
TGAGGATTCATTTGAGTCTTTCAAGATCAAACGCGAAAGTAACCTTCTTCTTTCTTCTTG
AAATCTG

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3FT16JQ 674 0 0
C
GGCACAAAGTCAGATCCTTTCTTATATCATTGTATTGTAATCATTTGCAAAAACAAGATC
ATACTAAAGTATTTATCTGACAAAGGAAGTAGTTGTACAGAAGAACGGAGAAGAAGACGA
TGGAGGTATCAATGTACAGGGATGCATTGGTGATACACTTCTCTCTGAATCAGTACTTCT
CACATGTGAGCTGTTGTTTCTTTGATTTCCTCTGAAGTAATAGTCTGATCTTTCCCAGCG
AAATCATTGTCAGGAGTTAAGAAAAGCATACAATGGCACTCCTTCCTCTCTCTCATTGGA
ACACAAGGACAGTTCCAAAAGCCCTGTCCAACCTCTGCAGCTTTATCATCATAATGTCTG
CAAGGACAAAGCGGTGCACCATAGGAATCTTTATGCTCAGCCAAACCCTTGATGACGACA
GAAGTAACACCTTTGTCAACACAGAAGTAAGTCCCAGAGCGACGAGCGTACTGCTCCGAG
AACTTCCTCATTATCTCCACTGATTTCTCCGATGGTTCCGATTTGGCATGGATGACAAAT
CGGGAAGTTCTGGGAGAGACGAGTGGAGCAGATACGAAGCCGAAGCTACACGAAACAGCT
TGAGGATTCATTTGAGTCTTTCAAGATCAAACGCGAAAGTAACCTTCTTCTTTCTTCTTG
AAATCTGATTC
CC

QA 2 672 2 672
DS 

RD RR3FT16TF 654 0 0
TCTTATATCATTGTATTGTAATCATTTGCAAAAACAAGATCATACTAAAGTATTTATCTG
ACAAAGGAAGTAGTTGTACAGAAGAACGGAGAAGAAGACGATGGAGGTATCAATGTACAG
GGATGCATTGGTGATACACTTCTCTCTGAATCAGTACTTCTCACATGTGAGCTGTTGTTT
CTTTGATTTCCTCTGAAGTAATAGTCTGATCTTTCCCAGCGAAATCATTGTCAGGAGTTA
AGAAAAGCATACAATGGCACTCCTTCCTCTCTCTCATTGGAACACAAGGACAGTTCCAAA
AGCCCTGTCCAACCTCTGCAGCTTTATCATCATAATGTCTGCAAGGACAAAGCGGTGCAC
CATAGGAATCTTTATGCTCAGCCAAACCCTTGATGACGACAGAAGTAACACCTTTGTCAA
CACAGAAGTAAGTCCCAGAGCGACGAGCGTACTGCTCCGAGAACTTCCTCATTATCTCCA
CTGATTTCTCCGATGGTTCCGATTTGGCATGGATGACAAATCGGGAAGTTCTGGGAGAGA
CGAGTGGAGCAGATACGAAGCCGAAGCTACACGAAACAGCTTGAGGATTCATTTGAGTCT
TTCAAGATCAAACGCGAAAGTAACCTTCTTCTTTCTTCTTGAAATCTGATTC
CC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3GC03JQ 686 0 0
GATCATACTAAAGTATTTATCTGACAAAGGAAATAGTTGTACAGAAGAACGGAGAAGAAG
ACGATGGAGGTATCAATGTACAGGGATGCATTGGTGATACATTTCTCTCTGAATCAGTAC
TTCTCACATGTGAGCTGTTGTTTCTTTGATTTCCTCTGAAGTAATAGTCTGATCTTTCCC
AGCGAAATCATTGTCAGGAGTTAAGAAAAGCATACAATGGCACTCCTTCCTCTCTCTCAT
TGGAACACAAGGACAGTTCCAAAAGCCCTGTCCAACCTCTGCAGCCTTATCATCATAATG
TCTGCAAGGACAAAGCGGTGCACCATAGGAATCTTTATGCTCAGCCAAACCCTTGATGAC
GACAGAAGTAACACCTTTGTCAACACAGAAGCAAGTCCCAGAGCGACGAGCGTACTGCTC
CGAGAACTTCCTCATTATCTCCACTGATTTCTCCGATGGTTCCGATTTGGCATGGATGAC
AAATCGGGAAGTTCTGGGAGAGACGAGTGGAGCAGATACGAAGCCGAAGCTACACGAAAC
AGCTTGAGGATTCATTTGAGTCTTTCAAGATCAAACGCGAAAGTAACCTTCTTCTTTCTT
CTTGAAATCTGATTCTTTTTATCTCTTTAGATCGAATTTCAGATTTTCTTTTATGTTCTA
GTCCTTTCAGATATTTGCCACTCGTT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3GC03TF 663 0 0
GGAAATAGTTGTACAGAAGAACGGAGAAGAAGACGATGGAGGTATCAATGTACAGGGATG
CATTGGTGATACATTTCTCTCTGAATCAGTACTTCTCACATGTGAGCTGTTGTTTCTTTG
ATTTCCTCTGAAGTAATAGTCTGATCTTTCCCAGCGAAATCATTGTCAGGAGTTAAGAAA
AGCATACAATGGCACTCCTTCCTCTCTCTCATTGGAACACAAGGACAGTTCCAAAAGCCC
TGTCCAACCTCTGCAGCCTTATCATCATAATGTCTGCAAGGACAAAGCGGTGCACCATAG
GAATCTTTATGCTCAGCCAAACCCTTGATGACGACAGAAGTAACACCTTTGTCAACACAG
AAGCAAGTCCCAGAGCGACGAGCGTACTGCTCCGAGAACTTCCTCATTATCTCCACTGAT
TTCTCCGATGGTTCCGATTTGGCATGGATGACAAATCGGGAAGTTCTGGGAGAGACGAGT
GGAGCAGATACGAAGCCGAAGCTACACGAAACAGCTTGAGGATTCATTTGAGTCTTTCAA
GATCAAACGCGAAAGTAACCTTCTTCTTTCTTCTTGAAATCTGATTCTTTTTATCTCTTT
AGATCGAATTTCAGATTTTCTTTTATGTTCTAGTCCTTTCAGATATTTGCCACTCGTTCC
CCC

QA 1 663 1 663
DS 



CO CL162Contig2 686 5 7 U
GAGAGATAAAAAGAATCAGATTTCAAGAAGAAGCAGAAGAAGTTACTTTCGCGTTTGATC
TTGAAAGACTCAAATGAATCCTCAAGCTGTTTCGTGTAGTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGC
TCCACTTGTCTCTCCCAGAAGAACATCCCGATTTGTTATCCATGCCAAATCGGAACCATC
GGAGAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGGAC
TTACTTCTGTGTTGACAAAGGCGTTACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAA
AGATTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGACATTATGATGATAAAGCTGCTGAGGT
TGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCAATGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCATTG
TATGCTTTTCTTAACTCCTGACAATGATTTCGCTGGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGA
GGAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAAGTACTGATTCAGAGAGATATGTATCA
CCAATGCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCATCTTCTTCTCCGTTCTTCTGTACAATT
ATCTATTTCCCTTGTCGGATAAAATACTTTAGTATGATCTTGTTTTTTTTTTTACAATAC
AATAATATAAAAAAGGATATGACTTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 0 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3GR39TF U 1
AF RR3GR39JQ C 1
AF RR3AH29JQ C 37
AF RR3AH29TF U 37
AF RR3AY70TF U 90
BS 1 1 RR3GR39JQ
BS 2 337 RR3GR39TF
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BS 396 650 RR3GR39TF
BS 651 686 RR3AH29TF

RD RR3GR39TF 658 0 0
G
AGAGATAAAAAGAATCAGATTTCAAGAAGAAGCAGAAGAAGTTACTTTCGCGTTTGATCT
TGAAAGACTCAAATGAATCCTCAAGCTGTTTCGTGTAGTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGCT
CCACTTGTCTCTCCCAGAAGAACATCCCGATTTGTTATCCATGCCAAATCGGAACCATCG
GAGAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGGACT
TACTTCTGTGTTGACAAAGGCGTTACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAA
GATTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGACATCATGATGATAAAGCTGCTGAGGTT
GGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCAGTGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCATTGT
ATGCTTTTCTTAACTCCTGACAATGATTTCGCTGGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGAG
GAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAAGTACTGATTCAGAGAGATATGTATCAC
CAATGCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCATCTTCTTCTCCGTTCTTCTGTACAATTA
TCTATTTCCCTTGTCGGATAAAATACTTTAGTATGATCTTGTTTTTTTT
ACAATACA

QA 2 650 2 650
DS 

RD RR3GR39JQ 686 0 0
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TTGAAAGACTCAAATGAATCCTCAAGCTGTTTCGTGTAGTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGC
TCCACTTGTCTCTCCCAGAAGAACATCCCGATTTGTTATCCATGCCAAATCGGAACCATC
GGAGAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCGGAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGGAC
TTACTTCTGTGTTGACAAAGGCGTTACTTCTGTCGTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAA
AGATTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGACATCATGATGATAAAGCTGCTGAGGT
TGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCAGTGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCATTG
TATGCTTTTCTTAACTCCTGACAATGATTTCGCTGGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGA
GGAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAAGTACTGATTCAGAGAGATATGTATCA
CCAATGCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCATCTTCTTCTCCGTTCTTCTGTACAATT
ATCTATTTCCCTTGTCGGATAAAATACTTTAGTATGATCTTGTTTTTTTT**TACAATAC
AATAATATAAAAAAGGATATGACTTT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3AH29JQ 650 0 0
GG
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GTAGCTTCGGCTTCGTTTTTGCTCCACTTGTCTCTCCCAGAAGAACATCCCGATTTGTTA
TCCATGCCAAATCGGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCGGAGC
AGTACGCTCGTCGCTTTGGGACTTACTTCTGTGTTGACAAAGGCGTTACTTCTGTCGTCA
TCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGACATT
ATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCAATGA
GAGAGAGGAAGGAGTGCCATTGTATGCTTTTTTTAACTCCTGACAATGATTTCGCTGGGA
AGGATCAGACTATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAAGTAC
TGATTCAGAGAGATATGTATCACCAATGCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCATCTTC
TTCTCCGTTCTTCTGTACAATTATCTATTTCCCTTGTCGGATAAAATACTTTAGTATGAT
CTTGTTTTTTTTTTTACAATACAATAATATAAAAAAGGATATGACTTT

QA 3 650 3 650
DS 

RD RR3AH29TF 650 0 0
GG
GAAGTTACTTTCGCGTTTGATCTTGAAAGACTCAAATGAATCCTCAAGCTGTTTCGTGTA
GTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGCTCCACTTGTCTCTCCCAGAAGAACATCCCGATTTGTTA
TCCATGCCAAATCGGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGTTCTCGGAGC
AGTACGCTCGTCGCTCTGGGACTTACTTCTGTGTTGACAAAGGCGTTACTTCTGTCGTCA
TCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTTGCAGACATT
ATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTGTTCCAATGA
GAGAGAGGAAGGAGTGCCATTGTATGCTTTTCTTAACTCCTGACAATGATTTCGCTGGGA
AGGATCAGACTATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGTGAGAAGTAC
TGATTCAGAGAGATATGTATCACCAATGCATCCCTGTACATTGATACCCCCATCATCTTC
TTCTCCGTTCTTCTGTACAATTATCTATTTCCCTTGTCGGATAAAATACTTTAGTATGAT
CTTGTTTTTTTTTTTACAATACAATAATATAAAAAAGGATATGACTTT

QA 3 650 3 650
DS 

RD RR3AY70TF 597 0 0
TTTCGTGTAGTAGCTTCGGCTTCGTTTCTGCTCCACTTGTCTCTCCCAGAAGAACATCCC
GATTTGTTATCCATGCCAAATCGGAACCATCGGAGAAATCAGTGGAGATAATGAGGAAGT
TCTCGGAGCAGTACGCTCGTCGCTCTGGGACTTACTTCTGTGTTGTCAAAGGCGTTACTT
CTGTCGTCATCAAGGGTTTGGCTGAGCATAAAGATTCGTATGGTGCACCGCTTTGTCCTT
GCAGACATTATGATGATAAAGCTGCTGAGGTTGGACAGGGCTTTTGGAACTGTCCTTGTG
TTCCAATGAGAGAGAGGAAGGAGTGCCATTGTATGCTTTTCTTAACTCCTGACAATGATT
TCGCTGGGAAGGATCAGACTATTACCTCAGAGGAAATCAAAGAAACAACAGCTCACATGT
GAGAAGTACTGATTCAGAGAGATATGTATCACCAATGCATCCCTGTACATTGATACCCCC
ATCATCTTCTTCTCCGTTCTTCTGTACAATTATCTATTTCCCTTGTCGGATAAAATACTT
TAGTATGATCTTGTTTTTTTT***ACAATACAATAATATAAAAAAGGATATGACTTT

QA 1 597 1 597
DS 



AS 2 13

CO CL163Contig1 958 10 55 U
GGACCACCAACAATGGCTGTTTCGCTCTCGTCGTCGTCGTCGACGATCACTCCCATTACG
CTGCAGCCGAAACCGAAAACTATTTACGGCTTAGGGACAGTAAACTTCGGTGGTTATTCG
GTGAATTCTCACGGCGTCTCTCTCCGGCGAAGCGCCGTGGTCGTGTCGGCCATCACCGGC
GCTTCAGGAACTGAAACTGCTGATTTGCTAGAGACGGTGAAAGTCTCGGACTTGAGAGGA
AACGAGATTCCGATCTCTGATTTATGGAAGGATAGGAAAGCTGTCGTTGCGTTCGCTCGT
CATTTCGGATGCGTGCTGTGTCGGAAACGAGCAGCTTATCTTGCGGAAAAGAAGGATGTG
ATGGATGCGTCTGGTGTTACTCTTGTTCTCATTGGACCTGGAAGTATCGATCAGGCCAAA
ACTTTTGTGGAACAGACGAAATTTGAAGGAGAGGTGTATGCAGATCCAAACCACGCATCA
TACGAGGCGCTTAAGTTTGCTTCAGGGGTTTCTGTCACATTTACTCCCAAAGCTGCTATG
AAGATAATAGAGTCTTACATGGAAGGATACCGCCAAGACTGGAAACTCTCGTTTATGAAA
GATACTGTTGAAAGAGGCGGCTGGCAACAAGGTGGAATCCTAGTTGCTGGGCCTGGGAAA
AACAACATCTCTTACATCCGCAAGGACAAAGAAGCTGGAGATGATCCGCCTGTTGAAGAG
ATCCTAAAAGCGTGTTGCGCTTGAAAAGACATCATTGTTTCTTTATCGTAGAGTCAAGAC
TCTATCTCCTCTCCTCCTGTAGTTTATAGGGGACATAAAACTTTGATGTACTTCGTTCAG
TAAAACGTGTTCATTTGGTATGTATTTGTAAAGACGTAAAACCCGATACATATTGGGTGT
AGTGTATATATATCTCTACTTGTCGTTGCAGTAAAGCTTGGTCAAAATTTGATACAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 0 35 35 20 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 30 30 45 45 45 30 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 20 55 55 20 55 55 55 55 55 30 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 60 60 60 45 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 30 60 15 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 15 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL44TF U 7
AF RR3CD21TF U 1
AF RR3E979TF U 9
AF RR3BS03TF U 11
AF RR3H615TF U 1
AF RR3A115TF U 31
AF RR3DL44JQ C 75
AF RR3A115JQ C 103
AF RR3B961TF U 356
AF RR3BS03JQ C 269
BS 1 43 RR3CD21TF
BS 44 46 RR3DL44TF
BS 47 51 RR3CD21TF
BS 52 52 RR3DL44TF
BS 53 104 RR3CD21TF
BS 105 105 RR3DL44TF
BS 106 152 RR3CD21TF
BS 153 153 RR3DL44TF
BS 154 188 RR3CD21TF
BS 189 189 RR3H615TF
BS 190 200 RR3CD21TF
BS 201 201 RR3DL44TF
BS 202 207 RR3CD21TF
BS 208 208 RR3H615TF
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BS 360 360 RR3H615TF
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BS 761 783 RR3H615TF
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BS 785 788 RR3H615TF
BS 789 811 RR3A115TF
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BS 813 836 RR3A115TF
BS 837 911 RR3B961TF
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BS 913 916 RR3B961TF
BS 917 949 RR3DL44JQ
BS 950 958 RR3A115JQ

RD RR3DL44TF 592 0 0
GGAACA
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CCGAAAACTATTTACGGCTTAGGGACAGTAAACTTCGGTGGTTATTCGGTGAATTCTCAC
GGCGTCTCTCTCCGGCGAAGCGCCGTGGTCGTGTCGGCCATCACCGGCGCTTCAGGAACT
GAAACTGCTGATTTGCTAGAGACGGTGAAAGTCTCGGACTTGAGAGGAAACGAGATTCCG
ATCTCTGATTTATGGAAGGATAGGAAAGCTGTCGTTGCGTTCGCTCGTCATTTCGGATGC
GTGCTGTGTCGGAAACGAGCAGCTTATCTTGCGGAAAATAAGGATGTGATGGATGCGTCT
GGTGTTACTCTTGTTCTCATTGGACCTGGAAGTATCGATCAGGCCAAAACTTTTGTGGAA
CAGACGAAATTTAA*GGAGAGGTGTATGCAGATCCAAACCACGCATCATACGAGGCGCTT
AAGTTTGCTTCAGGGGTTTCTGTCACATTTACTCCCAAAGCTGCTATGAAGATAATAGAG
TCTTACATGGAAGGATACCGCCAAGACTGGAAACTCTCGTTTATGA

QA 7 592 7 592
DS 

RD RR3CD21TF 625 0 0
GGACCACCAACAATGGCTGTTTCGCTCTCGTCGTCGTCGTCGA***TCACTTCCATTACG
CTGCAGCCGAAACCGAAAACTATTTACGGCTTAGGGACAGTAAATTTCGGTGGTTATTCG
GTGAATTCTCACGGCGTCTCTCTCCGGCGAAGTGCCGTGGTCGTGTCGGCCATCACCGGC
GCTTCAGGGACTGAAACTGCAGATTTGTTAGAGACAGTGAAAGTCTCGGACTTGAGAGGA
AACGAGATTCCGATCTCTGATTTATGGAAGGATAGGAAAGCCGTTGTTGCATTCGCTCGT
CATTTCGGATGCGTGCTGTGTCGGAAACGAGCAGCTTATCTTGCGGAAAAGAAGGATGT*
ATGGATGCGTCTGGTGTTACTCTTGTTCTCATTGGACCTGGAAGTATCGATCAGGCCAAA
ACTTTTGTGGAACAGACAAAATTTGACGGAGAGGTGTATGCGGATCCAAACCACGCATCA
TACGAGGCGCTTAAGTTTGCTTCAGGGGTTTCTGTGACATTTACTCCCAAAGCTGCTATG
AAGATAATAGAGTCTTACATGGAAGGATACCGCCAAGACTGGAAACTCTCGTTTATGAAA
GATACTGTTGAAAGAGGCGGCTGGC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3E979TF 614 0 0
AATGGTTGTTTCGCTCTCG
TCGTCGTCGTCGTCGACGGTCGCTCCCATTACGCTGCAGCCGAGACTGAAAACGATTCAT
CGCTCAGGGACAGTAAACTTCGGTGGTTATTCGGTGAATTCTCACGGCGTCTCTCTCCGG
CGAAGCGCCGTGGTCGTGTCGGCCATCACCGGCGCTTCAGGGACTGAAACTGCTGATTTG
CTAGAGACAGTGAAAGTCTCGGACTTGAGAGGAAACGAGATTCCGATCTCTGATTTATGG
AAGGATAGGAAAGCCGTTGTTGCGTTTGCTCGTCATTTCGGATGCGTGCTCTGTCGGAAA
CGAGCAGCTTATCTGGCGGAAAAGAAGGATGTGATGGATGCGTCTGGTGTTACTCTTGTT
CTCATTGGACCTGGAAGTATCGATCAGGCCAAAACTTTTGTGGAACAGACGAAATTTGAA
GGAGAGGTGTATGCAGATCCAAACCACGCATCATACGAGGCGCTTAAGTTTGCTTCAGGG
GTTTCTGTCACATTTACTCCCAAAGCTGCTATGAAGATAATAGAGTCTTACATGGAAAGA
TACCGCCAAGACTGGAAACTCTCGTTTATGAAAGATACTGTTGAAAGAG
CGGCTG

QA 20 608 20 608
DS 

RD RR3BS03TF 712 0 0
GG
ATGGCTGTTTCGCTCTCGTCGTCGTCGTCGACGATCACTCCCATTACGCTGCAGCCGAAA
CCGAAAACTATTTACGGCTTAGGGACAGTAAACTTCGGTGGTTATTCGGTGAATTCTCAC
GGCGTCTCTCTCCGGCGAAGCGCCGTGGTCGTGTCGGCCATCACCGGCGCTTCAGGAACT
GAAACTGCTGATTTGCTAGAGACGGTGAAAGTCTCGGACTTGAGAGGAAACGAGATTCCG
ATCTCTGATTTATGGAAGGATATGAAAGCTGTCGTTGCGTTCGCTCGTCATTTCGGATGC
GTGCTGTGTCGGAAACGAGCAGCTTATCTTGCGGAAAAGAAGGATGTGATGGATGCGTCT
GGTGTTACTCTTGTTCTCATTGGACCTGGAAGTATCGATCAGGCCAAAACTTTTGTGGAA
CAGACGAAATTTGAAGGAGAGGTGTATGCAGATCCAAACCACGCATCATACGAGGCGCTT
AAGTTTGCTTCAGGGGTTTCTGTCACATTTACTCCCAAAGCTGCTATGAAGATAATAGAG
TCTTACATGGAAGGATACCGCCAAGACTGGAAACTCTCGTTTATGAAAGATACTGTTGAA
AGAGGCGGCTGGCAACAAGGTGGAATCCTAGTTGCTGGGCCTGGGAAAAC*AACATCTCT
TACATCCGCAAG*ACAAAGAAGCTGGAGATGATCCGCCTGTTGA
GAGATC

QA 3 706 3 706
DS 

RD RR3H615TF 800 0 0
GGACCACC
AACAATGGCTGTTTCGCTCTCGTCGTCGTCGTCGA***TCACTTCCATTACGCTGCAGCC
GAAACCGAAAACTATTTACGGCTTAGGGACAGTAAATTTCGGTGGTTATTCGGTGAATTC
TCACGGCGTCTCACTCCGGCGAAGTGCCGTGGTCGTGTCGGCCATCACCGGCGCTTCAGG
AACTGAAACTGCAGATTTGCTAGAGACAGTGAAAGTCTCGGACTTGAGAGGAAACGAGAT
TCCGATCTCTGGTTTATGGAAGGATAGGAAAGCCGTTGTTGCATTCGCTCGTCATTTCGG
ATGCGTGCTGTGTCGGAAACGAGCAGCTTATCTTGCGGAAAAGAAGGATGTGATGGATGC
GTCTGGTGTTACTCTTGTTCTCATTGGACCTGGAAGTATCGATCAGGCCAAAACTTTTGT
GGAACAGACAAAATTTGAGGGAGAGGTGTATGCGGATCCAAACCACGCATCATACGAGGC
GCTTAAGTTTGCTTCAGGGGTTTCTGTGACATTTACTCCCAAAGCTGCTATGAAGATAAT
AGAGTCTTACATGGAAGGATACCGCCAAGACTGGAAACTCTCGTTTATGAAAGATACTGT
TGAAAGAGGCGGCTGGCAACAAGGTGGAATCCTAGTTGCTGGGCCTGGGAAAAA*AACAT
CTCTTACATCCGCAAGGACAAAGAAGCTGGAGATGATCCGCCTGTTGAAGAGATCCTAAA
G*CGTGTTGCGCTT*AAAAGACATTATTGTT*CTTTATCGTAGAGTCAAGACTCTCTCTC
TCTCTGTAGTTA

QA 9 788 9 788
DS 

RD RR3A115TF 808 0 0
TCGTCGTCGTCGACGATCACTCCCATTACGCTGCAGCCGAAACCGAAAACTATTTACGGC
TTAGGGACAGTAAACTTCGGTGGTTATTCGGTGAATTCTCACGGCGTCTCTCTCCGGCGA
AGCGCCGTGGTCGTGTCGGCCATCACCGGCGCTTCAGGAACTGAAACTGCTGATTTGCTA
GAGACGGTGAAAGTCTCGGACTTGAGAGGAAACGAGATTCCGATCTCTGATTTATGGAAG
GATATGAAAGCTGTCGTTGCGTTCGCTCGTCATTTCGGATGCGTGCTGTGTCGGAAACGA
GCAGCTTATCTTGCGGAAAAGAAGGATGTGATGGATGCGTCTGGTGTTACTCTTGTTCTC
ATTGGACCTGGAAGTATCGATCAGGCCAAAACTTTTGTGGAACAGACGAAATTTGAAGGA
GAGGTGTATGCAGATCCAAACCACGCATCATACGAGGCGCTTAAGTTTGCTTCAGGGGTT
TCTGTCACATTTACTCCCAAAGCTGCTATGAAGATAATAGAGTCTTACATGGAAGGATAC
CGCCAAGACTGGAAACTCTCGTTTATGAAAGATACTGTTGAAAGAGGCGGCTGGCAACAA
GGTGGAATCCTAGTTGCTGGGCCTGGGAAAAACAACATCTCTTACATCCGCAAAGACAAA
GAAGCTGGAGATGATCCGCCTGTTGAAGAGATCCTAAAA**GTGTTGCGCTTGAAAAGAC
ATCATTGTTTCTTTATCGTAGAGTCAAGACTCTATCTCCTCTCCTCCTGTAGTTTATAGG
G*ACATAAAACTTTGATGTACTTCGT
CA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3DL44JQ 877 0 0
GAAAACTATTTACGGCTTAGG*ACAGTAAACTTCGGTGGTTATTCGGTGA*TTCTCACGG
CGTCTCTCTCCGGCGAAGCGCCGTGGTCGTGTCGGCCATCACCGGCGCTTCAGGAACTGA
AACTGCTGATTTGCTAGAGACGGTGAAAGTCTCGGACTTGAGAGGAAACGAGATTCCGAT
CTCTGATTTATGGAAGGATAGGAAAGCTGTCGTTGCGTTCGCTCGTCATT*CGGATGCGT
GCTGTGTCGGAAACGAGCAGCTTATCTTGCGGAAAATAAGGATGTGATGGATGCGTCTGG
TGTTACTCTTGTTCTCATTGGACCTGGAAGTATCGATCAGGCCAAAACTTTTGTGGAACA
GACGAAATTT*AAGGAGAGGTGTATGCAGATCCAAACCACGCATCATACGAGGCGCTTAA
GTTTGCTTCAGGGGTTTCTGTCACATTTACTCCCAAAGCTGCTATGAAGATAATAGAGTC
TTACATGGAAGGATACCGCCAAGACTGGAAACTCTCGTTTATGAAAGATACTGTTGAAAG
AGGCGGCTGGCAACAAGGTGGAATCCTAGTTGCTGGGCCTGGGAAAAACAACATCTCTTA
CATCCGCAAGGACAAAGAAGCTGGAGATGATCCGCCTGTTGAAGAGATCCTAAAAGCGTG
TTGCGCTTGAAAAGACATCATTGTTTCTTTATCGTAGAGTCAAGACTCTATCTCCTCTCC
TCCTGTAGTTTATAGGGGACATAAAACTTTGATGTACTTCGTTCAGTAAAACGTGTTCAT
TTGGTATGTATTTGTAAAGACGTAAAACCCGATACATATTGGGTGTAGTGTATATATATC
TCTACTTGTCGTTGCAGTAAAGCTTGGTCAAAATT
CG

QA 1 875 1 875
DS 

RD RR3A115JQ 856 0 0
AACTTCGGTGGTTATTCGGTGAAT*CTCACGGCGTCTCTCTCCGGCGAAGCGCCGTGGTC
GTGTCGGCCATCACCGGCGCTTCAGGAACTGAAACTGCTGATTTGCTAGAGACGGTGAAA
GTCTCGGACTTGAGAGGAAACGAGATTCCGATCTCTGATTTATGGAAGGATATGAAAGCT
GTCGTTGCGTTCGCTCGTCATTTCGGATGCGTGCTGTGTCGGAAACGAGCAGCTTATCTT
GCGGAAAAGAAGGATGTGATGGATGCGTCTGGTGTTACTCTTGTTCTCATTGGACCTGGA
AGTATCGATCAGGCCAAAACTTTTGTGGAACAGACGAAATTTGAAGGAGAGGTGTATGCA
GATCCAAACCACGCATCATACGAGGCGCTTAAGTTTGCTTCAGGGGTTTCTGTCACATTT
ACTCCCAAAGCTGCTATGAAGATAATAGAGTCTTACATGGAAGGATACCGCCAAGACTGG
AAACTCTCGTTTATGAAAGATACTGTTGAAAGAGGCGGCTGGCAACAAGGTGGAATCCTA
GTTGCTGGGCCTGGGAAAAACAACATCTCTTACATCCGCAAGGACAAAGAAGCTGGAGAT
GATCCGCCTGTTGAAGAGATCCTAAAAG*GTGTTGCGCTTGAAAAGACATCATTGTTTCT
TTATCGTAGAGTCAAGACTCTATCTCCTCTCCTCCTGTAGTTTATAGGGGACATAAAACT
TTGATGTACTTCGTTCAGTAAAACGTGTTCATTTGGTATGTATTTGTAAAGACGTAAAAC
CCGATACATATTGGGTGTAGTGTATATATATCTCTACTTGTCGTTGCAGTAAAGCTTGGT
CAAAATTTGATACAAG

QA 1 856 1 856
DS 

RD RR3B961TF 567 0 0
G
TGTGATGGATGCGTCTGGTGTTACTCTTGTTCTCATTGGACCTGGAAGTATCGATCAGGC
CAAAACTTTTGTGGAACAGACGAAATTTGAAGGAGAGGTGTATGCGGATCCAAACCACGC
ATCATACGAGGCGCTTAAGTTTGCTTCAGGGGTTTCTGTGACATTTACTCCCAAAGCTGC
TATGAAGATAATAGAGTCTTACATGGAAGGATACCGCCAAGACTGGAAACTCTCGTTTAT
GAAAGATACTGTTGAAAGAGGCGGCTGGCAACAAGGTGGAATCCTAGTTGCTGGGCCTGG
GAAAAACAACATCTCTTACATCCGCAAGGACAAAGAAGCTGGAGATGATCCGCCTGTTGA
AGAGATCCTAAAAGCGTGTTGCGCTTGAAAAGACATCATTGTTTCTTTATCGTAGAGTCA
AGACTCTATCTCCTCTCCTCCTGTAGTTTATAGGGGACATAAAACTTTGATGTACTTCGT
TCAGTAAAACGTGTTCATTTGGTATGTATTTGTAAAGACGTAAAACCCGATACATATTGG
GTGTAGTGTATATATCTCTC
CTTGTC

QA 2 561 2 561
DS 

RD RR3BS03JQ 687 0 0
AGGATATGAAAGCTGTCGTTGCGTTCGCTCGTCATTTCGGATGCGTGCTGTGTCGGAAAC
GAGCAGCTTATCTTGCGGAAAAGAAGGATGTGATGGATGCGTCTGGTGTTACTCTTGTTC
TCATTGGACCTGGAAGTATCGATCAGGCCAAAACTTTTGTGGAACAGACGAAATTTGAAG
GAGAGGTGTATGCAGATCCAAACCACGCATCATACGAGGCGCTTAAGTTTGCTTCAGGGG
TTTCTGTCACATTTACTCCCAAAGCTGCTATGAAGATAATAGAGTCTTACATGGAAGGAT
ACCGCCAAGACTGGAAACTCTCGTTTATGAAAGATACTGTTGAAAGAGGCGGCTGGCAAC
AAGGTGGAATCCTAGTTGCTGGGCCTGGGAAAAACAACATCTCTTACATCCGCAAGGACA
AAGAAGCTGGAGATGATCCGCCTGTTGAAGAGATCCTAAAAG*GTGTTGCGCTTGAAAAG
ACATCATTGTTTCTTTATCGTAGAGTCAAGACTCTATCTCCTCTCCTCCTGTAGTTTATA
GGGGACATAAAACTTTGATGTACTTCGTTCAGTAAAACGTGTTCATTTGGTATGTATTTG
TAAAGACGTAAAACCCGATACATATTGGGTGTAGTGTATATATATCTCTACTTGTCGTTG
CAGTAAAGCTTGGTCAAAATT
TGATAC

QA 1 681 1 681
DS 



CO CL163Contig2 751 3 28 U
ACAACGACAAGGAGAGAGATATATACACTACACCC*AATATGTATCGGGTTTTATGTCTT
TACAAATACATACCAAATGAACACGTTTTATTGAACGAAGTATAT****CAAAGTTTTAT
GTCCCCTATAAACTACAGGAGGAGAGGAGAGAGTCTTGACTCTACGATAAAGAACAATAA
TGTCTTTTTAAGCGCAACACGCTTTTAGGATCTCTTCAACAGGCGGATCATCTCCAGCTT
CTTTGTCCTTGCGGATGTAAGAGATGTTTTTTTTCCCAGGCCCAGCAACTAGGATTCCAC
CTTGTTGCCAGCCGCCTCTTTCAACAGTATCTTTCATAAACGAGAGTTTCCAGTCTTGGC
GGTATCCTTCCATGTAAGACTCTATTATCTTCATAGCAGCTTTGGGAGTAAATGTCACAG
AAACCCCTGAAGCAAACTTAAGCGCCTCGTATGATGCGTGGTTTGGATCCGCATACACCT
CTCCCTCAAATTTTGTCTGTTCCACAAAAGTTTTGGCCTGATCGATACTTCCAGGTCCAA
TGAGAACAAGAGTAACACCAGACGCATCCATCACATCCTTCTTTTCCGCAAGATAAGCTG
CTCGTTTCCGACACAGCACGCATCCGAAATGACGAGCAAACGCAACAACGGCTTTCCTAT
CCTTCCATAAATCAGAGATCGGAATCTCGTTTCCTCTCAAGTCCGAGACTTTCACTGTCT
CTAACAAATCTGCAGTTTCAGTCCCTGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H615JQ U 10
AF RR3E979JQ U 1
AF RR3CD21JQ U 3
BS 1 35 RR3E979JQ
BS 36 36 RR3CD21JQ
BS 37 54 RR3E979JQ
BS 55 55 RR3CD21JQ
BS 56 90 RR3E979JQ
BS 91 91 RR3CD21JQ
BS 92 105 RR3E979JQ
BS 106 109 RR3CD21JQ
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BS 180 268 RR3E979JQ
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BS 416 416 RR3CD21JQ
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BS 470 470 RR3CD21JQ
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BS 495 589 RR3E979JQ
BS 590 590 RR3CD21JQ
BS 591 613 RR3E979JQ
BS 614 614 RR3CD21JQ
BS 615 723 RR3E979JQ
BS 724 724 RR3CD21JQ
BS 725 728 RR3E979JQ
BS 729 751 RR3CD21JQ

RD RR3H615JQ 507 0 0
CAAG
GAGAGATATATACACTACACCC*AATATGTATCGGGTTTTATGTCTTTACAAATACATAC
CAAATGAACACGTTTTATTGAACGAAGTATAT****CAAAGTTTTATGTCCCCTATAAAC
TACAGGAGGAGAGGAGAGAGTCTTGACTCTACGATAAAGAACAATAATGTCTTTTTAAGC
GCAACACGCTTTTAGGATCTCTTCAACAGGCGGATCATCTCCAGCTTCTTTGTCCTTGCG
GATGTAAGAAATGTTTTTTTTCCCAGGCCCAGCAACTAGGATTCCACCTTGTTGCCAGCC
GCCTCTTTCAACAGTATCTTTCATAAACGAAAGTTTCCAGTCTTGGCGGTATCCTTCCAT
GTAAGACTCTATTATCTTCATAGCAGCTTTGGGAGTAAATGTCACAGAAACCCCTGAAGC
AAACTTAAGCGCCTCGTATGATGCGTGGTTTGGATCCGCATACACCTCTCCCTCAAATTT
TGTCTGTTCCACAAAAGTTTTGG

QA 5 507 5 507
DS 

RD RR3E979JQ 728 0 0
ACAACGACAAGGAGAGAGATATATACACTACACCCCAATATGTATCGGGTTTTACGTCTT
TACAAATACATACCAAATGAACACGTTTTACTGAACGAAGTATATATATCAAAGTTTTAT
GTCCCCTATAAACTACAGGAGGAGAGGAGAGAGTCTTGACTCTACGATAAAGAACAATGA
TGTCTTTTTAAGCGCAACACGCTTTTAGGATCTCTTCAACAGGCGGATCATCTCCAGCTT
CTTTGTCCTTGCGGATGTAAGAGATGTTGTTTTTCCCAGGCCCAGCAACTAGGATTCCAC
CTTGTTGCCAGCCGCCTCTTTCAACAGTATCTTTCATAAACGAGAGTTTCCAGTCTTGGC
GGTATCCTTCCATGTAAGACTCTATTATCTTCATAGCAGCTTTGGGAGTAAATGTGACAG
AAACCCCTGAAGCAAACTTAAGCGCCTCGTATGATGCGTGGTTTGGATCTGCATACACCT
CTCCTTCAAATTTCGTCTGTTCCACAAAAGTTTTGGCCTGATCGATACTTCCAGGTCCAA
TGAGAACAAGAGTAACACCAGACGCATCCATCACATCCTTCTTTTCCGCCAGATAAGCTG
CTCGTTTCCGACAGAGCACGCATCCGAAATGACGAGCAAACGCAACAACGGCTTTCCTAT
CCTTCCATAAATCAGAGATCGGAATCTCGTTTCCTCTCAAGTCCGAGACTTTCACTGTCT
CTAGCAAA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3CD21JQ 749 0 0
GCAACGACAAG
GAGAGATATATACACTACACCC*AATATGTATCGGGTTTTATGTCTTTACAAATACATAC
CAAATGAACACGTTTTATTGAACGAAGTATAT****CAAAGTTTTATGTCCCCTATAAAC
TACAGGAGGAGAGGAGAGAGTCTTGACTCTACGATAAAGAACAATAATGTCTTTTTAAGC
GCAACACGCTTTTAGGATCTCTTCAACAGGCGGATCATCTCCAGCTTCTTTGTCCTTGCG
GATGTAAGAGATGTTTTTTTTCCCAGGCCCAGCAACTAGGATTCCACCTTGTTGCCAGCC
GCCTCTTTCAACAGTATCTTTCATAAACGAGAGTTTCCAGTCTTGGCGGTATCCTTCCAT
GTAAGACTCTATTATCTTCATAGCAGCTTTGGGAGTAAATGTCACAGAAACCCCTGAAGC
AAACTTAAGCGCCTCGTATGATGCGTGGTTTGGATCCGCATACACCTCTCCGTCAAATTT
TGTCTGTTCCACAAAAGTTTTGGCCTGATCGATACTTCCAGGTCCAATGAGAACAAGAGT
AACACCAGACGCATCCAT*ACATCCTTCTTTTCCGCAAGATAAGCTGCTCGTTTCCGACA
CAGCACGCATCCGAAATGACGAGCGAATGCAACAACGGCTTTCCTATCCTTCCATAAATC
AGAGATCGGAATCTCGTTTCCTCTCAAGTCCGAGACTTTCACTGTCTCTAACAAATCTGC
AGTTTCAGTCCCTGAAGC

QA 12 749 12 749
DS 



AS 1 13

CO CL164Contig1 814 13 22 U
GGACTCGCAACCGGCCGTTATTAGTGGGCCACTCACTCGCTTTGCTCAGCTCCCTCGTTT
TCTCGCATCCCTGAATCCTGAGATGGCGTCAGAGAAGAAGCTCTCGAACCCAATGAGGGA
TATCAAGGTTCAGAAGCTCGTCCTTAACATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCAC
CCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAGCTCAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAG
GTACACTGTGAGGTCGTTCGGTATTAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTCACCGT
GAGAGGAGACAAGGCAATGCAGCTTCTTGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGAGTACGAGCT
GTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGGCTGTTTTGGATTCGGTATCCAGGAGCACATTGA
TCTTGGTATCAAGTACGATCCTTCCACTGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTGGTTCT
TGAGCGTCCTGGATACCGTGTTGCACGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCA
ACATAGAGTTACAAAGGATGATGCCATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTAT
CCTCAACAAGTCTCAGAACATCACCGGTTGAAGAGTTTCATTTTGTTTTGTGGTGTTTTG
GCTCTGTTTCAAGTTGTTATAATTTGCGAATCTGGATGATAAGGCTTTGTTGTTGTGGTA
GAATCCTTTTAAGTACTCTCGAGATATGAACAATTTTTGGAGGTTATCGTTTTCAATTTT
AGAATTCTTTATCTATTTTAAAAACAAGTCCAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 45 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 60 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 60 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 
75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 75 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 55 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 50 50 65 65 65 65 65 65 50 50 50 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 40 40 20 35 35 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3F735TF U 26
AF RR3AV13TF U 1
AF RR3A534JQ C 225
AF RR3F735JQ C 143
AF RR3CD25TF U 24
AF RR3CD25JQ C 75
AF RR3A534TF U 50
AF RR3GL71TF U 26
AF RR3AP08JQ C 81
AF RR3AV13JQ C 82
AF RR3B432JQ C 26
AF RR3AP08TF U 21
AF RR3B432TF U 26
BS 1 25 RR3AV13TF
BS 26 27 RR3F735TF
BS 28 66 RR3AV13TF
BS 67 67 RR3F735TF
BS 68 173 RR3AV13TF
BS 174 174 RR3F735TF
BS 175 699 RR3AV13TF
BS 700 703 RR3CD25TF
BS 704 704 RR3A534TF
BS 705 710 RR3CD25TF
BS 711 713 RR3A534TF
BS 714 722 RR3CD25TF
BS 723 723 RR3A534TF
BS 724 731 RR3CD25TF
BS 732 732 RR3A534TF
BS 733 749 RR3CD25TF
BS 750 759 RR3A534TF
BS 760 760 RR3GL71TF
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BS 782 814 RR3B432TF

RD RR3F735TF 557 0 0
GGGCCACTCACTCGCTTTGCTCAGCTCCCTCGTTTTCTCGCATCCCTGAATCCTGAGATG
GCGTCAGAGAAGAAGCTCTCGAACCCAATGAGGGATATCAAGGTTCAGAAGCTCGTCCTT
AACATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAAGTGTTGGAACAG
CTCAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCGTTCGGTATT
AGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCAATGCAGCTT
CTTGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACT
GGCGGTTTTGGATTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTACGATCCTTCC
ACTGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTGGTTCTTGAGCGTCCTGGATACCGTGTTGCA
CGTCGCCGTAG*TGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGATGCC
ATGAAGTGGTTCCAAGT

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3AV13TF 699 0 0
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TCTCGCGTCCCTGAATCCTGAGATGGCGTCAGAGAAGAAGCTCTCGAACCCAATGAGGGA
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GTACACTGTGAGGTCGTTCGGTATTAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTCACCGT
GAGAGGAGACAAGGCAATGCAGCTTCTTGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGAGTACGAGCT
GTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGGCTGTTTTGGATTCGGTATCCAGGAGCACATTGA
TCTTGGTATCAAGTACGATCCTTCCACTGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTGGTTCT
TGAGCGTCCTGGATACCGTGTTGCACGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCA
ACATAGAGTTACAAAGGATGATGCCATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTAT
CCTCAACAAGTCTCAGAACATCACCGGTTGAAGAGTTTCATTTTGTTTTGTGGTGTTTTG
GCTCTGTTTCAAGTTGTTATAATTTGCGAATCTGGATGA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3A534JQ 538 0 0
TCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCGTTCGGTATTAGGGGTAACGAAAAGATTG
CGTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCAATGCAGCTTCTTGAGAGTGGTTTGAAAG
TGAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGGCTGTTTTGGATTCGGTA
TCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTACGATCCTTCCACTGGTATTTATGGAATGG
ACTTTTATGTGGTTTTTGAGCGTCCTGGATACCGTGTTGCACGTCGCCGTAGGTGCAAGA
CTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGATGCCATGAAGTGGTTCCAAGTTA
AGTATGAAGGTGCTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCCCCGGTTGAAGAGTTTCATTTT
GTTTTGTGGTGTTTTGGCTCTGTTTCAAGTTGTTATAATTTGCGAATCTGGATGATAAGG
CTTTGTTGTTGTGGTAGAATCCTTTTAAGTACTCTCGAGATATGAACAATTTTTGGAG

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3F735JQ 632 0 0
CTTAACATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAAGTGTTGGAA
CAGCTCAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCGTTCGGT
ATTAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCAATGCAG
CTTCTTGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGAC
ACTGGCGGTTTTGGATTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTACGATCCT
TCCACTGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTGGTTCTTGAGCGTCCTGGATACCGTGTT
GCACGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGAT
GCCATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATC
ACCGGTTGAAGAGTTTCATTTT***TTGTGGTGTTTTGGCTCTGTTTCAAGTTGTTATAA
TTTGCGAATCTGGATGATAAGGCTTTGTTGTTGTGGTAGAATCCTTTTAAGTACTCTCGA
GATATGAACAATTTTTGGAGGTTATCGTTT
GC

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3CD25TF 727 0 0
GGCT
GCCACTCACTCGCTTTGCTCAGCTCCCTCGTTTTCTCGCATCCCTGAATCCTGAGATGGC
GTCAGAGAAGAAGCTCTCGAACCCAATGAGGGATATCAAGGTTCAGAAGCTCGTCCTTAA
CATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAGCT
CAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCGTTCGGTATTAG
GCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCAATGCAGCTTCT
TGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGG
CTGTTTTGGATTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTACGATCCTTCCAC
TGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTGGTTCTTGAGCGTCCTGGATACCGTGTTGCACG
TCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGATGCCAT
GAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACCGG
TTGAAGAGTTTCATTTTGTTTTGTGGTGTTTTGGCTCTGTTTCAAGTTGTTATAATTTGC
GAATCTGGATGATAAG*CTTTGTG**TGTGGTAGA*TCCTTTTA*GTACTCTCGAGATAT
GA
C

QA 5 726 5 726
DS 

RD RR3CD25JQ 691 0 0
ATCCTGAGATGGCGTCAGAGAAGAAGCTCTCGAACCCAATGAGGGATATCAAGGTTCAGA
AGCTCGTCCTTAACATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGG
TGTTGGAACAGCTCAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGT
CGTTCGGTATTAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGG
CAATGCAGCTTCTTGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACT
TCAGTGACACTGGCTGTTTTGGATTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGT
ACGATCCTTCCACTGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTGGTTCTTGAGCGTCCTGGAT
ACCGTGTTGCACGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAA
AGGATGATGCCATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTATCCTCAACAAGTCTC
AGAACATCACCGGTTGAAGAGTTTCATTTTGTTTTGTGGTGTTTTGGCTCTGTTTCAAGT
TGTTATAATTTGCGAATCTGGATGATAAGGCTTTGTTGTTGTGGTAGAATCCTTTTAAGT
ACTCTCGAGATATGAACAATTTTTGGAGGTT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3A534TF 710 0 0
GG
CCCTCGTTTTCTCGCATCCCTGAATCCTGAGATGGCGTCAGAGAAGAAGCTCTCGAACCC
AATGAGGGATATCAAGGTTCAGAAGCTCGTCCTTAACATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGA
TCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAGCTCAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTC
CAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCGTTCGGTATTAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTA
CGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCAATGCAGCTTCTTGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGA
GTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGGCTGTTTTGGATTCGGTATCCAGGA
GCACATTGATCTTGGTATCAAGTACGATCCTTCCACTGGTATCTATGGAATGGACTTCTA
TGTGGTTCTTGAGCGTCCTGGATACCGTGTTGCACGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGT
TGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGATGCCATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGA
AGGTGCTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACCGGTTGAAGAGTTTCATTTTGTTTTGT
GGTGTTTTGGCTCTGTTTCAAGTTGTTATAATTTGCGAATCTGGATGATAAGGCTTTGTT
GTTGTGGTAGAATCCTTTTAAGTACTCTCGAGATATGAACAATTTTTG

QA 3 710 3 710
DS 

RD RR3GL71TF 735 0 0
GGGCCACTCACTCGCTTTGCTCAGCTCCCTCGTTTTCTCGCATCCCTGAATCCTGAGATG
GCGTCAGAGAAGAAGCTCTCGAACCCAATGAGGGATATCAAGGTTCAGAAGCTCGTCCTT
AACATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAG
CTCAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCGTTCGGTATT
AGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCAATGCAGCTT
CTTGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACT
GGCTGTTTTGGATTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTACGATCCTTCC
ACTGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTGGTTCATGAGCGTCCTGGATACCGTGTTGCA
CGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGATGCC
ATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACC
GGTTGAATAGTTTCATTTTGTTTTGTGGTGTTTTGGCTCTGTTTCAAGTTGTTATAATTT
GCGAATCTGGATGATAAAGCTTTGTTGTTGTGGTAGAATCCTTTTAAGTACTCTCGAGAT
ATGAACAATTTTTGG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3AP08JQ 650 0 0
AGATGGCGTCAGAGAAGAAGCTCTCGAACCCAATGAGGGATATCAAGGTTCAGAAGCTCG
TCCTTAACATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGG
AACAGCTCAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCGTTCG
GTATTAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTTACCGTGAGAGGAGACAAGGCAATGC
AGCTTCTTGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTG
ACACTGGCTGTTTTGGATTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTACGATC
CTTCCACTGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTGGTTCTTGAGCGTCCTGGATACCGTG
TTGCACGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATG
ATGCCATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACA
TCACCGGTTGAAGAGTTTCATTTTGTTTTGTGGTGTTTTGGCTCTGTTTCAAGTTGTTAT
AATTTGCGAATCTGGATGATAAGGCTTTGTTGTTGTGGTAGAATCCTTTT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3AV13JQ 678 0 0
GATGGCGTCAGAGAAGAAGCTCTCGAACCCAATGAGGGATATCAAGGTTCAGAAGCTCGT
CCTTAACATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCATCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGGA
ACAGCTCAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCGTTCGG
TATTAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCAATGCA
GCTTCTTGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGA
CACTGGCTGTTTTGGATTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTACGATCC
TTCCACTGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTGGTTCTTGAGCGTCCTGGATACCGTGT
TGCACGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGA
TGCCATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACAT
CACCGGTTGAAGAGTTTCATTTTGTTTTGTGGTGTTTTGGCTCTGTTTCAAGTTGTTATA
ATTTGCGAATCTGGATGATAAGGCTTTGTTGTTGTGGTAGAATCCTTTTAAGTACTCTCG
AGATATGAACAATTTTTG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3B432JQ 789 0 0
GGGCCACTCACTCGCTTTGCTCAGCTCCCTCGTTTTCTCGCATCCCTGAATCCTGAGATG
GCGTCAGAGAAGAAGCTCTCGAACCCAATGAGGGATATCAAGGTTCAGAAGCTCGTCCTT
AACATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAG
CTCAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCGTTCGGTATT
AGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCAATGCAGCTT
CTTGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACT
GGCTGTTTTGGATTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTACGATCCTTCC
ACTGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTGGTTCTTGAGCGTCCTGGATACCGTGTTGCA
CGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGATGCC
ATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACC
GGTTGAAGAGTTTCATTTTGTTTTGTGGTGTTTTGGCTCTGTTTCAAGTTGTTATAATTT
GCGAATCTGGATGATAAGGCTTTGTTGTTGTGGTAGAATCCTTTTAAGTACTCTCGAGAT
ATGAACAATTTTTGGAGGTTATCGTTTTCAATTTTAGAATTCTTTATCTATTTTAAAAAC
AAGTCCAAG

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3AP08TF 762 0 0
GGAGTCT
GCCACTCACTCGCTTTGCTCAGCTCCCTCGTTTTCTCGCATCCCTGAATCCTGAGATGGC
GTCAGAGAAGAAGCTCTCGAACCCAATGAGGGATATCAAGGTTCAGAAGCTCGTCCTTAA
CATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAGCT
CAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCGTTCGGTATTAG
GCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTTACCGTGAGAGGAGACAAGGCAATGCAGCTTCT
TGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGG
CTGTTTTGGATTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTACGATCCTTCCAC
TGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTGGTTCTTGAGCGTCCTGGATACCGTGTTGCACG
TCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGATGCCAT
GAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACCGG
TTGAAGAGTTTCATTTTGTTTTGTGGTGTTTTGGCTCTGTTTCAAGTTGTTATAATTTGC
GAATCTGGATGATAAGGCTTTGTTGTTGTGGTAGAATCCTTTTAAGTACTCTCGAGATAT
GAACAATTTTTGGAG*TTATCGTTTTCAATTTTA
C

QA 8 761 8 761
DS 

RD RR3B432TF 789 0 0
GGGCCACTCACTCGCTTTGCTCAGCTCCCTCGTTTTCTCGCATCCCTGAATCCTGAGATG
GCGTCAGAGAAGAAGCTCTCGAACCCAATGAGGGATATCAAGGTTCAGAAGCTCGTCCTT
AACATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACCCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAG
CTCAGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCGAGGTACACTGTGAGGTCGTTCGGTATT
AGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCAATGCAGCTT
CTTGAGAGTGGTTTGAAAGTGAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACT
GGCTGTTTTGGATTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTACGATCCTTCC
ACTGGTATCTATGGAATGGACTTCTATGTGGTTCTTGAGCGTCCTGGATACCGTGTTGCA
CGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAACATAGAGTTACAAAGGATGATGCC
ATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTATGAAGGTGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACC
GGTTGAAGAGTTTCATTTTGTTTTGTGGTGTTTTGGCTCTGTTTCAAGTTGTTATAATTT
GCGAATCTGGATGATAAGGCTTTGTTGTTGTGGTAGAATCCTTTTAAGTACTCTCGAGAT
ATGAACAATTTTTGGAGGTTATCGTTTTCAATTTTAGAATTCTTTATCTATTTTAAAAAC
AAGTCCAAG

QA 1 789 1 789
DS 



AS 3 12

CO CL165Contig1 757 3 1 U
GGAAGGTTAGATTCAGAATCTGTTAGGTTCAGTAGCTTTTTTCTCCTCTTTGTGATCTTT
GAGCTACTTGTGTTGTGCATATACTTCATCTGTTTTAGCTGTATAAATGTGAAGAAGCAG
ATTATGGATGAGTCCGAGAATTTTTGTTTCAAGAAGCCACCGATGTCGCCTCCTCCTCCT
CCACCGCTTCCTCCATCTCCAGGATATGGATCAAGAAAGATCGATGGAGACAGCATAACC
AATATACAGATCAAGAAGTTCTGGAGGCAGAAGCAGATCATTGAAGAGGAGCATCTTTTT
GCTGCTATTAAGGCCGCAGCTCGTGTCAGAGCCCGTAATCTCTCTGATGAGGACTACAAA
CGCTTTGAAGAAAGCTTGGACATGGAGGACCCGGAAATCGAAGTTCATGAGGGAATAAAA
GACTGGTGGATGAAGAGCAAGTACGCATACTTGAACCAGCCTGCTCTTGGATCTTCTGAT
TCACTGAAGAGAAAAAGGTTTTCGTCTTATGTACCAAACTATTTCTCCTTCAAGCCTTGC
ATTCCTCTCTATGCAACGTCGCTCAATGTCTTTTAGATATGGGCAAAATATCTTTCAAGA
TCATCTGTCTTGTGCATATCTACATATGTGTGTGTTTGTGTCTATGTACATTCATGTGTT
ACTGTTTCCATGTTAATGGATATGGACTTTACTGTGTGATTGTTCATTTGTAACTATTGA
ATAAAATTCAATCCTACTATGGAACATTAATCCCAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB66JQ C 1
AF RR3BB66TF U 1
AF RR3GO11TF U 37
BS 1 757 RR3BB66TF

RD RR3BB66JQ 474 0 0
GGAAGGTTAGATTCAGAATCTGTTAGGTTCAGTAGCTTTTTTCTCCTCTTTGTGATCTTT
GAGCTACTTGTGTTGTGCATATACTTCATCTGTTTTAGCTGTATAAATGTGAAGAAGCAG
ATTATGGATGAGTCCGAGAATTTTTGTTTCAAGAAGCCACCGATGTCGCCTCCTCCTCCT
CCACCGCTTCCTCCATCTCCAGGATATGGATCAAGAAAGATCGATGGAGACAGCATAACC
AATATACAGATCAAGAAGTTCTGGAGGCAGAAGCAGATCATTGAAGAGGAGCATCTTTTT
GCTGCTATTAAGGCCGCAGCTCGTGTCAGAGCCCGTAATCTTTCTGATGAGGACTACAAA
CGCTTTGAAGAAAGCTTGGACATGGAGGACCCGGAAATCGAAGTTCATGAGGGAATAAAA
GACTGGTGGATGAAGAGCAAGTACGCATACTTGAACCAGCCTGCTCTTGGATCT

QA 1 474 1 474
DS 

RD RR3BB66TF 757 0 0
GGAAGGTTAGATTCAGAATCTGTTAGGTTCAGTAGCTTTTTTCTCCTCTTTGTGATCTTT
GAGCTACTTGTGTTGTGCATATACTTCATCTGTTTTAGCTGTATAAATGTGAAGAAGCAG
ATTATGGATGAGTCCGAGAATTTTTGTTTCAAGAAGCCACCGATGTCGCCTCCTCCTCCT
CCACCGCTTCCTCCATCTCCAGGATATGGATCAAGAAAGATCGATGGAGACAGCATAACC
AATATACAGATCAAGAAGTTCTGGAGGCAGAAGCAGATCATTGAAGAGGAGCATCTTTTT
GCTGCTATTAAGGCCGCAGCTCGTGTCAGAGCCCGTAATCTCTCTGATGAGGACTACAAA
CGCTTTGAAGAAAGCTTGGACATGGAGGACCCGGAAATCGAAGTTCATGAGGGAATAAAA
GACTGGTGGATGAAGAGCAAGTACGCATACTTGAACCAGCCTGCTCTTGGATCTTCTGAT
TCACTGAAGAGAAAAAGGTTTTCGTCTTATGTACCAAACTATTTCTCCTTCAAGCCTTGC
ATTCCTCTCTATGCAACGTCGCTCAATGTCTTTTAGATATGGGCAAAATATCTTTCAAGA
TCATCTGTCTTGTGCATATCTACATATGTGTGTGTTTGTGTCTATGTACATTCATGTGTT
ACTGTTTCCATGTTAATGGATATGGACTTTACTGTGTGATTGTTCATTTGTAACTATTGA
ATAAAATTCAATCCTACTATGGAACATTAATCCCAAA

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3GO11TF 713 0 0
TTTTTTCTCCTCTTTGTGATCTTTGAGCTACTTGTGTTGTGCATATACTTCATCTGTTTT
AGCTGTATAAATATGAAGAAGCAGATTATGGATGAGTCCGATAATTTTTGTTTCAAGAAG
CCACTGATGTCGCCTCCTCCTCCTCCACCGCTTCCTCCATCTCCAGGATATGGATCAAGA
AAGGTCGATGGAGACAGCATAACCAATATACAGACCAAGAAGTTCTGGAGGCAGAAGCAG
ATCATTGAAGAGGAGCATCTTTTTGCTGCTATTAAGGCCGCAGCTCGTGTCAGAGCCCGT
AATCTCTCTGATGAGGACTACAAACGCTTTGAAGAAAGCTTGGACATGGAGGACCCGGAA
ATCGAAGTTCATGAGGGAATAAAAGACTGGTGGATGAAGAGCAAGTACGCATACTTGAAC
CAGCCTGCTCTTGGATCTTCTGATTCACTGAAGAGAAAAAGGTTTTCGTCTTATGTACCA
AACTATTTTTCCTTCAAGCCTTGCATTCCTCTCTATGCAACGTCGCTCAATGTCTTTTAG
ATATGGGCAAAATATCTTTCAAGATCATCTGTCTTGTGCATATCTACATATGTGTGTGTT
TGTGTCTATGTACATTCATGTGTTACTGTTTCCATGTTAATGGATATGGACTTTACTGTG
TGATTGTTCATTTGTAACTATTGAATAAAATTCAATCCTACTATGGAACATTA

QA 1 713 1 713
DS 



CO CL165Contig2 786 4 4 U
TTTTTTCTCCTCTTTGTGATCTTTGAGCTACTTGTGTTGTGCATATACTTCATCTGTTTT
AGCTGTATAAATATGAAGAAGCAGATTATGGATGAGTCCGAGAATTTTTGTTTCAAGAAG
CCACTGATGTCGCCTCCTCCTCCTCCACCGCTTCCTCCATCTCCAGGATATGGATCAAGA
AAGATCGATGGAGACAGCATAACCAATATACAGATCAAGAAGTTCTGGAGGCAGAAGCAG
ATCATTGAAGAGGAGCATCTTTTTGCTGCTATTAAGGCCGCAGCTCGTGTCAGAGCCCGT
AATCTCTCTGATGAGGACTACAAACGCTTTGAAGAAAGCTTGGACATGGAGGACCCGGAA
ATCGAAGTTCATGAGGGAATAAAAGACTGGTGGATGAAGAGCAAGTACGCATACTTGAAC
CAGCCTGCTCTTGGATCTTCTGATTCACTGAAGAGAAAAAGGTTTTCGTCTTATGTACCA
AACTATTTTTCCTTCAAGCCTTGCATTCCTCTCTATGCAACGTCGCTCAATGTCTTTTAG
ATATGAGCAAAATCTCTTTCAAGATCAACTGCTTGTGTATATGTCTACATATATGTGCGT
GTTTGTGTCTATGTACATTCATGTGTTACTGTTTCCTTGTTAATGGACTTTGTTGTGTGG
TTGTTGATTTGTAACTATTGAATAAAATTCAATATTACTATGGAACATTAATTTCTTCTT
GTTCCATAGATGATAAGGTTATTGTACTTTGGTGTTTATATTCTACCAATAAGAAAAATT
CATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 

AF RR3CQ01TF U 1
AF RR3CQ01JQ C 7
AF RR3A317JQ C 110
AF RR3A317TF U 110
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BS 448 706 RR3CQ01TF
BS 707 786 RR3A317TF

RD RR3CQ01TF 706 0 0
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AACTATTTTTCCTTCAAGCCTTGCATTCCTCTCTATGCAACGTCGCTCAATGTCTTTTAG
ATATGAGCAAAATCTCTTTCAAGATCAACTGCTTGTGTATATGTCTACATATATGTGCGT
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TTGTTGATTTGTAACTATTGAATAAAATTCAATATTACTATGGAAC

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DS 

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ATGTCGCCTCCTCCTCCTCCACCGCTTCCTCCATCTCCAGGATATGGATCAAGAAAGATC
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TCTGATGAGGACTACAAACGCTTTGAAGAAAGCTTGGACATGGAGGACCCGGAAATCGAA
GTTCATGAGGGAATAAAAGACTGGTGGATGAAGAGCAAGTACGCATACTTGAACCAGCCT
GCTCTTGGATCTTCTGATTCGCTGAAGAGAAAAAGGTTTTCGTCTTATGTACCAAACTAT
TTTTCCTTCAAGCCTTGCATTCCTCTCTATGCAACGTCGCTCAATGTCTTTTAGATATGA
GCAAAATCTCTTTCAAGATCAACTGCTTGTGTATATGTCTACATATATGTGCGTGTTTGT
GTCTATGTACATTCATGTGTTACTGTTTCCTTGTTAATGGACTTTGTTGTGTGGTTGTTG
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TAGATGATAAGGTTATTGTACTTTGGTGTTTATATTCTACCAATAAGAAAAATTCATTAC

QA 1 780 1 780
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ATGGATCAAGAAAGATCGATGGAGACAGCATAACCAATATACAGATCAAGAAGTTCTGGA
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DS 

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AGGACCCGGAAATCGAAGTTCATGAGGGAATAAAAGACTGGTGGATGAAGAGCAAGTACG
CATACTTGAACCAGCCTGCTCTTGGATCTTCTGATTCACTGAAGAGAAAAAGGTTTTCGT
CTTATGTACCAAACTATTTTTCCTTCAAGCCTTGCATTCCTCTCTATGCAACGTCGCTCA
ATGTCTTTTAGATATGAGCAAAATCTCTTTCAAGATCAACTGCTTGTGTATATGTCTACA
TATATGTGCGTGTTTGTGTCTATGTACATTCATGTGTTACTGTTTCCTTGTTAATGGACT
TTGTTGTGTGGTTGTTGATTTGTAACTATTGAATAAAATTCAATATTACTATGGAACATT
AATTTCTTCTTGTTCCATAGATGATAAGGTTATTGTACTTTGGTGTTTATATTCTACCAA
TAAGAAAAATTCATTAC

QA 1 677 1 677
DS 



CO CL165Contig3 859 5 8 U
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GCATCTCTTTAGTTTGAAAGTTGGATACAGAATCTGTAGATTTAGTGGCTCGTTGTCCTC
TTTGTGTTGTGTATAAAGCTTTCAGTGTTTTAGAGTGAAGGTGAAGTTCTTGCTATGAAT
ATGAAGAAGCAGATTATGGATGGGTCTGAGAATTTGGGATTCAAGAAGTCATCGATGCCA
CCTCCTCCTCCACCTCTTCCTCCATCTCCAGGATATGGATCAAGAAAGATCGAGGGAGAC
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CATCTCTTTGCTGCTATTAAGGCTGCAGCTCGTGTCCGAGCCCGTAATCTCTCTGATGAG
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TCAGCAGATTCACTCAAGAAAAAGAGGTTTTCCTCTTACGTACCAAACTATTTCTCATTC
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AAATTCAATCTTACTATGC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3GK58TF U 138
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AF RR3D293TF U 1
AF RR3EU56TF U 60
AF RR3D293JQ C 152
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GGACATGGAGGATCCAGAAACCGAAGTTCATGAGGGAATTAAAGACTGGTGGATGAAGAG
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AGCATAACCAATAAACAGATCAAGAAGTTCTGGAGGCAGAAGCAGATCATTGAAGAGGAG
CATCTCTTTGCTGCTATTAAGGCTGCAGCTCGTGTCCGAGCCCGTAATCTCTCTGATGAG
GACTACAAACGCTTTGAAGAAAGCTTGGACATGGAGGATCCAGAAACCGAAGTTCATGAG
GGAATTAAAGACTGGTGGATGAAGAGTAAGTACGCATACTTGAACCAGCCTGCTCTTGGA
TCAGCAGATTCACTCAAGAAAAAGAGGTTT*CCTCTTACGTACCAAACTATTTCTCATTC
AAGCCTTGCATTCCTCTCTATGCAACTTCGCTTAATGTCTTTTAACAATGGGGAATATTG
TCTTGCGT*ATATGTCTATATATTTGTGTGTATTTGTGTCTTTGTACAT*CATGTGTTGC
T
GTTTAC

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G
AATTCGAAGAGTAGGCGTAGACGTTGATAATTGTTTGGTAGACCCTTAAGAATCTTAGGT
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TTTGTGTTGTGTATAAAGCTTTCAGTGTTTTAGAGTGAAGGTGAAGTTCTTGCTATGAAT
ATGAAGAAGCAGATTATGGATGGGTCTGAGAATTTGGGATTCAAGAAGTCATCGATGCCA
CCTCCTCCTCCACCTCTTCCTCCATCTCCAGGATATGGATCAAGAAAGATCGAGGGAGAC
AGCATAACCAATAAACAGATCAAGAAGTTCTGGAGGCAGAGGCAGATCATTGAAGAGGAG
CATCTCTTTGCTGCTATTAAGGCTGCAGCTCGTGTCCGAGCCCGTAATCTCTCTGATGAG
GACTACAAATGCTTTGAAGAAAGCTTGGACATGGAGGATCCAGAAACCGAAGTTCATGAG
GGAATTAAAGACTGGTGGATGAAGAGTAAGTACGCATACTTGAACCAGCCTGCTCTTGGA
TCAGCAGATTCACTCAAGAGAA*GAGGTTTTCCTCTTACGTACCAAACTATTTCTCATTC
AAGCCTTGCATTCCTCTCTATGCAACTTCGCTTAATGTCTTTTAACAATGGGGAATATTG
TCTTGCGTTATATGTCTATATATTTGTGTGTATTTGTGTCTTTGTACATTCATGTGTTGC
T
TTTTA

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DS 

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ATTTGGGATTCAAGAAGTCATCGATGCCACCTCCTCCTCCACCTCTTCCTCCATCTCCAG
GATATGGATCAAGAAAGATCGAGGGAGACAGCATAACCAATAAACAGATCAAGAAGTTCT
GGAGGCAGAAGCAGATCATTGAAGAGGAGCATCTCTTTGCTGCTATTAAGGCTGCAGCTC
GTGTCCGAGCCCGTAATCTTTCTGATGAGGACTACAAACGCTTTGAAGAAAGCTTGGACA
TGGAGGATCCAGAAACCGAAGTTCATGAGGGAATTAAAGACTGGTGGATGAAGAGTAAGT
ACGCATACTTGAACCAGCCTGCTCTTGGATCAGCAGATTCACTCAAGAAAAAGAGGTTT*
CCTCTTACGTACCAAACTATTTCTCATTCAAGCCTTGCATTCCTCTCTATGCAACTTCGC
TTAATGTCTTTTAACAATGGGGAATATTGTCTTGCGTTATATGTCTATATATTTGTGTGT
ATTTGTGTCTTTGTACATTCATGTGTTGCTGTTTTACATGCTAATGGATCTGGACTTTGG
TGTGGTTGTTAATTTGTAAGTGTTGAATAAAATTCAATCTTACTATGC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 4 12

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ATGCTACTGATGACAAAGTTACTATTCAAAGTGCTGAAGCCACTAAGAAGTATAATGTTG
CGATCAAGTGTGCCACCATCACTCCAGATGAAGGCCTTGTCACTGAATTTGGCTTGAAGC
AGATGTGGAGAAGTCCAAATGGAACCATCAGGAACATTCTGAATGGAACTGTTTTTAGAG
AACCAATTATGTGCAAAAATGTTCCCAAGCTTGTCCCAGGCTGGACAAAGCCCATCTGCA
TTGGAAGGCATGCTTTTGGTGATCAGTACCGTGCCACTGATGCTGTTATCAAGGGACCAG
GAAAACTTACTATGACGTTTGAGGGAAAAGATGGGAAAACTGAAACTGAAGTCTTTACAT
TTACTGGTGAAGGCGGTGTTTCTATGGCCATGTACAACACTGATGAGTCCATCCGTGCTT
TTGCTGAGGCATCTATGAACACTGCTTATGAGAAAAAGTGGCCACTTTATCTTAGCACAA
AGAACACCATTCTTAAGAAATACGATGGCAGATTCAAAGACATCTTCCAGGAAGTGTATG
AAGCCAGCTGGAAGTCAAAGTATGAAGCTGCTGGAATATGGTATGAGCACCGTCTCATTG
ATGATATGGTGGCTTACGCTCTTAAGAGCGAGGGAGGCTATGTGTGGGCATGCAAAAACT
ATGATGGTGATGTCCAGAGCGATTTCCTGGCACAAGGATTCGGGTCACTTGGATTGATGA
CATCTGTTCTGGTCTGCCCGGATGGGAAGACAATTGAAGCTGAAGCAGCCCATGGTACCG
TTACCCGTCACTACAGGGTTCACCAGAAAGGTGGAGAGACCAGCACAAACAGCATAGCCT
CCATCTTTGCTTGGACTCGTGGACTTGCACACAGAGCTAAGCTGGATGACAACTCAAAAC
TCTTGGAGTTTACTGAGAAGCTCGAAGCTGCTTGTGTTGGTACAGTGGAGTCTGGAAAAA
TGACCAAAGATCTTGCACTCATCATTCACGGCTCAAAGCTCTCGAGGGATACTTACCTCA
ACACGGAGGAGTTCATCGATGCAGTTGCGGCTGAGCTCAAAACAAGACTCGGCGCTTAAG
AAAACATTCGACGAAGTGTCTATCTGGTGGGTTGGTGAGAGTTGAAAGGAATAAAAGAGA
ACGATTTGTTTCATCTGCTATTATATTTTCAAAACATTGTCACATGTTTCCCTTTCTTAT
GCAGATTTCAAATAATTTTTCAGTGATTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW03TF U 1
AF RR3ED18TF U 547
AF RR3GB22JQ C 525
BS 1 586 RR3CW03TF
BS 587 738 RR3ED18TF
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RD RR3CW03TF 586 0 0
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AGAACACCATTCTTAAGAAATACGATGGCAGATTCAAAGACATCTT

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3ED18TF 684 0 0
G
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TGCTTGGACTCGTGGACTTGCACACAGAGCTAAGCTGGATGACAACTCAAAACTCTTGGA
GTTTACTGAGAAGCTCGAAGCTGCTTGTGTTGGTACAGTGGAGTCTGGAAAAATGACCAA
AGATCTTGCACTCATCATTCACGGCTCAAAGCTCTCGAGGGATACTTACCTCAACACGGA
GGAGTTCATCGATGCAGTTGCGGCTGAGCTCAAAACAAGACTCGGCGCTTAAGAAAACAT
TCGACGAAGTGTCTATCTGGTGGGTTGGTGAGAGTTGAAAGGA*TAAAAGAGAATGATTT
GTTTCATCTGCTATTATATTTTC

QA 2 684 2 684
DS 

RD RR3GB22JQ 768 0 0
CTTTATCTTAGCACAAAGAACACCATTCTTAAGAAATACGATGGCAGATTCAAAGACATC
TTCCAGGAAGTGTATGAAGCCAGCTGGAAGTCAAAGTATGAAGCTGCTGGAATATGGTAT
GAGCACCGTCTCATTGATGATATGGTGGCTTACGCTCTTAAGAGCGAGGGAGGCTATGTG
TGGGCATGCAAAAACTATGATGGTGATGTCCAGAGCGATTTCCTGGCACAAGGATTCGGG
TCACTTGGATTGATGACATCTGTTCTGGTCTGCCCGGATGGGAAGACAATTGAAGCTGAA
GCAGCCCATGGTACCGTTACCCGTCACTACAGGGTTCACCAGAAAGGTGGAGAGACCAGC
ACAAACAGCATAGCCTCCATCTTTGCTTGGACTCGTGGACTTGCACACAGAGCTAAGCTG
GATGACAACTCAAAACTCTTGGAGTTTACTGAGAAGCTCGAAGCTGCTTGTGTTGGTACA
GTGGAGTCTGGAAAAATGACCAAAGATCTTGCACTCATCATTCCCGGCTCAAAGCTCTCG
AGGGATACTTACCTCAACACGGAGGAGTTCATCGATGCAGTTGCGGCTGAGCTCAAAACA
AGACTCGGCGCTTAAGAAAACATTCGACGAAGTGTCTATCTGGTGGGTTGGTGAGAGTTG
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TGTTTCCCTTTCTTATGCAGATTTCAAATAATTTTTCAGTGATTATCT

QA 1 768 1 768
DS 



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TATTATAGCAGATGAAACAAATCGTTCTCTTTTATTCCGTCAACTCTCACCAACCCACCA
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TCAGCAGCAACTGCATCGATGAACTCCTCCGTGTTGAGGTAAGTATCCCTCGAGAGCTTT
GAGCCGTGAATGATGAGTGCAAGATCTTTGGTCATTTTTCCAGACTCCACTGTACCAACA
CAAGCAGCTTCGAGCTTATCAGTAAACTCCAACAGTTTTGAGTTGTCATCCAGCTTAGCT
CTGTGTGCAAGTCCACGAGTCCAAGCAAAGATGGAGGCTATGCTGTTTGTGCTGGTCTCT
CCACCTTTCTGGTGAACCCTGTAGTGACGGGTAACGGTACCATGGGCTGCTTCAGCTTCA
ATTGTCTTCCCATCCGGGCAGACCAAAACAGATGTCATCAATCCAAGTGACCCGAATCCT
TGTGCCAGGAAATCGCTCTGGACATCACCATCATAGTTTTTGCATGCCCACACATAGCCT
CCCTCGCTCTTAAGAGCGTAAGCCACCATATCATCAATGAGACGGTGCTCATACCATATT
CCAGCAGCTTCATACTTTGACTTCCAGCTGGCTTCATACACTTCCTGGAAGATGTCTTTG
AATCTGCCATCGTATTTCTTAAGAATGGTGTTCTTTGTGCTAAGATAAAGTGGCCACTTT
TTCTCATAAGCAGTGTTCATCGATGCGTCCGCAAAAACACGGATGGACTCATCAGTGTTG
TACATGGCCATAGCAACACCACCTTCACCGGTAAATGTAAACACTTCAGTTTCAGTTTTT
CCATCTTTTCCCTCGAAGGTCATAGTCAGTCTTCCAGGTCCCTTGATAACAGCATCAGTG
GCACGGTACTGATCACCAAAAGCATGCCTTCCAATGCAGATGGTGGCACACTTGATCGCC
ACATTATACTTCTTAGTGGCTTCAGCACTTTCAATAGTAACTTTGTCATCGGCAGCATCA
CGGTGAGGAAGACCAAGGTCGAAGTACTTGATATCCAACTCCACAAAAGGAGTGATAAGC
TTGTCCTTGATGGACTTCCAGATAACTCGGGTCATTTCATCACCATCCATCTCGACGATG
GGATTTGCAACCTTGATCTTCTCAAACGCCATTGTTTTTTTTTTCGTTAGAAAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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DS 

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CTTCCAGATAACTCGGGTCATTTCATCACCATCCATCTCGACGATGGGATTTGCAACCTT
GATCTTCTCAAACGCCATTGTTTTTTTTTTCGTTAGAAAGAC

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DS 



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AGTCTTTCTAACGAAAAAAAAA*CAATGGCGTTTGAGAAGATCAAGGTTGCAAATCCCAT
CGTCGAGATGGATGGTGATGAAATGACCCGAGTTATCTGGAAGTCCATCAAGGACAAGCT
TATCACTCCTTTTGTGGAGTTGGATATCAAGTACTTCGACCTTGGTCTTCCTCACCGTGA
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AAGACTGACTATGACCTTCGAGGGAAAAGATGGAAAAACTGAAACTGAAGTGTTCACATT
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ATCTGTTCTGGTCTGCCCGGATGGAAAGACGATTGAAGCGGAAGCAGCACATGGAACGGT
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ATTGGAATTTACCGAGAAGCTAGAAGCTGCTTGTGTGGGTACAGTGGAGTCTGGAAAAAT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ22TF U 2
AF RR3G370TF U 1
AF RR3GB22TF U 109
AF RR3FD38TF U 348
AF RR3GU02TF U 665
BS 1 252 RR3G370TF
BS 253 253 RR3GQ22TF
BS 254 737 RR3G370TF
BS 738 738 RR3GB22TF
BS 739 756 RR3G370TF
BS 757 825 RR3GB22TF
BS 826 885 RR3FD38TF
BS 886 886 RR3GU02TF
BS 887 954 RR3FD38TF
BS 955 955 RR3GU02TF
BS 956 960 RR3FD38TF
BS 961 961 RR3GU02TF
BS 962 975 RR3FD38TF
BS 976 976 RR3GU02TF
BS 977 998 RR3FD38TF
BS 999 1302 RR3GU02TF

RD RR3GQ22TF 704 0 0
GGACCTACTCCTCCACTCACCAAACCAGCCTTGTACGATCCGATCTGCATCTCTCGCCCG
TAAAACTTGTCTTTGTAGATCGCCGACGAGGCTAACATCCCTTTCTGATCCACTGAATCA
GTCTTTCTAACGAAAAAAAAA*CAATGGCGTTTGAGAAGATCAAGGTTGCAAATCCCATC
GTCGAGATGGATGGTGATGAAATGACCCGAGTTATCTGGAAGTCCATCAAGGACAAGCTT
ATCACTCCTTTTGTGGAGTTGGATATCAAGTACTTCGACCTTGGTCTTCCTCACCGTGAT
GCTACCGATGACAAAGTTACTATTGAAAGTGCTGAAGCCACTAAGAAGTATAATGTGGCG
ATCAAGTGTGCCACCATCACTCCAGATGAAGGCCGTGTTACGGAATTTGGCTTGAAGCAG
ATGTGGAGAAGTCCCAATGGTACCATCAGGAATATTCTGAATGGAACTGTATTTAGAGAA
CCAATTCTCTGCAAAAATGTTCCCAAGCTTGTCCCAGGGTGGACAAAGCCCATCTGCATT
GGAAGGCATGCTTTTGGTGATCAGTACCGTGCCACTGATGCTGTTATCAAGGGACCTGGA
AGACTGACTATGACCTTCGAGGGAAAAGATGGAAAAACTGAAACTGAAGTGT*CACATTT
ACCGGTGAAAGTGGTGTTGCTATGGCCATGTACAACACTGATGA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3G370TF 756 0 0
GGGACCTACTCCTCCACTCACCAAACCAGCCTTGTACGATCCGATCTGCATCTCTCGCCC
GTAAAACTTGTCTTTGTAGATCGCCGACGAGGCTAACATCCCTTTCTGATCCACTGAATC
AGTCTTTCTAACGAAAAAAAAA*CAATGGCGTTTGAGAAGATCAAGGTTGCAAATCCCAT
CGTCGAGATGGATGGTGATGAAATGACCCGAGTTATCTGGAAGTCCATCAAGGACAAGCT
TATCACTCCTTTCGTGGAGTTGGATATCAAGTACTTCGACCTTGGTCTTCCTCACCGTGA
TGCTACCGATGACAAAGTTACTATTGAAAGTGCTGAAGCCACTAAGAAGTATAATGTGGC
GATCAAGTGTGCCACCATCACTCCAGATGAAGGCCGTGTTACGGAATTTGGCTTGAAGCA
GATGTGGAGAAGTCCCAATGGTACCATCAGGAATATTCTGAATGGAACTGTATTTAGAGA
ACCAATTCTCTGCAAAAATGTTCCCAAGCTTGTCCCAGGGTGGACAAAGCCCATCTGCAT
TGGAAGGCATGCTTTTGGTGATCAGTACCGTGCCACTGATGCTGTTATCAAGGGACCTGG
AAGACTGACTATGACCTTCGAGGGAAAAGATGGAAAAACTGAAACTGAAGTGTTCACATT
TACCGGTGAAGGTGGTGTTGCTATGGCCATGTACAACACTGATGAGTCCATCCGTGCTTT
TGCGGACGCATCGATGA*CACTGCTTATGAGAAAAA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3GB22TF 717 0 0
G
TCCACTGAATCAGTCTTTCTAACGAAAAAAAAAACAATGGCGTTTGAGAAGATCAAGGTT
GCAAATCCCATCGTCGAGATGGATGGTGATGAAATGACCCGAGTTATCTGGAAGTCCATC
AAGGACAAGCTTATCACTCCTTTTGTGGAGTTGGATATCAAGTACTTCGACCTTGGTCTT
CCTCACCGTGATGCTACCGATGACAAAGTTACTATTGAAAGTGCTGAAGCCACTAAGAAG
TATAATGTGGCGATCAAGTGTGCCACCATCACTCCAGATGAAGGCCGTGTTACGGAATTT
GGCTT*AAGCAGATGTGGAGAAGTCCCAATGGTACCATCAGGAATATTCTGAATGGAACT
GTATTTAGAGAACCAATTCTCTGCAAAAATGTTCCCAAGCTTGTCCCAGGGTGGACAAAG
CCCATCTGCATTGGAAGGCATGCTTTAGGTGATCAGTACCGTGCCACTGATGCTGTTATC
AAGGGACCTGGAAGGCTGACTATGACCTTCGAGGGAAAAGATGGAAAAACTGAAACTGAA
GTGTTCACATTTACCGGTGAAGGTGGTGTTGCTATGGCCATGTACAACGCTGATGAGTCC
ATCCGTGCTTTTGCGGACGCATCGATGAACACTGCTTATGAGAAAAAGTGGCCACTTTAT
CTTAGCACAAAGAACACCATTCTTAAGAAATACGATGGCAGATTCAAAGACATCTT

QA 2 717 2 717
DS 

RD RR3FD38TF 651 0 0
G
GTATAATGTGGCTATCAAGTGTGCCACCATCACTCCAGATGAAGGCCGTGTTACGGAATT
TGGCTTGAAGCAGATGTGGAGAAGTCCCAATGGTACCATCAGGAATATTCTGAATGGAAC
TGTATTTAGAGAACCAATTCTCTGCAAAAATGTTCCCAAGCTTGTCCCAGGGTGGACAAA
GCCCATCTGCATTGGAAGGCATGCTTTTGGTGATCAGTACCGTGCCACTGATGCTGTTAT
CAAGGGACCTGGAAGACTGACTATGACCTTCGAGGGAAAAGATGGAAAAACTGAAACTGA
AGTGTTCACATTTACCGGTGAAGGTGGTGTTGCTATGGCCATGTACAACACTGATGAGTC
CATCCGTGCTTTTGCGGACGCATCGATGAACACTGCTTATGAGAAAAAGTGGCCACTTTA
TCTTAGCACAAAGAACACCATTCTTAAGAAATACGATGGCAGATTCAAAGACATCTTCCA
GGAAGTGTATGAAGCCAGCTGGAAGTCAAAGTATGAAGCTGCTGGAATATGGTATGAGCA
CCGTCTCATTGATGATATGGTGGCTTACGCTCTTAAGAGCGAGGGAGGCTATGTGTGGGC
ATGCAA*AACTATGATGGTGATGTCCAGAGCGATTTCCTGGCACAAGGAT

QA 2 651 2 651
DS 

RD RR3GU02TF 638 0 0
GGTGAAGGCGGTGTTGCTATGGCCATGTACAACACTGATGAGTCCATCCGTGCTTTTGCT
GAGGCATCTATGAACACTGCTTATGAGAAAAAGTGGCCACTTTATCTTAGCACAAAGAAC
ACCATTCTTAAGAAATACGATGGAAGATTCAAAGACATCTTCCAGGAAGTGTATGAAGCC
AGCTGGAAGTCAAAGTATGAGGCTGCTGGAATATGGTATGAACATCGTCTCATTGATGAT
ATGGTGGCTTACGCTCTTAAGAGCGAGGGAGGCTATGTGTGGGCATGCAAGAACTACGAT
GGTGATGTCCAAAGTGATTTCCTGGCACAAGGGTTTGGGTCACTTGGATTGATGACATCT
GTTCTGGTCTGCCCGGATGGAAAGACGATTGAAGCGGAAGCAGCACATGGAACGGTAACC
CGTCACTACAGGGTTCACCAGAAAGGTGGGGAGACCAGCACAAACAGCATAGCATCTATT
TTTGCTTGGACTCGTGGGCTTGCACACAGGGCTAAGTTGGATGACAACTCAAAACTATTG
GAATTTACCGAGAAGCTAGAAGCTGCTTGTGTGGGTACAGTGGAGTCTGGAAAAATGACA
AAAGATCTTGCACTCATCATTCACGGCTCAAAGCTCTC

QA 1 638 1 638
DS 



CO CL166Contig4 759 2 7 U
GGAAAATTATTTGAAATCTGCATAAGAAAGGGAAACATGTGACAATGTTTTGAAAATAAT
ATAGCAGATGAAACAAATCGTTCTCAATACGCAAACGTTCTCTCTTTTATTCCTTCCAAC
TCTCACAAACCCCACCAGATTAAACACTTATGACTAAGTCGTCGAATGTTTTACCCGAAT
GTCTTAAGCCCCGAGTCTTGTTTTGAGCTCAGCCGCAACTGCATCGATGAACTCCTCCGT
GTTGAGGTAAGTATCCCTCGAGAGCTTTGAGCCGTGAATGATGAGTGCAAGATCTTTGGT
CATTTTTCCAGACTCCACTGTACCAACACAAGCAGCTTCGAGCTTCTCAGTAAACTCCAA
GAGTTTTGAGTTGTCATCCAGCTTAGCTCTGTGCGCAAGTCCACGAGTCCAAGCAAAGAT
GGAGGCTATGCTGTTTGTGCTGGTCTCTCCACCTTTCTGGTGAACCCTGTAGTGACGGGT
AACGGTACCATGGGCTGCTTCAGCTTCAATTGTCTTCCCATCCGGGCAGACCAGAACAGA
TGTCATCAATCCAAGTGACCCGAATCCTTGTGCCAGGAAATCGCTCTGGACATCACCATC
ATAGTTTTTGCATGCCCACACATAGCCTCCCTCGCTCTTAAGAGCGTAAGCCACCATATC
ATCAATGAGACGGTGCTCATACCATATTCCAGCAGCTTCATACTTTGACTTCCAGCTGGC
TTCATACACTTCCTGGAAGATGTCTTTGAATCTGCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN73JQ U 15
AF RR3GY69JQ U 1
BS 1 142 RR3GY69JQ
BS 143 143 RR3EN73JQ
BS 144 373 RR3GY69JQ
BS 374 374 RR3EN73JQ
BS 375 393 RR3GY69JQ
BS 394 394 RR3EN73JQ
BS 395 759 RR3GY69JQ

RD RR3EN73JQ 522 0 0
AATCTGCATAAGAAAGGGAAACATGTGACAATGTTTTGAAAATAATATAGCAGATGAAAC
AAATCGTTCTCAATACGCAAACGTTCTCTCTTTTATTCCTTCCAACTCTCACAAACCCCA
CCAGATTAAACACTTATGACTAAGTCGTCGAATGTTTTACCCGAATGTCTTAAGCCCCGA
GTCTTGTTTTGAGCTCAGCCGCAACTGCATCGATGAACTCCTCCGTGTTGAGGTAAGTAT
CCCTCGAGAGCTTTGAGCCGTGA****TGAGTGCAAGATCTTTGGTCATTTTTCCAGACT
CCACTGTACCAACACAAGCAGCTTCGAGCTTCTCAGTAAACTCCAAGAGTTTTGAGTTGT
CATCCAGCTTAGCTCTGTGCGCAAGTCCACGAGTCCAAGCAAAGATGGAGGCTATGCTGT
TTGTGCTGGTCTCTCCACCTTTCTGGTGAACCCTGTAGTGACGGGTAACGGTACCATGGG
CTGCTTCAGCTTCAATTGTCTTCCCATCCGGGCAGACCA
AAA

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR3GY69JQ 759 0 0
GGAAAATTATTTGAAATCTGCATAAGAAAGGGAAACATGTGACAATGTTTTGAAAATAAT
ATAGCAGATGAAACAAATCGTTCTCAATACGCAAACGTTCTCTCTTTTATTCCTTCCAAC
TCTCACAAACCCCACCAGATTAGACACTTATGACTAAGTCGTCGAATGTTTTACCCGAAT
GTCTTAAGCCCCGAGTCTTGTTTTGAGCTCAGCCGCAACTGCATCGATGAACTCCTCCGT
GTTGAGGTAAGTATCCCTCGAGAGCTTTGAGCCGTGAATGATGAGTGCAAGATCTTTGGT
CATTTTTCCAGACTCCACTGTACCAACACAAGCAGCTTCGAGCTTCTCAGTAAACTCCAA
GAGTTTTGAGTTG*CATCCAGCTTAGCTCTGTGTGCAAGTCCACGAGTCCAAGCAAAGAT
GGAGGCTATGCTGTTTGTGCTGGTCTCTCCACCTTTCTGGTGAACCCTGTAGTGACGGGT
AACGGTACCATGGGCTGCTTCAGCTTCAATTGTCTTCCCATCCGGGCAGACCAGAACAGA
TGTCATCAATCCAAGTGACCCGAATCCTTGTGCCAGGAAATCGCTCTGGACATCACCATC
ATAGTTTTTGCATGCCCACACATAGCCTCCCTCGCTCTTAAGAGCGTAAGCCACCATATC
ATCAATGAGACGGTGCTCATACCATATTCCAGCAGCTTCATACTTTGACTTCCAGCTGGC
TTCATACACTTCCTGGAAGATGTCTTTGAATCTGCCATC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 13

CO CL167Contig1 1039 13 15 U
GGGACGAGGTTGAATTAAAGAGAAAAAAAAAGAAAAAGAGATAGCAAAATGGAATGGAAG
AAATGGTACTTAGACGTGATTCTTGTGCCATTAGCTCTTGCCATGATGCTTTGTTACCAC
ATCTACTTGTCCTTCATGGTTCGAACCCAGCCCTTCTCCACCGTCCTCGGCATTAACTCT
CGCGGCCGCCGACTCTGGATTTCCGCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTA
ACAGTACAAACACTCCGTAACATAGTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCTGCATC
CTCCTCTGCGCCGGTTTAGCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTA
AACGACGCCGTTTATGGTGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATT
CTCACAATCTTCATCTTTTCTTTCTTCTCGCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAA
GTCGCCATGCTCGTTAACATCCCTAACTTATACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTC
ACGTCTGAGTACGTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAAC
AGGTTGTTCTACGCAGGGTTTTCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGTGTTC
TTGAGCGTTTTGGTGATGATGCTTGCTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAAC
AATAAAGAGAAACAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCCTCTGAGGCTCCAAACGGTGGT
GGTGATGATGCATAATACAATTCCATATGTGAGATTTTGAAAAACAATATGAAAATGATA
ATATACACATTTTTCAAATGTGAAAATGGTATATCTATCATCACCTAAATAGTTAAACAT
GGTGATTTTAAGTATCACTACTTATTTTGTTATTCATAATGCATGTCTTAAGAAGAACTG
AGTTCGAGTTTTATTATTTACTATAGTGATCGTACTGTAGATCGTAAATTTAAGAAAAAT
AAAAAGTCCTTTTGATTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 20 0 20 0 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 40 
65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 50 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 25 50 50 50 50 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AL72TF U 3
AF RR3DZ44TF U 16
AF RR3BT80TF U 1
AF RR3F726TF U 1
AF RR3F082TF U -1
AF RR3GL88TF U -1
AF RR3DZ44JQ C 309
AF RR3CR29JQ C 298
AF RR3F726JQ C 580
AF RR3BT80JQ C 171
AF RR3AL72JQ C 202
AF RR3D424TF U 472
AF RR3D424JQ C 548
BS 1 28 RR3F726TF
BS 29 29 RR3BT80TF
BS 30 30 RR3F082TF
BS 31 31 RR3BT80TF
BS 32 32 RR3F082TF
BS 33 33 RR3BT80TF
BS 34 101 RR3F726TF
BS 102 102 RR3F082TF
BS 103 298 RR3F726TF
BS 299 299 RR3BT80TF
BS 300 725 RR3F726TF
BS 726 726 RR3F082TF
BS 727 742 RR3F726TF
BS 743 765 RR3F082TF
BS 766 1039 RR3D424TF

RD RR3AL72TF 532 0 0
GGGGAGGTTGAATTA
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GATTTCCGCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTAACAGTACAAACACTCCG
TAACATAGTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCTGCATCCTCCTCTGCGCCGGTTT
AGCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACGCCGTTTATGG
TGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAATCTTCATCTT
TTCTTTCTTCTCGCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAGTCGCCATGCTCGTTAA
CATCCCTAACTTATACCCTAATCCTTCTGGTGACTTG

QA 16 532 16 532
DS 

RD RR3DZ44TF 583 0 0
TTGAAGAG
AAAAAAAAGAAAAAGAGATAGCAAAATGGAATGGAAGAAATGGTACTTAGACGTGATTCT
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AACCCAGCCCTTCTCCACCGTCCCCGGCATTAACTCTCGCGGCCGCCGACTTTGGATTTC
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AGTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCTGCATCCTCCTCTGCGCCGGTCTAGCCGC
AGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACGCCGTTTATGGTGCTCA
TGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAATCTTCATCTTTTCTTT
CTTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAGTCGCCATGCTCGTTAACATCCC
TAACTTATACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGAGTACGTCAGCGAGTT
GTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCATCACGGTAGGCA

QA 9 583 9 583
DS 

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AAGAGAAAAAAAGA*AAAAAGAGATAGCAAAATGGAATGGAAGAAATGGTACTTAGACGT
GATTCTTGTGCCATTAGCTCTTGCGATGATGCTTTGTTACCACATCTACTTGTCCTTCAT
GGTTCGAACCCAGCCCTTCTCCACCGTCCTCGGCATTAACTCTCGCGGCCGCCGACTCTG
GATTTCCGCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTAACAGTACAAACACTCCG
TAACATAGTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCTGCATCCTCCTCTGCGCCGGTTT
AGCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACGCCGTTTATGG
TGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAATCTTCATCTT
TTCTTTCTTCTCGCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAGTCGCCATGCTCGTTAA
CATCCCTAACTTATACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGAGTACGTCAG
CGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAACAGGTTGTTCTACGCAGG
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GATGCTTGCTCTTTATCA

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ATCTACTTGTCCTTCATGGTTCGAACCCAGCCCTTCTCCACCGTCCTCGGCATTAACTCT
CGCGGCCGCCGACTCTGGATTTCCGCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTA
ACAGTACAAACACTCCGTAACATAGTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCTGCAGC
CTCCTCTGCGCCGGTTTAGCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTA
AACGACGCCGTTTATGGTGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATT
CTCACAATCTTCATCTTTTCTTTCTTCTCGCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAA
GTCGCCATGCTCGTTAACATCCCTAACTTATACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTC
ACGTCTGAGTACGTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAAC
AGGTTGTTCTACGCAGGGTTTTCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGTGTTC
TTGAGCGTTTTGGTGATGATGCTTGCTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAAC
AATAA*GAGAAACAACGTATAG

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DS 

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GGTTCGAACCCAGCCCTTCTCCACCGTCCTCGGCATTAACTCTCGCGGCCGCCGACTTTG
GATTTCCGCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTAACGGTACAAACACTCCG
TAACATAGTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCTGCATCCTCCTCTGCGCCGGTCT
AGCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACGCCGTTTATGG
TGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAATCTTCATCTT
TTCTTTCTTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAGTCGCCATGCTCGTTAA
CATCCCTAACTTATACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGAGTACGTCAG
CGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAAAAGGTTGTTCTACGCAGG
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GATGCTTACTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAACAATAAAGAGAAA*AACG
TATAGTGGATTGTCCACGCGCCTCTGAG
ACTC

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GATTCTTGTGCCATTAGCTCTTGCCATGATGCTTTGTTACCACATCTACTTGTCCTTCAT
GGTTCGAACCCAGCCCTTCTCCACCGTCCTCGGCATTAACTCTCGCGGCCGCCGACTTTG
GATTTCCGCTATGATCAAGGAGAATCAGAAGATGAACATTTTAACGGTACAAACACTCCG
TAACATAGTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCTGCATCCTCCTCTGCGCCGGTCT
AGCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACGCCGTTTATGG
TGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAATCTTCATCTT
TTCTTTCTTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAGTCGCCATGCTCGTTAA
CATCCCTAACTTATACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGAGTACGTCAG
CGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAAAAGGTTGTTCTACGCAGG
GTTTTCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGTGTTCTTGAGCGTTTTGGTGAT
GATGCTTACTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAACAATAAAGAGAAACAACG
TATAGTGGATTGTCCACGCGCC

QA 20 761 20 761
DS 

RD RR3DZ44JQ 641 0 0
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CGTTTATGGTGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAAT
CTTCATCTTTTCTTTCTTCTCTCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAGTCGCCAT
GCTCGTTAACATCCCTAACTTATACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGA
GTACGTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCATCACGGTAGGCAACAGGTTGTT
CTACGCAGGGTTTTCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGTGTTCTTGAGCGT
TTTGGTGATGATGCTTACTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAACAATAAAGA
GAAACAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCCTCTGAGACTCCAAACGGTGGTGGTGATGA
TGCATAATACAATTCCATATGTGAAATTTTGGAAAACAATATGAAAATGATAATATACAC
ATTTTTCAAATGTGAAAATGGTATATCTATCATCACCTAAATAGTTAAACATGGTGATTT
TAAGTATCACTACTTATTTTGTTATTCATAATGCATGTC
AT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3CR29JQ 663 0 0
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CTAAACGACGCCGTTTATGGTGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACG
ATTCTCACAATCTTCATCTTTTCTTTCTTCTCGCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAAC
CAAGTCGCCATGCTCGTTAACATCCCTAACTTATACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTC
CTCACGTCTGAGTACGTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGC
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TTCTTGAGCGTTTTGGTGATGATGCTTGCTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGC
AACAATAAAGAGAAACAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCCTTTGAGGCTCCAAACGGT
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ATAATATACACATTTTTCAAATGTGAAAATGGTATATCTATCATCACCTAAATAGTTAAA
CATGGTGATTTTAAGTATCACTACTTATTTTGTTATTCATAATGCATGTCTTAAGAAGAA
CTG

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DS 

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TTTGGTCCCATCCTCGTGTTTTTGAGCGTTTTGGTGATGATGCTTGCTCTTTATCACGTG
GATTTTGTGTCACTCGGCAACAATAAAGAGAAACAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCC
TTTGAGGCTCCAAACGGTGGTGGGGATGATGCATAATACAATTCCATATGTGAGATTTTG
AAAAACAATATGAAAATGATAATATACACATTTTTCAAATGTGAAAATGGTATATTTATC
ATCACCTAAATAGTTAAACATGGTGATTTTAAGTATCACTAC

QA 1 342 1 342
DS 

RD RR3BT80JQ 834 0 0
GCA
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CTGCATCCTCCTCTGCGCCGGTTTAGCCGCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAA
GCCCCTAAACGACGCCGTTTATGGTGCTCATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCT
AACGATTCTCACAATCTTCATCTTTTCTTTCTTCTCGCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCT
TAACCAAGTCGCCATGCTCGTTAACATCCCTAACTTATACCCTAATCCTTCTGGTGACTT
GTTCCTCACGTCTGAGTACGTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGT
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CGGTGGTGGTGATGACGCGTAATACAATTCCATATGTGAGATTTTGAAAAACAATATGAA
AATGATAATATACACATTTTTCAAATGTGAAAATGGTATACCTATCATCACCTAAATAGT
TAAACATGGTGATTTTAAGTATCACTACTTATTTTGTTATTCATAATGCATGTCTTAAGA
AGAACTGAGTTCGAGTTTTATTATTTACTATAGTGATCGTACTGTAGATCG

QA 4 834 4 834
DS 

RD RR3AL72JQ 770 0 0
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ATAGTAATGGGAGCTACACTGATGGCTACGACCTGCATCCTCCTCTGCGCCGGTTTAGCC
GCAGTCATAAGCAGCACTTACAGCATCAAGAAGCCCCTAAACGACGCCGTTTATGGTGCT
CATGGAGATATCGCCATAGCCGTCAAGTACCTAACGATTCTCACAATCTTCATCTTTTCT
TTCTTCTCGCATTCTCTCTCTATCCGCTTCCTTAACCAAGTCGCCATGCTCGTTAACATC
CCTAACTTATACCCTAATCCTTCTGGTGACTTGTTCCTCACGTCTGAGTACGTCAGCGAG
TTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGTAGGCAACAGGTTGTTCTACGCAGGGTTT
TCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGTGTTCTTGAGCGTTTTGGTGATGATG
CTTGCTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAACAATAAAGAGAAACAACGTATA
GTGGATTGTCCACGCGCCTCTGAGGCTCCAAACGGTGGTGGTGATGATGCATAATACAAT
TCCATATGTGAGATTTTGAAAAACAATATGAAAATGATAATATACACATTTTTCAAATGT
GAAAATGGTATATCTATCATCACCTAAATAGTTAAACATGGTGATTTTAAGTATCACTAC
TTATTTTGTTATTCATAATGCATGTCTTAAGAAGAACTGAGTTCGAGTTT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3D424TF 568 0 0
GG
TAACCAAGTCGCCATGCTCGTTAACATCCCTAGCTTATACCCTAATCCTTCTGGTGACTT
GTTCCTCACGTCTGAGTACGTCAGCGAGTTGTTTGACAAGGGTTTCTTTCTCAGCACGGT
AGGCAACAGGTTGTTCTACGCAGG*TTTTCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCT
CGTGTTCTTGAGCGTTTTGGTGATGATGCTTGCTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACT
CGGCAACAATAAAGAGAAACAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCCTCTGAGGCTCCAAA
CGGTGGTGGTGATGATGCATAATACAATTCCATATGTGAGATTTTGAAAAACAATATGAA
AATGATAATATACACATTTTTCAAATGTGAAAATGGTATATCTATCATCACCTAAATAGT
TAAACATGGTGATTTTAAGTATCACTACTTATTTTGTTATTCATAATGCATGTCTTAAGA
AGAACTGAGTTCGAGTTTTATTATTTACTATAGTGATCGTACTGTAGATCGTAAATTTAA
GAAAAATAAAAAGTCCTTTTGATTGG

QA 3 568 3 568
DS 

RD RR3D424JQ 492 0 0
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TCTACGCAGG*TTTTCTCTGATGTTATGGATCTTTGGTCCCATCCTCGTGTTCTTGAGCG
TTTTGGTGATGATGCTTGCTCTTTATCACGTGGATTTTGTGTCACTCGGCAACAATAAAG
AGAAACAACGTATAGTGGATTGTCCACGCGCCTCTGAGGCTCCAAACGGTGGTGGTGATG
ATGCATAATACAATTCCATATGTGAGATTTTGAAAAACAATATGAAAATGATAATATACA
CATTTTTCAAATGTGAAAATGGTATATCTATCATCACCTAAATAGTTAAACATGGTGATT
TTAAGTATCACTACTTATTTTGTTATTCATAATGCATGTCTTAAGAAGAACTGAGTTCGA
GTTTTATTATTTACTATAGTGATCGTACTGTAGATCGTAAATTTAAGAAAAATAAAAAGT
CCTTTTGATTGG

QA 1 492 1 492
DS 



AS 2 10

CO CL168Contig1 762 7 8 U
GGACCAAACCCCTCTCGTAGTCTCCGCCTTCTCCACCCTTCCTCCTTTGTTCTCGACACA
GGTCCATAAACAAATGGCGACTTTTCGAGTCTCTTCCACTAGCATGACGACCACCAAGGC
CGTTCTCAGAAGCCAGCCGACGAACCAACTCATCGCTAACAAGAGCCAGCAAGTCTCCGT
TGGATCGGTCAAGAAAGTCACGAGATCCTTTGGATTGAAATGCTCAGCAAACTCAGGAGG
TGCAACCATGATGTCAGCGGTGTACAAGGTGAAGCTCATAGGACCAGAAGGGGAAGAGAA
AGAGTTCGAGGTTCAGGACGACCAGTTCATATTGGACGCAGCCGAAGAGGCTGGAGTTGA
CTTGCCTTACTCTTGCAGAGCCGGTGCGTGTTCCACCTGCGCCGGTCAGATCGTGAAAGG
CCAAGTTGATCAGTCCGAGGGTTCGTTTCTCGAGGATGATCACTTTGAGAAAGGTTTTGT
CTTGACTTGTGTGGCTTACCCGCAGTCGGACTGTGTGATCCATACCCACAAGGAAACTGA
ACTCTTCTAAAAGACCCGTTCTCGTTTGGTGGTAGTGTGATGCTAAATTGTTATTTGGGT
TATTGTTATTATTATTATCCGTTTCCTTTCTACGAATTTGTGTGTGTTTAAAAGGTTAAT
GCTTTTTTGTATGAACACGTCTCAGGATATGCCTTTTTTAGTTTTCATCAATCTGTTACC
GGGTTACAACTGGTTAATAAAGTGGTTAAAAGTCATTCAGTC


BQ
20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 15 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E645TF U 1
AF RR3GC86TF U 1
AF RR3CJ06TF U -5
AF RR3CJ06JQ C -5
AF RR3AY87TF U 1
AF RR3E645JQ C 90
AF RR3AY87JQ C 101
BS 1 86 RR3AY87TF
BS 87 87 RR3E645TF
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BS 305 305 RR3E645TF
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BS 686 756 RR3AY87TF
BS 757 762 RR3E645JQ

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CCAAGTTGATCAGTCCGAGGGTTCGTTTCTCGAGGATGATCACTTTGAGAAAGGTTTTGT
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TATTG

QA 1 605 1 605
DS 

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TGACTTGTGTGGCTTACCCGCAGTCGGACTGTGTGATCCATACCCACAAGGAAACTGAAC
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TTGTTATTATTATTATCCGTTTCCTTTCT

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CAACCATGATGTCAGCGGTGTACAAGGTGAAGCTCATAGGACCAGAAGGGGAAGAGAAAG
AGTTCGGGGTTCAGGACGACCAGTTCATATTGGACGCAGCCGAAGAGGCTGGAGTTGACT
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TGACTTGTGTGGCTTACCCGCAGTCGGACTGTGTGATCCATACCCACAAGGAAACTGAAC
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CC

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CCAAGTTGATCAGTCCGAGGGTTCGTTTCTCGAGGATGATCACTTTGAGAAAGGTTTTGT
CTTGACTTGTGTGGCTTACCCGCAGTCGGACTGTGTGATCCATACCCACAAGGAAACTGA
ACTCTTCTAAAAGACCCGTTCTCGTTTGGTGGTAGTGTGATGCTAAATTGTTATTTGGGT
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TC

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AAGTCATTCAGTC

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DS 

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TTT

QA 1 656 1 656
DS 



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TTTATTGTTTGTCCCCACAACGAACACAACCAAACAACAAACAACAAACTAGGTTTCATC
TACAAACATCTATCTCATCAGATCAAACAACTATCTGAGAAACAACAAAAGAAAAATCGA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C888JQ U 1
AF RR3H461JQ U 83
AF RR3H461TF C 497
BS 1 244 RR3C888JQ
BS 245 245 RR3H461JQ
BS 246 390 RR3C888JQ
BS 391 391 RR3H461JQ
BS 392 528 RR3C888JQ
BS 529 529 RR3H461JQ
BS 530 530 RR3C888JQ
BS 531 531 RR3H461JQ
BS 532 571 RR3C888JQ
BS 572 895 RR3H461JQ
BS 896 1275 RR3H461TF

RD RR3C888JQ 571 0 0
GCATGACATTTAACCACTTTATTAACCAGTTGTAACCCGGTGACGATTGATGAAAGCTAA
AAAGGCATATCTGAAACGTGTTCATACAAAAAGCATTATCTTTTAAACACACACAATTTC
GTAAAAAGGAAACTGATAATAATAATAACAATACCTCAAATAACAATTTTGCATCACACT
ACCACCAAACGAGAACGGGTCTTTTAGAAGAGTTCAGTTTCCTTGTGGGTATGGATCACA
AAGTCCGACTGCGGGTAAGCCACACAAGTCAAGACAAAACCTTCCTCAAAGTGATCATCC
TCGAGAAACGAACCCTCGGACTGATCAACTTGGCCTTTCACGATCTGACCGGCGCAGGTG
GAACACGCTCCTGCTCTGCAAGAGTAAGGCCAGTCAACTCCCGCCTCTTCGGCTGCGTCC
AATATGAACTGGTCGTCCTGAACCTCGAACTCGTTCTCTTCCCCTTCTGGTCCTATGAGC
TTCACCTTGTACACCGCTGACATCATGGTCGCACCTCCTGAGTTGGCTGAACATTTCAAG
CCAAAGGATCTCGTGACTTTTTT*GACCGAT

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3H461JQ 813 0 0
CA
TACAAAAAGCATTATCTTTTAAACACACACAATTTCGTAGAAAGGAAACTGATAATAATA
ATAACAATACCTCAAATAACAATTTTGCATCACACTACCACCAAACGAGAACGGGTCTTT
TAGAAGAGTTCAGTTTCCTTGTGGGTATGGATCACACAGTACGACTGCGGGTAAGCCACA
CAAGTCAAGACAAAACCTTTCTCAAAGTGATCATCCTCGAGAAACGAACCCTCGGACTGA
TCAACTTGGCCTTTCACGATCTGACCGGCGCAGGTGGAACACGCTCCTGCTCTGCAAGAG
TAAGGCAAGTCAACTCCCGCCTCTTCGGCTGCGTCCAATATGAACTGGTCGTCCTGAACC
TCGAACTCGTTCTCTTCCCCTTCTGGTCCTATGAGCTTCACCTTGTACACCGCTGACATC
ATGGTCGCACCTCCTGAGTTGGCT*AGCATTTCAAGCCAAAGGATCTCGTGACTTTTTTT
GACCGATCCGACGGAGACTTGCTGGCTCTTGTTAGCGATGAGCTGGTTCGTCGGCTGGCT
TCTGAGAACGGCCTTGGTGGTCGTCATGCTAGTGGAAGAGACTCGAAAAGTCGCCATTTT
GTGTACGAAACTGCGAATGCACAAGTCTTATGTTTAGGAAACTTAAATCATCTAAATTAA
TATGTTTAATCTCTATAACAAAAACAGAATGTGCATCACAAGTAGCAGCTGAAACAGAAG
AGTGACATGTTTCAAATGCAAAACTGATGTTAAAATCTTTTACTATATGGAGCGTAATGA
GAAGATGCAAGCTTGAAAGCTGTATTTAGCT

QA 3 813 3 813
DS 

RD RR3H461TF 779 0 0
CTGACATCATG*TCGCACCTC*TGAGTTGGCT*AGCATTTCAAGCCAAAGGATCTCGTGA
CTTTTTT*GACCGATCCGACGGAGACTTGCTGGCTCTTGTTAGCGATGAGCTGGTTCGTC
GGCTGGCTTCTGAGAACGGCCTTGGTGGTCGTCATGCTAGTGGAAGAGACTCGAAAAGTC
GCCATTTTGTGTACGAAACTGCGAATGCACAAGTCTTATGTTTAGGAAACTTAAATCATC
TAAATTAATATGTTTAATCTCTATAACAAAAACAGAATGTGCATCACAAGTAGCAGCTGA
AACAGAAGAGTGACATGTTTCAAATGCAAAACTGATGTTAAAATCTTTTACTATATGGAG
CGTAATGAGAAGATGCAAGCTTGAAAGCTGTATTTAGCTCTTCACTCGACGCTCCAAAAG
ACTAAAATCAGTAAATCACTAAACATGACAAAGTTAAACCAATCGCTTGATTTTTTTTTT
ATTTTCCACCGATTTTAGACTTTATAATAATAAGTTCGATCTTAGCATCATCTCCATCGC
AACATGACATTAAATCAGTCAACATCGCAACAAAGACTTTTATTTTTATTGTTTGTCCCC
ACAACGAACACAACCAAACAACAAACAACAAACTAGGTTTCATCTACAAACATCTATCTC
ATCAGATCAAACAACTATCTGAGAAACAACAAAAGAAAAATCGAATCAAATCTCAGGAAC
TTACCGAGAACAAAGGAGGAAGGGTGGAGAAGGCGGAGACTACGAGAGGTGTTTGGTCC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 2 10

CO CL169Contig1 812 4 26 U
AGCAGAAAAAAAAAAAAGAAAAAGCATCTTGTTTCTCTCTTTGCAATTGTTATTGGAAGA
AATAACTTCATTAAACCATAATGCAACAGTACATATTCTTTCGGCATTATTGAGCAAAGG
ATATTCCCCCATGCTTGCTCGCGATAAAAGGCAAAACCAAAAGATAGAATCTCTACAGAG
AACTAATCCTGTCTTGAAAGGATTTAACACAAGAAAGAAAAAAAACAAGCTGAGACAGGG
TGAATCAGTAGTGAGTAGTTGGAACCCTGGTGGTAGTTTTCGCCGGTAAGACATTGTCGG
GAAGAATCAACTCGGGTGGAGTTTCACGGACAATCCCAAGCATTGAATCATAATCCTCAT
CCTTGCGTGCATATTTCTTCCTAAGCGCTCTCTCAACCTCGATCTCATCAAATGACTTTG
AATTCTCTGCGGCATGAATGTGTGCAAGGTTGATGTAGTTCTCTGCTGACTTTGAGATAT
ATGCTATCTCCTCATCTGTTAACTTCCTCATAAACTTTGCTGGATTCCCTCCCCAAACCT
CTTCAGAAGGAATACGGGTGTTCTCTTTGACAAGAGAACCAGCAGCAACCATGGCATTCT
TCTCAACCACCACACCATCAAGTAGTGTAGCTCCCATGCCAACAAATGCCTCATCCTCAA
CAGTACACCCGTGTATCACAGCACTATGACCTACAGTGACCTTGTCCCCAATCGTGGTAG
GTAAAACCTTCCCACCAAGATTGGTTTTTGCAACATGTACAAGAGAATTATCTTGGATAT
TCGTCCCGGAACCAACACTGATGTTATTCACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 25 25 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW60JQ U 53
AF RR3G491JQ U 1
AF RR3D240JQ U 53
AF RR3DL83JQ U 53
BS 1 183 RR3G491JQ
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RD RR3FW60JQ 501 0 0
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GGGTGAATCAGTAGTGAGTAGTTGGAACCCTGGTGGTAGTTTTCGCCGGTAAGACATTGT
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CATCCTTGCGTGCATATTTCTTCCTAAGCGCTCTCTCAACCTCGATCTCATCAAATGACT
TTGAATTCTCTGCGGCATGAATGTGTGCAAGGTTGATGTAGTTCTCTGCTGACTTTGAGA
TATATGCTATCTCCTCATCTGTTAACTTCCTCATAAACTTTGCTGGATTCCCTCCCCAAA
CCTCTTCAGAAGGAAT

QA 6 501 6 501
DS 

RD RR3G491JQ 718 0 0
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ATATTCCCCCATGCTTGCTCGCGATAAAAGGCAAAACCAAAAGATAGAATCTCTACAGAG
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TGAATCAGTAGTGTGTAGTTGGAACCCTGGTGGTAGTTTTTTCCGGTAAGACATTGTCGG
GAAGAATCAACTCGGGTGGAGTTTCACGGACAATCCCAAGCATTGAATCATAATCCTCAT
CCTTGCGTGCATATTTCTTCCTAAGCGCTCTCTCAACCTCGATCTCATCAAATGACTTTG
AATTCTCTGCGGCATGAATGTGTGCAAGGTTGATGTAGTTCTCTGCTGACTTCGAGATAT
ATGCTATCTCCTCATCTGTTAACTTCCACATAAACTTTGCTGGATTCCCTCCCCAAACCT
CTCCAGAAGGAATACGGGTGTTCTCTTTGACAAGAGAACCAGCAGCAACCATGGCACTCT
TCTCAACCACCACACCATCAAGTAGTGTAGCTCCCATCCCAACAAACGCCTCATCCTCAA
CAGTACACCCATGTATAACAGCACTATGACCTACAGTGACCTTGTCCCCAATCGTAGT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3D240JQ 760 0 0
GGAAG
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AGGATATTCCCCCACGCTTGCTCGCGATAAAAGGCAAAACCAAAAGATAGAATCTCCACA
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GGGTGAATCAGTAGTGAGTAGTTGGAACCCTGGTGGTAGTTTTCGCCGGTAAGACATTGT
CGGGAAGAATCAACTCGGGTGGAGTTTCACGGACAATCCCAAGCATTGAATCATAATCCT
CATCCTTGCGTGCATATTTCTTCCTAAGCGCTCTCTCAACCTCGATCTCATCAAATGACT
TTGAATTCTCTGCGGCATGAATGTGTGCAAGGTTGATGTAGTTCTCTGCTGACTTTGAGA
TATATGCTATCTCCTCATCTGTTAACTTCCTCATAAACTTTGCTGGATTCCCTCCCCAAA
CCTCTTCAGAAGGAATACGGGTGTTCTCTTTGACAAGAGAACCAGCAGCAACCATGGCAT
TCTTCTCAACCACCACACCATCAAGTAGTGTAGCTCCCATGCCAACAAATGCCTCATCCT
CAACAGTACACCCGTGTATCACAGCACTATGACCTACAGTGACCTTGTCCCCAATCGTGG
TAGGTAAAACCTTCCCACCAAGATTGGTTTTTGCAACATGTACAAGAGAATTATCTTGGA
TATTCGTCCCGGAACCAACACTGATGTTATTCACA

QA 6 760 6 760
DS 

RD RR3DL83JQ 745 0 0
GGAAGG
GAAATAACTTCATTAAACCATAATGCAACAGTACATATTCTTTCGGCATTATTGAGCAAA
GGATATTCCCCCATGCTTGCTCGCGATAAAAGGCAAAACCAAAAGATAGAATCTCTACAG
AGAACTAATCCTGTCTTGAAAGGATTTAACACAAGAAAGAAAAAAAA**AGCTGAAACAG
GGTGAATCAGTAGTGAGTAGTTGGAACCCTGGTGGTAGTTTTCGCCGGTAAGACATTGTC
GGGAAGAATCAACTCGGGTGGAGTTTCACGGACAATCCCAAGCATTGAATCATAATCCTC
ATCCTTGCGTGCATATTTCTTCCTAAGCGCTCTCTCAACCTCGATCTCATCAAATGACTT
TGAATTCTCTGCGGCATGAATGTGTGCAAGGTTGATGTAGTTCTCTGCTGACTTTGAGAT
ATATGCTATCTCCTCATCTGTTAACTTCCTCATAAACTTTGCTGGATTCCCTCCCCAAAC
CTCTTCAGAAGGAATACGGGTGTTCTCTTTGACAAGAGAACCAGCAGCAACCATGGCATT
CTTCTCAACCACCACACCATCAAGTAGTGTAGCTCCCATGCCAACAAATGCCTCATCCTC
AACAGTACACCCGTGTATCACAGCACTATGACCTACAGTGACCTTGTCCCCAATCGTGGT
AGGTAAAACCTTCCCACCAAGATTGGTTTTTGCAACATGTACAAGAGAATTATCTTGGAT
ATTCGTCCCGGAACCAACA

QA 7 745 7 745
DS 



CO CL169Contig2 1150 6 46 U
GGGATTCGGTTAATCTCGATTCTGTTGGGTCCAACAAAACAAAATCAACGCCTCCACAAA
ACCTCTGCTTCTCTCTCTCTCCCTTGTCGTCGTCGTCGTATCTCTGTGGTAATCGG*AAA
TGGGAACCCTAGGACGAGCTATTTACACTGTGGGTAACTGGATCCGGGGCTCCGGAAAAG
CTCTCGATCGTTTCGGTTCTCTTCTTCAAGGGAGCCACCGCTTCGAAGAACACCTATCGA
GGCATCGGACGTTGATGGATGTGTTGGATAAATCTCCATTGGTGGATAAGGATGCGTTCG
TGGCTCCAAGTGCATCTGTTATTGGTGACGTTCAGATCGGGAAAGGCTCCTCTATTTGGT
ATGGCTGTGTTCTTCGAGGTGATGTGAATAACATCAGTGTTGGTTCCGGGACGAATATCC
AAGATAATTCTCTTGTACATGTTGCAAAAACCAATCTTGGTGGGAAGGTTTTACCTACCA
CGATTGGGGACAAGGTCACTGTAGGTCATAGTGCTGTTATACATGGGTGTACTGTTGAGG
ATGAGGCATTTGTTGGCATGGGAGCTACACTACTTGATGGTGTGGTGGTTGAGAAGAATG
CCATGGTTGCTGCTGGTTCTCTTGTCAAAGAGAACACCCGTATTCCTTCTGGAGAGGTTT
GGGGAGGGAATCCAGCAAAGTTTATGAGGAAGTTAACAGATGAGGAGATAGCATATATCT
CAAAGTCAGCAGAGAACTACATCAATCTTGCACACATTCATGCCGCAGAGAATTCAAAGT
CATTTGAGGAGATCGAGGTTGAGAGAGCGCTCAGGAAGAAATATGCACGCAAGGATGAGG
ATTATGATTCAATGCTTGGGATTGTCCGTGAAACTCCACCCGAGTTGATTCTTCCCGACA
ATGTCTTACCGGCGAAAACAACCACCAGGGTTCCAACTACTCACTACTGATTCACCCGTT
TCAGCTTTTTTTTCTTTCTTGTGTTAAATCCTTTCAAGACAGGATTGGTTCTCTGTAGAG
GTTCGAGAGAGATACTATCTTTTGGTTTTGCCTTTTTACCCGAGCAAGCATGGGAATATC
TTTTTGCTCAATAATGCCGAAATAGCATGTACTGTTGCGTTATGGTTTAATGAAGTCTTT
TTTTTCTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 5 25 10 25 25 25 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 15 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3CQ45TF U 86
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TGGGAAGGTTTTACCTACCACGATTGGGGACAAGGTCACTGTAGGTCATAGTGCTGTGAT
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TATTCCTTCTGA

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ACCTCTGT***GCTCTCTCTCCCTTGTCGTCGTCGTA*TCTCTGTGCGGTAATCGGGAAA
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CCATGGTTGCTGCTGGTTCTCTTGTCAAAGAGAACACCCGTATTCCTTCTGGAGAGGTTT
GGGGAGGGAATCCAGCAAAGTTTATGTGGAAGTTA

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DS 

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ATAGTGCTGTGATACACGGGTGTACTGTTGAGGATGAGGCATTTGTTGGCATGGGAGCTA
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AAGAGAACACCCGTATTCCTTCTGAAGAGGTTTGGGGAGGGAATCCAGCAAAGTTTATGA
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TGGATCCGGGGCTCCGGAAAAGCTCTCGATCGTTTCGGTTCTCTTCTTCAAGGGAGCCAC
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GTTGGTTCCGGGACGAATATCCAAGATAATTCTCTTGTACATGTTGCAAAAACCAATCTT
GGTGGGAAGGTTTTACCTACCACGATTGGGGACAAGGTCACTGTAGGTCATAGTGCTGTT
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GGTGTGGTGGTTGAGAAGAATGCCATGGTTGCTGCTGGTTCTCTTGTCAAGGAGAACACG
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GATGAGGAGATAGCATATATCTCAAAGTCAGCAGAGAACTACATCAATCTTGCACACATT
CATGCCGCAGAGAATTCAAAGTCATTTGAGGAGATCGAGGT*GAGAGAGCGCTCAG*AAG
AAATATGCACG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3CQ45TF 707 0 0
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CTGTGGTAATCGG*AAATGGGAACCCTAGGACGAGCTATTTACACTGTGGGTAACTGGAT
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CGAAGAACACCTATCGAGGCATCGGACGTTGATGGATGTGTTGGATAAATCACCATTGGT
GGATAAGGATGTGTTCGTGGCTCCAAGTGCATCTGTTATTGGTGACGTTCAAATCGGGAA
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GGCGGTTGAGAAGAATGCCATGGTTGCTGCTGGTTCTCTTGTCAAAGAGAACACCCGTAT
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AGAGATAGCATATATCTCAAAGTCAGCAGAGAACTACATCAATCTTGCACACATTCATGC
CGCAGAGAATTCAAAGTCATTTGAG
AGAT

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DS 

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TGTGTT
TTCGAGGTGATGTGAATAACATCAGTGTTGGTTCCGGGACGAATATCCAAGATAATTCTC
TTGTACATGTTGCAAAAACCAATCTTGGTGGGAAGGTTTTACCTACCACGATTGGGGACA
AGGTCACTGTAGGTCATAGTGCTGTTATACATGGGTGTACTGTTGAGGATGAGGCATTTG
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TGCTTGGGATTGTCCGTGAAACTCCACCCGAGTTGATTCTTCCCGACAATGTCTTACCGG
CGAAAACAACCACCAGGGTTCCAACTACTCACTACTGATTCACCCGTTTCAGCTTTTTTT
TCTTTCTTGTGTTAAATCCTTTCAAGACAGGATTGGTTCTCTGTAGAGGTTCGAGAGAGA
TACTATCTTTTGGTTTTGCCTTTTTACCCGAGCAAGCATGGGAATATCTTTTTGCTCAAT
AATGCCGAAATAGCATGTACTGTTGCGTTATGGTTTAATGAAGTCTTTTTTTTCTGCC

QA 7 784 7 784
DS 



AS 1 10

CO CL170Contig1 797 10 9 U
GGCCCTGAGCCTAAAACAGAGCGAGAGAGTTGAGCAAGAACGTGAGGAGAAGATGAAGAC
GATCCTTTCTTCCGAGACGATGGATATCCCCGAAAGCATTACCATCAAAGTTAACGCAAA
GGTGATCGAAGTCGAAGGACCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCT
CGATTTCCAGCTCATCAAGGACGCCGAAACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTG
GTTCGGATCTCGCAAATCAAGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGATAACCT
CATCACCGGTGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCC
CATCAACGCTTCCATCGGCGGTGACAGCAAGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGA
GAAGAAGGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGT
TAAGGATGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTTTCAAGGTCATGCGCTCT
TATCAACCAGAAATGTCACGTGAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCTA
TGTTAGCGAGAAGAGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGACAAATATGTCTCCTTCATCTTT
TGAATGTTTAGTTTGTTTTTCAGACCAAAATCTCACCGGTGTTGCAAAACTCGGCTTATC
CCTTGTCTTTTTGTTCGAGATTTTTATTTACTTTATGCAGAAGTTTCTGGAGACACAATT
TGCTAGTCCTTTTACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 45 45 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 30 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 35 35 30 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3H272TF U 335
AF RR3E920TF U 5
AF RR3EB42TF U 20
AF RR3A089TF U 1
AF RR3EB42JQ C 283
AF RR3D053TF U 5
AF RR3H755TF U 5
AF RR3D053JQ C 69
AF RR3H755JQ C 72
AF RR3CX79JQ C 74
BS 1 117 RR3A089TF
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BS 119 689 RR3A089TF
BS 690 690 RR3EB42JQ
BS 691 766 RR3A089TF
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BS 768 777 RR3A089TF
BS 778 796 RR3H755JQ
BS 797 797 RR3CX79JQ

RD RR3H272TF 214 0 0
ATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCCCATCAACGCTTCCATCGGCGGTGACAGCAAGTCC
ATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGAGAAGAAGGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGT
GTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGCTAAGGATGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATT
GAGCTTGTTTCAAGGTCATGCGCTCTTATCAACC

QA 1 214 1 214
DS 

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GG
GAGCCTAAAACAGAGCGAGAGAGTTGAGCAAGAAAGTGAGGAGAAGATGAAGACGATCCT
TTCTTCCGATACGATGGACATCCCCGAAAGCATTACCATCAAAGTTAACGCTAAGGTGAT
CGAAGTCGAAGGACCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGATTT
CCAGCTCATCAAGGACGCCGAAACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTGGTTCGG
ATCCCGCAAATCAAGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGATAACCTCATCAC
CGGTGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCCCATCAA
CGCTTCCATCGGCGGTGACAGCAAGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGAGAAGAA
GGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGA
TGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTCTCAAGGTCGTGCGCTCTTATCAA
CCAGAAATGTCACGTGAAGAAGAAG
ATAT

QA 3 567 3 567
DS 

RD RR3EB42TF 557 0 0
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ATGGATATCCCCGAAAGCATTACCATCAAAGTTAACGCTAAGGTGATCGAAGTCGAAGGA
CCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGATTTCCAGCTCATCAAG
GACGCCGAAACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTGGTTCGGATCTCGCAAATCA
AGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGATAACCTCATCACCGGTGTCACCAGA
TGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCCCATCAACGCTTCCATCGGC
GGTGACAGCAAGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGAGAAGAAGGTGAGGAAGGTA
GATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGATGAGATTGTTCTT
GATGGAAATGACATTGAGCTTGTTTCAAGGTCATGCGCTCTTGTCAACCAGAAATGTCAC
GTGAAGAAGAAG
ATATC

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DS 

RD RR3A089TF 784 0 0
GGCCCTGAGCCTAAAACAGAGCGAGAGAGTTGAGCAAGAACGTGAGGAGAAGATGAAGAC
GATCCTTTCTTCCGAGACGATGGATATCCCCGAAAGCATTACCATCAAAGTTAACGCTAA
GGTGATCGAAGTCGAAGGACCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCT
CGATTTCCAGCTCATCAAGGACGCCGAAACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTG
GTTCGGATCTCGCAAATCAAGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGATAACCT
CATCACCGGTGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCC
CATCAACGCTTCCATCGGCGGTGACAGCAAGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGA
GAAGAAGGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGT
TAAGGATGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTTTCAAGGTCATGCGCTCT
TATCAACCAGAAATGTCACGTGAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCTA
TGTTAGCGAGAAGAGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGACAAATATGTCTCCTTCATCTTT
TGAATGTTTAGTTTGTTTTTCAGACCAAA*TCTCACCGGTGTTGCAAAACTCGGCTTATC
CCTTGTCTTTTTGTTCGAGATTTTTATTTACTTTATGCAGAAGTTTTTGGAGACACA
TTTGCTA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3EB42JQ 494 0 0
TAGCCACGTCGATAACCTCATCACCGGTGTCACCAGATGGTTCAGGTACAAGATGAGGTT
TGTGTATGCTCATTTTCCCATCAACGCTTCCATCGGCGGTGACAGCAAGTCCATTGAGAT
CCGTAACTTCCTTGGGGAGAAGAAGGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCAT
TGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGATGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGT
TTCAAGGTCATGCGCTCTTGTCAACCAGAAATGTCACGTGAAGAAGAAGGATATCAGGAA
GTTCCTTGACGGTATCTATGTTAGCGAGAAGAGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGACAAA
TATGTCTCCTTCATCTTTTGAATGTTTAGTTTGTTTTTCAGACCAAAATCTCACCGGTGT
TGCAAAACTCGGCTTATCCCTTGTCTTTTTGTTCGAGATTTTTATTTACTTTATGCAGAA
GTTTTTGGAGACAC

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DS 

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GG
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TTCTTCCGAGACGATGGATATCCCCGAAAGCATTACCATCAAAGTTAACGCAAAGGTGAT
CGAAGTTGACGGACCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGATTT
CCAGCTCATCAAGGACGCCGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTGGTTCGG
ATCTCGCAAATCAAGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGATAACCTCATCAC
CGGTGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCCCATCAA
CGCTTCCATCGGCGGTGACAGCAAGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGAGAAGAA
GGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTTTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGA
TGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTTTCAAGGTCATGCGCTCTTATCAA
CCAGAAATGTCACGTGAAGAAAAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCTATGTTAG
CGAGAAGAGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGACAAATATGTCTCCTTCATCTTTTGAATG
TTTAGTTTGTTTTTCAGACCAAA*TCTCACCGGTGTTGCAAA*CTCGGCTTATCCCTTGT
CTTTT*GTTCGAGATT

QA 3 738 3 738
DS 

RD RR3H755TF 781 0 0
GG
GAGCCTAAAACAGAGCGAGTGAGTTGAGCAAGAACGTGAGGAGAAGATGAAGACGATCCT
TTCTTCCGAGACGATGGATATCCCCGAAAGCATTACCATCAAAGTTAACGCAAAGGTGAT
CGAAGTTGAAGGACCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGATTT
CCAGCTCATCAAGGACGCCGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTGGTTCGG
ATCTCGCAAATCAAGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGACAACCTCATCAC
CGGTGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCCCATCAA
CGCTTCCATCGGCGGTGACAGCAAGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGAGAAGAA
GGTGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTTTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGA
TGAGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTTTCAAGGTCATGCGCTCTTATCAA
CCAGAAATGTCACGTGAAGAAAAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCTATGTTAG
CGAGAAGAGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGACAAATATGTCTCCTTCATCTTTTGAATG
TTTAGTTTGTTTT*CAGACCAAA*TCTCACCGGTGTTGCAAA*CTCGGCTTATCCCTTGT
CTTTT*GTTCGAGATTTTTATTTACTTT*TGCAGAAGTTTCTGGAGACACA
TTTGCTAG

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DS 

RD RR3D053JQ 706 0 0
CTTCCGAGACGATGGATATCCCCGAAAGCATTACCATCAAAGTTAACGCAAAGGTGATCG
AAGTTGACGGACCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGATTTCC
AGCTCATCAAGGACGCCGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTGGTTCGGAT
CTCGCAAATCAAGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGATAACCTCATCACCG
GTGTCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCCCATCAACG
CTTCCATCGGCGGTGACAGCAAGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGAGAAGAAGG
TGAGGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTTTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGATG
AGATTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTTTCAAGGTCATGCGCTCTTATCAACC
AGAAATGTCACGTGAAGAAAAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCTATGTTAGCG
AGAAGAGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGACAAATATGTCTCCTTCATCTTTTGAATGTT
TAGTTTGTTTTTCAGACCAAAATCTCACCGGTGTTGCAAAACTCGGCTTATCCCTTGTCT
TTTTGTTCGAGATTTTTATTTACTTT*TGTAGAAGTTTCTGGAGAC

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DS 

RD RR3H755JQ 726 0 0
CCGAGACGATGGATATCCCCGAAAGCATTACCATCAAAGTTAACGCAAAGGTGATCGAAG
TTGAAGGACCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGATTTCCAGC
TCATCAAGGACGCCGAGACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTGGTTCGGATCTC
GCAAATCAAGTGCATCCATCAGAACCGCTCTTAGCCACGTCGACAACCTCATCACCGGTG
TCACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCCCATCAACGCTT
CCATCGGCGGTGACAGCAAGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGAGAAGAAGGTGA
GGAAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTTTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGATGAGA
TTGTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTTTCAAGGTCATGCGCTCTTATCAACCAGA
AATGTCACGTGAAGAAAAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCTATGTTAGCGAGA
AGAGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGACAAATATGTCTCCTTCATCTTTTGAATGTTTAG
TTTGTTTTTCAGACCAAAATCTCACCGGTGTTGCAAAACTCGGCTTATCCCTTGTCTTTT
TGTTCGAGATTTTTATTTACTTT*TGCAGAAGTTTCTGGAGACACAATTTGCTAGTCCTT
TTACC
C

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3CX79JQ 724 0 0
GAGACGATGGACATCCCCGAAAGCATTACCATCAAAGTTAACGCTAAGGTGATCGAAGTC
GAAGGACCTCGCGGCAAACTTGTTCGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGATTTCCAGCTC
ATCAAGGACGCCGAAACCGGGAAGAAGAAGCTGAAGATCGACTCGTGGTTCGGATCCCGC
AAATCAAGTGCATCCATCAGAACCGCTTTTAGTCACGTCGATAACCTCATCACCGGTGTC
ACCAGAGGGTTCAGGTACAAGATGAGGTTTGTGTATGCTCATTTTCCCATCAACGCTTCC
ATCGGCGGTGACAGCAAGTCCATTGAGATCCGTAACTTCCTTGGGGAGAAGAAGGTGAGG
AAGGTAGATATGTTGGATGGTGTAACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTTAAGGATGAGATT
GTTCTTGATGGAAATGACATTGAGCTTGTCTCAAGGTCGTGCGCTCTTATCAACCAGAAA
TGTCACGTGAAGAAGAAGGATATCAGGAAGTTCCTTGACGGTATCTATGTTAGCGAGAAG
AGCAAGATCGTTGAAGAGGAATAGACAAATATGTCTCCTTCATCTTTTGAATGTTTAGTT
TGTTTTTCAGACCAAAATCTCACCGGTGTTGCAAAACTCGGCTTATCCCTTGTCTTTTTG
TTCGAGATTTTTATTTACTTTATGCAGAAGTTTTTGGAGACACAATTTGCTAGTCCTTTT
ACCG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 2 12

CO CL171Contig1 719 9 9 U
GGGCAGCCAATTCTTCCGTTTAGCAGCCATGGTGAAGTACTCGCAAGAACCCGACAATCA
GACCAAGTCATGCAAGGCTAGAGGTTCCGACCTTAGGGTTCACTTCAAGAACACCCGTGA
AACAGCGCACGCCATCAGGAAGCTACCATTGCTCAAGGCGAAGAGATACCTTGAAGATGT
GATAGCTCACAAGCAAGCTATTCCCTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGC
CCAAGCTAAGAACAGGCACTCTAACGGTCAAGGACGTTGGCCTGCGAAATCTGCTCAGTT
CGTTCTTGATTTGCTTAAGAACGCTGAGAGCAACGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGA
TGCACTCTTCATATCACACATCCAAGTTAACCAGGCTGCAAAGCAAAGGAGAAGGACTTA
CCGTGCCCACGGAAGAATCAATCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATTTT
GTCTGAGAAGGAAGAGTCTGTTAAGAAAGAGCCGGAGACGCAGTTGGCAGCCAAGTCAAA
GAAATCAGCAGCTTAAAGCTTTCTCTATTTTTTCTAGTCTCTCCTTTTTGTGTTGTTGAA
AGAGATTTTGTTACATTTTCTCCATCTTTGCAAGACTAGAGATATATTTTCTTGGATCTT
TTGTTCAACGTTGCTGTTTGATGATGTCTAGTATTATTCATCCCATCTTTACTAGTTCC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 45 45 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D314TF U 1
AF RR3DT28JQ C 80
AF RR3DT28TF U 102
AF RR3A073JQ C 17
AF RR3A073TF U 3
AF RR3FE69TF U 1
AF RR3FE69JQ C 15
AF RR3CG08TF U 2
AF RR3CU79TF U 2
BS 1 229 RR3D314TF
BS 230 230 RR3DT28TF
BS 231 479 RR3D314TF
BS 480 480 RR3DT28TF
BS 481 638 RR3D314TF
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BS 705 719 RR3D314TF

RD RR3D314TF 719 0 0
GGGCAGCCAATTCTTCCGTTTAGCAGCCATGGTGAAGTACTCGCAAGAACCCGACAATCA
GACCAAGTCATGCAAGGCTAGAGGTTCCGACCTTAGGGTTCACTTCAAGAACACCCGTGA
AACAGCGCACGCCATCAGGAAGCTACCATTGCTCAAGGCGAAGAGATACCTTGAAGATGT
GATAGCTCACAAGCAAGCTATTCCCTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTTGAAGGACTGC
CCAAGCTAAGAACAGGCACTCTAACGGTCAAGGACGTTGGCCTGCGAAATCTGCTCAGTT
CGTTCTTGATTTGCTTAAGAACGCTGAGAGCAACGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGA
TGCACTCTTCATATCACACATCCAAGTTAACCAGGCTGCAAAGCAAAGGAGAAGGACTTA
CCGTGCCCACGGAAGAATCAATCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATTT*
GTCTGAGAAGGAAGAGTCTGTTAAGAAAGAGCCGGAGACGCAGTTGGCAGCCAAGTCAAA
GAAATCAGCAGCTTAAAGCTTTCTCTATTTTTTCTAGTCTCTCCTTTTTGTGTTGTTGAA
AGAGATTTTGTTACATTTTCTCCATCTTTGCAAGACTAT**ATATATTTTCTTGGATCTT
TTGTTCAACGTTGCTGTTTGATGATGTCTAGTATTATTCATCCTATCTTTACTAGTTCC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3DT28JQ 625 0 0
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AAGCTACCACTGCTCAAGGCGAAGAGATACCTTGAAGATGTGATAGCTCACAAGCAAGCT
ATTCCCTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGCCCAAGCTAAGAACAGGCAC
TCTAACGGTCAAGGACGTTGGCCTGCGAAATCTGCTCAGTTCGTTCTTGATTTGCTTAAG
AACGCTGAGAGCAACGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCACTCTTCATATCACAC
ATCCAAGTTAACCAGGCTGCAAAGCAAAGGAGAAGGACTTACCGTGCCCACGGAAGAATC
AATCCTTACATGTCCAACCCGTGCCACATTGAGTTGATTTTGTCTGAGAAGGAAGAGTCT
GTTAAGAAAGAGCCGGAGACGCAGTTGGCAGCCAAGTCAAAGAAATCAGCAGCTTAAAGC
TTTCTCTATTTTTTCTAGTCTCTCCTTTTTGTGTTGTTGAAAGAGATTTTGTTACATTTT
CTCCATCTTTGCAAGACTAGAGATATATTTTCTTGGATCTTTTGTTCAACGTTGCTGTTT
GATGATGTCTAGTATTATTCATCCC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3DT28TF 603 0 0
ACTTCAAGAACACCCGTGAAACAGCGCACGCCATCAGGAAGCTACCACTGCTCAAGGCGA
AGAGATACCTTGAAGATGTGATAGCTCACAAGCAAGCTATTCCCTTCACCCGTTTCTGCA
GAGGTGTTGGAAGGACTGCCCAAGCTAAGAACAGGCACTCTAACGGTCAAGGACGTTGGC
CTGCGAAATCTGCTCAGTTCGTTCTTGATTTGCTTAAGAACGCTGAGAGCAACGCTGAGG
TGAAAGGTTTGGATGTTGATGCACTCTTCATATCACACATCCAAGTTAACCAGGCTGCAA
AGCAAAGGAGAAGGACTTACCGTGCCCACGGAAGAATCAATCCTTACATGTCCAACCCGT
GCCACATTGAGTTGATTTTGTCTGAGAAGGAAGAGTCTGTTAAGAAAGAGCCGGAGACGC
AGTTGGCAGCCAAGTCAAAGAAATCAGCAGCTTAAAGCTTTCTCTATTTTTTCTAGTCTC
TCCTTTTTGTGTTGTTGAAAGAGATTTTGTTACATTTTCTCCATCTTTGCAAGACTAGAG
ATATATTTTCTTGGATCTTTTGTTCAACGTTGCTGTTTGATGATGTCTAGTATTATTCAT
CCC

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3A073JQ 688 0 0
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GCTAGAGGTTCCGACCTTAGGGTTCACTTCAAGAACACCCGTGAAACAGCGCACGCCATC
AGGAAGCTACCATTGCTCAAGGGGAAGATATACCTTGAAGATGTGATAGCTCACAAGCAA
GCTATTCCCTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGCCCAAGTTAAGAACAGG
CACTCTAACGGTCAAGGACGTTGGCCTGCGAAATCTGCTCAGTTCGTTCTTGATTTGCTT
AAGAACGCTGAGAGCAACGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCACTCTTCATATCA
CACATCCAAGTTAACCAGGCTGCAAAGCAAAGGAGAAGGACTTACCGTGCCCACGGAAGA
ATCAATCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATTTTGTCTGAGAAGGAAGAG
TCTGTTAAGAAAGAGCCGGAGACGCAGTTGGCAGCCAAGTCAAAGAAATCAGCAGCTTAA
AGCTTTCTCTATTTTTTCTAGTCTCTCCTTTTTGTGTTGTTGAAAGAGATTTTGTTACAT
TTTCTCCATCTTTGCAAGACTAGAGATATATTTTCTTGGATCTTTTGTTCAACGTTGCTG
TTTGATGATGTCTAGTATTATTCATCCC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3A073TF 702 0 0
GG
AGCCAATTCTTCCGTTTAGCAGCCATGGTGAAGTACTCGCAAGGACCCGACAATCAGACC
AAGTCATGCAAGGCTAGAGGTTCCGACCTTAGGGTTCACTTCAAGAACACCCGTGAAACA
GCGCACGCCATCAGGAAGCTACCATTGCTCAAGGCGAAGATATACCTTGAAGATGTGATA
GCTCACAAGCAAGCTATTCCCTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGCCCAA
GCTAAGAACAGGCACTCTAACGGTCAAGGACGTTGGCCTGCGAAATCTGCTCAGTTCGTT
CTTGATTTGCTTAAGAACGCTGAGAGCAACGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCA
CTCTTCATATCACACATCCAAGTTAACCAGGCTGCAAAGCAAAGGAGAAGGACTTACCGT
GCCCACGGAAGAATCAATCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATTTTGTCT
GAGAAGGAAGAGTCTGTTAAGAAAGAGCCGGAGACGCAGTTGGCAGCCAAGTCAAAGAAA
TCAGCAGCTTAAAGCTTTCTCTATTTTTTCTAGTCTCTCCTTTTTGTGTTGTTGAAAGAG
ATTTTGTTACATTTTCTCCATCTTTGCAAGACTAGAGATATATTTTCTTGGATCTTTTGT
TCAACGTTGCTGTTTGATGATGTCTAGTATTATTCATCCC

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR3FE69TF 711 0 0
GGGC
AGCCAATTCTTCCGTTTAGCAGCCATGGTGAAGTACTCGCAAGAACCCGACAATCAGACC
AAGTCATGCAAGGCTAGAGGTTCCGACCTTAGGGTTCACTTCAAGAACACCCGTGAAACA
GCGCACGCCATCAGGAAGCTACCATTGCTCAAGGCGAAGAGATACCTTGAAGATGTGATA
GCTCACAAGCAAGCTATTCCCTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGCCCAA
GCTAAGAACAGGCACTCTAACGGTCAAGGACGTTGGCCTGCGAAATCTGCTCAGTTCGTT
CTTGATTTGCTTAAGAACGCTGAGAGCAACGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCA
CTCTTCATATCACACATCCAAGTTAACCAGGCTGCAAAGCAAAGGAGAAGGACTTACCGT
GCCCACGGAAGAATCAATCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATTTTGTCT
GAGAAGGAAGAGTCTGTTAAGAAAGAGCCGGAGACGCAGTTGGCAGCCAAGTCAAAGAAA
TCAGCAGCTTAAAGCTTTCTCTATTTTTTCTAGTCTCTCCTTTTTGTGTTGTTGAAAGAG
ATTTTGTTGCATTTTCTCCATCTTTGCAAGACTAGAGATATATTTTCTTGGATCTTTTGT
TCAACGTTGCTGTTTGATGATGTCTAGTATTATTCATCC
TATCACAA

QA 5 703 5 703
DS 

RD RR3FE69JQ 695 0 0
TCCGTTTAGCAGCCATGGTGAAGTACTCGCAAGAACCCGACAATCAGACCAAGTCATGCA
AGGCTAGAGGTTCCGACCTTAGGGTTCACTTCAAGAACACCCGTGAAACAGCGCACGCCA
TCAGGAAGCTACCATTGCTCAAGGCGAAGAGATACCTTGAAGATGTGATAGCTCACAAGC
AAGCTATTCCCTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGCCCAAGCTAAGAACA
GGCACTCTAACGGTCAAGGACGTTGGCCTGCGAAATCTGCTCAGTTCGTTCTTGATTTGC
TTAAGAACGCTGAGAGCAACGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCACTCTTCATAT
CACACATCCAAGTTAACCAGGCTGCAAAGCAAAGGAGAAGGACTTACCGTGCCCACGGAA
GAATCAATCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATTTTGTCTGAGAAGGAAG
AGTCTGTTAAGAAAGAGCCGGAGACGCAGTTGGCAGCCAAGTCAAAGAAATCAGCAGCTT
AAAGCTTTCTCTATTTTTTCTAGTCTCTCCTTTTTGTGTTGTTGAAAGAGATTTTGTTGC
ATTTTCTCCATCTTTGCAAGACTAGAGATATATTTTCTTGGATCTTTTGTTCAACGTTGC
TGTTTGATGATGTCTAGTATTATTCATCC
TATCAC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3CG08TF 700 0 0
GGC
AGCCAATTCTTCCGTTTAGCAGCCATGGTGAAGTACTCGCAAGAACCCGACAATCAGACC
AAGTCATGCAAGGCTAGAGGTTCCGACCTTAGGGTTCACTTCAAGAACACCCGTGAAACA
GCGCACGCCATCAGGAAGCTACCATTGCTCAAGGCGAAGAGATACCTTGAAGATGTGATA
GCTCACAAGCAAGCTATTCCCTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGCCCAA
GCTAAGAACAGGCACTCTAACGGTCAAGGACGTTGGCCTGCGAAATCTGCTCAGTTCGTT
CTTGATTTGCTTAAGAACGCTGAGAGCAACGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCA
CTCTTCATATCACACATCCAAGTTAACCAGGCTGCAAAGCAAAGGAGAAGGACTTACCGT
GCCCACGGAAGAATCAATCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATTTTGTCT
GAGAAGGAAGAGTCTGTTAAGAAAGAGCCGGAGACGCAGTTGGCAGCCAAGTCAAAGAAA
TCAGCAGCTTAAAGCTTTCTCTATTTTTTCTAGTCTCTCCTTTTTGTGTTGTTGAAAGAG
ATTTTGTTACATTTTCTCCATCTTTGCAAGACTAGAGATATATTTTCTTGGATCTTTTGT
TCAACGTTGCTGTTTGATGATGTCTAGTATTATTCAT

QA 4 700 4 700
DS 

RD RR3CU79TF 698 0 0
GGG
AGCCAATTCTTCCGTTTAGCAGCCATGGTGAAGTACTCGCAAGAACCCGACAATCAGACC
AAGTCATGCAAGGCTAGAGGTTCCGACCTTAGGGTTCACTTCAAGAACACCCGTGAAACA
GCTCACGCCATCAGGAAGCTACCATTGCTCAAGGCGAAGAGATACCTTGAAGATGTGATA
GCTCACAAGCAAGCTATTCCCTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACTGCCCAA
GCTAAGAACAGGCACTCTAACGGTCAAGGACGTTGGCCTGCGAAATCTGCTCAGTTCGTT
CTTGATTTGCTTAAGAACGCTGAGAGCAACGCTGAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGCA
CTCTTCATATCACACATCCAAGTTAACCAGGCTGCAAAGCAAAGGAGAAGGACTTACCGT
GCCCACGGAAGAATCAATCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATTTTGTCT
GAGAAGGAAGAGTCTGTTAAGAAAGAGCCGGAGACGCAGTTGGCAGCCAAGTCAAAGAAA
TCAGCAGCTTAAAGCTTTCTCTATTTTTTCTAGTCTCTCCTTTTTGTGTTGTTGAAAGAG
ATTTTGTTACATTTTCTCCATCTTTGCAAGACTAGAGATATATTTTCTTGGATCTTTTGT
TCAACGTTGCTGTTTGATGATGTCTAGTATTATTC

QA 4 698 4 698
DS 



CO CL171Contig2 592 3 14 U
GATCCATGAAAATATATCTATTGTCTTGCAAAGATAGAGAAAAATGTAACAAAATCTCTT
TCAACAACACAAAAAGGAGAGACTTAAAAAAAAAACAAAGAAAGCTTTTAAGCTGCTGAT
TTCTTTGACTTGGCTGCCAACTGCGTCTCCGGCTCTTTCTTAACAGACTCTTCTTTCTCA
GACAAAATCAACTCAATGTGGCATGGGTTGGACATGTAAGGGTTGATTCTTCCGTGGGCA
CGGTAAGTCCTTCTCCTTTGCTTTGCAGCCTGGTTAACTTGGATGTGCGATATGAAGAGT
GCATCAACATCCAAACCTTTCACCTCAGCGTTGCTCTCAGCGTTCTTAAGCAAATCGAGA
ACGAACTGAGCAGATTTCGCAGGCCAACGTCCCTGACCGTTAGAGTGCCTGTTCTTGGCT
TGGGCAGTCCTTCCAACACCTCTGCAGAAACGGGTGAAGGGAATGGCTTGCTTGTGAGCT
ATCACATCTTCAAGGTATCTCTTCCCCTTGAGCAATGGTAGCTTCCTGATGGCGTGCGCT
GTTTCACGGGTGTTCTTGAAGTGAACCCTAAGGTCGGAACCTCTAGCCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CV10JQB U 38
AF RR3G982TF C 1
AF RR3G982JQ U 8
BS 1 7 RR3G982TF
BS 8 40 RR3G982JQ
BS 41 68 RR3CV10JQB
BS 69 69 RR3G982JQ
BS 70 80 RR3CV10JQB
BS 81 81 RR3G982JQ
BS 82 99 RR3CV10JQB
BS 100 100 RR3G982JQ
BS 101 165 RR3CV10JQB
BS 166 166 RR3G982JQ
BS 167 173 RR3CV10JQB
BS 174 174 RR3G982JQ
BS 175 180 RR3CV10JQB
BS 181 592 RR3G982JQ

RD RR3CV10JQB 150 0 0
AAA
AAAATGTAACAAAATCTCTTTCAACAACCCAAAAAGGAGAAACTTAAAAAAAAAACAAAA
AAAGCTTTTAAGCTGCTGATTTCTTTGACTTGGCTGCCAACTGCGTCTCCGGCTCTTTCT
TAACAAACTCTTCCTTCTCA
AAAAAAA

QA 4 143 4 143
DS 

RD RR3G982TF 592 0 0
GATCCATGAAAATATATCTATTGTCTTGCAAAGATAGAGAAAAATGTAACAAAATCTCTT
TCAACAACACAAAAAGGAGAGACTTAAAAAAAAAACAAAGAAAGCTTTTAAGCTGCTGAT
TTCTTTGACTTGGCTGCCAACTGCGTCTCCGGCTCTTTCTTAACAGACTCTTCTTTCTCA
GACAAAATCAACTCAATGTGGCATGGGTTGGACATGTAAGGGTTGATTCTTCCGTGGGCA
CGGTAAGTCCTTCTCCTTTGCTTTGCAGCCTGGTTAACTTGGATGTGCGATATGAAGAGT
GCATCAACATCCAAACCTTTCACCTCAGCGTTGCTCTCAGCGTTCTTAAGCAAATCGAGA
ACGAACTGAGCAGATTTCGCAGGCCAACGTCCCTGACCGTTAGAGTGCCTGTTCTTGGCT
TGGGCAGTCCTTCCAACACCTCTGCAGAAACGGGTGAAGGGAATGGCTTGCTTGTGAGCT
ATCACATCTTCAAGGTATCTCTTCGCCTTGAGCAATGGTAGCTTCCTGATGGCGTGCGCT
GTTTCACGGGTGTTCTTGAAGTGAACCCTAAGGTCGGAACCTCTAGCCTTGC

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3G982JQ 585 0 0
GAAAATATATCTATTGTCTTGCAAAGATAGAGAAAAATGTAACAAAATCTCTTTCAACAA
CACAAAAAGGAGAGACTTAAAAAAAAAACAAAGAAAGCTTTTAAGCTGCTGATTTCTTTG
ACTTGGCTGCCAACTGCGTCTCCGGCTCTTTCTTAACAGACTCTTCTTTCTCAGACAAAA
TCAACTCAATGTGGCATGGGTTGGACATGTAAGGGTTGATTCTTCCGTGGGCACGGTAAG
TCCTTCTCCTTTGCTTTGCAGCCTGGTTAACTTGGATGTGCGATATGAAGAGTGCATCAA
CATCCAAACCTTTCACCTCAGCGTTGCTCTCAGCGTTCTTAAGCAAATCGAGAACGAACT
GAGCAGATTTCGCAGGCCAACGTCCCTGACCGTTAGAGTGCCTGTTCTTGGCTTGGGCAG
TCCTTCCAACACCTCTGCAGAAACGGGTGAAGGGAATGGCTTGCTTGTGAGCTATCACAT
CTTCAAGGTATCTCTTCCCCTTGAGCAATGGTAGCTTCCTGATGGCGTGCGCTGTTTCAC
GGGTGTTCTTGAAGTGAACCCTAAGGTCGGAACCTCTAGCCTTGC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 2 11

CO CL172Contig1 858 9 23 U
GGATAACTTCGAAACTCTTGTCTAAATAATCTATAAGAAAATGAAGATGATAATCCACAT
TTTCTTCATACTCTCCCTAGTTTCATCCATCTCTTTTGCCTCTGTTCAAGACTTTTGTGT
AGCTGATCCCAAGGGTCCTCAAAGCCCATCAGGTTACTCTTGCAAGAACCCTGACCAAGT
CACCGAAAATGATTTCGCATTCTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCAT
TAAAGCCGCGGTGACACCAGCATTCGCGCCTGCTTTCGCAGGCACCAATGGCCTTGGAGT
CTCGATGGCTCGTCTTGACTTAGCAGGTGGTGGTGTCATCCCTCTTCACACTCATCCTGG
TGCGTCTGAGGTTCTTGTAGTCATACAAGGAACCATCTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGC
TAATAAGGTATACTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGATTCTATGGTGTTTCCTCAAGGGCT
TCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGCCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAG
CTCATCCCCGGGACTTCAGATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGA
ACTCGTTGAAGCCACCACCTTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCT
TGGAGGAACTAACTAAGCTTCTCTTTCGTTTTA*TTTTTCTAAGTTTTTGTGTGTGAGTG
CGTTTATGCGTTCTTTTCAAGTTGGTTTAGCATTCTGATTTTTACCGTAATGGTTGTCTT
TCTTTTTTTGTTGTTATTGTTCTCAATGTCTCATTTTATTATCTCTTTGGCTTAAATTTT
AATAAGTAATTGCATAGC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 35 35 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 
55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 30 55 55 30 55 55 40 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 25 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 20 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 30 45 45 40 40 40 15 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ31TF U 4
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AF RR3DG07TF U 1
AF RR3FJ89TF U 1
AF RR3C667TF U 1
AF RR3H556JQ C 9
AF RR3H037JQ C 19
AF RR3FJ89JQ C 104
AF RR3C667JQ C 99
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BS 562 562 RR3DG07TF
BS 563 601 RR3C667TF
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BS 603 693 RR3C667TF
BS 694 694 RR3DG07TF
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BS 751 762 RR3C667TF
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GGAACTTC
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ATTTCGCATTCTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCATTAAAGCCGCGG
TGACACCAGCCTTTGCGCCTGCTTTCGCTGGCACCAATGGCCTTGGAGTCTCGATGGCTC
GTCTTGACTTA*CAGGTGGTG*TGTCATCCCTCTTCACACTCATCCTGGTGCGTCTG

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DS 

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TTCTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCATTAAAGCCGCGGTGACACCA
GCATTCGCGCCTGCTTTCGCAGGCACCAATGGCCTTGGAGTCTCGATGGCTCGTCTTGAC
TTAGCAGGTGGTGGTGTCATCCCTCTTCACACTCATCCTGGTGCGTCTGAGGTTCTTGTA
GTCATACAAGGAACCATCTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGCTAATAAGGTATACTTGAAG
ACTCTCCAGAGAGGGGATTCTATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAAC
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ATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAGCTACCACC
TTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCTTGGAGGAACTAACTAAGCT
TCTCTTTCGT

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DS 

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GGAT
AACTTCGAAACTCTTGTCTAAATAATCTATAAGAAAATGAAGATGATAATCCACATTTTC
TTCATACTCTCCCTAGTTTCATCCATCTCTTTTGCCTCTGTTCAAGACTTCTGTGTAGCC
GATCCCAAGGGTCCTCAAAGCCCATCAGGGTACTCTTGCAAGAACCCTGACCAAGTCACC
GAAAATGATTTCGCATTCTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATTATTAAA
GCCGCGGTGACACCAGCCTTTGCTCCTGCTTTCGCTGGCACCAATGGCCTTGGAGTCTCG
ATGGCTCGTCTTGACTTAGCAGGTGGTGGTGTCATCCCTCTTCACACTCATCCTGGTGCG
TCTGAGGTTCTTGTAGTCATACAAGGAACCATCTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGCTAAT
AAGGTATACTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGATTCTATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTT
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TCCCCGGGACTTCAGATTCTACCCTT*GCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTC
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GGAACTAACTAAGCTTCTCTTTCGTTTA**TTTTTCTAAGTTTTTGTGTGTGAGTGAGTT
TACGCGTTCTTTTCAAGTTGGTTTAGCATTCTGATTTT
AC

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DS 

RD RR3FJ89TF 729 0 0
GGATAACATCA
AAACTCTTGCCTAAATAATCTATAAGAAAATGAAGATGATAATCCACATTTTCTTCATAC
TCTCCCTAGTTTCATCCATCTCTTTTGCCTCTGTTCAAGACTTTTGTGTAGCTGATCCCA
AGGGTCCTCAAAGCCCATCAGGTTACTCTTGCAAGAACCCTGACCAAGTCACCGAAAATG
ATTTCGCATTCTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCATTAAAGCCGCGG
TGACACCAGCATTCGCGCCTGCTTTCGCAGGCACCAATGGCCTTGGAGTCTCGATGGCTC
GTCTTGACTTAGCAGGTGGTGGTGTTATCCCTCTTCACACTCATCCTGGTGCGTCTGAGG
TTCTTGTAGTCATACAAGGAACCATCTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGCTAATAAGGTAT
ACTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGATTCTATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTC
AGCTTAACTCTGGGAAAGGTCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCATCCCCGG
GACTTCAGATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAG
CTACCACCTTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGG*CGTGCTTGGAGGAACTA
ACTAAGCTTCTCTTTCGTTTA**TTTTTCTAAGTTTT*GTGTGTGAGTGCGTTTATGC

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DS 

RD RR3C667TF 817 0 0
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AGCTGATCCCAAGGGTCCTCAAAGCCCATCAGGTTACTCTTGCGAGAACCCTGACCAAGT
CACCGAAAATGATTTCGCATTCTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCAT
TAAAGCCGCGGTGACACCAGCATTCGCGCCTGATTTCGCAGGCACCAATGGCCTTGGAGT
CTCGATGGCTCGTCTTGACTTAGCAGGTGGTGGTGTCACCCCTCTTCACACTCATCCTGG
TGCGTCTGAGGTTCTTGTAGTCATACAAGGAACCATCTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGC
TAATAAGGTATACTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGATTCTATGGTGTTTCCTCAAGGGCT
TCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGCCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGGAG
CTCATCCCCGGGACTTCAGATCCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGA
ATTCGTTGAAGCCACCACCTTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCT
TGGAGGAACTAACTAAGCTTCTCTTTCGTTTTATTTTTTCTAAGTTTTTGTGTGTGAGTG
CGTTTATGCGTTCTTTTCAAGTTGGTTTATCATTCTGATTTT*ACCGTAATGGTTGTCTT
TCTTTTTTTGTTGTTATTGTTC
CATGTCTCATTTTGT

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DS 

RD RR3H556JQ 824 0 0
CTTCAAAACTCTG
CTAAATAATCTATAAGAAAATGAAGATGATAATCCACATTTTCTTCATACTCTCCCTAGT
TTCATCCATCTCTTTTGCCTCTGTTCAAGACTTTTGTGTAGCTGATCCCAAGGGTCCTCA
AAGCCCATCAGGTTACTCTTGCAAGAACCCTGACCAAGTCACCGAAAATGATTTCGCATT
CTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCATTAAAGCCGCGGTGACACCAGC
ATTCGCGCCTGCTTTCGCAGGCACCAATGCCCTTGGAGTCTCGATGGCTCGTCTTGACTT
AGCAGGTGGTGGTGTCATCCCTCTTCACACTCATCCTGGTGCGTCTGAGGTTCTTGTAGT
CATACAAGGAACCATCTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGCTAATAAGGTATACTTGAAGAC
TCTCCAGAGAGGGGATTCTATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTC
TGGGAAAGGTCCTGCCTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCATCCCCGGGACTTCAGAT
TCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAGCTACCCCCTT
CCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCTTGGAGGAACTAACTAAGCTTC
TCTTTCGTTTTA*TTTTTCTAAGTTTTTGTGTGTGAGTGCGTTTATGCGTTTTTTTCGAG
TTGGTTTAGCATTCTGATTTTTACCGTAATGGTTGTCTTTCTTTTTTTGTTGTTATTGTT
CTCAATGTCTCATTTTATTATCTCTTTGG
TT

QA 14 822 14 822
DS 

RD RR3H037JQ 837 0 0
TGTCTAAATAATCTATAAGAAAATGAAGATGATAATCCACATTTTCTTCATACTCTCCCT
AGTTTCATCCATCTCTTTTGCCTCTGTTCAAGACTTTTGTGTAGCTGATCCCAAGGGTCC
TCAAAGCCCATCAGGTTACTCTTGCAAGAACCCTGACCAAGTCACCGAAAATGATTTCGC
ATTCTCCGGCCTCGCCAAAGCTGGAAACACATCGAACATCATTAAAGCCGCGGTGACACC
AGTATTCGCGCCTGCTTTCGCAGGCACCAATGGCCTTGGAGTCTCGATGGCTCGTCTTGA
CTTAGCAGGTGGTGGTGTCATCCCTCTTCACACTCATCCTGGTGCGTCTGAGGTTCTTGT
AGTCATACAAGGAACCATCTGCGCCGGGTTTATTTCCTCTGCTAATAAGGTATACTTGAA
GACTCTCCAGAGAGGGGATTCTATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAA
CTCTGGGAAAGGCCCTGCCTTGGCCTTCGTTGCCTTTGGGAGCTCATCCCCGGGACTTCA
GATCCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTC*GAACTCGTTGAAGCCACCAC
CTTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAGAAGCTTAAGGGCGTGCTTGGAGGAACTAACTAAGC
TTCTCTTTCGTTTTATTTTTTCTAAGTTTTTGTGTGTGAGTGCGTTTATGCGTTCTTTTC
AAGTTGGTTTAGCATTCTGATTTTTACCGTAATGGTTGTCTTTCTTTTTTTGTTGTTATT
GTTCTCAATGTCTCATTTTGTTATCTCTTTGGCTTAAATTTTAATAAGTAATTGC
AT

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DS 

RD RR3FJ89JQ 750 0 0
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AACACATCGAACATCATTAAAGCCGCGGTGACACCAGCATTCGCGCCTGCTTTCGCAGGC
ACCAATGGCCTTGGAGTCTCGATGGCTCGTCTTGACTTAGCAGGTGGTGGTGTTATCCCT
CTTCACACTCATCCTGGTGCGTCTGAGGTTCTTGTAGTCATACAAGGAACCATTTGCGCC
GGGTTTATTTCCTCTGCTAATAAGGTATACTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGATTCTATG
GTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGTCCTGCCTTGGCC
TTTGTTGCCTTTGGAAGCTCATCCCCGGGACTTCAGATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCA
AATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAGCTACCACCTTCCTTAGTGATGAACAAGTTAAG
AAGCTTAAGGGCGTGCTTGGAGGAACTAACTAAGCTTCTCTTTCGTTTTA*TTTTTCTAA
GTTTTTGTGTGTGAGTGCGTTTATGCGTTTTTTTCGAGTTGGTTTAGCATTCTGATTTTT
ACCGTAATGGTTGTCTTTCTTTTTT*GTTGTTATTGTTCTCAATGTCTCATTTTATTATC
ACTTTGGGTTAAATTTTAATAAGTAATTGC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3C667JQ 760 0 0
G
CTCTGTTCAAGACTTTTGTGTAGCTGATCCCAAGGGTCCTCAAAGCCCATCAGGTTACTC
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TGGAAACACATCGAACATCATTAAAGCCGCGGTGACACCAGCATTCGCGCCTGATTTCGC
AGGCACCAATGGCCTTGGAGTCTCGATGGCTCGTCTTGACTTAGCAGGTGGTGGTGTCAC
CCCTCTTCACACTCATCCTGGTGCGTCTGAGGTTCTTGTAGTCATACAAGGAACCATCTG
CGCCGGGTTTATTTCCTCTGCTAATAAGGTATACTTGAAGACTCTCCAGAGAGGGGATTC
TATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTCTGGGAAAGGCCCTGCCTT
GGCCTTTGTTGCCTTTGGGAGCTCATCCCCGGGACTTCAGATCCTACCATTTGCTCTGTT
TGCAAATGATTTGCCTTCAGAATTCGTTGAAGCCACCACCTTCCTTAGTGATGAACAAGT
TAAGAAGCTTAAGGGCGTGCTTGGAGGAACTAACTAAGCTTCTCTTTCGTTTTATTTTTT
CTAAGTTTTTGTGTGTGAGTGCGTTTATGCGTTCTTTTCAAGTTGGTTTATCATTCTGAT
TTTTACCGTAATGGTTGTCTTTCTTTTTTTGTTGTTATTGTTC*CAATGTCTCATTTTGT
TATCTCTTTGGCTTAAATTTTAATAAGTAATTGCATAGC

QA 2 760 2 760
DS 



CO CL172Contig2 682 2 5 U
GCTATGCAATTACTTATTAAAATTTAAGCCAAAGAGATGATAAAATGAGACATTGAGAAC
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GGTGGCTTCAACGAGTTCTGAAGGCAAATCATTTGCAAACAGAGCAAAGGGTAGAATCTG
AAGTCCCGGGGATGAGCTTCCAAAGGCAACAAAGGCCAAGGCAGGGCCTTTCCCAGAGTT
AAGCTGAAAATGAAGAAGCCCTTGAGGAAACACCATAGAATCCCCTCTCTGGAGAGTCTT
CAAGTATACCTTATTAGCAGAGGAAATAAACCCGGCGCAGATGGTTCCTTGTATGACTAC
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AAGACGAGCCATCGAGACTCCAAGGCCATTGGTGCCAGCGAAAGCAGGAGCAAAGGCTGG
TGTCACCGCGGCTTTAATAATGTTCGATGTGTTTCCAGCTTTGGCGAGGCCGGAGAATGC
GAAATCATTTTCGGTGACTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ31JQ U 31
AF RR3DG07JQ U 1
BS 1 157 RR3DG07JQ
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BS 289 682 RR3DG07JQ

RD RR3EQ31JQ 594 0 0
AAAGAGATGATAAAATGAGACATTGAGAACAGTAACAACAAAAAAGAAAGACAACCATTA
CGGTAAAAATCAGAATGCTAAACCAACTTGAAAAGAACGCGTAAACTCACTCACACACAA
AAACTTAAAAAAATAAAACGAAAGAGAAGCTTAGTTAGTTCCTCCAAGCACGCCCTTAAG
CTTCTTAACTTGTTCATCACTAAGGAAGGTGGTGGCTTCAACGAGTTCTGAAGGCAAATC
ATTTGCAAACAGAGCAAAGGGTAGAATCTGAAGTCCCGGGGATGAGCTTCCAAAGGCAAC
AAAGGCCAAGGCAGGGCCTTTCCCAGAGTTAAGCTGAAAATGAAGAAGCCCTTGAGGAAA
CACCATAGAATCCCCTCTCTGGAGAGTCTTCAAGTATACCTTATTAGCAGAGGAAATAAA
CCCGGCGCAGATGGTTCCTTGTATGACTACAAGAACCTCAGACGCACCAGGATGAGTGTG
AAGAGGGATGACACCACCACCTGCTAAGTCAAGACGAGCCATCGAGACTCCAAGGCCATT
GGTGCCAGCGAAAGCAGGCGCAAAGGCTGGTGTCACCGCGGCTTTAATGATGTT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3DG07JQ 682 0 0
GCTATGCAATTACTTATTAAAATTTAAGCCAAAGAGATGATAAAATGAGACATTGAGAAC
AGTAACAACAAAAAAGAAAGACAACCATTACGGTAAAAATCAGAATGCTAAACCAACTTG
AAAAGAACGCGTAAACTCACTCACACACAAAAACTTAGAAAAATAAAACGAAAGAGAAGC
TTAGTTAGTTCCTCCAAGCACGCCCTTAAGCTTCTTAACTTGTTCATCACTAAGGAAGGT
GGTGGCTTCAACGAGTTCTGAAGGCAAATCATTTGCAAACAGAGCAA*GGGTAGAATCTG
AAGTCCCGGGGATGAGCTTCCAAAGGCAACAAAGGCCAAGGCAGGGCCTTTCCCAGAGTT
AAGCTGAAAATGAAGAAGCCCTTGAGGAAACACCATAGAATCCCCTCTCTGGAGAGTCTT
CAAGTATACCTTATTAGCAGAGGAAATAAACCCGGCGCAGATGGTTCCTTGTATGACTAC
AAGAACCTCAGACGCACCAGGATGAGTGTGAAGAGGGATGACACCACCACCTGCTAAGTC
AAGACGAGCCATCGAGACTCCAAGGCCATTGGTGCCAGCGAAAGCAGGAGCAAAGGCTGG
TGTCACCGCGGCTTTAATAATGTTCGATGTGTTTCCAGCTTTGGCGAGGCCGGAGAATGC
GAAATCATTTTCGGTGACTTGG

QA 1 682 1 682
DS 



AS 2 12

CO CL173Contig1 393 2 3 U
AAACGATAAGAACCAAAAATTTAGATAAAACAAGGAAAGCTCAATTGTTCAACAAGGAAA
TCATAAAGCATTTATAAAATCCAGTACAACATTCAAAAGCTTTAAAAAAAAATCCAAAGG
ACAGCAACTGCATAAGCAACACCGGATCTTTAACGGTACTTGATGAATCCGATTTCCTTG
GCGTTGCTACGGAAGCACTGTCTACAGCAGTTAAGCCCATACTTCCTGATTACCCCGTGC
GAGTTTCCGCACACACGGCAGGTGCGGGAACCAGGCCCGTACTTCTTGGGGTGAGAGTTC
CAGATCGCAGCAAAACCCATGGTTTTCGAATGCTTCAAGTGCGAGAAGCTAGAAGACGAA
GATGAACGGCGTGAAAACACTCGAAAACCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AC68JQ U 19
AF RR3AC68TF C 1
BS 1 24 RR3AC68TF
BS 25 239 RR3AC68JQ
BS 240 393 RR3AC68TF

RD RR3AC68JQ 221 0 0
ATTTAA
ATAAAACAAGGAAAGCTCAATTGTTCAACAAGGAAATCATAAAGCATTTATAAAATCCAG
TACAACATTCAAAAGCTTTAAAAAAAAATCCAAAGGACAGCAACTGCATAAGCAACACCG
GATCTTTAACGGTACTTGATGAATCCGATTTCCTTGGCGTTGCTACGGAAGCACTGTCTA
CAGCAGTTAAGCCCATACTTCCTGATTACCCCGTG

QA 7 221 7 221
DS 

RD RR3AC68TF 393 0 0
AAACGATAAGAACCAAAAATTTAGATAAAACAAGGAAAGCTCAATTGTTCAACAAGGAAA
TCATAAAGCATTTATAAGATCCAGTACAACATTCAAAAGCTTTAAAAAAAAATCCAAAGG
ACAGCAACTGCATAAGCAACACCGGATCTTTAACGGTACTTGATGAATCCGATTTCCTTG
GCGTTGCTACGGAAGCACTGTCTACAGCAGTTAAGCCCATACTTCCTGATTAGCCCGTGC
GAGTTTCCGCACACACGGCAGGTGCGGGAACCAGGCCCGTACTTCTTGGGGTGAGAGTTC
CAGATCGCAGCAAAACCCATGGTTTTCGAATGCTTCAAGTGCGAGAAGCTAGAAGACGAA
GATGAACGGCGTGAAAACACTCGAAAACCCTCC

QA 1 393 1 393
DS 



CO CL173Contig2 420 10 3 U
CTAAATTTAAACGATAATCATATTGTAGTAGAACCAAAAATTGTTGATAAAACAAGGAAA
GCTCAATTGTTCAACGAGGAAATCATAAAGCATTTATAAGATCCAGTACAACATTCAAAA
GCTTTAAGAAAAAAAATCCAAACGACAGCAACTGACTGCATAAGCAACACCGGCTCTTTA
ACGGTACTTGATGAATCCGATTTCCTTGGCGTTGCTGCGGAAGCACTGTCTACAGCAGTT
AAGTCCATACTTCCTGATTAGCCCGTGCGAGTTTCCGCACACACGGCAGGTGCGGGAACC
AGGCCCGTACTTCTTGGGATGAGAGTTCCAGATCGCAGCGAAACCCATGGTTTTCGAGTG
CTCAAGTGCGAGAAGCTAGAAGACGAAGATGAACGGCGTGAAAACACTCGAAAACCCTCC


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 35 35 

AF RR3BG75JQ U 1
AF RR3D355JQ U 4
AF RR3AA57JQ U 12
AF RR3BG75TF C 1
AF RR3D355TF C 4
AF RR3AA57TF C 12
AF RR3DQ28TF C 26
AF RR3DQ28JQ U 30
AF RR3DY33JQ U 17
AF RR3DY33TF C 17
BS 1 387 RR3BG75JQ
BS 388 388 RR3D355JQ
BS 389 420 RR3BG75JQ

RD RR3BG75JQ 420 0 0
CTAAATTTAAACGATAATCATATTGTAGTAGAACCAAAAATTGTTGATAAAACAAGGAAA
GCTCAATTGTTCAACGAGGAAATCATAAAGCATTTATAAGATCCAGTACAACATTCAAAA
GCTTTAAGAAAAAAAATCCAAACGACAGCAACTGACTGCATAAGCAACACCGGCTCTTTA
ACGGTACTTGATGAATCCGATTTCCTTGGCGTTGCTGCGGAAGCACTGTCTACAGCAGTT
AAGTCCATACTTCCTGATTAGCCCGTGCGAGTTTCCGCACACACGGCAGGTGCGGGAACC
AGGCCCGTACTTCTTGGGATGAGAGTTCCAGATCGCAGCGAAACCCATGGTTTTCGAGTG
CTCAAGTGCGAGAAGCTAGAAGACGAAAATGAACGGCGTGAAAACACTCGAAAACCCTCC

QA 1 420 1 420
DS 

RD RR3D355JQ 415 0 0
AATTTAAACGATAATCATATTGTAGTAGAACCAAAAATTGTTGATAAAACAAGGAAAGCT
CAATTGTTCAACGAGGAAATCATAAAGCATTTATAAGATCCAGTACAACATTCAAAAGCT
TTAAGAAAAAAAATCCAAACGACAGCAACTGACTGCATAAGCAACACCGGCTCTTTAACG
GTACTTGATGAATCCGATTTCCTTGGCGTTGCTGCGGAAGCACTGTCTACAGCAGTTAAG
TCCATACTTCCTGATTAGCCCGTGCGAGTTTCCGCACACACGGCAGGGGCGGGAACCAGG
CCCGTACTTCTTGGGATGAGAGTTCCAGATCGCAGCGAAACCCATGGTTTTCGAGTGCTC
AAGTGCGAGAAGCTAGAAGACGAAGATGAACGGCGTGAAAACACTCGAAAACCCT

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR3AA57JQ 376 0 0
CGATAATCATATTGTAGTAAAACCAAAAATTGTTGATAAAACAAGGAAAGCTCAATTGTT
CAACGAGGAAATCATAAAGCATTTATAAGATCCAGTACAACATTCAAAAGCTTTAAAAAA
AAAAATCCAAACGACAGCAACTGACTGCATAAGCAACACCGGCTCTTTAACGGTACTTGA
TGAATCCGATTTCCTTGGCGTTGCTGCGGAAGCACTGTCTACAGCAGTTAAGTCCATACT
TCCTGATTAGCCCGTGCGAGTTTCCGCACACACGGCAGGGGCGGGAACCAGGCCCGTACT
TCTTGGGATGAGAGTTCCAGATCGCAGCGAAACCCATGGTTTTCGAGTGCTCAAGTGCGA
GAAGCTAGAAAACGAA

QA 1 376 1 376
DS 

RD RR3BG75TF 420 0 0
CTA
AATTTAAACGATAATCATATTGTAGTAGAACCAAAAATTGTTGATAAAACAAGGAAAGCT
CAATTGTTCAACGAGGAAATCATAAAGCATTTATAAGATCCAGTACAACATTCAAAAGCT
TTAAGAAAAAAAATCCAAACGACAGCAACTGACTGCATAAGCAACACCGGCTCTTTAACG
GTACTTGATGAATCCGATTTCCTTGGCGTTGCTGCGGAAGCACTGTCTACAGCAGTTAAG
TCCATACTTCCTGATTAGCCCGTGCGAGTTTCCGCACACACGGCAGGTGCGGGAACCAGG
CCCGTACTTCTTGGGATGAGAGTTCCAGATCGCAGCGAAACCCATGGTTTTCGAGTGCTC
AAGTGCGAGAAGCTAGAAGACGAAGATGAACGGCGTGAAAACACTCGAAAACCCTCC

QA 4 420 4 420
DS 

RD RR3D355TF 415 0 0
AATTTAAACGATAATCATATTGTAGTAGAACCAAAAATTGTTGATAAAACAAGGAAAGCT
CAATTGTTCAACGAGGAAATCATAAAGCATTTATAAGATCCAGTACAACATTCAAAAGCT
TTAAGAAAAAAAATCCAAACGACAGCAACTGACTGCATAAGCAACACCGGCTCTTTAACG
GTACTTGATGAATCCGATTTCCTTGGCGTTGCTGCGGAAGCACTGTCTACAGCAGTTAAG
TCCATACTTCCTGATTAGCCCGTGCGAGTTTCCGCACACACGGCAGGTGCGGGAACCAGG
CCCGTACTTCTTGGGATGAGAGTTCCAGATCGCAGCGAAACCCATGGTTTTCGAGTGCTC
AAGTGCGAGAAGCTAGAAGACGAAGATGAACGGCGTGAAAACACTCGAAAACCCT

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR3AA57TF 409 0 0
CGATAATCATATTGTAGTAGAACCAAAAATTGTTGATAAAACAAGGAAAGCTCAATTGTT
CAACGAGGAAATCATAAAGCATTTATAAGATCCAGTACAACATTCAAAAGCTTTAAGAAA
AAAAATCCAAACGACAGCAACTGACTGCATAAGCAACACCGGCTCTTTAACGGTACTTGA
TGAATCCGATTTCCTTGGCGTTGCTGCGGAAGCACTGTCTACAGCAGTTAAGTCCATACT
TCCTGATTAGCCCGTGCGAGTTTCCGCACACACGGCAGGTGCGGGAACCAGGCCCGTACT
TCTTGGGATGAGAGTTCCAGATCGCAGCGAAACCCATGGTTTTCGAGTGCTCAAGTGCGA
GAAGCTAGAAGACGAAGATGAACGGCGTGAAAACACTCGAAAACCCTCC

QA 1 409 1 409
DS 

RD RR3DQ28TF 395 0 0
TTTTG
GAACCAAAAATTGTTGATAAAACAAGGAAAGCTCAATTGTTCAACGAGGAAATCATAAAG
CATTCATAAGATCCAGTACAACATTCAAAAGCTTTAAGAAAAAAAATCCAAACGACAGCA
ACTGACTGCATAAGCAACACCGGCTCTTTAACGGTACTTGATGAATCCGATTTCCTTGGC
GTTGCTGCGGAAGCACTGTCTACAGCAGTTAAGTCCATACTTCCTGATTAGCCCGTGCGA
GTTTCCGCACATACGGCAGGTGCGGGAACCAGGCCCGTACTTCTTGGGATGAGAGTTCCA
GATCGCAGCGAAACCCATGGTTTTCGAGTGCTCAAGTGCGAGAAGCTAGAAGACGAAGAT
GAACGGCGTGAAAACACTCGAAAACCCTCC

QA 6 395 6 395
DS 

RD RR3DQ28JQ 391 0 0
G
GAACCAAAAATTGTTGATAAAACAAGGAAAGCTCAATTGTTCAACGAGGAAATCATAAAG
CATTCATAAGATCCAGTACAACATTCAAAAGCTTTAAGAAAAAAAATCCAAACGACAGCA
ACTGACTGCATAAGCAACACCGGCTCTTTAACGGTACTTGATGAATCCGATTTCCTTGGC
GTTGCTGCGGAAGCACTGTCTACAGCAGTTAAGTCCATACTTCCTGATTAGCCCGTGCGA
GTTTCCGCACATACGGCAGGTGCGGGAACCAGGCCCGTACTTCTTGGGATGAGAGTTCCA
GATCGCAGCGAAACCCATGGTTTTCGAGTGCTCAAGTGCGAGAAGCTAGAAGACGAAGAT
GAACGGCGTGAAAACACTCGAAAACCCTCC

QA 2 391 2 391
DS 

RD RR3DY33JQ 402 0 0
ATCATATTGTAGTAGAACCAAAAATTGTTGATAAAACAAGGAAAGCTCAATTGTTCAACG
AGGAAATCATAAAGCATTTATAAGATCCAGTACAACATTCAAAAGCTTTAAGAAAAAAAA
TCCAAACGACAGCAACTGACTGCATAAGCAACACCGGCTCTTTAACGGTACTTGATGAAT
CCGATTTCCTTAGCGTTGCTGCGGAAGCACTGTCTACAGCAGTTAAGTCCATACTTCCTG
ATTAGCCCGTGCGAGTTTCCGCACACACGGCAGGGGCGGGAACCAGGCCCGTACTTCTTG
GGATGAGAGTTCCAGATCGCAGCGAAACCCATGGTTTTCGAGTGCTCAAGTGCGAGAAGC
TAGAAGACGAAGATGAACGGCGTGAAAACACTCGAAAACCCT

QA 1 402 1 402
DS 

RD RR3DY33TF 402 0 0
ATCATATTGTAGTAGAACCAAAAATTGTTGATAAAACAAGGAAAGCTCAATTGTTCAACG
AGGAAATCATAAAGCATTTATAAGATCCAGTACAACATTCAAAAGCTTTAAGAAAAAAAA
TCCAAACGACAGCAACTGACTGCATAAGCAACACCGGCTCTTTAACGGTACTTGATGAAT
CCGATTTCCTTAGCGTTGCTGCGGAAGCACTGTCTACAGCAGTTAAGTCCATACTTCCTG
ATTAGCCCGTGCGAGTTTCCGCACACACGGCAGGTGCGGGAACCAGGCCCGTACTTCTTG
GGATGAGAGTTCCAGATCGCAGCGAAACCCATGGTTTTCGAGTGCTCAAGTGCGAGAAGC
TAGAAGACGAAGATGAACGGCGTGAAAACACTCGAAAACCCT

QA 1 402 1 402
DS 



AS 3 12

CO CL174Contig1 797 2 4 U
GGAACACACAGACAGTAAGGGGAAGCAAAAATGGTGTCGGGATCAGGTATATGCTCGAAG
CGCGTGGTCGTGGACGCGCGCCACCACATGCTGGGGCGTCTGGCGTCGATCGTGGCCAAG
GAGCTGCTTAACGGGCAGAAGGTCGTCCTCGTTAGATGCGAGGAGATTTGCCTCTCCGGT
GGACTCGTCCGCCAGAAAATGAAGTACATGAGGTTCCTTCGCAAACGTATGAACACGAAG
CCTTCTCACGGACCCATTCACTTCCGTGCTCCTTCCAAGATCTTCTGGCGTACTGTTCGC
GGTATGATTCCACACAAAACGAAGCGTGGAGCAGCTGCACTTGCACGCATGAAGGTGTTT
GAAGGTGTGCCTCCACCGTATGACAAGGTCAAGAGGATGGTCATCCCCGATGCTCTCAAG
GTCTTGAGGCTTCAAGCTGGTCACAAGTACTGTCTGTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAAGTT
GGGTGGAACCACTATGACACCATCAAGGAGCTGGAGACGAATAGGAAGGAGAGATCTCAA
GTTGTTTACGAACGTAAGAAGCAGCTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGCGGCT
GAGGAGAAGCTTGGAGCACAGCTCGAGATTCTTGCACCAGTCAAGTACTGAGATGATCAC
TAGTAGTTTGTCGTCTTTGCATGTTTTGAGCCTACCTATAATACTTTTTTCACTTTCGCT
TAGGTTTGTATCGGATTTTGCCCTAATGTTTTCTTTCTTGTGTTACAATTTATTTATATC
CCATGTCTTTCTACTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR10TF U 1
AF RR3BR10JQ C 4
BS 1 726 RR3BR10TF
BS 727 727 RR3BR10JQ
BS 728 758 RR3BR10TF
BS 759 797 RR3BR10JQ

RD RR3BR10TF 761 0 0
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CGCGTGGTCGTGGACGCGCGCCACCACATGCTGGGGCGTCTGGCGTCGATCGTGGCCAAG
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CCTTCTCACGGACCCATTCACTTCCGTGCTCCTTCCAAGATCTTCTGGCGTACTGTTCGC
GGTATGATTCCACACAAAACGAAGCGTGGAGCAGCTGCACTTGCACGCATGAAGGTGTTT
GAAGGTGTGCCTCCACCGTATGACAAGGTCAAGAGGATGGTCATCCCCGATGCTCTCAAG
GTCTTGAGGCTTCAAGCTGGTCACAAGTACTGTCTGTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAAGTT
GGGTGGAACCACTATGACACCATCAAGGAGCTGGAGACGAATAGGAAGGAGAGATCTCAA
GTTGTTTACGAACGTAAGAAGCAGCTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGCGGCT
GAGGAGAAGCTTGGAGCACAGCTCGAGATTCTTGCACCAGTCAAGTACTGAGATGATCAC
TAGTAGTTTGTCGTCTTTGCATGTTTTGAGCCTACCTATAATACTTTTTTCACTTTCGCT
TAGGTT*GTATCGGATTTTGCCCTAATGTTTTCTTTCT
GTG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3BR10JQ 794 0 0
ACACACAGACAGT
AAGGGGAAGCAAAAATGGTGTCGGGATCAGGTATATGCTCGAAGCGCGTGGTCGTGGACG
CGCGCCACCACATGCTGGGGCGTCTGGCGTCGATCGTGGCCAAGGAGCTGCTTAACGGGC
AGAAGGTCGTCCTCGTTAGATGCGAGGAGATTTGCCTCTCCGGTGGACTCGTCCGCCAGA
AAATGAAGTACATGAGGTTCCTTCGCAAACGTATGAACACGAAGCCTTCTCACGGACCCA
TTCACTTCCGTGCTCCTTCCAAGATCTTCTGGCGTACTGTTCGCGGTATGATTCCACACA
AAACGAAGCGTGGAGCAGCTGCACTTGCACGCATGAAGGTGTTTGAAGGTGTGCCTCCAC
CGTATGACAAGGTCAAGAGGATGGTCATCCCCGATGCTCTCAAGGTCTTGAGGCTTCAAG
CTGGTCACAAGTACTGTCTGTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAAGTTGGGTGGAACCACTATG
ACACCATCAAGGAGCTGGAGACGAATAGGAAGGAGAGATCTCAAGTTGTTTACGAACGTA
AGAAGCAGCTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGCGGCTGAGGAGAAGCTTGGAG
CACAGCTCGAGATTCTTGCACCAGTCAAGTACTGAGATGATCACTAGTAGTTTGTCGTCT
TTGCATGTTTTGAGCCTACCTATAATACTTTTTTCACTTTCGCTTAGGTTTGTATCGGAT
TTTGCCCTAATGTTTTCTTTCTTGTGTTACAATTTATTTATATCCCATGTCTTTCTACTC
T

QA 14 794 14 794
DS 



CO CL174Contig2 824 4 12 U
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CTGCTCAACGGGCAGAAGGTCGTCATCGTTAGATGCGAGGAGATTTGCCTCTCCGGTGGA
CTCGTTCGCCAGAAAATGAAGTACATGAGGTTCCTTCGCAAACGTATGAACACGAAGCCT
TCTCACGGACCCATTCACTTCCGTGCTCCTTCAAAGATCTTCTGGCGTACTGTTCGCGGT
ATGATTCCACACAAGACGAAGCGTGGAGCTGCTGCACTTGCCCGAATGAAGGTGTTTGAA
GGTGTGCCTCCACCGTATGACAAGGTCAAGAGGATGGTCATCCCCGATGCTCTCAAGGTG
TTGAGGCTTCAAGCTGGTCACAAGTACTGTCTGTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAAGTCGGG
TGGAACCACTACGACACCATCAAGGAGCTGGAGACGAAGAGGAAGGAGAGATCCCAAGTT
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TGGTATTGGATTTTGCCGTAATGTTTTCTTTCTCGAGTTACAGTTTATTTATATCCCATG
TCTTTCTACTTCTCTTTTTAACTTCTATCAGAATTTGTTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DD69TF U 1
AF RR3A803JQ C 89
AF RR3DD69JQ C 331
AF RR3A803TF U 89
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DS 

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G
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TCTGTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAAGTCGGGTGGAACCACTACGACACCATCAAGGAGCT
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DS 

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CTTAGAGCTAAGGCTGAGAAGGTGGCTGAAGAGAAGCTCGGAGCACAGCTCGACATTCTT
GCACCAGTCAAGTACTGAGATGATCACTAGTAGTTTGTCTTTGCATGTTT*GAGCCGACC
TATAATACTTTTTTCACTTTCACTTAGGTGTGGTATTGGATTTTGCCGTAATGTTTTTTT
TCTCGAGTTACAGTTTATTTATATCCCATGTCTTT
TT

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR3A803TF 736 0 0
G
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TTCAAAGATCTTCTGGCGTACTGTTCGCGGTATGATTCCACACAAGACGAAGCGTGGAGC
TGCTGCACTTGCCCGCATGAAGGTGTTTGAAGGTGTGCCTCCACCGTATGACAAGGTCAA
GAGGATGGTCATCCCCGATGCTCTCAAGGTGTTGAGGCTTCAAGCTGGTCACAAGTACTG
TCTGTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAAGTCGGGTGGAACCACTACGACACCATCAAGGAGCT
GGAGACGAAGAGGAAGGAGAGATCCCAAGTTGTTTACGAGCGTAAGAAGCAGCTTAACAA
ACTTAGAGCTAAGGCTGAGAAGGTGGCTGAAGAGAAGCTCGGAGCACAGCTCGACATTCT
TGCACCAGTCAAGTACTGAGATGATCACTAGTAGTTTGTCTTTGCATGTTTTGAGCCGAC
CTATAATACTTTTTTCACTTTCACTTAGGTGTGGTATTGGATTTTGCCGTAATGTTTTCT
TTCTCGAGTTACAGTTTATTTATATCCCATGTCTTTCTACTTCTCTTTTTAACTTCTATC
AGAATTTGTTTATCC

QA 2 736 2 736
DS 



CO CL174Contig3 799 6 12 U
GGGAACATACAGACAGAAGGTGAAGCAAAAATGGTGTCGGGATCAGGTATATGCTCGAAG
CGCGTTGTCGTCGACGCGCGACACCACATGCTGGGGCGTTTGGCGTCGATCGTGGCCAAG
GAGCTGCTCAACGGGCAGAAGGTCGTCATCGTTAGATGCGAGGAGATTTGCCTCTCCGGT
GGACTCGTTCGGCAGAAAATGAAGTACATGAGGTTCCTTCGCAAACGTATGAACACGAAG
CCTTCTCATGGACCCATTCACTTCCGTGCTCCTTCCAAGATCTTCTGGCGTACTGTTCGC
GGTATGATTCCACACAAAACGAAGCGTGGAGCAGCTGCACTTGCACGCATGAAGGTGTTT
GAAGGTGTGCCTCCACCGTATGACAAGGTCAAGAGGATGGTCATCCCCGATGCTCTGAAG
GTCTTGAGGCTTCAAGCTGGTCACAAATACTGTCTTTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAAGTC
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GTTGTTTACGAGCGTAAGAAGCAGCTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGTGGCT
GAGGAGAAGCTTGGAGCACAGCTCGAGATTCTTGCACCAGTCAAGTACTGAGATGATCAC
TAGTAGTTTGTCGTCTTTGCATGTTTTGAGCCTACCTATAATACTTTTTTCACTTTCACT
TAGGTGTTGTATCGGATTTTGCCGTAATGTTTTCTTTCTTGAGTTACAATTTATTTATAT
CCCATGTCTTTCTACTCTC


BQ
10 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR3GS34TF U 1
AF RR3DH55TF U 3
AF RR3DH55JQ C 3
AF RR3GS34JQ C 128
AF RR3D921JQ C 419
AF RR3D921TF U 200
BS 1 7 RR3GS34TF
BS 8 8 RR3DH55TF
BS 9 141 RR3GS34TF
BS 142 142 RR3DH55TF
BS 143 723 RR3GS34TF
BS 724 724 RR3D921TF
BS 725 737 RR3GS34TF
BS 738 739 RR3DH55TF
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BS 741 752 RR3DH55TF
BS 753 797 RR3D921TF
BS 798 799 RR3GS34JQ

RD RR3GS34TF 737 0 0
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CGCGTTGTCGTCGACGCGCGACACCACATGCTGGGGCGTTTGGCGTCGATCGTGGCCAAG
GAGCTGCTCAACGGGCAGAAGTTCGTCATCGTTAGATGCGAGGAGATTTGCCTCTCCGGT
GGACTCGTTCGGCAGAAAATGAAGTACATGAGGTTCCTTCGCAAACGTATGAACACGAAG
CCTTCTCATGGACCCATTCACTTCCGTGCTCCTTCCAAGATCTTCTGGCGTACTGTTCGC
GGTATGATTCCACACAAAACGAAGCGTGGAGCAGCTGCACTTGCACGCATGAAGGTGTTT
GAAGGTGTGCCTCCACCGTATGACAAGGTCAAGAGGATGGTCATCCCCGATGCTCTGAAG
GTCTTGAGGCTTCAAGCTGGTCACAAATACTGTCTTTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAAGTC
GGGTGGAACCACTATGACACCATCAAGGAGCTGGAGACGAAGAGGAAGGAGAGATCTCAA
GTTGTTTACGAGCGTAAGAAGCAGCTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGTGGCT
GAGGAGAAGCTTGGAGCACAGCTCGAGATTCTTGCACCAGTCAAGTACTGAGATGATCAC
TAGTAGTTTGTCGTCTTTGCATGTTTTGAGCCTACCTATAATACTTTTTTCACTTTCACT
TAG*TGTTGTATCGGAT

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DS 

RD RR3DH55TF 760 0 0
GAACATACAGACAGAAGGTGAAGCAAAAATGGTGTCGGGATCAGGTATATGCTCGAAGCG
CGTTGTCGTCGACGCGCGACACCACATGCTGGGGCGTTTGGCGTCGATCGTGGCCAAGGA
GCTGCTCAACGGGCAGAAGGTCGTCATCGTTAGATGCGAGGAGATTTGCCTCTCCGGTGG
ACTCGTTCGGCAGAAAATGAAGTACATGAGGTTCCTTCGCAAACGTATGAACACGAAGCC
TTCTCATGGACCCATTCACTTCCGTGCTCCTTCCAAGATCTTCTGGCGTACTGTTCGCGG
TATGATTCCACACAAAACGAAGCGTGGAGCAGCTGCACTTGCACGCATGAAGGTGTTTGA
AGGTGTGCCTCCACCGTATGACAAGGTCAAGAGGATGGTCATCCCCGATGCTCTGAAGGT
CTTGAGGCTTCAAGCTGGTCACAAATACTGTCTTTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAAGTCGG
GTGGAACCACTATGACACCATCAAGGAGCTGGAGACGAAGAGGAAGGAGAGATCTCAAGT
TGTTTACGAGCGTAAGAAGCAGCTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGTGGCTGA
GGAGAAGCTTGGAGCACAGCTCGAGATTCTTGCACCAGTCAAGTACTGAGATGATCACTA
GTAGTTTGTCGTCTTTGCATGTTTTGAGCCTACCTATAATACTTTTTTCACTTTCACTTA
G*TGTTGTATCGGATTT*GCCGTAATGTTT
CTTTCTGAGT

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DS 

RD RR3DH55JQ 796 0 0
GAACATACAGACAGAAGGTGAAGCAAAAATGGTGTCGGGATCAGGTATATGCTCGAAGCG
CGTTGTCGTCGACGCGCGACACCACATGCTGGGGCGTTTGGCGTCGATCGTGGCCAAGGA
GCTGCTCAACGGGCAGAAGGTCGTCATCGTTAGATGCGAGGAGATTTGCCTCTCCGGTGG
ACTCGTTCGGCAGAAAATGAAGTACATGAGGTTCCTTCGCAAACGTATGAACACGAAGCC
TTCTCATGGACCCATTCACTTCCGTGCTCCTTCCAAGATCTTCTGGCGTACTGTTCGCGG
TATGATTCCACACAAAACGAAGCGTGGAGCAGCTGCACTTGCACGCATGAAGGTGTTTGA
AGGTGTGCCTCCACCGTATGACAAGGTCAAGAGGATGGTCATCCCCGATGCTCTGAAGGT
CTTGAGGCTTCAAGCTGGTCACAAATACTGTCTTTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAAGTCGG
GTGGAACCACTATGACACCATCAAGGAGCTGGAGACGAAGAGGAAGGAGAGATCTCAAGT
TGTTTACGAGCGTAAGAAGCAGCTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGTGGCTGA
GGAGAAGCTTGGAGCACAGCTCGAGATTCTTGCACCAGTCAAGTACTGAGATGATCACTA
GTAGTTTGTCGTCTTTGCATGTTTTGAGCCTACCTATAATACTTTTTTCACTTTCACTTA
GGTGTTGTATCGGATTTTGCCGTAATGTTTTCTTTCTTGAGTTACAATTTATTTATATCC
CATGTCTTTCTACTC
G

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DS 

RD RR3GS34JQ 672 0 0
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TTCGGCAGAAAATGAAGTACATGAGGTTCCTTCGCAAACGTATGAACACGAAGCCTTCTC
ATGGACCCATTCACTTCCGTGCTCCTTCCAAGATCTTCTGGCGTACTGTTCGCGGTATGA
TTCCACACAAAACGAAGCGTGGAGCAGCTGCACTTGCACGCATGAAGGTGTTTGAAGGTG
TGCCTCCACCGTATGACAAGGTCAAGAGGATGGTCATCCCCGATGCTCTGAAGGTCTTGA
GGCTTCAAGCTGGTCACAAATACTGTCTTTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAAGTCGGGTGGA
ACCACTATGACACCATCAAGGAGCTGGAGACGAAGAGGAAGGAGAGATCTCAAGTTGTTT
ACGAGCGTAAGAAGCAGCTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGTGGCTGAGGAGA
AGCTTGGAGCACAGCTCGAGATTCTTGCACCAGTCAAGTACTGAGATGATCACTAGTAGT
TTGTCGTCTTTGCATGTTTTGAGCCTACCTATAATACTTTTTTCACTTTCACTTAGGTGT
TGTATCGGATTTTGCCGTAATGTTTTCTTTCTTGAGTTACAATTTATTTATATCCCATGT
CTTTCTACTCTC

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DS 

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TCGGGTGGAACCACTATGACACCATCAAGGAGCTGGAGACGAAGAGGAAGGAGAGATCTC
AAGTTGTTTACGAGCGTAAGAAGCAGCTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGTGG
CTGAGGAGAAGCTTGGAGCACAGCTCGAGATTCTTGCACCAGTCAAGTACTGAGATGATC
ACTAGTAGTTTGTCGTCTTTGCATGTTTTGAGCCTACCTATAATACTTTTTTCACTTTCA
CTTAGGTGTTGTATCGGATTTTGCCGTAATGTTTTCTTTCTTGAGTTACAATTTATTTAT
ATCCCATGTCTTTCTACTC
C

QA 1 379 1 379
DS 

RD RR3D921TF 599 0 0
G
GAAGTACATGAGGTTCCTTCGCAAACGTATGAACACGAAGCCTTCTCATGGACCCATTCA
CTTCCGTGCTCCTTCCAAGATCTTCTGGCGTACTGTTCGCGGTATGATTCCACACAAAAC
GAAGCGTGGAGCAGCTGCACTTGCGCGCATGAAGGTGTTTGAAGGTGTGCCTCCACCGTA
TGACAAGGTCAAGAGGATGGTCATCCCCGATGCTCTGAAGGTCTTGAGGCTTCAAGCTGG
TCACAAATACTGTCTTTTGGGCCGTCTTTCTTCTGAAGTCGGGTGGAACCACTATGACAC
CATCAAGGAGCTGGAGACGAAGAGGAAGGAGAGATCTCAAGTTGTTTACGAGCGTAAGAA
GCAGCTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGTGGCTGAGGAGAAGCTTGGAGCACA
GCTCGAGATTCTTGCACCAGTCAAGTACTGAGATGATCACTAGTAGTTTGTCGTCTTTGC
ATGTTTTGAGCCTACCTATAATACTTTTTTCACTTTCACTTAGGTGTTGTATCGGATTTT
GCCGTAATGTTTTCTTTCTTGAGTTACAATTTATTTATATCCCATGTCTTTCTACTC
C

QA 2 598 2 598
DS 



AS 1 12

CO CL175Contig1 947 12 24 U
GGGTCACACAATAACTTGATTTAAAAAATAAAATAAAATAAAATATTAAATCAATGGCGG
AGGATCAAGCAACGGCAGCGTTGGAAACATCGAAGGCGGAGAAGCAGCCTGAGACAACAG
AGTCTGAAGCATCGGGAGTGACGACGACAAAAAGGATTATGGTTGCGATCGACGAGAGCG
ATTCCAGCTTCTACGCTCTTCAGTGGGTCATTGACCATTTCTCTACCCTATTGATGACCA
CTGAGGGGGATGGTGCAGAAGGTGGTTTGCTCACGGTGGTTCATGTGCAGTCTCCTTTCC
ATCACTTTGCTCCTTTTCCGGCTGGACCCGGTGGCGCAACAGCAGTCTACGCACCTTCGT
TGATGATAGAGTCGGTGAAAAAAACACAACAAGAGGCATCTGCAGCGCTTCTCTCGCGTG
CACTCCAAATGTGCCGAGCCAAACAGATACGTTCTGAAAGTCTGGTGTTTGAAGGCGAGG
CAAAGGAAATGATTTGCCAGGCGGTGGAGCAAATGCACGTTGATCTTCTCGTTGTGGGCA
GTCGTGGACTTGGCAAGATCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGTGTTAGCGACTACTGTGCTC
ATCACGCCAACTGCCCCATCCTTATTGTGAAGCCACCAAAGGAGATGACTAGTTAAAGCA
TCAAGTTCTTCATGTTTGAGGTGAAAAGTGTGTGCTGTTGTTCGTATGTATGCTTGTGTC
TGAAGATATTTAACTTGGATGGATCATCAAGAATTCAAGATGTGTGTATGTGTATGGAGA
GTAATACCTGGACTC*GAATAATGAAGCGATAAAACTCGGTAGTTTGTCGCTTCTGTGTG
CACCTATTATTGTATTTTTCCTTGTAATCATATTGCTGAATATTTCCAGATTATTATTAC
CGAAGAATCTTGTTCTCATTTTAAATTAACCATCTACGTTTGAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 
30 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 
65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 
65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 30 60 60 60 45 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 50 25 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3CV01TF U 6
AF RR3EJ96TF U 1
AF RR3DK74TF U 4
AF RR3GP13TF U 4
AF RR3BS85TF U 6
AF RR3GP13JQ C 119
AF RR3EJ96JQ C 421
AF RR3BS85JQ C 127
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AF RR3CL42JQ C 354
AF RR3DK74JQ C 167
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BS 97 97 RR3DK74TF
BS 98 287 RR3EJ96TF
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BS 289 638 RR3EJ96TF
BS 639 680 RR3DK74TF
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BS 682 686 RR3DK74TF
BS 687 687 RR3GP13TF
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BS 700 722 RR3DK74TF
BS 723 723 RR3GP13TF
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BS 725 730 RR3GP13TF
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BS 732 770 RR3GP13TF
BS 771 783 RR3BS85TF
BS 784 784 RR3CL42TF
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BS 899 922 RR3CL42TF
BS 923 947 RR3DK74JQ

RD RR3ER05TF 336 0 0
GG
ACACAATAACTTGATTTAAAAAATAAAATAAAATAAAATATTAAATCAATGGCGGAGGAT
CAAGCAACGGCAGCGTTGGAAACATCGAAGGTGGAGAAGCAGCCTGAGACAACAG*GTCT
GAAGCATCGGGAGTGACGACGACAAAAAGGATTATGGTTGCGATCGACGAGAGCGATTCC
AGCTTCTACGCTCTTCAGTGGGTCATTGACCATTTCTCTACCCTATTGATGACCACTGAG
GGGGATGGTGCAGAAGGTGGTTTGCTCACGGTGGTTCATGTGCAGTCTCCTTTCCATCAC
TTTGCTCCTTTTCCGGCTGGACCCGGTGGCGCAA

QA 3 336 3 336
DS 

RD RR3CV01TF 581 0 0
GG
ACAATAACTTGATTTAAAAAATAAAATAAAATAAAATATTAAATCAATGGCGGAGGATCA
AGCAACGGCAGCGTTGGAAACATCGAAGGTGGAGAAGCAGCCTGAGACAACAGAGTCTGA
AGCATCGGGAGTGACGATGACAAAAAGGATTATGGTTGCGATCGACGAGAGCGATTCCAG
CTTCTACGCTCTTCAGTGGGTCATTGACCATTTCTCTACCCTATTGATGACCACTGAGGG
GGATGGTGCAGAAGGTGGTTTGCTCACGGTGGTTCATGTGCAGTCTCCTTTCCATC**TT
TGCTCCTTTTCCGGCTGGACCCGGTGGCGCAACAGCAGTCTACGCACCTTCGTTGATGAT
AGAGTCGGTGAAAAAAACACAACAAGAGGCATCTGCAGCGCTTCTCTCGCGTGCACTCCA
AATGTGCCGAGCCAAACAGATACGTTCTGAAAGTCTGGTGTTTGAAGGCGAGGCAAAGGA
AATGATTTGCCAGGCGGTGGAGCAAATGCACGTTGATCTTCTCGTTGTGGTCAGTCGTGG
ACTTGGCAAGATCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGTGTTAG

QA 3 581 3 581
DS 

RD RR3EJ96TF 638 0 0
GGGTCACACAATAACTTGATTTAAAAAATAAAATAAAATAAAATATTAAATCAATGGCGG
AGGATCAAGCAACGGCAGCGTTGGAAACATCGAAGGTGGAGAAGCAGCCTGAGACAACAG
AGTCTGAAGCATCGGGAGTGACGACGACAAAAAGGATTATGGTTGCGATCGACGAGAGCG
ATTCCAGCTTCTACGCTCTTCAGTGGGTCATTGACCATTTCTCTACCCTATTGATGACCA
CTGAGGGGGATGGTGCAGAAGGTGGTTTGCTCACGGTGGTTCATGTGTAGTCTCCTTTCC
ATCACTTTGCTCCTTTTCCGGCTGGACCCGGTGGCGCAACAGCAGTCTACGCACCTTCGT
TGATGATAGAGTCGGTGAAAAAAACACAACAAGAGGCATCTGCAGCGCTTCTCTCGCGTG
CACTCCAAATGTGCCGAGCCAAACAGATACGTTCTGAAAGTCTGGTGTTTGAAGGCGAGG
CAAAGGAAATGATTTGCCAGGCGGTGGAGCAAATGCACGTTGATCTTCTCGTTGTGGGCA
GTCGTGGACTTGGCAAGATCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGTGTTAGCGACTACTGTGCTC
ATCACGCCAACTGCCCCATCCTTATTGTGAAGCCACCA

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3DK74TF 719 0 0
GG
ACACAATAACTTGATTTAAAAAATAAAATAAAATAAAATATTAAATCAATGGCGGAGGAT
CAAGCAACGGCAGCGTTGGAAACATCGAAGGCGGAGAAGCAGCCTGAGACAACAGAGTCT
GAAGCATCGGGAGTGACGACGACAAAAAGGATTATGGTTGCGATCGACGAGAGCGATTCC
AGCTTCTACGCTCTTCAG*GGGTCATTGACCATTTCTCTACCCTATTGATGACCACTGAG
GGGGATGGTGCAGAAGG*GGTTTGCTCACGGTGGTTCATGTGCAGTCTCCTTTCCATCAC
TTTGCTCCTTTTCCGGCTGGACCCGGTGGCGCAACAGCAGTCTACGCACCTTCGTTGATG
ATAGAGTCGGTGAAAAAAACACAACAAGAGGCATCTGCAGCGCTTCTCTCGCGTGCA*TC
CAAATGTGCCGAGCCAAACAGATACGTTCTGAAAGTCTGGTGTTTGAAGGCGAGGCAAAG
GAAATGATTTGCCAGGCGGTGGAGCAAATGCACGTTGATCTTCTCGTTGTGGGCAGTCGT
GGACTTGGCAAGATCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGTGTTAGCGACTACTGTGCCCATCAC
GCCAACTGCCCCATCCTTATTGTGAAGCCACCAAAGGAGATGACTAGTTAAAGCATCAAG
TTCTTCATGTTTGAG*TGAAA*GTGTGTGCTGT*GTTCGTATGTATGCTTGTGTCTG

QA 3 719 3 719
DS 

RD RR3GP13TF 767 0 0
GG
ACACAATAACTTGATTTAAAAAATAAAATAAAATAAAATATTAAATCAATGGCGGAGGAT
CAAGCAACGGCAGCGTTGGAAACATCGAAGGCGGAGAAGCAGCCTGAGACAACAGAGTCT
GAAGCATCGGGAGTGACGACGACAAAAAGGATTATGGTTGCGATCGACGAGAGCGATTCC
AGCTTCTACGCTCTTCAGTGGGTCATTGACCATTTCTCTACCCTATTGATGACCACTGAG
GGGGATGGTGCAGAAGGTGGTTTGCTCACGGTGGTTCATGTGCAGTCTCCTTTCCATCAC
TTTGCTCCTTTTCCGGCTGGACCCGGTGGCGCAACAGCAGTCTACGCACCTTCGTTGATG
ATAGAGTCGGTGAAAAAAACACAACAAGAGGCATCTTCAGCGCTTCTCTCGCGTGCACTC
CAAATGTGCCGAGCCAAACAGATACGTTCTGAAAGTCTGGTGTTTGAAGGCGAGGCAAAG
GAAATGATTTGCCAGGCGGTGGAGCAAATGCACGTTGATCTTCTCGTTGTGGGCAGTCGT
GGACTTGGCAAGACCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGTGTTAGCGACTACTGTGCTCATCAC
GCCAACTGCCCCATCCTTATTGTGAAGCCACCAAAGGAGATGACTAGTTAAAGCATCAAG
TTCTTCATGTTTGAGGTGAAAAGTGTGTGCTGTTGTTCGTATGTATGCTTGTGTCTGA*G
ATATT*AACTTGGATGGATCATCAAGAATTCAAGATGTGTGTATG

QA 3 767 3 767
DS 

RD RR3BS85TF 790 0 0
GG
ACAATAACTTGATTTAAAAAATAAAATAAAATAAAATATTAAATCAATGGCGGAGGATCA
AGCAACGGCAGCGTTGGAAACATCGAAGGCGGAGAAGCAGCCTGAGACAACAGAGTCTGA
AGCATCGGGAGTGACGACGACAAAAAGGATTATGGTTGCGATCGACGAGAGCGATTCCAG
CTTCTACGCTCTTCGGTGGGTCATTGACCATTTCTCTACCCTATTGATGACCACTGAGGG
GGATGGTGCAGAAGGTGGTTTGCTCACGGTGGTTCATGTGCAGTCTCCTTTCCATCACTT
TGCTCCTTTTCCGGCTGGACCCGGTGGCGCAACAGCAGTCTACGCACCTTCGTTGATGAT
AGAGTCGGTGAAAAAAACACAACAAGAGGCATCTGCAGCGCTTCTCTCGCGTGCACTCCA
AATGTGCCGAGCCAAACAGATACGTTCTGAAAGTCTGGTGTTTGAAGGCGAGGCAAAGGA
AATGATTTGCCAGGCGGTGGAGCAAATGCACGTTGATCTTCTCGTTGTGGGCAGTCGTG*
ACTTGGCAAGATCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGTGTTAGCGACTACTGTGCTCATCACGC
CAACTGCCCCATCCTTATTGTTA*GCCACCAAAGGAGATGACTAGTTAAAGCATCAAGTT
CTTCATGTTTGAG*TGAAAAGTGTGTGCTGTTGTTCGTATGTATGCTTGTGTCTGA*GAT
ATT*AACTTGGATGGATCATCAAGAATTCAAGATGTGTGTATGTGTATGGAGAGTA*TAC
CTGGACTC

QA 3 790 3 790
DS 

RD RR3GP13JQ 804 0 0
AGAGTCTGAAGCATCGGGAGTGACGACGACAAAAAGGATTATGGTTGCGATCGACGAGAG
CGATTCCAGCTTCTACGCTCTTCAGTGGGTCATTGACCATTTCTCTACCCTATTGATGAC
CACTGAGGGGGATGGTGCAGAAGGTGGTTTGCTCACGGTGGTTCATGTGCAGTCTCCTTT
CCATCACTTTGCTCCTTTTCCGGCTGGACCCGGTGGCGCAACAGCAGTCTACGCACCTTC
GTTGATGATAGAGTCGGTGAAAAAAACACAACAAGAGGCATCTTCAGCGCTTCTCTCGCG
TGCACTCCAAATGTGCCGAGCCAAACAGATACGTTCTGAAAGTCTGGTGTTTGAAGGCGA
GGCAAAGGAAATGATTTGCCAGGCGGTGGAGCAAATGCACGTTGATCTTCTCGTTGTGGG
CAGTCGTGGACTTGGCAAGACCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGTGTTAGCGACTACTGTGC
TCATCACGCCAACTGCCCCATCCTTATTGTGAAGCCACCAAAGGAGATGACTAGTTAAAG
CATCAAGTTCTTCATGTTTGAGGTGAAAAGTGTGTGCTGTTGTTCGTATGTATGCTTGTG
TCTGAAGATATTTAACTTGGATGGATCATCAAGAATTCAAGATGTGTGTATGTGTATGGA
GAGTAATACCTGGACTC*GAATAATGAAGCGATAAAACTCGGTAGTTTGTCGCTTCTGTG
TGCACCTATTATTGTATTTTTCCTTGTAATCATATTGCTGAATATTTCCAGATTATTATT
ACCGAAGAATCTTGTTCTCATTTT

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3EJ96JQ 497 0 0
CACTCCAAATGTGCCGAGCCAAACAGATACGTTCTGAAAGTCTGGTGTTTGAAGGCGAGG
CAAAGGAAATGATTTGCCAGGCGGTGGAGCAAATGCACGTTGATCTTCTCGTTGTGGGCA
GTCGTGGACTTGGCAAGATCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGTGTTAGCGACTACTGTGCTC
ATCACGCCAACTGCCCCATCCTTATTGTGAAGCCACCAAAGGAGATGACTAGTTAAAGCA
TCAAGTTCTTCATGTTTGAGATGAAAAGTGTGTGCTGTTGTTCGTATGTATGCGTGTGTC
TGAAGATATTTAACTTGGATGGATCATCAAGAATTCAAGATGTGTGTATGTGTATGGAGA
GTAATACCTGGACTCTGAATAATGAAGCGATAAAACTCGGTAGTTTGTCGCTTCTGTGTG
CACCTATTATTGTATTTTTCCTTGTAATCATATTGCTGAATATTTCCAGATTATTATTAC
CGAAGAATCTTGTTC
CC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3BS85JQ 802 0 0
AAGCATCGGGAGTGACGACGACAAAAAGGATTATGGTTGCGATCGACGAGAGCGATTCCA
GCTTCTACGCTCTTCGGTGGGTCATTGACCATTTCTCTACCCTATTGATGACCACTGAGG
GGGATGGTGCAGAAGGTGGTTTGCTCACGGTGGTTCATGTGCAGTCTCCTTTCCATCACT
TTGCTCCTTTTCCGGCTGGACCCGGTGGCGCAACAGCAGTCTACGCACCTTCGTTGATGA
TAGAGTCGGTGAAAAAAACACAACAAGAGGCATCTGCAGCGCTTCTCTCGCGTGCACTCC
AAATGTGCCGAGCCAAACAGATACGTTCTGAAAGTCTGGTGTTTGAAGGCGAGGCAAAGG
AAATGATTTGCCAGGCGGTGGAGCAAATGCACGTTGATCTTCTCGTTGTGGGCAGTCGTG
*ACTTGGCAAGATCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGTGTTAGCGACTACTGTGCTCATCACG
CCAACTGCCCCATCCTTATTGTTA*GCCACCAAAGGAGATGACTAGTTAAAGCATCAAGT
TCTTCATGTTTGAGGTGAAAAGTGTGTGCTGTTGTTCGTATGTATGCTTGTGTCTGAAGA
TATTTAACTTGGATGGATCATCAAGAATTCAAGATGTGTGTATGTGTATGGAGAGTAATA
CCTGGACTC*GAATAATGAAGCGATAAAACTCGGTAGTTTGTCGCTTCTGTGTGCACCTA
TTATTGTATTTTTCCTTGTAATCATATTGCTGAATATTTCCAGATTATTATTACCGAAGA
ATCTTGTTCTCATTTT
AAATTG

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3CL42TF 733 0 0
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TGCAGAAGGTGGTTTGCTCACGGTGGTTCATGTGCAGTCTCCTTTCCATCACTTTGCTCC
TTTTCCGGCTGGACCCGGTGGCGCAACAGCAGTCTACGCACCTTCGTTGATGATAGAGTC
GGTGAAAAAAACACAACAAGAGGCATCCGCAGCGCTTCCCTCGCGTGCACTCCAAATGTG
CCGAGCCAAACAGATACGTTCTGAAAGTCTGGTGTTTGAAGGCGAGGCAAAGGAAATGAT
TTGTCAGGCGGTGGAGCAAATGCACGTTGATCTTCTCGTTGTGGGCAGTCGTGGACTTGG
CAAGATCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGTGTTAGCGACTACTGTGCTCATCACGCCAACTG
CCCCATCCTTATTGTGAAGCCACCAAAGGAGATGACTAGTTAAAGCATCAAGTTCTTCAT
GTTTGAGGTGAAAAGTGTGTGCTGTTGTTCGTATGTATGCTTGTGTCTGAAGATATTTAA
CTTGGATGGATCATCAAGAATTCAAGATGTGTGTATGTGTATGGAGAGTAATACCTGGAC
TC*GAATAATGAAGCGATAAAACTCGGTAGTTTGTCGCTTCTGTGTGCACCTATTATTGT
ATTTTTCCTTGTAATCATATTGCTGAATATTTCCAGATTATTATCACCGAAGAATCTTGT
TCTCATTTT
AAAA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3CL42JQ 560 0 0
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TCGCGTGCACTCCAAATGTGCCGAGCCAAACAGATACGTTTTGAAAGTTTGGTGTTTGAA
GGCGAGGCAAAGGAAATGATTTGTCAGGCGGTGGAGCAAATGCACGTTGATTTTCTCGTT
GTGGGCAGTCGTGGACTTGGCAAGATCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGTGTTAGGGACTAC
TGTGCTCATCACGCCAACTGCCCCATCCTTATTGTGAAGCCCCCAAAGGAGATGACTAGT
TAAAGCATCAAGTTTTTCATGTTTGAGGTGAAAAGTGTGTGCTGTTGTTCGTATGTATGC
TTGTGTCTGAAGATATTTAACTTGGATGGATCATCAAGAATTCAAGATGTGTGTATGTGT
ATGGAGAGTAATACCTGGACTC*GAATAATGAAGCGATAAAACTCGGTAGTTTGTCGCTT
CTGTGTGCACCTATTATTGTATTTTTCCTTGTAATCATATTGCTGAATATTTCCAGATTA
TTATCACCGAAGAATCTTGT

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3DK74JQ 781 0 0
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GCAGTCTCCTTTCCATCACTTTGCTCCTTTTCCGGCTGGACCCGGTGGCGCAACAGCAGT
CTACGCACCTTCGTTGATGATAGAGTCGGTGAAAAAAACACAACAAGAGGCATCTGCAGC
GCTTCTCTCGCGTGCA*TCCAAATGTGCCGAGCCAAACAGATACGTTCTGAAAGTCTGGT
GTTTGAAGGCGAGGCAAAGGAAATGATTTGCCAGGCGGTGGAGCAAATGCACGTTGATCT
TCTCGTTGTGGGCAGTCGTGGACTTGGCAAGATCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGTGTTAG
CGACTACTGTGCCCATCACGCCAACTGCCCCATCCTTATTGTGAAGCCACCAAAGGAGAT
GACTAGTTAAAGCATCAAGTTCTTCATGTTTGAGGTGAAAAGTGTGTGCTGTTGTTCGTA
TGTATGCTTGTGTCTGAAGATATTTAACTTGGATGGATCATCAAGAATTCAAGATGTGTG
TATGTGTATGGAGAGTAATACCTGGACTC*GAATAATGAAGCGATAAAACTCGGTAGTTT
GTCGCTTCTGTGTGCACCTATTATTGTATTTTTCCTTGTAATCATATTGCTGAATATTTC
CAGATTATTATTACCGAAGAATCTTGTTCTCATTTTAAATTAACCATCTACGTTTGAGAG
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 12

CO CL176Contig1 886 12 34 U
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CAAAATCTCAGGGGAAAACAAATGTTGTTGAACAGTGATGATGGGATACAAAAAGATAAG
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CGAGGTAAGTCTTGAGCTCTGGCACTGCTTCAATGGCTTTGATCAAAGCTGCGTCCACAG
TTTTCTGGTCTTCTTTCTTCTCCTGTGGGATCTCTTTCTTCACCTCTTTCTCAGCTTCAA
AGAACTCTCCTTCTCCTTTCTTAGTCTTCTTCTCAGCAACCTTTCCGAAGTACTTGTCAT
CGAACTTCTCGATGCTGACTCCAGAAATGTCAACCTTGGTGGAGGTTCCAATCACATAGG
ACTGGTTAACACGTCTCAGTGGAACACCATTGATCTTGAATGGCCCTGTAACCAAAAGCA
AACCAGAAGCAAGTTGCTTAAGAAACACAACTCTCTTTCCCTTGAATCGACCAGCAAGGA
TGATCAACACAGTTCCTGGAGTAATGCTTGCTTTGAGCTTGGTAAGCTTAGGTTTGCGTC
TGTTGGCGAGCGGCTTCTTAACGTCTTCCGCGGGATAAAACTTAGCCGGCTTCTCAACGG
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TTAGATCAGGGTTTCGGCTCACTTTGGGGCTCCTCTGCTTCGCCGGCGCCATCTTTCTCT
TTTTGTTTTTTTTTTTCTGTGTGACAAAATACTCTCAGAAGGCGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 15 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 
70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 20 70 70 70 20 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 10 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 20 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 45 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 55 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 
70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 40 40 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 50 45 
45 30 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AC82JQ U 1
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AF RR3FH88TF C 193
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BS 465 489 RR3AC82JQ
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BS 491 499 RR3AC82JQ
BS 500 500 RR3A927JQ
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RD RR3AC82JQ 749 0 0
GATGAAACCCATTGATATATAAATCATAGAAAATAGTCTTTTTT**AATTTTAAAAAGGA
CAAAATCTCAGGGGAAAACAAATGTTGTTGAACAGTGAGGATGGGATACAAAAAGATAAG
ATGAAATCTAGAAAACAAGCTCATGGGGTTTCATTCCTTGAGACAATGAGAACCTGGCGC
CGAGGTAAGTCTTGAGCTCTGGCACTGCTTCAATGGCTTTGATCAAAGCTGCGTCCACAG
TTTTCTGGTCTTCTTTCTTCTCCTGTGGGATCTCTTTCTTCACCTCTTTGTCAGCTTCAA
AGAACTCTCCTTCTCCTTTCTTAGTCTTCTTCTCAGCAACCTTTCCGAAGTACTTGTCAT
CAAACTTCTCGATGCTGACTCCAGAAATGTCAACCTTGGTGGAGGTTCCAATCACATAGG
ACTGGTCAACACGTCTCAGTGGAACACCATTGATCTTGAATGGTCCTGTAACCAAAAGCA
AACCAGAAGAAAGTTGCTTGAGAAAGACAACTCTCTTTCCCTTGAATCGACCAGCAAGGA
TGATCAACACAGTTCCTGGAGTAATGCTTGCTTTGAGCTTGGTAGGCTTAGGTTTGCGCC
TGTTAGCGAGCGGCTTCTTAACGTCTTCCGCCGGATAAAACTTAGCCGGCTTCTCAACGG
GAGCTTCGACCTTGGACTTAGCGTCGTGACGTGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTTGA
TTGCCCACAAACCTCTCTTGTGGTACATT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3G230JQ 747 0 0
C
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TGTTGAACAGTGATGATGGGATACAAAAAGATAAGATGAAATCTAGAAAACAAGCTCATG
GGGTTTCATTCCTTGAGACAATGAGAACCTGGCGCCGAGGTAAGTCTTGAGCTCTGGCAC
TGCTTCAATGGCTTTGATCAAAGCTGCGTCCACAGTTTTCTGGTCTTCTTTCTTCTCCTG
TGGGATCTCTTTCTTCACCTCTTTATCAGCTTCAAAGAACTCTCCTTCTCCTTTCTTAGT
CTTCTTCTCAGCAACCTTTCCGAAGTACTTGTCATCGAACTTCTCGATGCTGACTCCAGA
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ACCATTGATCTTGAATGGCCCTGTAACCAAAAGCAAACCAAAAGCAAGTTGCTTAAAAAA
CACAACTCTCTTTCCCTTGAATCGACCAGCAAGGATGATCAACACAGTTCCTGGAGTAAT
GCTTGCTTTGAGCTTGGTAAGCTTAGGTTTGCGTCTGTTGGCGAGCGGCTTCTTAACGTC
TTCCGCGGGATAAAACTTAGCCGGCTTCTCAACGGGAGCTTCGACCTTGGACTTAGCGTC
GTGACGTGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTTGATTGCCCACAAACCTCTCTTGTGGTA
CATTTGAGAACGGGAGTATTTTCCTA

QA 2 747 2 747
DS 

RD RR3FH88JQ 754 0 0
ATAGAAAATAGTCTTTTTTTAATTTTTAAAAAGGGCAAAATCTCAGGGGAAAACAAATGT
TGTTGAACAGTGATGATGGGATACAAAAAGATAAGATGAAATCTAGAAAACAAGCTCATG
GGGTTTCATTCCTTGAGACAATGAGAACCTGGCGCCGAGGTAAGTCTTGAGCTCTGGCAC
TGCTTCAATGGCTTTGATCAAAGCTGCGTCCACAGTTTTCTGGTCTTCTTTCTTCTCCTG
TGGGATCTCTTTCTTCACCTCTTTCTCAGCTTCAAAGAACTCTCCTTCTCCTTTCTTAGT
CTTCTTCTCAGCAACCTTTCCGAAGTACTTGTCATCGAACTTCTCGATGCTGACTCCAGA
AATGTCAACCTTGGTGGAGGTTCCAATCACATAGGACTGGTTAACACGTCTCAGTGGAAC
ACCATTGATCTTGAATGGCCCTGTAACCAAAAGCAAACCAAAAGCAAGTTGCTTAAGAAA
CACAACTCTCTTTCCCTTGAATCGACCAGCAAGGATGATCAACACAGTTCCTGGAGTAAT
GCTTGCTTTGAGCTTGGTAAGCTTAGGTTTGCGTCTGTTGGCGAGCGGCTTCTTAACGTC
TTCCGCGGGATAAAACTTAGCCGGCTTCTCAACGGGAGCTTCGACCTTGGACTTAGCGTC
GTGACGTGGGAAAACGCCGCCGTT***GGCCTTGATTGCCCACAAACCTCTCTTGTGGTA
CATTTGAGAACGGGAGTATTTTCCTACACCCCTG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3FH88TF 563 0 0
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CTTTCTTCTCCTGTGGGATCTCTTTCTTCACCTCTTTCTCAGCTTCAAAGAACTCTCCTT
CTCCTTTCTTAGTCTTCTTCTCAGCAACCTTTCCGAAGTACTTGTCATCGAACTTCTCGA
TGCTGACTCCAGAAATGTCAACCTTGGTGGAGGTTCCAATCACATAGGACTGGTTAACAC
GTCTCAGTGGAACACCATTGATCTTGAATGGCCCTGTAACCAAAAGCAAACCAGAAGCAA
GTTGCTTAAGAAACACAACTCTCTTTCCCTTGAATCGACCAGCAAGGATGATCAACACAG
TTCCTGGAGTAATGCTTGCTTTGAGCTTGGTAAGCTTAGGTTTGCGTCTGTTGGCGAGCG
GCTTCTTAACGTCTTCCGCGGGATAAAACTTAGCCGGCTTCTCAACGGGAGCTTCGACCT
TGGACTTAGCGTCGTGACGTGGGAAAACGCCGCCGTT***GGCCTTGATTGCCCACAAAC
CTCTCTTGTGGTACATTTGAGAA

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3BG96JQ 726 0 0
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AAGATAAGATGAAATCTAGAAAACAAGCTAATGGGGTTTCATTCCTTGAGACAATGAGAA
CCTGGCGCCGAGGTAAGTCTTGAGCTCTGGCACTGCTTCAATGGCTTTGATCAAAGCTGC
GTCCACAGTTTTCTGGTCTTCTTTCTTCTACTGCGGGATCTCTTTCTTCACCTCTTTCTC
AGCTTCAAAGAACTCTCCTTCTCCTTTCTTAGTCTTCTTCTCAGCAACCTTTCCGAAGTA
CTTGTCATCGAACTTCTCGATGCTGACTCCAGAAATGTCAACCTTGGTGGAGGTTCCAAT
CACATAGGACTGGTTAACACGTCTCAGTGGAACACCATCGATCTTGAATGGCCCTGTAAC
CAAAAGCAAACCAGAAGCAAGTTGCTTAAGAAACACAACTCTCTTTCCCTTGAATCGACC
AGCAAGGATGATCAACACAGTTCCTGGAGTAATGCTTGCTTTGAGCTTGGTAAGCTTAGG
TTTGCGTCTGTTGGCGAGCGGCTTCTTAACGTCTTCCGCGGGATAAAACTTAGCCGGCTT
CTCAACGGGAGCTTCGACCTTGGACTTAGCGTCGTGACGTGGGAAAACGCCGCCGTTTTT
GGCCTTGATTGCCCACAAACCTCTCTTGTGGTACATTTGAGAACGGGAGTATTTTCCTAC
ACCCCT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3A927JQ 776 0 0
G
TATAAATCATAGAAAATAGTCTTTTTTTAATTTTTAAAAAGGGCAAAATCTCAGGGGAAA
ACAAATGTTGTTGAACAGTGATGATGGGATACAAAAAGATAAGATGAAATCTAGAAAACA
AGCTCATGGGGTTTCATTCCTTGAGACAATGAGAACCTGGCGCCGAGGTAAGTCTTGAGC
TCTGGCACTGCTTCAATGGCTTTGATCAAAGCTGCGTCCAAAGTTTTCTGGTCTTCTTTC
TTCTCCTGTGGGATCTCTTTCTTCACCTCTTTCTCAGCTTCAAAGAACTCTCCTTCTCCT
TTCTTAGTCTTCTTCTCAGCAACCTTTCCGAAGTACTTGTCATCGAACTTCTCGATGCTG
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AGTGGAACACCATTGATCTTGAATGGCCCTGCAACCAAAAGCAAACCAGAAGCAAGTTGC
TTAAGAAACACAACTCTCTTTCCCTTGAATCGACCAGCAAGGATGATCAACACAGTTCCT
GGAGTAATGCTTGCTTTGAGCTTGGTAAGCTTAGGTTTGCGTCTGTTGGCGAGCGGCTTC
TTAACGTCTTCCGCGGGATAAAACTTAGCCGGCTTCTCAACGGGAGCTTCGACCTTGGAC
TTAGCGTCGTGACGTGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTTGATTGCCCACAAACCTCTC
TTGTGGTACATTTGAGAACGGGAGTATTTTCCTACACCCCTGATTAGATCAGGGT

QA 2 776 2 776
DS 

RD RR3AZ19JQ 756 0 0
G
GAAAATAGTCTTTTTTTAATTTTTAAAAAGGGCAAAATCTCAGGGGAAAACAAATGTTGT
TGAACAGTGATGATGGGATACAAAAAGATAAGATGAAATCTAGAAAACAAGCTAATGGGG
TTTCATTCCTTGAGACAATGAGAACCTGGCGCCGAGGTAAGTCTTGAGCTCTGGCACTGC
TTCAATGGCTTTGATCAAAGCTGCGTCCACAGTTTTCTGGTCTTCTTTCTTCTACTGCGG
GATCTCTTTCTTCACCTCTTTCTCAGCTTCAAAGAACTCTCCTTCTCCTTTCTTAGTCTT
CTTCTCAGCAACCTTTCCGAAGTACTTGTCATCGAACTTCTCGATGCTGACTCCAGAAAT
GTCAACCTTGGTGGAGGTTCCAATCACATAGGACTGGTTAACACGTCTCAGTGGAACACC
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AACTCTCTTTCCCTTGAATCGACCAGCAAGGATGATCAACACAGTTCCTGGAGTAATGCT
TGCTTTGAGCTTGGTAAGCTTAGGTTTGCGTCTGTTGGCGAGCGGCTTCTTAACGTCTTC
CGCGGGATAAAACTTAGCCGGCTTCTCAACGGGAGCTTCGACCTTGGACTTAGCGTCGTG
ACGTGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTTGATTGCCCACAAACCTCTCTTGTGGTACAT
TTGAGAACGGGAGTATTTTCCTACACCCCTGATTA

QA 2 756 2 756
DS 

RD RR3AZ19TF 835 0 0
TTTAA
TTTTAAAAAGGGCAAAATCTCAGGGGAAAACAAATGTTGTTGAACAGTGATGATGGGATA
CAAAAAGATAAGATGAAATCTAGAAAACAAGCTAATGGGGTTTCATTCCTTGAGACAATG
AGAACCTGGCGCCGAGGTAAGTCTTGAGCTCTGGCACTGCTTCAATGGCTTTGATCAAAG
CTGCGTCCACAGTTTTCTGGTCTTCTTTCTTCTACTGCGGGATCTCTTTCTTCACCTCTT
TCTCAGCTTCAAAGAACTCTCCTTCTCCTTTCTTAGTCTTCTTCTCAGCAACCTTTCCGA
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TAACCAAAAGCAAACCAGAAGCAAGTTGCTTAAGAAACACAACTCTCTTTCCCTTGAATC
GACCAGCAAGGATGATCAACACAGTTCCTGGAGTAATGCTTGCTTTGAGCTTGGTAAGCT
TAGGTTTGCGTCTGTTGGCGAGCGGCTTCTTAACGTCTTCCGCGGGATAAAACTTAGCCG
GCTTCTCAACGGGAGCTTCGACCTTGGACTTAGCGTCGTGACGTGGGAAAACGCCGCCGT
TTTTGGCCTTGATTGCCCACAAACCTCTCTTGTGGTACATTTGAGAACGGGAGTATTTTC
CTACACCCCTGATTAGATCAGGGTTTCGGCTCACTTTGGGGCTCCTCTGCTTCGCCGGCG
CCATCTTTCTCTTTTTGTTTTTTTTTTTCTGTGTGACAAAATACTCTC
CC

QA 6 833 6 833
DS 

RD RR3BG96TF 727 0 0
CATTCCTTGAGACAATGAGAACCTGGCGCCGAGGTAAGTCTTGAGCTCTGGCACTGCTTC
AATGGCTTTGATCAAAGCTGCGTCCACAGTTTTCTGGTCTTCTTTCTTCTACTGCGGGAT
CTCTTTCTTCACCTCTTTCTCAGCTTCAAAGAACTCTCCTTCTCCTTTCTTAGTCTTCTT
CTCAGCAACCTTTCCGAAGTACTTGTCATCGAACTTCTCGATGCTGACTCCAGAAATGTC
AACCTTGGTGGAGGTTCCAATCACATAGGACTGGTTAACACGTCTCAGTGGAACACCATC
GATCTTGAATGGCCCTGTAACCAAAAGCAAACCAGAAGCAAGTTGCTTAAGAAACACAAC
TCTCTTTCCCTTGAATCGACCAGCAAGGATGATCAACACAGTTCCTGGAGTAATGCTTGC
TTTGAGCTTGGTAAGCTTAGGTTTGCGTCTGTTGGCGAGCGGCTTCTTAACGTCTTCCGC
GGGATAAAACTTAGCCGGCTTCTCAACGGGAGCTTCGACCTTGGACTTAGCGTCGTGACG
TGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTTGATTGCCCACAAACCTCTCTTGTGGTACATTTG
AGAACGGGAGTATTTTCCTACACCCCTGATTAGATCAGGGTTTCGGCTCACTTTGGGGCT
CCTCTGCTTCGCCGGCGCCATCTTTCTCTTTTTGTTTTTTTTTTTCTGTGTGACAAAATA
CTCTC
CC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3AC82TF 814 0 0
ATCTCAGGGGAAAACAAATGTTGTTGAACAGTGAGGATGGGATACAAAAAGATAAGATGA
AATCTAGAAAACAAGCTCATGGGGTTTCATTCCTTGAGACAATGAGAACCTGGCGCCGAG
GTAAGTCTTGAGCTCTGGCACTGCTTCAATGGCTTTGATCAAAGCTGCGTCCACAGTTTT
CTGGTCTTCTTTCTTCTCCTGTGGGATCTCTTTCTTCACCTCTTTGTCAGCTTCAAAGAA
CTCTCCTTCTCCTTTCTTAGTCTTCTTCTCAGCAACCTTTCCGAAGTACTTGTCATCAAA
CTTCTCGATGCTGACTCCAGAAATGTCAACCTTGGTGGAGGTTCCAATCACATAGGACTG
GTCAACACGTCTCAGTGGAACACCATTGATCTTGAATGGTCCTGTAACCAAAAGCAAACC
AGAAGAAAGTTGCTTGAGAAAGACAACTCTCTTTCCCTTGAATCGACCAGCAAGGATGAT
CAACACAGTTCCTGGAGTAATGCTTGCTTTGAGCTTGGTAGGCTTAGGTTTGCGCCTGTT
AGCGAGCGGCTTCTTAACGTCTTCCGCCGGATAAAACTTAGCCGGCTTCTCAACGGGAGC
TTCGACCTTGGACTTAGCGTCGTGACGTGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTTGATTGC
CCACAAACCTCTCTTGTGGTACATTTGAGAACGGGAGTATTTTCCTACACCCCTGATGAG
ATCAGGGTTTCGGCTTACTTTGGGGGTCCTCTGCTTCGCCGGCGCCATCTTTCTCTTTTT
GTTTTTTTT***CTGTGTGACAAAATACTCTC
CC

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3A927TF 809 0 0
ACAAATGTTGTTGAACAGTGATGATGGGATACAAAAAGATAAGATGAAATCTAGAAAACA
AGCTCATGGGGTTTCATTCCTTGAGACAATGAGAACCTGGCGCCGAGGTAAGTCTTGAGC
TCTGGCACTGCTTCAATGGCTTTGATCAAAGCTGCGTCCAAAGTTTTCTGGTCTTCTTTC
TTCTCCTGTGGGATCTCTTTCTTCACCTCTTTCTCAGCTTCAAAGAACTCTCCTTCTCCT
TTCTTAGTCTTCTTCTCAGCAACCTTTCCGAAGTACTTGTCATCGAACTTCTCGATGCTG
ACTCCAGAAATGTCAACCTTGGTGGAGGTTCCAATCACATAGGACTGGTTAACACGTCTC
AGTGGAACACCATTGATCTTGAATGGCCCTGCAACCAAAAGCAAACCAGAAGCAAGTTGC
TTAAGAAACACAACTCTCTTTCCCTTGAATCGACCAGCAAGGATGATCAACACAGTTCCT
GGAGTAATGCTTGCTTTGAGCTTGGTAAGCTTAGGTTTGCGTCTGTTGGCGAGCGGCTTC
TTAACGTCTTCCGCGGGATAAAACTTAGCCGGCTTCTCAACGGGAGCTTCGACCTTGGAC
TTAGCGTCGTGACGTGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTTGATTGCCCACAAACCTCTC
TTGTGGTACATTTGAGAACGGGAGTATTTTCCTACACCCCTGATTAGATCAGGGTTTCGG
CTCACTTTGGGGCTCCTCTGCTTCGCCGGCGCCATCTTTCTCTTTTTGTTTTTTTTTT*C
TGTGTGACAAAATACTCTCAGAAGGCGTC

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR3G230TF 737 0 0
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AGGTAAGTCTTGAGCTCTGGCACTGCTTCAATGGCTTTGATCAAAGCTGCGTCCACAGTT
TTCTGGTCTTCTTTCTTCTCCTGTGGGATCTCTTTCTTCACCTCTTTATCAGCTTCAAAG
AACTCTCCTTCTCCTTTCTTAGTCTTCTTCTCAGCAACCTTTCCGAAGTACTTGTCATCG
AACTTCTCGATGCTGACTCCAGAAATGTCAACCTTGGTGGAGGTTCCAATCACATAGGAC
TGGTTAACACGTCTCAGTGGAACACCATTGATCTTGAATGGCCCTGTAACCAAAAGCAAA
CCAGAAGCAAGTTGCTTAAGAAACACAACTCTCTTTCCCTTGAATCGACCAGCAAGGATG
ATCAACACAGTTCCTGGAGTAATGCTTGCTTTGAGCTTGGTAAGCTTAGGTTTGCGTCTG
TTGGCGAGCGGCTTCTTAACGTCTTCCGCGGGATAAAACTTAGCCGGCTTCTCAACGGGA
GCTTCGACCTTGGACTTAGCGTCGTGACGTGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTTGATT
GCCCACAAACCTCTCTTGTGGTACATTTGAGAACGGGAGTATTTTCCTACACCCCTGATT
AGATCAGGGTTTCGGCTCACTTTGGGGCTCCTCTGCTTCGCCGGCGCCATCTTTCTCTTT
TTGTTTTTTTTTT
CTGT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 10

CO CL177Contig1 950 10 33 U
GGGCCTCTTGAACACGAAGCTCTAAACGCAAAGCGGGGTAACCTTTTCACCACCTTCTAG
GGCTCTTCGTCGTTGTTAACTGAATCTGCGAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCAT
AAGGATAAGGGTGTGGCTCCAACAGACTTCGAACAGGAAGTTGCCCAGGCTTTCTTTGAT
TTGGAGAACACAAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCT
GTTCAGATGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTG
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GGCAAAGAAGTTATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCT
GCTGTACAGAGACCACGCAACAGAACTCTCACCTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGAT
GTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGCACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAG
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ATGGTCGGTGTCTACAGGAAGCTTACAGGGAGAGATGTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTA
GAAGCTTGAAGAGATGAATGTTTGATTCTTTTTTTTTGTC*GGATAGAGAGCTTTTGATT
CTGCTTTTTGAGTAAAAACTCTTTGCAAAAGATTTTCTTGTTTAAGTTGTTGCATCTCAG
TCTTCCTCAAAACTTCTGTTTAAACAATGAGCTTTCTTTTGTCCTCCGAGCATTCACCAT
TTCAAGAAACTTTTATCTCGAGATCTTTCAGATTAAATATGTAATTTCTTGTTACAAAAG
TGCTTTGACAAAGCTTGATTTAATAAAAAGCTCGTGTGTGGTTCAGCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 10 35 10 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 45 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 5 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 5 40 15 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 10 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX73TF U 3
AF RR3A472TF U 1
AF RR3GY81TF U 8
AF RR3C312TF U 7
AF RR3CL64TF U 12
AF RR3FX73JQ C 222
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BS 820 820 RR3A472JQ
BS 821 844 RR3B746TF
BS 845 845 RR3A472JQ
BS 846 898 RR3B746TF
BS 899 950 RR3B746JQ

RD RR3FX73TF 622 0 0
GGCTCTT
GAACACGAAGCTCTAAACGCAAAGCGGGGTAACCTTTTCACCACCTTCTAGGGCTCTTCG
TCGTTGTTAACTGAATCTACGAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCATAAGGATAAG
GGTGTGGCTCCAACAGACTTCGAACAGGAAGTTGCCCAGGCTTTCTTTGATTTGGAGAAC
ACAAATCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCTGTTCAGATG
GATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAGCT
TTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGCAAAGAA
GTTATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTACAG
AGACCACGCAACAGAACTCTCACCTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTTAC
CCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAG
GTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCGGT
GTCTACAGGAAGCTT

QA 8 622 8 622
DS 

RD RR3A472TF 698 0 0
GGGCCTCTTGAACACGAATCTCTAAAAGCAAAGAGTG*TAACCTTTTCACCATCTTCTAG
GGTTCTTCGTCGTTGTCAACTGAATCTGCGAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCAT
AAGGATAAGGGTGTGGCTCCAACAGACTTCGAACAGGAAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGAT
TTGGAGAACACAAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCC
GTTCAGATGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTG
AGGAAAGCTTTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGT
GGCAAAGAAGTCATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCT
GCTGTACAGAGACCACGCAACAGAACCCTCACTTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGAT
GTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGCACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAG
ATCATGAAGGTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACA
ATGGTCGGTGTCTACAGGAAGCTTACAGGGAGAGATGTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTA
GAAGCTTGAAGAGATGAATGTTTGATTCTTTTTTTTTG

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3GY81TF 689 0 0
GG
GAACACGAAGCTCTAAACGCAAAGCGGGGTAACCTTTTCACCACCTTCCAGGGTTCTTCG
TCGTTGTTAACTGAATCTGCGAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCATAAGGATAAG
GGTGTGGCTCCAACAGACTTCGAACAGGAAGTTGCCCAGGCTTTCTTTGACCTGGAGAAC
ACAAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCTGTTCAGATG
GATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAGGCC
TTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGCAAAGAA
GTTATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTCCAG
AGACCACGCAACAGAACTCTCACTTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTTAC
CCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGCACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAG
GTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCGGT
GTCTACAGGAAGCTTACAGGGAGAGATGTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTAGAAGCTTGA
GGAGATGAATGTTTGATTCTTTTTTTG

QA 3 689 3 689
DS 

RD RR3C312TF 686 0 0
GGG
GAACACGAAGCTCTAAACGCAAAGCGGGGTAACCTTTTCACCACCTTCTAGGGCTCTTCG
TCGTTGTTAACTGAATCTACGAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCATAAGGATAAG
GGTGTGGCTCCAACAGACTTCGAACAGGAAGTTGCCCAGGCTTTCTTTGATTTGGAGAAC
ACAAATCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCTGTTCAGATG
GATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAGCT
TTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGCAAAGAA
GTTATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTACAG
AGACCACGCAACAGAACTCTCACCTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTTAC
CCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAG
GTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCGGT
GTCTACAGGAAGCTTACAGGGAGAGATGTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTAGAAGCTTGA
AGAAATGAATGTTTGATTCTTTT

QA 4 686 4 686
DS 

RD RR3CL64TF 670 0 0
GG
ACGAAGCTCTAAACGCAAAGCGGGGTAACCTTTTCACCACCTTCTAGGGCTCTTCGTCGT
TGTTAACTGAATCTACGAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCATAAGGATAAGGGTG
TGGCTCCAACAGACTTCGAACAGGAAGTTGCCCAGGCTTTCTTTGATTTGGAGAACACAA
ATCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCTGTTCAGATGGATG
TTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCC
GCAAGATTCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGCAAAGAAGTTA
TCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTACAGAGAC
CACGCAACAGAACTCTCACCTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTTACCCTG
CTGAGATTGTTGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAGGTGT
ATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCGGTGTCT
ACAGGAAGCTTACAGGGAGAGATGTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTGGAAGCTTGAAGAA
ATGA
TGTT

QA 3 666 3 666
DS 

RD RR3FX73JQ 561 0 0
TCTCTACATTAACCAAGCTGTTCAGATGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGAT
CTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTTGTCAGAGA
GCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGCAAAGAAGTTATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCG
CCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTACAGAGACCACGCAACAGAACTCTCACCTCCGTCCA
TGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGTACCAGATA
CCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAGGTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACAC
TGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCGGTGTCTACAGGAAGCTTACAGGGAGAGATGTTGT
TTTCGAGTACCCAATCGTAGAAGCTTGAAGAAATGAATGTTTGATTCTTTTTTTGTCA**
GGATAGAGAGCTTTTGATTCTGTTTTCTGAGTAAAAACTCTTTGCAAAAGATTT*CTTGT
TTAAGTTGTTGCATCTCAG
CC

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3C312JQ 674 0 0
CAGACTTCGAACAGGAAGTTGCCCAGGCTTTCTTTGATTTGGAGAACACAAATCAGGAGT
TGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCTGTTCAGATGGATGTTTCTGGCA
ACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATTC
ATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGCAAAGAAGTTATCTTTGTTG
CCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTACAGAGACCACGCAACA
GAACTCTCACCTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGATTG
TTGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAGGTGTATTTGGAGC
CTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCGGTGTCTACAGGAAGC
TTACAGGGAGAGATGTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTAGAAGCTTGAAGAAATGAATGTT
TGATTCTTTTTTTGTCA**GGATAGAGAGCTTTTGATTCTGTTTTCTGAGTAAAAACTCT
TTGCAAAAGATTT*CTTGTTTAAGTTGTTGCATCTCAGTCTTTCTCAAAACTTGTGTTTA
AACAA
GATCCATCT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3B746TF 903 0 0
GGCTCTT
GAACACGAATCTCTAAAAGCAAAGAGTG*TAACCTTTTCACCATCTTCTAGGGTTCTTCG
TCGTTGTCAACTGAATCTGCGAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCATAAGGATAAG
GGTGTGGCTCCAACAGACTTCGAACAGGAAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGATTTGGAGAAC
ACAAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCTGTTCAGATG
GATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAGCT
TTCCGCAAGATTCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGCAAAGAA
GTCATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTACAG
AGACCACGCAACAGAACCCTCACTTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTTAC
CCTGCTGAGATTGTTGGAAAGCGCACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAG
GTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCGGT
GTCTACAGGAAGCTTACAGGGAGAGATGTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTAGAAGCTTGA
AGAGATGAATGTTTGATTCTTTTTTTTTGTC*GGATAGAGAGCTTTTGATTCTGCTTTTT
GAGTAAAAACTCTTTGCAAAAGATTTTCTTGTTTAAGTTGTTGCATCTCAGTCTTCCTCA
AAACTTCTGTTTAAACAATGAGCTTTCTTT*GTCCTCCGAGCATTCACCATTTCA*GAAA
CTTTTATCTCGAGATCTTTCAGATTAAATATGTAATTTCTTGTTACAAA
GTGCTTT

QA 8 896 8 896
DS 

RD RR3A472JQ 779 0 0
TC
AACTGAATCTGCGAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCATAAGGATAAGGGTGTGGC
TCCAACAGACTTCGAACAGGAAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGATTTGGAGAACACAAACCA
GGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCCGTTCAGATGGATGTTTC
TGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCCGCAA
GATTCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGCAAAGAAGTCATCTT
TGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTACAGAGACCACG
CAACAGAACCCTCACTTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGA
GATTGTTGGAAAGCGCACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAGGTGTATTT
GGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCGGTGTCTACAG
GAAGCTTACAGGGAGAGATGTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTAGAAGCTTGAAGAGATGA
ATGTTTGATTCTTTTTTTTTGTCAGGATAGAGAGCTTTTGATTCTGCTTTTTGAGTAAA*
*CTCTTTGCAAAAGATTTTCTTGTTTAAGTTGTTGCATCTCAGTCTTCCTCAAAACTTCT
GTTTAAACAATGAGCTTTCTTTTGTCCTCCGAGCATTCACCATTTCAAGAAACTTTT

QA 3 779 3 779
DS 

RD RR3B746JQ 807 0 0
AGACTTCGAACAGGAAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGATTTGGAGAACACAAACCAGGAGTT
GAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCTGTTCAGATGGATGTTTCTGGCAA
CCGCAAGGCTATTGTGATCTATGTTCCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCCGCAAGATTCA
TCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTCAGTGGCAAAGAAGTCATCTTTGTTGC
CACCAGAAGAATCATGCGCCCCCCTAAGAAGGGCTCTGCTGTACAGAGACCACGCAACAG
AACCCTCACTTCCGTCCATGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGT
TGGAAAGCGCACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAGGTGTATTTGGAGCC
TAAGGAGAGGAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCGGTGTCTACAGGAAGCT
TACAGGGAGAGATGTTGTTTTCGAGTACCCAATCGTAGAAGCTTGAAGAGATGAATGTTT
GATTCTTTTTTTTTGTC*GGATAGAGAGCTTTTGATTCTGCTTTTTGAGTAAAAACTCTT
TGCAAAAGATTTTCTTGTTTAAGTTGTTGCATCTCAGTCTTCCTCAAAACTTCTGTTTAA
ACAATGAGCTTTCTTTTGTCCTCCGAGCATTCACCATTTCAAGAAACTTTTATCTCGAGA
TCTTTCAGATTAAATATGTAATTTCTTGTTACAAAAGTGCTTTGACAAAGCTTGATTTAA
TAAAAAGCTCGTGTGTGGTTCAGCTAC

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 11

CO CL178Contig1 1356 11 23 U
GGAAAAGAAACGGAAACCGAAGAAGAAAAGATGATGCTGAACAGAACACTTGTTTCTTCT
TCCTCACTTTCTCTCTTACCAAACTCAAAACCTTTCGTCTCCTCCGGATTTCGTTCTTCC
TCCTTCTCCGGCGGCTTCATTCGCAGAATCGACCATAAGCCTATCCGTGTGATGACTCCC
AATTTGACACCGAGAGCTATGGCGGCACAGCAGCTCGAGAACGCCGATCAGCTCATCGAT
TCCGTTGAAACTTTTATCTTCGATTGTGACGGAGTCATTTGGAAGGGAGATAAATTGATT
GAGGGAGTTCCTGAAACTCTTGATATGCTCCGTGCCAAGGGAAAGAGGTTGGTTTTTGTG
ACGAACAACTCAACAAAATCTAGGAAACAATATGGTAAAAAATTTGAGACTCTTGGCCTG
AATGTTAACGAGGAGGAAATATTTGCTTCTTCTTTTGCTGCAGCTGCATACTTGCAGTCT
ATTAATTTCCCCAAAGATAAGAAGGTCTACGTGATTGGTGAGGAGGGTATTTTGAAA*GA
GCTCGACCTTGCTGGTTTTCAATACCTTGGAGGTCCGGATGATGGTAAAAAACAAATTGA
ACTGAAGCCAGGATTTCTAATGGAGCATGATAATGATGTGGGAGCTGTGGTGGTTGGATT
TGACCGCTATTTCAACTACTACAAAATTCAGTATGGAACTCTCTGTATCCGCGAAAACCC
GGGCTGTCTTTTCATTGCTACAAACCGGGATGCTGTCACTCACCTTACCGATGCTCAAGA
ATGGGCAGGTGGTGGCTCCATGGTTGGTGCTCTTGTTGGATCCTGTCAACGTGAACCTCT
TGTAGTTGGAAAACCCTCAACTTTTATGATGGACTATTTGTCAGACAAATTTGGAATCGA
AAAGTCACAGATATGCATGGTGGGTGATAGATTGGACACTGATATTTTGTTTGGGCAGAA
TGGTGGTTGTAAAACTCTTCTTGTCCTCTCTGGTGTTACTTCAATCTCCATGTTGGAAAG
CCCTGAGAACAAGATACAACCAGATTTCTACACCAGCAAGATTTCTGATTTTCTTTCCCT
CAAAGCAGCTAATGTGTGATGAACAAGAAATCACTTCACTCTGTACAACTCAGCAACTAC
AGAGTCAATCCATACGTTTATCTATGTATAGACTTTTTCTTGCTTGTTTTGGCAAGCTTC
ATTTATTCGAAGCGTCTTTCTCGTGCATGGCGCGTTAGCGAGCACCAATCTCATCCTCCC
TAAGTGACACTCTAATGTTTATCTCACATAACTTTAAATTTCAAATACTATTTTATTAAT
ATTTAAATAAAGTTTTCAATAATAAAAAATTACTGG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 45 45 45 40 
40 40 40 40 40 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK72TF U 10
AF RR3FC86TF U 23
AF RR3AM29TF U 1
AF RR3GA81TF U 1
AF RR3CM46TF U 24
AF RR3B727TF U 24
AF RR3BU57TF U 138
AF RR3AK72JQ C 486
AF RR3GA81JQ C 632
AF RR3AM29JQ C 627
AF RR3FC86JQ C 592
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BS 118 326 RR3AM29TF
BS 327 327 RR3GA81TF
BS 328 382 RR3AM29TF
BS 383 384 RR3GA81TF
BS 385 551 RR3AM29TF
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BS 554 780 RR3AM29TF
BS 781 786 RR3B727TF
BS 787 788 RR3BU57TF
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BS 800 828 RR3BU57TF
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BS 853 853 RR3AK72JQ
BS 854 891 RR3BU57TF
BS 892 1225 RR3AK72JQ
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RD RR3AK72TF 531 0 0
GG
GGAAACCGAAGAAGGAAAGATGATGCTGAACAGAACACTTGTTTCTTCTTCCTCACTTTC
TCTCTTACCAAACTCAAAACCTTTCGTCTCCTCCGGATTTCGTTCTTCCTCCTTCTCCGG
CGGCTTCATTCGCAGAATCGACCATAAGCCTATCCGTGTGATGACTCCCAATTTGACACC
GAGAGCTATGGCGGCACAGCAGCTCGAGAACGCCGATCAGCTCATCGATTCCGTTGAAAC
TTTTATCTTCGATTGTGACGGAGTCATTTGGAAGGGAGATAAATTGATTGAGGGAGTTCC
TGAAACTCTTGATATGCTCCGTGCCAAGGGAAAGAGGTTGGTTTTTGTGACGAACAACTC
AACAAAATCTAGGAAACAATATGGTAAAAAATTTGAGACTCTTGGCCTGAATGTTAACGA
GGAGGAAATATTTGCTTCTTCTTTTGCTGCAGCTGCATACTTGCAGTCTATTAATTTCCC
CAAAGATAAGAAGGTCTACGTGATTGGTGAGGAGGGTATTTTGAAA*GA

QA 3 531 3 531
DS 

RD RR3FC86TF 702 0 0
GG
GAAAAGATGATGCTGAACAGAACACTTGTTTCTTCTTCCTCACTTTCTCTCTTACCAAAC
TCAAAACCTTTCGTCTCCTCCGGATTTCGTTCTTCCTCCTTCTCCGGCGGCTTCATTCGC
AGAATCGACCATAAGCCTATCCGTGTGATGACTCCCAATTTGACACCGAGAGCTATGGCG
GCACAGCAGCTCGAGAACGCCGATCAGCTCATCGATTCCGTTGAAACTTTTATCTTCGAT
TGTGACGGAGTCATTTGGAAGGGAGATAAATTGATTGAGGGAGTTCCTGAAACTCTTGAT
ATGCTCCGTGCCAAGGGAAAGAGGTTGGTTTTTGTGACGAACAACTCAACAAAATCTAGG
AAACAATATGGTAAAAAATTTGAGACTCTTGGCCTGAATGTTAACGAGGAGGAAATATTT
GCTTCTTCTTTTGCTGCAGCTGTATACTTGCAGTCTATTAATTTCCCCAAAGATAAGAAG
GTCTACGTGATTGGTGAGGAGGGTATTTTGAAA*GAGCTCGACCTTGCTGGTTTTCAATA
CCTTGGAGGTCCGGATGATGGTAAAAA*CAAATTGAACTGAAGCCAGGATTTCTAATGGA
GCATGATAATGATGTGGGAGCTGTGGTGGTTGGATTTGACCGCTATTTCAACTACTACAA
A*TTCAGTATGGAACTCTCTGTATC
GCGAAACCCGGGCTG

QA 3 687 3 687
DS 

RD RR3AM29TF 780 0 0
GGAAAAGAAACGGAAACCGAAGAAGAAAAGATGATGCTGAACAGAACACTTGTTTCTTCT
TCCTCACTTTCTCTCTTACCAAACTCAAAACCTTTCGTCTCCTCCGGATTTCGTTCCTCC
TCCTTCTCCGGCGGCTTCATTCGCAGAATCGACCATAAGCCTATCCGTGTGATGACTCCC
AATTTGACACCGAGAGCTATGGCGGCACAGCAGCTCGAGAACGCCGATCAGCTCATCGAT
TCCGTTGAAACTTTTATCTTCGATTGTGACGGAGTCATTTGGAAGGGAGATAAATTGATT
GAGGGAGTTCCTGAAACTCTTGATATTCTCCGTGCCAAGGGAAAGAGGTTGGTTTTTGTG
ACGAACAACTCAACAAAATCTA**AAACAATATGGTAAAAAATTTGAGACTCTTGGCCTG
AATGTTAACGAGGAGGAAATATTTGCTTCTTCTTTTGCTGCAGCTGCATACTTGCAGTCT
ATTAATTTCCCCAAAGATAAGAAGGTCTACGTGATTGGTGAGGAGGGTATTTTGAAA*GA
GCTCGACCTTG**GGTTTTCAATACCTTGGAGGTCCGGATGATGGTAAAAAACAAATTGA
ACTGAAGCCAGGATTTCTAATGGAGCATGATAATGATGTGGGAGCTGTGGTGGTTGGATT
TGACCGCTATTTCAACTACTACAAAATTCAGTATGGAACTCTCTGTATCCGCGAAAACCC
GGGCTGTCTTTTCATTGCTACAAACCGGGATGCTGTCACTCACCTTACCGATGCTCAAGA

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3GA81TF 777 0 0
GC
AAAAGAAACGGAAACCGAAGAAGAAAAGATGATGCTGAACAGAACACTTGTTTCTTCTTC
CTCACTTTCTCTCTTACCAAACTCAAAACCTTTCGTCTCCTCCAGATTTCGTTCTTCCTC
CTTCTCCGGCGGCTTCATTCGCAGAATCGACCATAAGCCTATCCGTGTGATGACTCCCAA
TTTGACACCGAGAGCTATGGCGGCACAGCAGCTCGAGAACGCCGATCAGCTCATCGATTC
CGTTGAAACTTTTATCTTCGATTGTGACGGAGTCATTTGGAAGGGAGATAAATTGATTGA
GGGAGTTCCTGAAACTCTTGATATGCTCCGTGCCAAGGGAAAGAGGTTGGTTTTTGTGAC
GAACAACTCAACAAAATCTAGGAAACAATATGGTAAAAAATTTGAGACTCTTGGCCTGAA
TGTTAACGAGGAGGAAATATTTGCTTCTTCTTTTGCTGCAGCTGCATACTTGCAGTCTAT
TAATTTCCCCAAAGATAAGAAGGTCTACGTGATTGGTGAGGAGGGTATTTTGAAA*GAGC
TCGACCTTGCTGGTTTTCAATACCTTGGAGGTCCGGATGATGGTAAAAAACAAATTGAAC
TGAAGCCAGGATTTCTAATGGAGCATGATAATGATGTGGGAGCTGTGGTGGTTGGATTTG
ACCGCTATTTCAACTACTACAAAATTCAGTATGGAACTCTCTGTATCCGCGAAAACCCGG
GCTGTCTTTTCATTGCTACAAACCGGGATGCTGTCACTCACCTTACCGATGCTCA

QA 3 777 3 777
DS 

RD RR3CM46TF 767 0 0
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CTCAAAACCTTTCATCTCCTCCGGATTTCGTTCTTCCTCCTTCTCCGGCGGCTTCATTCG
CAGAATCGACCATAAGCCTATCCGTGTGATGACTCCCAATTTGACACCGAGAGCTATGGC
GGCACAGCAGCTCGAGAACGCCGATCAGCTCATCGATTCCGTTGAAACTTTTATCTTCGA
TTGTGACGGAGTCATTTGGAAGGGAGATAAATTGATTGAGGGAGTTCCTGAAACTCTTGA
TATGCTCCGTGCCA*GGGAAAGAGGTTGGTTTTTGTGACGAACAACTCAACAAAATCTAG
GAAACAATATGGTAAAAAATTTGAGACTCTTGGCCTGAATGTTAACGAGGAGGAAATATT
TGCTTCTTCTTTTGCTGCAGCTGCATACTTGCAGTCTATTAATTTCCCCAAAGATAAGAA
GGTCTACGTGATTGGTGATGAGGGTATTTTTAAAAGAGCTCGACCTTGCTGGTTTTCAAT
ACCTTGGAGGTCCGGATGATGGTAAAAAACAAATTGAACTGAAGCCAGGATTTCTAATGG
AGCATGATAATGATGTGGGAGCTGTGGTGGTTGGATTTGACCGCTATTTCAACTACTACA
AAATTCAGTATGGAACTCTCTGTATCCGCGAAAACCCGGGCTGTCTTTTCATTGCTACAA
ACCGAGATGCTGTCACTCAC*TTACCGATGCTC
GAGATGGGCAAGTG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3B727TF 763 0 0
AGAAAAGACGATGCTTAACAGAACACTTGTTTCTTCTTCCTCACTTTCTCTCTTACCAAA
CTCAAAACCTTTCGTCTCCTCCGGATTTCGTTCTTCCTCCTTCTCCGGCGGCTTCATTCG
CAGAATCGACCATAAGCCTATCCGTGTGATGACTCCCAATTTGACACCGAGAGCTATGGC
GGCACAGCAGCTCGAGAACGCCGATCAGCTCATCGATTCCGTTGAAACTTTTATCTTCGA
TTGTGACGGAGTCATTTGGAAGGGAGATAAATTGATTGAGGGAGTTCCTGAAACTCTTGA
TATGCTCCGTGCCAAGGGAAAGAGGTTGGTTTTTGTGACGAACAACTCAACAAAATCTAG
GAAACAATATGGTAAAAAATTTGAGACTCTTGGCCTGAATGTTAACGAGGAGGAAATATT
TGCTTCTTCTTTTGCTGCAGCTGCATACTTGCAGTCTATTAATTTCCCCAAAGATAAGAA
GGTCTACGTGATTGGTGAGGAGGGTATTTTGAAA*GAGCTCGACCTTGCTGGTTTTCAAT
ACCTTGGAGGTCCGGATGATGGTAAAAAACAAATTGAACTGAAGCCAGGATTTCTAATGG
AGCATGATAATGATGTGGGAGCTGTGGTGGTTGGATTTGACCGCTATTTCAACTACTACA
AAATTCAGTATGGAACTCTCTGTATCCGCGAAAACCCGGGCTGTCTTTTCATTGCTACAA
ACCGGGATGCTGTCACTCACCTTACCGATGCTCAAGAATGGGC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3BU57TF 754 0 0
G
ATTCGCAGAATCGACCATAAGCCTATCCGTGTGATGACTCCCAATTTGACACCGACAGCT
ATGGCGGCACAGCAGCTCGAGAACGCCGATCAGCTCATCGATTCCGTTGAAACTTTTATC
TTCGATTGTGACGGAGTCATTTGGAAGGGAGATAAATTGATTGAGGGAGTTCCTGAAACT
CTTGATATGCTCCGTGCCAAGGGAAAGAGGTTGGTTTTTGTGACGAACAACTCAACAAAA
TCTAGGAAACAATATGGTAAAAAATTTGAGACTCTTGGC*TGAATGTTAACGAGGAGGAA
ATATTTGCTTCTTCTTTTGCTGCAGCTGCATACTTGCAGTCTATTAATTTCCCCAAAGAT
AAGAAGGTCTACGTGATTGGTGAGGAGGGTATTTTGAAA*GAGCTCGACCTTGCTGGTTT
TCAATACCTTGGAGGTCCGGATGATGGTAAAAAACAAATTGAACTGAAGCCAGGATTTCT
AATGGAGCATGATAATGATATGGGAGCTGTGGTGGTTGGATTTGACCGCTATTTCAACTA
CTACAAAATTCAGTATGGAACTCTCTGTATCCGCGAAAACCCGGGCTGTCTTTTCATTGC
TACAAACCGAGATGCTGTCACTCACCTTACCGATGCTCAAGAATGGGCAG*TGGTGGCTC
TATGGTTGGTGCTCTTGTTGGATCCTGTCA*CGTGAACCTCTTGTAGTTGGAAA*CCCTC
AACTTTTATGATGGACTATTTGTCAGACAAATT

QA 2 754 2 754
DS 

RD RR3AK72JQ 742 0 0
TTTCCCCAAAGATAAGAAGGTCTACGTGATTGGTGAGGAGGGTATTTTGAAA*GAGCTCG
ACCTTGCTGGTTTTCAATACCTTGGAGGTCCGGATGATGGTAAAAAACAAATTGAACTGA
AGCCAGGATTTCTAATGGAGCATGATAATGATGTGGGAGCTGTGGTGGTTGGATTTGACC
GCTATTTCAACTACTACAAAATTCAGTATGGAACTCTCTGTATCCGCGAAAACCCGGGCT
GTCTCTTCATTGCTACAAACCGGGATGCTGTCACTCACCTTACCGATGCTCAAGAATGGG
CAGGTGGTGGCTCCATGGTTGGTGCTCTTGTTGGATCCTGTCAACGTGAACCTCTTGTAG
TTGGAAAACCCTCAACTTTTATGATGGACTATTTGTCAGACAAATTTGGAATCGAAAAGT
CACAGATATGCATGGTGGGTGATAGATTGGACACTGATATTTTGTTTGGGCAGAATGGTG
GTTGTAAAACTCTTCTTGTCCTCTCTGGTGTTACTTCAATCTCCATGTTGGAAAGCCCTG
AGAACAAGATACAACCAGATTTCTACACCAGCAAGATTTCTGATTTTCTTTCCCTCAAAG
CAGCTAATGTGTGATGAACAAGAAATCACTTCACTCTGTACAACTCAGCAACTACAGAGT
CAATCCATACGTTTATCTATGTATAGACTTTTTCTTGCTTGTTTTGGCAAGCTTCATTTA
TTCGAAGCGTCTTTCTCGTG
GT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3GA81JQ 609 0 0
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TATGGAACTCTCTGTATCCGCGAAAACCCGGGCTGTCTTTTCATTGCTACAAACCGGGAT
GCTGTCACTCACCTTACCGATGCTCAAGAATGGGCAGGTGGTGGCTCCATGGTTGGTGCT
CTTGTTGGATCCTGTCAACGTGAACCTCTTGTAGTTGGAAAACCCTCAACTTTTATGATG
GACTATTTGTCAGACAAATTTGGAATCGAAAAGTCACAGATATGCATGGTGGGTGATAGA
TTGGACACTGATATTTTGTTTGGGCAGAATGGTGGTTGTAAAACTCTTCTTGTCCTCTCT
GGTGTTACTTCAATCTCCATGTTGGAAAGCCCTGAGAACAAGATACAACCAGATTTCTAC
ACCAGCAAGATTTCTGATTTTCTTTCCCTCAAAGCAGCTAATGTGTGATGAACAAGAAAT
CACTTCACTCTGTACAACTCAGCAACTACAGAGTCAATCCATACGTTTATCTATGTATAG
ACTTTTTCTTGCTTGTTTTGGCAAGCTTCATTTATTCGAAGCGTCTTTCTCGTGCATGGC
GCGTTAGCG

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3AM29JQ 683 0 0
ATGATAATGATGTGGGAGCTGTGGTGGTTGGATTTGACCGCTATTTCAACTACTACAAAA
TTCAGTATGGAACTCTCTGTATCCGCGAAAACCCGGGCTGTCTTTTCATTGCTACAAACC
GGGATGCTGTCACTCACCTTACCGATGCTCAAGAATGGGCAGGTGGTGGCTCCATGGTTG
GTGCTCTTGTTGGATCCTGTCAACGTGAACCTCTTGTAGTTGGAAAACCCTCAACTTTTA
TGATGGACTATTTGTCAGACAAATTTGGAATCGAAAAGTCACAGATATGCATGGTGGGTG
ATAGATTGGACACTGATATTTTGTTTGGGCAGAATGGTGGTTGTAAAACTCTTCTTGTCC
TCTCTGGTGTTACTTCAATCTCCATGTTGGAAAGCCCTGAGAACAAGATACAACCAGATT
TCTACACCAGCAAGATTTCTGATTTTCTTTCCCTCAAAGCAGCTAATGTGTGATGAACAA
GAAATCACTTCACTCTGTACAACTCAGCAACTACAGAGTCAATCCATACGTTTATCTATG
TATAGACTTTTTCTTGCTTGTTTTGGCAAGCTTCATTTATTCGAAGCGTCTTTCTCGTGC
ATGGCGCGTTAGCGAGCACCAATCTCATCCTCCCTAAGTGACACTCTAATGTTTATCTCA
CATAACTTTAAATTTCAGATACT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3FC86JQ 765 0 0
ACAAATTGAACTGAAGCCAGGATTTCTAATGGAGCATGATAATGATGTGGGAGCTGTGGT
GGTTGGATTTGACCGCTATTTCAACTACTACAAAATTCAGTATGGAACTCTCTGTATCCG
CGAAAACCCGGGCTGTCTTTTCATTGCTACAAACCGGGATGCTGTCACTCACCTTACCGA
TGCTCAAGAATGGGCAGGTGGTGGCTCCATGGTTGGTGCTCTTGTTGGATCCTGTCAACG
TGAACCTCTTGTAGTTGGAAAACCCTCAACTTTTATGATGGACTATTTGTCAGACAAATT
TGGAATCGAAAAGTCACAGATATGCATGGTGGGTGATAGATTGGACACTGATATTTTGTT
TGGGCAGAATGGTGGTTGTAAAACTCTTCTTGTCCTCTCTGGTGTTACTTCAATCTCCAT
GTTGGAAAGCCCTGAGAACAAGATACAACCAGATTTTTACACCAGCAAGATTTTTGATTT
TCTTTCCCTCAAAGCAGCTAATGTGTGATGAACAAGAAATCACTTCACTCTGTACAACTC
AGCAACTACAGAGTCAATCCATACGTTTATCTATGTATAGACTTTTTCTTGCTTGTTTTG
GCAAGCTTCATTTATTCGAAGCGTCTTTTTCGTGCATGGCGCGTTAGCGAGCACCAATCT
CATCCTCCCTAAGTGACACTTTAATGTTTATCTCACATAACTTTAAATTTCAAATACTAT
TTTATTAATATTTAAATAAAGTTTTCAATAATAAAAAATTACTGG

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 12

CO CL179Contig1 754 12 7 U
GGACTTTTCGCCGAAGAAGAAGATTCCCTCTCTACCTACGTCGATAAATCTACGAGGGAG
CTTGACCTTGAGAA*CAAGAGAAAGATGGGTTTCTTCTCGTTTCTTGGAAGAGTTCTCTT
CGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCATGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGTTGATGGTGG
TCCTGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCAAAGCTTCATCTAGCCAAGTCACATCTATCTTCTAG
ATTAGGTGTAACTTTGCCTAGCGTAGAGGCAAAACAAGTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTT
GAAAGGAGTTGGAGGCTTACTCTTTGTTATCGGAAACATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGC
TTTCTACTTGGTGGTTGTCAGTCCTATTCTGTTTGATTTCTACAACTACGGACCTGAGGA
GCGTCATTTCTCTCCATTGTTGACCGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCACTCTTTGGAGCATT
ACTCTTCTTTATTGGAATGAAGAACTCAACACCCACTAAGAGGAATCTGAAGAGGACTCC
TAAGCCGAAAGCTGCTTAGTATCTTCTGGATTGCCACACTTAATACCTTTCAGTTTTGTT
TTTGTTTTGTTCGGACAAATTCGTTTCTTAGCACTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGTATTAT
TCTTAGATTGGCTCATGATATCATATTATTATCTTTTCCTTCATTTGATATTGGGAATTC
TTGGACTTTTGATTTGCTAAAACTTGAACCATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 
60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 40 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 25 55 55 55 55 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 55 55 55 55 55 55 55 70 70 70 70 70 
70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX75TF U 7
AF RR3F270JQ C 132
AF RR3D008JQ C 124
AF RR3GC30JQ C 75
AF RR3GC30TF U 75
AF RR3D008TF U 32
AF RR3AW75JQ C 36
AF RR3AW75TF U 36
AF RR3G024TF U 1
AF RR3FI70TF U 2
AF RR3FI70JQ C 3
AF RR3G024JQ C 94
BS 1 500 RR3G024TF
BS 501 501 RR3FI70TF
BS 502 560 RR3G024TF
BS 561 561 RR3FI70TF
BS 562 739 RR3G024TF
BS 740 741 RR3FI70TF
BS 742 754 RR3FI70JQ

RD RR3DX75TF 638 0 0
GGGAAGAAGAAGAG
AGATTCCCTCTCTACCTACGTCGATAAATCTACGAGGGAGCTTGACCTTGAGAGGCAAGA
GAAAGATGGGTTTCCTCTCGTTTCTTGGAAGAGTTCTCTTCGCTTCTCTCTTCATCCTCT
CCGCATGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGTTGATGGTGGTCCTGCAGCTAAAGAGTTGG
CTCCAAAGCTTCATCTAGCCAAGTCACATCTATCTTCTAGATTAGGTGTAACTTTGCCTA
GCGTAGAGGCAAAACAAGTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTTGAAAGGAGTTGGAGGCTTAC
TCTTTGTTATCGGAAACATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGCTTTCTACTTGGTGGTTGTCA
GTCCTATTCTGTTTGATTTCTACAACTACGGACCTGAGGAGCGTCATTTCTCTCCATTGT
TGACTGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCACTCTTTGGAGCATTACTCTTCTTTATCGGAATGA
AGAACTCAACACCCACTAAGAGGAATCTGAAGAGGACTCCTAAGCCGAAAGCTGCTTAGT
******TGGATTGCCACACTCAATACCTTC******TGTTTTTTTTTTGTTCGGACAAAT
TCGTTTCTTAGCACTTTTGGTTTT

QA 15 638 15 638
DS 

RD RR3F270JQ 571 0 0
G
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AGAGTTGGCTCCAAAGCTTCATCTAGCCAAGTCACATCTATCTTCTAGATTAGGTGTAAC
TTTGCCTAGCGTAGAGGCAAAACAAGTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTTGAAAGGAGTTGG
AGGCTTACTCTTTGTTATCGGAAACATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGCTTTCTACTTGGT
GGCTGTCAGTCCTATTCTGTTTGATTTCTACAACTACGGACCTGAGGAGCGTCATTTCTC
TCCATTGTTGACCGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCACTCTTTGGAGCATTACTCTTCTTTAT
TGGAATGAAGAACTCAACACCCACTAAGAGGAATCTGAAGAGGACTCCTAAGCCGAAAGC
TGCTTAGTATCTTCTGGATTGCCACACTTAATACCTTTCAGTTTTGTTTTTGTTTTGTTC
GGACAAATTCGTTTCTTAGCACTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGTATTATTCTTAGATTGGC
TCATGATATCATATTATTATCTTTTCCTTC

QA 2 571 2 571
DS 

RD RR3D008JQ 579 0 0
TTCTCTCTTCATCCTCTCCGCATGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGTTGATGGTGGTCC
TGCAGCTAAAGAGTTGGCCCCAAAGCTTCATCTAGCCAAGTCACATCTATCTTCTAGATT
AGGTGTAACTTTGCCTAGCGTAGAGGCAAAACAAGTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTTGAA
AGGAGTTGGAGGCTTACTCTTTGTTATCGGAAACATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGCTTT
CTACTTGGTGGTTGTCAGTCCTATTCTGTTTGATTTCTACAACTACGGACCTGAGGAGCG
TCATTTCTCTCCATTGTTGACCGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCACTCTTTGGAGCATTACT
CTTCTTTATTGGAATGAAGAACTCAACACCCACTAAGAGGAATCTGAAGAGGACTCCTAA
GCCGAAAGCTGCTTAGTATCTTCTGGATTGCCACACTTAATACCTTTCAGTTTTGTTTTT
GTTTTGTTCGGACAAATTCGCTTCTTAGCACTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGTATTATTCT
TAGATTGGCTCATGATATCATATTATTATCTTTTCCTTC

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3GC30JQ 627 0 0
GG
AAGAGAAAGATGGGTTTCTTCTCGTTTCTTGGAAGAGTTCTCTTCGCTTCTCTCTTCATC
CTCTCCGCATGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGTTGATGGTGGTCCTGCAGCTAAAGAG
TTGGCTCCAAAGCTTCATCTAGCCAAGTCACATCTATCTTCTAGATTAGGTGTAACTTTG
CCTAGCGTAGAGGCAAAACAAGTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTTGAAAGGAGTTGGAGGC
TTACTCTTTGTTATCGGAAACATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGCTTTCTACTTGGTGGTT
GTCAGTCCTATTCTGTTTGATTTCTACAACTACGGACCTGAGGAGCGTCATTTCTCTCCA
TTGTTGACCGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCACTCTTTGGAGCATTACTCTTCTTTATTGGA
ATGAAGAACTCAACACCCACTAAGAGGAATCTGAAGAGGACTCCTAAGCCGAAAGCTGCT
TAGTATCTTCTGGATTGCCCCACTTAATACCTTTCAGTTTTGTTTTTGTTTTGTTCGGAC
AAATTCGTTTCTTAGCACTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGTATTATTCTTAGATTGGCTCAT
GATATCATATTATTATCTTTTCCTT

QA 3 627 3 627
DS 

RD RR3GC30TF 627 0 0
GG
AAGAGAAAGATGGGTTTCTTCTCGTTTCTTGGAAGAGTTCTCTTCGCTTCTCTCTTCATC
CTCTCCGCATGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGTTGATGGTGGTCCTGCAGCTAAAGAG
TTGGCTCCAAAGCTTCATCTAGCCAAGTCACATCTATCTTCTAGATTAGGTGTAACTTTG
CCTAGCGTAGAGGCAAAACAAGTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTTGAAAGGAGTTGGAGGC
TTACTCTTTGTTATCGGAAACATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGCTTTCTACTTGGTGGTT
GTCAGTCCTATTCTGTTTGATTTCTACAACTACGGACCTGAGGAGCGTCATTTCTCTCCA
TTGTTGACCGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCACTCTTTGGAGCATTACTCTTCTTTATTGGA
ATGAAGAACTCAACACCCACTAAGAGGAATCTGAAGAGGACTCCTAAGCCGAAAGCTGCT
TAGTATCTTCTGGATTGCCACACTTAATACCTTTCAGTTTTGTTTTTGTTTTGTTCGGAC
AAATTCGTTTCTTAGCACTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGTATTATTCTTAGATTGGCTCAT
GATATCATATTATTATCTTTTCCTT

QA 3 627 3 627
DS 

RD RR3D008TF 653 0 0
GG
ACCTACGTCGATAAATCTACGAGGGAGCTTGACCTTGAGAA*CAAGAGAAAGATGGGTTT
CTTCTCGTTTCTTGGAAGAGTTCTCCTCGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCATGGCAAAT
GTTCAATGACTTTGGAGTTGATGGTGGTCCTGCAGCTAAAGAGTTGGCCCCAAAGCTTCA
TCTAGCCAAGTCACATCTATCTTCTAGATTAGGTGTAACTTTGCCTAGCGTAGAGGCAAA
ACAAGTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTTGAAAGGAGTTGGAGGCTTACTCTTTGTTATCGG
AAACATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGCTTTCTACTTGGTGGTTGTCAGTCCTATTCTGTT
TGATTTCTACAACTACGGACCTGAGGAGCGTCATTTCTCTCCATTGTTGACCGAGTTCTT
GCAGAGCGTTGCACTCTTTGGAGCATTACTCTTCTTTATTGGAATGAAGAACTCAACACC
CACTAAGAGGAATCTGAAGAGGACTCCTAAGCCGAAAGCTGCTTAGTATCTTCTGGATTG
CCACACTTAATACCTTTCAGTTTTGTTTTTGTTTTGTTCGGACAAATTCGCTTCTTAGCA
CTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGTATTATTCTTAGATTGGCTCATGATATCAT

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR3AW75JQ 668 0 0
GG
ACGTCGATAAATCTACGAGGGAGCTTGACCTTGAGAA*CAAGAGAAAGATGGGTTTCTTC
TCGTTTCTTGGAAGAGTTCTCTTCGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCATGGCAAATGTTC
AATGACTTTGGAGTTGATGGTGGTCCTGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCAAAGCTTCATCTA
GCCAAGTCACATCTAT**TCTAGATTAGGTGTAACTTTGCCTAGCGTAGAGGCAAAACAA
GTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTTGAAAGGAGTTGGAGGCTTACTCTTTGTTATCGGAAAC
ATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGCTTTCTACTTGGTGGTTGTCAGTCCTATTCTGTTTGAT
TTCTACAACTACGGACCTGAGGAGCGTCATTTCTCTCCATTGTTGACCGAGTTCTTGCAG
AGCGTTGCACTCTTTGGAGCATTACTCTTCTTTATTGGAATGAAGAACTCAACACCCACT
AAGAGGAATCTGAAGAGGACTCCTAAGCCGAAAGCTGCTTTGTATCTTCTGGATTGCCAC
ACTTAATACCTTTCAGTTTTGTTTTTGTTTTGTTCGGACAAATTCGTTTCTTAGCACTTT
TGGTTTTCTTTTTGCTGTATTATTCTTAGATTGGCTCATGATATCATATTATTATCTTTT
CCT
CCG

QA 3 665 3 665
DS 

RD RR3AW75TF 668 0 0
GG
ACGTCGATAAATCTACGAGGGAGCTTGACCTTGAGAA*CAAGAGAAAGATGGGTTTCTTC
TCGTTTCTTGGAAGAGTTCTCTTCGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCATGGCAAATGTTC
AATGACTTTGGAGTTGATGGTGGTCCTGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCAAAGCTTCATCTA
GCCAAGTCACATCTAT**TCTAGATTAGGTGTAACTTTGCCTAGCGTAGAGGCAAAACAA
GTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTTGAAAGGAGTTGGAGGCTTACTCTTTGTTATCGGAAAC
ATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGCTTTCTACTTGGTGGTTGTCAGTCCTATTCTGTTTGAT
TTCTACAACTACGGACCTGAGGAGCGTCATTTCTCTCCATTGTTGACCGAGTTCTTGCAG
AGCGTTGCACTCTTTGGAGCATTACTCTTCTTTATTGGAATGAAGAACTCAACACCCACT
AAGAGGAATCTGAAGAGGACTCCTAAGCCGAAAGCTGCTTTGTATCTTCTGGATTGCCAC
ACTTAATACCTTTCAGTTTTGTTTTTGTTTTGTTCGGACAAATTCGTTTCTTAGCACTTT
TGGTTTTCTTTTTGCTGTATTATTCTTAGATTGGCTCATGATATCATATTATTATCTTTT
CCT
CCG

QA 3 665 3 665
DS 

RD RR3G024TF 739 0 0
GGACTTTTCGCCGAAGAAGAAGATTCCCTCTCTACCTACGTCGATAAATCTACGAGGGAG
CTTGACCTTGAGAA*CAAGAGAAAGATGGGTTTCTTCTCGTTTCTTGGAAGAGTTCTCTT
CGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCATGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGTTGATGGTGG
TCCTGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCAAAGCTTCATCTAGCCAAGTCACATCTATCTTCTAG
ATTAGGTGTAACTTTGCCTAGCGTAGAGGCAAAACAAGTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTT
GAAAGGAGTTGGAGGCTTACTCTTTGTTATCGGAAACATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGC
TTTCTACTTGGTGGTTGTCAGTCCTATTCTGTTTGATTTCTACAACTACGGACCTGAGGA
GCGTCATTTCTCTCCATTGTTGACCGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCACTCTTTGGAGCATT
ACTCTTCTTTATTGGAATGAGGAACTCAACACCCACTAAGAGGAATCTGAAGAGGACTCC
TAAGCCGAAAGCTGCTTAGTGTCTTCTGGATTGCCACACTTAATACCTTTCAGTTTTGTT
TTTGTTTTGTTCGGACAAATTCGTTTCTTAGCACTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGTATTAT
TCTTAGATTGGCTCATGATATCATATTATTATCTTTTCCTTCATTTGATATTGGGAATTC
TTGGACTTTTGATTTGCTA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3FI70TF 751 0 0
GACTTTTCGCCGAAGAAGA
AGATTCCCTCTCTACCTACGTCGATAAATCTACGAGGGAGCTTGACCTTGAGAA*CAAGA
GAAAGATGGGTTTCTTCTCGTTTCTTGGAAGAGTTCTCTTCGCTTCTCTCTTCATCCTCT
CCGCATGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGTTGATGGTGGTCCTGCAGCTAAAGAGTTGG
CTCCAAAGCTTCATCTAGCCAAGTCACATCTATCTTCTAGATTAGGTGTAACTTTGCCTA
GCGTAGAGGCAAAACAAGTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTTGAAAGGAGTTGGAGGCTTAC
TCTTTGTTATCGGAAACATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGCTTTCTACTTGGTGGTTGTCA
GTCCTATTCTGTTTGATTTCTACAACTACGGACCTGAGGAGCGTCATTTCTCTCCATTGT
TGACCGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCACTCTTTGGAGCATTACTCTTCTTTATTGGAATGA
AGAACTCAACACCCACTAAGAGGAATCTGAAGAGGACTCCTAAGCCGAAAGCTGCTTAGT
ATCTTCTGGATTGCCACACTTAATACCTTTCAGTTTTGTTTTTGTTTTGTTCGGACAAAT
TCGTTTCTTAGCACTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGTATTATTCTTAGATTGGCTCATGATA
TCATATTATTATCTTTTCCTTCATTTGATATTGGGAATTCTTGGACTTTTGATTTGCTAA
A
CTTGACCATGC

QA 20 740 20 740
DS 

RD RR3FI70JQ 752 0 0
GACTTTCGCCGAAGAAGA
AGATTCCCTCTCTACCTACGTCGATAAATCTACGAGGGAGCTTGACCTTGAGAA*CAAGA
GAAAGATGGGTTTCTTCTCGTTTCTTGGAAGAGTTCTCTTCGCTTCTCTCTTCATCCTCT
CCGCATGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGTTGATGGTGGTCCTGCAGCTAAAGAGTTGG
CTCCAAAGCTTCATCTAGCCAAGTCACATCTATCTTCTAGATTAGGTGTAACTTTGCCTA
GCGTAGAGGCAAAACAAGTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTTGAAAGGAGTTGGAGGCTTAC
TCTTTGTTATCGGAAACATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGCTTTCTACTTGGTGGTTGCCA
GTCCTATTCTGTTTGATTTCTACAACTACGGACCTGAGGAGCGTCATTTCTCTCCATTGT
TGACCGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCACTCTTTGGAGCATTACTCTTCTTTATTGGAATGA
AGAACTCAACACCCACTAAGAGGAATCTGAAGAGGACTCCTAAGCCGAAAGCTGCTTAGT
ATCTTCTGGATTGCCACACTTAATACCTTTCAGTTTTGTTTTTGTTTTGTTCGGACAAAT
TCGTTTCTTAGCACTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGTATTATTCTTAGATTGGCTCATGATA
TCATATTATTATCTTTTCCTTCATTTGATATTGGGAATTCTTGGACTTTTGATTTGCTAA
AACTTGAACCATGC

QA 19 752 19 752
DS 

RD RR3G024JQ 661 0 0
CTTCTCGTTTCTTGGAAGAGTTCTCTTCGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCATGGCAAAT
GTTCAATGACTTTGGAGTTGATGGTGGTCCTGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCAAAGCTTCA
TCTAGCCAAGTCACATCTATCTTCTAGATTAGGTGTAACTTTGCCTAGCGTAGAGGCAAA
ACAAGTCGTTGTTGCTATAGTTGCGTTGAAAGGAGTTGGAGGCTTACTCTTTGTTATCGG
AAACATCTTCGGTGCTTATCTTCTGGCTTTCTACTTGGTGGTTGTCAGTCCTATTCTGTT
TGATTTCTACAACTACGGACCTGAGGAGCGTCATTTCTCTCCATTGTTGACCGAGTTCTT
GCAGAGCGTTGCACTCTTTGGAGCATTACTCTTCTTTATTGGAATGAGGAACTCAACACC
CACTAAGAGGAATCTGAAGAGGACTCCTAAGCCGAAAGCTGCTTAGTGTCTTCTGGATTG
CCACACTTAATACCTTTCAGTTTTGTTTTTGTTTTGTTCGGACAAATTCGTTTCTTAGCA
CTTTTGGTTTTCTTTTTGCTGTATTATTCTTAGATTGGCTCATGATATCATATTATTATC
TTTTCCTTCATTTGATATTGGGAATTCTTGGACTTTTGATTTGCTAAA
ACTTGAACCATGC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 2 10

CO CL180Contig1 1238 3 4 U
GGGTTCAGGATTCGTGTGGGATAAGCAGGGTCACATTGTTACCAACTATCATGTCATCCG
TGGCGCTTCTGATCTCAGGGTCACTCTGGCTGATCAATCGACATATGATGCAAAAGTTGT
TGGATTCGACCAAGACAAGGATGTTGCTGTCCTACGTATCGAGGCACCAAAAGACAAGCT
AAGGCCTATACCTGTTGGAGTCTCTGCCGATCTTCTCGTCGGCCAGAAAGTCTTTGCCAT
TGGCAATCCTTTTGGACTTGATCATACTCTTACAACTGGTGTTATAAGTGGTTTGCGAAG
AGAAATTAGTTCTGCTGCGACCGGTCGTCCAATCCAAGATGTGATACAAACAGATGCAGC
CATTAACCCAGGTAACAGCGGAGGACCGCTTCTAGACAGTTCAGGAACTCTGATTGGTAT
AAACACAGCCATTTATTCTCCTTCTGGTGCATCTTCTAGAGTGGGCTTTTCGATCCCAGT
TGACACCGTTGTTGGTATCGTTGATCAGCTGGTTAGGTTTGGGAAAGTCACAAGACCCAT
CTTAGGTATCAAATTCGCACCGGACCAATCTGTTGAGCAACTGGGAGTGAGCGGCGTGCT
TGTCTTGGACGCTCCTCCAACTGGTCCAGCTGGAAAAGCCAGACTTCAGTCCACAAAACG
TGACGGGTACGGGAGGTTAATACTTGGAGACATTATCACGTCGGTTAACGGTACAAAAGT
TACTAACGGGAGTGATCTGTACCGGATTCTTGATCAGTGCAAAGTCGGTGTTGAGCAGGT
GGTTCAGAGTTATAGAGGAAAGAGAGATTTTTTCAATGGTGCTATTGGTGGGTTTGTTGC
TGGAGCTTCTGTCCTTGGCTATAGAGCAAGGAGCATTCCCACAGCGATAGCTGCAGGTGC
AACACTAGCAGTTACATCGGCTTTGATTGACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAA
CGGCAGAGAGTATTATCCTTACACCCCCGTCGAGAAAACAGCTAAAGCTGATGCCTGATC
TCTCTCCTTTTGGCGTCTGAAGTCAATAAAGCTTATCCCAGGCCTCGTGAAGAATGTCTG
TCTCTCTTTGTTGTCATCTCTTTTTTTTTCTTTTTTAATCTACTGTATCTGGAGATATGA
AATCATAGAACTCTTGTTTACTCCCGTGTTTATGGAGATTTGACTTTCATCTTTTGTCTG
AACGTTGATTCCTACAATAAAGATATCAACTTTGTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AX39TF U 1
AF RR3H604TF U 868
AF RR3A390TF U 540
BS 1 667 RR3AX39TF
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BS 868 868 RR3H604TF
BS 869 1238 RR3A390TF

RD RR3AX39TF 667 0 0
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TGGCGCTTCTGATCTCAGGGTCACTCTGGCTGATCAATCGACATATGATGCAAAAGTTGT
TGGATTCGACCAAGACAAGGATGTTGCTGTCCTACGTATCGAGGCACCAAAAGACAAGCT
AAGGCCTATACCTGTTGGAGTCTCTGCCGATCTTCTCGTCGGCCAGAAAGTCTTTGCCAT
TGGCAATCCTTTTGGACTTGATCATACTCTTACAACTGGTGTTATAAGTGGTTTGCGAAG
AGAAATTAGTTCTGCTGCGACCGGTCGTCCAATCCAAGATGTGATACAAACAGATGCAGC
CATTAACCCAGGTAACAGCGGAGGACCGCTTCTAGACAGTTCAGGAACTCTGATTGGTAT
AAACACAGCCATTTATTCTCCTTCTGGTGCATCTTCTAGAGTGGGCTTTTCGATCCCAGT
TGACACCGTTGTTGGTATCGTTGATCAGCTGGTTAGGTTTGGGAAAGTCACAAGACCCAT
CTTAGGTATCAAATTCGCACCGGACCAATCTGTTGAGCAACTGGGAGTGAGCGGCGTGCT
TGTCTTGGACGCTCCTCCAACTGGTCCAGCTGGAAAAGCCAGACTTCAGTCCACAAAACG
TGACGGG

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3H604TF 285 0 0
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TGACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGCAGAGAGTATTATCCTTACACCCC
CGTCGAGAAAACAGCTAAAGCTGATGCCTGATCTCTCTCCTTTTGGCGTCTGAAGTCAAT
AAAGCTTATCCCAGGCCTCGTGAAGAATGTCTGTCTCTCTTTGTTGTCATCTCTTTTTTT
TTCTTTTTTAATCTACTGTATCTGGAGATATGAAATCATAGAACT

QA 1 285 1 285
DS 

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G
CTTAGGTATCAAATTCGCACCGGACCAATCTGTTGAGCAACTGGGAGTGAGCGGCGTGCT
TGTCTTGGACGCTCCTCCAACTGGTCCAGCTGGAAAAGCCGGACTTCAGTCCACAAAACG
TGACGGGTACGGGAGGTTAATACTTGGAGACATTATCACGTCGGTTAACGGTACAAAAGT
TACTAACGGGAGTGATCTGTACCGGATTCTTGATCAGTGCAAAGTCGGTGTTGAGCAGGT
GGTTCAGAGTTATAGAGGAAAGAGAGATTTTTTCAATGGTGCTATTGGTGGGTTTGTTGC
TGGAGCTTCTGTCCTTGGCTATAGAGCGAGGAGCATTCCCACAGCGATAGCTGCAGGTGC
AACACTAGCAGTTACATCGGCTTTGATTGACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAA
CGGCAGAGAGTATTATCCTTACACCCCCGTCGAGAAAACAGCTAAAGCTGATGCCTGATC
TCTCTCCTTTTGGCGTCTGAAGTCAATAAAGCTTATCCCAGGCCTCGTGAAGAATGTCTG
TCTCTCTTTGTTGTCATCTCTTTTTTTTTCTTTTTTAATCTACTGTATCTGGAGATATGA
AATCATAGAACTCTTGTTTACTCCCGTGTTTATGGAGATTTGACTTTCATCTTTTGTCTG
AACGTTGATTCCTACAATAAAGATATCAACTTTGTCTT

QA 2 699 2 699
DS 



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ATCTCCATAAACACGGGAGTAAACAAGAGTTCTATGATTTCATATCTCCAGATACAGTAG
ATTAAAAAAGAAAAAAAAAAGAGATGACAACAAAGAGAGACAGACATTCTTCACGAGGCC
TGGGATAAGCTTTATTGACTTCAGACGCCAAAAGGAGAGAGATCAGGCATCAGCTTTAGC
TGTTTTCTCGACGGGGGTGTAAGGATAATACTCTCTGCCGTTGTCTACTCTTGTGGTCTG
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GGGAATGCTCCTTGCTCTATAGCCAAGGACAGAAGCTCCAGCAACAAACCCACCAATAGC
ACCATTGAAAAAATCTCTCTTTCCTCTATAACTCTGAACCACCTGCTCAACACCGATGTA
AACTCCTCCAATAGCAGCAAAAGTGAGCCCGTGAGTTCCCATCATCTTCAGCGTCCTGAT
GAGCCCCGGAAGCGCCACGTTCCTCTCCACTCTCGGAACGTCTTTCCACGTGGCCAAAAT
GGTTCCGTAGATAGTCCCAGCGGCGAAACCAGTCACGCTGCCTTTGATTGTCTTCATCAT
GGGACCGTCCTCTTCTTCCAAGTACCTCATTTCAGCTGGATCCATGTTTTTTTCTTTCCT
ACTTTTTAGGGTTTGAGAGACGGACAAGAGGGATGAACGAGCTGAAGGGAAGAAGATCAA
GGATGTGTTATTCCTTTTGTTTCGATGTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 40 40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ49JQ U 263
AF RR3H604JQ U 58
AF RR3FN64JQ U 1
AF RR3EI57JQ U 48
AF RR3GQ49TF C 33
AF RR3F279TF C 132
AF RR3EI57TF C 134
BS 1 235 RR3FN64JQ
BS 236 237 RR3EI57JQ
BS 238 352 RR3FN64JQ
BS 353 353 RR3EI57JQ
BS 354 692 RR3FN64JQ
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BS 807 813 RR3EI57TF

RD RR3GQ49JQ 336 0 0
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CCTCTATAACTCTGAACCACCTGCTCAACACCGATGTAAACTCCTCCAATAGCAGCAAAA
GTGAGCCCGTGAGTTCCCATCATCTTCAGCGTCCTGATGAGCCCCGGAAGCGCCACGTTC
CTCTCCACTCTCGGAACGTCTTTCCACGTGGCCAAA

QA 1 336 1 336
DS 

RD RR3H604JQ 556 0 0
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TAGATTAAAAAAGAAAAAAAAA*GAGATGACAACAAAGAGAGACAGACGTTCTTCACGAG
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AGCTGTTTTCTCGACGGGGGTGTAAGGATAATACTCTCTGCCGTTGTCTACTCTTGTGGT
CTGACCTCCAGAGTCAATCAAAGCCGATGTAACTGCTAGTGTTGCACCTGCAGCTATCGC
TGTGGGAATGCTCCTTGCTCTATAGCCAAGGACAGAAGCTCCAGCAACAAACCCACCAAT
AGCACCATTGAAAAAATCTCTCTTTCCTCTATAACTCTGAACCACCTGCTCAACACCGAT
GTAAACTCCTCCAATAGCACCAAAAGTGAGCCCGTGAGTTCCCATCATCTTCAGCGTCCT
GATGAGCCCCGGAAGCGCCACGTTCCTCTCCACTCTCGGAACGTCTTTCCACGTGGCCAA
AATGGTTCCGTAGATA

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3FN64JQ 692 0 0
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ATCTCCATAAACACGGGAGTAAACAAGAGTTCTATGATTTCATATCTCCAGATACAGTAG
ATTAAAAAAGAAAAAAAAAAGAGATGACAACAAAGAGAGACAGACATTCTTCACGAGGCC
TGGGATAAGCTTTATTGACTTCAGACGCCAAAAGGAGAGAGATCAGGCATCAGCT**AGC
TGTTTTCTCGACGGGGGTGTAAGGATAATACTCTCTGCCGTTGTCTACTCTTGTGGTCTG
ACCTCCAGAGTCAATCAAAGCCGATGTAACTGCTAGTGTTGCACCTGCAGCTGTCGCTGT
GGGAATGCTCCTTGCTCTATAGCCAAGGACAGAAGCTCCAGCAACAAACCCACCAATAGC
ACCATTGAAAAAATCTCTCTTTCCTCTATAACTCTGAACCACCTGCTCAACACCGATGTA
AACTCCTCCAATAGCAGCAAAAGTGAGCCCGTGAGTTCCCATCATCTTCAGCGTCCTGAT
GAGCCCCGGAAGCGCCACGTTCCTCTCCACTCTCGGAACGTCTTTCCACGTGGCCAAAAT
GGTTCCGTAGATAGTCCCAGCGGCGAAACCAGTCACGCTGCCTTTGATTGTCTTCATCAT
GGGACCGTCCTCTTCTTCCAAGTACCTCATTT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3EI57JQ 678 0 0
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TCTTCACGAGGCCTGGGATAAGCTTTATTGACTTCAGACGCCAAAAGGAGAGAGATCAGG
CATCAGCTTTAGCTGTTTTCTCGACGGGGGTGTAAGGATAATACTCTCTGCCGTTGTCTA
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ACCCACCAATAGCACCATTGAAAAAATCTCTCTTTCCTCTATAACTCTGAACCACCTGCT
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TCAGCGTCCTGATGAGCCCCGGAAGCGCCACGTTCCTCTCCACTCTCGGAACGTCTTTCC
ACGTGGCCAAAATGGTTCCGTAGATAGTCCCAGCGGCGAAACCAGTCACGCTGCCTTTGA
TTGTCTTCATCATGGGACCGTCCTCTTCTTCCAAGTACCTCATTTCAGCTGGATCCATGT
TTTTTTCTTTCCTACTTT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3GQ49TF 759 0 0
CAACGT
TCAGACAAAAGATGAAAGTCAAATTTCCATAAACACGGGAGTAAACAAGAGTTCTATGAT
TTCATATCTCCAGATACAGTAGATTAAAAAAGAAAAAAAA**GAGATGACAACAAAGAGA
GACAGACATTCTTCACGAGGCCTGGGATAAGCTTTATTGACTTCAGACGCCAAAAGGAGA
GAGATCAGGCATCAGCTTTAGCTGTTTTCTCGACGGGGGTGTCAGGATAATACTCTCTGC
CGTTGTCTACTCTTGTGGTCTGACCTCCAGAGTCAATCAAAGCCGATGTAACTGCTAGTG
TTGCACCTGCAGCTATCGCTGTGGGAATGCTCCTTGCTCTATAGCCAAGGACAGAAGCTC
CAGCAACAAACCCACCAATAGCACCATTGAAAAAATCTCTCTTTCCTCTATAACTCTGAA
CCACCTGCTCAACACCGATGTAAACTCCTCCAATAGCAGCAAAAGTGAGCCCGTGAGTTC
CCATCATCTTCAGCGTCCTGATGAGCCCCGGAAGCGCCACGTTCCTCTCCACTCTCGGAA
CGTCTTTCCACGTGGCCAAAATGGTTCCGTAGATAGTCCCAGCGGCGAAACCAGTCACGC
TGCCTTTGATTGTCTTCATCATGGGACCGTCCTCTTCTTCCAAGTACCTCATTTCAGCTG
GATCCATGTTTTTTTCTTTCCTACTTTTTAGGGTTTGAGAGACGGACAAGAGGGATGAAC
GAGCTGAAGGGAAGAAGATCAAGGATGTGTT
CC

QA 7 757 7 757
DS 

RD RR3F279TF 677 0 0
G
AAAAAAAAGAGATGACAACAAAGAGAGACAGACATTCTTCACGAGGCCTGGGATAAGCTT
TATTGACTTCAGACGCCAAAAGGAGAGAGATCAGGCATCAGCTTTAGCTGTTTTCTCGAC
GGGGGTGTAAGGATAATACTCTCTGCCGTTGTCTACTCTTGTGGTCTGACCTCCAGAGTC
AATCAAAGCCGATGTAACTGCTAGTGTTGCACCTGCAGCTATCGCTGTGGGAATGCTCCT
TGCTCTATAGCCAAGGACAGAAGCTCCAGCAACAAACCCACCAATAGCACCATTGAAAAA
ATCTCTCTTTCCTCCATAACTCTGAACCACCTGCTCAACACCGATGTAAACTCCTCCAAT
AGCAGCAAAAGTGAGCCCGTGAGTTCCCATCATCTTCAGCGTCCTGATGAACCCCGGAAG
CGCCACGTTCCTCTCCACTCTCGGAACGTCTTTCCACGTGGCCAAAATGGTTCCGTAGAT
AGTCCCAGCGGCGAAACCAGTCACGCTGCCTTTGATTGTCTTCATCATGGGACCGTCCTC
TTCTTCCAAGTACCTCATTTCAGCTGGATCCATGTTTTTTTCTTTCCTACTTTTTAGGGT
TTGAGAGACGGACAAGAGGGATGAACGAGCTGAAGGGAAGAAGATCAAGGATGTGTTATT
CCTTTTGTTTCGAT
CC

QA 2 675 2 675
DS 

RD RR3EI57TF 680 0 0
AAAAAAAGAGATGACAACAAAGAGAGACAGACATTCTTCACGAGGCCTGGGATAAGCTTT
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GGGGTGTAAGGATAATACTCTCTGCCGTTGTCTACTCTTGTGGTCTGACCTCCAGAGTCA
ATCAAAGCCGATGTAACTGCTAGTGTTGCACCTGCAGCTATCGCTGTGGGAATGCTCCTT
GCTCTATAGCCAAGGACAGAAGCTCCAGCAACAAACCCACCAATAGCACCATTGAAAAAA
TCTCTCTTTCCTCTATAACTCTGAACCACCTGCTCAACACCGATGTAAACTCCTCCAATA
GCAGCAAAAGTGAGCCCGTGAGTTCCCATCATCTTCAGCGTCCTGATGAGCCCCGGAAGC
GCCACGTTCCTCTCCACTCTCGGAACGTCTTTCCACGTGGCCAAAATGGTTCCGTAGATA
GTCCCAGCGGCGAAACCAGTCACGCTGCCTTTGATTGTCTTCATCATGGGACCGTCCTCT
TCTTCCAAGTACCTCATTTCAGCTGGATCCATGTTTTTTTCTTTCCTACTTTTTAGGGTT
TGAGAGACGGACAAGAGGGATGAACGAGCTGAAGGGAAGAAGATCAAGGATGTGTTATTC
CTTTTGTTTCGATGTGTTCC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 12

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CCATCTGAATAGTGTTTTCCGGCCGACGGAGTGGGTTTCCATAACCACTGTCGGCCCGGA
TTGTGTTTTCTGCTTTTATTTCTCTTGTGCATATCCTTTTGTTAAGGTTCAAAGTAGATC
TAACTAAAATATAGATCTAGATCTGTAGTTTTTAAATCTGGCGTGGAGTTTGTTCTCGGT
GGTAGCTATCCTGGAAGCGGGTTCTCGTTTCTGATTTGGTGTTTCTCTTCCGTCTCAGGC
TCCTTCTCCTGCCTCTTAAAGCTGCAGGTGCGTATTGGTTGCTCATAGTTTCAGATCTAG
CGAAGTTTGAAGGTTGTGCTTGTTCCTTGTCTCCGTTGCGACGGGTTGCTTTGTGGTCGG
GTTGAAAGAACATCTGGCTCGTTTTCAAGGACTTGGGGGCTTTGGCTCTTTCTGCACCGT
GACGTGGAGGTATGTAAGTTAAATGTCGGCTCTTCATCCTCCGGGAGTTAGTTCGCTGTG
GTATCTCATGGTTCGTCAGGTTGTTTGCGGAGCAGTATATTGAGATGCAGGTTCTTCCCT
AATAAGTTCGTCTAAGGGTGTGCGCTTATTTCTGCCTTCTTGCTTCGTTGGATTTGTCTA
CTTGGGCTTTTTGTTCTTATGGATCTAGATTTTGTATTGTTCTCTTTGGTAACCTCTGTT
CTATGTGCTTATGTTTGTTTCCAGAGAATTTTATAAATTCTGCTGGCCTTTGTCTCCAGA
GGAAGAGTATTTCTCCTGCTGGCTTAGTCTCTAGGGGTTTGTTGTAACTCGCTAGCTTAG
AATCATCTCATGTGTAAGTTATGTTTGAATCAATGGAATCATTCAGAGGAAAAAAAAAAG
ATCCGTCAATTCATTGC


BQ
25 25 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 
45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK30TF U -3
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AF RR3AF27TF U 1
AF RR3GR88TF U 1
AF RR3H243TF U 69
AF RR3FZ66TF U 1
AF RR3A054TF U 75
AF RR3CX43JQ C 209
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BS 277 670 RR3AF27TF
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BS 741 751 RR3FZ66TF
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BS 769 783 RR3FZ66TF
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ATCTGAATAGTGTTTTCCGGCCGACGGAGTGGGTTTCCATAACCACTGTCGGCCCGGATT
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TAGCTATCCTGGAAGCGGGTTCTCGTTTCTGATTTGGTGTTTCTCTTCCGTCTCAG*CTC
CTTCTCCTGCCTCTTAAAGCTGCAGGTGCGTATTG*TTGCTCATA
TTT

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DS 

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DS 

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GTATCTCATGGTTCGTCAGGTTGTTTGCGGAGCAGTATATTGAGATGCAGGTTCTTCCCT
AATAAGTTCGTCTAAGGGTGTGCGCTTATTTCTGCCTTCTTGCTTCGTTGGATTTGTCTA
CTTGGGCTTT

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DS 

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CGAAGTTTGAAGGTTGTGCTTGTTCCTTGTCTCCGTTGCGACGGGTTGCTTTGTGGTCGG
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GTATCTCATGGTTCGTCAGGTTGTTTGCGGAGCAGTATATTGAGATGCAGGTTCTTCCCT
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CTTGG
CTT

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DS 

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GG
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ATGTTTGTTTCCAGAGAATTTTATAAATTCTGCTGGCCTTTGTCTC

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CGAAGTTTGAAGGTTGTGCTTGTTCCTTGTCTCCGTTGCGACGGGTTGCTTTGTGGTCGG
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CTATGTGCTTATGTTTGTT*CCAGAGAATTT*ATAAATTCTGCTGGC*TTTGTCTCCAGA
GGA
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DS 

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TTGTTTCCAGAGAATTTTATAAATTCTGCTGGCCTTTGTCTCCAGAGGAAGAGTATTTCT
CCTGCTGGCTTAGTCTCTAGGGGTT

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DS 

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TTCTGATTTGGTGTTTCTCTTCCGTCTCAGGCTCCTTCTCCTGCCTCTTAAAGCTGCAGG
TGCGTATTGGTTGCTCATAGTTTCAGATCTAGCGAAGTTTGAAGGTTGTGCTTGTTCCTT
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TTTTATAAATTCTGCTGGCCTTTGTCTCCAGAGGAAGAGTATTTCTCCTGCTGGCTTAGT
CTCTAGGGGTTTGTTGTAACTCGCTAGCTTA

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DS 

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TCTCTAGGGGTTTGTTGTAACTCGCTAGCTTAGAATCATCTCATGTGTAGGTTATGTTTG
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DS 

RD RR3A054JQ 760 0 0
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ATATAGATCTAGATCTGTAGTTTTTAAATCTGGCGTGGAGTTTGTTCTCGGTGGTAGCTA
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ATTTCTCCTGCTGGCTTAGTCTCTAGGGGTTTGTTGTAACTCGCTAGCTTAGAATCATCT
CATGTGTAAGTTATGTTTGAATCAATGGAATCTTTCAGAG

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DS 

RD RR3GR88JQ 730 0 0
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C

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DS 

RD RR3H243JQ 531 0 0
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AAGGACTTGGGGGCTTTGGCTCTTTCTGCACCGTGACGTGGAGGTATGTAAGTTAAATGT
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GTCTCTAGGGGTTTGTTGTAACTCGCTAGCTTAGAATCATCTCATGTGTAAGTTATGTTT
GAATCAATGGAATCATTCAGAGGAAAAAAAAAAGATCCGTCAATTCATTGC

QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 12

CO CL182Contig1 787 12 9 U
ATAACTTTAAACCATCAGACACTAAAAAATTTGTAACGATCCAGAACATTGAACATTCTT
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TACCCCC


BQ
10 10 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 50 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 5 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 5 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 0 
50 30 30 

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CCC

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TTCGTTAGTGAGGAACCAGTAGTAATGCATCCACGCAAACGTCTCGCGGACGTACTCCTT
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ATGCTGCGCCAAATTGAAATCCTTTTTCGCAAACAGCACTCCCTCTTGGAAGAGGTACTT
GGAGATTGCGCGACGGTTCTCCTCTGACGTAATCATGATTGCGATGAGATTGGTGGAGGA
GACAGACGGAGAAGGTGTCT*GCGTGTTGTTGTGTTATGTGACGGCGTTCTCTCCTTCTA
CCC

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TCCC

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CC

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TCCC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3B570TF 724 0 0
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TCCC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 2 9

CO CL183Contig1 1067 6 15 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ02TF U 1
AF RR3GO05TF U 1
AF RR3C992TF U 20
AF RR3BZ58TF U 340
AF RR3BZ58JQ C 340
AF RR3C992JQ C 310
BS 1 397 RR3CQ02TF
BS 398 398 RR3GO05TF
BS 399 426 RR3CQ02TF
BS 427 427 RR3GO05TF
BS 428 686 RR3CQ02TF
BS 687 687 RR3C992TF
BS 688 692 RR3CQ02TF
BS 693 693 RR3GO05TF
BS 694 713 RR3CQ02TF
BS 714 714 RR3C992TF
BS 715 739 RR3CQ02TF
BS 740 936 RR3BZ58TF
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BS 940 940 RR3BZ58JQ
BS 941 1067 RR3C992JQ

RD RR3CQ02TF 739 0 0
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TCTCCTCGAGATCCGTCAAGTTCTCCGTCAACCACCATCTTCTTCTCAGGCGTCTCGAAG
CTTCTCGACAGCCTTGAACTACCACCTGGATTCTCCTGATAACAAACCGGATCTTCCATG
GGAGTTTTCTGAGGCTAACAAATCTAAGGTTAAGGAGATACTCTCTTACTATCCCTCAAA
CTACAAGCAGTCTGCAGTGATTCCTCTTCTTGATCTTGCCCAACAACAGCATGGAGGCTG
GCTCCCTGTTTCAGCAATGAATGCGGTTGCTAAAGTTATAGAAGTGGCTCCTATCCGTGT
TTATGAGGTTGCAACGTTTTACTCCATGTTCAACAGGTCAAAGGTCGGAAAGTACCACCT
GTTAGTCTGTGGCACAACACCTTGCATGATCCGTGGTTCACGAGAGATCGAATCAGCTTT
GCTAGACCATTTGGGTGTGAAGCGCGGCGAAGTCACAAAGGATGGTTTGTTCTCTGTTGG
GGAGATGGAATGCATGGGATGCTGTGTTAATGCGCCCATGATCACTGTGGCAGATTACTC
CAATGGATCAGAAGGATATACATATAACTATTTCGAAGATGTTACACCTGAGAAAGTTGT
AGAGATTGTTGAAAAGCTGAGAAAAG*AGAAA*GCCACCGCATGGAACTCAAA*TCCAAA
GAGGATCAAGTGCGGTCCT

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DS 

RD RR3GO05TF 727 0 0
GCTTTT
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CGAGATCCGTCAAGTTCTCCGTCAACCACCATCTTCTTCTCAGGCGTCTCGAAGCTTCTC
GACAGCCTTGAACTACCACCTGGATTCTCCTGATAACAAACCGGATCTTCCATGGGAGTT
TTCTGAGGCTAACAAATCTAAGGTTAAGGAGATACTCTCTTACTATCCCTCAAACTACAA
GCAGTCTGCAGTGATTCCTCTTCTTGACCTTGCCCAACAACAGCATGGAGGCTGGCTCCC
TGTTTCAGCAATGAATGCGGTTGCTAAAGTTATAGAAGTGGCTCCTATCCGTGTTTATGA
GGTTGCAACGTTTTACTCCATGTTCAACAGGGCAAAGGTCGGAAAGTACCACCTGTTAGT
TTGTGGCACAACACCATGCATGATCCGTGGTTCACGAGAGATCGAATCAGCTTTGCTAGA
CCATTTGGGTGTGAAGCGCGGCGAAGTCACAAAGGATGGTTTGTTCTCTGTTGGGGAGAT
GGAATGCATGGGATGCTGTGTTAATGCGCCCATGATCACTGTGGCAGATTACTCCAATGG
ATCAGAAGGATATACATATAACTATTTCGAAGATGTTACACCTGAGAAAGTTGTAGAGAT
TGTTGAAAAGCTGAGAAAAG*AGAAAAGCCACCGCATGGAACTCAAA*TCCAAAGAGGAT
C

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DS 

RD RR3C992TF 720 0 0
GG
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TCTCCGTCAACCACCATCTTCTTCTCAGGCGTCTCGAAGCTTCTCGACAGCCTTGAACTA
CCACCTGGATTCTCCTGATAACAAACCGGATCTTCCATGGGAGTTTTCTGAGGCTAACAA
ATCTAAGGTTAAGGAGATACTCTCTTACTATCCCTCAAACTACAAGCAGTCTGCAGTGAT
TCCTCTTCTTGATCTTGCCCAACAACAGCATGGAGGCTGGCTCCCTGTTTCAGCAATGAA
TGCGGTTGCTAAAGTTATAGAAGTGGCTCCTATCCGTGTTTATGAGGTTGCAACGTTTTA
CTCCATGTTCAACAGGGCAAAGGTCGGAAAGTACCACCTGTTAGTTTGTGGCACAACACC
TTGCATGATCCGTGGTTCACGAGAGATCGAATCAGCTTTGCTAGACCATTTGGGTGTGAA
GCGCGGCGAAGTCACAAAGGATGGTTTGTTCTCTGTTGGGGAGATGGAATGCATGGGATG
CTGTGTTAATGCGCCCATGATCACTGTGGCAGATTACTCCAATGGATCATGAGGATATAC
ATATAACTATTTCGAAGATGTTACACCTGAGAAAGTTGTAGAGATTGTTGAAAAGCTGAG
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DS 

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G
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GTTACACCTGAGAAAGTTGTAGAGATTGTTGAAAAGTTGAGAAAAGGAGAAAAGCCACCG
CATGGGACTCAAAATCCAAAGAGGATCAAGTGCGGTCCTGAAGGAGGAAACACTACACTG
CTCGGCGAGCCAAAGCCACCACAGTTCCGTGATCTTGACGCTTGCTAAGCTGAGTTCTTA
TACGCCGACGTTTTTTCTTTTTCTTTTGAGGTTCAATAACGCAAAAGGCTATAGTGATGT
TTGAAGCCTATAGCATCAAACTGAGATTGCATACTCTTTGTAGTTTGTCTTCTTGG
TTT

QA 2 597 2 597
DS 

RD RR3BZ58JQ 653 0 0
G
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AAGGTCGGAAAGTACCACCTGTTAGTTTGTGGCACAACACCTTGCATGATCCGTGGTTCA
CGAGATATCGAATCAGCTTTGCTAGACCACTTGGGTGTGAAGCGCGGCGAAGTCACAAAG
GATGGTTTATTCTCTGTTGGAGAGATGGAATGCATGGGATGCTGTGTTAATGCGCCCATG
ATCACTGTGGCAGATTACTCCAATGGATCAGAAGGATATACATATAACTATTTCGAAGAT
GTTACACCTGAGAAAGTTGTAGAGATTGTTGAAAAGTTGAGAAAAGGAGAAAAGCCACCG
CATGGGACTCAAAATCCAAAGAGGATCAAGTGCGGTCCTGAAGGAGGAAACACTACACTG
CTCGGCGAGCCAAAGCCACCACAGTTCCGTGATCTTGACGCTTGCTAAGCTGAGTTCTTA
TACGCCGACGTTTTTTCTTTTTCTTTTGAGGTTCAATAACGCAAAAGGCTATAGTGATGT
TTGAAGCCTATAGCATCAAACTGAGATTGCATACTCTTTGTAGTTTGTCTTCTTGGTTTT
GGAATATCGACCCCATTTTAAAACAAATGACCAAAGAGCATTCTCTTT
TGTT

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DS 

RD RR3C992JQ 758 0 0
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TGGCACAACACCTTGCATGATCCGTGGTTCACGAGAGATCGAATCAGCTTTGCTAGACCA
TTTGGGTGTGAAGCGCGGCGAAGTCACAAAGGATGGTTTGTTTTCTGTTGGGGAGATGGA
ATGCATGGGATGCTGTGTTAATGCGCCCATGATCACTGTGGCAGATTACTCCAATGGATC
AGGAGGATATACATATAACTATTTCGAAGATGTTACACCTGAGAAAGTTGTAGAGATTGT
TGAAAAGCTGAGAAAAGGAGAAAAGCCACCGCATGGAACTCAAAATCCAAAGAGGATCAA
GTGCGGTCCTGAAGGAGGAAACACGACACTGCTTGGCGAGCCAAAGCCACCACAGTTCCG
TGATCTCGACGCTTGCTAAGCTGAGTTCTTATAAGCCGACGTTTTTTCTTTTTCTTTTGA
AGATCAACAACGCTAAAGGCTATAGTGATGTTTGAAGCCTATAGCATCAAACTGAGATTG
CATACTCTTTGTAGTTTGTCTTCTTGGTTT*GGAATATCGACCCCATTTTAAAACAAATG
ACCAAAGAGCATTATCTTTTGTTATTATCTCCCTTCCAAGATTCCAAGGTTTATGGTGAA
AGTGAATTTTGTTGTAATAAAGACTTGTATGTGTTTCT

QA 1 758 1 758
DS 



CO CL183Contig2 1005 3 12 U
GGACCGAGTCAAGCTCCTTTGGTCTCTCTGCTTCTTCTTCTTAAAGGAAACAAAGCGTTT
GGTGCGTGCGTGTCTCGTGCTTGTGAAAATCCTTGGAAAATGTTGGGTAGACTAGCTGCG
AAGCGTCTTCTGGAGATCCGTCAAGTTTTCCGTCAACCACCGTCTCAGGTGTCTCGTAGC
TTTTCAACAGCCTTGAACTACCACCTGGATTCTCCTGATAACAAACCGGATCTTCCATGG
GAGTTTTCAGAGGCCAACAAATCTAAGGTTAAGGAGATACTCTCTTACTATCCATCAAAC
TACAAGCAATCTGCAGTGATCCCTCTTCTAGATCTTGCACAACAACAGCACGGCGGCTGG
CTCCCTGTTTCTGCTATGAATGCCGTTGCTAAAGTTATAGAAGTTGCTCCTATCCGTGTT
TATGAGGTTGCAACATTCTACTCAATGTTCAACAGGGCAAAGGTCGGAAAGTACCACCTC
CTAGTTTGTGGCACAACACCTTGCATGATCCGCGGTTCACGGGATATCGAATCAGCTTTG
CTAGACCATTTGGGAGTGAAACGCGGTGAAGTTACAAAGGATGGTTTGTTCTCTGTTGGA
GAGATGGAATGCATGGGATGCTGTGCGAATGCGCCCATGATCACTGTGGCAGATTATTCC
AACGGATCAGAAGGATATACATACAACTATTTCGAAGACGTTACACCTGAGAAAGTTGTA
GAGATCGTTGAAAAGCTGAGAAAAGGAGAAAAGCCACCGCATGGAACTCAAAACCCAAAG
AGGATCAAGTGTGGACCTGAAGGAGGAAACACTACATTGCTAGGGGAGCCAAAGCCACCG
CAGTTCCGTGATCTTGACGCTTGCTAAGCTAAGTTCTTTAAGCCCGGTGGGTTTATGTGG
TCCAAATAACGCAAAAGGCTATAGTTATGTTTGAAGCCTATAGCATCAAAACTGAGTTTG
CATACTCTTTGTAGTTTTCTTGATTTGAAATTTAGACTCCATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD03TF U 79
AF RR3ES88TF U 1
AF RR3ES88JQ C 596
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AAATGTTGGGTAGGCTAGCTGCGAAGCGTCTTCTGGAGATCCGTCAAGTTTTCCGTCAAC
CACCGTCTCAGGTGTCTCGTAGCTTTTCAACAGCCTTGAACTACCACCTGGATTCTCCTG
ATAACAAACCGGATCTTCCTTGGGAGTTTTCAGAGGCCAACAAATCTAAGGTTAAGGAGA
TACTCTCTTACTATCCATCAAACTACAAGCAATCTGCAGTGATCCCTCTTCTAGATCTTG
CACAACAACAGCATGGCGGCTGGCTCCCTGTTTCTGCTATGAATGCGGTTGCTAAAGTTA
TAGAAGTTGCTCCTATCCGTGTTTATGAGGTTGCAACATTCTACTCAATGTTCAACAGGG
CAAAGGTCGGAAAGTACCACCTCCTAGTTTGTGGCACAACACCTTGCATGATCCGTGGTT
CACGGGATA

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DS 

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AAGCGTCTTCTGGAGATCCGTCAAGTTTTCCGTCAACCACCGTCTCAGGTGTCTCGTAGC
TTTTCAACAGCCTTGAACTACCACCTGGATTCTCCTGATAACAAACCTGATCTTCCATGG
GAGTTTTCAGAGGCCAACAAATCTAAGGTTAAGGAGATACTCTCTTACTATCCATCAAAC
TACAAGCAGTCTGCAGTGATCCCTCTTCTAGATCTTGCTCAACAACAGCACGGCGGCTGG
CTCCCTGTTTCTGCTATGAATGCCGTTGCTAAAGTTATAGAAGTTGCTCCTATCCGTGTT
TATGAGGTTGCTACATTCTACTCAATGTTCAACAGGGCAAAGGTCGGAAAGTACCACCTC
CTAGTTTGTGGCACAACACCTTGCATGATCCGCGGTTCACGGGATATCGAATCAGCTTTG
CTAGACCATTTGGGAGTGAAACGCGGTGAAGTTACAAAGGATGGTTTGTTCTCTGTTGGA
GAGATGGAATGCATGGGATGCTGTGCGAATGCGCCCATGATCACTGTGGCAGATTATTCC
AACGGATCAGAAG*ATATACATACAACTATTTCGA
GA

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DS 

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ATTCCAACGGATCAGAAGGATATACATACAACTATTTCGAAGACGTTACACCTGAGAAAG
TTGTAGAGATCGTTGAAAAGCTGAGAAAAGGAGAAAAGCCACCGCATGGAACTCAAAACC
CAAAGAGGATCAAGTGTGGACCTGAAGGAGGAAACACTACATTGCTAGGGGAGCCAAAGC
CACCGCAGTTCCGTGATCTTGACGCTTGCTAAGCTAAGTTCTTTAAGCCCGGTGGGTTTA
TGTGGTCCAAATAACGCAAAAGGCTATAGTTATGTTTGAAGCCTATAGCATCAAAACTGA
GTTTGCATACTCTTTGTAGTTTTCTTGATTTGAAATTTAGACTCCATTTT

QA 1 410 1 410
DS 



AS 2 10

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GACACAAACAAAACAAAACTGGTTCTCGCTAAGAGCTCCGACAATGGCTGTCTGCGCAAC
TCACAGCTCCGGTCTCATGATAGCATACGCGGCATCCAAGGACCTTACAATCCCGTCTCT
TTTCTCATTGGCCAACCCAAGACCAAACAACTTGAGCGTCGCACTCTGTCCCCCTCTTGT
TCTCCTTGGGGGTAGAAGAGGCTCGAACAGATCCTTGCCGGTAGTGGTCTCAGCCGTCGC
AGCAGAGGCTGATGTAGACACGGAGGAAGACGCGGAGCAGAATGAAGCCACCTCCACCGC
CACAGCCGTCCTTGATCCGCCGAAGCCTAAGAAAGGAAAAGCCGCTTTGCTTCTAAAGAG
AGATAGAACAAGGTCTAAGAGGTTTCTGGAAATTCAAAAGCTAAGGGAAACCAAAAAGGA
GTACGACGTCAAGACTGCTGTATCTTTGCTCAAGCAAACCGCTAACACAAGGTTTGTGGA
GTCGGTTGAAGCCCATTTCCGTCTCAACATCGATCCAAAGTACAACGATCAGCAGCTCCG
AGCAACGGTGAGCCTTCCTAAAGGAACAGGACAAACTGTTAAAGTGGCTGTTCTTGCACA
AGGTGAGAAGGTCGATGAAGCAAAAAATGCAGGGGCAGATATTGTGGGCAGTGATGATTT
GATCGAACAGATAAAAGGAGGGTTCATGGAGTTCGATAAGTTAATTGCATCCCCGGATAT
GATGGTCAAGGTTGCTGGCCTTGAAAAGATTCTTGGTCCTCGAGGACTCATGCCAAATCC
CAAGGCTGGTACCGTCACAGCTAACATTCCACAGGCTATAGAGGAGTTCAAGAAGGGAAA
AGTAGAATTCAGAGCAGACAAAACTGGGATTGTTCACATTCCCTTTGGGAAAGTTAATTT
CACAGAGGAAGACCTGCTCGTAAACTTCCTAGCAGCAGTGAAATCGGTGGAGACAAACAA
GCCAAAGGGAGCAAAAGGAGTGTACTGGAAAAGCGCACACATATGCTCGTCAATGGTGCC
ATCCATCAAGTTGAACATAAGGGAGATTATAGACTTCAAGCCATAAATAAATAAACCCAC
ATTTGAGTGAATGAGGAGGAAGGTGTATGTTTTTGGGAGTGTAGGCGAACACCAAAGATG
TAGTATGTTAGTTATCTCTTGTATACCTCCTCACTGGTTGTATCACCTTAACTCTGATAG
CCATTTGCTGTATTGATTATTACTGTTAAATTTGCGAGATCTTTATTGCCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3DM31TF U 1
AF RR3FO33TF U 20
AF RR3AQ33TF U 5
AF RR3AJ41JQ C 357
AF RR3E940JQ C 834
AF RR3E940TF U 834
AF RR3FO33JQ C 739
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RD RR3DM31TF 559 0 0
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TCACAGCTCCGGTCTCATGATAGCATACGCGGCATCCAAGGACCTTACAATCCCGTCTCT
TTTCTCATTGGCCAACCCAAGACCAAACAACTTGAGCGTCGCACTCTGTCCCCCTCTTGT
TCTCCTTGGGGGTAGAAGAGGCTCGAACAGATCCTTGCCGGTAGTGGTCTCAGCCGTCGC
AGCAGAGGCTGATGTAGACACGGAGGAAGACGCGGAGCAGAATGAAGCCACCTCCACCGC
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AGATAGAACAAGGTCTAAGAGGTTTCTGGAAATTCAAAAGCTAAGGGAAACCAAAAAGGA
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GTCGGTTGAAGCCCATTTCCGTCTCAACATCGATCCAAAGTACAACGATCAGCAGCTCCG
AGCAACGGTGAGCCTTCCT

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3FO33TF 607 0 0
TG
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AGCATACGCGGCATCCAAGGACCTTACAATCCCGTCTCTTTTCTCATTGGCCAACCCAAG
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CTCGAACAGATCCTTGCCGGTAGTGGTCTCAGCCGTCGCAGCAGAGGCTGATGTAGACAC
GGAGGAAGACGCGGAGCAGAATGAAGCCACCTCCACCGCCACAGCCGTCCTTGATCCGCC
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GTTTCTGGAAATTCAAAAGCTAAGGGAAACCAAAAAGGAGTACGACGTCAAGACTGCTGT
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TCTCAACATCGATCCAAAGTACAACGATCAGCAGCTCCGAGCAACGGTGAGCCTTCCTAA
AGGAACAGGACAAACTGTTAGAGTGTCTGTTCTTGCACAAGGTGAGAAGGTCGATGAAGC
AAAAA

QA 3 607 3 607
DS 

RD RR3AQ33TF 669 0 0
GGGCAG
AAACAAAACTTGTTCTCGCTAAGAGCTCCGACAATGGCTGTCTGCGCAACTCACAGCTCC
GGTCTCATGATAGCATACGCGGCATCCAAGGACCTTACAATCCCGTCTCTTTTCTCATTG
GCCAACCCAAGACCAAACAACTTGAGCGTCGCACTCTGTCCCCCTCTTGTTCTCCTTGGG
GCTAGAAGAGGCTCGAACCGATCCTTGCCGGTAGTGGTCTCAGCCGTCGCAGCAGAGGCT
GATATAGACACGGAGGAAGACGCGGAGCAGAATGAAGCCACCTCAACCGCCACAGCCGTC
CTTGATCCGCCGAAGCCTAAGAAAGGAAAAGCCGCTTTGCTTCTAAAGAGAGATAGAACA
AGGTCTAAGAGGTTTCTGGAAATTCAAAAGCTAAGGGAAACCAAAAAGGAGTACGACGTC
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GTGGATGAAGCAAAAAATGCAGGGGCAGATATTGTGGGCAGTGATGATTTGATCGAACAG
ATA

QA 7 669 7 669
DS 

RD RR3AJ41JQ 898 0 0
AGAGGGATAGAACAAGGTCTAAGAGGTTTCTGGAAATTCAAAAGCTAAGGGAAACCAAAA
AGGAGTACGACGTCAAGACTGCTGTATCTTTGCTCAAGCAAACTGCTAACACAAGGTTTG
TGGAGTCGGTTGAAGCCCATTTCCGTCTCAACATCGATCCAAAGTACAACGATCAGCAGC
TCCGAGCAACGGTGAGCCTTCCTAAAGGAACAGGACAAACTGTTAAAGTGGCTGTTCTTG
CACAAGGTGAGAAGGTCGATGAAGCAAAAAATGCAGGGGCAGATATTGTGGGCAGTGATG
ATTTGATCGAACAGATAAAAGGAGGGTTCATGGAGTTCGATAAGTTAATTGCATCCCCGG
ATATGATGGTCAAGGTTGCTGGCCTTGGAAAGATTCTTGGTCCTCGAGGACTCATGTCAA
ATCCCAAGGCTGGTACCGTCACAGCTAACATTCCACAGGCTATAGAGGAGTTCAAGAAGG
GAAAAGTAGAATTCAGAGCAGACAAAACTGGGATTGTTCACATTCCCTTTGGGAAAGTTA
ATTTCACAGAGGAAGACCTGCTCGTAAACTTCCTAGCAGCAGTGAAATCGGTGGAGACAA
ACAAGCCAAAGGGAGCAAAAGGAGTGTACTGGAAAAGCGCACACATATGCTCGTCAATGG
GGCCATCCATCAAGTTGAACATAAGGGAGATGATAGACTTCAAGCCATAAATTAATAAAC
CCACATTTGAGTGAATGAGGAGGAAGGTGTATTTTTTTGGGAGTGTAGGCGAACACCAAA
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ATAGCCATTTGCTGTATTGATTATTACTGTTAAATTTGCGAGATCTTTATTGCCTTCC

QA 1 898 1 898
DS 

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G
GGGAAAAGTAGAATTCAGAGCAGACAAAACTGGGATTGTTCACATTCCCTTTGGGAAAGT
TAATTTCACAGAGGAAGACCTGCTTGTAAACTTCCTAGCAGCAGTGAAATCGGTGGAGAC
AAACAAGCCAAAGGGAGCAAAAGGAGTGTACTGGAAAAGCGCACACATATGCTCGTCAAT
GGTGCCATCCATCAAGTTGAACATAAGGGAGATTATAGACTTCAAGCCATAAATAAATAA
ACCCACATTTGAGTGAATGAGGAGGAAGGTGTATGTTTTTGGGAGTGTAGGCGAACACCA
AAGATGTAGTATGTTAGTTATTTCTTGTATACCTCCTCACTGGTTGTATCACCTTAACTT
TGATAGCCATTTGCTGTATTGATTATTACTGTTAAATT

QA 2 399 2 399
DS 

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G
GGGAAAAGTAGAATTCAGAGCAGACAAAACTGGGATTGTTCACATTCCCTTTGGGAAAGT
TAATTTCACAGAGGAAGACCTGCTCGTAAACTTCCTAGCAGCAGTGAAATCGGTGGAGAC
AAACAAGCCAAAGGGAGCAAAAGGAGTGTACTGGAAAAGCGCACACATATGCTCGTCAAT
GGTGCCATCCATCAAGTTGAACATAAGGGAGATTATAGACTTCAAGCCATAAATAAATAA
ACCCACATTTGAGTGAATGAGGAGGAAGGTGTATGTTTTTGGGAGTGTAGGCGAACACCA
AAGATGTAGTATGTTAGTTATCTCTTGTATACCTCCTCACTGGTTGTATCACCTTAACTC
TGATAGCCATTTGCTGTATTGATTATTACTGTTAAATT

QA 2 399 2 399
DS 

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AGCTAACATTCCACAGGCTATAGAGGAGTTCAAGAAGGGAAAGGTAGAATTCAGAGCAGA
CAAAACTGGGATTGTTCACATTCCCTTTGGGAAAGTTAATTTCACAGAGGAAGACCTGTT
CGTAAACTTCCTAGCAGCAGTGAAATCGGTGGAGCCAAACAAGCCAAAGGGAGCAAAAGG
AGTGTACTGGAAAAGCGCACACATATGCTCGTCAATGGGGCCATCCATCAAGTTGAACAT
AAGGGAGATGATAGACTTCAAGCCATAAATAAATAAACCCACATTTGAGTGAATGAGGAG
GAAGGTGTATGTTTTTGGGAGTGTAGGCGAACACCAAAGATGTAGTATGTTAGTTATCTC
TTGTATACCTCCTCACTGGTTGTATCACCTTAACTCTGATAGCCATTTGCTGTATTGATT
ATTACTGTTAAATTTGCGAGATCTTTATTGCCTTCC

QA 1 516 1 516
DS 



CO CL184Contig2 1259 3 3 U
CAAATTTTAACAGTAATAATCCAATACAGCAAATGGTCTATCAGAGTTAAAGGTGATACA
ACCAGTGAGGAGGTTATACAAAGAAGAGATAAACTAACATACTACATCTTTGGTGTTCGC
CTACACTCCCAAAAACATACTACACCTTCCTTCTCCTCATTCACTCAAATGTGGGTTTAT
TTATTTATGGCTTGAAGTCTATCATCTCCCTTATGTTCAACTTGATGGATGGCCCCATTG
ACGAGCATATGTGTGCGCTTTTCCAGTACACTCCTTTTGCTCCCTTTGGCTTGTTTGTCT
CCACCGATTTCACTGCTGCTAGGAAGTTTACGAGCAGGTCTTCCTCTGTGAAATTAACTT
TCCCGAAGGGAATGTGAACAATCCCAGTTTTGTCTGCTCTGAATTCTACTTTGCCCTTCT
TGAACTCCTCTATAGCCTGTGGAATGTTAGCTGTGACGGTACCAGCCTTGGGATTTGGCA
TGAGTCCTCGAGGACCAAGAATCTTTCCAAGGCCAGCAACCTTGACCATCATATCAGGGG
ATGCAATTAACTTATCGAACTCCATGAACCCTCCTTTTATCTGTTCGATCAAATCATCAC
TGCCCACAATATCCGCCCCTGCATTTTTTGCTTCATCCACCTTCTCACCTTGTGCAAGAA
CAGCCACTTTAACAGTTTGTCCTGTTCCTTTAGGAAGGCTCACCGTTGCTCGCAGCTGCT
GATCGTTGTACTTTGGATCGATGTTGAGACGGAAATGGGCTTCAACCGACTCCACAAACC
TTGTGTTAGCGGTTTGCTTGAGCAAAGATACAGCAGTCTTGACGTCGTACTCCTTTTTGG
TTTCCCTTAGCTTTTGGATTTCCAGAAACCTCTTAGACCTTGTTCTATCTCTCTTGAGAA
GCAAAGCGGCTTTTCCTTTCTTAGGCTTCGGCGGATCAAGGACGGCTGTGGCGGTGGACG
TGGCTTCATTCTGCTCCGCGTCCTCCTCAGTGTCTACATCAGCCTCTGCTGCGACGGCTG
AGACAACTACCGGGAAGGATCGGTTGGAGCCTCTTCTAGCCCCAAGGAGAACAAGAGGGG
GACAGAGTGCGACGCTCAAGTTGTTGGGTCTTGGGTTCGCATATGAGAAAAGAGACGGGA
TTGTAAGGTCCTTTGATGCGGCGTATGCTATCATGAGAGCGGAGCTGTGGGTTGCGCAGA
CAGCCATTGTCGGAGCTCTTAGCGAGAACCAGTTTCGTTTTGTTTGTGTAAAGGGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA48JQ U 1
AF RR3AQ33JQ U 9
AF RR3C414TF C 624
BS 1 690 RR3EA48JQ
BS 691 788 RR3AQ33JQ
BS 789 1259 RR3C414TF

RD RR3EA48JQ 690 0 0
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ACCAGTGAGGAGGTTATACAAAGAAGAGATAAACTAACATACTACATCTTTGGTGTTCGC
CTACACTCCCAAAAACATACTACACCTTCCTTCTCCTCATTCACTCAAATGTGGGTTTAT
TTATTTATGGCTTGAAGTCTATCATCTCCCTTATGTTCAACTTGATGGATGGCCCCATTG
ACGAGCATATGTGTGCGCTTTTCCAGTACACTCCTTTTGCTCCCTTTGGCTTGTTTGTCT
CCACCGATTTCACTGCTGCTAGGAAGTTTACGAGCAGGTCTTCCTCTGTGAAATTAACTT
TCCCGAAGGGAATGTGAACAATCCCAGTTTTGTCTGCTCTGAATTCTACTTTGCCCTTCT
TGAACTCCTCTATAGCCTGTGGAATGTTAGCTGTGACGGTACCAGCCTTGGGATTTGGCA
TGAGTCCTCGAGGACCAAGAATCTTTCCAAGGCCAGCAACCTTGACCATCATATCAGGGG
ATGCAATTAACTTATCGAACTCCATGAACCCTCCTTTTATCTGTTCGATCAAATCATCAC
TGCCCACAATATCCGCCCCTGCATTTTTTGCTTCATCCACCTTCTCACCTTGTGCAAGAA
CAGCCACTTTAACAGTTTGTCCTGTTCCTT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3AQ33JQ 780 0 0
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GGAGGTTATACAAAGAAGAGATAAACTAACATACTACATCTTTGGTGTTCGCCTACACTC
CCAAAAACATACTACACCTTCCTTCTCCTCATTCACTCAAATGTGGGTTTATTTATTTAT
GGCTTGAAGTCTATCATCTCCCTTATGTTCAACTTGATGGATGGCCCCATTGACGAGCAT
ATGTGTGCGCTTTTCCAGTACACTCCTTTTGCTCCCTTTGGCTTGTTTGTCTCCACCGAT
TTCACTGCTGCTAGGAAGTTTACGAGCAGGTCTTCCTCTGTGAAATTAACTTTCCCGAAG
GGAAT*TGAACAATCCCAGTTTTGTCTGCTCTGAATTCTACTTTGCCCTTCTTGAACTCC
TCTATAGCCTGTGGAATGTTAGCTGTGACGGTACCAGCCTTGGGATTTGGCATGAGTCCT
CGAGGACCAAGAATCTTTCCAAGGCCAGCAACCTTGACCATCATATCAGGGGATGCAATT
AACTTATCGAACTCCATGAACCCTCCTTTTATCTGTTCGATCAAATCATCACTGCCCACA
ATATCTGCCCCTGCATTTTTTGCTTCATCCACCTTCTCACCTTGTGCAAGAACAGCCACT
TTAACAGTTTGTCCTGTTCCTTTAGGAAGGCTCACCGTTGCTCGCAGCTGCTGATCGTTG
TACTTTGGATCGATGTTGAGACGGAAATGGGCTTCAACCGACTCCACAAACCTTGTGTTA

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3C414TF 636 0 0
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GTTCCTTTAGGAAGGCTCACCGTTGCTCGGAGCTGCTGATCGTTGTACTTTGGATCGATG
TTGAGACGGAAATGGGCTTCAACCGACTCCACAAACCTTGTGTTAGCGGTTTGCTTGAGC
AAAGATACAGCAGTCTTGACGTCGTACTCCTTTTTGGTTTCCCTTAGCTTTTGGATTTCC
AGAAACCTCTTAGACCTTGTTCTATCTCTCTTGAGAAGCAAAGCGGCTTTTCCTTTCTTA
GGCTTCGGCGGATCAAGGACGGCTGTGGCGGTGGACGTGGCTTCATTCTGCTCCGCGTCC
TCCTCAGTGTCTACATCAGCCTCTGCTGCGACGGCTGAGACAACTACCGGGAAGGATCGG
TTGGAGCCTCTTCTAGCCCCAAGGAGAACAAGAGGGGGACAGAGTGCGACGCTCAAGTTG
TTGGGTCTTGGGTTCGCATATGAGAAAAGAGACGGGATTGTAAGGTCCTTTGATGCGGCG
TATGCTATCATGAGAGCGGAGCTGTGGGTTGCGCAGACAGCCATTGTCGGAGCTCTTAGC
GAGAACCAGTTTCGTTTTGTTTGTGTAAAGGGAGCC

QA 1 636 1 636
DS 



AS 2 12

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TAATCATCGATAGTGCTATTAAACATAATACACACAATAAAATTAACAGGAATTGATATG
TTAAATGCACAAATAATTGTGGACTCAACCTGTCTCATCTTCACAGGATTATTACAGAAT
CAGATTTTTGTTCTGCTAGAACATTTTTCCAACACCTTCTTTTCTTGGGACGGATTCTTG
AACATCCATCCGGCTCCAGTTTCCCATCATAGAAGCCATTTGATCAACTTTATCATACAG
CCCAAGAAGCCCACCAGTGTGTATGAACAATATCTTCTTTCCCTCCCAACTTTTGGGATC
CTTAGTCATCTCATTTATCAAACCGTACGCAGCTTTCCCACTGTAAACAGGATCAAGAAT
AACACTTGTTGCACTTGCTAGGTCCTTTAAAAACTTAAGCTCCTCTGCAGTGTTCATGGC
ATAACCTTTTCCCTTGGCATTGTGGATGGTAACAATATCACGAGAGTTAACACCAGCTTG
AAGTCCGTCCAGAAGACCTTGGACAAAGTCATAGAAGTAATCAGGATCATCGCATACGGA
GAAAGCATGAACCTTGGCTTTTAGTGTTCCCAACCAAGACCCCAATGAGATACCAGCAAT
CGTACCACCACTGCCACATGCCACCACAATATCATCAAACTTCAGGTCATCGGTTCTACA
TTTTAGCTGCTCCTCAATTTCCCTTGCTGCTTCAATATAACCCCAAGTTCCCAAAGAGTT
GGATCCACCAACGGGAATAACATAAGGCTTTTTCCCTTCTTTCTCCAGCTTCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP36JQ U 43
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AF RR3GJ89JQ U 35
AF RR3G958JQ U 6
AF RR3CW90JQ U 40
AF RR3GW32JQ U 100
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BS 351 387 RR3B179JQ
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RD RR3EP36JQ 658 0 0
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TCTTGGGACGGATTCTTGAACATCCATCCGGCTCCAGTTTCCCATCATAGAAGCCATTTG
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CTCCCAACTTTTGGGATCCTTAGTCATCTCATTTATCAAACCGTACGCAGCTTTCCCACT
GTAAACAGGATCAAGAATAACACTTGTTGCACTTGCTAGGTCCTTTAAAAACTTAAGCTC
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AGGATCATCGCATACGGAGAAAGCATGAACCTTGGCTTTTAGTGTTCCCAACCAAGACCC
CAATGAGATACCAGCAATCGTACCACCACTGCCACATGCCACCACAATATCATCAAAC

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3B179JQ 722 0 0
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TAATCATCGATAGTGCTATTAAACATAATACACACAATAAAATTAACAGGAATTGATATG
TTAAATGCACAAATAATTGTGGACTCAACCTGTCTCATCTTCACAGGATTATTACAGAAT
CAAATTTTTGTTCTGCTAAAACATTTTTCCAACACCTTCTTTTCTTGGGACGGATTCTTG
AACATCCATCCGGCTCCAGTTTCCCATCATAAAAGCCATTTGATCAACTTTATCATACAG
CCCAAGAAGCCCACCAGTGTGTATGAACAATATCTTCTTTCCCTCCCAATTTTTGGGATC
CTTAGTCATCTCATTTATCAAACCGTATGCAGCTTTCCCACTGTAAACAGGATCAAGAAT
AACACTTGTTGCACTTGCTAGGTCCTTTAAAAACTTAAGCTCCTCTGCAGTGTTCATGGC
ATAACCTTTTCCCTTGGCATTGTGGATGGTAACAATATCACGAGAGTTAACACCAGCTTG
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TT

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TTGATCAACTTTATCATACAGCCCAAGAAGCCCACCAGTGTGTATGAACAATATCTTCTT
TCCCTCCCAATTTTTGGGATCCTTAGTCATCTCATTTATCAAACCGTATGCAGCTTTCCC
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ACCCCA

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TTTTGTTCTGCTAGAACATTTTTCCAACACCTTCTTTTCTTGGGACGGATTCTTGAACAT
CCATCCGGCTCCAGTTTCCCATCATAGAAGCCATTTGATCAACTTTATCATACAGCCCAA
GAAGCCCACCAGTGTGTATGAACAATATCTTCTTTCCCTCCCAATTTTTGGGATCCTTAG
TCATCTCATTTATCAAACCGTATGCAGCTTTCCCACTGTAAACAGGATCAAGAATAACAC
TTGTTGCACTTGCTAGGTCCTTTAAAAACTTAAGCTCCTCTGCAGTGTTCATGGCATAAC
CTTTTCCCTTGGCATTGTGGATGGTAACAATATCACGAGAGTTAACACCAGCTTGAAGTC
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CACCACTGCCACATGCCACCACAATATCATCAAACTTCAGGTCATCGGTTCTACATTTTA
GCTGCTCCTCAATTTCCCTTGCTGCTTCAATATAACCCCAAGTTCCCAAAGAGTTGGATC
CACCAACGGGAATAACA

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3CW90JQ 745 0 0
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AAATTAACAGGAATTGATATGTTAAATGCACAAATAATTGTGGACTCAACCTGTCTCATC
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TTTTCTTGGGACGGATTCTTGAACATCCATCCGGCTCCAGTTTCCCATCATAGAAGCCAT
TTGATCAACTTTATCATACAGCCCAAGAAGCCCACCAGTGTGTATGAACAATATCTTCTT
TCCCTCCCAACTTTTGGGATCCTCAGTCATCTCATTTATCAAACCGTACGCAGCTTTCCC
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QA 1 745 1 745
DS 

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TTCACAGGATTATTACAGAATCAGATTTTTGTTCTGCTAGAACATTTTTCCAACACCTTC
TTTTCTTGGGACGGATTCTTGAACATCCATCCGGCTCCAGTTTCCCATCATAGAAGCCAT
TTGATCAACTTTATCATACAGCCCAAGAAGCCCACCAGTGTGTATGAACAATATCTTCTT
TCCCTCCCAACTTTTGGGATCCTTAGTCATCTCATTTATCAAACCGTACGCAGCTTTCCC
ACTGTAAACAGGATCAAGAATAACACTTGTTGCACTTGCTAGGTCCTTTAAAAACTTAAG
CTCCTCTGCAGTGTTCATGGCATAACCTTTTCCCTTGGCATTGTGGATGGTAACAATATC
ACGAGAGTTAACACCAGCTTGAAGTCCGTCCAGAAGACCTTGGACAAAGTCATAGAAGTA
ATCAGGATCATCGCATACGGAGAAAGCATGAACCTTGGCTTTTAGTGTTCCCAACCAAGA
CCCCAATGAGATACCAGCAATCGTACCACCACTACCACATGCCACCACAATATCATCAAA
CTTCAGGTCATCGGTTCTACATTTTAGCTGCTCCTCAATTTCCCTTGCTGCTTCAATATA
ACCCCAAGTTCCCAAAGAGTTGGATCCACCAACGGGAATAACATAAGGCTTTTTCCCTTC
TTTCTCCAGCTTCTCTT

QA 1 737 1 737
DS 



CO CL185Contig2 844 6 3 U
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CCTACTCCGATCCATCGATGGAACATTCCCAATCTCCCCAACGGCACTGAACTCTGGATC
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AGCAACCACTGCCGCGCCACAACCGTCGCTTCGAACTATCTCAATCTCGACACTCATCTT
ATCCTCCGTACCTCCAAGCTTCTTGCGGAGGGAGATCCTGGGTTAGTTGGGAATCTCCTT
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TATGTTATTCCCGTTGGTGGATCCAACTCTTTGGGAACTTGGGGTTATATTGAAGCAGCA
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CTAAAAGCAAGTTCATGCTTTCTCGTATGCGATGATCTGATACTTCTATGACTTTGTCAA
GTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 10 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3EP36TF U 25
AF RR3CW90TF U 132
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AF RR3GJ89TF U 25
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GG
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CTC

QA 3 605 3 605
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GGGGCTCTT
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GGCGGATTTTCTGACAAAAAGCCCTTACTCTCCTCCTTCCTGGGCTTCACATCTTCGTCC
GCTTCCTTCTCACACCTTCTCCCTCGCTCACCGTCCTACTCCGATCCATCGATGGAACAT
TCCCAATCTCCCCAACGGCACTGAACTCTGGATCAAGCGAGATGACTTCACGGGGATGGA
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CGCTTCGAACTATCTCAATCTCGACACTCATCTTATCCTCCGTACCTCCAAGCTTCTTGC
GGAGGGAGATCCTGGGTTAGTTGGGAATCTCCTTGTTGAGCGTCTCGTTGGAGCTAACGT
TCATCTCATCTCTAAGGAAGAGTACTCCTCCATTGGGAGTGAGGCTCTAACTAGTGCCCT
GAAAGAGAAGCTGGAGAAAGAAGGGAAAAAGCCTTATGTTATTCCCGTTGGTGGATCCAA
CTCTTTGGGAACTTGGGGTTATATTGAAGCAGCAAGGGAAATTGAGGAGCAGCTAAAATG
T

QA 10 670 10 670
DS 

RD RR3GJ89TF 742 0 0
GG
AACACTCTCAAGAGTAGCCCTCAGCGAAAGAACAAGAAGAAGAATGTCTGCAACAACCAT
GGCGGATTTTCTGACAAAAAGCCCTTACTCTCCTCCTTCCTGGGCTTCACATCTTCGTCC
GCTTCCTTCTCACACCTTCTCCCTCGCTCACCGTCCTACTCCGATCCATCGATGGAACAT
TCCCAATCTCCCCAACGGCACTGAAC*CTGGATCAAGCGAGATGACTTCACGGGGATGGA
ACTGAGCGGAAACAAAGTCCGGAAGCTCGAGTTCCTAATGGCCGACGCCGTGGAGCAACA
AGCCGACACCGTCATCACCATCGGAGGTATCCAGAGCAACCACTGCCGCGCCACAACCGT
CGCTTCGAACTATCTCAATCTCGACACTCATCTTATCCTCCGTACCTCCAAGCTTCTTGC
GGAGGGAGATCCTGGGTTAGTTGGGAATCTCCTTGTTGAGCGTCTCGTTGGAGCTAACGT
TCATCTCATCTCTAAGGAAGAGTACTCCTCCATTGGGAGTGAGGCTCTAACTAGTGCCCT
GAAAGAGAAGCTGGAGAAAGAAGGGAAAAAGCCTTATGTTATTCCCGTTGGTGGATCCAA
CTCTTTGGGAACTTGGGGTTATATTGAAGCAGCAAGGGAAATTGAG*AGCAGCTAAA*TG
TAGAACCGATGACCTGAAGTTTGATGATATTGTGGTGGCATGTGGCAGTGGTGGTACGAT
TGCTGGTATCTCATTGGGGT

QA 3 742 3 742
DS 

RD RR3G958TF 737 0 0
G
AGCGAAAGAACAAGAAGAAGAATGTCTGCAACAACCATGGCGGATTTTCTGACAAAAAGC
CCTTACTCTCCTCCTTCCTGGGCTTCACATCTTCGTCCGCTTCCTTCTCACACCTTCTCC
CTCGCTCACCGTCCTACTCCGATCCATCGATGGAACATTCCCAATCTCCCCAACGGCACT
GAACTCTGGATCAAGCGAGATGACTTCACGGGGATGGAACTGAGCGGAAACAAAGTCCGG
AAGCTCGAGTTCCTAATGGCCGACGCCGTGGAGCAACAAGCCGACACCGTCATCACCATC
GGAGGTATCCAGAGCAACCACTGCCGCGCCACAACCGTCGCTTCGAACTATCTCAATCTC
GACACTCATCTTATCCTCCGTACCTCCAAGCTTCTTGCGGAGGGAGATCCTGGGTTAGTT
GGGAATCTCCTTGTTGAGCGTCTCGTTGGAGCTAACGTTCATCTCATCTCTAAGGAAGAG
TACTCCTCCATTGGGAGTGAGGCTCTAACTAGTGCCCTGAAAGAGAAGCTGGAGAAAGAA
GGGAAAAAGCCTTATGTTATTCCCGTTGGTGGATCCAACTCTTTGGGAACTTGGGGTTAT
ATTGAAGCAGCAAGGGAAATTGAGGAGCAGCTAAAATGTAGAACCGATGACCTGAAGTTT
GATGATATTGTGGTGGCATGTGGCAGTGGTGGTACGATTGCTGGTATCTCATTGGGGTCT
TGGTTGGGAACACTAA

QA 2 737 2 737
DS 

RD RR3CB40TF 844 0 0
GGGAAACAAATGTCAAGACGGCTCTTAACACTCTCAAGAGTAGCCCTCAGCGAAAGAACA
AGAAGAAGAATGTCTGCAACAACCATGGCGGATTTTCTGACAAAAAGCCCTTACTCTCCT
CCTTCCTGGGCTTCACATCTTCGTCCGCTTCCTTCTCACACCTTCTCCCTCGCTCACCGT
CCTACTCCGATCCATCGATGGAACATTCCCAATCTCCCCAACGGCACTGAACTCTGGATC
AAGCGAGATGACTTCACGGGGATGGAACTGAGCGGAAACAAAGTCCGGAAGCTCGAGTTC
CTAATGGCCGACGCCGTGGAGCAACAAGCCGACACCGTCATCACCATCGGAGGTATCCAG
AGCAATCACTGCCGCGCCACAACCGTCGCTTCGAACTATCTCAATCTCGACACTCATCTT
ATCCTCCGTACCTCCAAGCTTCTTGCGGAGGGAGATCCTGGGTTAGTTGGGAATCTCCTT
GTTGAGCGTCTCGTTGGAGCTAACGTTCATCTCATCTCTAAGGAAGAGTACTCCTCCATT
GGGAGTGAGGCTCTAACTAGTGCCCTGAAAGAGAAGCTGGAGAAAGAAGGGAAAAAGCCT
TATGTTATTCCCGTTGGTGGATCCAACTCTTTGGGAACTTGGGGTTATATTGAAGCAGCA
AGGGAAATTGAGGAGCAGCTAAAATGTAGAACCGATGACCTGAAGTTTGATGATATTGTG
GTGGCATGTGGCAGTGGTGGTACGATTGCTGGTATCTCATTGGGGTCTTGGTTGGGAACA
CTAAAAGCAAGTTCATGCTTTCTCGTATGCGATGATCTGATACTTCTATGACTTTGTCAA
GTCT

QA 1 844 1 844
DS 



AS 3 7

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CGCGTCGGTCTGGAGACTGCATGAGATGTCTGGTGATCTTCGCGGTGGTATCTGCCTTAG
TAGTGTGTGGACCAGCTCTGTATTGGAAATTCAACAAGGGTTTCGTTGGATCCTCTCATA
AGAGCTCTGTTTGTCCTCCTTGCGTCTGTGATTGCCCGCCTCCTGTCTCTCTCCTCGAGA
TTGCTCCTGGGCTTGCAAATCTCACTGTTACAGATTGTGGAGGTGATGATCCAGAGCTCA
AACAAGAAATGGAGAAGCAGTTTGTGGATCTTCTGACCGAGGAGCTGAAGCTGCAAGAAG
CAGTTGCTGATGAGCATAGCCGTCATATGAACGTTACCCTCGCAGAAGCTAAAAGAGTTG
CGTCTCAGTACCAAAAGGAAGCTGAGAAATGCAACGCCGCCACTGAGATCTGTGAGTCAG
CTAGGGAGAGAGCTGAAGCTTTGTTGATCAAGGAGAGGAAGATCACTGCTTTGTGGGAGA
AGCGAGCTCGGCAATCAGGTTGGGAAGGTGAGTAAAACTGATTGCCCCCAAGTGTTTTTG
TCTAAGTAACCGAATTTTCGCAACTTAAAGGAAAAGTCCTTATCTTCCACGTTTCTCCAT
ATATGTAGTCTTTTTTTCTTTTTGCCTTTGAATCTGAATGTAGCTAAAGAATGGCTTATG
GCCTTGTATTGACTTCTATTCAAATATATAATTGTCCATTTCGCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3A188TF U 1
AF RR3A188JQ C 111
BS 1 781 RR3A188TF
BS 782 782 RR3A188JQ
BS 783 810 RR3A188TF
BS 811 812 RR3A188JQ
BS 813 827 RR3A188TF
BS 828 828 RR3A188JQ

RD RR3A188TF 827 0 0
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CGCGTCGGTCTGGAGACTGCATGAGATGTCTGGTGATCTTCGCGGTGGTATCTGCCTTAG
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AGAGCTCTGTTTGTCCTCCTTGCGTCTGTGATTGCCCGCCTCCTGTCTCTCTCCTCGAGA
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CTAGGGAGAGAGCTGAAGCTTTGTTGATCAAGGAGAGGAAGATCACTGCTTTGTGGGAGA
AGCGAGCTCGGCAATCAGGTTGGGAAGGTGAGTAAAACTGATTGCCCCCAAGTGTTTTTG
TCTAAGTAACCGAATTTTCGCAACTTAAAGGAAAAGTCCTTATCTTCCACGTTTCTCCAT
ATATGTAGTCTTTTTTTCTTTTTGCCTTTGAATCTGAATGTAGCTAAAGAATGGCTTATG
GGCTTGTATTGACTTCTATTCAAATATATA**TGTCCATTTCGCTTT

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR3A188JQ 718 0 0
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TCTGCCTTAGTAGTGTGTGGACCAGCTCTGTATTGGAAATTCAACAAGGGTTTCGTTGGA
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CTCCTCGAGATTGCTCCTGGGCTTGCAAATCTCACTGTTACAGATTGTGGAGGTGATGAT
CCAGAGCTCAAACAAGAAATGGAGAAGCAGTTTGTGGATCTTCTGACCGAGGAGCTGAAG
CTGCAAGAAGCAGTTGCTGATGAGCATAGCCGTCATATGAACGTTACCCTCGCAGAAGCT
AAAAGAGTTGCGTCTCAGTACCAAAAGGAAGCTGAGAAATGCAACGCCGCCACTGAGATC
TGTGAGTCAGCTAGGGAGAGAGCTGAAGCTTTGTTGATCAAGGAGAGGAAGATCACTGCT
TTGTGGGAGAAGCGAGCTCGGCAATCAGGTTGGGAAGGTGAGTAAAACTGATTGCCCCCA
AGTGTTTTTGTTTAAGTAACCGAATTTTCGCAACTTAAAGGAAAAGTCCTTATCTTCCAC
GTTTCTCCATATATGTAGTCTTTTTTTCTTTTTGCCTTTGAATCTGAATGTAGCTAAAGA
ATGGCTTATGGCCTTGTATTGACTTCTATTCAAATATATAATTGTCCATTTCGCTTTC

QA 1 718 1 718
DS 



CO CL186Contig2 759 2 5 U
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GTGATCTTCGCGGTTGTATCTGCTTTAGTAGTGTGCGGACCTGCTCTTTATTGGAAATTC
AACAAGGGTTTCGTTGGATCTGCTCATAAGAGCTCTGTTTGTCCTCCTTGCGTCTGTGAT
TGCCCGCCACCTGTCTCTCTCCTCGAGATTGCTCCTGGGCTTGCAAATCTCACTGTTACA
GATTGTGGAGGTGATGATCCAGAGCTTAAACAAGAAATGGAGAAGCAGTTTGTGGACCTT
CTGACCGAGGAGCTGAAGCTGCAAGAAGCAGTTGCTGATGAGCATAGCCGTCATATGAAC
GTTACCCTCGCAGAAGCTAAAAGAGTTGCGTTTCAGTACCAAAAGGAGGCTGAGAAATGC
AACGCTGCCACTGAGATCTGTGGATCAGCTAGGGAGAGAGCCGAAGTTTTGTTGATCAAG
GAGAGGAAGATCACTGCTTTGTGGGAGAAGAGAGCTCGGCAATCAGGTTGGGAAGGTGAG
TAAAACTGATTGCCCCCCTTCTCATGTCTACCCTCAAGTGTTTGTGTTTGAGAAACTCAT
TTTGTTTCGCAACTAAGCTCAAGGAAAAGTCCTTATTTTCCACGTTTCTACATATATGTA
GTCTTTTGTTTTTGCCTTTGGATTTGAATGTAGCTAAAGAATGGCTTATGGCCTTGTATT
GACTTCTATTCAAATATATAATATATAATTGTTTCACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BE01TF U 117
AF RR3BH39JQ C 1
BS 1 116 RR3BH39JQ
BS 117 145 RR3BE01TF
BS 146 146 RR3BH39JQ
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BS 260 759 RR3BH39JQ

RD RR3BE01TF 143 0 0
ATTCAACAAGGGTTTCGTTGGATCTGCTCGTAAGAGCTCTGTTTGTCCTCCTTGCGTCTG
TGATTGCCCGCCACCTGTCTCTCTCCTCGAGATTGCTCCTGGGCTTGCAAATCTCACTGT
TACAGATTGTGGAGGTGATGATC

QA 1 143 1 143
DS 

RD RR3BH39JQ 759 0 0
GATTGAGCTTTCTCTTTTGTTGATATGGCGCGTCGGTCTGGAGACTGCATGAGATGTCTG
GTGATCTTCGCGGTTGTATCTGCTTTAGTAGTGTGCGGACCTGCTCTTTATTGGAAATTC
AACAAGGGTTTCGTTGGATCTGCTCATAAGAGCTCTGTTTGTCCTCCTTGCGTCTGTGAT
TGCCCGCCACCTGTCTCTCTCCTCGAGATTGCTCCTGGGCTTGCAAATCTCACTGTTACA
GATTGTGGAGGTGATGATCCAGAGCTTAAACAAGAAATGGAGAAGCAGTTTGTGGACCTT
CTGACCGAGGAGCTGAAGCTGCAAGAAGCAGTTGCTGATGAGCATAGCCGTCATATGAAC
GTTACCCTCGCAGAAGCTAAAAGAGTTGCGTTTCAGTACCAAAAGGAGGCTGAGAAATGC
AACGCTGCCACTGAGATCTGTGGATCAGCTAGGGAGAGAGCCGAAGTTTTGTTGATCAAG
GAGAGGAAGATCACTGCTTTGTGGGAGAAGAGAGCTCGGCAATCAGGTTGGGAAGGTGAG
TAAAACTGATTGCCCCCCTTCTCATGTCTACCCTCAAGTGTTTGTGTTTGAGAAACTCAT
TTTGTTTCGCAACTAAGCTCAAGGAAAAGTCCTTATTTTCCACGTTTCTACATATATGTA
GTCTTTTGTTTTTGCCTTTGGATTTGAATGTAGCTAAAGAATGGCTTATGGCCTTGTATT
GACTTCTATTCAAATATATAATATATAATTGTTTCACTT

QA 1 759 1 759
DS 



CO CL186Contig3 781 3 13 U
GGACTAATCGCCATTGTTAGCTAGCTACACATCCACTCCGTTACCCACTCGATCGAAAGC
TTTCGTGTTCCACGCAGGGAGAGATCGATGGCGCGTCGTTCGGGAGACTGTATGAAATGC
CTGGTGATCTTCGCGGTTGTATCTGCTTTAGTAGTGTGTGGACCTGCTCTCTATTGGAAA
TTCAACAAGGGTTTCGTTGGATCTACGAGTAGAAACTCTGTTTGTCCTCCTTGCTCCTGT
GATTGCCCACCTCCTGTGTCTCTTCTCGAGATTGCTCCTGGGCTTGCAAATCTCTCTGTT
ACAGATTGTGGAGGTGATGATCCAGAGCTCAAACAAGAAATGGAGAAGCAGTTTGTGGAC
CTTCTGACCGAGGAGCTGAAGCTTCAAGAAGCTGTTGCGGATGAGCATAGCCGTCATATG
AATGTCACCCTCGGAGAAGCTAAAAGAGTTGCATCTCAGTACCAAAAGGAAGCTGAGAAA
TGCAACGCCGCCACCGAGATTTGTGAATCAGCTAGGGAGAGAGCTGAAGCTTTGTTGATC
AAGGAGAGGAAAATCACTGCTTTGTGGGAGAAGAGAGCTCGGCTATCACGCTGGGAAGGT
GAGTAAACTGATTGCATTTCTCATGTCAGAGAAACCAAACCTTCACAACTTAGCTCAAGA
AAAGGAAACTGTTGAATTGTCAAGGAAGACAATCCTATCTTCCATGTTTCCTCCATATAT
TGTAGTCTTTTGTTTTGCCTCTGGATCAGAATGTAGCTAAAGACATGGCTTTGTATTGAC
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3D167TF U 1
AF RR3DU43TF U 11
AF RR3BF01JQ C 69
BS 1 387 RR3D167TF
BS 388 388 RR3DU43TF
BS 389 543 RR3D167TF
BS 544 544 RR3DU43TF
BS 545 571 RR3D167TF
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BS 573 588 RR3D167TF
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BS 590 598 RR3D167TF
BS 599 599 RR3DU43TF
BS 600 633 RR3D167TF
BS 634 655 RR3DU43TF
BS 656 781 RR3BF01JQ

RD RR3D167TF 633 0 0
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TTTCGTGTTCCACGCAGGGAGAGATCGATGGCGCGTCGTTCGGGAGACTGTATGAAATGC
CTGGTGATCTTCGCGGTTGTATCTGCTTTAGTAGTGTGTGGACCTGCTCTCTATTGGAAA
TTCAACAAGGGTTTCGTTGGATCTACGAGTAGAAACTCTGTTTGTCCTCCTTGCTCCTGT
GATTGCCCACCTCCTGTGTCTCTTCTCGAGATTGCTCCTGGGCTTGCAAATCTCTCTGTT
ACAGATTGTGGAGGTGATGATCCAGAGCTCAAACAAGAAATGGAGAAGCAGTTTGTGGAC
CTTCTGACCGAGGAGCTGAAGCTTCAATAAGCTGTTGCGGATGAGCATAGCCGTCATATG
AATGTCACCCTCGGAGAAGCTAAAAGAGTTGCATCTCAGTACCAAAAGGAAGCTGAGAAA
TGCAACGCCGCCACCGAGATTTGTGAATCAGCTAGGGAGAGAGCTGAAGCTTTGTTGATC
AAG*AGAGGAAAATCACTGCTTTGTGGGAGA*GAGAGCTCGGCTATCA*GCTGGGAAG*T
GAGTAAACTGATTGCATTTCTCATGTCAGAGAA

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3DU43TF 645 0 0
GG
ATTGTTAGCTAGCTACACATCCACTCTGTTACCCACTCGATCGAAAGCTTTCGTGTTCCA
CGCAGGGAGAGATCGATGGCGCGTCGTTCGGGAGACTGTATGAAATGCCTGGTGATCTTC
GCGGTTGTATCTGCTTTAGTAGTGTGTGGACCTGCTCTCTATTGGAAATTCAACAAGGGT
TTCGTTGGATCTACGAGTAGAAACTCTGTTTGTCCTCCTTGCTCCTGTGATTGTCCACCT
CCTGTGTCTCTTCTCGAGATTGCTCCTGGGCTTGCAAATCTCTCTGTTACAGATTGTGGA
GGTGATGATCCAGAGCTCAAACAAGAAATGGAGAAGCAGTTTGTGGACCTTCTGACCGAG
GAGCTGAAGCTTCAAGAAGCTGTTGCGGATGAGCATAGCCGTCATATGAATGTCACCCTC
GGAGAAGCTAAAAGAGTTGCATCTCAGTACCAAAAGGAAGCTGAGAAATGCAACGCCGCC
ACCGAGATTTGTGAATCAGCTAGGGAGAGAGCTGAAGCTTTGTTGATCAAGGAGAGGAAA
ATCACTGCTTTGTGGGAGAAGAGAGCTCGGCTATCACGCTGGGAAGGTGAGTAAACTGAT
TGCATTTCTCATGTCAGAGAAACCAAACCTTCACAACTTAGCT

QA 3 645 3 645
DS 

RD RR3BF01JQ 713 0 0
TCCACGCAGGGAGAGGTCGATGGCGCGTCGTTCGGGAGACTGTATGAAATGCCTGGTGAT
CTTCGCGGTTGTATCTGCTTTAGTAGTGTGTGGACCTGCTCTCTATTGGAAATTCAACAA
GGGTTTCGTTGGATCTACGAGTAGAAACTCTGTTTGTCCTCCTTGCTCCTGTGATTGCCC
ACCTCCTGTGTCTCTTCTCGAGATTGCTCCTGGGCTTGCAAATCTCTCTGTTACAGATTG
TGGAGGTGATGATCCAGAGCTCAAACAAGAAATGGAGAAGCAGTTTGTGGACCTTCTGAC
CGAGGAGCTGAAGCTTCAAGAAGCTGTTGCGGATGAGCATAGCCGTCACATGAATGTCAC
CCTCGGAGAAGCTAAAAGAGTTGCATCTCAGTA**AAAAGGAAGCTGAGAAATGCAACGC
CGCCACCGAGATTTGTGAATCAGCTAGGGAGAGAGCTGAAGCTTTGTTAATCAAGGAGAG
GAAAATCACTGCTTTGTGGGAGAAGAGAGCTCGGCTATCAGGCTGGGAAGGTGAGTAAAC
TGATTGCATTTCTCATGTCAGAGAAACCAAACTTTCACAACTTAGCTCAAGAAAAGGAAA
CTGTTGAATTGTCAAGGAAGACAATCCTATCTTCCATGTTTCCTCCATATATTGTAGTCT
TTTGTTTTGCCTCTGGATCAGAATGTAGCTAAAGACATGGCTTTGTATTGACT

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 10

CO CL187Contig1 977 10 16 U
GGATTCCAAACTAGCCAAAAACTCTCTTTCTTTGACCCGATCGAGAGAATCGAATCCAAA
GTGCGATGGCGACAGAGGATGTGAACGAAGCCCTTACGGCGGCGGAAGTACCGGCAATAG
AAACGACGGAGAAGCAGCCCCCTCACAAGCTCGAAAGAAAGTGGAGTTTCTGGTTCGATA
ACCAATCCAAACCTAAGCAAGGCGCCGCCTGGGGAGCCTCTCTTCGCAAAGCCTATACCT
TCGACACCGTCGAAGATTTCTGGGGTTTGCACGAGACTATATTCATCCCTAGCAAATTGA
CGGCGAATGCAGAAATTCACATGTTCAAAGCTGGTGTTGAGCCCAAGTGGGAAGATCCTG
AGTGTGCTAACGGCGGAAAGTGGACTTATGTTGTTACCTCCAACAGGAAGCCTGCTTTAG
ACAAGGCTTGGCTTGAAACTTTGATGGCTCTTGTCGGAGAGCAATTTGATGAGGCAGATG
AGATTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCCAAAGCAGGACAAGCTCTCCTTGTGGACAA
GGACCAAATCTAATGAAGCTGTTCTGATGGGTATTGGGAAGAAGTGGAAGGATATACTTG
ATGTCGCTGACAAGATAACTTTCACTAACCATGATGATTCTAGAAGAACTCGGTTCACTG
TCTGAAGAGAAATGACGCAAGGGTGGTGAGACCTGAGGAAGATGCAATATCGCTTTGTCT
TGCATTATTCTGTCGGTTTACTCATAGCTGAGACCTTTAGGGAAACTCACTTTGAGGTGT
AACTCTACAAAGTTTTATTTTCACTGTTTCTGAGTTTCTTAATATTAAGTTCAGTTATTT
CTTTTTGGAAGCATCAAATTTTGGAGACACATTAAATTTGAATGTTTGATTTTTATGCTA
TTTTATATTTTCATTGTGACATTCCCAAAAATGACAAATGTTTAAGGCCATCTCCAATGG
TGCTTCATTTAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 45 60 60 45 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 45 60 45 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 35 35 35 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CY11TF U 11
AF RR3EB38TF U 1
AF RR3F248TF U 58
AF RR3BJ15TF U 32
AF RR3B639TF U 6
AF RR3EB38JQ C 244
AF RR3F248JQ C 154
AF RR3BJ15JQ C 98
AF RR3FL64JQ C 257
AF RR3CY11JQ C 263
BS 1 371 RR3EB38TF
BS 372 373 RR3B639TF
BS 374 530 RR3EB38TF
BS 531 531 RR3B639TF
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BS 542 542 RR3B639TF
BS 543 612 RR3EB38TF
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BS 614 647 RR3EB38TF
BS 648 764 RR3B639TF
BS 765 765 RR3BJ15TF
BS 766 780 RR3B639TF
BS 781 781 RR3BJ15TF
BS 782 869 RR3B639TF
BS 870 910 RR3BJ15JQ
BS 911 977 RR3CY11JQ

RD RR3CY11TF 576 0 0
GG
AGCCAAAAACTCTCTTTCTTTGACCCGATCGAGAGAATCGAATCCAAAGTGCGATGGCGA
CAGAGGATGTGAACGAAGCCCTTACGGCGGCGGAAGTACCGGCAGTAGAAACGACGGAGA
AGCAGCCCCCTCACAAGCTCGAAAGAAAGTGGAGTTTCTGGTTCGATAACCAATCCAAAC
CTAAGCAAGGCGCCGCCTGGGGAGCCTCTCTTCGCAAAGCCTATACCTTCGACACCGTCG
AAGATTTCTGGGGTTTGCACGAGACTATATTCATCCCTAGCAAATTGACGGCGAATGCAG
AAATTCACATGTTCAAAGCTGGTGTTGAGCCCAAGTGGGAAGATCCTGAGCGTGCTAACG
GCGGAAAGTGGACTTATGTTGTTACCTCCAACAGGAAGCCTGCTTTAGACAAGGCTTGGC
TTGAAACTTTGATGGCTCTTGTCGGAGAGCAATTTGATGAGGCAGATGAGATTTGTGGTG
TGGTTGCTAGTGTGCGCCCAAAGCAGGACGAGCTCTCCTTGTGGACAAGGACCAAATCTA
ATGAAGCTGTTCTGATGGGTATTGGGAAGAAGTG

QA 3 576 3 576
DS 

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GGATTCCAAACTAGCCAAAAACTCTCTTTCTTTGACCCGATCGAGAGAATCGAATCCAAA
GTGCGATGGCGACAGAGGATGTGAACGAAGCCCTTACGGCGGCGGAAGTACCGGCAATAG
AAACGACGGAGAAGCAGCCCCCTCACAAGCTCGAAAGAAAGTGGAGTTTCTGGTTCGATA
ACCAATCCAAACCTAAGCAAGGCGCCGCCTGGGGAGCCTCTCTTCGCAAAGCCTATACCT
TCGACACCGTCGAAGATTTCTGGGGTTTGCACGAGACTATATTCATCCCTAGCAAATTGA
CGGCGAATGCAGAAATTCACATGTTCAAAGCTGGTGTTGAGCCCAAGTGGGAAGATCCTG
AGTGTGCTAAC**CGGAAAGTGGACTTATGTTGTTACCTCCAACAGGAAGCCTGCTTTAG
ACAAGGCTTGGCTTGAAACTTTGATGGCTCTTGTCGGAGAGCAATTTGATGAGGCAGATG
AGATTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCCAAAGCAGGACAAGCTCTCCCTGTGGACAA
G*ACCAAATCTAATGAAGCTGTTCTGATGGGTATTGGGAAGAAGTGGAAGGATATACTTG
ATGTCGCTGACA*GATAACTTTCACTAACCATGATGATTCTAGAAGA
CT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3F248TF 630 0 0
GG
AGTGCGATGGCGACAGAGGATGTGAACGAAGCCCTTACGGCGGCGGAAGTACCGGCAATA
GAAACGACGGAGAAGCAGCCCCCTCACAAGCTCGAAAGAAAGTGGAGTTTCTGGTTCGAT
AACCAATCCAAACCTAAGCAAGGCGCCGCCTGGGGAGCCTCTCTTCGCAAAGCCTATACC
TTCGACACCGTCGAAGATTTCTGGGGTTTGCACGAGACTATATTCATCCCTAGCAAATTG
ACGGCGAATGCAGAAATTCACATGTTCAAAGCTGGTGTTGAGCCCAAGTGGGAAGATCCT
GAGTGTGCTAACGGCGGAAAGTGGACTTATGTTGTTACCTCCAACAGGAAGCCTGCTTTA
GACAAGGCTTGGCTTGAAACTTTGATGGCTCTTGTCGGAGAGCAATTTGATGAGGCAGAT
GAGATTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCCAAAGCAGGACAAGCTCTCCTTGTGGACA
AGGACCAAATCTAATGAAGCTGTTCTGATGGGTATTGGGAAGAAGTGGAAGGATATACTT
GATGTCGCTGACAAGATAACTTTCACTAACCATGATGATTCTAGAAGAACTCGGTTCACT
GTCTGAAGAGAAATGACGCAAGGGTGGT

QA 3 630 3 630
DS 

RD RR3BJ15TF 802 0 0
GG
GACCCGATCGAGAGAATCGAATCCAAAGTGCGATGGCGACAGAGGATGTGAACGAAGCCC
TTACGGCGGCGGAAGTACCGGCAATAGAAACGACGGAGAAGCAGCCCCCTCACAAGCTCG
AAAGAAAGTGGAGTTTCTGGTTCGATAACCAATCCAAACCTAAGCAAGGCGCCGCCTGGG
GAGCCTCTCTTCGCAAAGCCTATACCTTCGACACCGTCGAAGATTTCTGGGGTTTGCACG
AGACTATATTCATCCCTAGCAAATTGACGGCGAATGCAGAAATTCACATGTTCAAAGCTG
GTGTTGAGCCCAAGTGGGAAGATCCTGAGTGTGCTAACGGCGGAAAGTGGACTTATGTTG
TTACCTCCAACAGGAAGCCTGCTTTAGACAAGGCTTGGCTTGAAACTTTGATGGCTCTTG
TCGGAGAGCAATTTGATGAGGCAGATGAGATTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCCAA
AGCAGGACAAGCTCTCCTTGTGGACAAGGACCAAATCTAATGAAGCTGTTCTGATGGGTA
TTGGGAAGAAGTGGAAGGATATACTTGATGTCGCTGACAAGATAACTTTCACTAACCATG
ATGATTTTAGAAGAACTCGGTTCACTGTCTGAAGAGAAATGACGCAAGGGTGGTGAGACC
TGAGGAAGATGCAATATCGCTTTGTCTTGCATTATTCTGTCGGTTTACTCATAGCTGAGA
CCTTTAGGGAAACTCACTTTGAGGTGTAACTCTACAAAGTTTTATTTTCACTGTTTCTGA
GTTTCTTAATATTAAGTTCA

QA 3 802 3 802
DS 

RD RR3B639TF 864 0 0
GGAAACT
AGCCAAAAACTCTCTTTCTTTGACCCGATCGAGAGAATCGAATCCAAAGTGCGATGGCGA
CAGAGGATGTGAACGAAGCCCTTACGGCGGCGGAAGTACCGGCAATAGAAACGACGGAGA
AGCAGCCCCCTCACAAGCTCGAAAGAAAGTGGAGTTTCTGGTTCGATAACCAATCCAAAC
CTAAGCAAGGCGCCGCCTGGGGAGCCTCTCTTCGCAAAGCCTATACCTTCGACACCGTCG
AAGATTTCTGGGGTTTGCACGAGACTATATTCATCCCTAGCAAATTGACGGCGAATGCAG
AAATTCACATGTTCAAAGCTGGTGTTGAGCCCAAGTGGGAAGATCCTGAGTGTGCTAACG
GCGGAAAGTGGACTTATGTTGTTACCTCCAACAGGAAGCCTGCTTTAGACAAGGCTTGGC
TTGAAACTTTGATGGCTCTTGTCGGAGAGCAATTTGATGGGGCAGATGAGATTTGTGGTG
TGGTTGCTAGTGTGCGCCCAAAGCAGGACAAGCTCTCCTTGTGGACAAGGATCAAATCTA
ATGAAGCTGTTCTGATGGGTATTGGGAAGAAGTGGAAGGATATACTTGATGTCGCTGTCA
AGATAACTTTCACTAACCATGATGATTCTAGAAGAACTCGGTTCACTGTCTGAAGAGAAA
TGACGCAAGGGTGGTGAGACCTGAGGAAGATGCAATATCGCTTTGTCTTGCATTATTCTG
TCGGTTTACTCATAGCTGAGACCTTTAGGGAA*CTCACTTTGAGGTGTGACTCTACAAAG
TTTTATTTTCACTGTTTCTGAGTTTCTTAATATTAAGTTCAGTTATTTCTTTTTGGAAGC
ATCAAATTTTGGAGACA

QA 8 864 8 864
DS 

RD RR3EB38JQ 656 0 0
ACACCGTCGAAGATTTCTGGGGTTTGCACGAGACTATATTCATCCCTAGCAAATTGACGG
CGAATGCAGAAATTCACATGTTCAAAGCTGGTGTTGAGCCCAAGTGGGAAGATCCTGAGT
GTGCTAAC**CGGAAAGTGGACTTATGTTGTTACCTCCAACAGGAAGCCTGCTTTAGACA
AGGCTTGGCTTGAAACTTTGATGGCTCTTGTCGGAGAGCAATTTGATGAGGCAGATGAGA
TTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCCAAAGCAGGACAAGCTCTCCCTGTGGACAAGGA
CCAAATTTAATGAAGCTGTTCTGATGGGTATTGGGAAGAAGTGGAAGGATATACTTGATG
TCGCTGACAAGATAACTTTCACTAACCATGATGATTCTAGAAGAACTCGGTTCACTGTCT
GAAGAGAAATGACGCAAGGGTGGTGAGACCTGAGGAAGATGCAATATCGCTTTGTCTTGC
ATTATTCTGTCGGTTTACTCATAGCTGAGACCTTTAGGGAAACTCACTTTGAGGTGTAAC
TCTACAAAGTTTTATTTTCACTGTTTCTGAGTTTCTTAATATTAAGTTCAGTTATTTCTT
TTTGGAAGCATCAAATTTTGGAGACACATTAAATTTGAATGTTTGATTTTTATGC
C

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3F248JQ 746 0 0
AAAGAAAGTGGAGTTTCTGGTTCGATAACCAATCCAAAC*TAAGCAAGGCGCCGCCTGGG
GAGCCTCTCTTCGCAAAGCCTATACCTTCGACACCGTCGAAGATTTCTGGGGTTTGCACG
AGACTATATTCATCCCTAGCAAATTGACGGCGAATGCAGAAATTCACATGTTCAAAGCTG
GTGTTGAGCCCAAGTGGGAAGATCCTGAGTGTGCTAACGGCGGAAAGTGGACTTATGTTG
TTACCTCCAACAGGAAGCCTGCTTTAGACAAGGCTTGGCTTGAAACTTTGATGGCTCTTG
TCGGAGAGCAATTTGATGAGGCAGATGAGATTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCCAA
AGCAGGACAAGCTCTCCTTGTGGACAAGGACCAAATCTAATGAAGCTGTTCTGATGGGTA
TTGGGAAGAAGTGGAAGGATATACTTGATGTCGCTGACAAGATAACTTTCACTAACCATG
ATGATTCTAGAAGAACTCGGTTCACTGTCTGAAGAGAAATGACGCAAGGGTGGTGAGACC
TGAGGAAGATGCAATATCGCTTTGTCTTGTATTATTCTGTCGGTTTACTCATAGCTGAGA
CCTTTAGGAAAACTCACTTTGGGGTGTAACTCTACAAAGTTTTATTTTCACTGTTTCTGA
GTTTCTTAATATTAAGTTCAGTTATTTCTTTTTGGAAGCATCAAATTTTGGAGACACATT
AAATTTGAATGTTTGATTTTTATGC
C

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3BJ15JQ 815 0 0
GGCGGCGGAAGTACCGGCAATAGAAACGACGGAGAAGCAGCCCCCTCACAAGCTCGAAAG
AAAGTGGAGTTTCTGGTTCGATAACCAATCCAAACCTAAGCAAGGCGCCGCCTGGGGAGC
CTCTCTTCGCAAAGCCTATACCTTCGACACCGTCGAAGATTTCTGGGGTTTGCACGAGAC
TATATTCATCCCTAGCAAATTGACGGCGAATGCAGAAATTCACATGTTCAAAGCTGGTGT
TGAGCCCAAGTGGGAAGATCCTGAGTGTGCTAACGGCGGAAAGTGGACTTATGTTGTTAC
CTCCAACAGGAAGCCTGCTTTAGACAAGGCTTGGCTTGAAACTTTGATGGCTCTTGTCGG
AGAGCAATTTGATGAGGCAGATGAGATTTGTGGTGTGGTTGCTAGTGTGCGCCCAAAGCA
GGACAAGCTCTCCTTGTGGACAAGGACCAAATCTAATGAAGCTGTTCTGATGGGTATTGG
GAAGAAGTGGAAGGATATACTTGATGTCGCTGACAAGATAACTTTCACTAACCATGATGA
TTTTAGAAGAACTCGGTTCACTGTCTGAAGAGAAATGACGCAAGGGTGGTGAGACCTGAG
GAAGATGCAATATCGCTTTGTCTTGCATTATTCTGTCGGTTTACTCATAGCTGAGACCTT
TAGGGAAACTCACTTTGAGGTGTAACTCTACAAAGTTTTATTTTCACTGTTTCTGAGTTT
CTTAATATTAAGTTCAGTTATTTCTTTTTGGAAGCATCAAATTTTGGAGACACATTAAAT
TTGAATGTTTGATTTTTATGCTATTTTATATTT
CC

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR3FL64JQ 656 0 0
TTTT
TGGGGTTTGCACGAGACTATATTCATCCCTAGCAAATTGACGGCGAATGCAGAAATTCAC
ATGTTCAAAGCTGGTGTTGAGCCCAAGTGGGAAGATCCTGAGTGTGCTAACGGCGGAAAG
TGGACTTATGTTGTTACCTCCAACAGGAAGCCTGCTTTAGACAAGGCTTGGCTTGAAACT
TTGATGGCTCTTGTCGGAGAGCAATTTGATGAGGCAGATGAGATTTGTGGTGTGGTTGCT
AGTGTGCGCCCAAAGCAGGACAAGCTTTC*TTGTGGACAAGGACCAAATCTAATGAAGCT
GTTCTGATGGGTATTGGGAAGAAGTGGAAGGATATACTTGATGTCGCTGACAAGATAACT
TTCACTAACCATGATGATTCTAGAAGAACTC****CACTGTCTGAAGAGAAATGACGCAA
GGGTGGTGAGACCTGAGGAAGATGCAATATCGCTTTGTCCTGCATTATTCTGTCGGTTTA
CTCATAGCTGAGACCTTTAGGGAAACTCACTTTGAGGTGTAACTCTACAAAGTTTTATTT
TCACTGTTTCTGAGTTTCTTAATATTAAGTTCAGTTATTTCTTTTTGGAAGCATCAAATT
TTGGAGACACATTAAATTTGAATGTTTGATTTTTATGTTATTTTATATTT
CC

QA 5 654 5 654
DS 

RD RR3CY11JQ 715 0 0
GGGTTTGCACGAGACTATATTCATCCCTAGCAAATTGACGGCGAATGCAGAAATTCACAT
GTTCAAAGCTGGTGTTGAGCCCAAGTGGGAAGATCCTGAGCGTGCTAACGGCGGAAAGTG
GACTTATGTTGTTACCTCCAACAGGAAGCCTGCTTTAGACAAGGCTTGGCTTGAAACTTT
GATGGCTCTTGTCGGAGAGCAATTTGATGAGGCAGATGAGATTTGTGGTGTGGTTGCTAG
TGTGCGCCCAAAGCAGGACGAGCTCTCCTTGTGGACAAGGACCAAATCTAATGAAGCTGT
TCTGATGGGTATTGGGAAGAAGTGGAAGGATATACTTGATGTCGCTGACAAGATAACTTT
CACTAACCATGATGATTCTAGAAGAACTCGGTTCACTGTCTGAAGAGAAATGACGCAAGG
GTGGTGAGACCTGAGGAAGATGCAATATCGCTTTGTCTTGCATTATTCTGTCGGTTTACT
CATAGCTGAGACCTTTAGGGAAACTCACTTTGAGGTGTAACTCTACAAAGTTTTATTTTC
ACTGTTTCTGAGTTTCTTAATATTAAGTTCAGTTATTTCTTTTTGGAAGCATCAAATTTT
GGAGACACATTAAATTTGAATGTTTGATTTTTATGCTATTTTATATTTTCATTGTGACAT
TCCCAAAAATGACAAATGTTTAAGGCCATCTCCAATGGTGCTTCATTTAAAAAAA

QA 1 715 1 715
DS 



AS 2 9

CO CL188Contig1 880 6 9 U
TTTTGCATAAATGGTCTTTCACTATAGAATTTATGGGTTTCAAACTTCGAAATACATCAG
AAAAAGAAGAAAAAAGCTATAAAACGGAAGGAAAAGAAAGTTGTCAATTGGAGAAGTCTT
ACATGCAATGCAAACAAATGATTATAATGGTGTGTTATGATCCAAATAGACTTCTTGAGA
CTAATAGAATCAAGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCACTGGCTGTCCGCGAATATT
GACCGTCGGTGG*CTTGGCACCTCCAGCTGGTTGGCTAGCCATTCTGGTCTTAATAGCAG
CAGTCATAGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTAGCACTTGTTTCCAAGA
AAGGGATCCCAAGTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTTTCAGTGGATACAACCTTCTGCG
ATGTGAGATCGTTTTTGTTCCCAACCAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTGGCGTAACGAT
CGATTTCATTCAGCCATTGTTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCCGTGACGTCATAGG
TGACAATGATCCCATGAGCTCCTCTGTAGTAGCTACTGGTGATAGTCCTGAAACGTTCTT
GGCCTGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTTCCGTCTTGTTCAACGGTGCGGA
TTTTAAAGTCAACACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCAGGTAAGAATCATCAGCAAACC
TTAGAAGCAAGCAAGATTTACCAACACCAGAGTCACCAATAAGCAAAAGCTTGAACAGAT
AGTCATATTCGGGATTCATGGTTCTAGATCGATCTCCAACGTATCCAAAGAGAATCTCGC
GGTAAAACGGAAATCCGGCGGTAGTGTAATCTCTCAGCGC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 10 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E456JQ U 1
AF RR3BO19JQ U 5
AF RR3GF34JQ U 66
AF RR3H446TF C 153
AF RR3H446JQ U 73
AF RR3BO19TF C 210
BS 1 70 RR3E456JQ
BS 71 71 RR3BO19JQ
BS 72 418 RR3E456JQ
BS 419 419 RR3GF34JQ
BS 420 679 RR3E456JQ
BS 680 680 RR3GF34JQ
BS 681 696 RR3E456JQ
BS 697 791 RR3GF34JQ
BS 792 880 RR3BO19TF

RD RR3E456JQ 696 0 0
TTTTGCATAAATGGTCTTTCACTATAGAATTTATGGGTTTCAAACTTCGAAATACATCAG
AAAAAGAAGAGAAAAGCTATAAAACGGAAGGAAAAGAAAGTTGTCAATTGGAGAAGTCTT
ACATGCAATGCAAACAAATGATTATAATGGTGTGTTATGATCCAAATAGACTTCTTGAGA
CTAATAGAATCAAGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCACTGGCTGTCCGCGAATATT
GACCGTCGGTGG*CTTGGCACCTCCAGCTGGTTGGCTAGCCATTCTGGTCTTAATAGCAG
CAGTCATAGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTAGCACTTGTTTCCAAGA
AAGGGATCCCAAGTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTTTCAGTGGATACAACCTTCTGGG
ATGTGAGATCGTTTTTGTTCCCAACCAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTGGCGTAACGAT
CGATTTCATTCAGCCATTGTTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCCGTGACGTCATAGG
TGACAATGATCCCATGAGCTCCTCTGTAGTAGCTACTGGTGATAGTCCTGAAACGTTCTT
GGCCTGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTTCCGTCTTGTTCAACGGTGCGGA
TTTTAAAGTCAACACCAATTGTACTGATGTAGCTAT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3BO19JQ 682 0 0
GCATAAATGGTCTTTCACTATAGAATTTATGGGTTTCAAACTTCGAAATACATCAGAAAA
AGAAGAAAAAAGCTATAAAACGGAAGGAAAAGAAAGTTGTCAATTGGAGAAGTCTTACAT
GCAATGCAAACAAATGATTATAATGGTGTGTTATGATCCAAATAGACTTCTTGAGACTAA
TAGAATCAAGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCACTGGCTGTCCGCGAATATTGACC
GTCGGTGG*CTTGGCACCTCCAGCTGGTTGGCTAGCCATTCTGGTCTTAATAGCAGCAGT
CATAGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTAGCACTTGTTTTCAAGAAAGG
GATCCCAAGTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTTTCAGTGGATACAACCTTCTGGGATGT
GAGATCGTTTTTGTTCCCAACCAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTGGCGTAACGATCGAT
TTCATTCAGCCATTGTTTGACGTTGTTGAAGCTCGCTTGGTCCGTGACGTCATAGGTGAC
AATGATCCCATGAGCTCCTCTGTAGTAGCTACTGGTGATAGTCCTGAAACGTTCTTGGCC
TGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTTCCGTCTTGTTCAACGGTGCGGATTTT
AAAGTCAACACCAATTGCACTG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3GF34JQ 726 0 0
GAAGAGA
AAAGCTATAAAACGGAAGGAAAAGAAAGTTGTCAATTGGAGAAGTCTTACATGCAATGCA
AACAAATGATTATAATGGTGTGTTATGATCCAAATAGACTTCTTGAGACTAATAGAATCA
AGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCACTGGCTGTCAGCGAATATTGACCGTCGGTGG
*CTTGGCACCTCCAGCTGGTTGGCTAGCCATTCTGGTCTTAATAGCAGCAGTCATGGCCA
TGAA*GCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTGGCACTTGTTTCCAAGAAAGGGATCCCAA
GTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTTTCAGTGGATACAACCTTCTGCGATGTGAGATCGT
TTTTGTTCCCAACCAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTGGCGTAACGGTCGATT*CATTCA
GCCATTGTTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCCGTGACGTCATAGGTGACAATGATCC
CATGAGCTCCTCTGTAGTAGCTACTGGTGATAGTCCTGAAACGTTCTTGGCCTGCTGTGT
CCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTTCCGTCTTGTTCAACTGTGCGGATTTTAAAGTCAA
CACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCAGGTAAGAATCATCAGCAAACCTTAGAAGCAAGC
AAGATTTACCAACACCAGAGTCACCAATAAGCAAAAGCTTGAACAGATAGTCATATTCG

QA 8 726 8 726
DS 

RD RR3H446TF 636 0 0
TGTTATGATCCAAATAGACTTCTTGAGACTAATAGAATCAAGATGAGCAACAGCCTGATT
GCTGGTTCACTGGCTGTCCGCGAATATTGACCGTCGGTGGGCTTGGCACCTCCAGCTGGT
*GGCTAGCCAGTCTGGTCTTAATAGCAGCAGTCATGGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTG
GTTGCATTTTTGGCACTTGTTTCCAAGAAAGGGATCCCAAGTTCATCTGCAAAAGCCTGA
GCTGTTTCAGTGGATACAACCTTCTGCGATGTGAGATCGTTTTTGTTACCAACCAGTAGC
TTGTTCACATTCTCACTGGCGTAACGGTCGATTTCATTCAGCCATTGTTTGACGTTGTTG
AAGCTCTCTTGGTCCGTGACGTCATAGGTGACAATGATCCCATGAGCTCCTCTGTAGTAG
CTACTGGTGATAGTCCTGAAACGTTCTTGGCCTGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATT
GTCTTTCCGTCTTGTTCAACTGTGCGGATTTTAAAGTCAACACCAATGGTACTGATGTAG
CTATCCAGGTAAGAATCATCAGCAAACCTTAGAAGCAAGCAAGATTTACCAACACCAGAG
TCACCAATAAGCAAAAGCTTGAACAGATAGTCATAT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3H446JQ 715 0 0
AAAGCTATAAAACGGAAGGAAAAGAAAGTTGTCAATTGGAGAAGTCTTACATGCAATGCA
AACAAATGATTATAATGGTGTGTTATGATCCAAATAGACTTCTTGAGACTAATAGAATCA
AGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCACTGGCTGTCCGCGAATATTGACCGTCGGTGG
*CTTGGCACCTCCAGCTGGTTGGCTAGCCAGTCTGGTCTTAATAGCAGCAGTCATGGCCA
TGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTGGCACTTGTTTCCAAGAAAGGGATCCCAA
GTTCATCTGCAAAAGCCTGAGCTGTTTCAGTGGATACAACCTTCTGCGATGTGAGATCGT
TTTTGTTACCAACCAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTGGCGTAACGGTCGATTTCATTCA
GCCATTGTTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCCGTGACGTCATAGGTGACAATGATCC
CATGAGCTCCTCTGTAGTAGCTACTGGTGATAGTCCTGAAACGTTCTTGGCCTGCTGTGT
CCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTTCCGTCTTGTTCAACTGTGCGGATTTTAAAGTCAA
CACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCAGGTAAGAATCATCAGCAAACCTTAGAAGCAAGC
AAGATTTACCAACACCAGAGTCACCA*TAAGCAAA*GCTTGA*CAGATAGTCATA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3BO19TF 671 0 0
ATTGCTGGTTCACTGGCTGTCCGCGAATATTGACCGTCGGTGG*CTTGGCACCTCCAGCT
GGTTGGCTAGCCATTCTGGTCTTAATAGCAGCAGTCATAGCCATGAAAGCTTCTTCAACA
TTGGTTGCATTTTTAGCACTTGTTTTCAAGAAAGGGATCCCAAGTTCATCTGCAAAAGCC
TGAGCTGTTTCAGTGGATACAACCTTCTGGGATGTGAGATCGTTTTTGTTCCCAACCAGT
AGCTTGTTCACATTCTCACTGGCGTAACGATCGATTTCATTCAGCCATTGTTTGACGTTG
TTGAAGCTCGCTTGGTCCGTGACGTCATAGGTGACAATGATCCCATGAGCTCCTCTGTAG
TAGCTACTGGTGATAGTCCTGAAACGTTCTTGGCCTGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTG
ATTGTCTTTCCGTCTTGTTCAACGGTGCGGATTTTAAAGTCAACACCAATTGCACTGATG
TAGCTATCAAGGTAAGAATCATCAGCAAACCTTAGAAGCAAGCAAGATTTACCAACACCA
GAGTCACCAATAAGCAAAAGCTTGAACAGATAGTCATATTCGGGATTCATGGTTCTAGAT
CGATCTCCAACGTATCCAAAGAGAATCTCGCGGTAAAACGGAAATCCGGCGGTAGTGTAA
TCTCTCAGCGC

QA 1 671 1 671
DS 



CO CL188Contig2 907 3 4 U
CCGGAGAAATTAGGATTACTATAGAATTTATGAGTTTTAAACTTCGAAATACATCGGACA
AAAGAATAGCAAAGCTATAAAATGAAGGAAAAAAAAAGGATTCAACTGAGTTGTCACAAC
TGGAAAAGTCACATGCAATGGAAAGAAAATGATTATAATGGTGTAATGATCCAAAAAGAC
CTTTGAGACTAATGGAATCAAGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCACCGGCTGTCCG
CGAATCTGGACCGTCGGTGGTTTGGCACCTCC*AGATGGTTGGCTAGCCATTCTGGTCTT
AATAGCAGCAGTCATGGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTAGCACTTGT
TTCCAAGAAAGGGATCCCAAGTTCATCCGCAAAAGCCTGAGCTGTCTCAGTGGATACAAC
CTTCTGTGAAGTGAGATCGTTTTTGTTCCCAACGAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTAGC
GTAACGGTCGATTTCATTAAGCCATTGCTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCAGTGAC
ATCATAGGTGACAATGATGCCATGAGCTCCTATGTAGTAGCTGCTGGTGATAGTCCTGAA
ACGTTCTTGACCCGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTCCCGTCCTGTTCGAC
TGTTCGGATTTTAAAGTCAACACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCAGGTAAGAATCATC
AGCAAATCTTAGAAGCAAGCATGATTTTCCAACACCAGAGTTACCGATAAGCAAAAGCTT
GAACAGATAGTCATACTCAGGATTCATGACGAACTATCGTTATCTAGATCGATCTCACAA
CGTATCAAGAGAGAGAGATAGACTGAATGTTTTTTGGTTAATTTTGTTTATTTATTTTTC
CTTTTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN72JQ U 2
AF RR3EK36JQ U 1
AF RR3EK36TF C 185
BS 1 96 RR3EK36JQ
BS 97 97 RR3EN72JQ
BS 98 761 RR3EK36JQ
BS 762 907 RR3EK36TF

RD RR3EN72JQ 697 0 0
G
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GAAAAGTCACATGCAATGGAAAGAAAATGATTATAATGGTGTAATGATCCAAAAAGACCT
TTGAGACTAATGGAATCAAGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCACTGGCTGTCCGCG
AATCTGGACCGTCGGTGGTTTGGCACCTCC*AGATGGTTGGCTAGCCATTCTGGTCTTAA
TAGCAGCAGTCATGGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTAGCACTTGTTT
CCAAGAAAGGGATCCCAAGTTCATCCGCAAAAGCCTGAGCTGTCTCAGTGGATACAACCT
TCTGTGAAGTGAGATCGTTTTTGTTCCCAACGAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTAGCGT
AACGGTCGATTTCATTAAGCCATTGCTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCAGTGACAT
CATAGGTGACAATGATGCCATGAGCTCCTCTGTAGTAGCTGCTGGTGATAGTCCTGAAAC
GTTCTTGACCCGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTCCCGTCCTGTTCGACTG
TTCGGATTTTAAAGTCAACACCAATGGTACTGATGT

QA 2 697 2 697
DS 

RD RR3EK36JQ 767 0 0
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AAAGAATAGCAAAGCTATAAAATGAAGGAAAAAAAA*GGATTCAACTGAGTTGTCACAAC
TGGAAAAGTCACATGCAATGGAAAGAAAATGATTATAATGGTGTAATGATCCAAAAAGAC
CTTTGAGACTAATGGAATCAAGATGAGCAACAGCCTGATTGCTGGTTCACCGGCTGTCCG
CGAATCTGGACCGTCGGTGGTTTGGCACCTCC*AGATGGTTGGCTAGCCATTCTGGTCTT
AATAGCAGCAGTCATGGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTAGCACTTGT
TTCCAAGAAAGGGATCCCAAGTTCATCCGCAAAAGCCTGAGCTGTCTCAGTGGATACAAC
CTTCTGTGAAGTGAGATCGTTTTTGTTCCCAACGAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTAGC
GTAACGGTCGATTTCATTAAGCCATTGCTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCAGTGAC
ATCATAGGTGACAATGATGCCATGAGCTCCTATGTAGTAGCTGCTGGTGATAGTCCTGAA
ACGTTCTTGACCCGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTCCCGTCCTGTTCGAC
TGTTCGGATTTTAAAGTCAACACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCAGGTAAGAATCATC
AGCAAATCTTAGAAGCAAGCATGATTTTCCAACACCAGAGT
TACCGA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3EK36TF 723 0 0
GAGACTAATGGAATCAAGATGAGCAACAGC*TGATTGCTGGTTCACCGGCTGTCCGCGAA
TCTGGACCGTCGGTGGTTTGGCACCTCCCAGATGGTTGGCTAGCCATTCTGGTCTTAATA
GCAGCAGTCATGGCCATGAAAGCTTCTTCAACATTGGTTGCATTTTTAGCACTTGTTTCC
AAGAAAGGGATCCCAAGTTCATCCGCAAAAGCCTGAGCTGTCTCAGTGGATACAACCTTC
TGTGAAGTGAGATCGTTTTTGTTCCCAACGAGTAGCTTGTTCACATTCTCACTAGCGTAA
CGGTCGATTTCATTAAGCCATTGCTTGACGTTGTTGAAGCTCTCTTGGTCAGTGACATCA
TAGGTGACAATGATGCCATGAGCTCCTATGTAGTAGCTGCTGGTGATAGTCCTGAAACGT
TCTTGACCCGCTGTGTCCCAGATCTGGAGTTTGATTGTCTTCCCGTCCTGTTCGACTGTT
CGGATTTTAAAGTCAACACCAATGGTACTGATGTAGCTATCCAGGTAAGAATCATCAGCA
AATCTTAGAAGCAAGCATGATTTTCCAACACCAGAGTTACCGATAAGCAAAAGCTTGAAC
AGATAGTCATACTCAGGATTCATGACGAACTATCGTTATCTAGATCGATCTCACAACGTA
TCAAGAGAGAGAGATAGACTGAATGTTTTTTGGTTAATTTTGTTTATTTATTTTTCCTTT
TCC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 8

CO CL189Contig1 781 8 22 U
GGAGCTTTCGTTTCCGCAACTCTCTTTACTTCTTATCTTCTACCTCGACTCTGATCTCTT
TACAATGGCGTCGGAGAAGAAGCTCTCGAACCCCATGAGGGACATTAAGGTCCAGAAACT
TGTTCTCAACATCTCTGTGGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACTCGTGCCTCCAAGGTTTT
GGAACAGCTCAGTGGACAAACCCCTGTTTTCTCCAAGGCGAGATACACTGTGAGGTCCTT
CGGTATCAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTATGTCACTGTGAGAGGTGACAAGGCTAT
GCAGCTTCTTGAGAGTGGTTTGAAAGTTAAGGAGTATGAGCTTCTTAGGAGGAACTTTAG
TGACACTGGTTGCTTTGGATTCGGTATCCAAGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTATGA
TCCATCTACTGGTATCTACGGAATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAACGTCCAGGATACCG
TGTGGCTCGTCGCCGTAGGTGTAAGGCTCGTGTTGGTATCCAACACAGAGTGACCAAGGA
TGATGCAATGAAATGGTTCCAAGTCAAGTATGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAA
CATCACTGGCTAAACCAAACTTCAATCTTTATTGATTTTTGTTTATTTTAGTTTTATTTC
AAGTTTCAATCTTTACGACTTTCTGGATGTTAAAGAATTTTTTGTTGTACTAAAACCTTT
GTTGACATCAGCATGGTATAATCTGAATTTCCCAGAACGTTGGCAGTGTTTTTACCTTTT
C


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3CZ83TF U 344
AF RR3CZ83JQ C 459
AF RR3B405JQ C 311
AF RR3EF50JQ C 83
AF RR3EF50TF U 1
AF RR3B405TF U 12
AF RR3A321TF U 1
AF RR3A321JQ C 1
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BS 360 360 RR3EF50TF
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BS 370 370 RR3EF50TF
BS 371 393 RR3CZ83TF
BS 394 394 RR3EF50TF
BS 395 488 RR3CZ83TF
BS 489 498 RR3EF50TF
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BS 500 537 RR3EF50TF
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BS 576 696 RR3EF50TF
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BS 699 705 RR3EF50TF
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BS 723 738 RR3B405TF
BS 739 753 RR3A321TF
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CTTAAGAAT
AACTTTATTGACACTGGCTGCTTTGGATTCGGTATCCAAGACCACATTGATCTTGGTATC
AAGTATGATCCATCTACTGGTATCTACGGAATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAACGTCCA
GGATACCGTGTGGCTC

QA 10 145 10 145
DS 

RD RR3CZ83JQ 134 0 0
TTT
TTGAACGTCCAGGATACCGTGTGGCTCGTCGCCGTAGGTGTAAGGCTCGTGTTGGTATCC
AACACAGAGTGACCAAGGATGATGCAATGAAATGGTTCCAAGTCAAGTATGAAGGAGTTA
TCCTCAACAAG

QA 4 134 4 134
DS 

RD RR3B405JQ 298 0 0
GAGAGTGGTTTGAAAGTTAAGGAGTATGAGCTTTTTAGGAGGAACTTTAGTGACACTGGT
TGCTTTGGATTCGGTATCCAAGAGCACATTGATTTTGGTATCAAGTATGATCCATTTACT
GGTATTTACGGAATGGACTTTTATGTTGTTTTTGAACGTCCAGGATACCGTGTGGCTTGT
CCCCGTAGGTGTAAGGCTCGTGTTGGTATCCAACCCAGAGTGACCAAGGATGATGCAATG
AAATGGTTCCAAGCCAAGTATGAAGGGGTTATCCTCAACAAGTTTCAGAACATCACTG

QA 1 298 1 298
DS 

RD RR3EF50JQ 671 0 0
CTCTCGAACCCCATGAGGGACATTAAGGTCCAGAAACTTGTTCTCAACATCTCTGTGGGT
GAGAGTGGTGATCGTCTCACTCGTGCCTCCAAGGTTTTGGAACAGCTCAGTGGACAAACC
CCTGTTTTCTCCAAGGCGAGATACACTGTGAGGTCCTTCGGTATCAGGCGTAACGAAAAG
ATTGCGTGCTATGTCACTGTGAGAGGTGACAAGGCTATGCAGCTTCTTGAGAGTGGTTTG
AAAGTTAAGGAGTATGAGCTTCTTAGGAGGAACTTTAGTGACACTGGTTGCTTTGGATTC
GGTATCCAAGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTATGATCCATCTACTGGTATCTACGGA
ATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAACGTCCAGGATACCGTGTGGCTCGTCGCCGTAGGTGT
AAGGCTCGTGTTGGTATCCAACACAGAGTGACCAAGGATGATGCAATGAAATGGTTCCAA
GTCAAGTATGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACTGGCTAAACCAAACTT
CAATCTTTATTGATTTTTGTTTATTTTAGTTTTATTTCAAGTTTCAATCTTTACGACTTT
CTGGATGTTAAAGAATTTTTTGTTGTACTAAAACCTTTGTTGACATCAGCATGGTATAAT
CTGAATTTCCC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3EF50TF 730 0 0
GGAGCTTTCGTTTCCGCAACTCTCTTTACTTCTTATCTTCTACCTCGACTCTGATCTCTT
TACAATGGCGTCGGAGAAGAAGCTCTCGAACCCCATGAGGGACATTAAGGTCCAGAAACT
TGTTCTCAACATCTCTGTGGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACTCGTGCCTCCAAGGTTTT
GGAACAGCTCAGTGGACAAACCCCTGTTTTCTCCAAGGCGAGATACACTGTGAGGTCCTT
CGGTATCAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTATGTCACTGTGAGAGGTGACAAGGCTAT
GCAGCTTCTTGAGAGTGGTTTGAAAGTTAAGGAGTATGAGCTTCTTAGGAGGAACTTTAG
TGACACTGGTTGCTTTGGATTCGGTATCCAAGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTATGA
TCCATCTACTGGTATCTACGGAATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAACGTCCAGGATACCG
TGTGGCTCGTCGCCGTAG*TGTAAGGCTCGTGTTGGTATCCAACACAGAGTGACCAAAGA
TGATGCAATGAAATGGTTCCAAGTCAAGTATGAAAGAGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAA
CATCACTGGCTAAACCAAACTTCAATCTTTATTGATTTTTGTTTATTTTAGTTTTATTTC
AAGTTTCAATCTTTACGACTTTCTGGATGTTAAAGA**TTTTTGT*GTACTAAAACCTTT
GT
GACATCAG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3B405TF 727 0 0
GG
CCGCAACTCTCTTTACTTCTTATCTTCTACCTCGACTCTGATCTCTTTACAATGGCGTCG
GAGAAGAAGCTCTCGAACCCCATGAGGGACATTAAGGTCCAGAAACTTGTTCTCAACATC
TCTGTGGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACTCGTGCCTCCAAGGTTTTGGAACAGCTCAGT
GGACAAACCCCTGTTTTCTCCAAGGCGAGATACACTGTGAGGTCCTTCGGTATCAGGCGT
AACGAAAAGATTGCGTGCTATGTCACTGTGAGAGGTGACAAGGCTATGCAGCTTCTTGAG
AGTGGTTTGAAAGTTAAGGAGTATGAGCTTCTTAGGAGGAACTTTAGTGACACTGGTTGC
TTTGGATTCGGTATCCAAGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTATGATCCATCTACTGGT
ATCTACGGAATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAACGTCCAGGATACCGTGTGGCTCGTCGC
CGTAGGTGTAAGGCTCGTGTTGGTATCCAACACAGAGTGACCAAGGATGATGCAATGAAA
TGGTTCCAAGCCAAGTATGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACTGGCTAA
ACCAAACTTCAATCTTTATTGATTTTTGTTTATTTTAGTTTTATTTCAAGTTTCAATCTT
TACGACTTTCTGGATGCTAAAGAATTTTTTGTTGTACTAAAACCTTTGTTGACATCAGCA
TGGTA

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR3A321TF 753 0 0
GGAGCTTTCGTTTCCGCAACTCTCTTTACTTCTTATCTTCTACCTCGACTCTGATCTCTT
TACAATGGCGTCGGAGAAGAAGCTCTCGAACCCCATGAGGGACATTAAGGTCCAGAAACT
TGTTCTCAACATCTCTGTGGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACTCGTGCCTCCAAGGTTTT
GGAACAGCTCAGTGGACAAACCCCTGTTTTCTCCAAGGCGAGATACACTGTGAGGTCCTT
CGGTATCAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTATGTCACTGTGAGAGGAGACAAGGCTAT
GCAGCTTCTTGAGAGTGGTTTGAAAGTTAAGGAGTATGAGCTTCTTAGGAGGAACTTTAG
TGACACTGGTTGCTTTGGATTCGGTATCCAAGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTATGA
TCCATCTACTGGTATCTACGGAATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAACGTCCAGGATACCG
TGTGGCTCGTCGCCGTAGGTGTAAGGCTCGTGTTGGTATCCAACACAGAGTGACCAAGGA
TGATGCAATGAAATGGTTCCAAGTCAAGTATGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAA
CATCACTGGCTAAACCAAACTTCAATCTTTATTGATTTTTGTTTATTTTAGTTTTATTTC
AAGTTTCAATCTTTACGACTTTCTGGATGTTAAAGAATTTTTTGTTGTACTAAAACCTTT
GTTGACATCAGCATGGTATAATCTGAATTTCCC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3A321JQ 781 0 0
GGAGCTTTCGTTTCCGCAACTCTCTTTACTTCTTATCTTCTACCTCGACTCTGATCTCTT
TACAATGGCGTCGGAGAAGAAGCTCTCGAACCCCATGAGGGACATTAAGGTCCAGAAACT
TGTTCTCAACATCTCTGTGGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACTCGTGCCTCCAAGGTTTT
GGAACAGCTCAGTGGACAAACCCCTGTTTTCTCCAAGGCGAGATACACTGTGAGGTCCTT
CGGTATCAGGCGTAACGAAAAGATTGCGTGCTATGTCACTGTGAGAGGAGACAAGGCTAT
GCAGCTTCTTGAGAGTGGTTTGAAAGTTAAGGAGTATGAGCTTCTTAGGAGGAACTTTAG
TGACACTGGTTGCTTTGGATTCGGTATCCAAGAGCACATTGATCTTGGTATCAAGTATGA
TCCATCTACTGGTATCTACGGAATGGACTTCTATGTTGTTCTTGAACGTCCAGGATACCG
TGTGGCTCGTCGCCGTAGGTGTAAGGCTCGTGTTGGTATCCAACACAGAGTGACCAAGGA
TGATGCAATGAAATGGTTCCAAGTCAAGTATGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAA
CATCACTGGCTAAACCAAACTTCAATCTTTATTGATTTTTGTTTATTTTAGTTTTATTTC
AAGTTTCAATCTTTACGACTTTCTGGATGTTAAAGAATTTTTTGTTGTACTAAAACCTTT
GTTGACATCAGCATGGTATAATCTGAATTTCCCAGAACGTTGGCAGTGTTTTTACCTTTT
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 2 12

CO CL190Contig1 1371 2 6 U
GGAACGGCAACCGCTTAGAGAGGAGATGGGAGAACGATTCTTCCGAAACGAGATGCCGGA
GTTTGTGTCGGGAGAGGATACCGTTTCCACAGATAAAGATTCGCTTATAAAACTGCTCTC
ACTTCCCTACGAATCGTTCTCCAAGAAGCTTCAGAGATATGCTCTAAGCCTCAAAGATAC
AGTAGTGTTTGAGACATGGGAACGATCTGGAAAACGTGTTCGTGACTTTATCCTCTACAC
TGGTGTTCTCGGGACAGCTTATCTCTTGTTCAAATCGTATCAGGTCAAAAGAAATGAAAA
CGATCTGAAGCTATGCTTAGAGATTGTTGAGGCGTGTTACCCAGCTTCAAAAGATTCTGA
GCGTGTGACATTCATATGTGGCCATGCTGGTGTATGTGCTCTTGGTGCTGTTGCAGCAAA
GCTTACTGGTGATAGCCAGCTACTTGATCGTTACTTAACACGTTTCCGTGAGATTAGGCT
TCCCAGTGATTTGCCATACGAGCTGCTATATGGTAGAGCAGGATACTTATGGGCATGCTT
GTTCTTGAATAAGCATATCGGGAAGGATAGTGTACCATCATCAAGAATGAGACCTGTGGT
TGAGGAGATCTTCAGGGCAGGAAGACAAATGGGTGAAAGAGGAAAGTGTCCATTGATGTT
CGAGTGGCACGGGAAGAAGTATTGGGGAGCTGCTCACGGTTTAGCTGGGATCATGCATGT
CCTCATGCATGTGGAGCTTGAACCAGATGAGATAGAAGATGTTGAAGGTACGCTAAGCTA
CATGATCCAACACCGTTTCCCAAGCGGAAACTACCTATCTAGGGAAGGAAGTGAATCAGA
TCGTTTAGTTCACTGGTGCCCCGGTGCTCCTGGTGTTGCTCTCGCACTTGTAAAGGCAGC
TCAGGTTTTTAGGACAGATGAGTTTGTAGAGGCGGCTATGGAAGCAGGAGAAGTGGTGTG
GAACCGTGGATTGCTTAAACGAGTAGGGATTTGTCATGGCATCAGCGGAAACACTTATGT
GTTTCTTTCTCTTTACCGGTTAACAGGAAAGCTAGAGTACTTGTACAAAGCTAAAGCTTT
CGCATCTTTCTTACTAGACAAGTCGGAGAAGCTCATTTCAGAAGGTAAGATGCATGGAGG
AGACAGACCATTTTCTTTCTTTGAAGGTATAGGAGGAATGGCCTACATGTTTCTCGACAT
GAATGAGCCAACTCAAGCTCTGTTTCCAGGTTATGAACTTTAAAAAAAGTCACTGTAACA
ACAAACAATTTTAGATACTCAACGTAGATGTTAAATAAGTATTTATACAATGAAACGCAA
AAGGTAATGTCTTGTAATCAAAAAGGTTAAAGGAAACACAATCAAATCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX05TF U 1
AF RR3CX05JQ C 692
BS 1 743 RR3CX05TF
BS 744 744 RR3CX05JQ
BS 745 767 RR3CX05TF
BS 768 768 RR3CX05JQ
BS 769 787 RR3CX05TF
BS 788 1371 RR3CX05JQ

RD RR3CX05TF 787 0 0
GGAACGGCAACCGCTTAGAGAGGAGATGGGAGAACGATTCTTCCGAAACGAGATGCCGGA
GTTTGTGTCGGGAGAGGATACCGTTTCCACAGATAAAGATTCGCTTATAAAACTGCTCTC
ACTTCCCTACGAATCGTTCTCCAAGAAGCTTCAGAGATATGCTCTAAGCCTCAAAGATAC
AGTAGTGTTTGAGACATGGGAACGATCTGGAAAACGTGTTCGTGACTTTATCCTCTACAC
TGGTGTTCTCGGGACAGCTTATCTCTTGTTCAAATCGTATCAGGTCAAAAGAAATGAAAA
CGATCTGAAGCTATGCTTAGAGATTGTTGAGGCGTGTTACCCAGCTTCAAAAGATTCTGA
GCGTGTGACATTCATATGTGGCCATGCTGGTGTATGTGCTCTTGGTGCTGTTGCAGCAAA
GCTTACTGGTGATAGCCAGCTACTTGATCGTTACTTAACACGTTTCCGTGAGATTAGGCT
TCCCAGTGATTTGCCATACGAGCTGCTATATGGTAGAGCAGGATACTTATGGGCATGCTT
GTTCTTGAATAAGCATATCGGGAAGGATAGTGTACCATCATCAAGAATGAGACCTGTGGT
TGAGGAGATCTTCAGGGCAGGAAGACAAATGGGTGAAAGAGGAAAGTGTCCATTGATGTT
CGAGTGGCACGGGAAGAAGTATTGGGGAGCTGCTCACGGTTTAGCTGGGATCATGCATGT
CCTCATGCATGTGGAGCTTGAAC*AGATGAGATAGAAGATGTTGAAG*TACGCTAAGCTA
CATGATC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3CX05JQ 680 0 0
GCTCACGGTTTAGCTGGGATCATGCATGTCCTCATGCATGTGGAGCTTGAACCAGATGAG
ATAGAAGATGTTGAAGGTACGCTAAGCTACATGATCCAACACCGTTTCCCAAGCGGAAAC
TACCTATCTAGGGAAGGAAGTGAATCAGATCGTTTAGTTCACTGGTGCCCCGGTGCTCCT
GGTGTTGCTCTCGCACTTGTAAAGGCAGCTCAGGTTTTTAGGACAGATGAGTTTGTAGAG
GCGGCTATGGAAGCAGGAGAAGTGGTGTGGAACCGTGGATTGCTTAAACGAGTAGGGATT
TGTCATGGCATCAGCGGAAACACTTATGTGTTTCTTTCTCTTTACCGGTTAACAGGAAAG
CTAGAGTACTTGTACAAAGCTAAAGCTTTCGCATCTTTCTTACTAGACAAGTCGGAGAAG
CTCATTTCAGAAGGTAAGATGCATGGAGGAGACAGACCATTTTCTTTCTTTGAAGGTATA
GGAGGAATGGCCTACATGTTTCTCGACATGAATGAGCCAACTCAAGCTCTGTTTCCAGGT
TATGAACTTTAAAAAAAGTCACTGTAACAACAAACAATTTTAGATACTCAACGTAGATGT
TAAATAAGTATTTATACAATGAAACGCAAAAGGTAATGTCTTGTAATCAAAAAGGTTAAA
GGAAACACAATCAAATCTTG

QA 1 680 1 680
DS 



CO CL190Contig2 737 10 8 U
GGGAGAGAGAGAAAAAAAATATCTGCTGCTTGTGAGAGAGAATCAAAATGGCTTCAAAGC
TGGTGATAATCATTGTGTTCATACTAGATCTAATCGCCGTCGGTTTAGCCATTGCCGCCG
AGCAAAGACGAAGCGTCGGTAAGGTTGTACCGGATAAGGAGAAGGTGTATGAGTATTGTG
AGTACGGCTCAGACATAGCTACTAGTTATGGAGCTGGTGCTTTTGTCCTTCTCTTGACCA
GTCAAGTCATTATCATGGTGGCTAGTCGCTGCTTCTGCTGTGGGAAGTCTCTTAACCCGG
GTGGTTCAAGAGCATGTGCCATCATGCTCTTCCTCATTTGCTGGGCGTTTTTCTTGATTG
CTGAGATATGTCTGCTCGCGGCATCGATCAGAAACGCGTACCACACTAAGTACAGGAAGA
TGTGGAACATCGATGCCCCTCCTAGCTGTGAAGTGATCCGTAAAGGTGTGTTTGCTGCTG
GTGCTTCGTTCGCGCTCTTCACTGCTATCGTCTCTCAGTTCTACTACGTCTGCTACTCTC
GTGCTCGTGATGATTACAAGAACCCACCTTACTAAAATGAGTGGAACTGTTTTATCCCTT
CACTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGATTGTGTTTCCTTTAAGCTTTTTGATTATC
AAGACATTACCTTTTGCGTTTCATTGTATAAATACTTATTTAACATCTACGTTGAGTATC
TAAGATTGTTTGTTGTT


BQ
10 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 30 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 

AF RR3GH47JQ C 1
AF RR3GH47TF U 1
AF RR3AR59TF U 2
AF RR3B732TF U 2
AF RR3AR59JQ C 93
AF RR3BJ38JQ C 29
AF RR3BX89JQ C 3
AF RR3BX89TF U 0
AF RR3BJ38TF U -4
AF RR3B732JQ C 40
BS 1 1 RR3GH47JQ
BS 2 24 RR3GH47TF
BS 25 25 RR3AR59TF
BS 26 635 RR3GH47TF
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BS 638 707 RR3GH47TF
BS 708 720 RR3AR59TF
BS 721 737 RR3B732TF

RD RR3GH47JQ 707 0 0
GGGAGAGAGAGAAAAAAAATATCTACTGCTTGTGAGAGAGAATCAAAATGGCTTCAAAGC
TGGTGATAATCATTGTGTTCATACTAGATCTAATCGCCGTCGGTTTAGCCATTGCCGCCG
AGCAAAGACGAAGCGTCGGTAAGGTTGTACCGGATAAGGAGAAGGTGTATGAGTATTGTG
AGTACGGCTCAGACATAGCTACTAGTTATGGAGCTGGTGCTTTTGTCCTTCTCTTGACCA
GTCAAGTCATTATCATGGTGGCTAGTCGCTGCTTCTGCTGTGGGAAGTCTCTTAACCCGG
GTGGTTCAAGAGCATGTGCCATCATGCTCTTCCTCATTTGCTGGGCGTTTTTCTTGATTG
CTGAGATATGTCTGCTCGCGGCATCGATCAGAAACGCGTACCACACTAAGTACAGGAAGA
TGTGGAACATCGATGCCCCTCCTAGCTGTGAAGTGATCCGTAAAGGTGTGTTTGCTGCTG
GTGCTTCGTTCGCGCTCTTCACTGCTATCGTCTCTCAGTTCTACTACGTCTGCTACTCTC
GTGCTCGTGATGATTACAAGAACCCACCTTACTAAAATGAGTGGAACTGTTTTATCCCTT
CACTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGATTGT**TTCCTTTAAGCTTTTTGATTATC
AAGACATTACCTTTTGCGTTTCAT*GTATAAATACTTATTTAACATC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3GH47TF 707 0 0
G
GGAGAGAGAGAAAAAAAATATCTACTGCTTGTGAGAGAGAATCAAAATGGCTTCAAAGCT
GGTGATAATCATTGTGTTCATACTAGATCTAATCGCCGTCGGTTTAGCCATTGCCGCCGA
GCAAAGACGAAGCGTCGGTAAGGTTGTACCGGATAAGGAGAAGGTGTATGAGTATTGTGA
GTACGGCTCAGACATAGCTACTAGTTATGGAGCTGGTGCTTTTGTCCTTCTCTTGACCAG
TCAAGTCATTATCATGGTGGCTAGTCGCTGCTTCTGCTGTGGGAAGTCTCTTAACCCGGG
TGGTTCAAGAGCATGTGCCATCATGCTCTTCCTCATTTGCTGGGCGTTTTTCTTGATTGC
TGAGATATGTCTGCTCGCGGCATCGATCAGAAACGCGTACCACACTAAGTACAGGAAGAT
GTGGAACATCGATGCCCCTCCTAGCTGTGAAGTGATCCGTAAAGGTGTGTTTGCTGCTGG
TGCTTCGTTCGCGCTCTTCACTGCTATCGTCTCTCAGTTCTACTACGTCTGCTACTCTCG
TGCTCGTGATGATTACAAGAACCCACCTTACTAAAATGAGTGGAACTGTTTTATCCCTTC
ACTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGATTGT**TTCCTTTAAGCTTTTTGATTATCA
AGACATTACCTTTTGCGTTTCATTGTATAAATACTTATTTAACATC

QA 2 707 2 707
DS 

RD RR3AR59TF 719 0 0
GGAGAGAGAGAAAAAAAATATCTGCTGCTTGTGAGAGAGAATCAAAATGGCTTCAAAGCT
GGTGATAATCATTGTGTTCATACTAGATCTAATCGCCGTCGGTTTAGCCATTGCCGCCGA
GCAAAGACGAAGCGTCGGTAAGGTTGTACCGGATAAGGAGAAGGTGTATGAGTATTGTGA
GTACGGCTCAGACATAGCTACTAGTTGTGGAGCTGGTGCTTTTGTCCTTCTCTTGACCAG
TCAAGTCATTATCATGGTGGCTAGTCGCTGCTTCTGCTGTGGGAAGTCTCTTAACCCGGG
TGGTTCAAGAGCATGTGCCATCATGCTCTTCCTCATTTGCTGGGCGTTTTTCTTGATTGC
TGAGATATGTCTGCTCGCGGCATCGATCAGAAACGCGTACCACACTAAGTACAGGAAGAT
GTGGAACATCGATGCCCCTCCTAGCTGTGAAGTGATCCGTAAAGGTGTGTTTGCTGCTGG
TGCTTCGTTCGCGCTCTTCACTGCTATCGTCTCTCGGTTCTACTACGTCTGCTACTCTCG
TGCTCGTGATGATTACAAGAACCCACCTTACTAAAATGAGTGGAACTGTTTTATCCCTTC
ACTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGATTGTGTTTCCTTTAAGCTTTTTGATTATCA
AGACATTACCTTTTGCGTTTCATTGTATAAATACTTATTTAACATCTACGTTGAGTATC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3B732TF 736 0 0
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GGTGATAATCATTGTGTTCATACTAGATCTAATCGCCGTCGGTTTAGCCATTGCCGCCGA
GCAAAGACGAAGCGTCGGTAAGGTTGTACCGGATAAGGAGAAGGTGTATGGGTATTGTGA
GTACGGCTCAGACATAGCTACTAGTTATGGAGCTGGTGCTTTTGTCCTTCTCTTGACCAG
TCAAGTCATTATCATGGTGGCTAGTCGCTGCTTCTGCTGTGGGAAGTCTCTTAACCCGGG
TGGTTCAAGAGCATGTGCCATCATGCTCTTCCTCATTTGCTGGGCGTTTTTCTTGATTGC
TGAGATATGTCTGCTCGCGGCATCGATCAGAAACGCGTACCACACTAAGTACAGGAAGAT
TTGGAACATCGACGCCCCTCCTAGCTGTGAAGTGATCCGTAAAGGTGT**TTGCTGCTGG
TGCTTCGTTCGCGCTCTTCACTGCTATCGTCTCTCAGTTCTACTACGTCTGCTACTCTCG
TGCTCGTGATGATTACAAGAACCCACCTTACTAAAATGAGTGGAACTGTTTTATCCCTTC
ACTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGATTGTGTTTCCTTTAAGCTTTTTGATCATCA
AGACATTACCTTTTGCGTTTCATTGTATAAATACTTATTTAACATCTACGTTGAGTATCT
AAGATTGTTTGTTGTT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3AR59JQ 645 0 0
ATCGCCGTCGGTTTAGCCATTGCCGCCGAGCAAAGACGAAGCGTCGGTAAGGTTGTACCG
GATAAGGAGAAGGTGTATGAGTATTGTGAGTACGGCTCAGACATAGCTACTAGTTGTGGA
GCTGGTGCTTTTGTCCTTCTCTTGACCAGTCAAGTCATTATCATGGTGGCTAGTCGCTGC
TTCTGCTGTGGGAAGTCTCTTAACCCGGGTGGTTCAAGAGCATGTGCCATCATGCTCTTC
CTCATTTGCTGGGCGTTTTTCTTGATTGCTGAGATATGTCTGCTCGCGGCATCGATCAGA
AACGCGTACCACACTAAGTACAGGAAGATGTGGAACATCGATGCCCCTCCTAGCTGTGAA
GTGATCCGTAAAGGTGTGTTTGCTGCTGGTGCTTCGTTCGCGCTCTTCACTGCTATCGTC
TCTCGGTTTTACTACGTCTGCTACTCTCGTGCTCGTGATGATTACAAGAACCCCCCTTAC
TAAAATGAGTGGAACTGTTTTATCCCTTCACTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGAT
TGTGTTTCCTTTAAGCTTTTTGATTATCAAGACATTACCTTTTGCGTTTCATTGTATAAA
TACTTATTTAACATCTACGTTGAGTATCTAAGATTGTTTGTTGT
C

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3BJ38JQ 697 0 0
CTTGTGAGAGAGAATCAAAATGGCTTCAAAGCTGGTGATAATCATTGTGTTCATACTAGA
TCTAATCGCCGTCGGTTTAGCCATTGCCGCCGAGCAAAGACGAAGCGTCGGTAAGGTTGT
ACCGGATAAGGAGAAGGTGTATGAGTATTGTGAGTACGGCTCAGACATAGCTACTAGTTA
TGGAGCTGGTGCTTTTGTCCTTCTCTTGACCAGTCAAGTCATTATCATGGTGGCTAGTCG
CTGCTTTTGCTGTGGGAAGTCTCTTAACCCGGGTGGTTCAAGAGCATGTGCCATCATGCT
CTTCCTCATTTGCTGGGCGTTTTTCTTGATTGCTGAGATATGTCTGCTCGCGGCATCGAT
CAGAAACGCGTACCACACTAAGTACAGGAAGATGTGGAACATCGATGCCCCTCCTAGCTG
TGAAGTGATCCGTAAAGGTGTGTTTGCTGCTGGTGCTTCGTTCGCGCTCTTCACTGCTAT
CGTCTCTCAGTTCTACTACGTCTGCTACTCTCGTGCTCGTGATGATTACAAGAACCCACC
TTACTAAAATGAGTGGAACTGTTTTATCCCTTCACTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATT
TGATTGTGTTTCCTTTAAGCTTTTTGATTATCAAGACATTACCTTTTGCGTTTCATTGTA
TAAATACTTATTTAACATCTACGTTGAGTATCTAAGA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3BX89JQ 735 0 0
GAGAGAGAGAAAAAAAATATCTGCTGCTTGTGAGAGAGAATCAAAATGGCTTCAAAGCTG
GTGATAATCATTGTGTTCATACTAGATCTAATCGCCGTCGGTTTAGCCATTGCCGCCGAG
CAGAGACGAAGCGTCGGTAAGGTTGTACCGGATAAGGAGAAGGTGTATGAGTATTGTGAG
TACGGCTCAGACATAGCTACTAGTTATGGAGCTGGTGCTTTTGTCCTTTTCTTGACCAGT
CAAGTCATTATCATGGTGGCTAGTCGCTGCTTTTGCTGTGGGAAGTCTCTTAACCCGGGT
GGTTCAAGAGCATGTGCCATCATGCTCTTCCTCATTTGCTGGGCGTTTTTCTTGATTGCT
GAGATATGTCTGCTCG*GGCATCGATCAGAAACGCGTACCACACTAAGTACAGGAAGATG
TGGAACATCGATGCCCCTCCTAGCTGTGAAGTGATCCGTAAAGGTGTGTTTGCTGCTGGT
GCTTCGTTCGCGCTTTTCACTGCTATCGTCTTTCAGTTTTACTACGTTTGCTACTCTCGT
GCTCGTGATGATTACAAGAACCCCCCTTACTAAAATGAGTGGAACTGTTTTATCCCTTCA
CTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGATTGTGTTTCCTTTAAGCTTTTTGATTATCAA
GACATTACCTTTTGCGTTTCATTGTATAAATACTTATTTAACATCTACGTTGAGTATCTA
AGATTGTTTGTTGTT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3BX89TF 738 0 0
GGA
GAGAGAGAGAAAAAAAATATCTGCTGCTTGTGAGAGAGAATCAAAATGGCTTCAAAGCTG
GTGATAATCATTGTGTTCATACTAGATCTAATCGCCGTCGGTTTAGCCATTGCCGCCGAG
CAGAGACGAAGCGTCGGTAAGGTTGTACCGGATAAGGAGAAGGTGTATGAGTATTGTGAG
TACGGCTCAGACATAGCTACTAGTTATGGAGCTGGTGCTTTTGTCCTTCTCTTGACCAGT
CAAGTCATTATCATGGTGGCTAGTCGCTGCTTCTGCTGTGGGAAGTCTCTTAACCCGGGT
GGTTCAAGAGCATGTGCCATCATGCTCTTCCTCATTTGCTGGGCGTTTTTCTTGATTGCT
GAGATATGTCTGCTCG*GGCATCGATCAGAAACGCGTACCACACTAAGTACAGGAAGATG
TGGAACATCGATGCCCCTCCTAGCTGTGAAGTGATCCGTAAAGGTGTGTTTGCTGCTGGT
GCTTCGTTCGCGCTCTTCACTGCTATCGTCTCTCAGTTCTACTACGTCTGCTACTCTCGT
GCTCGTGATGATTACAAGAACCCACCTTACTAAAATGAGTGGAACTGTTTTATCCCTTCA
CTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGATTGTGTTTCCTTTAAGCTTTTTGATTATCAA
GACATTACCTTTTGCGTTTCATTGTATAAATACTTATTTAACATCTACGTTGAGTATCTA
AGATTGTTTGTTGTT

QA 4 738 4 738
DS 

RD RR3BJ38TF 730 0 0
GGAGAGA
GAGAGAGAGAAAAAAAATATCTGCTGCTTGTGAGAGAGAATCAAAATGGCTTCAAAGCTG
GTGATAATCATTGTGTTCATACTAGATCTAATCGCCGTCGGTTTAGCCATTGCCGCCGAG
CAAAGACGAAGCGTCGGTAAGGTTGTACCGGATAAGGAGAAGGTGTATGAGTATTGTGAG
TACGGCTCAGACATAGCTACTAGTTATGGAGCTGGTGCTTTTGTCCTTCTCTTGACCAGT
CAAGTCATTATCATGGTGGCTAGTCGCTGCTTCTGCTGTGGGAAGTCTCTTAACCCGGGT
GGTTCAAGAGCATGTGCCATCATGCTCTTCCTCATTTGCTGGGCGTTTTTCTTGATTGCT
GAGATATGTCTGCTCGCGGCATCGATCAGAAACGCGTACCACACTAAGTACAGGAAGATG
TGGAACATCGATGCCCCTCCTAGCTGTGAAGTGATCCGTAAAGGTGTGTTTGCTGCTGGT
GCTTCGTTCGCGCTCTTCACTGCTATCGTCTCTCAGTTCTACTACGTCTGCTACTCTCGT
GCTCGTGATGATTACAAGAACCCACCTTACTAAAATGAGTGGAACTGTTTTATCCCTTCA
CTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGATTGTGTTTCCTTTAAGCTTTTTGATTATCAA
GACATTACCTTTTGCGTTTCATTGTATAAATACTTATTTAACATCTACGTTGAGTATCTA
AGA

QA 8 730 8 730
DS 

RD RR3B732JQ 698 0 0
GAATCAAAATGGCTTCAAAGCTGGTGATAATCATTGTGTTCATACTAGATCTAATCGCCG
TCGGTTTAGCCATTGCCGCCGAGCAAAGACGAAGCGTCGGTAAGGTTGTACCGGATAAGG
AGAAGGTGTATGGGTATTGTGAGTACGGCTCAGACATAGCTACTAGTTATGGAGCTGGTG
CTTTTGTCCTTCTCTTGACCAGTCAAGTCATTATCATGGTGGCTAGTCGCTGCTTCTGCT
GTGGGAAGTCTCTTAACCCGGGTGGTTCAAGAGCATGTGCCATCATGCTCTTCCTCATTT
GCTGGGCGTTTTTCTTGATTGCTGAGATATGTCTGCTCGCGGCATCGATCAGAAACGCGT
ACCACACTAAGTACAGGAAGATTTGGAACATCGACGCCCCTCCTAGCTGTGAAGTGATCC
GTAAAGGTGT**TTGCTGCTGGTGCTTCGTTCGCGCTCTTCACTGCTATCGTCTCTCAGT
TCTACTACGTCTGCTACTCTCGTGCTCGTGATGATTACAAGAACCCACCTTACTAAAATG
AGTGGAACTGTTTTATCCCTTCACTGATTCGATAGGATGTTTCAAGATTTGATTGTGTTT
CCTTTAAGCTTTTTGATCATCAAGACATTACCTTTTGCGTTTCATTGTATAAATACTTAT
TTAACATCTACGTTGAGTATCTAAGATTGTTTGTTGTT

QA 1 698 1 698
DS 



AS 3 11

CO CL191Contig1 725 2 6 U
GGAGTAGTAACAGGAGGAAGCAGAGGAGCATCACCAGCAGCAGCCAGCAACCATGGTTCT
CAAGACGGAGCTTTGTCGTTTCAGTGGCCACAAGATTTACCCAGGAAGGGGAATCAGATT
CATCCGATCTGACTCTCAGGTGTTCTTGTTCATCAACTCAAAGTGTAAGCATTACTTTCA
TAACAAACTGAAGCCTTCCAAGCTTTGTTGGACTACCATGTACAGAAAGCAGCACAAGAA
GGATGCAGCTCAAGAAGCTGTGAAGAAGAGGAGACGTGCTACCAAGAAGCCCTACTCAAG
GTCTATTGTTGGTGCTACCTTGGAAGTGATTCAGAAGAAGAGAGCTGAGAAGCCTGAAGT
CCGTGATGCTGCAAGAGAAGCTGCTCTTCGTGATATCAAGGAGAGAATCAAGAAGACAAA
GGATGAGAAGAAGGCAAAGAAGGCTGAGTTTGCTTCAAAGCAACAGAAGATTCAGGCTAA
GATCCCCAAGGCTGCTGCCAAGGGAGGTCCTAAGTTGGGAGGTGGTGGTGGCAAACGCTG
AAGAACCCTTGCTTTTCACTCTTGTGTTTCTCTGCTAGTGTGCTACTATTTTTTAGTTTA
TGTTGATTTCAGAATATCCCGCAGAACGTAAACCTTTTGTTATTGGCGTTTGTCTCTTTA
CTCTTAAGCAACTCTTATAATCGCAAGACTTGAGAATTTTGTTTTCCTATGAACTTCATT
TCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 

AF RR3BL37JQ C 1
AF RR3BL37TF U 486
BS 1 485 RR3BL37JQ
BS 486 685 RR3BL37TF
BS 686 686 RR3BL37JQ
BS 687 712 RR3BL37TF
BS 713 713 RR3BL37JQ
BS 714 725 RR3BL37TF

RD RR3BL37JQ 725 0 0
GGAGTAGTAACAGGAGGAAGCAGAGGAGCATCACCAGCAGCAGCCAGCAACCATGGTTCT
CAAGACGGAGCTTTGTCGTTTCAGTGGCCACAAGATTTACCCAGGAAGGGGAATCAGATT
CATCCGATCTGACTCTCAGGTGTTCTTGTTCATCAACTCAAAGTGTAAGCATTACTTTCA
TAACAAACTGAAGCCTTCCAAGCTTTGTTGGACTACCATGTACAGAAAGCAGCACAAGAA
GGATGCAGCTCAAGAAGCTGTGAAGAAGAGGAGACGTGCTACCAAGAAGCCCTACTCAAG
GTCTATTGTTGGTGCTACCTTGGAAGTGATTCAGAAGAAGAGAGCTGAGAAGCCTGAAGT
CCGTGATGCTGCAAGAGAAGCTGCTCTTCGTGATATCAAGGAGAGAATCAAGAAGACAAA
GGATGAGAAGAAGGCAAAGAAGGCTGAGTTTGCTTCAAAGCAACAGAAGATTCAGGCTAA
GATCCCCAAGGCTGCTGCCAAGGGAGGTCCTAAGTTGGGAGGTGGTGGTGGCAAACGCTG
AAGAACCCTTGCTTTTCACTCTTGTGTTTCTCTGCTAGTGTGCTACTATTTTT*AGTTTA
TGTTGATTTCAGAATATCCCGCAGAACGTAAACCTTTTGTTATTGGCGTTTGTCTCTTTA
CTCTTAAGCAACTCTTATAATCGCAAGACTTGAGAATTTTGTTTTCCTATGAACTTCATT
TCACT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3BL37TF 240 0 0
CCAAGGCTGCTGCCAAGGGAGGTCCTAAGTTGGGAGGTGGTGGTGGCAAACGCTGAAGAA
CCCTTGCTTTTCACTCTTGTGTTTCTCTGCTAGTGTGCTACTATTTTTTAGTTTATGTTG
ATTTCAGAATATCCCGCAGAACGTAAACCTTTTGTTATTGGCGTTTGTCTCTTTACTCTT
AAGCAACTCTTATAATCGCA*GACTTGAGAATTTTGTTTTCCTATGA*CTTCATTTCACT

QA 1 240 1 240
DS 



CO CL191Contig2 775 6 6 U
GGAACTAGGGTTTCGGCAGCAGCTTGAGAAAAGGAGGAAGAAGAGGAGCAGCAGCAGAAA
CACGCCATCATGGTTCTCAAGACGGAGCTTTGTCGTTTCAGTGGCCACAAGATTTACCCA
GGAAGGGGAATCAGATTCATCCGATCTGACTCTCAGGTGTTCTTGTTCATCAACTCAAAG
TGTAAGCATTACTTTCATAACAAACTGAAGCCTTCCAAGCTTTGTTGGACTACCATGTAC
AGAAAGCAGCACAAGAAGGATGCAGCTCAAGAAGCTGTCAAGAAGAGGAGACGTGCTACC
AAGAAGCCTTACTCAAGGTCGATTGTTGGTGCTACCTTGGAAGTGATCCAGAAGAAGAGA
GCTGAGAAGCCTGAGGTTCGTGATGCCGCAAGAGAAGCTGCTCTCCGTGATATCAAGGAG
AGAATCAAGAAGACCAAGGATGAGAAGAAGGCAAAGAAAGCTGAATTTGCCTCAAAGCAA
CAGAAGATTCAGGCTAAGGTCCCCAAGGCTGCTGCAAAGGGTGGTCCTAAGTTGGGAGGT
GGTGGTGGCAAACGCTGAAGAGCCCAAAGCCATTTTATCTTTACTCTTTTGCTAGTTAAA
TGTTGAACTCGGAATATTCTGCCGAACGTAAACCTTTTGTTGTTGCCGTTTGTCTTTTAC
CTTTTGCAACTCGTAATCTCAGACTTGAGAATTTTGGTGCTTATCAACTTCGCTTCACTA
AAAGTCTTCATCTAAACGAGATTGTATGATTGCTCAAACCTTGTCTACTGTTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ60JQ C 209
AF RR3AJ36TF U 46
AF RR3AD01TF U 52
AF RR3E215TF U 1
AF RR3AD01JQ C 14
AF RR3E215JQ C 96
BS 1 67 RR3E215TF
BS 68 68 RR3AD01TF
BS 69 735 RR3E215TF
BS 736 736 RR3AD01JQ
BS 737 755 RR3E215TF
BS 756 775 RR3AD01JQ

RD RR3BZ60JQ 102 0 0
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AAGAAGCTGTCAAGAAGAGGAGACGTGCTACCAAGAAGCCTT

QA 1 102 1 102
DS 

RD RR3AJ36TF 353 0 0
AGAGAG
CAGCAGAAACACGCCACCATGGTTCTCAAGACGGAGCTTTGTCGTTTCAGTGGCCACAAG
ATTTACCCAGGAAGGGGAATCAGATTCATCCGATCTGACTCTCAGGTGTTCCTGTTCATC
AACTCAAAGTGTAAGCATTACTTTCATAACAAACTGAAGCCTTCCAAGCTTTGTTGGACT
ACCATGTACAGAAAGCAGCACAAGAAGGATGCAGCTCAAGAAGCTTT*AAGAAGAGGAGA
CGTGCTACCAAGAAGCCTTACTCAAGGTCGGTTGTTGGTGCTACCTTGGAAGTGATCCAG
AAGAAGAGAGCTGAGAAGCCTGAAGTTCGTGATGCCGCAAGAGAAGC

QA 7 353 7 353
DS 

RD RR3AD01TF 582 0 0
CAGCAGAAACACGCCATCATGGTTCTCAAGACGGAGCTTTGTCGTTTCAGTGGCCACAAC
ATTTACCCAGGAAGGGGAATCAGATTCATCCGATCTGACTCTCAGGTGTTCTTGTTCATC
AACTCAAAGTGTAAGCATTACTTTCATAACAAACTGAAGCCTTCCAAGCTTTGTTGGACT
ACCATGTACAGAAAGCAGCACAAGAAGGATGCAGCTCAAGAAGCTGTCAAGAAGAGGAGA
CGTGCTACCAAGAAGCCTTACTCAAGGTCGATTGTTGGTGCTACCTTGGAAGTGATCCAG
AAGAAGAGAGCTGAGAAGCCTGAGGTTCGTGATGCCGCAAGAGAAGCTGCTCTCCGTGAT
ATCAAGGAGAGAATCAAGAAGATCAAGGATGAGAAGAAGGCAAAGAAAGCTGAATTTGCC
TCAAAGCAACAGAAGATTCAGGCTAAGGTCCCCAAGGCTGCTGCAAAGGGTGGTCCTAAG
TTGGGAGGTGGTGGTGGCAAACGCTGAAGGGCCCAAAGCCATTTTATCTTTACTCTTTTG
CTAGTTAAATGTTGAACTCGGAATATTCTGCCGAACGTAAAC

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3E215TF 755 0 0
GGAACTAGGGTTTCGGCAGCAGCTTGAGAAAAGGAGGAAGAAGAGGAGCAGCAGCAGAAA
CACGCCACCATGGTTCTCAAGACGGAGCTTTGTCGTTTCAGTGGCCACAAGATTTACCCA
GGAAGGGGAATCAGATTCATCCGATCTGACTCTCAGGTGTTCTTGTTCATCAACTCAAAG
TGTAAGCATTACTTTCATAACAAACTGAAGCCTTCCAAGCTTTGTTGGACTACCATGTAC
AGAAAGCAGCACAAGAAGGATGCAGCTCAAGAAGCTGTCAAGAAGAGGAGACGTGCTACC
AAGAAGCCTTACTCAAGGTCGATTGTTGGTGCTACCTTGGAAGTGATCCAGAAGAAGAGA
GCTGAGAAGCCTGAGGTTCGTGATGCCGCAAGAGAAGCTGCTCTCCGTGATATCAAGGAG
AGAATCAAGAAGACCAAGGATGAGAAGAAGGCAAAGAAAGCTGAATTTGCCTCAAAGCAA
CAGAAGATTCAGGCTAAGGTCCCCAAGGCTGCTGCAAAGGGTGGTCCTAAGTTGGGAGGT
GGTGGTGGCAAACGCTGAAGAGCCCAAAGCCATTTTATCTTTACTCTTTTGCTAGTTAAA
TGTTGAACTCGGAATATTCTGCCGAACGTAAACCTTTTGTTGTTGCCGTTTGTCTTTTAC
CTTTTGCAACTCGTAATCTCAGACTTGAGAATTTTGGTGCTTATCAACTTCGCTTCACTA
AAAGTCTTCATCTAA*CGAGATTGTATGATTGCTC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3AD01JQ 762 0 0
G
GGCAGCAGCTTGAGAAAAGGAGGAAGAAGAGGAGCAGCAGCAGAAACACGCCATCATGGT
TCTCAAGACGGAGCTTTGTCGTTTCAGTGGCCACAAGATTTACCCAGGAAGGGGAATCAG
ATTCATCCGATCTGACTCTCAGGTGTTCTTGTTCATCAACTCAAAGTGTAAGCATTACTT
TCATAACAAACTGAAGCCTTCCAAGCTTTGTTGGACTACCATGTACAGAAAGCAGCACAA
GAAGGATGCAGCTCAAGAAGCTGTCAAGAAGAGGAGACGTGCTACCAAGAAGCCTTACTC
AAGGTCGATTGTTGGTGCTACCTTGGAAGTGATCCAGAAGAAGAGAGCTGAGAAGCCTGA
GGTTCGTGATGCCGCAAGAGAAGCTGCTCTCCGTGATATCAAGGAGAGAATCAAGAAGAT
CAAGGATGAGAAGAAGGCAAAGAAAGCTGAATTTGCCTCAAAGCAACAGAAGATTCAGGC
TAAGGTCCCCAAGGCTGCTGCAAAGGGTGGTCCTAAGTTGGGAGGTGGTGGTGGCAAACG
CTGAAGGGCCCAAAGCCATTTTATCTTTACTCTTTTGCTAGTTAAATGTTGAACTCGGAA
TATTCTGCCGAACGTAAACCTTTTGTTGTTGCCGTTTGTCTTTTACCTTTTGCAACTCGT
AATCTCAGACTTGAGAATTTTGGTGCTTATCAACTTCGCTTCACTAAAAGTCTTCATCTA
AACGAGATTGTATGATTGCTCAAACCTTGTCTACTGTTTAA

QA 2 762 2 762
DS 

RD RR3E215JQ 660 0 0
TTTCAGTGGCCACAAGATTTACCCAGGAAGGGGAATCAGATTCATCCGATCTGACTCTCA
GGTGTTCTTGTTCATCAACTCAAAGTGTAAGCATTACTTTCATAACAAACTGAAGCCTTC
CAAGCTTTGTTGGACTACCATGTACAGAAAGCAGCACAAGAAGGATGCAGCTCAAGAAGC
TGTCAAGAAGAGGAGACGTGCTACCAAGAAGCCTTACTCAAGGTCGATTGTTGGTGCTAC
CTTGGAAGTGATCCAGAAGAAGAGAGCTGAGAAGCCTGAGGTTCGTGATGCCGCAAGAGA
AGCTGCTCTCCGTGATATCAAGGAGAGAATCAAGAAGACCAAGGATGAGAAGAAGGCAAA
GAAAGCTGAATTTGCCTCAAAGCAACAGAAGATTCAGGCTAAGGTCCCCAAGGCTGCTGC
AAAGGGTGGTCCTAAGTTGGGAGGTGGTGGTGGCAAACGCTGAAGAGCCCAAAGCCATTT
TATCTTTACTCTTTTGCTAGTTAAATGTTGAACTCGGAATATTCTGCCGAACGTAAACCT
TTTGTTGTTGCCGTTTGTCTTTTACCTTTTGCAACTCGTAATCTCAGACTTGAGAATTTT
GGTGCTTATCAACTTCGCTTCACTAAAAGTCTTCATCTAAACGAGATTGTATGATTGCTC

QA 1 660 1 660
DS 



CO CL191Contig3 716 3 8 U
GGGTAGTAGTAACAGGAGGAAGCAGAGGAGCATCACCAGCAGCCAGCAACCATGGTTCTC
AAGACGGAGCTTTGTCGTTTCAGTGGCCACAAGATTTACCCAGGAAGGGGAATCAGATTC
ATCCGATCTGACTCTCAGGTGTTCTTGTTCATCAACTCAAAGTGTAAGCATTACTTTCAC
AACAAACTGAAGCCTTCCAAGCTTTGTTGGACTACCATGTACAGAAAGCAGCACAAGAAG
GATGCAGCTCAAGAGGCTGTCAAGAAGAGGAGACGCGCTACCAAGAAGCCCTACTCAAGG
TCTATTGTTGGTGCTACCTTGGAAGTGATTCAGAAGAAGAGAGCTGAGAAGCCTGAAGTT
CGTGATGCCGCAAGAGAAGCTGCTCTTCGTGATATCAAGGAGAGAATCAAGAAGACGAAG
GATGAGAAGAAGGCAAAGAAGGCTGAATTTGCTTCAAAGCAACAGAAGATTCAGGCTAAG
ATCCCCAAGGCTGCTGCCAAGGGAGGTCCTAAGTTGGGAGGTGGTGGTGGCAAACGTTGA
AGACCCCCTACCAAAACCATCTCTTTTCACTCTTGTGTTTCTCTGCTAGTGCGCTACTTT
TTTTTAGTTTATGTTGATTTCAGAATATCCCGCAGAACGTAAACCTTTTGTTATTGGCGT
TTGTCTCTTACTTTTAAGCAGCTGTTATAATCTCAGACTTGAGAATTTTGTTTTCC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G236TF U 3
AF RR3H887TF U 1
AF RR3G236JQ C 3
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GG
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CAGCTCAAGAGGCTGTCAAGAAGAGGAGACGCGCTACCAAGAAGCCCTACTCAAGGTCTA
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CTCTTACTTTTAAGCAGCTGTTATAATCTCAGACTTGAGAATTTTGTTTTCC

QA 3 714 3 714
DS 



AS 1 12

CO CL192Contig1 919 12 35 U
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AAAGCAACGGACTAAAATTTCAAGAAGCCAATAAACAACATTTTTTATCACATAAAATTA
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TGGCTCTCTTAGATTCACATAACAACAAATTTAAATATATGAATAAATACGTTTTCAAGT
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TGTAATTAAAGAGACCATC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 45 45 50 50 50 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 45 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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GAGGTAATAAGAACCTTGGTGTCGTGTTTGGACTTAACTAGTTCAGAGACCATGTTGTGT
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CTGTGGCAGTCAAGGCAAGAGACCTTGCCAATGACAAGGGTTGAAGCTGAGAGCTCGAAG
TTGGAGAAGACAGCCAAAACGAAAAGGAAGAATGCTGCAACAGC
C

QA 1 764 1 764
DS 

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C
AAACTTTATAA*TTGCCGTATTATTGTCTTGGCTCTCTTAGATTCACATAACAACAAATT
TAAATATATGAATAAATACGTTTTCAAGTCTTATCAATCACATTTAATTAAATCATGGGA
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CCGGAAGGTTAACAGTCTTCGAATCTCCGATCATATTTCCGACATTATCTCCCGTTGGTT
TGGGGCATGAAAGAGAGAAGGAAAGTGGGTTTGAGGTAATAAGAGCCTTGGTGTCG*GTT
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CAATGACAAGGGTTGAAGCTGAGAGCTCGAAGTTGGAGAAGACAGCCAAAACGAAAAGGA
AGAATGCTGCAACAGCTGCTTGATTTGCCATTGATGAACTTC
C

QA 2 643 2 643
DS 

RD RR3AF17TF 644 0 0
C
AAACTTTATAA*TTGCCGTATTATTGTCTTGGCTCTCTTAGATTCACATAACAACAAATT
TAAATATATGAATAAATACGTTTTCAAGTCTTATCAATCACATTTAATTAAATCATGGGA
TGCCAATGATTGGTAAGAAAGGAAAGAAGCTAGCAGGTGGGAATCCAAAACCTCCTGTCC
CCGGAAGGTTAACAGTCTTCGAATCTCCGATCATATTTCCGACATTATCTCCCGTTGGTT
TGGGGCATGAAAGAGAGAAGGAAAGTGGGTTTGAGGTAATAAGAGCCTTGGTGTCG*GTT
TGGACTTAACTAGTTCAGAGACCATGTTGTGTTTGTGAGCATAAAGTTGTTCAGGACCTC
CCAAGATCTTTGCAAGACAGTTCATGGAGTGTTTTTTGTCAGTAGTTGGAAGCACTGACC
GGAAAGTTCCGTCAGAAGCTGCCATTGCGGTTATTGGTTTCTTCTCTCCGTCGCACTTAA
GGAGAAACTTAACGCCTGAGAAGTCGAAATCGCTGTGGCAGTCAAGGCAAGAGACCTTGC
CAATGACAAGGGTTGAAGCTGAGAGCTCGAAGTTGGAGAAGACAGCCAAAACGAAAAGGA
AGAATGCTGCAACAGCTGCTTGATTTGCCATTGATGAACTTC
C

QA 2 643 2 643
DS 

RD RR3G314JQ 697 0 0
AACTTTATAACTTGCCGTATTATTGTCTTGGCTCTCTTAGATTCACATAACAACAAATTT
AAATATATGAATAAATACGTTTTCAAGTCTTATCAACCACATTTAATTAAATCATGGGAT
GCCAATGATTGGTAAGAAAGGAAAGAAGCTAGCAGGTGGGAATCCAAAACCTCCTGTCCC
CGGAAAGTTAACAGTCTTCGAATCTCCGATCATATTTCCGACATTATCTCCCGTTGGTTT
GGGGCATGAAAGAGAGAAGGAAAGTGGGTTTGAGGTAATAAGAACCTTGGTGTCGTGTTT
GGACTTAACTAGTTCAGAGACCATGTTGTGTTTGTGAGCATAAAGTTGTTCAGGACCTCC
CAAGATCTTTGCAAGACAGTTCATGGAGTGTTTTTTGTCAGTAGTTGGAAGCACTGACCG
GAAAGTTCCGTCAGAAGCTGCCATTGCGGTTATTGGTTTCTTCTCTCCGTCGCACTTAAG
GAGAAACTTAACGCCTGAGAAGTCGAAATCGCTGTGGCAGCCAAGGCAAGAGACCTTGCC
AATGACAAGGGTTGAAGCTGAGAGCTCGAAGTTGGAAAAGACAGCCAAAACGAAAAGGAA
GAATGCTGCAACAGCTGCTTGATTTGCCATTGATGAACTTCAAATTTAAAACAAGAGTTT
ATGGATTTGATGGCTTTAGACTTATTGTCTGTGTG
CC

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DS 

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GGAAAGAAGCTAGCAGGTGGGAATCCAAAACCTCCTGTCCCCGGAAAGTTAACAGTCTTC
GAATCTCCGATCATATTTCCGACATTATCTCCCGTTGGTTTGGGGCATGAAAGAGAGAAG
GAAAGTGGGTTTGAGGTAATAAGAACCTTGGTGTCGTGTTTGGACTTAACTAGTTCAGAG
ACCATGTTGTGTTTGTGAGCATAAAGTTGTTCAGGACCTCCCAAGATCTTTGCAAGACAG
TTCATGGAGTGTTTTTTGTCAGTAGTTGGAAGCACTGACCGGAAAGTTCCGTCAGAAGCT
GCCATTGCGGTTATTGGTTTCTTCTCTCCGTCGCACTTAAGGAGAAACTTAACGCCTGAG
AAGTCGAAATCGCTGTGGCAGCCAAGGCAAGAGACCTTGCCAATGACAAGGGTTGAAGCT
GAGAGCTCGAAGTTGGAGAAGACAGCCAAAACGAAAAGGAAGAATGCTGCAACAGCTGCT
TGATTTGCCATTGATGAACTTCAAATTTAAAACAAGAGTTTATGGATTTGATGGCTTTAG
ACTTATTGTCTGTGTG
CC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3BD58JQ 695 0 0
C
TATAACTTGCCGTATTATTGTCTTGGCTCTCTTAGATTCACATAACAACAAATTTAAATA
TATGAATAAATACGTTTTCAAGTCTTATCAATCACATTTAATTAAATCATGGGATGCCAA
TGATTGGTAAGAAAGGAAAGAAGCTAGCAGGTGGGAATCCAAAACCTCCTGTCCCCGGAA
AGTTAAAAGTCTTCGAATCTCCGATCATATTTCCGACATTATCTCCCGTTGGTTTGGGGC
ATGAAAGAGAGAAGGAAAGTGGGTTTGAGGTAATAAGAACCTTGGTGTCGTGTTTGGACT
TAACTAGTTCAGAGACCATGTTGTGTTTGTGAGCATAAAGTTGTTCAGGACCTCCCAAGA
TCTTTGCAAGACAGTTCATGGAGTGTTTTTTGTCAGTAGTTGGAAGCACTGACCGGAAAG
TTCCGTCAGAAGCTGCCATTGCGGTTATTGGTTTCTTCTCTCCGTCGCACTTAAGGAGAA
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CAAGGGTTGAAGCTGAGAGCTCGAAGTTGGAGAAGACAGCCAAAACGAAAAGGAAGAATG
CTGCAACAGCTGCTTGATTTGCCATTGATGAACTTCAAATTTAAAACAAGAGTTTATGGA
TTTGATGGCTTTAGACTTATTGTCTGTGTGAC
CC

QA 2 693 2 693
DS 

RD RR3FP90TF 677 0 0
ATATGTC
TGGCTCTCTTAGATTCACATAACAACAAATTTAAATATATGAATAAATACGTTTTCAAGT
CTTATCAATCACATTTAATTAAATCATGGGATGCCAATGATTGGTAAGAAAGGAAAGAAG
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TGTTTGTGAGCATAAAGTTGTTCAGGACCTCCCAAGATCTTTGCAAGACAGTTCATGGAG
TGTTTTTTGTCAGTAGTTGGAAGCACTGACCGGAAAGTTCCGTCAGAAGCTGCCATTGCG
GTTATTGGTTTCTTCTCTCCGTCGCACTTAAGGAGAAACTTAACGCCTGAGAAGTCGAAA
TCGCTGTGGCAGTCAAGGCAAGAGAC*TTGCCAATGACAAGGGTTGAAGCTGAGAGCTCG
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ATTGATGAACTTCAAATTTAAAACAAGAGTTTATGGATTTGATGGCTTTAGACTTATTGT
CTGTGTGAC
C

QA 8 676 8 676
DS 

RD RR3BD58TF 695 0 0
C
TATAACTTGCCGTATTATTGTCTTGGCTCTCTTAGATTCACATAACAACAAATTTAAATA
TATGAATAAATACGTTTTCAAGTCTTATCAATCACATTTAATTAAATCATGGGATGCCAA
TGATTGGTAAGAAAGGAAAGAAGCTAGCAGGTGGGAATCCAAAACCTCCTGTCCCCGGAA
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ATGAAAGAGAGAAGGAAAGTGGGTTTGAGGTAATAAGAACCTTGGTGTCGTGTTTGGACT
TAACTAGTTCAGAGACCATGTTGTGTTTGTGAGCATAAAGTTGTTCAGGACCTCCCAAGA
TCTTTGCAAGACAGTTCATGGAGTGTTTTTTGTCAGTAGTTGGAAGCACTGACCGGAAAG
TTCCGTCAGAAGCTGCCATTGCGGTTATTGGTTTCTTCTCTCCGTCGCACTTAAGGAGAA
ACTTAACGCCTGAGAAGTCGAAATCGCTGTGGCAGTCAAGGCAAGAGACCTTGCCAATGA
CAAGGGTTGAAGCTGAGAGCTCGAAGTTGGAGAAGACAGCCAAAACGAAAAGGAAGAATG
CTGCAACAGCTGCTTGATTTGCCATTGATGAACTTCAAATTTAAAACAAGAGTTTATGGA
TTTGATGGCTTTAGACTTATTGTCTGTGTGAC
CC

QA 2 693 2 693
DS 

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AAGCCAATAAACAACATTTTTTATCACATAAACTTATCTTAGTTAATATCTCACAAAACA
AAACAAAAAACTTTATAACTTGCCGTATTATTGTCTTGGCTCTCTTAGATTCACATAACA
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CCTGTCCCCGGAAAGTTAACAGTCTTCGAATCTCCGATCATATTTCCGACATTATCTCCC
GTTGGTTTGGGGCATGAAAGAGAGAAGGAAAGTGGGTTTGAGGTAATAAGAACCTTGGTG
TCGTGTTTGGACTTAACTAGTTCAGAGACCATGTTGTGTTTGTGAGCATAAAGTTGTTCA
GGACCTCCCAAGATCTTTGCAAGACAGTTCATGGAGTGTTTTTTGTCAGTAGTTGGAAGC
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CACTTAAGGAGAAACTTAACGCCTGAGAAGTCGAAATCGCTGTGGCAGTCAAGGCAAGAG
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AAGAGTTTATGGATTTGATGGCTTTAGACTTATTGTCTGTGTGACATATATATGGGAGAA
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QA 1 835 1 835
DS 

RD RR3AK08TF 765 0 0
CTTTATAACTTGCCGTATTATTGTCTTGGCTCTCTTAGATTCACATAACAACAAATTTAA
ATATATGAATAAATACGTTTTCAAGTCTTATCAATCACATTTAATTAAATCATGGGATGC
CAATGATTGGTAAGAAAGGAAAGAAGCTAGCAGGTGGGAATCCAAGACCTCCTGTCCCCG
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GGCATGAAAGAGAGAAGGAAAGTGGGTTTGAGGTAATAAGAACCTTGGTGTCGTGTTTGG
ACTTAACTAGTTCAGAGACCATGTTGTGTTTGTGAGCATAAAGTTGTTCAGGACCTCCCA
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AAGTTCCGTCAGAAGCTGCCATTGCGGTTATTGGTTTCTTCTCTCCGTCGCACTTAAGGA
GAAACTTAACGCCTGAGAAGTCGAAATCGCTGTGGCAGTCAAGGCAAGAGACCCTGCCAA
TGACAAGGGTTGAAGCTGAGAGCTCGAAGTTGGAGAAGACAGCCAAAACGAAAAGGAAGA
ACGCTGCAACAGCTGCTTGATTTGCCATTGATGAACTTCAAATTTAAAACAAGAGTTTAT
GGATTTGATGGCTTTAGACTTATTGTCTGTGTGACATATATATGG*AGAACGTATGGAAG
CTTTTATATAGAATAAATGAGTAAACTGTAATTAAAGAGACCATC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 2 8

CO CL193Contig1 1359 6 26 U
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AGGAAGGCAAGAAGAGCATCCAGTCCCAGCTCGAGAAGATGAAGAAGTACGGAACCGTCA
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CATGATGGAGGTCCAGATCAACGGTGGTACCATTGCCCAGAAAGTCGACTTTGCCTACAG
CTTCTTCGAGAAACAGATCCACATCGATGCTGTTTTCCAGAAGGATGAGATGATTGATGT
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GCTTCCACGTAAGACCCACAGGGGTCTGCGTAAGGTTGCTTGTATCGGTGCTTGGCATCC
AGCTAGAGTCTCCTACACTGTTGCCAGAGCTGGTCAGAACGGTTACCATCACCGTACTGA
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GGTGAAGGATGACTACTTGATGATCAAGGGATGCTGCATGGGTCCAAAGAAGAGGGTTGT
GACTTTCAGACAGTCACTGCTCACTCAGACTTCCCGTCTTGCCATGGAACAGATCAACCT
CAAGTTTATCGACACTTCCCCAAAGATGGGACATGGCAAATTCCAGACTACCCAGGAGAA
GAACAAGTTTTACGGTCGTGCCTCTGCCAAGGCTTAAAACAGTTTCTTCTTTTTTTCTCA
GTTTGTATTCGCTTTTTCTTCAGAAAAGTCTTGATAATACTCTTTTGAACTATTCGCTGC
AATTTTGTGTTTTAGTTATTTGGAGAGTTTCAAACATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 0 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB46TF U 1
AF RR3FQ04TF U 67
AF RR3F346TF U 7
AF RR3E228TF U 1
AF RR3E228JQ C 548
AF RR3FQ04JQ C 659
BS 1 10 RR3E228TF
BS 11 11 RR3EB46TF
BS 12 18 RR3E228TF
BS 19 19 RR3EB46TF
BS 20 55 RR3E228TF
BS 56 58 RR3EB46TF
BS 59 160 RR3E228TF
BS 161 161 RR3EB46TF
BS 162 178 RR3E228TF
BS 179 179 RR3FQ04TF
BS 180 237 RR3E228TF
BS 238 238 RR3FQ04TF
BS 239 295 RR3E228TF
BS 296 296 RR3FQ04TF
BS 297 331 RR3E228TF
BS 332 332 RR3EB46TF
BS 333 358 RR3E228TF
BS 359 359 RR3EB46TF
BS 360 394 RR3E228TF
BS 395 395 RR3EB46TF
BS 396 678 RR3E228TF
BS 679 680 RR3E228JQ
BS 681 681 RR3FQ04JQ
BS 682 1006 RR3E228JQ
BS 1007 1007 RR3FQ04JQ
BS 1008 1359 RR3E228JQ

RD RR3EB46TF 443 0 0
GGCTCGTT
GCAGTGAGCTATAGCCGCAGGACTCATCGCAGCTTCAGGAGGAGGAAGAAGAGAATGTCT
CACAGGAAGTTTGAGCACCCAAGGCACGGTTCTCTTGGTTTCCTTCCCAGGAAGAGAGCT
AACCGTCACAGAGGAAAAGTGAAGGCCTTCCCAAAGGATGACCAAACCAAGCCTTGCAAG
TTCACAGCCTTCATGGGATACAAGGCTGGTATGACCCACATTGTTAGAGATGTCGAGAAG
CCCGGTTCCAAGCTTCACCAGAAGGAGACCTGTGAGGCTGTTACCATCATCGAGACACCT
GCTATGGTTGTCGTTGGTGTTGTCGCCTACGTCAAGACTCCCCGTGGCCTGAGGTCTTTG
AACACTGTCTGGGCACAGCACTTGAGCGAGGAGGTGAGGAGAAGGTTCTACAAGAACTGG
GCCAAGTCCAAGAAG

QA 9 443 9 443
DS 

RD RR3FQ04TF 426 0 0
CTCACAGGAAGTTTGAGCACCCAAGGCACGGTTCTCTTGGTTTCCTTCCCAGGAAAAGAG
CTAACCGTCACAGAGGAAAAGTGAAGGCCTTCCCCAAGGATGACCAAACCAAGCCTTGCA
AGTTCACAGCCTTCATGGGATACAAGGCTGGTATGACCCACATTGTTAGAGACGTCGAGA
AGCCCGGATCCAAGCTTCACAAGAAGGAGACCTGTGAGGCTGTTACCATCATCGAGACAC
CCGCTATGGTTATCGTTGGGGTTGTTGCCTACGTCAAGACTCTCCGTGGCCTTAGGTCTT
TGAACACCGTCTGGGCACAGCACTTGAGTGAGGAGGTGAGGAGAAGGTTCTACAAGAACT
GGGCCAAGTCCAAGAAGAAGGCCTTCACCGGATACGCCAAGCAGTACGAGGGCGAGGAAG
GCAAGA

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR3F346TF 558 0 0
GGGCAGTGAGCTAT
AGCCGCAGGACTCATCGCAGCTTCAGGAGGAGGAAGAAGAGAATGTCTCACAGGAAGTTT
GAGCACCCAAGGCACGGTTCTCTTGGTTTCCTTCCCAGGAAGAGAGCTAACCGTCACAGA
GGAAAAGTGAAGGCCTTCCCAAAGGATGACCAAACCAAGCCTTGCAAGTTCACAGCCTTC
ATGGGATACAAGGCTGTTATGACCCACATTGTTAGAGATGTCGAGAAGCCCG*TTCCAAG
CTTCGCAAGAAGGAGACCTGTGAGGCTGTTACCATCATCGAGACACCTGCTATGGTTGTC
GTTGGTGTTGTCGCCTACGTCAAGACTCCCCGTGGCCTGAGGTCTTTGAACACTGTCTGG
GCACAGCACTTGAGCGAGGAGGTGAGGAGAAGGTTCTACAAGAACTGGGCCAAGTCCAAG
AAGAAGGCCTTCACCGGATACGCCAAGCAGTATGAGAGCGAGGAAGGCAAGAAGAGCATC
CAGTCCCAGCTCGAGAAGATGAAGAAGTACGGAACCGTCATCCGTGTCTTGGCCCACACA
CAGA

QA 15 558 15 558
DS 

RD RR3E228TF 678 0 0
GGCTCGTTGCCGTGAGCTTCAGCCGCAGGACTCATCGCAGCTTCAGGAGGAGGAA***GA
GAATGTCTCACAGGAAGTTTGAGCACCCAAGGCACGGTTCTCTTGGTTTCCTTCCCAGGA
AAAGAGCTAACCGTCACAGAGGAAAAGTGAAGGCCTTCCCCAAGGATGACCAAACCAATC
CTTGCAAGTTCACAGCCTTCATGGGATACAAGGCTGGTATGACCCACATTGTTAGAGGCG
TCGAGAAGCCCGGATCCAAGCTTCACAAGAAGGAGACCTGTGAGGCTGTTACCATTATCG
AGACACCTGCTATGGTTGTCGTTGGGGTTGTTGCCTACGTCAAGACTCCCCGTGGCCTTA
GGTCTTTGAACACCGTCTGGGCACAGCACTTGAGTGAGGAGGTGAGGAGAAGGTTCTACA
AGAACTGGGCCAAGTCCAAGAAGAAGGCCTTCACCGGATACGCCAAGCAGTACGAGAGCG
AGGAAGGCAAGAAGAGCATCCAGTCCCAGCTCGAGAAGATGAAGAAGTACGGAACCGTCA
TCCGTGTCTTGGCCCACACTCAGATCAGAAGACGAAGGGATTGAAGCAGAAGAAAGCTCA
CATGATGGAGGTCCAGATCAACGGTGGTACCATTGCCCAGAAAGTCGACTTTGCCTACAG
CTTCTTCGAGAAACAGAT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3E228JQ 812 0 0
TCTT
GCCCACACTCAGATCAGGAGACGAAGGGATTGAAGCAGAAGAAAGCTCACATGATGGAGG
TCCAGATCAACGGTGGTACCATTGCCCAGAAGGTCGACTTTGCCTACAGCTTCTTCGAGA
AACAGATCCCCATCGATGCTGTTTTCCAGAAGGATGAGATGATTGATGTGATTGGTGTGA
CCAAGGGTAAAGGTTACGAAGGTGTTGTTACCCGTTGGGGTGTGACGAGGCTTCCACGTA
AGACCCACAGGGGTCTGCGTAAGGTTGCTTGTATCGGTGCTTGGCATCCAGCTAGAGTCT
CCTACACTGTTGCCAGAGCTGGTCAGAACGGTTACCATCACCGTACTGAATTGAACAAGA
AGATTTACAGGTTGGGCAAGGTTGGTCAGGAGACCCACACTGCTATGACTGAATACGACA
GGACCGAGAAGGATGTGACACCAATGGGTGGATTCGCACACTATGGTGTGGTGAAGGATG
ACTACTTGATGATCAAGGGATGCTGCATGGGTCCAAAGAAGAGGGTTGTGACTTTCAGAC
AGTCACTGCTCACTCAGACTTCCCGTCTTGCCATGGAACAGATCAACCTCAAGTTTATCG
ACACTTCCCCAAAGATGGGACATGGCAAATTCCAGACTACCCAGGAGAAGAACAAGTTTT
ACGGTCGTGCCTCTGCCAAGGCTTAAAACAGTTTCTTCTTTTTTTCTCAGTTTGTATTCG
CTTTTTCTTCAGAAAAGTCTTGATAATACTCTTTTGAACTATTCGCTGCAATTTTGTGTT
TTAGTTATTTGGAGAGTTTCAAACATCT

QA 5 812 5 812
DS 

RD RR3FQ04JQ 693 0 0
AGCTTCTTCGAGAAACAGATCCACATCGATGCTGTTTTCCAGAAGGATGAGATGATTGAT
GTGATTGGTGTGACCAAGGGTAAAGGTTACGAAGGTGTTGTTACCCGTTGGGGTGTGACG
AGGCTTCCACGTAAGACCCACAGGGGTCTGCGTAAGGTTGCTTGTATCGGTGCTTGGCAT
CCAGCTAGAGTTTCCTACACTGTTGCCAGAGCTGGTCAGAACGGTTACCATCACCGTACT
GAATTGAACAAGAAGATTTACAGGTTGGGCAAGGTTGGTCAGGAGACCCACACTGCTATG
ACTGAATACGACAGGACCGAGAAGGATGTGACACCAATGGGTGGATTCACACACTATGGT
GTGGTGAAGGATGACTACTTGATGATCAAGGGATGCTGCATGGGTCCAAAGAAGAGGGTT
GTGACTTTCAGACAGTCACTGCTCACTCAGACTTCCCGTCTTGCCATGGAACAGATCAAC
CTCAAGTTTATCGACACTTCCTCAAAGATGGGACATGGCAAATTCCAGACTACCCAGGAG
AAGAACAAGTTTTACGGTCGTGCCTCTGCCAAGGCTTAAAACAGTTTCTTCTTTTTTTCT
CAGTTTGTATTCGCTTTTTCTTCAGAAAAGTCTTGATAATACTCTTTTGAACTATTCGCT
GCAATTTTGTGTTTTAGTTATTTGGAGAGTTT
C

QA 1 692 1 692
DS 



CO CL193Contig2 792 2 15 U
GAAGGACTGAAGCAGAAGAAAGCTCACATGATGGAGGTCCAGATCAACGGTGGTACCATG
CCCAGAAGGTCGACTTTGCCTACAGCTTCTTTGAGAAGCAGATTCCCATCGATGCTGTTT
TCCAGAAGGATGAGATGATTGATATCATCGGTGTGACCAAGGGTAAAGGTTACGAAGGTG
TTGTCACTCGTTGGGGTGTGACTAGGCTTCCACGTAAGACTCACAGGGGTCTACGTAAGG
TTGCTTGTATCGGTGCCTGGCATCCTGCTAGAGTCTCCTACACTGTTGCCAGAGCTGGTC
AGAACGGTTACCATCACCGTACCGAACTCAACAAGAAGATTTACAGGTTAGGCAAGGTTG
GTCAGGAGACACACACAGCCATGACTGAATACGACAGGACCGAGAAGGATGTAACTCCAA
TGGGTGGATTTGCACACTATGGTGTGGTCAAGGATGACTACTTGATGATTAAGGGATGCT
GCATGGGTCCAAAGAAGAGGGTTGTGACTCTTAGACAGTCACTGCTCACCCAGACTTCCC
GTCTTGCCATGGAGCAGATCAACCTCAAGTTTATCGACACTTCCTCAAAGATGGGACAGG
GCAAATTCCAGACCACCCAGGAAAAGAACAAATTCTACGGCCGTGCCTCTGCCAAAGCTT
AAGCTATTTGTTTCTTTTTTCAATTTTCATGACCTCTTTCCTCAAAAAAGTCTTAAAAAT
ACTTTTTAGAACTATTCGCTGTACTTTGTGTTTTAGTTATTTGGAGAGTTTGAACTCATA
TCTTCACCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G060TF U 82
AF RR3EZ92JQ C 1
BS 1 83 RR3EZ92JQ
BS 84 266 RR3G060TF
BS 267 267 RR3EZ92JQ
BS 268 349 RR3G060TF
BS 350 350 RR3EZ92JQ
BS 351 448 RR3G060TF
BS 449 449 RR3EZ92JQ
BS 450 529 RR3G060TF
BS 530 530 RR3EZ92JQ
BS 531 601 RR3G060TF
BS 602 602 RR3EZ92JQ
BS 603 604 RR3G060TF
BS 605 605 RR3EZ92JQ
BS 606 702 RR3G060TF
BS 703 792 RR3EZ92JQ

RD RR3G060TF 621 0 0
GC
AGCTTCTTTGAGAAGCAGATTCCCATCGATGCTGTTTTCCAGAAGGATGAGATGATTGAT
ATCATCGGTGTGACCAAGGGTAAAGGTTACGAAGGTGTTGTCACTCGTTGGGGTGTGACT
AGGCTTCCACGTAAGACTCACAGGGGTCTACGTAAGGTTGCTTGTATCGGTGCCTGGCAT
CCTTCTAGAGTCTCCTACACTGTTGCCAGAGCTGGTCAGAACGGTTACCATCACCGTACC
GAACTCAACAAGAAGATTTACAGGTTGGGCAAGGTTGGTCAGGAGACACACACAGCCATG
ACTGAATACGACAGGACCGAGAAGGATGTAACTCCAATGGGTGGATTTGCACACTATGGT
GTGGTGAAGGATGACTACTTGATGATTAAGGGATGCTGCATGGGTCCAAAGAAGAGGGTT
GTGACTCTTAGACAGTCACTGCTCACTCAGACTTCCCGTCTTGCCATGGAGCAGATCAAC
CTCAAGTTTATCGACACTTCCTCAAAGATGGGACAGGGGAA*TTCCAGACCACCCAGGAA
AAGAACAAATTCTACGGCCGTGCCTCTGCCAAAGCTTAAGCTATTTGTTTCTTTTTTCAA
TTTTCATGACCTCTTTCCT

QA 3 621 3 621
DS 

RD RR3EZ92JQ 792 0 0
GAAGGACTGAAGCAGAAGAAAGCTCACATGATGGAGGTCCAGATCAACGGTGGTACCATG
CCCAGAAGGTCGACTTTGCCTACAGCTTCTTTGAGAAGCAGATTCCCATCGATGCTGTTT
TCCAGAAGGATGAGATGATTGATGTCATCGGTGTGACCAAGGGTAAAGGTTACGAAGGTG
TTGTCACTCGTTGGGGTGTGACTAGGCTTCCACGTAAGACTCACAGGGGTCTACGTAAGG
TTGCTTGTATCGGTGCCTGGCATCCTGCTAGAGTCTCCTACACTGTTGCCAGAGCTGGTC
AGAACGGTTACCATCACCGTACCGAACTTAACAAGAAGATTTACAGGTTAGGCAAGGTTG
GTCAGGAGACACACACAGCCATGACTGAATACGACAGGACCGAGAAGGATGTGACTCCAA
TGGGTGGATTTGCACACTGTGGTGTGGTCAAGGATGACTACTTGATGATTAAGGGATGCT
GCATGGGTCCAAAGAAGAGGGTTGTGACTCTTAGACAGTCACTGCTCACCCAGACTTCCC
GTCTTGCCATGGAGCAGATCAACCTCAAGTTTATCGACACTTCCTCAAAGATGGGACATG
GCAAATTCCAGACCACCCAGGAAAAGAACAAATTCTACGGCCGTGCCTCTGCCAAAGCTT
AAGCTATTTGTTTCTTTTTTCAATTTTCATGACCTCTTTCCTCAAAAAAGTCTTAAAAAT
ACTTTTTAGAACTATTCGCTGTACTTTGTGTTTTAGTTATTTGGAGAGTTTGAACTCATA
TCTTCACCTTTC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 11

CO CL194Contig1 764 11 14 U
GGGACAATAAACCATCTTTCAAAACACTTCAAAGCAATGGCAAAGCAAATTCTCTACGCC
CTCTTTCTATTCCTCTTCTTATCTACGACGATGGATCTCACCACGGCGTCCTCCGCCACA
GCTGCAGGAACTTCCAAACGCGCAGTAAACTTCATTCAAGCCTCTTGCAAATCCACCACA
TACCCGACCGTCTGCTTCAGTTCTCTCTCCAGCTACGCCAACTCCATCCAAACAAGCCCT
CAACGTCTAGCTGAAACCGCACTCACCGTGACCGTTAGTCAGGCCCAGTCCACGAAAGTC
TTCGTCTCACGCTTGGTCCGTTTCAAGGGTCTCAAGAAACGAGAGGTTCAAGCCATTAGG
GACTGCATCGAGGAGATCAGTGACACGGTTGACCGTTTGACCAAGTCCGTCCAAGAAGTG
AAGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAG
ACTTGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTCCGATGGATTCGCGCGTAGG
ATCATGGATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGA
ACAAGCAACGCTTTAGCTTTGATTAACGCCTTTGCAAAAAAATACAAGTAACTAATACAC
GTAACTTTTCTATGTTCTTACATGTAATGTGAGCTATGAATGTGTTGAAGCTTGAAATGA
ATATTGATTCCTGAATTATTTCGTGCAAAATCCGAAGCTTTTTT


BQ
30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 
55 55 55 40 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 50 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 15 60 60 60 45 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 45 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H360TF U 2
AF RR3DA51TF U 1
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AF RR3GS47TF U 2
AF RR3FP38TF U 1
AF RR3DA51JQ C 1
AF RR3FP38JQ C 308
AF RR3GS47JQ C 22
AF RR3DS71TF U 1
AF RR3DS71JQ C 1
AF RR3H360JQ C 128
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BS 149 149 RR3DA51TF
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BS 540 540 RR3DA51TF
BS 541 593 RR3H360TF
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BS 642 642 RR3GS47TF
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AACGTCTAGCTGAAACCGCACTCACCGTGACCGTTAGTCAGGCCCAGTCCACGAAAGTCT
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CTTGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTCCGATGGATTCGCGCGTAG*A
TCATGGATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGG

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DS 

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AAGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAG
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ACTGCATCGAGGAGATCAGTGACACGGTTGACCGTTTGACCAAGTCCGTCCAAGAAGTGA
AGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAGA
CTTGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTCCGATGGATTCGCGCGTAGGA
TCATGGATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGAA
CCAGCAACGCTTTAGCTTTGATTAACGCTTTTGCAAAAAA*TACTAGTAACTAATACACG
TAACTTTTCTATGT
CC

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DS 

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TCTTTCTATTCCTCTTCTTATCTACGACGATGGATCTCACCACGGCGTCCTCCGCCACAG
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ACCCGACCGTCTGCTTCAGTTCTCTCTCCAGCTACGCCAACTCCATCCAAACAAGCCCTC
AACGTCTAGCTGAAACCGCACTCACCGTGACCGTTAGTCAGGCCCAGTCCACGAAAGTCT
TCGTCTCACGCTTGGTCCGTTTCAAGGGTCTCAAGAAACGAGAGGTTCAAGCCATTAGGG
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CTTGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTCCGATGGATTCGCGCGTAGGA
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TAACTTTTCTATGTTCTTACATGTAATGTGAGCTATGAATGTGTTGAAGCTTGAAA

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DS 

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A
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ACCCGACCGTCTGCTTCAGTTCTCTCTCCAGCTACGCCAACTCCATCCAAACAAGCCCTC
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TCGTCTCACGCTTGGTCCGTTTCAAGGGTCTCAAGAAACGAGAGGTTCAAGCCATTAGGG
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AGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAGA
CTTGGACGAGCGCAGCTTTGACGAATGCAATCACTTGCTCCGATGGATTCGCGCGTAGGA
TCATGGATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGAA
CAAGCAACGCTTTAGCTTTGATTAACGCCTTTGCAAAAAA*TACAAGTAACTAATACACG
TAACTTTTCTATGTTCTTACATGTAATGTGAGCTATGAATGTGTTGAAGCTTGAAAT

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AAGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAG
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ATATTGATTCCTG

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DS 

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ATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGAACAAGCA
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TTCCTG

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DS 

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DS 

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TACCCGACCGTCTGCTTCAGTTCTCTCTCCAGCTACGCCAACTCCATCCAAACAAGCCCT
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GACTGCATCGAGGAGATCAGTGACACGGTTGACCGTTTGACCAAGTCCGTCCAAGAAGTG
AAGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAG
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ATATTGATTCCTG

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DS 

RD RR3DS71JQ 733 0 0
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TACCCGACCGTCTGCTTCAGTTCTCTCTCCAGCTACGCCAACTCCATCCAAACAAGCCCT
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TTCGTCTCACGCTTGGTCCGTTTCAAGGGTCTCAAGAAACGAGAGGTTCAAGCCATTAGG
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AAGATGTGTGGCCGTGCTAAGGGGCGAGACCAGTTTTGGTTCCACATGAGCAATGCTCAG
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ATATTGATTCCTG

QA 1 733 1 733
DS 

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ATGGGCGGATCAAGAACTCGGTCCGGGCACGGATCGTGAATTTGGGCAGAGGAACAAGCA
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TTCCTGAATTATTTCGTGCAAAATCCGAAGCTTTTTT

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 12

CO CL195Contig1 590 12 6 U
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AAAAGGAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTAT
GCAAACATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCA
TCCTAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCT
CTCGCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATT
ATCAAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTT
AAGACTTTTTCAACAATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCGATGAAACTTTCAA
TATTGTTTTCTTTTTTAAAATTATGTCACCATAAAGATTTAGCATTGCGG


BQ
10 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 10 10 10 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 
60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 35 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 15 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 35 30 
30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DK70TF U 7
AF RR3GQ42JQ C 1
AF RR3GQ42TF U 201
AF RR3DN87TF U 2
AF RR3DK70JQ C 7
AF RR3DN87JQ C 2
AF RR3D561JQ C 2
AF RR3D561TF U 2
AF RR3BK76JQ C 2
AF RR3BK76TF U 319
AF RR3H624JQ C 2
AF RR3H624TF U 2
BS 1 1 RR3GQ42JQ
BS 2 96 RR3DN87TF
BS 97 100 RR3D561TF
BS 101 208 RR3DN87TF
BS 209 538 RR3GQ42TF
BS 539 590 RR3BK76TF

RD RR3DK70TF 358 0 0
GG
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CCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACA****GAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAACGCGC
AGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGAAAAGGAA
GCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCGCTTCAGTGCAAGGTTTGTATGCAAACAT
TCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCATCCCAA*G
CTGATGT*GTCGCTTGCTTCCCACATCTCA*GAAGTGATG*AACTATCATCTCTCG

QA 3 358 3 358
DS 

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TTCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGAGATGGGTGGAGG
AAATGCGCAGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGG
AAAAGGAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTAT
GCAAACATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCA
TCCTAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCT
CTCGCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATT
ATCAAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTT
AAGACTTTTTCAACAATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCGATGAAACTTTC

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3GQ42TF 338 0 0
AAACAAGA
AAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATGCAAACATTCATCTGCACTACATCGGAA
GTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCATCCTAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTC
CCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCTCTCGCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAA
TGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTATCAAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCA
ACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTAAGACTTTTTCAACAATAAGTCTCTTGC
TATTATAATTATATATGCGATGAAACTTTC

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DS 

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TCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACA****GAGAGAGAGATGGGTGGAGGA
AACGCGCAGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGA
AAAGGAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATG
CAAACATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCAT
CCTAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGAAACTATCATCTC
TCGCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTA
TCAAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTA
AGACTTTTTCAACAATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCAATGGAACTTTCA

QA 1 538 1 538
DS 

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GG
ATTCCCCATTTCTTTCTGAAAAATTAGGGTTTGCGTATTCTCATCTTTCTTCTTCTCTTT
CCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACA****GAGAGAGAGATGGGTGGAGGAAACGCGC
AGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGAAAAGGAA
GCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCGCTTCAGTGCAAGGTTTGTATGCAAACAT
TCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCATCCCAAAG
CTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGAAACTATCATCTCTCGCAAA
GAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTATCAAAGT
CTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTAAGACTTT
TTC

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DS 

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TCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACA****GAGAGAGAGATGGGTGGAGGA
AACGCGCAGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGA
AAAGGAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATG
CAAACATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCAT
CCTAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGAAACTATCATCTC
TCGCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTA
TCAAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTA
AGACTTTTTCAACAATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCAATGGAACTTTC

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DS 

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AAAGGAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATG
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TCGCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTA
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AGACTTTTTCAACAATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGTGATGAAACTTTC

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR3D561TF 537 0 0
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TCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGAGATGGGTGGAGAA
AACGCGCAGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCAAGGCAGGCTGGA
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CCTAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCTC
TCGCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTA
TCAAAGTCTTTTAGGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTA
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QA 1 537 1 537
DS 

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GGAGATTATTCCCCATTTCTTTCTGAAAAATTAGGGTTTGCGTATTCTCATCTTTCTTCT
TCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGAATCAGACACAGAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGA
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AAAGGAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATG
CAAACATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCAGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCAT
CCTAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCTC
TCGCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTA
TCAAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCCTA
AGACTTTTTCAACAATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCGATGAAACTTTCAAT
ATTGTTTTCTTTTTTAAAATTATGTCACCATAAAGATTTAGCATTGCGG

QA 1 589 1 589
DS 

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TCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCCTAAGACTTTTTCAACAATA
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AATTATGTCACCATAAAGATTTAGCATTGCGG

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DS 

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TCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGGATCAGACACAGAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGA
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CAAACATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCGGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCAT
CCTAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCTC
TCGCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTA
TCAAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTA
AGACTTTTTCAACAATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCGATGAAACTTTCAAT
G

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DS 

RD RR3H624TF 541 0 0
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TCTCTTTCCTTCGCCGCGTGTAATCGGATCAGACACAGAGAGAGAGAGATGGGTGGAGGA
AACGCGCAGAAATCGAAGATGGCTCGTGAGAAGAATCTCGAGAAGGCATGGCAGGCTGGA
AAAGGAAGCCAGTTGGAAGCGAACAAGAAAGCTATGTCCCTTCAGTGCAAGGTTTGTATG
CAAACATTCATCTGCACTACATCGGAAGTGAAGTGCGGGGAGCACGCTGAGGCCAAGCAT
CCTAAAGCTGATGTTGTCGCTTGCTTCCCACATCTCAAGAAGTGATGTAACTATCATCTC
TCGCAAAGAAAAGGATTCCAATGTAAATGTATGGGTCCTTCTTCTACTATGTTTGTATTA
TCAAAGTCTTTTAAGTGTCTTGTGTCAACAAGATAATGGTTCTGTTTCTCTTTTTGCTTA
AGACTTTTTCAACAATAAGTCTCTTGCTATTATAATTATATATGCGATGAAACTTTCAAT
G

QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 12

CO CL196Contig1 872 12 32 U
GGGATCACATCCAGTACCAGTTACAACACAGAAAATAAATTACTCATCTCTGCTCTATAG
TTTGATATACATTTGTCTTTTGTAATCCTAAAAACATGGCAATTCTCAGGAAGAAAAACA
TAACTTTCTCATTGATCTTGATGTGTCTCATTGTGGTGTCTCCAATTGCTAATGCTCAGC
TTGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTA
TCTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACG
CCACTTCCATTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAA
ATGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTA
TCTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCA
CCAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCACGGCACCTTTAGCTCTACTCG
GAGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCG
TCCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTG
TTTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCG
CATGAATAAGGTCTACATAATAATTAAGGCGTATGTCTTTATCTTTCAAAGTATTGTTGT
TGTAACTTCCTTTTACCCACGTTTAATTTGCATTTGTAATGCTGTAACGAAATGTGATAA
AATAATATGATAAAAACTTCCTTTATTGAAGT


BQ
10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
5 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 0 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 50 50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 60 55 55 55 55 30 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 30 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 50 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK19TF U 2
AF RR3F830TF U 1
AF RR3GH11TF U 2
AF RR3EV88TF U 1
AF RR3AU86JQ C 2
AF RR3AU86TF U 2
AF RR3H255TF U 2
AF RR3F830JQ C 86
AF RR3EV88JQ C 173
AF RR3GH11JQ C 265
AF RR3H255JQ C 274
AF RR3AK19JQ C 327
BS 1 34 RR3EV88TF
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BS 36 103 RR3EV88TF
BS 104 104 RR3F830TF
BS 105 112 RR3EV88TF
BS 113 113 RR3F830TF
BS 114 156 RR3EV88TF
BS 157 157 RR3F830TF
BS 158 173 RR3EV88TF
BS 174 174 RR3F830TF
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RD RR3AK19TF 695 0 0
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TTGATATACATTTGTCTTTTGTAATCCTAAAAACATGGCAATTCTCAGGAAGAAAAACAT
AACTTTCTCATTGATCTTGATGTGTCTCATTGTGGTGTCTCCAATTGCTAATGCTCAGCT
TGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTAT
CTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGT
CACTTCCGTTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAA
TGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTAT
CTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCAC
CAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCACGGCACCTTTAGCTCTACTCGG
AGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGT
CCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGT
TTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCATGAC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3F830TF 723 0 0
G
GGATCACATCCAGTACCAGTTACAACACAGAAAATAAATTACTCATCTCTGCTCTATAGT
TTGATATACATTTGTCTTTTGTAATCCTAAAAACATGGCAATTCTCAGGAAGAAAAACAT
AACTTTCTCATTGATCTTGATGTGTCTCATTGTGGTGTCTCCAATTGCTAATGCTCAGCT
TGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTAT
CTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGT
CACTTCCGTTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAA
TGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTAT
CTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCAC
CAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCACGGCACCTTTAGCTCTACTCGG
AGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCATCCTCGACCTCGTCCCAG*TCTCTTTAGCGTCGT
CCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCG*TTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACG*TGTGT
TTCCCTTCTGTTTGTTT*ACGTTT*GTGTCATGACCAT**ATGTTTGCTTGCCTATGCGC
AT

QA 2 723 2 723
DS 

RD RR3GH11TF 723 0 0
GGATCACATCCAGTACCAGTTACAACACAGAAA*TAAATTACTCATCTCTGCTCTATAGT
TTGATATACATTTGTCTTTTGTAATCCTAAAAACATGGCAATCCTCAGGAACAAAAACAT
AACTTTCTCATTGATCTTGATGTGTCTCATTGTGGTGTCTCCAATTGCTAAT*CTCAGCT
TGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTAT
TTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGC
CACTTCCATTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAA
TGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTAT
CTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCAGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCAC
CAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCATGGCACCTTTAGCTCTACTCGG
AGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGT
CCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGT
TTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGC
ATG

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3EV88TF 781 0 0
GGGATCACATCCAGTACCAGTTACAACACAGAAA*TAAATTACTCATCTCTGCTCTATAG
TTTGATATACATTTGTCTTTTGTAATCCTAAAAACATGGCAATCCTCAGGAACAAAAACA
TAACTTTCTCATTGATCTTGATGTGTCTCATTGTGGCGTCTCCAATTGCTAATTCTCAGC
TTGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTA
TTTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACG
CCACTTCCATTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAA
ATGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTA
TCTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCA
CCAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCATGGCACCTTTAGCTCTACTCG
GAGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCG
TCCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTG
TTTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCG
CATGAATA*GGTCTACATAATAATTA*GGCGTATGTCTTTATCTT*CAAAGTATTGTTGT
T

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DS 

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TTGATATACATTTGTCTTTTGTAATCCTAAAAACATGGCAATTCTCAGGAAGAAAAACAT
AACTTTCTCATTGATCTTGATGTGTCTCATTGTGGTGTCTCCAATTGCTAATGCTCAGCT
TGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTAT
CTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGT
CACTTCCGTTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAA
TGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTAT
CTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCAC
CAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCACGGCACCTTTAGCTCTACTCGG
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CCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGT
TTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGC
ATGAATAAGGTCTACATAATAATTAAGGCGTATGTCTTTATCTTTCAAAGTATTGTTGTT
G
C

QA 1 781 1 781
DS 

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GGATCACATCCAGTACCAGTTACAACACAGAAAATAAATTACTCATCTCTGCTCTATAGT
TTGATATACATTTGTCTTTTGTAATCCTAAAAACATGGCAATTCTCAGGAAGAAAAACAT
AACTTTCTCATTGATCTTGATGTGTCTCATTGTGGTGTCTCCAATTGCTAATGCTCAGCT
TGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTAT
CTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGT
CACTTCCGTTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAA
TGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTAT
CTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCAC
CAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCACGGCACCTTTAGCTCTACTCGG
AGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCACCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGT
CCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGT
TTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGC
ATGAATAAAGTCTACATAATAATTAACGCGTATGTCTTTATCTTTCAA*GTATTGTTGTT
G
C

QA 1 781 1 781
DS 

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GGATCACATCCAGTACCAGTTACAACACAGAAA*TAAATTACTCATCTCTGCTCTATAGT
TTGATATACATTTGTCTTTTGTAATCCTAAAAACATGGCAATCCTCAGGAACAAAAACAT
AACTTTCTCATTGATCTTGATGTGTCTCATTGTGGTGTCTCCAATTGCTAATGCTCAGCT
TGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTAT
TTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGC
CACTTCCATTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAA
TGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTAT
CTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCAC
CAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCATGGCACCTTTAGCTCTACTCGG
AGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGT
CCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGT
TTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGC
ATGAATA*AGTCTACATAATAATTAA*GCGTATGTCTT*ATCTT*CAAAGTATTGTTGTT
GTA
CTCCTTTACCAC

QA 1 783 1 783
DS 

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AT
CTAAAAACATGGCAATTCTCAGGAAGAAAAACATAACTTTCTCATTGATCTTGATGTGTC
TCATTGTGGTGTCTCCAATTGCTAATGCTCAGCTTGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGC
TTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTACTAGTATCTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGT
GCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGTCACTTCCGTTCCTCCTCCTTTCCCTA
ATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAATGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTA
ATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTATCTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACT
CCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCACCAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCG
GTGGATTACTCACGGCACCTTTAGCTCTACTCGGAGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCA
TCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGTCCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTT
AAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGTTTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTG
TGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGCATGAATAAGGTCTACATAATAATTAA
GGCGTATGTCTTTATCTTTCAAAGTATTGTTGTTGTAACTTCCTTTTACCCACGTTTAAT
TTGCATTTGTAATGCTGTAACGAAATGCGATAGAATAATATGAAAAAAA

QA 3 771 3 771
DS 

RD RR3EV88JQ 693 0 0
TT
CTCAGCTTGGTGGTCTTGGTGGTCTTGGCGGGCTTCTTGGCGGGCTTCTTGGCAGTATTA
CTAGTATTTTTAATATCCAAGGTCTTCTTAGGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCA
ATAACGCCACTTCCATTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTG
GGCAAAATGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGG
GCACTATCTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCC
CTCTCACCAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGATTACTCATGGCACCTTTAGCTC
TACTCGGAGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTA
GCGTCGTCCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTAC
GGTGTGTTTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCC
TATGCGCATGAATAAGGTCTACATAATAATTAAGGCGTATGTCTTTATCTTTCAAAGTAT
TGTTGTTGTAACTTCCTTTTACCCACGTTTAATTTGCATTTGTAATGCTGTAACGAAATG
TGATAAAATAATATGATAAAAACTTCCTT
GC

QA 3 691 3 691
DS 

RD RR3GH11JQ 592 0 0
GGTGCTCTGTCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGCCACTTCCATTCCTCCTCCTTTCC
CTAATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAATGTTTCAAGTACGACTACGAACG
CTAATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTATCTTTTCTCCTTCAACACTCCTCA
ACTCCAGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCACCAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTG
CCGGTGGATTACTCATGGCACCTTTAGCTCTACTCGGAGCCACTTCCAGCAACGGTCTCA
GCATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGTCCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCG
GTTAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGTTTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTT
TTGTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGCATGAATAAGGTCTACATAATAAT
TAAGGCGTATGTCTTTATCTTTCAAAGTATTGTTGTTGTAACTTCCTTTTACCCACGTTT
AATTTGCATTTGTAATGCTGTAACGAAATGTGATAAAATAATATGATAAAAA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3H255JQ 593 0 0
TCACTGGCACCGTCTCTACCAATAACGCCACTTCCATTCCTCCTCCTTTCCCTAATGCGG
GAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAATGTTTCAAGTACGACTACGAACGCTAATGGAG
TATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTATCTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAACTCCGGTT
GTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCACCAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCCGGTGGAT
TACTCATGGCACCTTTAGCTCTACTCGGAGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGCATCCTCG
ACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGTCCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGTTAAGTAT
GCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGTTTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTTGTGTCAT
GACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGCATGAATAAGGTCTACATAATAATTAAGGCGTA
TGTCTTTATCTTTCAAAGTATTGTTGTTGTAACTTCCTTTTACCCACGTTTAATTTGCAT
TTGTAATGCTGTAACGAAATGTGATAAAATAATATGATAAAAACTTCCTT
GCC

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DS 

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AATGCGGGAATTGTGCTCCAGTGCGCTGGGCAAAATGTTTCAAGTACGACTACGAACGCT
AATGGAGTATTCTCGCTTCCTACTATGGGCACTATCTTTTCTCCTTCAACACTCCTCAAC
TCCGGTTGTAGGATCATCGTCACGACCCCTCTCACCAGCTGCAACGCCAGCCTTCCTGCC
GGTGGATTACTCACGGCACCTTTAGCTCTACTCGGAGCCACTTCCAGCAACGGTCTCAGC
ATCCTCGACCTCGTCCCAGGTCTCTTTAGCGTCGTCCCAAATCCCTTTGGCCTCGTCGGT
TAAGTATGCTTTATGTTTGATCACGTACGGTGTGTTTCCCTTCTGTTTGTTTTACGTTTT
GTGTCATGACCAATAATGTTTGCTTGCCTATGCGCATGAATAAGGTCTACATAATAATTA
AGGCGTATGTCTTTATCTTTCAAAGTATTGTTGTTGTAACTTCCTTTTACCCACGTTTAA
TTTGCATTTGTAATGCTGTAACGAAATGCGATAGAATAATATGAAAAAAACTTCCTTTAT
TGAAGT

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 12

CO CL197Contig1 1489 12 13 U
GAGGGCGCTGTGAACTGTAATTGTGAAAAGGTTGGAAGATCTGGCCAAAGAAGGTGATAG
CCCTGCAGATTCGTTCCTATGGTTCGATCCTTCCCAGTAAAACGCGGCGTGTTCGAATTC
TGATCGCTTTTACGCGAGAAAGGGGGACCACCCTCTAAGCCTAAGTATTCCTCAATGACC
GATAGCGTACAAGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAAAGAACCCTATGACGGGAGTGCAATAG
AGAACCTGAGATCCGATGCGAACAATCAGTCGAAGGAGTAGTCAAGCGCACTCACTCTAA
CGGCGTACCTTTTGCATGATGGGTCAGCGAGGAAATGGGAAGAGCGGCTTAAGCCATTAG
GTGTAGGCGCTTTCCAAAGGTGGAATCTTCTAGTTCTTCCTATTTGACCCGAAACCGATC
GATCTAGCCATGAGCAGGTTGAAGAGAGCTCTAACAGGCCTTGGAGGACCGAACCCACGT
ATGTGGCAAAATACGGGGATGACTTGTGGCTAGGGGTGAAAGGCCAACCAAGATCGGATA
TAGCTGGTTTTCCGCGAAATCTATTTCAGTAGAGCGTATGATGTCGATGGCCCGAGGTAG
AGCACTCAATGGGCTAGGGTGGCCCCATTTCGCCTTACCAACCCCAGGGAAACTCCGAAT
ACAGGCCGTTCTCGTTTGTACAGACAGACTTTTGGGGTGCTAAGATCCAAAGTCGAGAGG
GAAACAGCCCAGATCGTACGCTAAGGTCCCTAAGCAATCACTTAGTGGAAAAGGAAGTGA
TCGAGCGATGACAACCAGGAGGTGGGCTTGGAAGCAGCCATCCTTTGAAGAAAGCGTAAT
AGCTCACTGGTCTAGCTCCATGGCACCGAAAATGTATCAGGGCTCAAGTGATTCACCGAA
GCGACGAGACCTTGCAAAGCTGCTTTTCAAGTGTCAGTAGCGGAACGTTCTGTCAATCGG
AGAAGGTTTTTGGTGACAAGACCTGGAGATATCAGAAGTGAGAATGCTGACATGAGTAAC
GAAAAATCCTGTGAAAAACAAGATCGCCTGCCAGTGGAAGGCTTTCTGCGTTCAGTCAAT
CTACGCAGAGTGAATCGGTCCCTAAGGAAACCCCGAAAGGGCTGCCGTCCGATGGGTACA
CGAAAGTGACGAAGTTGCTTTGACTACAAAACCATCCCTCTCTCTTGGAGCGAATTGGAT
GATCGGGACGACTCTCCTTTTAGTCGAGCGGAGGAACCCCTCACTCTCCTTTCCCTAATA
TGAACCTTGAGTCATCAAAGCCTTTCTGTCTCGGCCTGGCACGGTCGACCTACGCTACTG
GCGCTTCAAAAGGCCAAAGTCTCGTCGTAGTTTGGCGAACTTCAGTAGGGGCCTTTAGTC
TTTTGATTAGTAGGGGTCGCGAGAGAGCAGAGCGTACCGACCTGCCATAGTCACGAGTCT
GTTTATAGTCGCGACTCTTGTCATAGTCAAGAAGGTTGAAACTTCCAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 30 
60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AF95TF U 260
AF RR3CI74TF U 1
AF RR3DB83TF U 40
AF RR3GO74TF U 315
AF RR3GO74JQ C 388
AF RR3DB83JQ C 392
AF RR3CI74JQ C 250
AF RR3A476JQ C 331
AF RR3A476TF U 421
AF RR3AF95JQ C 395
AF RR3C012TF U 719
AF RR3C012JQ C 753
BS 1 664 RR3CI74TF
BS 665 665 RR3DB83TF
BS 666 702 RR3CI74TF
BS 703 703 RR3DB83TF
BS 704 741 RR3CI74TF
BS 742 745 RR3DB83TF
BS 746 812 RR3A476TF
BS 813 813 RR3C012TF
BS 814 964 RR3A476TF
BS 965 965 RR3C012TF
BS 966 1021 RR3A476TF
BS 1022 1391 RR3C012TF
BS 1392 1489 RR3C012JQ

RD RR3AF95TF 147 0 0
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TGGGTCAGCGAGGAAATGGGAAGAGCGGCTTAAGCCATTAGGTGTAGGCGCTTTCCAAAG
GTGGAATCTTCTAGTTCTTCCTATTTG

QA 1 147 1 147
DS 

RD RR3CI74TF 741 0 0
GAGGGCGCTGTGAACTGTAATTGTGAAAAGGTTGGAAGATCTGGCCAAAGAAGGTGATAG
CCCTGCAGATTCGTTCCTATGGTTCGATCCTTCCCAGTAAAACGCGGCGTGTTCGAATTC
TGATCGCTTTTACGCGAGAAAGGGGGACCACCCTCTAAGCCTAAGTATTCCTCAATGACC
GATAGCGTACAAGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAAAGAACCCTATGACGGGAGTGCAATAG
AGAACCTGAGATCCGATGCGAACAATCAGTCGAAGGAGTAGTCAAGCGCACTCACTCTAA
CGGCGTACCTTTTGCATGATGGGTCAGCGAGGAAATGGGAAGAGCGGCTTAAGCCATTAG
GTGTAGGCGCTTTCCAAAGGTGGAATCTTCTAGTTCTTCCTATTTGACCCGAAACCGATC
GATCTAGCCATGAGCAGGTTGAAGAGAGCTCTAACAGGCCTTGGAGGACCGAACCCACGT
ATGTGGCAAAATACGGGGATGACTTGTGGCTAGGGGTGAAAGGCCAACCAAGATCGGATA
TAGCTGGTTTTCCGCGAAATCTATTTCAGTAGAGCGTATGATGTCGATGGCCCGAGGTAG
AGCACTCAATGGGCTAGGGTGGCCCCATTTCGCCTTACCAACCCCAGGGAAACTCCGAAT
ACAG*CCGTTCTCGTTTGTACAGACAGACTTTTGGGGTGCTA*GATCCAAAGTCGAGAGG
GAAACAGCCCAGATCGTACGC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3DB83TF 709 0 0
G
CTGGCCAAAGAAGGTGATAGCCCTGTAGATTCGTTCCTATGGTTCGATCCTTCCCAGTAA
AACGCGGCGTGTTCGAATTCTGATCGCTTTTACGCGAGAAAGGGGGACCACCCTCTAAGC
CTAAGTATTCCTCAATGACCGATAGCGTACAAGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAAAGAACC
CTATGACGGGATTGCAATAGAGAACCTGAGATCCGATGCGAACAATCAGTCGAAGGAGTA
GTCAAGCGCACTCACTCTAACGGCGTACCTTTTGCATGATGGGTCAGCGAGGAAATGGGA
AGAGCGGCTTAAGCCATTAGGTGTAGGCGCTTTCCAAAGGTGGAATCTTCTAGTTCTTCC
TATTTGACCCGAAACCGATCGATCTAGCCATGAGCAGGTTGAAGAGAGCTCTAACAGGCC
TTGGAGGACCGAACCCACGTATGTGGCAAAATACGGGGATGACTTGTGGCTAGGGGTGAA
AGGCCAACCAAGATCGGATATAGCTGGTTTTCCGCGAAATCTATTTCAGTAGAGCGTATG
ATGTCGATGGCCCGAGGTAGAGCACTCAATGGGCTAGGGTGGCCCCATTTCGCCTTACCA
ACCCCAGGGAAACTCCGAATACAGGCCGTTCTCGTTTGTACAGACAGACTTTTGGGGTGC
TAAGATCCAAAGTCGAGAGGGAAACAGCCCAGATCGTACGCTAAG
TCC

QA 2 706 2 706
DS 

RD RR3GO74TF 413 0 0
G
ATGATGGGTCAGCGAGGAAATGGGAAGAGCGGCTTAAGCCATTAGGTGTAGGCGCTTTCC
AAAGGTGGAATCTTCTAGTTCTTCCTATTTGACCCGAAACCGATCGATCTAGCCATGAGC
AGGTTGAAGAGAGCTCTAACAGGCCTTGGAGGACCGAACCCACGTATGTGGCAAAATACG
GGGATGACTTGTGGCTAGGGGTGAAAGGCCAACCAAGATCGGATATAGCTGGTTTTCCGC
GAAATCTATTTCAGTAGAGCGTATGATGTCGATGGCCCGAGGTAGAGCACTCAATGGGCT
AGGGTGGCCCCATTTCGCCTTACCAACCCCAGGGAAACTCCGAATACAGGCCGTTCTCGT
TTGTACAGACAGACTTTTGGGGTGCTAAGATCCAAAGTCGAGAGTGAAACAG

QA 2 413 2 413
DS 

RD RR3GO74JQ 480 0 0
TTCTAGTTCTTCCTATTTGACCCGAAACCGATCGATCTAGCCATGAGCAGGTTGAAGAGA
GCTCTAACAGGCCTTGGAGGACCGAACCCACGTATGTGGCAAAATACGGGGATGACTTGT
GGCTAGGGGTGAAAGGCCAACCAAGATCGGATATAGCTGGTTTTCCGCGAAATCTATTTC
AGTAGAGCGTATGATGTCGATGGCCCGAGGTAGAGCACTCAATGGGCTAGGGTGGCCCCA
TTTCGCCTTACCAACCCCAGGGAAACTCCGAATACAGGCCGTTCTCGTTTGTACAGACAG
ACTTTTGGGGTGCTAAGATCCAAAGTCGAGAGTGAAACAGCCCAGATCGTACGCTAAGGT
CCCTAAGCAATCACTTAGTGGAAAAGGAAGTGATTGAGCGATGACAACCAGGAGGTGGGC
TTGGAAGCAGCCATCCTTTGAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTCTAGCTCCATGGCACC

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR3DB83JQ 477 0 0
AGTTCTTCCTATTTGACCCGAAACCGATCGATCTAGCCATGAGCAGGTTGAAGAGAGCTC
TAACAGGCCTTGGAGGACCGAACCCACGTATGTGGCAAAATACGGGGATGACTTGTGGCT
AGGGGTGAAAGGCCAACCAAGATCGGATATAGCTGGTTTTCCGCGAAATCTATTTCAGTA
GAGCGTATGATGTCGATGGCCCGAGGTAGAGCACTCAATGGGCTAGGGTGGCCCCATTTC
GCCTTACCAACCCCAGGGAAACTCCGAATACAGGCCGTTCTCGTTTGTACAGACAGACTT
TTGGGGTGCTAAGATCCAAAGTCGAGAGGGAAACAGCCCAGATCGTACGCTAAGGTCCCT
AAGCAATCACTTAGTGGAAAAGGAAGTGATCGAGCGATGACAACCAGGAGGTGGGCTTGG
AAGCAGCCATCCTTTGAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTCTAGCTCCATGGCACCG

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR3CI74JQ 772 0 0
GATCCGATGCGAACAATCAGTCGAAGGAGTAGTCAAGCGCACTCACTCTAACGGCGTACC
TTTTGCATGATGGGTCAGCGAGGAAATGGGAAGAGCGGCTTAAGCCATTAGGTGTAGGCG
CTTTCCAAAGGTGGAATCTTCTAGTTCTTCCTATTTGACCCGAAACCGATCGATCTAGCC
ATGAGCAGGTTGAAGAGAGCTCTAACAGGCCTTGGAGGACCGAACCCACGTATGTGGCAA
AATACGGGGATGACTTGTGGCTAGGGGTGAAAGGCCAACCAAGATCGGATATAGCTGGTT
TTCCGCGAAATCTATTTCAGTAGAGCGTATGATGTCGATGGCCCGAGGTAGAGCACTCAA
TGGGCTAGGGTGGCCCCATTTCGCCTTACCAACCCCAGGGAAACTCCGAATACAGGCCGT
TCTCGTTTGTACAGACAGACTTTTGGGGTGCTAAGATCCAAAGTCGAGAGGGAAACAGCC
CAGATCGTACGCTAAGGTCCCTAAGCAATCACTTAGTGGAAAAGGAAGTGATCGAGCGAT
GACAACCAGGAGGTGGGCTTGGAAGCAGCCATCCTTTGAAGAAAGCGTAATAGCTCACTG
GTCTAGCTCCATGGCACCGAAAATGTATCAGGGCTCAAGTGATTCACCGAAGCGACGAGA
CCTTGCAAAGCTGCTTTTCAAGTGTCAGTAGCGGAACGTTCTGTCAATCGGAGAAGGTTT
TTGGTGACAAGACCTGGAGATATCAGAAGTGAGAATGCTGACATGAGTAACG

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3A476JQ 695 0 0
GGAAATGGGAAGAGCGGCTTAAGCCATTAGGTGTAGGCGCTTTCCAAAGGTGGAATCTTC
TAGTTCTTCCTATTTGACCCGAAACCGATCGATCTAGCCATGAGCAGGTTGAAGAGAGCT
CTAACAGGCCTTGGAGGACCGAACCCACGTATGTGGCAAA*TACGGGGATGACTTGTGGC
TAGGGGTGAAAGGCCAACCAAGATCGGATATAGCTGGTTTTCCGCGAAATCTATTTCAGT
AGAGCGTATGATGTCGATGGCCCGAGGTAGAGCACTCAATGGGCTAGGGTGGCCCCATTT
CGCCTTACCAACCCCAGGGAAACTCCGAATACAGGCCGTTCTCGTTTGTACAGACAGACT
TTTGGGGTGCTAAGATCCAAAGTCGAGAGGGAAACAGCCCAGATCGTGCGCTAAGGTCCC
TAAGCAATCACTTAGTGGAAAAGGAAGTGATCGAGCGATGACAACCAGGAGGTGGGCTTG
GAGGCAGCCATCCTTTGAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTCTAGCTCCATGGCACCGAA
AATGTATCAGGGCTCAAGTGATTCACCGAAGCGACGAGACCTTGCAAAGCTGCTTTTCAA
GTGTCAGTAGCGGAACGTTCTGTCAATCGGAGAAGGTTTTTGGTGACAAGACCTGGAGAT
ATCAGAAGTGAGAATGCTGACATGAGTAACG
AAAA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3A476TF 601 0 0
GATCTAGCCATGAGCAGGTTGAAGAGAGCTCTAACAGGCCTTGGAGGACCGAACCCACGT
ATGTGGCAAA*TACGGGGATGACTTGTGGCTAGGGGTGAAAGGCCAACCAAGATCGGATA
TAGCTGGTTTTCCGCGAAATCTATTTCAGTAGAGCGTATGATGTCGATGGCCCGAGGTAG
AGCACTCAATGGGCTAGGGTGGCCCCATTTCGCCTTACCAACCCCAGGGAAACTCCGAAT
ACAGGCCGTTCTCGTTTGTACAGACAGACTTTTGGGGTGCTAAGATCCAAAGTCGAGAGG
GAAACAGCCCAGATCGTGCGCTAAGGTCCCTAAGCAATCACTTAGTGGAAAAGGAAGTGA
TCGAGCGATGACAACCAGGAGGTGGGCTTGGAGGCAGCCATCCTTTGAAGAAAGCGTAAT
AGCTCACTGGTCTAGCTCCATGGCACCGAAAATGTATCAGGGCTCAAGTGATTCACCGAA
GCGACGAGACCTTGCAAAGCTGCTTTTCAAGTGTCAGTAGCGGAACGTTCTGTCAATCGG
AGAAAGTTTTTGGTGACAAGACCTGGAGATATCAGAAGTGAGAATGCTGACATGAGTAAC
G

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3AF95JQ 627 0 0
TCTTCCTATTTGACCCGAAACCGATCGATCTAGCCATGAGCAGGTTGAAGAGAGCTCTAA
CAGGCCTTGGAGGACCGAACCCACGTATGTGGCAAAATACGGGGATGACTTGTGGCTAGG
GGTGAAAGGCCAACCAAGATCGGATATAGCTGGTTTTCCGCGAAATCTATTTCAGTAGAG
CGTATGATGTCGATGGCCCGAGGTAGAGCACTCAATGGGCTAGGGTGGCCCCATTTCGCC
TTACCAACCCCAGGGAAACTCCGAATACAGGCCGTTTTCGTTTGTACAGACAGACTTTTG
GGGTGCTAAGATCCAAAGTCGAGAGGGAAACAGCCCAGATCGTACGCTAAGGTCCCTAAG
CAATCACTTAGTGGAAAAGGA*GTGATCGAGCGATGACAACCAGGAGGTGGGCTTGGAAG
CAGCCATCCTTTGAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTCTAGCTCCATGGCACCGAAAATG
TATCAGGGCTCAAGTGATTCACCGAAGCGACGAGACCTTGCAAAGTTGCTTTTCAAGTGT
CAGTAGCGGAACGTTCTGTCAATCGGAGAAGGTTTTTGGTGACAAGACCTGGAGATATCA
GAAGTGAGAATGCTGACATGAGTAACG

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3C012TF 673 0 0
GGGAAACAGCCCAGATCGTACGCTAAGGTCCCTAAGCAATCACTTAGTGGAAAAGGAAGT
GATCGAGCGATGACAACCAGGAGGTGGGCTTGGAAGCAGCCATCCTTTGAAGAAAGCGTA
ATAGCTCACTGGTCTAGCTCCATGGCACCGAAAATGTATCAGGGCTCAAGTGATTCACCG
AAGCGACGAGACCTTGCAAAGCTGCTTTTCAAGTGTCAGTAGCGGAACGTTCTGTCAATC
GGAGAAGGTTTTTGGTGACAAGACCTGGAGATATCAGAAGTGAGAATGCTGACATGAGTA
ACGAAAAATCCTGTGAAAAACAAGATCGCCTGCCAGTGGAAGGCTTTCTGCGTTCAGTCA
ATCTACGCAGAGTGAATCGGTCCCTAAGGAAACCCCGAAAGGGCTGCCGTCCGATGGGTA
CACGAAAGTGACGAAGTTGCTTTGACTACAAAACCATCCCTCTCTCTTGGAGCGAATTGG
ATGATCGGGACGACTCTCCTTTTAGTCGAGCGGAGGAACCCCTCACTCTCCTTTCCCTAA
TATGAACCTTGAGTCATCAAAGCCTTTCTGTCTCGGCCTGGCACGGTCGACCTACGCTAC
TGGCGCTTCAAAAGGCCAAAGTCTCGTCGTAGTTTGGCGAACTTCAGTAGGGGCCTTTAG
TCTTTTGATTAGT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3C012JQ 737 0 0
AGCAATCACTTAGTGGAAAAGGAAGTGATCGAGCGATGACAACCAGGAGGTGGGCTTGGA
AGCAGCCATCCTTTGAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTCTAGCTCCATGGCACCGAAAA
TGTATCAGGGCTCAAGTGATTCACCGAAGCGACGAGACCTTGCAAAGCTGCTTTTCAAGT
GTCAGTAGCGGAACGTTCTGTCAATCGGAGAAGGTTTTTGGTGACAAGACCTGGAGATAT
CAGAAGTGAGAATGCTGACATGAGTAACGAAAAATCCTGTGAAAAACAAGATCGCCTGCC
AGTGGAAGGCTTTCTGCGTTCAGTCAATCTACGCAGAGTGAATCGGTCCCTAAGGAAACC
CCGAAAGGGCTGCCGTCCGATGGGTACACGAAAGTGACGAAGTTGCTTTGACTACAAAAC
CATCCCTCTCTCTTGGAGCGAATTGGATGATCGGGACGACTCTCCTTTTAGTCGAGCGGA
GGAACCCCTCACTCTCCTTTCCCTAATATGAACCTTGAGTCATCAAAGCCTTTCTGTCTC
GGCCTGGCACGGTCGACCTACGCTACTGGCGCTTCAAAAGGCCAAAGTCTCGTCGTAGTT
TGGCGAACTTCAGTAGGGGCCTTTAGTCTTTTGATTAGTAGGGGTCGCGAGAGAGCAGAG
CGTACCGACCTGCCATAGTCACGAGTCTGTTTATAGTCGCGACTCTTGTCATAGTCAAGA
AGGTTGAAACTTCCAGG

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 11

CO CL198Contig1 984 11 22 U
GATATATGGATTAAAACGGAGTAACTAAGTATAAGTAGGAAGTCGTCACCTAATATCATA
CATAGAGTTGAAAACATTCAATCCACAAGAAGTTAAAGCAGCAAGCTACTGATCACACAA
CCCATAGTTCTTAAGGTTTAAGAAAATACATAATTAAGGAACATGACAGTTTAAGGTTTC
AGTAGAACCAGCCTTACGCTTTTTAAGTATTTATTTTATTAAATAGATAGATAATGACAT
CACCAGCAACCTTCAAACCCGTAATTACTCAAGAAGGTGGAAGGTAATGATATCAGAGGC
AGATGCTGAATGAAGGGCATGGTTGGGGTAATTGTGGTGATGGTTCTGATGGAAACGAAG
TTGATATCCAAGGACCGAATCGTAGTCTCCTCCATTGTCTACTAGTCCATAATGAGGATC
TTCTGCTCTTAGTTCCAGCTCATGTATGAGATTCTTTTGTATGTCTTGTTGACTCTTGTT
CTTTTTCTTGGTGGTCTCGATTTGATTCCCAAGTGATTTAAACTTGCGCTCGCGAACGAG
TTTGAAAGTGTTTTCCATTTCTTCCTCAAGACTACGCAGCTCCTGAATATCAAGCTCGTC
CAAACACTCACCTAGCCTCTGTTTAATCTGAGTCCGGAGATTTCGATTTGTCTCTAACAG
TTTCCTCTTGTTTTCTTGCATTCTCTCATAGTGAGCGCTCCAAACATCAACATCAGAAAC
TGTTTGGTATAGATCTATGATCTCCTTCGTTGAGGTGTTAGGGCTGATGAACTCATGGAG
CTTGTTGGAGCTAGAGAACATGATAATCGAAACCCTAGCGTCACACAGAACCGTGAGCTC
GTGGGCTTTCTTGAACAACCCATTTCTTCTCTTTGAATACGTCACTTGTCGGTTGGTCTG
GTTCTCTATCCTCTTGATCTGGATCTTCCCTCTCGCCATTTTTCTTCTCTCTATTTAGTT
TTTTGATGTTTTGTTGAAGAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 10 45 45 45 45 45 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 50 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 15 15 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 0 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW52JQ U 250
AF RR3EW18JQ U 67
AF RR3FD22JQ U 47
AF RR3FP09JQ U 1
AF RR3FI05JQ U 105
AF RR3C950JQ U 31
AF RR3FJ73JQ U 34
AF RR3BM11TF C 199
AF RR3CH25TF C 265
AF RR3FJ73TF C 269
AF RR3FP09TF C 280
BS 1 48 RR3FP09JQ
BS 49 49 RR3C950JQ
BS 50 115 RR3FP09JQ
BS 116 116 RR3EW18JQ
BS 117 174 RR3FP09JQ
BS 175 175 RR3C950JQ
BS 176 242 RR3FP09JQ
BS 243 243 RR3C950JQ
BS 244 636 RR3FP09JQ
BS 637 637 RR3C950JQ
BS 638 644 RR3FP09JQ
BS 645 646 RR3C950JQ
BS 647 654 RR3FP09JQ
BS 655 655 RR3C950JQ
BS 656 670 RR3FP09JQ
BS 671 671 RR3C950JQ
BS 672 729 RR3FP09JQ
BS 730 730 RR3C950JQ
BS 731 757 RR3FP09JQ
BS 758 829 RR3C950JQ
BS 830 975 RR3BM11TF
BS 976 984 RR3FJ73TF

RD RR3CW52JQ 105 0 0
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ATGAAGGGCATGGTTGGGGTAATTGTGGTGATGGTTCTGATGGAA

QA 1 105 1 105
DS 

RD RR3EW18JQ 511 0 0
GTTGAAAACATTCAATCCACAAGAAGTTAAAGCAGCAAGCTACTGATCACACAACCCATA
GTTCTTAAGGTTTAAGAAAATACATAATTAAGGAACATGACAGTTTAATGTTTCAGTAGA
ACCAGCCTTACGCTTTTTAAGTATTTATTTTATTAAATAGATAGATAATGACATCATCAG
CAACCTTCAAACCCGTAATTACTCAAGAAGGTGGAAGGGAATGATATCAGAGGCAGATGC
TGAATGAAGGGCATGGTTGGGGTAATTGTGGTGATGGTTCTGATGGAAACGAAGTTGATA
TCCAAGGACCGAATCGTAATCTCCTCCATTGTCTACTAGTCCATAATGAGGATCTTCTGC
TCTTAGTTCCAGCTCATGTATGAAATTCTTTTGTATGTCTTGTTGACTCTTGTTCTTTTT
CTTGGTGGTCTCGATTTGATTCCCAAGTGATTTAAACTTGCGCTCGCGAACGAGTTTGAA
AGTGTTTTCCATTTCTTCCTCAAGACTACGC

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR3FD22JQ 661 0 0
CAC
CTAATATCATACATAGAGTTGAAAACATTCAATCCACAAGAAGTTAAAGCAGCAAGCTAC
TGATCACACAACCCATAGTTCTTAAGGTTTAAGAAAATACATAATTAAGGAACATGACAG
TTTAAGGTTTCAGTAAAACCAGCCTTACGCTTTT*AAGTATTTATTTTATTAAATAGATA
GATAATGACATCACCAGCAACCTTCAAACCCGTAATTACTCAAGAAGGTGGAAGGTAATG
ATATCAAAGGCAGATGCTGAATGAAGGGCATGGTTGGGGTAATTGTGGTGATGGTTCTGA
TGGAAACGAAGTTGATATCCAAGGACCGAATCGTAGTCTCCTCCATTGTCTACTAGTCCA
TAATGAGGATCTTCTGCTCTTAGTTCCAGCTCATGTATGAAATTCTTTTGTATGTCTTGT
TGACTCTTGTTCTTTTTCTTGGTGGTCTCGATTTGATTCCCAAA*GATTTAAACTTGCGC
TCGCGAACGAGTTTGAAAGTGTTTTCCATTTCTTCCTCAAGACTACGCAGCTCCTGAATA
TCAAGCTCGTCCAAACACTCACCTAGCCTCTGTTTAATCTGAGTCCGGAGATTTCGATTT
GTCTCTAACAGTTTCCTCTTGTTTTCTTGCATTCTCTCATAGTGAGCGCTCCAAACAT

QA 4 661 4 661
DS 

RD RR3FP09JQ 757 0 0
GATATATGGATTAAAACGGAGTAACTAAGTATAAGTAGGAAGTCGTCAACTAATATCATA
CATAGAGTTGAAAACATTCAATCCACAAGAAGTTAAAGCAGCAAGCTACTGATCA*ACAA
CCCATAGTTCTTAAGGTTTAAGAAAATACATAATTAAGGAACATGACAGTTTAATGTTTC
AGTAGAACCAGCCTTACGCTTTTTAAGTATTTATTTTATTAAATAGATAGATAATGACAT
CATCAGCAACCTTCAAACCCGTAATTACTCAAGAAGGTGGAAGGTAATGATATCAGAGGC
AGATGCTGAATGAAGGGCATGGTTGGGGTAATTGTGGTGATGGTTCTGATGGAAACGAAG
TTGATATCCAAGGACCGAATCGTAGTCTCCTCCATTGTCTACTAGTCCATAATGAGGATC
TTCTGCTCTTAGTTCCAGCTCATGTATGAGATTCTTTTGTATGTCTTGTTGACTCTTGTT
CTTTTTCTTGGTGGTCTCGATTTGATTCCCAAGTGATTTAAACTTGCGCTCGCGAACGAG
TTTGAAAGTGTTTTCCATTTCTTCCTCAAGACTACGCAGCTCCTGAATATCAAGCTCGTC
CAAACACTCACCTAGCCTCTGTTTAATCTGAGTCCGAAGATTTCTGTTTGTCTCCAACAG
TTTCCTCTTGGTTTCTTGCATTCTCTCATAGTGAGCGCTCCAAACATCAACATCAGAAAC
TGTTTGGTACAGATCTATGATCTCCTTCGTTGAGGTG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3FI05JQ 653 0 0
GCTACTGATCACACAACCCATAGTTCTTAAGGTTTAAGAAAATACATAATTAAGGAACAT
GACAGTTTAATGTTTCAGTAGAACCAGCCTTACGCTTTTTAAGTATTTATTTTATTAAAT
AGATAGATAATGACATCATCAGCAACCTTCAAACCCGTAATTACTCAAGAAGGTGGAAGG
TAATGATATCAGAGGCAGATGCTGAATGAAGGGCATGGTTGGGGTAATTGTGGTGATGGT
TCTGATGGAAACGAAGTTGATATCCAAGGACCGAATCGTAGTCTCCTCCATTGTCTACTA
GTCCATAATGAGGATCTTCTGCTCTTAGTTCCAGCTCATGTATGAGATTCTTTTGTATGT
CTTGTTGACTCTTGTTTTTTTTCTTGGTGGTCTCGATTTGATTCCCAAGTGATTTAAACT
TGCGCTCGCGAACGAGTTTGAAAGTGTTTTCCATTTCTTCCTCAAGACTACGCAGCTCCT
GAATATCAAGCTCGTCCAAACACTCACCTAGCCTCTGTTTAATCTGAGTCCGAAGATTTC
TGTTTGTCTCCAACAGTTTCCTCTTGGTTTCTTGCATTCTCTCATAGTGAGCGCTCCAAA
CATCAACATCAGAAACTGTTTGGTACAGATCTATGATCTCCTTCGTTGAGGTG

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3C950JQ 800 0 0
ATAAGTA
GGAAGTCGTCACCTAATATCATACATAGAGTTGAAAACATTCAATCCACAAGAAGTTAAA
GCAGCAAGCTACTGATCACACAACCCATAGTTCTTAAGGTTTAAGAAAATACATAATTAA
GGAACATGACAGTTTAAGGTTTCAGTAAAACCAGCCTTACGCTTTT*AAGTATTTATTTT
ATTAAATAGATAGATAATGACATCACCAGCAACCTTCAAACCCGTAATTACTCAAGAAGG
TGGGAGGTAATGATATCAAAGGCAGATGCTGAATGAAGGGCATGGTTGGGGTAATTGTGG
TGATGGTTCTGATGGAAACGAAGTTGATATCCAAGGACCGAATCGTAGTCTCCTCCATCG
TCTACTAGTCCATAATGAGGATCTTCTGCTCTTAGTTCCAGCTCATGTATGAAATTCTTT
TGTATGTCTTGTTGACTCTTGTTCTTTTTCTTGGTGGTCTCGATTTGATTCCCAAGTGAT
TTAAACTTGCGCTCGCGAACGAGTTTGAAAGTGTTTTCCATTTCTTCCTCAAGACTACGC
AGCTCCTGAATATCAAGCTCGTCCAAACACTCACCTAGCCTCTGTTTAATCTGAGTCCGG
AGATTTCGATTTGTCTCTAACAGTTTCCTCTTGTTTTCTTGCATTCTCTCATAGTGAGCG
CTCCAAACATCAACATCAGAAACTGTTTGGTATAGATCTATGATCTCCTTCGTTGAGGTG
TTAGGGCTGATGAACTCATGGAGCTTGTTGGAGCTAGAGAACATGATAATCGAAACCCTA
GCGTCACACAGA
C

QA 8 799 8 799
DS 

RD RR3FJ73JQ 775 0 0
AGTG
GGAAGTCGTCACCTAATATCATACATAGAGTTGAAAACATTCAATCCACAAGAAGTTAAA
GCAGCAAGCTACTGATCACACAACCCATAGTTCTTAAGGTTTAAGAAAATACATAATTAA
GGAACATGACAGTTTAAGGTTTCAGTAGAACCAGCCTTACGCTTTT*AAGTATTTATTTT
ATTAAATAGATAGATAATGACATCACCAGCAACCTTCAAACCCGTAATTACTCAAGAAGG
TGGAAGGTAATGATATCAGAGGCAGATGCTGAATGAAGGGCATGGTTGGGGTAATTGTGG
TGATGGTTCTGATGGAAACGAAGTTGATATCCAAGGACCGAATCGTAGTCTCCTCCATTG
TCTACTAGTCCATAATGAGGATCTTCTGCTCTTAGTTCCAGCTCATGTATGAGATTCTTT
TGTATGTCTTGTTGACTCTTGTTCTTTTTCTTGGTGGTCTCGATTTGATTCCCAAGTGAT
TTAAACTTGCGCTCGCGAACGAGTTTGAAAGTGTTTTTCATTTCTTCCTCAAGACTACGC
AGCTCCTGAATATCAAGCTCGGCCAAACACTCACCTAGCCTCTGTTTAATCTGAGTCCGG
AGATTTCGATTTGTCTCTAACAGTTTCCTCTTGCTTTCTTGCATTCTCTCACAGTGAGCG
CTCCAAACATCAACATCAGAAACTGTTTGGTATAGATCTATGATCTCCTTCGTTGAGGTG
TTAGGGCTGATGAACTCATGGAGCTTGTTGGAGCTAGAGAACATGATAATC

QA 5 775 5 775
DS 

RD RR3BM11TF 779 0 0
CGC
TTTAAGTATTTATTT*ATTAAATAGATAGATAATGACATCACCAGCA*CCTTCAAACCCG
TAATTACTCAAGAAGGTGGAAGGTAATGATATCAGAGGCAGATGCTGAATGAAGGGCATG
GTTGGGGTAATTGTGGTGATGGTTCTGATGGAAACGAAGTTGATATCCAAGGACCGAATC
GTAGTCTCCTCCATTGTCTACTAGTCCATAATGAGGATCTTCTGCTCTTAGTTCCAGCTC
ATGTATGAGATTCTTTTGTATGTCTTGTTGACTCTTGTTCTTTTTCTTGGTGGTCTCGAT
TTGATTCCCAAGTGATTTAAACTTGCGCTCGCGAACGAGTTTGAAAGTGTTTTCCATTTC
TTCCTCAAGACTACGCAGCTCCTGAATATCAAGCTCGTCCAAACACTCACCTAGCCTCTG
TTTAATCTGAGTCCGGAGATTTCGATTTGTCTCTAACAGTTTCCTCTTGTTTTCTTGCAT
TCTCTCATAGTGAGCGCTCCAAACATCAACATCAGAAACTGTTTGGTATAGATCTATGAT
CTCCTTCGTTGAGGTGTTAGGGCTGATGAACTCATGGAGCTTGTTGGAGCTAGAGAACAT
GATAATCGAAACCCTAGCGTCACACAGAACCGTGAGCTCGTGGGCTTTCTTGAACAACCC
ATTTCTTCTCTTTGAATACGTCACTTGTCGGTTGGTCTGGTTCTCTATCCTCTTGATCTG
GATCTTCCCTCTCGCCATTTTTCTTCTCTCTATTTAGTTTTTTGATGTTTTGTT
CC

QA 4 777 4 777
DS 

RD RR3CH25TF 712 0 0
TTACTCAAGAAGGTGGAAGGTAATGATATCAGAGGCAGATGATGAATGAAGGGCATGGTT
GGGGTAATTGTGGTGATGGTTCTGATGGAAACGAAGTTGATATCCAAGGACCGAATCGTA
GTCTCCTCCATTGTCTACTAGTCCATAATGAGGATCTTCTGCTCTTAGTTCCAGCTCATG
TATGAGATTCTTTTGTATGTCTTGTTGACTCTTGTTCTTTTTCTTGGTGGTCTCGATTTG
ATTCCCAAGTGATTTAAACTTGCGCTCGCGAACGAGTTTGAAAGTGTTTTCCATTTCTTC
CTCAAGACTACGCAGCTCCTGAATATCAAGCTCGTCCAAACACTCACCTAGCCTCTGTTT
AATCTGAGTCCGGAGATTTCGATTTGTCTCTAACAGTTTCCTCTTGTTTTCTTGCATTCT
CTCATAGTGAGCGCTCCAAACATCAACATCAGAAACTGTTTGGTATAGATCTATGATCTC
CTTCGTTGAGGTGTTAGGGCTGATGAACTCATGGAGCTTGTTGGAGCTAGAGAACATGAT
AATCGAAACCCTAGCGTCACACAGAACCGTGAGCTCGTGGGCTTTCTTGAACAACCCATT
TCTTCTCTTTGAATACGTCACTTGTCGGTTGGTCTGGTTCTCTATCCTCTTGATCTGGAT
CTTCCCTCTCGCCATTTTTCTTCTCTCTATTTAGTTTTTTGATGTTTTGTT
C

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3FJ73TF 716 0 0
TCAAGAAGGTGGAAGGTAATGATATCAGAGGCAGATGCTGAATGAAGGGCATGGTTGGGG
TAATTGTGGTGATGGTTCTGATGGAAACGAAGTTGATATCCAAGGACCGAATCGTAGTCT
CCTCCATTGTCTACTAGTCCATAATGAGGATCTTCTGCTCTTAGTTCCAGCTCATGTATG
AGATTCTTTTGTATGTCTTGTTGACTCTTGTTCTTTTTCTTGGTGGTCTCGATTTGATTC
CCAAGTGATTTAAACTTGCGCTCGCGAACGAGTTTGAAAGTGTTTTTCATTTCTTCCTCA
AGACTACGCAGCTCCTGAATATCAAGCTCGGCCAAACACTCACCTAGCCTCTGTTTAATC
TGAGTCCGGAGATTTCGATTTGTCTCTAACAGTTTCCTCTTGCTTTCTTGCATTCTCTCA
CAGTGAGCGCTCCAAACATCAACATCAGAAACTGTTTGGTATAGATCTATGATCTCCTTC
GTTGAGGTGTTAGGGCTGATGAACTCATGGAGCTTGTTGGAGCTAGAGAACATGATAATC
GAAACCCTAGCGTCACACAGAACCGTGAGCTCGTGGGCTTTCTTGAACAACCCATTTCTT
CTCTTTGAATACGTCACTTGTCGGTTGGTCTGGTTCTCTATCCTCTTGATCTGGATCTTC
CCTCTCGCCATTTTTCTTCTCTCTATTTAGTTTTTTGATGTTTTGTTGAAGAGACC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3FP09TF 704 0 0
GAAGGTAATGATATCAGAGGCAGATGCTGAATGAAGGGCATGGTTGGGGTAATTGTGGTG
ATGGTTCTGATGGAAACGAAGTTGATATCCAAGGACCGAATCGTAGTCTCCTCCATTGTC
TACTAGTCCATAATGAGGATCTTCTGCTCTTAGTTCCAGCTCATGTATGAGATTCTTTTG
TATGTCTTGTTGACTCTTGTTCTTTTTCTTGGTGGTCTCGATTTGATTCCCAAGTGATTT
AAACTTGCGCTCGCGAACGAGTTTGAAAGTGTTTTCCATTTCTTCCTCAAGACTACGCAG
CTCCTGAATATCAAGCTCGTCCAAACACTCACCTAGCCTCTGTTTAATCTGAGTCCGAAG
ATTTCTGTTTGTCTCCAACAGTTTCCTCTTGGTTTCTTGCATTCTCTCATAGTGAGCGCT
CCAAACATCAACATCAGAAACTGTTTGGTACAGATCTATGATCTCCTTCGTTGAGGTGTT
AGGGCTGATGAACTCATGAAGCTTGTTGGAGCTAGAGAACATGATAATCGAAACCCTAGC
GTCACATAGAACCGTGAGCTCGTGGGCTTTCTTGAACAACCCATTTCTTCTCTTTGAATA
CGTCACTTGTCGGTTGGTCTGGTTCTCTATCCTCTTGATCTGGATCTTCCCTCTCGCCAT
TTTTCTTCTCTCTATTTAGTTTTTTGATGTTTTGTT
GAAGAGCC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 2 11

CO CL199Contig1 829 3 48 U
GGAACGAAGAAGATAAAGCGAGGAACAGAGTTTTCTTCCAAAGGAATTGAATTTTGGTTT
CTCTTCAATTATTATCAGAAAAAAAAAATGATGAAGTTTTGCTTCATGACCTCTCATGGC
TATTCAATTCCTGGTGGGCTTGGTCTTCCTCATGAGCTCAGCAAAGCTGAAATCATCAAG
AGTAACCGGTCTTATCTGGTGAACCCTGGAGCAAAACAAGAGATCATACCTGCGAGCTCC
TTCAACCTGAATCCAGACCACTTGGAACCATGGAGACCGGTTTCTTCACTGAACAAATCT
AGCCAATTCGTGGAGCTTGATTCATCCATGATGAAACCTCTGCTCATGGATGTTCATGAC
AAGGCACCAGAATCTCTGGTTCTGAGCTTTGGAATCGCCGAGAAGTACGCGAGACAAGAG
AAAGTGATGGAGTTTCTACTCTCTCGGTCAGAGGAATTCAAAGAAAGAGGGTTTGATATG
TCTAAGCTATCAGAACTGATGGAGCTAGAGGCTATGAAATCAAGTTCTCAGCTACTTCCA
TACGGTGCTTCCTCTGTTCTTTACTTGAATAAAGATTTGGAGAAACCGGTTTTGG*ATCT
CGTTAGGGATATGATGGAGAATCCAGATTTCTCTCTGAAACCAAATGATCACCTTCTCTT
CTCCTCAAGTAGCAATGCTGAGCTGAATGATATACTTTCAGTCGCTTCTGAGTACAGTTT
GTCGAGAGATTCATCAAAATGGAGACAGCTCTCACCGCTTATCCCACACTTCAGAGGTTT
GACAGTGAAGTATAACACCGGTTACAGTATTAGCACCTTTGAGAGTCTG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 5 5 5 5 5 20 5 20 5 20 20 5 20 5 5 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B362TF U 1
AF RR3C309TF U 3
AF RR3E614TF U 43
BS 1 65 RR3B362TF
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BS 190 190 RR3C309TF
BS 191 274 RR3B362TF
BS 275 275 RR3C309TF
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BS 280 320 RR3B362TF
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BS 335 335 RR3C309TF
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BS 373 382 RR3B362TF
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BS 409 409 RR3C309TF
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BS 477 477 RR3C309TF
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BS 485 485 RR3C309TF
BS 486 533 RR3B362TF
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BS 597 624 RR3B362TF
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BS 684 733 RR3B362TF
BS 734 734 RR3C309TF
BS 735 772 RR3B362TF
BS 773 829 RR3E614TF

RD RR3B362TF 773 0 0
GGAACGAAGAAGATAAAGCGAGGAACAGAGTTTTCTTCCAAAGGAATTGAATTTTGGTTT
CTCTT******TCAACAAACCAGAAAAATGATGAAGTTTTGCTTCATGACATCTCATGGC
TATTCAATTCCTGGTGGGCTTGGTCTTCCTCATGAGCTCAGCAAAGCTGAAATCATCAAG
AGTAACCGGGCTTATCTGGTGAACCCTGGAGCAAAACAAGAGATCATACCTGCGAGCTCC
TTCAACCTGAATCCAGACCACTTGGAACCATGGAAACCAGTTTCTTCACTGAACAAATCT
AGCCAATTCGTGGAGCTTGACTCATCCATGATGAGACCTCTGCTCATGGATGTTCATGAC
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CTCCTCAAGTAGCAATGCTGAGTTGAATGATATACTTTCAGTCGCTTCTGAGTACAGTTT
GTCGAGAGATTCAGCAAAATGGAGACAGCTCTCACCGCTTATCCCACACTTCC

QA 1 773 1 773
DS 

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GAG
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CAATTATTATCAGAAAAAAAAAATGATGAAGTTTTGCTTCATGACCTCTCATGGCTATTC
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GAGATTCATCAAAATGGAGACAGCTCTC*CCGCTTATCCCACACTTC

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DS 

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QA 1 787 1 787
DS 



CO CL199Contig2 1576 8 18 U
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TCAATTATTATCAGAAAAAAAAATGATGAAGTTTTGCTTCATGACCTCTCATGGCTATTC
AATCCCTGGTGGGCTTGGTCCTCCTCACGAGCTCAGTAAGGTTGAGATCATCAAGAGTAA
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ATTCGTGGAGCTTGACTCATCCATGATGAGACCTCTGCTCATGGATGTTCATGGTAAGGA
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GAAAGTGATGGAGTTTCTACTCTCTCGGTCAGAGGAATTCAAAGAAAGAGGGTTTGACAT
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ATACGGTGCTTCCTCTGTTCTTTACTTGAATCAAGATTTGGAGAAACCGGTTTTGGATCT
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CTCCTCAAGTAGCAATGCTGAGCTGAATGATATACTTTCAGTCGCTTCTGAGTACAGTTT
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CTACAAAAGGAACCATCTCCACGCTTACGAGAGCCTCCTATCTTTAATGATAGGCAATGA
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GCTATGTAGCCTTGCTTCAAGGGGTGTGCCCTTTTGCGCAAACAAGTTTTTCGACACTGG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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ATACGGTGCTTCCTCTGTTCTTTACTTGAATCAAGATTTGGAGAAACCGGTTTTGGATCT
CGTTAGGGATATGATGGAGAATCCAGAGTTCTCT

QA 1 634 1 634
DS 

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AGGTTGAGATCATCAAGAGTAATCGGTCTTATCTGGTGAACCCTGGAGCAAAACAAGAGA
TCATACCAGCAAGCTCCTTCAACCTGAATCCTGAACACTTGGAACCGTGGAAACCGGTTT
CTTCACTGAGCAAATCTAGCCAATTCGTGGAGCTTGACTCATCCATGATGAGACCTCTGC
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TGGAGAAACCGGTTTTGGATCTCGTTAGGGATATGATGGAGAATCCAGAGTTCTCTCTGA
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CTTTGA
GAGTCT

QA 1 786 1 786
DS 

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TGTTCTTTACTTGAGTCAAGATTTGGAGAAACCGGTTTTGGATCTCGTTAGGGATATGAT
GGAGAATCCAGAGTTCTCTCTGAAACCAAATGATCACCTTCTCTTCTCCTCAAGTAGCAA
TGCTGAGCTGAATGATATACTTTCAGTCGCTTCTGAGTACAGTTTGTCGAGAGATTCAAC
AAAATGGAGACAGCTCTCACCGCTTATCCCACACTTCCAGAGGTTTGACAGTGA

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DS 

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G
TATCAGAACTGATGGAGCTAGAGGCTATGAAATCAAGTTCTCAGCTGCTTCCATACGGTG
CTTCCTCTGTTCTTTACTTGAGTCAAGATTTGGAGAAACCGGTTTTGGATCTCGTTAGGG
ATATGATGGAGAATCCAGAGTTCTCTCTGAAACCAAATGATCACCTTCTCTTCTCCTCAA
GTAGCAATGCTGAGCTGAATGATATACTTTCAGTCGCTTCTGAGTACAGTTTGTCGAGAG
ATTCAACAAAATGGAGACAGCTCTCACCGCTTATCCCACACTTCCAGAGGTTTGACAGTG
AAGTATTAACACCGGTTACAGTATTAGCACCTTTGAAGAGTCCTGAGAAAACCAGGCTCA
AGCCTTCACCAAAGAAACAAAACACAAAGCGTAAAGCTAAAGAGAGAGACCTCTACAAAA
GGAACCATCTCCACGCTTACGAGAGCCTCCTATCTTTAATGATAGGCAATGATCACCAAA
ACAAACAGACTACAATACTCACTTTACAGAGATCATGCGGAGAGCTCTCAGAGCTTCTTA
CTCAGTTTTCAGTCACCGCTGCTGGAACAGGAATGGCTGTGCTCTTCTCTGTGCTATGTA
GCCTTGCTTCAAGGGGTGTGCCCTTTTGCGCAAACAAGTTTTTCGACACTGGACTTGGTT
TCAGTTTGGTAATACTGTCTTGGGCTGTGAATAGACTGAGGGAAGTGATTGTTCATGTCA
ACAGGAAAGCAAACAAGCCATGCTCAAGTTTGA

QA 2 754 2 754
DS 

RD RR3E614JQ 680 0 0
AAATGGAGACAGCTCTCACCGCTTATCCCACACTTCCAGAGGTTTGACAGTGAAGTATTA
ACACCGGTTACAGTATTAGCACCTTTGAAGAGTCCTGAGAAAACCAGGCTCAAGCCTTCA
CCAAAGAAACAAAACACAAAGCGTAAAGCTAAAGAGAGAGACCTCTACAAAAGGAACCAT
CTCCACGCTTACGAGAGCCTTCTCTCTTTAATGATAGGCAACGATCATCAAAACAAGCAG
ACTACAATACTCACTTTACAGAGATCATGCGGCGAGCTTTCAGAGCTTCTTACTCAGTTT
TCAGTCACCGCTGCTGGAACAGGAATGGCTGTGCTCTTCTCTGTGGTCTGCAGCCTTGCT
TCAAGGGGTGTTCCCTTTTGTGCAAACAAGTTCTTCGACACTGGACTTGGTTTCAGTTTG
GTAATACTGTCTTGGGCTGTGAATAGACTGAGGGAAGTGATTGTTCATGTCAATAGGAAA
GCAAACGAGCCGTGCTCAAGTTTGAAGGGTGATGAGATCATGAACAATGTGGAGAGGAGC
ATCAAGGAGGTTTACTTCAGAGCTGCCACTGTAATCGCTGTGTTTGCACTTAGGTTTGCA
TGTTGAGGACTCAGCGGTGAAAGGTTTCAGAGTCTTTGATTTTACTACTCAATGGGAAAG
CTTGAAAGGTCGTTTGTAAA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3C309JQ 805 0 0
CAAGTAGCAATGCTGAGCTGAATGATATACTTTCAGTCGCTTCTGAGTACAGTTTGTCGA
GAGATTCATCAAAATGGAGACAGCTCTCACCGCTTATCCCACACTTCCAGAGGTTTGACA
GTGAAGTATTAACACCGGTTACAGTATTAGCACCTTTGAAGAGTCCTGAGAAAACCAGGC
TCAAGCCTTCACCAAAGAAACAAAACACAAAGCGTAAAGCTAAAGAGAGAGACCTCTACA
AAAGGAACCATCTCCACGCTTACGAGAGCCTTCTCTCTTTAATGATAGGCAACGATCATC
AAAACAAGCATACTACAATACTCACTTTACAGAGATCATGCGGCGAGCTTTCAGAGCTTC
TTACTCAGTTTTCAGTCACCGCTGCTGGAACAGGAATGGCTGTGCTCTTCTCTGTGGTCT
GCAGCCTTGCTTCAAGGGGTGTTCCCTTTTGTGCAAACAAGTTTTTCGACACTGGACTTG
GTTTCAGTTTGGTAATACTGTCTTGGGCTGTGAATAGACTGAGGGAAGTGATTGTTCATG
TCAATAGGAAAGCAAACAAGCCGTGCTCAAGTTTGAAGGGTGATGAGATCATGAACAATG
TGGAGAGGAGCATCAAGGAGGTTTACTTCAGAGCTGCCACTGTAATCGCTGTGTTTGCAC
TTAGGTTTGCATGTTGAGGACTCAGCGGTGAAAGGTTTCAGAATCTTTGATTTTACTACT
CAATGGGAAAGCTTGAAAGGTCGTTTGTAAATGACTAAAACTTGTTTGGTACTGAGCATA
TAAATGTGAAGATTATTTTGT
GTCG

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3D805JQ 800 0 0
TAGCAATGCTGAGCTGAATGATATACTTTCAGTCGCTTCTGAGTACAGTTTGTCGAGAGA
TTCAACAAAATGGAGACAGCTCTCACCGCTTATCCCACACTTCCAGAGGTTTGACAGTGA
AGTATTAACACCGGTTACAGTATTAGCACCTTTGAAGAGTCCTGAGAAAACCAGGCTCAA
GCCTTCACCAAAGAAACAAAACACAAAGCGTAAAGCTAAAGAGAGAGACCTCTACAAAAG
GAACCATCTCCACGCTTACGAGAGCCTCCTATCTTTAATGATAGGCAATGATCACCAAAA
CAAACAGACTACAATACTCACTTTACAGAGATCATGCGGAGAGCTCTCAGAGCTTCTTAC
TCAGTTTTCAGTCACCGCTGCTGGAACAGGAATGGCTGTGCTCTTCTCTGTGCTGTGTAG
CCTTGCTTCAAGGGGTGTGCCCTTTTGCGCAAACAAGTTTTTCGACACTGGACTTGGTTT
CAGTTTGGTAATACTGTCTTGGGCTGTGAATAGACTGAGGGAAGTGATTGTTCATGTCAA
CAGGGAAGCAAACAAGCCATGCTCAAGTTTGAAGGGTGATGAGATCATGAACAATGTGGA
GAGGAGCATCAAGGAGGTTTACTTCAGAGCTGCCACTGTAATCGCTGTGTTTGCACTTAG
GTTTGCATGTTGAGGACTCAGCGGTGAAAGGTTTCAGAATCTTTGATTTTACTACTCAAT
GGGAAAGCTTGAAAGGTCGTTTGTAAATGACTAAAACTTGTTTGGTACTGAGCATATAAA
TGTGAAGATGATTTTGT
GCC

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3D389TF 620 0 0
GT
GATCACCAAAACAAACAGACTACAATACTCACTTTACAGAGATCATGCGGAGAGCTCTCA
GAGCTTCTTACTCAGTTTTCAGTCACCGCTGCTGGAACAGGAATGGCTGTGCTCTTCTCT
GTGCTATGTAGCCTTGCTTCAAGGGGTGTGCCCTTTTGCGCAAACAAGTTTTTCGACACT
GGACTTGGTTTCAGTTTGGTAATACTGTCTTGGGCTGTGAATAGACTGAGGGAAGTGATT
GTTCATGTCAACAGGAAAGCAAACAAGCCATGCTCAAGTTTGAAGGGTGATGAGATCATG
AACAATGTGGAGAGGAGCATCAAGGAGGTTTACTTCAGAGCTGCCACTGTAATCGCTGTG
TTTGCACTTAGGCTTGCATGTTGAGGACTCAGCGGTGAAAGGTTTCAGAATCTTTGATTT
TACTACTCAATGGGAAAGCTTGAAAGGTCGTTTGTAAATGACTAAAACTTGTTTGGTACT
GAGCATATAAATGTGAAGATGATTTTGTGTCTTGTAGAACCTAAGATAAGAGGCCTAAGA
ATTTTGCAGAAAGAATAATGTTTTGTAAGAATCTCTTTCATTGATTTGATGAACGAGCAA
AGCTCATCATTGATTGTT

QA 3 620 3 620
DS 



AS 1 12

CO CL200Contig1 530 12 1 U
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAATTAAGCAGGAGAAGAAA*TGGCAAA*GATATCCA
ACTTTGCATGCTTGACCACAACCGTTTTACTTGTCCTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATCC
CGAAGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTG
AAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTTCATTGTGACGGGGTGT
GTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATC
AACCACCAAGCTAATATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACG
TATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGGAGTT*GTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACAT
GTACTTTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGTTTGTTTGTAACTTTGT
ATATCTTATCATTGATAAGTCCCAACTATCGATAATCTGTTTTCCAGTTC


BQ
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 35 35 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 35 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 55 55 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 
65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A565JQ C 29
AF RR3CN08JQ C 100
AF RR3EL56JQ C 1
AF RR3CN08TF U 1
AF RR3CS40TF U 75
AF RR3EL56TF U 1
AF RR3A565TF U 1
AF RR3FD50TF U 1
AF RR3GW53JQ C 1
AF RR3GW53TF U 1
AF RR3AA05JQ C 1
AF RR3AA05TF U 1
BS 1 530 RR3A565TF

RD RR3A565JQ 260 0 0
AAGCAGGAGAAGAAAATGGCAAAAGATATCCAACTTTGCATGCTTGACCACAACCGTTTT
ACTTGTCCTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATCCCGAAGAGCAACGCATGTCATACATTTTT
AGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTGAAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATC
AAAGTTTGGAGCTCTTCATTGTGACGGGGTGTGTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTG
CCACTGCTATGGACAGCCAT

QA 1 260 1 260
DS 

RD RR3CN08JQ 373 0 0
TGGTTGTTTCCAATGGAATCCCGAAGAGCAACGCATGTCATACATTTTTAGGTGAATGGG
ATGTGCCATCACCATGTACTGAAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAG
CTTTTCATTGTGACGGGGTGTGTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATG
GACAGCCATGAAAATTTAATCAACCACCAAGTTAATATACGTGCAAACCATCTCGCTTTA
TCACTTTGTTTGTAATTCAGGTATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGGAGTT*GTCCCAC
TGCTCAAGCCTATTTATACGTGTACTTTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCT
GATGTTTGTTTGT

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR3EL56JQ 472 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAATTAAGCAGGAGAAGAAA*TGGCAAA*GATATCCA
ACTTTGCATGCTTGACCACAACCGTTTTACTTGTCCTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATCC
CGAAGAGCAACGCATGTCATACATTTTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTG
AAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTTCATTGTGACGGGGTGT
GTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATC
AACCACCAAGCTAATATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACG
TATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGGAGTT*GTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACAT
GTACTTTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGTTTGTTTGT

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3CN08TF 472 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAATTAAGCAGGAGAAGAAA*TGGCAAA*GATATCCA
ACTTTGCATGCTTGACCACAACCGTTTTACTTGTCCTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATCC
CGAAGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTG
AAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTTCATTGTGACGGGGTGT
GTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATC
AACCACCAAGCTAATATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACG
TATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGGAGTT*GTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACGT
GTACTTTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGTTTGTTTGT

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3CS40TF 398 0 0
ACCACAACCGTTTTACTTGTCCTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATCCCGAAGAGCAACGCA
TGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTGAAACCAATTGTGAA
GCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTCCATTGTGACGGGGTGTGTGAAGTTGAAGGT
ACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATCAACCACCAAGCTAA
TATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACGTATCTGTGCATAAA
TAATAGATGGGGGAGTTTGTCCCACTGCTCAAGCCTGTTTATACGTGTACTCTTGTGTTG
TGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGTTTGTTTGT

QA 1 398 1 398
DS 

RD RR3EL56TF 472 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAATTAAGCAGGAGAAGAAA*TGGCAAA*GATATCCA
ACTTTGCATGCTTGACCACAACCGTTTTACTTGTCCTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATCC
CGAAGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTG
AAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTTCATTGTGACGGGGTGT
GTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATC
AACCACCAAGCTAATATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACG
TATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGGAGTT*GTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACAT
GTACTTTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGTTTGTTTGT

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3A565TF 530 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAATTAAGCAGGAGAAGAAA*TGGCAAA*GATATCCA
ACTTTGCATGCTTGACCACAACCGTTTTACTTGTCCTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATCC
CGAAGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTG
AAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTTCATTGTGACGGGGTGT
GTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATC
AACCACCAAGCTAATATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACG
TATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGGAGTT*GTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACAT
GTACTTTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGTTTGTTTGTAACTTTGT
ATATCTTATCATTGATAAGTCCCAACTATCGATAATCTGTTTTCCAGTTC

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR3FD50TF 524 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAATTAAGCAGGAGAAGAAA*TGGCAAA*GATATCCA
ACTTTGCATGCTTGACCACAACCGTTTTACTTGTCCTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATCC
CGAAGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTG
AAACCAATTGTGAAGCCTGTTGCCTATCAAAGTTTGGAGCTCTTCATTGTGACGGG***T
GTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATC
AACCACCAAGCTAATATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACG
TATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGGAGTT*GTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACAT
GTACTTTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGTCTGTTTGTAACTTTGT
ATATCTTATCATTGATAAGTCCCAACTATCGATAATCTGTTTTC

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR3GW53JQ 525 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAATTAAGCAGGAGAAGAAA*TGGCAAA*GATATCCA
ACTTTGCATGCTTGACCAC***CGTTTTACTTGTCCTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATCC
CGAAGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTG
AAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTTCATTGTGACGGGGTGT
GTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATC
AACCACCAAGCTAATATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACG
TATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGGAGTT*GTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACAT
GTACTTTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACTTCTGATGTTTGTTTGTAACTTTGT
ATATCTTATCATTGATAAGTCCCAACTATCGATAATCTGTTTTC
C

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR3GW53TF 525 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAATTAAGCAGGAGAAGAAA*TGGCAAA*GATATCCA
ACTTTGCATGCTTGACCAC***CGTTTTACTTGTCCTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATCC
CGAAGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTG
AAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTTCATTGTGACGGGGTGT
GTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATC
AACCACCAAGCTAATATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACG
TATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGGAGTT*GTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACAT
GTACTTTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGTTTGTTTGTAACTTTGT
ATATCTTATCATTGATAAGTCCCAACTATCGATAATCTGTTTTC
C

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR3AA05JQ 513 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAATTAAGCAGGAGAAGAAA*TGGCAAA*GACATCCA
ACTTTGCATGCTTGACCACAACCGTTTTACTTGTCCTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATCC
CGAAGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTG
AAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTTCATTGTGACGGGGTGT
GTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATC
AACCACCAAGCTAATATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACG
TATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGGAGTT*GTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACAT
GTACTTTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGTTTGTTTGTAACTTTGT
ATATCTTATCATTGATAAGTCCCAACTATCGAT

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3AA05TF 513 0 0
AAAGCTTAAAGCCAAAGAAAAAGAAATTAAGCAGGAGAAGAAA*TGGCAAA*GACATCCA
ACTTTGCATGCTTGACCACAACCGTTTTACTTGTCCTCTTGGTTGTTTCCAATGGAATCC
CGAAGAGCAACGCATGTCATACATTCTTAGGTGAATGCGATGTGCCATCACCATGTACTG
AAACCAATTGTGAAGCCTGTTGTCTATCAAAGTTTGGAGCTCTTCATTGTGACGGGGTGT
GTGAAGTTGAAGGTACGGAAGAACACTGCCACTGCTATGGACAGCCATGAAAATTTAATC
AACCACCAAGCTAATATACGTGCAAACCATCTCGCTTTATCACTTTGTTTGTAATTCACG
TATCTGTGCATAAATAATAGATGGGGGAGTT*GTCCCACTGCTCAAGCCTATTTATACAT
GTACTTTTGTGTTGTGTGCTCTTTTAATAAAATACATCTGATGTTTGTTTGTAACTTTGT
ATATCTTATCATTGATAAGTCCCAACTATCGAT

QA 1 513 1 513
DS 



AS 2 9

CO CL201Contig1 923 7 13 U
GGGAGTGATGAAAAAAAAAGAAAAAACAGAGATCTCTTATCCGAACAGACAAAACTTAAG
GCAATGAACATTGATCATCTATAGACTTGTAAGTGGTAGCCATTATGGCAGTCTCTTCAC
TCTCAATCCGCTTTTGTGTTTCACCAACAATCTCGCACAAGACAGATATTCCCTGTCCAA
ACCCATCACTCAGAGCTTGTTGTTCACTTTCATCCGGCAGCAGTCTTGACTCCTCGGAGA
ATAGAAATGGAAGCAACTGGAAGAGAAGGCAAGCTCTTGTGGGAGTAGGAACTTTATTGG
CAACTTCAGTTCCAGCAACTTTGCTACTTGCTGAAGAGGTACCAAAAAGCTACTCTGCTT
TTGTGGATAGAGAAGATGGTTATTCGTATTATTACCCATCAGACTGGAGGGAATTTGACT
TCAGGGCACATGATTCAGCCTTCAAGGATAGATATTTGCAGCTGCAGAATGTTCGTGTCA
GGTTCATACCAACAGAGAAAAAAGACATCCACGAAGTGGGTCCAATGGATGAGGTGGTTT
ATGATTTAGTGAAGCATAAGTTTGCAGCACCAAACCAAGTAGCTACCATCTATGATATGA
AAGAGAGGGTGGAGGATGGAAGGAGCTATTACACATTTGAGTATGGACTAAGAACTCCCA
TCTATGCAACCACTTCTTTTGCAACTGTGGCTGTTGGAAACAACAGATACTACACACTCA
TAGTTGGAGCAAACGAGAGAAGATGG*AGGAAAGTGAAGAAGCAGCTCCAAGTTGTTGCT
GACTCTTTGAAGATTCTTCAGATTTGACGAGAGATAATAAACAAATCTTCTGTTACTCTG
TTGGTTACAAAACTGTATGTAGATTTCAGTTGATATTCTTATATTCTCTACAACTCCAAT
GATGTTTTGCTTCAATAATAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DS01TF U 1
AF RR3EA79TF U 87
AF RR3BH56TF U 71
AF RR3H260TF U 87
AF RR3BH56JQ C 160
AF RR3EA79JQ C 356
AF RR3H260JQ C 367
BS 1 563 RR3DS01TF
BS 564 564 RR3BH56TF
BS 565 700 RR3DS01TF
BS 701 746 RR3BH56TF
BS 747 747 RR3EA79TF
BS 748 757 RR3BH56TF
BS 758 758 RR3EA79TF
BS 759 816 RR3BH56TF
BS 817 817 RR3H260TF
BS 818 851 RR3BH56TF
BS 852 852 RR3BH56JQ
BS 853 892 RR3BH56TF
BS 893 923 RR3BH56JQ

RD RR3DS01TF 700 0 0
GGGAGTGATGAAAAAAAAAGAAAAAACAGAGATCTCTTATCCGAACAGACAAAACTTAAG
GCAATGAACATTGATCATCTATAGACTTGTAAGTGGTAGCCATTATGGCAGTCTCTTCAC
TCTCAATCCGCTTTTGTGTTTCACCAACAATCTCGCACAAGACAGATATTCCCTGTCCAA
ACCCATCACTCAGAGCTTGTTGTTCACTTTCATCCGGCAGCAGTCTTGACTCCTCGGAGA
ATAGAAATGGAAGCAACTGGAAGAGAAGGCAAGCTCTTGTGGGAGTAGGAACTTTATTGG
CAACTTCAGTTCCAGCAACTTTGCTACTTGCTGAAGAGGTACCAAAAAGCTACTCTGCTT
TTGTGGATAGAGAAGATGGTTATTCGTATTATTACCCATCAGACTGGAGGGAATTTGACT
TCAGGGCACATGATTCAGCCTTCAAGGATAGATATTTGCAGCTGCAGAATGTTCGTGTCA
GGTTCATACCAACAGAGAAAAAAGACATCCACGAAGTGGGTCCAATGGATGAGGTGGTTT
ATGATTTAGTGAAGCATAAGTTTACAGCACCAAACCAAGTAGCTACCATCTATGATATGA
AAGAGAGGGTGGAGGATGGAAGGAGCTATTACACATTTGAGTATGGACTAAGAACTCCCA
TCTATGCAACCACTTCTTTTGCAACTGTGGCTGTTGGAAA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3EA79TF 702 0 0
GG
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AATCTCGCACAAGACAGATATTCCCTGTCCAAACCCATCACTCAGAGCTTGTTGTTCACT
TTCATCCGGCAGCAGTCTTGACTCCTCGGAGAATAGAAATGGAAGCAACTGGAAGAGAAG
GCAAGCTCTTGTGGGAGTAGGAACTTTATTGGCAACTTCAGTTCCAGCAACTTAGCTACT
TGCTGAAGAGGTACCAAAAAGCTACTCTGCTTTTGTGGATAGAGAAGATGGTTATTCGTA
TTATTACCCATCAGACTGGAGGGAATTTGACTTCAGGGCACATGATTCAGCCTTCAAGGA
TAGATATTTGCAGCTGCAGAATGTTCGTGTCAGGTTCATACCAACAGAGAAAAAAGACAT
CCACGAAGTGGGTC*AATGGATGAGGTGGTTTATGATTTAGTGAAGCATAAGTTTGCAGC
ACCAAACCAAGTAGCTACCATCTATGATATGAAAGAGAGGGTGGAGGATGGAAGGAGCTA
TTACACACTTGAGTATGGACTAAGAACTCCCATCTATGCAACCACTTCTTTTGCAACTGT
GGCTGTTGGAAACAACAGATACTACACACTCATAGTTGGAGCAAACGAGAGAAGACG**A
GGAAAGTGAAGAAGCAGCTCCAAGTTGTTGCTGACTCTTT

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR3BH56TF 825 0 0
GG
GATCATCTATAGACTTGTAAGTGGTAGCCATTATGGCAGTCTCTTCACTCTCAATCCGCT
TTTGTGTTTCACCAACAATCTCGCACAAGACAGATATTCCCTGTCCAAACCCATCACTCA
GAGCTTGTTGTTCACTTTCATCCGGCAGCAGTCTTGACTCCTCGGAGAATAGAAATGGAA
GCAACTGGAAGAGAAGGCAAGCTCTTGTGGGAGTAGGAACTTTATTGGCAACTTCAGTTC
CAGCAACTTTGCTACTTGCTGAAGAGGTACCAAAAAGCTACTCTGCTTTTGTGGATAGAG
AAGATGGTTATTCGTATTATTACCCATCAGACTGGAGGGAATTTGACTTCAGGGCACATG
ATTCAGCCTTCAAGGATAGATATTTGCAGCTGCAGAATGTTCGTGTCAGGTTCATACCAA
CAGAGAAAAAAGACATCCACGAAGTGGGTCCAATGGATGAGGTGGTTTATGATTTAGTGA
AGCATAAGTTTGCAGCACCAAACCAAGTAGCTACCATCTATGATATGAAAGAGAGGGTGG
AGGATGGAAGGAGCTATTACACATTTGAGTATGGACTAAGAACTCCCATCTATGCAACCA
CTTCTTTTGCAACTGTGGCTGTTGGAAACAACAGATACTACACACTCATAGTTGGAGCAA
ACGAGAGAAGATGGGAGGAAAGTGAGGAAGCAGCTCCAAGTTGTTGCTGACTCTTTGAAG
ATTCTTCAGATTTGACGAGAGATA*TAAACAAATCTTCTGTTACTCTGTTGGTTACAAA*
CTGTATGTAGATTTCAGTTGATATTCTTATATTCTCTACA
CTC

QA 3 822 3 822
DS 

RD RR3H260TF 783 0 0
GG
GTAAGTGGTAGCCATTATGGCAGTCTCTTCACTCTCAATCCGCTTTTGTGTTTCACCAAC
AATCTCGCACAAGACAGATATTCCCTGTCCAAACCCATCACTCAGAGCTTGT*GTTCACT
TTCATCCGGCAGCAGTCTTGACTCCTCGGAGAATAGAAATGGAAGCAACTGGA*GAGAAG
GCAAGCTCTTGTGGGAGTAGGAACTTTATTGGCAACTTCAGTTCCAGCAACTTTGCTACT
TGCTGAAGAGGTACCAAAAAGCTACTCTGCTTTTGTGGATAGAGAAGATGGTTATTCGTA
TTATTACCCATCAGACTGGAGGGAATTTGACTTCAGGGCACATGATTCAGCCTTCAAGGA
TAGATATTTGCAGCTGCAGAATGTTCGTGTCAGGTTCATACCAACAGAGAAAAAAGACAT
CCACGAAGTGGGTCCAATGGATGAGGTGGTTTATGATTTAGTGAAGCATAAGTTTGCAGC
ACCAAACCAAGTAGCTACCATCTATGATATGAAAGAGAGGGTGGAGGATGGAAGGAGCTA
TTACACATTTGAGTATGGACTAAGAACTCCCATCTATGCAACCACTTCTTTTGCAACTGT
GGCTGTTGGAAACAACAGATACTACACACTCATAGTTGGAGCAAACGAGAGAAGATGG*A
GGAAAGTGAAGAAGCAGCTCCAAGTTGTTGCTGACTCTTTGAAGATTCTTCAGATTTGAC
*AGAGATAATAAACAAATCTTCTGTTACTCTGTTGGTTACAAA*CTGTATGTAGATTTCA
G

QA 3 783 3 783
DS 

RD RR3BH56JQ 764 0 0
AGACAGATATTCCCTGTCCAAACCCATCACTCAGAGCTTGTTGTTCACTTTCATCCGGCA
GCAGTCTTGACTCCTCGGAGAATAGAAATGGAAGCAACTGGAAGAGAAGGCAAGCTCTTG
TGGGAGTAGGAACTTTATTGGCAACTTCAGTTCCAGCAACTTTGCTACTTGCTGAAGAGG
TACCAAAAAGCTACTCTGCTTTTGTGGATAGAGAAGATGGTTATTCGTATTATTACCCAT
CAGACTGGAGGGAATTTGACTTCAGGGCACATGATTCAGCCTTCAAGGATAGATATTTGC
AGCTGCAGAATGTTCGTGTCAGGTTCATACCAACAGAGAAAAAAGACATCCACGAAGTGG
GTCCAATGGATGAGGTGGTTTATGATTTAGTGAAGCATAAGTTTGCAGCACCAAACCAAG
TAGCTACCATCTATGATATGAAAGAGAGGGTGGAGGATGGAAGGAGCTATTACACATTTG
AGTATGGACTAAGAACTCCCATCTATGCAACCACTTCTTTTGCAACTGTGGCTGTTGGAA
ACAACAGATACTACACACTCATAGTTGGAGCAAACGAGAGAAGATGG*AGGAAAGTGAGG
AAGCAGCTCCAAGTTGTTGCTGACTCTTTGAAGATTCTTCAGATTTGACGAGAGATAATA
AACAAATCTTCTGTTACTCTGTTGGTTACAAAACTGTATGTAGATTTCAGTTGATATTCT
TATATTCTCTACAACTCCAATGATGTTTTGCTTCAATAATAGAG

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3EA79JQ 568 0 0
TGCTTTTGTGGATAGAGAAGATGGTTATTCGTATTATTACCCATCAGACTGGAGGGAATT
TGACTTCAGGGCACATGATTCAGCCTTCAAGGATAGATATTTGCAGCTGCAGAATGTTCG
TGTCAGGTTCATACCAACAGAGAAAAAAGACATCCACGAAGTGGGTC*AATGGATGAGGT
GGTTTATGATTTAGTGAAGCATAAGTTTGCAGCACCAAACCAAGTAGCTACCATTTATGA
TATGAAAGAGAGGGTGGAGGATGGAAGGAGCTATTACACACTTGAGTATGGACTAAGAAC
TCCCATCTATGCAACCACTTCTTTTGCAACTGTGGCTGTTGGAAACAACAGATACTACAC
ACTCATAGTTGGAGCAAACGAGAGAAGACGG*AGGAAAGTGAAGAAGCAGCTCCAAGTTG
TTGCTGACTCTTTGAAGATTCTTCAGATTTGACAAGAGATAATAAACAAATCTTCTGTTA
CTCTGTTGGTTACAAAACTGTATGTAGATTTCAGTTGATATTCTTATATTCTCTACAACT
CCAATGATGTTTTGCTTCAATAATAGAG

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3H260JQ 557 0 0
ATAGAGAAGATGGTTATTCGTATTATTACCCATCAGACTGGAGGGAATTTGACTTCAGGG
CACATGATTCAGCCTTCAAGGATAGATATTTGCAGCTGCAGAATGTTCGTGTCAGGTTCA
TACCAACAGAGAAAAAAGACATCCACGAAGTGGGTCCAATGGATGAGGTGGTTTATGATT
TAGTGAAGCATAAGTTTGCAGCACCAAACCAAGTAGCTACCATTTATGATATGAAAGAGA
GGGTGGAGGATGGAAGGAGCTATTACACATTTGAGTATGGACTAAGAACTCCCATCTATG
CAACCACTTCTTTTGCAACTGTGGCTGTTGGAAACAACAGATACTACACACTCATAGTTG
GAGCAAACGAGAGAAGATGG*AGGAAAGTGAAGAAGCAGCTCCAAGTTGTTGCTGACTCT
TTGAAGATTCTTCAGATTTGACAAGAGATAATAAACAAATCTTCTGTTACTCTGTTGGTT
ACAAAACTGTATGTAGATTTCAGTTGATATTCTTATATTCTCTACAACTCCAATGATGTT
TTGCTTCAATAATAGAG

QA 1 557 1 557
DS 



CO CL201Contig2 864 2 6 U
AGAAATTTCATCTCTATTATTGAACCAAAACATCATTGGAGTTGTAGAGAATATAAGAAT
ATCAACTGAAATCTACATACAGTTTTGTAACCGACAGAGTATAGATAAAGAGTAACAGAA
GATTTGTTTATTGTCTCTTGTCAAATCTGAAGAATCTTCAAAGAGTCGGCAACAACTTGA
AGCTGCTTATTGACTTTCCTCCATCTTCTCTCGTTTGCTCCAACTATGAGTGTGTAGTAT
CTGTTGTTTCCAACAGCCACAGTTGCAAAAGAAGTGGTTGCATAGATGGGAGTTCTTAGT
CCATACTCAAATGTGTAATAGCTCCTTCCATCCTCCACCCTCTCTTTCATATCATAGATG
GTAGCTACTTGATTTGGTGCTGCAAACTTATGCTTCACTAGATCATAAACCACCTCATCC
ATTGGACCCACTTAGCGGACGTCTGTTTTCTCTGTTGGTATGAACCTGACACGAACATTC
TGCAGCTGCAAATATCTATCCTTGAAGGCTGAATCATGTGCCCTGAAGTCAAATTCCCAC
CCTCCAGTCTGATGGGTAATAATACGAATAACCATCTTCTCTATCCACAAAAGCAGAGTA
GCTTTTTGGTACCTCTTCAGCAAGAAGCAAAGTTGCTGGAACTGAAGTTGCCAATAAAGT
TCCTACTCCCACAAGAGCTTGCCTTCTCTTCCAGTTGCTTCCATTTCCATTCTCCGAGGA
GTCAAGACTGCTGCCGGAAGAAAGTGAACAACAAGCTCTGAGTGATGGGTTTGGACAGAG
AATATCTGTCTTGTGCGAGATTGTTGGTGAAACACAAAAGCGGATTGAGAGTGAATAGAC
TGCCATAATGGCCACCAAAGTCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM33JQ U 1
AF RR3B970JQ U 12
BS 1 188 RR3FM33JQ
BS 189 189 RR3B970JQ
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GTAGCTACTTGATTTGGTGCTGCAAACTTATGCTTCACTAGATCATAAACCACCTCATCC
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GCTTTTTGGTACCTCTTCAGCAAGAAGCAAAGTTGCTGGAACTGAAGTTGCCAATAAAGT
TCCTACTCCCACAAGAGCTTGCC

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DS 

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AACAGCCACAGTTGCAAAAGAAGTGGTTGCATAGATGGGAGTTCTTAGTCCATACTCAAA
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ATGGGTAATAATACGAATAACCATCTTCTCTATCCACAAAAGCAGAGTAGCTTTTTGGTA
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TGTGCGAGATTGTTGGTGAAACACAAAAGCGGATTGAGAGTGAATAGACTGCCATAATGG
CCACCAAAGTCTA

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 11

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AAACCATCATCACTTCTTCCTCGTCGAAGCCCTTTTCGCCGGAGACTTCACCTTCGCACT
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CTTCTTAACCGCAGCCGGTTTAGCCGCTGAAGCAGAAGGAATCTTGAAAGAGGCTTTGAC
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GGCTTCGGCGTCTCCTGACTCCACGACCTTGGGTTCTTCCTCCGTCGACATCTCTTTTAG
GGATTTGAAAAAGTTTTTTTTTGTTTGTTTTGTTGGTTTTGAGATCC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 55 55 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 
65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 40 55 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

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DS 

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QA 1 717 1 717
DS 

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DS 

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AACAAGCCCCCTTCATAGACGATTCAATTATACAAAAGACTTATAACCCTAAGAGAAGCT
AAACCATCATCACTTCTTCCTCGTCGAAGCCCTTTTCGCCGGAGACTTCACCTTCGCACT
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TGCCTTAGGCTTAGCAGCAGAAGCAGCAGGTTTCTTGGTTCCTTTAGCAGCTGGTTTGGC
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CTTCTTAACCGCAGCCGGTTTAGCCGCTGAAGCAGAAGGAATCTTGAAAGAGGCTTTAAC
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DS 

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QA 1 797 1 797
DS 

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CATCATCACTTCTTCCTCGTCGAAGCCCTTTTCGCCGGAGACTTCACCTTCGCACTCTTA
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GGAGCAGCCTTCTTCCCTGGAGATGTCCTACTCGAAGTCCTCGAAGCTTTAGCAGGTCTC
TCCTTCGCCTTAGGCTTCGCAGCAACCGCCTTCGTCTTCGAAACAGCAGCTACACTCTTC
GTCTTAGGCTTCGCAGTAACTTTCAGCTTCGCAGCAGCTTTAGTTGTCGTTGTCTTTGCC
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TTAACCGCAGCCGGTTTAGCCGCTGAAGCAGAAGGAATCTTGAAAGAGGCTTTGACTTTG
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GTCCTCTCCTTCAACGTCACGATCACATCCTTTATCATCTCTTCGTAAAGAGGATGAGAC
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TTCTT

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DS 

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TTCGTCTTCGAAACAGCAGCTACACTCTTCGTCTTAGGCTTCGCAGTAACTTTCGGCTTC
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TTGGTTCCTTTAGCAGCTGGTTTGGCCTTCTTAGCAGGAGCAGCAGCTGCTTTACCCTTC
GGTTTAGTAACCGTAGCAGCCGGTTTCTTCTTAACCGCAGCCGGTTTAGCCGCTGAAGCA
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AGATTGACGAGAAGAAGCCTCCTGAAAGTAGGAGGAAGCGACTTCTGCTTCTCCTCGATG
AACTTCTGAATCGCGTATTGACTAGATCCGGTCCTCTCCTTCAACGTCACGATCGCATCC
TTTATCATCTCTTCGTAAGGAGGATGAGACGAAGTGGTTCTCTTCCTCGGTGCAGCAGCA
GCAGCAGGCTTCTTCTTAGCTTCCTTCGTCTTCTTAGCTTTAGCTTTAGCAGGTTTCTTC
TCCGTCGTCGTCGTCACCGTGGCGTCGGCTTCGGCGTCTCCTGACTCCACGACCTTGGGT
TC**CCTCCGTCGACATCTCCTTTAGGGATTTGAAAAAGTTTTTTTTTGTTTGTTTTGTT
GGTTTTGAGATCC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3CU07TF 703 0 0
CTCTCTTCGCTTA
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CAGTAACTTTCGGCTTCGCAGCAGCTTTAGTTGTCGTTGTCTTTGCCTTAGGCTTAGCAG
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CAGCTGCTTTACCCTTCGGTTTAGTAACCGTAGCAGCCGGTTTCTTCTTAACCGCAGCCG
GTTTAGCCGCTGAAGCAGAAGGAATCTTGAAAGAGGCTTTGACTTTGACGAGCTTCCCGG
AAGCGACGAGTCTCCTGAGATTGACGAGAAGAAGCTTCCTGAAAGTAGGAGGAAGCGACT
TCTGCTTCTCCTCGATGAACTTCTGAATCGCGTATTGGCTAGATCCGGTCCTCTCCTTCA
ACGTCACGATCGCATCCTTTATCATCTCTTCGTAAGGAGGATGAGACGAAGTGGTTCTCC
TCCTCGGTGCAGCAGCAGCAGCAGGCTTCTTCTTAGCTTCCTTCGTCTTCTTAGCTTTAG
CTTTAGCAGGTTT**TCTCCGTCGTCGTCGTCACCGTGGCGTCGGCCTCGGCGTCTCCTG
ACTCCACGACCTTGGGTTCTTCCTCCGTCGACATCTCTTTTAGGGATTTGAAAAAGTTTT
TTTTTGTTTGTTTTGTTGGTTTTGAGATCC

QA 14 703 14 703
DS 

RD RR3AU54TF 672 0 0
TCGTCTTCGAAACAGCAGCTACACTCTTCGTCTTAGGCTTCGCAGTAACTTTCGGCTTCG
CAGCAGCTTTAGTTGTCGTTGTCTTTGCCTTAGGCTTAGCAGCAGAAGCAGCAGGTTTCT
TGGTTCCTTTAGCAGCTGGTTTGGCCTTCTTAGCAGGAGCAGCAGCTGCTTTACCCTTCG
GTTTAGTAACCGTAGCAGCCGGTTTCTTCTTAACCGCAGCCGGTTTAGCCGCTGAAGCAG
AAGGAATCTTGAAAGAGGCTTTGACTTTGACGAGCTTCCCGGAAGCGACGAGTCTCCTGA
GATTGACGAGAAGAAGCTTCCTGAAAGTAGGAGGAAGCGACTTCTGCTTCTCCTCGATGA
ACTTCTGAATCGCGTATTGGCTAGATCCGGTCCTCTCCTTCAACGTCACGATCGCATCCT
TTATCATCTCTTCGTAAGGAGGATGAGACGAAGTGGTTCTCTTCCTCGGTGCAGCAGCAG
CAGCAGGCTTCTTCTTAGCTTCCTTCGTCTTCTTAGCTTTAGCTTTAGCAGGTTTCTTCT
CCGTCGTCGTCGTCACCGTGGCGTCGGCTTCGGCGTCTCCTGACTCCACGACCTTGGGTT
CTTCCTCCGTCGACATCTCTTTTAGGGATTTGAAAAAGTTTTTTTTTGTTTGTTTTGTTG
GTTTTGAGATCC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3FU96TF 669 0 0
TCTTCGAAACAGCAGCTACACTCTTCGTCTTAGGCTTCGCAGTAACTTTCGGCTTCGCAG
CAGCTTTAGTTGTCGTTGTCTTTGCCTTAGGCTTAGCAGCAGAAGCAGCAGGTTTCTTGG
TTCCTTTAGCAGCTGGTTTGGCCTTCTTAGCAGGAGCAGCAGCTGCTTTACCCTTCGGTT
TAGTAACCGTAGCAGCCGGTTTCTTCTTAACCGCAGCCGGTTTAGCCGCTGAAGCAGAAG
GAATCTTGAAAGAGGCTTTAACTTTGACGAGCTTCCCGGAAGCGACGAGTCTCCTGAGAT
TGACGAGAAGAAGCTTCCTGAAAGTAGGAGGAAGCGACTTCTGCTTCTCCTCGATGAACT
TCTGAATCGCGTATTGGCTAGATCCGGTCCTCTCCTTCAACGTCACGATCGCATCCTTTA
TCATCTCTTCGTAAGGAGGATGAGACGAAGTGGTTCTCTTCCTCGGTGCAGCAGCAGCAG
CAGGCTTCTTCTTAGCTTCCTTCGTCTTCTTAGCT**AGCTTTAGCAGGTTTCTTCTCCG
TCGTCGTCGTCACCGTGGCTTCGGCTTCGGTGTCTCCCGACTCCACGACCTTGGGTTCTT
CCTCCGTCGACATCT*TTTTAGGGATTTGAATAAGTTTTTTTTTTTTTGTTTTGTTGGTT
TTGAGATCC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3D725TF 670 0 0
GTCTTCGAAACAGCAGCTACACTCTTCGTCTTAGGCTTCGCAGTAACTTTCGGCTTCGCA
GCAGCTTTAGTTGTCGTTGTCTTTGCCTTAGGCTTAGCAGCAGAAGCAGCAGGTTTCTTG
GTTCCTTTAGCAGCTGGTTTGGCCTTCTTAGCAGGAGCAGCAGCTGCTTTACCCTTCGGT
TTAGTAACCGTAGCAGCCGGTTTCTTCTTAACCGCAGCCGGTTTAGCCGCTGAAGCAGAA
GGAATCTTGAAAGAGGCTTTGACTTTGACGAGCTTCCCGGAAGCGACGAGTCTCCTGAGA
TTGACGAGAAGAAGCTTCCTGAAAGTAGGAGGAAGCGACTTCTGCTTCTCCTCGATGAAC
TTCTGAATCGCGTATTGGCCAGATCCGGTCCTCTCCTTCAACGTCACGATCGCATCCTTT
ATCATCTCTTCGTAAGGAGGATGAGACGAAGTGGTTCTCTTCCTCGGTGCAGCAGCAGCA
GCAGGCTTCTTCTTAGCTTCCTTCGTCTTCTTAGCTTTAGCTTTAGCAGGTTTCTTCTCC
GCCGTCGTCGTCACCGTGGCGTCGGCTTCGGCGTCTCCTGACTCCACGACCTTGGGTTCT
TCCTCCGTCGACATCTCTTTTAGGGATTTGAAAAAGTTTTTTTTTGTTTGTTTTGTTGGT
TTTGAGATCC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 3 11

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TCCTCTCCCATTTCCCCTGCTACTCAGCTTGGTTCGAGCAGAAGTGCTACTATGTTGGCC
ATGTCACGTGGGATGATGTTTGTGAAGCCAGCGAGGACGAGTCACCAGATGGTGAGGAAG
GAGAAGATTGGTGTGAGAATCGCTTGTCAGGCGACGAGTATACCAGCAGACAACGTTCCA
GACATGGAAAAGAGGAAAACTTTGAATCTTCTTCTCGTCGGGGCTCTTTCTCTCCCTACT
GGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTACCTTCTTCGCTCCTCCTGGATCCGGAGGTGGAGGT
GGTGGTACTCCAGCCAAGGATGCACTTGGAAACGATGTCATTGCAGCAGAATGGCTCAAG
ACTCATGGTGCTGGTGATCGAACCTTGACCCAAGGATTGAAGGGAGATCCAACTTACCTA
GTTGTGGAGAACGACAAGACACTAGCGACCTACGGTATAAACGCAGTGTGCACTCATCTA
GGATGTGTTGTGCCGTGGAACAAAGCTGAGAACAAGTTCCTATGTCCTTGCCATGGATCC
CAATACAATGCACAAAGCAGAGTCGTTAGAGGTCCAGCTCCATTGTCGCTTGCGTTGGCA
CATGCGGATATTGATGACGTGGAAAGGTTGTGTTTGTTCCATGGGTTGAACTGACTTCAG
ACTGGTGATGCCCCTTGGTGGTCTTAATCTCTCTACAACAACTCTTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD34TF U 1
AF RR3CD84TF U 1
AF RR3DP62TF U 24
BS 1 245 RR3CD84TF
BS 246 246 RR3GD34TF
BS 247 679 RR3CD84TF
BS 680 768 RR3DP62TF

RD RR3GD34TF 572 0 0
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GACATGGAAAAGAGGAAAACTTTGAATCTTCTTCTCGTCGGGGCTCTTTCTCTCCCTACT
GGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTACCTTCTTCGCTCCTCCTGTATCCGGAGGTGGAGGT
GGTGGTACTCCAGCCAAGGATGCACTTGGAAACGATGTCATTGCAGCAGAATGGCTCAAG
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GTTGTGGAGAACGACAAGACACTAGCGACCTACGGTATAAACGCAGTGTGCACTCATCTA
GGATGTGTTGTGCCGTGGAACAAAGCTGAGAA

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3CD84TF 682 0 0
ACTCTCCATAACCAAAACACTTTTCACCAAGCTTTCGAAGGACTACACCAATCAATGGCG
TCCTCTCCCATTTCCCCTGCTACTCAGCTTGGTTCGAGCAGAAGTGCTACTATGTTGGCC
ATGTCACGTGGGATGATGTTTGTGAAGCCAGCGAGGACGAGTCACCAGATGGTGAGGAAG
GAGAAGATTGGTGTGAGAATCGCTTGTCAGGCGACGAGTATACCAGCAGACAACGTTCCA
GACATTGAAAAGAGGAAAACTTTGAATCTTCTTCTCGTCGGGGCTCTTTCTCTCCCTACT
GGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTACCTTCTTCGCTCCTCCTGGATCCGGAGGTGGAGGT
GGTGGTACTCCAGCCAAGGATGCACTTGGAAACGATGTCATTGCAGCAGAATGGCTCAAG
ACTCATGGTGCTGGTGATCGAACCTTGACCCAAGGATTGAAGGGAGATCCAACTTACCTA
GTTGTGGAGAACGACAAGACACTAGCGACCTACGGTATAAACGCAGTGTGCACTCATCTA
GGATGTGTTGTGCCGTGGAACAAAGCTGAGAACAAGTTCCTATGTCCTTGCCATGGATCC
CAATACAATGCACAAAGCAGAGTCGTTAGAGGTCCAGCTCCATTGTCGCTTGCGTTGGCA
CATGCGGATATTGATGACG
TGG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3DP62TF 745 0 0
GG
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AGCTTGGTTCGAGCAGAAGTGCTACTATGTTGGCCATGTCACGTGGGATGATGTTTGTGA
AGCCAGCGAGGACGAGTCACCAGATGGTGAGGAAGGAGAAGATTGGTGTGATAATCGCTT
GTCAGGCGACGAGTATACCAGCAGACAACGTTCCAGACATGGAAAAGAGGAAAACTTTGA
ATCTTCTTCTCGTCGGGGCTCTTTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTA
CCTTCTTCGCTCCTCCTGGATCCGGAGGTGGAGGTGGTGGTACTCCAGCCAAGGATGCAC
TTGGAAACGATGTCATTGCAGCAGAATGGCTCAAGACTCATGGTGCTGGTGATCGAACCT
TGACCCAAGGATTGAAGGGAGATCCAACTTACCTAGTTGTGTAGAACGACAAGACACTAG
CGACCTACGGTATAAACGCAGTGTGCACTCATCTAGGATGTGTTGTGCCGTGGAACAAAG
CTGAGAACAAGTTCCTATGTCCTTGCCATGGATCCCAATACAATGCACAAGGCAGAGTCG
TTAGAGGTCCAGCTCCATTGTCGCTTGCGTTGGCACATGCGGATATTGATGACGTGGAAA
GGTTGTGTTTGTTCCATGGGTTGAACTGACTTCAGACTGGTGATGCCCCTTGGTGGTCTT
AATCTCTCTACAACAACTCTTTT

QA 3 745 3 745
DS 



CO CL203Contig2 928 5 31 U
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GAAATGTATGAGAGATTACACACAGCTTTTACATTATAATAACATTCAAACACAAAAAGA
CAGCCATCCAC*ATTCTTCTCCCCACAAAAAGAGTT*GTTGTAAGAGAGATTTAAGACCA
CCAAGGGGCATCACCAGTCCTGAAGTCAGTTTCAACCCATGGAACAAACACAACCTTTCC
ACCGTCATCAATATCCGCATGTGCCAACGCAAGCGACAATGGAGCTGGACCTCTAACGAC
TCTGCCTTGAGCATTATATTGGGATCCATGGCAAGGACATAGGAACTTGTTCTCAGCTTT
GTTCCACGGCACAACACATCCTAGATGAGTGCACACTGCGTTTATACCGTAGGTCGCTAG
TGTCTTGTCGTTCTCCACAACTAGGTAAGTTGGACCTCCCTTCAATCCTTGAGTCAAGGT
TCGATCACCAGCACCATGAGTCTTGAGCCATTCTGCGGCAATGACATCGTTTCCAAGTGC
ATCCTTGGCTGGAGTACCACCACCTCCACCTCCGGATCCAGGAGGAGCAAAGAAGGTAGC
GTAAGGGACAAGCATGAAGCCAGTAGGGAGAGAAAGAGCCCCGACAAGAAGAAGATTCAA
AGTTTTCCTCTTTTCCATGTCTGGAACGTTGTCTGCTGGTATACTCGTCGCCTGACAAGC
GATTCTCAGACCAATCTTCTCCTTCCTCACCATCTGGTGACTCGTCCTCGTTGGCTTCAC
AAACATCATCCCACGCGACATGGCCA*CATAGTGGCACTTCTGCTCGA*CCAAGCTGAGT
AGCAGGGGAAATGGGAGAGGACGCCATTGATGTAGTCCTTCGAAAGCTTGGTGAAAACTG
TTTTGGTCATGGAGAGTTTTGATGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CD84JQ U 7
AF RR3GD34JQ U 7
AF RR3DP62JQ U 1
AF RR3C991JQ U 7
AF RR3C991TF C 237
BS 1 309 RR3DP62JQ
BS 310 310 RR3C991JQ
BS 311 315 RR3DP62JQ
BS 316 316 RR3C991JQ
BS 317 383 RR3DP62JQ
BS 384 384 RR3CD84JQ
BS 385 434 RR3DP62JQ
BS 435 435 RR3CD84JQ
BS 436 454 RR3DP62JQ
BS 455 455 RR3C991JQ
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BS 517 517 RR3C991JQ
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BS 730 770 RR3DP62JQ
BS 771 771 RR3C991JQ
BS 772 795 RR3DP62JQ
BS 796 796 RR3C991JQ
BS 797 813 RR3DP62JQ
BS 814 814 RR3C991JQ
BS 815 841 RR3DP62JQ
BS 842 847 RR3C991JQ
BS 848 928 RR3C991TF

RD RR3CD84JQ 469 0 0
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TATGAGAGATTACACACAGCTTTTACATTATAATAACATTCAAACACAAAAAGACAGCCA
TCCAC*ATTCTTCTCCCCACAAAAAGAGTT*GTTGTAAGAGAGATTTAAGACCACCAAGG
GGCATCACCAGTCCTGAAGTCAGTTTCAACCCATGGAACAAACACAACCTTTCCACCGTC
ATCAATATCCGCATGTGCCAACGCAAGCGACAATGGAGCTGGACCTCTAACGACTCTGCC
TTGTGCATTGTATTGGGATCCATGGCAAGGACATAGGAACTTGTTCTCAGCTTTGTTCCA
CGGCACAACACATCCTAGATGAGTGCACACTGCGTTTATACCGTAGGTCGCTAGTGTCTT
GTCGTTCTCCACAACTAGGTAAGTTGGATCTCCCTTCAATCCTTGGGTC

QA 1 469 1 469
DS 

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TATGAGAGATTACACACAGCTTTTACATTATAATAACATTCAAACACAAAAAGACAGCCA
TCCAC*ATTCTTCTCCCCACAAAAAGAGTT*GTTGTAAGAGAGATTTAAGACCACCAAGG
GGCATCACCAGTCCTGAAGTCAGTTTCAACCCATGGAACAAACACAACCTTTCCACCGTC
ATCAATATCCGCATGTGCCAACGCAAGCGACAATGGAGCTGGACCTCTAACGACTCTGCC
TTGTGCATTGTATTGGGATCCATGGCAAGGACATAGGAACTTGTTCTCAGCTTTGTTCCA
CGGCACAACACATCCTAGATGAGTGCACACTGCGTTTATACCGTAGGTCGCTAGTGTCTT
GTCGTTCTCCACAACTAGGTAAGTTGGATCTCCCTTCAATCCTTGGGTCAAGGTTCGATC
ACCAGCACCATGAGTCTTGAGCCATTCTGCTGCAATGACATCGTTTCCAAGTGCATCCTT
GGCTGGAGTACCACCACCTCCACCTCCGGATACAGGAGGAGCGAAGAAGGTAGCGTAAGG
GACAAGCATGAAGCCAGTAGGGAGAGAAAGAGCCCCGACGAGAAGAAGATTCAAAGTTTT
CCTCTTTTCCATGTCTGGAACGTTGTCTGCTGGTATACTCGTCGCCTGACAAGCGATTCT
CACACCAATCTTCTCCTTCCTCACCATCTGGTGACTCGTCCTC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3DP62JQ 841 0 0
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GAAATGTATGAGAGATTACACACAGCTTTTACATTATAATAACATTCAAACACAAAAAGA
CAGCCATCCAC*ATTCTTCTCCCCACAAAAAGAGTT*GTTGTAAGAGAGATTTAAGACCA
CCAAGGGGCATCACCAGTCCTGAAGTCAGTTTCAACCCATGGAACAAACACAACCTTTCC
ACCGTCATCAATATCCGCATGTGCCAACGCAAGCGACAATGGAGCTGGACCTCTAACGAC
TCTGCCTTGTGCATTGTATTGGGATCCATGGCAAGGACATAGGAACTTGTTCTCAGCTTT
GTTCCACGGCACAACACATCCTAAATGAGTGCACACTGCGTTTATACCGTAGGTCGCTAG
TGTCTTGTCGTTCTACACAACTAGGTAAGTTGGATCTCCCTTCAATCCTTGGGTCAAGGT
TCGATCACCAGCACCATGAGTCTTGAGCCATTCTGCTGCAATGACATCGTTTCCAAGTGC
ATCCTTGGCTGGAGTACCACCACCTCCACCTCCGGATCCAGGAGGAGCGAAGAAGGTAGC
GTAAGGGACAAGCATGAAGCCAGTAGGGAGAGAAAGAGCCCCGACGAGAAGAAGATTCAA
AGTTTTCCTCTTTTCCATGTCTGGAACGTTGTCTGCTGGTATACTCGTCGCCTGACAAGC
GATTATCACACCAATCTTCTCCTTCCTCACCATCTGGTGACTCGTCCTCGCTGGCTTCAC
AAACATCATCCCACGTGACATGGCCA*CATAGTAGCACTTCTGCTCGA*CCAAGCTGAGT
A

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR3C991JQ 849 0 0
GAATGAACATAAAATTCATATAAAGAGGCAAGAATTCACAGAGTAATTTGCCATGAAATG
TATGAGA**TTACACACAGCTTTTACATTATAATAACATTCAAACACAAAAAGACAGCCA
TCCCCCATTCTTCTCCCCACAAAAAGAGTTTGTTGTAAGAGAGATTTAAGACCACCAAGG
GGCATCACCAGTCCTGAAGTCAGTTTCAACCCATGGAACAAACACAACCTTTCCACCGTC
ATCAATATCGGCATGTGCCAAGGCAAGCGACAATGGAGCTGGACCTCTAACGACTCTGCC
TTGAGCATTATATTGGGATCCATGGCAAGGACATAGGAACTTGTTCTCAGCTTTGTTCCA
TGGCACAACACATCCTAAATGAGTGCACACTGCGTTTATACCGTAGGTCGCTAGTGTCTT
GTCGTTCTCCACAACTAGGTAAGTTGGACCTCCCTTCAATCCTTGAGTCAAGGTTCGATC
ACCAGCACCATGAGTCTTGAGCCATTCTGCGGCAATGACATCGTTTCCAAGTGCATCCTT
GGCTGGAGTACCACCACCTCCACCTCCGGATCCAGGAGGAGCAAAGAAGGTAGCGTAAGG
GACAAGCATGAAGCCAGTAGGGAGAGAAAGAGCCCCGACAAGAAGAAGATTCAAAGTTTT
CCTCTTTTCCATGTCTGGAACGTTGTCTGCTGGTATACTCGTCGCCTGACAAGCGATTCT
CAGACCAATCTTCTCCTTCCTCACCATCTGGTGACTCGTCCTCGTTGGCTTCACAAACAT
CATCCCACGCGACATGGCCA*CATAGTGGCACTTCTGCTCGA*CCAAGCTGAGTAGCAGG
G
AATGGGAG

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR3C991TF 692 0 0
TTCCACCGTCATCAATATCGGCATGTGCCAAGGCAAGCGACAATGGAGCTGGACCTCTAA
CGACTCTGCCTTGAGCATTATATTGGGATCCATGGCAAGGACATAGGAACTTGTTCTCAG
CTTTGTTCCATGGCACAACACATCCTAGATGAGTGCACACTGCGTTTATACCGTAGGTCG
CTAGTGTCTTGTCGTTCTCCACAACTAGGTAAGTTGGACCTCCCTTCAATCCTTGAGTCA
AGGTTCGATCACCAGCACCATGAGTCTTGAGCCATTCTGCGGCAATGACATCGTTTCCAA
GTGCATCCTTGGCTGGAGTACCACCACCTCCACCTCCGGATCCAGGAGGAGCAAAGAAGG
TAGCGTAAGGGACAAGCATGAAGCCAGTAGGGAGAGAAAGAGCCCCGACAAGAAGAAGAT
TCAAAGTTTTCCTCTTTTCCATGTCTGGAACGTTGTCTGCTGGTATACTCGTCGCCTGAC
AAGCGATTCTCAGACCAATCTTCTCCTTCCTCACCATCTGGTGACTCGTCCTCGTTGGCT
TCACAAACATCATCCCACGCGACATGGCCAACATAGTGGCACTTCTGCTCGAACCAAGCT
GAGTAGCAGGGGAAATGGGAGAGGACGCCATTGATGTAGTCCTTCGAAAGCTTGGTGAAA
ACTGTTTTGGTCATGGAGAGTTTTGATGATCC

QA 1 692 1 692
DS 



CO CL203Contig3 846 3 12 U
AGTGAATGAACATAAAATTCATACAAGAGGCAAGAATTCACAGAGTAAAATGCCACGAAA
TGTATGATTACACACAGCTTTTACATTATAAGAACATCCAAACAAGTCTTCCCACAAAAA
GAGTTGTTGCAGAGTTTTAAGACCACCATGGAGCATCACCAGTCCTGAAGTCAGTTTCAA
CCCATGGAACAAATAGAACCTTTCCACTATCATCAATATCCGCATGAGCCAAGGCAAGCG
ACAATGGTGCTGGACCTCTAACGACTCTGCCTTGAGCGTTGTATTGTGATCCATGGCAAG
GACATAGGAACTTGTTCTCAGCTTTGTTCCATGGAACAACACATCCAAGATGAGTGCACA
CTGCGTTTATACCGTAGGTGGATAGAGTTTTGTCGTTCTCCACAACTAGGTATGTTGGAT
CTCCCTTCAATCCTTGGGTCAATGTTCGATCACCAGGACCATGAGTCTTAAGCCATTCTG
CTGCAACGACATCGTTTCCAAGTGCATCCTTGGCTGGTGTACCACCACCCCCACCTCCTG
ATCCAGGAGGGGCAAAGAAGGTAGCGTAAGGGACAAGCATGAAGCCAGTAGGGAGAGAAA
GAGCTCCCACAAGAAGAAGATTCAAAAGCTTCCTCTTCTCCGTATCCGGAACGTTGTCTG
CTGGAATACTCGTTGCTTGACAAGCAATTCTCAGACCAATCTTCTCCTTCCTCACCATCT
GATGGTTCGTCCTCGTTGGCTTCACAAACATCCCACGCGACATCGCCAACATAGCTCTTC
TGCTCGAACCAAGCTGAGTAGCAGGAGAAAGGGAGGAGGACGCCATTGATGAAGTCATTG
AAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3AC09JQ U 11
AF RR3H279JQ U 1
AF RR3H279TF C 119
BS 1 24 RR3H279JQ
BS 25 25 RR3AC09JQ
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BS 132 195 RR3H279JQ
BS 196 196 RR3AC09JQ
BS 197 348 RR3H279JQ
BS 349 349 RR3AC09JQ
BS 350 615 RR3H279JQ
BS 616 846 RR3H279TF

RD RR3AC09JQ 531 0 0
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CACACAGCTTTTACATTATAAGAACATCCAAACAAGTCTTCCCACAAA**GAGTTGTTGC
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AAATAGAACCTTTCCACTGTCATCAATATCCGCGTGAGCCAAGGCAAGCGACAATGGTGC
TGGACCTCTAACGACTCTCCCTTGGGCGTTGTATTGTGATCCATGGCAAGGACATAGGAA
CTTGTTCTCAGCTTTGTTCCATGGAACAACACATCCAAGATGAGTGCACACTGCGTTTAT
ACCGTAGGTCGCTAGAGTTTTGTCGTTCTCCACAACTAGGTATGTTGGATCTCCCTTCAA
TCCTTGGGTCAATGTTCGATCACCAGCACCATGAGTCTTGAGCCATTCTGCTGCAACGAC
ATCGTTTCCAAGTGCATCCTTGGCTGGAGTACCACCACCCCCACCTCCTGA

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR3H279JQ 615 0 0
AGTGAATGAACATAAAATTCATACTAGAGGCAAGAATTCACAGAGTAAAATGCCATGAAA
TGTATGATTACACACAGCTTTTACATTATAAGAACATCCAAACAAGTCTTCCCACAAAAA
GAGTTGTTGCGGAGTTTTAAGACCACCATGGAGCATCACCAGTCCTGAAGTCAGTTTCAA
CCCATGGAACAAATAAAACCTTTCCACTATCATCAATATCCGCATGAGCCAAGGCAAGCG
ACAATGGTGCTGGACCTCTAACGACTCTGCCTTGAGCGTTGTATTGTGATCCATGGCAAG
GACATAGGAACTTGTTCTCAGCTTTGTTCCATGGAACAACACATCCAAAATGAGTGCACA
CTGCGTTTATACCGTAGGTGGATAGAGTTTTGTCGTTCTCCACAACTAGGTATGTTGGAT
CTCCCTTCAATCCTTGGGTCAATGTTCGATCACCAGGACCATGAGTCTTAAGCCATTCTG
CTGCAACGACATCGTTTCCAAGTGCATCCTTGGCTGGTGTACCACCACCCCCACCTCCTG
ATCCAGGAGGGGCAAAGAAGGTAGCGTAAGGGACAAGCATGAAGCCAGTAGGGAGAGAAA
GAGCTCCCACAAGAA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3H279TF 728 0 0
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TTTAAGACCACCATGGAGCATCACCAGTC*TGAAGTCAGTTTCAACCCATGGAACAAATA
GAACCTTTCCACTATCATCAATATCCGCATGAGCCAAGGCAAGCGACAATGGTGCTGGAC
CTCTAACGACTCTGCCTTGAGCGTTGTATTGTGATCCATGGCAAGGACATAGGAACTTGT
TCTCAGCTTTGTTCCATGGAACAACACATCCAAGATGAGTGCACACTGCGTTTATACCGT
AGGTGGATAGAGTTTTGTCGTTCTCCACAACTAGGTATGTTGGATCTCCCTTCAATCCTT
GGGTCAATGTTCGATCACCAGGACCATGAGTCTTAAGCCATTCTGCTGCAACGACATCGT
TTCCAAGTGCATCCTTGGCTGGTGTACCACCACCCCCACCTCCTGATCCAGGAGGGGCAA
AGAAGGTAGCGTAAGGGACAAGCATGAAGCCAGTAGGGAGAGAAAGAGCTCCCACAAGAA
GAAGATTCAAAAGCTTCCTCTTCTCCGTATCCGGAACGTTGTCTGCTGGAATACTCGTTG
CTTGACAAGCAATTCTCAGACCAATCTTCTCCTTCCTCACCATCTGATGGTTCGTCCTCG
TTGGCTTCACAAACATCCCACGCGACATCGCCAACATAGCTCTTCTGCTCGAACCAAGCT
GAGTAGCAGGAGAAAGGGAGGAGGACGCCATTGATGAAGTCATTGAAAAAA

QA 18 728 18 728
DS 



AS 1 12

CO CL204Contig1 1082 12 11 U
GAGGGACAACAAGACCTTAATATTAATAATGAAATAAAGGCCAAGTCAGAGTCCGACCTG
GGCTGGACAGGCCCATTACAACAGCCCATGTGAAGCAGGAAATCTATCAATGCTCATAAG
ATGTACAAACTGTTTATGGTAACGTCTCTCCTCATACGGGTACATGATATTTACCTGTTC
TTGAAGATAACATTTTCTAAGCATTAAGAGTCTTACCCAGAGTTATCTTGCTCGAGTTTT
GCAACTACAGCTTTTTT*CTCATCTTCCGGAAGAGCCATGAACATGAAAACAGATTTATC
CCCAATATCATCCTTAATAGGCTGAGTGAATTTCCTTCCAGCAAATACTACAAAGAGTGC
CATCCATGTTCCTAGCAACACCAGTTTCGCCTCATCATTCATCAGGCCACTCAAATGCCC
GAGAAGTACTATGGGTATGATGAATGTAAGAAGGCCAGCTTCTAGCTTACCGTAACAGAG
CCCTTCTTTGAAAACGAGCCCAGTGAGGGAAGCGAAAAGAGGACCAACAAACCAAACAGC
AGTTGGATGACCAACGACATAATGAACCAAGCTATCACTGGCTGGTATAGCAAGGGCAGC
GTAAGTGGCGAACGAACCAACAACACCAAGTGCCCACAAAGCCTGAAGAGTCCTCTTGAT
CTCCGTTACGTATATATGAATAAGAAACAGAGAAAGCCCCAAACCACCAGCACCAACAAG
GTAGAACAAGTCCTGGTTTTGCTTGATTGTTTCACTCAGCCATGAGTTCTCCGGTAGAAA
GGCGGCAGACGAAGCGGTAACAAAGGAAGCAGCAGCAGTTACAAGTCCTGATCTGTACAG
AACAACCTCTTTGACATCGGACTGTTCGACGGTCCAGGGACCGTAAACGCCTTTGTAAAC
GGTTCCTCCTTGAGAGCTGTTGCTCACTGCCCTGATACTAAGCCTTCCCTTTCTCAGCTT
AACGATAGTTGTTAGATTCGCCGACGATTTGTTGAGATTGGGCGGTGGTGTGATGAGTGT
GGTTGATAACAAACGCGAGGCCATACTCTCAGCGAATTGATTATCCAAGAGACGGAAGTC
CC


BQ
10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 
60 45 30 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 
60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3E112JQ U 2
AF RR3ER17JQ U 1
AF RR3E992JQ U 3
AF RR3E277JQ U 1
AF RR3C070JQ U 2
AF RR3B920JQ U 3
AF RR3B920TF C 181
AF RR3E112TF C 386
AF RR3E277TF C 485
AF RR3ER17TF C 475
AF RR3E992TF C 393
AF RR3C070TF C 521
BS 1 257 RR3E277JQ
BS 258 258 RR3ER17JQ
BS 259 259 RR3E112JQ
BS 260 765 RR3E277JQ
BS 766 844 RR3B920TF
BS 845 845 RR3E112TF
BS 846 858 RR3B920TF
BS 859 1002 RR3E112TF
BS 1003 1003 RR3E277TF
BS 1004 1066 RR3E112TF
BS 1067 1082 RR3C070TF

RD RR3E112JQ 585 0 0
G
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CTGGACAGGCCCATTACAACAGCCCATGTGAAGCAGGAAATCTATCAATGCTCATAAGAT
GTACAAACTGTTTATGGTAACGTCTCTCCTCATACGGGTACATGATATTTACCTGTTCTT
GGAGATAACATTTTCTAAGCATTAAGAGTCTTACCCAGAGTTATCTTGCTCGAGTTTTGC
AACTACAGCTTTTTTTCTCATCTTCCGGAAGAGCCATGAACATGAAAACAGATTTATCCC
CAATATCATCCTTAATAGGCTGAGTGAATTTCCTTCCAGCAAATACTACAAAGAGTGCCA
TCCATGTTCCTAGCAACACCAGTTTCGCCTCATCATTCATCAGGCCACTCAAATGCCCGA
GAAGTACTATGGGTATGATGAATGTAAGAAGGCCAGCTTCTAGCTTACCGTAACAGAGCC
CTTCTTTGAAAACGAGCCCAGTGAGGGAAGCGAAAAGAGGACCAACAAACCAAACAGCAG
TTGGATGACCAACGACATAATGAACCAAGCTATCACTGGCTGGT

QA 2 585 2 585
DS 

RD RR3ER17JQ 633 0 0
GA
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CTGGACAGGCCCATTACAACAGCCCATGTGAAGCAGGAAATCTATCAATGCTCATAAGAT
GTACAAACTGTTTATGGTAACGTCTCTCCTCATACGGGTACATGATATTTACCTGTTCTT
GAAGATAACATTTTCTAAGCATTAAGAGTCTTACCCAGAGTTATCTTGCTCGAGTTTTGC
AACTACAGCTTTTTT*CTCATCTTCCGGAAGAGCCATGAACATGAAAACAGATTTATCCC
CAATATCATCCTTAATAGGCTGAGTGAATTTCCTTCCAGCAAATACTACAAAGAGTGCCA
TCCATGTTCCTAGCAACACCAGTTTCGCCTCATCATTCATCAGGCCACTCAAATGCCCGA
GAAGTACTATGGGTATGATGAATGTAAGAAGGCCAGCTTCTAGCTTACCGTAACAGAGCC
CGTCTTTGAAAACGAGCCCAGTGAGGGAAGCGAAAAGAGGACCAACAAACCAAACAGCAG
TTGGATGACCAACGACATAATGAACCAAGCTATCACTGGCTGGTATAGCAAGGGCAGCGT
AAGTGGCGAACGAACCAACAACACCAAGTGC

QA 3 633 3 633
DS 

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CTGGACAGGCCCATTACAACAGCCCATGTGAAGCAGGAAATCTATCAATGCTCATAAGAT
GTACAAACTGTTTATGGTAACGTCTCTCCTCATACGGGTACATGATATTTACCTGTTCTT
GAAGATAACATTTTCTAAGCATTAAGAGTCTTACCCAGAGTTATCTTGCTCGAGTTTTGC
AACTACAGCTTTTTT*CTCATCTTCCGGAAGAGCCATGAACATGAAAACAGATTTATCCC
CAATATCATCCTTAATAGGCTGAGTGAATTTCCTTCCAGCAAATACTACAAAGAGTGCCA
TCCATGTTCCTAGCAACACCAGTTTCGCCTCATCGTTCATCAGGCCACTCAAATGCCCGA
GAAGTACTATGGGTATGATGAATGTAAGAAGGCCAGCTTCTAGCTTACCGTAACAGAGCC
CTTCTTTGAAAACGAGCCCAGTGAGGGAAGCGAAAAGAGGACCAACAAACCAAACAGCAG
TTGGATGACCAACGACATAATGAACCAAGCTATCACTGGCTGGTATAGCAAGGGCAGCGT
AAGTGGCGAACGAACCAACAACACCAAGTGCCCACAAAGCCTGAAGAGTCCTCTTGATTT
CCGTTACGTATATATGAATAAGAAACAGAGAAAGCCCC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3E277JQ 765 0 0
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GGCTGGACAGGCCCATTACAACAGCCCATGTGAAGCAGGAAATCTATCAATGCTCATAAG
ATGTACAAACTGTTTATGGTAACGTCTCTCCTCATACGGGTACATGATATTTACCTGTTC
TTGAAGATAACATTTTCTAAGCATTAAGAGTCTTACCCAGAGTTATCTTGCTCGAGTTTT
GCAACTACAGCTTTTTTT*TCATCTTCCGGAAGAGCCATGAACATGAAAACAGATTTATC
CCCAATATCATCCTTAATAGGCTGAGTGAATTTCCTTCCAGCAAATACTACAAAGAGTGC
CATCCATGTTCCTAGCAACACCAGTTTCGCCTCATCATTCATCAGGCCACTCAAATGCCC
GAGAAGTACTATGGGTATGATGAATGTAAGAAGGCCAGCTTCTAGCTTACCGTAACAGAG
CCCTTCTTTGAAAACGAGCCCAGTGAGGGAAGCGAAAAGAGGACCAACAAACCAAACAGC
AGTTGGATGACCAACGACATAATGAACCAAGCTATCACTGGCTGGTATAGCAAGGGCAGC
GTAAGTGGCGAACGAACCAACAACACCAAGTGCCCACAAAGCCTGAAGAGTCCTCTTGAT
CTCCGTTACGTATATATGAATAAGAAACAGAGAAAGCCCCAAACCACCAGCACCAACAAG
GTAGAACAAGTCCTGGTTTTGCTTGATTGTTTCACTCAGCCATGA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3C070JQ 757 0 0
A
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CTGGACAGGCCCATTACAACAGCCCATGTGAAGCAGGAAATCTATCAATGCTCATAAGAT
GTACAAACTGTTTATGGTAACGTCTCTCCTCATACGGGTACATGATATTTACCTGTTCTT
GAAGATAACATTTTCTAAGCATTAAGAGTCTTACCCAGAGTTATCTTGCTCGAGTTTTGC
AACTACAGCTTTTTT*CTCATCTTCCGGAAGAGCCATGAACATGAAAACAGATTTATCCC
CAATATCATCCTTAATAGGCTGAGTGAATTTCCTTCCAGCAAATACTACAAAGAGTGCCA
TCCATGTTCCTAGCAACACCAGTTTCGCCTCATCATTCATCAGGCCACTCAAATGCCCGA
GAAGTACTATGGGTATGATGAATGTAAGAAGGCCAGCTTCTAGCTTACCGTAACAGAGCC
CTTCTTTGAAAACGAGCCCAGTGAGGGAAGCGAAAAGAGGACCAACAAACCAAACAGCAG
TTGGATGACCAACGACATAGTGAACCAAGCTATCACTGGCTGGTATAGCAAGGGCAGCGT
AAGTGGCGAACGAACCAACAACACCAAGTGCCCACAAAGCCTGAAGAGTCCTCTTGATCT
CCATTACGTATATATGAATAAGAAACAGAGAAAGCCCCAAACCACCAGCACCAACAAGGT
AGAACAAGTCCTGGTTTTGCTTGATTGTTTCACTCA

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR3B920JQ 761 0 0
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CTGGACAGGCCCATTACAACAGCCCATGTGAAGCAGGAAATCTATCAATGCTCATAAGAT
GTACAAACTGTTTATGGTAACGTCTCTCCTCATACGGGTACATGATATTTACCTGTTCTT
GAAGATAACATTTTCTAAGCATTAAGAGTCTTACCCAGAGTTATCTTGCTCGAGTTTTGC
AACTACAGCTTTTTT*CTCATCTTCCGGAAGAGCCATGAACATGAAAACAGATTTATCCC
CAATATCATCCTTAATAGGCTGAGTGAATTTCCTTCCAGCAAATACTACAAAGAGTGCCA
TCCATGTTCCTAGCAACACCAGTTTCGCCTCATCATTCATCAGGCCACTCAAATGCCCGA
GAAGTACTATGGGTATGATGAATGTAAGAAGGCCAGCTTCTAGCTTACCGTAACAGAGCC
CTTCTTTGAAAACGAGCCCAGTGAGGGAAGCGAAAAGAGGACCAACAAACCAAACAGCAG
TTGGATGACCGACGACATAATGAACCAAGCTATCACTGGCTGGTATAGCAAGGGCAGCGT
AAGTGGCGAACGAACCAACAACACCAAGTGCCCACAAAGCCTGAAGAGTCCTCTTGATCT
CCGTTACGTATATATGAATAAGAAACAGAGAAAGCCCCAACCCACCAGCACCAACAAGGT
AGAACAAGTCCTGGTTTTGCTTGATTGTTTCACTCAGCCAT

QA 1 761 1 761
DS 

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GCAACTACAGCTTTTTT*CTCATCTTCCGGAAGAGCCATGAACATGAAAACAGATTTATC
CCCAATATCATCCTTAATAGGCTGAGTGAATTTCCTTCCAGCAAATACTACAAAGAGTGC
CATCCATGTTCCTAGCAACACCAGTTTCGCCTCATCATTCATCAGGCCACTCAAATGCCC
GAGAAGTACTATGGGTATGATGAATGTAAGAAGGCCAGCTTCTAGCTTACCGTAACAGAG
CCCTTCTTTGAAAACGAGCCCAGTGAGGGAAGCGAAAAGAGGACCAACAAACCAAACAGC
AGTTGGATGACCGACGACATAATGAACCAAGCTATCACTGGCTGGTATAGCAAGGGCAGC
GTAAGTGGCGAACGAACCAACAACACCAAGTGCCCACAAAGCCTGAAGAGTCCTCTTGAT
CTCCGTTACGTATATATGAATAAGAAACAGAGAAAGCCCCAACCCACCAGCACCAACAAG
GTAGAACAAGTCCTGGTTTTGCTTGATTGTTTCACTCAGCCATGAGTTCTCCGGTAGAAA
GGCGGCAGACGAAGCGGTAACAAAGGAAGCAGCAGCAGTTACAAGTCCTGATCTGTACAG
AACAGCCTCTTTGACATC
CC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3E112TF 681 0 0
TTTCG
CTCATCATTCATCAGGCCACTCAAATGCCCGAGAAGTACTATGGGTATGATGAATGTAAG
AAGGCCAGCTTCTAGCTTACCGTAACAGAGCCCTTCTTTGAAAACGAGCCCAGTGAGGGA
AGCGAAAAGAGGACCAACAAACCAAACAGCAGTTGGATGACCAACGACATAATGAACCAA
GCTATCACTGGCTGGTATAGCAAGGGCAGCGTAAGTGGCGAACGAACCAACAACACCAAG
TGCCCACAAAGCCTGAAGAGTCCTCTTGATCTCCGTTACGTATATATGAATAAGAAACAG
AGAAAGCCCCAAACCACCAGCACCAACAAGGTAGAACAAGTCCTGGTTTTGCTTGATTGT
TTCACTCAGCCATGAGTTCTCCGGTAGAAAGGCGGCAGACGAAGCGGTAACAAAGGAAGC
AGCAGCAGTTACAAGTCCTGATCTGTACAGAACAACCTCTTTGACATCGGACTGTTCGAC
GGTCCAGGGACCGTAAACGCCTTTGTAAACGGTTCCTCCTTGAGAGCTGTTGCTCACTGC
CCTGATACTAAGCCTTCCCTTTCTCAGCTTAACGATAGTTGTTAGATTCGCCGACGATTT
GTTGAGATTGGGTGGTGGTGTGATGAGTGTGGTTGATAACAAACGCGAGGCCATACTCTC
AGCGAATTGATTATCC

QA 6 681 6 681
DS 

RD RR3E277TF 582 0 0
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GGATGACCAACGACATAATGAACCAAGCTATCACTGGCTGGTATAGCAAGGGCAGCGTAA
GTGGCGAACGAACCAACAACACCAAGTGCCCACAAAGCCTGAAGAGTCCTCTTGATCTCC
GTTACGTATATATGAATAAGAAACAGAGAAAGCCCCAAACCACCAGCACCAACAAGGTAG
AACAAGTCCTGGTTTTGCTTGATTGTTTCACTCAGCCATGAGTTCTCCGGTAGAAAGGCG
GCAGACGAAGCGGTAACAAAGGAAGCAGCAGCAGTTACAAGTCCTGATCTGTACAGAACA
ACCTCTTTGACATCGGACTGTTCGACGGTCCAGGGACCGTAAACGCCTTTGTAAACGGTT
CCTCCTTGAGAGCTGTTGCTCACTGCCCTGATACTAAGCCTTCCCTTTCTCAGCTTAACG
ATAGTTGTTAGATTCGCCGACGATTTGTTGAGATTGGGCGGTGGTGTGATGAGTGTGGTT
GATAACAAACGCGAGGCCATACTCTCAGCGAATTGATTATCC

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3ER17TF 592 0 0
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AACAGCAGTTGGATGACCAACGACATAATGAACCAAGCTATCACTGGCTGGTATAGCAAG
GGCAGCGTAAGTGGCGAACGAACCAACAACACCAAGTGCCCACAAAGCCTGAAGAGTCCT
CTTGATCTCCGTTACGTATATATGAATAAGAAACAGAGAAAGCCCCAAACCACCAGCACC
AACAAGGTAGAACAAGTCCTGGTTTTGCTTGATTGTTTCACTCAGCCATGAGTTCTCCGG
TAGAAAGGCGGCAGACGAAGCGGTAACAAAGGAAGCAGCAGCAGTTACAAGTCCTGATCT
GTGCAGAACAACCTCTTTGACATCGGACTGTTCGACGGTCCAGGGACCGTAAACGCCTTT
GTAAACGGTTCCTCCTTGAGAGCTGTTGCTCACTGCCCTGATACTAAGCCTTCCCTTTCT
CAGCTTAACGATAGTTGTTAGATTCGCCGACGATTTGTTGAGATTGGGCGGTGGTGTGAT
GAGTGTGGTTGATAACAAACGCGAGGCCATACTCTCAGCGAATTGATTATCC

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3E992TF 674 0 0
CATCGTTCATCAGGCCACTCAAATGCCCGAGAAGTACTATGGGTATGATGAATGTAAGAA
GGCCAGCTTCTAGCTTAC*GTAACAGAGCCTTTCTTTGAAAACGAGCCCAGTGAGGGAAG
CGAAAAGAGGACCAACAAACCAAACAGCAGTTGGATGACCAACGACATAATGAACCAAGC
TATCACTGGCTGGTATAGCAAGGGCAGCGTAAGTGGCGAACGAACCAACAACACCAAGTG
CCCACAAAGCCTGAAGAGTCCTCTTGATTTCCGTTACGTATATATGAATAAGAAACAGAG
AAAGCCCCAAACCACCAGCACCAACAAGGTAGAACAAGTCCTGGTTTTGCTTGATTGTTT
CACTCAGCCATGAGTTCTCCGGTAGAAAGGCGGCAGACGAAGCGGTAACAAAGGAAGCAG
CAGCAGTTACAAGTCCTGATCTGTACAGAACAACCTCTTTGACATCGGACTGTTCGACGG
TCCAGGGACCGTAAACGCCTTTGTAAACGGTTCCTCCTTGAGAGCTGTTGCTCACTGCCC
TGATACTAAGCCTTCCCTTTCTCAGCTTAACGATAGTTGTTAGATTCGCCGACGATTTGT
TAAGATTGGGCGGTGGTGTGATGAGTGTGGTTGATAACAAACGCGAGGCCATACTCTCAG
CGAATTGATTATCC

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3C070TF 562 0 0
GGACCAACAAACCAAACAGCAGT*GGATGACCAACGACATAGTGAACCAAGCTATCACTG
GCTGGTATAGCAAGGGCAGCGTAAGTGGCGAACGAACCAACAACACCAAGTGCCCACAAA
GCCTGAAGAGTCCTCTTGATCTCCATTACGTATATATGAATAAGAAACAGAGAAAGCCCC
AAACCACCAGCACCAACAAGGTAGAACAAGTCCTGGTTTTGCTTGATTGTTTCACTCAGC
CATGAGTTCTCCGGTAGAAAGGCGGCAGACGAAGCGGTAACAAAGGACGCAGCAGCAGTT
ACAAGTCCTGATCTGTACAGAACAACCTCTTTGACATCGGACTGTTCGACGGTCCAGGGA
CCGTAAACGCCTTTGTAAACGGTTCCTCCTTGAGAGCTGTTGCTCACTGCCCTGATACTA
AGCCTTCCCTTTCTCAGCTTAACGATAGTTGTTAGATTCGCCGACGATTTGTTGAGATTG
GGCGGTGGTGTGATGAGTGTGGTTGATAACAAACGCGAGGCCATACTCTCAGCGAATTGA
TTATAGAAGAGACGGAAGTCCC

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 12

CO CL205Contig1 1184 12 8 U
GGGAAAGAACAAAGAATATCTTACTATTAAGAGGTAAACACACAAACAAAGCAAAGGCAA
GACATCTCTATAAAATGTGATTCATATACTAAGACATGGTGTGAATTTTTGTTACTTAAA
GTATGTTGTTTGTTTCTCCATGTACTGAATAACGCTTCCACAAATTGCACAAGGGAGGTA
AAGCAAAAACCAAACCAAAGAGATAAATATTGATCTCTACTTGAAAGCATCAGAAGCAGA
GTAAAGGAAGTCCAAGAACCCTGTCCCCTTCAATAGACCTTTACCTGTCAATAGCTCAAA
ATCTAACAGCAGTAAGAATCCTATCACTGCTGCTTTGCCATTTATCACTTCGTTCTTCCT
CGAGAAACCAAATCCTTGAGAACCCTCGTCCACAACCATCCTCACCTCGTCTACGTTGAC
ATTGGTTGCTGTGAGCCCAGGCTGAGCTTTACCACTGAAGACGATTTCAGCAGCTGCCTC
GTTCTTCCCGTTGCCTCTAATGCTGATGTAGATGTTTTCTTCATCAAATTTGACAGGGTA
CACAAACAGCTTTCTCAGTGCAGGTGTCAAGACTCTGAGAACCGGGTTCTTTGGGTACCA
TTCCTTAATCTCTCCAGTTCTGAGATCAAATGTACTATCCGTTGCCGGGCACACAATGCA
ACCATCCTGAGTGAGCTTAGCGTTGAGAAGCCCCTCGCTGTAGGCTCCTTCGGCGGGAGA
ACGGTTCTCAATCGCGAACACGTCGTTCTTATACCAAAGCAGCAATATCGTCTCGTCGTC
TTGTATAATCACTCTCCGTTCACCTTTCGGAAGCGCGGATAACGGCACCACCGGCACCCA
GTTTCTCCCCGGGGAAGCAACGGACGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGGAGAGACCTCCGT
CGCTTCGCATCTGACGATTCCTACACTCCTCTGTTTCGAGTTCTGGTTTAATCGGTAAGT
GAGAGGGAACCGGCGGTTACGAATGGGATAAAGCGGCAACGTTTTGGCTAATGACGTGGC
GCGGGTGAAAGAGGGAGGAGGAGGGAAGGAGTAGTTACGTGGGAGAGAGGGAGATGCGGT
GGTCGCCATGGAGGATAGTGAGAGAGAGCTTGAGATGATAGAGGAAATGCATTTGTCCAA
AGCCACACACACAAGGTAGAGAGATGTGGATAACGAGGGAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 50 65 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 40 55 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU51JQ U 52
AF RR3GR77JQ U 1
AF RR3GR77TF C 4
AF RR3GN13JQ U 6
AF RR3DE84JQ U 97
AF RR3BF22JQ U 97
AF RR3CR42JQ U 98
AF RR3GU51TF C 348
AF RR3BF22TF C 394
AF RR3DE84TF C 445
AF RR3GF70TF C 388
AF RR3GN13TF C 413
BS 1 729 RR3GR77JQ
BS 730 797 RR3GN13JQ
BS 798 880 RR3BF22JQ
BS 881 881 RR3CR42JQ
BS 882 1030 RR3GU51TF
BS 1031 1031 RR3BF22TF
BS 1032 1116 RR3GU51TF
BS 1117 1184 RR3GN13TF

RD RR3GU51JQ 568 0 0
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TTACTTAAAGTATGTTGTTTGTTTCTCCATGTACTGAATAACGCCTCCACAAATTGCACA
AGGGAGGTAAAGCAAAAACCAAACCAAAGAGATAAATATTGATCTCTACTTGAAAGCATC
AGAAGCAGAGTAAAGGAAGTCCAAGAACCCTGTCCCCTTCAATAAACCTTTACCTGTCAA
TAGCTCAAAATCTAACAGCAGTAAGAATCCTATCACTGCTGCTTTGCCATTTATCACTTC
GTTCTTCCTCGAGAAACCAAATCCTTGAGAACCCTCGTCCACAACCATCCTCACCTCGTC
TACGTTGACATTGGTTGCTGTGAGCCCAGGCTGAGCTTTACCACTGAAAACGATTTCAGC
AGCTGCCTCGTTCTTCCCGTCCCCTCTAATGCTGATGTAAATGTTTTCTTCATCAAATTT
GACAGGGTACACAAACAGCTTTCTCAGTGCAGGTGTCAAGACTCTGAAAACCGGGTTCTT
TGGGTACCATTCCTTAATCTCTCCAGTT

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3GR77JQ 730 0 0
GGGAAAGAACAAAGAATATCTTACTATTAAGAGGTAAACACACAAACAAAGCAAAGGCAA
GACATCTCTATAAAATGTGATTCATATACTAAGACATGGTGTGAATTTTTGTTACTTAAA
GTATGTTGTTTGTTTCTCCATGTACTGAATAACGCTTCCACAAATTGCACAAGGGAGGTA
AAGCAAAAACCAAACCAAAGAGATAAATATTGATCTCTACTTGAAAGCATCAGAAGCAGA
GTAAAGGAAGTCCAAGAACCCTGTCCCCTTCAATAGACCTTTACCTGTCAATAGCTCAAA
ATCTAACAGCAGTAAGAATCCTATCACTGCTGCTTTGCCATTTATCACTTCGTTCTTCCT
CGAGAAACCAAATCCTTGAGAACCCTCGTCCACAACCATCCTCACCTCGTCTACGTTGAC
ATTGGTTGCTGTGAGCCCAGGCTGAGCTTTACCACTGAAGACGATTTCAGCAGCTGCCTC
GTTCTTCCCGTTGCCTCTAATGCTGATGTAGATGTTTTCTTCATCAAATTTGACAGGGTA
CACAAACAGCTTTCTCAGTGCAGGTGTCAAGACTCTGAGAACCGGGTTCTTTGGGTACCA
TTCCTTAATCTCTCCAGTTCTGAGATCAAATGTACTATCCGTTGCCGGGCACACAATGCA
ACCATCCTGAGTGAGCTTAGCGTTGAGAAGCCCCTCGCTGTAGGCTCCTTCGGCGGGAGA
ACGGTTCTC
C

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3GR77TF 727 0 0
AAA
GAACAAAGAATATCTTACTATTAAGAGGTAAACACACAAACAAAGCAAAGGCAAGACATC
TCTATAAAATGTGATTCATATACTAAGACATGGTGTGAATTTTTGTTACTTAAAGTATGT
TGTTTGTTTCTCCATGTACTGAATAACGCTTCCACAAATTGCACAAGGGAGGTAAAGCAA
AAACCAAACCAAAGAGATAAATATTGATCTCTACTTGAAAGCATCAGAAGCAGAGTAAAG
GAAGTCCAAGAACCCTGTCCCCTTCAATAGACCTTTACCTGTCAATAGCTCAAAATCTAA
CAGCAGTAAGAATCCTATCACTGCTGCTTTGCCATTTATCACTTCGTTCTTCCTCGAGAA
ACCAAATCCTTGAGAACCCTCGTCCACAACCATCCTCACCTCGTCTACGTTGACATTGGT
TGCTGTGAGCCCAGGCTGAGCTTTACCACTGAAGACGATTTCAGCAGCTGCCTCGTTCTT
CCCGTTGCCTCTAATGCTGATGTAGATGTTTTCTTCATCAAATTTGACAGGGTACACAAA
CAGCTTTCTCAGTGCAGGTGTCAAGACTCTGAGAACCGGGTTCTTTGGGTACCATTCCTT
AATCTCTCCAGTTCTGAGATCAAATGTACTATCCGTTGCCGGGCACACAATGCAACCATC
CTGAGTGAGCTTAGCGTTGAGAAGCCCCTCGCTGTAGGCTCCTTCGGCGGGAGAACGGTT
CTC
C

QA 4 726 4 726
DS 

RD RR3GN13JQ 792 0 0
G
GAACAAAGAATATCTTACTATTAAGAGGTAAACACACAAACAAAGCAAAGGCAAGACATC
TCTATAAAATGTGATTCATATACTAAGACATGGTGTGAATTTTTGTTACTTAAAGTATGT
TGTTTGTTTCTCCATGTACTGAATAACGCTTCCACAAATTGCACAAGGGAGGTAAAGCAA
AAACCAAACCAAAGAGATAAATATTGATCTCTACTTGAAAGCATCAGAAGCAGAGTAAAG
GAAGTCCAAGAACCCTGTCCCCTTCAATAGACCTTTACCTGTCAATAGCTCAAAATCTAA
CAGCAGTAAGAATCCTATCACTGCTGCTTTGCCATTTATCACTTCGTTCTTCCTCGAGAA
ACCAAATCCTTGAGAACCCTCGTCCACAACCATCCTCACCTCGTCTACGTTGACATTGGT
TGCTGTGAGCCCAGGCTGAGCTTTACCACTGAAGACGGTTTCAGCAGCTGCCTCGTTCTT
CCCGTTGCCTCTAATGCTGATGTAGATGTTTTCTTCATCAAATTTGACAGGGTACACAAA
CAGCTTTCTCAGTGCAGGTGTCAAGACTCTGAGAACCGGGTTCTTTGGGTACCATTCCTT
AATCTCTCCAGTTCTGAGATCAAATGTACTATCCGTTGCCGGGCACACAATGCAACCATC
CTGAGTGAGCTTAGCGTTGAGAAGCCCCTCGCTGTAGGCTCCTTCGGCGGGAGAACGGTT
CTCAATCGCGAACACGTCGTTCTTATACCAAAGCAGCAATATCGTCTCGTCGTCTTGTAT
AATCACTCTCC

QA 2 792 2 792
DS 

RD RR3DE84JQ 705 0 0
C
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CCACAAATTGCACAAGGGAGGTAAAGCAAAAACCAAACCAAAGAGATAAATATTGATCTC
TACTTGAAAGCATCAGAAGCAGAGTAAAGGAAGTCCAAGAACCCTGTCCCCTTCAATAGA
CCTTTACCTGTCAATAGCTCAAAATCTAACAGCAGTAAGAATCCTATCACTGCTGCTTTG
CCATTTATCACTTCGTTCTTCCTCGAGAAACCAAATCCTTGAGAACCCTCGTCCACAACC
ATCCTCACCTCGTCTACGTTGACATTGGTTGCTGTGAGCCCAGGCTGAGCTTTACCACTG
AAGACGATTTCAGCAGCTGCCTCGTTCTTCCCGTTGCCTCTAATGCTGATGTAGATGTTT
TCTTCATCAAATTTGACAGGGTACACAAACAGCTTTCTCAGTGCAGGTGTCAAGACTCTG
AGAACCGGGTTCTTTGGGTACCATTCCTTAATCTCTCCAGTTCTGAGATCAAATGTACTA
TCCGTTGCCGGGCACACAATGCAACCATCCTGAGTGAGCTTAGCGTTGAGAAGCCCCTCG
CTGTAGGCTCCTTCGGCGGGAGAACGGTTCTCAATCGCGAACACGTCGTTCTTATACCAA
AGCAGCAATATCGTCTCGTCGTCTTGTATAATCACTCTCCGTTC

QA 2 705 2 705
DS 

RD RR3BF22JQ 784 0 0
C
GGTGTGAATTTTTGTTACTTAAAGTATGTTGTTTGTTTCTCCATGTACTGAATAACGCTT
CCACAAATTGCACAAGGGAGGTAAAGCAAAAACCAAACCAAAGAGATAAATATTGATCTC
TACTTGAAAGCATCAGAAGCAGAGTAAAGGAAGTCCAAGAACCCTGTCCCCTTCAATAGA
CCTTTACCTGTCAATAGCTCAAAATCTAACAGCAGTAAGAATCCTATCACTGCTGCTTTG
CCATTTATCACTTCGTTCTTCCTCGAGAAACCAAATCCTTGAGAACCCTCGTCCACAACC
ATCCTCACCTCGTCTACGTTGACATTGGTTGCTGTGAGCCCAGGCTGAGCTTTACCACTG
AAGACGATTTCAGCAGCTGCCTCGTTCTTCCCGTTGCCTCTAATGCTGATGTAGATGTTT
TCTTCATCAAATTTGACAGGGTACACAAACAGCTTTCTCAGTGCAGGTGTCAAGACTCTG
AGAACCGGGTTCTTTGGGTACCATTCCTTAATCTCTCCAGTTCTGAGATCAAATGTACTA
TCCGTTGCCGGGCACACAATGCAACCATCCTGAGTGAGCTTAGCGTTGAGAAGCCCCTCG
CTGTAGGCTCCTTCGGCGGGAGAACGGTTCTCAATCGCGAACACGTCGTTCTTATACCAA
AGCAGCAATATCGTCTCGTCGTCTTGTATAATCACTCTCCGTTCACCTTTCGGAAGCGCG
GATAACGGCACCACCGGCACCCAGTTTCTCCCCGGGGAAGCAACGGACGAAGAAGAAGAA
GAA

QA 2 784 2 784
DS 

RD RR3CR42JQ 784 0 0
GGTGTGAATTTTTGTTACTTAAAGTATGTTGTTTGTTTCTCCATGTACTGAATAACGCTT
CCACAAATTGCACAAGGGAGGTAAAGCAAAAACCAAACCAAAGAGATAAATATTGATCTC
TACTTGAAAGCATCAGAAGCAGAGTAAAGGAAGTCCAAGAACCCTGTCCCCTTCAATAGA
CCTTTACCTGTCAATAGCTCAAAATCTAACAGCAGTAAGAATCCTATCACTGCTGCTTTG
CCATTTATCACTTCGTTCTTCCTCGAGAAACCAAATCCTTGAGAACCCTCGTCCACAACC
ATCCTCACCTCGTCTACGTTGACATTGGTTGCTGTGAGCCCAGGCCGAGCTTTACCACTG
AAGACGATTTCAGCAGCTGCCTCGTTCTTCCCGTTGCCTCTAATGCTGATGTAGATGTTT
TCTTCATCAAATTTGACAGGGTACACAAACAGCTTTCTCAGTGCAGGTGTCAAGACTCTG
AGAACCGGGTTCTTTGGGTACCATTCCTTAATCTCTCCAGTTCTGAGATCAAATGTACTA
TCCGTTGCCGGGCACACAATGCAGCCATCCTGAGTGAGCTTAGCGTTGAGAAGCCCCTCG
CTGTAGGCTCCTTCGGCGGGAGAACGGTTCTCAATCGCGAACACGTCGTTCTTATACCAA
AGCAGCAATATCGTCTCGTCGTCTTGTATAATCACTCTCCGTTCACCTTTCGGAAGCGCG
GATAACGGCACCACCGGCACCCAGTTTCTCCCCGGGGAAGCAACGGACGAAGAAGAAGAA
GAAG

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3GU51TF 771 0 0
CACTTCGTC
TCCTCGAGAAACCAAATC*TTGAGAACC*TCGTCCACAACCATCCTCAC*TCGTCTACGT
TGACATTGGTTGCTGTGAGCCCAGGCTGAGCTTTACCACTGAAGACGATTTCAGCAGCTG
CCTCGTTCTTCCCGTCGCCTCTAATGCTGATGTAGATGTTTTCTTCATCAAATTTGACAG
GGTACACAAACAGCTTTCTCAGTGCAGGTGTCAAGACTCTGAGAACCGGGTTCTTTGGGT
ACCATTCCTTAATCTCTCCAGTTCTGAGATCAAATGTACTATCCGTTGCCGGGCACACAA
TGCAACCATCCTGAGTGAGCTTAGCGTTGAGAAGCCCCTCGCTGTAGGCTCCTTCGGCGG
GAGAACGGTTCTCAATCGCGAACACGTCGTTCTTATACCAAAGCAGCAATATCGTCTCGT
CGTCTTGTATAATCACTCTCCGTTCACCTTTCGGAAGCGCGGATAACGGCACCACCGGCA
CCCAGTTTCTCCCCGGGGAAGCAACGGACGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGGAGAGACCT
CCGTCGCTTCGCATCTGACGATTCCTACACTCCTCTGTTTCGAGTTCTGGTTTAATCGGT
AAGTGAGAGGGAACCGGCGGTTACGAATGGGATAAAGCGGCAACGTTTTGGCTAATGACG
TGGCGCGGGTGAAAAAGGGAGGAGGAGGGAAGGAGTAGTTACGTGGGAGAGAGGGAGATG
CGGTGGTCGCCATGGAGGATAGTGAGAGAGAGCTTGAGAT
CC

QA 10 769 10 769
DS 

RD RR3BF22TF 705 0 0
AACCATCCTCACCTCGTCTACGTTGACATTGGTTGCTGTGAGCCCAGGCTGAGCTTTACC
ACTGAAGACGATTTCAGCAGCTGCCTCGTTCTTCCCGTTGCCTCTAATGCTGATGTAGAT
GTTTTCTTCATCAAATTTGACAGGGTACACAAACAGCTTTCTCAGTGCAGGTGTCAAGAC
TCTGAGAACCGGGTTCTTTGGGTACCATTCCTTAATCTCTCCAGTTCTGAGATCAAATGT
ACTATCCGTTGCCGGGCACACAATGCAACCATCCTGAGTGAGCTTAGCGTTGAGAAGCCC
CTCGCTGTAGGCTCCTTCGGCGGGAGAACGGTTCTCAATCGCGAACACGTCGTTCTTATA
CCAAAGCAGCAATATCGTCTCGTCGTCTTGTATAATCACTCTCCGTTCACCTTTCGGAAG
CGCGGATAACGGCACCACCGGCACCCAGTTTCTCCCCGGGGAAGCAACGGACGAAGAAGA
AGAAGAAGAAGGAGGAGAGACCTCCGTCGCTTCGCATCTGACGATTCCTACACTCCTCTG
TTTCGAGTTCTGGTTTAATCGGTAAGTGAGAGGGAACCGGCGGTCACGAATGGGATAAAG
CGGCAACGTTTTGGCTAATGGCGTGGCGCGGGTGAAAGAGGGAGGAGGAGGGAAGGAGTA
GTTACGTGGGAGAGAGGGAGATGCGGTGGTCGCCATGGAGGAT
CC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3DE84TF 654 0 0
AGCTTTACCACTGAAGACGATTTCAGCAGCTGCCTCGTTCTTCCCGTTGCCTCTAATGCT
GATGTAGATGTTTTCTTCATCAAATTTGACAGGGTACACAAACAGCTTTCTCAGTGCAGG
TGTCAAGACTCTGAGAACCGGGTTCTTTGGGTACCATTCCTTAATCTCTCCAGTTCTGAG
ATCAAATGTACTATCCGTTGCCGGGCACACAATGCAACCATCCTGAGTGAGCTTAGCGTT
GAGAAGCCCCTCGCTGTAGGCTCCTTCGGCGGGAGAACGGTTCTCAATCGCGAACACGTC
GTTCTTATACCAAAGCAGCAATATCGTCTCGTCGTCTTGTATAATCACTCTCCGTTCACC
TTTCGGAAGCGCGGATAACGGCACCACCGGCACCCAGTTTCTCCCCGGGGAAGCAACGGA
CGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGGAGAGACCTCCGTCGCTTCGCATCTGACGATTCCTAC
ACTCCTCTGTTTCGAGTTCTGGTTTAATCGGTAAGTGAGAGGGAACCGGCGGTCACGAAT
GGGATAAAGCGGCAACGTTTTGGCTAATGGCGTGGCGCGGGTGAAAGAGGGAGGAGGAGG
GAAGGAGTAGTTACGTGGGAGAGAGGGAGATGCGGTGGTCGCCATGGAGGAT
CC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3GF70TF 704 0 0
GTCCACAACCATCCTCAC*TCGTCTACGTTGACATTGGTTGCTGTGAGCCCAGGCTGAGC
TTTACCACTGAAGACGATTTCAGCAGCTGCCTCGTTCTTCCCGTTGCCTCTAATGCTGAT
GTAGATGTTTTCTTCATCAAATTTGACAGGGTACACAAACAGCTTTCTCAGTGCAGGTGT
CAAGACTCTGAGAACCGGGTTCTTTGGGTACCATTCCTTAATCTCTCCAGTTCTGAGATC
AAATGTACTATCCGTTGCCGGGCACACAATGCAACCATCCTGAGTGAGCTTAGCGTTGAG
AAGCCCCTCGCTGTAGGCTCCTTCGGCGGGAGAACGGTTCTCAATCGCGAACACGTCGTT
CTTATACCAAAGCAGCAATATCGTCTCGTCGTCTTGTATAATAACTCTCCGTTCACCTTT
CGGAAGCGCGGATAACGGCACCACCGGCACCCAGTTTCTCCCCGGGGAAGCAAAGGACGA
AGAAGAAGAAGAAGAAGGAGGAGAGACCTCCGTCGCTTCGCATCTGACGATTCCTACACT
CCTCTGTTTCGAGTTCTGGTTTAATCGGTAAGTGAGAGGGAACCGGCGGTTACGAATGGG
ATAAAGCGGCAACGTTTTGGCTAATGACGTGGCGCGGGTGAAAGAGGGAGGAGGAGGGAA
GGAGTAGTTACGTGGGAGAGAGGGAGATGCGGTGGTCGCCAT
CC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3GN13TF 772 0 0
TACG
TGACATTGGT*GCTGTGAGCCCAG*CTGAGCTT*ACCACTGAAGACGGTTTCAGCAGCTG
CCTCGT*CTTCCCGTTGC*TCTAATGCTGATGTAGATGTTTTCTTCATCAAATTTGACAG
G*TACACAAACAGCTTTCTCAGTGCAGGTGTCAAGACTCTGAGAACCGGGTTCTTTGGGT
ACCATTCCTTAATCTCTCCAGTTCTGAGATCAAATGTACTATCCGTTGCCGGGCACACAA
TGCAACCATCCTGAGTGAGCTTAGCGTTGAGAAGCCCCTCGCTGTAGGCTCCTTCGGCGG
GAGAACGGTTCTCAATCGCGAACACGTCGTTCTTATACCAAAGCAGCAATATCGTCTCGT
CGTCTTGTATAATCACTCTCCGTTCACCTTTCGGAAGCGCGGATAACGGCACCACCGGCA
CCCAGTTTCTCCCCGGGGAAGCAACGGACGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGGAGAGACCT
CCGTCGCTTCGCATCTGACGATTCCTACACTCCTCTGTTTCGAGTTCTGGTTTAATCGGT
AAGTGAGAGGGAACCGGCGGTTACGAATGGGATAAAGCGGCAACGTTTTGGCTAATGACG
TGGCGCGGGTGAAAGAGGGAGGAGGAGGGAAGGAGTAGTTACGTGGGAGAGAGGGAGATG
CGGTGGTCGCCATGGAGGATAGTGAGAGAGAGCTTGAGATGATAGAGGAAATGCATTTGT
CCAAAGCCACACACACAAGGTAGAGAGATGTGGATAACGAGGGAACCC

QA 5 772 5 772
DS 



AS 3 11

CO CL206Contig1 1493 4 10 U
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TCTTTAAACGCGAACGCGTCTCAAAAACGCAACTTTCGAATCTCCTCCGACAATGGCTCT
CCAAGCCACCACTACTACCTTCTCCTTCTCCGCTGCTACTTTCCGATCAACTCCTCCTCC
TCCTCACGCATTCACTTCAAAGCGTCGTCTCTCCTTCAAATCTTCTTCTTCAGGACTCTC
TTCTCCTCCTCCTCCCCTCCTCTCTCTTTCACGATCTAATCTCAAAGGAAGAGCCTTTTC
TAGTGATGGCTCAACAACGCAAGAGTCTCCCTCAGTGGTCTGTTTCGGAGAAATGCTGAT
CGACTTCGTACCAACCACTAGCGGGCTTTCATTGGCCCAAGCACCAGCTTTCAAAAAGGC
TCCAGGTGGTGCCCCTGCCAATGTCGCCGTTGGTATCGCTCGTCTCGGTGGCTCTTCAGC
TTTCATTGGCAAGGTCAGTGAAGACGAGTTTGGTTATATGCTCGCAAACATCCTCAAGGA
TAACAACGTGAACAACGAAGGCATGCGTTTTGACCCTGGAGCCAGAACTGCTTTAGCTTT
CGTCACTCTGACTAGCGAAGGCGAGCGTGAGTTCATGTTCTATCGAAACCCCAGCGCCGA
CATGTTGTTAGAAGAGTCTGAGCTTGATCTTGATTTGATTAAAAAGGCGAAGATATTCCA
TTACGGTTCGATAAGTCTGATAACGGAACCGTGCAAGTCAGCTCACATAGCTGCGGCGAA
GGCAGCTAAGGAAGCTGGCGTGATTCTTTCGTATGATCCTAACCTTAGGCTCCCCTTGTG
GCCTTCTGCAGATAACGCTAGGGATGAGATCCTCAGCGTTTGGGATACTGCTGATATCAT
AAAGATTAGCGAAGAGGAGATCGAGTTTCTGACGAAAGGAGAAGATCCTTATGATGATTC
TGTCGTCAGGAAGCTGTTCCATCCTAAGCTGAAACTGCTCCTTGTCACCGAAGGCCCTGA
AGGCTGTCGCTACTACACAAAGGATTTTAGCGGGAGAGTACGTGGATTGAAGGTGGAAGT
AGTGGACACGACAGGTGCTGGGGATGCGTTTGTTGCCGGAATACTATCTCAACTAGCATG
TGATCTCTCTTTGCTTCAGGACGAAGAAAGACTGAGAGAGGCTCTAATGTTTGCGAATGC
GTGTGGTGCCTTGACCGTCAAGGAGAGAGGTGCAATACCTGCACTCCTACAAAACAAGCT
GTACTCGACGCCCTACTCAAACCCGTCGTCTAAAATCAAAAAACAAAAACAAAATGAGAA
AGCAGATTCAGATTTTTGTTTCTTCAAATCTGTATTTGTTTTTTTTTTGTTGTAACGTAA
CTGTATGTTATTAGTGATTTCTCACATTGTATTATGCTAGCAGCTAACTAATAAACTAGC
CTGTTTTATCAAGTCAAGAGGTGGTATATTTAAAAAAAAAACTATTTCTTTGC


BQ
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AF RR3AI88TF U 1
AF RR3E814TF U 346
AF RR3E814JQ C 1295
AF RR3AI88JQ C 688
BS 1 507 RR3AI88TF
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BS 509 781 RR3AI88TF
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BS 791 824 RR3AI88TF
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BS 1369 1493 RR3AI88JQ

RD RR3AI88TF 831 0 0
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TCTTTAAACGCGAACGCGTCTCAAAAACGCAACTTTCGAATCTCCTCCGACAATGGCTCT
CCAAGCCACCACTACTACCTTCTCCTTCTCCGCTGCTACTTTCCGATCAACTCCTCCTCC
TCCTCACGCATTCACTTCAAAGCGTCGTCTCTCCTTCAAATCTTCTTCTTCAGGACTCTC
TTCTCCTCCTCCTCCCCTCCTCTCTCTTTCACGATCTAATCTCAAAGGAAGAGCCTTTTC
TAGTGATGGCTCAACAACGCAAGAGTCTCCCTCAGTGGTCTGTTTCGGAGAAATGCTGAT
CGACTTCGTACCAACCACTAGCGGGCTTTCATTGGCCCAAGCACCAGCTTTCAAAAAGGC
TCCAGGTGGTGCCCCTGCCAATGTCGCCGTTGGTATCGCTCGTCTCGGTGGCTCTTCAGC
TTTCATTGGCAAGGTCAGTGAAGACGATTTTGGTTATATGCTCGCAAACATCCTCAAGGA
TAACAACGTGAACAACGAAGGCATGCGTTTTGACCCTGGAGCCAGAACTGCTTTAGCTTT
CGTCACTCTGACTAGCGAAGGCGAGCGTGAGTTCATGTTCTATCGAAACCCCAGCGCCGA
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TTACGGTTCGATAAGTCTGATAACGGAACCGTGCAAGTCAGCTCACATAGCTGCGGCGAA
G*CAGCTAAAGAAGCTGGCGTGATTCTTTCGTATGATCCTAACC
TTAGCTC

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR3E814TF 479 0 0
G
GGAGAAATGCTGATCGACTTCGTACCAACCACTAGTGGGCTTTCATTGGCCCAAGCACCA
GCTTTCAAAAAGGCTCCAGGTGGTGCCCCTGCCAATGTCGCCGTTGGTATCGCTCGTCTC
GGTGGCTCTTCATCTTTCATTGGCAAGGTCGGTGAAGATGAGTTTGGTTATATGCTCGCA
AACATCCTCAAGGATAACAACGTGAACAACGAAGGCATGCGTTTTGACCCTGGAGCCAGA
ACTGCTTTAGCTTTCGTCACTCTGACTAGCGAAGGCGAGCGTGAGTTCATGTTCTATCGA
AACCCCAGCGCCGACATGTTGTTAGAAGAGTCTGAGCTTGATCTTGATTTGATTAAAAAG
GCGAAGATATTCCATTACGGTTCGATAAGTCTGATAACGGAACCGTGCAAGTCAGCTCAC
ATAGCTGCGGCGAAGGCAGCTAAGGAAGCTGGCGTGATTCTTTCGTATGATCCTAACC

QA 2 479 2 479
DS 

RD RR3E814JQ 128 0 0
AAAATC
AAACAAAAACAAAATGAGAAAGCAGATTCAGATTTTTGTTTTTTCAAATCTGTATTTGTT
TTTTTTTTGTTGTAACGTAACTGTATGTTATTAGTGATTTCTCACATTGT
ATTATGCTAGCA

QA 7 116 7 116
DS 

RD RR3AI88JQ 806 0 0
TCTT
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TGCAAGTCAGCTCACATAGCTGCGGCGAAGGCAGCTAAGGAAGCTGGCGTGATTCTTTCG
TATGATCCTAACCTTAGGCTCCCCTTGTGGCCTTCTGCAGATAACGCTAGGGATGAGATC
CTCAGCGTTTGGGATACTGCTGATATCATAAAGATTAGCGAAGAGGAGATCGAGTTTCTG
ACGAAAGGAGAAGATCCTTATGATGATTCTGTCGTCAGGAAGCTGTTCCATCCTAAGCTG
AAACTGCTCCTTGTCACCGAAGGCCCTGAAGGCTGTCGCTACTACACAAAGGATTTTAGC
GGGAGAGTACGTGGATTGAAGGTGGAAGTAGTGGACACGACAGGTGCTGGGGATGCGTTT
GTTGCCGGAATACTATCTCAACTAGCATGTGATCTCTCTTTGCTTCAGGACGAAGAAAGA
CTGAGAGAGGCTCTAATGTTTGCGAATGCGTGTGGTGCCTTGACCGTCAAGGAGAGAGGT
GCAATACCTGCACTCCTACAAAACAAGCTGTACTCGACGCCCTACTCAAACCCGTCGTCT
AAAATCAAAAAACAAAAACAAAATGAGAAAGCAGATTCAGATTTTTGTTTCTTCAAATCT
GTATTTGTTTTTTTTT*GTTGTAACGTAACTGTATGTTATTAGTGATTTCTCACATTGTA
TTATGCTAGCAGCTAACTAATAAACTAGCCTGTTTTATCAAGTCAAGAGGTGGTATATTT
AAAAAAAAAACTATTTCTTTGC

QA 5 806 5 806
DS 



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ATAACATACAGTTATGTTACAACAAACAACCAATACAGATTTGAAGAAACAAAAATCTGA
ATCTGCTTTCTCATTTTGTTTTTGTTTTTGAATTTTAGACGACGGCTTTGAGTAGGGCGT
CGAGTACAGCTTGTTTTGTAGGAAGTGCAGGTATGGCACCTCTCTCCTTTACGGTCAAGG
CACCACACGCATTCGCAAACATTAGAGCCTCTCTCAGTCTTTCTTCGTCCTGAAGCAAAG
AGAGATCACATGCTAGTTGAGATAGTATTCCGGCAACAAACGCATCCCCAGCACCTGTCG
TGTCCACTACTTCCACCTTCAATCCATGTACTCTCCCGCTAAAATCCTTAGTGTAGTAGC
GACAGCCTTCAGGACCTTCAGTGACAAGGAGTAGTTTGAGCTTAGGATGGAACAGCTTCC
TGACGACAGAATCATCATAAGGATCTTCTCCTTTCGTCAGAAACTCAATCTCCTCTTCGC
TAATCTTTATGATATCAGCAGTATCCCAAACGCTGAGGATCTCATCCCTAGCGTTGTCTG
CAGAAGGCCACAAGGGGAGCCTAAGGTTAGGATCGTACGAAAGAATCACACCAGCGTCCT
TAGCAGCCTTCGCCGCAGCTATGTGAGCTGACTTGCACGGTTCCGTGATCAGACTTATCG
AACC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3EB11JQ U 41
AF RR3D947JQ U 1
AF RR3E432JQ U 41
AF RR3GW31JQ U 22
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BS 332 621 RR3D947JQ
BS 622 724 RR3GW31JQ

RD RR3EB11JQ 443 0 0
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TTGAAGAAACAAAAATCTGAATCTGCTTTCTCATTTTGTTTTTGTTTTTGAATTTTAGAC
GACGGCTTTGAGTAGGGCGTCAAGTACAGCTTGTTTTGTAGGAAGTGCAGGTATGGCACC
TCTCTCCTTTACGGTCAAGGCACCACACGCATTCGCAAACATTAGAGCCTCTCTCAGTCT
TTCTTCGTCCTGAAGCAAAGAGAGATCACATGCTAGTTGAGATAGTATTCCGGGAACAAA
CGCATCCCCAGCACCTGTCGTGTCCACTACTTCCACCTTCAATCCATGTACTCTCCCGCT
AAAATCCTTAGTGTAGTAGCGACAGCCTTCAGGACCTTCAGTGACAAGGAGTAGTTTGAG
CTTAGGATGGAACAGCTTCCTGA

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR3D947JQ 621 0 0
GGTAAAACAGGCTAGTTTATTAGTTAGCTGCTGGCATAATAACAATGTGAGAAATAACTA
ATAACATACAGTTATGTTACAACAAACAACCAATACAGATTTGAAGAAACAAAAATCTGA
ATCTGCTTTCTCATTTTGTTTTTGTTTTTGAATTTTAGACGACGGCTTTGAGTAGGGCGT
CGAGTACAGCTTGTTTTGTAGGAAGTGCAGGTATGGCACCTCTCTCCTTTACGGTCAAGG
CACCACACGCATTCGCAAACATTAGAGCCTCTCTCAGTCTTTCTTCGTCCTGAAGCAAAG
AGAGATCACATGCTAGTTGAGATAGTATTCTGGCAACAAACGCATCCCCAGCACCTGTCG
TGTCCACTACTTCCACCTTCAATCCATGTACTCTCCCGCTAAAATCCTTAGTGTAGTAGC
GACAGCCTTCAGGACCTTCAGTGACAAGGAGTAGTTTGAGCTTAGGATGGAACAGCTTCC
TGACGACAGAATCATCATAAGGATCTTCTCCTTTCGTCAGAAACTCAATCTCCTCTTCGC
TAATCTTTATGATATCAGCAGTATCCCAAACGCTGAGGATCTCATCCCTAGCGTTGTCTG
CAGAAGGCCACAAGGGGAGCC

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3E432JQ 605 0 0
AACAATGTGAGAAATAACTAATAACATACAGTTATGTTACAACAAACAACCAATACAGAT
TTGAAGAAACAAAAATCTGAATCTGCTTTCTCATTTTGTTTTTGTTTTTGAATTTTAGAC
GACGGCTTTGAGTAGGGCGTCGAGTACAGCTTGTTTTGTAGGAAGTGCAGGTATGGCACC
TCTCTCCTTTACGGTCAAGGCACCACACGCATTCGCAAACATTAGAGCCTCTCTCAGTCT
TTCTTCGTCCTGAAGCAAAGAGAGATCACATGCTAGTTGAGATAGTATTCCGGCAACAAA
CGCATCCCCAGCACCTGTCGTGTCCACTACTTCCACCTTCAATCCATGTACTCTCCCGCT
AAAATCCTTAGTGTAGTAGCGACAGCCTTCAGGACCTTCAGTGACAAGGAGTAGTTTGAG
CTTAGGATGGAACAGCTTCCTGACGACAGAATCATCATAAGGATCTTCTCCTTTCGTCAG
AAACTCAATCTCCTCTTCGCTAATCTTTATGATATCAGCAGTATCCCAAACGCTGAGGAT
CTCATCCCTAGCGTTGTCTGCAGAAGGCCACAAGGGGAGCCTAAGGTTAGGATCGTACGA
AAGAA

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3GW31JQ 703 0 0
AGTTAGCTGCTGGCATAATAACAATGTGAGAAATAACTAATAACATACAGTTATGTTACA
ACAAACAACCAATACAGATTTGAAGAAACAAAAATCTGAATCTGCTTTCTCATTTTGTTT
TTGTTTTTGAATTTTAGACGACGGCTTTGAGTAGGGCGTCGAGTACAGCTTGTTTTGTAG
GAAGTGCAGGTATGGCACCTCTCTCCTTTACGGTCAAGGCACCACACGCATTCGCAAACA
TTAGAGCCTCTCTCAGTCTTTCTTCGTCCTGAAGCAAAGAGAGATCACATGCTAGTTGAG
ATAGTATTCCGGCAACAAACGCATCCCCAGCACCTGTCGTGTCCACTACTTCCACCTTCA
ATCCATGTACTCTCCCGCTAAAATCCTTAGAGTAGTAGCGACAGCCTTCAGGACCTTCAG
TGACAAGGAGTAGTTTGAGCTTAGGATGGAACAGCTTCCTGACGACAGAATCATCATAAG
GATCTTCTCCTTTCGTCAGAAACTCAATCTCCTCTTCGCTAATCTTTATGATATCAGCAG
TATCCCAAACGCTGAGGATCTCATCCCTAGCGTTGTCTGCAGAAGGCCACAAGGGGAGCC
TAAGGTTAGGATCGTACGAAAGAATCACACCAGCGTCCTTAGCAGCCTTCGCCGCAGCTA
TGTGAGCTGACTTGCACGGTTCCGTGATCAGACTTATCGAACC

QA 1 703 1 703
DS 



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CGTCTCAAAAACGCAATCTTTCGAATCTCCTCCGACCAATGGCTCTCCAAGCCACCACTA
CTACCTTCTCCTTCTCCGCTCCTACTTTCCGATCAACTCCTCCTCCTCACGCATTCACTT
CGAAGCGTCGTCTCTCCATCAAATCTTCTTCTCCTCCTCCTCCCCTCCTCTCTCTTTCAC
GATCTAATCTCAAAGGAAGAGCCTTTGCTAATGATGGCTCAACCACGCAAGAGTCTCCCT
CTGTAGTCTGTTTCGGAGAAATGCTGATCGACTTCGTACCAACCACTAGTGGGCTTTCTC
TGGCCCAAGCACCAGCTTTCAAAAAGGCTCCGGGTGGCGCCCCTGCAAATGTTGCCGTTG
GTATCGCTCGTCTCGGTGGTTCTTCAGCTTTCATTGGCAAGGTTGGTGAAGATGAGTTTG
GTTACATGCTTGCAAACATTCTCAAGGATAACAACGTGAACAATGAAGGCATGCGTTTTG
ACCCTGGAGCCAGAACTGCTTTAGCTTTCGTCACTCTGACTAGCGAAGGCGAACGTGAGT
TCATGTTCTATCGAAACCCCAGCGCCGACATGCTGTTAGAAGAGTCCGAGCTCGATCTGG
ATTTAATTAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB11TF U 81
AF RR3D947TF U 1
AF RR3E432TF U 8
BS 1 286 RR3D947TF
BS 287 287 RR3E432TF
BS 288 671 RR3D947TF

RD RR3EB11TF 400 0 0
GG
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TACTTTCCGATCAACTCCTCCTCCTCACGCATTCACTTCGAAGCGTCGTCTCTCCATCAA
ATCTTCTTCTCCTCCTCCTCCCCTCCTCTCTCTTTCACGATCTAATCTCAAAGGAAGAGC
CTTTGCTAATGATGGCTCAACCACGCAAGAGTCTCCCTCTGTAGTCTGTTTCGGAGAAAT
GCTGATCGACTTCGTACCAACCACTAGTGGGCTTTCTCTGGCCCAAGCACCAGCTTTCAA
AAAGGCTCCGGGTGGCGCCCCTGCAAATGTTGCCGTTGGTATCGCTCGTCTCGGTGGTTC
TTCAGCTTTCATTGGCAAGGTTGGTGAAGATGAGTTTG

QA 3 400 3 400
DS 

RD RR3D947TF 671 0 0
GGGCCCTTCGGTTCCTCCGCTCCCTCTCATCAGTCTTCCTTTCCTCTTTAAACGCGAACG
CGTCTCAAAAACGCAATCTTTCGAATCTCCTCCGACCAATGGCTCTCCAAGCCACCACTA
CTACCTTCTCCTTCTCCGCTCCTACTTTCCGATCAACTCCTCCTCCTCACGCATTCACTT
CGAAGCGTCGTCTCTCCATCAAATCTTCTTCTCCTCCTCCTCCCCTCCTCTCTCTTTCAC
GATCTAATCTCAAAGGAAGAGCCTTTGCTAATGATGGCTCAACCACACAAGAGTCTCCCT
CTGTAGTCTGTTTCGGAGAAATGCTGATCGACTTCGTACCAACCACTAGTGGGCTTTCTC
TGGCCCAAGCACCAGCTTTCAAAAAGGCTCCGGGTGGCGCCCCTGCAAATGTTGCCGTTG
GTATCGCTCGTCTCGGTGGTTCTTCAGCTTTCATTGGCAAGGTTGGTGAAGATGAGTTTG
GTTACATGCTTGCAAACATTCTCAAGGATAACAACGTGAACAATGAAGGCATGCGTTTTG
ACCCTGGAGCCAGAACTGCTTTAGCTTTCGTCACTCTGACTAGCGAAGGCGAACGTGAGT
TCATGTTCTATCGAAACCCCAGCGCCGACATGCTGTTAGAAGAGTCCGAGCTCGATCTGG
ATTTAATTAAA

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3E432TF 662 0 0
GG
GGTTCCTCCGCTCCCTCTCATCAGTCTTCCTTTCCTCTTTAAACGCGAACGCGTCTCAAA
AACGCAATCTTTCGAATCTCCTCCGACCAATGGCTCTCCAAGCCACCACTACTACCTTCT
CCTTCTCCGCTCCTACTTTCCGATCAACTCCTCCTCCTCACGCATTCACTTCGAAGCGTC
GTCTCTCCATCAAATCTTCTTCTCCTCCTCCTCCCCTCCTCTCTCTTTCACGATCTAATC
TCAAAGGAAGAGCCTTTGCTAATGATGGCTCAACCACGCAAGAGTCTCCCTCTGTAGTCT
GTTTCGGAGAAATGCTGATCGACTTCGTACCAACCACTAGTGGGCTTTCTCTGGCCCAAG
CACCAGCTTTCAAAAAGGCTCCGGGTGGCGCCCCTGCAAATGTTGCCGTTGGTATCGCTC
GTCTCGGTGGTTCTTCAGCTTTCATTGGCAAGGTTGGTGAAGATGAGTTTGGTTACATGC
TTGCAAACATTCTCAAGGATAACAACGTGAACAATGAAGGCATGCGTTTTGACCCTGGAG
CCAGAACTGCTTTAGCTTTCGTCACTCTGACTAGCGAAGGCGAACGTGAGTTCATGTTCT
ATCGAAACCCCAGCGCCGACATGCTGTTAGAAGAGTCCGAGCTCGATCTGGATTT
ATTAA

QA 3 657 3 657
DS 



AS 2 11

CO CL207Contig1 1028 3 14 U
AGGAAATCAAGGGACGATCGTATTAGGTCACGGGTTTGGCACGGACCAGTCAGTGTGGAA
ACACTTGGTTCCACATCTGGTCGATGATTACCGCATCGTGCTCTACGACAACATGGGAGC
CGGTACGACCAATCCGGAATATTTCGACTTCGAACGTTACTCAACTCTCGAAGGTTTCTC
TTTTGATTTGATTGCAATTTTAGAGGATCTTCAAATCGAGTCTTGTATATTTGTTGGTCA
CTCTCTATCCGCCATGGTTGGTGTCTTGGCTTCTCTTAACCGACCTGACCTCTTCTCCAA
AATTGTCATGATATCTGCTTCCCCACGATACGTGAACGATGCTGATTACCAAGGTGGGTT
CGAGCAAGACGACCTAAACCAACTTTTTGAAGCGATGCGAAGCAACTACAAAGCGTGGTG
CTTAGGTTTCGCTCCACTCGCGGTAGGTGGAGACTTAGACTCAGTAGCCGTTCAAGAATT
CAGCAGAACGCTCTTCAACATGCGTCCGGACATAGCACTTTCCCTGGCTCAGACCATTTT
CCAAAGCGACATGAGACAATTGTTACCTTTTGTCTCTGTCCCTTGTCACATCGTCCAAAG
CGTTAAAGATTTAGCCGTGCCGGTCGCCGTATCCGAGTATCTTCACAAAAATTTCGGATG
TGAATCTGTCGTCGAGGTTATGTCTTCAGATGGTCACCTTCCTCAGCTTAGCTCGCCGGA
CTCTGTTATTCCCGTTTTACTCCGTCATATCCGCAACGACATTGCTGTATGATGATGAGA
GGAGATGTTAATTAAGTTTAGCGAAATTAAATGTATGATGTGATATGTCTGGCTGGGTAA
GTGAGTATATCGTATCGTTGTCGTTTGTTCTTGGATTCTGAATTTGATCAGTTTGTTGTT
GTTCTTATCTTTGTGTTAAACGAAAAGTCTTGGTCTCTTGAGTCCAGCTTTACTCGACCT
CGTAATTTGTTCTTATTTGTTGTACTCAATATAAATGCAGTAATAGCGATGTTCGTGATT
GATGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK91TF U 1
AF RR3CE47TF U 1
AF RR3F284JQ C 384
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BS 121 249 RR3CE47TF
BS 250 250 RR3GK91TF
BS 251 306 RR3CE47TF
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BS 308 528 RR3CE47TF
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TCTGCTTCCCCACGATACGTGAACGATGCTGATTACCAAGGTGGGTTCGAGCAAGACGAT
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TTTTGATTTGATTGCAATTTTAGAGGATCTTCAAATCGAGTCTTGTATATTTGTTGGTCA
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AATTGTTATGATATCTGCTTCCCCACGATACGTGAACGATGCTGATTACCAAGGTGGGTT
CGAGCAAGACGACCTAAACCAACTTTTTGAAGCGATGCGAAGCAACTACAAAGCGTGGTG
CTTAGGTTTCGCTCCACTCGCGGTAGGTGGAGACTTAGACTCAGTAGCCGTTCAAGAATT
CAGCAGAACGCTCTTCAACATGCGTCCGGACATAGCACTTTCCCTGGCCCAGACCATTTT
CCAAAGCGACATGAGACAGTTGTTACCTTTTGTCTCTGTCCCTTGTCACATCGTCCAAAG
CGTT

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DS 

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TAGGTGGAGACTTAGACTCAGTAGCCGTTCAAGAATTCAGCAGAACGCTCTTCAACATGC
GTCCGGACATAGCACTTTCCCTGGCTCAGACCATTTTCCAAAGCGACATGAGACAATTGT
TACCTTTTGTTTCTGTCCCTTGTCACATCGTCCAAAGCGTTAAAGATTTAGCCGTGCCGG
TCGCCGTATCCGAGTATCTTCACAAAAATTTCGGATGTGAATCTGTCGTCGAGGTTATGT
CTTCAGATGGTCACCTTCCTCAGCTTAGCTCGCCGGACTCTGTTATTCCCGTTTTACTCC
GTCATATCCGCAACGACATTGCTGTATGATGATGAGAGGAGATGTTAATTAAGTTTAGCG
AAATTAAATGTATGATGTGATATGTCTGGCTGGGTAAGTGAGTATATCGTATCGTTGTCG
TTTGTTCTTGGATTCTGAATTTGATCAGTTTGTTGTTGTTCTTATCTTTGTGTTAAACGA
AAAGTCTTGGTCTCTTGAGTCCAGCTTTACTCGACCTCGTAATTTGTTCTTATTTGTTGT
ACTCAATATAAATGCAGTAATAGCGATGTTCGTGATTGATGGTCC

QA 1 645 1 645
DS 



CO CL207Contig2 1092 8 14 U
TTTGGCAACGAAGACTTTTCCTTAAACACAAAAGACAAAAGTCTTTTCCTTAAACAAAGA
TAAGATCAACAACGACAACGAGCAAATATAATCCAAGAACTAAACGACACCGAGACCGTA
TATTCTCAATAGACAGACATATCACATCAGATATTTAATTTTCCATTAATTTAATTAAAA
ATGCACTTCCCCACCAATCAGACAGCGATGTCATTACGAATGTGACGGAGGAGCACAGGA
ATAACAGAGTCCGGCGAGCTAAGCTGAGGAAGATGACCATCTGAAGGAATAACCTCGACA
ACAGATTCACATCCAAGATTGGTGTGAAGATACTCGGAGACTGCCACTGGTACGGCTAAG
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TCACTTTGGAAAATGGTCTGAGCCACGGAGAGAGCTATGTCTGGACGCATGTTGAAGAGC
GTTCTGCTGAATTCTTGAACCGCGACTGAGTCTAAGTCGCCGCCTACCGCGAGTGGTGCG
AAACCTAAGCACCACGCTTTGTAGTTGCTTCGCATCGCTTCGAAGAGTTGGTTTAAGTCG
TCTTGCTCGAATCCACCTTGGTAATCAACATCGTTCACGTACCTTGGGGAAGCAGAGATC
ATGACGATTTTGGAGAAGAGATCAGGTCGGTTAAGAGAAGCCAAGAGACCAACCATGGCG
GAAACAGAGTGACCAACAAAGATACAAGACTCGATTTGAAGATCTTCCAAGATTGCGATC
AAATCAAAGGAGAAACCTTCTAGAGTTGAGTAACGATCGAAATCGAAGTAGTCTGGGTTA
GTCGTACCGGCTCCCATGTTGTCGTAGAGAACGATGCGGTAATCTTCGAGCAGATGTGGG
ACCAGGTGTTTCCACACTGACTGGTCCGTGCCGAACCCGTGACCTAAGACGATCGTTGCT
TGAGTTCCTGTGCCGATCACTTTCACGTTGTGAGCTTCCTCTACAACACCCATCTCTCTC
TCTCTCTAGGTACAAGAGACCTTCTCTCGTTTCCTTCTATTAAAGATGCCTCTCTGTTGG
TGGATATCTTCC


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 0 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 5 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EE11JQ U 81
AF RR3D370JQ U 4
AF RR3D370TF C 1
AF RR3A689JQ U 4
AF RR3CB71JQ U 88
AF RR3CB71TF C 218
AF RR3EE11TF C 531
AF RR3A689TF C 309
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BS 802 817 RR3A689JQ
BS 818 881 RR3CB71JQ
BS 882 882 RR3CB71TF
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BS 900 1027 RR3CB71TF
BS 1028 1092 RR3A689TF

RD RR3EE11JQ 329 0 0
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ATCACATCAGATATTTAATTTTCCATTAATTTAATTAAAAATGCACTTCCCCACCAATCA
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GTGACAAGGGACAGCTACAAGAGGTAAGA

QA 1 329 1 329
DS 

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GATCAACAACGACAACGAGCAAATATAATCCAAGAACTAAACGACACCGAGACCGTATAT
TCTCAATAGACAGACATATCACATCAGATATTTAATTTTCCATTAATTTAATTAAAAATG
CACTTCCCCACCAATCAGACAGCGATGTCATTACGAATGTGACGGAGGAGCACAGGAATA
ACAGAGTCCGGCGAGCTAAGCTGAGGAAGATGACCATCTGAAGGAATAACCTCGACAACA
GATTCACATCCAAGATTGGTGTGAAGATACTCGGAGACTGCCACTGGTACGGCTAAGTCC
TTAACGCTTTGGAGAATGTGACAAGGGACAGCTACAAAAGGTAAGATCTGTCTCATGTCA
CTTTGGAAAATGGTCTGAGCCACGGAGAG**CTATGTCTGGACGCATGTTGAAGAGCGTT
CTGCTGAATTCTTGAACCGCGACTGAGTCTAAGTCGCCGCCTACCGCGAGTGGTGCGAAA
CCTAAGCACCACGCTTTGTAGTTGCTTCGCATCGCTTCGAAGAGTTGGTTTAAGTCGTCT
TGCTCGAATCCACCTTGGTAATCAACATCGTTCACGTACCTTGGGGAAGCAGAGATCATG
ACGATTTTGGAGA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3D370TF 722 0 0
TTTGGCAACGAAGACTTTTC*TTAAACACAAA*GACAAAAGTCTTTTC*TTAAACAAAGA
TAAGATCAACAACGACAACGAGCAAATATAATCCAAGAACTAAACGACACCGAGACCGTA
TATTCTCAATAGACAGACATATCACATCAGATATTTAATTTTCCATTAATTTAATTAAAA
ATGCACTTCCCCACCAATCAGACAGCGATGTCATTACGAATGTGACGGAGGAGCACAGGA
ATAACAGAGTCCGGCGAGCTAAGCTGAGGAAGATGACCATCTGAAGGAATAACCTCGACA
ACAGATTCACATCCAAGATTGGTGTGAAGATACTCGGAGACTGCCACTGGTACGGCTAAG
TCCTTAACGCTTTGGAGAATGTGACAAGGGACAGCTACAAAAGGTAAGATCTGTCTCATG
TCACTTTGGAAAATGGTCTGAGCCACGGAGAG**CTATGTCTGGACGCATGTTGAAGAGC
GTTCTGCTGAATTCTTGAACCGCGACTGAGTCTAAGTCGCCGCCTACCGCGAGTGGTGCG
AAACCTAAGCACCACGCTTTGTAGTTGCTTCGCATCGCTTCGAAGAGTTGGTTTAAGTCG
TCTTGCTCGAATCCACCTTGGTAATCAACATCGTTCACGTACCTTGGGGAAGCAGAGATC
ATGACGATTTTGGAGAAGAGGTCAGGTCGGTTAAGAGAAGCCAAGAGACCAACCATGGCG
G
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3A689JQ 814 0 0
GGCAACGAAGACTTTTCCTTAAACACAAAAGACAAAAGTCTTTTCCTTAAACAAAGATAA
GATCAACAACGACAACGAGCAAATATAATCCAAGAACTAAACGACACCGAGACCGTATAT
TCTCAATAGACAGACATATCACATCAAATATTTAATTTTCCATTAATTTAATTAAAAATG
TACTTCCCCACAAATCAGACAGCGATGTCATTACGAATGTGACGGAGGAGCACAGGAATA
ACAGAGTCCGGCGAGCTAAGCTGAGGAAGATGACCATCTGAAGGAATAACCTCAACAACA
GATTCGCATCCAAGATTGGTGTGAAGATACTCAGAGACTGCCACTGGTACGGCTAAGTCC
TTAACGCTTTGGAGGATGTGACAAGGGACAGCTACAAAAGGTAAGATCTGTCTCATGTCA
CTTTGGAAAATGGTCTGAGCCACGGAGAGAGCTATGTCTGGACGCATGTTGAAGAGCGTT
CTGCTGAACTCTTGAACCGCGACTGAGTCTAAGTCGCCGCCTACCGCGAGTGGTGCGAAA
CCTAAGCACCACGCTTTGTAGTTGCTTCGCATCGCTTCGAAGAGTTGGTTTAAGTCGTCT
TGCTCGAATCCACCTTGGTAATCAACATCGTTCACGTACCTTGGGGAAGCAGAGATCATG
ACGATTTTGGAGAAGAGATCAGGTCGGTTAAGAGAAGCCAAGAGACCAACCATGGCGGAA
ACAGAGTGACCAACAAAGATACAAGACTCGATTTGAAGATCTTCCAAGATTGCGATCAAA
TCAAAG*AGAAACCTTCGAGAGTTGAGTAACGAT

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR3CB71JQ 812 0 0
ATAATCCAAGAACTAAACGACACCGAGACCGTATATTCTCAATAGACAGACATATCACAT
CAGATATTTAATTTTCCATTAATTTAATTAAAAATGCACTTCCCCACCAATCAGACAGCG
ATGTCATTACGAATGTGACGGAGGAGCACAGGAATAACAGAGTCCGGCGAGCTAAGCTGA
GGAAGATGACCATCTGAAGGAATAACCTCGACAACAGATTCACATCCAAGATTGGTGTGA
AGATACTCGGAGACTACCACTGGTACGGCTAAGTCCTTAACGCTTTGGAGAATGTGACAA
GGGACAGCTACAAAAGGTAAGATCTGTCTCATGTCACTTTGGAAAATGGTCTGAGCCACG
GAGAGAGCTATGTCTGGACGCATGTTGAAGAGCGTTCTGCTGAATTCTTGAACCGCGACT
GAGTCTAAGTCGCCGCCTACCGCGAGTGGTGCGAAACCTAAGCACCACGCTTTGTAGTTG
CTTCGCATCGCTTCGAAGAGTTGGTTTAAGTCGTCTTGCTCGAATCCACCTTGGTAATCA
ACATCGTTCACGTACCTTGGGGAAGCAGAGATCATGACGATTTTGGAGAAGAGGTCAGGT
CGGTTAAGAGAAGCCAAGAGACCAACCATGGCGGAAACAGAGTGACCAACAAAGATACAA
GACTCGATTTGAAGATCTTCCAAGATTGCGATCAAATCAAAGGAGAAACCTTCTAGAGTT
GAGTAACGATCGAAATCGAAGTAGTCTGGGTTAGTCGTACCGGCTCCCATGTTGTCGTAG
AGAACGATGCGGTA*TCTTCGAGCAGATGTGG

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3CB71TF 813 0 0
GAATGTGACGGAGGAGCACAGGAATAACAGAGTCCGGCGAGCTAAGCTGAGGAAGATGAC
CATCTGAAGGAATAACCTCGACAACAGAT*CACATCCAAGATTG*TGTGAAGATACTCGG
AGACTACCACTGGTACGGCTAAGTC*TTAACGCTTTGGAGAATGTGACAAGGGACAGCTA
CAAAAGGTAAGATCTGTCTCATGTCACTTTGGAAAATGGTCTGAGCCACGGAGAGAGCTA
TGTCTGGACGCATGTTGAAGAGCGTTCTGCTGAATTCTTGAACCGCGACTGAGTCTAAGT
CGCCGCCTACCGCGAGTGGTGCGAAACCTAAGCACCACGCTTTGTAGTTGCTTCGCATCG
CTTCGAAGAGTTGGTTTAAGTCGTCTTGCTCGAATCCACCTTGGTAATCAACATCGTTCA
CGTACCTTGGGGAAGCAGAGATCATGACGATTTTGGAGAAGAGGTCAGGTCGGTTAAGAG
AAGCCAAGAGACCAACCATGGCGGAAACAGAGTGACCAACAAAGATACAAGACTCGATTT
GAAGATCTTCCAAGATTGCGATCAAATCAAAGGAGAAACCTTCTAGAGTTGAGTAACGAT
CGAAATCGAAGTAGTCTGGGTTAGTCGTACCGGCTCCCATGTTGTCGTAGAGAACGATGC
GGTAATCTTCGAGCAGATGTGGGACCAGGTGTTTCCACACTGACTGGTCCGTGCCGAACC
CGTGACCTAAGACGATCGTTGCTTGAGTTCCTGTGCCGATCACTTTCACGTTGTGAGCTT
CCTCTACAACACCCATCTCTCTCTCTCTCT
CTC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3EE11TF 504 0 0
GAGTGGTGCGAAACCTAAGCACCACGCTTTGTAGTTGCTTCGCATCGCTTCGAAGAGTTG
GTTTAAGTCGTCTTGCTCGAATCCACCTTGGTAATCAACATCGTTCACGTACCTTGGGGA
AGCAGAGATCATGACGATTTTGGAGAAGAGATCAG*TCGGTTAAGAGAAGCCAAGAGACC
AACCATGGCGGAAACAGAGTGACCAACAAAGATACAAGACTCGATTTGAAGATCTTCCAA
GATTGCGATCAAATCAAAGGAGAAACCTTCTAGAGTTGAGTAACGATCGAAGTCAAAGTA
GTCTGGGTTAGTCGTACCGGCTCCCATGTTGTCGTAGAGAACGATGCGGTAATCTTCGAG
CAGATGTGGGACCAGGTGTTTCCACACTGACTGGTCCGTGCCGAACCCATGACCTAAGAC
GATCGTTGCTTGAGTTCCTGTGCCGATCACTTTCACGTTGTGAGCTTCCTCTACAACACC
CATCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCCC

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR3A689TF 784 0 0
G
CATCCAAGATTGGTGTGAAGATACTCAGAGACTGCCACTGGTACGGCTAAGTCCTTAACG
CTTTGGAGGATGTGACAAGGGACAGCTACAAAAGGTAAGATCTGTCTCATGTCACTTTGG
AAAATGGTCTGAGCCACGGAGAGAGCTATGTCTGGACGCATGTTGAAGAGCGTTCTGCTG
AACTCTTGAACCGCGACTGAGTCTAAGTCGCCGCCTACCGCGAGTGGTGCGAAACCTAAG
CACCACGCTTTGTAGTTGCTTCGCATCGCTTCGAAGAGTTGGTTTAAGTCGTCTTGCTCG
AATCCACCTTGGTAATCAACATCGTTCACGTACCTTGGGGAAGCAGAGATCATGACGATT
TTGGAGAAGAGATCAGGTCGGTTAAGAGAAGCCAAGAGACCAACCATGGCGGAAACAGAG
TGACCAACAAAGATACAAGACTCGATTTGAAGATCTTCCAAGATTGCGATCAAATCAAAG
GAGAAACCTTCGAGAGTTGAGTAACGATCGAAGTCGAAGTAGTCAGGGTTAGTCGTGCCG
GCTCCCATGTTGTCGTAGAGAACGATGCGGTAATCTTCGGGCAGATGTGGGACCAGGTGT
TTCCACACTGACTGGTCCGTGCCGAACCCGTGACCTAA*ACGATCGTTGCTTGAGTTCCT
GTGCCGATCACTTTCACGTTGTGAGCTTCCTCTACAACACCCATCTTTCTCGCTCTCTAG
GTACAAGAGACCTTCTCTCGTTTCCTTCTATTAAAGATGCCTCTCTGTTGGTGGATATCT
TCC

QA 2 784 2 784
DS 



AS 1 9

CO CL208Contig1 954 9 42 U
GAGAGAGAGAGGAAGAGCAAACAACAGTTGAAGAAGAAGAAGATGAGTAGCATTGGAACT
GGATACGATCTCTCAGTCACGACCTTCTCTCCCGATGGCCGTGTTTTCCAGATCGAGTAC
GCCGCCAAAGCTGTCGACAACAGTGGAACTGTTGTTGGAATCAAGTGCAAGGACGGGATT
GTAATGGGTGTGGAGAAGCTCATTGCATCTAAGATGATGCTACCGGGTTCCAACCGGAGG
ATCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGGAGG
CAAATTGTTGCACGTGCCAAATCTGAAGCCAGAAGCTACGAGAGTGTTTATGGCGACGCT
GTACCTGTGAAGGAACTTTCGGAGCGTGTTGCGAGTTATGTTCATTTATGCACTCTCTAT
TGGTGGCTTAGGCCTTTTGGTTGTGGAGTCATTCTTGGAGGTTATGATAAAGATGGACCC
CAATTGTACATGATTGAGCCATCCGGTATTTCATATAGATACTTTGGTGCTGCAATTGGC
AAAGGAAAACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAATTGAAGTTATCTGAGATGACATGC
AAAGAAGGCGTTATTGAAGTTGCAAAAATCATTTACAAGCTACACGATGAAGCCAAAGAC
AAGGCTTTTGAATTGGAGATGAGCTGGATTTGCGAGGAGTCCAAAAGAGAGCACCAGAAG
GTCCCTGATGATCTTCTAGAAGAAGCAAAGACGGCAGCCAAAACTGCGCTTGAGGAGATG
GATGCTGACTAAACTGATGAAATGGGTCAAAATTAGATATTGTGTAATGATGCATCGTTT
GGTGTTTCTGTTGTAAAACTTTAAAATTTGCCTCGAGGGGGGCAAATCGCTGCATTTTCT
CATGAACCTTTCGGACTCCTTCGTCTTGTTTCTATCGACAGTTTCTTTGAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 
45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 20 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 20 55 55 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 20 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 15 25 50 50 
50 25 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 35 30 30 30 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E536TF U 61
AF RR3FL08TF U 1
AF RR3FU74TF U 8
AF RR3FS33TF U 28
AF RR3BM42TF U 33
AF RR3BM42JQ C 250
AF RR3C647TF U 21
AF RR3C647JQ C 170
AF RR3CS01TF U 247
BS 1 60 RR3FL08TF
BS 61 61 RR3FU74TF
BS 62 173 RR3FL08TF
BS 174 174 RR3C647TF
BS 175 182 RR3FL08TF
BS 183 183 RR3C647TF
BS 184 317 RR3FL08TF
BS 318 318 RR3C647TF
BS 319 338 RR3FL08TF
BS 339 339 RR3C647TF
BS 340 384 RR3FL08TF
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BS 390 390 RR3C647TF
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BS 393 393 RR3C647TF
BS 394 479 RR3FL08TF
BS 480 480 RR3C647TF
BS 481 606 RR3FL08TF
BS 607 607 RR3FU74TF
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BS 663 663 RR3CS01TF
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BS 937 954 RR3C647JQ

RD RR3E536TF 478 0 0
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GCCGCCAAAGCTGTCGACAACAGTGGAACTGTTGTTGGAATCAAGTGCAAGGACGGGATT
GTAATGGGTGTGGAGAAGCTCATTGCATCTAAGATGATGCTACCGGGTTCCAACCGGAGG
ATCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGGAGG
CAAATTGTTGCACGTGCCAAATCTGAAGCCAGAAGCTACGAGAGTGTTTATGGCGACGCT
GTACCTGTGAAGGAACTTTCGGAGCGTGTTGCGAGTTATGTTCATTTATGCACTCTCTAT
TGGTGGCTTAGGCCTTTTGGTTGTGGAGTCATTCTTGGAGGTTATGATAAAGATGGACCC
CAATTGTACATGATTGAGCCATCCGGTATTTCATATAAATACTTTGGTGCTGCAATTG

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3FL08TF 718 0 0
GAGAGAGAGAGGAAGAGCAAACAACAGTTGAAGAAGAAGAAGATGAGTAGCATTGGAACT
TGATACGATCTCTCAGTCACGACCTTCTCTCCCGATGGCCGTGTTTTCCAGATCGAGTAC
GCCGCCAAAGCTGTCGACAACAGTGGAACTGTTGTTGGAATCAAGTGCAAGGATGGGATT
GTGATGGGTGTGGAGAAGCTCATTGCATCTAAGATGATGCTACCGGGTTCCAACCGGAGG
ATCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGGAGG
CAAATTGTTGCACGTGCTAAATCTGAAGCCAGAAGCTATGAGAGTGTTTATGGCGACGCT
GTACCTGTGAAGGAACTTTCGGAGTGTGTGGCAAGTTATGTTCATTTATGCACTCTCTAT
TGGTGGCTTAGGCCTTTTGGTTGTGGAGTCATTCTTGGAGGTTATGATAAAGATGGACCA
CAATTGTACATGATTGAGCCATCCGGTATTTCATATAGATACTTTGGTGCTGCAATTGGC
AAAGGAAAACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAATTGAAGTTATCTGAGATGACATGC
AAAGAAAGCGTTATTGAAGTTGCAAAA*TCATTTACAAGCTACACGATGAAGCCAAG*AC
AA*GCTTTTGAATTGGAGATGAGCTGGATTTGCGAGGAGTC*AAAAGAGAGCAC
AGAA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3FU74TF 712 0 0
AGAGGAAGAGCAAACAACAGTTGAAGAAGAAGAAGATGAGTAGCATTGGAACTGGATACG
ATCTCTCAGTCACGACCTTCTCTCCCGATGGCCGTGTTTTCCAGATCGAGTACGCCGCCA
AAGCTGTCGACAACAGTGGAACTGTTGTTGGAATCAAGTGCAAGGATGGGATTGTGATGG
GTGTGGAGAAGCTCATTGCATCTAAGATGATGCTACCGGGTTCCAACCGGAGGATCCATT
CTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGGAGGCAAATTG
TTGCACGTACTAAATCTGAAGCCAGAAGCTATGAGAGTGTTTATGGCGACGCTGTACCTG
TGAAGGAACTTTCGGAGCGTGTGGCAAGTTATGTTCATTTATGCACTCTCTATTGGTGGC
TTAGGCCTTTTGGTTGTGGAGTCATTCTTGGAGGTTATGATAAAGATGGACCACAATTGT
ACATGATTGAGCCATCCGGTATTTCATATAGATACTTTGGTGCTGCAATTGGCAAAGGAA
AACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAATTGAAGTTATCTGAGATGACATGCAAAGAAG
TCGTTATTGAAGTTGCAAAAATCATTTACAAGCTACACGATGAAGCCAGG*ACAG*GCTT
TTGAATTGGAGATGAGCTGGATTTGCGAGGAGTC*AAAAGAGAGCACCAGA
G

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3FS33TF 687 0 0
GG
GAAGAAGAAGAAGATGAGTAGCATTGGAATTGGATACGATCTCTCAGTCACGACCTTCTC
TCCCGATGGCCGTGTTTTCCAGATCGAGTACTCCGCCAAAGCTGTCGACAACAGTGGAAC
TGTTGTTGGAATCAAGTGCAAGGATGGGATTGTGATGGGTGTGGAGAAGCTCATTGCATC
TAAGATGATGCTACCGGGTTCCAACCGGAGGATCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCAT
GGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGGAGGCAAATTGTTGCACGTGCTAAGTCTGAAGC
CAGAAGCTATGAGAGTGTTTATGGCGACGCTGTACCTGTGAAGGAACTTTCGGAGCGTGT
GGCAAGTTATGTTCATTTATGCACTCTCTATTGGTGGCTTAGGCCTTTTGGTTGTGGAGT
CATTCTTGGAGGTTATGATAAAGATGGACCACAATTGTACATGATTGAGCCATCCGGTAT
TTCATATAGATACTTTGGTGCTGCAATTGGCAAAGGAAAACAAGCTGCTAAAACGGAAAT
TGAGAAATTGAAGTTATCTGAGATGACATGCAAAGAAGGCGTTATTGAAGTTGCAAAAAT
CATTTACAAGCTACACGATGAAGCCAAGGACAG*GCTTTTGAATTGGAGATGAGCTGGAT
TTGCGAGGAGTC*AAAAGAGAGCAC

QA 3 687 3 687
DS 

RD RR3BM42TF 683 0 0
GAAGAAGAAGATGAGTAGCATTGGAACTGGATACGATCTCTCAGTCACGACCTTCTCTCC
CGATGGCCGTGTTTTCCAGATCGAGTACGCCGCCAAAGCTGTCGACAACAGTGGAACTGT
TGTTGGAATCAAGTGCAAGGACGGGATTGTAATGGGTGTGGAGAAGCTCATTGCATCTAA
GATGATGCTACCGGGTTCCAACCGGAGGATCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGC
TGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGGAGGCAAATTGTTGCACGTGCCAAATCTGAAGCCAG
AAGCTACGAGAGTGTTTATGGCGACGCTGTACCTGTGAAGGAACTTTCGGAGCGTGTTGC
GAGTTATGTTCATTTATGCACTCTCTATTGGTGGCTTAGGCCTTTTGGTTGTGGAGTCAT
TCTTGGAGGTTATGATAAAGATGGACCCCAATTGTACATGATTGAGCCATCCGGTATTTC
ATATAGATACTTTGGTGCTGCAATTGGCAAAGGAAAACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGA
GAAATTGAAGTTATCTGAGATGACATGCAAAGAAGGCGTTATTGAAGTTGCAAAAATCAT
TTACAAGCTACACGATGAAGCCAAAGACAAAGCTTTTGAATTGGAGATGAGCTGGATTTG
CGAGGAGTC*AAAAGAGAGCACC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3BM42JQ 457 0 0
GTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGGAGGCAAATTGTT
GCACGTGCCAAATCTGAAGCCAGAAGCTACGAGAGTGTTTATGGCGACGCTGTACCTGTG
AAGGAACTTTCGGAGCGTGTTGCGAGTTATGTTCATTTATGCACTCTCTATTGGTGGCTT
AGGCCTTTTGGTTGTGGAGTCATTCTTGGAGGTTATGATAAAGATGGACCCCAATTGTAC
ATGATTGAGCCATCCGGTATTTCATATAGATACTTTGGTGCTGCAATTGGCAAAGGAAAA
CAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAATTGAAGTTATCTGAGATGACATGCAAAGAAGGC
GTTATTGAAGTTGCAAAAATCATTTACAAGCTACACGATGAAGCCAAAGACAAGGCTTTT
GAATTGGAGATGAGCTGGATTTGCGAGGAGTCAAAAA

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR3C647TF 766 0 0
GGAGTTGAA
GAAGAAGAAGAAGATGAGTAGCATTGGAACTGGATACGATCTCTCAGTCACGACCTTCTC
TCCCGATGGCCGTGTTTTCCAGATCGAGTACGCCGCCAAAGCTGTCGACAACAGTGGAAC
TGTTGTTGGAATCAAGTGCAAGGACGGGATTGTAATGGGTGTGGAGAAGCTCATTGCATC
TAAGATGATGCTACCGGGTTCCAACCGGAGGATCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCAT
GGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGGAGGCAAATTGTTGCACGTGCCAAATCTGAAGC
CAGAAGCTACGAGAGTGTTTATGGCGACGCTGTACCTGTGAAGGAACTTTCGGAGCGTGT
TGCGAGTTATGTTCATTTATGCACTCTCTATTGGTGGCTTAGGCCTTTTGGTTGTGGAGT
CATTCTTGGAGGTTATGATAAAGATGGACCCCAATTGTACATGATTGAGCCATCCGGTAT
TTCATATAGATACTTTGGTGCTGCAATTGGCAAAGGAAAACAAGCTGCTAAAACGGAAAT
TGA*AAATTGAAGTTATCTGAGATGACATGCAAAGAAGGCGTTATTGAAGTTGCAAAAAT
CATTTACAAGCTACACGATGAAGCCAAAGACAA*GCTTTTGAATTGGAGATGAGCTGGAT
T*GCGAGGAGTCCAAAAGAGAGCACCAGAAG*TCCCTGATGATCTTCTAGAAGAAGCAAA
GACG*CAGCCAAA*CTGCGCTTGAGGAGATGGATGCT

QA 10 766 10 766
DS 

RD RR3C647JQ 785 0 0
AGGACGGGATTGTAATGGGTGTGGAGAAGCTCATTGCATCTAAGATGATGCTACCGGGTT
CCAACCGGAGGATCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTG
CTGATGGGAGGCAAATTGTTGCACGTGCCAAATCTGAAGCCAGAAGCTACGAGAGTGTTT
ATGGCGACGCTGTACCTGTGAAGGAACTTTCGGAGCGTGTTGCGAGTTATGTTCATTTAT
GCACTCTCTATTGGTGGCTTAGGCCTTTTGGTTGTGGAGTCATTCTTGGAGGTTATGATA
AAGATGGACCCCAATTGTACATGATTGAGCCATCCGGTATTTCATATAGATACTTTGGTG
CTGCAATTGGCAAAGGAAAACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGA*AAATTGAAGTTATCTG
AGATGACATGCAAAGAAGGCGTTATTGAAGTTGCAAAAATCATTTACAAGCTACACGATG
AAGCCAAAGACAAGGCTTTTGAATTGGAGATGAGCTGGATTTGCGAGGAGTCCAAAAGAG
AGCACCAGAAGGTCCCTGATGATCTTCTAGAAGAAGCAAAGACGGCAGCCAAAACTGCGC
TTGAGGAGATGGATGCTGACTAAACTGATGAAATGGGTCAAAATTAGATATTGTGTAATG
ATGCATCGTTTGGTGTTTCTGTTGTAAAACTTTAAAATTTGCCTCGAGGGGGGCAAATCG
CTGCATTTTCTCATGAACCTTTCGGACTCCTTCGTCTTGTTTCTATCGACAGTTTCTTTG
AACCC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3CS01TF 690 0 0
G
CTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCTGCTGATGGGAGGCAAATTG
TTGCACGTGCCAAATCTGAAGCCAGAAGCTACGAGAGTGTTTATGGCGACGCTGTACCTG
TGAAGGAACTTTCGGAGCGTGTTGCGAGTTATGTTCATTTATGCACTCTCTATTGGTGGC
TTAGGCCTTTTGGTTGTGGAGTCATTCTTTGAGGTTATGATAAAGATGGACCCCAATTGT
ACATGATTGAGCCATCCGGTATTTCATATAGATACTTTGGTGCTGCAATTGGCAAAGGAA
AACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAATTGAAGTTATCTGAGATGACATGCAAAGAAG
GCGTTATTGAAGTTGCAAAAATCATTTACAAGCTACACGATGAAGCCAAAGACAAGGCTT
TTGAATTGGAGATGAGCTGGATTTGCGAGGAGTCCAAAAGAGAGCACCAGAAGGTCCCTG
ATGATCTTCTAGAAGAAGCAAAGACGGGAGCCAAAACTGCGCTTGAGGAGATGGATGCTG
ACTAAACTGATGAAATGGGTCAAAATTAGATATTGTGTAATGATGCATCGTTTGGTGTTT
CTGTTGTAAAACTTTAAAATTTGCCTCGAGGGGGGCAAATCGCTGCATTTTCTCATGAAC
CTTTCG*ACTCCTTCGTCTTGTTTCTATC

QA 2 690 2 690
DS 



AS 2 11

CO CL209Contig1 920 5 10 U
GGACCTTCTCATCACTCATCATCGCGAAGAAGCTCTCAGCTCAGGGATTTTTTTTTTTTT
CCGAGTTCTTACAGCGATGGATCTCAATCTGGATGCGCCGCACTCTATGGGGACGACAAT
CATCGGCGTCACTTACAATGGAGGTGTCGTTCTCGGAGCTGACTCACGTACCAGCACCGG
GATGTACGTAGCGAATCGGGCTTCAGACAAGATCACACAACTCACAGACAATGTCTATGT
CTGTCGTTCCGGTTCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTATGTTCGCTACTTCCT
TCACCAGCACACGATTCAGCTGGGGCAGCCTGCAACCGTGAAGGTTTCTGCCAACCTTAT
CAGGATGCTCGCATACAATAACAAGAACATGCTCCAAACCGGCCTCATTGTTGGTGGCTG
GGACAAATATGAAGGTGGGAAGATCTATGGAATTCCTCTCGGTGGAACTGTAGTGGAACA
ACCGTTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCAAGTTACCTTTACGGTTTCTTTGATCAGGCGTG
GAAAGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCCGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCACTAGC
TATCGCTCGTGATGGAGCCAGTGGAGGTGTTGTACGGACCGTCATTATAAACTCAGAGGG
AGTGACAAGAAACTTCTACCCTGGGGATAAGTTGCAGCTTTGGCACGAGGAATTGGAGCC
CCAGAACTCCCTGTTAGACATCTTGAACGCTGCTGGTCCCGAGCCAATGGCCATATGATG
CTAACAAACGATCATTCTCTTAGACAAACTGTTTTAGATGTTACATTTACCGATGTTTTA
CTCTAAACTCTGTTTGATGCAAACAAACGATCCTTGTCTTACTCTGTTGTTGTGGTTAAG
ACTTTAATTCCTCTGTTCGG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3D237TF U 1
AF RR3GU48TF U 257
AF RR3AW76TF U 1
AF RR3AW76JQ C 61
AF RR3D237JQ C 292
BS 1 604 RR3AW76TF
BS 605 605 RR3D237TF
BS 606 814 RR3AW76TF
BS 815 815 RR3AW76JQ
BS 816 821 RR3AW76TF
BS 822 822 RR3AW76JQ
BS 823 838 RR3AW76TF
BS 839 839 RR3AW76JQ
BS 840 853 RR3AW76TF
BS 854 920 RR3AW76JQ

RD RR3D237TF 737 0 0
GGACCTTCTCATCACTCATCATCGCGAAGAAGCTCTCAGCTCAGGGATTTTTTTTTT***
CCGAGTTCTTACAGCGATGGATCTCAATCTGGATGCGCCGCACTCTATGGGGACGACAAT
CATCGGCGTCACTTACAATGGAGGTGTCGTTCTCGGAGCTGACTCACGTACCAGCACCGG
GATGTACGTAGCGAATCGGGCTTCAGACAAGATCACA**ACTCACAGACAATGTCTATGT
CTGTCGTTCCGGTTCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTATGTTCGCTACTTCCT
TCACCAGCACACGATTCAGCTGGGGCAGCCTGCAACCGTGAAGGTTTCTGCCAACCTTAT
CAGGATGCTCGCATACAATAACAAGAACATGCTCCAAACCGGCCTCATTGTTGGTGGCTG
GGACAAATATGAAGGTGGGAAGATCTATGGAATTCCTCTCGGTGGAACTGTAGTGGAACA
ACCGTTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCAAGTTACCTTTACGGTTTCTTTGATCAGGCGTG
GAAAGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCCGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCACTAGC
TATCGCTCGTGATGGAGCCAGTGGAGGTGTTGTACGGACCGTCATTATAAACTCAGAGGG
AGTGACAAGAAACTTCTACCCTGGGGATAAGTTGCAGCTTTGGCACGAGGAATTGGAGCC
CCAGAACTCCCTGTTAG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3GU48TF 540 0 0
GCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTATGTTCGCTACTTCCTTCACCAGCACACGATT
CAGCTGGGGCAGCCTGCAACCGTGAAGGTTTCTGCCAACCTTATCAGGATGCTCGCATAC
AATAACAAGAACATGCTCCAAACCGGCCTCATTGTTGGTGGCTGGGACAAATATGAAGGT
GGGAAGATCTATGGAATTCCTCTCGGTGGAACTGTAGTGGAACAACCGTTTGCTATTGGA
GGCTCTGGCTCAAGTTACCTTTACGGTTTCTTTGATCAGGCGTGGAAAGAAAACATGACC
AAAGAAGAAGCCGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCACTAGCTATCGCTCGTGATGGA
GCCAGTGGAGGTGTTGTACGGACCGTCATTATAAACTCAGAGGGAGTGACAAGAAACTTC
TACCCTGGGGATAAGTTGCAGCTTTGGCACGAGGAATCGGAGCCCCAGAACTCCCTGTTA
GACATCTTGAACGCTGCTGGTCCCGAGCCAATGGCCATATGATGCTAACAAACGATCATT

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR3AW76TF 853 0 0
GGACCTTCTCATCACTCATCATCGCGAAGAAGCTCTCAGCTCAGGGATTTTTTTTTTTTT
CCGAGTTCTTACAGCGATGGATCTCAATCTGGATGCGCCGCACTCTATGGGGACGACAAT
CATCGGCGTCACTTACAATGGAGGTGTCGTTCTCGGAGCTGACTCACGTACCAGCACCGG
GATGTACGTAGCGAATCGGGCTTCAGACAAGATCACACAACTCACAGACAATGTCTATGT
CTGTCGTTCCGGTTCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTATGTTCGCTACTTCCT
TCACCAGCACACGATTCAGCTGGGGCAGCCTGCAACCGTGAAGGTTTCTGCCAACCTTAT
CAGGATGCTCGCATACAATAACAAGAACATGCTCCAAACCGGCCTCATTGTTGGTGGCTG
GGACAAATATGAAGGTGGGAAGATCTATGGAATTCCTCTCGGTGGAACTGTAGTGGAACA
ACCGTTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCAAGTTACCTTTACGGTTTCTTTGATCAGGCGTG
GAAAGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCCGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCACTAGC
TATCACTCGTGATGGAGCCAGTGGAGGTGTTGTACGGACCGTCATTATAAACTCAGAGGG
AGTGACAAGAAACTTCTACCCTGGGGATAAGTTGCAGCTTTGGCACGAGGAATTGGAGCC
CCAGAACTCCCTGTTAGACATCTTGAACGCTGCTGGTCCCGAGCCAATGGCCATATGATG
CTAACAAACGATCATTCTCTTAGACAAACTGTTT*AGATGT*ACATTTACCGATGTTT*A
CTCTAAACTCTGT

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR3AW76JQ 860 0 0
CCGAG
TTCTTACAGCGATGGATCTCAATCTGGATGCGCCGCACTCTATGGGGACGACAATCATCG
GCGTCACTTACAATGGAGGTGTCGTTCTCGGAGCTGACTCACGTACCAGCACCGGGATGT
ACGTAGCGAATCGGGCTTCAGACAAGATCACACAACTCACAGACAATGTCTATGTCTGTC
GTTCCGGTTCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTATGTTCGCTACTTCCTTCACC
AGCACACGATTCAGCTGGGGCAGCCTGCAACCGTGAAGGTTTCTGCCAACCTTATCAGGA
TGCTCGCATACAATAACAAGAACATGCTCCAAACCGGCCTCATTGTTGGTGGCTGGGACA
AATATGAAGGTGGGAAGATCTATGGAATTCCTCTCGGTGGAACTGTAGTGGAACAACCGT
TTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCAAGTTACCTTTACGGTTTCTTTGATCAGGCGTGGAAAG
AAAACATGACCAAAGAAGAAGCCGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCACTAGCTATCA
CTCGTGATGGAGCCAGTGGAGGTGTTGTACGGACCGTCATTATAAACTCAGAGGGAGTGA
CAAGAAACTTCTACCCTGGGGATAAGTTGCAGCTTTGGCACGAGGAATTGGAGCCCCAGA
ACTCCCTGTTAGACATCTTGAACGCTGCTGGTCCCGAGCCAATGGCCATATGATGCTAAC
AAACGATCATTCTCTTAGACAAACTGTTTTAGATGTTACATTTACCGATGTTTTACTCTA
AACTCTGTTTGATGCAAACAAACGATCCTTGTCTTACTCTGTTGTTGTGGTTAAGACTTT
AATTCCTCTGTTCGG

QA 6 860 6 860
DS 

RD RR3D237JQ 629 0 0
CTACTTCCTTCACCAGCACACGATTCAGCTGGGGCAGCCTGCAACCGTGAAGGTTTCTGC
CAACCTTATCAGGATGCTCGCATACAATAACAAGAACATGCTCCAAACCGGCCTCATTGT
TGGTGGCTGGGACAAATATGAAGGTGGGAAGATCTATGGAATTCCTCTCGGTGGAACTGT
AGTGGAACAACCGTTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCAAGTTACCTTTACGGTTTCTTTGA
TCAGGCGTGGAAAGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCCGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGT
TTCACTAGCTATCGCTCGTGATGGAGCCAGTGGAGGTGTTGTACGGACCGTCATTATAAA
CTCAGAGGGAGTGACAAGAAACTTCTACCCTGGGGATAAGTTGCAGCTTTGGCACGAGGA
ATTGGAGCCCCAGAACTCCCTGTTAGACATCTTGAACGCTGCTGGTCCCGAGCCAATGGC
CATATGATGCTAACAAACGATCATTCTCTTAGACAAACTGTTTTAGATGTTACATTTACC
GATGTTTTACTCTAAACTCTGTTTGATGCAAACAAACGATCCTTGTCTTACTCTGTTGTT
GTGGTTAAGACTTTAATTCCTCTGTTC
AG

QA 1 627 1 627
DS 



CO CL209Contig2 959 6 6 U
ATTCCCACCTTCTCATCGGTCGCGAAGAAGCTCTCAGCTTAGGGATTTTTTTTTTT*CGA
ATTCTTACAGCGATGGATCTAAATCTGGATGCGCCGCACTCTATGGGGACGACAATCATC
GGCGTCACTTACAATGGAGGTGTCGTTCTCGGAGCTGACTCACGTACCAGCACCGGGATG
TACGTAGCGAATCGGGCTTCAGACAAGATCACACAACTCACAGACAATGTCTACGTCTGT
CGTTCCGGTTCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTATGTCCGCTACTTCCTTCAC
CAGCACACGATTCAGCTGGGGCAGCCTGCAACCGTGAAGGTTTCTGCCAACCTTATCAGG
ATGCTCGCATACAATAACAAGAACATGCTCAAAACCGGTCTCATTGTTGGTGGCTGGGAC
AAATACGAAGGTGGGAAGATCTATGGGATTCCTCTCGGTGGAACTGTAGTGGAGCAACCG
TTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTACCTTTACGGTTTCTTTGATCAAGCATGGAAA
GAAAACATGACCAAAGAAGAAGCCGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCACTATCCATA
GCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGGGTTGTACGGACTGTCATAATAAACTCAGAGGGAGTG
ACCAGAAACTTCTATCCTGGTGATAAGTTGCAGCTTTGGCACGAGGAGTTGGAGCCACAG
AACTCTTTGTTAGACATCTTGAACGCTGCTGGTCCTGAGCCAATGGCCATATGATGCGAA
CAAACGATCATTCTCTTACTCTGTTAAACAAACTTGTTTTAGATGTTTGATTACATTTAC
CGATGTTTTACTCTAAACCCTGTGTGAAGTTAGGTTGGATTGACTCAATGGCTCTTTTAA
ATGGTTATCGTGTTTGTTATGGTTAAGACTTTAATTCCTCTTTTCTGGTGAGTTGGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT14TF U 1
AF RR3EC28TF U 2
AF RR3BI05TF U 1
AF RR3BI05JQ C 149
AF RR3GT14JQ C 178
AF RR3EC28JQ C 329
BS 1 56 RR3BI05TF
BS 57 57 RR3GT14TF
BS 58 493 RR3BI05TF
BS 494 494 RR3GT14TF
BS 495 850 RR3BI05TF
BS 851 959 RR3BI05JQ

RD RR3GT14TF 628 0 0
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TCGCGAAGAAGCTCTCAGCTTAGGGATTTTTTTTTTT*CGAATTCTTACAGCGATGGATC
TAAATCTGGATGCGCCGCACTCTATGGGGACGACAATCATCGGCGTCACTTACAATGGAG
GTGTCGTTCTCGGAGCTGACTCACGTACCAGCACCGGGATGTACGTAGCGAATCGGGCTT
CAGACAAGATCACACAACTCACAGACAATGTCTACGTCTGTCGTTCCGGTTCGGCTGCTG
ATTCTCAGGTTGTCTCTGACTATGTCCGCTACTTCCTTCACCAGCACACGATTCAGCTGG
GGCAGTCTGCAACCGTGAAGGTTTCTGCCAACCTTATCAGGATGCTCGCATACAATAACA
AGAACATGCTCAAAACCGGTCTCATTGTTGGTGGCTGGGACAAATACGAAGGTGGGAAGA
TCTATGGGATTCCTCTCGGTGGAACTGTAGTGGAGCAACCGTTTGCTATTGGAGGCTCTG
GCTCGAGTTACCTTTACGGTTTCTTTGATCAAGCATGGAAAGAAAACATGACCAAAGAAG
AAGCCGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCACTATCCATAGCCCGTGATGGAGCCAGTG
GAGGGGTTG

QA 20 628 20 628
DS 

RD RR3EC28TF 678 0 0
GGCCCACCTTCTCATCAG
TCGCGAAGAAGCTCTCAGCTTAGGGATTTTTTTTTT**CGAATTCTTACAGCGATGGATC
TAAATCTGGATGCGCCGCACTCTATGGGGACGACAATCATCGGCGTCACTTACAATGGAG
GTGTCGTTCTCGGAGCTGACTCACGTACCAGCACCGGGATGTACGTAGCGAATCGGGCTT
CAGACAAGATCACACAACTCACAGACAATGTCTACGTCTGTCGTTCCGGTTCGGCTGCTG
ATTCTCAGGTTGTCTCTGACTATGTCCGCTACTTCCTTCACCAGCACACGATTCAGCTGG
GGCAGCCTGCAACCGTGAAGGTTTCTGCCAACCTTATCAGGATGCTCGCATACAATAACA
AGAACATGCTCCAAACCGGTCTCATTGTTGGTGGCTGGGACAAATACGAAGGTGGGAAGA
TCTATGGGATTCCTCTCGGTGGAACTGTAGTGGAGCAACCGTTTGCTATTGGAGGCTCTG
GCTCGAGTTACCTTTACGGTTTCTTTGATCAAGCATGGAAAGAAAACATGACCAAAGAAG
AAGCCGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCACTAGCCATAGCCCGTGATGGAGCCAGTG
GAGGGGTTGTACGGACTGTCATAATAAACTCAGAGGGAGTGACCAGAAACTTCTATCCTG

QA 19 678 19 678
DS 

RD RR3BI05TF 850 0 0
ATTCCCACCTTCTCATCGGTCGCGAAGAAGCTCTCAGCTTAGGGATTTTTTTTTTTTCGA
ATTCTTACAGCGATGGATCTAAATCTGGATGCGCCGCACTCTATGGGGACGACAATCATC
GGCGTCACTTACAATGGAGGTGTCGTTCTCGGAGCTGACTCACGTACCAGCACCGGGATG
TACGTAGCGAATCGGGCTTCAGACAAGATCACACAACTCACAGACAATGTCTACGTCTGT
CGTTCCGGTTCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTATGTCCGCTACTTCCTTCAC
CAGCACACGATTCAGCTGGGGCAGCCTGCAACCGTGAAGGTTTCTGCCAACCTTATCAGG
ATGCTCGCATACAATAACAAGAACATGCTCAAAACCGGTCTCATTGTTGGTGGCTGGGAC
AAATACGAAGGTGGGAAGATCTATGGGATTCCTCTCGGTGGAACTGTAGTGGAGCAACCG
TTTGCTATTGGAGACTCTGGCTCGAGTTACCTTTACGGTTTCTTTGATCAAGCATGGAAA
GAAAACATGACCAAAGAAGAAGCCGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCACTATCCATA
GCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGGGTTGTACGGACTGTCATAATAAACTCAGAGGGAGTG
ACCAGAAACTTCTATCCTGGTGATAAGTTGCAGCTTTGGCACGAGGAGTTGGAGCCACAG
AACTCTTTGTTAGACATCTTGAACGCTGCTGGTCCTGAGCCAATGGCCATATGATGCGAA
CAAACGATCATTCTCTTACTCTGTTAAACAAACTTGTTTTAGATGTTTGATTACATTTAC
CGATGTTTTA

QA 1 850 1 850
DS 

RD RR3BI05JQ 811 0 0
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TCACACAACTCACAGACAATGTCTACGTCTGTCGTTCCGGTTCGGCTGCTGATTCTCAGG
TTGTCTCTGACTATGTCCGCTACTTCCTTCACCAGCACACGATTCAGCTGGGGCAGCCTG
CAACCGTGAAGGTTTCTGCCAACCTTATCAGGATGCTCGCATACAATAACAAGAACATGC
TCAAAACCGGTCTCATTGTTGGTGGCTGGGACAAATACGAAGGTGGGAAGATCTATGGGA
TTCCTCTCGGTGGAACTGTAGTGGAGCAACCGTTTGCTATTGGAGACTCTGGCTCGAGTT
ACCTTTACGGTTTCTTTGATCAAGCATGGAAAGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCCGAGC
AACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCACTATCCATAGCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGGGTTG
TACGGACTGTCATAATAAACTCAGAGGGAGTGACCAGAAACTTCTATCCTGGTGATAAGT
TGCAGCTTTGGCACGAGGAGTTGGAGCCACAGAACTCTTTGTTAGACATCTTGAACGCTG
CTGGTCCTGAGCCAATGGCCATATGATGCGAACAAACGATCATTCTCTTACTCTGTTAAA
CAAACTTGTTTTAGATGTTTGATTACATTTACCGATGTTTTACTCTAAACCCTGTGTGAA
GTTAGGTTGGATTGACTCAATGGCTCTTTTAAATGGTTATCGTGTTTGTTATGGTTAAGA
CTTTAATTCCTCTTTTCTGGTGAGTTGGTAC

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3GT14JQ 768 0 0
ATGTACGTAGCGAATCGGGCTTCAGACAAGATCACACAACTCACAGACAATGTCTACGTC
TGTCGTTCCGGTTCGGCTGCTGATTCTCAGGTTGTCTCTGACTATGTCCGCTACTTCCTT
CACCAGCACACGATTCAGCTGGGGCAGTCTGCAACCGTGAAGGTTTCTGCCAACCTTATC
AGGATGCTCGCATACAATAACAAGAACATGCTCAAAACCGGTCTCATTGTTGGTGGCTGG
GACAAATACGAAGGTGGGAAGATCTATGGGATTCCTCTCGGTGGAACTGTAGTGGAGCAA
CCGTTTGCTATTGGAGGCTCTGGCTCGAGTTACCTTTACGGTTTCTTTGATCAAGCATGG
AAAGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCCGAGCAACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCACTATCC
ATAGCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGGGTTGTACGGACTGTCATAATAAACTCAGAGGGA
GTGACCAGAAACTTCTATCCTGGTGATAAGTTGCAGCTTTGGCACGAGGAGTTGGAGCCA
CAGAACTCTTTGTTAGACATCTTGAACGCTGCTGGTCCTGAGCCAATGGCCATATGATGC
GAACAAACGATCATTCTCTTACTCTGTTAAACAAACTTGTTTTAGATGTTTGATTACATT
TACCGATGTTTTACTCTAAACCCTGTGTGAAGTTAGGTTGGATTGACTCAATGGCTCTTT
TAAATGGTTATCGTGTTTGTTATGGTTAAGACTTTAATTCCTCTTTTC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3EC28JQ 604 0 0
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TCCAAACCGGTCTCATTGTTGGTGGCTGGGACAAATACGAAGGTGGGAAGATCTATGGGA
TTCCTCTCGGTGGAACTGTAGTGGAGCAACCGTTTGCTATTGGAGGCTTTGGCTCGAGTT
ACCTTTACGGTTTCTTTGATCAAGCATGGAAAGAAAACATGACCAAAGAAGAAGCCGAGC
AACTTGTTGTGAAGGCGGTTTCACTAGCCATAGCCCGTGATGGAGCCAGTGGAGGGGTTG
TACGGACTGTCATAATAAACTCAGAGGGAGTGACCAGAAACTTCTATCCTGGTGATAAGT
TGCAGCTTTGGCACGAGGAGTTGGAGCCACAGAACTCTTTGTTAGACATCTTGAACGCTG
CTGGTCCTGAGCCAATGGCCATATGATGCGAACAAACGATCATTTTCTTACTCTGTTAAA
CAAACTTGTTTTAGATGTTTGATTACATTTACCGATGTTTTACTCTAAACCCTGTGTGAA
GTTAGGTTGGATTGACTCAATGGCTCTTTTAAATGGTTATCGTGTTTGTTATGGTTAAGA
CTTT

QA 1 604 1 604
DS 



AS 2 7

CO CL210Contig1 1072 4 5 U
CAGGACAAAAATCAAGATCAAAGAGGAAGTAAATGTCGCTCTTGTTCTACCATGATGATT
AGGAAATTAA**AAAAAAAAAACACAATAATATGTTCAACGATGAAAAGGAGTGAAACAA
ACGAAACTTCTACTGAAAACACATCATCTCAGGATAACTTGTTCTCGAGTTTTCAAACCG
CAGGCCATTCTTTACGGATGTCGAAGCTGTAGTCGATCTCCAAGTAGCACTTATTATCAT
CATCAAGAAACTTAGTTCTTGCAGAATATGATCCTCGAGCAAACAAGCCAGAAGGAGTGG
TCTCTTCCGGCATCACGTGGTTGTATGGCTCCAACTGAGGACTAAAGGTTCCAAGCATTT
CCTTTGTTCTATCCACTTTAACACCGGTCTTCCAAACAGTATTAGTGTACCTAAGACCAG
AGACAATGTTGTTGTTAACGTGAAATGTGAATTTCAAACAGTACTTGCTCCCTTCTTTCA
AAGTGAACCACATTCCCTTTGGATTCCCATTCTCCGGAACCATGAGTACAATATCTGGTC
TTCCAGGGGATACGATCGCCAGGCTAATGATCTTCACTTCAGGGTCAAGAGTCTCTCCAA
TGTTGGTGACATCAACACTTCCAAGGAGCTGTTCCTTCCACTTCCTTAAGCTCTCATCAT
CTTTATCCTTCTCGAGATGCTCTTTGATAGTGTACTGAGGACCCAAATGCAATTTGGAAT
CGTCGTCTTCTTCTTCATCCTCTGTAGCGCAGATAGAAACTCGCTCATCTGCCTCCCCAA
GGATTCAACACCCTCGTCGTCTGTGCCATCGTTGCGATGATGCGTTCTCGACGTGCTTTC
GTCGTCTCCTCCCATGTCTCTGGAACTCGATACAGCTCCAGATACCAAAGACATCAATCA
ATTAAATCCCTCAAAGTCTTTGCCTTTTTTTTGGGATCTAAACGAAGAGATGAGAGACAA
TGAGGAGTTGGGGAGATTGGTTCTGTGTTAACGGAAAGGAAGGAGGAGGAGGAGATGGAG
TCATGTGGTGATCCGAGTTATAGGAGAGAGAAAGTGAACAGATCGTGGAGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GC13JQ U 1
AF RR3GC13TF C 1
AF RR3ED21JQ U 13
AF RR3ED21TF C 345
BS 1 403 RR3GC13JQ
BS 404 404 RR3ED21JQ
BS 405 431 RR3GC13JQ
BS 432 693 RR3ED21JQ
BS 694 1072 RR3ED21TF

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CAGGCCATTCTTTACGGATGTCGAAGCTGTAGTCGATCTCCAAGTAGCACTTATTATCAT
CATCAAGAAACTTAGTTCTTGCAGAATATGATCCTCGAGCAAACAAGCCAGAAGGAGTGG
TCTCTTCCGGCATCACGTGGTTGTATGGCTCCAACTGAGGACTAAAGGTTCCAAGCATTT
CCTTTGTTCTATCCACTTTAACACCGGTCTTCCAAACAGTATTGGTGTACCTAAGACCAG
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C

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR3GC13TF 432 0 0
CAGGACAAAAATCAAGATCAAAGAGGAAGTAAATGTCGCTCTTGTTCTACCATGATGATT
AGGAAATTAA**AAAAAAAAAACACAATAATATGTTCAACGATGAAAAGGAGTGAAACAA
ACGAAACTTCTACTGAAAACACATCATCTCAGGATAACTTGTTCTCGAGTTTTCAAACCG
CAGGCCATTCTTTACGGATGTCGAAGCTGTAGTCGATCTCCAAGTAGCACTTATTATCAT
CATCAAGAAACTTAGTTCTTGCAGAATATGATCCTCGAGCAAACAAGCCAGAAGGAGTGG
TCTCTTCCGGCATCACGTGGTTGTATGGCTCCAACTGAGGACTAAAGGTTCCAAGCATTT
CCTTTGTTCTATCCACTTTAACACCGGTCTTCCAAACAGTATTGGTGTACCTAAGACCAG
AGACAATGTTG
C

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR3ED21JQ 681 0 0
CG
AGATCAAAGAGGAAGTAAATGCCGCTCTTGTTCTACCATGATGATC*GGAAATAAATTAA
AAAAAAATAATAATAATATGTTCAACGATGAAAAGGAGTGAAACAAACGCAACTTCTACT
GACAACACATCATCTCAGGATAACTTGTTCTCGAGTTTTCAAACCGCAGGCCATTCTTTA
CGGATGTCGAAGCTGTAGTTGATCTCCAAGTAGCACTTATTATCATCATCAAGAAACTTA
GTTCTTGCAAAATATGATCCTCGAGCAAACAAGCCAAAAGGAGTGGTCTCTTCCGGCATC
ACGTGGTTGTATGGCTCCAACTGAGGACTAAAGGTTCCAAGCATTTCCTTTGTTCTATCC
ACTTTAACACCGGTCTTCCAAACAGTATTAGTGTACCTAAGACCAGAGACAATGTTGTTG
TTAACGTGAAATGTGAATTTCAAACAGTACTTGCTCCCTTCTTTCAAAGTGAACCACATT
CCCTTTGGATTCCCATTCTCCGGAACCATGAGTACAATATCTGGTCTTCCAGGGGATACG
ATCGCCAGGCTAATGATCTTCACTTCAGGGTCAAGAGTCTCTCCAATGTTGGTGACATCA
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AGATGCTCTTTGATAGTGT

QA 3 681 3 681
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RD RR3ED21TF 728 0 0
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GTGTAC*TAAGACCAGAGACAATGTTGTTGTTAACGTGAAATGTGAATTTCAAACAGTAC
TTGCTCCCTTCTTTCAAAGTGAACCACATTCCCTTTGGATTCCCATTCTCCGGAACCATG
AGTACAATATCTGGTCTTCCAGGGGATACGATCGCCAGGCTAATGATCTTCACTTCAGGG
TCAAGAGTCTCTCCAATGTTGGTGACATCAACACTTCCAAGGAGCTGTTCCTTCCACTTC
CTTAAGCTCTCATCATCTTTATCCTTCTCGAGATGCTCTTTGATAGTGTACTGAGGACCC
AAATGCAATTTGGAATCGTCGTCTTCTTCTTCATCCTCTGTAGCGCAGATAGAAACTCGC
TCATCTGCCTCCCCAAGGATTCAACACCCTCGTCGTCTGTGCCATCGTTGCGATGATGCG
TTCTCGACGTGCTTTCGTCGTCTCCTCCCATGTCTCTGGAACTCGATACAGCTCCAGATA
CCAAAGACATCAATCAATTAAATCCCTCAAAGTCTTTGCCTTTTTTTTGGGATCTAAACG
AAGAGATGAGAGACAATGAGGAGTTGGGGAGATTGGTTCTGTGTTAACGGAAAGGAAGGA
GGAGGAGGAGATGGAGTCATGTGGTGATCCGAGTTATAGGAGAGAGAAAGTGAACAGATC
GTGGAGCC

QA 1 728 1 728
DS 



CO CL210Contig2 911 3 8 U
GGAATTTGATTAATGTCTTTGGTATCTGGAGCTGTATCTGGTTCCAGGGACATGGACAAC
AAGAAGAATGAAGGCACAGACGACGAGGGCGTTGGATCCGTGGGGAGACAGATGAGCGAG
TCTTCTCTTAGCGCTGCCGAGGAAGAAGAAGACGACGATTCCAAATTACATTTGGGCCCT
CAGTACACTATCAAGGAGCATCTCGAGAAGGACAAAGATGATGAGAGTCTGAGGAAATGG
AAGGAACAGCTTCTTGGAAGTGTTGACGTCACCAACATTGGAGAGACACTTGACCCTGAA
GTGAGGATCATTAGCCTGGCCATCTTATCCCCTGGAAGACCAGACATTGTTCTTATGGTA
CCTGAGAATGGGAATCCAAAGGGAATGTGGTTTACTCTGAAAGAAGGGAGCAAGTACTGT
TTGAAATTCACGTTTCAGGTTAACAACAACATTGTCTCTGGTCTTAGGTACACCAATACT
GTTTGGAAGACCGGTGTTAAAGTGGACAGAGGAAAGGAAATGCTTGGAACCTTTAGTCCT
CAGCTGGAGCCGTACAACCACGTGATGCCTGAAGAGACCACTCCTTCTGGCATGTTTGCT
AGAGGATCATATTCTGCAAGAACTAAGTTTCTTGATGATGATAACAAGTGCTACTTGGAG
ATCAACTACAGCTTCGACATCCGTAAAGAATGGCCTGCGGTTTGAAATGAAACTAAAAGA
ACAAATTTTCCTGAGATGAAGTGTTGTCAGTAGAAAATTTGTGTTTGTTTCACTCCCCAT
CTCTCTTTTTTTTTTGCCTTTCACGTGAAACATTTTATTGTGAATCGCGTAGAACAAGAA
CGACAGATAGTTCCTTCCTCTTTGATTTTAGTAATGCCGTTGGTGGGAATCAGTATGTGT
GGTTTGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GB76TF U 11
AF RR3HA19TF U 1
AF RR3HA19JQ C 150
BS 1 689 RR3HA19TF
BS 690 690 RR3HA19JQ
BS 691 720 RR3HA19TF
BS 721 721 RR3HA19JQ
BS 722 756 RR3HA19TF
BS 757 757 RR3HA19JQ
BS 758 777 RR3HA19TF
BS 778 911 RR3HA19JQ

RD RR3GB76TF 573 0 0
TAATGTCTTTGGTATCTGGAGCTGTATCTGGTTCCAGGGACATGGACAACAAGAAGAATG
AAGGCACAGACGACGAGGGCGTTGGATCCGTGGGGAGACAGATGAGCGAGTCTTCTCTTA
GCGCTGCCGAGGAAGAAGAAGACGATGATTCCAAATTACATTTGGGCCCTCAGTACACTA
TCAAGGAGCATCTCGAGAAGGACAAAGATGATGAGAGTCTGAGGAAATGGAAGGAACAGC
TTCTTGGAAGTGTTGACGTCACCAACATTGGAGAGACACTTGACCCTGAAGTGAGGATCA
TTAGCCTGGCCATCTTATCCCCTGGAAGACCAGACATTGTTCTTATGGTACCTGAGAATG
GGAATCCAAAGGGGATGTGGTTTACTTTGAAAGAAGGGAGCAAGTACTGTTTGAAATTCA
CATTTCAGGTTAACAACAACATTGTCTCTGGTCTTAGGTACACCAATACTGTTTGGAAGA
CTGGTGTTAAAGTGGACAGAGGAAAGGATATGCCTGGAACCTTTAGTCCTCAGCTGGAGC
CATACAACCACGTGATGCCTGAAGAGACCACTC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3HA19TF 789 0 0
GGAATTTGATTAATGTCTTTGGTATCTGGAGCTGTATCTGGTTCCAGGGACATGGACAAC
AAGAAGAATGAAGGCACAGACGACGAGGGCGTTGGATCCGTGGGGAGACAGATGAGCGAG
TCTTCTCTTAGCGCTGCCGAGGAAGAAGAAGACGACGATTCCAAATTACATTTGGGCCCT
CAGTACACTATCAAGGAGCATCTCGAGAAGGACAAAGATGATGAGAGTCTGAGGAAATGG
AAGGAACAGCTTCTTGGAAGTGTTGACGTCACCAACATTGGAGAGACACTTGACCCTGAA
GTGAGGATCATTAGCCTGGCCATCTTATCCCCTGGAAGACCAGACATTGTTCTTATGGTA
CCTGAGAATGGGAATCCAAAGGGAATGTGGTTTACTCTGAAAGAAGGGAGCAAGTACTGT
TTGAAATTCACGTTTCAGGTTAACAACAACATTGTCTCTGGTCTTAGGTACACCAATACT
GTTTGGAAGACCGGTGTTAAAGTGGACAGAGGAAAGGAAATGCTTGGAACCTTTAGTCCT
CAGCTGGAGCCGTACAACCACGTGATGCCTGAAGAGACCACTCCTTCTGGCATGTTTGCT
AGAGGATCATATTCTGCAAGAACTAAGTTTCTTGATGATGATAACAAGTGCTACTTGGAG
ATCAACTACAGCTTCGACATCCGTAAAGA*TGGCCTGCGGTTTGAAATGAAACTAAAAGA
*CAAATTTTCCTGAGATGAAGTGTTGTCAGTAGAAA*TTTGTGTTTGTTTCACTCCC
ATCTCTCTTTTT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3HA19JQ 762 0 0
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GGACAAAGATGATGAGAGTCTGAGGAAATGGAAGGAACAGCTTCTTGGAAGTGTTGACGT
CACCAACATTGGAGAGACACTTGACCCTGAAGTGAGGATCATTAGCCTGGCCATCTTATC
CCCTGGAAGACCAGACATTGTTCTTATGGTACCTGAGAATGGGAATCCAAAGGGAATGTG
GTTTACTCTGAAAGAAGGGAGCAAGTACTGTTTGAAATTCACGTTTCAGGTTAACAACAA
CATTGTCTCTGGTCTTAGGTACACCAATACTGTTTGGAAGACCGGTGTTAAAGTGGACAG
AGGAAAGGAAATGCTTGGAACCTTTAGTCCTCAGCTGGAGCCGTACAACCACGTGATGCC
TGAAGAGACCACTCCTTCTGGCATGTTTGCTAGAGGATCATATTCTGCAAGAACTAAGTT
TCTTGATGATGATAACAAGTGCTACTTGGAGATCAACTACAGCTTCGACATCCGTAAAGA
ATGGCCTGCGGTTTGAAATGAAACTAAAAGAACAAATTTTCCTGAGATGAAGTGTTGTCA
GTAGAAAATTTGTGTTTGTTTCACTCCCCATCTCTCTTTTTTTTTTGCCTTTCACGTGAA
ACATTTTATTGTGAATCGCGTAGAACAAGAACGACAGATAGTTCCTTCCTCTTTGATTTT
AGTAATGCCGTTGGTGGGAATCAGTATGTGTGGTTTGTTCCC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 12

CO CL211Contig1 796 12 6 U
GGAACAAAGAACAAACCAAACAATTAAACCAATAAAAACATGGCGACCGCTATGTTCTCC
TTCTCTCCTATCGCTCAGTTCCATTCTTCTTCTTTTTCCCTCAGACCGACACAGTTTTAT
GGCAAGACACAACAGCAGCTTCACCACAAAATCTTCATCACCCCGAGTTACCAATCTACG
CCTTCCCGCTTCTCAGCCGTTTCAAGGGACGACGCCACAACGCCTGAACTCGAAGAAGAT
GCGGTTGAGACACGAAGAAGAGAGGAGGAGAAGTTCGCAGTTCTGAACACTGGAATCTAC
GAGTGCAGATCGTGCGGGTACAAGTACGACGAGTCCGCGGGTGATCCGTCGTACCCGATC
CCTCCTGGGTTTCAGTTTGACAAGTTGCCTGAAGACTGGAGATGTCCAACTTGTGGAGCA
GCTCAGAGTTTCTTCGAGAGTAAAATGGTTGAGATTGCTGGTTTTGCTCAGAATCAACAA
TATGGGCTTGGGGGTAACGCACTTACCTCTGGTCAGAAGACTGCTTTGATCTTCGGGAGT
CTCCTCCTCTTTTTCCTGCTTTTCTTGAGTGGCTATTTCATCCAATAGAGCGCGTTTCAT
GTTTTTACTATTATTATGTTAATCATGTTGTTATCTATCATACACCATTAGTCTCCTTTT
TATAAACGGAAGCTACATTATACATTTGGATTCAGCTTCAGGCTGGAGAAAAAATCAAGA
ACTACAACAAGTAGGATTGAAAACTAACTATGTTTTTCTTAAATTCAGAGTGCCAAACAG
CACTTAATTTGCCTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 65 35 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 
30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK18TF U 29
AF RR3BZ91TF U 93
AF RR3BZ91JQ C 93
AF RR3AY45TF U 1
AF RR3FZ47JQ C 237
AF RR3AI17JQ C 38
AF RR3FZ47TF U 228
AF RR3AI17TF U 38
AF RR3EC40JQ C 93
AF RR3EC40TF U 1
AF RR3EK18JQ C 513
AF RR3AY45JQ C 182
BS 1 237 RR3AY45TF
BS 238 238 RR3EK18TF
BS 239 462 RR3AY45TF
BS 463 463 RR3FZ47TF
BS 464 708 RR3AY45TF
BS 709 796 RR3AY45JQ

RD RR3EK18TF 392 0 0
GG
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TCTTTTTCCCTCAGACCGACACAGTTTTATGGCAAGACACAACAGCAGCTTCACCACAAA
ATCTTCATCACCCCGAGTTACCAATCTACGCCTTCCCGCTTCTCAGCCGTTTCAAGGGAC
GACGCCGCAACGCCTGAACTCGAAGAAGATGCGGTTGAGACACGAAGAAGAGAGGAGGAG
AAGTTCGCAGTTCTGAACACTGGAATCTACGAGTGCAGATCGTGCGGGTACAAGTACGAC
GAGTCCGCGGGTGATCCGTCGTACCCGATCCCTCCTGGGTTTCAGTTTGACAAGTTGCCT
GAAGACTGGAGATGTCCAACTTGTGGAGCA

QA 3 392 3 392
DS 

RD RR3BZ91TF 496 0 0
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CTTCATCACCCCGAGTTACCAATCTACGCCTTCCCGCTTCTCAGCCGTTTCAAGGGACGA
CGCCACAACGCCTGAACTCGAAGAAGATGCGGTTGAGACACGAAGAAGAGAGGAGGAGAA
GTTCGCAGTTCTGGACACTGGAATCTACGAGTGCAGATCGTGCGGGTACAAGTACGACGA
GTCCGCGGGTGATCCGTCGTACCCGATCCCTCCTGGGTTTCAGTTTGACAAGTTGCCTGA
AGACTGGAGATGTCCAGCTTGTGGAGCAACTCAGAGTTTCTTCGAGAGTAAAATGGTTGA
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TCAGAAGACTGCTTTGATCTTCGGGAGTCTCCTCCTCTTTTTCCTGCTTTTCTTGAGTGG
CTATTTCATCCCATAG

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3BZ91JQ 563 0 0
TTTTTCCCTCAGACCGACACAGTTTTATGGCAAGACACAACAGCAGCTTCACCACAAAAT
CTTCATCACCCCGAGTTACCAATCTACGCCTTCCCGCTTTTCAGCCGTTTCAAGGGACGA
CGCCACAACGCCTGAACTCGAAGAAGATGCGGTTGAGACACGAAGAAGAGAGGAGGAGAA
GTTCGCAGTTCTGGACACTGGAATCTACGAGTGCAGATCGTGCGGGTACAAGTACGACGA
GTCCGCGGGTGATCCGTCGTACCCGATCCCTCCTGGGTTTCAGTTTGACAAGTTGCCTGA
AGACTGGAGATGTCCAGCTTGTGGAGCAACTCAGAGTTTCTTCGAGAGTAAAATGGTTGA
GATTGCTGGTTTTGCTCAGAATCAACAATATGGGCTTGGGGGTAACGCACTTACCTCTGG
TCAGAAGACTGCTTTGATCTTCGGGAGTCTCCTCCTCTTTTTCCTGCTTTTCTTGAGTGG
CTATTTCATCCAATAGAGCGCGTTTCATGTTTTTACTATTATTATGTTAATCATGTTGTT
ATCTATCATACACCATTAGTCTC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3AY45TF 708 0 0
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TTCTCTCCTATCGCTCAGTTCCATTCTTCTTCTTTTTCCCTCAGACCGACACAGTTTTAT
GGCAAGACACAACAGCAGCTTCACCACAAAATCTTCATCACCCCGAGTTACCAATCTACG
CCTTCCCGCTTCTCAGCCGTTTCAAGGGACGACGCCACAACGCCTGAACTCGAAGAAAAT
GCGGTTGAGACACGAAGAAGAGAGGAGGAGAAGTTCGCAGTTCTGAACACTGGAATCTAC
GAGTGCAGATCGTGCGGGTACAAGTACGACGAGTCCGCGGGTGATCCGTCGTACCCGATC
CCTCCTGGGTTTCAGTTTGACAAGTTGCCTGAAGACTGGAGATGTCCAACTTGTGGAGCA
GCTCAGAGTTTCTTCGAGAGTAAAATGGTTGAGATTGCTGGTCTTGCTCAGAATCAACAA
TATGGGCTTGGGGGTAACGCACTTACCTCTGGTCAGAAGACTGCTTTGATCTTCGGGAGT
CTCCTCCTCTTTTTCCTGCTTTTCTTGAGTGGCTATTTCATCCAATAGAGCGCGTTTCAT
GTTTTTACTATTATTATGTTAATCATGTTGTTATCTATCATACACCATTAGTCTCCTTTT
TATAAACGGAAGCTACATTATACATTTGGATTCAGCTTCAGGCTGGAG

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DS 

RD RR3FZ47JQ 447 0 0
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CTACGAGTGCAGATCGTGCGGGTACAAGTACGACGAGTCCGCGGGTGATCCGTCGTACCC
GATCCCTCCTGGGTTTCAGTTTGACAAGTTGCCTGAAGACTGGAGATGTCCAACTTGTGG
AGCAGCTCAGAGTTTCTTCGAGAGTAAAATGGTTGAGATTGCTGGTTTTGCTCAGAATCA
ACAATATGGGCTTGGGGGTAACGCACTTACCTCTGGTCAGAAGACTGCTTTGATCTTCGG
GAGTCTCCTCCTCTTTTTCCTGCTTTTCTTGAGTGGCTATTTCATCCAATAGAGCGCGTT
TCATGTTTTTACTATTATTATGTTAATCATGTTGTTATCTATCATACACCATTAGTCTCC
TTTTTATAAACGGAAGCTACATTATAC

QA 1 447 1 447
DS 

RD RR3AI17JQ 646 0 0
GG
ATGGCGACCGCTATGTTCTCCTTCTCTCCTATCGCTCAGTTCCATTCTTCTTCTTTTTCC
CTCAGACCGACACAGTTTTATGGCAAGACACAACAGCAGCTTCACCACAAAATCTTCATC
ACCCCGAGTTACCAATTTACGCCTTCCCGCTTTTCAGCCGTTTCAAGGGACGACGCCACA
ACGCCTGAACTCGAAGAAGATGCGGTTGAGACACGAAGAAGAGAGGAGGAGAAGTTCGCA
GTTCTGAACACTGGAATCTACGAGTGCAGATCGTGCGGGTACAAGTACGACGAGTCCGCG
GGTGATCCGTCGTACCCGATCCCTCCTGGGTTTCAGTTTGACAAGTTGCCTGAAGACTGG
AGATGTCCAACTTGTGGAGCAGCTCAGAGTTTCTTCGAGAGTAAAATGGTTGAGATTGCT
GGTTTTGCTCAGAATCAACAATATGGGCTTGGGGGTAACGCACTTACCTCTGGTCAGAAG
ACTGCTTTGATCTTCGGGAGTCTCCTCCTCTTTTTCCTGCTTTTCTTGAGTGGCTATTTC
ATCCAATAGAGCGCGTTTCATGTTTTTACTATTATTATGTTAATCATGTTGTTATCTATC
ATACACCATTAGTCTCCTTTTTATAAACGGAAGCTACATTATAC

QA 3 646 3 646
DS 

RD RR3FZ47TF 456 0 0
G
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ACTGGAATCTACGAGTGCAGATCGTGCGGGTACAAGTACGACGAGTCCGCGGGTGATCCG
TCGTACCCGATCCCTCCTGGGTTTCAGTTTGACAAGTTGCCTGAAGACTGGAGATGTCCA
ACTTGTGGAGCAGCTCAGAGTTTCTTCGAGAGTAAAATGGTTGAGATTGCTGGTTTTGCT
CAGAATCAACAATATGGGCTTGGGGGTAACGCACTTACCTCTGGTCAGAAGACTGCTTTG
ATCTTCGGGAGTCTCCTCCTCTTTTTCCTGCTTTTCTTGAGTGGCTATTTCATCCAATAG
AGCGCGTTTCATGTTTTTACTATTATTATGTTAATCATGTTGTTATCTATCATACACCAT
TAGTCTCCTTTTTATAAACGGAAGCTACATTATAC

QA 2 456 2 456
DS 

RD RR3AI17TF 646 0 0
GG
ATGGCGACCGCTATGTTCTCCTTCTCTCCTATCGCTCAGTTCCATTCTTCTTCTTTTTCC
CTCAGACCGACACAGTTTTATGGCAAGACACAACAGCAGCTTCACCACAAAATCTTCATC
ACCCCGAGTTACCAATCTACGCCTTCCCGCTTCTCAGCCGTTTCAAGGGACGACGCCACA
ACGCCTGAACTCGAAGAAGATGCGGTTGAGACACGAAGAAGAGAGGAGGAGAAGTTCGCA
GTTCTGAACACTGGAATCTACGAGTGCAGATCGTGCGGGTACAAGTACGACGAGTCCGCG
GGTGATCCGTCGTACCCGATCCCTCCTGGGTTTCAGTTTGACAAGTTGCCTGAAGACTGG
AGATGTCCAACTTGTGGAGCAGCTCAGAGTTTCTTCGAGAGTAAAATGGTTGAGATTGCT
GGTTTTGCTCAGAATCAACAATATGGGCTTGGGGGTAACGCACTTACCTCTGGTCAGAAG
ACTGCTTTGATCTTCGGGAGTCTCCTCCTCTTTTTCCTGCTTTTCTTGAGTGGCTATTTC
ATCCAATAGAGCGCGTTTCATGTTTTTACTATTATTATGTTAATCATGTTGTTATCTATC
ATACACCATTAGTCTCCTTTTTATAAACGGAAGCTACATTATAC

QA 3 646 3 646
DS 

RD RR3EC40JQ 591 0 0
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CTTCATCACCCCGAGTTACCAATCTACGCCTTCCCGCTTCTCAGCCGTTTCAAGGGACGA
CGCCACAACGCCTGAACTCGAAGAAGATGCGGTTGAGACACGAAGAAGAGAGGAGGAGAA
GTTCGCAGTTCTGAACACTGGAATCTACGAGTGCAGATCGTGCGGGTACAAGTACGACGA
GTCCGCGGGTGATCCGTCGTACCCGATCCCTCCTGGGTTTCAGTTTGACAAGTTGCCTGA
AGACTGGAGATGTCCAACTTGTGGAGTAGCTCAGAGTTTCTTCGAGAGTAAAATGGTTGA
GATTGCTGGTTTTGCTCAGAATCAACAATATGGGCTTGGGGGTAACGCACTTACCTCTGG
TCAGAAGACTGCTTTGATCTTCGGGAGTCTCCTCCTCTTTTTCCTGCTTTTCTTGAGTGG
CTATTTCATCCAATAGAGCGCGTTTCATGTTTTTACTATTATTATGTTAATCATGTTGTT
ATCTATCATACACCATTAGTCTCCTTTTTATAAACGGAAGCTACATTATAC

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DS 

RD RR3EC40TF 664 0 0
GGAACAAAGAACAAACCAAACAATTAAACCAATAAAAACATGGCGACCGCTATGTTCTCC
TTCTCTCCTATCGCTCAGTTCCATTCTTCTTCTTTTTCCCTCAGACCGACACAGTTTTAT
GGCAAGACACAACAGCAGCTTCACCACAAAATCTTCATCACCCCGAGTTACCAATCTACG
CCTTCCCGCTTCTCAGCCGTTTCAAGGGACGACGCCACAACGCCTGAACTCGAAGAAGAT
GCGGTTGAGACACGAAGAAGAGAGGAGGAGAAGTTCGCAGTTCTGAACACTGGAATCTAC
GAGTGCAGATCGTGCGGGTACAAGTACGACGAGTCCGCGGGTGATCCGTCGTACCCGATC
CCTCCTGGGTTTCAGTTTGACAAGTTGCCTGAAGACTGGAGATGTCCAACTTGTGGAGTA
GCTCAGAGTTTCTTCGAGAGTAAAATGGTTGAGATTGCTGGTTTTGCTCAGAATCAACAA
TATGGGCTTGGGGGTAACGCACTTACCTCTGGTCAGAAGACTGCTTTGATCTTCGGGAGT
CTCCTCCTCTTTTTCCTGCTTTTCTTGAGTGGCTATTTCATCCAATAGAGCGCGTTTCAT
GTTTTTACTATTATTATGTTAATCATGTTGTTATCTATCATACACCATTAGTCTCCTTTT
TATA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3EK18JQ 227 0 0
TCAGAAGACTGCTTTGATTTTCGGGAGTTTCCTCCTCTTTTTCCTGCTTTTCTTGAGTGG
CTATTTCATCCAATAGAGCGCGTTTCATGTTTTTACTATTATTATGTTAATCATGTTGTT
ATCTATCATACACCATTAGTCTCCTTTTTATAAACGGAAGCTACATTATACATTTGGATT
CAGCTTCAGGCTGGAGAAAAAATCAAGAACTACAACAAGTAGGATTG

QA 1 227 1 227
DS 

RD RR3AY45JQ 615 0 0
CTTCCCGCTTTTCAGCCGTTTCAAGGGACGACGCCACAACGCCTGAACTCGAAGAAAATG
CGGTTGAGACACGAAGAAGAGAGGAGGAGAAGTTCGCAGTTCTGAACACTGGAATCTACG
AGTGCAGATCGTGCGGGTACAAGTACGACGAGTCCGCGGGTGATCCGTCGTACCCGATCC
CTCCTGGGTTTCAGTTTGACAAGTTGCCTGAAGACTGGAGATGTCCAACTTGTGGAGCAG
CTCAGAGTTTCTTCGAGAGTAAAATGGTTGAGATTGCTGGTCTTGCTCAGAATCAACAAT
ATGGGCTTGGGGGTAACGCACTTACCTCTGGTCAGAAGACTGCTTTGATCTTCGGGAGTC
TCCTCCTCTTTTTCCTGCTTTTCTTGAGTGGCTATTTCATCCAATAGAGCGCGTTTCATG
TTTTTACTATTATTATGTTAATCATGTTGTTATCTATCATACACCATTAGTCTCCTTTTT
ATAAACGGAAGCTACATTATACATTTGGATTCAGCTTCAGGCTGGAGAAAAAATCAAGAA
CTACAACAAGTAGGATTGAAAACTAACTATGTTTTTCTTAAATTCAGAGTGCCAAACAGC
ACTTAATTTGCCTTC

QA 1 615 1 615
DS 



AS 2 8

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CATCATCAACATTAGCCAACGGGTTGAAATGTTCTGAATTTGTATCCATGCACCCAGGAA
CAAGGACCAAATTGCATCTATCTCCTCCTTCGACCGTTAAGTTGGCAATCATTGTGCACC
GTGTCGCAACTATGTTGGAGTCAGGAAATATTGCTCGCCCACAGGCTCCATCTTGGCTCA
ACTCTTTAGCTAGACCCTCATTGAAAAACTCAATAGGTTTGTTTTGCCATCCCTTGGGAA
CTTGGAACTGAC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3D409TF C 1
AF RR3D409JQ U 2
BS 1 1 RR3D409TF
BS 2 432 RR3D409JQ

RD RR3D409TF 432 0 0
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TAAGGCACGGCTCTGCTTTCATGTATAACATATTCAAATACTGACTATATATTATATTTA
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CATCATCAACATTAGCCAACGGGTTGAAATGTTCTGAATTTGTATCCATGCACCCAGGAA
CAAGGACCAGATTGCATCTATCTCCTCCTTCGACCGTTAAGTTGGCAATCATTGTGCACC
GTGTCGCAACTATGTTGGAGTCAGGAAATATTGCTCGCCCACAGGCTCCATCTTGGCTCA
ACTCTTTAGCTAGACCCTCATTGAAGAACTCAATAGGTTTGTTTTGCCATCGCTTGGGAA
CTTGGAACTGA
C

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR3D409JQ 431 0 0
GGGGCCTTAAATATGCATATTTTTTGGGGGTCTGTGGCGAATGCCTTTTTCAATACACAT
AAGGCACGGCTCTGCTTTCATGTATAACATATTCAAATACTGACTATATATTATATTTAC
AGGAAGAAAGATTATATAGTTCTATTCATCAAAATCAGATAACTCAAGAGGACAAGAGCC
ATCATCAACATTAGCCAACGGGTTGAAATGTTCTGAATTTGTATCCATGCACCCAGGAAC
AAGGACCAAATTGCATCTATCTCCTCCTTCGACCGTTAAGTTGGCAATCATTGTGCACCG
TGTCGCAACTATGTTGGAGTCAGGAAATATTGCTCGCCCACAGGCTCCATCTTGGCTCAA
CTCTTTAGCTAGACCCTCATTGAAAAACTCAATAGGTTTGTTTTGCCATCCCTTGGGAAC
TTGGAACTGAC

QA 1 431 1 431
DS 



CO CL212Contig2 993 6 29 U
GGAAAGAATTTCTCATCAGATTGGTTCCCATGGCTGCAGCTGCTAACACCGCAGTTTTTG
TATCTCCTTCACATTCTTTATCCTCTAAACGCAGTTTTTTGTACAGCTCAACGGTTAGTC
CAATACAGAGGAGATTTCCAAGGAGGAAACTTGAACTGCAAGTAAAAGCTGCTGCCACCA
CTCTTGCACCGCTCGAAGAGATCAAAGAATATAAGCTTCCTTCATGGGCAATGTTCGAGA
TGGGGACAGCTCCAGTGTTCTGGAAAACCATGAACGGTCTTCCTCCAACCACAGGTGAAA
AGTTGAAACTGTTCTACAATCCAGCTGCAACCAAACTCACTCCTAACCAGGACTATGGGG
TTGCTTTCAACGGAGGATTTAACCAACCAATCATGTGTGGTGGGGAACCAAGAGCAATGC
TTAAGAAAGATCGAGGCAAAGCCGATTCTCCCATTTACACTATGCAGATTTGCATTCCTA
ACCACGCTGTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAATGGTGTCGATTGGGATGGTCCATACA
GACTTCAGTTCCAAGTTCCCAAGCGATGGCAAAACAAACCTATTGAGTTCTTCAATGAGG
GTCTAGCTAAAGAGTTGAGCCAAGATGGAGCCTGTGAGCGAGCAATATTTCCTGACTCCA
ACATAGTTGCGACACGGTGCACAATGATTGCCAACTTAACGGTCGAAGGAGGAGATAGAT
GCAATCTGGACCTTGTTCCTGGATGCATGGATACAAATTCAGAACATTTCAACCCGTTGG
CTAATGTTGATGATGGCTCTTGTCCTCTTGAGTTATCTGATTCTGATGAATAGAACTATA
TAATCTTTCTTCCTGTAAATATAATATATAGTCAGTATTTGAATATGTGTTATATATACA
CGAAAGAACTGAATACGATACATGTCACTCGTTGATTTTTATTTAATTGCAAAAGAAGCT
AGATATTTAAAATATCTGACTCTTTTTTTAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C856TF U 3
AF RR3GJ51TF U 4
AF RR3F883TF U 1
AF RR3GJ51JQ C 95
AF RR3C856JQ C 103
AF RR3F883JQ C 158
BS 1 73 RR3F883TF
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BS 76 107 RR3F883TF
BS 108 108 RR3C856TF
BS 109 190 RR3F883TF
BS 191 191 RR3C856TF
BS 192 244 RR3F883TF
BS 245 245 RR3C856TF
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BS 340 340 RR3C856TF
BS 341 347 RR3F883TF
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BS 483 708 RR3F883TF
BS 709 711 RR3GJ51JQ
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BS 773 787 RR3F883TF
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BS 812 888 RR3GJ51JQ
BS 889 993 RR3F883JQ

RD RR3C856TF 565 0 0
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GATCGAGGCAAATCCGATTCTCCCATTTACACTATGCAGATTTGCATTCCTAACCACGCT
GTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAATGGTGTCGATTGGGATGGTCCATACAGACTTCAG
TTCCAAGTTCCCAAGCGAT

QA 7 565 7 565
DS 

RD RR3GJ51TF 691 0 0
GGGAG
TTTCTCATCAGATTGGTTCCCATGGCTGCAGCTGCTAACACCGCAGTTTTTGTATCTCCT
TCACATTCTTTATCCTCTAAACGCAGTTTTTTGTACAGCTCAACGGTTAGTCCAATACAG
AGGAGATTTCCAAGGAGGAAACTTGAACTGCAAGTAAAAGCTGCTGCCACCACTCTTGCA
CCGCTCGAAGAGATCAAAGAATATAAGCTTCCTTCATGGGCAATGTTCGAGATGGGGACA
GCTCCAGTGTTCTGGAAAACCATGAACGGTCTTCCTCCAACCACAGGTGAAAAGTTGAAA
CTGTTCTACAATCCAGCTGCAACCAAACTCACTCCTAACCAGGACTATGGGGTTGCTTTC
AACGGAGGATTTAACCAACCAATCATGTGTGGTGGGGAACCAAGAGCAATGCTTAAGAAA
GATCGAGGCAAAGCCGATTCTCCCATTTACACTATGCAGATTTGCATTCCTAACCACGCT
GTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAATGGTGTCGATTGGGATGGTCCATACAGACTTCAG
TTCCAAGTTCCCAAGCGATGGCAAAACAAACCTATCGAGTTCTTCAATGAGGGTCTAGCT
AAAGAGTTGAGCCAAGATGGAGCCTGTGAGCGAGCAATATTTCCTGACTCCAACATAGTT
GCGACACGGTGCACAATGATTGCCAA

QA 6 691 6 691
DS 

RD RR3F883TF 811 0 0
GGAAAGAATTTCTCATCAGATTGGTTCCCATGGCTGCAGCTGCTAACACCGCAGTTTTTG
TATCTCCTTCACACCCTTTATCCTCTAAACGCAGTTTTTTGTACAGCACAACGGTTAGTC
CAATACAGAGGAGATTTCCAAGGAGGAAACTTGAACTGCAAGTAAAAGCTGCTGCCACCA
CTCTTGCACCCCTCGAAGAGATCAAAGAATATAAGCTTCCTTCATGGGCAATGTTCGAGA
TGGG*ACAGCTCCAGTGTTCTGGAAAACCATGAACGGTCTTCCTCCAACCGCAGGTGAAA
AGTTGAAACTGTTCTACAATCCAGCTGCAACCAAACTCAATCCTAACGAGGACTATGGGG
TTGCTTTCAACGGAGGATTTAACCAACCAATCATGTGTGGTGGGGAACCAAGAGCAATGC
TTAAGAAAGATCGAGGCAGAGCCGATTCTCCCATTTACACTATGCAGATTTGCATTCCTA
AGCACGCTGTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAATGGTGTCGATTGGGATGGTCCATACA
GACTTCAGTTCCAAGTTCCCAAGCGATGGCAAAACAAACCTATTGAGTTCTTCAATGAGG
GTCTAGCTAAAGAGTTGAGCCAAGATGGAGCCTGTGAGCGAGCAATATTTCCTGACTCCA
ACATAGTTGCGACACGGTGCACAATGATTGCCAACTTAACGGTCGAAG**AGAGATAGAT
GCAATCTGGACCTTGTTCCTGGATGCATGGATACAA*TTCAGAACATTTCA*CCCGTTGG
CTAATGT*GATGATGGCTCTTGTCCTCTTGA

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3GJ51JQ 799 0 0
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ACTGCAAGTAAAAGCTGCTGCCACCACTCTTGCACCGCTCGAAGAGATCAAAGAATATAA
GCTTCCTTCATGGGCAATGTTCGAGATGGGGACAGCTCCAGTGTTCTGGAAAACCATGAA
CGGTCTTCCTCCAACCACAGGTGAAAAGTTGAAACTGTTCTACAATCCAGCTGCAACCAA
ACTCACTCCTAACCAGGACTATGGGGTTGCTTTCAACGGAGGATTTAACCAACCAATCAT
GTGTGGTGGGGAACCAAGAGCAATGCTTAAGAAAGATCGAGGCAAAGCCGATTCTCCCAT
TTACACTATGCAGATTTGCATTCCTAACCACGCTGTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAA
TGGTGTCGATTGGGATGGTCCATACAGACTTCAGTTCCAAGTTCCCAAGCGATGGCAAAA
CAAACCTATCGAGTTCTTCAATGAGGGTCTAGCTAAAGAGTTGAGCCAAGATGGAGCCTG
TGAGCGAGCAATATTTCCTGACTCCAACATAGTTGCGACACGGTGCACAATGATTGCCAA
CTTAACGGTCGAAGGAGGAGATAGATGCAATCTGGACCTTGTTCCTGGGTGCATGGATAC
AAATTCAGAACATTTCAACCCGTTGGCTAATGTTGATGATGGCTCTTGTCCTCTTGAGTT
ATCTGATTCTGATGAATAGAACTATATAATCTTTCTTCCTGTAAATATAATATATAGTCA
GTATTTGAATATGT
TATAC

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3C856JQ 789 0 0
ACAGCTCAACGGTTAGTCCAATACAGAGGAGATTTCCAAGGAGGAAACTTGAACTGCAAG
TAAAAGCTGCTGCCACCACTCTTGCACCGCTCGAAGAGATCAAAGAATATAAGCTTCCTT
CATGGGCAATGTTCGAGATGGGGACAGCTCCAGTGTTCTGGAAAACCATGAACGGTCTTC
CTCCAACCACAGGTGAAAAGTTGAAACTGTTCTACAATCCAGCTGCAACCAAACTCACTC
CTAACCAGGACTATGGGGTTGCTTTCAACGGAGGATTTAACCAACCAATCATGTGTGGTG
GGGAACCAAGAGCAATGCTTAAGAAAGATCGAGGCAAATCCGATTCTCCCATTTACACTA
TGCAGATTTGCATTCCTAACCACGCTGTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAATGGTGTCG
ATTGGGATGGTCCATACAGACTTCAGTTCCAAGTTCCCAAGCGATGGCAAAACAAACCTA
TTGAGTTCTTCAATGAGGGTCTAGCTAAAGAGTTGAGCCAAGATGGAGCCTGTGAGCGAG
CAATATTTCCTGACTCCAACATAGTTGCGACACGGTGCACAATGATTGCCAACTTAACGG
TCGAAGGAGGAGATAGATGCAATCTGGACCTTGTTCCTGGGTGCATGGATACAAATTCAG
AACATTTCAACCCGTTGGCTAATGTTGATGATGGCTCTTGTCCTCTTGAGTTATCTGATT
CTGATGAATAGAACTATATAATCTTTCTTCCTGTAAATATAATATATAGTCAGTATTTGA
ATA
AAAAAA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3F883JQ 836 0 0
TGCAAGT
AAAGCTGCTGCCACCACTCT*GCACCCCTCGAAGAGATCAAAGAATATAAGCT*CCTTCA
TGGGCAATGTTCGAGATGGG*ACAGCTCCAGTGT*CTGGAAAACCATGAACGGTCTTCCT
CCAACCGCAGGTGAAAAGTTGAAACTGTTCTACAATCCAGCTGCAACCAAACTCAATCCT
AACGAGGACTATGGGGTTGCTTTCAACGGAGGATTTAACCAACCAATCATGTGTGGTGGG
GAACCAAGAGCAATGCTTAAGAAAGATCGAGGCAGAGCCGATTCTCCCATTTACACTATG
CAGATTTGCATTCCTAAGCACGCTGTGAATTTGATATTCTCGTTCACCAATGGTGTCGAT
TGGGATGGTCCATACAGACTTCAGTTCCAAGTTCCCAAGCGATGGCAAAACAAACCTATT
GAGTTCTTCAATGAGGGTCTAGCTAAAGAGTTGAGCCAAGATGGAGCCTGTGAGCGAGCA
ATATTTCCTGACTCCAACATAGTTGCGACACGGTGCACAATGATTGCCAACTTAACGGTC
GAAGGAGGAGATAGATGCAATCTGGACCTTGTTCCTGGATGCATGGATACAAATTCAGAA
CATTTCAACCCGTTGGCTAATGTTGATGATGGCTCTTGTCCTCTTGAGTTATCTGATTTT
GATGAATAGAACTATATAATCTTTCTTCCTGTAAATATAATATATAGTCAGTATTTGAAT
ATGTGTTATATATACACGAAAGAACTGAATACGATACATGTCACTCGTTGATTTTTATTT
AATTGCAAAAGAAGCTAGATATTTAAAATATCTGACTCTTTTTTTAGCG

QA 8 836 8 836
DS 



AS 2 11

CO CL213Contig1 928 5 10 U
GAAGAAACGAGATGAGTGTGCTCACAGTTATAAAAATTATGATCATAGACATACAAATCA
CAGTGCTGAAGCAGAGTATTTGAAACTCCAAAGACAAAGTCACTCTAAAATAAAATCTGA
TTATAAAGCAGGTAAAAATTTTACAGAGCGGACGATGATAGTGTTTGGGATCATGCCAAG
GCTCGAGGAGTTTTTTGTGTGTGTGTTTTGTTGTTGTTCTAACAAGAGCATCCTCCTGAT
TGCTGTTGAGCCAAAGATGCATTTGCATTGGAAGATTTGAGATTGACATCAACCATGTCC
TCTTGCTTTGTGGAAGACAGTGTTTCCATTCCTGGCAAAGCTGCTGCTATCTTACGGAAA
AGCGCCTTAATGTTGAAGCCTGCTTTGGCACTGGTTTCGATAAACATTACATTAAGCTCA
CGAGCCTTAGCTTCTGCTTCCTCTATCGACACTTGCCTTTTGTCCACAAGGTCGGTTTTA
TTTCCCACAAGTACAACAATGACATCACTACCACGCTCGGTCCTAACCTCATCGATCCAC
TTAGTAGTGTTTAGGAAGGATTGCCTGCTTGCAACATCATAGACAATAACAGCAACAGAA
GAATCCCTAATGTAACTGGGAATAAGACTCCTGAACCTCTCTTGCCCAGCTGTATCCCAT
AGCTGCAGCCTGACAGTTCGGTCTTCAAGGTACATTGTTTTCGATAGAAAATCAATACCA
ATCGTGGCCTGGTAAGTGTTGTCGAATTTGTCGTACATGAATCGAGTGATGATGCTCGTC
TTTCCCACGGATTGATCTCCCAAAAACACCAGCTTATACTTGGCCAGCGCCGACACCGGA
GCCATTATTCCTCGTGATCAAGCTAGCCGGAACGATCTCAGATACGCCGGAGAAGGAGTT
TCCAGTATACGTAAGCTGCTGATCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3BL59JQ U 44
AF RR3B345JQ U 1
AF RR3CH16JQ U 102
AF RR3BL59TF C 120
AF RR3CH16TF C 202
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DS 

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TGCTGTTGAGCCAAAGATGCATTTGCATTGGAAGATTTGAGATTGACATCAACCATGTCC
TCTTGCTTTGTGGAAGACAGTGTTTCCATTCCTGGCAAAGCTGCTGCTATCTTACGGAAA
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TTTCCCACAAGTACAACAATGACATCACTACCACGCTCGGTCCTAACCTCATCGATCCAC
TTAGTAGTGTTTAGGAAGGATTGCCTGCTTGCAACATCATAGACAATAACAGCAACAGAA
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ATCGACATCAACCATGTCCTCTTGCTTTGTGGAAGACAGTGTTTCCATTCCTGGCAAAGC
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GACAATAACAGCAACAGAAGAATCCCTAATGTAACTGGGAATAAGACTCCTGAACCTCTC
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DS 

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CTCTTGCTTTGTGGAAGACAGTGTTTCCATTCCTGGCAAAGCTGCTGCTATCTTACGGAA
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ATTTCCCACAAGTACAACAACGACATCACTACCACGCTCGGTCCTAACCTCATCGATCCA
CTTAGTAGTGTTTAGGAAGGATTGCCTGCTTGCAACATCATAGACAATAACAGCAACAGA
AGAATCCCTAATGTAACTGGGAATAAGACTCCTGAACCTCTCTTACCCAGCTGTATCCCA
TAGCTGCAGCCTGACAGTTCGGTCTTCAAGGTACATTGTTTTCGATAGAAAATCAATACC
AATCGTGGCCTGGTAAGTGTTGTCGAATTTGTCGTACATGAATCGAGTGATGATGCTCGT
CTTTCCCACGGATTGATCTCCCAAAAACACCAGCTTATACTTGGCCAGCGCCGACACCGG
AGCCATTATTCCTCGTGATCAAGCTAGCCGGAACGATCTCAGATACGCCGGAGAAGGAGT
TTCCAGTATACGTAAGCTGCTGATCTCCC

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DS 

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GTGTGTGTTTGTTGTG
TCTAACAAGAGCATCCTC*TGATTGCTGT*GAGCCAAAGATGCATTTGCATTGGAAGATT
TGAGATCGACATCAACCATGTCCTCTTGCTTTGTGGAAGACAGTGTTTCCATTCCTGGCA
AAGCTGCTGCTATCTTACGGAAAAGCGCCTTAATGTTGAAGCCTGCTTTGGCACTGGTTT
CGATAAACATTACATTAAGCTCACGAGCCTTAGCTTCTGCTTCCTCTATCGACACTTGCC
TTTTGTCCACAAGGTCGGTTTTATTTCCCACAAGTACAACAATGACATCACTACCACGCT
CGGTCCTAACCTCATCGATCCACTTAGTAGTGTTTAGGAAGGATTGCCTGCTTGCAACAT
CATAGACAATAACAGCAACAGAAGAATCCCTAATGTAACTGGGAATAAGACTCCTGAACC
TCTCTTGCCCAGCTGTATCCCATAGCTGCAGCCTGACAGTTCGGTCTTCAAGGTACATTG
TTTTCGATAGAAAATCAATACCAATCGTGGCCTGGTAAGTGTTGTCGAATTTGTCGTACA
TGAATCGAGTGATGATGCTCGTCTTTCCCACGGATTGATCTCCCAAAAACACCAGCTTAT
ACTTGGCCAGCGCCGACACCGGAGCCATTATTCCTCGTGATCAAGCTAGCCGGAACGATC
TCAGATACGCCGGAGAAGGAGTTTCCAGTATACGTAAGCTGCTGATCT
CC

QA 17 724 17 724
DS 



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ATACTCGGCGTATCTGAGATCGTTCCGGCTAGGTTGATCTCGAGGGAATCATGGCTCCGG
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GCATCATCACTCGATTCATGTACGACAAATTCGACAACACTTACCAGGCCACGATTGGTA
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GAGGATGCTCTTGTTAGAACAACAACTAAACACTCACACACAAAACTCCTCGAGCCTTCG
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ATTTTTTTTAGAGTGACTTTGTCTTTGGAGTTTCAAATACTCTGCTTCAGCACTGTGATT
TGTATGTCTATGATTTTAATTATATAACTGTGAGCACGCTCATCTCGTTTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 10 30 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3FR70TF U 1
AF RR3BY39TF U 37
AF RR3A792TF U 17
AF RR3FR70JQ C 107
AF RR3BY39JQ C 173
AF RR3A792JQ C 128
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RD RR3FR70TF 760 0 0
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TGGTTGATGTCAATCTCAAATCTTCCAATGCAAATGCATCTTTGGCTCA*CAGCAATCA*
GAGGATGCTCTTGTTAGAACA*CAACTAAACACTCACACA

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3BY39TF 792 0 0
GG
AATTGAAATCTGGCAGATACATATACTCGGCGTATCTGAGATCGTTCCGGCTAGGTTGAT
CTCGAGGGAATCATGGCTCCGGTGTCGGCGCTCGCAAAGTATAAGCTGGTGTTTCTGGGA
GATCAATCCGTGGGAAAGACGAGCATCATCACTCGATTCATGTACGACAAATTCGACAAC
ACTTACCAGGCCACGATTGGTATTGATTTTCCATCAAAAACAATGTGCCTTGAAGACCGA
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AGTTACATTAGGGATTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTATGATGTTGCAAGCAGGCAATCC
TTCCTAAACACTACTAAGTGGATCGATGAGGTTAGGACCGAGCGTGGTAGTGATGTCATT
GTTGTACTTGTGGGAAATAAAACCGACCTTGTGGACAAAAGGCAAGTGTCGATAGAGGAA
GCAGAAGCCAAGGCTCGTGAGCTTAATGTAATGTTTATCGAAACCAGTGCCAAAGCAGGC
TTCAACATTAAGGCGCTTTTCCGTAAGATAGCAGCAGCTTTGCCAGGAATGGAAACACTG
TCTTCGACAAAGCAAGAGGACATGGTTGATGTCAATCTCAAATCTTCCAATGCAAATGCA
TCTTTGGCTCA*CAGCAATCA*GAGGATGCTCTTGTTAGA*CAACAACTAAACACTCACA
CACAAA*CTCCTCGAGCCTTCGCATGATCCCAA*CACTATCATCGTCCGTCTCTGTAAA
TTTTGCTGCTT

QA 3 781 3 781
DS 

RD RR3A792TF 831 0 0
GG
AGATCAGCTTTACTCAGAGTAATTGAAATCTGGCAGATACATATACTCGGCGTAT*TGAG
ATCGTTCCGGCTAGGTTGATCTCGAGGGAATCATGGCCCCGGTGTCGGCGCTCACAAAGT
ATAAGCTGGTGTTTCTGGGAGATCAATCCGTGGGAAAGACGAGCATCATCACTCGATTCA
TGTACGACAAATTCGACAACACTTACCAGGCCACGATTGGTATTGATTTTCTATCAAAAA
CAATGTACCTTGAAGACCGAACTGTCAGGCTGCAGCTATGGGATACAGCTGGGCAAGAGA
GGTTCAGGAGTCTTATTCCCAGTTACATTAGGGATTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTATG
ATGTTGCAAGCAGGCAATCCTTCCTAAACACTACTAAGTGGATCGATGAGGTTAGGACCG
AGCGTGGTAGTGATGTCATTGTTGTACTTGTGGGAAATAAAACCGACCTTGTGGACAAAA
GGCAAGTGTCGATAGAGGAAGCAGAAGCCAAGGCTCGTGAGCTTAATGTAATGTTTATCG
AAACCAGTGCCAAATCAGGCTTCAACATTAAGGCGCTTTTCCGTAAGATAGCAGCAGCTT
TGCCAGGAATGGAAACACTGTCTTCGACAAAGCAAGAGGACATGGTTGATGTCAATCTCA
AATCTTCCAATGCAAATGCATCTTTGGCTCAACAGCAATCAAGAGGATGCTCTTGTTAGA
ACAACAACTAAACACTCACACACAAAACTCCTCGAGCCTTCGCATGATCCCAAACACTAT
CATCGTCCGTCTCTGTAAAATTTTTGCCTGCTTTATAATCACATTTTTT

QA 3 831 3 831
DS 

RD RR3FR70JQ 848 0 0
AATCATGGCTCCGGTGTCG*CGCTCGCAAAGTATAAGCTGGTGTTTCTGG*AGATCAATC
CGTGGGAAAGACGAGCATCATCACTCGATTCATGTACGACAAATTCGACAACACTTACCA
GGCCACGATTGGTATTGATTTTCTATCAAAAACAATGTACCTTGAAGACCGAACTGTCAG
GCTGCAGCTATGGGATACAGCTGGGCAAGAGAGGTTCAGGAGTCTTATTCCCAGTTACAT
TAGGGATTCTTCTGCTGCTGTTATTGTCTATGATGTTGCAAGCAGGCAATCCTTCCTAAA
CACTACTAAGTGGATCGATGAGGTTAGGACCGAGCGTGGTAGTGATGTCATTGTTGTACT
TGTGGGAAATAAAACCGACCTTGTGGACAAAAGGCAAGTGTCGATAGAGGAAGCAGAAGC
CAAGGCTCGTGAGCTTAATGTAATGTTTATCGAAACCAGTGCCAAAGCAGGCTTCAACAT
TAAGGCGCTTTTCCGTAAGATAGCAGCAGCTTTGCCAGGAATGGAAACACTGTCTTCGAC
AAAGCAAGAGGACATGGTTGATGTCAATCTCAAATCTTCCAATGCAAATGCATCTTTGGC
TCAACAGCAATCAGGAGGATGCTCTTGTTAGAACAACAACTAAACACTCACACACTAAAC
TCCTCGAGCCTTCGCATGATCCCAAACACTATCATCGTCCGTCTCTGTAAAATTTTTGCC
TGCTTTATAATCAGATTTTTTTTAGAGTGACTTTGTCTTTGGAGTTTCAAATACTCTGCT
TCAGCACTGTGATTTGTATGTCTATGATTTTAATTATATAACTGTGAGCACGCTCATCTC
GTTTCTTC

QA 1 848 1 848
DS 

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AAAGACGAGCATCATCACTCGATTCATGTACGACAAATTCGACAACACTTACCAGGCCAC
GATTGGTATTGATTT*CCATCAAAAACAATGTGCCTTGAAGACCGAACAGTCAGGCTGCA
GCTATGGGATACAGCTGGGCAAGAGAGGTTCAGGAGTCTTATTCCCAGTTACATTAGGGA
TTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTATGATGTTGCAAGCAGGCAATCCTTCCTAAACACTAC
TAAGTGGATCGATGAGGTTAGGACCGAGCGTGGTAGTGATGTCATTGTTGTACTTGTGGG
AAATAAAACCGACCTTGTGGACAAAAGGCAAGTGTCGATAGAGGAAGCAGAAGCCAAGGC
TCGTGAGCTTAATGTAATGTTTATCGAAACCAGTGCCAAAGCAGGCTTCAACATTAAGGC
GCTTTTCCGTAAGATAGCAGCAGCTTTGCCAGGAATGGAAACACTGTCTTCGACAAAGCA
AGAGGACATGGTTGATGTCAATCTCAAATCTTCCAATGCAAATGCATCTTTGGCTCAACA
GCAATCAGGAGGATGCTCTTGTTAGAACAACAACTAAACACTCACACACAAAACTCCTCG
AGCCTTCGCATGATCCCAAACACTATCATCGTCCGTCTCTGTAAAATTTTTGCCTGCTTT
ATAATCAGATTTTTTTTAGAGTGACTTTGTCTTTGGAGTTTCAAATACTCTGCTTCAGCA
CTGTGATTTGTATGTCTATGATTTTAATTATATAACTGTGAGCAC
GCTC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3A792JQ 823 0 0
GCTCACAAAGTATAAGCTGGTGTTTCTGGGAGATCAATCCGTGGGAAAGACGAGCATCAT
CACTCGATTCATGTACGACAAATTCGACAACACTTACCAGGCCACGATTGGTATTGATTT
TCTATCAAAAACAATGTACCTTGAAGACCGAACTGTCAGGCTGCAGCTATGGGATACAGC
TGGGCAAGAGAGGTTCAGGAGTCTTATTCCCAGTTACATTAGGGATTCTTCTGTTGCTGT
TATTGTCTATGATGTTGCAAGCAGGCAATCCTTCCTAAACACTACTAAGTGGATCGATGA
GGTTAGGACCGAGCGTGGTAGTGATGTCATTGTTGTACTTGTGGGAAATAAAACCGACCT
TGTGGACAAAAGGCAAGTGTCGATAGAGGAAGCAGAAGCCAAGGCTCGTGAGCTTAATGT
AATGTTTATCGAAACCAGTGCCAAATCAGGCTTCAACATTAAGGCGCTTTTCCGTAAGAT
AGCAGCAGCTTTGCCAGGAATGGAAACACTGTTTTCGACAAAGCAAGAGGACATGGTTGA
TGTCAATCTCAAATCTTCCAATGCAAATGCATCTTTGGCTCAACAGCAATCAAGAGGATG
CTCTTGTTAGAACAACAACTAAACACTCACACACAAAACTCCTCGAGCCTTCGCATGATC
CCAAACACTATCATCGTCCGTCTCTGTAAAATTTTTGCCTGCTTTATAATCACATTTTTT
TTAGAGTGACTTTGTCTTTGGAGTTTCAAATACTCTGCTTCAGCACTGTGATTTGTATGT
CTATGATTTTAATTATATAACTGTGAGCACGCTCATCTCGTTT

QA 1 823 1 823
DS 



AS 2 10

CO CL214Contig1 887 8 31 U
GGATCGAAGGTCCACACCTAGCTTCTTGAAAAATGACGGAGAACACATTTCTAGGAGACA
GATAGAAATAAAACAAGTAATGGCGGAGAAAGAAGAAGTGAAGCTTTTGGGAATATGGGC
GAGCCCTTTCAGCCGTCGGATCGAGATGGCTCTCAAACTCAAAGGCATACCGTACGATTA
CGTTGAAGAAATACTAGAGCACAAAAGCCCTTTGCTTCTTGCACTCAACCCTATCCACAA
GAAGGTCCCTGTTCTTGTCCACAATGGCAAAACCATTCTCGAGTCTCAAGTGATTCTTCA
ATACATCGATGAGACTTGGAAACAGAATCCAATTCTCCCTGAAGATCCTTACGAGAGATC
CAAGGCTCGATTCTTAGCTAAACTCGTCGATGAACAGATTATCACTGCGGGTTTTGTATC
AATGGCAAGAGCAGACGAGAAAGGAAGAGAGGCTTTGGCGGAGCAGACAAGAGAACTGAT
TGTGAATCTGGAGAAGGAACTTGTCGGAAAAGATTTCTTCGGCGGTAAGAGTGTCGGGTT
CTTGGATTTAGTTGCCGGAAGTATGATTCCGTTTTGTTTGGAGAGAGGTTGGG*AAGGAA
TGGGATTGAAAGTGATTACGGAGGAGAAGTTTCCAGAATACAGCAGATGGGTGAAGAACA
TGGAGAAGGTTGAGGCTGTGAAAGATTGTATTCCTCCAAGAGAGAAACATGTTGAACACA
TGAATTATATGGGGGAAAGAATCAGATCCGCTTAGACGAAAGTCATATTTGGTTCTGTGT
TTCAATGTTTTT**AAGTTACTGTCATGTTTGAACTTTGAACCTTGTTATCTGTTATGTT
TCTCAAAAAGCTTATCTTTTTTCTTCTAATAAACAAATTCATCTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 20 20 20 5 15 30 15 15 30 15 15 15 15 5 5 30 30 30 0 30 
15 15 15 30 0 30 15 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 
10 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 10 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 
50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 40 25 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 25 25 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 35 35 20 35 20 35 10 10 30 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3H001TF U 40
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AF RR3AT23TF U 1
AF RR3AN89TF U 40
AF RR3H637TF U 41
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AF RR3H637JQ C 131
AF RR3BK37JQ C 185
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BS 46 46 RR3AT23TF
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RD RR3H001TF 715 0 0
G
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GAGTCTCAAGTGATTCTTCAATACATCGATGAGACTTGGAAACAGAATCCAATTCTCCCT
GAAGATCCTTACGAGAGATCCAAGGCTCGATTCTTAGCTAAACTCGTCGATGAACAGATT
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GAGAGAGGTTGGG*AAGGAATGGGATTGAAAGTGATTACGGAGGAGAAGTTTCCAGAATA
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QA 2 715 2 715
DS 

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GAAC
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ATCCTTACGAGAGATCCAAGGCTCGATTCTTAGCTAAACTCGTCGATGAACAGATTATCA
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AGACAAGAGAACTGATTGTGAATCTGGAGAAGGAACTTGTCGGAAAAGATTTCTTCGGCG
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GAGGTTGGG*AAGGAATGGGATTGAAAGTGATTACGGAGGAGAAGTTTCCAGAATACAGC
AGATGGGTGAAGAACTTGGAGAAAGTTGAGGCTGTGAAAGATTGTATTCCTCCAAGAGAG
AAACATGTTGAACACATGAATTATATGGGGGAAAGAATCAGATCCGCTT

QA 5 713 5 713
DS 

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GAGCCCTTTCAGCCGTCGGATCGAGATGGCTCTCAAACTCAAAGGCATACCGTACGATTA
CGTTGAAGAAATACTAGAGCACAAAAGCCCTTTGCTTCTTGCACTCAACCCTATCCACAA
GAAGGTCCCTGTTCTTGTCCACAATGGCAAAACCATTCTCGAGTCTCAAGTGATTCTTCA
ATACATCGATGAGACTTGGAAACAGAATCCAATTCTCCCTGAAGATCCTTACGAGAGATC
CAAGGCTCGATTCTTAGCTAAACTCGTCGATGAACAGACTATCACTGCGGGTTTTGTATC
AATGGCAAGAGCAGACGAGAAAGGAAGAGAGGCTTTGGCGGAGCAGACAAGAGAACTGAT
TGTGAATCTGGAGAAGGAACTTGTCGGAAAAGATTTCTTCGGCGGTAAGAGTGTCGGGTT
CTTGGATTTAGTTGCCGGAAGTATGATTCCGTTTTGTTTGGAGAGAGGTTGGGGAAGGAA
TGGGATTGAAAGTGATTACGGAGGAGAAGTTTCCAGAATACAGCAGATGGGTGAAGAACT
TGGAGAAGGTTGAGGCTGTGAAAGATTGTATTCCTCCAAGAGAGAAACATGTTGAACACA
TGAATTATATGGGGGAAAGAATCAGATCCGCTTAGTCGGA*GTCATATTTGGTTCTGTGT
TTCAATGTTTT***AAGTTACTGTCATGTTTGAACTTT

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR3AN89TF 785 0 0
GGAACACATTTCTA**AGAGACGGATAAAAAAAAAAAGTAATGGCGGAGAAAGAAGAAGT
GAAGCTTTTGGGAATATGGGCGAGCCCTTTCAGCCGTCGGATCGAGATGGCTCTCAAACT
CAAAGGCATACCGTACGATTACGTTGAAGAAATACTAGAGCACAAAAGCCCTTTGCTTCT
TGCACTCAACCCTATCCACAAGAAGGTCCCTGTTCTTGTCCACAATGGCAAAACCATTCT
CGAGTCTCAAGTGATTCTTCAATACATCGATGAGACTTGGAAACAGAATCCATTTCTCCC
TGAAGATCCTTACGAGAGATCCAAGGCTCGATTCTTAGCTAAACTCGTCGATGAACAGAT
TATCACTGCGGGTTTTGTATCAATGGCAAGAGCAGACGAGAAAGGAAGAGAGGCTTTGGC
GGAGCAGACAAGAGAACTGATTGTGAATCTGGAGAAGGAACTTGTCGGAAAAGATTTCTT
CGGCGGTAAGAGTGTCGGGTTCTTGGATTTAGTTGCCGGAAGTATGATTCCGTTTTGTTT
GGAGAGAGGTTGGG*AAGGAATGGGATTGAAAGTGATTACGGAGGAGAAGTTTCCAGAAT
ACAGCAGATGGGTGAAGAACATGGAGAAGGTTGAGGCTGTGAAAGATTGTATTCCTCCAA
GAGAGAAACATGTTGAACACATGAATTATATGGGGGAAAGAATCAGATCCGCTTAGACGA
AAGTCATATTTGGTTCTGTGTTTCAATGTTTTT**AAGTTACTGTCATGTTTGAACTTTG
AACCT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3H637TF 807 0 0
AGGG
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TTTTGGGAATATGGGCGAGCCCTTTCAGCCGTCGGATCGAGATGGCTCTCAAACTCAAAG
GCATACCGTACGATTACGTTGAAGAAATACTAGAGCACAAAAGCCCTTTGCTTCTTGCAC
TCAACCCTATCCACAAGAAGGTCCCTGTTCTTGTCCACAATGGCAAAACCATTCTCGAGT
CTCAAGTGATTCTTCAATACATCGATGAGACTTGGAAACAGAATCCAATTCTCCCCGAAG
ATCCTTACGAGAGATCCAAGGCTCGATTCTTAGCTAAACTCGTCGATGAACAGATTATCA
CTGCGGGTTTTGTATCAATGGCAAGAGCAGACGAGAAAGGAAGAGAGGCTTTGGCGGAGC
AGACAAGAGAGCTGATGGTGAATCTGGAGAAGGAACTTGTCGGAAAAGATTTCTTCGGCG
GTAAGAGTGTCGGGTTCTTGGATTTAGTTGCCGGAAGTATGATTCCGTTTTGTTTGGAGA
GAGGTTGGG*AAGGAATTGGATTGAAAGTGATTACGGAGGAGAAGTTCCCAGAGTATAGC
AGATGGGTGAAGAACATGGAGAAAGTTGAGGCTGTGAAAGATTGTATTCCTCCAAGAGAG
AAACATGTTGAACACATGAATTATATGGGGGAAAGAATCAGATCCGCTTAGACGAAAGTC
ATATTTGGTTCTGTGTTTAATGTTTTTT**AAGTTACTGTCATGTTTGA*CTTTGACCTT
GTT*ATCTGTT*TGTT
TCTCAAA

QA 5 800 5 800
DS 

RD RR3AN89JQ 673 0 0
AAACTCAAAGGCATACCGTACGATTACGTTGAAGAAATACTAGAGCACAAAAGCCCTTTG
CTTCTTGCACTCAACCCTATCCACAAGAAGGTCCCTGTTCTTGTCCACAATGGCAAAACC
ATTCTCGAGTCTCAAGTGATTCTTCAATACATCGATGAGACTTGGAAACAGAATCCATTT
CTCCCTGAAGATCCTTACGAGAGATCCAAGGCTCGATTCTTAGCTAAACTCGTCGATGAA
CAGATTATCACTGCGGGTTTTGTATCAATGGCAAGAGCAGACGAGAAAGGAAGAGAGGCT
TTGGCGGAGCAGACAAGAGAACTGATTGTGAATCTGGAGAAGGAACTTGTCGGAAAAGAT
TTCTTCGGCGGTAAGAGTGTCGGGTTTTTGGATTTAGTTGCCGGAAGTATGATTCCGTTT
TGTTTGGAGAGAGGTTGGG*AAGGAATGGGATTGAAAGTGATTACGGAGGAGAAGTTTCC
AGAATACAGCAGATGGGTGAAGAACATGGAGAAGGTTGAGGCTGTGAAAGATTGTATTCC
TCCAAGAGAGAAACATGTTGAACACATGAATTATATGGGGGAAAGAATCAGATCCGCTTA
GACGAAAGTCATATTTGGTTCTGTGTTTCAATGTTTTT**AAGTTACTGTCATGTTTGAA
CTTTGAACCTTGT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3H637JQ 757 0 0
CAG
CGTCGGATCGAGATGGCTCTCAAACTCAAAGGCATACCGTACGATTACGTTGAAGAAATA
CTAGAGCACAAAAGCCCTTTGCTTCTTGCACTCAACCCTATCCACAAGAAGGTCCCTGTT
CTTGTCCACAATGGCAAAACCATTCTCGAGTCTCAAGTGATTCTTCAATACATCGATGAG
ACTTGGAAACAGAATCCAATTCTCCCCGAAGATCCTTACGAGAGATCCAAGGCTCGATTC
TTAGCTAAACTCGTCGATGAACAGATTATCACTGCGGGTTTTGTATCAATGGCAAGAGCA
GACGAGAAAGGAAGAGAGGCTTTGGCGGAGCAGACAAGAGAGCTGATGGTGAATCTGGAG
AAGGAACTTGTCGGAAAAGATTTCTTCGGCGGTAAGAGTGTCGGGTTCTTGGATTTAGTT
GCCGGAAGTATGATTCCGTTTTGTTTGGAGAGAGGTTGGG*AAGGAATTGGATTGAAAGT
GATTACGGAGGAGAAGTTCCCAGAGTATAGCAGATGGGTGAAGAACATGGAGAAGGTTGA
GGCTGTGAAAGATTGTATTCCTCCAAGAGAGAAACATGTTGAACACATGAATTATATGGG
GGAAAGAATCAGATCCGCTTAGACGAAAGTCATATTTGGTTCTGTGTTTAAATGTTTTTT
TAAGTTACTGTCATGTTTGAACTTTGAACCTTGTTATCTGTTATGTTTCTCAAAAAGCTT
ATCTTTTTTCTTCTAATAAACAAATTCATC
TTAC

QA 4 753 4 753
DS 

RD RR3BK37JQ 703 0 0
GAAGAAATACTAGAGCACAAAAGCCCTTTGCTTCTTGCACTCAACCCTATCCACAAGAAG
GTCCCTGTTCTTGTCCACAATGGTAAAACCATTCTCGAGTCTCAAGTGATTCTTCAATAC
ATTGATGAGACTTGGAAACAGAATCCAATTCTCCCTGAAGATCCTTACGAGAGATCCAAG
GCTCGATTCTTAGCTAAACTCGTCGATGAACAGATTATCACTGCGGGTTTTGTATCAATG
GCAAGAGCAGACGAGAAAGGAAGAGAGGCTTTGGCGGAGCAGACAAGAGAACTGATGATG
AATCTGGAGAAGGAACTTGTCGGAAAAGATTTCTTCGGCGGTAAGAGTGTCGGGTTCTTG
GATTTAGTAGCCGGAAGTATGGTTCCGTTTTGTTTGGAGAGAGGTTGGG*AAGGAATTGG
ATTGAAAGTGATTACGTAGGAGAAGTTCCCAGAGTATAGCAGATGGGTGAAGAACATGGA
GAAGGTTGAGGCTGTGAAAGATTGTATTCCTCCAAGAGAGAAACATGTTGAACACATGAA
TTATATGGGGGAAAGAATCAGATCCGCTTAGACGAAAGTCATATTTGGTTCTGTGTTTCA
ATGTTTTTTTAAGTTACTGTCATGTTTGAACTTTGAACCTTGTTATCTGTTATGTTTCTC
AAAAAGCTTATCTTTTTTCTTCTAATAAACAAATTCATCTTAT

QA 1 703 1 703
DS 



CO CL214Contig2 734 2 2 U
AGGATGAATTTGTTTATTAAAAGAAAAAAGATAAGCCTTTTGAGAAACAATAACAGATAA
CAAGGTTCAAAGTTCAAACATGACAGTAACTTAAAAACATTGAAACACAGAACCAAATAT
GACTTCCGACTAAGCGGATCTGATTCTTTCCCCCATATAATTCATGTGTTCAACATGTTT
CTCTCTTGGAGGAATACAATCTTTCACAGCCTCAACCTTCTCCAAGTTCTTCACCCATCT
GCTGTATTCTGGAAACTTCTCCTCCGTAATCACTTTCAATCCCATTCCTTCCCAACCTCT
CTCCAAACAAAACGGAATCATACTTCCGGCAACTAAATCCAAAAACCCGACACTCTTACC
GCCGAAAAAATCTTTTCCGACAAGTTCCTTATCCAGATTCACAATCAGTTCTCTTGTCTG
CTCCGCCAAAGCCTCTCTTCCTTTCTCGTCTGCTCTTGCCATTGATACAAAACCCGCAGT
GATAATCTGTTCATCGACGAGTTTAGCTAAAAATCGAGCCTTGGATCTCTCGTAAGGATC
TTCAGGGAGAATTGGATTCTGTTTCCAAGTCTCATCGATGTATTGAAAAATCACTTGAGA
CTCGAGAATGGTTTTGCCATTGTGGACAAGAACAGGGACCTTCTTGTGGATAGGGTTGAG
TGCAAGAAGCAAAGGGCTTTTGTGCTCTAGTATTTCTTCAACGTAATCGTACGGGTATGC
CTTTGAGTTTGAGA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H001JQ U 1
AF RR3H481JQ U 1
BS 1 621 RR3H001JQ
BS 622 734 RR3H481JQ

RD RR3H001JQ 621 0 0
AGGATGAATTTGTTTATTAAAAGAAAAAAGATAAGCCTTTTGAGAAACAATAACAGATAA
CAAGGTTCAAAGTTCAAACATGACAGTAACTTAAAAACATTGAAACACAGAACCAAATAT
GACTTCCGACTAAGCGGATCTGATTCTTTCCCCCATATAATTCATGTGTTCAACATGTTT
CTCTCTTGGAGGAATACAATCTTTCACAGCCTCAACCTTCTCCAAGTTCTTCACCCATCT
GCTGTATTCTGGAAACTTCTCCTCCGTAATCACTTTCAATCCCATTCCTTCCCAACCTCT
CTCCAAACAAAACGGAATCATACTTCCGGCAACTAAATCCAAAAACCCGACACTCTTACC
GCCGAAAAAATCTTTTCCGACAAGTTCCTTATCCAGATTCACAATCAGTTCTCTTGTCTG
CTCCGCCAAAGCCTCTCTTCCTTTCTCGTCTGCTCTTGCCATTGATACAAAACCCGCAGT
GATAATCTGTTCATCGACGAGTTTAGCTAAAAATCGAGCCTTGGATCTCTCGTAAGGATC
TTCAGGGAGAATTGGATTCTGTTTCCAAGTCTCATCGATGTATTGAAAAATCACTTGAGA
CTCGAGAATGGTTTTGCCATT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3H481JQ 734 0 0
AA
GATGAATTTGTTTATTAGAAGAAAAAAGATAAGCCTTTTGAGAAACAATAACAGATAACA
AGGTTCAAAGTTCAAACATGACAGTAACTTAAAAACATTGAAACACAGAACCAAATATGA
CTTCCGACTAAGCGGATCTGATTCTTTCCCCCATATAATTCATGTGTTCAACATGTTTCT
CTCTTGGAGGAATACAATCTTTCACAGCCTCAACCTTCTCCAAGTTCTTCACCCATCTGC
TGTATTCTGGAAACTTCTCCTCCGTAATCACTTTCAATCCCATTCCTTCCCAACCTCTCT
CCAAACAAAACGGAATCATACTTCCGGCAACTAAATCCAAGAACCCGACACTCTTACCGC
CGAAGAAATCTTTTCCGACAAGTTCCTTCTCCAGATTCACAATCAGTTCTCTTGTCTGCT
CCGCCAAAGCCTCTCTTCCTTT*TCGTCTGCTCTTGCCATTGATACAAAACCCGCAGTGA
TAATCTGTTCATCGACGAGTTTAGCTAAGAATCGAGCCTTGGATCTCTCGTAAGGATCTT
CAGGGAGAATTGGATTCTGTTTCCAAGTCTCATCGATGTATTGAAGAATCACTTGAGACT
CGGGAATGGTTTTGCCATTGTGGACAAGAACAGGGACCTTCTTGTGGATAGGGTTGAGTG
CAAGAAGCAAAGGGCTTTTGTGCTCTAGTATTTCTTCAACGTAATCGTACGGGTATGCCT
TTGAGTTTGAGA

QA 3 734 3 734
DS 



AS 2 6

CO CL215Contig1 908 3 22 U
GCTCACACTGTGCCAATCTACGAGGGTTTCTCTCTTCCACACGCTATCCTCCGTCTCGAC
CTCGCTGGGCGTGACCTTACTGATTACCTCATGAAGATCCTTACCGAGAGAGGTTACATG
TTCACCACAACAGCAGAGCGGGAAATTGTAAGAGACATCAAGGAGAAGCTCTCCTTCGTC
GCTGTGGACTACGAGCAGGAGATGGAGACTCCAAAACCAGCTCCTCCATCGAGAAGAACT
ACGAGTTACCCGACGGGCAAGTGACCACCATCGGTGCCGAGAGATTCAGGTGCCCAGAGG
TTCTGTTCCAGCCTTCGTTCGTGGGAATGGAAGCTGCTGGAATCCACGAGACGACCCACA
ACTCGATCATGAAGTGTGACGTGGATATCAGGAAGGACTTGTACGGTAACATTGTGCTCA
GTGGTGGAACCACTATGTTCTCGGGGATTGCAGACCGTATGAGCAAAGAGATCACGGCGC
TCGCACCAAGCAGCATGAAGACTAAGGTCGTTGCACCTCCCGAGAGGAAGTACAGTGTCT
GGATCGGTGGTTCCATTCTTGCTTCCCTCAGCACATTCCAGCAGATGTGGATCTCCAAGG
CTGAGTATGATGAGGCAGGTCCAGGGATTGTTCACAGAAAATGCTTCTAAGCTCTCTCTC
TCTCTCAGTGAGAAGGCTACACAAGCTGGGTATTATGAATGGGATCAAAGTTTCTTCTTT
TTTTTGTTTGTTTCTATTTGCTTCTCCATTTGTTTGTTTCATTTGCTTTCTTTTCGTTAT
CGTTTCTATGCACTTGTGTGTGACAAAACTCTCTGGGTTTTACTTTACGTCTGCGTTTCA
AGAAACAGCTTTGGATTTGCGTTTTAGTCCACATTGTTTTGTAGCTCGAGTGCCTCTATT
TTTCTGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP32TF U 1
AF RR3C995JQ C 367
AF RR3C995TF U 286
BS 1 356 RR3AP32TF
BS 357 357 RR3C995TF
BS 358 475 RR3AP32TF
BS 476 476 RR3C995TF
BS 477 478 RR3AP32TF
BS 479 479 RR3C995TF
BS 480 481 RR3AP32TF
BS 482 482 RR3C995TF
BS 483 501 RR3AP32TF
BS 502 502 RR3C995TF
BS 503 507 RR3AP32TF
BS 508 508 RR3C995TF
BS 509 520 RR3AP32TF
BS 521 521 RR3C995TF
BS 522 599 RR3AP32TF
BS 600 600 RR3C995TF
BS 601 618 RR3AP32TF
BS 619 619 RR3C995TF
BS 620 631 RR3AP32TF
BS 632 632 RR3C995TF
BS 633 653 RR3AP32TF
BS 654 908 RR3C995TF

RD RR3AP32TF 657 0 0
GCTCACACTGTGCCAATCTACGAGGGTTTCTCTCTTCCACACGCTATCCTCCGTCTCGAC
CTCGCTGGGCGTGACCTTACTGATTACCTCATGAAGATCCTTACCGAGAGAGGTTACATG
TTCACCACAACAGCAGAGCGGGAAATTGTAAGAGACATCAAGGAGAAGCTCTCCTTCGTC
GCTGTGGACTACGAGCAGGAGATGGAGACTCCAAAACCAGCTCCTCCATCGAGAAGAACT
ACGAGTTACCCGACGGGCAAGTGACCACCATCGGTGCCGAGAGATTCAGGTGCCCAGAGG
TTCTGTTCCAGCCTTCGTTCGTGGGAATGGAAGCTGCTGGAATCCACGAGACGACCTACA
ACTCGATCATGAAGTGTGACGTGGATATCAGGAAGGACTTGTACGGTAACATTGTGCTCA
GTGGTGGAACCACTATGTTCTCGGGGATTGCAGACCGTATGAGCAAAGAGATCACAGCAC
TTGCACCAAGCAGCATGAAGATTAAGGGCGTTGCACCTCCGGAGAGGAAGTACAGTGTCT
GGATCGGTGGTTCCATTCTTGCTTCCCTCAGCACATTCCAGCAGATGTGGATCTCCAAG*
CTGAGTATGATGAGGCAG*TCCAGGGATTGTCCACAGAAAATGCTTCTAAGCT
GTCT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3C995JQ 461 0 0
TCATGAAGTGTGACGTGGATATCAGGAAGGACTTGTACGGTAACATTGTGCTCAGTGGTG
GAACCACTATGTTCTCGGGGATTGCAGACCGTATGAGCAAAGAGATCACGGCGCTCGCAC
CAAGCAGCATGAAGACTAAGGTCGTTGCACCTCCCGAGAGGAAGTACAGTGTTTGGATCG
GTGGTTCCATTCTTGCTTCCCTCAGCACATTCCAGCAGATGTGGATCTCCAAGGCTGAGT
ATGATGAGGCAGGTCCAGGGATTGTTCACAGAAAATGCTTTTAAGCTCTCTCTCTCTCTC
AGTGAGAAGGCTACACAAGCTGGGTATTATGAATGGGATCAAAGTTTCTTCTTTTTTTTG
TTTGTTTCTATTTGCTTCTCCATTTGTTTGTTTCATTTGCTTTTTTTTCGTTATCGTTTC
TATGCACTTGTGTGTGACAAAACTCTCTGGGTTTTACTTTA

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR3C995TF 623 0 0
GGT
GGTGCCCGGAGGTTCTGTTCCAGCCTTCGTTCGTGGGAATGGAAGCTGCTGGAATCCACG
AGACGACCCACAACTCGATCATGAAGTGTGACGTGGATATCAGGAAGGACTTGTACGGTA
ACATTGTGCTCAGTGGTGGAACCACTATGTTCTCGGGGATTGCAGACCGTATGAGCAAAG
AGATCACGGCGCTCGCACCAAGCAGCATGAAGACTAAGGTCGTTGCACCTCCCGAGAGGA
AGTACAGTGTCTGGATCGGTGGTTCCATTCTTGCTTCCCTCAGCACATTCCAGCAGATGT
GGATCTCCAAGGCTGAGTATGATGAGGCAGGTCCAGGGATTGTTCACAGAAAATGCTTCT
AAGCTCTCTCTCTCTCTCAGTGAGAAGGCTACACAAGCTGGGTATTATGAATGGGATCAA
AGTTTCTTCTTTTTTTTGTTTGTTTCTATTTGCTTCTCCATTTGTTTGTTTCATTTGCTT
TCTTTTCGTTATCGTTTCTATGCACTTGTGTGTGACAAAACTCTCTGGGTTTTACTTTAC
GTCTGCGTTTCAAGAAACAGCTTTGGATTTGCGTTTTAGTCCACATTGTTTTGTAGCTCG
AGTGCCTCTATTTTTCTGTA

QA 4 623 4 623
DS 



CO CL215Contig2 712 3 13 U
GATTGTGAGAGACATCAAGGAGAAGCTCTCCTCGTCGCTGTCGACTACGAGCAGGAGATG
GAGACTTCCAAAACCAGCTCCTCCATCGAGAAGAACTACGAGTTACCCGACGGACAAGTG
ATCACCATCGGTGCCGAGAGATTCAGGTGCCCGGAGGTCTTGTTCCAGCCTTCGTTCGTG
GGAATGGAAGCTGCTGGAATCCACGAGACGACCTACAACTCGATCATGAAGTGTGACGTG
GATATCAGGAAGGACTTGTACGGTAACATCGTGCTCAGTGGTGGAACAACTATGTTCTCG
GGTATTGCAGACCGTATGAGCAAAGAGATCACAGCACTTGCACCAAGCAGCATGAAGATT
AAGGTGGTTGCACCTCCCGAGAGGAAGTACAGTGTCTGGATCGGTGGTTCCATTCTTGCT
TCCCTCAGCACATTCCAGCAGATGTGGATCTCCAAGGCTGAGTATGATGAGGCAGGTCCA
GGAATTGTACACAGAAAATGCTTCTAAGCTCTCTCTCTCCCAAGTAAAGGCTGAAAGCTG
TGGGTTTTATCGAATGGGATCAAAGTTTCTTTTTTTTTTCCTATCCTATTTGCTTTTCCA
TTTGTTTGTTTCATTTTCTTTTCTTTTGTTTCTGTGCACTTTTGTGTAACAAAACTCTTA
TGGGTTTTTACTTTACGTCTGCGTTTGAAAGAAACAGCTTTCGTTTTTGCGC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3GP89JQ C 1
AF RR3EW74TF U 54
AF RR3GP89TF U 1
BS 1 1 RR3GP89JQ
BS 2 53 RR3GP89TF
BS 54 487 RR3EW74TF
BS 488 488 RR3GP89TF
BS 489 519 RR3EW74TF
BS 520 520 RR3GP89TF
BS 521 578 RR3EW74TF
BS 579 579 RR3GP89TF
BS 580 665 RR3EW74TF
BS 666 666 RR3GP89TF
BS 667 691 RR3EW74TF
BS 692 711 RR3GP89TF
BS 712 712 RR3GP89JQ

RD RR3GP89JQ 712 0 0
GATTGTGAGAGACATCAAGGAGAAGCTCTCCTCGTCGCTGTCGACTACGAGCAGGAGATG
GAGACTTCCAAAACCAGCTCCTCCATCGAGAAGAACTACGAGTTACCCGACGGACAAGTG
ATCACCATCGGTGCCGAGAGATTCAGGTGCCCGGAGGTCTTGTTCCAGCCTTCGTTCGTG
GGAATGGAAGCTGCTGGAATCCACGAGACGACCTACAACTCGATCATGAAGTGTGACGTG
GATATCAGGAAGGACTTGTACGGTAACATCGTGCTCAGTGGTGGAACAACTATGTTCTCG
GGTATTGCAGACCGTATGAGCAAAGAGATCACAGCACTTGCACCAAGCAGCATGAAGATT
AAGGTGGTTGCACCTCCCGAGAGGAAGTACAGTGTCTGGATCGGTGGTTCCATTCTTGCT
TCCCTCAGCACATTCCAGCAGATGTGGATCTCCAAGGCTGAGTATGATGAGGCAGGTCCA
GGAATTGTACACAGAAAATGCTTCTAAGCTCTCTCTCTCCCAAGTAAAGGCTGAAAGCTG
TGGGTTTTATCGAATGGGATCAAAGTTTCTTTTTTTTTTCCTATCCTATTTGCTTTTCCA
TTTGTTTGTTTCATTTTCTTTTCTTTTGTTTCTGTGCACTTTTGTGTAACAAAACTCTTA
TGGGTTTTTACTTTACGTCTGCGTTTGAAAGAAACAGCTTTCGTTTTTGCGC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3EW74TF 638 0 0
GGAGATGGAGACTTCCAAAACCAGCTCCTCCATCGAGAAGAACTACGAGTTACCCGACGG
ACAAGTGATCACCATCGGTGCCGAGAGATTCAGGTGCCCGGAGGTCTTGTTCCAGCCTTC
GTTCGTGGGAATGGAAGCTGCTGGAATCCACGAGACGACCTACAACTCGATCATGAAGTG
TGACGTGGATATCAGGAAGGACTTGTACGGTAACATCGTGCTCAGTGGTGGAACAACTAT
GTTCTCGGGTATTGCAGACCGTATGAGCAAAGAGATCACAGCACTTGCACCAAGCAGCAT
GAAGATTAAGGTGGTTGCACCTCCCGAGAGGAAGTACAGTGTCTGGATCGGTGGTTCCAT
TCTTGCTTCCCTCAGCACATTCCAGCAGATGTGGATCTCCAAGGCTGAGTATGATGAGGC
AGGTCCAGGAATTGCACACAGAAAATGCTTCTAAGCTCTCTCTCTCTCAAGTAAAGGCTG
AAAGCTGTGGGTTTTATCGAATGGGATCAAAGTTTCTTTTTTTTT*CCTATCCTATTTGC
TTTTCCATTTGTTTGTTTCATTTTCTTTTCTTTTGTTTCTGTGCACTTTTGTGTAACAAA
ACTCTTATGGGTGTTTACTTTACGTCTGCGTTTGAAAG

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3GP89TF 712 0 0
G
ATTGTGAGAGACATCAAGGAGAAGCTCTCCTCGTCGCTGTCGACTACGAGCAGGAGATGG
AGACTTCCAAAACCAGCTCCTCCATCGAGAAGAACTACGAGTTACCCGACGGACAAGTGA
TCACCATCGGTGCCGAGAGATTCAGGTGCCCGGAGGTCTTGTTCCAGCCTTCGTTCGTGG
GAATGGAAGCTGCTGGAATCCACGAGACGACCTACAACTCGATCATGAAGTGTGACGTGG
ATATCAGGAAGGACTTGTACGGTAACATCGTGCTCAGTGGTGGAACAACTATGTTCTCGG
GTATTGCAGACCGTATGAGCAAAGAGATCACAGCACTTGCACCAAGCAGCATGAAGATTA
AGGTGGTTGCACCTCCCGAGAGGAAGTACAGTGTCTGGATCGGTGGTTCCATTCTTGCTT
CCCTCAGCACATTCCAGCAGATGTGGATCTCCAAGGCTGAGTATGATGAGGCAGGTCCAG
GAATTGTACACAGAAAATGCTTCTAAGCTCTCTCTCTCCCAAGTAAAGGCTGAAAGCTGT
GGGTTTTATCGAATGGGATCAAAGTTTCTTTTTTTTTTCCTATCCTATTTGCTTTTCCAT
TTGTTTGTTTCATTTTCTTTTCTTTTGTTTCTGTGCACTTTTGTGTAACAAAACTCTTAT
GGGTTTTTACTTTACGTCTGCGTTTGAAAGAAACAGCTTTCGTTTTTGCG
C

QA 2 711 2 711
DS 



AS 2 10

CO CL216Contig1 1051 2 10 U
TTTTTCTTTTATGGCTTTCAGTTCTCACTATGGATCCTGGATGATATATCTTAGATCCAT
CTTTCACATGGATTCTTTTAGATCGACTGTTAACATGTTTGGTTGAATCTACGCTTAGAT
CTTTGAGTAAATGCTTCTTTTTTTTTTCAAATCTATGATCGGTGGATCTGTTGATTCCTT
CCTTGTTTTTCTTTTGGGTTTTATCACTCTTCTGAAAAAAGGCTTGAGCTTTTCAGTTTT
TAACAGTTTAAACAGTAGAACATCCTGATGGTGATCCCATGTTCAGTTGTGTTTCTTTCT
AATCGATAGATCTTTAGTGGGTTTAAACAAAGATCTGTTTTTTTTTGGTATCTTAAGATG
ACTGATGCGTCTTCAAATAGATGTGATGTTTTATCACAAAGGATACATACTATGGGCAAG
GGAGTTGCAGTGTTGAACAGCAGCGAGGGTGTCAAGGGGACCATCTTCTTCACCCAGGAA
GGAAACGGTACCACCACTGTGACTGGAACTGTTTCTGGCCTTAAACCTGGTCTCCATGGT
TTCCATGTCCATGCTCTTGGTGACACCACTAATGGTTGCATGTCCACCGGTCCGCATTTC
AACCCTGATGGTAAAACCCACGGTGCACCAGAGGATGCTAATCGTCATGCTGGAGATCTA
GGAAACATAACTGTTGGGGATGATGGAACTGCCTCCTTCACAATCACTGACAGCCAGATA
CCTCTTGATGGACCTAACTCTATTGTGGGAAGGGCTGTTGTTGTCCACGCAGACCCTGAT
GACCTCGGAAAGGGAGGCCATGAACTCAGCTTGGCTACTGGAAACGCAGGAGGTCGTGTT
GCTTGTGGTATTATTGGTCTTCAGGGCTAAGCTGTTGCTATTCGAGGAAGAGAGTGATGT
AATAAGGAGGTTCTTACCTCCAGACCTGGCTAGTTTGTGTATCGTTTGTGTGTGGCTGTA
ATCATTGAGTTAGTGGCTCAATACATTTGATTTAAGACAAAAAAAAGAACAGAGCAAACT
TTTTTATTTCAATGAATAACAGAGTTGGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ64TF U 1
AF RR3BZ64JQ C 306
BS 1 633 RR3BZ64TF
BS 634 634 RR3BZ64JQ
BS 635 661 RR3BZ64TF
BS 662 662 RR3BZ64JQ
BS 663 702 RR3BZ64TF
BS 703 703 RR3BZ64JQ
BS 704 714 RR3BZ64TF
BS 715 715 RR3BZ64JQ
BS 716 733 RR3BZ64TF
BS 734 1051 RR3BZ64JQ

RD RR3BZ64TF 745 0 0
TTTTTCTTTTATGGCTTTCAGTTCTCACTATGGATCCTGGATGATATATCTTAGATCCAT
CTTTCACATGGATTCTTTTAGATCGACTGTTAACATGTTTGGTTGAATCTACGCTTAGAT
CTTTGAGTAAATGCTTCTTTTTTTTTTCAAATCTATGATCGGTGGATCTGTTGATTCCTT
CCTTGTTTTTCTTTTGGGTTTTATCACTCTTCTGAAAAAAGGCTTGAGCTTTTCAGTTTT
TAACAGTTTAAACAGTAGAACATCCTGATGGTGATCCCATGTTCAGTTGTGTTTCTTTCT
AATCGATAGATCTTTAGTGGGTTTAAACAAAGATCTGTTTTTTTTTGGTATCTTAAGATG
ACTGATGCGTCTTCAAATAGATGTGATGTTTTATCACAAAGGATACATACTATGGGCAAG
GGAGTTGCAGTGTTGAACAGCAGCGAGGGTGTCAAGGGGACCATCTTCTTCACCCAGGAA
GGAAACGGTACCACCACTGTGACTGGAACTGTTTCTGGCCTTAAACCTGGTCTCCATGGT
TTCCATGTCCATGCTCTTGGTGACACCACTAATGGTTGCATGTCCACCGGTCCGCATTTC
AACCCTGATGGTAAAACCCACGGTGCACCAGAG*ATGCTAATCGTCATGCTGGAGATCTA
G*AAACATAACTGTTGGGGATGATGGAACTGCCTCCTTCACA*TCACTGACAGC*AGATA
CCTCTTGATGGAC
TACTCTATTGTG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3BZ64JQ 746 0 0
ATAGATCTTTAGTGGGTTTAAACAAAGATCTGTTTTTTTTTGGTATCTTAAGATGACTGA
TGCGTCTTCAAATAGATGTGATGTTTTATCACAAAGGATACATACTATGGGCAAGGGAGT
TGCAGTGTTGAACAGCAGCGAGGGTGTCAAGGGGACCATCTTCTTCACCCAGGAAGGAAA
CGGTACCACCACTGTGACTGGAACTGTTTCTGGCCTTAAACCTGGTCTCCATGGTTTCCA
TGTCCATGCTCTTGGTGACACCACTAATGGTTGCATGTCCACCGGTCCGCATTTCAACCC
TGATGGTAAAACCCACGGTGCACCAGAGGATGCTAATCGTCATGCTGGAGATTTAGGAAA
CATAACTGTTGGGGATGATGGAACTGCCTCCTTCACAATCACTGACAGCCAGATACCTCT
TGATGGACCTAACTCTATTGTGGGAAGGGCTGTTGTTGTCCACGCAGACCCTGATGACCT
CGGAAAGGGAGGCCATGAACTCAGCTTGGCTACTGGAAACGCAGGAGGTCGTGTTGCTTG
TGGTATTATTGGTCTTCAGGGCTAAGCTGTTGCTATTCGAGGAAGAGAGTGATGTAATAA
GGAGGTTCTTACCTCCAGACCTGGCTAGTTTGTGTATCGTTTGTGTGTGGCTGTAATCAT
TGAGTTAGTGGCTCAATACATTTGATTTAAGACAAAAAAAAGAACAGAGCAAACTTTTTT
ATTTCAATGAATAACAGAGTTGGTCG

QA 1 746 1 746
DS 



CO CL216Contig2 752 8 2 U
TTGTTTCAACCAACTCTGTTATTCATTGAAATAGAAAAGTTTGCTCTGTTCTTTTTTTTG
TCTTAAATCAAATGTATTGAGCCACTAACTCAATGATTACAGCCACACACAAACGATACA
CAAACTAGCCAGGTCTAGAGGTAAGAACCTCCT**TATTACATCACTCTCTTCCTCGAAT
AGCAACAGCTTAGCCCTGAAGACCAATAATACCACAAGCAACACGACCTCCTGCGTTTCC
AGTAGCCAAGCTGAGTTCATGGCCTCCCTTTCCGAGGTCATCAGGGTCTGCGTGGACAAC
AACAGCCCTTCCCACAATAGAGTTAGGTCCATCAAGAGGTATCTGGCTGTCAGTGATTGT
GAAGGAGGCAGTTCCATCATCCCCAACAGTTATGTTTCCTAGATCTCCAGCATGACGATT
AGCATCCTCTGGTGCACCGTGGGTTTTACCATCAGGGTTGAAATGCGGACCGGTGGACAT
GCAACCATTAGTGGTGTCACCAAGAGCATGGACATGGAAACCATGGAGACCAGGTTTAAG
GCCAGAAACAGTTCCAGTCACAGTGGTGGTACCGTTTCCTTCCTGGGTGAAGAAGATGGT
CCCCTTGACACCCTCGCTGCTGTTCAACACTGCAACTCCCTTGCCCATAGTATGT**ATC
CTTTGTGATCTCAGGGTACCCCTTTTGGAAATGAATGAAGATGAAATGCCCTGGAACTGA
ATTAATCTGAATGAGCTAAGCTTTGTGGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 30 0 30 30 30 30 30 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 

AF RR3E074JQ U 60
AF RR3CL14JQ U 7
AF RR3E074TF C 51
AF RR3CL14TF C 1
AF RR3AX85JQ U 7
AF RR3EA91JQ U 60
AF RR3EA91TF C 254
AF RR3AX85TF C 60
BS 1 8 RR3CL14TF
BS 9 752 RR3AX85JQ

RD RR3E074JQ 325 0 0
GTCTTAAATCAAATGTATTGAGCCACTAACTCAATGATTACAGCCACACACAAACGATAC
ACAAACTAGCCAGGTCTAGAGGTAAAAACCTCCTCTTATTAAATCACTCCCTTCCTTGAA
TAGCAACAGCTTAACCCTGAAGACCAATAATACCACAAGCAACACGACCTCCTGCGTTTC
CAGTAGCCAAGCTGAATTCATGGCCTCCCTTTCCGAGGTCATCAGGGTCTGCGTGGACAA
CAACAGCCCTTCCCACAATAAAGTTAGGTCCATCAAGAGGTATCTGGCTGTCAGTGATTG
TGAAGGTGGCAGTTCCATCATCCCC

QA 1 325 1 325
DS 

RD RR3CL14JQ 584 0 0
CA
ACCAACTCTGTTATTCATTGAAATAAAAAAGTTTGCTCTGTTCT*TTTTTTGTCTTAAAT
CAAATGTATTGAGCCACTAACTCAATGATTACAGCCAAACACAAACGATACACAAACTAG
CCAGGTCTAGAGGTAAGAACCTCCT**TATTACATCACTCTCTTCCTCGAATAGCAACAG
CTTAGCCCTGAAGACCAATAATACCACAAGCAACACGACCTCCTGCGTTTCCAGTAGCCA
AGCTGAGTTCATGGCCTCCCTTTCCGAGGTCATCAGGGTCTGCGTGGACAACAACAGCCC
TTCCCACAATAAAGTTAGGTCCATCAAGAGGTATCTGGCTGTCAGTGATTGTGAAGGAGG
CAGTTCCATCATCCCCAACAGTTATGTTTCCTAGATCTCCAGCATGACGATTAACATCCT
CTGGTGCACCGTGGGTTTTACCATCAGGGTTGAAATGCGGACCGGTGGACATGCAACCAT
TAGCGGTGTCACCAAGAGCATGGACATGGAAACCATGGAGACCAGGTTTAAGGCCAGAAA
CAGTTCCAGTCACAGTGGTGGTACCGTTTCCTTCCTGGGTGA

QA 3 584 3 584
DS 

RD RR3E074TF 643 0 0
T
TTTTTTTTGTCTTAAATCAAATGTATTGAGCCACTAACTCAATGATTACAGCCACACACA
AACGATACACAAACTAGCCAGGTCTAGAGGTAAGAACCTCCTCTTATTAAATCACTCCCT
TCCTTGAATAGCAACAGCTTAGCCCTGAAGACCAATAATACCACAAGCAACACGACCTCC
TGCGTTTCCAGTAGCCAAGCTGAGTTCATGGCCTCCCTTTCCGAGGTCATCAGGGTCTGC
GTGGACAACAACAGCCCTTCCCACAATAGAGTTAGGTCCATCAAGAGGTATCTGGCTGTC
AGTGATTGTGAAGGTGGCAGTTCCATCATCCCCAACAGTTATGTTTCCTAGATCTCCAGC
ATGACGATTAGCATCCTCTGGTGCACCGTGGGTTTTACCATCAGGGTTGAAATGCGGACC
GGTGGACATGCAACCATTAGTGGTGTCACCAAGGGCATGGACATGGAAACCATGGAGACC
AGGTTTAAGGCCAGAAACAGTTCCAGTCACAGTGGTGGCACCGTTTCCATCCTGGGTGAA
GAAGATGGTCCCCTTAACACCCTCGCTGCTGTTCAACACTGCAACTCCCTTGCCCATAGT
ATGTGAATCCTTTGTGATCTCAGGGTACCCCTTTTGGAAAT
C

QA 2 642 2 642
DS 

RD RR3CL14TF 756 0 0
TTGTTTCAACCAACTCTGTTATTCAT*GAAATAGAAAAGTTTGCTCTG***TCTTTTTTG
TCTTAAATCAAATGTATTGAGCCACTAACTCAATGATTACAGCCAAACACAAACGATACA
CAAACTAGCCAGGTCTAGAGGTAAGAACCTCCT**TATTACATCACTCTCTTCCTCGAAT
AGCAACAGCTTAGCCCTGAAGACCAATAATACCACAAGCAACACGACCTCCTGCGTTTCC
AGTAGCCAAGCTGAGTTCATGGCCTCCCTTTCCGAGGTCATCAGGGTCTGCGTGGACAAC
AACAGCCCTTCCCACAATAGAGTTAGGTCCATCAAGAGGTATCTGGCTGTCAGTGATTGT
GAAGGAGGCAGTTCCATCATCCCCAACAGTTATGTTTCCTAGATCTCCAGCATGACGATT
AGCATCCTCTGGTGCACCGTGGGTTTTACCATCAGGGTTGAAATGCGGACCGGTGGACAT
GCAACCATTAGCGGTGTCACCAAGAGCATGGACATGGAAACCATGGAGACCAGGTTTAAG
GCCAGAAACAGTTCCAGTCACAGTGGTGGTACCGTTTCCTTCCTGGGTGAAGAAGATGGT
CCCCTTGACACCCTCGCTGCTGTTCAACACTGCAACTCCCTTGCCCATAGTATGT**ATC
CTTTGTGATCTCAGGGTACCCCTTTTGGAAATGAATGAAGATGAAATGCCCTGGAACTGA
ATTAATCTGAATGAGCTAAGCTTTGTGGTT
GGTTCC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3AX85JQ 746 0 0
CG
ACCAACTCTGTTATTCATTGAAATAGAAAAGTTTGCTCTGTTCTTTTTTTTGTCTTAAAT
CAAATGTATTGAGCCACTAACTCAATGATTACAGCCACACACAAACGATACACAAACTAG
CCAGGTCTAGAGGTAAGAACCTCCT**TATTACATCACTCTCTTCCTCGAATAGCAACAG
CTTAGCCCTGAAGACCAATAATACCACAAGCAACACGACCTCCTGCGTTTCCAGTAGCCA
AGCTGAGTTCATGGCCTCCCTTTCCGAGGTCATCAGGGTCTGCGTGGACAACAACAGCCC
TTCCCACAATAGAGTTAGGTCCATCAAGAGGTATCTGGCTGTCAGTGATTGTGAAGGAGG
CAGTTCCATCATCCCCAACAGTTATGTTTCCTAGATCTCCAGCATGACGATTAGCATCCT
CTGGTGCACCGTGGGTTTTACCATCAGGGTTGAAATGCGGACCGGTGGACATGCAACCAT
TAGTGGTGTCACCAAGAGCATGGACATGGAAACCATGGAGACCAGGTTTAAGGCCAGAAA
CAGTTCCAGTCACAGTGGTGGTACCGTTTCCTTCCTGGGTGAAGAAGATGGTCCCCTTGA
CACCCTCGCTGCTGTTCAACACTGCAACTCCCTTGCCCATAGTATGT**ATCCTTTGTGA
TCTCAGGGTACCCCTTTTGGAAATGAATGAAGATGAAATGCCCTGGAACTGAATTAATCT
GAATGAGCTAAGCTTTGTGGTTCC

QA 3 746 3 746
DS 

RD RR3EA91JQ 693 0 0
GTCTTAAATCAAATGTATTGAGCCACTAACTCAATGATTACAGCCACACACAAACGATAC
ACAAACTAGCCAGGTCTAGAGGTAAGAACCTCCT**TATTACATCACTCTCTTCCTCGAA
TAGCAACAGCTTAGCCCTGAAGACCAATAATACCACAAGCAACACGACCTCCTGCGTTTC
CAGTAGCCAAGCTGAGTTCATGGCCTCCCTTTCCGAGGTCATCAGGGTCTGCGTGGACAC
CAACAGCCCTTCCCACAATAGAGTTAGGTCCATCAAGAGGTATCTGGCTGTCAGTGATTG
TGAAGGAGGCAGTTCCATCATCCCCAACAGTTATGTTTCCTAGATCTCCAGCATGACGAT
TAGCATCCTCTGGTGCACCGTGGGTTTTACCATCAGGGTTGAAATGCGGACCGGTGGACA
TGCAACCATTAGTGGTGTCACCACGAGCATGGACATGGAAACCATGGAGACCAGGTTTAA
GGCCAGAAACAGTTCCAGTCACAGTGGTGGTACCGTTTCCTTCCTGGGTGAAGAAGATGG
TCCCCTTGACACCCTCGCTGCTGTTCAACACTGCAACTCCCTTGCCCATAGTATGT**AT
CCTTTGTGATCTCAGGGTACCCCTTTTGGAAATGAATGAAGATGAAATGCCCTGGAACTG
AATTAATCTGAATGAGCTAAGCTTTGTGGTTCC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3EA91TF 499 0 0
AGTTCATGGCCTCCCTTTCCGAGGTCATCAGGGTCTGCGTGGACACCAACAGCCCTTCCC
ACAATAGAGTTAGGTCCATCAAGAGGTATCTGGCTGTCAGTGATTGTGAAGGAGGCAGTT
CCATCATCCCCAACAGTTATGTTTCCTAGATCTCCAGCATGACGATTAGCATCCTCTGGT
GCACCGTGGGTTTTACCATCAGGGTTGAAATGCGGACCGGTGGACATGCAACCATTAGTG
GTGTCACCACGAGCATGGACATGGAAACCATGGAGACCAGGTTTAAGGCCAGAAACAGTT
CCAGTCACAGTGGTGGTACCGTTTCCTTCCTGGGTGAAGAAGATGGTCCCCTTGACACCC
TCGCTGCTGTTCAACACTGCAACTCCCTTGCCCATAGTATGT**ATCCTTTGTGATCTCA
GGGTACCCCTTTTGGAAATGAATGAAGATGAAATGCCCTGGAACTGAATTAATCTGAATG
AGCTAAGCTTTGTGGTTCC

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR3AX85TF 693 0 0
GTCTTAAATCAAATGTATTGAGCCACTAACTCAATGATTACAGCCACACACAAACGATAC
ACAAACTAGCCAGGTCTAGAGGTAAGAACCTCCT**TATTACATCACTCTCTTCCTCGAA
TAGCAACAGCTTAGCCCTGAAGACCAATAATACCACAAGCAACACGACCTCCTGCGTTTC
CAGTAGCCAAGCTGAGTTCATGGCCTCCCTTTCCGAGGTCATCAGGGTCTGCGTGGACAA
CAACAGCCCTTCCCACAATAGAGTTAGGTCCATCAAGAGGTATCTGGCTGTCAGTGATTG
TGAAGGAGGCAGTTCCATCATCCCCAACAGTTATGTTTCCTAGATCTCCAGCATGACGAT
TAGCATCCTCTGGTGCACCGTGGGTTTTACCATCAGGGTTGAAATGCGGACCGGTGGACA
TGCAACCATTAGTGGTGTCACCAAGAGCATGGACATGGAAACCATGGAGACCAGGTTTAA
GGCCAGAAACAGTTCCAGTCACAGTGGTGGTACCGTTTCCTTCCTGGGTGAAGAAGATGG
TCCCCTTGACACCCTCGCTGCTGTTCAACACTGCAACTCCCTTGCCCATAGTATGT**AT
CCTTTGTGATCTCAGGGTACCCCTTTTGGAAATGAATGAAGATGAAATGCCCTGGAACTG
AATTAATCTGAATGAGCTAAGCTTTGTGGTTCC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 4

CO CL217Contig1 811 4 27 U
GTTTAAATGTAGTAATATGTAAAGCTATTGTGCTAAAAGAAGACCATTATTTGCTTGCAG
TAGTGTCACAGAAACATGCTTGAAACAAACCAGAACATTCTAAAAATTGTGAAAAGGTTT
TATTTTGATAAATGCAACAATCCCCCAGATGGCTTCTCTCCCTTTTCAATTGGCTTTTGA
CTCTATTACCTTCTTGGCGAAAGAAGGCAAGCAGAACGCAGCTGAATGAATCTCAGCATT
GTAAAACTTTAAGGGTCCCTTTGATTTGCTGGAGCTGTCATCAATCGGGTTCACAGGGTT
CT*GAAGTCAACGTCAGGCCCTTCAGTTGAACAGAGCATGAATCCGATCACCCCACTCGG
GTATGTTGGAACACTGGTCCACGCGTAGTTCACAGAGCCCTTGAAGATCTCACGGCAATT
GGAAACAATGTCTTCGATGATGTCCATGTGGAGCCACAAGCTTTCAGCCTGAGTGCACAC
AACTCCACCAGGTCGAAGAGCTCTCGCCACAGATTGGAAGAAGGGTTTCTCAAACAGCTC
CTTTGCAGGACCAATTGGATCTGATGAGTCAACAATAACTGCATCATATGATCCTTCAGC
AGCATTCTTCAAGAAAGCAACACCATCGCCAATGACGAGGTTAACGCGAGGATCCTCGAA
TCCAATTGCTACATTAGGGAAAAACTGCTTAGAGACATCGACCACCATTTTATCAATCTC
ACACATATCAATATGCTCAACAGAAGCATGGCGTGCAACCTCCCGCGGGACACCTCCATC
TCCTCCTCCAATGACCAACACCTTCTTTGGG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D832JQ U 32
AF RR3GV68JQ U 1
AF RR3GV68TF C 9
AF RR3AN27JQ U 1
BS 1 151 RR3AN27JQ
BS 152 152 RR3D832JQ
BS 153 166 RR3AN27JQ
BS 167 167 RR3D832JQ
BS 168 210 RR3AN27JQ
BS 211 211 RR3D832JQ
BS 212 237 RR3AN27JQ
BS 238 238 RR3D832JQ
BS 239 302 RR3AN27JQ
BS 303 303 RR3GV68JQ
BS 304 345 RR3AN27JQ
BS 346 346 RR3D832JQ
BS 347 390 RR3AN27JQ
BS 391 391 RR3D832JQ
BS 392 445 RR3AN27JQ
BS 446 446 RR3D832JQ
BS 447 450 RR3AN27JQ
BS 451 451 RR3GV68JQ
BS 452 519 RR3AN27JQ
BS 520 520 RR3D832JQ
BS 521 536 RR3AN27JQ
BS 537 537 RR3D832JQ
BS 538 564 RR3AN27JQ
BS 565 565 RR3D832JQ
BS 566 576 RR3AN27JQ
BS 577 577 RR3D832JQ
BS 578 811 RR3AN27JQ

RD RR3D832JQ 564 0 0
GCTAAAAGAAGACCATTATTTGCTTGCAGTAGTGTCACAGAAACATGCTTGAAACAAACC
AGAACATTCTAAAAATTGTGAAAAGGTTTTATTTTGATAAATGCAACAATCCCCCAGATG
GCTTCTCTCCCTTTTCAATTGGCTTTTGACTCTATTACCTTCTTGGCGAAAGAAGGCAAG
CAGAACGCAGCTGAATGAATCTCAGCACTGTAAAACTTTAAGGGTCCCTTTGATTTGCTG
GAGCTGTCATCAATCGGGTTCACAGGGTTCTTGAAGTCAACGTCAGGCCCTTCAGTTGAA
CAGAGCATGAATCCGATCACCCCACTCGGGTATGTTGGAACACTGGTCCACGCGTAGTTC
ACAGGGCCCTTGAAGATCTCACGGCAATTGGAAACAATGTCTTCGATGATGTCCATGTGA
AGCCACAAGCTTTCAGCCTGAGTGCACACAACTCCACCAGGTCGAAGAGCTCTCGCCACA
GATTGGAAGAAGGGTTTCTCAAACAGCTCCTTTGCAGGACCAATTGGATCTGATGAGTCA
ACAATAACTGCATCATATGATCCT

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3GV68JQ 579 0 0
GC
TTAAATGTAGTAATATGTAAAGCTATTGTGCTAAAAGAAGACCATTATTTGCTTGCAGTA
GTGTCACAGAAACATGCTTGAAACAAACCAGAACATTCTAAAAATTGTGAAAAGGTTTTA
TTTTGATAAATGCAACAATCCCCCAGATGGCTTCTCTCCCTTTTCAATTGGCTTTTGACT
CTATTACCTTCTTGGCGAAAGAAGGCAAGCAGAACGCAGCTGAATGAATCTCAGCATTGT
AAAACTTTAAGGGTCCCTTTGATTTGCTGGAGCTGTCATCAATCGGGTTCACAGGGTTCT
*GAAGTCAACGTCAGGCCCTTCAGTTGAACAGAGCATGAATCCGATCACCCCACTCGGGT
ATGTTGGAACACTGGTCCACGCGTAGTTCACAGAGCCCTTGAAGATCTCACGGCAATTGG
AAACAATGTCTTCGATGATGTCCATGTGGAGCCACAAGCTTTCAGCCTGAGTGCACACAA
CTCCACCAGGTCGAAGAGCTCTCGCCACAGATTGGAAGAAGGGTTTCTCAAACAGCTCCT
TTGCAGGACCAATTGGATCTGATGAGTCAACAATA
CC

QA 3 577 3 577
DS 

RD RR3GV68TF 571 0 0
GTAGTAATATGTAAAGCTATTGTGCTAAAAGAAGACCATTATTTGCTTGCAGTAGTGTCA
CAGAAACATGCTTGAAACAAACCAGAACATTCTAAAAATTGTGAAAAGGTTTTATTTTGA
TAAATGCAACAATCCCCCAGATGGCTTCTCTCCCTTTTCAATTGGCTTTTGACTCTATTA
CCTTCTTGGCGAAAGAAGGCAAGCAGAACGCAGCTGAATGAATCTCAGCATTGTAAAACT
TTAAGGGTCCCTTTGATTTGCTGGAGCTGTCATCAATCGGGTTCACAGGGTTCT*GAAGT
CAACGTCAGGCCCTTCAGTTGAACAGAGCATGAATCCGATCACCCCACTCGGGTATGTTG
GAACACTGGTCCACGCGTAGTTCACAGAGCCCTTGAAGATCTCACGGCAATTGGAAACAA
TGTCTTCGATGATGTCCATGTGGAGCCACAAGCTTTCAGCCTGAGTGCACACAACTCCAC
CAGGTCGAAGAGCTCTCGCCACAGATTGGAAGAAGGGTTTCTCAAACAGCTCCTTTGCAG
GACCAATTGGATCTGATGAGTCAACAATA
CC

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3AN27JQ 811 0 0
GTTTAAATGTAGTAATATGTAAAGCTATTGTGCTAAAAGAAGACCATTATTTGCTTGCAG
TAGTGTCACAGAAACATGCTTGAAACAAACCAGAACATTCTAAAAATTGTGAAAAGGTTT
TATTTTGATAAATGCAACAATCCCCCAGATGACTTCTCTCCCTTTTTAATTGGCTTTTGA
CTCTATTACCTTCTTGGCGAAAGAAGGCAAACAGAACGCAGCTGAATGAATCTCAGCGTT
GTAAAACTTTAAGGGTCCCTTTGATTTGCTGGAGCTGTCATCAATCGGGTTCACAGGGTT
CTTGAAGTCAACGTCAGGCCCTTCAGTTGAACAGAGCATGAATCCTATCACCCCACTCGG
GTATGTTGGAACACTGGTCCACGCGTAGTTGACAGAGCCCTTGAAGATCTCACGGCAATT
GGAAACAATGTCTTCGATGATGTCCGTGTGAAGCCACAAGCTTTCAGCCTGAGTGCACAC
AACTCCACCAGGTCGAAGAGCTCTCGCCACAGATTGGAAAAAGGGTTTCTCAAACAACTC
CTTTGCAGGACCAATTGGATCTGAGGAGTCAACAATGACTGCATCATATGATCCTTCAGC
AGCATTCTTCAAGAAAGCAACACCATCGCCAATGACGAGGTTAACGCGAGGATCCTCGAA
TCCAATTGCTACATTAGGGAAAAACTGCTTAGAGACATCGACCACCATTTTATCAATCTC
ACACATATCAATATGCTCAACAGAAGCATGGCGTGCAACCTCCCGCGGGACACCTCCATC
TCCTCCTCCAATGACCAACACCTTCTTTGGG

QA 1 811 1 811
DS 



AS 1 11

CO CL218Contig1 801 11 2 U
GGAACGAAGTTACGTCCTATTGCTAATCCCCTCGTCGCTGCGTCTCTCTCCCGCAACCTT
ACAGATTCGTTTTGTT*CCCCATCGATCGGAGAGAGAGAGAATAATTCAATAAAGCGACC
ATGTTGGTGTACACTGATCTTCTCACCGGTGATGAGCTTCTGTCTGACTCTTTCCCTTAC
AAGGAGATTGAGAATGGTATTCTCTGGGAAGTCGAAGGAAAGTGGACAACCCAGGGATCT
GTAGAGGTTAACATTGGTGCCAACCCCTCTGCCGAAGAAGGTGGTGAGGACGAGGGTGTT
GACGACACTGTTCAGAAGGTTGTTGACATTGTCGACACCTTCAGGCTCCAGGAGCAGCCG
ACCTACGACAAGAAGGGGTTCATCGCCTATATCAAGAAGTACATCAAGCTTTTGACCCCC
AAGCTCAACGAGGAACAGCAAGCTGAGTTCAAGAAGGGTATTGAGGGAGCTACCAAGTTC
TTGCTCCCTAAGCTCAAGGACTTCCAGTTCTTTGTTGGGGAGAGCATGCACGATGACAGC
ACGGTGGTCTTTGCTTACTACAAGGAGGGTGCTACTAACCCTACATTTTT*GTACTTCGG
ACATGGTTTGAAGGAGGTCAAGTGCTAAGTGAGACAAGCTCTCGTTGGGGTTACTGTGGT
CGGTCGCAGCGACTCTATTTAAGTCTTATGTTTCTTTATATTGTTATGTGTCTCTTCGTC
ACCAGTTTGCTTTTCTTTCTACTTCTCATCTCTGTTGCAAGATTCTTAAGTTATTAATCG
GAAAACAATGGTTTTTAGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 20 45 45 30 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 25 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 35 65 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 20 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 20 60 60 
60 60 60 60 20 60 60 20 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 30 55 30 55 55 55 55 55 30 55 55 
55 10 50 25 50 35 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FA29TF U 42
AF RR3AD64TF U 29
AF RR3B502JQ C 168
AF RR3AT21TF U 29
AF RR3AS93TF U 42
AF RR3F554TF U 42
AF RR3B502TF U 1
AF RR3AV68JQ C 79
AF RR3AV68TF U 79
AF RR3FA29JQ C 72
AF RR3AD64JQ C 78
BS 1 793 RR3B502TF
BS 794 801 RR3FA29JQ

RD RR3FA29TF 275 0 0
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ATAATTCAATAAAGCGACCATGTTGGTGTACACTGATCTTCTCACCGGTGATGAGCTTCT
GTCTGACTCTTTCCCTTACAAGGAGATTGAGAATGGTATTCTCTGGGAAGTCGAAGGAAA
ATGGACAACCCAGGGATCTGTAGAGGT*AACATTGGTGCCAACCCCTCTGCCGAAGAAGG
*GGTGAGGACGAGGGTGT*GACGACACTGTTCAGA

QA 1 275 1 275
DS 

RD RR3AD64TF 699 0 0
GG
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GATGAGCTTCTGTCTGACTCTTTCCCTTACAAGGAGATTGAGAATGGTATTCTCTGGGAA
GTCGAAGGAAAATGGACAACCCAGGGATCTGTAGAGGTTAACATTGGTGCCAACCCCTCT
GCCGAAGAAGGTGGTGAGGACGAGGGTGTTGACGACACTGTTCAGAAGGTTGTTGACATT
GTCGACACCTTCAGGCTCCAGGAGCAACCTACCTACGACATGAAGGGGTTCATCGCCTAC
ATCAAGAAGTACATCAAGCTTTTGACCCCCAAGCTCAACGAGGAACAGCAAGCTGAGTTC
AAGAAGGGTATTGAGGGAGCTACCAAGTACTTGCTTCCCAAGCTCAAGGACTTCCAGTTC
TTTGTTGGGGAGTGCATGCACGATGACAGCACTGTGGTCTTTGCTTACTACAAGGAGGGT
GCTACTAACCCTACATTTTT*GTACTTCGGACATGGTTTGAAGGAGGTCAAGTGCTAAGT
GAGACAAGCTCTCGTTGGGGT*ACTGTGGTCGGTCGCAGCGACTCTATTTAAGTCTTATG
TTTCGTTATATTGTTCTGTGT
TTTTCGTTACCTGATC

QA 3 683 3 683
DS 

RD RR3B502JQ 581 0 0
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AACCCAGGGATCTGTAGAGGTTAACATTGGTGCCAACCCCTCTGCCGAAGAAGGTGGTGA
GGACGAGGGTGTTGACGACACTGTTCAGAAGGTTGTTGACATTGTCGACACCTTCAGGCT
CCAGGAGCAGCCGACCTACGACAAGAAGGGGTTCATCGCCTATATCAAGAAGTACATCAA
GCTTTTGACCCCCAAGCTCAACGAGGAACAGCAAGCTGAGTTCAAGAAGGGTATTGAGGG
AGCTACCAAGTTCTTGCTCCCTAAGCTCAAGGACTTCCAGTTCTTTGTTGGGGAGAGCAT
GCACGATGACAGCACGGTGGTCTTTGCTTACTACAAGGAGGGTGCTACTAACCCTACATT
TTT*GTACTTCGGACATGGTTTGAAGGAGGTCAAGTGCTAAGTGAGACAAGCTCTCGTTG
GGGTTACTGTGGTCGGTCGCAGCGACTCTATTTAAGTCTTATGTTTCTTTATATTGTTAT
GTGTCTCTTCGTCACCAGTTTGCTTTTCTTTTTACTT
TTCA

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3AT21TF 695 0 0
GG
CTCGTCGCTGCGTCTCTCTCCCGCAACCCTACAGATTCGTTTTGTT*CCCCATCGATCGG
AGAGAGAGA**ATAATTCAATAAAGCGACCATGTTGGTGTACACTGATCTTCTCACCGGT
GATGAGCTTCTGTCTGACTCTTTCCCTTACAAGGAGATTGAGAATGGTATTCTCTGGGAA
GTCGAAGGAAAGTGGACAACCCAGGGATCTGTAGAGGTTAACATTGGTGCCAACCCCTCT
GCCGAAGAAGGTGGTGAGGACGAGGGTGTTGACGACACTGTTCAGAAGGTTGTTGACATT
GTCGACACCTTCAGGCTCCAGGAGCAGCCGACCTACGACAAGAAGGGGTTCATCGCCTAT
ATCAAGAAGTACATCAAGCTTTTGACCCCCAAGCTCAACGAGGAACAGCAAGCTGAGTTC
AAGAAGGGTATTGAGGGAGCTACCAAGTTCTTGCTCCCTAAGCTCAAGGACTTCCAGTTC
TTTGTTGGGGAGAGCATGCACGATGACAGCACGGTGGTCTTTGCTTACTACAAGGAGGGT
GCTACTAACCCTACATTTTT*GTACTTCGGACATGGTTTGAAGGAGGTCAAGTGCTAAGT
GAGACAAGCTCTCGTTGGGGTTACTGTGGTCGGTCGCAGCGACTCTATTTAAGTCTTATG
TTTCTTTATATTGTTATGTGTCTCTTCGTCACC

QA 3 695 3 695
DS 

RD RR3AS93TF 713 0 0
GTCTCTCTCCCGCAACCTTACAGATTCGTTTTGTT*CCCCATCGATCGGAGAGAGAGAGA
ATAATTCAATAAAGCGACCATGTTGGTGTACACTGATCTTCTCACCGGTGATGAGCTTCT
GTCTGACTCTTTCCCTTACAAGGAGATTGAGAATGGTATTCTCTGGGAAGTCGAAGGAAA
GTGGACAACCCAGGGATCTGTAGAGGTTAACATTGGTGCCAACCCCTCTGCCGAAGAAGG
TGGTGAGGACGAGGGTGTTGACGACACTGTTCAGAAGGTTGTTGACATTGTCGACACCTT
CAGGCTCCAGGAGCAGCCGACCTACGACAAGAAGGGGTTCATCGCCTATATCAAGAAGTA
CATCAAGCTTTTGACCCCCAAGCTCAACGAGGAACAGCAAGCTGAGTTCAAGAAGGGTAT
TGAGGGAGCTACCAAGTTCTTGCTCCCTAAGCTCAAGGACTTCCAGTTCTTTGTTGGGGA
GAGCATGCACGATGACAGCACGGTGGTCTTTGCTTACTACAAGGAGGGTGCTACTAACCC
TACATTTTT*GTACTTCAGACATGGTTTGAAGGAGGTCAGGTGCTAAGTGAGACAAGCTC
TCGTTGGGGTTACTGTGGTCGGTCGCAGCGACTCTATTTAAGTCTTATGTTTCTTTATAT
TGTTATGTGTCTCTTCGTCACCGGTTTGCTTTTCTTTCTACTTCTCATCTCTG

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3F554TF 737 0 0
GTCTCTCTCCCGCAACCTTACAGATTCGTTTTTTT*CCCCATCGATCGGAGAGAGAGAGA
ATAATTCAATAAAGCGACCATGTTGGTGTACACTGATCTTCTCACCGGTGATGAGCTTCT
GTCTGACTCTTTCCCTTACAAGGAGATTGAGAATGGTATCCTTTGGGAAGTTGAAGGAAA
GTGGACAACCCAGGGATCTGTAGAGGTTAACATTGGTGCCAACCCCTCTGCCGAAGAAGG
TGGTGAGGACGAGGGTGTTGACGACACTGTTCGGAAGGTTGTTGACATTGTCGACACCTT
CAGGCTCCAGGAGCAGCCGACCTACGACAAGAAGGGGTTCATCGCCTATATCAAGAAGTA
CATCAAGCTTTTGACCCCCAAGCTCAACGAGGAACAGCAAGCTGAGTTCAAGAAGGGTAT
TGAGGGAGCTACCAAGTTCTTGCTCCCTAAGCTCAAGGACTTCCAGTTCTTTGTTGGGGA
GAGCATGCACGATGACAGCACGGTGGTCTTTGCTTACTACAAGGAGGGTGCTACTAACCC
TACATTTTTTGTACTTCGGACATGGTTTGAAGGAGGTCAAGTGCTAAGTGAGACAAGCTC
TCGTTGGGGTTACTGTGGTCGGTCGCAGCGACTCTATTTAAGTCTTATGTTTCTTTATAT
TGTTATGTGTCTCTTCGTCACCAGTTTGCTTTTCTTTCTACTTCTCATCTCTGTTGCAAG
ATTCTTAAGT
ATATCGG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3B502TF 793 0 0
GGAACGAAGTTACGTCCTATTGCTAATCCCCTCGTCGCTGCGTCTCTCTCCCGCAACCTT
ACAGATTCGTTTTGTT*CCCCATCGATCGGAGAGAGAGAGAATAATTCAATAAAGCGACC
ATGTTGGTGTACACTGATCTTCTCACCGGTGATGAGCTTCTGTCTGACTCTTTCCCTTAC
AAGGAGATTGAGAATGGTATTCTCTGGGAAGTCGAAGGAAAGTGGACAACCCAGGGATCT
GTAGAGGTTAACATTGGTGCCAACCCCTCTGCCGAAGAAGGTGGTGAGGACGAGGGTGTT
GACGACACTGTTCAGAAGGTTGTTGACATTGTCGACACCTTCAGGCTCCAGGAGCAGCCG
ACCTACGACAAGAAGGGGTTCATCGCCTATATCAAGAAGTACATCAAGCTTTTGACCCCC
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ACCAGTTTGCTTTTCTTTCTACTTCTCATCTCTGTTGCAAGATTCTTAAGTTATTAATCG
GAAAACAATGGTT

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3AV68JQ 709 0 0
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TGATGAGCTTCTGTCTGACTCTTTCCCTTACAAGGAGATTGAGAATGGTATCCTTTGGGA
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GTTTCTTTATATTGTTATGTGTCTCTTCGTCACCAGTTTGCTTTTCTTTCTACTTCTCAT
CTCTGTTGCAAGATTCTTAAGTTATTAATCGGAAAACA

QA 12 709 12 709
DS 

RD RR3AV68TF 709 0 0
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GAGAGAGAGAGAATAATTCAATAAAGCGACCATGTTGGTGTACACTGATCTTCTCACCGT
TGATGAGCTTCTGTCTGACTCTTTCCCTTACAAGGAGATTGAGAATGGTATCCTTTGGGA
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TATCAAGAAGTACATCAAGCTTTTGACCCCCAAGCTCAACGAGGAACAGCAAGCTGAGTT
CAAGAAGGGTATTGAGGGAGCTACCAAGTTCTTGCTCCCTAAGCTCAAGGACTTCCAGTT
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TGCTACTAACCCTACATTTTT*GTACTTCGGACATGGTTTGAAGGAGGTCAAGTGCTAAG
TGAGACAAGCTCTCGTTGGGGTTACTGTGGTCGGTCGCAGCGACTCTATTTAAGTCTTAT
GTTTCTTTATATTGTTATGTGTCTCTTCGTCACCAGTTTGCTTTTCTTTCTACTTCTCAT
CTCTGTTGCAAGATTCTTAAGTTATTAATCGGAAAACA

QA 12 709 12 709
DS 

RD RR3FA29JQ 730 0 0
TTTTTTTCCCC
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TCACCGGTGATGAGCTTCTGTCTGACTCTTTCCCTTACAAGGAGATTGAGAATGGTATTC
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TTGACATTGTCGACACCTTCAGGCTCCAGGAGCAACCTACCTACGACAAGAAGGGGTTCA
TCGCCTACATCAAGAAGTACATCAAGCTTTTGACCCCCAAGCTCAACGAGGAACAGCAAG
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TCCAGTTCTTTGTTGGGGAGAGCATGCACGATGACAGCACTGTGGTCTTTGCTTACTACA
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GTCTTATGTTTCGTTATATTGTTCTGTGTTT*TTCGTTACCTGATTACTTTTCTTTCTAC
TTCTCATCTCTGTTGCAAGATTCTTAAGTTATTAATCGGAAAACAATGGTTTTTAGTCG

QA 12 730 12 730
DS 

RD RR3AD64JQ 723 0 0
CCCCATCT
ATCGGAGAGAGAGA**ATAATTCAATAAAGCGACCATGTTGGTGTACACTGATCTTCTCA
CCGGTGATGAGCTTCTGTCTGACTCTTTCCCTTACAAGGAGATTGAGAATGGTATTCTCT
GGGAAGTCGAAGGAAAATGGACAACCCAGGGATCTGTAGAGGTTAACATTGGTGCCAACC
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ACATTGTCGACACCTTCAGGCTCCAGGAGCAACCTACCTACGACATGAAGGGGTTCATCG
CCTACATCAAGAAGTACATCAAGCTTTTGACCCCCAAGCTCAACGAGGAACAGCAAGCTG
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AGTTCTTTGTTGGGGAGTGCATGCACGATGACAGCACTGTGGTCTTTGCTTACTACAAGG
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TTATGTTTCGTTATATTGTTCTGTGTTT*TTCGTTACCTGATCACTTTTCTTTCTACTTC
TCATCTCTGTTGCAAGATTCTTAAGTTATTAATCGGAAAACAATGGTT
TTTAGCT

QA 9 716 9 716
DS 



AS 1 11

CO CL219Contig1 1318 11 20 U
GGACCATTTATTCACCAACCCAACTCCACCAACCTCTCTCCACTCAATTCAAAACCCTCT
CTCTCTACAAAAGGAGTCAGAGAAGGAGAGATAGAGGTGTGTGATCTAAATCAATGGCAG
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TCGCTCTTCTCCACCACGCAATTAACTCCGGCGTCACTTTCCTAGACACCTCCGACATCT
ACGGCCCTCAGACCAACGAGCTGCTCCTTGGAAAGGCTCTGAAGAATAATGGGTTGAGGG
AAAAAATAGAGCTTGCAACCAAGTTCGGGATCAGCTATGCAGAAGGGAAGAGAGAGATAA
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CCTCTGCCTCAACTATCAGAAGAGCGCATGCTATTCACCCTATTACTGCAGTGCAGTTGG
AGTGGTCTCTGTGGTCAAGAGACGTGGAAGAAGAGATCATCCCAACCTGCAGGGAGCTTG
GGATTGGAATTGTTGCTTACAGTCCTCTGGGACGAGGTTTCTTTGCATCAGGACCTAAGC
TTGTTGAGAAGCTTGACAAGAACGACTTCAGAAAGACTCTACCAAGATTCCAACAGGAAA
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GCACTCCGGGACAATTAGCCTTAGCATGGGTTCACCACCAGGGGGATGATGTTTGCCCCA
TCCCAGGAACCACTAAGATTGAAAACCTCAACCAGAACATTGGAGCTTTATCAGTGAAAC
TCACTCCCGAAGATATGACTGAGCTCGAGACCATTGTCCAATCAGAGTCTGTGAAAGGAG
ATAGATACGGTAACATGATGGCCACTTTCAAGAACTCTGACACTCCACCATTGTCTTCTT
GGAAAACTGCTTAAACCAGTTGAGTGGTCTCCGAGATTATATCATTTCCAGGGAAAACCC
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TCAATCTACACTTCCATACATTGTGACCTAACTCTATAAATAAACTTTATGTTCTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 40 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 

AF RR3BO09TF U 44
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AF RR3FP71TF U 116
AF RR3AU57TF U 97
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RD RR3BO09TF 567 0 0
GG
AATTCAAAACCCTCTCTCTCTACAAAAGGAGTCAGAGAAGGAGAGATAGAGGTGTGTGAT
CTAAATCAATGGCAGAAACTTGCGGAGTGAAGAGAATGAAGCTTGGAAGCCAAGGCCTTG
AGGTCTCTGCACAAGGCCTCGGTTGCATGGGCCTCTCCTCCTTCTACGGTGCTCCCCAGC
CCGAAACCGACGCCATCGCCCTTCTCCACCACGCAATTAACTCCGGCGTCACTTTCCTAG
ACACCTCCGACATCTACGGCCCTCAGACCAACGAGCTGCTCCTTGGAAAGGCTCTGAAGA
ATAATGGGTTGAGGGAAAAAATAGAGCTTGCAACCAAGTTCGGGATCAGCTATGCAGAAG
GGAAGAGAGAGATAAAGGGAGATCCTTTGTACGTTAGAGCTGCTTGTGAGGCTAGTTTGA
AGCGTCTAGATGTGGACTGCATTGATCTTTACTATCAGCATCGGATTGATACTCGTGTCC
*TATTGAA*TCACTATGGGAGAACTTAAGAAGCTAGTGGA*GAGGGTAAAATAAAGTACA
TTGGCTTGTCTGA*GCCTCTGCCTC

QA 3 567 3 567
DS 

RD RR3BU52TF 712 0 0
GGACCATTTATTCACCAACCCAACTCCACCAACCTCTCTCCACTCAATTCAAAACCCTCT
CTCTCTACAAAAGGAGTCAGAGAAGGAGAGATAGAGGTGTGTGATCTAAATCAATGGCAG
AAACTTGCGGAGTGAAGAGAATGAAGCTTGGAAGCCAAGGCCTTGAGGTCTCTGCACAAG
GCCTCGGTTGCATGGGCCTCTCCTCCTTCTACGGTGCTCCCCAGCCCGAAACCGACGCCA
TCGCTCTTCTCCACCACGCAATTAACTCCGGCGTCACTTTCCTAGACACCTCCGACATCT
ACGGCCCTCAGACCAACGAGCTGCTCCTTGGAAAGGCTCTGAAGAATAATGGGTTGAGGG
AAAAAATAGAGCTTGCAACCAAGTTCGGGATCAGCTATGCAGAAGGGAAGAGAGAGATAA
AGGGAGATCCTTTGTACGTTAGAGCTGCTTGTGAGGCTAGTTTGAAGCGTCTAGATGTGG
ACTGCATTGATCTTTACTATCAGCATCGGATTGATACTCGTGTCCCTATTGAAATCACTA
TGGGAGAACTTAAGAAGCTAGTGAAAGAGGGTAAAATAAAGTACATTGGCTTGTCTGAAG
CCTCTGCCTCAACTATCAGAAGAGCGCATGCTATTCACCCTATTACTGCAGTGCAGTTGG
AGTGGTCTCTGTGGTCAAGAGACGTGGAAGAAGAGATCATCTCAAC
TGCAGG

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3FP71TF 687 0 0
GGG
AGAAACTTGCGGAGTGAAGAGAATGAAGCTTGGAAGCCAAGGCCTTGAGGTCTCTGCACA
AGGCCTCGGTTGCATGGGCCTCTCCTCCTTCTACGGTGCTCCCCAGCCCGAAACCGACGC
CATCGCTCTTCTCCACCACGCAATTAACTCCGGCGTCACTTTCCTAGACACCTCCGACAT
CTACGGCCCTCAGACCAACGAGCTGCTCCTTGGAAAGGCTCTGAAGAATAATGGGTTGAG
GGAAAAAATAGAGCTTGCAACCAAGTTCGGGATCAGCTATGCAGAAGGGAAGAGAGAGAT
AAAGGGAGATCCTTTGTACGTTAGAGCTGCTTGTGAGGCTAGTTTGAAGCGTCTAGATGT
GGACTGCATTGATCTTTACTATCAGCATCGGATTGATACTCGTGTCCCTATTGAAATCAC
TATGGGAGAACTTAAGAAGCTAGTGGAAGAGGGTAAAATAAAGTACATTGGCTTGTCTGA
AGCCTCTGCCTCAACTATCAGAAGAGCGCATGCTATTCACCCTATTACTGCAGTGCAGTT
GGAGTGGTCTCTGTGGTCAAGAGACGTGGAAGAAGAGATCATCCCAACCTGCAGGGAGCT
TGGGATTGGAATTGTTGCTTACAGTCCTCTGGGACGAGTTTTCTTTGCATCA*GACCTAA
GCTTGTTGAGAAGCTTGACAAGAA

QA 4 687 4 687
DS 

RD RR3AU57TF 775 0 0
GG
GTGTGATCTAAATCAATGGCAGAAACTTGCGGAGTGAAGAGAATGAAGCTTGGAAGCCAA
GGCCTTGAGGTCTCTGCACAAGTCCTCGGTTGCATGGGCCTCTCCTCCTTCTACGGTGCT
CCCCAGCCCGAAACCGACGCCATCGCTCTTCTCCACCACGCAATTAACTCCGGCGTCACT
TTCCTAGACACCTCCGACATCTACGGCCCTCAGACCAACGAGCTGCTCCTTGGAAAGGCT
CTGAAGAATAATGGGTTGAGGAAAAAAATAGAGCTTGCAACCAAGTTCGGGATCAGCTAT
GCAGAAGGGAAGAGAGAGATAAAGGAAGATCCTTTGTACGTTAGAGCTGCTTGTGAGGCT
AGTTTGAAGCGTCTAGATGTGGACTGCATTGATCTTTACTATCAGCATCGGATTGATACT
TGTGTCCCTATTGAAATCACTATGGGAGAACTTAAGAAGCTAGTGGAAGAGGGTAAAATA
AAGTACATTGGCTTGTCTGAAGCCTCTGCCTCAACTATCAGAAGAGCGCATGCTATTCAC
CCTATTACTGCAGTGCAGTTGGAGTGGTCTCTGTGGTCAAGAGACGTGGAAGAAGAGATC
ATCCCAACCTGCAGGGAGCTTGGGATTGGAATTGTTGCTTGCAGTCCTCTGGGACGAGGT
TTCTTTGCATCACGACCTAAGCTTGTTGAGAAGCTTGACAAGAACGACTTCAGAAAGACT
CTACCAAGATTCCAACAGGAAAACTTAGACCACAACAAGATCCTCTATGAGAA

QA 3 775 3 775
DS 

RD RR3HA33TF 686 0 0
AACCGACGCCATCGCTCTTCTCCACCACGCAATTAACTCCGGCGTCACTTTCCTAGACAC
CTCCGACATCTACGGCCCTCAGACCAACGAGCTGCTCCTTGGAAAGGCTCTGAAGAATAA
TGGGTTGAGGGAAAAAATAGAGCTTGCAACCAAGTTCGGGATCAGCTATGCAGAAGGGAA
GAGAGAGATAAAGGGAGATCCTTTGTACGTTAGAGCTGCTTGTGAGGCTAGTTTGAAGCG
TCTAGATGTGGACTGCATTGATCTTTACTATCAGCATCGGATTGATACTCGTGTCCCTAT
TGAAATCACTATGGGAGAACTTAAGAAGCTAGTGGAAGAGGGTAAAATAAAGTACATTGG
CTTGTCTGAAGCCTCTGCCTCAACTATCAGAAGAGCGCATGCTATTCACCCTATTACTGC
AGTGCAGTTGGAGTGGTCTCTGTGGTCAAGAGACGTGGAAGAAGAGATCATCCCAACCTG
CAGGGAGCTTGGGATTGGAATTGTTGCTTACAGTCCTCTGGGACGAGGTTTCTTTGCATC
AGGACCTAAGCTTGTTGAGAAGCTTGACAAGAACGACTTCAGAAAGACTCTACCAAGATT
CCAACAGGAAAACTTAGACCACAACAAGATCCTCTATGAGAAAGTTTGTGCAATGTCGGA
GAAGAA**GGTGCACTCCGGGACAAT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3BR68TF 730 0 0
G
ACTCGTGTCCCTATTGAAATCACTATGGGAGAACTTAAGAAGCTAGTGGAAGAGGGTAAA
ATAAAGTACATTGGCTTGTCTGAAGCCTCTGCCTCAACTATCAGAAGAGCGCATGCTATT
CACCCTATTACTGCAGTGCAGTTGGAGTGGTCTCTGTGGTCAAGAGACGTGGAAGAAGAG
ATCATCCCAACCTGCAGGGAGCTTGGGATTGGAATTGTTGCTTACAGTCCTCTGGGACGA
GGTTTCTTTGCATCAGGACCTAAGCTTGTTGAGAAGCTTGACAAGAACGACTTCAGAAAG
ACTCTACCAAGATTCCAACAGGAAAACTTAGACCACAACAAGATCCTCTATGAGAAAGTT
TGTGCAATGTCGGAGAAGAAAGGGTGCACTCCGGGACAATTAGCCTTAGCATGGGTTCAC
CACCAGGGGGATGATGTTTGCCCCATCCCAGGAACCACTAAGATTGAAAACCTCAACCAG
AACATTGGAGCTTTATCAGTGAAACTCACTCCCGAAGATACGACTGAGCTCGAGACCATT
GTCCAATCAGAGTCTGTGAAAGGAGATAGATACGGTAACATGATGGCCACTTTCAAGAAC
TCTGACACTCCACCATTGTCTTCTTGGAAAACTGCTTAAACCAGTTGAGTGGTCTCCGAG
ATTATATCATTTCCAGGGAAAACCCAAATATTGTTGTTAATGCATTGAAAA*TAAATCAT
GTATAGAGT

QA 2 730 2 730
DS 

RD RR3BU52JQ 865 0 0
GGCTAG
TTGAAGCGTCTAGATGTGGACTGCATTGATCTTTACTATCAGCATCGGATTGATACTCGT
GTCCCTATTGAAATCACTATGGGAGAACTTAAGAAGCTAGTGAAAGAGGGTAAAATAAAG
TACATTGGCTTGTCTGAAGCCTCTGCCTCAACTATCAGAAGAGCGCATGCTATTCACCCT
ATTACTGCAGTGCAGTTGGAGTGGTCTCTGTGGTCAAGAGACGTGGAAGAAGAGATCATC
CCAACCTGCAGGGAGCTTGGGATTGGAATTGTTGCTTACAGTCCTCTGGGACGAGGTTTC
TTTGCATCAGGACCTAAGCTTGTTGAGAAGCTTGACAAGAACGACTTCAGAAAGACTCTA
CCAAGATTCCAACAGGAAAACTTAGACCACAACAAGATCCTCTATGAGAAAGTTTGTGCA
ATGTCGGAGAAGAAAGGGTGCACTCCGGGACAATTAGCCTTAGCATGGGTTCACCACCAG
GGGGATGATGTTTGCCCCATCCCAGGAACCACTAAGATTGAAAACCTCAACCAGAACATT
GGAGCTTTATCAGTGAAACTCACTCCCGAAGATATGACTGAGCTCGAGACCATTGTCCAA
TCAGAGTCTGTGAAAGGAGATAGATACGGTAACATGATGGCCACTTTCAAGAACTCTGAC
ACTCCACCATTGTCTTCTTGGAAAACTGCTTAAACCAGTTGAGTGGTCTCCGAGATTATA
TCATTTCCAGGGAAAACCCAAATATTGTTGTTAATGCATTGAAAAATAAATCATGTATAG
AGTTCCCCAAGTGAAATCTTCAATCTACACTTCCATACATTGTGACCTAACTCTATAAAT
AAACTTTATGTTCTA
AAAA

QA 7 861 7 861
DS 

RD RR3HA33JQ 594 0 0
GTGGTCAAGAGACGTGGAAGAAGAGATCATCCCAACCTGCAGGGAGCTTGGGATTGGAAT
TGTTGCTTACAGTCCTTTGGGACGAGGTTTCTTTGCATCAGGACCTAAGCTTGTTGAGAA
GCTTGACAAGAACGACTTCAGAAAGACTCTACCAAGATTCCAACAGGAAAACTTAGACCA
CAACAAGATCCTTTATGAGAAAGTTTGTGCAATGTCGGAGAAGAAAGGGTGCACTCCGGG
ACAATTAGCCTTAGCATGGGTTCACCACCAGGGGGATGATGTTTGCCCCATCCCAGGAAC
CACTAAGATTGAAAACCTCAACCAGAACATTGGAGCTTTATCAGTGAAACTCACTCCCGA
AGATATGACTGAGCTCGAGACCATTGTCCAATCAGAGTCTGTGAAAGGAGATAGATACGG
TAACATGATGGCCACTTTCAAGAACTTTGACACTCCACCATTGTTTTCTTGGAAAACTGC
TTAAACCAGTTGAGTGGTTTCCGAGATTATATCATTTCCAGGGAAAACCCAAATATTGTT
GTTAATGCATTGAAAAATAAATCATGTATATAGTTCCCCAAGTGAAATCTTCAA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3BR68JQ 804 0 0
G
ACTCGTGTCCCTATTGAAATCACTATGGGAGAACTTAAGAAGCTAGTGGAAGAGGGTAAA
ATAAAGTACATTGGCTTGTCTGAAGCCTCTGCCTCAACTATCAGAAGAGCGCATGCTATT
CACCCTATTACTGCAGTGCAGTTGGAGTGGTCTCTGTGGTCAAGAGACGTGGAAGAAGAG
ATCATCCCAACCTGCAGGGAGCTTGGGATTGGAATTGTTGCTTACAGTCCTCTGGGACGA
GGTTTCTTTGCATCAGGACCTAAGCTTGTTGAGAAGCTTGACAAGAACGACTTCAGAAAG
ACTCTACCAAGATTCCAACAGGAAAACTTAGACCACAACAAGATCCTCTATGAGAAAGTT
TGTGCAATGTCGGAGAAGAAAGGGTGCACTCCGGGACAATTAGCCTTAGCATGGGTTCAC
CACCAGGGGGATGATGTTTGCCCCATCCCAGGAACCACTAAGATTGAAAACCTCAACCAG
AACATTGGAGCTTTATCAGTGAAACTCACTCCCGAAGATACGACTGAGCTCGAGACCATT
GTCCAATCAGAGTCTGTGAAAGGAGATAGATACGGTAACATGATGGCCACTTTCAAGAAC
TCTGACACTCCACCATTGTCTTCTTGGAAAACTGCTTAAACCAGTTGAGTGGTCTCCGAG
ATTATATCATTTCCAGGGAAAACCCAAATATTGTTGTTAATGCATTGAAAAATAAATCAT
GTATAGAGTTCCCCAAGTGAAATCTTCAATCTACACTTCCATACATTGTGACCTAACTCT
ATAAATAAACTTTATGTTCTATT

QA 2 804 2 804
DS 

RD RR3AU57JQ 789 0 0
TGAAATCACTATGGGAGAACTTAAGAAGCTAGTGGAAGAGGGTAAAATAAAGTACATTGG
CTTGTCTGAAGCCTCTGCCTCAACTATCAGAAGAGCGCATGCTATTCACCCTATTACTGC
AGTGCAGTTGGAGTGGTCTCTGTGGTCAAGAGACGTGGAAGAAGAGATCATCCCAACCTG
CAGGGAGCTTGGGATTGGAATTGTTGCTTGCAGTCCTCTGGGACGAGGTTTCTTTGCATC
AGGACCTAAGCTTGTTGAGAAGCTTGACAAGAACGACTTCAGAAAGACTCTACCAAGATT
CCAACAGGAAAACTTAGACCACAACAAGATCCTCTATGAGAAAGTTTGTGCAATGTCGGA
GAAGAAAGGGTGCACTCCGGGACAATTAGCCTTAGCATGGGTTCACCACCAGGGGGATGA
TGTTTGCCCCATCCCAGGAACCACTAAGATTGAAAACCTCAACCAGAACATTGGAGCTTT
ATCAGTGAAACTCACTCCCGAAGATATGACTGAGCTCGAGACCATTGTCCAATCAGAGTC
TGTGAAAGGAGATAGATACGGTAACATGATGGCCACTTTCAAGAACTCTGACACTCCACC
ATCGTCTTCTTGGAAAACTGCTTAAACCAGTTGAGTGGTCTCCGAGATTATATCATTTCC
AGGGAAAACCCAAATATTGTTGTTAATGCATTGAAAAATAAATCATGTATAGAGTTCCCC
AAGTGAAATCTTCAATCTACACTTCCATACATTGTGACCTAACTCTATAAATAAACTTTA
TGTTCTATT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3AI58JQ 751 0 0
AGGGTAAAATAAAGTACATTGGCTTGTCTGAAGCCTCTGCCTCAACTATCAGAAGAGCGC
ATGCTATTCACCCTATTACTGCAGTGCAGTTGGAGTGGTCTCTGTGGTCAAGAGACGTGG
AAGAAGAGATCATCCCAACCTGCAGGGAGCTTGGGATTGGAATTGTTGCTTACAGTCCTC
TGGGACGAGGTTTCTTTGCATCAGGACCTAAGCTTGTTGAGAAGCTTGACAAGAACGACT
TCAGAAAGACTCTACCAAGATTCCAACAGGAAAACTTATACCACAACAAGATCCTCTATG
AGAAAGTTTGTGCAATGTCGGAGAAGAAAGGGTGCACTCCGGGACAATTAGCCTTAGCAT
GGGTTCACCACCAGGGGGATGATGTTTGCCCCATCCCAGGAACCACTAAGATTGAAAACC
TCAACCAGAACATTGGAGCTTTATCAGTGAAACTCACTCCCGAAGATATGACTGAGCTCG
AGACCATTGTCCAATCAGAGTCTGTGAAAGGAGATAGATACGGTAACATGATGTCCACTT
TCAAGAACTCTGACACTCCACCATTGTCTTCTTGGAAAACTGCTTAAACCAGTTGAGTGG
TCTCCGAGATTATATCATTTCCAGGGAAAACCCAAATATTGTTGTTAATGCATTGAAAAA
TAAATCATGTATAGAGTTCCCCAAGTGAAATCTTCAATCTACACTTCCATACATTGTGAC
CTAACTCTATAAATAAACTTTATGTTCTATT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 3 11

CO CL220Contig1 563 2 3 U
CAACTTCAACATACTAATTGTATTAGAATTCAAACAACGAAAGGTTTAACAAAACACGTA
GATGCAAGTACACAAAAGCAAATCAAAAAACCGAAAATAAGAAAAAAAACAAGCAAACCA
ACAAAATCATTGTTTTAGAGAGTCTACTAATACCAAAAAAGACCATATTATCTAAAAATC
CAGCTACTTCTATTTAGAGAAGCAACAAACCCCAACATTCACATAATACGAGACCCAAAC
CCAACAACAAGACTTAAGCCCGCTCTCCTCTGATCCTGCGAGCGAGTTGGATGTCTTTGG
GCATGATGGTGACACCCTTGGCATGGATGGCGCACAGGTTAGTGTCCTCAAAAAGTCCCA
CAAGGGATGCTTCTGCTGCCTCCTGGAGTGCTAGCACCCCATGGCTCTGGAAACCCAGGT
CAGTCTTGAAATCCTGGGCAATCTCACGAACAAGCCTCTGGAAAGGGAGCTTCCTGATGA
GCAACTCAGTACTCTTCTGGTACTTACGGATTTCACGAAGAGCAACAGTTCCAGGTCTGT
AACGATGTGGCTTCTTGACTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO10JQ U 268
AF RR3EO10TF C 1
BS 1 269 RR3EO10TF
BS 270 419 RR3EO10JQ
BS 420 563 RR3EO10TF

RD RR3EO10JQ 152 0 0
CC
CTGATCCTGCGAGCGAGTTGGATGTCTTTGGGCATGATGGTGACACCCTTGGCATGGATG
GCGCACAGGTTAGTGTCCTCAAAAAGTCCCACAAGGGATGCTTCTGCTGCCTCCTGGAGT
GCTAGCACCCCATGGCTCTGGAAACCCAGG

QA 3 152 3 152
DS 

RD RR3EO10TF 563 0 0
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GATGCAAGTACACAAAAGCAAATCAAAAAACCGAAAATAAGAAAAAAAACAAGCAAACCA
ACAAAATCATTGTTTTAGAGAGTCTACTAATACCAAAAAAGACCATATTATCTAAAAATC
CAGCTACTTCTATTTAGAGAAGCAACAAACCCCAACATTCACATAATACGAGACCCAAAC
CCAACAACAAGACTTAAGCCCGCTCTCCTCTGATCCTGCGAGCGAGTTGGATGTCTTTGG
GCATGATGGTGACACGCTTGGCATGGATGGCGCACAGGTTAGTGTCCTCAAAGAGTCCCA
CAAGGTATGCTTCTGCTGCCTCCTGGAGTGCTAGCACCGCATGGCTCTGGAAACGCAGGT
CAGTCTTGAAATCCTGGGCAATCTCACGAACAAGCCTCTGGAAAGGGAGCTTCCTGATGA
GCAACTCAGTACTCTTCTGGTACTTACGGATTTCACGAAGAGCAACAGTTCCAGGTCTGT
AACGATGTGGCTTCTTGACTCCC

QA 1 563 1 563
DS 



CO CL220Contig2 743 7 7 U
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GAAAGCGACAGAGAGAAGATGGCTCGTACCAAGCAAACCGCTCGTAAGTCTACCGGAGGA
AAGGCCCCTAGGAAGCAGCTTGCTACTAAGGCTGCACGTAAGTCTGCACCAACCACTGGT
GGAGTGAAGAAGCCACATCGTTACAGACCTGGAACTGTTGCTCTTCGTGAAATCCGTAAG
TACCAGAAGAGTACTGAGTTGCTCATCAGGAAGCTCCCTTTCCAGAGGCTTGTTCGTGAG
ATTGCCCAGGATTTTAAGACTGATCTGCGTTTCCAGAGCCATGCGGTGCTAGCACTCCAG
GAGGCAGCAGAAGCATACCTTGTTGGACTCTTTGAGGACACTAACCTGTGCGCCATTCAT
GCCAAGCGTGTCACCATCATGCCCAAAGACATCCAACTCGCTCGCAGGATCAGAGGAGAG
CGTGCTTAAGTCTTGTTGTTCCTTTGGGTCGTATTATGTGAATGTTGGGGTTTGCTGTTT
CTCTAAATAGACGTAGCTGGATTTTAGATAATATGGTCTTTTAAGAAGGCTTTTGGTATT
AGTAGAATCTCTAAAACAATGATGGTTTGTTGGGTTTTCTTATTTTCGGTTTTATGATTT
GCTTTTGTGTATTTGCAGCTACGTGTTTTGTTAAACCTTTCGTTGTTTGAATTCTAAAAC
AATTAGTATGTTGAAGTTGACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3EW37TF U 1
AF RR3A360TF U 9
AF RR3AM55TF U 2
AF RR3EH61JQ C 339
AF RR3EH61TF U 339
AF RR3EW37JQ C 71
AF RR3AM55JQ C 94
BS 1 287 RR3EW37TF
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BS 650 713 RR3EW37TF
BS 714 739 RR3AM55TF
BS 740 743 RR3AM55JQ

RD RR3EW37TF 713 0 0
GGGAGTTTTCATTATCTTCTGTTTTCGAGATCGGAGCACTAATTTGAATTCAGAGAAAGC
GAAAGCGACAGAGAGAAGATGGCTCGTACCAAGCAAACCGCTCGTAAGTCTACCGGAGGA
AAGGCCCCTAGGAAGCAGCTTGCTACTAAGGCTGCACGTAAGTCTGCACCAACCACTGGT
GGAGTGAAGAAGCCACATCGTTACAGACCTGGAACTGTTGCTCTTCGTGAAATCCGTAAG
TACCAGAAGAGTACTGAGTTGCTCATCAGGAAGCTCCCTTTCCAGAG*CTTGTTCGTGAG
ATTGCCCAGGATTTTAAGACTGATCTGCGTTTCCAGAGCCATGCGGTGCTAGCACTCCAG
GAGGCAGCAGAAGCATACCTTGTTGGACTCTTTGAGGACACTAACCTGTGCGCCATTCAT
GCCAAGCGTGTCACCATCATGCCCAAAGACATCCAACTCGCTCGCAGGATCAGAGGAGAG
CGTGCTTAAGTCTTGTTGTTCCTTTGGGTCGTATTATGTGAATGTTGGGGTTTGCTGTTT
CTCTAAATAGACGTAGCTGGATTTTAGATAATATGGTCTTTTAAGAAGGCTTTTGGTATT
AGTAGAATCTCTAAAACAATGATGGTTTGTTGGGTTTTCTTATTTTCG*TTTTATGATTT
GCTTTTGTGTATTTGCAGCTACGTGTTTTGTTAAACCTTTCGTTGTTTGAATT

QA 1 713 1 713
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GG
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AGCCACATCGTTACAGACCTGGAACTGTTGCTCTTCGTGAAATCCGTAAGTACCAGAAGA
GTACTGAGTTGCTCATCAGGAAGCTCCCTTTCCAGAGGCTTGTTCGTGAGATTGCCCAGG
ATTTTAAGACTGATCTGCGTTTCCAGAGCCATGCGGTGCTAGCACTCCAGGAGGCAGCAG
AAGCATACCTTGTTGGACTCTTTGAGGACACTAACCTGTGCGCCATTCATGCCAAGCGTG
TCACCATCATGCCCAAAGACATCCAACTCGCTCGCGGGATCAGAGGAGAGCGTGCTTAAG
TCTTGTTGTTCCTTTGGGTCGTATTATGTGAATGTTGGGGTTTGCTGTTTCTCTAAATAG
ACGTAGCTGGATTTTAGATAATATGGTCTTTTAAGAAGGCTTTTGGTATTAGTAGAATCT
CTAAAACAATGATGGTTTGTTGGGTTTTCTTATTTTCGGTTTTATGATTTGCTTTTGTGT
ATTTGCAGCTACGTGTTTTGTTAAACCTTTCGTTGTTTGAATTCTAA

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DS 

RD RR3AM55TF 742 0 0
GGAGTTTTC
ATTATCTTCTGTTTTCGAGATCGGAGCACTAATTTGAATTCAGAGAAAGCGAAAGCGACA
GAGAGAAGATGGCTCGTACCAAGCAAACCGCTCGTAAGTCTACCGGAGGAAAGGCCCCTA
GGAAGCAGCTTGCTACTAAGGCTGCACGTAAGTCTGCACCAACCACTGGTGGAGTGAAGA
AGCCACATCGTTACAGACCTGGAACTGTTGCTCTTCGTGAAATCCGTAAGTACCAGAAGA
GTACTGAGTTGCTCATCAGGAAGCTCCCTTTCCAGAGGCTTGTTCGTGAGATTGCCCAGG
ATTTTAAGACTGATCTGCGTTTCCAGAGCCATGCGGTGCTAGCACTCCAGGAGGCAGCAG
AAGCATACCTTGTTGGACTCTTTGAGGACACTAACCTGTGCGCCATTCATGCCAAGCGTG
TCACCATCATGCCCAAAGACATCCAACTTGCTCGCAGGATCAGAGGAGAGCGTGCTTAAG
TCTTGTTGTTCCTTTGGGTCGTATTATGTGAATGTTGGGGTTTGCTGTTTCTCTAAATAG
ACGTAGCTGGATTTTAGATAATATGGTCTTTTTAGAAGGCTTTTGGTATTAGTAGAATCT
CTAAAACAATGATGGTTTGTTGGGTTTTCTTATTTTCGGTTTTATGATTTGCTTTTGTGT
ATTTGCAGCTACGTGTTTTGTTAAATCTTTCGTTGTTTGAATTCTAAAACAATTAGTATG
TTGAAGTTG
ACCG

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DS 

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CGCTCGCAGGATCAGAGGAGAGCGTGCTTAAGTCTTGTTGTTCCTTTGGGTCGTATTATG
TGAATGTTGGGGTTTGCTGTTTCTCTAAATAGACGTAGCTGGATTTTAGATAATATGGTC
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CTTATTTTCGGTTTTATGATTTGCTTTTGTGTATTTGCAGCTACGTGTTTTGTTAAACCT
TTCGTTGTTTGAATTCTAAAACAATTAGTATGTTG

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR3EH61TF 395 0 0
CCATGCGGTGCTAGCACTCCAGGAGGCAGCAGAAGCATACCTTGTTGGACTCTTTGAGGA
CACTAACCTGTGCGCCATTCATGCCAAGCGTGTCACCATCATGCCCAAAGACATCCAACT
CGCTCGCAGGATCAGAGGAGAGCGTGCTTAAGTCTTGTTGTTCCTTTGGGTCGTATTATG
TGAATGTTGGGGTTTGCTGTTTCTCTAAATAGACGTAGCTGGATTTTAGATAATATGGTC
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CTTATTTTCGGTTTTATGATTTGCTTTTGTGTATTTGCAGCTACGTGTTTTGTTAAACCT
TTCGTTGTTTGAATTCTAAAACAATTAGTATGTTG

QA 1 395 1 395
DS 

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GGAAGCAGCTTGCTACTAAGGCTGCACGTAAGTCTGCACCAACCACTGGTGGAGTGAAGA
AGCCACATCGTTACAGACCTGGAACTGTTGCTCTTCGTGAAATCCGTAAGTACCAGAAGA
GTACTGAGTTGCTCATCAGGAAGCTCCCTTTCCAGAG*CTTGTTCGTGAGATTGCCCAGG
ATTTTAAGACTGATCTGCGTTTCCAGAGCCATGCGGTGCTAGCACTCCAGGAGGCAGCAG
AAGCATACCTTGTTGGACTCTTTGAGGACACTAACCTGTGCGCCATTCATGCCAAGCGTG
TCACCATCATGCCCAAAGACATCCAACTCGCTCGCAGGATCAGAGGAGAGCGTGCTTAAG
TCTTGTTGTTCCTTTGGGTCGTATTATGTGAATGTTGGGGTTTGCTGTTTCTCTAAATAG
ACGTAGCTGGATTTTAGATAATATGGTCTTTTAAGAAGGCTTTTGGTATTAGTAGAATCT
CTAAAACAATGATGGTTTGTTGGGTTTTCTTATTTTCGGTTTTATGATTTGCTTTTGTGT
ATTTGCAGCTACGTGTTTTGTTAAACCTTTCGTTGTTTGAATTCTAAAACAATTAGTATG
TTG

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3AM55JQ 650 0 0
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ACTGTTGCTCTTCGTGAAATCCGTAAGTACCAGAAGAGTACTGAGTTGCTCATCAGGAAG
CTCCCTTTCCAGAGGCTTGTTCGTGAGATTGCCCAGGATTTTAAGACTGATCTGCGTTTC
CAGAGCCATGCGGTGCTAGCACTCCAGGAGGCAGCAGAAGCATACCTTGTTGGACTCTTT
GAGGACACTAACCTGTGCGCCATTCATGCCAAGCGTGTCACCATCATGCCCAAAGACATC
CAACTTGCTCGCAGGATCAGAGGAGAGCGTGCTTAAGTCTTGTTGTTCCTTTGGGTCGTA
TTATGTGAATGTTGGGGTTTGCTGTTTCTCTAAATAGACGTAGCTGGATTTTAGATAATA
TGGTCTTTTTAGAAGGCTTTTGGTATTAGTAGAATCTCTAAAACAATGATGGTTTGTTGG
GTTTTCTTATTTTCGGTTTTATGATTTGCTTTTGTGTATTTGCAGCTACGTGTTTTGTTA
AATCTTTCGTTGTTTGAATTCTAAAACAATTAGTATGTTGAAGTTGACCG

QA 1 650 1 650
DS 



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CAACAAACCCCCAACATTCACATAATACGAGACCCAAACCCAACAACAAGACTTAAGCAC
GCTCTCCTCTGATCCTGCGAGCGAGTTGGATGTCTTTGGGCATGATGGTGACACGCTTGG
CATGAATGGCGCAAAGGTTGGTGTCCTCGAAGAGTCCCACAAGGTACGCTTCTGCTGCCT
CCTGGAGCGCTAGCACAGCATGGCTCTGGAAACGCAGGTCAGTCTTGAAATCCTGAGCAA
TCTCACGAACAAGCCTCTGGAATGGAAGCTTCCTGATGAGCAACTCAGTACTCTTCTGGT
ACTTACGGATTTCACGAAAAGCAACAGTTCCAGGTCTGTAACGATGTGGCTTCTTGACTC
CACCGGTGGTTGGTGCAGACTTACGTGCCGCCTTAGTAGCAAGCTGCTTTCCTAGGGGCC
TTTCCTCCGGTAGACTTACGAGCGGTTTGCTTGGTACGAGCCATCTTCTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3HB16TF C 1
AF RR3BP90JQ U 43
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BS 43 93 RR3BP90JQ
BS 94 94 RR3HB16TF
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RD RR3HB16TF 652 0 0
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TTTCCTCCGGTAGACTTACGAGCGGTTTGCTTGGTACGAGCCATCTTCTCTC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3BP90JQ 610 0 0
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CATCATTGTTTTAGAGAGTCTACTAATACCAAAAAAGACCATATTATCTAAAAATCCAGC
TACTTCTATTTAGAGAAGCAACAAACCCC*AACATTCACATAATACGAGACCCAAACCCA
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TGATGGTGACACGCTTGGCATGAATGGCGCAAAGGTTGGTGTCCTCGAAGAGTCCCACAA
GGTACGCTTCTGCTGCCTCCTGGAGCGCTAGCACAGCATGGCTCTGGAAACGCAGGTCAG
TCTTGAAATCCTGAGCAATCTCACGAACAAGCCTCTGGAATGGAAGCTTCCTGATGAGCA
ACTCAGTACTCTTCTGGTACTTACGGATTTCACGAAAAGCAACAGTTCCAGGTCTGTAAC
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GCTGCTTTCCTAGGGGCCTTTCCTCCGGTAGACTTACGAGCGGTTTGCTTGGTACGAGCC
ATCTTCTCTC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 3 10

CO CL221Contig1 693 4 24 U
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AGCTCATTTCTCTATATTGATATCAACAACAAAATAAAACTTTCATATTTGGGATTTGCC
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AGCCAAGTACTTCTCCAGCTTCTCCACTTCTTCTTTGCTTCCAATGTAGAGTGGAACCCT
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GATGACTGAGCTTGAGTACATACAGTAGCCGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D271JQ U 1
AF RR3G723JQ U 4
AF RR3BM60JQ U 10
AF RR3FN58JQ U 4
BS 1 142 RR3D271JQ
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BS 560 600 RR3D271JQ
BS 601 693 RR3FN58JQ

RD RR3D271JQ 600 0 0
GCTATCAATGGTCGATGCTAATTATATTATACTGCGATTGGTTCTGGCTCTACATAAAAC
AGCTCATTTCTCTATATTGATATCAACAACAAAATAAAACTTTCATATTTGGGATTTGCC
ATGTTGTCAGAAAATGGCTTACAATAAAAATTAAATGGCTTATGTTTCGTAAATGACTCA
AGCCAAGTACTTCTCCAGCTTCTCCACTTCTTCTTTGCTTCCAATGTAGAGTGGAACCCT
CTGATGTATCTCCGTCGGTTGGATATCTAGGACTCTCTGGTGTCCATCTGATCCTTTCCC
TCCCGCTTGTTCAACAATGAAACTCATCGGTGCACACTCATACAACAGCCTAAGCTTTCC
GTTTTTGCTTTTGGCGTCTCGAGGGTACCCGTAA*TGCCACCGTACAACAAAGTCCTATG
AAAATCTCCGACCAAACTTCCAATGTACCTTGCCGAGTAAGGCTTCCCACTTGGACCAGG
GTCCTTAAGATCATCAATGTACTTCTTTAGCTTCCCATCCCACATCTGGTAGTTCCCTTC
GTTGAATGAGTAGATTTTTCCGGCTTTTGGGATCTCAATGTTCTCTTGAGTTAGGACGAA

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3G723JQ 589 0 0
ATCAAT
GGTCGATGCTAATTATATTATACTGCGATTGGTTCTGGCTCTACATAAAACAGCTCATTT
CTCTATATTGATATCAACAACAAAATAAAACTTTCATATTTGGGATTTGCCATGTTGTCA
GAAAATGGCTTACGATAGAAATTAAATGGCTTATGTTTCGTAAATGACTCAAGCCAAGTA
CTTCTCCAGCTTCTCCACTTCTTCTTCGCTTCCAATGTAGAGTGGAACCCTCTGATGTAT
CTCCGTCGGTTGGATATCTAGGACTCTCTGGTGTCCATCTGATCCTTTCCCTCCCGCTTG
TTCAACAATGAAACTCATCGGTGCACACTCATACAAAAGCCTAAGCTTTCCGTTTTTGCT
CTTGGCGTCTCGAGGGTACCCGTAAATCCCACCGTACAACAAAGTCCTGTGAAAATCTCC
GACCAAACTTCCAATGTACCTTGCCGAGTAAGGCTTCCCACTTGGACCAGGGTCCTTGAG
ATCATCAATGTACTTCTTTAGCTTCTGATCCCACATCTGGTAGTTCCCTTCGTTGAAAGA
GTAGATTTTCCCGGCTTTTGGGATCTCAATGTTCTCTTGAGTT

QA 7 589 7 589
DS 

RD RR3BM60JQ 607 0 0
GGTCGATGCTAATTATATTATACTGCGATTGGTTCTGGCTCTACATAAAACAGCTCATTT
CTCTATATTGATATCAACAACAAAATAAAACTTTCATATTTGGGATTTGCCATGTTGTCA
GAAAATGGCTTACGATAGAAATTAAATGGCTTATGTTTCGTAAATGACTCAAGCCAAGTA
CTTCTCCAGCTTCTCCACTTCTTCTTTGCTTCCAATGTAGAGTGGAACCCTCTGATGTAT
CTCCGTCGGTTGGATATCTAGGACTCTCTGGTGTCCATCTGATCCTTTCCATCCCGCTTG
TTCAACAATGAAACTCATCGGTGCAAACTCATACAAAAGCCTAAGCTTTCCGTTTTTGCT
CTTGGCGTCTCGAGGGTACCCGTAAATCCCACCGTACAACAAAGTCCTGTGAAAATCTCC
GACCAAACTTCCAATGTACCTTGCCGAGTAAGGTTTCCCACTTGGACCAGGGTCCTTGAG
ATCATCAATGTACTTCTTTAGCTTCTGATCCCACATCTGGTAGTTCCCTTCGTTGAAAGA
GTAGATTTTCCCGGCTTTTGGGATCTCAATGTTCTCTTGAGTTAGGACGAACTCGCCATA
CATTGGG

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3FN58JQ 690 0 0
ATCAAT
GGTCGATGCTAATTATATTATACTGCGATTGGTTCTGGCTCTACATAAAACAGCTCATTT
CTCTATATTGATATCAACAACAAAATAAAACTTTCATATTTGGGATTTGCCATGTTGTCA
GAAAATGGCTTACGATAGAAATTAAATGGCTTATGTTTCGTAAATGACTCAAGCCAAGTA
CTTCTCCAGCTTCTCCACTTCTTCTTTGCTTCCAATGTAGAGTGGAACCCTCTGATGTAT
CTCCGTCGGTTGGATATCTAGGACTCTCTGGTGTCCATCTGATCCTTTCCCTCCCGCTTG
TTCAACAATGAAACTCATCGGTGCACACTCATACAAAAGCCTAAGCTTTCCGTTTTTGCT
CTTGGCGTCTCGAGGGTACCCGTAAATCCCACCGTACAACAAAGTCCTGTGAAAATCTCC
GACCAAACTTCCAATGTACCTTGCCGAGTAAGGCTTCCCACTTGGACCAGGGTCCTTGAG
ATCATCAATGTACTTCTTTAGCTTCTGATCCCACATCTGGTAGTTCCCTTCGTTGAAAGA
GTAGATTTTCCCGGCTTTTGGGATCTCAATGTTCTCTTGA***AGGACGAACTCGCCATA
CATTGGGTCGAGTGTGAAGGCGAAAACGCCTTTGCCTAAAGTAAGAACGAAGATGACTGA
GCTTGAGTACATACAGTAGCCGGC

QA 7 690 7 690
DS 



CO CL221Contig2 683 2 2 U
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CAATGTATGGCGAATTCGTCCTAACCCAAGAGAACATTGAGATCCCAAAAGCCGGAAAAA
TCTACTCATTCAACGAAGGGAACTACCAGATGTGGGATGGGAAGCTAAAGAAGTACATTG
ATGATCTTAAGGACCCTGGTCCAAGTGGGAAGCCTTACTCGGCAAGGTACATTGGAAGTT
TGGTCGGAGATTTTCATAGGACTTTGTTGTACGGTGGCATTTACGGGTACCCTCGAGACG
CCAAGAGCAAAAACGGAAAGCTTAGGCTGTTGTATGAGTGTGCACCGATGAGTTTCATTG
TTGAACAAGCGGGAGGGAAAGGATCAGATGGACACCAGAGAGTCCTAGATATCCAACCGA
CGGAGATACATCAGAGGGTTCCACTCTACATTGGAAGCAAAGAAGAAGTGGAGAAGCTGG
AGAAGTACTTGACTTGAGTCATTTACGAAACATAAGCCATTTAATTTCTATTGTAAGCCA
TTTTCTGACAACATGGCAAATCCCAAATATGAAAGTTTTATTTTGTTGTTGATATCAATA
TAGAGAAATGAGCTGTTTTATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3FZ90TF U 1
AF RR3FZ90JQ C 135
BS 1 682 RR3FZ90TF
BS 683 683 RR3FZ90JQ

RD RR3FZ90TF 683 0 0
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CAAGCTCAGTCATCTTCGTTCTTACTTTAGGCAAAGGCGTTTTCGCCTTCACACTCGACC
CAATGTATGGCGAATTCGTCCTAACCCAAGAGAACATTGAGATCCCAAAAGCCGGAAAAA
TCTACTCATTCAACGAAGGGAACTACCAGATGTGGGATGGGAAGCTAAAGAAGTACATTG
ATGATCTTAAGGACCCTGGTCCAAGTGGGAAGCCTTACTCGGCAAGGTACATTGGAAGTT
TGGTCGGAGATTTTCATAGGACTTTGTTGTACGGTGGCATTTACGGGTACCCTCGAGACG
CCAAGAGCAAAAACGGAAAGCTTAGGCTGTTGTATGAGTGTGCACCGATGAGTTTCATTG
TTGAACAAGCGGGAGGGAAAGGATCAGATGGACACCAGAGAGTCCTAGATATCCAACCGA
CGGAGATACATCAGAGGGTTCCACTCTACATTGGAAGCAAAGAAGAAGTGGAGAAGCTGG
AGAAGTACTTGACTTGAGTCATTTACGAAACATAAGCCATTTAATTTCTATTGTAAGCCA
TTTTCTGACAACATGGCAAATCCCAAATATGAAAGTTTTATTTTGTTGTTGATATCAATA
TAGAGAAATGAGCTGTTTTATG
G

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3FZ90JQ 549 0 0
TTCGTCCTAACCCAAGAGAACATTGAGATCCCAAAAGCCGGAAAAATCTACTCATTCAAC
GAAGGGAACTACCAGATGTGGGATGGGAAGCTAAAGAAGTACATTGATGATTTTAAGGAC
CCTGGTCCAAGTGGGAAGCCTTACTCGGCAAGGTACATTGGAAGTTTGGTCGGAGATTTT
CATAGGACTTTGTTGTACGGTGGCATTTACGGGTACCCTCGAGACGCCAAGAGCAAAAAC
GGAAAGCTTAGGCTGTTGTATGAGTGTGCACCGATGAGTTTCATTGTTGAACAAGCGGGA
GGGAAAGGATCAGATGGACACCAGAGAGTCCTAGATATCCAACCGACGGAGATACATCAG
AGGGTTCCACTCTACATTGGAAGCAAAGAAGAAGTGGAGAAGCTGGAGAAGTACTTGACT
TGAGTCATTTACGAAACATAAGCCATTTAATTTTTATTGTAAGCCATTTTCTGACAACAT
GGCAAATCCCAAATATGAAAGTTTTATTTTGTTGTTGATATCAATATAGAGAAATGAGCT
GTTTTATGG

QA 1 549 1 549
DS 



CO CL221Contig3 704 4 22 U
TTTTTCTCCAAACACAAACTCAGAAAAATGGCAGCAACCGCCGGAACAGCATCATCGTCC
CATCTTCTTCTCTCAAGCTCTCGCCATGTGGCGGCCTCACCTCAGCCACGAATCATTTTC
CCATCTCTGAGCGGGAAAAGAGTAGCAGCTGGGAAAAACCATCATGATGCTACTGGAGTG
AGGTGTATGGCGGTTGCGGCGGATGCTACGGCGGAGACTAAACCGGCTGCGAAGAAGAAG
AGTGGGTATGAGCTTCAGACACTGACGAGCTGGTTGCTCAGACAGGAGATGAAAGGGGAG
ATAGATACTGAGCTGACAATAGTGATGTCTAGCATAGCGATGGCATGTAAGCAGATCGCT
TCTCTAGTCCAGCGCGCCGGAATCTCTAATCTGACCGGTGTTCAAGGAGCTGTTAACATT
CAGGGAGAGGATCAGAAGAAGCTTGACGTCATCTCTAATGAGGTGTTTTCGAACTGTTTG
AGATCAAGTGGAAGAACTGGAATCATAGCGTCGGAGGAAGAGGACGTGCCAGTAGCAGTG
GAGGAAAGTTACTCCGGCAATTACGTTGTCGTGTTCGACCCTCTTGACGGTTCCTCCAAC
ATTGACGCAGCAGTCTCCACCGGTTCTATCTTTGGTATCTACAGTCCCAATGACGAGTGT
CTCCCTCACAACTCAAAAGAAAACTCAGATCCCAAATCAGAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 10 25 10 
10 25 10 25 0 15 0 0 0 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 0 0 0 0 15 0 0 15 0 15 15 0 15 0 0 0 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G723TF U 1
AF RR3BM60TF U 13
AF RR3FV31TF U 13
AF RR3FN58TF U 14
BS 1 82 RR3G723TF
BS 83 83 RR3BM60TF
BS 84 219 RR3G723TF
BS 220 220 RR3BM60TF
BS 221 460 RR3G723TF
BS 461 461 RR3BM60TF
BS 462 591 RR3G723TF
BS 592 592 RR3BM60TF
BS 593 664 RR3G723TF
BS 665 665 RR3FN58TF
BS 666 667 RR3FV31TF
BS 668 669 RR3FN58TF
BS 670 676 RR3FV31TF
BS 677 677 RR3FN58TF
BS 678 681 RR3FV31TF
BS 682 682 RR3FN58TF
BS 683 683 RR3FV31TF
BS 684 684 RR3FN58TF
BS 685 685 RR3FV31TF
BS 686 686 RR3FN58TF
BS 687 696 RR3FV31TF
BS 697 704 RR3FN58TF

RD RR3G723TF 664 0 0
TTTTTCTCCAAACACAAACTCAGAAAAATGGCAGCAACCGCCGGAACAGCATCATCGTCC
CATCTTCTTCTCTCAAGCTCTCACCATGTGGCGGCCTCACCTCAGCCACGAATCATTTTC
CCATCTCTGAGCGGGAAAAGAGTAGCAGCTGGGAAAAACCATCATGATGCTACTGGAGTG
AGGTGTATGGCGGTTGCGGCGGATGCTACGGCGGAGACTGAACCGGCTGCGAAGAAGAAG
AGTGGGTATGAGCTTCAGACACTGACGAGCTGGTTGCTCAGACAGGAGATGAAAGGGGAG
ATAGATACTGAGCTGACAATAGTGATGTCTAGCATAGCGATGGCATGTAAGCAGATCGCT
TCTCTAGTCCAGCGCGCCGGAATCTCTAATCTGACCGGTGTTCAAGGAGCTGTTAACATT
CAGGGAGAGGATCAGAAGAAGCTTGACGTCATCTCTAATGCGGTGTTTTCGAACTGTTTG
AGATCAAGTGGAAGAACTGGAATCATAGCGTCGGAGGAAGAGGACGTGCCAGTAGCAGTG
GAGGAAAGTTACTCCGGCAATTACGTTGTCGTGTTCGACCCTCTTGACGGTGCCTCCAAC
ATTGACGCAGCAGTCTCCACCGGTTCTATCTTTGGTATCTACAGTCCCAATGACGAGTGT
CTCC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3BM60TF 659 0 0
GGA
AAACTCAGAAAAATGGCAGCAACCGCCGGAACAGCATCATCGTCCCATCTTCTTCTCTCA
AGCTCTCGCCATGTGGCGGCCTCACCTCAGCCACGAATCATTTTCCCATCTCTGAGCGGG
AAAAGAGTAGCAGCTGGGAAAAACCATCATGATGCTACTGGAGTGAGGTGTATGGCGGTT
GCGGCGGATGCTACGGCGGAGACTAAACCGGCTGCGAAGAAGAAGAGTGGGTATGAGCTT
CAGACACTGGCGAGCTGGTTGCTCAGACAGGAGATGAAAGGGGAGATAGATACTGAGCTG
ACAATAGTGATGTCTAGCATAGCGATGGCATGTAAGCAGATCGCTTCTCTAGTCCAGCGC
GCCGGAATCTCTTATCTGACCGGTGTTCAAGGAGCTGTTAACATTCAGGGAGAGGATCAG
AAGAAGCTTGACGTCATCTCTAATGAGGTGTTTTCGAACTGTTTGAGATCAAGTGGAAGA
ACTGGAATCATAGCGTCGGAGGAAGAGGACGTGCCAGTAGCAGTGGAGGAAAGTTACTCC
GGCAATTACGTTGTCGTGTTCGACTCTCTTGACGGTTCCTCCAACATTGACGCAGCAGTC
TCCACCGGTTCTATCTTTGGTATCTACAGTCCCAATGACGAGTGTCTCC
CTGACAC

QA 4 652 4 652
DS 

RD RR3FV31TF 684 0 0
GGA
AAACTCAGAAAAATGGCAGCAACCGCCGGAACAGCATCATCGTCCCATCTTCTTCTCTCA
AGCTCTCGCCATGTGGCGGCCTCACCTCAGCCACGAATCATTTTCCCATCTCTGAGCGGG
AAAAGAGTAGCAGCTGGGAAAAACCATCATGATGCTACTGGAGTGAGGTGTATGGCGGTT
GCGGCGGATGCTACGGCGGAGACTAAACCGGCTGCGAAGAAGAAGAGTGGGTATGAGCTT
CAGACACTGACGAGCTGGTTGCTCAGACAGGAGATGAAAGGGGAGATAGATACTGAGCTG
ACAATAGTGATGTCTAGCATAGCGATGGCATGTAAGCAGATCGCTTCTCTAGTCCAGCGC
GCCGGAATCTCTAATCTGACCGGTGTTCAAGGAGCTGTTAACATTCAGGGAGAGGATCAG
AAGAAGCTTGACGTCATCTCTAATGATGTGTTTTCGAACTGTTTGAGATCAAGTGGAAGA
ACTGGAATCATAGCGTCGGAGGAAGAGGACGTGCCAGTAGCAGTGGAGGAAAGTTACTCC
GGCAATTACGTTGCCGTGTTCGACCCTCTTGACGGTTCCTCCAACATTGACGCAGCAGTC
TCCACCGGTTCTATCTTTGGTATCTACAGTCCCAATGTATGGCGAGTTCGTCCTAACTCA
AGAGAACATTGAGATCCCAAA

QA 4 684 4 684
DS 

RD RR3FN58TF 691 0 0
GG
AAACTCAGAAAAATGGCAGCAACCGCCGGAACAGCATCATCGTCCCATCTTCTTCTCTCA
AGCTCTCGCCATGTGGCGGCCTCACCTCAGCCACGAATCATTTTCCCATCTCTGAGCGGG
AAAAGAGTAGCAGCTGGGAAAAACCATCATGATGCTACTGGAGTGAGGTGTATGGCGGTT
GCGGCGGATGCTACGGCGGAGACTAAACCGGCTGCGGAGAAGAAGAGTGGGTATGAGCTT
CAGACACTGACGAGCTGGTTGCTCAGACAGGAGATGAAAGGGGAGATAGATACTGAGCTG
ACAATAGTGATGTCTAGCATAGCGATGGCATGTAAGCAGATCGCTTCTCTAGTCCAGCGC
GCCGGAATCTCTAATCTGACCGGTGTTCAAGGAGCTGTTAACATTCAGGGAGAGGATCAG
AAGAAGCTTGACGTCATCTCTAATGAGGTGTTTTCGAACTGTTTGAGATCAAGTGGAAGA
ACTGGAATCATAGCGTCGGAGGAAGAGGACGTGCCAGTAGCAGTGGAGGAAAGTTACTCC
GGCAATTACGTTGTCGTGTTCGACCCTCTTGACGGTTCCTCCAACATTGACGCAGCAGTC
TCCACCGGTTCTATCTTTGGTATCTACAGTCCCAATGACGAGTGTCTCCCTGACAACTCC
GACGACACCTCCGCTCTCGGGTCAGAGAA

QA 3 691 3 691
DS 



AS 1 12

CO CL222Contig1 825 12 28 U
GGGAGCTTCTTTTGTCTCAGTTCTGAGCTTAAGAGAGCTTTCGGCGAAAAAAACATGGCT
TCTCCCTCAGCGGCGCTTTCTCTGTGCTCTGCTTTCTCTGCTCATTGCAGTATCGCTCCA
CCGCGCTCCCTCTCTAAACCTTCGTTGAGTCTGGCTAGACCAGCGATTGGGTTTCTTTCT
ACTTCCGCTGCTGCGTCTACGTCTCGTCCCGCATTCCCCGCCGCTCCGAAATTCGCCGAA
TCAGCCGTCGTGGCTGAACCAGAGACTACCGATATTGAAGCTGTGGTGGTCTCAGAGGAG
GATAAGCCTAAACGAGAAGAGATCTTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGGACGCCAGTACATT
GTTTTCCCAGGGAGATATCTCTACACTCAGCGGCTCAAAGATGCGAATGTTGATGACCAG
ATTGTTTTGAACAAAGTGTTGCTTGTCGGGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCG
GTTGTTACCAATGCCACTGTGCATGCTGTAGTGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTG
GTGGTCTTCAAGTACAAGCCAAAGAAGAAGTACCGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCA
AATACGAGGATTAGGATTACAGGAATCTCAGGGTACGAAGAGTATCCAGCGTCTCCTAAC
GTTGCTGTTTAAATGTCTAGAGAAGTATAGGATCTTTGGAAAAAAA*TTATGCTTCTTGA
ATGTTCAATTTTCTGATCTTTTCTATGTACTTCTGAAAGACAAGACCATTTCATTTCTGT
TGAGAATCTTAAGATCCAGTATATTAATATATACTCACTTCTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 35 50 50 50 50 35 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 
30 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 20 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 40 40 70 70 70 70 70 40 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 10 60 60 30 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 10 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 
60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 45 45 45 45 30 20 40 40 25 5 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 5 25 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 30 10 10 10 10 10 

AF RR3GE60TF U 1
AF RR3GN05TF U 24
AF RR3BQ06TF U 17
AF RR3BT88TF U 18
AF RR3GE60JQ C 250
AF RR3FX37TF U 123
AF RR3FM45TF U 17
AF RR3FM45JQ C 376
AF RR3BT88JQ C 48
AF RR3FX37JQ C 190
AF RR3BQ06JQ C 214
AF RR3GN05JQ C 70
BS 1 34 RR3GE60TF
BS 35 35 RR3BQ06TF
BS 36 535 RR3GE60TF
BS 536 554 RR3BQ06TF
BS 555 555 RR3GN05TF
BS 556 690 RR3BQ06TF
BS 691 691 RR3BT88TF
BS 692 704 RR3BQ06TF
BS 705 706 RR3BT88TF
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BS 726 757 RR3BQ06TF
BS 758 762 RR3FM45TF
BS 763 763 RR3FM45JQ
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BS 787 795 RR3FM45TF
BS 796 796 RR3BT88JQ
BS 797 806 RR3FM45TF
BS 807 807 RR3BT88JQ
BS 808 820 RR3FM45TF
BS 821 825 RR3BT88JQ

RD RR3GE60TF 535 0 0
GGGAGCTTCTTTTGTCTCAGTTCTGAGCTTAAGAAAGCTTTCGGCGAAAAAAACATGGCT
TCTCCCTCAGCGGCGCTTTCTCTGTGCTCTGCTTTCTCTGCTCATTGCAGTATCGCTCCA
CCGCGCTCCCTCTCTAAACCTTCGTTGAGTCTGGCTAGACCAGCGATTGGGTTTCTTTCT
ACTTCCGCTGCTGCGTCTACGTCTCGTCCCGCATTCCCCGCCGCTCCGAAATTCGCCGAA
TCAGCCGTCGTGGCTGAACCAGAGACTACCGATATTGAAGCTGTGGTGGTCTCAGAGGAG
GATAAGCCTAAACGAGAAGAGATCTTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGGACGCCAGTACATT
GTTTTCCCAGGGAGATATCTCTACACTCAGCGGCTCAAAGATGCGAATGTTGATGACCAG
ATTGTTTTGAACAAAGTGTTGCTTGTCGGGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCG
GTTGTTACCAATGCCACTGTGCATGCTGTAGTGGAAAATCAAGGTCTGAATGATA

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3GN05TF 605 0 0
G
GAGCTTAAGAGAGCTTTCGGCGAAAAAAACATGGCTTCTCCCTCAGCGGCGCTTTCTCTG
TGCTCTGCTTTCTCTGCTCATTGCAGTATCGCTCCACCGCGCTCCCTCTCTAAACCTTCG
TTGAGTCTGGCTAGACCAGCGTTTGGGTTTCTTTCTACTTCCGCTGCTGCGTCTACGTCT
CGTCCCGCATTCCCCACCGCTCCGAAATTCGCCGAATCAGCCGTCGTGGCTGAACCAGAG
ACTACCGATATTGAATCTGTGGTGGTCTCAGAGGAGGATAAGCCTAAACGAGAAGAGATC
TTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGGACGCCAGTACATTGTTTTCCCAGGGAGATATCTCTAC
ACTCAGCGGCTCAAAGATGCGAATGTTGATGACCAGATTGTTTTGAACAAAGTGTTGCTT
GTCGGGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGCTACCAATGCCACTGTGCAT
GCTGTAGCGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTCAAGTACAAGCCAAAG
AAGAAGTACCGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCAAATACGAGGATTAGGATTACAGGA
ATCT

QA 2 605 2 605
DS 

RD RR3BQ06TF 748 0 0
GG
AGTTCTGAGCTTAAGAGAGCTTTCGGCGAAAAAAACATGGCTTCTCCCTCAGCGGCGCTT
TCTCTGTGCTCTGCTTTCTCTGCTCATTGCAGTATCGCTCCACCGCGCTCCCTCTCTAAA
CCTTCGTTGAGTCTGGCTAGACCAGCGATTGGGTTTCTTTCTACTTCCGCTGCTGCGTCT
ACGTCTCGTCCCGCATTCCCCGCCGCTCCGAAATTCGCCGAATCAGCCGTCGTGGCTGAA
CCAGAGACTACCGATATTGAAGCTGTGGTGGTCTCAGAGGAGGATAAGCCTAAACGAGAA
GAGATCTTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGGACGCCAGTACATTGTTTTCCCAGGGAGATAT
CTCTACACTCAGCGGCTCAAAGATGCGAATGTTGATGACCAGATTGTTTTGAACAAAGTG
TTGCTTGTCGGGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGTTACCAATGCCACT
GTGCATGCTGTAGTGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTCAAGTATAAG
CCAAAGAAGAAGTACCGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCAAATACGAGGATTAGGATT
ACAGGAATCTCAGGGTACGAAGAGTATCCAGCGTCTCCTAACGTTGCTGTTTAAATGTCT
AGAGAAGTATAG*ATCTTTGGAAAAA***TTGTGCTTCTTGA*TGT*CAATTTTCTGATC
TTTTCTATGTACTTCTGAA
GACAGAC

QA 3 741 3 741
DS 

RD RR3BT88TF 747 0 0
G
AGTTCTGAGCTTAAGAGAGCTTTCGGCGAAAAAAACATGGCTTCTCCCTCAGCGGCGCTT
TCTCTGTGCTCTGCTTTCTCTGCTCATTGCAGTATCGCTCCACCGCGCTCCCTCTCTAAA
CCTTCGTTGAGTCTGGCTAGACCAGCGATTGGGTTTCTTTCTACTTCCGCTGCTGCGTCT
ACGTCTCGTCCCGCATTCCCCGCCGCTCCGAAATTCGCCGAACCAGCCGTCGTGGCTGAA
CCAGAGACTACCGATATTGAAGCTGTGGTGGTCTCAGAGGAGGATAAGCCTAAACGAGAA
GAGATCTTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGGACGCCAGTACATTGTTTTCCCAGGGAGATAT
CTCTACACTCAGCGGCTCAAAGATGCGAATGTTGATGACCAGATTGTTTTGAACAAAGTG
TTGCTTGTCGGGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGTTACCAATGCCACT
GTGCATGCTGTAGTGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTCAAGTACAAG
CCAAAGAAGAAGTACCGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCAAATACGAGGATTAGGATT
ACAGGAATCTCAGGGTACGAAGAGTATCCAGCGTCTCCTAACGTTGCTGTTTAAATGTCT
AGAGAAGTATAGGATCTTTGGAAAAAAA*TTATGCTTCTTGAATGTTCAATTTTCTGATC
TTTTCTATGTACTTCTGAA
GACAGAC

QA 2 740 2 740
DS 

RD RR3GE60JQ 503 0 0
GTGGCTGAACCAGAGACTACCGATATTGAAGCTGTGGTGGTCTCAGAGGAGGATAAGCCT
AAACGAGAAGAGATCTTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGGACGCCAGTACATTGTTTTCCCA
GGGAGATATCTCTACACTCAGCGGCTCAAAGATGCGAATGTTGATGACCAGATTGTTTTG
AACAAAGTGTTGCTTGTCGGGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGTTACC
AATGCCACTGTGCATGCTGTAGTGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTC
AAGTACAAGCCAAAGAAGAAGTACCGCAGAAATATCGGTCGCCGACAGCCAAATACGAGG
ATTAGGATTACAGGAATCCCAGGGTACGAAGAGTATCCAGCGTCTCCTAACGTTGCTGTT
TAAATGTCTAGAGAAGTATAGGATCTTTGGAAAAAAA*TTATGCTTCTTGAATGTTCAAT
TTTCTGATCTTTTCTATGTACTT

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR3FX37TF 643 0 0
GCGTTCT
CTCTCTAAGCCTTCGTTGAGTCTGGCTAGACCAACGATTGGGTTTCTTTCTACTTCCGCT
GCTGCGTCTACGTCTCGTCCCGCATTCCCCGCCGCTCCGAAATTCTCCGAATCAGCCGTC
GTGGCTGAACCCGAGACTACCGATATTGAAGCTGTGGTGGTCTCAGAGGAGGATAAGCCT
AAACGAGAAGAGATCTTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGGACGGCAGTACATTGTTTTCCCA
GGGAGATATCTCTACACTCAGCGGCTCAAAGATGCGAATGTTGATGACCAGATTGTTTTG
AACAAAGTGTTGCTTGTCGGGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGTTACC
AATGCCACTGTGCATGCTGTAGTGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTC
AAGTACAAGCCAAAGAAGAAGTACCGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCAAATACGAGG
ATTAGGATTACAGGAATCTCAGG*TACGAAGAGTATCCAGCTTCTCCCAACGTTGCTGTT
TAAATGTCTAGAGAAGTATATGATCTTTGGAAAAAA**TTATGCTTCTTGAATGTTCAAT
TTTCTGATCTTTTCTATGTACTTCTGAAAGACA
GAT

QA 8 640 8 640
DS 

RD RR3FM45TF 808 0 0
GG
AGTTCTGAGCTTAAGAGAGCTTTCGGCGAAAAAA*CATGGCTTCTCCCTCAGCGGCGCTT
TCTCTGTGCTCTGCCTTCTCTGCTCATTGCAGTATCGCTCCACCGCGCTCCCTCTCTAAG
CCTTCGTTGAGTCTAGCAAAACCAGCGATTGGGTTTCTTTCTACTTCCGCTGCTGCGTCT
ACGTCTCGTCCCGCATTCCCCGCCGCTCCGAAATTCTCCGAATCAGCCGTCGTGGCTGAA
CCTGAGACTACCGATATTGAAGCTGTGGTCGTCTCAGAGGAGGATAAGCCTAAACGAGAA
GAGATCTTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGGACGCCAGTACATTGTTTTCCCAGGGAGATAT
CTCTACACTCAGCGGCTCAAAGATGCTAATGTTGATGACCAGATTGTTTTGAACAAAGTG
TCT*TTGTCCCGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGTTACCAATGCCACT
GTGCATGCTGTAGTGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTCAAGTACAAG
CCAAAGAAGAAGTACCGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCAAATACGAGGATTAGGATT
ACAGGAATCTCAGGGTACGAAGAGTATCCAGCTTCTCCCAATGTTGCTGTTTAAATGTCT
AGAGAAGTATAGGATCTTTGGAAAAAA**TTATGCTTCTTGAATGTTCAATTTTCTGATC
TTTTCTATGTACTTCTGAAAGACA*GAC*ATTTCATTTCTGTTGAGA*TCTTAAGATGCA
GTATATTA*TATATACTCACTT
TGCC

QA 3 804 3 804
DS 

RD RR3FM45JQ 437 0 0
TATCTCTACACTCAGCGGCTCAAAGATGCTAATGTTGATGACCAGATTGTTTTGAACAAA
GTGTCT*TTGTCCCGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGTTACCAATGCC
ACTGTGCATGCTGTAGTGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTCAAGTAC
AAGCCAAAGAAGAAGTACCGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCAAATACGAGGATTAGG
ATTACAGGAATCTCAGGGTACGAAGAGTATCCAGCTTCTCCCAATGTTGCTGTTTAAATG
TCTAGAGAAGTATAGGATCTTTGGAAAAAAA*TTATGCTTCTTGAATGTTCAATTTTCTG
ATCTTTTCTATGTACTTCTGAAAGACAAGACCATTTCATTTCTGTTGAGAATCTTAAGAT
GCAGTATATTA**ATAT

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR3BT88JQ 778 0 0
AAAAAACATGGCTTCTCCCTCAGCGGCGCTTTCTCTGTGCTCTGCTTTCTCTGCTCATTG
CAGTATCGCTCCACCGCGCTCCCTCTCTAAACCTTCGTTGAGTCTGGCTAGACCAGCGAT
TGGGTTTCTTTCTACTTCCGCTGCTGCGTCTACGTCTCGTCCCGCATTCCCCGCCGCTCC
GAAATTCGCCGAACCAGCCGTCGTGGCTGAACCAGAGACTACCGATATTGAAGCTGTGGT
GGTCTCAGAGGAGGATAAGCCTAAACGAGAAGAGATCTTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGG
ACGCCAGTACATTGTTTTCCCAGGGAGATATCTCTACACTCAGCGGCTCAAAGATGCGAA
TGTTGATGACCAGATTGTTTTGAACAAAGTGTTGCTTGTCGGGACAAAGACACATACTTA
CATCGGCAAACCGGTTGTTACCAATGCCACTGTGCATGCTGTAGTGGAAAATCAAGGTCT
GAATGATAAAGTGGTGGTCTTCAAGTACAAGCCAAAGAAGAAGTACCGCAGAAATATCGG
TCACCGACAGCCAAATACGAGGATTAGGATTACAGGAATCTCAGGGTACGAAGAGTATCC
AGCGTCTCCTAACGTTGCTGTTTAAATGTCTAGAGAAGTATAGGATCTTTGGAAAAAAAA
TTATGCTTCTTGAATGTTCAATTTTCTGATCTTTTCTATGTACTTCTGAAAGACAAGACC
ATTTCATTTCTGTTGAGAATCTTAAGATCCAGTATATTAATATATACTCACTTCTGCC

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3FX37JQ 636 0 0
GCTGCGTCTACGTCTCGTCCCGCATTCCCCGCCGCTCCGAAATTCTCCGAATCAGCCGTC
GTGGCTGAACCCGAGACTACCGATATTGAAGCTGTGGTGGTCTCAGAGGAGGATAAGCCT
AAACGAGAAGAGATCTTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGGACGGCAGTACATTGTTTTCCCA
GGGAGATATCTCTACACTCAGCGGCTCAAAGATGCGAATGTTGATGACCAGATTGTTTTG
AACAAAGTGTTGCTTGTCGGGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGTTACC
AATGCCACTGTGCATGCTGTAGTGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTC
AAGTACAAGCCAAAGAAGAAGTACCGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCAAATACGAGG
ATTAGGATTACAGGAATCTCAGGGTACGAAGAGTATCCAGCTTCTCCCAACGTTGCTGTT
TAAATGTCTAGAGAAGTATAGGATCTTTGGAAAAAAA*TTATGCTTCTTGAATGTTCAAT
TTTCTGATCTTTTCTATGTACTTCTGAAAGACCAGATTATTTCGTTTCTGTTGAGAATCT
TAAGATTCAGTATATTAATATATACTCACT
CTTGCC

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3BQ06JQ 611 0 0
TTCCCCGCCGCTCCGAAATTCGCCGAATCAGCCGTCGTGGCTGAACCAGAGACTACCGAT
ATTGAAGCTGTGGTGGTCTCAGAGGAGGATAAGCCTAAACGAGAAGAGATCTTCGCCGTT
GTTATGGTTGGTGGACGCCAGTACATTGTTTTCCCAGGGAGATATCTCTACACTCAGCGG
CTCAAAGATGCGAATGTTGATGACCAGATTGTTTTGAACAAAGTGTTGCTTGTCGGGACA
AAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGTTACCAATGCCACTGTGCATGCTGTAGTG
GAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTCAAGTATAAGCCAAAGAAGAAGTAC
CGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCAAATACGAGGATTAGGATTACAGGAATCTCAGGG
TACGAAGAGTATCCAGCGTCTCCTAACGTTGCTGTTTAAATGTCTAGAGAAGTATAGGAT
CTTTGGAAAAAA**TTGTGCTTCTTGAATGTTCAATTTTCTGATCTTTTCTATGTACTTC
TGAAAGACAAGACCATTTCATTTCTGTTGAGAATCTTAAGATCCAGTATATTAATATATA
CTCACTT
CTGC

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3GN05JQ 756 0 0
GCGGCGCTTTCTCTGTGCTCTGCTTTCTCTGCTCATTGCAGTATCGCTCCACCGCGCTCC
CTCTCTAAACCTTCGTTGAGTCTGGCTAGACCAGCGTTTGGGTTTCTTTCTACTTCCGCT
GCTGCGTCTACGTCTCGTCCCGCATTCCCCACCGCTCCGAAATTCGCCGAATCAGCCGTC
GTGGCTGAACCAGAGACTACCGATATTGAATCTGTGGTGGTCTCAGAGGAGGATAAGCCT
AAACGAGAAGAGATCTTCGCCGTTGTTATGGTTGGTGGACGCCAGTACATTGTTTTCCCA
GGGAGATATCTCTACACTCAGCGGCTCAAAGATGCGAATGTTGATGACCAGATTGTTTTG
AACAAAGTGTTGCTTGTCGGGACAAAGACACATACTTACATCGGCAAACCGGTTGCTACC
AATGCCACTGTGCATGCTGTAGCGGAAAATCAAGGTCTGAATGATAAAGTGGTGGTCTTC
AAGTACAAGCCAAAGAAGAAGTACCGCAGAAATATCGGTCACCGACAGCCAAATACGAGG
ATTAGGATTACAGGAATCTCAGGGTACGAAGAGTATCCAGCGTCTCCTAACGTTGCTGTT
TAAATGTCTAGAGAAGCATAGGATCTTTGGAAAAAAA*TTATGCTTCTTGAATGTTCAAT
TTTCTGATCTTTTCTATGTACTTCTGAAAGACAAGACCATTTCATTTCTGTTGAGAATCT
TAAGATCCGGTATATTAATATATACTCACTT
CTGCC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 2 11

CO CL223Contig1 615 4 4 U
GAGGTCGTAAAGGATCTTTGACATTAAACGAAAGATGAAAGTTGTAAAGGTTTCAAAACT
GAAACTAACATCCATTCAACAGAGCTGATAAATTGCAAAACGCTAGTAAATCCAAAACCC
AAAATACAAAAAACGATTCGCAGATAGTAACTCAAGCGGTGATCTCCTTCTTGAGCTTCG
CAAGTTCTTGCCTGACAACACCAGCTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTAT
CGAAGTCATTGAGGCTAGCCCTACGCTTCTGAACGATAAGCTTCCTACCCCATGAGCTCT
TCTCCCACTTGCTCTTCACGTCAGCTTTCTCCATAGCCTCGATCAAAGCCTTCTTCTTCG
GCACTCGGTTGATCTCAATCACGATGTCCGTAAGAGACAACCTCTTGAAATTCATCTGGA
TCCTTTCCATATCAGGGGCATCTACCAAAGCTCTGTTCTGGTCAACGACGTCGACGATGA
CGACGAGCTTTCCATGGTCTTTCCCGTAGTTGACAAGAGCAACTCTCCCTATCTCCACGT
ACCTCTTGAAAACCATTTTCGCCGCCGGTAAGGTTGGAAGGTGAGAGAGCAAAGTGGGAC
GAGCAACAGCTTCCT


BQ
10 10 10 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3EO31JQ U 1
AF RR3EO31TF C 1
AF RR3CR20JQ U 6
AF RR3CR20TF C 6
BS 1 395 RR3EO31JQ
BS 396 396 RR3CR20JQ
BS 397 468 RR3EO31JQ
BS 469 615 RR3CR20JQ

RD RR3EO31JQ 468 0 0
GAGGTCGTAAAGGATCTTTGACATTAAACGAAAGATGAAAGTTGTAAAGGTTTCAAAACT
GAAACTAACATCCATTCAACAGAGCTGATAAATTGCAAAACGCTAGTAAATCCAAAACCC
AAAATACAAAAAACGATTCGCAGATAGTAACTCAAGCGGTGATCTCCTTCTTGAGCTTCG
CAAGTTCTTGCCTGACAACACCAGCTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTAT
CGAAGTCATTGAGGCTAGCCCTACGCTTCTGAACGATAAGCTTCCTACCCCATGAGCTCT
TCTCCCACTTGCTCTTCACGTCAGCTTTCTCCATAGCCTCGATCAAAGCCTTCTTCTTCG
GCACTCGGTTGATCTCAATCACGATGTCCGTAAGAAACAACCTCTTGAAATTCATCTGGA
TCCTTTCCATATCAGGGGCATCTACCAAAGCTCTGTTCTGGTCAACGA

QA 1 468 1 468
DS 

RD RR3EO31TF 614 0 0
GAG
GTCGTAAAGGATCTTTGACATTAAACGAAAGATGAAAGTTGTAAAGGTTTCAAAACTGAA
ACTAACATCCATTCAACAGAGCTGATAAATTGCAAAACGCTAGTAAATCCAAAACCCAAA
ATACAAAAAACGATTCGCAGATAGTAACTCAAGCGGTGATCTCCTTCTTGAGCTTCGCAA
GTTCTTGCCTGACAACACCAGCTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTATCGA
AGTCATTGAGGCTAGCCCTACGCTTCTGAACGATAAGCTTCCTACCCCATGAGCTCTTCT
CCCACTTGCTCTTCACGTCAGCTTTCTCCATAGCCTCGATCAAAGCCTTCTTCTTCGGCA
CTCGGTTGATCTCAATCACGATGTCCGTAAGAGACAACCTCTTGAAATTCATCTGGATCC
TTTCCATATCAGGGGCATCTACCAAAGCTCTGTTCTGGTCAACGACGTCGACGATGACGA
CGAGCTTTCCATGGTCTTTCCCGTAGTTGACAAGAGCAACTCTCCCTATCTCCACGTACC
TCTTGAAAACCATTTTCGCCGCCGGTAAGGTTGGAAGGTGAGAGAGCAAAGTGGGACGAG
CAACAGCTTCC

QA 4 614 4 614
DS 

RD RR3CR20JQ 610 0 0
CGTAAAGGATCTTTGACATTAAACGAAAGATGAAAGTTGTAAAGGTTTCAAAACTGAAAC
TAACATCCATTCAACAGAGCTGATAAATTGCAAAACGCTAGTAAATCCAAAACCCAAAAT
ACAAAAAACGATTCGCAGATAGTAACTCAAGCGGTGATCTCCTTCTTGAGCTTCGCAAGT
TCTTGCCTGACAACACCAGCTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTATCGAAG
TCATTGAGGCTAGCCCTACGCTTCTGAACGATAAGCTTCCTACCCCATGAGCTCTTCTCC
CACTTGTTCTTCACGTCAGCTTTCTCCATAGCCTCGATCAAAGCCTTCTTCTTCGGCACT
CGGTTGATCTCAATCACGATGTCCGTAAGAGACAACCTCTTGAAATTCATCTGGATCCTT
TCCATATCAGGGGCATCTACCAAAGCTCTGTTCTGGTCAACGACGTCGACGATGACGACG
AGCTTTCCATGGTCTTTCCCGTAGTTGACAAGAGCAACTCTCCCTATCTCCACGTACCTC
TTGAAAACCATTTTCGCCGCCGGTAAGGTTGGAAGGTGAGAGAGCAAAGTGGGACGAGCA
ACAGCTTCCT

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3CR20TF 610 0 0
CGTAAAGGATCTTTGACATTAAACGAAAGATGAAAGTTGTAAAGGTTTCAAAACTGAAAC
TAACATCCATTCAACAGAGCTGATAAATTGCAAAACGCTAGTAAATCCAAAACCCAAAAT
ACAAAAAACGATTCGCAGATAGTAACTCAAGCGGTGATCTCCTTCTTGAGCTTCGCAAGT
TCTTGCCTGACAACACCAGCTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTATCGAAG
TCATTGAGGCTAGCCCTACGCTTCTGAACGATAAGCTTCCTACCCCATGAGCTCTTCTCC
CACTTGTTCTTCACGTCAGCTTTCTCCATAGCCTCGATCAAAGCCTTCTTCTTCGGCACT
CGGTTGATCTCAATCACGATGTCCGTAAGAGACAACCTCTTGAAATTCATCTGGATCCTT
TCCATATCAGGGGCATCTACCAAAGCTCTGTTCTGGTCAACGACGTCGACGATGACGACG
AGCTTTCCATGGTCTTTCCCGTAGTTGACAAGAGCAACTCTCCCTATCTCCACGTACCTC
TTGAAAACCATTTTCGCCGCCGGTAAGGTTGGAAGGTGAGAGAGCAAAGTGGGACGAGCA
ACAGCTTCC
T

QA 1 609 1 609
DS 



CO CL223Contig2 641 7 5 U
ACGAGAAAACTGTTGTCCTATAGACATTGAAGTCGTAAAGGATCTTTGACATTAAACGAA
TGATGAAAGTTGTAAAAGGTTTCAAAACTGAAACTAACATCCATTCAACAAAGTTGATAA
ATTGCAAAACGCTAGTAAATCCAAAACCCAAAATACAATAACAAGATTCGCAGATAGTAC
TCAAGCGGTGATCTCCTTCTTGAGCTTGGCAAGTTCTTGCCTGACAACACCAGCTTTCTT
GATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTATCGAAATCATTGAGGCTAGCCCTACGCTTCTG
AACGATCAGCTTCCTACCCCAAGAGCTTTTCTCCCACTTGTTCTTCACGTCAGCTTTCTC
CATAGCCTCGATCAAAGCTTTCTTCTTCGGCACTCGGTTGATCTCAATCACGATGTCCGT
AAGAGACAACCTCTTGAAATTCATCTGGATCCTCTCCATATCAGGGGCATCTACCAAAGC
TCTGTTCTGGTCAACAACGTCGACAATAACGACGAGCTTTCCATGGTCTTTCCCGTAGTT
GACAAGGGCAACTCTCCCTATCTCCACGTACCTCTTGAAAACCATTTTCGCCGCCGGTGA
GGTTGGAAGGTGATAGAGCGAAGTGGGACGGTAACAGCTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ54JQ U 68
AF RR3AB09JQ U 172
AF RR3GV27JQ U 1
AF RR3GV27TF C 1
AF RR3AB09TF C 83
AF RR3FF57JQ U 34
AF RR3FF57TF C 34
BS 1 67 RR3GV27JQ
BS 68 68 RR3FF57JQ
BS 69 614 RR3GV27JQ
BS 615 630 RR3FF57JQ
BS 631 641 RR3GV27TF

RD RR3GQ54JQ 105 0 0
C
GTTGTAAAAGGTTTCAAAACTGAAACTAACATCCATTCAACAAAGTTGATAAATTGCAAA
ACGCTAGTAAATCCAAAACCCAAAATACAATAACAAGATTCGCA

QA 2 105 2 105
DS 

RD RR3AB09JQ 333 0 0
AA
ATAGTACTCAAGCGGGGATCTCCTTCTTGAGCTTGGCAAGTTCTTGCCTGACAACACCAG
CTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATTTTGAACCTATCGAAGTCATTGAGGCTAGCCCTAC
CCTTCTGAACGAAAAGCTTCCTACCCCATGAGCTCTTCCCCCACTTGTTCTTCACATCAG
CTTTCTCCATAGCCTCGATCAAAGCCTTCTTCTTCGGCACTCGGTTGATCTCAATCACGA
TGTCCGTAAAAAACAACCTCTTGAAATTCATCTGGATCCTTTCCATATCAGGGGCATCTA
CCAAAGCTCTGTTCTGGTCAACAACGTC
AAC

QA 3 330 3 330
DS 

RD RR3GV27JQ 614 0 0
ACGAGAAAACTGTTGTCCTATAGACATTGAAGTCGTAAAGGATCTTTGACATTAAACGAA
TGATGAAGGTTGTAAAAGGTTTCAAAACTGAAACTAACATCCATTCAACAAAGTTGATAA
ATTGCAAAACGCTAGTAAATCCAAAACCCAAAATACAATAACAAGATTCGCAGATAGTAC
TCAAGCGGTGATCTCCTTCTTGAGCTTGGCAAGTTCTTGCCTGACAACACCAGCTTTCTT
GATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTATCGAAATCATTGAGGCTAGCCCTACGCTTCTG
AACGATCAGCTTCCTACCCCAAGAGCTTTTCTCCCACTTGTTCTTCACGTCAGCTTTCTC
CATAGCCTCGATCAAAGCTTTCTTCTTCGGCACTCGGTTGATCTCAATCACGATGTCCGT
AAGAGACAACCTCTTGAAATTCATCTGGATCCTCTCCATATCAGGGGCATCTACCAAAGC
TCTGTTCTGGTCAACAACGTCGACAATAACGACGAGCTTTCCATGGTCTTTCCCGTAGTT
GACAAGGGCAACTCTCCCTATCTCCACGTACCTCTTGAAAACCATTTTCGCCGCCGGTGA
GGTTGGAAGGTGAT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3GV27TF 641 0 0
ACGAGAAAACTGTTGTCCTATAGACATTGAAGTCGTAAAGGATCTTTGACATTAAACGAA
TGATGAAGGTTGTAAAAGGTTTCAAAACTGAAACTAACATCCATTCAACAAAGTTGATAA
ATTGCAAAACGCTAGTAAATCCAAAACCCAAAATACAATAACAAGATTCGCAGATAGTAC
TCAAGCGGTGATCTCCTTCTTGAGCTTGGCAAGTTCTTGCCTGACAACACCAGCTTTCTT
GATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTATCGAAATCATTGAGGCTAGCCCTACGCTTCTG
AACGATCAGCTTCCTACCCCAAGAGCTTTTCTCCCACTTGTTCTTCACGTCAGCTTTCTC
CATAGCCTCGATCAAAGCTTTCTTCTTCGGCACTCGGTTGATCTCAATCACGATGTCCGT
AAGAGACAACCTCTTGAAATTCATCTGGATCCTCTCCATATCAGGGGCATCTACCAAAGC
TCTGTTCTGGTCAACAACGTCGACAATAACGACGAGCTTTCCATGGTCTTTCCCGTAGTT
GACAAGGGCAACTCTCCCTATCTCCACGTACCTCTTGAAAACCATTTTCGCCGCCGGTGA
GGTTGGAAGGTGATAGAGCGAAGTGGGACGGTAACAGCTCC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3AB09TF 551 0 0
CAAAACTGAAACTAACATCCATTCAACAGAGTTGATAAATTGCAAAACGCTAGTAAATCC
AAAACCCAAA*TACAATAACAAGATTCGCAGATAGTACTCAAGCGGTGATCTCCTTCTTG
AGCTTGGCAAGTTCTTGCCTGACAACACCAGCTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATCTTG
AACCTATCGAAGTCATTGAGGCTAGCCCTACGCTTCTGAACGATAAGCTTCCTACCCCAT
GAGCTCTTCTCCCACTTGTTCTTCACATCAGCTTTCTCCATAGCCTCGATCAAAGCCTTC
TTCTTCGGCACTCGGTTGATCTCAATCACGATGTCCGTAAGAGACAACCTCTTGAAATTC
ATCTGGATCCTTTCCATATCAGGGGCATCTACCAAAGCTCTGTTCTGGTCAACAACGTCA
ACGATAACGACGAGCTTTCCATGGTCTTTCCCGTAGTTGACAAGAGCAACTCTCCCTATC
TCCACGTACCTCTTGAAAACCATTTTCGCCGCCGGTGAGGTTGGAAGTTGAGAGAG
AGTTGAGTGGTACCC

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR3FF57JQ 601 0 0
CGTAAAGGATCTTTGACATTAAACGAATGATGAAAGTTGTAAAAGGTTTCAAAACTGAAA
CTAACATCCATTCAACAAAGTTGATAAATTGCAAAACGCTAGTAAATCCAAAACCCAAAA
TACAATAACAAGATTCGCAAATAGTACTCAAGCGGTGATCTCCTTCTTGAGCTTGGCAAG
TTCTTGTCTGACAACACCAGCTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTATCGAA
ATCATTGAGGCTAGCCCTACGCTTCTGAACGATCAGCTTCCTACCCCAAGAGCTTTTCTC
CCACTTGTTCTTCACGTCAGCTTTCTCCATAGCCTCGATCAAAGCTTTCTTCTTCGGCAC
TCGGTTGATCTCAATCACGATGTCCGTAAGAAACAACCTCTTGAAATTCATCTGGATCCT
CTCCATATCAGGGGCATCTACCAAAGCTCTGTTCTGGTCAACAACGTCGACAATAACGAC
GAGCTTTCCATGGTCTTTCCCGTAGTTGACAAGGGCAACTCTCCCTATCTCCACGTACCT
CTTGAAAACCATTTTCGCCGCCGGTGAGGTTGGAAGGTGATAGAGCGAAGTGGGACG
GTCC

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3FF57TF 601 0 0
CGTAAAGGATCTTTGACATTAAACGAATGATGAAAGTTGTAAAAGGTTTCAAAACTGAAA
CTAACATCCATTCAACAAAGTTGATAAATTGCAAAACGCTAGTAAATCCAAAACCCAAAA
TACAATAACAAGATTCGCAGATAGTACTCAAGCGGTGATCTCCTTCTTGAGCTTGGCAAG
TTCTTGTCTGACAACACCAGCTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTATCGAA
ATCATTGAGGCTAGCCCTACGCTTCTGAACGATCAGCTTCCTACCCCAAGAGCTTTTCTC
CCACTTGTTCTTCACGTCAGCTTTCTCCATAGCCTCGATCAAAGCTTTCTTCTTCGGCAC
TCGGTTGATCTCAATCACGATGTCCGTAAGAGACAACCTCTTGAAATTCATCTGGATCCT
CTCCATATCAGGGGCATCTACCAAAGCTCTGTTCTGGTCAACAACGTCGACAATAACGAC
GAGCTTTCCATGGTCTTTCCCGTAGTTGACAAGGGCAACTCTCCCTATCTCCACGTACCT
CTTGAAAACCATTTTCGCCGCCGGTGAGGTTGGAAGGTGATAGAGCGAAGTGGGACG
GTCC

QA 1 597 1 597
DS 



AS 2 11

CO CL224Contig1 974 7 17 U
GGACTGTGTGTTGTGCATCCCATCATCTATCTATCTATCAACAATGGCGATTCGTTCCGT
AGCGAGCAGAAGAACCCTAACCGGCCTAAAGGAGACATCTTCAAGGCTTCTAAGATTCAG
AGGAATCCAGACCTTCACGCTTCCTGATCTCCCCTATGATTACAGCGCGCTGGAGCCGGC
GATAAGCGGCGAGATCATGCAGATCCATCACCAGAAGCACCACCAGGCTTACGTCACTAA
TTACAACAATGCCCTCGAGCAGCTCGATCAGGCCGTCAACAAGGGAGACGCTTCCGCTGT
CGTTAAGCTGCAGAGCACCATCAAGTTCAACGGCGGAGGTCATGTGAACCATTCTATTTT
CTGGAAGAATCTTGCTCCTGTCAAGGAAGGTGGTGGAGAGCCACCGAAGGGATCTCTTGG
TGGAGCTATTGATACTCATTTTGGTTCACTTGAAGGTTTGGTGAAGAAGATGAGTGCGGA
AGGTGCTGCTGTGCAAGGCTCAGGATGGGTGTGGCTCGGTTTAGACAAAGAGCTTAAGAA
GCTTGTGGTTGACACAACCGCAAATCAGGATCCACTAGTGACGAAAGGAGGAAGCTTGGT
TCCTCTGGTGGGTATAGATGTTTGGGAGCACGCCTACTACTTGCAGTACAAGAATGTGAG
GCCGGATTATCTTAAGAACGTGTGGAAAGTGATCAACTGGAAATATGCAAGCGAAGTTTA
TGAGAAGGAATGCAAGTGATGAGTTCGTTACACGATAACAAACATAAAGAGAGGAACCAG
TTCCTAGCTCGGCTTTGTTTTTTTTATAAGTTTGTCTGAAACAAACGTACAATTGCCTGA
GTTAGCTCAGTTGACCGTGTGTGGTTGCAATAATATAAACGTTGTTTTAATATATTCATC
TTGTACTCCATAATAGTGTTTGGGGGTAAACTTTCAAAATGAAACTTCAATAAAAAAAAA
AGTGTTCTCATATT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EP45TF U 1
AF RR3FM93TF U 1
AF RR3G381TF U 1
AF RR3BF20JQ C 181
AF RR3FM93JQ C 378
AF RR3A557JQ C 279
AF RR3A557TF U 279
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BS 220 220 RR3G381TF
BS 221 262 RR3EP45TF
BS 263 263 RR3FM93TF
BS 264 458 RR3EP45TF
BS 459 459 RR3FM93TF
BS 460 495 RR3EP45TF
BS 496 496 RR3FM93TF
BS 497 503 RR3EP45TF
BS 504 504 RR3FM93TF
BS 505 518 RR3EP45TF
BS 519 519 RR3FM93TF
BS 520 531 RR3EP45TF
BS 532 729 RR3FM93TF
BS 730 730 RR3A557TF
BS 731 758 RR3FM93TF
BS 759 974 RR3A557TF

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TTACAACAATGCCCTCGAGCAGTTCGATCAGGCCGTCAACAAGGGAGACGCTTCCGCTGT
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CTGGAAGAATCTTGCTCCTGTCAAGGAAGGTGGTGGAGAGCCACCGAAGGGATCTCTTGG
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AGGTGCTGCTGTGCA*GGCTCAG*ATGGGTGTGGCTCG*TTTAGACAAAGA

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DS 

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GGAC
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AGCGGCGAGATCATGCAGATCCATCACCAGAAGCATCACCAGGCTTACGTCACTAATTAC
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AAGAATCTTGCTCCTGTCAAGGAAGGTGGTGGAGAGCCACCGAAGGGATCTCTTGGTGGA
GCTATTGATACTCATTTTGGTTCACTTGAAGGTTTGGTGAAGAAGATGAGTGCGGAAGGT
GCTGCTGTGCAAGGCTCAGGATGGGTGTGGCTCGGTTTAGACAAAGAGCTTAAGAAGCTT
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CTGGTGGGTATAGATGTTTGGGAGCACGCCTACTACTTGCAGTACAAGAATGTGAGGCCG
GATTATCTTAAGAACGTGTGGAAAGTGATCAACTGGAAATATGCAAGCGAAGTTTATGAG
AAGGA*TGCAAGTGATGAGTTCGTTACACGATAA
AA

QA 5 758 5 758
DS 

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GGAC
TGTGTGTTGTGCATCCCATCATCTATCTATCTATCAACAATGGCGATTCGTTCCGTAGCG
AGCAGAAGAACCCTAACCGGCCTAAAGGAGACATCTTCAAGGCTTCTAAGATTCAGAGGA
ATCCAGACCTTCACGCTTCCTGATCTCCCCTATGATTACAGCGCGCTGGAGCCGGCGATA
AGCGGCGAGATCATGCAGATCCATCACCAGAAGCACCACCAGGCTTACGTCACTAATTAC
AACAATGCCCTCGAGCAGCTGGATCAGGCCGTCAACAAGGGAGACGCTTCCGCTGTCGTT
AAGCTGCAGAGCGCCATCAAGTTCAACGGCGGAGGTCATGTGAACCATTCTATTTTCTGG
AAGAACCTTGCTCCTGTCAAGGAAGGTGGTGGAGAGCCACCGAAGGGATCTCTTGGTGTA
GCTATCGATGCTCATTTTGGCTCTCTCGAAGGTTTGGTGAAGAAGATGAGTGCTGAAGGT
GCTGCTGTGCAAGGCTCAGGATGGGTGTGGCTCGGTTTATACAAAGAACTTAAGAAGCTT
GTGGTTGACACAACCGCAAATCAGGATCCACTTGTGACGAAAGGAGGAAGCTTGGTTCCT
CTGGTGGGTATAGATGTTTGGGAGCACGCCTACTACTTGCAGTACAAGAATGTGGGGCCG
GATTATCTGAAGAACGTGTGGAAAGTGATCAACTGGAAATATGCAAGCGAAGTTTAT

QA 5 721 5 721
DS 

RD RR3BF20JQ 768 0 0
GATAAGCGGCGAGATCATGCAGATCCATCACCAGAAGCACCACCAGGCTTACGTCACTAA
TTACAACAATGCCCTCGAGCAGCTCGATCAGGCCGTCAACAAGGGAGACGCTTCCGCTGT
CGTTAAGCTGCAGAGCGCCATCAAGTTCAACGGCGGAGGTCATGTGAACCATTTTATTTT
CTGGAAGAATCTTGCTCCTGTCAAGGAAGGTGGTGGAGAGCCACCGAAGGGATCTCTTGG
TGGAGCTATTGGTACTCATTTTGGTTCACTTGAAGGTTTGGTGAAGAAGATGTGTGCGGA
AGGTGCTGCTGTGCAAGGCTCAGGATGGGTGTGGCTCGGTTTAGACAAAGAGCTTAAGAA
GCTTGTGGTTGACACAACCGCAAATCAGGATCCACTTGTGACGAAAGGAGGAAGCTTGGT
TCCTCTGGTGGGTATAGATGTTTGGGAGCACGCCTACTACTTGCAGTACAAGAATGTGAG
GCCGGATTATTTGAAGAACGTGTGGAAAGTGATCAACTGGAAATATGCAAGCGAAGTTTA
TGAGAAGGAATGCAAGCGATGAGTTCGTTACACGATAACAAACATAAAGAGAGGAACCAG
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GTTAGCTCAGTTGACCGTGTGTGTTTGCAATAATATAAACGTTGTTTTAATATATTCATC
TTGTACTCCATAATAGTGTTTGGGGGTAAACTTTCAAAATGAAACTTC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3FM93JQ 571 0 0
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ATTTTGGTTCACTTGAAGGTTTGGTGAAGAAGATGAGTGCGGAAGGTGCTGCTGTGCAAG
GCTCAGGATGGGTGTGGCTCGGTTTAGACAAAGAGCTTAAGAAGCTTGTGGTTGACACAA
CCGCAAATCAGGATCCACTAGTGACGAAAGGAGGAAGCTTGGTTCCTCTGGTGGGTATAG
ATGTTTGGGAGCACGCCTACTACTTGCAGTACAAGAATGTGAGGCCGGATTATCTTAAGA
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GATGAGTTCGTTACACGATAACAAACATAAAGAGAGGAACCAGTTCCTAGCTCGGCTTTG
TTTTTTTTATAAGTTTGTCTGAAACAAACGTACAATTGCCTGAGTTAGCTCAGTTGACCG
TGTGTGGTTGCAATAATATAAACGTTGTTTTAATATATTCATCTTGTACTCCATAATAGT
GTTTGGGGGTAAACTTTCAAAATGAAACTTC

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3A557JQ 696 0 0
G
CAAGGGAGACGCTTCCGCTGTCGTTAAGCTGCAGAGCACCATCAAGTTCAACGGCGGAGG
TCATGTGAACCATTCTATTTTCTGGAAGAATCTTGCTCCTGTCAAGGAAGGTGGTGGAGA
GCCACCGAAGGGATCTCTTGGTGGAGCTATTGATACTCATTTTGGTTCACTTGAAGGTTT
GGTGAAGAAGATGAGTGCGGAAGGTGCTGCTGTGCAAGGCTCAGGATGGGTGTGGCTCGG
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GACGAAAGGAGGAAGCTTGGTTCCTCTGGTGGGTATAGATGTTTGGGAGCACGCCTACTA
CTTGCAGTACAAGAATGTGAGGCCGGATTATCTTAAGAACGTGTGGAAAGTGATCAACTG
GAAATATGCAAGCGAAGTTTATGAGAAGGAATGCAAGTGATGAGTTCGTTACACGATAAC
AAACATAAAGAGAGGAACCAGTTCCTAGCTCGGCTTTGTTTTTTTTATAAGTTTGTCTGA
AACAAACGTACAATTGCCTGAGTTAGCTCAGTTGACCGTGTGTGGTTGCAATAATATAAA
CGTTGTTTTAATATATTCATCTTGTACTCCATAATAGTGTTTGGGGGTAAACTTTCAAAA
TGAAACTTCAATAAAAAAAAAAGTGTTCTCATATT

QA 2 696 2 696
DS 

RD RR3A557TF 696 0 0
G
CAAGGGAGACGCTTCCGCTGTCGTTAAGCTGCAGAGCACCATCAAGTTCAACGGCGGAGG
TCATGTGAACCATTCTATTTTCTGGAAGAATCTTGCTCCTGTCAAGGAAGGTGGTGGAGA
GCCACCGAAGGGATCTCTTGGTGGAGCTATTGATACTCATTTTGGTTCACTTGAAGGTTT
GGTGAAGAAGATGAGTGCGGAAGGTGCTGCTGTGCAAGGCTCAGGATGGGTGTGGCTCGG
TTTAGACAAAGAGCTTAAGAAGCTTGTGGTTGACACAACCGCAAATCAGGATCCACTAGT
GACGAAAGGAGGAAGCTTGGTTCCTCTGGTGGGTATAGATGTTTGGGAGCACGCCTACTA
CTTGCAGTACAAGAATGTGAGGCCGGATTATCTTAAGAACGTGTGGAAAGTGATCAACTG
GAAATATGCAAGCGAAGTTTATGAGAAGGAATGCAAGTGATGAGTTCGTTACACGATAAC
AAACATAAAGAGAGGAACCAGTTCCTAGCTCGGCTTTGTTTTTTTTATAAGTTTGTCTGA
AACAAACGTACAATTGCCTGAGTTAGCTCAGTTGACCGTGTGTGGTTGCAATAATATAAA
CGTTGTTTTAATATATTCATCTTGTACTCCATAATAGTGTTTGGGGGTAAACTTTCAAAA
TGAAACTTCAATAAAAAAAAAAGTGTTCTCATATT

QA 2 696 2 696
DS 



CO CL224Contig2 922 4 12 U
GTAGATGAATGTAGCAAAATTTTATTAATGGAAAATGTTTTGTAAAACGTGTATTATTAC
AAACCATACATGGTCATTTTGAGGTAACTCAAAGACCAAAGAGACATTGTACGTTTGTTT
CAAACAAACTTTATAAAAACAAAGCCGAGCTGGGAACTGGTTCCTCTCTTTATGTTTGTC
ATCATGTAAAGACCTCATCACTTGCATTCCTTCTCATAAACTTCGCTTGCATATTTCCAG
TTGATGACTTTCCACACGTTCTTCAAATACTCCGGCCTCACATTCTTGTACTGCAAGTAG
TAGGCGTGCTCCCAAACATCTATACCCACCAGAGGAACCAAGCTTCCTCCTTTCGTTACA
AGTGGATCCTGATTGGCTGTTGTGTCAACCACAAGCTTCTTAAGCTCTTTGTCTAAACCC
AGCCACACCCATCCTGAGCCTTGCACAGCAGCACCTTCAGCACTCATCTTCTTCACCAAA
CCTTCAAGGGAACCAAAGTGAGTATCAATAGCTCCACCAAGAGATCCCTTCGGTGGCTCT
CCACCACCTTCCCTTACAGGAGCAAGATTCTTCCAGAAAATAGAATGGTTCACATGACCT
CCGCCGTTGAACTTGATGGCGCTCTGCAGCTTAACGACAGCGGAAGCGTCTCCCTTGTTG
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TTCTGGTGATGGATCCGCATGATCTCGCCGCTGATCGCCGGCTCCAAGGCGCTGTAATCA
TAGGGGAGATCAGGAAGCGTGAAGGTCTGGATTGATCGGGAACCAAGAAGCCTCGAAGAT
GTCTCCTTTAGGCCCGCTAGGGTTTTTCTGCTGGCTACGGAACGAATCGCCATTGTTGAT
AGATAGATAGATGAAGAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER87JQ U 8
AF RR3EU14JQ U 1
AF RR3ER87TF C 281
AF RR3EU14TF C 297
BS 1 122 RR3EU14JQ
BS 123 123 RR3ER87JQ
BS 124 179 RR3EU14JQ
BS 180 181 RR3ER87JQ
BS 182 265 RR3EU14JQ
BS 266 266 RR3ER87JQ
BS 267 552 RR3EU14JQ
BS 553 553 RR3ER87JQ
BS 554 726 RR3EU14JQ
BS 727 735 RR3ER87TF
BS 736 736 RR3EU14TF
BS 737 922 RR3ER87TF

RD RR3ER87JQ 565 0 0
AATGTAGCAAAATTTTATTAATGGAAAATGTTTTGTAAAACGTGTATTATTACAAACCAT
ACATGGTCATTTTGAGGTAACTCAAAGACCAAAGAGACATTGTACGTTTGTTTCAAACAA
ACTTTATAAAAACAAAGCCGAGCTGGGAACTGGTTCCTCTCTTTATGTTTGTCATCATGT
AAAGACCTCATCACTTGCATTCCTTCTCATAAACTTCGCTTGCATATTTCCAGTTGATGA
CTTTCCACACGTTCTTCAAATACTCCGGCCTCACATTCTTGTACTGCAAGTAGTAGGCGT
GCTCCCAAACATCTATACCCACCAAAGGAACCAAGCTTCCTCCTTTCGTTACAAGTGGAT
CCTGATTGGCTGTTGTGTCAACCACAAGCTTCTTAAGCTCTTTGTCTAAACCCAGCCACA
CCCATCCTGAGCCTTGCACAGCAGCACCTTCAGCACTCATCTTCTTCACCAAACCTTCAA
GGGAACCAAAGTGAGTATCAATAGCTCCACCAAGAGATCCCTTCGGTGGCTCTCCACCAC
CTTCCCTTACAGGAGCAAGATTCTT

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3EU14JQ 726 0 0
GTAGATGAATGTAGCAAAATTTTATTAATGGAAAATGTTTTGTAAAACGTGTATTATTAC
AAACCATACATGGTCATTTTGAGGTAACTCAAAGACCAAAGAGACATTGTACGTTTGTTT
CAGACAAACTTTATAAAAACAAAGCCGAGCTGGGAACTGGTTCCTCTCTTTATGTTTGTT
GTCATGTAAAGACCTCATCACTTGCATTCCTTCTCATAAACTTCGCTTGCATATTTCCAG
TTGATGACTTTCCACACGTTCTTCAGATACTCCGGCCTCACATTCTTGTACTGCAAGTAG
TAGGCGTGCTCCCAAACATCTATACCCACCAGAGGAACCAAGCTTCCTCCTTTCGTTACA
AGTGGATCCTGATTGGCTGTTGTGTCAACCACAAGCTTCTTAAGCTCTTTGTCTAAACCC
AGCCACACCCATCCTGAGCCTTGCACAGCAGCACCTTCAGCACTCATCTTCTTCACCAAA
CCTTCAAGGGAACCAAAGTGAGTATCAATAGCTCCACCAAGAGATCCCTTCGGTGGCTCT
CCACCACCTTCCTTTACAGGAGCAAGATTCTTCCAGAAAATAGAATGGTTCACATGACCT
CCGCCGTTGAACTTGATGGCGCTCTGCAGCTTAACGACAGCGGAAGCGTCTCCCTTGTTG
ACGGCCTGGTCGAGCTGCTCGAGGGCATTGTTGTAATTAGTGACGTAAGCCTGGTGGTGC
TTCTGG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3ER87TF 642 0 0
CATTCTTGTACTGCAAGTAGTAGGCGTGCTCCCAAACATCTATACCCACCAGAGGAACCA
AGCTTCCTCCTTTCGTTACAAGTGGATCCTGATTGGCTGTTGTGTCAACCACAAGCTTCT
TAAGCTCTTTGTCTAAACCCAGCCACACCCATCCTGAGCCTTGCACAGCAGCACCTTCAG
CACTCATCTTCTTCACCAAACCTTCAAGGGAACCAAAGTGAGTATCAATAGCTCCACCAA
GAGATCCCTTCGGTGGCTCTCCACCACCTTCCCTTACAGGAGCAAGATTCTTCCAGAAAA
TAGAATGGTTCACATGACCTCCGCCGTTGAACTTGATGGCGCTCTGCAGCTTAACGACAG
CGGAAGCGTCTCCCTTGTTGACGGCCTGGTCGAGCTGCTCGAGGGCATTGTTGTAATTAG
TGACGTAAGCCTGGTGGTGCTTCTGGTGATGGATCTGCATGATCTCGCCGCTGATCGCCG
GCTCCAAGGCGCTGTAATCATAGGGGAGATCAGGAAGCGTGAAGGTCTGGATTGATCGGG
AACCAAGAAGCCTCGAAGATGTCTCCTTTAGGCCCGCTAGGGTTTTTCTGCTGGCTACGG
AACGAATCGCCATTGTTGATAGATAGATAGATGAAGAGATCC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3EU14TF 622 0 0
GTAGTAGGCGTGCTCCCAAACATCTATACCCACCAGAGGAACCAAGCTTCCTCCTTTCGT
TACAAGTGGATCGTGATTGGCTGTTGTGTCAACCACAAGCTTCTTAAGCTCTTTGTCTAA
ACCCAGCCACACCCATCCTGAGCCTTGCACAGCAGCACCTTCAGCACTCATCTTCTTCAC
CAAACCTTCAAGGGAACCAAAGTGAGTATCAATAGCTCCACCAAGAGATCCCTTCGGTGG
CTCTCCACCACCTTCCTTTACAGGAGCAAGATTCTTCCAGAAAATAGAATGGTTCACATG
ACCTCCGCCGTTGAACTTGATGGCGCTCTGCAGCTTAACGACAGCGGAAGCGTCTCCCTT
GTTGACGGCCTGGTCGAGCTGCTCGAGGGCATTGTTGTAATTAGTGACGTAAGCCTGGTG
GTGCTTCTGGTGATGGATCCGCATGATCTCGCCGCTGATCGCCGGCTCCAAGGCGCTGTA
ATCATAGGGGAGATCAGGAAGCGTGGAGGTCTGGATTGATCGGGAACCAAGAAGCCTCGA
AGATGTCTCCTTTAGGCCCGCTAGGGTTTTTCTGCTGGCTACGGAACGAATCGCCATTGT
TGATAGATGGATAGATGA
AGCC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 2 12

CO CL225Contig1 763 5 13 U
GGCATAGATATTAGATAGAGATATAGATCTGATCATTTCGAAGTAAAACTAGTTGAAAGG
TCTAAAACAAACAGAGAAAGAATGTCATCATCGGAGCAAAAGGATGTAGAAGAGAAGGGA
TCGTTGATCTCAGGCTTGTTGGACAAAGCCAAAGGTTTCTTCGCAGAGAAGCTTGCCAAT
ATTCCGACTCCGGAAGCCACCGTGGACGACGTAGACTTTGTACGTGTGACTGGTCAAGGA
GCTGATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACCCTCAAGCAATCCCTATTTGC
CAGATCTCTTACCTCCTCAAGAGTGACACAAGGATGATAGCGTCTGGCACGATACCGGAT
CCGGGTTCGTTGATTGCGAACGGGTCGACGGTTCTGGACGTACCGGTTAAGGTGCCTTAC
AGCATAGCGATAAGTTTGATGAAGGACATGTTTTTGGACTGGGACATCGACTATCAACTA
GACATCGGACTAACCATCGACCTTCCTGTTGTTGGTGACATTACCATCCCTGTCTCTACT
CAGGGTGAGATCAAGCTCCCTTCCTTTGCCGACATCTTTAACTCTAAACCCGCTGAGTGA
TTTTCAATAAGTACGATCCGTAATCGATCGTTGGATGTTTCAGTTGTGGAGTACTCTTGT
TTTGTTGTTGGATTAATAAAGGATTTTTATTTGGTTTCTGTATGTGTTCCTTTGAACATG
TTGGTAAGAATAAAAAAAATTCTCAGTTTTAACACTGAAGCCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 10 
25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH90TF U 74
AF RR3FA16TF U 1
AF RR3FA16JQ C 1
AF RR3FP50JQ C 53
AF RR3FP50TF U 53
BS 1 73 RR3FA16TF
BS 74 231 RR3FH90TF
BS 232 232 RR3FA16TF
BS 233 479 RR3FH90TF
BS 480 480 RR3FA16TF
BS 481 715 RR3FH90TF
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BS 751 763 RR3FP50JQ

RD RR3FH90TF 656 0 0
GAGAAAGAATGTCATCATCGGAGCAAAAGGATGTAGAAGAGAAGGGATCGTTGATCTCAG
GCTTGTTGGACAAAGCCAAAGGTTTCTTCGCAGAGAAGCTTGCCAATATTCCGACTCCGG
AAGCCACCGTGGACGACGTAGACTTTGTACGTGTGACTAGTCAAGGAGCTGATTATCACG
CCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACCCTCAAGCAATCCCTATTTGCCAGATCTCTTACC
TCCTCAAGAGTGACACAAGGATGATAGCGTCTGGCACGATACCGGATCCGGGTTCGTTGA
TTGCGAACGGGTCGACGGTTCTGGACGTACCGGTTAAGGTGCCTTACAGCATAGCGATAA
GTTTGATGAAGGACATGTTTTTGGACTGGGACATCGACTATCAACTTGACATCGGACTAA
CCATCGACCTTCCTGTTGTTGGTGACATTACCATCCCTGTCTCTACTCAGGGTGAGATCA
AGCTCCCTTCCTTTGCCGACATCTTTAACTCTAAACCCGCTGAGTGATTTTCAATAAGTA
CGATCCGTAATCGATCGTTGGATGTTTCAGTTGTGGAGTACTCTTGTTTTGTTGTTGGAT
TAATAAAGGATTTTTATTTGGTTTCTGTATGTGTTCCTTTGA*CAT
GTTGGTAGAT

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3FA16TF 728 0 0
GGCATAGATATTAGATAGAGATATAGATCTGATCATTTCGAAGTAAAACTAGTTGAAAGG
TCTAAAACAAACAGAGAAAGAATGTCATCATCGGAGCAAAAGGATGTAGAAGAGAAGGGA
TCGTTGATCTCAGGCTTGTTGGACAAAGCCAAAGGTTTCTTCGCAGAGAAGCTTGCCAAT
ATTCCGACTCCGGAAGCCACCGTGGACGACGTAGACTTTGTACGTGTGACTGGTCAAGGA
GCTGATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACCCTCAAGCAATCCCTATTTGC
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CCGGGTTCGTTGATTGCGAACGGGTCGACGGTTCTGGACGTACCGGTTAAGGTGCCTTAC
AGCATAGCGATAAGTTTGATGAAGGACATGTTTTTGGACTGGGACATCGACTATCAACTA
GACATCGGACTAACCATCGACCTTCCTGTTGTTGGTGACATTACCATCCCTGTCTCTACT
CAGGGTGAGATCAAGCTCCCTTCCTTTGCCGACATCTTTAACTCTAAACCCGCTGAGTGA
TTTTCAATAAGTACGATCCGTAATCGATCGTTGGATGTTTCAGTTGTGGAGTACTCTTGT
TTTGTTGTTGGATTAATAAAGGATTTTTATTTGGTTTCTGTATGTGTTCCTTTGA
CATTTGGTAGAAT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3FA16JQ 750 0 0
GGCATAGATATTAGATAGAGATATAGATCTGATCATTTCGAAGTAAAACTAGTTGAAAGG
TCTAAAACAAACAGAGAAAGAATGTCATCATCGGAGCAAAAGGATGTAGAAGAGAAGGGA
TCGTTGATCTCAGGCTTGTTGGACAAAGCCAAAGGTTTCTTCGCAGAGAAGCTTGCCAAT
ATTCCGACTCCGGAAGCCACCGTGGACGACGTAGACTTTGTACGTGTGACTGGTCAAGGA
GCTGATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACCCTCAAGCAATCCCTATTTGC
CAGATCTCTTACCTCCTCAAGAGTGACACAAGGATGATAGCGTCTGGCACGATACCGGAT
CCGGGTTCGTTGATTGCGAACGGGTCGACGGTTCTGGACGTACCGGTTAAGGTGCCTTAC
AGCATAGCGATAAGTTTGATGAAGGACATGTTTTTGGACTGGGACATCGACTATCAACTA
GACATCGGACTAACCATCGACCTTCCTGTTGTTGGTGACATTACCATCCCTGTCTCTACT
CAGGGTGAGATCAAGCTCCCTTCCTTTGCCGACATCTTTAACTCTAAACCCGCTGAGTGA
TTTTCAATAAGTACGATCCGTAATCGATCGTTGGATGTTTCAGTTGTGGAGTACTCTTGT
TTTGTTGTTGGATTAATAAAGGATTTTTATTTGGTTTCTGTATGTGTTCCTTTGAACAT*
TTGGTAAGAATAAAAAAA*TTCTCAGTTTT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3FP50JQ 711 0 0
GG
GAAAGGTCTAAAACAAACAGAGAAAGAATGTCATCATCGGAGCAAAAGGATGTAGAAGAG
AAGGGATCGTTGATCTCAGGCTTGTTGGACAAAGCCAAAGGTTTCTTCGCAGAGAAGCTT
GCCAATATTCCGACTCCGGAAGCCACCGTGGACGACGTAGACTTTGTACGTGTGACTGGT
CAAGGAGCTGATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACCCTCAAGCAATCCCT
ATTTGCCAGATTTCTTACCTCCTCAAGAGTGACACAAGGATGATAGCGTCTGGCACGATA
CCGGATCCGGGTTCGTTGATTGCGAACGGGTCGACGGTTCTGGACGTACCGGTTAAGGTG
CCTTACAGCATAGCGATAAGTTTGATGAAGGACATGTTTTTGGACTGGGACATCGACTAT
CAACTAGACATCGGACTAACCATCGACCTTCCTGTTGTTGGTGACATTACCATCCCTGTC
TCTACTCAGGGTGAGATCAAGCTCCCTTCCTTTGCCGACATCTTTAACTCTAAACCCGCT
GAGTGATTTTCAATAAGTACGATCCGTAATCGATCGTTGGATGTTTCAGTTGTGGAGTAC
TCTTGTTTTGTTGTTGGATTAATAAAGGATTTTTATTTGGTTTCTGTATGTGTTCCTTTG
AACATGTTGGTAAGAATAAAAAAAATTCTCAGTTTTAACACTGAAGCCT

QA 3 711 3 711
DS 

RD RR3FP50TF 678 0 0
GG
GAAAGGTCTAAAACAAACAGAGAAAGAATGTCATCATCGGAGCAAAAGGATGTAGAAGAG
AAGGGATCGTTGATCTCAGGCTTGTTGGACAAAGCCAAAGGTTTCTTCGCAGAGAAGCTT
GCCAATATTCCGACTCCGGAAGCCACCGTGGACGACGTAGACTTTGTACGTGTGACTGGT
CAAGGAGCTGATTATCACGCCAAGGTCTCCGTCAAGAATCCTTACCCTCAAGCAATCCCT
ATTTGCCAGATCTCTTACCTCCTCAAGAGTGACACAAGGATGATAGCGTCTGGCACGATA
CCGGATCCGGGTTCGTTGATTGCGAACGGGTCGACGGTTCTGGACGTACCGGTTAAGGTG
CCTTACAGCATAGCGATAAGTTTGATGAAGGACATGTTTTTGGACTGGGACATCGACTAT
CAACTAGACATCGGACTAACCATCGACCTTCCTGTTGTTGGTGACATTACCATCCCTGTC
TCTACTCAGGGTGAGATCAAGCTCCCTTCCTTTGCCGACATCTTTAACTCTAAACCCGCT
GAGTGATTTTCAATAAGTACGATCCGTAATCGATCGTTGGATGTTTCAGTTGTGGAGTAC
TCTTGTTTTGTTGTTGGATTAATAAAGGATTTTTATTTGGTTTCTGTATGTGTTCCTTTG
AACATGTTGGTA
AGAT

QA 3 674 3 674
DS 



CO CL225Contig2 754 7 6 U
CCTCAAACTGTGAAGTTTTTTTATTCTTACCAGCAACATGTTCAAAGGAACACATACAGA
ACCAAATAAAAGTCCTTTATTAATCCAACAACAAAACAAGAGTACTCCACAACTGAAACA
TCCAACGATCGTCTATGTCGTTTACGGATCGTACTTATTGAAAATCACTCAGAGGGTTTA
GAGTTAAAGATGTCGGCAAAGGAAGGGAGCTTGATCTCACCCTGAGTAGAGACAGGGATG
GTAATGTCACCAACAACAGGAAGGTCGATGGTTAGTCCGATGTCAAGTTGATAGTCGATG
TCCCAGTCCAAAAACATGTCCTTCATCAAACTTATCGCTATGCTGTAAGGCACCTTAACC
GGTACGTCCAGAACCGTCGACCCGTTCGCAATCAACGAACCCGGATCCGGTATCGTGCCA
GACGCTATCATCCTTGTGTCACTCTTGAGGAGGTAAGAGATCTGGCAAATAGGGATTGCT
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CGTACGAAGTCTACGTCGTCCACGGTGGCTTCCGGAGTCGGAATATTGGCAAGCTTCTCT
GCGAAGAAACCTTTGGCTTTGTCCAACAAGCCTGAGATCAACGATCCCTTTTCTTCTACA
TCCTTTTGCTCCGTTGATGACATTCTTTCTCTGTTTTGTTTTAGACCTTTCAACTAGTTT
TACTTCCCAATGATCAGATCTATATCTCTATCCC


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3CP91JQ U 4
AF RR3FS40JQ U 1
AF RR3EC45JQ U 4
AF RR3FS40TF C 75
AF RR3EC45TF C 80
AF RR3FR59JQ U 4
AF RR3FR59TF C 23
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CC

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DS 

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DS 

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C

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DS 

RD RR3EC45TF 675 0 0
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CTATATCTCTATC
CC

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RD RR3FR59JQ 725 0 0
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TTAAAGATGTCGGCAAAGGAAGGGAGCTTGATCTCACCCTGAGTAGAGACAGGGATGGTA
ATGTCACCAACAACAGGAAGGTCGATGGTTAGTCCGATGTCAAGTTGATAGTCGATGTCC
CAGTCCAAAAACATGTCCTTCATCAAACTTATCGCTATGCTGTAAGGCACCTTAACCGGT
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GGGTAAGGATTCTCGACGGAGACCTTGGCGTGATAATCAGCTCCTTGAGCAGTCACACGT
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TTTTGCTCCGTTGATGACATTCTTTCTCTGTTTTGTTTTAGACCTTTCAACTAGTTTTAC
TTCCC

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DS 

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ATCCAACAACAAAACAAGAGTACTCCACAACTGAAACATCCAACGATCGTCTATGTCGTT
TACGGATCGTACTTATTGAAAATCACTCAGAGGGTTTAGAGTTAAAGATGTCGGCAAAGG
AAGGGAGCTTGATCTCACCCTGAGTAGAGACAGGGATGGTAATGTCACCAACAACAGGAA
GGTCGATGGTTAGTCCGATGTCAAGTTGATAGTCGATGTCCCAGTCCAAAAACATGTCCT
TCATCAAACTTATCGCTATGCTGTAAGGCACCTTAACCGGTACGTCCAGAACCGTCGACC
CGTTCGCAATCAACGAACCCGGATCCGGTATCGTGCCAGACGCTATCATCCTTGTGTCAC
TCTTGAGGAGGTAAGAGATCTGGCAAATAGGGATTGCTTGAGGGTAAGGATTCTCGACGG
AGACCTTGGCGTGATAATCAGCTCCTTGAGCAGTCACACGTACGAAGTCTACGTCGTCCA
CGGTGGCTTCCGGAGTCGGAATATTGGCAAGCTTCTCTGCGAAGAAACCTTTGGCTTTGT
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TTCTTTCTCTGTTTTGTTTTAGACCTTTCAACTAGTTTTACTTCCC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 3 9

CO CL226Contig1 891 2 2 U
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GAGAAAAAGATTCTTCCTGTTGCCTGCAAAAGCCACCACAGAGCAATCAGGTCAAGTGGG
AGGAGAAGACGTGGATAGCAACATCATGCCTTACTGTAGCATCAACAAGGCTGAGAAGAA
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AGGGTCCTTGTCCAAATTGTGGAACAGAGAATGTTTCCTTCTTTGGAACAATTCTTTCAA
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ATGAAGATGGAAAAGGAAAGAATGGGTTTTTGTCAGAAGCAAAAATGGATTTGATGCCTG
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TACTGTGTAAGCAATAAGGGAAAATATTTAATGAATACTTCTTCACCAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI77TF U 1
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BS 731 891 RR3BI77JQ

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QA 1 730 1 730
DS 

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CAAAGCGATCATGTCGAATGAGGAGTTTGATAACCTTAAAGAAGAGCTCATGTGGGAAGG
AAGCAGCGTTGTCATGCTAAGTTCTGATGAACAGAGGTTCTTGGTTCGCTGCCGTGCCTT
TGATCGTATACCTGGCTTCAACCATCACCAAATTGATCATCAAAGACTTCCTGATCTTGA
AGGGTCCTTGTCCAAATTGTGGAACAGAGAATGTTTCCTTCTTTGGAACAATTCTTTCAA
TCTCCAGCGGTGGCAAAACCAACAATGTCAAATGCACCAACTGTGGAACCGCGATGGAGT
ATGACTCTGGTTCTAGGTTGATCACATTGCCAGAAGGAAGCTAAGCTTGAACCCTGTGAG
ATGAAGATGGAAAAGGAAAGAATGGGTTTTTGTCAGAAGCAAAAATGGATTTGATGCCTG
TATATTTAAGATCTTCCATGTTAGCTCTCTATCTCCTTCACATGATTTCTGATTTGTAAG
TACTGTGTAAGCAATAAGGGAAAATATTTAATGAATACTTCTTCACCAACT

QA 1 771 1 771
DS 



CO CL226Contig2 749 3 11 U
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GCAAACCCACCACCCCTCCTTGTTTCTCGTCGAGGACTCAATGGTCTCAGCTCACCCCTG
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ACAAAGCTGAGAAGAAATCAATTGGTGAAATGGAGCAAGAGTTTCTCCAAGCCATGCAAT
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AGCTCATGTGGGAAGGAAGCAGCGTTGTCATGCTAAGTTCTGATGAACAGAGATTCTTGG
AAGCTTCGATGGCTTATGTTTCTGGAAATCCAATCCTCAATGATGCAGAATTTGATAATC
TCAAACTCAAACTAAAGATGGATGGTAGTGAGATTGTGTGCGAGGGTCCAAGATGCAGTC
TCCGTAGTAAAAAGGTGTATAGTGATCTCGCTGTAGATTACTTCAAAATGCTATTGCTCA
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TTGAGATCACATACATCTTGGAGCTTTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H403TF U 23
AF RR3F152TF U 1
AF RR3F007TF U 27
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GGAGA
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GACTGTTTTTCTTCTTGGACGACATA

QA 6 691 6 691
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AATCAGGTCAAGTGGGAGGAGAAGACGTGGATAGCAACATCATGCCTTACTGTAGCATCA
ACAAAGCTGAGAAGAAATCAATTGGTGAAATGGAGCAAGAGTTTCTCCAAGCCATGCAAT
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AGCTCATGTGGGAAGGAAGCAGCGTTGTCATGCTAAGTTCTGATGAACAGAGATTCTTGG
AAGCTTCGATGGCTTATGCTTCTGGAAATCCAATCCTCAATGATGCAGAATTTGATAATC
TCAAACTCAAACTAAAGATGGATGGTAGTGAGATTGTGTGCGAGGGTCCAAGATGCAGTC
TCCGTAGTAAAAAGGTGTATAGTGATCTCGCTGTAGATTACTTCAAAATGCTATTGCTCA
*TGTTCCAGCATCCGTTGTTGCTCTTGGACTGTTTTTCTT***GGACGACATAACAG**T
TTGAGATCACATACATCTTGGAGCTTTCA

QA 1 749 1 749
DS 

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G
GGAAAAAAGGATTCTCCTTTCTCCTCCCAGGGAAAATGGGTAGCAAGATGCTGTTCAGTT
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CGTCGAGGACTCAATGGTCTCAGCTCACCCCTGGAAGATCGGTTCCCTTGAGAAAAAGAT
TCTTCCTGTTGCCTGCAAAAGCCACCACAGAGCAATCAGGTCAAGTGGGAGGAGAAGACG
TGGATATCAACATCATGCCTTACTGTAGCATCAACAAAGCTGAGAAGAAATCAATTGGTG
AAATGGAGCAAGAGTTTCTCCAAGCCATGCAATCGTTCTATTACGATGGCAAAGCGATCA
TGTCGAATGAGGAGTTTGATAACCTTAAAGAAGAGCTCATGTGGGAAGGAAGCAGCGTTG
TCATGCTAAGTTCTGATGAACAGAGATTCTTGGAAGCTTCGATGGCTTATGTTTCTGGAA
ATCCAATCCTCAATGATGCAGAATTTGATAATCTCAAACTCAAACTAAAGATGGATGGTA
GTGGGATTGTGTGCGAGGGTCCAAGATGCAGTCTCCGTAGTAAAAAGGTGTATAGTGATC
TCGCTGTAGATTACTTCAAAATGCTATTGCTCAATGTTCCAGCATCCGTTGTTGCTCTTG
GACTGTTTTTCTTCTTGGACGACATAACAGGTTTTGAGATCACATACATCTTG
AGCT

QA 2 714 2 714
DS 



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ATTGAGCAAGAGCATTTTGAAGTAATCTACAGCGAGGTCACTATACACCTTTTTACTACG
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GAGATTATCAAATTCTTCATCATTGAGGATTGGATTTCCAGAAACATAAGCCATCGAAGC
TTCCAAGAACCTCTGTTCATCAGAACTTAGCATGACAACGCTGCTTCCTTCCCACATGAG
CTCTTCTTTAAGTTATCAAACTCCTCATTCGACATGATCGCTTTGCCATTGTAATAGAAC
GATTGCATGGCTTGGAGAAACTCTTGTTCCATTTCACCAATTGATTTCTTCTCAGCCTTG
TTGATGCTACAGTAGGGCATGATGTTGCTATCCACGTCTTCTCCTCCCACTTGACCTGAT
TGCTCTGTGGTGGCTTTTGCAGGCAACAGGAAGAATCTTTTTCTCAAGGGAACCGATCTT
CCAGGGCCAGGGGTGAGCTGAGAGCATTGAGTCCTCGACGAGAAACAAGGAGTGGTGGTG
GGTTTGCGAGAAACGGCGGAGAAGAGTCGAAGGCTTGTTAAACTGAACAGCATCTTGCTA
CCCATTTTCCCTGGGAGGAGAAAGGAGATTCTTTTTTTTCCTCTGTTTTCCAGGAACCCG
TGGTTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 0 25 10 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3GG96JQ U 2
AF RR3HA81JQ U 1
AF RR3F152JQ U 20
AF RR3HA81TF C 463
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BS 182 182 RR3GG96JQ
BS 183 505 RR3HA81JQ
BS 506 506 RR3F152JQ
BS 507 785 RR3HA81JQ
BS 786 786 RR3F152JQ
BS 787 859 RR3HA81JQ
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RD RR3GG96JQ 662 0 0
G
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TGAGCAAGAGCTTTTTGAAGTAATCTACAGCGAGGTCACTATACACCTTTTTACTACGGA
GACTGCATCTTGGACCCTCGCACACAATCTCGCTACCATCCATCTTTAGTTTGAGTTTGA
G

QA 2 662 2 662
DS 

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ATCCATTTTTGCTTCTGACAAAAACCCATTCTTTCCTTTTCCATCTTCATCTCGCAGGGT
TAAAGCTTAGCTTCCTTCTGGCAATGTGATCAACCTAGAACCAGAGTCATACTCCATCGC
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TGTTCCAAAGAAGGAAACATTCTCTGTTCCACAATTTGGACAAGGACCCTTCAAGATCAG
GAAGTCTTTGATGATCAATTTGGTGATGGTTGAAGCCAGGTATACGATCAAAGGCACGGC
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AAAACCTGTAATGTCGTCCAAGAAGAAAAACAGTCCAAGAGCAACAACGGATGCTGGAAC
ATTGAGCAAGAGCATTTTGAAGTAATCTACAGCGAGGTCACTATACACCTTTTTACTACG
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GAGATTATCAAATTCTTCATCATTGAGGATTGGATTTCCAGAAACATAAGCCATCGAAGC
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GATTGCATGGCTTGGAGAA

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DS 

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AGAGAGCTAACATGGAAGATACTTAAATATACAGGCATCAAATCCATTTTTGCTTCTGAC
AAAA*CCCATTCTTTCTTTTTCCATCTTTATCTCACAGGGTTCAAGCTTAGCTTCCTTCT
GGCAATGTGATCAACCTAGAACCAGAGTCATACTCCATCGCGGTTCCACAGTTGGTGCAT
TTGACATTGTTGGTTTTGCCACCGCTGGAGATTGAAAGAATTGTTCCAAAGAAGGAAACA
TTCTCTGTTCCACAATTTGGACAAGGACCCTTTAATATCAGGAAGTCTTTGATGGTGAGT
TTGGTGATTGTTGAAGCCAGGTATACGATCAAAGGCACGGCAGCGAACCAAGTGAATATG
AAACTAAATGGCTCTGAAAGCTCCAAGATGTATGTGATCTCAAAACCTGTTATGTCGTCC
AAGAA**AAAACAGTCCAAGAGCAACAACGGATGCTGGAACATTGAGCAATAGCATTTTG
AAGTAATCTACAGCGAGATCACTATACACCTTTTTACTACGGAGACTGCATCTTGGACCC
TCGCACACAATCTCACTACCATCCATCTTTAGTTTGAGTTTGAGATTATCAAATTCTGCA
TCATTGAGGATTGGATTTCCAGAAGCATAAGCCATCGAAGCTTCCAAGAATCTCTGTTCA
TCAGAACTTAGCATGACAACGCTGCTTCCTTCCCACATGAGCTCTTCTCTAAGTTATCAA
ACTCCTCATTCGACATGATCGCTTTGCCATCGTAATAGAACGATTGCA

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR3HA81TF 745 0 0
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AACAACGGATGCTGGAACATTGAGCAAGAGCATTTTGAAGTAATCTACAGCGAGGTCACT
ATACACCTTTTTACTACGGAGACTGCATCTTGGACCCTCGCACACAATCTCGCTACCATC
CATCTTTAGTTTGAGTTTGAGATTATCAAATTCTTCATCATTGAGGATTGGATTTCCAGA
AACATAAGCCATCGAAGCTTCCAAGAACCTCTGTTCATCAGAACTTAGCATGACAACGCT
GCTTCCTTCCCACATGAGCTCTTTTTAAGGTTATCAAACTCCTCATTCGACATGATCGCT
TTGCCATTGTAATAGAACGATTGCATGGCTTGGAGAAACTCTTGTTCCATTTCACCAATT
GATTTCTTCTCAGCCTTGTTGATGCTACAGTAGGGCATGATGTTGCTATCCACGTCTTCT
CCTCCCACTTGACCTGATTGCTCTGTGGTGGCTTTTGCAGGCAACAGGAAGAATCTTTTT
CTCAAGGGAACCGATCTTCCAGGGCCAGGGGTGAGCTGAGAGCATTGAGTCCTCGACGAG
AAACAAGGAGTGGTGGTGGGTTTGCGAGAAACGGCGGAGAAGAGTCGAAGGCTTGTTAAA
CTGAACAGCATCTTGCTACCCATTTTCCCTGGGAGGAGAAAGGAGATTCTTTTTTTTCCT
CTGTTTTCCAGGAACCCGTGGTTCC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 2 9

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TGACACGATCTGCAAGAAGTACGACAAGTACGACGTCGACAAACAGCGCGAGTCCAACAT
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ACTTGCGCTTCCGGCTAGGATCGAAGCTATACCTGATGGGACAGCGGGTGGTCCTAAAAG
CACTACTAGTGCTTGGGCTCCCTCTACAACCTCTCGTCCTGATATCAAGTTTGATTCAGA
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GGATGAAATCGACTCAAAGGTGGACAGAGCAACCTCGGATCTTAAGAACACCAATGTTAG
ACTCAAAGATACTGTGAACCAGCTGAGATCAAGCAGGAACTTCTGCATCGATATTGTTCT
GTTGTGTATCGTTCTGGGTATCGCTGCATACTTGTACAATGTACTGAAGTGATGAGATGA
ACAGGAAAGGGACCCATCACTACTCTCTATTGCCATTATCTATTAAAGTTTCTTACCCGA
CTCAGTGTGTGCTTGTTTCTGTCTGTATTCGTGTGATCTTTCTACAAGAGTTTCTTCTGA
AGTGTTAAGACTGCTCAAGTTGTTTCTTATATTGAGTTTTTTCCATGTTGTTCATGTCCA
TTACATGATGAATATATATATATACTCCTTCCCG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 
15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3CD96TF U 1
AF RR3H753TF U 3
AF RR3DO69TF U 359
AF RR3D265JQ C 518
AF RR3CD96JQ C 269
AF RR3DO69JQ C 420
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RD RR3CD96TF 498 0 0
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TAGAGATCCGGAAGTTCCTTTGTGAGAGAAGATGACAGTGATCGACATTCTGACCAGAGT
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CTCCGGCGATGACGCTTTCGCTCGTCTCTACGGAGCTTTCGAGACCCAAATCGAGACAGC
TCTCGAGAAAGCTGAGATTGTTACCAAGGAGAAGAACAGAGCTTCCGCTGTTGCGATGAA
CGCTGAGATCCGTCGCACAAAGGCTAGATTGTCTGAGGAAGTTCCCAAGCTGCAGAGACT
TGCTCTCAAGCGGGTAAAGGGCCTTACAACGGAAGAGCTTGCTGCGAGAAACGATTTGGT
ACTTGCGCTTCCGGCTAGGATCGAAGCTATACCTGATGGGACAGCGGGTGGTCCTAAAAG
CACTACTAGTGCTTGGGC

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR3H753TF 619 0 0
TTTTTCGGACATAAACTAGAGAAGTCTTCTTCGAATCAGAGAGATTATATCCCTTAATTA
GAGATCCGGAAGTTCCTTTGTGAGAGAAGATGACAGTGATCGACATTCTGACCAGAGTTG
ACACGATCTGCAAGAAGTACGACAAGTACGACGTCGACAAACAGCGCGAGTCCAACATCT
CCGGCGATGACGCTTTCGCTCGTCTCTACGGAGCTTTCGGGACCCAAATCGAGACAGCTC
TCGAGAAAGCTGAGATTGTTACCAAGGAGAAGAACAGAGCTTCTGCTGTTGCGATGAACG
CTGAGATCCGTCGCACAAAGGCTAGATTGTCTGAGGAAGTTCCCAAGCTGCAGAGACTTG
CTCTCAAGCGGGTAAAGGGCCTTACAACGGAAGAGCTTGCTGCGAGAAACGATTTGGTGC
TTGCGCTTCCGGCGAGGATCGAAGCTATACCTGATGGGACAGCGGGTGGTCCTAAAAGCA
CTACTAGTGCTTGGGCTCCTTCTACAACCTCTCGTCCTGATATCAAGTTTGATTTAGATG
GGCGTTTTGATGATGATTACTTTCAAGAGTCGCATGAATCCAGCCAGTTCAAACAGGAGT
TTGAGATGCGCAAAATTAA

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3DO69TF 697 0 0
GG
TGCTCTCAAGCGGGTAAAGGGCCTTACAACGGAAGAGCTTGCTGCGAGAAACGATTTGGT
ACTTGCGCTTCCGGCTAGGATCGAAGCTATACCTGATGGGACAGCGGGTGGTCCTAAAAG
CACTACTAGTGCTTGGGCTCCCTCTACAACCTCTCGTCCTGATATCAAGTTTGATTCAGA
TGGGCGTTTTGATGATGATTACTTTCAAGAGTCGCATGAATCCAGCCAGTTCAAACAGGA
GTTTGAGATGCGCAAAATTAAGCAGGACCAAGGTCTGGACATGATCTCCGAAGGTCTAGA
TGCTTTGAAGAACATGGCATCTGATATGAACGAGGAGCTGGATCGGCAAGTTCCTCTGAT
GGATGAAATCGACTCAAAGGTGTACAGAGCAACCTCGGATCTTAAGAACACCAATGTTAG
ACTCAAAGATACTGTGAACCAGCTGAGATCAAGCAGGAACTTCTGCATCGATATTGTTCT
GCTGTGTATCGTTCTGGGTATCGCTGCATACTTGTACAATGTACTGAAGTGATGAGATGA
ACAGGAAAGGGACCCATCACTACTCTCTATTGCCATTATCTATTAAAGTTTCTTACCCGA
CTCAGTGTGTGCTTGTTTCTGTCTGTATTCGTGTGATCTTTCTACAAGAGTTTCTTCTGA
AGTGTTAAGACTGCTCAAGTTGTTTCTTATATTGA

QA 3 697 3 697
DS 

RD RR3D265JQ 551 0 0
CCTGATATCAAGTTTGATTCAGATGGGCGTTTTGATGATGATTACTTTCAAGAGTCGCAT
GAATCCAGCCAGTTCAAACAGGAGTTTGAGATGCGCAAAATTAAGCAGGACCAAGGTCTG
GACATGATCTCCGAAGGTCTAGATGCTTTGAAGAACATGGCGTCTGATATGAACGAGGAG
CTGGATCGGCAAGTTCCTCTGATGGATGAAATCGACCCAAAGGTGGACAGAGCAACCTCG
GATCTTAAGAACACCAATGTTAGACTCAAAGATACTGTGAACCAGCTGAGATCAAGCAGG
AACTGCTGCATCGATATTGTTCTGTTGTGTATCGTTCTGGGTATCGCTGCATACTTGTAC
AATGTACTGAAGTGATGAGATGAACAGGAAAGGGACCCATCACTACTCTCTATTGCCATT
ATCTATTAAAGTTTCTTACCCGACTCAGTGTGTGCTTGTTTCTGTCTGTATTCGTGTGAT
CTTTCTACAAGAGTTTCTTCTGAAGTGTTAAGACTGCTCAAGTTGTTTCTTATATTGAGT
TTTTTCCATGT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3CD96JQ 846 0 0
GAGAAGAACAGAGCTTCCGCTGTTGCGATGAACGCTGAGATCCGTCGCACAAAGGCTAGA
TTGTCTGAGGAAGTTCCCAAGCTGCAGAGACTTGCTCTCAAGCGGGTAAAGGGCCTTACA
ACGGAAGAGCTTGCTGCGAGAAACGATTTGGTACTTGCGCTTCCGGCTAGGATCGAAGCT
ATACCTGATGGGACAGCGGGTGGTCCTAAAAGCACTACTAGTGCTTGGGCTCCCTCTACA
ACCTCTCGTCCTGATATCAAGTTTGATTCAGATGGGCGTTTTGATGATGATTACTTTCAA
GAGTCGCATGAATCCAGCCAGTTCAAACAGGAGTTTGAGATGCGCAAAATTAAGCAGGAC
CAAGGTCTGGACATGATCTCCGAAGGTCTAGATGCTTTGAAGAACATGGCATCTGATATG
AACGAGGAGCTGGATCGGCAAGTTCCTCTGATGGATGAAATCGACTCAAAGGTGGACAGA
GCAACCTCGGATCTTAAGAACACCAATGTTAGACTCAAAGATACTGTGAACCAGCTGAGA
TCAAGCAGGAACTTCTGCATCGATATTGTTCTGTTGTGTATCGTTCTGGGTATCGCTGCA
TACTTGTACAATGTACTGAAGTGATGAGATGAACAGGAAAGGGACCCATCACTACTCTCT
ATTGCCATTATCTATTAAAGTTTCTTACCCGACTCAGTGTGTGCTTGTTTCTGTCTGTAT
TCGTGTGATCTTTCTACAAGAGTTTCTTCTGAAGTGTTAAGACTGCTCAAGTTGTTTCTT
ATATTGAGTTTTTTCCATGTTGTTCATGTCCATTACATGATGAATATATATATATACTCC
TTCCCG

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR3DO69JQ 695 0 0
TACTTGCGCTTCCGGCTAGGATCGAAGCTATACCTGATGGGACAGCGGGTGGTCCTAAAA
GCACTACTAGTGCTTGGGCTCCCTCTACAACCTCTCGTCCTGATATCAAGTTTGATTCAG
ATGGGCGTTTTGATGATGATTACTTTCAAGAGTCGCATGAATCCAGCCAGTTCAAACAGG
AGTTTGAGATGCGCAAAATTAAGCAGGACCAAGGTCTGGACATGATCTCCGAAGGTCTAG
ATGCTTTGAAGAACATGGCATCTGATATGAACGAGGAGCTGGATCGGCAAGTTCCTCTGA
TGGATGAAATCGACTCAAAGGTGTACAGAGCAACCTCGGATCTTAAGAACACCAATGTTA
GACTCAAAGATACTGTGAACCAGCTGAGATCAAGCAGGAACTTCTGCATCGATATTGTTC
TGCTGTGTATCGTTCTGGGTATCGCTGCATACTTGTACAATGTACTGAAGTGATGAGATG
AACAGGAAAGGGACCCATCACTACTCTCTATTGCCATTATCTATTAAAGTTTCTTACCCG
ACTCAGTGTGTGCTTGTTTCTGTCTGTATTCGTGTGATCTTTCTACAAGAGTTTCTTCTG
AAGTGTTAAGACTGCTCAAGTTGTTTCTTATATTGAGTTTTTTCCATGTTGTTCATGTCC
ATTACATGATGAATATATATATATACTCCTTCCC
C

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3A494TF 811 0 0
G
AGAGCTTCTGCTGTTGCGATGAACGCTGAGATCCATCGCACAAAGGCTAGATTGTCTGAG
GAAGTTCCCAAGCTGCAGAGACTTGCTCTCAAGCGGGTAAAGGGCCTTACAACGGAAGAG
CTTGCTGCGAGAAACGATTTGGTGCTTGCGCTTCCGGCGAGAATCGAAGCTATACCTGAT
GGGACAGCGGGTGGTCCTAAAAGCACTACTAGTGCTTGGGCTCCTTCTACAACCTCTCGT
CCTGATATCAAGTTTGATTCAGATGGGCGTTTTGATGATGATTACTTTCAAGAGTCGCAT
GAATCCAGCCAGTTCAAACAGGAGTTTGAGATGCGCAAAATTAAGCAGGACCAAGGTCTG
GACATGATCTCCGAAGGTCTAGATGCTTTGAAGAACATGGCGTCTGATATGAACGAGGAG
CTGGATCGGCAAGTTCCTCTGATGGATGAAATCGACTCAAAGGTGGACAGAGCAACCTCG
GATCTTAAGAACACCAATGTTAGACTCAAAGATACTGTGAACCAGCTGAGATCAAGCAGG
AACTTCTGCATCGATATTGTTCTGTTGTGTATCGTTCTGGGTATCGCTGCATACTTGTAC
AATGTACTGAAGTGATGAGATGAACAGGAAAGGGACCCATCACTACTCTCTATTGCCATT
ATCTATTAAAGTTTCTTACCCGACTCAGTGTGTGCTTGTTTCTGTCTGTATTCGTGCGAT
CTTTCTACAAGAGTTTCTTCTGAAGTGTTAAGACTGCTCAAGTTGTTTCTTATATTGAGT
TTTTTCCATGTTGTTCATGTCCATTACATG

QA 2 811 2 811
DS 



CO CL227Contig2 898 2 8 U
GATATCCCTTAATTAGAGATCCGGAAGTTCCTTTGTGAGAGAAGATGACAGTGATCGACA
TTCTGACCAGAGTTGACACGATCTGCAAGAAGTACGACAAGTACGACGTCGACAAACAGC
GCGAGTCCAACATCTCCGGCGATGACGCTTTCGCTCGTCTCTACGGAGCTTTCGAGACCC
AAATCGAGACAGCTCTCGAGAAAGCTGAGATTGTTACCAAGGAGAAGAACAGAGCTTCTG
CTGTTGCGATGAACGCTGAGATCCGTCGCACAAAGGCTAGATTGTCTGAGGAAGTTCCCA
AGCTGCAGAGACTTGCTCTCAAGCGGGTAAAGGGCCTTACAACGGAAGAGCTTGCTGCGA
GAAACGATTTGGTGCTTGCGCTTCCGGCGAGGATCGAAGCTATACCTGATGGGACAGCGG
GTGGTCCTAAAAGCACTACTAGTGCTTGGGCTCCTTCTACAACCTCTCGTCCTGATATCA
AGTTTGATTCAGATGGGCGTTTTGATGATGATTACTTTCAAAGGTGGACAGAGCAACCTC
GGATCTTAAGAACACCAATGTTAGACTCAAAGATACTGTGAACCAGCTGAGATCAAGCAG
GAACTTCTGCATCGATATTGTTCTGTTGTGTATCGTTCTGGGTATCGCTGCATACTTGTA
CAATGTACTGAAGTGATGAGATGAACAGGAAAGGGACCCATCACTACTCTCTATTGCCAT
TATCTATTAAAGTTTCTTACCCGACTCAGTGTGTGCTTGTTTCTGTCTGTATTCGTGTGA
TCTTTCTACAAGAGTTTCTTCTGAAGTGTTAAGACTGCTCAAGTTGTTTCCTATATTGAG
TTTTTTCCATGTTGTTCATGTCCATTACATGATGAATATATATATATACTCCTTCCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F847TF U 1
AF RR3F847JQ C 68
BS 1 600 RR3F847TF
BS 601 601 RR3F847JQ
BS 602 694 RR3F847TF
BS 695 695 RR3F847JQ
BS 696 734 RR3F847TF
BS 735 735 RR3F847JQ
BS 736 797 RR3F847TF
BS 798 898 RR3F847JQ

RD RR3F847TF 797 0 0
GATATCCCTTAATTAGAGATCCGGAAGTTCCTTTGTGAGAGAAGATGACAGTGATCGACA
TTCTGACCAGAGTTGACACGATCTGCAAGAAGTACGACAAGTACGACGTCGACAAACAGC
GCGAGTCCAACATCTCCGGCGATGACGCTTTCGCTCGTCTCTACGGAGCTTTCGAGACCC
AAATCGAGACAGCTCTCGAGAAAGCTGAGATTGTTACCAAGGAGAAGAACAGAGCTTCTG
CTGTTGCGATGAACGCTGAGATCCGTCGCACAAAGGCTAGATTGTCTGAGGAAGTTCCCA
AGCTGCAGAGACTTGCTCTCAAGCGGGTAAAGGGCCTTACAACGGAAGAGCTTGCTGCGA
GAAACGATTTGGTGCTTGCGCTTCCGGCGAGGATCGAAGCTATACCTGATGGGACAGCGG
GTGGTCCTAAAAGCACTACTAGTGCTTGGGCTCCTTCTACAACCTCTCGTCCTGATATCA
AGTTTGATTCAGATGGGCGTTTTGATGATGATTACTTTCAAAGGTGGACAGAGCAACCTC
GGATCTTAAGAACACCAATGTTAGACTCAAAGATACTGTGAACCAGCTGAGATCAAGCAG
*AACTTCTGCATCGATATTGTTCTGTTGTGTATCGTTCTGGGTATCGCTGCATACTTGTA
CAATGTACTGAAGTGATGAGATGAACAGGAAAGG*ACCCATCACTACTCTCTATTGCCAT
TATCTATTAAAGTT*CTTACCCGACTCAGTGTGTGCTTGTTTCTGTCTGTATTCGTGTGA
TCTTTCTACAAGAGTTT

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3F847JQ 831 0 0
CCAGAG
TGACACGATCTGCAAGAAGTACGACAAGTACGACGTCGACAAACAGCGCGAGTCCA*CAT
CTCCGGCGATGACGCTTTCGCTCGTCTCTACGGAGCTTTCGAGACCCAAATCGAGACAGC
TCTCGAGAAAGCTGAGATTGTTACCAAGGAGAAGAACAGAGCTTCTGCTGTTGCGATGAA
CGCTGAGATCCGTCGCACAAAGGCTAGATTGTCTGAGGAAGTTCCCAAGCTGCAGAGACT
TGCTCTCAAGCGGGTAAAGGGCCTTACAACGGAAGAGCTTGCTGCGAGAAACGATTTGGT
GCTTGCGCTTCCGGCGAGGATCGAAGCTATACCTGATGGGACAGCGGGTGGTCCTAAAAG
CACTACTAGTGCTTGGGCTCCTTCTACAACCTCTCGTCCTGATATCAAGTTTGATTCAGA
TGGGCGTTTTGATGATGATTACTTTCAAAGGTGGACAGAGCAACCTCGGATCTTAAGAAC
ACCAATGTTAGACTCAAAGATACTGTGAACCAGCTGAGATCAAGCAGGAACTTCTGCATC
GATATTGTTCTGTTGTGTATCGTTCTGGGTATCGCTGCATACTTGTACAATGTACTGAAG
TGATGAGATGAACAGGAAAGGGACCCATCACTACTCTCTATTGCCATTATCTATTAAAGT
TTCTTACCCGACTCAGTGTGTGCTTGTTTCTGTCTGTATTCGTGTGATCTTTCTACAAGA
GTTTCTTCTGAAGTGTTAAGACTGCTCAAGTTGTTTCCTATATTGAGTTTTTTCCATGTT
GTTCATGTCCATTACATGATGAATATATATATATACTCCTTCCCG

QA 7 831 7 831
DS 



AS 2 12

CO CL228Contig1 767 7 15 U
ACCATTGTAAACCTTTTCAAATTAACAATAAATTTTATGAATCAATGAAACCCAACTAAG
AGACTAAATGCAACTTATGGTTTTTTT*AATATATACACAATACCCAGAAGCTGCATTTT
TATGTATCTTATGTCATAAACAACAACATACAATCATTTGACAAATCTCTACAGAGATCA
CTTTGCTCATATGAGTCAGAATCCTCTCTGAAGAAACAAATGTGCAGTGTCACCATCTTC
TTACGCAATGTTCTTCCTGCTCTGCGACCAGAATGGTGTTGCGGGCTTGCGCTTTATGGC
CTTGATACTAAACGGACTGTTCTTGCTCATTAAACAAGTTCCCTGATCGAGGTCACAAAC
GGGGTACTCGTGAGGGCAGCAACTATAGTTGTCATCACAACATGTGGCTGCTTCTAGTGG
GCAACATCCCCAAGCAAGGCAATACTTGCCATAATCAAAAAGACAACAACAAGTGTTGCT
CTCAGGACATGTGTAGTAACTGTCACATTGGGTCGGAAGCGTGACGGGAGATGGAGGTGA
AGGTCCAGGGTTTGGTGGGTTTTGGCCGTTCTTGATCGGATATGAAGGCTCAACAGCGAT
TCCACATTTTCCTGCTGAAGACGCAATGTTACGCTCCATCCTTATGTATCCGCTCTCTCC
CCAGCTTGTTCCCCATGAGTTTTTCACAATCCAATAGTCTTTGCCGCTCTCTGTTCCGTA
CCCGACCGCCAAAACTCCGTGGTCTAGATCTGTTCCACAAATTCCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 0 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 10 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 10 10 

AF RR3BQ47JQ U 122
AF RR3BQ47TF C 122
AF RR3B366JQ U 58
AF RR3AY92TF C 16
AF RR3AG17JQ U 1
AF RR3BW75JQ U 122
AF RR3CV41JQB U 25
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BS 599 633 RR3AG17JQ
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BS 750 750 RR3BW75JQ
BS 751 767 RR3AG17JQ

RD RR3BQ47JQ 294 0 0
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TTTGCTCATATGAGTCAGAATCCTCTCTGAAGAAACAAATGTGCAGTGTCACCATCTTCT
TACGCAATGTTCTTCCTGCTCTGCGACCAGAATGGTGTTGCGGGCTTGCGCTTTATGGCC
TTGATACTAAACGGACTGTTCTTGCTCATTAAACAAGTTCCCTGATCGAGGTCACAAACG
GGGTACTCGTGAGGGCAGCAACTATAGTTGTCATCACAACATGTGGCTGCTTC
C

QA 1 293 1 293
DS 

RD RR3BQ47TF 294 0 0
ATGTATCTTATGTCATAAACAGCAACATACAATCATTTGACAAATCTCTACAGAGATCAC
TTTGCTCATATGAGTCAGAATCCTCTCTGAAGAAACAAATGTGCAGTGTCACCATCTTCT
TACGCAATGTTCTTCCTGCTCTGCGACCAGAATGGTGTTGCGGGCTTGCGCTTTATGGCC
TTGATACTAAACGGACTGTTCTTGCTCATTAAACAAGTTCCCTGATCGAGGTCACAAACG
GGGTACTCGTGAGGGCAGCAACTATAGTTGTCATCACAACATGTGGCTGCTTC
C

QA 1 293 1 293
DS 

RD RR3B366JQ 593 0 0
AAAAA
ACTAAATGCAACTTATGGTTCTTTT*AATATATACACAATACCCAAAAGCTGCATTTTTA
TGTATCTTATGTCATAAACAACAACATACAATCATTTGACAAATCTCTACAGAAATCACT
TTGCTCATATGAGTCAAAATCCTCTCTGAAAAAACAAATGTGCAGTGTCACCATCTTCTT
ACGCAATGTTCTTACTGCTCTGC*ACCAAAATGGTGTTGCGGGCTTGCGCTTTACGGCCT
TGATACTAAACGGACTGTTCTTGCTCATTAAACAAGTTCCCTGATCGAGGTCACAAACGG
GGTACTCGTAAGGGCAGCAACTATAGTTGTCATCACAACATGTGGCTGCTTCTAGTGGGC
AACATCCCCAAGCAAGGCAATACTTGCCATAATCAAAAAAACAACAACAAGTGTTGCTCT
CAGGACATGTGTAGTAACTGTCACATTGGGTCGGAAGCGTGACGGGAGATGGAGGTGAAG
GTCCAGGGTTTGGTGGGTTTTGGCCGTTCTTGATCGGATATGAAGGCTCAACAGCAATTC
CACATTTTCCTGCTGAAGACGCAATGTTACGTTCCATCCTTATGTATC

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DS 

RD RR3AY92TF 595 0 0
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TATGGTTTTTTT*AATATATACACAATACCCAGAAGCTGCATTTTTATGTATCTTATGTC
ATAAACAACAACATACAATCATTTGACAAATCTCTACAGAGATCACTTTGCTCATATGAG
TCAGAATCCTCTCTGAAGAAACAAATGTGCAGTGTCACCATCTTCTTACGCAATGTTCTT
CCTGCTCTGCGACCAGAATGGTGTTGCGGGCTTGCGCTTCATGGCCTTGATACTAAACGG
ACTGTTCTTGCTCATTAAACAAGTTCCCTGATCAAGGTCACAAACGGGGTACTCGTGAGG
GCAGCAACTATAGTTGTCATCACAACATGTGGCTGCTTCTAGTGGGCAACATCCCCAAGC
AAGGCAATACTTGCCATAATCAAAGAGACAACAACAGGTGTTGCTCTCAGGACATGTGTA
GTAACTGTCACATTGGGTCGGAGGCGTGACGGGAGATGGAGGTGAAGGTCCAGGGTTTGG
TGGGTTTTGGCCGTTCTTGATCGGATATGAAGGCTCAACAGCGATTCCACATTTT

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DS 

RD RR3AG17JQ 767 0 0
ACCATTGTAAACCTTTTCAAATTAACAATAAATTTTATGAAGCAATGAAACCCAACTAAG
AGACTAAATGCAACTTATGGTTCTTTT*AATATATACACAATACCCAGAAGCTGCATTTT
TATGTATCTTATGTCATAAACAACAACATACAATCATTTGACAAATCTCTACAGAGATCA
CTTTGCTCATATGAGTCAGAATCCTCTCTGAAGAAACAAATGTGCAGTGTCACCATCTTC
TTACGCAATGTTCTTCCTGCTCTGCGACCAGAATGGTGTTGCGGGCTTGCGCTTTATGGC
CTTGATACTAAACGGACTGTTCTTGCTCATTAAACAAGTTCCCTGATCGAGGTCACAAAC
GGGGTACTCGTGAGGGCAGCAACTATAGTTGTCATCACAACATGTGGCTGCTTCTAGTGG
GCAACATCCCCAAGCAAGGCAATACTTGCCATAATCAAAAAGACAACAACAAGTGTTGCT
CTCAGGACATGTGTAGTAACTGTCACATTGGGTCGGAGGCGTGACGGGAGATGGAGGTGA
AGGTCCAGGGTTTGGTGGGTTTTGGCCGTTCTTGATCGGATATGAAGGCTCAACAGCAAT
TCCACATTTTCCTGCTGAAGACGCAATGTTACGTTCCATCCTTATGTATCCGCTCTCTCC
CCAGCTTGTTCCCCATGAGTTTTTCACAATCCAATAGTCTTTGCCGCTCTCTGTTCCGTA
TCCGACCGCCAAAACTCCGTGGTCTAGATTTGTTCCACAAATTCCGT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3BW75JQ 647 0 0
ATGTATCTTATGTCATAAACAACAACATACAATCATTTGACAAATCTCTACAGAGATCAC
TTTGCTCATATGAGTCAGAATCCTCTCTGAAGAAACAAATGTGCAGTGTCACCATCTTCT
TACGCAATGTTCTTCCTGCTCTGCGACCAGAATGGTGTTGCGGGCTTGCGCTTCATGGCC
TTGATACTAAACGGACTGTCCTTGCTCATTAAACAAGTTCCCTGATCAAGGTCACAAACG
GGGTACTCGTGAGGGCAGCAACTATAGTTGTCATCACAACATGTGGCTGCTTCTAGTGGG
CAACATCCCCAAGCAAGGCAATACTTGCCATAATCAAAGAGACAACAACAGGTGTTGCTC
TCAGGACATGTGTAGTAACTGTCACATTGGGTCGGAAGCGTGACGGGAGATGGAGGTGAA
GGTCCAGGGTTTGGTGAGTTTTGGCCGTTCTTGATCGGATATGAAGGCTCAACAGCGATT
CCACATTTTCCTGCTGAAGACGCAATGTTACGCTCCATCCTTATGTATCCGCTCTCTCCC
CAGCTTGTTCCCCATGAGTTTTTCACAATCCAATAGTCTTTGCCGCTCTCTGTTCCGTAC
CCGACCGCCAAAACTCCGTGGTCTAGATCTGTTCCACAAATT
TCATC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3CV41JQB 743 0 0
G
CAATAAATTTTATATATCACTGAAACCCAGCTAAGATACTAAATGCAACTTATGTTTTTT
TTTAATATATACACAATACCCAAAAGCTGCATTTT*ATGTATCTTATGTCATAAACAACA
ACATACAATCATTTGACAAATCTCTACAGAGATCTCTTTGCTCATATGAGTCAAAATCCT
CTCTGAAAAAACAAATGTGCAGTGTCACCATCTTCTTACACAATGTTCTTCCTGCTCTGC
GACCAGAATGGTGTTGCGGGCTTGCGCTTTATGGCCTTGATACTAAAAGGACTGTTCTTG
CTCGTTAAACAAGTTCCCTGATCGAGGTCACAAACGGGGTACTCGTGAGGGCAGCAACTA
TAGTTGTCATCACAACATGTGGCTGCTTCTAGTGGGCAACATCCCCAAGCAAGGCAATAC
TTGCCATAATCAAAAAGACAACAACAAGTGATGCTCTCAGGACATGTGTAGTAACTGTCA
CATTGGGTCGGAAGCGTGACGGGAGATGGAGGTGAAGGTCCAGGGGTTGGTGGGTTTTGG
CCGTTCTTGATCGGATATGAAGGCTCGACAGCGATTCCACATTTTCCTGCTGAAGACGCA
ATGTTACGCTCCATCCTTATGTATCCGCTCTCTCCCCAGCTTGTTCCCCATGAGTTTTTC
ACAATCCAATAGTCTTTGCCGCTCCCTGTTCCGTACCCGACCGCCAAAACTCCGTGGTCT
AGATCTGTTCCACAAATTCC
AT

QA 2 741 2 741
DS 



CO CL228Contig2 1417 5 32 U
GGGTCCATCACATCTTTCATCATCTTTCCTTCTCCTCCAAAGAAAAACAGTGAAGAAAAA
AATGAAGCTCCTTAGCTCAGCTACCGCTATCCTCTTCTTAACGATGATCGTGGTATCATC
AGCGATGGATATGTCAATCATTTCCTACGACAAAAACCACCGCACCGTCTCTTCCAGAAG
CGATGCCGAAGTTTCAAGACTATACAAGGAGTGGTTAGTGAAACACGGGAAGGCTCAGAA
TTCTCTTACAGAGAAAGATCGACGGTTCGAGATCTTTAAAGACAATCTCCGTTTCATAGA
CGAACACAACGGGAAGAACCTTAGTTACAGACTGGGTCTTACGAAGTTCGCGGATCTCAC
TAACGATGAGTATAGATCCATGTACCTCGGGTCTAGGCTCAAGAGGAAAGCCACCAAGAC
CAGCCTTCGCTACGAGGCGCGTGTAGGTGACGCTATCCCGGAGAGCGTTGACTGGAGGAA
GGAAGGTGCCGTCGCTGAGGTTAAAGATCAAGGAAGCTGCGGGAGTTGTTGGGCGTTTTC
AACAATCGGAGCAGTGGAGGGCATAAACAAGGTCGTGACCGGAGACTTAATATCATTATC
TGAACAAGAATTGGTCGACTGTGACACTTCATACAATGAAGGTTGTAACGGAGGTCTCAT
GGACTATGCTTTTGAATTCATTATCAACAACGGTGGAATCGATACAGAGGAAGATTACCC
TTACAAGGGTGTTGACGGACGTTGTGATCAGACCAGAAAAAACGCTAAAGTTTGTTACAA
TCGATTCATATGAGGATGTGCCGGCTAACAGCGAAGAGTCCTTGAAGAAAGCACTTTCTC
ACCAACCAATCAGCGTGGCCATTGAGGGTGGTGGTCGTGCGTTCCAGCTCTATGATTCTG
GTATATTCGACGGAATTTGTGGAACAGATCTAGACCACGGAGTTTTGGCGGTCGGATACG
GAACAGAGAGCGGCAAAGACTATTGGATTGTGAAAAACTCATGGGGAACAAGCTGGGGAG
AGAGCGGATACATAAGGATGGAACGTAACATTGCGTCTTCAGCAGGAAAATGTGGAATT*
GCTGTTGAGCCTTCATATCCGATCAAGAACGGCCAAAACCCACCAAACCCTGGACCTTCA
CCTCCATCTCCCGTCACGCCTCCGACCCAATGTGACAGTTACTACACATGTCCTGAGAGC
AACACTTGTTGTTGTCTTTTTGATTATGGCAAGTATTGCCTTACTTGGGGATGTTGCCCA
CTAGAAGCAGCCACATGTTGTGATGACAACTATAGTTGCTGCCCTCACGAGTACCCCGTT
TGTGACCTCGATCAGGGAACTTGTTTAATGAGCAAGAACAGTCCGTTTAGTATCAAGGCC
ATAAAGCGCAAGCCCGCAACACCATTCTGGTCGCAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 0 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 10 10 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW75TF U 1
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AF RR3GB52TF U 749
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CGAACACAACGGGAAGAATCTTAGTTACAGACTGGGTCTTACGAAGTTCGCGGATCTCAC
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AACAATCGGAGCAGTGGAGGGCATAAACAAGGTCGTGACCGGAGACTTAATATCATTATC
TGAACAAGAATTGGTCGACTGTGACACTTCATACAATGAAG*TTGTAACGGAG*TCTCAT
GGACTATGCTTTTGAATTCATTATCAACAACG*TGGAATCGATACAGAGGA
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DS 

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ACCAAGACCAGCCTTCGCTACGAGGCGCGTGTAGGTGACGCTATCCCGGAGAGCGTTGAC
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GGTCTCATGGACTATGCTTTTGAATTCATTATCAACAACGGTGGAATCGATACAGAGGAA
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*GTTACAATCGATTCATATGAGGATGTGCCGGCTAACAGCGAAGAGTCCTTGAAGAAAGC
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CTGGGGAGAGAGCGGATACA

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DS 

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TCTTCAGCAGGAAAATGTGGAATTTGCTGTTGAGCCTTCATATCCGATCAAGAACGGCCA
AAACCCACCAAACCCTGGACCTTCACCTCCATCTCCCGTCACGCCTCCGACCCAATGTGA
CAGTTACTACACATGTCCTGAGAGCAACACTTGTTGTTGTCTTTTTGATTATGGCAAGTA
T

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DS 

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G
GAAAAAACGCTAAAGTT*GTTACAATCGATTCATATGAGGATGTGCCGGCTAACAGCGAA
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CACGGAGTTTTGGCGGTCGGATACGGAACAGAGAGCTGCAAAGGCTATTGGATTGTGAAA
AACTCATGGGGAA***GCTGGGGAGAGAGCGGATACATAAGGATGGAATGTAACATTGCG
TCTTCAGCAGGAAAATGTGGAATT*GCTGTTGAGCCTTCATATCCGATCAAGAACGGCCA
AAACCCACCAAACCCTGGACCTTCACCTCCATCTCCCGTCACGCCTCCGACCCAATGTGA
CAGTTACTACACATGTCCTGAGAGCAACACTTGTTGTTGTCTTTTTGATTATGGCAAGTA
TTGCCTTACTTGGGGATGTTGCCCACTAGAAGCAGCCACATGTTGTGATGACAACTATAG
TTGCTGCCCTCACGAGTACCCCGTTTGTGACCTCGATCAGGGAACTTGTTTAATGAGCAA
GAACAGTCCGTTTAGTATCAAGGCCATAAAGCGCAAGCCCGCAACACCATTCTGGTCGCA
GA

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DS 

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GGAAAG
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CACTTTCTCACCAACCAATCAGCGTGGCCATTGAGGGTGGTGGTCGTGCGTTCCAGCTCT
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GCTGGGGAGAGAGCGGATACATAAGGATGGAACGTAACATTGCGTCTTCAGCAGGAAAAT
GTGGAATT*GCTGTTGAGCCTTCATATCCGATCAAGAACGGCCAAAACCCACCAAACCCT
GGACCTTCACCTCCATCTCCCGTCACGCCTCCGACCCAATGTGACAGTTACTACACATGT
CCTGAGAGCAACACTTGTTGTTGTCTTTTTGATTATGGCAAGTATTGCCTTGCTTGGGGA
TGTTGCCCACTAGAAGCAGCCACATGTTGTGATGACAACTATAGTTGCTGCCCTTACGAG
TACCCCGTTTGTGACCTCGATCAGGGAACTTGTTTAATGAGCAAGAACAGTCCGTTTAGT
ATCAAGGCCGTAAAGCGCA

QA 7 625 7 625
DS 



AS 3 10

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AAAATGGGTTCCTGGCCGACTTGAGCAAAAGAAGTAATAGACATCAACCGTTACATGTTC
GTATCTTTTGCTATAAAGATCATTAAGATGGATTAATACATAAACGTTGAGATTCAATTC
GATTGCAAGAGAAGAAGGACGATGCAGTACAAAGAATCTGTACAATAAATATATATATCT
TTAGTGTGGTAACTTGTATAGTTTGCTCCACTCTTCTTCGGTTCATGCTTGGAGCTTGGT
GCTCAGACCAGGACAACGATGATGACAATGAGTATAACAATCCCAAATATGAGTATAAGA
AGGCATGTCAAGGATGAGTTTGCTCTTTGAGTTTTAGATGCTTTTCTGAGTTGGGAAGTG
GCTTGTGCAGTTGCAGCATGTGAATTATCAATGTTGGAGCTGATGTCATCGATCATAACT
CCTTGATCGTTGACTAAAACAGCTAGATCTTTGAAGATTTCATTCACTTCACCAATCTGT
TCTTGAATTTCTCTGATTCCTTGCTCTCTTTCCTCAATAATTGCTTCATTGAATGTTATC
TCGTTATCTAGAAACACCACTTCTTGCCTTTTTGATTGTAGAAGAAGAGTTTGCTCCTGG
GAGGTCCTTAAAGATTCAATATCCAGTTCCTGTGCATTATAACTGGTAGGCATATCTTTA
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TCTTTGAGAACTGATTGGAAATCTTTCGCCAGTTTAGCATCCGCAATCTTCTTAATTGGA
GTAGTTGCTCCATGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 10 

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TTAGTGTGGTAACTTGTATAGTTTGATCCACTCTTCTTCGGTTCATGCTTGGAGCTTGGT
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AGGCATGTCAAGGATGAGTTTGCTCTTTGAGTTTTAGATGCTTTTCTGAGTTGGGAAGTG
GCTTGTGCAGTTGCAGCATGTGAATTATCAATGTTGGAGCTGATGTCATCGATCATAACT
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TCTTGAATTTCTCTGATTCCTTGCTCTCTTTCCTCAATAATTGCTTCATTGAATGTTATC
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GAGGTCCTTAAAGA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3BL16JQ 773 0 0
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TTAAGATGGATTAATACATAAACGTTGAGATTCAATTCGATTGCAAGAGAAGAAGGACGA
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GCTCTCTTTCCTCAATAATTGCTTCATTGAATGTTATCTCGTTATCTAGAAACACCACTT
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DS 

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CTGTACAATAAATATATATATCTTTAGTGTGGTAACTTGTATAGTTTGCTCCACTCTTCT
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TAATTGCTTCATTGAATGTTATCTCGTTATCTAGAAACACCACTTCTTGCCTTTTTGATT
GTAGAAGAAGAGTTTGCTCCCGGGAGGTCCTTAAAGATTCAATATCCAGTTCCTGTGCAT
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CATCCGCAATCTTCTTAATTGGAGTAGTTGCT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3DR63JQ 712 0 0
AAGATGGATTAATACATAAACGTTGAGATTCAATTCGATTGCAAGGGAAGAAGGACGATG
CAGTACAAAGAATCTGTACAATAAATATATATATCTTTAGTGTGGTAACTTGTATAGTTT
GCTCCACTCTTCTTCGGTTCATGCTTGGAGCTTGGTGCTCAGACCAGGACAACGATGATG
ACAATGAGTATAACAATCCCAAATATGAGTATAAGAAGGCATGTCAAGGATGAGTTTGCT
CTTTGAGTTTTAGATGCTTTTCTGAGTTGGGAAGTGGCTTGTGCAGTTGCAGCATGTGAA
TTATCAATGTTGGAGCTGATGTCATCGATCATAACTCCTTGATCGTTGACTAAAACAGCT
GGATCTTTGAAGATTTCATTCACTTCACCAATCTGTTCCTGAATTTCTCTGATTCCTTGC
TCTCTTTCCTCAATAATTGCTTCATTGAATGTTATCTCGTTATCTAGAAACACCACTTCT
TGCCTTTTTGATTGTAGAAGAAGAGTTTGCTCCTGGGAGGTCCTTAAAGATTCAATATCC
AGTTCCTGTGCATTATAACTGGTAGGAATATCTTTAGTGACGACAGGAGTGTATGTTATT
TCTCTTTCAGCTGCAAGTCTCTGAGCTTTCTGAAACTCTTTGAGAACTGATTGGAAATCT
TTCGCCAGTTTAGCATCCGCAATCTTCTTAATTGGAGTAGTTGCTCCATGGA

QA 1 712 1 712
DS 



CO CL229Contig2 827 4 13 U
GGGCCAATCATCGTTCCCCCCATTGCTAGAGAGATTAGATTCGAGAGAGAAGAAGAAGAA
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGAGTTTCCAAGACCTCGAAGCTGGCTCTCGATT
CCAATCGCCGAATCGTTTCACCGGCGGGAGGAGGCAGCAGAAACCTCTGTCGCGTGGAGA
TCCGTCTCAGGAGGTAGCCGCCGGGATCTTCAGGATAAGCACGGCCGTCAATTCCTTCTT
CCGCCTCGTTAATTCGATCGGAACGCCTAAGGATACTCTCGATTTGCGAGATAAGCTGCA
AAAGACAAGGTTGCAGATATCAGAACTGGTGAAAAATACGTCAGCTAAGCTTAAAGAAGC
TAGCGAAGCCGACCTCCATGGAGCAACTACTCCAATTAAGAAGATTGCGGATGCTAAACT
GGCGAAAGATTTCCAATCAGTTCTCAAAGAGTTTCAGAAAGCTCAGAGACTTGCAGCTGA
AAGAGAAATAACATACACTCCTGTCGTCACTAAAGATATGCCTACCAGTTATAATGCACA
GGAACTGGATATTGAATCTTTAAGGACCTCCCAGGAGCAAACTCTTCTTCTACAATCAAA
AAGGCAAGAAGTGGTGTTTCTAGATAACGAGATAACATTCAATGAAGCAATTATTGAGGA
AAGAGAGCAAGGAATCAGAGAAATTCAAGAACAGATTGGTGAAGTGAATGAAATCTTCAA
GATCTAGCTGTTTAGTCACGATCAAGGAGTTATGATCGATGACATCAGCTCCAAAATGAT
AATTCACATGCTGCACTGCACAAGCCACTTCCCACTCAGAAAGCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 
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AF RR3DR67TF U 23
AF RR3DR63TF U 1
AF RR3D662TF U 18
AF RR3BL16TF U 93
BS 1 354 RR3DR63TF
BS 355 355 RR3D662TF
BS 356 519 RR3DR63TF
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BS 600 773 RR3D662TF
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BS 776 776 RR3BL16TF
BS 777 795 RR3D662TF
BS 796 827 RR3BL16TF

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GG
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GCCTAAG*ATACTCTCGATTTGCGAGATAAGCTGCAA

QA 3 279 3 279
DS 

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GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGAGTTTCCAAGACCTCGAAGCTGGCTCTCGATT
CCAATCGCCGAATCGTTTCACCGGCGGGAGGAGGCAGCAGAAACCTCTGTCGCGTGGAGA
TCCGTCTCAGGAGGTAGCCGCCGGGATCTTCAGGATAAGCACGGCCGTCAATTCCTTCTT
CCGCCTCGTTAATTCGATCGGAACGCCTAAGGATACTCTCGATTTGCGAGATAAGCTGCA
AAAGACAAGGTTGCAGATATCAGAACTGGTGAAAAATACGTCAGCTAAGCTTAAGGAAGC
TAGCGAAGCCGACCTCCATGGAGCAACTACTCCAATTAAGAAGATTGCGGATGCTAAACT
GGCGAAAGATTTCCAATCAGTTCTCAAAGAGTTTCAGAAAGCTCAGAGACTTGCAGCTGA
AAGAGAAATAACATACACTCCTGTCGTCACTAAAGATATTCCTACCAGTTATAATGCACA
GGAACTGGATATTGAATCTTTA*GGACCTCCCAGGAGCAAACTCTTCTTCTACAATCAA

QA 1 599 1 599
DS 

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GGCCATT
GCTAGAGAGATTAGATTCGAGAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA*
**TGAGTTTCCAAGGCCTCGAAGCTGGCTCTTGATTCCAATCGCCGAATCGTTTCACCGG
CGGGAGGAGGCAGCAGAAACCTCTGTCGCGTGGAGATCCGTCTCAGGAGGTAGCCGCCGG
GATCTTCAGGATAAGCACGGCCGTCAATTCCTTCTTCCGCCTCGTTAATTCGATCGGAAC
GCCTAAGGATACTCTCGATTTGCGAGATAAGCTGCAAAAGACAAGGTTGCAGATATCAGA
ACTGGTGAAAAATACGTCAGCTAAGCTTAAAGAAGCTAGCGAAGCCGACCTCCATGGAGC
AACTACTCCAATTAAGAAGATTGCGGATGCTAAACTGGCGACA**TTTCCAATCAGTTCT
CAAAGAGTTTCAGAAAGCTCAGAGACTTGCAGCTGAAAGAGAAATAACATACACTCCTGT
CGTCACTAAAGATATGCCTACCAGTTATAATGCACAGGAACTGGATATTGAATCTTTAAG
GACCTCCCAGGAGCAAACTCTTCTTCTACAATCAAAAAGGCAAGAAGTGGTGTTTCTAGA
TAACGAGATAACATTCAATGAAGCAATTATTGAGGAAAGAGAGCAAGGAATCAGAGAAAT
TCAAGAACAGATTGGTGAAGTGAATGAAATCTTCAAGATCTAGCTGTTTAGTCACGATCA
AGGAGTTATGATCGATGACATCAGCTCCACATTGATAATTCACATGCTGCA
CTGC

QA 8 778 8 778
DS 

RD RR3BL16TF 735 0 0
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GGCAGCAGAAACCTCTGTCGCATGGAGATCCGTCTCAGGAGGTAGTCGCCGGGATCTTCA
GGATAAGCACGGCCGTCAATTCCTTCTTCCGCCTCGTTAATTCGATCGGAACGCCTAAGG
ATACTCTCGATTTGCGAGATAAGCTGCAAAAGACAAGGTTGCAGATATCAGAACTGGTGA
AAAATACGTCAGCTAAGCTTAAAGAAGCTAGCGAAGCCTACCTCCATGGAGCAACTACTC
CAATTAAGAAGATTGCGGATGCTAAACTGGCGAAAGATTTCCAATCAGTTCTCAAAGAGT
TTCAGAAAGCTCAGAGACTTGCAGCTGAAAGAGAAATAACATCCACTCCTGTCGTCACTA
AAGATATGCCTACCAGTTATAATGCACAGGAACTGGATATTGAATCTTTAAGGACCTCCC
AGGAGCAAACTCTTCTTCTACAATCAAAAAGGCAAGAAGTGGTGTTTCTAGATAACGAGA
TAACATTCAATGAAGCAATTATTGAGGAAAGAGAGCAAGGAATCAGAGAAATTCAAGAAC
AGATTGGTGAAGTGAATGAAATCTTCAAGATCTAGCTGTTTAGTCACGATCAAGGAGTTA
TGATCGATGACATCAGCTCCAACATGATAATTCACATGCTGCACTGCACAAGCCACTTCC
CACTCAGAAAGCATC

QA 1 735 1 735
DS 



CO CL229Contig3 837 2 26 U
GGTCATTAAGATGGATTAATACATAAACGTTAAGATTCAATTCGATTGCAAGGGAAGAAG
AACGATGCAGTACAAAGAATCTGTACAATAAATATATATATATCTTTAATGTGGTAACTT
GTATAGTTTCCTCGACTCTTCTTCGGTTGATGCTTGGAGCTTGCTGCTCAGACCAGGACA
ACGATGATGACAATGAGTATAACAATCCCAAATATAAGAATAAGAAGACATGTAAAGGAT
GAGTTTGCTCTTTGAGTTTTAGATGCTTTTCTGAGTTGAGAAGTGGCTTGCGCAGTTGCA
GCATGTGAATTATCAATGTTGGAGCTGATGTCATCGATCATAACTCCTTGATCATTCACT
AAAACAGCTAGATCTTTGAAGATTTCATTCACTTCACCAATCTGTTCCTGAATTTCTCTG
ATTCCCTGCTCTCTTTCCTCAATAATTGCTTCATTGAATGTTATCTCGTTATCTAGAAAC
ACCACTTCTTGCCTTTTTGATTGTAGAAGAAGAGTTTGCTCCTGGGAGGTCCTTAAAGAT
TCAATATCCAGTTCCTGTGCATTATAACTGGTAGGCATATCATTAGTGACGACAGGAGTA
TATGTTAATTCTCTTTCAGCTGCAAGTCTCTGAGCTTTCTGAAACTCTTTGAGAACCGAT
TGGAAATCTTTCGCCAGTTTAGCATCCGCAATCTTCTTAATTGGAGTAGCTGCTCCATGG
GGGTCTGCTTCGCTAGCTTCTTTAAGCTTAGCTGACGTGTTTTTCACCAGTTCTGATATC
TGTAACCTTGTCTTTGCAGCTTATCTCGCAATCGAGAGTATCCTTAGCGTTCCGATC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG11JQ U 1
AF RR3EJ63JQ U 1
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RD RR3EG11JQ 714 0 0
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AACGATGCAGTACAAAGAATCTGTACAATAAATATATATATATCTTTAGTGTGGTAACTT
GTATAGTTTCCTCGACTCTTCTTCGGTTGATGCTTGGAGCTTGGTGCTCAGACCAGGACA
ACGATGATGACGATGAGTATAACAATCCCAAATATAAGAATAAGAAGACATGTCAAGGAT
GAGTTTGCTCTTTGAGTTTTAGATGCTTTTCTGAGTTGGGAAGTGGCTTGTGCAGTTGCC
GCATGTGAATTATCAATGTTGGAGCTGATGTCATCGATCATAACTCCTTGATCGTTCACT
AAAACAGCTAGATCTTTGAAGATTTCATTCACTTCACCAATCTGTTCTTGAATTTCTCTT
ATTCCCTGCTCTCTTTCCTCAATAATTGCTTCATTGAATGTTATCTCGTTATCTAGAAAC
ACCACTTCTTGCCTTTTTGATTGTAGAAGAAGAGTTTGCTCCTGGGAGGTCCTTAAAGAT
TCAATATCCAGTTCCTGTGCATTATAACTGGTAGGCATATCATTAGTGACGACAGGAGTA
TATGTTAATTCTCTTTCAGCTGCAAGTCTCTGAGCTTTCTGAAACTCTTTGAGAACCGAT
TGGAAATCTTTCGCCAGTTTAGCGTCCGCAATCTTCTTAATTGGAGTAGTTGCT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3EJ63JQ 837 0 0
GA
TCATTAAGATGGATTAATACATAGACGTTGAGATTCAATTCGATTGCAAGGGAAGAAGGA
CGATGCAGTACAAAGAATCTGTACAATAAATATATATATATCTTTAATGTGGTA*CTTGT
ATAGTTTGCTCGACTCTTCTTCGGTTGATGCTTGGAGCTTGCTGCTCAGACCAGGACAAC
GATGATGACAATGAGTATAACAATCCCAAATATCAGAATAAGAAGGCATGTAAAGGATGA
GTTTGCTCTTTGAGTTTTAGATGCTTTTCTGAGTTGAGAAGTGGCTTGCGCAGTTGCAGC
CTGTGAATTATCAATGTTGGAGCTGATGTCATCGATCATAACTCCTTGATCATTCACTAA
AACAGCTAGATCTTTGAAGATTTCATTCACTTCACCAATCTGTTCCTGAATTTCTCTGAT
TCCTTGCTCTCTTTCCTCAATAATTGCTTCATTGAATGTTATCTCGTTATCTAGAAACAC
CACTTCTTGCCTTTTTGATTGTAGAAGAAGAGTTTGCTCCTGGGAGGTCCTTAAAGATTC
AATATCCAGTTCCTGTGCATTATAACTGGTAGGCATATCATTAGTGACGACAGGAGTATA
TGTTAATTCTCTTTCAGCTGCAAGTCTCTGAGCTTTCTGAAACTCTTTGAGAACTGATTG
GAAATCTTTCGCCAGTTTAGCATCCGCAATCTTCTTAATTGGAGTAGCTGCTCCATGGGG
GTCTGCTTCGCTAGCTTCTTTAAGCTTAGCTGACGTGTTTTTCACCAGTTCTGATATCTG
TAACCTTGTCTTTGCAGCTTATCTCGCAATCGAGAGTATCCTTAGCGTTCCGATC

QA 3 837 3 837
DS 



AS 2 11

CO CL230Contig1 740 4 18 U
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CCAAAGAAGAATAACAGAAAGCAAAAAGTTTGAGAGAGATAAAATACACAAAAAACAAAA
AAAGAAGATCCCACATAAGATAATCACATAACTATCTCTGGCTTCAAGATGTTGGATTTG
ATCTCCTTGTGTGGCAAAACAACCCCTCCATTGGTGTATATCTCATCCCCAACATGAACA
TCTTCCCCCAAGATCGTCATGTTCTCAATCCTAGCCCACTGCCCAACCGTTGAGTGCCAC
CCTACGATACTGCTCGAGACACACGCATGCTTCTTAATCCTTGCCCCACGCATGACCGTG
CACCGTGAAAGCCTCACCCCTGACTCAACAACGCATCCTGGACCAATGGCCACATCTGGT
CCTATCAAACACCCTTCCCCAATCTTAGCGGTTTCATCCACCAGAACATTCCCAACGATG
TGTGCACCAGTGGTTAGCTTGGCAGGAGACTTCTTACTCAGAGAGTCTAAGTAGAGTATC
AGGCCCGTTATGTAGTCCTTGGGCTGCCCAATGTCCATCCAGAATCCTGGTAGAACCATG
GCGTAGAGCCCTTGAGCTGCTGCAATCTTGGGGAAGGTCTCTTTCTCGGTTGATGTTGGT
CTTAGCTCGATCTTGTCGAG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AO32JQ U 1
AF RR3EQ15JQ U 1
AF RR3EQ15TF C 126
AF RR3DW38JQ U 15
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RD RR3AO32JQ 579 0 0
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QA 1 579 1 579
DS 

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AAGATCCCACATAAGATAATCACATAACTATCTCTGGCTTCAAGATGTTGGATTTGATCT
CCTTGTGTGGCAAAACAACCCCTCCATTGGTGTATATCTCATCCCCAACATGAACATCTT
CCCCCAAGATCGTCATGTTCTCAATCCTAGCCCACTGCCCAACCGTTGAGTGCCACCCTA
CGATACTGCTCGAGACACACGCATGCTTCTTAATCCTTGCCCCACGCATGACCGTGCACC
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CACC

QA 5 548 5 548
DS 

RD RR3EQ15TF 566 0 0
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AGATCCCACATAAGATAATCACATAACTATCTCTGGCTTCAAGATGTTGGATTTGATCTC
CTTGTGTGGCAAAACAACCCCTCCATTGGTGTATATCTCATCCCCAACATGAACATCTTC
CCCCAAGATCGTCATGTTCTCAATCCTAGCCCACTGCCCAACCGTTGAGTGCCACCCTAC
GATACTGCTCGAGACACACGCATGCTTCTTAATCCTTGCCCCACGCATGACCGTGCACCG
TGAAAGCCTCACCCCTGACTCAACAACGCATCCTGGACCAATGGCCACATCTGGTCCTAT
CAAACACCCTTCCCCAATCTTAGCGGTTTCATCCACCAGAACATTCCCAACGATGTGTGC
ACCAGTGGTTAGCTTGGCAGGAGATTTCTTCCTCAGAGAGTCTAAGTAGAGTATCAGGCC
CGTTATGTAGTCCTTGGGCTGTCCAATGTCCATCCAGAATCCTGGTAGAACCATGGCGTA
GAGCCCTTGAGCTGCTGCAATCTTG
C

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3DW38JQ 726 0 0
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CAAAACAACCCCTCCATTGGTGTATATCTCATCCCCAACATGAACATCTTCCCCCAAGAT
CGTCATGTTCTCAATCCTAGCCCACTGCCCAACCGTTGAGTGCCACCCTACGATACTGCT
CGAGACACACGCATGCTTCTTGATCCTTGCCCCACGCATGACCGTGCACCGTGAAAGCCT
CACCCCTGACTCAACAACGCATCCTGGACCAATGGCCACGTCTGGTCCTATCAAACACCC
TTCCCCAATCTTAGCGGTTTCATCCACCAGAACGTTCCCAACGATGTGTGCACCAGTGGT
TAGCTTGGCAGGAGACTTCTTACTCAGAGAGTCTAAGTAGAGTCTCAGGCCCGTTATGTA
GTCCTTGGGTTGCCCAATGTCCATCCAGAATCCTGGTAGCACCATGGCGTAGAGCCCTTG
AGCTGCTGCAATCTTGGGGAAGGTCTCTTTCTCGGTTGATGTTGGTCTTAGCTCGATCTT
GTCGAG

QA 1 726 1 726
DS 



CO CL230Contig2 1506 7 26 U
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GACTGAGCCTATGGGTACGGCTGGTCCTCTGGCTCTAGCTAGAGACAAACTGGTTGATGG
ATCTGGAGAGCCCTTCTTTGTCCTCAACAGTGATGTGATCAGTGAGTACCCTCTCAAAGA
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CCCATCTGTTCTCGACAAGATTGAGCTAAGACCAACATCGATCGAGAAAGAGACCTTCCC
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TGGACAACCCAAGGACTACATAACGGGCCTGAGACTCTACTTAGACTCTCTCAGGAAGAA
GTCTCCAGCCAAGCTAACCACCGGTGCACACATTGTTGGGAACGTTCTGGTGGATGAAAC
CGCTAAGATTGGAGAAGGGTGTTTGATAGGACCAGACGTGGCCATTGGTCCGGGCTGCGT
TGTTGAGTCAGGGGTGAGGCTTTCACGGTGCACGGTCATGCGTGGGGCAAGGATCAAGAA
GCATGCGTGTGTCTCGAGCAGTATCGTAGGGTGGCACTCAACGGTTGGGCAGTGGGCTAG
GATTGAGAACATGACGATCTTGGGGGAAGATGTTCATGTTGGGGATGAGATATACACCAA
TGGAGGGGTTGTTTTGCCACACAAGGAGATCAAATCCAACATCTTGAAGCCAGAGATAGT
TATGTGATTATCTTATGTGGGATCTTCTTTTTTGTTTTTTTGTGTATTTTATCTCTCTCA
AACTTTGTGCTTCTGTTATTCTTCTTTGGCTTTGAATAAAAGTATAAACAAAATGATGTA
TATCTTATCTTGTTTAGTCATTTGGTGTTTGTCTCTATTTTTTGTTAACTTATCAAAACA
TTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI54TF U 1
AF RR3EL94TF U 190
AF RR3AO32TF U 425
AF RR3DW38TF U 515
AF RR3D412JQ C 745
AF RR3EL94JQ C 670
AF RR3GO30JQ C 797
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TTTCCCAAAGCCCCTTGTTGACTTTGCTAACAAACCCATGATCCTTCATCAGATAGAGGC
ACTCAAGGCAGTTGGAGTTGACGAAGTGGTTTTGGCCATCAATTACCAACCAGAGGTGAT
GCTTAACTTCTTGAAAGACTTTGAGGCAAAGCTCGAAATCAAAATCACTTGCTCACAAGA
GACTGAGCCTATGGGTACGGCTGGTCCTCTGGCTCTAGCTAGAGACAAACTGGTTGATGG
ATCTGGAGAGCCCTTCTTTGTCCTCAACAGTGATGTGATCAGTGAGTACCCTCTCAAAGA
GATGATTGAGTTTCACAAAGCTCACGGTGGTGAAGCCTCCATTATGGTGACAAAGGTTGA
TGAACCGTCCAAGTATGGAGTTGTTGTCATGGATGAAACTACAGGAAAAGTTGAGAAGTT
TGTGGAGAAGCCAAAACTGTTT

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DS 

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GGTTCGGGACTCGCTTGAGACCGTTGACTCTCAGTTTCCCAAAGCCCCTTGTTGACTTTG
CTAACAAACCCATGATCCTTCATCAGATAGAGGCACTCAAGGCAGTTGGAGTTGACGAAG
TGGTTTTGGCCATCAATTACCAACCAGAGGTGATGTTTAACTTCTTGAAAGACTTTGAGG
CAAAGCTCGAAATCAAAATCACTTGCTCACAAGAGACTGAGCCTATGGGTACGGCTGGTC
CTCTGGCTCTAGCTAGAGACAAACTGGTTGATGGATCTGGAGAGCCCTTCTTTGTCCTCA
ACAGTGATGTGATCAGTGAGTACCCTCTCAAAGAGATGATTGAGTTTCACAAAGCTCACG
GTGGTGAAGCCTCCATTATGGTGACAAAGGTTGATGAACCGTCCAAGTATGGAGTTGTTG
TCATGGATGAAACTACAGGAAAAGTTGAGAAGTTTGTGGAGAAGCCAAAACTGTTTGTAG
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TAAGACCAACATCGATCGAGAAAGAGACCTTCCCCAAGATTGCAGC

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DS 

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GAGCCTATGGGTACCGCTGGTCCTCTGGCTCTAGCTAGAGACAAACTGGTTGATGGATCT
GGCGAGCCCTTCTTTGTCCTCAACAGTGATGTGATCAGTGAGTACCCTCTCAAAGAGATG
ATTGAGTTTCACAAAGCTCACGGTGGTGAAGCCTCCATTATGGTGACAAAGGTTGATGAA
CCGTCCAATTATGGAGTTGTTGTCATGGATGAAGCTACAGGAAAAGTTGAGAAGTTTGTG
GAGAAGCCAAAACTGTTTGTAGGCAACAAGATCAACGCTGGGATTTACCTTCTGAACCCA
TCGGTTCTCGACAAGATCGAGCTAAGACCAACATCAATCGAGAAAGAGACCTTCCCCAAG
ATTGCAGCAGCTCAAGGGCTCTACGCCATGGTGCTACCAGGATTCTGGATGGACATTGGG
CAACCCAAGGACTACATAACGGGCCTGAGACTCTACTTAGACTCTCTGAGTAAGAAGTCT
CCTGCCAAGCTAACCACTGGTGCACACATCGTTGGGAACGTTCTGGTGGATGAAACCGCT
A

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DS 

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G
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CCTCCATTATGGTGACAAAGGTTGATGAACCGTCCAAGTATGGAGTTGTTGTCATGGATG
AAGCTACAGGAAAAGTTGAGAAGTTTGTGGAGAAGCCAAAACTGTTTGTAGGCAACAAGA
TCAACGCTGGGATTTACCTTCTGAACCCATCGGTTCTCGACAAGATCGAGCTAAGACCAA
CATCAACCGAGAAAGAGACCTTCCCCAAGATTGCAGCAGCTCAAGGGCTCTACGCCATGG
TGCTACCAGGATTCTGGATGGACATTGGGCAACCCAAGGACTACATAACGGGCCTGAGAC
TCTACTTAGACTCTCTGAGTAAGAAGTCTCCTGCCAAGCTAACCACTGGTGCACACATCG
TTGGGAACGTTCTGGTGGATGAAACCGCTAAGATTGGGGAAGGGTGTTTGATAGGACCAG
ACGTGGCCATTGGTCCAGGATGCGTTGTTGAG

QA 2 573 2 573
DS 

RD RR3D412JQ 670 0 0
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GCTAAGACCAACATCGATCGAGAAAGAGACCTTCCCCAAGATTGCAGCAGCTCAAGGGCT
CTACGCCATGGTGCTACCTGGATTCTGGATGGACATTGGACAACCCAAGGACTACATAAC
GGGCCTGAGACTCTACTTAGACTCTCTCAGGAAGAAGTCTCCAGCCAAGCTAACCACCGG
TGCACACATTGTTGGGAACGTTCTGGTGGATGAAACCGCTAAGATTGGAGAAGGGTGTTT
GATAGGACCAGACGTGGCCATTGGTCCGGGCTGCGTTGTTGAGTCAGGGGTGAGGCTTTC
ACGGTGCACGGTCATGCGTGGGGCAAGGATCAAGAAGCATGCGTGTGTCTCGAGCAGTAT
CGTAGGGTGGCACTCAACGGTTGGGCAGTGGGCTAGGATTGAGAACATGACGATCTTGGG
GGAAGATGTTCATGTTGGGGATGAGATATACACCAATGGAGGGGTTGTTTTGCCACACAA
GGAGATCAAATCCAACATCTTGAAGCCAGAGATAGTTATGTGATTATCTTATGTGGGATC
TTCTTTTTTGTTTTTTTGTGTATTTTATCTCTCTCAAACTTTGTGCTTCTGTTATTCTTC
TTTGGCTTTG

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DS 

RD RR3EL94JQ 790 0 0
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GCCAAAACTGTTTGTAGGCAACAAGATCAACGCTGGGATTTACCTTCTGAACCCATCTGT
TCTCGACAAGATTGAGCTAAGACCAACATCGATCGAGAAAGAGACCTTCCCCAAGATTGC
AGCAGCTCAAGGGCTCTACGCCATGGAGCTACCTGGATTCTGGATGGACATTGGACAACC
CAAGGACTACATAACGGGCCTGAGACTCTACTTAGACTCTCTCAGGAAGAAGTCTCCAGC
CAAGCTAACCACCGGTGCACACATTGTTGGGAACGTTCTGGTGGATGAAACCGCTAAGAT
TGGAGAAGGGTGTTTGATAGGACCAGACGTGGCCATTGGTCCGGGCTGCGTTGTTGAGTC
AGGGGTGAGGCTTTCACGGTGCACGGTCATGCGTGGGGCAAGGATCAAGAAGCATGCGTG
TGTCTCGAGCAGTATCGTAGGGTGGCACTCAACGGTTGGGCAGTGGGCTAGGATTGAGAA
CATGACGATCTTGGGGGAAGATGTTCATGTTGGGGATGAGATATACACCAATGGAGGGGT
TGTTTTGCCACACAAGGAGATCAAATCCAACATCTTGAAGCCAGAGATAGTTATGTGATT
ATCTTATGTGGGATCTTCTTTTTTGTTTTTTTGTGTATTTTATCTCTCTCAAACTTTGTG
CTTCTGTTATTCTTCTTTGGCTTTGAATAAAAGTATAAACAAAATGATGTAT
GTCTTATCTTGTTTAGCC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3GO30JQ 710 0 0
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CAAGGGTTCT**GCCATGGTGCTACCTGGATTCTGGATGGACATTGGACAACCCAAGGAC
TACATAACGGGCCTGAGACTCTACTTAGACTCTCTCAGGAAGAAGTCTCCAGCCAAGCTA
ACCACCGGTGCACACATTGTTGGGAACGTTCTGGTGGATGAAACCGCTAAGATTGGAGAA
GGGTGTTTGATAGGACCAGACGTGGCCATTGGTCCGGGCTGCGTTGTTGAGTCAGGGGTG
AGGCTTTCACGGTGCACGGTCATGCGTGGGGCAAGGATCAAGAAGCATGCGTGTGTCTCG
AGCAGTATCGTAGGGTGGCACTCAACGGTTGGGCAGTGGGCTAGGATTGAGAACATGACG
ATCTTGGGGGAAGATGTTCATGTTGGGGATGAGATATACACCAATGGAGGGGTTGTTTTG
CCACACAAGGAGATCAAATCCAACATCTTGAAGCCAGAGATAGTTATGTGATTATCTTAT
GTGGGATCTTCTTTTTTGTTTTTTTGTGTATTTTATCTCTCTCAAACTTTGTGCTTCTGT
TATTCTTCTTTGGCTTTGAATAAAAGTATAAACAAAATGATGTATATCTTATCTTGTTTA
GTCATTTGGTGTTTGTCTCTATTTTTTGTTAACTTATCAAAACATTTCTC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 4 8

CO CL231Contig1 744 2 1 U
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ACAAAAATAAGATGGTTCTGCTAGATAAGCTCTGGGATGATGTTGTGGCCGGACCTCAGC
CTGACCGTGGCCTTACCCGCCTCCGAAAGATCACTACCCAGCCCATTAATATCAGAGGAG
AAGGAAGCAACAAGATGGTGCTTAGGTCGTTGACTATGCCGATGGTAGTGAGCCCCGGTA
CTCCAACTACTCCGACCACTCCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGGAGGAGCGTCT
TTAATCCTGGAAGCAACCTCGCCACAAGAGCCATCGGCTCCAACATCTTTGATAAACCAA
CCCACCCAAATTCTCCATCCGTCTACGACTGGTTGTACAGCGGCGAGTCAAGGAGCCAGC
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TCTACCTTCACGAGTTCACGTGTCTGTTTTGCTTGTGTACATAACTGTCTTCCACCTATG
CAATAAGTTGTCACGTTGTTAACTTTCCACTTTGGGCTGTGTTTTGCAAGTTTTCCTTTG
TGTGTTTTGTACTTGTAACTTGCAAGTGACGGGTTTGAACCAAAAAAAAGCTTGCAAGTG
ACGGCTGAATCTTCACTGTCCCGTTGGATTTTGGTTGTGAAAATGCCTCTGCTTTTTTTA
GTGCTAATAAGATCTTGTTTATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BG88TF U 1
AF RR3BG88JQ C 81
BS 1 744 RR3BG88TF

RD RR3BG88TF 744 0 0
GGGACTCCACATTCCTCTCACGAAAAGTCACTCAAGCAACAAAAGAAAAAGCGAAATCAA
ACAAAAATAAGATGGTTCTGCTAGATAAGCTCTGGGATGATGTTGTGGCCGGACCTCAGC
CTGACCGTGGCCTTACCCGCCTCCGAAAGATCACTACCCAGCCCATTAATATCAGAGGAG
AAGGAAGCAACAAGATGGTGCTTAGGTCGTTGACTATGCCGATGGTAGTGAGCCCCGGTA
CTCCAACTACTCCGACCACTCCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGGAGGAGCGTCT
TTAATCCTGGAAGCAACCTCGCCACAAGAGCCATCGGCTCCAACATCTTTGATAAACCAA
CCCACCCAAATTCTCCATCCGTCTACGACTGGTTGTACAGCGGCGAGTCAAGGAGCCAGC
ACCGTTAAAAGCGAGTCAGAGGGAGTGACACAAGTGGGTGATATAAATATGGTGTCTAGA
TCTACCTTCACGAGTTCACGTGTCTGTTTTGCTTGTGTACATAACTGTCTTCCACCTATG
CAATAAGTTGTCACGTTGTTAACTTTCCACTTTGGGCTGTGTTTTGCAAGTTTTCCTTTG
TGTGTTTTGTACTTGTAACTTGCAAGTGACGGGTTTGAACCAAAAAAAAGCTTGCAAGTG
ACGGCTGAATCTTCACTGTCCCGTTGGATTTTGGTTGTGAAAATGCCTCTGCTTTTTTTA
GTGCTAATAAGATCTTGTTTATAT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3BG88JQ 664 0 0
CTAGATAAGCTCTGGGATGATGTTGTGGCCGGACCTCAGCCTGACCGTGGCCTTACCCGC
CTCCGAAAGATCACTACCCAGCCCATTAATATCAGAGGAGAAGGAAGCAACAAGATGGTG
CTTAGGTCGTTGACTATGCCGATGGTAGTGAGCCCCGGTACTCCAACTACTCCGACCACT
CCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGGAGGAGCGTCTTTAATCCTGGAAGCAACCTC
GCCACAAGAGCCATCGGCTCCAACATCTTTGATAAACCAACCCACCCAAATTCTCCATCC
GTTTACGACTGGTTGTACAGCGGCGAGTCAAGGAGCCAGCACCGTTAAAAGCGAGTCAGA
GGGAGTGACACAAGTGGGTGATATAAATATGGTGTCTAGATCTACCTTCACGAGTTCACG
TGTCTGTTTTGCTTGTGTACATAACTGTCTTCCACCTATGCAATAAGTTGTCACGTTGTT
AACTTTCCACTTTGGGCTGTGTTTTGCAAGTTTTCCTTTGTGTGTTTTGTACTTGTAACT
TGCAAGTGACGGGTTTGAACCAAAAAAAAGCTTGCAAGTGACGGCTGAATCTTCACTGTC
CCGTTGGATTTTGGTTGTGAAAATGCCTCTGCTTTTTTTAGTGCTAATAAGATCTTGTTT
ATAT

QA 1 664 1 664
DS 



CO CL231Contig2 837 2 2 U
GGGAAATCAAATAAAAATAAGATGGTTCTGCTAGATAAGCTCTGGGATGATGTTGTGGCC
GGACCTCAGCCTGACCGTGGCCTTGCCCGCCTCCGAAAGATCACTTCCCAACCCATTAAT
ATCAGAGGAGAAGGAAGCAACAAGATGATGCTTAGGTCGTTGACTATGCCGACGGTAGTG
AGCCCCGGTACTCCAACTACTCCGACCACTCCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGG
AGGAGCGTCTTTAATCCTGGAAGCAACCTCGCCACAAGAACAATCGGCTCCAACATCTTT
GATAAACCAACCCACCCAAATTCTCCATCCGTCTACGACTGCGATGATAACGAAGCTCAA
AGGAAGGAACACGTGGCTCTGTGTTTAGTGGGCGCGTGGATTAAATGAAAAACAATAAAA
CATTACTCTGTTTTACCATATCAACCACCTTCCTTTATTGTGCATATATGGTTGTACAGC
GGCGAGTCAAGGAGTCAGCACCGTTAAAAGCGAGTCAGAGGGAGTGACGCAAGTGGGTGA
TGTAAATATGGTGGTGTCTAGATCTACCTTCACGAGTTCACGTGTCTGTTTTGCTTGTGT
ACATAACTGTCTTCCACCTATGCAATAAGTTGTCACGTTGTTAACGTTCCATTTTGGGCT
GTGTTTTGCAAGTTTCCTTTGTGTGTTTTTTTTGGTAGTTGTAACTTGCAAGTGACGGGT
TTGAACCAAAAAAAACTTGCAAGTGACAGTTGAATCTTCACTATCTCGTTGGATTTTGGT
AGTGAAAATGCCTCTACTGTAATGGTTTTCCTAATGCTAATAAGATCTTGTTTATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH94TF U 1
AF RR3BH94JQ C 34
BS 1 721 RR3BH94TF
BS 722 837 RR3BH94JQ

RD RR3BH94TF 723 0 0
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CATTACTCTGTTTTACCATATCAACCACCTTCCTTTATTGTGCATATATGGTTGTACAGC
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TGTAAATATGGTGGTGTCTAGATCTACCTTCACGAGTTCACGTGTCTGTTTTGCTTGTGT
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GTGTTTTGCAAGTTTCCTTTGTGTGTTTTTTTTGGTAGTTGTAACTTGCAAGTGACGGGT
T
GA

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3BH94JQ 804 0 0
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AGGTCGTTGACTATGCCGACGGTAGTGAGCCCCGGTACTCCAACTACTCCGACCACTCCG
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GCGTGGATTAAATGAAAAACAATAAAACATTACTCTGTTTTACCATATCAACCACCTTCC
TTTATTGTGCATATATGGTTGTACAGCGGCGAGTCAAGGAGTCAGCACCGTTAAAAGCGA
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GAGTTCACGTGTCTGTTTTGCTTGTGTACATAACTGTCTTCCACCTATGCAATAAGTTGT
CACGTTGTTAACGTTCCATTTTGGGCTGTGTTTTGCAAGTTTCCTTTGTGTGTTTTTTTT
GGTAGTTGTAACTTGCAAGTGACGGGTTTGAACCAAAAAAAACTTGCAAGTGACAGTTGA
ATCTTCACTATCTCGTTGGATTTTGGTAGTGAAAATGCCTCTACTGTAATGGTTTTCCTA
ATGCTAATAAGATCTTGTTTATAT

QA 1 804 1 804
DS 



CO CL231Contig3 628 2 2 U
GGGAAATCAAATAAAAATAAGATGGTTCTGCTAGATAAGCTCTGGGATGATGTTGTGGCC
GGACCTCAGCCTGACCGTGGCCTTGCCCGCCTCCGAAAGATCACTTCCCAACCCATTAAT
ATCAGAGGAGAAGGAAGCAACAAGATGATGCTTAGGTCGTTGACTATGCCGACGGTAGTG
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AAGTTTCCTTTGTGTGTTTTTTTTTGGTAGTTGTAACTTGCAAGTGACGGGTTTGAACCA
AAAAAAACTTGCAAGTGACAGTTGAATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EH91JQ C 1
AF RR3EH91TF U 1
BS 1 607 RR3EH91TF
BS 608 628 RR3EH91JQ

RD RR3EH91JQ 628 0 0
GGGAAATCAAATAAAAATAAGATGGTTCTGCTAGATAAGCTCTGGGATGATGTTGTGGCC
GGACCTCAGCCTGACCGTGGCCTTGCCCGCCTCCGAAAGATCACTTCCCAACCCATTAAT
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AGCCCCGGTACTCCAACTACTCCGACCACTCCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGG
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GATAAACCAACCCACCCAAATTCTCCATCCGTTTACGACTGGTTGTACAGCGGCGAGTCA
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AAGTTTCCTTTGTGTGTTTTTTTTTGGTAGTTGTAACTTGCAAGTGACGGGTTTGAACCA
AAAAAAACTTGCAAGTGACAGTTGAATC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3EH91TF 607 0 0
GGGAAATCAAATAAAAATAAGATGGTTCTGCTAGATAAGCTCTGGGATGATGTTGTGGCC
GGACCTCAGCCTGACCGTGGCCTTGCCCGCCTCCGAAAGATCACTTCCCAACCCATTAAT
ATCAGAGGAGAAGGAAGCAACAAGATGATGCTTAGGTCGTTGACTATGCCGACGGTAGTG
AGCCCCGGTACTCCAACTACTCCGACCACTCCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGG
AGGAGCGTCTTTAATCCTGGAAGCAACCTCGCCACAAGAACAATCGGCTCCAACATCTTT
GATAAACCAACCCACCCAAATTCTCCATCCGTCTACGACTGGTTGTACAGCGGCGAGTCA
AGGAGTCAGCACCGTTAAAAGCGAGTCAGAGGGAGTGACGCAAGTGGGTGATGTAAATAT
GGTGGTGTCTAGATCTACCTTCACGAGTTCACGTGTCTGTTTTGCTTGTGTACATAACTG
TCTTCCACCTATGCAATAAGTTGTCACGTTGTTAACGTTCCATTTTGGGTTGTGTTTTGC
AAGTTTCCTTTGTGTGTTTTTTTTTGGTAGTTGTAACTTGCAAGTGACGGGTTTGAACCA
AAAAAAA

QA 1 607 1 607
DS 



CO CL231Contig4 651 2 2 U
GGGAAATCAAATAAAAATAAGATGGTTCTGCTAGATAAGCTCTGGGATGATGTTGTGGCC
GGACCTCAGCCTGACCGTGGCCTTGCCCGCCTCCGAAAGATCACTTCCCAACCCATTAAT
ATCAGAGGAGAAGGAAGCAACAAGATGATGCTTAGGTCGTTGACTATGCCGACGGTAGTG
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CTGTCTTCCACCTATGCAATAAGTTGTCACGTTGTTAACGTTCCATTTTGGGCTGTGTTT
TGCAAGTTTCCTTTGTGTGTTTTTTTTTGGTAGTCGTAACTTGCAAGTGACGGGTTTGAA
CCAAAAAAACTTGCAAGTGACAGTTGAATCTTCACTATCTCGTTGGATTTTGGTAGTGAA
AATGCCTCTACTGTAATGGTTTTCCTAATGCTAATAAGATCTTGTTTATAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F191TF U 1
AF RR3F191JQ C 1
BS 1 277 RR3F191TF
BS 278 651 RR3F191JQ

RD RR3F191TF 277 0 0
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QA 1 277 1 277
DS 

RD RR3F191JQ 651 0 0
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GGACCTCAGCCTGACCGTGGCCTTGCCCGCCTCCGAAAGATCACTTCCCAACCCATTAAT
ATCAGAGGAGAAGGAAGCAACAAGATGATGCTTAGGTCGTTGACTATGCCGACGGTAGTG
AGCCCCGGTACTCCAACTACTCCGACCACTCCGACAACGCCACACAAGGATAACGTGTGG
AGGAGCGTCTTTAATCTGGGAAGCAACCTCGCCACAAGAACAATCGGCTCCAACATCTTT
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CTGTCTTCCACCTATGCAATAAGTTGTCACGTTGTTAACGTTCCATTTTGGGCTGTGTTT
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AATGCCTCTACTGTAATGGTTTTCCTAATGCTAATAAGATCTTGTTTATAC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 12

CO CL232Contig1 1080 12 8 U
GTCATCTATGAATTATCATTCAACTTAATCGGAAGTACCATCGTTACATGACAAAGGTCG
GCAAGAGTCGCAACTCTTCCGAAGACCATGGCTGGCGATTTCACATATCGAACATCCCAG
AGACCCAAATTAAAAACATAAAAGAAACCTTACTCTAGAGATTTAACACAAAGGGAAAAT
GACTTGAAATACTTAAAAGATCAAGGAACTCAAACCAAACTCCATAACAGCACCAGGTCG
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GACCACAATCCATCAGGTCACAACCACAACCTCACGAGAAACAAATCGGCAGGAACGATC
AAAAACCGAGGCGCAAACGGAGCCAATAACAACCACTACCGCGTCTGCACTAAGACCACA
GGCAACCCAAGAGAGGAAAGGCACAAGGTCGAACCTTGAAACTCCAAGCGGGGAAAACGT
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TCTTGATACCTCACACCATAGAGAAGAAGCAAGTAGATGCCTACACAACAGATTACCATC
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CCGACCGACGGTGGCGCTAACAGAGCCACCACGCGCCGGCCGGCGGAGATCGCAAAGTTG
AACGGAGGAGAAGCTAGTTTATCGACGAGAGGATAAGATGGTGTTTGAGTCTGTGAGCCC


BQ
10 10 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 45 60 60 60 60 60 
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60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 
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60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F173JQ U 144
AF RR3FS78JQ U 1
AF RR3GO04TF C 1
AF RR3AT63JQ U 8
AF RR3AM17JQ U 1
AF RR3AK59JQ U 3
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AF RR3FS78TF C 308
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AF RR3AT63TF C 463
BS 1 283 RR3AM17JQ
BS 284 284 RR3FS78JQ
BS 285 490 RR3AM17JQ
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RD RR3F173JQ 379 0 0
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GT
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QA 3 541 3 541
DS 

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GT
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TTGATACCTCACACCATAGAGAAGAAGCAAGTAGATGCCT
C

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RD RR3AT63JQ 601 0 0
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A

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3AM17JQ 730 0 0
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GCAAGAGTCGCAACTCTTCCGAAGACCATGGCTGGCGATTTCACATATCGAACATCCCAG
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CTAAAAGGATTAGCAGCTCTTGCACGCGGACCCTCGTGTACCCAAACTCAACCATCTACA
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ACGAGGAGAA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3AK59JQ 728 0 0
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AAGAGTCGCAACTCTTCCGAAGACCATGGCTGGTGATTTCACATATCGAACATCCCAGAG
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CTTGAAATACTTAATAGACCAAGGAACTCAAACCAAACTCCATAACAGCACCAGGTCGCT
AATCATAACCAAGAACCTGAAGACGAACGAGTTGAACTCAGAAACAGAGACTTGAGAAGA
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AAACCGAGGCGCAAACGGAGCCAATAACAACCACTACCGCGTCTGCACTAAGACCACAGG
CAACCCAAGAGAGGAAAGGCACAAGGTCGAACCTTGAAACTCCAAGCGGGGAAAACGTCT
AAAAGGATCAGCAGCTCTTGCACGCGGACCCTCGTGTACCCAAACTCAACCATCTACAAA
GCAAGAGAGTGGTCACGTCCTCGCAAGAGAAGAGCCGAAGATCGAACCCATTGCTTCGTC
TTGATACCTCACACCATAGAGAAGAAGCAAGTAGATGCCTACACAACAGATTACCATCCA
AGAGACGAACCCAACAAAAGAGACCTTGACAAACACAGATTACCAATGGCTCACGAGAAC
GAGGAGAA

QA 1 728 1 728
DS 

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AAGAGTCGCAACTCTTCCGAAGACCATGGCTGGCGATTTCACATATCGAACATCCCAGAG
ACCCAAATTAAAAACATAAAAGAAACCTTACTCTAGAGATTTAACACAAAGGGAAAATGA
CTTGAAATACTTAAAAGATCAAGGAACTCAAACCAAACTCCATAACAGCACCAGGTCGCT
AATCATAACCAAGAACCTGAAGACGCACGAGTTGAACTCAGAAACAGAGACTTGAGAAGA
CCACAATCCATCAGGTCACAACCACAACCTCACGAGAAACAAATCGGCAGGAACGATCAA
AAACCGAGGCGCAAACGGAGCCAATAACAACCACTACCGCGTCTG*ACTAAGACCACAGG
CAACCCAAGAGAGGAAAGGCACAAGGTCGAACCTTGAAAC*CCAAGCGGGGAAAACGTCT
AAAAGGATCAGCAGCTCTTGCACGCGGACCCTCGTGTACCCAAACTCAACCATCTACAAA
GCAAGAGAGTGGTCACGTCCTCGCAAGAGAAGAGCCGAAGATCGAACCCATTGCTTCGTC
TTGATACCTCACACCATAGAGAAGAAGCAAGTAGATGCCTATACAACAGATTACCATCCA
AGAGACGAACCCAACAAAAGAGACCTTGACAAACACAGATTACCAATGGCTCACGAGAAC
GAGGAGAAGCAGGAGCACACCTGA

QA 1 744 1 744
DS 

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CATCCATCA
GTCACAACCACAACCTCACGAGAA*CAAATCGGCAGGA*CGATCAAAA*CCGAG*CGCAA
ACGGAGCCAATAACAACCACTACCGCGTCTGCACTAAGACCACAGGCAACCCAAGAGAGG
AAAGGCACAAGGTCGAACCTTGAAACTCCAAGCGGGGAAAACGTCTAAAAGGATCAGCAG
CTCTTGCACGCGGACCCTCGTGTACCCAAACTCAACCATCTACAAAGCAAGAGAGTGGTC
ACGTCCTCGCAAGGGAAGAGCCGAAGATCGAACCCATTGCTTCGTCTTGATACCTCACAC
CATAGAGAAGAAGCAAGTAGATGCCTACACAACAGATTACCATCCAAGAGACGAACCCAA
CAAAAGAGACCTTGACAAACACAGATTACCAATGGCTCACGAGAACGAGGAGAAGCAGGA
GCACACCTGATCCAAAAGCTACGACCAAGAAGGAGGAGCGGTATAAAGACACCAAGTCCG
GAACATATAGCCTCCCCATATCCTAACCCGTTGAGAAAGCACTTCACCCACCACTAACCT
TCAAAGGAAGACAAGCCACATCCCAAACCACACAGGAACTAAAAAAGCATAACACAAACG
GAATAAACACCAGATCTACAAAATACTAAGCAAAAGAAACAAACCCGACCGACGGTGGCG
CTAACAGAGCCACCACGCGCCGGCCGGCGGAGATCGCAAAGTTGAACGGAGGAGAAGCTA
GTTTATCGACGAGAGGATAAGATGGTGTTTGAGTCT
GTCC

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DS 

RD RR3AM17TF 747 0 0
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TAACAACCACTACCGCGTCTGCACTAAGACCACAGGCAACCCAAGAGAGGAAAGGCACAA
GGTCGAACCTTGAAACTCCAAGCGGGGAAAACGTCTAAAAGGATTAGCAGCTCTTGCACG
CGGACCCTCGTGTACCCAAACTCAACCATCTACAAAGCAAGAGAGTGGTCACGTCCTCGC
AAGAGAAGAGCCGAAGATCGAACCCATTGCTTCGTCTTGATACCTCACACCATAGAGAAG
AAGCAAGTAGATGCCTACACAACAGATTACCATCCAAGAGACGAACCCAACAAAAGAGAC
CTTGACAAACACAGATTACCAATGGCTCACGAGAACGAGGAGAAGCAGGAGCACACCTGA
TCCAAAAGCTACGACCAAGAAGGAGGAGCGGTATAAAGACACCAAGTCCGGAACATATAG
CCTCCCCATATCCTAACCCGTTGAGAAAGCACTTCACCCACCACTAACCTTCAAAGGAAG
ACAAGCCACATCCCAAACCACACAGGAACTAAAAAAGCATAACACAAACGGAATAAACAC
CAGATCTACAAAATACTAAGCAAAAGAAACAAACCCGACCGACGGTGGCGCTAACAGAGC
CACCACGCGCCGGCCGGCGGAGATCGCAAAGTTGAACGGAGGAGAAGCTAGTTTATCGAC
GAGAGGATAAGATGGTGTTTGAGTCT
C

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3AK59TF 728 0 0
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AGACCACAGGCAACCCAAGAGAGGAAAGGCACAAGGTCGAACCTTGAAACTCCAAGCGGG
GAAAACGTCTAAAAGGATCAGCAGCTCTTGCACGCGGACCCTCGTGTACCCAAACTCAAC
CATCTACAAAGCAAGAGAGTGGTCACGTCCTCGCAAGAGAAGAGCCGAAGATCGAACCCA
TTGCTTCGTCTTGATACCTCACACCATAGAGAAGAAGCAAGTAGATGCCTACACAACAGA
TTACCATCCAAGAGACGAACCCAACAAAAGAGACCTTGACAAACACAGATTACCAATGGC
TCACGAGAACGAGGAGAAGCAGGAGCACACCTGATCCAAAAGCTACGACCAAGAAGGAGG
AGCGGTATAAAGACACCAAGTCCGGAACATATAGCCTCCCCATATCCTAACCCGTTGAGA
AAGCACTTCACCCACCACTAACCTTCAAAGGAAGACAAGCCACATCCCAAACCACACAGG
AACTAAAAAAGCATAACACAAACGGAATAAACACCAGATCTACAAAATACTAAGCAAAAG
AAACAAACCCGACCGACGGTGGCGCTAACAGAGCCACCACGCGCCGGCCGGCGGAGATCG
CAAAGTTGAACGGAGGAGAAGCTAGTTTATCGACGAGAGGATAAGATGGTGTTTGAGTCT
GTGAGCCC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3EX71TF 245 0 0
AAAGCACTTCACCCACCACTAACCTTCAAAGGAAGACAAGCCACATCCCAAACCACACAG
GAACTAAAAAAGCATAACACAAACGGAATAAACACCAGATCTACAAAATACTAAGCAAAA
GAAACAAACCCGACCGACGGTGGCGCTAACAGAGCCACG*CGCGCCGGCCGGCGGAGATC
GCAAAGTTGAACGGAGGAGAAGCTAGTTTATCGACGAGAGGATAAGATGGTGTTTGAGTC
T
GTCC

QA 1 241 1 241
DS 

RD RR3AT63TF 612 0 0
TCCAAGCGGGGAAAACGTCTAAAAGGATCAGCAGCTCTTGCACGCGGACCCTCGTGTACC
CAAACTCAACCATCTACAAAGCAAGAGAGTGGTCACGTCCTCGCAAGAGAAGAGCCGAAG
ATCGAACCCATTGCTTCGTCTTGATACCTCACACCATAGAGAAGA*GCAAGTAGATGCCT
ACACAACAGATTACCATCCAAGAGACGAACCCAACAAAAGAGACCTTGACAAACACAGAT
TACCAATGGCTCACGAGAACGAGGAGAAGCAGGAGCACACCTGATCCAAAAGCTACGACC
AAGAAGGAGGAGCGGTATAAAGACACCAAGTCCGGAACATATAGCCTCCCCATATCCTAA
CCCGTTGAGAAAGCACTTCACCCACCACTAACCTTCAAAGGAAGACAAGCCACATCCCAA
ACCACACAGGAACTAAAAAAGCATAACACAAACGGAATAAACACCAGATCTACAAAATAC
TAAGCAAAAGAAACAAACCCGACCGACGGTGGCGCTAACAGAGCCACCACGCGCCGGCCG
GCGGAGATCGCAAAGTTGAACGGAGGAGAAGCTAGTTTATCGACGAGAGGATAAGATGGT
GTTTGAGTCT
CC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 3 12

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GGACACCGAAGACTCCCAATCATCTCCTTCCTTCTTCGTCTCCGAAACTAAATTTGATTC
AGCAGCCATGGCTAATGCAGCGTCAGGCATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAAATT
TCTCGAGCTCAAGGCCAAGCGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCA
GAAACAAGTGATCGTCGAGAAAGTCGGCGAGCCTGGTCAATCCCACGACGACTTTGCAGC
TTGTCTCCCTGCTGATGAATGCCGTTACGTCGTTTTCGATTTCGATTTCGTCACCGCTGA
GAGCTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCGTCGCATGGTCTCCGGACACAGCAAGAGTGGG
AAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTTAAGCGTGAGCTCGATGGAATTCA
AGTTGAGCTTCAAGCTACCGATCCAACCGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGAGC
CAACTGAGGAGGAGTTACCATCCCTCCAGGAAAAAAAAATATATTTGGTTCAATCCAACT
ACTATTTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTTGCTGTGAAGGCAACCACCAACTAA
AACAACTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCTTCCTATTGTCTTTTATATTTTTTTT*GG
TCCTTGCAGTGTTTTGCTTAAAACTTAAGAGATTTGGCTTGTGCTCTTTTACCATTGTGT
AAGAAACCCCCCAAACCCTTTACCAAAAGATGTATCTTGTTGGCACATTGTGTCGTATCT
TCGTCTTTGCAAAACTATGTATCTAGTGATCCATGGATTTAAACTATTGTGACAACATAA
GTTAGGATATAAAATAATAATTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET21TF U 1
AF RR3CR83TF U 3
AF RR3AC77TF U 1
AF RR3AC77JQ C 159
BS 1 124 RR3AC77TF
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BS 126 736 RR3AC77TF
BS 737 866 RR3AC77JQ

RD RR3ET21TF 709 0 0
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GTTTTGCTTAAAACTTAAGAGATTTGGCTTGTGCTC
AAA

QA 11 706 11 706
DS 

RD RR3CR83TF 717 0 0
GGACCGAA
GACTCCCAATCATCTCCTTCCTTCTTCGTCTCCGAAACTAAATTTGATTCAGCAGCCATG
GCTAATGCAGCGTCAGGCATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAAATTTCTCGAGCTC
AAGGCCAAGCGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAACAAGTG
ATCGTCGAGAAAGTCGGCGAGCCTGGTCAATCCCACGACGACTTTGCAGCTTGTCTCCCT
GCTGATGAATGCCGTTACGCCGTTTTCGATTTCGATTTCGTCACCGCTGAGAGCTGCCAG
AAGAGCAAGATCTTCTTCGTCGCATGGTCTCCGGACACAGCAAGAGTGAGAAGCAAGATG
ATCTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTTAAGCGTGAGCTCGATGGAATTCAAGTTGAGCTT
CAAGCTACCGATCCAACCGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAACTGAGGA
GGAGTTACCATCCCTCCAGGAAAAAAAAATATATTTGGTTCAATCCAACTACTATTTACT
GAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTTGCTGTGAAGGCAACCACCAACCAAAACAACTTCA
TTTCATTGGGTCTTTGTCTTCTTCCTATTGTCTTTTATATTTTTTTT*GGTCCTTGCAGT
GTTTTGCTTAAAACTTAAGAGATTTGGCTTGTGCTCTTTTACCATTGTG

QA 9 717 9 717
DS 

RD RR3AC77TF 736 0 0
GGACACCGAAGACTCCCAATCATCTCCTTCCTTCTTCGTCTCCGAAACTAAATTTGATTC
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TCTCTAGCTCAAGGCCAAGCGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCA
GAAACAAGTGATCGTCGAGAAAGTCGGCGAGCCTGGTCAATCCCACGACGACTTTGCAGC
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GAGCTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCGTCGCATGGTCTCCGGACACAGCAAGAGTGGG
AAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTTAAGCGTGAGCTCGATGGAATTCA
AGTTGAGCTTCAAGCTACCGATCCAACCGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGAGC
CAACTGAGGAGGAGTTACCATCCCTCCAGGAAAAAAAAATATATTTGGTTCAATCCAACT
ACTATTTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTTGCTGTGAAGGCAACCACCAACTAA
AACAACTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCTTCCTATTGTCTTTTATATTTTTTTT*GG
TCCTTGCAGTGTTTTGCTTAAAACTTAAGAGATTTGGCTTGTGCTCTTTTACCATTGTGT
AAGAAACCCCCCAAAC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3AC77JQ 708 0 0
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AATCCCACGACGACTTTGCAGCTTGTCTCCCTGCTGATGAATGCCGTTACGTCGTTTTCG
ATTTCGATTTCGTCACCGCTGAGAGCTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCGTCGCATGGT
CTCCGGACACAGCAAGAGTGGGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTTA
AGCGTGAGCTCGATGGAATTCAAGTTGAGCTTCAAGCTACCGATCCAACCGAGATGGATC
TCGATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAACTGAGGAGGAGTTACCATCCCTCCAGGAAAAAAAA
ATATATTTGGTTCAATCCAACTACTATTTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTTGC
TGTGAAGGCAACCACCAACTAAAACAACTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCTTCCTAT
TGTCTTTTATATTTTTTTT*GGTCCTTGCAGTGTTTTGCTTAAAACTTAAGAGATTTGGC
TTGTGCTCTTTTACCATTGTGTAAGAAACCCCCCAAACCCTTTACCAAAAGATGTATCTT
GTTGGCACATTGTGTCGTATCTTCGTCTTTGCAAAACTATGTATCTAGTGATCCATGGAT
TTAAACTATTGTGACAACATAAGTTAGGATATAAAATAATAATTTATT

QA 1 708 1 708
DS 



CO CL233Contig2 443 2 2 U
GCCAACAAAATACATCTTTTGGTAAAGGGTTTGGGGGGTTTCTTACACAATGGTAAAAAA
GCACAAGCCAAATCTCTTAAGTTTTAAGCAAAACACTGCAAGGACCAAAAAAAAATATAA
AAAACAATAGGAAGAAAACAAAAACCCAATGAAATGAAGTTGTTTTGGTTGGGGGTTGCC
TTCACAGCAAACTTAAAGAACAAGCATATCATTCAGTAAATAGTAGTTGGATTGAACCAA
ATATATTTTTTTTTCCTGGAGGGATGGTAACTCCCCCTCAGTTGGCTCGGCTTTTGAAAA
CATCGAAATCCATCTCGGTTGGATCGGTAGCTTGAAGCTCAACTTGAATTCCATCGAGCT
CACCCTTAAACCTATCCTTAAAGCTCGCGTAAATCATCTTGCTTCTCACTCTTGCTGTGT
CCGGAAACCATGCGACAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 

AF RR3CR83JQ U 1
AF RR3ET21JQ U 59
BS 1 441 RR3CR83JQ
BS 442 443 RR3ET21JQ

RD RR3CR83JQ 441 0 0
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GCACAAGCCAAATCTCTTAAGTTTTAAGCAAAACACTGCAAGGACCAAAAAAAAATATAA
AAAACAATAGGAAGAAAACAAAAACCCAATGAAATGAAGTTGTTTTGGTTGGGGGTTGCC
TTCACAGCAAACTTAAAGAACAAGCATATCATTCAGTAAATAGTAGTTGGATTGAACCAA
ATATATTTTTTTTTCCTGGAGGGATGGTAACTCCCCCTCAGTTGGCTCGGCTTTTGAAAA
CATCGAAATCCATCTCGGTTGGATCGGTAGCTTGAAGCTCAACTTGAATTCCATCGAGCT
CACCCTTAAACCTATCCTTAAAGCTCGCGTAAATCATCTTGCTTCTCACTCTTGCTGTGT
CCGGAAACCATGCGACAAAAA

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR3ET21JQ 385 0 0
GAGCACAAGCCAAATCTCTTAAGTTTTAAGCAAAACACTGCAAGGACCAAAAAAAAATAT
AAAAAACAATAGGAAGAAAACAAAGACCCAATGAAATGAAGTTGTTTTGGTTGGGGGTTG
CCTTCCCAGCAAACTTAAAGAACAAGCATATCATTCAGTAAATAGTAGTTGGATTGAACC
AAATATATTTTTTTTTCCTGGAGGGATGGTAACTCCCCCTCAGTTGGCTCGGCTTTTGAA
AACATCGAGATCCATCTCGGTTGGATCGGTAGCTTGAAGCTCAACTTGAATTCCATCGAG
CTCACGCTTAAACCTATCCTTAAAGCTCGCGTAAATCATCTTGCTTCTCACTCTTGCTGT
GTCCGGAGACCATGCGACGAAAAAA

QA 1 385 1 385
DS 



CO CL233Contig3 794 6 25 U
GGAAAGGAAGAGAAAAGACGCACACCGAAGACTCGACTCCCAATCATCTCCTTCCTTC**
**TTCGTCTCCGAAACTAAAAATTTGATTCAGCAGCCATGGCTAATGCAGCGTCAGGAAT
GGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAAGTTTCTCGAGCTCAAGGCCAAGCGGACTTACCG
TTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAACAAGTGGTCGTCGAGAAACTCGGCGA
GCCTGGTCAATCCCACGACGACTTTGCTGCTAGTCTCCCTGCCGATGAATGCCGTTACGC
TGTTTTCGATTTCGATTTCGTCACTGCTGAGAGCTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCGT
CGCATGGTCACCGGACACAGCAAGAGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGA
TAGGTTTAAGCGTGAGCTTGATGGAATTCAAGTTGAGCTTCAAGCTACCGATCCAACCGA
GATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAACTGAGGAGGAGTTAACATCCCTCCAGG
AAAAAAAATATATTTGGTTGAATCCAACTACTATTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAA
GTTT*GCTGTGAAGGCAACCACCAACCAAAACAACTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTC
TTCCTATTGTCTTTTATATTTTTTTTTGGTCCTTGCAGTGTTTTGCTTAAAACTTAAAAA
GATTTGGCTTGTGCTCTTTTACCATTGTGTAAGAAACCCCCCAAACCCTTTACCAAAAGA
TGAATCTTATTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 20 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 25 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS69TF U 1
AF RR3EN93JQ C 20
AF RR3EN93TF U 20
AF RR3CD36TF U 44
AF RR3CD36JQ C 71
AF RR3DS69JQ C 72
BS 1 58 RR3DS69TF
BS 59 62 RR3EN93TF
BS 63 70 RR3DS69TF
BS 71 71 RR3EN93TF
BS 72 79 RR3DS69TF
BS 80 82 RR3EN93TF
BS 83 117 RR3DS69TF
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BS 119 153 RR3DS69TF
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BS 347 369 RR3DS69TF
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BS 371 527 RR3DS69TF
BS 528 528 RR3EN93TF
BS 529 600 RR3DS69TF
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BS 606 651 RR3EN93TF
BS 652 717 RR3CD36TF
BS 718 727 RR3CD36JQ
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BS 740 794 RR3DS69JQ

RD RR3DS69TF 600 0 0
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TCTTCGTCTCTGAAACTAAT**TTTGATTCAGCAGCCATGGCTAATGCAGCGTCAGGCAT
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TTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAACAAGTGGTCGTCGAGAAACTCGGCGA
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TGTTTTCGATTTCGATTTCGTCACTGCTGAGAGCTGCCAGAAGAGTAAGATCTTCTTCGT
CGCATGGTCTCCGGACACAGCAAGAGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGA
TAGGTTTAAGCGTGAGCTTGATGGAATTCAAGTTGAGCTTCAAGCTACCGATCCAACCGA
GATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAACTGAGGAGGAGTTACCATCCCTCCAGG
AAAAAAAATATATTTGGTTGAATCCAACTACTATTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAA

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3EN93JQ 632 0 0
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CAAGTGGTCGTCGAGAAACTCGGCGAGCCTGGTCAATCCCACGACGACTTTGCTGCTAGT
CTCCCTGCCGATGGATGCCGTTACGCTGTTTTCGATTTCGATTTCGTCACTGCTGAGAGC
TGCCAGAAGAGCAAGATCTTTTTCGTCGCATGGTCACCGGACACAGCAAGAGTGAGAAGC
AAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTTAAGCGTGAGCTTGATGGAATTCAAGTT
GAGCTTCAAGCTACCGATCCAACCGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAAC
TGAGGAGGAGTTAACATCCCTCCAGGAAAAAAAATATATTTGGTTGAATCCAACTACTAT
TACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTT*GCTGTGAAGGCAACCACCAACCAAAACAA
CTTCATTTCATTGGGTC

QA 16 632 16 632
DS 

RD RR3EN93TF 636 0 0
GGACACCGAAGACTC
GACTCCCAATCATCTCCTTCCTTC****TTCGTCTCCGAAACTAAAAATTTGATTCAGCA
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GAGCTCAAGGCCAAGCGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAA
CAAGTGGTCGTCGAGAAACTCGGCGAGCCTGGTCAATCCCACGACGACTTTGCTGCTAGT
CTCCCTGCCGATGGATGCCGTTACGCTGTTTTCGATTTCGATTTCGTCACTGCTGAGAGC
TGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCGTCGCATGGTCACCGGACACAGCAAGAGTGAGAAGC
AAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTTAAGCGTGAGCTTGATGGAATTCAAGTT
GAGCTTCAAGCTACCGATCCAACCGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAAC
TGAGGAGGAGTTAACATCCCTCCAGGAAAAAAAATATATTTGGTTGAATCCAACTACTAT
TACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTTTGCTGTGAAGGCAACCACCAACCAAAACAA
CTTCATTTCATTGGGTC
AAGA

QA 16 632 16 632
DS 

RD RR3CD36TF 674 0 0
TCATCTCCTTCCTTC****TTCGTCTCCGAAACTAAAAATTTGATTCAGCAGCCATGGCT
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GCCAAGCGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAACAAGTGGTC
GTCGAGAAACTCGGCTAGCCTGGTCAATCCCACGACGACTTTGCTGCTAGTCTCCCTGCC
GATGAATGCCGTTACGCTGTTTTCGATTTCGATTTCGTCACTGCTGAGAGCTGCCAGAAG
AGCAAGATCTTCTTCGTCGCATGGTCACCGGACACAGCAAGAGTGAGAAGCAAGATGATC
TACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTTAAGCGTGAGCTTGATGGAATTCAAGTTGAGCTTCAA
GCTACCGATCCAACCGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAACTGAGGAGGA
GTTAACATCCCTCCAGGAAAAAAAATATATTTGGTTGAATCCAACTACTATTACTGAATG
ATATGCTTGTTCTTTAAGTTT*GCTGTGAAGGCAACCACCAACCAAAACAACTTCATTTC
ATTGGGTCTTTGTCTTCTTCCTATTGTCTTTTATATTTTTTTTTGGTCCTTGCAGTGTTT
TGCTTAAAACTTAA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3CD36JQ 669 0 0
CGAAACTAAAAATTTGATTCAGCAGCCATGGCTAATGCAGCGTCAGGAATGGCAGTCCAT
GATGACTGCAAGCTCAAGTTTCTCGAGCTCAAGGCCAAGCGGACTTACCGTTTCATCGTT
TACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAACAAGTGGTCGTCGAGAAACTCGGCTAGCCTGGTCAA
TCCCACGACGACTTTGCTGCTAGTCTCCCTGCCGATGAATGCCGTTACGCTGTTTTCGAT
TTCGATTTCGTCACTGCTGAGAGCTGCCAGAAGAGCAAGATCTTTTTCGTCGCATGGTCA
CCGGACACAGCAAGAGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTTAAG
CGTGAGCTTGATGGAATTCAAGTTGAGCTTCAAGCTACCGATCCAACCGAGATGGATCTC
GATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAACTGAGGAGGAGTTAACATCCCTCCAGGAAAAAAAATA
TATTTGGTTGAATCCAACTACTATTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTT*GCTGT
GAAGGCAACCACCAACCAAAACAACTTCATTTCATTGGGTCTTTGTCTTCTTCCTATTGT
CTTTTATATTTTTTTTTGGTCCTTGCAGTGTTTTGCTTAAAACTTAAAAAGATTTGGTTT
GTGCTCTTT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3DS69JQ 723 0 0
GAAACTAAT**TTTGATTCAGCAGCCATGGCTAATGCAGCGTCAGGCATGGCAGTCCATG
ATGACTGCAAGCTCAAGTTTCTGGAGCTCAAGGCCAAGCGGACTTACCGTTTCATCGTTT
ACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAACAAGTGGTCGTCGAGAAACTCGGCGAGCCTGGTCAAT
CCCACGACGACTTTGCTGCTAGTCTCCCTGCCGATGAATGCCGTTACGCTGTTTTCGATT
TCGATTTCGTCACTGCTGAGAGCTGCCAGAAGAGTAAGATTTTTTTCGTCGCATGGTCTC
CGGACACAGCAAGAGTGAGAAGCAAGATGATTTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTTAAGC
GTGAGCTTGATGGAATTCAAGTTGAGCTTCAAGCTACCGATCCAACCGAGATGGATCTCG
ATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAACTGAGGAGGAGTTACCATCCCTCCAGGAAAAAAAATAT
ATTTGGTTGAATCCAACTACTATTACTGAATGATATGCTTGTTCTTTAAGTTT*GCTGTG
AAGGCAACCACCAACCAAAACAACTTCATTCCATTGGGTCTTTGTCTTCTTCCTATTGTC
TTTTATATTTTTTTTTGGTCCTTGCAGTGTTTTACTTGAAACTTAAGA*GATTTGGCTTG
TGCTCTTTTACCATTGTGTAAGAAACCCCCCAAACCCTTTACCAAAAGATGAATCTTATT
GGC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 3 12

CO CL234Contig1 728 2 2 U
GAGAGCATGCTCGGGAAGGACGTGAACGTGATGGACTCGAAGCTCAAGAAAGGCGGGGGA
GGAGGGATCGGCGGGCAGAAGCCGAAGAAGGAGAAGATTAGGGATGGGTTCGAGGAGAGG
GTTGTGCAGGTGAGGAGGGTGACTAAGGTTGTCAAAGGAGGGAAGCAGTTGAAGTTTAGG
GCGATTGTTGTTGTCGGTGATAAACAAGGGAATGTCGGAGTTGGTTGCGCTAAGGCTAAG
GAGGTTGTCGCTGCTGTTCAGAATAGTGCTATTGATGCGAGGAGGAACCTTGTTCAAGTG
CCTATGACTAAGTATCTTACGTTCCCTCACAGAGCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCGAAG
GTGATGCTTAGACCAGCTTCACCAGGAACGGGTGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATC
GTGCTAGAGATGGCGGGAGTTGAGAACGCTTTGGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCT
CTTAACAACGCGAGAGCCACTCTTGCGGCAGTTCAACAGATGAGACAGTTTAAGGATGTT
GCTCTCGAGCGTGGAATCCCCATGGAAGAGCTCTGGAAGTGAAAGAAGAAACTCACTCAT
CTTCCCTTTTTTTTATAACGTTTTCACCCTCTCCAATGTTGAAATGAGATTCTTGTGAAA
TCAAGAGGCGTGTTTGTAATTTTCTGAGAAACTGTGTTTATTTCGAAATATCAATCATTT
TTTTTTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL20TF U 1
AF RR3AL20JQ C 1
BS 1 720 RR3AL20TF
BS 721 728 RR3AL20JQ

RD RR3AL20TF 728 0 0
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GGAGGGATCGGCGGGCAGAAGCCGAAGAAGGAGAAGATTAGGGATGGGTTCGAGGAGAGG
GTTGTGCAGGTGAGGAGGGTGACTAAGGTTGTCAAAGGAGGGAAGCAGTTGAAGTTTAGG
GCGATTGTTGTTGTCGGTGATAAACAAGGGAATGTCGGAGTTGGTTGCGCTAAGGCTAAG
GAGGTTGTCGCTGCTGTTCAGAATAGTGCTATTGATGCGAGGAGGAACCTTGTTCAAGTG
CCTATGACTAAGTATCTTACGTTCCCTCACAGAGCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCGAAG
GTGATGCTTAGACCAGCTTCACCAGGAACGGGTGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATC
GTGCTAGAGATGGCGGGAGTTGAGAACGCTTTGGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCT
CTTAACAACGCGAGAGCCACTCTTGCGGCAGTTCAACAGATGAGACAGTTTAAGGATGTT
GCTCTCGAGCGTGGAATCCCCATGGAAGAGCTCTGGAAGTGAAAGAAGAAACTCACTCAT
CTTCCCTTTTTTTTATAACGTTTTCACCCTCTCCAATGTTGAAATGAGATTCTTGTGAAA
TCAAGAGGCGTGTTTGTAATTTTCTGAGAAACTGTGTTTATTTCGAAATATCAATCATTT
CTTCTTCG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3AL20JQ 728 0 0
GAGAGCATGCTCGGGAAGGACGTGAACGTGATGGACTCGAAGCTCAAGAAAGGCGGGGGA
GGAGGGATCGGCGGGCAGAAGCCGAAGAAGGAGAAGATTAGGGATGGGTTCGAGGAGAGG
GTTGTGCAGGTGAGGAGGGTGACTAAGGTTGTCAAAGGAGGGAAGCAGTTGAAGTTTAGG
GCGATTGTTGTTGTCGGTGATAAACAAGGGAATGTCGGAGTTGGTTGCGCTAAGGCTAAG
GAGGTTGTCGCTGCTGTTCAGAATAGTGCTATTGATGCGAGGAGGAACCTTGTTCAAGTG
CCTATGACTAAGTATCTTACGTTCCCTCACAGAGCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCGAAG
GTGATGCTTAGACCAGCTTCACCAGGAACGGGTGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATC
GTGCTAGAGATGGCGGGAGTTGAGAACGCTTTGGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCT
CTTAACAACGCGAGAGCCACTCTTGCGGCAGTTCAACAGATGAGACAGTTTAAGGATGTT
GCTCTCGAGCGTGGAATCCCCATGGAAGAGCTCTGGAAGTGAAAGAAGAAACTCACTCAT
CTTCCCTTTTTTTTATAACGTTTTCACCCTCTCCAATGTTGAAATGAGATTCTTGTGAAA
TCAAGAGGCGTGTTTGTAATTTTTTGAGAAACTGTGTTTATTTCGAAATATCAATCATTT
TTTTTTCG

QA 1 728 1 728
DS 



CO CL234Contig2 1138 6 10 U
GGAGCTACGGATAAGCCTCTCGCTTCACCCTCTGCTTTCCCTCATCCTCACTTCAATGGC
GACAACCTCAGCTCTCTCCTCTCTCTCTTCACTCTCCCTCCACAACACAACCTCTCGCAT
CACCACCTCCTCCTCGAGACCCACCATCTCCTTCTCCTTCCTCAAACGACCCACCTCCCT
CACCCCACTCAAAGCCTCCTCCTCGGACCAATCCGAGACCATCTTCTTCGAAGACCAGAA
CCCCGAGATAACCGCCAACGCCGTCTTCGACCCACCTTCCCCTCCGGAAGGTTTCGTCCC
CGCGCCGTATTTCGACGAAGGCGCCGACGAGACAGAGGCCGAGATCGCCACGGCGTACGA
GGAGCTCTACGGGCCAGCGTACAGCGGGGAGAGCATGCTGGGGAAAGACGTGAACGTGAT
GGACTCGAAGCTCAAGAAAGGCGGGGGAGGAGGGATCGGTGGGCAGAAGCCGAAGAAGGA
GAAGATTAGGGATGGGTTCGAGGAGAGGGTTGTGCAGGTGAGGAGGGTGACTAAGGTTGT
GAAAGGTGGGAAGCAGTTGAAGTTTAGGGCGATTGTTGTTGTCGGTGATAAGCAGGGGAA
TGTCGGAGTTGGTTGCGCTAAGGCTAAGGAGGTTGTCGCTGCTGTTCAGAAGAGTGCGAT
TGATGCTAGGAGGAACCTTGTTCAAGTGCCTATGACTAAGTATCTTACTTTCCCTCACAG
ATCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCGAAGGTGATGCTTAGACCAGCTTCGCCAGGAACAGG
TGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATCGTGCTAGAGATGGCGGGAGTTGAGAACGCTTT
GGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCTCTAAACAACGCGAGAGCCACTCTTGCAGCAGT
TCAACAGATGAGACAGTTTAAGGATGTTGCTCTCGAGCGTGGAATCCCCATGGAAGAGCT
CTGGAAGTGAAAGAAGAAACTCACTCATCTTCCCCTTTGTGACATTTCACCCTCTTTGTT
TTTCCAATGTTGAAATGAGATTCTTGTAAAATCAAGAGGCGTGCTGTAATTCCTGGGATA
ATCTGTTTATTTTGAAATATCAACCATTTCTTCGTTAAAAGTTAACCACATGGACTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
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35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CH81TF U 1
AF RR3CH81JQ C 344
AF RR3H091JQ C 639
AF RR3H091TF U 639
AF RR3A944JQ C 510
AF RR3A944TF U 510
BS 1 542 RR3CH81TF
BS 543 543 RR3A944TF
BS 544 618 RR3CH81TF
BS 619 639 RR3A944TF
BS 640 817 RR3H091TF
BS 818 818 RR3A944TF
BS 819 895 RR3H091TF
BS 896 896 RR3A944TF
BS 897 1116 RR3H091TF
BS 1117 1138 RR3CH81JQ

RD RR3CH81TF 618 0 0
GGAGCTACGGATAAGCCTCTCGCTTCACCCTCTGCTTTCCCTCATCCTCACTTCAATGGC
GACAACCTCAGCTCTCTCCTCTCTCTCTTCACTCTCCCTCCACAACACAACCTCTCGCAT
CACCACCTCCTCCTCGAGACCCACCATCTCCTTCTCCTTCCTCAAACGACCCACCTCCCT
CACCCCACTCAAAGCCTCCTCCTCGGACCAATCCGAGACCATCTTCTTCGAAGACCAGAA
CCCCGAGATAACCGCCAACGCCGTCTTCGACCCACCTTCCCCTCCGGAAGGTTTCGTCCC
CGCGCCGTATTTCGACGAAGGCGCCGACGAGACAGAGGCCGAGATCGCCACGGCGTACGA
GGAGCTCTACGGGCCAGCGTACAGCGGGGAGAGCATGCTGGGGAAAGACGTGAACGTGAT
GGACTCGAAGCTCAAGAAAGGCGGGGGAGGAGGGATCGGTGGGCAGAAGCCGAAGAAGGA
GAAGATTAGGGATGGGTTCGAGGAGAGGGTTGTGCAGGTGAGGAGGGTGACTAAGGTTGT
GAGAGGTGGGAAGCAGTTGAAGTTTAGGGCGATTGTTGTTGTCGGTGATAAGCAGGGGAA
TGTCGGAGTTGGTTGCGC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3CH81JQ 795 0 0
ATCGCCACGGCGTACGAGGAGCTCTACGGGCCAGCGTACAGCGGGGAGAGCATGCTGGGG
AAAGACGTGAACGTGATGGACTCGAAGCTCAAGAAAGGCGGGGGAGGAGGGATCGGTGGG
CAGAAGCCGAAGAAGGAGAAGATTAGGGATGGGTTCGAGGAGAGGGTTGTGCAGGTGAGG
AGGGTGACTAAGGTTGTGAGAGGTGGGAAGCAGTTGAAGTTTAGGGCGATTGTTGTTGTC
GGTGATAAGCAGGGGAATGTCGGAGTTGGTTGCGCTAAGGCTAAGGAGGTTGTCGCTGCT
GTTCAGAAGAGTGCGATTGATGCTAGGAGGAACCTTGTTCAAGTGCCTATGACTAAGTAT
CTTACTTTCCCTCACAGATCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCGAAGGTGATGCTTAGACCA
GCTTCGCCAGGAACAGGTGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATCGTGCTAGAGATGGCG
GGAGTTGAGAT*GCTTTGGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCTCTAAACAACGCGAGA
GCCACTCTTGCAGCAGTTCAACAGATGAGACAGTTTAAGGATGTTGCTCTCGAGCGTGGA
ATCCCCATGGAAGAGCTCTGGAAGTGAAAGAAGAAACTCACTCATCTTCCCCTTTGTGAC
ATTTCACCCTCTTTGTTTTTCCAATGTTGAAATGAGATTCTTGTAAAATCAAGAGGCGTG
CTGTAATTCCTGGGATAATCTGTTTATTTTGAAATATCAATCATTTCTTCGTTAAAAGTT
AACCACATGGACTAG

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3H091JQ 478 0 0
G
TGCTGTTCAGAAGAGTGCGATTGATGCTAGGAGGAACCTTGTTCAAGTGCCTATGACTAA
GTATCTTACTTTCCCTCACAGATCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCGAAGGTGATGCTTAG
ACCAGCTTCGCCAGGAACAGGTGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATCGTGCTAGAGGT
GGCGGGAGTTGAGAACGCTTTGGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCTCTAAACAACGC
GAGAGCCACTCTTGCATCAGTTCAACAGATGAGACAGTTTAAGGATGTTGCTCTCGAGCG
TGGAATCCCCATGGAAGAGCTCTGGAAGTGAAAGAAGAAACTCACTCATCTTCCCCTTTG
TGACATTTCACCCTCTTTGTTTTTCCAATGTTGAAATGAGATTCTTGTAAAATCAAGAGG
CGTGCTGTAATTCCTGGGATAATCTGTTTATTTTGAAATATCAACCATTTTTTCGTT

QA 2 478 2 478
DS 

RD RR3H091TF 478 0 0
G
TGCTGTTCAGAAGAGTGCGATTGATGCTAGGAGGAACCTTGTTCAAGTGCCTATGACTAA
GTATCTTACTTTCCCTCACAGATCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCGAAGGTGATGCTTAG
ACCAGCTTCGCCAGGAACAGGTGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATCGTGCTAGAGGT
GGCGGGAGTTGAGAACGCTTTGGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCTCTAAACAACGC
GAGAGCCACTCTTGCATCAGTTCAACAGATGAGACAGTTTAAGGATGTTGCTCTCGAGCG
TGGAATCCCCATGGAAGAGCTCTGGAAGTGAAAGAAGAAACTCACTCATCTTCCCCTTTG
TGACATTTCACCCTCTTTGTTTTTCCAATGTTGAAATGAGATTCTTGTAAAATCAAGAGG
CGTGCTGTAATTCCTGGGATAATCTGTTTATTTTGAAATATCAACCATTTCTTCGTT

QA 2 478 2 478
DS 

RD RR3A944JQ 593 0 0
G
TGTGCAGGTGAGGAGGGTGACTAAGGTTGTGAAAGGTGGGAAGCAGTTGAAGTTTAGGGC
GATTGTTGTTGTCGGTGATAAGCAGGGGAATGTCGGAGTTGGTTGCGCTAAGGCTAAGGA
GGTTGTCGCTGCTGTTCAGAAGAGTGCGATTGATGCTAGGAGGAACCTTGTTCAAGTGCC
TATGACTAAGTATCTTACTTTCCCTCACAGATCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCGAAGGT
GATGCTTAGACCAGCTTCGCCAGGAACAGGTGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATCGT
GCTAGAGATGGCGGGAGTTGAGAACGCTTTGGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCTCT
AAACAACGCGAGAGCCACTCTTGCAGCAGTTCAACAGATGAGACAGTTTAAGGATGTTGC
TCTCGAGCGTGGAATCCCCATGGAAGAGCTCCGGAAGTGAAAGAAGAAACTCACTCATCT
TCCCCTTTGTGACATTTCACCCTCTTTGTTTTTCCAATGTTGAAATGAGATTCTTGTAAA
ATCAAGAGGCGTGCTGTAATTCCTGGGATAATCTGTTTATTTTGAAATATCA

QA 2 593 2 593
DS 

RD RR3A944TF 593 0 0
G
TGTGCAGGTGAGGAGGGTGACTAAGGTTGTGAAAGGTGGGAAGCAGTTGAAGTTTAGGGC
GATTGTTGTTGTCGGTGATAAGCAGGGGAATGTCGGAGTTGGTTGCGCTAAGGCTAAGGA
GGTTGTCGCTGCTGTTCAGAAGAGTGCGATTGATGCTAGGAGGAACCTTGTTCAAGTGCC
TATGACTAAGTATCTTACTTTCCCTCACAGATCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCGAAGGT
GATGCTTAGACCAGCTTCGCCAGGAACAGGTGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATCGT
GCTAGAGATGGCGGGAGTTGAGAACGCTTTGGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCTCT
AAACAACGCGAGAGCCACTCTTGCAGCAGTTCAACAGATGAGACAGTTTAAGGATGTTGC
TCTCGAGCGTGGAATCCCCATGGAAGAGCTCCGGAAGTGAAAGAAGAAACTCACTCATCT
TCCCCTTTGTGACATTTCACCCTCTTTGTTTTTCCAATGTTGAAATGAGATTCTTGTAAA
ATCAAGAGGCGTGCTGTAATTCCTGGGATAATCTGTTTATTTTGAAATATCA

QA 2 593 2 593
DS 



CO CL234Contig3 846 4 8 U
GGACAGCTACGGATAAGCCTCTCGCTTCACTCTCTGCTTTCCCTCATCCTCATTTCAATG
GCGACAACCTCAGCTCTCTCCTCTCTCTCTTCACTCTCCCTCCACAACACAACCTCTCGC
ATCACCACCTCCTCCTCGAGACCCACCATCTCCTTCTCCTTCCTCAAACAACCCACCTCC
CTCACCCCACTCGAAGCCGAAGAAGGAGAAGATTAGGGATGGGTTCGAGGAGAGGGTTGT
GCAGGTGAGGAGGGTGACTAAGGTTGTCAAAGGTGGGAAGCAGTTGAAGTTTAGGGCGAT
TGTTGTTGTCGGAGATAAGCAAGGGAATGTCGGAGTTGGGTGTGCTAAGGCTAAGGAGGT
TGTTGCTGCTGTTCAGAAGAGTGCTATTGATGCTAGGAGGAATCTTGTTCAAGTGCCTAT
GACTAAGTATCTTACTTTCCCTCACAGATCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCTAAGGTGAT
GCTTAGACCAGCTTCGCCAGTAACGGGTGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATCGTGCT
AGAGATGGCGGGAGTTGAGAACGCTTTGGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCTCTCAA
CAATGCGAGAGCTACTCTTGCAGCAGTTCAACAGATGAGACAGTTTAAGGATGTTGCTCT
CGAGCGTGGAATCCCCATGGAAGAGCTCTGGAAGTGAATGAAACTCAACTCACTCATCTT
CCCTTATTTTTATAACGTTTTCACCCTCTCCAATGTTGAAATGAGATTCTTGTGAAATCA
AGAGGCGTGTTGTAATTTTCTGAGAAACTGTGTTTATTTTGAAATATCAATCATTTCTTC
TTCGTT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3GC71TF U 1
AF RR3GC95TF U 1
AF RR3GC95JQ C 182
AF RR3GC71JQ C 175
BS 1 649 RR3GC71TF
BS 650 650 RR3GC71JQ
BS 651 730 RR3GC71TF
BS 731 731 RR3GC95TF
BS 732 734 RR3GC71TF
BS 735 735 RR3GC95TF
BS 736 750 RR3GC71TF
BS 751 846 RR3GC71JQ

RD RR3GC71TF 750 0 0
GGACAGCTACGGATAAGCCTCTCGCTTCACTCTCTGCTTTCCCTCATCCTCATTTCAATG
GCGACAACCTCAGCTCTCTCCTCTCTCTCTTCACTCTCCCTCCACAACACAACCTCTCGC
ATCACCACCTCCTCCTCGAGACCCACCATCTCCTTCTCCTTCCTCAAACAACCCACCTCC
CTCACCCCACTCGAAGCCGAAGAAGGAGAAGATTAGGGATGGGTTCGAGGAGAGGGTTGT
GCAGGTGAGGAGGGTGACTAAGGTTGTCAAAGGTGGGAAGCAGTTGAAGTTTAGGGCGAT
TGTTGTTGTCGGAGATAAGCAAGGGAATGTCGGAGTTGGGTGTGCTAAGGCTAAGGAGGT
TGTTGCTGCTGTTCAGAAGAGTGCTATTGATGCTAGGAGGAATCTTGTTCAAGTGCCTAT
GACTAAGTATCTTACTTTCCCTCACAGATCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCTAAGGTGAT
GCTTAGACCAGCTTCGCCAGTAACGGGTGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATCGTGCT
AGAGATGGCGGGAGTTGAGAACGCTTTGGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCTCTCAA
CAATGCGAGAGCTACTCTTGCAGCAGTTCAACAGATGAGACAGTTTAAG*ATGTTGCTCT
CGAGCGTGGAATCCCCATGGAAGAGCTCTGGAAGTGAATGAAACTCAACTCACTCATCTT
CCCTTATTTT*ATA*CGTTTTCACCCTCTC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3GC95TF 750 0 0
GGAC
AGCTACGGATAAGCCTCTCGCTTCACTCTCTGCTTTCCCTCATCCTCATTTCAATGGCGA
CAACCTCAGCTCTCTCCTCTCTCTCTTCACTCTCCCTCCACAACACAACCTCTCGCATCA
CCACCTCCTCCTCGAGACCCACCATCTCCTTCTCCTTCCTCAAACAACCCACCTCCCTCA
CCCCACTCGAAGCCGAAGAAGGAGAAGATTAGGGATGGGTTCGAGGAGAGGGTTGTGCAG
GTGAGGAGGGTGACTAAGGTTGTCAAAGGTGGGAAGCAGTTGAAGTTTAGGGCGATTGTT
GTTGTCGGAGATAAGCAAGGGAATGTCGGAGTTGGGTGTGCTAAGGCTAAGGAGGTTGTT
GCTGCTGTTCAGAAGAGTGCTATTGATGCTAGGAGGAATCTTGTTCAAGTGCCTATGACT
AAGTATCTTACTTTCCCTCACAGATCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCTAAGGTGATGCTT
AGACCAGCTTCGCCAGTAACGGGTGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATCGTGCTAGAG
ATGGCGGGAGTTGAGAACGCTTTGGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCTCTCAACAAT
GCGAGAGCTACTCTTGCAGCAGTTCAACAGATGAGACAGTTTAAG*ATGTTGCTCTCGAG
CGTGGAATCCCCATGGAAGAGCTCTGGAAGTGAATGAAACTCA*CTCACTCATCTTCCCT
TATTTTTATAACGTTTTCACCCTCTC

QA 5 750 5 750
DS 

RD RR3GC95JQ 665 0 0
TCACCCCACTCGAAGCCGAAGAAGGAGAAGATTAGGGATGGGTTCGAGGAGAGGGTTGTG
CAGGTGAGGAGGGTGACTAAGGTTGTCAAAGGTGGGAAGCAGTTGAAGTTTAGGGCGATT
GTTGTTGTCGGAGATAAGCAAGGGAATGTCGGAGTTGGGTGTGCTAAGGCTAAGGAGGTT
GTTGCTGCTGTTCAGAAGAGTGCTATTGATGCTAGGAGGAATCTTGTTCAAGTGCCTATG
ACTAAGTATCTTACTTTCCCTCACAGATCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCTAAGGTGATG
CTTAGACCAGCTTCGCCAGTAACGGGTGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATCGTGCTA
GAGATGGCGGGAGTTGAGAACGCTTTGGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCTCTCAAC
AATGCGAGAGCTACTCTTGCAGCAGTTCAACAGATGAGACAGTTTAAGGATGTTGCTCTC
GAGCGTGGAATCCCCATGGAAGAGCTCTGGAAGTGAATGAAACTCAACTCACTCATCTTC
CCTTATTTTTATAACGTTTTCACCCTCTCCAATGTTGAAATGAGATTCTTGTGAAATCAA
GAGGCGTGTTGTAATTTTCTGAGAAACTGTGTTTATTTTGAAATATCAATCATTT
CTTCTTCGTT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3GC71JQ 672 0 0
ACCTCCC
TCACCCCACTCGAAGCCGAAGAAGGAGAAGATTAGGGATGGGTTCGAGGAGAGGGTTGTG
CAGGTGAGGAGGGTGACTAAGGTTGTCAAAGGTGGGAAGCAGTTGAAGTTTAGGGCGATT
GTTGTTGTCGGAGATAAGCAAGGGAATGTCGGAGTTGGGTGTGCTAAGGCTAAGGAGGTT
GTTGCTGCTGTTCAGAAGAGTGCTATTGATGCTAGGAGGAATCTTGTTCAAGTGCCTATG
ACTAAGTATCTTACTTTCCCTCACAGATCAGAGGGAGACTACGGAGCAGCTAAGGTGATG
CTTAGACCAGCTTCGCCAGTAACGGGTGTGATTGCTGGAGGAGCGGTTAGGATCGTGCTA
GAGATGGCGGGAGTTGAGAACGCTTTGGGGAAACAGCTGGGAAGCAACAATGCTCTCAAC
AATGCGAGAGCTACTCTTGCAGCAGTTCAACAGATGAGACAGTTTAAGGATGTTGCTCTC
GAGCGTGGAATCCCCATGGAAGAGCTCTGGAAGTGAATGAAACTCAACTCACTCATCTTC
CCTTATTTTTATAACGTTTTCACCCTCTCCAATGTTGAAATGAGATTCTTGTGAAATCAA
GAGGCGTGTTGTAATTTTCTGAGAAACTGTGTTTATTTTGAAATATCAATCATTTCTTCT
TCGTT

QA 8 672 8 672
DS 



AS 2 12

CO CL235Contig1 754 5 13 U
GGACGAACAAAAGCTCACAAAGCAGAGAAAACACCAAAGAGAGAGAGAAGAAACAATCTA
GCCGGAAAAGACGAAAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGTGCGAT
GTGGAAGGCAGCCGCCTTACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCTGGGCC
CAAAGCTCGAATTTTCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAATCAGGAAAGACTTT
GAGGAACCTGGACATCTTGCCCCAACAGGGCTCTTCCTTGGCGGAGAAAAGTACATGGTT
ATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCACTATC
AAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGAGGCCAG
TGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGTTACA
CACTTTCAAAAAGTGCTTCAAAACAAAATTTCAACTTTAAGGTTCTTCTTTTACTACATA
AAACACTCTTCTGCCGTGTATTAT*ATTCGATTTGTGGTCGTGCATCAAAACAAAAAAAC
CTAAACTATACTCTTGAAAATGATCTAAGAAACAAATCACCTTTGTGTTTTTGTTTTGGA
GTCTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTTGTATTTCTTAATGTAATCTCTCTGGTTTTCGA
TTTAATATAAAGTAACTCCTGTTTGGCAAAAAAA


BQ
30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A284TF U 4
AF RR3EY82TF U 1
AF RR3GT41TF U 1
AF RR3BO76TF U 1
AF RR3EY82JQ C 1
BS 1 66 RR3BO76TF
BS 67 67 RR3EY82TF
BS 68 417 RR3BO76TF
BS 418 418 RR3EY82TF
BS 419 564 RR3BO76TF
BS 565 565 RR3EY82TF
BS 566 568 RR3BO76TF
BS 569 569 RR3EY82TF
BS 570 651 RR3BO76TF
BS 652 652 RR3EY82TF
BS 653 703 RR3BO76TF
BS 704 704 RR3GT41TF
BS 705 754 RR3BO76TF

RD RR3A284TF 193 0 0
G
GAACAAAAGCTCACAAAGCAGAGAAAACACCAAAGAGAGAGAGAAGAAACAATCTAGCCG
GAGAAGACGAAAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGTGCGATGTGG
AAGGCAGCCGCCTTACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCTGGGCCCAAA
GCTCGAATTTTC

QA 2 193 2 193
DS 

RD RR3EY82TF 709 0 0
GGACGAACAAAAGCTCACAAAGCAGAGAAAACACCAAAGAGAGAGAGAAGAAACAATCTA
GCCGGAAAAGACGAAAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGTGCGAT
GTGGAAGGCAGCCGCCTTACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCTGGGCC
CAAAGCTCGAATTTTCCTCAGTTGAAGACTACTGAGATAGATGGAATCAGGAAAGACTTT
GAGGAACCTGGACATCTTGCCCCAACAGGGCTCTTCCTTGGCGGAGAAAAGTACATGGTT
ATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCACTATC
AAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGAGGCCAG
TGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGTTACA
CACTTTCAAAAAGTGCTTCAAAACAAAATTTCAACTTTAAGGTTCTTCTTTTACTACATA
AAACACTCTTCTGCCGTGTATTAT*ATTCGATTTGTGGTCGTGCATCAAAACAAAAAAAC
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GTCTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTTGTATTTCT
ATGTAATCTCTCT

QA 1 696 1 696
DS 

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CACTTTCAAAAAGTGCTTCAAAACAAAATTTCAACTTTAAGGTTCTTCTTTTACTACATA
AAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAACAAAAAAAC
CTAAACTATACTCTTGAAAATGATCTAAGAAACAAATCACCTTTGTGTTTTTGTTTTGGA
GTCTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTTGTATTTCTTAATGTAATCTCTCCGGTTT
CGATTTTATAT

QA 1 716 1 716
DS 

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ATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCACTATC
AAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGAGGCTAG
TGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGTTACA
CACTTTCAAAAAGTGCTTCAAAACAAAATTTCAACTTTAAGGTTCTTCTTTTACTACATA
AAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAACAAAAAAAC
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TTTAATATAAAGTAACTCCTGTTTGGCAAAAAAA

QA 1 754 1 754
DS 

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GCCGGAAAAGACGAAAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTGTGCGAT
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GAGGAACCTGGACATCTTGCCCCAACAGGGCTCTTCCTTGGCGGAGAAAAGTACATGGTT
ATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCAGAGGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCACTATC
AAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATTTACGATGAACCAATGACTGGAGGCCAG
TGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTTTAAGTTACA
CACTTTCAAAAAGTGCTTCAAAACAAAATTTCAACTTTAAGGTTCTTCTTTTACTACATA
AAACACTCTTCTGCCGTGTATTAT*ATTCGATTTGTGGTCGTGCATCAAAACAAAAAAAC
CTAAACTATACTCTTGAAAATGATCTAAGAAACAAATCACCTTTGTGTTTTTGTTTTGGA
GTCTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTTGTATTTCTTAATGTAATCTCTCTGGTTTTCGA
TTT
TAATAATAAAGTAAC

QA 1 723 1 723
DS 



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CTCCTGTGCGATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCCATCCTCGGCCAAGACGGC
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AGGAAAGACTTTGAGGAACCTGGGCATCTTGCCCCAACAGGGCTCTTCCTTGGCGGAGAG
AAGTACATGGTTATCCAAGGTGAAGCCGGAGCTGTCATCCGAGGCAAAAAGGGACCTGGT
GGAGTCACTATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATG
ACTGGAGGTCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGAT
CTCTAAGTTTACACTCTTTCAAAAACGTGCTTCAAACCAAAATTTGAACTTTAAGGTTCT
TCTTTTACTACATAAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCAT
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TCTTGTTTTCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTGTTTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3DG70TF U 7
AF RR3C781JQ C 406
AF RR3C346JQ C 1
AF RR3C346TF U 7
AF RR3C781TF U 41
AF RR3HB55JQ C 515
AF RR3HB55TF U 515
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ACTACATAAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAAA
CAAAAACCTAAACTATACTCTTGAAAATGATCTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTT
GTTTTGGAGTCTCTCTC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3C781JQ 305 0 0
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TTCTT

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR3C346JQ 723 0 0
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AGGAAAGACTTTGAGGAACCTGGGCATCTTGCCCCAACAGGGCTCTTCCTTGGCGGAGAG
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TCTTTTACTACATAAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCAT
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GTTTTTGTTTTGGAGTCTCTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATTTCTTAATGCATCTC
TCT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3C346TF 726 0 0
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AGCCGGAGAAGACGAAAAGAGAAGATGTCGTGGCAATCATACGTCGATGACCATCTCCTG
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ACTATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGCATCTACGATGAACCAATGACTGGA
GGTCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGATTACCTTATCGAGTCTGATCTCTAA
GTTTACACTCTTTCAAAAGCGTGCTTCAAACCAAAATTTGAACTTTAAGGTTCTTCTTTT
ACTACATAAAACACTCTTCTGCCGTGTATTATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAAA
CAAAAACCTAAACTATACTCTTGAAAATGATCTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTT
GTTTTGGAGTCTCTCTCTATTGTTCTTCTTGTGTTGTATTTCTTAATGCATCTCTCTTGT
TTTCGA

QA 1 726 1 726
DS 

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AG
AGAGAGAGAGAGAAGAAACAATCCAGCCGGAGAAGACGAAAAGAGAAGATGTCGTGGCAA
TCATACGTCGATGACCATCTCCTGTGCGATGTGGAAGGCAGCCGCCTCACATCCGCCGCC
ATCCTCGGCCAAGACGGCAGTGTCTGGGCCCAAAGCTCGAACTTCCCTCAGTTGAAGACT
ACTGAGATAGATGGAATCAGGAAAGACTTTGAGGAACCTGGGCATCTTGCCCCAACAGGG
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GGCAAAAAGGGACCTGGTGGAGTCACTATCAAGAAGACCAACCAAGCCTTTGTCTTTGGC
ATCTACGATGAACCAATGACTGGAGGTCAGTGCAACTTGGTGGTGGAGAGGCTCGGCGAT
TACCTTATCGAGTCTGATCTCTAAGTTTACACTCTTTCAAAAACGTGCTTCAAACCAAAA
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TGATTTGTGGTCGTGCATCAAAAACAAAAACCTAAACTATACTCTTGAAAATGATCTAAG
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TATTTCTTAATGTATCTCTCTTGT

QA 3 686 3 686
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G
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TATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAAACAAAAACCTAAACTATACTCTTGAAAATT
ATCTAAGAAACAAATCACCCTTTGTGTTTTTGTTTTGGAGTCTCTCTCTATTGTTCTTCT
TGTGTTGTATTTCTTAATGTATCTCTCTTGTTTTCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTG
TTTGGT

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RD RR3HB55TF 247 0 0
G
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TATGATTTGATTTGTGGTCGTGCATCAAAAACAAAAACCTAAACTATACTCTTGAAAATT
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TGTGTTGTATTTCTTAATGTATCTCTCTTGTTTTCGATTTTAATAATAAAGTAACTCCTG
TTTGG
T

QA 2 246 2 246
DS 



AS 2 10

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T**GGTCTAAGACTCTCTTGCTACTTGCTAATAATAATATCTTTTCAGTGAAGATGATAA
AGTCGGCTACTACTCTTCGTCCATTTCCTCTCCCTATAGAGTTTCACGGCAAGCCTAAGT
TCGTCCAACCGTCGAAGTCTTGTTTCCCGGTGGTCAGGTGTTCAAGCACGAGAGACGTTC
CTAAGCTTGAGCTCTTCAGCCGCGGACAGTTCGACCGTGTTCTTCAAGATCCCCCATTAA
TAGAAAAAACCGAGACCGAACTCTCAGATTACTGTTGTAAACTCGAAGGTGATGACTCTT
ACAGCTGCTGGAGAGCTTACTTTGAACTCAAGGACCTTGAGAAAAA*GAAGCCAAAGGTG
GAAGTTGAGAATCTAATCTTGCAAACAGACGGTGTGAAATCGCTGATCGGGTGTTTACAT
GGAATCGCTTCAATGGAGAAGGAAAGCAAAACCAAGAATGGTCTAGGGGTTAAAGAGGAA
TCAGATTCAGATGTGACGAAACTGCACGTTCATGTTCCTGATGGTTTACCAAAATCTCAA
GAAGAATTGGAGGAAGAAGAGAAATCAAGAATGCCAGATTCTGCTTTCACAAGATTGCTT
AGAGCCAAAGGAACCATCCCTGCTTGGTTTTCTCACCCTCCTGACCACGAAACAGACTGA
AGAATCCATCTCACACAGTTTTACTTCTATGTACATA**ATTATTGTAATATATCTTTTT
TTTGTAATATATCTTCATAATGCCTATAAAATATAGTTGTC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3BP09TF U 1
AF RR3EL63TF U 1
AF RR3BD85TF U 1
AF RR3BD85JQ C 1
AF RR3CW82JQ C 519
AF RR3CW82TF U 519
AF RR3BP09JQ C 186
BS 1 519 RR3BD85TF
BS 520 821 RR3CW82TF

RD RR3BP09TF 212 0 0
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TT*GGTCTAAGACTCTCTTGCTACTTGCTAATAATAATATCTTTTCAGTGAAGATGATAA
AGTCGGCTACTACTCTTCGTCCATTTCCTCTCCCTATAGAGTTTCACGGCAAGCCTAAGT
TCGTCCAACCGTCGAAGTCTTGTTTCCCGGTG

QA 1 212 1 212
DS 

RD RR3EL63TF 487 0 0
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TTTGGTCTAAGACTCTCTTGCTACTTGCTAATAATAATATCTTTTCAGTGAAGATGATAA
AGTCGGCTACTACTCTTCGTCCATTTCCTCTCCCTATAGAGTTTCACGGCAAGCCTAAGT
TCGTCCAACCGTCGAAGTCTTGTTTCCTGGTGGTCAGGTGTTCAAGCACGAGAGACGTTC
CTAAGCTTGAGCTCTTCAGCCGCGGACAGTTCGACCGTGTTCTTCAAGATCCCCCATCAA
TAGAAAAAACCGAGAC*GAACTCTCAGATTACTGTTGTAAACTCGAAGGTGATGACTCTT
ACAGCTGCTGGAGAGCTTACTTTGAACTCAAGGACCTTGAGAAAAAAGAAGCCAAAGGTG
GAAGTTGAGAATCTAATCTTGCAAACAGACGGTGTGAAATCGCTGATCGGGTGTTTACAT
GGAATCG

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR3BD85TF 680 0 0
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T**GGTCTAAGACTCTCTTGCTACTTGCTAATAATAATATCTTTTCAGTGAAGATGATAA
AGTCGGCTACTACTCTTCGTCCATTTCCTCTCCCTATAGAGTTTCACGGCAAGCCTAAGT
TCGTCCAACCGTCGAAGTCTTGTTTCCCGGTGGTCAGGTGTTCAAGCACGAGAGACGTTC
CTAAGCTTGAGCTCTTCAGCCGCGGACAGTTCGACCGTGTTCTTCAAGATCCCCCATTAA
TAGAAAAAACCGAGACCGAACTCTCAGATTACTGTTGTAAACTCGAAGGTGATGACTCTT
ACAGCTGCTGGAGAGCTTACTTTGAACTCAAGGACCTTGAGAAAAA*GAAGCCAAAGGTG
GAAGTTGAGAATCTAATCTTGCAAACAGACGGTGTGAAATCGCTGATCGGGTGTTTACAT
GGAATCGCTTCAATGGAGAAGGAAAGCAAAACCAAGAATGGTCTAGGGGTTAAAGAGGAA
TCAGATTCAGATGTGACGAAACTGCACGTTCATGTTCCTGATGGTTTACCAAAATCTCAA
GAAGAATTGGAGGAAGAAGAGAAATCAAGAATGCCAGATTCTGCTTTCACAAGATTGCTT
AGAGCCAAAGGAACCATCCC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3BD85JQ 821 0 0
GGACTCTTCTGCATAATCTCGAACTTTAAAACCAACTTTCTCTCTTGCTACTTTTTTTTT
T**GGTCTAAGACTCTCTTGCTACTTGCTAATAATAATATCTTTTCAGTGAAGATGATAA
AGTCGGCTACTACTCTTCGTCCATTTCCTCTCCCTATAGAGTTTCACGGCAAGCCTAAGT
TCGTCCAACCGTCGAAGTCTTGTTTCCCGGTGGTCAGGTGTTCAAGCACGAGAGACGTTC
CTAAGCTTGAGCTCTTCAGCCGCGGACAGTTCGACCGTGTTCTTCAAGATCCCCCATTAA
TAGAAAAAACCGAGACCGAACTCTCAGATTACTGTTGTAAACTCGAAGGTGATGACTCTT
ACAGCTGCTGGAGAGCTTACTTTGAACTCAAGGACCTTGAGAAAAA*GAAGCCAAAGGTG
GAAGTTGAGAATCTAATCTTGCAAACAGACGGTGTGAAATCGCTGATCGGGTGTTTACAT
GGAATCGCTTCAATGGAGAAGGAAAGCAAAACCAAGAATGGTCTAGGGGTTAAAGAGGAA
TCAGATTCAGATGTGACGAAACTGCACGTTCATGTTCCTGATGGTTTACCAAAATCTCAA
GAAGAATTGGAGGAAGAAGAGAAATCAAGAATGCCAGATTCTGCTTTCACAAGATTGCTT
AGAGCCAAAGGAACCATCCCTGCTTGGTTCTCTCACCCTCCTGACCACGAAACAGACTGA
AGAATCCATCTCACACAGTTTTACTTCTATGTACATATAATTATTGTAATATATCTTTTT
TTTGTAATATATCCTCATAATGCCTATAAAATATAGTTGTC

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR3CW82JQ 303 0 0
G
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GATGGTTTACCAAAATCTCAAGAAGAATTGGAGGAAGAAGAGAAATCAAGAATGCCAGAT
TCTGCTTTCACAAGATTGCTTAGAGCCAAAGGAACCATCCCTGCTTGGTTTTCTCACCCT
CCTGACCACGAAACAGACTGAAGAATCCATCTCACACAGTTTTACTTCTATGTACATA**
ATTATTGTAATATATCTTTTTTTTGTAATATATCTTCATAATGCCTATAAAATATAGTTG
TC

QA 2 303 2 303
DS 

RD RR3CW82TF 303 0 0
G
GGTCTAGGGGTTAAAGAGGAATCAGATTCAGATGTGACGAAACTGCACGTTCATGTTCCT
GATGGTTTACCAAAATCTCAAGAAGAATTGGAGGAAGAAGAGAAATCAAGAATGCCAGAT
TCTGCTTTCACAAGATTGCTTAGAGCCAAAGGAACCATCCCTGCTTGGTTTTCTCACCCT
CCTGACCACGAAACAGACTGAAGAATCCATCTCACACAGTTTTACTTCTATGTACATA**
ATTATTGTAATATATCTTTTTTTTGTAATATATCTTCATAATGCCTATAAAATATAGTTG
TC

QA 2 303 2 303
DS 

RD RR3BP09JQ 612 0 0
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CTTGAGCTCTTCAGCCGCGGACAGTTCGACCGTGTTCTTCAAGATCCCCCATTAATAGAA
AAAACCGAGACCGAACTCTCAGATTACTGTTGTAAACTCGAAGGTGATGACTCTTACAGC
TGCTGGAGAGCTTACTTTGAACTCAAGGACCTTGAGAAAAA*GAAGCCAAAGGTGGAAGT
TGAGAATCTAATCTTGCAAACAGACGGTGTGAAATCGCTGATCGGGTGTTTACATGGAAT
CGCTTCAATGGAGAAGGAAAGCAAAACCAAGAATGGTCTAGGGGTTAAAGAGGAATCAGA
TTCAGATGTGACGAAACTGCACGTTCATGTTCCTGATGGTTTACCAAAATCTCAAGAAGA
ATTGGAGGAAGAAGAGAAATCAAGAATGCCAGATTCTGCTTTCACAAGATTGCTTAGAGC
CAAAGGAACCATCCCTGCTTGGTTCCCTCATCCTCCTGATCACGAAACAGACTGAAGAAT
CCATCTCACACAGTTTTACTTCTATGTACATATAATTATTGTAATATATCTTTTTTTTGT
AATATATCTTCA

QA 1 612 1 612
DS 



CO CL236Contig2 803 3 5 U
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AATTATATCTTTCAGTGAAGATGATAAAGTCTGTTACTCTTCGACCGTTTCCTCTCCCTA
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CTGATGGTTTACCAAAATCTCAACAAGAATTGGAGGAAGAAGAGAAATCAAGAATGCCAG
ATTCTGCTTTTACAAGATTGCTTAGAGCCAAAGGAACCATCCCTGCTTGGTTCTCTCACC
CTCCTGACCACAAAACAGACTGAAGAATCCATCTCACACAGTTTTACTTCTATGTACATA
TAACTATGTAATATATCTGTTTTTTAATATATCTTCATAATGCCTATAAAAATAGCTGTC
ATGTGTGATGATCTGATGGTCGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ86JQ C 426
AF RR3DH72TF U 11
AF RR3CJ86TF U 1
BS 1 102 RR3CJ86TF
BS 103 103 RR3DH72TF
BS 104 139 RR3CJ86TF
BS 140 140 RR3DH72TF
BS 141 803 RR3CJ86TF

RD RR3CJ86JQ 251 0 0
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TTAGAGGTTAGAGAGGAATCAGATTCAGACAAGATGAAACTGCACGTTCATGTTCCTGAT
GGTTTACCAAAATTTCAACAAGAATTGGAGGAAGAAGAGAAATCAAGAATGCCAGATTTT
GCTTTTACAAGATTGCTTAGAGCCAAAGGAACCATCCCTGCTTGGTTTTCTCCCCCCCCT
GACCCCAAA
AC

QA 1 249 1 249
DS 

RD RR3DH72TF 729 0 0
GG
ATAATCTCCAACTTCAAAAACCAACCTTCTTTCTTGCTACTTGCTAACAATTATATCTTT
CAGTGAAGATGATAAAGTCTGTTACTCTTCGACCGTTTCCTCTCCCTATAGAGTTTCACG
GCAAGCCGAAGTTCGTCCAAACGTCGAAGTCTTGTTTCCCGGTGGTCAGGTGTTCAAGCA
CGAGAGACGTTCCTAAGCTTGAGCTCTTCAGCCGCGGACAGTTCGACCGTGTTCTTCAAG
ATCCCCCATTAATAGAAAAAACCGAGACCGAACTCTCAGATTACTGTTGTAAACTCGAAG
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AGCCAAAGGTGGAAGTTGAGAACCTAATCTTGCAAACAGACGGTGTGAAATCGCTAATCG
GGTGTTTACATGGAATCGCTTCAATGGAGAAGGAAAGCAAAACCAAGAATGGTTTAGAGG
TTAGAGAGGAATCAGATTCAGACAAGATGAAACTGCACGTTCATGTTCCTGATGGTTTAC
CAAAATCTCAACAAGAATTGGAGGAAGAAGAGAAATCAAGAATGCCAGATTCTGCTTTCA
CAAGATTGCTTAGAGCCAAAG*AACCATCCCTGCTTGGTTCTCTCACCCTCCTGACCACA
AA*CAGACTGAAGAATCCATCTCACACAGTTTTACTTCTATGTACATATAACTATGTAAT
ATATCT
G

QA 3 728 3 728
DS 

RD RR3CJ86TF 803 0 0
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AATTATATCTTTCAGTGAAGATGATAAAGTCTGTTACTCTTCTACCGTTTCCTCTCCCTA
TAGAGTTTCACGGCAAGCCTAAGTTCGTCCAAACGTCGAAGTCTTGTTTCCCGGTGGTCA
GGTGTTCAAGCACGAGAGACGTTCCTAAGCTTGAGCTCTTCAGCCGCGGACAGTTCGACC
GTGTTCTTCAAGATCCCCCATTAATAGAAAAAACCGAGACCGAACTCTCAGATTACTGTT
GTAAACTCGAAGGTGATGACTCATACAGCTGCTGGAGAGCTTACTTTGAACTCAAAGACC
TTGAGAAAGAGAAGCCAAAGGTGGAAGTTGAGAACCTAATCTTGCAAACAGACGGTGTGA
AATCGCTAATCGGGTGTTTACATGGAATCGCTTCAATGGAGAAGGAAAGCAAAACCAAGA
ATGGTTTAGAGGTTAGAGAGGAATCAGATTCAGACAAGATGAAACTGCACGTTCATGTTC
CTGATGGTTTACCAAAATCTCAACAAGAATTGGAGGAAGAAGAGAAATCAAGAATGCCAG
ATTCTGCTTTTACAAGATTGCTTAGAGCCAAAGGAACCATCCCTGCTTGGTTCTCTCACC
CTCCTGACCACAAAACAGACTGAAGAATCCATCTCACACAGTTTTACTTCTATGTACATA
TAACTATGTAATATATCTGTTTTTTAATATATCTTCATAATGCCTATAAAAATAGCTGTC
ATGTGTGATGATCTGATGGTCGA

QA 1 803 1 803
DS 



AS 2 11

CO CL237Contig1 718 5 6 U
GATCAATAGTTTAATTTTCATAACACCAACAATAATAATCCACGAAAATCTATCCATTGT
CTTGCAAAGATGGGAGAGAAAAGGGAGCAAAATCTCTTTCACGAACACAAAAAGTAGAAA
CTAAAAAACAAAGAACGCTTAAGCACTTGATTTCTTCGACTTGGCTGCCAACTGGGTCTC
CGGCTCTTTCTTGACAGACTCTTCCTTCTCAGACAAAATCAACTCAATGTGGCATGGGTT
GGACATGTAAGGGTTGATTCTTCCATGAGCACGGTAAGTCCTTCTCCTCTGTTTGGCAGC
CTGGTTCACTTGGATGTGCGAAATGAAGAGCGCATCAACATCCAAACCTTTCACCTCAGC
ATTGCTCTCAGCGTTCTTGAGCAAATCGAGAACGAACTGAGCAGATTTAGCAGGCCAGCG
TCCTTGACCGTTGGAGTGCCTGTTCTTAGCTTGAGCAGTCCTTCCAACACCTCTGCAGAA
ACGGGTGAAAGGAATAGCCTGCTTGTGAGCTATCACATCCTCAAGGTACCTCTTGGCCTT
GAGCAATGGTAGCTTCCTGATGGCGTGCGCTGTTTCACGAGTGTTCTTGAAGTGAACCCT
AAGATCGGATCCTCTAGCCTTGCAAGACTTGGTCTGATTGTCAGGTTCTTGTGAGTACTT
CACCATGGCTGCGGCTAACGGAAGAGATCGGCGGCCCAAGCGATTCGAGAAAAGTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D951JQ U 1
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AF RR3BT48TF C 121
AF RR3FH68JQ U 1
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CG

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TCTAGCCTTGCAAGACTTGGTCTGGTTGTCAGGTTCTTGTGAGTACTTCACCATGGCTGC
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QA 1 706 1 706
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BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK26TF U 2
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AF RR3A352JQ C 2
AF RR3G292JQ C 30
AF RR3A352TF U 2
AF RR3DK26JQ C 2
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GCG

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DS 

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RD RR3A352JQ 693 0 0
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TACCGTGCTCATGGAAGAATCAACCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATT
TTGTCAGAGAAGGAAGAGTCTGTCAAGAAAGAGCCGGAGACCCAGTTGGCAGCCAAGTCG
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TGAACGAGATTTTGTTCCCTTTTCTCCATATTTTCAGTCAAGACAATGGATAGAGTTAAA
TGTTGGTTTTATGAATCATTAATCATTGTTA
CT

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TATTCTCAGTCAAGACAATGGATAGAGTTAAATGTTGGTCTTATGAATCATTAATC

QA 1 656 1 656
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RD RR3A352TF 691 0 0
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GAAACAGCGCACGCTATCAGGAAGCTACCATTGCTCAAGGCGAAGAGGTACCTTGAGGAT
GTGATAGCTCACAAGCAGGCTATTCCTTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACT
GCTCAAGCTAAGAACAGGCACTCCAATGGTCAAGGACGTTGGCCTGCTAAATCTGCTCAG
TTCGTTCTCGATTTGCTCAAGAACACTGAGAGCAATGCTGAGGTGAAAGGTCTGGATGTT
GATGCCCTCTTCATTTCTCACATCCAAGTCAACCAGGCTGCGAAACAGAGGAGAAGGACT
TACCGTGCTCATGGAAGAATCAACCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATT
TTGTCAGAGAAGGAAGAGTCTGTCAAGAAAGAGCCGGAGACCCAGTTGGCAGCCAAGTCG
AGGAAATCAAGTGCTTAAGCTTTCGTTTATTTTCAGTTTCTTCTTTTTTTTTTGCGTTTT
TGAACGAGATTTTGTTCCCTTTTCTCCATATTCTCAGTCAAGACAATGGATAGAGTTAAA
TGTTGGTCTTATGAATCATTAATC
ATTGTTA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3DK26JQ 764 0 0
GGGCAGCCGATTCTTT*GATAGCCGCAGCCATGGTGAAGTACTCTCAAGAACCAGACAAC
CAGACCAAGTCATGCAAGGCTAGAGGTTCCGATCTTAGGGTTCACTTCAAGAACACTCGG
GAAACAGCGCACGCTATCAGGAAGCTACCATTGCTCAAGGCGAAGAGGTACCTTGAGGAT
GTGATAGCTCACAAGCAGGCTATTCCTTTCACCCGTTTCTGCAGAGGTGTTGGAAGGACT
GCTCAAGCTAAGAACAGGCACTCCAATGGTCAAGGACGTTGGCCTGCTAAATCTGCTCAG
TTCGTTCTCGATTTGCTCAAGAACGCTGAGAGCAATGCTGAGGTGAAAGGTCTGGATGTT
GATGCCCTCTTCATTTCTCACATCCAAGTCAACCAGGCTGCGAAACAGAGGAGAAGGACT
TACCGTGCTCATGGAAGAATCAACCCTTACATGTCCAACCCATGCCACATTGAGTTGATT
TTGTCAGAGAAGGAAGATTCTGTCAAGAAAGAGCCGGAGACCCAGTTGGCAGCCAAGTCG
AAGAAATCAAGTGCTTAAGCTTTCGTTTATTTTCAGTTTCTTCTTTTTTTTTTGCGTTTT
TGAACGAGATTTTGTTCCCTTTTCTCCATATTTTCAGTCAAGACAATGGATAGAGTTAAA
TGTTGGTCTTATGAATCATTAATCATTGTTACTAGAATCATTCCATCTTTTCATCATTCG
ATTTGCTTATTGACTATTTTGGTATGATCTTTAGTTCTAATACC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 2 11

CO CL238Contig1 1082 9 14 U
GGATCGTCTGAGCTTACCAAA*CTCCGGTCAAATGGCGATGACAACGACTACACTCTTCC
ATGCACTTGTTCCTTCCAACAGTTACAAAACAGGAGCTGTGTCCTCTTCGTTAGTCTCAG
TTCCGTCTTCTTCGTCGTCTCTCCAATTCCGCTCGCTTGTCTCGGATTCAACGTCGGTTT
ATGCTCGGAGGAAGTTAACCGGAGATCTCAGAAGAGTATCCTTAACTGTCTCCGCCGCCG
CAGCAACTGAACCTCTCACCGTCCTCGTCACCGGTGCCGGTGGCAGAACAGGGCAAATCG
TGTACAAGAAGTTGAAGGAGAGGTCGGATCAGTTCGTGGCGAGAGGTTTGGTGAGGACGA
AAGAGAGCAAGGAGAAGATCGGTGGAGAGGAGGAAGTGTTCGTTGGAGACATTCGAGACC
TTGAAGCCATTGCTCCTGCTGTTCAAGGGATTGATGCTTTGGTCATTCTTACGAGCGCTG
TACCGAAGATGAAACCTGGTTTTGACCCTAGCAAAGGAGAGAGACCTGAGTTCTACTTTG
AAGAAGGAGCTTATCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGTCAGAAGAATCAGATAGATGCCG
CTAAGGCAGCTGGAGTTAAGCAGATTGTTTTGGTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACATAA
ACAACCCCTTGAATAGCATTGGCAATGCCAACATTCTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAGC
AGTACTTGGCTGACTCCGGTATTCCATACACCATCATCAGGGCGGGTGGTCTGCAGGACA
AGGAAGGTGGCATCCGGGAACTAATTGTGGGAAAAGATGACGAGATTCTTGAGACAGAGA
CGAGAACAATAGCAAGGGCTGATGTTGCAGAAGTCTGCGTTCAGGCGTTGCAGCTCGAGG
AGGCAAAGTTTAAAGCACTTGATCTGGCCTCAAAGCCTGAGGGAACAGGCACCCCAACAA
AGGATTTCAAGGCACTTTTCGCTCAAGTTACCGCTCGGTTCTAATCTTCTGTTACTCTGT
CTTTGTAGCAGAGTCATAGGATTAGAGACTTCGAGGAATAATAAATACATTTTGTGAGAT
AC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 5 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 
10 

AF RR3A495TF U 1
AF RR3GR33TF U 2
AF RR3B788TF U 1
AF RR3CG43TF U 244
AF RR3BG42JQ C 551
AF RR3B788JQ C 201
AF RR3A495JQ C 281
AF RR3EU49JQ C 441
AF RR3BG42TF U 319
BS 1 89 RR3A495TF
BS 90 90 RR3GR33TF
BS 91 91 RR3A495TF
BS 92 92 RR3GR33TF
BS 93 100 RR3A495TF
BS 101 101 RR3GR33TF
BS 102 112 RR3A495TF
BS 113 113 RR3GR33TF
BS 114 755 RR3A495TF
BS 756 762 RR3B788TF
BS 763 884 RR3CG43TF
BS 885 893 RR3BG42TF
BS 894 943 RR3CG43TF
BS 944 1082 RR3BG42TF

RD RR3A495TF 755 0 0
GGATCGTCTGAGCTTACCAAA*CTCCGGTCAAATGGCGATGACAACGACTACACTCTTCC
ATGCACTTGTTCCTTCCAACAGTTACAAATCCGGAGCTGTTTCCTCTTCGTTCGTCTCAG
TTCCGTCTTCTTCGTCGTCTCTCCAATTCCGCTCGCTTGTCTCGGATTCAACGTCGGTTT
ATGCTCGGAGGAAGTTAACCGGAGATCTCAGAAGAGTATCCTTAACTGTCTCCGCCGCCG
CAGCAACTGAACCTCTCACCGTCCTCGTCACCGGTGCCGGTGGCAGAACAGGGCAAATCG
TGTACAAGAAGTTGAAGGAGAGGTCGGATCAGTTCGTGGCGAGAGGTTTGGTGAGGACGA
AAGAGAGCAAGGAGAAGATCGGTGGAGAGGAGGAAGTGTTCGTTGGAGACATTCGAGACC
TTGAAGCCATTGCTCCTGCTGTTCAAGGGATTGATGCTTTGGTCATTCTTACGAGCGCTG
TACCGAAGATGAAACCTGGTTTTGACCCTAGCAAAGGAGAGAGACCTGAGTTCTACTTTG
AAGAAGGAGCTTATCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGTCAGAAGAATCAGATAGATGCCG
CTAAGGCAGCTGGAGTTAAGCAGATTGTTTTGGTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACATAA
ACAACCCCTTGAATAGCATTGGCAATGCCAACATTCTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAGC
AGTACTTGGCTGACTCCGGTATTCCATACACCATC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3GR33TF 731 0 0
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TGCACTTGTTCCTTCCAACTGTTACAAAACAGGAGCTGTGTCCTCTTCGTTAGTCTCAGT
TCCGTCTTCTTCGTCGTCTCTCCAATTCCGCTCGCTTGTCTCGGATTCAACGTCGGTTTA
TGCTCGGAGGAAGTTAACCGGAGATCTTAGAAGAGTATCCTTAACTGTCTCCGCCGCCGC
AGCAACTGAACCTCTCACCGTCCTCGTCACCGGTGCCGGTGGCAGAACAGGGCAAATCGT
GTACAATAAGTTGAAGGAGAGGTCGGATCAGTTTGTGGCGAGAGGTTTGGTGAGGACGAA
AGAGAGCAAGGAGAAGATCGGTGGAGAGGAGGAAGTGTTCGTTGGAGACATCCGAGACCT
TGAAGCCATTGCTCCTGCTGTTCAAGGGATTGATGCTTTGGTCATTCTTACGAGCGCTGT
ACCGAAGATGAAGCCTGGTTTTGATCCTAGCAAAGGAGAGAGACCTGAGTTCTACTTTGA
AGAAGGAGCTTATCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGTCAGAAGAATCAGATAGATGCCGC
TAAGGCAGCTGGAGTTAAGCAGATTGTTTTGGTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACATAAA
CAACCCCTTGAATAGCATTGGCA*TGCCAACATTCTGGTTTGGA*GAG*AAAGCTGAGCA
GTACTTGGCTG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3B788TF 762 0 0
G
GATCGTCTGAGCTTACCAAAACTCCGGTCAAATGGCGATGACGACTGCTACACTCTTCCA
TGCACTTGTTCCTTCCAACAGTTACAAAACAGGAGCTGTGTCCTCTTCGTTAGTCTCAGT
TCCGTCTTCTTCGTCGTCTCTCCAATTCCGCTCGCTTGTCTCGGATTCAACGTCGGTTTA
TGCTCGGAGGAAGTTAACCGGAGATCTCAGAAGAGTATCCTTAACTGTCTCCGCCGCCGC
AGCAACTGAGCCTCTCACCGTTCTGGTCACCGGTGCCGGTGGAAGAACAGGGCAAATCGT
GTACAAGAAGTTGAAGGAGAGGTCGGATCAGTTCTTGGCGAGAGGTTTGGTGAGGACGAA
AGAGAGCAAGGAGAAGATCGGTGGAGAGGAGGAAGTGTTCGTCGGAGATATTCGAGACCT
TGAAGCCATTGCTCCTGCTGTTCAAGGGATTGATGCTTTGGTCATTCTTACGAGCGCTGT
ACCGAAGATGAAACCTGGTTTTGATCCTAGCAAAGGAGAGAGACCTGAGTTCTACTTTGA
AGAAGGAGCTTATCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGTCAGAAGAATCAGATAGATGCCGC
TAAGGCAGCTGGAGTTAAGCAGATTGTTTTGGTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACATAAA
CAACCCCTTGAATAGCATTGGCAATGCCAACATTCTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAGCA
GTACTTGGCTGACTCCGGTATTCCATACACCATCATCAGGG

QA 2 762 2 762
DS 

RD RR3CG43TF 700 0 0
G
AACTGAACCTCTCACCGTCCTCGTCACCGGTGCCGGTGGCAGAACAGGGCAAATCGTGTA
CAAGAAGTTGAAGGAGAGGTCGGATCAGTTCGTGGCGAGAGGTTTGGTGAGGACGAAAGA
TAGCAAGGAGAAGATCGGTGGAGAGGAGGAAGTGTTCGTTGGAGACATTCGAGACCTTGA
AGCCATTGCTCCTGCTGTTCAAGGGATTGATGCTTTGGTCATTCTTACGAGCGCTGTACC
GAAGATGAAACCTGGTTTTGACCCTAGCAAAGGAGAGAGACCTGAGTTCTACTTTGAAGA
AGGAGCTTATCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGTCAGAAGAATCAGATAGATGCCGCTAA
GGCAGCTGGAGTTAAGCAGATTGTTTTGGTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACATAAACAA
CCCCTTGAATAGCATTGGCAATGCCAACATTCTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAGCAGTA
CTTGGCTGACTCCGGTATTCCATACACCATCATCAGGGCGGGTGGTCTGCAGGACAAGGA
AGGTGGCATCCGGGAACTAATTGTGGGAAAAGATGACGAGATTCTTGAGACAGAGACGAG
AACAATAGCAAGGGCTGATGTTGCAGAAGTCTGCGTTCAG*********CTCGAGGAGGC
AAAGTTTAAAGCACTTGATCTGGCCTCAAAGCCTGAGGG

QA 2 700 2 700
DS 

RD RR3BG42JQ 363 0 0
TTATCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGCCAGAAGAATCAGATAGATGCCGTTAAGGCAGC
TGGAGTTAAGCAGATTGTTTTGGTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACATAAACAACCCCTT
GAATAGCATTGGCAATGCCAACATTCTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAGCAGTACTTGGC
TGACTCCGGTATTCCATACACCATCATCAGGGCGGGTGGTCTGCAGGACAAGGAAGGTGG
CATCCGGGAACTAATTGTGGGGAAAGATGACGAGATTCTTGAGACAGAGACGAGAACAAT
AGCAAGGGCTGATGTTGCAGAAGTCTGCGTTCAGGCGTTGCAGCTCGAGGAGTCAAAGTT
TAA

QA 1 363 1 363
DS 

RD RR3B788JQ 878 0 0
GGAGATCTCAGAAGAGTATCTTTAACTGTCTCCGCCGCCGCAGCAACTGAGCCTCTCACC
GTTCTGGTCACCGGTGCCGGTGGAAGAACAGGGCAAATCGTGTACAAGAAGTTGAAGGAG
AGGTCGGATCAGTTCTTGGCGAGAGGTTTGGTGAGGACGAAAGAGAGCAAGGAGAAGATC
GGTGGAGAGGAGGAAGTGTTCGTCGGAGATATTCGAGACCTTGAAGCCATTGCTCCTGCT
GTTCAAGGGATTGATGCTTTGGTCATTCTTACGAGCGCTGTACCGAAGATGAAACCTGGT
TTTGATCCTAGCAAAGGAGAGAGACCTGAGTTCTACTTTGAAGAAGGAGCTTATCCTGAA
CAGGTTGATTGGATTGGTCAGAAGAATCAGATAGATGCCGCTAAGGCAGCTGGAGTTAAG
CAGATTGTTTTGGTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACATAAACAACCCCTTGAATAGCATT
GGCAATGCCAACATTCTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAGCAGTACTTGGCTGACTCCGGT
ATTCCATACACCATCATCAGGGCGGGTGGTCTGCAGGACAAGGAAGGTGGCATCCGGGAA
CTAATTGTGGGGAAAGATGACGAGATCCTTGAGACAGAGACGAGAACAATAGCAAGGGCT
GATGTTGCAACAGTCTGCGTTCAGGCGTTGCAGCTCGAGGAGTCAAAGTTTAAAGCACTT
GATCTGGCCTCAAAGCCTGAGGGAACAGGCACCCCAACAAAGGATTTCAAGGCACTTTTC
GCTCAAGTTACCGCTCGGTTCTAATCTTCTGTTACTCTGTCTTTGTAGCAGAGTCATAGG
ATTAGAGACTTCGAGGAATAATAAATACATTTTGTGAG

QA 1 878 1 878
DS 

RD RR3A495JQ 798 0 0
TGGCAGAACAGGGCAAATCGTGTACAAGAAGTTGAAGGAGAGGTCGGATCAGTTCGTGGC
GAGAGGTTTGGTGAGGACGAAAGAGAGCAAGGAGAAGATCGGTGGAGAGGAGGAAGTGTT
CGTTGGAGACATTCGAGACCTTGAAGCCATTGCTCCTGCTGTTCAAGGGATTGATGCTTT
GGTCATTCTTACGAGCGCTGTACCGAAGATGAAACCTGGTTTTGACCCTAGCAAAGGAGA
GAGACCTGAGTTCTACTTTGAAGAAGGAGCTTATCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGTCA
GAAGAATCAGATAGATGCCGCTAAGGCAGCTGGAGTTAAGCAGATTGTTTTGGTCGGGTC
GATGGGAGGAACAAACATAAACAACCCCTTGAATAGCATTGGCAATGCCAACATTCTGGT
TTGGAAGAGGAAAGCTGAGCAGTACTTGGCTGACTCCGGTATTCCATACACCATCATCAG
GGCGGGTGGTCTGCAGGACAAGGAAGGTGGCATCCGGGAACTAATTGTGGGAAAAGATGA
CGAGATTCTTGAGACAGAGACGAGAACAATAGCAAGGGCTGATGTTGCAGAAGTCTGCGT
TCAGGCGTTGCAGCTCGAGGAGGCAAAGTTTAAAGCACTTGATCTGGCCTCAAAGCCTGA
GGGAACAGGCACCCCAACAAAGGATTTCAAGGCACTTTTCGCTCAAGTTACCGCTCGGTT
CTAATCTTCTGTTACTCTGTCTTTGTAGCAGAGTCATAGGATTAGAGACTTCGAGGAATA
ATAAGTACATTTTGTGAG

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3EU49JQ 638 0 0
GTTCAAGGGATTGATGCTTTGGTCATTCTTACGAGCGCTGTACCGAAGATGAAACCTGGT
TTTGACCCTAGCAAAGGAGAGAGACCTGAGTTCTACTTTGAAGAAGGAGCTTATCCTGAA
CAGGTTGATTGGATTGGTCAGAAGAATCAGATAGATGCCGCTAAGGCAGCTGGAGTTAAG
CAGATTGTTTTGGTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACATAAACAACCCCTTGAATAGCATT
GGCAATGCCAACATTCTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAGCAGTACTTGGCTGACTCCGGT
ATTCCATACACCATCATCAGGGCGGGTGGTCTGCAGGACAAGGAAGGTGGCATCCGGGAA
CTAATTGTGGGAAAAGATGACGAGATTCTTGAGACAGAGACGAGAACAATAGCAAGGGCT
GATGTTGCAGAAGTCTGCGTTCAGGCGTTGCAGCTCGAGGAGGCAAAGTTTAAAGCACTT
GATCTGGCCTCAAAGCCTGAGGGAACAGGCACCCCAACAAAGGATTTCAAGGCACTTTTC
GCTCAAGTTACCGCTCGGTTCTAATCTTCTGTTACTCTGTCTTTGTAGCAGAGTCATAGG
ATTAGAGACTTCGAGGAATAATAAGTACATTTTGTGAG

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3BG42TF 764 0 0
G
GAGGTCGGATCAGTTCTTGGCGAGAGGTTTGGTGAGGACGAAAGAGAGCAAGGAGAAGAT
CGGTGGAGAGGAGGAAGTGTTCGTCGGAGATATTCGAGACCTTGAAGCCATTGCTCCTGC
TGTTCAAGGGATTGATGCTTTGGTCATTCTTACGAGCGCTGTACCGAAGATGAAACCTGG
TTTTGATCCTAGCAAAGGAGAGAGACCTGAGTTCTACTTTGAAGAAGGAGCTTATCCTGA
ACAGGTTGATTGGATTGGCCAGAAGAATCAGATAGATGCCGCTAAGGCAGCTGGAGTTAA
GCAGATTGTTTTGGTCGGGTCGATGGGAGGAACAAACATAAACAACCCCTTGAATAGCAT
TGGCAATGCCAACATTCTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAGCAGTACTTGGCTGACTCCGG
TATTCCATACACCATCATCAGGGCGGGTGGTCTGCAGGACAAGGAAGGTGGCATCCGGGA
ACTAATTGTGGGGAAAGATGACGAGATTCTTGAGACAGAGACGAGAACAATAGCAAGGGC
TGATGTTGCAGAAGTCTGCGTTCAGGCGTTGCAGCTCGAGGAGTCAAAGTTTAAAGCACT
TGATCTGGCCTCAAAGCCTGAGGGAACAGGCACCCCAACAAAGGATTTCAAGGCACTTTT
CGCTCAAGTTACCGCTCGGTTCTAATCTTCTGTTACTCTGTCTTTGTAGCAGAGTCATAG
GATTAGAGACTTCGAGGAATAATAAATACATTTTGTGAGATAC

QA 2 764 2 764
DS 



CO CL238Contig2 819 2 6 U
GGTATCAAATTTCAAAGGCTTTTGATATTATCTAGAATCTTTAGAGGAAGACTACTTCAG
AAATATAGAAAGAGCCGATTCAGACGAGTGTATCTCACAAAATGTACTTATTATTCCTCG
AAGTCTCTAATCCTATGACTCTGCTACAAAGACAGAGTAACAGAAGATTAGAACCGAGCG
GTAACTTGAGCGAAAAGTGCCTTGAAATCCTTTGTTGGGGTGCCTATTCCCTCAGGCTTT
GAGGCCAGATCAAGTGCTTTAAACTTTGCCTCCTCGAGCTGCAACGCCTGAACGCAGACT
TCTGCAACATCAGCCCTTGCTATTGTTCTCGTCTCTGTCTCAAGAATCTCGTCATCTTTT
CCCACAATTAGTTCCCGGATGCCACCTTACTTGTCCTGCAAACCACCCGCCCTGATGATG
GTGTATGGAATACCGGAGTCAGCCAAGTACTGCTCAGCTTTCCTCTTCCAAACCAGAATG
TTGGCATTGCCAATGCTATTCAAGGGGTTGTTTATGTTTGTTCCTCCCATCGACCCGACC
AAAACAATCTGCTTAACTCCAGCTGCCTTAGCGGCATCTATCTGATTCTTCTGACCAATC
CAATCAACCTGTTCAGGATAAGCTCCTTCTTCAAAGTAGAACTCAGGTCTCTCTCCTTTG
CTAGGATCAAAACCAGGCTTCATCTTCGGTACAGCGCTCGTAAGAATGACCAAAGCATCA
ATCCCTTGAACAGCAGGAGCAATGGCTTCAAGGTCTCGAATGTCTCCAACGAACACTTCC
TCCTCTCCACCGATCTTCTCCTTGCTATCTTTCGTCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR33JQ U 1
AF RR3CG43JQ U 13
BS 1 53 RR3GR33JQ
BS 54 54 RR3CG43JQ
BS 55 400 RR3GR33JQ
BS 401 401 RR3CG43JQ
BS 402 720 RR3GR33JQ
BS 721 819 RR3CG43JQ

RD RR3GR33JQ 720 0 0
GGTATCAAATTTCAAAGGCTTTTGATATTATCTAGAATCTTTAGAGGAAGACTGCTTCAG
AAATATAGAAAGAGCCGATTCAGACGAGTGTATCTCACAAAATGTACTTATTATTCCTCG
AAGTCTCTAATCCTATGACTCTGCTACAAAGACAGAGTAACAGAAGATTAGAACCGAGCG
GTAACTTGAGCGAAAAGTGCCTTGAAATCCTTTGTTGGGGTGCCTATTCCCTCAGGCTTT
GAGGCCAGATCAAGTGCTTTAAACTTTGCCTCCTCGAGCTGCAACGCCTGAACGCAGACT
TCTGCAACATCAGCCCTTGCTATTGTTCTCGTCTCTGTCTCAAGAATCTCGTCATCTTTT
CCCACAATTAGTTCCCGGATGCCACCTTACTTGTCCTGCAGACCACCCGCCCTGATGATG
GTGTATGGAATACCGGAGTCAGCCAAGTACTGCTCAGCTTTCCTCTTCCAAACCAGAATG
TTGGCATTGCCAATGCTATTCAAGGGGTTGTTTATGTTTGTTCCTCCCATCGACCCGACC
AAAACAATCTGCTTAACTCCAGCTGCCTTAGCGGCATCTATCTGATTCTTCTGACCAATC
CAATCAACCTGTTCAGGATAAGCTCCTTCTTCAAAGTAGAACTCAGGTCTCTCTCCTTTG
CTAGGATCAAAACCAGGCTTCATCTTCGGTACAGCGCTCGTAAGAATGACCAAAGCATCA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3CG43JQ 807 0 0
CG
AAGGCTTTTGATATTATCTAGAATCTTTAGAGTAAGACTACTTCAGAAATATAGAAAGAG
CCGATTCAGACGAGTGTATCTCACAAAATGTACTTATTATTCCTCGAAGTCTCTAATCCT
ATGACTCTGCTACAAAGACAGAGTAACAGAAGATTAGAACCGAGCGGTAACTTGAGCGAA
AAGTGCCTTGAAATCCTTTGTTGGGGTGCCTGTTCCCTCAGGCTTTGAGGCCAGATCAAG
TGCTTTAAACTTTGCCTCCTCGAGCTG*********AACGCAGACTTCTGCAACATCAGC
CCTTGCTATTGTTCTCGTCTCTGTCTCAAGAATCTCGTCATCTTTTCCCACAATTAGTTC
CCGGATGCCACCTTCCTTGTCCTGCAAACCACCCGCCCTGATGATGGTGTATGGAATACC
GGAGTCAGCCAAGTACTGCTCAGCTTTCCTCTTCCAAACCAGAATGTTGGCATTGCCAAT
GCTATTCAAGGGGTTGTTTATGTTTGTTCCTCCCATCGACCCGACCAAAACAATCTGCTT
AACTCCAGCTGCCTTAGCGGCATCTATCTGATTCTTCTGACCAATCCAATCAACCTGTTC
AGGATAAGCTCCTTCTTCAAAGTAGAACTCAGGTCTCTCTCCTTTGCTAGGGTCAAAACC
AGGTTTCATCTTCGGTACAGCGCTCGTAAGAATGACCAAAGCATCAATCCCTTGAACAGC
AGGAGCAATGGCTTCAAGGTCTCGAATGTCTCCAACGAACACTTCCTCCTCTCCACCGAT
CTTCTCCTTGCTATCTTTCGTCCTC

QA 3 807 3 807
DS 



AS 1 5

CO CL239Contig1 921 5 11 U
TGCCAGCTCCCCGCCGTCCCTCTCTAGCAAAATGGCACCCAAAAAGGGAGTGAAAGCTGT
TGCCAAGAAGAAAACGGAGAAGGTGACGAATCCATTGTTTGAGAGAAGGCCAAAGCAATT
CGGTATCGGAGGAGCTTTGCCTCCTAAGAAGGACTTGACTCGTTACATCAAATGGCCCAA
GTCCATCCGTCTCCAGAGGCAGAAGCGTATCCTTAAGCAGAGGCTCAAGGTCCCTCCTGC
TTTGAACCGGTTCACCAAGACTCTTGACAAGAACCTTGCAACCCAGCTTTTCAAGGTTCT
TATGAAGTACAGGCCAGAGGACAAGGCTGCAAAGAAGGATCGTCTTTTGAAAAAGGCTCA
AGCCGAGGCTGAGGGAAAGCCTTCTGAATCCAAGAAGCCCATCGTCGTCAAGTATGGTCT
CAACCACGTGACTTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCACAGCTTGTTGTCATTGCTCACGA
TGTTGACCCCATCGAGCTGGTCGTCTGGTTACCTGCTCTTTGCAGAAAGATGGAAGTGCC
TTACTGCATTGTCAAAGGCAAATCTCGCCTTGGAACGGTTGTTCATCAGAAGACTGCTGC
TTGCTTGTGCTTGACCACTGTCAAGAATGAGGACAAGCTCGAGTTCAGCAAAATCCTTGA
AGCCATCAAGGCAAACTTCAACGACAAGTACGAGGAGTACAGGAAGAAGTGGGGAGGAGG
GATTATGGGATCCAAGTCTCAAGCCAAGACCAAAGCTAA*GGAGAGGGTTCTTGCCAAGG
AGGCTGCCCAGCGAATGAACTAAGCAGAAACTTTATTATGATTGTGGTTTTGTTTAGCGG
TTTCATGAAATACTCTGAAACTTTATGCTCTTGCTATCAATGTTTCACACTTGAGGATAT
TATATGCAGTTTTGCTATACA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE37TF U 1
AF RR3BN63TF U 1
AF RR3AJ21TF U 1
AF RR3BN63JQ C 192
AF RR3AJ21JQ C 408
BS 1 248 RR3AJ21TF
BS 249 249 RR3BN63TF
BS 250 353 RR3AJ21TF
BS 354 354 RR3EE37TF
BS 355 668 RR3AJ21TF
BS 669 669 RR3BN63TF
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BS 783 903 RR3BN63JQ
BS 904 921 RR3AJ21JQ

RD RR3EE37TF 665 0 0
TGCCAGCTCCCCGCCGTCCCTCTGTAGCAA**TGGCACCAAAAAAGGGAGTGAAAGTTGT
TGCCAAGAAAAAAACGGAGAAGGTGACGAATCCATTGTTTGAGAGAAGGCCAAAGCAATT
CGGTATCGGTGGTGCTTTGCCTCCTAAGAAGGACTTGACTCGTTACATCAAATGGCCCAA
GTCCATCCGTCTTCAAAGGCAGAAGCGTATCCTCAAGCAGAGGCTTAAGGTCCCTCCTGC
TTTGAACCAGTTCACCAAGACTCTTGACAAGAACCTTGCAACCCAGCTTTTCAAGGTTCT
TATGAAGTACAGGCCAGAGGACAAGGCTGCAAAGAAAGATCGTCTTTTGAAAAAGGCACA
AGCCGAGGCTGAGGGAAAGCCTTCTGAATCCAAGAAGCCCATTGTCGTCAAGTATGGTCT
CAACCACGTGACTTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCACAGCTTGTTGTCATTGCTCATGA
TGTTGACCCCATCGAGCTGGTCGTCTGGTTACCTGCTCTTTGCAGAAAGATGGAAGTTCC
TTACTGCATTGTCAAAGGCAAATCTCGTCTTGGAACGGTTGTTCATCAGAAGACTGCTGC
TTGCTTGTGCTTGACCACTGTCGAGAACGAGGACAAGCTCGAGTTCAGCAAAATCCTTGA
AGCCA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3BN63TF 695 0 0
TGCCAGCTCCCCGCCGTCCCTCTCTAGCAAAATGGCACCCAAAAAGGGAGTGAAAGCTGT
TGCCAAGAAGAAAACGGAGAAGGTGACGAATCCATTGTTTGAGAGAAGGCCAAAGCAATT
CGGTATCGGAGGAGCTTTGTCTCCTAAGAAGGACTTGGCTCGTTACATCAAATGGCCCAA
GTCC**CCGTCTCCAGAGGCAGAAGCGTATCCTTAAGCAGAGGCTCAAGGTCCCTCCTGC
TTTGAACCGGTTCACCAAGACTCTTGACAAGAACCTTGCAACCCAGCTTTTCAAGGTTCT
TATGAAGTACAGGCCAGAGGACAAGGCTGCAAAGAAGGATCGTCTTTTGAAAAAGGCTCA
AGCCGAGGCTGAGGGAAAGCCTTCTGAATCCAAGAAGCCCATCGTCGTCAAGTATGGTCT
CAACCACGTGACTTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCACAGCTTGTTGTCATTGCTCACGA
TGTTGACCCCATCGAGCTGGTCGTCTGGTTACCTGCTCTTTGCAGAAAGATGGAAGTGCC
TTACTGCATTGTCAAAGGCAAATCTCGCCTTGGAACGGTTGTTCATCAGAAGACTGCTGC
TTGCTTGTGCTTGACCACTGTCAAGAATGAG*ACAAGCTCGGGTTCAGCAAA*TCCTTGA
AGCCATCAAG*CAAACTTCA
CGACAGTACGAGAGT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3AJ21TF 782 0 0
TGCCAGCTCCCCGCCGTCCCTCTCTAGCAAAATGGCACCCAAAAAGGGAGTGAAAGCTGT
TGCCAAGAAGAAAACGGAGAAGGTGACGAATCCATTGTTTGAGAGAAGGCCAAAGCAATT
CGGTATCGGAGGAGCTTTGCCTCCTAAGAAGGACTTGACTCGTTACATCAAATGGCCCAA
GTCCATCCGTCTCCAGAGGCAGAAGCGTATCCTTAAGCAGAGGCTCAAGGTCCCTCCTGC
TTTGAACCAGTTCACCAAGACTCTTGACAAGAACCTTGCAACCCAGCTTTTCAAGGTTCT
TATGAAGTACAGGCCAGAGGACAAGGCTGCAAAGAAGGATCGTCTTTTGAAAA*GGCTCA
AGCCGAGGCTGAGGGAAAGCCTTCTGAATCCAAGAAGCCCATCGTCGTCAAGTATGGTCT
CAACCACGTGACTTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCACAGCTTGTTGTCATTGCTCACGA
TGTTGACCCCATCGAGCTGGTCGTCTGGTTACCTGCTCTTTGCAGAAAGATGGAAGTGCC
TTACTGCATTGTCAAAGGCAAATCTCGCCTTGGAACGGTTGTTCATCAGAAGACTGCTGC
TTGCTTGTGCTTGACCACTGTCAAGAATGAGGACAAGCTCGAGTTCAGCAAAATCCTTGA
AGCCATCAGGGCAAACTTCAACGACAAGTACGAGGAGTACAGGAAGAAGTGGGGAGGAGG
GATTATGGGATCCAAGTCTCAAGCCAAGACCAAAGCTAAAGGAGAGGGTTCTTGCCAAGG
AG

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3BN63JQ 724 0 0
TCCAGAGGCAGAAGCGTATCCTTAAGCAGAGGCTCAAGGTCCCTCCTGCTTTGAACCGGT
TCACCAAGACTCTTGACAAGAACCTTGCAACCCAGCTTTTCAAGGTTCTTATGAAGTACA
GGCCAGAGGACAAGGCTGCAAAGAAGGATCGTCTTTTGAAAAAGGCTCAAGCCGAGGCTG
AGGGAAAGCCTTCTGAATCCAAGAAGCCCATCGTCGTCAAGTATGGTTTCAACCACGTGA
CTTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCACAGCTTGTTGTCATTGCTCACGATGTTGACCCCA
TCGAGCTGGTCGTCTGGTTACCTGCTCTTTGCAGAAAGATGGAAGTGCCTTACTGCATTG
TCAAAGGCAAATCTCGCCTTGGAACGGTTGTTCATCAGAAGACTGCTGCTTGCTTGTGCT
TGACCACTGTCAAGAATGAGGACAAGCTCGGGTTCAGCAAAATCCTTGAAGCCATCAAGG
CAAACTTCAACGACAAGTACGAGGAGTACAGGAAGAAGTGGGGAGGAGGGATTATGGGAT
CCAAGTCTCAAGCCAAGACCAAAGCTAA*GGAGAGGGTTCTTGCCAAGGAGGCTGCCCAG
CGAATGAACTAAGCAGAAACTTTATTATGATTGTGGTTTTGTTTAGCGGTTTCATGAAAT
ACTCTGAAACTTTATGCTCTTGCTATCAATGTTTCACACTTGAGGATATTAT
ATGCAGTTTTGC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3AJ21JQ 514 0 0
TCAAGTATGGTTTCAACCACGTGACTTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCACAGCTTGTTG
TCATTGCTCACGATGTTGACCCCATCGAGCTGGTTGTTTGGTTACCTGCTCTTTGCAGAA
AGATGGAAGTGCCTTACTGCATTGTCAAAGGCAAATTTCGCCTTGGAACGGTTGTTCATC
AGAAGACTGCTGCTTGCTTGTGCTTGACCACTGTCAAGAATGAGGACAAGCTCGAGTTCA
GCAAAATCCTTGAAGCCATCAGGGCAAACTTCAACGACAAGTACGAGGAGTACAGGAAGA
AGTGGGGAGGAGGGATTATGGGATCCAAGTCTCAAGCCAAGACCAAAGCTAA*GGAGAGG
GTTCTTGCCAAGGAGGCTGCCCAGCGAATGAACTAAGCAGAAACTTTATTATGATTGTGG
TTTTGTTTAGCGGTTTCATGAAATACTTTGAAACTT*ATGCTCTTGCTATCAATGTTTCA
CACTTGAGGATATTATATGCAGTTTTGCTATACA

QA 1 514 1 514
DS 



AS 2 11

CO CL240Contig1 795 8 6 U
TTTTTTAAGCACATGAAGAATACATTATACACATGGTAACACGTTTGATTCATCAGTTAT
AAACAGTTTTCATCAAATATCATATCATCATTTTTTT*GTAAGAATCAACATCTTATCTT
GTGGCGATATCATTCTTCTCGACGGTGAAATCCCAGATATCACCATACTTGTCATTAAAG
TCCCAAATGCTCATACTGTTGTAGTCATTAATGAGCTTGTCACGAGCTCC*TCTCTCCAT
TTTGTAAATCTGAGGTTCGAAGTTGTGGGG*CATGTCTGGTTTATCCATCTCTATTATAC
AGAACACTATGGTAAACAAACCCGCACCTATGAACAAGTACTCACCCGG*AGCATCAAAA
TACATCCCAGACGCAATAGCAGGAAGAAACAA*CCAAGAGATTAAACCTTGAAACCCAGA
TGGAGGATCCACAGCAGCAATATCATCTGCAATTGCTCCCCAAAACGTTCCCTTTTCAAC
TTCTCCTTCGTAATAAGTGTGAGCTCCATCGTAATACCCATACTTGAAATCCTCCATTTC
AATACTGTTAAGCTCGAACTGACCAATGGGATCCTCGTTGATATCTGGTTCTATCTGCGA
CAGTCCAGCCGCAGAGACCAGCTTCGCTAGCTTCAATCTCCGGCAAGAGGAGGAACTCAC
ACATTTCACAGCGTTGGGAGAGAAACCGGCGGTCTGATCAGAAACACTAACTCCGAGTTT
CGAGTTGATGATTTTTGGGATTGATTTGGGAGAGAGAATCGTGACCGTTGAATTAATGGT
TGCCATTGTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 45 45 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 35 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 50 20 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 20 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 

AF RR3CM17TF C 100
AF RR3EA46JQ U 29
AF RR3CK55JQ U 7
AF RR3CZ90JQ U 1
AF RR3CM17JQ U 30
AF RR3EA46TF C 30
AF RR3CZ90TF C 53
AF RR3CK55TF C 102
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BS 288 615 RR3CZ90JQ
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BS 617 793 RR3CZ90JQ
BS 794 795 RR3EA46TF

RD RR3CM17TF 452 0 0
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TCACCATACTTGTCATTGAAGTCCCAAATGCTCATAGTGTTGTAGTCATTAATGAGCTTG
TCACGAGCTCC*TCTCTCCATTTTGTAAATCTGAGGTTCGAAGTTGTGGGGGCATGTCTG
GTTTATCCATCTCTATTATACAGAACACTATGGTAAACAAACCCGCACCTATGAACAAGT
ACTCACCCGGGAGCATCAAAATACATCCCAGCCGCAATAGCAGGAAGAAACAAACCAAGA
GATTAAACCTTGAAACCCAGATGGAGGATCCACAGCAGCAATATCATCTGCAATTGCTCC
CCAAAACGTTCCCTTTTCAACTTCTCCTTCGTAATAAGTGTGAGCTCCATCGTAATAACC
ATACTTGAAATCCTCCATTTCAATACTGTTAA

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR3EA46JQ 722 0 0
G
CACATGGTAACACGTTTGATTCATCAGTTATAAACAGTTTTCATCAAATATCATATCATC
ATTTTTTTTGTAGGAATCAACATCTTATCTTGTGGCGATATCATTCTTCTCGACGGTGAA
ATCCCAGATATCACCATACTTGTCATTAAAGTCCCAAATGCTCATACTGTTGTAGTCATT
AATGAGCTTGTCACGAGCTCC*TCTCTCCATTTTGTAAATATGAGGTTCGAAGTTGTGGG
G*CATGTCTGGTTTATCCATCTCTATTATACAGAACACTATGGTAAACAAACCCGCACCT
ATGAACAAGTACTCACCCGG*AGCATCAAAATACATCCCAGCCGCAA*AGCAGGAAGAAA
CAA*CCAAGAGATTAAACCTTGAAACCCAGATGGAGGATCCACAGCAGCAATATCATCTG
CGATTGCTCCCCAAAACGTTCCCTTTTCAACTTCTCCTTCGTAATAAGTGTGAGCTCCAT
CGTAATACCCATACTTGAAATCCTCCATTTCAATACTGTTAAGCTCGAACTGACCAATGG
GATCCTCGTTGATATCTGGTTCTATCTGCGACAGTCCAGCCGCAGAGACCAGCTTCGCTA
GCTTCAATCTCCGGCAAGAGGAGGAACTCACACATTTCACAGCGTTGGGAGAGAAACCGG
CGGTCTGATCAGAAACACGAACTCCGAGTTTCGAGTTGATGATTTTTGGGATTGATTTGG
G

QA 2 722 2 722
DS 

RD RR3CK55JQ 731 0 0
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TTTTCATCAAATATCATATCATCATTTTTTT*GTAAGAATCAACATCTTATCTTGTGGCG
ATATCATTCTTCTCGACGGTGAAATCCCAGATATCACCATACTTGTCATTAAAGTCCCAA
ATGCTCATACTGTTGTAGTCATTAATGAGCTTGTCACGAGCTCC*TCTCTCCATTTTGTA
AATCTGAGGTTCGAAGTTGTGGGG*CATGTCTGGTTTATC*ATCTCTATTATACAGAACA
CTATGGTAAACAAACCCGCACCTATGAACAAGTACTCACCCGG*AGCATCAAAATACATC
CCAGACGCAATAGCAGGAAGAAACAA*CCAAGAGATTAAACCTTGAAACCCAGATGGAGG
ATCCACAGCAGCAATATCATCTGCAATTGCTCCCCAAAACGTTCCCTTTTCAACTTCTCC
TTCGTAATAAGTGTGAGCTCCATCGTAATACCCATACTTGAAATCCTCCATTTCAATACT
GTTAAGCTCGAACTGACCAATGGGATCCTCGTTGATATCTGGTTCTATCTGCGACAGTCC
AGCCGCAGAGACCAGCTTCGCTAGCTTCAATCTCCGGCAAGAGGAGGAACTCACACATTT
CACAGCGTTGGGAGAGAAACCGGCGGTCTGATCAGAAACACTAACTCCGAGTTTCGAGTT
GATGATTTTTG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3CZ90JQ 793 0 0
TTTTTTAAGCACATGAAGAATACATTATACACATGGTAACACGTTTGATTCATCAGTTAT
AAACAGTTTTCATCAAATATCATATCATCATTTTTTT*GTAAGAATCAACATCTTATCTT
GTGGCGATATCATTCTTCTCGACGGTGAAATCCCAGATATCACCATACTTGTCATTAAAG
TCCCAAATGCTCATACTGTTGTAGTCATTAATGAGCTTGTCACGAGCTCC*TCTCTCCAT
TTTGTAAATCTGAGGTTCGAAGTTGTGGGG*CATGTCTGGTTTATC*ATCTCTATTATAC
AGAACACTATGGTAAACAAACCCGCACCTATGAACAAGTACTCACCCGG*AGCATCAAAA
TACATCCCAGACGCAATAGCAGGAAGAAACAA*CCAAGAGATTAAACCTTGAAACCCAGA
TGGAGGATCCACAGCAGCAATATCATCTGCAATTGCTCCCCAAAACGTTCCCTTTTCAAC
TTCTCCTTCGTAATAAGTGTGAGCTCCATCGTAATACCCATACTTGAAATCCTCCATTTC
AATACTGTTAAGCTCGAACTGACCAATGGGATCCTCGTTGATATCTGGTTCTATCTGCGA
CAGTCCAGCCGCAGAAACCAGCTTCGCTAGCTTCAATCTCCGGCAAGAGGAGGAACTCAC
ACATTTCACAGCGTTGGGAGAGAAACCGGCGGTCTGATCAGAAACACTAACTCCGAGTTT
CGAGTTGATGATTTTTGGGATTGATTTGGGAGAGAGAATCGTGACCGTTGAATTAATGGT
TGCCATTGTTTTT

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3CM17JQ 764 0 0
CACATGGTAACACGTTTCATTCATCATTTATAAACAGTTTTCATCAAATATCATATCATC
ATTTTTTT*GTAAGAATCAACATCTTATCTTGTGGCGATATAATTCTTCTCGACGGTGAA
ATCCCAGATATCACCATACTTGTCATTGAAGTCCCAAATGCTCATAGTGTTGTAGTCATT
AATGAGCTTGTCACGAGCTCC*TCTCTCCATTTTGTAAATCTGAGGTTCGAAGTTGTGGG
G*CATGTCTGGTTTATCCATCTCTATTATACAGAACACTATGGTAAACAAACCCGCACCT
ATGAACAAGTACTCACCCGG*AGCATCAAAATACATCCCAGCCGCAATAGCAGGAAGAAA
CAA*CCAAGAGATTAAACCTTGAAACCCAGATGGAGGATCCACAGCAGCAATATCATCTG
CAATTGCTCCCCAAAACGTTCCCTTTTCAACTTCTCCTTCGTAATAAGTGTGAGCTCCAT
CGTAATAACCATACTTGAAATCCTCCATTTCAATACTGTTAAGCTCGAACTGACCAATGG
GATCTTCGTTGATATCTGGTTCGATCTGCGACAGTCCAGCCGCAGAGACCAGCTTCGCTA
GCTTCAATCTCCGGCAAGAGGAGGAACTGACACATTTCACAACGTTGGGAGAGAAACCGG
CGGTCTGATCAGAAAGACTAACTCCGAGTTTCGAGTTGATGATCTTTGGGATCGATTTGG
GAGAGAGAATCGTGACCGTTGAATTAATGGTTGCCATTGTTTTT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3EA46TF 766 0 0
GCACAT
GTAACACGTTTGATTCATCAGTTATAAACAGTTT*CATCAAATATCATATCATCATTTTT
TT*GTAGGAATCAACATCT*ATCTTGTGGCGATATCAT*CTTCTCGACGGTGAAATCCCA
GATATCACCATACTTGTCATTAAAGTCCCAAATGCTCATACTGTTGTAGTCATTAATGAG
CTTGTCACGAGCTCC*TCTCTCCATTTTGTAAATATGAGGTTCGAAGTTGTGGGG*CATG
TCTGGTTTATCCATCTCTATTATACAGAACACTATGGTAAACAAACCCGCACCTATGAAC
AAGTACTCACCCGG*AGCATCAAAATACATCCCAGCCGCAA*AGCAGGAAGAAACAA*CC
AAGAGATTAAACCTTGAAACCCAGATGGAGGATCCACAGCAGCAATATCATCTGCGATTG
CTCCCCAAAACGTTCCCTTTTCAACTTCTCCTTCGTAATAAGTGTGAGCTCCATCGTAAT
ACCCATACTTGAAATCCTCCATTTCAATACTGTTAAGCTCGAACTGACCAATGGGATCCT
CGTTGATATCTGGTTCTATCTGCGACAGTCCAGCCGCAGAGACCAGCTTCGCTAGCTTCA
ATCTCCGGCAAGAGGAGGAACTCACACATTTCACAGCGTTGGGAGAGAAACCGGCGGTCT
GATCAGAAACACGAACTCCGAGTTTCGAGTTGATGATTTTTGGGATTGATTTGGGAGAGA
GAATCGTGACCGTTGAATTAATGGTTGCCATTGTTTTTTT

QA 7 766 7 766
DS 

RD RR3CZ90TF 743 0 0
TCAGTTATAAACAGTTT*CATCAAATATCATATCATCATTTTTT**GTAAGAATCAACAT
CTTATCTTGTGGCGATATCAT*CTTCTCGACGGTGAAATCCCAGATATCACCATACTTGT
CATTAAAGTCCCAAATGCTCATACTGTTGTAGTCATTAATGAGCTTGTCACGAGCTCC*T
CTCTCCATTTTGTAAATCTGAGGTTCGAAGTTGTGGGG*CATGTCTGGTTTATC*ATCTC
TATTATACAGAACACTATGGTAAACAAACCCGCACCTATGAACAAGTACTCACCCGG*AG
CATCAAAATACATCCCAGACGCAATAGCAGGAAGAAACAA*CCAAGAGATTAAACCTTGA
AACCCAGATGGAGGATCCACAGCAGCAATATCATCTGCAATTGCTCCCCAAAACGTTCCC
TTTTCAACTTCTCCTTCGTAATAAGTGTGAGCTCCATCGTAATACCCATACTTGAAATCC
TCCATTTCAATACTGTTAAGCTCGAACTGACCAATGGGGTCCTCGTTGATATCTGGTTCT
ATCTGCGACAGTCCAGCCGCAGAGACCAGCTTCGCTAGCTTCAATCTCCGGCAAGAGGAG
GAACTCACACATTTCACAGCGTTGGGAGAGAAACCGGCGGTCTGATCAGAAACACTAACT
CCGAGTTTCGAGTTGATGATTTTTGGGATTGATTTGGGAGAGAGAATCGTGACCGTTGAA
TTAATGGTTGCCATTGTTTTTTT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3CK55TF 694 0 0
AGAATCAACATCTTATCT*GTGGCGATATCAT*CTTCTCGACGGTGAAATCCCAGATATC
ACCATACTTGTCAT*AAAGTCCCAAATGCTCATACTGTTGTAGTCATTAATGAGCTTGTC
ACGAGCTCCCTCTCTCCATTTTGTAAATCTGAGGTTCGAAGTTGTGGGG*CATGTCTGGT
TTATC*ATCTCTATTATACAGAACACTATGGTAAACAAACCCGCACCTATGAACAAGTAC
TCACCCGG*AGCATCAAAATACATCCCAGACGCAATAGCAGGAAGAAACAA*CCAAGAGA
TTAAACCTTGAAACCCAGATGGAGGATCCACAGCAGCAATATCATCTGCAATTGCTCCCC
AAAACGTTCCCTTTTCAACTTCTCCTTCGTAATAAGTGTGAGCTCCATCGTAATACCCAT
ACTTGAAATCCTCCATTTCAATACTGTTAAGCTCGAACTGACCAATGGGATCCTCGTTGA
TATCTGGTTCTATCTGCGACAGTCCAGCCGCAGAGACCAGCTTCGCTAGCTTCAATCTCC
GGCAAGAGGAGGAACTCACACATTTCACAGCGTTGGGAGAGAAACCGGCGGTCTGATCAG
AAACACTAACTCCGAGTTTCGAGTTGATGATTTTTGGGATTGATTTGGGAGAGAGAATCG
TGACCGTTGAATTAATGGTTGCCATTGTTTTTTT

QA 1 694 1 694
DS 



CO CL240Contig2 925 3 2 U
GAACTTTTTGAACAAATTAAGAAACAGAATCCTATAACATTCTAGGAAGGTTTGAAGAGA
CTAGTGAAGCACATGAAGAATACATTATACACATGGTAACACGTTTGATTCATCAGTTAT
AAACAGTTTTCATCAAATATCATATCATCATTTTTTTGTAAGAATCAACATCTTATCTTG
TGGCGATATCATTCTTCTCGACGGTGAAATCCCAGATATCACCATACTTGTCATTAAAGT
CCCAAATGCTCATACTGTTGTAGTCATTAATGAGCTTGTCACGAGCTCCTCTCTCCATTT
TGTAAATCTGAGGTTCGAAGTTGTGGGGCATGTCTGGTTTATCCATCTCTATTATACAGA
ACACTATGGTAAACAAACCCGCACCTATGAACAAGTACTCACCCGGAGCATCAAAATACA
TCCCAGCCGCAATAGCAGGAAGAAACAACCGAGAGATTAAACCTTGAAACCCAGATGGAG
GATCCACAGCAGCAATATCATCTGCAATTGCTCCCCAAAACGTTCCTAAAGAAGAAGAAC
AAAAACATTCAAAAGGATTCAAGAAACCGAACAAGAAGAAGGAAAGAAAAAAAAGGCAAC
CCTTTTCAACTTCTCCTTCGTAATAAGTGTGAGCTCCATCGTAATACCCATACTTGAAAT
CCTCCATTTCAATACTGTTAAGCTCGAACTGACCAATGGGATCCTCGTTGATATCTGGTT
CTATCTGCGACAGTCCAACCGCAGAGACCAGCTTCGCTAGCTTCAATCTCCGGCAAGAGG
AGGAACTCACACATTTCACAGCGTTGGGAGAGAAGCCGGCGGTCTGATCAGAAACACTAA
CTCCGAGTTTCGAGTTGATGATTTTTGGGATTGATTTGGGAGAGAGAATCGTGACCGTTG
AATTAATGGTTGCCATTGTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ32JQ U 89
AF RR3EB69JQ U 1
AF RR3EB69TF C 389
BS 1 594 RR3EB69JQ
BS 595 925 RR3EB69TF

RD RR3FQ32JQ 443 0 0
G
CACATGGTAACACGTTTGATTCATCAGTTATAAACAGTTTTCATCAAATATCATATCATC
ATTTTTTTGTAAGAATCAACATCTTATCTTGTGGCGATATCATTCTTCTCGACGGTGAAA
TCCCAGATATCACCATACTTGTCATTAAAGTCCCAAATGCTCATACTGTTGTAGTCATTA
ATGAGCTTGTCACGAGCTCCTCTCTCCATTTTGTAAATCTGAGGTTCGAAGTTGTGGGGC
ATGTCTGGTTTATCCATCTCTATTATACAGAACACTATGGTAAACAAACCCGCACCTATG
AACAAGTACTCACCCGGAGCATCAAAATACATCCCAGCCGCAATAGCAGGAAGAAACAAC
CAAGAGATTAAACCTTGAAACCCAGATGGAGGATCCACAGCAGCAATATCATCTGCAATT
GCTCCCCAAAACGTTCCC
CTTT

QA 2 439 2 439
DS 

RD RR3EB69JQ 594 0 0
GAACTTTTTGAACAAATTAAGAAACAGAATCCTATAACATTCTAGGAAGGTTTGAAGAGA
CTAGTGAAGCACATGAAGAATACATTATACACATGGTAACACGTTTGATTCATCAGTTAT
AAACAGTTTTCATCAAATATCATATCATCATTTTTTTGTAAGAATCAACATCTTATCTTG
TGGCGATATCATTCTTCTCGACGGTGAAATCCCAGATATCACCATACTTGTCATTAAAGT
CCCAAATGCTCATACTGTTGTAGTCATTAATGAGCTTGTCACGAGCTCCTCTCTCCATTT
TGTAAATCTGAGGTTCGAAGTTGTGGGGCATGTCTGGTTTATCCATCTCTATTATACAGA
ACACTATGGTAAACAAACCCGCACCTATGAACAAGTACTCACCCGGAGCATCAAAATACA
TCCCAGCCGCAATAGCAGGAAGAAACAACCGAGAGATTAAACCTTGAAACCCAGATGGAG
GATCCACAGCAGCAATATCATCTGCAATTGCTCCCCAAAACGTTCCTAAAGAAGAAGAAC
AAAAACATTCAAAAGGATTCAAGAAACCGAACAAGAAGAAGGAAAGAAAAAAAA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3EB69TF 537 0 0
GAACAAGTACTCACCCGGAGCATCAAAATACATCCCAGCCGCAATAGCAGGAAGAAACAA
CCGAGAGATTAAACCTTGAAACCCAGATGGAGGATCCACAGCAGCAATATCATCTGCAAT
TGCTCCCCAAAACGTTCCTAAAGAAGAAGAACAAAAACATTCAAAAGGATTCAAGAAACC
GAACAAGAAGAAGGAAAGAAAAAAAAGGCAACCCTTTTCAACTTCTCCTTCGTAATAAGT
GTGAGCTCCATCGTAATACCCATACTTGAAATCCTCCATTTCAATACTGTTAAGCTCGAA
CTGACCAATGGGATCCTCGTTGATATCTGGTTCTATCTGCGACAGTCCAACCGCAGAGAC
CAGCTTCGCTAGCTTCAATCTCCGGCAAGAGGAGGAACTCACACATTTCACAGCGTTGGG
AGAGAAGCCGGCGGTCTGATCAGAAACACTAACTCCGAGTTTCGAGTTGATGATTTTTGG
GATTGATTTGGGAGAGAGAATCGTGACCGTTGAATTAATGGTTGCCATTGTTTTTTT

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 12

CO CL241Contig1 643 12 17 U
GGACGAACAACCCTAAGTCATTTGGGGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTA
TTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGATTTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCG
TGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGAAAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTC
CAAGCCCGTCGATGACAAGATCATGGAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAG
GATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGTGCCCTCGGTGACTCCGTCACAATCACCCGTGAGAA
GAACAAGATCACTGTCACTTCTGATGGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGAC
GAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAATGTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAA
GGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGA
AGACTAGAAGAACTACACTACTGTTTCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGT
ACAATTTATCTTGGTCCTCCTATTGTTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTT
AAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGTTTGAGAAAAAAATTAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 5 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 40 70 70 70 70 0 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 0 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 0 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 40 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 0 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
0 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 55 55 55 55 40 40 35 35 35 35 35 35 35 

AF RR3AT47TF U 1
AF RR3AT47JQ C 164
AF RR3A658TF U 26
AF RR3FY94TF U 26
AF RR3AS87JQ C 26
AF RR3CA44JQ C 73
AF RR3CA44TF U 26
AF RR3CO09JQ C 26
AF RR3ES36JQ C 38
AF RR3ES36TF U 26
AF RR3CO09TF U 26
AF RR3AS87TF U 26
BS 1 25 RR3AT47TF
BS 26 27 RR3A658TF
BS 28 106 RR3AT47TF
BS 107 107 RR3A658TF
BS 108 256 RR3AT47TF
BS 257 257 RR3A658TF
BS 258 267 RR3AT47TF
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BS 269 446 RR3AT47TF
BS 447 447 RR3A658TF
BS 448 558 RR3AT47TF
BS 559 559 RR3A658TF
BS 560 600 RR3AT47TF
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BS 602 634 RR3AT47TF
BS 635 636 RR3CA44TF
BS 637 643 RR3CO09TF

RD RR3AT47TF 634 0 0
GGACGAACAACCCTAAGTCATTTGGTTCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTA
TTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGATTTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTCGAAAGATGAGTCG
TGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGAAAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTC
CAAGCCCGTCGATGACAAGATCATGGAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAG
GATCAAAGTCGGTGGCGAAGCCGGTGCGCTCGGTGACTCCGTCACAATCACCCGTGAGAA
GAACAAGATCACTGTCACTTCTGATGGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGAC
GAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAATGTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAA
GGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTGCTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGA
AGACTAGAAGAACTACACTACTGTTTCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGT
ACAATTTATCTTGGTCCTTCTATTGTTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTT
GAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGTTTGAGAAAA

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3AT47JQ 462 0 0
TTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCCGTCGATGACAAGATCATGGAGATTGCTTCCCTCGAG
AAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGGGAAGCCGGTGCGCTCGGTGACTCCGTC
ACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTTTGATGGCCAGTTTTCCAAGAGG
TATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAATGTGAGGGATTGGCTCAGA
GTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTTTACGAGTTGAGGTGCTTCAACATCGCTGAG
AACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTTTCTGTTGTTTTGGTTTCT
GCTCGTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTTTTATTGTTTTTTGTCAGATCTTGT
TTAGTTTGGTTGAACTTGAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGT

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR3A658TF 605 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGAT
TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCCCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTT
TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTCCTATTG
TTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGT
TTGAG

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3FY94TF 586 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTTGTCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGAT
TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GTCCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGACCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTT
TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTCCTATTG
TTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTCTTGTT

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3AS87JQ 618 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTATTCAGACAGTCTC*CCTTCTAGGAT
TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTCGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
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GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCGCTCGGTGACTCCGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTT
TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTTCTATTG
TTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTGAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGT
TTGAGAAAAAAATTAAAG

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3CA44JQ 571 0 0
CACCTTCTAGGATTTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTCGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGC
AGTCGCCAAGGGAAAGAAGAAGGG**TCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCCAGCCCGTCGA
TGACAAGATCATGGAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGG
TGGCAAAGCCGGTGCGCTCGGTGACTCCGTCACAATCACCCGCGAGAAGAACAAGATCAC
TGTCACTTCTGATGGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTT
GAAGAAGCACAATGTGAGGGATTGGCTCAGAGTGAT*GCAGCCAACAAGGACCGTAACCT
CTACGAGTTGAGGTACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAA
CTACACTACTGTTTCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTT
GGTCCTTCTATTGTTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTGAACTCTTGTTT
CAGACACTTTTGTTTGAGAAAAAAATTAAAG

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3CA44TF 617 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGAT
TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTCGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGG**TCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCCAGCCCGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCGCTCGGTGACTCCGTCACAATCACCCGCGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGAT*GCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTT
TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTTCTATTG
TTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTGAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGT
TTGAGAAAAAA
TTAAAG

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3CO09JQ 618 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCTATTCAGACAGTCTCACCTTCTAGGAT
TTGTTCAAGAGAGAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGA
AAGAAGAAGGGAGTCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATG
GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCCCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
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TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGTTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTCCTATTG
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TTGAGAAAAAAATTAAAG

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DS 

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GAAGGGGGTTGAAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTCGCCAAGGGAAAGAAGAAGGGA
ATCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATGGAGATTGCTTCC
CTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGTGCCCTCGGTGAC
TCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGATGGCCAGTTCTCC
AAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAATGTGAGGGATTGG
CTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTACTTCAACATC
GCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTTTCTGTTGTTTTG
GTTTCTGCTCGTTGCTGCTCTGTACAATTTATCTTGGTCCTCCTATTGTTTTTTGTCAGA
TCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAAACTCTTGTTTCAGACACCTTTGTTTGAGAAAA

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GCCCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
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TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCTGTACAATTTATCTTGGTCCTCCTATTG
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TTGAGAAAA

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GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCCCTCGGTGACTCTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
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TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGTTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTCCTATTG
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TTGAGAAAAAAATTAAAG

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DS 

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GAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGT
GCGCTCGGTGACTCCGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGAT
GGCCAGTTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAAT
GTGAGGGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGG
TACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGTGAGGAAGAAGACTAGAAGAACTACACTACTGTT
TCTGTTGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCTCAGTACAATTTATCTTGGTCCTTCTATTG
TTTTTTGTCAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTGAACTCTTGTTTCAGACACTTTTGT
TTGAGAAAAAAATTAAAG

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 12

CO CL242Contig1 946 12 16 U
GGAAATAAACAGAGCAATTATAAATACTCTGCTAATTGTCACAACTTGGAACTCAAAACT
GTATTCTGTGAGAGATTTTACATTTAAAGTTTCAAAAGAAAATTTCAATATGGGAAGAGT
TGATTATTTGGCCATGAAGACTGGAGAGGAAACCGCGGCTAACCTGATCAATTCTGATCT
GAATGAGTTTGTCGACGCCGCGAAGAAGCTCGTAAAAGATGCAACGATGCTAGGCGGTTT
AAGTTTTGGCACGTCTTTCCTCCAATGGGCCGCCTCAATCTCAGCCATCTATCTGTTGAT
ATTGGATCGGACCAACTGGAAAACCAAAATGTTGACTACCCTTTTGGTGCCATACATCTT
TCTCACACTTCCTTACGTTATCTTTAACTTCTTCAGGGGAGATTTTGGGAAATGGATTGC
TCTCATTTCGATCACAATAAGGCTCTTCTGCCCTAAACACTTTCCAGATTGGTTGGAGAT
TCCAGCAGCTTTGATCCTTCTTCTGGTGGTTGCACCTAGTCTCATAGCTGGGACAGTAAG
AGAAAGTTGGGTTGGGGCAGTGATATGTCTTATCATAGCATGTTACCTTTTCCATGAACA
TATCAAAGCTTCTGATGGATTCAGAAACGCTTTAACCCAGAAACATGGACTCTCCAATAC
TATTGGGATCGTTGCTCTCCTCGTTTACCCGGTTTGGACCATCTTTTTTAACATCTTCTA
AGTCTATTCTACTACCCATTGGCCTGAAAACACCTTCAACATTCTGTGTCTTGCTTTCAT
TTGTTGAAGTGCGAATTGTTTACGTGTTTTAGCAGTATTTGTGTTTGTTTGGGAAAATCT
TCATTGAACAAAAGAAGATTCAGTTGTGATGTGTAAGATATATGGGTTTGTGTTGTATAT
TATCTGGAGTGTGTTAAATGAACTCTTGAACATTTTAGACTAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 30 30 30 30 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 55 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 45 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 40 70 70 70 70 70 70 70 
70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 70 50 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BT54TF U 66
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AF RR3C403TF U 125
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BS 785 848 RR3AA17TF
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RD RR3BT54TF 646 0 0
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AAC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3BY19TF 788 0 0
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GAATGAGTTTGTCGACGCCGCGAAGAAGCTCGTAAAAGATGCAACGATGCTAGGCGGTTT
AAGTTTTGGCACGTCTTTCCTCCAATGGGCCGCCTCAATCTCAGCCATCTATCTGTTGAT
ATTGGATCGGACCAACTGGAAAACCAAAATGTTGACTACCCTTTTGGTGCCATACATCTT
TCTCACACTTCCTTACGTTATCTTTAACTTCTTCAGGGGAGATTTTGGGAAATGGATTGC
TCTCATTTCGATCACAATAAGGCTCTTCTGCCCTAAACACTTTCCAGATTGGTTGGAGAT
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AGAAAGTTGGGTTGGGGCAGTGATATGTCTTATCATAGCATGTTACCTTTTCCATGAACA
TATCAAAGCTTCTGATGGATTCAGAAACGCTTTAACCCAGAAACATGGACTCCCCAATAC
TATTGGGATCGTTGCTCTCCTCGTTTACCCGGTTTGGACCATCTTTTT*AACATCTTCTA
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TTGT
GAGG

QA 1 784 1 784
DS 

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TTTGGCACGTCTTTCCTCCAATGGGCCGCCTCAATCTCAGCCATCTATCTGTTGATATTG
GATCGGACCAACTGGAAAACCAAAATGTTGACTACCCTTTTGGTGCCATACATCTTTCTC
ACACTTCCTTACGTTATCTTTAACTTCTTCAGGGGAGATTTTGGGAAATGGATTGCTCTC
ATTTCGATCACAATAAGGCTCTTCTGCCCTAAACACTTTCCAGATTGGTTGGAGATTCCA
GCAGCTTTGATCCTTCTTCTGGTGGTTGCACCTAGTCTCATAGCTGGGACAGTAAGAGAA
AGTTGGGTTGGGGCAGTGATATGTCTTATCATAGCATGTTACCTTTTCCATGAACATATC
AAAGCTTCTGATGGATTCAGAAACGCTTTAACCCAGAAACATGGACTCTCCAATACTATT
GGGATCGTTGCTCTCCTCGTTTACCCGGTTTGGACCATCTTTTTTAACATCTTCTAAGTC
TATTCTACTACCCATTGGCCTGAAA*CACCTTCA*CATTCTGTGTCTTGCTTTCATTTGT
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QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3E306TF 794 0 0
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TCTATCTGTTGATATTGGATCGGACCAACTGGAAAACCAAAATGTTGACTACCCTTTTGG
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GGA******TTGCTCTCATTTCGATCACAATAAGGCTCTTCTGCCCTAAACACTTTCCAG
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TTTGGGAAA
TCTTC

QA 1 789 1 789
DS 

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TCAATTCTGATCTGAATGAGTTTGTCGACGCCGCGAAGAAGCTCGTAAAAGATTCAACGA
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TCTATCTGTTGATATTGGATCGGACCAACTGGAAAACCAAAATGTTGACTACCCTTTTGG
TGCCATACATCTTTCTCACACTTCCTTACGTTATCTTTAACTTCTTCAGGGGAGATTTTG
GGAAATGGATTGCTCTCATTTCGATCACAATAAGGCTCTTCTGCCCTAAACACTTTCCAG
ATTGGTTGGAGATTCCAGCAGCTTTGATCCTTCTTCTGGTGGTTGCACCTAGTCTCATAG
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QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3G303TF 778 0 0
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ATATGGGAAGAGTTGATTATTTGGCCATGAAGACTGGAGATGAAACCGTGGCTAACCTGA
TCAATTCTGATCTGAATGAGTTTGTCGACGCCGCGAAGAAGCTCGTAAAAGATGCAACGA
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TCTATCTGTTGATATTGGATCGGACCAACTGGAAAACCAAAATGTTGACTACCCTTTTGG
TGCCATACATCTTTCTCACACTTCCTTACGTTATCTTTAACTTCTTCAGGGGAGATTTTG
GGAAATGGATTGCTCTCATTTCGATCACAATAAGGCTCTTCTGCCCTAAACACTTTCCAG
ATTGGTTGGAGATTCCAGCAGCTTTGATCCTTCTTCTGGTGGTTGCACCTAGTCTCATAG
CTGGGACAGTAAGAGAAAGTTGGGTTGGGGCAGTGATATGTCTTATCATAGCATGTTACC
TTTTCCATGAACATATCAAAGCTTCTGATGGATTCAGAAACGCTTTAACCCAGAAACATG
GACTCTCCAATACTATTGGGATCGTTGCTCTCCTCGTTTACCCGGTTTGGACCATCTTTT
TTAACATCTTCTAAGTCTATTCTACTACCCATTGGCCTGAAAACACCTTCAACATTCTGT
GTCTTGCTTTCATTTGTTGAAGTGCGAATTGTTTACGTGTTTTAGCAGTATTTGTGTT

QA 1 778 1 778
DS 

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ATACGGGAAGAGTTGATTATTTGGCCACGAAGACTGGAGAGGAAACCGCGGCTAACCTGA
TCAATTCTGATCTGAATGAGTTTGTCGACGCCGCGAAGAAGCTCGTAAAAGATGCAACGA
TGCTAGGCGGTTTAAGTTTTGGCACGTCTTTCCTCCAATGGGCCGCCTCAATCTCAGCCA
TCTATCTGTTGATATTGGATCGGACCAACTGGAAAACCAAAATGTTGACTACCCTTTTGG
TGCCATACATCTTTCTCACACTTCCTTACGTTATCTTTAACTTCTTCAGGGGAGATTTTG
GGAAATGGATTGCTCTCATTTCGATCACAATAAGGCTCTTCTGCCCTAAACACTTTCCAG
ATTGGTTGGAGATTCCAGCAGCTTTGATCCTTCTTCTGGTGGTTGCACCTAGTCTCATAG
CTGGGACAGTAAGAGAAAGTTGGGTTGGGGCAGTGATATGTCTTATCATAGCATGTTACC
TTTTCCATGAACATATCAAAGCTTCTGATGGATTCAGAAACGCTTTAACCCAGAAACATG
GACTCTCCAATACTATTGGGATCGTTGCTCTCCTCGTTTACCCGGTTTGGACCATCTTTT
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TTTGGGAAAATCTTCATTGAA

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3AA17JQ 853 0 0
AAGTTTCAAA
AAAATTTCAATACGGGAAGAGTTGATTATTTGGCCACGAAGACTGGAGAGGAAACCGCGG
CTAACCTGATCAATTCTGATCTGAATGAGTTTGTCGACGCCGCGAAGAAGCTCGTAAAAG
ATGCAACGATGCTAGGCGGTTTAAGTTTTGGCACGTCTTTCCTCCAATGGGCCGCCTCAA
TCTCAGCCATCTATCTGTTGATATTGGATCGGACCAACTGGAAAACCAAAATGTTGACTA
CCCTTTTGGTGCCATACATCTTTCTCACACTTCCTTACGTTATCTTTAACTTCTTCAGGG
GAGATTTTGGGAAATGGATTGCTCTCATTTCGATCACAATAAGGCTCTTCTGCCCTAAAC
ACTTTCCAGATTGGTTGGAGATTCCAGCAGCTTTGATCCTTCTTCTGGTGGTTGCACCTA
GTCTCATAGCTGGGACAGTAAGAGAAAGTTGGGTTGGGGCAGTGATATGTCTTATCATAG
CATGTTACCTTTTCCATGAACATATCAAAGCTTCTGATGGATTCAGAAACGCTTTAACCC
AGAAACATGGACTCTCCAATACTATTGGGATCGTTGCTCTCCTCGTTTACCCGGTTTGGA
CCATCTTTTTTAACATCTTCTAAGTCTATTCTACTACCCATTGGCCTGAAAACACCTTCA
ACATTCTGTGTCTTGCTTTCATTTGTTGAAGTGCGAATTGTTTACGTGTTTTAGCAGTAT
TTGTGTTTGTTTGGGAAAATCTTCATTGAACAAAAGAAGATTCAGTTGTGATGTGTAAGA
TATATGGGTTTGTGTTGTATATTATCTGGAGTGTGTTAAATGAACTCTTGAACATTTTA
GACC

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DS 

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GCGGTTTAAGTTTTGGCACGTCTTTCCTCCAATGGGCCGCCTCAATCTCAGCCATCTATC
TGTTGATATTGGATCGGACCAACTGGAAAACCAAAATGTTGACTACCCTTTTGGTGCCAT
ACATCTTTCTCACACTTCCTTACGTTATCTTTAACTTCTTCAGGGGAGATTTTGGGAAAT
GGATTGCTCTCATTTCGATCACAATAAGGCTCTTCTGCCCTAAACACTTTCCAGATTGGT
TGGAGATTCCAGCAGCTTTGATCCTTCTTCTGGTGGTTGCACCTAGTCTCATAGCTGGGA
CAGTAAGAGAAAGTTGGGTTGGGGCAGTGATATGTCTTATCATAGCATGTTACCTTTTCC
ATGAACATATCAAAGCTTCTGATGGATTCAGAAACGCTTTAACCCAGAAACATGGACTCT
CCAATACTATTGGGATCGTTGCTCTCCTCGTTTACCCGGTTTGGACCATCTTTTTTAACA
TCTTCTAAGTCTATTCTACTACCCATTGGCCTGAAAACACCTTCAACATTCTGTGTCTTG
CTTTCATTTGTTGAAGTGCGAATTGTTTACGTGTTTTAGCAGTATTTGTGTTTGTTTGGG
AAAATCTTCATTGAACAAAAGAAGATTCAGTTGTGATGTGTAAGATATATGGGTTTGTGT
TGTATATTATCTGGAGTGTGCTAAATGAACTCTTG

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3E306JQ 815 0 0
A
TTGGCCATGAAGACTGGAGAGGAAACCGCGGCTAACCTGATCAATTCTGATCTGAATGAG
TTTGTCGACGCCGCGAAGAAGCTCGTAAAAGATGCAACGATGCTATGCGGTTTAAGTTTT
GGCACGTCTTTCCTCCAATGGGCCGCCTCAATCTCAGCCATCTATCTGTTGATATTGGAT
CGGACCAACTGGAAAACCAAAATGTTGACTACCCTTTTGGTGCCATACATCTTTCTCACA
CTTCCTTACGTTATCTTTAACTTCTTCAGGGGAGATTTTGGGA******TTGCTCTCATT
TCGATCACAATAAGGCTCTTCTGCCCTAAACACTTTCCAGATTGGTTGGAGATTCCAGCA
GCTTTGATCCTTCTTCTGGTGGTTGCACCTAGTCTCATAGCTGGGACAGTAAGAGAAAGT
TGGGTTGGGGCAGTGATATGTCTTATCATAGCATGTTACCTTTTCCATGAACATATCAAA
GCTTTTGATGGATTCAGAAACGCTTTAACCCAGAAACATGGACTCTCCAATACTATTGGG
ATCGTTGCTCTCCTCGTTTACCCGGTTTGGACCATCTTTTTTAACATCTTCTAAGTCTAT
TCTACTACCCATTGGCCTGAAAACACCTTCAACATTCTGTGTCTTGCTTTCATTTGTTGA
AGTGCGAATTGTTTACGTGTTTTAGCAGTATTTGTGTTTGTTTGGGAAAATCTTCATTGA
ACAAAAGAAGATTCAGTTGTGATGTGTAAGATATATGGGTTTGTGTTGTATATTATCTGG
AGTGTGTTAAATGAACTCTTGAACATTTTA
GACT

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DS 

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CCTAAACACTTTCCAGATTGGTTGGAGATTCCAGCAGCTTTGATCCTTCTTCTGGTGGTT
GCTCCTAGTCTCATAGCTGGGACAGTAAGAGAAAGTTGGGTTGGGGCAGTGATATGTCTT
ATCATAGCATGTTACCTTTTCCATGAACATATCAAAGCTTTTGATGGATTCAGAAACGCT
TTAACCCAGAAACATGGACTCTCCAATACTATTGGGATCGTTGCTCTCCTCGTTTACCCG
GTTTGGACCATCTTTTTTAACATCTTTTAAGTCTATTCTACTACCCATTGGCCTGAAAAC
ACCTTCAACATTCTGTGTCTTGCTTTCATTTGTTGAAGTGCGAATTGTTTACGTGTTTTA
GCAGTATTTGTGTTTGTTTGGGAAAATTTTCATTGAACAAAAGAAGATTCAGTTGTGATT
TGTAAGATATATGGGTTTGTGTTGTATATTATCTGGAGTGTGTTAAATGAACTCTTGAAC
ATTTTA

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR3BY19JQ 503 0 0
TCTTCTGCCCTAAACACTTTCCAGATTGGTTGGAGATTCCAGCAGCTTTGATCCTTCTTC
TGGTGGTTGCACCTAGTTTCATAGCTGGGACAGTAGGAGAAAGTTGGGTTGGGGCAGTGA
TATGTCTTATCATAGCATGTTACCTTTTCCATGAACATATCAAAGCTTCTGATGGATTCA
GAAACGCTTTAACCCAGAAACATGGACTCCCCAATACTATTGGGATCGTTGCTCTCCTCG
TTTACCCGGTTTGGACCATCTTTTTTAACATCTTCTAAGTCTATTCTACTACCCATTGGC
CTGAAAACACCTTCAACATTCTGTGTCTTGCTTTCATTTGTTGAGGTGCGAATTGTTTAC
GTGTTTTAGCAGTATTTGTGTTTGTTTGGGAAAATCTTCATTGAACAAAAGAAGATTCAG
TTGTGATGTGTAAGATATATGGGTTTTTGTTGTATATTATCTGGAGTGTGTTAAATGAAC
TCTTGAACATTTTAGACTAAACT

QA 1 503 1 503
DS 



AS 2 9

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GGAATCATCATCCTCTTCAATTCGACGAACACGAACCTAAATCGCTCCTCCGACGATACG
ATGCTCCAAAAATCGGACGGAGGATTTGCACGGATGAAGGCCACTAGGAAACTAGTGGAG
GAACACGGTGTATTCGGTCTGAAAGGCTCTGTGTATGGATACGATAAAACCAAATGTACT
AAAGATCATCCTTGTCCTCGCTTAGTCACCCTGTATGCTAAGATGGGCCTTCATCGTTAC
AATTTGCTCAAGGGTACAAAGTTTCAGCTCAAATGCGTAGAGGAGTACATTGTCACAACG
GGTTCTGGTGCTCCCTCTTATTACATGACTTTGGTTGCAATTGACGACACAGCTGGTGGT
GGTGGATCTTCTTCGCTTCAAACGTTTCAGATTCAAGTATCTCAAGAAAGCAGGGGCCAG
TTTATTCTGACTTGCGATATTGCAAGAATTCGAGGGGAATCAAGGGATGAGAACGAATCG
ATGATCCTTGATATTGACTTGCCTGAGTGGCCAGCAGAGAATCCTTTTGAAAAATATTAC
CCGGTGAAATCACAGCTGCAAGACAATGATGACTGGATTCGTCTTTATTTGGAACTTGCT
CTTGCCATAAAAGAACCTAGGGGTGTTGGTGTCTTTAACTTGGAGATTGTGAAAGTGGCT
ACAGATGTGGATGAAGGGATCAATGCCAAAAATGCTACTTTCTACATAAGGTACAATGAC
TTGTCCAAGGCTGAGGATTCTGATTGCATTGCTATAGTTAGAAGAAGCTTCGACGAGGAT
ACCGGATGCTTCATTCTTGCCGGCCAACGTCATCAAAGTTCAGAACTTATATCAAAGAAG
CGTAAGAATGTTGGTGACGACAAACTGTCTGCGGAGAATAAAAAGATTAATACCGGACAT
GGAAATCAAATCTCTTCACCACCTCTAGCTACCCGTGAGGATGATGAAGCGGGAAATCAG
AAGATTGTCAACTAGAGTGGCTTGGCTCGTCGTCCGTACAAGACAAATCCGTTTGAATTA
GCTACTACTATTAATGCTGGAATAAGTTAAATGGATTGTTAAGTAGACTGGTTTTTGTGT
GGGGTTTTGCAGTGTTGTGCTTGAATAATTTGTCAAACTTAATAATGTTCTCTTCTACTT
GTTCTTGTCTGAGACAAGAATGCTAGACTCATAAAGAAGAGTTCAATCACAGTCTTGTCT
CTCCTTTCATCATCTTATATGTTGATCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FV40TF U 10
AF RR3EA35TF U 1
AF RR3C569TF U 5
AF RR3G102TF U 8
AF RR3FV40JQ C 311
AF RR3C569JQ C 540
AF RR3EA35JQ C 633
BS 1 611 RR3EA35TF
BS 612 612 RR3G102TF
BS 613 691 RR3C569TF
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BS 1187 1229 RR3EA35JQ

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AAATCGGACGGAGGATTTGCACGGATGAAGGCCGCTAGGAAACTAGTGGAGGAACACGGT
GTATTCGGTCTGAAAGGCTCTGTGTATGGATACGATAAAACCAAATGTACTAAAGATCAT
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GCTCCCTCTTATTACATGACTTTGGTTGCAATTGACGACACAGCTGGTGGTGGTGGATCT
TCTTCGCTTCAAACGTTTCAGATTCAAGTATCTCAAGAAAGCAGGGGCCAGTTTATTCTG
ACTTGCGATATTGCAAGAATTCGAGG

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3EA35TF 611 0 0
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ATGCTCCAAAAATCGGACGGAGGATTTGCACGGATGAAGGCCACTAGGAAACTAGTGGAG
GAACACGGTGTATTCGGTCTGAAAGGCTCTGTGTATGGATACGATAAAACCAAATGTACT
AAAGATCATCCTTGTCCTCGCTTAGTCACCCTGTATGCTAAGATGGGCCTTCATCGTTAC
AATTTGCTCAAGGGTACAAAGTTTCAGCTCAAATGCGTAGAGGAGTACATTGTCACAACG
GGTTCTGGTGCTCCCTCTTATTACATGACTTTGGTTGCAATTGACGACACAGCTGGTGGT
GGTGGATCTTCTTCGCTTCAAACGTTTCAGATTCAAGTATCTCAAGAAAGCAGGGGCCAG
TTTATTCTGACTTGCGATATTGCAAGAATTCGAGGGGAATCAAGGGATGAGAACGAATCG
ATGATCCTTGATATTGACTTGCCTGAGTGGCCAGCAGAGAATCCTTTTGAAAAATATTAC
CCGGTGAAATCACAGCTGCAAGACAATGATGACTGGATTCGTCTTTATTTGGAACTTGCT
CTTGCCATAAA

QA 1 611 1 611
DS 

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GGATC
ATCCTCTTCAATTCGACGAACACGAACCTAAATCGCTCCTCCGACGATACGATGCTCCAA
AAATCGGACGGAGGATTTGCACGGATGAAGGCCACTAGGAAACTAGTGGAGGACCACGGT
GTATTCGGTCTGAAAGGCTCTGTGTATGGATACGATAAAACCAAATGTACTAAAGATCAT
CCTTGTCCTCGCTTAGTCACCCTGTATGCTAAGATGGGCCTTCATCGTTACAATTTGCTC
AAGGGTACAAAGTTTCAGCTCAAATGCGTAGAGGAGTACATTGTCACAACGGGTTCTGGT
GCTCCCTCTTATTACATGACTTTGGTTGCAATTGACGACACAGCTGGTGGTGGTGGATCT
TCTTCGCTTCAAACGTTCCAGATTCAAGTATCTCAAGAAAGCAGGGGCCAGTTTATTCTG
ACTTGCGATATTGCAAGAATTCGAGGGGAATCAAGGGATGAGAACGAATCGATGATCCTT
GATATTGACTTGCCTGAGTGGCCAGCAGAGAATCCTTTTGAAAAATATTACCCGGTGAAA
TCACAGCTGCAAGACAATGATGACTGGATTCGTCTTTATTTGGAACTTGCTCTTGCCATA
AA*GAACCTAGGGGTGTTGGTGTCTTTAACTTGGAGATTGTGAAAGTGGCTACAGATGTG
GATGAAGGGATCAATGCCAAAAT*GCTACTTTCTA

QA 6 700 6 700
DS 

RD RR3G102TF 685 0 0
GG
ATCCTCTTCAATTCGACGAACACGAACCTAAATCGCTCCTCCGACGATACGATGCTCCAA
AAATCGGACGGAGGATTTGCACGGATGAAGGCCACTAGGAAACTAGTGGAGGAACACGGT
GTATTCGGTCTGAAAGGCTCTGTGTATGGATACGATAAAACCAAATGTACTAAAGATCAT
CCTTGTCCTCGCTTAGTCACCCTGTATGCTAAGATGGGCCTTCATCGTTACAATTTGCTC
AAGGGTACAAAGTTTCAGCTCAAATGCGTAGAGGAGTACATTGTCACAACGGGTTCTGGT
GCTCCCTCTTATTACATGACTTTGGTTGCAATTGACGACACAGCTGGTGATGGTGGATCT
TCTTCGCTTCAAACGTTTCAGATTCAAGTATCTCAAGAAAGCGGGGGCCAGTTTATTCTG
ACTTGCGATATTGCAAGAATTCGAGGGGAATCAAGGGATGAGAACGAATCGATGATCCTT
GATATTGACTTGCCTGAGTGGCCAGCAGAGAATCCTTTTGAAAAATATTACCCGGTGAAA
TCACAGCTGCAAGACAATGATGACTGGATTCGTCTTTATTTGGAACTTGCTCTTGCCATA
AAAGAACCTAGGGGTGTTGGTGTCTTTAACTTGGAGATTGTGAAAGTGGCTACAGATGTG
GATGAAGGGATCAATGCCAAAAA

QA 3 685 3 685
DS 

RD RR3FV40JQ 825 0 0
CTCCCTCTTATTACATGACTTTGGTTGCA*TTGACGACACAGCTGGTGGTGGTGGATCTT
CTTCGCTTCAAACGTTTCAGATTCAAGTATCTCAAGAAAGCAGGGGCCAGTTTATTCTGA
CTTGCGATATTGCAAGAATTCGAGGGGAATCAAGGGATGAGAACGAATCGATGATCCTTG
ATATTGACTTGCCTGAGTGGCCAGCAGAGAATCCTTTTGAAAAATATTACCCGGTGAAAT
CACAGCTGCAAGACAATGATGACTGGATTCGTCTTTATTTGGAACTTGCTCTTGCCATAA
AAGAACCTAGGGGTGTTGGTGTCTTTAACTTGGAGATTGTGAAAGTGGCTACAGATGTGG
ATGAAGGGATCAATGCCAAAAATGCTACTTTCTACATAAGGTACAATGACTTGTCCAAGG
CTGAGGATTCTGATTGCATTGCTATAGTTAGAAGAAGCTTCGACGAGGATACCGGATGCT
TCATTCTTGCCGGCCAACGTCATCAAAGTTCAGAACTTATATCAAAGAAGCGTAAGAATG
TTGGCGACGACAAACTGTCTGCGGAGAATAAAAAGATTAATACCGGACATGGAAATCAAA
CCTCTTCACCACCTCTAGCTACCCGTGAGGATGATGAAGCGGGAAATCAGAAGATTGTCA
ACTAGAGTGGCTTGGCTCGTCGTCCGTACAAGACAAATCCGTTTGAATTAGCTACTACTA
TTAATGCTGGAATAAGTTAAATGGATTGTTAAGTAGACTGGTTTTTGTGTGGGGTTTTGC
AGTGTTGTGCTTGAATAATTTGTCAAACTTAATAATGTTCTCT
CC

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR3C569JQ 649 0 0
CCCGGTGAAATCACAGCTGCAAGACAATGATGACTGGATTCGTCTTTATTTGGAACTTGC
TCTTGCCATAAAAGAACCTAGGGGTGTTGGTGTCTTTAACTTGGAGATTGTGAAAGTGGC
TACAGATGTGGATGAAGGGATCAATGCCAAAAATGCTACTTTCTACATAAGGTACAATGA
CTTGTCCAAGGCTGAGGATTCTGATTGCATTGCTATAGTTAGAAGAAGCTTCGACGAGGA
TACCGGATGCTTCATTCTTGCCGGCCAACGTCATCAAAGTTCAGAACTTATATCAAAGAA
GCGTAAGAATGTTGGTGACGACAAACTGTCTGCGGAGAATAAAAAGATTAATACCGGACA
TGGAAATCAAATCTCTTCACCACCTCTAGCTACCCGTGAGGATGATGAAGCGGGAAATCA
GAAGATTGTCAACTAGAGTGGCTTGGCTCGTCGTCCGTACAAGACAAATCCGTTTGAATT
AGCTACTACTATTAATGCTGGAATAAGTTAAATGGATTGTTAAGTAGACTGGTTTTTGTG
TGGGGTTTTGCAGTGTTGTGCTTGAATAATTTGTCAAACTTAATAATGTTCTCTTCTACT
TGTTCTTGTCTGAGACAAGAATGCTAGACTCATAAAGAAGAGTTCAA
CC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3EA35JQ 597 0 0
CTTTAACTTGGAGATTGTGAAAGTGGCTACAGATGTGGATGAAGGGATCAATGCCAAAAA
TGCTACTTTCTACATAAGGTACAATGACTTGTCCAAGGCTGAGGATTCTGATTGCATTGC
TATAGTTAGAAGAAGCTTCGACGAGGATACCGGATGCTTCATTCTTGCCGGCCAACGTCA
TCAAAGTTCAGAACTTATATCAAAGAAGCGTAAGAATGTTGGTGACGACAAACTGTCTGC
GGAGAATAAAAAGATTAATACCGGACATGGAAATCAAATCTCTTCACCACCTCTAGCTAC
CCGTGAGGATGATGAAGCGGGAAATCAGAAGATTGTCAACTAGAGTGGCTTGGCTCGTCG
TCCGTACAAGACAAATCCGTTTGAATTAGCTACTACTATTAATGCTGGAATAAGTTAAAT
GGATTGTTAAGTAGACTGGTTTTTGTGTGGGGTTTTGCAGTGTTGTGCTTGAATAATTTG
TCAAACTTAATAATGTTCTCTTCTACTTGTTCTTGTCTGAGACAAGAATGCTAGACTCAT
AAAGAAGAGTTCAATCACAGTCTTGTCTCTCCTTTCATCATCTTATATGTTGATCAC

QA 1 597 1 597
DS 



CO CL243Contig2 1105 2 4 U
GGGCGTGATCGACCAAAATCATTATGTCTTCACCTGGACAAATACGAGCGATGCTCCAAA
AATCGGACGGAGGATTTGCACGGATGAAGGCCACTAGAAAACTAGTGGAGGAACACGGTA
TATTCGGTCTGAAAGGCTCTGTGTATGGATACGATAAAACCAAATGTACTAAAGATCATC
CTTGTCCTCGCTTAGTCACCCTGTATGCTAAGTTGGGCCTTCATCGTTACAATTTGCTCA
AGGTTACAAAGTTTCAGCTCAAATGCGTAGAGGAGTACATTGTCACAACGGGTTCTGGTG
CTCCCTCTTATTACATGACTTTGGTTGCAATTGACGACACAGCTGGTGGTGGTGGATCTT
CTTCGCTTCAAACGTTTCAGATTCAAGTATCTCAAGAAAGCAGGGGCCAGTTTATTCTGA
CTTGCGATATTGCAAGAATTCGAGGGGAAACAAGGGATGAGAACGAATCGATGATCCTTG
ATATTGACTTGCCTGAGTGGCCAGCAGAGAATCCTTTTGAAAAATATTGCCCGGTGAAAT
CACAGCTGCAAGACAATGATGACTGGATTCGTCTTTATTTGGAACTTGCTCTTGCCATAA
AAGAACCTAGGGGTGTTGGTGTCTTTAACTTGGAGATTGTGAAAGTGGCTACAGATGTGG
ATGAAGGGATCAATGCCAAAAATGCTACTAATTTCTACATAAGGTACAATGACTTGTCCA
AGGCTGAGGATTCTGATTGCATTGCTATAGTTAGAAGAAGCTTCGACGAGGGTACCGGAT
GCTTCATTCTTGCCGGCCAACATCATCAAAGTTCAGAGCTTATATCAAAGAAGCGTAAGA
ATGTTGGTGACGACAAACTGTCTGCCGAGAGTAAAAGGATTAATACCGGACATGGAAATC
AAATCTCTTCACCACCTCTAGCTACCCGTGAGGATGATGAAGCGGGAAATCAGAAGATTG
TCAACTAGAGTGGCTTGGCTCGTCGTCCGTACAAGACAAACCCGTTTGAATTAGCTACTA
CTATTAATGCTGGAATAAGTTAAATGGATTGTTAAGTAAACTAGGATAATTATAGCACTG
GTTTGCAGCTGCTACGTTATTTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN34TF U 1
AF RR3FN34JQ C 329
BS 1 681 RR3FN34TF
BS 682 682 RR3FN34JQ
BS 683 703 RR3FN34TF
BS 704 1105 RR3FN34JQ

RD RR3FN34TF 715 0 0
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AATCGGACGGAGGATTTGCACGGATGAAGGCCACTAGAAAACTAGTGGAGGAACACGGTA
TATTCGGTCTGAAAGGCTCTGTGTATGGATACGATAAAACCAAATGTACTAAAGATCATC
CTTGTCCTCGCTTAGTCACCCTGTATGCTAAGTTGGGCCTTCATCGTTACAATTTGCTCA
AGGTTACAAAGTTTCAGCTCAAATGCGTAGAGGAGTACATTGTCACAACGGGTTCTGGTG
CTCCCTCTTATTACATGACTTTGGTTGCAATTGACGACACAGCTGGTGGTGGTGGATCTT
CTTCGCTTCAAACGTTTCAGATTCAAGTATCTCAAGAAAGCAGGGGCCAGTTTATTCTGA
CTTGCGATATTGCAAGAATTCGAGGGGAAACAAGGGATGAGAACGAATCGATGATCCTTG
ATATTGACTTGCCTGAGTGGCCAGCAGAGAATCCTTTTGAAAAATATTGCCCGGTGAAAT
CACAGCTGCAAGACAATGATGACTGGATTCGTCTTTATTTGGAACTTGCTCTTGCCATAA
AAGAACCTAGGGGTGTTGGTGTCTTTAACTTGGAGATTGTGAAAGTGGCTACAGATGTGG
ATGAAGGGATCAATGCCAAAA*TGCTACTAATTTCTACATAAG
TACATGACTTGT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3FN34JQ 777 0 0
CAA
TGACGACACAGCTGGTGGTGGTGGATCTTCTTCGCTTCAAACGTTTCAGATTCAAGTATC
TCAAGAAAGCAGGGGCCAGTTTATTCTGACTTGCGATATTGCAAGAATTCGAGGGGAAAC
AAGGGATGAGAACGAATCGATGATCCTTGATATTGACTTGCCTGAGTGGCCAGCAGAGAA
TCCTTTTGAAAAATATTGCCCGGTGAAATCACAGCTGCAAGACAATGATGACTGGATTCG
TCTTTATTTGGAACTTGCTCTTGCCATAAAAGAACCTAGGGGTGTTGGTGTCTTTAACTT
GGAGATTGTGAAAGTGGCTACAGATGTGGATGAAGGGATCAATGCCAAAAATGCTACTAA
TTTCTACATAAGGTACAATGACTTGTCCAAGGCTGAGGATTCTGATTGCATTGCTATAGT
TAGAAGAAGCTTCGACGAGGGTACCGGATGCTTCATTCTTGCCGGCCAACATCATCAAAG
TTCAGAGCTTATATCAAAGAAGCGTAAGAATGTTGGTGACGACAAACTGTCTGCCGAGAG
TAAAAGGATTAATACCGGACATGGAAATCAAATCTCTTCACCACCTCTAGCTACCCGTGA
GGATGATGAAGCGGGAAATCAGAAGATTGTCAACTAGAGTGGCTTGGCTCGTCGTCCGTA
CAAGACAAACCCGTTTGAATTAGCTACTACTATTAATGCTGGAATAAGTTAAATGGATTG
TTAAGTAAACTAGGATAATTATAGCACTGGTTTGCAGCTGCTACGTTATTTTTA

QA 4 777 4 777
DS 



AS 2 12

CO CL244Contig1 1083 6 23 U
GTAATTAATCTGCTTCTGTTATTAGTAAACATCTTGCAACCATGGAGTAGAAAGAGACGT
ATGACCTTTCTTGACGTAAACAGATACGTATACATATGTGAGATCACGTGTGTATATATG
AATTTATCTATATATACTGTATAAACTATAATGTGTGTGCATAAATACATACATACATAG
CTATGTAGATTATGGGTGCCAGTTCATGTTAGGAAGCTGAAACGCCTGTCTTAAAACCCC
ATGATCAGCTAGAGTCGACGTCGTATCGATGACTCCATTTCCATGAAACCCCGAACTCTG
AGGAATTTCACTAAGCATCGAGACAAATGAGACATTGTAGTTATCATTATTGAGATCACT
CGTATGATGGAACCTCTTGCTCGATAAGAATGACCCGAAAGAAGATGATCCAGTGGCCTC
ATGACCTATACGATACTGACCACACAAGGAACGTTTGTCCGATGAAACGGCCATACCATC
GAAAAAGTGTTCTTCATTGTTATTATTGTTGTTGTTGTTGTCTAAGACCGATGTGGAAGA
TGAATTAGCAGATGATTTTGAGAGCATTCCTTCCATGAGATCCTCTCTTAGTAATACTCT
CTCCATTGTTGGTCTCTGTGAACTATTCTTCTTATAGATCCTACAAAGAACCCAATCAT*
*AGCCGTAGTGAGTTTTTCCTTGACGTGGCTT**TCCAGTAACCAGAAGTTGCTGCCCGA
TTCGGCCTAACGCCATTGGGATACTTCCGATCTCTAGGACTAAAGAAGTACCACTCTTGT
TCTCCAAAACTTGCCTTGCTTGGAAGCTCCCAAGGATCAAACTTGTAAAGATCAATCTCG
GCGATGATTGAGACCGGAAGTGGAATAGAAGCAGCTTTCTTCTTGAGGTAATGAACTACA
AGTTCTTCGTCGGTCGGGTGAAACCGAAACCCGGGAGGGAGATGCGGATGACCCGGCCCT
ATGGTCGAATCCCCCATGTTTTCCATCAACTAGCTATCTTCAAATGAGTTATTCTACGAA
GACAGTCTCATGATACTCAAGGGAGAATATGTAGGAAGAGGATTTGATATTTTGGAGAGT
GCC


BQ
10 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 10 10 25 25 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D221JQ U 1
AF RR3GM27JQ U 3
AF RR3D221TF C 1
AF RR3AU92JQ U 1
AF RR3DJ22JQ U 1
AF RR3DJ22TF C 423
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BS 699 700 RR3AU92JQ
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G
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TGACCTTTCTTGACGTAAACAGATACGTATACATATGTGAGATCACGTGTGTATATATGA
ATTTATCTATATATACTGTATAAACTATAATGTGTGTGCATAAATACATACATACATAGC
TATGTAGATTATGGGTGCCAGTTCATGTTAGGAAGCTGAAACGCCTGTCTTAAAACCCCA
TGATCAGCTAGAGTCGACGTCGTATCGATGACTCCATTTCCATGAAACCCCGAACTCTGA
GGAATTTCACTAAGCATCGAGACAAATGAGACATTGTAGTTATCATTATTGAGATCACTC
GTATGATGGAACCTCTTGCTCGATAAGAATGACCCGAAAGAAGATGATCCAGTGGCCTCA
TGACCTATACGATACTGACCACACAAGGAACGTTTGTCCGATGAAACGGCCATACCATCG
AAAAAGTGTTCTTCATTGTTATTATTGTTGTTGTTGTTGTCTAAGACCGATGTGGAAGA

QA 2 540 2 540
DS 

RD RR3GM27JQ 544 0 0
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GACCTTTCTTGACGTAAACAGATACGTATACATATGTGAGATCACGTGTGTATATATGAA
TTTATCTATATATACTGTATAAACTATAATGTGTGTGCATAAATACATACATACATAGCT
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GATCAGCTAGAGTCGACGTCGTATCGATGACTCCATTTCCATGAAACCCCGAACTCTGAG
GAATTTCACTAAGCATCGAGACAAATGAGACATTGTAGTTATCATTATTGAGATCACTCG
TATGATGGAACCTCTTGCTCGATAAAAATGACCCGAAAGAAAATGATCCAGTGGCCTCAT
GACCTATACGATACTGACCACACAAGGAACGTTTGTCCGATGAAACGGCCATACCATCGA
AAAAGTGTTCTTCATTGTTATTATTGTTGTTGTTGTTGTCTAAAACCGATGTGGAAAATG
AATT

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR3D221TF 625 0 0
G
TAATTAATCTGCTTCTGTTATTAGTAAACATCTTGCAACCATGGAGTAGAAAGAGACGTA
TGACCTTTCTTGACGTAAACAGATACGTATACATATGTGAGATCACGTGTGTATATATGA
ATTTATCTATATATACTGTATAAACTATAATGTGTGTGCATAAATACATACATACATAGC
TATGTAGATTATGGGTGCCAGTTCATGTTAGGAAGCTGAAACGCCTGTCTTAAAACCCCA
TGATCAGCTAGAGTCGACGTCGTATCGATGACTCCATTTCCATGAAACCCCGAACTCTGA
GGAATTTCACTAAGCATCGAGACAAATGAGACATTGTAGTTATCATTATTGAGATCACTC
GTATGATGGAACCTCTTGCTCGATAAGAATGACCCGAAAGAAGATGATCCAGTGGCCTCA
TGACCTATACGATACTGACCACACAAGGAACGTTTGTCCGATGAAACGGCCATACCATCG
AAAAAGTGTTCTTCATTGTTATTATTGTTGTTGTTGTTGTCTAAGACCGATGTGGAAGAT
GAATTAGCAGATGATTTTGAGAGCATTCCTTCCATGAGATCCTCTCTTAGTAATACTCTC
TCCATTGTTGGTCTCTGTGAACTA

QA 2 625 2 625
DS 

RD RR3AU92JQ 702 0 0
GTAATTAATCTGCTTCTGTTATTAGTAAACATCTTGCAAACATGGAGTAGAAAGAGACGT
ATGACCTTTCTTGACGTAAACAGATATGTATACATATGTGAGATCACGTGTGTATATATG
AATTTATCTATATATACTGTATAAACTATAATGTGTGTGCATAAATACATACATACATAG
CTATGTAGATTATGGGTGCCAGTTCATGTTAGGAAGCTGAAACGCCTGTCTTAAAACCCC
ATGATCAGCTAGAGTCGACGTCGTATCGATGACTCCATTTCCATGAAACCCCGAACTCTG
AGGAATTTCACTAAGCATCGAGACAAATGAGACATTGTAGTTACCATTATTGAGATCACT
CGTATGATGGAACCTCTTGCTCGATAAGAATGACCCGAAAGAAGATGATCCAGTGGCCTC
GTGACCTATACGATACTGACCACACAAGGAACGTTTGTCCGATGAAACGGCCATACCATC
GAAAAAGTGTTCTTCATTGTTATTATTGTTGTTGTTGTTGTCTAAGACCGATGTGGAAGA
TGAATTAGCAGATGATTTTGAGAGCATTCCTTCCATGAGATCCTCTCTTAGTAATACTCT
CTCCATTGTTGGTCTCTGTGAACTATTCTTCTTATAGATCCTACAAAGAACCCAATCGTC
TAGCCGTAGTGAGTTTTTTCTTGACGTGGTTGAGTCAGGTGG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3DJ22JQ 753 0 0
A
TAATTAATCTGCTTCTGTTATTAGTAAACATCTTGCAACCATGGAGTAGAAAGAGACGTA
TGACCTTTCTTGACGTAAACAGATACGTATACATATGTGAGATCACGTGTGTATATATGA
ATTTATCTATATATACTGTATAAACTATAATGTGTGTGCATAAATACATACATACATAGC
TATGTAGATTATGGATGACAGTTCATGTTAGGAAGCTGAAACGCCTGTCTTAAAACCCCA
TGATCAGCTAGAGTCGACGTCGTATCGATGACTCCATTTCCATGAAACCCCGAACTCTGA
GGAATTTCACTAAGCATCGAGACAAATGAGACATTGTAGTTATCATTATTGAGATCACTC
GTATGATGGAACCTCTTGCTCGATAAGAATGACCCGAAAGAAGATGATCCAGTGGCCTCA
TGACCTATACGATACTGACCACACAAGGAACGTTTGTCCGATGAAACGGCCATACCATCG
AAAAAGTGTTCTTCATTGTTATTATTGTTGTTGTTGTTGTCTAAGACCGATGTGGAAGAT
GAATTAGCAGATGATTTTGAGAGCATTCCTTCCATGAGATCCTCTCTTAGTAATACTCTC
TCCATTGTTGGTCTCTGTGAACTATTCTTCTTATAGATCCTACAAAGAACCCAATCAT**
AGCCGTAGTGAGTTTTTCCTTGACGTGGCTT**TCCAGTAACCAGAAGTTGCTGCCCGAT
TCGGCCTAACGCCATTGGGATACTTCCGATCT

QA 2 753 2 753
DS 

RD RR3DJ22TF 661 0 0
TGA
CTATACGATACTGACCACACAAGGAACGTTTGTCCGATGAAACGGCCATACCATCGAAAA
AGTGTTCTTCATTGTTATTATTGTTGTTGTTGTTGTCTAAGACCGATGTGGAAGATGAAT
TAGCAGATGATTTTGAGAGCATTCCTTCCATGAGATCCTCTCTTAGTAATACTCTCTCCA
TTGTTGGTCTCTGTGAACTATTCTTCTTATAGATCCTACAAAGAACCCAATCAT**AGCC
GTAGTGAGTTTTTCCTTGACGTGGCTT**TCCAGTAACCAGAAGTTGCTGCCCGATTCGG
CCTAACGCCATTGGGATACTTCCGATCTCTAGGACTAAAGAAGTACCACTCTTGTTCTCC
AAAACTTGCCTTGCTTGGAAGCTCCCAAGGATCAAACTTGTAAAGATCAATCTCGGCGAT
GATTGAGACCGGAAGTGGAATAGAAGCAGCTTTCTTCTTGAGGTAATGAACTACAAGTTC
TTCGTCGGTCGGGTGAAACCGAAACCCGGGAGGGAGATGCGGATGACCCGGCCCTATGGT
CGAATCCCCCATGTTTTCCATCAACTAGCTATCTTCAAATGAGTTATTCTACGAAGACAG
TCTCATGATACTCAAGGGAGAATATGTAGGAAGAGGATTTGATATTTTGGAGAGTGCC

QA 4 661 4 661
DS 



CO CL244Contig2 1140 6 18 U
GGGACTCTCCAAAATATCAAATCCTCTTCCTACATATTCTCCCTTGAGTATCATGAGACT
GTCTTCGTAGAATAACTCATTTGAAGATAGCTAGTTGATGGAAAACATGGGGGATTCGAC
CATAGGGCCGGGTCATCCGCATCTCCCTCCCGGGTTTCGGTTTCACCCGACCGACGAAGA
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CGCCGAGATTGATCTTTACAAGTTTGATCCTTGGGAGCTTCCAAGCAAGGCAAGTTTTGG
AGAACAAGAGTGGTACTTCTTTAGTCCTAGAGATCGGAAGTATCCCAATGGCGTTAGGCC
GAATCGGGCAGCAACTTCTGGTTACTGGAAAGCCACGGGAACCGATAAACCAATATTTAC
GTGCAATAGTCACAAGGTTGGGGTCAAGAAAGCGCTTGTATTCTATGGTGGAAAACCTCC
TAAAGGGATTAAAACTGATTGGATCATGCATGAATATCGCCTCACTGATGGTAATCTTAA
CACCGCTGCTAAGCCACCTGACTCAACCACGTCAAGGAAAAACTCACTACGGCTAGACGA
TTGGGTTCTTTGTAGGATCTATAAGAAGAATAGTTCACAGAGACCAACAATGGAGAGAGT
ATTACTAAGAGAGGATCTCATGGAAGGAATGCTCTCAAAATCATCTGCTAATTCATCTTC
CACATCGGTCTTAGACAACAACAACAACAATAATAACAATGAAGAACACTTTTTCGATGG
TATGGCCGTTTCATCGGACAAACGTTCCTTGTGTGGTCAGTATCGTATAGGTCATGAGGC
CACTGGATCATCTTCTTTCGGGTCATTCTTATCGAACAAGAGGTTCCATCATACGAGTGA
TCTCAATAATGATAACTACAATGTCTCATTTGTCTCGATGCTTAGTGAAATTCCTCAGAG
TTCGGGGTTTCATGGAAATGGAGTCATCGATACGACGTCGACTCTAGCTGATCATGGGGT
TTTAAGACAGGCGTTTCAGCTTCCTAACATGAACTGGCACCCATAATCTACATAGCTATG
TATGTATGTATTTATGCACACACATTATAGTTTATACAGTATATATAGATAAATTCATAT


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET15JQ C 1
AF RR3ET15TF U 1
AF RR3GF20TF U 3
AF RR3DU86TF U 77
AF RR3AU92TF U 163
AF RR3GF20JQ C 392
BS 1 3 RR3ET15JQ
BS 4 181 RR3ET15TF
BS 182 182 RR3GF20TF
BS 183 540 RR3ET15TF
BS 541 541 RR3GF20TF
BS 542 577 RR3ET15TF
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BS 616 830 RR3DU86TF
BS 831 831 RR3AU92TF
BS 832 838 RR3DU86TF
BS 839 839 RR3AU92TF
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BS 857 875 RR3AU92TF
BS 876 876 RR3GF20JQ
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BS 913 1023 RR3AU92TF
BS 1024 1140 RR3GF20JQ

RD RR3ET15JQ 577 0 0
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GTCTTCGTAGAATAACTCATTTGAAGATAGCTAGTTGATGGAAAACATGGGGGATTCGAC
CATAGGGCCGGGTCATCCGCATCTCCCTCCCGGGTTTCGGTTTCACCCGACCGACGAAGA
ATTTGTAGTTCATTACCTCAAGAAGAAAGCTGCTTCTATTCCACTTCCGGTCTCAATCAT
CGCCGAGATTGATCTTTACAAGTTTGATCCTTGGGAGCTTCCAAGCAAGGCAAGTTTTGG
AGAACAAGAGTGGTACTTCTTTAGTCCTAGAGATCGGAAGTATCCCAATGGCGTTAGGCC
GAATCGGGCAGCAACTTCTGGTTACTGGAAAGCCACGGGAACCGATAAACCAATATTTAC
GTGCAATAGTCACAAGGTTGGGGTCAAGAAAGCGCTTGTATTCTATGGTGGAAAACCTCC
TAAAGGGATTAAAACTGATTGGATCATGCATGAATATCGCCTCACTGATGGTAATCTTAA
TACCGCTGCTAAGCCACCTGACTCAACCACGTCAAGG

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3ET15TF 577 0 0
GGG
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TTCGTAGAATAACTCATTTGAAGATAGCTAGTTGATGGAAAACATGGGGGATTCGACCAT
AGGGCCGGGTCATCCGCATCTCCCTCCCGGGTTTCGGTTTCACCCGACCGACGAAGAATT
TGTAGTTCATTACCTCAAGAAGAAAGCTGCTTCTATTCCACTTCCGGTCTCAATCATCGC
CGAGATTGATCTTTACAAGTTTGATCCTTGGGAGCTTCCAAGCAAGGCAAGTTTTGGAGA
ACAAGAGTGGTACTTCTTTAGTCCTAGAGATCGGAAGTATCCCAATGGCGTTAGGCCGAA
TCGGGCAGCAACTTCTGGTTACTGGAAAGCCACGGGAACCGATAAACCAATATTTACGTG
CAATAGTCACAAGGTTGGGGTCAAGAAAGCGCTTGTATTCTATGGTGGAAAACCTCCTAA
AGGGATTAAAACTGATTGGATCATGCATGAATATCGCCTCACTGATGGTAATCTTAATAC
CGCTGCTAAGCCACCTGACTCAACCACGTCAAGG

QA 4 577 4 577
DS 

RD RR3GF20TF 618 0 0
G
ACTCTCCAAAATATCAAATCCTCTTCCTACATATTCTCCCTTGAGTATCATGAGACTGTC
TTCGTAGAATAACTCATTTGAAGATAGCTAGTTGATGGAAAACATGGGGGATTCGACCAT
AGGGCCGGGTCATCCGCATCTCCCTCCCGGGTTTCGGTTTCACCCGACCGACGAAGAACT
TGTAGTTCATTACCTCAAGAAGAAAGCTGCTTCTATTCCACTTCCGGTCTCAATCATCGC
CGAGATTGATCTTTACAAGTTTGATCCTTGGGAGCTTCCAAGCAAGGCAAGTTTTGGAGA
ACAAGAGTGGTACTTCTTTAGTCCTAGAGATCGGAAGTATCCCAATGGCGTTAGGCCGAA
TCGGGCAGCAACTTCTGGTTACTGGAAAGCCACGGGAACCGATAAACCAATATTTACGTG
CAATAGTCACAAGGTTGGGGTCAAGAAAGCGCTTGTATTCTATGGTGGAAAACCTCCTAA
AGGGATTAAAACTGATTGGATCATGCATGAATATCGCCTCACTGATGGTAATCTTAACAC
CGCTGCTAAGCCACCTGACTCAACCACGTCAAGGAAAAACTCACTACGGCTAGACGATTG
GGTTCTTTGTAG
ATCTA

QA 2 613 2 613
DS 

RD RR3DU86TF 780 0 0
G
CATTTGAAGATAGCTAGTTGATGGAAAACATGGGGGATTCGACCATAGGGCCGGGTCATC
CGCATCTCCCTCCCGGGTTTCGGTTTCACCCGACCGACGAAGAACTTGTAGTTCATTACC
TCAAGAAGAAAGCTGCTTCTATCCCACTTCCGGTCTCAATCATCGCCGAGATTGATCTTT
ACAAGTTTGATCCTTGGGAGCTTCCAAGCAAGGCAAGTTTTGGAGAACAAGAGTGGTACT
TCTTTAGTCCTAGAGATCGGAAGTATCCCAATGGCGTTAGGCCGAATCGGGCAGCAACTT
CTGGTTACTGGAAAGCCACGGGAACCGATAAACCAATATTTACGTGCAATAGTCACAAGG
TTGGGGTCAAGAAAGCGCTTGTATTCTATGGTGGAAAACCTCCTAAAGGGATTAAAACTG
ATTGGATCATGCATGAATATCGCCTCACTGATGGTAATCTTAACACCGCTGCTAAGCCAC
CTGACTCAACCACGTCAAGGAAAAACTCACTACGGCTAGACGATTGG*TTCTTTGTAGGA
TCTATAAGAAGAATAGTTCACAGAGACCAACAATGGAGAGAGTATTACTAAGAGAGGATC
TCATGGAAGGAATGCTCTCAAAATCATCTGCTAATTCATCTTCCACATCGGTCTTAGACA
ACAACAACAACAATAATAACAATGAAGAACACTTTTTCGATGGTATGGCCGTTTCATCGG
ACAAACGTTCCTTGTGTGGTCAGTATCGTATAG*TCATGAG*CCACTGGATCATCTTCT

QA 2 780 2 780
DS 

RD RR3AU92TF 861 0 0
GCACT
CGACCGACGAAGAACTTGTAGTTCATTACCTCAAGAAGAAAGCTGCTTCTATTCCACTTC
CGGTCTCAATCATCGCCGAGATTGATCTTTACAAGTTTGATCCTTGGGAGCTTCCAAGCA
AGGCAAGTTTTGGAGAACAAGAGTGGTACTTCTTTAGTCCTAGAGATCGGAAGTATCCCA
ATGGCGTTAGGCCGAATCGGGCAGCAACTTCTGGTTACTGGAAAGCCACGGGAACCGATA
AACCAATATTTACGTGCAATAGTCACAAGGTTGGGGTCAAGAAAGCGCTTGTATTCTATG
GTGGAAAACCTCCTAAAGGGATTAAAACTGATTGGATCATGCATGAATATCGCCTCACTG
ATGGTAATCTTAACACCGCTGCTAAGCCACCTGACTCAACCACGTCAAGGAAAAACTCAC
TACGGCTAGACGATTGGGTTCTTTGTAGGATCTATAAGAAGAATAGTTCACAGAGACCAA
CAATGGAGAGAGTATTACTAAGAGAGGATCTCATGGAAGGAATGCTCTCAAAATCATCTG
CTAATTCATCTTCCACATCGGTCTTAGACAACAACAACAACAATAATAACAATGAAGAAC
ACTTTTTCGATGGTATGGCCGTTTCATCGGACAAACGTTCCTTGTGTGGTCAGTATCGTA
TAGGTCACGAGGCCACTGGATCATCTTCTTTCGGGTCATTCTTATCGAGCAAGAGGTTCC
ATCATACGAGTGATCTCAATAATGGTAACTACAATGTCTCATTTGTCTCGATGCTTAGTG
AAATTCCTCAGAGTTCGGGGTTTCATGGAAATGGAGTCATCGATACGACGTCGACTCTAG
CTGATCATGGGGTTTT

QA 6 861 6 861
DS 

RD RR3GF20JQ 749 0 0
GCCACGGGAACCGATAAACCAATATTTACGTGCAATAGTCACAAGGTTGGGGTCAAGAAA
GCGCTTGTATTCTATGGTGGAAAACCTCCTAAAGGGATTAAAACTGATTGGATCATGCAT
GAATATCGCCTCACTGATGGTAATCTTAACACCGCTGCTAAGCCACCTGACTCAACCACG
TCAAGGAAAAACTCACTACGGCTAGACGATTGGGTTCTTTGTAGGATCTATAAGAAGAAT
AGTTCACAGAGACCAACAATGGAGAGAGTATTACTAAGAGAGGATCTCATGGAAGGAATG
CTCTCAAAATCATCTGCTAATTCATCTTCCACATCGGTCTTAGACAACAACAACAACAAT
AATAACAATGAAGAACACTTTTTCGATGGTATGGCCGTTTCATCGGACAAACGTTCCTTG
TGTGGTCAGTATCGTATAGGTCATGAGGCCACTGGATCATCTTCTTTCGGGTCATTCTTA
TCGAACAAGAGGTTCCATCATACGAGTGATCTCAATAATGATAACTACAATGTCTCATTT
GTCTCGATGCTTAGTGAAATTCCTCAGAGTTCGGGGTTTCATGGAAATGGAGTCATCGAT
ACGACGTCGACTCTAGCTGATCATGGGGTTTTAAGACAGGCGTTTCAGCTTCCTAACATG
AACTGGCACCCATAATCTACATAGCTATGTATGTATGTATTTATGCACACACATTATAGT
TTATACAGTATATATAGATAAATTCATAT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 2 6

CO CL245Contig1 811 3 5 U
GGATTACAATAAAAGTAACTTGTATCAAAGGGTTTCCAGTGTAGAAAGAAATAAACAAGG
TTTACAAACTTCCTATCACGTCACGTGAAGGAGAATCGCTAAAACCAAAAAAGAAAAGAT
GAGTTTATAGATCTCTGAGAAAATTTATTCGAAAAAACTGACAGACACCATTACATCGTT
TGAGATCTTGTTTTCTCTTGGGCGCTCTAGGCTTTGGACATGTGAAGGATCAAGTCCACC
ACACGGGTGCTGTAACCCCATTCGTTGTCATACCACGACACCAGTTTCACGAAGTTGTCA
CTCAATGCAATTCCAGCCTTTGCATCAAAAATGCTAGACCTGTTGTCACCAACGAAGTCA
GTTGAGACAACATCATCCTCGGTGTAACCAAGGATTCCCTTTAGTTTGCCTTCAGATTCC
TCCTTGATAGCCTTCTTGATCTCGTCGTAGGTTGCAGCTTTCTCGAGTCTGACCGTGAGG
TCAACAACTGAAACATCAACGGTGGGAACACGGAAGGACATTCCGGTCAACTTTCCGTTG
AGCTGTGGAAGCACCTTTCCGACAGCCTTGGCAGCTCCAGCGCTGCTTGGAATGATGTTG
AAGGAAGCGGCTCTTCCACCTCTCCAGTCCTTCATTGATGGACCATCAACAGTCTTCTGG
GTAGCAGTGATCGAGTGGACGGTAGTCATGAGTCCCTCAACGATTCCAAACCTGTCGTTG
ATAACCTTAGCAAGAGGAGCAAGGCAGTTAGTGGTGCAACTAGCGTTGGAAACAATGTTG
AGATCAGACTTGTACTCATGCTCATTGACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ18TF C 10
AF RR3DW21JQ U 7
AF RR3CA39JQ U 1
BS 1 359 RR3CA39JQ
BS 360 360 RR3DW21JQ
BS 361 580 RR3CA39JQ
BS 581 581 RR3DW21JQ
BS 582 811 RR3CA39JQ

RD RR3CJ18TF 376 0 0
AAAAGTA
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CACGTCACGTGAAGGAGAATCGCTAAAACCAAAAAAGAAAAGATGAGTTTATAGATCTCT
GAGAAAATTTATTCGAAAAAACTGACAGACACCATTACATCGTTTGAGATCTTGTTTTCT
CTTGGGCGCTCTAGGCTTTGGACATGTGAAGGATCAAGTCCACCACACGGGTGCTGTAAC
CCCATTCGTTGTCATACCACGACACCAGTTTCACGAAGTTGTCACTCAATGCAATTCCAG
CCTTTGCATCAAAAATGCTAGACCTGTTGTCACCAACGAAGTCAGTTGAGACAACATCAT
CCTCGGTG
C

QA 8 375 8 375
DS 

RD RR3DW21JQ 659 0 0
GATAAAAGTA
AACTTGTATCAAAGGGTTTCCAGTGTAGAGAGAAATAAACAAGGTTTACAAACTTCCTAT
CACGTCACGTGAAGGAGAATCGCTAAAACCAAAAA*GAAAAGATGAGTTTATAGATCTCT
GAGAAAATTTATTCGAAAAAACTGACAGACACCATTACATCGTTTGAGATCTTGTTTTCT
CTTGGGCGCTCTAGGCTTTGGACATGTGAAGGATCAAGTCCACCACACGGGTGCTGTAAC
CCCATTCGTTGTCATACCACGACACCAGTTTCACGAAGTTGTCACTCAATGCAATTCCAG
CCTTTGCATCAAAAATGCTAGACCTGTTGTCACCAACGAAGTCAGTTGAGACAACATCAT
CCTCGGTGTAACCAAGGATTCCCTTTAGTTTGCCTTCAGATTCCTCCTTGATAGCCTTCT
TGATCTCGTCGTAGGTTGCAGCTTTCTCGAGTCTGACCGTGAGGTCAACAGCTGAAACAT
CAACGGTGGGAACACGGAAGGACATTCCGGTCAACTTTCCGTTGAGCTGTGGAAGCACCT
TTCCGACAGCCTTGGCAGCTCCAGCGCTGCTTGGAATGATGTTGAAGGAAGCGGCTCTTC
CACCTCTCCAGTCCTTCATTGATGGACCATCAACAGTCTTCTGGGTAGC

QA 11 659 11 659
DS 

RD RR3CA39JQ 811 0 0
GGATTACAATAAAAGTAACTTGTATCAAAGGGTTTCCAGTGTAGAAAGAAATAAACAAGG
TTTACAAACTTCCTATCACGTCACGTGAAGGAGAATCGCTAAAACCAAAAAAGAAAAGAT
GAGTTTATAGATCTCTGAGAAAATTTATTCGAAAAAACTGACAGACACCATTACATCGTT
TGAGATCTTGTTTTCTCTTGGGCGCTCTAGGCTTTGGACATGTGAAGGATCAAGTCCACC
ACACGGGTGCTGTAACCCCATTCGTTGTCATACCACGACACCAGTTTCACGAAGTTGTCA
CTCAATGCAATTCCAGCCTTTGCATCAAAAATGCTAGACCTGTTGTCACCAACGAAGTCG
GTTGAGACAACATCATCCTCGGTGTAACCAAGGATTCCCTTTAGTTTGCCTTCAGATTCC
TCCTTGATAGCCTTCTTGATCTCGTCGTAGGTTGCAGCTTTCTCGAGTCTGACCGTGAGG
TCAACAACTGAAACATCAACGGTGGGAACACGGAAGGACATTCCGGTCAACTTTCCGTTG
AGCTGTGGAAGCACCTTTCCGACAGCCTTGGCAGCTCCAGTGCTGCTTGGAATGATGTTG
AAGGAAGCGGCTCTTCCACCTCTCCAGTCCTTCATTGATGGACCATCAACAGTCTTCTGG
GTAGCAGTGATCGAGTGGACGGTAGTCATGAGTCCCTCAACGATTCCAAACCTGTCGTTG
ATAACCTTAGCAAGAGGAGCAAGGCAGTTAGTGGTGCAACTAGCGTTGGAAACAATGTTG
AGATCAGACTTGTACTCATGCTCATTGACAC

QA 1 811 1 811
DS 



CO CL245Contig2 791 3 7 U
GGACTCACTTGACTATTCTCACGTTCAGAGCTTTGCTATCTCTCTCGACTACATCGCCAT
GGCTGACAAGAAGATTAAGATCGGGATTAACGGATTCGGAAGAATCGGTCGTTTGGTGGC
GAGAGTGATCCTTCAGAGGAACGATGTTGAGCTCGTCGCTGTTAACGATCCTTTCATCAC
CACCGAGTACATGACATACATGTTTAAGTACGACAGTGTTCACGGACAGTGGAAGCACAA
TGAGCTTAAGATAAAGGATGAGAAAACCCTTCTCTTCGGCGAGAAGCCAGTCACTGTTTT
CGGCATCAGGAACCCTGAGGATATCCCATGGGGTGAGGCCGGAGCTGACTTTGTTGTTGA
GTCTACTGGTGTCTTCACTGACAAGGACAAGGCCGCTGCTCACTTGAAGGGTGGTGCGAA
GAAAGTTGTCATCTCTGCCCCAAGCAAAGATGCTCCCATGTTTGTTGTTGGTGTCAATGA
GCATGAGTACAAGTCTGATCTCAACATTGTTTCCAACGCTAGTTGCACCACTAACTGCCT
TGCTCCTCTTGCTAAGGTTATCAACGACAGGTTTGGAATCGTTGAGGGACTCATGACTAC
CGTCCACTCGATCACTGCTACCCAGAAGACTGTTGATGGTCCATCAATGAAGACTGGAGA
GGTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATTCCAAGCAGCACTGGAGCTGCCAAGCTGTCG
GAAAGTGCTTCCACAGCTCAACGAAAGTTGACCGGAAGTCCTCGTGTCCCCCGTTGATGT
TTCAGTGTGAC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DW21TF U 2
AF RR3DT14TF U 1
AF RR3CA39TF U 1
BS 1 723 RR3CA39TF
BS 724 724 RR3DT14TF
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BS 758 791 RR3CA39TF

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GAGCTTAAGATAAAGGATGAGAAAACCCTTCTCTTCGGCGAGAAGCCAGTCACTGTTTTC
GGCATCAGGAACCCTGAGGATATCCCATGGGGTGAGGCCGGAGCTGACTTTGTTGTTGAG
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AAAGTTGTCATCTCTGCCCCAAGCAAAGATGCTCCCATGTTTGTTGTTGGTGTCAATGAG
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GCTCCTCTTGCTAAGGTTATCAACGACAG*TTTGGAATCGTTGAGGGACTCATGACTACC
GTCCACTCGATCACTGCTACCCAGAAGACTGTTGATGGTCCATCAAT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3DT14TF 757 0 0
G
GACTCACTTGACTATTCTCACGTTCAGAGCTTTGCTATCTCTCTCGACTACATCGCCATG
GCTGACAAGAAGATTAAGATCGGGATTAACGGATTCGGAAGAATCGGTCGTTTGGTGGCG
AGAGTGATCCTTCAGAGGAACGATGTTGAGCTCGTCGCTGTTAACGATCCTTTCATCACC
ACCGAGTACATGACATACATGTTTAAGTACGACAGTGTTCACGGACAGTGGAAGCACAAT
GAGCTTAAGATAAAGGATGAGAAAACTCTTCTCTTCGGCGAGAAGCCAGTCACTGTTT*C
GGCATCAGGAACCCTGAGGATATCCCATGGGGTGAGGCCGGAGCTGACTTTGTTGTTGAG
TCTACTGGTGTCTTCACTGACAAGGACAAGGCCGCTGCTCACTTGAAGG*TGGTGCGAAG
AAAGTTGTCATCTCTGCCCCAAGCAAAGATGCTCCCATGTTTGTTGTTGGTGTCAATGAG
CATGAGTACAAGTCTGATCTCAACATTGTTTCCAACGCTAGTTGCACCACTAACTGCCTT
GCTCCTCTTGCTAAGGTTATCAACGACAGGTTTGGAATCGTTGAGGGACTCATGACTACC
GTCCACTCGATCACTGCTACCCAGAAGACTGTTGATGGTCCATCAATGAAGACTGGAGAG
GTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATTCCAAGCAGCACTGGAGCTGC*AAGCTGTCGG
AAAGTGCTTC*ACAGCTCACGGAGAGTTGACCGGAA

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR3CA39TF 791 0 0
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GGCTGACAAGAAGATTAAGATCGGGATTAACGGATTCGGAAGAATCGGTCGTTTGGTGGC
GAGAGTGATCCTTCAGAGGAACGATGTTGAGCTCGTCGCTGTTAACGATCCTTTCATCAC
CACCGAGTACATGACATACATGTTTAAGTACGACAGTGTTCACGGACAGTGGAAGCACAA
TGAGCTTAAGATAAAGGATGAGAAAACCCTTCTCTTCGGCGAGAAGCCAGTCACTGTTTT
CGGCATCAGGAACCCTGAGGATATCCCATGGGGTGAGGCCGGAGCTGACTTTGTTGTTGA
GTCTACTGGTGTCTTCACTGACAAGGACAAGGCCGCTGCTCACTTGAAGGGTGGTGCGAA
GAAAGTTGTCATCTCTGCCCCAAGCAAAGATGCTCCCATGTTTGTTGTTGGTGTCAATGA
GCATGAGTACAAGTCTGATCTCAACATTGTTTCCAACGCTAGTTGCACCACTAACTGCCT
TGCTCCTCTTGCTAAGGTTATCAACGACAGGTTTGGAATCGTTGAGGGACTCATGACTAC
CGTCCACTCGATCACTGCTACCCAGAAGACTGTTGATGGTCCATCAATGAAGACTGGAGA
GGTGGAAGAGCCGCTTCCTTCAACATCATTCCAAGCAGCACTGGAGCTGCCAAGCTGTCG
GAA*GTGCTTCCACAGCTCAACGGAAGTTGACCGGATGTCCTCGTGTCCCCCGTTGATGT
TTCAGTGTGAC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 10

CO CL246Contig1 1026 10 13 U
GATAGAAAGTTGGGTCAGACCCTACAAAAGGATCCAGACTTTTATTAATATAAAAATATT
ACAAATATTAAAGATAATAAGCTTATAATCCAAATAAACAAAGGAAAAATCCGTTGTCTA
TCTATTAGCATTATTCAAGTACTGAAAATGAAGAAAACAACGAGAAATTATTTAGTAGTA
GAGGTTCTCGCTGCTGTTGAAAGGGCCAGGTTCAGGTGCTTGTATACTTCAAGTTGTGGC
CAACCTAGTGAAGTCAATCGGAGTTTTTGTACCACCGACTGTGGTTGTAGCTTTGATTTT
GTCCTTGGAGATTACCTCACCCGAAAAGTCATAACCTGCCACTCCGGCACCCTTGAGGTT
GTACAATTCGAACTTTGTGGGTGTGCCGGAGATCAGTTTAATACGACCATACGAGGCTTC
AGGTACATTCTTTTTTCCATAGTAGTTTGTAGTCCAATACCACGTGAAGGTGACTGCTGC
CCCGTCGCGCAATCCGTCCGGAATATCAAGCCGGACCGTCTCGCCCTTCGGAGCATATAC
GGGGTGAGTGAGCGTACCAGTGAAGACAGCGCCGTGAAAGTGGTGCACACCCTTGGCTTT
GCCTCCGAAGACTTCTCCCTTGGACCTGCCCTTTGAGGACTCGGCGATGAGTACATGTC*
**CTCTTTGTTTATCCAGCTTCTGGGTGATTTTGACCTCAGGCCTTTTGGGCTCGTGATG
GTAGATCTCAATCAATTTGTCCGTCAACGACTCGGCCATGGTGTGTATAAGGGCGACTGT
GGTGGGTTCGGCAATGTCTTTGAAGAGAATGATATCGCGAACGGAGCTCTCGAGGAAGTT
GCCGAGGGACTGCAAATATCTCGTCCAATCCCTCTCGTTGTATGCGATACCCGCTCGTTC
TAGAGAGTACACGGTTCCGACTAGTGGGATATATTCCACTACGGAGTAGGCGACATCTTC
GAGTTGGGTGAACCACTGAGACATGATGGCTTATATCTGTTGATAGGCGGTAAATGGATG
ATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 
60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 30 60 30 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 45 
60 30 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 
35 35 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 35 50 35 50 35 35 50 50 35 50 50 35 35 50 50 35 35 50 50 35 35 35 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 

AF RR3G193JQ U 12
AF RR3C844JQ U 12
AF RR3HB32JQ U 1
AF RR3EH30JQ U 24
AF RR3HB32TF C 45
AF RR3FM49JQ U 11
AF RR3FM49TF C 33
AF RR3AT02JQ U 12
AF RR3GD30TF C 255
AF RR3AT02TF C 300
BS 1 351 RR3HB32JQ
BS 352 354 RR3FM49JQ
BS 355 697 RR3HB32JQ
BS 698 749 RR3FM49JQ
BS 750 750 RR3AT02JQ
BS 751 768 RR3FM49JQ
BS 769 853 RR3GD30TF
BS 854 854 RR3AT02TF
BS 855 857 RR3GD30TF
BS 858 858 RR3AT02TF
BS 859 1013 RR3GD30TF
BS 1014 1014 RR3AT02TF
BS 1015 1026 RR3GD30TF

RD RR3G193JQ 598 0 0
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AGATAATAAGCTTATAATCCAAATAAACAAAGGAAAAATCCGTTGTCTATCTATTAGCAT
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TGCTGTTGAAAGGGCCAGGTTCAGGTGCTTGTATACTTCAAGTTGTGGCCAACCTAGTGA
AGTCAATCGGAGTTTTTGTACCACCGACTGTGGTTGTAGCTTTGATTTTGTCCTTGGAGA
TTACCTCACCCGAAAAGTCATAACCTGCCACTCCGGCACCCTTGAGGTTGTACAATTCGA
ACTTTGTGGGTGTGCCGGAGATCAGTTTAATACGACCATACGAGGCTTCAGGTACATTCT
TTTTTCCATAGTAGTTTGTAGTCCAATACCACGTGAAGGTGACTGCTGCCCCGTCGCGCA
ATCCGTCCGGAATATCAAGCCGGACCGTCTCGCCCTTCGGAGCATATACGGGGTGAGTGA
GCGTACCAGTGAAGACAGCGCCGTGAAAGTGGTGCACACCCTTGGCTT*GCCTCCGAA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3C844JQ 598 0 0
GGGTCAGACCCTACAAAAGGATCCAGACTTTTATTAATATAAAAATGTTACAAATATTAA
AGATAATAAGCTTATAATCCAAATAAACAAAGGAAAAATCCGTTGTCTATCTATTAGCAT
TATTCAAGTACTGAAAATGAAAAAAACAATGAGAAATTATTTAGTAGTAGAGGTTCTCGC
TGCTGTTGAAAGGGCCAGGTTCAGGTGCTTGTATACTTCAAGTTGTGGCCAACCTAGTGA
AGTCAATCGGAGTTTTTGTACCACCGACTGTGGTTGTAGCTTTGATTTTGTCCTTGGAGA
TTACCTCACCCGAAAAGTCATAACCTGCCACTCCGGCACCCTTGAGGTTGTACAATTCGA
ACTTTGTGGGTGTGCCGGAAATCAGTTTAATACGACCATACGAGGCTTCAGGTACATTCT
TTTTTCCATAGTAGTTTGTAGTCCAATACCACGTGAAGGTGACTGCTGCCCCGTCGCGCA
ATCCGTCCGGAATATCAAGCCGGACCGTCTCGCCCTTCGGAGCATATACGGGGTGAGTGA
GCGTACCAGTGAAGACAGCGCCGTGAAAGTGGTGCACACCATTGGCTTTGCCTCCGAA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3HB32JQ 697 0 0
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ACAAATATTAAAGATAATAAGCTTATAATCCAAATAAACAAAGGAAAAATCCGTTGTCTA
TCTATTAGCATTATTCAAGTACTGAAAATGAAGAAAACAACGAGAAATTATTTAGTAGTA
GAGGTTCTCGCTGCTGTTGAAAGGGCCAGGTTCAGGTGCTTGTATACTTCAAGTTGTGGC
CAACCTAGTGAAGTCAATCGGAGTTTTTGTACCACCGACTGTGGTTGTAGCTTTGATTTT
GTCCTTGGAGATTACCTCACCCGAAAAGTCATAACCTGCCACTCCGGCACC***GAGGTT
GTACAATTCGAACTTTGTGGGTGTGCCGGAGATCAGTTTAATACGACCATACGAGGCTTC
AGGTACATTCTTTTTTCCATAGTAGTTTGTAGTCCAATACCACGTGAAGGTGACTGCTGC
CCCGTCGCGCAATCCGTCCGGAATATCAAGCCGGACCGTCTCGCCCTTCGGAGCATATAC
GGGGTGAGTGAGCGTACCAGTGAAGACAGCGCCGTGAAAGTGGTGCACACCCTTGGCTTT
GCCTCCGAAGACTTCTCCCTTGGACCTGCCCTTTGAGGACTCGGCGATGAGTACATGTC*
**CTCTTTGTTTATCCAGCTTCTGGGTGATTTTGACC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3EH30JQ 675 0 0
G
CAAAAGGATCCAGACTTTTATTAATATAAAAATATTACAAATATTAAAGATAATAAGCTT
ATAATCCAAATAAACAAAGGAAAAATCCGTTGTCTATCTATTAGAATTATTCAGGTACTG
AAAATGAAGAAAACAACGAGAAATTATTTAGTAGTAGAGGTTCTCGCTGCTGTTGAAAGG
GCCAGGTTCAGGTGCTTGTATACTTCAAGTTGTGGCCAACCTAGTGAAGTCAATCGGAGT
TTTTGTACCACCGACTGTGGTTGTAGCTTTGATTTTGTCCTTGGAGATTACCTCACCCGA
AAAGTCATAACCTGCCACTCCGGCACCCTTGAGGTTGTACAATTCGAACTTTGTGGGTGT
GCCGGAAATCAGTTTAATACGACCATACGAGGCTTCAGGTACATTCTTTTTTCCATAGTA
GTTTGTAGTCCAATACCACGTGAAGGTGACTGCTGCCCCGTCGCGCAATCCGTCCGGAAT
ATCAAGCCGGACCGTCTCGCCCTTCGGAGCATATACGGGGTGAGTGAGCGTACCAGTGAA
GACAGCGCCGTGAAAGTGGTGCACACCCTTGGCTTTGCCTCCGAAGACTTCTCCCTTGGA
CCTGCCCTTTGAGGACTCGT*GATG*GTAGATCTCAATCAATTTGTCCGTCAA*CGACTC
GGCCATGGTGTGTA

QA 2 675 2 675
DS 

RD RR3HB32TF 675 0 0
TTAATATAAAAATATTACAAATATTAAAGATAATAAGCTTATAATCCAAATAAACAAAGG
AAAAATCCGTTGTCTATCTATTAGCATTATTCAAGTACTGAAAATGAAGAAAACAACGAG
AAATTATTTAGTAGTAGAGGTTCTCGCTGCTGTTGAAAGGGCCAGGTTCAGGTGCTTGTA
TACTTCAAGTTGTGGCCAACCTAGTGAAGTCAATCGGAGTTTTTGTACCACCGACTGTGG
TTGTAGCTTTGATTTTGTCCTTGGAGATTACCTCACCCGAAAAGTCATAACCTGCCACTC
CGGCACC***GAGGTTGTACAATTCGAACTTTGTGGGTGTGCCGGAGATCAGTTTAATAC
GACCATACGAGGCTTCAGGTACATTCTTTTTTCCATAGTAGTTTGTAGTCCAATACCACG
TGAAGGTGACTGCTGCCCCGTCGCGCAATCCGTCCGGAATATCAAGCCGGACCGTCTCGC
CCTTCGGAGCATATACGGGGTGAGTGAGCGTACCAGTGAAGACAGCGCCGTGAAAGTGGT
GCACACCCTTGGCTTTGCCTCCGAAGACTTCTCCCTTGGACCTGCCCTTTGAGGACTCGG
CGATGAGTACATGTC***CTCTTTGTTTATCCAGCTTCTGGGTGATTTTGACCTCAGGCC
TTTTGGGCTCGTGAT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3FM49JQ 762 0 0
C
GGGTCAGACCCTACAAAAGGATCCAGACTTTTATTAATATAAAAATATTACAAATATTAA
AGATAATAAGCTTATAATCCAAATAAACAAAGGAAAAATCCGTTGTCTATCTATTAGCAT
TATTCAAGTACTGAAAATGAAGAAAACAACGAGAAATTATTTAGTAGTAGAGGTTCTCGC
TGCTGTTGAAAGGGCCAGGTTCAGGTGCTTGTATACTTCAAGTTGTGGCCAACCTAGTGA
AGTCAATCGGAGTTTTTGTACCACCGACTGTGGTTGTAGCTTTGATTTTGTCCTTGGAGA
TTACCTCACCCGAAAAGTCATAACCTGCCACTCCGGCACCCTTGGGGTTGTACAATTCGA
ACTTTGTGGGTGTGCCGGAGATCAGTTTAATACGACCATACGAGGCTTCAGGTACATTCT
TTTTTCCATAGTAGTTTGTAGTCCAATACCACGTGAAGGTGACTGCTGCCCCGTCGCGCA
ATCCGTCCGGAATATCAAGCCGGACCGTCTCGCCCTTCGGAGCATATACGGGGTGAGTGA
GCGTACCAGTGAAGACAGCGCCGTGAAAGTGGTGCACACCCTTGGCTTTGCCTCCGAAGA
CTTCTCCCTTGGACCTGCCCTTTGAGGACTCGGCGATGAGTACATGTC***CTCTTTGTT
TATCCAGCTTCTGGGTGATTTTGACCTCAGGCCTTTTGGGCTCGTGATGGTAGATCTCAA
TCAATTTGTCCGTCAACGGCTCGGCCATGGTGTGTAT
CCCT

QA 2 758 2 758
DS 

RD RR3FM49TF 740 0 0
TCCAGACTTTTATTAATATAAAA*TATTACAAATATTAAAGATAATAAGCTTATAATCCA
AATAAACAAAGGAAAAATCCGTTGTCTATCTATTAGCATTATTCAAGTACTGAAAATGAA
GAAAACAACGAGAAATTATTTAGTAGTAGAGGTTCTCGCTGCTGTTGAAAGGGCCAGGTT
CAGGTGCTTGTATACTTCAAGTTGTGGCCAACCTAGTGAAGTCAATCGGAGTTTTTGTAC
CACCGACTGTGGTTGTAGCTTTGATTTTGTCCTTGGAGATTACCTCACCCGAAAAGTCAT
AACCTGCCACTCCGGCACCCTTGGGGTTGTACAATTCGAACTTTGTGGGTGTGCCGGAGA
TCAGTTTAATACGACCATACGAGGCTTCAGGTACATTCTTTTTTCCATAGTAGTTTGTAG
TCCAATACCACGTGAAGGTGACTGCTGCCCCGTCGCGCAATCCGTCCGGAATATCAAGCC
GGACCGTCTCGCCCTTCGGAGCATATACGGGGTGAGTGAGCGTACCAGTGAAGACAGCGC
CGTGAAAGTGGTGCACACCCTTGGCTTTGCCTCCGAAGACTTCTCCCTTGGACCTGCCCT
TTGAGGACTCGGCGATGAGTACATGTC***CTCTTTGTTTATCCAGCTTCTGGGTGATTT
TGACCTCAGGCCTTTTGGGCTCGTGATGGTAGATCTCAATCAATTTGTCCGTCAACGGCT
CGGCCATGGTGTGTAT
CCCT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3AT02JQ 755 0 0
GGGTCAGACCCTACAAAAGGATCCAGACTTTTATTAATATAAAAATATTACAAATATTAA
AGATAATAAGCTTATAATCCAAATAAACAAAGGAAAAATCCGTTGTCTATCTATTAGCAT
TATTCAAGTACTGAAAATGAAGAAAACAACGAGAAATTATTTAGTAGTAGAGGTTCTCGC
TGCTGTTGAAAGGGCCAGGTTCAGGTGCTTGTATACTTCAAGTTGTGGCCAACCTAGTGA
AGTCAATCGGAGTTTTTGTACCACCGACTGTGGTTGTAGCTTTGATTTTGTCCTTGGAGA
TTACCTCACCCGAAAAGTCATAACCTGCCACTCCGGCACCCTTGAGGTTGTACAATTCGA
ACTTTGTGGGTGTGCCGGAAATCAGTTTAATACGACCATACGAGGCTTCAGGTACATTCT
TTTTTCCATAGTAGTTTGTAGTCCAATACCACGTGAAGGTGACTGCTGCCCCGTCGCGCA
ATCCGTCCGGAATATCAAGCCGGACCGTCTCGCCCTTCGGAGCATATACGGGGTGAGTGA
GCGTACCAGTGAAGACAGCGCCGTGAAAGTGGTGCACACCCTTGGCTTTGACTCCGAAGA
CTTCTCCCTTGGACCTGCCCTTTGAGGACTCGGCGATGAGTACATGTC***CTCTTTGTT
TATCCAGCTTCTGGGTGATTTTGACCTCAGGCCTTTTGGGCTCGTGATGGTAGATCTCAA
TCAATTTGTCCGTCAACGACTCGGCCATGGTGTGT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3GD30TF 772 0 0
CAATCGGAGTTTT*GTACCAC*GACTGTGGT*GTAGCTTTGATTT*GTC*TTGGAGATTA
CCTCACCCGAAAAGTCATAACCTGCCACTCCGGCACCCTTGAGGTTGTACAATTCGAACT
TTGTGGGTGTGCCGGAGATCAGTTTAATACGACCATACGAGGCTTCAGGTACATTCTTTT
TTCCATAGTAGTTTGTAGTCCAATACCACGTGAAGGTGACTGCTGCCCCGTCGCGCAATC
CGTCCGGAATATCAAGCCGGACCGTCTCGCCCTTCGGAGCATATACGGGGTGAGTGAGCG
TACCAGTGAAGACAGCGCCGTGAAAGTGGTGCACACCCTTGGCTTTGCCTCCGAAGACTT
CTCCCTTGGACCTGCCCTTTGAGGACTCGGCGATGAGTACATGTC***CTCTTTGTTTAT
CCAGCTTCTGGGTGATTTTGACCTCAGGCCTTTTGGGCTCGTGATGGTAGATCTCAATCA
ATTTGTCCGTCAACGACTCGGCCATGGTGTGTATAAGGGCGACTGTGGTGGGTTCGGCAA
TGTCTTTGAAGAGAATGATATCGCGAACGGAGCTCTCGAGGAAGTTGCCGAGGGACTGCC
AATGTCTCGTCCAATCCCTCTCGTTGTATGCGATACCCGCTCGTTCTAGAGAGTACACGG
TTCCGACTAGTGGGATATATTCCACTACGGAGTAGGCGACATCTTCGAGTTGGGTGAACC
ACTGAGACATGATGGCTTATATCTGTTGATAGGCGGTAAGTGGATGATGTCC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3AT02TF 727 0 0
TGTCTTTGGAGATTACCTCACCCGAAAAGTCATAACCTGCCACTCCGGCACCCTTGAGGT
TGTACAATTCGAACTTTGTGGGTGTGCCGGAGATCAGTTTAATACGACCATACGAGGCTT
CAGGTACATTCTTTTTTCCATAGTAGTTTGTAGTCCAATACCACGTGAAGGTGACTGCTG
CCCCGTCGCGCAATCCGTCCGGAATATCAAGCCGGACCGTCTCGCCCTTCGGAGCATATA
CGGGGTGAGTGAGCGTACCAGTGAAGACAGCGCCGTGAAAGTGGTGCACACCCTTGGCTT
TGACTCCGAAGACTTCTCCCTTGGACCTGCCCTTTGAGGACTCGGCGATGAGTACATGTC
***CTCTTTGTTTATCCAGCTTCTGGGTGATTTTGACCTCAGGCCTTTTGGGCTCGTGAT
GGTAGATCTCAATCAATTTGTCCGTCAACGACTCGGCCATGGTGTGTATAAGGGCGACTG
TGGTGGGTTCGGCAATGTCTTTGAAGAGAATGATATCGCGAACGGAGCTCTCGAGGAAGT
TGCCGAGGGACTGCAAATATCTCGTCCAATCCCTCTCGTTGTATGCGATACCCGCTCGTT
CTAGAGAGTACACGGTTCCGACTAGTGGGATATATTCCACTACGGAGTAGGCGACATCTT
CGAGTTGGGTGAACCACTGAGACATGATGGCTTATATCTGTTGATAGGCGGTAAATGGAT
GATGTCC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 11

CO CL247Contig1 1017 11 10 U
GAGAACAACAAAGGAGCAAAGGGTTTTATTAGTGAATCTAAGGCCGAGAGAAAGATGAGC
AGAGGAAGCGGCGCAGGATACGATCGTCACATCACGATCTTCTCACCGGAAGGTCGTCTC
TTCCAAGTCGAATATGCATTCAAAGCCGTCAAAGCAGCTGGAATCACCTCCATCGGTGTT
CGCGGAAAAGATTCAGTATGCGTCGTCACCCAGAAGAAAGTTCCCGACAAGCTTCTAGAT
CAGTCAAGCGTATCTCACCTTTTCCCTGTCACTAAGTACCTTGGCTTGTTAGCCACTGGC
ATGACAGCTGATTCAAGGTCTTTGGTCACACAAGCAAGGAATGAGGCAGCTGAGTTTAGG
TTCCAATACGGATACGAGATGCCTGCCGACATCCTTGCTAAATGGATTGCAGACAAGTCA
CAGGTCTACACTCAACATGCTTACATGAGACCTCTTGGAGTAGTTGCCATGGTGCTGGGT
ATGGATGAAGAGAGAGGACCCCTGCTTTACAAGTGTGACCCAGCTGGACACTTTTACGGT
CACAAGGCAACTAGTGCGGGTATGAAAGAGCAAGAAGCAATCAATTTCTTGGAGAAGAAA
ATGAAAGAGAACCCTGCCTTCACTTATGATGAAACTGTGCAGACTGCCATATCTGCCCTG
CAATCTGTTCTTCAAGAAGACTTCAAGGCAACTGAGATTGAGGTTGGAGTTGTGAGAGCT
GATAACCCGATCTTCCGTTCCCTTGAAACGGAGGAGATCGAGGAGCATTTGACTGCCATT
AGCGAACGTGACTGATCACTTTGAAATCAGACTTTGGATTCTCTTCCTTTTGCTTTCATT
ATCTTTCTAAGAACATTCACATTTCAGAGAAACTTGTTTCCATCTGTGTTATGAATCTTG
TTGTTTCCATTTGAACACCATCTCTTTCTCAGATCCTCTTTTAAATTGTTTGCGTGTATG
GTTGTCAAATTAAGATCCAATGACCAAACCACAGGGGGGAAGAGTAAAAGGTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 20 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 25 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 50 50 50 50 25 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV48TF U 23
AF RR3ED61TF U 1
AF RR3FE77TF U 17
AF RR3E559TF U 18
AF RR3CC79TF U 70
AF RR3AS75TF U 30
AF RR3GV48JQ C 218
AF RR3CC79JQ C 165
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AF RR3F595JQ C 357
BS 1 682 RR3ED61TF
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BS 684 687 RR3E559TF
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BS 843 990 RR3AS75JQ
BS 991 1017 RR3F595JQ

RD RR3GV48TF 520 0 0
T
TTTTATTAGTGAATCTAAGGCCGAGAGAAAGATGAGCAGAGGAAGCGGCGCAGGATACGA
TCGTCACATCACGATCTTCTCACCGGAAGGTCGTCTCTTCCAAGTCGAATATGCATTCAA
AGCCGTCAAAGCAGCAGGAATCACCTCCATCGGTGTTCGCGGAAAAGATTCAGTATGCGT
CGTCACCCAGAAGAAAGTTCCCGACAAGCTTCTAGATCAGTCAAGCGTATCTCACCTTTT
CCCTGTCACTAAGTACCTTGGCTTGTTAGCCACTGGCATGACAGCTGATTCAAGGTCCTT
GGTCACACAAGCAAGGAATGAGGCAGCTGAGTTTAGGTTCCAATACGGATACGAGATGCC
TGCCGACATCCTTGCTAAATGGATTGCAGACAAGTCACAGGTCTACACTCAACATGCTTA
CATGAGACCTCTTGGAGTAGTTGCCATGGTGCTGGGTATGGACGAAGAGAGAGGACCCCT
GCTTTACAAGTGTGACCCAGCTGGACACTTTTACGGTCA

QA 2 520 2 520
DS 

RD RR3ED61TF 682 0 0
GAGAACAACAAAGGAGCAAAGGGTTTTATTAGTGAATCTAAGGCCGAGAGAAAGATGAGC
AGAGGAAGCGGCGCAGGATACGATCGTCACATCACGATCTTCTCACCGGAAGGTCGTCTC
TTCCAAGTCGAATATGCATTCAAAGCCGTCAAAGCAGCTGGAATCACCTCCATCGGTGTT
CGCGGAAAAGATTCAGTATGCGTCGTCACCCAGAAGAAAGTTCCCGACAAGCTTCTAGAT
CAGTCAAGCGTATCTCACCTTTTCCCTGTCACTAAGTACCTTGGCTTGTTAGCCACTGGC
ATGACAGCTGATTCAAGGTCTTTGGTCACACAAGCAAGGAATGAGGCAGCTGAGTTTAGG
TTCCAATACGGATACGAGATGCCTGCCGACATCCTTGCTAAATGGATTGCAGACAAGTCA
CAGGTCTACACTCAACATGCTTACATGAGACCTCTTGGAGTAGTTGCCATGGTGCTGGGT
ATGGATGAAGAGAGAGGACCCCTGCTTTACAAGTGTGACCCAGCTGGACACTTTTACGGT
CACAAGGCAACTAGTGCGGGTATGAAAGAGCAAGAAGCAATCAATTTCTTGGAGAAGAAA
ATGAAAGAGAACCCTGCCTTCACTTATGATGAAACTGTGCAGACTGCCATATCTGCCCTG
CAATCTGTTCTTCAAGAAGACT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3FE77TF 667 0 0
GGTGGGG
TTTTATTAGTGAATCTAAGGCCGAGAGAAAGATGAGCAGAGGAAGCGGCGCAGGATACGA
TCGTCACATCACGATCTTCTCACCGGAAGGTCGTCTCTTCCAAGTCGAATATGCATTCAA
AGCCGTCAAAGCGGCTGGAATCACCTCCATCGGTGTTCGCGGAAAAGATTCAGTATGCGT
CGTCACCCAGAAGAAAGTTCCCGACAAGCTTCTAGATCAGTCAAGCGTATCTCACCTTTT
CCCTGTCACTAAGTACCTTGGCTTGTTAGCCACTGGCATGACAGCTGATTCAAGTTCTTT
GGTCACACAAGCAAGGAATGAGGCAGCTGAGTTTAGGTTCCAATACGGATACGAGATGCC
TGCCGACATCCTTGCTAAATGGATTGCAGACAAGTCACAGGTCTACACTCAACATGCTTA
CATGAGACCTCTTGGAGTAGTTGCCATGGTGCTGGGTATGGATGAAGAGAGAGGACCCCT
GCTTTACAAGTGTGACCCAGCTGGACACTTTTACGGTCACAAGGCAACTAGTGCGGGTAT
GAAAGAGCAAGAAGCAATCAATTTCTTGGAGAAGAAAATGAAAGAGAACCCTGCCTTCAC
TTATGATGAAACTGTGCAGACTGCCATATCTGCCCTGCAATCTGTTCTTCAAGAAGACTT

QA 8 667 8 667
DS 

RD RR3E559TF 704 0 0
GGAGGG
TTTTATTAGTGAATCTAAGGCCGAGAGAAAGATGAGCAGAGGAAGCGGCGCAGGATACGA
TCGTCACATCACGATCTTCTCACCGGAAGGTCGTCTCTTCCAAGTCGAATATGCATTCAA
AGCCGTCAAAGCAGCAGGAATCACCTCCATCGGTGTTCGCGGAAAAGATTCAGTATGCGT
CGTCACCCAGAAGAAAGTTCCCGACAAGCTTCTAGATCAGTCAAGCGTATCTCACCTTTT
CCCTGTCACTAAGTACCTTGGCTTGTTAGCCACTGGCATGACAGCTGATTCAAGGTCCTT
GGTCACACAAGCAAGGAATGAGGCAGCTGAGTTTAGGTTCCAATACGGATACGAGATGCC
TGCCGACATCCTTGCTAAATGGATTGCAGACAAGTCACAGGTCTACACTCAACATGCTTA
CATGAGACCTCTTGGAGTAGTTGCCATGGTGCTGGGTATGGACGAAGAGAGAGGACCCCT
GCTTTACAAGTGTGACCCAGCTGGACACTTTTACGGTCACAAGGCAACTAGTGCGGGTAT
GAATGAGCAAGAAGCAATCAATTTCTTGGAGAAGAAAATGAAAGAGAACCCTGCCTTCAC
TTATGATGAAACTGTGCAGACTGCCATATCTGCCCTGCAATCTGTTCTTCAAGAAGACTT
CAAG*CAACTGAGATTGAG*TTGGAGTTGTGAGAGCTG

QA 7 704 7 704
DS 

RD RR3CC79TF 731 0 0
GA
CGCAGGATACGATCGTCACATCACGATCTTCTCACCGGAAGGTCGTCTCTTCCAAGTCGA
ATATGCATTCAAAGCCGTCAAAGCAGCTGGAATCACCTCCATCGGTGTTCGCGGAAAAGA
TTCAGTATGCGTCGTCACCCAGAAGAAAGTTCCCGACAAGCTTCTAGATCAGTCAAGCGT
ATCTCACCTTTTCCCTGTCACTAAGTACCTTGGCTTGTTAGCCACTGGCATGACAGCTGA
TTCAAGGTCTTTGGTCACACAAGCAAGGAATGAGGCAGCTGAGTTTAGGTTCCAATACGG
ATACGAGATGCCTGCCGACATCCTTGCTAAATGGATTGCAGACAAGTCACAGGTCTACAC
TCAACATGCTTACATGAGACCTCTTGGAGTAGTTGCCATGGTGCTGGGTATGGATGAAGA
GAGAGGACCCCTGCTTTACAAGTGTGACCCAGCTGGACACTTTTACGGTCACAAGGCAAC
TAGTGCGGGTATGAAAGAGCAAGAAGCAATCAATTTCTTGGAGAAGAAAATGAAAGAGAA
CCCTGCCTTCACTTATGATGAAACTGTGCAGACTGCCATATCTGCCCTGCAATCTGTTCT
TCAAGAAGACTTCAAG**CACTGAGAT*GAGGTGGGAGTTGTGAGAGCTGATAACCCGAT
CTTCCGT*CCCTTGAAACGGAGGAGATCGAGGAGCATTTGACTGC*ATTAGCGAACGTGA
CTGATCACT

QA 3 731 3 731
DS 

RD RR3AS75TF 813 0 0
TAGTGAATCTAAGGCCGAGAGAAAGATGAGCAGAGGAAGCGGCGCAGGATACGATCGTCA
CATCACGATCTTCTCACCGGAAGGTCGTCTCTTCCAAGTCGAATATGCATTCAAAGCCGT
CAAAGCAGCTGGAATCACCTCCATCGGTGTTCGCGGAAAAGATTCAGTATGCGTCGTCAC
CCAGAAGAAAGTTCCCGACAAGCTTCTAGATCAGTCAAGCGTATCTCACCTTTTCCCTGT
CACTAAGTACCTTGGCTTGTTAGCCACTGGCATGACAGCTGATTCAAGGTCTTTGGTCAC
ACAAGCAAGGAATGAGGCAGCTGAGTTTAGGTTCCAATACGGATACGAGATGCCTGTCGA
CATCCTTGCTAAATGGATTGCAGACAAGTCACAGGTCTACACTCAACATGCTTACATGAG
ACCTCTTGGAGTAGTTGCCATGGTGCTGGGTATGGATGAAGAGAGAGGACCCCTGCTTTA
CAAGTGTGACCCAGCTGGACACTTTTACGGTCACAAGGCAACTAGTGCGGGTATGAAAGA
GCAAGAAGCAATCAATTTCTTGGAGAAGAAAATGAAAGAGAACCCTGCCTTCACTTATGA
TGAAACTGTGCAGACTGCCATATCTGCCCTGCAATCTGTTCTTCAAGAAGACTTCAAGGC
AACTGAGATTGAGGTTGGAGTTGTGAGAGCTGATAACCCGATCTTCCGTTCCCTTGAAAC
GGAGGAGATCGAGGAGCATTTGACTGCCATTAGCGAACGTGACTGATCACTTTGAAATCA
GACTTTGGATTCTCTTCCTTTTGCTTTCATTAT

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR3GV48JQ 702 0 0
AAGTTCCCGACAAGCTTCTAGATCAGTCAAGCGTATCTCACCTTTTCCCTGTCACTAAGT
ACCTTGGCTTGTTAGCCACTGGCATGACAGCTGATTCAAGGTCCTTGGTCACACAAGCAA
GGAATGAGGCAGCTGAGTTTAGGTTCCAATACGGATACGAGATGCCTGCCGACATCCTTG
CTAAATGGATTGCAGACAAGTCACAGGTCTACACTCAACATGCTTACATGAGACCTCTTG
GAGTAGTTGCCATGGTGCTGGGTATGGACGAAGAGAGAGGACCCCTGCTTTACAAGTGTG
ACCCAGCTGGACACTTTTACGGTCACAAGGCAACTAGTGCGGGTATGAAAGAGCAAGAAG
CAATCAATTTCTTGGAGAAGAAAATGAAAGAGAACCCTGCCTTCACTTATGATGAAACTG
TGCAGACTGCCATATCTGCCCTGCAATCTGTTCTTCAAGAAGACTTCAAGGCAACTGAGA
TTGAGGTTGGAGTTGTGAGAGCTGATAACCCGATCTTCCGTTCCCTTGAAACGGAGGAGA
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TTCCATCTGTGTTATGAATCTTGTTGTTTCCATTTGAAC
ACC

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TGGACACTTTTACGGTCACAAGGCAACTAGTGCGGGTATGAAAGAGCAAGAAGCAATCAA
TTTCTTGGAGAAGAAAATGAAAGAGAACCCTGCCTTCACTTATGATGAAACTGTGCAGAC
TGCCATATCTGCCCTGCAATCTGTTCTTCAAGAAGACTTCAAGGCAACTGAGATTGAGGT
TGGAGTTGTGAGAGCTGATAACCCGATCTTCCGTTCCCTTGAAACGGAGGAGATCGAGGA
GCATTTGACTGCCATTAGCGAACGTGACTGATCACTTTGAAATCAGACTTTGGATTTTCT
TCCTTTTGCTTTCATTATCTTTCTAAGAACATTCACATTTCAGAGAAACTTGTTTCCATC
TGTGTTATGAATCTTGTTGTTTCCATTTGAACCCCATCTCTTT
CCC

QA 1 763 1 763
DS 

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AGGCAGCTGAGTTTAGGTTCCAATACGGATACGAGATGCCTGCCGACATCCTTGCTAAAT
GGATTGCAGACAAGTCACAGGTCTACACTCAACATGCTTACATGAGACCTCTTGGAGTAG
TTGCCATGGTGCTGGGTATGGATGAAGAGAGAGGACCCCTGCTTTACAAGTGTGACCCAG
CTGGACACTTTTACGGTCACAAGGCAACTAGTGCGGGTATGAAAGAGCAAGAAGCAATCA
ATTTCTTGGAGAAGAAAATGAAAGAGAACCCTGCCTTCACTTATGATGAAACTGTGCAGA
CTGCCATATCTGCCCTGCAATCTGTTCTTCAAGAAGACTTCAAGGCAACTGAGATTGAGG
TTGGAGTTGTGAGAGCTGATAACCCGATCTTCCGTTCCCTTGAAACGGAGGAGACCGAGG
AGCATTTGACTGCCATTAGCGAACGTGACTGATCACTTTGAAATCAGACTTTGGATTTTC
TTCCTTTTGCTTTCATTATCTTTCTAAGAACATTCACATTTCAGAGAAACTTGTTTCCAT
CTGTGTTATGAATCTTGTTGTTTCC

QA 1 625 1 625
DS 

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GAAAAGATTCAGTATGCGTCGTCACCCAGAAGAAAGTTCCCGACAAGCTTCTAGATCAGT
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CAGCTGATTCAAGGTCTTTGGTCACACAAGCAAGGAATGAGGCAGCTGAGTTTAGGTTCC
AATACGGATACGAGATGCCTGTCGACATCCTTGCTAAATGGATTGCAGACAAGTCACAGG
TCTACACTCAACATGCTTACATGAGACCTCTTGGAGTAGTTGCCATGGTGCTGGGTATGG
ATGAAGAGAGAGGACCCCTGCTTTACAAGTGTGACCCAGCTGGACACTTTTACGGTCACA
AGGCAACTAGTGCGGGTATGAAAGAGCAAGAAGCAATCAATTTCTTGGAGAAGAAAATGA
AAGAGAACCCTGCCTTCACTTATGATGAAACTGTGCAGACTGCCATATCTGCCCTGCAAT
CTGTTCTTCAAGAAGACTTCAAGGCAACTGAGATTGAGGTTGGAGTTGTGAGAGCTGATA
ACCCGATCTTCCGTTCCCTTGAAACGGAGGAGATCGAGGAGCATTTGACTGCCATTAGCG
AACGTGACTGATCACTTTGAAATCAGACTTTGGATTCTCTTCCTTTTGCTTTCATTATCT
TTCTAAGAACATTCACATTTCAGAGAAACTTGTTTCCATCTGTGTTATGAATCTTGTTGT
TTCCATTTGAACACCATCTCTTTCTCAGATCCTCTTTTAAATTGTTTGCGTGTATGGTTG
TCAAATTAAGATCCAATGACCAAACC

QA 1 866 1 866
DS 

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GTCACAGGTCTACACTCAACATGCTTACATGAGACCTCTTGGAGTAGTTGCCATGGTGCT
GGGTATGGATGAATAGAGAGGACCCCTGCTTTACAAGTGTGACCCAGCTGGACACTTTTA
CGGTCACAAGGCAACTAGTGCGGGTATGAAAGAGCAAGAAGCAATCAATTTCTTGGAGAA
GAAAATGAAAGAGAACCCTGCCTTCACTTATGATGAAACTGTGCAGACTGCCATATTTGC
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AGCTGATAACCCGATTTTCCGTTCCCTTGAAACGGAGGAGATCGAGGAGCATTTGACTGC
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CATTATCTTTTTAAGAACATTCACATTTCAGAGAAACTTGTTTCCATCTGTGTTATGAAT
CTTGTTGTTTCCATTTGAACACCATCTCTTTTTCAGATCCTCTTTTAAATTGTTTGCGTG
TATGGTTGTCAAATTAAGATCCAATGACCAAACCACAGGGGGGAAGAGTAAAAGGTTTTA
T

QA 1 661 1 661
DS 



AS 2 10

CO CL248Contig1 1809 5 12 U
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CCAGCCAAATGAATTTGTCGAGGGAGACACAATAACTGGTGGTGACTTGTATGCTACCGT
CTTCGAGAACACTCTGATGACACACCGTGTTGCCCTTCCTCCCGATGCCATGGGGAAGAT
CACTTACATTGCTCCAGCTGGTCAATATTCCATTAAGGATACAGTGCTAGAGCTTGAATT
CCAGGGGGTTAAGAAATCGTACACCATGCTTCAGAGCTGGCCTGTACGTACGCCTAGGCC
AGTTGCATCCAAGCTTGCTGCGGATACTCCTCTACTTACGGGGCAGCGTGTTCTTTATGC
CCTTTTCCCCTCTGTTCTTGGTGGAACCTGTGCCATTCCTGGTGCTTTTGGCTGTGGGAA
AACTGTTATCAGTCAGGCACTTTCCAAGTACTCCAACTCCGATGCTGTCGTCTACGTTGG
TTGTGGAGAGAGAGGAAATGAAATGGCTGAGGTTCTTATGGACTTCCCACAATTGACAAT
GACGTTGCCTGATGGTCGTGAGGAATCTGTCATGAAACGTACTACGCTGGTTGCCAACAC
CTCTAACATGCCTGTGGCAGCTCGTGAAGCCTCAATTTACACAGGAATTACCATCGCTGA
ATATTTTAGAGATATGGGCTACAATGTTAGTATGATGGCAGACTCAACTTCCCGTTGGGC
AGAAGCATTGAGAGAAATTTCAGGGCGGCTGGCTGAAATGCCTGCAGACAGTGGATATCC
TGCCTATCTTGCAGCACGTTTAGCATCTTTCTATGAACGTGCGGGTAAAGTCAAATGTCT
TGGTGGACCAGAACGTGATGGAAGTGTGACAATTGTTGGTGCTGTTTCACCTCCTGGTGG
AGACTTTTCAGATCCTGTGACTTCTGCAACCCTTAGTATCGTGCAGGTCTTCTGGGGTTT
GGACAAAAAGCTTGCCCAGAGAAAGCATTTTCCTTCTGTTAATTGGCTGATTTCCTACTC
AAAGTATTCAACGGCATTGGAATCTTTCTATGAGAAGTTCGATCCGGATTTCATCAACAT
CAGGACAAAGGCCAGAGAGGTGTTGCAGAGAGAAGATGATCTTAATGAAATTGTCCAGCT
TGTGGGAAAAGATGCGCTAGCGGAAGGTGACAAAATCACCTTGGAAACCGCTAAGCTATT
GAGGGAAGACTACCTTGCTCAAAACGCTTTCACACCATATGACAAATTCTGCCCTTTCTA
CAAGTCTGTGTGGATGATGCGTAACATTATCCATTTCTACAACCTAGCCAATCAGGCGGT
TGAAAGAGCAGCGGGAATGGACGGTCAAAAGATTACATACACTCTCATCAAGCATCGCTT
GGGAGATCTTTTCTACCGTTTAGTGTCACAGAAGTTCGAAGATCCAGCAGAAGGTGAGGC
TGCTCTCGTGGCTAAATTCAAGAAACTGTACGAGGATCTCACTGCTGGATTCCGTGCCTT
GGAGGATGAAACTCGGTAAGCTGTCGTCAGTCTCTCCACAAGTCTAAAACAGTCCTCCGA
GTTGGGTTGTTTGGAAAAAAGAGTATCATCTTCGTATTTTTTGAGCCAACAACTATCATA
ATGGTCGGTGTTTTTCGGTCGAGTATAGCTCTGTGAACGTCCATATGATTCTCTGGCTGT
GCTGTGTAATTTGTTTGATTTGTTGTTTTTGTTTATAAATATTAAGTTTAATAAGGTACA
CGGCCAAAGTGAGTCATCTATTTGATTTGATGTACCTCTCAGTTCAATAAGTTATTATTA
CTATCTCCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AD38TF U 1
AF RR3DJ18TF U 667
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BS 853 1315 RR3DJ18TF
BS 1316 1316 RR3D871TF
BS 1317 1389 RR3DJ18TF
BS 1390 1498 RR3D871TF
BS 1499 1499 RR3AD38JQ
BS 1500 1567 RR3D871TF
BS 1568 1568 RR3AD38JQ
BS 1569 1578 RR3D871TF
BS 1579 1809 RR3AD38JQ

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CCAGCCAAATGAATTTGTCGAGGGAGACACAATAACTGGTGGTGACTTGTATGCTACCGT
CTTCGAGAACACTCTGATGACACACCGTGTTGCCCTTCCTCCCGATGCCATGGGGAAGAT
CACTTACATTGCTCCAGCTGGTCAATATTCCATTAAGGATACAGTGCTAGAGCTTGAATT
CCAGGGGGTTAAGAAATCGTACACCATGCTTCAGAGCTGGCCTGTACGTACGCCTAGGCC
AGTTGCATCCAAGCTTGCTGCGGATACTCCTCTACTTACGGGGCAGCGTGTTCTTTATGC
CCTTTTCCCCTCTGTTCTTGGTGGAACCTGTGCCATTCCTGGTGCTTTTGGCTGTGGGAA
AACTGTTATCAGTCAGGCACTTTCCAAGTACTCCAACTCCGATGCTGTCGTCTACGTTGG
TTGTGGAGAGAGAGGAAATGAAATGGCTGAGGTTCTTATGGACTTCCCACAATTGACAAT
GACGTTGCCTGATGGTCGTGAGGAATCTGTCATGAAACGTACTACGCTGGTTGCCAACAC
CTCTAACATGCCTGTGGCAGCTCGTGAAGCCTCAATTTACACAGGAATTACCATCGCTGA
ATATTTTAGAGATATGGGCTACAATGTTAGTATGATGGCAGACTCAACTTCCCGTTGGGC
AGAAGCATTGAGAGAAATT

QA 1 739 1 739
DS 

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G
AGAGATATGGGCTACAATGTTAGTATGATGGCAGACTCAACTTCCCGTTGGGCAGAAGCA
TTGAGAGAAATTTCAGGGCGGCTGGCTGAAATGCCTGCAGACAGTGGATATCCTGCCTAT
CTTGCAGCACGTTTAGCATCTTTCTATGAACGTGCGGGTAAAGTCAAATGTCTTGGTGGA
CCAGGACGTGATGGAAGTGTGACAATTGTTGGTGCTGTTTCACCTCCTGGTGGAGACTTT
TCAGATCCTGTGACTTCTGCAACCCTTAGTATCGTGCAGGTCTTCTGGGGTTTGGACAAA
AAGCTTGCCCAGAGAAAGCATTTTCCTTCTGTTAATTGGCTGATTTCCTACTCAAAGTAT
TCAACGGCATTGGAATCTTTCTATGAGAAGTTCGATCCGGATTTCATCAACATCAGGACA
AAGGCCAGAGAGGTGTTGCAGAGAGAAGATGATCTTAATGAAATTGTCCAGCTTGTGGGA
AAAGATGCGCTAGCGGAAGGTGACAAAATCACCTTGGAAACCGCTAAGCTATTGAGGGAA
GACTACCTTGCTCAAAACGCTTTCACACCATATGACAAATTCTGCCCTTTCTACAAGTCT
GTGTGGATGATGCGTAACATTATCCATTTCTACAACCTAGCCAATCAG*CGGTTGAAAGA
GCAGCGGGAATGGACGGTCAAAAGATTACATACACTCTCATCAAGCATCGCTTGGGAGAT
CT

QA 2 723 2 723
DS 

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G
ATCTTTCTATGAACGTGCGGGTAAAGTCAAATGTCTTGGTGGACCAGAACGTGATGGAAG
TGTGACAATTGTTGGTGCTGTTTCACCTCCTGGTGGAGACTTTTCAGATCCTGTGACTTC
TGCAACCCTTAGTATCGTGCAGGTCTTCTGGGGTTTGGACAAAAAGCTTGCCCAGAGAAA
GCATTTTCCTTCTGTTAATTGGCTGATTTCCTACTCAAAGTATTCAACGGCATTGGAATC
TTTCTATGAGAAGTTCGATCCGGATTTCATCAACATCAGGACAAAGGCCAGAGAGGTGTT
GCAGAGAGAAGATGATCTTAATGAAATTGTCCAGCTTGTGGGAAAAGATGCGCTAGCGGA
AGGTGACAAAATCACCTTGGAAACCGCTAAGCTATTGAGGGAAGACTACCTTGCTCAAAA
CGCTTTCACACCATATGACAAATTCTGCCCTTTCTACAAGTCTGTGTGGATGATGCGTAA
CATTATCCATTTCTACAACCTAGCCAATCAGGCGGTTGAAAGAGCAGCGGGAATGGACGG
TCAAAAGATTACATACACTCTCATCAAGCATCGCTTGGGAGATCTTTTCTACCGTTTAGT
GTCACAGAAGTTCGAAGATCCAGCAGAAGGTGAGGCTGCTCTCGTGGCTAAATTCAAGAA
ACTGTACGAGGATCTCACTGCTGGATTCCGTGCCCTGGAGGATGAAACTCGGTAAGCTGT
CGTCAGTCTCTCCACAAGTCTAAAACAGTCCTCCGAGTTGGGT*GTTTGGAAAA
GAGTATCAT

QA 2 775 2 775
DS 

RD RR3DJ18JQ 726 0 0
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AAATTGTCCAGCTTGTGGGAAAAGATGCGCTAGCGGAAGGTGACAAAATCACCTTGGAAA
CCGCTAAGCTATTGAGGGAAGACTACCTTGCTCAAAACGCTTTCACACCATATGACAAAT
TCTGCCCTTTCTACAAGTCTGTGTGGATGATGCGTAACATTATCCATTTCTACAACCTAG
CCAATCAGGCGGTTGAAAGAGCAGCGGGAATGGACGGTCAAAAGATTACATACACTCTCA
TCAAGCATCGCTTGGGAGATCTTTTCTACCGTTTAGTGTCACAGAAGTTCGAAGATCCAG
CAGAAGGTGAGGCTGCTCTCGTGGCTAAATTCAAGAAACTGTACGAGGATCTCACTGCTG
GATTCCGTGCCTTGGAGGATGAAACTCGGTAAGCTGTCGTCAGTCTCTCCACAAGTCTAA
AACAGTCCTCCGAGTTGGGTTGTTTGGAAAAAAGAGTATCATCTTCGTATTTTTTGAGCC
AACAACTATCATAATGGTCGGTGTTTTTCGGTCGAGTATAGCTCTGTGAACGTCCATATG
ATTCTCTGGCTGTGCTGTGTAATTTGTTTGATTTGTTGTTTTTGTTTATAAATATTAAGT
TTAATAAGGTACACGGCCAAAGTGAGTCATCTATTTGATTTGATGTACCTCTCAGTTCAA
TAAGT
C

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3AD38JQ 779 0 0
ACGGCATTGGAATCTTTCTATGAGAAGTTCGATCCGGATTTCATCAACATCAGGACAAAG
GCCAGAGAGGTGTTGCAGAGAGAAGATGATCTTAATGAAATTGTCCAGCTTGTGGGAAAA
GATGCGCTAGCGGAAGGTGACAAAATCACCTTGGAAACCGCTAAGCTATTGAGGGAAGAC
TACCTTGCTCAAAACGCTTTCACACCATATGACAAATTCTGCCCTTTTTACAAGTCTGTG
TGGATGATGCGTAACATTATCCATGTCTACAACCTAGCCAATCAGGCGGTTGAAAGAGCA
GCGGGAATGGACGGTCAAAAGATTACATACACTCTCATCAAGCATCGCTTGGGAGATCTT
TTCTACCGTTTAGTGTCACAGAAGTTCGAAGATCCAGCAGAAGGTGAGGCTGCTCTCGTG
GCTAAATTCAAGAAACTGTACGAGGATCTCACTGCTGGATTCCGTGCCTTGGAGGATGAA
ACTCGGTAAGCTGTCGTCAGTCTCTCCACAAGTTTAAAACAGTCCTCCGAGTTGGGTTGT
TTGGAAAAAAGAGTATCATCTTCGTATTTTTTGAGCCAACAACTATCATAATGGTCGGTG
TTTTTCGGTCGAGTATAGCTCTGTGAACGTCCATATGATTCTCTGGCTGTGCTGTGTAAT
TTGTTTGATTTGTTGTTTTTGTTTATAAATATTAAGTTTAATAAGGTACACGGCCAAAGT
GAGTCATCTATTTGATTTGATGTACCTCTCAGTTCAATAAGTTATTATTACTATCTCCG

QA 1 779 1 779
DS 



CO CL248Contig2 1083 5 2 U
GAACAAAAATAAAATACAAAATAATGATATTATGAGAAAGTAAAAGTATCACCAATAGTT
TTTTTCTCAATACATTTGGACAATAATAATAACTTATTGAATTGAGAGGTACATCAAATC
AAACAGATGACTCATTTTGGCTGTAGCTTATTACCATCAAAACGAAAACATACAAAATAA
AAACAACAACGAATCAAAACATATAACACAGCACAGAGCCGGGAGATTCACGACGTTCGC
AGGGATAAAACTCGCTCGATCGAACCAAACCACCAGATAAATAGAATACCGACCACTATG
ATAGTTGTTTTGGCTCAAAACACACAAGAGAACACTTTTTCAGACTTGACGACAGCTTAC
CGAGTTTCATCCTCCAAGGCACGGAATCCAGCAGTGAGATCCTCGTACAGTTTCTTGAAT
TT*CGCCACCAGCGCAGCCTCACCTTCTGCTGGATCTTCGAACTTCTGAGACACTAGACG
GTAGAAAAGATCTCCCAAGCGATGCTTGATTAGAGTGTAAGTAATCTTTTGACCATCCAT
TCCAGCTGCTCTTTCAACCGCCTGGTTGGCTAGGTTGTAGAAATGGATAATGTTACGCAT
CATCCACACAGACTTGTAAAAAGGGCAGAACTTGTCATACGGTGTGAAAGCGTTTTGAGC
AAGGTAGTCTTCCCTCAACAGCTTAGCTGTTTCCAAGGTGATTTTGTCACCTTCCGCTAG
CGCATCTTTTCCCACAAGCTGAACAATTTCATTAAGATCATCCTCCCTCTGCAACACCTC
TCTGGCCTTTGTCCTGATGTTGATGAAATCTGGATCGAATTTCTCATAGAAAGATTCCAA
CGCCGTCGAATACTTCGAGTAGGAAATCAGCCAATTAACAGAAGGAAAATGCTTTCTCTG
GGCAAGCTTTTTGTCCAAACCCCAGAAGACCTGCACAATACTAAGGGTTGCAGAAGTCAC
AGGATCTGAAAAGTCTCCACCAGGAGGTGAAACAGCACCAACAATTGTGACACTTCCATC
ACGTTCTGGTCCACCGAGACATTTTACTTTACCCGCACGTTCATAGAAAGATGCTAAACG
TGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3GA22TF C 78
AF RR3F878JQ U 48
AF RR3D054JQ U 8
AF RR3BM55JQ U 1
AF RR3D054TF C 493
BS 1 834 RR3BM55JQ
BS 835 1083 RR3D054TF

RD RR3GA22TF 192 0 0
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TGGCTGTAGCTTATTACCATCAAAACGAAAACATACAAAATAAAAACAACAACGAATCAA
AACATATAACACAGCACAGAGCCGGGAGATTCACGATGTTCGCAGGGATAAAACTCGCTC
GATCGAACCAAA

QA 1 192 1 192
DS 

RD RR3F878JQ 408 0 0
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GGTACATCAAATCAAACAGATGACTCATTTTGGCTGTAGCTTATTACCATCAAAACGAAA
ACATACAAAATAAAAACAACAACGAATCAAAACATATAACACAGCACAGAGCCGGGAGAT
TCACGACGTTCGCAGGGATAAAACTCGCTCGATCGAACCAAACCACCAGATAAATAGAAT
ACCGACCACTATGATAGTTGTTTTGGCTCAAAACACACAAGAGAACACTTTTTCAGACTT
GACGACAGCTTACCGAGTTTCATCCTCCAAGGCACGGAATCCAGCAGTGAGATCCTCGTA
CAGTTTCTTGAATTTTCGCCACCAGCGCAGCCTCACCTTCTGCTGGAT

QA 1 408 1 408
DS 

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CAATACATTTGGACAATAATAATAACTTATTGAATTGAGAGGTACATCAAATCAAACAGA
CGACTCATTTTGGCTGTAGCTTATTACCATCAAAACGAAAACATACAAAATAAAAACAAC
AACGAATCAAAACATATAACACAGCACAGAGCCGGGAGATTCACGACGTTCGCAGGGATA
AAACTCGCTCGATCGAACCAAACCACCAGATAAATAGAATACCGACCACTATGATAGTTG
TTTTGGCTCAAAACACACAAGAAAACACTTTTTCAGACTTGACGACAGCTTACCGAGTTT
CATCCTCCAAGGCACGGAATCCAGCAGTGAGATCCTCGTACAGTTTCTTGAATTT*CGCC
ACCAGCGCAGCCTCACCTTCTGCTGGATCTTCGAACTTCTGAGACACTAGACGGTAGAAA
AGATCTCCCAAGCGATGCTTGATTAGAGTGTAAGTAATCTTTTGACCATCCATTCCAGCT
GCTCTTTCAACCGCCTGGTTGGCTAGGTTGTAGAAATGGATAATGTTACGCATCATCCAC
AC

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3BM55JQ 834 0 0
GAACAAAAATAAAATACAAAATAATGATATTATGAGAAAGTAAAAGTATCACCAATAGTT
TTTTTCTCAATACATTTGGACAATAATAATAACTTATTGAATTGAGAGGTACATCAAATC
AAACAGATGACTCATTTTGGCTGTAGCTTATTACCATCAAAACGAAAACATACAAAATAA
AAACAACAACGAATCAAAACATATAACACAGCACAGAGCCGGGAGATTCACGACGTTCGC
AGGGATAAAACTCGCTCGATCGAACCAAACCACCAGATAAATAGAATACCGACCACTATG
ATAGTTGTTTTGGCTCAAAACACACAAGAGAACACTTTTTCAGACTTGACGACAGCTTAC
CGAGTTTCATCCTCCAAGGCACGGAATCCAGCAGTGAGATCCTCGTACAGTTTCTTGAAT
TT*CGCCACCAGCGCAGCCTCACCTTCTGCTGGATCTTCGAACTTCTGAGACACTAGACG
GTAGAAAAGATCTCCCAAGCGATGCTTGATTAGAGTGTAAGTAATCTTTTGACCATCCAT
TCCAGCTGCTCTTTCAACCGCCTGGTTGGCTAGGTTGTAGAAATGGATAATGTTACGCAT
CATCCACACAGACTTGTAAAAAGGGCAGAACTTGTCATACGGTGTGAAAGCGTTTTGAGC
AAGGTAGTCTTCCCTCAACAGCTTAGCTGTTTCCAAGGTGATTTTGTCACCTTCCGCTAG
CGCATCTTTTCCCACAAGCTGAACAATTTCATTAAGATCATCCTCCCTCTGCAACACCTC
TCTGGCCTTTGTCCTGATGTTGATGAAATCTGGATCGAATTTCTCATAGAAAGA

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR3D054TF 591 0 0
TCCCAAGCGATGCTTGATTAGAGTGTAAGTAATCTTTTGACCATCCATTCCAGCTGCTCT
TTCAACCGCCTGGTTGGCTAGGTTGTAGAAATGGATAATGTTACGCATCATCCACACAGA
CTTGTAAAAAGGGCAGAACTTGTCATACGGTGTGAAAGCGTTTTGAGCAAGGTAGTCTTC
CCTCAACAGCTTAGCTGTTTCCAAGGTGATTTTGTCACCTTCCGCTAGCGCATCTTTTCC
CACAAGCTGAACAATTTCATTAAGATCATCCTCCCTCTGCAACACCTCTCTGGCCTTTGT
CCTGATGTTGATGAAATCTGGATCGAATTTCTCATAGAAAGATTCCAACGCCGTCGAATA
CTTCGAGTAGGAAATCAGCCAATTAACAGAAGGAAAATGCTTTCTCTGGGCAAGCTTTTT
GTCCAAACCCCAGAAGACCTGCACAATACTAAGGGTTGCAGAAGTCACAGGATCTGAAAA
GTCTCCACCAGGAGGTGAAACAGCACCAACAATTGTGACACTTCCATCACGTTCTGGTCC
ACCGAGACATTTTACTTTACCCGCACGTTCATAGAAAGATGCTAAACGTGC

QA 1 591 1 591
DS 



AS 2 7

CO CL249Contig1 1242 5 13 U
GAAAAGAAAATCTATTTGATCAAATAATGTCTAGAAGATTTCTTGAACTTTACAATGTAT
CATGCTTTGGCCAAAAGCTATAAATCTACTTTTCTTGATTATGTAAACCTTTATATGGCG
AGGTTGGCTTTCCTCAGTACAGAGTCTTTGGCTTAGGGTTTTGAAGAACAAATGTACATA
CAAAAACCCTTATTTTGAAAGGCAAAATGCCATAGCTTTTCTAGTCGAAAGGGTCAAATC
GTGGGTCGTGCTCACTAGCTGTGACCATCCCAGTACATAGACAAGTCGGACACATAACCT
TTCCTGCGCCGGAGCAGTTAAGACACCTTTCTGTCGTCGGAGCTTGCAGAAGCCTGCTTG
AAGCTCTAGTTCGTTTTATTGGATCAACGCTTAAGCACACACCACTTGCTGAACATTTAG
CGCATGGCAAGTATCCAGTCCCAAGGCAGTACTTGCACCTCTTCTTCTCTTGTTGTTTAA
CATTGTTAACTTCAATTAACATCAATGTCGAAATGACACCAACGGCTCCCCCAGAAAATG
ATGCCACAATGGGATCTACTTGGCTTAACTGCAGGGGAAGATGCAAGCTCCGTATGAAAT
CTTCGTACGAGGTTCCTCCTAATCCTACCTTGAGCTCCAGCTTAGGTGCGATGAGACCAC
CAAAGAAAATGATTCCAGAGATCAAAGCAACACTGGTCAAGTAGAGTTGTTTCAAAGTCT
TTGGTGTCACGTTAGGGAGGAAAGGAATGGAAGAAGGGATCTCAGGCATCTCCGTTGCCT
CGAGCAGAGTCTCCTCCTCGTTGATGGATTTAACACTCTTGATCCGTTGCTGAACGCGTA
ACCTCCTGACTTCCTCCATGAGGAGAAAGATCTTGTTGCGTCTGCTCCTTATGTTGTCTT
GAATCTCCTGAAGCTGCATCTGCACAAAGTCTTGAACCGTCTCTGATCCCTCGATTATAC
AGAAGTTATTTGGAACAGAGTCGCCGGCGGGAGGAGGTCCGTTGTTGCTGGCGGCTGAAC
AGGAGAGAGTAGAGCGACCATGTAAGAGTAGACGAGGGGTGGATTTTAGATGAGATGAAG
GGAATAGGAGTAGGGATCTGTAAGTTGATGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAG
AAGAGAAGCTCGTCGTCATCATCTTCTCGGGCTAATTGCTTGCGCTGTCAATACCTTTCT
GGATAAACTATCAAACCAAAGCTACCACACTTTTTCGGCTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CE56JQ U 1
AF RR3FT03JQ U 1
AF RR3AL18JQ U 18
AF RR3AL18TF C 463
AF RR3FT03TF C 635
BS 1 207 RR3CE56JQ
BS 208 208 RR3FT03JQ
BS 209 404 RR3CE56JQ
BS 405 405 RR3FT03JQ
BS 406 450 RR3CE56JQ
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BS 452 731 RR3CE56JQ
BS 732 739 RR3FT03JQ
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BS 774 1204 RR3AL18TF
BS 1205 1242 RR3FT03TF

RD RR3CE56JQ 731 0 0
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CATGCTTTGGCCAAAAGCTATAAATCTACTTTTCTTGATTATGTAAACCTTTATATGGCG
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CAAAAACCCTTATTTTGAAAGGCAAAAAGCCATAGCTTTTCTAGTCGAAAGGGTCAAATC
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AAGCTCTAGTTCGTTTTATTGGATCAACGCTTAAGCACACACCAATTGCTGAACATTTAG
CGCATGGCAAGTATCCAGTCCCAAGGCAGTCCTTGCACCTCTTCTTCTCTTGTTGTTTAA
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ATGCCACAATGGGATCTACTTGGCTTAACTGCAGGGGAAGATGCAAGCTCCGTATGAAAT
CTTCGTACGAGGTTCCTCCTAATCCTACCTTGAGCTCCAGCTTAGGTGCGATGAGACCAC
CAAAGAAAATGATTCCAGAGATCAAAGCAACACTGGTCAAGTAGAGTTGTTTCAAAGTCT
TTGGTGTCACG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3FT03JQ 739 0 0
GG
AAAGAAAATCTATTTGATCAAATAATGTCTAGAAGATTTCTTGAACTTTACAATGTATCA
TGCTTTGGCCAAAAGCTATAAATCTACTTTTCTTGATTATGTAAACCTTTATATGGCGAG
GTTGGCTTTCCTCAGTACAGAGTCTTTGGCTTAGGGTTTTGAAGAACAAATGTACATACA
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GGGTCGTGCTCACTAGCTGTGACCATCCCAGTACATAGACAAGTCGGACACATAACCTTT
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AAGAAAATGATTCCAGAGATCAAAGCAACACTGGTCAAGTAGAGTTGTTTCAAAGTCTTT
GGTGTCACGTTAGGGAG

QA 3 739 3 739
DS 

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GG
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ATAAATCTACTTTTCTTGATTATGTAAACCTTTATATGGCGAGGTTGGCTTTCCTCAGTA
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TGTGACCACCCCAGTACATAGACAAGTCGGACACATAACCTTTCCTGCGCCGGAGCAGTT
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TGGATCAACGCTTAAGCACACACCACTTGCTGAACATTTAGCGCATGGCAAGTATCCAGT
CCCAAGGCAGTACTTGCACCTCTTCTTCTCTTGTTGTTTAACATTGTTAACTTCAATTAA
CATCAATGTCGAAATGACACCAACGGCTCCCCCAGAAAATGATGCCACAATGGGATCTAC
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GAAAGGAATGGA

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR3AL18TF 744 0 0
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CGGCTCCCCCAGAAAATGATGCCACAATGGGATCTACTTGGCTTAACTGCAGGGGAAGAT
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AGAGTTGTTTCAAAGTCTTTGGTGTCACGTTAGGGAGGAAAGGAATGGAAGAAGGGATCT
CAGGCATCTCTGTTGCCTCGAGCAGAGTCTCCTCCTCGTTGATGGATTTAACACTCTTGA
TCCGTTGCTGAACGCGTAACCTCCTGACTTCCTCCATGAGGAGAAAGATCTTGTTGCGTC
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CTGATCCCTCGATTATACAGAAGTTATTTGGAACAGAGTCGCCGGCGGGAGGAGGTCCGT
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CGCTGTCAATACCTTTCTGGAT
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QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3FT03TF 608 0 0
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GGTCAAGTAGAGTTGTTTCAAAGTCTTTGGTGTCACGTTAGGGAGGAAAGGAATGGAAGA
AGGGATCTCAGGCATCTCCGTTGCCTCGAGCAGAGTCTCCTCCTCGTTGATGGATTTAAC
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AGGTCCGTTGTTGCTGGCGGCTGAACAGGAGAGAGTAGAGCGACCATGTAAGAGTAGACG
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AGGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGAAGAGAAGCTCGTCGTCATCATCTTCTCGGGCTA
ATTGCTTGCGCTGTCAATACCTTTCTGGATAAACTATCAAACCAAAGCTACCACACTTTT
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QA 1 608 1 608
DS 



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TCCAGAAAGGTATTGACAACGAAAGCATAGCCCGAGAAGATGATGACGACGACCTTCTCT
TCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCTTACCTCGACATCTAGATCCACACTCCTATTCCCTTCA
TCTCATCTAAAATCCACCCCTCGTCTACTCTTACATGGTCGCTCTACTCTCTCATGTTCA
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ATCGAGGGATCAGAGACGGTTCAAGACTTTGTGCAGATGCAGCTTCGGGAGATTCAAGAC
AACATAAGGAGCAGACGCAACAAGATCTTTCTCCTCATGGAGGAAGTCAGGAGGTTACGC
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CTGAAACAACTCTACTTGACCAGCGTTGCTTTGATCTCTGGTATCATCTTCTTTGGTGGT
CTCATTGCACCTAAGCTGGAGCTGAAGGTAGGATTAGGAGGGACCTCGTACGAGGATTTC
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GTGTCATTTCGACATTGATGTTAATTGAAGTGAACAATGTTAAACAACAAGAGAAGAAGA
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CGACAACAGAAAGGTGTCTAAATTGTTCCGGCGCAGGAAAGGTGATGTGTCCGACTTGTC
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10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CM58TF U 1
AF RR3CM58JQ C 543
BS 1 622 RR3CM58TF
BS 623 1214 RR3CM58JQ

RD RR3CM58TF 622 0 0
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TCCAGAAAGGTATTGACAACGAAAGCATAGCCCGAGAAGATGATGACGACGACCTTCTCT
TCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCTTACCTCGACATCTAGATCCACACTCCTATTCCCTTCA
TCTCATCTAAAATCCACCCCTCGTCTACTCTTACATGGTCGCTCTACTCTCTCATGTTCA
GCCGCCAGCAACAACGGACCTCCTCCCGCCGGCGACTCTGTTCCAAATAACTTCTGTATA
ATCGAGGGATCAGAGACGGTTCAAGACTTTGTGCAGATGCAGCTTCGGGAGATTCAAGAC
AACATAAGGAGCAGACGCAACAAGATCTTTCTCCTCATGGAGGAAGTCAGGAGGTTACGC
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ACAGAGATGCCTGAGATCCCTTCTTCCATTCCTTTTCTCCCCAACGTGACACCAAAGACT
CTGAAACAACTCTACTTGACCAGCGTTGCTTTGATCTCTGGTATCATCTTCTTTGGTGGT
CTCATTGCACCTAAGCTGGAGC

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3CM58JQ 672 0 0
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CATTGCACCTAAGCTGGAGCTGAAGGTAGGATTAGGAGGGACCTCGTACGAGGATTTCAT
AAGGAGCTTGCATCTCCCCTTGCAATTAAGTATGCATCAAACCAATATGATTTTTTTATT
TGTCTGTGATACAGCCAAGTAGATCCCATTGTGGCATCATTTTCTGGGGGAGCCGTTGGT
GTCATTTCGACATTGATGTTAATTGAAGTGAACAATGTTAAACAACAAGAGAAGAAGAGG
TGCAAGTACTGCCTTGGGACTGGATACTTGCCATTCGCTAAATGTTCAGCAAGTGGTGTG
TGCTTAAGCGTTGATCCAATAAAACGGGCAAGAGCTTCAAGCAGGCTTCTGCAAGCTCCG
ACAACAGAAAGGTGTCTAAATTGTTCCGGCGCAGGAAAGGTGATGTGTCCGACTTGTCTA
TGTACTGGGATGGTCACAGCTAGTGAGCACGACCCACGATTTGACCCTTTCGACTAGAAA
AGCGATGGCATTTTGCCTTTCAAATTAAGGGTTTTTGTATGTACATTTGTTCTCCAAAAC
CCTAAGCCAAGAGACTCTGTACTGAGGAAAGCCATATAAATGTTACATAATCAAGAAAAG
TAGATTTATACC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 10

CO CL250Contig1 1010 10 33 U
CATGCATAAAATAGCCAAATATATGATTTAAAATGAAGAATGTCAAACAGGCTAATAATC
CAACACAACATGAACTAAACGCAGTCCAGAGTTTTGTCTATTCAACCCTCAAATATCTTT
TCTTCGAACCAACATCACACAATTCAGAAACCAAGACCAATGCCGTAAGAAATGGCTCAT
GTTTCCCTAGAAGGGCCTTTCTTGGCTGCTTCTGCAGCCGCCTTCTCAGCTTCAATCTCA
GCCACAATCGCATCGATTTCAGCTTCTTCTAGCTGCTTCAGAGTACCTTCCTCCCTTGTC
ATTAAAGCAACCTCAATGTTCTTTCCACCACTCTCAACTACCTCAAGCAGAGCACGGATT
GCAAGTTTAACAGTCTCTTGCCCCGAGGTTTCTTTATAATTCTTCTCCAGAAACTCCCTG
ATCGAGTTTGAGTTTCTCCCGGTCGCATTAGCCTTCCAAGCAGAGAAGGTACCAGACGGA
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AGACCAAAAGGTCTCACACCACCACTTTGAGTATACTTCTGTTGAAGCC*CTGCTATGTA
GCGGGTGATGTACTCAACGGTGACCGGATCCTCCAAAGTAAGCCTGTGGCTTTGACACTC
GATCCTCGCCTTGTTTATCAGGACACGAGCATCTGCCTTCAGCCCAGCACAGGCCAATGC
GACGTGGTTATCAAGGCTAACAATCTTTCTCGCCGATCTCGTATCCTGGAGCTTAGGGG*
TGGATTTCTTCTCGACGGCGAGGACGACAGTATCGGTGCCTCGGACGCCGACGGCGGCGT
TACCTTTGCGGACAGCTTCTAGGGCGTACTCTACCTGGAAAAGGTGGCCGTCTGGTGAAA
ACACTGTGATTGCTCGATCGTATCTCGCCATCTCTCAACTCTCT******CTCTTGTGAT
GAGTGTTCTTTCTGATTCAATAAGACCTCCCTTCTCTTCTCTTCTCCACC


BQ
10 10 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ17JQ U 1
AF RR3H410JQ U 264
AF RR3GW39JQ U 1
AF RR3B344JQ U 4
AF RR3B606JQ U 4
AF RR3GW39TF C 297
AF RR3A077JQ U 4
AF RR3B606TF C 214
AF RR3B344TF C 291
AF RR3A077TF C 451
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BS 388 409 RR3GW39JQ
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BS 880 898 RR3B606TF
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BS 990 990 RR3A077TF
BS 991 1010 RR3B344TF

RD RR3GQ17JQ 387 0 0
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CAACACAACATGAACTAAACGCAGTCCAGAGTTTTGTCTATTCAACCCTCAAATATCTTT
TCTTCGAACCAACATCACACAATTCAGAAACCAAGACCAATGCCGTAAGAAATGGCTCAT
GTTTCCCTAGAAGGGCCTTTCTTGGCTGCTTCTGCAGCCGCCTTCTCAGCTTCAATCTCA
GCCACAATCGCATCGATTTCAGCTTCTTCTAGCTGCTTCAGAGTACCTTCCTCCCTTGTC
ATTAAAGCAACCTCAATGTTCTTTCCACCACTCTCAACTACCTCAAGCAGAGCACGGATT
GCAAGTTTAACAGTCTCTTGCCCCGAG

QA 1 387 1 387
DS 

RD RR3H410JQ 184 0 0
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TCCACCTTTCTCAACTACCTCAAGCAGAGCACGGATTGCAAGTTTAACAGTCTCTTGCCC
CGAGGTTTCTTTATAATTCTTCTCCAGAAACTCCCTGATCGAGTTTGAGTTTCTCCCGGT
CGCA

QA 1 184 1 184
DS 

RD RR3GW39JQ 659 0 0
CAT
GCATAAAATAGCCAAATATATGATTTAAAATGAAAAATGTCAAACAGGCTAATAATCCAA
CACAACATGAACTAAATGCAGTCCAAAGTTTTGTCTATTCAACCCTCAAATATCTTTTCT
TCGAACCAACATCACACAATTCAAAAACCAAGACCAATGCCGTAAGAAATGGCTCATGTT
TCCCTAAAAGGGCCTTTCTTGGCTGCTTCTGCAGCCGCCTTCTCAGCTTCAATCTCAGCC
ACAATCGCATCGATTTCAGCTTCTTCTAGCTGCTTCAAAGTACCTTCCTCCCTTGTCATT
AAAGCAACCTCAATGTTCTTTCCACCACTCTCAACTACCTCAAGCAAAGCACGGATTGCA
AGTTTAACAGTCTCTTGCCCCGAGGTTTCTTTATAATTCTTCTCCAAAAACTCCCTGATC
GAGTTTGAGTTTCTCCCGGTCGCATTAGCCTTCCAAGCAAAAAAGGTACCAAACGGATCG
GTCTGATAAAGCGAAGGTATACAAGTGTAGGGGTCAAAACCAACAATAAAAGTGGAAAGA
CCAAAAGGTCTCACACCACCACTTTGAGTATACTTCTGTTGAAGCC*CTGCTATGTAGCG
GGTGATGTACTCAACGGTGACCGGATCCTCCAAAGTAAGCCCGTGGCTTTGACACT

QA 4 659 4 659
DS 

RD RR3B344JQ 665 0 0
GCATAAAATAGCCAAATATACGATTTAAAATGAAGAATGTCAAACAGGCTAATAATCCAA
CACAACATGAACTAAACGCAGTCCAGAGTTTTGTCTATTCAACCCTCAAATATCTTTTCT
TCGAACCAACATCACACAATTCAGAAACCAAGACCAATGCCGTAAGAAATGGCTCATGTT
TCCCTAGAAGGGCCTTTCTTGGCTGCTTCTGCAGCCGCCTTCTCAGCTTCAATCTCAGCC
AAAATCGCATCGATTTCAGCTTCT*CTAGCTGCTTCAGAGTACCTTCCTCCCTTGTCATT
AAAGCAACCTCAATGTTCTTTCCACCACTCTCAACTACCTCAAGCAGAGCACGGATTGCA
AGTTTAACAGTCTCTTGCCCCGAGGTTTCTTTATAATTCTTCTCCAGAAACTCCCTGATC
GAGTTTGAGTTTCTCCCGGTCGCATTAGCCTTCCAAGCAGAGAAGGGGCCAGACGGATCG
GTCTGATAAAGCGAAGGTATACGAGTGTAGGGGTCAAAACCAACAATAAGAGTGGAAAGA
CCAAAAGGTCTCACACCACCACTTTGAGTATACTTCTGTTGAAGCC*CTGCTATGTAGCG
GGTGATGTACTCAACGGTGACCGGATCCTCCAAAATAAGCCTGTGGCTTTGACACTCGAT
CCTCG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3B606JQ 822 0 0
GG
ATAAAATAGCCAAATATATGATTTAAAATGAAGAATGTCAAGTAGGCTAATAATCCAACA
CAACATGAACTAAACGCAGTCCAGAGTTTTGTCTATTCAACCCTCAAATATCTTTTCTTC
GAACCAACATCACACAATTCAGAAACCAAGACCAATGCCGTAAGAAATGGCTCATGTTTC
CCTAGAAGGGCCTTTCTTGGCTGCTTCTGCAGCCGCCTTCTCAGCTTCAATCTCAGCCAC
AATCGCATCGATTTCAGCTTCTTCTAGCTGCTTCAGAGTACCTTCCTCCCTTGTCATTAA
AGCAACCTCAATGTTCTTTCCACCACTCTCAACTACCTCAAGCAGAGCACGGATTGCAAG
TTTAACAGTCTCTTGCCCCGAGGTTTCTTTATAATTCTTCTCCAGAAACTCCCTGATCGA
GTTTGAGTTTCTCCCGGTCGCATTAGCCTTCCAAGCAGAGAAGGTACCAGACGGATCGGT
CTGATAAAGCGAAGGTATACGAGTGTAGGGGTCAAAACCAACAATAAGAGTGGAAAGACC
AAAAGGTCTCACACCACCACTTTGAGTATACTTCTGTTGAAGCC*CTGCTATGTAGCGGG
TGATGTACTCAACGGTGACCGGATCCTCCAAAGTAAGCCTGTGGCTTTGACACTCGATCC
TCGCCTTGTTTATCAGGACACGAGCATCTGCCTTCAGCCCAGCACAGGCCAATGCGACGT
GGTTATCAAGGCTAACAATCTTTCTCGCCGATCTCGTATCCTGGAGCTTAGGGG*TGGAT
TTCTTCTCGACGGCGAGGACGACAGTATCGGTGCCTCGGA

QA 3 822 3 822
DS 

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CTTGTCATAAAGCAA
CTCAATGTTCTTTCCACCACTCTCAACTAC*TCAAGCAGAGCACGGATTGCAAGTTTAAC
AGTCTCTTGCCCCGAGGTTTCTTTATAATTCTTCTCCAGAAACTCCCTGATCGAGTTTGA
GTTTCTCCCGGTCGCATTAGCCTTCCAAGCAGAGAAGGTACCAGACGGATCGGTCTGATA
AAGCGAAGGTATACGAGTGTAGGGGTCAAAACCAACAATAAGAGTGGAAAGACCAAAAGG
TCTCACACCACCACTTTGAGTATACTTCTGTTGAAGCCTCTGCTATGTAGCGGGTGATGT
ACTCAACGGTGACCGGATCCTCCAAAGTAAGCCCGTGGCTTTGACACTCGATCCTCGCCT
TGTTTATCAGGACACGAGCATCTGCCTTCAGCCCAGCACAGGCCAATGCGACGTGGTTAT
CAAGGCTAACAATCTTTCTCGCCGATCTCGTATCCTGGAGCTTAGGGGGTGGATTTCTTC
TCGACGGCGAGGACGACAGTATCGGTGC

QA 16 523 16 523
DS 

RD RR3A077JQ 876 0 0
GCATAAAATAGCCAAATATATGATTTAAAATGAAGAATGTCAAACAGGCTAATAATCCAA
CACAACATGAACTAAACGCAGTCCAGAGTTTTGTCTATTCAACCCTCAAATATCTTTTCT
TCGAACCAACATCACACAATTCAGAAACCAAGACCAATGCCGTAAGAAATGGCTCATGTT
TCCCTAGAAGGGCCTTTCTTGGCTGCTTCTGCAGCCGCCTTCTCAGCTTCAATCTCAGCC
ACAATCGCATCGATTTCAGCTTCTTCTAGCTGCTTCAGAGTACCTTCCTCCCTTGTCATT
AAAGCAACCTCAATGTTCTTTCCACCACTCTCAACTACCTCAAGCAGAGCACGGATTGCA
AGTTTAACAGTCTCTTGCCCCGAGGTTTCTTTATAATTCTTCTCCAGAAACTCCCTGATC
GAGTTTGAGTTTCTCCCGGTCGCATTAGCCTTCCAAGCAGAAAAGGTACCAGACGGATCG
GTCTGATAAAGCGAAGGTATACGAGTGTAGGGGTCAAAACCAACAATAAGAGTGGAAAGA
CCAAAAGGTCTCACACCACCACTTTGAGTATACTTCTGTTGAAGCC*CTGCTATGTAGCG
GGTGATGTACTCAACGGTGACCGGATCCTCCAAAGTAAGCCTGTGGCTTTGACACTCGAT
CCTCGCCTTGTTTATCAGGACACGAGCATCTGCCTTCAGCCCAGCACAGGCCAATGCGAC
GTGGTTATCAAGGCTAACAATCTTTCTCGCCGATCTCGTATCCTGGAGCTTAGGGG*TGG
ATTTCTTCTCGACG*CGAGGACGACAGTATCGGTGCCTCGGACGCCGACG*CGGCGTTAC
CTTTGCGGACAGCTTCTAGG*CGTACTCTACCTGGA

QA 1 876 1 876
DS 

RD RR3B606TF 770 0 0
GCAGCCGCTTTCTCAGCTTCAATCTCAGCCACAATCGCATCGATTTCAGCTTCTTCTAGC
TGCTTCAGAGTACCTTCCTCCCTTGTCATTAAAGCAACCTCAATGTTCTTTCCACCACTC
TCAACTACCTCAAGCAGAGCACGGATTGCAAGTTTAACAGTCTCTTGCCCCGAGGTTTCT
TTATAATTCTTCTCCAGAAACTCCCTGATCGAGTTTGAGTTTCTCCCGGTCGCATTAGCC
TTCCAAGCAGAGAAGGTACCAGACGGATCGGTCTGATAAAGCGAAGGTATACGAGTGTAG
GGGTCAAAACCAACAATAAGAGTGGAAAGACCAAAAGGTCTCACACCACCACTTTGAGTA
TACTTCTGTTGAAGCC*CTGCTATGTAGCGGGTGATGTACTCAACGGTGACCGGATCCTC
CAAAGTAAGCCTGTGGCTTTGACACTCGATCCTCGCCTTGTTTATCAGGACACGAGCATC
TGCCTTCAGCCCAGCACAGGCCAATGCGACGTGGTTATCAAGGCTAACAATCTTTCTCGC
CGATCTCGTATCCTGGAGCTTAGGGG*TGGATTTCTTCTCGACGGCGAGGACGACAGTAT
CGGTGCCTCGGACGCCGACGGCGGCGTTACCTTTGCGGACAGCTTCTAGGGCGTACTCTA
CCTGGAAAAGGTGGCCGTCTGGTGAGAACACTGTGATTGCTCTATCGTATCTCGCCATCT
CTCAACTCTCTATCTCTCTCTTGTGATGAGTGTTCTTTCTGATTCAAT
CC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3B344TF 720 0 0
CTCCCTTGTCATTAAAGCAACCTCAATGTTCTTTCCACCACTCTCAACTACCTCAAGCAG
AGCACGGATTGCAAGTTTAACAGTCTCTTGCCCCGAGGTTTCTTTATAATTCTTCTCCAG
AAACTCCCTGATCGAGTTTGAGTTTCTCCCGGTCGCATTAGCCTTCCAAGCAGAGAAGGT
GCCAGACGGATCGGTCTGATAAAGCGAAGGTATACGAGTGTAGGGGTCAAAACCAACAAT
AAGAGTGGAAAGACCAAAAGGTCTCACACCACCACTTTGAGTATACTTCTGTTGAAGCC*
CTGCTATGTAGCGGGTGATGTACTCAACGGTGACCGGATCCTCCAAAATAAGCCTGTGGC
TTTGACACTCGATCCTCGCCTTGTTTATCAGGACACGAGCATCTGCCTTCAGCCCAGCAC
AGGCCAATGCGACGTGGTTATCAAGGCTAACAATCTTTCTCGCCGATCTCGTATCCTGGA
GCTTAGGGG*TGGATTTCTTCCCGACGGCGAGGACGACAGTATCGGTGCCTCGGACGCCG
ACGGCGGCGTTACCTTTGCGGACAGCTTCTAGGGCGTACTCTACCTGGAAAAGGTGGCCG
TCTGGTGAAAACACTGTGATTGCTCGATCGTATCTCGCCATCTCTCAACTCTCT******
CTCTTGTGATGAGTGTTCTTTCTGATTCAATAAGACCTCTCTTCTCTTCTCTTCTCCACC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3A077TF 546 0 0
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TAGGGGTCAAAACCAACAATAAGAGTGGAAAGACCAAAAGGTCTCACACCACCACTTTGA
GTATACTTCTGTTGAAGCC*CTGCTATGTAGCGGGTGATGTACTCAACGGTGACCGGATC
CTCCAAAGTAAGCCTGTGGCTTTGACACTCGATCCTCGCCTTGTTTATCAGGACACGAGC
ATCTGCCTTCAGCCCAGCACAGGCCAATGCGACGTGGTTATCAAGGCTAACAATCTTTCT
CGCCGATCTCGTATCCTGGAGCTTAGGGG*TGGATTTCTTCTCGACGGCGAGGACGACAG
TATCGGTGCCTCGGACGCCGACGGCGGCGTTACCTTTGCGGACAGCTTCTAGGGCGTACT
CTACCTGGAAAAGGTGGCCGTCTGGTGAAAACACTGTGATTGCTCGATCGTATCTCGCCA
TCTCTCAACTCTCT******CTCTTGTGATGAGTGTTCTTTCTGATTCAATAAGACCTCC
CTTC
CC

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 11

CO CL251Contig1 718 11 7 U
TGGGACCTCACTCTCATTCTATAAGTAAACTAAAGAAGTATTTGATCATTTGAAAAAA*T
GGCACAGGCAATGTTGAAGCCCTCTTTACAAGGAGAGGTTGAGGCAGATATTGAGATCAA
AGCTTCGGCCACGAAATTCTATCACATGTTTGCAGTGAGACCACAAGATGTGTCTAAAGC
CTCTCCTGAAAATGTCCAGAGATGCAGTGTGCAAGAGGGAGAGATGGGAAGAGTTGGCAC
TCTCGTCACCTGGAACTATTTTCATGATGGGAAGCCAAAGTTTGCTAGGGAGATGATCGA
GGCAGTGGACCCAAAAATGAATATGATAAAGTTCAGAGTGATAGAGGGAGATCTGATGGA
AGAGTTCAAGAACTTCCTATTCAAGATCCAGGTGACCCCTAAGAAAGGAGGACTTGGAGG
TGTGGTGAAATGGAACATGTCATACGAGAGGATTGACGAAAACGTGGCTCACCCAGAGTC
TCTGCTCAAACTGTGTGTCAAAATGGCCAAAGACATCGACGAAATGCTTTTGTCTAAGGA
ATAGATATTCGTCAATTATCTGTTTATGTATCTATATTTATGTCTTTGGGTGTTTTTTAT
CTTTATGTATTTGGGTGTTTTAAATCAATAATGTGCTCTCTCTAGATCTAAAGAGATGTA
AGTGATATAAAAGTGTGTAATCATAATATCTGTCTTTTATGTTTTTGGGTGTCTAAAA


BQ
10 10 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 35 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 30 30 30 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH25TF U 3
AF RR3A173TF U 1
AF RR3FR36JQ C 48
AF RR3DH25JQ C 3
AF RR3F159TF U 3
AF RR3F159JQ C 3
AF RR3FR36TF U 3
AF RR3C314JQ C 3
AF RR3GI33JQ C 3
AF RR3GI33TF U 3
AF RR3C314TF U 3
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QA 1 517 1 517
DS 

RD RR3A173TF 718 0 0
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CTTTATGTATTTGGGTGTTTTAAATCAATAATGTGCTCTCTCTAGATCTAAAGAGATGTA
AGTGATATAAAAGTGTGTAATCATAATATCTGTCTTTTATGTTTTTGGGTGTCTAAAA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3FR36JQ 667 0 0
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CTCACCCAGAGTCTCTGCTCAAACTGTGTGTCAAAATGGCCAAAGACATCGACGAAATGC
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GGGTGTTTTTTATCTTTATGTATTTGGGTGTTTTAAATCAATAATGTGCTCTCTCTAGAT
CTAAAGAGATGTAAGTGATATAAAAGTGTGTAATCATAATATCTGTCTTTTATGT
TTTTGGGTGTTT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3DH25JQ 662 0 0
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CACAGGCAATGTTGAAGCCCTCTTTACAAGGAGAGGTTGAGGCAGATATTGAGATCAAAG
CTCCGGCCACGAAATTCTATCACATGTTTGCAGTGAGACCACAAGATGTGTCTAAAGCCT
CTCCCGAAAATGTCCAGAGATGTAGTGTGCAAGAGGGAGAGATGGGAAGAGTTGGCACTC
TCGTCACCTGGAACTATTTTCATGATGGGAAGCCAAAGTTTGCTAGGGAGATGATCGAGG
CAGTGGACCCAAAAATGAATATGATAAAGTTCAGAGTGATAGAGGGAGATCTGATGGAAG
AGTTCAAGAACTTCCTATTCAAGATCCAGGTGACCCCTAAGAAAGGAGGACTTGGAGGTG
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TGCTCAAACTGTGTGTCAAAATGGCCAAAGACATCGACGAAATGCTTTTGTCTAAGGAAT
AGATATTCGTCAATTATCTGTTTATGTATCTATATTTATGTCTTTGGGTGTTTTTTATCT
TTATGTATTTGGGTGTTTTAAATCAATAATGTGCTCTCTCTAGATCTAAAGAGATGTAAG
TG

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3F159TF 701 0 0
GGACCTCACTCTCATTCTATAAGTAAACTAAAGAAGTATTTGATCATTTGAAAAAAATGG
CACAGGCAATGTTGAAGCCCTCTTTACAAGGAGAGGTTGAGGCAGATATTGAGATCAAAG
CTTCGGCCACGAAATTCTATCACATGTTTGCAGTGAGACCACAAGATGTGTCTAAAGCCT
CTCCTGAAAATGTCCAGAGATGCAGTGTACAAGAGGGAGAGATGGGAAGAGTTGGCACTC
TCGTCACCTGGAACTATTTTCATGATGGGAAGCCAAAGTTTGCTAGGGAGATGATCGAGG
CAGTGGACCCAAAAATGAATATGATAAAGTTCAGAGTGATAG*GGGAGATCTGATGGAAG
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TTATGTATTTGGGTGTTTTAAATCAATAATGTGCTCTCTCTAGATCTAAAGAGATGTAAG
TGATATAAAAGTGTGTAATCATAATATCTGTCTTTTA
CAAA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3F159JQ 698 0 0
GGACCTCACTCTCATTCTATAAGTAAACTAAAGAAGTATTTGATCATTTGAAAAAAATGG
CACAGGCAATGTTGAAGCCCTCTTTACAAGGAGAGGTTGAGGCAGATATTGAGATCAAAG
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CAGTGGACCCAAAAATGAATATGATAAAGTTCAGAGTGATAG*GGGAGATCTGATGGAAG
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TGATATAAAAGTGTGTAATCATAATATCTGTCTTTTA
C

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3FR36TF 693 0 0
GGACCTCATTCTCATTCTATAAGTAAACTAAAGAAGTATTTGATCATTTGAAAAAA*TGG
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CTTCGGCCACGAAATTCTATCACATGTTTGCAGTGAGACCACAAGATGTGTCTAAAGCCT
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TCGTCACCTGGAACTATTTTCATGATGGGAAGCCAAAGTTTGCTAGGGAGATGATCGAGG
CAGTGGACCCAAAAATGAATATGATAAAGTTCAGAGTGATAGAGGGAGATCTGATGGAAG
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TTATGTATTTGGGTGTTTTAAATCAATAATGTGCTCTCTCTAGATCTAAAGAGATGTAAG
TGATATAAAAGTGTGTAATCATAATATCTGTCT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3C314JQ 686 0 0
GGACCTCACTCTCATTCTATAAGTAAACTAAAGAAGTATTTGATCATTTGAAAAAA*TGG
CACAGGCAATGTTAAAGCCCTCTTTACAAGGAGAGGTTGAGGCAGATATTGAGATCAAAG
CTCCGGCCACGAAATTCTATCACATGTTTGCAGTGAGACCACAAGATGTGTCTAAAGCCT
CTCCTGAAAATGTCCAGAGATGTAGTGTGCAAGAGGGAGAGATGGGAAGAGTTGGCACTC
TCGTCACCTGGAACTATTTTCATGATGGGAAGCCAAAGTTTGCTAGGGAGATGATCGAGG
CAGTGGTCCCAAAAATGAATATGATAAAGTTCAGAGTGATAGAGGGAGATCTGATGGAAG
AGTTCAAGAACTTCCTATTCAAGATCCAGGTGACCCCTAAGAAAGGAGGACTTGGAGGTG
TGGTGAAATGGAACATGTCATACGAGAGGATTGACGAAAACGTGGCTCACCCAGAGTCTC
TGCTCAAACTGTGTGTCAAAATGGCCAAAGACATCGACGAAATGCTTTTGTCTAAGGAAT
AGATATTCGTCAATTATCTGTTTATGTATCTATATTTATGTCTTTGGGTGTTTTTTATCT
TTATGTATTTGGGTGTTTTAAATCAATAATGTGCTCTCTCTAGATCTAAAGAGATGTAAG
TGATATAAAAGTGTGTAATCATAATA

QA 1 686 1 686
DS 

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TGATATAAAAGTGTGTAATCATAATATCTGTCTTTTATGTT
AAAA

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DS 



AS 2 11

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CTTCTGCCTCTCGGTTTATGTGACCATGTACCTCAACGATTGTCAAAGAACTGATTTCTA
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GGCTGCTTATCTCATGCCTCCTGTTGAGTCTGGATCTGTTGATTTCGCCGAGTTTGAGCC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

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TCTGACACCAAGGTTCTACACTACGGACTTCGAGGAGATGGAGCAGCTTTTCAACACGGA
GATCAACAAGAACCTTAACGAGGAAGAGTTCATTGCTCTGCTTCAAGAGTTTAAGACTGA
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TTTGTCTGATTTCAACTTGGCTCTTGACTTGGGTTTCTTGAC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3BC72TF 799 0 0
GG
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CCGACGTTTCTCCACCGTGATCAGAATGTCAGCCACCTCCACGCCGCCGCCTCCGGCCAC
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GAACCTTAACGAGGAAGAGTTCATTGCTCTGCTTCAAGAGTTTAAGACTGATTACAATCA
GACACATTTCGTGAGGAACAAGGAGTTCAAAGAAGCAGCGGACAAGTTGCAGGGTCCTCT
AAGACAGATCTTCGTTGAGTTTCTTGAGCGGTCTTGTACTGCTGAGTTCTCTGGTTTCCT
TCTCTACAAGGAGCTTGGTAGAAGGCTCAAGAAAACAAACCCTGTTGTGGCTGAGATATT
CTCTCTTATGTCCAGAGATGAAGCAAGACATGCCGGGTTCTTGAACAAGGGTTTGTCTGA
TTTCAACTTGGCTCTTGACTTGGGTTTCTTGACAAAGGCAAGGAAATACACTTTCTTCAA
ACCCAAGTTCATCTTCTACGCCACTTACTTGTCCGAGAAAATTGGGTACTGGAGATACAT
CACAATCTACAGACACCTCAAGCAAAACCCTGAGTTCCAGTGTTACCCTATCTTCAAGTA
CTTCGAGAACTGGTGCCAAGACGAGAACCGTCATGGAGATTTCTTCTCTGCTTTGATGAA
AGCTCAGCCTCAGTTCC

QA 3 799 3 799
DS 

RD RR3GE19TF 790 0 0
G
GGAGTTCAAAGAAGCAGCGGACAAGTTGCAGGGTCCTCTAAGACAGATCTTCGTTGAGTT
TCTTGAGCGGTCTTGTACTGCTGAGTTCTCTGGTTTCCTTCTCTACAAGGAGCTTGGTAG
AAGGCTCAAGAAAACAAACCCTGTTGTGGCTGAGATATTCTCTCTTATGTCCATAGATGA
AGCAAGACATGCCGGGTTCTTGAACAAGGGTTTGTCTGATTTCAACTTTGCTCTTGACTT
GGGTTTCTTGACAAAGGCAAGGAAATACACTTTCTTCAAACCCAAGTTCATCTTCTACGC
CACTTACTTGTCCGAGAAAATTGGGTACTGGAGATACATCACAATCTACAGACACCTCAA
GCAAAACCCTGAGTTCCAGTGTTACCCTATCTTCAAGTACTTCGAGAACTGGTGCCAAGA
CGAGAACCGTCATGGGGATTTCTTCTCTGCTTTGATGAAAGCTCAGCCTCAGTTCCTCAA
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GCTAATGGCTGTGGGACAAACTGATGATCCTTCCTTTGTCAA*AACCTCAAGAGGAT*CC
TCTCATTGC

QA 2 790 2 790
DS 

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GGAGATTTCTTCTCTGCTTTGATGAAAGCTCAGCCTCAGTTCCTCAATGACTGGCAAGCC
AAGCTCTGGTCTCGTTTCTTCTGCCTCTCGGTTTATGTGACAATGTACCTCAACGATTGT
CAAAGAACTGATTTCTACGAGGGTATTGGGTTAAACACCAAGGAGTTTGACATGCACGTC
ATCATTGAGACAAACCGGACCACGGCAAGGATATTCCCAGCTGTGTTGGATGTTGAGAAC
CCTGAGTTCAGGAGGAAGCTAGATAGAATGGTTGTGATCAATGAGAAGCTGATGGCTGTA
GGACAAACTGATGATCCTTCCTTTGTCAAGAACCTCAAGAGGATTCCTCTCATTGCTGGT
CTAGTCTCTGAGATCTTGGCTGCTTATCTCATGCCTCCTGTTGAGTCTGGATCTGTTGAT
TTCGCCGAGTTTGAGCCTAATCTTGTCTATTAGTAGCTGCATTGTCAAGTCTTGTGAGTT
TATGGACGGTTTTTGATTTCTTGTAGTTGAATGATCAAAACTGAGAAACCTCTTTTTATT
TGTAA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3BC72JQ 864 0 0
A
TTCTCTCTTATGTCCAGAGATGAAGCAAGACATGCCGGGTTCTTGAACAAGGGTTTGTCT
GATTTCAACTTGGCTCTTGACTTGGGTTTCTTGACAAAGGCAAGGAAATACACTTTCTTC
AAACCCAAGTTCATCTTCTACGCCACTTACTTGTCCGAGAAAATTGGGTACTGGAGATAC
ATCACAATCTACAGACACCTCAAGCAAAACCCTGAGTTCCAGTGTTACCCTATCTTCAAG
TACTTCGAGAACTGGTGCCAAGACGAGAACCGTCATGGAGATTTCTTCTCTGCTTTGATG
AAAGCTCAGCCTCAGTTCCTCAATGACTGGCAAGCCAAGCTCTGGTCTCGTTTCTTCTGC
CTCTCGGTTTATGTGACCATGTACCTCAACGATTGTCAAAGAACTGATTTCTACGAGGGT
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TATCTCATGCCTCCTGTTGAGTCTGGATCTGTTGATTTCGCCGAGTTTGAACCTAATCTT
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GTATTACTGCATGTATCAATCAC

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GG
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TATGTGACAATGTACCTCAACGATTGTCAAAGAACTGATTTCTACGAGGGTATTGGGTTA
AACACCAAGGAGTTTGACATGCACTTCATCATTGAGACAAACCGGACCACGGCGAGGATA
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ATCAAAACTGAGAAACCTCTTTTTATTTGTAATAAACCAAATACTTTTACAGT

QA 3 655 3 655
DS 

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ATGACTGGCAAGCCAAGCTCTGGTCTCGTTTCTTCTGCCTCTCGGTTTATGTGACCATGT
ACCTCAACGATTGTCAAAGAACTGATTTCTACGAGGGTATTGGGTTAAACACCAAGGAGT
TTGACATGCACGTCATCATTGAGACAAACCGGACCACGGCAAGGATATTCCCAGCTGTGT
TGGATGTTGAGAACCCTGAGTTCAAGAGGAAGCTAGATAGAATGGTTGTGATCAATGAGA
AGCTAATGGCTGTGGGACAAACTGATGATCCTTCCTTTGTCAAGAACCTCAAGAGGATTC
CTCTCATTGCTGGTCTAGTCTCTGAGATCTTGGCTGCTTATCTCATGCCTCCTGTTGAGT
CTGGATCTGTTGATTTCGCCGAGTTTGAGCCTAATCTTGTCTATTAGTTGCTGCATTGTC
AAGTCTTATGAGTTTATGGATGGTTTTTGATTTCTTGTAGTTGAATGATCAAAACTGAGA
AACCTCTTTTTATTTGTAATAAACCAAATACTTTTACAGTATTACTGCATGTATCAATC

QA 1 659 1 659
DS 



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TTTCTTCAAACCCAAGTTCATCTTCTACGCCACTTATTTATCCGAGAAAATTGGGTACTG
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CTTCAAGTACTTTGAGAACTGGTGCCAAGACGAAAACCGCCACGGAGATTTCTTCTCTGC
TTTGATGAAAGCTCAGCCTCAGTTCCTTAATGACTGGCAAGCCAAACTCTGGTCTCGTTT
CTTCTGCCTCTCGGTTTATGTGACAACGTACCTCAACGATTGTCAAAGAACTGATTTCTA
CGAGGGTATTGGGTTAAACACAAAGGAGTTTGATATGCACGTCATCATCGAGACAAACCG
AACCACGGCAAGAACATTCCCGGCTGTGCTGGATGTTGAGAACCCTGAGTTCAAGAGGAA
ACTGGATAGAATGGTTGTGATCAATGAGAAGCTGATGGCTGTAGGACAAACCGATGATCC
TTCCTTTGTGAAGAACCTCAAGAGGATTCCTCTCATTGCTGGTTTAGTCTCTGAGATCTT
GGCTGCTTATCTCATGCCTCCTGTTGAGTCCGGCTCTGTTGATTTTGCTGAGTTTGAGCC
TAATCTTGTCTATTAGTAGCTGCCATTGTCAATTTCTTGGTTTCTTGTATCTGAATGATT
GAAACTGAGACCTCTTTTTTTTTTCTTTTGCAATAAACCAAATACTGTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 15 15 0 15 15 0 0 15 0 15 0 0 15 0 0 15 15 15 0 15 15 15 0 0 0 15 15 15 0 0 0 15 15 15 0 0 0 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3DP22TF U 1
AF RR3FR19TF U 82
AF RR3FR19JQ C 132
AF RR3DP22JQ C 283
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GGCTGCTT

QA 1 728 1 728
DS 

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GC*ATTGTCAATTTCTTGGTTTCTTGTATCTGAATGATTGAA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3FR19JQ 761 0 0
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CCAAGTTCATCTTCTACGCCACTTATTTATCCGAGAAAATTGGGTACTGGAGGTACATCA
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TTGAGAACTGGTGCCAAGACGAAAACCGCCACGGAGATTTCTTTTCTGCTTTGATGAAAG
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TC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3DP22JQ 610 0 0
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CGGAGATTTCTTCTCTGCTTTGATGAAAGCTCAGCCTCAGTTCCTTAATGACTGGCAAGC
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AGGACAAACCGATGATCCTTCCTTTGTGAAGAACCTCAAGAGGATTCCTCTCATTGCTGG
TTTAGTCTCTGAGATCTTGGCTGCTTATCTCATGCCTCCTGTTGAGTCCGGCTCTGTTGA
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TCTTGTATCTGAATGATTGAAACTGAGACCTCTTTTTTTTT*CTTTTGCAATAAACCAAA
TACTGTTACC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 11

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TTTCTTACCTGTCGGGAACTAAAATCTCAGAAGAAGCTTTGAGGCAGCCATGGCTTCCAT
TTCATCATGCAGAGCTCCTTCTGCGAGCTTCTTCTTCTCTACAACCAAAACTATCAACAG
TTCTTCTCCTTCCTCAGTAAGACTCTCCTCTCGGTTTCTTGGAACTCGGGTTGTGAAGCT
CAGTATCCGACTCGGACCCTCCAATGGGTCTAGAGCCACTTGCTGGTTCAAGTTCGGAAA
GAACGGCGTAGATGCTGAGAATGCTGGCATCTATGGCAGCCAGTCACGGGATGATTTCGA
CAGAGACGATGTCGAGCAGTATTTCAACTATATGGGGATGCTTGCGGTGGAAGGAACCTA
CGATAAGATGGAGGCTCTTCTCAACCAAAACATTCATCCTGTAGATATCCTTTTGATGTT
AGCAGCATCAGAAGGAGACAAGCCTAAGATCGAGGAGCTCCTCAGAGCCGGTGCTAACTA
CACTGTCAAGGACGCTGATGGAAGAACTGCTCTTGACAGAGCCAACAGCGAGGAGATCCG
TGATTTGATCCTTGGATCCATCACTCAAAAGGCTTGACAAAATCTTCACTACAAGCTTCT
TATTACAGAGAAGGTGATATCTGTTTTTGGTACCTGTAGTTGAAATCTCAGTCGTCTCAA
TGTGTTGTTAACTTTTAAAGTTTGGTCCAAAGCCTAAGTGAGTGAGCTGCAACTTTAAAG
TATAGACTGATTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 10 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 20 60 60 60 60 60 60 10 60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY24JQ C 75
AF RR3GY24TF U 75
AF RR3AV48TF U 1
AF RR3AV48JQ C 55
AF RR3DJ71JQ C 75
AF RR3EU75JQ C 223
AF RR3EU75TF U 108
AF RR3AX71JQ C 121
AF RR3AX71TF U 121
AF RR3DJ71TF U 75
AF RR3AY72TF U 98
BS 1 95 RR3AV48TF
BS 96 96 RR3GY24TF
BS 97 97 RR3AV48TF
BS 98 98 RR3GY24TF
BS 99 115 RR3AV48TF
BS 116 116 RR3GY24TF
BS 117 142 RR3AV48TF
BS 143 143 RR3GY24TF
BS 144 325 RR3AV48TF
BS 326 326 RR3GY24TF
BS 327 627 RR3AV48TF
BS 628 780 RR3EU75TF
BS 781 782 RR3DJ71TF
BS 783 794 RR3AY72TF

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CTCCTTCTGCGAGCTTCTTCTTCTCTACAACCAAACCTATCAACAGTTCTTCTCCTTCCT
CAGTAAGACTCTCCTCTCGGTTTCTTGGAACTCGGGTTGTGAAGCTCAGTATCCGACTCG
GACCCTCCAATGGGTCTAGAGCCACTTGCTGGTTCAAGTTCGGAAAGAACGGCGTCGATG
CTGAGAATGCTGGCATCTATGGCAGCCAATCACGGGATGATTTCGACAGAGACGATGTCG
AGCAGTATTTCAACTATATGGGGATGCTTGCGGTGGAAGGAACCTATGATAAGATGGAGG
CTCTTCTCAACC

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR3GY24TF 372 0 0
GGAACTAAAATCTCAGAAGAAGCTTTGAGGCAGCCATGGCTTCCATTTCATCATGCAGAG
CTCCTTCTGCGAGCTTCTTCTTCTCTACAACCAAACCTATCAACAGTTCTTCTCCTTCCT
CAGTAAGACTCTCCTCTCGGTTTCTTGGAACTCGGGTTGTGAAGCTCAGTATCCGACTCG
GACCCTCCAATGGGTCTAGAGCCACTTGCTGGTTCAAGTTCGGAAAGAACGGCGTCGATG
CTGAGAATGCTGGCATCTATGGCAGCCAATCACGGGATGATTTCGACAGAGACGATGTCG
AGCAGTATTTCAACTATATGGGGATGCTTGCGGTGGAAGGAACCTATGATAAGATGGAGG
CTCTTCTCAACC

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR3AV48TF 627 0 0
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TTTCTTACCTGTCGGGAACTAAAATCTCAGAAGAATCATTGAGGCAGCCATGGCTGCCAT
TTCATCATGCAGAGCTCCTTCTACGAGCTTCTTCTTCTCTACAACCAAAACTATCAACAG
TTCTTCTCCTTCCTCAGTAAGACTCTCCTCTCGGTTTCTTGGAACTCGGGTTGTGAAGCT
CAGTATCCGACTCGGACCCTCCAATGGGTCTAGAGCCACTTGCTGGTTCAAGTTCGGAAA
GAACGGCGTAGATGCTGAGAATGCTTGCATCTATGGCAGCCAGTCACGGGATGATTTCGA
CAGAGACGATGTCGAGCAGTATTTCAACTATATGGGGATGCTTGCGGTGGAAGGAACCTA
CGATAAGATGGAGGCTCTTCTCAACCAAAACATTCATCCTGTAGATATCCTTTTGATGTT
AGCAGCATCAGAAGGAGACAAGCCTAAGATCGAGGAGCTCCTCAGAGCCGGTGCTAACTA
CACTGTCAAGGACGCTGATGGAAGAACTGCTCTTGACAGAGCCAACAGCGAGGAGATCCG
TGATTTGATCCTTGGATCCATCACTCA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3AV48JQ 708 0 0
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TGCCATTTCATCATGCAGAGCTCCTTCTACGAGCTTCTTCTTCTCTACAACCAAAACTAT
CAACAGTTCTTCTCCTTCCTCAGTAAGACTCTCCTCTCGGTTTCTTGGAACTCGGGTTGT
GAAGCTCAGTATCCGACTCGGACCCTCCAATGGGTCTAGAGCCACTTGCTGGTTCAAGTT
CGGAAAGAACGGCGTAGATGCTGAGAATGCTTGCATCTATGGCAGCCAGTCACGGGATGA
TTTCGACAGAGACGATGTCGAGCAGTATTTCAACTATATGGGGATGCTTGCGGTGGAAGG
AACCTACGATAAGATGGAGGCTCTTCTCAACCAAAACATTCATCCTGTAGATATCCTTTT
GATGTTAGCAGCATCAGAAGGAGACAAGCCTAAGATCGAGGAGCTCCTCAGAGCCGGTGC
TAACTACACTGTCAAGGACGCTGATGGAAGAACTGCTCTTGACAGAGCCAACAGCGAGGA
GATCCGTGATTTGATCCTTGGATCCATCACTCAAAAGGCTTGACAAAATCTTCACTACAA
GCTTCTTATTACAGAGAAGGTGATATCTGTTTT*GGTACCTGTAGTTGAAATCTCAGTCG
TCTCAATGTGTTGTTAACTTTTAAAGTTTGGTCCAAAGCCTAACTGAG

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3DJ71JQ 707 0 0
GGAACTAAAATCTCAGAAGAAGCTTTGAGGCAGCCATGGCTTCCATTTCATCATGCAGAG
CTCCTTCTGCGAGCTTCTTCTTCTCTACAACCAAACCTATCAACAGTTCTTCTCCTTCCT
CAGTAAGACTCTCCTCTCGGTTTCTTGGAACTCGGGTTGTGAAGCTCAGTATCCGACTCG
GACCCTCCAATGGGTCTAGAGCCACTTGCTGGTTCAAGTTCGGAAAGAACGGCGTCGATG
CTGAGAATGCTGGCATCTATGGCAGCCAATCACGGGATGATTTCGACAGAGACGATGTCG
AGCAGTATTTCAACTATATGGGGATGCTTGCGGTGGAAGGAACCTATGATAAGATGGAGG
CTCTTCTCAACCAAAACATTCATCCTGTAGATATCCTTTTGATGTTAGCAGCATCAGAAG
GAGACAAGCCTAAGATCGAGGAGCTCCTCAGAGCCGGTGCTAACTACACTGTCAAGGACG
CTGATGGAAGAACTGCTCTTGACAGAGCCAACAGCCAGGAGATCCGTGATTTGATCCTTG
GATCCATCACTCAAAAGGCTTGACAAAATCTTCACTACAAGCTTCTTATTACAGAGAAGG
TGATATCTGTTTTTGGTACCTGTAGTTGAAATCTCAGTCGTCTCAATGTGTTGTTAACTT
TTAAAGTTTGGTCCAAAGCCTAAGTGAGTGAGCTGCAACTTTAAAG
T

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3EU75JQ 559 0 0
AACTCGGGTTGTGAAGCTCATTATCCGACTCGGACCCTCCAATGGGTCTAGAGTCACTTG
CTGGTTCAAGTTCGGAAAGAACGGCGTAGATGCTGAGAATGCTGGCATCTATGGCAGCCA
GTCACGGGATGATTTCGACAGAGACGATGTCGAGCAGTATTTCAACTATATGGGGATGCT
TGCGGTGGAAGGAACCTACGATAAGATGGAGGCTCTTCTCAACCAAAACATTCATCCTGT
AGATATCCTTTTGATGTTAGCAGCATCAGAAGGAGACAAGCCTAAGATCGAGGAGCTTTT
CAGAGCCGGTGCTAACTACACTGTCAAGGACGCTGATGGAAGAACTGCTCTTGACAGAGC
CAACAGCGAGGAGATCCGTGATTTGATCCTTGGATCCATCACTCAAAAGGCTTGACAAAA
TCTTCACTACAAGCTTCTTATTACAGAGAAGGTGATATCTGTTTTTGGTACCTGTAGTTG
AAATCTCAGTCGTCTCAATGTGTTGTTAACTTTTAAAGTTTGGTCCAAAGCCTAAGTGAG
TGAGCTGCAACTTTAAAG
C

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR3EU75TF 674 0 0
GG
ATGGCTTCCATTTCATCATGCACAGCTCCTTCTGCGAGCTCCTTCTTCTCCACCACCAAA
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GTTGTGAAGCTCATTATCCGACTCGGACCCTCCAATGGGTCTAGAGTCACTTGCTGGTTC
AAGTTCGGAAAGAACGGCGTAGATGCTGAGAATGCTGGCATCTATGGCAGCCAGTCACGG
GATGATTTCGACAGAGACGATGTCGAGCAGTATTTCAACTATATGGGGATGCTTGCGGTG
GAAGGAACCTACGATAAGATGGAGGCTCTTCTCAACCAAAACATTCATCCTGTAGATATC
CTTTTGATGTTAGCAGCATCAGAAGGAGACAAGCCTAAGATCGAGGAGCTTCTCAGAGCC
GGTGCTAACTACACTGTCAAGGACGCTGATGGAAGAACTGCTCTTGACAGAGCCAACAGC
GAGGAGATCCGTGATTTGATCCTTGGATCCATCACTCAAAAGGCTTGACAAAATCTTCAC
TACAAGCTTCTTATTACAGAGAAGGTGATATCTGTTTTTGGTACCTGTAGTTGAAATCTC
AGTCGTCTCAATGTGTTGTTAACTTTTAAAGTTTGGTCCAAAGCCTAAGTGAGTGAGCTG
CAACTTTAAAG
C

QA 3 673 3 673
DS 

RD RR3AX71JQ 650 0 0
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TTCTTCTCCTTCCTCAGTAAGACTCTCCTCTCGGTTTCTTGGAACTCGGGTTGTGAAGCT
CAGTATCCGACTCGGACCCTCCAATGGGTCTAGAGCCACTTGCTGGTTCAAGTTCGGAAA
GAACGGCGTAGATGCTGAGAATGCTGGCATCTATGGCAGCCAGTCACGGAATGATTTCGA
CAGAGACGATGTCGAGCAGTATTTCAACTATATGGGGATGCTTGCGGTGGAAGGAACCTA
CGATAAGATGGAGGCTCTTCTCAACCAAAACATTCATCCTGTAGATATCCTTTTGATGTT
AGCAGCATCAGAAGGAGACAAGCCTAAGATCGAGGAGCTTCTCAGAGCCGGTGCTAACTA
CACTGTCAAGGACGCTGATGGAAGAACTGCTCTTGACAGAGCCAACAGCGAGGAGATCCG
TGATTTGATCCTTGGATCCATCACTCAAAAGGCTTGACAAAATCTTCACTACAAGCTTCT
TATTACAGAGAAGGTGATATCTGTTTTTGGTACCTGCAGTTGAAATCTCAGTCGTCTCAA
TGTGTTGTTAACTTTTAAAGTTTGGTCCAAAGCCTAAGTGAGTGAGCTGC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3AX71TF 650 0 0
TTCATCATGCACAGCTCCTTCTGCGAGCTCCTTCTTCTCCACCACCAAAACTGTCAACAG
TTCTTCTCCTTCCTCAGTAAGACTCTCCTCTCGGTTTCTTGGAACTCGGGTTGTGAAGCT
CAGTATCCGACTCGGACCCTCCAATGGGTCTAGAGCCACTTGCTGGTTCAAGTTCGGAAA
GAACGGCGTAGATGCTGAGAATGCTGGCATCTATGGCAGCCAGTCACGGAATGATTTCGA
CAGAGACGATGTCGAGCAGTATTTCAACTATATGGGGATGCTTGCGGTGGAAGGAACCTA
CGATAAGATGGAGGCTCTTCTCAACCAAAACATTCATCCTGTAGATATCCTTTTGATGTT
AGCAGCATCAGAAGGAGACAAGCCTAAGATCGAGGAGCTTCTCAGAGCCGGTGCTAACTA
CACTGTCAAGGACGCTGATGGAAGAACTGCTCTTGACAGAGCCAACAGCGAGGAGATCCG
TGATTTGATCCTTGGATCCATCACTCAAAAGGCTTGACAAAATCTTCACTACAAGCTTCT
TATTACAGAGAAGGTGATATCTGTTTTTGGTACCTGCAGTTGAAATCTCAGTCGTCTCAA
TGTGTTGTTAACTTTTAAAGTTTGGTCCAAAGCCTAAGTGAGTGAGCTGC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3DJ71TF 715 0 0
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CTCCTTCTGCGAGCTTCTTCTTCTCTACAACCAAACCTATCAACAGTTCTTCTCCTTCCT
CAGTAAGACTCTCCTCTCGGTTTCTTGGAACTCGGGTTGTGAAGCTCAGTATCCGACTCG
GACCCTCCAATGGGTCTAGAGCCACTTGCTGGTTCAAGTTCGGAAAGAACGGCGTCGATG
CTGAGAATGCTGGCATCTATGGCAGCCAATCACGGGATGATTTCGACAGAGACGATGTCG
AGCAGTATTTCAACTATATGGGGATGCTTGCGGTGGAAGGAACCTATGATAAGATGGAGG
CTCTTCTCAACCAAAACATTCATCCTGTAGATATCCTTTTGATGTTAGCAGCATCAGAAG
GAGACAAGCCTAAGATCGAGGAGCTCCTCAGAGCCGGTGCTAACTACACTGTCAAGGACG
CTGATGGAAGAACTGCTCTTGACAGAGCCAACAGCCAGGAGATCCGTGATTTGATCCTTG
GATCCATCACTCAAAAGGCTTGACAAAATCTTCACTACAAGCTTCTTATTACAGAGAAGG
TGATATCTGTTTTTGGTACCTGTAGTTGAAATCTCAGTCGTCTCAATGTGTTGT*AACTT
TTAAAGTTTGGTCCAAAGCCTAAGTGAGTGAGCTGCAACTTTAAAGTA
AAAAAAA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3AY72TF 697 0 0
GGG
GAGGCAGCCATGGCTGCCATTTCATCATGCAGAGCTCCTTCTACGAGCTTCTTCTTCTCT
ACAACCAAAACTATCAACAGTTCTTCTCCTTCCTCAGTAAGACTCTCCTCTCGGTTTCTT
GGAACTCGGGTTGTGAAGCTCAGTATCCGACTCGGACCCTCCAATGGGTCTAGAGCCACT
TGCTGGTTCAAGTTCGGAAAGAACGGCGTAGATGCTGAGAATGCTGGCATCTATGGCAGC
CAGTCACGGGATGATTTCGACAGAGACGATGTCGAGCAGTATTTCAACTATATGGGGATG
CTTGCGGTGGAAGGAACCTACGATAAGATGGAGGCTCTTCTCAACCAAAACATTCATCCT
GTAGATATCCTTTTGATGTTAGCAGCATCAGAAGGAGACAAGCCTAAGATCGAGGAGCTC
CTCAGAGCCGGTGCTAACTACACTGTCAAGGACGCTGATGGAAGAACTGCTCTTGACAGA
GCCAACAGCGAGGAGATCCGTGATTTGATCCTTGGATCCATCACTCAAAAGGCTTGACAA
AATCTTCACTACAAGCTTCTTATTACAGAGAAGGTGATATCTGTTTT*GGTACCTGTAGT
TGAAATCTCAGTCGTCTCAATGTGTTGTTAACTTTTAAAGTTTGGTCCAAAGCCTAACTG
AGTGAGCTGCAACTTTAAAGTATAGACTGATTCT

QA 4 697 4 697
DS 



AS 2 7

CO CL254Contig1 786 4 6 U
AAGATAAGATATTATCATCATCAAAACTAACAAGAGATGGGCTTCATAAGTCAAGGTTTA
CATTATTGAAAGTCTCATAAAAAAAACATGCTTATAATTAAATAAAAGGAGAAATAAACA
TGATGAAAAATCCCTGAAACATGGTATTAAATAAGTTTAGAAGTGATAAAGGAACCTAAC
CTCGGGAGATATAGATTCAACTTCAGCCGCTCGAGTTAACAGAGTTCCAGAGCTGGACCC
ACTTGACCATAGCATCAGCAGCTTGAGTGAAGGCAGGGTCATCTGAACCCAACTGCTCTT
TCACCGCTTTAGCAAGCTCAATCACACAATCTTCAACCTTAACCGCACTCTCAGGCAATT
TCAAAGACTCGAAAAACGGAACACTCTTCTCCATCAGCTTCATCCCTTCCCATTTCTTCC
TCAAACTCTCCACAGCATCTCCCCTCTCGTTCCTCCACACATAAGGCAGACCAGTTTTCA
CACCGTAACCCAAATGGTCAGAAATGTGTTTCAAACACATCCCACACCAAACATCTTCAA
GCGTTTCCCATCTCACTTTCCCTTCACCAGCAATTCTAAGCGCAGGCACCAAAGCTGGTC
CCACCAACTCCCGGTTAAAAGCGATGTTGATCCCGCTTATCGGCAACATAGCTTTCAAGG
GAACGGTCATAACCGCATCAACATAGGAAGTGTTCCTCTGCTCTGTCTTGAGAGCTTGCG
TCGGAGCATCAAGATCAGCCAAGTTAAGCCAAAGTCCACATGAAGCAGCACAGGGGACGC
CACTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM18JQ U 27
AF RR3CZ96JQ U 196
AF RR3GV33JQ U 1
AF RR3H168JQ U 1
BS 1 502 RR3GV33JQ
BS 503 503 RR3H168JQ
BS 504 513 RR3GV33JQ
BS 514 514 RR3H168JQ
BS 515 755 RR3GV33JQ
BS 756 786 RR3H168JQ

RD RR3FM18JQ 160 0 0
CTAACAAGAGATGGGCTTCATAAGTCAAGGTTTACATTATTGAAAGTCTCATAAAAAAAA
CATGCTTATAATTAAATAAAAGGAGAAATAAACATGATGAAAAATCCCTGAAACATGGTA
TTAAATAAGTTTAAAAGTGATAAAGGAACCTAACCTCGGG

QA 1 160 1 160
DS 

RD RR3CZ96JQ 275 0 0
TTCAACTTTAGCCGCTGGAGTTAACAGAGTTCCAGAGCTGGACCCCCTTGACCATAGCAT
CAGCAGCTTGAGTGAAGGGAGGGTCATCTGAACCCAACTGCTCTTTCACCGCTTTAGCAA
GCTCAACCACACAATCTTCAACCTTAACCGCAGTCTCAGGCAACTTCAAAGACTCGAAAA
ACGGAACACTCTTCTCCATCAGCTTCATCCCTTCCCATTTCTTCCTCAAACTCTCCACAG
CATCTCCCCTCTCGTTCCTCCACACATAAGGCAGA

QA 1 275 1 275
DS 

RD RR3GV33JQ 755 0 0
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CATTATTGAAAGTCTCATAAAAAAAACATGCTTATAATTAAATAAAAGGAGAAATAAACA
TGATGAAAAATCCCTGAAACATGGTATTAAATAAGTTTAGAAGTGATAAAGGAACCTAAC
CTCGGGAGATATAGATTCAACTTCAGCCGCTCGAGTTAACAGAGTTCCAGAGCTGGACCC
ACTTGACCATAGCATCAGCAGCTTGAGTGAAGGCAGGGTCATCTGAACCCAACTGCTCTT
TCACCGCTTTAGCAAGCTCAATCACACAATCTTCAACCTTAACCGCACTCTCAGGCAATT
TCAAAGACTCGAAAAACGGAACACTCTTCTCCATCAGCTTCATCCCTTCCCATTTCTTCC
TCAAACTCTCCACAGCATCTCCCCTCTCGTTCCTCCACACATAAGGCAGACCAGTTTTCA
CACCGTAACCCAAATGGTCAGAGATGTGTTTCAGACACATCCCACACCAAACATCTTCAA
GCGTTTCCCATCTCACTTTCCCTTCACCAGCAATTCTAAGCGCAGGCACCAAAGCTGGTC
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GAACGGTCATAACCGCATCAACATAGGAAGTGTTCCTCTGCTCTGTCTTGAGAGCTTGCG
TCGGAGCATCAAGATCAGCCAAGTTAAGCCAAAGT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3H168JQ 786 0 0
AAGATAAGATATTATCATCATCAAAACTAACAAGAGATGGGCTTCATAAGTCAAGGTTTA
CATTATTGAAAGTCTCATAAAAAAAACATGCTTATAATTAAATAAAAGGAGAAATAAACA
TGATGAAAAATCCCTGAAACATGGTATTAAATAAGTTTAGAAGTGATAAAGGAACCTAAC
CTCGGGAGATATAGATTCAACTTCAGCCGCTCGAGTTAACAGAGTTCCAGAGCTGGACCC
ACTTGACCATAGCATCAGCAGCTTGAGTGAAGGCAGGGTCATCTGAACCCAACTGCTCTT
TCACCGCTTTAGCAAGCTCAATCACACAATCTTCAACCTTAACCGCACTCTCAGGCAATT
TCAAAGACTCGAAAAACGGAACACTCTTCTCCATCAGCTTCATCCCTTCCCATTTCTTCC
TCAAACTCTCCACAGCATCTCCCCTCTCGTTCCTCCACACATAAGGCAGACCAGTTTTCA
CACCGTAACCCAAATGGTCAGAAATGTGTTTCAAACACATCCCACACCAAACATCTTCAA
GCGTTTCCCATCTCACTTTCCCTTCACCAGCAATTCTAAGCGCAGGCACCAAAGCTGGTC
CCACCAACTCCCGGTTAAAAGCGATGTTGATCCCGCTTATCGGCAACATAGCTTTCAAGG
GAACGGTCATAACCGCATCAACATAGGAAGTGTTCCTCTGCTCTGTCTTGAGAGCTTGCG
TCGGAGCATCAAGATCAGCCAAGTTAAGCCAAAGTCCACATGAAGCAGCACAGGGGACGC
CACTTC

QA 1 786 1 786
DS 



CO CL254Contig2 1052 3 5 U
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GGAGGACACAGCAGCAAATGCGCGAGAGACGTTTTTAGATATAGACCAGTTCTACAGAAA
CGTGATAAATCAAATACATACACACGGTTCGGTCGTGTTCATCAATTCCTCTTAGAAAAG
AAGAAGAAAAGGTCGGATCTATTCTGCTGCATTCTCTCCAGAAAGATTACCTAAAATCTG
TTTGATATTCAAACATGTCGTCGTCTGAGTTAAACAAGAACGAGGTTGACATTGTCATTG
GCGCTCTCAACGCTGACCTGACTAAGTTCCTCAACAGCTGGAAACCCTTTTTCTCCGGTT
TCCATCTCATCATCGTCAAAGACCCTGAGCTCAAGGACGACCTCAACGTACCCGAAGGCT
TTGATGTGGACGTCTACTCCAAGCCCGACATTGAGAAAGTCGTCGGCGCTGCCAATGCCG
CCATCTTCTCTGGCTATTCCTGCAGATACTTTGGTTATCTCGTATCCAAAAAGAAGTACA
TTGTCTCGATCGATGATGACTGTGTCCCTGCTAAGGATCCCAAGGGAGTTCTAGTGGATG
CTGTCTCTCAGCACGTGACCAACCTCGAGAACCCTGCGACCCCTCTCTTCTTCAATACCC
TGTATGATCCTTATTGCGAGGGAGCTGATTTTGTGCGTGGGTACCCGTTCAGCCTTAGAA
GTGGCGTCCCCTGTGCTGCTTCATGTGGACTTTGGCTTAACTTGGCTGATCTTGATGCTC
CGACGCAAGCTCTCAAGACAGAGCAGAGGAACACTTCCTATGTTGATGCGGTTATGACCG
TTCCCTTGAAAGCTATGTTGCCGATAAGCGGGATCAACATCGCTTTTAACCGGGAGTTGG
TGGGACCAGCTTTGGTGCCTGCGCTTAGAATTGCTGGTGAAGGGAAAGTGAGATGGGAAA
CGCTTGAGATGTTGGGTGTGGGATGTGTCTGAACACATCTCTGACATTTGGGTTACGTGT
GAAACTGGTCTGCCTTATGTGTGGAGGACGAG


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV33TF U 1
AF RR3H168TF U 4
AF RR3FM18TF U 287
BS 1 704 RR3GV33TF
BS 705 708 RR3H168TF
BS 709 709 RR3FM18TF
BS 710 740 RR3H168TF
BS 741 1052 RR3FM18TF

RD RR3GV33TF 704 0 0
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GGAGGACACAGCAGCAAATGCGCGAGAGACGTTTTTAGATATAGACCAGTTCTACAGAAA
CGTGATAAATCAAATACATACACACGGTTCGGTCGTGTTCATCAATTCCTCTTAGAAAAG
AAGAAGAAAAGGTCGGATCTATTCTGCTGCATTCTCTCCAGAAAGATTACCTAAAATCTG
TTTGATATTCAAACATGTCGTCGTCTGAGTTAAACAAGAACGAGGTTGACATTGTCATTG
GCGCTCTCAACGCTGACCTGACTAAGTTCCTCAACAGCTGGAAACCCTTTTTCTCCGGTT
TCCATCTCATCATCGTCAAAGACCCTGAGCTCAAGGACGACCTCAACGTACCCGAAGGCT
TTGATGTGGACGTCTACTCCAAGCCCGACATTGAGAAAGTCGTCGGCGCTGCCAATGCCG
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CTGTCTCTCAGCACGTGACCAACCTCGAGAACCCTGCGACCCCTCTCTTCTTCAATACCC
TGTATGATCCTTATTGCGAGGGAGCTGATTTTGTGCGTGGGTAC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3H168TF 737 0 0
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GGACACAGCAGCAAATGCGCGAGAGACGTTTTTAGATATAGACCAGTTCTACAGAAACGT
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AAGAAAAGGTCGGATCTATTCTGCTGCATTCTCTCCAGAAAGATTACCTAAAATCTGTTT
GATATTCAAACATGTCGTCGTCTGAGTTAAACAAGAACGAGGTTGACATTGTCATTGGCG
CTCTCAACGCTGACCTGACTAAGTTCCTCAACAGCTGGAAACCCTTTTTCTCCGGTTTCC
ATCTCATCATCGTCAAAGACCCTGAGCTCAAGGACGACCTCAACGTACCCGAAGGCTTTG
ATGTGGACGTCTACTCCAAGCCCGACATTGAGAAAGTCGTCGGCGCTGCCAATGCCGCCA
TCTTCTCTGGCTATTCCTGCAGATACTTTGGTTATCTCGTATCCAAAAAGAAGTACATTG
TCTCGATCGATGATGACTGTGTCCCTGCTAAGGATCCCAAGGGAGTTCTAGTGGATGCTG
TCTCTCAGCACGTGACCAACCTCGAGAACCCTGCGACCCCTCTCTTCTTCA*TACCCTGT
ATGATCCTTATTGCGAGGGAGCTGATTTTGTGCGTGGGTACCCGT*CAGCCTTAGAAGTG
GCGTCCCCTGTGCTGCT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3FM18TF 766 0 0
G
GACATTGTCATTGGCGCTCTCAACGCTGACCTGACTAAGTTCCTCAACAGCTGGAAACCC
TTTTTCTCCGGTTTCCATCTCATCATCGTCAAAGACCCTGAGCTCAAGGACGACCTCAAC
GTACCCGAAGGCTTTGATGTGGACGTCTACTCCAAGCCCGACATTGAGAAAGTCGTCGGC
GCTGCCAATGCCGCCATCTTCTCTGGCTATTCCTGCAGATACTTTGGTTATCTCGTATCC
AAAAAGAAGTGCATTGTCTCGATCGATGATGACTGTGTCCCTGCTAAGGATCCCAAGGGA
GTTCTAGTGGATGCTGTCTCTCAGCACGTGACCAACCTCGAGAACCCTGCGACCCCTCTC
TTCTTCAATACCCTGTATGATCCTTATTGCGAGGGAGCTGATTTTGTGCGTGGGTACCCG
TTCAGCCTTAGAAGTGGCGTCCCCTGTGCTGCTTCATGTGGACTTTGGCTTAACTTGGCT
GATCTTGATGCTCCGACGCAAGCTCTCAAGACAGAGCAGAGGAACACTTCCTATGTTGAT
GCGGTTATGACCGTTCCCTTGAAAGCTATGTTGCCGATAAGCGGGATCAACATCGCTTTT
AACCGGGAGTTGGTGGGACCAGCTTTGGTGCCTGCGCTTAGAATTGCTGGTGAAGGGAAA
GTGAGATGGGAAACGCTTGAGATGTTGGGTGTGGGATGTGTCTGAACACATCTCTGACAT
TTGGGTTACGTGTGAAACTGGTCTGCCTTATGTGTGGAGGACGAG

QA 2 766 2 766
DS 



AS 1 9

CO CL255Contig1 980 9 14 U
GGGAACACAAGAGAAAGAGATAGAGAGAGAGATGGAGAACGCTTTGTCTCCGTCACCGGC
AGGTGAAATCGCGGGAAGAGTAGCGTCTCTTTACGTCTATCCTATCAAATCATGTCGAGG
GATTTCTTTGTCTCAGGCTTCGCTCACTCCCACAGGGTTTCGATGGGATAGAAACTGGTT
GATTGTCAACTCCAAAGGAAGAGGATTGACTCAAAGATTGGAACCAAAGCTTTCCTTAAT
TGAAGTCGAAATGCCTAAACATGCGTTTGCACATGACTGGCACCCCGACAACAACTCTAA
CATGTTGGTTAGAGCTCCTGGGATGGATGTACTTAAGGTTTCGCTAGCCAAACCTGAGAA
AATAGCAGACGGTGTCTCAGTCTGGGAGTGGTTTGGCTCCGCACTTGATGAAGGAGAGGA
AGCCTCTAGCTGGTTTACAGATTTTGTTGGCAAGCCTTGTCGACTTGTTCGTTTTGATTC
AGCCTCTGAGACAAGACCTGTGGATCCAAATTATGCTCCAGGTCACGTTGCCATGTTCTC
AGATATGTACCCTTTCTTGCTTATATCACAGGGTTCCCTTGATGCCCTGAATGAGCTTCT
CAAGGAGCCTGTACGGATCAACCGATTCAGACCCAACATCTTGGTTGATGGATGTGAACC
ATTTGCTGAAGACTTATGGACAGAGATCCTTATAGACAATTTCACCTTTCACGGTGTGAA
ATTATGCTCCCGTTGCAAGGTACCGACGATAAATCAAGACACTGGAATTGGAGGTGAAGA
GCCAATTGAGACTCTGAGGAGTTTCAGGTCAGACAAATTTTTACAGCCACAGAAGAAACC
ACAGGGAAAGATATACTTTGGACAGAACATGGTTTGGAAAGATGGGTTTGGGGATGGAAT
AGCAAAAACAATTGAGATTGGTGATTCTGTTCTTGTCCTTGGAAAACTCTCCTCTCCTAC
TGAAGCAGCAACTTGAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 35 35 20 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3EE78TF U 1
AF RR3DG49TF U 165
AF RR3H477TF U 5
AF RR3DZ82TF U 11
AF RR3DF38TF U 1
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AF RR3GS85JQ C 669
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BS 479 480 RR3DG49TF
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GGGAACA
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ATCGCGGGAAGAGTAGCGTCTCTTTACGTCTATCCTATCAAATCATGTCGAGGGATTTCT
TTGTCTCAGGCTTCGCTCACTCCCACAGGGTTTCGATGGGATAGAAACTGGTTGATTGTC
AACTCCAAAGGAAGAGGATTGACTCAAAGATTGGAACCAAAGCTTTCCTTAATTGAAGTC
GAAATGCCTAAACATGTGTTTGCACATGACTGGCACCCCGACAACAACTCTAACATGTTG
GTTAGAGCTCCTGGGATGGATGTACTTAAGGTT*CGCTAGCCAAACCTGAGAAAATAGCA
GACGGTGTCTCA
TCTGGG

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DS 

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GGGATAGAAACTGGTTGATTGTCAACTCCAAAGGAAGAGGATTGACTCAAAGATTGGAAC
CAAAGCTTTCCTTAATTGAAGTCGAAATGCCTAAACATGCGTTTGCACATGACTGGCACC
CCGACAACAACTCTAACATGTTGGTTAGAGCTCCTGGGATGGATGTACTTAAGGTTTCGC
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TTGATGAAGGAGAGGAAGCCTCTAGCTGGTTTACAGATTTTGTTGGCAAGCCTTGTCGAC
TTGTTCGTTTTGATTCAGCCTCTGAGACAAGACCTGTGGATCCAAATTATGCTCCAGGTC
ACGTTGCCATGTTCTCAGATATGTACCCTTTCTTGCTTATATCACAGGGTTCCCTTGATG
CCCTGAATGAGCTTCTCAAGGAGCCTGTACGGATCAACCGATTCAGACCCAACATCTTGG
TTGATGGATGTGAACCATTTGCTGAAGACTTATGGACAGAGATCCTTATAGACAATTTCA
CCTTTCACGGTGTGAAATTATGCTCCCGTTGCGAGGTACCGACGATAAATCAAGACACTG
GAATTGGAGGTGA

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DS 

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GGG
CAAGAGAAAGAGATAGAGAATGA**TGGAGAACGCTTTGTCTCCGTCGCGGGGAGGTGAA
ATCGCGGGAAGAGTAGCGTCTCTTTACGTCTATCCTATCAAATCATGTCGAGGGATTTCT
TTGTCTCAGGCTTCGCTCACTCCCACAGGGTTTCGATGGGATAGAAACTGGTTGATTGTC
AACTCCAAAGGAAGAGGATTGACTCAAAGAGTGGAACCAAAGCTTTCCTTAATTGAAGTT
GAAATGCCTAAACATGCGTTTGCACATGACTGGCAGCCCGACAACAATTCCAACATGTTG
GTTAGAGCTCCTGGCATGGATGTACTTAAGGTTTCGTTAGCCAAACCTGAGAAAACAGCA
GACGGTGTCTCGGTCTGGGAGTGGTTCGGCTCCGCACTTGATGAAGGAGAGGAAGCCTCT
AACTGGTTTTCAGATTTTGTTGGCAAGCCTTGTCGACTTGTTCGTTTTGATTCAGCCTCT
GAGACAAGACCTGTGAATCCAAATTATGCTCCAGGTCACTTTGCCATGTTCTCAGATATG
TATCCTTTCTTGCTTATATCACAGGGTTCCCTTGATGCCCTGAATGAGCTTCTCATGGAG
CCCGTACCCATCAACCGATTCAGACCCAACATCTTGGTTGATGGATGTGAACCATTTGCT
GAAGACTTATGGACAGAGATCCTTATAGACAATTTCACCTTTCACGGTGTGAA*TTATGC
TCCCGTT

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DS 

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GG
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GGGAAGAGTAGCGTCTCTTTACGTCTATCCTATCAAATCATGTCGAGGGATTTCTTTGTC
TCAGGCTTCGCTCACTCCCACAGGGTTTCGATGGGATAGAAACTGGTTGATTGTCAACTC
CAAAGGAAGAGGATTGACTCAAAGATTGGAACCAAAGCTTTCCTTAATTGAAGTCGAAAT
GCCTAAACATGCGTTTGCACATGACTGGCACCCCGACAACAACTCTAACATGTTGGTTAG
AGCTCCTGGGATGGATGTACTTAAGGTTTCGCTAGCCAAACCTGAGAAAATAGCAGACGG
TGTCTCAGTCTGGTAGTGGTTTGGCTCCGCACTTGATGAAGGAGAGGAAGCCTCTAGCTG
GTTTACAGATTTTGTTGGCAAGCCTTGTCGACTTGTTCGTTTTGATTCAGCCTCTGAGAC
AAGACCTGTGGATCCAAATTATGCTCCGGGTCACGTTGCCATGTTCTCAGATATGTACCC
TTTCTTGCTTATATCACAGGGTTCCCTTGATGCCCTGAATGAGCTTCTCAAGGAGCCTGT
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CTTATGGACAGAGATCCTTATAGACAATTTCACCTTTCACGGTGTGAAATTATGCTCCC

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DS 

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AGGTGAAATCGCGGGAAGAGTAGCGTCTCTTTACGTCTATCCTATCAAATCATGTCGAGG
GATTTCTTTGTCTCAGGCTTCGCTCACTCCCACAGGGTTTCGATGGGATAGAAACTGGTT
GATTGTCAACTCCAAAGGAAGAGGATTGACTCAAAGATTGGAACCAAAGCTTTCCTTAAT
TGAAGTCGAAATGCCTAAACATGCGTTTGCACATGACTGGCACTCCGACAACAACTCTAA
CATGTTGGTTAGAGCTCCTGGGATGGATGTACTTAAGGTTTCGCTAGCCAAACCTGAGAA
AATAGCAGACGGTGTCTCAGTCTGGGAGTGGTTTGGCTCCGCACTTGATGAAGGAGAGGA
AGCCTCTAGCTGGTTTACAGATTTTGTTGGCAAGCCTTGTCGACTTGTTCGTTTTGAT**
AGCCTCCGAGACAAGACCTGTGGATCCAAATTATGCTCCAGGTCACGTTGCCATGTTCTC
AGATATGTACCCTTTCTTGCTTATATCACAGGGTTCCCTTGATGCCCTGAATGAGCTTCT
CAAGGAGCCTGTACGGATCAACCGATTCAGACCCAACATCTTGGTTGATGGATGTGAACC
ATTTGCTGAAGACTTATGGACAGAGATCCTTATAGACAATTTCACCTTTCACGGTGTGAA
ATTATGCTCCCGTTGCAAG*TACCGACGATAAATCAAGACACTGGGATTGGAGGTGAAGA
GC*AATTGAGACTCT

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DS 

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CCTGTACGGATCAACCGATTCAGACCCAACATCTTGGTTGATGGATGTGAACCATTTGCT
GAAGACTTATGGACAGAGATCCTTATAGACAATTTCACCTTTCACGGTGTGAAATTATGC
TCCCGTTGCAAGGTACCGACGATAAATCAAGACACTGGAATTGGAGGTGAAGAGCCAATT
GAGACTCTGAGGAGTTTCAGGTCAGACAAATTTTTACAGCCACAGAAGAAACCACAGGGA
AAGATATACTTTGGACAGAACATGGTTTGGAAAGATGGGTTTGGGGATGGAATAGCAAAA
ACAATTGAGATTGGTGATTCTGTTCTTGTCCTTGGAAAACTCTCCTCTCCTACTGAAGCA
GCAACTTGAAAGC

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DS 

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AAAGATGGGTTTGGGGATGGAATAGCAAAAACAATTGAGATTGGTGATTCTGTTCTTGTC
CTTGGAAAACTCTCCTCTCCTACTGAAGCAGCAACTTGAAAGC

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DS 

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CCCGTTGCAAGGTCCCGACGATAAATCAGGACACTGGAATTGGAGGTGAAGAGCCAATTG
AGACTCTGAGGAGTTTCAGGTCAGACAAATTTTTACAGCCACAGAAGAAACCACAAGGAA
AGATATACTTTGGACAGAACATGGTTTGGAAAGATGGGTTTGGGGATGGAATAGCAAAAA
CAATTGAGATTGGTGATTCTGTTCTTGTCCTTGGAAAACTCTCCTCTCCTACTGAAGCAG
CAACTTGAAAGC

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DS 

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ATGCCCTGAATGAGCTTCTCAAGGAGCCTGTACGGATCAACCGATTCAGACCCAACATCT
TGGTTGATGGATGTGAACCATTTGCTGAAGACTTATGGACAGAGATCCTTATAGACAATT
TCACCTTTCACGGTGTGAAATTATGCTCCCGTTGCAAGGTACCGACGATAAATCAAGACA
CTGGAATTGGAGGTGAAGAGCCAATTGAGACTCTGAGGAGTTTCAGGTCAGACAAATTTT
TACAGCCACAGAAGAAACCACAGGGAAAGATATACTTTGGACAGAACATGGTTTGGAAAG
ATGGGTTTGGGGATGGAATAGCAAAAACAATTGAGATTGGTGATTCTGTTCTTGTCCTTG
GAAAACTCTCCTCT***ACTGAAGCAGCAACTTGAAAGC

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DS 



AS 1 11

CO CL256Contig1 1438 11 28 U
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CTGATCTCACCTCTGTGATTCTCAGAAAAATGTCAATCCTGCAGCTCTCTAGCTCTTCAC
TCTCTTATCCTAATGTTCTCTCCATCTCTCCGAGAAAATCTCTCTCTTCGTCCCCGAAGT
CGTCTTCCCGAACAGTTCGTTGTTCCGTCGAGGGAACCACTGTAACCGAGCGGAAAGTGT
CTGCAACCAGCGAGCCTCTTCTTCTGAGAGCTGTCAAAGGTGAACTTGTTGATAGACCTC
CGGTTTGGCTTATGAGGCAAGCTGGGAGGTACATGAAGAGTTATCAAACTCTCTGTGAGA
AGTATCCTTTATTCCGGGACAGATCAGAGAATGCAGATCTTGTGGTGGAGATCTCTCTTC
AACCCTGGAAAGTGTTCAAGCCGGATGGTGTGATTCTGTTCTCAGACATTCTCACTCCTC
TGTCTGGAATGAACATACCTTTCGACATTGTCAAAGGAAAAGGTCCCATCATCTTCAGCC
CGCCGCAGTCAGCTGCTGACGTGAATCAAGTTAGAGAGTTTGTACCGGAGGAATCTGTTC
CTTATGTTGGAGAAGCACTCAAGAGATTAAGAAACGAGGTGGGCAACGAAGCTGCTGTTC
TTGGCTTTGTTGGAGCTCCATTCACTCTCTCCTCATATGTTATTGAAGGTGGCTCATCTA
AGAACTTCACACAGATAAAAAAACTAGCTTTCTCTCAACCCAAGGTTCTACATGCTTTGC
TCCAGAAGTTCACAACCTCAATGATCACTTACATACGCTATCAAGCGGATAGTGGAGCTC
AAGCTGTGCAAATCTTTGATTCTTGGGCTACTGAGCTTAGCCCTGTGGACTTCGAGGAGT
TCAGCTTACCTTACCTTAAACAGATTGTGGAAGCTGTGAAGCAGACTCACCCCAACCTAC
CTCTAATACTGTACGCAAGTGGATCAGGAGGTCTGCTAGAGAGGCTGGCTCGGACTGGGG
TTGATGTTGTGAGCTTGGACTGGACTGTGGACATGGCTGAAGGCAGGGACAGGCTAGGAA
GAAACATAGCGGTTCAAGGAAACGTGGACCCTGGAGTTTTGTTCGGATCCAAAGAGTTTA
TCACAAGCAGGATTCAGGATACTGTGAAGAAAGCTGGGAGAGATAAGCACATTCTGAATC
TGGGGCATGGTATTAAAGTTGGAACTCCTGAAGAGAACGTTGCACACTTCTTTGAGGTTG
CTCAAGGGATTAGATATTAAGAGGAGATTGTAACTACACATTCTCTTACATTGTGCTTTG
TTCTTAACTTGTTTGCTTGTTCAAATTTTGTTTCTCAATTACATGTGTAATTTTATGTTT
GTATTTTGATATTTTAACAGATTTGAGTATTTATTTTTATGGATATCAACGTTAAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 
15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 5 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 60 60 60 60 60 60 55 55 55 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 
40 40 40 40 25 40 20 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B484TF U 1
AF RR3FI36TF U 43
AF RR3AC92TF U 19
AF RR3BU59TF U 35
AF RR3HA84TF U 45
AF RR3DZ16TF U 636
AF RR3BU59JQ C 607
AF RR3F484JQ C 611
AF RR3FI36JQ C 995
AF RR3HA84JQ C 696
AF RR3DZ16JQ C 643
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BS 59 62 RR3AC92TF
BS 63 701 RR3B484TF
BS 702 707 RR3AC92TF
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BS 709 736 RR3AC92TF
BS 737 742 RR3HA84TF
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BS 744 764 RR3HA84TF
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BS 1350 1357 RR3BU59JQ
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BS 1359 1359 RR3BU59JQ
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BS 1361 1373 RR3BU59JQ
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BS 1375 1424 RR3BU59JQ
BS 1425 1438 RR3F484JQ

RD RR3B484TF 701 0 0
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**GATCTCACCTCTGTGATTCTCAGAAAAATGTCAATCCTGCAGCTCTCTAGCTCTTCAC
TCTCTTATCCTAATGTTCTCTCCATCTCTCCGAGAAAATCTCTCTCTTCGTCCCCGAAGT
CGTCTTCCCGAACAGTTCGTTGTTCCGTCGAGGGAACCACTGTAACCGAGCGGAAAGTGT
CTGCAACCAGCGAGCCTCTTCTTCTGAGAGCTGTCAAAGGTGAACTTGTTGATAGACCTC
CGGTTTGGCTTATGAGGCAAGCTGGGAGGTACATGAAGAGTTATCAAACTCTCTGTGAGA
AGTATCCTTTATTCCGGGACAGATCAGAGAATGCAGATCTTGTGGTGGAGATCTCTCTTC
AACCCTGGAAAGTGTTCAAGCCGGATGGTGTGATTCTGTTCTCAGACATTCTCACTCCTC
TGTCTGGAATGAACATACCTTTCGACATTGTCAAAGGAAAAGGTCCCATCATCTTCAGCC
CGCCGCAGTCAGCTGCTGACGTGAATCAAGTTAGAGAGTTTGTACCGGAGGAATCTGTTC
CTTATGTTGGAGAAGCACTCAAGAGATTAAGAAACGAGGTGGGCAACGAAGCTGCTGTTC
TTGGCTTTGTTGGAGCTCCATTCACTCTCTCCTCATATGTT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3FI36TF 662 0 0
GGGAACAC
CTCTCTCTCTCTGATCTCACCTCTGTGATTCTCAGAAAAATGTCAATCCTGCAGCTCTCT
AGCTCTTCACTCTCTTATCCTAATGTTCTCTCCATCTCTCCGAGAAAATCTCTCTCTTCG
TCCCCGAAGTCGTCTTCCCGAACAGTTCGTTGTTCCGTCGAGGGAACCACTGTAACCGAG
CGGAAGGTGTCTGCAACCAGCGAGCCTCTTCTTCTGAGAGCTGTCAAAGGTGAACTTGTT
GATAGACCTCCGGTTTGGCTTATGAGGCAAGCTGGGAGGTACATGAAGAGTTATCAAACT
CTCTGTGAGAAGTATCCTTTATTCCGGGACAGATCAGAGAATGCAGATCTTGTGGTGGAG
ATCTCTCTTCAACCCTGGAAAGTGTTCAAGCCGGATGGTGTGATTCTGTTCTCAGACATT
CTCACTCCTCTGTCTGGAATGAACATACCTTTCGACATTGTCAAAGGAAAAGGTCCCATC
ATCTTCAGCCCGCCGCAGTCAGCTGCTGACGTGAATCAAGTTAGAGAGTTTGTACCGGAG
GAATCTGTTCCTTATGTTGGAGAAGCACTCAAGAGATTAAGAAACGAGGTGGGCAACGAA
GCTGCTGTTCTTGGCTTTGTTGGAGCTCCATTCACTCTCTCCTCATATGTTATT

QA 9 662 9 662
DS 

RD RR3AC92TF 718 0 0
GG
GTCTGCGTTGAAGAGAAGAAGAACACCTCTCTCTCTCTCTCTGATCTCACCTCTGTGATT
CTCAGAAAAATGTCAATCCTCCAGCTCTCTAGCTCTTCACTCTCTTATCCTAATGTTCTC
TCCATCTCTCCGAGAAAATCTCTGTCGTCGTCTCCGAAGTCGTCTTCCCGAACAATTCGT
TGTTCCCTCGAGGGAACCACTGTAACTGAGCGGAAAGTCTCTGCAACCACCGAGCCTCTT
CTTCTGAGAGCTGTTAAAGGTGAACTTGTTGATAGACCTCCCGTTTGGCTTATGAGGCAA
GCTGGGAGGTACATGAAGAGTTATCAAAATCTCTGTGAGAAGTATCCTTTATTCCGGGAC
AGATCAGAGAACGCAGATCTTGTGGTGGAGATCTCTCTTCAACCCTGGAAAGTGTTCAAG
CCTGATGGTGTGATTCTGTTCTCAGACATTCTCACTCCTTTGTCTGGAATGAACATACCT
TTCGACATTGTCAAAGGAAAAGGTCCTATCATCTTCAGCCCGCCGCAGTCAGCTGCTGAC
GTGAATCAAGTTAGAGAGTTTGTACCGGAGGAATCTGTTCCTTATGTTGGAGAAGCACTC
AAGAGATTGAGAAACGAGGTGGGCAACGAAGCTGCTGTTCTTGGCTTTGTTGGAGCTCCA
TTCACTCTCTCCTCCTATGTTATTGAATGTGGCTCATCTAAGAACTTCACACAGAT

QA 3 718 3 718
DS 

RD RR3BU59TF 695 0 0
GAAGAAGAACACCTCT
CTCTCTCTCTCTGATCTCACCTCTGTGATTCTCAGAAAAATGTCAATCCTCCAGCTCTCT
AGCTCTTCACTCTCTTATCCTAATGTTCTCTCCATCTCTCCGAGAAAATCTCTGTCGTCG
TCTCCGAAGTCGTCTTCCCGAACAATTCGTTGTTCCCTCGAGGGAACTACTGTAACTGAG
CGGAAAGTCTCTGCAACCACCGAGCCTCTTCTTCTGAGAGCTGTTAAAGGTGAACTTGTT
GATAGACCTCCCGTTTGGCTTATGAGGCAAGCTGGGAGGTACATGAAGAGTTATCAAAAT
CTCTGTGAGAAGTATCCTTTATTCCGGGACAGATCAGAGAACGCAGATCTTGTGGTGGAG
ATCTCTCTTCAACCCTGGAAAGTGTTCAAGCCTGATGGTGTGATTCTGTTCTCAGACATT
CTCACTCCTTTGTCTGGAATGAACATACCTTTCGACATTGTCAAAGGAAAAGGTCCTATC
ATCTTCAGCCCGCCGCAGTCAGCTGCTGACGTGAATCAAGTTAGAGAGTTTGTACCGGAG
GAATCTGTTCCTTATGTTGGAGAAGCACTCAAGAGATTGAGAAACGAGGTGG*CAACGAA
GCTGCTGTTCTTGGCTTTGTTGGAGCTCCATTCACTCTCTCCTCCTATGTTATTGAA*GT
GGCTCATCTAAGAACTTCA

QA 17 695 17 695
DS 

RD RR3HA84TF 777 0 0
GGACCT
CTCTCTCTCTCTGATCTCACCTCTGTGATTCTCAGAAAAATGTCAATCCTGCAGCTCTCT
AGCTCTTCACTCTCTTATCCTAATGTTCTCTCCATCTCTCCGAGAAAATCTCTCTCTTCG
TCCCCGAAGTCGTCTTCCCGAACAGTTCGTTGTTCCGTCGAGGGAACCACTGTAACCGAG
CGGAAAGTGTCTGCAACCAGCGAGCCTCTTCTTCTGAGAGCTGTCAAAGGTGAACTTGTT
GATAGACCTCCGGTTTGGCTTATGAGGCAAGCTGGGAGGTACATGAAGAGTTATCAAACT
CTCTGTGAGAAGTATCCTTTATTCCGGGACAGATCAGAGAATGCAGATCTTGTGGTGGAG
ATCTCTCTTCAACCCTGGAAAGTGTTCAAGCCGGATGGTGTGATTCTGTTCTCAGACATT
CTCACTCCTCTGTCTGGAATGAACATACCTTTCGACATTGTCAAAGGAAAAGGTCCCATC
ATCTTCAGCCCGCCGCAGTCAGCTGCTGACGTGAATCAAGTTAGAGAGTTTGTACCGGAG
GAATCTGTTCCTTATGTTGGAGAAGCACTCAAGAGATTAAGAAACGAGGTGGGCAACGAA
GCTGCTGTTCTTGGCTTTGTTGGAGCTCCATTCACTCTCTCCTCATATGTTATTGAAAGT
GGCTCATCTAAGAACTTCACACAGATAAAAAA*CTAGCTTTCTCTCAACCCAAG*TTCTA
CATGCTTTGCTCCAGAAGTTCACAACCTCAATGATCACTTACATACGCTAT

QA 7 777 7 777
DS 

RD RR3DZ16TF 714 0 0
GG
GGTGGGCAACGAAGCTGCTGTTCTTGGCTTTGTTGGAGCTCCATTCACTCTCTCCTCATA
TGTTATTGAAGGTGGCTCATCTAAGAACTTCACACAGATAAAAAAACTAGCTTTCTCTCA
ACCCAAGGTTCTACATGCTTTGCTCCAGAAGTTCACAACCTCAATGATCACTTACATACG
CTATCAAGCGGATAGTGGAGCTCAAGCTGTGCAAATCTTTGATTCTTGGGCTACTGAGCT
TAGCCCTGTGGACTTCGAGGAGTTCAGCTTACCTTACCTTAAACAGATTGTGGAAGCTGT
GAAGCAGACTCACCCCAACCTACCTCTAATACTGTACGCAAGTGGATCAGGAGGTCTGCT
AGAGAGGCTGGCTCGGACTGGGGTTGATGTTGTGAGCTTGGACTGGACTGTGGACATGGC
TGAAGGCAGGGACAGGCTAGGAAGAAACATAGCGGTTCAAGGAAACGTGGGCCCTGGAGT
TTTGTTCGGATCCAAAGAGTTTATCACAAGCAGGATTCAGGATACTGTGAAGAAAGCTGG
GAGAGATAAGCACATTCTGAATCTGGGGCATGGTATTAAAGTTGGAACTCCTGAAGAGAA
CGTTGCACACTTCTTTGAG*TTGCTCAAGGGATTAGATATTAAGAGGAGATTGTAACTAC
ACATTCTCTTACATTGTGCTT*GTTCTTA*CTTGTTTGCTTGTTCAAATTTT

QA 3 714 3 714
DS 

RD RR3BU59JQ 827 0 0
G
TGGAGAAGCACTCAAGAGAT*GAGAAACGAGGTGGGCAACGAAGCTGCTGTTCTTGGCTT
TGTTGGAGCTCCATTCACTCTCTCCTCCTATGTTATTGAAGGTGGCTCATCTAAGAACTT
CACACAGATAAAAAAACTAGCTTTCTCTCAACCCAAGGTTCTACATGCTTTGCTCCAGAA
GTTCACAACCTCAATGATCACTTACATACGCTATCAAGCGGATAGTGGAGCTCAAGCTGT
GCAAATCTTTGATTCTTGGGCTACTGAGCTTAGCCCTGTGGATTTCGAGGAGTTTAGCTT
ACCTTACCTGAAACAGATTGTGGAAGCTGTGAAACAGACTCACCCAAACCTACCTCTGAT
ACTGTACGCAAGTGGATCAGGAGGTCTGCTAGAGAGGCTGGCTCGGACTGGGGTTGATGT
TGTGAGCTTGGACTGGACTGTGGACATGGCTGAAGGAAGGGACAGGCTAAGAAGAAACAT
AGCGGTTCAAGGAAACGTGGACCCTGGAGTTTTGTTCGGATCCAAAGAGTTTATCACAAG
CAGGATTCAGGATACTGTGAAGAAAGCTGGGAGAGATAAGCACATTCTGAACCTGGGGCA
TGGTATTAAAGTTGGAACTCCTGAAGAGAACGTTGCACACTTCTTTGAGGTTGCTCAAGG
GATTAGATATTAAGAGGAGATTGTAACTACACATTCTCTTACATTGTGCTTTGTTCTCAA
CTT*TTTGCTTGTTCAATTTTTGTTTCTCACT*ACATGTGTAATTT*ATGTTTGTATTTT
GATATTTTAACAGATTTGAGTATTTATTTTTATGGAT
TTCGACGTT

QA 2 818 2 818
DS 

RD RR3F484JQ 828 0 0
AGAAGCACTCAAGAGATTAAGAAACGAGGTGGACAACGAAGCTGCTGTTCTTGGCTTTGT
TGGAGCTCCATTCACTCTCTCCTCATATGTTATTGAAGGTGGCTCATCTAAGAACTTCAC
ACAGATAAAAAAACTAGCTTTCTCTCAACCCAAGGTTCTACATGCTTTGCTCCAGAAGTT
CACAACCTCAATGATCACTTACATACGCTATCAAGCGGATAGTGGAGCTCAAGCTGTGCA
AATCTTTGATTCTTGGGCTATTGAGCTTAGCCCTGTGGACTTCGAGGAGTTCAACTTACC
TTACCTTAAACAGATTGTGGAAGCTGTGAAGCAGACTCACCCCAACCTACCTCTAATACT
GTACGCAAGTGGATCAGGAGGTCTGCTAGAGAGGCTGGCTCGGACTGGGGTTGATGTTGT
GAGCTTGGACTGGACTGTGGACATGGCTGAAGGCAGGGACAGGCTAGGAAGAAACATAGC
GGTTCAAGGAAACGTGGACCCTGGAGTTTTGTTCGGATCCAAAGAGTTTATCACAAGCAG
GATTCAGGATACTGTGAAGAAAGCTGGGAGAGATAAGCACATTCTGAATCTGGGGCATGG
TATTAAAGTTGGAACTCCTGAAGAGAACGTTGCACACTTCTTTGAGGTTGCTCAAGGGAT
TAGATATTAAGAGGAGATTGTAACTACACATTCTCTTACATTGTGCTTTGTTCTTAACTT
GTTTGCTTGTTCAAATTTTGTTTCTCAATTACATGTGTAATTTTATGTTTGTATTTTGAT
ATTTTAACAGATTTGAGTATTTATTTTTATGGATATCAACGTTAAACG

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR3FI36JQ 439 0 0
GCTAGAGAGGCTGGCTCGGACTGGGGTTGATGTTGTGAGCTTGGACTGGACTGTGGACAT
GGCTGAAGGCAGGGACAGGCTAGGAAGAAACATAGCGGTTCAAGGAAACGTGGACCCTGG
AGTTTTGTTCGGATCCAAAGAGTTTATCACAAGCAGGATTCAGGATACTGTGAAGAAAGC
TGGGAGAGATAAGCACATTCTGAATCTGGGGCATGGTATTAAAGTTGGAACTCCTGAAGA
GAACGTTGCACACTTCTTTGAGGTTGCTCAAGGGATTAGATATTAAGAGGAGATTGTAAC
TACACATTTTCTTACATTGTGCTTTGTTCTTAACTTGTTTGCTTGTTCAAATTTTGTTTC
TCAATTACATGTGTAATTTTATGTTTGTATTTTGATATTTTAACAGATTTGAGTATTTAT
TTTTATGGAT
ATCAACGTT

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR3HA84JQ 738 0 0
TATGTTATTGAAGGTGGCTCATCTAAGAACTTCACACAGATAAAAAAACTAGCTTTCTCT
CAACCCAAGGTTCTACATGCTTTGCTCCAGAAGTTCACAACCTCAATGATCACTTACATA
CGCTATCAAGCGGATAGTGGAGCTCAAGCTGTGCAAATCTTTGATTCTTGGGCTACTGAG
CTTAGCCCTGTGGACTTCGAGGAGTTCAGCTTACCTTACCTTAAACAGATTGTGGAAGCT
GTGAAGCAGACTCACCCCAACCTACCTCTAATACTGTACGCAAGTGGATCAGGAGGTCTG
CTAGAGAGGCTGGCTCGGACTGGGGTTGATGTTGTGAGCTTGGACTGGACTGTGGACATG
GCTGAAGGCAGGGACAGGCTAGGAAGAAACATAGCGGTTCAAGGAAACGTGGACCCTGGA
GTTTTGTTCGGATCCAAAGAGTTTATCACAAGCAGGATTCAGGATACTGTGAAGAAAGCT
GGGAGAGATAAGCACATTCTGAATCTGGGGCATGGTATTAAAGTTGGA*CTCCTGAAGAG
AACGTTGCACACTTCTTTGAGGTTGCTCAAGGGATTAGATATTAAGAGGAGATTGTAACT
ACACATTCTCTTACATTGTGCTTTGTTCTTAACTTGTTTGCTTGTTCAAATTTTGTTTCT
CAATTACATGTGTAATTTTATGTTTGTATTTTGATATTTTAACAGATTTGAGTATTTATT
TTTATGGAT
ATCAACGTT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3DZ16JQ 741 0 0
GCAACGAAGCTGCTGTTCTTGGCTTTGTTGGAGCTCCATTCACTCTCTCCTCATATGTTA
TTGAAGGTGGCTCATCTAAGAACTTCACACAGATAAAAAAACTAGCTTTCTCTCAACCCA
AGGTTCTACATGCTTTGCTCCAGAAGTTCACAACCTCAATGATCACTTACATACGCTATC
AAGCGGATAGTGGAGCTCAAGCTGTGCAAATCTTTGATTCTTGGGCTACTGAGCTTAGCC
CTGTGGACTTCGAGGAGTTCAGCTTACCTTACCTTAAACAGATTGTGGAAGCTGTGAAGC
AGACTCACCCCAACCTACCTCTAATACTGTACGCAAGTGGATCAGGAGGTTTGCTAGAGA
GGCTGGCTCGGACTGGGGTTGATGTTGTGAGCTTGGACTGGACTGTGGACATGGCTGAAG
GCAGGGACAGGCTAGGAAGAAACATAGCGGTTCAAGGAAACGTGGGCCCTGGAGTTTTGT
TCGGATCCAAAGAGTTTATCACAAGCAGGATTCAGGATACTGTGAAGAAAGCTGGGAGAG
ATAAGCACATTCTGAATCTGGGGCATGGTATTAAAGTTGGAACTCCTGAAGAGAACGTTG
CACACTTCTTTGAGGTTGCTCAAGGGATTAGATATTAAGAGGAGATTGTAACTACACATT
CTCTTACATTGTGCTTTGTTCTTAACTTGTTTGCTTGTTCAAATTTTGTTTCTCAATTAC
ATGTGTAATTTTATGTTTGT
G

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 11

CO CL257Contig1 1050 11 33 U
GGGTACTGTATATATAAAGCAAAACCCTAGAAACACTTGTTTTTTCGACTCCAGCGCCGT
CCGTTTGCAGAAACCACCCATTTGGAAACGAACCATGGCCCCGAAGAAAGGAGTCAAGGT
TGCTGCCAAGAAGAAGACGGAGAAAGTAACGAACCCTCTATTCGAGAGGAGGCCTAAGCA
ATTTGGTATTGGTGGAGCTCTTCCACCCAAGAAGGATCTTACCCGCTACATCAAATGGCC
TAAGTCTATCCGTCTTCAAAGGCAGAAGAGGATCCTTAAGCAGAGGTTGAAGGTCCCACC
AGCCCTTAATCAGTTCACCAAGACCCTCGACAAGAATCTTGCGACCAGCCTCTTCAAGAT
CCTTCTCAAGTATAGGCCGGAGGACAAAGCCGCCAAGAAAGAGCGTCTTGTCAAGAAGGC
TCAAGCTGAAGCTGAGGGAAAGCCTTCTGAATCTAAGAAGCCTATTGTTGTGAAATACGG
CCTTAACCATGTGACCTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCACAGCTTGTTGTCATTGCTCA
TGATGTCGACCCTATCGAGTTGGTTGTCTGGTTGCCTGCTCTCTGCAGGAAGATGGAAGT
CCCTTACTGCATTGTCAAAGGCAAATCTCGTCTTGGAGCTGTGGTTCACCAAAAGACTGC
TGCTTGCTTGTGTTTGACCACTGTCAAGAATGAGGACAAGCTTGAGTTCAGCAAAATCCT
CGAAGCCATCAAGGCAAACTTCAACGACAAGTACGAAGAGTACAGGAAGAAATGGGGAGG
AGGCATAATGGGATCCAAATCTCAGGCCAAGACAAAGGCCAAGGAAAGAGTACTTGCAAA
GGAGGCTGCCCAGAGGAATAATTAATAAGGGTCTTTTTGAGTGTTTAGATTGTCTCTTCA
ATTTGTTGTTCAAAAAAGGATTT**CTCTTTTTTTTT****GTTGGAAGTTGGAACTATC
TTGTATGGATATGTTTTGCACCCTCTTCAGACAGTTTTCAAGCTTTATGATCATTTTGGT
CTCAGGCACTTCGACTAGTCTTGAAAGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 35 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 30 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 5 5 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CCCTTACTGCATTGTCAAAGGCAAATCTCGTCTTGGAGCTGTGGTTCACCAAAAGACTGC
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CCTAAGCAATTTGGTATTGGTGGAGCTCTTCCACCCAAGAAGGATCTTACCCGCTACATC
AAATGGCCTAAGTCTATCCGTCTTCAAAGGCAGAAGAGGATCCTTAAGCAGAGGTTGAAG
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AAATGGCCTAAGTCTATCCGTCTTCAAAGGCAGAAGAGGATCCTTAAGCAGAGGTTGAAA
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T

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CTCAAGTATAGGCCGGAGGACAAAGCCGCCAAGAAAGAGCGTCTTGTCAAGAAGGCTCAA
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AACCATGTGACCTACCTCATCGAGCAGAACAAGGCACAGCTTGTTGTCATTGCTCATGAT
GTCGACCCTATCGAGTTGGTTGTCTGGTTGCCTGCTCTCTGCAGGAAGATGGAAGTCCCT
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TC

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GC

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GCTTGTGTTTGACCACTGTCAAGAATGAGGACAAGCTTGAGTTCAGCAAAATCCTCGAAG
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TGGATATGTTTTGCACCCTCTTCAGACAGTTTTCAAGCTTTATGATCATTTTGGTCTCAG
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DS 



AS 2 11

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CTTTCTTTTTTTTTTTCTGATCCAAAGAAACTTCGAGAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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C

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 

AF RR3EL73TF U 273
AF RR3BV79TF U 11
AF RR3FR50TF U 1
AF RR3H226TF U 1
AF RR3BV79JQ C 474
AF RR3FR50JQ C 382
AF RR3H226JQ C 578
BS 1 41 RR3FR50TF
BS 42 42 RR3BV79TF
BS 43 239 RR3FR50TF
BS 240 241 RR3BV79TF
BS 242 313 RR3FR50TF
BS 314 314 RR3BV79TF
BS 315 673 RR3FR50TF
BS 674 674 RR3FR50JQ
BS 675 680 RR3FR50TF
BS 681 681 RR3FR50JQ
BS 682 704 RR3FR50TF
BS 705 1043 RR3FR50JQ
BS 1044 1045 RR3H226JQ
BS 1046 1089 RR3FR50JQ

RD RR3EL73TF 123 0 0
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TCCATCGTTCTGTTCATGGGAGATTGCCATACGCAACACTCAAGCCTGACCCAATCTTGA
GGA

QA 1 123 1 123
DS 

RD RR3BV79TF 624 0 0
C
TCTCTCGAAGTTTCATTGGATCAGAAAAAAAAAAAGAAAGGTGTCTATCAACTTGTTAAT
TAAAAATGGCGTACGAGGAGAACTTTAAGAAAACTTCCGAACCGAAGTATGATTGTCTTT
TGTTTGACATAGATGATACTCTATACCCTTTCAGTTCTGGTCTCGCTACGCTTGTTAAAA
ACAACATTCAAGAGTATATGACCCAGAAACTTGGTATTGAAGAAGATAAAGTCCAAGAAC
TTTGCCTTTCTCTTTACAAAATCTATGGAACTACTATGGCTGGTCTCAAGGCTGTGGGTT
ATGACTTTGACTATGACGACTTCCATCGTTTTGTTCATGGGAGATTGCCATACGCAACAC
TCAAGCCTGACCCAATCTTGAGGAACATTATTCTCAGCTTGCCTATTCGCAAAGTGGTTT
TCACGAATGCAGACAAGGCTCACGCAGCCAAGATCATTGCTAGGCTAGGCCTAGAGGACT
GCTTCGAAAGAATCATATCTTTCGAGACTCTCAACCCCATCACCAAAACTGAATCTCCTG
TTGCTGCTGCTGAAACCAGAGAGATCTTCGACATAAGCAGTTACATCGCAAATCCTGACC
CAAGCGTTGAACTCCCAAAGACT

QA 2 624 2 624
DS 

RD RR3FR50TF 710 0 0
TTTTTTCTTTCTCTCTCGAAGTTTCATTGGATCAGAAAAAA***AAGAAAGGTGTCTATC
AACTTGTTAATTAAAAATGGCGTACGAGGAGAACTTTCAGAAAACTTCCGAACCGAAGTA
TGATTGTCTTTTGTTTGATATAGATGATACTCTTTACCCTTTCAGTTCTGGTCTCGCTAC
GCTTGTTAAAAACAACATTCAAGAGTATATGACCCAGAAACTTGGTATTGAAGAAGATA*
*GTCCAAGAACTTTGTCTTTCGCTTTACAAAATCTATGGAACAACTATGGCTGGTCTCAA
GGCTGTGGGTTATAACTTTGACTATGACGATTTCCATCGTTTTGTACATGGGAGATTGCC
ATACGCAACACTCAAGCCTGACCCAATCTTGAGGAACATTATTCTCAGCTTGCCTATTCG
CAAAGTTGTATTCACGAATGCAGACAAGGCGCATGCAGCCAAGATCATTGCTAGGCTAGG
CCTAGAGGACTGCTTCGAAAGAATCATATCTTTCGAGACTCTCAACCCCACCACCAAAAC
TGAATCTCCTGTTGCTGCTGCTGAAACCAGAGAGATCTTCGACATAAGCAGTTACATCGC
AAATCCTGACCCAAGCGTTGAACTTCCAAAGACTCCGGTTATTTGCAAACCATCTGATGG
AGCATTCGAACAG*TTTTCA*GATGACCAACATCAACCCTCACA
GACATT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3H226TF 687 0 0
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AACTTGTTAATTAAAAATGGCGTACGAGGAGAACTTTCAGAGAACTTCCGAACCGAAGTA
TGATTGTCTTTTGTTTGATATAGATGATACTCTTTACCCTTTCAGTTCTGGTCTCGCTAC
GCTTGTTAAAAACAACATTCAAGAGTATATGACCCAGAAACTTGGTATTGAAGAAGATAA
AGTCCAAGAACTTTGTCTTTCGCTCTACAAAATCTATGGAACAACTATGGCTGGTCTCAA
GGCTGTGGGTTATGACTTTGACTATGACGATTTCCATCGTTTTGTACATGGGAGATTGCC
ATACGCAACACTCAAGCTTGACCCAATCTTGAGGAACATTATTCTCAGCTTGCCTATTCG
CAAAGTTGTATTCACGAATGCAGACAAGGCGCATGCAACCAAGATCATTGCTAGGCTAGG
CCTAGAGGACTGCTTCGAAAGAATCATATCTTTCGAGAGTCTCAACCCCACCACCAAAAC
TGAATCTCCTGTTGCTGCTGCTGAAACCAGAGAGATCTTCGACATAAGCAGTTACATCGC
AAATCCTGACCCAAGCGTTGAACTTCCAAAGACTCCGGTTATTTGCAA*CCATCTGATGG
AGCATTCGA
CAGTTTCAGATGACCACA

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DS 

RD RR3BV79JQ 608 0 0
GGCTAGGCCTAGAGGACTGCTTCGAAAGAATCATATCTTTCGAGACTCTCAACCCCATCA
CCAAAACTGAATCTCCTGTTGCTGCTGCTGAAACCAGAGAGATTTTCGACATAAGCAGTT
ACATCGCAAATCCTGACCCAAGCGTTGAACTCCCAAAGACTCCGGTTGTTTGCAAACCAT
CTGAAGGTGCATTCGAACAGGTTTTCAAGATGACCAACATCAATCCTCACAAGACATTGT
TTTTCGATGACAGTATCCGTAACATTCAAACCGGGAAACGTGTGGGTCTCCACACCGTAT
TGGTTGGGACCTCACACAAAGCTGAAGGAGTAGATATTGCACTGGAGCATATTCACAACA
TACGTGAAGCTTTTCCTGAACTATGGGATGCTGTTGACGAAAAAGCCGAGGAGATTAGAG
CCAGGCAGAAGGTTGCCATCGAAACCATAGCTTAAAA*CAAACATTTCATTTCAGCTGCT
GATAGTAAACACATTTCTTATCATCACTATACTCACTCTTTGAGGAGAAAAAAATAATAA
GTGTAATCTAAAGCAAGCCTTTTATTGAGAGAAACATGGAATGTAATGAAACAAGTTGAG
TTTT
ATTT

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3FR50JQ 708 0 0
CCCAATCTTGAGGAACATTATTCTCAGCTTGCCTATTCGCAAAGTTGTATTCACGAATGC
AGACAAGGCGCATGCAGCCAAGATCATTGCTAGGCTAGGCCTAGAGGACTGCTTCGAAAG
AATCATATCTTTCGAGACTCTCAACCCCACCACCAAAACTGAATCTCCTGTTGCTGCTGC
TGAAACCAGAGAGATTTTCGACATAAGCAGTTACATCGCAAATCCTGACCCAAGCGTTGA
ACTTCCAAAGACTCCGGTTATTTGCAAACCATCTGATGGAGCATTCGAACAGGTTTTCAA
GATGACCAACATCAACCCTCACAAGACATTGTTCTTTGATGACAGTATCCGTAACATTCA
AACCGGGAAACGTGTGGGTCTCCACACTGTATTGGTTGGGACCTCACACAAAGCGGAAGG
GGTAGATATTGCACTGGAGCATATTCACAACATACGTGAAGCTTTTCCTGAACTATGGGA
TGCTGCTGACGACAAAGCCGAGGAGATTAGAGCCAGGCAGAAGGTTGCCATTGAAACCAT
AGCTTAAAAACAAACATTTCATTTCAGCTGCTGATAGTAA*CACATTTCTTATCATCACT
ATACTCACTGTTTGAGGAGAAAAAAATAATAAGTGTAATTTAAAGCAAGCCTTTTATTGA
GA**AACATGGAATGTAATGAAACAAGTTGAGTTTTTATTTTAATTTG

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DS 

RD RR3H226JQ 512 0 0
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GTTATTTGCAAACCATCTGATGGAGCATTCGAACAGGTTTTCAAGATGACCAACATCAAC
CCTCACAAGACATTGTTCTTTGATGACAGTATCCGTAACATTCAAACCGGGAAACGTGTG
GGTCTCCACACTGTATTGGTTGGGACCTCACACAAAGCGGAAGGGGTAGATATTGCACTG
GAGCATATTCACAACATACGAGAAGCTTTTCCTGAACTATGGGATGCTGCTGACGACAAA
GCCGAGGAGATTAGAGCCAGGCAGAAGGTTGCCATTGAAACCATAGCTTAAAAACAAACA
TTTCATTTCAGCTGCTGATAGTAA*CACATTTTTTATCATCACTATACTCACTGTTTGAG
GAGAAAAAAATAATAAGTGTAATTTAAAGCAAGCCTTTTATTGAGAGAAACATGGAATGT
AATGAAACAAGTTGAGTTTTTATTTTAATTTG

QA 1 512 1 512
DS 



AS 1 10

CO CL259Contig1 1101 10 9 U
GGCCACCCAAACGCCTCCATAAACCTCGTGCTCGAGAGGATCGTCCAAATCGAAAAAAAA
ATGGGAACCTTGGGAAGAGCAATCTACACAGTGGGTAACTGGATCCGCGGGACTGGCCAA
GCTCTTGATCGCGTCGGCTCTCTTCTCCAAGGGAGCCACCGCTTGGAAGAACACCTATCG
AGGCATCGGACGTTGATGAGTGTGTTTGATAAATCTCCATTGGTGGATAAGGATGCGTTC
GTGGCTCCGAGTGCCTCTGTTATTGGTGATGTTCAGATCGGGAAAGGCTCTTCTATTTGG
TATGGCACTGTTCTTCGAGGTGATGTGAATAACATCAGTGTTGGATCGGGTACGAATATC
CAAGACAATTCTCTTGTACATGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAATTACCTACT
ACTATTGGGGACAATGTCACTATAGGTCATAGTGCTGTCATACATGGGTGTACTGTCGAG
GATGAGGCTTTTGTTGGCATGGGAGCCACACTACTCGATGGTGTGGTTGTTGAGAAGCAT
GCCATGGTTGCTGCCGGTTCCCTTGTGAGGGAGAACACTCGAATCCCTTCCGGAGAGGTA
TGGGGAGGAAACCCAGCAAAGTTCATGAGAAAGTTAACAGATGAAGAGATGGCATATATC
TCAAAGTCGGCTGAGAACTACATCAACCTCGCACATATTCACGCCGCGGAGAATTCAAAG
TCATTTGAAGAGATCGAGGTTGAGAGAGCCCTTAGGAAGAAGTATGCACGCAAGGATGAG
GATTACGATTCAATGCTTGGGATCGTCCGTGAAACTCCAGCCGAGTTGATTCTCCCCGAC
AATGTCTTACCGGAGAAAACTACCACCAGGGTTCCTACTACTCATTACTGATTCACGCGG
CTCAGCTTTGTTTTTAAGACAAAGATTGATTCTCTGGAAAGTCGAGAGAGAGATTATCTT
TTGGTTTCGCCTTTTTCCTCCCGAGTAAACATGGGATT*ATCATATTCTTGCTCAATAAA
GCCGAACATAACTTGTACTGTTGCGTTATGTCACATGTCTTTGATGAACAATTTCAGAAA
GAGGAACGAGCTGCATTAATC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 10 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 45 45 25 40 40 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3D724TF U 1
AF RR3AN06TF U 3
AF RR3GN89TF U 51
AF RR3C228TF U 50
AF RR3G192TF U 3
AF RR3B511TF U 181
AF RR3B511JQ C 295
AF RR3D724JQ C 592
AF RR3AN06JQ C 307
AF RR3C228JQ C 321
BS 1 516 RR3D724TF
BS 517 749 RR3AN06TF
BS 750 753 RR3G192TF
BS 754 928 RR3B511TF
BS 929 929 RR3AN06JQ
BS 930 966 RR3B511TF
BS 967 1069 RR3B511JQ
BS 1070 1097 RR3AN06JQ
BS 1098 1101 RR3C228JQ

RD RR3D724TF 516 0 0
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ATGGGAACCTTGGGAAGAGCAATCTACACAGTGGGTAACTGGATCCGCGGGACTGGCCAA
GCTCTTGATCGCGTCGGCTCTCTTCTCCAAGGGAGCCACCGCTTGGAAGAACACCTATCG
AGGCATCGGACGTTGATGAGTGTGTTTGATAAATCTCCATTGGTGGATAAGGATGCGTTC
GTGGCTCCGAGTGCCTCTGTTATTGGTGATGTTCAGATCGGGAAAGGCTCTTCTATTTGG
TATGGCACTGTTCTTCGAGGTGATGTGAATAACATCAGTGTTGGATCGGGTACGAATATC
CAAGACAATTCTCTTGTACATGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAATTACCTACT
ACTATTGGGGACAATGTCACTATAGGTCATAGTGCTGTCATACATGGGTGTACTGTCGAG
GATGAGGCTTTTGTTGGCATGGGAGCCACACTACTC

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR3AN06TF 749 0 0
GG
ACCCAAACGCCTCCATAAACCTCGTGCTCGAGAGGATCGTCCAAATCGAAAAAAAAATGG
GAACCTTGGGAAGAGCAATCTACACAGTGGGTAACTGGATCCGCGGGACTGGCCAAGCTC
TTGATCGCGTCGGCTCTCTTCTCCAAGGGAGCCACCGCTTGGAAGAACACCTATCGAGGC
ATCGGACGTTGATGAGTGTGTTTGATAAATCTCCATTGGTGGATAAGGATGCGTTCGTGG
CTCCGAGTGCCTCTGTTATTGGTGATGTTCAGATCGGGAAAGGCTCTTCTATTTGGTATG
GCACTGTTCTTCGAGGTGATGTGAATAACATCAGTGTTGGATCGGGTACGAATATCCAAG
ACAATTCTCTCGTACATGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAATTACCTACTACTA
TTGGGGACAATGTCACTATAGGTCATAGTGCTGTCATACATGGGTGTACTGTCGAGGATG
AGGCTTTTGTTGGCATGGGAGCTACACTACTCGATGGTGTGGTTGTTGAGAAGCATGCCA
TGGTTGCTGCCGGTTCCCTTGTGAGGGAGAACACTCGAATCCCTTCCGGAGAGGTATGGG
GAGGAAACCCAGCAAAGTTCATGAGAAAGTTAACAGATGAAGAGATGGCATATATCTCAA
AGTCGGCTGAGAACTACATCAACCTCGCACATATTCACGCCGCGGAGAATTCAAAGTCAT
TTGAAGAGATCGAGGTTGAGAGAGC
GC

QA 3 747 3 747
DS 

RD RR3GN89TF 697 0 0
G
GAAAAAAAAATGGGAACCTTGGGAAGAGCAATCTACACAGTGGGTAACTGGATCCGCGGG
ACTGGGCAAGCTCTTGATCGCGTCGGCTCTCTTCTCCAAGGGAGCCACCGCTTGGAAGAA
CACCTATCGAGGCATCGGACGTTGATGAGTGTGTTTGATAAATCTCCATTGGTGGATAAG
GATGCGTTCGTGGCTCCGAGTGCCTCTGTTATTGGTGATGTTCAGATCGGGAAAGGCTCT
TCTATTTGGTATGGCACTGTTCTTCGAGGTGATGTGAATAACATCAGTGTTGGATCGGGT
ACGAATATCCAAGACAATTCTCTTGTACATGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAA
TTACCTACTACTATTGGGGACAATGTCACTATAGGTCATAGTGCTGTCATACATGGGTGT
ACTGTCGAGGATGAGGCTTTTGTTGGCATGGGAGCCACACTACTCGATGGTGTGGTTGTT
GAGAAGCATGCCATGGTTGCTGCCGGTTCCCTTGTGAGGGAGAACACTCGAATCCCTTCC
GGAGAGGTATGGGGA**AAACCCAGCAAAGATCATGAGAAAGTTAACAGATGAAGAGATG
GCATATATCTCAAAGTCGGCTGAGAACTACATCAACCTCGCACATATTCACGCCGCGGAG
AATTCGAAGTCATTTGAAGAGATCGAGGTTGAGAGA

QA 2 697 2 697
DS 

RD RR3C228TF 697 0 0
GG
GAAAAAAAAATGGGAACCTTGGGAAGAGCAATCTACACAGTGGGTAACTGGATCCGCGGG
ACTGGCCAAGCTCTTGATCGCGTCGGCTCTCTTCTCCAAGGGAGCCACCGCTTGGAAGAA
CACCTATCGAGGCATCGGACGTTGATGAGTGTGTTTGATAAATCTCCATTGGTGGATAAG
GATGCGTTCGTGGCTCCGAGTGCCTCTGTTATTGGTGATGTTCAGATCGGGAAAGGCTCT
TCTATTTGGTATGGCACTGTTCTTCGAGGTGATGTGAATAACATCAGTGTTGGATCGGGT
ACGAATATCCAAGACAATTCTCTTGTACATGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAA
TTACTTACTACTATTGGGGACAATGTCACTATAGGTCATAGTGCTGTCATACATGGGTGT
ACTGTCGAGGATGAGGCTTTTGTTGGCATGGGAGCCACACTACTCGATGGTGTGGTTGTT
GAGAAGCATGCCATGGTTGCTGCCGGTTCCCTTGTGAGGGAGAACACTCGAATCCCTTCC
GGAGAGGTATGGGGAGGAAACCCAGCAAAGATCATGAGAAAGTTAACAGATGAAGAGATG
GCATATATCTCAAAGTCGGCTGAGAACTACATCAACCTCGCACATATTCACGCCGCGGAG
AATTCGAAGTCATTTGAAGATATCGAGGTTGAGAG

QA 3 697 3 697
DS 

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GG
ACCCAAACGC*TCCATAAACCTCGTGCTCGAGAGGATCGTCCAAATCGAAAAAAAA*TGG
GAACCTTGGGAAGGGCAATCTACACAGTGGGTAACTGGATCCGCGGGACTGGCCAAGCTC
TTGATCGCGTCGGCTCTCTTCTCCAAGGGAGCCACCGCTTGGAAGAACACCTATCGAGGC
ATAGGACGTTGATGAGTGTGTTTGATAAATCTCCATTGGTGGATAAGGATGCGTTTGTGG
CTCCGAGTGCTTCTGTTATTGGTGATGTTCAGATCGGGAAAGGCTCTTCTATTTGGTATG
GCTGTGTTCTTCGAGGTGATGTGAATAACATCAGTATTGGATCCGGGACGAATATCCAAG
ACAATTCTCTTGTACATGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAATTACCTACTACTA
TTGGCGACTATGTCACTATAGGTCATAGTGCTGTCATACATGGGTGTACTGTCGAGGATG
AGGCTTTTGTTGGCATGGGAGCTACACTACTCGATGGTGTGGTTGTTGAGAAGCATGCCG
TGGTTGCTGCTGGCTCCCTTGTGAGAGAGAACACTCGAATCCCTTCCGGAGAGGTATGGG
GAGGAAACCCAGCAAAGTTCATGAGAAAGTTAACAGATGAGGAGATGGCATATATCTCAA
AGTCGGCTGAGAACTACATCAACCTCGCACATATTCACGCCGCGGAGAATTCAAAGTCAT
TTGAAGAGATCGAGGTTGAGAGAGCCCTT

QA 3 751 3 751
DS 

RD RR3B511TF 786 0 0
G
GGCATCGGACGTTGATGAGTGTGTTTGATAAATCTCCATTGGTGGATAAGGATGCGTTCG
TGGCTCCGAGTGCCTCTGTTATTGGTGATGTTCAGATCGGGAAAGGCTCTTCTATTTGGT
ATGGCTGTGTTCTTCGAGGTGATGTGAATAACATCAGTGTTGGATCGGGTACGAATATCC
AAGACAATTCTCTTGTACATGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAATTACCTACTA
CTATTGGGGACAATGTCACTATAGGTCATAGTGCTGTCATACATGGGTGTACTGTCGAGG
ATGAGGCTTTTGTTGGCATGGGAGCCACACTACTCGATGGTGTGGTTGTTGAGAAGCATG
CCATGGTTGCTGCCGGTTCCCTTGTGAGGGAGAACACTCGAATCCCTTCCGGAGAGGTAT
GGGGAGGAAACCCAGCAAAGTTCATGAGAAAGTTAACAGATGAGGAGATGGCATATATCT
CAAAGTCGGCTGAGAATTACATCAACCTCGCACATATTCACGCCGCGGAGAATTCAAAGT
CATTTGAAGAGATCGAGGTTGAGAGAGCCCTCAGGAAGAAGTATGCACGCAAGGATGAGG
ATTACGATTCAATGCTTGGGATCGTCCGTGAAACTCCAGCCGAGTTGATTCTCCCCGACA
ATGTCTTACCGGAGAAAACTACCACCAGGGTTCCTACTACTCATTACTGATTCACGCGGC
TCAGCTTTGTTTTTAAGACAAAGATTGTTTCTCTGGAAAGTCGAGAGAGAGATTATCTTT
TGGTT

QA 2 786 2 786
DS 

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ATTTGGTATGGCTGTGTTCTTCGAGGTGATGTGAATAACATCAGTGTTGGATCGGGTACG
AATATCCAAGACAATTCTCTTGTACATGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAATTA
CCTACTACTATTGGGGACAATGTCACTATAGGTCATAGTGCTGTCATACATGGGTGTACT
GTCGAGGATGAGGCTTTTGTTGGCATGGGAGCCACACTACTCGATGGTGTGGTTGTTGAG
AAGCATGCCATGGTTGCTGCCGGTTCCCTTGTGAGGGAGAACACTCGAATCCCTTCCGGA
GAGGTATGGGGAGGAAACCCAGCAAAGTTCATGAGAAAGTTAACAGATGAGGAGATGGCA
TATATCTCAAAGTCGGCTGAGAATTACATCAACCTCGCACATATTCACGCCGCGGAGAAT
TCAAAGTCATTTGAAGAGATCGAGGTTGAGAGAGCCCTCAGGAAGAAGTATGCACGCAAG
GATGAGGATTACGATTCAATGCTTGGGATCGTCCGTGAAACTCCAGCCGAGTTGATTCTC
CCCGACAATGTCTTACCGGAGAAAACTACCACCAGGGTTCCTACTACTCATTACTGATTC
ACGCGGCTCAGCTTTGTTTTTAAGACAAAGATTGTTTCTCTGGAAAGTCGAGAGAGAGAT
TATCTTTTGGTTTCGCCTTTTTCCTCCCGAGTAAACATGGGATT*ATCATATTCTTGCTC
AATAAAGCCGAACATAACTTGTACTGTTGCGTTATGTCACATGTCTTTGATGAAC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3D724JQ 475 0 0
GGAGAGGTATGGGGAGGAAACCCAGCAAAGATCATGAGAAAGTTAACAGATGAAGAGATG
GCATATATCTCAAAGTCGGCTGAGAACTACATCAACCTCGCACATATTCACGCCGCGGAG
AATTCGAAGTCATTTGAAGAGATCGAGGTTGAGAGAGCCCTTAGGAAGAAGTACGCACGC
AAGGATGAGGATTACGATTCAATGCTTGGGATTGTCCGTGAAACTCCAGCCGAGTTGATT
CTCCCCGACAATGTCTTACCGGAGAAAACAACCACCAGGGTTCCTACTGCTCATTACTGA
TTCACGCGGTTCAGCTTTGTTTTTAAGACAAAGATTGATT**CTGGAAAGTCGAGAGAGA
TATTATCTTTTGGTTTTGCCTTTTTCCTCCCGAGTAAACATGGGATT*ATCATATTCTTG
CTCAATAAAGCCGAACATAACTTGTACTGTTGCGTTATGTCACATGTCTTTGATG

QA 1 475 1 475
DS 

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ACTGTTCTTCGAGGTGATGTGAATAACATCAGTGTTGGATCGGGTACGAATATCCAAGAC
AATTCTCTCGTACATGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAATTACCTACTACTATT
GGGGACAATGTCACTATAGGTCATAGTGCTGTCATACATGGGTGTACTGTCGAGGATGAG
GCTTTTGTTGGCATGGGAGCTACACTACTCGATGGTGTGGTTGTTGAGAAGCATGCCATG
GTTGCTGCCGGTTCCCTTGTGAGGGAGAACACTCGAATCCCTTCCGGAGAGGTATGGGGA
GGAAACCCAGCAAAGTTCATGAGAAAGTTAACAGATGAAGAGATGGCATATATCTCAAAG
TCGGCTGAGAACTACATCAACCTCGCACATATTCACGCCGCGGAGAATTCAAAGTCATTT
GAAGAGATCGAGGTTGAGAGAGCGCTTAGGAAGAAGTATGCACGCAAAGATGAGGATTAC
GATTCAATGCTTGGGATTGTCCGTGAAACTCCGGCCGAGTTGATTCTCCCCGACAATGTC
TTACCGGAGAAAACTACCACCAGGGTTCCTACTACTCATTACTGATTCACGCCGCTCAGC
TTTGTTTTTAAGACAAAGATTGATTCTCTGGAAAGTCGAGAGAGAGATTATCTTTTGGTT
TCGCCTTTTTCCTCCCGAGTAAACATGGGATTTATCATATTCTTGCTCAATAAAGCCGAA
CATAACTTGTACCGTTGCGTTATGTCACATGTCTTTGATGAACAATTTCAGAAAGAGGAA
CGAGCTGCATT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3C228JQ 781 0 0
TGATGTGAATAACATCAGTGTTGGATCGGGTACGAATATCCAAGACAATTCTCTTGTACA
TGTTGCAAAAACCAACCTAGCTGGCAAGGAATTACTTACTACTATTGGGGACAATGTCAC
TATAGGTCATAGTGCTGTCATACATGGGTGTACTGTCGAGGATGAGGCTTTTGTTGGCAT
GGGAGCCACACTACTCGATGGTGTGGTTGTTGAGAAGCATGCCATGGTTGCTGCCGGTTC
CCTTGTGAGGGAGAACACTCGAATCCCTTCCGGAGAGGTATGGGGAGGAAACCCAGCAAA
GATCATGAGAAAGTTAACAGATGAAGAGATGGCATATATCTCAAAGTCGGCTGAGAACTA
CATCAACCTCGCACATATTCACGCCGCGGAGAATTCGAAGTCATTTGAAGATATCGAGGT
TGAGAGAGCCCTTAGGAAGAAGTACGCACGCAAGGATGAGGATTACGATTCAATGCTTGG
GATTGTCCGTGAAACTCCAGCCGAGTTGATTCTCCCCGACAATGTCTTACCGGAGAAAAC
AACCACCAGGGTTCCTACTACTCATTACTGATTCACGCGGCTCAGCTTTGTTTTTAAGAC
AAAGATTGATTTTCTGGAAAGTCGAGAGAGATATTATCTTTTGGTTTTGCCTTTTTCCTC
CCGAGTAAACATGGGATT*ATCACATTCTTGCTCAATAAAGCCGAACATAACTTGTACTG
TTGCGTTATGTCACATGTCTTTGATGAACAATTTCAGAAAGAGGAACGAGCTGCATTAAT
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 3 9

CO CL260Contig1 1169 3 10 U
ATAATAACTACATGCATTAACAATTATGTAAAAACTCATAAAATCGAAAGAGATATAATT
GTTCTTAGGAATGAGCACACGTATGTCTTAGGTCAAGTAGTTGCAGTTGTTACTAAGAAC
AATAAACAAAACAAAAAAAATTCACAAATTGATTGTTTTCCATTAAACCAAGAAAGATAA
GCTATTATCTCCCAGAGACTTGGAGATTGATTCGTTGGCTTTCTGGGATTCGGCTGCTCT
TTCCCCTCGCTTCTTCTTCTCCCTCTCGACATACTCCTTGAGTAGTTCCTTAGCTTGGAC
AAGCTTAAAAAGCAGGTTGCGATACACATCGAGGTCCCGATCCACGCTTTTCTTGTTGAT
ATTTAGGGATGCACAAAGCTTGTCAAGGACGGTGGGATCAGTAGCACCTGCAAGCTCAAG
CAAGCGAAACAAGCCAACAGCGAAAAACCTGCTGTAACTGAAACCTTCCTTACTGCCAGC
TCTTTCTGAAATGTCCTTAAGAATCGCTTCAACTTCTCCCTCCTTAGACGAGAAGTCAAC
TAGTGAAGCAGAAGTCTGACTTCGCGCCCATTCCTCCATCTTCTGCGCATCAGTTCGGTA
TTGGTTAGGATCCTCATTCAAAGCTTGGACGTAGGCTTGAAAAATGGAATCACGATCCTG
ATCGCTGGGATAGCCATCCATGAGCTGATCGTAGACAGTGACGAAGCCGAGGGCGAAAAC
AGGGTCGTAACGGTAAGTCTTTTTATACCTCATCAAATGCTGCTGTACGATGAGCTCCTG
GAGGACGGTGTTGTAGATGCTGGGGATTGGTCGCTTGTACGCTTTTAGGAAGTTTGACTT
CGTCTCCGATACAGGTGGCACATCCGTAACACTAGACATGCAGTGGATGATTAGTTTCGA
AGCCCTAGAAGAAGAAGAAGAAGTCAAAGAGTGGCGAGAAATCCTCCTGGAGATGGAGGA
GACGGAGGCGAGAGGAAGAGAAGGCGTGGTTGAATTGGAGATCTTTGCGGATTGGCCCAG
CGCCGGAAAGGAGAGAGAAGCGATTGCTGCAGCCATTTCGAATCTGAAGATTGGAAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGGAGAGTTTTGTTATTGGGATTTGGGGAGAAGAGAGGAGGATGGCT
TGGCCATGGGAAAGAGGGAGGATCAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ65JQ U 1
AF RR3GW16JQ U 45
AF RR3EP81TF C 533
BS 1 440 RR3BZ65JQ
BS 441 441 RR3GW16JQ
BS 442 444 RR3BZ65JQ
BS 445 445 RR3GW16JQ
BS 446 591 RR3BZ65JQ
BS 592 592 RR3GW16JQ
BS 593 723 RR3BZ65JQ
BS 724 724 RR3GW16JQ
BS 725 777 RR3BZ65JQ
BS 778 1169 RR3EP81TF

RD RR3BZ65JQ 777 0 0
ATAATAACTACATGCATTAACAATTATGTAAAAACTCATAAAATCGAAAGAGATATAATT
GTTCTTAGGAATGAGCACACGTATGTCTTAGGTCAAGTAGTTGCAGTTGTTACTAAGAAC
AATAAACAAAACAAAAAAAATTCACAAATTGATTGTTTTCCATTAAACCAAGAAAGATAA
GCTATTATCTCCCAGAGACTTGGAGATTGATTCGTTGGCTTTCTGGGATTCGGCTGCTCT
TTCCCCTCGCTTCTTCTTCTCCCTCTCGACATACTCCTTGAGTAGTTCCTTAGCTTGGAC
AAGCTTAAAAAGCAGGTTGCGATACACATCGAGGTCCCGATCCACGCTTTTCTTGTTGAT
ATTTAGGGATGCACAAAGCTTGTCAAGGACGGTGGGATCAGTAGCACCTGCAAGCTCAAG
CAAGCGAAACAAGCCAACAGTGAAGAACCTGCTGTAACTGAAACCTTCCTTACTGCCAGC
TCTTTCTGAAATGTCCTTAAGAATCGCTTCAACTTCTCCCTCCTTAGACGAGAAGTCAAC
TAGTGAAGCAGAAGTCTGACTTCGCGCCCATTCCTCCATCTTCTGCGCATCGGTTCGGTA
TTGGTTAGGATCCTCATTCAAAGCTTGGACGTAGGCTTGAAAAATGGAATCACGATCCTG
ATCGCTGGGATAGCCATCCATGAGCTGATCGTAGACAGTGACGAAGCCGAGGGCGAAAAC
AGG*TCGTAACGGTAAGTCTTTTTATACCTCATCAAATGCTGCTGTACGATGAGCTC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3GW16JQ 685 0 0
CG
AAAGAGATATAATTGTTCTTAGGAATGAGCACACGTATGTCTTAGGTCAAGTAGTTGCAG
TTGTTACTAAGAACAATAAACAAAACAAAAAAAATTCACAAATTGATTGTTTTCCATTAA
ACCAAGAAAGATAAGCTATTATCTCCCAGAGACTTGGAGATTGATTCGTTGGCTTTCTGG
GATTCGGCTGCTCTTTCCCCTCGCTTCTTCTTCTCCCTCTCGACATACTCCTTGAGTAGT
TCCTTAGCTTGGACAAGCTTAGAAAGCAGGTTGCGATACACATCGAGGTCCCGATCCACG
CTTTTCTTGTTGATATTTAGGGATGCACAAAGCTTGTCAAGGACGGTGGGATCAGTAGCA
CCTGCAAGCTCAAGCAAGCGAAACAAGCCAACAGCGAAAAACCTGCTGTAACTGAAACCT
TCCTTACTGCCAGCTCTTTCTGAAATGTCCTTAAGAATCGCTTCAACTTCTCCCTCCTTA
GACGAGAAGTCAACTAGTGAAGCAGAAGTCTGACTTCGCGCCCATTCCTCCATCTTCTGC
GCATCAGTTCGGTATTGGTTAGGATCCTCATTCAAAGCTTGGACGTAGGCTTGAAAAATG
GAATCACGATCCTGATCGCTGGGATAGCCATCCATGAGCTGATCGTAGACAGTGACGA*G
CCGAGGGCGAAAACAGGGTCGTA

QA 3 685 3 685
DS 

RD RR3EP81TF 637 0 0
AAGTCAACTAGTGAAGCAGAAGTCTGACTTCGCGCCCATTCCTCCATCTTCTGCGCATCA
GTTCGGTATTGGTTAGGATCCTCATTCAAAGCTTGGACGTAGGCTTGAAAAATGGAATCA
CGATCCTGATCGCTGGGATAGCCATCCATGAGCTGATCGTAGACGGTGACGAAGCCGAGG
GCGAAAACAGGGTCGTAACGGTAAGTCTTTTTATACCTCATCAAATGCTGCTGTACGATG
AGCTCCTGGAGGACGGTGTTGTAGATGCTGGGGATTGGTCGCTTGTACGCTTTTAGGAAG
TTTGACTTCGTCTCCGATACAGGTGGCACATCCGTAACACTAGACATGCAGTGGATGATT
AGTTTCGAAGCCCTAGAAGAAGAAGAAGAAGTCAAAGAGTGGCGAGAAATCCTCCTGGAG
ATGGAGGAGACGGAGGCGAGAGGAAGAGAAGGCGTGGTTGAATTGGAGATCTTTGCGGAT
TGGCCCAGCGCCGGAAAGGAGAGAGAAGCGATTGCTGCAGCCATTTCGAATCTGAAGATT
GGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGAGTTTTGTTATTGGGATTTGGGGAGAAGAGAGGA
GGATGGCTTGGCCATGGGAAAGAGGGAGGATCAGTCC

QA 1 637 1 637
DS 



CO CL260Contig2 658 2 5 U
TACGATCAGCTCATGGATGGCTATCCCAGCGATCAGGATCGTGATTCCATTTTTCAAGCC
TACGTCCAAGCTTTGAATGAGGATCCTAACCAATACCGAACTGATGCGCAGAAGATGGAG
GAATGGGCGCGAAGTCAGACTTCTGCTTCACTAGTTGACTTCGCGTCTAAGGAGGGAGAA
GTTGAAGCGATTCTTAAGGACATTTCAGAAAGAGCTGGCAGTAAGGAGGGTTTCAGTTAC
AGCAGGTTCTTCGCTGTTGGCTTGTTTCGCTTGCTTGAGCTTGCAGGTGCTACTGATCCC
ACCGTCCTTGACAAGCTTTGTGCGTCCCTAAATATCAACAAGAAAAGCGTGGATCGGGAC
CTCGATGTGTATCGCAACCTGCTTTCTAAGCTTGTCCAAGCCAAGGAACTACTCAAGGAG
TATGTCGAGAGGGAGAAGAAGAAGCGAGGGGAAAGAGCAGCTGAATCCCAGAAAGCTAAC
GAATCAATCTCCAAGTCTCTGGGAGATAATAGCTTATCTTTCTTGGTTTAATGGATATCA
TAAACAATCAATTTGTGATTTTTTGTTTATTGTTCTTAGTAACGACTGCAACTACTTGAC
CTAAGACATACGTGTGCTCATTCCTAAGAACAAATATATCTCTTTCGATTTTGTGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP81JQ C 1
AF RR3BN38TF U 119
BS 1 119 RR3EP81JQ
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BS 214 214 RR3EP81JQ
BS 215 645 RR3BN38TF
BS 646 658 RR3EP81JQ

RD RR3EP81JQ 658 0 0
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GAATGGGCGCGAAGTCAGACTTCTGCTTCACTAGTTGACTTCTCGTCTAAGGAGGGAGAA
GTTGAAGCGATTCTTAAGGACATTTCAGAAAGAGCTGGCAGTAAGGAGGGTTTCAGTTAC
AGCAGGTTCTTCGCTGTTGGCTTGTTTCGCTTGCTTGAGCTTGCAGGTGCTACTGATCCC
ACCGTCCTTGACAAGCTTTGTGCGTCCCTAAATATCAACAAGAAAAGCGTGGATCGGGAC
CTCGATGTGTATCGCAACCTGCTTTCTAAGCTTGTCCAAGCCAAGGAACTACTCAAGGAG
TATGTCGAGAGGGAGAAGAAGAAGCGAGGGGAAAGAGCAGCTGAATCCCAGAAAGCTAAC
GAATCAATCTCCAAGTCTCTGGGAGATAATAGCTTATCTTTCTTGGTTTAATGGATATCA
TAAACAATCAATTTGTGATTTTTTGTTTATTGTTCTTAGTAACGACTGCAACTACTTGAC
CTAAGACATACGTGTGCTCATTCCTAAGAACAAATATATCTCTTTCGATTTTGTGAGT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3BN38TF 527 0 0
G
GGAATGGGCGCGAAGTCAGACTTCTGCTTCACTAGTTGACTTCGCGTCTAAGGAGGGAGA
AGTTGAAGCGATTCTTAAGGACATTTCAGAAAGATCTGGCAGTAAGGAGGGTTTCAGTTA
CAGCAGGTTCTTCGCTGTTGGCTTGTTTCGCTTGCTTGAGCTTGCAGGTGCTACTGATCC
CACCGTCCTTGACAAGCTTTGTGCGTCCCTAAATATCAACAAGAAAAGCGTGGATCGGGA
CCTCGATGTGTATCGCAACCTGCTTTCTAAGCTTGTCCAAGCCAAGGAACTACTCAAGGA
GTATGTCGAGAGGGAGAAGAAGAAGCGAGGGGAAAGAGCAGCTGAATCCCAGAAAGCTAA
CGAATCAATCTCCAAGTCTCTGGGAGATAATAGCTTATCTTTCTTGGTTTAATGGATATC
ATAAACAATCAATTTGTGATTTTTTGTTTATTGTTCTTAGTAACGACTGCAACTACTTGA
CCTAAGACATACGTGTGCTCATTCCTAAGAACAAATATATCTCTTT

QA 2 527 2 527
DS 



CO CL260Contig3 1096 4 10 U
AGGGTCAAGTAGTTGCAGTTGTTACTAAGAACAATAAACAAAAAACAAAAACAAAAATTC
ACAAATTGATCGTTTATAATATCCATTAAACCAAGAAAGATAAGCTATTATCTCCCAGAG
ACTTGGAGATTGATTCGTTAGCTTTCTGGGATTCGGCTCTTACCCCTCGCTTCTTCTTCT
CCCTCTCGACATACTCCTTGAGTAGTTCCTTGGCTTGGACAAGCTTCGAAAGCAGGTTGC
GATACACATCGAGGTCCCGATCCACGCTTTTCTTGTTGATATTTAGGGATGCACAAAGCT
TGTCAAGGACGGTGGGATCAGTAGCACCTGCAAGCTCAAGCAAGCGAAACAAGCCAACAG
CGAAAAACCTGCTGTAACTGAAACCCTCCTTACTCCCAGCTCTTTCTGAAATGTCCTTAA
GAATCGCTTCAACTTCTCCCTCCTTAGACGAGAAGTCAACTAGTGAAGCAGAAGTCTGAC
TTCGCGCCCATTCCTCCATCTTCTGCGCATCAGTTCGGTATTGGTTAGGATCCTCATTCA
AAGCTTGGACGTAGGCTTGAAAAATGGAATCACGATCCTGATCGCTGGGATAACAATCCA
TGAGCTGATCGTAGACAGTGACGAAGCCGAGGGCGAAAACAGGGTCGTAACGGTAAGTCT
TTTTATACCTCATCAAATGCTGCTGTACGATGAGCTCCTGGAGGACGGTGTTGTAGATGC
TGGGGATTGGTCGCTTGTACGCTTTTAGGAAGTTTGACTTTGTCTCCGATACAGGTGGCA
CATCGGTAACACTAGAGATGCAGTGGATGATTAGTTTCGAAGAGGAAGTGGAAGCCCTAG
AAGAAGTCAAAGAGTGGCGAGAAATCCTCCTGGAGATGGCGGAGACGGAGGCGAGAGGAA
GAGAAGGCGTGGTTGAATTGGAGATCTTTGCGGATTGGCCCAGCGCCGGAAAGGAGAGAG
AAGCGATTGCTGCAGCCATTTCGAGTCGGAAGAAGAAGGTTGGAAGAGAGGGAGAGAGAG
AGGAGAGTTTTGTTATTGGGATTTGGGAAGAGGAGAGGAGGATGGCTTGGCCATGGGAAA
GAGGGAGGATCAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG89JQ U 15
AF RR3FP37JQ U 1
AF RR3FP37TF C 448
AF RR3EG89TF C 421
BS 1 161 RR3FP37JQ
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BS 595 595 RR3EG89JQ
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BS 750 768 RR3FP37JQ
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RD RR3EG89JQ 687 0 0
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TATAATATCCATTAAACCAAGAAAGATAAGCTATTATCTCCCAGAGACTTGGAGATTGAT
TCGTTAGCTTTCTGGGATTCGGCTCTTACCCCTCGCTTCTTCTTCTCCCTCTCGACATAC
TCCTTGAGTAGTTCCTTGGCTTGGACAAGCTTCGAAAGCAGGTTGCGATACACATCGAGG
TCCCGATCCACGCTTTTCTTGTTGATATTTAGGGATGCACAAAGCTTGTCAAGGACGGTG
GGATCAGTAGCACCTGCAAGCTCAAGCAAGCGAAACAAGCCAACAGCGAAAAACCTGCTG
TAACTGAAACCCTCCTTACTCCCAGCTCTTTCTGAAATGTCCTTAAGAATCGCTTCAACT
TCTCCCTCCTTAGACGAGAAGTCAACTAGTGAAGCAGAAGTCTGACTTCGCGCCCATTCC
TCCATCTTCTGCGCATCAGTTCGGTATTGGTTAGGATCCTCATTCAAAGCTTGGACGTAG
GCTTGAAAAATGGAATCACGATCCTGATCGCTGGGATAACAATCCATGAGCTGATCGTAG
ACAGTGACGAAGCCGAGGGCGAAAACAGGGTCGTAACGGTAAGTCTTTTTATACCTCATC
AAATGCTGCTGTACGATGAGCTCCTGG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3FP37JQ 768 0 0
AGGGTCAAGTAGTTGCAGTTGTTACTAAGAACAATAAACAAAAAACAAAAACAAAAATTC
ACAAATTGATCGTTTATAATATCCATTAAACCAAGAAAGATAAGCTATTATCTCCCAGAG
ACTTGGAGATTGATTCGTTAGCTTTCTGGGATTCGGCTCTTTCCCCTCGCTTCTTCTTCT
CCCTCTCGACATACTCCTTGAGTAGTTCCTTGGCTTGGACAAGCTTCGAAAGCAGGTTGC
GATACACATCGAGGTCCCGATCCACGCTTTTCTTGTTGATATTTAGGGATGCACAAAGCT
TGTCAAGGACGGTGGGATCAGTAGCACCTGCAAGCTCAAGCAAGCGAAACAAGCCAACAG
CGAAGAACCTGCTGTAACTGAAACCCTCCTTACTCCCAGCTCTTTCTGAAATGTCCTTAA
GAATCGCTTCAACTTCTCCCTCCTTAGACGAGAAGTCAACTAGTGAAGCAGAAGTCTGAC
TTCGCGCCCATTCCTCCATCTTCTGCGCATCAGTTCGGTATTGGTTAGGATCCTCATTCA
AAGCTTGGACGTAGGCTTGAAAAATGGAATCACGATCCTGATCGCTGGGATAACCATCCA
TGAGCTGATCGTAGACAGTGACGAAGCCGAGGGCGAAAACAGGGTCGTAACGGTAAGTCT
TTTTATACCTCATCAAATGCTGCTGTACGATGAGCTCCTGGAGGACGGTGTTGTAGATGC
TGGGGATTGGTCGCTTGTACGCTTTTAG*AAGTTTGACTTTGTCTCCG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3FP37TF 604 0 0
ACGAGAAGTCAACTAGTGAAGCAGAAGTCTGACTTCGCGCCCATTCCTCCATCTTCTGCG
CATCAGTTCGGTATTGGTTAGGATCCTCATTCAAAGCTTGGACGTAGGCTTGAAAAATGG
AATCACGATCCTGATCGCTGGGATAACCATCCATGAGCTGATCGTAGACAGTGACGAAGC
CGAGGGCGAAAACAGGGTCGTAACGGTAAGTCTTTTTATACCTCATCAAATGCTGCTGTA
CGATGAGCTCCTGGAGGACGGTGTTGTAGATGCTGGGGATTGGTCGCTTGTACGCTTTTA
GGAAGTTTGACTTTGTCTCCGATACAGGTGGCACATCGGTAACACTAGAGATGCAGTGGA
TGATTAGTTTCGAAGAGGAAGTGGAAGCCCTAGAAGAAGTCAAAGAGTGGCGAGAAATCC
TCCTGGAGATGGCGGAGACGGAGGCGAGAGGAAGAGAAGGCGTGGTTGAATTGGAGATCT
TTGCGGATTGGCCCAGCGCCGGAAAGGAGAGAGAAGCGATTGCTGCAGCCATTTCGAGTC
GGAAGAAGAAGGTTGGAAGAGAG**AGAGAGAGAGGAGAGTTTTGTTATTGGGATTTGGG
AACC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3EG89TF 676 0 0
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TTCGCGCCCATTCCTCCATCTTCTGCGCATCAGTTCGGTATTGGTTAGGATCCTCATTCA
AAGCTTGGACGTAGGCTTGAAAAATGGAATCACGATCCTGATCGCTGGGATAACAATCCA
TGAGCTGATCGTAGACAGTGACGAAGCCGAGGGCGAAAACAGGGTCGTAACGGTAAGTCT
TTTTATACCTCATCAAATGCTGCTGTACGATGAGCTCCTGGAGGACGGTGTTGTAGGTGC
TGGGGATTGGTCGCTTGTACGCTTTTAGGAAGTTTGACTTTGTCTCCGATACAGGTGGCA
CATCGGTAACACTAGAGATGCAGTGGATGATTAGTTTCGAAGAGGAAGTGGAAGCCCTAG
AAGAAGTCAAAGAGTGGCGAGAAATCCTCCTGGAGATGGCGGAGACGGAGGCGAGAGGAA
GAGAAGGCGTGGTTGAATTGGAGATCTTTGCGGATTGGCCCAGCGCCGGAAAGGAGAGAG
AAGCGATTGCTGCAGCCATTTCGAGTCGGAAGAAGAAGGTTGGAAGAGAGGGAGAGAGAG
AGGAGAGTTTTGTTATTGGGATTTGGGAAGAGGAGAGGAGGATGGCTTGGCCATGGGAAA
GAGGGAGGATCAGTCC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 2 11

CO CL261Contig1 1054 9 15 U
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CGAAACTCGTGAAAACCAATGGCGGAGGAAATTGAGAAATCGATGCCCGCGGAGCAGTCT
CTGATGGACAAGATCTCCGAGAAGATCCACCATCACGACTCGTCGTCTGACTCCGAGTAC
GAGAAACCTGATTCGCCATCGGCTGTGAAAGCGAAGATCTATCGCTTGTTTGGCAGAGAG
AAACCTGTCCACAAGGTTCTCGGTGGTGGAAAGCCTGCTGATGTGTTCTTGTGGAGGGAT
AAAAAACTGTCAGCTGCTGTTCTTGGTGTGGCCACTCTCATCTGGGTTCTCTTTGAGCTG
GTTGAGTATCACTTGTTGAGTCTTTTGTGTCACGTTTCGATACTTGCTCTTGGAGGCTTG
TTTCTCTGGTCCAATGCTCACACTTTCATCAAAAAGAGTCCACCTCAGATTCCAGAAATC
CATGTTCCAGAGGAGCCTTTCCTTTTGATTGCTTCTTCCCTCAGAAACGAACTAAACCAA
GGTTTTGTTATCCTGCGAAGCATTGCCTTAGGCAGGGACCGTAAAAAATTCTTCATGGTC
GTTGTTGGTCTATGGATCATCTCGGTGGTAGGCAACTGGTTCAACTTCCTGACTCTGGTG
TACATCTGCTTCGTGTTGTTGCACACAGTGCCAATGATGTACGAGAAACACGAGGACAAG
GTTGATCCATTTGCAGAGAAAGCGTTCAAAGAGTTGCACAAACATTACCTTGTGTTTGAT
GAAAAGGTTGTTTCTAAGATCCCCATTGCTTCCCTCAAAGCTAAGTTGGGTTAACCAGAG
ACTTGTGTCTGTTTCCTTTCGTATACTTGTTTTTGTTTTTTGTTTTGATATTTTGATCAA
TGTGAAATTGGTGGGTCATTTTCAGAGTTTTGCACGCTAATGACCCAAATGTTCTGCATC
ACATTTTGTTTGCAGTTTTTTTTGTTGTAATTTTTCGAATTAAAAAGATATTACACATTT
GCCTTTCCGGCTATTTATGGAGAATACTTGAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 5 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3E837TF U 1
AF RR3E572TF U 18
AF RR3BP66TF U 60
AF RR3DP70TF U 18
AF RR3B470TF U 67
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BS 1 568 RR3E837TF
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AAAAAACTGTCAGCTGCTGTTCTTGGTGTGGCCACTCTCATCTGGGTTCTCTTTGAGCTG
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GGTTTTGTTATCCTGCGAAGCATTGCCT

QA 1 568 1 568
DS 

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GGAC
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QA 5 571 5 571
DS 

RD RR3BP66TF 653 0 0
AG
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AGAAACCTGATTCGCCATCGGCTGTGAAAGCGAAGATCTATCGCTTGTTTGGCAGAGAGA
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AAAAACTGTCAGCTGCTGTTCTTGGTGTGGCCACTCTCATCTGGGTTCTCTTTGAGCTGG
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TTCTCTGGTCCAATGCTCACACTTTCATCAAAAAGAGTCCACCTCAGATTCCAGAAATCC
ATGTTCCAGAGGAGCCTTTCCTTTTGATTGCTTCTTCCCTCAGAAACGAACTAAACCAAG
GTTTTGTTATCCTGCGAAGCATTGCCTTAGGCAGGGACCGTAAAAAATTCTTCATGGTCG
TTGTTGGTCTATGGATCATCTCGGTGGTAGGCAACTGGTTCAACTTCCTGACTCTGGTGT
ACATCTGCTTCGTGTTGTTGCACACAGTGCCAATGATGTACGAGAAACACG

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR3DP70TF 744 0 0
GGAC
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GCGGAGGAAATTGAGAAATCGATGCCCGCGGAGCAGTCTCTGATGGACAAGATCTCCGAG
AAGATCCACCATCACGACTCGTCGTCTGACTCCGAGTACGAGAAACCTGATTCGCCATCG
GCTGTGAAAGCGAAGATCTATCGCTTGTTTGGCAGAGAGAAACCTGTCCACAAGGTTCTC
GGTGGTGGAAAGCCTGCTGATGTGTTCTTGTGGAGGGATAAAAAACTGTCAGCTGCTGTT
CTTGGTGTGGCCACTCTCATCTGGGTTCTCTTTGAGCTGGTTGAGTATCACTTGTGGAGT
CTTTTGTGTCACGTTTCGATACTTGCTCTTGGAGGCTTGTTTCTCTGGTCCAATGCTCAC
ACTTTCATCAAAAAGAGTCCACCTCAGATTCCAGAAATCCATGTTCCAGAGGAGCCTTTC
CTTTTGATTGCTTCTTCCCTCAGAAACGAACTAAACCAAGGTTTTGTTATCCTGCGAAGC
ATTGCCTTAGGCAGGGACCGTAAAAAATTCTTCATGGTCGTTGTTGGTCTATGGATCATC
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GCGTTCAAAGAGTTGCACAA

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DS 

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GG
GTGAAAACCAATGGCGGAGGAAATTGAGAAATCGATGCCCGCGGAGCAGTCTCTGATGGA
CAAGATCTCCGAGAAGATCCACCATCACGACTCGTCGTCTGACTCCGAGTACGAGAAACC
TGATTCGCCATCGGCTGTGAAAGCGAAGATCTATCGCTTGTTTGGCAGAGAGAAACCTGT
CCACAAGGTTCTCGGTGGTGGAAAGCCTGCTGATGTGTTCTTGTGGAGGGATAAAAAACT
GTCAGCTGCTGTTCTTGGTGTGGCCACTCTCATCTGGGTTCTCTTTGAGCTGGTTGAGTA
TCACTTGTTGAGTCTTTTGTGTCACGTTTCGATACTTGCTCTTGGAGGCTTGTTTCTCTG
GTCCAATGCTCACACTTTCATCAAAAAGAGTCCACCTCAGATTCCAGAAATCCATGTTCC
AGAGGAGCCTTTCCTTTTGATTGCTTCTTCCCTCAGAAACGAACTAAACCAAGGTTTTTT
TATCCTGCGAAGCATTGCCTTAGGCAGGGACCGTAAAAAATTCTTCATGGTCGTTGTTGG
TCTATGGATCATCTCGGTGGTAGGCAACTGGTTCAACTTCCTGACTCTGGTGTACATCTG
CTTCGTGTTGTTGCACACAGTGCCAATGATGTACGAGAAACACGAGGACAAAGTTGATCC
ATTTGCAGAGAAAGCGTTCAAAGAGTTGCACAAACATTACCTTGTGTTTGAT

QA 3 714 3 714
DS 

RD RR3E837JQ 634 0 0
TGTGGCCACTCTCATCTGGGTTCTCTTTGAGCTGGTTGAGTATCACTTGTTGAGTCTTTT
GTGTCACGTTTCGATACTTGCTCTTGGAGGCTTGTTTCTCTGGTCCAATGCTCACACTTT
CATCAAAAAGAGTCCACCTCAGATTCCAGAAATCCATGTTCCAGAGGAGCCTTTCCTTTT
GATTGCTTCTTCCCTCAGAAACGAACTAAACCAAGGTTTTGTTATCCTGCGAAGCATTGC
CTTAGGCAGGGACCGTAAAAAATTCTTCATGGTCGTTGTTGGTCTATGGATCATCTCGGT
GGTAGGCAACTGGTTCAACTTCCTGACTCTGGTGTACATCTGCTTCGTGTTGTTGCACAC
AGTGCCAATGATGTACGAGAAACACGAGGACAAGGTTGATCCATTTGCAGAGAAAGCGTT
CAAAGAGTTGCACAAACATTACCTTGTGTTTGATGAAAAGGTTGTTTCTAAGATCCCCAT
TGCTTCCCTCAAAGCTAAGTTGGGTTAACCAGAGACTTGTGTCTGTTTCCTTTCGTATAC
TTGTTTTTGTTTTTTGTTTTGATATTTTGATCAATGTGAAATTGGTGGGTCATTTTCAGA
GTTTTGCACGCTAATGACCCAAATGTTCTGCATC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3DP70JQ 759 0 0
GGGATAAAAAACTGTCAGCTGCTGTTCTTGGTGTGGCCACTCTCATCTGGGTTCTCTTTG
AGCTGGTTGAGTATCACTTGTGGAGTCTTTTGTGTCACGTTTCGATACTTGCTCTTGGAG
GCTTGTTTCTCTGGTCCAATGCTCACACTTTCATCAAAAAGAGTCCACCTCAGATTCCAG
AAATCCATGTTCCAGAGGAGCCTTTCCTTTTGATTGCTTCTTCCCTCAGAAACGAACTAA
ACCAAGGTTTTGTTATCCTGCGAAGCATTGCCTTAGGCAGGGACCGTAAAAAATTCTTCA
TGGTCGTTGTTGGTCTATGGATCATCTCGGTGGTAGGCAGCTGGTTCAACTTCCTGACTC
TGGTGTACATCTGCTTCGTGTTGTTGCACACAGTGCCAATGATGTACGAGAAACACGAGG
ACAAGGTTGATCCATTTGCAGAGAAAGCGTTCAAAGAGTTGCACAAACATTACCTTGTGT
TTGATGAAAAGGTTGTTTTTAAGATCCCCATTGCTTCCCTCAAAGCTAAGTTGGGTTAAC
CAGAGACTTGTGTCTGTTTCCTTTCGTATACTTGTTTTTGTTTTTTGTTTTTATATTTTG
ATCAATGTGAAATTGGTGAGTCATTTTCAGAGTTTTGCACGCTAATGACCCAAATGTTCT
GCATCACATTTTGTTTGCAGTTTTTTTTGTTGTAATTTTTCGAATTAAAAAGATATTACA
CATTTGCCTTTCCGGCTATTTATGGAGAATACTTGAAT
T

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3B470JQ 756 0 0
TA
AAAAAACTGTCAGCTGCTGTTCTTGGTGTGGCCACTCTCATCTGGGTTCTCTTTGAGCTG
GTTGAGTATCACTTGTTGAGTCTTTTGTGTCACGTTTCGATACTTGCTCTTGGAGGCTTG
TTTCTCTGGTCCAATGCTCACACTTTCATCAAAAAGAGTCCACCTCAGATTCCAGAAATC
CATGTTCCAGAGGAGCCTTTCCTTTTGATTGCTTCTTCCCTCAGAAACGAACTAAACCAA
GGTTTTTTTATCCTGCGAAGCATTGCCTTAGGCAGGGACCGTAAAAAATTCTTCATGGTC
GTTGTTGGTCTATGGATCATCTCGGTGGTAGGCAACTGGTTCAACTTCCTGACTCTGGTG
TACATCTGCTTCGTGTTGTTGCACACAGTGCCAATGATGTACGAGAAACACGAGGACAAG
GTTGATCCATTTGCAGAGAAAGCGTTCAAAGAGTTGCACAAACATTACCTTGTGTTTGAT
GAAAAGGTTGTTTCTAAGTTCCCCATTGCTTCCCTCAAAGCTAAGTTGGGTTAACCAGAG
ACTTGTGTCTGTTTCCTTTCGTATACTTGTTTTTGTTTTTTGTTTTGATATTTTGATCAA
TGTGAAATTGGTGGGTCATTTTCAGAGTTTTGCACGCTAATGACCCAAATGTTCTGCATC
ACATTTTGTTTGCAGTTTTTTTTGTTGTAATTTTTCGAATTAAAAAGATATTACACATTT
GCCTTTCCGGCTATTTATGGAGAATACTTGAATC

QA 3 756 3 756
DS 

RD RR3E572JQ 738 0 0
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TGAGTCTTTTGTGTCACGTTTCGATACTTGCTCTTGGAGGCTTGTTTCTCTGGTCCAATG
CTCACACTTTCATCAAAAAGAGTCCACCTCAGATTCCAGAAATCCATGTTCCAGAGGAGC
CTTTCCTTTTGATTGCTTCTTCCCTCA*AAACGAACTAAACCAAGGTTTTGTTATCCTGC
GAAGCATTGCCTTAGGCAGGGACCGTAAAAAATTCTTCAGGGTCGTTGTTGGTCTATGGA
TCATCTCGGTGGTAGGCAACTGGTTCAACTTCCTGACTCTGGTGTACATCTGCTTCGTGT
TGATGCACACAGTGCCAATGATGTACGAGAAACACGAGGACAAGGTTGATCCATTTGCAG
AGAAAGCGTTCAAAGAGTTGCACAAACATTACCTTGTGTTTGATGAAAAGGTTGTTTCTA
AGATCCCCATTGCTTCCCTCAAAGCTAAGTTGGGTTAACCAGAGACTTGTGTCTGTTTCC
TTTCGTATACTTGTTTTTGTTTTTTGTTTTGATATTTTGATCAATGTGAAATTGGTGGGT
CATTTTCAGAGTTTTGCACGCTAATGACCCAAATGTTCTGCATCACATTTTGTTTGCAGT
TTTTTTTGTTGTAATTTTTCGAATTAAAAAGATATTACACGTTTGCCTTTCCGGCTATTT
ATGGAGAATACTTGAAT
T

QA 1 737 1 737
DS 



CO CL261Contig2 1035 2 4 U
GGATTCACGTTCCATATATTTTCAAAAAATCCTCTGTTCAATTTCGAAACTCGGGAAAAT
CAATGGCGGAGGAAATTGAGAAATCGATGCCGGCGGAGCAGTCTCTGATGGATAAGATAT
CCGAGAAGATCCACCATCACGACTCGTCGTCTGACTCTGAGTACGAGAAACCTGACTCGC
CATCGGCTGTGAAAGCGAAGATATATCGCTTGTTTGGCAGAGAGAAACCTGTTCACAAGG
TCCTCGGCGGTGGAAAGCCTGCTGATGTGTTCTTGTGGAGGGATAAAAAACTGTCAGCTG
CTGTTCTTGGTGTGGCCACTCTCATCTGGGTTCTCTTTGAGCTGGTTGAGTATCATTTGT
TGAGTCTTTTGTGTCACGTTTCCATACTTGCTCTTGGAGGCTTGTTTCTCTGGTCCAATG
CTCACACTTTCGTCAAAAAGAGTCCACCTCAGATTCCAGAAATCCATGTTCCAGAGGAGC
CTTTCCTTTTGATTGCTTCTTCCCTCAGAAACGAACTAAACCAAGCTTTTGTTATCCTAC
GAAGCATTGCCTTAGGCAGGGACCTTAAAAAATTCTTCATGGTCGTTGTTGGTCTATGGA
TCATCTCGGTGGTGGGCAACTGGTTCAACTTCCTGACTCTGGTGTACATCTGCTTCGTGT
TGTTGCACACAGTGCCAATGATGTATGAGAAACACGAGGGCAAGGTTGATCCATTTGCAG
AGAAAGCGTTCAAGGAGTTGCACAAACATTACCTTGTGTTTGATGAAAAGGTTGTTTTTA
AGATCCCCATTGCTTCCCTCAAAGCTAAGTTGGGTTAAACAGACACTTATGTCTTGTTTC
CTTTCGCTTACTTTTTTTTTTTTTTTTATATTTTGATCAATGTGAAATTGGTGGGTCATT
TTCAGAGTTTTGCACGCTAATGACCCAAATGTTCTGCATCACATTTTGTTTGCAGTTTTT
TTTTGTTGTAATTTTTCGAATTAAAAAGATATTACACATTTGCCTTTCCGGCTATTTATG
GAGAATACTTGAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG95TF U 1
AF RR3GG95JQ C 413
BS 1 734 RR3GG95TF
BS 735 735 RR3GG95JQ
BS 736 767 RR3GG95TF
BS 768 1035 RR3GG95JQ

RD RR3GG95TF 767 0 0
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CCGAGAAGATCCACCATCACGACTCGTCGTCTGACTCTGAGTACGAGAAACCTGACTCGC
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CTGTTCTTGGTGTGGCCACTCTCATCTGGGTTCTCTTTGAGCTGGTTGAGTATCATTTGT
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CTTTCCTTTTGATTGCTTCTTCCCTCAGAAACGAACTAAACCAAGCTTTTGTTATCCTAC
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AGAAAGCGTTCAAG*AGTTGCACAAACATTACCTTGTGTTTGATGAA

QA 1 767 1 767
DS 

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AGAGGAGCCTTTCCTTTTGATTGCTTCTTCCCTCAGAAACGAACTAAACCAAGCTTTTGT
TATCCTACGAAGCATTGCCTTAGGCAGGGACCTTAAAAAATTCTTCATGGTCGTTGTTGG
TCTATGGATCATCTCGGTGGTGGGCAACTGGTTCAACTTCCTGACTCTGGTGTACATTTG
CTTCGTGTTGTTGCACACAGTGCCAATGATGTATGAGAAACACGAGGGCAAGGTTGATCC
ATTTGCAGAGAAAGCGTTCAAGGAGTTGCACAAACATTACCTTGTGTTTGATGAAAAGGT
TGTTTTTAAGATCCCCATTGCTTCCCTCAAAGCTAAGTTGGGTTAAACAGACACTTATGT
CTTGTTTCCTTTCGCTTACTTTTTTTTTTTTTTTTATATTTTGATCAATGTGAAATTGGT
GGGTCATTTTCAGAGTTTTGCACGCTAATGACCCAAATGTTCTGCATCACATTTTGTTTG
CAGTTTTTTTTTGTTGTAATTTTTCGAATTAAAAAGATATTACACATTTGCCTTTCCGGC
TATTTATGGAGAATACTTGAATT

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 9

CO CL262Contig1 987 9 8 U
GGGAATCGTCGAAAATGTTGAGATCCTCGTTTCGGCTTCTCTATATAACAACAAGAAGTA
CCAATCTTCGTGTCCGAGCTTCATCATCATCATCGCTCTCTCTGTTCTCATCTAAGTCCT
CCAATTCTGCGAAACCACTTTTCACTTCTCATCGTCTGATTCCCTTATCAACAACGGGAG
CTAAACTCTCTAAGTCTGAACATTCCATGGCCACTTCCTCCGAGCCCAAGTCCATCTATG
ATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATGATGTTGATCTAAGCACTTACAAGGGGAAGG
TTCTCTTGATTGTAAACGTTGCTTCTCAGTGTGGTTTGACCAATTCGAACTATACCGAGC
TTGCACAGCTGTACCAGAAGTACAAAGATCATGGGTTTGAGATCCTTGCGTTCCCCTGTA
ACCAGTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGAAGAGATTGTCCAGTTTGCTTGTACCC
GTTTCAAGGCCGAGTACCCGATCTTTGACAAGGTTGATGTGAATGGTGACACGGCTGCTC
CAATCTATAAGTTCCTGAAATCAAGCAAAGGTGGGCTCTTTGGAGACGGAATCAAGTGGA
ACTTCGCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGGAATGTTGTGGACCGTTACGCCCC*AACT
ACTTCCCCTCTCAGCATTGAGAAGGACCTGAAGAAACTGTTGGG*AGTTACTGCTTAAGC
AACGAAGAGGCGCTAGTACTCAAATAAAAGCTCCTACAGTATTGTAATAAGCTGTCTATG
TTCTTGAGCGTCTTTGGG*ATGAGTTGTTTCCTGCTACTTAATTTTTTGTTTAGCTACTT
ATGTGTGTAATATCGTCTACCTAAATATCATAATTGCTGTTCGTACTGTTTTTTGCCTGT
TTCCATGAACCATGGGGAGGAGAAAGCTAGCGACGGCGTAATATGGTATTTTATAAATTT
AGAGTTGAAAGTCAAATAATTTTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE09TF U 1
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RD RR3EE09TF 679 0 0
GGGAATCGTCGAAAATGTTGAGATCCTCGTTTCGGCTTCTCTATATAACAACAAGAAGTA
CCAATCTTCGTGTCCGAGCTTCATCATCATCATCGCTCTCTCTGTTCTCATCTAAGTCCT
CCAATTCTGCGAAACCACTTTTCACTTCTCATCGTCTGATTCCCTTATCAACAACGGGAG
CTAAACTCTCTAAGTCTGAACATTCCATGGCCACTTCCTCCGAGCCCAAGTCCATCTATG
ATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATGATGTTGATCTAAGCACTTACAAGGGGAAGG
TTCTCTTGATTGTAAACGTTGCTTCTCAGTGTGGTTTGACCAATTCGAACTATACCGAGC
TTGCACAGCTGTACCAGAAGTACAAAGATCATGGGTTTGAGATCCTTGCGTTCCCCTGTA
ACCAGTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGAAGAGATTGTCCAGTTTGCTTGTACCC
GTTTCAAGGCCGAGTACCCGATCTTTGACAAGGTTGATGTGAATGGTGACACGGCTGCTC
CAATCTATAAGTTCCTGAAATCAAGCAAAGGTGGGCTCTTTGGAGACGGAATCAAGTGGA
ACTTCGCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGGAATGTTGTGGACCGTTACGCCCC*AACT
ACTTCCCCTCTCAGCATTG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3AR66JQ 796 0 0
GCTCTCTCTGTTCTCATCTAAGTCCTCCAATTCTGCGAAACCACTTTTCACTTCTCATCG
TCTGATTCCCTTATCAACAACGGGAGCTAAACTCTCTAAGTCTGAACACTCCATGGCCAC
TTCCTCCGAGCCCAAGTCCATCTATGATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAACTGATGT
TGATCTAAGCACTTACAAGGGGAAGGTTCTCTTGATTGTAAACGTTGCTTCTCAGTGTGG
TTTGACCAATTCGAACTATACCGAGCTTGCACAGCTGTACCAGAAGTACAAAGATCATGG
GTTTGAGATCCTTGCGTTCCCCTGTAACCAGTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGA
AGAGATTGTCCAGTTTGCTTGTACCCGTTTCAAGGCCGAGTACCCGATCTTTGACAAGGT
TGATGTGAATGGTGACACGGCTGCTCCAATCTATAAGTTCCTGAAATCAAGCAAAGGTGG
GCTCTTTGGAGACGGAATCAAGTGGAACTTCGCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGGAA
TGTTGTGGACCGTTACGCCCC*AACTACTTCCCCTCTCAGCATTGAGAAGGACCTGAAGA
AACTATTGGG*AGTTACTGCTTAAGCAACGAAGAGGCGCTAGTACTCAAATAAAAGCTCC
TACAGTATTGTAATAAGCTGTCTATGTTCTTGAGCGTCTTTGGG*ATGAGTTGTTTCCTG
CTACTTAATTTTTTGTTTAGCTACTTATGTGTGTAATATCGTCTACCTAAATATCATAAT
TGCTGTTCGTACTGT
C

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3G006TF 782 0 0
GCTCTCTCTGTTCTCATCTAAGTCCTCCAATTCTGCGAAACCACTTTTCACTTCTCATCG
TCTGATTCCCTTATCAACAACGGGAGCTAAACTCTCTAAGTCTGAACATTCCATTGCCAC
TTCCTCCGAGCCCAAGTCCATCTATGATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATGATGT
TGATCTAAGCACTTACAAGGGGAAGGTTCTCTTGATTGTAAACGTTGCTTCTCAGTGTGG
TTTGACCAATTCGAACTATACCGAGCTTGCACAGCTGTACCAGAAGTACAAAGATCATGG
GTTTGAGATCCTTGCGTTCCCCTGTAACCAGTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGA
AGAGATTGTCCAGTTTGCTTGTACCCGTTTCAAGGCCGAGTACCCGATCTTTGACAAGGT
TGATGTGAATGGTGACACGGCTGCTCCAATCTATAAGTTCCTGAAATCAAGCAAGGGTGG
GCTCTTTGGAGACGGAATCAAGTGGAACTTCGCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGGAA
TGTTGTGGACCGTTACGCCCC*AACTACTTCCCCTCTCAGCATTGAGAAGGACCTGAAGA
AACTGTTGGG*AGTTACTGCTTAAGCAACGAAGAGGCGCTAGTACTCAAATAAAAGCTCC
TACAGTATTGTAATAAGCTGTCTATGTTCTTGAGCGTCTTTGGG*ATGAGTTGTTTCCTG
CTACTTAATTTTTTGTTTAGCTACTTATGTGTGTA*TATCGTCTAC*TAAATATCATAAT
TG

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3AY24TF 775 0 0
GCTCTCTCTGTTCTCATCTAAGTCCTCCAATTCTGCGAAACCACTTTTCACTTCTCATCG
TCTGATTCCCTTATCAACAACGGGAGCTAAACTCTCTAAGTCTGAACATTCCATGGCCAC
TTCCTCCGAGCCCAAGTCCATCTATGATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATGATGT
TGATCTAAGCACTTACAAGGGGAAGGTCCTCTTGATTGTAAACGTTGCTTCTCAGTGTGG
TTTGACCAATTCGAACTATACCGAGCTTGCACAGCTGTACCAGAAGTACAAAGATCATGG
GTTTGAGATCCTTGCGTTCCCCTGTAACCAGTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGA
AGAGATTGTCCAGTTTGCTTGTACCCGTTTCAAGGCCGAGTACCCGATCTTTGACAAGGT
TGATGTGAATGGTGACACGGCTGCTCCAATCTATAAGTTCCTGAAATCAAGCAAAGGTGG
GCTCTTTGGAGACGGAACCAAGTGGAACTTCGCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGGAA
TGTTGTGGACCGTTACGCCCC*AACTACTTCCCCTCTCAGCATTGAGAAGGACCTGAAGA
AACTGTTGGG*AGTTACTGCTTAAGCAACGAAGAGGCGCTAGTACTCAAATAAAAGCTCC
TACAGTATTGTAATAAGCTGTCTATGTTCTTGAGCGTCTTTGGG*ATGAGTTGTTTCCTG
CTACTTAATTTTTTGTTTAGCTACTTATGTGTGTAATATCGTCTACCTAAATATC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3D988JQ 796 0 0
GCTCTCTCTGTTCTTATCTAAGTCCTCCAATTCTGCGAAACCACTTTTCACTTCTCATCG
TCTGATTCCCTTATCAACAACGGGAGCTAAACTCTCTAAGTCTGAACATTCCATGGCCAC
TTCCTCCGAGCCCAAGTCCATCTATGATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAACTGATGT
TGATCTAAGCACTTACAAGGGGAAGGTTCTCTTGATTGTAAACGTTGCTTCTCAGTGTGG
TTTGACCAATTCGAACTATACCGAGCTTGCACAGCTGTACCAGAAGTACAAAGATCATGG
GTTTGAGATCCTTGCGTTCCCCTGTAACCAGTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGA
AGAGATTGTCCAGTTTGCTTGTACCCGTTTCAAGGCCGAGTACCCGATCTTTGACAAGGT
TGATGTGAATGGTGACACGGCTGCTCCAATCTATAAGTTCCTGAAATCAAGCAAAGGTGG
GCTCTTTGGAGACGGAATCAAGTGGAACTTCGCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGGAA
TGTTGTGGACCGTTACGCCCC*AACTACTTCCCCTCTCAGCATTGAGAAGGACCTGAAGA
AACTATTGGG*AGTTACTGCTTAAGCAACGAAGAGGCGCTAGTACTCAAATAAAAGCTCC
TACAGTATTGTAATAAGCTGTCTATGTTCTTGAGCGTCTTTGGG*ATGAGTTGTTTCCTG
CTACTTAATTTTTTGTTTAGCTACTTATGTGTGTAATATCGTCTACCTAAATATCATAAT
TGCTGTTCGTACTGT
C

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3AR66TF 796 0 0
GCTCTCTCTGTTCTCATCTAAGTCCTCCAATTCTGCGAAACCACTTTTCACTTCTCATCG
TCTGATTCCCTTATCAACAACGGGAGCTAAACTCTCTAAGTCTGAACACTCCATGGCCAC
TTCCTCCGAGCCCAAGTCCATCTATGATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAACTGATGT
TGATCTAAGCACTTACAAGGGGAAGGTTCTCTTGATTGTAAACGTTGCTTCTCAGTGTGG
TTTGACCAATTCGAACTATACCGAGCTTGCACAGCTGTACCAGAAGTACAAAGATCATGG
GTTTGAGATCCTTGCGTTCCCCTGTAACCAGTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGA
AGAGATTGTCCAGTTTGCTTGTACCCGTTTCAAGGCCGAGTACCCGATCTTTGACAAGGT
TGATGTGAATGGTGACACGGCTGCTCCAATCTATAAGTTCCTGAAATCAAGCAAAGGTGG
GCTCTTTGGAGACGGAATCAAGTGGAACTTCGCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGGAA
TGTTGTGGACCGTTACGCCCC*AACTACTTCCCCTCTCAGCATTGAGAAGGACCTGAAGA
AACTATTGGG*AGTTACTGCTTAAGCAACGAAGAGGCGCTAGTACTCAAATAAAAGCTCC
TACAGTATTGTAATAAGCTGTCTATGTTCTTGAGCGTCTTTGGG*ATGAGTTGTTTCCTG
CTACTTAATTTTTTGTTTAGCTACTTATGTGTGTAATATCGTCTACCTAAATATCATAAT
TGCTGTTCGTACTGT
C

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3AY36TF 728 0 0
CTTATCAACAACGGGAGCTAAACTCTCTAAGTCTGAACATTCCATGGCCACTTCCTCCGA
GCCCAAGTCCATCTATGATTTCACCGTCAAGGATGCGAAGGGAAATGATGTTGATCTAAG
CACTTACAAGGGGAAGGTCCTCTTGATTGTAAACGTTGCTTCTCAGTGTGGTTTGACCAA
TTCGAACTATACCGAGCTTGCACAGCTGTACCAGAAGTACAAAGATCATGGGTTTGAGAT
CCTTGCGTTCCCCTGTAACCAGTTTGGGAATCAAGAACCTGGTTCTAATGAAGAGATTGT
CCAGTTTGCTTGTACCCGTTTCAAGGCCGAGTACCCGATCTTTGACAAGGTTGATGTGAA
TGGTGACACGGCTGCTCCAATCTATAAGTTCCTGAAATCAAGCAAAGGTGGGCTCTTTGG
AGACGGAACCAAGTGGAACTTCGCCAAGTTCTTGGTTGACAAAGATGGGAATGTTGTGGA
CCGTTACGCCCCCAACTACTTCCCCTCTCAGCATTGAGAAGGACCTGAAGAAACTGTTGG
GGAGTTACTGCTTAAGCAACGAAGAGGCGCTAGTACTCAAATAAAAGCTCCTACAGTATT
GTAATAAGCTGTCTATGTTCTTGAGCGTCTTTGGGGATGAGTTGTTTCCTGCTACTTAAT
TTTTTGTTTAGCTACTTATGTGTGTAATATCGTCTACCTAAATATCATAATTGCTGTTCG
TACTGT
TT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3EE09JQ 723 0 0
AAGGATGCGAAGGGAAATGATGTTGATCTAAGCACTTACAAGGGGAAGGTTCTCTTGATT
GTAAACGTTGCTTCTCAGTGTGGTTTGACCAATTCGAACTATACCGAGCTTGCACAGCTG
TACCAGAAGTACAAAGATCATGGGTTTGAGATCCTTGCGTTCCCCTGTAACCAGTTTGGG
AATCAAGAACCTGGTTCTAATGAAGAGATTGTCCAGTTTGCTTGTACCCGTTTCAAGGCC
GAGTACCCGATCTTTGACAAGGTTGATGTGAATGGTGACACGGCTGCTCCAATCTATAAG
TTCCTGAAATCAAGCAAAGGTGGGCTCTTTGGAGACGGAATCAAGTGGAACTTCGCCAAG
TTCTTGGTTGACAAAGATGGGAATGTTGTGGACCGTTACGCCCC*AACTACTTCCCCTCT
CAGCATTGAGAAGGACCTGAAGAAACTGTTGGG*AGTTACTGCTTAAGCAACGAAGAGGC
GCTAGTACTCAAATAAAAGCTCCTACAGTATTGTAATAAGCTGTCTATGTTCTTGAGCGT
CTTTGGG*ATGAGTTGTTTCCTGCTACTTAATTTTTTGTTTAGCTACTTATGTGTGTAAT
ATCGTCTACCTAAATATCATAATTGCTGTTCGTACTGTTTTTTGCCTGTTTCCATGAACC
ATGGGGAGGAGAAAGCTAGCGACGGCGTAATATGGTATTTTATAAATTTAGAGTTGAAAG
TC
G

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3A642TF 345 0 0
G
CCGTTACGCCCC*AACTACTTCCCCTCTCAGCATTGAGAAGGACCTGAAGAAACTGTTGG
G*AGTTACTGCTTAAGCAACGAAGAGGCACTAGTACTCAAATAAAAGCTCCTACAGTATT
GTAATAAGCTGTCTATGTTCTTGAGCGTCTTTGGG*ATGAGTTGTTTCCTGCTATTTAAT
TTTTCGTTTAGCTACTTATGTGTGTAATATCGTCTACCTAAATATCATAATTGCTGTTCG
TACTGTTTTTTGCCTGTTTCCATGAACCATGGGGAGGAGAAAGCTAGCGACGGCGTAATA
TGGTATTTTATAAATTTAGAGTTGAAAGTCAAATAATTTTAATT

QA 2 345 2 345
DS 



AS 2 11

CO CL263Contig1 738 3 10 U
GGAAAATAGAATTCGATTTTCGAGTGACGAGAAGCAAAAAGAGAGAAATGGGAAGGTCAC
TAATTGTCTCGGGAAGCATGTCAATGAGAATCACTCACTTGCCCAGATCATCATCTCTCC
CTCTGACAAACCCATTTTCATTCCGGACACTAGTAACCAGAAATTTCGGACATGGGTTGT
GTTCGAGGATTTCGTCGTCTAACAGCTTCAAGTCGTCCACGACGAATCTCCGGACAAAAG
CTGCTGTGTCTAATGAAGTTTCTGATCAGAAGCATTATCCTAGAATCGGCGCTAAAACCA
CCGGACCTATATCTCCCGCGCATCTCCTCCAAGTCGTCGAAGCCGCCGCTAAAACCGGCG
CAGAGGTGGTAATGGAAGCTGTAAACAAGCCAAGGAATATCACTTATAAAGGCCTTAGTG
ACTTGGTAACTGATACTGATAAAGCAAGCGAGGCTGCTATTTTGGAGGTAGTGAAAAAGA
ATTTCAGTGATCATCTTATCCTTGGTGAGGAAGGTGGTATCATCGGCGATTCTTCTTCTG
ATTACCTCTGGTGCATCGATCCTCTAGATGGAACAACCAATTTTGCTCATGGATATCCCA
GTTTTGCTGTTTCTGTTGGTGTTCTCTATCGTGGCAATCCCGCTGCTGCTTCTGTGGTAG
AGTTTGTTGGTGGTCCAATGTGCTGGAACACTCGAACTTTTTCTGCTACTGCAGCGGTGG
AGCTTTGTGCAACGGGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP74TF U 1
AF RR3CR86TF U 43
AF RR3D188TF U 20
BS 1 139 RR3AP74TF
BS 140 140 RR3D188TF
BS 141 434 RR3AP74TF
BS 435 435 RR3D188TF
BS 436 450 RR3AP74TF
BS 451 451 RR3D188TF
BS 452 679 RR3AP74TF
BS 680 680 RR3D188TF
BS 681 711 RR3AP74TF
BS 712 738 RR3D188TF

RD RR3AP74TF 712 0 0
GGAAAATAGAATTCGATTTTCGAGTGACGAGAAGCAAAAAGAGAGAAATGGGAAGGTCAC
TAATTGTCTCGGGAAGCATGTCAATGAGAATCACTCACTTGCCCAGATCATCATCTCTCC
CTCTGACAAACCCATTTTCGTTCCGGACACTAGTAACCAGAAATTTCGGACATGGGTTGT
GTTCGAGGATTTCGTCGTCTAACAGCTTCAAGTCGTCCACGACGAATCTCCGGACAAAAG
CTGCTGTGTCTAATGAAGTTTCTGATCAGAAGCATTATCCTAGAATCGGCGCTAAAACCA
CCGGACCTATATCTCCCGCGCATCTCCTCCAAGTCGTCGAAGCCGCCGCTAAAACCGGCG
CAGAGGTGGTAATGGAAGCTGTAAACAAGCCAAGGAATATCACTTATAAAGGCCTTAGTG
ACTTGGTAACTGATGCTGATAAAGCAAGCGGGGCTGCTATTTTGGAGGTAGTGAAAAAGA
ATTTCAGTGATCATCTTATCCTTGGTGAGGAAGGTGGTATCATCGGCGATTCTTCTTCTG
ATTACCTCTGGTGCATCGATCCTCTAGATGGAACAACCAATTTTGCTCATGGATATCCCA
GTTTTGCTGTTTCTGTTGGTGTTCTCTATCGTGGCAATCCCGCTGCTGCTTCTGTGGTAG
AGTTTGTTGGTGGTCCAATATGCTGGAACACTCGAACTTTTTCTGCTACTG
T

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3CR86TF 668 0 0
GG
GAAATGGGAAGGTCACTAATTGTCTCGGGAAGCATGTCAATGAGAATCACTCACTTGCCC
AGATCATCATCTCTCCCTCTGACAAACCCATTTTCATTCCGGACACTAGTAACCAGAAAT
TTCGGACATGGGTTGTGTTCGAGGATTTCGTCGTCTAACAGCTTCAAGTCGTCCACGACG
AATCTCCGGACAAAAGCTGCTGTGTCTAATGAAGTTTCTGATCAGAAGCATTATCCTAGA
ATCGGCGCTAAAACCACCGGACCTATATCTCCCGCGCATCTCCTCCAAGTCGTCGAAGCC
GCCGCTAAAACCGGCGCAGAGGTGGTAATGGAAGCTGTAAACAAGCCAAGGAATATCACT
TATAAAGGCCTTAGTGACTTGGTAACTGATACTGATAAAGCAAGCGAGGCTGCTATTTTG
GAGGTAGTGAAAAAGAATTTCAGTGATCATCTTATCCTTGGTGAGGAAGGTGGTATCATC
GGCGATTCTTCTTCTGATTACCTCTGGTGCATCGATCCTCTAGATGGAACAACCAATTTT
GCTCATGGATATCCCAGTTTTGCTGTTTCTGTTGGTGTTCTCTATTGTGGCAATCCCGCT
GCTGCTTCTGTGGTAGAGTTTGTTGGTGGTCCAATGTGCTGGAACACTCGAACTTTTTCT
GCTACT

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR3D188TF 719 0 0
TCGAGTGACGAGAAGCAAAAAGAGAGAAATGGGAAGGTCACTAATTGTCTCGGGAAGCAT
GTCAATGAGAATCACTCACTTGCCCAGATCATCATCTCTCCCTCTGACAAACCCATTTTC
ATTCCGGACACTAGTAACCAGAAATTTCGGACATGGGTTGTGTTCGAGGATTTCGTCGTC
TAACAGCTTCAAGTCGTCCACGACGAATCTCCGGACAAAAGCTGCTGTGTCTAATGAAGT
TTCTGATCAGAAGCATTATCCTAGAATCGGCGCTAAAACCACCGGACCTATATCTCCCGC
GCATCTCCTCCAAGTCGTCGAAGCCGCCGCTAAAACCGGCGCAGAGGTGGTAATGGAAGC
TGTAAACAAGCCAAGGAATATCACTTATAAAGGCCTTAGTGACTTGGTAACTGATACTGA
TAAAGCAAGCGAGGCTGCTATTTTGGAGGTAGTGAAAAAGAATTTCAGTGATCATCTTAT
CCTTGGTGAGGAAGGTGGTATCATCGGCGATTCTTCTTCTGATTACCTCTGGTGCATCGA
TCCTCTAGATGGAACAACCAATTTTGCTCATGGATATCCCAGTTTTGCTGTTTCTGTTGG
TGTTCTCTATCGTGGCAATCCCGCTGCTGCTTCTGTGGTAGAGTTTGTTGGTGGTCCAAT
GTGCTGGAACACTCGAACTTTTTCTGCTACTGCAGCGGTGGAGCTTTGTGCAACGGGCA

QA 1 719 1 719
DS 



CO CL263Contig2 1786 8 28 U
GGACCAAAGCAATGTCATCACAAAAGAGTTGGCATTACAAAGCAGACTCCAAGATGGAAC
TTGATACCAATAGAAAAGCATGGATTTTACAACCGAGTGGTCTTAACTTCGTTTGGGGAG
GTGACTCAAGATATTGGTTTACCCCTAACGAACCAGGGGTGCCTGCTGAGCTGAAGATGG
TGAGTTGGTTAGAAGTAACCGGTTCATTCGAGAGGACTGAACCCGGGAAAACATACAAAA
TCGGTTTCAAAATCTCGTTTAAACCGGATGCTACCGGTTGGGACGGAGCCCCACTCGTCA
TGTCTGCTAAACCCGGAAGGAAAGGCAAGACGGTGTGGAAAAAAATCAAATCTGTTAACC
AGAACAAAGCCGGGTCCGAACCGGTCAATATACCTGACGAAACTGATGGCCGGTTCGAAA
TCTCGGTTAGTCCCACAGCGGATAACCAAGACACCAAGCTTCAGTTTGGTCTCTATGAGG
TGTGGACCGGAAGATGGAAGACCGGTTTGTTGATCCATGAAGCCTTTATTCAAGAAGTGT
AAGAGGACATAATCATACAAATCTTATTGTAACTCAAATTCCCACCGATTATTCATACAA
TAATGTAACTCAAAAGAGATAAGCCATAAAGCAATAATATGATACCTTTCTTGAACAAAC
AGTTCAAAAGACAAAAGAGACTTAAAGTTCTGTATGATAATCTTGAGGCTTAAACCATAA
GGAGAAATCGATTCCTTTCGTCTTCAAATTCTCAGTAGCTGGTGCGATTCTATCCAGAAG
CTTGGAATGAAGAAGGCCGTTGGACACCAAAACAGACCTATCGAACACGGTAAACTTCCC
TCCATCCATACGAGTCACAGCTCCTCCAGCTTCCTCAACTATAAGAACACCAGCAGCCAT
GTCCCATGGCTTTAAACGGTACTCCCAGTAAGATTCGGCAATCCCGAGAGCGACGTGACA
CATGTCAACCGCTGCAGCACCGAGCCTTCGCACTCCTCGGCTCACATCGGTGAACTCTTT
GAACAACTCCATGTTAGTACTCCACGCATCATCATGTTCATATCCAAACCCTGTGATAAG
AAGTGCTCTCTCCACAGCATCGGTGTTACTGACATGAATTTTCTGCCCGTTACACAAAGC
TCCACCGCCTGCAGTAGCAGAAAAAGTTCGAGTGTTCCAGCACATTGGACCACCAACAAA
CTCAACCACAGAAGCAGCAGCGGGATTGCCACGATAGAGAACACCAACAGAGACAGCAAA
ACTGGGATATCCATGAGCAAAATTGGTTGTTCCATCTAGAGGATCGATGCACCAGAGGTA
ATCAGAAGAAGAATCGCCGATAATACCACCTTCCTCACCAAGGATAAGATGATCACTGAA
ATTCTTTTTAACTACCTCCAAAATAGCAGCCTCGCTTGCTTTATCAGTATCAGTTACAAA
GTCACTAAGGCCTTTATAAGTGATATTCCTTGGCTTGTTTACAGCTTCCATTACCACCTC
TGCGCCGGTTTTAGCGGCGGCTTCGACGACTTGGAGGAGATGCGCCGGCGATATAGGTCC
GGTGGTTTTAGCGCCGATTCTAGGATAATGCTTCTGATCAGAAACTTCAGACACAGCAGC
TTTTGTCCGGAGAGTCGTCGTGGTTGACTTGAAGCTGTTAGACGAAATCCTCGAACACAA
CCCATGTCGGAAATTTCTGGTTACTACTGTCCGAAATGAAAACGGGTTTGTCAGAGGGAG
AGATGATGATCTGGGCAAGTGAGTGATTCTCATCGACATGCTTCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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T

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QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 11

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TCCCTCTCATGCCCATCTCCTTCTTCTTCCTCCAAAACCCTCAGGTCCTCGAAAGCCACA
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BS 1797 1797 RR3B745JQ
BS 1798 1903 RR3CG03TF
BS 1904 1904 RR3B745JQ
BS 1905 1928 RR3CG03TF
BS 1929 1930 RR3B745JQ
BS 1931 1934 RR3AR87JQ

RD RR3H949TF 273 0 0
G
CGGTTCCCTCTCGTCTGCTTCAAAGTCTCTGGGGTCCCTCACTGCCACCGCCGCGGGAAA
TGGTATCGGATCTTCCTTATCCGCGCGAATGGTTGCGTCCTCTGCGGTCAGAGCACCTAT
GTCTCTCGATTTCGAGACGTCTGTGTTCAAAAAGGAGAAAGTGTCTCTTGCTGGTCACGA
AGAGTACATTGTGAGGGGAGGAAGGGACTTGTTCAAGCATCTTCCTGATGCTTTCAAAGG
GATTAAGCAGATTGGTGTCATTGGCTGGGGTT

QA 2 273 2 273
DS 

RD RR3DC39TF 767 0 0
GCAGCGCAGACATTATTACTGAGACTCAAAATGGCGGCTGCGACTTCATCCATCGCTCCT
TCCCTCTCATGCCCATCTCCTTCTTCTTCCTCCAAAACCCTCAGGTCCTCGAAAGCCACA
ACCTTTGCTTTCCCCAACATCGGTTCCCTCTCGTCTGCTTCAAAGTCTCTGAGGTCCCTC
ACTGCCACCGCCGCGGGAAATGGTATCGGATCTTCCTTATCCGCGCGAATGGTTGCGTCC
TCTGCGGTCAGAGCACCTATGTCTCTCGATTTCGAGACGTCTGTGTTCAAAAAGGAGAAA
GTGTCTCTTGCTGGTCACGAAGAGTACATTGTGAGGGGAGGAAGGGACTTGTTCAAGCAT
CTTCCTGATGCTTTCAAAGGGATTAAGCAGATTGGTGTCATTGGCTGGGGTTCTCAGGGA
CCTGCTCAAGCTCAGAATTTAAGGGATTCGCTTGTGGAGGCAAATTCTGACATTGTTGTT
AAGATTGGGCTTAGAAAGGGCTCTCGCTCATTTGAGGAGGCACGCGCTGTTGGCTTCACC
GAAGAAAGTGGTACTCTTGGTGATATATGGGAAACTATCTCTGGCAGCGGTCTTGTGCTT
CTTTTGATCTCTGATGCTGCTCACGCTGATAACTATGAGAAAATATTCTCTCACATGAAG
CCAAACAGCATTCTCGGTT*GTCACACGGGTTTCTACTGGGGCATTTACAGTCTATGGGA
CTTGATTTCCCAAAGAACATCAGTGTGGTAGCTGTTTGCC
TAAGGAA

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3B745TF 771 0 0
GATAC
GGGAAACTACCTCTGGCAGCGATCTTGTGCTTCTTTTGATCTCTGATGCTGCTCAGGCTG
ATAACTATGAGAAAATATTCCCTCACATGAAGCCAAACAGCATTTTCGGTTTGTCACACG
GGTTTCTACTGGGGCATTTACAGTCTATGGGACTTGATTTCCCAAAGAACATCAGTGTGG
TAGCTGTTTGCCCTAAGGGAATGGGTCCATCTGTGAGAAGGCTTTATGTCCAAGGAAAAG
AAATTAACGGTGCTGGAATCAACGCCAGTTTTGCAGTCCATCAGGATGTTGACGGTAGAG
CCGCTGATGTTGCTCTGGGATGGTCAGTAGCACTTGGTTCTCCTTTTACTTTTGCTACTA
CTCTTGAGCAAGAGTACAAGAGTGACATCTTTGGAGAAAGAGGCATTTTGCTTGGTGCTG
TTCACGGAATCGTGGAGTCTCTGTTCAGAAGGTACACCGAAAATGGAATGAGTGAAGACT
TGGCTTACAAGAACACCGTAGAGTGCGTCACAGGAAACATCTCAAGGACTATCTCTACCC
AGGGAATGTTGGCTGTCTACAACTCCTTGTCTGAAGAAGGCAAAAAGGACTTCGAGACTG
CATACAGTGCATCCTTCTACCCTTGTATGGAGATCCTCTACGAATGTTACAAGGATGTAG
CAGCTGGCAGCGAAATCAGGAGCGTTGTCTTAGCCGGTCGTCGCCTCTACGATAAAGAGG
GCTTACCTGCATTCCCAATGGGAAAGATTGATCAGACA
GAATGTGG

QA 6 763 6 763
DS 

RD RR3AR87TF 671 0 0
G
ACACGGGTTTCTACTGGGGCATTTACAGTCTATGGGACTTGATTTCCCAAAGAACATCAG
TGTGGTAGCTGTTTGCCCTAAGGGAATGGGTCCATCTGTGAGAAGGCTTTATGTCCAAGG
AAAAGAAATTAACGGTGCTGGAATCAACGCCAGTTTTGCAGTCCATCAGGATGTTGACGG
TAGAGCCGCTGATGTTGCTCTGGGATGGTCAGTAGCACTTGGTTCTCCTTTTACTTTTGC
TACTACTCTTGAGCAAGAGTACAAGAGTGACATCTTTGGAGAAAGAGGCATTTTGCTTGG
TGCTGTTCACGGAATCGTGGAGTCTCTGTTCAGAAGGTACACCGAAAATGGAATGAGTGA
AGACTTGGCTTACAAGAACACCGTAGAGTGCATCACAGGAAACATCTCAAGGACTATCTC
TACCCAGGGAATGTTGGCTGTCTACGACTCCTTGTCTGAAGAAGGCAAAAAGGACTTCGA
GACTGCATACAGTGCATCCTTCTACCCTTGTATGGAGATCCTCTACGAATGTTACGAGGA
TGTAGCAGCTGGCAGCGAAATCAGGAGCGTTGTCTTAGCCGGTCGTCGCTTCTACGATAA
GGAGGGCTTACCTGCATTCCCAATGGGAAAGATTGATCAGACAAGAATGTGGAAAGTCAG
TGAACGCGTC

QA 2 671 2 671
DS 

RD RR3FJ84TF 751 0 0
GTGCTGGAATCAACGCCAGTTTTGCAGTCCATCAGGATGTTGACGGTAAAGCCGCTGATG
TTGCTCTGGGATGGTCAGTAGCACTTGGTTCTCCTTTTACTTTTGCTACTACTCTTGAGC
AAGAGTACAAGAGTGACATCTTTGGAGAAAGAGGCATTTTGCTTGGTGCTGTTCACGGAA
TCGTGGAGTCTCTGTTCAGAAGGTACACCGAAAATGGAATGAGTGAAGACTTGGCTTACA
AGAACACCGTAGAGTGCATCACAGGAAACATCTCAAGGACTATCTCTACCCAGGGAATGT
TGGCTGTCTACAACTCCTTGTCTGAAGAAGGCAAAAAGGACTTCGAGACTGCATACAGTG
CATCCTTCTACCCTTGTATGGAGATCCTCTACGAATGTTACGAGGATGTAGCAGCTGGCA
GCGAAATCAGGAGCGTTGTCTTAGCCGGTCGTCGCTTCTACGATAAGGAGGGCTTACCTG
CATTCCCAATGGGAAAGATTGATCAGACAAGAATGTGGAAGGTCGGTGAACGCGTCAGGA
AGTCCAGACCAGCTGGTGACTTGGGTCCCTTGTATCCCTTCACCGCTGGAGTTTACGTTG
CTCTTATGATGGCTCAGATTGAGATCTTGAGGAAGAAGGGTCACTCCTACTCGGAGATCA
TCAACGAGAGTGTGATTGAGTCTGTTGATTCTCTGAACCCGTTTATGCACGCTAGAGGAG
TGTCCTTCATGGTGGACAACTGCTCGACCAC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3B745JQ 864 0 0
GAGTGCGTCACAGGAAACATCTCAAGGACTATCTCTACCCAGGGAATGTTGGCTGTCTAC
AACTCCTTGTCTGAAGAAGGCAAAAAGGACTTCGAGACTGCATACAGTGCATCCTTCTAC
CCTTGTATGGAGATCCTCTACGAATGTTACAAGGATGTAGCAGCTGGCAGCGAAATCAGG
AGCGTTGTCTTAGCCGGTCGTCGCCTCTACGATAAGGAGGGCTTACCTGCATTCCCAATG
GGAAAGATTGATCAGACAAGAATGTGGAAGGTCGGTGAACGCGTCAGGAAGTCCAGACCA
GCTGGTGACTTGGGTCCCTTGTATCCCTTCACCGCTGGAGTTTACGTTGCTCTTATGATG
GCTCAGATTGAGATCTTGAGGAAGAAGGGTCACTCCTACTCGGAGATCATCAACGAGAGT
GTGATTGAGTCTGTTGATTCTCTGAACCCGTTTATGCACGCTAGAGGAGTGTCCTTCATG
GTGGACAACTGCTCGACCACAGCAAGATTGGGATCGAGGAAATGGGCACCACGGTTCGAC
TACAACCTGACACAACAAGCTTTGGTGGCTGTGGACAATGCTGCACCAATCAACAAAGAC
TTGATCAGCAACTTCTTCGCTGATCCAGTCCATGGTGCTATCCAGGTCTGTGCGGAGCTC
AGGCCCACCGTGGATATCTCAGTGCCTCAAGATGCAGATTTTGTTCGACCAGAGCTGCGT
CAGTCCAACTGAGTGAAGGGGTTTGAGATGTTATCAGTCTCTTTCAATGTAATCGTGTTT
TGAAGAAAGACACTTGGAAGTTGTAGGCGTGAGTGAATGTTTTTGTTTGGACTACTTGGA
ATAATAATATGATGTTTCTTTG
CC

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR3CG03JQ 371 0 0
GG
CACAGCAAGATTGGGATCGAGGAAATGGGCACCACGGTTCGACTACAACCTGACACAACA
AGCTTTGGTGGCTGTGGACAATGCTGCACCAATCAACAAAGACTTGATCAGCAACTTTTT
CGCTGATCCAGTCCATGGTGCTATCCAGGTCTGTGCGGAGCTCAGGCCCACCGTGGATAT
CTCAGTGCCTCAAGATGCAGATTTTGTTCGACCAGAGCTGCGTCAGTCCAATTGAGTGAA
GGGGTTTGAGATGTTATCAGTCTCTTTCAATGTAATCGTGTTTTGAAGAAAGACACTTGG
AAGTTGTAGGCGTGAGTGAATGTTTTTGTTTGGACTACATGGAATAATAATATGATGTTT
CTT
GTCTCC

QA 3 365 3 365
DS 

RD RR3CG03TF 371 0 0
GG
CACAGCAAGATTGGGATCGAGGAAATGGGCACCACGGTTCGACTACAACCTGACACAACA
AGCTTTGGTGGCTGTGGACAATGCTGCACCAATCAACAAAGACTTGATCAGCAACTTCTT
CGCTGATCCAGTCCATGGTGCTATCCAGGTCTGTGCGGAGCTCAGGCCCACCGTGGATAT
CTCAGTGCCTCAAGATGCAGATTTTGTTCGACCAGAGCTGCGTCAGTCCAATTGAGTGAA
GGGGTTTGAGATGTTATCAGTCTCTTTCAATGTAATCGTGTTTTGAAGAAAGACACTTGG
AAGTTGTAGGCGTGAGTGAATGTTTTTGTTTGGACTACATGGAATAATAATATGATGTTT
CTT
GTCTCC

QA 3 365 3 365
DS 

RD RR3FJ84JQ 821 0 0
AATGTTGGCTGTCTACAACTC*TTGTCTGAAGAAGGCAAAA*GGACTTCGAGACTGCATA
CAGTGCATC*TTCTACCCTTGTATGGAGATCCTCTACGAATGTTACGAGGATGTAGCAGC
TGGCAGCGAAATCAGGAGCGTTGTCTTAGCCGGTCGTCGCTTCTACGATAAGGAGGGCTT
ACCTGCATTCCCAATGGGAAAGATTGATCAGACAAGAATGTGGAAGGTCGGTGAACGCGT
CAGGAAGTCCAGACCAGCTGGTGACTTGGGTCCCTTGTATCCCTTCACCGCTGGAGTTTA
CGTTGCTCTTATGATGGCTCAGATTGAGATCTTGAGGAAGAAGGGTCACTCCTACTCGGA
GATCATCAACGAGAGTGTGATTGAGTCTGTTGATTCTCTGAACCCGTTTATGCACGCTAG
AGGAGTGTCCTTCATGGTGGACAACTGCTCGACCACAGCAAGATTGGGATCGAGGAAATG
GGCACCACGGTTCGACTACAACCTGACACAACAAGCTTTGGTGGCTGTGGACAATGCTGC
ACCAATCAACAAAGACTTGATCAGCAACTTCTTCGCTGATCCAGTCCATGGTGCTATCCA
GGTCTGTGCGGAGCTCAGGCCCACCGTGGATATCTCAGTGCCTCAAGATGCAGATTTTGT
TCGACCAGAGCTGCGTCAGTCCAACTGAGTGAAGGGGTTTGAGATGTTATCAGTCTCTTT
CAATGTAATCGTGTTTTGAAGAAAGACACTTGGAAGTTGTAGGCGTGAGTGAATGTTTTT
GTTTGGACTACTTGGAATAATAATATGATGTTTCTTTG
TCC

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR3H949JQ 586 0 0
GCGTCAGGAAGTCCAGACCAGCTGGTGACTTGGGTCCCTTGTATCCCTTCACCGCTGGAG
TTTACGTTGCTTTTATGATGGCTCAGATTGAGATCTTGAGGAAGAAGGGTCACTCCTACT
CGGAGATCATCAACGAGAGTGTGATTGAGTCTGTTGATTCTCTGAACCCGTTTATGCACG
CTAGAGGAGTGTCCTTCATGGTGGACAACTGCTCGACCACAGCAAGATTGGGATCGAGGA
AATGGGCACCACGGTTCGACTACAACCTGACACAACAAGCTTTGGTGGCTGTGGACAATG
CTGCACCAATCAACAAAGACTTGATCAGCAACTTTTTCGCTGATCCAGTCCATGGTGCTA
TCCAGGTCTGTGCGGAGCTCAGGCCCCCCGTGGATATCTCAGTGCCTCAAGATGCAGATT
TTGTTCGACCAGAGCTGCGTCAGTCCAACTGAGTGAAGGGGTTTGAGATGTTATCAGTCT
CTTTCAATGTAATCGTGTTTAGAAGAAAGACACTTGGAAGTTGTAGGCGTGAGTGAATGT
TTTTGTTTGGACTACTTGGAATAATAATATGATGTTTCTTTG
TCCC

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3AR87JQ 105 0 0
TTTCAATGTAATCGTGTTTTGAAGAAAGACACTTGGAAGTTGTAGGCGGGAGTGAATGTT
TTTGTTTGGACTACTTGGAATAATAATATGATGTTTTTTTGTTTC

QA 1 105 1 105
DS 



AS 1 10

CO CL265Contig1 914 10 9 U
GGGAGTGAGAGTCTTGAGAAAATTATAGAGAGTTTCTTCTTCAATGGCGAACCTTCCCAC
CGTTCTCGTTACCGGCGCTAGTGGCAGAACAGGCCAGATTGTGTACAAGAAGCTGAAGGA
GAGGTCAGACAAGTTTGTGGCGAAGGGGTTAGTGAGAACTCCTGAAGGGAAAGAGAAGAT
TGGAGGAGAAGCTGATGTTTTCATTGGTGATATAACGGATGCTGATATCATTACCCCTGC
TGTTCAAGGGATCGATGCGCTTGTGATTCTCACTAGCGCTGTCCCCAAAATGAAACCTGG
TTTTGACCCCACTAAAGGTGGAAGACCTGAGTTCATCTTCGATGATGGACAGTACCCTGA
ACAGGTTGATTGGATTGGCCAGAAGAACCAAATAGATGCTGCCAAGGTTGCTGGTGTGAA
GCATATTGTCTTGGTTGGGTCCATGGGTGGAACAAATCCGGATCATCCTCTGAACAAACT
GGGAAATGGGAACATACTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAACAGTATCTTGCTGATTCTGG
AACTCCTTACACAATAATCAGAGCGGGAGGACTTCTAGACAAAGAAGGAGGTGCACGAGA
GCTCCTAGTTGGTAAAGATGACGAGCTTCTTCAAACAGACACTAAAACCGTCCCCAGGGC
TGATGTTGCTGAAGTCTGCATTCAGGCATTGCTGTTCGAGGAAGCAAAGAATAAAGCTTT
TGATCTGGACTCAAAGCCAGAGGGAACGAGTTCTCCTACTAAAGACTTTAAGGCTCTCTT
CTCTCAAGTCACCGCTCGTTTTTAAAAGCTTTTATCTTCTTTGAATCATTTGGGATGTAA
TGTACCAAACCAGTTAAAATAAAATATCCGGGCACACTATGAGTAGAATCAATAAGATAA
GGGTTGATCTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 20 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3DM35TF U 1
AF RR3CO58TF U 11
AF RR3BY90TF U 1
AF RR3BT74TF U 8
AF RR3BT74JQ C 539
AF RR3A552TF U 190
AF RR3HA27TF U 1
AF RR3CL49TF U 22
AF RR3HA27JQ C 170
AF RR3CL49JQ C 207
BS 1 680 RR3BY90TF
BS 681 684 RR3HA27TF
BS 685 685 RR3HA27JQ
BS 686 707 RR3HA27TF
BS 708 708 RR3CL49TF
BS 709 728 RR3HA27TF
BS 729 880 RR3HA27JQ
BS 881 881 RR3CL49JQ
BS 882 914 RR3HA27JQ

RD RR3DM35TF 591 0 0
GGGAGTGA
GAGTCTTGAGAAAATTATAGAGAGTTTCTTCTTCAATGGCGAACCTTCCCACCGTTCTCG
TTACCGGCGCTAGTGGCAGAACAGGCCAGATTGTGTACAAGAAGCTGAAGGAGAGGTCAG
ACAAGTTTGTGGCGAAGGGGTTAGTGAGAACTCCTGAAGGGAAAGAGAAGATTGGAGGAG
AAGCTGATGTTTTCATTGGTGATATAACGGATGCTGATATCATTACCCCTGCTGTTCAAG
GGATCGATGCGCTTGTGATTCTCACTAGCGCTGTCCCCAAAATGAAACCTGGTTTTGACC
CCACTAAAGGTGGAAGACCTGAGTTCATCTTCGATGATGGACAGTACCCTGAACAGGTTG
ATTGGATTGGCCAGAAGAACCAAATAGATGCTGCCAAGGTTGCTGGTGTGAAGCATATTG
TCTTGGTTGGGTCCATGGGTGGAACAAATCCGGATCATCCTCTGAACAAACTGGGAAATG
GGAACATACTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAACAGTATCTTGCTGATTCTGGAACTCCTT
ACACAATAATCAGAGCGGGAGGACTTCTAGACAAAGAA
AGAGT

QA 9 586 9 586
DS 

RD RR3CO58TF 576 0 0
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ACCGGCGCTAGTGGCAGAACAGGCCAGATTGTGTACAAGAAGCTGAAGGAGAGGTCAGAC
AAGTTTGTGGCGAAGGGGTTAGTGAGAACTCCTGAAGGGAAAGAGAAGATTGGAGGAGAA
GCTGATGTTTTCATTGGTGATATAACGGATGCTGATATCATTACCCCTGCTGTTCAAGGG
ATCGATGCGCTTGTGATTCTCACTAGCGCTGTCCCCAAAATGAAACCTGGTTTTGACCCC
ACTAAAGGTGGAAGACCTGAGTTCATCTTCGATGATGGACAGTACCCTGAACAGGTTGAT
TGGATTGGCCAGAAGAACCAAATAGATGCTGCCAAGGTTGCTGGTGTGAAGCATATTGTC
TTGGTTGGGTCCATGGGTGGAACAAATCCGGATCATCCTCTGAACAAACTGGGAAATGGG
AACATACTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAACAGTATCTTGCTGATTCTGGAACTCCTTAC
ACAATAATCAGAGCGGGAGGACTTCTAGACAAAGAA

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3BY90TF 680 0 0
GGGAGTGAGAGTCTTGAGAAAATTATAGAGAGTTTCTTCTTCAATGGCGAACCTTCCCAC
CGTTCTCGTTACCGGCGCTAGTGGCAGAACAGGCCAGATTGTGTACAAGAAGCTGAAGGA
GAGGTCAGACAAGTTTGTGGCGAAGGGGTTAGTGAGAACTCCTGAAGGGAAAGAGAAGAT
TGGAGGAGAAGCTGATGTTTTCATTGGTGATATAACGGATGCTGATATCATTACCCCTGC
TGTTCAAGGGATCGATGCGCTTGTGATTCTCACTAGCGCTGTCCCCAAAATGAAACCTGG
TTTTGACCCCACTAAAGGTGGAAGACCTGAGTTCATCTTCGATGATGGACAGTACCCTGA
ACAGGTTGATTGGATTGGCCAGAAGAACCAAATAGATGCTGCCAAGGTTGCTGGTGTGAA
GCATATTGTCTTGGTTGGGTCCATGGGTGGAACAAATCCGGATCATCCTCTGAACAAACT
GGGAAATGGGAACATACTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAACAGTATCTTGCTGATTCTGG
AACTCCTTACACAATAATCAGAGCGGGAGGACTTCTAGACAAAGAAGGAGGTGCACGAGA
GCTCCTAGTTGGTAAAGATGACGAGCTTCTTCAAACAGACACTAAAACCGTCCCCAGGGC
TGATGTTGCTGAAGTCTGCA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3BT74TF 677 0 0
G
GAGTCTTGAGAAAATTATAGAGAGTTTCTTCTTCAATGGCGAACCTTCCCACCGTTCTCG
TTACCGGCGCTAGTGGCAGAACAGGCCAGATTGTGTACAAGAAGCTGAAGGAGAGGTCAG
ACAAGTTTGTGGCGAAGGGGTTAGTGAGAACTCCTGAAGGGAAAGAGAAGATTGGAGGAG
AAGCTGATGTTTTCATTGGTGATATAACGGATGCTGATATCATTACCCCTGCTGTTCAAG
GGATCGATGCGCTTGTGATTCTCACTAGCGCTGTCCCCAAAATGAAACCTGGTTTTGACC
CCACTAAAGGTGGAAGACCTGAGTTCATCTTCGATGATGGACAGTACCCTGAACAGGTTG
ATTGGATTGGCCAGAAGAACCAAATAGATGCTGCCAAGGTTGCTGGTGTGAAGCATATTG
TCTTGGTTGGGTCCATGGGTGGAACAAATCCGGATCATCCTCTGAACAAACTGGGAAATG
GGAACATACTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAACAGTATCTTGCTGATTCTGGAACTCCTT
ACACAATAATCAGAGCGGGAGGACTTCTAGACAAAGAAGGAGGTGCACGAGAGCTCCTAG
TTGGTAAAGATGACGAGCTTCTTCAAACAGACACTAAAACCGTCCCCAGGGCTGATGTTG
CTGAAGTCTGCATTCA

QA 2 677 2 677
DS 

RD RR3BT74JQ 182 0 0
GGAACTCCTTACACAATAATCAGAGCGGGAGGACTTCTAGACAAAGAAGGAGGTGCACGA
GAGCTCCTAGTTGGTAAAGATGACGAGCTTCTTCAAACAGACACTAAAACCGTCCCCAGG
GCTGATGTTGCTGAAGTCTGCATTCAGGCATTGCTGTTCGAGGAAGCAAAGAATAAAGCT
TT

QA 1 182 1 182
DS 

RD RR3A552TF 495 0 0
AGCTGATGTTTTCATTGGTGATATAAGGGATGCTGATAGCATTACCCCTGCTGTTCAAGG
GATCGATGCGCTTGTGATTCTCACTAGCGCTGTCCCCAAAATGAAACCTGGTTTTGACCC
CACTAAAGGTGGAAGACCTGAGTTCATGTTCGATGATGGACAGTACCCTGAACAGGTTGA
TTGGATTGGCCAGAAGAACCAAATAGATGCTGCCAAGGTTGCTGGTGTTAAGCATATTGT
CTTGGTTGGGTCCATGGGTGGAACAAATCCGGATCATCCTTTGAACAAACTGGGAAATGG
GAACATACTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAACAGTACCTTGCTGATTCTGGAACTCCTTA
CACAATAATCAGAGCTGGGGGACTTCTAGACAAAGAAGGAGGTGCACGGGAGCTCCTAGT
TGGTAAAGATGACGAGCTTCTTCAAACTGACACTAAAACCGTCCCCAGGGCTGATGTTGC
TGAAGTCTGCATTCA

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3HA27TF 732 0 0
GGGAGTGA
GAGTCTTGAGAAAATTATAGAGAGTTTCTTCTTCAATGGCGAACCTTCCCACCGTTCTCG
TTACCGGCGCTAGTGGCAGAACAGGCCAGATTGTGTACAAGAAGCTGAAGGAGAGGTCAG
ACAAGTTTGTGGCGAAGGGGTTAGTGAGAACTCCTGAAGGGAAAGAGAAGATTGGAGGAG
AAGCTGATGTTTTCATTGGTGATATAACGGATGCTGATATCATTACCCCTGCTGTTCAAG
GGATCGATGCGCTTGTGATTCTCACTAGCGCTGTCCCCAAAATGAAACCTGGTTTTGACC
CCACTAAAGGTGGAAGACCTGAGTTCATCTTCGATGATGGACAGTACCCTGAACAGGTTG
ATTGGATTGGCCAGAAGAACCAAATAGATGCTGCCAAGGTTGCTGGTGTGAAGCATATTG
TCTTGGTTGGGTCCATGGGTGGAACAAATCCGGATCATCCTCTGAACAAACTGGGAAATG
GGAACATACTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAACAGTATCTTGCTGATTCTGGAACTCCTT
ACACAATAATCAGAGCGGGAGGACTTCTAGACAAAGAAGGAGGTGCACGAGAGCTCCTAG
TTGGTAAAGATGACGAGCTTCTTCAAACAGACACTAAAACCGTCCCCAGGGCTGATGTTG
CTGAAGTCTGCATTCACGCATTGCTGTTCGAGGAAGCAA*GAATAAAGCTTTTGATCTGG
ACTC

QA 9 728 9 728
DS 

RD RR3CL49TF 710 0 0
AGGGGAGAT
AGTTTCTTCTTCAATGGCGAACCTTCCCACCGTTCTCGTTACCGGCGCTAGTGGCAGAAC
AGGCCAGATTGTGTACAAGAAGCTGAAGGAGAGGTCAGACAAGTTTGTGGCGAAGGGGTT
AGTGAGAACTCCTGAAGGGAAAGAGAAGATTGGAGGAGAAGCTGATGTTTTCATTGGTGA
TATAACGGATGCTGATATCATTACCCCTGCTGTTCAAGGGATCGATGCGCTTGTGATTCT
CACTAGCGCTGTCCCCAAAATGAAACCTGGTTTTGACCCCACTAAAGGTGGAAGACCTGA
GTTCATCTTCGATGATGGACAGTACCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGCCAGAAGAACCA
AATAGATGCTGCCAAGGTTGCTGGTGTGAAGCATATTGTCTTGGTTGGGTCCATGGGTGG
AACAAATCCGGATCATCCTCTGAACAAACTGGGAAATGGGAACATACTGGTTTGGAAGAG
GAAAGCTGAACAGTATCTTGCTGATTCTGGAACTCCTTACACAATAATCAGAGCGGGAGG
ACTTCTAGACAAAGAAGGAGGTGCACGAGCGCTCCTAGTTGGTAAAGATGACGAGCTTCT
TCAAACAGACACTAAAACCGTCCCCAGGGCTGATGTTGCTGGAGTCTGCATTCATGCATT
GCTGTTCGAGGAAGCAAAGAATAAAGCTTTTGATCTGG
GCT

QA 10 707 10 707
DS 

RD RR3HA27JQ 745 0 0
AAAGAGAAGATTGGAGGAGAAGCTGATGTTTTCATTGGTGATATAACGGATGCTGATATC
ATTACCCCTGCTGTTCAAGGGATCGATGCGCTTGTGATTCTCACTAGCGCTGTCCCCAAA
ATGAAACCTGGTTTTGACCCCACTAAAGGTGGAAGACCTGAGTTCATCTTCGATGATGGA
CAGTACCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGCCAGAAGAACCAAATAGATGCTGCCAAGGTT
GCTGGTGTGAAGCATATTGTCTTGGTTGGGTCCATGGGTGGAACAAATCCGGATCATCCT
TTGAACAAACTGGGAAATGGGAACATACTGGTTTGGAAGAGGAAAGCTGAACAGTATCTT
GCTGATTCTGGAACTCCTTACACAATAATCAGAGCGGGAGGACTTCTAGACAAAGAAGGA
GGTGCACGAGAGCTCCTAGTTGGTAAAGATGACGAGCTTCTTCAAACAGACACTAAAACC
GTCCCCAGGGCTGATGTTGCTGAAGTCTGCATTCAGGCATTGCTGTTCGAGGAAGCAAAG
AATAAAGCTTTTGATCTGGACTCAAAGCCAGAGGGAACGAGTTCTCCTACTAAAGACTTT
AAGGCTCTCTTCTCTCAAGTCACCGCTCGTTTTTAAAAGCTTTTATCTTCTTTGAATCAT
TTGGGATGTAATGTACCAAACCAGTTAAAATAAAATATCCGGGCACACTATTAGTAGAAT
CAATAAGATAAGGGTTGATCTTTCG

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3CL49JQ 708 0 0
GTGATATAACGGATGCTGATATCATTACCCCTGCTGTTCAAGGGATCGATGCGCTTGTGA
TTCTCACTAGCGCTGTCCCCAAAATGAAACCTGGTTTTGACCCCACTAAAGGTGGAAGAC
CTGAGTTCATCTTCGATGATGGACAGTACCCTGAACAGGTTGATTGGATTGGCCAGAAGA
ACCAAATAGATGCTGCCAAGGTTGCTGGTGTGAAGCATATTGTCTTGGTTGGGTCCATGG
GTGGAACAAATCCGGATCATCCTCTGAACAAACTGGGAAATGGGAACATACTGGTTTGGA
AGAGGAAAGCTGAACAGTATCTTGCTGATTCTGGAACTCCTTACACAATAATCAGAGCGG
GAGGACTTCTAGACAAAGAAGGAGGTGCACGAGCGCTCCTAGTTGGTAAAGATGACGAGC
TTCTTCAAACAGACACTAAAACCGTCCCCAGGGCTGATGTTGCTGGAGTCTGCATTCAGG
CATTGCTGTTCGAGGAAGCAAAGAATAAAGCTTTTGATCTGGGCTCAAGGCCAGAGGGAA
CGAGTTCTCCTACTAAAGACTTTAAGGCTCTCTTCTCTCAAGTCACCGCTCGTTTTTAAA
AGCTTTTATCTTCTTTGAATCATTTGGGATGTAATGTACCAAACCAGTTAAAATAAAATA
TCCGGGCACACTATGAGTAGAATCAATAAGATAAGGGTTGATCTTTCG

QA 1 708 1 708
DS 



AS 2 9

CO CL266Contig1 629 3 3 U
GGATCCAACCAAATCCTCTCGAAGCAGAGTAACAACTAGCAAGAGGGAAGCCAAAAATAT
GACGACAATGGCGACGCAGGGGGCTTTTCTCCGATTACGAACGACCTCATCCTCAAAGTC
CGTCGCTAAGCCAACGGAGCTCGGGTTCCTCAGCTCCCAGCTCAGTGGCTTAAGAATCTC
GCATGCTCCCTCCGATGACGTCACCAACCGCATCTCCCTCCCTTCCTTTCCCGGTGCTCT
TCAGCCAATCGTCGCCCGGAGGATCTGTCCTTTTACTGGGAAGAAAGCAAACAGAGCAAA
CAAAGTCTCCTTCTCTAACCACAAGACCAAGAAGTTGCAGTTCGTCAACTTACAGTACAA
GAAGGTTTGGTGGGAAGCTGGCAAACGTTTCGTCAAGCTTCGTTTATCAACAAAGGCCTT
GAAGACCATTGAGAAGAACGGTCTCGACGCTGTTGCCAAGAAAGCTGGCATAGATCTTCG
CAAGAAATAGATATGATTTGATTGATATGCCATTTTCTTGCTGTTAATTTCTTTTCTTAA
TACATTTCCTTCAATGGAACGTTTATGAGTTTGAATCAGAACCTTCTTGAGCCAGTCAAG
AATTAGACAAAACTCGTTAAAAAAAAGAA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3DK57TF U 1
AF RR3AD28JQ C 1
AF RR3AD28TF U 1
BS 1 403 RR3DK57TF
BS 404 626 RR3AD28TF
BS 627 629 RR3AD28JQ

RD RR3DK57TF 403 0 0
GGATCCAACCAAATCCTCTCGAAGCAGAGTAACAACTAGCAAGAGGGAAGCCAAAAATAT
GACGACAATGGCGACGCAGGGGGCTTTTCTCCGATTACGAACGACCTCATCCTCAAAGTC
CGTCGCTAAGCCAACGGAGCTCGGGTTCCTCAGCTCCCAGCTCAGTGGCTTAAGAATCTC
GCATGCTCCCTCCGATGACGTCACCAACCGCATCTCCCTCCCTTCCTTTCCCGGTGCTCT
TCAGCCAATCGTCGCCCGGAGGATCTGTCCTTTTACTGGGAAGAAAGCAAACAGAGCAAA
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GAAGGTTTGGTGGGAAGCTGGCAAACGTTTCGTCAAGCTTCGT

QA 1 403 1 403
DS 

RD RR3AD28JQ 629 0 0
GGATCCAACCAAATCCTCTCGAAGCAGAGTAACAACTAGCAAGAGGGAAGCCAAAAATAT
GACGACAATGGCGACGCAGGGGGCTTTTCTCCGATTACGAACGACCTCATCCTCAAAGTC
CGTCGCTAAGCCAACGGAGCTCGGGTTCCTCAGCTCCCAGCTCAGTGGCTTAAGAATCTC
GCATGCTCCCTCCGATGACGTCACCAACCGCATCTCCCTCCCTTCCTTTCCCGGTGCTCT
TCAGCCAATCGTCGCCCGGAGGATCTGTCCTTTTACTGGGAAGAAAGCAAACAGAGCAAA
CAAAGTCTCCTTCTCTAACCACAAGACCAAGAAGTTGCAGTTCGTCAACTTACAGTACAA
GAAGGTTTGGTGGGAAGCTGGCAAACGTTTCGTCAAGCTTCGTTTATCAACAAAGGCCTT
GAAGACCATTGAGAAGAACGGTCTCGACGCTGTTGCCAAGAAAGCTGGCATAGATCTTCG
CAAGAAATAGATATGATTTGATTGATATGCCATTTTCTTGCTGTTAATTTCTTTTCTTAA
TACATTTCCTTCAATGGAACGTTTATGAGTTTGAATCAGAACCTTCTTGAGCCAGTCAAG
AATTAGACAAAACTCGTTAAAAAAAAGAA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3AD28TF 629 0 0
GGATCCAACCAAATCCTCTCGAAGCAGAGTAACAACTAGCAAGAGGGAAGCCAAAAATAT
GACGACAATGGCGACGCAGGGGGCTTTTCTCCGATTACGAACGACCTCATCCTCAAAGTC
CGTCGCTAAGCCAACGGAGCTCGGGTTCCTCAGCTCCCAGCTCAGTGGCTTAAGAATCTC
GCATGCTCCCTCCGATGACGTCACCAACCGCATCTCCCTCCCTTCCTTTCCCGGTGCTCT
TCAGCCAATCGTCGCCCGGAGGATCTGTCCTTTTACTGGGAAGAAAGCAAACAGAGCAAA
CAAAGTCTCCTTCTCTAACCACAAGACCAAGAAGTTGCAGTTCGTCAACTTACAGTACAA
GAAGGTTTGGTGGGAAGCTGGCAAACGTTTCGTCAAGCTTCGTTTATCAACAAAGGCCTT
GAAGACCATTGAGAAGAACGGTCTCGACGCTGTTGCCAAGAAAGCTGGCATAGATCTTCG
CAAGAAATAGATATGATTTGATTGATATGCCATTTTCTTGCTGTTAATTTCTTTTCTTAA
TACATTTCCTTCAATGGAACGTTTATGAGTTTGAATCAGAACCTTCTTGAGCCAGTCAAG
AATTAGACAAAACTCGTTAAAAAAAA
GAA

QA 1 626 1 626
DS 



CO CL266Contig2 641 6 6 U
TTCTTTTTTTTTAACGAGTTTTGTCTAATTCTTGACTGGCTCAAGAAGGTTCTGATTCAA
ACTCATAAACGTTCCATTGAAGGAAATGTATTAAGAAAAGAAATTAACAGCAAGAAAATG
GCATATCAATCAAATCATATCTATTTCTTGCGAAGATCGATGCCAGCTTTCTTGGCAACA
GCGTCGAGACCATTCTTCTCAATGGTCTTCAAGGCCTTTGTTGATAAACGGAGCTTGACG
AAGCGTTTGCCAGCTTCCCACCAAACCTTCTTGTACTGTAAGTTGACGAACTGCAACTTC
TTGGTCTTGTGGTTAGAGAAGGACACTTTGTTGGCTCTGTTTGCTTTCTTCCCAGTAAAA
GGACAGATCCTCCGGGCGACGATTGGCTGAAGAGTACCGGGAAAGGAAGGGAGGGAGATG
CGGTTGATGACGTCATCGGAGGGACCATGCGAGATTCTTAAGCCACTGAGCTGGGAGCTG
AGGAACCCGAGCTCCGTTGGCTTAGAGACGGACTTTGAGGATGAGGTCGTTCGTAATCTC
AGAAAAGCCCCCTGCGTCGCCATTATTGTCGTCATTTTTTTTTTTTTGGCTTTCCCTCTT
GTTAGTTGTTAACTCTGCTTCGAGAGGATTTGGTTGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 

AF RR3FZ22JQ U 13
AF RR3CG16TF C 1
AF RR3CG16JQ U 13
AF RR3EN17JQ U 58
AF RR3EN17TF C 58
AF RR3FZ22TF C 28
BS 1 12 RR3CG16TF
BS 13 100 RR3CG16JQ
BS 101 101 RR3FZ22JQ
BS 102 270 RR3CG16JQ
BS 271 271 RR3FZ22JQ
BS 272 641 RR3CG16JQ

RD RR3FZ22JQ 491 0 0
AACGAGTTTTGTCTAATTCTTGACTGGCTCAAGAAGGTTCTGATTCAAACTCATAAACGT
TCCATTGAAGGAAATGTATTAAGAAAAGAAGTTAACAGCAAGAAAATGGCATATCAATCA
AATCATATCTATTTCTTGCGAAGATCGATGCCAGCTTTCTTGGCAACAGCGTCGAGACCA
TTCTTCTCAATGGTCTTCAAGGCCTTTGTTGATAAACGGAGCTTGACGAAGCGTTTGCCA
GCTTCCCACCAAACCTTCTTGTACTGTAAGTTGACGAACTGCAACTTCTTGGTCTTGTGG
TTAGAGAAGGACACCTTGTTGGCTCTGCTTGCTTTCTTCCCAGTAAAAGGACAGATCCTC
CGGGCGACGATTGGCTGAAGAGTACCGGGAAAGGAAGGGAGGGAGATGCGGTTGATGACG
TCATCGGAGGGACCATGCGAGATTCTTAAGCCACTGAGCTGGGAGCTGAGGAACCCGAGC
TCCGTTGGCTT

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR3CG16TF 641 0 0
TTCTTTTTTTTTAACGAGTTTTGTCTAATTCTTGACTGGCTCAAGAAGGTTCTGATTCAA
ACTCATAAACGTTCCATTGAAGGAAATGTATTAAGAAAAGGAATTAACAGCAAGAAAATG
GCATATCAATCAAATCATATCTATTTCTTGCGAAGATCGATGCCAGCTTTCTTGGCAACA
GCGTCGAGACCATTCTTCTCAATGGTCTTCAAGGCCTTTGTTGATAAACGGAGCTTGACG
AAGCGTTTGCCAGCTTCCCACCAAACCTTCCTGTACTGTAAGTTGACGAACTGCAACTTC
TTGGTCTTGTGGTTAGAGAAGGACACTTTGTTGGCTCTGTTTGCTTTCTTCCCAGTAAAA
GGACAGATCCTCCGGGCGACGATTGGCTGAAGAGTACCGGGAAAGGAAGGGAGGGAGATG
CGGTTGATGACGTCATCGGAGGGACCATGCGAGATTCTTAAGCCACTGAGCTGGGAGCTG
AGGAACCCGAGCTCCGTTGGCTTAGAGACGGACTTTGAGGATGAGGTCGTTCGTAATCTC
AGAAAAGCCCCCTGCGTCGCCATTATTGTCGTCATTTTTTTTTTTTTGGCTTTCCCTCTT
GTTAGTTGTTAACTCTGCTTCGAGAGGATTTGGTTGGATCC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3CG16JQ 629 0 0
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TCCATTGAAGGAAATGTATTAAGAAAAGGAATTAACAGCAAGAAAATGGCATATCAATCA
AATCATATCTATTTCTTGCGAAGATCGATGCCAGCTTTCTTGGCAACAGCGTCGAGACCA
TTCTTCTCAATGGTCTTCAAGGCCTTTGTTGATAAACGGAGCTTGACGAAGCGTTTGCCA
GCTTCCCACCAAACCTTCCTGTACTGTAAGTTGACGAACTGCAACTTCTTGGTCTTGTGG
TTAGAGAAGGACACTTTGTTGGCTCTGTTTGCTTTCTTCCCAGTAAAAGGACAGATCCTC
CGGGCGACGATTGGCTGAAGAGTACCGGGAAAGGAAGGGAGGGAGATGCGGTTGATGACG
TCATCGGAGGGACCATGCGAGATTCTTAAGCCACTGAGCTGGGAGCTGAGGAACCCGAGC
TCCGTTGGCTTAGAGACGGACTTTGAGGATGAGGTCGTTCGTAATCTCAGAAAAGCCCCC
TGCGTCGCCATTATTGTCGTCATTTTTTTTTTTTTGGCTTTCCCTCTTGTTAGTTGTTAA
CTCTGCTTCGAGAGGATTTGGTTGGATCC

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3EN17JQ 584 0 0
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ATGGCATATCAATCAAATCATATCTATTTCTTGCGAAGATCGATGCCAGCTTTCTTGGCA
ACAGCGTCGAGACCATTCTTCTCAATGGTCTTCAAGGCCTTTGTTGATAAACGGAGCTTG
ACGAAGCGTTTGCCAGCTTCCCACCAAACCTTCTTGTACTGTAAGTTGACGAACTGCAAC
TTCTTGGTCTTGTGGTTAGAGAAGGACACTTTGTTGGCTCTGTTTGCTTTCTTCCCAGTA
AAAGGACAGATCCTCAGGGCGACGATTGGCTGAAGAGTACCGGGAAAGGAAGGGAGGGAG
ATGCGGTTGATGACGTCATCGGAGGGACCATGAGAGATTCTTAAGCCACTGAGCTGGGAG
CTGAGGAACCCGAGCTCCGTTGGCTTAGAGACGGACTTTGAGGATGAGGTCGTTCGTAAT
CTCAGAAAAGCCCCCTGCGTCGCCATTATTGTCGTCATTTTTTTTTTTTTGGCTTTCCCT
CTTGTTAGTTGTTAACTCTGCTTCGAGAGGATTTGGTTGGATCC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3EN17TF 584 0 0
CAAACTCATAAACGTTCCATTGAAGGAAATGTATTAAGAAAAGAAATTAACAGCAAGAAA
ATGGCATATCAATCAAATCATATCTATTTCTTGCGAAGATCGATGCCAGCTTTCTTGGCA
ACAGCGTCGAGACCATTCTTCTCAATGGTCTTCAAGGCCTTTGTTGATAAACGGAGCTTG
ACGAAGCGTTTGCCAGCTTCCCACCAAACCTTCTTGTACTGTAAGTTGACGAACTGCAAC
TTCTTGGTCTTGTGGTTAGAGAAGGACACTTTGTTGGCTCTGTTTGCTTTCTTCCCAGTA
AAAGGACAGATCCTCAGGGCGACGATTGGCTGAAGAGTACCGGGAAAGGAAGGGAGGGAG
ATGCGGTTGATGACGTCATCGGAGGGACCATGAGAGATTCTTAAGCCACTGAGCTGGGAG
CTGAGGAACCCGAGCTCCGTTGGCTTAGAGACGGACTTTGAGGATGAGGTCGTTCGTAAT
CTCAGAAAAGCCCCCTGCGTCGCCATTATTGTCGTCATTTTTTTTTTTTTGGCTTTCCCT
CTTGTTAGTTGTTAACTCTGCTTCGAGAGGATTTGGTTGGATCC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3FZ22TF 614 0 0
ATTCTTGACTGGCTCAAGAAGGTTCTGATTCAAACTCATAAACGTTCCATTGAAGGAAAT
GTATTAAGAAAAGAAGTTAACAGCAAGAAAATGGCATATCAATCAAATCATATCTATTTC
TTGCGAAGATCGATGCCAGCTTTCTTGGCAACAGCGTCGAGACCATTCTTCTCAATGGTC
TTCAAGGCCTTTGTTGATAAACGGAGCTTGACGAAGCGTTTGCCAGCTTCCCACCAAACC
TTCTTGTACTGTAAGTTGACGAACTGCAACTTCTTGGTCTTGTGGTTAGAGAAGGACACC
TTGTTGGCTCTGCTTGCTTTCTTCCCAGTAAAAGGACAGATCCTCCGGGCGACGATTGGC
TGAAGAGTACCGGGAAAGGAAGGGAGGGAGATGCGGTTGATGACGTCATCGGAGGGACCA
TGCGAGATTCTTAAGCCACTGAGCTGGGAGCTGAGGAACCCGAGCTCCGTTGGCTTAGAG
ACGGACTTTGAGGATGAGGTCGTTCGTAATCTCAGAAAAGCCCCCTGCGTCGCCATTATT
GTCGTCATTTTTTTTTTTT*GGCTTTCCCTCTTGTTAGTTGTTAACTCTGCTTCGAGAGG
ATTTGGTTGGATCC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 3 7

CO CL267Contig1 815 3 18 U
GGAATCCTGTTCGAGGAGACTCTGTATCAGTCTACCACCGAAGGCAAGAAAATGGTCGAC
GTCCTCGTCGAGCAGAACATCGTCCCCGGTATCAAAGTCGACAAGGGTTTGGTGCCACTT
GTTGGCTCTAACAATGAGTCATGGTGCCAAGGACTCGATGGTCTATCCTCTCGAACCGCT
GCTTACTACCAACAGGGTGCTCGTTTCGCCAAATGGCGTACTGTCGTGAGCATTCCCAAC
GGTCCGTCTGCTCTCGCTGTGAAAGAAGCTGCCTGGGGACTTGCTCGATACGCTGCCATT
TCACAGGACAGTGGATTGGTTCCAATAGTGGAGCCAGAGATATTGTTGGACGGAGAACAC
GACATTGACAGGACTTACGAAGTGGCAGAGAAGGTTTGGGCTGAGGTTTTCTTTTACCTT
GCTCAGAACAATGTCATGTTTGAAGGTATCCTCCTGAAGCCGAGCATGGTGACTCCCGGA
GCCGAGTCTAAGGACAGAGCTACTCCTGAACAAGTTGCCTCCTACACCCTTAAGCTCCTC
CGCAACAGAATCCCTCCAGCCGTCCCTGGAATCATGTTCTTGTCCGGAGGACAGTCTGAG
TTGGAGGCAACGTTGAACCTGAACGCGATGAACCAGGCACCAAACCCGTGGCACGTGTCC
TTCTCCTACGCACGTGCTCTGCAGAACACTTGTCTGAAAACATGGGGAGGCAGAGCTGAG
AACGTGAACGCAGCTCAGACCACTCTCTTGGCTCGAGCCAAGCCAATTCATTGGCTCAGC
TCGGAAATACACCGGAGAAGTGAGTCTGAGAAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM95TF U 1
AF RR3BC26TF U 78
AF RR3D844TF U 87
BS 1 128 RR3FM95TF
BS 129 129 RR3BC26TF
BS 130 173 RR3FM95TF
BS 174 174 RR3BC26TF
BS 175 611 RR3FM95TF
BS 612 612 RR3BC26TF
BS 613 629 RR3FM95TF
BS 630 630 RR3BC26TF
BS 631 682 RR3FM95TF
BS 683 683 RR3BC26TF
BS 684 697 RR3FM95TF
BS 698 698 RR3BC26TF
BS 699 699 RR3FM95TF
BS 700 700 RR3BC26TF
BS 701 740 RR3FM95TF
BS 741 741 RR3BC26TF
BS 742 758 RR3FM95TF
BS 759 815 RR3D844TF

RD RR3FM95TF 758 0 0
GGAATCCTGTTCGAGGAGACTCTGTATCAGTCTACCACCGAAGGCAAGAAAATGGTCGAC
GTCCTCGTCGAGCAGAACATCGTCCCCGGTATCAAAGTCGACAAGGGTTTGGTGCCACTT
GTTGGCTCCAACAATGAGTCATGGTGCCAAGGACTCGATGGTCTATCCTCTCGTACCGCT
GCTTACTACCAACAGGGTGCTCGTTTCGCCAAATGGCGTACTGTCGTGAGCATTCCCAAC
GGTCCGTCTGCTCTCGCTGTGAAAGAAGCTGCCTGGGGACTTGCTCGATACGCTGCCATT
TCACAGGACAGTGGATTGGTTCCAATAGTGGAGCCAGAGATATTGTTGGACGGAGAACAC
GACATTGACAGGACTTACGAAGTGGCAGAGAAGGTTTGGGCTGAGGTTTTCTTTTACCTT
GCTCAGAACAATGTCATGTTTGAAGGTATCCTCCTGAAGCCGAGCATGGTGACTCCCGGA
GCCGAGTCTAAGGACAGAGCTACTCCTGAACAAGTTGCCTCCTACACCCTTAAGCTCCTC
CGCAACAGAATCCCTCCAGCCGTCCCTGGAATCATGTTCTTGTCCGGAGGACAGTCTGAG
TTGGAGGCAACTTTGAACCTGAACGCGATTAACCAGGCACCAAACCCGTGGCACGTGTCC
TTCTCCTACGCACGTGCTCTGCTGAACACTTGTCTGAGA*CATGGGGAGGCAGAGCTGAG
AACGTGAACGCAGCTCAGAC*ACTCTCTTGGCTCGAGC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3BC26TF 681 0 0
G
ATCGTCCCCGGTATCAAAGTCGACAAGGGTTTGGTGCCACTTGTTGGCTCTAACAATGAG
TCATGGTGCCAAGGACTCGATGGTCTATCCTCTCGAACCGCTGCTTACTACCAACAGGGT
GCTCGTTTCGCCAAATGGCGTACTGTTGTGGGCATTCCCAACGGTCCGTCTGCTCTCGCT
GTGAAAGAAGCTGCCTGGGGACTTGCTCGATACGCTGCCATTTCACAGGACAGTGGATTG
GTTCCAATAGTGGAGCCAGAGATATTGTTGGACGGAGAACACGACATTGACAGGACTTAC
GAAGTGGCAGAGAAGGTTTGGGCTGAGGTTTTCTTTTACCTTGCTCAGAACAATGTCATG
TTTGAAGGTATCCTCCTGAAGCCGAGCATGGTGACTCCCGGAGCCGAGTCTAAGGACAGA
GCTACTCCTGAACAAGTTGCCTCCTACACCCTTAAACTCCTCCGCAACAGAATCCCTCCA
GCCGTCCCTGGAATCATGTTCTTGTCCGGAGGACAGTCCGAGTTGGAGGCAACGTTGAAC
CTGAACGCGATGAACCAGGCACCAAACCCGTGGCACGTGTCCTTCTCCTACGCACGTGCT
CTACAGAACACTTGTCTGAAAACATGGGGAGGCAGAGCTGAGAACGTGAACGCAGCTCAG
ACCACTCTCTTGGCTCGAGC

QA 2 681 2 681
DS 

RD RR3D844TF 729 0 0
G
GGTATCAAAGTCGACAAGGGTTTGGTGCCACTAGTTGGCTCTAACAATGAGTCATGGTGC
CAAGGACTCGATGGTCTATCCTCTCGAACCGCTGCTTACTACCAACAGGGTGCTCGTTTC
GCCAAATGGCGTACTGTGGTGAGCATTCCCAACGGTCCGTCTGCTCTCGCTGTGAAAGAA
GCTGCTTGGGGACTTGCTCGATACGCTGCCATTTCACAGGACAGTGGATTGGTTCCAATA
GTGGAGCCAGAGATATTGTTGGACGGAGAACACGACATTGACAGGACTTACGAAGTAGCA
GAGAAGGTTTGGGCTGAGGTTTTCTTTTACCTTGCTCAGAACAATGTCATGTTTGAAGGT
ATCCTCCTGAAGCCAAGCATGGTGACTCCCGGAGCCGAGTCTAAGGACAGAGCTACTCCT
GAACAAGTTGCCTCCTACACCCTTAAGCTCCTCCGCAACAGAATCCCTCCAGCCGTCCCT
GGAATCATGTTCTTGTCCGGAGGACAGTCTGAGTTGGAGGCAACGTTGAACCTCAACGCG
ATGAACCAGGCACCAAACCCGTGGCACGTGTCCTTCTCCTACGCACGTGCTCTGCAGAAC
ACTTGTCTGAAAACATGGGGAGGCAGAGCTGAGAACGTGAACGCAGCTCAGACCACCCTC
TTGGCTCGAGCCAAGCCAATTCATTGGCTCAGCTCGGAAATACACCGGAGAAGTGAGTCT
GAGAAGCT

QA 2 729 2 729
DS 



CO CL267Contig2 252 2 3 U
GGCACTCTCTTGGCTCGAGCCAAGGCCAATTCATTGGCTCAGCTCGGAAAATACACCGGA
GAAGGTGAGTCTGATGGGGCTAAGGAGGGTATGTTCGTCAAAGACTACACCTACTGAAGA
CAACAATGTTGAAGAAGAGGTCAACGAAGCAAATGTTTTACCTACATTTGTTTTTTGAGT
TTGGTTGTGTTATTATCATATGTCAAAACACTTATATTTTCTATGCTTAAATTTGCATTA
GCTACTCCTCCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3FZ36JQ C 1
AF RR3FZ36TF U 1
BS 1 2 RR3FZ36JQ
BS 3 251 RR3FZ36TF
BS 252 252 RR3FZ36JQ

RD RR3FZ36JQ 252 0 0
GGCACTCTCTTGGCTCGAGCCAAGGCCAATTCATTGGCTCAGCTCGGAAAATACACCGGA
GAAGGTGAGTCTGATGGGGCTAAGGAGGGTATGTTCGTCAAAGACTACACCTACTGAAGA
CAACAATGTTGAAGAAGAGGTCAACGAAGCAAATGTTTTACCTACATTTGTTTTTTGAGT
TTGGTTGTGTTATTATCATATGTCAAAACACTTATATTTTCTATGCTTAAATTTGCATTA
GCTACTCCTCCC

QA 1 252 1 252
DS 

RD RR3FZ36TF 252 0 0
GG
CACTCTCTTGGCTCGAGCCAAGGCCAATTCATTGGCTCAGCTCGGAAAATACACCGGAGA
AGGTGAGTCTGATGGGGCTAAGGAGGGTATGTTCGTCAAAGACTACACCTACTGAAGACA
ACAATGTTGAAGAAGAGGTCAACGAAGCAAATGTTTTACCTACATTTGTTTTTTGAGTTT
GGTTGTGTTATTATCATATGTCAAAACACTTATATTTTCTATGCTTAAATTTGCATTAGC
TACTCCTCC
C

QA 3 251 3 251
DS 



CO CL267Contig3 569 2 2 U
GGGTGACTCCCGGAGCCGAGTCCAAAGACAGAGCTACTCCTGAACAAGTTGCCTCCTACA
CCCTTAAGCTCCTCCGCAACAGAATCCCTCCTGCCGTCCCTGGAATCATGTTCTTGCCCG
GAGGACAGTCTGAGTTGGAGGCAACTTTGAACCTGAACGCGATGAACCAGGCACCAAACC
CATGGCACGTGTCCTTCTCCTACGCACGTGCTCTCCAGAACACTTGTCTCAAAACATGGG
GAGGCAGAGCTGAGAACGTGAACGCAGCTCAGACCACTCTTTTGGCTCGTGCCAAGGCCA
ATTCGCTGGCTCAGCTCGGAAAATACACCGGAGAAGGCGAGTCTGAAGACGCTAAGGAGG
GTATGTTCGTCAAAGGCTACACCTACTGAAGACAACAACAATGTTGAAGAAGAAGAGATC
ATGATGCTGTGAAAGGAGACTGAAACAAATGTTTTGATGGCATTTGTTTTTTGCGTTTGG
TTGTTATTATCATGTCGAATCATTTACTTTCTCTACTAAATTTGTATTAGCTACTCCTTT
CAATAATAAAGCTTTAATATATTGAAGTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GL80JQ C 1
AF RR3GL80TF U 1
BS 1 1 RR3GL80JQ
BS 2 569 RR3GL80TF

RD RR3GL80JQ 569 0 0
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GAGGACAGTTTGAGTTGGAGGCAACTTTGAACCTGAACGCGATGAACCAGGCACCAAACC
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GAGGCAGAGCTGAGAACGTGAACGCAGCTCAGACCACTCTTTTGGCTCGTGCCAAGGCCA
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GTATGTTCGTCAAAGGCTACACCTACTGAAGACAACAACAATGTTGAAGAAGAAGAGATC
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TTGTTATTATCATGTCGAATCATTTACTTTCTTTACTAAATTTGTATTAGCTACTCCTTT
CAATAATAAAGCTTTAATATATTGAAGTT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3GL80TF 569 0 0
G
GGTGACTCCCGGAGCCGAGTCCAAAGACAGAGCTACTCCTGAACAAGTTGCCTCCTACAC
CCTTAAGCTCCTCCGCAACAGAATCCCTCCTGCCGTCCCTGGAATCATGTTCTTGCCCGG
AGGACAGTCTGAGTTGGAGGCAACTTTGAACCTGAACGCGATGAACCAGGCACCAAACCC
ATGGCACGTGTCCTTCTCCTACGCACGTGCTCTCCAGAACACTTGTCTCAAAACATGGGG
AGGCAGAGCTGAGAACGTGAACGCAGCTCAGACCACTCTTTTGGCTCGTGCCAAGGCCAA
TTCGCTGGCTCAGCTCGGAAAATACACCGGAGAAGGCGAGTCTGAAGACGCTAAGGAGGG
TATGTTCGTCAAAGGCTACACCTACTGAAGACAACAACAATGTTGAAGAAGAAGAGATCA
TGATGCTGTGAAAGGAGACTGAAACAAATGTTTTGATGGCATTTGTTTTTTGCGTTTGGT
TGTTATTATCATGTCGAATCATTTACTTTCTCTACTAAATTTGTATTAGCTACTCCTTTC
AATAATAAAGCTTTAATATATTGAAGTT

QA 2 569 2 569
DS 



AS 2 11

CO CL268Contig1 727 2 5 U
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AGTGTGTGTGCAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCATGATTTCACTGTAAAGGACATA
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GCTTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAA
TACAGGAACCAAGGATTTGAGATTTTAGCTTTCCCTTGCAATCAATTTGGAGGTCAAGAA
CCGGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCT
ATATTCGACAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACTGCTCCAATCTACCAGTTCTTGAAA
TCAAAGTCTGGTGGATTCTTGGGTGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAGAAATTCTTGGTT
GACAAAAAGGGCAACGTCTTCCAGAGATACCCTCCCACGACTTCGCCTTTACAAATTGAG
AAAGACATCCAGAAGTTGCTTGTGGCTTAAATATTAATCTACTACTATTCATAATGTGTG
TGTATAAGAGAGATTCGTAGTGTCTCAATAACCTGTTTACTGTCGGTATACCAAAAATTA
AGATAGACATGTATTATGTTACAGAAATGACATTATACGATTGGAAAATCAAATGAACAA
TTTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DP88TF U 83
AF RR3AA49JQ C 1
BS 1 83 RR3AA49JQ
BS 84 643 RR3DP88TF
BS 644 644 RR3AA49JQ
BS 645 698 RR3DP88TF
BS 699 727 RR3AA49JQ

RD RR3DP88TF 619 0 0
G
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ATCAAACTACACAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAATACAGGAACCAAGGATTTGAGAT
TTTAGCTTTCCCTTGCAATCAATTTGGAGGTCAAGAACCGGAATCAAACCCGGATATCAA
GCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTATATTCGACAAGGTTGATGTGAA
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TGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAGAAATTCTTGGTTGACAAAAAGGGCAACGTCTTCCA
GAGATACCCTCCCACGACTTCGCCTTTACAAATTGAGAAAGACATCCAGAAGTTGCTTGT
GGCTTAAATATTAATCTACTACTATTCATAATGTGTGTGTATAAGAGAGATTCGTAGTGT
CTCAATAACCTGTTTACTGTTGGTATACCAAAAATTAAGATAGACATGTATTATGTTACA
GAAATGACATTATAC
GAT

QA 2 616 2 616
DS 

RD RR3AA49JQ 727 0 0
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GCTTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAA
TACAGGAACCAAGGATTTGAGATTTTAGCTTTCCCTTGCAATCAATTTGGAGGTCAAGAA
CCGGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCT
ATATTCGACAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACTGCTCCAATCTACCAGTTCTTGAAA
TCAAAGTCTGGTGGATTCTTGGGTGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAGAAATTCTTGGTT
GACAAAAAGGGCAACGTCTTCCAGAGATACCCTCCCACGACTTCGCCTTTACAAATTGAG
AAAGACATCCAGAAGTTGCTTGTGGCTTAAATATTAATCTACTACTATTCATAATGTGTG
TGTATAAGAGAGATTCGTAGTGTCTCAATAACCTGTTTACTGTCGGTATACCAAAAATTA
AGATAGACATGTATTATGTTACAGAAATGACATTATACGATTGGAAAATCAAATGAACAA
TTTATGC

QA 1 727 1 727
DS 



CO CL268Contig2 896 9 22 U
GGAAAAAACTCGTGGTCTACATACACGCATATTCTGTCTTTTTTTGTAATGGCTTCTTCC
TCTTACGCACCATTCTCTGCAGTCTTCAGCGGTTTCGCTGCAACCAAACCTAACCCACCT
CCAACTTGTTCTGCTTTTCTCGTCCCTAAGCGAAGATCAAATTCTCGAAATCTGAAAAAT
GGTGTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTTTGAATTCAAATCAAGAAATTTGAGT
GTGTGTGCAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCATGATTTCACTGTAAAGGACATAAGT
GGGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAAGCCTCTGTTGATCGTTAACGTTGCT
TCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAATAC
AGGAACCAAGGATTTGAGATTTTGGCTTTCCCTTGCAATCAATTTGGAGGTCAAGAACCG
GAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTATA
TTCGATAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACAGCTCCAATCTACCAGTTCTTGAAATCA
AAGTCTGGTGGGTTCTTGGGTGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAGAAATTCTTGGTTGAC
AAAAAGGGCAACGTCGTCCAGAGATACCCTCCCACGACTTCGCCTTTACAAATTGAGAAA
GACATCCAGAAGTTGCTTGTGGCTTAAATATT***CTACTACTGTTCATAATGTGTGTGT
ATAAGAGAAATTCGTAGTGTCTCAATAACCTGTTTATTGTTGGTATACCAGAAATTCAGA
TAGACATGTATCCCTTATGTTACAGAAATGACATTATACAATCGGAAATTCAAACG


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 25 25 25 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 
40 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EM63TF U 2
AF RR3AA49TF U 46
AF RR3DZ80TF U 1
AF RR3FX35TF U 41
AF RR3B060TF U 2
AF RR3BH76TF U 46
AF RR3DZ80JQ C 152
AF RR3FX35JQ C 674
AF RR3EM63JQ C 179
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BS 46 246 RR3DZ80TF
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BS 432 432 RR3EM63TF
BS 433 661 RR3DZ80TF
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BS 666 675 RR3B060TF
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BS 765 788 RR3B060TF
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GG
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TACGCACCATTCTCTGCAGTCTTCAGCGGTTTCGCTGCAACCAAACCTAACCCACCTCCA
ACTTGTTCTGCTTTTCTCGTCCCTAAGCGAAGATCAAATTCTCGAAATCTGAAAAATGGT
GTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTTTGAATTCAAATCAAGAAATTTGAGTGTG
TGTGCAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCATGATTTCACTGTAAAGGACATAAGTGGG
AAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAAGCCTCTGTTGATCGTTAACGTTGCTTCA
AAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAATACAGG
AACCAAGGATTTGAGATTTTGGCTTTCCCTTGCAATCAATTTGGAGGTCAAGAACCGGAA
TCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTATATTC
GATAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACAGCTCCAATCTACCAGTTCTTGAAATCAAAG
TCTGGTGGGTTCTTGGGTGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAGAAATTCTTGGTTGA

QA 3 658 3 658
DS 

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AAACCTAACCCACCTCCAACTTGTTCTGCTTTTCTCGTCCCTAAGCGAAGATCAAATTCT
CGAAATCTGAAAAATGGTGTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTTTCAATTCAAA
TCAAGAAATTTGAGTGTGTGTGCAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCATGATTTCACT
GTAAAGGACATAAGTGGGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAAACCTCTGTTG
ATCGTTAACGTTGCTTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCACAG
TTGTACGATAAATACAGGAACCAAGGATTTGAGATTTTAGCTTTCCCTTGCAATCAATTT
GGAGGTCAAGAACCGGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAA
GCTGAGTTCCCTATATTCGACAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACTGCTCCAATCTAC
CAGTTCTTGAAATCAAAGTCTGGTGGATTCTTGGGTGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAG
AAATTCTTGGTTGAC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3DZ80TF 661 0 0
GGAAAAAACTCGTGGTCTACATACACGCATATTCTGTCTTTTT**GTAATGGCTTCTTCC
TCTTACGCACCATTCTCTGCAGTCTTCAGCGGTTTCGCTGCAACCAAACCTAACCCACCT
CCAACTTGTTCTGCTTTTCTCGTCCCTAAGCGAAGATCAAATTCTCGAAATCTGAAAAAT
GGTGTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTTTGAATTCAAATCAAGAAATTTGAGT
GTGTGTACAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCATGATTTCACTGTAAAGGACATAAGT
GGGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAAGCCTCTGTTGATCGTTAACGTTGCT
TCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAATAC
AGGAACCAAGGGTTTGAGATTTTGGCTTTCCCTTGCAATCAATTTGGAGGTCAAGAACCG
GAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTATA
TTCGATAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACAGCTCCAATCTACCAGTTCTTGAAATCA
AAGTCTGGTGGGTTCTTGGGTGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAGAAATTCTTGGTTGAC
A

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3FX35TF 682 0 0
TTTTTGTAATGGCTTCTTCCTCTTACGCACCATTCTCTGCAGTCTTCAGCGGTTTCGCTG
CAACCAAACCTAACCCACCTCCAACTTGTTCTGCTTTTCTCGTCCCTAAGCGAAGATCAA
ATTCTCGAAATCTGAAAAATGGTGTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTTTGAAT
TCAAATCAAGAAATTTGAGTGTGTGTGCAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCATGATT
TCACTGTAAAGGACATAAGTGGGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAAGCCTC
TGTTGATCGTTAACGTTGCTTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTT
CACAGTTGTACGATAAATACAGGAACCAAGGATTTGAGATTTTGGCTTTCCCTTGCAATC
AATTTGGAGGTCAAGAACCGGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGAT
TCAAAGCTGAGTTCCCTATATTCGATAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACAGCTCCAA
TCTACCAGTTCTTGAAATCAAAGTCTGGTGGGTTCTTGGGTGATCTCATCAAGTGGAACT
TTGAGAAATTCTTGGTTGACAAAAAGG*CAACGTCGTCCAGAGATACCCTCCCACGACTT
CGCCTTTACAAATTGAGAAAGA

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DS 

RD RR3B060TF 792 0 0
GG
AAAAACTCGTGGTCTACATACACGCATATTCTGTTTTTTTTTGTAATGGCTTCTTCCTCT
TACGCACCATTCTCTTCAGTCTTCAGCGGTTTCGCTGCAACCAAACCTAACCCACCTCCA
ACTTGTTCTGCTTTTCTCGTCTCTAAGCGAAGATCAAATTCTCGAAATCTGAAAAATGGT
GTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTTTCAATTCAAATCAAGAAATTTGAGTGTG
TGTGCAAGAGCTACTGGAGAGAAGACTGTTCATGATTTCACTGTAAAGGACATAAGTGGG
AAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAAACCTCTGTTGATCGTTAACGTTGCTTCA
AAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAATACAGG
GACCAAGGATTTGAGATTTTAGCTTTCCCTTGCTATCAATTTGGAGGTCAAGAACCGGAA
TCAGACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTATATTC
GACAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACTGCTCCAATCTACCAGTTCTTGAAATCAAAG
TCTGGTGGATTCTTGGGTGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAGAAATTCTTGGTTGACAAA
AGGGGCAACGTCTTCCAGAGATACCCTCCCACGACTTCGCCTTTACAAATTGAGAAAGAC
ATCCAGAAGTTGCTTGTGGCTTAAATATTAATCTACTACTATTCATAATGTGTGTGTATA
AGAGAGATTC

QA 3 792 3 792
DS 

RD RR3BH76TF 775 0 0
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AAACCTAACCCACCTCCAACTTGTTCTGCTTTTCTCGTCCCTAAGCGAAGATCAAATTCT
CGAAATCTGAAAAATGGTGTTTCCTTGAAATCTTGGAATAACCATGGGTTTGAATTCAAA
TCAAGAAATTTGAGTGTGTGTGCAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTGTTCATGATTTCACT
GTAAAGGACATAAGTGGGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAAGCCTCTGTTG
ATCGTTAACGTTGCTTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCACAG
TTGTACGATAAATACAGGAACCAAGGATTTGAGATTTTGGCTTTCCCTCGCAATCAATTT
GGAGGTCAAGAACCGGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAA
GCTGAGTTCCCTATATTCGATAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACAGCTCCAATCTAC
CAGTTCTTGAAATCAAAGTCTGGTGGGTTCTTGGGTGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAG
AAATTCTTGGTTGACAAAAAGGGCAACGTCGTCCAGAGATACCCTCCCACGACTTCGCCT
TTACAAATTGAGAAAGACATCCAGAAGTTGCTTGTGGCTTAAATATT***CTACTACTGT
TCATAATGTGTGTGTATAAGAGAAATTCGTAGTGTCTCAATAACCTGTTCATTGT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3DZ80JQ 745 0 0
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GGTTTGAATTCAAATCAAGAAATTTGAGTGTGTGTACAAGAGCTACTGAAGAGAAGACTG
TTCATGATTTCACTGTAAAGGACATAAGTGGGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAG
GAAAGCCTCTGTTGATCGTTAACGTTGCTTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACA
CAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAATACAGGAACCAAGGGTTTGAGATTTTGGCTTTCC
CTTGCAATCAATTTGGAGGTCAAGAACCGGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGT
GTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTATATTCGATAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCA
CAGCTCCAATCTACCAGTTCTTGAAATCAAAGTCTGGTGGGTTCTTGGGTGATCTCATCA
AGTGGAACTTTGAGAAATTCTTGGTTGACAAAAAGGGCAACGTCGTCCAGAGATACCCTC
CCACGACTTCGCCTTTACAAATTGAGAAAGACATCCAGAAGTTGCTTGTGGCTTAAATAT
T***CTACTACTGTTCATAATGTGTGTGTATAAGAGAAATTCGTAGTGTCTCAATAACCT
GTTTATTGTTGGTATACCAGAAATTCAGATAGACATGTATCCCTTATGTTACAGAAATGA
CATTATACAATCGGAAATTCAAACG

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3FX35JQ 218 0 0
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TGCTTGTGGCTTAAATATT***CTACTACTGTTCATAATGTGTGTGTATAAGAGAAATTC
GTAGTGTCTCAATAACCTGTTTATTGTTGGTATACCAGAAATTCAGATAGACGTGTATCC
CTTATGTTACAGAAATGACATTATAC
AATCGGAAATCC

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DS 

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GTGGGAAGGATGTTTCCCTAGACATATTCAAAGGAAAGCCTCTGTTGATCGTTAACGTTG
CTTCAAAATGTGGTTTGACATCATCAAACTACACAGAGCTTTCACAGTTGTACGATAAAT
ACAGGAACCAAGGATTTGAGATTTTGGCTTTCCCTTGCAATCAATTTGGAGGTCAAGAAC
CGGAATCAAACCCGGATATCAAGCGATTCGTGTGTACCAGATTCAAAGCTGAGTTCCCTA
TATTCGATAAGGTTGATGTGAATGGACCGAGCACAGCTCCAATCTACCAGTTCTTGAAAT
CAAAGTCTGGTGGGTTCTTGGGTGATCTCATCAAGTGGAACTTTGAGAAATTCTTGGTTG
ACAAAAAGGGCAACGTCGTCCAGAGATACCCTCCCACGACTTCGCCTTTACAAATTGAGA
AAGACATCCAGAAGTTGCTTGTGGCTTAAATATT***CTACTACTGTTCATAATGTGTGT
GTATAAGAGAAATTCGTAGTGTCTCAATAACCTGTTTATTGTTGGTATACCAGAAATTCA
GATAGACATGTATCCCTTATGTTACAGAAATGACATTATACAATCGGAAAT
TCAAATG

QA 1 711 1 711
DS 



AS 2 7

CO CL269Contig1 896 3 12 U
GGACGGTTATTACTCTTCATCGATTCTGAACGTTCCTGGATAAAACCTAGCACAAAGGAG
AGAATAGTAGCTCTCAGGAAGTGCCAAAATGAGTAAGCTACAGAGTGAAGCCGTGAGAGA
GGCGATATCGTCCATCATCACTCACTGCAAGGAGACAAAGCCTCGCAAGTTCACCGAGAC
AATCGAGCTCCAGATTGGTCTTAAGAACTATGACCCTCAAAAGGACAAGAGGTTTAGCGG
TTCCGTTAAGCTGCCTCACATTCCTAGGCCTAAGATGAAGATTTGCATGCTCGGTGACGC
CCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGGTTAGAGTCTATGGATGTGGAAGCACTTAA
GAAGCTGAACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTAGCTAAGAAGTTCCATGCTTTCCT
TGCTTCTGAATCTGTTATTAAACAGATTCCCCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGC
AGGAAAGTTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGAATCCAAAGTGAATGAGAC
CAAGGCAACAGTGAAGTTCCAGCTTAAGAAGGTTCTTTGCATGGGTGTCGCTGTTGGCAA
TCTCGGCATGGAAGAGAAGCAGATCTTCCAGAATGTTCAGATGAGCGTCAACTTCCTTGT
TTACCTCTTGAAGAAAAACTGGCAAAATGTGAG*TGCTTGTACTTGAAGAGCACAATGAG
TCCACCCACCCGTGTTTTCTAAGATTTTTGTTTTATCTTTTAAGGTATCATAAGAAATTT
GATTTTCTTTTGTCATGAGCCTTCTTCTTCTTCTTGGATTACTTCCAGAATTCTGTAGGA
TGATCAAGATTTTGTTTAATTTCTACTATTGTTATTGCTCTTTGGTTGGTGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 0 0 15 0 0 0 15 0 15 15 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E786TF U 36
AF RR3AZ83TF U 1
AF RR3AZ83JQ C 127
BS 1 37 RR3AZ83TF
BS 38 38 RR3E786TF
BS 39 48 RR3AZ83TF
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BS 51 55 RR3E786TF
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RD RR3E786TF 700 0 0
GG
GTCTCCGATCTATCACAAAGGAGAGAATAGTAGCTCTCAGGAAGTGCCAAAATGAGTAAG
CTCCAGAGTGAAGCCGTGAGAGAGGCGATATCGTCCATCATCACTCACTGCAAGGAGACG
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CAAAAGGACAAGAGGTTTAGCGGTTCCGTTAAGCTGCCCCACATTCCTAGGCCTAAGATG
AAGATTTGCATGCTCGGCGACGCCCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGGTTGGAG
TCTATGGATGTGGAAGCACTTAAGAAGCTGAACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTA
GCTAAGAAGTTCTATGCTTTCCTTGCTTCTGAATCTGTTATTAAACAGATTCCCCGTCTT
CTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAAGTTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCT
TTGGAATCCAAAGTGAATGAGACCAAGGCAACAGTGAAGTTCCAGCTTAAGAAGGTTCTT
TGCATGGGTGTCGCTGTTGGAAATCTCGGCATGGAGGAGAAGCAGATCTTCCAGAATGTT
CAGATGAGCGTCAACTTCCTTGTTTCCCTCTTGAAGAAAA*CTGGCAAAATGTGAG*TGC
TTGTACTTGA*GAGCACAATGAGTCCACCCACCCGTGT

QA 3 700 3 700
DS 

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GGCGATATCGTCCATCATCACTCACTGCAAGGAGACAAAGCCTCGCAAGTTCACCGAGAC
AATCGAGCTCCAGATTGGTCTTAAGAACTATGACCCTCAAAAGGACAAGAGGTTTAGCGG
TTCCGTTAAGCTGCCTCACATTCCTAGGCCTAAGATGAAGATTTGCATGCTCGGTGACGC
CCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGGTTAGAGTCTATGGATGTGGAAGCACTTAA
GAAGCTGAACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTAGCTAAGAAGTTCCATGCTTTCCT
TGCTTCTGAATCTGTTATTAAACAGATTCCCCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGC
AGGAAAGTTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGAATCCAAAGTGAATGAGAC
CAAGGCAACAGTGAAGTTCCAGCTTAAGAAGGTTCTTTGCATGGGTGTCGCTGTTGGCAA
TCTCGGCATGGAAGAGAAGCAGATCTTCCAGAATGTTCAGATGAGCGTCAACTTCCTTGT
TTACCTCTTGAAGAAAAACTGGCAAAATGTGAG*TGCTTGTACTTGAAGAGCACAATGAG
TCCACCCACCCGTGTTTTCTAAGATTTTTGTTTTATCTTTTAAG*TATCATAAGAAATTT
GATTTTCTTTTGTCATGAGCCTTCTTCTT

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR3AZ83JQ 770 0 0
ATCGTCCATCATCACTCACTGCAAGGAGACAAAGCCTCGCAAGTTCACCGAGACAATCGA
GCTCCAGATTGGTCTTAAGAACTATGACCCTCAAAAGGACAAGAGGTTTAGCGGTTCCGT
TAAGCTGCCTCACATTCCTAGGCCTAAGATGAAGATTTGCATGCTCGGTGACGCCCAGCA
CGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGGTTAGAGTCTATGGATGTGGAAGCACTTAAGAAGCT
GAACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTAGCTAAGAAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTC
TGAATCTGTTATTAAACAGATTCCCCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAA
GTTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGAATCCAAAGTGAATGAGACCAAGGC
AACAGTGAAGTTCCAGCTTAAGAAGGTTCTTTGCATGGGTGTCGCTGTTGGCAATCTCGG
CATGGAAGAGAAGCAGATCTTCCAGAATGTTCAGATGAGCGTCAACTTCCTTGTTTACCT
CTTGAAGAAAAACTGGCAAAATGTGAGGTGCTTGTACTTGAAGAGCACAATGAGTCCACC
CACCCGTGTTTTCTAAGATTTTTGTTTTATCTTTTAAGGTATCATAAGAAATTTGATTTT
CTTTTGTCATGAGCCTTCTTCTTCTTCTTGGATTACTTCCAGAATTCTGTAGGATGATCA
AGATTTTGTTTAATTTCTACTATTGTTATTGCTCTTTGGTTGGTGTTCCC

QA 1 770 1 770
DS 



CO CL269Contig2 903 4 9 U
GGATCTCAGGAAGTAAGCCAAAATGAGTAAACTCCAGAGTGAAGCCGTGAGAGAGGCGAT
ATCCGCCATGATCACTCACTGCAAGGAGACGAAGCCTCGCAAGTTCACCGAGACCATCGA
ACTCCAGATTGGTCTTAAGAACTACGACCCTCAAAAGGACAAGCGTTTCAGCGGTTCCGT
CAAGTTGCCTCACATCCCAAGGCCTAAGATGAAGATTTGCATGCTCGGTGATGCCCAGCA
CGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGATTAGAGTCTATGGATGTGGAAGCACTTAAGAAGCT
GAACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTAGCAAAGAAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTC
TGAATCCGTCATCAAACAGATTCCTCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAA
GTTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGAAGCCAAAGTGAACGAGACAAAGGC
AACAGTGAAGTTCCAGCTCAAGAAGGTTCTTTGCATGGGTGTCGCCGTTGGGAACCTTGA
CATGGAGGAGAAGCAGATCTTTCAGAATGTTCAGATGAGCGTCAACTTCCTCGTCTCACT
ATTGAAGAAGAACTGG*CAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACATTGGGTCCAC
CTAACCGTGTGTTCTAAGATTATTATTATCTCAAAGTTTCTCTTAATGTATCATCAAAGG
CTGAGATTAGATTTGATTTTCATTTCTGTCGTGAGCTTTCTTCTTTTTGGTTTACTTCCA
GAATCCTTGCTTGGTAGGATCAAGATTTTCTTAAATGACAATTTTGTTTCTATTATTGCT
ATTTTTGTTAGTGTTTTTTTTTCATTTAAGTTTTCAAAATTTAATATTTCGTTATCATTA
TCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3GG66JQ C 65
AF RR3F729TF U 1
AF RR3BG65TF U 517
AF RR3F729JQ C 390
BS 1 369 RR3F729TF
BS 370 370 RR3GG66JQ
BS 371 616 RR3F729TF
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BS 715 834 RR3BG65TF
BS 835 903 RR3F729JQ

RD RR3GG66JQ 418 0 0
G
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CTGTCATCAAACAGATTCCTCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAAGTTCC
CAACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGAAGCCAAAGTGGACGAGACAAAGGCAA

QA 2 418 2 418
DS 

RD RR3F729TF 714 0 0
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ACTCCAGATTGGTCTTAAGAACTACGACCCTCAAAAGGACAAGCGTTTCAGCGGTTCCGT
CAAGTTGCCTCACATCCCAAGGCCTAAGATGAAGATTTGCATGCTCGGTGATGCCCAGCA
CGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGATTAGAGTCTATGGATGTGGAAGCACTTAAGAAGCT
GAACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAGAAGCTAGCAAAGAAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTC
TGAATCCGTTATCAAACAGATTCCTCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAA
GTTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGAGTCTTTGGAAGCCAAAGTGAACGAGACAAAGGC
AACAGTGAAGTTCCAGCTCAAGAAGGTTCTTTGCATGGGTGTCGCCGTTGGGAACCTTGA
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ATTGAAGAAGAACTGGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACATTGGGTCCAC
CTAACCGTGTGTTCTAAGATTATTATTATCTCAA*GTTTCTCTTAATGTATCAT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3BG65TF 318 0 0
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GAGCGTCAACTTCCTCGTCTCACTATTGAAGAAGAACTGG*CAAAACGTGAGGTGTTTGT
ACTTGAAGAGCACAATGGGTCCACCTAACCGTGTGTTCTAAGATTATTATTATCTCAAAG
TTTCTCTTAATGTATCATCAAAGGCTGAGATTAGATTTGATTTTCATTTCTGTCGTGAGC
TTTCTTCTTTTTGGTTTACTTCCAGAATCCTTGCTTGGTAGGATCAAGATTTTCTTAAAT
GACAATTTTGTTTCTATT

QA 1 318 1 318
DS 

RD RR3F729JQ 514 0 0
TTCTTGGTCCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAAGTTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGAGT
CTTTGGAAGCCAAAGTGAACGAGACAAAGGCAACAGTGAAGTTCCAGCTCAAGAAGGTTC
TTTGCATGGGTGTCGCCGTTGGGAACCTTGACATGGAGGAGAAGCAGATCTTTCAGAATG
TTCAGATGAGCGTCAACTTCCTCGTCTCACTATTGAAGAAGAACTGG*CAAAACGTGAGG
TGTTTGTACTTGAAGAGCACATTGGGTCCACCTAACCGTGTGTTTTAAGATTATTATTAT
CTCAAAGTTTCTCTTAATGTATCATCAAAGGCTGAGATTAGATTTGATTTTCATTTCTGT
CGTGAGCTTTCTTCTTTTTGGTTTACTTCCAGAATCCTTGCTTGGTAGGATCAAGATTTT
CTTAAATGACAATTTTGTTTCTATTATTGCTATTTTTGTTAGTGTTTTTTTTTCATTTAA
GTTTTCAAAATTTAATATTTCGTTATCATTATCG

QA 1 514 1 514
DS 



AS 2 11

CO CL270Contig1 791 6 14 U
GGACATACATATAGAGAGATATCGAACTGTGATTACACAAGAATCATCTCTCCTTAATCG
CTATAGTGTAATCAGTTAAAGAGACCAATGAAGATACATCGTGCCATAATCCTGGTGACA
CTCTTGGCCTTGATCAAGACCGCGGTTTCCCAACTTCAATCGATTGAGCAGTGCAGAGAG
GTGTTCGACAGTTTCATGCCGTGCATGGGCTTCGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACCTTCT
CCGCAATGCTGCAGAGGCGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCCAGGA
TCGAGGAAGAATGAGCAGGGGACTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATAGAGATA
ATGGGAAAAGCAGATCATCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACCCCTT
TGTTCTCTTAGTCTCAGCTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTGTTCTCAGTTCAGAAAC
ATGAAGGAACTCGATGCTGAAAAGTTAAATTAGGTACAAGTATATATGAATAGTGGAAAT
GGAAGACTTGTAATGGCTATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGACCAGTG
TTACAAAAAAATAATACGAATTAGTCAAGAAAGAGCGGATAACACTTGATCGATAACTCT
TCCATTGATATTAGACAGCATAAAAGAATATGAATTGGTCAAGAAAGAGCACTTGATCGA
TAGCTCTTTCACTAATATTTGTATGTGTGTGGTTGTATATCAACGACGAAAAAAACCTTT
GATTGGTGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 0 20 20 20 0 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A953TF U 1
AF RR3G545TF U 13
AF RR3C771TF U 11
AF RR3G545JQ C 57
AF RR3CG13TF U 17
AF RR3CG13JQ C 17
BS 1 13 RR3A953TF
BS 14 14 RR3G545TF
BS 15 17 RR3A953TF
BS 18 18 RR3CG13TF
BS 19 289 RR3A953TF
BS 290 290 RR3G545TF
BS 291 364 RR3A953TF
BS 365 467 RR3G545TF
BS 468 468 RR3C771TF
BS 469 718 RR3G545TF
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BS 732 770 RR3C771TF
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RD RR3A953TF 364 0 0
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CTATAGTGTAATCAGTTAAAGAGACCAATGAAGATACATCGTGCCATAATCCTGGTGACA
CTCTTGGCCTTGATCAAGACCGCGGTTTCCCAACTTCAATCGATTGAGCAGTGCAGAGAG
GTGTTCGACAGTTTCATGCCGTGCATGGGCTTCGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACCTTCT
CCGCAATGCTGCAGAGGCGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAGGACTCCAGGA
TCGAGGAAGAATGAGCAGGGGACTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATAGAGATA
ATGG

QA 1 364 1 364
DS 

RD RR3G545TF 719 0 0
GGAGATATATCTAACTGTGATTACACAAGAATCATCTCTCCTTAATCGCTATAGTGTAAT
CAGTTAAAGAGACCAATGAAGATACATCGTGTCATAATCCTGGTGACACTCTTGGCCTTG
ATCAAGACCGCGGTTTCCCAACTTCAATCGATTGAGCAGTGCAGAGAGGTGTTCGACAGT
TTCATGCCGTGCATGGGCTTCGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACCTTCTCCGCAATGCTGC
AGAGGCGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCCAGGATCGAGGAAGAAT
GAGCAGGGGACTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATAGAGATAATGGGAAAAGCA
GATCATCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACCCCTTTGTTCTCTTAGT
CTCAGCTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTGTTCCCAGTTCAGAAACATGAAGGAACTC
GATGCTGAAAAGTTAAATTAGGTACAAGTATATATGAATAGTGGAAATGGAAGACTTGTA
ATGGCTATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGACCAGTGTTACAAAAAAAT
AATACGAATTAGTCAAGAAAGAGCGGATAACACTTGATCGATAACTCTTCCATTGATATT
AGACAGCATAAAAGAATATGAATTGGTCAAGAAAGAGCACTTGATCTATAGCTCTTTCA

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3C771TF 764 0 0
GGAT
AGATATATCGAACTGTGATTACACAAGAATCATCTCTCCTTAATCGCTATAGTGTAATCA
GTTAAAGAGACCAATGAAGATACATCGTGCCATAATCCTGGTGACACTCTTGGCCTTGAT
CAAGACCGCGGTTTCCCAACTTCAATCGATTGAGCAGTGCAGAGAGGTGTTCGACAGTTT
CATGCCGTGCATGGGCTTCGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACCTTCTCCGCAATGCTGCAG
AGGCGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCCAGGATCGAGGAAGAATGA
GCAGGGGACTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATAGAGATAATGGGAAAAGCAGA
TCATCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACCCCTTTGTTCTCTTAGTCT
CAGCTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTGTTCTCAGTTCAGAAACATGAAGGAACTCGA
TGCTGAAAAGTTAAATTAGGTACAAGTATATATGAATAGTGGAAATGGAAGACTTGTAAT
GGCTATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGACCAGTGTTACAAAAAAATAA
TACGAATTAGTCAAGAAAGAGCGGATAACACTTGATCGATAACTCTTCCATTGATATTAG
ACAGCATAAA*GAATATGAATTGGTCAAGAAAGAGCACTTGATCGATAGCTCTTTCACTA
ATATTTGTATGTGTGTGGTTGTATATCAACGACGAA
AAAA

QA 5 760 5 760
DS 

RD RR3G545JQ 677 0 0
ATCGCTATAGTGTAATCAGTTAAAGAGACCAATGAAGATACATCGTGTCATAATCCTGGT
GACACTCTTGGCCTTGATCAAGACCGCGGTTTCCCAACTTCAATCGATTGAGCAGTGCAG
AGAGGTGTTCGACAGTTTCATGCCGTGCATGGGCTTCGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACC
TTCTCCGCAATGCTGCAGAGGCGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCC
AGGATCGAGGAAGAATGAGCAGGGGACTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATAGA
GATAATGGGAAAAGCAGATCATCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACC
CCTTTGTTCTCTTAGTCTCAGCTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTGTTCCCAGTTCAG
AAACATGAAGGAACTCGATGCTGAAAAGTTAAATTAGGTACAAGTATATATGAATAGTGG
AAATGGAAGACTTGTAATGGCTATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGACC
AGTGTTACAAAAAAATAATACGAATTAGTCAAGAAAGAGCGGATAACACTTGATCGATAA
CTCTTCCATTGATATTAGACAGCATAAAAGAATATGAATTGGTCAAGAAAGAGCACTTGA
TCTATAGCTCTTTCACT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3CG13TF 754 0 0
G
GATATCGAACTGTGATTACACAAGAATCATCTCTCCTTAATCGCTATAGTGTAATCAGTT
AAAGAGACCAATGAAGATACATCGTGCCATAATCCTGGTGACACTCTTGGCCTTGATCAA
GACCGCGGGTTCCCAACTTCAATCGATTGAGCAGTGCAGAGAGGTGTTCGACAGTTTCAT
GCCGTGCATGGGCTACGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACCTTCTCCGCAATGCTGCAGAGG
CGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCCAGGATCGAGGAAGAATGAGCA
GGGGACTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATAGAGATAATGGGAAAAGCAGATCA
TCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACCCCTTTGTTCTCTTAGTCTCAG
CTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTGTTCTCAGTTCAGAAACATGAAGGAACTCGATGC
TGAAAAGTTAAATTAGGTACAAGTATATATGAATAGTGGAAATGGAAGACTTGTAATGGC
TATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGACCAGTGTTACAAAAAAATAATAC
GAATTAGTCAAGAAAGAGCGGATAACACTTGATCGATAACTCTTCCATTGATATTAGACA
GCATAAAAGAATATGAATTGGTCAAGAAAGAGCACTTGATCGATAGCTCTTTCACTAATA
TTTGTATGTGTGTGGTTGTATATCAACGACGAA

QA 2 754 2 754
DS 

RD RR3CG13JQ 775 0 0
G
GATATCGAACTGTGATTACACAAGAATCATCTCTCCTTAATCGCTATAGTGTAATCAGTT
AAAGAGACCAATGAAGATACATCGTGCCATAATCCTGGTGACACTCTTGGCCTTGATCAA
GACCGCGGGTTCCCAACTTCAATCGATTGAGCAGTGCAGAGAGGTGTTCGACAGTTTCAT
GCCGTGCATGGGCTACGTCGAGGGAATCTTCCAGCAACCTTCTCCGCAATGCTGCAGAGG
CGTGACCCACTTGAACAACGTCGTCAAGTTCAAGACTCCAGGATCGAGGAAGAATGAGCA
GGGGACTGGAGAGCTAGAGAGAGTATGTGAATGCATAGAGATAATGGGAAAAGCAGATCA
TCTTCCTTTTCTGGCATCCGCCATCAACAATCTTCCACCCCTTTGTTCTCTTAGTCTCAG
CTTCCCTATATCTGTTGGAATGGACTGTTCTCAGTTCAGAAACATGAAGGAACTCGATGC
TGAAAAGTTAAATTAGGTACAAGTATATATGAATAGTGGAAATGGAAGACTTGTAATGGC
TATGCATGATATATAATCGAACTTATTGTATTAGTGACCAGTGTTACAAAAAAATAATAC
GAATTAGTCAAGAAAGAGCGGATAACACTTGATCGATAACTCTTCCATTGATATTAGACA
GCATAAAAGAATATGAATTGGTCAAGAAAGAGCACTTGATCGATAGCTCTTTCACTAATA
TTTGTATGTGTGTGGTTGTATATCAACGACGAAAAAAACCTTTGATTGGTGGAC

QA 2 775 2 775
DS 



CO CL270Contig2 763 5 26 U
ACAGTTTTCGTCGTTGATATACAACCACACACATACAAATATTAGTGAAAGAGCTATCGA
TCAAGTGCTCTTTCTTGACTAATTCATATTCTTTTATGCTGTCAAATATCAATGGAAGAG
TTATTGATCAAGTGTTATCCGCTCTTTCTTGACTAATTCGTATTACTTTTTGTCACACTG
GTCACTAATACAATAAGTTCGATTATATATCATGCATAGCTATTACAAGTCTTCCATTTC
CACTATTCATACATACTTGTAACTAATTTAGCTTTTCAGCATCGAGTTCCTTCATGTTTC
TGAACTGAGAACAGTCCATTCCAACAGATATAGGGAAGCTGAGACTAAGCGAACAAAGGG
GTGGAAGATTGTTGATGGCGGATGCCAGAAAAGGAAGATGATCTGCTTTTCCCATTATCT
CAATGCATTCACATACTCTCTCTAGCTCTCCACTCCCCTGCTCATTCTTCCTCGATCCTG
GAGTCTTGAACTTGACGACGTTGTTCAAGTGGGTCACGCCTCTGCAGCATTGCGGAGAAG
GTTGCTGGAAGATTCCCTCGACGAAGCCCATGCACGGCATGAAACTGTCAAACACCTCTC
TGCACTGCTCAATCGACTGAAGTTGGGAAACCGCGGTCTTGATCAAGGCCAAGAGTGTCA
CCAGGATTATGGCACGATGTATCTTCATTGGTCTTTTTAACTGATTACCCTATAGCGACT
AAGGAGAGATTATTCTTGTGTAATCACAGTTCGATATCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 5 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 

AF RR3F182JQ U 151
AF RR3F718TF C 1
AF RR3BJ85JQ U 226
AF RR3DX78JQ U 187
AF RR3DX78TF C 187
BS 1 150 RR3F718TF
BS 151 308 RR3F182JQ
BS 309 309 RR3BJ85JQ
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BS 681 761 RR3BJ85JQ
BS 762 763 RR3DX78JQ

RD RR3F182JQ 408 0 0
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CATGCATAGCTATTACAAGTCTTCCATTTCCACTATTCATACATACTTGTAACTAATTTA
GCTTTTCAGCATCGAGTTCCTTCATGTTTCTGAACTGAAAACAGTCCATTCCAACAGATA
TAGGGAAGCTGAAACTAAGCGAACAAAGGGGTGGAAAATTGTTGATGGCGGATGCCAAAA
AAGGAAAAAGATCTGCTTTTCCCATTATCTCAATGCATTCACATACTCTCTCTAGCTCTC
CACTCCCCTGCTCATTCTTCCTCGATCCTGGAGTCTTGAACTTGACGACGTTGTTCAAGT
GGGTCGCGCCTCTGCAGCATTGCGGAAAAGGTTGCTGGAAAATTCCCT

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3F718TF 763 0 0
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TCAAGTGCTCTTTCTTGACTAATTCATATTCTTTTATGCTGTCAAATATCAATGGAAGAG
TTATTGATCAAGTGTTATCCGCTCTTTCTTGACTAATTCGTATTACTTTTTGTCACACTG
GTCACTAATACAATAAGTTCGATTATATATCATGCATAGCTATTACAAGTCTTCCATTTC
CACTATTCATACATACTTGTAACTAATTTAGCTTTTCAGCATCGAGTTCCTTCATGTTTC
TGAACTGAGAACAGTCCATTCCAACAGATATAGGGAAGCTGAGACTAAGCGAACAAAGGG
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CAATGCATTCACATACTCTCTCTAGCTCTCCACTCCCCTGCTCATTCTTCCTCGATCCTG
GAGTCTTGAACTTGACGACGTTGTTCAAGTGGGTCACGCCTCTGCAGCATTGCGGAGAAG
GTTGCTGGAAGATTCCCTCGACGAAGCCCATGCACGGCATGAAACTGTCGAACACCTCTC
TGCACTGCTCAATCGACTGAAGTTGGGAAACCGCGGTCTTGATCAAGGCCAAGAGTGTCA
CCAGGATTATGGCACGATGTATCTTCATTGGTCTTTTTAACTGATTACCCTATAGCGACT
AAGGAGAGATTATTCTTGTGTAATCACAGTTCGATATCTCTCC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3BJ85JQ 540 0 0
CAAGTCTTCCATTTCCACTATTCATACATACTTGTAACTAA***AGCTTTTCAGCATCGA
GTTCCTTCATGTTTCTGAACTGAGAACAGTCCATTCCAACAGATATAGGGAAGCTGAGAC
TAAGCGAACAAAGGGGTGGAAGATTGTTGATGGCGGATGCCAGAAAAGGAAGATGATCTG
CTTTTCCCATTATCTCAATGCATTCACATACTCTCTCTAGCTCTCCACTCCCCTGCTCAT
TCTTCCTCGATCCTGGAGTCTTGAACTTGACGACGTTGTTCAAGTGGGTCACGCCTCTGC
AGCATTGCGGAGAAGGTTGCTGGAAGATTCCCTCGACGAAGCCCATGCACGGCATGAAAC
TGTCGAACACCTCTCTGCACTGCTCAATCGACTGAAGTTGGGAAACCGCGGTCTTGATCA
AGGCCAAGAGTGTCACCAGGATTATGGCACGATGGATCTTCATTGGTCTTTTTAACTGAT
TACCCTATAGCGACTAAGGAGAGATTATTCTTGTGTAATCACAGTTCGATATCTCT
ATCC

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR3DX78JQ 577 0 0
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TCATACATACTTGTAACTAATTTAGCTTTTCAGCATCGAGTTCCTTCATGTTTCTGAACT
GAGAACAGTCCATTCCAACAGATATAGGGAAGCTGAGACTAAGCGAACAAAGGGGTGGAA
GATTGTTGATGGCGGATGCCAGAAAAGGAAGATGATCTGCTTTTCCCATTATCTCAATGC
ATTCACATACTCTCTCTAGCTCTCCACTCCCCTGCTCATTCTTCCTCGATCCTGGAGTCT
TGAACTTGACGACGTTGTTCAAGTGGGTCACGCCTCTGCAGCATTGCGGAGAAGGTTGCT
GGAAGGTTCCCTCGACGAAGCCCATGCACGGCATGAAACTGTCAAACACCTCTCTGCACT
GCTCAATCGACTGAAGTTGGGAAACCGCGGTCTTGATCAAGGCCAAGAGTGTCACCAGGA
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QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3DX78TF 577 0 0
AATACAATAAGTTCGATTATATATCATGCATAGCTATTACAAGTCTTCCATTTCCACTAT
TCATACATACTTGTAACTAATTTAGCTTTTCAGCATCGAGTTCCTTCATGTTTCTGAACT
GAGAACAGTCCATTCCAACAGATATAGGGAAGCTGAGACTAAGCGAACAAAGGGGTGGAA
GATTGTTGATGGCGGATGCCAGAAAAGGAAGATGATCTGCTTTTCCCATTATCTCAATGC
ATTCACATACTCTCTCTAGCTCTCCACTCCCCTGCTCATTCTTCCTCGATCCTGGAGTCT
TGAACTTGACGACGTTGTTCAAGTGGGTCACGCCTCTGCAGCATTGCGGAGAAGGTTGCT
GGAAGGTTCCCTCGACGAAGCCCATGCACGGCATGAAACTGTCAAACACCTCTCTGCACT
GCTCAATCGACTGAAGTTGGGAAACCGCGGTCTTGATCAAGGCCAAGAGTGTCACCAGGA
TTATGGCACGATGTATCTTCATTGGTCTTTTTAACTGATTACCCTATAGCGACTAAGGAG
AGATTATTCTTGTGTAATCACAGTTCGATATCTCTCC

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 9

CO CL271Contig1 1111 9 6 U
CAGTAAAATCTTTATAGTGGAAATGATAATTTAGAGAGGATTCTACAGGCAAACACACAC
AAATAGAGATGTTTATGATGTTCTTGCGACACACAAAAGGACACTGTTATCGAGTTAACT
ATTTAAGCACACACTCAAGGGAAAGTTACAGAGCAAAATATAGAGAAAGAGAGCTACACA
GAGAGACCATATGGACGCATGCAGTTTCAGAATCATGTTTATTTGGCTTCATCATCAGCC
TTTAGGGTTCACCACCGCCTGAGTCTGGTTCAGTCCATACTTTTCTCTGATGCGAGAGCT
CCAGTTTTCACTCTTGCTAGGCCCAGCAGAAGCTTGGTTTGCTTGAGAACCAAGAAGTGG
ATCCCAAGCTCTACTCCTCGGGTTCTCGTAGTCTTCCTCGTCGTCAAGCTCGGGTCTCTT
AGGTGAAACCATAGCTCTGAGAACCATGGCTAGTAGCAGTGACAGTAGCTGGACGACTAC
TACAGCAGCCCCGACCCATTTGCATATATCAATGTTGTCCTCAATGAAAGCCCGAAGACT
ATTGAGCTCTCCAGTTGGATCATACGGAAGATCCTTTTCCCAGTGACGATCAATAGCGAT
GAATGCAACAAGGGCAGCTTCAAGTAGAATGAGCAGAGTTTTGAGAATAGAGTAGAAACA
CAAGCAACAGGTATTGATAGCTTCAGCAGCAATGAAACCAATGAAGGTAACAATGCAGAC
CAATACACCAACCGCCATAAAAGAGTAGATGAACCATGGAGCAGGAAGGTCCAAGGAACG
GAGGCTAAACCCATGATCACCACCACCACTAGACCCTAGAACGACGCTCGCCATGAGACC
AGCAGGATTGTTCAAAGTGGGAGGATCGGCGGGGACGTGACGGTGGAATTGATCGAGCAT
CCATATGGAGTAGATGATGATGGAAACACCGAAGAAAGCTTGAACGAAATTGAGGATCTT
GAGAGTTGAAGCGAACGAAACATGGCAGCAATTATGCCTCATTTCTTCTTTCGATTACGA
AAAGATGATTGATTGATGAATGGATGGATAAACCCGGAAGCTTTTTTTCAAAGGTCGTCT
TCTTGGCTGTAAAGGTGTCTGTCTTCTTCCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 35 35 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TGGATCATACGGAAGA

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G
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GATGTTCTTGCGACACACAAAAGGACACTGTTATCGAGTTAACTATTTAAGCACACACTC
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ATAGCTTCAGCA

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G
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CCCAAGCTCTACTCCTCGGGTTCTCGTAGTCTTCCTCGTCGTCAAGCTCGGGTCTCTTAG
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CAGCAGCCCCGACCCATTTGCATATATCAATGTTGTCCTCAATGAAAGCCCGAAGACTAT
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AGCAACAGGTATTGATAGCTTCAGCAGCAATGAAACC

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CAATACACCAACCGCCATAAAAGAGT

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DS 

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AT
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TGATGTTCTTGCGACACACAAAAGGACACTGTTATCGAGTTAACTATTTAAGCACACACT
CAAGGGAAAGTTACAGAGCAAAATATAGAGAAAGAGAGCTGCACAGAGAGACCATATGGA
CGCATGCAGTTTCAGAATCATGTTTATTTGGCTTCATCATCAGCCTTTAGGGTTCACCAC
CGCCTGAGTCTGGTTCAGTCCATACTTTTCTCTGATGCGAGAGCTCCAGTTTTCACTCTT
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TCTGAGAACCATGGCTAGTAGCAGTGACAGTAGCTGGACGACTACTACAGCAGCCCCGAC
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TCC

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AGTCTTCCTCGTCGTCAAGCTCGGGTCTCTTAGGTGAAACCATAGCTCTGAGAACCATGG
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CAATGTTGTCCTCAATGAAAGCCCGAAGACTATTGAGCTCTCCAGTTGGATCATACGGAA
GATCCTTTTCCCAGTGACGATCAATAGCGATGAATGCAACAAGGGCAGCTTCAAGTAGAA
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CGAAGAAAGCTTGAACGAAATTGAGGATCTTGAGAGTTGAAGCGAACGAAACATGGCAGC
AATTATGCCTCATTTCTTCTTTCGATT
CC

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DS 

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CCAGTGACGATCAATAGCGATGAATGCAACAAGGGCAGCTTCAAGTAGAATGAGCAGAGT
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GCTTTTTTTC
C

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TGCATATATCAATGTTGTCCTCAATGAAAGCCCGAAGACTATTGAGCTCTCCAGTTGGAT
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GTCTTCTTCCC

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DS 

RD RR3EM88TF 685 0 0
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AGGTAACAATGCAGACCAATACACCAACCGCCATAAAAGAGTAGATGAACCATGGAGCAG
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CACTCGCCATGAGACCAGCAGGATTGTTCAAAGTGGGAGGATCGGCGGGGACGTGACGGT
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CGAAATTGAGGATCTTGAGAGTTGAAGCGAACGAAACATGGCAGCAATTATGCCTCATTT
CTTCTTTCGATTACGAAAAGATGATTGATTGATGAATGGATGGATAAACCCGGAAGCTTT
TTTTCAAAGGTCGTCTTCTTGGC
TC

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DS 



AS 1 8

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TCATCGATCCAGCCATAATCACTTATCGAATTAAGTGGATGGTGCAAGAAGTGGGCGAAT
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GCGAACAAGTGTTGGCACTCCGGTGACCTTGAATCGAGGATCGACTCTCCACGGATGCAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DC28JQ U 7
AF RR3DC28TF C 7
AF RR3EL43JQ U 1
AF RR3GT23JQ U 7
AF RR3GT23TF C 78
AF RR3EL43TF C 1
AF RR3AP18JQ U 7
AF RR3AP18TF C 7
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GAGAGTCATTTCTTTTTTT*CTCTACAATACTCAA

QA 1 635 1 635
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AAGTGTTGGCACTCCGGTGACCTTGAATCGAGGATCGACTCTCCACGGATGCATCGGATT
CCTCCACGTCG**CTATCTCCGGCGTAAGCCCGAATAAGATTCACTTCCTCCGGTGATTC
CTCTAGAGTCTTGTAAATCACAGGCTCAGCCCTAACGCAATCAGGACACCAGCTGCGGTT
GGTGCTGGGATCATTGTTGGCGAGGAAGAGGATGAAATTGATCTTGTTACGGTTTGATTC
GTCAGATTTCAATTCTTCCAACACCGTCTCCAAGGTTGAGGGATCTGCGTCCAGCTTCTT
GAGAGTCATTTCTTTTTTT*CTCTACAATACTCAA

QA 1 635 1 635
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RD RR3EL43JQ 702 0 0
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TCATCGATCCAGCCATAATCACTTATCGAATTAAGTGGATGGTGCAAGAAGTGGGCGAAT
CAAGTTAGGAACATGAGCCTGGTGATCCTCAAGACGACCCTTAACACTGTCTCCATCCCA
GCGAACAAGTGTTGGCACTCCGGTGACCTTGAATCGAGGATCGACTCTCCACGGATGCAT
CGGATTCCTCCACGTCGGTCTATCTCCGGCGTAAGCCCGAATAAGATTCACTTCCTCCGG
TGATTCCTCTAGAGTCTTGTAAATCACAGGCTCAGCCCTAACGCAATCAGGACACCAGCT
GCGGTTGGTGCTGGGATCATTGTTGGCGAGGAAGAGGATGAAATTGATCTTGTTACGGTT
TGATTCGTCAGATTTCAATTCTTCCAACACCGTCTCCAAGGTTGAGGGATCTGCGTCCAG
CTTCTTGAGAGTCATT*CTTTTTTT*CTCTACAATACTCAAGATTTCGGTTTCTTTGCCA
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QA 1 702 1 702
DS 

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TATTTTCAAGGGTTTATTGGAAAGCAACAGAAAACTAGCGATTCATAAACTTGATCATCG
ATCCAGCCATAGTCACTTATCGAATTAAGTGGATGGTGCAAGAAGTGGGCGAATCAAGTT
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ACGTGTTGGCACTCCGGTGACCTTGAATCGAGGATCGACTCTCCACGGATGCATCGGATT
CCTCCACGTCGGTCTATCTCCGGCGTAAACCCGAATAAGATTCACTTCCTCCGGTGATTC
CTCTAGAGTCTTGTAAATCACAGGCTCAGCCCTAACGCAATCAGGACACCAGCTGCGGTT
GGTGTTGGGATCATTGTTGGCGAGGAAGAGGATGAAATTGATCTTGTTACGGTTTGATTC
GTCAGATTTCAATTCTTCCAACACCGTCTCCAAGGTTGAGGGATCTGCGTCCAGCTTCTT
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TTGGTCTGCTCTCGTTAAATTGAGGCCCCTGTTTCC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3GT23TF 625 0 0
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GTTTATTGGAAAGCAACAGAAAACTAGCGATTCATAAACTTGATCATCGATCCAGCCATA
GTCACTTATCGAATTAAGTGGATGGTGCAAGAAGTGGGCGAATCAAGTTAGGAACATGAG
CCTGGTGATCCTCAAGACGACCCTTAACACTGTCTCCATCCCAGCGAACACGTGTTGGCA
CTCCGGTGACCTTGAATCGAGGATCGACTCTCCACGGATGCATCGGATTCCTCCACGTCG
GTCTATCTCCGGCGTAAACCCGAATAAGATTCACTTCCTCCGGTGATTCCTCTAGAGTCT
TGTAAATCACAGGCTCAGCCCTAACGCAATCAGGACACCAGCTGCGGTTGGTGTTGGGAT
CATTGTTGGCGAGGAAGAGGATGAAATTGATCTTGTTACGGTTTGATTCGTCAGATTTCA
ATTCTTCCAACACCGTCTCCAAGGTTGAGGGATCTGCGTCCAGCTTCTTGAGAGTCATTT
CTTTTTTT*CTCTACAATACTCAAGATTTCGGTTTCTTTACCAATTTCGTTGGTCTGCTC
TCGTTAAATTGAGGCCCCTGTTTCC

QA 1 625 1 625
DS 

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TATTTTCAAGGGTTTATTGGAAAGCAACAGAAAACTAGCGATTCATAAACTTGATCATCG
ATCCAGCCATAATCACTTATCGAATTAAGTGGATGGTGCAAGAAGTGGGCGAATCAAGTT
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AAGTGTTGGCACTCCGGTGACCTTGAATCGAGGATCGACTCTCCACGGATGCATCGGATT
CCTCCACGTCGGTCTATCTCCGGCGTAAGCCCGAATAAGATTCACTTCCTCCGGTGATTC
CTCTAGAGTCTTGTAAATCACAGGCTCAGCCCTAACGCAATCAGGACACCAGCTGCGGTT
GGTGCTGGGATCATTGTTGGCGAGGAAGAGGATGAAATTGATCTTGTTACGGTTTGATTC
GTCAGATTTCAATTCTTCCAACACCGTCTCCAAGGTTGAGGGATCTGCGTCCAGCTTCTT
GAGAGTCATT*CTTTTTTT*CTCTACAATACTCAAGATTTCGGTTTCTTTGCCAATTTCG
TTGGTCTGCTCTCGTTAAATTGAGGCCCCTGTTTCC

QA 7 702 7 702
DS 

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TATTTTCAAGGGTTTATTGGAAAGCAACAGAAAACTAGCGATTCATAAACTTGATCATCG
ATCCAGCCATAGTCACTTATCGAATTAAGTGGATGGTGCAAGAAGTGGGCGAATCAAGTT
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GGTGCTGGGATCATTGTTGGCGAGGAAGAGGATGAAATTGATCTTGTTACGGTTTGATTC
GTCAGATTTCAATTCTTCCAACACCGTCTCCAAGGTTGAGGGATCTGCGTCCAGCTTCTT
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QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3AP18TF 710 0 0
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ATCCAGCCATAGTCACTTATCGAATTAAGTGGATGGTGCAAGAAGTGGGCGAATCAAGTT
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AAGTGTTGGCACTCCGGTGACCTTGAATCGAGGATCGACTCTCCACGGATGCATCGGATT
CCTCCACGTCGGTCTATCTCCGGCGTAAGCCCGAATAAGATTCACTTCCTCCGGTGATTC
CTCTAGAGTCTTGTAAATCACAGGCTCAGCCCTAACGCAATCAGGACACCAGCTGCGGTT
GGTGCTGGGATCATTGTTGGCGAGGAAGAGGATGAAATTGATCTTGTTACGGTTTGATTC
GTCAGATTTCAATTCTTCCAACACCGTCTCCAAGGTTGAGGGATCTGCGTCCAGCTTCTT
GAGAGTCATTTCTTTTTTTTCTCTACAATACTCAAGATTTCGGTTTCTTTACCAATTTCG
TTGGTCTGCTCTCGTTAAATTGAGGCCCCTGTTTGATTTTTCAACGTTCC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 2 6

CO CL273Contig1 728 3 1 U
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GACTGGCCTACTCATGCTGCCAAGTTGACTTTTGAGAAGTATGTCTTCTCCAAGACCTCT
AAGACCAATGCTCGCACTGAAGCTGAGATCACGCTGTTGGACAGTAATATCATTGTCTAT
AAGTTCGCCCAGGACCTTCACCTCTTTGTTACTGGAGGCGAAGATGAAAACGAGCTCGTC
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GAAAAGATGGAGGCTCTTGAGAACTTGGATCTCATCTTTCTATGCCTGGATGAAATGGTC
GATCAGGGGG*TGGTTCTTGAAACAGACCCTAACGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCA
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CCACACATAATAGAATCGACTTCCAACTTCTATGAAGAGTACCTCTCATGGGATTTGTCT
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TCTCTATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BK05TF U 322
AF RR3A061JQ C 316
AF RR3A061TF U 1
BS 1 728 RR3A061TF

RD RR3BK05TF 347 0 0
TTTTTCGATGCTGTTGCGCTTCTTCTCAGGAACAATGTGGAAAAGATGGAGGCTCTTGAG
AACTTGGATCTCATCTTTCTATGCCTGGATGAAATGGTCGATCAGGGGGGTGGTTCTTGA
AACAGACCCTAACGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCAGAGCACAGAAGCTAGTGGTTC
ACTCTCTGAACAGACATTGACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGGGAACATCTTGCCAGA*G
TCTGCTTACATGAGTTCCCACCTCATATGCATTGCATGCCCACACATA*TAGAATCGACT
TCCA*CTTCTATGA*GAGTAC*TCTCATGGGATTTGTCTCC
AGCACA

QA 1 341 1 341
DS 

RD RR3A061JQ 406 0 0
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CTTGAGAACTTGGATTTCATCTTTTTATGCCTGGATGAAATGGTCGATCAGGGGG*TGGT
TCTTGAAACAGACCCTAACGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCAGAGCACAGAAGCTAG
TGGTTCACTTTTTGAACAGACATTGACTCAAGCATTGGCAACAGCTCGGGAATATCTTCC
CAGAAGTCTGCTTACATGAGTTCCCCCCTCATATGCATTGCATGCCCCCACATAATAGAA
TCGACTTCCAACTTTTATGAAGAGTACCTTTCATGGGATTTGTCTCCCGGCAACAAAAAT
TCTTGTTATCATAATTTATAAATCACAATTTCAAAT
TTACAATAGT

QA 1 396 1 396
DS 

RD RR3A061TF 728 0 0
ACTGGCGATACCTCAACAATGTCAGGCTTTCACGGGACTCATGATTCATGTCCTTTGGTG
AAGAACATTCTTCTTCTAGACTCTGAAGGGAAGCGTGTGGCTGTCAAGTATTACTCCGAT
GACTGGCCTACTCATGCTGCCAAGTTGACTTTTGAGAAGTATGTCTTCTCCAAGACCTCT
AAGACCAATGCTCGCACTGAAGCTGAGATCACGCTGTTGGACAGTAATATCATTGTCTAT
AAGTTCGCCCAGGACCTTCACCTCTTTGTTACTGGAGGCGAAGATGAAAACGAGCTCGTC
TTGTCTTCTGTTCTTCAAGGCTTTTTCGATGCTGTTGCGCTTCTTCTGAGGAACAATGTG
GAAAAGATGGAGGCTCTTGAGAACTTGGATCTCATCTTTCTATGCCTGGATGAAATGGTC
GATCAGGGGG*TGGTTCTTGAAACAGACCCTAACGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCA
GAGCACAGAAGCTAGTGGTTCACTCTCTGAACAGACATTGACTCAAGCATTGGCAACAGC
TCGGGAATATCTTGCCAGAAGTCTGCTTACATGAGTTCCCACCTCATATGCATTGCATGC
CCACACATAATAGAATCGACTTCCAACTTCTATGAAGAGTACCTCTCATGGGATTTGTCT
CCCGGCAACAAAAATTCTTGTTATCATAATTTATAAATCACAATTTCAAATCTACATAGT
TCTCTATA

QA 1 728 1 728
DS 



CO CL273Contig2 797 3 9 U
AAATAAGTAATGAAAATATTTTGAAGTAAAGAAACAAGTCTTCATACTGCAATATCCGGT
CTTCAAAAATATTCCAGCATTTGCACACATCATTATTACAAGATTATAAAACCCGGAGAC
AAATCCCATGAAAGGTACTCTTCATAGAAGTTGGAAGTGGGCATGCAATGCATACGAGGA
AACTTATGTAAGCAGACTTCTTGCC*AGATGTTCCCGAGCTGTTGCCAATGCTTGAGTTA
ATGTCTGTTCAGAGAGTGAACCACTAGCTTCAGTGCTCTGCATTGCTACTTTCCCC*ACA
ATGACGTTAGGGTCCGTTTCAAGAAACACCCCCTGATCGACCATTTCATCCAAGCATAGA
AAGATGAAATCCAAGTTCTCAAGAGCCTCCATCTTTTCAACATTGTTCCTCAGAAGAAGC
GCAACAGCATCGAAAAAGCCTTGAAGAACCGAAGACAAGACGAGCTCGTTTTCATTTTCG
CCTCCAGTAACAAAGAAGTGAAGGTCCTGGGCGAACTTATAGACAATGATATTACTGTAC
AACAATGTGATCTCAGCTTCAGTGCGAGCATTGGTCTTAGAGGTCTTGGAGAAGACATAC
TTCTCAAAAGTCAACTTGGCAGCATGAGTAGGCCAGCCATCGGAGTAATACTTGACAGCC
ACACGCTTCCCTTCAGAGTCCAGAAGAAGAATGTTCTTCACCAAAGGACATGAATCATGA
GTCCCGTGAAAGCCTGACATTGTTGAGTTCTCTCCAGTTGATCTTTGAGATCCACAGCAG
ATTCGTTTCGAAGCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB18TF C 142
AF RR3HB18JQ U 23
AF RR3GY74JQ U 1
BS 1 297 RR3GY74JQ
BS 298 298 RR3HB18JQ
BS 299 325 RR3GY74JQ
BS 326 326 RR3HB18JQ
BS 327 538 RR3GY74JQ
BS 539 539 RR3HB18JQ
BS 540 636 RR3GY74JQ
BS 637 637 RR3HB18JQ
BS 638 797 RR3GY74JQ

RD RR3HB18TF 196 0 0
CTTCATAGAG
TGGAAGTGGGCATGCAATGCATACGAGGAAACTTATGTAAGCAGACTTCTTGCCCAGATG
T*CCCGAGCTGTTGCCAATGCTTGAGTTAATGTCTGTTCAGAGAGTGAACCACTAGCTTC
AGTGCTCTGCATTGCTACTTTCCCCCACAATGACGTTAGGGTCCGTTTCAAGAAACACCC
CC
CTGA

QA 11 192 11 192
DS 

RD RR3HB18JQ 649 0 0
GCA
GTAAAGAAACAAGTCTTCATACTGCAATATCCGGTCTTCAAAAATATTCCAGCATTTGCA
CACATCATTATTACAAGATTATAAAACCCGGAGACAAATCCCATGAAAGGTACTCTTCAT
AGAAGTTGGAAGTGGGCATGCAATGCATACGAGGAAACTTATGTAAGCAGACTTCTTGCC
*AGATGTTCCCGAGCTGTTGCCAATGCTTGAGTTAATGTCTGTTCAGAGAGTGAACCACT
AGCTTCAGTGCTCTGCATTGCTACTTTCCCC*ACAATGACGTTAGGGTCCGTTTCAAGAA
ACACCCCCTGATCGACCATTTCATCCAAGCATAGAAAGATGAGATCCAAGTTCTCAAGAG
CCTCCATCTTTTCAACATTGTTCCTCAGAAGAAGCGCAACAGCATCGAAAAAGCCTTGAA
GAACCGAAGACAAGACGAGCTCGTTTTCATTTTCGCCTCCAGTAACAAAGAAGTGAAGGT
CCTGGGCGAACTTATAGACAATGATATTACTGTACAACAATGTGATCTCAGCTTCAGTGC
GAGTATTGGTCTTAGAGGTCTTGGAGAAGACATACTTCTCAAAAGTCAACTTGGCAGCAT
GAGTAGGCCAGCCATCGGAGTAATACTTGACAGCCACACGCTTCCC

QA 4 649 4 649
DS 

RD RR3GY74JQ 797 0 0
AAATAAGTAATGAAAATATTTTGAAGTAAAGAAACAAGTCTTCATACTGCAATATCCGGT
CTTCAAAAATATTCCAGCATTTGCACACATCATTATTACAAGATTATAAAACCCGGAGAC
AAATCCCATGAAAGGTACTCTTCATAGAAGTTGGAAGTGGGCATGCAATGCATACGAGGA
AACTTATGTAAGCAGACTTCTTGCC*AGATGTTCCCGAGCTGTTGCCAATGCTTGAGTTA
ATGTCTGTTCAGAGAGTGAACCACTAGCTTCAGTGCTCTGCATTGCTACTTTCCCC*GCA
ATGACGTTAGGGTCCGTTTCAAGAACCACCCCCTGATCGACCATTTCATCCAAGCATAGA
AAGATGAAATCCAAGTTCTCAAGAGCCTCCATCTTTTCAACATTGTTCCTCAGAAGAAGC
GCAACAGCATCGAAAAAGCCTTGAAGAACCGAAGACAAGACGAGCTCGTTTTCATTTTCG
CCTCCAGTAACAAAGAAGTGAAGGTCCTGGGCGAACTTATAGACAATGATATTACTGTCC
AACAATGTGATCTCAGCTTCAGTGCGAGCATTGGTCTTAGAGGTCTTGGAGAAGACATAC
TTCTCAAAAGTCAACTTGGCAGCATGAGTAGGCCAGTCATCGGAGTAATACTTGACAGCC
ACACGCTTCCCTTCAGAGTCCAGAAGAAGAATGTTCTTCACCAAAGGACATGAATCATGA
GTCCCGTGAAAGCCTGACATTGTTGAGTTCTCTCCAGTTGATCTTTGAGATCCACAGCAG
ATTCGTTTCGAAGCTCG

QA 1 797 1 797
DS 



AS 2 8

CO CL274Contig1 1041 4 4 U
CCGGTGAATTGGTTTGTTGCATTTGGATTTTGTAAACAACCGATATCACTTTCGTCATTT
AGAGTTTTACTGAAATGAGAGAACAAATGTTAAAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAAAAGGT
GGTAAGTTCAAGAAGGAGTGACGCCCTGTTTGGCCTTCAGGACAAGCTCCTCGGTGGTGG
TCCCTATGATCTCGTTGGCTCGCTTCAGCCCCATGCAGTAGTACCTTCCAATGGTGTCAC
GGGCAACGATCCCCAACTTCTCTAGCTTCTGGACTGCATCATCCACATCAAAGTTACACC
TCTCACCAAACTCTTCCTTTATCAGTTCCTCACATCTCAAATCCAGATCCTCCAAGGTAG
CTTTCCCCTGCTCCATTAGTATGTAGAAGGAAATCATCACCTCTTTTACTTCTTGCTGAA
TAACGTCATCGCACAAGTGTAATAGCGTTCCCTTCCCGCTGTCTAGTTGTTTATCATACA
TGGATTGTGTTATCAAGTTCTGGTACGTTGCCATGTTCTGCTGGAAAGTGAAGTATGTTT
TGGCACAATAACCAACCACTGTGGAGAGAACTGCAAAGATTACCCATGGGTCTGCTTTCG
GCATCTCAACTGAAGTAACCACGGCAACCAGACCAACTACGGCTGATATCAGAAATTTGA
CCCAATCCATTGGAGTCAGTCCAGGATTTCTTTTCTCAGGAAGCACAATCTCCATGTCAG
CCATAGGAATGTTTTTGAAATGCTTGACGTAAATTCCTCTTTCCTGATTTGTTTTAGAGC
TGGCACGCCTATAAACAACAATCATTCTATCAAATGTAGGCTCTTGTATCGTGAGCTTGC
TCAAGAAACTCTTAAAGCTCAATTGTGTATTCTCAAGGCGAATACGCTCCACATACAAGT
CCTCATCATCTGCTTCAGGGTTTGTCTCATCATCTTTTTTGGGATCTTTCTTTTGATGTC
TGCCTGACCGTTTGCCACGTAGCTTATCTAACCAGGTGATTTTCAGGAAATATGACCAAA
TACGTGATATGATCACATCTA


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F583JQ U 348
AF RR3E146JQ U 2
AF RR3BC10JQ U 1
AF RR3E146TF C 403
BS 1 589 RR3BC10JQ
BS 590 590 RR3E146JQ
BS 591 845 RR3BC10JQ
BS 846 1041 RR3E146TF

RD RR3F583JQ 349 0 0
TCCTCCAAGGGAGCTTTCCCCTGCTCCATTAGTATGTAAAAGGAAATCATCACCTCTTTT
ACTTCTTGCTGAATAACGTCATCGCACAAGTGTAATAGCGTTCCCTTCCCGCTGTCTAGT
TGTTTATCATACATGGATTGTGTTATCAAGTTCTGGTACGTTGCCATGTTCTGCTGGAAA
GTGAAGTATGTTTTGGCACAATAACCAACCACTGTGGAGAGAACTGCAAAGATTACCCAT
GGGTCTGCTTTCGGCATCTCAACTGAAGTAACCACGGCAACCAGACCAACTACGGCTGAT
ATCAGAAATTTGACCCAATCCAATGGAGTCAGTCCAGGATTTCTTTTCT

QA 1 349 1 349
DS 

RD RR3E146JQ 791 0 0
CGGTGAATTGGTTTGTTGCATTTGGATTTTGTAAACAACCGATATCACTTTCGTCATTTA
GAGTTTTACTGAAATGAGAGAACAAATGTTAAAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAAAAGGTG
GTAAGTTCAAGAAGGAGTGACGCCCTGTTTGGCCTTCAGGACAAGCTCCTCGGTGGTGGT
CCCTATGATCTCGTTGGCTCGCTTCAGCCCCATGCAGTAGTACCTTCCAATGGTGTCACG
GGCAACGATCCCCAACTTCTCTAGCTTCTGGACTGCATCATCCACATCAAAGTTACACCT
CTCACCAAACTCTTCCTTTATCAGTTCCTCACATCTCAAATCCAGATCCTCCAAGGTAGC
TTTCCCCTGCTCCATTAGTATGTAGAAGGAAATCATCACCTCTTTTACTTCTTGCTGAAT
AACGTCATCGCACAAGTGTAATAGCGTTCCCTTCCCGCTGTCTAGTTGTTTATCATACAT
GGATTGTGTTATCAAGTTCTGGTACGTTGCCATGTTCTGCTGGAAAGTGAAGTATGTTTT
GGCACAATAACCAACCACTGTGGAGAGAACTGCAAAGATTACCCATGGGTCTGCTTTCGG
CATCTCAACTGAAGTAACCACGGCAACCAGACCAACTACGGCTGATATCAGAAATTTGAC
CCAATCCATTGGAGTCAGTCCAGGATTTCTTTTCTCAGGAAGCACAATCTCCATGTCAGC
CATAGGAATGTTTTTGAAATGCTTGACGTAAATTCCTCTTTCCTGATTTGTTTTAGAGCT
GGCACGCCTAT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3BC10JQ 845 0 0
CCGGTGAATTGGTTTGTTGCATTTGGATTTTGTAAACAACCGATATCACTTTCGTCATTT
AGAGTTTTACTGAAATGAGAGAACAAATGTTAAAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAAAAGGT
GGTAAGTTCAAGAAGGAGTGACGCCCTGTTTGGCCTTCAGGACAAGCTCCTCGGTGGTGG
TCCCTATGATCTCGTTGGCTCGCTTCAGCCCCATGCAGTAGTACCTTCCAATGGTGTCAC
GGGCAACGATCCCCAACTTCTCTAGCTTCTGGACTGCATCATCCACATCAAAGTTACACC
TCTCACCAAACTCTTCCTTTATCAGTTCCTCACATCTCAAATCCAGATCCTCCAAGGTAG
CTTTCCCCTGCTCCATTAGTATGTAGAAGGAAATCATCACCTCTTTTACTTCTTGCTGAA
TAACGTCATCGCACAAGTGTAATAGCGTTCCCTTCCCGCTGTCTAGTTGTTTATCATACA
TGGATTGTGTTATCAAGTTCTGGTACGTTGCCATGTTCTGCTGGAAAGTGAAGTATGTTT
TGGCACAATAACCAACCACTGTGGAGAGAACTGCAAAGATTACCCATGGATCTGCTTTCG
GCATCTCAACTGAAGTAACCACGGCAACCAGACCAACTACGGCTGATATCAGAAATTTGA
CCCAATCCATTGGAGTCAGTCCAGGATTTCTTTTCTCAGGAAGCACAATCTCCATGTCAG
CCATAGGAATGTTTTTGAAATGCTTGACGTAAATTCCTCTTTCCTGATTTGTTTTAGAGC
TGGCACGCCTATAAACAACAATCATTCTATCAAATGTAGGCTCTTGTATCGTGAGCTTGC
TCAAG

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR3E146TF 639 0 0
CTTTTACTTCTTGCTGAATAACGTCATCGCACAAGTGTAATAGCGTTCCCTTCCCGCTGT
CTAGTTGTTTATCATACATGGATTGTGTTATCAAGTTCTGGTACGTTGCCATGTTCTGCT
GGAAAGTGAAGTATGTTTTGGCACAATAACCAACCACTGTGGAGAGAACTGCAAAGATTA
CCCATGGGTCTGCTTTCGGCATCTCAACTGAAGTAACCACGGCAACCAGACCAACTACGG
CTGATATCAGAAATTTGACCCAATCCATTGGAGTCAGTCCAGGATTTCTTTTCTCAGGAA
GCACAATCTCCATGTCAGCCATAGGAATGTTTTTGAAATGCTTGACGTAAATTCCTCTTT
CCTGATTTGTTTTAGAGCTGGCACGCCTATAAACAACAATCATTCTATCAAATGTAGGCT
CTTGTATCGTGAGCTTGCTCAAGAAACTCTTAAAGCTCAATTGTGTATTCTCAAGGCGAA
TACGCTCCACATACAAGTCCTCATCATCTGCTTCAGGGTTTGTCTCATCATCTTTTTTGG
GATCTTTCTTTTGATGTCTGCCTGACCGTTTGCCACGTAGCTTATCTAACCAGGTGATTT
TCAGGAAATATGACCAAATACGTGATATGATCACATCTA

QA 1 639 1 639
DS 



CO CL274Contig2 775 4 14 U
GGGAAATAGAAAAGCAGGGCAGATCCGTTGGTCGAGTTAATACTCCACCCAACGACATTA
ATTCGTAGTTAGAGACAAGAAGAAGGGGGCTTCAGTTATAATCCTGTTCTTTGTCTTAAA
AAAATCATCGAGGATCT*CCTATCTTCCTAAAATCGGATCTCCAAAAGAGATGGCGGCGG
AACGGAAAAAGGAAACGATTCGTCTGGAGCCCGAATCCGTCATCCCTATCCTCAAACCTA
AGCTCATCATGACCTTGGCTAATCTCATTGAACATAGCAATGACAGACAAGAGTTTCTCA
AGCTCTGCAAGAGAATTGAATACACTGTCCGAGCTTGGTATAATCTTCAGTTTGAAGATT
TGATGCAACTCTACTCTCTTTTTGATCCTGTACACGGTGCTCAGAAACTTCAGCAGCAGA
ACCTAACTTCTCAGGAAATTGATGTCCTTGAACAGAATTTCCTCGCTTACTTGTTTCAGG
TTATGGACAAGAGCAACTTTAAAATAACAACAGATGATGAGATCGAGGTTGCACGCTCTG
GGCAGTATCTTCTGAATCTTCCCATCAAAGTTGACGAGTCAAAGCTTGACAAGAAGATAC
TCAAGAGATATTTTGAGGAGCATCCACATGAAAATCTTCCAGACTTTTCTGATAATTATG
TCATCTTCAGGCGTGGTATTGGGATGGATAAAACCACAGATTTCTTTTTCATGGAGAAAT
TAGATGTGATCATATCACGTATTTGGTCATATTTCCTGAAAATCACTTGGTTAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 0 0 15 15 15 15 15 20 20 20 5 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 0 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3BC10TF U 1
AF RR3CM78TF U 52
AF RR3F583TF U 69
AF RR3G281TF U 83
BS 1 59 RR3BC10TF
BS 60 60 RR3CM78TF
BS 61 72 RR3BC10TF
BS 73 73 RR3CM78TF
BS 74 283 RR3BC10TF
BS 284 284 RR3CM78TF
BS 285 391 RR3BC10TF
BS 392 392 RR3CM78TF
BS 393 667 RR3BC10TF
BS 668 671 RR3CM78TF
BS 672 672 RR3F583TF
BS 673 761 RR3CM78TF
BS 762 762 RR3F583TF
BS 763 775 RR3CM78TF

RD RR3BC10TF 667 0 0
GGGAAATAGAAAAGCAGGGCAGATCCGTTGGTCGAGTTAATACTCCACCCAACGACATTG
ATTCGTAGTTAGGGACAAGAAGAAGGGGGCTTCAGTTATAATCCTGTTCTTTGTCTTAAA
AAAATCATCGAGGATCT*CCTATCTTCCTAAAATCGGATCTCCAAAAGAGATGGCGGCGG
AACGGAAAAAGGAAACGATTCGTCTGGAGCCCGAATCCGTCATCCCTATCCTCAAACCTA
AGCTCATCATGACCTTGGCTAATCTCATTGAACATAGCAATGATAGACAAGAGTTTCTCA
AGCTCTGCAAGAGAATTGAATACACTGTCCGAGCTTGGTATAATCTTCAGTTTGAAGATT
TGATGCAACTCTACTCTCTTTTTGATCCTGTTCACGGTGCTCAGAAACTTCAGCAGCAGA
ACCTAACTTCTCAGGAAATTGATGTCCTTGAACAGAATTTCCTCGCTTACTTGTTTCAGG
TTATGGACAAGAGCAACTTTAAAATAACAACAGATGATGAGATCGAGGTTGCACGCTCTG
GGCAGTATCTTCTGAATCTTCCCATCAAAGTTGACGAGTCAAAGCTTGACAAGAAGATAC
TCAAGAGATATTTTGAGGAGCATCCACATGAAAATCTTCCAGACTTTTCTGATAATTATG
TCATCTT

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3CM78TF 724 0 0
ACGACATTAATTCGTAGT*ATATACAAGAAG***GGGGCTTCAGTTATAATCCTGTTCTT
TGTCTTAAAAAA*TCATCGAAGATTTTCCTCTCTTCCTAAAATCGGATCTCCAAAAGAGA
TGGCGGCGGAACGGAAAAAGGAAACGATTCGTCTGGAGCCCGAATCCGTCATCCCTATCC
TCAAACCTAAGCTCATCATGACCTTGGCTAATCTCATTGAACATAGCAATGACAGACAAG
AGTTTCTCAAGCTCTGCAAGAGAATTGAATACACTGTCCGAGCTTGGTATAATCTTCAGT
TTGAAGATTTGATGCAACTCTACTCTCTTTTTGATCCTGTACACGGTGCTCAGAAACTTC
AGCAGCAGAACCTAACTTCTCAGGAAATTGATGTCCTTGAACAGAATTTCCTCGCTTACT
TGTTTCAGGTTATGGACAAGAGCAACTTTAAAATAACAACAGATGATGAGATCGAGGTTG
CACGCTCTGGGCAGTATCTTCTGAATCTTCCCATCAAAGTTGACGAGTCAAAGCTTGACA
AGAAGATACTCAAGAGATATTTTGAGGATCATCCACATGAAAATCTTCCAGACTTTTCTG
ATAATTATGTCATCTTCAGGTGTGGTATTGGGATGGATAAAACCACAGATTTCTTTTTCA
TGGAGAAATTAGATGTGATCATATCACGTATTTGGTCATATTTCCTGAAA*TCACTTGGT
TAGA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3F583TF 704 0 0
GGAGGGACAAG
AAGAAGGGGGCTTCAGTTATAATCCTGTTCTTTGTCTTAAAAAAATCATCGAGGATCT*C
CTATCTTCCTAAAATCGGATCTCCAAAAGAGATGGCGGCGGAACGGAAAAAGGAAACGAT
TCGTCTGGAGCCCGAATCCGTCATCCCTATCCTCAAACCTAAGCTCATCATGACCTTGGC
TAATCTCATTGAACATAGCAATGATAGACAAGAGTTTCTCAAGCTCTGCAAGGGAATTGA
ATACACTGTCCGAGCTTGGTATAATCTTCAGTTTGAAGATTTGATGCAACTCTACTCTCT
TTTTGATCCTGTTCACGGTGCTCAGAAACTTCAGCAGCAGAACCTAACTTCTCAGGAAAT
TGATGTCCTTGAACAGAATTTCCTCGCTTACTTGTTTCAGGTTATGGACAAGAGCAACTT
TAAAATAACAACAGATGATGAGATCGAGGTTGCACGCTCTGGGCAGTATCTTCTGAATCT
TCCCATCAAAGTTGACGAGTCAAAGCTTGACAAGAAGATACTCAAGAGATATTTTGAGGA
GCATCCACATGAAAATCTTCCAGACTTTTCTGATAATTATGTCATCTTCAGGCGTGGTAT
TGGGATGGATAAAACCACAGATTTCTTTTTCATGGAGAAATTAGATGTGATCATATCACG
TATTTGGTCATATTTCCTGAAAATCACTTGGTT

QA 12 704 12 704
DS 

RD RR3G281TF 693 0 0
G
AGGGGGCTTCAGTTATAATCCTGTTCTTTGTCTTAAAAAA*TCATCGAGGATTT*CCTCT
CTTCCTAAAATCGGATCTCCAAAAGAGATGGCGGCGGAACGGAAAAAGGAAACGATTCGT
CTGGAGCCCGAATCCGTCATCCCTATCCTCAAACCTAAGCTCATCATGACCTTGGCTAAT
CTCATTGAACATAGCAATGACAGACAAGAGTTTCTCAAGCTCTGCAAGAGAATTGAATAC
ACTGTCCGAGCTTGGTATAACCTTCAGTTTGAAGATTTGATGCAACTCTACTCTCTTTTT
GATCCTGTACACGGTGCTCAGAAACTTCAGCAGCAGAACCTAACTTCTCAGGAAATTGAT
GTCCTTGAACAGAATTTCCTCGCTTACTTGTTTCAGGTTATGGACAAGAGCAACTTTAAA
ATAACAACAGATGATGAGATCGAGGTTGCACGCTCTGGGCAGTATCTTCTGAAT*TTCCC
ATCAAAGTTGACGAGTCAAAGCTTGACAAGAAGATACTCAAGAGATATTTTGAGGATCAT
CCACATGAAAATCTTCCAGACTTTTCTGATAATTATGTCATCTTCAGGCGTGGTATTGGG
ATGGATAAAACCACAGATTTCTTTTTCATGGAGAAATTAGATGTGATCATATCACGTATT
TGGTCATATTTCCTGAAAATCACTTGGTT
AGA

QA 2 690 2 690
DS 



AS 2 11

CO CL275Contig1 774 9 3 U
GGACACATTCACTTTTAAAGCCCAAAAGCCTAAGAGACAATTTGCAAATTAGCGGAAGAT
TCAAAAATGGCCAGGATCCTTGAGAAAACCGTGGAGCTAAAATCTTCGCCCGAGAAGTTC
TTTGACATGATTGTCGGGAAACAACACCAAGTCTCTAGTGTATGTCCGTCCCTCATTCAA
GGCTTTGAGCTGCGCGAAGGCGAAATGGGCAAAGCTGGTTCTATCGTACTCTGGAGATAC
GTTCAGGATGGGGAGGAAAAAATGATGATGGAGATGGTGGACTCAGTAGATCTGGAGAAC
AACAAGGTCACGATGAAGGTGTTAGATGGTGATTTAATGAAAGAGTACACTCATTTCTTG
ATCACCTTACAAGTGACCTCAAAGGAGGGACATCAAGTGATCTCAAAGGAGGGACATGTT
GGAAGTGTTGCACATTGGCACTTTAAATACGTGAAAATTAACAAGAAGGTGGCTGACCCC
GAGTCTCTCCTCCAATTTGCCGTCGAGGTATCCAAAATGATCGATGAACATCTCTTTTCC
AGGGAATAGAGGAAATATCTCTTGTATCAATCATACTTTATATCGATGTTCATATTTGTG
TGTTTGCCTTAAGTTCAGTCTTTAATAAAAGTGCTGTAAGATAAGGACTAAGGAGCCGCC
TTGTCCGAGTTTCTGAAAGCGTTGTGTGTTATGATTGTGTGGAAGTTATTACTTAGGCTA
CTCGATACTTATGTATGAAATGTTTGATAATAATAAAAGCCTATGTTTATATGG


BQ
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 25 50 25 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 15 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 20 10 10 

AF RR3DM71TF U 3
AF RR3E819TF U 1
AF RR3B096TF U 1
AF RR3G991TF U 1
AF RR3AB17TF U 1
AF RR3B096JQ C 1
AF RR3G991JQ C 239
AF RR3AB17JQ C 298
AF RR3E819JQ C 84
BS 1 771 RR3AB17TF
BS 772 772 RR3B096JQ
BS 773 774 RR3E819JQ

RD RR3DM71TF 522 0 0
GG
ACATTCACTTTTAAAGCCCAAAAGCCTAAGAGACAATTTGCAAATTAGCGGAAGATTCAA
AAATGGCCAGGATCCTTGAGAAAACCGTGGAGCTAAAATCTTCGCCCGAGAAGTTCTTTG
ACATGATTGTCGGGAAACAACACCAAGTCTCTAGTGTATGTCCGTCCCTCATTCAAGGCT
TTGAGCTGCGCGAAGGCGAAATGGGCAAAGCTGGTTCTATCGTACTCTGGAGATACGTTC
AGGATGGGGAGGAAAAAATGATGATGGAGATGGTGGACTCAGTAGATCTGGAGAACAACA
AGGTCACGATGAAGGTGTTAGATGGTGATTTAATGAAAGAGTACACTCATTTCTTGATCA
CCTTACAAGTGACCTCAAAGGAGGGACATCAAGTGATCTCAAAGGAGGGACATGTTGGAA
GTGTTGCACATTGGCACTTTAAATACGTGAAAATTAACAAGAAGGTGGCTGACCCCGAGT
CTCTCCTCCAATTTGCCGTCGAGGTATCCAAAATGATCGA

QA 3 522 3 522
DS 

RD RR3E819TF 614 0 0
GGACACATTCACTTTTAAAGCCCAAAAGCCTAAGAGACAATTTGCAAATTAGCGGAAGAT
TCAAAAATGGCCAGGATCCTTGAGAAAACCGTGGAGCTAAAATCTTCGCCCGAGAAGTTC
TTTGACATGATTGTCGGGAAACAACACCAAGTCTCTGGTGTATGTCCGTCCCTCATTCAA
GGCTTTGAGCTGCGCGAAGGCGAAATGGGCGAAGCTGGTTCTATCGTACTCTGGAGATAC
GTTCAGGATGGGGAGGAAAAAATGATGATGGAGATGGTGGACTCAGTAGATCTGGAGAAC
AACAAGGTCACGATGAAGGTGTTAGATGGTGATTTAATGAAAGAGTACACTCATTTCTTG
ATCACCTTACAAGTGACCTCAAAGGAGGGACATCAAGTGATCTCAAAGTAGGGACATGTT
GGAGGTGTTGCACATTGGCACTTTAAATACGTGAAAATTAACAAGAAGGTGGCTGACCCC
GAGTCTCTCCTCCAATTTGCCGTCGAGGTATCCAAAATGATCGATGAACATCTCTTTTCC
AGGGAATAGAGGAAATATCTCTTGTATCAATCATACTTTATATCGATGTTCATATTTGTG
TGTTTGCCTTAAGT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3B096TF 617 0 0
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TCAAAAATGGCCAGGATCCTTGAGAAAACCGTGGAGCTAAAATCTTCGCCCGAGAAGTTC
TTTGACATGATTGTCGGGAAACAACACCAAGTCTCTAGTGTATGTCTGTCCCTCATTCAA
GGCTTTGAGCTGCGCGAAGGCGAAATGGGCAAAGCTGGTTCTATCGTACTCTGGAGATAC
GTTCAGGATGGGGAGGAAAAAATGATGATGGAGATGGTGGACTCAGTAGATCTGGAGAAC
AACAAGGTCACGATGAAGGTGTTAGATGGTGATTTAATGAAAGAGTACACTCATTTCTTG
ATCACCTTACAAGTGACCTCAAAGGAGGGACATCAAGTGATCTCAAAGGAGGGACATGTT
GGAAGTGTTGCACATTGGCACTTTAAATACGTGAAAATTAACAAGAAGGTGGCTGACCCC
GAGTCTCTCCTCCAACTTGCCGCCGAGGTATCCAAAATGATCGATGAACATCTCTTTTCC
AGGGAATAGAGGAAATATCTCTTGTATCAATCATACTTTATATCGATGTTCATATTTGTG
TGTTTGCCTTAAGTTCA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3G991TF 691 0 0
GGACACATTCACTTTTAAAGCCCAAAAGCCTAAGAGACAATTTGCAAATTAGCGGAAGAT
TCAAAAATGGCCAGGATCCTTGAGAAAACCGTGGAGCTAAAATCTTCGCCCGAGAAGTTC
TTTGACATGATTGTCGGGAAACAACACCAAGTCTCTAGTGTATGTCCGTCCCTCATTCAA
GGCTTTGAGCTGCGCGAAGGCGAAATGGGCAAAGCTGGTTCTATCGTACTCTGGAGATAC
GTTCAGGATGGGGAGGAAAAAATGATGATGGAGATGGTGGACTCAGTAGATCTGGAGAAC
AACAAGGTCACGATGAAGGTGTTGGATGGTGATTTAATGAAAGAGTACACTCATTTCTTG
ATCACCTTACAAGTGACCTCAAAGGAGGGACATCAAGTGATCTCAAAGGAGGGACATGTT
GGAAGTGTTGCACATTGGCACTTTAAATACGTGAAAATTAACAAGAAGGTGGCTGACCCC
GAGTCTCTCCTCCAATTTGCCGTCGAGGTATCCAAAATGATCGATGAACATCTCTTTTCC
AGGGAATAGAGGAAATATCTCTTGTATCAATCATACTTTATATCGATGTTCATATTTGTG
TGTTTGCCTTAAGTTCAGTCTTTAATAAAAGTGCTGTAAGATAAGGACTAAGGAGCCGCC
TTGTCCGAGTTTCTGAAAGCGTTGTGTGTTA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3AB17TF 771 0 0
GGACACATTCACTTTTAAAGCCCAAAAGCCTAAGAGACAATTTGCAAATTAGCGGAAGAT
TCAAAAATGGCCAGGATCCTTGAGAAAACCGTGGAGCTAAAATCTTCGCCCGAGAAGTTC
TTTGACATGATTGTCGGGAAACAACACCAAGTCTCTAGTGTATGTCCGTCCCTCATTCAA
GGCTTTGAGCTGCGCGAAGGCGAAATGGGCAAAGCTGGTTCTATCGTACTCTGGAGATAC
GTTCAGGATGGGGAGGAAAAAATGATGATGGAGATGGTGGACTCAGTAGATCTGGAGAAC
AACAAGGTCACGATGAAGGTGTTAGATGGTGATTTAATGAAAGAGTACACTCATTTCTTG
ATCACCTTACAAGTGACCTCAAAGGAGGGACATCAAGTGATCTCAAAGGAGGGACATGTT
GGAAGTGTTGCACATTGGCACTTTAAATACGTGAAAATTAACAAGAAGGTGGCTGACCCC
GAGTCTCTCCTCCAATTTGCCGTCGAGGTATCCAAAATGATCGATGAACATCTCTTTTCC
AGGGAATAGAGGAAATATCTCTTGTATCAATCATACTTTATATCGATGTTCATATTTGTG
TGTTTGCCTTAAGTTCAGTCTTTAATAAAAGTGCTGTAAGATAAGGACTAAGGAGCCGCC
TTGTCCGAGTTTCTGAAAGCGTTGTGTGTTATGATTGTGTGGAAGTTATTACTTAGGCTA
CTCGATACTTATGTATGAAATGTTTGATAATAATAAAAGCCTATGTTTATA

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3B096JQ 773 0 0
GGACACATTCACTTTTAAAGCCCAAAAGCCTAAGAGACAATTTGCAAATTAGCGGAAGAT
TCAAAAATGGCCAGGATCCTTGAGAAAACCGTGGAGCTAAAATCTTCGCCCGAGAAGTTC
TTTGACATGATTGTCGGGAAACAACACCAAGTCTCTAGTGTATGTCTGTCCCTCATTCAA
GGCTTTGAGCTGCGCGAAGGCGAAATGGGCAAAGCTGGTTCTATCGTACTCTGGAGATAC
GTTCAGGATGGGGAGGAAAAAATGATGATGGAGATGGTGGACTCAGTAGATCTGGAGAAC
AACAAGGTCACGATGAAGGTGTTAGATGGTGATTTAATGAAAGAGTACACTCATTTCTTG
ATCACCTTACAAGTGACCTCAAAGGAGGGACATCAAGTGATCTCAAAGGAGGGACATGTT
GGAAGTGTTGCACATTGGCACTTTAAATACGTGAAAATTAACAAGAAGGTGGCTGACCCC
GAGTCTCTCCTCCAACTTGCCGCCGAGGTATCCAAAATGATCGATGAACATCTCTTTTCC
AGGGAATAGAGGAAATATCTCTTGTATCAATCATACTTTATATCGATGTTCATATTTGTG
TGTTTGCCTTAAGTTCAGTCTTTAATAAAAGTGCTGTAAGATAAGGACTAAGTAGCCGCC
TTGTCCGAGTTTCTGAAAGCGTTGTGTGTTATGATTGTGTGGAAGTTATTACTTAGGCTA
CTCGATACTTATGTATGAAATGTTTGATAATAATAAAAGCCTATGTTTATAT
G

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3G991JQ 535 0 0
ACGTTCAGGATGGGGAGGAAAAAATGATGATGGAGATGGTGGACTCAGTAGATCTGGAGA
ACAACAAGGTCACGATGAAGGTGTTGGATGGTGATTTAATGAAAGAGTACACTCATTTCT
TGATCCCCTTACAAGTGACCTCAAAGGAGGGACATCAAGTGATCTCAAAGGAGGGACATG
TTGGAAGTGTTGCACATTGGCACTTTAAATACGTGAAAATTAACAAGAAGGTGGCTGACC
CCGAGTCTTTCCTCCAATTTGCCGTCGAGGTTTCCAAAATGATCGATGAACATTTTTTTT
CCAGGGAATAGAGGAAATATTTCTTGTATCAATCATACTTTATATCGATGTTCATATTTG
TGTGTTTGCCTTAAGTTCAGTCTTTAATAAAAGTGCTGTAAGATAAGGACTAAGGAGCCC
CCTTGTCCGAGTTTTTGAAAGCGTTGTGTGTTATGATTGTGTGGAAGTTATTACTTAGGC
TACTCGATACTTATGTATGAAATGTTTGTTAATAATAAAAGCCTATGTTTATAT
G

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR3AB17JQ 470 0 0
AACAACAAGGTCACGATGAAGGTGTTAGATGGTGATTTAATGAAAGAGTACACTCATTTT
TTGATCCCCTTACAAGTGACCTCAAAGGAGGGACATCAAGTGATTTCAAAGGAGGGACAT
GTTGGAAGTGTTGCCCATTGGCACTTTAAATACGTGAAAATTAACAAGAAGGGGGCTGAC
CCCGAGTTTTTCCTCCAATTTGCCGTCGAGGTATCCAAAATGATCGATGAACATTTTTTT
TCCAGGGAATAGAGGAAATATTTTTTGTATCAATCATACTTTATATCGATGTTCATATTT
GTGTGTTTGCCTTAAGTTCAGTCTTTAATAAAAGTGCTGTAAGATAAGGACTAAGGAGCC
CCCTTGTCCGAGTTTTTGAAAGCGTTGTGTGTTATGATTGTGTGGAAGTTATTACTTAGG
CTACTCGATACTTATGTATGAAATGTTTGATAATAATAAAAGCCTATGTT

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR3E819JQ 691 0 0
GAAAACCGTGGAGCTAAAATCTTCGCCCGAGAAGTTCTTTGACATGATTGTCGGGAAACA
ACACCAAGTCTCTGGTGTATGTCCGTCCCTCATTCAAGGCTTTGAGCTGCGCGAAGGCGA
AATGGGCGAAGCTGGTTCTATCGTACTCTGGAGATACGTTCAGGATGGGGAGGAAAAAAT
GATGATGGAGATGGTGGACTCAGTAGATCTGGAGAACAACAAGGTCACGATGAAGGTGTT
AGATGGTGATTTAATGAAAGAGTACACTCATTTCTTGATCACCTTACAAGTGACCTCAAA
GGAGGGACATCAAGTGATCTCAAAGTAGGGACATGTTGGAGGTGTTGCACATTGGCACTT
TAAATACGTGAAAATTAACAAGAAGGTGGCTGACCCCGAGTCTCTCCTCCAATTTGCCGT
CGAGGTATCCAAAATGATCGATGAACATCTCTTTTCCAGGGAATAGAGGAAATATCTCTT
GTATCAATCATACTTTATATCGATGTTCATATTTGTGTGTTTGCCTTAAGTTCAGTCTTT
AATAAAAGTGCTGTAAGATAAGGACTAAGGAGCCGCCTTGTCCGAGTTTCTGAAAGCGTT
GTGTGTTATGATTTTGTGGAAGTTATTACTTAGGCTACTCGATACTTATGTATGAAATGT
TTGATAATAATAAAAGCCTATGTTTATATGG

QA 1 691 1 691
DS 



CO CL275Contig2 918 2 8 U
GACACATTCACTTTTAAAGCCCAAAAGCCTAAGAGACAATTTGCAAATTAGCGGAAGATT
CAAAAATGGCCAGGATCCTTGAGAAAACCGTGGAGCTAAAATCTTCGCCCGAGAAGTTCT
TTGACATGATTGTCGGGAAACAACACCAAGTCTCTAGTGTATGTCCGTCCCTCATTCAAG
GCTTTGTGCTGCGCGAAGGCGAAATGGGCAAAGCTGGTTCTATCGTACTCTAGAGATACG
TTCAGGGCAAGTTAACGCTATCATTCTCTACTTATATTAATACACATTAAGACGATTCTA
AATCAAAATATCTTTTATATTTTCTGATTTTATTCGAATGCGAGATTTCTAACAATATTA
AACTAGTTATGCGTAAATGCTATATATGGTCAGATGGGGAGGAAAAAATGATGATGGAGA
TGGTGGACTCAGTAGATCTGGAGAACAACAAGGTCACGATGAAGGTGTTAGATGGTGATT
TAATGAAAGAGTACACTCATTTCTTGATCACCTTACAAGTGACCTCAAAGGAGGGACATC
AAGTGATCTCAAAGGAGGGACATGTTGGAAGTGTTGCACATTGGCACTTTAAATACGTGA
AAATTAACAAGAAAGTGGCTGACCCCGAGTCTCTCCTCCAATTTGCCGTCGAGGTATCCA
AAATGATCGATGAACATCTCTTTTCCAGGGAATAGAGGAAATATCTCTTGTATCAATCAT
ACTTTATATCGATGTTCATATTTGTGTGCTTGCCTTAAGTTCAGTCTTTAATAAAAGTGC
TGTAAGATAAGGACTAAGGAGTCGCCTTGTCCGAGTTTCTGAAAGCGTTGTGTGTTATGA
TTGTGTGGAAGTTATTACTTAGGCTACTCGATACTTATGTATGAAATGTTTGATAATAAT
AAAAGCCTATGTTTATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C369TF U 1
AF RR3C369JQ C 141
BS 1 708 RR3C369TF
BS 709 709 RR3C369JQ
BS 710 715 RR3C369TF
BS 716 716 RR3C369JQ
BS 717 760 RR3C369TF
BS 761 761 RR3C369JQ
BS 762 770 RR3C369TF
BS 771 918 RR3C369JQ

RD RR3C369TF 780 0 0
GACACATTCACTTTTAAAGCCCAAAAGCCTAAGAGACAATTTGCAAATTAGCGGAAGATT
CAAAAATGGCCAGGATCCTTGAGAAAACCGTGGAGCTAAAATCTTCGCCCGAGAAGTTCT
TTGACATGATTGTCGGGAAACAACACCAAGTCTCTAGTGTATGTCCGTCCCTCATTCAAG
GCTTTGTGCTGCGCGAAGGCGAAATGGGCAAAGCTGGTTCTATCGTACTCTAGAGATACG
TTCAGGGCAAGTTAACGCTATCATTCTCTACTTATATTAATACACATTAAGACGATTCTA
AATCAAAATATCTTTTATATTTTCTGATTTTATTCGAATGCGAGATTTCTAACAATATTA
AACTAGTTATGCGTAAATGCTATATATGGTCAGATGGGGAGGAAAAAATGATGATGGAGA
TGGTGGACTCAGTAGATCTGGAGAACAACAAGGTCACGATGAAGGTGTTAGATGGTGATT
TAATGAAAGAGTACACTCATTTCTTGATCACCTTACAAGTGACCTCAAAGGAGGGACATC
AAGTGATCTCAAAGGAGGGACATGTTGGAAGTGTTGCACATTGGCACTTTAAATACGTGA
AAATTAACAAGAAAGTGGCTGACCCCGAGTCTCTCCTCCAATTTGCCGTCGAGGTATCCA
AAATGATCGATGAACATCTCTTTTCCAGGGAATAGAGGAAATATCTCT*GTATCA*TCAT
ACTTTATATCGATGTTCATATTTGTGTGCTTGCCTTAAGT*CAGTCTTTA
TAAAGTGCTG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3C369JQ 778 0 0
CAACACCAAGTCTCTAGTGTATGTCCGTCCCTCATTCAAGGCTTTGTGCTGCGCGAAGGC
GAAATGGGCAAAGCTGGTTCTATCGTACTCTAGAGATACGTTCAGGGCAAGTTAACGCTA
TCATTCTCTACTTATATTAATACACATTAAGACGATTCTAAATCAAAATATCTTTTATAT
TTTCTGATTTTATTCGAATGCGAGATTTCTAACAATATTAAACTAGTTATGCGTAAATGC
TATATATGGTCAGATGGGGAGGAAAAAATGATGATGGAGATGGTGGACTCAGTAGATCTG
GAGAACAACAAGGTCACGATGAAGGTGTTAGATGGTGATTTAATGAAAGAGTACACTCAT
TTCTTGATCCCCTTACAAGTGACCTCAAAGGAGGGACATCAAGTGATCTCAAAGGAGGGA
CATGTTGGAAGTGTTGCACATTGGCACTTTAAATACGTGAAAATTAACAAGAAGGTGGCT
GACCCCGAGTCTCTCCTCCAATTTGCCGTCGAGGTATCCAAAATGATCGATGAACATCTC
TTTTCCAGGGAATAGAGGAAATATCTCTTGTATCAATCATACTTTATATCGATGTTCATA
TTTGTGTGCTTGCCTTAAGTTCAGTCTTTAATAAAAGTGCTGTAAGATAAGGACTAAGGA
GTCGCCTTGTCCGAGTTTCTGAAAGCGTTGTGTGTTATGATTGTGTGGAAGTTATTACTT
AGGCTACTCGATACTTATGTATGAAATGTTTGATAATAATAAAAGCCTATGTTTATAT

QA 1 778 1 778
DS 



AS 2 11

CO CL276Contig1 692 6 5 U
TTTTTTTTCGGGATGAAGATGGATTTTATAACCTACTCATCCGCGGAACCCACAAAGACA
GTTTGTTCTAGCACAACATTCTTTATAATAACTCAGAAACATAACTTCAGACAAAAGACG
ATATTCAAGCCTTCTGAGTGGAGTAGCCAAGGATCAAGTCACGAATCTCTTCACTATTAG
CTCTGTCAAGAGCGGTTCTTCCATCAGCATCCTTGACCGAGTAGCTAGCGCCAGCTCTAA
GCAGCTCCTCTATCTTTGGTTTGTCACCTTCCGTGGCTGCCAACATCAGTAGAATATCAA
CGGGGTGAATGTTTAGGTTTAGAAGTGCTTCCATCTTTGAATAGGTGCCTTCTACCGCAA
GCATCCCCATGTAATTGAAATATTGTTCAACGTCGTCTTTGTCGAAGTCATCGCGTGTTT
GACTGCCGTAGATTCCGGCACTTTCAGCATCGACGCCGTTCTTGCCGAACTTGAACCAGC
AGGTGGTTCTTGAACCGTTGGAGGGTCCGAGTCTGTTGGGTCGGATCCGAAGCTTTAAGT
TTCGGGTTCCGAGGAATTTAGAGGAGAGCAGCCTTGGTGAAGAAGAATGGTTGATGGGTT
TGGTGGAGAAGAGTGAAGGTGCGCATGAGAAGGAGATGGAAGAACAAGGAGCCATTGCTG
TTCTGTCTCTTGATGCTTCCAACTATCCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 20 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3EQ65JQ U 124
AF RR3DE72TF C 1
AF RR3BX07JQ U 3
AF RR3EQ65TF C 139
AF RR3DE72JQ U 9
AF RR3BX07TF C 3
BS 1 11 RR3DE72TF
BS 12 113 RR3BX07JQ
BS 114 114 RR3DE72JQ
BS 115 688 RR3BX07JQ
BS 689 692 RR3BX07TF

RD RR3EQ65JQ 302 0 0
TTCAAGCCTTCTGAGTGGAGTAGCCAAGGATCAAGTCACGAATCTCTTCACTATTAGCTC
TGTCAAGAGCGGTTCTTCCATCAGCATCCTTGACCGAGTAGCTAGCGCCAGCTCTAAGCA
GCTCCTCTATCTTTGGTTTGTCACCTTCCGTGGCTGCCAACATCAGTAGAATATCAACGG
GGTGAATGTTTAGGTTTAGAAGTGCTTCCATCTTTGAATAGGTGCCTTCTACCGCAAGCA
TCCCCATGTAATTGAAATATTGTTCAACGTCCTCTTTGTCGAAGTCATCGCGTGTTTGAC
TG

QA 1 302 1 302
DS 

RD RR3DE72TF 672 0 0
TTTTTTTTCGGGATGGAGATGGATTTTATAAC*TACTCATCCGCGGGACCCATAAAGACA
GTTTGTTCTAGCACAACATTCTTTATAATAACTCAGAAACATAACTTCAGACTAAAGATG
ATATTCAAGCCTTCTGAGTGGAGTAGCCAAGGATCAAGTCACGAATCTCTTCACTGTTAG
CTCTGTCAAGAGCGGTTCTTCCATCAGCATCCTTGACCGAGTAGCTCGCGCCAGCTCTAA
GCAGCTCCTCTATCTTTGGTTTGTCACCTTATGTGGCTGCCAACATCAGTAGAATATCAA
CGGGATGAATGTTTAGGTTTAGAAGTGCCTCCATCTTCGAATAGGTGCCTTCTACCGCAA
GCATCCCCATGTAATTGAAATATTGTTCAACGTCGTCTTTGTCGAAGTCATCGCGTGTCT
GACTGCCATAGATTCCGGCACTTTCAGCATCGACGCCGTTCTTGCCGAACTTGAACCAGC
AGGTGGTTCTTGAACCGTTGGAGGGTCCGAGTCTGTTGGGTCGGATCCGAAGCTTTAAGT
TTCGGGTTCCGAGGAATTTAGAGGAGAGCAGCCTTGGTGAAGAAGAATGGTTGATGGGTT
TGGTGGAGAAGAGTGAAGGTGCGCATGAGAAGGAGATGGAAGAACAAGAAGCCATTGCTG
TTCTGTCTCTT
C

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3BX07JQ 686 0 0
AAGAAAGGA
GATGAAGATGGATTTTATAACCTACTCATCCGCGGAACCCACAAAGACAGTTTGTTCTAG
CACAACATTCTTTATAATAACTCAGAAACATAACTTCAGACAGAAGACGATATTCAAGCC
TTCTGAGTGGAGTAGCCAAGGATCAAGTCACGAATCTCTTCACTATTAGCTCTGTCAAGA
GCGGTTCTTCCATCAGCATCCTTGACCGAGTAGCTAGCGCCAGCTCTAAGCAGCTCCTCT
ATCTTTGGTTTGTCACCTTCCGTGGCTGCCAACATCAGTAGAATATCAACGGGGTGAATG
TTTAGGTTTAGAAGTGCTTCCATCTTTGAATAGGTGCCTTCTACCGCAAGCATCCCCATG
TAATTGAAATATTGTTCAACGTCGTCTTTGTCGAAGTCATCGCGTGTTTGACTGCCGTAG
ATTCCGGCACTTTCAGCATCGACGCCGTTCTTGCCGAACTTGAACCAGCAGGTGGTTCTT
GAACCGTTGGAGGGTCCGAGTCTGTTGGGTCGGATCCGAAGCTTTAAGTTTCGGGTTCCG
AGGAATTTAGAGGAGAGCAGCCTTGGTGAAGAAGAATGGTTGATGGGTTTGGTGGAGAAG
AGTGAAGGTGCGCATGAGAAGGAGATGGAAGAACAAGGAGCCATTGCTGTTCTGTCTCTT
GATGCTTCCAACTATCC

QA 10 686 10 686
DS 

RD RR3EQ65TF 528 0 0
TGGAGTAGCCAAGGATCAAGTCACGAATCTCTTCACTATTAGCTCTGTCAAGAGCGGTTC
TTCCATCAGCATCCTTGACCGAGTAGCTAGCGCCAGCTCTAAGCAGCTCCTCTATCTTTG
GTTTGTCACCTTCCGTGGCTGCCAACATCAGTAGAATATCAACGGGGTGAATGTTTAGGT
TTAGAAGTGCTTCCATCTTTGAATAGGTGCCTTCTACCGCAAGCATCCCCATGTAATTGA
AATATTGTTCAACGTCGTCTTTGTCGAAGTCATCGCGTGTTTGACTGCCGTAGATTCCGG
CACTTTCAGCATCGACGCCGTTCTTGCCGAACTTGAACCAGCAGGTGGTTCTTGAACCGT
TGGAGGGTCCGAGTCTGTTGGGTCGGATCCGAAGCTTTAAGTTCCGGGTTCCGAGGAATT
TAGAGGAGAGCAGCCTTGGTGAAGAAGAATGGTTGATGGGTTTGGTGGAGAAGAGTGAAG
GTGCGCATGAGAAGGAGATGGAAGAACAAGGAGCCATTGCTGTTCTCC

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR3DE72JQ 664 0 0
CGG
GATGGAGATGGATTTTATAACCTACTCATCCGCGGGACCCATAAAGACAGTTTGTTCTAG
CACAACATTCTTTATAATAACTCAGAAACATAACTTCAGACTAAAGATGATATTCAAGCC
TTCTGAGTGGAGTAGCCAAGGATCAAGTCACGAATCTCTTCACTGTTAGCTCTGTCAAGA
GCGGTTCTTCCATCAGCATCCTTGACCGAGTAGCTCGCGCCAGCTCTAAGCAGCTCCTCT
ATCTTTGGTTTGTCACCTTATGTGGCTGCCAACATCAGTAGAATATCAACGGGATGAATG
TTTAGGTTTAGAAGTGCCTCCATCTTCGAATAGGTGCCTTCTACCGCAAGCATCCCCATG
TAATTGAAATATTGTTCAACGTCGTCTTTGTCGAAGTCATCGCGTGTCTGACTGCCATAG
ATTCCGGCACTTTCAGCATCGACGCCGTTCTTGCCGAACTTGAACCAGCAGGTGGTTCTT
GAACCGTTGGAGGGTCCGAGTCTGTTGGGTCGGATCCGAAGCTTTAAGTTTCGGGTTCCG
AGGAATTTAGAGGAGAGCAGCCTTGGTGAAGAAGAATGGTTGATGGGTTTGGTGGAGAAG
AGTGAAGGTGCGCATGAGAAGGAGATGGAAGAACAAGAAGCCATTGCTGTTCTGTCTCTT
C

QA 4 663 4 663
DS 

RD RR3BX07TF 690 0 0
AAGAAAGGA
GATGAAGATGGATTTTATAACCTACTCATCCGCGGAACCCACAAAGACAGTTTGTTCTAG
CACAACATTCTTTATAATAACTCAGAAACATAACTTCAGACAGAAGACGATATTCAAGCC
TTCTGAGTGGAGTAGCCAAGGATCAAGTCACGAATCTCTTCACTATTAGCTCTGTCAAGA
GCGGTTCTTCCATCAGCATCCTTGACCGAGTAGCTAGCGCCAGCTCTAAGCAGCTCCTCT
ATCTTTGGTTTGTCACCTTCCGTGGCTGCCAACATCAGTAGAATATCAACGGGGTGAATG
TTTAGGTTTAGAAGTGCTTCCATCTTTGAATAGGTGCCTTCTACCGCAAGCATCCCCATG
TAATTGAAATATTGTTCAACGTCGTCTTTGTCGAAGTCATCGCGTGTTTGACTGCCGTAG
ATTCCGGCACTTTCAGCATCGACGCCGTTCTTGCCGAACTTGAACCAGCAGGTGGTTCTT
GAACCGTTGGAGGGTCCGAGTCTGTTGGGTCGGATCCGAAGCTTTAAGTTTCGGGTTCCG
AGGAATTTAGAGGAGAGCAGCCTTGGTGAAGAAGAATGGTTGATGGGTTTGGTGGAGAAG
AGTGAAGGTGCGCATGAGAAGGAGATGGAAGAACAAGGAGCCATTGCTGTTCTGTCTCTT
GATGCTTCCAACTATCCGTCC

QA 10 690 10 690
DS 



CO CL276Contig2 649 5 6 U
GGAAGAGGGAGAACAGCAATGGCTTCTTGTTCTTCCATCTCCTTCTCATGCGCACCTTCA
CTCTTCTCCACCAAACCCATCAACCATTCTTCTTCACCAAGGCTGCTCTCCTCTAAATTC
CTCGGAACCCGAAACTTAAAGCTTCGGATCCGACCCAACAGACTCGGACCCTCCAACGGT
TCAAGAACCACCTGCTGGTTCAAGTTCGGCAAGAACGGCGTGGATGCTGAAAGTGCTGGA
ATCTATGGTAGTCAAACACGCGATGACTTCGACAAAGACGACGTTGAACAATATTTCAAT
TACATGGGGATGCTTGCGGTAGAAGGCACATATTCAAAGATGGAAGCACTTCTTAACCTA
AACATTCATCCAGTTGATATTCTACTGATGTTGGCAGCCACAGAAGGTGACAAACCGAAG
ATAGAGGAGCTGCTTAGAGCTGGCGCTAGCTACTCGGTCAAGGATGCTGATGGAAGAACC
GCTCTTGACAGAGCTAACAGTGAAGAGATTCGTGACTTGATCCTTGGCTACTCCACTCAG
AAGGCTTGAATATCTTCTTTTGTCTTAAGTTATGTCCCAGAGTTTTCTTTTTAAAGAATG
TTGTGCTAGAACAAACTGTCTTTGTGGGTTCCGCGGATGAGTAGGTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 15 30 30 30 30 30 

AF RR3FV75TF U 1
AF RR3AG51TF U 8
AF RR3F236JQ C 8
AF RR3F236TF U 8
AF RR3AG51JQ C 115
BS 1 7 RR3FV75TF
BS 8 9 RR3AG51TF
BS 10 97 RR3FV75TF
BS 98 98 RR3AG51TF
BS 99 641 RR3FV75TF
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RD RR3FV75TF 641 0 0
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CTCTTCTCCACCAAACCCATCAACCATTCTTCTTCACTAAGGCTGCTCTCCTCTAAATTC
CTCGGAACCCGAAACTTAAAGCTTCGGATCCGACCCAACAGACTCGGACCCTCCAACGGT
TCAAGAACCACCTGCTGGTTCAAGTTCGGCAAGAACGGCGTGGATGCTGAAAGTGCTGGA
ATCTATGGTAGTCAAACACGCGATGACTTCGACAAAGACGACGTTGAACAATATTTCAAT
TACATGGGGATGCTTGCGGTAGAAGGCACATATTCAAAGATGGAAGCACTTCTTAACCTA
AACATTCATCCAGTTGATATTCTACTGATGTTGGCAGCCACAGAAGGTGACAAACCGAAG
ATAGAGGAGCTGCTTAGAGCTGGCGCTAGCTACTCGGTCAAGGATGCTGATGGAAGAACC
GCTCTTGACAGAGCTAACAGTGAAGAGATTCGTGACTTGATCCTTGGCTACTCCACTCAG
AAGGCTTGAATATCTTCTTTTGTCTTAAGTTATGTCCCAGAGTTTTCTTTTTAAAGAATG
TTGTGCTAGAACAAACTGTCTTTGTGGGTTCCGCGGATGAG

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3AG51TF 642 0 0
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CCACCAAACCTATCAACCATTCTTCTTCACCAAGGCTGCTCTCCTCTAAATTCCTCGGAA
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GTAGTCAAACACGCGATGACTTCGACAAAGACGACGTTGAACAATATTTCAATTACATGG
GGATGCTTGCGGTAGAAGGCACATATTCAAAGATGGAAGCACTTCTTAACCTAAACATTC
ATCCAGTTGATATTCTACTGATGTTGGCAGCCACAGAAGGTGACAAACCGAAGATAGAGG
AGCTGCTTAGAGTTGGCGCTACCTACTCGGTCAAGGATGCTTATGGAAGAACCGCTCTTG
ACAGAGCTAACAGTGAAGAGATTCGTGACTTGATCCTTGGCTACTCCACTCAGAAGGCTT
GAATATCTTCTTTTGTCTTAAGTTATGTCCCAGAGTTTTCTTTTTAAAGAATGTTGTGCT
AGAACAAACTGTCTTTGTGGGTTCCGCGGATGAGTAGGTTAT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3F236JQ 642 0 0
GGAGAACAGCAATGGCTTCTTGTTCTTCCATCTCCTTCTCATGCGCACCTTCACTCTTCT
CCACCAAACCCATCAACCATTCTTCTTCACCAAGGCTGCTCTCCTCTAAATTCCTCGGAA
CCCGAAACTTAAAGCTTCGGATCCGACCCAACAGACTCGGCCCCTCCAACGGTTCAAGAA
CCACCTGCTGGTTCAAGTTCGGCAAGAACGGCGTGGATGCTGAAAGTGCTGGAATCTATG
GTAGTCAAACACGCGATGACTTCGACAAAGACGACGTTGAACAATATTTCAATTACATGG
GGATGCTTGCGGTAGAAGGCACATATTCAAAGATGGAAGCACTTCTTAACCTAAACATTC
ATCCAGTTGATATTCTACTGATGTTGGCAGCCACAGAAGGTGACAAACCGAAGATAGAGG
AGCTGCTTAGAGCTGGCGCTAGCTACTCGGTCAAGGATGCTGATGGAAGAACCGCTCTTG
ACAGAGCTAACAGTGAAGAGATTCGTGACTTGATCCTTGGCTACTCCACTCAGAAGGCTT
GAATATCTTCTTTTGTCTTAAGTTATGTCCCAGAGTTTTCTTTTTAAAGAATGTTGTGCT
AGAACAAACTGTCTTTGTGGGTTCCGCGGATGAGTAGGTTAT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3F236TF 642 0 0
GGAGAACAGCAATGGCTTCTTGTTCTTCCATCTCCTTCTCATGCGCACCTTCACTCTTCT
CCACCAAACCCATCAACCATTCTTCTTCACCAAGGCTGCTCTCCTCTAAATTCCTCGGAA
CCCGAAACTTAAAGCTTCGGATCCGACCCAACAGACTCGGCCCCTCCAACGGTTCAAGAA
CCACCTGCTGGTTCAAGTTCGGCAAGAACGGCGTGGATGCTGAAAGTGCTGGAATCTATG
GTAGTCAAACACGCGATGACTTCGACAAAGACGACGTTGAACAATATTTCAATTACATGG
GGATGCTTGCGGTAGAAGGCACATATTCAAAGATGGAAGCACTTCTTAACCTAAACATTC
ATCCAGTTGATATTCTACTGATGTTGGCAGCCACAGAAGGTGACAAACCGAAGATAGAGG
AGCTGCTTAGAGCTGGCGCTAGCTACTCGGTCAAGGATGCTGATGGAAGAACCGCTCTTG
ACAGAGCTAACAGTGAAGAGATTCGTGACTTGATCCTTGGCTACTCCACTCAGAAGGCTT
GAATATCTTCTTTTGTCTTAAGTTATGTCCCAGAGTTTTCTTTTTAAAGAATGTTGTGCT
AGAACAAACTGTCTTTGTGGGTTCCGCGGATGAGTATGTTAT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3AG51JQ 535 0 0
AAATTCCTCGGAACCCGAAACTTAAAGCTTCGGATCCGACCCAACAGACTCGGACCCTCC
AACGGTTCAAGAACCACCTGCTGGCTCAAGTTCGGCAAGAACGGCGTGGATACTGAAAGT
GCTGGAATCTATGGTAGTCAAACACGCGATGACTTCGACAAAGACGACGTTGAACAATAT
TTCAATTACATGGGGATGCTTGCGGTAGAAGGCACATATTCAAAGATGGAAGCACTTTTT
AACCTAAACATTCATCCAGTTGATATTTTACTGATGTTGGCAGCCACAGAAGGTGACAAA
CCGAAGATAGAGGAGCTGCTTAGAGTTGGCGCTACCTACTCGGTCAAGGATGCTTATGGA
AGAACCGCTCTTGACAGAGCTAACAGTGAAGAGATTCGTGACTTGATCCTTGGCTACTCC
ACTCAGAAGGCTTGAATATCTTCTTTTGTCTTAAGTTATGTCCCAGAGTTTTCTTTTTAA
AGAATGTTGTGCTAGAACAAACTGTCTTTGTGGGTTCCGCGGATGAGTAGGTTAT

QA 1 535 1 535
DS 



AS 1 11

CO CL277Contig1 1059 11 58 U
GGGAGAAAACGAACGGAAAAAACGATCGAGTATGAGTTTAGGAGTGAGAGTTAGCGTGTG
CTCATATCCATCGCTTGCGTTATCCTCGAGGGATGTTTCTCTCCCTTCCTCATCTCTCTA
CTTTGGTCGGAAAATTCACCGATCAAGCTTCGATACTGACCTGAAGCTACGTTGTAAATC
AAACAGAACACGCAGAACCAAGCCAGTGTTGGCTGTTATAAAGTCAAGTCGTGTTCCGGA
GATTGATTCCTCTTCGGAACCAATTCAAGTGTTCGATGGCTCCACAAGGTTGTACATATC
TTACTCTTGCCCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGCTCGGAACTACAAGGGTCTGCAAGA
CAAGATAGAACTTGTACCAATTGATCTCAAGAACAGGCCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGT
GTACCCGGCTAACAAGGTGCCTGCATTAGAGCACAATAACCGAGTGATGGGAGAGAGCCT
TGACCTGATTAAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCACCCACTAGTGT
AGAGAAGGAAGCATTCGCTGATGAGTTAATCTCTTACACCGACTCCTTCTCCAAGGCCGT
ACGATCCACATTATCAGGTGCCGACAGTGATGCAGCAGGTGCTGCATTTGATTACATTGA
GCAGGCTCTTTCCAAATTCAAACAAGGGCCTTTCTTCCTTGACCTGTTTAGTTTGGTTGA
TATTGCATATATTCCGTTCATAGAGAGATTCCATCTTATCTTTAAGGATGTAATGAATGT
GGACATCACATCTGGTCGGCCAAACCTCGCCCTTTGGATTGAGGAGATGAACACTATTGA
AGCTTACACAGAAACCCGTCAAGATCCACAAGAGATAGTTGAGAGACACAAGAAACGAGC
CCAAGCAGAAGCACGTCCCTAAGCATATGAGAGTTTGAGTCATCAAAGATTTGTTTAATA
TTATCATTTATATTGTATCCGGAAAAAGAATGTAAAAGCATCTACATTGACACAGGCAAC
AACTGTTTTTCATAATCTCAACTGCTTGCTTACTCTCCC


BQ
10 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 0 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 20 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 0 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 25 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 35 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 50 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 30 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 35 60 60 30 60 60 60 60 
60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 45 45 45 45 45 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 45 60 35 60 60 60 60 60 60 30 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 
60 60 30 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 30 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3EX58TF U 1
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AF RR3AX24TF U 400
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RD RR3BM84TF 628 0 0
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CTCATATCCATCGCTTGCGTTATCCTCGAGGGATGTTTCTCTCCCTTCCTCATCTCTCTA
CTTTGGTCGGAAAATTCACCGATCAAGCTTCGATACTGACCTGAAGCTACGTTGTAAATC
AAACAGAACACGCAGAACCAAGCCAGTGTTGGCTGTTATAAACTCAAGTCGTGTTCCGGA
GATTGATTCCTCTTCGGAACCAATTCAAGTGTTCGATGGCTCGACAAGGTTGTACATATC
TTACTCTTGCCCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGCTCGTAACTACAAGGGTTTGCAAGA
CAAGATAGAACTTGTACCAATTGATCTCAAGAACAGACCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGT
GTACCCGGCTAACAAGGTGCCTGCATTAGAGCACAATAACCGAGTGATAGGAGAGAGCCT
TGACCTGATTAGGTACATCGACACCAATTTCGAAGGACCTTCACTTGCACCCACTGGTGT
AGAGAAGGAAGCATTCGCTGATGAGTTAATCTCTTACACCGACTCCTTCTCCAAG*CCGT
ACGATCCACATTATCAG*TGCCGACAGT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3EX58TF 726 0 0
G
GGAGAGAACGAACGGAAAAAACGATCGAGTATGAGTTTAGGAGTGAGAGTTAGCGTGTGC
TCATATCCATCGCTTGCGTTATCCTCGAGGGATGTTTCTCTCCCTTCCTCATCTCTCTAC
TTTGGTCAGAAAATTCACCGATCAAGCTTCGATACTGACCTGAAGCTACGTTGTAAATCA
AACGGAACACGCAGAACCAAGCCAGTGTCGGCTTTTATAAAGTCAAGTCGTGTTCCGGAG
ATTGATTCCTCTTCGGAACCAATTCAAGTGTTCGACGGCTTGACAAGGTTGTATATATCT
TATTCTTGCCCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGCTCGGAACTACAAGGGTCTGCAAGAC
AAGATGGAACTTGTACCAATTGATCTCAAGAACAGGCCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGTG
TACCCGGCTAACAAGGTGCCTGCGTTAGAGCACAATAACCGAGTGATGGGAGAGAGCCTT
GACCTGATTAAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCACCCACTAGTGTA
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ATTGC

QA 2 726 2 726
DS 

RD RR3CG26TF 752 0 0
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TCATATCCATCGCTTGCGTTATCCTCGAGGGATGTTTCTCTCCCTTCCTCATCTCTCTAC
TTTGGTCGGAAAATTCACCGATCAAGCTTCGATACTGACCTGAAGCTACGTTGTAAATCA
AACAGAACACGCAGAACCAAGCCAGTGTTGGCTGTTATAAACTCAAGTCGTGTTCCGGAG
ATTGATTCCTCTTCGGAACCAATTCAAGTGTTCGATGGCTCGACAAGGTTGTACATATCT
TACTCTTGCCCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGCTCGTAACTACAAGGGTTTGCAAGAC
AAGATAGAACTTGTACCAATTGATCTCGAGAACAGACCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGTG
TACCCGGCTAACAAGGTGCCTGCATTAGAGTACAATAACCGAGTGATAGGAGAGAGCCTT
GACCTGATTAAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCACCCACTGGTGTA
GAGAAGGAAGCATTCGCTGATGAGTTAATCTCTTACACCGACTCCTTCTCCAAG*CCGTA
CGATCCACATTATCAG*TGCCGACAGTGATGCAGCAG*TGCTGCATTTGAT*ACATTGAG
CAG*CTCTTTCAGACT*CAAACAAGG*CCTTTCT*CCTTGACCTGTTTAGTTTGGTCGAT
ATTGCATATATTCCGT*CATAGAGAGATTC
AT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3A626TF 825 0 0
CTCA
TCATATCCATCGCTTGCGTTATCCTCGAGGGATGTTTCTCTCCCTTCCTCATCTCTCTAC
TTTGGTCGGATAATTCACCGATCAAGCTTCGATTCTGACCTGAAGCTACGTTGTAAATCA
AACGGAACACGCAGAACCAGGCCAGTGTTGGCTGTTATAAAGTCAAGTCGTGTTCCGGAG
ATTGATTCCTCTTCGGAACCAATTCAAGTGTTCGATGGCTCCACAAGGTT*TACATATCT
TACTCTTGCCCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGCTCGCAACTACAAGGGTCTGCAAGAC
AAGATAGAACTTGTACCAATTGATCTCGGGAACAGGCCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGTG
TACCCGGCTAACAAGGTGCCTGCATTAGAACACAATAACCGAGTGATGGGAGAGAGCCTT
GACCTGATTAAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCACCCACTAGTGTA
GAGAAGGAAGCATTCGCTGATGAGTTAATCTCTTACACCGACTCCTTCTCCAAGGCCGTA
CGATCCACATTATCAGGTGCCGACAGTGATGCAGCAGGTGCTGCATTTGATTACCTTGAG
CAGGCTCTTTCCAAATTCAAACAAGGGCCTTTCTTCCTTGATCGATTTAGTTTGGTTGAT
ATTGCATATATTCCATTCATAGAGAGATTCCATCTTATCTTTAAGGATGTAATGAATGTG
GACATCACATCTGGTCGGC*AAACCTCGCCCTTTGGATTGAGGAGATGAACACTATTGAA
GCTTACACAGAAACACGTCA*GATCCACA*GAGATAGTTGA

QA 5 825 5 825
DS 

RD RR3A626JQ 766 0 0
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TGGCTCCACAAGGTT*TACATATCTTACTCTTGCCCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGC
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GCCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGTGTACCCGGCTAACAAGGTGCCTGCATTAGAACACAA
TAACCGAGTGATGGGAGAGAGCCTTGACCTGATTAAGTACATCGACACCAATTTCGAAGG
GCCTTCACTTGCACCCACTAGTGTAGAGAAGGAAGCATTCGCTGATGAGTTAATCTCTTA
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AGGTGCTGCATTTGATTACCTTGAGCAGGCTCTTTCCAAATTCAAACAAGGGCCTTTCTT
CCTTGATCGATTTAGTTTGGTTGATATTGCATATATTCCATTCATAGAGAGATTCCATCT
TATCTTTAAGGATGTAATGAATGTGGACATCACATCTGGTCGGCCAAACCTCGCCCTTTG
GATTGAGGAGATGAACACTATTGAAGCTTACACAGAAACACGTCAAGATCCACAAGAGAT
AGTTGAGAGATACAAGAAACGAGCCCAAGCAGAAGCACGTCCCTAAGCAGATGAGAGTTT
GAGTAATCAAAGATTTGTTTTATATTATCATTTATATTGTATCCGG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3BZ05TF 669 0 0
G
CCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGCTCGGAACTACAAGGGTCTGCAAGACAAGATGGAA
CTTGTACCAATTGATCTCAAGAACAGGCCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGTGTACCCGGCT
AACAAGGTGCCTGCGTTAGAGCACAATAACCGAGTGATGGGAGAGAGCCTTGACCTGATT
AAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCACCCACTAGTGTAGAGAAGGAA
GCATTCGCTGATGAGCTAATCTCTTACACCGACTCTTTCTCCAAGGCCGTACGATCCACA
TTATCAGGTGCTGACAGTGATGCAGCAGGTGCTGCCTTTGATTACATTGAGCAGGCTCTT
TCCAAATTCAAACAAGGGCCTTTCTTCCTTGACCTGTTTAGTTTGGTTGATATTGCATAT
ATTCCGTTCATAGAGAGATTCCATCTTATCTTTAAGGATGTAATGAATGTGGACATCACG
TCTGGGCGGCCAAACCTCGCCCTTTGGATTGAGGAGATGAACACTATTGAAGCTTACACA
GAAACCCGTCAAGATCCACAAGAGATAGTTGAGAGACACAAAAAACGAGCCCAAGCAGAA
GCACGTCCCTAAGCATATGAGAGTTTGAGTCATCAAAGATTTGTTTAATATTATCATTTA
TTTTGTAT

QA 2 669 2 669
DS 

RD RR3EX58JQ 742 0 0
GTAT
ATATCTTATTCTTGCCCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGCTCGGAACTACAAGGGTCTG
CAAGACAAGATGGAACTTGTACCAATTGATCTCAAGAACAGGCCTGCTTGGTACAAGGAG
AAAGTGTACCCGGCTAACAAGGTGCCTGCGTTAGAGCACAATAACCGAGTGATGGGAGAG
AGCCTTGACCTGATTAAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCACCCACT
AGTGTAGAGAAGGAAGCATTCGCTGATGAGCTAATTTTTTACACCGACTCTTTCTCCAAG
GCCGTACGATCCACATTATCAGGTGCTGACAGTGATGCAGCAGGTGCTGCCTTTGATTAC
ATTGAGCAGGCTCTTTCCAAATTCAAACAAGGGCCTTTTTTCCTTGACCTGTTTAGTTTG
GTTGATATTGCATATATTCCGTTCATAGAGAGATTCCATCTTATCTTTAAGGATGTAATG
AATGTGGACATCACGTCTGGGCGGCCAAACCTCGCCCTTTGGATTGAGGAGATGAACACT
ATTGAAGCTTACACAGAAACCCGTCAAGATCCACAAGAGATAGTTGAGAGACACAAAAAA
CGAGCCCAAGCAGAAGCACGTCCCTAAGCATATGAGAGTTTGAGTCATCAAAGATTTGTT
TAATATTATCATTTATTTTGTATCCGGAAAAAGAATGTAAAAGCATCTACATTGACACAG
GCAACAACTGTTTTTC
AT

QA 5 740 5 740
DS 

RD RR3BZ05JQ 730 0 0
G
CCATTTGCGCAACGTGCGTGGATTGCTCGGAACTACAAGGGTCTGCAAGACAAGATGGAA
CTTGTACCAATTGATCTCAAGAACAGGCCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGTGTACCCGGCT
AACAAGGTGCCTGCGTTAGAGCACAATAACCGAGTGATGGGAGAGAGCCTTGACCTGATT
AAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCTTCACTTGCACCCACTAGTGTAGAGAAGGAA
GCATTCGCTGATGAGCTAATCTCTTACACCGACTCTTTCTCCAAGGCCGTACGATCCACA
TTATCAGGTGCTGACAGTGATGCAGCAGGTGCTGCCTTTGATTACATTGAGCAGGCTCTT
TCCAAATTCAAACAAGGGCCTTTCTTCCTTGACCTGTTTAGTTTGGTTGATATTGCATAT
ATTCCGTTCATAGAGAGATTCCATCTTATCTTTAAGGATGTAATGAATGTGGACATCACG
TCTGGGCGGCCAAACCTCGCCCTTTGGATTGAGGAGATGAACACTATTGAAGCTTACACA
GAAACCCGTCAAGATCCACAAGAGATAGTTGAGAGACACAAAAAACGAGCCCAAGCAGAA
GCACGTCCCTAAGCATATGAGAGTTTGAGTCATCAAAGATTTGTTTAATATTATCATTTA
TTTTGTATCCGGAAAAAGAATGTAAAAGCATCTACATTGACACAGGCAACAACTGTTTTT
CAT
AATCTC

QA 2 724 2 724
DS 

RD RR3CG26JQ 726 0 0
TGCTCGTAACTACAAGGGTTTGCAAGACAAGATAGAACTTGTACCAATTGATCTCGAGAA
CAGACCTGCTTGGTACAAGGAGAAAGTGTACCCGGCTAACAAGGTGCCTGCATTAGAGTA
CAATAACCGAGTGATAGGAGAGAGCCTTGACCTGATTAAGTACATCGACACCAATTTCGA
AGGGCCTTCACTTGCACCCACTGGTGTAGAGAAGGAAGCATTCGCTGATGAGTTAATCTC
TTACACCGACTCCTTCTCCAAGGCCGTACGATCCACATTATCAGGTGCCGACAGTGATGC
AGCAGGTGCTGCATTTGATTACATTGAGCAGGCTCTTTCCAGACTCAAACAAGGGCCTTT
CTTCCTTGACCTGTTTAGTTTGGTCGATATTGCATATATTCCGTTCATAGAGAGATTCCA
TCTTATCTTTAAGGATGTAATGAATGTGGACATCACATCTGGTCGGCCAAACCTCGCCTA
TTGGATTGAGGAGATGAACACTATTGAAGCTTACACAGAAACCCGTCAAGATCCACAAGA
GATAGTTGAGAGACACAAGAAACGAGCCCAAGCAGAAGCACGTCCCTAAGCATATGAGAG
TTTGAGTCATCAAAGATTTGTTTAATATTATCATTTATATTGTATCCGGAAAAAGAATGT
AAAAGCATCTACATTGACACAGGCAACAACTGTTTTTCATAATCTCAACTGCTTGCTTAC
TCTCCC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3AX24JQ 632 0 0
G
GCTTGGTACAAGGAGAAAGTGTACCCGGCTAACAAGGTTCCTGCATTAGAGCACAATAAC
CGAGTGATAGGAGAGAGCCTTGACCTGATTAAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCT
TCACTTGCACCCACTGGTGTAGAGAAGGAAGCATTCGCTGATGAGTTAATCTCTTACACC
GACTCCTTCTCCAAGGCCGTACGATCCACATTATCAGGTGCCGACAGTGATGCAGCAGGT
GCTGCATTTGATTACATTGAGCAGGCTCTTTCCAAATTCAAACAAGGGCCTTTCTTCCTT
GACCTGTTTAGTTTGGTCGATACTGCATATATTCCGTTCATAGAGAGGTTCCATCTTATC
TTTAAGGATGTAATGAATGTGGACATCACATCTGGTCGGCCAAACCTCGCCTATTGGATT
GAGGAGATGAACACTATTGAAGCTTACACAGAAACCCGTCAAGATCCACAAGAGATAGTT
GAGAGACACAAGAAACGAGCCCAAGCAGAAGCACGTCCCTAAGCATATGAGAGTTTGAGT
CATCAAAGATTTGTTTAATATTATCATTTATATTGTATCCGGAAAAAGAATGTAAAAGCA
TCTACATTGACACAGGCAACAACTGTTTTTC

QA 2 632 2 632
DS 

RD RR3AX24TF 632 0 0
G
GCTTGGTACAAGGAGAAAGTGTACCCGGCTAACAAGGTTCCTGCATTAGAGCACAATAAC
CGAGTGATAGGAGAGAGCCTTGACCTGATTAAGTACATCGACACCAATTTCGAAGGGCCT
TCACTTGCACCCACTGGTGTAGAGAAGGAAGCATTCGCTGATGAGTTAATCTCTTACACC
GACTCCTTCTCCAAGGCCGTACGATCCACATTATCAGGTGCCGACAGTGATGCAGCAGGT
GCTGCATTTGATTACATTGAGCAGGCTCTTTCCAAATTCAAACAAGGGCCTTTCTTCCTT
GACCTGTTTAGTTTGGTCGATACTGCATATATTCCGTTCATAGAGAGGTTCCATCTTATC
TTTAAGGATGTAATGAATGTGGACATCACATCTGGTCGGCCAAACCTCGCCTATTGGATT
GAGGAGATGAACACTATTGAAGCTTACACAGAAACCCGTCAAGATCCACAAGAGATAGTT
GAGAGACACAAGAAACGAGCCCAAGCAGAAGCACGTCCCTAAGCATATGAGAGTTTGAGT
CATCAAAGATTTGTTTAATATTATCATTTATATTGTATCCGGAAAAAGAATGTAAAAGCA
TCTACATTGACACAGGCAACAACTGTTTTTC

QA 2 632 2 632
DS 



AS 1 11

CO CL278Contig1 1164 11 16 U
GGGCTTCCTTATAGTCATAGACGCCAGCCACGGCTAGCATTCTCTCTGCTCTCTCTCGGT
ATCTTTTGCTCTTTGTATAAGGAAGCGAAGCAAAAATGGTGAAAGGTCCAGGTCTCTACA
CTGACATCGGCAAAAAAGTCAGAGATCTGCTGTACAAGGACCACAACAGCGACCACAAAT
TGAGTATCACCACTATCTCTCCAGCCGGTGTTGCCATCACTTCAACTGGAACTAAGAAAG
GTGACCTCCTTTTGGGAGATGTCGCTTTTCTTTTGAAGCAAAAGAACATCACTACTGATT
TTAGAGTTTCCACTGACAATACCGTTTTGATCACTGCTACGGTTGATGAGGCTGCACCTG
GACTCAAGTCTATCTTCAGCTTCAGGGCCCCTGACCAAAATTCCGGCAAGATCGAGCTTC
AGTACTTGCATGACTACGCTGGTATCAGCACCAGCATGGGATTGACTCAGAACCCCACTG
TCAACTTCTCTGGTGTTATTGGAACCAATCTGTTAGCTGCTGGTACTGATGTTTCCTTCG
ACACCAAATCCGGCAATTTCACCAAGATCAATGCTGGTTTAAACTTCACCAAGGATGATT
TAATTGCCTCCCTTACCCTGAATGACAAAGGAGATTGTGTCAACGCTTCATACTACCACA
TTGTTAACCCGCTGTTCAACACTGCTGTTGGAGCCGAAGTGAGCCACAAGTTCTCTAGCA
AGGCCAACACCATCACAGTGGGAACTCAGCATTCACTCGACCCTTTGACCATGGTTAAGG
CACGTGTGAACAGTGCCGGGATAGCCAATGCTCTCATTCAACACCAGTGGACACCCGGAT
CCTTCTTCACTATTTCTGGAGAAGTTGACACCAAAGCTATTGACAAGAATGCTAAGGTTG
GTTTGGCTCTCTCTCTCAGGCCTTGAAACTGATGAGCCAAACAAATCAAAGCATTTAAAA
TAGTTTTTTTAGACTTGGGTTGTGTTTCCTCTGCTTGGTTTGTTGGGTTTTAATGGCTAC
TGCTTAAAACTTTCCCCCTTTTTCTTGTCGGATTTGTAGAGAATAAGAAGGTTGTAAAAG
ATCCGTCTTGTCTTGTTGACATGATGAAACACTAAAGATCCTTTTGAGTTTTGTTTCTGT
TTATTTGTTGTGCACTTTACTCCT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 
55 55 40 55 40 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 20 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3F077TF U 45
AF RR3BZ14TF U 1
AF RR3AP41TF U 1
AF RR3BD80TF U 1
AF RR3FH67TF U 1
AF RR3F675TF U 68
AF RR3FH67JQ C 406
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AF RR3F675JQ C 675
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AF RR3BZ14JQ C 408
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BS 26 26 RR3BD80TF
BS 27 127 RR3AP41TF
BS 128 128 RR3F077TF
BS 129 725 RR3AP41TF
BS 726 771 RR3BD80TF
BS 772 779 RR3F675TF
BS 780 780 RR3AP41JQ
BS 781 789 RR3F675TF
BS 790 790 RR3AP41JQ
BS 791 841 RR3F675TF
BS 842 853 RR3AP41JQ
BS 854 854 RR3F675JQ
BS 855 1045 RR3AP41JQ
BS 1046 1046 RR3F675JQ
BS 1047 1164 RR3AP41JQ

RD RR3F077TF 517 0 0
GGG
GCTCTCTCTCGGTATCTTTTGCTCTTTGTATAAGGAAGCGAAGCAAAAATGGTGAAAGGT
CCAGGTCTCTACACTGACATCGGCAAAAAAGTCAGAGATCTGCTGTACAAGGACCACAAC
AGCGACCACAAATTGAGTATCACCACTATCTCTCCAGCCGGTGTTGCCATCACTTCAACT
GGAACTAAGAAAGGTGACCTCCTTTTGGGAGATGTCGCTTTTCTTTTGAAGCAAAAGAAC
ATCACTACTGATTTTAGAGTTTCCACTGACAATACCGTTTTGATCACTGCTACGGTTGAT
GAGGCTGCACCTGGACTCAAGTCTATCTTCAGCTTCAGGGCCCCTGACCAAAATTCCGGC
AAGATCGAGCTTCAGTACTTGCATGACTACGCTGGTATCAGCACCAGCATGGGATTGACT
CAGAACCCCACTGTCAACTTCTCTGGTGTTATTGGAACCAATCTGTTAGCTGCTGGTACT
GATGTTTCCTTCGACACCAAATCCGGCAATTTCA

QA 4 517 4 517
DS 

RD RR3BZ14TF 690 0 0
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TGAGTATCACCACTATCTCTCCAGCCGGTGTTGCCATCACTTCAACTGGAACTAAGAAAG
GTGACCTCCTTTTGGGAGATGTCGCTTTTCTTTTGAAGCAAAAGAACATCACTACTGATT
TTAGAGTTTCCACTGACAATACCGTTTTGATCACTGCTACGGTTGATGAGGCTGCACCTG
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TAATTGCCTCCCTTACCCTGAATGACAAAG*AGATTGTGTCAACGCTTCATACTACCACA
TTGTTA*CCCGCTGTTCAACACTGCTGTTG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3AP41TF 725 0 0
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ATCTTTTGCTCTTTGTATAAGGAAGCGAAGCAAAAATGGTGAAAGGTCCAGGTCTCTACA
CTGACATTGGCAAAAAAGTCAGAGATCTGCTGTACAAGGACCACAACAGCGACCACAAAT
TGAGTATCACCACTATCTCTCCAGCCGGTGTTGCCATCACTTCAACTGGAACTAAGAAAG
GTGACCTCCTTTTGGGAGATGTCGCTTTTCTTTTGAAGCAAAAGAACATCACTACTGATT
TTAGAGTTTCCACTGACAATACCGTTTTGATCACTGCTACGGTTGATGAGGCTGCACCTG
GACTCAAGTCTATCTTCAGCTTCAGGGCCCCTGACCAAAATTCCGGCAAGATCGAGCTTC
AGTACTTGCATGACTACGCTGGTATCAGCACCAGCATGGGATTGACTCAGAACCCCACTG
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TAATTGCCTCCCTTACCCTGAATGACAAAGGAGATTGTGTCAACGCTTCATACTACCACA
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AGGCC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3BD80TF 771 0 0
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ATCTTTTGCTCTTTGTATAAGGAAGCGAAGCAAAAATGGTGAAAGGTCCAGGTCTCTACA
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TGAGTACCACCACTATCTCTCCAGCCGGTGTTGCCATCACTTCAACTGGAACTAAGAAAG
GTGACCTCCTTTTGGGAGATGTCGCTTTTCTTTTGAAGCAAAAGAACATCACTACTGATT
TTAGAGTTTCCACTGACAATACCGTTTTGATCACTGCTACGGTTGATGAGGCTGCACCTG
GACTCAAGTCTATCTTCAGCTTCAGGGCCCCTGACCAAAATTCCGGCAAGATCGAGCTTC
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TCAACCTCTCTGGTGTTATTGGAACCAATCTGTTAGCTGCTGGTACTGATGTTTCCTTCG
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TAATTGCCTCCCTTACCCTGAATGACAAAGGAGATTGTGTCAACGCTTCATACTACCACA
TTGTTAACCCGCTGTTCAACACTGCTGTTGGAGCCGAAGTGAGCCACAAGTTCTCTAGCA
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QA 1 771 1 771
DS 

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CTGACATCGGCAAAAAAGTCGGAGATCTGCTGTACAAGGACCACAACAGCGACCACAAAT
TGAGTATCACCACTATCTCTCCAGCCGGTGTTGCCATCACTTCAACTGGAACTAAGAAAG
GTGACCTTCTTTTGGGAGATGTCGCTTTTCTTTTGAAGCAAAAGAACATCACTACTGATT
TTAGAGTTTCCACTGACAATACCGTTTTGATCACTGCTACGGTTGATGAGGCTGCACCTG
GACTCAAGTCTATCTTCAGCTTCAGGGCCCCTGACCAAAATTCCGGCAAGATCGAGCTTC
AGTACTTGCATGACTACGCTGGTATCAGCACCAGCATGGGATTGACTCAGAACCCCACTG
TCAACTTCTCTGGTGTTATTGGAACCAATCTGTTAGCTGCTGGTACTGATGTTTCCTTCG
ACACCAAATCCGGCAATTTCACCAAGATCAATGCTGGTTTAAACTTCACCAAGGATGATT
TAATTGCCTCCCTTACCCTGAATGACAAAGGAGATTGTGTCAACGCTTCATACTACCACA
TTGTTAACCCGCTGTTCAAC**TGCTGTTGGAGCCGAAGTGAGCCACAAGTTCTCTAGCA
AGCC**ACACCATCACAGTGGGAACTCA

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DS 

RD RR3F675TF 774 0 0
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CGGCAAAAAAGTCAGAGATCTGCTGTACAAGGACCACAACAGCGACCACAAATTGAGTAT
CACCACTATCTCTCCAGCCGGTGCTGCCATCACTTCAACTGGAACTAAGAAAGGTGACCT
CCTTTTGGGAGATGTCGCTTTTCTTTTGAAGCAAAAGAACATCACTACTGATTTTAGAGT
TTCCACTGACAATACCGTTTTGATCACTGCTACGGTTGATGAGGCTGCACCTGGACTCAA
GTCTATCTTCAGCTTCAGGGCCCCTGACCAAAATTCCGGCAAGATCGAGCTTCAGTACTC
GCATGACTACGCTGGTATCAGCACCAGCATGGGATTGACTCAGAACCCCACTGTCAACTT
CTCTGGTGTTATTGGAACCAATCTGTTAGCTGCTGGTACTGATGTTTCCTTCGACACCAA
ATCCGGCAATTTCACCAAGATCAATGCTGGTTTAAACTTCACCAAGGATGATTTAATTGC
CTCCCTTACCCTGAATGACAAAGGAGATTGTGTCAACGCTTCATACTACCACATTGTTAA
CCCGCTGTTCAACACTGCTGTTGGAGCCGAAGTGAGCCACAAGTTCTCTAGCAAGGCCAA
CACCATCACAGTGGGAACTCAGCATTCACTCGACCCTTTGACCATGGTTAAG*CACGTGT
GA*CAGTGCCGGGATAGCCAATGCTCTCATTCAACACCAGTGGACACCCGGATC

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3FH67JQ 732 0 0
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CTCAGAACCCCACTGTCAACTTCTCTGGTGTTATTGGAACCAATCTGTTAGCTGCTGGTA
CTGATGTTTCCTTCGACACCAAATCCGGCAATTTCACCAAGATCAATGCTGGTTTAAACT
TCACCAAGGATGATTTAATTGCCTCCCTTACCCTGAATGACAAAGGAGATTGTGTCAACG
CTTCATACTACCACATTGTTAACCCGCTGTTCAAC**TGCTGTTGGAGCCGAAGTGAGCC
ACAAGTTCTCTAGCAAGGCCAACACCATCACAGTGGGAACTCAGCATTCACTCGACCCTT
TGACCATGGTTAAGGCACGTGTGAACAGTGCCGGGATAGCCAATGCTCTCATTCAACACC
GGTGGACACCCGGATCCTTCTTCACTATTTCTGGAGAAGTTGACACCAAAGCTATTGACA
AGAATGCTAAGGTTGGTTTGGCTCTCTCTCTCAGGCCTTGAAACTGATGAGCCAAACAAA
TCAAAGCATTTAAAATAGTTTTTTTAGACTTGGGTTGTGTTTT*TCTGCTTGGTTTGTTG
GGTTTTAATGGCTACTGCTTAAAACTTTCCCCCTTTTTCTTGTCGGATTTGTAGAGAATA
AGAAGGTTGTAAAAGATCCGTCTTGTCTTGTTGACATGATGAAACACTAAAGATCCTTTT
GAGTTTTGTT
CC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3AP41JQ 770 0 0
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CATGGGATTGACTCAGAACCCCACTGTCAACTTCTCTGGTGTTATTGGAACCAATCTGTT
AGCTGCTGGTACTGATGTTTCCTTCGACACCAAATCCGGCAATTTCACCAAGATCAATGC
TGGTTTAAACTTCACCAAGGATGATTTAATTGCCTCCCTTACCCTGAATGACAAAGGAGA
TTGTGTCAACGCTTCATACTACCACATTGTTAACCCGCTGTTCAACACTGCTGTTGGAGC
CGAAGTGAGCCACAAGTTCTCTAGCAAGGCCAACACCATCACAGTGGGAACTCAGCATTC
ACTCGACCCTTTGACCATGGTTAAGGCACGTGTGAACAGTGCCGGGATAGCCAATGCTCT
CATTCAACACCAGTGGACACCCGGATCCTTCTTCACTATCTCTGGAGAAGTTGACACCAA
AGCTATTGACAAGAATGCTAAGGTTGGTTTGGCTCTCTCTCTCAGGCCTTGAAACTGATG
AGCCAAACAAATCAAAGCATTTAAAATAGTTTTTTTAGACTTGGGTTGTGTTTCCTCTGC
TTGGTTTGTTGGGTTTTAATGGCTACTGCTTAAAACTTTCCCCCTTTTTCTCGTCGGATT
TGTAGAGAATAAGAAGGTTGTAAAAGATCCGTCTTGTCTTGTTGACATGATGAAACACTA
AAGATCCTTTTGAGTTTTGTTTCTGTTTATTTGTTGTGCACTTTACTCCT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3F675JQ 468 0 0
TTCAACACTGCTGTTGGAGCCGAAGTGAGCCACAAGTTCTCTAGCAAGGCCAACACCATC
ACAGTGGGAACTCAGCATTCACTCGACCCTTTGACCATGGTTAAGGCACGTGTGAACAGT
GCCGGGATAGCCAATGCTCTCATTCAACACCAGTGGACACCCGGATCCTTTTTCACTATT
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CTCAGGCCTTGAAACTGATGAGCCAAACAGATCAAAGCATTTAAAATAGTTTTTTTAGAC
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GTTGACATGATGAAACACTAAAGATC*TTTTGAGTTTTGTTTCTGTTT

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CACCAGTGGACACCCGGATCCTTTTTCACTATTTTTGGAGAAGTTGACACCAAAGCTATT
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GTTGGGTTTTAATGGCTACTGCTTAAAACTTTCCCCCTTTTTCTTGTCGGATTTGTAGAG
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TTTTGAGTTTTGTTTTTGTTT

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TTTTAATGGCTACTGCTTAAAACTTTCCCCCTTTTTCTCGTCGGATTTGTAGAGAATAAG
AAGGTTGTAAAAGATCCGTCTTGTCTTGTTGACATGATGAAACACTAAAGATCCTTTTGA
GTTTTGTTTCTGTTTATTTGTTGTGCACTTTACTCCT

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DS 



AS 2 11

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CTACATAATACAAAGAGGCAAATGCAAATCAACGAAAGACACAAATCTTACAAGAACATC
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TCTTCTCTTCCGGATGCTCAGCCGTTTCCTCAGTCACTGGTACCGCAGCCCCCGTGTCGA
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CCTTCTTCCTCTTCTCACCGTCTTCACCTTCTTCCTCGCTTGAAGAGGAAGAAGAGCTGT
TGGATCGGTGAAGCTTTTGGAGGAGACTAGGTTTGTTCTCTTCTTCTTCTTCCTCGTGCT
TCTGGTGGAGCTTCTCGAGGAGAGTAGGCTTGTGTTCCTTCTCTTCCTCTTCTTCGTGCT
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GCGTCGTCGAAGTTTCTTGAGGCTCCACTTCCTCTTTTTTCTTGAGGAAGTCAAACAATC
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ATGAGTATTGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 25 25 25 25 0 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
0 0 0 0 0 0 25 25 25 25 0 25 25 25 0 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 30 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

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GAGA

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G
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GG
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ATGCTCTACCGTTTCCTCCTTCACCGGCAGGGTGGCGATGACTGGAGCATCCTCCTCTGT
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AGTAGGCTTGTGTTCCTTCTCTTCCTCTTCTTCGTGCTTCGCCACAAA

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DS 

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C*****AATACAAATGGGCAAATGCAAATCAACGAAAGACACAAATCTTACAAGAACATC
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TATTTTTTTTCATATTTTCTTCTTAATCATCGGACTCCTTTTCTTTCTTCTTCTCCTCCT
CTTCAGTACCCTTGGCGTGATAACCTGGAAGCTTCTCTTTGATCTTCTCAAGAAGCCCTT
TCTTCTCTTCCGGATGCTCAGCCGTTTCCTCAGTCACTGGTACCGCAGCCCCCGTGTCGA
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TCAGTCCTTTCTTCTCCTCCGGATGCTCTACCGTTTCCTCCTTCACCGGCAGGTTGGCGA
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CCTTCTTCCTCTTCTCGCCGTCTTCACCTTCTTCCTCGCTTGAAGAGGAAGAAGAGCTGT
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GCGTCGTCGACGTTTCTTGAGGCTTCACTTC
TCTTTTTTTTG

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CTTTGATCTTCTCAAGAAGCCCTTTCTTCTCTTCCGGATGCTCAGCCGTTTCCTCAGTCA
CTGGTACCGCAGCCCCCGTGTCGACCACTTGAGAATCCTCTGGTTTCTCGCTGTGACCTG
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CTTCGGCCATCTTCTTCTTCTTTTCCTTCTTCCTCTTCTCACCGTCTTCACCCTCTTCCT
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TCTCTTCTTCTTCTTCCTCGTGCTTCTGGTGGAGCTTCTCGAGGAGAGTAGGCTTGTGTT
CCTTCTCTTCCTCTTCTTCGTGCTTCGCCACAAACGCCGGCGGCTGTTCCGAGACCTGAG
CCTTGTGCTCGAACTCTGACTCCAGCGTCGTCGAAGTTTCTTGAGGCTCCACTTCCTCTT
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TG
CC

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CCTTCACCGGCAGGGTGGCGATGACTGGAGCATCCTCCTCTGTCTTTGTTCCGTGTGGAA
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CGGCCATCTTCTTCTTCTTTTCCTTCTTCCTCTTCTCACCGTCTTCACCTTCTTCCTCGC
TTGAAGAGGAAGAAGAGCTGTTGGATCGGTGAAGCTTTTGGAGGAGACTAGGTTTGTTCT
CTTCTTCTTCTTCCTCGTGCTTCTGGTGGAGCTTCTCGAGGAGAGTAGGCTTGTGTTCCT
TCTCTTCCTCTTCTTCGTGCTTCGCCACAAACGCCGGCGGCTGTTCCGAGACCTGAGCCT
TGTGCTCGAACTCTGACTCCAGCGTCGTCGAAGTTTCTTGAAGCTCCACTTCCTCTTTTT
TCTTGAGGAAGTCAAACAATCCACGATCCTTAACCTCTCCCGTCGTCGCAGAGGTTTCCT
CGGTGGTGGCAACCTTCGGGGTCTCGTTCTTGAACTCCTCCGACGCGTTTTTGTACTCTT
CCGCCATAGTGATAGATGTGATAAACAGAAAATATGAGAGCTTTACTTTGCTTTAAAGGT
GATTGATTATGTAGAGCTG

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DS 

RD RR3A208TF 860 0 0
CTCTCCTC
TCAGTACCCT*GGCGTGATAACCTGGAAGCTTCTCTTTGATCTTCTCAAGAAGCCCTTTC
TTCTCTTCCGGATGCTCAGCCGTT*CCTCAGTCACTGGTACCGCAGCCCCCGTGTCGACC
ACTTGAGAATCCTCTGGTTTCTCGCTGTGACCTGGAAGCTTCTCCTTGATCTTCTCCATC
AGTCCTTTCTTCTCCTCCGGATGCTCTACCGTTT**TCCTTCACCGGCAGGGTGGCGATG
ACTGGAGCATCCTCCTCTGTCTTTGTTCCGTGTGGAAACTTCTCCCTGATCTGCTCCATT
ACATCATTTCTATCTTCCTTTATTTTCTCATCTTCTTCGGCCATCTTCTTCTTCTTTTCC
TTCTTCCTCTTCTCACCGTCTTCACCCTCTTCCTCGCTTGAAGAGGAAGAAGAGCTGTTG
GATCGGTGAAGCTTTTGGAGGAGACTAGGTTTGTTCTCTTCTTCTTCTTCCTCGTGCTTC
TGGTGGAGCTTCTCGAGGAGAGTAGGCTTGTGTTCCTTCTCTTCCTCTTCTTCGTGCTTC
GCCACAAACGCCGGCGGCTGTTCCGAGACCTGAGCCTTGTGCTCGAACTCTGACTCCAGC
GTCGTCGAAGTTTCTTGAGGCTCCACTTCCTCTTTTTTCTTGAGGAAGTCAAACAATCCA
CGATCCTTAACCTCTCCCGTCGTCGCAGAGGTTTCCTCGGTGGTGGCAACCTTAGGGGTC
TCGTTCTTGAACTCCTCCGACGCGTTTTTGTACTCTTCCGCCATAGTGATAGATGTGATA
AACAGAAAATATGAGAGCTTTACTTTGCTTTAAAGGTGATTGATTATGTAGAGCTGTGAT
GAGTATTGTGTC

QA 9 860 9 860
DS 

RD RR3E248TF 624 0 0
CAGGGTGGCGATGACTGGAGCATCCTCCTCTGTCTTTGTTCCGTGTGGAAACTTCTCCCT
GATCTGCTCCATTACATCCTTTCTATCTTCCTTTATTTTCTCATCTTCTTCGGCCATCTT
CTTCTTCTTTTCCTTCTTCCTCTTCTCACCGTCTTCACCTTCTTCCTCGCTTGAAGAGGA
AGAAGAGCTGTTGGATCGGTGAAGCTTTTGGAGGAGACTAGGTTTGTTCTCTTCTTCTTC
TTCCTCGTGCTTCTGGTGGAGCTTCTCGAGGAGAGTAGGCTTGTGTTCCTTCTCTTCCTC
TTCTTCGTGCTTCGCCACAAACGCCGGCGGCTGTTCCGAGACCTGAGCCTTGTGCTCGAA
CTCTGACTCCAGCGTCGTCGAAGTTTCTTGAGGCTCCACTTCCTCTTTTTTCTTGAGGAA
GTCAAACAATCCACGATCCTTAACCTCTCCCGTCGTCGCAGAGGTTTCCTCGGTGGTGGC
AACCTTCGGGGTCTCGTTCTTGAACTCCTCCGACGCGTTTTTGTACTCTTCCGCCATAGT
GATAGATGTGATAAACAGAAAATATGAGAGCTTTACTTTGCTTTAAAGGTGATTGATTAT
GTAGAGCTGTGATGAGTATTGT
CC

QA 1 622 1 622
DS 



CO CL279Contig2 808 2 8 U
GGACAATACTCATCACAGCTCTACATAATCAATCACCTTTAAAGCTCTCATATTTTTCTG
TTTATCACATCTCGTTTTAACTGTTCAGGCGACAACTATCACTATGGCGGAAGAGTACAA
GAACGCTTCGGAGGAGTTCAAGAACGAGACCCCAAAGGTTGCCACCACCGAGGAATCATC
TGCGACGACGACGACGACGGGAGAGGTTAAGGATCGTGGATTGTTTGACTTCCTCAAGAA
AAAAGAGGAAGTGAAGCCTCAAGAAACGTCGACGACGCTGGAGTCAGAGTTCGAGCACAA
GGCTCAGGTCTCGGAACAGCCGCCGGCGTTTGTGGCGAAGCACGAAGAAGAGGAAGAGAA
GGAACACAAGCCTACTCTCCCCGAGAAGCTCCACCAGAAGCACGAGGAAGAAGAAGAAGA
GAACAAACCTAGTCTCCTCCAAAAGCTTCACCGATCCAACAGCTCTTCTTCCTCTTCAAG
CGAGGAAGAAGGTGAAGACGGCGAGAAGAGGAAGAAGGAAAAGAAGAAGAAGATGGCCGA
AGAAGATGAGAAAATAAAGGAAGATAGAAAGGATGTAATGGAGCAGATAAGGGAGAAGTT
TCCACACCGAACAAAGACAGAGGATGATACTCCAGTCATCGCCAACCTGCCGGTGAAGGA
GGAAACGGTAGAGCATCCGGAGGAGAAGAAAGGACTGATGGAGAAGATCAAGGAGAAGCT
TCCAGGTCACAGCGAGAAACCAGAGGATTCTCAAGTGGTCGACACGGGGCTGCGTACAGT
GACTGAGAACGGCTGAGCATCCGGAAGA


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EC19TF U 1
AF RR3C845TF U 3
BS 1 195 RR3EC19TF
BS 196 198 RR3C845TF
BS 199 380 RR3EC19TF
BS 381 381 RR3C845TF
BS 382 608 RR3EC19TF
BS 609 610 RR3C845TF
BS 611 651 RR3EC19TF
BS 652 808 RR3C845TF

RD RR3EC19TF 651 0 0
GGACAATACTCATCACAGCTCTACATAATCAATCACCTTTAAAGCTCTCATATTTTTCTG
TTTATCACATCTCGTTTTAACTGTTCAGGCGACAACTATCACTATGGCGGAAGAGTACAA
GAACGCTTCGGAGGAGTTCAAGAACGAGACCCCAAAGGTTGCCACCACCGAGGAATCATC
TGCGACGACGACGAC***GGGAGAGGTTAAGGATCGTGGATTGTTTGACTTCCTCAAGAA
AAAAGAGGAAGTGAAGCCTCAAGAAACGTCGACGACGCTGGAGTCAGAGTTCGAGCACAA
GGCTCAGGTCTCGGAACAGCCGCCGGCGTTTGTGGCGAAGCACGAAGAAGAGGAAGAGAA
GGAACACAAGCCTACTCTCCTCGAGAAGCTCCACCAGAAGCACGAGGAAGAAGAAGAAGA
GAACAAACCTAGTCTCCTCCAAAAGCTTCACCGATCCAACAGCTCTTCTTCCTCTTCAAG
CGAGGAAGAAGGTGAAGACGGCGAGAAGAGGAAGAAGGAAAAGAAGAAGAAGATGGCCGA
AGAAGATGAGAAAATAAAGGAAGATAGAAAGGATGTAATGGAGCAGATAAGGGAGAAGTT
TCCACACC**ACAAAGACAGAGGATGATACTCCAGTCATCGCCAACCTGCC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3C845TF 806 0 0
GG
AATACTCATCACAGCTCTACATAATCAATCACCTTTAAAGCTCTCATATTTTTCTGTTTA
TCACATCTCGTTTTAACTGTTCAGGCGACAACTATCACTATGGCGGAAGAGTACAAGAAC
GCTTCGGAGGAGTTCAAGAACGAGACCCCAAAGGTTGCCACCACCGAGGAATCATCTGCG
ACGACGACGACGACGGGAGAGGTTAAGGATCGTGGATTGTTTGACTTCCTCAAGAAAAAA
GAGGAAGTGAAGCCTCAAGAAACGTCGACGACGCTGGAGTCAGAGTTCGAGCACAAGGCT
CAGGTCTCGGAACAGCCGCCGGCGTTTGTGGCGAAGCACGAAGAAGAGGAAGAGAAGGAA
CACAAGCCTACTCTCCCCGAGAAGCTCCACCAGAAGCACGAGGAAGAAGAAGAAGAGAAC
AAACCTAGTCTCCTCCAAAAGCTTCACCGATCCAACAGCTCTTCTTCCTCTTCAAGCGAG
GAAGAAGGTGAAGACGGCGAGAAGAGGAAGAAGGAAAAGAAGAAGAAGATGGCCGAAGAA
GATGAGAAAATAAAGGAAGATAGAAAGGATGTAATGGAGCAGATAAGGGAGAAGTTTCCA
CACGGAACAAAGACAGGGGATGATACTCCAGTCATCGCCAACCTGCCGGTGAAGGAGGAA
ACGGTAGAGCATCCGGAGGAGAAGAAAGGACTGATGGAGAAGATCAAGGAGAAGCTTCCA
GGTCACAGCGAGAAACCAGAGGATTCTCAAGTGGTCGACACGGGGCTGCGTACAGTGACT
GAGAACGGCTGAGCATCCGGAAGA

QA 3 806 3 806
DS 



AS 1 9

CO CL280Contig1 970 9 12 U
AAACCGTAACAAAAACAAATCATTATTAAACCGGTTTGATAGCAATGTTATGACCTGGCT
CAGTTTGGTATATACGAGAGTGAACCAATACACTACTTTTTGGATACATAAGCATAGTAC
TGAGCCATGGGAACAACAAAGGCAATTACAAGCAAACCTCCAACGACAAGACTGAACTGT
CCTCTCTTCTCTTCTGTTTCTTCTTTGGTTTTGAAATTTGATTCTCTCTTGTTATCCTTC
ACTTCTGGACCCCCGGGATCTGGGAGACCGTCAATTGCTGCAACCAACCGTTTTGCACTG
CTGTATATTGCCTCATTGTATTTTTCGTCTGTGGCTAATACGGGAAGATTTTCCGAGACA
GTAGCATCAAGAATCTTTTCACCAACAGCTTCAATGAAAGCAGGACCACCAGTAATGGCC
CCTTCCTTCTGGCTAGTAATCAAAACAACAATACCCTTATTGTTGCCTTCTTCAATTGAA
GGATACCATTTCTCCAAAACCTGGTCTGCATACTCGAACGCATCTGCTTTACTAGTGAGC
TTCCGGACAGTGATGAAATTGAGTCGGAGTTTCTTTCTGTATTCAAGATCAGACAAGAGT
TTCTTCAGATCTGATCTCGTAACTCGACTAAGAACACCAGCGTCGTCTACAACGTAAGTT
TCTTTGGGTGGACCATCGTTGAGAATATTGAACTCAGAGGCTAAGGCAGTGCCAACAGGT
GAGAAAGTAAGGGCCAGAGATAGAGATAGAGCAGCTAGTCCTTGCTTTGCATCTGTTAAC
CACGATTCTGGTTTAGCACTAAACCGGGTGGAAAGGTGTTTCGGGCCAGAGACGGTGGGA
TTCGAGAGAGCCAAAGAAGAAGATGTAGCGAGTTTGGATTGATGAGAAGATGATACTTTG
GGAATGAGAGGAGGAGATAGAGAACGAGGAGAGAGAAGGGTCTCCATTTTCTAGAGAAAG
AATGCTCCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 20 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS05JQ U 50
AF RR3ED09JQ U 1
AF RR3BE67JQ U 1
AF RR3GV93JQ U 1
AF RR3CH14JQ U 28
AF RR3BE67TF C 203
AF RR3FS05TF C 219
AF RR3GV93TF C 321
AF RR3ED09TF C 494
BS 1 223 RR3BE67JQ
BS 224 224 RR3FS05JQ
BS 225 631 RR3BE67JQ
BS 632 648 RR3GV93JQ
BS 649 649 RR3CH14JQ
BS 650 713 RR3GV93JQ
BS 714 802 RR3CH14JQ
BS 803 952 RR3BE67TF
BS 953 957 RR3GV93TF
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BS 959 963 RR3GV93TF
BS 964 970 RR3ED09TF

RD RR3FS05JQ 480 0 0
ATGACCTGGCTCAGTTTGGTATATACGAGAGTGAACCAATACACTACTTTTTGGATACAT
AAGCATAGTACTGAGCCATGGGAACAACAAAGGCAATTACAAGCAAACCTCCAACGACAA
GACTGAACTGTCCTCTCTTCTCTTCTGTTTCTTCTTTGGTTTTGAAATTTGATTCTCTCT
TGTTATCCTTCACTTCTGGACCCCCGGGATCTGGGAGACCGTCAATTGCTGCAACCAACC
GTTTTGCACTGCTGTATATTGCCTCATTGTATTTTTCGTCTGTGGCTAATACGGGAAGAT
TTTCTGAGACAGTAGCATCAAGAATCTTTTCACCAACAGCTTCAATGAAAGCAGGACCAC
CAGTAATGGCCCCTTCCTTCTGGCTAGTAATCAAAACAACAATACCCTTATTGTTGCCTT
CTTCAATTGAAGGATACCATTTCTCCAAAACCTGGTCTGCATACTCGAACGCATCTGCTT

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR3ED09JQ 561 0 0
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CAGTTTGGTATATACGAAAGTGAACCAATACACTACTTTTTGGATACATAAGCATAGTAC
TGAGCCATGGGAACAACAAAGGCAATTACAAGCAAACCTCCAACGACAAGACTGAACTGT
CCTCTCTTCTCATCTGTTTCTTCTTTGGTTTTGAAATTTGATTCTCTCTTGTTATCCTTC
ACTTCTGGACCCCCGGGATCTGGGAGACCGTCAATTGCTGCAACCAACCGTTTTGCACTG
CTGTATATTGCCTCATTGTATTTTTCGTCTGTGGCTAATTCGGGAAGATTTTCCGAGACA
GTAGCATCAAAAATCTTTTCACCAACAGCTTCAATGAAAGCAGGACCACCAGTAATGGCC
CCTTCCTTCTGGCTAGTAATCAAAACAACAATACCCTTATTGTTGCCTTCTTCAATTGAA
GGATACCATTTCTCCAAAACCTGGTCTGCATACTCGAACGCATCTGCTTTACTAGTGAGC
TTCCGGACAGTGATGAAATTG

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3BE67JQ 631 0 0
AAACCGTAACAAAAACAAATCATTATTAAACCGGTTTGATAGCAATGTTATGACCTGGCT
CAGTTTGGTATATACGAGAGTGAACCAATACACTACTTTTTGGATACATAAGCATAGTAC
TGAGCCATGGGAACAACAAAGGCAATTACAAGCAAACCTCCAACGACAAGACTGAACTGT
CCTCTCTTCTCTTCTGTTTCTTCTTTGGTTTTGAAATTTGATTATCTCTTGTTATCCTTC
ACTTCTGGACCCCCGGGATCTGGGAGACCGTCAATTGCTGCAACCAACCGTTTTGCACTG
CTGTATATTGCCTCATTGTATTTTTCGTCTGTGGCTAATACGGGAAGATTTTCCGAGACA
GTAGCATCAAGAATCTTTTCACCAACAGCTTCAATGAAAGCAGGACCACCAGTAATGGCC
CCTTCCTTCTGGCTAGTAATCAAAACAACAATACCCTTATTGTTGCCTTCTTCAATTGAA
GGATACCATTTCTCCAAAACCTGGTCTGCATACTCGAACGCATCTGCTTTACTAGTGAGC
TTCCGGACAGTGATGAAATTGAGTCGGAGTTTCTTTCTGTATTCAAGATCAGACAAGAGT
TTCTTCAGATCTGATCTCGTAACTCGACTAA

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3GV93JQ 713 0 0
AAACCGTAACAAAAACAAATCATTATTAAACCGGTTTGATAGCAATGTTATGACCTGGCT
CAGTTTGGTATATACGAGAGTGAACCAATACACTACTTTTTGGATACATAAGCATAGTAC
TGAGCCATGGGAACAACAAAGGCAATTACAAGCAAACCTCCAACGACAAGACTGAACTGT
CCTCTCTTCTCTTCTGTTTCTTCTTTGGTTT*GAAATTTGATTCTCTCTTGTTATCCTTC
ACTTCTGGACCCCCGGGATCTGGGAGACCGTCAATTGCTGCAACCAACCGTTTTGCACTG
CTGTATATTGCCTCATTGTATTTTTCGTCTGTGGCTAATACGGGAAGATTTTCCGGGACA
GTAGCATCAAGAATCTTTTCACCAACAGCTTCAATGAAAGCAGGACCACCAGTAATGGCC
CCTTCCTTCTGGCTAGTAATCAAAACAACAATACCCTTATTGCTGCCTTCTTCAATTGAA
GGATACCATTTCTCCAAAACCTGGTCTGCATACTCGAACGCATCTGCTTTACTAGTGAGC
TTCCGGACAGTGATGAAATTGAGTCGGAGTTTCTTTCTGTATTCAAGATCAGACAAGAGT
TTCTTCAGATCTGATCTCGTAACTCGACTAAGAACACCAGCGTCGTCTGCAACGTAAGTT
TCTTTGGGTGGACCATCGTTGAGAATATTGAACTCAGAGGCTAAGGCAGTGCC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3CH14JQ 775 0 0
AAACCGGTTTGATAGCAATGTTATGACCTGGCTCAGTTTGGTATATACGAGAGTGAACCA
ATACACTACTTTTTGGATACATAAGCATAGTACTGAGCCATGGGAACAACAAAGGCAATT
ACAAGCAAACCTCCAACGACAAGACTGAACTGTCCTCTCTTCTCTTCTGTTGCTTCTTTG
GTTTTGAAATTTGATTCTCTCTTGTTATCCTTCACTTCTGGACCCCCGGGATCTGGGAGA
CCGTCAATTGCTGCAACCAACCGTTTTGCACTGCTGTATATTGCCTCATTGTATTTTTCG
TCTGTGGCTAATACGGGAAGATTTTCCGAGACAGTAGCATCAAGAATCTTTTCACCAACA
GCTTCAATGAAAGCAGGACCACCAGTAATGGCCCCTTCCTTCTGGCTAGTAATCAAAACA
ACAATACCCTTATTGTTGCCTTCTTCAATTGAAGGATACCATTTCTCCAAAACCTGGTCT
GCATACTCGAACGCATCTGCTTTACTAGTGAGCTTCCGGACAGTGATGAAATTGAGTCGG
AGTTTCTTTCTGTATTCAAGATCAGACAAGAGTTTCTTCAGATCTGATCTCGTAACTCGA
CTAAGAACACCAGCGTCGTCTACAACGTAAGTTTCTTTGGGTGGACCATCGTTGAGAATA
TTGAACTCAGAGGCTAAGGCAGTGCCAACAGGTGAGAAAGTAAGGGCCAGAGATAGAGAT
AGAGCAGCTAGTCCTTGCTTTGCATCTGTTAACCACGATTCTGGTTTAGCACTAA

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3BE67TF 752 0 0
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GGAGACCGTCAATTGCTGCAACCAACCGTTTTGCACTGCTGTATATTGCCTCATTGTATT
TTTCGTCTGTGGCTAATACGGGAAGATTTTCCGAGACAGTAGCATCAAGAATCTTTTCAC
CAACAGCTTCAATGAAAGCAGGACCACCAGTAATGGCCCCTTCCTTCTGGCTAGTAATCA
AAACAACAATACCCTTATTGTTGCCTTCTTCAATTGAAGGATACCATTTCTCCAAAACCT
GGTCTGCATACTCGAACGCATCTGCTTTACTAGTGAGCTTCCGGACAGTGATGAAATTGA
GTCGGAGTTTCTTTCTGTATTCAAGATCAGACAAGAGTTTCTTCAGATCTGATCTCGTAA
CTCGACTAAGAACACCAGCGTCGTCTACAACGTAAGTTTCTTTGGGTGGACCATCGTTGA
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GAGATAGAGCAGCTAGTCCTTGCTTTGCATCTGTTAACCACGATTCTGGTTTAGCACTAA
ACCGGGTGGAAAGGTGTTTCGGGCCAGAGACGGTGGGATTCGAGAGAGCCAAAGAAGAAG
ATGTAGCGAGTTTGGATTGATGAGAAGATGATACTTTGGGAATGAGAGGAGGAGATAGAG
AACGAGGAGAGAGAAGGGTCTCCATTTTCT
CC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3FS05TF 736 0 0
AATTTGATCTCTCTGTAT
CTTCACTTCTGGACCCC*GGGATCTGG*AGACCGTCAATTGCTGCAACCAACCGTTTTGC
ACTGCTGTATATTGCCTCATTGTATTTTTCGTCTGTGGCTAATACGGGAAGATTTTCTGA
GACAGTAGCATCAAGAATCTTTTCACCAACAGCTTCAATGAAAGCAGGACCACCAGTAAT
GGCCCCTTCCTTCTGGCTAGTAATCAAAACAACAATACCCTTATTGTTGCCTTCTTCAAT
TGAAGGATACCATTTCTCCAAAACCTGGTCTGCATACTCGAACGCATCTGCTTTACTAGT
GAGCTTCCGGACAGTGATGAAATTGAGTCGGAGTTTCTTTCTGTATTCAAGATCAGACAA
GAGTTTCTTCAGATCTGATCTCGTAACTCGACTAAGAACACCAGCGTCGTCTACAACGTA
AGTTTCTTTGGGTGGACCATCGTTGAGAATATTGAACTCAGAGGCTAAGGCAGTGCCAAC
AGGTGAGAAAGTAAGGGCCAGAGATAGAGATAGAGCAGCTAGTCCTTGCTTTGCATCTGT
TAACCACGATTCTGGTTTAGCACTAAACCGGGTGGAAAGGTGTTTCGGGCCAGAGACGGT
GGGATTCGAGAGAGCCAAAGAAGAAGATGTAGCGGGTTTGGATTGATGAGAAGATGATAC
TTTGGGAATGAGAGGAGGAGATAGAGAACGAGGAGAGAGAAGGGTCTCCATTTTCT
CC

QA 19 734 19 734
DS 

RD RR3GV93TF 645 0 0
TTTTTCGTCTGTGGCTAATACGGGAAGATTTTCCGGGACAGTAGCATCAAGAATCTTTTC
ACCAACAGCTTCAATGAAAGCAGGACCACCAGTAATGGCCCCTTCCTTCTGGCTAGTAAT
CAAAACAACAATACCCTTATTGCTGCCTTCTTCAATTGAAGGATACCATTTCTCCAAAAC
CTGGTCTGCATACTCGAACGCATCTGCTTTACTAGTGAGCTTCCGGACAGTGATGAAATT
GAGTCGGAGTTTCTTTCTGTATTCAAGATCAGACAAGAGTTTCTTCAGATCTGATCTCGT
AACTCGACTAAGAACACCAGCGTCGTCTGCAACGTAAGTTTCTTTGGGTGGACCATCGTT
GAGAATATTGAACTCAGAGGCTAAGGCAGTGCCAACAGGTGAGAAAGTAAGGGCCAGAGA
TAGAGATAGAGCAGCTAGTCCTTGCTTTGCATCTGTTAACCACGATTCTGGTTTAGCACT
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AGATGTAGCGAGTTTGGATTGATGAGAAGATGATACTTTGGGAATGAGAGGAGGAGATAG
AGAACGAGGAGAGAGAAGGGTCTCCATTTTCTAGAGAGAGAAT
CC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3ED09TF 477 0 0
CCAAAACCTGGTCTGCATACTCGAACGCATCTGCTTTACTAGTGAGCTTCCGGACAGTGA
TGAAATTGAGTCGGAGTTTCTTTCTGTATTCAAGATCAGACGAGAGTTTCTTCAGATCTG
ATCTCGTAACTCGACTAAGAACACCAGCGTCGTCTACAACGTAAGTTTCTTTGGGTGGAC
CATCGTTGAGAATATTGAACTCAGAGGCTAAGGCAGTGCCAACAGGTGAGAAAGTAAGGG
CCAGAGATAGAGATAGAGCAGCTAGTCCTTGCTTCGCATCTGTTAACCACGATTCTGGTT
TAGCACTAAACCGGGTGGAAAGGTGTTTCGGTCCAGAGACGGTGGGATTCGAGAGAGCCA
AAGAAGAAGATGTAGCGGGTTTGGATTGATGAGAAGATGATACTTTGGGAATGAGAGGAG
GAGATAGAGAACGAGGAGAGAGAAGGGTCTCCATTTTCTAGAGAAAGAATGCTCCCC

QA 1 477 1 477
DS 



AS 2 10

CO CL281Contig1 1294 3 5 U
GGAACTTAAAACAGAGAAAGATGTTGAATGTACTAAGAAATGGTAACCCCGCCCTTGTCG
TTTTTATTTGCTTTGTGCTGATAGCTTCAAGGCTGTGTTCCGCCAATTCTTCTGTGTACA
ACCCACACAACACCCTGATGAAGAAGCAGTTCGGAGAATGGCTTCAATACCACGGAAAAT
CATATGGAGAAAAGGATGAGTGGATGTTTAGGTTTGGGATATACCAGTCTAATCTCCAGT
GGATTGACTATGTCAACTCCCTCCACTTGTCCTTTAACTTAGCGGAAAACAGATTTGCTG
ACATGACCAACTCTGAATTTAAGGCCAATTTTCTCGGGTTGAACACGTCTTCCTTGAGGT
TAAACAGCGACTATGTGCGGGCTTGTGAACCATCAGGCAATGTGCCGGCCGCTGTGGACT
GGAGGAAAGAAGGTGCCGTGACTCCTATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGCTGGG
CTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAA
CTCTCTCAGAACAACAACTCATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGGTGTAGCG
GTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGCCTTGG
ACGACTACCCGTACACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAAAAATA
AGATCGTTACAATTACAGGATACCAAAAGGTAGCACCGAACGAGGAGAGCTTACAAGTCG
CTGCTGCTCAACAACCAGTGTCAGTTGGAATCGACGCTGATGGGTTTATCTTTCAGTTCT
ACTCTTCTGGTATTTTCACAGGTTACTGTGGGTCAAGTCTCAACCATGCTGTGACTGTTG
TTGGATATGGAGAAGAAGACGGTGAAAAGTACTGGATCGTGAAGAATACATGGGGAACTA
GTTGGGGTGAAGAAGGCTACATACGGATGGAACGTGGTTATCGTAAAGACAGGGGTAAAT
GTGGTATTACTATGCTGGCGAGCTATCCCTTGCAGTGAATCCACGAAACACCAGAAGATT
AAGAGAGCTATTTCTTTTTCCTTAACAGAGAATTAATATGAAAATTCTCTCTGCATGACA
ATCTGCAATAGCGCAGCTAAAATAATTACGATTGTAAAATAAAGTACTAGAGATAATTGA
GAACCAGGGTGTTGTTTACAGGATTCCAAAGATAAAATGCGGTTATAAATAGAAACATGT
GTCTAGTCTAGATATAATACCTGCTCAGTTAACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AH04TF U 1
AF RR3GO31TF U 1
AF RR3AH04JQ C 495
BS 1 436 RR3AH04TF
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RD RR3AH04TF 660 0 0
GGAACTTAAAACAGAGAAAGATGTTGAATGTACTAAGAAATGGTAACCCCGCCCTTGTCG
TTTTTATTTGCTTTGTGCTGATAGCTTCAAGGCTGTGTTCCGCCAATTCTTCTGTGTACA
ACCCACACAACACCCTGATGAAGAAGCAGTTCGGAGAATGGCTTCAATACCACGGAAAAT
CATATGGAGAAAAGGATGAGTGGATGTTTAGGTTTGGGATATACCAGTCTAATCTCCAGT
GGATTGACTATGTCAACTCCCTCCACTTGTCCTTTAACTTAGCGGAAAACAGATTTGCTG
ACATGACCAACTCTGAATTTAAGGCCAATTTTCTCGGGTTGAACACGTCTTCCTTGAGGT
TAAACAGCGACTATGTGCGGGCTTGTGAACCATCAGGCAATGTGCCGGCCGCTGTGGACT
GGAGGAAAGAAGGTGCTGTGACTCCTATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGCTGGG
CTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAA
CTCTCTCAGAACAACAACTCATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGGTGTAGCG
GTGGATTAATGGAAACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGCCTTGG

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3GO31TF 689 0 0
GGAACTTAAAACAGAGAAAGATGTTGAATGTACTAAGAAATGGTAACCCCGCCCTTGTCG
TTTTTATTTGCTTTGTGCTGATAGCTTCAAGGCTGTGTTCCGCCAATTCTTCTGTGTACA
ACCCACACAACACCCTGATGAAGAAGCAGTTCGGAGAATGGCTTCAATACCACGGAAAAT
CATATGGAGAAAAGGATGAGTGGATGTTTAGGTTTGGGATATACCAGTCTAATCTCCAGT
GGATTGACTATGTCAACTCCCTCCACTTGTCCTTTAACTTAGCGGAAAACAGATTTGCTG
ACATGACCAACTCTGAATTTAAGGCCAATTTTCTCGGGTTGAACACGTCTTCCTTGAGGT
TAAACAGCGACTATGTGCGGGCTTGTGAACCATCAGGCAATGTGCCGGCCGCTGTGGACT
GGAGGAAAGAAGGTGCCGTGACTCCTATTAGAGATCAAGGAAAATGCGGAGGCTGCTGGG
CTTTCGCCACAGTTTCAGCTATTGAAGGAATCAACAAGATAAACACAGGGAATTTAGTAA
CTCTCTCAGAACAACAACTCATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGG*TGTAGCG
GTGGATTAATGGAAACAGCCTATGGATACCTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGCCTTGG
ACGACTACCCGTACACAGCCACAGATGGT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3AH04JQ 800 0 0
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CAACTCATAGATTGTGATACCGGCAGTTACAACAAAGGGTGTAGCGGTGGATTAATGGAA
ACAGCCTATGAATACCTCATAGCTAATGGTGGACTCGTCGCCTTGGACGACTACCCGTAC
ACAGCCACAGATGGTACCGGCTGCGACCAAGAAAAATCCAAAAATAAGATCGTTACAATT
ACAGGATACCAAAAGGTAGCACCGAACGAGGAGAGCTTACAAGTCGCTGCTGCTCAACAA
CCAGTGTCAGTTGGAATCGACGCTGATGGGTTTATCTTTCAGTTCTACTCTTCTGGTATT
TTCACAGGTTACTGTGGGTCAAGTCTCAACCATGCTGTGACTGTTGTTGGATATGGAGAA
GAAGACGGTGAAAAGTACTGGATCGTGAAGAATACATGGGGAACTAGTTGGGGTGAAGAA
GGCTACATACGGATGGAACGTGGTTATCGTAAAGACAGGGGTAAATGTGGTATTACTATG
CTGGCGAGCTATCCCTTGCAGTGAATCCACGAAACACCAGAAGATTAAGAGAGCTATTTC
TTTTTCCTTAACAGAGAATTAATATGAAAATTCTCTCTGCATGACAATCTGCAATAGCGC
AGCTAAAATAATTACGATTGTAAAATAAAGTACTAGAGATAATTGAGAACCAGGGTGTTG
TTTACAGGATTCCAAAGATAAAATGCGGTTATAAATAGAAACATGTGTCTAGTCTAGATA
TAATACCTGCTCAGTTAACC

QA 1 800 1 800
DS 



CO CL281Contig2 1253 7 11 U
ATCCAGACTAGACACATCTTATCTTTGGAATCCTGTAAACAGCACCCTGGTTCTCAATTA
TCTATAGTACTTTATTTCACATTGGTAATTATTTTAGCTGCGCTATTGCAGATTGTCATA
TAGAGACAATTTTCATGTTAATTCTCTGTTAACGAAAAAGAAAAGGCTCTCTTAATCTTC
TGGAGTTCCGTGGACTCACTGCAAGGGATAGCTCGCCAGCATAGTAATACCACATTTACC
CCTGTCTTTACGATAACCACGTTCCATCCGTATGTAGCCTTCTTCACCCCAACCAGTTCC
CCATGTATTCTTCACGATCCAGTACTTTTGACCGTCTTCTTCTCCATATCCAACAACAGT
CACTGCATGGTTGAGACTTGACCCACAGTAACCTGTGAAAATACCAGAAGAGTAGAACTG
AAAGATAAACCCATCAGCGTCGATTCCAACTGACACTGGTTGTTGAGCAGCAGCGGCTTG
TAGGCTTTCCTCATTCGGTGCTACCTTTTGGTATCCTGTAATTGTAACGATCTTATTTTT
GGATTTTTCTTGGTTGCAGCCGGTACCATCTGTGGCTGTGTATGGGTAGTCGTCCAAGGC
GACGAGTCCACCATTAGCTATAAGGTATTCATAGGCTGTTTCCATTAATCCACCGCTACA
CCCTTTGTTGTAACTGCCGGTATCACAATCTATGAGTTGTTGTTCTGAGAGAGTTACTAA
ATTCCCTGTGTTTATCTTGTTGATTCCTTCAATAGCTGAAACTGTGGCGAAAGCCCAGCA
GCCTCCGCATTTTCCTTGATCTCTAATAGGAGTCACAGCACCTTCTTTCCTCCAGTCCAC
AGCGGCCGGCACATTGCCTGATGGTTCACAAGCCCGCACATAGTCGCTGTTCAACCTCAA
GGAAGACGTGTTCAACCCGAGAAAATTGGCCTTAAACTCAGAGTTGGTCATGTCAGCAAA
TCTGGTTTCCGCTAAGTTAAAGGACAAGTGGAGGGAGTTGACATAGTCAATCCACTGGAG
ATTAGACTGGTATATCCCAAACCTAAACATCCACTCATCCTTTTCTTCATATGATTTTCC
GTGGTATTGAAGCCATTCTCCGAACTGCTTCTTCATCAGGGTGTTGTGTGGGTTGTACAC
AGAAGAATTGACGGAACAGAGCCTTGAAGGTATCAGCACAAAGCAAATCAAAACGACAAG
GGTCAGGTTAGCATTTCTTAGTACATTCAACATCTTTCTCTGTTTTAAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3F369JQ U 27
AF RR3F369TF C 29
AF RR3GH44JQ U 21
AF RR3FT39JQ U 1
AF RR3F158JQ U 49
AF RR3FT39TF C 537
AF RR3GH44TF C 537
BS 1 402 RR3FT39JQ
BS 403 403 RR3F369JQ
BS 404 776 RR3FT39JQ
BS 777 777 RR3F158JQ
BS 778 809 RR3FT39JQ
BS 810 810 RR3FT39TF
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BS 966 1251 RR3FT39TF
BS 1252 1253 RR3GH44TF

RD RR3F369JQ 383 0 0
GGAATCCTGTAAACAGCACCCTGGTTCTCAATTATCTATAGTACTTTATTTCACATTGGT
AATTATTTTAGCTGCGCTATTGCAGATTGTCATATAGAGACAATTTTCATGTTAATTCTC
TGTTAACGAAAAAAAAAAGGCTCTCTTAATCTTCTGGAGTTCCGTGGACTCACTGCAAGG
GATAGCTCGCCAGCATAATAATACCACATTTACCCCTGTCTTTACGATAACCACGTTCCA
TCCGTATGTAGCCTTCTTCACCCCAACCAGTTCCCCATGTATTCTTCACGATCCAGTACT
TTTGACCGTCTTCTTCTCCATATCCAACAACAGTCACTGCATGGTTGAAACTTGACCCAC
AGTAACCTGTGAAAATACCAGAA

QA 1 383 1 383
DS 

RD RR3F369TF 654 0 0
AATCCTGTAAACAGCACCCTGGTTCTCAATTATCTATAGTACTTTATTTCACATTGGTAA
TTATTTTAGCTGCGCTATTGCAGATTGTCATATAGAGACAATTTTCATGTTAATTCTCTG
TTAACGAAAAAGAAAAGGCTCTCTTAATCTTCTGGAGTTCCGTGGACTCACTGCAAGGGA
TAGCTCGCCAGCATAGTAATACCACATTTACCCCTGTCTTTACGATAACCACGTTCCATC
CGTATGTAGCCTTCTTCACCCCAACCAGTTCCCCATGTATTCTTCACGATCCAGTACTTT
TGACCGTCTTCTTCTCCATATCCAACAACAGTCACTGCATGGTTGAGACTTGACCCACAG
TAACCTGTGAAAATACCAGAAGAGTAGAACTGAAAGATAAACCCATCAGCGTCGACTCCA
ACTGACACTGGTTGTTGAGCAGCAGCGGCTTGTAGGCTTTCCTCATTCGGTGCTACCTTT
TGGTATCCTGTAACTGTAACGATCTTATTTTTGGATTTTTCTTGGTTGCAGCCGGTACCA
TCTGTGGCTGTGTATGGGTAGTCGTCCAAGGCGACGAGTCCACCATTAGC*ATAAGGTAT
TCATAGGCTGTTTCCATTAATCCACCGCTACACCCTTTGTTGTAACTGCCGGT
C

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3GH44JQ 751 0 0
TTTTTT
GGAATCCTGTAAACAGCACCCTGGTTCTCAATTATCTATAGTACTTTATTTCACATTGGT
AATTATTTTAGCTGCGCTATTGCAGATTGTCATATAGAGACAATTTTCATGTTAATTCTC
TGTTAACGAAAAAGAAAAGGCTCTCTTAATCTTTTGGAGTTCCGTGGACTCACTGCAAGG
GATAGCTCGCCAGCATAGTAATACCACATTTACCCCTGTCTTTACGATAACCACGTTCCA
TCCGTATGTAGCCTTCTTCACCCCAACCAGTTCCCCATGTATTCTTCACGATCCAGTACT
TTTGACCGTCTTCTTCTCCATATCCAACAACAGTCACTGCATGGTTGAGACTTGACCCAC
AGTAACCTGTGAAAATACCAGAAGAGTAGAACTGAAAGATAAACCCATCAGCGTCGATTC
CAACTGACACTGGTTGTTGAGCAGCAGCGGCTTGTAGGCTTTCCTCATTCGGTGCTACCT
TTTGGTATCCTGTAATTGTAACGATCTTATTTTTGGATTTTTCTTGGTTGCAGCCGGTAC
CATCTGTGGCTGTGTATGGGTAGTCGTCCAAGGCGACGAGTCCACCATTAGCTATAAGGT
ATTCATAGGCTGTTTCCATTAATCCACCGCTACACCCTTTGTTGTAACTGCCGGTATCAC
AATCTATGAGTTGTTGTTCTGATAGAGTTACTAAATTCCCTGTGTTTATCTTGTTGATTC
CTTCAATAGCTGAAACTGTGGCGAA

QA 7 751 7 751
DS 

RD RR3FT39JQ 821 0 0
ATCCAGACTAGACACATCTTATCTTTGGAATCCTGTAAACAGCACCCTGGTTCTCAATTA
TCTATAGTACTTTATTTCACATTGGTAATTATTTTAGCTGCGCTATTGCAGATTGTCATA
TAGAGACAATTTTCATGTTAATTCTCTGTTAACGAAAAAGAAAAGGCTCTCTTAATCTTC
TGGAGTTCCGTGGACTCACTGCAAGGGATAGCTCGCCAGCATAGTAATACCACATTTACC
CCTGTCTTTACGATAACCACGTTCCATCCGTATGTAGCCTTCTTCACCCCAACCAGTTCC
CCATGTATTCTTCACGATCCAGTACTTTTGACCGTCTTCTTCTCCATATCCAACAACAGT
CACTGCATGGTTGAGACTTGACCCACAGTAACCTGTGAAAATGCCAGAAGAGTAGAACTG
AAAGATAAACCCATCAGCGTCGATTCCAACTGACACTGGTTGTTGAGCAGCAGCGGCTTG
TAGGCTTTCCTCATTCGGTGCTACCTTTTGGTATCCTGTAATTGTAACGATCTTATTTTT
GGATTTTTCTTGGTTGCAGCCGGTACCATCTGTGGCTGTGTATGGGTAGTCGTCCAAGGC
GACGAGTCCACCATTAGCTATAAGGTATTCATAGGCTGTTTCCATTAATCCACCGCTACA
CCCTTTGTTGTAACTGCCGGTATCACAATCTATGAGTTGTTGTTCTGAGAGAGTTACTAA
ATTCCCTGTGTTTATCTTGTTGATTCCTTCAATAGCTGAAACTGTGGCGAAAGCCC*GCA
GCCTCCGCATTTTCCTTGATCTCTAATAG*AGTCACAGCAC

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR3F158JQ 744 0 0
GGTTCTCAATTATCTATAGTACTTTATTTCACATTGGTAATTATTTTAGCTGCGCTATTG
CAGATTGTCATATAGAGACAATTTTCATGTTAATTCTCTGTTAACGAAAAAGAAAAGGCT
CTCTTAATCTTCTGGAGTTCCGTGGACTCACTGCAAGGGATAGCTCGCCAGCATAGTAAT
ACCACATTTACCCCTGTCTTTACGATAACCACGTTCCATCCGTATGTAGCCTTCTTCACC
CCAACCAGTTCCCCATGTATTCTTCACGATCCAGTACTTTTGACCGTCTTCTTCTCCATA
TCCAACAACAGTCACTGCATGGTTGAAACTTGACCCACAGTAACCTGTGAAAATACCAGA
AGAGTAGAACTGAAAGATAAACCCATCAGCGTCGATTCCAACTGACACTGGTTGTTGAGC
AGCAGCGGCTTGTAGGCTTTCCTCATTCGGTGCTACCTTTTGGTATCCTGTAATTGTAAC
GATCTTATTTTTGGATTTTTCTTGGTTGCAGCCGGTACCATCTGTGGCTGTGTATGGGTA
GTCGTCCAAGGCGACGAGTCCACCATTAGCTATAAGGTATTCATAGGCTGTTTCCATTAA
TCCACCGCTACACCCTTTGTTGTAACTGCCGGTATCACAATCTATGAGTTGTTGTTCTGA
GAGAGTTACTAAATTCCCTGTGTTTATCTTGTTGATTCCTTCAATAGCTGAAACTGTGGC
GAAAGCCCAGCAGCCTCCGCATTT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3FT39TF 718 0 0
TTTTTGGA
TTTTCTTGGT*GCAGCCGGTACCATCTGTGGCTGTGTATGGGTAGTCGTCCAAGGCGACG
AGTCCACCATTAGCTATAAGGTATTCATAGGCTGTTTCCATTAATCCACCGCTACACCCT
TTGTTGTAACTGCCGGTATCACAATCTATGAGTTGTTGTTCTGAGAGAGTTACTAAATTC
CCTGTGTTTATCTTGTTGATTCCTTCAATAGCTGAAACTGTGGCGAAAGCCC*GCAGCCT
CCGCATTTTCCTTGATCTCTAATAGGAGTCACAGCACCTTCTTTCCTCCAGTCCACAGCG
GCCGGCACATTGCCTGATGGTTCACAAGCCCGCACATAGTCGCTGTTCAACCTCAAGGAA
GACGTGTTCAACCCGAGAAAATTGGCCTTAAACTCAGAGTTGGTCATGTCAGCAAATCTG
TTTTCCGCTAAGTTAAAGGACAAGTGGAGGGAGTTGACATAGTCAATCCACTGGAGATTA
GACTGGTATATCCCAAACCTAAACATCCACTCATCCTTTTCTTCATATGATTTTCCGTGG
TATTGAAGCCATTCTCCGAACTGCTTCTTCATCAGGGTGTTGTGTGGGTTGTACACAGAA
GAATTGACGGAACAGAGCCTTGAAGGTATCAGCACAAAGCAAATCAAAACGACAAGGGTC
AGGTTAGCATTTCTTAGTACATTCAACATCTTTCTCTGTTTTAAGTT
GCC

QA 9 715 9 715
DS 

RD RR3GH44TF 717 0 0
TTTTTGGA
TTTTCTTGGT*GCAGCCGGTACCATCTGTGGCTGTGTATGGGTAGTCGTCCAAGGCGACG
AGTCCACCATTAGCTATAAGGTATTCATAGGCTGTTTCCATTAATCCACCGCTACACC*T
TTGTTGTAACTGCCGGTATCACAATCTATGAGTTGTTGTTCTGATAGAGTTACTAAATTC
CCTGTGTTTATCTTGTTGATTCCTTCAATAGCTGAAACTGTGGCGAAAGCCCAGCAGCCT
CCGCATTTTCCTTGATCTATAATAGGAGTCACAGCACCTTCTTTCCTCCAGTCCACAGCG
GCCGGCACATTGCCTGATGGTTCACAAGCCCGCA*ATAGTCGCTGTTTAACCTCAAGGAA
GACGTGTTCAACCCGAGAAAATTGGCCTTAAACTCAGAGTTGGTCATGTCAGCAAATCTG
GTTTCCGCTAAGTTAAAGGACAAGTGGAGGGAGTTGACATAGTCAATCCACTGGAGATTA
GACTGGTATATCCCAAACCTAAACATCCACTCATCCTTTTCTTCATATGATTTTCCGTGG
TATTGAAGCCATTCTCCGAACTGCTTCTTCATCAGGGTGTTGTGTGGGTTGTACACAGAA
GAATTGACGGAACAGAGCCTTGAAGGTATCAGCACAAAGCAAATCAAAACGACAAGGGTC
AGGTTAGCATTTCTTAGTACATTCAACATCTTTCTCTGTTTTAAGTTCC

QA 9 717 9 717
DS 



AS 1 11

CO CL282Contig1 1449 11 35 U
GGAGATCCGCCACCTCAAGGTTTTATTTTCGTTTGATTAAAGTGTGTAGCAATTAGCCAT
GGACGGTGGAGCGGAAGGATCTCAGCAGCCTCACCTTATTCTAGCTCACAAGCTCTTCCT
CCTCACTCATCCCGATGTCCAGGACATCGAGAAAGTCCAGCTCAAGTCTGACGTCTTGGA
TTCCATCAAATCCGATGGTATGGCTCCATTGTACGAAACCCTAACGGCGTCTTCAGTGCT
GGAATTGGATCAGAGCTTGTTAGATTCTATGCGTGCTACCAACGAGGCAGAGCTTAAAAA
GCTCGACGACAAGATTGCAGATGCTGAAGAAAATTTGGGCGAAAGTGAAGTCCGTGAAGC
TCATCTTGCTAAGGCTCTATATTTCGTCAGGATTAGTGATAAGGAGAAAGCTTTGGAGCA
ACTGAAACTCACTGAAGGAAAAACCGTCGCTGTTGGCCAAAAAATGGACCTTGTGTTCTA
CACCTTGCAGCTTGCCTTTTTCTACATGGATTTCGACCTTGTGTCCAAAAGCATTGACAA
AGCTAAAAAGTTGTTTGAAGAGGGTGGTGACTGGGAGAGGAAGAACAGGCTAAAGGTCTA
TGAAGGCTTGTATTGCATGTCCACCAGAAATTTTAAGAAGGCTGCCAGCTTATTTTTGGA
TTCTATCTCAACCTTCACGACTTATGAGATTTTTCCTTACGAGACCTTCATTTTCTACAC
CGTCCTGACGAGCATCATAACTCTCGACAGAGTTTCGCTTAAGCAGAAGGTTGTTGACGC
ACCTGAGATCTTAACCGTGCTTGGGAAGATACCATTCCTTTCTGAGTTCCTCAACTCCTT
GTACGAGTGCCAATACAAGGCGTTTTTCTCAGCATTCGCTGGAATGGCGGAGCAGATAAA
GTTCGACCGCTATTTGAACCCACATTTCCGGTTCTATATGAGGGAAGTGAGAACGGTGGT
GTACTCTCAGTTTTTGGAGTCTTACAAGAGCGTAACGGTGGATGCGATGGCAAATGCCTT
TGGTGTTTCCGTGGATTTCATCGATCAGGAGCTGTCACGCTTCATTGCAGCTGGGAAGCT
TCACTGCAAGATAGACAAGGTTGCAGGTGTTTTGGAGACTAACCGTCCAGATGCAAAGAA
TGCACTTTACCAGGCAACAATCAAGCAAGGGGACTTCTTACTTAACCGGATCCAGAAGCT
GTCACGAGTCATCGATCTGTGAGCGTGTCTCACATGTTTCTGTTTAGCACTTTTCTTCAA
AACTGCAACGACTTGCAAAACTCAAATGGGTAGAATCTTAAGGTGTGAGAAACGATGTTT
GAGATCAACACCCGCCTGTTCTTTCTTATGACTCTAGTTCTTATCTCTTTTGAATCTAGT
TGATTTGTTTCAGTGGTGAACTTCCCACGAGCAAATAGCAAGTTTTATCCTAAAGTTGGA
ATTTTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ88TF U 80
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AF RR3FQ91TF U 5
AF RR3B270TF U 1
AF RR3GE14TF U 10
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AF RR3B270JQ C 533
AF RR3FQ91JQ C 696
AF RR3GE14JQ C 890
AF RR3EC11JQ C 789
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BS 80 80 RR3FQ91TF
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BS 109 109 RR3FQ91TF
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BS 1431 1449 RR3EC11JQ

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ATGGCTCCATTGTACGAAACCCTAACGGCGTCTTCAGTGCTGGAATTGGATCAGAGCTTG
TTAGATTCTATGCGTGCTACCAACGAGGCAGAGCTTAAAAAGCTCGACGACAAGATTGCA
GATGCTGAAGAAAATTTGGGCGAAAGTGAAGTCCGTGAAGCTCATCTTGCTAAGGCTCTA
TATTTCGTCAGGATTAGTGATAAGGAGAAAGCTTTGGAGCAACTGAAACTCACTGAAGGA
AAAACCGTCGCTGTTGGCCAAAAAATGGACCTTGTGTTCTACACCTTGCAGCTTGCCTTT
TTCTACATGGATTTCGACCTTGTGTCCAAAAGCATTGACAAAGCTAAAAAGTTGTTTGAA
GAGGGTGGTGACTGGGAGAGGAAGAACAG
CTA

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DS 

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GG
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GTCCAGGACATCGAGAAAGTCCAGCTCAAGTCTGACGTCTTGGATTCCATCAAATCCGAT
GGTATGGCTCCATTGTACGAAACCCTAACGGCGTCTTCAGTGCTGGAATTGGATCAGAGC
TTGTTAGATTCTATGCGTGCTACCAACGAGGCAGAGCTTAAAAAGCTCGACGACAAGATT
GCAGATGCTGAAGAAAATTTGGGCGAAAGTGAAGTCCGTGAAGCTCATCTTGCTAAGGCT
CTATATTTCGTCAGGATTAGTGATAAGGAGAAAGCTTTGGAGCAACTGAAACTCACTGAA
GGAAAAACCGTCGCTGTTGGCCAAAAAATGGACCTTGTGTTCTACACCTTGCAGCTTGCC
TTTTTCTACATGGATTTCGACCTTGTGTCCAAAAGCATTGACAAAGCTAAAAAGTTGGTT
GAAGAGGGTGGTGACTGGGAGAGGAAGAACAGGCTAAAGGTCTATGAAGGCTTGTATTGC
ATGTCCACC

QA 3 611 3 611
DS 

RD RR3FQ91TF 697 0 0
GGCCGCC
ACCTCAAGGTTTTATTTTCGTTTGATTAAAGTGTGTAGCAATTAGCCATGGACGGTGGAG
CGGAAGGATCTCAGCAGCCTCACCTTATTCTAGCTCACAAGCTCTTCCTCCTCACTCATC
CCGATGTCCAGGACATCGAGAAAGTCCAGCTCAAGTCTGACGTCTTGGATTCCATCAAAT
CCGATGGTATGGCTCCATTGTACGAAACCCTAACGGCGTCTTCAGTGCTGGAATTGGATC
AGAGCTTGTTAGATTCTATGCGTGCTACCAACGAGGCAGAGCTTAAAAAGCTCGACGACA
AGATTGCAGATGCTGAAGAAAATTTGGGCGAAAGTGAAGTCCGTGAAGCTCATCTTGCTA
AGGCTCTATATTTCGTCAGGATTAGTGATAAGGAGAAAGCTTTGGAGCAACTGAAACTCA
CTGAAGGAAAAACCGTCGCTGTTGGCCAAAAAATGGACCTTGTGTTCTACACCTTGCAGC
TTGCCTTTTTCTACATGGATTTCGACCTTGTGTCCAAAAGCATTGACAAAGCTAAAAAGT
TGTTTGAAGAGGGTGGTGACTGGGAGAGGAAGAACAGGCTAAAGGTCTATGAAGGCTTGT
ATTGCATGTCCACCAGAAATTTTAACAAGGCTGCCAGCTTATTTTTGGAT*CTATCTCAA
CCTTCACGACTTATGAGATTTT
CCTTACGA

QA 8 689 8 689
DS 

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GGACGGTGGAGCGGAAGGAACTCAGCAGCCTCACCTTATTCTAGCTCATAAGCTCTTCCT
CCTCACTCATCCCGATGTCCAGGACATCGAGAAAGTCCAGCTCAAGTCTGACGTCTTGGA
TTCCATCAAATCCGATGGTATGGCTCCATTGTACGAAACCCTAACGGCGTCTTCTGTGCT
GGAATTGGATCAGAGCTTGTTAGATTCTATGCGTGCTACCAACGAGGAAGAGCTTAAAAA
GCTCGACGACAAGATTGCAGATGCTGAAGAAAATTTGGGGGAAAGTGAAGTCCGTGAAGC
TCATCTTGCTAAGGCTCTCTATTTCGTCAGGATTAGTGATAAGGAGAAAGCTCTGGAGCA
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AGCTAAGAAGTTGTTTGAAGAGGGTGGTGACTGGGAGAGGAAGAACAGGCTAAAGGTCTA
TGAAGGCTTGTATTGCATGTCCACCAGAAATTTTAAGAAGGCTGCCAGCTTATTTTTGGA
TTCTATCTCAACCTTCACGACTTATGAGATTTTTCCTTACGAGACCTTCATTTTCTACAC
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ACCTGAGATCTTAACCGTGCTTGGGA
AGA

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GGACCTC
AAGGTTTTATTTTCGTTTGATTAAAGTGTGTAGCAATTAGCCATGGACGGTGGAGCGGAA
GGATCTCAGCAGCCTCACCTTATTCTAGCTCACAAGCTCTTCCTCCTCACTCATCCCGAT
GTCCAGGACATCGAGAAAGTCCAGCTCAAGTCTGACGTCTTGGATTCCATCAAATCCGAT
GGTATGGCTCCATTGTACGAAACCCTAACGGCGTCTTCAGTGCTGGAATTGGATCAGAGC
TTGTTAGATTCTATGCGTGCTGCCAACGAGGCAGAGCTTAAAAAGCTCGACGACAAGATT
GCAGATGCTGAAGAAAATTTGGGCGAAAGTGAAGTCCGTGAAGCTCATCTTGCTAAGGCT
CTATATTTCGTCAGGATTAGTGATAAGGAGAAAGCTTTGGAGCAACTGAAACTCACTGAA
GGAAAAACCGTCGCTGTTGGCCAAAAAATGGACCTTGTGTTCTACACCTTGCAGCTTGCC
TTTTTCTACATGGATTTCGACCTTGTGTCCAAAAGCATTGACAAAGCTAAAAAGTTGTTT
GAAGAGGGTGGTGACTGGGAGAGGAAGAACAGGCTAAAGGTCTATGAAGGCTTGTATTGC
ATGTCCACCAGAAATTTTAACAAAGCTGCCAGCTTATTTTTGGATTCTATCTCAACCTTC
ACGACTTATGAGATTTTTCCTTACGAGACCTTCATTTTCTACACCGTCCTGAC*AGCATC
ATAACTCTCGACAGAGTT*CGCTTAAGCAGAAG*TTGTTGACGCACCTGAGATCTTAACC
GTGCTTGGGA
GATA

QA 8 797 8 797
DS 

RD RR3GQ88JQ 218 0 0
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TTCATTGCAGCTGGGAAGCTTCACTGCAAGATAGACAAGGTTGCAGGTGTTTTGGAGACT
AACCGTCCAGATGCAAAGAATGCACTTTACCAGGCAACAATCAAGCAAGGGGACTTTTTA
CTTAACCGGATCCAGAAGCTGTCACGAGTCATCGATCT

QA 1 218 1 218
DS 

RD RR3DA28TF 286 0 0
G
AGACAAGGTTGCAGGTGTTTTGGAGACTAACCGTCCAGATGCAAAGAATGCACTTTACCA
GGCAACAATCAAGCAAGGGGACTTCTTACTTAACCGGATCCAGAAGCTGTCACGAGTCAT
CGATCTGTGAGCGTGTCTCACATGTTTCTGTTTAGCACTTTTCTTCAAAACTGCAACGAC
TTGCAAAACTCAAATGGGTAGAATCTTAAGGTGTGAGAAACGATGTTTGAGATCAACACC
CGCCTGTTCTTTCTTATGACTCTAGTTCTTATCTCTTTTGAATCT

QA 2 286 2 286
DS 

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ATTGACAAAGCTAAGAAGTTGTTTGAAGAGGGTGGTGACTGGGAGAGGAAGAACAGGCTA
AAGGTCTATGAAGGCTTGTATTGCATGTCCACCAGAAATTTTAAGAAGGCTGCCAGCTTA
TTTTTGGATTCTATCTCAACCTTCACGACTTATGAGATTTTTCCTTACGAGACCTTCATT
TTCTACACCGTCCTGACGAGCATCATAACTCTCGACAGAGTTTCGCTTAAGCAGAAGGTT
GTTGACGCACCTGAGATCTTAACCGTGCTTGGGAAGATACCATTCCTTTCTGAGTTCCTC
AACTCCTTGTACGAGTGCCAGTACAAGGCGTTTTTCTCAGCATTCGCTGGAATGGCGGAG
CAGATAAAGTTCGACCGCTATTTGAACCCACATTTCCGGTTCTATATGAGGGAAGTGAGA
ACGGTGGTGTACTCTCAGTTTTTGGAGTCTTACAAGAGCGTAACGGTGGATGCGATGGCA
AATGCCTTTGGTGTTTCCGTGGATTTCATCGATCAGGAGCTGTCACGCTTCATTGCAGCA
GGGAAGCTTCACTGCAAGATAGACAAGGTTGCAGGTGTTTTGGAGACTAACCGTCCAGAT
GCAAAGAATGCGCTTTACCAGGCAACAATCAAGCAAGGGGACTTCTTACTTAACCGGATC
CAGAAGCTGTCACGAGTCATCGATCTGTGAGCGTGTCTCACATGTTTCTGTTTAGCACTT
TTCTTCAAAACTGCAACGACTTGCAAAACTCAAATGGGTAGAATCTTAAGGTGTGAAAAA
CGATGTTTGAGATCAACACCCGTCTGTTCTTTCTTATGACTCTAGTTCTTATCTCTTTTG
AATCTAGTTGATTTGTTTCAGTGGTGAACTTCCCACGAGCAAATAGCAAGTTTTATCC
T

QA 1 898 1 898
DS 

RD RR3FQ91JQ 703 0 0
CTTACGAGACCTTCATTTTCTACACCGTCCTGACAAGCATCATAACTCTCGACAGAGTTT
CGCTTAAGCAGAAGGTTGTTGACGCACCTGAGATCTTAACCGTGCTTGGGAAGATACCAT
TCCTTTCTGAGTTCCTCAACTCCTTGTACGAGTGCCAATACAAGGCGTTTTTCTCAGCAT
TCGCTGGAATGGCGGAGCAGATAAAGTTCGACCGCTATTTGAACCCACATTTCCGGTTCT
ATATGGGGGAAGTGAGAACGGTGGTGTACTCTCAGTTTTTGGAGTCTTACAAGAGCGTAA
CGGTGGATGCGATGGCAAATGCCTTTGGTGTTTCCGTGGATTTCATCGATCAGGAGCTGT
CACGCTTCATTGCAGCTGGGAAGCTTCACTGCAAGATAGACAAGGTTGCAGGTGTTTTGG
AGACTAACCGTCCAGATGCAAAGAATGCACTTTACCAGGCAACAATCAAGCAAGGGGACT
TCTTACTTAACCGGATCCAGAAGCTGTCACGAGTCATCGATCTGTGAGCGTGTCTCACAT
GTTTCTGTTTAGTACTTTTCTTCAAAACTGCAACGACTTGCAAAACTCAAATGGGTAGAA
TCTTAAGGTGTGAGAAACGATGTTTGAGATCAACACCCGCCTGTTCTTTCTTATGACTCT
AGTTCTTATCTCTTTTGAATCTAGTTGATTTGTTTCAGTGG
GG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3GE14JQ 541 0 0
GAGCAGATAAAGTTCGACCGCTATTTGAACCCACATTTCCGGTTCTATATGAGGGAAGTG
AGAACGGTGGTGTACTCTCAGTTTTTGGAGTCTTACAAGAGCGTAACGGTGGATGCGATG
GCAAATGCCTTTGGTGTTTCCGTGGATTTCATCGATCAGGAGCTGTCACGCTTCATTGCA
GCTGGGAAGCTTCACTGCAAGATAGACAAGGTTGCAGGTGTTTTGGAGACTAACCGTCCA
GATGCAAAGAATGCACTTTACCAGGCAACAATCAAGCAAGGGGACTTCTTACTTAACCGG
ATCCAGAAGCTGTCACGAGTCATCGATCTGTGAGCGTGTCTCACATGTTTCTGTTTAGCA
CTTTTCTTCAAAACTGCAACGACTTGCAAAACTCAAATGGGTAGAATCTTAAGGTGTGAG
AAACGATGTTTGAGATCAACACCCGCCTGTTCTTTCTTATGACTCTAGTTCTTATCTCTT
TTGAATCTAGTTGATTTGTTTCAGTGGTGAACTTCCCACGAGCAAATAGCAAGTTTTATC
C

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3EC11JQ 661 0 0
TCTTAACCGTGCTTGGGAAGATACCATTCCTTTCTGAGTTCCTCAACTCCTTGTACGAGT
GCCAATACAAGGCGTTTTTCTCAGCATTCGCTGGAATGGCGGAGCAGATAAAGTTCGACC
ACTATTTGAACCCACATTTCCGGTTCTATATGAGGGAAGTGAGAACGGTGGTGTACTCTC
AGTTTTTGGAGTCTTACAAGAGCGTAACGGTGGATGCGATGGCAAATGCCTTTGGTGTTT
CCGTGGATTTCATCGATCAGGAGCTGTCACGCTTCATTGCAGCTGGGAAGCTTCACTGCA
AGATAGACAAGGTTGCAGGTGTTTTGGAGACTAACCGTCCAGATGCAAAGAATGCACTTT
ACCAGGCAACAATCAAGCAAGGGGACTTCTTACTTAACCGGATCCAGAAGCTGTCACGAG
TCATCGATCTGTGAGCGTGTCTCACAT*TTTCTGTTTAGCACTTTTCTTCAAAACTGCAA
CGACTTGCAAAACTCAAATGGGTAGAATCTTAAGGTGTGAGAAACGATGTTTGAGATCAA
CACCCGCCTGTTCTTTCTTATGACTCTAGTTCTTATCTCTTTTGAATCTAGTTGATTTGT
TTCAGTGGTGAACTTCCCACGAGCAAATAGCAAGTTTTATCCTAAAGTTGGAATTTTTGG
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 11

CO CL283Contig1 844 11 9 U
CATTGATAGTCAAATTGTATTCAAATTAATTATTTTGACTAACCGTTTTTACGTAAATTA
TAAGCAAAAAAGCAGTAGGAACGAGAATGAAGAGTGCAGTAGCAATAAATGCAAGAATAT
TGACTTCCATAATTAAATAGTTTATTATTTATTTTTTTTTCTTTGGAATATCTCGGGATT
TAATCCCATAGAGATGAGAAATCTTTCGCTTGTAAACTCACTCAGATGAATTAGATTTCG
ATGATATCGAATGAAAGAAATATCATGAATAACAATATCGGAGCTATAAAATCGATTCAT
CGTCCAGAATTTAATAGTATAACATAGGAAGATCTTTTATCCACACCGAATACATAATGA
GATTCCTGATCCAATAAAAAACTATTTATTTATGATTCTTTTTCACCGCTTTCTTTTCTA
CAACCTATTACTTTCCTTGTACAATCATCTGATGAAATATCATAAAAAACCTTTTCTACT
TCGATTGTTTACAAAAAGAGTTTCTAAAGAACCTTAAATAAACAATAGAAATCAAATAGA
GAAAACAAGTACGAAATTTCAAATTGAAATTTAAAAAATTTTGTAAGGGTCTATGATCTT
TTTGTAAAACAAAGGAAATGTGATAAAGACGAGTCCCGATAAAAAAAA*CTACAATATTC
CAAAAAATTAACTCTTTAAATTTTCTTACGAGTTTTTCTTCGACATCAACTTTTTAAAAA
GAGCATATTCATTAGGGAAGACTAAATTGATCTTTATTTTTTAAATATCCTCTTTACTTG
GTTGGATTCGAACTATTTTAACTTCCTTGACTTCATAGAAACAAAAGTATATATAGGTAC
TCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 10 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3C546JQ U 1
AF RR3C546TF C 1
AF RR3G078TF C 1
AF RR3BE08TF C 165
AF RR3BE08JQ U 165
AF RR3G078JQ U 7
AF RR3BL49JQ U 307
AF RR3CC81JQ U 165
AF RR3FN43JQ U 165
AF RR3FN43TF C 165
AF RR3CC81TF C 165
BS 1 200 RR3C546JQ
BS 201 201 RR3BE08JQ
BS 202 305 RR3C546JQ
BS 306 409 RR3CC81JQ
BS 410 410 RR3FN43JQ
BS 411 433 RR3CC81JQ
BS 434 434 RR3FN43JQ
BS 435 779 RR3CC81JQ
BS 780 844 RR3CC81TF

RD RR3C546JQ 305 0 0
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TGACTTCCATAATTAAATAGTTTATTATTTATTTTTTTTTCTTTGGAATATCTCGGGATT
TAATCCCATAGAGATGAGAAGTCTTTCGCTTGTAAACTCACTCAGATGAATTAGATTTCG
ATGATATCGAATGAAAGAAATATCATGAATAACAATATCGGAGCTATAAAATCGATTCAT
CGTCC

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR3C546TF 305 0 0
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CCATAATTAAATAGTTTATTATTTATTTTTTTTTCTTTGGAATATCTCGGGATTTAATCC
CATAGAGATGAGAAGTCTTTCGCTTGTAAACTCACTCAGATGAATTAGATTTCGATGATA
TCGAATGAAAGAAATATCATGAATAACAATATCGGAGCTATAAAATCGATTCATCGTCC

QA 7 305 7 305
DS 

RD RR3G078TF 308 0 0
CATTGA
TAGTCAAATTGTATTCAAATTAATTATTTTGACTAACCGTTTTTACGTAAATTATAAGCA
AAAAAGCAGTAGGAACGAGAATGAAGAGTGCAGTAGCAATAAATGCAAGAATATTGACTT
CCATAATTAAATAGTTTATTATTTATTTTTTTTTCTTTGGAATATCTCGGGATTTAATCC
CATAGAGATGAGAAATCTTTCGCTTGTAAACTCACTCAGATGAATTAGATTTCGATGATA
TCGAATGAAAGAAATATCATGAATAACAATATCGGAGCTATAAAATCGATTCATCGTCC
CCT

QA 7 305 7 305
DS 

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QA 1 141 1 141
DS 

RD RR3BE08JQ 141 0 0
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GATGAATTAGATTTCGATGATATCGAATGAAAGAAATATCATGAATAACAATATCGGAGC
TATAAAATCGATTCATCGTCC

QA 1 141 1 141
DS 

RD RR3G078JQ 299 0 0
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AAAAAGCAGTAGGAACGAGAATGAAGAGTGCAGTAGCAATAAATGCAAGAATATTGACTT
CCATAATTAAATAGTTTATTATTTATTTTTTTTTCTTTGGAATATCTCGGGATTTAATCC
CATAGAGATGAGAAATCTTTCGCTTGTAAACTCACTCAGATGAATTAGATTTCGATGATA
TCGAATGAAAGAAATATCATGAATAACAATATCGGAGCTATAAAATCGATTCATCGTCC

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR3BL49JQ 414 0 0
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TGATCCAATAAAAAACTATTTATTTATGATTCTTTTTCACCGCTTTCTTTTCTACAACCT
ATTACTTTCCTTGTACAATCATCTGATGAAATATCATAAAAAACCTTTTCTACTTCGATT
GTTTACAAAAAGAGTTTCTAAAGAACCTTAAATAAACAATAGAAATCAAATAGAGAAAAC
AAGTACGAAATTTCAAATTGAAATTTAAAAAATTTTGTAAGGGTCTATGATCTTTTTGTA
AAACAAAGGAAATGTGATAAAGACGAGTCCCGATAAAAAAAAACTACAATATTCCAAAAA
ATTAACTCTTTAAATTTTCTTACGAGTTTTTCTTCGACATCAACTTTTTAAAAA

QA 1 414 1 414
DS 

RD RR3CC81JQ 628 0 0
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AAAAACCTTTTCTACTTCGATTGTTTACAAAAAGAGTTTCTAAAGAACCTTAAATAAACA
ATAGAAATCAAATAGAGAAAACAAGTACGAAATTTCAAATTGAAATTTAAAAAATTTTGT
AAGGGTCTATGATCTTTTTGTAAAACAAAGGAAATGTGATAAAGACGAGTCCCGATAAAA
AAAA*CTACAATATTCCAAAAAATTAACTCTTTAAATTTTCTTACGAGTTTTTCTTCGAC
ATCAACTTTTTAAAAAGAGCATATTCATTAGGGAAGACTAAATTGATCTTTATTTTTTAA
ATATCCTCTTTACTT
GGTTGGATTCGAA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3FN43JQ 623 0 0
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TATAAAATCGATTCATCGTCAAGAATTTAATAGTATAACATAGGAAGATCTTTTATCCAC
ACCGAATACATAATGAGATTCCTGATCCAATAAAAAACTATTTATTTATGATTCTTTTTC
ACCGCTTTCTTTTCTACAACCTATTACTTTCCTTGTACAATCATCTGATGAAATATCATA
AAAAACCTTTTCTACTTCGATTGTTTACAAAAAGAGTTTCTAAAGAACCTTAAATAAACA
ATAGAAATCAAATAGAGAAAACAAGTACGAAATTTCAAATTGAAATTTAAAAAATTTTGT
AAGGGTCTATGATCTTTTTGTAAAACAAAGGAAATGTGATAAAGACGAGTCCCGATAAAA
AAAA*CTACAATATTCCAAAAAATTAACTCTTTAAATTTTCTTACGAGTTTTTCTTCGAC
ATCAACTTTTTAAAAAGAGCATATTCATTAGGGAAGACTAAATTGATCTTTATTTTTTAA
ATATCCTCTTTACTT
CCCCGGCG

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3FN43TF 623 0 0
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GATGAATTAGATTTCGATGATATCGAATGAAAGAAATATCATGAATAACAATATCGGAGC
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ACCGAATACATAATGAGATTCCTGATCCAATAAAAAACTATTTATTTATGATTCTTTTTC
ACCGCTTTCTTTTCTACAACCTATTACTTTCCTTGTACAATCATCTGATGAAATATCATA
AAAAACCTTTTCTACTTCGATTGTTTACAAAAAGAGTTTCTAAAGAACCTTAAATAAACA
ATAGAAATCAAATAGAGAAAACAAGTACGAAATTTCAAATTGAAATTTAAAAAATTTTGT
AAGGGTCTATGATCTTTTTGTAAAACAAAGGAAATGTGATAAAGACGAGTCCCGATAAAA
AAAA*CTACAATATTCCAAAAAATTAACTCTTTAAATTTTCTTACGAGTTTTTCTTCGAC
ATCAACTTTTTAAAAAGAGCATATTCATTAGGGAAGACTAAATTGATCTTTATTTTTTAA
ATATCCTCTTTACTT
CCCCGGCG

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3CC81TF 680 0 0
GGAATATCTCGGGATTTAATCCCATAGAGATGAGAAATCTTTCGCTTGTAAACTCACTCA
GATGAATTAGATTTCGATGATATCGAATGAAAGAAATATCATGAATAACAATATCGGAGC
TATAAAATCGATTCATCGTCAAGAATTTAATAGTATAACATAGGAAGATCTTTTATCCAC
ACCGAATACATAATGAGATTCCTGATCCAATAAAAAACTATTTATTTATGATTCTTTTTC
ACCGCCTTCTTTTCTACAACCTATTACTT*CCTTGTACAATCATCTGATGAAATATCATA
AAAAACCTTTTCTACTTCGATTGTTTACAAAAAGAGTTTCTAAAGAACCTTAAATAAACA
ATAGAAATCAAATAGAGAAAACAAGTACGAAATTTCAAATTGAAATTTAAAAAATTTTGT
AAGGGTCTATGATCTTTTTGTAAAACAAAGGAAATGTGATAAAGACGAGTCCCGATAAAA
AAAA*CTACAATATTCCAAAAAATTAACTCTTTAAATTTTCTTACGAGTTTTTCTTCGAC
ATCAACTTTTTAAAAAGAGCATATTCATTAGGGAAGACTAAATTGATCTTTATTTTTTAA
ATATCCTCTTTACTTGGTTGGATTCGAACTATTTTAACTTCCTTGACTTCATAGAAACAA
AAGTATATATAGGTACTCTT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 8

CO CL284Contig1 855 8 15 U
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CGTGCTCCCTCGTAGCTACTATCAATAATCGCGCAAAGTTTTTTTTTCCTTCGTGTGCTG
AATAAATCAGCTTTGATTCAGAGATGGCGGCTGCTTTGTCGAGCAGGTTTCTCAACACCG
TTCGTTCTACCAGATTGGCATCTGTATCATCAATCTATAAAAATGGGATGATGAGATACT
CCACTACAGTTCCCAGCGATTCAGACACACATGATGACTTCAAGCCTACCCAGAAAGTCC
CTTCTGGTTCCACGGACTCGCTCAAGGAACTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAGAATCCAG
TTATGATCTACATGAAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTCGCCG
TTAGGGTTCTCCAACAGTATAATGTCCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCAG
AGATCAAAGAAGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCATCA
AGGGAGAGTTTATTGGAGGCTCAGACATCATCCTCAACATGCACAAGGAAGGTGAACTGG
AGGAGAAGCTTAAAGACGTCTCTGCAAACCAAAAATCTCAGTAAGCTTCTAGAGATTTTT
GATCCAAGTCTGAAGTTCTATCTTCACTGCTGATGAATGAAGTTATTATTATGTTTTTCT
TTTTTTT*GTTTATTTACACAAGAATGCATTTTTATGTACGGTAATAATGAAAGTCTCAA
GAGAACTTGGTATGAACAAAACTTGATATTTATATTATTAAAGAACCTTTATTTCATTAT
TCATAATCAAGAATC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI38JQ C 202
AF RR3E488TF U 1
AF RR3A912TF U 2
AF RR3GI38TF U 10
AF RR3C460TF U 38
AF RR3C460JQ C 60
AF RR3F004TF U 239
AF RR3E488JQ C 15
BS 1 445 RR3E488TF
BS 446 446 RR3A912TF
BS 447 554 RR3E488TF
BS 555 575 RR3A912TF
BS 576 576 RR3GI38TF
BS 577 675 RR3A912TF
BS 676 676 RR3C460TF
BS 677 679 RR3A912TF
BS 680 680 RR3C460TF
BS 681 710 RR3A912TF
BS 711 726 RR3C460TF
BS 727 727 RR3E488JQ
BS 728 757 RR3C460TF
BS 758 814 RR3F004TF
BS 815 855 RR3E488JQ

RD RR3GI38JQ 291 0 0
CTGTATCATCAATCTATAAAAATGGGATGATGAGATACTCCACTACAGTTCCCAGCGATT
CAGACACACATGATGACTTCAAGCCTACCCAGAAAGTCCCTTCTGGTTCCACGGACTCGC
TCAAGGAACTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAGAATCCAGTTATGATCTACATGAAAGGAG
TCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTCGCCGTTAGGGTTCTCCAACAGTATA
ATGTCCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCAGAGATCAAAGAAG

QA 1 291 1 291
DS 

RD RR3E488TF 554 0 0
GGGGGAACGCCAGAGAAGCGGTCGTTGTAAAGATCTCGTGTGTTTGCAACTTTTCTGTTC
CGTGCTCCCTCGTAGCTACTATCAATAATCGCGCAAAGTTTTTTTTTCCTTCGTGTGCTG
AATAAATCAGCTTTGATTCAGAGATGGCGGCTGCTTTGTCGAGCAGGTTTCTCAACACCG
TTCGTTCTACCAGATTGGCATCTGTATCATCAATCTATAAAAATGGGATGATGAGATACT
CCACTACAGTTCCCAGCGATTCAGACACACATGATGACTTCAAGCCTACCCAGAAAGTCC
CTTCTGGTTCCACGGACTCGCTCAAGGAACTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAGAATCCAG
TTATGATCTACATGAAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTCGCCG
TTAGGGTTCTCCAACAGTATAATGTTCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCAG
AGATCAAAGAAGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCATCA
AGGGAGAGTTTATT

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3A912TF 709 0 0
GGT
GAACGCCAGAGAAGCGGTCGTTGTAAAGATCTCGTGTGTTTGCAACTTTTCTGTTCCGTG
CTCCCTCGTAGCTACTATCAATAATCGCGCAAAGTTTTTTTTTCCTTCGTGTGCTGAATA
AATCAGCTTTGATTCAGAGATGGCGGCTGCTTTGTCGAGCAGGTTTCTCAACACCGTTCG
TTCTACCAGATTGGCATCTGTATCATCAATCTATAAAAATGGGATGATGAGATACTCCAC
TACAGTTCTCAGCGATTCAGACACACATGATGACTTCAAGCCTACCCAGAAAGTCCCTTC
TGGTTCCACGGACTCGCTCAAGGAACTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAGAATCCAGTTAT
GATCTACA**AAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTCGCCGTTAG
GGTTCTCCAACAGTATAATGTCCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCAGAGAT
CAAAGAAGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCATCAAGGG
AGAGTTTATTGGAGGCTCAGACATCATCCTCGACATGCACAAGGAAGGTGAACTGGAGGA
GAAGCTTAAAGACGTCTCTGCAAACCAAAAATCTCAGTAAGCTTCTAGAGATTTTTGATC
CAAGTCTGAAGCTCTGTCTTCACTGCTGATGAATGAAGTTATTATT

QA 4 709 4 709
DS 

RD RR3GI38TF 665 0 0
CCAGAGAAGCGGTCGTTGTAAAGATCTCGTGTGTTTGCAACTTTTCTGTTCCGTGCTCCC
TCGTAGCTACTATCAATAATCGCGCAAAGTTTTTTTTTCCTTCGTGTGCTGAATAAATCA
GCTTTGATTCAGAGATGGCGGCTGCTTTGTCGAGCAGGTTTCTCAACACCGTTCGTTCTA
CCAGATTGGCATCTGTATCATCAATCTATAAAAATGGGATGATGAGATACTCCACTACAG
TTCCCAGCGATTCAGACACACATGATGACTTCAAGCCTACCCAGAAAGTCCCTTCTGGTT
CCACGGACTCGCTCAAGGAACTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAGAATCCAGTTATGATCT
ACATGAAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTCGCCGTTAGGGTTC
TCCAACAGTATAATGTCCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCAGAGATCAAAG
AAGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCATCAAGGGAGAGT
TTATTGGAGGCTCAGACATCATCCTCAACATGCACAAGGAAGGTGAACTGGAGGAGAAGC
TTAAAGACGTCTCTGCAAACCAAAAATCTCAGTAAGCTTCTAGAGATTTTTGATCCAAG
CTGAGT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3C460TF 720 0 0
CGTG
GTTTGCAACTTTTCTGTTCCGTGCTCCCTCGTAGCTACTATCAATAATCGCGCAAAGTTT
TTTTTTCCTTCGTGTGCTGAATAAATCAGCTTTGATTCAGAGATGGCGGCTGCTTTGTCG
AGCAGGTTTCTCAACACCGTTCGTTCTACCAGATTGGCATCTGTATCATCAATCTATAAA
AATGGGATGATGAGATACTCCACTACAGTTCCCAGCGATTCAGACACACATGATGACTTC
AAGCCTACCCAGAAAGTCCCTTCTGGTTCCACGGACTCGCTCAAGGAACTCGTTGAGAAT
GATGTGAAGGAGAATCCAGTTATGATCTACATGAAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGT
GGCTTTAGCTCACTCGCCGTTAGGGTTCTCCAACAGTATAATGTCCCTGTCGGTGCTAGG
AACATTCTTGCTGATCCAGAGATCAAAGAAGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACA
TTTCCACAGATCTTCATCAAGGGAGAGTTTATTGGAGGCTCAGACATCATCCTCAACATG
CACAAGGAAGGTGAACTGGAGGAGAAGCTTAAAGACGTCTCTGCAAACCAAAAATCTCAG
TAAGCTTCTAGAGATTTTTGATCCAAGTCTGAAGTTCTATCTTCACTGCTGATGAATGAA
GTTATTATTATGTTTTTCTTTTTTT**GTTTATTTACACAAGAATGCATTTTTATG

QA 5 720 5 720
DS 

RD RR3C460JQ 771 0 0
CCGTGCTCCCTCGTAGCTACTATCAATAATCGCGCAAAGTTTTTTTT*CCTTCGTGTGCT
GAATAAATCAGCTTTGATTCAGAGATGGCGGCTGCTTTGTCGAGCAGGTTTCTCAACACC
GTTCGTTCTACCAGATTGGCATCTGTATCATCAATCTATAAAAATGGGATGATGAGATAC
TCCACTACAGTTCCCAGCGATTCAGACACACATGATGACTTCAAGCCTACCCAGAAAGTC
CCTTCTGGTTCCACGGACTCGCTCAAGGAACTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAGAATCCA
GTTATGATCTACATGAAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTCGCC
GTTAGGGTTCTCCAACAGTATAATGTCCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCA
GAGATCAAAGAAGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCATC
AAGGGAGAGTTTATTGGAGGCTCAGACATCATCCTCAACATGCACAAGGAAGGTGAACTG
GAGGAGAAGCTTAAAGACGTCTCTGCAAACCAAAAATCTCAGTAAGCTTCTAGAGATTTT
TGATCCAAGTCTGAAGTTCTATCTTCACTGCTGATGAATGAAGTTATTATTATGTTTTTC
TTTTTTTT*GTTTATTTACACAAGAATGCATTTTTATGTACGGTAATAATGAAAGTCTCA
AGAGAACTTGGTATGAACAAAACTTGATATTTATATTATTAAAGAACCTTT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3F004TF 576 0 0
G
TCCACTACAGTTCCCAGCGATTCAGACACACATGATGACTTCAAGCCTACCCAGGAAGTC
CCT*CTGGTTCCACGGACTCGCTCAAGGAACTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAGAATCCA
GTTATGATCTACATGAAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTCGCC
GTTAGGGTTCTCCAACAGTATAATGTCCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCA
GAGATCAAAGAAGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCATC
AAGGGAGAGTTTATTGGAGGCTCAGACATCATCCTCAACATGCACAAGGAAGGTGAACTG
GAGGAGAAGCTTAAAGACGTCTCTGCAAACCAAAAATCTCAGTAAGCTTCTAGAGATTTT
TGATCCAAGTCTGAAGTTCTATCTTCACTGCTGATGAATGAAGTTATTATTATGTTTTTC
TTTTTTT**GTTTATTTACACAAGAATGCATTTTTATGTACGGTAATAATGAAAGTCTCA
AGAGAACTTGGTATGAACAAAACTTGATATTTATA

QA 2 576 2 576
DS 

RD RR3E488JQ 841 0 0
GAAGCGGTCGTTGTAAAGATCTCGTGTGTTTGCAACTTTTCTGTTCCGTGCTCC*TCGTA
GCTACTATCAATAATCGCGCAAAGTTTTTTTT*CCTTCGTGTGCTGAATAAATCAGCTTT
GATTCAGAGATGGCGGCTGCTTTGTCGAGCAGGTTTCTCAACACCGTTCGTTCTACCAGA
TTGGCATCTGTATCATCAATCTATAAAAATGGGATGATGAGATACTCCACTACAGTTCCC
AGCGATTCAGACACACATGATGACTTCAAGCCTACCCAGAAAGTCCCTTCTGGTTCCACG
GACTCGCTCAAGGAACTCGTTGAGAATGATGTGAAGGAGAATCCAGTTATGATCTACATG
AAAGGAGTCCCTGAAGCTCCTCAGTGTGGCTTTAGCTCACTCGCCGTTAGGGTTCTCCAA
CAGTATAATGTTCCTGTCGGTGCTAGGAACATTCTTGCTGATCCAGAGATCAAAGAAGCT
GTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCAACATTTCCACAGATCTTCATCAAGGGAGAGTTTATT
GGAGGCTCAGACATCATCCTCAACATGCACAAGGAAGGTGAACTGGAGGAGAAGCTTAAA
GACGTCTCTGCATACCAAAAATCTCAGTAAGCTTCTAGAGATTTTTGATCCAAGTCTGAA
GTTCTATCTTCACTGCTGATGAATGAAGTTATTATTATGTTTTTCTTTTTTTTTGTTTAT
TTACACAAGAATGCATTTTTATGTACGGTAATAATGAAAGTCTCAAGAGAACTTGGTATG
AACAAAACTTGATATTTATATTATTAAAGAACCTTTATTTCATTATTCATAATCAAGAAT
C

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 9

CO CL285Contig1 1100 9 33 U
GGGGGCTCCAATAATTCAAAAGATCTCACTTTCTCAAATTCTGACCGAGGCTCCAATGAG
ATCGGCTCAAGAAGAGATGGATCTTGAGGAATGGGAGTTACTCCCCAGTCCCAAGAACAG
CTTCAAGGATCTTGATCACGACGAGGATCATCATGGAGACATGGTGATGGACTACTTCCT
CTGTCCATCTGCTCAACAAGAACCTCTCCACAAGATAGAGTCTCCTCCAAGATCCAAAGT
GATCCCCACAAAGCTCCTCCAAGTTCCCATAGCTTGGGAACCCGTGTTGGATCACGAGAA
CAAGAAGATACCTAATGACCCGGATCCAACACAGACCCTTTTGACGGACTCTGTTCTGTC
ACCAACAGTATTCTTCAAGAAAACGAAGGAACCCGAATTTGCCGACATGAAAGTGGACCA
ACCAGCAAGGATCACGAGTCCTGTGTCTTTGATCGATGCTGCGAAACCCTCTGATTCCGA
AGGAAGTGTTGACGTGCGAGAGAAGAAAGAAGATGACGATGTGAGGAGTGATCATGGTGT
TGAGAAGGCTAATCTGTGGAAGATTGGTCTGAATGGGATCGGAGCAATATGCTCTTTTGG
TGTTGCAGCAGCTGCAGCTACCGTGTGTGTCTTATTCCTCGGACACAACAACATCAAAGT
TTGTAAGAACAAGAACCACAAGCTTAGGTTCCAGATTTACTCCGATGATAATAAG***AT
GAGGGAAGCTGTGAATCATGCAACAAAGGTCAATGAAGCAATCTTTGCCATGAAAGCTGT
TCCTCTCGTAAGAGCTCAAATATCTTTTGGAGGTTACTACGATGGACTTTGAATTTCAGC
CATCCATAATCGTCTATGGAATCATGGGGTCAGCTCGAGCCTACATCACCCACCAGCTTC
TTCATATAAGTTCAATAGTTTTTTTTT*CTTTTTCTGGATAGCATGTTCAATAGTTAATA
GCGTGCATGCATGATTATTGTCTATAAACTTTGTAAATTAACTTATTTTGTTTAAAATAT
TTTGTTAAAAATCAGATTTGTTAATAGATCATTGTAAAATTTCAAGTAAAATTTAATCGT
CATTGAGGAACTCAAATAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 0 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 
50 50 50 50 50 50 25 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 30 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED52TF U 1
AF RR3B648TF U 44
AF RR3GT03TF U 41
AF RR3C703TF U 142
AF RR3FC62TF U 267
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AF RR3ED52JQ C 316
AF RR3FC62JQ C 325
AF RR3A427JQ C 461
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BS 56 56 RR3GT03TF
BS 57 190 RR3ED52TF
BS 191 191 RR3GT03TF
BS 192 668 RR3ED52TF
BS 669 669 RR3GT03TF
BS 670 687 RR3ED52TF
BS 688 688 RR3GT03TF
BS 689 710 RR3ED52TF
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BS 1015 1088 RR3ED52JQ
BS 1089 1100 RR3A427JQ

RD RR3ED52TF 712 0 0
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ATCGGCTCAAGAAGAGATGGATCTTGAGGAATGGGAGTTACTCCCCAGTCCCAAGAACAG
CTTCAAGGATCTTGATCACGACGAGGATCATCATGGAGACATGGTGATGGACTACTTCCT
CTGTCCATCTTCTCAACAAGAACCTCTCCACAAGATAGAGTCTCCTCCAAGATCCAAAGT
GATCCCCACAAAGCTCCTCCAAGTTCCCATAGCTTGGGAACCCGTGTTGGATCACGAGAA
CAAGAAGATACCTAATGACCCGGATCCAACACAGACCCTTTTGACGGACTCTGTTCTGTC
ACCAACAGTATTCTTCAAGAAAACGAAGGAACCCGAATTTGCCGACATGAAAGTGGACCA
ACCAGCAAGGATCACGAGTCCTGTGTCTTTGATCGATGCTGCGAAACCCTCTGATTCCGA
AGGAAGTGTTGACGTGCGAGAGAAGAAAGAAGATGACGATGTGAGGAGTGATCATGGTGT
TGAGAAGGCTAATCTGTGGAAGATTGGTCTGAATGGGATCGGAGCAATATGCTCTTTTGG
TGTTGCAGCAGCTGCAGCTACCGTGTGTGTCTTATTCCTCGGACACAACAACATCAAAGT
TTGTAAGA*CAAGAACCACAAGCTTAG*TTCCAGATTTACTCCGATGATA
TA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3B648TF 703 0 0
GGGGA
GGCTCCAATGAGATCGGCTCAAGAAGAGATGGATCTTGAGGAATGGGAGTTACTCCCCAG
TCCCAAGAACAGCTTCAAGGATCTTGATCACGACGAGGATCATCATGGAGACATGGTGAT
GGACTACTTCCTCTGTCCATCTGCTCAACAAGAACCTCTCCACAAGATAGAGTCTCCTCC
AAGATCCAAAGTGGTCCCCACAAAGCTCCTCCAAGTTCCCATAGCTTGGGAACCCGTGTT
GGATCACGAGAACAATAAGATACCTAATGACCCGGTTCCAACACAAACCCTTTTGACGGA
CTCTGTTCTGTCACCAACGGTATCCTTCAAGAAAACGAAGGAAACCGAATTTGCCGACAT
GAAAGTGGACCCACCAGCGAGGATCACGAGTCCTGTGTCTTTGATCGATGCTGCGAAACC
CTCTGATTCCGAAGGAAGTGATGACGTGCGAGAGAAGAAAGAAGATGACGATGTGAGGAG
TGATCATGGTGGTGAGAAGGCTAATCTGTGGAAGATTGGTCTGAATGGGATCGGAGCAAT
ATGCTCTTTTGGTGTTGCAGCAGCCGCAGCTACCGTGTGTGTCTTATTCCTTGGACACAA
CGACATCAAAGTTTGTAAGAACAAGAACCACAAGCTTAGGTTCCAGATTTACTCCGATGA
TAATAAG***TTGAGGGAAGCTGTAAATCATGCAACAA

QA 6 703 6 703
DS 

RD RR3GT03TF 786 0 0
GGGACC
GAGGCTCCAATGAGATCGGCTCAAGAAGAGATGGATCTTGAGGAATGGGAGTTACTCCCC
AGTCCCAAGAACAGCTTCAAGGATCTTGATCACGACGAGGATCATCATGGAGACATGGTG
ATGGACTACTTCCTCTGTCCATCTGCTCAACAAGAACCTCTCCACAAGATAGAGTCTCCT
CCAAGATCCAAAGTGGTCCCCACAAAGCTCCTCCAAGTTCCCATAGCTTGGGAACCCGTG
TTGGATCACGAGAACAATAAGATACCTAATGACCCGGTTCCAACACAAACCCTTTTGACG
GACTCTGTTCTGTCACCAACGGTATCCTTCAAGAAAACGAAGGAAACCGAATTTGCCGAC
ATGAAAGTGGACCCACCAGCGAGGATCACGAGTCCTGTGTCTTTGATCGATGCTGCGAAA
CCCTCTGATTCCGAAGGAAGTGATGACGTGCGAGAGAAGAAAGAAGATGACGATGTGAGG
AGTGATCATGGTGGTGAGAAGGCTAATCTGTGGAAGATTGGTCTGAATGGGATCGGAGCA
ATATGCTCTTTTGGTGTTGCAGCAGCCGCAGCTACCGTGTGTGTCTTATTCCTTGGACAC
AACGACATCAAAGTTTGTAAGAACAAGAACCACAAGCTTAGGTTCCAGATTTACTCCGAT
GATAATAAGCAGTTGAGGGAAGCTGTAAATCATGCAACAAAG*TCAATGAAGCAATCTTT
GCCATGAAAG*TGTTCCTGTCGTAAGAGCTCAAATATCTTTTGGAGGTTACTACGATGGA

QA 7 786 7 786
DS 

RD RR3C703TF 823 0 0
G
GAGGATCATCATGGAGACATGGTGATGGACTACTTCCTCTGTCCATCTTCTCAACAAGAA
CCTCTCCACAAGATAGAGTCTCCTCCAAGATCCAAAGTGATCCCCACAAAGCTCCTCCAA
GTTCCCATAGCTTGGGAACCCGTGTTGGATCACGAGAACAAGAAGATACCTAATGACCCG
GATCCAACACAGACCCTTTTGACGGACTCTGTTCTGTCACCAACAGTATTCTTCAAGAAA
ACGAAGGAACCCGAATTTGCCGACATGAAAGTGGACCAACCAGCAGGGATCACGAGTCCT
GTGTCTTTGATCGATGCTGCGAAACCCTCTGATTCCGAAGGAAGTGTTGACGTGCGAGAG
AAGAAAGAAGATGACGATGTGAGGAGTGATCATGGTGTTGAGAAGGCTAATCTGTGGAAG
ATTGGTCTGAATGGGATCGGAGCAATATGCTCTTTTGGTGTTGCAGCAGCTGCAGCTACC
GTGTGTGTCTTATTCCTCGGACACAACAACATCAAAGTTTGTAAGAACAAGAACCACAAG
CTTAGGTTCCAGATTTACTCCGATGATAATAAG***ATGAGGGAAGCTGTGAATCATGCA
ACAAAGGTCAATGAAGCAATCTTTGCCATGAAAGCTGTTCCTCTCGTAAGAGCTCAAATA
TCTTTTGGAGGTTACTACGATGGACTTTGAATCTCAGCCATCCATAATCGTCTATGGAAT
CATGGGGTCAGCTCGAGCCTACATCACCCACCAGCTTCTTCATATAAGTTCAATAGTTTT
TTTTT**CTTTTCTGGATAGCATGTTCAATAGTTAATAGCGT

QA 2 823 2 823
DS 

RD RR3FC62TF 748 0 0
GG
ATAGCTTGGGAACCCGTGTTGGATCACGAGAACAAGAAGATACCTAATGACCCGGATCCA
ACACAGACCCTTTTGACGGACTCTGTTCTGTCACCAACAGTATTCTTCAAGAAAACGAAG
GAATCCGAATTTGCCGACATGAAAGTGGACCAACCAGCAAGGATCACGAGTCCTGTGTCT
TTGATCGATGCTGCGAAACCCTCTGATTCCGAAGGAAGTGTTGACGTGCGAGAGAAGAAA
GAAGATGACGATGTGAGGAGTGATCATGGTGTTGAGAAGGCTAATCTGTGGAAGATTGGT
CTGAATGGGATCGGAGCAATATGCTCTTTTGGTGTCGCAGCAGCTGCAGCTACCGTGTGT
GTCTTATTCCTCGGACACAACAACATCAAAGTTTGTAAGAACAAGAACCACAAGCTTAGG
TTCCAGATTTACTCCGATGATAATAAG***ATGAGGGAAGCTGTGAATCATGCAACAAAG
GTCAATGAAGCAATCTTTGCCATGAAAGCTGTTCCTCTCGTAAGAGCTCAAATATCTTTT
GGAGGTTACTACGATGGACTTTGAATCTCAGCCATCCATAATCGTCTATGGAATCATGGG
GTCAGCTCGAGCCTACATCACCCACCAGCTTCTTCATATAAGTTCAATAGTTTTTTTT**
*CTTTTCTGGATAGCATGTTCAATAGTTAATAGCGTGCATGCATGATTAT*GTCTATAAA
CTTTGTAAATTAACTTATTTTGTTTA

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DS 

RD RR3C703JQ 694 0 0
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GAGTCCTGTGTCTTTGATCGATGCTGCGAAACCCTCTGATTCCGAAGGAAGTGTTGACGT
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GTGGAAGATTGGTCTGAATGGGATCGGAGCAATATGCTCTTTTGGTGTTGCAGCAGCTGC
AGCTACCGTGTGTGTCTTATTCCTCGGACACAACAACATCAAAGTTTGTAAGAACAAGAA
CCACAAGCTTAGGTTCCAGATTTACTCCGATGATAATAAG***ATGAGGGAAGCTGTGAA
TCATGCAACAAAGGTCAATGAAGCAATCTTTGCCATGAAAGCTGTTCCTCTCGTAAGAGC
TCAAATATCTTTTGGAGGTTACTACGATGGACTTTGAATTTCAGCCATCCATAATCGTCT
ATGGAATCATGGGGTCAGCTCGAGCCTACATCACCCACCAGCTTCTTCATATAAGTTCAA
TAGTTTTTTTTTTCTTTTTCTGGATAGCATGTTCAATAGTTAATAGCGTGCATGCATGAT
TATTGTCTATAAACTTTGTAAATTAACTTATTTT

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DS 

RD RR3ED52JQ 773 0 0
TGACCCGGATCCAACACAGACC*TTTTGACGGACTCTGT*CTGTCACCAACAGTATTCTT
CAAGAAAACGAAGGAACCCGAATTTGCCGACATGAAAGTGGACCAACCAGCAAGGATCAC
GAGTCCTGTGTCTTTGATCGATGCTGCGAAACCCTCTGATTCCGAAGGAAGTGTTGACGT
GCGAGAGAAGAAAGAAGATGACGATGTGAGGAGTGATCATGGTGTTGAGAAGGCTAATCT
GTGGAAGATTGGTCTGAATGGGATCGGAGCAATATGCTCTTTTGGTGTTGCAGCAGCTGC
AGCTACCGTGTGTGTCTTATTCCTCGGACACAACAACATCAAAGTTTGTAAGAACAAGAA
CCACAAGCTTAGGTTCCAGATTTACTCCGATGATAATAAG***ATGAGGGAAGCTGTGAA
TCATGCAACAAAGGTCAATGAAGCAATCTTTGCCATGAAAGCTGTTCCTCTCGTAAGAGC
TCAAATATCTTTTGGAGGTTACTACGATGGACTTTGAATTTCAGCCATCCACAATTGTCT
ATGGAATCATGGGGTCAGCTCGAGCCTACATCACCCACCAGCTTCTTCATATAAGTTCAA
TAGTTTTTTTTTTCTTTTTCTGGATAGCATGTTCAATAGTTAATAGCGTGCATGCATGAT
TATTGTCTATAAACTTTGTAAATTAACTTATTTTGTTTAAAATATTTTGTTAAAAATCAG
ATTTGTTAATAGATCATTGTAAAATTTCAAGTAAAATTTAATCGTCATTGAGG

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DS 

RD RR3FC62JQ 769 0 0
TCCAACACAGACC*TTTTGACGGACTCTGTTCTGTCACCAACAGTATTCTTCAAGAAAAC
GAAGGAATCCGAATTTGCCGACATGAAAGTGGACCAACCAGCAAGGATCACGAGTCCTGT
GTCTTTGATCGATGCTGCGAAACCCTCTGATTCCGAAGGAAGTGTTGACGTGCGAGAGAA
GAAAGAAGATGACGATGTGAGGAGTGATCATGGTGTTGAGAAGGCTAATCTGTGGAAGAT
TGGTCTGAATGGGATCGGAGCAATATGCTCTTTTGGTGTCGCAGCAGCTGCAGCTACCGT
GTGTGTCTTATTCCTCGGACACAACAACATCAAAGTTTGTAAGAACAAGAACCACAAGCT
TAGGTTCCAGATTTACTCCGATGATAATAAG***ATGAGGGAAGCTGTGAATCATGCAAC
AAAGGTCAATGAAGCAATCTTTGCCATGAAAGCTGTTCCTCTCGTAAGAGCTCAAATATC
TTTTGGAGGTTACTACGATGGACTTTGAATTTCAGCCATCCATAATCGTCTATGGAATCA
TGGGGTCAGCTCGAGCCTACATCACCCCCCAGCTTCTTCATATAAGTTCAATAGTTTTTT
TT**CTTTTTCTGGATAGCATGTTCAATAGTTAATAGCGTGCATGCATGATTATTGTCTA
TAAACTTTGTAAATTAACTTATTTTGTTTAAAATATTTTGTTAAAAATCAGATTTGTTAA
TAGATCATTGTAAAATTTCAAGTAAAATTTAATCGTCATTGAGG
AACTC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3A427JQ 640 0 0
GCGAAACCCTCTGATTCCGAAGGAAGTGTTGACGTGCGAGAGAAGAAAGAAGATGACGAC
GTGAGGAGTGATCATGGTTTTGAGAAGGCTAATCTGTGGAAGATTGGTCTGAATGGGATC
GGAGCAATATGCTCTTTTGGTGTTGCAGCAGCTGCAGCTACCGTGTGTGTCTTATTCCTC
GGACACAACAACATCAAAGTTTGTAAGAACAAGAACCACAAGCTTAGGTTCCAGATTTAC
TCCGATGATAATAAG***ATGAGGGAAGCTGTGAATCATGCAACAAAGGTCAATGAAGCA
ATCTTTGCCATGAAAGCTGTTCCTCTCGTAAGAGCTCAAATATCTTTTGGAGGTTACTAC
GATGGACTTTGAATTTCAGCCATCCATAATCGTCTATGGAATCATGGGGTCAGCTCGAGC
CTACATTACCCACCAGCTTCTTCATATAAGTTCAATAGTTTTTTTTT*CTTTTTCTGGAT
AGCATGTTCAATAGTTAATAGCGTGCATGCATGATTATTGTCTATAAACTTTGTAAATTA
ACTTATTTTGTTTAAAATATTTTGTTAAAAATCAGATTTGTTAATAGATCATTGTAAAAT
TTCAAGTAAAATTTAATCGTCATTGAGGAACTCAAATAGC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 11

CO CL286Contig1 1216 11 19 U
GGGCTCGTTGACTCTCTTAAAGCTTCTCTAATGGCGATGGCTTCACTAACAACTTCTTCT
GCTCTTCTCAACAAGTCCTTTTTACCTAACCGCTCTTCCCTCTCCTCCTCCTCTACCTCT
CATTCTCGTCTTTACCGATTCTCTTCCTCTGTTCGCTCTCGTTTCCCTTCTGCCTCCATA
CGCGCCGTTGCTCTTGAACCAGAACTAAACGAAACTCCAAATTCCGACAAGAAAGACACT
GAAACTCAAAGTGTTAAAGTTGAGGAGACACAAGTGTTCGCGTGTCCTGTTTGTTACGAA
CCGCTTATGAGGAAAGGACCTTCAGGTATTAACCTACAAGCAATCTACAGGTCTGGTTTC
AAGTGTGGACAGTGTAACAAGACATACTCTAGCAAAGATGAATACTTGGATCTAACCGTC
ACTGCTGGTTTTGATTCTTTCAATGAAGTCAAACCCATTACAACTGAACTCTTTCGGAGT
CCATTAGTATCATTCTTGTATGAAAGAGGTTGGAGACAGAACTTTGCTCGAAGCGGTTTT
CCTGGTCCAGATGAAGAGTTTAGGATGGCTGAGGAGTACTTCAAAGAAGCAGAAGGTGGA
GTTCTCGTGGACGTTAGCTGTGGAAGCGGTTTATTCTCAAGAAAATTTGCAAAGTCTGGC
AAATACTCTGGCGTCATTGCTCTTGACTACTCTGAAAACATGCTTCGTCAGTGTAATGAC
TTCATCAAGAAGGACGCAACTTTCGATAGCTCGACTAACATAGCTGTTGTGAGAGCAGAT
GTCTCTCGCCTCCCTTTCCCTTCAGGTTCTGTTGATGCAGTTCATGCTGGTGCAGCATTA
CACTGTTGGCCTTCTCCTACAAATGCTATTGCTGAGGTATGTCGTGTTCTGAGAAGTGGA
GGTGTTTTTGTTGGGACAACGTTTCTAAGATACAGTCCTTCCACTCCATGGATGATCAGA
CCTTTTCAATCGAGGATTCTGCAGAACTACAATTACTTGATGCAGGATGAGATCAAGGAT
GTGTGTACAACATGTGGTCTCACAGATTATGAAGATATTGTTCAGGATTCTTTTATAATG
TTTACTGCTAGGAAGCCATAGAGATATATGCTCTTTGCTACCTATTCATGTAACTTGTTG
TATAGACACAGAAACAAAAGTTGTTATAGTAATAAAGAGGAACATGATATATAAAACTTG
AAGATGATGGGAGTGC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 45 60 60 60 10 
60 60 0 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 0 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 20 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 
55 55 55 55 55 55 55 55 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO85TF U 1
AF RR3A715TF U 1
AF RR3B612TF U 1
AF RR3FS04TF U 1
AF RR3BB63TF U 1
AF RR3A932TF U 227
AF RR3EO85JQ C 695
AF RR3B612JQ C 499
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BS 790 803 RR3B612TF
BS 804 804 RR3BB63TF
BS 805 805 RR3B612TF
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BS 807 818 RR3B612TF
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BS 850 1001 RR3A932TF
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GT*CTCGTGGACGT
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G

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DS 

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CCATTAGTATCATTCTTGTACGAAAGAGGTTGGAGACAGAACTTTGCTCGAAGCGGTTTT
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GTCTCTCGT

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GCTCTTCTCAACAAGTCCTTTTTACCTAACCGCTCTTCCCTCTCCTCCTCCTCTACCTCT
CATTCTCGTCTTTACCGATTCTCTTCCTCTGTTCGCTCTCGTTTCCCTTCTGCCTCCATA
CGCGCCGTTGCTCTTGAACCAGAACTAAACGAAACTCCAAATTCCGACAAGAAAGACACT
GAAACTCAAAGTGTTAAAGTTGAGGAGACACAAGTGTTCGCGTTTCCTGTTTGTTACGAA
CCGCTTATGAGGAAAGGACCTTCAGGTATTAACCTACAAGCAATCTACAGGTCTGGTTTC
AAGTGTGGACAGTGTAACAAGACATACTCTAGCAAAGATGAATACTTGGATCTAACCGTC
ACTGCTGGTTTTGATTCTTTCAATGAAGTCAAACCCATTACAACTGAACTCTTTCGGAGT
CCATTAGTATCGTTCTTGTATGAAAGAGGTTGGAGACAGAACTTTGCTCGAAGCGGTTTT
CCTGGTCCAGATGAAGAGTTTAGGATGGCTGAGGAGTACTTCAAAGAAGCAGAAGGTGGA
GTTCTCGTGGACGTTAGCCGTGGAAGCGGTTTATTCTCAAGAAAATTTGCAAAGTCTGGC
AAATACTCTGGCGTCATTGCTCTTGACTACTCTGAAAACATGCTTCGTCAGTGTAATGAC
TTCATCAAGAAGGACGCAACTTTCGATAGCTCGACTAACATAGCTGTTGTGAGAGCAGAT
GTCTCTCGCCTCCCTTTCCCTTCAG*TTCTGTTGATGCAGTTCATGCTGGTGCAGCATTA
CACTGTTGG
GC

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DS 

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G
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TCTGAGAAGTGGAGGTGTTTTTGTTGGGACAACGTTTCTAAGATACAGTCCTTCCACTCC
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AGGTATGTCGTGTTCTGAGAAGTGGAGGTGTTTTTGTTGGGACAACGTTTCTAAGATACA
GTCCTTCCACTCCATGGATGATCAGACCTTTTCAATCGAGGATTTTGCAGAACTACAATT
ACTTGATGCAGGATGAGATCAAGGATGTGTGTACAACATGTGGTCTCACAGATTATGAAG
ATATTGTCCAGGATTCTTTTATAATGTTTACTGCTAGGAAGCCATAGA**TATATGCTCT
TTGCTACCTATTCATGTAACTTGTTGTATAGACACAGAAACAAAAGTTGTTATAGTAATA
AAG

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DS 

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GCTCTAGACTACTCTGAAAACATGCTTCGTCAGTGTAATGATTTCATCAAGAAGGACGCA
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CTGCAGAACTACAATTACTTGATGCAGGATGAGATCAAGGATGTGTGTACAACATGTGGT
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TAGAGATATATGCTCTTTGCTACCTATTCATGTAACTTGTTGTATAGACACAAAAACAAA
AGTGTTTATAGTAATAAAGAGGAACATGATAT

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DS 

RD RR3FS04JQ 771 0 0
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TCCATTAGTATCATTCTTGTACGAAAGAGGTTGGAGACAGAACTTTGCTCGAAGCGGTTT
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GCACTGTTGGCCTTCTCCTACAAATGCTATTGCTGAGATATGTCGTGTTCTGAGAAGTGG
AGGTGTTTTTGTTGGGACAACGTTTCTAAGATACAGTCCTTCCACTCCATGGATTATCAG
ACCTTTTCAATCGAGGATTCTGCAGAACTACAATTACTTGATGCAGGATGAGATCAAGGA
TGTGTGTACAACATGTGGTCTCACAGCTTATGAAGATATTGTTCAGGATTCTTTTATAAT
GTTTACTGCTAGGAAGCCATAGAGATATATGCTCTTTGCTACCTATTCATGTAACTTGTT
GTATAGACACAAAAACAAAAGTGTTTATAGTAATAAAGAGGAACATGATAT

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DS 

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TACTCTGAAAACATGCTTCGTCAGTGTAATGACTTCATCAAGAAGGACGCAACTTTCGAT
AGCTCGACTAACATAGCTGTTGTGAGAGCAGATGTCTCTCGCCTCCCTTTCCCTTCAGGT
TCTGTTGATGCAGTTCATGCTGGTGCAGCATTACACTGTTGGCCTTCTCCTACAAATGCT
ATTGCTGAGGTATGTCGTGTTCTGAGAAGTGGAGGTGTTTTTGTTGGGACAACGTTTTTA
AGATACAGTCCTTCCACTCCATAGATGATCAGACCTTTTCAATCGAGGATTCTGCAGAAC
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ATGCTCTTTGCTACCTATTCATGTAACTTGTTGTATAGACACAGAAACAAAAGTTGTTAT
AGTAATAAAGAGGAAGATGATATATAAAACTTG

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DS 

RD RR3BB63JQ 859 0 0
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AGTCCATTAGTATCGTTCTTGTATGAAAGAGGTTGGAGACAGAACTTTGCTCGAAGCGGT
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GGAGTTCTCGTGGACGTTAGCCGTGGAAGCGGTTTATTCTCAAGAAAATTTGCAAAGTCT
GGCAAATACTCTGGCGTCATTGCTCTTGACTACTCTGAAAACATGCTTCGTCAGTGTAAT
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GGAGGTGTTTTTGTTGGGACAACGTTTCTAAGATACAGTCCTTCCACTCCATGGATGATC
AGACCTTTTCAATCGAGGATTCTGCAGAACTACAATTACTTGATGCAGGATGAGATCAAG
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ATGTTTACTGCTAGGAAGCCATAGAGATATATGCTCTTTGCTACCTATTCATGTAACTTG
TTGTATAGACACAGAAACAAAAGTTGTTATAGTAATAAAGAGGAAGATGATATATAAAAC
TTGAAGATGATGGGAGTGC

QA 1 859 1 859
DS 



AS 2 8

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TAAAAAGATGGGACAGAGCAACAAGATTT*GGAATGATCCTTAAAACATTTCATTGGTAA
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CCATGTAGTTTCTCAAATACTCCTTGTTCCCCTTAGTGATAACGCAAATGTCCACGTTGC
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AGACCCTTTTGTATAAGCATATCGTTTCGCTTGCACAGATCGAAGCTGAACCCACCTTTT
GGCGGAATATCCACTGCTGACTGAGACATTTTTTTCT


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB60JQ U 4
AF RR3F453JQ U 1
AF RR3EJ23JQ U 1
AF RR3BK53JQ U 1
AF RR3BK53TF C 659
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BS 375 375 RR3F453JQ
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BS 424 424 RR3F453JQ
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BS 465 474 RR3BK53JQ
BS 475 475 RR3EJ23JQ
BS 476 771 RR3BK53JQ
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BS 830 830 RR3BK53TF
BS 831 850 RR3BK53JQ
BS 851 997 RR3BK53TF

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QA 1 348 1 348
DS 

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CGG
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AAAGATGGGACAGAGCAACAAGATTT*GGAATGACCCTTAAAACATTTCATTGGTAAAGA
AAGACAAGACTGACATGCCTCTCACGCACACTTCGCACTTCATTTACTCTTCCATAGCTT
CACCCACTTCTGTAATTTCAACTCGCTCCATCAATGGGGTGATTTTGGTGCGAAAAACCT
CGGTTTTCTTGGTGAACGAATAGCCTTTGCTGCTGACATAGGTTCTTGGGTTTGGTTCCA
TGTAGTTTCTCAAATACTCCTTGTTCCCCTTAGTGATAACGCAAATGTCCACGTTGCTAC
CACTACCCAGGTCGTTGAATATACCAAAGCAAATGGCCTCAGCGACCAGCTTAATTCCTT
CATCCCTAGTTAGACCTTCTTTGTACTTTGCCTCAAACACAGACAT

QA 4 469 4 469
DS 

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CGG
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AAAGATGGGACAGAGCAACAAGATTT*GGAATGATCCTTAAAACATTTCATTGGTAAAGA
AAGACAAGACTGACATGGCTCTCACGCACACTTCGCACTTCATTTACTCTTCCATAGCTT
CACCCACTTCTGTAATTTCAACTCGCTCCATCAATGGGGTGATTTTGGTGCGAAGAACCT
CGGTTTTCTTGGTGAACGAATAGCCTTTGCTGCTGACATAGGTTCTTGGGTTTGGTTCCA
TGTAGTTTCTCAGATACTCCTTGTTCCCCTTAGTGATAACGCGGATGTCCACGTCGCTAC
CACTACCCAGGTCGTTGAATATACCAGAGCAAATGGCCTCAGCGACCAGCTTAATTCCTT
CATCCCTAGTTAGACCTTCTTTGTACTTTGCCTCAAACACAGACATAGCAGCAAGAGAAC
CAGAACCCATTGTAGCGAATGGTAGAGTGTCCGTTGAACCGTGTGGGTATATAGTATGAA
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AGCTGAAAAGGTGTTTCTTGAGGAGGGTCAAAGCAGTGATAACGCGAGAGTCTCGGCCAG
TCTGGTAACGATGCAAA*CGCAGCTGTGAGCTGACCATATCAGTGACA

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DS 

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TAAAAAGATGGGACAGAGCAACAAGATTT*GGAATGATCCTTAAAACATTTCATTGGTAA
AGAAAGACAAGACTGACATGCCTCTCACGCACACTTCGCACTTCATTTACTCTTCCATAG
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CCATGTAGTTTCTCAAATACTCCTTGTTCCCCTTAGTGATAACGCAAATGTCCACGTTGC
TACCACTACCCAGGCCGTTGAATATACCAAAGCAAATGGCCTCAGCGACCAGCTTAATTC
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GATAGCTGAAAAGGTGTTTCTTGAGGAGGGTCAAAGCAGTGATAACGCGAGAGTCTCGGC
CAGTCTGGTAACGATGCAAA*CGCAGCTGTGAGCTGACCATATCAGTGACAGCTTCAGTG
TCAGCAGCGGTTCCAGCACCACAGCAATAAATGTTAGGAGCCATGTAGTGA*TTTTCTCA
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CCGTCCTTGA
GATCAA

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DS 

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CACAATTCTTATCAGCAACGATAGGCCCTTCAGTTGCTCGCGTATCCGCACCTAGTATCA
CACCGTCCTTGAAGATCAAACCGACGATGGTGGTTCCGGTCTTCAAAAAGGAGGGAGCTT
TAAGACCCTTTTGTATAAGCATATCGTTTCGCTTGCACAGATCGAAGCTGAACCCACCTT
TTGGCGGAATATCCACTGCTGACTGAGACATTTTTTTCT

QA 1 339 1 339
DS 



CO CL287Contig2 809 3 11 U
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CCATCGTCGGTTTGATCTTCAAGGATGGTGTGATACTAGGTGCGGATACGCGAGCAACCG
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AGCTGCGTTTGCATCGTTACCAGACTGGCCGAGACTCTCGGGTTATTACTGCCTTGACCC
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TACCATTCGCTACAATGGGTTCTGGGTCTCTTGCTGCCATGTCTGTGTTTGAGGCAAAGT
ACAAAGAAAGTCTAACTAGGGATGAAGGAATTAAGCTGGTCGCTGAGGCCATTTGCTCGG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF94TF U 1
AF RR3AB60TF U 24
AF RR3C787TF U 31
BS 1 41 RR3GF94TF
BS 42 43 RR3AB60TF
BS 44 131 RR3GF94TF
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BS 670 745 RR3AB60TF
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RD RR3GF94TF 663 0 0
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GAAACGATATGCTAATACAAAAGGGTCTTAAAGCTCCCTCCTTTTTGAAGACCGGAACCA
CCATCGTCGGTTTGATCTTCAAGGATGGTGTGATACTAGGTGCGGATACGCGAGCAACCG
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TACCATTCGCTACAATGGGTTCTGGGTCTCTTGCTGCCATGTCTGTGTTTGAGGCAAAGT
ACA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3AB60TF 722 0 0
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AAAAAAAAAAAAAGCTCTAGCTCTCTCTTCCCCGTCGTCTTCTACTTTCGTTTCCGATTC
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AGCTTCGATCTGTGCAAGCGAAACGATATGCTAATACAAAAGGGTCTTAAAGCTCCCTCC
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GCTGCTCTCGTCCTTGGTGGAGTTGACATCACTGGGCCTCATCTTCACACTATATACCCA
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GCTGAGGCCATTTGCTCGGGTATATTCAACGACCTGGGTAGTGG

QA 19 722 19 722
DS 

RD RR3C787TF 779 0 0
GGGAACGAAGCAA
AAAAAAAAAAAGCTCTAGCTCTCTCTTTCCCGTCGTCTTCTACTTTCGTTTCCGATTCGA
GCAGAGTTCGTCGTGTCCAGAAAAAAAAATGTCGGATGTTCCTCGAAAGGGTGGGTTCAG
CTTCGATCTGTGCAAGCGAAACGATATGCTAATACAAAAGGGTCTTAAAGCTCCCTCCTT
TTTGAGGACCGGAACCACCATCGTCGGTTTGATCTTCAAGGATGGTGTGATACTAGGTGC
GGATACGCGAGCAACCGAAGGGCCTATTGTTGCTGATAAGAACTGTGAGAAAATTCACTA
CATGGCTCCTAACATTTATTGCTGTGGTGCTGGAACCGCTGCTGACACTGAAGCTGTCAC
TGATATGGTCAGCTCACAGCTGCGTTTGCATCGTTACCAGACTGGCCGAGACTCTCGGGT
TATTACTGCCTTGACCCTTCTCAAGAAACACCTTTTCAGCCATCAAGGTCATGTCTCAGC
TGCTCTCGTCCTTGGTGGAGTTGACATCACTGGGCCTCATCTTCACACTGTATACCCACA
CGGTTCAACGGACACTCTACCATTCGCTACAATGGGTTCTGGGTCTCTTGCTGCCCTGTC
TGTGTTTGAGGCAAAGTACAAAGAAAGTCTAACTAGGGATGAAG*AATTAAGCTGGTCGC
TGAG*CCATTTGCTCGGGTATATTCAACGACCTGGGTAGTGGTAGCAACGTCGACACCTG
CGTTATCACTAAGGGAACAAGGATATCTGAGAACTACATGGAACCA

QA 14 779 14 779
DS 



AS 1 10

CO CL288Contig1 1217 10 12 U
TTTTTGGTCTAACTTGGGAATAATGTTTCAATAAAAAGCACAAGCTGTTGACAAAAATGT
GGACCGAGACAATGAACAAGTTTGGAAATGCAAGTCACCAAACTTTAAATTAAAAACAAG
AAAACTA*CAAAAACCAAAAGGGTGAAAAGAGTGTTATGATATCATCATCGACAAATCTT
TTAACTCAAGAAAAGACAGATGTACTAAGAGACAGACACGATGATGTCTCTTTTAGTTGA
TGTACTGAGAGAGCCATTTGAATCCCTCGCCGTAGCCCATTTTACGGACAATGCTGCACA
TGAAGACTTCGAGAGGGCGAACACC*AGAATCTCCTCCAGCTGTTGTCACTTTGCCC*TT
ACCGGTGGTGAAGTTGGTGAGACCCAAGTGATACCTAAGCTCGTCTTCGGAGGCTGCATA
AGGGATATCAATCTTGTTTCCGAGAATAAGAAACGGCACAGTTGCAAGAGCTTCGTCTGA
GAGAAGAGCGTCTAGCTCTCTTTTTGACTCTGAAAATCTCTCCTTGTCATAAGCATCCAC
GAGGTAGACAACAGCATCAACCTTTGCATAGTAATCTTTCCAAACTCTTCGAGCAATCTG
ATGGCCACCCAAATCAAAAGCCTTGAACTTGATTTTGCCAATGCTAAGTTCCTCAGAGGT
TGGATGTTGTGTTGGCTGGTGCTGAACCAATCTCTCGTCTTTGAGCATGTGAAGGAGTGT
GGTTTTTCCGGCATTGTCGAGGCCGAGAAACAAGATCTTCGCCTCTTTCTGCCATAACCC
CAACGACGCCAAGATTCCGTAGAACCAATCGAACAAAAACATTGTCTCCTTCGCTGATCT
CACAGAAGAAACCGAAAAGCGCAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAGAGGAGATGTTCGTCTCC
GGCCGGTTCCCCCCGGCCGTAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTTTGAGAGTTCTGGTGTG
TTGTATCCAGAGTCTAAGGACTTCTCCTTTAGTGTGTCATATCTAAGAGAGTTGTCTAGG
AGTATCAAAGAGCCATCCGCATCTCTTTGTGTTACCATTCGCATCCACAACCCTTGAAAG
ATCGAGTTTCGATTCATCTTTGCAAGGATCTATCCAATATCATCCAGAGTTCATCCCAGG
GTCGTGTTAAGTGGTATCAGAGCAGCTCTGGATAGGGAAGTATCGATCTTTTGTTGTTTT
TCAAATAGAACCCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 25 40 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC03JQ U 16
AF RR3CJ81JQ U 16
AF RR3GG40JQ U 1
AF RR3B993JQ U 29
AF RR3B993TF C 51
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AF RR3CJ81TF C 202
AF RR3A469JQ U 142
AF RR3A469TF C 506
BS 1 278 RR3GG40JQ
BS 279 279 RR3DC03JQ
BS 280 282 RR3GG40JQ
BS 283 283 RR3CJ81JQ
BS 284 494 RR3GG40JQ
BS 495 495 RR3DC03JQ
BS 496 548 RR3GG40JQ
BS 549 549 RR3DC03JQ
BS 550 788 RR3GG40JQ
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BS 975 1217 RR3A469TF

RD RR3DC03JQ 669 0 0
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ATTTGAATCCCTCGCCGTAGCCCATTT*ACGGACAATGCTGCACATGAAGACTTCGAGAG
GGCGAACACC*AGAATCTCCTCCAGCTGTTGTCACTTTGCCC*TTACCGGTGGTGAAGTT
GGTGAGACCCAAGTGATACCTAAGCTCGTCTTCGGAGGCTGCATAAGGGATATCAATCTT
GTTTCCGAGAATAAGAAACGGCACAGTTGCAAGAGCTTCGTCTGAGAGAAGAGCGTCTAG
CTCTCTTTTTGACTCTGAAAATCTCTCCTTGTCATAAGCATCCACGAGGTAGACAACAGC
ATCAACCTTTGCATAGTAATCTTTCCAAACTCTTCGAGCAATCTGATGGCCACCCAAATC
AAAAGCCTTGAACTTGATTTTGCCAATGCTAAGTTCCTCAGAGGTTGGATGTTGTGTTGG
CTGGTGCTG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3CJ81JQ 711 0 0
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CAAAAGGGTGAAAAGAGTGTTATGATATCATCATCGACAAATCTTTTAACTCAAGAAAAG
ACAGATGTACTAAGAGACAGACACGATGATGTCTCTTTTAGTTGATGTACTGAGAGAGCC
ATTTGAATCCCTCGCCGTAGCCCATTTTACGGACAATGCTGCACATGAAGACTTCGAGAG
GGCGAACACC*AGAATCTCCTCCAGCTGTTGTCACTTTGCCC*TTACCGGTGGTGAAGTT
GGTGAGACCCAAGTGATACCTAAGCTCGTCTTCGGAGGCTGCATAAGGGATATCAATCTT
GTTTCCGAAAATAAGAAACGGCACAGTTGCAAGAGCTTCGTCTGAGAGAAGAGCGTCTAG
CTCTCTTTTTGACTCTGAAAATCTCTCCTTGTCATAAGCATCCACGAGGTAGACAACAGC
ATCAACCTTTGCATAGTAATCTTTCCAAAATCTTCGAGCAATCTGATGGCCACCCAAATC
AAAAGCCTTGAACTTGATTTTGCCAATGCTAAGTTCCTCAGAGGTTGGATGTTGTGTTGG
CTGGTGCTGAACCAATCTCTCGTCTTTGAGCATATGAAGGAGTGTGGTTTT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3GG40JQ 788 0 0
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GGACCGAGACAATGAACAAGTTTGGAAATGCAAGTCACCAAACTTTAAATTAAAAACAAG
AAAACTA*CAAAAACCAAAAGGGTGAAAAGAGTGTTATGATATCATCATCGACAAATCTT
TTAACTCAAGAAAAGACAGATGTACTAAGAGACAGACACGATGATGTCTCTTTTAGTTGA
TGTACTGAGAGAGCCATTTGAATCCCTCGCCGTAGCCC*TTT*ACGGACAATGCTGCACA
TGAAGACTTCGAGAGGGCGAACACC*AGAATCTCCTCCAGCTGTTGTCACTTTGCCC*TT
ACCGGTGGTGAAGTTGGTGAGACCCAAGTGATACCTAAGCTCGTCTTCGGAGGCTGCATA
AGGGATATCAATCTTGTTTCCGAGAATAAGAAACGGCACAGTTGCAAGAGCTTCGTCTGA
GAGAAGAGCGTCTAACTCTCTTTTTGACTCTGAAAATCTCTCCTTGTCATAAGCATCCAC
GAGGTAGAAAACAGCATCAACCTTTGCATAGTAATCTTTCCAAACTCTTCGAGCAATCTG
ATGGCCACCCAAATCAAAAGCCTTGAACTTGATTTTGCCAATGCTAAGTTCCTCAGAGGT
TGGATGTTGTGTTGGCTGGTGCTGAACCAATCTCTCGTCTTTGAGCATGTGAAGGAGTGT
GGTTTTTCCGGCATTGTCGAGGCCGAGAAACAAGATCTTCGCCTCTTTCTGCCATAACCC
CAACGACG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3B993JQ 786 0 0
CT
ATAAAAAGCACAAGCTGTTGACAAAAATGTGGACCGAGACAATGAACAAGTTTGGAAATG
CAAGTCACCAAACTTTAAATTAAAAACAAGAAAACTAACAAAAACCAAAAGGGTGAAAAG
AGTGTTATGATATCATCATCGACAAATCTTTTAACTCAAGAAAAGACAGATGTACTAAGA
GACAGACGCGATGATGTCTCTTTTAGTTGATGTACTGAGAGAGCCATTTGAATCCCTCGC
CGCAGCCCATTTTACGGACAATGCTGCACATGAAGACTTCGAGAGGGCGAACACC*AGAA
TCTCCTCCAGCTGTTGTCACTTTGCCC*TTACCGGTGGTGAAGTTGGTGAGACCCAAGTG
ATACCTAAGCTCGTCTTCGGAGGCTGCATAAGGGATATCAATCTTGTTTCCGAGAATAAG
AAACGGCACAGTTGCAAGAGCTTCGTCTGAGAGAAGAGCGTCTAGCTCTCTTTTTGACTC
TGAAAATCTCTCCTTGTCATAAGCATCCACGAGGTAGACAACAGCATCAACCTTTGCATA
GTAATCTTTCCAAACTCTTCGAGCAATCTGATGGCCACCCAAATCAAAAGCCTTGAACTT
GATTTTGCCAATGCTAAGTTCCTCAGAGGTTGGATGTTGTGTTGGCTGGTGCTGAACCAA
TCTCTCGTCTTTGAGCATGTGAAGGAGTGTGGTTTTTCCGGCATTGTCGAGGCCGAGAAA
CAAGATCTTCGCCTCTTTCTGCCATAACCCCAACGACGCCAAGATTCCGTAGAACCAATC
GAAC

QA 3 786 3 786
DS 

RD RR3B993TF 812 0 0
ACAAAAATGGGGACCGAGACAATGAACAAGTTTGGAAATGCAAGTCACCAAACTTTAAAT
TAAAA*CAAGAAAACTAACAAAAACCAAAAGGGTGAAAAGAGTGTTATGATATCATCATC
GACAAATCTTTTAACTCAAGAAAAGACAGATGTACTAAGAGACAGACGCGATGATGTCTC
TTTTAGTTGATGTACTGAGAGAGCCATTTGAATCCCTCGCCGCAGCCCATTTTACGGACA
ATGCTGCACATGAAGACTTCGAGAGGGCGAACACCCAGAATCTCCTCCAGCTGTTGTCAC
TTTGCCCCTTACCGGTGGTGAAGTTGGTGAGACCCAAGTGATACCTAAGCTCGTCTTCGG
AGGCTGCATAAGGGATATCAATCTTGTTTCCGAGAATAAGAAACGGCACAGTTGCAAGAG
CTTCGTCTGAGAGAAGAGCGTCTAGCTCTCTTTTTGACTCTGAAAATCTCTCCTTGTCAT
AAGCATCCACGAGGTAGACAACAGCATCAACCTTTGCATAGTAATCTTTCCAAACTCTTC
GAGCAATCTGATGGCCACCCAAATCAAAAGCCTTGAACTTGATTTTGCCAATGCTAAGTT
CCTCAGAGGTTGGATGTTGTGTTGGCTGGTGCTGAACCAATCTCTCGTCTTTGAGCATGT
GAAGGAGTGTGGTTTTTCCGGCATTGTCGAGGCCGAGAAACAAGATCTTCGCCTCTTTCT
GCCATAACCCCAACGACGCCAAGATTCCGTAGAACCAATCGAACAAAAACATTGTCTCCT
TCGCTGATCTCACAGAAGAAACCGAAAAGCGC

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3GG40TF 747 0 0
AACAAG
AAACTA*CAAAAACCAAAAGGGTGAAA*GAGTGT*ATGATATCATCATCGACAAATCTTT
*AACTCAAGAAAAGACAGATGTACTAAGAGACAGACACGATGATGTCTCTTTTAGTTGAT
GTACTGAGAGAGCCATTTGAATCCCTCGCCGTAGCCC**TTTACGGACAATGCTGCACAT
GAAGACTTCGAGAGGGCGAACACC*AGAATCTCCTCCAGCTGTTGTCACTTTGCCC*TTA
CCGGTGGTGAAGTTGGTGAGACCCAAGTGATACCTAAGCTCGTCTTCGGAGGCTGCATAA
GGGATATCAATCTTGTTTCCGAGAATAAGAAACGGCACAGTTGCAAGAGCTTCGTCTGAG
AGAAGAGCGTCTAACTCTCTTTTTGACTCTGAAAATCTCTCCTTGTCATAAGCATCCACG
AGGTAGAAAACAGCATCAACCTTTGCATAGTAATCTTTCCAAACTCTTCGAGCAATCTGA
TGGCCACCCAAATCAAAAGCCTTGAACTTGATTTTGCCAATGCTAAGTTCCTCAGAGGTT
GGATGTTGTGTTGGCTGGTGCTGAACCAATCTCTCGTCTTTGAGCATGTGAAGGAGTGTG
GTTTTTCCGGCATTGTCGAGGCCGAGAAACAAGATCTTCGCCTCTTTCTGCCATAACCCC
AACGACGCCAAGATTCCGTAGAACCAATCGAACAAAAACATTGTCTCCTTCGCTGATCTC
ACAGAAGAAACCGAAAAGCGC

QA 7 747 7 747
DS 

RD RR3DC03TF 728 0 0
CCAAAAGGGTGAAA*GAGTGTCATGATATCATCATCGACAAATCTTTTAACTCAAGAAAA
GACAGATGTACTAAGAGACAGACACGATGATGTCTCTTTTAGTTGATGTACTGAGAGAGC
CATTTGAATCCCTCGCCGTAGCCCATTT*ACGGACAATGCTGCACATGAAGACTTCGAGA
GGGCGAACACC*AGAATCTCCTCCAGCTGTTGTCACTTTGCCC*TTACCGGTGGTGAAGT
TGGTGAGACCCAAGTGATACCTAAGCTCGTCTTCGGAGGCTGCATAAGGGATATCAATCT
TGTTTCCGAGAATAAGAAACGGCACAGTTGCAAGAGCTTCGTCTGAGAGAAGAGCGTCTA
GCTCTCTTTTTGACTCTGAAAATCTCTCCTTGTCATAAGCATCCACGAGGTAGACAACAG
CATCAACCTTTGCATAGTAATCTTTCCAAACTCTTCGAGCAATCTGATGGCCACCCAAAT
CAAAAGCCTTGAACTTGATTTTGCCAATGCTAAGTTCCTCAGAGGTTGGATGTTGTGTTG
GCTGGTGCTGAACCAATCTCTCGTCTTTGAGCATGTGAAGGAGTGTGGTTTTTCCGGCAT
TGTCGAGGCCGAGAAACAAGATCTTCGCCTCTTTCTGCCATAACCCCAACGACGCCAAGA
TTCCGTAGAACCAATCGAACAAAAACATTGTCTCCTTCGCTGATCTCACAGAAGAAACCG
AAAAGCGC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3CJ81TF 676 0 0
GTACTAAGAGACAGACACGATGATGTCTCTTT*AGTTGATGTACTGAGAGAGCCATTTGA
ATCCCTCGCCGTAGCCCATTTTACGGACAATGCTGCACATGAAGACTTCGAGAGGGCGAA
CACC*AGAATCTCCTCCAGCTGTTGTCACTTTGCCC*TTACCGGTGGTGAAGTTGGTGAG
ACCCAAGTGATACCTAAGCTCGTCTTCGGAGGCTGCATAAGGGATATCAATCTTGTTTCC
GAGAATAAGAAACGGCACAGTTGCAAGAGCTTCGTCTGAGAGAAGAGCGTCTAGCTCTCT
TTTTGACTCTGAAAATCTCTCCTTGTCATAAGCATCCACGAGGTAGACAACAGCATCAAC
CTTTGCATAGTAATCTTTCCAAAATCTTCGAGCAATCTGATGGCCACCCAAATCAAAAGC
CTTGAACTTGATTTTGCCAATGCTAAGTTCCTCAGAGGTTGGATGTTGTGTTGGCTGGTG
CTGAACCAATCTCTCGTCTTTGAGCATATGAAGGAGTGTGGTTTTTCCGGCATTGTCGAG
GCCGAGAAACAAGATCTTCGCCTCTTTCTGCCATAACCCCAACGACGCCAAGATTCCGTA
GAACCAATCGAACAAAAACATTGTCTCCTTCGCTGATCTCACAGAAGAAACCGAAAAGCG
CAAAAAAA
GAAAAAAA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3A469JQ 833 0 0
GGTGAAAAGAGTGTTATGATATCATCATCGACAAATCTTTTAACTCAAGAAAAGACAGAT
GTACTAAGAGACAGACACGATGATGTCTCTTTTAGTTGATGTACTGAGAGAGCCATTTGA
ATCCCTCGCCGTAGCCCATTTTACGGACAATGCTGCACATGAAGACTTCGAGAGGGCGAA
CACC*AGAATCTCCTCCAGCTGTTGTCACTTTGCCC*TTACCGGTGGTGAAGTTGGTGAG
ACCCAAGTGATACCTAAGCTCGTCTTCGGAGGCTGCATAAGGGATATCAATCTTGTTTCC
GAGAATAAGAAACGGCACAGTTGCAAGAGCTTCGTCTGAGAGAAGAGCGTCTAGCTCTCT
TTTTGACTCTGAAAATCTCTCCTTGTCATAAGCATCCACGAGGTAGACAACAGCATCAAC
CTTTGCATAGTAATCTTTCCAAACTCTTCGAGCAATCTGATGGCCACCCAAATCAAAAGC
CTTGAACTTGATTTTGCCAATGCTAAGTTCCTCAGAGGTTGGATGTTGTGTTGGCTGGTG
CTGAACCAATCTCTCGTCTTTGAGCATGTGAAGGAGTGTGGTTTTTCCGGCATTGTCGAG
GCCGAGAAACAAGATCTTCGCCTCTTTCTGCCATAACCCCAACGACGCCAAGATTCCGTA
GAACCAATCGAACAAAAACATTGTCTCCTTCGCTGATCTCACAGAAGAAACCGAAAAGCG
CAAAAAAAAAAGAAAAAAAGAGAGGAGATGTTCGTCTCCGGCCGGTTCCCCCCGGCCGTA
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DS 

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ACCAATCTCTCGTCTTTGAGCATGTGAAGGAGTGTGGTTTTTCCGGCATTGTCGAGGCCG
AGAAACAAGATCTTCGCCTCTTTCTGCCATAACCCCAACGACGCCAAGATTCCGTAGAAC
CAATCGAACAAAAACATTGTCTCCTTCGCTGATCTCACAGAAGAAACCGAAAAGCGCAAA
AAAAAAAGAAAAAAAGAGAGGAGATGTTCGTCTCCGGCCGGTTCCCCCCGGCCGTAAGCA
GTGGTATCAACGCAGAGTTTGAGAGTTCTGGTGTGTTGTATCCAGAGTCTAAGGACTTCT
CCTTTAGTGTGTCATATCTAAGAGAGTTGTCTAGGAGTATCAAAGAGCCATCCGCATCTC
TTTGTGTTACCATTCGCATCCACAACCCTTGAAAGATCGAGTTTCGATTCATCTTTGCAA
GGATCTATCCAATATCATCCAGAGTTCATCCCAGGGTCGTGTTAAGTGGTATCAGAGCAG
CTCTGGATAGGGAAGTATCGATCTTTTGTTGTTTTTCAAATAGAACCCTTCC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 2 10

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AAGATCTGGTGGTGGTGGTGGTGGTTCAAGGAGATCCTCATCCTTGAGGCCTTCCAAGAC
TCTGTTTGTGATCAACTTTGATGCGGATAATACTAGGACCCGGGATCTGGAGAGACACTT
TGAACCATATGGCAAAATTGTAAACGTTAGGATCAGGAGGAACTTTGCATTTATCCAATA
CGAGGAGCAAGAGGATGCAACCAGAGCACTTGATGCTACAAACAACAGTAAGCTGATGGA
CAAGGTGATCTCGGTGGAGTATGCAATGAAAGATGATGATGCAAGAGGGAACGGACACAG
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GGAAAGGACTAGTCCTGACTATGGCAGAAGACGTAGCCCAAGTCCTTACAAGAGAACAAG
GCGTAGTAGTCCGGAGTATGGTCGCGACCACCGCCACAGAGGCAATGAGAGCCCCCGGAG
GAGGGAGAGAGCTGCAAGCCCCAGGTACAGTCGCAGTCCTGACAACAAGAGAGAGAGGGT
GAGCCCTGATCGCAGCCCGTTTAAGAAGGAAGGTTTGAAGAATGGAGATGGTGAAGTTGA
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CTCTATAGGGAGAAGGGACAGTGATGGTGGCTACGATGGTGCAGATAGCCCCCCTATGCA
GAAGAGCCGGTCTCGTTCGCCTCCAGCTGAAGAGTGAATTGGAAAGGGGATACATCAAAA
GTAGGATGATGTAGTCAAACACTATGTGTCATGTGTTGTGTTTAGTTTCTTTGCTATTTG
AAACATTCGAACTGGGATCTCTTTTATTGTCGGATTGAAAAACTCTTCTCTTGTGTGCTT
AAAATGTGCCATGTTACTGAATTATTCGTTTTTAAATCGCATCTCACTTGAATTCCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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DS 

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DS 



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CAAGTCCTTACAAGAGAACAAGGCGTAGTAGTCCAGAGTATGGTCGCGACCACCGCCACA
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CTGACAACAAGAGAGAGAGGGTGAGTCCTGATCGCAGCCCCTTTAAGAAGGAAAGTTTGA
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BQ
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5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 10 35 35 20 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3E869TF U 40
AF RR3E730TF U 1
AF RR3BY54TF U 161
AF RR3CP95TF U 419
AF RR3BL52JQ C 479
AF RR3E869JQ C 734
AF RR3CP95JQ C 532
AF RR3BY54JQ C 499
BS 1 185 RR3E730TF
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BS 187 230 RR3E730TF
BS 231 231 RR3E869TF
BS 232 438 RR3E730TF
BS 439 857 RR3BY54TF
BS 858 1058 RR3CP95TF
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BS 1060 1079 RR3CP95TF
BS 1080 1299 RR3BL52JQ

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GGGGCGAC
ACGGCTGCCAACTACTTCAGTTTC*TAACTGCACAGGAATCATGAAGCCAGTCTTCTGTG
G*AACTTTGAGTATGATGCGCGTGAGGGTGATCTTGAAAGGCTTTTCAGGAAATACGGAA
GGGTTGAGAGGGT*GATATGAAAGCTGGGTTTGCTTTCGTGTACATGGAAGATGAGAGGG
*TGCTGAAGATGCAATCCGAGCACTTGACCGCATTGAATTTGGACGCAAGGGACGCAGAC
TCCGTGTTGAGTGGACAAAGG*TGAGCGTGGAGGCGATAGAAGATCTGGTGGTGGTGGTG
GT*CAAGGAGATCCTCATCCTTG

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DS 

RD RR3E730TF 451 0 0
GGAAAGAAATATCATCTCAGAGCTTCTTCTAGGGCTTCGACGCGACAACGGCTGCCAACT
ACTTCAGTTTCATAACTGCACAGGAATCATGAAGCCAGTCTTCTGTGGGAACTTTGAGTA
TGATGCGCGTGAGGGTGATCTTGAAAGGCTTTTCAGGAAATACGGAAGGGTTGAGAGGGT
TGATACGAAAGCTGGGTTTGCTTTCGTGTACATGGAAGATGAGAGGGATGTTGAAGATGC
AATCCGAGCACTTGACCGCATTGAATTTGGACGCAAGGGACGCAGACTCCGTGTTGAGTG
GACAAAGGGTGAGCGTGGAGGCGATAGAAGATCTGGTGGTGGTGGTGGTTCAAGGAGATC
CTCATCCTTGAGGCCTTCCAAGACTCTGTTTGTGATAAACTTTGATGCGGACAATACTCG
GACCCGGGATCTAGAGAG
GACTTTGAACCTA

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DS 

RD RR3BY54TF 697 0 0
G
ACGGAAGGGTTGAGAGGGTTGATATGAAAGCTGGGTTTGCTTTCGTGTACATGGAAGATG
AGAGGGATGCTGAAGATTCAATCCGAGCACTTGACCGCATTGAATTTGGACGCAAGGGAC
GCAGACTCCGTGTTGAGTGGACAAAGGGTGAGCGTGGAGGCGAT*GAAGATCTGGTGGTG
GTGGTGGTTCAAGGAGATCCTCATCCTTGAGGCCTTCCAAGACTCTGTTTGTGATAAACT
TTGATGTGGACAATACTCGGACCCGGGATCTAGAGAGGCACTTTGAACCATATGGCAAAA
TTGTAAACGTTAGGATCAGGAGGAACTTTGCATTTGTCCAGTACGAGGAGCAAGAGGATG
CCACTCGAGCTCTTGAGGCTACAAACAACAGTAAGCTGATGGATAAGGTGATCTCGGTGG
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ATAGGTCACCAGAAAGGAGAAGTCGATCACCTAGTCCTTACAAGAGAGAGAGGGAGCCCT
GATTATGGCCGAGGGGGTAGTCCTGTTGCTGCATACAAAAGGGAAAGGACCAGTCCTGAC
TATGGGAGAAGACGTAGCCCAAGTCCTTACAAGAGAACAAGGCGTAGTAGTCCAGAGTAT
GGTCGCGACCACCGCCACAGAGGCAATGAGAGCCCC

QA 2 697 2 697
DS 

RD RR3CP95TF 661 0 0
G
GGACCCGGGATCTAGAGAGGCACTTTGAACCATATGGCAAAATTGTAAACGTTAGGATCA
GGAGGAACTTTGCATTTGTCCAGTACGAGGAGCAAGAGGATGCCACTCGAGCTCTTGAGG
CTACAAACAACATTAAGCTGATGGATAAGGTGATCTCGGTGGAGTATGCAATGAAAGATG
ATGATGCGAGAGGGAACGGACACAGTCCCGAAAGACGCCGTGATAGGTCACCAGAAAGGA
GAAGGCGATCACCTAGTCCTTACAAGAGAGAGAGGGAGCCCTGATTATGGCCGAGGGGGT
AGTCCTGTTGCTGCATACAAAAGGGAAAGGACCAGTCCTGACTATGGGAGAAGACGTAGC
CCAAGTCCTTACAAGAGAACAAGGCGTAGTAGTCCAGAGTATGGTCGCGACCACCGCCAC
AGAGGCAATGAGAGCCCCCGGAGGAGGGAGAGAGTTGCGAGCCCCAGGTACAGTCGAAGT
CCTGACAACAAGAGAGAGAGGGTGAGTCCTGATCGCAGCCCCTTTAAGAAGGAAAGTTTG
AAGAACGGAGATGGTGAAGTTGATAGCCCAAGGAGGGAGAGATCGAGGTCTAGCCCTGAG
AATGGGCAAGTTGAAAGCCCTGGCTCTATAGGGAGAAGG*ACAGTGATGGTGGCTATGAT

QA 2 661 2 661
DS 

RD RR3BL52JQ 821 0 0
TCAGA
GAACTTTGCATTTGTCCAGTACGAGGAGCAAGAGGATGCCACTCGAGCTCTTGAGGCTAC
AAACAACAGTAAGCTGATGGATAAGGTGATCTCGGTGGAGTATGCAATGAAAGATGATGA
TGCAAGAGGGAACGGACACAGTCCCGAAAGACGCCGTGATAGGTCACCAGAAAGGAGAAG
TCGATCACCTAGTCCTTACAAGAGAGAGAGGGAGCCCTGATTATGGCCGAGGGGGTAGTC
CTGTTGCTGCATACAAAAGGGAAAGGACCAGTCCTGACTATGGGAGAAGACGTAGCCCAA
GTCCTTACAAGAGAACAAGGGGTAGTAGTCCAGAGTATGGTCGCGACCACCGCCACAGAG
GCAATGAGAGCCCCCGGAGGAGGGAGAGAGTTGCGAGCCCCAGGTACAGTCGAAGTCCTG
ACAACAAGAGAGAG**GGTGAGTCCTGATCGCAGCCCCTTTAAGAAGGAAAGTTTGAAGA
ACGGAGATGGTGAAGTTGATAGCCCAAGGAGGGAGAGATCGAGGTTT*GCCCTGAGAATG
GGCAAGTTGAAAGCCCTGGCTCTATAGGGAGAAGGGACAGTGATGGTGGCTATGATGGTG
CAGATAGCCCCCCTATGCAGAAGAGCCGGTTTCGTTCGCCTCCAGCTGAAGAGTGAATGA
AGAGTGGATACATCAAAGTAGGATGATGTAGTCAAACGCTCTGTGTCATGTGTTGTGTTT
AGTTTCTTTGCTATTTGAAACATTCGAACTGGGATCTCTTTTATTGTCGGATTGAAAAAC
TTTTTTCTTGTGTGCTTAAAATGTGCCATGTTACTG

QA 6 821 6 821
DS 

RD RR3E869JQ 547 0 0
ATACAAAAGGGAAAGGACCAGTCCTGACTATGGGAGAAGACGTAGCCCAAGTCCTTACAA
GAGAACAAGGCGTAGTAGTCCAGAGTATGGCCGCGACCACCGCCACAGAGGCAATGAGAG
CCCCCGGAGGAGGGAGAGAGTTGCGAGCCCCAGGTACAGTCGAAGTCCTGACAACAAGAG
AGAGAGGGTGAGTCCTGATCGCAGCCCCTTTAAGAAGGAAAGTTTGAAGAACGGAGATGG
TGAAGTTGATAGCCCAAGGAGGGAGAGATCGAGGTCTAGCTTTGAGAATGGGCAAGTTGA
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CCCTATGCATAAGAGCCGGTTTCGTTCGCCTCCAGCTGAAGAGTGAATGAAGAGTGGATA
CATCAAAGTAGGATGATGTAGTCAAACGCTCTGTGTCATGTGTTGTGTTTAGTTTCTTTG
CTATTTGAAACATTCGAACTGGGATTTCTTTTATTGTCGGATTGAAAAACTTTTTTCTTG
TGTGCTT

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DS 

RD RR3CP95JQ 735 0 0
TCTTGAGGCTACAAACAACATTAAGCTGATGGATAAGGTGATCTCGGTGGAGTATGCAAT
GAAAGATGATGATGCGAGAGGGAACGGACACAGTCCCGAAAGACGCCGTGATAGGTCACC
AGAAAGGAGAAGGCGATCACCTAGTCCTTACAAGAGAGAGAGGGAGCCCTGATTATGGCC
GAGGGGGTAGTCCTGTTGCTGCATACAAAAGGGAAAGGACCAGTCCTGACTATGGGAGAA
GACGTAGCCCAAGTCCTTACAAGAGAACAAGGCGTAGTAGTCCAGAGTATGGTCGCGACC
ACCGCCACAGAGGCAATGAGAGCCCCCGGAGGAGGGAGAGAGTTGCGAGCCCCAGGTACA
GTCGAAGTCCTGACAACAAGAGAGAGAGGGTGAGTCCTGATCGCAGCCCCTTTAAGAAGG
AAAGTTTGAAGAACGGAGATGGTGAAGTTGATAGCCCAAGGAGGGAGAGATCGAGGTCTA
GCCCTGAGAATGGGCAAGTTGAAAGCCCTGGCTCTATAGGGAGAAGGGACAGTGATGGTG
GCTATGATGGTGCAGATAGCCCCCCTATGCAGAAGAGCCGGTCTCGTTCGCCTCCAGCTG
AAGAGTGAATGAAGAGTGGATACATCAAAGTAGGATGATGTAGTCAAACGCTCTGTGTCA
TGTGTTGTGTTTAGTTTCTTTGCTATTTGAAACATTCGAACTGGGATCTCTTTTATTGTC
GGATTGAAAAACT
CT

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DS 

RD RR3BY54JQ 801 0 0
CCAGTACGAG*AGCAAGAGGATGCCACTCGAGCTCTTGAGGCTACAAACAACAGTAAGCT
GATGGATAAGGTGATCTCGGTGGAGTATGCAATGAAAGATGATGATGCAAGAGGGAACGG
ACACAGTCCCGAAAGACGCCGTGATAGGTCACCAGAAAGGAGAAGTCGATCACCTAGTCC
TTACAAGAGAGAGAGGGAGCCCTGATTATGGCCGAGGGGGTAGTCCTGTTGCTGCATACA
AAAGGGAAAGGACCAGTCCTGACTATGGGAGAAGACGTAGCCCAAGTCCTTACAAGAGAA
CAAGGCGTAGTAGTCCAGAGTATGGTCGCGACCACCGCCACAGAGGCAATGAGAGCCCCC
GGAGGAGGGAGAGAGTTGCGAGCCCCAGGTACAGTCGAAGTCCTGACAACAAGAGAGAG*
*GGTGAGTCCTGATCGCAGCCCCTTTAAGAAGGAAAGTTTGAAGAACGGAGATGGTGAAG
TTGATAGCCCAAGGAGGGAGAGATCGAGGTTT*GCCCTGAGAATGGGCAAGTTGAAAGCC
CTGGCTCTATAGGGAGAAGGGACAGTGATGGTGGCTATGATGGTGCAGATAGCCCCCCTA
TGCAGAAGAGCCGGTTTCGTTCGCCTCCAGCTGAAGAGTGAATGAAGAGTGGATACATCA
AAGTAGGATGATGTAGTCAAACGCTCTGTGTCATGTGTTGTGTTTAGTTTCTTTGCTATT
TGAAACATTCGAACTGGGATTTCTTTTATTGTCGGATTGAAAAACTTTTTTCTTGTGTGC
TTAAAATGTGCCATGTTACTG

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 7

CO CL290Contig1 1631 7 38 U
GGATCTCCATTGTTCTGTTTTATACACTTTTGTAATTGCATAGCTATATATATACTGCCC
AAAATTTCACTGTCCCGAGTTCCGTGGCAAGAAAATGTCAGCGATAATCCATGGAGCTGG
AGCTGCTGCGGCCTTGACGACGTTTAAGTCCAAGAAACTCGTTGCTCCTTGTCGCACGAA
TCTTCCAGGGAGGAGCAAGAGATGCATTGTCGCTGCTGGATCTGATGATGATGCGAGTAA
GAGCTTTGGTTCTTCTACCCTCACTCTTCGTCACTCTCAGAAACTGATTCCTAATGCTGT
CGCGACGAAGGCTGACATGTCTGCGACCACTGGTACTGGACATGAACTACTCCTTTTCGA
AGCTCTTCAAGAAGGTCTAGAAGAAGAGATGGACAGAGACCCACATGTATGCGTCATGGG
CGAAGACGTTGGCCATTACGGAGGCTCCTACAAAGTTACCAAAGGCCTCGCTGATAAATT
CGGCGACCTCAGGGTTCTCGACACTCCCATTTGTGAAAACGCCTTCACCGGTATGGGCAT
TGGAGCCGCCATGACTGGTCTTAGACCCGTCATCGAAGGTATGAACATGGGTTTCCTCCT
CTTAGCCTTCAACCAAATCTCAAACAACTGTGGAATGCTTCACTACACATCTGGTGGTCA
GTTCACCATCCCAGTCGTCATCCGTGGTCCCGGTGGAGTGGGACGCCAGCTCGGCGCTGA
GCATTCGCAGCGGCTAGAATCTTACTTCCAGTCCATCCCTGGGATCCAGATGGTTGCTTG
CTCAACTCCTTACAATGCTAAAGGCTTGATGAAAGCCGCCATAAGAAGTGAGAACCCTGT
GATTCTGTTTGAGCACGTTCTGCTTTACAATCTCAAGGAGAAGATCCCTGACGAAGAATA
CATCTGTAACCTTGAAGAAGCTGAGATGGTTAGACCTGGAGAGCATATTACCATCCTCAC
TTACTCCCGGATGAGGTACCATGTGATGCAGGCGGCTAAAACGCTGGTGAACAAAGGGTA
TGACCCTGAGGTTATCGACATCAGGTCGTTGAAACCGTTTGATCTTTACACGATTGGGAA
CTCGGTGAAGAAAACGCACAGGGTTTTGATAGTGGAGGAGTGTATGAGAACCGGTGGGAT
TGGAGCTAGTCTTACGGCTGCTATTAATGAGAACTTTCATGACTATTTGGATGCTCCGGT
GATGTGTTTGTCTTCTCAGGACGTTCCTACACCTTATGCTGGTACTCTTGAAGAGTGGAC
CGTGGTTCAACCGGCTCAGATCGTGACAGCCGTTGAGCAGCTTTGCCAGTGAAATTTAAA
TTGTTATCCGGTGAACACCCATTATTTACCATTTACCTCTCAGTTTCCTTTCTCTTATCT
TTTAACTTAGTTCTTTAAAATTTGTCTAAGTGGTTTGGTTTTGTTAAATGTTTTTTTTTT
TGCTAAAGGTTTTGTTAAATGTTTGTTGTCCCTTTTGTTGCGTCTTGAAATATGTTTTCG
TTTTCGTTTAATTTATCTCCCACTTTTGTTTTTTTTTAACCTCAGGTTTTTCTTTGCCTT
TAGCTATAAAAACAAGTTATTATGTTTTAAATTCGTCTAAAGATTTCGAATTAAAGGCAT
TTTCATCATGG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 15 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS92TF U 1
AF RR3AM26TF U 1
AF RR3BX62TF U 208
AF RR3CM06TF U 386
AF RR3G654TF U 481
AF RR3BX62JQ C 693
AF RR3DS92JQ C 923
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AGCTCTTCAAGAAGGTCTAGAAGAAGAGATGGACAGAGACCCACATGTATGCGTCATGGG
CGAAGACGTTGGCCATTACGGAGGCTCCTACAAAGTTACCAAAGGCCTCGCTGATAAATT
CGGCGACCTCAGGGTTCTCGACACTCCCATTTGTGAAAACGCCTTCACCGGTATGGGCAT
TGGAGCCGCCATGACTGGTCTTAGACCCGTCATCGAAGGTATGAACATGGGTTTCCTCCT
CTTAGCCTTCAACCAAATCTCAAACAACTGTGGAATGCTTCACTACACATCTGGTGGTCA
GTTCACCATCCCAGTCGTCATCCGTGGT

QA 1 688 1 688
DS 

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AAAATTTCACTGTCCCGAGTTCCGTGGCAAGAAAATGTCAGCGATAATCCATGGAGCTGG
AGCTGCTGCGGCCTTGACGACGTTTAAGTCCAAGAAACTCGTTGCTCCTTGTCGCACGAA
TCTTCCAGGGAGGAGCAAGAGATGCATTGTCGCTGCTGGATCTGATGATGATGCGAGTAA
GAGCTTTGGTTCTTCTACCCTCACTCTTCGTCACTCTCAGAAACTGATTCCTAATGCTGT
CGCGACGAAGGCTGACATGTCTGCGACCACTGGTACTGGACATGAACTACTCCTTTTCGA
AGCTCTTCAAGAAGGTCTAGAAGAAGAGATGGACAGAGACCCACATGTATGCGTCATGGG
CGAAGACGTTGGCCATTACGGAGGCTCCTACAAAGTTACCAAAGGCCTCGCTGATAAATT
CGGCGACCTCAGGGTTCTCGACACTCCCATTTGTGAAAACGCCTTCACCGGTATGGGCAT
TGGAGCCGCCATGACTGGTCTTAGACCCGTCATCGAAGGTATGAACATGGGTTTCCTCCT
CTTAGCCTTCAACCAAATCTCAAACAACTGTGGAATGCTTCACTACACATCTGGTGGTCA
GTTCACCATCCCAGTCGTCATCCGTGGTCCCGGTGGAGTGGGACGCCAGCTCGGCGCTGA
GCATTCGCAGCGGCTAGAATCTTACTTCCAGTCCATCCCTGGGATCCAGATGGTTGCTTG
CTCCACTCCTTACAATGCTAAAGGCTTGATGAAAGCCGCCATAAGAAGTGAGA*CCCTGT
GAT

QA 1 843 1 843
DS 

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G
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CGTCACTCTCAGAAACTGATTCCTAATGCTGCCGCGACGAAGGCTGACATGTCTGCGACC
ACTGGTACTGGACATGAACTACTCCTTTTCGAAGCTCTTCAAGAAGGTCTAGAAGAAGAG
ATGGACAGAGACCCACATGTATGCGTCATGGGCGAAGACGTTGGCCATTACGGAGGCTCC
TACAAAGTTACCAAAGGCCTCGCTGATAAATTCGGCGACCTCAGGGTTCTCGACACTCCC
ATTTGTGAAAACGCCTTCACCGGTATGGGCATTGGAGCCGCCATGACTGGTCTTAGACCC
GTCATCGAAGGTATGAACATGGGTTTCCTCCTCTTAGCCTTCAACCAAATCTCAAACAAC
TGTGGAATGCTTCACTACACATCTGGTGGTCAGTTCACCATCCCAGTCGTCATCCGTGGT
CCCGGTGGAGTGGGACGCCAGCTCGGCGCTGAGCATTCGCAGCGGCTAGAATCTTACTTC
CAGTCCATCCCTGGGATCCAGATGGTTGCTTGCTCAACTCCTTACAATGCTAAAGGCTTG
ATGAAAGCCGCCATAAGAAGTGAGAACCCTGTGATTCTGTTTGAGCACGTTCTGCTTTAC
AATCTCAAGGAGAAGATCCCTGAC

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DS 

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TCCTACAAGGTTACCAAAGGCCTCGCTGATAAATTCGGCGACCTCAGGGTTCTCGACACT
CCCATCTGTGAAAACGCCTTCACCGGTATGGGCATTGGAGCCGCCATGACTGGTCTTAGA
CCCGTCATCGAAGGCATGAACATGGGTTTCCTCCTCTTAGCCTTCAACCAAATCTCCAAC
AACTGTGGAATGCTTCATTACACATCTGGTGGTCAGTTCACTATCCCTGTCGTCATCCGT
GGTCCCGGTGGAGTGGGACGCCAGCTCGGCGCTGAGCATTCGCAGCGGCTAGAATCTTAC
TTCCAGTCCATCCCTGGGATCCAGATGGTTGCTTGCTCCACTCCTTACAATGCTAAAGGC
TTGATGAAAGCCGCCATAAGAAGTGAGAACCCTGTGATT**GCTTGAGCACGTTCTGCTT
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ATGGTTAGACCTGGAGAGCATATTACAATCCTCACTTACTCCCGGATGAGGTACCATGTG
ATGCACGCAGCTAAGACGCTGGTGAACAAAGGGTATGACCCTGAGGTTATCGACATCAG*
TCGTTGAAACCGTTTGATCTTTACACGATTGGGAACTCGGTGAAGAAA*CGCACAGG*TT
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CTGCATTATGA

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DS 

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G
GGCGACCTCAGGGTTCTCGACACTCCCATTTGTGAAAACGCCTTCACCGGTATGGGCATT
GTAGCCGCCATGACTGGTCTTAGACCCGTCATCGAAGGTATGAACATGGGTTTCCTCCTC
TTAGCCTTCAACCAAATCTCAAACAACTGTGGAATGCTTCACTACACATCTGGTGGTCAG
TTCACCATCCCAGTCGTCATCCGTGGTCCCGGTGGAGTGGGACGCCAGCTCGGCGCTGAG
CATTCGCAGCGGCTAGAATCTTACTTCCAGTCCATCCCTGGGATCCAGATGGTTGCTTGC
TCAACTCCTTACAATGCTAAAGGCTTGATGAAAGCCGCCATAAGAAGTGAGAACCCTGTG
ATTCTGTTTGAGCACGTTCTGCTTTACAATCTCAAGGAGAAGATCCCTGACGAAGAATAC
ATCTGTAACCTTGAAGAAGCTGAGATGGTTAGACCTGGAGAGCATATTACCATCCTCACT
TACTCCCGGATGAGGTACCATGTGATGCAGGCGGCTAAAACGCTGGTGAACAAAGGGTAT
GACCCTGAGGTTATCGACATCAGGTCGTTGAAACCGTTTGATCTTTACACGATTGGGAAC
TCGGTGAAGAAAACGCACAGGGTTTTGATAGTGGAGGAGTGTATGAGAACCGGTGGGATT
GGAGCTAGTCTTACGGCTGCTATTAATGAGA*CTTTCATGACTATTTGGATGCTCCGGTG
ATGTGTTTG

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DS 

RD RR3BX62JQ 845 0 0
CGGGGAG
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CATAAGAAGTGAGAACCCTGTGATTCTGTTTGAGCACGTTCTGCTTTACAATCTCAAGGA
GAAGATCCCTGACGAAGAATACATCTGTAACCTTGAAGAAGCTGAGATGGTTAGACCTGG
AGAGCATATTACCATCCTCACTTACTCCCGGATGAGGTACCATGTGATGCAGGCGGCTAA
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GTGTATGAGAACCGGTGGGATTGGAGCTAGTCTTACGGCTGCTATTAATGAGAACTTTCA
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TGGTACTCTTGAAGAGTGGACCGTGGTTCAACCGGCTCAGATCGTGACAGCCGTTGAGCA
GCTTTGCCAGTGAAATTTAAATTGTTATCCGGTGAACACCCATTATTTACCATTTACCTC
TCAGTTTCCTTTCTCTTATCTTTTAACTTAGTTCTTTAAAATTTGTCTAAGTGGTTTGGT
TTTGTTAAATGTTTTTTTTTTTGCTAAAGGTTTTGTTAAATGTTTGTTGTCCCTTTTGTT
GCGTCTTGAAATATGTTTTCTTTTTCGTTTAATTTATCTCCCACTTTTGTTTTTT
CTT

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DS 

RD RR3DS92JQ 709 0 0
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GTGATGCAGGCGGCTAAAACGCTGGTGAACAAAGGGTATGACCCTGAGGTTATCGACATC
AGGTCGTTGAAACCGTTTGATCTTTACACGATTGGGAACTCGGTGAAGAAAACGCACAGG
GTTTTGATAGTGGAGGAGTGTATGAGAACCGGTGGGATTGGAGCTAGTCTTACGGCTGCT
ATTAATGAGAACTTTCATGACTATTTGGATGCTCCGGTGATGTGTTTGTTTTCTCAGGAC
GTTCCTACACCTTATGCTGGTACTCTTGAAGAGTGGACCGTGGTTCAACCGGCTCAGATC
GTGACAGCCGTTGAGCAGCTTTGCTAGTGAAATTTAAATTGTTATCCGGTGAACACCCAT
TATTTACCATTTACCTTTCAGTTTCCTTTTTTTTATCTTTTAACTTAGTTCTTTAAAATT
TGTTTAAGTGGTTTGGTTTTGTTAAATGTTTTTTTTTTTGCTAAAGGTTTTGTTAAATGT
TTGTTGTCCCTTTTGTTGCGTCTTGAAATATGTTTTCGTTTTCGTTTAATTTATCTCCCA
CTTTTGTTTTTTTTTAACCTCAGGTTTTTCTTTGCCTTTAGCTATAAAAACAAGTTATTA
TGTTTTAAATTCGTCTAAAGATTTCGAATTAAAGGCATTTTCATCATGG

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 11

CO CL291Contig1 1137 11 12 U
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ATTCAACAACTCTCACGATGATGGCGGTGGATCTTCTATCGGAAAACTCTAACATGAGTC
CAAGAATCTCGTTCTCTCGTGATTTCTGCCAATCCGATGCAATACCCGTCGAGAAACGTC
CGTTACGATCATCGTCCAGTTCCAAACCGTCGAGTCTCAATTCAAGCGTCGATTTCGATT
TCTGCATTCCCGGCGGCGTGACCTCCGGCGAGAGCTTCGACCAAGGCTCTTGGTCCGCCG
ACGAGCTCTTCCGCAACGGTAAAATCTTGCCGACCGAGATCAAGAAGAAGAAGAAACCCG
AATCACCACCACC*ACCCGAGAATCGCAAACCGGGTGAAAAAGCTTCCGATACCGGTCCA
CCCGAACCGTCTAAACCGGGTACAAGAAAACCGAGAAAACCGGTTGAAGTAGACGAAGAT
GACGCCGTCGTAACGGAGGAGAAACCGAGTACGAAGTCGTTTTGGGGGTTTAAGAGGAGT
AGCAGTTTAAACTGCGGGAGCAGTTACGGACGGAGTTTATGTCCGTTACCGTTACTAAAC
CGGAGCAATTCGACCGGTTCGACTTCCAGTAAACCGAAACAGAGCTCTAGGAAACACGCA
ACAGAGCATATAAAGCTACAACAGTCGTCCTCGTTGTCATCTTCATCTTCTTGTTCATCG
AGTAACAGTAGCTTTCAGAAACCGCCATTGAAGAAGAACTACGGAGGCTACAGTTACGGG
AGCCATGGAAGTGGAACTAGAGTGAGTCCGGTTATAAACATGGTTCCATCTGGGAACTTG
TTTGGTTTGGGTTCTCTATTCTCTGGAAACGGAAGAGACAAGAATAAGAAGAGATAGGTT
TGGTTCTGATTCGGTAAGCGAGATATTATTCCTGGGTTTACTGTTTGATCCTGCTTCTTC
TTCCTTCTTCTCTGTTTCTTTCTCTGAAACTCCGAAGATTTTCTGACAGTGTGTTTTGTG
GGTCCTATTGCCAACATCTTTGTGTCATTTTTTAGATTGTTGTGGTGTAATTGTTTTTTT
GTTTGATTTGTTAGTTTGTCTTCTATCAATGTTTAATTCTAGATTTTATATTGAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 25 45 45 0 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 25 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 20 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 65 65 65 65 
15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 35 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 60 60 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 5 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 0 0 
0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF32TF U 1
AF RR3AG44TF U 2
AF RR3G272TF U 78
AF RR3AT04TF U 9
AF RR3GZ85TF U 1
AF RR3B180TF U 68
AF RR3AT04JQ C 369
AF RR3FF32JQ C 339
AF RR3AG44JQ C 391
AF RR3GZ85JQ C 455
AF RR3G272JQ C 516
BS 1 653 RR3FF32TF
BS 654 654 RR3GZ85TF
BS 655 751 RR3FF32TF
BS 752 779 RR3GZ85TF
BS 780 780 RR3B180TF
BS 781 789 RR3GZ85TF
BS 790 800 RR3B180TF
BS 801 992 RR3FF32JQ
BS 993 993 RR3AG44JQ
BS 994 1079 RR3FF32JQ
BS 1080 1129 RR3AG44JQ
BS 1130 1137 RR3GZ85JQ

RD RR3FF32TF 751 0 0
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ATTCAACAACTCTCACGATGATGGCGGTGGATCTTCTATCGGAAAACTCTAACATGAGTC
CAAGAATCTCGTTCTCTCGTGATTTCTGCCAATCCGATGCAATACCCGTCGAGAAACGTC
CGTTACGATCATCGTCCAGTTCCAAACCGTCGAGTCTCAATTCAAGCGTCGATTTCGATT
TCTGCATTCCCGGCGGCGTGACCTCCGGCGAGAGCTTCGACCAAGGCTCTTGGTCCGCCG
ACGAGCTCTTCCGCAACGGTAAAATCTTGCCGACCGAGATCAAGAAGAAGAAGAAACCCG
AATCACCACCACC*ACCCGAGAATCGCAAACCGGGTGAAAAAGCTTCCGATACCGGTCCA
CCCGAACCGTCTAAACCGGGTACAAGAAAACCGAGAAAACCGGTTGAAGTAGACGAAGAT
GACGCCGTCGTAACGGAGGAGAAACCGAGTACGAAGTCGTTTTGGGGGTTTAAGAGGAGT
AGCAGTTTAAACTGCGGGAGCAGTTACGGACGGAGTTTATGTCCGTTACCGTTACTAAAC
CGGAGCAATTCGACCGGTTCGACTTCCAGTAAACCGAAACAGAGCTCTAGGAACCACGCA
ACAGAGCATATAAAGCTACAACAGTCGTCCTCGTTGTCATCTTCATCTTCTTGTTCATCG
AGTAACAGTAGCTTTCAGAAACCGCCATTGA

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3AG44TF 773 0 0
GGATCGTTC
GCCTTCCCCTTATTCTTCTCTCCACGTCTCTCTCTTTTTTCTGCAGAAACATTCAACAAC
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GTTTTCTCGTGATTTCTGCCAATCCGATGCAATACCGGTCGAGAAACGTCCGTTACGATC
ATCGTCAAATTCCAAACCGTCGAGTCTCAACTCAAGCGTCGATTTCGATTTCTGCATTCC
CGGCGGCGTAACCTCCGGCGAGAGCTTCGACCAAGGCTCTTGGTCCGCCGACGAGCTCTT
CCGCAACGGTAAAATCTTGCCGACCGAGATCAAGAAGAAGAAGAAACCCGAATCACCACC
GCC*ACCCGAGAAACGCAAACCGGATAAAAAAGCATCCGATACCGGTCCACCCGAACCGT
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TAACGGAGGAGAAACCGAGTACGAAGTCGTTTTGGGGGTTTAAGAGGAGTAGCAGTTTAA
ATTGCGGGAGCAGTTACGGACGGAGTTTATGTCCGTTACCGTTACTAAACCGGAGCAATT
CGACCGGTTCGACTTCTAGTAAACCGAAACAGAGCTCGAGGAAACACGCAACGGAGCATA
TAAAGCTACAACAGTCGTCATCGTTATCATCTTCATCTTCTTGTTCATCGAGTAACAGTA
GCTTCCAGAAACCGCCGTTGAAGAAGAACTACGGAGGGTACAGT

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DS 

RD RR3G272TF 672 0 0
GG
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TGATTTTTGCCAATCCGATGCAATACCGGTCGAGAAACGTCCGTTACGATCATCGTCAAA
TTCCAAACCGTCGAGTCTCAACTCAAGCGTCGATTTCGATTTCTGCATTCCCGGCGGCGT
AACCTCCGGCGAGAGCTTCGACCAAGGCTCTTGGTCCGCCGACGAGCTCTTCCGCAACGG
TAAAATCTTGCCGACCGAGATCAAGAAGAAGAAGAAACCCGAATCACCACCGCC*ACCCG
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ATACAAGAAAACCGAGAAAACCGGTTGAAGTAGACGAAGATGACGTCGTCGTAACGGAGG
AGAAACCGAGTACGAAGTCGTTTTGGGGGTTTAAGAGGAGTAGCAGTTTAAATTGCGGGA
GCAGTTACGGACGGAGTTTATGTCCGTTACCGTTACTAAACCGGAGCAATTCGACCGGTT
CGACTTCTAGTAAACCGAAACAGAGCTCGAGGAAACACGCAACGGAGCATATAAAGCTAC
AACAGTCGTCATCGTTATCATCTTCATCTTCTTGTTCATCGAGTAACAGTAGCTTCCAGA
AACCGCCGTT

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR3AT04TF 747 0 0
GG
GCCTTCCCCTTATTCTTCTCTCCACGTCTCTCTCTCTTT*CTGCAGAAACATTCAACAAC
TCTCACGATGATGGCGGTGGATCTTCTATCGGAAAACTCTAACATGAGTCCAAGAATCTC
GTTCTCTCGTGATTTCTGCCAATCCGATGCAATACCCGTCGAGAAACGTCCGTTACGATC
ATCGTCCAGTTCCAAACCGTCGAGTCTCAATTCAAGCGCCGATTTCGATTTCTGCATTCC
CGGCGGCGTGACCTCCGGCGAGAGCTTCGACCAAGGCTCTTGGTCCGCCGACGAGCTCTT
CCGCAACGGTAAAATCTTGCCGACCGAGATCAAGAAGAAGAAGAAACCCGAATCACCACC
ACC*ACCCGAGAATCGCAAACCGGGTGAAAAAGCTTCCGATACCGGTCCACCCGAACCGT
CTAAACCGGGTACAAGAAAACCGAGAAAACCGGTTGAAGTAGACGAAGATGACGCCGTCG
TAACGGAGGAGAAACCGAGTACGAAGTCGTTTTGGGGGTTTAAGAGGAGTAGCAGTTTAA
ACTGCGGGAGCAGTTACGGACGGAGTTTATGTCCGTTACCGTTACTAAACCGGAGCAATT
CGACCGGTTCGACTTCCAGTAAACCGAAACAGAGCTCTAGGAAACACGCAACAGAGCATA
TAAAGCTA**ACAGTCGTCCTCGTTGTCATCTTCATCTTCTTGTTCATCGAGTAACAGTA
GCTTTCAGAAACCGCCATTGAAGAA

QA 3 747 3 747
DS 

RD RR3GZ85TF 789 0 0
GGATCGTTC
CGCCTTCCCCTTATTCTTCTCTCCACGTCTCTCTCTCTTT*CTGCAGAAACATTCAACAA
CTCTCACGATGATGGCGGTGGATCTTCTATCGGAAAACTCTAACATGAGTCCAAGAATCT
CGTTCTCTCGTGATTTCTGCCAATCCGATGCAATACCCGTCGAGAAACGTCCGTTACGAT
CATCGTCCAGTTCCAAACCGTCGAGTCTCAATTCAAGCGTCGATTTCGATTTCTGCATTC
CCGGCGGCGTGACCTCCGGCGAGAGCTTCGACCAAGGCTCTTGGTCCGCCGACGAGCTCT
TCCGCAACGGTAAAATCTTGCCGACCGAGATCAAGAAGAAGAAGAAACCCGAATCACCAC
CACC*ACCCGAGAATCGCAAACCGGGTGAAAAAGCTTCCGATACCGGTCCACCCGAACCG
TCTAAACCGGGTACAAGAAAACCGAGAAAACCGGTTGAAGTAGACGAAGATGACGCCGTC
GTAACGGAGGAGAAACCGAGTACGAAGTCGTTTTGGGGGTTTAAGAGGAGTAGCAGTTTA
AACTGCGGGAGCAGTTACGGACGGAGTTTATGTCCGTTACCGTTACTAAACCGGAGCAAT
TCGACCGGTTCGACTTCCAGTAAACCGAAACAGAGCTCTAGGAAACACGCAACAGAGCAT
ATAAAGCTACAACAGTCGTCCTCGTTGTCATCTTCATCTTCTTGTTCATCGAGTAACAGT
AGCTTTCAGAAACCGCCATTGAAGAAGAACTACGGAGGCTACAGTTACGG*AGCCATGGA

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DS 

RD RR3B180TF 738 0 0
G
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TCGTTCTCTCGTGATTTCTGCCAATCCGATGCAATACCCGTCGAGAAACGTCCGTTACGA
TCATCGTCCAGTTCCAAACCGTCGAGTCTCAATTCAAGCGTCGATTTCGATTTCTGCATT
CCCGGCGGCGTGACCTCCGGCGAGAGCTTCGACCAAGGCTCTTGGTCCGCCGACGAGCTC
TTCCGCAACGGTAAAATCTTGCCGACCGAGATCAAGAAGAAGAAGAAACCCGAATCACCA
CCACC*ACCCGAGAATCGCAAACCGGGTGAAAAAGCTTCCGATACCGGTCCACCCGAACC
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CGTAACGGAGGAGAAACCGAGTACGAAGTCGTTTTGGGGGTTTAAGAGGAGTAGCAGTTT
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TTCGACCGGTTCGACTTCCAGTAAACCGAAACAGAGCTCTAGGAAACACGCAACAGAGCA
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TAGCTTTCAGAAACCGCCATTGAAGAAGAACTACGGAGGCTACAGTTACGGGAGCCATGG
AAGTGGAACTAG
TGAGT

QA 2 733 2 733
DS 

RD RR3AT04JQ 587 0 0
ACCC
CCACCCGAGAATCGCAAACCGGGTGAAAAAGCTTCCGATACCGGTCCACCCGAACCGTCT
AAACCGGGTACAAGAAAACCGAGAAAACCGGTTGAAGTAGACGAAGATGACGCCGTCGTA
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TGCGGGAGCAGTTACGGACGGAGTTTATGTCCGTTACCGTTACTAAACCGGAGCAATTCG
ACCGGTTCGACTTCCAGTAAACCGAAACAGAGCTCTAGGAAACACGCAACAGAGCATATA
AAGCTA**ACAGTCGTCCTCGTTGTCATCTTCATCTTCTTGTTCATCGAGTAACAGTAGC
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GGAACTAGAGTGAGTCCGGTTATAAACATGGTTCCATCTGGGAACTTGTTTGGTTTGGGT
TCTCTATTCTCTGGAAACGGAAGAGACAAGAATAAGAAGAGATAGGTTTGGTTTTGATTC
GGTAAGCGAGATATTATTCCTGGGTTTACTGTTTGATCCTGCT

QA 5 587 5 587
DS 

RD RR3FF32JQ 746 0 0
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AAAAGCTTCCGATACCGGTCCACCCGAACCGTCTAAACCGGGTACAAGAAAACCGAGAAA
ACCGGTTGAAGTAGACGAAGATGACGCCGTCGTAACGGAGGAGAAACCGAGTACGAAGTC
GTTTTGGGGGTTTAAGAGGAGTAGCAGTTTAAACTGCGGGAGCAGTTACGGACGGAGTTT
ATGTCCGTTACCGTTACTAAACCGGAGCAATTCGACCGGTTCGACTTCCAGTAAACCGAA
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CATGGTTCCATCTGGGAACTTGTTTGGTTTGGGTTCTCTATTCTCTGGAAACGGAAGAGA
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TACTGTTTGATCCTGCTTCTTCTTCCTTCTTCTCTGTTTCTTTCTCTGAAACTCTGAAGA
TTTTCTGACAGTGTGTTTTGTGGGTCCTATTGCCAACATCTTTGTGTCATTTTTTAGATT
GTTGTGGTGTAATTGTTTTTT
GTTGG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3AG44JQ 739 0 0
CCGGATA
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AACCGGTTGAAGTAGACGAAGATGACGTCGTCGTAACGGAGGAGAAACCGAGTACGAAGT
CGTTTTGGGGGTTTAAGAGGAGTAGCAGTTTAAATTGCGGGAGCAGTTACGGACGGAGTT
TATGTCCGTTACCGTTACTAAACCGGAGCAATTCGACCGGTTCGACTTCTAGTAAACCGA
AACAGAGCTCGAGGAAACACGCAACGGAGCATATAAAGCTACAACAGTCGTCATCGTTAT
CATCTTCATCTTCTTGTTCATCGAGTAACAGTAGCTTCCAGAAACCGCCGTTGAAGAAGA
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ACATGGTTCCATCTGGGAACTTGTTTGGTTTGGGTTCTCTATTCTCTGGAAATGGAAGAG
ACAAGAATAAGAAGAGATAGGTTTGGTTCTGATTTGGTAAGAGAGATATTATTCCTGGGT
TTACTGTTTGATCCTGCTTCTTC***CTTCTTCTCTGTTTCTTTCTCTGAAACTCCGAAG
ATTTTCTGACAGTGTGTTTTGTGGGTCCTATTGCCAACCTCTTTGTGTCATTTTTTAGAT
TGTTGTGGTGTAATTGTTTTTTTGTTTGATTTGTTAGTTTGTCTTCTATCAATGTTTAAT
TCTAGATTTTAT

QA 8 739 8 739
DS 

RD RR3GZ85JQ 683 0 0
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AGTCGTTTTGGGGGTTTAAGAGGAGTAGCAGTTTAAACTGCGGGAGCAGTTACGGACGGA
GTTTATGTCCGTTACCGTTACTAAACCGGAGCAATTCGACCGGTTCGACTTCCAGTAAAC
CGAAACAGAGCTCTAGGAAACACGCAACAGAGCATATAAAGCTACAACAGTCGTCCTCGT
TGTCATCTTCATCTTCTTGTTCATCGAGTAACAGTAGCTTTCAGAAACCGCCATTGAAGA
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TAAACATGGTTCCATCTGGGAACTTGTTTGGTTTGGGTTCTCTATTCTCTGGAAACGGAA
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GGTTTACTGTTTGATCCTGCTTCTTCTTCCTTCTTCTCTGTTTCTTTCTCTGAAACTCTG
AAGATTTTCTGACAGTGTGTTTTGTGGGTCCTATTGCCAACATCTTTGTGTCATTTTTTA
GATTGTTGTGGTGTAATTGTTTTTT*GTTTGATTTGTTAGTTTGTCTTCTATCAATGTTT
AATTCTAGATTTTATATTGAGAA

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DS 

RD RR3G272JQ 619 0 0
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TTTATGTCCGTTACCGTTACTAAACCGGAGCAATTCGACCGGTTCGACTTCTAGTAAACC
GAAACAGAGCTCGAGGAAACACGCAACGGAGCATATAAAGCTACAACAGTCGTCATCGTT
ATCATCTTCATCTTCTTGTTCATCGAGTAACAGTAGCTTCCAGAAACCGCCGTTGAAGAA
GAACTACGGAGGGTACAGTTACGGAAGCCATGGAAGTGGAACTAGAGTGAGTCCGGTTAT
AAACATGGTTCCATCTGGGAACTTGTTTGGTTTGGGTTCTCTATTCTCTGGAAATGGAAG
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GTTTACTGTTTGATCCTGCTTCTTC***CTTCTTCTCTGTTTCTTTCTCTGAAACTCCGA
AGATTTTCTGACAGTGTGTTTTGTGGGTCCTATTGCCAACCTCTTTGTGTCATTTTTTAG
ATTGTTGTGGTGTAATTGTTTTTTTGTTTGATTTGTTAGTTTGTCTTCTATCAATGTTTA
ATTCTAGATTTTAT
ATTCC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 2 8

CO CL292Contig1 873 5 16 U
GGAATTTCTAGGGTTTTGCAACACAGAATCGCCGAACGAATCCAACGCCATCATGGGACG
AAGACCTGCGAGATGCTACCGTCAGATCAAGGGGAAGCCCTACCCAAAATCCCGCTACTG
CCGCGGAGTCCCCGACCCCAAGATCCGAATCTACGACGTCGGGATGAGGAAGAAAGGAGT
CGACGAGTTCCCTTTCTGCGTCCACCTCGTCTCCTGGGAGAAAGAAAACGTCTCCAGCGA
AGCCCTCGAGGCCGCGCGTATCGCCTGCAACAAGTACATGGTGAAATCCGCAGGGAAAGA
CGCCTTCCACTTGAGGATTAGGGTTCACCCTTTCCATGTGTTGCGTATCAACAAGATGCT
TTCGTGCGCCGGAGCCGATAGGCTTCAGACTGGTATGAGAGGCGCCTTCGGTAAGGCGCT
GGGGACTTGCGCTAGGGTTGCGATTGGGCAGGTGCTTTTGTCTGTGAGGTGTAAGGATAA
CCATGGGGCTCATGCTCAGGAGGCGTTGAGGAGGGCGAAGTTTAAGTTCCCTGGGCGTCA
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GCTGAGACAGGTTAAGAGGATTGTTCCTGATGGTGTCAATGCTAAGTTTCTGTCGAACCA
TGGTCCTTTGGCTAACCGTCAACCTGGAAGTGCGTTCATATCAGCAACCAGCGATTAAGA
ATGAAGATGATTTGTGGTTGTAGTACCGATAATACTCTAGTTTCCGAAGTTATTCGTTTT
GTTTTTGTTGTAACAGTTGAAAACAAGATACTTGTCTGGTTTCGTTTTGTTTGGACAATT
GTTTTATGGTCTGTTTCTGTGTTCATCGCTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
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AF RR3FV81TF U 35
AF RR3AH19TF U 1
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AF RR3DZ55TF U 136
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BS 601 776 RR3AH19TF
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CGCTACTGCCGCGGAGTCCCCGACCCCAAGATCCGAATCTACGACGTCGGGATGAAGAAG
AAAGGAGTCGACGAGTTCCCTTTCTGCGTCCAC

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TTCGTGCGCCGGAGCCGATAGGCTTCAGACTGGTATGAGAGGCGCCTTTGGTAAGGCGCT
GGGGACTTGCGCTAGGGTTGCGATTGGGCAGGTGCTTTTGTCTGTGAGGTGTAAGGATAA
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GCTGAGACAGGTTAAGAGGATTGTTCCTGATGGTGTCAATGCTAAGTTTCTGTCGAACCA
TGGTCCTTTGGCTAACCGTCAACCTGGAAGTGCGTTCATATCAGCAACCAGCGATTAAGA
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TTCCACTTGAGGATTAGGGTTCACCCTTTCCATGTGTTGCGTATCAACAAGATGCTTTCG
TGCGCCGGAGCCGATAGGCTTCAGACTGGTATGAGAGGCGCCTTTGGTAAGGCGCTGGGG
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GGGGCTCATGCTCAGGAGGCGTTGAGGAGGGCGAAGTTTAAGTTCCCTGGGCGTCAGAAG
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TATGGTCTGTTTCTGTGTT
C

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G
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AGGATTGTTCCTGATGGTGTCAATGCTAAGTTTCTGTCGAACCATGGTCCTTTGGCTAAC
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GTTGTAGTACCGATAATACTCTAGTTTCCGAAGTTATTCGTTTTGTTTT*GTTGTAACAG
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CTGTGTTCATCGCTTTA

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DS 

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CGCTGGGGACTTGTGCTAGGGTTGCGATTGGGCAGGTGCTTTTGTCTGTGAGGTGTAAGG
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*TTTGTTTTTGTTGTAACAGTTGAAAACAAGATACTTGTCTGGTTTCGTTTTGTTTGGAC
AATTGTTTTATGGTCTGTTTCTGTGTT
T

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DS 



CO CL292Contig2 828 3 4 U
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AAGGGCAAACCCTACCCAAAATCCCGCTACTGCCGCGGAGTCCCCGACCCCAAGATCCGA
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GTCTCCTGGGAGAAGGAGAACGTCTCCAGCGAAGCCCTCGAGGCCGCTCGTATCGCCTGC
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CCTTTCCATGTGTTGCGTATCAACAAGATGCTTTCGTGCGCTGGAGCTGATAGGCTTCAG
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ATGGTTTCATTTTGCTATGACAATTGCTTTTTAAGTTCAGTTTATGGA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H326TF U 1
AF RR3AP23TF U 1
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TAGTTTCTGAATA

QA 10 742 10 742
DS 

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AAGGGCAAACCCTACCCAAAATCCCGCTACTGCCGCGGAGTCCCCGACCCCAAGATCCGA
ATCTACGACGTCGGGATGAAGAAAAAGGGAGTCGACGAGTTCCCCTTCTGCGTCCACCTC
GTCTCCTGGGAGAAGGAGAACGTCTCCAGCGAAGCCCTCGAGGCCGCTCGTATCGCCTGC
AACAAGTACATGGTGAAATCCGCCGGGAAAGACGCTTTTCACTTGAGGATTAGGGTTCAC
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CAGGTGCTTTTGTCTGTTAGGTGTAAGGATAACCATGGGGCTCATGCTCAGGAGGCTCTT
AGGAGGGCTAAGTTTAAGTTCCCTGGTCGTCAGAAGATCATTGTTAGCAGGAAATGGGGT
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GATGGTGTCAATGCTAAGTTTCTGTCGAACCATGGTCGTTTGGCTAACCGTCAACCTGGA
AGCGCCTTCATTTCAGCCACCAGCGATTAAAGATGGAGATGATTTTTGGTTGTAGAACCT
ATCATCATCTAGTTTCTGAATATCTTTTTGTTTTGTTTTCGTTGTAACAA*GATCCTATT
ATGGTTTCATTTTGCTATGACA
ATTGCTT

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3AP23JQ 659 0 0
GCGTCCACCTCGTCTCCTGGGAGAAGGAGAACGTCTCCAGCGAAGCCCTCGAGGCCGCTC
GTATCGCCTGCAACAAGTACATGGTGAAATCCGCCGGGAAAGACGCTTTTCACTTGAGGA
TTAGGGTTCACCCTTTCCATGTGTTGCGTATCAACAAGATGCTTTCGTGCGCTGGAGCTG
ATAGGCTTCAGACTGGTATGAGAGGTGCGTTCGGGAAGGCTTTGGGGACTTGCGCTAGGG
TTGCGATTGGGCAGGTGCTTTTGTCTGTTAGGTGTAAGGATAACCATGGGGCTCATGCTC
AGGAGGCTCTTAGGAGGGCTAAGTTTAAGTTCCCTGGTCGTCAGAAGATCATTGTTAGCA
GGAAATGGGGTTTCACTAAGTTCAACCGTGCTGACTACACGAGGCTGAGACAGTCGAAGA
GGATTGTTCCTGATGGTGTCAATGCTAAGTTTCTGTCGAACCATGGTCGTTTGGCTAACC
GTCAACCTGGAAGCGCCTTCATTTCAGCCACCAGCGATTAAGGATGGAGATGATTTTTGG
TTGTAGAACCTATCATCATCTAGTTTCTGAATATCTTTTTGTTTTGTTTTCGTTGTAACA
AAGATCCTATTATGGTTTCATTTTGCTATGACAATTGCTTTTTAAGTTCAGTTTATGGA

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 9

CO CL293Contig1 1010 9 9 U
TGTGAATTTTATAAAGACAGCCATTAAACATTTTATAAAGATAACCAATTAACACGATGT
CTCGCTTAAGAACGGCATAATACAACAACATAAAACACACATAGATGCTAGGTGCTTTTT
TTTGGGGCAACAAGATGATAGGTGCTTATATAAGTAGTTTTAGGTTAAAATTGCGGACAG
AGAATCGGCGAGGGAGACGATGGTGGACGGTGAAACTCCTCTACTTCCAGACAAGTACCA
CTTCTGCATCATCCCCACCACATTAGCATTCTCTACTTTCAATTTCTCCTCTTCTTTACC
TTCCGTCTCAAATCCGATCTCGCAAATGCCATCTTTGGCTGAGAAACGGTAAGTAATGAT
AGAATGAGTCTTGAAGTACTTAGACTGAAAAAATCCAACAACTTTCTCGAGCTCGGTTTC
TTCTTCCTCCTCGTACTTATCCTCAGCAGCCAAACGATCTCTCACCGCATTCTCTAGCTG
CACTCCGTACTGAGCTCCTTTTATTTCTTTTATCACCACCACTCTTATAACTTTCTCAAT
CTCCCCGGAGGCCAGGGCGTCGAAGAAGTCGTCATCGCCGGCGAGATCCTTTCCGGTCTT
GCCTTTCCATTTGTCAAGATGGGTTTTAACATCTGATGGATCTAAGTAAACTCCTATGGC
CGTGAACTTCACTTGGAGAAAATGGATCTCGATGTCAGTGATGCCTTGTCCAAGAAGAGA
GAGGGGCTTGGAAGTGATGATCTGTGGAGGAAAAGGAACCTCGTGAACCATTACCATCTC
TGTTCCCATTTCTTTTTTTATTTTGTGTGCTTGAGGTTGAGAGTGTAGATGTTTACAAGC
AGCTAGTTTGATATTCAGTTTTTATGATCTTGCAGAAATGATTCATATAACGTTTAATGT
GGAATATCTATATAGCAAGCAAGAGACTGGTGGTAGGTAACACATTTTTTTGCTAACGTT
CAAAGATTGTGATCTAAATGAAAATGCATTCTTTTTCTTATTAGGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 10 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 40 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ95JQ U 4
AF RR3B391JQ U 1
AF RR3FP70JQ U 16
AF RR3CS78JQB U 206
AF RR3CT38JQB U 206
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AF RR3B391TF C 128
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BS 1 483 RR3B391JQ
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BS 485 708 RR3B391JQ
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BS 710 720 RR3B391JQ
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BS 1003 1010 RR3FP70TF

RD RR3FZ95JQ 542 0 0
GAATTTT
ATAAAGACAGCCATTAAACATTTTATAAAGATAACCAATTAACACGATGTCTCGCTTAAG
AACGGCATAATA**ACAACATAAAACACACATAGATGCTAGGTGCTTTTTTTTGGGGCAA
CAAGATGATAGGTGCTTATATAAGTAGTTTTAGGTTAAAACTGCGGACAGAGAATCGGCG
AGGGAGACGATGGTGGACGGTGAAACTCCTCTACTTCCAGACAAGTACCACTTCTGCATC
ATCCCCACCACATTAGCATTCTCTACTTTCAATTTCTCCTCTTCTTTACCTTCCGTCTCA
AATCCGATCTCGCAAATGCCATCTTTGGCTGAAAAACGGTAAGCAATGATAGAATGAGTC
TTGAAGTACTTAGACTGAAAAAATCCAACAACTTTCTCGAGCTCGGTTTCTTCTTCCTCC
TCGTACTTATCCTCAGCAGCCAAACGATCTCTCACCGCATTCTCTAGCTGCACTCCGTAC
TGTGCTCCTTTTATTTCTTTTATCACCACCACTCTTATAACTTTCTCAATCTCCC

QA 8 542 8 542
DS 

RD RR3B391JQ 720 0 0
TGTGAATTTTATAAAGACAGCCATTAAACATTTTATAAAGATAACCAATTAACACGATGT
CTCGCTTAAGAACGGCATAATACAACAACATAAAACACACATAGATGCTAGGTGCTTTTT
TTTGGGGCAACAAGATGATAGGTGCTTATATAAGTAGTTTTAGGTTAAAATTGCGGACAG
AGAATCGGCGAGGGAGACGATGGTGGACGGTGAAACTCCTCTACTTCCAGACAAGTACCA
CTTCTGCATCATCCCCACCACATTAGCATTCTCTACTTTCAATTTCTCCTCTTCTTTACC
TTCCGTCTCAAATCCGATCTCGCAAATGCCATCTTTGGCTGAGAAACGGTAAGTAATGAT
AGAATGAGTCTTGAAGTACTTAGACTGAAAAAATCCAACAACTTTCTCGAGCTCGGTTTC
TTCTTCCTCCTCGTACTTATCCTCAGCAGCCAAACGATCTCTCACCGCATTCTCTAGCTG
CACCCCGTACTGAGCTCCTTTTATTTCTTTTATCACCACCACTCTTATAACTTTCTCAAT
CTCCCCGGAGGCCAGGGCGTCGAAGAAGTCGTCATCGCCGGCGAGATCCTTTCCGGTCTT
GCCTTTCCATTTGTCAAGATGGGTTTTAACATCTGATGGATCTAAGTAAACTCCTATGGC
CGTGAACTTCACTTGGAGAAAATGGATCTCGATGTCAGTGATGCCTTGGCCAAGAAGAGA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3FP70JQ 734 0 0
GACAGCCATTAAACATTTTATAAAGATAACCAATTAACACGATGTCTCGCTTAAGAACGG
CATAATACAACAACATAAAACACACATAGATGCTAGGTGCTTTTTTTTGGGGCAACAAGA
TGATAGGTGCTTATATAAGTAGTTTTAGGTTAAAATTGCGGACAGAGAATCGGCGAGGGA
GACGATGGTGGACGGTGAAACTCCTCTACTTCCAGACAAGTACCACTTCTGCATCATCCC
CACCACATTAGCATTCTCTACTTTCAATTTCTCCTCTTCTTTACCTTCCGTCTCAAATCC
GATCTCGCAAATGCCATCTTTGGCTGAAAAACGGTAAGTAATGATAGAATGAGTCTTGAA
GTACTTAGACTGAAAAAATCCAACAACTTTCTCGAGCTCGGTTTCTTCTTCCTCCTCGTA
CTTATCCTCAGCAGCCAAACGATCTCTCACCGCATTCTCTAGCTGCACTCCGTACTGAGC
TCCTTTTATTTCTTTTATCACCACCACTCTTATAACTTTCTCAATCTCCCCGGAGGCCAG
GGCGTCGAAGAAGTCGTCATCGCCGGCGAGATCCTTTCCGGTCTTGCCTTTCCATTTGTC
AAGATGGGTTTTAACATCTGATGGATCTAAGTAAACTCCTATGGCCGTGAACTTCACTTG
GAGAAAATGGATCTCGATGTCAGTGATGCCTTGTCCAAGAAGAGAGAGGGGCTTGGAAGT
GATGATCTGTGGAG

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3CS78JQB 545 0 0
GACGGGGAAACTCCTCTACTTCCAGACAAGTACCACTTCTGCATCATCCCCACCGCATTA
GCATTCACTACTTTCAATTTCTCCTCTTCTTTACCTTCCGTCTCAAATCCGATCTCGCAA
AAGCCATCTTTGGCTGAAAAACGGTAAGTAATGATAGAATGAGTCTTGAAGTACTTAGAC
TGAAAAAATCCAACAACTTTCTCGAGCTCAGTTTCTTCTTCCTCCTCGTACTTATCCTCA
GCAGCCAAACGATCTCTCACCGCATTCTCTAGCTGCACTCCGTACTGAGTTCCTTTTATT
TCTTTTATCACCACCACTCTTATAACTTTCTCAATCTCCCCGGAGGCCAGGGCGTCGAAA
AAGTCGTCATCGCCGGCGAGATCCTTTCCGGTCTTGCCTTTCCATTTGTCAAGATGG*TT
TTAACATCTGATGGATCTAAGTAAACTCCTATGGCCGTGAACTTCACTTGGAGAAAATGG
ATCACGATGTCAGTGATGCCTTGTCCAAGAAGGGAGAGGGGCTTGGAAGTGATGATCTGT
GGAGG

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3CT38JQB 575 0 0
GACGGGGAAACTCCTCTACTTCCAGACAAGTACCACTTCTGCATCATCCCCACCACATTA
GCATTCACTACTTTCAATTTCTCCTCTTCTTTACCTTCCGTCTCAAATCCGATCTCGCAA
ATGCCATCTTTGGCTGAAAAACGGTAAGTAATGATAGAATGAGTCTTGAAGTACTTAGAC
TGAAAAAATCCAACAACTTTCTCGAGCTCGGTTTCTTCTTCCTCCTCGTACTTATCCTCA
GCAGCCAAACGATCTCTCACCGCATTCTCTAGCTGCACTCCGTACTGAGCTCCTTTTATT
TCTTTTATCACCACCACTCTTATAACTTTCTCAATCTCCCCGGAGGCCAGGGCGTCGAAG
AAGTCGTCATCGCCGGCGAGATCCTTTCCGGTCTTGCCTTTCCATTTGTCAAGATGGGTT
TTAACATCTGATGGATCTAAGTAAACTCCTATGGTCGTGAACTTCACTTGGAGAAAATGG
ATCTCGATGTCAGTGATGCCTTGTCCAAGAAGGGAGAGGGGCTTGGAAGTGATGATCTGT
GGAGGAAAAGGA*CCTCGTGAAC*ATTACCATCTC

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR3F068JQ 801 0 0
ATAAA
GACAGCCATTAAACATTTTATAAAGATAACCAATTAACACGATGTCTCGCTTAAGAACGG
CATAATACAACAACATAAAACACACATAGATGCTAGGTGCTTTTTTTTGGGGCAACAAGA
TGATAGGTGCTTATATAAGTAGTTTTAGGTTAAAACTGCGGACAGAGAATCGGCGAGGGA
GACGATGGTGGACGGTGAAACTCCTCTACTTCCAGACAAGTACCACTTCTGCATCATCCC
CACCACATTAGCATTCTCTACTTTCAATTTCTCCTCTTCTTTACCTTCCGTCTCAAATCC
GATCT*GCAAATGCCATCTTTGGCTGAGAAACGGTAAGTAATGATAGAATGAGTCTTGAA
GTACTTAGACTGAAAAAATCCAACAACTTTCTCGAGCTCGGTTTCTTCTTCCTCCTCGTA
CTTATCCTCAGCAGCCAAACGATCTCTCACCGCATTCTCTAGCTGCACTCCGTACTGAGC
TCCTTTTATTTCTTTTATCACCACCACTCTTATAACTTTCTCAATCTCCCCGGAGGCCAG
GGCGTCGAAAAAGTCGTCATCGCCGGCGAGATCCTTTCCGGTCTTGCCTTTCCATTTGTC
AAGATGGGTTTTAACATCTGATGGATCTAAGTAAACTCCTATGGCCGTGAACTTCACTTG
GAGAAAATGGATCTCGATGTCAGTGATGCCTTGTCCAAGAAGAGAGAGGGGCTTGGAAGT
GATGATCTGTGGAGGAAAAGGAACCTCGTGAACCATTACCATCTCTGTTCCCATTTCTTT
TTTTATTTTGTGTGCT

QA 6 801 6 801
DS 

RD RR3B391TF 759 0 0
CAACAAGATGATAGGTGCTTATATAAGTAGTTTTAGGTTAAAATTGCGGACAGAGAATCG
GCGAGGGAGACGATGGTGGACGGTGAAACTCCTCTACTTCCAGACAAGTACCACTTCTGC
ATCATCCCCACCACATTAGCATTCTCTACTTTCAATTTCTCCTCTTCTTTACCTTCCGTC
TCAAATCCGATCTCGCAAATGCCATCTTTGGCTGAGAAACGGTAAGTAATGATAGAATGA
GTCTTGAAGTACTTAGACTGAAAAAATCCAACAACTTTCTCGAGCTCGGTTTCTTCTTCC
TCCTCGTACTTATCCTCAGCAGCCAAACGATCTCTCACCGCATTCTCTAGCTGCACCCCG
TACTGAGCTCCTTTTATTTCTTTTATCACCACCACTCTTATAACTTTCTCAATCTCCCCG
GAGGCCAGGGCGTCGAAGAAGTCGTCATCGCCGGCGAGATCCTTTCCGGTCTTGCCTTTC
CATTTGTCAAGATGGGTTTTAACATCTGATGGATCTAAGTAAACTCCTATGGCCGTGAAC
TTCACTTGGAGAAAATGGATCTCGATGTCAGTGATGCCTTGGCCAAGAAGAGAGAGGGGC
TTGGAAGTGATGATCTGTGGAGGAAAAGGAACCTCGTGAACCATTACCATCTCTGTTCCC
ATTTCTTTTTTAATTTTGTGTGCTTGAGGTTGAGAGTGTAGATGTTTACAAGCAGCTAGT
TTGATATTCAGTTTTTATGATCTTGCAGAAATG
ATTCCC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3FZ95TF 690 0 0
CGATCTCGCAAATGCCATCTTTGGCTGAGAAACGGTAAGCAATGATAGAATGAGTCTTGA
AGTACTTAGACTGAAAAAATCCAACAACTTTCTCGAGCTCGGTTTCTTCTTCCTCCTCGT
ACTTATCCTCAGCAGCCAAACGATCTCTCACCGCATTCTCTAGCTGCACTCCGTACTGTG
CTCCTTTTATTTCTTTTATCACCACCACTCTTATAACTTTCTCAATCTCCCCGGAGGCCA
GGGCGTCGAAGAAGTCGTCATCGCCGGCGAGATCCTTTCCGGTCTTGCCTTTCCATTTGT
CAAGATGGGTTTTAACATCTGATGGATCTAAGTAAACTCCTATGGCCGTGAACTTCACTT
GGAGAAAATGGATCTCGATGTCAGTGATGCCTTGTCCAAGAAGAGAGAGGGGCTTGGAAG
TGATGATCTGTGAAGGGAAAGGAACCTCGTGAACCATTACCATCTCTGTTCCCATTTCTT
TTTTTATTTTGTGTGCTTGAGGTTGAGAGTGTAGATGTTTACAAGCAGCTAGTTTGATAT
TCAGTTTTTATGATCTTGCAGAAATGATTCATATAACGTTTAATGTGGAATATCTATATA
GCAAGCAAGAGACTGGTGGTAGGTAACACATTTTTTTGCTAACGTTCAAAGATTGTGATC
TAAATGAAAATGCATTCTTTTTCTTATT
CC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3FP70TF 692 0 0
CTCGCAAATGCCATCTTTGGCTGAGAAACGGTAAGTAATGATAGAATGAGTCTTGAAGTA
CTTAGACTGAAAAAATCCAACAACTTTCTCGAGCTCGGTTTCTTCTTCCTCCTCGTACTT
ATCCTCAGCAGCCAAACGATCTCTCACCGCATTCTCTAGCTGCACTCCGTACTGAGCTCC
TTTTATTTCTTTTATCACCACCACTCTTATAACTTTCTCAATCTCCCCGGAGGCCAGGGC
GTCGAAGAAGTCGTCATCGCCGGCGAGATCCTTTCCGGTCTTGCCTTTCCATTTGTCAAG
ATGGGTTTTAACATCTGATGGATCTAAGTAAACTCCTATGGCCGTGAACTTCACTTGGAG
AAAATGGATCTCGATGTCAGTGATGCCTTGTCCAAGAAGAGAGAGGGGCTTGGAAGTGAT
GATCTGTGGAGGAAAAGGAACCTCGTGAACCATTACCATCTCTGTTCCCATTTCTTTTTT
AATTTTGTGTGCTTGAGGTTGAGAGTGTAGATGTTTACAAGCAGCTAGTTTGATATTCAG
TTTTTATGATCTTGCAGAAATGATTCATATAACGTTTAATGTGGAATATCTATATAGCAA
GCAAGAGACTGGTGGTAGGTAACACATTTTTTTGCTAACGTTCAAAGATTGTGATCTAAA
TGAAAATGCATTCTTTTTCTTATTAGGTGTCC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 2 9

CO CL294Contig1 479 6 6 U
GGATCCACTTATCGTTTAAAACCTTCATCAAGACAAAAAACAACTTCTAGAGAAAATGTC
TTGCTGCGGAGGAAACTGTGGTTGCGGAGCTGGCTGCAAGTGCGTTGGTTGCGGAGGTTG
CAAAATGTACCCAGACTTGGGTTTTTCCGGCGAGATGACCACCACCGAGACTGTTGTCCT
CGGCGTTGCTCCGGCGATGAACTCTCAGTACGAGGCTTCCGGTGAGACTTTCGTCTCCGA
GAACGATGCCTGCAAATGTGGATCTGACTGCAAGTGCAACCCTTGCACCTGCAAATGAAG
AATCATATAAAACCCTAAGAGTCTGGATGTTGTGTAATAATGGCTCTGATTTCTCCGGTT
GTTTTGCCGGCGACATGAGTCTTGTTCTTCTGTGTGTGTGTTTATGGTTTGGTCATAAGA
TATCTCTGTAAGTTGTATCTCTGTGACTATATATATAAACCAAAATTATTATGGGTTTT


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 10 

AF RR3FZ64JQ C 1
AF RR3DP34TF U 1
AF RR3DP34JQ C 1
AF RR3ET60JQ C 1
AF RR3FZ64TF U 258
AF RR3ET60TF U 1
BS 1 144 RR3DP34TF
BS 145 145 RR3DP34JQ
BS 146 356 RR3DP34TF
BS 357 476 RR3FZ64TF
BS 477 477 RR3ET60TF
BS 478 479 RR3DP34JQ

RD RR3FZ64JQ 149 0 0
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TTGCTGCGGAGGAAACTGTGGTTGCGGAGCTGGCTGCAAGTGCGTTGGTTGCGGAGGTTG
CAAAATGTACCCAGACTTGGGTTTTTCCG

QA 1 149 1 149
DS 

RD RR3DP34TF 359 0 0
GGATCCACTTATCGTTTAAAACCTTCATCAAGACAAAAAACAACTTCTAGAGAAAATGTC
TTGCTGCGGAGGAAACTGTGGTTGCGGAGCTGGCTGCAAGTGCGTTGGTTGCGGAGGTTG
CAAAATGTACCCAGACTTGGGTTTCTCCGGCGAGATGACCACCACCGAGACTGTTGTCCT
CGGCGTTGCTCCGGCGATGAACTCTCAGTACGAGGCTTCCGGTGAGACTTTCGTCTCCGA
GAACGATGCCTGCAAATGTGGATCTGACTGCAAGTGCAACCCTTGCACCTGCAAATGAAG
AATCATATAAAACCCTAAGAGTCTGGATGTTGTGTAATAATGGCTCTGATTTCTCC
CGG

QA 1 356 1 356
DS 

RD RR3DP34JQ 479 0 0
GGATCCACTTATCGTTTAAAACCTTCATCAAGACAAAAAACAACTTCTAGAGAAAATGTC
TTGCTGCGGAGGAAACTGTGGTTGCGGAGCTGGCTGCAAGTGCGTTGGTTGCGGAGGTTG
CAAAATGTACCCAGACTTGGGTTTTTCCGGCGAGATGACCCCCACCGAGACTGTTGTCCT
CGGCGTTGCTCCGGCGATGAACTCTCAGTACGAGGCTTCCGGTGAGACTTTCGTTTCCGA
GAACGATGCCTGCAAATGTGGATCTGACTGCAAGTGCAACCCTTGCACCTGCAAATGAAG
AATCATATAAAACCCTAAGAGTCTGGATGTTGTGTAATAATGGCTTTGATTTTTCCGGTT
GTTTTGCCGGCGACATGAGTCTTGTTTTTCTGTGTGTGTGTTTATGGTTTGGTCATAAGA
TATCTCTGTAAGTTGTATCTCTGTGACTATATATATAAACCAAAATTATTATGGGTTTT

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR3ET60JQ 477 0 0
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TTGCTGCGGAGGAAACTGTGGTTGCGGAGCTGGCTGCAAGTGCGTTGGTTGCGGAGGTTG
CAAAATGTACCCAGACTTGGGTTTTTCCGGCGAGATGACCACCACCGAGACTGTTGTCCT
CGGCGTTGCTCCGGCGATGAACTCTCAGTACGAGGCTTCCGGTGAGACTTTCGTTTCCGA
GAACGATGTCTGCAAATGTGGATCTGACTGCAAGTGCAACCCTTGCACCTGCAAATGAAG
AATCATATAAAACCCTAAGAGTCTGGATGTTGTGTAATAATGGCTCTGATTTCTCCGGTT
GTTTTGCCGGCGACATGAGTCTTGTTCTTCTGTGTGTGTGTTTATGGTTTGGTCATAAGA
TATCTCTGTAAGTTGTATCTCTGTGACTATATATATAAACCAAAATTATTATGGGTT

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR3FZ64TF 219 0 0
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AGAGTCTGGATGTTGTGTAATAATGGCTCTGATTTCTCCGGTTGTTTTGCCGGCGACATG
AGTCTTGTTCTTCTGTGTGTGTGTTTATGGTTTGGTCATAAGATATCTCTGTAAGTTGTA
TCTCTGTGACTATATATATAAACCAAAATTATTATGGGT

QA 1 219 1 219
DS 

RD RR3ET60TF 477 0 0
GGATCCACTTATCGTTTAAAACCTTCATCAAGACAAAAA*CAACTTCTAGAGAAAATGTC
TTGCTGCGGAGGAAACTGTGGTTGCGGAGCTGGCTGCAAGTGCGTTGGTTGCGGAGGTTG
CAAAATGTACCCAGACTTGGGTTTCTCCGGCGAGATGACCACCACCGAGACTGTTGTCCT
CGGCGTTGCTCCGGCGATGAACTCTCAGTACGAGGCTTCCGGTGAGACTTTCGTCTCCGA
GAACGATGTCTGCAAATGTGGATCTGACTGCAAGTGCAACCCTTGCACCTGCAAATGAAG
AATCATATAAAACCCTAAGAGTCTGGATGTTGTGTAATAATGGCTCTGATTTCTCCGGTT
GTTTTGCCGGCGACATGAGTCTTGTTCTTCTGTGTGTGTGTTTATGGTTTGGTCATAAGA
TATCTCTGTAAGTTGTATCTCTGTGACTATATATATAAACCAAAATTATTATGGGTT

QA 1 477 1 477
DS 



CO CL294Contig2 539 3 13 U
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AGTGCGTTGGATGCGGAGGTTGCAAAATGTACCCAGACCTGAGCTTCTCCGGCGAGACCA
CCACCACCGAGACTCTCATCCTCGGCGTTGCTCCGTCGATGAACTCTCAGTTCGAGGCTT
CCGGCGAGACTTTCGTTGCCGAGAACGATGCCTGCAAATGCGGATCTGACTGCAAGTGCA
ACCCTTGCACCTGCAAATAGATAACCACATAAACCCCTAAGAGTCTTGCAATAAACCTTT
ATGTTATGTGTAATAACAATGGCTGATTTCTCCGGTTGTTTTGCCGGCGACAGTGAGTCT
TGTTCTTCTGTGTCTGTTGTTATGGTTTGGTCATGAGATATCTCTGTAAGTTTTATCTTT
CTGACTATTAAATAAGCCAAAAATATTATGGGTCTGAGTATTAGTTTCATTCAGATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DQ22TF U 1
AF RR3GB74JQ C 51
AF RR3GB74TF U 47
BS 1 170 RR3DQ22TF
BS 171 171 RR3GB74TF
BS 172 197 RR3DQ22TF
BS 198 198 RR3GB74TF
BS 199 376 RR3DQ22TF
BS 377 377 RR3GB74TF
BS 378 480 RR3DQ22TF
BS 481 481 RR3GB74TF
BS 482 491 RR3DQ22TF
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BS 493 502 RR3DQ22TF
BS 503 503 RR3GB74TF
BS 504 539 RR3DQ22TF

RD RR3DQ22TF 539 0 0
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GCAATTCTCAAGAGAAAATGTCTTGCTGTGGAGGAAACTGTGGTTGCGGAGCTGGCTGCA
AGTGCGTTGGATGCGGAGGTTGCAAAATGTACCCAGACCTGAGCTTCTCCTGCGAGACCA
CCACCACCGAGACTCTCGTCCTCGGCGTTGCTCCGTCGATGAACTCTCAGTTCGAGGCTT
CCGGCGAGACTTTCGTTGCCGAGAACGATGCCTGCAAATGCGGATCTGACTGCAAGTGCA
ACCCTTGCACCTGCAAATAGATAACCACATAAACCCCTAAGAGTCTTGCAATAAACCTTT
ATGTTATGTGTAATAATAATGGCTGATTTCTCCGGTTGTTTTGCCGGCGACAGTGAGTCT
TGTTCTTCTGTGTCTGTTGTTATGGTTTGGTCATGAGATATCTCTGTAAGTTTTATCTTT
GTGACTATTAA*TAAGCCAAAAGTATTATGGGTCTGAGTATTAGTTTCATTCAGATATT

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR3GB74JQ 465 0 0
TTCTATCTTCGCAATTCTCAAGAGAAAATGTCTTGCTGTGGAGGAAACTGTGGTTGCGGA
GCTGGCTGCAAGTGCGTTGGATGCGGAGGTTGCAAAATGTACCCAGACCTGAGCTTCTCC
GGCGAGACCACCACCACCGAGACTCTCATCCTCGGCGTTGCTCCGTCGATGAACTCTCAG
TTCGAGGCTTCCGGCGAGACTTTCGTTGCCGAGAACGATGCCTGCAAATGCGGATCTGAC
TGCAAGTGCAACCCTTGCACCTGCAAATAGATAACCACATAAACCCCTAAGAGTCTTGCA
ATAAACCTTTATGTTATGTGTAATAACAATGGCTGATTTCTCCGGTTGTTTTGCCGGCGA
CAGTGAGTCTTGTTCTTCTGTGTCTGTTGTTATGGTTTGGTCATGAGATATCTCTGTAAG
TTTTATCTTTCTGACTATTAAATAAGCCAAAAATATTATGGGTCT

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR3GB74TF 469 0 0
ATTC
TTCTATCTTCGCAATTCTCAAGAGAAAATGTCTTGCTGTGGAGGAAACTGTGGTTGCGGA
GCTGGCTGCAAGTGCGTTGGATGCGGAGGTTGCAAAATGTACCCAGACCTGAGCTTCTCC
GGCGAGACCACCACCACCGAGACTCTCATCCTCGGCGTTGCTCCGTCGATGAACTCTCAG
TTCGAGGCTTCCGGCGAGACTTTCGTTGCCGAGAACGATGCCTGCAAATGCGGATCTGAC
TGCAAGTGCAACCCTTGCACCTGCAAATAGATAACCACATAAACCCCTAAGAGTCTTGCA
ATAAACCTTTATGTTATGTGTAATAACAATGGCTGATTTCTCCGGTTGTTTTGCCGGCGA
CAGTGAGTCTTGTTCTTCTGTGTCTGTTGTTATGGTTTGGTCATGAGATATCTCTGTAAG
TTTTATCTTTCTGACTATTAAATAAGCCAAAAATATTATGGGTCT

QA 5 469 5 469
DS 



AS 2 11

CO CL295Contig1 893 9 37 U
ACAAAAACATAATTTATTCCACGCTTAAGATGCATACAAAGAAGAACATACAATTCTCTC
CACATCCATCATCCATAGCTCTGGCATTATTTAAGAAGACATGATCATCAAACTAAAGTA
AAACAGACCATAACTGAACATAAATAGGAACCAAAGCGACAAACAAACGGATCTACTCAA
CCCCAAATTTCTTCCTGAGCATACCCATAAACTCAGTAACCTTCTCAAAATCAGGCAAGG
ACTTGGCCACACTCTCCCTCTGCATACACCTCTTAGCCCAAGCAATCAGTTTCGGACACT
CTGCTTCGAAGTTGAGGTTACCAAACTTCTCGTACCCAGGGAACCAGGAGTAGAATCCAA
TCAATCCAATGTCCACATAGCCAAAGTCATCCCCACCAAAGTAAGGCTTGTCTCCAAGCT
CGGATTCAAGAGTCTTGAGTATCTCAATGAACTCCTTTTTGCCTGCCTCTTGTTCCTCAC
CCTTGGAAGCATACACCTTCCTCTGTGCATCGTACATCTTCTTGTCGATGAAATCAACCC
AGAACCTAGCCTGAGCTCTCTGGTAAGGATCAGAAGGGAGAAGAGGGTTCTTGTGAGACC
AGACCTCATCGATGTACTGAACCTGGATGGCTGATTCACAGACCGGCTTACCATTGTGGA
TGAGAACCGGAATCTTCTTGTGGACCGGGTTCATCTGGAGAAGCAGAGGGCTCTTGTCCC
TCAGATTCTCGTCTCTGTACTCGAACTCGACACCTTTCTCCCTCAACGCGATCCTTGTCC
TCATGCCAAACATGCTAGGCCAGAAATCAAGAAGGATCACCTCGTTCGCCATTTGTTGTA
TTTTGCGATCAATCAAAGCTCACAGAAGAGAGATATTTGTTTTACTGTTGTCC


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 20 40 40 40 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 25 55 55 55 55 55 
55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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G
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GAGTATCTCAATGAACTCCTTTTTGCCTGCCTCTTGTTCCTCACCCTTGGAAGCATACAC
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CTGAACCTGGATGGCTGATTCACAGACCGGCTTACCATTGTGGATGAGAACCGGAATCTT
CTTGTGGACCGGGTTCATCTGGAGAAGCA

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TTGTGGACCGGGTTCATCTGGAGAAGCAGAGGGCTCTTGTCCCTCAGATTCTCGTCCCTG
TACTCGAACTCGACACCTTTCTCCCTCAA
A

QA 1 569 1 569
DS 

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A
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CAGTCCAATGTCTACGTAGCCAAAGTCATCCCCACCAAAGTAAGGCTTGTCTCCAAGCTC
GGATTCAAGAGTCTTGAGTATCTCAATGAACTCCTTCTTGCCTGCCTCTTGTTCCTCACC
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A
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CC

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GAACCTGGATGGCTGATTCACAGACCGGCTTACCATTGTGGATGAGAACCGGAATCTTCT
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CTC
CC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3DT38JQ 861 0 0
C
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GACCTCATCGATGTACTGAACCTGGATGGCTGATTCACAGACCGGCTTACCATTGTGGAT
GAGAACCGGAATCTTCTTGTGGACCGGGTTCATCTGGAGAAGCAGAGGGCTCTTGTCCCT
CAGATTCTCGTCTCTGTACTCGAACTCGACACCTTTCTCCCTCAACGCGATCCTTGTCCT
CATGCCAAACATGCTAGGCCAGAAATCAAGAAG*ATCACCTCGTTCGCCATTTGTTGTAT
TT*GCGATCAATCAAAGCTC

QA 2 861 2 861
DS 

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TACTGTTGTCC

QA 1 671 1 671
DS 



CO CL295Contig2 780 2 6 U
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK96TF U 1
AF RR3FX07TF U 3
BS 1 87 RR3EK96TF
BS 88 88 RR3FX07TF
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RD RR3EK96TF 666 0 0
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CTTATTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGCAGAGGGAGAGTGTGGCCAAGTCCCTGCCTGAT
TTTGAG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3FX07TF 778 0 0
GG
AACAGTAAAACAAATATCTCTCTTCTGTAAGCTTTCAGGCGTCGCAAAATACAATGGCGA
ACGAGGTGATCCTTCTTGATTACAGGCCTAGCATGTTCGGCATGAGGACAAGGATCGCTT
TGGGGGAGAAAGGTGTCGAGTTCGAGTACAGGGACGAGAATCTGAGGGACAAGAGCCCTC
TGCTTCTCCAGATGAACCCGGTCCACAAGAAGATTCCGGTTCTCATCCACAACGGTAAAC
CGGTCTGTGAATCAGCCATCCAGGTTCAGTACATCGACGAGGTCTGGTCTCACAAGAACC
CTATCCTCCCTTCTGATCCTTACCAGAGAGCTCAGGCTAGGTTCTGGGTTGATTTCATCG
ACAAGAAGATGTACGATGCACAGAGGAAGGTGTATGCTTCCAAGGGTGAGGAACAAGAGG
CAGGCAAGAAGGAGTTCATTGAGATACTCAAGACTCTTGAATCCGAGCTTGGAGACAAGC
CTTACTTTGGTGGGGATGACTTTGGCTACGTAGACATTGGACTGATTGGATTCTACTCCT
GGTTCCCTGGGTATGAGAAGTTTGGTAACCTCAACTTCGAAGCAGAGTGTCCGAAACTTA
TTGCTTGGGCTAAGAGGTGTATGCAGAGGGAGAGTGTGACCAAGTCCCTGCCTGATTTTG
AGAAGTTACTGAGTTCATGGGTATGCTCAGAAGAAATTTGGGGTTGAGTAGATCCGTTTG
TTTGTCGTTGGGTCCTATCTATGTTCAGTTGTGTTCTGTTTTACTTTGGTTTGATG

QA 3 778 3 778
DS 



AS 2 9

CO CL296Contig1 843 5 31 U
AAAAAAAAACTTGAAACACAAATTCGGATTCAGGGATTTGAGTTTAAGTACTCAGGAAAC
AAAAAAAAA***ATCAAGAGACAATAAGATTTACAAAGAAAAATGCAGAGCATTGAAATG
GTTTAACCAAGCTTGGCAAGAACATCGTTCAAACTAGAGACGGTCTCTGCATAGTACTTC
TCAGCATCCGGAGCACTCTTCTTCTTCGCCGCATAATCCAGATTGTTGATGGTATCAAAG
AGCTTTCCAGTGAGCTCCTTGAGAGACTTCTTCTCATCCTTTGATTTGGAGGAGATGATT
GTGTTTAGGTCATAACGGAGGTAAGAAGCCCTGAGACGGAAATCGTTCTGAACATATGGC
CAAGCTTTCTTGTCGATCAATGACTTCACATTCACGATCTCCTTGGCAGATTCTTTGGCT
CTAGCCACAGCTTCCGTCGGTGGCAATGGCTGTAAATAAAACCTTTCCTTCAACGCCAGT
TTCAGATCTCTCGCTTGGTCTGAGTTATCTGTCCCAGGAAGACCACCGGAGGGAGGTGGA
GGAGGGCCAATTTTGATAGGGACAGCATCGGCGAGTACAGCCTGAACAAACGAGCCACCG
GCTAAACCAGCAGCCACGAGCCCAATCACAGACCTTCGAGTAGTCTCTGGTGCCGCCTCG
CTCTGCTGAGCTCTGACGACAAGTCCAGACCTTTGAGCCACCGTTACTTTTCCGGTTACG
TTCAGACGGCTAGAGCCGTTGATCTTCACGCTTCCTTCGAGAACGGCGGGAGATGTGACA
CGTAAGCCAACACCCATCGAAGCCATTTTTATTTTATTTTTGTTTCTTAGAGACGAAAGT
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU17JQ U 1
AF RR3BY37JQ U 13
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AF RR3GW52TF C 640
AF RR3BY37TF C 205
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CTAGCCACAGCTTCCGTCGGTGGCAATGGCTGTAAATAAAACCTTCCCTTCAACGCCAGT
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GAGTTATCTGTCCCAGGAAGACCACCGGAGGGAGGTGGAGGAGGGCCAATTTTGATAGGG
ACAGCATCGGCGAGTACAGCCTG

QA 10 572 10 572
DS 

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GCACTCTTCTTCTTCGCCGCATAATCCAGATTGTTGATGGTATCAAAGAGCTTTCCGGTG
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TAACGGAGGTAAGAAGCCCTGAGACGGAGATCGTTCTGAACATATGGCCAAGCTTTCTTG
TCGATCAGTGACTTCACATTCACGATCTCCTTGGCAGATTCTTTGGCTCTAGCCACAGCT
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GCTTGGTCTGAGTTATCTGTCCCAGGAAGACCGCCGGAGGGAGGTGGAGGAGGGCCAATT
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CTTACGACAAGTCCAGACCTT

QA 6 686 6 686
DS 

RD RR3GW52TF 163 0 0
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QA 1 163 1 163
DS 

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GCATCGGCGAGTACAGCCTGAACAAACGAGCCACCGGCTAAACCAGCAGCCACGAGCCCA
ATCACAGACCTTCGAGTAGTCTCTGGTGCCGCCTCGCTCTGCTGAGCTCTGACGACAAGT
CCAGACCTTTGAGCCGCCGTTACTTTTCCGGTTACGTTCAGACGGCTAGAGCCGTTGATC
TTCACGCTTCCTTCGAGAACGGCGGGAGATGTGACACGTAAGCCAACACCCATCGAAGCC
ATTTTTATTTTATTTTTGTTTCTTAGAGACGAAAGTTCC

QA 1 639 1 639
DS 



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AAAAACTTGAAACACATTCAGATTAAGGGATTTGAGTATTAAGTACTCAGGAAACAAAAA
TCAAGACACAATAAATTTACAAAGAAAAATGCAGACTCGAAATGGTTAACCAAGCTTGGC
AAGAACATCGTTCAAAGTAGAGACAGTCTCTGAATAGTACTTCTCAGCATCCGGAGTACT
CTTCTTCTTCGCCGCATAGTCCAGATTATCGATGGTATCAAAGAGCTTTCCAGTGAGCTC
CTTGAGAGACTTCTTCTCATCCTTGGATTTGGAAGAGATGATTGTGTTAAGGTCATAACG
GAGGTAAGAAGCCCTGAGACGGAGATCGTTCTGAACATATGGCCAAGCTTTCTTGTCGAT
CAATGACTTCACATTCACGATCTCCTTCGCAGATTCTTTGGCTCTAGCCACAGCTTCCGT
CGGTGGCAATGGCTGTAAATAAAACCTTTCCTTCAACGCCAGTTTCAGATCTCTCGCTTG
GTCTGAGTTATCTGTCCCAGGAAGACCACCGGAGGGAGGTGGAGGAGGGCCAATTTTGAT
AGGAACAGCATCGGCGAGAACGGCCTGAACAAACGAGCCACCGGCTAAACCAGCAGCCAC
GAGCCCAATCACAGACCTTCGAGTAGTCTCTGGTGCCGCCTCGCTCTGCTGAGCTCTGAC
GACAAGTCCTGACCTTTGAGCCACCGTTACTCTTCCGGTTAAACGGCTAGAGCCGTTGAT
CTTCACGCTTCCTTCGAGAACGGCGGGAGATGTGACACGTAAGCCAACACCCATCGAAGC
CATTTTATTTTTATTTTTGTTTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 0 0 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3GJ34TF C 1
AF RR3GJ34JQ U 8
AF RR3B814JQ U 50
AF RR3B814TF C 68
BS 1 7 RR3GJ34TF
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BS 100 100 RR3B814JQ
BS 101 155 RR3GJ34JQ
BS 156 156 RR3B814JQ
BS 157 269 RR3GJ34JQ
BS 270 270 RR3B814JQ
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BS 536 615 RR3GJ34JQ
BS 616 867 RR3B814JQ

RD RR3GJ34TF 616 0 0
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C

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DS 

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GCATCGGC
C

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DS 

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GTTTTGGGGGT
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TCAAGACACAATAAATTTACAAAGAAAAATGCAGACTCGAAATGGTTAACCAAGCTTGGC
GAGAACATCGTTCAAAGTAGAGACAGTCTCTGAATAGTACTTCTCAGCATCCGGAGTACT
CTTCTTCTTCGCCGCATAGTCCAGGTTGTCGATGGTATCAAAGAGCTTTCCAGTGAGCTC
CTTGAGGGACTTCTTCTCATCCTTGGATTTGGAAGAGATGATTGTGTTAAGGTCATAACG
GAGGTAAGACGCCCTGAGACGGAGATCGTTCTGAACATATGGCCAAGCTTTCTTGTCGAT
CAATGACTTCACATTCACGATCTCCTTGGCAGATTCTTTGGCTCTAGCCACAGCTTCCGT
CGGTGGCAATGGCTGTAAATAAAACCTTTCCTTCAACGCCAGTTTCAGATCTCTCG****
GTCTGAGTTATCTGTCCCAGGAAGACCGCCGGAGGGAGGTGGAGGAGGGCCAATTTTGAT
AGGAACAGCATCGGCGAGAACGGCCTGAACAAACGAGCCACCGGCTAAACCAGCAGCCAC
GAGCCCAATCACAGACCTTCGAGTAGTCTCTGGTGCCGCCTCGCTCTGCTGAGCTCTGAC
GACAAGTCCTGACCTTTGAGCCACCGTTACTCTTCCGGTTAAACGGCTAGAGCCGTTGAT
CTTCACGCTTCCTTCGAGAACGGCGGGAGATGTGACACGTAAGCCAACACCCATCGAAGC
CATTTTATTTTTATTTTTGTTTCTTCC

QA 12 818 12 818
DS 

RD RR3B814TF 800 0 0
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ACAATAAATTTACAAAGAAAAATGCAGACTCGAAATGGTTAACCAAGCTTGGCGAGAACA
TCGTTCAAAGTAGAGACAGTCTCTGAATAGTACTTCTCAGCATCCGGAGTACTCTTCTTC
TTCGCCGCATAGTCCAGGTTGTCGATGGTATCAAAGAGCTTTCCAGTGAGCTCCTTGAGG
GACTTCTTCTCATCCTTGGATTTGGAAGAGATGATTGTGTTAAGGTCATAACGGAGGTAA
GACGCCCTGAGACGGAGATCGTTCTGAACATATGGCCAAGCTTTCTTGTCGATCAATGAC
TTCACATTCACGATCTCCTTGGCAGATTCTTTGGCTCTAGCCACAGCTTCCGTCGGTGGC
AATGGCTGTAAATAAAACCTTTCCTTCAACGCCAGTTTCAGATCTCTCG****GTCTGAG
TTATCTGTCCCAGGAAGACCGCCGGAGGGAGGTGGAGGAGGGCCAATTTTGATAGGAACA
GCATCGGCGAGAACGGCCTGAACAAACGAGCCACCGGCTAAACCAGCAGCCACGAGCCCA
ATCACAGACCTTCGAGTAGTCTCTGGTGCCGCCTCGCTCTGCTGAGCTCTGACGACAAGT
CCTGACCTTTGAGCCACCGTTACTCTTCCGGTTAAACGGCTAGAGCCGTTGATCTTCACG
CTTCCTTCGAGAACGGCGGGAGATGTGACACGTAAGCCAACACCCATCGAAGCCATTTTA
TTTTTATTTTTGTTTCTT
CC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 2 10

CO CL297Contig1 855 5 21 U
CGAAATCTCTCAACCAGTATGAATCCAAAATCAAATATAACTTTTGCATAGTGTGTAGAC
ATGTTTCCGAAAAAAAAGAAATTTTTAAAGCAAAACACAACTGATTCCAGTGACAAACAA
AGCAAAGATTATCAAGACAAACGGGCAAAATTAGGCGTGATTACCGAGCTGCTTGCCCCT
GTGAATGTTCTAAGAGCTGAGTAACTAACTTGTAAGTCCTTCCTGACAAGGCTTTGGTGT
GGTTAACCAACTGCTCATGCACGTTGGGCTGAGTAGGCTCCATTATAACGGTTCCTGACT
CGGAATCAATCTTGGCATCAAGCTTTGAGGTACGGATAAGGTCCACAATCCATCTCTCTG
CCTCTTCATAGTTCAGGTTCAGTTTCTCAGCAAGCACCCCCATGTCGATTCTCTGATGAA
TTCTGCAATAGGTTTCGAAGATAAACAGGCGGGCATTCTCAAGAAACTCATCTTTCAGCG
GCACAGTTGAAAAGTTCCCATCATCAACTCGCTTTCCAAGGAATGGATCATTCACAATGA
CCTCTTCACACTCTTTCATCTTCTTCTGAGCCCCATCGAAGTCATAATTGACAAAGAAAC
ATGCCAGGAACTCCACGATGGGATCTTTGTAGGAGTAGTGCTCTTGTTGAATGACCTTGA
TGAATTCTTTCAGCTGAGGCCTTCTCCTTTTGTTGACAATGAAAGCTGTCGCCAAGTAAC
GCAGCAAGTGTGGAGCACTAGTTTGGATGGCATTCATATACTTGTCCTGGATAAAAAGAT
CAATGATCTGTGTCCTTCCGTTGTCATGGTTAAAGAAGATATAGAGACCCCAGTGCATCA
ACCATATCCTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG39JQ U 21
AF RR3C638JQ U 1
AF RR3D955JQ U 7
AF RR3FK06JQ U 1
AF RR3CG39TF C 227
BS 1 71 RR3C638JQ
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RD RR3CG39JQ 609 0 0
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AGTTTCTCAGCAAGCACCCCCATGTCGATTCTCTGATGAATTCTGCAATAGGTTTCGAAA
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TTCTTCTGAGCCCCATCGAAGTCATAATTGACAAAGAAACATGCCAGGAACTCCACGATG
GGATCTTTG

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3C638JQ 737 0 0
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AGCAAAGATTATCAAGACAAACGGGCAAAATTAGGCGTGATTACCGAGCTGCTTGCCCCT
GTGAATGTTCTAAGAGCTGAGTAACTAACTTGTAAGTCCTTCCTGACAAGGCTTTGGTGT
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CGGAATCAGTCTTGGCATCAAGCTTTGAGGTACGGATAAGGTTCACAATCCATCTCTCTG
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TTCTGCAATAGGTTTCGAAAATAAACAGGCGGGCATTCTCAAAAAACTCATCTTTCAGCG
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QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3D955JQ 771 0 0
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CCGAAAAAAAAGAAATTTTTAAAGCAAAACACAACTGATTCCAGTGACAAACAAAGCAAA
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CCAACTGCTCATGCACGTTGGGCCGAGTAGGCTCCATTATAACGGTTCCTGACTCGGAAT
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CATAGTTCAGGTTAAGTTTCTCAGCAAGCACCCCCATGTCGATTCTCTGATGAATTCTGC
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CACACTCTTTCATCTTCTTCTGAGCCCCATCGAAGTCATAATTGACAAAGACACATGCCA
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CTTTCAGCTGAGGCCTTCTCCTTTTGTTGACAATGAAAGCTGTCGCCAAGTAACGCAGCA
AGTGTGGAGCACTAGTTTGGATGGCATTCATATACTTGTCCTG
GATAAAAA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3FK06JQ 816 0 0
CGAAAT
CTCTCAACCAGTATGAATCCAAAATCAAATATAACTTTTGCATAGTGTGTAGAAATGTTT
CCGAAGAAAAAGAAATTTTTAAAGCAGAACACAACTGATTCAAGTGACAAACAAAGCAAA
AATTATCAAGACAAACGGGCAAAATTAGGCGTGATTACCGAGCTGCTTGCCCCTGTGAAT
GTTCTAAGAGCTGAGTAACTAACTTGTAAGTCCTTCCTGACAAGGCTTTGGTGTGGTTAA
CCAACTGCTCATGCACGTTGGGCTGAGTAGGCTCCATTATAACGGTTCCTGACTCGGAAT
CAATCTTGGCATCAAGCTTTGAGGTACGGATAAGGTTCACAATCCATCTCTCTGCCTCTT
CATAGTTCAGGTTCAGTTTCTCAGCAAGCACCCCCATGTCGATTCTCTGATGAATTCTGC
AATAGGTTTCGAAGATAAACAGGCGGGCATTCTCAAGAAACTCATCTTTCAGCGGCACAG
TTGAAAAGTTCCCATCATCAACTCGCTTTCCAAGGAATGGATCATTCACAATGACCTCTT
CACACTCTTTCATCTTCTTCTGAGCCCCATCGAAGTCATAATTGACAAAGACACATGCCA
GGAACTCCACGATGGGATCTTTGTAGGAGTAGTGCTCTTGTTGAATGACCTTGATGAATT
CTTTCAGCTGAGGCCTTCTCCTTTTGTTGACAATGAAAGCTGTCGCCAAGTAACGCAGCA
AGTGTGGAGCACTAGTTTGGATGGCATTCATATACTCGTCCTG*ATAAAAAGATCAATGA
TCTGTGTCCTTCCGTTGTCATGGTTAAA
AA

QA 7 814 7 814
DS 

RD RR3CG39TF 629 0 0
CAAGGCTTTGGTGTGGTTAACCAACTGCTCATGCACGTTGGGCTGAGTAGGCTCCATTAT
AACGGTTCCTGACTCGGAATCAATCTTGGCATCAAGCTTTGAGGTACGGATAAGGTCCAC
AATCCATCTCTCTGCCTCTTCATAGTTCAGGTTCAGTTTCTCAGCAAGCACCCCCATGTC
GATTCTCTGATGAATTCTGCAATAGGTTTCGAAGATAAACAGGCGGGCATTCTCAAGAAA
CTCATCTTTCAGCGGCACAGTTGAAAAGTTCCCATCATCAACTCGCTTTCCAAGGAATGG
ATCATTCACAATGACCTCTTCACACTCTTTCATCTTCTTCTGAGCCCCATCGAAGTCATA
ATTGACAAAGAAACATGCCAGGAACTCCACGATGGGATCTTTGTAGGAGTAGTGCTCTTG
TTGAATGACCTTGATGAATTCTTTCAGCTGAGGCCTTCTCCTTTTGTTGACAATGAAAGC
TGTCGCCAAGTAACGCAGCAAGTGTGGAGCACTAGTTTGGATGGCATTCATATACTTGTC
CTGGATAAAAAGATCAATGATCTGTGTCCTTCCGTTGTCATGGTTAAAGAAGATATAGAG
ACCCCAGTGCATCAACCATATCCTGTTCC

QA 1 629 1 629
DS 



CO CL297Contig2 1280 5 7 U
GGAGAGCTCGTCCGAGATTGAGAGATTCTGCAAAAAAAAAAAATGGCGGAAAGCAAAGAG
AACTACGACCTAACCCCTCGAGTAGCTCCCAACCTAGACCGACACCTGGTGTTCCCCATA
CTCGAGTTCCTTCAAGAGCGTCAGCTTTACCCCGATGAGCAGATCCTCAAGTTCAAGATC
AAGCTTTTGAACAAGACCAACATGGTCGATTACGCCATGGATATCCACAAGAGCCTTTAC
CACACCGAAGACGCTCCTCAAGATATGGTGGAGAGAAGAGCTGAGGTTGTGGCGAGGTTG
AAGTCTCTGGAGGAGGCGGCTGCACCGCTTGTGACTTTCCTTTTGAACCCTAATGCTGTT
CAGGAGCTAAGGGCTGATAAGCAGTACAATCTCCAGATGCTCAAGGAACGTTATCAGATT
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TACTCTGGTGCTGCTGATTACCTCTACCAGTACAGGACCCTTTGCTCTAACCTCGAGAGA
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AACCTGAACTATGAAGAGGCAGAGAGATGGATTGTGAACCTTATCCGTACCTCAAAGCTT
GATGCCAAGATTGATTCCGAGTCAGGAACCGTTATAATGGAGCCTACTCAGCCCAACGTG
CATGAGCAGTTGGTTAACCACACCAAAGCCTTGTCAGGAAGGACTTACAAGTTAGTTACT
CAGCTCTTAGAACATTCACAGGGGCAAGCAGCTCGGTAATCACGCCTAATTTTGCCCGTT
TGTCTTGATAATCTTTGCTTTGTTTGTCACCGGAATCAGTTGTGTTCTGCTTTAAAAATT
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AAAGATGTGTGATTAAAGCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C638TF U 1
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AACTACGCCCTAACCCCTCGAGTAGCTCCCAACCTAGACCGACACCTGGTGTTCCCCATA
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CACACCGAAGACGCTCCTCAAGATATGGTGGAGAGAAGAGCTGAGGTTGTGGCGAGGTTG
AAGTCTCTGGAGGAGGCGGCTGCACCGCTTGTGACTTTCCTTTTGAACCCTAATGCTGTT
CAGGAGCTAAGGGCTGATAAGCAGTACAATCTCCAGATGCTCAAGGAACGTTATCAGATT
GGTCCAGACCAGATAGAGGCTTTGTATCAGTACGCTAAGTTCCAGTTCGAATGTGGGAAC
TACTCTGGTGCTGCTGATTACCTCTACCAGTACAGGACCCTTTGCTCTAACCTCGAGAGA
AGTCTTAGCGCCTTGTGGGGAAAGCTCGCTTCTGAGATTTTGATGCAAAACTGGGACATT
GCTCTTGAAGAGCTCAACCGTGTTAAAGAAATTATTGACTCAAAGAGCTTTGCATCGCCG
TTAAACCAGGTGCAGAACAGGATATGGTTGATGCACTGGGGTCTCTATATCTT
TTT

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DS 

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G
CGACACCTGGTGTTCCCCATACTCGAGTTCCTTCAAGAGCGTCAGCTTTACCCCGATGAG
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GCTGAGGTTGTGGCGAGGTTGAAGTCTCTGGAGGAGGCGGCTGCACCGCTTGTGACTTTC
CTTTTGAACCCTAATGCTGTTCAGGAGCTAAGGGCTGATAAGCAGTACAATCTCCAGATG
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CTTTGCTCTAACCTCGAGAGAAGTCTTAGCGCCTTGTGGGGAAAGCTCGCTTCTGAGATT
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TCAAAGAGCTTTGCATCGCCGTTA

QA 2 565 2 565
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TGCC
TGCTGAGAAACTGAACCTGAACTATGAAGAGGCAGAGAGATGGATTGTGAACCTTATCCG
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CAAGTTAGTTACTCAGCTTTTAGAACATTCACAGGGGCAAGCAGCTCGGTAATCACGCCT
AATTTTGCCCGTTTGTCTTGATAATCTTTGC

QA 5 275 5 275
DS 

RD RR3CS94JQB 725 0 0
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AGAATTCATCATAGAATCGACATGGGGGTGCTTGCTGAGAAACTGAACCTGAACTATGAA
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TCCGAGTCAGGAACCGTTATAATGGAGCCTACTCAGCCCAACGTGCATGAGCAGTTGGTT
AACCACACCAAAGCCTTGTCAGGAAGGACTTACAAGTTAGTTACTCAGCTCTTAGAACAT
TCACAGGGGCAAGCAGCTCGGTAATCACGCCTAATTTTGCCCGTTTGTCTTGATAATCTT
TGCTTTGTTTGTCACCGGAATCAGTTGTGTTCTGCTTTAAAAATTTCTTTTTCTTCGGAA
ACATGTCTACACACTATGCAAAAGTTATATTTGATTTTGGATTCATACTGGTTGAGAGAT
TTCGATAACCAAACTTGTTTAAGCTCCTGAAGATTCTTTCTAAACAAAGATGTGTGATTA
AAGCC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 11

CO CL298Contig1 1046 11 13 U
GGACACTTCATCATCCATTTACACAGATATAAGCCATCATGTCTGGGTGGTTCACCGAAC
TCGAAGAGGTCACTTACTCCATAGTGGAACATATCCCACTAGTGGGCACCGTGTACTCTC
TAAAACGACCCGGTGTCGCATATAGCAAGGAGGATTGGAGGCAACATTGGCAGTCCCTCG
GCAACTCCCTCGAGAGCTCCGTTCGCGATGTCCTTCTCTTAAGCCAGATCGCCGAACCCA
CCGTCCTTATACACACCATGGCCGAGTCGTTCAACGACAAAATGCTTGAGCTCTACCATC
ACGAGCCCAAAAAGCCTGAGGTCCAAATCACCAACAATCTGGATGAACGAAGCGGACATG
TACTCATCGCCGAGTCCTCAGAGGGCAAGTTCGAGAGTGAAGTCTTCGGAGGCAAATCCA
AGGGTGTGCACCACTTTCATGGCGCTGTGTTCACTGGTATACTCATTGACCCCGAGTATG
CCCCGAACGGCGAGAAGATCCGGCTTGATATTCCGCACGGATTGCACGACGGGGCACGTG
TCACCTTCTCGTGGAAATGGACTACAGACTCGGATGGAAAAAAGAACAGACCTGAAGCCA
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AGGGTGCTGGCGGATGGGCAGGTTATGACTTTTGGGGTCATATAAAGTCCAAGGACCAAA
TCATTGCTACAACCAAAATCAATGAAGAAAATCAGATTGTCTTCAACAGGTTGGCCGGAA
CTTGATTTCGGCATTCGAAGTTGATGGAGTTACGGAACCGAAACCGACACCTTTCAAACC
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GAAGAGGTCTTCCTCCTATATAGGAAACCATCTCCTCCACTTTCCCTTAATTTCCATGTT
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CAAAAAAGAGGCAATCTTAATTACCC


BQ
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3DZ68TF U 16
AF RR3EN33TF U 16
AF RR3BT01TF U 1
AF RR3GL41TF U 16
AF RR3BQ59TF U 271
AF RR3GL41JQ C 319
AF RR3BT01JQ C 320
AF RR3EN33JQ C 350
AF RR3DZ68JQ C 324
AF RR3DY70JQ C 603
AF RR3DY70TF U 603
BS 1 122 RR3BT01TF
BS 123 123 RR3DZ68TF
BS 124 234 RR3BT01TF
BS 235 235 RR3DZ68TF
BS 236 683 RR3BT01TF
BS 684 684 RR3GL41TF
BS 685 709 RR3BT01TF
BS 710 713 RR3GL41TF
BS 714 714 RR3BQ59TF
BS 715 759 RR3GL41TF
BS 760 902 RR3BQ59TF
BS 903 1042 RR3DY70TF
BS 1043 1046 RR3DZ68JQ

RD RR3DZ68TF 643 0 0
CATTTACACAGATATAAGCCATCATGTCTGGGTGGTTCACCGAACTCGAAGAGGTCACTT
ACTCCATAGTGGAACATATCCCACTAGTGGGCACCGTGTACTCTCTAAAACGACCCGGTG
TCGCATATAGCAAGGAGGATTGGAGGCAACATTGGCAGTCCCTCGGCAACTCCCTCGAGA
GCTCCGTTCGCGATGTCCTTCTCTTAAGCCAGATCGCCGAACCCACCGTCCTTATACACA
CCATGGCCGAGTCGTTCAACGACAAAATGCTTGAGCTCTACCATCACGAGCCCAAAAAGC
CTGAGGTCCAAATCACCAACAATCTGGATGAACGAAGCGGACATGTACTCATCGCCGAGT
CCTCAGAGGGCAAGTTCGAGAGTGAAGTCTTCGGAGGCAAATCCAAGGGTGTGCACCACT
TTCATGGCGCTGTGTTCACTGGTATACTCATTGACCCCGAGTATGCCCCGAACGGCGAGA
AGATCCGGCTTGATATTCCGCACGGATTGCACGACGGGGCGCGTGTCACCTTCTCGTGGA
AATGGACTACAGACTCGGATGGAAAAAAGAACAGACCTGAAGCCACGTATGGTCGTATTA
AATTGAACGCCGGCACACCCACGGGATTCGGATTGTCCGGCGT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3EN33TF 619 0 0
CATTTACACAGATATAAGCCATCATGTCTGGGTGGTTCACCGAACTCGAAGAGGTCACTT
ACTCCATAGTGGAACATATCCCACTAGTGGGCACCGTGTACTCTCTAAAACGACCCGGTG
TCGCATATAGCAAGGAGGATTGGAGGCAACATTGGCAGTCCCTCGGCAACTCCCTCGAGA
GCTCCGTTCGCGATGTCCTTCTCTTAAGCCAGATCGCCGAACCCACCGTCCTTATACACA
CCATGGCCGAGTCGTTCAACGACAAAATGCTTGAGCTCTACCATCACGAGCCCAAAAAGC
CTGAGGTCCAAATCACCAACAATCTGGATGAACGAAGCGGACATGTACTCATCGCCGAGT
CCTCAGAGGGCAAGTTCGAGAGTGAAGTCTTCGGAGGCAAATCCAAGGGTGTGCACCACT
TTCATGGCGTTGTGTTCACTGGTATACTCATTGACCCCGAGTATGCCCCGAACGGCGAGA
AGATCCGGCTTGATATTCCGCACGGATTGCACGACGGGGCACGTGTCACCTTCTCGTGGA
AATGGACTACAGACTCGGATGGAAAAAAGAACAGACCTGAAGCCACGTATGGTCGTATTA
AATTGAACGCCGGCACACC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3BT01TF 709 0 0
GGACACTTCATCATCCATTTACACAGATATAAGCCATCATGTCTGGGTGGTTCACCGAAC
TCGAAGAGGTCACTTACTCCATAGTGGAACATATCCCACTAGTGGGCACCGTGTACTCTC
TAGAACGACCCGGTGTCGCATATAGCAAGGAGGATTGGAGGCAACATTGGCAGTCCCTCG
GCAACTCCCTCGAGAGCTCCGTTCGCGATGTCCTTCTCTTAAGCCAGATCGCCGGACCCA
CCGTCCTTATACACACCATGGCCGAGTCGTTCAACGACAAAATGCTTGAGCTCTACCATC
ACGAGCCCAAAAAGCCTGAGGTCCAAATCACCAACAATCTGGATGAACGAAGCGGACATG
TACTCATCGCCGAGTCCTCAGAGGGCAAGTTCGAGAGTGAAGTCTTCGGAGGCAAATCCA
AGGGTGTGCACCACTTTCATGGCGCTGTGTTCACTGGTATACTCATTGACCCCGAGTATG
CCCCGAACGGCGAGAAGATCCGGCTTGATATTCCGCACGGATTGCACGACGGGGCACGTG
TCACCTTCTCGTGGAAATGGACTACAGACTCGGATGGAAAAAAGAACAGACCTGAAGCCA
CGTATGGTCGTATTAAATTGAACGCCGGCACACCCACGGGATTCGGATTGTCCGGCGTCA
AGGGTGCTGGCGGATGGGCAGGT*ATGACTTTTGGGGTCATATAAAGTC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3GL41TF 744 0 0
CATTTACACGGATATAAGCCATCATGTCTGGGTGGTTCACCGAACTCGAAGAGGTCACTT
ACTCCATAGTGGAACATATCCCACTAGTGGGCACCGTGTACTCTCTAAAACGACCCGGTG
TCGCATATAGCAAGGAGGATTGGAGGCAACATTGGCAGTCCCTCGGCAACTCCCTCGAGA
GCTCCGTTCGCGATGTCCTTCTCTTAAGCCAGATCGCCGAACCCACCGTCCTTATACACA
CCATGGCCGAGTCGTTCAACGACAAAATGCTTGAGCTCTACCATCACGAGCCCAAAAAGC
CTGAGGTCCAAATCACCAACAATCTGGATGAACGAAGCGGACATGTACTCATCGCCGAGT
CCTCAGAGGGCAAGTTCGAGAGTGAAGTCTTCGGAGGCAAATCCAAGGGTGTGCACCACT
TTCATGGCGCTGTGTTCACTGGTATACTCATTGACCCCGAGTATGCCCCGAACGGCGAGA
AGATCCGGCTTGATATTCCGCACGGATTGCACGACGGGGCACGTGTCACCTTCTCGTGGA
AATGGACTACAGACTCGGATGGAAAAAAGAACAGACCTGAAGCCACGTATGGTCGTATTA
AATTGAACGCCGGCACACCCACGGGATTCGGATTGTCCGGCGTCAAGGGTGCTGGCGGAT
GGGCAGGTTATGACTTTTGGGGTCACATAAAGTCCAAG*ACCAAATCATTGCTACAACCA
AAATCAATGAAGAAAATCAGATTG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3BQ59TF 632 0 0
G
CAACGACAAAATGCTTGAGCTCTACCATCACGAGCCCAAAAAGCCTGAGGTCCAAATCAC
CAACAATCTGGATGAACGAAGCGGACATGTACTCATCGCCGAGTCCTCAGAGGGCAAGTT
CGAGAGTGAAGTCTTCGGAGGCAAATCCAAGGGTGTGCACCACTTTCATGGCGCTGTGTT
CACTGGTATACTCATTGACCCCGAGTATGCCCCGAACGGCGAGAAGATCCGGCTTGATAT
TCCGCACGGATTGCACGACGGGGCACGTGTCACCTTCTCGTGGAAATGGACTACAGACTC
GGATGGAAAAAAGAACAGACCTGAAGCCACGTATGGTCGTATTAAATTGAACGCCGGCAC
ACCCACGGGATTCGGATTGTCCGGCGTCAAGGGTGCTGGCGGATGGGCAGGTTATGACTT
TTGGGGTCATATAAAGTCCAAGGACCAAATCATTGCTACAACCAAAATCAATGAAGAAAA
TCAGATTGTCTTCAACAGGTTGGCCGGAACTTGATTTCGGCATTCGAAGTTGATGGAGTT
ACGGAACCGAAACCGACACCTTTCAAACCAAACCAAGTTCTACGTAATTGTTTCTTTTCT
GCATTTTGTTTCAGTTGATAATAAGAAGAGA

QA 2 632 2 632
DS 

RD RR3GL41JQ 720 0 0
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CAGAGGGCAAGTTCGAGAGTGAAGTCTTCGGAGGCAAATCCAAGGGTGTGCACCACTTTC
ATGGCGCTGTGTTCACTGGTATACTCATTGACCCCGAGTATGCCCCGAACGGCGAGAAGA
TCCGGCTTGATATTCCGCACGGATTGCACGACGGGGCACGTGTCACCTTCTCGTGGAAAT
GGACTACAGACTCGGATGGAAAAAAGAACAGACCTGAAGCCACGTATGGTCGTATTAAAT
TGAACGCCGGCACACCCACGGGATTCGGATTGTCCGGCGTCAAGGGTGCTGGCGGATGGG
CAGGTTATGACTTTTGGGGTCACATAAAGTCCAAGGACCAAATCATTGCTACAACCAAAA
TCAATGAAGAAAATCAGATTGTCTTCAACAGGTTGGCCGGAACTTGATTTCGGCATTCGA
AGTTGATGGAGTTACGGAACCGAAACCGACACCTTTCAAACCAAACCAAGTTCTACGTAA
TTGTTTCTTTTCTGCATTTTGTTTCAGTTGATAATAAGAAGAGAAGAGGTCTTCCTCCTA
TATAGGAAACCATCTCCTCCACTTTCCCTTAATTTCCATGTTCAAAGGAGTTATGACTCC
ACTGTGTTTATGTATCTTCTCTATTTAAATGAATAAAAAAGCCAAAAAAGAGGCAATCTT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3BT01JQ 723 0 0
GGTCCAAATCACCAACAATCTGGATGAACGAAGCGGACATGTACTCATCGCCGAGTCCTC
AGAGGGCAAGTTCGAGAGTGAAGTCTTCGGAGGCAAATCCAAGGGTGTGCACCACTTTCA
TGGCGCTGTGTTCACTGGTATACTCATTGACCCCGAGTATGCCCCGAACGGCGAGAAGAT
CCGGCTTGATATTCCGCACGGATTGCACGACGGGGCACGTGTCACCTTCTCGTGGAAATG
GACTACAGACTCGGATGGAAAAAAGAACAGACCTGAAGCCACGTATGGTCGTATTAAATT
GAACGCCGGCACACCCACGGGATTCGGATTGTCCGGCGTCAAGGGTGCTGGCGGATGGGC
AGGTTATGACTTTTGGGGTCATATAAAGTCCAAGGACCAAATCATTGCTACAACCAAAAT
CAATGAAGAAAATCAGATTGTCTTCAACAGGTTGGCCGGAACTTGATTTCGGCATTCGAA
GTTGATGGAGTTACGGAACCGAAACCGACACCTTTCAAACCAAACCAAGTTCTACGTAAT
TGTTTCTTTTCTGCATTTTGTTTCAGTTGATAATAAGAAGATAAGAGGTCTTCCTCCTAT
ATAGGAAACCATCTCCTCCACTTTCCCTTAATTTCCATGTTCAAAGGAGTTATGACTCCA
CTGCGTTTATGTATCTTCTCTATTTAAATGAATAAAAAAGCCAAAAAAGAGGCAATCTTA
ATT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3EN33JQ 689 0 0
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AGGCAAATCCAAGGGTGTGCACCACTTTCATGGCGTTGTGTTCACTGGTATACTCATTGA
CCCCGAGTATGCCCCGAACGGCGAGAAGATCCGGCTTGATATTCCGCACGGATTGCACGA
CGGGGCACGTGTCACCTTCTCGTGGAAATGGACTACAGACTCGGATGGAAAAAAGAACAG
ACCTGAAGCCACGTATGGTCGTATTAAATTGAACGCCGGCACACCCACGGGATTCGGATT
GTCCGGCGTCAAGGGTGCTGGCGGATGGGCAGGTTATGACTTTTGGGGTCATATAAAGTC
CAAGGACCAAATCATTGCTACAACCAAAATCAATGAAGAAAATCAGATTGTCTTCAACAG
GTTGGCCGGAACTTGATTTCGGCATTCGAAGTTGATGGAGTTACGGAACCGAAACCGACA
CCTTTCAAACCAAACCAAGTTTTACGTAATTGTTTCTTTTCTGCATTTTGTTTCAGTTGA
TAATAAGAAGAGAAGAGGTCTTCCTCCTATATAGGAAACCATCTCCTCCACTTTCCCTTA
ATTTCCATGTTCAAAGGAGTTATGACTCCACTGTGTTTATGTATCTTCTCTATTTAAATG
AATAAAAAAGCCAAAAAAGAGGCAATCTT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3DZ68JQ 723 0 0
CAAATCACCAACAATCTGGATGAACGAAGCGGACATGTACTCATCGCCGAGTCCTCAGAG
GGCAAGTTCGAGAGTGAAGTCTTCGGAGGCAAATCCAAGGGTGTGCACCACTTTCATGGC
GCTGTGTTCACTGGTATACTCATTGACCCCGAGTATGCCCCGAACGGCGAGAAGATCCGG
CTTGATATTCCGCACGGATTGCACGACGGGGCGCGTGTCACCTTTTCGTGGAAATGGACT
ACAGACTCGGATGGAAAAAAGAACAGACCTGAAGCCACGTATGGTCGTATTAAATTGAAC
GCCGGCACACCCACGGGATTCGGATTGTCCGGCGTCAAGGGTGCTGGCGGATGGGCAGGT
TATGACTTTTGGGGTCATATAAAGTCCAAGGACCAAATCATTGCTACAACCAAAATCAAT
GAAGAAAATCAGATTGTCTTCAACAGGTTGGCCGGAACTTGATTTCGGCATTCGAAGTTG
ATGGAGTTACGGAACCGAAACCGACACCTTTCAAACCAAACCAAGTTCTACGTAATTGTT
TCTTTTCTGCATTTTGTTTCAGTTGATAATAAGAAGAGAAGAGGTCTTCCTCCTATATAG
GAAACCATCTCCTCCACTTTCCCTTAATTTCCATGTTCAAAGGAGTTATGACTCCACTGT
GTTTATGTATCTTCTCTATTTAAATGAATAAAAAAGCCAAAAAAGAGGCAATCTTAATTA
CCC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3DY70JQ 443 0 0
G
ATGGTCGTATTAAATTGAACGCCGGCACACCCACGGGATTCGGATTGTCCGGCGTCAAGG
GTGCTGGCGGATGGGCAGGTTATGACTTTTGGGGTCATATAAAGTCCAAGGACCAAATCA
TTGCTACAACCAAAATCAATGAAGAAAATCAGATTGTCTTCAACAGGTTGGCCGGAACTT
GATTTCGGCATTCGAAGTTGATGGAGTTACGGAACCGAAACCGACACCTTTCAAACCAAA
CCAAGTTCTACGTAATTGTTTCTTTTCTGCATTTTGTTTCAGTTGATAATAAGAAGAGAA
GAGGTCTTCCTCCTATATAGGAAACCATCTCCTCCACTTTCCCTTAATTTCCATGTTCAA
AGGAGTTATGACTCCACTGTGTTTATGTATCTTCTCTATTTAAATGAATAAAAAAGCCAA
AAAAGAGGCAATCTTAATT
ATC

QA 2 440 2 440
DS 

RD RR3DY70TF 443 0 0
G
ATGGTCGTATTAAATTGAACGCCGGCACACCCACGGGATTCGGATTGTCCGGCGTCAAGG
GTGCTGGCGGATGGGCAGGTTATGACTTTTGGGGTCATATAAAGTCCAAGGACCAAATCA
TTGCTACAACCAAAATCAATGAAGAAAATCAGATTGTCTTCAACAGGTTGGCCGGAACTT
GATTTCGGCATTCGAAGTTGATGGAGTTACGGAACCGAAACCGACACCTTTCAAACCAAA
CCAAGTTCTACGTAATTGTTTCTTTTCTGCATTTTGTTTCAGTTGATAATAAGAAGAGAA
GAGGTCTTCCTCCTATATAGGAAACCATCTCCTCCACTTTCCCTTAATTTCCATGTTCAA
AGGAGTTATGACTCCACTGTGTTTATGTATCTTCTCTATTTAAATGAATAAAAAAGCCAA
AAAAGAGGCAATCTTAATT
ATC

QA 2 440 2 440
DS 



AS 3 11

CO CL299Contig1 1001 5 14 U
GAGGGCATAACTGACCTGACCCAAGGGGGAAACACACGACAGCGGTTTCCGTCTGAAATC
TCCCCCGAAGCTTGTTGGTAGGTGGAAGAAGAAGGAAGGATGACATCGGATGATGCTAAA
GATGTGAAGAAAGAGGAGGCTGACGAAGACAACAAGAGCTTGGGTTCGTTGGTTAAGAAG
AAGCCGTCTACAAACGCCAACAATGCTGGTTCGTCAGCTTCGAGGAAATTGAACAAGGAC
AACAATGATGATGATGATAACAAACCCATCAAGTTATCTGGGTCTCGCCCAAAGCCAGTT
AAGAAGAAGGAGATTGACGAAGAAGAGGACGATGACAAACCTCTTTCCAAGAGGAATTCA
TCTGCTGGCGGCGTCTCAAAGGAGAAAGAGTTGAAGAAAAAGAAGATGGAGAAAGAGAAA
GAGAAAGAGAAAGAAGAAGAAGAGGCAAAGAAGAAGAAAAAAGAAGAAGGAGATGTGAAG
AAGAAGAAGGAGAAGAAAGTTTATGATTTGCCTGGTCAGAAGAGAGACCAACCCGAGGAG
AGAGATCCACTTAGGATTTTCTACGAGCCACTTCACAAGCAAGTTCCAACTAGCGAAATG
GCTAAGATCTGGATGATGGAGTCAGGGTTGCTTCCAGCTGCAGAGGCAAAGAAAGTTCTT
GAGAAGAAGTTGCAAAAGAATGGAAAGTTCAGCTCTCCTACAAAATCTGCACCTTCCACC
CCAAGAAGTGCCCCAAGAACC*GGCTCCAAATCAGTAGTGGCCGAGAAGAAGGAAGAAAA
AAACCGTCGTCTGAAGCTTTGTCAGGCAAAAAGAAAGGAAATGATTCGAAACCAACCACG
AAGAAGCGGAAGAAGGATTCTGATGATGATGATGATTTCATTGTTAGCAGTCTCTCTAAT
AAGAAGGCAAGAGCCAAGTAGAGTTGGAATTTTAAAAATACTCAGAAATCTCGTCCTGTG
ATTTGAAACTCTATCTAATTGTGTTTTAGGACTTTAAGGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 0 0 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FV05TF U 34
AF RR3BB10TF U 1
AF RR3CP67TF U 28
AF RR3CP67JQ C 279
AF RR3BB10JQ C 284
BS 1 155 RR3BB10TF
BS 156 156 RR3FV05TF
BS 157 352 RR3BB10TF
BS 353 353 RR3FV05TF
BS 354 460 RR3BB10TF
BS 461 461 RR3CP67TF
BS 462 679 RR3BB10TF
BS 680 680 RR3CP67TF
BS 681 741 RR3BB10TF
BS 742 742 RR3CP67TF
BS 743 759 RR3BB10TF
BS 760 772 RR3CP67TF
BS 773 776 RR3CP67JQ
BS 777 1001 RR3BB10JQ

RD RR3FV05TF 360 0 0
GG
ACGACAGCGGTTTCCGTCTGAAATCTCCCCCGAAGCTTGTTGGTAGGTGGAAGAAGAAGG
AAGGATGACATCGGATGATGCTAAAGATGTGAAGAAAGAGGAGGCTGACGAAGACAACAA
GAGCTTGGGTTCGTTGGTTAAGAAGAAGCCGTCTACAAACGCCAACAATGCTGGTTCGTC
AGCTTCGAGGAAATTGAACAAGGACAACAATGATGATGATGATAACAAACCCATCAAGTT
ATCTGGGTCTCGCCCAAAGCCAGTTAAGAAGAAGGAGATTGACGAAGAAGAGGACGATGA
CAAACCTCTTTCCAAGAGGAATTCATCTGCTGGCGGCGTCTCAAAGGAGAAAGAGTTG

QA 3 360 3 360
DS 

RD RR3BB10TF 759 0 0
GAGGGCATAACTGACCTGACCCAAGGGGGAAACACACGACAGCGGTTTCCGTCTGAAATC
TCCCCCGAAGCTTGTTGGTAGGTGGAAGAAGAAGGAAGGATGACATCGGATGATGCTAAA
GATGTGAAGAAAGAGGAGGCTGACGAAGACAACAATAGCTTGGGTTCGTTGGTTAAGAAG
AAGCCGTCTACAAACGCCAACAATGCTGGTTCGTCAGCTTCGAGGAAATTGAACAAGGAC
AACAATGATGATGATGATAACAAACCCATCAAGTTATCTGGGTCTCGCCCAAAGCCAGTT
AAGAAGAAGGAGATTGACGAAGAAGAGGACGATGACAAACCTCTTTCCAAGATGAATTCA
TCTGCTGGCGGCGTCTCAAAGGAGAAAGAGTTGAAGAAAAAGAAGATGGAGAAAGAGAAA
GAGAAAGAGAAAGAAGAAGAAGAGGCAAAGAAGAAGAAAAGAGAAGAAGGAGATGTGAAG
AAGAAGAAGGAGAAGAAAGTTTATGATTTGCCTGGTCAGAAGAGAGACCAACCCGAGGAG
AGAGATCCACTTAGGATTTTCTACGAGCCACTTCACAAGCAAGTTCCAACTAGCGAAATG
GCTAAGATCTGGATGATGGAGTCAGGGTTGCTTCCAGCTGCAGAGGCAAAGAAAGTTCTT
GAGAAGAAGTTGCAAAAGAGTGGAAAGTTCAGCTCTCCTACAAAATCTGCACCTTCCACC
CCAAGAAGTGCCCCAAGAACCCGGCTCCAAATCAGTAGT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3CP67TF 758 0 0
GGAAACACGCGACAGCGGTTTCCGTCTGAAATCTCCCCCGAAGCTTGTTGGTAGGTGGAA
GAAGAAGGAAGGATGACATCGGATGATGCTAAAGATGTGAAGAAAGATGAGGCTGACGAA
GACAACAAGAGCTTGGGTTCGTTGGTTAAGAAGAAGCCGTCTACAAACGCCAACAATGCT
GGTTCGTCAGCTTCGAGGAAATTGAACAAGGACAACAATGATGATGATGATAACAAACCC
ATCAAGTTATCTGGGTCTCGCCCAAAGCCAGTTAAGAAGAAGGAGATTGACGAAGAAGAG
GACGATGACAAACCTCTTTCCAAGAGGAATTCATCTGCTGGCGGCGTCTCAAAGGAGAAG
GAGTTGAAGAAAAAGAAGATGGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAAGAAGAAGAGGCA
AAGAAGAAGAAAAAAGAAGAAGGAGATGTGAAGAAGAAGAAGGAGGAGAAAGTTTATGAT
TTGCCTGGTCAGAAGAGAGACCAACTCGAGGAGAGAGATCCACTTAGGATTTTCTACGAG
TCACTTCACAAGCAAGTTCCAACTAGCGAAATGGCTAAGATTTGGATGATGGAGTCAGGG
TTGCTTCCAGCTGCAGAGGCAAAGAAAGTTCTTGAGAAGAAGTTGCAAAAGAATGGAAAG
TTCAGCTCTCCTACAAAATCTGCACCTTC*ACCCCAAGAAGTGCCCCAAGAACC*GGCTC
CAAATCAGTAGTGGCCGAGAAGAAG
AAGGAAAAAAAAA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3CP67JQ 499 0 0
TGGGTCTCGCCCAAAGCCAGTTAAGAAGAAGGAGATTGACGAAGAAGAGGACGATGACAA
ACCTCTTTCCAAGAGGAATTCATTTGCTGGCGGCGTCTCAAAGGAGAAGGAGTTGAAGAA
AAAGAAGATGGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAAGAAGAAGAGGCAAAGAAGAAGAA
AAAAGAAGAAGGAGATGTGAAGAAGAAGAAGGAGGAGAAAGTTTATGATTTGCCTGGTCA
GAAGAGAGACCAACTCGAGGAGAGAGATCCACTTAGGATTTTTTACGAGTCACTTCACAA
GCAAGTTCCAACTAGCGAAATGGCTAAGATTTGGATGATGGAGTCAGGGTTGCTTCCAGC
TGCAGAGGCAAAGAAAGTTCTTGAGAAGAAGTTGCAAAAGAATGGAAAGTTCAGCTTTCC
TACAAAATTTGCACCTTCCACCCCAAGAAGTGCCCCAAGAACC*GGCTCCAAATCAGTAG
TGGCCGAGAAGAAGGAAG
G

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR3BB10JQ 718 0 0
CTCGCCCAAAGCCAGTTAAGAAGAAGGAGATTGACGAAGAAGAGGACGATGACAAACCTC
TTTCCAAGATGAATTCATCTGCTGGCGGCGTCTCAAAGGAGAAAGAGTTGAAGAAAAAGA
AGATGGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAAGAAGAAGAGGCAAAGAAGAAGAAAAGAG
AAGAAGGAGATGTGAAGAAGAAGAAGGAGAAGAAAGTTTATGATTTGCCTGGTCAGAAGA
GAGACCAACCCGAGGAGAGAGATCCACTTAGGATTTTTTACGAGCCACTTCACAAGCAAG
TTCCAACTAGCGAAATGGCTAAGATCTGGATGATGGAGTCAGGGTTGCTTCCAGCTGCAG
AGGCAAAGAAAGTTCTTGAGAAGAAGTTGCAAAAGAGTGGAAAGTTCAGCTTTCCTACAA
AATCTGCACCTTCCACCCCAAGAAGTGCCCCAAGAACC*GGCTCCAAATCAGTAGTGGCC
GAGAAGAAGGAGTAAAAAAACCGTCGTCTGAAGCTTTGTCAGGCAAAAAGAAAGGAAATG
ATTCGAAACCAACCACGAAGAAGCGGAAGAAGGATTCTGATGATGATGATGATTTCATTG
TTAGCAGTCTCTCTAATAAGAAGGCAAGAGCCAAGTAGAGTTGGAATTTTAAAAATACTC
AGAAATCTCGTCCTGTGATTTGAAACTCTATCTAATTGTGTTTTAGGACTTTAAGGTG

QA 1 718 1 718
DS 



CO CL299Contig2 761 3 3 U
GGGGATTAGGGCATAACTGACCTGACCCAAGGGGGAAACACACGACAGCGGTTTCCGTCT
GAAATCTCCCCCAAAGCTTGTTGGTAGGAGAAAGAAGAAGGAAGGATGACATCGGATGAT
GCTAAAGCAGTGAAGAAAGAGGAGGCTGACGACGATAACAAGAGCTTGGGTTCATTGGTT
AAGAAGAAGCCCACAAACGCCAACAATGCTGGTTCGTCAGCTTCGAGGAAATTGAAGAAG
GACGAAGACGATGATGACAAACCCATCAAGTCATCTTTATCTGGGTCTCGCCCAAAGCCA
GTGAAGAAGAAGGAGATTGCTGAAGAAGACGACGATGACAAGCCTCTTTCCAAGAGGAAT
TCATCTGCTGGCGTCGTCTCAAAGGAGAAAGAGTTGAAGAAAAAGAAGATGGAGAAAGAG
AAAGAGAAAGAAGAAGAAGAGGCAAAGAAGAAGAAAAAAAGAAGAAGGAGATGTGAAGAA
GAAGAAGGAGAAGAAAGTTTATGATTTGCCTGGTCAGAAGAGAGACCAACCTGAGGAGAG
AGATCCACTTAGGATTTTCTATGAGTCACTTCACAAGCAAGTTCCAACTAGCGAAATGGC
TAAGATTTGGATGATGGAGTCAGGGTTGCTTCCAGCTGCAGAGGCAAAGAAAGTTCTTGA
GAAGAAGTTGCAAAAGACTGGAAAGCTCAGCTCTCCTACAAATCTGCACCTTCCACCCCA
AGAAGTGCCCCAAGAACCGGCTCCAAATCACTAGTGGCCGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E291JQ C 1
AF RR3E291TF U 1
AF RR3DH18TF U 42
BS 1 7 RR3E291JQ
BS 8 414 RR3E291TF
BS 415 761 RR3DH18TF

RD RR3E291JQ 414 0 0
GGGGATTAGGGCATAACTGACCTGACCCAAGGGGGAAACACACGACAGCGGTTTCCGTCT
GAAATCTCCCCCAAAGCTTGTTGGTAGGAGAAAGAAGAAGGAAGGATGACATCGGATGAT
GCTAAAGCAGTGAAGAAAGAGGAGGCTGACGACGATAACAAGAGCTTGGGTTCATTGGTT
AAGAAGAAGCCCACAAACGCCAACAATGCTGGTTCGTCAGCTTCGAGGAAATTGAAGAAG
GACGAAGACGATGATGACAAACCCATCAAGTCATCTTTATCTGGGTCTCGCCCAAAGCCA
GTGAAGAAGAAGGAGATTGCTGAAGAAGACGACGATGACAAGCCTCTTTCCAAGAGGAAT
TCATCTGCTGGCGTCGTCTCAAAGGAGAAAGAGTTGAAGAAAAAGAAGATGGAG

QA 1 414 1 414
DS 

RD RR3E291TF 414 0 0
GGGGATT
AGGGCATAACTGACCTGACCCAAGGGGGAAACACACGACAGCGGTTTCCGTCTGAAATCT
CCCCCAAAGCTTGTTGGTAGGAGAAAGAAGAAGGAAGGATGACATCGGATGATGCTAAAG
CAGTGAAGAAAGAGGAGGCTGACGACGATAACAAGAGCTTGGGTTCATTGGTTAAGAAGA
AGCCCACAAACGCCAACAATGCTGGTTCGTCAGCTTCGAGGAAATTGAAGAAGGACGAAG
ACGATGATGACAAACCCATCAAGTCATCTTTATCTGGGTCTCGCCCAAAGCCAGTGAAGA
AGAAGGAGATTGCTGAAGAAGACGACGATGACAAGCCTCTTTCCAAGAGGAATTCATCTG
CTGGCGTCGTCTCAAAGGAGAAAGAGTTGAAGAAAAAGAAGATGGAG

QA 8 414 8 414
DS 

RD RR3DH18TF 720 0 0
GG
GACAGCGGTTTCCGTCTGAAATCTCCCCCAAAGCTTGTTGGTAGGAGAAAGAAGAAGGAA
GGATGACATCGGATGATGCTAAAGCAGTGAAGAAAGAGGAGGCTGACGACGATAACAAGA
GCTTGGGTTCATTGGTTAAGAAGAAGCCCACAAACGCCAACAATGCTGGTTCGTCAGCTT
CGAGGAAATTGAAGAAGGACGAAGACGATGATGACAAACCCATCAAGTCATCTTTATCTG
GGTCTCGCCCAAAGCCAGTGAAGAAGAAGGAGATTGCTGAAGAAGACGACGATGACAAGC
CTCTTTCCAAGAGGAATTCATCTGCTGGCGTCGTCTCAAAGGAGAAAGAGTTGAAGAAAA
AGAAGATGGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAAGAAGAAGAGGCAAAGAAGAAGAAAAAAAGAA
GAAGGAGATGTGAAGAAGAAGAAGGAGAAGAAAGTTTATGATTTGCCTGGTCAGAAGAGA
GACCAACCTGAGGAGAGAGATCCACTTAGGATTTTCTATGAGTCACTTCACAAGCAAGTT
CCAACTAGCGAAATGGCTAAGATTTGGATGATGGAGTCAGGGTTGCTTCCAGCTGCAGAG
GCAAAGAAAGTTCTTGAGAAGAAGTTGCAAAAGACTGGAAAGCTCAGCTCTCCTACAAAT
CTGCACCTTCCACCCCAAGAAGTGCCCCAAGAACCGGCTCCAAATCACTAGTGGCCGA

QA 3 720 3 720
DS 



CO CL299Contig3 747 3 3 U
GGGATTAGAAACAAACTCTGCCATTACTTTTATAGAATTCGATTCAGAGACAAATTAAGT
CCTAAAACACAATTAGATAGAGTTTCAAATCACAGGACGAGATTTCTGAGTATTTTTAAA
ATTCCAACTACTTGGCTCTTGCCTTCTTATTAGAGAGACTGCTAACAATGAAATCATCAT
CATCATCAGAATCCTTCTTCCGCTTCTTCGTGGTTGGCTTCGAATCATTTCCTTTCTTTT
TGCCTGACAAAGCTTCAGACGACGGTTTTTTT*ACTTCCTTCTTCTCGGCCACTAGTGAT
TTGGAGCCGGTTCTTGGGGCACTTCTTGGGGTGGAAGGTGCAGATTTTGTAGGAGAGCTG
AGCTTTCCAGTCTTTTGCAACTTCTTCTCAAGAACTTTCTTTGCCTCTGCAGCTGGAAGC
AACCCTGACTCCATCATCCAAATCTTAGCCATTTCGCTAGTTGGAACTTGCTTGTGAAGT
GACTCATAAAAAATCCTAAGTGGATCTCTCTCCTCAGGTTGGTCTCTCTTCTGACCAGGC
AAATCATAAACTTTCTTCTCCTTCTTCTTCTTCACATCTCCTTCTTCTTTTTT*CTTATT
CTTTGCCTCTTCTTCTTCTTTCTCTTTCTCTTTCTCCATCTTCTTTTTCTTCAACCCTTT
CTCCTTTGAGACGACGCCTTCCTCCTACCAACAAGCTTTGGGGGAGATTTCAGACGGAAA
CCGCTGTCGTGTGTTTCCCCCTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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AF RR3FZ74JQ U 1
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AAGTGACTCATAAAAAATCCTAAGTGGATCTCTCTCCTCAGGTTGGTCTCTCTTCTGACC
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TCTTCTTTGCCTCTTCTTCTTCTTTCTCTTTCTCTTTCTCCATCTTCTTTTTCTTCAACT
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ATAAACTTTCTTCTCCTTCTTCTTCTTCACATCTCCTTCTTCTTTTTT*CTTATTCTTTG
CCTCTTCTTCTTCTTTCTCTTTCTCTTTCTCCATCTTCTTTTTCTTCAACCCTTTCTCCT
TTTT**CTTCTTCTTCCTCCTACCAACAAGCTTTGGGGGAGATTTCAGACGGAAACCGCT
GTCGTGTGTTTCCCCCTTCCCC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 6

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AACTTAAGTGTTTCAGCTC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3C319TF U 1
AF RR3BD92TF U 65
AF RR3AA59TF U 590
AF RR3AA59JQ C 760
AF RR3B318JQ C 1052
AF RR3B318TF U 1052
BS 1 94 RR3C319TF
BS 95 96 RR3BD92TF
BS 97 101 RR3C319TF
BS 102 102 RR3BD92TF
BS 103 103 RR3C319TF
BS 104 106 RR3BD92TF
BS 107 322 RR3C319TF
BS 323 323 RR3BD92TF
BS 324 367 RR3C319TF
BS 368 669 RR3BD92TF
BS 670 670 RR3AA59TF
BS 671 789 RR3BD92TF
BS 790 790 RR3AA59TF
BS 791 798 RR3BD92TF
BS 799 1366 RR3AA59TF
BS 1367 1457 RR3B318TF
BS 1458 1459 RR3B318JQ

RD RR3C319TF 372 0 0
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CGGGACAGAAGAAAGAGAGATATAGAGAGAGAGA**CATCTTC***TCCTTGTCTTCTTC
GCTTCTAATCTCTCTTTGCTTCTCCTCCTCCTCTTCTTGAGCTTCGAGATCCATCAACAA
TGGCCACCGATGAGCCTTCTCTCACTCGCTGGAGCTTCCTGTTTGGGAGGAAAAAGCTGC
CTGAAGAACCCCAGGAAGCAAAACCAGAAGATGGATCATCCAGTACCAAGGAAGAAGACC
CTTCCCAAGTCGTCACCAATCCGGCTCAGGAGGGTAACACTGGCTTGGCCAATGGGATCC
GTGAGAA
GCCGA

QA 1 367 1 367
DS 

RD RR3BD92TF 736 0 0
ACA
GAAGAAAGAGAGATATAGAGAGAGAGAGACATCTCCCTTTGCTTGTCTTCTTCTCTTCTA
ATCTCTCTTTGCTTCTCCTCCTCCTCTTCTTGAGCTTCGAGATCCATCAACAATGGCCAC
CGATGAGCCTTCTCTCACTCGCTGGAGCTTCCTGTTTGGGAGGAAGAAGCTGCCTGAAGA
GCCCCAGGAATCAAAGCCAGAAGATGGATCATCCAGTACCAAGGAAGAAGACCCTTCCCA
AGTCGTCACCAATCCAGCTCAGGAGGGTAACACTGGCTTGGCCAATGGGATCCGTGAGAA
GCCGAAGAAGTCAATGTTCCCACCTTTTCATCTGCAGAAACTCGTGCTCTCGCTGAGAGT
CTAAGCAGGGATATCATCCGTGGGAACCCAAATGTGAAGTGGGAAAGCATCAAGGGTTTA
GAGAACGCTAAAAGGTTGCTCAAAGAAGCTGTGGTGATGCCTATCAAATACCCCTCGTAC
TTTAATGGTCTGCTATCTCCATGGAAAGGGATTCTTCTTTTTGGTCCACCTGGTACCGGA
AAGACTATGCTTGCAAAGGCTGTCGCTACAGAGTGCAACACAACGTTCTTCAATATCTCA
GCCTCATCTGTTGTGAGCAAATGGAGAGGTGATTCTGAGAAGTTGATAAGAGTGCTGTTC
GATCTAGCTAAGCATCACGCTCCTTCTACTATATTTCTTGATGAAATAGACGCGATCATA
AGTCAGCGTGG
CG

QA 4 734 4 734
DS 

RD RR3AA59TF 777 0 0
GGC
CCACCTGGTACCGGAAAGACTATGCTTGCAAAGGCTGTTGCTACAGAGTGCAACACAACG
TTCTTCAATATCTCTGCATCATCTGTTGTTAGCAAATGGAGAGGTGATTCTGAGAAGTTG
ATAAGAGTGCTGTTCGATCTAGCTAAGCATCACGCTCCTTCTACTATATTTCTTGATGAA
ATAGACGCGATCATAAGCCAGCGTGGCGGTGAAGGACGCAGTGAACATGAAGCAAGTAGG
CGTCTCAAAACCGAGCTTCTCATTCAGATGGATGGGTTACAGAAAACGAATGAGCTCGTG
TTCGTTTTAGCAGCAACAAATCTCCCCTGGAAGCTTGATGCAGCTATGCTCAGGCGTCTA
GAGAAGAGAATTCTTGTACCATTACCGGATCCGGAAGCAAGAAGAGGAATGTTTGAGATG
CTCCTGCCGTTCAGACATTAGGATACTTTGCAAGGAAGCTGCAATGCAACCATTGAGACG
TACATTGGCTGCATTGGAAGACACCGAAGAGATTGTACCTGAAGATGAGTTGCCAAAAGT
GGGACCTATACTACCAGAAGATATTGACAGAGCTCTCAGCAACACTCGACCATCGGCTCA
TCTGCATGCACATCTGTATGACAAGTTCAACGATGATCATGGTAGCCAAATCCTCAAGTA
AATTCGATGGAACTTACATATATACACTATATATGCCATCTATAGCTTCATTTTTATTTG
TAATGGAAGCATCAAGATTTGGTTCTCTCAGTGACTTCTGTTGGTTATTATATT

QA 4 777 4 777
DS 

RD RR3AA59JQ 698 0 0
ATTTCTTGATGAAATAGACGCGATCATAAGCCAGCGTGGCGGTGAAGGACGCAGTGAACA
TGAAGCAAGTAGGCGTCTCAAAACCGAGCTTCTCATTCAGATGGATGGGTTACAGAAAAC
GAATGAGCTCGTGTTCGTTTTAGCAGCAACAAATCTCCCCTGGAAGCTTGATGCAGCTAT
GCTCAGGCGTCTAGAGAAGAGAATTCTTGTACCATTACCGGATCCGGAAGCAAGAAGAGG
AATGTTTGAGATGCTCCTGCCGTTCAGACATTAGGATACTTTGCAAGGAAGCTGCAATGC
AACCATTGAGACGTACATTGGCTGCATTGGAAGACACCGAAGAGATTGTACCTGAAGATG
AGTTGCCAAAAGTGGGACCTATACTACCAGAAGATATTGACAGAGCTTTCAGCAACACTC
GACCATCGGCTCATCTGCATGCACATCTGTATGACAAGTTCAACGATGATCATGGTAGCC
AAATCCTCAAGTAAATTCGATGGAACTTACATATATACACTATATATGCCATCTATAGCT
TCATTTTTATTTGTAATGGAAGCATCAAGATTTGGTTCTCTCAGTGACTTCTGTTGGTTA
TTATATTTAAGAAGAAGAAAAAAAACTTATAGTTGCTTTGTTGTAGCACTCTATTGGGGC
AATCTATTTTTCATAAATAAAAACTTAAGTGTTTCAGC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3B318JQ 408 0 0
TGCAATGCAACCATTGAGACGTACATTGGCTGCATTGGAAGACACCGAAGAGATTGTACC
TGAAGATGAGTTGCCAAAAGTGGGACCTATACTACCAGAAGATATTGACAGAGCTCTCAG
CAACACTCGACCATCGGCTCATCTGCATGCACATCTGTATGACAAGTTCAACGATGATTA
TGGTAGCCAAATCCTCAAGTAAATTCGATGGAACTTACATATATACACTATATATGCCAT
CTATAGCTTCATTTTTATTTGTAATGGAAGCATCAAGATTTGGTTCTCTCAGTGACTTCT
GTTGGTTATTATATTTAAGAAGAAGAAAAAAAACTTATAGTTGCTTTTTTGTAGCACTCT
ATTGGGGCAATCTATTTTTCATAAATAAAAACTTAAGTGTTTCAGCTC

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3B318TF 408 0 0
TGCAATGCAACCATTGAGACGTACATTGGCTGCATTGGAAGACACCGAAGAGATTGTACC
TGAAGATGAGTTGCCAAAAGTGGGACCTATACTACCAGAAGATATTGACAGAGCTCTCAG
CAACACTCGACCATCGGCTCATCTGCATGCACATCTGTATGACAAGTTCAACGATGATTA
TGGTAGCCAAATCCTCAAGTAAATTCGATGGAACTTACATATATACACTATATATGCCAT
CTATAGCTTCATTTTTATTTGTAATGGAAGCATCAAGATTTGGTTCTCTCAGTGACTTCT
GTTGGTTATTATATTTAAGAAGAAGAAAAAAAACTTATAGTTGCTTTTTTGTAGCACTCT
ATTGGGGCAATCTATTTTTCATAAATAAAAACTTAAGTGTTTCAGC
TC

QA 1 406 1 406
DS 



AS 2 8

CO CL301Contig1 781 3 5 U
GGGGTGAACTTAATAGTCGATATGTTTAGGGAAAATATATTGGTCTTGACATTATTTTCC
ATTTATTGGCTTTCATCAGCGGCTGGACAAAACAAATCCTTTTCTGCAGTTTTTGCTTTT
GGAGATTCAATACTAGATACTGGTAACAATAATCGTCTTCTTACTGTATTCAAGGGAAAT
TACTGGCCATATGGTTGGAACTATGACTTTAAGATACCGACGGGCAGATTTGGAAATGGG
AGAGTTTTCACCGATATGGTTGCTCAAGGGTTGGGGTTGAAAAGAGTTGTACCCGCCTAT
CGTAGGATGCGTCGCATCAAGCGCAACGACCTTAAAACTGGCGTTTGTTTCGCATCAGGT
GGTTCAGGAATCGACGATCTTACATCTAGAATACATAGAGTCTTATCGACAGAGGACCAA
GTAAGAGATTTCAAAAAATATTTGAAGCAACTAAAAAATGCGACGAAAAATAAGAAAGAG
ATGAAAAATATAATTTCAAACGCGGTGTTTCTTATTTCTGAAGGAAATAACGATATTGCA
TACTTCGTGACTCCCGCTCGTCTACGATTACAATCCAAAGATACATACACAAGTAACATG
GTTTTTTGGACAAAAACATTCCTACAAGATTTATACGATCTTGGAGCGAGAAAATTCGCG
GTGATGGGAGCGATTCCCGTAGATGCTTGCCTTTCCATCGCTTCATATTTGGTGGAGTAT
TTGCATGGTGTACTTCATGATGAAAAAATTTCGGAGACTTCAGCACAAATTGCGGAAGCT
C


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3C923TF U 1
AF RR3BO51TF U 2
AF RR3C276TF U 2
BS 1 223 RR3C923TF
BS 224 224 RR3BO51TF
BS 225 675 RR3C923TF
BS 676 762 RR3BO51TF
BS 763 781 RR3C276TF

RD RR3C923TF 675 0 0
GGGGTGAACTTAATAGTCGATATGTTTAGGGAAAATATATTGGTCTTGACATTATTTTCC
ATTTATTGGCTTTCATCAGCGGCTGGACAAAACAAATCCTTTTCTGCAGTTTTTGCTTTT
GGAGATTCAATACTAGATACTGGTAACAATAATCGTCTTCTTACTGTATTCAAGGGAAAT
TACTGGCCATATGGTTGGAACTATGACTTTAAGATACCGACGGACAGATTTGGAAATGGG
AGAGTTTTCACCGATATGGTTGCTCAAGGGTTGGGGTTGAAAAGAGTTGTACCCGCCTAT
CGTAGGATGCGTCGCATCAAGCGCAACGACCTTAAAACTGGCGTTTGTTTCGCATCAGGT
GGTTCAGGAATCGACGATCTTACATCTAGAATACATAGAGTCTTATCGACAGAGGACCAA
GTAAGAGATTTCAAAAAATATTTGAAGCAACTAAAAAATGCGACGAAAAATAAGAAAGAG
ATGAAAAATATAATTTCAAACGCGGTGTTTCTTATTTCTGAAGGAAATAACGATATTGCA
TACTTCGTGACTCCCGCTCGTCTACGATTACAATCCAAAGATACATACACAAGTAACATG
GTTTTTTGGACAAAAACATTCCTACAAGATTTATACGATCTTGGAGCGAGAAAATTCGCG
GTGATGGGAGCGATT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3BO51TF 779 0 0
GGGTGAACTTAATAGTCGATATGTTTAGGGAAAATATATTGGTCTTGACATTATTTTCCA
TTTATTGGCTTTCATCAGCGGCTGGACAAAACAAATCCTTTTCTGCAGTTTTTGCTTTTG
GAGATTCAATACTAGATACTGGTAACAATAATCGTCTTCTTACTGTATTCAAGGGAAATT
ACTGGCCATATGGTTGGAACTATGACTTTAAGATACCGACGGGCAGATTTGGAAATGGGA
GAGTTTTCACCGATATGGTTGCTCAAGGGTTGGGGTTGAAAAGAGTTGTACCCGCCTATC
GTAGGATGCGTCGCATCAAGCGCAACGACCTTAAAACTGGCGTTTGTTTCGCATCAGGTG
GTTCAGGAATCGACGATCTTACATCTAGAATACATAGAGTCTTATCGACAGAGGACCAAG
TAAGAGATTCCAAAAAATATTTGAAGCAACTAAAAAATGCGACGAAAAATAAGAAAGAGA
TGAAAAATATAATTTCAAACGCGGTGTTTCTTATTTCTGAAGGAAATAACGATATTGCAT
ACTTCGTGACTCCCGCTCGTCTACGATTACAATCCAAAGATACATACACAAGTAACATGG
TTTTTTGGACAAAAACATTCCTACAAGATTTATACGATCTTGGAGCGAGAAAATTCGCGG
TGATGGGAGCGATTCCCGTAGATGCTTGCCTTTCCATCGCTTCATATTTGGTGGAGTATT
TGCATGGTGTACTTCATGATGAAAAAATTTCGGAGACTTCA
CACAAATTGCGAAAGCTC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3C276TF 780 0 0
GGGTGAACTTAATAGTCGATATGTTTAGGGAAAATATATTGGTCTTGACATTATTTTCCA
TTTATTGGCTTTCATCAGCGGCTGGACAAAACAAATCCTTTTCTGCAGTTTTTGCTTTTG
GAGATTCAATACTAGATACTGGTAACAATAATCGTCTTCTTACTGTATTCAAGGGAAATT
ACTGGCCATATGGTTGGAACTATGACTTTAAGATACCGACGGGCAGATTTGGAAATGGGA
GAGTTTTCACCGATATGGTTGCTCAAGGGTTGGGGTTGAAAAGAGTTGTACCCGCCTATC
GTAGGATGCGTCGCATCAAGCGCAACGACCTTAAAACTGGCGTTTGTTTCGCATCAGGTG
GTTCAGGAATCGACGATCTTACATCTAGAATACATAGAGTCTTAT*GACAGAGGACCAAG
TAAGAGATTTCAAAAAATATTTGAAGCAACTAAAAAATGCGACGAAAAATAAGAAAGAGA
TGAAAAATATAATTTCAAACGCGGTGTTTCTTATTTCTGAAGGAAATAACGATATTGCAT
ACTTCGTGACTCCCGCTCGTCTACGATTACAATCCAAAGATACATACACAAGTAACATGG
TTTTTTGGACAAAAACATTCCTACAAGATTTATACGATCTTGGAGCGAGAAAATTCGCGG
TGATGGGAGCGATTCCCGTAGATGCTTGCCTTTCCATCGCTTCATATTTGGTGGAGTATT
*GCATGGTGTACTTCATGATGATAAA*TTTCGGAGACTTCAGCACAAATTGCGGAAGCTC

QA 1 780 1 780
DS 



CO CL301Contig2 1238 5 8 U
GGAAAACATCTAAGTAGATTCATTATAAAACATGGGAAAACAAAAAAAAAACTTGTGAAC
TTAATAGTCGATATGTTTAGGGAAAATATATTGGTGTTGACATTATTTTCCATTTATTGG
CTTTCATCAGCGGCTGGACAAAACAAATCCTTTTCTGCAATTTTTGCTTTTGGAGATTCA
ATACTAGATACTGGTAACAATAATCGTCTTCTTACTCTACTCAAGGGAAATTTCTGGCCA
TATGGTTTGAACTATGACTTTAAGATACCGACGGGCAGATTTGGAAATGGAAGAGTTTTC
ACCGATATGATTGCTCACGGGTTGGGGGTAAAAAAAGTTGTACCCGCTTATCGTAGGTTG
CGTCGCATCAAGCCCGACGACCTTAAAACTGGCGTTTGTTTCGCATCAGGTGGTTCAGGA
ATCGACGATCTTACATCTAAAACGCTGGGGGTTTTATCCACAGGCGACCAAGTAAGAGAT
TCCAAAAAATATTTGAAGAAACTAAAGAATGCGACGAAAAATAAGAAACAAATGAAATCC
ATAATTTCAAACGCAGTGTTTCTTATTTCTGAAGGAAATAACGACATTGGATACTTCGCG
ACTCCCGCTCGTCTACGATTACAATCCAAAGATACATACACAAGTAACATGGTTTTTTGG
ACAAAAACATTCCTACAAGATTTATACGATCTTGGAGCGAGAAAATTCGCGGTGATGGGA
GCGATTCCGGTAGGATGCTTGCCTTTCCATCGCTTCCTATTTGGTGGAGTATTTGCATGG
TGTAACTTCATGATGAATAAAGTTTCGGAAGACTTCAACACAAAATTGCAGAAAGCTCTT
ATTGGTTACGAAGTAGAAGAATGTTTTAAAGGTGCAAAGTTTGTTTACGTCGACATGTAC
GGCTCTCTCATGGATCTTATCAACCATCCTAAGGCCTATGGGTTTACAGAAGGGAAAAGA
TCGTGTTGTTGTATGGTGACATCGATAATACCATGCCTAAACCCGGACGAGTACGTATTC
TATGACTTCGCTCACCCCACCATGAGAGCCTATGAAGTAATATCTAAACCTCTTGTCTAT
CAGATAAGGAAAGGCCTTGCATGATTTAGTTTCTTGTTTCTTACCATCTTTAATTTTAAT
ATTCATGTAACAGGCGACAATATCATACATGACGATATATATTCGTAGTCTAAAGAATGT
ATGATCCAATTATGTATAATTGTATTGTCCTTTCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D484TF U 1
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BS 726 816 RR3A881TF
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ATAATTTCAAACGCAGTGTTTCTTATTTCTGAAGGAAATAACGACATTGGATACTTCGCG
ACTCCCGCTCGTCTACGATTACAATCCAAAGATACATACACAAGTAACATGGTTTTTT

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TGAACTATGACTTTAAGATACCGACGGGCAGATTTGGAAA*GGAAGAGTTTTCACCGATA
TGATTGCTCACGGGTTGGGGGTAAAAAAAGTTGTACCCGCTTATCGTAGGTTGCGTCGCA
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ATCTTACATCTAAAACGCTGGGGGTTTTATCCACAGGCGACCAAGTAAGAGATTTCAAAA
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GCCCGACGACCTTAAAACTGGCGTTTGTTTCGCATCAGGTGGTTCAGGAATCGACGATCT
TACATCTAAAACGCTGGGGGTTTTATCCACAGGCGACCAAGTAAGAGATTTCAAAAAATA
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AGGATGCTTG

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AGTTTTCACCGATATGATTGCTCACGGGTTGGGGGTAAAAAAAGTTGTACCCGCTTATCG
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AAGAGATTCCAAAAAATATTTGAAGAAACTAAAGAATGCGACGAAAAATAAGAAACAAAT
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TCTTGGAGCGAGAAAATTCGCGGTGATGGGAGCGATTCCGGTAGGATGCTTGCCTTTCCA
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AGGTGCAAAGTTTGTTTACGTCGACATGTACGGCTCTCTCATGGATCTTATCAACCATCC
TAAGGCCTATGGGTTTACAGAAGGGAAAAGATCGTGTTGTTGTATGGTGACATCGATAAT
ACCATGCCTAAACCCGGACGAGTACGTATTCTATGACTTCGCTCACCCCACCATGAGAGC
CTATGAAGTAATATCTAAACCTCTTGTCTATCAGATAAGGAAAGGCCTTGCATGATTTAG
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TGACGATATATATTCGTAGTCTAAAGAATGTATGATCCAATTATGTATAATTGTATTGTC
CTTTCTTTC

QA 1 849 1 849
DS 



AS 2 9

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GGAAAAACTGCTCTGGTAACCGGTGGTACTCGCGGAATTGGGCGAGCGGTAGTGGAGGAG
CTAGCGAGATTCGGTGCAACAGTTCACACATGTTCAAGGAACCAGGACGAGCTCAAATCA
TGCTTGGATGATTGGAAGTCCAATGGTTTAGCGGTAACCGGTTCGGTTTGCGATGCTTCG
GATAGAGATCAGAGGGAGAAGTTGATTCAGGAAGTTTCGTCTGCCTTTAGCGGCAAGCTC
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GCACATCCTCTTTTAAAAGCATCTGGGGTTGGTAGCATTGTGTTCATCTCCTCTGTGGCT
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GGAGGATTCACAGTCAACGGCTTCAGTTACACCATATAGTCAAAACCTCTAATCGCAACT
TTTACTAATAATAAAACAAGAACTCGTTCGTGTGGTTTCTTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 0 0 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DW53TF U 18
AF RR3GQ66TF U 1
AF RR3FU08TF U 70
AF RR3GT68TF U 18
AF RR3GQ66JQ C 101
AF RR3FU10TF U 148
BS 1 68 RR3GQ66TF
BS 69 69 RR3GT68TF
BS 70 146 RR3GQ66TF
BS 147 147 RR3FU08TF
BS 148 149 RR3GQ66TF
BS 150 150 RR3FU08TF
BS 151 152 RR3GQ66TF
BS 153 153 RR3FU08TF
BS 154 215 RR3GQ66TF
BS 216 216 RR3FU08TF
BS 217 230 RR3GQ66TF
BS 231 231 RR3FU08TF
BS 232 368 RR3GQ66TF
BS 369 369 RR3FU08TF
BS 370 384 RR3GQ66TF
BS 385 385 RR3FU08TF
BS 386 408 RR3GQ66TF
BS 409 409 RR3FU08TF
BS 410 455 RR3GQ66TF
BS 456 456 RR3FU08TF
BS 457 512 RR3GQ66TF
BS 513 513 RR3FU08TF
BS 514 698 RR3GQ66TF
BS 699 765 RR3FU10TF
BS 766 766 RR3GQ66JQ
BS 767 777 RR3FU10TF
BS 778 778 RR3GQ66JQ
BS 779 824 RR3FU10TF
BS 825 825 RR3GQ66JQ
BS 826 851 RR3FU10TF
BS 852 884 RR3GQ66JQ

RD RR3DW53TF 620 0 0
GGGTGGAG
TGACGATGGAGAATAACAAAAGATGGTCCCTCGCCGGAAAAACTGCTCTGGTAACCGGTG
GTACTCGCGGAATTGGGCGAGCGGTAGTGGAGGAGCTAGCGAGATTCGGTGCAACAGTTC
ACACATGTTCAAGGAACCAGGAGGAGCTCAAATCATGCTTGGATGATTGGAAGTCCAATG
GTTTAGCGGTAACCGGTTCGGTCTGCGATGTTTCGGATAGGGATCAGAGGGAGAAGTTGA
TTCAGGAAGTTTCGTCTGCCTTTAGCGGCAAGCTCAACATCCTTATAAACAATGTTGGAA
CTAATATAAGGAAACCAACAGTGGAGTACACGAGCGATGATTATGCTAAAATCATGTCGA
TCAACTTGGAATCCGCTTTCCATTTTTCCCAAATTGCACATCCTCTTTTAAAAGCATCTG
GGGTTGTTAGCATTGTGTTCATCTCCTCTGTGGCTGGGCTGGTTCATCTTAGTAGTGGAT
CTGTCTATGGTGCAACTAAAGGAGTACTTAATCAGCTTACAAGGAACCTAGCTTGCGAAT
GGGCAGGGGACAACATCAGAACCAATTGCGTGGCACCGTGGTACATCAAGACCTCACTTG
TGAAACCGCTAC

QA 9 620 9 620
DS 

RD RR3GQ66TF 700 0 0
GACAGTGTGATTGTGTGGAGGAGATTGACGATGGAGAATAACAAAAGATGGTCCCTCGCC
GGAAAAACCGCTCTGGTAACCGGTGGTACTCGCGGAATTGGGCGAGCGGTAGTGGAGGAG
CTAGCGAGATTCGGTGCAACAGTTCATACCTGCTCAAGGAACCAGGACGAGCTCAAATCA
TGCTTGGATGATTGGAAGTCCAATGGTTTAGCGGTTACCGGTTCGGTTTGTGATGCTTCG
GATAGAGATCAGAGGGAGAAGTTGATTCAGGAAGTTTCGTCTGCCTTTAGCGGCAAGCTC
AACATCCTTATAAACAATGTTGGAACTAATATAAGGAAACCAACAGTGGAGTACACGAGT
GAGGATTACGCTAAAATCATGTCGGTCAACTTGGAATCCGCTTTCCATATTTCCCAAATT
GCACATCCTCTTTTAAAAGCATCTGGGGTTGGTAGTATTGTGTTCATCTCCTCTGTGGCT
GGACTGGTTCATCTTAGTAGTGGATCTGTCTACGGTGCAACTAAAGGAGCACTTAATCAG
CTTACAAGGAACCTAGCTTGCGAATGGGCAGGGGACAACATCAGAACCAATTGCGTGGCG
CCGTGGTACATCAAGACCTCACTTGTGAAACCGCTACTTGAGAAGAAAGGTTTTGAGGAG
GCGGTGGTTTCGCGTACCCCACTTGGGCGCGTTGGAGA
CC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3FU08TF 609 0 0
GCTA
TGGTAACCGGTGGTACTCGCGGAATTGGGCGAGCGGTAGTGGAGGAGCTAGCGAGATTCG
GTGCAACAGTTCACACATGTTCAAGGAACCAGGAGGAGCTCAAATCATGCTTGGATGATT
GGAAGTCCAATGGTTTAGCGGTAACCGGTTCGGTCTGCGATGCTTCGGATAGGGATCAGA
GGGAGAAGTTGATTCAGGAAGTTTCGTCTGCCTTTAGCGGCAAGCTCAACATCCTTATAA
ACAATGTTGGAACTAATATAAGGAAACCAACAGTGGAGTACACGAGCGATGATTATGCTG
AAATCATGTCGATCAACTTGGAATCCGCTTTCCATTTTTCCCAAATTGCACATCCTCTTT
TAAAAGCATCTGGGGTTGGTAGCATTGTGTTCATCTCCTCTGTGGCTGGGCTGGTTCATC
TTAGTAGTGGATCTGTCTATGGTGCAACTAAAGGAGCACTTAATCAGCTTACAAGGAACC
TAGCTTGCGAATGGGCAGGGGACAACATCAGAACCAATTGCGTGGCACCGTGGTACATCA
AGACCTCACTTGTGAAACCGCTACTTGAGAAGAAAGGTTTTGAAGAGGCGGTGGTTTCGC
GTACC

QA 5 609 5 609
DS 

RD RR3GT68TF 661 0 0
GGGTGGAG
TGACGATGGAGAATAACAAAAGATGGTCCCTCGCCGGAAAAACTGCTCTGGTAACCGGTG
GTACTCGCGGAATTGGGCGAGCGGTAGTGGAGGAGCTAGCGAGATTCGGTGCAACAGTTC
ACACATGTTCAAGGAACCAGGAGGAGCTCAAATCATGCTTGGATGATTGGAAGTCCAATG
GTTTAGCGGTAACCGGTTCGGTCTGCGATGCTTCGGATAGGGATCAGAGGGAGAAGTTGA
TTCAGGAAGTTTCGTCTGCCTTTAGCGGCAAGCTCAACATCCTTATAAACAATGTTGGAA
CTAATATAAGGAAACCAACAGTGGAGTACACGAGCGATGATTATGCTAAAATCATGTCGA
TCAACTTGGAATCCGCTTTCCATTCTTCCCAAATTGCACATCCTCTTTTAAAAGCATCTG
GGGTTGGTAGCATTGTGTTCATCTCCTCTGTGGCTGGGCTGGTTCATCTTAGTAGTGGAT
CTGTCTATGGTGCAACTAAAGGAGCACTTAATCAGCTTACAAGAAACCTAGCTTGCGAAT
GGGCAGGGGACAACATCAGAACCAATTGCGTGGCACCGTGGTACATCAAGACCTCACTTG
TGAAACCGCTACTTGAGAAGAAAGGTTTTGAAGAGGCGGTGGTTTCGCGTACC

QA 9 661 9 661
DS 

RD RR3GQ66JQ 784 0 0
GGCGAGCGGTAGTGGAGGAGCTAGCGAGATTCGGTGCAACAGTTCATACCTGCTCAAGGA
ACCAGGACGAGCTCAAATCATGCTTGGATGATTGGAAGTCCAATGGTTTAGCGGTTACCG
GTTCGGTTTGTGATGCTTCGGATAGAGATCAGAGGGAGAAGTTGATTCAGGAAGTTTCGT
CTGCCTTTAGCGGCAAGCTCAACATCCTTATAAACAATGTTGGAACTAATATAAGGAAAC
CAACAGTGGAGTACACGAGTGAGGATTACGCTAAAATCATGTCGGTCAACTTGGAATCCG
CTTTCCATATTTCCCAAATTGCACATCCTCTTTTAAAAGCATCTGGGGTTGGTAGTATTG
TGTTCATCTCCTCTGTGGCTGGACTGGTTCATCTTAGTAGTGGATCTGTCTACGGTGCAA
CTAAAGGAGCACTTAATCAGCTTACAAGGAACCTAGCTTGCGAATGGGCAGGGGACAACA
TCAGAACCAATTGCGTGGCGCCGTGGTACATCAAGACCTCACTTGTGAAACCGCTACTTG
AGAAGAAAGGTTTTGAGGAGGCGGTGGTTTCGCGTACCCCACTTGGGCGCGTTGGAGAAC
CAGAGGAAGTCTTGTCGCTAGTTGCTTTTCTCTGCCTTCCCGCAGCTTCTTACATCACCG
GTCAGGTCATTTCTGTTAACGGAGGATTCACAGTCAACGGCTTCAGTTACACCATATAGT
CAAAACCTCTCAT***AACTTTTACTAATAATAAAACAAGAACTCGTTCGTGTGGTTTCT
TCCT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3FU10TF 717 0 0
GCT
TGTTCAAGGAACCAGGACGAGCTCAAATCATGCTTGGATGATTGGAAGTCCAATGGTTTA
GTGGTAACCGGTTCGGTTTGCGATGCTTCGGATAGAGATCAGAGGGAGAAGTTGATTCGG
GAAGTTTCGTCTGCCTTTAGCGGCAAGCTCAACATCCTTATAAACAATGTTGGAACTAAT
ATAAGGAAACCAACAGTGGAGTACACAAGTGAGGATTATGCTAAAATCATGTCGATCAAC
TTGGAATCCGCTTTCCATTTTTCCCAAATTGCACATCCTTTTTTAAAAGCATCTGGGGTT
GGTAGCATTGTGTTCATCTCCTCTGTGGCTGGACTGGTTCATCTTAGTAGTGGATCTGTC
TATGGTGCAACTAAAGGAGCACTTAATCAGCTTACAAGGAACCTAGCTTGCGAATGGGCA
GGGGACAACATCAGAACCAATTGCGTGGCGCCGTGGTACATCAAGACCTCACTTGTGAAA
CCGCTACTTGAGAAGAAAGGTTTTGAGGAGGCGGTGGTTTCGCGTACCCCTCTTGGGCGC
GTTGGAGAACCAGAGGAAGTCTCGTCGCTAGTTGCTTTTCTCTGCCTTCCCGCAGCTTCT
TACATCACCGGTCAG*TCATTTCTGTTGACGGAGGATTCACAGTCAACGGCTTCAGTTAC
ACCATATAGTCAAA*CCTCTAATCGCAACTTTTACTAATAA
CAAACAAGAACTC

QA 4 704 4 704
DS 



CO CL302Contig2 865 3 8 U
GGAAATTGCAAATGTGAGAATATTATTAATAACAAAGGCAAACAAGACTTTTTTTGGGCT
ACAGGCAAACAAGACTAATGGGAAGAAACCACACGAACGAGCTCTTGTTTTATTATTAGT
AAAAGCTGCGATGAGAGGTTTTGACTACATGGTGTAACTGAAGCCGTTGACTGTGAATCC
TCCGTCAACAGAAATGACCTGACCGGTGATGTAAGAAGCTGCGGGAAGGCAGAGGAAAGC
AACCAGCGACGAGACTTCCTCTGGTTCTCCAACGCGCCCAAGTGGGGTACGCGAAACCAC
CGCCTCTTCAAAACCTTTCTTCTCAAGTAGCGGTTTCACAAGTGAGGTCTTGATGTACCA
CGGTGCCACGCAATTGGTTCTGATGTTGTCCCCTGCCCATTCGCAAGCTAGGTTCCTTGT
AAGCTGATTAAGTGCTCCTTTAGTTGCACCATAGACAGATCCACTACTAAGATGAACCAG
CCCAGCCACAGAGGAGATGAACACAATGCTACCAACCCCAGATGCTTTTAAAAGAGGATG
TGCAATTTGGGAAAAATGGAAAGCGGATTCCAAGTTGATCGACATGATTTTAGCATAATC
ATCGCTCGTGTACTCCACTGTTGGTTTCCTTATATTAGTTCCAACATTGTTTATAAGGAT
GTTGAGCTTGCCGCTAAAGGCAGACGAAACTTCCTGAATCAACTTCTCCCTCTGATCCCT
ATCCGAAACATCGCAGACCGAACCGGTTACCGCTAAACCATTGGACTTCCAATCATCCAA
GCATGATTTGAGCTCCTCCTGGTTCCTTGAACATGTGTGAACTGTTGCACCGAATCTCGC
TAGCTCCTCCCTACCGCTCGCCAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU08JQ U 87
AF RR3GT68JQ U 1
AF RR3DW53JQ U 8
BS 1 414 RR3GT68JQ
BS 415 415 RR3DW53JQ
BS 416 553 RR3GT68JQ
BS 554 554 RR3DW53JQ
BS 555 727 RR3GT68JQ
BS 728 728 RR3DW53JQ
BS 729 795 RR3GT68JQ
BS 796 865 RR3DW53JQ

RD RR3FU08JQ 594 0 0
AACCACACGAACGAGCTCTTGTTTTATTATTAGTACAAGCTGCGATGAGAGGTTTTGACT
ACATGGTGTAACTGAAGCCGTTGACTGTGAATCCTCCGTCAACAAAAATGACCTGACCGG
TGATGTAAAAAGCTGCGGGAAGGCAAAGGAAAGCAACCAGCGACGAAACTTCCTCTGGTT
CTCCAACGCGCCCAAGTGGGGTACGCGAAACCACCGCCTCTTCAAAACCTTTCTTCTCAA
GTAGCGGTTTCACAAGTGAGGTCTTGATGTACCACGGTGCCACGCAATTGGTTCTGATGT
TGTCCCCTGCCCATTCCCAAGCTAGGTTCCTTGTAAGCTGATTAAGTGCTCCTTTAGTTG
CACCATAAACAGATCCACTACTAAAATGAACCAGCCCAGCCACAGAGGAAATGAACACAA
TGCTACCAACCCCAAATGCTTTTAAAAAAGGATGTGCAATTTGGGAAAAATGGAAAGCGG
ATTCCAAGTTGATCGACATGATTTCAGCATAATCATCGCTCGTGTACTCCACTGTTGGTT
TCCTTATATTAGTTCCAACATTGTTTATAAGGATGTTGAGCTTGCCGCTAAAGG

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3GT68JQ 795 0 0
GGAAATTGCAAATGTGAGAATATTATTAATAACAAAGGCAAACAAGACTTTTTTTGGGCT
ACAGGCAAACAAGACTAATGGGAAGAAACCACACGAACGAGCTCTTGTTTTATTATTAGT
AAAAGCTGCGATGAGAGGTTTTGACTACATGGTGTAACTGAAGCCGTTGACTGTGAATCC
TCCGTCAACAGAAATGACCTGACCGGTGATGTAAGAAGCTGCGGGAAGGCAGAGGAAAGC
AACCAGCGACGAGACTTCCTCTGGTTCTCCAACGCGCCCAAGTGGGGTACGCGAAACCAC
CGCCTCTTCAAAACCTTTCTTCTCAAGTAGCGGTTTCACAAGTGAGGTCTTGATGTACCA
CGGTGCCACGCAATTGGTTCTGATGTTGTCCCCTGCCCATTCGCAAGCTAGGTTTCTTGT
AAGCTGATTAAGTGCTCCTTTAGTTGCACCATAGACAGATCCACTACTAAGATGAACCAG
CCCAGCCACAGAGGAGATGAACACAATGCTACCAACCCCAGATGCTTTTAAAAGAGGATG
TGCAATTTGGGAAGAATGGAAAGCGGATTCCAAGTTGATCGACATGATTTTAGCATAATC
ATCGCTCGTGTACTCCACTGTTGGTTTCCTTATATTAGTTCCAACATTGTTTATAAGGAT
GTTGAGCTTGCCGCTAAAGGCAGACGAAACTTCCTGAATCAACTTCTCCCTCTGATCCCT
ATCCGAAGCATCGCAGACCGAACCGGTTACCGCTAAACCATTGGACTTCCAATCATCCAA
GCATGATTTGAGCTC

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3DW53JQ 858 0 0
GCAAATGTGAGAATATTATTAATAACAAAGGCAAACAAGACTTTTTTTGGGCTACAGGCA
AACAAGACTAATGGGAAGAAACCACACGAACGAGCTCTTGTTTTATTATTAGTAAAAGCT
GCGATGAGAGGTTTTGACTACATGGTGTAACTGAAGCCGTTGACTGTGAATCCTCCGTCA
ACAGAAATGACCTGACCGGTGATGTAAGAAGCTGCGGGAAGGCAGAGGAAAGCAACCAGC
GACGAGACTTCCTCTGGTTCTCCAACGCGCCCAAGTGGGGTACGCGAAACCACCGCCTCT
TCAAAACCTTTCTTCTCAAGTAGCGGTTTCACAAGTGAGGTCTTGATGTACCACGGTGCC
ACGCAATTGGTTCTGATGTTGTCCCCTGCCCATTCGCAAGCTAGGTTCCTTGTAAGCTGA
TTAAGTACTCCTTTAGTTGCACCATAGACAGATCCACTACTAAGATGAACCAGCCCAGCC
ACAGAGGAGATGAACACAATGCTAACAACCCCAGATGCTTTTAAAAGAGGATGTGCAATT
TGGGAAAAATGGAAAGCGGATTCCAAGTTGATCGACATGATTTTAGCATAATCATCGCTC
GTGTACTCCACTGTTGGTTTCCTTATATTAGTTCCAACATTGTTTATAAGGATGTTGAGC
TTGCCGCTAAAGGCAGACGAAACTTCCTGAATCAACTTCTCCCTCTGATCCCTATCCGAA
ACATCGCAGACCGAACCGGTTACCGCTAAACCATTGGACTTCCAATCATCCAAGCATGAT
TTGAGCTCCTCCTGGTTCCTTGAACATGTGTGAACTGTTGCACCGAATCTCGCTAGCTCC
TCCCTACCGCTCGCCAAT

QA 1 858 1 858
DS 



AS 1 9

CO CL303Contig1 1705 9 13 U
GGGAAAGAAAGAGAGTCAGAGAGATCGAAAATGGTGACTAATACTGAAGTGGTATCTCCC
GCAAGCAACGGCGTTGACGGAGGATGTTGCAAGTCAGGTCCTGGTTACGCGACGCCACTC
GCCGCCATGTCTGGTCCATCGGAAAAGCTCATCTACGTCACCGCCGTCTACAGTGGAACG
GGACGAGAGAAGCCTGATTACTTGGCAACAGTAGATGTTGATCCAAACTCACCAACATAT
TCAACCGTCATCCACAGGTTACCAATGCCTTTCCTGGGTGATGAGCTTCATCACTCTGGC
TGGAACTCTTGCAGCTCTTGCCATGGTGATGCTTCCGCTGACCGACGTTTTCTCGTCTTA
CCATCCCTTATATCTGGTCGCATCTATGCGATTGATACAAAGGCAGACCCGAGGGCACCT
TCTCTGTACAAGTACGTGGATCCTAAAGAGATTGCTGATAAGACTGGACTGGCTTATCCA
CACACAGCTCATTGTCTCGCCTCTGGCGAAATCTTGGTGTCCTGTCTTGGAGACGAAGAG
GGAAACGCCAAGGGGAATGGGTTTCTTCTTCTCGACTCTGATTTCAACATCAAGAGCAGG
TGGGAGAAAGAAGGACATAGTCCCTTGTTCGGTTATGATTTCTGGTATCAACCCCGGCAC
AAGACGATGATAAGCACTTCTTGGAGAGCACCTAAAGCCTTCACCAAAGGTTTCGATCTC
CAACACGTTGCTGATGGCTTATACGGAAGTCATCTCCATGTTTACAGTTGGCCTGGAGGT
GAAATGAAACAATTAATTGACCTTGGACCAACTGGCATGTTACCTCTAGAGATAAGATTC
TTGCATGATCCGTCTAAAGATACAGGGTATGTTGGGGGTGCTCTGTCGAGTAATATGATA
AGATTTTTCAAAAACAGTGATGAAACATGGGGCCATGAGGTGGTTATCCAAGTTAAACCA
CTGAAAGTAGAGAACTGGATTCTACCAGAAATGCCGGGGCTTATCACCGACTTCTTGATC
TCCCTCGATGACCGGTTCCTCTACTTTGTGAACTGGCTTCATGGAGACATTCGTCAGTAC
AACATTGAAGACCCTGAAAACCCTGTCTTAACCGGACAAATATGGGTGGGAGGATTACTA
CAAAAGGGCAGTCCTGTTAAGGCGGTTGGAGAAGACGGTAACACTTTCCAATATGATGTT
CCTCAGATCAAGGGGAAATCTCTAAGAGGAGGACCTCAAATGATCCAGCTGAGCCTCGAT
GGGAAACGATTGTATGCAACAAACTCGCTCTATAGTGCATGGGATCGTCAATTTTACCCG
GAACTCATGGATAAAGGATCACACATAATACAGCTTGATGTTGATACAGAGAAAGGTGGT
CTCTCCATAAACCCTGATCTCTTTGTGGACTTTGGTGATGAACCAGAGGGTCCTGCGCTT
GCCCATGAGATGAGGTATCCAGGTGGAGACTGCACTTCCGATATTTGGATTTGAGTCTGG
CCTGTTTATATGGTGAGTTGTTGTGCTACGCTTAAACTGAGTTTTTATTAGTTTGTTGAA
TAAAAAGCGTAAGTAATAAGAGGTCCCCTATATTTCGTGTGTTGATGGTGTGTAGACAAT
TTATACTTTGTTCGTAAAGTTGGCCTCCTTGTGGCTAATAAATTATTTAATAATGCTTTG
TAATAAAACTTTCTACATTTCGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 5 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 

AF RR3CW85TF U 1
AF RR3AY04TF U 16
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AF RR3CO47JQ C 910
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AF RR3E323JQ C 1029
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BS 711 745 RR3CW85TF
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BS 1705 1705 RR3E323JQ

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GCCGCCATGTCTGGTCCATCGGAAAAGCTCATCTACGTCACCGCCGTCTACAGTGGAACG
GGACGAGAGAAGCCTGATTACTTGGCAACAGTAGATGTTGATCCAAACTCACCAACATAT
TCAACCGTCATCCACAGGTTACCAATGCCTTTCCTGGGTGATGAGCTTCATCACTCTGGC
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CCATCCCTTATATCTGGTCGCATCTATGCGATTGATACAAAGGCAGACCCGAGGGCACCT
TCTCTGTACAAGTACGTGGATCCTAAAGAGATTGCTGATAAGACTGGACTGGCTTATCCA
CACACAGCTCATTGTCTCGCCTCTGGCGAAATCTTGGTGTCCTGTCTTGGAGACGAAGAG
GGAAACGCCAAGGGGAATGGGTTTCTTCTTCTCGACTCTGATTTCAACATCAAGAGCAGG
TGGGAGAAAGAAGGACATAGTCCCTTGTTCGGTTATGATTTCTGGTATCAACCCCGGCAC
AAGACGATGATAAGCACTTCTTGGAGAGCACCTAAAGCCTTCACCAAAG*TTTCGATCTC
CAACACGTTGCTGATGGCTTATACG
AAGTCATC

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DS 

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GACGGAGGATGTTGCAAGTCAGGTCCTGGTTACGCGACGCCACTCGCCGCCATGTCTGGT
CCATCGGAAAAGCTCATCTACGTCACCGCCGTCTACAGTGGAACGGGACGAGAGAAGCCT
GATTACTTGGCAACAGTAGATGTTGATCCAAACTCACCAACATATTCAACCGTCATCCAC
AGGTTACCAATGCCTTTCCTGGGTGATGAGCTTCATCACTCTGGCTGGAACTCTTGCAGC
TCTTGCCATGGTGATGCTTCCGCTGACCGACGTTTTCTCGTCTTACCATCCCTTATATCT
GGTCGCATCTATGCGATTGATACAAAGGCAGACCCGAGGGCACCTTCTCTGTACAAGTAC
GTGGATCCTAAAGAGATTGCTGATAAGACTGGACTGGCTTATCCACACACAGCTCATTGT
CTCGCCTCTGGCGAAATCTTGGTGTCCTGTCTTGGAGACGAAGAGGGAAACGCCAAGGGG
AATGGGTTTCTTCTTCTCGACTCTGATTTCAACATCAAGAGCAGGTGGGAGAAAGAAGGA
CATAGTCCCTTGTTCGGTTATGATTTCTGGTATCAACCCCGGCACAAGACGATGATAAGC
ACTTCTTGGGGAGCACCTAAAGCCTTCACCAAAGGTTTCGATCTCCAACACGTTGCTGAT
GGCTTATACGGAAGTCATCTCCATGTTTACAGTTGGCCTGGAGGTGAAATGAAACAATTA
ATTGACCTTGGACCAACTGGCATGTTACCTCTAGAGATA*GATTCTTGCATGATCCGTCT
AAAGATACAGG*TATGTTGGGGGTGCTCTGTCGAGTA
TATGATAGATTTTC

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DS 

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G
GACCTTGGACCAACTGGCATGTTACCTCTAGAGATAAGATTCTTGCATGATCCGTCTAAA
GATACAGGGTATGTTGGGGGTGCTCTGTCGAGTAATATGATAAGATTTTTCAAAAACAGT
GATGAAACATGGGGCCATGAGGTGGTTATCCAAGTTAAACCACTGAAAGTAGAGAACTGG
ATTCTACCAGAAATGCCGGGGCTTATCACCGACTTCTTGATCTCCCTCGATGACCGGTTC
CTCTACTTTGTGAACTGGCTTCATGGAGACATTCGTCAGTACAACATTGAAGACCCTGAA
AACCCTGTCTTAACCGGACAAATATGGGTGGGAGGATTACTACAAAAGGGCAGTCCTGTT
AAGGCGGTTGGAGAAGACGGTAACACTTTCCAATATGATGTTCCTCAGATCAAGGGGAAA
TCTCTAAGAGGAGGACCTCAAATGATCCAGCTGAGCCTCGATGGGAAACGATTGTATGCA
ACAAACTCGCTCTATAGTGCATGGGATCGTCAATTTTACCCGGAACTCATGGATAAAGGA
TCACACATAATACAGCTTGATGTTGATACAGAGAAAGGTGGTCTCTCCATAAACCCTGAT
CTCTTTGTGGACTTTGGTGATGAACCAGAGGGTCCTGCGCTTGCCCATGAGATGAGGTAT
CCAGGTGGAGACTGCACTTCCGATATTTGGATTTGAGTCTGGCCTGTTTATATGGTGAGT
TGTTGTGCTACGCTTAAACTGAGTTTTTATTAG

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DS 

RD RR3CO47JQ 796 0 0
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GAGAACTGGATTCTACCAGAAATGCCGGGGCTTATCACCGACTTCTTGATCTCCCTCGAT
GACCGGTTCCTCTACTTTGTGAACTGGCTTCATGGAGACATTCGTCAGTACAACATTGAA
GACCCTGAAAACCCTGTCTTAACCGGACAAATATGGGTGGGAGGATTACTACAAAAGGGC
AGTCCTGTTAAGGCGGTTGGAGAAGACGGTAACACTTTCCAATATGATGTTCCTCAGATC
AAGGGGAAATCTCTAAGAGGAGGACCTCAAATGATCCAGCTGAGCCTCGATGGGAAACGA
TTGTATGCAACAAACTCGCTCTATAGTGCATGGGATCGTCAATTTTACCCGGAACTCATG
GATAAAGGATCACACATAATACAGCTTGATGTTGATACAGAGAAAGGTGGTCTCTCCATA
AACCCTGATCTCTTTGTGGACTTTGGTGATGAACCAGAGGGTCCTGCGCTTGCCCATGAG
ATGAGGTATCCAGGTGGAGACTGCACTTCCGATATTTGGATTTGAGTCTGGCCTGTTTAT
ATGGTGAGTTGTTGTGCTACGCTTAAACTGAGTTTTTATTAGTTTGTTGAATAAAAAGCG
TAAGTAATAAGAGGTCCCCTATATTTCGTGTGTTGATGGTGTGTAGACAATTTATACTTT
GTTCGTAAAGTTGGCCTCCTTGTGGCTAAT************AATGCTTTGTAATAAAAC
TTTCTACATTTCGAG
C

QA 1 795 1 795
DS 

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G
TATGGGTGGGAGGATTACTACAAAAGGGCAGTCCTGTTAAGGCGGTTGGAGAAGACGGTA
ACACTTTCCAATATGATGTTCCTCAGATCAAGGGGAAATCTCTAAGAGGAGGACCTCAAA
TGATCCAGCTGAGCCTCGATGGGAAACGATTGTATGCAACAAACTCGCTCTATAGTGCAT
GGGATCGTCAATTTTACCCGGAACTCATGGATAAAGGATCACACATAATACAGCTTGATG
TTGATACAGAGAAAGGTGGTCTCTCCATAAACCCTGATCTCTTTGTGGACTTTGGTGATG
AACCAGAGGGTCCTGCGCTTGCCCATGAGATGAGGTATCCAGGTGGAGACTGCACTTCCG
ATATTTGGATTTGAGTCTGGCCTGTTTATATGGTGAGTTGTTGTGCTACGCTTAAACTGA
GTTTTTATTAGTTTGTTGAATAAAAAGCGTAAGTAATAAGAGGTCCCCTATATTTCGTGT
GTTGATGGTGTGTAGACAATTTATACTTTGTTCGTAAAGTTGGCCTCCTTGTGGCTAAT*
***********AATGCTTTGTAATAAAACTTTCTACATTTCGAG
C

QA 2 585 2 585
DS 

RD RR3E363TF 586 0 0
G
TATGGGTGGGAGGATTACTACAAAAGGGCAGTCCTGTTAAGGCGGTTGGAGAAGACGGTA
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GTTGATGGTGTGTAGACAATTTATACTTTGTTCGTAAAGTTGGCCTCCTTGTGGCTAAT*
***********AATGCTTTGTAATAAAACTTTCTACATTTCGAG
C

QA 2 585 2 585
DS 

RD RR3CW85JQ 712 0 0
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CCCCTATATTTCGTGTGTTGATGGTGTGTAGACAGTTTATACTTTGTTCGTAAAGTTGGC
CTCCTTGTGGCTAATAAATTATTTAATAATGCTTTGTAATAAAACTTTCT
CC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3E323TF 710 0 0
GGGGCTTATCACC
GACTTCTTGATCTCCCTCGATGACCGGTTCCTCTACTTTGTGAACTGGCTTCATGGAGAC
ATTCGTCAGTACAACATTGAAGACCCTGAAAACCCTGTCTTAACCGGACAAATATGGGTG
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CAATTTTACCCGGAACTCATGGATAAAGGATCACACATAATACAGCTTGATGTTGATACA
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GGTCCTGCGCTTGCCCATGAGATGAGGTATCCAGGTGGAGACTGCACTTCCGATATTTGG
ATTTGAGTCTGGCCTGTTTATATGGTGAATTGTTAAGCTACGCTTAAACTGAGTTTTTAT
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TGTGTAGACAATTTATACTTTGTTCGTAAAGTTGGCCTCCTTGTGGCTAATAAATTATTT
AATAATGCTTTGTAATAAAACTTTCTACATTTCGAG
C

QA 14 709 14 709
DS 

RD RR3E323JQ 677 0 0
TGACCGGTTCCTCTACTTTGTGAACTGGCTTCATGGAGACATTCGTCAGTACAACATTGA
AGACCCTGAAAACCCTGTCTTAACCGGACAAATATGGGTGGGAGGATTACTACAAAAGGG
CAGTCCTGTTAAGGCGGTTGGAGAAGACGGTAACACTTTCCAATATGATGTTCCTCAGAT
CAAGGGGAAATCTCTAAGAGGAGGACCTCAAATGATCCAGCTGATCCTCGATGGGAAACG
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GGATAAAGGATCACACATAATACAGCTTGATGTTGATACAGAGAAAGGTGGTCTCTCCAT
AAACCCTGATCTCTTTGTGGACTTTGGTGATGAACCAGAGGGTCCTGCGCTTGCCCATGA
GATGAGGTATCCAGGTGGAGACTGCACTTCCGATATTTGGATTTGAGTCTGGCCTGTTTA
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GTAAGTAATAAGAGGTCCCCTATATTTCGTGTGTTGATGGTGTGTAGACAATTTATACTT
TGTTCGTAAAGTTGGCCTCCTTGTGGCTAATAAATTATTTAATAATGCTTTGTAATAAAA
CTTTCTACATTTCGAGC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 11

CO CL304Contig1 905 11 17 U
GGGTTCAAACATCATTTGCAGACTGTCTCTCTCTTTTTTCCTCTCTCATCTGCCTTGTTA
AAAAAAAAAAAAAAGAACATGGCTGCTTTTGAGGGAAGCTCTGATTTGGATGCTATACAG
GAGCATCTCTTGGAAGACTTTTTGGTAGCTGATGGTTTCATGGGAGATTTCGACTTTAAT
GCTTCTTTTGTCTCAGGACTCTGGTGTATAGAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAACAA
GAACCCGATTCTCCGGTTCTTGATCCGGACTCGTTCGTCAAAGAGTTTTTACAAGTGGAA
GTGGAATCACCTACATCAACGGGGATTTCAGAGCAGAATTCATCATCACATGAGACTGAT
CAGAGTGTCTCAGCCAGGAAAAAAACAGAGAGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAA
CAGAGGCACTACCGAGGAGTGAGAAGAAGGCCGTGGGGGAAATTTGCAGCAGAGATTCGG
GATCCAGCAAAGAAAGGATCTCGGATTTGGCTAGGGACGTTTGAAAGTAATGTTGATGCC
GCAAGAGCATATGACTGTGCAGCTTTCAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTC
CCTCTAGACGCTGGCAAATATGAAGCTCCCGTGAATTCAGGACGGAAGAGGAAGAGAAGT
GATGTGCAGGAGGAGCTCCAAAGAAGTCAGAGCAATTCATCTTCATCGTCAAGTGATGGA
GGAACGACTTGTGAATGATTAATTTAACATTTAAAAGTGTGTGCAGTTTCATTGTGCAAG
TTAATTGTACAGAAGAAGTGAAGTATAGGTTAGTGTGCTAAGAACTCTTGCAACAAATTT
GTATGAATGTTCTGTTTCTTAAGTTCTTGTTTCCAAGAAAGTTCTCTCGTGAGGGATTGA
GTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 30 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3ER90TF U 144
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AF RR3F104TF U 3
AF RR3EM15TF U 34
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AF RR3BT28JQ C 71
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AF RR3FE78JQ C 203
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BS 302 302 RR3EM15TF
BS 303 312 RR3B325TF
BS 313 313 RR3EM15TF
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BS 451 451 RR3EM15TF
BS 452 665 RR3B325TF
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TCCGGA

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DS 

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DS 

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GGAA
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AAAA****GAACATGGCTGCTTTTGAGGGAAGCTCTGATTTGGATGCTATACAGGAGCAT
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DS 

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CAGAATTCATCATCACATGAGACTGATCAGAGTGTCTCAGCCAGGAAAAAAACAGAGAGG
TTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAGGCACTACCGAGGAGTGAGAAGAAGGCCG
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GGGACGTTTGAAAGTAATGTTGATGCCGCAAGAGCATATGACTGCGCAGCTTTCAAGCCC
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AATTCA

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3B325TF 665 0 0
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AAAAAAAAAAAAA*GAACATGGCTGCTTTTGAGGGAAGCTCTGATTTGGATGCTATACAG
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GCTTCTTTTGTCTCAGGACTCTGGTGTATAGAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAACAA
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CAGAGTGTCTCAGCCAGGAAAAAAACAGAGAGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAA
CAGAGGCACTACCGAGGAGTGAGAAGAAGGTCGTGGGGGAAATTTGCAGCAGAGATTCGG
GATCCAGCAAAGAAAGGATCTCGGATTTGGCTAGGGACGTTTGAAAGTAATGTTGATGCC
GCAAGAGCATATGACTGTGCAGCTTTCAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTC
CCTCTAGACGCTGGCAAATATGAAGCTCCCGTGAATTCAGGACGGAAGAGGAAGAGAAGT
GATGT

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DS 

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GGTTTCATGGGAGATTTCGACTTTAATGCTTCTTTTGTCTCAGGACTCTGGTGTATAGAA
CCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAACAAGAACCCGATTCTCCGGTTCTTGATCCGGACTCG
TTCGTCAAAGAGTTTTTACAAGTGGAAGTGGAATCACCTACATCAACGGGGATTTCAGAG
CAGAATTCATCATCACGTGAGACTGATCAGAGTGTCTCAGCCAGGAAAAAAACAGAGAGG
TTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA***CAGAGGCACTACCGAGGAGTGAGAAGAAGGCCG
TGGGGGAAATTTGCAGCAGAGATTCGGGATCCAGCAAAGAAAGGATCTCGGATTTGGCTA
GGGACGTTTGAAAGTAATGTTGATGCCGCAAGAGCATATGACTGTGCAGCTTTCAAGCTC
AGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTCCCTCTAGACGCTGGCAAATATGAAGCTCCCGTG
AATTCA*GACGTAAGAGGAAGAGAAGTGATGT

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DS 

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AAACATCATTTGCAGACTGTCTCTCTCTTTTTTCCTCTCTCATCTGCCTTGTTAAAAAAA
AAAAA***GAACATGGCTGCTTTTGAGGGAAGCTCTGATTTGGATGCTATACAGGAGCAT
CTCTTGGAAGACTTTTTGGTAGCTGATGGTTTCATGGGAGATTTCGACTTTAATGCTTCT
TTTGTCTCAGGACTCTGGTGTATAGAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAACAAGAACCC
GATTCTCCGGTTCTTGATCCGGACTCGTTCGTCAAAGAGTTTTTACAAGTGGAAGTGGAA
TCACCTACATCAACGGGGATTTCAGAGCAGAATTCATCATCACATGAGACTGATCAGAGT
GTCTCAGCCAGGAGAAAAACAGAGAGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAGG
CACTACCGAGGAGTGAGAAGAAGGCCGTGGGGGAAATTTGCAGCAGAGATTCGGGATCCA
GCAAAGAAAGGATCTCGGATTTGGCTAGGGACGTTTGAAAGTAATGTTGATGCCGCAAGA
GCATATGACTGTGCAGCTTTCAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTCCCTCTA
GACGCTGGCAAATATGAAGCTCCCGTGAATTCACGACGGAAGAGGAAGAGAAGTGATGTG
CACGAGGAGCTCCAAAGAAGTCAGAGCAATTCATCTTCATCGTCAAGTGATGGAGGA
CGACT

QA 7 723 7 723
DS 

RD RR3BT28JQ 790 0 0
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TGGAAGACTTTTTGGTAGCTGATGGTTTCATGGGAGATTTCGACTTTAATGCTTCTTTTG
TCTCAGGACTCTGGTGTATAGAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAACAAGAACCCGATT
CTCCGGTTCTTGATCCGGACTCGTTCGTCAAAGAGTTTTTACAAGTGGAAGTGGAATCAC
CTACATCAACGGGGATTTCAGAGCAGAATTCATCATCACGTGAGACTGATCAGAGTGTTT
CAGCCAGGAAAAAAACAGAGAGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAA***CAGAGGCACT
ACCGAGGAGTGAGAAGAAGGCCGTGGGGGAAATTTGCAGCAGAGATTCGGGATCCAGCAA
AGAAAGGATCTCGGATTTGGCTAGGGACGTTTGAAAGTAATGTTGATGCCGCAAGAGCAT
ATGACTGTGCAGCTTTCAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTCCCTCTAGACG
CTGGCAAATATGAAGCTCCCGTGAATTCAGGACGTAAGAGGAAGAGAAGTGATGTGCAGG
AGGAGCTCCAAAGAAGTCAGAGCAATTCATCTTCATCGTCAAGTGATGGAGGAACGACTT
GTGAATGATTAATTTAACATTTAAAAGTGTGTGCAGTTTCATTGTGCAAGTTAATTGTAC
AGAAGAAGTGAAGTATAGGTTAGTGTGCTAAGAACTCTTGCAACAAATTTGTATGAATGT
TCTGTTTC
TT

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3F104JQ 800 0 0
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AGACTTTTTGGTAGCTGATGGTTTCATGGGAGATTTCGACTTTAATGCTTCTTTTGTCTC
AGGACTCTGGTGTATAGAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAACAAGAACCCGATTCTCC
GGTTCTTGATCCGGACTCGTTCGTCAAAGAGTTTTTACAAGTGGAAGTGGAATCACCTAC
ATCAACGGGGATTTCAGAGCAGAATTCATCATCACATGAGACTGATCAGAGTGTTTCAGC
CAGGAAAAAAACAGAGAGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAGGCACTACCG
AGGAGTGAGAAGAAGGCCGTGGGGGAAATTTGCAGCAGAGATTCGGGATCCAGCAAAGAA
AGGATTTCGGATTTGGCTAGGGACGTTTGAAAGTAATGTTGATGCCGCAAGAGCATATGA
CTGTGCAGCTTTCAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTCCCTCTAGACGCTGG
CAAATATGAAGCTCCCGTGAATTCAGGACGGAAGAGGAAGAGAAGTGATGTGCAGGAGGA
GCTCCAAAGAAGTCAGAGCAATTCATCTTCATCGTCAAGTGATGGAGGAACGACTTGTGA
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TTTCTTAAGTTCTTGTTTCC

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3GM11JQ 775 0 0
CTTTTGAGGGAAGCTCTGATTTGGATGCTATACAGGAGCATCTCTTGGAAGACTTTTTGG
TAGCTGATGGTTTCATGGGAGATTTCGACTTTAATGCTTCTTTTGTCTCAGGACTCTGGT
GTATAGAACCTGTGATGAATCAAGTTCCTAAACAAGAACCCGATTCTCCGGTTCTTGATC
CGGACTCGTTCGTCAAAGAGTTTTTACAAGTGGAAGTGGAATCACCTACATCAACGGGGA
TTTCAGAGCAGAATTCATCATCACATGAGACTGATCAGAGTGTTTCAGCCAGGAAAAAAA
CAGAGAGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAGGCACTACCGAGGAGTGAGAA
GAAGGCCGTGGGGGAAATTTGCAGCAGAGATTCGGGATCCAGCAAAGAAAGGATCTCGGA
TTTGGCTAGGGACGTTTGAAAGTAATGTTGATGCCGCAAGAGCATATGACTGTGCAGCTT
TCAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTCTCTCTAGACGCTGGCAAATATGAAG
CTCCCGTGAATTCAGGACGGAAGAGGAAGAGAAGTGATGTGCAGGAGGAGCTCCAAAGAA
GTCAGAGCAATTCATCTTCATCGTCAAGTGATGGAGGAACGACTTGTGAATGATTAATTT
AACATTTAAAAGTGTGTGCAGTTTCATTGTGCAAGTTAATTGTACAGAAGAAGTGAAGTA
TAGGTTAGTGTGCTAAGAACTCTTGCAACAAATTTGTATGAATGTTCTGTTTC
CT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3FE78JQ 703 0 0
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ATCCGGACTCGTTCGTCAAAGAGTTTTTACAAGTGGAAGTGGAATCACCTACATCAACGG
GGATTTCAGAGCAGAATTCATCATCACATGAGACTGATCAGAGTGTTTCAGCCAGGAGAA
AAACAGAGAGGTTCGAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAGGCACTACCGAGGAGTGA
GAAGAAGGCCGTGGGGGAAATTTGCAGCAGAGATTCGGGATCCAGCAAAGAAAGGATTTC
GGATTTGGCTAGGGACGTTTGAAAGTAATGTTGATGCCGCAAGAGCATATGACTGTGCAG
CTTTCAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTCCCTCTAGACGCTGGCAAATATG
AAGCTCCCGTGAATTCAGGACGGAAGAGGAAGAGAAGTGATGTGCAGGAGGAGCTCCAAA
GAAGTCAGAGCAATTCATCTTCATCGTCAAGTGATGGAGGAACGACTTGTGAATGATTAA
TTTAACATTTAAAAGTGTGTGCAGTTTCATTGTGCAAGTTAATTGTACAGAAGAAGTGAA
GTATCGGTTAGTGTGCTAAGAACTCTTGCAACAAATTTGTATGAATGTTCTGTTTCTTAA
GTTCTTGTTTCCAAGAAAGTTCTCTCGTGAGGGATTGAGTTCC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 8

CO CL305Contig1 890 8 11 U
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TTGTTTCACCAGTGATCTCGGGACAAGGCGGTTGAAAGCGTCGAGCTGGTCGGGAAAGAG
CGGCTCTGGTAACAATAATATCCGCCGGAGAAGTCTGAGAGTTGCGGCTGAGGTGAAGTT
CGTGAATGCAGAGGAAGCAAAGAAGTTGATAGCAGCGGAAGGTTACAAGGTTGTGGATGT
AAGAGACAAGACTCAGTTCGAGAGAGCTCATATAAAGTCTTGCCACCACATCCCTCTCTT
CATCTTCAACGAAGACAACGATCTTGGTACGATAGTAAAGAGGACAGTGCACAACAACTT
CTCAGGGCTCTTCTTTGGTTTGCCCTTCACGAAACTGAATCCGGAGTTCGTTAAATCCGT
TAGAAACGAGTTTTCACAGGACAGCAAACTGTTACTGGTTTGCCAAGAAGGTCTCAGATC
TGCAGCTGCTGCTAGTAGATTGGAGGAAGCAGGTTACGATAACATTGCTTGTGTAACATC
AGGGTTACAGTCTGTTAAACCAGGGACATTTGAGTCGGTTGGTTCAACGGAGTTGCAGAA
TGCAGGCAAGGCAGGGCTTATCACAATTCAAGGCAAGATCTCAGCTGTCTTAGGAACAGT
GCTCGTCTGTGCTTTGTTGTTCATAACGTTCTTCCCAGACCAAGCAGAGAAGCTGTTTCC
TTCAAACTAAAGACAAGAGAACAATTATGATTGATTCAGAGAAGTTTTCAGAGTTTTCAA
CCTGTTTGTATGTAGATGCTTAAAAGAACACAAAAAAATCTTTAAATTATTTGAATTTTT
GAAGTAGTTACAAAAACATATGGTATTGAACAAAGTTTTTATCTGCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CY05TF U 8
AF RR3GM51TF U 54
AF RR3CJ05TF U 1
AF RR3D407TF U 1
AF RR3BH59TF U 1
AF RR3GM51JQ C 113
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AF RR3D407JQ C 150
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QA 1 151 1 151
DS 

RD RR3GM51TF 416 0 0
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TGAAGTTCGTGAATGCAGAGGAAGCAAAGAAGTTGATAGCAGCGGAAGGTTACAAGGTTG
TGGATGTAAGAGACAAGACTCAGTTCGAGAGAGCTCATATAAAGTCTTGCCACCACATCC
CTCTCTTCATCTTCAACGAAGACAACGATCTTGGTACGATAGTAAAGAGGACAGTGCACA
ACAACTTCTCAGGGCTCTTCTTTGGTTTGCCCTTCACGAAACTGAATCCGGAGTTCGTTA
AATCCGTTAGAAACGAGTTTTCA*AGGACAGCAAACTGTTACTGGTTT
TGCCAAGA

QA 1 408 1 408
DS 

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AAGACTCAGTTCGAGAGAGCTCATATAAAGTCTTGCCACCACATCCCTCTCTTCATCTTC
AACGAAGACAACGATCTTGGTACGATAGTAAAGAGGACAGTGCACAACAACTTCTCAGGG
CTCTTCTTTGGTTTGCCCTTCACGAAACTGAATCCGGAGTTCGTTAAATCCGTTAGAAAC
GAGTTTTCACAGGACAGCAAACTGTTACTGGTTTGCCAAGAAGGTCTCAGATCTGCAGCT
GCTGCTAGTAGATTGGAGGAAGCAGGTTACGATAACATTGCTTGTGTAACATCAGGGTTA
CAGTCTGTTAAACCAGGGACATTTGAGTCGGTTGGTTCAACGGAGTTGCAGAAT

QA 8 601 8 601
DS 

RD RR3D407TF 601 0 0
ATCGAGA
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ACCAGTGATCTCGGGACAAGGCGGTTGAAAGCGTCGAGCTGGTCGGGAAAGAGCGGCTCT
GGTAACAATAATATCCGCCGGAGAAGTCTGAGAGTTGCGGCTGAGGTGAAGTTCGTGAAT
GCAGAGGAAGCAAAGAAGTTGATAGCAGCGGAAGGTTACAAGGTTGTGGATGTAAGAGAC
AAGACTCAGTTCGAGAGAGCTCATATAAAGTCTTGCCACCACATCCCTCTCTTCATCTTC
AACGAAGACAACGATCTTGGTACGATAGTAAAGAGGACAGTGCACAACAACTTCTCAGGG
CTCTTCTTTGGTTTGCCCTTCACGAAACTGAATCCGGAGTTCGTTAAATCCGTTAGAAAC
GAGTTTTCACAGGACAGCAAACTGTTACTGGTTTGCCAAGAAGGTCTCAGATCTGCAGCT
GCTGCTAGTAGATTGGAGGAAGCAGGTTACTATAACATTGCTTGTGTAACATCAGGGTTA
CAGTCTGTTAAACCAGGGACATTTGAGTCGGTTGGTTCAACGGAGTTGCAGAAT

QA 8 601 8 601
DS 

RD RR3BH59TF 754 0 0
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TTGTTTCACCAGTGATCTCGGGACAAGGCGGTTGAAAGCGTCGAGCTGGTCGGGAAGGAG
CGGCTCTGGTAACAATAATATCCGCCGGAGAAGTCTGAGAGTTGCGGCTGAGGTGAAGTT
CGTGAATGCAGAGGAAGCAAAGAAGTTGATAGCAGCGGAAGGTTACAAGGTTGTGGATGT
AAGAGACAAGACTCAGTTCGAGAGAGCTCATATAAAGTCTTGCCACCACATCCCTCTCTT
CATCTTCAACGAAGACAACGATCTTGGTACGATAGTAAAGAGGACAGTGCACAACAACTT
CTCAGGGCTCTTCTTTGGTTTGCCCTTCACGAAACTGAATCCGGAGTTCGTTAAATCCGT
TAGAAACGAGTTTTCACAGGACAGCAAACTGTTACTGGTTTGCCAAGAAGGTCTCAGATC
TGCAGCTGCTGCTAGTAGATTGGAGGAAGCAGGTTACGATAACATTGCTTGTGTAACATC
AGGGTTACAGTCTGTTAAACCAGGGACATTTGAGTCGGTTGGTTCAACGGAGTTGCAGAA
TGCAGGCAAGGCAGGGCTTATCACAATTCAAGGCAAGATCTCAGCTGTCTTAG*AACAGT
GCTCGTCTGTGCTTTGTTGTTCATAACGTTCTTCCCAGACCAAGCAGAGAAGCTGTTTCC
TTCAAACTAAAGACAAGAGAACAATTATGATTGA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3GM51JQ 739 0 0
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GTGAAGTTCGTGAATGCAGAGGAAGCAAAGAAGTTGATAGCAGCGGAAGGTTACAAGGTT
GTGGATGTAAGAGACAAGACTCAGTTCGAGAGAGCTCATATAAAGTCTTGCCACCACATC
CCTCTCTTCATCTTCAACGAAGACAACGATCTTGGTACGATAGTAAAGAGGACAGTGCAC
AACAACTTCTCAGGGCTCTTCTTTGGTTTGCCCTTCACGAAACTGAATCCGGAGTTCGTT
AAATCCGTTAGAAACGAGTTTTCA*AGGACAGCAAACTGTTACTGGTTTGCCAAGAAGGT
CTCAGATCTGCAGCTGCTGCTAGTAGATTGGAGGAAGCAGGTTACGATAACATTGCTTGT
GTAACATCAGGGTTACAGTCTGTTAAACCAGGGACATTTGAGTCGGTTGGTTCAACGGAG
TTGCAGAATGCAGGCAAGGCAGGGCTTATCACAATTCAAGGCAAGATTTCAGCTGTCTTA
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CTGTTTCCTTCAAACTAAAGACAAGAGAACAATTATGATTGATTCAGAGAAGTTTTCAGA
GTTTTCAACCTGTTTGTATGTAGACGCTTAAAAGAACCCAAAAAAATCTTTAAATTATTT
GAATTTTTGAAGTAGTTAC

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3CJ05JQ 758 0 0
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GGAAGCAAAGAAGTTGATAGCAGCGGAAGGTTACAAGGTTGTGGATGTAAGAGACAAGAC
TCAGTTCGAGAGAGCTCATATAAAGTCTTGCCACCACATCCCTCTCTTCATCTTCAACGA
AGACAACGATCTTGGTACGATAGTAAAGAGGACAGTGCACAACAACTTCTCAGGGCTCTT
CTTTGGTTTGCCCTTCACGAAACTGAATCCGGAGTTCGTTAAATCCGTTAGAAACGAGTT
TTCACAGGACAGCAAACTGTTACTGGTTTGCCAAGAAGGTCTCAGATCTGCAGCTGCTGC
TAGTAGATTGGAGGAAGCAGGTTACGATAACATTGCTTGTGTAACATCAGGGTTACAGTC
TGTTAAACCAGGGACATTTGAGTCGGTTGGTTCAACGGAGTTGCAGAATGCAGGCAAGGC
AGGGCTTATCACAATTCAAGGCAAGATCTCAGCTGTCTTAGGAACAGTGCTCGTCTGTAC
TTTGTTGTTCATAACGTTCTTCCCAGACCAAGCAGAGAAGCTGTTTCCTTCAAACTAAAG
ACAAGAGAACAATTATGATTGATTCAGAGAAGTTTTCAGAGTTTTCAACCTGTTTGTATG
TAGATGCTTAAAAGAACACAAAAAAATCTTTAAATTATTTGAATTTTTGAAGTAGTTACA
AAAACATATGGTATTGAACAAAGTTTTTATCTGCTTGC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3D407JQ 719 0 0
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TAGCAGCGGAAGGTTACAAGGTTGTGGATGTAAGAGACAAGACTCAGTTCGAGAGAGCTC
ATATAAAGTCTTGCCACCACATCCCTCTCTTCATCTTCAACGAAGACAACGATCTTGGTA
CGATAGTAAAGAGGACAGTGCACAACAACTTCTCAGGGCTCTTCTTTGGTTTGCCCTTCA
CGAAACTGAATCCGGAGTTCGTTAAATCCGTTAGAAACGAGTTTTCACAGGACAGCAAAC
TGTTACTGGTTTGCCAAGAAGGTCTCAGATCTGCAGCTGCTGCTAGTAGATTGGAGGAAG
CAGGTTACTATAACATTGCTTGTGTAACATCAGGGTTACAGTCTGTTAAACCAGGGACAT
TTGAGTCGGTTGGTTCAACGGAGTTGCAGAATGCAGGCAAGGCAGGGCTTATCACAATTC
AAGGCAAGATTTCAGCTGTCTTAGGAACAGTGCTCGTCTGTGCTTTGTTGTTCATAACGT
TCTTCCCAGACCAAGCAGAGAAGCTGCTTCCTTCAAACTAAAGACAAGAGAACAATTATG
ATTGATTCAGAGAAGTTTTCAGAGTTTTCAACCTGTTTGTATGTAGATGCTTAAAAGAAC
ACAAAAAAATCTTTAAATTATTTGAATTTTTGAAGTAGTTACAAAAACATATGGTATTG

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 9

CO CL306Contig1 1495 9 16 U
GGAGAAAACACAAATACGCAGAGAAAGGAAGGAGCCCCTGAGGGAGAGAAGTGAGAAGTA
ACGCAAAGATTCAAAAGAGAACCAGACTTCTCTCACTGTTTCATCTTCTCAAATCACCTT
TTAGCTCCCGACTCGTTTCTCACTCTTCTTTGCCGTTAACCACAAGTAAACAGAGGCTGG
AGCTGGGGAAGAAAAGGATTGTCTATGGAGGGAGACGGCGTAAAAGGTTTGGGATGCCAG
AAGACTATGGATGGGAAGGCGAGTAACGGGAACAAGGCTGTACCTTCTTGTTGCCTCAAG
GCCATGGCTTGCTTACCTGAGGAAGATGCTAAGTGCCACTCCACTGTTGTTTCTGGATGG
TTCTCCGAACCTCACTCTCGCTCTGGGAAAAAAGGGGAAGCTGTCTATTTCAATAACCCT
ATGTGGCCTGGTGAAGCACACTCACTGAAAGTTGAGAAAGTTCTGTTTAAGGACAAGTCA
GAGTATCAGGAAGTCCTAGTGTTTGAGTCAGCTACCTACGGGAAAGTGCTTGTTCTAGAT
GGTATTGTACAGCTGACTGAAAAAGACGAATTCGCATATCAGGAGATGATAGCACATCTG
CCTCTTTGCTCTACACCTTCTCCTAAAAATGTTCTAGTTGTTGGGGGAGGTGACGGTGGT
GTTCTCAGGGAGATTTCTCGCCATAGCTCTGTTGAGGTTATTGACATTTGCGAGATAGAC
AAGATGGTTATAGATGTGTCTAAGAAGTTCTTCCCCGAGTTAGCTGTTGGATTTGAAGAC
CCTCGTGTTCAACTTCACATTGGTGATGCTGTTGAGTTCCTTCGTAAGTCCCCTGCAGGG
AAGTATGACGCCATTATTGTCGATTCTTCAGATCCTGTTGGTCCTGCTCAGGCGCTTGTT
GAGAAGCCTTTCTTTGAAACGTTAGCTAGAGCGTTGAAGCCTGGTGGTATTCTTTGCAAC
ATGGCGGAAAGTATGTGGCTCCATACTCATCTTATCGAAGACATGATCTCCATTTGCCGC
CAGACATTCAAAAACGTTCAGTACGCCTGGAGCAGCGTCCCAACATATCCTAGCGGCGTG
ATTGGCTTTGTCTTGTGCTCTACCGAAGGACCTGCTGTTGATTTCAAGAACCCTATCAAC
CCTATTGAGAAACTAGACGGTGCCATGACCTATAAACGAGAAATGAAGTTTTATAACTCG
GATATGCACAGAGCAGCTTTCGCGTTACCCACATTCCTGCGGAGAGAAGTGGCATCACTT
CTTGCTTCTTCTTGACGTCTCTTTGGCTTTGACTGTTTACTTTATCCCTCCCTCATATAT
AAAACTCTTAAGAGAAACTCTTCTTTATAAAGAGGAATGAAATAATTGAGAATCAGAGGA
GAGGCTTTGTATCTCTGAACTCACTCCTTTATAATTAAAGACTAATAATTTTTATATATT
GGCTTTTCATGAATTGTTTTTGTTTTTTATAAGTTCAATCAATCATATACATTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A980TF U 1
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AAGATGGTTATAGATGTGTCTAAGAAGTTCT

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G
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G
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GG
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AAGGGGAAGCTGTCTATTTCAATAACCCTATGTGGCCTGGTGAAGCACACTCACTGAAAG
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TCCCCGAGTTAGCTGTTGGATTTGAAGACCCTCGTGTTCAACTTCACATTGGTGATGCTG
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CTTTATAATTAAAGACTAATAATTTTT
C

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TTCAGATCCTGTTGGTCCTGCTCAGGCGCTTGTTGAGAAGCCTTTCTTTGAAACGTTAGC
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GACCTATAAACGAGAAATGAAGTTTTATAACTCGGATATGCACAGAGCAGCTTTCGCGTT
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CTTTGACTGTTTACTTTATCCCTCCCTCATATATAAAACTCTTAAGAGAAACTCTTCTTT
ATAAAGAGGAATGAAATAATTGAGAATCAGAGGAGAGGCTTTGTATCTCTGAACTCACTC
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TTATAAGTTCAATCAATCATATACATTAT

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CCTGCTGTTGATTTCAAGAACCCTATCAACCCTATTGAGAAACTAGACGGTGCCATGACC
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GACTGTTTACTTTATCCCTCCCTCATATATAAAACTCTTAAGAGAAACTCTTCTTTATAA
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ATAATTAAAGACTAATAATTTTTATATATTGGCTTTTCA
C

QA 5 583 5 583
DS 



AS 1 11

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AGCACTGTGTATTAACCAAGTCACACGGAGTCCTTTGAGTCCATGGCGTCCTTAGCTTCA
TCCACCACTCTTATCTCTTCCGCTAGAGTTCTCCCCTCCAAGCCTTCTCTCTTTTCTCCC
GCCGTCTCTTCCCTCCGAACTCTTCCCTCTTCCTCTGCTTCATCACCGTCTTCCCTCTGC
TCCGGTGTCTCCCGCATCGTTCCCCTCACCTCCAACAGCAGCTCTTCCTCTCGCCGTAGC
TTCGCCGTCAAGGCCCAGACCGATGATTTGCCACTGGTTGGTAATAAGGCGCCTGATTTT
GAGGCAGAGGCTGTTTTTGATCAAGAGTTCATCAAGGTGAAGCTCTCAGAGTACATTGGT
AAAAAATATGTGATCCTGTTTTTCTACCCATTGGACTTCACTTTTGTCTGCCCTACAGAG
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GTCTCAGTCGACAGTGTGTTCTCGCATCTTGCGTGGGTCCAAACAGACAGAAAGTCAGGA
GGGCTCGGTGATCTGAACTACCCACTCGTCTCGGATATCACCAAATCCATTTCAAAATCG
TTTGGAGTGCTCATCCCTGATCAGGGCATTGCATTGAGA*GGGCTTTTCATCATCGACAA
GGAAGGAGTCATCCAACATTCCACCATCAACAACCTCGGTATTGGCCGAAGCGTTGATGA
GACAATGAGAACCCTCCAGGCATTACAGTATGTTCAAGAAAACCCTGATGAAGTCTGCCC
CGCGGGATGGAAGCCTGGGGAGAAATCGATGAAACCTGACCCTAAGCTGAGCAAAGAGTA
TTTTTCAGCTATTTAAGAGGCTTTTCATATAGAACATATGTTTGGTGAAAAAGCAGAGGA
CATGTTTATCTTTGCCTGTGTTGGAGAGCTCAGTTTTTATTTTTGCCAAGATAACGTTTG
CTTGAAAACTTTGTTTTGTCTTCATTACTTACGTTTCTTCTGTGTGATTCTCCTCAAAAG
TTGAATAAAAATAATGGAATTTATATGTTTCTGTCTTGTTTTAAGTTATCACTTGTGTAA
ATAGTTTATAATAATGCAAAGAGGCAGTGTTTGACCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 40 40 40 
25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 25 20 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 15 35 35 10 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G267TF U 1
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AF RR3EN22TF U 57
AF RR3A711TF U 57
AF RR3E523TF U 101
AF RR3FN53TF U 67
AF RR3A711JQ C 376
AF RR3FU93TF U 867
AF RR3FN53JQ C 631
AF RR3G267JQ C 831
AF RR3E523JQ C 508
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RD RR3G267TF 716 0 0
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AGCACTGTGTATTAACCAAGTCACACGGAGTCCTTTGAGTCCATGGCGTCCTTAGCTTCA
TCCACCACTCTTATCTCTTCCGCTAGAGTTCTCCCCTCCAAGCCTTCTCTCTTTTCTCCC
GCCGTCTCTTCCCTCCGAACTCCTCCCTCTTCCTCTGCTTCATCACCGTCTTCCCTCTGC
TCCGGTGTCTCCCGCATCGTTCCCCTCACCTCCAACAGCAGCTCTTCCTCTCGCCGTAGC
TTCGCCGTCAAGGCCCAGACCGATGATTTGCCACTGGTTGGTAATAAGGCGCCTGATTTT
GAGGCAGAGGCTGTTTTTGATCAAGAGTTCATCAAGGTGAAGCTCTCAGAGTACATTGGT
AAAAAATATGTGATCCTGTTTTTCTACCCATTGGACTTCACTTTTGCCTGCCCTACAGAG
ATTACTGCCTTCAGTGACCGTTATGAAGAGTTTGAGAAGCTAAACACGGAAGTGTTAGGT
GTCTCAGTCGACAGTGTGTTCTCGCATCTTGCGTGGGTCCAAACAGACAGAAAGTCAGGA
GGGCTCGGTGATCTGAACTACCCACTCGTCTCGGATATCACCAAATCCATTTCAAAATCG
TTTGGAGTGCTCATCCCTGATCAGGGCATTGCATTGAGA*GGGCTTTTCATCATCG

QA 1 716 1 716
DS 

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G
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TCCTTTGAGTCCATGGCGTCCTTAGCTTCATCCACCACTCTTATCTCTTCCGCTAGAGTT
CTCCCCTCCAAGCCTTCTCTCTTTTCTCCCGCCGTCTCTTCCCTCCGAACTCTTCCCTCT
TCCTCTGCTTCATCACCGTCTTCCCTCTGCTCCGGTGTCTCCCGCATCGTTCCCCTCACC
TCCAACAGCAGCTCTTCCTCTCGCCGTAGCTTCGCCGTCAAGGCCCAGACCGATGATTTG
CCGCTGGTTGGTAATAAGGCGCCTGATTTTGAGGCAGAGGCTGTTTTTGATCAAGAGTTC
ATCAAGGTGAAGCTCTCAGAGTACATTGGTAAAGAATATGTGATCCTGTTTTTCTACCCA
TTGGACTTCACTTTTGTCTGCCCTACAGAGATTACTGCCTTCAGTGACCGTTATGAAGAG
TTTGAGAAGCTAAACACGGAAGTGTTAGGTGTCTCAGTCGACAGTGTGTTCTCGCATCTT
GCGTGGGTCCAAACAGACAGAAAGTCAGGAGGGCTCGGTGATCTGAACTACCCACTCGTC
TCGGATATCACCAAATCCATTTCAAA*TCGTTTGGAGTGCTCATCCCTG

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DS 

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GG
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CATCCACCACTCTTATCTCTTCCGCTAGAGTTCTCCCCTCCAAGCCTTCTCTCTTTTCTC
CCGCCGTCTCTTCCCTCCGAACTCTTCCCTCTTCCTCTGCTTCATCACCGTCTTCCCTCT
GCTCCGGTGTCTCCCGCATCGTTCCCCTCACCTTCAACAGCAGCTCTTCCTCTCGCCGTA
GCTTCGCCGTCAAGGCCCAGACCGATGATTTGTCACTGGTTGGTAATAAGGCGCCTGATT
TTGAGGCAGAGGCTTTTTTTGATCAAGAGTTCATCAGGGTGAAGCTCTCAGAGTACATTG
GTAAAAAATATGTGATCCTGTTTTTCTACCCATTGGACTTCACTTTTGTCTGCCCTACAG
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GAGGGCTCGGTGATCTGAACTACCCACTCGTCTCGGATATCACCAAATCCATTTCAAAAT
CGTTTGGAGTGCTCATCCCTGATCAGGGCATTGCATTGAAAAGGGCTTTTCATCATCGAC

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GG
AGAGCACTGTGTATTAACCAAGTCACACGGAGTCCTTTGAGTCCATGGCGTCCTTAGCTT
CATCCACCACTCTTATCTCTTCCGCTAGAGTTCTCCCCTCCAAGCCTTCTCTCTTTTCTC
CCGCCGTCTCTTCCCTCCGAACTCTTCCCTCTTCCTCTGCTTCATCACCGTCTTCCCTCT
GCTCCGGTGTCTCCCGCATCGTTCCCCTCACCTCCAACAGCAGCTCTTCCTCTCGCCGTA
GCTTCGCCGTCAAGGCCCAGACCGATGATTTGCCGCTGGTTGGTAATGAGGCGCCTGATT
TTGAGGCAGAGGCTGTTTTTGATCAAGAGTTCATCAAGGTGAAGCTCTCAGAGTACATTG
GTAAAAAATATGTGATCCTGTTTTTCTACCCATTGGACTTCACTTTTGTCTGCCCTACAG
AGATTACTGCCTTCAGTGACCGTTATGAAGAGTTTGAGAAGCTAGACACGGAAGTGTTAG
GTGTCTCAGTCGACAGTGTGTTCTCGCATCTTGCGTGGGTCCAAACAGACAGAAAGTCAG
GAGGGCTCGGTGATCTGAACTACCCACTCGTCTCGGATATCACCAAATCCATTTCAAAAT
CGTTTGGAGTGCTCATCCCTGATCAGGGCATTGCATTGAGA*GGGCTTTTCATCATCGAC
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GAGACAATGAGAACCC

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CCTTCTCTCTTTTCTCCCGCCGTCTCTTCCCTCCGAACTCTTCCCTCTTC*TCTGCTTCA
TCACCGTCTTCCCTCTGCTCCGGTGTCTCCCGCATCGTTCCCCTCACCTCCAACAGCAGC
TCTTCCTCTCGCCGTAGCTTCGCCGTCAAGGCCCAGACCGATGATTTGCCACTGGTTGGT
AATAAGGCGCCTGATTTTGAGGCAGAGGCTGTTTTTGATCAAGAGTTCATCAAGGTGAAG
CTCTCAGAGTACATTGGTAAAAAATATGTGATCCTGTTTTTCTACCCATTGGACTTCACT
TTTGTCTGCCCTACAGAGATTACTGCCTTCAGTGACCGTTATGAAGAGTTTGAGAAGCTA
AACACGGAAGTGTTAGGTGTCTCAGTCGACAGTGTGTTCTCGCATCTTGCGTGGGTCCAA
ACAGACAGAAAGTCAGGAGGGCTCGGTGATCTGAACTACCCACTCGTCTCGGATATCACC
AAATCCATTTCAAAATCGTTTGGAGTGCTCATCCCTGATCAGGGCATTGCATTGAGA*GG
GCTTTTCATCATCGACAAG*AAGGAGTCATCCAACATTCCACCATCAACAACCTCGGTAT
TGGCCGAAGCGTTGATGAGACAATGAGAACCCT

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GG
GTATTAACCAAGTCACACGGAGTCCTTTGAGTCCATGGCGTCCTTAGCTTCATCCACCAC
TCTTATCTCTTCCGCTAGAGTTCTCCCCTCCAAGCCTTCTCTCTTTTCTCCCGCCGTCTC
TTCCCTCCGAACTCTTCCCTCTTCCTCTGCTTCATCACCGTCTTCCCTCTGCTCCGGTGT
CTCCCGCATCGTTCCCCTCACCTCCAACAGCAGCTCTTCCTCTCGCCGTAGCTTCGCCGT
CAAGGCCCAGACCGATGATTTGCCACTGGTTGGTAATAAGGCGCCTGATTTTGAGGCAGA
GGCTGTTTTTGATCAAGAGTTCATCAAGGTGAAGCTCTCAGAGTACATTGGTAAAAAATA
TGTGATCCTGTTTTTCTACCCATTGGACTTCACTTTTGTCTGCCCTACAGAGATTACTGC
CTTCAGTGACCGTTATGAAGATTTTGAGAAGCTAAACACGGAAGTGTTAGGTGTCTCAGT
CGACAGTGTGTTCTCGCATCTTGCGTGGGTCCAAACAGACAGAAAGTCAGGAGAGCTCGG
TGATCTGAACTACCCACTCGTCTCGGATATCACCAAATCCATTTCAAAATCGTTTGGAGT
GCTCATCCCTGATCAGGGCATTGCATTGAGA*GGGCTTTTCATCATCGACAAGGAAGGAG
TCATCCAACATTCCACCATCAACAACCTCGGTATTGGCCGAAGCGTTGATGAGACA*TGA
GACCCTCC*AGGCATTACAGTATGTTCA**GAAACCCTGATGA*GTCTGCCCCGCGGGAT
GGA
GCTGGGGAGAATCGAT

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DS 

RD RR3A711JQ 736 0 0
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CTGTTTTTCTACCCATTGGACTTCACTTTTGTCTGCCCTACAGAGATTACTGCCTTCAGT
GACCGTTATGAAGAGTTTGAGAAGCTAGACACGGAAGTGTTAGGTGTCTCAGTCGACAGT
GTGTTCTCGCATCTTGCGTGGGTCCAAACAGACAGAAAGTCAGGAGGGCTCGGTGATCTG
AACTACCCACTCGTCTCGGATATCACCAAATCCATTTCAAAATCGTTTGGAGTGCTCATC
CCTGATCAGGGCATTGCATTGAGA*GGGCTTTTCATCATCGACAAGGAAGGAGTCATCCA
ACATTCCACCATCAACAACCTCGGTATTGGCCGAAGCGTTGATGAGACAATGAGAACCCT
CCAGGCATTACAGTATGTTCAAGAAAACCCTGATGAAGTCTGCCCCGCGGGATGGAAGCC
TGGGGAGAAATCGATGAAACCTGACCCTAAGCTGAGCAAAGAGTATTTTTCAGCTATTTA
AGAGGCTTTTCATATAGAACATATGTTTGGTGAAAAAGCAGAGGACATGTTTATCTTTGC
CTGTGTTGGAGAGCTCAGTTTTTATTTTTGCCAAGATAACGTTTGCTTGAAAACTTTGTT
TTTTCTTCATTACTTACGTTTCTTCTGTGTGATTCTCCTCAAAAGTTGAATAAAAATAAT
GGAATTTA
TATGTTTC

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G
GATGAAACCTGACCCTAAGCTGAGCAAAGAGTATTTTTCAGCTATTTAAGAGGCTTTTCA
TATAGAACATATGTTTTGTGAAAAAGCAGAGGACATGTTTATCTTTGCCTGTGTTGGAGA
GCTCAGTTTTTATTTTTGCCAAGATAACGTTTGCTTGAAAACTTTGTTTTGTCTTCATTA
CTTACGTTTCTTCTGTGTGATTCTCCTCAAAAGTTGAATAAAAATAATGGAATTT

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DS 

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TCGGATATCACCAAATCCATTTCAAAATCGTTTGGAGTGTTCATCCCTGATCAGGGCATT
GCATTGAGA*GGGCTTTTCATCATCGACAAGGAAGGAGTCATCCAACATTCCACCATCAA
CAACCTCGGTATTGGCCGAAGCGTTGATGAGACAATGAGAACCCTCCAGGCATTACAGTA
TGTTCAAGAAAACCCTGATGAAGTTTGCCCCGCGGGATGGAAGCCTGGGGAGAAATCGAT
GAAACCTGACCCTAAGCTGAGCAAAGAGTATTTTTCAGCTATTTAAGAGGCTTTTCATAT
AGAACATATGTTTGGTGAAAAAGCAGAGGACATGTTTATCTTTGCCTGTGTTGGAGAGCT
CAGTTTTTATTTTTGCCAAGATAACGTTTGCTTGAAAACTTTGTTTTGTCTTCATTACTT
ACGTTTTTTCTGTGTGATTCTCCTCAAAAGTTGAATAAAAATAATGGAATTTATATGTTT
C
TGTCC

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DS 

RD RR3G267JQ 274 0 0
AAGTTTGCCCCGCGGGATGGAAGCCTGGGGAGAAATCGATGAAACCTGACCCTAAGCTGA
GCAAAGAGTATTTTTCAGCTATTTAAGAGGCTTTTCATATAGAACATATGTTTGGTGAAA
AAGCAGAGGACATGTTTATCTTTGCCTGTGTTGGAGAGCTCAGTTTTTATTTTTGCCAAG
ATAACGTTCGCTTGAAAACTTTGTTTTGTCTTCATTACTTACGTTTTTTCTGTGTGATTC
TCCTCAAAAGTTGAATAAAAATAATGGAATTTA
C

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DS 

RD RR3E523JQ 673 0 0
GAGTTTGAGAAGCTAAACACGGAAGTGTTAGGTGTCTCAGTCGACAGTGTGTTCTCGCAT
CTTGCGTGGGTCCAAACAGACAGAAAGTCAGGAGGGCTCGGTGATCTGAACTACCCACTC
GTCTCGGATATCACCAAATCCATTTCAAAATCGTTTGGAGTGCTCATCCCTGATCAGGGC
ATTGCATTGAGA*GGGCTTTTCATCATCGACAAGGAAGGAGTCATCCAACATTCCACCAT
CAACAACCTCGGTATTGGCCGAAGCGTTGATGAGACAATGAGAACCCTCCAGGCATTACA
GTATGTTCAAGAAAACCCTGATGAAGTCTGCCCCGCGGGATGGAAGCCTGGGGAGAAATC
GATGAAACCTGACCCTAAGCTGAGCAAAGAGTATTTTTCAGCTATTTAAGAGGCTTTTCA
TATAGAACATATGTTTGGTGAAAAAGCAGAGGACATGTTTATCTTTGCCTGTGTTGGAGA
GCTCAGTTTTTATTTTTGCCAAGATAACGTTTGCTTGAAAACTTTGTTTTGTCTTCATTA
CTTACGTTTCTTCTGTGTGATTCTCCTCAAAAGTTGAATAAAAATAATGGAATTTATATG
TTTCTGTCTTGTTTTAAGTTATCACTTGTGTAAATAGTTTATAATAATGCAAAGAGGCAG
TGTTTGACCTTCC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 11

CO CL308Contig1 1664 11 11 U
GGAAGCTCAAACTCAGAAGAAGAAGAAGCAAGCTTCTTTCACTCATCAGACACAACAATG
ATCTTACCAATGAAACTTCTTCATCCTCTCCATCATTCTCTCTCTTCCTCCATTCCTTTT
CAATCAAGAAGAAGGCAATCCAAATCTTACCGGTGCTCGTTACCGTCTCCCGGCGGCGAA
AAGATCATCAGACCAGAGACCGTTGTTTCTCCGGCGCCACCGGTGAGCTACGAAGGAAGA
AGAGTTTTACTTGGATGTCTCCTCTCCGCTGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCATCC
GAGGCCGTAAGCACCAGTAGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTT
ACTACTCTCCCCAATGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCT
GTGAAAGGATCTCGGGTCGCAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATG
ACAAGTCGACAAGGACTT*GGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACA
ATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGG
CGGTCAGAGACTGG*TGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAG
AGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAGTC
CTTTCGGGACGCCAGTGAAGATCGTTGAAGGCTAAGATACTAATAAGAAGCGAGAAATGG
ATCCAGAGCTATGGAAGCTTCATCTGTATCAGAAGAATATGTTTAATGATACCGGCTAGT
CTGGATTCATACCCACTTCTCATCTCTTGTTCTTCTATTAGTACATGTTTGTTGTGCTTT
GCAAAAACATCAGACTCGGTTCAATCCCATAAGCCGATAAGATACTTTACTTATGGTTCG
AATATAAAATCTAGGATGGAACCTTTTTACAGAAGTTCTTAACCTTTTAAATGGAAAATT
TCCTATCAAACAAGACTGAAGGGTTAAATCTAATACAATCAGTGATTAAAAGTTGTAGAG
GCCAAGGGATTAGCAGGCGTCTTTGCCTGGCCTCCTCCTCTTGCATTAGCTGTTCCATGC
CCAAACGGATTCCTGGCGTTTGATGCTTCCGTTACCGTCACAGACTTCTTTACAGCGGCA
AGTCTCTCTTTGTGAATATCTGTTGCCAGTGGCTTTCGAAATGTCTTGATCTCGTCACTG
CTAAAACCAGGAGGCCTGATATTCCAGTTTCTTTCAACATGGAGCAAGATGTCTTTGGCC
TCTAGAGTATCAAACTTTCTATGCTTGGCTAAAGAACATCCAAAAGTTGTGATTGACTCC
ACAAAGTCTTCAGCAATATCAGCAAGGATGCCTTCAACCTCTGGATCCAATTTCTCTGAC
GGATCAATCTGTTGAAGTAGCTCATGGATGCTTCTTTTCCCCAGGATACGATCATCAGAC
TCCTCATTCTCTACTGAACCTGGCTTAGCTTGGCTTCCTGGTTGAGGCACAGGGGGCGGG
GTCGGCATTGCTGGAGAAGCAGCTTTTTGATTTACCAACCCTTGGACCCGGGCCGGTTGA
TGTGAGTAAGGTAAAGTCTGATGCGGAGGTCTCAATTGTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 40 25 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD58TF U 26
AF RR3CB77TF U 26
AF RR3C604TF U 171
AF RR3B979TF U 1
AF RR3D591TF U 28
AF RR3FD58JQ C 71
AF RR3D591JQ C 254
AF RR3B979JQ C 189
AF RR3C604JQ C 310
AF RR3D882JQ U 933
AF RR3D882TF C 1008
BS 1 614 RR3B979TF
BS 615 615 RR3CB77TF
BS 616 633 RR3B979TF
BS 634 634 RR3CB77TF
BS 635 749 RR3B979TF
BS 750 750 RR3FD58JQ
BS 751 823 RR3B979TF
BS 824 902 RR3FD58JQ
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BS 934 1526 RR3D882JQ
BS 1527 1664 RR3D882TF

RD RR3FD58TF 678 0 0
AAGC
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TGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCATCCGAGGCCGTAAGCACCAGTAGAAGAGCTCT
ACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTTACTACTCTCCCCAATGGTCTCAAGTACTA
TGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGTCGCAGTCCACTA
TGTTGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATGACAAGTCGACAAGGACTT*GGCGTTGGAG
GTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGAC
TCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGGCGGTCAGAGACTGG*TGATTGTTCCTCCG
GAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAGAGATTCCTCCTAATGCAACAATCGAGCTT
GACATTGAGCTCTT

QA 5 678 5 678
DS 

RD RR3CB77TF 697 0 0
AAGC
AAGCTTCTTTCACTCATCAGACACAACAATGATCTTACCAATGAAACTTCTTCATCCTCT
CCATCATTCTCTCTCTTCCTCCATTCCTTTTCAATCAAGAAGAAGGCAATCCAAATCTTA
CCGGTGCTCGTTACCGTCTCCCGGCGGCGAAAAGATCATCAGACCAGAGACCGTTGTTTC
TCCGGCGCCACCGGTGAGCTACGAAGGAAGAAGAGTTTTACTTGGATGTCTCCTCTCCGC
TGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCATCCGAGGCCGTAAGCACCAGTAGAAGAGCTCT
ACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTTACTACTCTCCCCAATGGTCTCAAGTACTA
TGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGTCGCAGTCCACTA
TGTTGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATGACAAGTCGACAAGTACTT*GGCGTTGGAG
GTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGAC
TCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGGCGGTCAGAGACTGG*TGATTGTTCCTCCG
GAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAGAGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTT
GACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAGTCCT

QA 5 697 5 697
DS 

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TGATTCATCCGAGGCCGTAAGCACCAGTAGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCCGA
CAGCGAGTTTACTACTCTCCCCAGTGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATGG
AGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGTCGCAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGAT
AACGTTCATGACAAGTCGATAAGGACTTTGGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTG
ACATTGGACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCATAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGA
TGCATGTAGACGGTCAGAGACTGG*TGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAA
GGAGTGCAAGAGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATC
AAGCAGAGTCCTTTCGGGACGCCAGTGAAGATCGTTG

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DS 

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ATCTTACCAATGAAACTTCTTCATCCTCTCCATCATTCTCTCTCTTCCTCCATTCCTTTT
CAATCAAGAAGAAGGCAATCCAAATCTTACCGGTGCTCGTTACCGTCTCCCGGCGGCGAA
AAGATCATCAGACCAGAGACCGTTGTTTCTCCGGCGCCACCGGTGAGCTACGAAGGAAGA
AGAGTTTTACTTGGATGTCTCCTCTCCGCTGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCATCC
GAGGCCGTAAGCACCAGTAGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTT
ACTACTCTCCCCAATGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCT
GTGAAAGGATCTCGGGTCGCAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATG
ACAAGTCGACAAGGACTT*GGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACA
ATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGG
CGGTCAGAGACTGGGTGATTGTTCCTCCGGAGCCTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAG
AGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAGTC
CTTTCGGGACGCCAGTGAAGATCGTTGAACGCTAAGATACTAATAAGAAGCGAGAAATGG
ATCCAGAGCTATGGAAGCTTCATCTGTATCAGAAGAATATGTT

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR3D591TF 783 0 0
GG
AAGCTTCTTTCACTCATCAGACACAACAATGATCTTACCAATGAAACTTCTTCATCCTCT
CCATCATTCTCTCTCTTCCTCCATTCCTTTTCAATCAAGAAGAAGGCAATCCAAATCTTA
CCGGTGCTCGTTACCGTCTCCCGGCGGCGAAAAGATCATCAGACCAGAGACCGTTGTTTC
TCCGGCGCCACCGGTGAGCTACGAAGGAAGAAGAGTTTTACTTGGATGTCTCCTCTCCGC
TGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCATCCGAGGCCGTAAGCACCAGTAGTAGAGCTCT
ACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTTACTACTCTCCCCAATGGTCTCAAGTACTA
TGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTCGGGTCGCAGTCCACTA
TGTCGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATGACAAGTCGACAAGGACTT*GGCGTTGGAG
GTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACAATCAGAGAACGGGAATGTTCTCAAAGGAC
TCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGGCGGTCAGAGACTGG*TGATTGTTCCTCCG
GAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAGAGATTCCTCCTAACGCAACAATCGAGCTT
GACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAGTCCTTTCGGGACGTCAGTGA*GATCGTTGAG
*GCTAAGATACTAATAAGAAGCGAGAAATGGATCCAGAGCTATGGAAGCTTCATCCGTAT
C

QA 3 783 3 783
DS 

RD RR3FD58JQ 832 0 0
ATG
AACTTCTTCATCCTCTCCATCAT*CTCTCTCT*CCTCCAT*CCTTTTCAATCAAGAAGAA
GGCAATCCAAATCTTACCGGTGCTCGTTACCGTCTCCCGGCGGCGAAAAGATCATCAGAC
CAGAGACCGTTGTTTCTCCGGCGCCACCGGTGAGCTACGAAGGAAGAAGAGTTTTACTTG
GATGTCTCCTCTCCGCTGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCATCCGAGGCCGTAAGCA
CCAGTAGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTTACTACTCTCCCCA
ATGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTC
GGGTCGCAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATGACAAGTCGACAAG
GACTT*GGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACAATCAGAGAACGGG
AATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGGCGGTCAGAGACTG
G*TGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAGAGATTCCTCCTAA
TGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAGTCCTTTCGGGACGCC
AGTGAAGATCGTTGAAGGCTAAGATACTAATAAGAAGCGAGAAATGGATCCAGAGCTATG
GAAGCTTCATCTGTATCAGAAGAATCTGTTTAATGATACCGGCTAGTCTGGATTCATACC
CACTTCTCATCTCTTGTTCTTCTATTAGTACATGTTTGTTGTGCTTTGC

QA 4 832 4 832
DS 

RD RR3D591JQ 702 0 0
GATGTCTCCTCTCCGCTGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCATCCGAGGCCGTAAGCA
CCAGTAGTAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTTACTACTCTCCCCA
ATGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCTGTGAAAGGATCTC
GGGTCGCAGTCCACTATGTCGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATGACAAGTCGACAAG
GACTT*GGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACAATCAGAGAACGGG
AATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGGCGGTCAGAGACTG
G*TGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAGAGATTCCTCCTAA
CGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAGTCCTTTCGGGACGTC
AGTGAAGATCGTTGAAGGCTAAGATACTAATAAGAAGCGAGAAATGGATCCAGAGCTATG
GAAGCTTCATCCGTATCAGAAGAATCTGTTTAATGATACCGGCTAGTCTGGATTCATACC
CACTTCTCATCTCTTGTTCTTCTATTAGTACATGTTTGTTGTGCTTTGCAAAAACATCAG
ACTCGGTTCAATCCCATAAGCCGATAAGATACTTTACTTA
CC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3B979JQ 804 0 0
CAGACCAGAGACCGTTGTTTCTCCGGCGCCACCGGTGAGCTACGAAGGAAGAAGAGTTTT
ACTTGGATGTCTCCTCTCCGCTGCGTCTGGGATTCTGTTAACTGATTCATCCGAGGCCGT
AAGCACCAGTAGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCTGACAGCGAGTTTACTACTCT
CCCCAATGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCTGTGAAAGG
ATCTCGGGTCGCAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATGACAAGTCG
ACAAGGACTT*GGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACAATCAGAGA
ACGGGAATGTTCTCAAAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGGCGGTCAGA
GACTGG*TGATTGTTCCTCCGGAGCCTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAGAGATTCCT
CCTAACGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAGTCCTTTCGGG
ACGCCAGTGAAGATCGTTGAAGGCTAAGATACTAATAAGAAGCGAGAAATGGATCCAGAG
CTATGGAAGCTTCATCTGTATCAGAAGAATATGTTTAATGATACCGGCTAGTCTGGATTC
ATACCCACTTCTCATCTCTTGTTCTTCTACTAGTACATGTTTGTTGTGCTTTGCAAAAAC
ATCAGACTCGGTTCAATCCCATAAGCCGATAAGATACTTTACTTATGGTTCGAATATAAA
ATCTAGGATGGAACCTTTTTACAG

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3C604JQ 718 0 0
AGCACCAGTAGAAGAGCTCTACGTGCATCTAAGATACCCGACAGCGAGTTTACTACTCTC
CCCAGTGGTCTCAAGTACTATGATATAAAAGTTGGCAATGGAGCAGAGGCTGTGAAAGGA
TCTCGGGTCGCAGTCCACTATGTTGCAAAATGGAAAGGGATAACGTTCATGACAAGTCGA
TAAGGACTT*GGCGTTGGAGGTGGAACGCCTTACGGGTTTGACATTGGACAATCAGAGAA
CGGGAATGTTCTCATAGGACTCGACCTTGGCGTTGAAGGGATGCATGTAGACGGTCAGAG
ACTGG*TGATTGTTCCTCCGGAGCTTGCTTACGGAAAGAAAGGAGTGCAAGAGATTCCTC
CTAACGCAACAATCGAGCTTGACATTGAGCTCTTATCAATCAAGCAGAGTCCTTTCGGGA
CGCCAGTGAAGATCGTTGAAGGCTAAGATACTAATAAGAAGCGAGAAATGGATCCAGAGC
TATGGAAGCTTCATCTGTATCAGAAGAATCTGTTTAATGATACCGGCTAGTCTGGATTCA
TACCCACTTCTCATCTCTTGTTCTTCTATTAGTACATGTTTGTTGTGCTTTGCAAAAACA
TCAGACTCGGTTCAATCCCATAAGCCGATAAGATACTTTACTTATGGTTCGAATATAAAA
TCTAGGATGGAACCTTTTTACAGAAGTTCTTAACCTTTTAAATGGAAAATTTCCTATC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3D882JQ 594 0 0
A
CCGATAAGATACTTTACTTATGGTTCGAATATAAAATCTAGGATGGAACCTTTTTACAGA
AGTTCTTAACCTTTTAAATGGAAAATTTCCTATCAAACAAGACTGAAGGGTTAAATCTAA
TACAATCAGTGATTAAAAGTTGTAGAGGCCAAGGGATTAGCAGGCGTCTTTGCCTGGCCT
CCTCCTCTTGCATTAGCTGTTCCATGCCCAAACGGATTCCTGGCGTTTGATGCTTCCGTT
ACCGTCACAGACTTCTTTACAGCGGCAAGTCTCTCTTTGTGAATATCTGTTGCCAGTGGC
TTTCGAAATGTCTTGATCTCGTCACTGCTAAAACCAGGAGGCCTGATATTCCAGTTTCTT
TCAACATGGAGCAAGATGTCTTTGGCCTCTAGAGTATCAAACTTTCTATGCTTGGCTAAA
GAACATCCAAAAGTTGTGATTGACTCCACAAAGTCTTCAGCAATATCAGCAAGGATGCCT
TCAACCTCTGGATCCAATTTCTCTGACGGATCAATCTGTTGAAGTAGCTCATGGATGCTT
CTTTTCCCCAGGATACGATCATCAGACTCCTCATTCTCTACTGAACCTGGCTT

QA 2 594 2 594
DS 

RD RR3D882TF 657 0 0
TAAATGGAAAATTTCCTATCAAACAAGACTGAAGGGTTAAATCTAATACAATCAGTGATT
AAAAGTTGTAGAGGCCAAGGGATTAGCAGGCGTCTTTGCCTGGCCTCCTCCTCTTGCATT
AGCTGTTCCATGCCCAAACGGATTCCTGGCGTTTGATGCTTCCGTTACCGTCACAGACTT
CTTTACAGCGGCAAGTCTCTCTTTGTGAATATCTGTTGCCAGTGGCTTTCGAAATGTCTT
GATCTCGTCACTGCTAAAACCAGGAGGCCTGATATTCCAGTTTCTTTCAACATGGAGCAA
GATGTCTTTGGCCTCTAGAGTATCAGACTTTCTATGCTTGGCTAAAGAACATCCAAAAGT
TGTGATTGACTCCACAAAGTCTTCAGCAATATCAGCAAGGATGCCTTCAACCTCTGGATC
CAATTTCTCTGACGGATCAATCTGTTGAAGTAGCTCATGGATGCTTCTTTTCCCCAGGAT
ACGATCATCAGACTCCTCATTCTCTACTGAACCTGGCTTAGCTTGGCTTCCTGGTTGAGG
CACAGGGGGCGGGGTCGGCATTGCTGGAGAAGCAGCTTTTTGATTTACCAACCCTTGGAC
CCGGGCCGGTTGATGTGAGTAAGGTAAAGTCTGATGCGGAGGTCTCAATTGTTGATC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 10

CO CL309Contig1 939 10 12 U
GAGTCAGGAAAAAACCATTTTATTATCACTCCACCAAATTGAATCAGGAAAAAACCATTT
TATTAGTACGTTTATTATTTTACAGAAATCACATCAAAGAACAAAAGTAACTCTTCTTCT
TCGTCCTTTCATTAACTAGAGTTTGCTAAAGACCAATTAGCTTCACTTCCCCTCCTCGGA
ATGCTATTGATCTTGGAGTAAGTATCAACTTTAAAGTTAGCTCCACATATAACCCCTT*C
ACTATCAATCCTCTGCATCGCCTTCATCTTATTCTTCGGATGCTCAAAACTCATCAAACC
ACTCTCACTGTGAAACATACACCCTGTTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTTG
CTTAATAATCTTGATATCATCAGACATAACAACAGATCCATCTGCAGCTATGCCCCAATA
CAAACTCTCTGCTCCATCAGATCCTAGAGCTGCGAAAACAGAGGATGTCTGAGTATCGTA
GACGACAAAAGCAAAACTTCCGTCGAGACCTCTGAGAACTTGATCAGCTGGGTAAGGGCC
ACGGTCACGCAGTGTTCGGTAGGCTTCGATCACAAACATGGCTTCGTTTGAGGATTTTCC
AGATAAACCGTACTGTTTGTTCAAGTCGCATAGGTTGTTCAATGCTCCAAGAAACACACA
GTAGATTCCATCGATGCCACTAAACATCCTTGGACGGTGAGAGTTTTCTGGGCGGGCGAA
AGCGAGGGCAGCGGAGTCGCCGAAGCTCATGGAGAAAGCAGAGTCTGGATGGTTTGAAAG
GAAGTCACAGAGAGTTTCTCTGGGAAGTTTTCGGGTTTTGCCGGAAAGGTTTGAAGCCGG
GCTGTTTAGCTCTTCCGGTGGATGAGCAAACGTCTTTTGAAAAATAGCCAACATTTTTTC
TTCTTGTTGAATCTTCTGTCTTTTTTTTTTTGTATATCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 50 50 50 50 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 50 
50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H372JQ U 1
AF RR3AJ50JQ U 45
AF RR3EI83JQ U 1
AF RR3AJ50TF C 56
AF RR3GK86JQ U 39
AF RR3A235JQ U 40
AF RR3A235TF C 176
AF RR3EI83TF C 267
AF RR3H372TF C 256
AF RR3GK86TF C 272
BS 1 122 RR3EI83JQ
BS 123 123 RR3H372JQ
BS 124 307 RR3EI83JQ
BS 308 308 RR3H372JQ
BS 309 461 RR3EI83JQ
BS 462 462 RR3H372JQ
BS 463 668 RR3EI83JQ
BS 669 669 RR3GK86JQ
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BS 778 851 RR3A235JQ
BS 852 939 RR3A235TF

RD RR3H372JQ 658 0 0
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TATTAGTACGTTTATTATTTTACAGAAATCACATCAAAGAACAAAAGTAACTCTTCTTCT
TCGTCCTTTCATTAACTAGAGTTTGCTAAAGACCAATTAGCTTCACTTCCCCTACTCGGA
ATGCTATTGATCTTGGAGTAAGTATCAACTTTAAAGTTAGCTCCACATATAACCCCTT*C
ACTATCAATCCTCTGCATCGCCTTCATCTTATTCTTCGGATGCTCAAAACTCATCAAACC
ACTCTCACTGTGAAACATACACCCTGTTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTTG
CTTAATAATCTTGATATCATCAGACATAACAACAGATCCATCTGCAGCTATGCCCCAATA
CAAACTCTCTGCTCCATCAGATCCTAGAGCTGCGAAAACAGAGGATGTCTGAGTATCGTA
GACGACAAAAGCAAAACTTCCGTCGAGACCTCTGAGAACTTGATCAGCTGGGTAAGGGCC
ACGGTCACGCAGTGTTCGGTAGGCTTCGATCACAAACATGGCTTCGTTTGAGGATTTTCC
AGATAAACCGTACTGTTTGTTCAAGTCGCATAGGTTGTTCAATGCTCCAAGAAACACA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3AJ50JQ 616 0 0
CAGGAAAAAACCATTTTATTAGTACGTTTATTATTTTACAGAAATCACATCAAAGAACAA
AAGTAACTCTTCTTCTTCGTCCTTTCATTAACTAGAGTTTGCTAAAGACCAATTAGCTTC
ACTTCCCCTCCTCGGAATGCTATTGATCTTGGAGTAAGTATCAACTTTAAAGTTAGCTCC
ACATATAACCCCTT*CACTATCAATCCTCTGCATCGCCTTCATCTTATTCTTCGGATGCT
CAAAACTCATCAAACCACTCTCACTGTGAAACATACACCCTGTTGGAAAAGGAGCAAATG
ACTTAGCACATCCTTGCTTAATAATCTTGATATCATCAAACATAACAACAGATCCATCTG
CAGCTATGCCCCAATACAAACTCTCTGCTCCATCAAATCCTAAAGCTGCGAAAACAGAGG
ATGTCTGAGTATCGTAAACGACAAAAGCAAAACTTCCGTCGAGACCTCTGAAAACTTGAT
CAGCTGGGTAAGGGCCACGGTCACCCAGTGTTCGGTAGGCTTCGATCACAAACATGGCTT
CGTTTGAGGATTTTCCAGATAAACCGTACTGTTTGTTGAAGTCGCATAGGTTGTTCAATG
CTCCAAGAAACACACA

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3EI83JQ 686 0 0
GAGTCAGGAAAAAACCATTTTATTATCACTCCACCAAATTGAATCAGGAAAAAACCATTT
TATTAGTACGTTTATTATTTTACAGAAATCACATCAAAGAACAAAAGTAACTCTTCTTCT
TCATCCTTTCATTAACTAGAGTTTGCTAAAGACCAATTAGCTTCACTTCCCCTCCTCGGA
ATGCTATTGATCTTGGAGTAAGTATCAACTTTAAAGTTAGCTCCACATATAACCCCTT*C
ACTATCAATCCTCTGCATCGCCTTCATCTTATTCTTCGGATGCTCAAAACTCATCAAACC
ACTCTCAATGTGAAACATACACCCTGTTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTTG
CTTAATAATCTTGATATCATCAGACATAACAACAGATCCATCTGCAGCTATGCCCCAATA
CAAACTCTCTGCTCCATCAGATCCTAGAGCTGCGAAAACAGGGGATGTCTGAGTATCGTA
GACGACAAAAGCAAAACTTCCGTCGAGACCTCTGAGAACTTGATCAGCTGGGTAAGGGCC
ACGGTCACGCAGTGTTCGGTAGGCTTCGATCACAAACATGGCTTCGTTTGAGGATTTTCC
AGATAAACCGTACTGTTTGTTCAAGTCGCATAGGTTGTTCAATGCTCCAAGAAACACACA
GTAGATTCAATCGATGCCACTAAACA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3AJ50TF 643 0 0
CATTTTATTAGTACGTTTATTATTTTACAGAAATCACATCAAAGAACAAAAGTAACTCTT
CTTCTTCGTCCTTTCATTAACTAGAGTTTGCTAAAGACCAATTAGCTTCACTTCCCCTCC
TCGGAATGCTATTGATCTTGGAGTAAGTATCAACTTTAAAGTTAGCTCCACATATAACCC
CTT*CACTATCAATCCTCTGCATCGCCTTCATCTTATTCTTCGGATGCTCAAAACTCATC
AAACCACTCTCACTGTGAAACATACACCCTGTTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACAT
CCTTGCTTAATAATCTTGATATCATCAGACATAACAACAGATCCATCTGCAGCTATGCCC
CAATACAAACTCTCTGCTCCATCAGATCCTAGAGCTGCGAAAACAGAGGATGTCTGAGTA
TCGTAGACGACAAAAGCAAAACTTCCGTCGAGACCTCTGAGAACTTGATCAGCTGGGTAA
GGGCCACGGTCACGCAGTGTTCGGTAGGCTTCGATCACAAACATGGCTTCGTTTGAGGAT
TTTCCAGATAAACCGTACTGTTTGTTGAAGTCGCATAGGTTGTTCAATGCTCCAAGAAAC
ACACAGTAGATTCCATCGATGCCACTAAACATCCTTGGACGG
C

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3GK86JQ 739 0 0
CT
GAATCAGGAAAAAACCATTTTATTAGTACGTTTATTATTTTACAGAAATCACATCAAAGA
ACAAAAGTAACTCTTCTTCTTCGTCCTTTCATTAACTAGAGTTTGCTAAAGACCAATTAG
CTTCACTTCCCCTCCTCGGAATGCTATTGATCTTGGAGTAAGTATCAACTTTAAAGTTAG
CTCCACATATAACCCCTT*CACTATCAATCCTCTGCATCGCCTTCATCTTATTCTTCGGA
TGCTCAAAACTCATCAAACCACTCTCACTGTGAAACATACACCCTGTTGGAAAAGGAGCA
AATGACTTAGCACATCCTTGCTTAATAATCTTGATATCATCAGACATAACAACAGATCCA
TCTGCAGCTATGCCCCAATACAAACTCTCTGCTCCATCAGATCCTAGAGCTGCGAAAACA
GAGGATGTCTGAGTATCGTAGACGACAAAAGCAAAACTTCCGTCGAGACCTCTGAGAACT
TGATCAGCTGGGTAAGGGCCACGGTCACGCAGTGTTCGGTAGGCTTCGATCACAAACATG
GCTTCGTTTGAGGATTTTCCAGATAAACCGTACTGTTTGTTCAAGTCGCATAGGTTGTTC
AATGCTCCAAGAAACACACAGTAGATTCCATCGATGCCACTAAACATCCTTGGACGGTGA
GAGTTTTCTGGGCGGGCGAAAGCGAGGGCAGCGGAGTCGCCGAAGCTCATGGAGAAAGCA
GAGTCTGGATGGTTTGA

QA 3 739 3 739
DS 

RD RR3A235JQ 812 0 0
A
GAATCAGGAAAAAACCATTTTATTAGTACGTTTATTATTTTACAGAAATCACATCAAAGA
ACAAAAGTAACTCTCCTTCTTCGTCCTTTCATTAACTAGAGTTTGCTAAAGACCAATTAG
CTTCACTTCCCCTACTCGGAATGCTATTGATCTTGGAGTAAGTATCAACTTTAAAGTTAG
CTCCACATATAACCCCTT*CACTATCAATCCTCTGCATCGCCTTCATCTTATTCTTCGGA
TGCTCAAAACCCATCAAACCACTCTCACTGTGAAACATACACCCTGTTGGAAAAGGAGCA
AATGACTTAGCACATCCTTGCTTAATAATCTTGATATCATCAGACATAACAACAGATCCA
TCTGCAGCTATGCCCCAATACAAACTCTCTGCTCCATCAGATCCTAGAGCTGCGAAAACA
GAGGATGTCTGAGTATCGTAAACGACAAAAGCAAAACTTCCGTCGAGACCTCTGAGAACT
TGATCAGCTGGGTAAGGGCCACGGTCACGCAGTGTTCGGTAGGCTTCGATCACAAACATG
GCTTCGTTTGAGGATTTTCCAGATAAACCGTACTGTTTGTTCAAGTCGCATAGGTTGTTC
AATGCTCCAAGAAACACACAGTAGATTCCATCGATGCCACTAAACATCCTTGGACGGTGA
GAGTTTTCTGGGCGGGCGAAAGCGAGGGCAGCGGAATCGCCGAAGCTCATGGAGAAAGCA
GAGTCTGGATGGTTTGAAAGGAAGTCACAGAGAGTTTCTCTGGGAAGTTTTCGGGTTTTG
CCGGAAAGGTTTGAAGCCGGGCTGTTTAGCT

QA 2 812 2 812
DS 

RD RR3A235TF 764 0 0
TCGGAATGCTATTGATCTTGGAGTAAGTATCAACTTTAAAGTTAGCTCCACATATAACCC
CTTTCACTATCAATC*TCTGCATCGCTTTCATCTTATTCTTCGGATGCTCAAAACCCATC
AAACCACTCTCACTGTGAAACATACACCCTGTTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACAT
CCTTGCTTAATAATCTTGATATCATCAGACATAACAACAGATCCATCTGCAGCTATGCCC
CAATACAAACTCTCTGCTCCATCAGATCCTAGAGCTGCGAAAACAGAGGATGTCTGAGTA
TCGTAGACGACAAAAGCAAAACTTCCGTCGAGACCTCTGAGAACTTGATCAGCTGGGTAA
GGGCCACGGTCACGCAGTGTTCGGTAGGCTTCGATCACAAACATGGCTTCGTTTGAGGAT
TTTCCAGATAAACCGTACTGTTTGTTCAAGTCGCATAGGTTGTTCAATGCTCCAAGAAAC
ACACAGTAGATTCCATCGATGCCACTAAACATCCTTGGACGGTGAGAGTTTTCTGGGCGG
GCGAAAGCGAGGGCAGCGGAATCGCCGAAGCTCATGGAGAAAGCAGAGTCTGGATGGTTT
GAAAGGAAGTCACAGAGAGTTTCTCTGGGAAGTTTTCGGGTTTTGCCGGAAAGGTTTGAA
GCCGGGCTGTTTAGCTCTTCCGGTGGATGAGCAAACGTCTTTTGAAAAATAGCCAACATT
TTTTCTTCTTGTTGAATCTTCTGTCTTTTTTTTTTTGTATATCC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3EI83TF 672 0 0
TCTTATTCTTCGGATGCTCAAAACTCATCAAACCACTCTCAATGTGAAACATACACCCTG
TTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTTGCTTAATAATCTTGATATCATCAGACA
TAACAACAGATCCATCTGCAGCTATGCCCCAATACAAACTCTCTGCTCCATCAGATCCTA
GAGCTGCGAAAACAGGGGATGTCTGAGTATCGTAGACGACAAAAGCAAAACTTCCGTCGA
GACCTCTGAGAACTTGATCAGCTGGGTAAGGGCCACGGTCACGCAGTGTTCGGTAGGCTT
CGATCACAAACATGGCTTCGTTTGAGGATTTTCCAGATAAACCGTACTGTTTGTTCAAGT
CGCATAGGTTGTTCAATGCTCCAAGAAACACACAGTAGATTCAATCGATGCCACTAAACA
TCCTTGGACGGTGAGAGTTTTCTGGGCGGGCGAAAGCGAGGGCAGCGGAGTCGCCGAAGC
TCATGGAGAAAGCAGAGTCTGGATGGTTTGAAAGGAAGTCACAGAGAGTTTCTCTGGGGA
GTTTTCGGGTTTTGCCGGAAAGGTTTGAAGCCGGGCTGTTTAGCTCTTCCGGTGGATGAG
CAAACGTCTTTTGAAAAATAGCCAACATTTTTTCTTCTTGTTGAATCTTCTGTCTTTTTT
TTT
TGTATATCC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3H372TF 680 0 0
GCATCGT
TTCATCTTATTCTTCGGATGCTCAAAACTCATCAAACCACTCTCACTGTGAAACATACAC
CCTGTTGGAAAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTTGCTTAATAATCTTGATATCATCA
GACATAACAACAGATCCATCTGCAGCTATGCCCCAATACAAACTCTCTGCTCCATCAGAT
CCTAGAGCTGCGAAAACAGAGGATGTCTGAGTATCGTAGACGACAAAAGCAAAACTTCCG
TCGAGACCTCTGAGAACTTGATCAGCTGGGTAAGGGCCACGGTCACGCAGTGTTCGGTAG
GCTTCGATCACAAACATGGCTTCGTTTGAGGATTTTCCAGATAAACCGTACTGTTTGTTC
AAGTCGCATAGGTTGTTCAATGCTCCAAGAAACACACAGTAGATTCCATCGATGCCACTA
AACATCCTTGGACGGTGAGAGTTTTCTGGGCGGGCGAAAGTGAGGGCAGCGGAGTCGCCG
AAGCTCATGGAGAAAGCAGAGTCTGGATGGTTTGAAAGGAAGTCACAGAGAGTTTCTCTG
GGAAGTTTTCGGGTTTTGCCGGAAAGGTTTGAAGCCGGGCTGTTTAGCTCTTCCGGTGGA
TGAGCAAACGTCTTTTGAAAAATAGCCAACATTTTTTCTTCTTGTTGAATCTTCTGTCTT
TTTTTTT
GTATCC

QA 8 674 8 674
DS 

RD RR3GK86TF 663 0 0
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AAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTTGCTTAATAATCTTGATATCATCAGACATAACA
ACAGATCCATCTGCAGCTATGCCCCAATACAAACTCTCTGCTCCATCAGATCCTAGAGCT
GCGAAAACAGAGGATGTCTGAGTATCGTAGACGACAAAAGCAAAACTTCCGTCGAGACCT
CTGAGAACTTGATCAGCTGGGTAAGGGCCACGGTCACGCAGTGTTCGGTAGGCTTCGATC
ACAAACATGGCTTCGTTTGAGGATTTTCCAGATAAACCGTACTGTTTGTTCAAGTCGCAT
AGGTTGTTCAATGCTCCAAGAAACACACAGTAGATTCCATCGATGCCACTAAACATCCTT
GGACGGTGAGAGTTTTCTGGGCGGGCGAAAGCGAGGGCAGCGGAGTCGCCGAAGCTCATG
GAGAAAGCAGAGTCTGGATGGTTTGAAAGGAAGTCACAGAGAGTTTCTCTGGGAAGTTTT
CGGGTTTTGCCGGAAAGGTTTGAAGCCGGGCTGTTTAGCTCTTCCGGCGGATGAGCAAAC
GTCTTTTGAAAAATAGCCAACATTTTTTCTTCTTGTTGAATCTTCTGTCTTTTTTTTT
TGTCC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 2 10

CO CL310Contig1 1035 7 22 U
GCCATTCAAACTGTTGGAAACCTTTATTAACCAAACAAAATTCTAAATCAATGGAAAGAT
AACAAGGAACATTCTGCGTTGCCAAACTTTATTACAGGGAGATACACTAATCGTACACAT
CAGATTTGTCTGAATTGAGGAAAGCCCCTAAGTCAACACAACTTCTCAGCCTCCTTTTTC
TCTACAAGTTTGATGAAATTGCGAACAATTGTCTTGCCTTCAGTTGTTATAATACTCTCC
GGATGAAACTGAACTCCCTGTATATGCTTGTACTTCCTGTGTCGGGCCGCCATAACCAAA
CCATCTTCTGTCCATGCTGTAACCTCGAGTTCATCACTGGGAAATGTATCCTTTTCGATC
ACGAGGCTGTGATATCTACCTACAAGGAAAGGGTTAGATAATCCAGAGAACAAGCCATCT
TCTCCTTTCTCATCATAGTGAACCATGGAGCTTTTCCCATGCATTACACCATATGGTGAC
CTTACAATCTTCCCTCCAAATGCTTCTCCTATGCACTGCAAACCCATACATACTCCAAAC
AAAGGAACACGTGGTCCAAGTTCCACAACAGTTTGTAAGGAGATCCCAGAGTCTTGTGGG
GTACCAGGACCAGGAGAAATCAGCACCCCTCTTGGATTTTTACTTTTAAGTTCCTCCACA
GTAAGTTCATCATTGCGGTAAACTTCAAAATGGCATCCTAGCTCTCCCATATACTGGCAG
AGATTGTAGGTGAAGCTGTCGTAATTATCAATCACGATGATGGGACCCTTGTGCTTATTC
GAGGAGTTGACAACAGCGGAAGGCGTCGAGTTCGAATGCGCCATTTCGATCGAAGCTCTC
GTAACGACATGTCCGCGACTCTTCCCCGAAAACGAAACTCTGGTCGGATTCGGACAGGGC
TTGAAGAGAGAAGAAGGGTTTAGGCGAGTGGTGGAGCTGGACTTTGGTTGGAGAAGAAGA
CAAGAGGAGTTGGACAATGTAGTAGCCGCCATTGATTTGTCGGAAAACTTAAAGATCGTT
CCTTTCTTTGGTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AD35JQ U 1
AF RR3AD35TF C 1
AF RR3FP64JQ U 29
AF RR3G942JQ U 175
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RD RR3AD35JQ 363 0 0
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AACAAGGAACATTCTGCGTTGCCAAACTTTATTACAGGGAGATACACTAATCGTACACAT
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TCTACAAGTTTGATGAAATTGCGAACAATTGTCTTGCCTTCAGTTGTTATAATACTCTCC
GGATGAAACTGAACTCCCTGTATATGCTTGTACTTCCTGTGTCGGGCCGCCATAACCAAA
CCATCTTCTGTCCATGCTGTAACCTCGAGTTCATCACTGGGAAATGTATCCTTTTCGATC
AC
C

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR3AD35TF 363 0 0
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AACAAGGAACATTCTGCGTTGCCAAACTTTATTACAGGGAGATACACTAATCGTACACAT
CAGATTTGTCTGAATTGAGGAAAGCCCCTAAGTCAACACAACTTCTCAGCCTCCTTTTTC
TCTACAAGTTTGATGAAATTGCGAACAATTGTCTTGCCTTCAGTTGTTATAATACTCTCC
GGATGAAACTGAACTCCCTGTATATGCTTGTACTTCCTGTGTCGGGCCGCCATAACCAAA
CCATCTTCTGTCCATGCTGTAACCTCGAGTTCATCACTGGGAAATGTATCCTTTTCGATC
AC
C

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR3FP64JQ 742 0 0
G
ACCAAACAAAATTCTAAATCAATGGAAAGATAACAAGGAACATTCTGCGTTGCCAAACTT
TATTACAGGGAGATACACTAATCGTACACATCAGATTTGTCTGAATTGAGGAAAGCCCCT
AAGTCAACACAACTTCTCAGCCTCCTTTTTCTCTACAAGTTTGATGAAATTGCGAACAAT
TGTCTTGCCTTCAGTTGTTATAATACTCTCCGGATGAAACTGAACTCCCTGTATATGCTT
GTACTTCCTGTGTCGGGCCGCCATAAACAAACCATCTTCTGTCCATGCTGTAACCTCGAG
TTCATCACTGGGAAATGTATCCTTTTCGATCACGAGGCTGTGATATCTACCTACAAGGAA
AGGGTTAGATAATCCAGAAAACAAGCCATCTTCTCCTTTCTCATCATAGTGAACCATGGA
GCTTTTCCCATGCATTACACCATATGGTGACCTTACAATCTTCCCTCCAAATGCTTCTCC
TATACACTGCAAACCCATACATACTCCAAACAAAGGAACACGTGGTCCGAGTTCCACAAC
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TCTTGGATTTTTACTTTTGAGTTCCTCCACAGTAAGTTCATCATTGCGGTAAACTTCAAA
ATGGCATCCTAGCTCTCCCATATACTGGCAGAGATTGTAGGTGAAGCTGTCGTAATTATC
AATCACGATGATGGGACCCTT

QA 2 742 2 742
DS 

RD RR3G942JQ 551 0 0
TTTTTCTCTACAAGTTTGATGAAGTTGCGTACAATCGTCTTGCCTTCAGTTGTTATAATA
CTCTCCGGATGAAACTGAACTCCCTATATATGCTTGTACTTCCTGTGTCGGGCCGCCATA
ACCAAACCATCTTCTGTCCATGCTGTCACCTCGAGTTCATCACTGGGAAATGTATCCTTT
TCGATCACGAGGCTGTGATATCTACCTACAAGGAAAGGGTTAGATAATCCAGAGAACAAG
CCATCTTCTCCTTTCTCATCATAGTGAACCATGGGGCTTTTCCCATGCATTACACCATAT
GGTGACCTTACAATCTTCCCTCCAAATGCTTCTCCTATGCACTGCAAACCCATACATACT
CCAAACAAAGGAACACGTGGTCCAAGTTCCACAACAGTTTGTAAGGAGATCCCAGAGTCT
TGTGGGGTACCAGGACCAGGAGAAATCAGCACCCCTCTTGGATTTTTACTTTTAAGTTCC
TCCACAGTAAGTTCATCATTGCGGTAAACTTCAAAATGGCATCCTAGCTCTCCCATATAC
TGGCAGAGATT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3BX40JQ 811 0 0
GATGGAAAGAT
AAGGAACATTCTGCATTGCCAAACTTTATTACAGGGAGATACACTAATCGTACACATCAG
ATTTGTCTGAATTGAGGAAAGCCCCTAAGTCAACACAACTTCTCAGCCTCCTTTTTCTCT
ACAAGTTTGATGAAGTTGCGTACAATCGTCTTGCCTTCAGTTGTTATAATACTCTCCGGA
TGAAACTGAACTCCCTGTATATGCTTGTACTTCCTGTGTCGGGCCGCCATAACCAAACCA
TCTTCTGTCCATGCTGTCACCTCGAGTTCATCACTGGGAAATGTATCCTTTTCGATCACG
AGGCTGTGATATCTACCTACAAGGAAAGGGTTAGATAATCCAGAGAACAAGCCATCTTCT
CCTTTCTCATCATAGTGAACCATGGAGCTTTTCCCATGCATTACACCATATGGTGACCTT
ACAATCTTCCCTCCAAATGCTTCTCCTATGCACTGCAAACCCATACATACTCCAAACAAA
GGAACACGTGGTCCAAGTTCCACAACAGTTTGTAAGGAGATCCCAGAGTCTTGTGGGGTA
CCAGGACCAGGAGAAATCAGCACCCCTCTTGGATTTTTACTTTTAAGTTCCTCCACAGTA
AGTTCATCATTGCGGTAAACTTCAAAATGGCATCCTAGCTCTCCCATATACTGGCAGAGA
TTGTAGGTGAAGCTGTCGTAATTATCAATCACGATGATGGGACCCTTGTGCTTATTCGAG
GAGT*GACAACAGCGGAGGGCGTCGAGT*CGA*TGCGCCATTTCGATCGAAGCTCTCGTA
*CGACATGTCCGCGACTCTT

QA 12 811 12 811
DS 

RD RR3G942TF 601 0 0
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GGCTTTTCCCATGCATTACACCATATGGTGACCTTACAATCTTCCCTCCAAATGCTTCTC
CTATGCACTGCAAACCCATACATACTCCAAACAAAGGAACACGTGGTCCAAGTTCCACAA
CAGTTTGTAAGGAGATCCCAGAGTCTTGTGGGGTACCAGGACCAGGAGAAATCAGCACCC
CTCTTGGATTTTTACTTTTAAGTTCCTCCACAGTAAGTTCATCATTGCGGTAAACTTCAA
AATGGCATCCTAGCTCTCCCATATACTGGCAGAGATTGTAGGTGAAGCTGTCGTAATTAT
CAATCACGATGATGGGACCCTTGTGCTTATTCGAGGAGTTGACAACAGCGGAAGGCGTCG
AGTTCGAATGCGCCATTTCGATCGAAGCTCTCGTAACGACATGTCCGCGACTCTTCCCCG
AAAACGAAACTCTGGTCGGATTCGGACAGGGCTTGAAGAGAGAAGAAGGGTTTAGGCGAG
TGGTGGAGCTGGACTTTGGTTGGAGAAGAAGACAAGAGGAGTTGGACAATGTAGTAGCCG
C

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3BX40TF 682 0 0
TTCGATCACGAGGCTGTGATATCTACCTACAAGGAAAGGGTTAGATAATCCAGAGAACAA
GCCATCTTCTCCTTTCTCATCATAGTGAACCATGGAGCTTT*CCCATGCATTACACCATA
TGGTGACCTTACAATCTTCCCTCCAAATGCTTCTCCTATGCACTGCAAACCCATACATAC
TCCAAACAAAGGAACACGTGGTCCAAGTTCCACAACAGTTTGTAAGGAGATCCCAGAGTC
TTGTGGGGTACCAGGACCAGGAGAAATCAGCACCCCTCTTGGATTTTTACTTTTAAGTTC
CTCCACAGTAAGTTCATCATTGCGGTAAACTTCAAAATGGCATCCTAGCTCTCCCATATA
CTGGCAGAGATTGTAGGTGAAGCTGTCGTAATTATCAATCACGATGATGGGACCCTTGTG
CTTATTCGAGGAGTTGACAACAGCGGAAGGCGTCGAGTTCGAATGCGCCATTTCGATCGA
AGCTCTCGTAACGACATGTCCGCGACTCTTCCCCGAAAACGAAACTCTGGTCGGATTCGG
ACAGGGCTTGAAGAGAGAAGAAGGGTTTAGGCGAGTGGTGGAGCTGGACTTTGGTTGGAG
AAGAAGACAAGAGGAGTTGGACAATGTAGTAGCCGCCATTGATTTGTCGGAAAACTTAAA
GATCGTTCCTTTCTTTGGTTCC

QA 1 682 1 682
DS 



CO CL310Contig2 1007 3 6 U
GAAAGGAACGATCTTTTAGTTTTCCGACAAATCAATGGCGGCTACTACATTGTCCAACTC
CTCTTGTCTTCTCCAACCAAAGTCCAGCTCCACCACTCGCCTAAACCCTTCTTCCCTCGT
CAAGCCCTGTCCGAATCCGACCAGAGTTTCGTTTTCGGGGAAGAGTCGCGGACACGTCGT
AACGAGAGCTTCGATCGAAATGGCGCATTCGAACTCGACGCCTTCCGCTGTTGTCAACTC
CTCGAATAAGCATAAGGGTCCCATCATCGTGATTGATAATTACGACAGCTTCACCTACAA
TCTCTGCCAGTATATGGGAGAGCTAGGATGCCATTTTGAAGTTTATCGCAATGATGAACT
TACTGTAGAGGAACTCAAAAGTAAAAATCCAAGAGGGGTGCTGATTTCTCCTGGGCCTGG
TACCCCACAAGACTCTGGGATCTCCTTACAAACTGTGTTGGAACTCGGACCACGTGTTCC
TTTGTTTGGAGTATGTATGGGTTTGCAGTGTATAGGAGAAGCATTTGGAGGGAAGATTGT
AAGGTCACCATATGGTGTAATGCATGGGAAAAGCTCCATGGTTCACTATGACGAGAAAGG
AGAAGAAGGCTTGTTCTCTGGATTATCTAACCCTTTCCTTGTAGGTAGATATCACAGCCT
CGTGATCGAGAAAGATACGTTTCCCAATGATGAACTCGAGGTTACCGCGTGGACAGAAGA
TGGTTTGGTTATGGCGGCACGACACAGGAAGCATAAGCATATACAGGGAGTCCAGTTTCA
TCCGGAGAGTATTATAACAACTGAAGGCAAGACAATTGTTCGCAATTTCATCAAACTTGT
TGAGAAAAAGGAGGCTGAGAAGTTGTGTTGACTTAGGGCTCTTTCCTCAATTCGAACAAA
TCACCTGTGTGGGATTAGTGTGTCTCACTGTAATAAAAGTTTGGCAATGCAAAATGTTCC
TTGTCATCTTTCCATTGTTTCCATCAATAAAAAATGAGAGTCATTTG


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DZ33TF U 2
AF RR3AK39TF U 1
AF RR3DZ33JQ C 437
BS 1 90 RR3AK39TF
BS 91 91 RR3DZ33TF
BS 92 262 RR3AK39TF
BS 263 263 RR3DZ33TF
BS 264 747 RR3AK39TF
BS 748 1007 RR3DZ33JQ

RD RR3DZ33TF 602 0 0
GG
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TTGTCTTCTCCAACCAAAGTCCAGCTCCACCACTCGCCTAAACCCTTCTTCCCTCGTCAA
GCCCTGTCCGAATCCGACCAGAGTTTCGTTTTCGGGGAAGAGTCGCGGACATGTCGTAAC
GAGAGCTTCGATCGAAATGGCGCATTCGAACTCGACGCCTTCCGCTGTTGTCAACTCCTC
GAATAAGCATAAGGGTCCCATCATCGTGATTGATAATTACGACAGCTTCACCTACAATCT
CTGCCAGTATATGGGAGAGCTAGGATGCCATTTTGAAGTTTATCGCAATGATGAACTTAC
TGTAGAGGAACTCAAAAGTAAAAATCCAAGAGGGGTGCTGATTTCTCCTGGGCCTGGTAC
CCCACAAGACTCTGGGATCTCCTTACAAACTGTGTTGGAACTCGGACCACGTGTTCCTTT
GTTTGGAGTATGTATGGGTTTGCAGTGTATAGGAGAAGCATTTGGAGGGAAGATTGTAAG
GTCACCATATGGTGTAATGCATGGGAAAAGCTCCATGGTTCACTATGACGAGAAAGGAGA

QA 3 602 3 602
DS 

RD RR3AK39TF 761 0 0
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CTCTTGTCTTCTCCAACCAAAGTCCAGCTCTACCACTCGCCTAAACCCTTCTTCCCTCGT
CAAGCCCTGTCCGAATCCGACCAGAGTTTCGTTTTCGGGGAAGAGTCGCGGACACGTCGT
AACGAGAGCTTCGATCGAAATGGCGCATTCGAACTCGACGCCTTCCGCTGTTGTCAACTC
CTCGAATAAGCATAAGGGTCCCGTCATCGTGATTGATAATTACGACAGCTTCACCTACAA
TCTCTGCCAGTATATGGGAGAGCTAGGATGCCATTTTGAAGTTTATCGCAATGATGAACT
TACTGTAGAGGAACTCAAAAGTAAAAATCCAAGAGGGGTGCTGATTTCTCCTGGGCCTGG
TACCCCACAAGACTCTGGGATCTCCTTACAAACTGTGTTGGAACTCGGACCACGTGTTCC
TTTGTTTGGAGTATGTATGGGTTTGCAGTGTATAGGAGAAGCATTTGGAGGGAAGATTGT
AAGGTCACCATATGGTGTAATGCATGGGAAAAGCTCCATGGTTCACTATGACGAGAAAGG
AGAAGAAGGCTTGTTCTCTGGATTATCTAACCCTTTCCTTGTAGGTAGATATCACAGCCT
CGTGATCGAGAAAGATACGTTTCCCAATGATGAACTCGAGGTTACCGCGTGGACAGAAGA
TGGTTTGGTTATGGCGGCACGACACAG
AAGCATAAGCATAT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3DZ33JQ 571 0 0
GGGATCTCCTTACAAACTGTGTTGGAACTCGGACCACGTGTTCCTTTGTTTGGAGTATGT
ATGGGTTTGCAGTGTATAGGAGAAGCATTTGGAGGGAAGATTGTAAGGTCACCATATGGT
GTAATGCATGGGAAAAGCTCCATGGTTCACTATGACGAGAAAGGAGAAGAAGGCTTGTTT
TTTGGATTATCTAACCCTTTCCTTGTAGGTAGATATCACAGCCTCGTTATCGAGAAAGAT
ACGTTTCCCAATGATGAACTCGAGGTTACCGCGTGGACAGAAGATGGTTTGGTTATGGCG
GCACGACACAGGAAGCATAAGCATATACAGGGAGTCCAGTTTCATCCGGAGAGTATTATA
ACAACTGAAGGCAAGACAATTGTTCGCAATTTCATCAAACTTGTTGAGAAAAAGGAGGCT
GAGAAGTTGTGTTGACTTAGGGCTCTTTCCTCAATTCGAACAAATCACCTGTGTGGGATT
AGTGTGTCTCACTGTAATAAAAGTTTGGCAATGCAAAATGTTCCTTGTCATCTTTCCATT
GTTTCCATCAATAAAAAATGAGAGTCATTTG

QA 1 571 1 571
DS 



AS 3 11

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AGTCCTTAAAAAGTCTTAAATAACGCAAACGAACTTCTATATTAAGTATCCACAACATAC
AAAGAGAGTGAAGCTATATCAAACATATCACCAATATGCGGAGTACGTAGAAGTAAATAG
CCATTCACTCGAATTGGTAGTGCTTATCAACTGCAACAGAGACGTCCCAAGTGCAACTCA
TTCCTTTAGGGAAAACAACAAAGTCGCCTGCTTCGATCTCCACGCCTTCATCGGATCCAT
TAGGGTAAACTTTCACTTTCCCTCCTAGCAGAAAACAAGTCTCCTTTGCATCGTAAGTCC
ATGGAAACTTGCTTGGAGGACAACCCCACTTGGGCCAACTACGAACACCTAGTTGGGTGA
GTTTGGACTCGGGAGGATTCTTCTCGATAAAGATCCCTAATTTTTCAGTAGCCATTGACT
CAGCTCGACTCGCAGCCATCGATAGTCCTCTTCTCGTGTAGGGTTTGTTTGATGTTCTTG
TAAGCACCGGCCGGTAAATATTGATACTGGCTGAATCGATAAGACCAATGCAGCCCATCT
TGCTTCTCTGGTAATACCTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EM38TF C 1
AF RR3EM38JQ U 2
AF RR3A987JQ U 73
AF RR3A987TF C 73
BS 1 9 RR3EM38TF
BS 10 323 RR3EM38JQ
BS 324 324 RR3A987JQ
BS 325 623 RR3EM38JQ

RD RR3EM38TF 623 0 0
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AGTCCTTAAAAAGTCTTAAATAACGCAAACGAACTTCTATATTAAGTATCCACAACATAC
AAAGAGAGTGAAGCTATATCAAACATATCACCAATATGCGGAGTACGTAGAAGTAAATAG
CCATTCACTCGAATTGGTAGTGCTTATCAACTGCAACAGAGACGTCCCAAGTGCAACTCA
TTCCTTTAGGGAAAACAACAAAGTCGCCTGCTTCGATCTCCACGCCTTCATCGGATCCAT
TAGGGTAAACTTTCACTTTCCCTTCTAGCAGAAAACAAGTCTCCTTTGCATCGTAAGTCC
ATGGAAACTTGCTTGGAGGACAACCCCACTTGGGCCAACTACGAACACCTAGTTGGGTGA
GTTTGGACTCGGGAGGATTCTTCTCGATAAAGATCCCTAATTTTTCAGTAGCCATTGACT
CAGCTCGACTCGCAGCCATCGATAGTCCTCTTCTCGTGTAGGGTTTGTTTGATGTTCTTG
TAAGCACCGGCCGGTAAATATTGATACTGGCTGAATCGATAAGACCAATGCAGCCCATCT
TGCTTCTCTGGTAATACCTCTCT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3EM38JQ 622 0 0
GCACAAAT
CCGAACTCTGATTTTCTTTATCTGCTTTATCCTGGGACATGTCATGCACAAAGTCCTTAA
AAAGTCTTAAATAACGCAAACGAACTTCTATATTAAGTATCCACAACATACAAAGAGAGT
GAAGCTATATCAAACATATCACCAATATGCGGAGTACGTAGAAGTAAATAGCCATTCACT
CGAATTGGTAGTGCTTATCAACTGCAACAGAGACGTCCCAAGTGCAACTCATTCCTTTAG
GGAAAACAACAAAGTCGCCTGCTTCGATCTCCACGCCTTCATCGGATCCATTAGGGTAAA
CTTTCACTTTCCCTTCTAGCAGAAAACAAGTCTCCTTTGCATCGTAAGTCCATGGAAACT
TGCTTGGAGGACAACCCCACTTGGGCCAACTACGAACACCTAGTTGGGTGAGTTTGGACT
CGGGAGGATTCTTCTCGATAAAGATCCCTAATTTTTCAGTAGCCATTGACTCAGCTCGAC
TCGCAGCCATCGATAGTCCTCTTCTCGTGTAGGGTTTGTTTGATGTTCTTGTAAGCACCG
GCCGGTAAATATTGATACTGGCTGAATCGATAAGACCAATGCAGCCCATCTTGCTTCTCT
GGTAATACCTCTCT

QA 9 622 9 622
DS 

RD RR3A987JQ 542 0 0
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TCACTTTCCCTCCTAGCAGAAAACAAGTCTCCTTTGCATCGTAAGTCCATGGAAACTTGC
TTGGAGGACAACCCCACTTGGGCCAACTACGAACACCTAGTTGGGTGAGTTTGGACTCGG
GAGGATTCTTCTCGATAAAGATCCCTAATTTTTCAGTAGCCATTGACTCAGCTCGACTCG
CAGCCATCGATAGTCCTCTTCTCGTGTAGGGTTTGTTTGATGTTCTTGTAAGCACCGGCC
GGTAAATATTGATACTGGCTGAATCGATAAGACCAATGCAGCCCATCTTGCTTCTCTGGT
CC

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR3A987TF 542 0 0
GTCTTAAATAACGCAAACGAACTTCTATATTAAGTATCCACAACATACAAAGAGAGTGAA
GCTATATCAAACATATCACCAATATGCGGAGTACGTAGAAGTAAATAGCCATTCACTCGA
ATTGGTAGTGCTTATCAACTGCAACAGAGACGTCCCAAGTGCAACTCATTCCTTTAGGGA
AAACAACAAAGTCGCCTGCTTCGATCTCCACGCCTTCATCGGATCCATTAGGGTAAACTT
TCACTTTCCCTCCTAGCAGAAAACAAGTCTCCTTTGCATCGTAAGTCCATGGAAACTTGC
TTGGAGGACAACCCCACTTGGGCCAACTACGAACACCTAGTTGGGTGAGTTTGGACTCGG
GAGGATTCTTCTCGATAAAGATCCCTAATTTTTCAGTAGCCATTGACTCAGCTCGACTCG
CAGCCATCGATAGTCCTCTTCTCGTGTAGGGTTTGTTTGATGTTCTTGTAAGCACCGGCC
GGTAAATATTGATACTGGCTGAATCGATAAGACCAATGCAGCCCATCTTGCTTCTCTGGT
CC

QA 1 540 1 540
DS 



CO CL311Contig2 627 4 4 U
AAGTCTTAAATAACGCAAAAATTACTTAGATATCGGAGCAAACAAATCCCAGCAATGCAT
AGAGTGATACTGATACATGACACAAAATTAAGTATCCACAACATACAAAGACAGTGAAGA
TATATCAAACATATCACCAATATGAGGAGCAGAAGTAAATAGCCATTCACTCGAATTGGT
AGTGCTTATCAACTGCAACAGAGACGTCCCAAGTGCAACTCATTCCTTTAGGGAAAACAA
CAAAGTCTCCTGCTTCGATCTCCACGCCTTCATCGGATCCATTAGGGTAAACTTTCACTT
TCCCTTCTAGCAGAAAACAAGTCTCCTTTGCATCGTAAGTCCATGGAAACTTGCTTGGAG
GACAACCCCACTTGGGCCAACTACGAACACCTAGTTGGGTGAGTTTGGACTCGGGAGGAT
TCTTCTCGATAAAGATCCCTAATTTTTCAGTAGCCATTGACTCAGCTCGAATCGCAGCCA
TCGATAGTCCTCTTCTCGTGTAGGGTTTGTTTGATGTTCTTGTAAGCACCGGCCGGTAAA
TATTGATACTGGCTGAATCGATAAGACCGATGCAGCCCATCTCGCTTCACTGGTAATACC
TCTCTATTTTTTTTCGTTTTGTTTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H610JQ U 1
AF RR3H610TF C 1
AF RR3AS51JQ U 34
AF RR3AS51TF C 72
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BS 566 566 RR3AS51JQ
BS 567 614 RR3H610JQ
BS 615 627 RR3AS51JQ

RD RR3H610JQ 626 0 0
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AGTGCTTATCAACTGCAACAGAGACGTCCCAAGTGCAACTCATTCCTTTAGGGAAAACAA
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TCTTCTCGATAAAGATCCCTAATTTTTCAGTAGCCATTGACTCAGCTCGAATCGCAGCCA
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TATTGATACTGGCTGAATCGATAAGGCCGATGCAGCCCATCTCGCTTCACTGGTAATACC
TCTCTATTTTTTTT
TCGTTTTGTTTC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3H610TF 626 0 0
AAGTCTTAAATAACGCAAAAATTACTTAGATATCGGAGCAAACAAATCCCAGCAATGCAT
AGAGTGATACTGATACATGACACAAAATTAAGTATCCACAACATACAAAGACAGTGAAGA
TATATCAAACATATCACCAATATGAGGAGCAGAAGTAAATAGCCATTCACTCGAATTGGT
AGTGCTTATCAACTGCAACAGAGACGTCCCAAGTGCAACTCATTCCTTTAGGGAAAACAA
CAAAGTCTCCTGCTTCGATCTCCACGCCTTCATCGGATCCATTAGGGTAAACTTTCACTT
TCCCTTCTAGCAGAAAACAAGTCTCCTTTGCATCGTAAGTCCATGGAAACTTGCTTGGAG
GACAACCCCACTTGGGCCAACTACGAACACCTAGTTGGGTGAGTTTGGACTCGGGAGGAT
TCTTCTCGATAAAGATCCCTAATTTTTCAGTAGCCATTGACTCAGCTCGAATCGCAGCCA
TCGATAGTCCTCTTCTCGTGTAGGGTTTGTTTGATGTTCTTGTAAGCACCGGCCGGTAAA
TATTGATACTGGCTGAATCGATAAGGCCGATGCAGCCCATCTCGCTTCACTGGTAATACC
TCTCTATTTTTTTT
TCGTTTTGTTTC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3AS51JQ 594 0 0
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CGGATCCATTAGGGTAAACTTTCACTTTCCCTTCTAGCAGAAAACAAGTCTCCTTTGCAT
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ATGTTCTTGTAAGCACCGGCCGGTAAATATTGATACTGGCTGAATCGATAAGACCGATGC
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QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3AS51TF 540 0 0
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ACTGCAACAGAGACGTCCCAAGTGCAACTCATTCCTTTAGGGAAAACAACAAAGTCTCCT
GCTTCGATCTCCACGCCTTCATCGGATCCATTAGGGTAAACTTTCACTTTCCCTTCTAGC
AGAAAACAAGTCTCCTTTGCATCGTAAGTCCATGGAAACTTGCTTGGAGGACAACCCCAC
TTGGGCCAACTACGAACACCTAGTTGGGTGAGTTTGGACTCGGGAGGATTCTTCTCGATA
AAGATCCCTAATTTTTCAGTAGCCATTGACTCAGCTCGAATCGCAGCCATCGATAGTCCT
CTTCTCGTGTAGGGTTTGTTTGATGTTCTTGTAAGCACCGGCCGGTAAATATTGATACTG
GCTGAATCGATAAGACCGATGCAGCCCATCTCGCTTCACTGGTAATACCTCTCTATTTTT

QA 1 540 1 540
DS 



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AAACTTATCACCAACATGCGGAGTAGAAGTAAATAGCCATTCACTCGAATTGGTAGTGCT
CATCAACTGCAACAGAGACGTCCCAAGTGCAACTCATTCCTTTAGGGAAAACAACAAAGT
CGCCTGCTTCGATCTCCACGCCTTCATCGGATCCATTAGGGTAAACTTTCACTTTCCCTT
CTAGCAGAAAACAAGTCTCCTTTGCATCGTAAGTCCATGGAAACTTGCTTGGAGGACAAC
CCCACTTGGGCCAATTACGAACACCTAGTTGGGTGAGTTTGGACTCGGGAGGATTCTTCT
CGATAAATATCCCTAATTTTTCAGTAGCCATTGACTCAGCTCGAGTCGCAGCCATCGATA
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TTTTTTTTCTTTCGTTTTTGTTTTCC


BQ
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AF RR3H740TF C 1
AF RR3H740JQ U 6
AF RR3F638JQ U 63
BS 1 5 RR3H740TF
BS 6 609 RR3H740JQ
BS 610 626 RR3F638JQ

RD RR3H740TF 625 0 0
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TAACGCAAAAGAACTTCTATATTAAGTATCCACAACATACAAAGACAGTGAAGCTATATC
AAACTTATCACCAACATGCGGAGTAGAAGTAAATAGCCATTCACTCGAATTGGTAGTGCT
CATCAACTGCAACAGAGACGTCCCAAGTGCAACTCATTCCTTTAGGGAAAACAACAAAGT
CGCCTGCTTCGATCTCCACGCCTTCATCGGATCCATTAGGGTAAACTTTCACTTTCCCTT
CTAGCAGAAAACAAGTCTCCTTTGCATCGTAAGTCCATGGAAACTTGCTTGGAGGACAAC
CCCACTTGGGCCAATTACGAACACCTAGTTGGGTGAGTTTGGACTCGGGAGGATTCTTCT
CGATAAATATCCCTAATTTTTCAGTAGCCATTGACTCAGCTCGAGTCGCAGCCATCGATA
GTCCTCTTCTCGTGTAGGGTTTGTTTAATGTTCTTGTAAGCACCGGCCGGTAAATATTGA
TACTGGCTGAATCGATAAGACCAATGCAGCCCATCTTGCTTCTCTGGTAATACCTCTCTA
TTTTTTTTC
TTTCGTTTTTGTTTCC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3H740JQ 620 0 0
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TATCACCAACATGCGGAGTAGAAGTAAATAGCCATTCACTCGAATTGGTAGTGCTCATCA
ACTGCAACAGAGACGTCCCAAGTGCAACTCATTCCTTTAGGGAAAACAACAAAGTCGCCT
GCTTCGATCTCCACGCCTTCATCGGATCCATTAGGGTAAACTTTCACTTTCCCTTCTAGC
AGAAAACAAGTCTCCTTTGCATCGTAAGTCCATGGAAACTTGCTTGGAGGACAACCCCAC
TTGGGCCAATTACGAACACCTAGTTGGGTGAGTTTGGACTCGGGAGGATTCTTCTCGATA
AATATCCCTAATTTTTCAGTAGCCATTGACTCAGCTCGAGTCGCAGCCATCGATAGTCCT
CTTCTCGTGTAGGGTTTGTTTAATGTTCTTGTAAGCACCGGCCGGTAAATATTGATACTG
GCTGAATCGATAAGACCAATGCAGCCCATCTTGCTTCTCTGGTAATACCTCTCTATTTTT
TTTC
TTTCGTTTTTGTTTCC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3F638JQ 564 0 0
G
CGCAAAAGAACTTCTATATTAAGTATCCACAACATACAAAGACAGTGAAGCTATATCAAA
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CAACTGCAACAGAGACGTCCCAAGTGCAACTCATTCCTTTAGGGAAAACAACAAAGTCGC
CTGCTTCG*TCTCCACGCCTTCATCGGATCCATTAGGGTAAAATTTCACTTTCCCTTCTA
GCAGAAAACAAGTCTCCTTTGCATCGTAAGTCCATGGAAACTTGCTTGGAGGACAACCCC
ACTTGGGCCAATTACGAACACCTAGTTGGGTGAGTTTGGACTCGGGAGGATTCTTCTCGA
TAAATATCCCTAATTTTTCAGTAGCCATTGACTCAGCTCGAGTCGCAGCCATCGATAGTC
CTCTTCTCGTGTAGGGTTTGTTTAATGTTCTTGTGAGCACCGGCCGGTAAATATTGATAC
TGGCTGAATCGATAAGACCAATGCAGCCCGTCTTGCTTCTCTGGTAATACCTCTCTATTT
TTTTTCTTTCGTTTTTGTTTTCC

QA 2 564 2 564
DS 



AS 3 9

CO CL312Contig1 776 2 5 U
GGACCCTCGTCTGATCAACCAAACCTTTTGTTGTTGATTTGGTTCTTTCTTCTTCACCTC
TTTCTCTTTCGTATTGTGTTTCTTCTCAATCAGATCCGAGGAGTTTGTTTGGTGATGTTT
TTGTTCGATTGGTTCTATGGAATCCTAGCGACGTTAGGATTGTGGCAGAAAGAGGCGAAA
ATATTGTTTCTGGGCCTCGACAATGCCGGCAAAACTACTTTGCTTCACATGCTCAAAGAC
GAGAGATTAGTACAACACCAGCCAACACAGCATCCAACATCTGAGGAACTGAGCATTGGC
AAAATCAAATTCAAGGCTTTTGACTTGGGTGGCCATCAGATTGCCCGTAGGGTCTGGAAA
GACTACTATGCCAAGGTTGATGCAGTTGTGTACCTAGTGGATGCTTACGACAAGGAGAGA
TTTGTGGAGTCAAAAAGAGAGCTTGATGCTCTTCTATCTGACGAAGGCTTAGCAAATGTT
CCCTTTCTTATTCTTGGCAACAAGATTGATATTCCTTATGCAGCCTCTGAAGATGAGCTT
AGGTATCACTTGGGTCTCACCAATTTCACCACGGGTAAAAGCAATGTGAATCTAGAAGAA
TCTGGTGTTCGTCCCCTTGAGGTCTTCATGTGCAGCATCGTCCGCAAAATGGGATATGGC
GAGGGCTTTAAATGGTTATCTTACTACATCAAGTGAGTGGGAAACCAAACAAGCACGGTT
TTATGAATGAGACTATCTCAATGTTTCCCTCTTTGAAAGACATAACTCTTTCTCTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BV88TF U 1
AF RR3G580TF U 1
BS 1 150 RR3BV88TF
BS 151 151 RR3G580TF
BS 152 179 RR3BV88TF
BS 180 180 RR3G580TF
BS 181 776 RR3BV88TF

RD RR3BV88TF 776 0 0
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QA 1 776 1 776
DS 

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GAGAGATTAGTACAACACCAGCCAACACAGCATCCAACATCTGAGGAACTGAGCATTGGC
AAAATCAAATTCAAGGCTTTTGACTTGGGTGGCCATCAGATTGCCCGTAGGGTCTGGAAA
GACTACTATGCCAAGGTTGATGCAGTTGTGTACCTAGTGGATGCTTACGACAAGGAGAGA
TTTGTGGAGTCAAAAAGAGAGCTTGATGCTCTTCTATCTGACGAAGGCTTAGCAAATGTT
CCCTTTCTTATTCTTGGCAACAAGATTGATATTCCTTATGCAGCCTCTGAAGATGAGCTT
AGGTATCACTTGGGTCTCACCAATTTCACCACGGGTAAAAGCAATGTGAATCTAGAAGAA
TCTGGTGTTCGTCCCCTTGAGGTCTTCATGTGCAGCATCGTCCGCAAAATGGGATATGGC
GAGGGCTTTAAATGGTTATCTTACTACATCAAGTGAGTGGGAAACCAAACAAGCACGGTT
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QA 1 738 1 738
DS 



CO CL312Contig2 903 4 2 U
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TAG


BQ
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10 10 10 

AF RR3E517TF U 1
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AF RR3CQ86TF U 1
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QA 1 275 1 275
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TGGG

QA 1 577 1 577
DS 

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CAAAGATCATAAAAGTTTATTTGAAGACGACTTAGGCATGTTTTTGTTTGATTGGTTCTA
TGGAATCCTGGCGACGTTAGGTCTGTGGCAGAAAGAGGCGAAGATCTTGTTTCTCGGGCT
CGACAATGCCGGGAAAACAACTCTGCTTCACATGCTCAAAGACGAGAGATTAGTTCAGCA
CCAGCCAACACAGCATCCAACATCTGAGGAACTGAGCATTGGCAAAATCAAGTTCAAGGC
CTTTGACTTGGGTGGCCATCAGATTGCCCGTAGGGTCTGGAAAGACTACTATGCCAAGGT
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ACATAAAACTGTTTCTCTTCTTGTAGTTTCCTCTTATAAGTTCTAATGTAAGTCGATGGC
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QA 1 803 1 803
DS 



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AAACAAAAAATCAAATAGAAAAG


BQ
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0 15 15 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY45JQ U 1
AF RR3C684JQ U 22
AF RR3EY45TF C 184
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BS 673 863 RR3EY45TF

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TCTCACTTGATGTAGTAAGACAGCCATTTGAAGCCCTCACCATATCCCATTTTGCGGACG
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CTTTTCGACTCCACAAATCTCTCCTTGTCGTAAGCATCCACTAGGTACACAACAGCATCA
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DS 

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CTGCACATGAAGACCTCGAACGGACGAACGCCAGATTCTCCAAGACTCACATTGCTTT*A
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GGAATATCAATCTTGTTTCCAAGGATAAGAAAAGGGACACTTGCTAATGCTTCATCAGAT
AAGAGAGCGTCAAGCTCTCTTTTCGACTCCACAAATCTCTCCTTGTCGTAAGCATCCACT
AGGTACACAACAGCATCAACCTTGGCATAGTAGTCTTTCCAGACCCTACGGGCAATCTGA
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GGATGCTGTGTTGGCTGGTGCTGAACTAATCTCTCGTCTTTGAGCATGTGAAGCAGAGTT
GTTTTCCCGGCATTGTCGAGCCCGAGAAACAAGATCTTCGCCTCTTTCTGCCACAGACCT
AACGTCGCCAGGATTCCATAGAACCAATCAAACAAAAACATGCCTAAGTCGTCTTCAAAT
AAACTTTTATGATCTTTGTATTCAGAGATCTAATCGAGAGAGAGATGAAGAAGAACCAAA
CAAAAAATCAAATAGAAAAG

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 11

CO CL313Contig1 1163 11 14 U
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AAAGTACACAACTGGGTTTATTTTGTATTGTTGCTGTTCATTAAATAAAGGTTTTGACAA
TTAGTACTCCAACACTCGTATCTAGATAAAGTGATCCGTTATACTAATGTTTAGCGTTTG
CGTTTATTTATTTTCTTGCATCATGATATAACGTGCCAAGACCGGAAGTGAAGAGTCTCA
TATACTTCGGAGAACGGCGCCTCGAATCTGAAGATCTTCCATTAACCTCTTAGTGCTTTT
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ATAAACCAGGTCCAACTTCAATTTCGACGCAATTAGTCCTTTTCCGCCTGAACACTTTCG
GTATTCTTTTGGATTTTTTTGGTACCCTAGCCGTGCAATATTTATCACTATCTATGTACC
ATGGCTCTATTTGCAACTGACCCATAAACACTTCCATGTTCATTACATCCTCTCTCGGAA
TCCTAAATAATGTGATGAGATCTTTTCGGTTCTCATTGAATACTAGATCTAATGGCATTT
TCCCATTCCACCGAAGAAACTTCCATGGCGCAGATTTTTTTACTACCACGACTTTCTCAT
CCCTTCCATTATCCCTAAGAACCTTGCTTGATTTGACTGACAGGATTTTGCGCCTTTTCA
TTTGTATGAAGTAAGAATATGTTTGGTTGTCGTGACTAGTTATAATATCGAAGACTGTCT
CAGGAGGCAATCCTATTGAAAAGTCCATCTTCAAATGGGTTTCACCTGCACTCGATTTGG
ACACCTTCACGGTAGGAGCATAATCTCGCAGCCATGGCCATTTCTTCTCTTCAGCTCTCC
ACATCTTTAATTGCCTCTTCGTTTCTTCGCTCTCCGCACTGGTATTTATCTCTGACCCTG
GCTTTGATTTTACATTCTTAGATTTCCTGGACTCGGCCTTCGGAGGTTGTTGGCTGTTCA
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ATGATACACTTATTTGATCAGAGCAAGAGCAAATGAAGATCCGAATATTTTATATCTTGT
GGTTTGAGGTATCTTAAAGCTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 10 40 40 40 40 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 10 10 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
10 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 60 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
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65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 40 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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RD RR3FJ42JQ 558 0 0
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ACAATTAGTACTCCAACGCTCGTATCTAGATAAAGCGATCCGTTATA***ATGTTTAGTG
TTTGCGTTTATTTATTTTCTTGCAACATGATATAACGTGCCAAGACCGGAAGTGAAGAGT
CTCAAACACTTCGGAAAACGGCGCCTCGAATCTGAAGATCTTCCACTAACCTTTTAGTGC
TTTTGATGATGACCCGACGGATGTACCAAGAAAACGGCGGCTTATCAAGAGGTTCCATGG
GCCTATAAACCAGGTCCAACTTCAATTTCGACGCAATTAGTCCTTTTCCGCCTGAACATT
TTCGGTATTCTTTTGGATTTTTTTGGTACCCTAGCCGTGCAATATTTATCACTATCTATG
TACCATGGCTTTATTTGCAACTGACCCATAAACAATTCCATGTTCATTACATCCTCTCTC
GGAATCCTAAATAATGTGATGAGATCTTTTCGGTTCTCATTGAATACTAAATCTAATGGC
ATTTTCCCATTCCACCGA

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR3GM78JQ 750 0 0
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AAAGTACACAACTGGGTTTATTTTGTATTGTTGCTGTTCATTAAATAAAGGTTTTGACAA
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CCCTTCCATTATCCCTAAGAACCTTGCTTGATTTGACTGACAGGATTTTGCGCCTTTTCA
TTTGTATGAAGTAAGAATATGTTTGGTTG
C

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3GM78TF 750 0 0
ATGTGTAACAAGGTTATATTAGAAAA*TATGGGGAGACAACAACGTTTAAGGTTT*CTAT
AAAGTACACAACTGGGTTTATTTTGTATTGTTGCTGTTCATTAAATAAAGGTTTTGACAA
TTAGTACTCCAACACTCGTATCTAGATAAAGTGATCCGTTATACTAATGTTTAGCGTTTG
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CCCTTCCATTATCCCTAAGAACCTTGCTTGATTTGACTGACAGGATTTTGCGCCTTTTCA
TTTGTATGAAGTAAGAATATGTTTGGTTG
C

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3E946JQ 689 0 0
GGGT
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TTGACAATTAGTACTCCAACACTCGTATCTAGATAAAGTGATCCGTTATACTAATGTTTA
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TTCTCATCCCTTCCATTATCCCTAAGAACCTTGCTTGATTTGACTGACAGGATTTTGCGC
CTTTTCATTTGTATGAAGTAAGAAT

QA 5 689 5 689
DS 

RD RR3F440JQ 719 0 0
AAAGTACACAACTGGGTTTATTTTGTATTGTTGCTGTTCATTAAATAAAGGTTTTGACAA
TTAGTACTCCAACACTCGTATCTAGATAAAGTGATCCGTTATACTAATGTTTAGCGTTTG
CGTTTATTTATTTTCTTGCATCATGATATAACGTGCCAAGACCGGAAGTGAAGAGTCTCA
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GATGATGACCCGACGGATGTACCAAGAAAACGGCGGCTTATCAAGAGGTTCCATGGGCCT
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GTATTCTTTTGGATTTTTTTGGTACCCTAGCCGTGCAATATTTATCACTATCTATGTACC
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TCCCATTCCACCGAAGAAACTTCCATGGCGCAGATTTTTTTACTACCACGACTTTCTCAT
CCCTTCCATTATCCCTAAGAACCTTGCTTGATTTGACTGACAGGATTTTGCGCCTTTTCA
TTTGTATGAAGTAAGAATATGTTTGGTTGTCGTGACTAGTTATAATATCGAAGACTGTC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3CZ49JQ 722 0 0
CTATAAAGTACACAACTGGGTTTATTTTGTATTGTTGCTGTTCATTAAATAAAGGTTTTG
ACAATTAGTACTCCAACGCTCGTATCTAGATAAAGCGATCCGTTATA***ATGTTTAGTG
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TCATCCCTTCCATTATCCCTAAGAACCTTGCTTGATTTGACTGACAGGATTTTGCGCCTT
TTCATTTGTTTGAAGTAAGAATATGTTTGGTTGTCGTGACTAGTTATAATATCGAAGACT
GT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3C717JQ 838 0 0
GGGGAGACAACAACGTTTAAGGTTTTCTATAAAGTACACAACTGGGTTTATTTTGTATTG
TTGCTGTTCATTAAATAAAGGTTTTGACAATTAGTACTCCAACGCTCGTATCTAGATAAA
GCGATCCGTTATA***ATGTTTAGTGTTTGCGTTTATTTATTTTCTTGCAACATGATATA
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TCAAATGGGTTTCACCTGCACTCGATTTGGACACCTTCACGGTAGGAGCATAATCTCG

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR3FJ42TF 696 0 0
TTTTTTGGTACCCTAGCCGTGCAATATTTATCACTATCTATGTACCATGGCTTTATTTGC
AACTGACCCATAAACAATTCCATGTTCATTACATCCTCTCTCGGAATCCTAAATAATGTG
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TGATCAGAGCAAGAGCAAATGAAGGTCCGAATAT
CC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3F440TF 724 0 0
TGGTACCCTAGCCGTGCAATATTTATCACTATCTATGTACCATGGCTCTATTTGCAACTG
ACCCATAAACACTTCCATGTTCATTACATCCTCTCTCGGAATC*TAAATAATGTGATGAG
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TGTTTGGTTGTCGTGACTAGTTATAATATCGAAGACTGTCTCAGGAGGCAATCCTATTGA
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AGATTTCCTGGACTCGGCCTTCGGAGGTTGTTGGCTGTTCAGGTTGATCCAGGCACCAAA
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AGAGCAAGAGCAAATGAAGATCCGAATATTTTATATCTTGTGGTTTGAGGTATCTTAAAG
CTCC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3E946TF 669 0 0
AACTGACCCATAAACACTTCCATGTTCATTACATCCTCTCTCGGAATC*TAAATAATGTG
ATGAGATCTTTTCGGTTCTCATTGAATACTAGATCTAATGGCATTTTCCCATTCCACCGA
AGAAACTTCCATGGCGCAGATTTTTTTACTACCACGACTTTCTCATCCCTTCCATTATCC
CTAAGAACCTTGCTTGATTTGACTGACAGGATTTTGCGCCTTTTCATTTGTATGAAGTAA
GAATATGTTTGGTTGTCGTGACTAGTTATAATATCGAAGACTGTCTCAGGAGGCAATCCT
ATTGAAAAGTCCATCTTCAAATGGGTTTCACCTATACTCGATTTGGACACCTTCAAGGTA
GGAGCATAATCTCGCAGCCATGGCCATTTCTTCTCTTCAGCTCTCCACATCTTTAATTGC
CTCTTCGTTTCTTCGCTCTCCGCACTGGTATTTATCTCTGACCCTGGCTTTGATTTTACA
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CCAAACCCCGGAAATATACCCATTTATCGGTAATTATGGTCCGCAAATGATACACTTATT
TGATCAGAGCAAGAGCAAATGAAGATCCGAATATTTTATATCTTGTGGTTTGAGGTATCT
TAAAGCTCC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3CZ49TF 668 0 0
ACTGACCCATAAACAATTCCATGTTCATTACATCCTCTCTCGGAATCCTAAATAATGTGA
TGAGATCTTTTCGGTTCTCATTGAATACTAGATCTAATGGCATTTTCCCATTCCACCGAA
GAAACTTCCATGGCGCAGATTTTTTTACTACCACGACTTTCTCATCCCTTCCATTATCCC
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AATATGTTTGGTTGTCGTGACTAGTTATAATATCGAAGACTGTCTCAGGAGGCAATCCTA
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GAGCATAATCTCGCAGCCATGGCCATTTCTTCTCTTCAGCTCTCCACATCTTTAATTGCC
TCTTCGTTTCTTCGCTCTCCGCATTGGTATTTATCTCTGACCCTGGCTTTGATTTTACAT
TCTTAGATTTCCTGGACTCGGCCTTCGGAGGTTGTTGGCTGTTCAGGTTGATCCAGGCAC
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GATCAGAGCAAGAGCAAATGAAGGTCCGAATATTTTATATCTTGTGGTTTGAGGTATCTT
AAAGCTCC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 9

CO CL314Contig1 1008 9 6 U
AAGAAGAAGAAATGAATTTTCATATATCATAAGTGCAATAACTTAACTAACATGTCTTGA
ATTTGGTCTCTTTATAAAACGACAATAGACAAATAATTAAATACGTAACTGATACTATAC
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TCATTGTGATGTAAATGCTGAGAAGACGTTGCAGTGACCAGGATCAGCGAGATGAGCCAT
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CGTAATGGCTAGAGCCATCTTTCTAAATGTTCTTGTGACTCTCCTTCC


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER27JQ U 5
AF RR3GR96JQ U 21
AF RR3G063JQ U 4
AF RR3G063TF C 4
AF RR3FP93JQ U 1
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AF RR3ER27TF C 748
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AF RR3CA71TF C 325
BS 1 64 RR3FP93JQ
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RD RR3ER27JQ 627 0 0
AGAG
GAAATGAATTTTCATATATCATAAGTGCAATAACTTAACTAACATGTCTTGAATTTGGTC
TCTTTATAAAACGACAATAGACAAATAATTAAATACGTAACTGATACTATACACCAAGGT
TACAACATCATTGAAAATTATATTCGCCGCAAAGTAATCTCCATCAATGTGATCATTGTG
ATGTAAATGCTGAGAAGACGTTGCAGTGACCAGGATCAGCGAGATGAGCCATGAGATTCT
CAATTGGATCTTGACTAGCACTGTAGTTAGCTAGAAAACAAAATCCAACAAAAGCAAGCA
TTGCGAGCCGTCCGTTTTTAATCTCTTTAGTCCTCATAACCATGACCGGATCAGGAGAAC
CTCTCCCCCACATCATCGGGTCAAACCATAAACCTCCCGGGTAACCAACATCTGGTTTAG
GATTCACCTTGTGCGGATACTGAGGTTCTATGTCAACCGAACCCGGTTTGATAAAATCAG
CCCAACGTCTACCTTCAGCCCACCCCATTAACACTAATTGGACCACAAATAAGGTAGTGG
AATCCGCGAAATACTCGCGTGACCCTGCATCGTACCACGAGTAATTCTCGATGAAACCTA
ACCGCTCCAGACATTCCGGTATT

QA 5 627 5 627
DS 

RD RR3GR96JQ 651 0 0
CATATATCATAAGTGCAATAACTTAACTAACATGTCTTGAATTTGGTCTCTTTATAAAAC
GACAATAGACAAATAATTAAATACGTAACTGATACTATACACCAAGGTTATAACATCATT
GAAAATTATATTCGCCGCAAAGTAATCTCCATCAATGTGATCATTGTGATGTAAATGCTG
AGAAGACGTTGCAGTGACCAGGATCAGCGAGATGAGCCATGAGATTCTCAATTGGATCTT
GACTAGCACTGTAGTTAGCTTGAAAACAAAATCCAACAAAAGCAAGCATTGCGAGCCGTC
CGTTTTTAATCTCTTTAGTCCTCATAACCATGACCGGATCAGGAGAACCTCTCCCCCACA
TCATCGGGTCAAACCATAAACCTCCCGGGTAACCAACATCTGGTTTAGGATTCACCTTGT
GCGGATACTGAGGTTCTATGTCAACCGAACCCGGTTTGATAAAATCAGCCCAACGTCTAC
CTTCAGCCCACCCCATTAACACTAATTGGACCACAAATAAGGTAGTGGAATCCGTGAAAT
ACTCGCGTGACCCTGCATCGTA**ACGAGTAATTCTCGATGAAACCTAACCGCTCCAGAC
ATTCCGGTATTAAGATACCGGTTACTGCTAGCATGGCCCACCGGCTATGTA

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3G063JQ 666 0 0
AAGAAGAAATGAATTTTCATATATCATAAGTGCAATAACTTAACTAACATGTCTTGAATT
TGGTCTCTTTATAAAACGACAATAGACAAATAATTAAATACGTAACTGATACTATACACC
AAGGTTATAACATCATTGAAAATTATATTCGCCGCAAAGTAATCTCCATCAATGTGATCA
TTGTGATGTAAATGCTGAGAAGACGTTGCAGTGACCAGGATCAGCGAGATGAGCCATGAG
ATTCTCAATTGGATCTTGACTAGCACTGTAGTTAGCTTGAAAACAAAATCCAACAAAAGC
AAGCATTGCGAGCCGTCCGTTTTTAATCTCTTTAGTCCTCATAACCATGACCGGATCAGG
AGAACCTCTCCCCCACATCATCGGGTCAAACCATAAACCTCCCGGGTAACCAACATCTAG
TTTAGGATTCACCTTGTGCGGATACTGAGGTTCTATGTCAACCGAACCCGGTTTGATAAA
ATCAGCCCAACGTCTACCTTCAGCCCACCCCATTAACACTAATTGGACCACAAATAAGGT
AGTGGAATCCGCGAAATACTCGCGTGACCCTGCATCGTACCACGAGTAATTCTCGATGAA
ACCTAACCGCTCCAGACATTCCGGTATTAAGATACCGGTTACTGCTAGAATGGCCCACCG
GCTAT
C

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3G063TF 666 0 0
AAGAAGAAATGAATTTTCATATATCATAAGTGCAATAACTTAACTAACATGTCTTGAATT
TGGTCTCTTTATAAAACGACAATAGACAAATAATTAAATACGTAACTGATACTATACACC
AAGGTTATAACATCATTGAAAATTATATTCGCCGCAAAGTAATCTCCATCAATGTGATCA
TTGTGATGTAAATGCTGAGAAGACGTTGCAGTGACCAGGATCAGCGAGATGAGCCATGAG
ATTCTCAATTGGATCTTGACTAGCACTGTAGTTAGCTTGAAAACAAAATCCAACAAAAGC
AAGCATTGCGAGCCGTCCGTTTTTAATCTCTTTAGTCCTCATAACCATGACCGGATCAGG
AGAACCTCTCCCCCACATCATCGGGTCAAACCATAAACCTCCCGGGTAACCAACATCTAG
TTTAGGATTCACCTTGTGCGGATACTGAGGTTCTATGTCAACCGAACCCGGTTTGATAAA
ATCAGCCCAACGTCTACCTTCAGCCCACCCCATTAACACTAATTGGACCACAAATAAGGT
AGTGGAATCCGCGAAATACTCGCGTGACCCTGCATCGTACCACGAGTAATTCTCGATGAA
ACCTAACCGCTCCAGACATTCCGGTATTAAGATACCGGTTACTGCTAGAATGGCCCACCG
GCTAT
C

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3FP93JQ 769 0 0
AAGAAGAAGAAATGAATTTTCATATATCATAAGTGCAATAACTTAACTAACATGTCTTGA
ATTTAGTCTCTTTATAAAACGACAATAGACAAATAATTAAATACGTAACTGATACTATAC
ACCAAGGTTATAACATCATTGAAAATTATATTCGCCGCAAAGTAATCTCCATCAATGTGA
TCATTGTGATGTAAATGCTGAGAAGACGTTGCAGTGACCAGGATCAGCGAGATGAGCCAT
GAGATTCTCAATTGGATCTTGACTAGCACTGTAGTTAGCTTGAAAACAAAATCCAACAAA
AGCAAGCATTGCGAGCCGTCCGTTTTTAATCTCTTTAGTCCTCATAACCATGACCGGATC
AGGAGAACCTCTCCCCCACATCATCGGGTCAAACCATAAACCTCCCGGGTAACCAACATC
TGGTTTAGGATTCACCTTGTGCGGATACTGAGGTTCTATGTCAACCGAACCCGGTTTGAT
AAAATCAGCCCAACGTCTACCTTCAGCCCACCCCATTAACACTAATTGGACCACAAATAA
GGTAGTGGAATCCGCGAAATACTCGCGTGACCCTGCATCGTACCACGAGTAATTCTCGAT
GAAACCTAACCGCTCCAGACATTCCGGTATTAAGATACCGGTTACTGCTAGCATGGCCCA
CCGGCTATGTATGAGCTCAGCTTGTGCAAACCATCTGAGGGTTTCCGGATCAGACCCTAG
ACCAAGAGGATCAAAACCGAAATCACCAGGAAGACTGCCATCGAGCCAT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3CA71JQ 795 0 0
GG
AAGAAGAAATGAATTTTCATATATCATAAGTGCAATAACTTAACTAACATGTCTTGAATT
TGGTCTCTTCATAAAACGACAATAGACAAATAATTAAATACGTAACTGATACTATACACC
AAGGTTATAACATCATTGAAAATTATATTCGCCGCAAAGTAATCTCCATCAATGTGATCA
TTGTGATGTAAATGCTGAGAAGACGTTGCAGTGACCAGGATCAGCGAGATGAGCCATGAG
ATTCTCAATTGGATCTTGACTAGCACTGTAGTTAGCTTGAAAACAAAATCCAACAAAAGC
AAGCATTGCGAGCCGTCCGTTTTTAATCTCTTTAGTCCTCATAACCATGACCGGATCAGG
AGAACCTCTCCCCCACATCATCGGGTCAAACCATAAACCTCCCGGGTAACCAACATCTGG
TTTAGGATTCACCTTGTGCGGATACTGAGGTTCTATGTCAACCGAACCCGGTTTGATAAA
ATCAGCCCAACGTCTACCTTCAGCCCACCCCATTAACACTAATTGGACCACAAATAAGGT
AGTGGAATCCGCGAAATACTCGCGTGACCCTGCATCGTACCACGAGTAATTCTCGATGAA
ACCTAACCGCTCCAGACATTCCGGTATTAAGATACCGGTTACTGCTAGCATGGCCCACCG
GCTATGTATGAGCTCAGCTTGTGCAAACCATCTGAGGGTTTCCGGATCAGACCCTAGACC
AAGAGGATCAAAACCGAAATCACCAGGAAGACTGCCATCGAGCCATTCGGGAGGAGAAGT
ACCGGGGAACCAC

QA 3 795 3 795
DS 

RD RR3ER27TF 166 0 0
AGGAAGACTGCCATCGA*CCATTCGGGAGGAGAAGTACCGGGGAACCACATAGGACGGTC
AGGAGGAAGTGGTTCACAGACACTAGAAACTTCCTTGCCCGCACGAACCACCACCAAACG
CTCGCTCGTTCTTCCACCTACACGTGATGAGAACGTTCCT
CTTGCC

QA 1 160 1 160
DS 

RD RR3GR96TF 728 0 0
GTAGTTAGCTTGAAAACAAAATCCAACAAAAGCAAGCATTGCGAGCCGTCCGTTTTTAAT
CTCTTTAGTCCTCATAACCATGACCGGATCAGGAGAACCTCTCCCCCACATCATCGGGTC
AAACCATAAACCTCCCGGGTAACCAACATCTGGTTTAGGATTCACCTTGTGCGGATACTG
AGGTTCTATGTCAACCGAACCCGGTTTGATAAAATCAGCCCAACGTCTACCTTCAGCCCA
CCCCATTAACACTAATTGGACCACAAATAAGGTAGTGGAATCCGTGAAATACTCGCGTGA
CCCTGCATCGTA**ACGAGTAATTCTCGATGAAACCTAACCGCTCCAGACATTCCGGTAT
TAAGATACCGGTTACTGCTAGCATGGCCCACCGGCTATGTATGAGCTCAGCTTGTGCAAA
CCATCTGAGGGTTTCCGGATCAGACCCTAGACCAAGAGGATCAAAACCGAAATCACCAGG
AGGACTGCCATCGAGCCATTCGGGAGGAGAAGTACCGGGGAACCACATAGGACGGTCAGG
AGGAAGTGGTTCACAGACACTAGAAACTTCTTTGCCCGCACGAACCACCACCAAACGCTC
GCTCGTTCTTCCACCTACACGTGATGAGAACGTTCCTCTTGCATTTTGTACTTTGTTCGT
GGATAAAGCGAGTGTGGAAGTGAGAGAAGACGTAATGGCTAGAGCCATCTTT
CTAAATGTTCTTGTCC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3CA71TF 684 0 0
TTTAATCTCTTTAGTCCTCATAACCATGACCGGATCAGGAGAACCTCTCCCCCACATCAT
CGGGTCAAACCATAAACCTCCCGGGTAACCAACATCTGGTTTAGGATTCACCTTGTGCGG
ATACTGAGGTTCTATGTCAACCGAACCCGGTTTGATAAAATCAGCCCAACGTCTACCTTC
AGCCCACCCCATTAACACTAATTGGACCACAAATAAGGTAGTGGAATCCGCGAAATACTC
GCGTGACCCTGCATCGTACCACGAGTAATTCTCGATGAAACCTAACCGCTCCAGACATTC
CGGTATTAAGATACCGGTTACTGCTAGCATGGCCCACCGGCTATGTATGAGCTCAGCTTG
TGCAAACCATCTGAGGGTTTCCGGATCAGACCCTAGACCAAGAGGATCAAAACCGAAATC
ACCAGGAAGACTGCCATCGAGCCATTCGGGAGGAGAAGTACCGGGGAACCACATAGGACG
GTCAGGAGGAAGTGGTTCGCAGACACTAGAAACTTCTTTGCCCGCACGAACCACCACCAA
ACGCTCGCTCGTTCTTCCACCTACACGTGATGAGAACGTTCCTCTTGCATTTTGTACTTT
GTTCGTGGATAAAGCGAGTGTGGAAGTGAGAGAAGACGTAATGGCTAGAGCCATCTTTCT
AAATGTTCTTGTGACTCTCCTTCC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 2 7

CO CL315Contig1 610 2 2 U
GCTATCCAGTTGGGGCAGAAGGGGATCCCTTACCTCAACACTTACGATGGTCGCACCATC
CGTTACCCCGACCCGCTCATCAAACCAAACGACACCATCAAGCTAGACCTCGAGGAGAAC
AAGGTTGTGGACTTCATCAAGTTCGACGTGGGCAACGTTGTGATGGTGACTGGGGGTAGA
AACGAGGGCGTGTGGGTGTGATCAAGAACCGTGAGAAGCACAAGGGAAGCTTTGAGACGA
TCCACATCCAAGACTCGACAGGGCACGAGTTTGCAACAAGGTTGGGCAATGTGTTCACTC
TCGGCAAAGGTACAAAGCCATGGGTGTCTCTTCCAAAGGGCAAAGGTATTAAGCTGACCA
TCATTGAGGAAGCCAGGAAGAGGCTTTCTGCCCAACAAGCTTCTTAAAAGATGAATCATC
ATCAAAAGGCCGTTTCTCTTTTCTATGAACTCTAGTTTCTCACCTCAGTTTTGAGCTTTT
GTGCCTTCATGTTGCTTTTTGCAAAACCATCCCCTTTTTGCCTTCTTCATGTTGCTTCAT
AATCTTAAAATTCTTGTAATGTTTGTGTTGACAGTTTTAGTAATTTACTCGTTAAAATCT
GTTGGGACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D035JQ C 1
AF RR3D035TF U 1
BS 1 9 RR3D035JQ
BS 10 610 RR3D035TF

RD RR3D035JQ 610 0 0
GCTATCCAGTTGGGGCAGAAGGGGATCCCTTACCTCAACACTTACGATGGTCGCACCATC
CGTTACCCCGACCCGCTCATCAAACCAAACGACACCATCAAGCTAGACCTCGAGGAGAAC
AAGGTTGTGGACTTCATCAAGTTCGACGTGGGCAACGTTGTGATGGTGACTGGGGGTAGA
AACGAGGGCGTGTGGGTGTGATCAAGAACCGTGAGAAGCACAAGGGAAGCTTTGAGACGA
TCCACATCCAAGACTCGACAGGGCACGAGTTTGCAACAAGGTTGGGCAATGTGTTCACTC
TCGGCAAAGGTACAAAGCCATGGGTGTCTCTTCCAAAGGGCAAAGGTATTAAGCTGACCA
TCATTGAGGAAGCCAGGAAGAGGCTTTCTGCCCAACAAGCTTCTTAAAAGATGAATCATC
ATCAAAAGGCCGTTTCTCTTTTCTATGAACTCTAGTTTCTCACCTCAGTTTTGAGCTTTT
GTGCCTTCATGTTGCTTTTTGCAAAACCATCCCCTTTTTGCCTTCTTCATGTTGCTTCAT
AATCTTAAAATTCTTGTAATGTTTGTGTTGACAGTTTTAGTAATTTACTCGTTAAAATCT
GTTGGGACTC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3D035TF 610 0 0
GCTATCCAG
TTGGGGCAGAAGGGGATCCCTTACCTCAACACTTACGATGGTCGCACCATCCGTTACCCC
GACCCGCTCATCAAACCAAACGACACCATCAAGCTAGACCTCGAGGAGAACAAGGTTGTG
GACTTCATCAAGTTCGACGTGGGCAACGTTGTGATGGTGACTGGGGGTAGAAACGAGGGC
GTGTGGGTGTGATCAAGAACCGTGAGAAGCACAAGGGAAGCTTTGAGACGATCCACATCC
AAGACTCGACAGGGCACGAGTTTGCAACAAGGTTGGGCAATGTGTTCACTCTCGGCAAAG
GTACAAAGCCATGGGTGTCTCTTCCAAAGGGCAAAGGTATTAAGCTGACCATCATTGAGG
AAGCCAGGAAGAGGCTTTCTGCCCAACAAGCTTCTTAAAAGATGAATCATCATCAAAAGG
CCGTTTCTCTTTTCTATGAACTCTAGTTTCTCACCTCAGTTTTGAGCTTTTGTGCCTTCA
TGTTGCTTTTTGCAAAACCATCCCCTTTTTGCCTTCTTCATGTTGCTTCATAATCTTAAA
ATTCTTGTAATGTTTGTGTTGACAGTTTTAGTAATTTACTCGTTAAAATCTGTTGGGACT
C

QA 10 610 10 610
DS 



CO CL315Contig2 1004 5 17 U
GGGTAAAATTACTAAAAATTTCCATACAAAACGCTCTACTGGAGTCTTAATACTGTCTTG
TAATAGGTTTTGCAAACAAGCAAAATAAAAAGAGGAAAAAACCTCCAAACCGGGACAAAG
TAGCGAGTCTACAACACAAAAGTAAAACGAAACATATCCTTCAACGATAATTAATTTTTT
AAGCAGCTTGTTGACCAGAAAGCCTCTTTCTAGCTTCCTCAATGATGGTAAGCTTGATAC
CTTTACCCTTGGGAAGAGACACCCACGGCTTCGTCCCTTTCCCGAGAGTAAACACATTCC
CCAACCTCGTTGCAAACTCATGCCCCGTCGAGTCTTGAATGTGGATCGTCTCAAAGCTTC
CCTTATGCTTCTCACGGTTCTTGATCACACCCACACGCCCTCTGTTTCTACCCCCAGTCA
CCATCACAACGTTGCCAACGTCGAACTTGATGAACTCCACAACCTTGTTCTCCTCGAGGT
CTAGCTTGATGGTGTCGTTTGGCTTGATGAGCGGGTCGGGGTAACGGATGGTGCGGCCAT
CGTAAGTGTTGAGGTAAGGGATACCCTTCTGCCCCAAACTGATAGTCCTAACCTTGCAAA
GCTTGAACTTAGCTTCCTCGTCCCTGATGGAGTGGAGACGGAAAAGTCCCTTGGTGTCAT
ACAGAAGACGGAAGTTCTCATTCGTCTTGGGGATGGAAACAACATCCATGAAGCCAGCAG
GGTAAGTCTTGTCAGTCCTGACTTTACCATCGACTTGGATATGCCTTTGCATGAGGATGG
AGATGACTTCACGGTATGTCAAAGCGTACTTCAACCTGTTCCTGATGATCAGGACAAGGG
GAAGACACTCCCTCGACTTGTGAGGTCCAGAAGACGGCTTGGGGGCGAAGGCGCCACCAA
GTTTGTCAAGCATCCAATGCTTGGGAGCATTGAGCCTCTTCAGATGCTTCTTCAATCCTC
TCGCCATGTTTGCAGGTGTTGCGAGATGGAGGACTTGTGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A965JQ U 11
AF RR3A965TF C 11
AF RR3FS88JQ U 1
AF RR3AP13JQ U 21
AF RR3AP13TF C 273
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BS 476 476 RR3AP13JQ
BS 477 544 RR3FS88JQ
BS 545 545 RR3AP13JQ
BS 546 562 RR3FS88JQ
BS 563 563 RR3AP13JQ
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BS 590 590 RR3AP13JQ
BS 591 644 RR3FS88JQ
BS 645 645 RR3AP13JQ
BS 646 656 RR3FS88JQ
BS 657 657 RR3AP13JQ
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BS 660 678 RR3FS88JQ
BS 679 765 RR3AP13JQ
BS 766 1004 RR3AP13TF

RD RR3A965JQ 457 0 0
G
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GCAAACAAGCAAAATAAAAAGAGGAAAAAACCTCCAAACCGGGACAAAGTAGCGAGTCTA
CAACACAAAAGTAAAACGAAACATATCCTTCAACGATAATTAATTTTTTAAGCAGCTTGT
TGACCAGAAAGCCTCTTTCTAGCTTCCTCAATGATGGTAAGCTTGATACCTTTACCCTTG
GGAAGAGACACCCACGGCTTCGTCCCTTTCCCGAGAGTAAACACATTCCCCAACCTCGTT
GCAAACTCATGCCCCGTCGAGTCTTGAATGTGGATCGTCTCAAAGCTTCCCTTATGCTTC
TCACGGTTCTTGATCACACCCACACGCCCTCTGTTTCTACCCCCAGTCACCATCACAACG
TAGCCAACGTCGAACTTGATGAACTCCACAACCTT
C

QA 2 456 2 456
DS 

RD RR3A965TF 457 0 0
G
CTAAAAATTTCCATACAAAACGCTCTACTGGAGTCTTAATACTGTCTTGTAATAGGTTTT
GCAAACAAGCAAAATAAAAAGAGGAAAAAACCTCCAAACCGGGACAAAGTAGCGAGTCTA
CAACACAAAAGTAAAACGAAACATATCCTTCAACGATAATTAATTTTTTAAGCAGCTTGT
TGACCAGAAAGCCTCTTTCTAGCTTCCTCAATGATGGTAAGCTTGATACCTTTACCCTTG
GGAAGAGACACCCACGGCTTCGTCCCTTTCCCGAGAGTAAACACATTCCCCAACCTCGTT
GCAAACTCATGCCCCGTCGAGTCTTGAATGTGGATCGTCTCAAAGCTTCCCTTATGCTTC
TCACGGTTCTTGATCACACCCACACGCCCTCTGTTTCTACCCCCAGTCACCATCACAACG
TAGCCAACGTCGAACTTGATGAACTCCACAACCTT
C

QA 2 456 2 456
DS 

RD RR3FS88JQ 678 0 0
GGGTAAAATTACTAAAAATTTCCATACAAAACGCTCTACTGGAGTCTTAATACTGTCTTG
TAATAGGTTTTGCAAACAAGCAAAATAAAAAGAGGAAAAAACCTCCAAACCGGGACAAAG
TAGCGAGTCTACAACACAAAAGTAAAACGAAACATATCCTTCAACGATAATTAATTTTTT
AAGCAGCTTGTTGACCAGAAAGCCTCTTTCTAGCTTCCTCAATGATGGTAAGCTTGATAC
CTTTACCCTTGGGAAGAGACACCCACGGCTTCGTCCCTTTCCCGAGAGTAAACACATTCC
CCAACCTCGTTGCAAACTCATGCCCCGTCGAGTCTTGAATGTGGATCGTCTCAAAGCTTC
CCTTATGCTTCTCACGGTTCTTGATCACACCCACACGCCCTCTGTTTCTACCCCCAGTCA
CCATCACAACGTTGCCAACGTCGAACTTGATGAACTCCACAACCTTGTTCTCCTCCAGGT
CTAGCTTGATGGTGTCGTTTGGCTTGATGAGCGGGTCGGGGTAACGGATGGTGCGGCCAT
CGTATGTGTTGAGGTAAGGGATTCCCTTCTGCCCCAAACTGATAGTCCTGACCTTGCAAA
GCTTGAACTTAGCTTCCTCGTCCCTGATGGAGTGGAGACGGAAACGTCCCTTGGTGCCGT
ACAGAAGACGGAAGTTCT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3AP13JQ 745 0 0
CCATACA
AAAACGCTCTACTGGAGTCTTAAAACTGTCTTGTAATAGGTTTTGCAAACAAGCAACATA
AAAAGAGGAAAAAACCTCCAAACCGAGACAA*GTAGCGAGTCTACAACACAAGAGTAAAA
CGAAACATATCCTTCAACGATAATTATATTTTTAAGCAGCTTGTTGACCAGAAAGCCTCT
TTCTAGCTTCCTCAATGATGGTAAGCTTGATACCTTTACCCTTGGGAAGAGACACCCACG
GCTTCGTCCCTTTCCCGAGAGTAAACACATTCCCCAACCTCGTTGCAAACTCATGCCCCG
TCGAGTCTTGAATGTGAATCGTCTCAAAGCTTCCCTTGTGCTTCTCACGGTTCTTGATCA
CACCCACACGCCCTCTGTTTCTACCCCCAGTCACCATCACAACGTTGCCCACGTCGAACT
TGATGAACTCCACAACCTTGTTCTCCTCGAGGTCTAGCTTGATGGTGTCGTTTGGCTTGA
TGAGCGGGTCGGGGTAACGGATGGTGCGGCCATCGTAAGTGTTGAGGTAAGGGATACCCT
TCTGCCCCAAACTGATAGTCCTAACCTTGCAAAGCTTGAACTTAGCTTCCTCGTCCCTGA
TGGAGTGGAGACGGAAAAGTCCCTTGGTGTCATACAGAAGACGGAAGTTCTCATTCGTCT
TGGGGATGGAAACAACATCCATGAAGCCAGCAGGGTAAGTCTTGTCAGTCCTGACTTTAC
CATCGACTTGGATATGCC

QA 8 745 8 745
DS 

RD RR3AP13TF 732 0 0
GTCCCTTTCCCGAGAGTAAACACATTCCCCAACCTCGTTGCAAACTCATGCCCCGTCGAG
TCTTGAATGTGAATCGTCTCAAAGCTTCCCTTGTGCTTCTCACGGTTCTTGATCACACCC
ACACGCCCTCTGTTTCTACCCCCAGTCACCATCACAACGTTGCCCACGTCGAACTTGATG
AACTCCACAACCTTGTTCTCCTCGAGGTCTAGCTTGATGGTGTCGTTTGGCTTGATGAGC
GGGTCGGGGTAACGGATGGTGCGGCCATCGTAAGTGTTGAGGTAAGGGATACCCTTCTGC
CCCAAACTGATAGTCCTAACCTTGCAAAGCTTGAACTTAGCTTCCTCGTCCCTGATGGAG
TGGAGACGGAAAAGTCCCTTGGTGTCATACAGAAGACGGAAGTTCTCATTCGTCTTGGGG
ATGGAAACAACATCCATGAAGCCAGCAGGGTAAGTCTTGTCAGTCCTGACTTTACCATCG
ACTTGGATATGCCTTTGCATGAGGATGGAGATGACTTCACGGTATGTCAAAGCGTACTTC
AACCTGTTCCTGATGATCAGGACAAGGGGAAGACACTCCCTCGACTTGTGAGGTCCAGAA
GACGGCTTGGGGGCGAAGGCGCCACCAAGTTTGTCAAGCATCCAATGCTTGGGAGCATTG
AGCCTCTTCAGATGCTTCTTCAATCCTCTCGCCATGTTTGCAGGTGTTGCGAGATGGAGG
ACTTGTGATTCC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 2 10

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AAAAAATGAAGAAAAGCGAATCATAGGAAGTAGTGGAAATTGAAAGATCTGTGAGATCAG
TTCAATTTGATTGATCTATTGTGAAATCCCACAGAGGTGAAGGCCTTGCAGCGATGGATT
CTTCTTCAAATTTGAATCCCCTTCCCGAGGATATCCCCGACGGAGAACCAGCTCCGGCTT
CCGTCTTCGCCACTCGTCCTCTTCGTCCTCCTTCTACGAGTTCTTCGGAGAAGTATTCGC
CTGTGGAATGGACAAGCTACTTTGACAAAGAAGACGATGTATCAATCCCTGGTTCCAACG
ATGTATTTCACGTATACATGGCAGGAACAGAAGGACCTGTTGTCTTTTGTCTCCATGGAG
GTGGTTTCTCTGGGCTCTCGTTTTCAATAGTGGCAAGTAAGATCAAGGAGAAAGCACGTG
TGGTTGCAATGGACTTGAGAGGACACGGTAAATCGGTTTCTGAGAACGAACTGGACTTAT
CCCTCGAGACAATGAGCAATGATGTTGTGGCTGTGGTTAAGGAATTGTATGGAGATTCTC
CTCCTGCTATTGTGCTAGTTGGTCACAGCATGGGAGGTTCGGTCACTGTGCAAGTTGCTG
CAAACAAAACATTGCCTAACTTGGCTGGGCTTGTCGTAGTGGATGTTGTTGAGGGTACTG
CTGTTGCCTCCTTGATTCACATGCAGAAAATTCTTTCAAACAGAATGCAACATTTTCCCA
GCATCCAAAAAGCAATTGAGTACAGCGTTAGAGGAGGGTCATTATGGAACATCGAGTCTG
CTCGCGTCTCCATCCCCACACTCTCATATACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BC32TF U 1
AF RR3HB02TF U 6
BS 1 618 RR3BC32TF
BS 619 619 RR3HB02TF
BS 620 670 RR3BC32TF
BS 671 671 RR3HB02TF
BS 672 762 RR3BC32TF
BS 763 812 RR3HB02TF

RD RR3BC32TF 762 0 0
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CCGTCTTCGCCACTCGTCCTCTTCGTCCTCCTTCTACGAGTTCTTCGGAGAAGTATTCGC
CTGTGGAATGGACAAGCTACTTTGACAAAGAAGACGATGTATCAATCCCTGGTTCCAACG
ATGTATTTCACGTATACATGGCAGGAACAGAAGGACCTGTTGTCTTTTGTCTCCATGGAG
GTGGTTTCTCTGGGCTCTCGTTTTCAATAGTGGCAAGTAAGATCAAGGAGAAAGCACGTG
TGGTTGCAATGGACTTGAGAGGACACGGTAAATCGGTTTCTGAGAACGAACTGGACTTAT
CCCTCGAGACAATGAGCAATGATGTTGTGGCTGTGGTTAAGGAATTGTATGGAGATTCTC
CTCCTGCTATTGTGCTAGTTGGTCACAGCATGGGAGGTTCGGTCACTGTGCAAGTTGCTG
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CTGTTGCCTCTTTGATTCACATGCAGAAAATTCTTTCAAACAGAATGCAACATTTTCCCA
GCATCCAAAAAGCAATTGAGTACAGCGTTAGAGGAGGGTCAT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3HB02TF 807 0 0
GG
GAAGAAAAGCGAATCATAGGAAGTAGTGGAAATTGAAAGATCTGTGATATCAGTTCAATT
TGATTGATCTATTGTGAAATCCCACAGAGGTGAAGGCCTTGCAGCGATGGATTCTTCTTC
AAATTTGAATCCCCTTCCCGAGGATATCCCCGACGGAGAACCAGCTCCGGCTTCCGTCTT
CGCCACTCGTCCTCTTCGTCCTCCTTCTACGAGTTCTTCGGAGAAGTATTCGCCTGTGGA
ATGGACAAGCTACTTTGACAAAGAAGACGATGTATCAATCCCTGGTTCCAACGATGTATT
TCACGTATACATGGCAGGAACAGAAGGACCTGTTGTCTTTTGTCTCCATGGAGGTGGTTT
CTCTGGGCTCTCGTTTTCAATAGTGGCAAGTAAGATCAAGGAGAAAGCACGTGTGGTTGC
AATGGACTTGAGAGGACACGGTAAATCGGTTTCTGAGAACGAACTGGACTTATCCCTCGA
GACAATGAGCAGTGATGTTGTGGCTGTGGTTAAGGAATTGTATGGAGATTCTCCTCCTGC
TATTGTGCTAGTTGGTCACAGCATGGGAGGTTCGGTCGCTGTGCAAGTTGCTGCAAACAA
AACATTGCCTAACTTGGCTGGGCTTGTCGTAGTGGATGTTGTTGAGGGTACTGCTGTTGC
CTCCTTGATTCACATGCAGAAAATTCTTTCAA*CAGAATGCAACATTTTCCCAGCATCCA
AAA*GCA*TTGAGTACAGCGTTAGAGGAGGGTCATTATGGAACATCGAGTCTGCTCGCGT
CTCCATCCCCACACTCTCATATACG

QA 3 807 3 807
DS 



CO CL316Contig2 1203 8 21 U
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GAAAACCATACGATGTCCTGATTCAAGTCTTGGGCTGTGAAGGCTTCCACGTTCCTGGTA
TCTCAACACCATGAGGTCCGATTCTGTTACGTGATATGAAATTCACAACTAGATTCGCAA
ACTCCTCTGGTACATCTTCCTGTATAGCATGTCCGGTGTGTTTGACCACAATCATCTGAA
ACTTTCCTTGCATTTGACCAATTGTGAGGGTCCGGTCCAATCTGTCAGTTCCAGCTAATA
GCAAGAGTTTTGGAACAGGAGATGACAAGAACTTCTCTGAGAGACCTTCGTACCAGCCTT
TCCAATACTGCTCTGTTTGCTCTAGACGTGTCCGGTAAGTGTAGCAGTGTTTTGAATCAT
CGTATATGAGAGTTGTGGGGATGGAGACGCGAGCAGACTCGATGTTCCTTAATGACCCTC
CTCTAACGCTGTACTCAATTGCTTTTTGGATGCTGGGAAAATGTTGCATTCTGTTTGAAA
GAATTTTCTGCATGTGAATCAAAGAGGCAACAGCAGTACCCTCAACAACATCCACTACGA
CAAGCCCAGCCAAGCTAGGCAATGTTTTGTTTGCAGCAACTTGCACAGCGACCGAACCTC
CCATGCTGTGACCAACTAGCACAATAGCAGGAGGAGAATCTCCATACAATTCCTTAACCA
CAGCCACAACATCACTGCTCATTGTCTCGAGGGATAAGTCCAGTTCGTTCTCAGAAACCG
ATTTACCGTGTCCTCTCAAGTCCATCGCAACCACACGTGCTTTCTCCTTGATCTTACTTG
CCACTATAGAAAACGAGAGCCCAGAGAAACCACCTCCATGGAGACAAAAGACAACAGGTC
CTTCTGTTCCTGCCATGTACACGTGAAATACATCGTTGGAACCAGGGATTGATACATCGT
CTTCTTTGTCAAAGTAGCTTGTCCATTCTACAGGCGAATACTTCTCCGAAGAACTCGTAG
AAGGAGGACGAAGAGGACGAGTGGCGAAGACGGACGCCGGAGCTGGTTATCCGTCGGAGA
TATCCTCGGGAAGGGGATTCAAATTTGAAGAAGGATCCATCGTTGCAAGGCTTCAGCTCT
GCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 20 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 50 50 50 50 20 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3HB02JQ U 1
AF RR3FZ09JQ U 8
AF RR3EF41JQ U 8
AF RR3EF41TF C 44
AF RR3BU78JQ U 2
AF RR3BC32JQ U 5
AF RR3BU78TF C 401
AF RR3BF36TF C 424
BS 1 18 RR3HB02JQ
BS 19 19 RR3FZ09JQ
BS 20 276 RR3HB02JQ
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BS 278 400 RR3HB02JQ
BS 401 401 RR3BU78JQ
BS 402 505 RR3HB02JQ
BS 506 553 RR3BU78JQ
BS 554 554 RR3BC32JQ
BS 555 620 RR3BU78JQ
BS 621 621 RR3BC32JQ
BS 622 830 RR3BU78JQ
BS 831 858 RR3BC32JQ
BS 859 865 RR3BU78TF
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BS 867 907 RR3BU78TF
BS 908 908 RR3BF36TF
BS 909 979 RR3BU78TF
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BS 981 1018 RR3BU78TF
BS 1019 1203 RR3BF36TF

RD RR3HB02JQ 505 0 0
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GAAAACCATACGATGTCCTGATTCAAGTCTTGGGCTGTGAAGGCTTCCACGTTCCTGGTA
TCTCAACACCATGAGGTCCGATTCTGTTACGTGATATGAAATTCACAACTAGATTCGCAA
ACTCCTCTGGTACATCTTCCTGTATAGCATGTCCGGGGTGTTTGACCACAATCATCTGAA
ACTTTCCTTGCATTTGACCAATTGTGAGGGTCCGGTCCAATCTGTCAGTTCCAGCTAATA
GCAAGAGTTTTGGAACAGGAGATGACAAGAACTTCTCTGAAAGACCTTCGTACCAGCCTT
TCCAATACTGCTCTGTTTGCTCTAGACGTGTCCGGTAAGTGTAGCAGTGTTTTGAATCAT
CGTATATGAGAGTTGTGGGGATGGA

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR3FZ09JQ 484 0 0
GC
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CTA**GAGTTGTTAAATGTTTTATTCATAAAAGCCGACAAGCAAAACAAGTGAAAACCAA
ACGATGTCCTGATTCAAGTCTTGGGCTGTGAAGGCTTCCACGTTCCTGGTATCTCAACAC
CATGAGGTCCGATTCTGTTACGTGATATGAAATTCACAACTAGATTCGCAAACTCCTCAG
GTACATCTTCCTGTATAGCATGTCCGGGGTGTTTGACCACAATCATCTGAAACTTTCCTT
GCATTTGACCAATTGTGAGGGTCCGGTCCAATCTGTCGGTTCCAGCTAATAGCAAGAGTT
TTGGAACAGGAGATGACAAGAACTTCTCTGAAAGACCTTCGTACCAGCCTTTCCAATATT
GCTCTGTTTGCTCTAGACGTGTCCGGTAAGTGTAGCAGTGTTTTGAATCATCGTATATGA
GA

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DS 

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AGCTATAGAGTTGTTAATTGTTTTATTCATAAAAGCCGACAAGCAAAACAAGTGAAAACC
ATACGATGTCCTGATTCAAGTCTTGGGCTGTGAAGGCTTCCACGTTCCTGGTATCTCAAC
ACCATGAGGTCCGATTCTGTTACGTGATATGAAATTCACAACTAGATTCGCAAACTCCTC
TGGTACATCTTCCTGTATAGCATGTCCGGTGTGTTTGACCACAATCATCTGAAACTTTCC
TTGCATTTGACCAATTGTGAGGGTCCGGTCCAATCTGTCAGTTCCAGCTAATAGCAAGAG
TTTTGGAACAGGAGATGACAAGAACTTCTCTGAGAGACCTTCGTACCAGCCTTTCCAATA
CTGCTCTGTTTGCTCTAGACGTGTCCGGTAAGTGTAGCAGTGTTTTGAATCATCGTATAT
GAGAGTTGTGGGGATGGAGACGCGAGCAGACTCGATGTTCCTTAATGACCCTCCTCTAAC
GCTGTACTCAATTGCTTTTTGGATGCTGGGAAAATGTTGCATTCTGTTTGAAAGAATTTT
CTGCATGTGAATCAAAGAGGCAACAGCAGTACCCTCAACAACATCCACTACGACAAGCCC
AGCCAAGCTAGGCA
C

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3EF41TF 639 0 0
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CGACAAGCAAAACAAGTGAAAACCATACGATGTC*TGATTCAAGTCTTGGGCTGTGAAGG
CTTCCACGTTCCTGGTATCTCAACACCATGAGGTCCGATTCTGTTACGTGATATGAAATT
CACAACTAGATTCGCAAACTCCTCTGGTACATCTTCCTGTATAGCATGTCCGGTGTGTTT
GACCACAATCATCTGAAACTTTCCTTGCATTTGACCAATTGTGAGGGTCCGGTCCAATCT
GTCAGTTCCAGCTAATAGCAAGAGTTTTGGAACAGGAGATGACAAGAACTTCTCTGAGAG
ACCTTCGTACCAGCCTTTCCAATACTGCTCTGTTTGCTCTAGACGTGTCCGGTAAGTGTA
GCAGTGTTTTGAATCATCGTATATGAGAGTTGTGGGGATGGAGACGCGAGCAGACTCGAT
GTTCCTTAATGACCCTCCTCTAACGCTGTACTCAATTGCTTTTTGGATGCTGGGAAAATG
TTGCATTCTGTTTGAAAGAATTTTCTGCATGTGAATCAAAGAGGCAACAGCAGTACCCTC
AACAACATCCACTACGACAAGCCCAGCCAAGCTAGGCA
C

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3BU78JQ 829 0 0
AGTGTT
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AGCTATAGAGTTGTTAATTGTTTTATTCATAAAAGCCGACAAGCAAAACAAGTGAAAACC
ATACGATGTCCTGATTCAAGTCTTGGGCTGTGAAGGCTTCCACGTTCCTGGTATCTCAAC
ACCATGAGGTCCGATTCTGTTACGTGATATGAAATTCACAACTAGATTCGCAAACTCCTC
TGGTACATCTTCCTGTATAGCATGTCCGGTGTGTTTGACCACAATCATCTGAAACTTTCC
TTGCATTTGACCAATTGTGAGGGTCCGGTCCAATCTGTCAGTTCCAGCTAATAGCAAGAG
TTTTGGAACAGGAGATGAAAAGAACTTC*CTGAGAGACCTTCGTACCAGCCTTTCCAATA
CTGCTCTGTTTGCTCTAGACGTGTCCGGTGAGTGTAGCAGTGTTTTGAATCATCGTATAT
GAGAGTTGTGGGGATGGAGACGCGAGCAGACTCGATGTTCCTTAATGACCCTCCTCTAAC
GCTGTAATCAATTGCTTTTTGGATGCTGGGAAAATGTTGCATTCTGTTTGAAAGAATTTT
CTGCATGTGAATCGAAGAGGCAACAGCAGTACCCTCAACAACATCCACTACGACAAGCCC
AGCCAAGCTAGGCAATGTTTTGTTTGCAGCAACTTGCACAGCGACCGAACCTCCCATGCT
GTGACCAACTAGCACAATAGCAGGAGGAGAATCTCCATACAATTCCTTAACCACAGCCAC
AACATCACTGCTCATTGTCTCGAGGGATAAGTCCAGTTCGTTC

QA 7 829 7 829
DS 

RD RR3BC32JQ 854 0 0
GTT
GAAAGTGATTCTCTTCATTATTTGTACTCTTT*TGTTTTCGTCTAGTTTCTTGTAACACG
AGCTATAGAGTTGTTAATTGTTTTATTCATAAAAGCCTACAAGCAAAACAAGTGAAAACC
ATACGATGTCCTGATTCAAGTCTTGGGCTGTGAAGGCTTCCACGTTCCTGGTATCTCAAC
ACCATGAGGTCCGATTCTGTTACGTGATATGAAATTCACAACTAGATTCGCAAACTCCTC
TGGTACATCTTCCTGTATAGCATGTCCGGTGTGTTTGACCACAATCATCTGAAACTTTCC
TTGCATTTGACCAATTGTGAGGGTCCGGTCCAATCTGTCAGTTCCAGCTAATAGCAAGAG
TTTTGGAACAGGAGATGACAAGAACTTCTCTGAGAGACCCTCGTACCAGCCTTTCCAATA
CTGCTATGTTTGCTCTAGACGTGTCCGGTAAGTGTAGCAGTGTTTTGAATCATCGCATAT
GAGAGTTGTGGGGATGGAGACGCGAGCAGACTCGATGTTCCTTAATGACCCTCCTCTAAC
GCTGTACTCAATTGCTTTTTGGATGCTGGGAAAATGTTGCATTCTGTTTGAAAGAATTTT
CTGCATGTGAATCAAAGAGGCAACAGCAGTACCCTCAACAACATCCACTACGACAAGCCC
AGCCAAGCTAGGCAATGTTTTGTTTGCAGCAACTTGCACAGTGACCGAACCTCCCATGCT
GTGACCAACTAGCACAATAGCAGGAGGAGAATCTCCATACAATTCCTTAACCACAGCCAC
AACATCATTGCTCATTGTCTCGAGGGATAAGTCCAGTTCGTTCTCAGAAACCGATTTACC
GTGTCCTCTCA

QA 4 854 4 854
DS 

RD RR3BU78TF 621 0 0
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GTAGCAGTGTTTTGAATCATCGTATATGAGAGTTGTGGGGATGGAGACGCGAGCAGACTC
GATGTTCCTTAATGACCCTCCTCTAACGCTGTAATCAATTGCTTTTTGGATGCTGGGAAA
ATGTTGCATTCTGTTTGAAAGAATTTTCTGCATGTGAATCGAAGAGGCAACAGCAGTACC
CTCAACAACATCCACTACGACAAGCCCAGCCAAGCTAGGCAATGTTTTGTTTGCAGCAAC
TTGCACAGCGACCGAACCTCCCATGCTGTGACCAACTAGCACAATAGCAGGAGGAGAATC
TCCATACAATTCCTTAACCACAGCCACAACATCACTGCTCATTGTCTCGAGGGATAAGTC
CAGTTCGTTCTCAGAAACCGATTTACCGTGTCCTCTCAAGTCCATTGCAACCACACGTGC
TTTCTCCTTGATCTTACTTGCCACTATTGAAAACGAGAGCCCAGAGAAACCACCTCCATG
GAGACAAAAGACAACAGGTCCTTCTGTTCCTGCCATGTATACGTGAAATACATCGTTGGA
ACCAGGGATTGATACATC
ACC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3BF36TF 780 0 0
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ATATGAGAGTTGTGGGGATGGAGACGCGAGCAGACTCGATGTTCTTTAATGACCCTCCTC
TAACGCTGTACTCAATTGCTTTTTGGATGCTGGGAAAATGTTGCATTCTGTTTGAAAGAA
TTTTCTGCATGTGAATCAAAGAGGCAACAGCAGTACCCTCAACAACATCCACTACGACAA
GCCCAGCCAAGCTAGGCAATGTTTTGTTTGCAGCAACTTGCACAGCGACCGAACCTCCCA
TGCTGTGACCAACTAGCACAATAGCTGGAGGAGAATCTCCATACAATTCCTTAACCACAG
CCACAACATCACTGCTCATTGTCTCGAGCGATAAGTCCAGTTCGTTCTCAGAAACGGATT
TACCATGTCCTCTCAAGTCCATCGCAACTACACGTGCTTTCTCCTTGATCTTACTTGCCA
CTATAGAAAACGAGGGCCCAGAGAAGCCACCTCCATGGAGACAAAAGACAACAGGTCCTT
CTGTTCCTGCCATGTACACGTGAAATACATCGTTGGATCCAGGGATTGATACATCGTCTT
CTTTGTCAAAGTAGCTTGTCCATTCTACAGGCGAATACTTCTCCGAAGAACTCGTAGAAG
GAGGACGAAGAGGACGAGTGGCGAAGACGGACGCCGGAGCTGGTTATCCGTCGGAGATAT
CCTCGGGAAGGGGATTCAAATTTGAAGAAGGATCCATCGTTGCAAGGCTTCAGCTCTGCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 10

CO CL317Contig1 693 10 4 U
GGGAGACACTGTGAGAAGGTGAACGGAAAATCAAAACGAGAGCAAAGATGTGTCTCCGTT
ACTCCCTTTGCTTGATCTTCTTCTCTCTCATTTCACTCCAAGGTTTTGCGAAGAAGACAG
TAGATGTGTCGGAATTGCAGATCGGGGTTAAGTTTAAGCCAACAACGTGTGAAGTGAAGG
CTCACAAAGGTGATATGATCAAGGTCCACTACAGGGGAAAACTTACCGATGGAACTGTAT
TTGATTCGAGCTTTGAAAGGGATGAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTA
TCAAAGGTTGGGATCAAGGTTTGCTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGA
TACCTGCAAAACTTGGATATGGTGAACAAGGCTCTCCTCCAACTATCCCCGGTGGGGCAA
CACTGATATTTGACACAGAGCTTATTGCGGTAAATGAAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAG
AAGGAGGAGGAGAAGAAGACGACGGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGC
TGTGATTCAATTTCCATTTTCCAACCGTTTACCTTCAGAGTTTTCTACTAATAAGCAGCA
GTCTATGGCCATTTGTGTCTTTTAATTTTGGATGCTTTAGTTTTTCTTCTACTATTATGA
ACGCCAACTTTATTCTGGGTTAGCCTTTTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
40 55 55 40 55 55 55 25 55 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 30 30 45 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 15 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR3DF01JQ C 113
AF RR3DF01TF U 6
AF RR3BL93JQ C 81
AF RR3CX60JQ C 430
AF RR3CX60TF U 1
AF RR3GA56TF U 71
AF RR3H202JQ C 79
AF RR3EG80TF U 6
AF RR3BL93TF U 6
AF RR3EG80JQ C 125
BS 1 151 RR3CX60TF
BS 152 152 RR3DF01TF
BS 153 688 RR3CX60TF
BS 689 693 RR3BL93TF

RD RR3DF01JQ 244 0 0
GAAGACAGTAGATGTGTCGGAATTGCAGATCGGG*TTAAGTTTAAGCCAACAACGTGTGA
AGTGAAGGCTCACAAAGGTGATATGATCAAGGTCCACTACAGGGGAAAACTTACCGATGG
AACTGTATTTGATTCGAGCTTTGAAAGGGATGAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGG
CCAGGTTATCAAAGGTTGGGATCAAGGTTTGCTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAA
GTTA

QA 1 244 1 244
DS 

RD RR3DF01TF 485 0 0
GG
ACTGTGAGAAGGTGAACGGAAAATCAAAACGAGAGCAAAGATGTGTCTCCGTTACTCCCT
TTGCTTGATCTTCTTCTCTCTCATTTCACTCCAAGGTTTTGCGAAGAAGACAGTAGATGT
GTCGGAATTGCAGATCGGG*TTAAGTTTAAGCCAACAACGTGTGAAGTGAAGGCTCACAA
AGGTGATATGATCAAGGTCCACTACAGGGGAAAACTTACCGATGGAACTGTATTTGATTC
GAGCTTTGAAAGGGATGAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTATCAAAGG
TTGGGATCAAGGTTTGCTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGATACCTGC
AAAACTTGGATATGGTGAACAAGGCTCTCCTCCAACTATCCCCGGTGGGGCAACACTGAT
ATTTGACACAGAGCTTATTGCGGTAAATGAAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAGAAGGAGG
AGG

QA 3 485 3 485
DS 

RD RR3BL93JQ 506 0 0
TTCTCTCTCATTTCACTCCAAGGTTTTGCGAAGAAGACAGTAGATGTGTCGGAATTGCAG
ATCGGGGTTAAGTTTAAGCCAACAACGTGTGAAGTGAAGGCTCACAAAGGTGATATGATC
AAGGTCCACTACAGGG*AAAACTTACCGATGGAACTGTATTTGATTCGAGCTTTGAAAGG
GATGAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTATCAAAGGTTGGGATCAAGGT
TTGCTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGATACCTGCAAAACTTGGATAT
GGTGAACAAGGCTCTCCTCCAACTATCCCCGGGGGGGCAACACTGATATTTGACACAGAG
CTTATTGCGGTAAA**AAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAGAAGGAGGAGGAGAAGAAGAC
GACGGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGCTGTGATTCAATTTCCATTTT
CCAACCGTTTACCTTCAGAGTTTT
TT

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR3CX60JQ 225 0 0
TTGACACAGAGCTTATTGCGGTAAATGAAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAGAAGGAGGAG
GAGAAGAAGACGACGGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGCTGTGATTCA
ATTTCCATTTTCCAACCGTTTACCTTCAGAGTTTTCTACTAATAAGCAGCAGTCTATGGC
CATTTGTGTCTTTTAATTTTGGATGCTTTAGTTTTTCTTCTACTA

QA 1 225 1 225
DS 

RD RR3CX60TF 688 0 0
GGGAGACACTGTGAGAAGGTGAACGGAAAATCAAAACGAGAGCAAAGATGTGTCTCCGTT
ACTCCCTTTGCTTGATCTTCTTCTCTCTCATTTCACTCCAAGGTTTTGCGAAGAAGACAG
TAGATGTGTCGGAATTGCAGATCGGGGTTAATTTTAAGCCAACAACGTGTGAAGTGAAGG
CTCACAAAGGTGATATGATCAAGGTCCACTACAGGGGAAAACTTACCGATGGAACTGTAT
TTGATTCGAGCTTTGAAAGGGATGAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTA
TCAAAGGTTGGGATCAAGGTTTGCTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGA
TACCTGCAAAACTTGGATATGGTGAACAAGGCTCTCCTCCAACTATCCCCGGTGGGGCAA
CACTGATATTTGACACAGAGCTTATTGCGGTAAATGAAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAG
AAGGAGGAGGAGAAGAAGACGACGGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGC
TGTGATTCAATTTCCATTTTCCAACCGTTTACCTTCAGAGTTTTCTACTAATAAGCAGCA
GTCTATGGCCATTTGTGTCTTTTAATTTTGGATGCTTTAGTTTTTCTTCTACTATTATGA
ACGCCAACTTTATTCTGGGTTAGCCTTT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3GA56TF 606 0 0
CTTGATCTTCTTCTCTCTCATTTCACTCCAAGGTTTTGCGAAGAAGACAGTAGATGTGTC
GGAATTGCAGATCGGGGTTAAGTTTAAGCCAACAACGTGTGAAGTGAAGGCTCACAAAGG
TGATATGATCAAGGTCCACTACAGGGGAAAACTTACCGATGGAACTGTATTTGATTCGAG
CTTTGAAAGGGATGAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTATCAAAGGTTG
GGATCAAGGTTTGCTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGATACCTGCAAA
ACTTGGATATGGTGAACAAGGCTCTCCTCCAACTATCCCCGGTGGGGCAACACTGATATT
TGACACAGAGCTTATTGCGGTAAATGAAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAGAAGGAGGAGG
AGAAGAAGACGACGGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGCTGTGATTCAA
TTTCCATTTTCCAACCGTTTACCTTCAGAGTTTTCTACTAATAAGCAGCAGTCTATGGCC
ATTTGTGTCTTTTAATTTTGGATGCTTTAGTTTTTCTTCTACTATTATGAACGCCAACTT
TATTCT

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3H202JQ 597 0 0
TCTTCTCTCTCATTTTACTCCAAGGTTTTGCGAAGAAGACAGGAGATGTGTCGGAATTGC
AGATCGGGGTTAAGTTTAAGCCAACAACGTGTGAAGTGAAGTCTCACAAAGGTGATATGA
TCAAGGTCCACTACAGGGGGAAACTTACCGATGGAACTGTATTTGATTCGAGCTTTGAAA
GGGATGAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTATCAAAGGTTGGGATCAAG
GTTTGCTTGGTGCGTGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGATACCTGCAAAACTTGGAT
ATGGTGAACAAGGCTCTCCGCCAACTATCCCCGGTGGGGCAACACTGATATTTGACACAG
AGCTGATTGCGGTAAATGAAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAGGAGAAGGAGAAGAAGAAG
ACGACGGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGCTGTGATTCGATTTCCATT
TTCCAACCGTTTAGCTTCAGAGTTTTCTACTAATAAGCAGCAGTCTATGGCCATTTGTGT
CTTTTAAGTTTGGATGCTT*AGTTTTTCTTCTAAAATTATGAACAACAACTTTA
CTT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3EG80TF 683 0 0
GG
ACTGTGAGAAGGTGAACGGAAAATCAAAACGAGAGCAAAGATGTGTCTCCGTTACTCCCT
TTGCTTGATCTTCTTCTCTCTCATTTCACTCCAAGGTTTTGCGAAGAAGACAGTAGATGT
GTCGGAATTGCAGATCGGGGTTAAGTTTAAGCCAACAACGTGTGAAGTGAATGCTCACAA
AGGTGATATGATCAAGGTCCACTACAGGGGAAAACTTACCGATGGAACTGTATTTGATTC
GAGCTTTGAAAGGGATGAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTATCAAAGG
TTGGGATCAAGGTTTGCTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGATACCTGC
AAAACTTGGATATGGTGAACAAGGCTCTCCTCCAACTATCCCCGGTGGGGCAACACTGAT
ATTTGACACAGAGCTTATTGCGGTAAATGAAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAGAAGGAGG
TGGAGAAGAAGACGACGGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGCTGTGATT
CAATTTCCATTTTCCAACCGTTTACCTTCAGAGTTTTCTACTAATAAGCAGCAGTCTATG
GCCATTTGTGTCTTTTAATTTTGGATGCTTTAGTTTTTCTTCTACTATTATGAACGCCAA
CTTTATTCTGGGTTAGCCTTT

QA 3 683 3 683
DS 

RD RR3BL93TF 688 0 0
GG
ACTGTGAGAAGGTGAACGGAAAATCAAAACGAGAGCAAAGATGTGTCTC*GTTACTCCCT
TTGCTTGATCTTCTTCTCTCTCATTTCACTCCAAGGTTTTGCGAAGAAGACAGTAGATGT
GTCGGAATTGCAGATCGGGGTTAAGTTTAAGCCAACAACGTGTGAAGTGAAGGCTCACAA
AGGTGATATGATCAAGGTCCACTACAGGG*AAAACTTACCGATGGAACTGTATTTGATTC
GAGCTTTGAAAGGGATGAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTATCAAAGG
TTGGGATCAAGGTTTGCTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGATACCTGC
AAAACTTGGATATGGTGAACAAGGCTCTCCTCCAACTATCCCCGGTGGGGCAACACTGAT
ATTTGACACAGAGCTTATTGCGGTAAA**AAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAGAAGGAGG
AGGAGAAGAAGACGACGGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGCTGTGATT
CAATTTCCATTTTCCAACCGTTTACCTTCAGAGTTTTCTACTAATAAGCAGCAGTCTACG
GCCATTTGTGTCTTTTAATTTTGGATGCTTTAGTTTTTCTTCTACTATTATGAACGCCAA
CTTTATTCTGGGTTAGCCTTTTTTTC

QA 3 688 3 688
DS 

RD RR3EG80JQ 569 0 0
TGTGTCGGAATTGCAGATCGGGGTTAAGTTTAAGCCAACAACGTGTGAAGTGAATGCTCA
CAAAGGTGATATGATCAAGGTCCACTACAGGGGAAAACTTACCGATGGAACTGTATTTGA
TTCGAGCTTTGAAAGGGATGAACCGTTCGAGTTTGAGTTAGGAAGTGGCCAGGTTATCAA
AGGTTGGGATCAAGGTTTGCTAGGTGCATGTGTAGGAGAGAAGAGGAAGTTAAAGATACC
TGCAAAACTTGGATATGGTGAACAAGGCTTTCCTCCAACTATCCCCGGTGGGGCAACACT
GATATTTGACACAGAGCTTATTGCGGTAAATGAAAAACGAGGTGGTGGTGCAGCAGAAGG
AGGTGGAGAAGAAGACGACGGAGAAGATGTGGACGACACATATGGAGCTCACGAGCTGTG
ATTCAATTTCCATTTTCCAACCGTTTACCTTCAGAGTTTTTTACTAATAAGCAGCAGTTT
ATGGCCATTTGTGTCTTTTAATTTTGGATGCTTTAGTTTTTTTTTTACTATTATGAACGC
CAACTTTATTTTGGGTTAGCCTTT
TTTTC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 10

CO CL318Contig1 1120 10 13 U
GAAACGATAATGTAGTTTTTTTTTGTAACTAAATGATAATGTAGTTCCTTGGCTGAAATG
CTTAAAGATCCAGTCACCGAACAAACTCTCTAAGGCACTAACACGATTTCAATATCCAAA
ATCCTCCAACAATATTATCACAAATCATAAATTCATGTACATAAAAGACTTAAGTGTATG
CTTAATGCTCACACATCATTTCAGCTCTTCATGGCTTAACATATTCTCTGATGAACTCTT
GCACTTGCTCTGTTTCTCCTGTTAGTCCAGATGCTTCAGCGACAGTGACTTTGTTCAAGC
AGTGCGAAAAGGAAAACACTTCTCCTTCAATCCCAAGAGTAAAGTCATTGGCTATGTCAG
CTGTTGAAACCGCACTCCTCGAAACCCTAAGTTTCTCTATTTCTTTCTCCATCTGCTTGC
GGATGAACTCTTTTGTGTGTGCAGTTATTTTATCTGTCTTGTTGCAGCATAGCAGGACTG
GGATCTTATTCTTAACCACGCTTGCATTGGTAAGAATGTCGTAGAGGTACTCTGAAGCTG
CACGACAATTTGGGAGGAACTCAAGTGCATCTACTACAAACACAATAGCGGCTGCTCGTG
GCAAGTACTCTTCTAGCTTAGATCTAAGCCGAGAGTGCCCAGGAACATCAACTAGATGAA
CGGGCTTCGTTTTATTAGTGTTTTCAGTGTGGAGCACGAAGGTGCCTTCGTTAGGTTCCA
TTGACGTCACAGAACCCTGATGAGAAGATCCATCTCGGAGTTGATAGAAGAGAACGGTTT
TGCCACTTCCGCTTAGGCCAGAGAGGAGTACAGTATTGGCCTTCGTACGTCTGAACAAGC
GAATAGAGAAGAAGAAGAGCAAGAAGATGGTAGTTAATAAGAGAACACCAATAGCAGCAT
AAAGCTGGTCCTGTGGTATCTGTTGAACAAATTCAGTTCCTTGATTCAACCATTGCTCCC
CCACAATTCTCAAATCCTCCAAGTTCTTCTCCATTTTCGTTTCCGCTTTTTTT*GTTCAC
T****GATGAGAAGCTCGGCAGGAGTCGAAGAGATGGAGACTGTCTGTCTGTCCTACGTG
ACGTGACGATGAGAGATTCGTTCTGAAGATGTGAATACCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 50 60 60 60 60 60 60 60 60 45 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B719JQ U 46
AF RR3ET76JQ U 4
AF RR3GE76JQ U 1
AF RR3E062JQ U 29
AF RR3FW77JQ U 92
AF RR3FW77TF C 394
AF RR3B719TF C 318
AF RR3GE76TF C 391
AF RR3E062TF C 392
AF RR3G773TF C 394
BS 1 112 RR3GE76JQ
BS 113 113 RR3ET76JQ
BS 114 302 RR3GE76JQ
BS 303 303 RR3ET76JQ
BS 304 638 RR3GE76JQ
BS 639 639 RR3E062JQ
BS 640 759 RR3GE76JQ
BS 760 792 RR3E062JQ
BS 793 820 RR3FW77JQ
BS 821 1021 RR3B719TF
BS 1022 1025 RR3GE76TF
BS 1026 1110 RR3B719TF
BS 1111 1120 RR3E062TF

RD RR3B719JQ 423 0 0
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ATTTCAATATCCAAAATCCTCCAACAATATTATCACAAATCATAAATTCATGTACATAAA
AGACTTAAGTGTATGCTTAATGCTCACACATCATTTCAGCTCTTCATGGCTTAACATATT
CTCTGATGAACTCTTGCACTTGCTCTGTTTCTCCTGTTAGTCAAGATGCTTCAGCGACAG
TGACTTTGTTCAAGCAGTGCGAAAAGGAAAACACTTCTCCTTCAATCCCAAGAGTAAAGT
CATTGGCTATGTCAGCTGTTGAAACCGCACTCCTCGAAACCCTAAGTTTCTCTATTTATT
TCTCCATCTGCTTGCGGATGAACTCTTTTGTGTGTGCAGTTATTTTATCTGTCTTGTTGC
AGC

QA 1 423 1 423
DS 

RD RR3ET76JQ 616 0 0
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AAAGATCCAGTCACCGAACAAACTCTCTAAGGCACTAACACGATTTCAATATCCAAAATC
CTCCAACAATATTATCACAAATCATAAATTCATGTACATAAAAGACTTAAGTGTATGCTT
AATGCTCACACATCATTTCAGCTCTTCATGGCTTAACATATTCTCTGATGAACTCTTGCA
CTTGCTCTGTTTCTCCTGTTAGTCCAGATGCTTCAGCGACAGTGACTTTGTTCAAGCAGT
GCGAAAAGGAAAACACTTCTCCTTCAATCCCAAGAGTAAAGTCATTGGCTATGTCAGTTG
TTGAAACCGCACTCCTCGAAACCCTAAGTTTCTCTATTTCTTTCTCCATCTGCTTGCGGA
TGAACTCTTTTGTGTGTGCAGTTATTTTATCTGTCTTGTTGCAGCATAGCAGGACTGGGA
TCTTATTCTTAACCACGCTTGCATTGGTAAGAATGTCGTAGAGGTACTCTGAAGCTGCAC
GACAATTTGGGAGGAACTCAAGTGCATCTACTACAAACACAATAGCGGCTGCTCGTGGCA
AGTACTCTTCTAGCTT

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3GE76JQ 759 0 0
GAAACGATAATGTAGTTTTTTTTTGTAACTAAATGATAATGTAGTTCCTTGGCTGAAATG
CTTAAAGATCCAGTCACCGAACAAACTCTCTAAGGCACTAACACGATTTCAACATCCAAA
ATCCTCCAACAATATTATCACAAATCATAAATTCATGTACATAAAAGACTTAAGTGTATG
CTTAATGCTCACACATCATTTCAGCTCTTCATGGCTTAACATATTCTCTGATGAACTCTT
GCACTTGCTCTGTTTCTCCTGTTAGTCCAGATGCTTCAGCGACAGTGACTTTGTTCAAGC
AGCGCGAAAAGGAAAACACTTCTCCTTCAATCCCAAGAGTAAAGTCATTGGCTATGTCAG
CTGTTGAAACCGCACTCCTCGAAACCCTAAGTTTCTCTATTTCTTTCTCCATCTGCTTGC
GGATGAACTCTTTTGTGTGTGCAGTTATTTTATCTGTCTTGTTGCAGCATAGCAGGACTG
GGATCTTATTCTTAACCACGCTTGCATTGGTAAGAATGTCGTAGAGGTACTCTGAAGCTG
CACGACAATTTGGGAGGAACTCAAGTGCATCTACTACAAACACAATAGCGGCTGCTCGTG
GCAAGTACTCTTCTAGCTTAGATCTAAGCCGAGAGTGCACAGGAACATCAACTAGATGAA
CGGGCTTCGTTTTATTAGTGTTTTCAGTGTGGAGCACGAAGGTGCCTTCGTTAGGTTCCA
TTGACGTCACAGAACCCTGATGAGAAGATCCATCTCGGA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3E062JQ 764 0 0
T
TAAATGATAATGTAGTTCCTTGGCTGAAATGCTTAAAGATCCAGTCACCGAACAAACTCT
CTAGGGCACTAACACGATTTCAATATCCAAAATCCTCCAACAATATTATCACAAATCATA
AATTCATGCACATAAAAGACTTAAGTGTATGCTTAATGCTCACACATCATTTCAGCTCTT
CATGGCTTAACATATTCTCTGATGAACTCTTGCACTTGCTCTGTTTCTCCTGTTAGTCCA
GATGCTTCAGCGACAGTGACTTTGTTCAAGCAGTGCGAAAAGGAAAACACTTCTCCTTCA
ATCCCAAGAGTAAAGTCATTGGCTATGTCAGCTGTTGAAACCGCACTCCTCGAAACCCTA
AGTTTCTCTATTTCTTTCTCCATCTGCTTGCGGATGAACTCTTTTGTGTGTGCAGTTATT
TTATCTGTCTTGTTGCAGCATAGCAGGACTGGGATCTTATTCTTAACCACGCTTGCATTG
GTAAGAATGTCGTAAAGGTACTCTGAAGCTGCACGACAATTTGGGAGGAACTCAAGTGCA
TCTACTACAAACACAATAGCGGCTGCTCGTGGCAAGTACTCTTCTAGCTTAGATCTAAGC
CGAGAGTGCCCAGGAACATCAACTAGATGAACGGGCTTCGTTTTATTAGTGTTTTCAGTG
TGGAGCACGAAAGTGCCTTCGTTAGGTTCCATTGACGTCACAGAACCCTGATGAGAAGAT
CCATCTCGGAGTTGATAGAAGAGAACGGTTTTGCCACTTCCGC

QA 2 764 2 764
DS 

RD RR3FW77JQ 729 0 0
AAGGCACTAACACGATTTCAATATCCAAAATCCTCCAACAATATTATCACAAATCATAAA
TTCATGTACATAAAAGACTTAAGTGTATGCTTAATGCTCACACATCATTTCAGCTCTTCA
TGGCTTAACATATTCTCTGATGAACTCTTGCACTTGCTCTGTTTCTACTGTTAGTCCAGA
TGCTTCAGCGACAGTGACTTTGTTCAAGCAGTGCGAAAAGGAAAACACTTCTCCTTCAAT
CCCAAGAGTAAAGTCATTGGCTATGTCAGCTGTTGAAACCGCACTCCTCGAAACCCTAAG
TTTCTCTATTTCTTTCTCCATGTGCTTGCGGATGAACTCTTTTGTGTGTGCAGTTATTTT
ATCTGTCTTGTTGCAGCATAGCAGGACTGGGATCTTATTCTTAACCACGCTTGCATTGGT
AAGAATGTCGTAAAGGTACTCTGAAGCTGCACGACAATTTGGGAGGAACTCAAGTGCATC
TACTACAAACACAATAGCGGCTGCTCGTGGCAAGTACTCTTCTAGCTTAGATCTA*GCCG
AGAGTGCCCAGGAACATCAACTAGATGAACGGGCTTCGTTTTATTAGTGTTTTCAGTGTG
GAGCACGAAGGTGCCTTCGTTAGGTTCCATTGACGTCGCAGAACCCTGATGAGAAGATCC
ATCTCGGAGTTGATAGAAGAGAACGGTTTTGCCACTTCCGCTTAGGCCAGAGAGGAGTAC
AGTATTGGC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3FW77TF 680 0 0
TCTCTATTTCTTTCTCCATGTGCTTGCGGATGAACTCTTTTGTGTGTGCAGTTATTTTAT
CTGTCTTGTTGCAGCATAGCAGGACTGGGATCTTATTCTTAACCACGCTTGCATTGGTAA
GAATGTCGTAGAGGTACTCTGAAGCTGCACGACAATTTGGGAGGAACTCAAGTGCATCTA
CTACAAACACAATAGCGGCTGCTCGTGGCAAGTACTCTTCTAGCTTAGATCTA*GCCGAG
AGTGCCCAGGAACATCAACTAGATGAACGGGCTTCGTTTTATTAGTGTTTTCAGTGTGGA
GCACGAAGGTGCCTTCGTTAGGTTCCATTGACGTCGCAGAACCCTGATGAGAAGATCCAT
CTCGGAGTTGATAGAAGAGAACGGTTTTGCCACTTCCGCTTAGGCCAGAGAGGAGTACAG
TATTGGCCTTCGTACGTCTGAACAAGCGAATAGAGAAGAAGAAGAGCAAGAAGATGGTAG
TTAATAAGAGAACACCAATAGCAGCATAAAGCTGGTCCTGTGGTATCTGTTGAACAAATT
CAGTTCCTTGATTCAACCATTGCTCCCCCACAATTCTCAAATCCTCCAAGTTCTTCTCCA
TTTTCGTTTCCGCTTTTTTT*GTTCACT****GATGAGAAGCTCGGCAGGAGTCGAAGAG
ATGGAGACTGTCTGTCT
CCC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3B719TF 800 0 0
ACTTCTCCTTCAATCCCAAGAGTAAAGTCATTGGCTATGTCAGCTGTTGAAACCGCACTC
CTCGAAACCCTAAGTTTCTCTATTTATTTCTCCATCTGCTTGCGGATGAACTCTTTTGTG
TGTGCAGTTATTTTATCTGTCTTGTTGCAGCATAGCAGGACTGGGATCTTATTCTTAACC
ACGCTTGCATTGGTAAGAATGTCGTAGAGGTACTCTGAAGCTGCACGACAATTTGGGAGG
AACTCAAGTGCATCTACTACAAACACAATAGCGGCTGCTAGTGGCAAGTACTCTTCTAGC
TTAGATCTAAGCCGAGAGTGCCCAGGAACATCAACTAGATGAACGGGCTTCGTTTTATTA
GTGTTTTCAGTGTGGAGCACGAAGGTGCCTTCGTTAGGATCCATTGACGTCACAGAACCC
TGATGAGAAGATCCATCTCGGAGTTGATAGAAGAGAACGGTTTTGCCACTTCCGCTTAGG
CCAGAGAGGAGTACAGTATTGGCCTTCGTACGTCTGAACAAGCGAATAGAGAAGAAGAAG
AGCAAGAAGATGGTAGTTAATAAGAGAACACCAATAGCAGCATAAAGCTGGTCCTGTGGT
ATCTGTTGAACAAATTCAGTTCCTTGATTCAACCATTGCTCCCCCACAATTCTCAAATCC
TCCAAGTTCTTCTCCATTTTCGTTTCCGCTTTTTTT*GTTCACTCACTGATGAGAAGCTC
GGCAGGAGTCGAAGAGATGGAGACTGTCTGTCTGTCCTACGTGACGTGACGATGAGAGAT
TCGTTCTGAAGAT
GTGAATC

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3GE76TF 728 0 0
GTTTCTCTATT*CTTTCTCCATCTGCTTGCGGATGAACTCTTTTGTGTGTGCAGTTATTT
TATCTGTCTTGTTGCAGCATAGCAGGACTGGGATCTTATTCTTAACCACGCTTGCATTGG
TAAGAATGTCGTAGAGGTACTCTGAAGCTGCACGACAATTTGGGAGGAACTCAAGTGCAT
CTACTACAAACACAATAGCGGCTGCTCGTGGCAAGTACTCTTCTAGCTTAGATCTAAGCC
GAGAGTGCACAGGAACATCAACTAGATGAACGGGCTTCGTTTTATTAGTGTTTTCAGTGT
GGAGCACGAAGGTGCCTTCGTTAGGTTCCATTGACGTCACAGAACCCTGATGAGAAGATC
CATCTCGGAGTTGATAGAAGAGAACGGTTTTGCCACTTCCGCTTAGGCCAGAGAGGAGTA
CAGTATTGGCCTTCGTACGTCTGAACAAGCGAATAGAGAAGAAGAAGAGCAAGAAGATGG
TAGTTAATAAGAGAACACCAATAGCAGCATAAAGCTGGTCCTGTGGTATCTGTTGAACAA
ATTCAGTTCCTTGATTCAACCATTGCTCCCCCACAATTCTCAAATCCTCCAAGTTCTTCT
CCATTTTCGTTTCCGCTTTTTTT*GTTCACT****GATGAGAAGCTCGGCAGGAGTCGAA
GAGATGGAGACTGTCTGTCTGTCCTACGTGACGTGACGATGAGAGATTCGTTCTGAAGAT
GTGAATCC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3E062TF 729 0 0
G
TTCTCTATTTCTTTCTCCATCTGCTTGCGGATGAACTCTTTTGTGTGTGCAGTTATTTTA
TCTGTCTTGTTGCAGCATAGCAGGACTGGGATCTTATTCTTAACCACGCTTGCATTGGTA
AGAATGTCGTAGAGGTACTCTGAAGCTGCACGACAATTTGGGAGGAACTCAAGTGCATCT
ACTACAAACACAATAGCGGCTGCTCGTGGCAAGTACTCTTCTAGCTTAGATCTAAGCCGA
GAGTGCCCAGGAACATCAACTAGATGAACGGGCTTCGTTTTATTAGTGTTTTCAGTGTGG
AGCACGAAAGTGCCTTCGTTAGGTTCCATTGACGTCACAGAACCCTGATGAGAAGATCCA
TCTCGGAGTTGATAGAAGAGAACGGTTTTGCCACTTCCGCTTAGGCCAGAGAGGAGTACA
GTATTGGCCTTCGTACGTCTGAACAAGCGAATAGAGAAGAAGAAGAGCAAGAAGATGGTA
GTTAATAAGAGAACACCAATAGCAGCATAAAGCTGGTCCTGTGGTATCTGTTGAACAAAT
TCAGTTCCTTGATTCAACCATTGCTCCCCCACAATTCTCAAATCCTCCAAGTTCTTCTCC
ATTTTCGTTTCCGCTTTTTTT*GTTCACT****GATGAGAAGCTCGGCAGGAGTCGAAGA
GATGGAGACTGTCTGTCTGTCCTACGTGACGTGACGATGAGAGATTCGTTCTGAAGATGT
GAATACCC

QA 2 729 2 729
DS 

RD RR3G773TF 691 0 0
TCTCTATTTCTTTCTCCATCTGCTTGCGGATGAACTCTTTTGTGTGTGCAGTTATTTTAT
CTGTCTTGTTGCAGCATAGCAGGACTGGGATCTTATTCTTAACCACGCTTGCATTGGTAA
GAATGTCGTAGAGGTACTCTGAAGCTGCACGACAATTTGGGAGGAACTCAAGTGCATCTA
CTACAAACACAATAGCGGCTGCTCGTGGCAAGTACTCTTCTAGCTTAGATCTAAGCCGAG
AGTGCCCAGGAACATCAACTAGATGAACGGGCTTCGTTTTATTAGTGTTTTCAGTGTGGA
GCACGAAGGTGCCTTCGTTAGGTTCCATTGACGTCACAGAACCCTGATGAGAAGATCCAT
CTCGGAGTTGATAGAAGAGAACGGTTTTGCCACTTCCGCTTAGGCCAGAGAGGAGTACAG
TATTGGCCTTCGTACGTCTGAACAAGCGAATAGAGAAGAAGAAGAGCAAGAAGATGGTAG
TTAATAAGAGAACACCAATAGCGGCATAAAGCTGGTCCTGTGGTATCTGTTGAACAAATT
CAGTTCCTTGATTCAACCATTGCTCCCCCACAATTCTCAAATCCTCCAAGTTCTTCTCCA
TTTTCGTTTCCGCTTTTTTTTGTTCACT****GATGAGAAGCTCGGCAGGAGTCGAAGAG
ATGGAGACTGTCTGTCTGTCCTACGTGAC
CC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 11

CO CL319Contig1 667 11 13 U
GGGTCACACATTGATTTTGTTTTCA*******CTGCTTATCTCAAACTTCTCATCATCAT
***GGGTTTGAAGGAGGACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCACGAA
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AGTGGACACCAGCCGTCCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTG
GAAGGCCGTTGAAGCAAAATCGACGGATGAGGCTATGAGTGACTACATCACCAAGGTGAA
GCAACTTCTGGAAGCTGAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGATTCACC
AAAAGCTCCACTGCAATAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCT
TGTTGCTTCTTGTGTTTCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACCTTCGTCTTG
ATTTTAAAAAAAAATCCTATGGTTTTTTTTCTTTTTTGACAAAGAAAATTCTATGGTTTC
TGAAGATTCCTGATGCATAATTAAAACCATTATCTGTGTGTGATAATATCTTGTTGATTT
GAAGATGAAGCTTATATGTTTAAGACTTGTTTAAGGTTAAATAAAGTTGGATACGGCCTG
CTAGGGC


BQ
45 45 45 45 45 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 50 65 65 65 50 65 65 65 50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 15 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 50 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 15 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 50 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 35 65 65 65 65 15 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 40 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 
65 65 65 65 65 65 65 65 50 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 5 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 65 0 50 50 50 50 50 
50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H126JQ C 1
AF RR3H126TF U 1
AF RR3GM59JQ C 4
AF RR3GM59TF U 4
AF RR3D416TF U 12
AF RR3AN91TF U 1
AF RR3CA62JQ C 1
AF RR3C255JQ C 1
AF RR3C255TF U 1
AF RR3CA62TF U 1
AF RR3B926TF U 0
BS 1 5 RR3B926TF
BS 6 25 RR3H126TF
BS 26 32 RR3B926TF
BS 33 42 RR3H126TF
BS 43 43 RR3B926TF
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BS 46 46 RR3B926TF
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BS 272 484 RR3H126TF
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***GGGTTTGAAGGAGGACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCACGAA
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AAAAGCTCCACTGCAATAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCT
TGTTGCTTCTTGTGTTTCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACCTTCGTCTTG
ATTT*AAAAAAAAATCCTATGGTTTTTTTTC
CC

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR3H126TF 513 0 0
GGGTC
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CTCCACTGCAATAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCTTGTTG
CTTCTTGTGTTTCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACCTTCGTCTTGATTT*
AAAAAAAAATCCTATGGTTTTTTTTC
CC

QA 6 511 6 511
DS 

RD RR3GM59JQ 510 0 0
GG
ACACATTGATTTTGTTTTCAGTTTTCACTGCTTATCTTAA*CTTCTCATCATCAT***GG
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CTGACGCTGACTTGCTCATCCTTTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTCGGGCCAGTGG
ACCCCAGCCGTCCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAAGG
CCGTTGAAGCAAAATCGACGCATGATGCTATGAGTGACTACATCACCAAGGTGAAGCAAC
TTCTGGAAGCTGAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGATTCACCAAAAG
CTCCACTGCAATAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCTTGTTG
CTTCTTGTGTTTCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACCTTCGTCTTGATTT*
AAAAAAAAATCCTATGGTTTTTTTTC
TC

QA 3 508 3 508
DS 

RD RR3GM59TF 510 0 0
GG
ACACATTGATTTTGTTTTCAGTTTTCACTGCTTATCTTAA*CTTCTCATCATCAT***GG
GTTTGAAGGAGGACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCACGAAACCAT
CTGACGCTGACTTGCTCATCCTCTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTCGGGCCAGTGG
ACACCAGCCGTCCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAAGG
CCGTTGAAGCAAAATCGACGCATGATGCTATGAGTGACTACATCACCAAGGTGAAGCAAC
TTCTGGAAGCTGAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGATTCACCAAAAG
CTCCACTGCAATAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCTTGTTG
CTTCTTGTGTTTCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACCTTCGTCTTGATTT*
AAAAAAAAATCCTATGGTTTTTTTTC
TC

QA 3 508 3 508
DS 

RD RR3D416TF 482 0 0
ACAC
ATTGATTTT*GTTTTCACTGCTTATCTCAAACTTCTCATCATCATCATGGGTTTGAAGGA
GGACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCACGAAACCATCTGACGCTGA
CTTGCTCATTCTCTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTCGGGCCAGTGGACACCAGCCG
TCCTGGAATGTTCAGCATGGAGGAAGGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAAGGCCGTTGAAGC
AAAATCGACGGATGAGGCTATGGGTGACTACATCACCAAGGTGAAGCAACTTCTGGAAGC
TGAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGATTCACCAAAAGCTCCACTGCA
ATAATTCCATCTTAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCTTGTTGCTTCTTGTGT
TTCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACCTTCGTCTTGATTTAAAAAAAAA

QA 5 482 5 482
DS 

RD RR3AN91TF 484 0 0
GGGTCACACATTGATTTTGTTTTCA*******CTGCTTATCTCAAACTTCTCATCATCAT
CATGGGTTTGAAGGAGGACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCACGAA
ACCATCTGACGCTGACTTGCTCATTCTCTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTCGGGCC
AGTGGACACCAGCCGTCCTGGAATGTTCAGCGTGAAGGAAGGAGCTAAGTGGGATGCTTG
GAAGGCCGTTGAAGCAAAATCGACGGATGAGGCTATGGGTGACTACATCACCAAGGTGAA
GCAACTTCTGGAAGCTGAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGATTCACC
AAAAGCTCCACTGCAATAATTCCATCTTAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCT
TGTTGCTTCTTGTGTTTCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACCTTCGTCTTG
ATTT

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR3CA62JQ 485 0 0
GGGTCACATATTGATTTTGTTTTCA*******CTGCTTATCTCAAACTTCTCATCATCAT
***GGGTTTGAAGGAGGACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCACGAA
ACCATCTGACGCTGACTTGCTCATCCTTTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTCGGGCC
AGTGGACACCAGCCGTCCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTG
GAAGGCCGTTGAAGCAAAATCGACGGATGAGGCTATGAGTGACTACATCACCAAGGTGAA
GCAACTTCTGGAAGCTGAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGATTCACC
AAAAGCTCCACTGCAATAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCT
TGTTGCTTCTTGTGTTTCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACTTTCGTCTTG
ATTTT

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR3C255JQ 505 0 0
GGGTCACATATTGATTTTGTTTTCA*******CTGCTTATCTCAAACTTCTCATCATCAT
***GGGTTTGAAGGAGGACTTCGAGAGGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCACGAA
ACCGTCTGACGCTGACTTGCTCATCCTTTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTCGGGCC
AGTGGACACCAGCCGTCCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTG
GAAGGCCGTTGAAGCAAAATCGACGGATGAGGCTATGAGTGACTACATCACCAAGGTGAA
GCAACTTCTGGAAGCTGAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGATTCACC
AAAAGCTCCACTGCAATAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCT
TGTTGCTTCTTGTGTTTCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACTTTCGTCTTG
ATTTTAAAAAAAAATCCTATGGTTT

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR3C255TF 505 0 0
GGGTCACATATTGATTTTGTTTTCA*******CTGCTTATCTCAAACTTCTCATCATCAT
***GGGTTTGAAGGAGGACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCACGAA
ACCGTCTGACGCTGACTTGCTCATCCTCTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTCGGGCC
AGTGGACACCAGCCGTCCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTG
GAAGGCCGTTGAAGCAAAATCGACGGATGAGGCTATGAGTGACTACATCACCAAGGTGAA
GCAACTTCTGGAAGCTGAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGATTCACC
AAAAGCTCCACTGCAATAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCT
TGTTGCTTCTTGTGTTTCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACTTTCGTCTTG
ATTTTAAAAAAAAATCCTATGGTTT

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR3CA62TF 485 0 0
GGGTCACATATTGATTTTGTTTTCA*******CTGCTTATCTCAAACTTCTCATCATCAT
***GGGTTTGAAGGAGGACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCACGAA
ACCATCTGACGCTGACTTGCTCATCCTCTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTCGGGCC
AGTGGACACCAGCCGTCCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTG
GAAGGCCGTTGAAGCAAAATCGACGGATGAGGCTATGAGTGACTACATCACCAAGGTGAA
GCAACTTCTGGAAGCTGAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGATTCACC
AAAAGCTCCACTGCAATAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCT
TGTTGCTTCTTGTGTTTCTCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACTTTCGTCTTG
ATTTT

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR3B926TF 668 0 0
G
GGGTCACATATTGATTTTGTTTTCA*******CTGCTTATCTCAAACTTCTCATCATCAT
***GGGTTTGAAGGAGGACTTCGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCACGAA
ACCAT*TGACGCTGACTTGCTCATCCTCTACGGTCTCTTCAAGCAAGCCACCGTCGGGCC
AGTGGACACCAGCCGTCCTGGAATGTTCAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTG
GAAGGCCGTTGAAGCAAAATCGACGGATGAGGCTATGAGTGACTACATCACTAAGGTGAA
GCAACTTCTGGAAGCTGAGGCTTCTGCTGCTTCAACTTGATGAATATAATATGATTCACC
AAAAGCTCCACTGCAATAATTCCATCTAAGTTTCAATAACTTAGCATAAGACTTTGTTCT
TGTTGTTTCTTGTGTTTCCCTCGTTATGAATCTATTATGTACTTTGTGACTTTCGTCTTG
ATTTTAAAAAAAAATCCTATGGTTTTTTTTCTTTTTTGACAAAGAAAATTCTATGGTTTC
TGAAGATTCCTGATGCATAATTAAAACCATTATCTGTGTGTGATAATATCTTGTTGATTT
GAAGATGAAGCTTATATGTTTAAGACTTGTTTAAGGTTAAATAAAGTTGGATACGGCCTG
CTAGGGC

QA 2 668 2 668
DS 



AS 3 9

CO CL320Contig1 690 2 6 U
GGGTTCCCGACGAGTCGCTGCTCTCTCTGAAAAAAATGACGGCGAGACCTGAAGGAAGTC
CCCCGGAGGTTACACTGGAAACCTCCATGGGTCCATTCACCGTCGAGATGTATTACAAAC
ACTCCCCGAGAACTTGCCGGAACTTCGTCGAGCTATCACGGAGAGGTTACTATGACAACG
TTCTCTTCCACAGAATCATCAAGGATTTCATCGTGCAAGGTGGTGATCCTACTGGAACTG
GAAGAGGTGGCCAATCCATTTACGGTTCCAAGTTTGAGGACGAGATAAAGCCAGAATTGA
AGCACACGGGAGCTGGGATCTTGTCAATGGCAAACGCTGGTCCTAACACAAATGGGAGTC
AGTTCTTCATCACTTTAGCTCCAGCACCCTCCTTGGATGGAAAGCACACGATATTTGGCA
GAGTCTGCCGTGGTATGGAGGTGATCAAGAGGCTCGGTAGTGTCCAAACCGATAACACCG
ACAGGCCAATCCATGAAGTGAAGATTCTGAGGACTAAAGTGATTGATTAGAAGCAACATT
AGTAAACGATGTTGACATGAAGAATTGTAACTCTATTCTATACTGATCCTTGCTACTACT
ATGGACTGGTTTTGGTCAGGTTTTGACTCTTCCTGACCAAAAAAATGTTTCAAGGTTGAT
TTTAATCAGTTCACTATCTATGTTTTGTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CV70TF U 1
AF RR3GW20TF U 10
BS 1 240 RR3CV70TF
BS 241 241 RR3GW20TF
BS 242 475 RR3CV70TF
BS 476 476 RR3GW20TF
BS 477 604 RR3CV70TF
BS 605 690 RR3GW20TF

RD RR3CV70TF 616 0 0
GGGTTCCCGACGAGTCGCTGCTCTCTCTGAAAAAAATGACGGCGAGACCTGAAGGAAGTC
CCCCGGAGGTTACACTGGAAACCTCCATGGGTCCATTCACCGTCGAGATGTATTACAAAC
ACTCCCCGAGAACTTGCCGGAACTTCGTCGAGCTATCACGGAGAGGTTACTATGACAACG
TTCTCTTCCACAGAATCATCAAGGATTTCATCGTGCAAGGTGGTGATCCTACTGGAACTG
TAAGAGGTGGCCAATCCATTTACGGTTCCAAGTTTGAGGACGAGATAAAGCCAGAATTGA
AGCACACGGGAGCTGGGATCTTGTCAATGGCAAACGCTGGTCCTAACACAAATGGGAGTC
AGTTCTTCATCACTTTAGCTCCAGCACCCTCCTTGGATGGAAAGCACACGATATTTGGCA
GAGTCTGCCGTGGTATGGAGGTGATCAAGAGGCTCGGTAGTGTCCAAACCGATAA*ACCG
ACAGGCCAATCCATGAAGTGAAGATTCTGAGGACTAAAGTGATTGATTAGAAGCAACATT
AGTAAACGATGTTGACATGAAGAATTGTAACTCTATTCTATACTGATCCTTGCTACTACT
ATGG
ACTGGTTTTGGT

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3GW20TF 681 0 0
GGGA
GTCGCTGCTCTCTCTGAAAAAAATGACGGCGAGACCTGAAGGAAGTCCCCCGGAGGTTAC
ACTGGAAACCTCCATGGGTCCATTCACCGTCGAGATGTATTACAAACACTCCCCGAGAAC
TTGCCGGAACTTCGTCGAGCTATCACGGAGAGGTTACTATGACAACGTTCTCTTCCACAG
AATCATCAAGGATTTCATCGTGCAAGGTGGTGATCCTACTGGAACTGGAAGAGGTGGCCA
ATCCATTTACGGTTCCAAGTTTGAGGACGAGATAAAGCCAGAATTGAAGCACACGGGAGC
TGGGATCTTGTCAATGGCAAACGCTGGTCCTAACACAAATGGGAGTCAGTTCTTCATCAC
TTTAGCTCCAGCACCCTCCTTGGATGGAAAGCACACGATATTTGGCAGAGTCTGCCGTGG
TATGGAGGTGATCAAGAGGCTCGGTAGTGTCCAAACCGATAACACCGACAGGCCAATCCA
TGAAGTGAAGATTCTGAGGACTAAAGTGATTGATTAGAAGCAACATTAGTAAACGATGTT
GACATGAAGAATTGTAACTCTATTCTATACTGATCCTTGCTACTACTATGGACTGGTTTT
GGTCAGGTTTTGACTCTTCCTGACCAAAAAAATGTTTCAAGGTTGATTTTAATCAGTTCA
CTATCTATGTTTTGTAA

QA 5 681 5 681
DS 



CO CL320Contig2 703 5 11 U
GGACGGTAATAGTAAAGCGTTTCGGTTCCCCTCTCTCTCTCTCCCCGAAACATGACGGCG
AGACCTGAAGGAAGTCCGCCGGAGGTTACACTAGAGACCTCCATGGGTCCTTTCACCGTC
GAGATGTATTACAAACACTCACCGAGAACGTGCCGGAACTTCGTGGAGCTATCACGAAGA
GGTTACTATGACAACGTTCTCTTCCACAGAATCATCAAGGATTTCATAGTGCAAGGTGGT
GATCCTACTGGAACTGGAAGAGGTGGCCAGTCTATTTATGGTTCCAAGTTTGAGGACGAG
ATAAAGGCAGAGTTGAAGCACACAGGAGCTGGGATTTTGTCAATGGCAAACGCTGGTCCT
AACACTAATGGGAGTCAGTTCTTCATCACTTTAGCACCTGCTCCCTCCTTGGATGGAAAG
CATACTATATTTGGCAGAGTTTGCCGTGGTATGGAGGTGATCAAGAGGCTCGGTAGTGTT
CAAACGGATAACACCGACAGGCCAATACATGAAGTGAAGATTCTGAGGACCAAAGTGATT
GATTAGTAAACCATGATGACATGATGAAGAACCATAACTCTTAGTTGTTCAAAAAAAAAA
***GGACTAGTTTTTGTCATGGTTGATTTTAATGAGTCAAGTCTCTATCTCTATCCCTCT
GTTCAACATACATTGTTTCAAATAATCGAATAATTTACTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FW05TF U 41
AF RR3B913TF U 42
AF RR3CF14TF U 47
AF RR3FT21TF U 1
AF RR3FT21JQ C 197
BS 1 294 RR3FT21TF
BS 295 295 RR3FW05TF
BS 296 360 RR3FT21TF
BS 361 361 RR3FW05TF
BS 362 599 RR3FT21TF
BS 600 600 RR3B913TF
BS 601 603 RR3FT21TF
BS 604 604 RR3B913TF
BS 605 665 RR3FT21TF
BS 666 666 RR3FT21JQ
BS 667 703 RR3FT21TF

RD RR3FW05TF 350 0 0
GGCCCC
GAAACATGACGGCGAGACCTGAAGGAAGTCCGCCGGAGGTTACACTAGAGACCTCCATGG
GTCCTTTCACCGTCGAGATGTATTACAAACACTCACCGAGAACGTGCCGGAACTTCGTGG
AGCTATCACGAAGAGGTTACTATGACAACGTTCTCTTCCACAGAATCATCAAGGATTTCA
TAGTGCAAGGTGGTGATCCTACTGGAACTGGAAGAGGTGGCCAGTCTATTTATGGTTCCA
AGTTTGAGGACGAGATAAAGGCAGAGTTGAAGCACACAGGAGCTGGGATTTTGTCAATGG
CAAACGCTGGTCCTAACACTAATGGGAGTCAGTTCTTCATCACT

QA 7 350 7 350
DS 

RD RR3B913TF 609 0 0
GGCCC
GAAACATGACGGCGAGACCTGAAGGAAGTCCGCCGGAGGTTACACTAGAGACCTCCATGG
GTCCTTTCACCGTCGAGATGTATTACAAACACTCACCGAGAACGTGCCGGAACTTCGTGG
AGCTATCACGAAGAGGTTACTATGACAACGTTCTCTTCCACAGAATCATCAAGGATTTCA
TAGTGCAAGGTGGTGATCCTACTGGAACTGGAAGAGGTGGCCAGTCTATTTATGGTTCCA
AGTTTGAGGACGAGATAAAGGCAGAGTTGAAGCACACAGGAGCTGGGATTTTGTCAATGG
CAAACGCTGGTCCTAACACTAATGGGAGTCAGTTCTTCATCACTTTAGCACCTGCTCCCT
CCTTGGATGGAAAGCATACTATATTTGGCAGAGTTTGCCGTGGTATGGAGGTGATCAAGA
GGCTCGGTAGTGTTCAAACGGATAACACCGACAGGCCAATACATGAAGTGAAGATTCTGA
GGACCAAAGTGATTGATTAGTAAACCATGATGACATGATGAAGAACCATAACTCTTAGTT
GTTCAAAAAAAAAAAAAGGACTAGTTTTTGTCATGGTTGATTTTAATGAGTCAAGTCTCT
ATCT

QA 6 609 6 609
DS 

RD RR3CF14TF 604 0 0
GAAACATGACGGCGAGACCTGAAGGAAGTCCGCCGGAGGTTACACTAGAGACCTCCATGG
GTCCTTTCACCGTCGAGATGTATTACAAACACTCACCGAGAACGTGCCGGAACTTCGTGG
AGCTATCACGAAGAGGTTACTATGACAACGTTCTCTTCCACAGAATCATCAAGGATTTCA
TAGTGCAAGGTGGTGATCCTACTGGAACTGGAAGAGGTGGCCAGTCTATTTATGGTTCCA
AGTTTGAGGACGAGATAAAGGCAGAGTTGAAGCACACAGGAGCTGGGATTTTGTCAATGG
CAAACGCTGGTCCTAACACTAATGGGAGTCAGTTCTTCATCACTTTAGCACCTGCTCCCT
CCTTGGATGGAAAGCATACTATATTTGGCAGAGTTTGCCGTGGTATGGAGGTGATCAAGA
GGCTCGGTAGTGTTCAAACGGATAACACCGACAGGCCAATACATGAAGTGAAGATTCTGA
GGACCAAAGTGATTGATTAGTAAACCATGATGACATGATGAAGAACCATAACTCTTAGTT
GTTCAAAAAAAAAAAAAGGACTAGTTTTTGTCATGGTTGATTTTAATGAGTCAAGTCTCT
ATCT

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3FT21TF 703 0 0
GGACGGTAATAGTAAAGCGTTTCGGTTCCCCTCTCTCTCTCTCCCCGAAACATGACGGCG
AGACCTGAAGGAAGTCCGCCGGAGGTTACACTAGAGACCTCCATGGGTCCTTTCACCGTC
GAGATGTATTACAAACACTCACCGAGAACGTGCCGGAACTTCGTGGAGCTATCACGAAGA
GGTTACTATGACAACGTTCTCTTCCACAGAATCATCAAGGATTTCATAGTGCAAGGTGGT
GATCCTACTGGAACTGGAAGAGGTGGCCAGTCTATTTATGGTTCCAAGTTTGAGTACGAG
ATAAAGGCAGAGTTGAAGCACACAGGAGCTGGGATTTTGTCAATGGCAAACGCTGGTCCT
GACACTAATGGGAGTCAGTTCTTCATCACTTTAGCACCTGCTCCCTCCTTGGATGGAAAG
CATACTATATTTGGCAGAGTTTGCCGTGGTATGGAGGTGATCAAGAGGCTCGGTAGTGTT
CAAACGGATAACACCGACAGGCCAATACATGAAGTGAAGATTCTGAGGACCAAAGTGATT
GATTAGTAAACCATGATGACATGATGAAGAACCATAACTCTTAGTTGTTCAAAAAAAAA*
****GACTAGTTTTTGTCATGGTTGATTTTAATGAGTCAAGTCTCTATCTCTATCCCTCT
GTTCA*CATACATTGTTTCAAATAATCGAATAATTTACTACAC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3FT21JQ 507 0 0
TTTTT
TTCCACAGAATCATCAAGGATTTCATAGTGCAAGGTGGTGATCCTACTGGAACTGGAAGA
GGTGGCCAGTCTATTTATGGTTCCAAGTTTGAGTACGAGATAAAGGCAGAGTTGAAGCAC
ACAGGAGCTGGGATTTTGTCAATGGCAAACGCTGGTCCTGACACTAATGGGAGTCAGTTT
TTCATCACTTTAGCACCTGCTCCCTCCTTGGATGGAAAGCATACTATATTTGGCAGAGTT
TGCCGTGGTATGGAGGTGATCAAGAGGCTCGGTAGTGTTCAAACGGATAACACCGACAGG
CCAATACATGAAGTGAAGATTCTGAGGACCAAAGTGATTGATTAGTAAACCATGATGACA
TGATGAAGAACCATAACTTTTAGTTGTTCAAAAAAAAAA***GGACTAGTTTTTGTCATG
GTTGATTTTAATGAGTCAAGTCTCTATCTCTATCCCTCTGTTCAACATACATTGTTTCAA
ATAATCGAATAATTTACTACAC

QA 6 507 6 507
DS 



CO CL320Contig3 737 2 3 U
TTTTTTTTAGAGAAATTAGGATAGATGGTTTTTGATAGAAACGATCCGTATTACAGAAAC
ATAGATAGTGAACTGATTAAAATCAACCTTGAAACATTTTTTTGGTCAGGAAGAGTCAAA
ACCTGACAAAAACCAGTCCCCATAGTAGTAGCAAGGATCAGTATAGAATAGGTCACAATT
CTTCATGTCAACATCGTTTACTAATGTTGCTTCTAATCAATCACTTTGGTCCTCAGAATC
TTCACTTCATGGATTGGCCTGTCGGTGTTATCGGTTTGGACACTACCGAGCCTCTTGATC
ACCTCCATACCACGGCAGACTCTGCCAAATATCGTATGCTTTCCATCCAAGGAGGGTGCT
GGAGCTAAAGTGATGAAGAACTGACTCCCATTTGTGTTAGGACCAGCGTTTGCCATTGAT
AAGATCCCAGCTCCCGTGTGCTTCAACTCTGGCTTTATCTCGTCCTCAAACTTGGAACCG
TAAATGGATTGGCCACCTCTTCCAGTTCCAGTAGGATCACCACCTTGCACGATGAAATCC
TTAATAATTCTGTGGAACAGAACGTTGTCGTAGTAACCTCTCCGTGATAGCTCGACGAAG
TTACGGCAAGTTCTCGGGGAGTGTTTGTAATACATCTCTACGGTGAACGGACCCATGGAG
GTTTCTAGTGTAACCTCCGGGGGACTTCCTTCAGGTCTCGCCGTCATTTTCTCAGAGAGA
GCAGCGACGCGTCAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD45JQ U 9
AF RR3GD45TF C 1
BS 1 8 RR3GD45TF
BS 9 599 RR3GD45JQ
BS 600 737 RR3GD45TF

RD RR3GD45JQ 591 0 0
AGAGAAATTAGGATAGATGGTTTTTGATAGAAACGATCCGTATTACAGAAACATAGATAG
TGAACTGATTAAAATCAACCTTGAAACATTTTTTTGGTCAGGAAGAGTCAAAACCTGACA
AAAACCAGTCCCCATAGTAGTAGCAAGGATCAGTATAGAATAGGTCACAATTCTTCATGT
CAACATCGTTTACTAATGTTGCTTCTAATCAATCACTTTGGTCCTCAGAATCTTCACTTC
ATGGATTGGCCTGTCGGTGTTATCGGTTTGGACACTACCGAGCCTCTTGATCACCTCCAT
ACCACGGCAGACTCTGCCAAATATCGTATGCTTTCCATCCAAGGAGGGTGCTGGAGCTAA
AGTGATGAAGAACTGACTCCCATTTGTGTTAGGACCAGCGTTTGCCATTGATAAGATCCC
AGCTCCCGTGTGCTTCAACTCTGGCTTTATCTCGTCCTCAAACTTGGAACCGTAAATGGA
TTGGCCACCTCTTCCAGTTCCAGTAGGATCACCACCTTGCACGATGAAATCCTTAATAAT
TCTGTGGAACAGAACGTTGTCGTAGTAACCTCTCCGTGATAGCTCGACGAA

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3GD45TF 737 0 0
TTTTTTTTAGAGAAATTAGGATAGATGGTTTT*GATAGAAACGATCCGTATTACAGAAAC
ATAGATAGTGAACTGATTAAAATCAACCTTGAAACATTTTTT*GGTCAGGAAGAGTCAAA
AC*TGACAAAAACCAGTCCCCATAGTAGTAGCAAGGATCAGTATAGAATAGGTCACAATT
CTTCATGTCAACATCGTTTACTAATGTTGCTTCTAATCAATCACTTTGGTCCTCAGAATC
TTCACTTCATGGATTGGCCTGTCGGTGTTATCGGTTTGGACACTACCGAGCCTCTTGATC
ACCTCCATACCACGGCAGACTCTGCCAAATATCGTATGCTTTCCATCCAAGGAGGGTGCT
GGAGCTAAAGTGATGAAGAACTGACTCCCATTTGTGTTAGGACCAGCGTTTGCCATTGAT
AAGATCCCAGCTCCCGTGTGCTTCAACTCTGGCTTTATCTCGTCCTCAAACTTGGAACCG
TAAATGGATTGGCCACCTCTTCCAGTTCCAGTAGGATCACCACCTTGCACGATGAAATCC
TTAATAATTCTGTGGAACAGAACGTTGTCGTAGTAACCTCTCCGTGATAGCTCGACGAAG
TTACGGCAAGTTCTCGGGGAGTGTTTGTAATACATCTCTACGGTGAACGGACCCATGGAG
GTTTCTAGTGTAACCTCCGGGGGACTTCCTTCAGGTCTCGCCGTCATTTTCTCAGAGAGA
GCAGCGACGCGTCAGCC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 2 4

CO CL321Contig1 792 2 8 U
TCTTTCCCATTATTGTCTTGGAGATGCCTAGTGTGTTGCTTATGGCAGCAATGACCAATG
TCCAGATTGCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAGATGGTGGACAAGATGGGTT
ACGAAGTTAGACTTGTTAGAGTCACCAAAAGAGTTCATGAGGCCTATTTTGCCCAGCTCT
ACCTTTCAAAGGTGGGTAATGCATCTGACTGTATCAGCTTTGACCTTCGCCCTTCAGATG
CAATTAATATAGCTGTTAGATGCAAGGTACCTATCCAAGTGAACAAGTACCTTGCGTATA
GTGATGGAATGAGAGTCATCGAGTCAGGGAAACTGTCACAACAGACACCTGCTTCCGATG
GTTTATTGTTTACTGAGCAAGACAAACCAAATGGTCAAGCTTGCCTTGATACGAAAGAGT
TCAATATTCTGAGCAACATGATGCAAGCCGTTAACGAAGAGCGATATGATGAAGCAGCTG
AATGGAGAGACAAGCTTGGCCAGTTTAGGGCCAAGCGTAACCTGAGGAAATACACATAAG
AGAACTCGATCAACAAGCATTGGTCTGTGTACATAATAAGAAGGTGGTCATTGTCGGGAT
CAAAGTGGAGGAAGAAGCAGAGTCTTCGGATATTTAAGAATGCTTCTACACTTAACCCAT
TGTCCCAGAAACAAAAAGAAAAATGTAATGTGTTAAATATGTATGTAGCGTGATGTGTAC
ATATTACTTGTTAATCTACGTCGTCGTACCTATGCACGTTTAAGTTCATTCTGATTGTGT
GTTTAAAAGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH94JQ C 1
AF RR3DU02TF U 298
BS 1 298 RR3EH94JQ
BS 299 331 RR3DU02TF
BS 332 332 RR3EH94JQ
BS 333 454 RR3DU02TF
BS 455 455 RR3EH94JQ
BS 456 586 RR3DU02TF
BS 587 587 RR3EH94JQ
BS 588 792 RR3DU02TF

RD RR3EH94JQ 673 0 0
TCTTTCCCATTATTGTCTTGGAGATGCCTAGTGTGTTGCTTATGGCAGCAATGACCAATG
TCCAGATTGCAAGACCAACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAGATGGTGGACAAGATGGGTT
ACGAAGTTAGACTTGTTAGAGTCACCAAAAGAGTTCATGAGGCCTATTTTGCCCAGCTCT
ACCTTTCAAAGGTGGGTAATGCATCTGACTGTATCAGCTTTGACCTTCGCCCTTCAGATG
CAATTAATATAGCTGTTAGATGCAAGGTACCTATCCAAGTGAACAAGTACCTTGCGTATA
GTGATGGAATGAGAGTCATCGAGTCAGGGAAACTGTCACAGCAGACACCTGCTTCCGATG
GTTTATTGTTTACTGAGCAAGACAAACCGAATGGTCAGGCTTGCCTTGATACTAAAGAGT
TCAATATTTTGAGCAACATGATGCAAGCCGTTAACGAAGAGCGATATGATGAAGCCGCTG
AATGGAGAGACAAGCTTGGCCAGTTTAGGGCCAAGCGTAACCTGAGGAAATACACATAAG
AGAACTCGATCAACAAGTATTGGTCTGTGTACATAATAAGAAGGTGGTCATTGTCGGGAT
CAAAGTGGAGGAAGAAGTAGAGTCTTTGGATATTTAAGAATGCTTCTACACTTAACCCAT
TGTCCCAGAAAC
C

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3DU02TF 495 0 0
G
TAGTGATGGAATGAGAGTCATCGAGTCAGGGAAGCTGTCACAACAGACACCTGCTTCCGA
TGGTTTATTGTTTACTGAGCAAGACAAACCAAATGGTCAAGCTTGCCTTGATACGAAAGA
GTTCAATATTCTGAGCAACATGATGCAAGCCGTTAATGAAGAGCGATATGATGAAGCAGC
TGAATGGAGAGACAAGCTTGGCCAGTTTAGGGCCAAGCGTAACCTGAGGAAATACACATA
AGAGAACTCGATCAACAAGCATTGGTCTGTGTACATAATAAGAAGGTGTTCATTGTCGGG
ATCAAAGTGGAGGAAGAAGCAGAGTCTTCGGATATTTAAGAATGCTTCTACACTTAACCC
ATTGTCCCAGAAACAAAAAGAAAAATGTAATGTGTTAAATATGTATGTAGCGTGATGTGT
ACATATTACTTGTTAATCTACGTCGTCGTACCTATGCACGTTTAAGTTCATTCTGATTGT
GTGTTTAAAAGCTC

QA 2 495 2 495
DS 



CO CL321Contig2 1207 2 4 U
GGAAGCAAAGAATCTCTCTCTATCCATCTTCTTCTTCCTCCGTTGATCATCCTCTTCGTC
TTGTTCGGATAATCTCATCCGATCCGTTCGATTCTCTCGCTCCGTGACTGTTCCCGCCAT
CTGCGATCATCTGATCCACCGATTTCCCGCGCGAAAAATTGAAGATGAGGTCGCTTCAAG
CACCAGTCGTTTGCCCCGCGATTCGTCGTCCATGCGCTCTGAACAAACCCACGCTTCTCC
TCAGAAGCCAGTTCTTCGGTCACCGGATCAACAAGTCTCAGGTCACTCCTCCTCGTGGTT
GCAGAAACAACAACAGCAAAATCAGCATCATAAAGTGTGTTTTCAGCTCTCACTCCGACG
GTAACGGAAGCACCGCCGAGAATTTCAACGAGAACGACGAGGAATACGTCAACTCTACCA
TACTTGAAGCTGTTGAGGTGAAGAGTGGAGCTGATGGTTTCATGGTGAAGATGAGAGACG
GTAGGCAGTTACGGTGTGTTCACAACAATCCTCAAGGTGGGCATTTGCCTGATTATGCTC
CCCACCCTGCTATTGTCTTGAAGATGGAAGATGGGACCGGTCTCCTCCTTCCCATTATTG
TCTTGGAGATGCCTAGTGTGTTGCTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAGATTGCAAGAC
CCACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAGATGGTAGACAAGATGGGTTACGAAGTTAGACTTG
TTAGAGTGACCAAAAGAGTTCACGAGGCGTATTTTGCACAACTTTACCTTTCAAAGGTGG
GTAATGCATCTGACTGTATCAGCTTTGACCTCCGCCCTTCAGATGCAATTAACATAGCTG
TTAGATGCAAGGTACCTATCCAAGTGAACAAGTACCTTGCGTATAGTGATGGAATGAGAG
TCATCGAGTCAGGGAAGCTGTCACAACAGACACCTGCTTCCGATGGTTTATTGTTTACTG
AGCAAGACAAACCAAATGGTCAAGCTTGCCTTGATACGAAAGAGTTCAATATTTTGAGCA
ACATGATGCAAGTCGTTAATGAAGAGCGATATGATGAAGCAGCTGAATGGAGAGACAAGC
TTGGCCAGTTTAGGGCCAAGCGTAACCTGAGGAAATACACATAAGAGAACTCGATCAACA
AGTATTGGTCTGTGTACATAATAAGAAGGTGTTCATTGTCGGGATCAAAGTGGAGGAAGA
AGCAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA23TF U 1
AF RR3C126JQ C 601
BS 1 709 RR3GA23TF
BS 710 710 RR3C126JQ
BS 711 745 RR3GA23TF
BS 746 1207 RR3C126JQ

RD RR3GA23TF 745 0 0
GGAAGCAAAGAATCTCTCTCTATCCATCTTCTTCTTCCTCCGTTGATCATCCTCTTCGTC
TTGTTCGGATAATCTCATCCGATCCGTTCGATTCTCTCGCTCCGTGACTGTTCCCGCCAT
CTGCGATCATCTGATCCACCGATTTCCCGCGCGAAAAATTGAAGATGAGGTCGCTTCAAG
CACCAGTCGTTTGCCCCGCGATTCGTCGTCCATGCGCTCTGAACAAACCCACGCTTCTCC
TCAGAAGCCAGTTCTTCGGTCACCGGATCAACAAGTCTCAGGTCACTCCTCCTCGTGGTT
GCAGAAACAACAACAGCAAAATCAGCATCATAAAGTGTGTTTTCAGCTCTCACTCCGACG
GTAACGGAAGCACCGCCGAGAATTTCAACGAGAACGACGAGGAATACGTCAACTCTACCA
TACTTGAAGCTGTTGAGGTGAAGAGTGGAGCTGATGGTTTCATGGTGAAGATGAGAGACG
GTAGGCAGTTACGGTGTGTTCACAACAATCCTCAAGGTGGGCATTTGCCTGATTATGCTC
CCCACCCTGCTATTGTCTTGAAGATGGAAGATGGGACCGGTCTCCTCCTTCCCATTATTG
TCTTGGAGATGCCTAGTGTGTTGCTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAGATTGCAAGAC
CCACCATGTATCAAGTGGTGAAGGAGATGGTAGACAAGATGGGTTACGAGGTTAGACTTG
TTAGAGTGACCAAAAGAGTTCACGA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3C126JQ 607 0 0
TGTCTGGAGATG
CTAGTGTGTTGCTTATGGCAGCAATGACCAATGTCCAGATTGCAAGACCCACCATGTATC
AAGTGGTGAAGGAGATGGTAGACAAGATGGGTTACGAAGTTAGACTTGTTAGAGTGACCA
AAAGAGTTCACGAGGCGTATTTTGCACAACTTTACCTTTCAAAGGTGGGTAATGCATCTG
ACTGTATCAGCTTTGACCTCCGCCCTTCAGATGCAATTAACATAGCTGTTAGATGCAAGG
TACCTATCCAAGTGAACAAGTACCTTGCGTATAGTGATGGAATGAGAGTCATCGAGTCAG
GGAAGCTGTCACAACAGACACCTGCTTCCGATGGTTTATTGTTTACTGAGCAAGACAAAC
CAAATGGTCAAGCTTGCCTTGATACGAAAGAGTTCAATATTTTGAGCAACATGATGCAAG
TCGTTAATGAAGAGCGATATGATGAAGCAGCTGAATGGAGAGACAAGCTTGGCCAGTTTA
GGGCCAAGCGTAACCTGAGGAAATACACATAAGAGAACTCGATCAACAAGTATTGGTCTG
TGTACATAATAAGAAGGTGTTCATTGTCGGGATCAAAGTGGAGGAAGAAGCAGAG

QA 13 607 13 607
DS 



AS 1 9

CO CL322Contig1 721 9 19 U
CGGGGGACTCTTC*GCAAAGACCTAATAAAACTTCCTCAAGCTTTTTAGCCGTTTTAGGG
TTTTATCCTT*TTGCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGC
TGGAGTCCCAAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGC
TCTTCTTGACATGTCTACTGATGATCTTGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGCATTCGCAGAAG
GTTCTCAAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAAGAAGCTCCGTAAGGCGAA
AAGGGAGGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGAT
CATTGTCCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCA
AGTCGAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAA
GCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCT
CAAGTGAAGAAGAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTC
TTTGCTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTG
CTTTATGATGAAACTACTTTTAGATACTTTGTTCAATTTATTATGCTCATGCATTTTCGT
A


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 40 40 40 40 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 
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55 55 55 55 55 55 55 0 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 40 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 0 0 0 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 40 40 40 40 40 40 40 5 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3EB80TF U 8
AF RR3EV28JQ C 41
AF RR3G590TF U 4
AF RR3G590JQ C 4
AF RR3EV28TF U 5
AF RR3BP13TF U 5
AF RR3BP13JQ C 5
AF RR3DB78JQ C 43
AF RR3DB78TF U 1
BS 1 55 RR3DB78TF
BS 56 56 RR3EB80TF
BS 57 72 RR3DB78TF
BS 73 74 RR3EB80TF
BS 75 207 RR3DB78TF
BS 208 208 RR3EB80TF
BS 209 228 RR3DB78TF
BS 229 229 RR3EB80TF
BS 230 273 RR3DB78TF
BS 274 274 RR3EB80TF
BS 275 297 RR3DB78TF
BS 298 298 RR3EB80TF
BS 299 547 RR3DB78TF
BS 548 551 RR3G590TF
BS 552 646 RR3DB78TF
BS 647 647 RR3G590TF
BS 648 693 RR3DB78TF
BS 694 694 RR3G590TF
BS 695 721 RR3DB78TF

RD RR3EB80TF 540 0 0
GG
CTTC*GCAAAGACCTAATAAAACTTCCTCAAGCTTTTTAGCCGTTTTAGGGTTTTATCCT
TATTGCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGCCGGAGTCCC
GAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCTCTTCTCGA
CATGTCTACTGATGATCTTGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGCATTCGCAGAAGGTTCTCAAG
AGGTTTGACCAGGAAGCCTATGGCTCTCATTAAGAAGCTGCGCAAGGCGAAAAGGGAGGC
ACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGATCATTGTCCC
AGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCAGGTCGAGAT
CAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCGTACAAGCCGGTTAA
GCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTTATTCCTCTCAAGTGA

QA 3 540 3 540
DS 

RD RR3EV28JQ 681 0 0
AGC
TTTTAGCCGTTTTAGGGTTTTATCCAT*TTGCTGAGATCTAA*CCATGGCGGATGTTGAA
CCAGAGGTTGCTGCTGCTGGAGTCCCTAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAA
GGAGTCGATCTCGATGCTCTTCTTGACATGTCTACTGATGATCTTGTCAAGCTCTTCCCT
TCTCGCATTCGCAGAAGGTTCCCAAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAAG
AAGCTCCGTAAGGCGAAAAGGGAGGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACC
CACTTGAGGAACATGATCATTGTCCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAAT
GGAAAGACCTTCAACCAAGTCGAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCCGAG
TTCTCCATCTCATACAAGCCGGTTAAACACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCC
TCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTGAAGAAGAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCC
TTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTT
TTTTGCATTTGTTTTTGCTTTATGATGAAACTACTTTTAGATACTTTGTTCAATTTATTA
TGCTCATGCATTTTCGT
T

QA 4 680 4 680
DS 

RD RR3G590TF 699 0 0
G
GGACTCTTCCGCAAGGACCTAATAAAACTTCCTCAAGCTTTTTAGCCGTTTTAGGGTTTT
ATCCAT*TTGCTGAGATCTAA*CCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGCTGGA
GTCCCTAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCTCTT
CTTGACATGTCTACTGATGATCTTGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGCATTCGCAGAAGGTTC
TCAAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAAGAAGCTCCGTAAGGCGAAAAGG
GAGGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGATCATT
GTCCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTCAACCAAGTC
GAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCCGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCG
GTTAAACACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAG
TGAAGAAGAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTG
CTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTGCTTT
ATGATGAAACTACTTTTAGATACTTTGTTCAATTTA
AA

QA 2 697 2 697
DS 

RD RR3G590JQ 696 0 0
G
GGACTCTTCCGCAAGGACCTAATAAAACTTCCTCAAGCTTTTTAGCCGTTTTAGGGTTTT
ATCCAT*TTGCTGAGATCTAA*CCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGCTGGA
GTCCCTAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCTCTT
CTTGACATGTCTACTGATGATCTTGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGCATTCGCAGAAGGTTC
TCAAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAAGAAGCTCCGTAAGGCGAAAAGG
GAGGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGATCATT
GTCCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTCAACCAAGTC
GAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCCGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCG
GTTAAACACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAG
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CTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTGCTTT
ATGATGAAACTACTTTTAGATACTTTGTTCAATTT

QA 2 696 2 696
DS 

RD RR3EV28TF 689 0 0
GGACTCTTC
CGCAAAGACCTAATAAAACTTCCTCAAGCTTTTTAGCCGTTTTAGGGTTTTATCCAT*TT
GCTGAGATCTAA*CCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGCTGGAGTCCCTAAG
AAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCTCTTCTTGACATG
TCTACTGATGATCTTGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGCATTCGCAGAAGGTTCCCAAGAGGT
TTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTCATTAAGAAGCTCCGTAAGGCGAAAAGGGAGGCACCA
CAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGATCATTGTCCCAGAG
ATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTCAACCAAGTCGAGATCAAG
CCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCCGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCGGTTAAACAC
GGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTGAAGAAGA
GCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTGAGTT
GTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGTTTTTGCTTTATGATGAAA
CTACTTTTAGATACTTTGTT

QA 10 689 10 689
DS 

RD RR3BP13TF 688 0 0
GGACT
CTTC*GCAAAGACCTAATAAAACTTCCTCAAGCTTTTTAGCCGTTT*AGGGTTTTATCCT
T*TCTCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGCTGGAGTCCC
AAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCTCTTCTTGA
CATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTTCTCAAG
AGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCACTCATTAAGAAGCTCCGTAAGGCTAAAAGGGAGGC
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AGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCAAGTCGAGAT
CAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCGGTTAA
GCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTGA**
**GAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTG
AGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGCTTTTGCTTTATGAT
GAAACTACTTTTAGATA
AAAAAA

QA 6 682 6 682
DS 

RD RR3BP13JQ 681 0 0
GGACT
CTTC*GCAAAGACCTAATAAAACTTCCTCAAGCTTTTTAGCCGTTT*AGGGTTTTATCCT
T*TCTCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGCTGGAGTCCC
AAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCTCTTCTTGA
CATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTTCTCAAG
AGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCACTCATTAAGAAGCTCCGTAAGGCTAAAAGGGAGGC
ACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGATCATTGTCCC
AGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCAAGTCGAGAT
CAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCGGTTAA
GCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTGA**
**GAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTG
AGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTTTGCATTTGCTTTTGCTTTATGAT
GAAACTACTTTTAGAT

QA 6 681 6 681
DS 

RD RR3DB78JQ 678 0 0
TTTTTAGCCGTTT*AGGGTTTTATCCTT*TCTCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGA
ACCAGAGGTTGCTGCTGCTGGAGTCCCAAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAA
AGGAGTCGATCTCGATGCTCTTCTTGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCC
TTCTCGTATTCGCAGAAGGTTCTCAAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCACTCATTAA
GAAGCTCCGTAAGGCTAAAAGGGAGGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAAC
CCACTTGAGGAACATGATCATTGTCCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAA
TGGAAAGACCTTTAACCAAGTCGAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGA
GTTCTCCATCTCATACAAGCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTC
CTCCAGGTTCATTCCTCTCAAGTGA****GAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTC
CTTCATCGTTATATGGTCTTTGCTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATT
TTTTTGCATTTGTTTTTGCTTTATGATGAAACTACTTTTAGATACTTTGTTAAATTTATT
ATGCTCATGCATTTTCGT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3DB78TF 721 0 0
CGGGGGACTCTTC*GCAAAGACCTAATAAAACTTCCTCAAGCTTTTTAGCCGTTT*AGGG
TTTTATCCTT*TCTCTGAGATCTAAACCATGGCGGATGTTGAACCAGAGGTTGCTGCTGC
TGGAGTCCCAAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGC
TCTTCTTGACATGTCTACTGATGATCTCGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAG
GTTCTCAAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCACTCATTAAGAAGCTCCGTAAGGCTAA
AAGGGAGGCACCACAAGGTGAGAAGCCAGAGCCAGTGAGAACCCACTTGAGGAACATGAT
CATTGTCCCAGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGTGTACAATGGAAAGACCTTTAACCA
AGTCGAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACTTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAA
GCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGGTTCATTCCTCT
CAAGTGA****GAGCTTATATTGCTGCTTGGGGAATGTGTTCCTTCATCGTTATATGGTC
TTTGCTTTGAGTTGTCTCTTATGTATTCGGATCCTTTTTATTTTTT*GCATTTGTTTTTG
CTTTATGATGAAACTACTTTTAGATACTTTGTTAAATTTATTATGCTCATGCATTTTCGT
A

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 10

CO CL323Contig1 1107 10 14 U
GGACCATTGTACATCGACAACAATGGGAGTCCAGAGAGACCAGCACACATCTCCACCGTC
CGAGAAGATCCCCATCGTCGATCTAAGCAACCCTGACGAAGAGCTAGTGTGTCATGCTGT
GGTGAAAGCGAGCCAAGAGTGGGGGATCTTTCACGTGGTGAATCATGGGGTCTCGATGGA
TCTGATACGGAGGCTCAAGGAGGTTGGCACGCAGTTCTTCGAGCTACCGGAGACTGAGAA
GAAAGATGTTGCGAAACCAGATACTTCCCAAGACTTCGAAGGTTACACGAGGAATCTCAA
GTATACAGAAGGTGAGGTTTGGGCAGATAATCTTTTCCACAGAATCTGGCCACCGTCGTG
TATCAACTACAACTACTGGCCGAAAAACCCTCCACAATACAGGGAGGTGATTGAGGAGTA
CACAGAGGAGACGAAGAAGCTATCGGAGAGGCTTTTAGGGGTTTTATCAGAAGGATTAGG
GTTACGGCATGAAGCGTTAAAGGAAGGACTCGGTGGCGAAAAGACGGAGTATGTGCTGAG
AATTAACAACTTCCCGCCTAATCCACAACCGGGTGCGACCTTGGGACTGCCGGAGCACAC
TGATATCATCGCAATGGCACTCATCGTCACCAATGAAGTTCCAGGTCTTCAGGTTTTCCA
TGAAGATCACTGGTTCGATGTCCAGTACGTCCCCTCTTCCATAACAGTCACTATCGGTGA
TCAGATACTGAGGCTGAGCAACGGGAAGTACAAGAATGTGTTGCATAGAGTAACGGTGGA
TAAAGAAAAGCAGAGGATGTCGTGGCCGGTTTTTGTCGATGCTAATCCTGATGCCGTCAT
CCGTCCATTGCCAGAACTCATTACCGATGATACTCCTTCTATGTTCGAGCCTATTATCTG
CAAGGACTTTAAATACCGTAGGCTTTTCAAGCTTCCGGTTGACTGATCCAAATGATAATC
AGTTTATTTTTCGTTCTCCTTTCTACGAATCAAAATTCCCAGTCCTGTGTGTGTGTTGTG
TGTTTATGCTACGTATTGTAAAATTAATTTTCTATGTAAAAGTGTATTTCTGCAAAAGGG
CCAAATAATTTACCACAGTTTAAAGTT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 20 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK80TF U 150
AF RR3GR10TF U 1
AF RR3DD73TF U 5
AF RR3A656TF U 4
AF RR3GR10JQ C 259
AF RR3DD73JQ C 388
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AF RR3DJ37TF U 307
AF RR3A656JQ C 285
AF RR3CK80JQ C 263
BS 1 127 RR3GR10TF
BS 128 128 RR3A656TF
BS 129 341 RR3GR10TF
BS 342 342 RR3A656TF
BS 343 649 RR3GR10TF
BS 650 650 RR3A656TF
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BS 652 737 RR3A656TF
BS 738 740 RR3DJ37TF
BS 741 741 RR3GR10JQ
BS 742 1060 RR3DJ37TF
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BS 1062 1073 RR3DJ37TF
BS 1074 1107 RR3CK80JQ

RD RR3CK80TF 130 0 0
TTCACGTGGTGAATCATGGGGTCTCGATGGATCTGATACGGAGGCTCAAGGAGGTTGGCA
CGCAGTTCTTCGAGCTACCGGAGACTGAGAAGAAAGATGTTGCGAAACCAGATACTTCCC
AAGACTTCGA

QA 1 130 1 130
DS 

RD RR3GR10TF 649 0 0
GGACCATTGTACATCGACAACAATGGGAGTCCAGAGAGACCAGCACACATCTCCACCGTC
CGAGAAGATCCCCATCGTCGATCTAAGCAACCCTGACGAAGAGCTAGTGTGTCATGCTGT
GGTGAAAACGAGCCAAGAGTGGGGGATCTTTCACGTGGTGAATCATGGGGTCTCGATGGA
TCTGATACGGAGGCTCAAGGAGGTTGGCACGCAGTTCTTCGAGCTACCGGAGACTGAGAA
GAAAGATGTTGCGAAACCAGATACTTCCCAAGACTTCGAAGGTTACACGAGGAATCTCAA
GTATACAGAAGGTGAGGTTTGGGCAGATAATCTTTTCCACAAAATCTGGCCACCGTCGTG
TATCAACTACAACTACTGGCCGAAAAACCCTCCACAATACAGGGAGGTGATTGAGGAGTA
CACAGAGGAGACGAAGAAGCTATCGGAGAGGCTTTTAGGGGTTTTATCAGAAGGATTAGG
GTTACGGCATGAAGCGTTAAAGGAAGGACTCGGTGGCGAAAAGACGGAGTATGTGCTGAG
AATTAACAACTTCCCGCCTAATCCACAACCGGGTGCGACCTTGGGACTGCCGGAGCACAC
TGATATCATCGCAATGGCACTCATCGTCACCAATGAAGTTCCAGGTCTT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3DD73TF 692 0 0
G
ATTGTACATCGACAACAATGGGAGTCCAGAGAGACCAGCACACATCTCCACCGTCCGAGA
AGATCCCCATCGTCGATCTAAGCAACCCTGACGAAGAGCTAGTGTGTCATGCTGTGGTGA
AAGCGAGCCAAGAGTGGGGGATCTTTCACGTGGTGAATCATGGGGTCTCGATGGATCTGA
TACGGAGGCTCAAGGAGGTTGGCACGCAGTTCTTCGAGCTACCGGAGACTGAGAAGAAAG
ATGTTGCGAAACCAGATACTTCCCAAGACTTCGAAGGTTACACGAGGAATCTCAAGTATA
CAGAAGGTGAGGTTTGGGCAGATAATCTTTTCCACAGAATCTGGCCACCGTCGTGTATCA
ACTACAACTACTGGCCGAAAAACCCTCCACAATACAGGGAGGTGATTGAGGAGTACACAG
AGGAGACGAAGAAGCTATCGGAGAGGCTTTTAGGGGTTTTATCAGAAGGATTAGGGTTAC
GGCATGAAGCGTTAAAGGAAGGACTCGGTGGCGAAAAGACGGAGTATGTGCTGAGAATTA
ACAACTTCCCACCTAATCCACAACCGGGTGCGACCTTGGGACTGCCGGAGCACACTGATA
TCATCGCAATGGCACTCATCGTCACCAATGAAGTTCCAGGTCTTCAG*TTTTCCATGAAG
ATCACTGGTTCGATGTCCAGTACGTCCCCTC

QA 2 692 2 692
DS 

RD RR3A656TF 734 0 0
GG
ATTGTACATCGACAACAATGGGAGTCCAGAGAGACCAGCACACATCTCCACCGTCCGAGA
AGATCCCCATCGTCGATCTAAGCAACCCTGACGAAGAGCTAGTGTGTCATGCTGTGGTGA
AAGCGAGCCAAGAGTGGGGGATCTTTCACGTGGTGAATCATGGGGTCTCGATGGATCTGA
TACGGAGACTCAAGGAGGTTGGCACGCAGTTCTTCGAGCTACCGGAGACTGAGAAGAAAG
ATGTTGCGAAACCAGATACTTCCCAAGACTTCGAAGGTTACACGAGGAATCTCAAGTATA
CAGAAGGTGAGGTTTGGGCAGATAATCTTTTCCACAGAATCTGGCCACCGTCGTGTATCA
ACTACAACTACTGGCCGAAAAACCCTCCACAATACAGGGAGGTGATTGAGGAGTACACAG
AGGAGACGAAGAAGCTATCGGAGAGGCTTTTAGGGGTTTTATCAGAAGGATTAGGGTTAC
GGCATGAAGCGTTAAAGGAAGGACTCGGTGGCGAAAAGACGGAGTATGTGCTGAGAATTA
ACAACTTCCCGCCTAATCCACAACCGGGTGCGACCTTGGGACTGCCGGAGCACACTGATA
TCATCGCAATGGCACTCATCGTCACCAATGAAGTTCCAGGTCTTCCGGTTTTCCATGAAG
ATCACTGGTTCGATGTCCAGTACGTCCCCTCTTCCATAACAGTCACTATCGGTGATCAGA
TACTGAGGCTGA

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR3GR10JQ 799 0 0
AGATACTTCCCAAGACTTCGAAGGTTACACGAGGAATCTCAAGTATACAGAAGGTGAGGT
TTGGGCAGATAATCTTTTCCACAAAATCTGGCCACCGTCGTGTATCAACTACAACTACTG
GCCGAAAAACCCTCCACAATACAGGGAGGTGATTGAGGAGTACACAGAGGAGACGAAGAA
GCTATCGGAGAGGCTTTTAGGGGTTTTATCAGAAGGATTAGGGTTACGGCATGAAGCGTT
AAAGGAAGGACTCGGTGGCGAAAAGACGGAGTATGTGCTGAGAATTAACAACTTCCCGCC
TAATCCACAACCGGGTGCGACCTTGGGACTGCCGGAGCACACTGATATCATCGCAATGGC
ACTCATCGTCACCAATGAAGTTCCAGGTCTTCAGGTTTTCCATGAAGATCACTGGTTCGA
TGTCCAGTACGTCCCCTCTTCCATAACAGTCACTATCGGTGATCAGATACTGAGGCTGAG
CAACGGGAAGTACAAGAATGTGTTGCATAGAGTAACGGTGGATAAAGAAAAGCAGAGGAT
GTCGTGGCCGGTTTTTGTCGATGCTAATCCTGATGCCGTCATCCGTCCATTGCCAGAACT
CATTACCGATGATACTCCTTCTATGTTCGAGCCTATTATCTGCAAGGACTTTAAATACCG
TAGGCTTTTCAAGCTTCCGGTTGACTGATCCAAATGATAATCAGTTTATTTTTCGTTCTC
CTTTCTACGAGTCAAAATTCCCAGTCCTGTGTGTGTGTTGTGTGTTTATGCTACGTATTG
TAAAATTAATTTTCTATGT

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3DD73JQ 686 0 0
CCCTCCACAATACAGGGAGGTGATTGAGGAGTACACAGAGGAGACGAAGAAGCTATCGGA
GAGGCTTTTAGGGGTTTTATCAGAAGGATTAGGGTTACGGCATGAAGCGTTAAAGGAAGG
ACTCGGTGGCGAAAAGACGGAGTATGTGCTGAGAATTAACAACTTCCCACCTAATCCACA
ACCGGGTGCGACCTTGGGACTGCCGGAGCACACTGATATCATCGCAATGGCACTCATCGT
CACCAATGAAGTTCCAGGTCTTCAGGTTTTCCATGAAGATCACTGGTTCGATGTCCAGTA
CGTCCCCTCTTCCATAACAGTCACTATCGGTGATCAGATACTGAGGCTGAGCAACGGGAA
GTACAAGAATGTGTTGCATAGAGCAACGGTGGATAAAGAAAAGCAGAGGATGTCGTGGCC
GGTTTTTGTCGATGCTAATCCTGATGCCGTCATCCGTCCATTGCCAGAACTCATTACCGA
TGATACTCCTTCTATGTTCGAGCCTATTATCTGCAAGGACTTTAAATACCGTAGGCTTTT
CAAGCTTCCGGTTGACTGATCCAAATGATAATCAGTTTATTTTTCGTTCTCCTTTCTACG
AATCAAAATTCCCAGTCCTGTGTGTGTGTTGTGTGTTTATGCTACGTATTGTAAAATTAA
TTTTCTATGTAAAAGTGTATTTCTGC

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3DJ37JQ 716 0 0
GTGTATCAACTACAACTACTGGCCGAAAAACCCTCCACAATACAGGGAGGTGATTGAGGA
GTACACAGAGGAGACGAAGAAGCTATCGGAGAGGCTTTTAGGGGTTTTATCAGAAGGATT
AGGGTTACGGCATGAAGCGTTAAAGGAAGGACTCGGTGGCGAAAAGACGGAGTATGTGCT
GAGAATTAACAACTTCCCGCCTAATCCACAACCGGGTGCGACCTTGGGACTGCCGGAGCA
CACTGATATCATCGCAATGGCACTCATCGTCACCAATGAAGTTCCAGGTCTTCAGGTTTT
CCATGAAGATCACTGGTTCGATGTCCAGTACGTCCCCTCTTCCATAACAGTCACTATCGG
TGATCAGATACTGAGGCTGAGCAGCGGGAAGTACAAGAATGTGTTGCATAGAGTAACGGT
GGATAAAGAAAAGCAGAGGATGTCGTGGCCGGTTTTTGTCGATGCTAATCCTGATGCCGT
CATCCGTCCATTGCCAGAACTCATTACCGATGATACTCCTTCTATGTTCGAGCCTATTAT
CTGCAAGGACTTTAAATACCGTAGGCTTTTCAAGCTTCCGGTTGACTGATCCAAATGATA
ATCAGTTTATTTTTCGTTCTCCTTTCTACGAATCAAAATTCCCAGTCCTGTGTGTGTGTT
GTGTGTTTATGCTACGTATTGTAAAATTAATTTTCTATGTAAAAGTGTATTTCTGC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3DJ37TF 767 0 0
G
GAAGGTGAGGTTTGGGCAGATAATCTTTTCCACAGAATCTGGCCACCGTCGTGTATCAAC
TACAACTACTGGCCGAAAAACCCTCCACAATACAGGGAGGTGATTGAGGAGTACACAGAG
GAGACGAAGAAGCTATCGGAGAGGCTTTTAGGGGTTTTATCAGAAGGATTAGGGTTACGG
CATGAAGCGTTAAAGGAAGGACTCGGTGGCGAAAAGACGGAGTATGTGCTGAGAATTAAC
AACTTCCCGCCTAATCCACAACCGGGTGCGACCTTGGGACTGCCGGAGCACACTGATATC
ATCGCAATGGCACTCATCGTCACCAATGAAGTTCCAGGTCTTCAGGTTTTCCATGAAGAT
CACTGGTTCGATGTCCAGTACGTCCCCTCTTCCATAACAGTCACTATCGGTGATCAGATA
CTGAGGCTGAGCAGCGGGAAGTACAAGAATGTGTTGCATAGAGTAACGGTGGATAAAGAA
AAGCAGAGGATGTCGTGGCCGGTTTTTGTCGATGCTAATCCTGATGCCGTCATCCGTCCA
TTGCCAGAACTCATTACCGATGATACTCCTTCTATGTTCGAGCCTATTATCTGCAAGGAC
TTTAAATACCGTAGGCTTTTCAAGCTTCCGGTTGACTGATCCAAATGATAATCAGTTTAT
TTTTCGTTCTCCTTTCTACGAATCAAAATTCCCAGTCCTGTGTGTGTGTTGTGTGTTTAT
GCTACGTATTGTAAAATTAATTTTCTATGTAAA*GTGTATTTCTGC

QA 2 767 2 767
DS 

RD RR3A656JQ 789 0 0
ACACGAGGAATCTCAAGTATACAGAAGGTGAGGTTTGGGCAGATAATCTTTTCCACAGAA
TCTGGCCACCGTCGTGTATCAACTACAACTACTGGCCGAAAAACCCTCCACAATACAGGG
AGGTGATTGAGGAGTACACAGAGGAGACGAAGAAGCTATCGGAGAGGCTTTTAGGGGTTT
TATCAGAAGGATTAGGGTTACGGCATGAAGCGTTAAAGGAAGGACTCGGTGGCGAAAAGA
CGGAGTATGTGCTGAGAATTAACAACTTCCCGCCTAATCCACAACCGGGTGCGACCTTGG
GACTGCCGGAGCACACTGATATCATCGCAATGGCACTCATCGTCACCAATGAAGTTCCAG
GTCTTCCGGTTTTCCATGAAGATCACTGGTTCGATGTCCAGTACGTCCCCTCTTCCATAA
CAGTCACTATCGGTGATCAGATACTGAGGCTGAGCAACGGGAAGTACAAGAATGTGTTGC
ATAGAGTAACGGTGGATAAAGAAAAGCAGAGGATGTCGTGGCCGGTTTTTGTCGATGCTA
ATCCTGATGCCGTCATCCGTCCATTGCCAGAACTCATTACCGATGATACTCCTTCTATGT
TCGAGCCTATTATCTGCAAGGACTTTAAATACCGTAGGCTTTTCAAGCTTCCGGTTGACT
GATCCAAATGATAATCAGTTTATTTTTCGTTCTCCTTTCTACGAATCAAAATTCCCAGTC
CTGTGTGTGTGTTGTGTGTTTATGCTACGTATTGTAAAATTAATTTTCTATGTAAAAGTG
TATTTCT
AC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3CK80JQ 845 0 0
ATACTTCCCAGAC
TCGAAGGTTACACGAGGAATCTCAAGTATACAGAAGGTGAGGTTTGGGCAGATA*TCTTT
*CCACAGAATCT**CCACCGTCGTGTATCAACTACAACTACTGGCCGAAAAACCCTCCAC
AATACAGGGAGGTGATTGAGGAGTACACAGAGGAGACGAAGAAGCTATCGGAGAGGCTTT
TAGGGGTTTTATCAGAAGGATTAGGGTTACGGCATGAAGCGTTAAAGGAAGGACTCGGTG
GCGAAAAGACGGAGTATGTGCTGAGAATTAACAACTTCCCGCCTAATCCACAACCGGGTG
CGATCTTGGGACTGCCGGAGCACACTGATATCATCGCAATGGCACTCATCGTCACCAATG
AAGTTCCAGGTCTTCAGGTTTTCCATGAAGATCACTGGTTCGATGTCCAGTACGTCCCCT
CTTCCATAACAGTCACTATCGGTGATCAGATACTGAGGCTGAGCAACGGGAAGTACAAGA
ATGTGTTGCATAGAGTAACGGTGGATAAAGAAAAGCAGAGGATGTCGTGGCCGGTTTTTG
TCGATGCTAATCCTGATGCCGTCATCCGTCCATTGCCAGAACTCATTACCGATGATACTC
CTTCTATGTTCGAGCCTATTATCTGCAAGGACTTTAAATACCGTAGGCTTTTCAAGCTTC
CGGTTGACTGATCCAAATGATAATCAGTTTATTTTTCGTTCTCCTTTCTACGAATCAAAA
TTCCCAGTCCTGTGTGTGTGTTGTGTGTTTATGCTACGTATTGTAAAATTAATTTTCTAT
GTAAAAGTGTATTTCTGCAAAAGGGCCAAATAATTTACCACAGTTTAAAGTT

QA 14 845 14 845
DS 



AS 3 9

CO CL324Contig1 550 3 18 U
GGACAATAAACAGTAAACAAAGCAAAATGAAGTCTGTTTACATCTTCATAGCGTTGTTCA
TCTTCTTCCTCGCCGTTCTTGGTGAGTCGCCGGAGAAGACAGGAGCCGACGAGAAGTTCA
AATGCCTGGAGGAGTACGGGGGAGACGTGGGTCCCACGTTCTGTAACCCTAAGTTCTTCC
CCACGTTGTGTCGTCAAAACTGCAGGAGTTTCAAAGGTGCTAAAGGCGGTAAATGCGTGA
AGAAACACAAAAGCAAACCTATCAAATGTTTCTGCGACTACTGCAAAGACGATTAGATAT
ATATTACAAGCTAGAAATCAAACACCGCTTATTATTACTGTTTAAAACGCTAAACGCAAC
CGTTCAATCCACTATT*GCAAACAAAAAAAACCTTTT*CCCTATAGCGTTTTATACTTT*
GATATAAGTTT*ATGGTT*GTATGTGATTCATGTAATAATGTCGTATGTGATTTATGTAA
TAATGTCCGAA*GACGTATGAGTATTATCCCCCC*TAATAAAATGCATACATGTCTATGC
TAATTTATGA


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 

AF RR3C665JQ C 1
AF RR3C665TF U 33
AF RR3GC75TF U 1
BS 1 1 RR3C665JQ
BS 2 32 RR3GC75TF
BS 33 376 RR3C665TF
BS 377 377 RR3GC75TF
BS 378 397 RR3C665TF
BS 398 398 RR3GC75TF
BS 399 419 RR3C665TF
BS 420 420 RR3GC75TF
BS 421 431 RR3C665TF
BS 432 432 RR3GC75TF
BS 433 438 RR3C665TF
BS 439 439 RR3GC75TF
BS 440 491 RR3C665TF
BS 492 492 RR3GC75TF
BS 493 514 RR3C665TF
BS 515 515 RR3GC75TF
BS 516 549 RR3C665TF
BS 550 550 RR3GC75TF

RD RR3C665JQ 549 0 0
GGACAATAAACAGTAAACAAAGCAGAATGAAGTCTGTTTACATCTTCATAGCGTTGTTCA
TCTTCTTCCTCGCCGTTCTTGGTGAGTCGCCGGAGAAGACAGGAGCCGACGAGAAGTTCA
AATGCCTGGAGGAGTACGGGGGAGACGTGGGTCCCACGTTCTGTAACCCTAAGTTCTTCC
CCACGTTGTGTCGTCAAAACTGCAGGAGTTTCAAAGGTGCTAAAGGCGGTAAATGCGTGA
AGAAACACAAAAGCAAACCTATCAAATGTTTTTGCGACTACTGCAAAGACGATTAGATAT
ATATTACAAGCTAGAAATCAAACACCGCTTATTATTACTGTTTAAAACGCTAAACGCAAC
CGTTCAATCCACTATT*GCAAACAAAAAAAACCTTTT*CCCTATAGCGTTTTATACTTT*
GATATAAGTTT*ATGGTT*GTATGTGATTCATGTAATAATGTCGTATGTGATTTATGTAA
TAATGTCCGAA*GACGTATGAGTATTATCCCCCC*TAATAAAATGCATACATGTCTATGC
TAATTTATG

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR3C665TF 517 0 0
TCTGTTTACATCTTCATAGCGTTGTTCATCTTCTTCCTCGCCGTTCTTGGTGAGTCGCCG
GAGAAGACAGGAGCCGACGAGAAGTTCAAATGCCTGGAGGAGTACGGGGGAGACGTGGGT
CCCACGTTCTGTAACCCTAAGTTCTTCCCCACGTTGTGTCGTCAAAACTGCAGGAGTTTC
AAAGGTGCTAAAGGCGGTAAATGCGTGAAGAAACACAAAAGCAAACCTATCAAATGTTTC
TGCGACTACTGCAAAGACGATTAGATATATATTACAAGCTAGAAATCAAACACCGCTTAT
TATTACTGTTTAAAACGCTAAACGCAACCGTTCAATCCACTATTTGCAAACAAAAAAAAC
CTTTTTCCCTATAGCGTTTTATACTTTTGATATAAGTTTTATGGTTTGTATGTGATTCAT
GTAATAATGTCGTATGTGATTTATGTAATAATGTCCGAAAGACGTATGAGTATTATCCCC
CCCTAATAAAATGCATACATGTCTATGCTAATTTATG

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR3GC75TF 550 0 0
A
GACAATAAACAGTAAACAAAGCAAAATGAAGTCTGTTTACATCTTCATAGCGTCGTTCAT
CTTCTTCCTCGCCGTTCTTGGTGGGTCGCCGGAGAAGACAGGAGCCGACGAGAAGTTCAA
ATGCCTGGAGGAGTACGGGGGAGACGTGGGTCCCACGTTCTGTAACCCTAAGTTCTTCCC
CACGTTGTGTCGTCAAAACTGCAGGAGTTTCAAAGGTGCTAAAGGCGGTAAATGCGTGAA
GAAACACAAAAGCAAACCTATCAAATGTTTCTGCGACTACTGCAAAGACGATTAGATATA
TATTACAAGCTAGAAATCAAACACCGCTTATTATTACTGTTTAAAACGCTAAACGCAACC
GCTCAATCCACTATT*GCAAACAAAAAAAACCTTTT*CCCTATAGCGTTTTATACTTT*G
ATATAAGTTT*ATGGTT*GTATGTGATTCATGTAATAATGTCGTATGTGATTTATGTAAT
AATGTCCGAA*GACGTATGAGTATTATCCCCCC*TAATAAAATGCATACATGTCTATGCT
AATTTATGA

QA 2 550 2 550
DS 



CO CL324Contig2 535 2 8 U
GGGGCAATAAACAGTAAACAAAGCAAAATGAAGTCTGTTTACATCTTCATAGCGTTGTTC
ATCTTCTTCCTCGCCGTTCTTGGTGAGTCGCCGGAGAAGATAGGAGCCGACGAGAAGTTC
AAATGCCTGGAGCCTGGAGGAGTACGGGGGAGACGTAGGCCCCACGTTCTGTAACCCTAA
GTTCTTCCCCACGTTGTGTCGTCAAAACTGCAGGAGTTTCAAAGGTGCTAAAGGCGGTAA
ATGCGTGAAGAAACACAAAAGCAAACCTATCAAATGTTTCTGCGACTACTGCAAAGACGA
TTAGATATATATTACAAGCTAGAAATCATACACCGGTTATTATTACTGTTTAAAACGCTA
AACGCAACCGCCCAACCCACTATTGCAAACCAAAAAAAAAAACCCTTTTCCCTATAGCGT
TTTATACTTTGATATAAGTTTATGGTTGTATGTGATTCATGCAATAATGTCCGAAGACGT
ATGAGTATTATCCCCCTTAATAAAATGCATACATGTATATGCTAATTTATGATCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD66TF U 1
AF RR3CT45TF U 4
BS 1 71 RR3DD66TF
BS 72 72 RR3CT45TF
BS 73 371 RR3DD66TF
BS 372 372 RR3CT45TF
BS 373 461 RR3DD66TF
BS 462 462 RR3CT45TF
BS 463 496 RR3DD66TF
BS 497 535 RR3CT45TF

RD RR3DD66TF 498 0 0
GGGGCAATAAACAGTAAACAAAGCAAAATGAAGTCTGTTTACATCTTCATAGCGTTGTTC
ATCTTCTTCCTTGCCGTTCTTGGTGAGTCGCCGGAGAAGATAGGAGCCGACGAGAAGTTC
AAATGCCTGGAGCCTGGAGGAGTACGGGGGAGACGTAGGCCCCACGTTCTGTAACCCTAA
GTTCTTCCCCACGTTGTGTCGTCAAAACTGCAGGAGTTTCAAAGGTGCTAAAGGCGGTAA
ATGCGTGAAGAAACACAAAAGCAAACCTATCAAATGTTTCTGCGACTACTGCAAAGACGA
TTAGATATATATTACAAGCTAGAAATCATACACCGGTTATTATTACTGTTTAAAACGCTA
AACGCAACCGCTCAACCCACTATTGCAAACCAAAAAAAAAAACCCTTTTCCCTATAGCGT
TTTATACTTTGATATAAGTTTATGGTTGTATGTGATTCATGTAATAATGTCCGAAGACGT
ATGAGTATTATCCCCC
TT

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3CT45TF 532 0 0
GG
AATAAACAGTAAACAAAGCAAAATGAAGTCTGTTTACATCTTCATAGCGTTGTTCATCTT
CTTCCTCGCCGTTCTTGGTGAGTCGCCGGAGAAGATAGGAGCCGACGAGAAGTTCAAATG
CCTGGAGCCTGGAGGAGTACGGGGGAGACGTAGGTCCCACGTTCTGTAACCCTAAGTTCT
TCCCCACGTTGTGTCGTCAAAACTGCAGGAGTTTCAAAGGTGCTAAAGGCGGTAAATGCG
TGAAGAAACACAAAAGCAAACCTATCAAATGTTTCTGCGACTACTGCAAAGACGATTAGA
TATATATTACAAGCTAGAAATCATACACCGGTTATTATTACTGTTTAAAACGCTAAACGC
AACCGCCCAACCCACTATTGCAAACCAAAAAAAAAAACCCTTTTCCCTATAGCGTTTTAT
ACTTTGATATAAGTTTATGGTTGTATGTGATTCATGCAATAATGTCCGAAGACGTATGAG
TATTATCCCCCTTAATAAAATGCATACATGTATATGCTAATTTATGATCC

QA 3 532 3 532
DS 



CO CL324Contig3 518 4 8 U
GGGACAATAAACAGTAAACAAAGCAAAATGAAGTCTGTTTACATCTTCATAGCGTTGTTC
ATCTTCTTCCTCGCCGTTCTTGGTGAGTCGCCGGAGAAGATAGGAGCCGACGAGAAGTTC
AAATGCCTGGAGGAGTACGGGGGAGACGTAGGTCCCACGTTCTGTAACCCTAAGTTCTTC
CCCACGTTGTGTCGTCAAAACTGCAGGAGTTTCAAAGGTGCTAAAGGCGGTAAATGCGTG
AAGAAACACAAAAGCAAACCTATCAAATGTTTCTGCGACTACTGCAAAGACGATTAGATA
TATATTACAAGCTAGAAATCATACACCGCTTATTATTACTGTTTAAAACGCTAAACGCAA
CCGCCCAACCCGCTATCGCAAACAAAAAAAAACTTTTTCCTATAGCGTTTTATACTTTGA
TATAAGTATGGTTGTATGTGATTCATGTAATAATGTCCGAAGACGTATGAGTATTATCCC
CCCTAATAAAATGCATACATGTCTATGCTAATTTATCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3GL76JQ C 1
AF RR3GL76TF U 1
AF RR3CM38JQ C 4
AF RR3CM38TF U 4
BS 1 2 RR3GL76JQ
BS 3 255 RR3GL76TF
BS 256 256 RR3CM38TF
BS 257 287 RR3GL76TF
BS 288 288 RR3CM38TF
BS 289 379 RR3GL76TF
BS 380 516 RR3CM38TF
BS 517 518 RR3CM38JQ

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DS 

RD RR3GL76TF 379 0 0
GG
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CTTCTTCCTCGCCGTTCTTGGTGAGTCGCCGGAGAAGATAGGAGCCGACGAGAAGTTCAA
ATGCCTGGAGGAGTACGGGGGAGACGTAGGTCCCACGTTCTGTAACCCTAAGTTCTTCCC
CACGTTGTGTCGTCAAAACTGCAGGAGTTTCAAAGGTGCTAAAGGCGGTAAATGCGTGAA
GAAACACAAAAGCGAACCTATCAAATGTTTCTGCGACTACTGCAA*GACGATTAGATATA
TATTACAAGCTAGAAATCATACACCGCTTATTATTACTGTTTAAAACGCTAAACGCAACC
GCCCAACCCGCTATCGC

QA 3 379 3 379
DS 

RD RR3CM38JQ 515 0 0
GA
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ATAAAATGCATACATGTCTATGCTAATTTATCC

QA 3 515 3 515
DS 

RD RR3CM38TF 515 0 0
GA
AATAAACAGTAAACAAAGCAAAATGAAGTCTGTTTACATCTTCATAGCGTTGTTCATCTT
CTTCCTCGCCGTTCTTGGTGAGTCGCCGGAGAAGATAGGAGCCGACGAGAAGTTCAAATG
CCTGGAGGAGTACGGGGGAGACGTAGGTCCCACGTTCTGTAACCCTAAGTTCTTCCCCAC
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ACACAAAAGCAAACCTATCAAATGTTTCTGCGACTACTGCAAAGACGATTAGATATATAT
TACAAGCTAGAAATCATACACCGCTTATTATTACTGTTTAAAACGCTAAACGCAACCGCC
CAACCCGCTATCGCAAACAAAAAAAAACTTTTTCCTATAGCGTTTTATACTTTGATATAA
GTATGGTTGTATGTGATTCATGTAATAATGTCCGAAGACGTATGAGTATTATCCCCCCTA
ATAAAATGCATACATGTCTATGCTAATTTAT
CC

QA 3 513 3 513
DS 



AS 1 8

CO CL325Contig1 1603 8 27 U
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CAAGCATGGATGAAGAGTACGAGGTTATCGTTCTCGGCACCGGTCTCAAGGAGTGTATCC
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TTATGATGGGAAATGGCAAGCTTGTCCGTACACTTATTCACACAGACGTTACAAAGTACT
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GCCAGTGACTCCCTATGGAGGCCCCTGAAGTCTCCTCTCATGGGTATATTTGAGAAACGT
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GAGAACACTATTGACTTTATTGGTCACGCAGTGGCACTTCACACCAATGACCAACATCTC
AATCAACCCGCCTTGGATACTGTGATGAGAATGAAGCTCTATGCGGAGTCTCTTGCACGT
TTCCAAGGAACCTCTCCATATATTTATCCTCTCTATGGGTTGGGAGAACTCCCTCAGGCA
TTTGCACGACTTAGTGCTGTCTATGGTGGCACATACATGTTGAACAAACCTGAGTGCAAG
GTAGAGTTTGACGAAGAAGGTAAGGTTACTGGTGTAACATCTGAAGGAGAGACTGCTAGA
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GTTGCTCGTGCCATTGCTATTATGAGCCACCCTATTCCAAATACCAATGACTCTCACTCG
GTACAGGTCATCATACCTCAGAAGCAGCTTGCCCGCAAATCTGACATGTATGTCTTCTGC
TGTTCTTACTCCCACAACGTGGCTCCCAAGGGAAAGTTCATCGCATTTGTGTCAACAGAT
GCAGAGACTGATAACCCTCAAACTGAACTAAAGGCTGGAATTGATCTTTTGGGTCCCGTT
GATGAAATATTCTTCGACGTGTATGATAGATACGAGCCTGCCAACGAGCCTGAGTTGGAC
AACTGCTTTATATCAACCAGCTATGATGCTACAACCCACTTCGAGACAACCGTTGCTGAT
GTGTTGAACATGTATACTCTAATCACTGGAAAGCAACTGGACCTAAGTGTTGATCTGAGT
GCAGCAAGTACTGAAGAGGAATGAGGAACTTGTGGAGTGTGATCTCTCTAGTTGTTGTTT
GGACTCGTGCTTTTGTGTTTTTCTTTTTCTTTTTTGGGTTTGAAAGACCAGTGCCCATGA
TAGTTCCCTTAATGTTGAATTCGTTTAAGACTTCTTCTTTGTCATTACTGTGTTCACTTA
TTACTCTCGTTATTGTTTTTCAGAATATAAACGTGTTTGAATT


BQ
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15 15 0 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CO32TF U 17
AF RR3EF90TF U 1
AF RR3CZ02TF U 538
AF RR3A413TF U 538
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AF RR3AR84JQ C 1228
AF RR3AR84TF U 1228
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CGTCGATGGTGTCAAGGTGCTTCACATGGACAGGAATGATTACTATGGTGGTGAATCAAC
CTCTCTTAATCTCAACCAGCTTTGGAAGAAGTTCAAGGGAGAAGACAAGGCTCCTGAGCA
TTTAGGTGCCAGCAGGGACTACAATGTTGACATGATGCCTAAGTTTATGATGGGAAGTGG
CAAGCTTGTCCGTACACTTATTCACACAGACGTTACAAAGTACTTTGTCGCTTAAAGCCC
GTTGATGGAAGCTATGTCTTCGTTAAAGGCAAGGTTCAAAAGGTGCCAGTGACTCCCTAT
GGAGGCCCCTGAAGTCTCCTCTCATGGGTATATTTGAGAAACGTCGTGCTGGCAAGTTTT
TCAGTTATGTTCAGGATTACGACGAGAAGGACCCGAAGACGCACAACGGGATGGATTTGA
CCAGACTTACAACCAAGGAACTGATTGCGAAATTTGGTCTTGATGAGAACACTATTGACT
TTATTGGTCACGCAGTGGCACTTCACACCAATGACCAACATCTCAATCAACCCGCCTTGG
ATACTGTGATGAGAATGAAGCTCTATGCGGAGTCTCTTGCACG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3EF90TF 770 0 0
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CAAGCATGGATGAAGAGTACGAGGTTATCGTTCTCGGCACCG*TCTCAAGGAGTGTATCC
TCAGCGGTCTCCTCTCCGTCGATGGTGTCAAGGTGCTTCACATGGACAGGAATGATTACT
ATGGTGGTGAATCAACCTCTCTTAATCTCAACCAGCTTTGGAAGAAGTTCAAGGGAGAAG
ACAAGGCTCCTGAGCATTTAGGTGCCAGCAGGGACTACAATGTTGACATGATGCCTAAGT
TTATGATGGGAAATGGCAAGCTTGTTCGTACCCTTATTCACACAGACGTTACAAAGTACT
T*GTCGTTTAAAGCC*GTTGATGGAAGCTATGTCTTCGTTAAAGGCAAGGTTCAAAAGGT
GCCAGTGACTCC*TATGGAGGCCC*TGAAGTCTCCTCTCATGGGTATATTTGAGAAACGT
CGTGCTGGCAAGTTTTTCAGTTATGTTCAGGATTACGACGAGAAGGACCCCAAGACACAC
AATGGAATGGATTTGACCAGACTTACAACCAAGGAACTGATTGCGAAATTTGGTCTTGAT
GAGAACACTATTGACTTTATTGGTCACGCAGTGGCACTTCACACCAATGACCAACATCTC
AATCAACCCGCCTTGGATACTGTTATGAGAATGAAGCTCTATGCGGAGTCTCTTGCACGT
TTCCAAGGA*CCTCTC*ATATATTTATCCTCTCTATGGGTTGGGAGA
CTC

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DS 

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GATAACGGG
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CCCGCCTTGGATACTGTGATGAGAATGAAGCTCTATGCGGAGTCTCTTGCACGTTTCCAA
GGAACCTCTCCATATATTTATCCTCTCTATGGGTTGGGAGAACTCCCTCAGGCATTTGCA
CGACTTAGTGCTGTCTATGGTGGCACATACATGTTGAACAAACCTGAGTGCAAGGTAGAG
TTTGACGAAGAAGGTAAGGTTACTGGTGTAACATCTGAAGGAGAGACTGCTAGATGCAAA
AAGATTGTGTGTGACCCTTCCTACCCTCCAAACAAGGTTAGAAAGATTGGAAGGGTTGCT
CGTGCCATTGCTATTATGAGCCACCCTATTCCAAATACCAATGACTCTCACTCGGTACAG
GTCATCATACCTCAGAAGCAGCTTGCCCGCAAATCTGACATGTATGTCTTCTGCTGTTCT
TACTCCCACAACGTGGCTCCCAAGGGAAAGTTCATCGCATTTGTGTCAACAGATGCAGAG
ACTGATAACCCTCAAACTGAACTAAAGGCTGGAATTGATCTTTTGGGTCCCGTTGATGAA
ATATTCTTCGACGTGTATGATAGATACGAGCCTGCCAACGAGCCTGAGTTGGACAACTGC
TTTATATCAACCAGCTATGATGCTACAACCCACTTCGAGA

QA 10 769 10 769
DS 

RD RR3A413TF 855 0 0
GATAACGGG
ATGGATTTGACCAGACTTACAACCAAGGAACTGATTGCGAAATTTGGTCTTGATGAGAAC
ACTATTGACTTTATTGGTCACGCAGTGGCACTTCACACCAATGACCAACATCTCAATCAA
CCCGCCTTGGATACTGTGATGAGAATGAAGCTCTATGCGGAGTCTCTTGCACGTTTCCAA
GGAACCTCTCCATATATTTATCCTCTCTATGGGTTGGGAGAACTCCCTCAGGCATTTGCA
CGACTTAGTGCTGTCTATGGTGGCACATACATGTTGAACAAACCTGAGTGCAAGGTAGAG
TTTGACGAAGAAGGTAAGGTTACTGGTGTAACATCTGAAGGAGAGACTGCTAGATGCAAA
AAGATTGTGTGTGACCCTTCCTACCCTCCAAACAAGGTTAGAAAGATTGGAAGGGTTGCT
CGTGCCATTGCTATTATGAGCCACCCTATTCCAAATACCAATGACTCTCACTCGGTACAG
GTCATCATACCTCAGAAGCAGCTTGCCCGCAAATCTGACATGTATGTCTTCTGCTGTTCT
TACTCCCACAACGTGGCTCCCAAGGGAAAGTTCATCGCATTTGTGTCAACAGATGCAGAG
ACTGATAACCCTCAAACTGAACTAAAGGCTGGAATTGATCTTTTGGGTCCCGTTGATGAA
ATATTCTTCGACGTGTATGATAGATACGAGCCTGCCAACGAGCCTGAGTTGGACAACTGC
TTTATATCAACCAGCTATGATGCTACAACCCACTTCGAGACAACCGTTGCTGATGTGTTG
AACATGTATACTCTAATCACTGGAAAGCAACTGGACCTAAGTGTTGATCTGAGTGCAGCA
AGTACT

QA 10 855 10 855
DS 

RD RR3A413JQ 815 0 0
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AAC*TGAGTGCAAGGTAGAGTTTGACGAAGAAGGTAAGGTTACTGGTGTAACATCTGAAG
GAGAGACTGCTAGATGCAAAAAGATTGTGTGTGACCCTTCCTACCCTCCAAACAAGGTTA
GAAAGATTGGAAGGGTTGCTCGTGCCATTGCTATTATGAGCCACCCTATTCCAAATACCA
ATGACTCTCACTCGGTACAGGTCATCATACCTCAGAAGCAGCTTGCCCGCAAATCTGACA
TGTATGTCTTCTGCTGTTCTTACTCCCACAACGTGGCTCCCAAGGGAAAGTTCATCGCAT
TTGTGTCAACAGATGCAGAGACTGATAACCCTCAAACTGAACTAAAGGCTGGAATTGATC
TTTTGGGTCCCGTTGATGAAATATTCTTCGACGTGTATGATAGATACGAGCCTGCCAACG
AGCCTGAGTTGGACAACTGCTTTATATCAACCAGCTATGATGCTACAACCCACTTCGAGA
CAACCGTTGCTGATGTGTTGAACATGTATACTCTAATCACTGGAAAGCAACTGGACCTAA
GTGTTGATCTGAGTGCAGCAAGTACTGAAGAGGAATGAGGAACTTGTGGAGTGTGATCTC
TCTAGTTGTTGTTTGGACTCGTGCTTTTGTGTTTTTCTTTTTCTTTTTTGGGTTTGAAAG
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ACTGTGTTCACTTATTACTCTCGTTATTGTTTTTC

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DS 

RD RR3CZ02JQ 790 0 0
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CGAAGAAGGTAAGGTTACTGGTGTAACATCTGAAGGAGAGACTGCTAGATGCAAAAAGAT
TGTGTGTGACCCTTCCTACCCTCCAAACAAGGTTAGAAAGATTGGAAGGGTTGCTCGTGC
CATTGCTATTATGAGCCACCCTATTCCAAATACCAATGACTCTCACTCGGTACAGGTCAT
CATACCTCAGAAGCAGCTTGCCCGCAAATCTGACATGTATGTCTTCTGCTGTTCTTACTC
CCACAACGTGGCTCCCAAGGGAAAGTTCATCGCATTTGTGTCAACAGATGCAGAGACTGA
TAACCCTCAAACTGAACTAAAGGCTGGAATTGATCTTTTGGGTCCCGTTGATGAAATATT
TTTCGACGTGTATGATAGATACGAGCCTGCCAACGAGCCTGAGTTGGACAACTGCTTTAT
ATCAACCAGCTATGATGCTACAACCCACTTCGAGACAACCGTTGCTGATGTGTTGAACAT
GTATACTCTAATCACTGGAAAGCAACTGGACCTAAGTGTTGATCTGAGTGCAGCAAGTAC
TGAAGAGGAATGAGGAACTTGTGGAGTGTGATCTCTCTAGTTGTTGTTTGGACTCGTGCT
TTTGTGTTTTTCTTTTTCTTTTTTGGGTTTGAAAGACCAGTGCTCATGATAGTTCCCTTA
ATGTTGAATTCGTTTAAGACTTCTTCTTTGTCATTACTGTGTTCACTTATTACTCTCGTT
ATTGTTTTTC

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3AR84JQ 376 0 0
G
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CTTTTTTGGGTTTGAAAGACCAGTGCCCATGATAGTTCCCTTAATGTTGAATTCGTTTAA
GACTTTTTCTTTGTCATTACTGTGTTCACTTATTACTCTCGTTATTGTTTTTCAGAATAT
AAACGTGTTTGAATT

QA 2 376 2 376
DS 

RD RR3AR84TF 376 0 0
G
GATACGAGCCTGTCAACGAGCCTGAGTTGGACAACTGCTTTATATCAACCAGCTATGATG
CTACAACCCACTTCGAGACAACCGTTGCTGATGTGTTGAACATGTATACTCTAATCACTG
GAAAGCAACTGGACCTAAGTGTTGATCTGAGTGCAGCAAGTACTGAAGAGGAATGAGGAA
CTTGTGGAGTGTGATCTCTCTAGTTGTTGTTTGGACTCGTGCTTTTGTGTTTTTCTTTTT
CTTTTTTGGGTTTGAAAGACCAGTGCCCATGATAGTTCCCTTAATGTTGAATTCGTTTAA
GACTTCTTCTTTGTCATTACTGTGTTCACTTATTACTCTCGTTATTGTTTTTCAGAATAT
AAACGTGTTTGAATT

QA 2 376 2 376
DS 



AS 1 8

CO CL326Contig1 1098 8 6 U
ACTCACAAATTAATTATTCTTTATTCGTGTGAAAACACACTCTTGAAAGAAAAACACACA
CTTAATACAACAATCTTGAATCAGAAAACCATGAACACACTCTTGAAAGAAAAACACACA
CACTTAATACAACAATCTTGAATCAGAAACAGAGACCAATACATTAAACCTTTATTCAAG
CAAGTAAAAAACCATGGAAGACTTACTTTTAGTTTATAATTTCCACACTTAGAACCATTG
TTGCTTATCTTTGTAAGACTTCGAATCTATTTGTGAAATTCGATAACAGAAAATGTATAA
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GAGAAAGACCTCTCTTTACCACCTGAACATTGTGTTAGCATCAACATATCCATGCTGAAA
ACAATGTTAGAGAAAGGGTCATCACGTTTTGGTTCTATTGGTGTAACAATGTCTACTATT
ATTACTTTTCCCTTTTCAGGAAGACTCTTCCAACAGTTTTTCAGAATCTTCACACAATCT
CCTTCTGCCCAGTCATGTAATATACATTTCATAAAGATAGCATCTCCTTTTGGAACTTCT
ATAAACATATCTCCAGATACATGCTCCACACCTGGATAAAGAGGAGCTTGAGCTAAAACC
ATGTCTAAGTCGAAATTGATACCCTTGATTTGAGGATACTTCGAAGTGATAAGATTCAGT
GTGGTGCCAAGTCCTCCTCCAATATCCACCAAAGTGTTAATATCTTTGAATCCTTTGTAA
GTTTCTAAAATCTTCTTCATGAACATGGTAGCAGATTCTGACATTGCACGGTTAAACATA
CAAGCGAATTGTTCATCCAATCCGATGTATTCAAAAAGTCTCATGCCATGAGCAGAATTG
AACGTGTCTTTCCCTTCTTGTATCAGATCTTTCAGATGTGTCCAAATGTTGAAAAAGACT
TGGCTTTGGAACAACATGAATAGGGACTTGAAAGTACCCGACTCAGGACCATGATTTAAG
AAAAACGTGCAAACCGGTTCGGCTGCATATACCATGTTTATCTTTCCGGTTATATCTTTT
TCTCCGGTTTCAACTATC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3EH49JQ U 1
AF RR3CY73JQ U 126
AF RR3CY73TF C 126
AF RR3EP67JQ U 1
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AF RR3EJ34JQ U 1
AF RR3EJ34TF C 403
AF RR3EH49TF C 523
BS 1 266 RR3EH49JQ
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BS 833 1097 RR3EJ34TF
BS 1098 1098 RR3EH49TF

RD RR3EH49JQ 669 0 0
ACTCACAAATTAATTATTCTTTATTCGTGTGAAAACACACTCTTGAAAGAAAAACACACA
CTTAATACAACAATCTTGAATCAGAAAACCATGAACACACTCTTGAAAGAAAAACACACA
CACTTAATACAACAATCTTGAATCAGAAACAGAGACCAATACATTAAACCTTTATTCAAG
CAAGTAAAAAACCATGGAAGACTTACTTTTAGTTTATAATTTCCACACTTAGAACCATTG
TTGCTTATCTTTGTAAGACTTCGAATTTATTTGTGAAATTCGATAACAGAAAATGTATAA
GCAATATAAATTATTTCACAGCGTGGAAAACCTGATGCAGAGGCTAAAGCTTCGAACTGA
GAGAAAGACCTCTCTTTACCACCTGAACATTGTGTTAGCATCAACATATCCATGCTGAAA
ACAATGTTAGAGAAAGGGTCATCACGTTTTGGTTCTATTGGTGTAACAATGTCTACTATT
ATTACTTTTCCCTTTTCAGGAAGACTCTTCCAACAGTTTTTCAGAATCTTCACACAATCT
CCTTCTGCCCAGTCATGTAATATACATTTCATAAAGATAGCATCTCCTTTTGGAACTTCT
ATAAACATATCTCCAGATACATGCTCCACACCTGGATAAAGAGGAGCTTGAGCTAAAACC
ATGTCTAAG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3CY73JQ 578 0 0
AATACAACAATCTTGAATCAGAAACAAAGACCAATACATTAAACCTTTATTCAAACAAGT
AAAAAACCATGGAAGACTTACTTTTAGTTTATAATTTCCGCACTTAGAACCATTGTTGCT
TATCTTTGTAAGACTTCGAATCTATTTGTGAAATTCGATAACAGAAAATGTATACGCAAT
ATAAATTATTTCACGGCGTGGAAAACCTGATGCAGAGGCTAAAGCTTCGAACTGAGAGAA
AGACCTCTCTTTACCACCTGAACATTGTGTTAGCATCAACATATCCATGCTGAAAACAAT
GTTAGAGAAAGGGTCATCACGTTTTGGTTCTATTGGTGTAACAATGTCTACTATTATTAC
TTTTCCCTTTTCAGGAAGACTCTTCCAACAGTTTTTCAGAATCTTCACACAATCTCCATC
TGCCCAGTCATGTAATATACATTTCATAAAGATAGCATCTCCTTTTGGAACTTCTATAAA
CATATCTCCAGATACATGCTCCACACCTGGATAAAGAGGAGCTTGAGCTAAAACCATGTC
TAAGTCGAAATTGATACCCTTGATTTGAGGATACTTC
C

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DS 

RD RR3CY73TF 571 0 0
AATACAACAATCTTGAATCAGAAACAAAGACCAATACATTAAACCTTTATTCAAACAAGT
AAAAAACCATGGAAGACTTACTTTTAGTTTATAATTTCCGCACTTAGAACCATTGTTGCT
TATCTTTGTAAGACTTCGAATCTATTTGTGAAATTCGATAACAGAAAATGTATACGCAAT
ATAAATTATTTCACGGCGTGGAAAACCTGATGCAGAGGCTAAAGCTTCGAACTGAGAGAA
AGACCTCTCTTTACCACCTGAACATTGTGTTAGCATCAACATATCCATGCTGAAAACAAT
GTTAGAGAAAGGGTCATCACGTTTTGGTTCTATTGGTGTAACAATGTCTACTATTATTAC
TTTTCCCTTTTCAGGAAGACTCTTCCAACAGTTTTTCAGAATCTTCACACAATCTCCATC
TGCCCAGTCATGTAATATACATTTCATAAAGATAGCATCTCCTTTTGGAACTTCTATAAA
CATATCTCCAGATACATGCTCCACACCTGGATAAAGAGGAGCTTGAGCTAAAACCATGTC
TAAGTCGAAATTGATACCCTTGATTTGAGGA

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3EP67JQ 679 0 0
G
CTCACAAATTAATTATTCTTTATTCGTGTGAAAACACACTCTTGAAAGAAAAACACACAC
TTAATACAACAATCTTGAATCAGAAAACCATGAACACACTCTTGAAAGAAAAACACACAC
**TTAATACAACAATCTTGAATCAGAAACAGAGACCAATACATTAAACCTTTATTCAAGC
AAGTAAAAAACCATGGAAGACTTGCTTTTAGTTTATAATTTCCACACTTAGAACCATTGT
TGCTTATCTTTGTAAGACTTCGAATCTATTTGTGAAATTCGATAACAGAAAATGTATAAG
CAATATAAATTATTTCACAGCGTGGAAAACCTGATGCAGAGGCTAAAGCTTCGAACTGAG
AGAAAGACCTCTCTTTACCACCTGAACATTGTGTTAGCATCAACATATCCATGCTGAAAA
CAATGTTAGAGAAAGGGTCATCACGTTTTGGTTCTATTGGTGTAACAATGTCTA***TTA
TTACTTTTCCCTTTTCAGGAAGACTCTTCCAACAGTTTTTCAGAATCTTCACACAATCTC
CTTCTGCCCAGTCATGTAATATACATTTCATAAAGATAGCATCTCCTTTTGGAACTTCTA
TAAACATATCTCCAGATACATGCTCCACACCTGGATAAAGAGGAGCTTGAGCTAAAACCA
TGTCTAAGTCGAAATTGA

QA 2 679 2 679
DS 

RD RR3H076JQ 768 0 0
A
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TTAATACAACAATCTTGAATCAGAAAACCATGAACACACTCTTGAAAGAAAAACACACAC
ACTTAATACAACAATCTTGAATCAGAAACAGAGACCAATACATTAAACCTTTATTCAAGC
AAGTAAAAAACCATGGAAGACTTGCTTTTAGTTTATAATTTCCACACTTAGAACCATTGT
TGCTTATCTTTGTAAGACTTCGAATCTATTTGTGAAATTCGATAACAGAAAATGTATAAG
CAATATAAATTATTTCACAGCGTGGAAAACCTGATGCAGAGGCTAAAGCTTCGAACTGAG
AGAAAGACCTCTCTTTACCACCTGAACATTGTGTTAGCATCAACATATCCATGCTGAAAA
CAATGTTAGAGAAAGGGTCATCACGTTTTGGTTCTATTGGTGTAACAATGTCTACTATTA
TTACTTTTCCCTTTTCAGGAAGACTCTTCCAACAGTTTTTCAGAATCTTCACACAATCTC
CTTCTGCCCAGTCATGTAATATACATTTCATAAAGATAGCATCTCCTTTTGGAACTTCTA
TAAACATATCTCCAGATACATGCTCCACACCTGGATAAAGAGGAGCTTGAGCTAAAACCA
TGTCTAAGTCGAAATTGATACCCTTGATTTGAGGATACTTCGAAGTGATAAGATTCAGTG
TGGTGCCAAGTCCTCCTCCAATATCCACCAAAGTGTTAATATCTTTG

QA 2 768 2 768
DS 

RD RR3EJ34JQ 832 0 0
A
CTCACAAATTAATTATTCTTTATTCGTGTGAAAACACACTCTTGAAAGAAAAACACACAC
TTAATACAACAATCTTGAATCAGAAAACCATGAACACACTCTTGAAAGAAAAACACACAC
ACTTAATACAACAATCTTGAATCAGAAACAGAGACCAATACATTAAACCTTTATTCAAGC
AAGTAAAAAACCATGGAAGACTTACTTTTAGTTTATAATTTCCACACTTAGAACCATTGT
TGCTTATCTTTGTAAGACTTCGAATTTATTTGTGAAATTCGATAACAGAAAATGTATAAG
CAATATAAATTATTTCACAGCGTGGAAAACCTGATGCAGAGGCTAAAGCTTCGAACTGAG
AGAAAGACCTCTCTTTACCACCTGAACATTGTGTTAGCATCAACATATCCATGCTGAAAA
CAATGTTAGAGAAAGGGTCATCACGTTTTGGTTCTATTGGTGTAACAATGTCTACTATTA
TTACTTTTCCCTTTTCAGGAAGACTCTTCCAACAGTTTTTCAGAATCTTCACACAATCTC
CTTCTGCCCAGTCATGTAATATACATTTCATAAAGATAGCATCTCCTTTTGGAACTTCTA
TAAACATATCTCCAGATACATGCTCCACACCTGGATAAAGAGGAGCTTGAGCTAAAACCA
TGTCTAAGTCGAAATTGATACCCTTGATTTGAGGATACTTCGAAGTGATAAGATTCAGTG
TGGTGCCAAGTCCTCCTCCAATATCCACCAAAGTGTTAATATCTTTGAATCCTTTGTAAG
TTTCTAAAATCTTCTTCATGAACATGGTAGCAGATTCTGACATTGCACGGT

QA 2 832 2 832
DS 

RD RR3EJ34TF 696 0 0
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GTAACAATGTCTACTATTATTACTTTTCCCTTTTCAGGAAGACTCTTCCAACAGTTTTTC
AGAATCTTCACACAATCTC*TTCTGCCCAGTCATGTAATATACATTTCATAAAGATAGCA
TCTCCTTTTGGAACTTCTATAAACATATCTCCAGATACATGCTCCACACCTGGATAAAGA
GGAGCTTGAGCTAAAACCATGTCTAAGTCGAAATTGATACCCTTGATTTGAGGATACTTC
GAAGTGATAAGATTCAGTGTGGTGCCAAGTCCTCCTCCAATATCCACCAAAGTGTTAATA
TCTTTGAATCCTTTGTAAGTTTCTAAAATCTTCTTCATGAACATGGTAGCAGATTCTGAC
ATTGCACGGTTAAACATACAAGCGAATTGTTCATCCAATCCGATGTATTCAAAAAGTCTC
ATGCCATGAGCAGAATTGAACGTGTCTTTCCCTTCTTGTATCAGATCTTTCAGATGTGTC
CAAATGTTGAAAAAGACTTGGCTTTGGAACAACATGAATAGGGACTTGAAAGTACCCGAC
TCAGGACCATGATTTAAGAAAAACGTGCAAACCGGTTCGGCTGCATATACCATGTTTATC
TTTCCGGTTATATCTTTTTCTCCGGTTTCAACTAT
C

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3EH49TF 576 0 0
AGAATCTTCACACAATCTCCTTCTGCCCAGTCATGTAATATACATTTCATAAAGATAGCA
TCTCCTTTTGGAACTTCTATAAACATATCTCCAGATACATGCTCCACACCTGGATAAAGA
GGAGCTTGAGCTAAAACCATGTCTAAGTCGAAATTGATACCCTTGATTTGAGGATACTTC
GAAGTGATAAGATTCAGTGTGGTGCCAAGTCCTCCTCCAATATCCACCAAAGTGTTAATA
TCTTTGAATCCTTTGTAAGTTTCTAAAATCTTCTTCATGAACATGGTAGCAGATTCTGAC
ATTGCACGGTTAAACATACAAGCGAATTGTTCATCCAATCCGATGTATTCAAAAAGTCTC
ATGCCATGAGCAGAATTGAACGTGTCTTTCCCTTCTTGTATCAGATCTTTCAGATGTGTC
CAAATGTTGAAAAAGACTTGGCTTTGGAACAACATGAATAGGGACTTGAAAGTACCCGAC
TCAGGACCATGATTTAAGAAAAACGTGCAAACCGGTTCGGCTGCATATACCATGTTTATC
TTTCCGGTTATATCTTTTTCTCCGGTTTCAACTATC

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 10

CO CL327Contig1 960 10 10 U
GGAACCACAAAAATAAACCTAGACATGACTTTCAGAAAAAATTCCTTAATCCTTTTCCTC
TGCTTCTTATGTTTATACTCTGTAACAGTCAAGTCTCAAAACTGCGGTTGCGCTCCCAAC
CTTTGTTGCAGTCAGTTTGGTTATTGTGGTACCAACGATGCTCATTGCGGTGCTGGATGC
ATATCAGGTCCCTGTAAAGTCACTGAAACACCAATCGGTGGTGGTACCGTGGTCAGTAGC
ATTGTGACCCAACAATTCTTTAACGACATTATCAAAAACGTTGGTAGTGGATGCGCCGGA
AAAAGATTTTACACTCGTGACTCTTTTATCCACGCCGCTAATACTTTTTCCAAATTTGCT
AATTCCGTTACTAGGCGTGAAATTGCTACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGTTACTGGA
CACTTTTGCAACATTGAAGCAATAAATGGAACGTTACGTCGTAAAGATTGCGATGAGAAC
GTTGAACAAGTACCATGTGGCCCGGGCACAGGTCCTCATAGCCTACCTGAGCCTGTGGGT
AACCCAACTGTAAGTTTCAAAACGAGTTTGTGGTATTGGATGAATAGCGTAAGGCCAGTA
CTTAACCAAGGATTTGGAGCCACAATAAGAGCCATCAACGGAATCGAATGTAACGGTGGT
AATTCATATGCGGTCAATGAAAGGATTAGGTACTACCGATACTATTGTCGACAGCTTGGT
GTGGACCCTGGTTCTCACCTTAATTGCTAAAAAGTTCTTCGAACGACACGTCATGTAACA
CTTGATAATGCAGAATAAGAAATGGAAAAAATAATATATCTACTTTCGGTATACACCAAA
TTATCAATAAAGTTTGTATTAGTTTTATACATGCTATGTATGTGTATTTTGTAAAACGTG
TTCTTTTATGTGTAATTTACTATTTCTACATGCAGAGTACATTTTTGTACCATAATGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 
60 60 30 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DR74TF U 1
AF RR3FW39TF U 5
AF RR3CL37TF U 5
AF RR3D020TF U 5
AF RR3BE74TF U 2
AF RR3FW39JQ C 345
AF RR3BE74JQ C 126
AF RR3CL37JQ C 234
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AF RR3DR74JQ C 313
BS 1 507 RR3DR74TF
BS 508 508 RR3BE74TF
BS 509 594 RR3DR74TF
BS 595 595 RR3BE74TF
BS 596 658 RR3DR74TF
BS 659 794 RR3BE74TF
BS 795 795 RR3FW39JQ
BS 796 925 RR3BE74JQ
BS 926 953 RR3CL37JQ
BS 954 960 RR3D020JQ

RD RR3DR74TF 658 0 0
GGAACCACAAAAATAAACCTAGACATGACTTTCAGAAAAAATTCCTTAATCCTTTTCCTC
TGCTTCTTATGTTTATACTCTGTAACAGTCAAGTCTCAAAACTGCGGTTGCGCTCCCAAC
CTTTGTTGCAGTCAGTTTGGTTATTGTGGTACCAACGATGCTCATTGCGGTGCTGGATGC
ATATCAGGTCCCTGTAAAGTCACTGAAACACCAATCGGTGGTGGTACCGTGGTCAGTAGC
ATTGTGACCCAACAATTCTTTAACGACATTATCAAAAACGTTGGTAGTGGATGCGCCGGA
AAAAGATTTTACACTCGTGACTCTTTTATCCACGCCGCTAATACTTTTTCCAAATTTGCT
AATTCCGTTACTAGGCGTGAAATTGCTACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGTTACTGGA
CACTTTTGCAACATTGAAGCAATAAATGGAACGTTACGTCGTAAAGATTGCGATGAGAAC
GTTGAACAAGTACCATGTGGCCCGGGCGCAGGTCCTCATAGCCTACCTGAGCCTGTGGGT
AACCCAACTGTAAGTTTCAAAACGAGTTTGTGGTATTGGATGAATAGCGTAAGGTCAGTA
CTTAACCAAGGATTTGGAGCCACAATAAGAGCCATCAACGGAATCGAATGTAACGGTG

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3FW39TF 673 0 0
GG
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TTATGTTTATACTCTGTAACAGTCAAGTCTCAAAACTGCGGTTGCGCTCCCAACCTTTGT
TGCAGTCAGTTTGGTTATTGTGGTACCAACGATGCTCATTGCGGTGCTGGATGCATATCA
GGTCCCTGTAAAGTCACTGAAACACCAATCGGTGGTGGTACCGTGGTCAGTAGCATTGTG
ACCCAACAATTCTTTAACGACATTATCAAAAACGTTGGTAGTGGATGCGCCGGAAAAAGA
TTTTACACTCGTGACTCTTTTATCCACGCCGCTAATACTTTTTCCAAATTTGCTAATTCC
GTTACTAGGCGTGAAATTGCTACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGTTACTGGACACTTT
TGCAACATTGAAGCAATAAATGGAACGTTACGTCGTAAAGATTGCGATGAGAACGTTGAA
CAAGTACCATGTGGCCCGGGCACAGGTCCTCATAGCCTACCTGAGCCTGTGGGTAACCCA
ACTGTAAGTTTCAAA*CGAGTTTGTGGTATTGGATGAATAGCGTAAGGCCAGTACTTAAC
CAAGGATTTGGAGCCACAATAAGAGCCATCAACGGAATCGAATGTAACGGTGGTAATTCA
TATGCGGTCAA

QA 3 673 3 673
DS 

RD RR3CL37TF 676 0 0
GG
ACAAAAATAAACCTAGACATGACTTTCAGAAAAAATTCCTTAATCCTTTTCCTCTGCTTC
TTATGTTTATACTCTGTAACAGTCAAGTCTCAAAACTGCGGTTGCGCTCCCAACCTTTGT
TGCAGTCAGTTTGGTTATTGTGGTACCAACGACGCTCATTGCGGTGCTGGATGCATATCA
GGTCCCTGTAAAGTCACTGAAACACCAATCGGTGGTGGTACCGTGGTCAGTAGCATTGTG
ACCCAACAATTCTTTAACGACATTATCAAAAACGTTGGTAGTGGATGCGCCGGAAAAAGA
TTTTACACTCGTGACTCTTTTATCCACGCCGCTAATACTTTTTCCAAATTTGCTAATTCC
GTTACTAGGCGTGAAATTGCTACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGTTACTGGACACTTT
TGCAACATTGAAGCAATAAATGGAACGTTACGTCGTAAAGATTGCGATGAGAACGTCGAA
CAAGTACCATGTGGCCCGGGCACAGGTCCTCATAGCCTACCTGAGCCTGTGGGTAACCCA
ACTGTAAGTTTCAAAACGAGTTTGTGGTATTGGATGAATAGCGTAAGGCCAGTACTTAAC
CAAGGATTTGGAGCCACAATAAGAGCCATCAACGGAATCGAATGTAACGGTGGTAATTCA
TATGCGGTCAATGA

QA 3 676 3 676
DS 

RD RR3D020TF 717 0 0
GG
ACAAAAATAAACCTAGACATGACTTTCAGAAAAAATTCCTTAATCCTTTTCCTCTGCTTC
TTATGTTTATACTCTGTAACAGTCAAGTCTCAAAACTGCGGTTGCGCTCCCAACCTTTGT
TGCAGTCAGTTTGGTTATTGTGGTACCAACGATGCTCATTGCGGTGCTGGATGCATATCA
GGTCCCTGTAAAGTCACTGAAACACCAATCGGTGGTGGTACCGTGGTCAGTAGCATTGTG
ACCCAACAATTCTTTAACGACATTATCAAAAACGTTGGTAGTGGATGCGCCGGAAAAAGA
TTTTACACTCGTGACTCTTTTATCCACGCCGCTAATACTTTTTCCAAATTTGCTAATTCC
GTTACTAGGCGTGAAATTGCTACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGTTACTGGACACTTT
TGCAACATTGAAGCAATAAATGGAACGTTACGTCGTAAAGATTGCGATGAGGACGTTGAA
CAGGTACCATGTGGCCCGGGCACAGGTCCTCATAGCCTACCTGAGCCTGTGGGTAACCCA
ACTGTAAGTTTCAAAACGAGTTTGTGGTATTGGATGAATAGCGTAAGGCCAGTACTTAAC
CAAGGATTTGGAGCCACAATAAGAGCCATCAACGGAATCGAATGTAACGGTGGTAATTCA
TATGCGGTCAATGAAAGGATTAG*TACTACCGATACTATTGTCGACAGCTTGGTG

QA 3 717 3 717
DS 

RD RR3BE74TF 796 0 0
GGACC
ACAAAAATAAACCTAGACATGACTTTCAGAAAAAATTCCTTAATCCTTTTCCTCTGCTTC
TTATGTTTATACTCTGTAACAGTCAATTCTCAAAACTGCGGTTGCGCTCCCAACCTTTGT
TGCAGTCAGTTTGGTTATTGTGGTACCAACGATGCTCATTGCGGTGCTGGATGCATATCA
GGTCCCTGTAAAGTCACTGAAACACCAATCGGTGGTGGTACCGTGGTCAGTAGCATTGTG
ACCCAACAATTCTTTAACGACATTATCAAAAACGTTGGTAGTGGATGCGCCGGAAAAAGA
TTTTACACTCGTGACTCTTTTATCCACGCCGCTAATACTTTTTCCATATTTGCTAATTCC
GTTACTAGGCGTGAAATTGCTACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGTTACTGGACACTTT
TGCAACATTGAAGCAATAAATGGAACGTTACGTCGTAAAGATTGCGATGAGAACGTTGAA
CAAGTACCATGTGGCCCGGGCACAGGTCCTCATAGCCTACCTGAGCCTGTGGGTAACCCA
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CCTGGTTCTCACCTTAATTGCTAAAAAGTTCTTCGAACGACACGTCATGTAACACTTGAT
AATGCAGA
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QA 6 793 6 793
DS 

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TTTTTCCAAATTTGCTAATTCCGTTACTAGGCGTGAAATTGCTACCATGTTTGCTCATTT
CACTCACGTTACTGGACACTTTTGCAACATTGAAGCAATAAATGGAACGTTACGTCGTAA
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TTGTCGACAGCTTGGTGTGGACCCTGGTTCTCCCCTTAATTGCTAAAAAGTTCTTCGAAC
GACACGTCATGTAACACTTGATAATGCAGAATAAGAAATGGAAAAAATAATATATCTACT
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QA 1 486 1 486
DS 

RD RR3BE74JQ 802 0 0
TTGCAGTCAGTTTGGTTATTGTGGTACCAACGATGCTCATTGCGGTGCTGGATGCATATC
AGGTCCCTGTAAAGTCACTGAAACACCAATCGGTGGTGGTACCGTGGTCAGTAGCATTGT
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TTATGTGTAATTTACTATTT
CT

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DS 

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CAGTAGCATTGTGACCCAACAATTCTTTAACGACATTATCAAAAACGTTGGTAGTGGATG
CGCCGGAAAAAGATTTTACACTCGTGACTCTTTTATCCACGCCGCTAATACTTTTTCCAA
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CGGTGGTAATTCATATGCGGTCAATGAAAGGATTAGGTACTACCGATACTATTGTCGACA
GCTTGGTGTGGACCCTTGTTCTCACCTTAATTGCTAAAAAGTTCTTCGAACGACACGTCA
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AAACGTGTTCTTTTATGTGTAATTTACTATTTCTACATGCAGAGTACATTTTTGTACCAT

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DS 

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TTATCCACGCCGCTAATACTTTTTCCAAATTTGCTAATTCCGTTACTAGGCGTGAAATTG
CTACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGTTACTGGACACTTTTGCAACATTGAAGCAATAA
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GCACAGGTCCTCATAGCCTACCTGAGCCTGTGGGTAACCCAACTGTAAGTTTCAAAACGA
GTTTGTGGTATTGGATGAATAGCGTAAGGCCAGTACTTAACCAAGGATTTGGAGCCACAA
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GCTAAAAAGTTTTTCGAACGACACGTCATGTAACACTTGATAATGCAGAATAAGAAATGG
AAAAAATAATATATCTACTTTCGGTATACACCAAATTATCAATAAAGTTTGTATTAGTTT
TATACATGCTATGTATGTGTATTTTGTAAAACGTGTTCTTTTATGTGTAATTTACTATTT
TTACATGCAGAGTACATTTTTGTACCATAATGATT

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DS 

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AGGCGTGAAATTGCTACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGTTACTGGACACTTTTGCAAC
ATTGAAGCAATAAATGGAACGTTACGTCGTAAAGATTGCGATGAGAACGTTGAACAAGTA
CCATGTGGCCCGGGCGCAGGTCCTCATAGCCTACCTGAGCCTGTGGGTAACCCAACTGTA
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TTTGGAGCCACAATAAGAGCCATCAACGGAATCGAATGTAACGGTGGTAATTCATATGCG
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TCTCACCTTAATTGCTAAAAAGTTCTTCGAACGACACGTCATGTAACACTTGATAATGCA
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TTTGTATTAGTTTTATACATGCTATGTATGTGTATTTTGTAAAACGTGTTCTTTTATGTG
TAATTTACTATTTCTACATGCAGAGTACATTTTTGTACCAT
AATAATT

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 9

CO CL328Contig1 1252 9 12 U
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ACTAAGCTAAACCCACCACCAACCCTTTTTGGGGGATTCTAGTGAGAGAAAGAAGCTTTG
AATCTTTCGAAATAAAGAAGGAATAGAATCTAGAAAATCGGATATGTCGAGCTCAGTATC
CACTTCGTTGTGTTGTTCGTCAACCCAGGTCAATGGGTTTGGTCTTAGGCCTCAAAGGTC
GCTCCTTTACCAACCCACTTCCTTTTCTTCTTTCTCCAGAAGGAGAACTCATGATGGTGT
TGTGAAGGCCACAGCTCGTGTTGATAAGTATTCCAAGAGTGATATCATCGTCTCTCCCTC
CATTCTCTCTGCTAATTTCGCCAAATTAGGCGAGCAGGTAAAAGCAGTAGAGTGTGCAGG
TTGTGATTGGATCCATGTTGATGTGATGGATGGTCGTTTTGTTCCCAACATCACTATTGG
ACCTCTTGTGGTTGATGCTTTGCGTCCTGTTACTGATCTTCCTTTGGATGTTCATCTTAT
GATAGTGGAACCAGATCTGAGGGTACCAGATTTCATCAAAGCAGGTGCAGACATCGTCAG
TGTACACTGTGAGCAGTCATCCACCATCCATTTGCACCGCACTGTCAATCAAATCAAAAG
CTTAGGTGCTAAAGCTGGAGTTGTTCTAAACCCTGGAACCCCATTGAGTGCTATAGAATA
TGTATTGGAGGTGGTGGATCTGGTCTTGATAATGTCGGTCAACCCCGGGTTTGGTGGACA
GAGCTTTATCGAAAGCCAAGTTAAGAAAATCTCGGATTTGAGAAGAATGTGTGTCGAAAA
GGGAGTAAACCCATGGATTGAAGTTGATGGTGGTGTCACTCCAAAGAATGCATACAAGGT
TATTGAGGCTGGAGCAAATGCTCTAGTAGCTGGATCAGCTGTATTTGGTGCTAAAGACTA
TGAAGAAGCTATAAAAGGAATCGAGACCAGCAAGAAGCCAGAAGCTGTGGCTGTGTAATG
TGAAGCAACAAGCTAAAAAGATCATAAGACAGATCACCGAGATGTTTATGTTGTTGTTGT
TGTCATTCACCAGATTCCATTCGACATAAAAAAATCCATAAGAATCAAACTCTCAATAGT
TTTGAAGTAGCTCGTTTATACTCCTCCTGTGTATCATTTGTCTTGTAGATTTGGGGATAT
GCAGATTCAATACATTATGCAATCAATAAGAAATAAGCTGTGTTACATATGG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 20 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3CH86TF U 32
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AF RR3F408TF U 1
AF RR3E304TF U 32
AF RR3AT15TF U 17
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AF RR3F408JQ C 488
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AF RR3E304JQ C 739
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RD RR3CH86TF 619 0 0
GG
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GGATTCTAGTGAGAGAAAGAAGCTTTGAATCTTTCGAAATAAAGAAGGAATAGAATCTAG
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TGGGTTTGGTCTTAGGCCTCAAAGGTCGCTCCTTTACCAACCCACTTCCTTTTCTTCTTT
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GCAGGTAAAAGCAGTAGAGTGTGCAGGTTGTGATTGGATCCATGTTGATGTGATGGATGG
TCGTTTTGTTCCCAACATCACTATTGGACCTCTTGTGGTTGATGCTTTGCGTCCTGTTAC
TGATCTTCCTTTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCAGATCTGAGGGTACCAGATTT
CATCAAAGCAGGTGCAGACATCGTCAGTGTACACTGTGAGCAGTCATCCACCATCCATTT
GCACCGCACTGTCAATC

QA 3 619 3 619
DS 

RD RR3DS15TF 692 0 0
GGGAGTTGAGACGAAGGAAGAAGAGAAAGAGATAGAACGATTTGGGTGTTTTCTCTCACT
ACTAAGCTAAACCCACCACCAACCCTTTTTGGGGGATTCTAGTGAGAGAAAGAAGCTTTG
AATCTTTCGAAATAAAGAAGGAATAGAATCTAGAAAATCGGATATGTCGAGCTCAGTATC
CACTTCGTTGTGTTGTTCGTCAACCCAGGTCAATGGGTTTGGTCTTAGGCCTCAAAGGTC
GCTCCTTTACCAACCCACTTCCTTTTCTTCTTTCTCCAGAAGGAGAACTCATGATGGTGT
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CATTCTCTCTGCTAATTTCGCCAAATTAGGCGAGCAGGTAAAAGCAGTAGAGTGTGCAGG
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ACCTCTTGTGGTTGATGCTTTGCGTCCTGTTACTGATCTTCCTTTGGATGTTCATCTTAT
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CTTAG*TGTTAAAGCTGGAGTTGTTCTAAACC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3F408TF 693 0 0
GGGAGTTGAGACGAAGGAAGAAGAGAAAGAGATAGAACGATTTGGGTGTTTTCTCTCACT
ACTAAGCTAAACCCACCACCAACCCTTTTTGGGGGATTCTAGTGAGAGAAAGAAGCTTTG
AATCTTTCGAAATAAAGAAGGAATAGAATCTAGAAAATCGGATATGTCGAGCTCAGTATC
CACTTCGTTGTGTTGTTCGTCAACCCAGGTCAATGGGTTTGGTCTTAGGCCTCAAAGGTC
GCTCCTTTACCAACCCACTTCCTTTTCTTCTTTCTCCAGAAGGAGAACTCATGATGGTGT
TGTGAAGGCCACAGCTCGTGTTGATAAGTATTCCAAGAGTGATATCATCGTCTCTCCCTC
CATTCTCTCTGCTAATTTCGCCAAATTAGGCGAGCAGGTAAAAGCAGTAGAGTGTGCAGG
TTGTGATTGGATCCATGTTGATGTGATGGATGGTCGTTTTGTTCCCAACATCACTATTGG
ACCTCTTGTGGTTGATGCTTTGCGTCCTGTTACTGATCTTCCTTTGGATGTTCATCTTAT
GATAGTGGAACCAGATCTGAGGGTACCAGATTTCATCAA*GCAGGTGCAGACATCGTCAG
TGTACACTGTGAGCAGTCATCCACCACCCATTTGCACCGCACTGTCAATCAAATCAAAAG
CTTAG*TGCTAAAGCTGGAGTTGTTCTAAACCC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3E304TF 722 0 0
GG
AGAACGATTTGGGTGTTTTCTCTCACTACTAAGCTAAACCCACCACCAACCCTTTTTGGG
GGATTCTAGTGAGAGAAAGAAGCTTTGAATCTTTCGAAATAAAGAAGGAATAGAATCTAG
AAAATCGGATATGTCGAGCTCAGTATCCACTTCGTTGTGTTGTTCGTCAACCCAGGTCAA
TGGGTTTGGTCTTAGGCCTCAAAGGTCGCTCCTTTACCAACCCACTTCCTTT*CTTCTTT
CTCCAGAAGGAGAACTCATGATGGTGTTGTGAAGGCCACAGCTCGTGTTGATAGGTATTC
CAAGAGTGATATCATCGTCTCTCCCTCCATTCTCTCTGCTAATTTCGCCAAATTAGGCGA
GCAGGTAAAAGCAGTAGAGTGTGCAGGTTGTGATTGGATCCATGTTGATGTGATGGATGG
TCGTTTTGTTCCCAACATCACTATTGGACCTCTTGTGGTTGATGCTTTGCGTCCTGTTAC
TGATCTTCCTTTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCAGATCTGAGGGTACCAGATTT
CATCAAAGCAGGTGCAGACATCGTCAGTGTACACTGTGAGCAGTCATCCACCATCCATTT
GCACCGCACTGTCAATCAAATCAAAAGCTTATGTGCTAAAGCTGGAGTTGTTCTAAACCC
TGGAACCCCATTGAGTGCTATAGAATATGTATTGGAGGTGGTGGATCTGGTCTTGATAAT

QA 3 722 3 722
DS 

RD RR3AT15TF 783 0 0
GG
AGAAGAGAAAGAGATAGAACGATTTGGGTGTTTTCTCTCACTACTAAGCTAAACCCACCA
CCAACCCTTTTTGGGGGATTCTAGTGAGAGAAAGAAGCTTTGAATCTTTCGAAATAAAGA
AGGAATAGAATCTA*AAAATCGGATATGTCGAGCTCAGTATCCACTTCGTTGTGTTGTTC
GTCAACCCAGGTCAATGGGTTTGGTCTTAGGCCTCAAAGGTCGCTTCTTTACCAACCCAC
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BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 15 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 15 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A423JQ U 51
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AF RR3AB57JQ U 1
AF RR3H846JQ U 26
AF RR3AB57TF C 330
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RD RR3A423JQ 494 0 0
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AGCTTCAAGATCTGGAGAGGATACCACGAAATAGGTAAAAAAAGACAAGATTGGAATCTC
TCATTTCTTCCCACCACCGGAAACGTTGAACTTGAAAAAAATGATATCTCCGTCCTGAAC
AACATATGTTTTCCCCTCCTGTCTGTATTTTCCTGCCCCCTTGACTGCAGTTTCATTGCC
AAGTTTCTTGAAATCCTCAAACTTCATGACCTCGGCACAAATGAATCCTCTCTCAAAATC
AGTATGAATGGCCCCTGCAGCTTGAGGAGCCTTTGACTGACGTCTTATTTGCCAGCACTT
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GATGATCCTCGGAA

QA 1 494 1 494
DS 

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TCAAACTTCATGACCTCGGCACAAATGAATCCTCTCTCAAAATCAGTATGAATGGCCCCT
GCAGCTTGAGGAGCCTTTGACTGACGTCTTATTTGCCAGCACTTCACCTCATCAGGCCCT
GCTGTAAAGAAATATATGAGGTTAATAGCTGAAAATCCAGTTTTGATGATCCTCGGAAGA
GCACTTTGCAGTTTGTTCTCCTCACAATACTTTGCTGCTTCGTCTGGGAGCATATCAGCG
AGACTCCTTTCGAAAACACCACTGAAAGGAATCATAGTATCACCACCGTGTTCTTGAACC
CAAGCATGAATC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3AB57JQ 747 0 0
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AACTTTGGAAACAGAAAATACAGTTTGGTTCATCTCTCGAAGTTGTATAAAGCTTCAAGA
TCTGGAGAGGATACCACGAAATAGGTAAAAAA*GACAAGATTGGAATCTCTCATTTCTTC
CCACCACCGGAAACGTTGAACTTGAAGAAAATGATATCTCCGTCCTGAACAACATATGTT
TTCCCCTCCTGTCTGTATTTTCCTGCCCCCTTGACTGCAGTTTCATTGCCAAGTTCCTTG
AGATCCTCAAACTTCATGACCTCGGCACAAATGAATCCTCTCTCAAAATCAGTATGAATG
GCCCCTGCAGCTTGAGGAGCCTTTGACTGACGTCTTATTTGCCAGCACTTCACCTCATCA
GGCCCTGCTGTAAAGAAATATATGAGGTTAATAGCTGAAAATCCAGTTTTGATGATCCTC
GGAAGAGCACTTTGCAGTTTGTTCTCCTCACAATACTTTGCTGCTTCGTCTGGGAGCATA
TCAGCGAGACTCCTTTCGAAAACACCACTGAAAGGAATCATAGTATCACCACCGTGTTCT
TGAACCCAAGCATGAATCTTCGGCAGGAATTTGTTTTTCTTCCTCTGGTAGTCTCTCTCA
TTCATGTTAATCAAGTAAACAAC
GGGC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3H846JQ 709 0 0
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CAGATACTAGATTGTGTTTAGTAAAGCCAATAAAAAACTTTGGAAACAGAAAATACAGTT
TGGTTCATCTCTCGAAGTTGTATAAAACTTCAAGATCTGGAGAGGATACCACGAAATAGG
TAAAAAA*GACAAGATTGGAATCTCTCATTTCTTCCCACCACCGGAAACGTTGAACTTGA
AGAAAATGATATCTCCGTCCTGAACAACATATGTTTTCCCCTCCTGTCTGTATTTTCCTG
CCCCCTTGACTGCAGTTTCACTGCCAAGTTCCTTGAGATCCTCAAGCTTCATGACCTCGG
CACAAATGAATCCTCTCTCAAAATCAGTATGAATGGCCCCTGCAGCTTGAGGAGCCTTTG
ACTGACGTCTTATTTGCCAGCACTTCACCTCATCAGGCCCTGCTGTAAAGAAATATATGA
GGTTAATAGCTGAAAATCCAGTTTTGATGATCCTCGGAAGAGCACTTTGCAGTTTGTTCT
CCTCACAATACTTTGCTGCTTCGTCTGGGAGCATATCAGCGAGACTCCTTTCGAAAACAC
CACTGAAAGGAATCATAGTATCACCACCGTGTTCTTGAACCCAAGCATGAATCTTCGGCA
GGAATTTGTTTTTCTTCCTCTGGTAGTCTCTCTCATTCATGTTAATCAA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3AB57TF 708 0 0
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AATGAATCCTCTCTCAAAATCAGTATGAATGGCCCCTGCAGCTTGAGGAGCCTTTGACTG
ACGTCTTATTTGCCAGCACTTCACCTCATCAGGCCCTGCTGTAAAGAAATATATGAGGTT
AATAGCTGAAAATCCAGTTTTGATGATCCTCGGAAGAGCACTTTGCAGTTTGTTCTCCTC
ACAATACTTTGCTGCTTCGTCTGGGAGCATATCAGCGAGACTCCTTTCGAAAACACCACT
GAAAGGAATCATAGTATCACCACCGTGTTCTTGAACCCAAGCATGAATCTTCGGCAGGAA
TTTGTTTTTCTTCCTCTGGTAGTCTCTCTCATTCATGTTAATCAAGTAAACAACGGGCTT
AGCGGAAAGCAATTGGAAAGTGTTCAAAATCTCGATATCAGCTGCTTTCCAGTCCCCAAA
ACGGACATCCTTTCCTTCTTCCAGCCAAGCTTTTACCTTAAGCAAGAGCTCAAGTTCGGC
TTTAAGCGCCTTGTCATTGCTCCTCTTCATGCTCTTCTCGACATCTTCAATCTTCTTTTT
AATGAATTCAATATCCTTTAGACGCAGTTCTTCAGTAATGGTCTCCAAATCTCTAACAGG
ATCCACAATATCATCAACATGAATAATATCAGGATCTTCAAAGGCAC
C

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3BX77TF 632 0 0
TGCCAGCACTTCACCTCATCAGGCCCTGCTGTAAAGAAATATATGAGGTTAATAGCTGAA
AATCCAGTTTTGATGATCCTCGGAAGAGCACTTTGCAGTTTGTTCTCCTCACAATACTTT
GCTGCTTCGTCTGGGAGCATATCAGCGAGACTCCTTTCGAAAACACCACTGAAAGGAATC
ATAGTATCACCACCGTGTTCTTGAACCCAAGCATGAATCTTCGGCAGGAATTTGTTTTTC
TTCCTCTGGTAGTCTCTCTCATTCATGTTAATCAAGTAAACAACGGGCTTAGCGGAAAGC
AATTGGAAAGTGTTCAAAATCTCGATATCAGCTGCTTTCCAGTCCCCAAAACGGACATCC
TTTCCTTCTTCCAGCCAAGCTTTTACCTTAAGCAAGAGCTCAAGTTCGACTTTAAGCGCC
TTGTCATTGCTCCTCTTCATGCTCTTCTCGACATCTTCAATCTTCTTTTTAATGAATTCA
ATATCCTTTAGACGCAGTTCTTCAGTAATGGTCTCCAAATCTCTAACAGGATCCACAATA
TCATCAACATGAATAATATCAGGATCTTCAAAGGCACGTAAAACATGGAAGATGCCATCA
ACAGCACGAATATGAGACAAGAAGTTGTTTCC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3H846TF 528 0 0
A
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ATCTTCAATCTTCTTTTTAATGAATTCAATATCCTTTAGACGCAGTTCTTCAGTAATGGT
CTCCAAATCTCTAACAGGATCCACAATATCATCAACATGAATAATATCAGGATCTTCAAA
GGCACGTAAAACATGGAAGATGCCATCAACAGCACGAATATGAGACAAGAAGTTGTTTCC
AAGACCCTGTCCTTCGTGAGCGCCTCTAACAAGGCCAGCAATGTCATGAATTTCCAAGAA
AGCAGGAATCTCACTCTTGGGCTTGTACAATTGACAAAGCCAATCAAACCTGTCATCGGG
GATATTGACACGTGCCTCGTTGGGCTCAATGGTACAAAAGGGGAAGTTCTCAGCTGGGAT
TGAAAGCTTCGTTAGGGTGTTGAAAAGTGTTGACTTTCCCACGTTTGGTAACCCTACGAT
TCCGATCTTGAGGTGAGAAGAGAAACGGCCAAGGATTGGCCTCTCTA

QA 2 528 2 528
DS 

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TATCAGCTGCTTTCCAGTCCCCAAAACGGACATCCTTTCCTTCTCCCAGCCAAGCTTTTA
C*TTAAGCAAGAGCTCAAGTTCGACTTTAAGCGCCTTGTCATTGCTCCTCTTCATGCTCT
TCTCGACATCTTCAATCTTCTTTTTAATGAATTCAATATCCTTTAGACGCAGTTCTTCAG
TAATGGTCTCCAAATCTCTAACAGGATCCACAATATCATCAACATGAATAATATCAGGAT
CTTCAAAGGCACGTAAAACATGGAAGATGCCATCAACAGCACGAATATGAGACAAGAAGT
TGTTTCCAAGACCCTGTCCTTCGTGAGCGCCTCTAACAAGGCCAGCAATGTCATGAATTT
CCAAGAAAGCAGGAATCTCACTCTTGGGCTTGTACAATTGACAAAGCCAATCAAACCTGT
CATCGGGGATATTGACACGTGCCTCGTTGGGCTCAATGGTACAAAAGGGGAAGTTCTCAG
CTGGGATTGAAAGCTTCGTTAGGGTGTTGAAAAGTGTTGACTTTCCCACGTTTGGTAACC
CTACGATTCCGATCTTGAGGTGAGAAGAGAAACGGCCAAGGATTGGCCTCTCTACGGGAC
CTGCATCCTTTACTTTCCCTTTCGGAGGCATCCTTTCTCTATCAGCGTCGTGTCGAGCTT
CAAGGAGGAGGAGCTTAGATAGATTCGCTTCGCTTCGCTAGGGTTCGTTTTCTTTAGCTG
AGTTGCTGCGAAGCTCC

QA 1 797 1 797
DS 



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GGAGATATCATTTTCTTTAAGTTCAACGTTTCCGGTGGTGGGAAGAAATGAGATCTTGAA
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TTTTATTGGCTTACCAAACACAAAAGTATCTGTAACTCTTGCTCTTTTCTTCAGTTAGCT
AAGACATGTCTTTGCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D102JQ C 1
AF RR3D102TF U 1
BS 1 1 RR3D102JQ
BS 2 676 RR3D102TF

RD RR3D102JQ 676 0 0
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CAAATAAGACGTCAGTCAAAGGCTCCTCAAGCTGCTGGCGCCATTCATGCTGATTTTGAG
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GGAGATATCATTTTCTTTAAGTTCAACGTTTCCGGTGGTGGGAAGAAATGAGATCTTGAA
GCTTTTCCCGGGAGTGGAACCAAACTGTGTTTTCTTTTTATTTCTGACAGTCTGGCAGTT
TTTTATTGGCTTACCAAACACAAAAGTATCTGTAACTCTTGCTCTTTTCTTCAGTTAGCT
AAGACATGTCTTTGCC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3D102TF 676 0 0
G
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AGCAAAGTATTGTGAGGAGAACAAACTGCAAAGTGCTCTTCCGAGGATCATCAAAACTGG
ATTTTCGGCCATTAACCTCATATTTCTTTACAGCAGGACCTGATGAGGTAAAGTGCTGGC
AAATAAGACGTCAGTCAAAGGCTCCTCAAGCTGCTGGCGCCATTCATGCTGATTTTGAGA
GAGGTTTTATTTGTGCCGAGGTCATGAAATTTGAGGATCTCAAGGAACTTGGCAACGAAA
CTGCAATCAAGGGCGCAGGGAAATACCGACAGGAGGGGAAAACATATGTTGTCCAGGATG
GAGATATCATTTTCTTTAAGTTCAACGTTTCCGGTGGTGGGAAGAAATGAGATCTTGAAG
CTTTTCCCGGGAGTGGAACCAAACTGTGTTTTCTTTTTATTTCTGACAGTCTGGCAGTTT
TTTATTGGCTTACCAAACACAAAAGTATCTGTAACTCTTGCTCTTTTCTTCAGTTAGCTA
AGACATGTCTTTGCC

QA 2 676 2 676
DS 



AS 2 10

CO CL330Contig1 764 5 5 U
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TATGCATGATTTTATTCTGATGGTAAGTTTAAATAAAGATCGGTTGCTTGAATCTTCACG
TTGCAACTCGGAAGAGGTGCATCACATAGGCACTTGTTGTGTAAATATGCGTAAGCATCA
AATCTCTGAAGGTCACCTCCCTGGGGGATGCGTCCACAAAGTTTGTTATAGCTAACATTG
AAAGACTGAAGAGTAAGCTCGGTCCATTGAACCGGGATACTCCCTGTGATCCTATTGTGA
TTCAAGTCTAAGTTATTAACTGTCGTAGCCACATTAACCTTGGAAATATCAAACTGGAAC
TTGTTTCTCGATAAATCAATGGACCCTGACGTCTTTTTGTCTCCAAACATCATTGAAGCA
TCACCTTCTAGCTTGTTACGGGAGAAATCAATCCGGTAAAAATCCAGGTTGCCTAGTGAT
TTTGGTATCGAACCTGATAGCATGTTGTGCGATAGAAAAAGCTCAGGAGGTAACACTCCT
TTAAACGATCCAAATGACTCTGGTATTGAACCTGTAACCTTGTTCCTGCTTAGTTCAAGA
ATCCTGAGTTTAGGTAACAAAGAGAGAGAACCGGGTATGGAACCAGAGAGGTCATTGAAG
GAAAGGTTAATGTACTCTAGATCCTTGAGCTGACTCAAAAATTCAGGAACCGGACCGGCC
AGGTTGGTCCAGCTGAGCCAGAGAAAACGAAGATACTTGAGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU04JQ U 50
AF RR3GW56JQ U 110
AF RR3D579JQ U 5
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RD RR3EU04JQ 407 0 0
ACAGATGTCATTATGCATGATTTTATTCTGATGGTAAGTTTAAATAAAGATCGGTTGCTT
GAATCTTCACGTTGCAACTCGGAAGAGGTGCATCACATAGGCACTTGTTGTGTAAATATG
CGTAAGCATCAAATCTCTGAAGGTCACCTCCCTGGGGGATGCGTCCACAAAGTTTGTTAT
AGCTAACATTGAAAGACTGAAGAGTAAGCTCGGTCCATTGAACCGGGATACTCCCTGTGA
TCCTATTGTGATTCAAGTCTAAGTTATTAACTGTCGTAGCCACATTAACCTTGGAAATAT
CAAACTGGAACTTGTTTCTCGATAAATCAATGGACCATGACGTCTTTTTGTCTCCAAAAA
TCATTGAAGCATCACCTTCTAGCTTGTTACGGGAGAAATCAATCCGG

QA 1 407 1 407
DS 

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CGTAAGCATCAAATCTCTGAAGGTCACCTCCCTGGGGGATGCGTCCACAAAGTTTGTTAT
AGCTAACATTGAAAGACTGAAGAGTAAGCTCGGTCCATTGAACCGGGATACTCCCTGTGA
TCCTATTGTGATTCAAGTCTAAGTTATTAACTGTCGTAGCCACATTAACCTTGGAAATAT
CAAACTGGAACTTGTTTCTCGATAAATCAATGGACCCTGACGTCTTTTTGTCTCCAAACA
TCATTGAAGCATCACCTTCTAGCTTGTTACGGGAGAAATCAATCCGGTAAAAATCCAGGT
TGCCTAGTGATTTTGGTATCGAACCTGATAGCATGTTGTGCGATAGAAAAAGCTCAGGAG
GTAACACTCCTTTAAACGATCCAAATGACTCTGGTATTGAACCTGTAACCTTGTTCCTGC
TTAGTTCAAGAATCCTGAGTTTAGGTAACAAAGAGAGAGAACCGGGTATGGAACCAGAGA
GGTCATTGAAGGAAAGGTTAATGTACTCTAGATCCTTGAGCTGACTCAAAAA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3D579JQ 698 0 0
AA
TTAAAATTTATTCATTTTTATTTAATCATTTTGAATATAACATACAGATGTCATTATACA
TGATTTTATTCTGATGGTAAGTTTAAATAAAGATCGGTTGCTTGAATCTTCACGTTGCAA
CTCGGAAGAGGTGCATCACATAGGCACTTGTTGTGTAAATATGCGTAAGCATCAAATCTC
TGAAGGTCACCTCCCTGGGGGATGCGTCCAAAAAGTTTGTTATAGCTAACATTGAAAGAC
TGAAGAGTAAGCTCGGTCCATTGAACCGGGATACTCCCTGTGATCCTATTGTGATTCAAG
TCTAAGTTATTAACTGTCGTAGCCACATTAACCTTGGAAATATCAAACTGGAACTTGTTT
CTCGATAAATCAATGGACCATGACGTCTTTTTGTCTCCAAACATCATTGAAGCATCACCT
TCTAGCTTGTTACGGGAGAAATCAATCCGGTAAAAATCCAGGTTGCCTAGTGATTTTGGT
ATCGAACCTGATAGCTTGTTGTGCGATAGAAAAAGCTCAGGAGGTAACACTCCTTTAAAC
GATCCAAATGACTCTGGTATTGAACCTGTAACCTTGTTCCTGCTTAGTTCAAGAATCCTG
AGTTTAGGTAACAAAGAGAGAGAACCGGGTATGGGACCAGAGAGGTCATTGAAGGAAAGG
TTAATGTACTCTAGATCCTTGAGCCGACTCAAAAA
A

QA 3 697 3 697
DS 

RD RR3H338JQ 697 0 0
AG
TTAAAATTTATTCGTTTTTATT*AATCATTTTGAATATAACATACAGATGTCATTATGCA
TGATTTTATTCTGATGGTAAGTTTAAATAAAGATCGGTTGCTTGAATCTTCACGTTGCAA
CTCGGAAGAGGTGCATCACATAGGCACTTGTTGTGTAAATATGCGTAAGCATCAAATCTC
TGAAGGTCACCTCCCTGGGGGATGCGTCCACAAAGTTTGTTATAGCTAACATTGAAAGAC
TGAAGAGTAAGCTCGGTCCATTGAACCGGGATACTCCCTGTGATCCTATTGTGATTCAAG
TCTAAGTTATTAACTGTCGTAGCCACATTAACCTTGGAAATATCAAACTGGAACTTGTTT
CTCGATAAATCAATGGACCCTGACGTCTTTTTGTCTCCAAACATCATTGAAGCATTACCT
TCTAGCTTGTTACGGGAGAAATCAATCCGGTAAAAATCCAGGTTGCCTAGTGATTTTGGT
ATCGAACCTGATAGCATGTTGTGCGATAGAAAAAACTCAGGAGGTAACACTCCTTTAAAC
GATCCAAATGACTCTGGTATTGAACCTGTAACCTTGTTCCTGCTTAGTTCAAGAATCCTG
AGTTTAGGTAACAAAGAGAGAGAACCGGGTATGGAACCAGAGAGGTCATTGAAGGAAAGG
TTAATGTACTCTAGATCCTTGAGCTGACTCAAAAA

QA 3 697 3 697
DS 

RD RR3BD65JQ 764 0 0
ATTTAATTAAAATTTATTCGTTTTTATT*AATCATTTTGAATATAACATACAGATGTCAT
TATGCATGATTTTATTCTGATGGTAAGTTTAAATAAAGATCGGTTGCTTGAATCTTCACG
TTGCAACTCGGAAGAGGTGCATCACATAGGCACTTGTTGTGTAAATATGCGTAAGCATCA
AATCTCTGGAGGTCACCTCCCTGGGGGATGCGTCCACAA*GTTTGTTATAGCTAACATTG
AAAGACTGAAGAGTAAGCTCGGTCCATTGAACCGGGATACTCCCTGTGATCCTATTGTGA
TTCAAGTCTAAGTTATTAACTGTCGTAGCCACATTAACCTTGGAAATATCAAACTGGAAC
TTGTTTCTCGATAAATCAATGGACCCTGACGTCTTTTTGTCTCCAAACATCATTGAAGCA
TCACCTTCTAGCTTGTTACGGGAGAAATCAATCCGGTAAAAATCCAGGTTGCCTAGTGAT
TTTGGTATCGAACCTGATAGCATGTTGTGCGATAGAAAAAGCTCAGGAGGTAACACTCCT
TTAAACGATCCAAATGACTCTGGTATTGAACCTGTAACCTTGTTCCTGCTTAGTTCAAGA
ATCCTGAGTTTAGGTAACAAAGAGAGAGAACCGGGTATGGAACCAGAGAGGTCATTGAAG
GAAAGGTTAATGTACTCTAGATCCTTGAGCTGACTCAAAAATTCAGGAACCGGACCGGCC
AGGTTGGTCCAGCTGAGCCAGAGAAAACGAAGATACTTGAGCTT

QA 1 764 1 764
DS 



CO CL330Contig2 799 5 11 U
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GACATCTTTGTCTAAAGATCTCTGTCACAAAGATGACGAAAACACCCTCCTCAAGATCAA
GAAATCCCTTAACAACCCTTACACCATCATCTCCTGGGATCCCAAAGACGACTGCTGTAC
CTGGGTCTCCGTTGAGTGCGGTGACTCTACTGTTAACCACCGTGTCATCTCCCTATATAT
ATCAGACGACGATGTCTCCGCTCAGATCCCTCCTGAAGTAGGTGACTTATCGTATCTACA
AACCCTTATATTCCGCAAACTCCCTAACCTCACCGGTGAAATCCAACCTACCATCGCCAA
GCTCAAGTATCTTCGTTTTCTCTGGCTCAGCTGGACCAACCTGGCCGGTCCGGTTCCTGA
ATTTTTGAGTCAGCTCAAGGATCTAGAGTACATTAACCTTTCCTTCAATGACCTCTCTGG
TTCCATACCCGGTTCTCTCTCTTTGTTACCTAAACTCAGGATTCTTGAACTAAGCAGGAA
CAAGGTTACAGGTTCAATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTAAAGGAGTGTTACCTCCTGA
GCTTTTTCTATCGCACAACATGCTATCAGGTTCGATACCAAAATCACTAG*CAACCTGGA
TTTTTACCGGATTGATTTCTCCCGTA*CAAGCTAGAA*GTGATGCTTCAATGATGTTTGG
AGACAAAAGACGTCATGGTCCATTGATTTATCGAGAAAAAGTCCAGTTTGATATTTCCAA
GTTATGTGGCTACGACAGT


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK52TF U 1
AF RR3BD65TF U 3
AF RR3H338TF U 44
AF RR3EU04TF U 4
AF RR3D579TF U 4
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RD RR3EK52TF 722 0 0
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GACATCTTTGTCTAAAGATCTCTGTCACAAAGATGACGAAAACACCCTCCTCAAGATCAA
GAAATCCCTTAACAACCCTTACACCATCATCTCCTGGGATCCCAAAGACGACTGCTGTAC
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CAAGGTTACAGGTTCAATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTAAAGGAGTGTTACCTCCTGA
GCTTTTTCTATCGCACAACATGCTATCAGGTTCGATACCAAAATCACTAGGCAACCTGGA
TTTTTACCGGATTGATTTCTCCCGTAACACGCTAGAA*GTGATGCTTCAATGATGTTTGG
AG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3BD65TF 722 0 0
GGG
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TTATATTCCGCAAACTCCCTAACCTCACCGGTGAAATCCAACCTACCATCGCCAAGCTCA
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TACCCGGTTCTCTCTCTTTGTTACCTAAACTCAGGATTCTTGAACTAAGCAGGAACAAGG
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ACCGGATTGATTTCTCCCGTAACAAGCTAGAAAGTGATGCTTCAATGATGTTTGGAGAC

QA 4 722 4 722
DS 

RD RR3H338TF 714 0 0
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GTCATCTCCCTATATATATCAGACGACGATGTCTCCGCTCAGATCCCTCCTGAAGTAGGT
GACTTATCGTATCTACAAACCCTTATATTCCGCAAACTCCCTAACCTCACCGGTGAAATC
CAACCTACCATCGCCAAGCTCAAGTATCTTCGTTTTCTCTGGCTCAGCTGGACCAACCTG
GCCGGTCCGGTTCCTGAATTTTTGAGTCAGCTCAAGGATCTAGAGTACATTAACCTTTCC
TTCAATGACCTCTCTGGTTCCATACCCGGTTCTCTCTCTTTGTTACCTAAACTCAGGATT
CTTGAACTAAGCAGGAACAAGGTTACAGGTTCAATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTAAA
GGAGTGTTACCTCCTGAGTTTTTTCTATCGCACAACATGCTATCAGGTTCGATACCAAAA
TCACTAG*CAACCTGGATTTTTACCGGATTGATTTCTCCCGTA*CAAGCTAGAAAGT*AT
GCTTCAATGATGTTTGGAGACAAAAGACGTCA*GGTCCATTGATTTATCGAGAA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3EU04TF 757 0 0
GG
ACACCATGGATAAGATAACGACATTGCTCTTTCCCTTGTTCACTCTCCTCCTCACGACAT
CTTTGTCTAAAGATCTCTGTCACAAAGATGACGAAAACACCCTCCTCAAGATCAAGAAAT
CCCTTAACAACCCTTACACCATCATCTCCTGGGACCCCAAAGACGACTGCTGTACCTGGG
TCTCCGTTGAGTGCGGTGACTCTACTGTTAACCACCGTGTCATCTCCCTATATATATCAG
ACGACGATGTCTCCGCTCAGATCCCGCCTGAAGTCGGCGACTTATCGTATCTACAAACCC
TCATATTCCGCAAACTCCCTAACCTCACCGGTGAAATCCAACCTACCATCGCCAAGCTCA
AGTATCTTCGTTTTCTCTGGCTCAGCTGGACCAACCTGACCGGTCCAGTTCCTGATTTTT
TGAGTCAGCTCAAGGATCTAGAGTACATTAACCTTTCCTTCAATGACCTCTCTGGTTCCA
TACCCGGTTCTCTCTCTTTGTTACCTAAACTCAGGATTCTTGAACTAAGCAGGAACAAGG
TTACAGGTTCAATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTAAAGGAGTGTTACCTCCTGAGCTTT
TTCTATCGCACAACAAGCTATCAG*TTCGATACCAAAATCACTAG*CAACCTGGATTTT*
ACCGGATTGATTTCTCCCGTA*CAAGCTAGAA*GTGATGCTTCAATGAT*TTTGGAGACA
AAAGACGTCATGGTCCATTGATTTATCGAGAAA
AA

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR3D579TF 796 0 0
GG
ACACCATGGATAAGATAACGACATTGCTCTTTCCCTTGTTCACTCTCCTCCTCACGACAT
CTTTGTCTAAAGATCTCTGTCACAAAGATGACGAAAACACCCTCCTCAAGATCAAGAAAT
CCCCTAACAACCCTTACACCATCATCTCCTGGGACCCCAAAGACGACTGCTGTACCTGGG
TCTCCGTTGAGTGCGGTGACTCTACTGTTAACCACCGTGTCATCTCCCTATATATATCAG
ACGACGATGTCTCCGCTCAGATCCCGCCTGAAGTCGGCGACTTATCGTATCTACAAACCC
TCATATTCCGCAAACTCCCTAACCTCACCGGTGAAATCCAACCTACCATCGCCAAGCTCA
AGTATCTTCGTTTTCTCTGGCTCAGCTGGACCAACCTGACCGGTCCAGTTCCTGATTTTT
TGAGTCGGCTCAAGGATCTAGAGTACATTAACCTTTCCTTCAATGACCTCTCTGGTCCCA
TACCCGGTTCTCTCTCTTTGTTACCTAAACTCAGGATTCTTGAACTAAGCAGGAACAAGG
TTACAGGTTCAATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTAAAGGAGTGTTACCTCCTGAGCTTT
TTCTATCGCACAACAAGCTATCAGGTTCGATACCAAAATCACTAG*CAACCTGGATTTTT
ACCGGATTGATTTCTCCCGTA*CAAGCTAGAA*GTGATGCTTCAATGATGTTTGGAGACA
AAAGACGTCATGGTCCATTGATTTATCGAGAACAAGTCCAGTTTGATATTTCCAAGTTAT
GTGGCTACGACAGT

QA 3 796 3 796
DS 



AS 1 10

CO CL331Contig1 888 10 18 U
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GGCTAAGCAGAGGACCCCGAAAGTAAGCCGGAACCCCGATCTTATCAGGGGCGTCGGCAA
ATACTCTCGCTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGG
CGGCGTTTTCCCCCGTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGC
TAAGTTTTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCC
TACCAAGCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATT
CAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGG
ACCATTCAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAAC
CTCCACGAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGG
AAAGGTTGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTTGAAGCTGACAAAGA
GGAGAAGAAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTCT
GATCAAATCCATTGAAGCAGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGCGCCAGGTTCTCTCT
GTCACAAGGAATGAAACCACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCATCTTATCGTTTTGT
TTCCCTTCATGTTTCAACATCTGTTTTCCCCTGAGAGTTTTTGTCCCTGGATCTTTAAAA
AATACACTATTTTCTCTGATTTATATATCAACGTTCTATCAATGAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3FD87TF U 1
AF RR3CI68TF U 5
AF RR3BN88TF U 1
AF RR3A185TF U 4
AF RR3C013TF U 2
AF RR3A185JQ C 107
AF RR3C013JQ C 171
AF RR3CI68JQ C 125
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AF RR3FD87JQ C 432
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BS 429 460 RR3BN88TF
BS 461 461 RR3FD87TF
BS 462 692 RR3BN88TF
BS 693 693 RR3C013TF
BS 694 730 RR3BN88TF
BS 731 731 RR3A185TF
BS 732 760 RR3BN88TF
BS 761 761 RR3C013TF
BS 762 766 RR3BN88TF
BS 767 767 RR3C013TF
BS 768 775 RR3BN88TF
BS 776 781 RR3C013TF
BS 782 782 RR3A185JQ
BS 783 813 RR3C013TF
BS 814 880 RR3A185JQ
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GGACGC
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CAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGGACCATT
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TGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGA

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DS 

RD RR3CI68TF 620 0 0
GG
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GCAGAGGACCCCGAAAGTAAGCCGGAACCCCGATCTTATCAGGGGCGTCGGCAAATACTC
TCGCTCCCAAATGTACCACAAGAGAGGTTTGTGGGCAATCAAGGCCAAAAACGGCGGCGT
TTTCCCCCGTCACGACGTTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGCTAAGTT
TTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCCTACCAA
GCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATTCAAGGG
CAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGGACCATT
CAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAACCTCCAC
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GAAAGAGATCCCTCA
GAG

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DS 

RD RR3BN88TF 775 0 0
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CGGCGTTTTCCCCCGTCACGACGCTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGC
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TACCAAGCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATT
CAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGG
ACCATTCGAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACTAGTCCTACGTGATTGGAAC
CTCCACGAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGG
AAAGGTTGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTTGAAGCTGACAAAGA
GGAGAAGAAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTCT
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GTCACAAGGA*TGAAACCACATGAGCTTGTCTTCTAGATT*CATCACCTTATCGT

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DS 

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GGG
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DS 

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GACGC
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TTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGCCTAAGCCTACCAA
GCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATTCAAGGG
CAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGGACCATT
CAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAACCTCCAC
GAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGATGACAAGTACTTCGGAAAGGT
TGCTGAGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTTGAAGCTGACAAAGAGGAGAA
GAAAGAGATCTCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTCTGATCAA
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AGGA*TGAA*CCACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCATCTTATCGTTTTGTT*CCCT
TCATGTTTCAACATCTGTTTTCCCCTG

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DS 

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CGCAAGCCTAAGCCTACCAAGCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATC
CTTGCTGGTAGATTCAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTG
CTTTTGGTTACTGGACCATTCAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCC
TACGTGATTGGAACCTCCACGAAGGTTGACATTTCTGGAGTCAACACTGAGAAATTCGAT
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DS 

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AGAAGCCGGCTAAGTTTTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCA
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CTGGTAGATTCAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTT
TGGTTACTGGACCATTCAAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACG
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CTGACAAAGAGGAGAAGAAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAG
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ATCGTTTTGTTTCCCTTCATGTTTCAACATCTGTTTTCCCCTGAGAGTTTTTGTCCCTGG
ATCTTTAAAAAATACACTATTTTCTCTGATTTATATATCAACGTTCTA
CC

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DS 

RD RR3CI68JQ 756 0 0
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GTTTTCCCCCGTCACGACGTTAAGTCCAAGGTCGAAGCTCTGGTTGAGAAGCCGGCTAAG
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AAGCTTAAAGCAAGCATTACTCCAGGAACTGTGTTGATCATCCTTGCTGGTAGATTCAAG
GGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGGTTACTGGACCA
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AAGAAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTCTGATC
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CAAGGAATGAAACCACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCATCTTATCGTTTTGTTTCC
CTTCATGTTTCAACATCTGTTTTCCCCTGAGAGTTTTTGTCCCTGGATCTTTAAAAAATA
CACTATTTTCTCTGATTTATATATCAACGTTCTATC

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DS 

RD RR3BN88JQ 775 0 0
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AGCCGGCTAAGTTTTACCCGGCGGAAGACGTTAAGAAGCCGCTCGCCAACAGGCGCAAGC
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GTAGATTCAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTTCTCAAGCAACTCACTTCTGGTTTGCTTTTGG
TTACTGGACCATTCGAGATCAACGGTGTTCCGTTGAGACGTGTTAACTAGTCCTACGTGA
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ACAAAGAGGAGAAGAAAGAGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACG
CAGCTCTGATCAAATCCATTGAAGCAGTCCCAGAGCTCAAGACTTACCTCGGCGCCAGGT
TCTCTCTGTCACAAGGAATGAAACCACATGAGCTTGTCTTCTAGATTTCATCACCTTATC
GTTTTGTTTCCCTTCATGTTTCAACATCTGTTTTCCCCTGAGAGTTTTTGTCCCTGGATC
TTTAAAAAATACACTATTTTCTCTGATTTATATGTCAACGTTCTATCAATGAGAC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3FD87JQ 457 0 0
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AGAAGAAGACGAAGAAAGGAGAAGGCGAATTCTTTGAAGCTGACAAAGAGGAGAAGAAAG
AGATCCCTCAAGAGAAGAAGGAAGACCAGAAAACCGTAGACGCAGCTCTGATCAAATCCA
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TTTCAACATCTGTTTTCCCCTGAGAGTTTTTGTCCCTGGATCTTTAAAAAATACACTATT
TTCTCTGATTTATATATCAACGTTCTATCAATGAG
GC

QA 1 455 1 455
DS 



AS 2 10

CO CL332Contig1 431 5 4 U
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GCATCATAACT


BQ
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 

AF RR3EP57JQ C 1
AF RR3EP57TF U 1
AF RR3H122JQ C 2
AF RR3H122TF U 2
AF RR3C981TF U 105
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BS 316 426 RR3EP57TF
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ATTTAAAAAATAGATCTTCATTAGAAAATCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTG
GCATCA
G

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR3EP57TF 427 0 0
GGAAAACACAATTAGTTCATTATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGG
CTTCATTTTGGTCACAATTTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACC
AAGCACAGAAAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAA
GCAATGTGAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCAT
AGGCAAAGGAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACC
TACATTGAAGCTCAGATATATTCCATTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTTATGTGTGAT
ATTTAAAAAATAGATCTTCATTAGAAAATCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTG
GCATCA
G

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR3H122JQ 430 0 0
GAAAACACAATTAGTTCATTATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGGC
TTCATTTTGGTCACAATTTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGTAGGGAGGACCA
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CAATGTGAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCATA
GGCAAAGGAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACCT
ACATTGAAGCTCAAATATATTCCATTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTTATGTGTGATA
TTTAAAAAATAGATCTTCATTAGAAAATCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTGG
CATCATAACT

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR3H122TF 430 0 0
GAAAACACAATTAGTTCATTATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGGC
TTCATTTTGGTCACAATTTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGTAGGGAGGACCA
AGCACAGAAAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAAG
CAATGTGAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCATA
GGCAAAGGAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACCT
ACATTGAAGCTCAAATATATTCCATTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTTATGTGTGATA
TTTAAAAAATAGATCTTCATTAGAAAATCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTGG
CATCATAACT

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR3C981TF 327 0 0
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GAAAATGTGATACTAAGCAATGTGAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTG
GTATGTGCCTACCCATAGGCAAAGGAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTC
GCTGATATTTTTAACCTACATTGAAGCTCAAATATATTCCATTTTTAATAAGTCACAACT
TCTTTTTATGTGTGATATTTAAAAAATAGATCTTCATTAGAAAATCATGTTTCATTTATT
TCTAAATAAAATTTTGGCATCATAACT

QA 1 327 1 327
DS 



CO CL332Contig2 431 5 5 U
GGAAAACACAATTAGTTCATTATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGG
CTTCATTTTGGTCACAATCTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACC
AAGCACAGAAAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAA
GCAATGTGAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCAT
AGGCAAAGGAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACC
TACATTGAAGCTCAAATCTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTCATGTGTGAT
ATGTAAAATATAGATCTTCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTG
GCATCATAACT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3ER22TF U 1
AF RR3FZ39JQ C 1
AF RR3CQ30JQ C 6
AF RR3CZ56TF U 6
AF RR3FZ39TF U 1
BS 1 407 RR3ER22TF
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BS 411 424 RR3CZ56TF
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RD RR3ER22TF 407 0 0
GGAAAACACAATTAGTTCATTATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGG
CTTCATTTTGGTCACAATCTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACC
AAGCACAGAAAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAA
GCAATGTGAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCAT
AGGCAAAGGAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACC
TACATTGAAGCTCAAATCTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTCATGTGTGAT
ATGTAAAATATAGATCTTCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTCT

QA 1 407 1 407
DS 

RD RR3FZ39JQ 427 0 0
GGAAAACACAATTAGTTCATTATCTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGG
CTTCATTTTGGTCACAATCTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACC
AAGCACAGAAAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAA
GCAATGTGAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCAT
AGGCAAAGGAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACC
TACATTGAAGCTCAAATCTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTATTTTCATGTGTGAT
ATTTAAAATATAGATCTTCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTG
GCATCAT

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR3CQ30JQ 423 0 0
GG
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TTGGTCACAATCTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACCAAGCACA
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GAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCATAGGCAAA
GGAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACCTACATTG
AAGCTCAAATCTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTCATGTGTGATATGTAAA
ATATAGATCTTCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTGGCAT
ATAG

QA 3 419 3 419
DS 

RD RR3CZ56TF 425 0 0
GG
ACAATTAGTTCATTATTTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGGCTTCATT
TTGGTCACAATCTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACCAAGCACA
GAAAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAAGCAATGT
GAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCATAGGCAAA
GGAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACCTACATTG
AAGCTCAAATCTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTCTTTTCAGGTGTGATATGTAAA
ATATAGATCTTCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTCTAAGTAAAATTTTGGCAT
ATAACT

QA 3 419 3 419
DS 

RD RR3FZ39TF 431 0 0
GGAAAACACAATTAGTTCATTATCTAAGATGAAAATATCTTTTCAAACTTCGCTTATTGG
CTTCATTTTGGTCACAATCTTTCTACTAGGAGTAGTGGTGTCTGCTCAGAAGGGAGGACC
AAGCACAGAAAGAACTTGTACTGAAGCATACCCAAACAATACTGGAAAATGTGATACTAA
GCAATGTGAAGCCGAATGTACCAAAAAGAGGCCAAAAGGGGTTGGTATGTGCCTACCCAT
AGGCAAAGGAGATTTTCAATGCAGATGCTATTATAAATGCCGTCGCTGATATTTTTAACC
TACATTGAAGCTCAAATCTATTCCACTTTTAATAAGTCACAACTTATTTTCATGTGTGAT
ATTTAAAATATAGATCTTCATTAAAAGGTCATGTTTCATTTATTTCTAAATAAAATTTTG
GCATCATAACT

QA 1 431 1 431
DS 



AS 1 9

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TGGAAATTCTAAGTCTTATGATAAACCGTAATTAACAATTCTCTAACGCAACTAAAGTTC
AAGATTCAACCAAAGGTGAACTGACGACGACAAGACAAGAGAGAAGACTGAATGTCCTTT
CCGACACAATTTGATTTTTCTTTTTTTTT*CATGTCTTTTTGGTTTGTCCGAGCTACTTT
TGAGACTTTGTGGGGGTGGGTTTGTTTTTTCAATTCAACGTGATCATGTCCTCTTCATGA
TGTATCCCAAGATTAGACCGATTAATCCCACCAGAAGAACGTACATGAACGGGATTCCAC
CACCACTCTGACTCCTCTTGCTTTCACGCTTCAACTGCTCCAATTCTTGTTGAAGTTTCT
TGTTCAGTTGAAGCGCAGAGTTCTTTTCCTCGGTGAGCCTTGCGACGAGAGCTCTCGCCT
CAGATGAGTTTTCCTGAGGTTCAAGCCTGTCCACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAAT
CAGAAACGTTGGCACTGTCCGAGACAGAAGCTCTAGGAGAAGAGCCCTCTTCCGATCCTT
CACGAACGGGTGATGGTGGCCGTGGTGGATCGACATAGACAACTCTCAATTTAGTCTCCT
CAACTCGATGCCCTGCCTCTTTGCTAAACATCTCAGGAGTAACTTCCTTGGCAGTGGCTC
CGGGACTGGCGATAACACACTGAAGCAAGAACTTGTCCTTGCACTGCATATCAGCAGGAG
CTTCCTTTTGCGCTTGCATCGTCACTAGAACTTCAGAAGAGGATCTCGGAAGAACAACAC
CAGTGTTAGGCCTCACACAATACTTCTTCGGATTCGTCGTTTTAACCTTGAAGGCGACAT
AATTGTCGGTTTTGTTAGCCAGATAGAGAGACGAAGAGATCTGCTTCTTCAATTCAAAAG
GGAATTGAAGGTCGATAGGATCGATGTCGAGAAGCTCGTTACTCATCCTGATAGGATCTA
CGACGGAATTTGATTCTCCGGTGGAGTTAGAGCGTTGCTCGTCGTCGTCGTTGTCGATCG
AGGACAGAGATTCACGGAGAGAGAGTTTGGATTTTGAAGATTGGAGACGATATGCCCCTT
CTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 35 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 35 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 20 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3C390JQ U 139
AF RR3CK23JQ U 1
AF RR3F229JQ U 9
AF RR3FN16JQ U 9
AF RR3FS58JQ U 211
AF RR3FS58TF C 299
AF RR3C390TF C 367
AF RR3FN16TF C 448
AF RR3CK23TF C 414
BS 1 448 RR3CK23JQ
BS 449 449 RR3F229JQ
BS 450 636 RR3CK23JQ
BS 637 692 RR3F229JQ
BS 693 695 RR3FN16JQ
BS 696 696 RR3FS58JQ
BS 697 772 RR3FN16JQ
BS 773 949 RR3FS58JQ
BS 950 985 RR3FS58TF
BS 986 1085 RR3C390TF
BS 1086 1145 RR3CK23TF

RD RR3C390JQ 340 0 0
AACTGACGACCACAAGACAAGAGAGAAAACTGAATGTCCTTTCCGACACAATTTGATTTT
TCTTTTTTTTT*CATGTCTTTTTGGTTTGTCCGAACTACTTTTGAGACTTTGTGGGGGGG
GGTTTGTTTTTTCAATTCAACGTGATCATGTCCTCTTCATGATGTATCCCAAGATTAAAC
CGATTAATCCCACCAAAAAAACGTACATGAACGGGATTCCACCACCACTCTGACTCCTCT
TGCTTTCACGCTTCAACTGCTCCAATTCTTGTTGAAGTTTCTTGTTCAGTTGAAGCGCAA
AGTTCTTTTCCTCGGTGAGCCTTGCGACGAGAGCTCTCGC

QA 1 340 1 340
DS 

RD RR3CK23JQ 636 0 0
GAGTTAATGGAGGAGAGAGAACGAACACACTGAAAAAATGTCTTCTTGATTACAAAAGGA
TGGAAATTCTAAGTCTTATGATAAACCGTAATTAACAATTCTCTAACGCAACTAAAGTTC
AAGATTCAACCAAAGGTGAACTGACGACGACAAGACAAGAGAGAAGACTGAATGTCCTTT
CCGACACAATTTGATTTTTCTTTTTTTTT*CATGTCTTTTTGGTTTGTCCGAGCTACTTT
TGAGACTTTGTGGGGGTGGGTTTGTTTTTTCAATTCAACGTGATCATGTCCTCTTCATGA
TGTATCCCAAGATTAGACCGATTAATCCCACCAGAAGAACGTACATGAACGGGATTCCAC
CACCACTCTGACTCCTCTTGCTTTCACGCTTCAACTGCTCCAATTCTTGTTGAAGTTTCT
TGTTCAGTTGAAGCGCAGAGTTCTTTTCATCGGTGAGCCTTGCGACGAGAGCTCTCGCCT
CAGATGAGTTTTCCTGAGGTTCAAGCCTGTCCACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAAT
CAGAAACGTTGGCACTGTCCGAGACAGAAGCTCTAGGAGAAGAGCCCTCTTCCGATCCTT
CACGAACGGGTGATGGTGGCCGTGGTGGATCGACAT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3F229JQ 684 0 0
AGG
GGAGAGAGAACGAACACACTGAAAAAATGTCTTCTTGATTACAAAAGGATGGAAATTCTA
AGTCTTATGATAAACCGTAATTAACAATTCTCTAACGCAACTAAAGTTCAAGATTCAACC
AAAGGTGAACTGACGACGACAAGACAAGAGAGAAGACTGAATGTCCTTTCCGACACAATT
TGATTTTTCTTTTTTTTT*CATGTCTTTTTGGTTTGTCCGAGCTACTTTTGAGACTTTGT
GGGGGTGGGTTTGTTTTTTCAATTCAACGTGATCATGTCCTCTTCATGATGTATCCCAAG
ATTAGACCGATTAATCCCACCAGAAGAACGTACATGAACGGGATTCCACCACCACTCTGA
CTCCTCTTGCTTTCACGCTTCAACTGCTCCAATTCTTGTTGAAGTTTCTTGTTCAGTTGA
AGCGCAGAGTTCTTTTCCTCGGTGAGCCTTGCGACGAGAGCTCTCGCCTCAGATGAGTTT
TCCTGAGGTTCAAGCCTGTCCACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAATCAGAAACGTTG
GCACTGTCCGAGACAGAAGCTCTAGGAGAAGAGCCCTCTTCCGATCCTTCACGAACGGGT
GATGGTGGCCGTGGTGGATCGACATAGACAACTCTCAATTTAGTCTCCTCAACTCGATGC
CCTGCCTCTTTGCTAAACATC

QA 4 684 4 684
DS 

RD RR3FN16JQ 764 0 0
GGA
GGAGAGAGAACGAACACACTGAAAAAATGTCTTCTTGATTACAAAAGGATGGAAATTCTA
AGTCTTATGATAAACCGTAATTAACAATTCTCTAACGCAACTAAAGTTCAAGATTCAACC
AAAGGTGAACTGACGACGACAAGACAAGAGAGAAGACTGAATGTCCTTTCCGACACAATT
TGATTTTTCTTTTTTTTTTCATGTCTTTTTGGTTTGTCCGAGCTACTTTTGAGACTTTGT
GGGGGTGGGTTTGTTTTTTCAATTCAACGTGATCATGTCCTCTTCATGATGTATCCCAAG
ATTAGACCGATTAATCCCACCAGAAGAACGTACATGAACGGGATTCCACCACCACTCTGA
CTCGTCTTGCTTTCACGCTTCAACTGCTCCAATTCTTGTTGAAGTTTCTTGTTCAGTTGA
AGCGCAAAGTTCTTTTCCTCGGTGAGCCTTGCGACGAGAGCTCTCGCCTCAGATGAGTTT
TCCTGAGGTTCAAGCCTGTCCACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAATCAGAAACGTTG
GCACTGTCCGAGACAGAAGCTCTAGGAGAAGAGCCCTCTTCCGATCCTTCACGAACGGGT
GATGGTGGCCGTGGTGGATCAACATAGACAACTCTCAATTTAGTCTCCTCAACTTGATGC
CCTGCCTCTTTGCTAAACATCTCAAGAGTAACTTCCTTGGCAGTGGCTCCGGGACTGGCG
ATAACACACTGAAGCAAGAACTTGTCCTTGCACTGCATATC

QA 4 764 4 764
DS 

RD RR3FS58JQ 739 0 0
CATGTCTTTTTGGTTTGTCCGAGCTACTTTTGAGACTTTGTGGGGGTGGGTTTGTTTTTT
CAATTCAACGTGATCATGTCCTCTTCATGATGTATCCCAAGATTAGACCGATTAATCCCA
CCAGAAGAACGTACATGAACGGGATTCCACCACCACTCTGACTCCTCTTGCTTTCACGCT
TCAACTGCTCTAATTCTTGTTGAAGTTTCTTGTTCAGTTGAAGCGCAGAGTTCTTTTCCT
CGGTGAGCCTTGCGACGAGAGCTCTCGCCTCAAATGAGTTTTCCTGAGGTTCAAGCCTGT
CCACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAATCAGAAACGTTGGCACTGTCCGAGACAGAAG
CTCTAGGAGAAGAGCCCTCTTCCGATCCTTCACGAACGGGCGATGGTGGCCGTGGTGAAT
CGACATAGACAACTCTCAATTTAGTCTCCTCAACTCGATGCCCTGCCTCTTTGCTAAACA
TCTCAGGAGTAACTTCCTTGGCAGTGGCTCCGGGACTGGCGATAACACACTGAAGCAAGA
ACTTGTCCTTGCACTGCATATCAGCAGGAGCTTCCTTTTGCGCTTGCATCGTCACTAGAA
CTTCAGAAGAGGATCTCGGAAGAACAACACCAGTGTTAGGCCTCACACAATACTTCTTCG
GATTCGTCGTTTTAACCTTGAAGGCGACATAATTGTCGGTTTTGTTAGCCAGATAGAGAG
ACGAAGAGATCTGCTTCTT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3FS58TF 688 0 0
GATGTATCCCAAGATTAGACCGATTAATCCCACCAGAAGAACGTACATGAACGGGATTCC
ACCACCACTCTGACTCCTCTTGCTTTCACGCTTCAACTGCTCTAATTCTTGTTGAAGTTT
CTTGTTCAGTTGAAGCGCAGAGTTCTTTTCCTCGGTGAGCCTTGCGACGAGAGCTCTCGC
CTCAGATGAGTTTTCCTGAGGTTCAAGCCTGTCCACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAA
ATCAGAAACGTTGGCACTGTCCGAGACAGAAGCTCTAGGAGAAGAGCCCTCTTCCGATCC
TTCACGAACGGGCGATGGTGGCCGTGGTGAATCGACATAGACAACTCTCAATTTAGTCTC
CTCAACTCGATGCCCTGCCTCTTTGCTAAACATCTCAGGAGTAACTTCCTTGGCAGTGGC
TCCGGGACTGGCGATAACACACTGAAGCAAGAACTTGTCCTTGCACTGCATATCAGCAGG
AGCTTCCTTTTGCGCTTGCATCGTCACTAGAACTTCAGAAGAGGATCTCGGAAGAACAAC
ACCAGTGTTAGGCCTCACACAATACTTCTTCGGATTCGTCGTTTTAACCTTGAAGGCGAC
ATAATTGTCGGTTTTGTTAGCCAGATAGAGAGACGAAGAGATCTGCTTCTTCAATTCAAA
AGGGAATTGAAGGTCGATAGGATCGAT
C

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3C390TF 721 0 0
ACTCTGACTCTC
TGCTTTCACGCT*CAACTGCTCCAATTCT*GTTGAAGTTTCTTGTTCAGTTGAAGCGCAG
AGTTCTTTTCCTCGGTGAGCCTTGCGACGAGAGCTCTCGCCTCAGATGAGTTTTC*TGAG
GTTCAAGCCTGTCCACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAATCAGAAACGTTGGCACTGT
CCGAGACAGAAGCTCTAGGAGAAGAGCCCTCTTCCGATCCTTCACGAACGGGTGATGGTG
GCCGTGGTGGATCGACATAGACAACTC**AATTTAGTCTCCTCAACTCGATGCCCTGCCT
CTTTGCTAAACATCTCAGGAGTAACTTCCTTGGCATTGGCTCCGGGACTGGCGATAACAC
ACTGAAGCAAGAACTTGTCCTTGCACTGCATATCAGCAGGAGCTTCCTTTTGCGCTTGCA
TCGTCACTAGAACTTCAGAAGAGGATCTCGGAAGAACAACACCAGTGTTAGGCCTCACAC
AATACTTCTTCGGATTCGTCGTTTTAACCTTGAAGGCGACATAATTGTCGGTTTTGTTAG
CCAGATAGAGAGACGAAGAGATCTGCTTCTTCAATTCAAAAGGGAATTGAAGGTCGATAG
GATCGATGTCGAGAAGCTCGTTACTCATCCTGATAGGATCTACGACGGAATTTGATTCTC
CGGTGGAGTTAGAGCGTTGCTCGTCGTCGTCGTTGTCGATCGAGGAC
CC

QA 13 719 13 719
DS 

RD RR3FN16TF 663 0 0
CCTCGGTGAGCCTTGCGACGAGAGCTCTCGCCTCAGATGAGTTTTC*TGAGGTTCAAGCC
TGTCCACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAATCAGAAACGTTGGCACTGTCCGAGACAG
AAGCTCTAGGAGAAGAGCCCTCTTCCGATCCTTCACGAACGGGTGATGGTGGCCGTGGTG
GATCAACATAGACAACTCTCAATTTAGTCTCCTCAACTTGATGCCCTGCCTCTTTGCTAA
ACATCTCAGGAGTAACTTCCTTGGCAGTGGCTCCGGGACTGGCGATAACACACTGAAGCA
AGAACTTGTCCTTGCACTGCATATCAGCAGGAGCTTCCCTTTGCGCTTGCATCGTCACTA
GAACTTCAGAAGAGGATCTCGGAAGAACAACACCAGTGTTAGGCCTCACACAATACTTCT
TCGGATTCGTCGTTTTAACCTTGAAGGCGACATAATTGTCGGTTTTGTTAGCCAGATAGA
GAGACGAAGAGATCTGCTTCTTCAATTCAAAAGGGAATTGAAGGTCGATAGGATCGATGT
CGAGAAGCTCGTTACTCATCCTGATAGGATCTACGACGGAATTTGATTCTCCGGTGGAGT
TAGAGCGTTGCTCGTCGTCGTCGTTGTCGATCGAGGACAGATATTCACGGAGAGAGAGTT
T
CC

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3CK23TF 732 0 0
TGAAGTTTCTGTCAG
TGAAGCGCAGAGTTCTTT*CATCGGTGAGCCTTGCGACGAGAGCTCTCGC*TCAGATGAG
TTTTCGTGAGGTTCAAGCCTGTCCACGCTAAATCTTGGAGCAGCAGTAAAATCAGAAACG
TTGGCACTGTCCGAGACAGAAGCTCTAGGAGAAGAGCCCTCTTCCGATCCTTCACGAACG
GGTGATGGTGGCCGTGGTGGATCGACATAGACAACTCTCAATTTAGTCTCCTCAACTCGA
TGCCCTGCCTCTTTGCTAAACATCTCAGGAGTAACTTCCTCGGCAGTGGCTCCGGGACTG
GCGATAACACACTGAAGCAAGAACTTGTCCTTGCACTGCATATCAGCAGGAGCTTCCTTT
TGCGCTTGCATCGTCACTAGAACTTCAGAAGAGGATCTCGGAAGAACAACACCAGTGTTA
GGCCTCACACAATACTTCTTCGGATTCGTCGTTTTAACCTTGAAGGCGACATAATTGTCG
GTTTTGTTAGCCAGATAGAGAGACGAAGAGATCTGCTTCTTCAATTCAAAGGGGAATTGA
AGGTCGATAGGATCGATGTCGAGAAGCTCGTTACTCATCCTGATAGGATCTACGACGGAA
TTTGATTCTCCGGTGGAGTTAGAGCGTTGCTCGTCGTCGTCGTTGTCGATCGAGGACAGA
GATTCACGGAGAGAGAGTTTGGATTTTGAAGATTGGAGACGATATGCCCCTTCTCTC

QA 16 732 16 732
DS 



AS 1 10

CO CL334Contig1 777 10 12 U
GGACCAAAAACATTTTCTATTTAGAAAAAGAAAACTCAAAACCACTTTTTTTTTCTCTCT
CTCTAAGTTCATAAGAAAATGGAAGGAAGACAATATTACCCTCCAAGAGAAAACGTCGAC
GGGAACAGAACAGCCATGGGAGGACCTCACTCGCCGTGGCATTCACCTGTTCCTTATCTT
TTTGGTGGTTTGGCAGCGATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCTGATCCTCGCTTGC
TCTTACTGGCGTCTCTCCGGTTATCTCGACGGTGAGGAGGAGCAGAGCAGAGACAGAGAT
CTTGAGGCCGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGCACCTTTGCCGGAGAAG
TTCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAGCCCACTTACTTGGCGACGCCGGCTGAAAAG
AGCTGTACTTGTGACTATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGAAGGATGGTGATCAGGTG
GTGCGTCGGAGTACTGAGAGTAACGGTGCGACACAGTGAGAGATGAAGAGAAAGAAAAAA
CAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTATTAGGATAATGACATATCATTATCTACGATAGCC
TTGATCAAGATAACTTTGTGTTTATCTTTGTATTTATCTTGTAGATAATTATAAGTTTAG
ATAAGCTTGTCTTGGCTTTATCTTAGGATCATTCCTTGTATAAATAGAGAGCTGTAAACA
TCAATAAAGTTAAGCTTTCCACAATACAAATCTTACATGGTATCAGAGCTTTTCTCG


BQ
35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 
40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 40 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 45 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 35 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CB11TF U 1
AF RR3FT50TF U 1
AF RR3B554TF U 1
AF RR3BA94JQ C 1
AF RR3DR86JQ C 179
AF RR3DR86TF U 179
AF RR3BA94TF U 1
AF RR3DP15TF U 0
AF RR3FP41TF U 2
AF RR3FP41JQ C 229
BS 1 191 RR3B554TF
BS 192 192 RR3DR86TF
BS 193 226 RR3B554TF
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BS 331 686 RR3B554TF
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RD RR3CB11TF 672 0 0
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TTCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAGCCCACTTACTTGGCGACGCCGGCTGAAAAG
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GTGCGTCGGAGTACTGAGAGTAACGGTGCGACACAGTGAGAGATGAAGAGAAAGAAAAAA
CAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTATTAGGATAATGACATATCATTATCTACGATAGCC
TCGATCAATATAACTTTGTGTTTATCTTTGTATTTATCCTGTAGATAATTATAAGTTTAG
ATAAGCTTGTCT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3FT50TF 682 0 0
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TTTGGTGGTTTGGC***GATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCTGATCCTCGCTTGC
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CTTGAGGCCGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGCACCTTTGCCGGAGAAG
TTCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAGCCCACTTACTTGGCGACGCCGGCTGAAAAG
AGCTGTACTTGTGACTATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGAAGGATGGTGATCAGGTG
GTGCGTCGGAGTACTGAGAGTAACGGTGCGACACAGTTAGAGATGAAGAGAAAGAAAAAA
CAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTATTAGGATAATGACATATCATTATCTACGATAGCC
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ATAAGCTTGTCTTGGCTTTATC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3B554TF 739 0 0
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GGGAACAGAACAGCCATGGGAGGACCTCACTCGCCGTGGCATTCACCTGTTCCTTATCTT
TTTGGTGGTTTTGCAGCGATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCCGATCCTCGCTTGC
TCTTACTGGCGTCTCTCCGGTTATCTCGACGGTGAGGAGGAGCAGAGCAGAGACAGAGAT
CTTGAGGCCGGAGATGTGAAACCCGATAAGGCGGTGAAGGCTGCACCTTTGCCGGAGAAG
TTCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAGCCCACTTACTTGGCGACGCCGGCTGAAAAG
AGCTGTACTTGTGACTATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGAAGGATGGTGATCAGGTG
GTGCGTCGGAGTACTGAGAGTAACGGTGCGACACAGTGAGAGATGAAGAGAAAGAAAAAA
CAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTATTAGGATAATGACATATCATTATCTACGATAGCC
TTGATCAAGATAACTTTGTGTTTATCTTTGTATTTATCTTGTAGATAATTATAAGTTTAG
ATAAGCTTGTCTTGGCTTTATCTTAG*ATCATTCCTTGTATAAATAGAGAGCTGTAAACA
TCAATAAAGTTAAGCTTTC

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3BA94JQ 742 0 0
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CTCTAAGTTCATAAGAAAATGGAAGGAAGACAATATTACCCTCCAAGAGAAAACGTCGAC
GGGAACAGAACAGCCATGGGAGGACCTCACTCGCCGTGGCATTCACCTGTTCCTTATCTT
TTTGGTGGTTTGGCAGCGATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCTGATCCTCGCTTGC
TCTTACTGGCGTCTCTCCGGTTATCTCGACGGTGAGGAGGAGCAGAGCAGAGACAGAGAT
CTTGAGGCCGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGCACCTTTGCCGGAGAAG
TTCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAGCCCACTTACTTGGCGACGCCGGCTGAAAAG
AGCTGTACTTGTGACTATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGAAGGATGGTGATCAGGTG
GTGCGTCGGAGTACTGAGAGTAACGGTGCGACACAGTGAGAGATGAAGAGAAAGAAAAAA
CAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTATTAGGATAATGACATATCATTATCTACGATAGCC
TTGATCAAGATAACTTTGTGTTTATCTTTGTATTTATCTTGTAGATAATTATAAGTTTAG
ATAAGCTTGTCTTGGCTTTATCTTAGGATCATTCCTTGTATAAATAGAGAGCTGTAAACA
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QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3DR86JQ 562 0 0
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GCTCTTACTGGCGTCTCTCCGGTTATCTCGACGGTGAGGAGGAGCAGAGCAGAGACAGAG
ATCTTGAGGCCGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGCACCTTTGCCGGAGA
AGTTCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAGCCCACTTACTTGGCGACGCCGGCTGAAA
AGAGCTGTACTTGTGACTATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGAAGGATGGTGATCAGG
TGGTGCGCCGGAGTACTGAGAGTAACGGTGCGACACAGTGAGAGATGAAGAGAAAGAAAA
AACAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTATTAGGATAATGACATATCATTATCTACGATAG
CCTTGATCAAGATAACTTTGTGTTTATCTTTGTATTTATCTTGTAGATAATTATAAGTTT
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CATCAATAAAGTTAAGCTTTCC

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3DR86TF 562 0 0
TTTTTGGTGGTTTGGCAGCGATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCTGATCCTCGCTT
GCTCTTACTGGCGTCTCTCCGGTTATCTCGACGGTGAGGAGGAGCAGAGCAGAGACAGAG
ATCTTGAGGCCGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGCACCTTTGCCGGAGA
AGTTCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAGCCCACTTACTTGGCGACGCCGGCTGAAA
AGAGCTGTACTTGTGACTATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGAAGGATGGTGATCAGG
TGGTGCGCCGGAGTACTGAGAGTAACGGTGCGACACAGTGAGAGATGAAGAGAAAGAAAA
AACAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTATTAGGATAATGACATATCATTATCTACGATAG
CCTTGATCAAGATAACTTTGTGTTTATCTTTGTATTTATCTTGTAGATAATTATAAGTTT
AGATAAGCTTGTCTTGGCTTTATCTTAGGATCATTCCTTGTATAAATAGAGAGCTGTAAA
CATCAATAAAGTTAAGCTTTCC

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3BA94TF 742 0 0
GGACCAAAAACATTTTCTATTTAGAAAAAGAAAACTCAAAACCACTTTTTTTTTCTCTCT
CTCTAAGTTCATAAGAAAATGGAAGGAAGACAATATTACCCTCCAAGAGAAAACGTCGAC
GGGAACAGAACAGCCATGGGAGGACCTCACTCGCCGTGGCATTCACCTGTTCCTTATCTT
TTTGGTGGTTTGGCAGCGATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCTGATCCTCGCTTGC
TCTTACTGGCGTCTCTCCGGTTATCTCGACGGTGAGGAGGAGCAGAGCAGAGACAGAGAT
CTTGAGGCCGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGCACCTTTGCCGGAGAAG
TTCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAGCCCACTTACTTGGCGACGCCGGCTGAAAAG
AGCTGTACTTGTGACTATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGAAGGATGGTGATCAGGTG
GTGCGTCGGAGTACTGAGAGTAACGGTGCGACACAGTGAGAGATGAAGAGAAAGAAAAAA
CAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTATTAGGATAATGACATATCATTATCTACGATAGCC
TTGATCAAGATAACTTTGTGTTTATCTTTGTATTTATCTTGTAGATAATTATAAGTTTAG
ATAAGCTTGTCTTGGCTTTATCTTAG*ATCATTCCTTGTATAAATAGAGAGCTGTAAACA
TCAATAAAGTTAAGCTTTCCAC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3DP15TF 740 0 0
GT
GACCAAAAACATTTTCTATTTAGAAAAAGAAAACTCAAAACCACTTTTTTTTTCTCTCTC
TCTAAGTTCATAAGAAAATGGAAGGAAGACAATATTACCCTCCAAGAGAAAACGTCGACG
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TTGGTGGTTTGGCAGCGATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCTGATCCTCGCTTGCT
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TCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAGCCCACTTACTTGGCGACGCCGGCTGAAAAGA
GCTGTACTTGTGACTATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGAAGGATGGTGATCAGGTGG
TGCGTCGGAGTACTGAGAGTAACGGTGCGACACAGTGAGAGATGAAGAGAAAGAAAAAAC
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CAATAAAGTTAAGCTTTC

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DS 

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TCTAAGTTCATAAGAAAATGGAAGGAAGACAATATTACCCTCCAAGAGAAAACGTCGACG
GGAACAGAACAGCCATGGGAGGACCTCACTCGCCGTGGCATTCACCTGTTCCTTATCTTC
TTGGTGGTTTGGCAGCGATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCTGATCCTCGCTTGCT
CTTACTGGCGTCTCTCCGGTTATCTCGACGGTGAGGAGGAGCAGAGCAGAGACAGAGATC
TTGAGGCCGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGCACCTTTGCCGGAGAAGT
TCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAGCCCACTTACTTGGCGACGCCGGCTGAAAAGA
GCTGTACTTGTGACTATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGAAGGATGGTGATCAGGTGG
TGCGTCGGAGTACTGAGAGTAACGGTGCGACACAGTGAGAGATGAAGAGAAAGAAAAAAC
AGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTATTAGGATAATGACATATCATTATCTACGATAGCCT
TGATCAAGATAACTTTGTGTTTATCTTTGTATTTATCTTGTAGATAATTATAAGTTTAGA
TAAGCTTGTCTTGGCTTTATCTTATGATCATTCCTTGTATAAATAGAGAGCTGTAA*CAT
CAATAAAGTTAAGCTTTCCACAATACAAATCTTACATGGTATCAGAGCTTTTCTCG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3FP41JQ 549 0 0
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AGAGACAGAGATCTTGAGGCCGGAGATGTGAAACCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGCACCT
TTGCCGGAGAAGTTCTTGGTGATTATGGCCGGAGACGTCAAGCCCACTTACTTGGCGACG
CCGGCTGAAAAGAGCTGTACTTGTGACTATGATGAAGATGGTGATGATGACGTGAAGGAT
GGTGATCAGGTGGTGCGTCGGAGTACTGAGAGTAACGGTGCGACACAGTGAGAGATGAAG
AGAAAGAAAAAACAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTATTAGGATAATGACATATCATTA
TTTACGATAGCCTTGATCAAGATAACTTTGTGTTTATCTTTGTATTTATCTTGTAGATAA
TTATAAGTTTAGATAAGCTTGTCTTGGCTTTATCTTAGGATCATTCCTTGTATAAATAGA
GAGCTGTAAACATCAATAAAGTTAAGCTTTCCACAATACAAATCTTACATGGTATCAGAG
CTTTTCTCG

QA 1 549 1 549
DS 



AS 2 9

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AATAGAAAAATATCTTATTTCAGTTTTCAATCCATGCAGCATGATACATCATATTCAATA
CACAAGTTTCTTATTACACAACCCACACAATTAAATAAAAAAATAAAGCAGCACAATTAA
ATAATGAATTTCAAACATAAGAGAACAAATCCAAGACCAAAGCCTAATCCAGCCTTCTTC
TCACCGGAGCCAGACTTCTCGGACGGAACCGCCGCTTTCTTAGAGGAGTCGTCTGATGAA
TCATCGGAGACAGCAGGAGATTTGGATTTTGGAGCAGGCGCCACCGGTGAGATCTTCTTG
CGGTCTCCAAACATCTCTTCAGGCAACAATACCATGTCCACCACGTAAACCGCAAGTGGA
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TGGTTCCCTTGACCGGTGAAGTTAAGTCCGTAAACCGCTCCACCGTCTCGACCAGTAGCT
TGTGTTCTGACAGGGTTGCTTACGGAGAGAAGATCATCCATTGTGTAGAACTTGGGACTA
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ACAAACTGACCGCCTTTTTCTAGGATCGCTGTGATGTTGATGGGACCGGTAGGGCCAGGA
GCAGAGCGGCGGGCTGAGCAGTTACCTCCGTGGAGAGGAGATGGCGGCGAGGAGGAGGAG
GAGAGGAGCTAGCGTAGATGATGGTTGCCATTGTGTGTTTGAGTTGAG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AF63JQ U 1
AF RR3E780JQ U 1
AF RR3E061JQ U 32
BS 1 439 RR3AF63JQ
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RD RR3AF63JQ 720 0 0
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QA 1 720 1 720
DS 

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AATAG
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GGAGACAGCAGGAGATTTGGATTTTGGAGCAGGCGCCACCGGTGAGATCTTCTTGCGGTC
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TTTTCTTAGTGCATTACTGACACGTGTCTCGATGACACCTGTCGACACGTTCACTTGGTT
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QA 6 706 6 706
DS 

RD RR3E061JQ 857 0 0
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TCTCGATGACGCCTGTCGACACGTTCACTTGGTTCCCTTGACCGGTGAAGTTAAGTCCGT
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CCGGGCTTAACTTGTTTAGGGCTCCCGGTTTAAGGTTTTGGAAAGCGTTGTCCGTTGGTG
CGAATACGGTCATGCCTTCTGATGAACTGTTGATTTGGATGTTGATTTGGCTTCCGATTT
GAGTTGTGTTTAGAAGACGGATAAAAGTAACAAACTGACCGCCTTTTTCTAGGATCGCTG
TGATGTTGATGGGACCGGTAGGGCCAGGAGCAGAGCGGCGGGCTGAGCAGTTACCTCCGT
GGAGAGGAGATGGCGGCGAGGAGGAGGAGGAGAGGAGCTAGCGTAGATGATGGTTGCCAT
TGTGTGTTTGAGTTGAG

QA 1 857 1 857
DS 



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TCCTCTCCTCCTCCTCCTCGCCGCCATCTTCCTCTCCACGGAGGTAACTGCTCAGCCCGC
CGCTCCTGCTCCTGGCCCTACCGGTCCCATCAACATCACAGCGATCCTAGAAAAAGGCGG
TCAGTTTGTTACTTTCATCCGTCTTCTAAACACAACTCAAATCGGAAGCCAAATCAACAT
CCAAATCAACAGTTCATCAGAAGGCATGACCGTATTCGCACCAACGGACAACGCTTTCCA
AAACCTTAAACCGGGAGCCCTAAACAAGTTAAGCCCGGACGACCAAGTCAAGCTCATTCT
TTACCATGTTAGTCCCAAGTTCTACACAATGGATGATCTTCTCTCCGTAAGCAACCCTGT
CAGAACACAAGCTACTGGTCGAGACGGTGGAGCGGTTTACGGACTTAACTTCACCGGTCA
AGGGAACCAAGTGAACGTGTCGACAGGCGTCATCGAGACACGTGTCAGTAATGCACTAAG
AAAAGAACGTCCACTTGCGGTTTACGTGGTGGACATGGTATTGTTGCCTGAAGAGATGTT
TGGAGACCGCAAGAAGATCTCACCGGTGGCGCCTGCTCCAAAATCCAAATCTCCTGCTGT
CTCTGATGACTCATCAGACGACTCCTCTAAGAAAGCGGCGGTTCCGTCCGAGAAGTCTGG
CTCCGGTGAGAAGAAGCTGGATTAGCTTTGGTCTTGGATTTGTTCTCTTATGTTTGAA


BQ
30 30 30 30 30 30 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF28TF U 1
AF RR3E061TF U 1
AF RR3H891TF U 1
AF RR3EU24TF U 1
AF RR3E780TF U 4
AF RR3AF63TF U 1
BS 1 78 RR3AF63TF
BS 79 79 RR3E061TF
BS 80 96 RR3AF63TF
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BS 98 139 RR3AF63TF
BS 140 140 RR3E061TF
BS 141 160 RR3AF63TF
BS 161 161 RR3E061TF
BS 162 162 RR3AF63TF
BS 163 163 RR3E061TF
BS 164 327 RR3AF63TF
BS 328 328 RR3E061TF
BS 329 332 RR3AF63TF
BS 333 333 RR3E061TF
BS 334 469 RR3AF63TF
BS 470 470 RR3E061TF
BS 471 507 RR3AF63TF
BS 508 508 RR3E061TF
BS 509 663 RR3AF63TF
BS 664 664 RR3E061TF
BS 665 669 RR3AF63TF
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BS 671 778 RR3AF63TF

RD RR3EF28TF 251 0 0
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TCCTCTCCTCCTCCTCCTTGCCGCCATCTTCCTCTCTACGGAGGTAACTGCTCAGCCCGC
CGCTCCTGCTCCTGGCCCTGCCGGTCCCATCAACATCACATCTATCCTAGAAAAAGGCGG
TCAGTTTGTTACTTTCATCCGTCTTCTAAACACAACTCAAATCGGAAGC*AAATCAACAT
CCAAATCAACA

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DS 

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CGCTCCTGCTCCTGGCCCTACCGGTCCCATCAACATCACAGCGATCCTAGAAAAAGGCGG
TCAGTTTGTTACTTTTATCCGTCTTCTAAACACAACTCAAATCGGAAGCCAAATCAACAT
CCAAATCAACAGTTCATCAGAAGGCATGACCGTATTCGCACCAACGGACAACGCTTTCCA
AAACCTTAAACCGGGAGCCCTAAACAAGTTAAGCCCGGACGACCAAGTCAAGCTCATTCT
TTACCATGTTAGTCCCAAGTTCTACACAATGGATGATCTTCTCTCCGTAAGCAACCCTGT
CAGAACACAAGCTACTGGTCGAGACGGTGGAGCGGTTTACGGACTTAACTTCACCGGTCA
AGGGAACCAAGTGAACGTGTCGACAGGCGTCATCGAGACACGTGTCAGTAATGCACTAAG
AAAAGAACGTCCACTTGCGGTTTACGTGGTGGACATGGTATTGTTGCCTGAAGAGATGTT
TGGAGACCGCAAGAAGATCTCACCGGTGGCGCCTGCTCCAAAATCCAAATCTCCTGCTGT
CTCTGATGACTCATCAGACGACTCCTCTAAGAAAGCGGCGGTTCCGTCCCAGAAGTC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3H891TF 695 0 0
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CGCTCCTGCTCCTGGCCCTACCGGTCCCATCAACATCACAGCGATCCTAGAAAAAGGCGG
TCAGTTTGTTACTTTTATCCGTCTTCTAAACACAACTCAAATCGGAAGCCAAATCAACAT
CCAAATCAACAGTTCATCAGAAGGCATGACCGTATTCGCACCAACGGACAACGCTTTCCA
AAACCTTAAACCGGGAGCCCTAAACAAGTTAAGCCCGGACGACCAAGTCAAGCTCATTCT
TTACCATGTTAGTCCCAAGTTCTACACAATGGATGATCTTCTCTCCGTA*GCAACCCTGT
CAGAACACAAGCTACTGGTCGAGACGGTGGAGCGGTTTACGGACTTAACTTCACCGGTCA
AGGGAACCAAGTGAACGTGTCGACAGGCGTCATCGAGACACGTGTCAGTAATGCACTAAA
AAAAGAACGTCCACTTGCGGTTTACGTGGTGGACATGGTATTG**GCCTGAAGAGATGTT
TGGAGACCGCAAGAAGATCTCACCGGTGGCGCCTGCTCCAAAATCCAAATCTCCTGCTGT
CTCTGATGACTCATCAGACGACTCCTCTA
GAAAGC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3EU24TF 697 0 0
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TCCTCTCCTCCTCCTCCTCGCCGCCATCTTCCTCTCCACGGAGGTAACTGCTCAGCCCGC
CGCTCCTGCTCCTGGCCCTACCGGTCC*ATCAACATCACAGCGATCCTAGAAAAAGGCGG
TCAGTTTGTTACTTTTATCCGTCTTCTAAACACAACTCAAATCGGAAGCCAAATCAACAT
CCAAATCAACAGTTCATCAGAAGGCATGACCGTATTCGCACCAACGGACAACGCTTTCCA
AAACCTTAAACCGGGAGCCCTAAACAAGTTAAGCCCGGACGACCAAGTCAAGCTCATTCT
TTACCATGTTAGTCCCAAGTTCTACACAATGGATGATCTTCTCTCCGTAAGCAACCCTGT
CAGAACACAAGCTACTGGTCGAGACGGTGGAGCGGTTTACGGACTTAACTTCACCGGTCA
AGGGAACCAAGTGAACGTGTCGACAGGCGTCATCGAGACACGTGTCAGTAATGCACTAAG
AAAAGAACGTCCACTTGCGGTTTACGTGGTGGACATGGTATTGTTGCCTGAAGAGGTGTT
TGGAGACCGCAAGAAGATCTCACCGGTGGCGCCTGCTCCAAAATCCAAATCTCCTGCTGT
CTCTGATGACTCATCAGACGACTCCTCTAAGAAAGCG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3E780TF 716 0 0
GGG
ACGCATAAACTCAAACTTCAAACACACAATGGCAACCATTCATCTAACGCTAGCTCCTCT
CCTCCTCCTCCTTGCCGCCATCTTCCTCTCTACGGAGGTAACTGCTCAGCCCGCCGCTCC
TGCTCCTGGCCCTGCCGGTCCCATCAACATCACATCTATCCTAGAAAAAGGTGGTCAGTT
TGTTACTTTCATCCGTCTTCTAAACACAACTCAAATCGGAAGCCAAATCAACATCCAAAT
CAACAGTTCATCAGAAGGCATGACCGTATTCGCACCAACGGACAACGCTTTCCAAAACCT
TAAACCGGGAGCCCTAAACAAGTTAAGCCCGGACGACCAAGTCAAGCTCATTCTTTACCA
TGTTAGTCCCAAGTTCTACACAATGGATGATCTTCTCTCCGTAAGCAACCCTGTCAGAAC
ACAAGCTACTGGTCGAGACGGTGGAGCGGTTTACGGACTTAACTTCACCGGTCAAGGGAA
CCAAGTGAACGTGTCGACAGGTGTCATCGAGACACGTGTCAGTAATGCACTAAGAAAAGA
ACGTCCACTTGCGGTTTACGTGGTGGACATGGTATTGTTGCCTGAAGAGATGTTTGGAGA
CCGCAAGAAGATCTCACCGGTGGCGCCTGCTCCAAAATCCAAATCTCCTGCTGTCTCCGA
TGATTCATCAGACGACTCCTCTAAGAAAGCGGCGGTTCCGTCCGAGA
GTCTGG

QA 4 710 4 710
DS 

RD RR3AF63TF 778 0 0
GGATCCACGCATAAACTCAAACTTCAAACACACAATGGCAACCATTCATCTAACGCTAGC
TCCTCTCCTCCTCCTCCTTGCCGCCATCTTCCTCTCTACGGAGGTAACTGCTCAGCCCGC
CGCTCCTGCTCCTGGCCCTGCCGGTCCCATCAACATCACATCTATCCTAGAAAAAGGCGG
TCAGTTTGTTACTTTCATCCGTCTTCTAAACACAACTCAAATCGGAAGCCAAATCAACAT
CCAAATCAACAGTTCATCAGAAGGCATGACCGTATTCGCACCAACGGACAACGCTTTCCA
AAACCTTAAACCGGGAGCCCTAAACAATTTAATCCCGGACGACCAAGTCAAGCTCATTCT
TTACCATGTTAGTCCCAAGTTCTACACAATGGATGATCTTCTCTCCGTAAGCAACCCTGT
CAGAACACAAGCTACTGGTCGAGACGGTGGAGCGGTTTACGGACTTAACCTCACCGGTCA
AGGGAACCAAGTGAACGTGTCGACAGGTGTCATCGAGACACGTGTCAGTAATGCACTAAG
AAAAGAACGTCCACTTGCGGTTTACGTGGTGGACATGGTATTGTTGCCTGAAGAGATGTT
TGGAGACCGCAAGAAGATCTCACCGGTGGCGCCTGCTCCAAAATCCAAATCTCCTGCTGT
CTCCGATGATTCATCAGACGACTCCTCTAAGAAAGCGGCGGTTCCGTCCGAGAAGTCTGG
CTCCGGTGAGAAGAAGCTGGATTAGCTTTGGTCTTGGATTTGTTCTCTTATGTTTGAA

QA 1 778 1 778
DS 



AS 2 10

CO CL336Contig1 787 8 7 U
AAGAGCACAAGTGGAAGATATGCCCGTATACAAAACCAAAAACACAGTTTAAATCTCATG
AATATAATCACATATTCAGTTTATCTGTTCTTTTTTTATTAGAGTAAGAAAAAGGAAAAA
AAGCTCATTTCTTCTGATCAGTCATAAGATCTCAGAAAGCAAAACAAAACAAAAGAAAGA
ACATTTTTTATCTCTACTTTCCTTCAGAACTCATTTGCTGTCCAAACCGGCGAGCACATT
CCTGGAATCTCATGACCAGACCGCTACAACTTAAGGGGTTCTCGACGTTGTCCTTGTAAC
ATTTCTTCCACGCTTCGTGATCCGAAGAGCAAGGCATTGGTTTCGGTTCCGGGATCTTTA
ACTCTTTCTCCCTTAGATCCTTGGCTCTCTCTGTCACCTCATGGACAATGTTCTTTTCTT
GTCTCTCCACCGTCTCAAGAACCTTCTCACTCTCTTTCAAAACAGATTTAATCGATTCCA
GCTCTGTGCTTGGTGCTGTTTGTTGTGGAATTGGGAAGAAGAATGGTGGCTGCTGAGTCG
GTAACTCTGCCATTGGCTTTGGTTTCTCTGCATCACGGTGTGTTCTCGCTTGATCTGCAT
TGTTCTGTGGTGCTGAGGCTTTGGGTTTGGTTCTCTTTACCTTTCTCTTGGGGTTTTCGT
TGCCTTGAGCTAACTGATTGATCAACTTCGGAGTGATCTGAATTGTGTAATCGCCCATAT
TACCAGAGTTTCAACAACCTGGTAGGAAAAGAGATCGGCGAACGGCGATTCTCTCGTCAG
AGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 10 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E947JQ U 1
AF RR3B701JQ U 57
AF RR3A134JQ U 47
AF RR3CJ02JQ U 55
AF RR3A134TF C 47
AF RR3E947TF C 115
AF RR3F707TF C 218
AF RR3CJ02TF C 55
BS 1 96 RR3E947JQ
BS 97 97 RR3A134JQ
BS 98 611 RR3E947JQ
BS 612 612 RR3A134JQ
BS 613 656 RR3E947JQ
BS 657 771 RR3A134JQ
BS 772 787 RR3CJ02TF

RD RR3E947JQ 656 0 0
AAGAGCACAAGTGGAAGATATGCCCGTATACAAAACCAAAAACACAGTTTAAATCTCATG
AATATAATCACATATTCAGTTTATCTGTTCTTTTTT*ATTAGAGTAAGAAAAAGGAAAAA
AAGCTCATTTCTTCTGATCAGTCATAAGATCTCAGAAAGCAAAACAAAACAAAAGAAAGA
ACATTTTTTATCTCTACTTTCCTTCAGAACTCATTTGCTGTCCAAACCGGCGAGCACATT
CCTGGAATCTCATGACCAGACCGCTACAACTTAAGGGGTTCTCGACGTTGTCCTTGTAAC
ATTTCTTCCACGCTTCGTGATCCGAAGAGCAAGGCATTGGTTTCGGTTCCGGGATCTTTA
ACTCTTTCTCCCTTAGATCCTTGGCTCTCTCTGTCACCTCATGGACAATGTTCTTTTCTT
GTCTCTCCACCGTCTCAAGAACCTTCTCACTCTCTTTCAAAACAGATTTAATCGATTCCA
GCTCTGTGCTTGGTGCTGTTTGTTGTGGAATTGGGAAGAAGAATGGTGGCTGCTGAGTCG
GTAACTCTGCCATTGGCTTTGGTTTCTCTGCATCACGGTGTGTTCTCGCTTGATCTGCAT
TGTTCTGTGGTACTGAGGCTTTGGGTTTGGTTCTCTTTACCTTTCTCTTGGGGTTT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3B701JQ 632 0 0
CATGAATATAATCACATATTCAGTTTATCTGTTCTTTTTTTATTAGAGTAAGAAAAAGGA
AAAAAAGCTCATTTCTTCTGATCAGTCATAAGATCTCAGAAAGCAAAACAAAACAAAAGA
AAGAACATTTTTTATCTCTACTTTCCTTCAAAACTCATTTGCTGTCCAAACCGGCGAGCA
CATTCCTGGAATCTCATGACCAGACCGCTACAACTTAAGGGGTTCTCGACGTTGTCCTTG
TAACATTTCTTCCACGCTTCGTGATCCGAAAAGCAAGGCATTGGTTTCGGTTCCGGGATC
TTTAACTCTTTCTCCCTTAAATCCTTGGCTCTCTCTGTCACCTCATGGACAATGTTCTTT
TCTTGTCTCTCCACCGTCTCAAGAACCTTCTCACTCTCTTTCAAAACAGATTTAATCGAT
TCCAGCTCTGTGCTTGGTGCTGTTTGTTGTGGAATTGGGAAGAAGAATGGTGGCTGCTGA
GTCGGTAACTCTGCCATTGGCTTTGGTTTCTCTGCATCACGGTGTGTTCTCGCTTGATCT
GCATTGTTCTGTGGTGCTGAGGCTTTGGGTTTGGTTCTCTTTACCTTTCTCTTGGGGTTT
TCGTTGCCTTAAGATAACTGATTGATCAACTT

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3A134JQ 734 0 0
GTTTAAATCTCATGAATATAATCACATATTCAGTTTATCTGTTCTTTTTTTATTAGAGTA
AGAAAAAGGAAAAAAAGCTCATTTCTTCTGATCAGTCATAAGATCTCAGAAAGCAAAACA
AAACAAAAGAAAGAACATTTTTTATCTCTACTTTCCTTCAGAACTCATTTGCTGTCCAAA
CCGGCGAGCACATTCCTGGAATCTCATGACCAGACCGCTACGACTTAAGGGGTTCTCGAC
GTTGTCCTTGTAACATTTCTTCCACGCTTCGTGATCCGAAGAGCAAGGCATTGGTTTCGG
TTCCGGGATCTTTAACTCTTTCTCCCTTAAATCCTTGGCTCTCTCTGTCACCTCATGGAC
AATGTTCTTTTCTTGTCTCTCCACCGTCTCAAGAACCTTCTCACTCTCTTTCAAAACAGA
TTTAATCGATTCCAGCTCTGTGCTTGGTGCTGTTTGTTGTGGAATTGGGAAGAAGAATGG
TGGCTGCTGAGTCGGTAACTCTGCCATTGGCTCTGGTTTCTCTGCATCACGGTGTGTTCT
CGCTTGATCTGCATTGTTCTGTGGTGCTGAGGCTTTGGGTTTGGTTCTCTTTACCTTTCT
CTTGGGGTTTTCGTTGCCTTGAGCTAACTGATTGATCAACTTCGGAGTGATCTGAATTGT
GTAATCGCCCATATTACCAGAGTTTCAACAACCTGGTAGGAAAAGAGATCGGCGAACGGC
GATTC
TCTCGTCCC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3CJ02JQ 687 0 0
G
TCATGAATATAATCACATATTCGGTTTATCTGTTCTTTTTTTATTAGAGTAAGAAAAAGG
AAAAAAA*CTCATTTCTTCTGATCAGTCATAAGATCTCAGAAAGCAAAACAAAACAAAAG
AAAGAACATTTTTTATCTCTACTTTCCTTCAGAACTCATTTGCTGTCCAAACCGGCGAGC
ACATTCCTGGAATCTCATGACCAGACCGCTACAACTTAAGGGGTTCTCGACGTTCTCCTT
GTAACATTTCTTCCACGCTTCGTGATCCGAAGAGCAAGGCAATGGTTTCGGTTCCGGGAT
CTTAAACTCTTTCTCCCTTAGATCCTTGGCTCTCTCTGTCACCTCATGGACAATGTTCTT
TTCTTGTCTCTCCACCGTCTCAAGAACCTTCTCACTCTCTTTCAAAACAGATTTAATCGA
TTCCAGCTCCGTGCTTGCTGCTGTTTGTTGTGGAATTGGGAAGAAGAATGGTGGCTGCTG
AGTCGGTAACTCTCCCATTGGCTTCGGTTTCTCTACATCACGGTGTGTTCTCGCTTGATC
TGCATTGTTCTGTGGTGGTGAGACTTTGGGTTTGGTTCTTTTTACCTTTCTCTTGGGCTT
TTCGTTGCCTTGAGCTAACTGATTGATCAGCTTCGGAGTGATCTGAATTGTGTAATCGCC
CATATTACCAGAGTTTCAACAACCTG

QA 2 687 2 687
DS 

RD RR3A134TF 734 0 0
GTTTAAATCTCATGAATATAATCACATATTCAGTTTATCTGTTCTTTTTTTATTAGAGTA
AGAAAAAGGAAAAAAAGCTCATTTCTTCTGATCAGTCATAAGATCTCAGAAAGCAAAACA
AAACAAAAGAAAGAACATTTTTTATCTCTACTTTCCTTCAGAACTCATTTGCTGTCCAAA
CCGGCGAGCACATTCCTGGAATCTCATGACCAGACCGCTACGACTTAAGGGGTTCTCGAC
GTTGTCCTTGTAACATTTCTTCCACGCTTCGTGATCCGAAGAGCAAGGCATTGGTTTCGG
TTCCGGGATCTTTAACTCTTTCTCCCTTAGATCCTTGGCTCTCTCTGTCACCTCATGGAC
AATGTTCTTTTCTTGTCTCTCCACCGTCTCAAGAACCTTCTCACTCTCTTTCAAAACAGA
TTTAATCGATTCCAGCTCTGTGCTTGGTGCTGTTTGTTGTGGAATTGGGAAGAAGAATGG
TGGCTGCTGAGTCGGTAACTCTGCCATTGGCTCTGGTTTCTCTGCATCACGGTGTGTTCT
CGCTTGATCTGCATTGTTCTGTGGTGCTGAGGCTTTGGGTTTGGTTCTCTTTACCTTTCT
CTTGGGGTTTTCGTTGCCTTGAGCTAACTGATTGATCAACTTCGGAGTGATCTGAATTGT
GTAATCGCCCATATTACCAGAGTTTCAACAACCTGGTAGGAAAAGAGATCGGCGAACGGC
GATTC
TCTCGTCCC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3E947TF 660 0 0
GAAAAAAAGCTCATTTCTTCTGATCAGTCATAAGATCTCAGAAAGCAAAACAAAACAAAA
GAAAGAACATTTTTTATCTCTACTTTCCTTCAGAACTCATTTGCTGTCCAAACCGGCGAG
CACATTCCTGGAATCTCATGACCAGACCGCTACAACTTAAGGGGTTCTCGACGTTGTCCT
TGTAACATTTCTTCCACGCTTCGTGATCCGAAGAGCAAGGCATTGGTTTCGGTTCCGGGA
TCTTTAACTCTTTCTCCCTTAGATCCTTGGCTCTCTCTGTCACCTCATGGACAATGTTCT
TTTCTTGTCTCTCCACCGTCTCAAGAACCTTCTCACTCTCTTTCAAAACAGATTTAATCG
ATTCCAGCTCTGTGCTTGGTGCTGTTTGTTGTGGAATTGGGAAGAAGAATGGTGGCTGCT
GAGTCGGTAACTCTGCCATTGGCTTTGGTTTCTCTGCATCACGGTGTGTTCTCGCTTGAT
CTGCATTGTTCTGTGGTACTGAGGCTTTGGGTTTGGTTCTCTTTACCTTTCTCTTGGGGT
TTTCGTTGCCTTGAGCTAACTGATTGATCAACTTCGGAGTGATCTGAATTGTGTAATCGC
CCATATTACCAGAGTTTCAACAACCTGGTAGGAAAAGAGATCGGCGAACGGCGATTC
CCC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3F707TF 554 0 0
CTGTCCAAACCGGCGAGCACATTCCTGGAATCTCATGACCAGACCGCTACAACTTAAGGG
GTTCTCGACGTTCTCCTTGTAACATTTCTTCCACGCTTCGTGATCCGAAGAGCAAGGCAA
TGGTTTCGGTTCCGGGATCTTAAACTCTTTCTCCCTTAGATCCTTGGCTCTCTCTGTCAC
CTCATGGACAATGTTCTTTTCTTGTCTCTCCACCGTCTCAAGAACCTTCTCACTCTCTTT
CAAAACAGATTTAATCGATTCCAGCTCCGTGCTTGCTGCTGTTTGTTGTGGAATTGGGAA
GAAGAATGGTGGCTGCTGAGTCGGTAACTCTCCCATTGGCTTCGGTTTCTCTACATCACG
GTGTGTTCTCGCTTGATCTGCATTGTTCTGTGGTGGTGAGACTTTGGGTTTGGTTCTTTT
TACCTTTCTCTTGGGTTTTTCGTTGCCTTGAGCTAACTGATTGATCAGCTTCGGAGTGAT
CTGAATTGTGTAATCGCCCATATTACCAGAGTTTCAACAACCTGGTAGGAAAAGAGATCG
GCGAACGGCGAT
CC

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR3CJ02TF 733 0 0
G
TCATGAATATAATCACATATTCGGTTTATCTGT*CTTTTTT*ATTAGAGTAAGAAAAAGG
AAAAAAA*CTCATTTCTTCTGATCAGTCATAAGATCTCAGAAAGCAAAACAAAACAAAAG
AAAGAACATTTTTTATCTCTACTTTCCTTCAGAACTCATTTGCTGTCCAAACCGGCGAGC
ACATTCCTGGAATCTCATGACCAGACCGCTACAACTTAAGGGGTTCTCGACGTTCTCCTT
GTAACATTTCTTCCACGCTTCGTGATCCGAAGAGCAAGGCAATGGTTTCGGTTCCGGGAT
CTTAAACTCTTTCTCCCTTAGATCCTTGGCTCTCTCTGTCACCTCATGGACAATGTTCTT
TTCTTGTCTCTCCACCGTCTCAAGAACCTTCTCACTCTCTTTCAAAACAGATTTAATCGA
TTCCAGCTCCGTGCTTGCTGCTGTTTGTTGTGGAATTGGGAAGAAGAATGGTGGCTGCTG
AGTCGGTAACTCTCCCATTGGCTTCGGTTTCTCTACATCACGGTGTGTTCTCGCTTGATC
TGCATTGTTCTGTGGTGGTGAGACTTTGGGTTTGGTTCTTTTTACCTTTCTCTTGGGCTT
TTCGTTGCCTTGAGCTAACTGATTGATCAGCTTCGGAGTGATCTGAATTGTGTAATCGCC
CATATTACCAGAGTTTCAACAACCTGGTAGGAAAAGAGATCGGCGAACGGCGATTCTCTC
GTCAGAGATTCC

QA 2 733 2 733
DS 



CO CL336Contig2 838 2 10 U
GAGCACAAGTGGAAGATATGCCCATATACAAAACCAAAAACACAGTTTAAATCTCATGAA
TATAATCACATATTCGGTTTATCTGTTCTTTTTTTATTAGAGTAAGAAAAAGGAAAAAAA
GCTCATTTCTTCTGATCAGTCATAAGATCTCAGAAAGCAAAACAAAACAAAAGAAAGAAC
ATTTTTTATCTCTACTTTCCTTCAGAACTCATTTGCTGTCCAAACCGGCGAGCACATTCC
TGGAATCTCATGACCAGACCGCTACAACTTAAGGGGTTCTCGACGTTCTCCTTGTAACAT
TTCTTCCACGCTTCGTGATCCGAAGAGCAAGGCAATGGTTTCGGTTCCGGGATCTTAAAC
TCTTTCTCCCTTAGATCCTTGGCTCTCTCTGTCACCTCATGGACAATGTTCTTTTCTTGT
CTCTCCACCGTCTCAAGAACCTTCTCACTCTCTTTCAAAACAGATTTAATCGATTCCAGC
TCCGTGCTTGCTGCTGTTTGTTGTGGAATTGGGAAGAAGAATGGTGGCTGCTGAGTCGGT
AACTCTCCCATTGGCTTCGGTTTCTCTACATCACGGTGTGTTCTCGCTTGATCTGCATTG
TTCTGTGGTGCTGAGACTTTGGGTTTGGTTCTCTTTACCTTTCTCTTGGGGTTTTCGTTG
CCTTAAGATAACTGATTGATCAACTTCGGAGTGATCTGAATTGTGTAATCGCCCATATTA
CCAGAGTTTCAACAACTTGAATGAAAATTCTTCAATCCAAGGCTAAGAACCCTAGAGTCT
TACACCAAGCATGAAAAATCTACATAAGAAACAAAGAGCAGGTGGAGACGATACCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F707JQ U 1
AF RR3B701TF C 96
BS 1 120 RR3F707JQ
BS 121 121 RR3B701TF
BS 122 610 RR3F707JQ
BS 611 611 RR3B701TF
BS 612 632 RR3F707JQ
BS 633 633 RR3B701TF
BS 634 650 RR3F707JQ
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BS 652 659 RR3F707JQ
BS 660 838 RR3B701TF

RD RR3F707JQ 659 0 0
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TATAATCACATATTCGGTTTATCTGTTCTTTTTTTATTAGAGTAAGAAAAAGGAAAAAAA
*CTCATTTCTTCTGATCAGTCATAAGATCTCAGAAAGCAAAACAAAACAAAAGAAAGAAC
ATTTTTTATCTCTACTTTCCTTCAGAACTCATTTGCTGTCCAAACCGGCGAGCACATTCC
TGGAATCTCATGACCAGACCGCTACAACTTAAGGGGTTCTCGACGTTCTCCTTGTAACAT
TTCTTCCACGCTTCGTGATCCGAAGAGCAAGGCAATGGTTTCGGTTCCGGGATCTTAAAC
TCTTTCTCCCTTAGATCCTTGGCTCTCTCTGTCACCTCATGGACAATGTTCTTTTCTTGT
CTCTCCACCGTCTCAAGAACCTTCTCACTCTCTTTCAAAACAGATTTAATCGATTCCAGC
TCCGTGCTTGCTGCTGTTTGTTGTGGAATTGGGAAGAAGAATGGTGGCTGCTGAGTCGGT
AACTCTCCCATTGGCTTCGGTTTCTCTACATCACGGTGTGTTCTCGCTTGATCTGCATTG
TTCTGTGGTGGTGAGACTTTGGGTTTGGTTCTTTTTACCTTTCTCTTGGGTTTTTCGTT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3B701TF 743 0 0
ATTAGAGTAAGAAAAAGGAAAAAAAGCTCATTTCTTCTGATCAGTCATAAGATCTCAGAA
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CTGTCCAAACCGGCGAGCACATTCCTGGAATCTCATGACCAGACCGCTACAACTTAAGGG
GTTCTCGACGTTGTCCTTGTAACATTTCTTCCACGCTTCGTGATCCGAAGAGCAAGGCAT
TGGTTTCGGTTCCGGGATCTTTAACTCTTTCTCCCTTAGATCCTTGGCTCTCTCTGTCAC
CTCATGGACAATGTTCTTTTCTTGTCTCTCCACCGTCTCAAGAACCTTCTCACTCTCTTT
CAAAACAGATTTAATCGATTCCAGCTCTGTGCTTGGTGCTGTTTGTTGTGGAATTGGGAA
GAAGAATGGTGGCTGCTGAGTCGGTAACTCTGCCATTGGCTTTGGTTTCTCTGCATCACG
GTGTGTTCTCGCTTGATCTGCATTGTTCTGTGGTGCTGAGGCTTTGGGTTTGGTTCTCTT
TACCTTTCTCTTGGGGTTTTCGTTGCCTTAAGATAACTGATTGATCAACTTCGGAGTGAT
CTGAATTGTGTAATCGCCCATATTACCAGAGTTTCAACAACTTGAATGAAAATTCTTCAA
TCCAAGGCTAAGAACCCTAGAGTCTTACACCAAGCATGAAAAATCTACATAAGAAACAAA
GAGCAGGTGGAGACGATACCTCC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 10

CO CL337Contig1 588 10 10 U
GGGCCGTCGTCTTCGAAAACAACTCTTTAGCTTTCAGCTTCCCATCAACTTCTGCAAAAA
AAAA*TGAAGGTTGTTGCCGCTTTCTTACTGGCCGTTTTGAGCGGAAAAGCTTCCCCAAA
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TGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTCAGTGGGAAAGACTGTGCCGAGCTCATTGCTGCTGGAAG
GGAGAAGTTGGCTTCTGTTCCAAGTGGTGGTGGTGTTGCCATGACTTCTGCTCCTTCTGC
TGCTGGTGGCGGTGGTGCTGCTCCTGCGGCTGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGA
GAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGTCTGTTCGAGTAAAGAAGCCGTTTTTT
CTTTTTTCGTTTTGAAATCTCTTATGATGTTACTGTTTAGTTTGTACTCGGATTTTTCTC
TAAGACATTCCTGAGATTTTTACACAATTAGTAAACTGCGGTCTTTTTGAACTTGTTTCA
GTCATCTTGCCTGTCTTGATTGAGTCTATGTCAGTTTTACATCAGCGT


BQ
10 30 45 45 45 45 50 50 50 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 
30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GE66TF U -2
AF RR3AM13JQ C -2
AF RR3DJ42TF U 1
AF RR3GX92JQ C 1
AF RR3DJ42JQ C 10
AF RR3GX92TF U 1
AF RR3F128TF U 2
AF RR3AM13TF U -2
AF RR3GE66JQ C 12
AF RR3F128JQ C 7
BS 1 64 RR3DJ42TF
BS 65 65 RR3GE66TF
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BS 160 300 RR3DJ42TF
BS 301 303 RR3GE66TF
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BS 579 580 RR3F128TF
BS 581 588 RR3AM13TF

RD RR3GE66TF 401 0 0
GGATT
GCCGTCGTCTTCGAAAACAACTCTTTAGCTTTCAGCTTCCCATCAACTTCTGCAAAAAAA
AA*TGAAGGTTGTTGCCGCTTTCTTACTGGCCGTTTTGAGCGGAAAAGCTTCCCCAAACA
GTGCCGATATTAAGAATATCCTCGGATCAGTTGGTGCTGAAGGTGAAGATGCTCAGATTG
AGCTTTTGTTGAAGGAAGTCAGTGGGAAAGACTGTGCCGAGCTCATTGCTGCTGGAAGGG
AGAAGTTGGCTTCTGTTCCAAGTGGTGGTGGTGTTGCCATGACTTCTGCTCCTTCTGCTG
CTGGTGGCGGGGGTGCTGCTCCTGCGGCTGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGA
AGGAAGAATC*GATGATGACATGGGTTTCAGTCTGT

QA 6 401 6 401
DS 

RD RR3AM13JQ 446 0 0
GGATT
GCCGTCGTCTTCGAAAACAACTCTTTAGCTTTCAGCTTCCCATCAACTTCTGCAAAAAAA
AA*TGAAGGTTGTTGCCGCTTTCTTACTGGCCGTTTTGAGCGGAAAAGCTTCCCCAAACA
GTGCCGATATTAAGAATATCCTCGGATCAGTTGGTGCTGAAGGTGAAGATGCTCAGATTG
AGCTTTTGTTGAAGGAAGTCAGTGGGAAAGACTGTGCCGAGCTCATTGCTGCTGGAAGGG
AGAAGTTGGCTTTTGTTCCGAGTGGTGGCGGTGTTGCCATGACTTTTGCTCCTTCTGCTG
CTGGTGGCGGTGGTGCGGCTCCTGCGGCTGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGA
AGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGTCTGTTCGAGTAAAGAAGCCGTTTTTTCT
TTTTTCGTTTTGAAATCTC
CT

QA 6 444 6 444
DS 

RD RR3DJ42TF 543 0 0
GGGCCGTCGTCTTCGAAAACAACTCTTTAGCTTTCAGCTTCCCATCAACTTCTGCAAAAA
AAAAATGAAGGTTGTTGCCGCTTTCTTACTGGCCGTTTTGAGCGGAAAAGCTTCCCCAAA
CAGTGCCGATATTAAGAATATCCTCGGATCAGTTGGTGTTGAAGGTGAAGATGCTCAGAT
TGAGCTTTTGTTGAAGGAAGTCAGTGGGAAAGACTGTGCCGAGCTCATTGCTGCTGGAAG
GGAGAAGTTGGCTTCTGTTCCAAGTGGTGGTGGTGTTGCCATGACTTCTGCTCCTTCTGC
***TGGTGGCGGTGGTGCTGCTCCTGCGGCTGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGA
GAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGTCTGTTCGAGTAAAGAAGCCGTTTTTT
CTTTTTTCGTTTTGAAATCTCTTATGATGTTACTGTTTAGTTTGTACTCGGATTTTTCTC
TAAGACATTCCTGAGATTTTTACACAATTAGTAAACTGCGGTCTTTTTGAACTTGTTTCA
G
CC

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3GX92JQ 578 0 0
G
GGCCGTCGTCTTCGAAAACAACTCTTTAGCTTTCAGCTTCCCATCAACTTCTGCAAAAAA
AAA*TGAAGGTTGTTGCCGCTTTCTTACTGGCCGTTTTGAGCGGAAAAGCTTCCCCAAAC
AGTGCCGATATTAAGAATATCCTCGGATCAGTTGGTGCTGAAGGTGAAGATGCTCAGATT
GAGCTTTTGTTGAAGGAAGTCAGTGGGAAAGACTGTGCCGAGCTCATTGCTGCTGGAAGG
GAGAAGTTGGCTTCTGTTCCAAGTGGTGGTGGTGTTGCCATGACTTCTGCTCCTTCTGCT
GCTGGTGGCGGTGGTGCTGCTCCTGCGGCTGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGAG
AAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGTCTGTTCGAGTAAAGAAGCCGTTTTTTC
TTTTTTCGTTTTGAAATCTCTTATGATGTTACTGTTTAGTTTGTACTCGGATTTTTCTCT
AAGACATTCCTGAGATTTTTACACAATTAGTAAACTGCGGTCTTTTTGAACTTGTTTCAG
TCATCTTGCCTGTCTTGATTGAGTCTATGTCAGTTTT

QA 2 578 2 578
DS 

RD RR3DJ42JQ 534 0 0
TCTTCGAAAACAACTCTTTAGCTTTCAGCTTCCCATCAACTTCTGCAAAAAAAAAATGAA
GGTTGTTGCCGCTTTCTTACTGGCCGTTTTGAGCGGAAAAGCTTCCCCAAACAGTGCCGA
TATTAAGAATATCCTCGGATCAGTTGGTGTTGAAGGTGAAGATGCTCAGATTGAGCTTTT
GTTGAAGGAAGTCAGTGGGAAAGACTGTGCCGAGCTCATTGCTGCTGGAAGGGAGAAGTT
GGCTTCTGTTCCAAGTGGTGGTGGTGTTGCCATGACTTCTGCTCCTTCTGC***TGGTGG
CGGTGGTGCTGCTCCTGCGGCTGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGAAGGAAGA
ATCCGATGATGACATGGGTTTCAGTCTGTTCGAGTAAAGAAGCCGTTTTTTCTTTTTTCG
TTTTGAAATCTCTTATGATGTTACTGTTTAGTTTGTACTCGGATTTTTCTTTAAGACATT
CCTGAGATTTTTACACAATTAGTAAACTGCGGTCTTTTTGAACTTGTTTCAG
CC

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DS 

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G
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AAA*TGAAGGTTGTTGCCGCTTTCTTACTGGCCGTTTTGAGCGGAAAAGCTTCCCCAAAC
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GAGAAGTTGGCTTCTGTTCCAAGTGGTGGTGGTGTTGCCATGACTTCTGCTCCTTCTGCT
GCTGGTGGCGGTGGTGCTGCTCCTGCGGCTGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGAG
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TTTTTTCGTTTTGAAATCTCTTATGATGTTACTGTTTAGTTTGTACTCGGATTTTTCTCT
AAGACATTCCTGAGATTTTTACACAATTAGTAAACTGCGGTCTTTTTGAACTTGTTTCAG
TCATCTTGCCTGTCTTGATTGAGTCTATGTCAGTTTT

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DS 

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AAA*TGAAGGTTGTTGCCGCTTTCTTACTGGCCGTTTTGAGCGGAAAAGCTTCCCCAAAC
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GAGCTTTTGTTGAAGGAAGTCAGTGGGAAAGACTGTGCCGAGCTCATTGCTGCTGGAAGG
GAGAAGTTGGCTTCTGTTCCAAGTGGTGGTGGTGTTGCCATGACTTCTGCTCCTTCTGCT
GCTGGTGGCGGTGGTGCTGCTCCTGCGGCTGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGAG
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TTTTTTCGTTTTGAAATCTCTTATGATGTTACTGTTTAGTTTGTACTCGGATTTTTCTCT
AAGACATTCCTGAGATTTTTACACAATTAGTAAACTGCGGTCTTTTTGAACTTGTTTCAG
TCATCTTGCCTGTCTTGATTGAGTCTATGTCAGTTTTAC
T

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DS 

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GGATT
GCCGTCGTCTTCGAAAACAACTCTTTAGCTTTCAGCTTCCCATCAACTTCTGCAAAAAAA
AA*TGAAGGTTGTTGCCGCTTTCTTACTGGCCGTTTTGAGCGGAAAAGCTTCCCCAAACA
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CTGGTGGCGGTGGTGCGGCTCCTGCGGCTGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGA
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TTTTTCGTTTTGAAATCTCTTATGATGTTACTGTTTAGTTTGTACTCGGATTTTTCTCTA
AGACATTCCTGAGATTTTTACACAATTAGTAAACTGCGGTCTTTTTGAACTTGTTTCAGT
CATCTTGCCTGTCTTGATTGAGTCTATGTCAGTTTTACATCAGCGT

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TTGTTGCCGCTTTCTTACTGGCCGTTTTGAGCGGAAAAGCTTCCCCAAACAGTGCCGATA
TTAAGAATATCCTCGGATCAGTTGGTGCTGAAGGTGAAGATGCTCAGATTGAGCTTTTGT
TGAAGGAAGTCAGTGGGAAAGACTGTGCCGAGCTCATTGCTGCTGGAAGGGAGAAGTTGG
CTTCTGTTCCAAGTGGTGGTGGTGTTGCCATGACTTCTGCTCCTTCTGCTGCTGGTGGCG
GTGGTGCTGCTCCTGCGGCTGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGAAGGAAGAAT
C*GATGATGACATGGGTTTCAGTCTGTTCGAGTAAAGAAGCCGTTTTTTCTTTTTTCGTT
TTGAAATCTCTTATGATGTTACTGTTTAGTTTGTACTCGGATTTTTCTCTAAGACATTCC
TGAGATTTTTACACAATTAGTAAACTGCGGTCTTTTTGAACTTGTTTCAGTCATCTTGCC
TGTCTTGATTGAGTCTATGTCAGTTTTAC
ATCAGCGG

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DS 

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CGATATTAAGAATATCCTCGGATCAGTTGGTGCTGAAGGTGAATATGCTCAGATTGAGCT
TTTGTTGAAGGAAGTCAGTGGGAAAGACTGTGCCGAGCTCATTGCTGCTGGAAGGGAGAA
GTTGGCTTCTGTTCCAAGTGGTGGTGGTGTTGCCATGACTTCTGCTCCTTCTGCTGCTGG
TGGCGGTGGTGCTGCTCCTGCGGCTGAGGCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGAAGGA
AGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGTCTGTTCGAGTAAAGAAGCCGTTTTTTCTTTTT
TCGTTTTGAAATCTCTTATGATGTTACTGTTTAGTTTGTACTCGGATTTTTCTCTAAGAC
ATTCCTGAGATTTTTACACAATTAGTAAACTGCGGTCTTTTTGAACTTGTTTCAGTCATC
TTGCCTGTCTTGATTGAGTCTATGTCAGTTTTAC
T

QA 1 574 1 574
DS 



AS 2 10

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ATACAAACAAATTGTCGGTTCGCTTGGTCTTACTTGAGAGCCAACAAAACAAAAGAAATT
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GTGAGCGTTGCGAGTGATCAAGCCCTCGAATATGACATAGAGATCTCTATTGTCACTTCC
GAATATCTCTTCAGCTTTCCTAAGCGTTTCATCTTTTGTTTGCTTGTGGGCGTTAAGATC
CTTCACATTTCCAAGGAATGCACCAAACTGCTCGTAAGATAACCGGCTCCTGACTTGTCG
GAAGAACTCTTTTCCATCAACCCGAGTTCGTCCGGTGTGGGACCCAGGCTCTGAGATTGA
GATAGAAGATCTATTATCATCAAACATGCCTCTAGTAGTAGAGAAGGATACAGAATGGCG
ACGAGGGGAGATAGGTCTTGAAGTCGTTTTAGGGGTACTAGAAGCAGATAATGCTGGTGG
AGAACCAGGAGGAGTAAGCCGAGGCGTAGCAGTCTGAGATACTAATGGAACACTGTTTGA
TAAACTCGGTTTAGGAGCTGCTACTTCGCTTTCGTTGTCCACTGGAGTTG***GTTCAAC
AGCTTCAGAAGCTTGAGACTGGATTGATGTATGTCTTGAAGGTTGAAATGGAGTATCTTC
ATCGTTTGGTGTTGGCTTAGCAATGATTTGTGTTGTTCCCGCATTTTGGTCGTCGTCTTG
AAGAGACATCATAAGCGTCTTCCTGAAACCCTCAAGCTTAGAGACATCTCTCTGGAGTCT
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GAGAGAAAGCTTTTGCAACGCGTCGGAGAGAGACGAGTCGAGAGACTCCGCGTGTGATTG
GAGCTCGGCGATTTGATTGTCTCTCTCGGCGAGAAGCTCACGGAGATCGGACGACTCTGA
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CTGCTCGAATGGATCGGAAGGTAAGACTTGAAGGACTTCCTCGGGAAGATCGAAACTTAA
CGAACCTCTAACAGCACTTGACGTATCTTCTTCTTGTTCTACGTCTGACATTCTTTC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 10 10 10 10 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BN43JQ U 1
AF RR3D005JQ U 23
AF RR3CP56JQ U 1
AF RR3CW59JQ U 1
AF RR3BO04JQ U 142
AF RR3CW59TF C 409
AF RR3BO04TF C 410
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ATACAAACAAATTGTCGGTTCGCTTGGTCTTACTTGAGAGCCAACAAAACAAAAGAAATT
TGAGTCTGAAGAGTTCCGAATATGTAACTTTAACGTGTAACATAAGAATGAAAACTCTCA
GTGAGCGTTGCGAGTGATCAAGCCCTCGAATATGACATAGAGATCTCTATTGTCACTTCC
GAATATCTCTTCAGCTTTCCTAAGCGTTTCATCTTTTGCTTGCTTGTGGGCGTTAAGATC
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GAAGAACTCTTTTCCATCAACCCGAGTTCGTCCGGTGTGGGACCCAGGCTCTGAGATTGA
GATAGAAGATCTATTATCATCAAACATGCCTCTAGTAGTAGAGAAGGATACAGAATGGCG
ACGAGGGGAGATAGGTCTTGAAGTCGTTTTAGGGGTACTAGAAGCAGATAATGCTGGTGG
AGAACCAGGAGGAGTAAGCCGAGGCGTAGCAGTCTGAGATACTAATGGAACACTGTTCGA
TAAACTCGGTTTAGGAGC******TTCGCTTTCGTTGTCCACTGGAGCTGCTGGTTCAAC
AACTTCAGAAGCTTGAGACTGGATTGATGAATATCT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3D005JQ 662 0 0
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CTTGGTCTTACTTGAGAGCCAACAAAACAAAAGAAATTTGAGTATGAAGAGTTCCGAATA
TGTAACTTTAACGTGTAACATAAGAATGAAAACTCTCAGTGAGCGTTGCGAGTGATCAAG
CCCTCGAATATGACATAGAGATCTCTATTGTCACTTCCGAATATCTCTTCAGCTTTCCTA
AGCGTTTCATCTTTTGTTTGCTTGTGGACGTTAAGATCCTTCACATTTCCAAGGAATGCA
CCAAACTGCTCGTAAGATAACCGGCTCCTGACTTGTCGGAAGAACTCTTTTCCATCAACC
CGAGTTCGTCCGGTGTGGGACCCAGGCTCTGAGATTGAGATAGAAGATCTATTATCATCA
AACATGCCTCTAGTAGTAGAGAAGGATACAGAATGGCGACGAGGGGAGATAGGTCTTGAA
GTCGTTTTAGGGGTACTAGAAGCAGATGATGCTGGTGGAGAACCAGGAGGAGTAAGCCGA
GGCGTAGCAGTCTGAGATACTAATGGAACACTGTTCGATAAACTCGGTTTAGGAGC****
**TTCGCTTTCGTTGTCCACTGGAGCTGCTGGTTCAACAACTTCAGAAGCTTGAGACTGG
AT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3CP56JQ 712 0 0
GC
CGAAATTTAATTTTATTGAAGATGTGAGAAAGATATAAATACACGACATGCACAGGAGAT
ACAAACAAATTGTCGGTTCGCTTGGTCTTACTTGAGAGCCAACAAAACAAAAGAAATTTG
AGTCTGAAGAGTTCCGAATATGTAACTTTAACGTGTAACATAAGAATGAAAAATCTCAGT
GAGCGTTGCGAGTGATCAAGCCCTCGAATATGACATAGAGATCTCTATTGTCACTTCCGA
ATATCTCTTCAGCTTTCCTAAGCGTTTCATCTTTTGTTTGCTTGTGGGCGTTAAGATCCT
TCACATTTCCAAGGAATGCACCAAACTGCTCGTAAGATAACCGGCTCCTGACTTGTCGGA
AGAACTCTTTTCCATCAACCCGAGTTCGTCCGGTGTGGGACCCAGGCTCTGAGATTGAGA
TAGAAGATCTATTATCATCAAACATGCCTCTAGTAGTAGAGAAGGATACAGAATGGCGAC
GAGGGGAGATAGGTCTTGAAGTCGTTTTAGGGGTACTAGAAGCAGATAATGCTGGTGGAG
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AACTCGGTTTAGGAGC******TTCGCTTTCGTTGTCCACTGGAGCTGCTGGTTCAACAA
CTTCAGAAGCTTGAGACTGGATTGATGAATATCTTGAAGGTTGAAATGGA

QA 3 712 3 712
DS 

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GA
CGAAATGTAATTTTATTGAAGATGTGAGAAAAATATAAATACACGACATGCACAGGAGAT
ACAAACAAATTGTCGGTTCACTTGGTCTTACTTGAGAGCCAAGAAAACAAAAGAAATTTG
AGCCTGAAGAGTTCTGAATATGTAACTTTAACGTGTAACATAAGAATGAAAAATCTCAGT
GAGCGTTGCGAGTGATCAAGCCCTCGAATATGACATAGAGATCTCTGTTGTCGCTTCCGA
ATATCTCTTCAGCTTTCCTAAGCGTTTCATCTTTTGTTTGCTTGTGGGCGTTAAGATCCT
TCACATTTCCAAGGAATGCACCAAACTGCTCGTAAGATAACCGGCTCCTGACTTGTCGGA
AGAACTCTTTTCCATCAACCCGAGTTCGTCCGGTGTGGGATCCAGGCTCTGAGATTGAGA
TAGAAGATCTATTATCATCAAACATGCCTCTAGTAGTAGAGAAGGATACAGAATGGCGAC
GAGGGGAGATAGGTCTTGAAGTCGTTTTAGGGGTACTAGAAGCAGATAATGCTGGTGGAG
AACCAGGAGGAGTAAGCCGAGGCGTAGCAGTCTGAGATACTAATGGAACACTGTTTGATA
AACTCGGTTTAGGAGCTGCTACTTCGCTTTCGTTGTCCACTGGAGTTG***GTTCAACAG
CTTCAGAAGCTTGAGACTGGATTGATGTATGTCTTGAAGGTTGAAATGGAGTATCTTCAT
CGTTTGGTGTTGGCTTAGCAATGATTTGTGTTGTTCCCGCATTTTGGTCGTCGTCTTGA*
GAGACATCATA*GCGTCTTCCTGAAACCCTCAAGCTTAGAGACATCTCTCTGGAG

QA 3 837 3 837
DS 

RD RR3BO04JQ 664 0 0
ATGTAACTTTAACGTGTAACATAAGAATGAAAATTCTCAGTGAGCGTTGCGAGTGATCAA
GCCCTCGAATATGACATAGAGATCTCTGTTGTCGCTTCCGAATATCTCTTCAGCTTTCCT
AAGCGTTTCATCTTTTGTTTGCTTGTGGGCGTTAAGATCCTTCACATTTCCAAGGAATGC
ACCAAACTGCTCGTAAGATAACCGGCTCCTGACTTGTCGGAAGAACTCTTTTCCATCAAC
CCGAGTTCGTCCGGTGTGGGATCCAGGCTCTGAGATTGAGATAGAAGATCTATTATCATC
AAACATGCCTCTAGTAGTAGAGAAGGATACAGAATGGCGACGAGGGGAGATAGGTCTTGA
AGTCGTTTTAGGGGTACTAGAAGCAGATAATGCTGGTGGAGAACCAGGAGGAGTAAGCCG
AGGCGTAGCAGTCTGAGATACTAATGGAACACTGTTTGATAAACTCGGTTTAGGAGCTGC
TACTTCGCTTTCGTTGTCCACTGGAGTTG***GTTCAACAGCTTCAGAAGCTTGAGACTG
GATTGATGTATGTCTTGAAGGTTGAAATGGAGTATCTTCATCGTTTGGTGTTGGCTTAGC
AATGATTTGTGTTGTTCCCGCATTTTGGTCGTCGTCTTGAAGAGACATCATAAGCGTCTT
CCTG

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3CW59TF 744 0 0
C
TCTGAGAT*GAGATAGAAGATCTAT*ATCATCAAACATGC*TCTAGTAGTAGAGAAGGAT
ACAGAATGGCGACGAGGGGAGATAGGTCT*GAAGTCGTTT*AGGGGTACTAGAAGCAGAT
AATGCTGGTGGAGAACCAGGAGGAGTAAGCCGAGGCGTAGCAGTCTGAGATACTAATGGA
ACACTGTTTGATAAACTCGGTTTAGGAGCTGCTACTTCGCTTTCGTTGTCCACTGGAGTT
G***GTTCAACAGCTTCAGAAGCTTGAGACTGGATTGATGTATGTCTTGAAGGTTGAAAT
GGAGTATCTTCATCGTTTGGTGTTGGCTTAGCAATGATTTGTGTTGTTCCCGCATTTTGG
TCGTCGTCTTGAAGAGACATCATAGGCGTCTTCCTGAAACCCTCAAGCTTAGAGACATCT
CTCTGGAGTCTCCTGACAGTACTCGACAACGAAGAGTTCTCTCTCACCAGATTCTCCTTT
TCATCTTCGGCGAGAGAAAGCTTTTGCAACGCGTCGGAGAGAGACGCGTCGAGAGACTCC
GCGTGTGATTGGAGCTCGGCGATTTGATTGTCTCTCTCGGCGAGAAGCTCACGGAGATCG
GACGACTCTGATTCGAGAGCAGAGACACGTGTCGAGAGAGCAATGGATGTGATTTTGCGG
GCCACATCCAGCTGCTCGAATGGATCGGACGGTAAGACTTGAAGGACTTCCTCGGGAAGA
TCGAAACTTAACGAACCTCTAAC

QA 2 744 2 744
DS 

RD RR3BO04TF 788 0 0
TCTGAGAT*GAGATAGA*GATCTAT*ATCATCAAACATGC*TCTAGTAGTAGAGAAGGAT
ACAGAATGGCGACGAGGG*AGATAGGTCTTGAAGTCGTTT*AGGGGTACTAGAAGCAGAT
AATGCTGGTGGAGAACCAGGAGGAGTAAGCCGAGGCGTAGCAGTCTGAGATACTAATGGA
ACACTGTTTGATAAACTCGGTTTAGGAGCTGCTACTTCGCTTTCGTTGTCCACTGGAGTT
G***GTTCAACAGCTTCAGAAGCTTGAGACTGGATTGATGTATGTCTTGAAGGTTGAAAT
GGAGTATCTTCATCGTTTGGTGTTGGCTTAGCAATGATTTGTGTTGTTCCCGCATTTTGG
TCGTCGTCTTGAAGAGACATCATAAGCGTCTTCCTGAAACCCTCAAGCTTAGAGACATCT
CTCTGGAGTCTCCTGACAGTACTCGACAACGAAGAGTTCTCTCTCACCAGATTCTCCTTT
TCATCTTCGGCGAGAGAAAGCTTTTGCAACGCGTCGGAGAGAGACGAGTCGAGAGACTCC
GCGTGTGATTGGAGCTCGGCGATTTGATTGTCTCTCTCGGCGAGAAGCTCACGGAGATCG
GACGACTCTGATTCGAGAGCAGAGACACGTGTCGAGAGAGCAATGGATGTGATTTTGCGG
GCCACATCCAGCTGCTCGAATGGATCGGAAGGTAAGACTTGAAGGACTTCCTCGGGAAGA
TCGAGACTTAACGAACCTCTAACAGCACTTGACGTATCTTCTTCTTGTTCTACGTCTGAC
ATTCTTTC

QA 1 788 1 788
DS 



CO CL338Contig2 836 3 8 U
GGAGAAAAGAAAAGAAAAAGACCAAACAGGAAAAGAAAGAATGTCAGACGTAGAACAAGA
AGAAGAAACGTCAAGTGCTGTTAGAGGTTCGTTAAGTTTCGATCTTCCCGAGGAAGTCCT
TCAAGTCTTACCGTCCGATCCATTCGAGCAGCTGGATGTGGCCCGCAAAATCACATCCAT
TGCTCTCTCGACACGTGTCTCTGCTCTCGAATCAGAGTCGTCCGATCTCCGTGAGCTTCT
CGCCGAGAAAGACAATCAAATCGCCGAGCTCCAATCACACGCGGAGTCTCTCGACGCGTC
TCTCTCCGACGCGTTGCAAAAGCTTTCTCTCGCCGAAGATGAAAGGGAGAATCTGGTGAG
AGAGAACTCTTCGTTGTCGAGTACTGTCAGGAGACTCCAGAGAGATGTCTCTAAGCTTGA
GGGTTTCAGGAAGACGCTTATGATGTCTCTTCAAGACGACGACCAAAATGCAGGAACGAC
ACAAATCATTGCTAAGCCAACACCAAACGATGAAGATTCTCCATTTCAACCTTCAAGATA
TTCATCAATCCAGTCTCAAGCTTCTGAAGTTGTTGAACCAGCAGCTCCAGTGGACAACGA
AAGCGAAGCTCCTAAACCGAGTTTATCGAACAGTGTTCCATTAGTATCTCAGACTGCTAC
GCCTCGGCTTACTCCTCCTGGTTCTCCACCAGCATCATCTGCTTCTAGTACCCCTAAAAC
GACTTCAAGACCTATCTCCCCTCGTCGCCATTCTGTATCCTTCTCTACTACTAGAGGCAT
GTTTGATGATAATAGATCTTCTATCTCATCTCAGAGCCTGGGTCCCACACCGGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP56TF U 1
AF RR3D005TF U 35
AF RR3BN43TF U 44
BS 1 227 RR3CP56TF
BS 228 229 RR3D005TF
BS 230 478 RR3CP56TF
BS 479 479 RR3D005TF
BS 480 695 RR3CP56TF
BS 696 696 RR3D005TF
BS 697 709 RR3CP56TF
BS 710 836 RR3D005TF

RD RR3CP56TF 709 0 0
GGAGAAAAGAAAAGAAAAAGACCAAACAGGAAAAGAAAGAATGTCAGACGTAGAACAAGA
AGAAGAAACGTCAAGTGCTGTTAGAGGTTCGTTAAGTTTCGATCTTCCCGAGGAAGTCCT
TCAAGTCTTACCGTCCGATCCATTCGAGCAGCTGGATGTGGCCCGCAAAATCACATCCAT
TGCTCTCTCGACACGTGTCTCTGCTCTCGAATCAGAGTCGTCCGATC**CGTGAGCTTCT
CGCCGAGAAAGACAATCAAATCGCCGAGCTCCAATCACACGCGGAGTCTCTCGACGCGTC
TCTCTCCGACGCGTTGCAAAAGCTTTCTCTCGCCGAAGATGAAAGGGAGAATCTGGTGAG
AGAGAACTCTTCGTTGTCGAGTACTGTCAGGAGACTCCAGAGAGATGTCTCTAAGCTTGA
GGGTTTCAGGAAGACGCTTATGATGTCTCTTCAAGACGACGACCAAAATGCAGGAACGGC
ACAAATCATTGCTAAGCCAACACCAAACGATGAAGATTCTCCATTTCAACCTTCAAGATA
TTCATCAATCCAGTCTCAAGCTTCTGAAGTTGTTGAACCAGCAGCTCCAGTGGACAACGA
AAGCGAAGCTCCTAAACCGAGTTTATCGAACAGTGTTCCATTAGTATCTCAGACTGCTAC
GCCTCGGCTTACTCCTCCTGGTTCTCCACCAGCAT*ATCTGCTTCTAGT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3D005TF 802 0 0
GG
AAGAATGTCAGACGTAGAACAAGAAGAAGAAACGTCGAGTGCTGTTAGAGGTTCGTTAAG
TTTCGATCTTCCCGAGGAAGTCCTTCAAGTCTTACCGTCCGATCCATTCGAGCAGCTGGA
TGTGGCCCGCAAAATCACATCCATTGCTCTCTCGACACGTGTCTCTGCTCTCGAATCAGA
GTCGTCCGATCTCCGTGAGCTTCTCGCCGAGAAAGACAATCAAATCGCCGAGCTCCAATC
ACACGCGGAGTCTCTCGACGCGTCTCTCTCCGACGCGTTGCAAAAGCTTTCTCTCGCCGA
AGATGAAAGGGAGAATCTGGTGAGAGAGAACTCTTCGTTGTCGAGTACTGTCAGGAGACT
CCAGAGAGATGTCTCTAAGCTTGAGGGTTTCAGGAAGACGCTTATGATGTCTCTTCAAGA
CGACGACCAAAATGCAGGAACGACACAAATCATTGCTAAGCCAACACCAAACGATGAAGA
TTCTCCATTTCAACCTTCAAGATATTCATCAATCCAGTCTCAAGCTTCTGAAGTTGTTGA
ACCAGCAGCTCCAGTGGACAACGAAAGCGAAGCTCCTAAACCGAGTTTATCGAACAGTGT
TCCATTAGTATCTCAGACTGCTACGCCTCGGCTTACTCCTCCTGGTTCTCCACCAGCATC
ATCTGCTTCTAGTACCCCTAAAACGACTTCAAGACCTATCTCCCCTCGTCGCCATTCTGT
ATCCTTCTCTACTACTAGAGGCATGTTTGATGATAATAGATCTTCTATCTCATCTCAGAG
CCTGGGTCCCACACCGGACG

QA 3 802 3 802
DS 

RD RR3BN43TF 779 0 0
TCAGACGTAGAACAAGAAGAAGAAACGTCAAGTGCTGTTAGAGGTTCGTTAAGTTTCGAT
CTTCCCGAGGAAGTCCTTCAAGTCTTACCGTCCGATCCATTCGAGCAGCTGGATGTGGCC
CGCAAAATCACATCCATTGCTCTCTCGACACGTGTCTCTGCTCTCGAATCAGAGTCGTCC
GATCTCCGTGAGCTTCTCGCCGAGAAAGACAATCAAATCGCCGAGCTCCAATCACACGCG
GAGTCTCTCGACGCGTCTCTCTCCGACGCGTTGCAAAAGCTTTCTCTCGCCGAAGATGAA
AGGGAGAATCTGGTGAGAGAGAACTCTTCGTTGTCGAGTACTGTCAGGAGACTCCAGAGA
GATGTCTCTAAGCTTGAGGGTTTCAGGAAGACGCTTATGATGTCTCTTCAAGACGACGAC
CAAAATGCAGGAACGACGCAAATCATTGCTAAGCCAACACCAAACGATGAAGATTCTCCA
TTTCAACCTTCAAGATATTCATCAATCCAGTCTCAAGCTTCTGAAGTTGTTGAACCAGCA
GCTCCAGTGGACAACGAAAGCGAAGCTCCTAAACCGAGTTTATCGAACAGTGTTCCATTA
GTATCTCAGACTGCTACGCCTCGGCTTACTCCTCCTGGTTCTCCACCAGCATTATCTGCT
TCTAGTACCCCTAAAACGACTTCAAGACCTATCTCCC*TCGTCGCCATTCTGTATCCTTC
TCTACTACTAGAGGCATGTTTGATGATA*TAGATCTTCTATCTCATCTCAGAGC
TGGGT

QA 1 774 1 774
DS 



AS 2 9

CO CL339Contig1 563 2 3 U
GAACCATATATCGTATCGGCATCCACTCACGAATTTTTACAATTCAGCATTTACAAAAAC
AAAAAAAAAGTTTGCAGAAGACTTTGCTTATATATAGAGTCAAGACTCATATTACAAGTC
CAACAACTAGAACTGTAAAGAGAAGGAAAAAAAAAACAAAAGCGAAAGAGACCACACACA
ACAAGCGAAGGGTTTAAGGCCATTTCGTGAACTCAAAGACCTTAAGTACGATATCAAAAC
CTGTTGGGATTTGCCAAATGAAAAGAAAAACATTGAGACCGTTCAACGCAATGTGTAGAT
TCCTCGCCGTCTCATTCCCTTTTTGCATTGCCGGTACCAAAGCCGCTGCAGCAGCCCATA
GCACCGTTATCCCTGCACCGGCGTAAAGATGAGGACCGGGGAAGAGTTTACCGGTACGAA
GATAAGTGTTAAGACCACCAAACACAGCTTCCAAAACACCAAACCCTAACAAAACAGAGC
CCGCGTAAAAGTGTTTGTCTCTGTAAGACCCTTTGACCAACTCTTTCCTCTCTTCCGTCA
ACCGTCGGATCTCAAGCTCCGTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3CP75JQ U 1
AF RR3EL19JQ U 1
BS 1 68 RR3CP75JQ
BS 69 69 RR3EL19JQ
BS 70 563 RR3CP75JQ

RD RR3CP75JQ 563 0 0
GAACCATATATCGTATCGGCATCCACTCACGAATTTTTACAATTCAGCATTTACAAAAAC
AAAAAAAA*GTTTGCAGAAGACTTTGCTTATATATAGAGTCAAGACTCATATTACAAGTC
CAACAACTAGAACTGTAAAGAGAAGGAAAAAAAAAACAAAAGCGAAAGAGACCACACACA
ACAAGCGAAGGGTTTAAGGCCATTTCGTGAACTCAAAGACCTTAAGTACGATATCAAAAC
CTGTTGGGATTTGCCAAATGAAAAGAAAAACATTGAGACCGTTCAACGCAATGTGTAGAT
TCCTCGCCGTCTCATTCCCTTTTTGCATTGCCGGTACCAAAGCCGCTGCAGCAGCCCATA
GCACCGTTATCCCTGCACCGGCGTAAAGATGAGGACCGGGGAAGAGTTTACCGGTACGAA
GATAAGTGTTAAGACCACCAAACACAGCTTCCAAAACACCAAACCCTAACAAAACAGAGC
CCGCGTAAAAGTGTTTGTCTCTGTAAGACCCTTTGACCAACTCTTTCCTCTCTTCCGTCA
ACCGTCGGATCTCAAGCTCCGTC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3EL19JQ 563 0 0
GAACCATATATCGTATCGGCATCCACTCACGAATTTTTACAATTCAGCATTTACAAAAAC
AAAAAAAAAGTTTGCAGAAGACTTTGCTTATATATAGAGTCAAGACTCATATTACAAGTC
CAACAACTAGAACTGTAAAGAGAAGGAAAAAAAAAACAAAAGCGAAAGAGACCACACACA
ACAAGCGAAGGGTTTAAGGCCATTTCGTGAACTCAAAGACCTTAAGTACGATATCAAAAC
CTGTTGGGATTTGCCAAATGAAAAGAAGAACATTGAGACCGTTCAACGCAATGTGTAGAT
TCCTCGCCGTCTCATTCCCTTTTTGCATTGCCGGTACCAAAGCCGCTGCAGCAGCCCATA
GCACCGTTATCCCTGCACCGGCGTAAAGATGAGGACCGGGGAAGAGTTTACCGGTACGAA
GATAAGTGTTAAGACCACCAAACACAGCTTCCAAAACACCAAACCCTAACAAAACAGAGC
CCGCGTCAAAGTGTTTGTCTCTGTAAGACCCTTTGACCAACTCTTTCCTCTCTTCCGTCA
ACCGTCGGATCTCAAGCTCCGTC

QA 1 563 1 563
DS 



CO CL339Contig2 950 7 50 U
GGGAAGTGAGACACAGAGACAGAGAATATGGCGACCACACTTCATTGTCTCTCCACACTC
CATCTTCTTCCTCGCACCCATCGCCCTAAAACTCTTAACTCTCTCAAACCAACCTCCAAA
TCACAACCTTGCAAGATCCCAGAACTACCCAACCCCCTCCAGATCCTTAAATCATCTCCC
TTCCCTCTCGCACTCACCGCATTGCCCTTTCTCATCGATCCACAGGATGCAGCAGCAGCT
GGAGGACAGTTTGGGATCTTGGAAGGACGATCGTTCGCGTTGATACACCCGATAGTGATG
GGAGGTTTGTTCGTATACACTCTATACGCCGGTTACTTAGGTTGGCAATGGAGGCGTGTG
CGTACCATCCAAAGCGAGATCAATGAACTCAAGAAACAGGTTAAGCC*GACTCC*TGTTT
CTCCCGACGGATCCACGGTCGTTGACCCTCCTTCTGCGACGGAGCTTGAGATCCGACGGT
TGACGGAAGAGAGGAAAGAGTTGGTCAAAGGGTCTTACAGAGACAAACACTTTGACGCAG
GCTCTGTTTTGTTAGGGTTTGGTGTTTTGGAAGCTGTGTTTGGTGGTCTTAACACTTATC
TTCGTACCGGTAAACTCTTCCCCGGTCCTCATCTTTACGCTGGAGCAGGGATAACGGTGC
TATGGGCTGCTGCAGCGGCTTTGGTACCGGCAATGCAAAAAGGGAATGAGACGGCGAGGA
ATCTACACATTGCGTTGAACGGTCTCAATGTTCTTCTTTTCATTTGGCAAATCCCAACAG
GTTTTGATATCGTACTTAAGGTCTTTGAGTTCACGAAATGGCCTTAAACCCTTCACTCCT
TGTTTGTGGTCTCTTTCGCTTTTGTTTTTTTTCCTTTGTCCTTACAGTTCTATGTAGTTG
TTGGACTTGTAATATGAGTCCTGACTCTATATATAAGCAAAGTCTTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 15 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 5 5 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3CP75TF U 34
AF RR3CG52TF U 41
AF RR3H212TF U 1
AF RR3B838TF U 4
AF RR3EL19TF U 296
AF RR3B838JQ C 157
AF RR3CG52JQ C 228
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BS 153 177 RR3H212TF
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BS 181 181 RR3B838TF
BS 182 246 RR3H212TF
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BS 897 946 RR3B838JQ
BS 947 950 RR3CG52JQ

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GGACACTTCATTC
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AACCAACCTCCAGATCACAACCTTGCAAGATCCCAGAACTACCCAACCCCCTCCAGATCC
TTAAATCATCTCCCCTCCCTCTCGCACTCACCGCATTGCCCTTTCTCATCGATCCACAGG
ATGCAGCAGCAGCTGGAGGAGAGTTTGGGATATTGGAAGGACGATCGTTCGCGTTGATAC
ACCCGATAGTGATGGGAGGTTTGTTCGTATACACTCTGTACGCCGGTTACTTAGGTTGGC
AATGGAGGCGTGTGCGTACCATCCAAAGCGAGATCAATGAACTCAAGAAACAGGTTAAGC
CCGACTCCCTGTTTCTCCCGACG

QA 14 396 14 396
DS 

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TTCATT
GTCTCTCCACACTCCATCTTCTTCCTCGCACCCATCGCCCTAAAACTCTTAACTCTCTCA
AACCAACCTCCAAATCACAACCTTGCAAGACCCCAGAACTACCCAACCCCCTCCAGATCC
TTAAATCATCTCCC*TCCCTCTCGCACTCACCGCATTGCCCTTTCTCATCGATCCACAGG
ATGCAGCAGCAGCTGGAGGACAGTTTGGTATCTTGGAAGGACGATCGTTCGCGTTGATAC
ACCCGATAGTGATGGGAGGTTTGTTCGTATACACTCTATACGCTGGTTACTTGGGTTGGC
AATGGAGACGTGTGCGTACCATCCAAAGCGAGATCAACGAGCTCAAGAAGCAGGTTAAGC
C*GACTCC*TGTTTCTCCCGACGGATCCACGGTCGTTGACCCTCCTTCTGCGACTGTGCT
TGAGATCCGACGGTTGACGGAAGAGAGGAAAGAGTTGGTCAAAGGGTCTTACAGAGACAA
ACACTTTGACGCGGGCTCTGTTTTGTTAGGGTTTGGTGTTTTGGAAGCTGTGTTTGGTGG
TCTTAATACTTATCTTCGTACCGGTAAACTCTTCCCTGGTCCTCATCTTTACGCTGGAGC
AGGGATAACGGTGCTATGGGCTGCTGCAGCGGCTTTGGTACCGGCAAT

QA 7 654 7 654
DS 

RD RR3H212TF 773 0 0
GGGAAGTGAGACACAGAGACAGAGAGTATGGCGACCACACTTCATTGTCTCTCCACACTC
CATCTTCTTCCCCGCACCCATCGCCCTAAAATTCTTAACTCTCTCAAACCAACCTCCAAA
TCACAACCTTGCAAGATCCCAGAACTACCCAGCCCCCTCCAGATCCTTAAATCATCTTCC
CTCCCTCTCGCACTCACCGCATTGCCCTTTCTCATCGATCCACAGGATGCAGCAGCAGCT
GGAGGAGAGTTTGGGATCTTGGAAGGACGATCGTTCGCGTTGATACACCCGATAGTGATG
GGAGGTTTATTCGTATACACTCTATACGCTGGTTACTTGGGTTGGCAATGGAGGCGTGTG
CGTACCATCCAAAGCGAGATCAACGACCTCAAGAAACAGGTTAAGCC*GACTCC*TGTTT
CTCCCGACGGATCCACGGTCGTTGACCCTCCTTCTGCAACGGAGCTTGAGATCCGACGGT
TGACGGAAGAGAGAAAAGAGTTGGTCAAAGGGTCTTACAGAGACAAACACTTTGACGCAG
GCTCTGTTTTGTTAGGGTTTGGTGTTTTGGAAGCTGTGTTTGGTGGTCTTAACACTTATC
TTCGTACCGGTAAACTCTTCCCCGGTCCTCATCTTTACGCTGGAGCAGGGATAACGGTGC
TATGGGCTGCTGCAGCGGCTTTGGTACCGGCAATGCAAAAAGGGA*TGAGACGGCGAGGA
ATCTACACATTGCGTTGA*CGGTCTCA*TGTTCTTCTTT*CATTTGGCAA
TCC

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3B838TF 752 0 0
GG
GTGAGACACAGAGACAGAGAATATGGCGACCACACTTCATTGTCTCTCCACACTCCATCT
TCTTCCTCGCACCCATCGTCCTAAAACTCTTAACTCTCTCAAACCAACCTCCAGATCACA
ACCTTGCAAGATCCCAGAACTACCCAACCCCCTCCAGATCCTTAAATCATCTCCCTTCCC
TCTCGCACTCACCGCATTGCCCTTTCTCATCGATCCACAGGATGCAGCAGCAGCTGGAGG
ACAGTTTGGGATCTTGGAAGGACGATCGTTCGCGTTGATACACCCGATAGTGATGGGAGG
TTTGTTCGTATACACTCTATACGCCGGTTACTTAGGTTGGCAATGGAGGCGTGTGCGTAC
CATCCAAAGCGAGATCAATGAACTCAAGAAACAGGTTAAGCC*GACTCC*TGTTTCTCCC
GATGGATCCACGGTCGTTGACCCTCCTTCTGCGACGGAGCTTGAGATCCGACGGTTGACG
GAAGAGAGGAAAGAGTTGGTCAAAGGGTCTTACAGAGACAAACACTTTGACGCAGGCTCT
GTTTTGTTAGGGTTTGGTGTTTTGGAAGCTGTGTTTGGTGGTCTTAACACTTATCTTCGT
ACCGGTAAACTCTTCCCCGGTCCTCATCTTTACGCTGGAGCAGGGATAACGGTGCTATGG
GCTGCTGCAGCGGCTTTGGTACCGGCAATGCAAAAAGGGAATGAGACGGCGAGGAATCTA
CACATTGCGTTGAACGGTCTCAATGTTCTT

QA 3 752 3 752
DS 

RD RR3EL19TF 574 0 0
G
GATGGGAGGTTTGTTCGTATACACTCTGTACGCCGGTTACTTAGGTTGGCAATGGAGGCG
TGTGCGTACCATCCAAAGCGAGATCAATGAACTCAAGAAACAGGTTAAGCC*GACTCC*T
GTTTCTCCCGACGGATCCACGGTCGTTGACCCTCCTTCTGCGACGGAGCTTGAGATCCGA
CGGTTGACGGAAGAGAGGAAAGAGTTGGTCAAAGGGTCTTACAGAGACAAACACTTTGAC
GCGGGCTCTGTTTTGTTAGGGTTTGGTGTTTTGGAAGCTGTGTTTGGTGGTCTTAACACT
TATCTTCGTACCGGTAAACTCTTCCCCGGTCCTCATCTTTACGCCGGTGCAGGGATAACG
GTGCTATGGGCTGCTGCAGCGGCTTTGGTACCGGCAATGCAAAAAGGGAATGAGACGGCG
AGGAATCTACACATTGCGTTGAACGGTCTCAATGTTCTTCTTTTCATTTGGCAAATCCCA
ACAGGTTTTGATATCGTACTTAAGGTCTTTGAGTTCACGAAATGGCCTTAAACCCTTCGC
TTGTTGTGTGTGGTCTCTTTCGCTTTTGTTTTT

QA 2 574 2 574
DS 

RD RR3B838JQ 793 0 0
CTCCAGATCCTTAAATCATCTCCCTTCCCTCTCGCACTCACCGCATTGCCCTTTCTCATC
GATCCACAGGATGCAGCAGCAGCTGGAGGACAGTTTGGGATCTTGGAAGGACGATCGTTC
GCGTTGATACACCCGATAGTGATGGGAGGTTTGTTCGTATACACTCTATACGCCGGTTAC
TTAGGTTGGCAATGGAGGCGTGTGCGTACCATCCAAAGCGAGATCAATGAACTCAAGAAA
CAGGTTAAGCC*GACTCC*TGTTTCTCCCGATGGATCCACGGTCGTTGACCCTCCTTCTG
CGACGGAGCTTGAGATCCGACGGTTGACGGAAGAGAGGAAAGAGTTGGTCAAAGGGTCTT
ACAGAGACAAACACTTTGACGCAGGCTCTGTTTTGTTAGGGTTTGGTGTTTTGGAAGCTG
TGTTTGGTGGTCTTAACACTTATCTTCGTACCGGTAAACTCTTCCCCGGTCCTCATCTTT
ACGCTGGAGCAGGGATAACGGTGCTATGGGCTGCTGCAGCGGCTTTGGTACCGGCAATGC
AAAAAGGGAATGAGACGGCGAGGAATCTACACATTGCGTTGAACGGTCTCAATGTTCTTC
TTTTCATTTGGCAAATCCCAACAGGTTTTGATATCGTACTTAAGGTCTTTGAGTTCACGA
AATGGCCTTAAACCCTTCACTCCTTGTTTGTGGTCTCTCTCGCTTTTGTTTTTTTTC**T
TGTCCTTACAGTTCTA****GTTGTTGGACTTGTAATATGAGTCCTGACTCTATATATAA
GCAAAGTCTT
TGC

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3CG52JQ 723 0 0
TGCAGCAGCAGCTGGAGGACAGTTTGGTATCTTGGAAGGACGATCGTTCGCGTTGATACA
CCCGATAGTGATGGGAGGTTTGTTCGTATACACTCTATACGCTGGTTACTTGGGTTGGCA
ATGGAGACGTGTGCGTACCATCCAAAGCGAGATCAACGAGCTCAAGAAGCAGGTTAAGCC
*GACTCC*TGTTTCTCCCGACGGATCCACGGTCGTTGACCCTCCTTCTGCGACTGTGCTT
GAGATCCGACGGTTGACGGAAGAGAGGAAAGAGTTGGTCAAAGGGTCTTACAGAGACAAA
CACTTTGACGCGGGCTCTGTTTTGTTAGGGTTTGGTGTTTTGGAAGCTGTGTTTGGTGGT
CTTAATACTTATCTTCGTACCGGTAAACTCTTCCCTGGTCCTCATCTTTACGCTGGAGCA
GGGATAACGGTGCTATGGGCTGCTGCAGCGGCTTTGGTACCGGCAATGCAAAAAGGGAAT
GAGACGGCGAGGAATCTACACATTGCGTTGAACGGTCTCAATGTTCTTCTTTTCATTTGG
CAAATCCCAACAGGTTTTGATATCGTACTTAAGGTCTTTGAGTTCACGAAATGGCCTTAA
ACCCTTCACTCCTTGTTTGTGGTTTCTTTCGCTTTTGTTTTTTTTTCTTTGTCTTTACAG
TTCTATGTAGTTGTTGGACTTGTAATATGAGTCTTGACTCTATATATAAGCAAAGTCTTC
TAC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 10

CO CL340Contig1 852 10 15 U
GGCTCTCTGGGTGCCCTAGCTTCTCACACAGCCGTTTATATCACAGAGGAGGCGACAGTA
TGGTGCACGTTTGCTACTACCGCAACTATGGAAAAACATTCAAGGGACCACGTCGTCCTT
TCGAGAAGGAGCGTCTCGACTCCGAGTTGAAGCTAGTTGGCGAGTACGGTCTCCGTAACA
AGCGTGAGCTCTGGAGAGTGCAGTACTCTCTTAGCCGTATCCGTAACGCCGCTAGGGATC
TTCTCACACTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCGAAGGTGAGGCGCTACTACGTA
AGATGAACCGTTACGGTCTTCTCGATGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCTT
TGACCGTTGAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACAATTGTGTTCAAGTCTGGTATGG
CTAAGTCGATCCATCACTCCCGTGTCCTAATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGGAAGC
AGTTGGTGAACATTCCTTCGTTCATGGTGAGACTTGATTCTCAGAAACACATTGACTTTG
CTCTGACCAGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCCGGAAGAGTGAAGAGAAGGAATGAGAAGT
CTGCCTCCAAGAAAGCCTCTGGTGGTGATGCAGATGGTGATGACGAAGAGTAATTCTAAC
TCTCACCTGTTTTAGCTATGGAGCAATCTGCCTTTTGATCACTTGTAGTTTGTTATTTCT
CAGTGGATTGTTCTGTGTTTTCTTTCGCTTTCTCCTGTCCAACTTTTTTACTTATTGTTT
ACAAACATCATCTCTTAAAAAGTTTTGTTTCTTTCTTATGCTGAGATCCCAAAAACTCAT
ATAGTTCTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 40 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 30 60 60 60 60 60 60 60 25 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 55 55 55 25 55 55 55 55 55 50 50 50 50 35 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX16TF U 1
AF RR3CA90TF U 9
AF RR3EC47TF U 220
AF RR3EJ05TF U 9
AF RR3A515TF U 9
AF RR3CU26TF U 9
AF RR3EX16JQ C 40
AF RR3A515JQ C 102
AF RR3CA90JQ C 87
AF RR3EJ05JQ C 387
BS 1 8 RR3EX16TF
BS 9 10 RR3A515TF
BS 11 56 RR3EX16TF
BS 57 57 RR3A515TF
BS 58 306 RR3EX16TF
BS 307 307 RR3A515TF
BS 308 558 RR3EX16TF
BS 559 559 RR3A515TF
BS 560 585 RR3EX16TF
BS 586 726 RR3A515TF
BS 727 727 RR3CU26TF
BS 728 741 RR3A515TF
BS 742 771 RR3CU26TF
BS 772 814 RR3EX16JQ
BS 815 852 RR3EJ05JQ

RD RR3EX16TF 585 0 0
GGCTCTCTTCGTGCCCTAGCTTCTCACACAGCCGTTTATATCACAGAGGAGGCGACGGTA
TGGTGCACGTTTGCTACTACCGCAACTATGGAAAAACATTCAAGGGACCACGTCGTCCTT
TCGAGAAGGAGCGTCTCGACTCCGAGTTGAAGCTAGTTGGCGAGTACGGTCTCCGTAACA
AGCGTGAGCTCTGGAGAGTGCAGTACTCTCTTAGCCGTATCCGTAACGCCGCTAGGGATC
TTCTCACACTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCGAAGGTGAGGCGCTACTACGTA
AGATGAGCCGTTACGGTCTTCTCGATGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCTT
TGACCGTTGAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACAATTGTGTTCAAGTCTGGTATGG
CTAAGTCGATCCATCACTCCCGTGTCCTAATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGGAAGC
AGTTGGTGAACATTCCTTCGTTCATGGTGAGACTTGATTCTCAGAAACACATTGACTTTG
CTCTGACCAGTCCCTTCG*TGGTGGCCGTCCCGGAAGAGTGAAGA

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3CA90TF 586 0 0
GGGTGCCCTAGCTTCTCACACAGCCGTTTATATCACAGAGGAGGCGACAGTATGGTGCAC
GTTTGCTACTACCGCAACTATGGAAAAACATTCAAGGGACCACGTCGTCCTTTCGAGAAG
GAGCGTCTCGACTCCGAGTTGAAGCTAGTTGGCGAGTACGGTCTCCGTAACAAGCGTGAG
CTCTGGAGAGTGCAGTACTCTCTTAGCCGTATCCGTAACGCCGCTAGGGATCTTCTCACA
CTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCGAAGGTGAGGCGCTACTACGTAAGATGAAC
CGTTACGGTCTTCTCGATGAGAGCCAAAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCTTTGACCGTT
GAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACAATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCG
ATCCATCACTCCCGTGTCCTAATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGGAAGCAGTTGGTG
AACATTCCTTCGTTCATGGTGAGGCTTGATTCTCAGAAACACATTGACTTTGCTCTGACC
AGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCCGGAAGAGTGAAGAGAACGAATG

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3EC47TF 403 0 0
G
CCGTAACTCCGCTAGGGATCTTCTCACACTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCGA
AGGTGAGGCGCTACTACGTAAGATGGACCGTTACGGTCTTCTCGATGAGAGCCAGAACAA
GCTCGATTACGTCTTGGCTTTGACCGTTGAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACAAT
TGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAA*TCGATCCATCACTCCCGTGTCCTAATCAGGCAGAG
GCATATCAGGGTTGGGAAGCA*TTGGTGAACATTCCTTCGTTCATGGTGAGACTTGATTC
TCAGAAACACATTGACTTTGCTCTGACCA*TCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCCGGAAGA*T
GAAGAGAAGGAATGAGAA*TCTGCCTCCA*GAAAGCCTCTGG

QA 2 403 2 403
DS 

RD RR3EJ05TF 690 0 0
GGGTGCCCTAGCTTCTCACACAGCCGTTTATATCACAGAGGAGGCGACAGTATGGTGCAC
GTTTGCTACTACCGCAACTATGGAAAAACATTCAAGGGACCACGTCGTCCTTTCGAGAAG
GAGCGTCTCGACTCCGAGTTGAAGCTAGTTGGCGAGTACGGTCTCCGTAACAAGCGTGAG
CTCTGGAGAGTGCAGTACTCTCTTAGCCGTATCCGTAACGCCGCTAGGGATCTTCTCACA
CTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCGAAGGTGAGGCGCTACTACGTAAGATGAAC
CGTTACGGTCTTCTCGATGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCTTTGACCGTT
GAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACAATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCG
ATCCATCACTCCCGTGTCCTAATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGGAAGCAGTTGGTG
AACATTCCTTCGTTCATGGTGAGACTTGATTCTCAGAAACACATTGACTTTGCTCTGACC
AGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCCGGAAGAGTGAAGAGAAAGAATGAGAAGTCTGCCTCC
AAGAAAGCCTCTGGTGGTGATGCAGATGGTGATGACGAAGAGTAATTCTAACTCTCACCT
GTTTTAGCTATGGAGCAATCTGCCTTTTGA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3A515TF 733 0 0
GGGTGCCCTAGCTTCTCACACATCCGTTTATATCACAGAGGAGGCGACAGTATGGTGCAC
GTTTGCTACTACCGCAACTATGGAAAAACATTCAAGGGACCACGTCGTCCTTTCGAGAAG
GAGCGTCTCGACTCCGAGTTGAAGCTAGTTGGCGAGTACGGTCTCCGTAACAAGCGTGAG
CTCTGGAGAGTGCAGTACTCTCTTAGCCGTATCCGTAACGCCGCTAGGGATCTTCTCACA
CTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCGAAGGTGAGGCGCTACTACGTAAGATGAAC
CGTTACGGTCTTCTCGATGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCTTTGACCGTT
GAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACAATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCG
ATCCATCACTCCCGTGTCCTAATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGGAAGCAGTTGGTG
AACATTCCTTCGTTCATGGTGAGACTTGATTCTCAGAAACACATTGACTTTGCTCTGACC
AGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCCGGAAGAGTGAAGAGAAGGAATGAGAAGTCTGCCTCC
AAGAAAGCCTCTGGTGGTGATGCAGATGGTGATGACGAAGAGTAATTCTAACTCTCACCT
GTTTTAGCTATGGAGCAATCTGCCTTTTGATCACTTGTAGTTTGTTATTTCTCAGTGGGT
TGTTCTGTGTTTT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3CU26TF 763 0 0
GGGTGCCCTAGCTTCTCACACAGCCGTTTATATCACAGAGGAGGCGACAGTATGGTGCAC
GTTTGCTACTACCGCAACTATGGAAAAACATTCAAGGGACCACGTCGTCCTTTCGAGAAG
GAGCGTCTCGACTCCGAGTTGAAGCTAGTTGGCGAGTACGGTCTCCGTAACAAGCGTGAG
CTCTGGAGAGTGCAGTACTCCCTTAGCCTTATCCGTAACGCCGCTAGGGATCTTCTCACA
CTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCGAAGGTGAGGCGCTACTACGTAAGATGAAC
CGTTACGGTCTTCTCGATGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCTTTGACCGTT
GAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACAATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCG
ATCCATCACTCCCGTGTCCTAGTCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGGAAGCAGTTGGTG
AACATTCCTTCGTTCATGGTGATACTTGATTCTCAGAAACACATTGACTTTGCTCTGACC
AGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCCGGAAGAGTGAAGAGAAGGAATGAGAAGTCTGCCTCC
AAGAAAGCCTCTGGTGGTGATGCAGATGGTGATGACGAAGAGTAATTCTAACTCTCACCT
GTTTTAGCTATGGAGCAATCTGCCTTTTGATCACTTGTAGTTTGTTATTTCTCAGTGGAT
TGTTCTGTGTTTTCTTTCGCTTTCTCCTGTCCAACTTTTTTAC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3EX16JQ 775 0 0
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TCAAGGGACCACGTCGTCCTTTCGAGAAGGAGCGTCTCGACTCCGAGTTGAAGCTAGTTG
GCGAGTACGGTCTCCGTAACAAGCGTGAGCTCTGGAGAGTGCAGTACTCTCTTAGCCGTA
TCCGTAACGCCGCTAGGGATCTTCTCACACTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCG
AAGGTGAGGCGCTACTACGTAAGATGAGCCGTTACGGTCTTCTCGATGAGAGCCAGAACA
AGCTCGATTACGTCTTGGCTTTGACCGTTGAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACAA
TTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCGATCCATCACTCCCGTGTCCTAATCAGGCAGA
GGCATATCAGGGTTGGGAAGCAGTTGGTGAACATTCCTTCGTTCATGGTGAGACTTGATT
TTCAGAAACACATTGACTTTGCTCTGACCAGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCCGGAAGAG
TGAAGAGAAGGAATGAGAAGTCTGCCTCCAAGAAAGCCTCTGGTGGTGATGCAGATGGTG
ATGACGAAGAGTAATTCTAACTCTCACCTGTTTTAGCTATGGAGCAATCTGCCTTTTGAT
CACTTGTAGTTTGTTATTTCTCAGTGGATTGTTCTGTGTTTTCTTTCGCTTTCTCCTGTC
CAACTTTTTTACTTATTGTTTACAAACATCATCTCTTAAAAAGTTTTGTTTCTTT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3A515JQ 701 0 0
AAGGGACCACGTCGTCCTTTCGAGAAGGAGCGTCTCGACTCCGAGTTGAAGCTAGTTGGC
GAGTACGGTCTCCGTAACAAGCGTGAGCTCTGGAGAGTGCAGTACTCTCTTAGCCGTATC
CGTAACGCCGCTAGGGATCTTCTCACACTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCGAA
GGTGAGGCGCTACTACGTAAGATGAACCGTTACGGTCTTCTCGATGAGAGCCAGAACAAG
CTCGATTACGTCTTGGCTTTGACCGTTGAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACAATT
GTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCGATCCATCACTCCCGTGTCCTAATCAGGCAGAGG
CATATCAGGGTTGGGAAGCAGTTGGTGAACATTCCTTCGTTCATGGTGAGACTTGATTCT
CAGAAACACATTGACTTTGCTCTGACCAGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCCGGAAGAGTG
AAGAGAAGGAATGAGAAGTCTGCCTCCAAGAAAGCCTCTGGTGGTGATGCAGATGGTGAT
GACGAAGAGTAATTCTAACTCTCACCTGTTTTAGCTATGGAGCAATCTGCCTTTTGATCA
CTTGTAGTTTGTTATTTCTCAGTGGGTTGTTCTGTGTTTTCTTTCGCTTTCTCCTGTCCA
ACTTTTTTACTTATTGTTTACAAACATCATCTCTTAAAAAG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3CA90JQ 716 0 0
TATGGAAAAACATTCAAGGGACCACGTCGTCCTTTCGAGAAGGAGCGTCTCGACTCCGAG
TTGAAGCTAGTTGGCGAGTACGGTCTCCGTAACAAGCGTGAGCTCTGGAGAGTGCAGTAC
TCTCTTAGCCGTATCCGTAACGCCGCTAGGGATCTTCTCACACTCGACGAGAAGAACCCC
AAGAGGATCTTCGAAGGTGAGGCGCTACTACGTAAGATGAACCGTTACGGTCTTCTCGAT
GAGAGCCAAAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCTTTGACCGTTGAGAATTTCCTCGAGCGT
AGGCTTCAGACAATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCGATCCATCACTCCCGTGTC
CTAATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGGAAGCAGTTGGTGAACATTCCTTCGTTCATG
GTGAGGCTTGATTTTCAGAAACACATTGACTTTGCTCTGACCAGTCCCTTCGGTGGTGGC
CGTCCCGGAAGAGTGAAGAGAAGGAATGAGAAGTCTGCCTCCAAGAAAGCCTCTGGTGGT
GATGCAGATGGTGATGACGAAGAGTAATTCTAACTCTCACCTGTTTTAGCTATGGAGCAA
TCTGCCTTTTGATCACTTGTAGTTTGTTATTTCTCAGTGGATTGTTCTGTGTTTTCTTTC
GCTTTCTCCTGTCCAACTTTTTTACTTATTGTTTACAAACATCATCTCTTAAAAAG

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3EJ05JQ 466 0 0
AGGCTTCAGACAATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCGATCCATCACTCCCGTGTC
CTAATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGGAAGCAGTTGGTGAACATTCCTTCGTTCATG
GTGAGACTTGATTTTCAGAAACACATTGACTTTGCTCTGACCAGTCCCTTCGGTGGTGGC
CGTCCCGGAAGAGTGAAGAGAAGGAATGAGAAGTCTGCCTCCAAGAAAGCCTCTGGTGGT
GATGCAGATGGTGATGACGAAGAGTAATTCTAACTCTCACCTGTTTTAGCTATGGAGCAA
TCTGCCTTTTGATCACTTGTAGTTTGTTATTTCTCAGTGGATTGTTCTGTGTTTTCTTTC
GCTTTCTCCTGTCCAACTTTTTTACTTATTGTTTACAAACATCATCTCTTAAAAAGTTTT
GTTTCTTTCTTATGCTGAGATCCCAAAAACTCATATAGTTCTTCTC

QA 1 466 1 466
DS 



AS 1 10

CO CL341Contig1 773 10 31 U
GGAAAACAACGCAGAAGAAAGGAGAAAAGAGAAGAAAAAAAA*CATCTGTCTTCTTCTCT
CCGTCACCTTTCCATCCGAAATTGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCAGCAACCATGGCTA
ACGCGGCTTCGGGGATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGG
CGAAAAGGACGCACCGTTTCATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTG
TTGAGAAAGTTGGCGAGCCCATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCTGCTG
AAGAATGCCGTTACGCCATTTATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGA
GCAAGATTTTCTTCATTGCTTGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCT
ACGCGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCGTGAGCTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGG
CAACTGATCCAACTGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAGAATT
AAACTTCTTTGGCTCATATTCTATCTACTATTCCTAAATTGTGTTTTCTTTTCTCTTATA
CAGTTTCTTCTTGCAACTGTGATAAAAAAACCAACTCCCCGTCACTCTATCCATCTGGTC
TCTCTTTTGTCTTATATTGAGAATTGTCCCAAGGTTTTGCATCCTTTTGTGTAAACTGTG
ATGATTCCTTTAAGCGTTTTGTTATCTTTGTTACAGTGTTGATGAACAAATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 40 40 15 15 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 30 60 60 10 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 
55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 20 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CM70TF U 16
AF RR3F491TF U 4
AF RR3BX94TF U 9
AF RR3BP50TF U 1
AF RR3DA44TF U 6
AF RR3CM70JQ C 16
AF RR3DA44JQ C 81
AF RR3D375JQ C 48
AF RR3D375TF U 34
AF RR3BX94JQ C 64
BS 1 23 RR3BP50TF
BS 24 25 RR3DA44TF
BS 26 74 RR3BP50TF
BS 75 75 RR3DA44TF
BS 76 207 RR3BP50TF
BS 208 208 RR3F491TF
BS 209 250 RR3BP50TF
BS 251 251 RR3DA44TF
BS 252 259 RR3BP50TF
BS 260 260 RR3DA44TF
BS 261 292 RR3BP50TF
BS 293 293 RR3DA44TF
BS 294 298 RR3BP50TF
BS 299 299 RR3DA44TF
BS 300 379 RR3BP50TF
BS 380 380 RR3DA44TF
BS 381 581 RR3BP50TF
BS 582 582 RR3DA44TF
BS 583 629 RR3BP50TF
BS 630 630 RR3F491TF
BS 631 682 RR3BP50TF
BS 683 683 RR3D375TF
BS 684 693 RR3BP50TF
BS 694 694 RR3CM70JQ
BS 695 714 RR3BP50TF
BS 715 715 RR3DA44TF
BS 716 725 RR3BP50TF
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BS 727 742 RR3BP50TF
BS 743 751 RR3D375TF
BS 752 773 RR3CM70JQ

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G
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CGAAATTGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCAGCAACCATGGCTAACGCGGCTTCGGGGAT
GGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGGCGAAAAGGACGCACCG
TTTCATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTGAGAAAGTTGGCGA
GCCCATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCCGCTGAAGAATGCCGTTACGC
CATTTATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCAT
TGCTTGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGGTCTACGCGAGCTC

QA 2 415 2 415
DS 

RD RR3F491TF 652 0 0
AGGGAACGCAGAAGAAAG
GA**AAAGAGAAGAAAAAAAA*CATCTGTCTTCTTCTCTCCGTCACCTTTCCACCCGAAA
TTGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCAGCAACCGTGGCTAACGCGGCTTCGGGGATGGCAG
TCCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGGCGAAAAGGATGCACCGTTTCA
TTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTGAGAAAGTCGGCGAGCCTA
TTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTACCTGCCGAAGAATGCCGTTACGCCATTT
ATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATTGCAT
GGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCCAAGGACAGGT
TCAAGCGTGAGCTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGGCAACTGATCCAACTGAGATGG
ATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAGAATTAAACTTCTTTGGCTCATATTC
TATCTACTATTCCTAAATTGCGTTTTCTTTTCTCTTATACAGTTTCTTCTTGCAACTGTG
ATAAAAAAACCAACTCCCCGTCACTCTATCCATC

QA 19 652 19 652
DS 

RD RR3BX94TF 595 0 0
GGGCAGAA
GAAAGGAGAAAAGAGAAGAAAAAAAA*CATCTGTCTTCTTCTCTCCGTCACCTTTCCATC
CGAAATTGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCAGCAACCATGGCTAACGCGGCTTCGGGGAT
GGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGGCGAAAAGGACGCACCG
TTTCATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTGAGAAAGTTGGCGA
GCCCATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCTGCTGAAGAATGCCGTTACGC
CATTTATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCAT
TGCTTGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCCAAGGA
CAGGTTCAAGCGTGAGCTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGGCAACTGATCCAACTGA
GATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAGAATTAAACTTCTTTGGCTCA
TATTCTATCTACTATTCCTAAATTGTGTTTTCTTTTCTCTTATACAG

QA 9 595 9 595
DS 

RD RR3BP50TF 750 0 0
GGAAAACAACGCAGAAGAAAGGA**AAAGAGAAGAAAAAAAA*CATCTGTCTTCTTCTCT
CCGTCACCTTTCCACCCGAAATTGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCAGCAACCATGGCTA
ACGCGGCTTCGGGGATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGG
CGAAAAGGACGCACCGTTTCATTGTCTCCAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTG
TTGAGAAAGTCGGCGAGCCTATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTACCTGCCG
AAGAATGCCGTTACGCCATTTATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGA
GCAAGATTTTCTTCATTGCATGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCT
ACGCGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCGTGAGCTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGG
CAACTGATCCAACTGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAGAATT
AAACTTCTTTGGCTCATATTCTATCTACTATTCCTAAATTGCGTTTTCTTTTCTCTTATA
CAGTTTCTTCTTGCAACTGTGATAAAAAA*CCAACTCCCCGTCACTCTATCCATCTGGTC
TCTCTTTTGTCTTATATTGAGA*TTGTCCCAAG*TTTTGCATCCTTTTGTGTAA*CTGTG
ATGAT*CCTTTAAGCGTTTTGT
ATCTTAAA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3DA44TF 746 0 0
GGAAC
GCAGAAGAAAGGAGAAAAGAGAAGAAAAAAAA*CATCTGTCTTCTTCTCTCCGTCACCTT
TCCATCCGAAATTGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCAGCAACCATGGCTAACGCGGCTTC
GGGGATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGGCGAAAAGGAC
GCACCGTTTCATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTGAGAAAGT
TGGCGAGCCCATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCTGCTGAAGAATGCCG
TTACGCCATTTATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTT
CTTCATTGCTTGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTC
CAAGGACAGGTTCAAGCGTGAGCTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGGCAACTGATCC
AACTGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAGAATTAAACTTCTTT
GGCTCATATTCTATCTACTATTCCTAAATTGTGTTTTCTTTTCTCTTATACAGTTTCTTC
TTGCAACTGTGATAAAAAC*CCAACTCCCCGTCACTCTATCCATCTGGTCTCTCTTTTGT
CTTATATTGAGA*TTGTCCCAAG*TTT*GCATCCTTTTGTGTAAACTGTGATGAT*CATT
TAAGCGTTTTGT
ATCTTTGTC

QA 6 737 6 737
DS 

RD RR3CM70JQ 758 0 0
G
GAAAGGAGAAAAGAGAAGAAAAAAAA*CATCTGTCTTCTTCTCTCCGTCACCTTTCCATC
CGAAATTGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCAGCAACCATGGCTAACGCGGCTTCGGGGAT
GGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGGCGAAAAGGACGCACCG
TTTCATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTGAGAAAGTTGGCGA
GCCCATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCCGCTGAAGAATGCCGTTACGC
CATTTATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCAT
TGCTTGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGGTCTACGCGAGCTCCAAGGA
CAGGTTCAAGCGTGAACTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGGCAACTGATCCAACTGA
GATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAGAATTAAACTTCTTTGGCTCA
TATTCTATCTACTATTCCTAAATTGTGTTTTCTTTTCTCTTATGCAGTTTCTTCTTGCAA
CTGTGATAAAAAACCCAACTCCCCGTCACTCTATCCATCTGGTCTCTCTTTTGTCTTATA
TTGAGAATTGTCCCAAGGTTTTGCATCCTTTTGTGTAAACTGTGATGATTCCTTTAAGCG
TTTTGTTATCTTTGTTACAGTGTTGATGAACAAATGC

QA 2 758 2 758
DS 

RD RR3DA44JQ 672 0 0
ATTGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCAGCAACCATGGCTAACGCGGCTTCGGGGATGGCA
GTCCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGGCGAAAAGGACGCACCGTTTC
ATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTGAGAAAGTTGGCGAGCCC
ATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCTGCTGAAGAATGCCGTTACGCCATT
TATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATTGCT
TGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCCAAGGACAGG
TTCAAGCGTGAGCTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGGCAACTGATCCAACTGAGATG
GATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAGAATTAAACTTCTTTGGCTCATATT
CTATCTACTATTCCTAAATTGTGTTTTCTTTTCTCTTATACAGTTTCTTCTTGCAACTGT
GATAAAAAACCCAACTCCCCGTCACTCTATCCATCTGGTCTCTCTTTTGTCTTATATTGA
GAATTGTCCCAAGGTTTTGCATCCTTTTGTGTAAACTGTGATGATTCATTTAAGCGTTTT
GTTATCTTTGT
C

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3D375JQ 704 0 0
TGTCTTCTTCTCTCCGTCACCTTTCCACCCGAAATTGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCA
GCAACCATGGCTAACGCGGCTTCGGGGATGGCAGTCCATGATGCCTGCAAGCTCAGGTTT
CTTGAACTCAAGGCGAAAAGGACGCACCGTTTCATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAG
AAGCAAGTGGTTGTTGAGAAAGTCGGCGAGCCTATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCT
AGCCTACCTGCCGAAGAATGCCGTTACGCCATTTATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAG
AACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATTGCATGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGA
AGCAAGATGATCTACGCGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCGTGAGCTTGATGGGATTCAA
GTGGAGCTTCAGGCAACTGATCCAACTGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTC
AACTAAAAGAATTAAACTTCTTTGGCTCATATTCTATCTACTATTCCTAAATTGCGTTTT
CTTTTCTCTTATACAGTTTCTTCTTGCAACTGTGATAAAAAAACCAACTCCCCGTCACTC
TATCCATCTGGTCTCTCTTTTGTCTTATATTGAGAATTGTCCCAAGGTTTTGCATCCTTT
TGTGTAAACTGTGATGATTCCTTTAAGCGTTTTGTTATCTTTGT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3D375TF 718 0 0
GAAAAAAAA*CATCTGTCTTCTTCTCTCCGTCACCTTTCCACCCGAAATTGTCTCTTGAC
AGCGTTTTGATCCAGCAACCATGGCTAACGCGGCTTCGGGGATGGCAGTCCATGATGCCT
GCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGGCGAAAAGGACGCACCGTTTCATTGTCTACAAGA
TCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTGAGAAAGTCGGCGAGCCTATTCTATCCTACG
AGGATTTCGCTGCTAGCCTACCTGCCGAAGAATGCCGTTACGCCATTTATGATTTCGACT
TTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATTGCATGGTGTCCGGATG
TAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCGTGAGC
TTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGGCAACTGATCCAACTGAGATGGATCTCGATGTTT
TCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAGAATTAAACTTCTTTGGCTCATATTCTATCTACTATTC
CTAAATTGCGTTTTCTTTTCTCTTATACAGTTTCTTCTTGCAACTGTGATAAAAAAACCA
ACTCCCCGTCACTCTATCCATCTGGTCTCTCTTTTGTCTTATATTGAGAATTGTCCCAAG
*TTTTGCATCCTTTTGTGTAAACTGTGATGATTCCTTTAAGCGTTTTGTTATCTTTGT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3BX94JQ 683 0 0
TCACCTTTCCATCCGAAATTGTCTCTTGACAGCGTTTTGATCCAGCAACCATGGCTAACG
CGGCTTCGGGGATGGCAGTCCATGATGACTGCAAGCTCAGGTTTCTTGAACTCAAGGCGA
AAAGGACGCACCGTTTCATTGTCTACAAGATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTTG
AGAAAGTTGGCGAGCCCATTCTATCCTACGAGGATTTCGCTGCTAGCCTCCCTGCTGAAG
AATGCCGTTACGCCATTTATGATTTCGACTTTGTCACTGTCGAGAACTGCCAGAAGAGCA
AGATTTTCTTCATTGCTTGGTGTCCGGATGTAGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATCTACG
CGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCGTGAGCTTGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAGGCAA
CTGATCCAACTGAGATGGATCTCGATGTTTTCAAAAGCCGCGTCAACTAAAAGAATTAAA
CTTCTTTGGCTCATATTCTATCTACTATTCCTAAATTGTGTTTTCTTTTCTCTTATACAG
TTTCTTCTTGCAACTGTGATAAAAAACCCAACTCCCCGTCACTCTATCCATCTGGTCTCT
CTTTTGTCTTATATTGAGAATTGTCCCAAGGTTTTGCATCCTTTTGTGTAAACTGTGATG
ATTCCTTTAAGCGTTTTGTTATC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 9

CO CL342Contig1 1676 9 13 U
GGTATAGATACTTTATGTTTGCATAGACACTACAACGATGGAGTACACTTAAACCAAAAG
TTTTCATGAAAAATAGATGTCACAAGTAAATGCTTCAGACAAAAACAAAGAACAAGAAAA
TAGGAACTTTTTTCACACAAGGATTCTTCATCTACTACTTCTATACTACTAAAAACGTTT
TTAACGAAACTGAGAAACGCAGTCTTTTATTTTCTTCAACGTCCATCCACAGATGTGAAC
GAGTCAGCAAATCCAGACGGGCGTGTTGGGATACTTGTCTGTGTGTTATCTTTGCTTCCA
TAAACAGAGGACGAAGAACCAGAGTCATCTCCCGTTTGGCTAAGCCCTTCAGAAGCTTGC
CATTTCTTAACCGCCTGCGGAAGCGGAAGATCATAATCTATACCGTAAAGGTCATCAGGA
TCGACCTCAGTGGGTTTCCACTGGACAGTGAGCGAAGAAAGAACGTTAACGATGTGAGAC
ATGTCAGGTCTTTGGTAAGGCTCACGTGCACAGCAATGACCAGCAAGCTCCCAAACTTTT
TCAACGCTGGCTAAGGTGTCTTCGTCCAGCTTGATGTTTGGGTCTATTGCGTTCTTGAAG
GCGTTCTCGTCTTTGTCTTTGCTTGCTGCCACACGACGGAACCATGTGACTAGATGGACG
CTGTCCTCAGGTTGCGTCTCATCTAAGGCTTTACGACCAGTGATTAGCTCCATTAATATG
ACCCCGAGGCTGAAGATATCTACCTTGGTCGTCACTCTTCCAGTCACTGCATATTCAGGG
GCAAGGTAACCGAAGGTCCCAGCGACTCTCGTCTCGATGGAGTATTTGCCTTCAGGGGCT
AAGCGGACTAACCCAAAGTCGGAGACTTTAGCACGCATATCATCACCAAGAAGGATGTTA
GATGGTTTTAGATCCCTATGGATGAAACTCTGATGAGCAAGCGTGTGTAAATACTCCACA
CCCCTAGCTACATCCAACGCGATAGCCAACCTTCTAGTCCAATCAAGTGGTTTACGCTCT
TCTTCTTTCCAGTGGAACAGATGCTGGCTCAGTGTTCCTTGCGGCATGTACTCATAGACA
AGAAGCCTCTCGTTACCATCAAGGCAGTACCCTAGAAGCGCAACAAGATGACGGTGACGC
ATTTTAGTCAAAACCGTGATCTCTGATTTGAACTCAGCGAGTCCCTTATCACTCACAACC
GAAGAAGACTCCATCCTCTTGACAGCTATTTTAGTTCCATCATGGAGTTCACCTTTGTAA
ACTACACCGAAACCGCCTCTCCCGAGTATATTCTCTTCGCTGAAGTTGTTAGTCACACTC
CTCAGAACCTGTATGGATATCACCAAGTTACCAGACTCCACGACGTGTATGTCACTGTTG
GCGCTTCCGCTGTGACTGTAAGAGCTCTCGGTTCCTCCTCCTCCTCCCCCATTGTTGAGA
CTAGAAGCTGCAACAGTGAGTTTAATCGCATCGCTGTCACCAGAGTGATGAGGATGAATC
ACCATGTTGGTGGTGTTTGGGCTCTGCACTTTAGCGGGTCTCATTCCCTTCTTGGCGTAG
AGGCAAACACCGAGTCCCACAAGACACAATGCACCAACAACACCACCAACCACAGGAACA
ATTATCTTCACACTGCTTGACTTCTTAGAACTTTCGCCACCACCACCTCCACTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ34JQ U 1
AF RR3AL27JQ U 87
AF RR3EM82JQ U 45
AF RR3H831JQ U 110
AF RR3AT27JQ U 43
AF RR3CJ34TF C 386
AF RR3EM82TF C 704
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AF RR3AL27TF C 871
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BS 147 147 RR3AT27JQ
BS 148 701 RR3CJ34JQ
BS 702 704 RR3AT27JQ
BS 705 780 RR3CJ34JQ
BS 781 888 RR3AT27JQ
BS 889 894 RR3CJ34TF
BS 895 895 RR3AT27TF
BS 896 1103 RR3CJ34TF
BS 1104 1104 RR3AT27TF
BS 1105 1161 RR3CJ34TF
BS 1162 1397 RR3AT27TF
BS 1398 1676 RR3AL27TF

RD RR3CJ34JQ 781 0 0
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TTTTCATGAAAAATAGATGTCACAAGTAAATGCTTCAGACAAAAACAAAGAACAAGAAAA
TAGGAACTTTTTTCACACAAGGATTCCTCATCTACTACTTCTATACTACTAAAAACGTTT
TTAACGAAACTGAGAAACGCAGTCTTTTATTTTCTTCAACGTCCATCCACAGATGTGAAC
GAGTCAGCAAATCCAGACGGGCGTGTTGGGATACTTGTCTGTGTGTTATCTTTGCTTCCA
TAAACAGAGGACGAAGAACCAGAGTCATCTCCCGTTTGGCTAAGCCCTTCAGAAGCTTGC
CATTTCTTAACCGCCTGCGGAAGCGGAAGATCATAATCTATACCGTAAAGGTCATCAGGA
TCGACCTCAGTGGGTTTCCACTGGACAGTGAGCGAAGAAAGAACGTTAACGATGTGAGAC
ATGTCAGGTCTTTGGTAAGGCTCACGTGCACAGCAATGACCAGCAAGCTCCCAAACTTTT
TCAACGCTGGCTAAGGTGTCTTCGTCCAGCTTGATGTTTGGGTCTATTGCGTTCTTGAAG
GCGTTCTCGTCTTTGTCTTTGCTTGCTGCCACACGACGGAACCATGTGACTAGATGGACG
CTGTCCTCAGGTTGCGTCTCATCTAAGGCTTTACGACCAGT**ATAGCTCCATTAATATG
ACCCCGAGGCTGAAGATATCTACCTTGGTCGTCACTCTTCCAGTCACTGCATATTCAGGG
C

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3AL27JQ 688 0 0
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TTCATCTACTACTTCTATACTACTAAAAACGTTTTTAACGAAACTGAGAAACGCAGTCTT
TTATTTTCTTCAACGTCCATCCACAGATGTGAACGAGTCAGCAAATCCAGACGGGCGTGT
TGGGATACTTGTCTGTGTGTTATCTTTGCTTCCATAAACAGAGGACGAAGAACCAGAGTC
ATCTCCCGTTTGGCTAAGCCCTTCAGAAGCTTGCCATTTCTTAACCGCCTGCGGAAGCGG
AAGATCATAATCTATACCGTAAAGGTCATCAGGATCGACCTCAGTGGGTTTCCACTGGAC
AGTGAGCGAAGAAAGAACGTTAACGATGTGAGACATGTCAGGTCTTTGGTAAGGCTCACG
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GGTCGTCACTCTTCCAGTCACTGCATAT

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DS 

RD RR3EM82JQ 730 0 0
G
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CTACTAAAAACGTTTTTAACGAAACTGAGAAACGCAGTCTTTTATTTTCTTCAACGTCCA
TCCACAGATGTGAACGAGTCAGCAAATCCAGACGGGCGTGTTGGGATACTTGTCTGTGTG
TTATCTTTGCTTCCATAAACAGAGGACGAAGAACCAGAGTCATCTCCCGTTTGGCTAAGC
CCTTCAGAAGCTTGCCAT**CTTAACCGCCTGCGGAAGCGGAAGATCATAATCTATACCG
TAAAGGTCATCAGGATCGACCTCAGTGGGTTTCCACTGGACAGTGAGCGAAGAAAGAACG
TTAACGATGTGAGACATGTCAGGTCTTTGGTAAGACTCACGTGCACAGCAATGACCAGCA
AGCTCCCAAACTTTTTCAACGCTGGCTAAGGTGTCTTCGTCCAGCTTGATGTTTGGGTCT
ATTGCGTTCTTGAAGGCGTTCTCGTCTTTGTCTTTGCTTGCTGCCACACGACGGAACCAT
GTGACTAGATGGACGCTGTCCTCAGGTTGCGTCTCATCTAAGGCTTTACGACCAGTGATT
AGCTCCATTAATATGACCCCGAGGCTGAAGATATCTACCTTGGTCGTCACTCTTCCAGTC
ACTGCATAT

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DS 

RD RR3H831JQ 712 0 0
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TAAAAACGTTTTTAACGAAACTGAGAAACGCAGTCTTTTATTTTCTTCAACGTCCATCCA
CAGATGTGAACGAGTCAGCAAATCCAGACGGGCGTGTTGGGATACTTGTCTGTGTGTTAT
CTTTGCTTCCATAAACAGAGGACGAAGAACCAGAGTCATCTCCCGTTTGGCTAAGCCCTT
CAGAAGCTTGCCATTTCTTAACCGCCTGCGGAAGCGGAAGATCATAATCTATACCGTAAA
GGTCATCAGGATCGACCTCAGTGGGTTTCCACTGGACAGTGAGCGAAGAAAGAACGTTAA
CGATGTGAGACATGTCAGGTCTTTGGTAAGGCTCACGTGCACAGCAATGACCAGCAAGCT
CCCAAACTTTTTCAACGCTGGCTAAGGTGTCTTCGTCCAGCTTGATGTTTGGGTCTATTG
CGTTCTTGAAGGCGTTCTCGTCTTTGTCTTTGCTTGCTGCCACACGACGGAACCATGTGA
CTAGATGGACGATGTCCTCAGGTTGCGTCTCATCTAAGGCTTTACGACCAGTGATTAGCT
CCATTAATATGACCCCGAGGCTGAAGATATCTACCTTGGTCGTCACTCTTCCAGTCACTG
CATATTCAGGGGCAAGGTAACCGAAGGTCCCAGCGACTCTCGTCTCGATGGA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3AT27JQ 846 0 0
CTA
CACTTAAACCAAAAGTTTTCATGAAAAATAGATGTCACAAGTAAATGCTTCAGACAAAAA
CAAAGAACAAGAAAATAGGAACTTTTTTCACACAAGGATTCTTCATCTACTACTTCTATA
CTACTAAAAACGTTTTTAACGAAACTGAGAAACGCAGTCTTTTATTTTCTTCAACGTCCA
TCCACAGATGTGAACGAGTCAGCAAATCCAGACGGGCGTGTTGGGATACTTGTCTGTGTG
TTATCTTTGCTTCCATAAACAGAGGACGAAGAACCAGAGTCATCTCCCGTTTGGCTAAGC
CCTTCAAAAGCTTGCCATTTCTTAACCGCCTGCGGAAGCGGAAGATCATAATCTATACCG
TAAAGGTCATCAGGATCGACCTCAGTGGGTTTCCACTGGACAGTGAGCGAAGAAAGAACG
TTAACGATGTGAGACATGTCAGGTCTTTGGTAAGGCTCACGTGCACAGCAATGACCAGCA
AGCTCCCAAACTTTTTCAACGCTGGCTAAGGTGTCTTCGTCCAGCTTGATGTTTGGGTCT
ATTGCGTTCTTGAAGGCGTTCTCGTCTTTGTCTTTGCTTGCTGCCACACGACGGAACCAT
GTGACTAGATGGACGCTGTCCTCAGGTTGCGTCTCATCTAAGGCTTTACGACCAGTGATT
AGCTCCATTAATATGACCCCGAGGCTGAAGATATCTACCTTGGTCGTCACTCTTCCAGTC
ACTGCATATTCAGGGGCAAGGTAACCGAAGGTCCCAGCGACTCTCGTCTCGATGGAGTAT
TTGCCTTCAGGGGCTAAGCGGACTAACCCAAAGTCGGAGACTTTAGCACGCATATCATCA
CCA

QA 4 846 4 846
DS 

RD RR3CJ34TF 777 0 0
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GTGCACAGCAATGACCAGCAAGCTCCCAAACTTTTTCAACGCTGGCTAAGGTGTCTTCGT
CCAGCTTGATGTTTGGGTCTATTGCGTTCTTGAAGGCGTTCTCGTCTTTGTCTTTGCTTG
CTGCCACACGACGGAACCATGTGACTAGATGGACGCTGTCCTCAGGTTGCGTCTCATCTA
AGGCTTTACGACCAGT**ATAGCTCCATTAATATGACCCCGAGGCTGAAGATATCTACCT
TGGTCGTCACTCTTCCAGTCACTGCATATTCAGGGGCAAGGTAACCGAAGGTCCCAGCGA
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CTTTAGCACGCATATCATCACCAAGAAGGCTGTTAGATGGTTTTAGATCCCTATGGATGA
AACTCTGATGAGCAAGCGTGTGTAAATACTCCACACCCCTAGCTACATCCAACGCGATAG
CCAACCTTCTAGTCCAATCAAGTGGTTTACGCTCTTCTTCTTTCCAGTGGAACAGATGCT
GGCTCAGTGTTCCTTGCGGCATGTACTCATAGACAAGAAGCCTCTCGTTACCATCAAGAC
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C

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RD RR3EM82TF 633 0 0
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CACCAAGAAGGATGTTAGATGGTTTTAGATCCCTATGGATGAAAATCTGATGAGCAAGCG
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GCATGTACTCATAGACAAGAAGCCTCTCGTTACCATCAAGGCAGTACCCTAGAAGCGCAA
CAAGATGACGGTGACGCATTTTAGTCAAAACCGTGATCTCTGATTTGAACTCAGCGAGTC
CCTTATCACTCACAACCGAAGAAGACTCCATCCTCTTGACAGCTATTTTAGTTCCATCAT
GGAGTTCACCTTTGTAAACTACACCGAAACCGCCTCTCCCGAGTATATTCTCTTCGCTGA
AGTTGTTAGTCACCTTCCTCAGAACCTGTATG
C

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DS 

RD RR3AT27TF 769 0 0
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CGTCTCGATGGAGTATTTGCCTTCAGGGGCTAAGCGGACTAACCCAAAGTCGGAGACTTT
AGCACGCATATCATCACCAAGAAGGATGTTAGATGGTTTTAGATCCCTATGGATGAAACT
CTGATGAGCAAGCGTGTGTAAATACTCCACACCCCTAGCTACATCCAACGCGATAGCCAA
CCTTCTAGTCCAATCAAGTGGTTTACGCTCTTCTTCTTTCCAGTGGAACAGATGCTGGCT
CAGTGTTCCTTGCGGCATGTACTCACAGACAAGAAGCCTCTCGTTACCATCAAGGCAGTA
CCCTAGAAGCGCAACAAGATGACGGTGACGCATTTTAGTCAAAACCGTGATCTCTGATTT
GAACTCAGCGAGTCCCTTATCACTCACAACCGAAGAAGACTCCATCCTCTTGACAGCTAT
TTTAGTTCCATCATGGAGTTCACCTTTGTAAACTACACCGAAACCGCCTCTCCCGAGTAT
ATTCTCTTCGCTGAAGTTGTTAGTCACACTCCTCAGAACCTGTATGGATATCACCAAGTT
ACCAGACTCCACGACGTGTATGTCACTGTTGGCGCTTCCGCTGTGACT
C

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3AL27TF 806 0 0
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TGATGAGCAAGCGTGTGTAAATACTCCACACCCCTAGCTACATCCAACGCGATAGCCAAC
TTTCTAGTCCAATCAAGTGGTTTACGCTCTTCTTCTTTCCAGTGGAACAGATGCTGGCTC
AGTGTTCCTTGCGGCATGTACTCATAGACAAGAAGCCTCTCGTTACCATCGAGGCAGTAC
CCTAGAAGCGCAACAAGATGACGGTGACGCATTTTAGTCAAAACCGTGATCTCTGATTTG
AACTCAGCGAGTCCCTTATCACTCACAACCGAAGAAGACTCCATCCTCTTGACAGCTATT
TTAGTTCCATCATGGAGTTCACCTTTGTAAACTACACCGAAACCGCCTCTCCCGAGTATA
TTCTCTTCGCTGAAGTTGTTAGTCACACTCCTCAGAACCTGTATGGATATCACCAAGTTA
CCAGACTCCACGACGTGTATGTCACTGTTGGCGCTTCCGCTGTGACTGTAAGAGCTCTCG
GTTCCTCCTCCTCCTCCCCCATTGTTGAGACTAGAAGCTGCAACAGTGAGTTTAATCGCA
TCGCTGTCACCAGAGTGATGAGGATGAATCACCATGTTGGTGGTGTTTGGGCTCTGCACT
TTAGCGGGTCTCATTCCCTTCTTGGCGTAGAGGCAAACACCGAGTCCCACAAGACACAAT
GCACCAACAACACCACCAACCACAGGAACAATTATCTTCACACTGCTTGACTTCTTAGAA
CTTTCGCCACCACCACCTCCACTGCC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 8

CO CL343Contig1 1200 8 14 U
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AAGAAGAAGACAGAAACTGAAACTGAAACGTAGTTTTCTTATAATGATGTCAAGTTCTAT
GGAGTGCTCTGATTCCGCCGCTACTCGGAGATTCTCCAGAAAGCCGGGCTTCTCCCTTAC
GTGTAGTCGGCTGAGTCAGTATCTGAAAGAGAACGGTAGCTTTGGAGATCTCAGCTTAGG
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ATTCCCTTGTGAAGCTCCTTCCATGACGATTGGTCAAGATGTTAAACCGGTGAATCTGTT
TACTCGGCAACCAAGCTTCTCTTCCTCATCTTCCTCTCTCCCCAAGGAAGAAGATGTCCT
CAAAACGACACAAGTCATTACTACTACTAGATCTGTGAAACCAGAGCCACAAACTGCACC
GTTGACTATATTCTACAACGGGGAGGTGATTGTGTTCAACGACTTTTCTGCTGAGAAAGC
CAAAGAAGTGATGAACTTGGCTAGCAAAGGAACCGCTAAAAGCTTCACCGGTTTCACATC
TACTCTCAACTTAGCCAAGAATCAAACCGAGGTCAGAGCTTCTACCTCTAACCAAGCTCC
TCATCTCATGAAAACCGCAGCACAACAAGAGCCAATCATATCCTCCTCAACTGCAATGGC
ATGCGAACTTCCTATTGCTAGAAGAGCTTCACTCCATCGGTTCTAGGCCAAGAGAAAGGA
TAGAGTTACGTCAAAGGCACCATACCAACTAAGCGATCCAGCCAAAGCGTCTTCAAACAA
CAACAACACCGTCTCTTGGCTCGGTTTAGCAGCTCAAATATGACTGAACCACCACCACAA
ACCTTACCGGGGC*TATTCTTTCTGACGTTGCATCAATGAACAAGATTATATATAAAAAA
GCTCATGCGTCCATGATTCTCAAACAACTATTCCAATTATTAGGAAACTTCTCATATATA
TTTTGTATGTATTTGATTAATTCTTGTTAGTGTCTTGTCTTTTAGAAGGTGTTGTCTTAT
GTCTTTCTAAACACCCACTCTCTGGGTAAATCTCATAACTAGTAG*TCTCGTATGTTACT
GGTTTTGTAAGAACAACAATTTTTGTTGAGGGCTATATACTAGTTTCATTTTTAATCATC


BQ
20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3DA22TF U -2
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AF RR3C659TF U 1
AF RR3BC64TF U 1
AF RR3BC64JQ C 422
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AF RR3BA60JQ C 423
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BS 67 69 RR3DA22TF
BS 70 134 RR3BC64TF
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BS 136 275 RR3BC64TF
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BS 277 476 RR3BC64TF
BS 477 477 RR3DA22TF
BS 478 837 RR3BC64TF
BS 838 844 RR3BC64JQ
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BS 848 894 RR3BC64JQ
BS 895 895 RR3BL20JQ
BS 896 1200 RR3BC64JQ

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ATTCCCTTGTGAAGCTCCTTCCATGACGATTGGTCAAGATGTTAAACCGGTGAATCTGTT
TACTCGGCAACCAAGCTTCTCTTCCTCATCTTCCTCTCTCCCCAAGGAAGAAGATGTCCT
CAAAACGACACAAGTCATTACTACTACTAGATCTGTGAAACCAGAGCCACAAACTGCACC
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TACTCGGCAACCAAGCTTCTCTTCCTCATCTTCCTCTCTCCCCAAGGAAGAAGATGTCCT
CAAAACGACACAAGTCATTACTACTACTAGATCTGTGAAACCAGAGCCACAAACTGTACC
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AAC***ACCGTCTCTTGGCTCGGTTTAGCAGCTCAAATATGACTGAACCACCATCACAAA
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GCGTCCATGATTCTCAAACAACTATTCCAATTATTAGGAAACTTCTCATATATATTTTGT
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GC

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CTCATAACTAGTAG*TCTCGTATGTTACTGGTTTTGTAAGAACAACAATTTTTGTTGAGG
GCTATATACTAGTTTCATTTTTAA
CC

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TGCAGCACAACAAGAGCCAATAATATCCTCCTCAACTGCAATGGCATGCGAACTTCCTAT
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ATTCTTTCTGACGTTGCATCAATGAACAAGATTATATATAAAA**GCTCATGCGTCCATG
ATTCTC*AACAACTATTCCAATTATTAGGAAACTTCATATATATATTTTGTATGTATTTG
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CACTCTCTGGGTAAATCTCATAATTAGTAGATCTCGTATGTTACTGGTTTTGTAAGAACA
AC

QA 14 735 14 735
DS 



AS 2 9

CO CL344Contig1 721 3 18 U
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ATAGATAGATCGAAGACGATGAGGAGCTCTGCATCCGCCATGAAAGCTTCTGGACTTTTG
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C


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX39TF U 1
AF RR3AO96TF U 1
AF RR3AO96JQ C 1
BS 1 108 RR3FX39TF
BS 109 109 RR3AO96TF
BS 110 189 RR3FX39TF
BS 190 190 RR3AO96TF
BS 191 196 RR3FX39TF
BS 197 197 RR3AO96TF
BS 198 259 RR3FX39TF
BS 260 260 RR3AO96TF
BS 261 261 RR3FX39TF
BS 262 262 RR3AO96TF
BS 263 267 RR3FX39TF
BS 268 268 RR3AO96TF
BS 269 351 RR3FX39TF
BS 352 352 RR3AO96TF
BS 353 402 RR3FX39TF
BS 403 403 RR3AO96TF
BS 404 675 RR3FX39TF
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RD RR3FX39TF 682 0 0
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TATGGTGATAACGGCTCACCACCAAAAATTCCCGGTGGGGCGACATTGATATTCGACACC
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ATGCAACCGTCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACCATGTTATGTCGTCAGCATTTGAAT
CTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTGCTAGTTGAGGACAATAACTAATG
TTATGGTTGCAGTTC
AAAATAA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3AO96TF 675 0 0
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GTTCTGCTTGCCGTTTTAGCATCAGCTTATGCGAAGAAGTCAGCTGATGTGACAGAGTTG
CAGATTGGTTTTAAGTCCAAGCCTCAGACGTGTGATGTCCAGGCTCACAAAGGGGACAAG
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AGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGAAGTGGTCAAGTCATTCCAGGAAGGGACCAG
GGCCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTGAAA*TCCCTTCCAAGCTTGGT
TATGGTGATAACGGCTCACCACCAAAAATTCCCGGTGGGGCGACATTGATATTCGACACC
GAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAGCGAAGGAAAAGCAAAGAGCGAGCTTTGA
ATGCAACCGTCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACCATGTTATGTCGTCAGCATTTGAAT
CTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTGCTAGTTGAGGACAATAACTAATG
TTATGGTTGCAGTTC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3AO96JQ 721 0 0
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ATAGATAGATCGAAGACGATGAGGAGCTCTGCATCCGCCATGAAAGCTTCTGGACTTTTG
GTTCTGCTTGCCGTTTTAGCATCAGCTTATGCGAAGAAGTCAGCTGATGTGACAGAGTTG
CAGATTGGTTTTAAGTCCAAGCCTCAGACGTGTGATGTCCAGGCTCACAAAGGGGACAAG
ATCAAGGTCCACTATCGGGAAAAGTTAGCAGATGGAACTGTGTTTGATTCAAGTTTTGAG
AGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGAAGTGGTCAAGTCATTCCAGGAAGGGACCAG
GGCCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTGAAA*TCCCTTCCAAGCTTGGT
TATGGTGATAACGGCTCACCACCAAAAATTCCCGGTGGGGCGACATTGATATTCGACACC
GAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAGCGAAGGAAAAGCAAAGAGCGAGCTTTGA
ATGCAACCGTCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACCATGTTATGTCGTCAGCATTTGAAT
CTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTGCTAGTTGAGGACAATAACTAATG
TTATGGTTGCAGTTCAAAAATAACAGGGTGGAATCCCAGAGTAGGAGAACTTTCTATAAT
C

QA 1 721 1 721
DS 



CO CL344Contig2 676 6 10 U
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CTGAAAATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGT
GGGGCGACATTGATATTCGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAACGAA
GGAAAAACAAAGAGCGAGCTTTGAATGCATCCATCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACC
ATGTTATGTCGTCAGCATTTGAATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTT
ACTAGTTGAGGACAAAGACAATAATTAATAGTGTTATGGTTGCAGTTCAAAATTAACAAG
GTGGAATCCCAGAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3DV57JQ C 225
AF RR3GB27JQ C 1
AF RR3GB27TF U 1
AF RR3DV57TF U 7
AF RR3D070JQ C 53
AF RR3D070TF U 53
BS 1 8 RR3GB27JQ
BS 9 286 RR3GB27TF
BS 287 287 RR3DV57TF
BS 288 545 RR3GB27TF
BS 546 546 RR3DV57TF
BS 547 648 RR3GB27TF
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BS 662 674 RR3DV57TF
BS 675 676 RR3D070JQ

RD RR3DV57JQ 328 0 0
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TGAGCTTGGGAGTGGCCAAGTCATTCCAGGATGGGACCAGGGTTTACTTGGAGCTTGTGT
AGGTGAGAAGAGAAAGCTGAAAATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCACC
CCCTAAAATTCCCGGTGGGGGGACATTGATATTCGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGG
GAAACCATCCAACGAAGGAAAAACAAAGAGCGAGCTTTGAATGCATCCATTTTTTTTTTA
ATTTCCTTATGAAACCATGTTATGTCGT

QA 1 328 1 328
DS 

RD RR3GB27JQ 648 0 0
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GCCATGAAAGCTGCTGGACTTTTGGTTCTGCTTACCATTTTAGCATCAGCTTACGCGAAG
AAGTCAGCTGATGTAACAGAGTTGCAGATTGGTGTTAAGTTCAAGCCTCAAACATGTGAT
GTTCAGGCTCACAAAGGGGACAAGATCAAGGTCCATTATCGAGGAAAGTTAACAGATGGA
ACTGTGTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGGGCTTGGGAGTGGC
CAAGTCATTCCAGGATGGGACCAGGGTCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAG
CTGAAAATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGT
GGGGCGACATTGATATTCGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAACGAA
GGAAAAACAAAGAGCGAGCTTTGAATGCATCCATCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACC
ATGTTGTGTCGTCAGCATTTGAATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTT
ACTAGTTGAGGACAAAGACAATAATTAATAGTGTTATGGTTGCAGTTC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3GB27TF 648 0 0
GGAGATCT
GGAGAGAAGTGGGAGATAGATAGATCGAAGGACGATGAGGAGCTCTGCATCCGCCATGAA
AGCTGCTGGACTTTTGGTTCTGCTTACCATTTTAGCATCAGCTTACGCGAAGAAGTCAGC
TGATGTAACAGAGTTGCAGATTGGTGTTAAGTTCAAGCCTCAAACATGTGATGTTCAGGC
TCACAAAGGGGACAAGATCAAGGTCCATTATCGAGGAAAGTTAACAGATGGAACTGTGTT
TGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGGGCTTGGGAGTGGCCAAGTCAT
TCCAGGATGGGACCAGGGTCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTGAAAAT
CCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGTGGGGCGAC
ATTGATATTCGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAACGAAGGAAAAAC
AAAGAGCGAGCTTTGAATGCATCCATCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACCATGTTGTG
TCGTCAGCATTTGAATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTACTAGTTG
AGGACAAAGACAATAATTAATAGTGTTATGGTTGCAGTTC

QA 9 648 9 648
DS 

RD RR3DV57TF 668 0 0
GGGGAGAGAAGTGAG
AGATAGATAGATCGAAGGACGATGAGGAGCTCTGCATCCGCCATGAAAGCTGCTGGACTT
TTGGTTCTGCTTACCATTTTAGCATCAGCTTACGCGAAGAAGTCAGCTGATGTAACAGAG
TTGCAGATTGGTGTTAAGTTCAAGCCTCAAACATGTGATGTTCAGGCTCACAAAGAGGAC
AAGATCAAGGTCCATTATCGAGGAAAGTTAACAGATGGAACTGTGTTTGATTCAAGTTTT
GAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGGAGTGGCCAAGTCATTCCAGGATGGGAC
CAGGGTCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAGAGAAAGCTGAAAATCCCTTCCAAGCTT
GGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATTCCCGGTGGGGCGACATTGATATTCGAC
ACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCCAACGAAGGAAAAACAAAGAGCGAGCTT
TGAATGCATCCATCTTCTTCTTAATTTCCTTATGAAACCATGTTATGTCGTCAGCATTTG
AATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTACTTTTTACTAGTTGAGGACAAAGACAA
TAATTAATAGTGTTATGGTTGCAGTTCAAAATTAACAAG*TGGAATCCCAGAG

QA 16 668 16 668
DS 

RD RR3D070JQ 624 0 0
GG
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GATGGAACTGTGTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGG
AGTGGCCAAGTCATTCCAGGATGGGACCAGGGTCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAG
AGAAAGCTGAAAATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCCCCCCCTAAAATT
CCCGGTGGGGCGACATTGATATTCGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCC
AACGAAGGAAAGACAAAGAGCGAGCTTTGAATGCATCCATCTTCTTCTTAATTTCCTTAT
GAAACCATGTTATGTCGTCAGCATTTGAATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTA
CTTTTTACTAGTTGAGGACAAAGACAATAATTAATAGTTTTATGGTTGCAGTTCAAAATT
AACAAGGTGGAATCCCAGAGGC

QA 3 624 3 624
DS 

RD RR3D070TF 624 0 0
GG
GCATCCGCCATGAAAGCTGCTGGACTTTTGGTTCTGCTTACCATTTTAGCATCAGCTTAC
GCGAAGAAGTCAGCTGATGTAACAGAGTTGCAGATTGGTGTTAAGTTCAAGCCTCAAACA
TGTGATGTTCAGGCTCACAAAGGGGACAAGATCAAGGTCCATTATCGAGGAAAGTTAACA
GATGGAACTGTGTTTGATTCAAGTTTTGAGAGAGGTGACCCTATTGAGTTTGAGCTTGGG
AGTGGCCAAGTCATTCCAGGATGGGACCAGGGTCTACTTGGAGCTTGTGTAGGTGAGAAG
AGAAAGCTGAAAATCCCTTCCAAGCTTGGTTATGGTGATAATGGCTCACCCCCTAAAATT
CCCGGTGGGGCGACATTGATATTCGACACCGAGCTAGTTGCTGTGAACGGGAAACCATCC
AACGAAGGAAAGACAAAGAGCGAGCTTTGAATGCATCCATCTTCTTCTTAATTTCCTTAT
GAAACCATGTTATGTCGTCAGCATTTGAATCTCAAACATGCTAGAGACTAGAGTCGTTTA
CTTTTTACTAGTTGAGGACAAAGACAATAATTAATAGTTTTATGGTTGCAGTTCAAAATT
AACAAGGTGGAATCCCAGAG
GC

QA 3 622 3 622
DS 



AS 1 8

CO CL345Contig1 807 8 5 U
GGGGGGGTCATTCATATCAAACAGCCAACCAAAACTAAACATCTCTCTCTC**CACCACT
CAAATTTCTCTCTCGCTACTTTCAATGGCTTCCTTGCTCGATTCAGTCACCGTTACCCGC
GTGTTTTCTCTCCCGATCACTTCCTCGATTTCGTCTGCTTCAAAGGCTCCGTCAGTTTCC
GCTCTGCGGATTCCGGAATTCAGAGGTTTGAAAGCTTCCCGACGGAGTTCGGTGACTCAG
TCAGCTAGCTTTGGTACGAATCTCGGATCCCGATTTGCTCGTGGTGGTAGAATCGTCTGC
GAGGCTCAGGACGCCACTGCCGCAGCCGTGGAAGTGCCAAACATCTCTGATTCAGAATGG
CAAACACAGGTTCTCGAGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGT
GGACCTTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAACTGGCCAAAGATTTCGCAGGCAAG
TTCAAATTCTACAAAATCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTACGGTATA
CGCAGCGTTCCCACGGTGATCATATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATAGTATCATCGGA
GCTGTCCCTAAAGAGACGTTGGAGAAAACTATAGAAAGATTCGTGGTCGAGTAACTAAAC
AAAACAAAACAAAAAAACAAATTTCACTCATGTCTTCTGTGTTGTATAATTCTTCATAAG
GTCTCTTTTGACTATTTATGTTTCCATTTGCACACTTGTCTTGTTTAGTATTATAAAAAA
AAAAGAATAACGAACAATAATTACTCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 30 45 45 50 50 50 20 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 35 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 0 0 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GJ02TF U 5
AF RR3F054TF U 1
AF RR3AU72TF U 270
AF RR3AS86TF U 21
AF RR3AU72JQ C 157
AF RR3GJ02JQ C 157
AF RR3AS86JQ C 186
AF RR3F054JQ C 350
BS 1 570 RR3F054TF
BS 571 716 RR3AS86TF
BS 717 745 RR3AU72JQ
BS 746 771 RR3GJ02JQ
BS 772 807 RR3F054JQ

RD RR3GJ02TF 464 0 0
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TTTCTCTCTCGCTACTTTCAATGGCTTCCTTGCTCGATTCAGTCACCGTTACCCGCGTGT
TTTCTCTCCCGATCACTTCCTCGATTTCGTCTGCTTCAAAGGCTCCGTCAGTTTCCGCTC
TGCGGATTCCGGAATTCAGAGGTTTGAAAGCTTCCCGACGGAGTTCGGTGACTCAGTCAG
CTAGCTTTGGTACGAATCTCGGATCCCGATTTGCTCGTGGTGGTAGAATCGTCTGCGAGG
CTCAGGACGCCACTGCCGCAGCCGTGGAAGTGCCAAACATCTCTGATTTACAATGGCAAA
CACCGGTTCTCGAGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGTGGAC
CTTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAACTGACCAAAGAT

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR3F054TF 570 0 0
GGGGGGGTCATTCATATCAAACAGCCAACCAAAACTAAACATCTCTCTCTC**CACCACT
CAAATTTCTCTCTCGCTACTTTCAATGGCTTCCTTGCTCGATTCAGTCACCGTTACCCGC
GTGTTTTCTCTCCCGATCACTTCCTCGATTTCGTCTGCTTCAAAGGCTCCGTCAGTTTCC
GCTCTGCGGATTCCGGAATTCAGAGGTTTGAAAGCTTCCCGACGGAGTTCGGTGACTCAG
TCAGCTAGCTTTGGTACGAATCTCGGATCCCGATTTGCTCGTGGTGGTAGAATCGTCTGC
GAGGCTCAGGACGCCACTGCCGCAGCCGTGGAAGTGCCAAACATCTCTGATTCAGAATGG
CAAACACAGGTTCTCGAGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGT
GGACCTTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAACTGGCCAAAGATTTCGCAGGCAAG
TTCAAATTCTACAAAATCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTACGGTATA
CGCAGCGTTCCCACGGTGATCATATTCAAA

QA 1 570 1 570
DS 

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CCGATTTGCTCGTGGTGGTAGAATCGTCTGCGAGGCTCAGGACGCCACTGCCGCAGCCGT
GGAAG*GCCAAACATCTCTGATTCAGAATGGCAAACACAGGTTCTCGAGTCAGACGTACC
AGTATTGGTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCTTGCCGTATGATTCACCCCATTGT
TGACCAACTGGCCAAAGATTTCGCAGGCAAGTTCAAATTCTACAAAATCAACACCGACGA
GTGCCCAAACACAGCCAACCGTTACGGTATACGCAGCGTTCCCACGGTGATCATATTCAA
AGACGGTGAGAAGAAAGATAGTATCATCGGAGCTGTCCCTAAAGAGACGTTGG

QA 1 353 1 353
DS 

RD RR3AS86TF 696 0 0
GG
AGCCAACCAAAACTAAACATCTCTCTCTCTCCACCACTCAAATTTCTCTCTCGCTGCTTT
CAATGGCTTCCTTGCTCGATTCAGTCACCGTTACCCGCGTGTTTTCTCTCCCGATCACTT
CCTCGATTTCGTCTGCTTCAAAGGCTCCGTCAGTTTCCGCTCTGCGGATTCCGGAATTCA
GAGGTTTGAAAGCTTCCCGACGGAGTTCGGTGACTCAGTCAGCTAGCTTTGGTACGAATC
TCGGATCCCGATTTGCTCGTGGTGGTAGAATCGTCTGCGAGGCTCAGGACACCACTGCCG
CAGCCGTGGAAGTACCAAACATCTCTGATTCAGAATGGCAAACACAGGTTCTAGAGTCAG
ACGTACCAGTACTGGTCGAGTTTTGGGCACCGTGGTGTGGACCTTGCCGTATGATTCACC
CCATTGTTGACCAACTGGCCAAAGATTTCGCAGGCAAGTTCAAATTCTACAAAATCAACA
CCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTACGGTATACGCAGCGTTCCCACGGTGATCA
TATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATAGTATCATCGGAGCTGTCCCTAAAGAGACGTTGG
AGAAAACTATAGAAAGATTCGTGGTCGAGTAACTAAACAAAACAAAACAAAAAAACAAAT
TTCACTCATGTCTTCTGTGTTGTATAATTCTTCA

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR3AU72JQ 589 0 0
GCTTCAAAGGCTCCGTCAGTTTCCGCTCTGCGGATTCCGGAATTCAGAGGTTTGAAAGCT
TCCCGACGGAGTTCGGGT**TCAGTCAGCTAGCTTTGGTAGGAATCTCGGATCCCGATTT
GCTCGTGGTGGTAGAATCGTCTGCGAGGCTCAGGACGCCACTGCCGCAGCCGTGGAAG*G
CCAAACATCTCTGATTCAGAATGGCAAACACAGGTTCTCGAGTCAGACGTACCAGTATTG
GTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCTTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAA
CTGGCCAAAGATTTCGCAGGCAAGTTCAAATTCTACAAAATCAACACCGACGAGTGCCCA
AACACAGCCAACCGTTACGGTATACGCAGCGTTCCCACGGTGATCATATTCAAAGACGGT
GAGAAGAAAGATAGTATCATCGGAGCTGTCCCTAAAGAGACGTTGGAGAAAACTATAGAA
AGATTCGTGGTCGAGTAACTAAACAAAACAAAA**AAAAAACAAATTTCACTCATGTCTT
CTGTGTTGTATAATTCTTCATAAGGTCTCTTTTGACTATTTATGTTTCC

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3GJ02JQ 618 0 0
GCTTCAAAGGCTCCGTCAGTTTCCGCTCTGCGGATTCCGGAATTCAGAGGTTTGAAAGCT
TCCCGACGGAGTTCGGTGACTCAGTCAGCTAGCTTTGGTACGAATCTCGGATCCCGATTT
GCTCGTGGTGGTAGAATCGTCTGCGAGGCTCAGGACGCCACTGCCGCAGCCGTGGAAGTG
CCAAACATTTCTGATTTAGAATGGCAAACACCGGTTCTCGAGTCAGACGTACCAGTATTG
GTCGAGTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCTTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAA
CTGACCAAAGATTTCGCAGGCAAGTTCAAATTCTACAAAATCAACACCGACGAGTGCCCA
AACACAGCCAACCGTTACGGTATACGCAGCGTTCCCACGGTGATCATATTCAAAGACGGT
GAGAAGAAAGATAGTATCATCGGAGCTGTCCCTAAAGAGACGTTGGAGAAAACTATAGAA
AGATTCGTGGTCGAGTAACTAAACAAAACAAAA**AAAAAACAAATTTCACTCATGTCTT
CTGTGTTGTATAATTCTTCATAAGGTCTCTTTTGACTATTTATGTTTCCATTTGCACACT
TGTCTTGTTTAGTAT
TAT

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3AS86JQ 548 0 0
GCGGATTCCGGAATTCAGAGGTTTGAAAGCTTCCCGACGGAGTTCGGTGACTCAGTCAGC
TAGCTTTGGTACGAATCTCGGATCCCGATTTGCTCGTGGTGGTAGAATCGTTTGCGAGGC
TCAGGACACCACTGCCGCAGCCGTGGAAGTACCAAACATTTTTGATTCAGAATGGCAAAC
ACAGGTTTTAGAGTCAGACGTACCAGTACTGGTCGAGTTTTGGGCACCGTGGTGTGGACC
TTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAACTGGCCAAAGATTTCGCAGGCAAGTTCAA
ATTTTACAAAATCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACCGTTACGGTATACGCAG
CGTTCCCCCGGTGATCATATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATAGTATCATCGGAGCTGT
CCCTAAAGAGACGTTGGAGAAAACTATAGAAAGATTCGTGGTCGAGTAACTAAACAAAAC
AAAACAAAAAAACAAATTTCACTCATGTTTTCTGTGTTGTATAATTCTTCATAAGGTCTC
TTTTGACT

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3F054JQ 458 0 0
ATTCAGAATGGCAAACACAGGTTCTCGAGTCAGACGTACCAGTATTGGTCGAGTTTTGGG
CACCATGGTGTGGACCTTGCCGTATGATTCACCCCATTGTTGACCAACTGGCCAAAGATT
TCGCAGGCAAGTTCAAATTCTACAAAATCAACACCGACGAGTGCCCAAACACAGCCAACC
GTTACGGTATACGCAGCGTTCCCACGGTGATCATATTCAAAGACGGTGAGAAGAAAGATA
GTATCATCGGAGCTGTCCCTAAAGAGACGTTGGAGAAAACTATAGAAAGATTCGTGGTCG
AGTAACTAAACAAAACAAAA***AAAAACAAATTTCACTCATGTCTTCTGTGTTGTATAA
TTCTTCATAAGGTCTCTTTTGACTATTTATGTTTCCATTTGCACACTTGTCTTGTTTAGT
ATTATAAAAAAAAAAGAATAACGAACAATAATTACTCC

QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 10

CO CL346Contig1 707 10 20 U
TTTAAACAAAAGCAGAAACGATGATGTTCACTGGAGTAAACAAAAGGGGTAGTATATTAC
ACAGACAAAGGGAAGTAAAAGGAGGTGAAAACATAACAAGTCTT*GTGTTTTTCTATAAA
CTATTTGCCAAAGATAGATTTGAGCCACCAGATGCCCTTGGTGTCATCAGGAGCAGCGTT
GGACTCGGGTGGTGTGTCACTCTGAGGGGTCTTGTGAAGCTTGCTGACGTCATACCCTTG
CTCCACCGCCTTCTCCACCAGCTCCTTGTATGTCTCTTCCTCCACATGCGCCGTCCTGCT
CAGGATCCAGAGGTAACTCCTTGAAGGCTGCCCAATGACTGCATGCTGGTACTCAGGATC
GATATACAGCACCCAGTAATCACCTGTAACGGGAATGATAGGGAGGAAAGGAGGGAGGTA
GAACCTGACTTTGAACTTTGCCTCGTCGCTCTTAGGATCAGTTTTGAAAGCTGAGCCTTG
GATGAAACCTCTCTTGCCTCCGTTCCACGTCTCGTTCAAGACTTTAACCGTGCCGTCAGG
GTTAAGGCTGTAGGTGGCGCGAGTGTCCACACCGTCCTTGGGCTGAAACCTGGAAGGG*A
AAGAAGCAATCTCGTACCAACGGCCCATGTACCTCTCCAAGTCTAGACCTTTCACCACTT
CCATCTCTTTCTTCTCAGTCGCCATCTTTTCTTTTCTTTCTCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 45 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 10 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 30 60 60 60 0 30 30 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 35 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 5 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 
55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 25 
55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 35 35 35 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FA15JQ U 24
AF RR3EU60JQ U 4
AF RR3EU60TF C 1
AF RR3GU84JQ U 10
AF RR3GU84TF C 8
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AF RR3E288TF C 77
BS 1 9 RR3EU60TF
BS 10 14 RR3EU60JQ
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BS 310 310 RR3GU84JQ
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BS 422 483 RR3EU60JQ
BS 484 567 RR3GU84JQ
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RD RR3FA15JQ 169 0 0
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GGGGAAAAAATAACAAGTCTT*GTGTTTTTCTATAAACTATTTGCCAAAAATAAATTTGA
GCCACCAAATGCCCTTGGTGTCATCAGGAGCAGCGTTGGACTCGGGTGG

QA 1 169 1 169
DS 

RD RR3EU60JQ 480 0 0
AAACAA
AAGCAAAAACGATGATGTTCACTGGAGTAAACAAAAGGGGTAGTATATTACACAGACAAA
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AAAAATAGATTTGAGCCACCAAATGCCCTTGGTGTCATCAGGAGCAGCGTTGGACTCGGG
TGGTGTGTCACTCTGAGGGGTCTTGTGAAGCTTGCTGACGTCATACCCTTGCTCCACCGC
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AAAATAACTCCTTGAAGGCTGCCCAATGACTGCATGCTGGTACTCAGGATCGATATACAG
CACCCAGTAATCACCTGTAACGGGAATGATAGGGAGGAAAGGAGGGAGGTAAAACCTGAC
TTTGAACTTTGCCTCGTCGCTCTTAGGATCAGTTTTGAAAGCTGAGCCTTGGAT

QA 7 480 7 480
DS 

RD RR3EU60TF 682 0 0
TTTAAACAAAAGCAGAAACGATGATGTTCACTGGAGTAAACAAAAGGGGTAGTATATTAC
ACAGACAAAGGGAAGTAAAAGGAGGTGAAAACATAACAAGTCTT*GTGTTTTTCTATAAA
CTATTTGCCAAAGATAGATTTGAGCCACCAGATGCCCTTGGTGTCATCAGGAGCAGCGTT
GGACTCGGGTGGTGTGTCACTCTGAGGGGTCTTGTGAAGCTTGCTGACGTCATACCCTTG
CTCCACCGCCTTCTCCACCAGCTCCTTGTATGTCTCTTCCTCCACATGCGCCGTCCTGCT
CAGGATCCAGAGATAACTCCTTGAAGGCTGCCCAATGACTGCATGCTGGTACTCAGGATC
GATATACAGCACCCAGTAATCACCTGTAACGGGAATGATAGGGAGGAAAGGAGGGAGGTA
GAACCTGACTTTGAACTTTGCCTCGTCGCTCTTAGGATCAGTTTTGAAAGCTGAGCCTTG
GATGAAACCTCTCTTGCCTCCGTTCCACGTCTCGTTCAAGACTTTAACCGTGCCGTCAGG
GTTAAGGCTGTAGGTGGCGCGAGTGTCCACACCGTCCTTGGGCTGAAACCTGGAAGGGGA
AAGAAGCAATCTCGTACCAACGGCCCATGTACCTCTCCAAGTCTAGACCTTTCACCACTT
CCATCTCTTTCTTCTCAGTC
CC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3GU84JQ 673 0 0
AAGCAGAAACGATGATGTTCACTGGAGTAAACAAAAGGGGTAGTATGTTACACAGACAAA
GGGAAGTAAAAGGAGGTGGAAA*****CAAGTCTTTGTGTTTTTCTATAAACTATTTGCC
AAAGATAGATTTGAGCCACCAGATGCCCTTGGTGTCATCAGGAGCAGCGTTGGACTCAGG
TGGTGTGTCACTCTGAGGAGTCTTGTGAAGTTTGCTGACGTCATACCCTTGCTCCACCGC
CTTCTCCACCAGCTCCTTGTATGTCTCTTCCTCCACATGCGCCGTCCTGCTCAGGATCCA
GAGATAACTCCTGGAAGGCTGCCCAATGACCGCATGCTGGTACTCAGGATCTATGTACAG
CACCCAGTAATCACCGGTAACGGGAATGATAGGGAGGAAAGGAGGGAGGTAGAACCTGAC
TTTAAACTTTGCCTCATCGCTCTTAGGATCAGTTTTGAAAGCTGACCCTTGGATGAAACC
TCTCTTGCCTCCGTTCCACGTCTCGTTCAAGACTTTAACCGTGCCGTCAGGGTTAAGGCT
GTAGGTGGCGCGAGTGTCTACACCGTCCTTGGGCTGAAACCTGGAAGGG*AAAGAAGCAA
TCTCGTACCAACGGCCCATGTACCTCTCCAAGTCTAGACCTTTCACCACTTCCATCTCTT
TCTTCTC
CGTCCC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3GU84TF 675 0 0
TA
AAGCAGAAACGATGATGTTCACTGGAGTAAACAAAAGGGGTAGTATGTTACACAGACAAA
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AAAGATAGATTTGAGCCACCAGATGCCCTTGGTGTCATCAGGAGCAGCGTTGGACTCAGG
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TCTCGTACCAACGGCCCATGTACCTCTCCAAGTCTAGACCTTTCACCACTTCCATCTCTT
TCTTCTC
CGTCCC

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G
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TCTCCACCAGCTCCTTGTATGTCTCTTCCTCCACATGCGCCGTCCTGCTCAGGATCCAGA
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TCTTGCCTCCGTTCCACGTCTCGTTCAAGACTTTAACCGTGCCGTCAGGGTTAAGGCTGT
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TTCTCAGTCGCCATC

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CTTGCCCCCGTTCCACGTCTCGTTCAAGACTTTAACCGTGC*GTCAGGGTTAAGGCTGTA
GGTGGCGCGAGTGTCCACACCGTCCTTGGGCTGAAACCTGGAAGGG*AAAGAAGCAATCT
CGTACCAACGGCCCATGTACCTCTCCAAGTCTAGACCTTTCACCACTTCCATCTCTTTCT
TCTCAGTCGCC

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G
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TGAACTTTGCCTCGTCGCTCTTAGGATCAGTTTTGAAAGCTGAGCCTTGGATGAAACCTC
TCTTGCCTCCGTTCCACGTCTCGTTCAAGACTTTAACCGTGCCGTCAGGGTTAAGGCTGT
AGGTGGCGCGAGTGTCCACACCGTCCTTGGGCTGAAACCTGGAAGGG*AAAGAAGCAATC
TCGTACCAACGGCCCATGTACCTCTCCAAGTCTAGACCTTTCACCACTTCCATCTCTTTC
TTCTCAGTCGCCATC

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G
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GAAGTAAAAGGAGGTGAAAACATAACAAGTCTT*GTGTTTTTCTATAAACTATTTGCCAA
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TCTCCACCAGCTCCTTGTATGTCTCTTCCTCCACATGCGCCGTCCTGCTCAGGATCCAGA
GGTAACTCCTTGAAGGCAGCCCAATGACTGCATGCTGGTACTCAGGATCGATATACAGCA
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TGAACTTTGCCTCGTCGCTCTTAGGATCAGTTTTGAAAGCTGAGCCTTG*ATGAAACCTC
TCTTGCCTCCGTTCCACGTCTCGTTCAAGACTTTAACCGTGCCGTCAGGGTTAAGGCTGT
AGGTGGCGCGAGTGTCCACACCGTCCTTGGGCTGAAACCTGGAAGGG*AAAGAAGCAATC
TCGTACCAACGGCCCATGTACCTCTCCAAGTCTAGACCTTTCACCACTTCCATCTCTTTC
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CCAACGGCCCATGTACCTCTCCAAGTCTAGACCTTTCACCACTTCCATCTCTTTCTTCTC
AGTCGCCATCTTTTCTTTTCTTTCTCTTTCC

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DS 



AS 1 10

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TGATACTTACACCCCTGCGGGTGAACCAATTCCTACGAACAAGAGACATGCTGCTGCTCA
GATCTTTAGCCACCCTGATGTTGTAGCTGAAGTGCCATGGTATGGAATCGAACAAGAGTA
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TGATGCTCACTACAAGGCTTGTTTGTATGCCGGAATTAACATCAGTGGGATCAATGGAGA
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CCTTTGGAATCCTTGAAGAAATATGCCAATAATATAACTTGAATCTTTTGGGGTTTCAAG
TTTGTGTTTTCTATAATTATTTAAGCAATTACCGGG*TTGATGTTACCGGGGTTTGTGGT
TTGGGG*CCTTTCTTTTAATCTCTTTGTGTTTTGGGGTTTGTGATTGGAGCAAAACCTGA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 35 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 
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GTGTGGTTGTATC

QA 1 771 1 771
DS 

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GG
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CTCAGCCGCTGATGAAGTGTGGATCGCTCGTTACATTTTGGAGAGGATCACAGAGATTGC
CGGTGTGGTTGTATCTTTTGACCCAAAACCAATTCCGGGTGACTGGAACGGAGCTGGTGC
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CGAGCGCCGTCTCACCGGGCACCATGAAACTGCTGACATCAACACTTTCAAATGGGGTGT
TGCAAACCGTGGAGCATCAATCCGAGTAGGACGTGACACGGAGAAGGAAGGGAAAGGATA
CTTTGAGGATAGGAGGCCAGCTTCCAACATGGACCCTTACATTGTTACTTCCATGGTTGC
AGAGACTACTATCCTTTGGAATCCTTGAAGAAATATGCCAATAATATAACTTGAATCTTT
TGGGGTT*CAAGTTTGTGTTTTCTATAATTATTTAAGCAATTACCGGG*TTGATGTTACC
GGGGTTTG

QA 3 790 3 790
DS 

RD RR3E252TF 639 0 0
G
TACAAGGCTTGTTTGTATGCCGGAATTAACATCAGTGGGATCAATGGAGAAGTCATGCCT
GGTCAGTGGGAGTTCCAAGTCGGACCATCTGTTGGTATCTCAGCTGCTGATGAAGTGTGG
ATCGCTCGTTACATTTTGGAGAGGATCACAGAGATTGCTGGTGTGGTTGTATCTTTTGAC
CCAAAACCAATTCCTGGTGACTGGAACGGAGCTGGTGCTCACACCAACTACAGTACTAAG
TCGATGAGGGAGGAGGGAGGATACGAGATAATCAAGAAGGCAATCGATAAGCTCGGACTG
AGACACAAGGAGCACATTTCTGCTTATGGTGAAGGCAACGAGCGCCGTCTCACCGGACAC
CATGAAACTGCTGACATCAACACTTTCAAATGGGGTGTTGCAAACCGTGGAGCATCAATC
CGAGTAGGACGTGACACGGAGAAGGAAGGGAAAGGATACTTTGAGGATAGGAGGCCAGCT
TCCAACATGGACCCTTACATTGTTACTTCCATGGTTGCAGAGACTACTATCCTTTGGAAT
CCTTGAAGAAATATGACAATAATATAACTTGAATCTTTTGGGGTTTCAAGTTTGTGTTTT
CTATAATTATTTAAGCAATTACCGGG*TTGATGTTACC

QA 2 639 2 639
DS 

RD RR3GD66TF 711 0 0
G
AACATCAGTGGGATCAATGGAGAAGTCATGCCTGGTCAGTGGGAGTTCCAAGTCGGACCA
TCGGTTGGTATCTCAGCCGCTGATGAAGTGTGGATCGCTCGTTACATTTTGGAGAGGATC
ACAGAGATTGCTGGCGTGGTTGTATCTTTTGACCCAAAACCAATTCCGGGTGACTGGAAC
GGAGCTGGTGCTCACACCAACTACAGTACTAAGTCGATGAGGGAGGAAGGAGGATACGAG
ATAATCAAGAAGGCAATCGATAAGCTCGGACTAAGACACAAGGAGCACATTTCTGCTTAC
GGTGAAGGCAACGAGCGCCGTCTCACCGGGCGCCATGAAACTGCTGACATCAACACTTTC
AAATGGGGTGTTGCAAACCGTGGAGCATCAATCCGAGTAGGACGTGACACGGAGAAGGAA
GGGAAAGGATACTTTGAGGATAGGAGGCCAGCTTCCAACATGGACCCTTACATTGTTACT
TCCATGGTTGCAGAGACTACTATCCTTTGGAATCCTTGAAGAAATATGCCAATAATATAA
CTTGAATCTTTTGGGGTTTCAAGTTTGTGTTTTCTATAATTATTTAAGCAATTACCGGG*
TTGATGTTACCGGGGTTTGTGGTTTGGGG*CCTTTCTTTTAATCTCTTTGTGTTTTGGGG
TTTGCGATTGGAGCAAAACCTGATTTGCTCTGTTTCTTTGACCTTTTATT

QA 2 711 2 711
DS 

RD RR3GD66JQ 449 0 0
TTTT
TGCTTACGGTGAAGGCAACGAGCGCCGTCTCCCCGGGCGCCATGAAACTGCTGACATCAA
CACTTTCAAATGGGGTGTTGCAAACCGTGGAGCATCAATCCGAGTAGGACGTGACACGGA
GAAGGAAGGGAAAGGATACTTTGAGGATAGGAGGCCAGCTTCCAACATGGACCCTTACAT
TGTTACTTCCATGGTTGCAGAGACTACTATCCTTTGGAATCCTTGAAGAAATATGCCAAT
AATATAACTTGAATCTTTTGGGGTTTCAAGTTTGTGTTTTCTATAATTATTTAAGCAATT
ACCGGG*TTGATGTTACCGGGGTTTGTGGTTTGGGG*CCTTTCTTTTAATCTCTTTGTGT
TTTGGGGTTTGCGATTGGAGCAAAACCTGATTTGTTCTGTTTCTTTGACCTTTTATTTGA
CCCCTTAAAATTTGTATTAATAAGA

QA 5 449 5 449
DS 

RD RR3BK34TF 631 0 0
TGGT
GTGGTTGTATCTTTTGACCCAAAACCAATTCCGGGTGACTGGAACGGAGCTGGTGCTCAC
ACCAACTACAGTACTAAGTCGATGAGGGAGGAAGGAGGATACGAGATAATCAAGAAGGCA
ATCGATAAGCTCGGACTAAGACACAAGGAGCACATTTCTGCTTATGGTGAAGGCAACGAG
CGCCGTCTCACCGGGCACCATGAAACTGCTGACATCAACACTTTCAAATGGGGTGTTGCA
AACCGTGGAGCATCAATCCGAGTAGGACGTGACACGGAGAAGGAAGGGAAAGGATACTTT
GAGGATAGGAGGCCAGCTTCCAACATGGACCCTTACATTGTTACTTCCATGGTTGCAGAG
ACTACTATCCTTTGGAATCCTTGAAGAAATATGCCAATAATATAACTTGAATCTTTTGGG
GTTTCAAGTTTGTGTTTTCTATAATTATTTAAGCAATTACCGGGGTTGATGTTACCAGGG
TTTGTGGTTTGGGGGCCTTTCTTTTAATCTCTTTGTGTTTTGGGGTTTGTGATTGGAGCA
AAACCTGATTTGCTCTGTTTCTTTGACCTTTTATTTGACCCCTTAAAATTTGTATTAATA
AGACGATCTGAAAAGGCCTTTTCATGT

QA 5 631 5 631
DS 

RD RR3EF91TF 527 0 0
G
AAGAAGGCAATCGATAAGCTCGGACTAAGACACAAGGAGCACATTTCTGCTTACGGTGAA
GGCAACGAGCGCCGTCTCACCGGGCACCATGAAACTGCTGACATCAACACTTTCAAATGG
GGTGTTGCAAACCGTGGAGCATCAATCCGAGTAGGACGTGACACGGAGAAGGAAGGGAAA
GGATACTTTGAGGATAGGAGGCCAGCTTCCAACATGGACCCTTACATTGTTACTTCCATG
GTTGCAGAGACTACTATCCTTTGGAATCCTTGAAGAAATATGCCAATAATATAACTTGAA
TCTTTTGGGGTTTCAAGTTTGTGTTTTCTATAATTATTTAAACAATTACCGGG*TTGATG
TTACCGGGGTTTGTGGTTTGGGG*CCTTTCTTTTAATCTCTTTGTGTTTTGGGGTTTGTG
ATTGGAGCAAAACCTGATTTGCTCTGTTTCTTTGACCTTTTATTTGACCCCTTAAAATTT
GTATTAATAAGACGATCTGAAAAGGCCTTTTCATGTTTCAATC
TTT

QA 2 524 2 524
DS 

RD RR3G340JQ 443 0 0
G
GGGCACCATGAAACTGCTGACATCAACACTTTCAAATGGGGTGTTGCAAACCGTGGAGCA
TCAATCCGAGTAGGACGTGACACGGAGAAGGAAGGGAAAGGATACTTTGAGGATAGGAGG
CCAGCTTCCAACATGGACCCTTACATTGTTACTTCCATGGTTGCAGAGACTACTATCCTT
TGGAATCCTTGAAGAAATATGCCAATAATATAACTTGAATCTTTTGGGGTTTCAAGTTTG
TGTTTTCTATAATTATTTAAGCAATTACCGGG*TTGATGTTACCGGGGTTTGTGGTTTGG
GG*CCTTTCTTTTAATCTCTTTGTGTTTTGGGGTTTGTGATTGGAGCAAAACCTGATTTG
CTCTGTTTCTTTGACCTTTTATTTGACCCCTTAAAATTTGTATTAATAAGACGATCTGAA
AAGGCCTTTTCATGTTTCAATC

QA 2 443 2 443
DS 

RD RR3G340TF 443 0 0
G
GGGCACCATGAAACTGCTGACATCAACACTTTCAAATGGGGTGTTGCAAACCGTGGAGCA
TCAATCCGAGTAGGACGTGACACGGAGAAGGAAGGGAAAGGATACTTTGAGGATAGGAGG
CCAGCTTCCAACATGGACCCTTACATTGTTACTTCCATGGTTGCAGAGACTACTATCCTT
TGGAATCCTTGAAGAAATATGCCAATAATATAACTTGAATCTTTTGGGGTTTCAAGTTTG
TGTTTTCTATAATTATTTAAGCAATTACCGGG*TTGATGTTACCGGGGTTTGTGGTTTGG
GG*CCTTTCTTTTAATCTCTTTGTGTTTTGGGGTTTGTGATTGGAGCAAAACCTGATTTG
CTCTGTTTCTTTGACCTTTTATTTGACCCCTTAAAATTTGTATTAATAAGACGATCTGAA
AAGGCCTTTTCATGTTTCAATC

QA 2 443 2 443
DS 

RD RR3EF91JQ 439 0 0
CATGAAACTGCTGACATCAACACTTTCAAATGGGGTGTTGCAAACCGTGGAGCATCAATC
CGAGTAGGACGTGACACGGAGAAGGAAGGGAAAGGATACTTTGAGGATAGGAGGCCAGCT
TCCAACATGGACCCTTACATTGTTACTTCCATGGTTGCAGAGACTACTATCCTTTGGAAT
CCTTGAAGAAATATGCCAATAATATAACTTGAATCTTTTGGGGTTTCAAGTTTGTGTTTT
CTATAATTATTTAAACAATTACCGGG*TTGATGTTACCGGGGTTTGTGGTTTGGGG*CCT
TTCTTTTAATCTCTTTGTGTTTTGGGGTTTGTGATTGGAGCAAAACCTGATTTGCTCTGT
TTCTTTGACCTTTTATTTGACCCCTTAAAATTTGTATTAATAAGACGATCTGAAAAGGCC
TTTTCATGTTTCAATCTTT

QA 1 439 1 439
DS 



AS 2 10

CO CL348Contig1 772 4 9 U
GCGCGAAAGGCTATTTCTCATTACTCTTCAAATTATACAATTTTTTATGTTTTTACATTT
TT*GTGATAACAAGTTTTTGAGACTGAACATCATAAAGATACAAAGAAGTTACAGCTTCT
CTCTTGGGGGAAAGCAGAAAATACTAAAAATTACAAAGGTACAGGTGGCTAAAGATACAA
CATACTCTGCCTAGTTATCACAAACCCACTTCAACGAGGCTGGTGGATGTTTCGTGGAGC
AACCTTCTGGTTTCCCCATTTCGCTGGCTTCTCTGCATACTTCGCCGGTTCAACAATCGA
CCTAGGGCTCCTGTTCCCGCTCGATTTCCTCACCATCTCACCATTTTTCCCTAAACCAAA
CTCAGAAGGTGCCTGATACATTTGTTGCCCAACGTATCCTTGATGATGATCAAACTCAGC
TTGGAAGACATCCTCAATGTCATCGAAATCAAACGATTCTGGAAGAAGATCAGCTACATC
GACTTCCTGATTCTCTCCGTTGTCGTAGAAACCATCAGCTCCTTGGTGCTGGCTGATCCA
GTAGTCGTGGTACCAAGTGGAGGTCGTCACCAACTGCCACCACTCCGGAGAGAAATCCTC
CACCTGTCTAACGGCTGCGGGAACGAATAGAGGTGCGTTGGGGTTTAGCGTAGAACGTCT
TCCTGAAACCATCGCCATTTTGCTTTGTATAACTCTGAATCTTTAGATCTTGGTGGCCTG
AGAAAAATATCTGCAACTCGCTCAAGTTGATAAGGATGAAAAGACGATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3CL40JQ U 1
AF RR3AE69JQ U 21
AF RR3AE69TF C 21
AF RR3CL40TF C 222
BS 1 62 RR3CL40JQ
BS 63 63 RR3AE69JQ
BS 64 432 RR3CL40JQ
BS 433 433 RR3AE69JQ
BS 434 507 RR3CL40JQ
BS 508 508 RR3AE69JQ
BS 509 628 RR3CL40JQ
BS 629 762 RR3AE69JQ
BS 763 772 RR3AE69TF

RD RR3CL40JQ 628 0 0
GCGCGAAAGGCTATTTCTCATTACTCTTCAAATTATACAATTTTTTATGTTTTTACATTT
TTTGTGATAACAAGTTTTTGAGACTGAACATCATAAAGATACAAAGAAGTTACAGCTTCT
CTCTTGGGGGAAAGCAGAAAATACTAAAAATTACAAAGGTACAGGTGGCTAAAGATACAA
CATACTCTGCCTAGTTATCACAAACCCACTTCAACGAGGCTGGTGGATGTTTCGTGGAGC
AACCTTCTGGTTTCCCCATTTCGCTGGCTTCTCTGCATACTTCGCCGGTTCAACAATCGA
CCTAGGGCTCCTGTTCCCGCTCGATTTCCTCACCATCTCACCATTTTTCCCTAAACCAAA
CTCAGAAGGTGCCTGATACATTTGTTGCCCAACGTATCCTTGATGATGATCAAACTCAGC
TTGGAAGACATCTTCAATGTCATCGAAATCAAACGATTCTGGAAGAAGATCAGCTACATC
GACTTCCTGATTCTCTCCGTTGTCGTAAAAACCATCAGCTCCTTGGTGCTGGCTGATCCA
GTAGTCGTGGTACCAAGTGGAGGTCGTCACCAACTGCCACCACTCCGGAGAGAAATCCTC
CACCTGTCTAACGGCTGCGGGAACGAAT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3AE69JQ 744 0 0
TTACTCTTCAAATTATACAATTTTTTATGTTTTTACATTTTT*GTGATAACAAGTTTTTG
AGACTGAACATCATAAAGATACAAAGAAGTTACAGCTTCTCTCTTGGGGGAAAGCAGAAA
ATACTAAAAATTACAAAGGTACAGGTGGCTAAAGATACAACATACTCTGCCTAGTTATCA
CAAACCCACTTCAACGAGGCTGGTGGATGTTTCGTGGAGCAACCTTCTGGTTTCCCCATT
TCGCTGGCTTCTCTGTATACTTCGCCGGTTCAACAATCGACCTAGGGCTCCTGTTCCCGC
TCGATTTCCTCACCATCTCACCATTTTTCCCTAAACCAAACTCAGAAGGTGCCTGATACA
TTTGTTGCCCAACGTATCCTTGATGATGATCAAACTCAGCTTGGAAGACATCCTCAATGT
CATCGAAATCAAACGATTCTGGAAGAAGCTCAGCTACATCGACTTCCTGATTCTCTCCGT
TGTCGTAGAAACCATCAGCTCCTTGGTGCTGGCTGATCCAGTAGTCGTGGTACCAAGTGG
AGGTCGTCACCAACTGCCACCACTCCGGAAAGAAATCCTCCACCTGTCTAACGGCTGCGG
GAACGAATAGAGGTGCGTTGGGGTTTAGCGTAGAACGTCTTCCTGAAACCATCGCCATTT
TGCTTTGTATAACTCTGAATCTTTAGATCTTGGTGGCCTGAGAAAAATATCTGCAACTCG
CTCAAGTTGATAAGGATGAAAA
GA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3AE69TF 752 0 0
TTACTCTTCAAATTATACAATTTTTTATGTTTTTACATTTTT*GTGATAACAAGTTTTTG
AGACTGAACATCATAAAGATACAAAGAAGTTACAGCTTCTCTCTTGGGGGAAAGCAGAAA
ATACTAAAAATTACAAAGGTACAGGTGGCTAAAGATACAACATACTCTGCCTAGTTATCA
CAAACCCACTTCAACGAGGCTGGTGGATGTTTCGTGGAGCAACCTTCTGGTTTCCCCATT
TCGCTGGCTTCTCTGTATACTTCGCCGGTTCAACAATCGACCTAGGGCTCCTGTTCCCGC
TCGATTTCCTCACCATCTCACCATTTTTCCCTAAACCAAACTCAGAAGGTGCCTGATACA
TTTGTTGCCCAACGTATCCTTGATGATGATCAAACTCAGCTTGGAAGACATCCTCAATGT
CATCGAAATCAAACGATTCTGGAAGAAGCTCAGCTACATCGACTTCCTGATTCTCTCCGT
TGTCGTAGAAACCATCAGCTCCTTGGTGCTGGCTGATCCAGTAGTCGTGGTACCAAGTGG
AGGTCGTCACCAACTGCCACCACTCCGGAGAGAAATCCTCCACCTGTCTAACGGCTGCGG
GAACGAATAGAGGTGCGTTGGGGTTTAGCGTAGAACGTCTTCCTGAAACCATCGCCATTT
TGCTTTGTATAACTCTGAATCTTTAGATCTTGGTGGCCTGAGAAAAATATCTGCAACTCG
CTCAAGTTGATAAGGATGAAAAGACGATGTCC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3CL40TF 551 0 0
GGTGGATGTTTCGTGGAGCAACCTTCTGGTTTCCCCATTTCGCTGGCTTCTCTGCATACT
TCGCCGGTTCAACAATCGACCTAGGGCTCCTGTTCCCGCTCGATTTCCTCACCATCTCAC
CATTTTTCCCTAAACCAAACTCAGAAGGTGCCTGATACATTTGTTGCCCAACGTATCCTT
GATGATGATCAAACTCAGCTTGGAAGACATCTTCAATGTCATCGAAATCAAACGATTCTG
GAAGAAGATCAGCTACATCGACTTCCTGATTCTCTCCGTTGTCGTAGAAACCATCAGCTC
CTTGGTGCTGGCTGATCCAGTAGTCGTGGTACCAAGTGGAGGTCGTCACCAACTGCCACC
ACTCCGGAGAGAAATCCTCCACCTGTCTAACGGCTGCGGGAACGAATAGAGGTGCGTTGG
GGTTTAGCGTAGAACGTCTTCCTGAAACCATCGCCATTTTGCTTTGTATAACTCTGAATC
TTTAGATCTTGGTGGCCTGAGAAAAATATCTGCAACTCGCTCAAGTTGATAAGGATGAAA
AGACGATGTCC

QA 1 551 1 551
DS 



CO CL348Contig2 753 6 15 U
GGACATCGTGTTTTCATCCTTATCAACTTGAGCGAGTTGCAGATATTTTCTCAGGCCTCC
AAGATCTAATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCTA
CGCTAAACCCCAACGCACCTCTCTTCGTCCCAGCAGCCGTTAGACAAGTGGAAGATTTCT
CTCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATCAGCC
AGCACCAGGGAGCTGACGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAGCTG
ATCTTCTTCCGGAATCGTTTGATTTCGATGACATTGAAGATGTCTTCCAAGCTGAGTTTG
ATCATCATCAAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCACCTTCTGAGTTTGGTTTAG
GGAAGAATGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCTAGGTCGATTGTTG
AACCAGCAAAGTATGCAGAGAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCTCCACGAA
ACATCCACCAGCCTCGTTGAAGTGGGTTTGTGATAACTAGGCAGAGTATGTTGTATCTTT
TAGCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCCTTCCCCCAAGAGAGAAGCTGT
AACTTCTTTGTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAAACTTGTTATCAGCAAAAAAAATGTA
AAAACATAAAAAATTGTATAATTTGAAGAGTAA


BQ
15 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 0 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 

AF RR3DH68TF U 1
AF RR3EN89JQ C 70
AF RR3EN89TF U 6
AF RR3FX19TF U 1
AF RR3A949JQ C 2
AF RR3A949TF U 2
BS 1 66 RR3DH68TF
BS 67 67 RR3FX19TF
BS 68 507 RR3DH68TF
BS 508 508 RR3FX19TF
BS 509 695 RR3DH68TF
BS 696 696 RR3A949TF
BS 697 714 RR3DH68TF
BS 715 715 RR3FX19TF
BS 716 716 RR3A949TF
BS 717 723 RR3FX19TF
BS 724 724 RR3A949TF
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BS 733 733 RR3A949TF
BS 734 752 RR3FX19TF
BS 753 753 RR3A949TF

RD RR3DH68TF 729 0 0
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AAGATCCAATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCTA
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CTCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATCAGCC
AGCACCAGGGAGCTGACGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAGCTG
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ATCATCATCAAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCACCTTCTGAGTTTGGTTTAG
GGAAGAATGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCTAGGTCGATTGTTG
AACCAGCAAAGTATGCAGAGAAGCCAGTCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCTCCACGAA
ACATCCACCAGCCTCGTTGAAGTGGGTTTGTGATAACTAGGCAGAGTATGTTGTATCTTT
TAGCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCCTTCCCCCAAGAGAGAAGCTGT
AACTTCTTTGTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAA*CTTGTTATCAGCAAAAAA
TGTAAAACATAAAAA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3EN89JQ 639 0 0
TATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCTACGCTAAACC
CCAACGCACCTCTCTTCGTCCCAGCAGCCGTTAGACAAGTGGAAGATTTCTCTCCGGAGT
GGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATTAGCCAGCACCAGG
GAGCTGACGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAGCTGATCTTCTTC
CGGAATCGTTTGATTTCGATGACATTGAAGATGTCTTCCAAGCTGAGTTTGATCATCATC
AAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCACCTTTTGAGTTTGGTTTAGGGAAGAATG
GTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCTAGGTCGATTGTTGAACCAGCAA
AGTATGCAGAGAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCTCCACGAAACATCCACC
AGCCTCGTTGAAGTGGGTTTGTGATAACTAGGCAGAGTATGTTGTATCTTTTAGCCACCT
GTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCCTTCCCCCAAGAGAGAAGCTGTAACTTCTTT
GTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAAACTTGTTATCAGC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3EN89TF 679 0 0
GG
GTGTTTTCATCCTTATCAACTTGAGCGAGTTGCAGATATTTTCTCAGGCCTCCAAGATCT
AATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCTACGCTAAA
CCCCAACGCACCTCTCTTCGTCCCAGCAGCCGTTAGACAAGTGGAAGATTTCTCTCCGGA
GTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATTAGCCAGCACCA
GGGAGCTGACGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAGCTGATCTTCT
TCCGGAATCGTTTGATTTCGATGACATTGAAGATGTCTTCCAAGCTGAGTTTGATCATCA
TCAAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCACCTTCTGAGTTTGGTTTAGGGAAGAA
TGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCTAGGTCGATTGTTGAACCAGC
AAAGTATGCAGAGAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCTCCACGAAACATCCA
CCAGCCTCGTTGAAGTGGGTTTGTGATAACTAGGCAGAGTATGTTGTATCTTTTAGCCAC
CTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCCTTCCCCCAAGAGAGAAGCTGTAACTTCT
TTGTATCTTTATGATGT

QA 3 679 3 679
DS 

RD RR3FX19TF 752 0 0
GGACATCGTGTTTTCATCCTTATCAACTTGAGCGAGTTGCAGATATTTTCTCAGGCCTCC
AAGATCTAATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCTA
CGCTAAACCCCAACGCACCTCTCTTCGTCCCAGCAGCCGTTAGACAAGTGGAAGATTTCT
CTCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATCAGCC
AGCACCAGGGAGCTGACGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAGCTG
ATCTTCTTCCGGAATCGTTTGATTTCGATGACATTGAAGATGTCTTCCAAGCTGAGTTTG
ATCATCATCAAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCACCTTCTGAGTTTGGTTTAG
GGAAGAATGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCTAGGTCGATTGTTG
AACCAGCAAAGTATGCAGAGAGGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCTCCACGAA
ACATCCACCAGCCTCGTTGAAGTGGGTTTGTGATAACTAGGCAGAGTATGTTGTATCTTT
TAGCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCCTTCCCCCAAGAGAGAAGCTGT
AACTTCTTTGTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAAGCTTGTTATCAGCAAAAAAA*TGTA
AAA*CATAAAAA*TTGTATAATTTGAAGAGTA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3A949JQ 752 0 0
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AGATCTGATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCTAC
GCTAAACCCCAACGCACCTCTCTTCGTCCCAGCAGCCGTTAGACAAGTGGAAGATTTCTC
TCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATCAGCCA
GCACCAGGGAGCTGACGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAGCTGA
TCTTCTTCCGGAATCGTTTGATTTCGATGACATTGAAGATGTCTTCCAAGCTGAGTTTGA
TCATCATCAAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCACCTTCTGAGTTTGGTTTAGG
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CATCCACCAGCCTCGTTGAAGTGGGTTTGTGATAACTAGGCAGAGTATGTTGTATCTTTT
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AAACATAAAAAATTGTATAATTTGAAGAGTAA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3A949TF 752 0 0
GACATCGTGTTTTCATCCTTATCAACTTGAGCGAGTTGCAGATATTTTCTCAGGCCTCCA
AGATCTGATATTCAGAGTTATACAAAGCAAAATGGCGATGGTTTCAGGAAGACGTTCTAC
GCTAAACCCCAACGCACCTCTCTTCGTCCCAGCAGCCGTTAGACAAGTGGAAGATTTCTC
TCCGGAGTGGTGGCAGTTGGTGACGACCTCCACTTGGTACCATGACTACTGGATCAGCCA
GCACCAGGGAGCTGACGGTTTCTACGACAACGGAGAGAATCAGGAAGTCGATGTAGCTGA
TCTTCTTCCGGAATCGTTTGATTTCGATGACATTGAAGATGTCTTCCAAGCTGAGTTTGA
TCATCATCAAGGATACGTTGGGCAACAAATGTATCAGGCACCTTCTGAGTTTGGTTTAGG
GAAGAATGGTGAGATGGTGAGGAAATCGAGTGGGAACAGGAGCCCTAGGTCGATTGTTGA
ACCAGCAAAGTATGCAGAGAAGCCAGCCAAATGGGGAAACCAGAAGGTTGCTCCACGAAA
CATCCACCAGCCTCGTTGAAGTGGGTTTGTGATAACTAGGCAGAGTATGTTGTATCTTTT
AGCCACCTGTACCTTTGTAATTTTTAGTATTTTCTGCCTTCCCCCAAGAGAGAAGCTGTA
ACTTCTTTGTATCTTTATGATGTTCAGTCTCAAAACTTGTTATCAGCAAAAAAAATGTAA
AAACATAAAAAATTGTATAATTTGAAGAGTAA

QA 1 752 1 752
DS 



AS 3 9

CO CL349Contig1 766 2 9 U
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AAAGCGACGGCGCTACTTCGCTGTCCGCCTTGTACGAGCTCGAGCTTCGTCTAGGCCCTC
CCTCACTTTTTTTTTATCTTTACCATCCTCTCTCAATCAAATGGCGGTGAAAGCAACAAA
GGCGGAGAAGAAGATCGTGTACGACTCGAAGCTTTGCCAGCTTCTGAATGAGTACCCTCA
AATCCTCATCGTGGCGGCGGATAACGTCGGGTCCACTCAGCTTCAGAACATACGGAAAGG
TCTCCGCGGAGACTCCGTCGTTCTCATGGGTAAGAATACTATGATGAAGAGATCTGTTAA
GCTTCATGCTCAGAAGACGGGGAACGATGGGTTCCTCAATCTCATGCCTCTCCTTCAGGG
GAACGTTGGGCTTATCTTCACCAAGGGTGACTTTGAAGGAAGTCAGTGAGGAGGTTGCTA
AGTACAAGGTTGGAGCTCCAGCTCGTGTTGGCTTAGTTGCTCCAATTGATGTGGTTGTGC
AACCAGGCAACACTGGCCTCGACCCTTCGCAGACCTCTTTCTTCCAGGTGCTTAACATTC
CAACCAAGATCAACAAAGCACGGTTGAGATCATAACCCCTGTGGAGCTCATCAAGAAGGC
GACAAGGTCGGTCATCCGAGCAGCTCTTCTAGCCAGCTTGAATCAGCCGTCTCTATGGTC
TCGTCGTGAGTCGTCTACGACACGCTCTGTGTTGACCTGAGTGCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP13TF U 356
AF RR3CC13TF U 1
BS 1 376 RR3CC13TF
BS 377 377 RR3FP13TF
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BS 440 453 RR3CC13TF
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BS 455 766 RR3CC13TF

RD RR3FP13TF 159 0 0
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QA 1 159 1 159
DS 

RD RR3CC13TF 766 0 0
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CCTCACTTTTTTTTTATCTTTACCATCCTCTCTCAATCAAATGGCGGTGAAAGCAACAAA
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AATCCTCATCGTGGCGGCGGATAACGTCGGGTCCACTCAGCTTCAGAACATACGGAAAGG
TCTCCGCGGAGACTCCGTCGTTCTCATGGGTAAGAATACTATGATGAAGAGATCTGTTAA
GCTTCATGCTCAGAAGGCGGGGAACGATGGGTTCCTCAATCTCATGCCTCTTCTTCAGGG
GAACGTTGGGCTTATCTTTACCAAGGGTGACTT*GAAGGAAGTCAGTGAGGAGGTTGCTA
AGTACAAGGTTGGAGCTCCAGCTCGTGTTGGCTTAGTTGCTCCAATTGATGTGGTTGTGC
AACCAGGCAACACTGGCCTCGACCCTTCGCAGACCTCTTTCTTCCAGGTGCTTAACATTC
CAACCAAGATCAACAAAGCACGGTTGAGATCATAACCCCTGTGGAGCTCATCAAGAAGGC
GACAAGGTCGGTCATCCGAGCAGCTCTTCTAGCCAGCTTGAATCAGCCGTCTCTATGGTC
TCGTCGTGAGTCGTCTACGACACGCTCTGTGTTGACCTGAGTGCTA

QA 1 766 1 766
DS 



CO CL349Contig2 782 3 10 U
TTTTTGTTTTTAGGGTTTCTCCTTTTCTCCTCCTAACTCACACAACACTCTCCCGAGGTT
AAAGCGACGGCGCTACTTCGCTGTCCGCCTTGTACGAGCTCGAGCTTCGTCTAGGCCCTC
CTCACTTTTTTTT***ATCTTTACCATCCTCTCTCAATCAAAATGGCGGTGAAAGCAACA
AAGGCGGAGAAGAAGATCGTGTACGACTCGAAGCTGTGCCAGCTTCTGAATGAGTATCCT
CAGATCCTCATCGTCGCGGCGGATAACGTCGGGTCCACTCAGCTTCAGAACATACGGAAA
GGTCTCCGCGGAGACTCCGTCGTTCTCATGGGGAAGAACACTATGATGAAGAGATCTGTT
AAGCTTCATGCTCAGAAGACGGGGAACGATGGGTTCCTCAATCTCATGCCTCTTCTTCAG
GGGAACGTTGGGCTTATTTTTACCAAGGGTGACTTGAAGGAAGTCAGTGAGGAGGTTGCT
AAGTACAAGGTTGGAGCTCCAGCTCGTGTTGGCTTAGTTGCTCCAATTGATGTGGTTGTG
CAACCAGGCAACACTGGCCTCGACCCATCGCAGACCTCTTTCTTCCAAGTGCTCAACATT
CCGACCAAGATCAACAAAGGCACGGTTGAGATCATAACCCCTGTGGAGCTCATCAAGAAA
GGCGACAAAGTCGTTCATCCGAGCAGCTCTTCTAGCCAGCTCGGTATCAGCCGTTCTCTT
ATGGTCTCGTCGTGGAGTCGTCTACGACACGGCTCTGTGTTTGACCTGAGTGCTAACCTC
AC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BK35TF U 9
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CAACCAGGCAACACTGGCCTCGACCCATCGCAGACCTCTTTCTTCCAAGTGCTCAACATT
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AC

QA 1 782 1 782
DS 



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BQ
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A

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AG
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G

QA 3 862 3 862
DS 

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GCGAGACACCAGCTGCAAACTTTTCAACAAGGTCGTCTTCAGTGAGGTTAAGCACCTCAG
GGTCAAACACAGAGCCGTTGTCGTAGACCGACTCCACGACGAGACCATAAGAGAACGGCC
TGATACCGAGCTTGGCTAGAAGAGCTGCCTCGGATGAACCGACTTTGTCGCCTTTCTTGA
TGAGCTCCACAGGGGTTATGATCTCAACCGTGCCTTTGTTGATCTTGGTCGGAATGTTGA
GCACTTGGAAGAAAGAGGTCTGCGATGGGTCGAGGCCAGTGTTGCCTGGTTGCACAACCA
CATCAATTGGAGCAACTAAGCCAACACGAGCTGGAGCTCCAACCTTGTACTTAGCAACCT
CCTCACTGACTTCCTTCAAGTCACCCTTGGTAAAAATAAGCCCAACGTTCCCCTGAAGAA
GAGGCATGAGATTGAG

QA 1 556 1 556
DS 



AS 2 9

CO CL350Contig1 752 2 4 U
GGCTCCGATCTCGGCGATAGAGAGAGATCTAGAGAGAATGGATCAGATCTTGAACAAGGT
GGGATCGTACTGGCTAGGGAAGAAGGCGAACAAGCAGCTCGATTCCGTCGGTGACGACAT
CAACTCTCTGTCTACGAGCATCGAAGGAGGAACAAAATGGCTAGTGAACAAAATCAAAGG
TTAGCCACTTTTTCTTTTGTTTCTTCTACTCATTCAAGAAGCAGTCAATAATATCAGTTT
AACTGCTCTGTTTCCAAAAAAAACTTTTTTGGTATATCAGGTAAAATGCAGAAGCCATTA
CCCGAGTTACTAAAGGAGTTCGGTTTACCTATTGGGATCTTTCCACGCGACGCAACCAAC
TACGAGTTCAACGAGCAGACGAGGAAACTCACCGTCTTCATCCCAACGGTCTGCGAAGTC
GGCTACAAAGACTCGTCGGTCTTGAGGTTCACCACGACGGTCACGGGGTTCTTGGAGAAA
GGGAAGCTAGCCGATGTCGAAGGGATGAAAACAAAAGTAATGATTTGGGTGAAAGTCACG
AGCGTCTCTGCTGACTCTTCCAAGGTGCATTTCACTGTAGGGATGAAGAAAAGCAGAAGC
CGTGATGCTTATGAGGTTTTGAGAGATGGCGTTGAGATTGATAAATTCTAAACCTCTCTG
TTTCTGTTTGTCCTTACTTCTATCTTTATATGTCTTTTGTATATGCAATTAAACTTTGGT
GTTCATGAATCTCATGAATTTGAATTGGTATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C810TF U 1
AF RR3C810JQ C 1
BS 1 697 RR3C810TF
BS 698 698 RR3C810JQ
BS 699 709 RR3C810TF
BS 710 752 RR3C810JQ

RD RR3C810TF 709 0 0
GGCTCCGATCTCGGCGATAGAGAGAGATCTAGAGAGAATGGATCAGATCTTGAACAAGGT
GGGATCGTACTGGCTAGGGAAGAAGGCGAACAAGCAGCTCGATTCCGTCGGTGACGACAT
CAACTCTCTGTCTACGAGCATCGAAGGAGGAACAAAATGGCTAGTGAACAAAATCAAAGG
TTAGCCACTTTTTCTTTTGTTTCTTCTACTCATTCAAGAAGCAGTCAATAATATCAGTTT
AACTGCTCTGTTTCCAAAAAAAACTTTTTTGGTATATCAGGTAAAATGCAGAAGCCATTA
CCCGAGTTACTAAAGGAGTTCGGTTTACCTATTGGGATCTTTCCACGCGACGCAACCAAC
TACGAGTTCAACGAGCAGACGAGGAAACTCACCGTCTTCATCCCAACGGTCTGCGAAGTC
GGCTACAAAGACTCGTCGGTCTTGAGGTTCACCACGACGGTCACGGGGTTCTTGGAGAAA
GGGAAGCTAGCCGATGTCGAAGGGATGAAAACAAAAGTAATGATTTGGGTGAAAGTCACG
AGCGTCTCTGCTGACTCTTCCAAGGTGCATTTCACTGTAGGGATGAAGAAAAGCAGAAGC
CGTGATGCTTATGAGGTTTTGAGAGATGGCGTTGAGATTGATAAATTCTAAACCTCTCTG
TTTCTGTTTGTCCTTACTTCTATCTTTATATGTCTTT*GTATATGCAAT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3C810JQ 752 0 0
GGCTCCGATCTCGGCGATAGAGAGAGATCTAGAGAGAATGGATCAGATCTTGAACAAGGT
GGGATCGTACTGGCTAGGGAAGAAGGCGAACAAGCAGCTCGATTCCGTCGGTGACGACAT
CAACTCTCTGTCTACGAGCATCGAAGGAGGAACAAAATGGCTAGTGAACAAAATCAAAGG
TTAGCCACTTTTTCTTTTGTTTCTTCTACTCATTCAAGAAGCAGTCAATAATATCAGTTT
AACTGCTCTGTTTCCAAAAAAAACTTTTTTGGTATATCAGGTAAAATGCAGAAGCCATTA
CCCGAGTTACTAAAGGAGTTCGGTTTACCTATTGGGATCTTTCCACGCGACGCAACCAAC
TACGAGTTCAACGAGCAGACGAGGAAACTCACCGTCTTCATCCCAACGGTCTGCGAAGTC
GGCTACAAAGACTCGTCGGTCTTGAGGTTCACCACGACGGTCACGGGGTTCTTGGAGAAA
GGGAAGCTAGCCGATGTCGAAGGGATGAAAACAAAAGTAATGATTTGGGTGAAAGTCACG
AGCGTCTCTGCTGACTCTTCCAAGGTGCATTTCACTGTAGGGATGAAGAAAAGCAGAAGC
CGTGATGCTTATGAGGTTTTGAGAGATGGCGTTGAGATTGATAAATTCTAAACCTCTCTG
TTTCTGTTTGTCCTTACTTCTATCTTTATATGTCTTTTGTATATGCAATTAAACTTTGGT
GTTCATGAATCTCATGAATTTGAATTGGTATC

QA 1 752 1 752
DS 



CO CL350Contig2 845 7 11 U
GGGCTAGTTCCGCAATCCACATCTATTATTTTCACATTACTACGTGTCAAAGCATAATTG
GACATTATAGTGATGTAAAAGAAACGAAGCGGGTGATAGAGCGAAGCTTCCTCCTCCGAT
CTCGGCGATAGAGAGAGATCTAGAGAGAATGGATCAGATCTTGAACAAGGTGGGATCTTA
CTGGCTAGGGAAGAAGGCGAACAAGCAGCTCGATTCCGTCGGTGACGATATCAACTCTCT
GTCTACGAGCATCGAAGGAGGAACAAAATGGCTAGTGAACAAAATCAAAGGGAAAATGCA
GAAGCCATTACCCGAGTTACTAAAGGAGTTCGGTTTACCTGTTGGGATCTTTCCACGCGA
CGCAACCAACTACGAGTTCAACGAGCAGACGAGGAAACTCACCGTCTTCATCCCAACGGT
CTGCGAAGTCGGCTACAAAGACTCGTCGGTCTTGAGGTTCACCACGACGGTCACGGGGTT
CTTGGAGAAAGGGAAGCTAGCCGATGTCGAAGGGATGAAAACAAAAGTAATGATTTGGGT
GAAGGTCACGAGCGTCTCTGCTGACTCTTCCAAGGTGCATTTCACTGCAGGGATGAAGAA
AAGCAGAAGCCGTGATGCTTATGAGGTTTTGAGAGATGGCGTTGAGATTGATAAATTCTA
AGCCTCTCTGTTTCTGTTTGTCCTTACTTCTATCTTTATATGTCTTTTGTATATGCAATT
AAACTTTGGTGTTCATGAATCTCATGAATTTGAATTGGTATCAATATTCAAAGTTTCATA
GAACATAAGTAAAGAGAAACAGAGGAGAGTTTACACGTGTGACTCACAAGCTCTCCTATT
CTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 
15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3EF48TF U 1
AF RR3GX45TF U 117
AF RR3BJ48TF U 111
AF RR3BN16JQ C 475
AF RR3BN16TF U 475
AF RR3GX45JQ C 242
AF RR3CF83JQ C 132
BS 1 177 RR3EF48TF
BS 178 178 RR3BJ48TF
BS 179 228 RR3EF48TF
BS 229 229 RR3BJ48TF
BS 230 340 RR3EF48TF
BS 341 341 RR3GX45TF
BS 342 543 RR3EF48TF
BS 544 544 RR3BJ48TF
BS 545 586 RR3EF48TF
BS 587 767 RR3GX45TF
BS 768 845 RR3CF83JQ

RD RR3EF48TF 586 0 0
GGGCTAGTTCCGCAATCCACATCTATTATTTTCACATTACTACGTGTCAAAGCATAATTG
GACATTATAGTGATGTAAAAGAAACGAAGCGGGTGATAGAGCGAAGCTTCCTCCTCCGAT
CTCGGCGATAGAGAGAGATCTAGAGAGAATGGATCAGATCTTGAACAAGGTGGGATCGTA
CTGGCTAGGGAAGAAGGCGAACAAGCAGCTCGATTCCGTCGGTGACGACATCAACTCTCT
GTCTACGAGCATCGAAGGAGGAACAAAATGGCTAGTGAACAAAATCAAAGGGAAAATGCA
GAAGCCATTACCCGAGTTACTAAAGGAGTTCGGTTTACCTATTGGGATCTTTCCACGCGA
CGCAACCAACTACGAGTTCAACGAGCAGACGAGGAAACTCACCGTCTTCATCCCAACGGT
CTGCGAAGTCGGCTACAAAGACTCGTCGGTCTTGAGGTTCACCACGACGGTCACGGGGTT
CTTGGAGAAAGGGAAGCTAGCCGATGTCGAAGGGATGAAAACAAAAGTAATGATTTGGGT
GAAAGTCACGAGCGTCTCTGCTGACTCTTCCAAGGTGCATTTCACT

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3GX45TF 653 0 0
G
GATCTCGGCGATAGAGAGAGATCTAGAGAGAATGGATCAGATCTTGAACAAGGTGGGATC
GTACTGGCTAGGGAAGAAGGCGAACAAGCAGCTCGATTCCGTCGGTGACGACATCAACTC
TCTGTCTACGAGCATCGAAGGAGGAACAAAATGGCTAGTGAACAAAATCAAAGGGAAAAT
GCAGAAGCCATTACCCGAGTTACTAAAGGAGTTCGGTTTACCTGTTGGGATCTTTCCACG
CGACGCAACCAACTACGAGTTCAACGAGCAGACGAGGAAACTCACCGTCTTCATCCCAAC
GGTCTGCGAAGTCGGCTACAAAGACTCGTCGGTCTTGAGGTTCATCACGACGGTCACGGG
GTTCTTGGAGAAAGGGAAGCTAGCCGATGTCGAAGGGATAAAAACAAAAGTAATGATTTG
GGTGAAAGTCACGAGCGTCTCTGCTGACTCTTCCAAGGTGCATTTCACTGCAGGGATGAA
GAAAAGCAGAAGCCGTGATGCTTATGAGGTTTTGAGAGATGGCGTTGAGATTGATAAATT
CTAAGCCTCTCTGTTTCTGTTTGTCCTTACTTCTATCTTTATATGTCTTTTGTATATGCA
ATTAAACTTTGGTGTTCATGAATCTCATGAATTTGAATTGGTATCAATAT
CC

QA 2 651 2 651
DS 

RD RR3BJ48TF 642 0 0
GG
CCTCCGATCTCGGCGATAGAGAGAGA********GAATGGATCAGATCTTGAACAAGGTG
GGATCTTACTGGCTAGGGAAGAAGGCGAACAAGCAGCTCGATTCCGTCGGTGACGATATC
AACTCTCTGTCTACGAGCATCGAAGGTGGAACAAAATGGCTAGTTAACAAAATCAAAGGG
AAAATGCAGAAGCCATTACCCGAGTTACTAAAGGAGTTCGGTTTACCCGTTGGGATCTTT
CCACGCGACGCAACCAACTACGAGTTCAACGAGCAGACGAGGAAACTCACCGTCTTTATC
CCAACGGTCTGCGAGGTCGGCTACAAAGACTCGTCGGTCTTGAGGTTCACCACGACGGTC
ACGGGGTTTCTGGAGAAAGGGAAGCTAGCCGATGTCGAAGGGATGAAAACAAAAGTAATG
ATTTGGGTGAAGGTCACGAGCGTCTCTGCTGACTCCTCCAAGGTGCATTTCACTGCAGGG
ATGAAGAAAAGCAGAAGCCGTGATGCTTATGAGGTTTTGAGAGATGGCGTTGAGATTGAT
AAATTCTAAGCCTCTCTGTTTCTGTTTGTCCTTACCTCTATCTTTATATGTCTTTTGTAT
ATGCACTTAAACTTTGGTGTTCATGAATCTCATGAATTTG

QA 3 642 3 642
DS 

RD RR3BN16JQ 302 0 0
GGGGTTCTTGGAGAAAGGGAAGCTAGCCGATGTCGAAGGGATGAAAACAAAAGTAATGAT
TTGGGTGAAGGTCACGAGCGTTTTTGCTGACTCTTCCAAGGTGCATTTCACTGCAGGGAT
GAAGAAAAGCAGAAGCCGTGATGCTTATGAGGTTTTGAGAGATGGCGTTGAGATTGATAA
ATTTTAAGCCTCTCTGTTTCTGTTTGTCCTTACTTCTATCTTTATATGTCTTTTGTATAT
GCAATTAAACTTTGGTGTTCATGAATCTCATGAATTTGAATTGGTATCAATAT
TCAAAGTTT

QA 1 293 1 293
DS 

RD RR3BN16TF 302 0 0
GGGGTTCTTGGAGAAAGGGAAGCTAGCCGATGTCGAAGGGATGAAAACAAAAGTAATGAT
TTGGGGGAAGGTCACGAGCGTCTCTGCTGACTCTTCCAAGGTGCATTTCACTGCAGGGAT
GAAGAAAAGCAGAAGCCGTGATGCTTATGAGGTTTTGAGAGATGGCGTTGAGATTGATAA
ATTCTAAGCCTCTCTGTTTCTGTTTGTCCTTACTTCTATCTTTATATGTCTTTTGTATAT
GCAATTAAACTTTGGTGTTCATGAATCTCATGAATTTGAATTGGTATCAATAT
TCAAAGTTT

QA 1 293 1 293
DS 

RD RR3GX45JQ 528 0 0
TCTACGAGCATCGAAGGAGGAACAAAATGGCTAGTGAACAAAATCAAAGGGAAAATGCAG
AAGCCATTACCCGAGTTACTAAAGGAGTTCGGTTTACCTGTTGGGATCTTTCCACGCGAC
GCAACCAACTACGAGTTCAACGAGCAGACGAGGAAACTCCCCGTCTTCATCCCAACGGTC
TGCGAAGTCGGCTACAAAGACTCGTCGGTCTTGAGGTTCATCACGACGGTCACGGGGTTC
TTGGAGAAAGGGAAGCTAGCCGATGTCGAAGGGATAAAAACAAAAGTAATGATTTGGGTG
AAAGTCACGAGCGTTTCTGCTGACTCTTCCAAGGTGCATTTCACTGCAGGGATGAAGAAA
AGCAGAAGCCGTGATGCTTATGAGGTTTTGAGAGATGGCGTTGAGATTGATAAATTTTAA
GCCTCTCTGTTTCTGTTTGTCCTTACTTCTATCTTTATATGTCTTTTGTATATGCAATTA
AACTTTGGTGTTCATGAATCTCATGAATTTGAATTGGTATCAATAT
CC

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR3CF83JQ 714 0 0
TCGGCGATAG
AGAGAGAATGGATCAGATCTTGAACAAGGTGGGATCTTACTGGCTAGGGAAGAAGGCGAA
CAAGCAGCTCGATTCCGTCGGTGACGATATCAACTCTCTGTCTACTAGCATCGAAGGTGG
AACAAAATGGCTAGTTAACAAAATCAAAGGGAAAATGCAGAAGCCATTACCCGAGTTACT
AAAGGAGTTCGGTTTACCCGTTGGGATCTTTCCACGCGACGCAACCAACTACGAGTTCAA
CGAGCAGACGAGGAAACTCACCGTCTTTATCCCAACGGTCTGCGAGGTCGGCTACAAAGA
CTCGTCGGTCTTGAGGTTCACCACGACGGTCACGGGGTTTCTGGAGAAAGGGAAGCTAGC
CGATGTCGAAGGGATGAAAACAAAAGTAATGATTTGGGTGAAGGTCACGAGCGTCTCTGC
TGACTCTTCCAAGGTGCATTCCACTGCAGGGATGAAGAAAAGCAGAAGCCGTGATGCTTG
TGAGGTTTTGAGAGATGGCGTTGAGATTGATAAATTCTAAGCCTCTCTGTTTCTGTTTGT
CCTTACCTCTATCTTTATATGTCTTTTGTATATGCACTTAAACTTTGGTGTTCATGAATC
TCATGAATTTGAATTGGTATCAATATTCAAAGTTTCATAGAACATAAGTAAAGAGAAACA
GAGGAGAGTTTACACGTGTGACTCACAAGCTCTCCTATTCTAGT

QA 11 714 11 714
DS 



AS 1 5

CO CL351Contig1 1162 5 29 U
GGGCCTCTCGTCTGATTTATACACTGCAAAAGCTAATCTCGGCGTTTAGGTCTCT*GAGA
AGAAGAGCGAAGAGAAAATGGCGACTAATGGATCTGGACAGCTGTCACAGAAGGAAGCTG
ACATCAAGATGATGTGTGCCGCTGAGGTTCACCTCGGAACCAAGAACTGTAACTACCAAA
TGGAGCGTTACGTCTTCAAGAGACGCAACGACGGTATTTACATCTTTAACCTGGGCAAAA
CATGGGACAAGCTGCAGATGGCTGCTAGGGTTATTGTTGGTATTGAGAACCCACAGGACA
TCATTGTTCAGTCAGCTAGGCCCTATGGTCAGAGAGCTGTCCTCAAGTTCGCTCAGTACA
CTGGAGCCAACGCCATTGCTGGAAGGCACACCCCTGGTACCTTTACCAATCAGATGCAGA
CCTCTTTCAGCGAGCCTAGGCTGTTGATTCTTACCGATCCACGCACCGACCACCAGCCCA
TCAAGGAAGGTGCTTTGGGAAACATTCCAATCATTGCTTTCTGTGACACTGATTCTCCCA
TGAGGTTTGTTGACATTGGTATCCCCGCCAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTC
TCTTTTGGCTTCTTGCCCGCATGGTCCTTCAGATGCGTGGAACCATTCGCCCTGCTCAGA
AGTGGGATGTCATGGTTGACCTGTTCTTCTACAGAGAGCCAGAGGAGGCTAAGCCAGAAG
ATGAGGATGAAGTTGCTCCTCAGGCAGAGTATGGACTACCTGCTCCTGAGTATGGAGGTA
GTGGTGACCAGTGGACCACTGCTGCCATCCCTGATGCCGCATGGCCTGGAGAAGGTCAGG
CGCCAATCGCCGCTGCTCCTGCCGGAGCTTCATGGAACGATTCCAGCGCTGCTCCAGCAG
CAGAAGGTGAATGGGACACTGCTGTGCCACCCACAGCTGCAGTTGGCGGTTGGGAGTGAA
GTTGATGAGCCTTTTACAATGGTTATAGACATGGTTTTTAGTTACTGTTGGGGATTGAAG
AGTTCTTAAACCGCAATTGTGTTTCTCTTTTTTGCACTCTTTTCTTTCAAGACAAAACAT
TAGATTTTTTGCACTTTTTGTTTGGAATGAAACTTCTACTATTATCTATCTCGTATGGTC
TTAATTGAGCTTCTGGTTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 15 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ33TF U 1
AF RR3GZ10TF U 79
AF RR3B864TF U 7
AF RR3FM31TF U 17
AF RR3FM31JQ C 347
BS 1 76 RR3EQ33TF
BS 77 77 RR3B864TF
BS 78 79 RR3EQ33TF
BS 80 80 RR3B864TF
BS 81 157 RR3EQ33TF
BS 158 158 RR3GZ10TF
BS 159 188 RR3EQ33TF
BS 189 189 RR3B864TF
BS 190 258 RR3EQ33TF
BS 259 262 RR3B864TF
BS 263 263 RR3GZ10TF
BS 264 424 RR3B864TF
BS 425 425 RR3FM31TF
BS 426 463 RR3B864TF
BS 464 464 RR3FM31TF
BS 465 472 RR3B864TF
BS 473 473 RR3FM31TF
BS 474 481 RR3B864TF
BS 482 482 RR3GZ10TF
BS 483 508 RR3B864TF
BS 509 509 RR3GZ10TF
BS 510 532 RR3B864TF
BS 533 533 RR3FM31TF
BS 534 646 RR3B864TF
BS 647 647 RR3FM31TF
BS 648 694 RR3B864TF
BS 695 695 RR3FM31TF
BS 696 701 RR3B864TF
BS 702 1162 RR3FM31JQ

RD RR3EQ33TF 258 0 0
GGGCCTCTCGTCTGATTTATACACTGCAAAAGCTAATCTCGGCGTTTAGGTCTCT*GAGA
AGAAGAGCGAAGAGAAGATTGCGACTAATGGATCTGGACAGCTGTCACAGAAGGAAGCTG
ACATCAAGATGATGTGTGCCGCTGAGGTTCACCTCGGTACCAAGAACTGTAACTACCAAA
TGGAGCGT*ACGTCTTCAAGAGACGCAACGACGGTATTTACATCTTTAACCTGGGCAAAA
CATGGGACAAGCTGCAGA

QA 1 258 1 258
DS 

RD RR3GZ10TF 562 0 0
GG
GCGACCAATGGATCTGGACAGCTGTCACAGAAGGAAGCTGACATCAAGATGATGTGTGCC
GCTGAGGTTCACCTCGGAACCAAGAACTGTAACTACCAAATGGAGCGCTACGTCTTCAAG
AGACGCAACGACGGTATTTACATCTTTAACCTGGGCAAAACATGGGACAAGCTGCAGATG
GCTGCTAGGGTTATTGTTGGTATTGAGAACTCACAGGACATCATTGTTCAGTCAGCTAGG
CCCTATGGTCAGAGAGCTGTCCTCAAGTTCGCTCAGTACACTGGAGCCAACGCCATTGCT
GGAAGGCACACCCCTGGTACCTTTACCAATCAGATGCAGACCTCCTTCAGCGAGCCTAGG
CTGTTGATTCTCACCGATCCACGTACCGACCATCAGCCAATCAAGGAAGGCGCTTTGGGA
AACATCCCAATCATTGCTTTCTGTGACACTGACTCTCCAATGAGGTTTGTTGACATTGGT
ATCCCCGCCAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTCTCTTTTGGCTTCTTGCCCGC
ATGGTCCTTCAGATGCGTGG

QA 3 562 3 562
DS 

RD RR3B864TF 695 0 0
CTCGTCTGATTTATACACTGCAAAAGCTAATCTCGGCGTTTAGGTCTCT*GAGAAGAAGA
GCGAAGAGAAAATGGCGACTAATGGATCTGGACAGCTGTCACAGAAGGAAGCTGACATCA
AGATGATGTGTGCCGCTGAGGTTCACCTCGGTACCAAGAACTGTAACTACCAAATGGAGC
GTTACGTCTTCAAGAGACGCAACGACGGTATTTACATCTTTAACCTGGGCAAAACATGGG
ACAAGCTGCAGATGGCCGCTAGGGTTATTGTTGGTATTGAGAACCCACAGGACATCATTG
TTCAGTCAGCTAGGCCCTATGGTCAGAGAGCTGTCCTCAAGTTCGCTCAGTACACTGGAG
CCAACGCCATTGCTGGAAGGCACACCCCTGGTACCTTTACCAATCAGATGCAGACCTCCT
TCAGCGAGCCTAGGCTGTTGATTCTTACCGATCCACGTACCGACCATCAGCCCATTAAGG
AAGGTGCTTTGGGAAACATTCCGATCATTGCTTTCTGTGACACTGACTCTCCCATGAGGT
TTGTTGACATTGGTATCCCCGCCAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTCTCTTTT
GGCTTCTTGCCCGCATGGTCCTTCAGATGCGTGGAACCATCCGCCCTGCTCAGAAGTGGG
ATGTCATGGTTGACCTGTTCTTCTACAGGGAGCCA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3FM31TF 685 0 0
GG
ATACACTGCAAAAGCTAATCTCGGCGATTAGGTCTCTTGAGAGGAAGAGCGAAGAGAAAA
TGGCGACTAATGGATCTGGACAGCTGTCGCAGAAGGAAGCTGACATCAAGATGATGTGTG
CCGCTGAGGTTCACCTCGGAACCAAGAACTGTAACTACCAAATGGAGCGTTACGTCTTCA
AGAGACGCAACGACGGTATTTACATCTTTAACCTGGGCAAAACATGGGACAAGCTGCAGA
TGGCTGCTAGGGTTATTGTTGGTATTGAGAACCCACAGGACATCATTGTTCAGTCAGCTA
GGCCCTATGGTCAGAGAGCTGTCCTCAAGTTCGCTCAGTACACTGGAGCCAACGCCATTG
CTGGAAGGCACACCCCTGGTACCTTTACCAATCAGATGCAGACCTCTTTCAGCGAGCCTA
GGCTGTTGATTCTTACCGATCCACGCACCGACCACCAGCCCATCAAGGAAGGTGCTTTGG
GAAACATTCCAATCATTGCTTTCTGTGACACTGATTCTCCCATGAGGTTTGTTGACATTG
GTATCCCCGCCAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTCTCTTTTGGCTTCTTGCCC
GCATGGTCCTTCAGATGCGTGGAACCATTCGCCCTGCTCAGAAGTGGGATGTCATGGTTG
ACCTGTTCTTCTACAGAGAGCCA

QA 3 685 3 685
DS 

RD RR3FM31JQ 816 0 0
AG
TCGCTCAGTACACTGGAGCCAACGCCATTGCTGGAAG*CACACCCCTGGTACCTTTACCA
ATCAGATGCAGACCTCTTTCAGCGAGC*TAGGCTGTTGATTCTTACCGATCCACGCACCG
ACCACCAGCCCATCAAGGAAGGTGCTTTGGGAAACATTCCAATCATTGCTTTCTGTGACA
CTGATTCTCCCATGAGGTTTGTTGACATTGGTATCCCCGCCAACAACAAGGGAAAGCACA
GCATTGGTTGTCTCTTTTGGCTTCTTGCCCGCATGGTCCTTCAGATGCGTGGAACCATTC
GCCCTGCTCAGAAGTGGGATGTCATGGTTGACCTGTTTTTCTACAGAGAGCCAGAGGAGG
CTAAGCCAGAAGATGAGGATGAAGTTGCTCCTCAGGCAGAGTATGGACTACCTGCTCCTG
AGTATGGAGGTAGTGGTGACCAGTGGACCACTGCTGCCATCCCTGATGCCGCATGGCCTG
GAGAAGGTCAGGCGCCAATCGCCGCTGCTCCTGCCGGAGCTTCATGGAACGATTCCAGCG
CTGCTCCAGCAGCAGAAGGTGAATGGGACACTGCTGTGCCACCCACAGCTGCAGTTGGCG
GTTGGGAGTGAAGTTGATGAGCCTTTTACAATGGTTATAGACATGGTTTTTAGTTACTGT
TGGGGATTGAAGAGTTCTTAAACCGCAATTGTGTTTCTCTTTTTTGCACTCTTTTCTTTC
AAGACAAAACATTAGATTTTTTGCACTTTTTGTTTGGAATGAAACTTCTACTATTATCTA
TCTCGTATGGTCTTAATTGAGCTTCTGGTTCTTT

QA 3 816 3 816
DS 



AS 3 10

CO CL352Contig1 748 6 6 U
GGCAAAGCTTAGCTTAAGCTTAAAGAAGATAATATATATCTCAACTTAACGAGTGTTCTC
GCATAGACATGACATGGTTAAAGAGTTAACCATGAGCTGAGAGATGATGAATCCACGGCT
GACATAACTATTTTCTGACTCGAGATGAACGAGAAAATAAATAATGGTAAAACTTGTCGG
TACATAAGTCGAGTTACAGACAGATAGAATGGTATAAACATTAAACCAAGTAACACACAA
TTGTTTTTCAGCTCTCATTTTTTAAGCTTTGACTTCTTCAACCTCGTCCAATGCGTAGTT
GTTGGTCGATATGTTGGCGTAATTCACTTTCGCGAACCGGACCACAACAGGGTACCTAGT
CTTCGGGTCCTGATCAACGGCCACAACTGCTCCAACGTCCTTGAACCAATAGGATTCTCT
CCTTAGGATCTTGACCTTGGACCCTCTCTTAGGGCCGATCGGAGGCGGTTTGGGTTTGGT
GGCAGCAGCTCCACCCGGAGCCACGGGAGTTGCTGGTGCACCTTATGAAGAAGATGTTTC
CGGAGCCGCCTCGTCGGCTGCTCTGACTACAAGTCTAGAACCAGCCCTTCTCATCGGTAA
GAAAGACACTGAGTTCCTGGAAGACGAAGGGCCGGTGGCCGCCGTGACGTTAGCCGTCAA
AACAAGCGCCGAAGACGCTGACATCATCGACATCTCTGGGATTTTTTTCTCTTTTTTTTT
TTTTTGCTTCGTATTGTTGTTCCGACCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3EH28JQ U 1
AF RR3EH28TF C 1
AF RR3HA17JQ U 137
AF RR3B386JQ U 135
AF RR3HA17TF C 137
AF RR3B386TF C 135
BS 1 284 RR3EH28JQ
BS 285 285 RR3B386JQ
BS 286 353 RR3EH28JQ
BS 354 524 RR3B386JQ
BS 525 525 RR3HA17JQ
BS 526 748 RR3B386JQ

RD RR3EH28JQ 354 0 0
GGCAAAGCTTAGCTTAAGCTTAAAGAAGATAATATATATCTCAACTTAACGAGTGTTCTC
GCATAGACATGACATGGTTAAAGAGTTAACCATGAGCTGAGAGATGATGAATCCACGGCT
GACATAACTATTTTCTGACTCGAGATGAACGAGAAAATAAATAATGGTAAAACTTGTCGG
TACATAAGTCGAGTTACAGACAGATAGAATGGTATAAACATTAAACCAAGTAACACACAA
TTGTTTTTCAGCTCTCATTTTTTAAGCTTTGACTTCTTCAACCTAGTCCAATGCGTAGTT
GTTGGTCGATATGTTGGCGTAATTCACTTTCGCGAACCGGACCACAACAGGGT
C

QA 1 353 1 353
DS 

RD RR3EH28TF 354 0 0
GGCAAAGCTTAGCTTAAGCTTAAAGAAGATAATATATATCTCAACTTAACGAGTGTTCTC
GCATAGACATGACATGGTTAAAGAGTTAACCATGAGCTGAGAGATGATGAATCCACGGCT
GACATAACTATTTTCTGACTCGAGATGAACGAGAAAATAAATAATGGTAAAACTTGTCGG
TACATAAGTCGAGTTACAGACAGATAGAATGGTATAAACATTAAACCAAGTAACACACAA
TTGTTTTTCAGCTCTCATTTTTTAAGCTTTGACTTCTTCAACCTAGTCCAATGCGTAGTT
GTTGGTCGATATGTTGGCGTAATTCACTTTCGCGAACCGGACCACAACAGGGT
C

QA 1 353 1 353
DS 

RD RR3HA17JQ 488 0 0
GG
CTCGAGATGAACGAGAAAATAAATAATGGTAAAACTTGTCGGTACATAAGTCGAGTTACA
GACAGATAGAATGGTATAAACATTAAACCAAGTAACACACAATTGTTTTTCAGCTCTCAT
TTTTTAAGCTTTGACTTCTTCAACCTCGTCCAATGCGTAGTTGTTGGTCGATATGTTGGC
GTAATTCACTTTCGCGAACCGGACCACAACAGGGTACCTAGTCTTCGGGTCCTGATCAAC
GGCCACAACTGCTCCAACGTTCTTGAACCAATAGGATTCTCTCCTTAGGATCTTGACCTT
GGACCCTCTCTTAGGGCCGATCGGAGGCGGTTTGGGTTTGGTGGCAGCAGCTCCACCCGG
AGCCACGGGAGTTGCTGGTGCACCTTATGAAGAAGATGTTTCCGGAGCCGCCTCGTCGGC
TGCTCTGACTACAAGTCTAGAACCAGCCCTTCTCATCGGTAAGAAAGACACTGAGTTCCT
GGAAGA

QA 3 488 3 488
DS 

RD RR3B386JQ 614 0 0
CTGACTCGAGATGAACGAGAAAATAAATAATGGTAAAACTTGTCGGTACATAAGTCGAGT
TACAGACAGATAGAATGGTATAAACATTAAACCAAGTAACACACAATTGTTTTTCAGCTC
TCATTTTTTAAGCTTTGACTTCTTCAACCTCGTCCAATGCGTAGTTGTTGGTCGATATGT
TGGCGTAATTCACTTTCGCGAACCGGACCACAACAGGGTACCTAGTCTTCGGGTCCTGAT
CAACGGCCACAACTGCTCCAACGTCCTTGAACCAATAGGATTCTCTCCTTAGGATCTTGA
CCTTGGACCCTCTCTTAGGGCCGATCGGAGGCGGTTTGGGTTTGGTGGCAGCAGCTCCAC
CCGGAGCCACGGGAGTTGCTGGTGCACCTTCTGAAGAAGATGTTTCCGGAGCCGCCTCGT
CGGCTGCTCTGACTACAAGTCTAGAACCAGCCCTTCTCATCGGTAAGAAAGACACTGAGT
TCCTGGAAGACGAAGGGCCGGTGGCCGCCGTGACGTTAGCCGTCAAAACAAGCGCCGAAG
ACGCTGACATCATCGACATCTCTGGGATTTTTTTCTCTTTTTTTTTTTTTTGCTTCGTAT
TGTTGTTCCGACCC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3HA17TF 612 0 0
GG
CTCGAGATGAACGAGAAAATAAATAATGGTAAAACTTGTCGGTACATAAGTCGAGTTACA
GACAGATAGAATGGTATAAACATTAAACCAAGTAACACACAATTGTTTTTCAGCTCTCAT
TTTTTAAGCTTTGACTTCTTCAACCTCGTCCAATGCGTAGTTGTTGGTCGATATGTTGGC
GTAATTCACTTTCGCGAACCGGACCACAACAGGGTACCTAGTCTTCGGGTCCTGATCAAC
GGCCACAACTGCTCCAACGTTCTTGAACCAATAGGATTCTCTCCTTAGGATCTTGACCTT
GGACCCTCTCTTAGGGCCGATCGGAGGCGGTTTGGGTTTGGTGGCAGCAGCTCCACCCGG
AGCCACGGGAGTTGCTGGTGCACCTTATGAAGAAGATGTTTCCGGAGCCGCCTCGTCGGC
TGCTCTGACTACAAGTCTAGAACCAGCCCTTCTCATCGGTAAGAAAGACACTGAGTTCCT
GGAAGACGAAGGGCCGGTGGCCGCCGTGACGTTAGCCGTCAAAACAAACGCCGAAGACGC
TGACATCATCGACATCTCTGGGATTTTTTTTTCTTTTTTTTTT****GCTTCGTATTGTT
GTTCCGACCC

QA 3 612 3 612
DS 

RD RR3B386TF 614 0 0
CTGACTCGAGATGAACGAGAAAATAAATAATGGTAAAACTTGTCGGTACATAAGTCGAGT
TACAGACAGATAGAATGGTATAAACATTAAACCAAGTAACACACAATTGTTTTTCAGCTC
TCATTTTTTAAGCTTTGACTTCTTCAACCTCGTCCAATGCGTAGTTGTTGGTCGATATGT
TGGCGTAATTCACTTTCGCGAACCGGACCACAACAGGGTACCTAGTCTTCGGGTCCTGAT
CAACGGCCACAACTGCTCCAACGTCCTTGAACCAATAGGATTCTCTCCTTAGGATCTTGA
CCTTGGACCCTCTCTTAGGGCCGATCGGAGGCGGTTTGGGTTTGGTGGCAGCAGCTCCAC
CCGGAGCCACGGGAGTTGCTGGTGCACCTTCTGAAGAAGATGTTTCCGGAGCCGCCTCGT
CGGCTGCTCTGACTACAAGTCTAGAACCAGCCCTTCTCATCGGTAAGAAAGACACTGAGT
TCCTGGAAGACGAAGGGCCGGTGGCCGCCGTGACGTTAGCCGTCAAAACAAGCGCCGAAG
ACGCTGACATCATCGACATCTCTGGGATTTTTTTCTCTTTTTTTTTTTTTTGCTTCGTAT
TGTTGTTCCGACCC

QA 1 614 1 614
DS 



CO CL352Contig2 600 2 3 U
GGAATACGAAGCAAAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGTCAGCGTCTTCGGCGTTTGT
TTTGACGGCTAACGTTACGGCGACCACCGGCCCTTCGTCTTCAAGGAACTCAGTGTCTTT
CCTACCGATGAGAAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGCAGCCGACGAGGCGGCTTC
AGAAACATCTTCTTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGGCTCCGGCTGGAGCTGCTGC
CACCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAAG
GAGAGAATCCTATTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCAAA
GACTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATCGACCAA
CAACTATGCGTTGGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAAATGAGAGCTGAAAAAC
AATTGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGACTTATG
TACCGACAAGTTTTACCATTATTTAATTCTCGAGTCAGAAAATAACTACATCACCGGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F502JQ C 1
AF RR3F502TF U 1
BS 1 13 RR3F502JQ
BS 14 585 RR3F502TF
BS 586 600 RR3F502JQ

RD RR3F502JQ 600 0 0
GGAATACGAAGCAAAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGTCAGCGTCTTCGGCGTTTGT
TTTGACGGCTAACGTTACGGCGACCACCGGCCCTTCGTCTTCAAGGAACTCAGTGTCTTT
CCTACCGATGAGAAGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGCAGCCGACGAGGCGGCTTC
AGAAACATCTTCTTCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGGCTCCGGCTGGAGCTGCTGC
CACCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAAG
GAGAGAATCCTATTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCAAA
GACTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATCGACCAA
CAACTATGCGTTGGATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAAATGAGAGCTGAAAAAC
AATTGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGACTTATG
TACCGACAAGTTTTACCATTATTTAATTCTCGAGTCAGAAAATAACTACATCACCGGTGG

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3F502TF 600 0 0
GGAATACGAAGCA
AAAAAAATCCCAGAGATGTCGATGATGTCAGCGTCTTCGGCGTTTGTTTTGACGGCTAAC
GTTACGGCGACCACCGGCCCTTCGTCTTCAAGGAACTCAGTGTCTTTCCTACCGATGAGA
AGGGCTGGTTCCAGACTTGTAGTCAGAGCAGCCGACGAGGCGGCTTCAGAAACATCTTCT
TCAGAAGGTGCACCAGCAACTGCCGTGGCTCCGGCTGGAGCTGCTGCCACCAAACCAAAA
CCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAAGGAGAGAATCCTAT
TGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCAAAGACTCGGTACCCT
GTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATCGACCAACAACTATGCGTTG
GATGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAAATGAGAGCTGAAAAACAATTGTGTGTACT
TTGGTTTAATGTTTATACCATTCTGTCTGTCTGTAACTCGACTTATGTACCGACAAGTTT
TACCATTATTTAATTCTCGAGTCAGAAAATAA
CTACATCACCGGTGG

QA 14 585 14 585
DS 



CO CL352Contig3 358 2 3 U
GCACCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAA
GGAGAGAATCCTACTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCGA
AGACTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATCGACCA
ACAACTACGCATTGGACGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGAAAAAC
AATTGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTATTCTATCTGTCTGTAACTCGAC
TTATGTACCGACAAGTTTTACCATTATTTAATTCTCGAGTCAGAAAATAATTATATCG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F676TF U 1
AF RR3F676JQ C 1
BS 1 1 RR3F676JQ
BS 2 174 RR3F676TF
BS 175 358 RR3F676JQ

RD RR3F676TF 174 0 0
G
CACCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAAG
GAGAGAATCCTACTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCGAA
GACTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATAT

QA 2 174 2 174
DS 

RD RR3F676JQ 358 0 0
GCACCAAACCAAAACCGCCTCCGATCGGCCCTAAGAGAGGGTCCAAGGTCAAGATCCTAA
GGAGAGAATCCTACTGGTTCAAGAACGTTGGAGCAGTTGTGGCCGTTGATCAGGATCCGA
AGACTCGGTACCCTGTTGTGGTCCGGTTCGCGAAAGTGAATTACGCCAACATATCGACCA
ACAACTACGCATTGGACGAGGTTGAAGAAGTCAAAGCTTAAAAAATGAGAGCTGAAAAAC
AATTGTGTGTACTTTGGTTTAATGTTTATACCATTCTATTCTATCTGTCTGTAACTCGAC
TTATGTACCGACAAGTTTTACCATTATTTAATTCTCGAGTCAGAAAATAATTATATCG

QA 1 358 1 358
DS 



AS 2 10

CO CL353Contig1 819 4 3 U
GACGAGAGCAGAGAACTGTTGTTGTTCGGTAGTAGAAGAGATCCCATGGCGACAATAGTC
CAGTGTCTTTCATCCTGTGCGGCGACACTCAATCCCAAATTCAAGTCCCTTTCTCTTAAC
GGAGCTTCTTCTTCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGTATGCTCCTCCTCCCTTAGCTTCGCT
CAGAGCGTTTCTCAATGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGAATATGTGGGTAGAGAAGAATAAG
CCAGCGAGGCAATCGATTGTGTGCGAGGCTGCTCCCACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCC
AAGAGAGCTCGCCAAGCTGAGAAGAGGCGCGTTTACAACAAGTCTAAAAAGTCCGAAGCC
CGCACACGGATGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTTGATGGGCTCAAGAAGAAGGCAGATGCG
GTACCTGACGAGATTGTAACCGTGGAGAAACTTATAGGAGAGGCTTACTCTGCTATAGAC
AAGGCAGTGAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCACGTAGAAAGTCTCGGTTG
GCTAGGAGGAAAAAGGCTGTTGAGATCCACCACGGTTGGTATGTCCCTGCCGCAGCAGCA
GAAGCTGTGACCATGGCTGCGTAAACAACATGGACAGATATAATGTTTTCTTTTTTTTTT
T*GTAATGTATAATTCAATCGCTTTCAGACTCTCTTCTTGTGTACTGTTGTGTCTAAGCT
TCTTGTCTTCCATCATTGGGCTTGGTCTTGGTCTGGTTTCGTAAGATCTCAGTTCTTGCC
TCTGGCACCATTTCTTGGTAATAACTCAATGCTTATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3D973TF U 1
AF RR3BB26TF U 16
AF RR3BB26JQ C 27
AF RR3D973JQ C 232
BS 1 661 RR3D973TF
BS 662 795 RR3BB26TF
BS 796 819 RR3BB26JQ

RD RR3D973TF 663 0 0
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GAAGCTGTGACCATGGCTGCGTAAACAACATGGACAGATATAATGTTTTCTTTTTTTTTT
T
GT

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3BB26TF 780 0 0
GGGC
TGTTGTTCGGTAGTAGAAGAGATCCCATGGCGACAATAGTCCAGTGTCTTTCATCCTGTG
CGGCGACACTCAATCCCAAATTCAAGTCCCTTTCTCTTAACGGAGCTTCTTCTTCCTTGT
CCACTCGTCGTGGTGTATGCTCCTCCTCCCTTAGCTTCGCTCAGAGCGTTTCTCAATGTG
TCGCCTTCTCCTCCGGGAATATGTGGGTAGAGAAGAATAAGCCAGCGAGGCAATCGATTG
TGTGCGAGGCTGCTCCCACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCCAAGAGAGCTCGCCAAGCTG
AGAAGAGGCGCGTTTACAACAAGTCTAAAAAGTCCGAAGCCCGCACACGGATGAAGAAGG
TTTTGGAAGCACTTGATGGGCTCAAGAAGAAGGCAGATGCGGTACCTGGCGAGATTGTAA
CCGTGGAGAAACTTATAGGAGAGGCTTACTCTGCTATAGACAAGGCAGTGAAGGTTAGAG
CGCTACACAAGAACACTGGTGCACGTAGAAAGTCTCGGTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCTG
TTGAGATCCACCACGGTTGGTATGTCCCTGCCGCAGCAGCAGAAGCTGTGACCATGGCTG
CGTAAACAACATGGACAGATATAATGTTTTCTTTTTTTTTTT*GTAATGTATAATTCAAT
CGCTTTCAGACTCTCTTCTTGTGTACTGTTGTGTCTAAGCTTCTTGTCTTCCATCATTGG
GCTTGGTCTTGGTCTGGTTTCGTAAGATCTCAGTTCTTGCCTCTGGCACCATTTCT

QA 5 780 5 780
DS 

RD RR3BB26JQ 793 0 0
CGGTAGTAGAAGAGATCCCATGGCGACAATAGTCCAGTGTCTTTCATCCTGTGCGGCGAC
ACTCAATCCCAAATTCAAGTCCCTTTCTCTTAACGGAGCTTCTTCTTCCTTGTCCACTCG
TCGTGGTGTATGCTCCTCCTCCCTTAGCTTCGCTCAGAGCGTTTCTCAATGTGTCGCCTT
CTCCTCCGGGAATATGTGGGTAGAGAAGAATAAGCCAGCGAGGCAATCGATTGTGTGCGA
GGCTGCTCCCACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCCAAGAGAGCTCGCCAAGCTGAGAAGAG
GCGCGTTTACAACAAGTCTAAAAAGTCCGAAGCCCGCACACGGATGAAGAAGGTTTTGGA
AGCACTTGATGGGCTCAAGAAGAAGGCAGATGCGGTACCTGGCGAGATTGTAACCGTGGA
GAAACTTATAGGAGAGGCTTATTTTGCTATAGACAAGGCAGTGAAGGTTAGAGCGCTACA
CAAGAACACTGGTGCACGTAGAAAGTCTCGGTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCTGTTGAGAT
CCACCACGGTTGGTATGTCCCTGCCGCAGCAGCAGAAGCTGTGACCATGGCTGCGTAAAC
AACATGGACAGATATAATGTTTTTTTTTTTTTTTT*GTAATGTATAATTCAATCGCTTTC
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CTTGGTCTGGTTTCGTAAGATCTCAGTTCTTGCCTCTGGCACCATTTCTTGGTAATAACT
CAATGCTTATCCC

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3D973JQ 588 0 0
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GCAGATGCGGTACCTGACGAGATTGTAACCGTGGAGAAACTTATAGGAGAGGCTTACTCT
GCTATAGACAAGGCAGTGAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCACGTAGAAAG
TCTCGGTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCTGTTGAGATCCACCACGGTTGGTATGTCCCTGCC
GCAGCAGCAGAAGCTGTGCCCATGGCTGCGTAAACAACATGGACAGATATAATGTTTTCT
TTTTTTTTTTTGTAATGTATAATTCAATCGCTTTCAGACTCTCTTCTTGTGTACTGTTGT
GTCTAAGCTTCTTGTCTTCCATCATTGGGCTTGGTCTTGGTCTGGTTTCGTAAGATCTCA
GTTCTTGCCTCTGGCACCATTTCTTGGTAATAACTCAATGCTTATCC
C

QA 1 587 1 587
DS 



CO CL353Contig2 842 6 9 U
GGATCTCTTTCTTTCTGGATAACACAAGTCCGAGAGCCAATTACAAGAGCAGAGAACTGG
TGTTGTTCGGTAGTAGAAGAGGATCCATGGCGACATTAGTCCAGTGTCTTTCTTCCTGTG
CGACACTCAATCCCAAATTCAAATCCCTTTCTCTTAACGGAGCTTCTTCTTCCTTGTCCA
CTCGTCGTGGTGTATGCTCCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGCGTTTCTCAATGTGTCGCCT
TCTCCTCCGGGAATATGTGGGTAGAGAAGAATAAGCCAGCAAGGCAATCGATTGTGTGCG
AGGCTGCTCCCACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCCAAGAGAGCTCGCCAAGCTGAGAAGA
GGCGCGTTTACAACAAGTCTAAAAAGTCCGAAGCCCGCACACGGATGAAGAAGGTTTTGG
AAGCACTTGATGGGCTCAAGAAGAAGACAGATGCAGTACCTGACGAGATTGTAACCGTGG
AGAAACTGATAGGAGAGGCTTACTCTGCTATAGACAAAGCTGTCAAGGTTAGAGCGCTAC
ACAAGAACACTGGTGCACGTAGGAAGTCTCGGTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCTGTTGAGA
TCCACCACGGTTGGTATGTCCCTGCCACAGCAGAACCTGTCACCATGGCTGCGTAATAAC
ATGGACAGAGATGATGGCTTTTTTCTTCATGTATAATTCAATCGCTTTCAGACTCTCTTC
TTGTGTACTGTTGTGTCTAAGCTTCTTGTCTTCCATCATTTGGCTTGGTCTTGGTCTGGT
TTAGTAAGATCTCAGTTCTTGCCTCTGGCACCATTTCTCGGTAATACCCCAATGCTTATC
CG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3GP94JQ C 381
AF RR3GP94TF U 354
AF RR3G827TF U 49
AF RR3GK17TF U 1
AF RR3GK17JQ C 44
AF RR3G827JQ C 120
BS 1 635 RR3GK17TF
BS 636 636 RR3G827TF
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AAAA

QA 1 101 1 101
DS 

RD RR3GP94TF 272 0 0
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GTTTTGGAAGCACTTGATGGGCTCAAGAAGAAGACAGATGCAGTACCTGACGAGATTGTA
ACCGTGGAGAAACTGATAGGAGAGGCTTACTCTGCTATAGACAAAGCTGTCAAGGTTAGA
GCGCTACACAAGAACACTGGTGCACGTAGGAAGTCTCGGTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCT
GTTGAGATCCACCACGGTTGGTATGTCCCTGC

QA 1 272 1 272
DS 

RD RR3G827TF 700 0 0
GG
AGAGAACTGGTGTTGTTCGGTAGTAGAAGAGGATCCATGGCGACATTAGTCCAGTGTCTT
TCTTCCTGCGCGACACTCAATCCCAAATTCAAATCCCTTTCTCTTAACGGAGCTTCTTCT
TCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGTATGCTCCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGCGTTTCTCAA
TGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGAATATGTGGGTAGAGAAGAATAAGCCAGCAAGGCAATCG
ATTGTGTGCGAGGCTGCTCCCACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCCAAGAGAGCTCGCCAA
GCTGAGAAGAGGCGCGTTTACAACAAGTCTAAAAAGTCCGAAGCCCGCACACGGATGAAG
AAGGTTTTGGAAGCACTTGATGGGCTCAAGAAGAAGACAGATGCAGTACCTGACGAGATT
GTAACCGTGGAGAAACTGATAGGAGAGGCTTACTCTGCTATAGACAAAGCTGTCAAGGTT
AGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCACGTAGGAAGTCTCGGTTGGCTAGGAGGAAAAAG
GCTGTTGAGATCCACCACGGTTGGTATGTCCCTGCCACAGCAGAACCTGTCACCATGGCT
GCGTAATAACATGGACAGAGATGATGGCTTTTTTCTTCATGTATAATTCAATCGCTTTCA
GACTCTCTTCTTGTGTACTGTTGTGTCTAAGCTTCT
GT

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR3GK17TF 798 0 0
GGATCTCTTTCTTTCTGGATAACACAAGTCCGAGAGCCAATTACAAGAGCAGAGAACTGG
TGTTGTTCGGTAGTAGAAGAGGATCCATGGCGACATTAGTCCAGTGTCTTTCTTCCTGTG
CGACACTCAATCCCAAATTCAAATCCCTTTCTCTTAACGGAGCTTCTTCTTCCTTGTCCA
CTCGTCGTGGTGTATGCTCCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGCGTTTCTCAATGTGTCGCCT
TCTCCTCCGGGAATATGTGGGTAGAGAAGAATAAGCCAGCAAGGCAATCGATTGTGTGCG
AGGCTGCTCCCACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCCAAGAGAGCTCGCCAAGCTGAGAAGA
GGCGCGTTTACAACAAGTCTAAAAAGTCCGAAGCCCGCACACGGATGAAGAAGGTTTTGG
AAGCACTTGATGGGCTCAAGAAGAAGACAGATGCAGTACCTGACGAGATTGTAACCGTGG
AGAAACTGATAGGAGAGGCTTACTCTGCTATAGACAAAGCTGTCAAGGTTAGAGCGCTAC
ACAAGAACACTGGTGCACGTAGGAAGTCTCGGTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCTGTTGAGA
TCCACCACGGTTGGTATGTCCCTGCCACAGCAGAAGCTGTCACCATGGCTGCGTAATAAC
ATGGACAGAGATGATGGTTTTTTTCTTCATGTATAATTCAATCGCTTTCAGACTCTCTTC
TTGTGTACTGTTGTGTCTAAGCTTCTTGTCTTC*ATCATTTGGCTTGGTCTTGGTCTGGT
TTAGTAAGATCTCAGTTC

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3GK17JQ 769 0 0
CAAGAGC
AGAGAACTGGTGTTGTTCGGTAGTAGAAGAGGATCCATGGCGACATTAGTCCAGTGTCTT
TCTTCCTGTGCGACACTCAATCCCAAATTCAAATCCCTTTCTCTTAACGGAGCTTCTTCT
TCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGTATGCTCCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGCGTTTCTCAA
TGTGTCGCCTTCTCCTCCGGGAATATGTGGGTAGAGAAGAATAAGCCAGCAAGGCAATCG
ATTGTGTGCGAGGCTGCTCCCACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCCAAGAGAGCTCGCCAA
GCTGAGAAGAGGCGCGTTTACAACAAGTCTAAAAAGTCCGAAGCCCGCACACGGATGAAG
AAGGTTTTGGAAGCACTTGATGGGCTCAAGAAGAAGACAGATGCAGTACCTGACGAGATT
GTAACCGTGGAGAAACTGATAGGAGAGGCTTACTCTGCTATAGACAAAGCTGTCAAGGTT
AGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCACGTAGGAAGTCTCGGTTGGCTAGGAGGAAAAAG
GCTGTTGAGATCCACCACGGTTGGTATGTCCCTGCCACAGCAGAAGCTGTCACCATGGCT
GCGTAATAACATGGACAGAGATGATGGTTTTTTTCTTCATGTATAATTCAATCGCTTTCA
GACTCTCTTCTTGTGTACTGTTGTGTCTAAGCTTCTTGTCTTCCATCATTTGGCTTGGTC
TTGGTCTGGTTTAGTAAGATCTCAGTTCTTGCCTCTGGCACC

QA 8 769 8 769
DS 

RD RR3G827JQ 723 0 0
GCGACACTCAATCCCAAATTCAAATCCCTTTCTCTTAACGGAGCTTCTTCTTCCTTGTCC
ACTCGTCGTGGTGTATGCTCCTCCCTTAGCTTCTCTCAGAGCGTTTCTCAATGTGTCGCC
TTCTCCTCCGGGAATATGTGGGTAGAGAAGAATAAGCCAGCAAGGCAATCGATTGTGTGC
GAGGCTGCTCCCACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCCAAGAGAGCTCGCCAAGCTGAGAAG
AGGCGCGTTTACAACAAGTCTAAAAAGTCCGAAGCCCGCACACGGATGAAGAAGGTTTTG
GAAGCACTTGATGGGCTCAAGAAGAAGACAGATGCAGTACCTGACGAGATTGTAACCGTG
GAGAAACTGATAGGAGAGGCTTACTTTGCTATAGACAAAGCTGTCAAGGTTAGAGCGCTA
CACAAGAACACTGGTGCACGTAGGAAGTCTCGGTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCTGTTGAG
ATCCACCACGGTTGGTATGTCCCTGCCACAGCAGAACCTGTCACCATGGCTGCGTAATAA
CATGGACAGAGATGATGGCTTTTTTCTTCATGTATAATTCAATCGCTTTCAGACTCTCTT
CTTGTGTACTGTTGTGTCTAAGCTTCTTGTCTTCCATCATTTGGCTTGGTCTTGGTCTGG
TTTAGTAAGATCTCAGTTCTTGCCTCTGGCACCATTTCTCGGTAATACCCCAATGCTTAT
CCG

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 9

CO CL354Contig1 963 9 11 U
GGACAGACCATGTTTCTGTAAACCAGAGAACATCTCACAACATAAACTCTCTCTTTCACA
TTTTTCAGACAAGAAAAAAATGGCTGCAGCATTCTCTTACACTGCGTGTCCTAAGCTATC
TCTATTACAGCCTCCCATGGTTGCTCAAATCCGACCATTTAGAACATCCCAAAAGGCTTT
CGTGGTGACAAACCCTGAGCAAGACAACACACTCCAGGAACAAGACATAGAGACAATCAA
AGAAGAGCAACCAGCAGAGAAGCAGATGAAGAAGCAGCCAACGCCATTGAGACCAGTGGA
GAAACAGTCAAATGTGAAGAGCACAGGCTTGCCAAGAGAGTTTGGTGGTGAGTGGCTAAG
CAGTGTGACACGCCACGTCAGGATATACGCTGCTTATATAGATCCTGAGACTTGTGAGTT
TGACCAGACGCAGTTGGATAAACTCACTTTGATTCTTGATCCAACTGAAGAGTTTGTGTG
GGAAGATGAAAGCTGTAACAAGGTTTATTCTTATTTCCAAGAACTTGTCGATCACTATGA
GGGAGCACCATT*GACAGAGTATACACTAAGGTTGATAGGATCAGACGTAGAGCATTACA
TAAGGAAGATGTTGTTTGATGGAGAGATACAATACAATATGGATGCAAGAGTTCTTAATT
TCAGTATGGGAAAGCCTCGTGTTCAGTTCAACACCAGCAACATTGAAGGTGGTGGAGATG
ACCAGCCTCAAGAAGATGCATAATGAAAACAGCTCTATACCAAAGTTGTGGACAAACGAG
ATCAAAA*ATATATGACGTTTTTTATATGGGTTGATAAAATACTCTTTTTTTTTTT***C
CATTCTCTCGTCTTATAAGTAGAATATAAAGCATGTCC*ATGATTTTGCTGACACTATAG
TTTAAGAGTTCCACAAGTAGTTGAGTTTGTGCCTTAATAAACGTTTCAACGCCTAAAAAA
AAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 10 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 35 35 35 35 10 10 10 35 10 35 35 10 35 10 15 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 15 15 15 30 15 15 15 30 15 30 15 30 30 15 15 15 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E904TF U 30
AF RR3BR55TF U 1
AF RR3DP37TF U 61
AF RR3CQ04TF U 529
AF RR3DP37JQ C 199
AF RR3CQ04JQ C 183
AF RR3BR55JQ C 199
AF RR3D610JQ C 218
AF RR3D610TF U 210
BS 1 306 RR3BR55TF
BS 307 307 RR3E904TF
BS 308 516 RR3BR55TF
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RD RR3E904TF 300 0 0
GG
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TTCTCTTACACTGCGTGTCCTAAGCTATCTCTATTACAGCCTCCCATGGTTGCTCAAATC
CGACCATTTAGAACATCCCAAAAGGCTTTCGTGGTGACAAACCCTGAGCAAGACAACACA
CTCCAGGAACAAGACATAGAGACAATCAAAGAAGAGCAACCAGCAGAGAAGCAGATGAAG
AAGCAGCCAACGCCATT*AGACCAGTGGAGAAACAGTCAAATGTGAAGAGCACAGGCT

QA 3 300 3 300
DS 

RD RR3BR55TF 704 0 0
GGACAGACCATGTTTCTGTAAACCAGAGAACATCTCACAACATAAACTCTCTCTTTCACA
TTTTTCAGACAAGAAAAAAATGGCTGCAGCATTCTCTTACACTGCGTGTCCTAAGCTATC
TCTATTACAGCCTCCCATGGTTGCTCAAATCCGACCATTTAGAACATCCCAAAAGGCTTT
CGTGGTGACAAACCCTGAGCAAGACAACACACTCCAGGAACAAGACATAGAGACAATCAA
AGAAGAGCAACCAGCAGAGAAGCAGATGAAGAAGCAGCCAACGCCATTGAGACCAGTGGA
GAAACATTCAAATGTGAAGAGCACAGGCTTGCCAAGAGAGTTTGGTGGTGAGTGGCTAAG
CAGTGTGACACGCCACGTCAGGATATACGCTGCTTATATAGATCCTGAGACTTGTGAGTT
TGACCAGACGCAGTTGGATAAACTCACTTTGATTCTTGATCCAACTGAAGAGTTTGTGTG
GGAAGATGAAAGCTGTAACAAGGTTTATTCTTATTTTCAAGAACTTGTCGATCACTATGA
GGGAGCACCTTT*GACAGAGTATACACTAAGGTTGATAGGATCAGACGTAGAGCATTACA
TAAGGAAGATGTTGTTTGATGGAGAGATACAATACAATATGGATGCAAGAGTTCTTAATT
TCAGTATGGGAAAGCCTCGTGTTCAGTTCA
CACCAGCACATTGA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3DP37TF 655 0 0
TTTTTCAGACAAGAAAAAAATGGCTGCAGCATTCTCTTACACTGCGTGTCCTAAGCTATC
TCTATTACAGCCTCCCATGGTTGCTCAAATCCGACCATTTAGAACATCCCAAAAGGCTTT
CGTGGTGACAAACCCTGAGCAAGACAACACACTCCAGGAACAAGACATAGAGACAATCAA
AGAAGAGCAACCAGCAGAGAAGCAGATGAAGAAGCAGCCAACGCCATTGAGACCAGTGGA
GAAACAGTCAAATGTGAAGAGCACAGGCTTGCCAAGAGAGTTTGGTGGTGAGTGGCTAAG
CAGTGTGACACGCCACGTCAGGATATACGCTGCTTATATAGATCCTGAGACTTGTGAGTT
TGACCAGACGCAGTTGGATAAACTCACTTTGATTCTTGATCCAACTGAAGAGTTTGTGTG
GGAAGATGAAAGCTGTAACAAGGTTTATTCTTATTTCCAAGAACTTGTCGATCACTATGA
GGGAGCACCATT*GACAGAGTATACACTAAGGTTGATAGGATCAGACGTAGAGCATTACA
TAAGGAAGATGTTGTCTGATGGAGAGATACAATACAATATGGATGCAAGAGTTCTTAATT
TCAGTATGGGAAAGCCTCGTGTTCAGTTCAACACCAGCAACATTGAAGGTGGTGG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3CQ04TF 174 0 0
CGATCACTATGAGGGAGCACCATTTGACAGAGTATACACTAAGGTTGATAGGATCAGACG
TAGAGCATTACATAAGGAAGATGTTGTTTGATGGAGAGATACAATACAATATGGATGCAA
GAGTTCTTAATTTCAGTATGGGAAAGCCTCGTGTTCAGTTCA*CACCAGCAACA

QA 1 174 1 174
DS 

RD RR3DP37JQ 684 0 0
GCAAGACAACACACTCCAGGAACAAGACATAGAGACAATCAAAGAAGAGCAACCAGCAGA
GAAGCAGATGAAGAAGCAGCCAACGCCATTGAGACCAGTGGAGAAACAGTCAAATGTGAA
GAGCACAGGCTTGCCAAGAGAGTTTGGTGGTGAGTGGCTAAGCAGTGTGACACGCCACGT
CAGGATATACGCTGCTTATATAGATCCTGAGACTTGTGAGTTTGACCAGACGCAGTTGGA
TAAACTCACTTTGATTCTTGATCCAACTGAAGAGTTTGTGTGGGAAGATGAAAGCTGTAA
CAAGGTTTATTTTTATTTCCAAGAACTTGTCGATCACTATGAGGGAGCACCATT*GACAG
AGTATACACTAAGGTTGATAGGATCAGACGTAGAGCATTACATAAGGAAGATGTTGTTTG
ATGGAGAGATACAATACAATATGGATGCAAGAGTTTTTAATTTCAGTATGGGAAAGCCTC
GTGTTCAGTTCAACACCAGCAACATTGAAGGTGGTGGAGATGACCAGCCTCAAGAAGATG
CATAATGAAAACAGCTCTATACCAAAGTTGTGGACAAAGGAGATCAAAATATATATGACG
TTTTTTATATGGGTTGATAAAATACTCCTTTTTTTTC****CCATTTTCTCGTCTTATAA
GTAACATATGT*GTATATA
TTACG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3CQ04JQ 774 0 0
GTGGTGACGAA
CCTGAGCAAGACAACACACTCCAAGAACAAGACATAGAGACAATCAAAGAAGAGCAACCA
GCAGAGAAGCAGATGAAGAAGCAGCCCACGCCATTGAGACCAGTGGAGAAACAGTCTAAT
GTGAAGAGCACAGGCTTGCCAAGAGAGTTTGGTGGTGAGTGGCTAAGCAGTGTGACACGC
CACGTCAGGATATACGCTGCTTATATAGATCCTGAGACTTGTGAGTTTGACCAGACGCAG
TTGGATAAACTCACTTTGATTCTTGATCCAACTGAAGAGTTTGTGTGGGAAGATGAAAGC
TGTAACAAGGTTTATTTTTATTTCCAAGAACTTGTCGATCACTATGAGGGAGCACCATT*
GACAGAGTATACACTAAGGTTGATAGGATCAGACGTAGAGCATTACATAAGGAAGATGTT
GTTTGATGGAGAGATACAATACAATATGGATGCAAGAGTTTTTAATTTCAGTATGGGAAA
GCCTCGTGTTCAGTTCAACACCAGCAACATTGAAGGTGGTGGAGATGACCAGCCTCAAGA
AGATGCATAATGAAAACAGCTCTATACCAAAGTTGTGGACAAACGAGATCAAAA*ATATA
TGACGTTTTTTATATGGGTTGATAAAATACTCTTTTTTTTTTTTTTCCATTCTCTCGTCT
TATAAGTAGAATATAAAGCATGTCC*ATGATTTTGCTGACACTATAGTTTAAGAGTTCCA
CAAGTAGTTGAGTTTGTGCCTTAATAAACGTTTCAACGCCT
AC

QA 12 772 12 772
DS 

RD RR3BR55JQ 712 0 0
GCAAGACAACACACTCCAGGAACAAGACATAGAGACAATCAAAGAAGAGCAACCAGCAGA
GAAGCAGATGAAGAAGCAGCCAACGCCATTGAGACCAGTGGAGAAACATTCAAATGTGAA
GAGCACAGGCTTGCCAAGAGAGTTTGGTGGTGAGTGGCTAAGCAGTGTGACACGCCACGT
CAGGATATACGCTGCTTATATAGATCCTGAGACTTGTGAGTTTGACCAGACGCAGTTGGA
TAAACTCACTTTGATTCTTGATCCAACTGAAGAGTTTGTGTGGGAAGATGAAAGCTGTAA
CAAGGTTTATTTTTATTTTCAAGAACTTGTCGATCACTATGAGGGAGCACCTTT*GACAG
AGTATACACTAAGGTTGATAGGATCAGACGTAGAGCATTACATAAGGAAGATGTTGTTTG
ATGGAGAGATACAATACAATATGGATGCAAGAGTTTTTAATTTCAGTATGGGAAAGCCTC
GTGTTCAGTTCAACACCAGCAACATTGAAGGTGGTGGAGATGACCAGCCTCAAGAAGATG
CATAATGAAAACAGCTCTATACCAAAGTTGTGGACAAAGGAGATCAAAA*ATATATGACG
TTTTTTATATGGGTTGATAAAATACTCTTTTTTTTTTTTT*CCATTTTCTCGTCTTATAA
GTAACATATGT*GTATATAATATGATAT*GCTCGTATGCTTGATTTT*AGTT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3D610JQ 737 0 0
GAACAAGACATAGAGACAATCAAAGAAGAGCAACCAGCAGAGAAGCAGATGAAGAAGCAG
CCCACGCCATTGAGACCAGTGGAGAAACAGTCTAATGTGAAGAGCACAGGCTTGCCAAGA
G**TTTGGTGGTGAGTGGCTAAGCAGTGTGACACGCCACGTCAGGATATACGCTGCTTAT
ATAGATCCTGAGACTTGTGAGTTTGACCAGACGCAGTTGGATAAACTCACTTTGATTCTT
GATCCAACTGAAGAGTTTGTGTGGGAAGATGAAAGCTGTAACAAGGTTTATTCTTATTTC
CAAGAACTTGTCGATCACTATGAGGGAGCACCATT*GACAGAGTATACACTAAGGTTGAT
AGGATCAGACGTAGAGCATTACATAAGGAAGATGTTGTTTGATGGAGAGATACAATACAA
TATGGATGCAAGAGTTTTTAATTTCAGTATGGGAAAGCCTCGTGTTCAGTTCAACACCAG
CAACATTGAAGGTGGTGGAGATGACCAGCCTCAAGAAGATGCATAATGAAAACAGCTCTA
TACCAAAGTTGTGGACAAACGAGATCAAAA*ATATATGACGTTTTTTATATGGGTTGATA
AAATACTCTTTTTTTTTTT***CCATTCTCTCGTCTTATAAGTAGAATATAAAGCATGTC
C*ATGATTTTGCTGACACTATAGTTTAAGAGTTCCACAAGTAGTTGAGTTTGTGCCTTAA
TAAACGTTTCAACGCCT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3D610TF 754 0 0
GC
CTCCAAGAACAAGACATAGAGACAATCAAAGAAGAGCAACCAGCAGAGAAGCAGATGAAG
AAGCAGCCCACGCCATTGAGACCAGTGGAGAAACAGTCTAATGTGAAGAGCACAGGCTTG
CCAAGAG**TTTGGTGGTGAGTGGCTAAGCAGTGTGACACGCCACGTCAGGATATACGCT
GCTTATATAGATCCTGAGACTTGTGAGTTTGACCAGACGCAGTTGGATAAACTCACTTTG
ATTCTTGATCCAACTGAAGAGTTTGTGTGGGAAGATGAAAGCTGTAACAAGGTTTATTCT
TATTTCCAAGAACTTGTCGATCACTATGAGGGAGCACCATT*GACAGAGTATACACTAAG
GTTGATAGGATCAGACGTAGAGCATTACATAAGGAAGATGTTGTTTGATGGAGAGATACA
ATACAATATGGATGCAAGAGTTCTTAATTTCAGTATGGGAAAGCCTCGTGTTCAGTTCAA
CACCAGCAACATTGAAGGTGGTGGAGATGACCAGCCTCAAGAAGATGCATAATGAAAACA
GCTCTATACCAAAGTTGTGGACAAACGAGATCAAAA*ATATATGACGTTTTTTATATGGG
TTGATAAAATACTCTTTTTTTTTTT***CCATTCTCTCGTCTTATAAGTAGAATATAAAG
CATGTCC*ATGATTTTGCTGACACTATAGTTTAAGAGTTCCACAAGTAGTTGAGTTTGTG
CCTTAATAA*CGTTTCAACGCCTAAAAAAAAA

QA 3 754 3 754
DS 



AS 2 10

CO CL355Contig1 777 6 6 U
GTTATGCACGAGTTGAATCAATATTTCGAATTGTGGATCACATCTTGTGATATGATGATA
TGCAAAGAGAACGAGCGGATTATTTATAATGACAAAAGG*TTCCAAACAGCTTTAGTTTC
TTTGTTTTCTTACAAACCATAAAAGATTCCACACAGAGCTCTCTACTAAACC*AATAAAC
CAGGCACACAGTTACTACAGCATAAGGACTGCAGTGAAACGGCGACAAGCTTTTTTATCC
TTTTGAGGAGGTTTTGTTATTACTTCTTTCCACGGAGTTTAGCTCCAAGCGCCCTCTCCA
GCTTAATAAGGATCTGCTGGTTCGGTATTGCCTTCCCAGACTCGTATTCTTGGATCACTT
GTGGCTTCTCATTGATCAGTTGAGCAAGCTGGGACTGGGTGAGCTTCTTCTCCCCTCGGG
CATGCATGATTGCTTTCTTCAATTCAGTAGGCACACGTTCATGAGCTAAGTTCTCAGTGT
CATCATCAAGCCTCTTGGTGTTCAAGGAGGTGCCGCTTGAAGCCGCCTTGTTCGTTCCAG
CATTGTATTTTCTGACGGATTCGATATCGGCGCCGCTTCTCCGAGCAGCGTTGACAGTCT
TCTCGTCGCGCTTGGCGGCCGCGTTGGGGGTTTTTTTACGGATCACCACGGGCTCCCAAT
CCTGAGTCATCGGTCCTACTCCTGCCAT*GCCTTTTGC*TTCTTCGACCGCCTTTCTAGG
GTTTCTTCTTCGTGGATGATGATAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGTCTCCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DO48JQ U 67
AF RR3BG85JQ U 1
AF RR3BG85TF C 3
AF RR3DO48TF C 68
AF RR3AJ87JQ U 82
AF RR3AJ87TF C 82
BS 1 516 RR3BG85JQ
BS 517 517 RR3DO48JQ
BS 518 537 RR3BG85JQ
BS 538 538 RR3DO48JQ
BS 539 722 RR3BG85JQ
BS 723 777 RR3AJ87JQ

RD RR3DO48JQ 635 0 0
GG
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CTTACAAACCATAAAAGATTCCACACAGAGCTATCTACTAAACC*AATAAACCAGGCACA
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AGGATCTGCTGGTTCGGTATTGCCTTCCCAGACTCGTATTCTTGGATCACTTGTGGCTTC
TCATTGATCAGTTGAGCAAGCTGGGACTGGGTGAGCTTCTTCTCCCCTCGGGCATGCATG
ATTGCTTTCTTCAATTCAGTAGGCACACGTTCATGAGCTAAGTTCTCAGTGTCATCATCA
AGCCTCTTGGTGTTCAAGGAGGTGCCGCTTGAAGCCGC*TTGTTCGTTCCAGCATTGTAT
TTTCTG***GATTCGATATCGGCGCCGCTTCTCCGAGCAGCGTTGACAGTCTTCTCGTCG
CGCTTGGCGGCCGCGTTGGGGGTTTTTTTACGGATCACCACGGGCTCCCAATCCTGAGTC
ATCGGTCCTACTCCTGCCAT*GCCTTTTGC*TT

QA 3 635 3 635
DS 

RD RR3BG85JQ 722 0 0
GTTATGCACGAGTTGAATCAATATTTCGAATTGTGGATCACATCTTGTGATATGATGATA
TGCAAAGAGAACGAGCGGATTATTTATAATGACAAAAGG*TTCCAAACAGCTTTAGTTTC
TTTGTTTTCTTACAAACCATAAAAGATTCCACACAGAGCTCTCTACTAAACC*AATAAAC
CAGGCACACAGTTACTACAGCATAAGGACTGCAGTGAAACGGCGACAAGCTTTTTTATCC
TTTTGAGGAGGTTTTGTTATTACTTCTTTCCACGGAGTTTAGCTCCAAGCGCCCTCTCCA
GCTTAATAAGGATCTGCTGGTTCGGTATTGCCTTCCCAGACTCGTATTCTTGGATCACTT
GTGGCTTCTCATTGATCAGTTGAGCAAGCTGGGACTGGGTGAGCTTCTTCTCCCCTCGGG
CATGCATGATTGCTTTCTTCAATTCAGTAGGCACACGTTCATGAGCTAAGTTCTCAGTGT
CATCATCAAGCCTCTTGGTGTTCAAGGAGGTGCCGCCTGAAGCCGCCTTGTTCGTTC*AG
CATTGTATTTTCTGACGGATTCGATATCGGCGCCGCTTCTCCGAGCAGCGTTGACAGTCT
TCTCGTCGCGCTTGGCGGCCGCGTTGGGGGTTTTTTTACGGATCACCACGGGCTCCCAAT
CCTGAGTCATCGGTCCTACTCCTGCCAT*GCCTTTTGC*TTCTTCGACCGCCTTTCTAGG
GT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3BG85TF 758 0 0
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CAAAGAGAACGAGCGGATTATTTATAATGACAAAAGG*TTCCAAACAGCTTTAGTTTCTT
TGTTTTCTTACAAACCATAAAAGATTCCACACAGAGCTCTCTACTAAACCCAATAAACCA
GGCACACAGTTACTACAGCATAAGGACTGCAGTGAAACGGCGACAAGCTTTTTTATCCTT
TTGAGGAGGTTTTGTTATTACTTCTTTCCACGGAGTTTAGCTCCAAGCGCCCTCTCCAGC
TTAATAAGGATCTGCTGGTTCGGTATTGCCTTCCCAGACTCGTATTCTTGGATCACTTGT
GGCTTCTCATTGATCAGTTGAGCAAGCTGGGACTGGGTGAGCTTCTTCTCCCCTCGGGCA
TGCATGATTGCTTTCTTCAATTCAGTAGGCACACGTTCATGAGCTAAGTTCTCAGTGTCA
TCATCAAGCCTCTTGGTGTTCAAGGAGGTGCCGCTTGAAGCCGCCTTGTTCGTTC*AGCA
TTGTATTTTCTGACGGATTCGATATCGGCGCCGCTTCTCCGAGCAGCGTTGACAGTCTTC
TCGTCGCGCTTGGCGGCCGCGTTGGGGGTTTTTTTACGGATCACCACGGGCTCCCAATCC
TGAGTCATCGGTCCTACTCCTGCCAT*GCCTTTTGC*TTCTTCGACCGCCTTTCTAGGGT
TTCTTCTTCGTGGATGATGATAGAGAGAGAG
AGAGTCT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3DO48TF 694 0 0
G
GAACGAGCGGATTATTTATAATGACAAAAGG*TTCCAAACAGCTTTAGTTTCTTTGTTTT
CTTACAAACCATAAAAGATTCCACACAGAGCTATCTACTAAACC*AATAAACCAGGCACA
CAGTTACTACAGCATAAGGACTGCAGTGAAACGGCGACAAGCTTTTTTATCCTTTTGAGG
AGGTTTTGTTATTACTTCTTTCCACGGAGTTTAGCTCCAAGCGCCCTCTCCAGCTTAATA
AGGATCTGCTGGTTCGGTATTGCCTTCCCAGACTCGTATTCTTGGATCACTTGTGGCTTC
TCATTGATCAGTTGAGCAAGCTGGGACTGGGTGAGCTTCTTCTCCCCTCGGGCATGCATG
ATTGCTTTCTTCAATTCAGTAGGCACACGTTCATGAGCTAAGTTCTCAGTGTCATCATCA
AGCCTCTTGGTGTTCAAGGAGGTGCCGCTTGAAGCCGC*TTGTTCGTTCCAGCATTGTAT
TTTCTG***GATTCGATATCGGCGCCGCTTCTCCGAGCAGCGTTGACAGTCTTCTCGTCG
CGCTTGGCGGCCGCGTTGGGGGTTTTTTTACGGATCACCACGGGCTCCCAATCCTGAGTC
ATCGGTCCTACTCCTGCCAT*GCCTTTTGC*TTCTTCGACCGCCTTTCTAGGGTTTCTTC
TTCGTGGATGATGATAGAGAGAGAG
TCTGGATC

QA 2 686 2 686
DS 

RD RR3AJ87JQ 696 0 0
G
TTTATAATGACAAAAGGGTTCCAAACAGCTTTAGTTTCTTTGTTTTCTTACAAACCATAA
AAGATTCCACACAGAGCTCTCTACTAAACC*AATAAACCAGGCACACAGTTACTACAGCA
TAAGGACTGCAGTGAAACGGCGACAAGCTTTTTTATCCTTTTGAGGAGGTTTTGTTATTA
CTTCTTTCCACGGAGTTTAGCTCCGAGTGCCCTCTCCAGCTTAATCAGGATCTGCTGGTT
CGGTATTGCCTTCCCAGACTCGTATTCTTGGATCACTTGTGGCTTCTCATTGACCAGTTG
AGCAAGCTGGGACTGGGTGAGCTTCTTCTCCCCTCGGGCATGCATGATTGCTTTCTTCAA
CTCAGTAGGCACACGTTCATGAGCTAAGTTCTCAGTGTCATCATCAAGCCTCTTGGTGTT
CAAAGAGGTGCCGCTTGAAGCCGCCTTGTTCGTTCCAGCGTTGTATTTTCTGACGGATTC
GATATCGGAGCCGCTTCTCCGAGCAGCGTTGACAGTCTTCTCGTCGCGCTTGGCGGCCGC
GTTGGGGGTTTTCTTACGGATCACCACGGGCTCCCAATCCTGAGTCATCGGTCCTACTCC
TGCCATAGCCTTTTTCGTTCTTCGACCGCCTTTCTAGGGTTTCTTCTTCGTGGATGATGA
TAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGTCTCCC

QA 2 696 2 696
DS 

RD RR3AJ87TF 696 0 0
G
TTTATAATGACAAAAGGGTTCCAAACAGCTTTAGTTTCTTTGTTTTCTTACAAACCATAA
AAGATTCCACACAGAGCTCTCTACTAAACC*AATAAACCAGGCACACAGTTACTACAGCA
TAAGGACTGCAGTGAAACGGCGACAAGCTTTTTTATCCTTTTGAGGAGGTTTTGTTATTA
CTTCTTTCCACGGAGTTTAGCTCCGAGTGCCCTCTCCAGCTTAATCAGGATCTGCTGGTT
CGGTATTGCCTTCCCAGACTCGTATTCTTGGATCACTTGTGGCTTCTCATTGACCAGTTG
AGCAAGCTGGGACTGGGTGAGCTTCTTCTCCCCTCGGGCATGCATGATTGCTTTCTTCAA
CTCAGTAGGCACACGTTCATGAGCTAAGTTCTCAGTGTCATCATCAAGCCTCTTGGTGTT
CAAAGAGGTGCCGCTTGAAGCCGCCTTGTTCGTTCCAGCGTTGTATTTTCTGACGGATTC
GATATCGGAGCCGCTTCTCCGAGCAGCGTTGACAGTCTTCTCGTCGCGCTTGGCGGCCGC
GTTGGGGGTTTTCTTACGGATCACCACGGGCTCCCAATCCTGAGTCATCGGTCCTACTCC
TGCCATAGCCTTTTTCGTTCTTCGACCGCCTTTCTAGGGTTTCTTCTTCGTGGATGATGA
TAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGAGTCTCCC

QA 2 696 2 696
DS 



CO CL355Contig2 700 4 7 U
GGATCCAGACGCTCTCTCTATCATTATCCACAAGAAGAAACCCTAGAAAGGCGGTTGTAG
AAGAAGGAAGAAGAAGAAGCTATGGCAGGAGTAGGACCGATGACTCAGGATTGGGAGCCC
GTGGTGATCCGTAAGAAAACCCCCAACGCGGCCGCCAA*CGCGACGAGAAGACTGTCAAC
TCTGCTCGGAGAAGCGGCGCCGATATCGAATCCGTCAGAAAATACAATGCTGGAACGAAC
AAGGCTGCTTCAAGCGGCACCTCCTTGAACACCAAGAGGCTTGATGATGACACTGAGAAC
TTAGCTCATGAACGTGTGCCTACTGAGTTGAAGAAAGCAATCATGCATGCCCGAGGGGAG
AAGAAGCTCACCCAGTCCCAGCTTGCTCAACTGATCAATGAGAAGCCACAAGTGATCCAA
GAATACGAGTCTGGGAAAGCAATACCGAACCAGCAGATCCTCATTAAGCTGGAGAGGGCA
CTTGGAGCTAAACTCCGTGGAAAGAAGTAATAACAAAAAGCTCAAGAAGAGCTAGTCGCC
GTTTTCAGTACAGTCCTTGTGCTATAGAAAACGGTGTACCTGGTTTAATGGTTTAGTAGC
GAGCTCTGCTTGGAATCTTTTATGGTTTGTAAGAAAACAAAGAAACAAAAGCTGCTTGGA
ACCATTTTGTCATTATAAATAATCCTCTCGTTCTCTTTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3BH73TF U 280
AF RR3DJ15JQ C 1
AF RR3DJ15TF U 1
AF RR3BH73JQ C 17
BS 1 315 RR3DJ15TF
BS 316 316 RR3BH73TF
BS 317 499 RR3DJ15TF
BS 500 500 RR3BH73TF
BS 501 685 RR3DJ15TF
BS 686 695 RR3DJ15JQ
BS 696 700 RR3BH73JQ

RD RR3BH73TF 230 0 0
CTTGATGATGACACTGAGAACTTAGCTCATGAACGTGTGCCTACTGAGTTGAAGAAAGCA
ATCATGCATGCCCGAGGGGAGAAGAAGCTCACCCAGTCCCAGCTTGCTCAACTGATCAAT
GAGAAGCCACAAGTGATCCAAGAATACTAGTCTGGGAAAGCAATACCGAACCAGCAGATC
CTCATTAAGCTGGAGAGGGCACTTGGAGCTAAACTCCGTGGAAAGAAGTA

QA 1 230 1 230
DS 

RD RR3DJ15JQ 695 0 0
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AAGAAGGAAGAAGAAGAAGCTATGGCAGGAGTAGGACCGATGACTCAGGATTGGGAGCCC
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CTTGGAGCTAAACTCCGTGTAAAGAAGTAATAACAAAAAGCTCAAGAAGAGCTAGTCGCC
GTTTTCAGTACAGTCCTTGTGCTATAGAAAACGGTGTACCTGGTTTAATGGTTTAGTAGC
GAGCTCTGCTTGGAATCTTTTATGGTTTGTAAGAAAACAAAGAAACAAAAGCTGCTTGGA
ACCATTTTGTCATTATAAATAATCCTCTCGTTCTC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3DJ15TF 687 0 0
GGATCCAGACGCTCTCTCTATCATTATCCACAAGAAGAAACCCTAGAAAGGCGGTTGTAG
AAGAAGGAAGAAGAAGAAGCTATGGCAGGAGTAGGACCGATGACTCAGGATTGGGAGCCC
GTGGTGATCCGTAAGAAAACCCCCAACGCGGCCGCCAA*CGCGACGAGAAGACTGTCAAC
TCTGCTCGGAGAAGCGGCGCCGATATCGAATCCGTCAGAAAATACAATGCTGGAACGAAC
AAGGCTGCTTCAAGCGGCACCTCCTTGAACACCAAGAGGCTTGATGATGACACTGAGAAC
TTAGCTCATGAACGTTTGCCTACTGAGTTGAAGAAAGCAATCATGCATGCCCGAGGGGAG
AAGAAGCTCACCCAGTCCCAGCTTGCTCAACTGATCAATGAGAAGCCACAAGTGATCCAA
GAATACGAGTCTGGGAAAGCAATACCGAACCAGCAGATCCTCATTAAGCTGGAGAGGGCA
CTTGGAGCTAAACTCCGTGTAAAGAAGTAATAACAAAAAGCTCAAGAAGAGCTAGTCGCC
GTTTTCAGTACAGTCCTTGTGCTATAGAAAACGGTGTACCTGGTTTAATGGTTTAGTAGC
GAGCTCTGCTTGGAATCTTTTATGGTTTGTAAGAAAACAAAGAAACAAAAGCTGCTTGGA
ACCATTTTGTCATTATAAATAATCC
TC

QA 1 685 1 685
DS 

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AAGTTATGGCAGGAGTAGGACCGATGACTCAGGATTGGGAGCCCGTGGTGATCCGTAAGA
AAACCCCCAACGCGGCCGCCAAGCGCGACGAGAAGACTGTCAACGCTGCTCGGAGAAGCG
GCGCCGATATCGAATCCGTCAGAAAATACAATGCTGGAACGAACAAGGTTGCTTCAAGCG
GCACCTCCTTGAACACCAAGAGGCTTGATGATGACACTGAGAACTTAGCTCATGAACGTG
TGCCTACTGAGTTGAAGAAAGCAATCATGCATGCCCGAGGGGAGAAGAAGCTCACCCAGT
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AAGCAATACCGAACCAGCAGATCCTCATTAAGCTGGAGAGGGCACTTGGAGCTAAACTCC
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TTGTGCTATAGAAAACGGTGTACCTGGTTTAATGGTTTAGTAGCGAGCTCTGCTTGGAAT
CTTTTATGGTTTGTAAGAAAACAAAGAAACAAAAGCTGCTTGGAACCATTTTGTCATTAT
AAATAATCCTCTCGTTCTCTTTGC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 10

CO CL356Contig1 1402 10 24 U
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GTTGCGGCTAATAGATCTCTTTCTCTCTCTCTCTCGCTCGCTCGCT****CAAAGTTGCA
GGAAACCCTAACTTTAGGATCAAATTCGTTGCGATATGGAAGGAGGAGGTGGTGGGTGGT
ATCGACCGCCGATGACGGGAGTGTGGTGGGACATCAACACGTGTCCGGTTCCCGCTGATG
TTGACCCTCGTTATGTCCGTCAGTGTATAGTATCTGGGTTGGAAAAGCAGATTCGTCGTC
CGACTAAAACGATCATTTATGCCATGGGCAACCTAGAATACATATCTAGTGACATCTTGG
AAAAGATCGCTTCCTCTGGAATCATTCTTATTCACGCCCCTTGCGGTGCGAACCACTTAA
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AATTCAACAAGTTTTGTGCATATCCAAAAGATGTTGGGCCATTAACAATCTTTGGCAATC
AACGTGAGAAAGTGTTTGTCAAAGAGTTTGTGTGGGAAACTTTATGTAGTTACACCAAAC
CACCAAGTGGCGGCTATGCGCCGGTTGTAGATAAACCTCTCTGCATTTGCCAAGTATGCG
ATGCTGTTTACCATACATGTAATGATTTCATCACTCATCTCAAGAGTCAACAACACAGAG
AGGGG*TTGTTTGGAATTGCGGCCCGTGGCGGCGATGGTAATATGCCTAGATTTTTTTGC
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TCTTGAACGAGCGCCCATGGAACTAGACTTAGTTGCCTAAGAGTGCGTGTGCATCGGTCT
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ATGAAACCTTTGTTGAATCGTGTTCCCTCATAGCGTGTGCCTCTGTCCGCTCATTATCGG
GCCTTTTTCACTTTTACACATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 0 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW67TF U 1
AF RR3EW93TF U 1
AF RR3H735TF U 1
AF RR3AR28TF U 17
AF RR3B032TF U 210
AF RR3H735JQ C 404
AF RR3EW93JQ C 428
AF RR3AR28JQ C 432
AF RR3FW67JQ C 545
AF RR3B032JQ C 1023
BS 1 95 RR3EW93TF
BS 96 96 RR3FW67TF
BS 97 106 RR3EW93TF
BS 107 110 RR3FW67TF
BS 111 267 RR3EW93TF
BS 268 269 RR3FW67TF
BS 270 293 RR3EW93TF
BS 294 294 RR3FW67TF
BS 295 305 RR3EW93TF
BS 306 306 RR3FW67TF
BS 307 685 RR3EW93TF
BS 686 686 RR3H735TF
BS 687 731 RR3EW93TF
BS 732 732 RR3H735TF
BS 733 762 RR3EW93TF
BS 763 778 RR3AR28TF
BS 779 785 RR3B032TF
BS 786 786 RR3H735JQ
BS 787 930 RR3B032TF
BS 931 931 RR3H735JQ
BS 932 957 RR3B032TF
BS 958 1179 RR3H735JQ
BS 1180 1350 RR3FW67JQ
BS 1351 1402 RR3B032JQ

RD RR3FW67TF 619 0 0
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AAAAGATCGCTTCCTCTGGAATCATTCTTATTCACGCCCCTTGCGGTGCGAACCACTTAA
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AACGTGAGAAAGTGTTTGT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3EW93TF 764 0 0
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GGAAACCCTAACTTTAGGATCAAATTCGTTGCGATATGGAAGGAGGAGGTGGTGGGTGGT
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TTGACCCTCGTTATGTCCGTCAGTGTA**GTATCTGGGTTGGAAAAGCAGATTAGTCGTC
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AAAAGATCGCTTCCTCTGGAATCATTCTTATTCACGCCCCTTGCGGTGCGAACCACTTAA
TTGGTTATCTGCACGAATGGTGTGACGATGAGAAGCTTCAACCCCAACGTCCAGGTTCTA
GGAACATAATGGTTATATCCGGTGATGGTTTTATGAGTCTGTGTATTCAGGAATTTTCTG
AATTCAACAAGTTTTGTGCATATCCAAAAGATGTTGGGCCATTAACAATCTTTGGCAATC
AACGTGAGAAAGTGTTTGTCAAAGAGTTTGTGTGGGAAACTTTATGTAGTTACACCAAAC
CACCAAGTGGCGGCTATGCGCCGGTAGTAGATAAACCTCTCTGCATTTGCCAAGTATGCG
ATGCTGTTTAC*ATACATGTAATGATTTCATCACTCATCTCA
GA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3H735TF 745 0 0
GGACGGGCGTTGGAGACGATTTCTCCTAAACGGATCAAATTCTGAAAAGTCGGTAGAGAA
GTTGCGGCTAATAGATCTCTTTCTCTCTCTCTCTCGCTCGCTCGCT****CAAAGTTGCA
GGAAACCCTAACTTTAGGATCAAATTCGTTGCGATATGGAAGGAGGAGGTGGTGGGTGGT
ATCGACCGCCGATGACGGGAGTGTGGTGGGACATCAACACGTGTCCGGTTCCCGCTGATG
TTGACCCTCGTTATGTCCGTCAGTGTATAGTATCTGGGTTGGAAAAGCAGATTCGTCGTC
CGACTAAAACGATCATTTATGCCATGGGCAACCTAGAATACATATCTAGTGACATCTTGG
AAAAGATCGCTTCCTCTGGAATCATTCTTATTCACGCCCCTTGCGGTGCGAACCACTTAA
TTGGTTATCTGCACGAATGGTGTGACGATGAGAAGCTTCAACCCCAACGTCCAGGTTCTA
GGAACATAATGGTTATATCCGGTGATGGTTTTATGAGTCTGTGTATTCAGGAATTTTCTG
AATTCAACAAGTTTTGTGCATATCCAAAAGATGTTGGGCCATTAACAATCTTTGGCAATC
AACGTGAGAAAGTGTTTGTCAAAGGGTTTGTGTGGGAAACTTTATGTAGTTACACCAAAC
CACCAAGTGGCGGCTATGCGCCGGTTGTAGATAAACCTCTCTGCATTTGCCAAGTATGCG
ATGCTGTTTACCATACATGTAATGA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3AR28TF 762 0 0
CGATTTCTCCTAAACGGATCAAATTCTGAAAAGTCGGTAGAGAAGTTGCGGCTAATAGAT
CTCTTTCTCTCTCTCTC**GCTCGCTCGCT****CAAAGTTGCAGGAAACCCTAACTTTA
GGATCAAATTCGTTGCGATATGGAAGGAGGAGGTGGTGGGTGGTATCGACCGCCGATGAC
GGGAGTGTGGTGGGACATCAACACGTGTCCGGTTCCCGCTGATGTTGACCCTCGTTATGT
CCGTCAGTGTATAGTATCTGGGTTGGAAAAGCAGATTCGTCGTCCGACTAAAACGATCAT
TTATGCCATGGGCAACCTAGAATACATATCTAGTGACATCTTGGAAAAGATCGCTTCCTC
TGGAATCATTCTTATTCACGCCCCTTGCGGTGCGAACCACTTAATTGGTTATCTGCACGA
ATGGTGTGACGATGAGAAGCTTCAACCCCAACGTCCAGGTTCTAGGAACATAAGGGTTAT
ATCCGGTGATGGTTTTATGAGTCTGTGTATTCAGGAATTTTCTGAATTCAACAAGTTTTG
TGCATATCCAAAAGATGTTGGGCCATTAACAATCTTTGGCAATCAACGTGAGAAAGTGTT
TGTCAAAGAGTTTGTGTGGGAAACTTTATGTAGTTACACCAAACCACCAAGTGGCGGCTA
TGCGCCGGTTGTAGATAAACCTCTCTGCATTTGCCAAGTATGCGATGCTGTTTACCATAC
ATGTAATGATTTCATCACTCATCTCAAGAGTCAACAACACAG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3B032TF 748 0 0
GG
CATCAACACGTGTCCGGTTCCCGCTGATGTTGACCCTCGTTATGTCCGTCAGTGTATAGT
ATCTGGGTTGGAAAAGCAGATTCGTCGTCCGACTAAAACGATCATTTATGCCATGGGCAA
CCTAGAATACATATCTAGTGACATCTTGGAAAAGATCGCTTCCTCTGGAATCATTCTTAT
TCACGCCCCTTGCGGTGCGAACCACTTAATTGGTTATCTGCACGAATGGTGTGACGATGA
GAAGCTTCAACCCCAACGTCCAGGTTCTAGGAACATAATGGTTATATCCGGTGATGGTTT
TATGAGTCTGTGTATTCAGGAATTTTCTGAATTCAACAAGTTTTGTGCATATCCAAAAGA
TGTTGGGCCAT*AACAATCTTTGGCAATCAACGTGAGAAAGTGTTCGTCAAAGAGTTTGT
GTGGGAAACTTTATGTAGTTACACCAAACCACCAAGTGGCGGCTATGCGCCGGTTGTAGA
TAAACCTCTCTGCATTTGCCAAGTATGCTATGCTGTTTACCATACATGTAATGATTTCAT
CACTCATCTCAAGAGTCAACAACACAGAGAGGGGGTTGTTTGGAATTGCGGCCCGTGGCG
GCGATGGTAATATGCCTAGATTTTTTTGCACAGTTTGCAATTATCCCGCCTACGACGAAT
TCAACATGTCCCTCCATAATGAAAGCAAAGATCATAAGCAGAAGCTGGCTGAGAAAGAAT
AGCCTCCTCCTCAAGCAGAGGATTGC

QA 3 748 3 748
DS 

RD RR3H735JQ 776 0 0
CGGTGCGAACCACTTAATTGGTTATCTGCACGAATGGTGTGACGATGAGAAGCTTCAACC
CCAACGTCCAGGTTCTAGGAACATAATGGTTATATCCGGTGATGGTTTTATGAGTCTGTG
TATTCAGGAATTTTCTGAATTCAACAAGTTTTGTGCATATCCAAAAGATGTTGGGCCATT
AACAATCTTTGGCAATCAACGTGAGAAAGTGTTTGTCAAAGGGTTTGTGTGGGAAACTTT
ATGTAGTTACACCAAACCACCAAGTGGCGGCTATGCGCCGGTTGTAGATAAACCTCTCTG
CATTTGCCAAGTATGCGATGCTGTTTACCATACATGTAATGATTTCATCACTCATCTCAA
GAGTCAACAACACAGAGAGGGG*TTGTTTGGAATTGCGGCCCGTGGCGGCGATGGTAATA
TGCCTAGATTTTTTTGTACAGTTTGCAATTATCCCGCCTACGACGAATTCAACATGTCCC
TCCATAATGAAAGCAAAGATCATAAGCAGAAGCTGGCTGAGAAAGAAGAGCCTCCTCCTC
AAGCAGAGGATTGCGAGAGCAGGAAGAGAAATCCACAGGTGGATGGATCTCTTTAACGAG
ATAAACAAGAAGCAATCTCTTGAACGAGCGCCCATGGAACTAGACTTAGTTGCCTAAGAG
TGCGTGTGCATCGGTCTTTGTGTTAAAGAGTTTTACTAAATAATACTTATTTGTTATTAT
GGGTCTGGTTTCTTTCTTTGATTAAAATGAAAATCTTAATCTCGTTGCTTACATGC

QA 1 776 1 776
DS 

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TCTGCACGAATGGTGTGACGATGAGAAGCTTCAACCCCAACGTCCAGGTTCTAGGAACAT
AATGGTTATATCCGGTGATGGTTTTATGAGTCTGTGTATTCAGGAATTTTCTGAATTCAA
CAAGTTTTGTGCATATCCAAAAGATGTTGGGCCATTAACAATCTTTGGCAATCAACGTGA
GAAAGTGTTTGTCAAAGAGTTTGTGTGGGAAACTTTATGTAGTTACACCAAACCACCAAG
TGGCGGCTATGCGCCGGTAGTAGATAAACCTCTCTGCATTTGCCAAGTATGCGATGCTGT
TTACCATACATGTAATGATTTCATCACTCATCTCAAGAGTCAACAACACAGAGAGGGG*T
TGTTTGGAATTGCGGCCCGTGGCGGCGATGGTAATATGCCTAGATTTTTTTGCACAGTTT
GCAATTATCCCGCCTACGACGAATTCAACATGTCCCTCCATAATGAAAGCAAAGATCATA
AGCAGAAGCTGGCTGAGAAAGA***GCCTCCTCCTCAAGCAGAGGATTGCGAGAGCAGGA
AGAGAAATCCACAGGTGGATGGATCTCTTTAACGAGATAAACAAGAAGCAATCTCTTGAA
CGAGCGCCCATGGAACTAGACTTAGTTGCCTAAGAGTGCGTGTGCATCGGTCTTTGTGTT
AAAGAGTTTTACTAAATAATACTTATTTGTTATTATGGGTCTGGTTTCTTTCTTTGATTA
AAATGAAAATCTTAATCTC

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3AR28JQ 734 0 0
CACGAATGGTGTGACGATGAGAAGCTTCAACCCCAACGTCCAGGTTCTAGGAACATAAGG
GTTATATCCGGTGATGGTTTTATGAGTCTGTGTATTCAGGAATTTTCTGAATTCAACAAG
TTTTGTGCATATCCAAAAGATGTTGGGCCATTAACAATCTTTGGCAATCAACGTGAGAAA
GTGTTTGTCAAAGAGTTTGTGTGGGAAACTTTATGTAGTTACACCAAACCACCAAGTGGC
GGCTATGCGCCGGTTGTAGATAAACCTCTCTGCATTTGCCAAGTATGCGATGCTGTTTAC
CATACATGTAATGATTTCATCACTCATCTCAAGAGTCAACAACACAGAGAGGGG*TTGTT
TGGAATTGCAGCCCGTGGCGGCGATGGTAATATGCCTAGATTTTTTTGCACAGTTTGCAA
TTATCCCGCCTACGACGAATTCAACATGTCCCTCCATAATGAAAACAAAGATCATAAGCA
GAAGCTGGCTGAGAAAGAAGAGCCTCCTCCTCAAGCAGAGGATTGCGAGAGCAGGAAGAG
AAATCCACAGGTGGATGGATCTCTTTAACGAGATAAACAAGAAGCAATCTCTTGAACGAG
CGCCCATGGAACTAGACTTAGTTGCCTAAGAGTGCGTGTGCATCGGTCTTTGTGTTAAAG
AGTTTTACTAAATAATACTTATTTGTTATTATGGGTCTGGTTTCTTTCTTTGATTAAAAT
GAAAATCTTAATCT

QA 1 734 1 734
DS 

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CAACAAGTTTTGTGCATATCCAAAAGATGTTGG*CCATTAACAATCTTTGGCAATCAACG
TGAGAAAGTGTTTGTCAAAGAGTTTGTGTGGGAAACTTTATGTAGTTACACCAAACCACC
AAGTGGCGGCTATGCGCCGGTTGTAGATAAACCTCTCTGCATTTGCCAAGTATGCGATGC
TGTTTACCATACATGTAATGATTTCATCACTCATCTCAAGAGTCAACAACACAGAGAGGG
G*TTGTTTGGAATTGCGGCCCGTGGCGGCGATGGTAATATGCCTAGATTTTTTTGCACAG
TTTGCAATTATCCCGCCTACGACGAATTCAACATGTCCCTCCATAATGAAAGCAAAGATC
ATAAGCAGAAGCTGGCTGAGAAAGAAGAGCCTCCTCCTCAAGCAGAGGATTGCGAGAGCA
GGAAGAGAAATCCACAGGTGGATGGATCTCTTTAACGAGATAAACAAGAAGCAATTTCTT
GAACGAGCGCCCATGGAACTAGACTTAGTTGCCTAAGAGTGCGTGTGCATCGGTCTTTGT
GTTAAAGAGTTTTACTAAATAATACTTATTTGTTATTATGGGTCTGGTTTCTTTCTTTGA
TTAAAATGAAAATCTTAATCTCGTTGCTTACATGCAAAACCACACTCCCTTTTGAAATGG
GTGAAATTAAGTAGAGCTTGAGAGAGTAGCCTTTTACTTGGGAAATTGCAACCTTTCTCC
GGTTGAGTGCTAAACTCTGTTTTTTTTTTTGCCTTCAACCATGTTCCTTATTCCGTATGA
AACCTTTGTTGAATCGTGTTCCCTCA
G

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3B032JQ 380 0 0
TTGAACGAGCGCCCATGGAACTAGACTTAGTTGCCTAAGAGTGCGTGTGCATCGGTCTTT
GTGTTAAAGAGTTTTACTAAATAATACTTATTTGTTATTATGGGTCTGGTTTCTTTCTTT
GATTAAAATGAAAATCTTAATCTCGTTGCTTACATGCAAAACCACACTCCCTTTTGAAAT
GGGTGAAATTAAGTAGAGCTTGAGAGAGTAGCCTTTTACTTGGGAAATTGTAACCTTTCT
CCGGTTGAGTGCTAAACTCTGTTTTTTTTTTTGCCTTCAACCATGTTCCTTATTCCGTAT
GAAACCTTTGTTGAATCGTGTTCCCTCATAGCGTGTGCCTCTGTCCGCTCATTATCGGGC
CTTTTTCACTTTTACACATT

QA 1 380 1 380
DS 



AS 1 8

CO CL357Contig1 1193 8 13 U
GAAGTTACTGTATGTAATCAAGCTTTATTTTTTTCTTATATTAATGGATTGTTTACATGG
CTTACTCTATCAACTGAGCATGCCTGTCTGCAATCTATGATAAATAAAGACCAAACTATT
TTACATATCTTTCACCACTTATTGCTTTTCTTTCTCTTCTTCCACACAAACACCATATAT
TTATACAACATTATTTACCGTTTTGTATATGGTTCCAGAACGATGAACTCTCAGAGCTTT
GGAATCACTATTCTCAGAATCCCACCCATAAATTCAGCACCAACGTTATCCTTGTTCACA
TTGCTAGGGAGTGGCCAGGAAACTTTGAATGGACCTTGTAGTATTTCGTGCTTGTGATAT
CCAAAGATTGAACCGTTGGTGCATGCATCAACTTTTTGACAGACGGATGTGCGTCTACCT
GTCACAGTCAAGTTTAGGTTGTCGACCTCAACTCTTATATCATTGATACTAGCCCCTGGT
AGCTCTACCGCCACAACATAGTTATGTTCATACTCTTCAACATTCGATCTCGGAGACCAA
ACAGTCCCTAGATTGGCTAACTTAGGAAGGTCAGGCTTGTATGGCTTTTCCAAGTCTTCC
TTTAGCTGACATGGCGAATCAAAAGAAACAAAGAACTCGTCTTTTGCGGAGGCCTTGGAA
AACTGTGGTGGGGCGTACTCAGGTCTGGAAAGCAATGGTAGTTGTGAAGAAGAAGAGAAG
CCATCAGTTTTGGTCGCAGAGCACTTGGTAGATGCAGCGTCCTGTGGTATAGTCGTATCA
TCAGTTGAAGCCTGCCTCATGAAAAGACCCTGTGCAGAGGACGCTTGCCGAGCAAAATAC
AGCCTGTTGTCACCTCTTCTAATGACAGAGTTCTTCAAAGTGATGCCACCGCCGCTAGTC
TGCTGGTCAGTGGGAGCCTGCCTCATGAAAAAGCCCTGTTCAGAAGATGCTTGCCGAGCA
AAAGAGATCTTGTTGTCACATCTTCTGATGATGGCAGAGTTCAAACTACCGCTACAGCTC
AAAGGGACGAGCGATGGGGAGGAGACGGGATCGTTGGTGGTGGTGGCTAACGGGAAGTGA
GCGGCGACGGTGGCGAGTCTGCGCCTAGCGGTGATGGAATCGAGCTCCATATCTCTCTCT
CTCTGAGTTCTTGGATGTGTGGGAGAGGGAGGGATGAGCAAGTGAGAGACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CR28JQ U 344
AF RR3D941JQ U 1
AF RR3EQ71JQ U 14
AF RR3D723JQ U 59
AF RR3FP32JQ U 7
AF RR3D941TF C 393
AF RR3FP32TF C 480
AF RR3D723TF C 508
BS 1 321 RR3D941JQ
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BS 821 945 RR3D941TF
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BS 1019 1160 RR3FP32TF
BS 1161 1193 RR3D723TF

RD RR3CR28JQ 125 0 0
TTTCGTGCTTGGGATATCCAAAGATTGAACCGTTGGTGCATGCATCAACTTTTTGACAGA
CGGATGTGCGTCTACCTGTCACAGTCAAGTTTAGGTTGTCGACCTCAACTCTTATATCTT
TGATA

QA 1 125 1 125
DS 

RD RR3D941JQ 510 0 0
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CTTACTCTATCAACTGAGCATGCCTGTCTGCAATCTATGATAAATAAAGACCAAACTATT
TTACATATCTTTCACCACTTATTGCTTTTCTTTCTCTTCTTCCACACAAACACCATATAT
TTATACAACATTATTTACCGTTTTGTATATGGTTCCAGAACGATGAACTCTCAGAGCTTT
GGAATCACTATTCTCAGAATCCCACCCATAAATTCAGCACCAACGTTATCCTTGTTCACA
TTGCTAGGGAGTGGCCAGGAAGCTTTGAATGGACCTTGTAGTATTTCGTGCTTGTGATAT
CCAAAGATTGAACCGTTGGTGCATGCATCAACTTTTTGACAGACGGATGTGCGTCTACCT
GTCACAGTCAAGTTTAGGTTGTCGACCTCAACTCTTATATCATTGATACTAGCCCCTGGT
AGCTCTACCGCCACAACATAGTTATGTTCA

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR3EQ71JQ 515 0 0
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CTGAGCATGCCTGTCTGCAATCTATGATAAATAAAGACCAAACTATTTTACATATCTTTC
ACCAATTATTGCTTTTCTTTCTCTTCTTCCACACAAACACCATATATT*ATACAACATTA
TTTACCGTTTTGTATATGGTTCCAGAACGTTGAACTCTCAGAGCTTTGGAATCACTATTC
TTAGAATCCCATCCATAAATTCAGCACCAACGTTATCCTTGTTCACATTGCTAGGGAGTG
GCCAGGAAACTTTGAATGGACCTTGTAGTATCTCGTGCTTGTGATATCCAAAGATTGAAC
CTTTGGTGCATGCATCAACTTTTTGACAGACAGATGTGCGTCTACCTGTCAAAGTCAAGT
TTAGGTTGTCGACCTCAACTCTTATATCATTGATACTAGCCCCTGGTAGCTCTACCGCCA
CAACATAGTTATGTTCATACTCTTCAACATT
TGAT

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR3D723JQ 470 0 0
GGCTTACTCTATCAACTGAGCATGCCTGTCTGCAATCTATGATAAATAAAGACCAAACTA
TTTTACATATCTTTCACCACTTATTGCTTTTCTTTCTCTTCTTCCACACAAACACCATAT
ATTTATACAACATTATTTACCGTTTTGTATATGGTTCCAGAACGATGAACTCTCAGAGCT
TTGGAATCATTATTCTCAGAATCCCACCCATAAATTCAGCACCAACGTTATCCTTGTTCA
CATTGCTAGGGAGTGGCCAGGAAACTTTGAATGGACCTTGTAGTATTTCGTGCTTGTGAT
ATCCAAAGATTGAACCGTTGGTGCATGCATCAACTTTTTGACAGACGGATGTGCGTCTAC
CTGTCACAGTCAAGTTTAGGTTGTCGACCTCAACTCTTATATCATTGATACTAGCCCCTG
GTAGCTCTACCGCCACAACATAGTTATGTTCATACTCTTCAACATT
CGAT

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR3FP32JQ 814 0 0
AGTGTAT
GTAATCAAGCTTTATTTTTTTCTTATATTAATGGATTGTTTACATGGCTTACTCTATCAA
CTGAGCATGCCTGTCTGCAATCTATGATAAATAAAGACCAAACTATTTTACATATCTTTC
ACCACTTATTGCTTTTCTTTCTCTTCTTCCACACAAACACCATATATTTATACAACATTA
TTTACCGTTTTGTATATGGTTCCAGAACGATGAACTCTCAAAGCTTTGGAACCACTATTC
TCAGAATCCCACCCATAAATTCAGCACCAACGTTATCCTTGTTCACATTGCTAGGGAGTG
GCCAGGAAACTTTGAATGGACCTTGTAGTATTTCGTGCTTGTGATATCCAAAGATTGAAC
CGTTGGTGCATGCATCAACTTTTTGACAGACGGATGTGCGTCTACCTGTCACAGTCAAGT
TTAGGTTGTCGACCTCAACTCTTATATCATTGATACTAGCCCCTGGTAGCTCTACCGCCA
CAACATAGTTATGTTCATACTCTTCAACATTCGATCTCGGAAACCAAACAGTCCCTAGAT
TGGCTAACTTAGGAAGGTCAGGCTTGTATGGCTTTTCCAAGTCTTCCTTTAGCTGACATG
GCGAATCAAAAGAAACAAAGAACTCGTCTTTTGCGGAGGCCTTGGAAAACTGTGGTGGGG
CGTACTCAGGTCTGGAAAGCAATGGTAGTTGTGAAGAAGAAGAGAAGCCATCAGTTTTGG
TCGCAGAGCACTTGGTAGATGCAGCGTCCTGTGGTATAGTCGTATCATCAGTTGAAGCCT
GCCTCATGAAAAGACCCTGTGCAGAGG

QA 8 814 8 814
DS 

RD RR3D941TF 596 0 0
TTTTTGACAGACGGATGTGCGTCTACCTGTCACAGTCAAGTTTAGGTTGTCGACCTCAAC
TCTTATATCATTGATACTAGCCCCTGGTAGCTCTACCGCCACAACATAGTTATGTTCATA
CTCTTCAACATTCGATCTCGGAGACCAAACAGTCCCTAGATTGGCTAACTTAGGAAGGTC
AGGCTTGTATGGCTTTTCCAAATCTTCCTTTAGCTGACATGGCGAATCAAAAGAAACAAA
GAACTCGTCTTTTGCGGAGGCCTTGGAAAACTGTGGTGGGGCGTACTCAGGTCTGGAAAG
CAATGGTAGTTGTGAAGAAGAAGAGAAGCCATCAGTTTTGGTCGCAGAGCACTTGGTAGA
TGCAGCGTCCTGTGGTATAGTCGTATCATCAGTTGAAGCCTGCCTCATGAAAAGACCCTG
TGCAGAGGACGCTTGCCGAGCAAAATACAGCCTGTTGTCACCTCTTCTAATGACAGAGTT
CTTCAAAGTGATGCCACCGCCGCTAGTCTGCTGGTCAGTGGGAGCCTGCCTCATGAAAAA
GCCCTGTTCAGAAAATGCTTGCCGAGCAAAAGAGATCTTGTTGTCACATCTTCTG
C

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3FP32TF 682 0 0
TAGCTCTACCGCCACAACATAGTTATGTTCATACTCTTCAACATTCGATCTCGGAGACCA
AACAGTCCCTAGATTGGCTAACTTAGGAAGGTCAGGCTTGTATGGCTTTTCCAAGTCTTC
CTTTAGCTGACATGGCGAATCAAAAGAAACAAAGAACTCGTCTTTTGCGGAGGCCTTGGA
AAACTGTGGTGGGGCGTACTCAGGTCTGGAAAGCAATGGTAGTTGTGAAGAAGAAGAGAA
GCCATCAGTTTTGGTCGCAGAGCACTTGGTAGATGCAGCGTCCTGTGGTATAGTCGTATC
ATCAGTTGAAGCCTGCCTCATGAAAAGACCCTGTGCAGAGGACGCTTGCCGAGCAAAATA
CAGCCTGTTGTCACCTCTTCTAATGACAGAGTTCTTCAAAGTGATGCCACCGCCGCTAGT
CTGATGGTCAGTGGGAGCCTGCCTCATGAAAAAGCCCTGTTCAGAAGATGCTTGCCGAGC
AAAAGAGATCTTGTTGTCACATCTTCTGATGATGGCAGAGTTCAAACTACCGCTACAGTT
CAAAGGGACGAGCGATGGGGAGGAGACGGGATCGTTGGTGGTGGTGGCTAACGGGAAGTG
AGCGGCGACGGTGGCGAGTCTGCGCCTAGCGGTGATGGAATCGAGCTCCATATCTCTCTC
TCTCTGAGTTCTTGGATGTGT
C

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3D723TF 686 0 0
TCATACTCTTCAACATTCGATCTCGGAGACCAAACAGTCCCTAGATTGGCTAACTTAGGA
AGGTCAGGCTTGTATGGCTTTTCCAAGTCTTCCTTTAGCTGACATGGCGAATCAAAAGAA
ACAAAGAACTCGTCTTTTGCGGAGGCCTTGGAAAACTGTGGTGGGGCGTACTCAGGTCTG
GAAAGCAATGGTAGTTGTGAAGAAGAAGAGAAGCCATCAGTTTTGGTCGCAGAGCACTTG
GTAGATGCAGCGTCCTGTGGTATAGTCGTATCATCAGTTGAAGCCTGCCTCATGAAAAGA
CCCTGTGAAGAGGACGCTTGCCGAGCAAAATACAGCCTGTTGTCACCTCTTCTAATGACA
GAGTTCTCCAAAGTGATGCCACCGCCGCTAGTCTGCTGGTCAGTGGGAGCCTGCCTCATG
AAAAAGCCCTGTTCAGAAGATGCTTGCCGAGCAAAAGAGATCTTGTTGTCACATCTTCTG
ATGATGGCAGAGTTCAAACTACCGCTACAGCTCAAAGGGACGAGCGATGGGGAGGAGACG
GGATCGTTGGTGGTGGTGGCTAACGGGAAGTGAGCGGCGACGGTGGCGAGTCTGCGCCTA
GCGGTGATGGAATCGAGCTCCATATCTCTCTCTCTCTGAGTTCTTGGATGTGTGGGAGAG
GGAGGGATGAGCAAGTGAGAGACCCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 7

CO CL358Contig1 1378 7 16 U
GGACTTAAAAAAAAAACACACACACCTCATCACCACCGACCCGATCCGATCTCATCACAC
ACCATGGTTGACCCGGCGAACACCGTTGGAATTCCGGTGAACCCGACACCGCTTCTGAAA
GACGAGCTCGACATCGTGATCCCGACGATCCGAAACCTCGATTACCTCGAGATGTGGAGG
CCCTTTCTCCAGCCGTACCATCTCATCATCGTCCAGGACGGAGATCCCACGAAGAAGATC
CACGTCCCCGAGGGCTACGACTACGAGCTCTACAACAGGAACGACATTAACCGTATCCTC
GGCCCCAAAGCTTCTTGCATCTCCTTCAAGGACTCTGCTTGCCGCTGCTTTGGCTACATG
GTCTCTAAGAAGAAGTACATCTTCACCATTGATGACGATTGCTTCGTTGCTAAGGATCCA
TCTGGGAAAGCAGTGAACGCTCTTGAGCAACACATCAAGAATCTTCTCTGTCCATCGACT
CCATTGTTCTTCAACACCTTGTACGATCCTTACCGTGAAGGTGCTGACTTCGTTCGTGGA
TACCCTTTCAGTCTTCGTGAAGGTGTTACCACTGCTGTTTCCCATGGTCTCTGGCTCAAC
ATCCCTGACTACGACGCTCCTACCCAACTCGTCAAGCCTAAGGAGAGGAACACTAGGTAT
GTGGATGCTGTGATGACCATCCCAAAGGGAACACTTTTCCCAATGTGTGGTATGAACTTG
GCTTTCGACCGTGATTTGATTGGACCAGCTATGTACTTTGGTCTCATGGGTGATGGTCAG
CCTATTGGTCGCTACGACGATATGTGGGCTGGTTGGTGCATCAAGGTGATATGTGACCAC
TTGGGGTTGGGAGTGAAGACCGGTTTGCCATACATATACCACAGCAAAGCTAGCAACCCG
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TTCCAGAACGTGAAGCTATCTAAGGAAGCAACCACTGTTCAGCAATGCTACCTTGAGCTC
TCAAAGATGGTCAAGGAGAAGCTGAGCTCACTTGACCCGTACTTTGACAAGCTTGCAGAC
GCCATGGTCACATGGATTGAAGCTTGGGATGAGCTTAACCCAGCAGTTACTGCTTGAGCA
AACCAAAAAA*GACCACCGCAGTTTTGGTTATTTTTAGCTCAAATTATCTTTTCTATATT
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CACCTGTTTATTTATAAACAGTGGTGGATTTGTAGTGCTATTTATGTTTTTTTTTTGCTA
TTCCTCCCAGCTTTTATTTTCTTCCTTGTTTCATTAATAAAAAGCATTTCCCATGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3FZ78TF U 1
AF RR3FN71TF U 2
AF RR3EU36JQ C 984
AF RR3BW47TF U 500
AF RR3BW47JQ C 614
AF RR3FZ78JQ C 610
AF RR3EZ84TF U 1084
BS 1 14 RR3FZ78TF
BS 15 15 RR3FN71TF
BS 16 163 RR3FZ78TF
BS 164 164 RR3FN71TF
BS 165 637 RR3FZ78TF
BS 638 655 RR3FN71TF
BS 656 656 RR3BW47TF
BS 657 777 RR3FN71TF
BS 778 1099 RR3BW47TF
BS 1100 1101 RR3EZ84TF
BS 1102 1269 RR3BW47TF
BS 1270 1270 RR3EZ84TF
BS 1271 1298 RR3BW47TF
BS 1299 1315 RR3EZ84TF
BS 1316 1316 RR3FZ78JQ
BS 1317 1378 RR3EZ84TF

RD RR3FZ78TF 637 0 0
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ACCATGGTTGACCCGGCGAACACCGTTGGAATTCCGGTGAACCCGACACCGCTTCTGAAA
GACGAGCTCGACATCGTGATCCCGACGATCCGAAACCTCGATTTCCTCGAGATGTGGAGG
CCCTTTCTCCAGCCGTACCATCTCATCATCGTCCAGGACGGAGATCCCACGAAGAAGATC
CACGTCCCCGAGGGCTACGACTACGAGCTCTACAACAGGAACGACATTAACCGTATCCTC
GGCCCCAAAGCTTCTTGCATCTCCTTCAAGGACTCTGCTTGCCGCTGCTTTGGCTACATG
GTCTCTAAGAAGAAGTACATCTTCACCATTGATGACGATTGCTTCGTTGCTAAGGATCCA
TCTGGGAAAGCAGTGAACGCTCTTGAGCAACACATCAAGAATCTTCTCTGTCCATCGACT
CCATTGTTCTTCAACACCTTGTACGATCCTTACCGTGAAGGTGCTGACTTCGTTCGTGGA
TACCCTTTCAGTCTTCGTGAAGGTGTTACCACTGCTGTTTCCCATGGTCTCTGGCTCAAC
ATCCCTGACTACGACGCTCCTACCCAACTCGTCAAGC

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3FN71TF 776 0 0
AGGACTT
AAAAAAAACACACACACCTCATCACCACCGACCCGATCCGATCTCATCACACACCATGGT
TGACCCGGCGAACACCGTTGGAATTCCGGTTAACCCGACACCGCTTCTGAAAGACGAGCT
CGACATCGTGATCCCGACGATCCGAAACCTCGATTACCTCGAGATGTGGAGGCCCTTTCT
CCAGCCGTACCATCTCATCATCGTCCAGGACGGAGATCCCACGAAGAAGATCCACGTCCC
CGAGGGCTACGACTACGAGCTCTACAACAGGAACGACATTAACCGTATCCTCGGCCCCAA
AGCTTCTTGCATCTCCTTCAAGGACTCTGCTTGCCGCTGCTTTGGCTACATGGTCTCTAA
GAAGAAGTACATCTTCACCATTGATGACGATTGCTTCGTTGCTAAGGATCCATCTGGGAA
AGCAGTGAACGCTCTTGAGCAACACATCAAGAATCTTCTCTGTCCATCGACTCCATTGTT
CTTCAACACCTTGTACGATCCTTACCGTGAAGGTGCTGACTTCGTTCGTGGATACCCTTT
CAGTCTTCGTGAAGGTGTTACCACTGCTGTTTCCCATGGTCTCTGGCTCAACATCCCTGA
CTACGACGCTCCTACCCAACTCGTCAAGCCTAAGGAGAGGAACACTATGTATGTGGATGC
TGTGATGACCATCCCAAAGGGAACACTTTTCCCAATGTGTGGTATGAACTTGGCTTTCGA
CCGTGATTTGATTGGACCAGCTATGTACTTTGGTCTCATGGGTGATGGT

QA 8 776 8 776
DS 

RD RR3EU36JQ 142 0 0
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GAGCTCACTAGACCCGTACTTTGACAAGCTTGCAGACGCCATGGTCACATGGATTGAAGC
TTGGGATGAGCTTAACCCAGCA

QA 1 142 1 142
DS 

RD RR3BW47TF 800 0 0
GGTAC
GATCCTTACCGTGAAGGTGCTGACTTCGTTCGTGGATACCCTTTCAGTCTTCGTGAAGGT
GTTACCACTGCTGTTTCCCATGGTCTCTGGCTCAACATCCCTGACTACGACGCTCCTACC
CAACTCGTCAAGCCTAAGGAGAGGAACACTAGGTATGTGGATGCTGTGATGACCATCCCA
AAGGGAACACTTTTCCCAATGTGTGGTATGAACTTGGCTTTCGACCGTGATTTGATTGGA
CCAGCTATGTACTTTGGTCTCATGGGTGATGGTCAGCCTATTGGTCGCTACGACGATATG
TGGGCTGGTTGGTGCATCAAGGTGATATGTGACCACTTGGGGTTGGGAGTGAAGACCGGT
TTGCCATACATATACCACAGCAAAGCTAGCAACCCGTTTGTGAACCTGAAGAAGGAATAC
AAGGGAATCTTCTGGCAGGAGGATATCATTCCTTTCTTCCAGAACGTGAAGCTATCTAAG
GAAGCAACCACTGTTCAGCAATGCTACCTTGAGCTCTCAAAGATGGTCAAGGAGAAGCTG
AGCTCACTTGACCCGTACTTTGACAAGCTTGCAGACGCCATGGTCACATGGATTG**GCT
TGGGATGAGCTTAACCCAGCAGTTACTGCTTGAGCAAACCAAAAAA*GACCACCGCAGTT
TTGGTTATTTTTAGCTCAAATTATCTTTTCTATATTTTTGGATTTTATGAAGTTCGCTTT
TGTTTAGTTGTTACTTATCATCACTTTCGCATCATCCACCTGTTT*TTTATAAACAGTGG
TGGATTTGTAGTGC
A

QA 6 799 6 799
DS 

RD RR3BW47JQ 685 0 0
ACGCTCCTACCCAACTCGTCAAGCCTAAGGAGAGGAACACTAGGTATGTGGATGCTGTGA
TGACCATCCCAAAGGGAACACTTTTCCCAATGTGTGGTATGAACTTGGCTTTCGACCGTG
ATTTGATTGGACCAGCTATGTACTTTGGTCTCATGGGTGATGGTCAGCCTATTGGTCGCT
ACGACGATATGTGGGCTGGTTGGTGCATCAAGGTGATATGTGACCACTTGGGGTTGGGAG
TGAAGACCGGTTTGCCATACATATACCACAGCAAAGCTAGCAACCCGTTTGTGAACCTGA
AGAAGGAATACAAGGGAATCTTCTGGCAGGAGGATATCATTCCTTTCTTCCAGAACGTGA
AGCTATCTAAGGAAGCAACCACTGTTCAGCAATGCTACCTTGAGCTCTCAAAGATGGTCA
AGGAGAAGCTGAGCTCACTTGACCCGTACTTTGACAAGCTTGCAGACGCCATGGTCACAT
GGATTG**GCTTGGGATGAGCTTAACCCAGCAGTTACTGCTTGAGCAAACCAAAAAA*GA
CCACCGCAGTTTTGGTTATTTTTAGCTCAAATTATCTTTTCTATATTTTTGGATTTTATG
AAGTTCGCTTTTGTTTAGTTGTTACTTATCATCACTTTCGCATCATCCACCTGTTTATTT
ATAAACAGTGGTGGATTTGTAGTGC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3FZ78JQ 769 0 0
TACG
ACGCTCCTACCCAACTCGTCAAGC*TAAGGAGAGGAACACTAGGTATGTGGATGCTGTGA
TGACCATCCCAAAGGGAACACTTTTCCCAATGTGTGGTATGAACTTGGCTTTCGACCGTG
ATTTGATTGGACCAGCTATGTACTTTGGTCTCATGGGTGATGGTCAGCCTATTGGTCGCT
ACGACGATATGTGGGCTGGTTGGTGCATCAAGGTGATATGTGACCACTTGGGGTTGGGAG
TGAAGACCGGTTTGCCATACATATACCACAGCAAAGCTAGCAACCCGTTTGTGAACCTGA
AGAAGGAATACAAGGGAATCTTCTGGCAGGAGGATATCATTCCTTTCTTCCAGAACGTGA
AGCTATTTAAGGAAGCAACCACTGTTCAGCAATGCTACCTTGAGCTCTCAAAGATGGTCA
AGGAGAAGCTGAGCTCACTTGACCCGTACTTTGACAAGCTTGCAGACGCCACGGTCACAT
GGATTGAGGCTTGGGATGAGCTTAACCCAGCAGTTACTGCTTGAGCAAACCAAAAAA*GA
CCACCGCAGTTTTGGTTATTTTTAGCTCAAATTATCTTTTCTATATTTTTGGATTTTATG
AAGTTCGCTTTTGTTTAGTTGTTACTTATCATCGCTTTCGCATCATCCACCTGTTTATTT
ATAAACAGTGGTGGATTTGTAGTGCTATTTATGTTTTTTTTTTGCTCTTCCTCCCAGCTT
TTATTTTCTTCCTTGTTTCATTAATAAAAAGCATTTCCCATGAG
C

QA 5 768 5 768
DS 

RD RR3EZ84TF 295 0 0
GT
GGTCACATGGATTGAAGCTTGGGATGAGCTTAACCCAGCAGCTACTGCTTGAGCAAACCA
AAAAAAGACCACCGCAGTTTTGGTTATTTTTAGCTCAAATTATCTTTTCTATATTTTTGG
ATTTTATGAAGTTCGCTTTTGTTTAGTTGTTACTTATCATCACTTTCGCATCATCCACCT
GTTTATTTATAAACAGTGGTGGATTTGTAGTGCTATTTATGTTTTTTTTT*GCTATTCCT
CCCAGCTTTTATTTTCTTCCTTGTTTCATTAATAAAAAGCATTTCCCATGAGT

QA 3 295 3 295
DS 



AS 1 9

CO CL359Contig1 928 9 10 U
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TCTCTGCTCGGGAACAGAAATAAGCTTCGCCAATGGCTTCTTCCGCTTTGTCACTCTCGT
GGAGCTCCTCGCTTTGTTCGTCTCACACCTTCAATGTCGTCGGAAATGAAACCCTAAAAA
TATCCCAGCGAAGGTCTACTTTGGAGGTTGTTGCCCAGAAGAAAGCCAAGAAACTCCGCA
AGGTAATCTTGAAAGAGGATGTGTCGGACTTGGGCAAGCAAGGGCAATTACTCGACGTGA
AAGCTGGATTCTTCAGAAATTTCCTCTTGCCAACTGGAAAGGCTCAGCTCATGACTCCGC
TTCTGCTCAAGGAAATGAAAATGGAAAACGAAAGGATAGAGGCAGAAAAGCAAAGGGTGA
AAGAAGAGGCGCTACAATTAGCTACAGTGTTCGAAACCGTTGGGGCTTTCAAGGTTAAAC
GCAAGGGTGGTAAAGGCAAACAAATATTTGGATCTGTCACAGCACAAGACCTCGTTGACA
TCATCAAGGCGCAGCTCCAAAGGGATATAGACAAGCGCCTTGTCTCTCTTCCGGAGATCC
GTGAAACCGGAGAATACATAGCCGAACTCAAACTTCACCCTGATGTCACTGCTCGAGTTA
GGCTCAACGTTTTCGCCAACTAACCCTTCAAATAGTCAAGACTACTGCTGCATCCCAAGG
AACATAGAGAAAGGGAGAAGAGACTGGCCAGGATCCAAGTTTGTGAAGTTTTTT*CTTGA
TTATCTTTTGCTGCATTCGTCTTTTTGCTATTTTAAAAAGAATATTTTGGAATCTTGGAA
ATGTTATAATATTTTCATCAAGTTATTATATTTTGTTGAAGCTATGTTGTATTCATCCGT
TTGTTGAAGTAGATGGACGCTTAAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 0 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 40 10 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TGCTGCAT

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GG
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AAGAGGCGCTACAATTAGCTACAGTGTTCGAAACCGTTGGGGCTTTCAAGGTTAAACGCA
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TCAAGGCGCAGCTCCAAAGGGATATAGACAAGCGCCTTGTCTCTCTTCCGGAGATCCGTG
AAACCGGAGAATACATAGCCGAACTCAAACTTCACCCTGATGTCACTGCTCGTGTTAGGC
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TTTGCTATTTTAAAAAGAATATTTTGGAATCTTGGAAATGTTATA*TATTTTCAT

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G
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CGCTTTGTTCGTCTCACACCTTCAATGTCGTCGGAAATGAAACCCTAAAAGTATCCCAGC
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QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 9

CO CL360Contig1 633 9 12 U
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TGTTTCTGCTTTACGAATATGATATTTTCTGGGCATTTTTAATAATATCAAGTGCTATTC
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BQ
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 
55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BG89JQ C 1
AF RR3F708JQ C 20
AF RR3F708TF U 20
AF RR3GJ03JQ C 12
AF RR3BG89TF U 1
AF RR3GJ03TF U 12
AF RR3C784TF U -4
AF RR3G415JQ C 1
AF RR3G415TF U 1
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BS 20 132 RR3F708TF
BS 133 133 RR3BG89TF
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BS 377 377 RR3BG89TF
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AGTTCGTTTCCTGAATACTTGTACAATAACAAT

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AGTTTTTGTTGTTTTTGATGTTGAAACCGTTTTTCTGTATCCGTGGGCAATGAGTTTCGA
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TGTAC

QA 1 605 1 605
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G
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G
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ACGAATATGATATTTTCTGGGCATTTTTAATAATATCAAGTGCTATTCCTGTTTTGGCAT
TTCTAATTTCCGGGGTTTTATCTCCAATTACGAAGGGGCCGGAGAAACTTTCTAGTTATG
AATCAGGTATAGAACCGATCGGGGATGCTTGGTTACAATTTAGAATCCGTTATTATATGT
TTGCTCTAGTTTTTGTTGTTTTTGATGTTGAAACCGTTTTTCTGTATCCGTGGGCAATGA
GTTTCGATGTACTAGGGGTATCCGCTTTTATAGAAGCTTTCATTTTCGTGCTTATCCTAA
TTCTTGGTTTAGTTTATGCATGGCGAAAAGGAGCGTTGGAATGGTCTTAGTTCGTTTCCT
GAATACTTGTAC

QA 2 613 2 613
DS 

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CCACTCCGATTGGAAGTGACTAAGCGGGTATTTTTTCCACATTCATAGGAGTTCGTCTAT
GTTTCTGCTTTACGAATATGATATTTTCTGGGCATTTTTAATAATATCAAGTGCTATTCC
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TCCACTCCGATTGGAAGTGACTAAGCGGGTATTTTTTCCACATTCATAGGAGTTCGTCTA
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GTTATTATATGTTTGCTCTAGTTTTTGTTGTTTTTGATGTTGAAACCGTTTTTCTGTATC
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AGTTCGTTTCCTGAATACTTGTAC

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TCCACTCCGATTGGAAGTGACTAAGCGGGTATTTTTTCCACATTCATAGGAGTTCGTCTA
TGTTTCTGCTTTACGAAAATGATATTTTCTGGGCATTTTTAATAATATCAAGTGCTATTC
CTGTTTTGGCATTTCTAATTTCCGGGGTTTTATCTCCAATTACGAAGGGGCCGGAGAAAC
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GTTATTATATGTTTGCTCTAGTTTTTGTTGTTTTTGATGTTGAAACCGTTTTTCTGTATC
CGTGGGCAATGAGTTTCGATGTACTAGGGGTATCCGCTTTTATAGAAGCTTTCATTTTCG
TGCTTATCCTAATTCTTGGTTTAGTTTATGCATGGCGAAAAGGAGCGTTGGAATGGTCTT
AGTTCGTTTCCTGAATACTTGTAC

QA 1 624 1 624
DS 



AS 3 10

CO CL361Contig1 829 3 16 U
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TATCTGGCCTGCCTCTGATTTACCCTTTCTCGTTTTAAATATAAGGTTGCTGGATCATTC
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AGACGATATATGTAACGACGAGAACAATAAGTTCTATTTTATTCCTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV05TF U 1
AF RR3GZ53TF U 9
AF RR3GZ53JQ C 105
BS 1 388 RR3AV05TF
BS 389 389 RR3GZ53TF
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BS 707 734 RR3GZ53TF
BS 735 829 RR3GZ53JQ

RD RR3AV05TF 702 0 0
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TATATTCTCTAGTTGTAGAAGCAATAGCATCTCTCTCTCTCTAGTCTCTACTCTGCTTTG
AGTTTTTGCTTATCAGAATTTGCAGGTGGGGTTTGTTGCTGGTTTGAGTCTTTTATGTAT
TATCTGGCTTGCCTCTGATTTACCCTTTCTCGTTT
TAAATAT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3GZ53TF 729 0 0
CG
AACAGATCTGATCGCCCCGAGTCGTCGTCTCTTCTCTCTCGATTCCAACAAAAAAAACAA
TGGCTGAGGCAACAACAGCTTTGAGGAAGCCTGTGTTCACCAAGGTTAATGAGCTGAGAC
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GAGGTGGTGGAGGTCGTCCCAGTGGTCCTCAGGCTCGTCAGATGCGGATTGCTGAGTGTC
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TGAGGCTTGCAGTTGATATATGGGGACGCGTTGAGGTCGCTGAGGAGGATGCCACAGGCA
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CTTGATTTAGTTTCAGCCAACTGAAAGAAAGCAGAGTGACTCACAAGACTTATATTCTCT
AGTTGTAGAAGCAATAGCATCTCTCTCTCTCTAGTCTCTACTCTGCTTTGAGTTTTTGCT
TATCAGAATTTGCAGGTGGGGTTTGTTGCTGGTTTGAGTCTTTTATGTATTATCTGGCCT
GCCTCTGATTTACCCTTTCTCGTTT*AAATATAAG*TTGCTGGATCATTCTCATGTTCTA
GTTT
GGT

QA 3 726 3 726
DS 

RD RR3GZ53JQ 725 0 0
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TGTCAGCACGAAGATGGTGATGCAGAGAGGTGGTGGAGGTCGTCCCAGTGGTCCTCAGGC
TCGTCAGATGCGGATTGCTGAGTGTCTTGTTGGTGATGAGACTGGCATCATTATCTTTAC
TGCCAGAAACGATCAAGTGGATTTGATGAAAGAAGGCAAGGTTGTGACCCTGCGCAACGC
CAAGATCGACATGTACAAGGGATCTATGAGGCTTGCAGTTGATATATGGGGACGCGTTGA
GGTCGCTGAGGAGGATGCCACAGGCATCACCGTCAAGGAAGACAACAATCTTTCCCTCAT
CGAGTATGAGCTTGTGAACGTTGAAGCTTGATTTAGTTTCAGCCAACTGAAAGAAAGCAG
AGTGACTCACAAGACTTATATTCTCTAGTTGTAGAAGCAATAGCATCTCTCTCTCTCTAG
TCTCTACTCTGCTTTGAGTTTTTGCTTATCAGAATTTGCAGGTGGGGTTTGTTGCTGGTT
TGAGTCTTTTATGTATTATCTGGCCTGCCTCTGATTTACCCTTTCTCGTTTTAAATATAA
GGTTGCTGGATCATTCTCATGTTCTAGTTTTGGTTTCTCTCTGTGTTGTCTTTGGATGCT
ATAAATAAACGTATAAAGACGATATATGTAACGACGAGAACAATAAGTTCTATTTTATTC
CTGCC

QA 1 725 1 725
DS 



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ATCCAGCAACTGATATTTAAACGAGAAAGGGTAGATCAGAGGCAAGCCAGATAATACATA
AAAGACTCCCCACCTGCAAATTCTGATAAGCAAAAACTCAAAGCAGAGTAGAGACTAGAG
AGAGATGCTATTGCTTCTACAACTAGAGAATATAAGTCTTGTGAGTCACTCTGCTTTCTT
TCAGTTGGCTGAACTAAATCAAGCTTCAACGTTCACGAGCTCATACTCGAGGAGGGAAAG
ATTGTTATCTTCCTTGACGGTGATGTCTGTGGCATCCTCCCCAGCGACTGCAACGCGTCC
CCATCTATCAACTGCAAGCCTCATAGATCCCTTGTACATGTCGATCTTGGCGTTGCGCAG
AGTCACAACCTTGCCTTCTTTCATCAAATCCACTTGATCGTTTCTAGCAGTAAAGATAAT
GATTCCAGTCTCATCACCAACAAGACACTCAGCAATGCGCATCTGACGAGCCGGAGGACC
ACTGGGACGACCTCCTCCACCACCTCTCTGCATCACCATCTTCGTGCTGATAACTTTCAC
GTTCAGTGAGTGACCATTGGTTCCTGGTCTCAGCTCATTAACCTTGGTGAACACAGGCTT
CCTCAAAGCTGTTGCTGCCTCAGCCATTGTTTTTTCTTTTTGGTATCGAGAGAGAAGAGA
CGACGACTCAGGGCGATCAGATCTGTTTGGTGATGATAAAAACACAAAGACGCGGCGTGT
TTTGTCTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DU72JQ U 209
AF RR3DU72TF C 1
BS 1 208 RR3DU72TF
BS 209 415 RR3DU72JQ
BS 416 792 RR3DU72TF

RD RR3DU72JQ 207 0 0
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QA 1 207 1 207
DS 

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CGACGACTCAGGGCGATCAGATCTGTTTGGTGATGATAAAAACACAAAGACGCGGCGTGT
TTTGTCTAAAAA

QA 1 792 1 792
DS 



CO CL361Contig3 822 5 11 U
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TTTTTCTATAGCATCCAAAGACCAACACAAAGAGAAACCAAAACTAGAACAAGAGAATGA
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AAAAGACTCCCCACCTGAAAATTCTGATAAGCAAAAACTCAAAGCAGAGTAGAGAGAGAG
AGAGAGATGCTATTGCTTCTACAACTAGAGAATATAAGTCTTGTGAGTCACTCTGCTGCC
TTTCTTTCAGTTGGCTGAACTAAATCAAGCTTCAACGTTCACGAGCTCATACTCGATGAG
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GCGTCCCCATCTATCAACTGCAAGCCTCATAGATCCCTTGTACATGTCGATCTTGGCGTT
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GATAATGATTCCAGTCTCATCACCAACAAGACACTCAGCAATCCGCATCTGACGAGCCGG
AGGACCACTGGGACGACCTCCTCCACCACCTCTCTGCATCACCATCTTCGTGCTGATAAC
TTTCACGTTCAGAGAGTGACCATTGGTTCCTGGTCTCAGCTCATTAACCTTGGTGAACAC
AGGCTTCCTCAAAGCTGTTGCTGCCTCAGCCATTGTTTTTTCTTTTTGGTATCGAGAGAG
AAGAGACGACGACTCAGGGCGATCAGATCTGTTTGGTGATCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F260JQ U 4
AF RR3G116JQ U 1
AF RR3H164JQ U 1
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AF RR3H164TF C 144
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CTTTCGGTTGGCTGAACTAAATCAAGCTTCAACGTTCACGAGCTCATACTC

QA 1 351 1 351
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QA 1 547 1 547
DS 

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GGT
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TTCTATAGCATCCAAAGACCAACACAAAGAGAAACCAAGACTAGAACAAGAGAATGATCC
AGCAACCTGATATTTAAAACGAGAAAGTGTAAATCAGAGGCAAGCCAGATAATACATAAA
AGACTCCCCACCTGAAAATTCTGATAAGCAAAAACTCAAAGCAGAGTAGAGAGAGAGAGA
GAGATGCTATTGCTTCTACAACTAGAGAATATAAGTCTTGTGAGTCACTCTGCTGCCTTT
CTTTCAGTTGGCTGAACTAAATCAAGCTTCAACGTTCACGAGCTCATACTCGATGAGGGA
AAGATTGTTATCTTCCTTGACGGTGATGTCTGTGGCCTCCTCCTCTGCGACTTCAACGCG
TCCCCATCTATCAACTGCAAGCCTCATAGATCCCTTGTACATGTCGATCTTGGCGTTGCG
CAGGGTCACAACCTTGCCTTCTTTCATCAAATCCACTTGATCGTTTCTAGCAGTAAAGAT
AATGATTCCAGTCTCATCACCAACAAGACACTCAGCAATCCGCATCTGACGAGCCGGAGG
ACCACTGGGACGACCTCCTCCACCACCTCTCTGCATCACCATCTTCGTGCTGATAACTTT
CACGTTCAGAGAGTGACCATTGGTTCCTGGTCTCAGCTCATTAACCTTGGTGAACACAGG
CTTCCTCAAAGCTGTTGCTGCCTCAGCCATTGTTT

QA 4 758 4 758
DS 

RD RR3G116TF 761 0 0
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CCAGCAAC*TGATATTTAAAACGAGAAAGTGTAAATCAGAGGCAAGCCAGATAATACATA
AAAGACTCCCCACCTGAAAATTCTGATAAGCAAAAACTCAAAGCAGAGTAGAGAGAGAGA
GAG**ATGCTATTGCTTCTACAACTAGAGAATATAAGTCTTGTGAGTCACTCTGCTGCCC
TTCTTTCAGTTGGCTGAACTAAATCAAGCTTCAACGTTCACGAGCTCATAATCGATGAGG
GAAAGATTGTTATCTTCCTTGACGGTGATGTCTGTGGCCTCCTCCTCTGCGACTTCAACG
CGTCCCCATCTATCAACTGCAAGCCTCATAGATCCCTTGTACATGTCGATCTTGGCGTTG
CGCAGGGTCACAACCTTGCCTTCTTTCATCAAATCCACTTGATCGTTTCTAGCAGTAAAG
ATAATGATTCCAGTCTCATCACCAACAAGACACTCAGCAATCCGCATCTGACGAGCCGGA
GGACCACTGGGACGACCTCCTCCACCACCTCTCTGCATCACCATCTTCGTGCTGATAACT
TTCACGTTCAGAGAGTGACCATTGGTTCCTGGTCTCAGCTCATTAACCTTGGTGAACACA
GGCTTCCTCAAAGCTGTTGCTGCCTCAGCCATTGTTTTTTCTTTTTGGTATCGAGAGAGA
AGAGACGACGACTCAGGGCGATCAGATCTGTTTGGTGATCC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3H164TF 679 0 0
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CTGATAAGCAAAAACTCAAAGCAGAGTAGAGAGAGAGAGAGAGATGCTATTGCTTCTACA
ACTAGAGAATATAAGTCTTGTGAGTCACTCTGCTGCCTTTCTTTCAGTTGGCTGAACTAA
ATCAAGCTTCAACGTTCACGAGCTCATACTCGATGAGGGAAAGATTGTTATCTTCCTTGA
CGGTGATGTCTGTGGCCTCCTCCTCTGCGACTTCAACGCGTCCCCATCTATCAACTGCAA
GCCTCATAGATCCCTTGTACATGTCGATCTTGGCGTTGCGCAGGGTCACAACCTTGCCTT
CTTTCATCAAATCCACTTGATCGTTTCTAGCAGTAAAGATAATGATTCCAGTCTCATCAC
CAACAAGACACTCAGCAATCCGCATCTGACGAGCCGGAGGACCACTGGGACGACCTCCTC
CACCACCTCTCTGCATCACCATCTTCGTGCTGATAACTTTCACGTTCAGAGAGTGACCAT
TGGTTCCTGGTCTCAGCTCATTAACCTTGGTGAACACAGGCTTCCTCAAAGCTGTTGCTG
CCTCAGCCATTGTTTTTTCTTTTTGGTATCGAGAGAGAAGAGACGACGACTCAGGGCGAT
CAGATCTGTT
TGGTGATCC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 3 10

CO CL362Contig1 710 3 2 U
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AGGAGAAAGACGAGAGAGCCCAAGGAGGAGACATTGACACTTGGACCAGCTGTTCGTGAT
GGAGAGCAAGTCTTCGGTGTTGTCCACATCTTCGCTTCCTTCAACGACACTTTCATTCAC
GTTACTGATCTGTCTGGACGTGAAACCCTTGTTCGTATCACTGGTGGAATGAAGGTGAAA
GCTGACAGGGATGAGTCCTCACCTTACGCAGCTATGCTTGCTGCACAAGATGTTGCTCAG
CGATGCAAGGAGCTTGGAATCACCGCTATGCACGTTAAGCTCCGTGCCACTGGTGGAAAC
AAGACCAAGACACCTGGTCCTGGTGCCCAGTCCGCTCTTAGAGCACTTGCTCGTTCCGGC
ATGAAAATTGGCCGCATTGAGGATGTTACTCCGATCCCAACGGACAGTACCCGCCGAAAG
GGTGGTAGAAGAGGAAGGAGGCTCTGAGTTTTTTTTGGGGGGCTATTTAGCTCATGTGTT
TCATTTTATCAGAACAATGTTTTGTCAGAACAATGTTTCTTCGAGTTTTGTTAAAAGGGA
TTTAACGGTTAACGTTTTTGGTTAATTTGAACAACATTTTTCTACTATGATTACTCTCTA
TCGCCTTTGCGAATGACTTGATTAGTTTTAGTATTAGTTTGAAAATTCAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A782JQ C 1
AF RR3A782TF U 1
AF RR3A053TF U 15
BS 1 629 RR3A782TF
BS 630 710 RR3A053TF

RD RR3A782JQ 630 0 0
GGAGCCGAGCAGAAACTGAACAAGGAAGCATAGACGTTGCTGCGATCTTAAACAATGTCG
AGGAGAAAGACGAGAGAGCCCAAGGAGGAGACATTGACACTTGGACCAGCTGTTCGTGAT
GGAGAGCAAGTCTTCGGTGTTGTCCACATCTTCGCTTCCTTCAACGACACTTTCATTCAC
GTTACTGATCTGTCTGGACGTGAAACCCTTGTTCGTATCACTGGTGGAATGAAGGTGAAA
GCTGACAGGGATGAGTCCTCACCTTACGCAGCTATGCTTGCTGCACAAGATGTTGCTCAG
CGATGCAAGGAGCTTGGAATCACCGCTATGCACGTTAAGCTCCGTGCCACTGGTGGAAAC
AAGACCAAGACACCTGGTCCTGGTGCCCAGTCCGCTCTTAGAGCACTTGCTCGTTCCGGC
ATGAAAATTGGCCGCATTGAGGATGTTACTCCGATCCCAACGGACAGTACCCGCCGAAAG
GGTGGTAGAAGAGGAAGGAGGCTCTGAGTTTTTTTTGGGGGGCTATTTAGCTCATGTGTT
TCATTTTATCAGAACAATGTTTTGTCAGAACAATGTTTCTTCGAGTTTTGTTAAAAGGGA
TTTAACGGTTAACGTTTTTGGTTAATTTG
A

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3A782TF 629 0 0
GGAGCCGAGCAGAAACTGAACAAGGAAGCATAGACGTTGCTGCGATCTTAAACAATGTCG
AGGAGAAAGACGAGAGAGCCCAAGGAGGAGACATTGACACTTGGACCAGCTGTTCGTGAT
GGAGAGCAAGTCTTCGGTGTTGTCCACATCTTCGCTTCCTTCAACGACACTTTCATTCAC
GTTACTGATCTGTCTGGACGTGAAACCCTTGTTCGTATCACTGGTGGAATGAAGGTGAAA
GCTGACAGGGATGAGTCCTCACCTTACGCAGCTATGCTTGCTGCACAAGATGTTGCTCAG
CGATGCAAGGAGCTTGGAATCACCGCTATGCACGTTAAGCTCCGTGCCACTGGTGGAAAC
AAGACCAAGACACCTGGTCCTGGTGCCCAGTCCGCTCTTAGAGCACTTGCTCGTTCCGGC
ATGAAAATTGGCCGCATTGAGGATGTTACTCCGATCCCAACGGACAGTACCCGCCGAAAG
GGTGGTAGAAGAGGAAGGAGGCTCTGAGTTTTTTTTGGGGGGCTATTTAGCTCATGTGTT
TCATTTTATCAGAACAATGTTTTGTCAGAACAATGTTTCTTCGAGTTTTGTTAAAAGGGA
TTTAACGGTTAACGTTTTTGGTTAATTTG

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3A053TF 696 0 0
G
CTGAACAAGGAAGCATAGACGTTGCTGCGATCTTAAACAATGTCGAGGAGAAAGACGAGA
GAGCCCAAGGAGGAGACAGTGACACTTGGACCAGCTGTTCGTGATGGAGAGCAAGTCTTC
GGTGTTGTCCACATCTTCGCTTCCTTCAACGACACTTTCATTCACGTTACTGATCTGTCT
GGACGTGAAACCCTTGTTCGTATCACTGGTGGAATGAAGGTGAAAGCTGACAGGGATGAG
TCCTCACCTTACGCAGCTATGCTTGCTGCACAAGATGTTGCTCAGCGATGCAAGGAGCTT
GGAATCACCGCTATGCACGTTAAGCTCCGTGCCACTGGTGGAAACAAGACCAAGACACCT
GGTCCTGGTGCCCAGTCCGCTCTTAGAGCACTTGCTCGTTCCGGCATGAAAATTGGCCGC
ATTGAGGATGTTACTCCGATCCCAACGGACAGTACCCGCCGAAAGGGTGGTAGAAGAGGA
AGGAGGCTCTGAGTTTTTTTTGGGGGGCTATTTAGCTCATGTGTTTCATTTTATCAGAAC
AATGTTTTGTCAGAACAATGTTTCTTCGAGTTTTGTTAAAAGGGATTTAACTGTTAACGT
TTTTGGTTAATTTGAACAACATTTTTCTACTATGATTACTCTCTATCGCCTTTGCGAATG
ACTTGATTAGTTTTAGTATTAGTTTGAAAATTCAT

QA 2 696 2 696
DS 



CO CL362Contig2 639 3 6 U
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TGTCGAGGAGAAAGACGAGAGAGCCAAAGGAAGAGACAGTGACTCTTGGACCAGCTGTTC
GTGATGGAGAACAAGTCTTCGGTGTTGTCCACATTTTCGCTTCCTTCAACGACACTTTCA
TTCACGTTACTGATTTGTCTGGACGTGAAACCCTTGTCCGTATCACTGGTGGAATGAAGG
TGAAAGCTGACAGGGATGAGTCCTCACCTTACGCAGCTATGCTTGCTGCTCAAGATGTTG
CTCAGCGTTGCAAGGAGCTTGGAATCACCGCTATGCACGTGAAGCTCCGTGCCACTGGTG
GAAACAAGACCAAGACACCTGGTCCTGGTGCTCAGTCCGCTCTTAGAGCTCTT**GCCCG
TTCTGGCATGAAGATTGGCCGCATT*GAGGATGTTACTCCGATCCCAACTGACAGTACCC
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AGTTTGTCAGAACAATGTTTTTTTTTCTGAATTTTGTCTAAGAGTTTCGATGTTGAATGC
TTTTTGTTAATTTGATCAACGTTTTCTGCTATGATTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BG80TF U 35
AF RR3AS71TF U 1
AF RR3BG80JQ C 8
BS 1 167 RR3AS71TF
BS 168 168 RR3BG80TF
BS 169 495 RR3AS71TF
BS 496 496 RR3BG80JQ
BS 497 613 RR3AS71TF
BS 614 639 RR3BG80JQ

RD RR3BG80TF 425 0 0
TTCAT
ATCCTTTTCTTGCCCTAAAAATGTCGAGGAGAAAGACGAGAGAGCCAAAGGAAGAGACAG
TGACTCTTGGACCAGCTGTTCGTGATGGAGAACAAGTCTTCGGTGTTGTCCACATTTTCG
CTTCCTTCAACGACACTTTCATTCACGTTACTGATTTGTCTGGACGTGAAACCCTTGTCC
GTATCACTGGTGGAATGAAGGTGAAAGCTGACAGGGATGAGTCCTCACCTTACGCAGCTA
TGCTTGCTGCTCAAGATGTTGCTCAGCGTTGCAAGGAGCTTGGAATCACCGCTATGCACG
TGAAGCTCCGTGCCACTGGTGGAAACAAGACCAAGACACCTGGTCCTGGTGCTCAGTCCG
CTCTTAGAGCTCTTTGCCCCGTTCTGGCATGAAGATTGGCCGCATTTGAGGATGTTACTC

QA 6 425 6 425
DS 

RD RR3AS71TF 614 0 0
GGGCGTCGGCGGAACTACAGGAAGAAGACGATCTTTCATATCCTTTTCTTGCCCTAAAAA
TGTCGAGGAGAAAGACGAGAGAGCCAAAGGAAGAGACAGTGACTCTTGGACCAGCTGTTC
GTGATGGAGAACAAGTCTTCGGTGTTGTCCACATTTTCGCTTCCTTCTACGACACTTTCA
TTCACGTTACTGATTTGTCTGGACGTGAAACCCTTGTCCGTATCACTGGTGGAATGAAGG
TGAAAGCTGACAGGGATGAGTCCTCACCTTACGCAGCTATGCTTGCTGCTCAAGATGTTG
CTCAGCGTTGCAAGGAGCTTGGAATCACCGCTATGCACGTGAAGCTCCGTGCCACTGGTG
GAAACAAGACCAAGACACCTGGTCCTGGTGCTCAGTCCGCTCTTAGAGCTCTT**GCCCG
TTCTGGCATGAAGATTGGCCGCATT*GAGGATGTTACTCCGATCCCAACTGACAGTACCC
GCCGAAAGGGTGGTATAAGAGGAAGGAGGCTCTGAGTTTGTTTTTTGGCTCATTTGTTTC
AGTTTGTCAGAACAATGTTTTTTTTTCTGAATTTTGTCTAAGAGTTTCGATGTTGAATGC
TTTTTGTTAATTT
G

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3BG80JQ 632 0 0
GGCGGAACTACAGGAAGAAGACGATCTTTCATATCCTTTTCTTGCCCTAAAAATGTCGAG
GAGAAAGACGAGAGAGCCAAAGGAAGAGACAGTGACTCTTGGACCAGCTGTTCGTGATGG
AGAACAAGTCTTCGGTGTTGTCCACATTTTCGCTTCCTTCAACGACACTTTCATTCACGT
TACTGATTTGTCTGGACGTGAAACCCTTGTCCGTATCACTGGTGGAATGAAGGTGAAAGC
TGACAGGGATGAGTCCTCACCTTACGCAGCTATGCTTGCTGCTCAAGATGTTGCTCAGCG
TTGCAAGGAGCTTGGAATCACCGCTATGCACGTGAAGCTCCGTGCCACTGGTGGAAACAA
GACCAAGACACCTGGTCCTGGTGCTCAGTCCGCTCTTAGAGCTCTT**GCCCGTTCTGGC
ATGAAGATTGGCCGCATT*GAGGATGTTACTCCGATCCCAACTGACAGTACCCGCCGAAA
GGGTGGTAGAAGAGGAAGGAGGCTCTGAGTTTGTTTTTTGGCTCATTTGTTTCAGTTTGT
CAGAACAATGTTTTTTTT*CTGAATTTTGTCTAAGAGTTTCGATGTTGAATGCTTTTTGT
TAATTTGATCAACGTTTTCTGCTATGATTAGT

QA 1 632 1 632
DS 



CO CL362Contig3 699 4 5 U
GGCTCTCCCTCTTGCCAAATCTCTGCGTCGGCGGAACTACAGGAAGAAGGAAGATCTCTC
ACATCCCTTTCTTGCCCTAAAAATGTCGAGGAGAAAGACGAGAGAGCCAAAGGAAGAGAC
AGTGACTCTTGGACCAGCTGTTCGTGATGGAGAGCAAGTCTTCGGTGTTGTCCACATCTT
CGCTTCCTTCAACGACACTTTCATTCACGTTACTGATTTGTCTGGTCGTGAAACCCTTGT
CCGTATCACTGGTGGGATGAAGGTGAAAGCTGACAGGGATGAGTCCTCACCTTACGCAGC
TATGCTTGCTGCTCAAGATGTTGCTCAGCGTTGCAAGGAGCTTGGAATCACCGCTATGCA
CGTGAAGCTCCGTGCCACGGGTGGAAACAAGACCAAGACACCTGGTCCTGGTGCTCAGTC
CGCTCTTAGAGCTCTTGCCCGTTCTGGCATGAAGATTGGCCGCATTGAGGATGTTACTCC
GATCCCAACGGACAGTACCCGCAGAAAGGGTGGTAGAAGAGGAAGGAGGCTCTGAGTTTT
CTTTTGGTTCATTTGTTTCAGTTTGTCAGACCAATGTTTTTTTTTTTGAATTTTGTGAAA
GAGTTTCGAAGTTGAATGCTTTTTGTTAATTTTGAGCAACATTTTCTGCTATGATTAGTC
TGGCTTTTGCTTAGGATTACTTCGGTAGTTACTAGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3CD79JQ C 1
AF RR3CD79TF U 57
AF RR3AL46JQ C 6
AF RR3AL46TF U 6
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BS 675 677 RR3AL46TF
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GATCCCAACGGACAGTACCCGCAGAAAGGGTGGTAGAAGAGGAAGGAGGCTCTGAGTTTT
CTTTTGGTTCATTTGTTTCAGTTTGTCAGACCAATGTTTTTTTTTTTGAATTTTGTGAAA
GAGTTTCGAAGTTGAATGCTTTTTGTTAATTTTGAGCAACATTTTCTGCTATGATTAGTC
TGGCTTTTGCTTAGGATTACTTCGGTAGTTACTAGTTTT

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DS 

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TCTTCGCTTCCTTCAACGACACTTTCATTCACGTTACTGATTTGTCTGGTCGTGAAACCC
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GG
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DS 

RD RR3AL46TF 694 0 0
GG
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TTTCTTGCCCTAAAAATGTCGAGGAGAAAGACGAGAGAGCCAAAGGAAGAGACAGTGACT
CTTGGACCAGCTGTTCGTGATGGAGAGCAAGTCTTCGGTGTTGTCCACATCTTCGCTTCC
TTCAACGACACTTTCATTCACGTTACTGATTTGTCTGGTCGTGAAACCCTTGTCCGTATC
ACTGGTGGGATGAAGGTGAAAGCTGACAGGGATGAGTCCTCACCTTACGCAGCTATGCTT
GCTGCTCAAGATGTTGCTCAGCGTTGCAAGGAGCTTGGAATCACCGCTATGCACGTGAAG
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AGAGCTCTTGCCCGTTCTGGCATGAAGATTGGCCGCATTGAGGATGTTACTCCGATCCCA
ACGGACAGTACCCGCAGAAAGGGTGGTAGAAGAGGAAGGAGGCTCTGAGTTTTCTTTTGG
TTCATTTGTTTCAGTTTGTCAGACCAATGTTTTTTTTT**GAATTTTGTGAAAGAGTTTC
GAAGTTGAATGCTTTTTGTTAATTTTGAGCAACATTTTCTGCTATGATTAGTCTGGCTTT
TGCTTAGGATTACTTCGGTAGTTACTAGTTTT

QA 3 694 3 694
DS 



AS 1 10

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GAAACTCAAGATTGCTCATTACGGCAGATCCAAATCAACCCTAACTAATTTCAACTCCTC
CAAAATTGTCCCCCTTGTTCACCCTAGCCCTCATCCTCATCCTCAGAGATGCAGCTTCAT
CACCCCTACTTCTGATCCTATTTACGTTGAATACCATGATGAAGAATGGGGAGTTCCTGT
CCATGATGACAAGACGTTGTTCGAACTTCTAACCCTCAGTGGCGCACAAGTAGGCTCCGA
TTGGACTTCAACCTTGAGAAAACGCCATGACTTCAGGAAGGCGTTTATGGAATTTGAAGC
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AGAGATGAGCAAAGTGAGAGGCGTTGTGGAGAATGCTACTAAGATCCTAGAGATCAAGAA
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CGAACTACAAGTTTGGCCACAAGATTCCGGTTAAGACATCAAAGTCGGAGAGCATAAGCA
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AAGCCGCTGGTCTAACCAATGACCACTTGCTTACTTGTTACCGTCACATTCCTTGCACTC
TCCTCAGTACCAATCCCTAATTTTTTTTTCCATTTCTTATTTATTTACTTCATTGAAAGT
GTGTTTTTAACTTTCGGGTGATTTGTGTACAACAATTGTAGGCGTAGGAGAAAATGGATT
GTGTGTTTTTACTTTGTCATGTAAGATAAACCAGCTGGGTAGCTGGTGTATTTTTATTTT
GTTTTGTGTGAGGTTTTTATTATAATCACATGTATAAGGGTTTTTGATGTATGTGTGGTG
TGACAAATTGAATTAGTAATTGATTTTCGTTTGGTTG


BQ
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3AF53TF U 5
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AF RR3AY46JQ C 466
AF RR3C140JQ C 503
AF RR3H234JQ C 510
AF RR3FC08JQ C 492
BS 1 472 RR3C140TF
BS 473 473 RR3AF53TF
BS 474 782 RR3C140TF
BS 783 813 RR3AY46TF
BS 814 814 RR3AY46JQ
BS 815 868 RR3AY46TF
BS 869 869 RR3AY46JQ
BS 870 918 RR3AY46TF
BS 919 1276 RR3AY46JQ
BS 1277 1277 RR3C140JQ
BS 1278 1278 RR3AY46JQ
BS 1279 1279 RR3C140JQ
BS 1280 1297 RR3AY46JQ

RD RR3AF53TF 628 0 0
CATCA
ACTCAACTCTTCTCTCGTCTTACTAAATATTACAGCGTCTTTCTCTTCCCGCACCATATA
ACTTAAGAGATAATATATTGGAAATATGAGCAGAACGGAGACAATGGGTTTGACCAAAAG
AGGAATGTTGCAGTCAAATAGTTGCAATCGCCTTATGGACCGTTCTGAGTCTCTCAAGAG
GGACAGTGTGATGAGCAATGGTGGTTCAGCCAAAGTGAGAGGAAGCTTGGAGCGCAAGAA
ATCAAAGAGTTTTAAAGAAGGAGAAAGCTGTCCTTCTTGGCTCATAACCGATGCTCCTGG
GAGTATAGCCGCTGTGAGGAGGGAGCAAGTTGCTGCACCACAAGCCCTAAGGAAACTCAA
GATTGCTCATTACGGCAGATCCAAATCAACCCTAACTAATTTCAACTCCTCCAAAATTGT
CCCCCTTGTTCACCCTAGCCCTCATCCTCATCCTCAGAGATGCAGCTTCATCACCCCTAC
TTCTGATCCTATTTACGTTGAATACCATGATGAAGAATGGGGAGTTCCTGTCCATGATGA
CAAGACGTTGTTCGAACTTCTAACCCTCAGTGGCGCACAAGTAGGCTCCGATTGGACTTC
AACCTTGAGAAAACGCCATGACT

QA 6 628 6 628
DS 

RD RR3H234TF 623 0 0
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ACTTAAGAGATAATATATTGGAAATATGAGCAGAACGGAGACAATGGGTTTGACCAAAAG
AGGAATGTTGCAGTCAAATAGTTGCAATCGCCTTATGGACCGTTCTGAGTCTCTCAAGAG
GGACAGTGTGATGAGCAATGGTGGTTCAGCCAAAGTGAGAGGAAGCTTGGAGCGCAAGAA
ATCAAAGAGTTTTAAAGAAGGAGAAAGCTGTCCTTCTTGGCTCATAACCGATGCTCCTGG
GAGTATAGCCGCTGCGAGGAGGGAGCAAGTTGCTGCACAACAAGCCCTAAGGAAACTCAA
GATTGCTCATTACGGCAGATCCAAATCAACCCTAACTAATTTCAACTCCTCCAAAATTGT
CCCCCTTGTTCACCCTAGCCCTCATCCTCATCCTCAGAGATGCAGCTTCATCACCCCTAC
TTCTGATCCTATTTACGTTGAATACCATGATGAAGAATGGGGAGTTCCTGTCCATGATGA
CAAGACGTTGTTCGAACTTCTAACCCTCAGTGGCGCACAAGTAGGCTCCGATTGGACTTC
AACCTTGAGAAAACGCCATGACT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3FC08TF 728 0 0
ACTCAACTCTTCTCTCGTCTTACTAAATATTACAGCGTCTTTCTCTTCCCGCACCATATA
ACTTAAGAGATAATATATTGGAAATATGAGCAGAACGGAGACAATGGGTTTGACCAAAAG
AGGAATGTTGCAGTCAAATAGTTGCAATCGCCTTATGGACCGTTCTGAGTCTCTCAAGAG
GGACAGTGTGATGAGCAATGGTGGTTCAGCTAAAGTGAGAGGAAGCTTGGAGCGCAAGAA
ATCAAAGAGTTTTAAAGAAGGAGAAAGCTGTCCTTCTTGGCTCATAACCGATGCTCCTGG
GAGTATAGCCGCTGTGAGGAGGGAGCAAGTTGCTGCACAACAAGCCCTAAGGAAACTCAA
GATTGCTCATTACGGCAGATCCAAATCAACCCTAACTAATTTCAACTCCTCCAAAATTGT
CCCCCTTGTTCACCCTAGCCCTCATCCTCATCCTCAGAGATGCAGCTTCATCACCCCTAC
TTCTTATCCTATTTACGTTGAATACCATGATGAAGAATGGGGAGTTCCTGTCCATGATGA
CAAGACGTTGTTCGAACTTCTAACCCTCAGTGGCGCACAAGTAGGCTCCGATTGGACTTC
AACCTTGAGAAAACGCCATGACTTCAGGAAGACGTTTATGGAATTTGAAGCGGAAGCGGT
TGCAAAACTTAACGAGAAAGAGATGAACGCAATAAGCATTGAATACAAGATAGAGATGAG
CAA
GTGAG

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3C140TF 796 0 0
GGATCATCAACTCAACTCTTCTCTCGTCTTACTAAATATTACAGCGTCTTTCTCTTCCCG
CACCATATAACTTAAGAGATAATATATTGGAAATATGAGCAGAACGGAGACAATGGGTTT
GACCAAAAGAGGAATGTTGCAGTCAAATAGTTGCAATCGCCTTATGGACCGTTCTGAGTC
TCTCAAGAGGGACAGTGTGATGAGCAATGGTGGTTCAGCCAAAGTGAGAGGAAGCTTGGA
GCGCAAGAAATCAAAGAGTTTTAAAGAAGGAGAAAGCTGTCCTTCTTGGCTCATAACCGA
TGCTCCTGGGAGTATAGCCGCTGTGAGGAGGGAGCAAGTTGCTGCACAACAAGCCCTAAG
GAAACTCAAGATTGCTCATTACGGCAGATCCAAATCAACCCTAACTAATTTCAACTCCTC
CAAAATTGTCCCCCTTGTTCACCCTAGCCCTCATCCTCATCCTCAGAGATGCGGCTTCAT
CACCCCTACTTCTGATCCTATTTACGTTGAATACCATGATGAAGAATGGGGAGTTCCTGT
CCATGATGACAAGACGTTGTTCGAACTTCTAACCCTCAGTGGCGCACAAGTAGGCTCCGA
TTGGACTTCAACCTTGAGAAAACGCCATGACTTCAGGAAGGCGTTTATGGAATTTGAAGC
GGAAGCGGTTGCAAAACTTAACGAGAAAGAGATGAACGCAATAAGCATTGAATACAAGAT
AGAGATGAGCAAAGTGAGAGGCGTTGTGGAGAATGCTACTAAGATCCTAGAGATCAAGAA
AA
CTTCGGTCACTAGA

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3AY46TF 612 0 0
GAGTATAGCCGCTGTGAGGAGGGAGCAAGTTGCTGCACAACAAGCCCTAAGGAAACTCAA
GATTGCTCATTACGGCAGATCCAAATCAACCCTAACTAATTTCAACTCCTCCAAAATTGT
CCCCCTTGTTCACCCTAGCCCTCATCCTCATCCTCAGAGATGCAGCTTCATCACCCCTAC
TTCTGATCCTATTTACGTTGAATACCATGATGAAGAATGGGGAGTTCCTGTCCATGATGA
CAAGACGTTGTTCGAACTTCTAACCCTCAGTGGCGCACAAGTAGGCTCCGATTGGACTTC
AACCTTGAGAAAACGCCATGACTTCAGGAAGGCGTTTATGGAATTTGAAGCGGAAGCGGT
TGCAAAACTTAACGAGAAAGAGATGAACGCAATAAGCATTGAATACAAGATAGAGATGAG
CAAAGTGAGAGGCGTTGTGGAGAATGCTACTAAGATCCTAGAGATCAAGAAAAACTTCGG
GTCACTAGAGAAGTACTTTTGGGGGTTTTGTGAACAACAAGCCCATCTCCACGAACTACA
AGTTTGGCCACAAGATTCCCGTTAAGACATCAAAGTCGGAGAGCATAAGCAAAGACATGG
TCCGAAGAG
CTT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3AF53JQ 536 0 0
TTTATGGAATTTGAAGCGGAAGCGGTTGCAAAACTTAACGAGAAAGAGATGAACGCAATA
AGCATTGAATACAAGATAGAGATGAGCAAAGTGAGAGGCGTTGTGGGGAATGCTACTAAG
ATCCTAGAGATCAAGAAAAACTTCGGGTCACTAGAGAAGTACTTTCGGGG*TTTTGTGAA
CAACAAGCCCATTTCCACGAACTACAAGTTTGGCCACAAGATTCCGGTTAAGACATCAAA
GTCGGAGAGCATAAGCAAAGACATGGTCCGAAGAGGCTTCAGATACGTGGGCCCCACTGT
GGTTCACTCCTTCATGCAAGCCGCTGGTTTAACCAATGACCACTTGCTTACTTGTTACCG
TCACATTCCTTGCACTTTCCTCGGTACCAATCCCTAATTTTTTTTTCCATTTTTTATTTA
TTTACTTCATTGAAAGTGTGTTTTTAACTTTCGGGTGATTTGTGTACAACAATTGTAGGC
GTAGGAGAAAATGGATTGTGTGTTTTTACTTTGTCATGTAAGATAAACCAGTTGGG

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR3AY46JQ 832 0 0
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ATGGGGAGTTCCTGTCCATGATGACAAGACGTTGTTCGAACTTCTAACCCTCAGTGGCGC
ACAAGTAGGCTCCGATTGGACTTCAACCTTGAGAAAACGCCATGACTTCAGGAAGGCGTT
TATGGAATTTGAAGCGGAAGCGGTTGCAAAACTTAACGAGAAAGAGATGAACGCAATAAG
CATTGAATACAAGATAGAGATGAGCAAAGTGAGAGGCGTTGTGGAGAATGCTACTAAGAT
CCTAGAGATCAAGAAAAACTTCGGGTCACTAGAGAAGTACTTTTGGGG*TTTTGTGAACA
ACAAGCCCATCTCCACGAACTACAAGTTTGGCCACAAGATTCCGGTTAAGACATCAAAGT
CGGAGAGCATAAGCAAAGACATGGTCCGAAGAGGCTTCAGGTACGTGGGTCCCACTGTGG
TTCACTCCTTCATGCAAGCCGCTGGTCTAACCAATGACCACTTGCTTACTTGTTACCGTC
ACATTCCTTGCACTCTCCTCAGTACCAATCCCTAATTTTTTTTTCCATTTCTTATTTATT
TACTTCATTGAAAGTGTGTTTTTAACTTTCGGGTGATTTGTGTACAACAATTGTAGGCGT
AGGAGAAAATGGATTGTGTGTTTTTACTTTGTCATGTAAGATAAACCAGCTGGGTAGCTG
GTGTATTTTTATTTTGTTTTGTGTGAGGTTTTTATTATAATCACATGTATAAGGGTTTTT
GATGTATGTGTGGTGTGACAAATTGAATTAGCAGTTGATTTTCGTTTGGTTG

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR3C140JQ 794 0 0
TTACG
TGAATACCATGATGAAGAATGGGGAGT*CCTGTCCATGATGACAAGACGTTGTTCGAACT
TCTAACCCTCAGTGGCGCACAAGTAGGCTCCGATTGGACTTCAACCTTGAGAAAACGCCA
TGACTTCAGGAAGGCGTTTATGGAATTTGAAGCGGAAGCGGTTGCAAAACTTAACGAGAA
AGAGATGAACGCAATAAGCATTGAATACAAGATAGAGATGAGCAAAGTGAGAGGCGTTGT
GGAGAATGCTACTAAGATCCTAGAGATCAAGAAAAACTTCGGGTCACTAGAGAAGTACTT
TTGGGG*TTTTGTGAACAACAAGCCCATTTCCACGAACTACAAGTTTGGCCACAAGATTC
CGGTTAAGACATCAAAGTCGGAGAGCATAAGCAAAGACATGGTCCGAAGAGGCTTCAGGT
ACGTGGGTCCCACTGTGGTTCACTCCTTCATGCAAGCCGCTGGTCTAACCAATGACCACT
TGCTTACTTGTTACCGTCACATTCCTTGCACTCTCCTCAGTACCAATCCCTAATTTTTTT
TTCCATTTCTTATTTATTTACTTCATTGAAAGTGTGTTTTTAACTTTCGGGTGATTTGTG
TACAACAATTGTAGGCGTAGGAGAAAATGGATTGTGTGTTTTTACTTTGTCATGTAAGAT
AAACCAGCTGGGTAGCTGGTGTATTTTTATTTTGTTTTGTGTGAGGTTTTTATTATAATC
ACATGTATAAGGGTTTTTGATGTATGTGTGGTGTGGCAAATTGAATTAGTAATTGATTTT
CGTTTGGTT

QA 6 794 6 794
DS 

RD RR3H234JQ 788 0 0
AATACCATGATGAAGAATGGGGAGTTCCTGTCCATGATGACAAGACGTTGTTCGAACTTC
TAACCCTCAGTGGCGCACAAGTAGGCTCCGATTGGACTTCAACCTTGAGAAAACGCCATG
ACTTCAGGAAGGCGTTTATGGAATTTGAAGCGGAAGCGGTTGCAAAACTTAACGAGAAAG
AGATGAACGCAATAAGCATTGAATACAAGATAGAGATGAGCAAAGTGAGAGGCGTTGTGG
AGAATGCTACTAAGATCCTAGAGATCAAGAAAAACTTCGGGTCACTAGAGAAGTACTTTT
GGGG*TTTTGTGAACAACAAGCCCATCTCCACGAACTACAAGTTTGGCCACAAGATTCCG
GTTAAGACATCAAAGTCGGAGAGCATAAGCAAAGACATGGTCCGAAGAGGCTTCAGGTGC
GTGGGTCCCACTGTGGTTCACTCCTTCATGCAAGCCGCTGGTCTAACCAATGACCACTTG
CTTACTTGTTACCGTCACATTCCTTGCACTCTCCTCAGTACCAATCCCTAATTTTTTTT*
CCATTTCTTATTTATTTACTTCATTGAAAGTGTGTTTTTAACTTTCGGGTGATTTGTGTA
CAACAATTGTAGGCGTAGGAGAAAATGGATTGTGTGTTTTTACTTTGTCATGTAAGATAA
ACCAGCTGGGTAGCTGGTGTATTTTTATTTTGTTTTGTGTGAGGTTTTTATTATAATCAC
ATGTATAAGGGTTTTTGATGTATGTGTGGTGTGACAAATTGAATTAGTAATTGATTTTCG
TTTGGTT
T

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3FC08JQ 805 0 0
TCT
ATCCTATTTACGTTGAATACCATGATGAAGAATGGGGAGTTCCTGTCCATGATGACAAGA
CGTTGTTCGAACTTCTAACCCTCAGTGGCGCACAAGTAGGCTCCGATTGGACTTCAACCT
TGAGAAAACGCCATGACTTCAGGAAGACGTTTATGGAATTTGAAGCGGAAGCGGTTGCAA
AACTTAACGAGAAAGAGATGAACGCAATAAGCATTGAATACAAGATAGAGATGAGCAAAG
TGAGAGGCGTTGTGGAGAATGCTACTAAGATCCTAGAGATCAAGAAAAACTTCGGGTCAC
TAGAGAAGTACTTTTGGGG*TTTTGTGAACAACAAGCCCATCTCCACGAACTACAAGTTT
GGCCACAAGATTCCGGTTAAGACATCAAAGTCGGAGAGCATAAGCAAAGACATGGTCCGA
AGAGGCTTCAGGTACGTGGGTCCCACTGTGGTTCACTCCTTCATGCAAGCCGCTGGTCTA
ACCAATGACCACTTGCTTACTTGTTACTGTCACATTCCTTGCACTCTCCTCAGTACCAAT
CCCTAATTTTTTTTTCCATTTCTTATTTATTTACTTCATTGAAAGTGTGTTTTTAACTTT
CGGGTGATTTGTGTACAACAATTGTAGGCGTAGGAGAAAATGGATTGTGTGTTTTTACTT
TGTCATGTAAGATAAACCAGCTGGGTAGCTGGTGTATTTTTATTTTGTTTTGTGTGAGGT
TTTTATTATAATCACATGTATAAGGGTTTTTGATGTATGTGTGGTGTGACAAATTGAATT
AGTAATTGATTTTCGTTTGGTT

QA 4 805 4 805
DS 



AS 3 10

CO CL364Contig1 769 3 29 U
GGATCAATAAGAAAAATAAAATTTCAAACACAAAAAAAAAAAAAACCTAGTGGTTTACGA
AAGAAAATAAAACATAAAAAAATCTTATATCACTAGTGACTAGAATCAATCCCAATAATG
GGTGTACATTTTGGAGTATCCACATTCTTTGTCTTTTGTTTGCTGGTTTTATCAGCAAAT
GCTAGAGAATTCAGAATCACTGCTCGCCCAGGTTCTGATATCACCGGCGAATTGTCGAAA
CTATTCAAGGAGGCATGTGCGTGCGTGGACAGGAGCACCGTTTTGATCCCAAAAGGTGAA
TTCAAGCTTGGGGAAATAGAGATGATGGGTCCATGCAAAGCCCCTATAGTAATTGTTCTT
CAAGGCACTGTGAGAGCTGATGGGAACGTCAACGGGAAGGACTATTGGGTCGCTTTCCGC
AGGATTACTAACTTCAGATTGAACGGAGGTGGTATCTTTGATGGTGAAGGTAATGCTGCA
TGGAGGGCTAATAATTGTCACAAGGCGTCATTAACTCAGTGCAAAAGACTCCCTATCAGC
ATAAGGTTTGATTACATAACTGACGGCAAGGTAAGAGACATAACCTCGTTAGACGCAAAG
AACTTCCACATCAACGTGATCGGGGCAAAGAACTTGACATTCGAAGACGTCACGATCATA
GCCCCTGATGAGAGTCCCAACACCGATGGAATCCACGTGGGAAGGAGTGACGGATCAAGA
TCATCAACACCAACATCAAACGGGAGACGACTGCATCTCTGTCGGGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL03TF U 20
AF RR3DV26TF U 20
AF RR3C331TF U 1
BS 1 40 RR3C331TF
BS 41 41 RR3DV26TF
BS 42 57 RR3C331TF
BS 58 58 RR3DV26TF
BS 59 94 RR3C331TF
BS 95 95 RR3DV26TF
BS 96 168 RR3C331TF
BS 169 169 RR3DV26TF
BS 170 304 RR3C331TF
BS 305 305 RR3DV26TF
BS 306 348 RR3C331TF
BS 349 349 RR3DV26TF
BS 350 370 RR3C331TF
BS 371 371 RR3DV26TF
BS 372 389 RR3C331TF
BS 390 390 RR3DV26TF
BS 391 392 RR3C331TF
BS 393 393 RR3DV26TF
BS 394 408 RR3C331TF
BS 409 409 RR3DV26TF
BS 410 473 RR3C331TF
BS 474 474 RR3DV26TF
BS 475 477 RR3C331TF
BS 478 478 RR3DV26TF
BS 479 504 RR3C331TF
BS 505 505 RR3DV26TF
BS 506 566 RR3C331TF
BS 567 567 RR3DV26TF
BS 568 769 RR3C331TF

RD RR3GL03TF 542 0 0
TT
TTTCAAACACAGAAAAAAA*AAAACCTAGTGGTTTACGAAAGAAAATAAAACATAAAAAA
ATCTTATATCACTAGTGACTAGAATCAATCCCAATAATGGGTGTACATTTTGGAGTATCC
ACATTCTTTGTCTTTTGTTTGCTGGTTTTATCAGCAAATGCTAGAGAATTCAGAATCACT
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TGCGTGGACAGGAGCACCGTTTTGATCCCAAAAGGTGAATTCAAGCTTGGGGAAATAGAG
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GGGAACGTCAACGGGAAGGACTATTGGGTCGCTTTCCGCAGGATTACTAACTTCAGATTG
AACGGAGGTGGTATCTTTGATGGTGAAGGTAATGCTGCATGGAGGGCTAATAATTGTCAC
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QA 3 542 3 542
DS 

RD RR3DV26TF 631 0 0
TT
TTTCAAACACAAAAAAAAAAAAAACCTAGTGGTTTACGAAAGAAAATAAAACATAAAAAA
ATCTTATATCACTAGTGACTAGAATCAATCCCAATAATGGGTGTACATTTTGGAGTATCC
ACATTCTTTGTCTTTTGTTTGCTGGTTTTATCAGCAAATGCTAGAGAATTCAGAATCACT
GCTCGCCCAGGTTCTGATATCACCGGCGAATTGTCGAAACTATTCAAGGAGGCATGTGCG
TGCGTGGACAGGAGCACCGTTTTGATCCCAAAAGGTGAATTCAAGCTTGGGGAAATAGAG
ATGATGGGTCCATGCAAAGCCCCTATAGTAATTGTTCTTCAAGGCACTGTGAGAGCTGAT
GGGAACGTCAACGGGAAGGACTATTGGGTCGCTTTCCGCAGGATTACTAACTTCAGATTG
AACGGAGGTGGTATCTTTGATGGTGAAGGTAATGCTGCATGGAGGGCTAATAATTGTCAC
AAGGCGTCATTAACTCAGTGCAAAAGACTCCCTATCAGCATAAGGTTTGATTACATAACT
GACGGCAAGGTAAGAGACATAACCTCGTTAGACGCAAAGAACTTCCACATCAACGTGATC
GGGGCAAAGAACTTGACATTCGAAGAC
AT

QA 3 629 3 629
DS 

RD RR3C331TF 769 0 0
GGATCAATAAGAAAAATAAAATTTCAAACACAAAAAAAAATAAAACCTAGTGGTTTAGGA
AAGAAAATAAAACATAAAAAAATCTTATATCACTGGTGACTAGAATCAATCCCAATAATG
GGTGTACATTTTGGAGTATCCACATTCTTTGTCTTTTGTTTGCTGGTTCTATCAGCAAAT
GCTAGAGAATTCAGAATCACTGCTCGCCCAGGTTCTGATATCACCGGCGAATTGTCGAAA
CTATTCAAGGAGGCATGTGCGTGCGTGGACAGGAGCACCGTTTTGATCCCAAAAGGTGAA
TTCAGGCTTGGGGAAATAGAGATGATGGGTCCATGCAAAGCCCCTATAATAATTGTTCTT
CAAGGCACTGGGAGAGCTGATGGGAACGTGAATGGGAAGGACTATTGGATCGCTTTCCGC
AGGATTACTAACTTCAGATTGAACGGAGGTGGTATCTTTGATGGTGAAGGTAACGCTTCA
TGGAGGGCTAATAATTGTCACAAGACGTCATTAACTCAGTGCAAAAGACTCCCTATCAGC
ATAAGGTTTGATTACATAACTGACGGTAAGGTAAGAGACATAACCTCGTTAGACGCAAAG
AACTTCCACATCAACGTGATCGGGGCAAAGAACTTGACATTCGAAGACGTCACGATCATA
GCCCCTGATGAGAGTCCCAACACCGATGGAATCCACGTGGGAAGGAGTGACGGATCAAGA
TCATCAACACCAACATCAAACGGGAGACGACTGCATCTCTGTCGGGACG

QA 1 769 1 769
DS 



CO CL364Contig2 974 3 8 U
TTTTTTTTACAGGAATGATGCATTTTATACAATCAATAAAGCTAGCAAAAATGCAAAATT
TTAGGGGCCAAAGCGGCAAAAAGAAAACAGATTTTTTTTTTTTACAAAGATTCAAAGGAA
ATAACATACACTAGGGTGTACATTTTAGTATTGCGTACGGGTATATATTATATACACTCC
GAGATTCTACTGGCCTGGTGCCTTCGTCAGTGGGCTGCTACATGCTTTAGGACACTGTTT
CCCCACCAGCTTCGGGGATATGTTACAGCACTGGAACGTTGCTGGACCGTCTTTACCAGT
ATATTTAATATCAATGTCGCCGATCTCCACGTTCTTACACGGAAATGCCTTGCTGCACAA
TAGCTTAACTGCGTCTTTGTTCCCTGAGGTTCCTCTGATATTCTTGAACTTTATGTCGAC
CAGCTTGATAGTTGATGGTTTATTCTTGTTGCATCGGTTCCATGGGCAGTACTCTTGGTC
GATGAGGATAGGGTTGCTAACGTTGTGGAGCATAATATTCTCGAAACTGATACCAGAGGC
GGTCGTGGAGCAAGCTGCAAAGGGCCATGTCTTGATCCTCACACCATTATCAGTATTTCT
GAGGGTGCAGTTCACGACCCTGATGCCAGTGACGTCTTCCTCGTGCCCGTATAATCCAAG
GCTTCCAATAGTGATCCCGTGTCCCGGACCGCATGAGACTCCTTCCACAAGAAGGTTTTT
CATCCCGTCCCCGACAGAGATGCAGTCATCTCCCGTTTTGATGTTCGTGTTGATGATCTT
GATTCCGTCACTCCTTCCCACGTGGATTCCATCGGTGTTGGGACTCTCATCAGGGGCTAT
GATCCTAACGTCTTCGAATGTCAAGTTCTTTGCCCCGATCACGTTGATGTGGAAGTTCTT
TGCGTCTAACGAGGTTATGTCTCTTACCTTGCCGTCAGTTATGTAATCAAACCTTATGCT
GATAGGGAGTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO74JQ U 1
AF RR3DV26JQ U 39
AF RR3EO74TF C 557
BS 1 183 RR3EO74JQ
BS 184 184 RR3DV26JQ
BS 185 402 RR3EO74JQ
BS 403 404 RR3DV26JQ
BS 405 559 RR3EO74JQ
BS 560 560 RR3DV26JQ
BS 561 618 RR3EO74JQ
BS 619 974 RR3EO74TF

RD RR3EO74JQ 618 0 0
TTTTTTTTACAGGAATGATGCATTTTATACAATCAATAAAGCTAGCAAAAATGCAAAATT
TTAGGGGCCAAAGCGGCAAAAAGAAAACAGATTTTTTTTTTTTACAAAGATTCAAAGGAA
ATAACATACACTAGGGTGTACATTTTAGTATTGCGTACGGGTATATATTATATACACTCC
GAGCTTCTACTGGCCTGGTGCCTTCGTCAGTGGGCTGCTACATGCTTTAGGACACTGTTT
CCCCACCAGCTTCGGGGATATGTTACAGCACTGGAACGTTGCTGGACCGTCTTTACCAGT
ATATTTAATATCAATGTCGCCGATCTCCACGTTCTTACACGGAAATGCCTTGCTGCACAA
TAGCTTAACTGCGTCTTTGTTCCCTGAGGTTCCTCTGATATT**TGAACTTTATGTCGAC
CAGCTTGATAGTTGATGGTTTATTCTTGTTGCATCGGTTCCATGGGCAGTACTCTTGGTC
GATGAGGATAGGGTTGCTAACGTTGTGGAGCATAATATTCTCGAAACTGATACCAGAGGC
GGTCGTGGAGCAAGCTGCAGAGGGCCATGTCTTGATCCTCACACCATTATCAGTATTTCT
GAGGGTGCAGTTCACGAC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3DV26JQ 563 0 0
AAGCTAGCAAAAATGCAAAATTTTAGGGGCCAAAGCGGCAAAAAGAAAACAGATTTTTTT
TTTT*ACAAAGATTCAAAGGAAATAACATACACTAGGGTGTACATTTTAGTATTGCGTAC
GGGTATATATTATATACACTCCGAGATTCTACTGGCCTGGTGCCTTCGTCAGTGGGCTGC
TACATGCTTTAGGACACTGTTTCCCCACCAGCTTCGGGGATATGTTACAGCACTGGAACG
TTGCTGGACCGTCTTTACCAGTATATTTAATATCAATGTCGCCGATCTCTACGTTCTTAC
ACGGAAATGCCTTGCTGCACAATAGCTTAACTGCGTCTTTGTTCCCTGAGGTTCCTCTGA
TATTCTTGAACTTTATGTCGACCAGCTTGATAGTTGATGGTTTATTCTTGTTGCATCGGT
TCCATGGGCAGTACTCTTGGTCGATGAGGATAGGGTTGCTAACGTTGTGGAGCATAATAT
TCTCGAAACTGATACCAGAGGCGGTCGTGGAGCAAGCTGCAAAGGGCCATGTCTTGATCC
TCACACCATTATCAGTATTTCTG

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3EO74TF 418 0 0
GCAG
AGGGCCATGTCTTGATCCTCACACCATTATCAGTATTTCTGAGGGTGCAGTTCACGACCC
TGATGCCAGTGACGTCTTCCTCGTGCCCGTATAATCCAAGGCTTCCAATAGTGATCCCGT
GTCCCGGACCGCATGAGACTCCTTCCACAAGAAGGTTTTTCATCCCGTCCCCGACAGAGA
TGCAGTCATCTCCCGTTTTGATGTTCGTGTTGATGATCTTGATTCCGTCACTCCTTCCCA
CGTGGATTCCATCGGTGTTGGGACTCTCATCAGGGGCTATGATCCTAACGTCTTCGAATG
TCAAGTTCTTTGCCCCGATCACGTTGATGTGGAAGTTCTTTGCGTCTAACGAGGTTATGT
CTCTTACCTTGCCGTCAGTTATGTAATCAAACCTTATGCTGATAGGGAGTCTTC

QA 5 418 5 418
DS 



CO CL364Contig3 750 4 9 U
GCAGTGAAATCTTAGTTTCTCATTGCTATATTAGAATTTGTTTTTTCACAGGAATGATGC
ATTTTATGCAATCAATAAAGCTACCAAAAATGCAAAATTTTAGGGGCCAAAACGGCAAAA
*GAAAACAGATTTTTTTTT*ACAAAGATTCAAAGGAAATAACATACACTAGGGTGTACAT
TTTAGTATTGCGTACGGGTATATATTATATACACTCCGAGCTTCTAGTGGCCTGGTGCCT
TCGTCAGTGGGCTGCTACATGCTTTAGGACACTGTTTCCCCACCAACTTCGGGGATATGT
TACAGCACTGGAACGTTGCTGGACCGTCTTTACCAGTATATTTAATATCAATGTCGCCGA
TCTCCACGTTCTTACACGGAAATGCCTTGCTGCACAATAGCTTAACTGCGTCTTTGTTCC
CTGAGGTTCCTCTGATATTCTTGAACTTTATGTCGACCAGCTTGATAGTTGATGGTTTAT
TCTTGTTGCACCGGTTCCATGGGCAGTACTCTTGGTCGATGAGGATAGGGTTGCTAACGT
TGTGGAGCATAATATTCTCGAAACTGATACCAGAGGCGGTCGTGGAGCAAGCTGCAAAGG
GCCATGTCTTGATTCTTACACCGTTATCAGTATTTCTGAGGGTGCAGTTCACGACCCTGA
TGCCAGTGACGTCTTCCTCGTGCCCGTATAATCCAAGGCTTCCAATACTGATCCCGTGTC
CCGGACCGCATGAGACTCCTTCGACAAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA73JQ U 1
AF RR3GA73TF C 42
AF RR3GL03JQ U 93
AF RR3C331JQ U 117
BS 1 577 RR3GA73JQ
BS 578 613 RR3GL03JQ
BS 614 614 RR3C331JQ
BS 615 616 RR3GL03JQ
BS 617 617 RR3C331JQ
BS 618 622 RR3GL03JQ
BS 623 623 RR3C331JQ
BS 624 723 RR3GL03JQ
BS 724 750 RR3C331JQ

RD RR3GA73JQ 577 0 0
GCAGTGAAATCTTAGTTTCTCATTGCTATATTAGAATTTGTTTTTTCACAGGAATGATGC
ATTTTATGCAATCAATAAAGCTACCAAAAATGCAAAATTTTAGGGGCCAAAACGGCAAAA
*GAAAACAGATTTTTTTTT*ACAAAGATTCAAAGGAAATAACATACACTAGGGTGTACAT
TTTAGTATTGCGTACGGGTATATATTATATACACTCCGAGCTTCTAGTGGCCTGGTGCCT
TCGTCAGTGGGCTGCTACATGCTTTAGGACACTGTTTCCCCACCAACTTCGGGGATATGT
TACAGCACTGGAACGTTGCTGGACCGTCTTTACCAGTATATTTAATATCAATGTCGCCGA
TCTCCACGTTCTTACACGGAAATGCCTTGCTGCACAATAGCTTAACTGCGTCTTTGTTCC
CTGAGGTTCCTCTGATATTCTTGAACTTTATGTCGACCAGCTTGATAGTTGATGGTTTAT
TCTTGTTGCACCGGTTCCATGGGCAGTACTCTTGGTCGATGAGGATAGGGTTGCTAACGT
TGTGGAGCATAATATTCTCGAAACTGATACCAGAGGC

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3GA73TF 645 0 0
TTTTTCACAGGAATGATGCATTTTATGCAATCAATAAAGCTACCAAAAATGCAAAATTTT
AGGGGCCAAAACGGCAAAA*GAAAACAGATTTTTTTTT*ACAAAGATTCAAAGGAAATAA
CATACACTAGGGTGTACATTTTAGTATTGCGTACGGGTATATATTATATACACTCCGAGC
TTCTAGTGGCCTGGTGCCTTCGTCAGTGGGCTGCTACATGCTTTAGGACACTGTTTCCCC
ACCAACTTCGGGGATATGTTACAGCACTGGAACGTTGCTGGACCGTCTTTACCAGTATAT
TTAATATCAATGTCGCCGATCTCCACGTTCTTACACGGAAATGCCTTGCTGCACAATAGC
TTAACTGCGTCTTTGTTCCCTGAGGTTCCTCTGATATTCTTGAACTTTATGTCGACCAGC
TTGATAGTTGATGGTTTATTCTTGTTGCACCGGTTCCATGGGCAGTACTCTTGGTCGATG
AGGATAGGGTTGCTAACGTTGTGGAGCATAATATTCTCGAAACTGATACCAGAGGCGGTC
GTGGAGCAAGCTGCAGAGGGCCATGTCTTGATTCTTACACCGTTATCAGTATTTCTGAGG
GTGCAGTTCACGACCCTGATGCCAGTGACGTCTTCCTCGTGCCC
C

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3GL03JQ 631 0 0
CAAAATTTTAGGGGCCAAAGCGGCAAAAAGAAAACAAATTTTTTTTTTACAAAGATTCAA
AGGAAATAACATACACTAGGGTGTACATTTTAGTATTGCGTACGGGTATATATTATATAC
ACTCCGAGCTTCTACTGGCCTGGTGCCTTCGTCAGTGGGCTGCTACATGCTTTGGGACAC
TGTTTCCCCACCAGCTTCGGGGATATGTTACAGCACTGGAACGTTGCTGGACCGTCTTTA
CCAGTATATTTAATATCAATGTCGCCGATCTCCACGTTCTTACACGGAAATGCCTTGCTG
CACAATAGCTTAACTGCGTCTTTGTTCCCTGAGGTTCC*CTGATATTCTTGAACTTTATG
TCGACCAGCTTGATAGTTGATGGTCTATTCTTGTTGCATCGGTTCCATGGGCAGTACTCT
TGGTCGATGAGGATAGGGTTGCTAACGTTGTGGAGCATAATATTCTCGAAACTGATACCA
AAGGCGGTCGTGGAGCAAGCTGCAAAGGGCCATGTCTTGATCCTCACACCATTATCAGTA
TTTCTGAGGGTGCAGTTCACGACCCTGATGCCAGTGACGTCTTCCTCGTGCCCGTATAAT
CCAAGGCTTCCAATACTGATCCCGTGTCCCG

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3C331JQ 634 0 0
A
AAAAGAAAACAGATTTTTTTTT*ACAAAGATTCAAAGGAAATAACATACACTAGGGTGTA
CATTTTAGTATTGCGTACGGGTATATATTATATACACTCCGAGCTTCTAGTGGCCTGGTG
CCTTCGTCAGTGGGCTGCTACATGCTTTAGGACACTGTTTCCCCACCAACTTCGGGGATA
TGTTACAGCACTGGAACGTTGCTGGACCGTCTTTACCAGTATATTTAATATCAATGTCGC
CGATCTCCACGTTCTTACACGGAAATGCCTTGCTGCACAATAGCTTAACTGCGTCTTTGT
TCCCTGAGGTTCCTCTGATATTCTTGAACTTTATGTCGACCAGCTTGATAGTTGATGGTT
TATTCTTGTTGCACCGGTTCCATGGGCAGTACTCTTGGTCGATGAGGATAGGGTTGCTAA
CGTTGTGGAGCATAATATTCTCGAAACTGATACCAAAGGCGGTCGTGGAGCAAGCTGCAA
AGGGCCATGTCTTGATTCTTACACCGTTATCAGTATTTCTGAGGGTGCAGTTCACGACCC
TGATGCCAGTGACGTCTTCCTCGTGCCCGTATAATCCAAGGCTTCCAATACTGATCCCGT
GTCCCGGACCGCATGAGACTCCTTCGACAAGAA

QA 2 634 2 634
DS 



AS 1 10

CO CL365Contig1 741 10 16 U
TTTTTGTGTAATAATCTCCTCGCCAGAGGAGAAAGAAGCAATATGATTAAACAGCATCAA
TTACACAATTCAATAAACCCAATTGTTCAGCTTTAGAGATCCAAAACAGCTTTGCTTTTA
TTCAAAAGAGACTGAAACAAAACAATAAATCACTCACTCAGAGAGCATTAACCAAAAAGC
TCTCACATTCTTACTTGGTCTTGGTGGGTACCCATGGTTGGTACCGAGTCCAGTTCTTTT
GCCCCGGGTTCAAGGTATGCCCTTTAGAATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGA
AATTCTCCTTATGCTCAATCCCATACCTTTCTGGTTTCTGACTCAACAGCTCGTCTCCGG
TGTGATCAGTGATGAAATGAAGCCATCCGTGCCATTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGT
AACGATCCTTGGATGCGTACTCTACCCACCTGTGTCTACCGCACTGAGTATCGCCCAGCT
TCTGGTAGTATTTGTTACCGAACTTGTCGACACCGATAAGCGTTGCTCCTATGTTGTGTA
TTTTGGTTTGCAAGAGGTTTCCATCTGGCAGGCATCTCAGGAAGCCTTCTTCTCGGATCA
TCCTGAGGAAGCCTCCGAGACCTTTCTCTCTAATCGCCTCCATCGCACTCTTCGCCACCG
TCAATGCCATCGCTGTCCTCTTTGTCTCTCTCGATCGATCCCGGAAACTCGAAACAACAA
CAAGGAACAGATACGATACCC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 
60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 0 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 10 60 60 60 60 60 10 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 5 5 50 50 50 0 50 50 50 50 50 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3H177JQ U 6
AF RR3AE81JQ U 6
AF RR3DU28JQ U 8
AF RR3DU28TF C 97
AF RR3AE81TF C 6
AF RR3FF91JQ U 8
AF RR3CU49JQB U 101
AF RR3H177TF C 1
AF RR3FF91TF C 19
AF RR3FZ71TF C 52
BS 1 5 RR3H177TF
BS 6 122 RR3H177JQ
BS 123 123 RR3AE81JQ
BS 124 568 RR3H177JQ
BS 569 674 RR3AE81JQ
BS 675 675 RR3FF91JQ
BS 676 681 RR3AE81JQ
BS 682 682 RR3FF91JQ
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BS 689 690 RR3FF91JQ
BS 691 693 RR3AE81JQ
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BS 702 713 RR3FF91JQ
BS 714 737 RR3H177TF
BS 738 741 RR3FF91TF

RD RR3H177JQ 563 0 0
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AAGAGACTGAAACAAAACAATAAATCACTCACTCAGAGAGCATTAACCAAAAAGCTCTCA
CATTCTTACTTGGTCTTGGTGGGTACCCATGGTTGGTACCGAGTCCAGTTCTTTTGCCCC
GGGTTCAAGGTATGCCCTTTAGAATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAATTC
TCCTTATGCTCAATCCCATACCTTTCTGGTTTCTGACTCAACAGCTCGTCTCCGGTGTGA
TCAGTGATGAAATGAAGCCATCCGTGCCATTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGA
TCCTTGGATGCGTACTCTACCCACCTGTGTCTACCGCACTGAGTATCGCCCAGCTTCTGG
TAGTATTTGTTACCGAACTTGTCGACACCGATAAGCGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTG
GTTTGCAAGAGGTTTCCATCTGG

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3AE81JQ 696 0 0
GTGTAATAATCTCCTCGCCAGAGGAGAAAGAAGCAATATGATTAAACAGCATCAATTACA
CAATTCAATAAACCCAATTGTTCAGCTTTAGAGATCCAAAACAGCTTTGCTTTTATTCAA
AAGAGACTGAAACAAAACAATAAATCACTCACTCAGAGAGCATTAACCAAAAAGCTCTCA
CATTCTTACTTGGTCTTGGTGGGTACCCATGGTTGGTACCGAGTCCAGTTCTTTTGCCCC
GGGTTCAAGGTATGCCCTTTAGAATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAGTTC
TCCTTATGCTCAATCCCATACCTTTTTGGTTTCTGACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGA
TCAGTGATGAAATGAAGCCATCCGTGCCATTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGA
TCCTTGGATGCGTACTCTACCCACCTGTGTCTACCGCACTGAGTATCGCCCAGCTTCTGG
TAGTATTTGTTACCGAACTTGTCGACACCAATAAGCGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTG
GTTTGCAAGAGGTTTCCATCTGGCAGGCATCTCAGGAAGCCTTCTTCTCGGATCATCCTG
AGGAAGCCTCCGAGACCTTTCTCTCTAATCGCCTCCATCGCACTCTTCGCCACCGTCAAT
GCCATCGCTCTCCTCTCTGTCTCGATCGTTCGATCC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3DU28JQ 694 0 0
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ATTCAATAAACCCAATTGTTCAGCTTTAGAGATCCAAAACAGCTTTGCTTTTATTCAAAA
GAGACTGAAACAAAACAATAAATCACTCACTCAGAGAGCATTAACCAAAAAGCTCTCACA
TTCTTACTTGGTCTTGGTGGGTACCCATGGTTGGTACCGAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGG
GTTCAAGGTATGCCCTTTAGAATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAAAAGTTCTC
CTTATGCTCAATCCCATACCTTTTTGGTTTCTGACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGATC
AGTGATGAAATGAAGCCATCCGTGCCATTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATC
CTTGGATGCGTACTCTACCCACCTGTGTCTACCGCACTGAGTATCGCCCAGCTTCTGGTA
GTATTTGTTACCGAACTTGTCGACACCAATAAGCGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTGGT
TTGCAAGAGGTTTCCATCTGGCAGGCGTCTCAGGAAGCCTTCTTCTCGGATCATCCTGAG
GAAGCCTCTGAGACCTTTCTCTCTAATCGCCTCCATCGCACTCTTCGCCACCGTCAATGC
CATCGCTCTCCTCTCTGTCTCGATCGTTCGATCC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3DU28TF 605 0 0
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GTTGGTACCGAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGCCCTTTAGAATGGTAAA
TGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAGTTCTCCTTATGCTCAATCCCATACCTTTTTGGTT
TCTGACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGATCAGTGATGAAATGAAGCCATCCGTGCCATT
CGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATCCTTGGATGCGTACTCTACCCACCTGTGTC
TACCGCACTGAGTATCGCCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTACCGAACTTGTCGACACCAA
TAAGCGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTGGTTTGCAAGAGGTTTCCATCTGGCAGGCGTC
TCAGGAAGCCTTCTTCTCGGATCATCCTGAGGAAGCCTCTGAGACCTTTCTCTCTAATCG
CCTCCATCGCACTCTTCGCCACCGTCAATGCCATCGCTCTCCTCTCTGTCTCGATCGTTC
GATCC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3AE81TF 696 0 0
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CAATTCAATAAACCCAATTGTTCAGCTTTAGAGATCCAAAACAGCTTTGCTTTTATTCAA
AAGAGACTGAAACAAAACAATAAATCACTCACTCAGAGAGCATTAACCAAAAAGCTCTCA
CATTCTTACTTGGTCTTGGTGGGTACCCATGGTTGGTACCGAGTCCAGTTCTTTTGCCCC
GGGTTCAAGGTATGCCCTTTAGAATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAGTTC
TCCTTATGCTCAATCCCATACCTTTTTGGTTTCTGACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGA
TCAGTGATGAAATGAAGCCATCCGTGCCATTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGA
TCCTTGGATGCGTACTCTACCCACCTGTGTCTACCGCACTGAGTATCGCCCAGCTTCTGG
TAGTATTTGTTACCGAACTTGTCGACACCAATAAGCGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTG
GTTTGCAAGAGGTTTCCATCTGGCAGGCATCTCAGGAAGCCTTCTTCTCGGATCATCCTG
AGGAAGCCTCCGAGACCTTTCTCTCTAATCGCCTCCATCGCACTCTTCGCCACCGTCAAT
GCCATCGCTCTCCTCTCTGTCTCGATCGTTCGATCC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3FF91JQ 711 0 0
GTAATAATCTCCTCGCCAGAGGAGAAAGAAGCAATATGATTAAACAGCATCAATTACACA
ATTCAATAAACCCAATTGTTCAGCTTTAGAGATCCAAAACAGCTTTGCTTTTATTGAAAA
GAGACTGAAACAAAACAATAAATCACTCACTCAGAGAGCATTAACCAAAAAGCTCTCACA
TTCTTACTTGGTCTTGGTGGGTACCCATGGTTGGTACCGAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGG
GTTCAAGGTATGCCCTTTAGAATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAATTCTC
CTTATGCTCAATCCCATACCTTTCTGGTTTCTGACTCAACAGCTCGTCTCCGGTGTGATC
AGTGATGAAATGAAGCCATCCGTGCCATTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATC
CTTGGATGCGTACTCTACCCACCTGTGTCTACCGCACTGAGTATCGCCCAGCTTCTGGTA
GTATTTGTTACCGAACTTGTCGACACCGATAAGCGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTGGT
TTGCAAGAGGTTTCCATCTGGCAGGCATCTCAGGAAGCCTTCTTCTCGGATCATCCTGAG
GAAGCCTCCGAGACCTTTCTCTCTAATCGCCTCCAACGCACTCTTCGCCACCGTCAATGC
CATCGCTGTCCTCTTTGTCTCTCTCGATCGATGTCGGAAACTCGAA
ACAAC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3CU49JQB 592 0 0
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GAGAGCATTAACCAAAAAGCTCTCACATTCTTACTTGGTCTTGGTGGGTACCCATGGTTG
GTACCGAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGCCCTTTAGAATGGTAAATGTA
TGCATCACCTTCTCCAGAGAAATTCTCCTTATGCTCAATCCCATACCTTTTTGGTTTCTG
ACTCAACAGGTCGTCTCCGGTGTGATCAGTGATGAAATGAAGCCATCCGTGCCATTCGGC
TGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATCCTTCGATGCGTACTCTACCCACCTGTGTCTACC
GCACTGAGTATCGCCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTACCGAACTTGTCGACACCGATAAG
CGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTGGTTTGCAAGAGGTTTCCATCTGGCAGGCATCTCAG
GAAGCCTTCTTCTCGGATCATCCTGAGGAAGCCTCCGAGACCTTTCTCTCTAATCGCCTC
CAACGCACTCTTCGCCACCGTCAATGCCATCGCTGTCCTCTTTGTCTCTC
CC

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3H177TF 741 0 0
TTTTTGTGTAATAATCTCCTCGCCAGAGGAGAAAGAAGCAATATGATTAAACAGCATCAA
TTACACAATTCAATAAACCCAATTGTTCAGCTTTAGAGATCCAAAACAGCTTTGCTTTTA
TTGAAAAGAGACTGAAACAAAACAATAAATCACTCACTCAGAGAGCATTAACCAAAAAGC
TCTCACATTCTTACTTGGTCTTGGTGGGTACCCATGGTTGGTACCGAGTCCAGTTCTTTT
GCCCCGGGTTCAAGGTATGCCCTTTAGAATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGA
AATTCTCCTTATGCTCAATCCCATACCTTTCTGGTTTCTGACTCAACAGCTCGTCTCCGG
TGTGATCAGTGATGAAATGAAGCCATCCGTGCCATTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGT
AACGATCCTTGGATGCGTACTCTACCCACCTGTGTCTACCGCACTGAGTATCGCCCAGCT
TCTGGTAGTATTTGTTACCGAACTTGTCGACACCGATAAGCGTTGCTCCTATGTTGTGTA
TTTTGGTTTGCAAGAGGTTTCCATCTGGCAGGCATCTCAGGAAGCCTTCTTCTCGGATCA
TCCTGAGGAAGCCTCCGAGACCTTTCTCTCTAATCGCCTCCAACGCACTCTTCGCCACCG
TCAATGCCATCGCTGTCCTCTTTGTCTCTCTCGATCGATGTCGGAAACTCGAAACAACAA
CAAGGAACAGATACGAT
ACCC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3FF91TF 723 0 0
CTCGCCAGAGGAGAAAGAAGCAATATGATTAAACAGCATCAATTACACAATTCAATAAAC
CCAATTGTTCAGCTTTAGAGATCCAAAACAGCTTTGCTTTTATTGAAAAGAGACTGAAAC
AAAACAATAAATCACTCACTCAGAGAGCATTAACCAAAAAGCTCTCACATTCTTACTTGG
TCTTGGTGGGTACCCATGGTTGGTACCGAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTAT
GCCCTTTAGAATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAATTCTCCTTATGCTCAA
TCCCATACCTTTCTGGTTTCTGACTCAACAGCTCGTCTCCGGTGTGATCAGTGATGAAAT
GAAGCCATCCGTGCCATTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATCCTTGGATGCGT
ACTCTACCCACCTGTGTCTACCGCACTGAGTATCGCCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTAC
CGAACTTGTCGACACCGATAAGCGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTGGTTTGCAAGAGGT
TTCCATCTGGCAGGCATCTCAGGAAGCCTTCTTCTCGGATCATCCTGAGGAAGCCTCCGA
GACCTTTCTCTCTAATCGCCTCCAACGCACTCTTCGCCACCGTCAATGCCATCGCTGTCC
TCTTTGTCTCTCTCGATCGATGTCGGAAACTCGAAACAACAACAAGGAACAGATACGATA
CCC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3FZ71TF 689 0 0
CAGCATCAAT*ACACAATTCAATAAACCCAATTGTTCAGCTTTAGAGATCCAAAACAGCT
TTGCTTTTATTCAAAAGAGACTGAAACAAAACAATAAATCACTCACTCAGAGAGCATTAA
CCAAAAAGCTCTCACATTCTTACTTGGTCTTGGTGGGTACCCATGGTTGGTACCGAGTCC
AGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAGGGTATGCCCTTTAGAATGGTAAATGTATGCATCACCTT
CTCCAGAGAAGTTCTCCTTATGCTCAATCCCATACCTTTCTGGTTTCTGACTCAACAGCT
CGTCTCCGGTGTGATCAGTGATGAAATGAAGCCATCCGTGCCATTCGGCTGGTACTTGAG
ATGCGTTGTAACGATCCTTGGATGCGTACTCTACCCACCTGTGTCTACCGCACTGAGTAT
CGCCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTACCGAACTTGTCGACACCGATAAGCGTTGCTCCTA
TGTTGTGTATTTTGGTTTGCAAGAGGTTTCCATCTGGCAGGCATCTCAGGAAGCCTTCTT
CTCGGATCATCCTGAGGAAACCTCCGAGACCTTTCTCTCTAATCGCCTCCATCGCACTCT
TCGCCACCGTCAATGCCATCGCTGTCCTCTTTGTCTCTCTCGATCGATGTCGGAAACTCG
AA*CAACAACAAGGAACAGATACGAT
CCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 2 10

CO CL366Contig1 931 4 6 U
AAAACACACACATTCGATAAATGAACCCATATACATTCGATATACAACGTTTTACCATTT
TTATTTACAAAAAATGGTAGAATTTGGATATCTAGTGCATAGACGCAACAATCAAACATG
TTATACATTTGTGAACACCATACACATGGCTGAAAACAAATTGAGACTATGTGGAAGAAA
GCTGTGCCAGCCATGGAAGGAGACGCTCATGGACAAGATCCGGACGATCATCTTGTGGGC
AATGTCCAACACCTTCTAGAACATAGAGGTTGAAGTTAGGTAACTGATCCGGAAGGGACG
TGAAGTACTTACCTACAGGACCGTCAAGTGGAGTTAATCCATCCTGGTCTCCCCATAAGA
CAAGAACCGGTTTTGTTATTCCAGGAATCAGCGTAATCGGGTTTGGTCCAGGTGGACCCG
TTAATATCGAAACAAATGCATCTAGCGCACCTTCGCTGTTTGCTGGTCCAGCGATAATCT
CCACAAGGGTATCATCTACATTGTCTTTGTTGCCATATACATTTGTCAAGATGTTCTTGA
GATTCTCCCTGTCTTTAACACGGTTAAAGAGTGCAGAAGCAATTCCTCTTTGCTTGAGTA
AGAAGTCGATAAGCAAGAGCAATGGCATCAGCAGCTTGATTCTCCAGTCGTCAAACACGG
CTTTGTTGTTCATACCACCAGCACAATTCAACAGAACAAGACCTTTAACCAGATCTCGCT
GCGATTCTTCTGAAGCAGCTATAACGCAAGCAAGGCTTCCAACAGAGTTCCCAATCAAAA
CTGTCGGTTTCTGAACCACTTCCTCCAAGAAGTTTAGTATCAACTCAGCCCATGACTCCA
TAGTGTAGCTAAAACCAGGTGGCTTCTCCGAAGCACCAAACCCAAGAAGATCAATGGCAT
ACACTGTATGGTGTTTGGACAGAGCATTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CM03JQ U 15
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CGATA
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G
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GAATTTGGATATCTAGTGCATAGACGCAACAATCAAACATGTTATACATTTGTGAACACC
ATACACATGGCTGAAAACAAATTGAGACTATGTGGAAGAAAGCTGTGCCAGCCATGGAAG
GAGACGCTCATGGACAAGATCCGGACGATCATCTTGTGGGCAATGTCCAACACCTTCTAG
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TCCAGGAATCAGCGTAATCGGGTTTGGTCCAGGTGGACCCGTTAATATCGAAACAAATGC
ATCTAACGCACCTTCGCTGTTTGCTGGTCCAGCGATAATCTCCACAAGGGTATCATCTAC
ATTGTCTTTGTTGCCATATACATTTGTCAAGATGTTCTTGAGATTCTCCCTGTCTTTAAC
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CAATGGCATCAGCAGCTTGATTCTCCAGTCGTCAAACACGGCTTTGTTGTTCATACCACC
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TATAACGCAAG

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CTGT

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AGGTAACTGATCCGGAGGGGACGTGAAGTACTTACCTACAGGACCGTCAAGTGGAGTTAA
TCCATCCTGGTCTCCCCATAAGACAAGAACCGGTTTTGTTATTCCAGGAATCAGCGTAAT
CGGGTTTGGTCCAGGTGGACCCGTTAATATCGAAACAAATGCATCTAGCGCACCTTCGCT
GTTTGCTGGTCCAGCGATAATCTCCACAAGGGTATCATCTACATTGTCTTTGTTGCCATA
TACATTTGTCAAGATGTTCTTGAGATTCTCCCTGTCTTTAACACGGTTAAAGAGTGCAGA
AGCAATTCCTCTTTGCTTGAGTAAGAAGTCGATAAGCAAGAGCAATGGCATCAGCAGCTT
GATTCTCCAGTCGTCAAACACGGCTTTGTTGTTCATACCACCAGCACAATTCAACAGAAC
AAGACCTTTAACCAGATCTCGCTGCGATTCTTCTGAAGCAGCTATAACGCAAGCAAGGCT
TCCAACAGAGTTCCCAATCAAAACTGTCGGTTTCTGAACCACTTCCTCCAAGAAGTTTAG
TATCAACTCAGCCCATGACTCCATAGTGTAGCTAAAACCAGGTGGCTTCTCCGAAGCACC
AAACCCAAGAAGATCAATGGCATACACTGTATGGTGTTTGGACAGAGCATTTAT

QA 1 894 1 894
DS 



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ACGATGAGAGCTCTGACATGGACAGGATTATCTCCGCCGCCGCCGGCTATGGTGGCGCGA
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TTAGTTCACGGCTTTGGCGCCTCTATTCCTCACTGGCGAAGGAATATAAATGCTCTGTCC
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TGGTATGAACAACAAAGCCGTGTTTGACGACTGGAGAATCAAGCTGCTGATGCCATTGCT
CTTGCTTATCGACTTCTTACTCAAGCAAAGAGGAATTGCTTCTGCATTCTTTAACCATGT
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CTCCTTCCATGGCTGGCACAGCTTTCTTCCACATAGTCTCAATTTGTTTTCAGCCATGTG
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ATTTATCGAATGTGTGTGTTTTTAATAGGTTTCATTTTGTTTTGACTAAACCTGGAATGC
GCAGGAGATTAAATTCTTTAGTGAAACTTTTTAATTAAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G235TF U 1
AF RR3CM03TF U 8
AF RR3EH18TF U 15
AF RR3A631TF U 53
AF RR3A717TF U 262
AF RR3A717JQ C 533
BS 1 567 RR3G235TF
BS 568 568 RR3EH18TF
BS 569 663 RR3G235TF
BS 664 664 RR3CM03TF
BS 665 706 RR3G235TF
BS 707 731 RR3CM03TF
BS 732 766 RR3EH18TF
BS 767 767 RR3A717TF
BS 768 773 RR3EH18TF
BS 774 776 RR3A631TF
BS 777 777 RR3A717TF
BS 778 786 RR3A631TF
BS 787 891 RR3A717TF
BS 892 892 RR3A717JQ
BS 893 945 RR3A717TF
BS 946 1359 RR3A717JQ

RD RR3G235TF 706 0 0
GGAATGACAATCAACCAACACGGATAAACTAAAGAAGCAGAGCAGAGCTAGAGAGAGACG
ACGATGAGAGCTCTGACATGGACAGGATTATCTCCGCCGCCGCCGGCTATGGTGGCGCGA
ATGACGATGACTCCGAAGATAGTCGCCTTACGACGGATGATCCCCCGAAAAGATCGTGTC
TGTGCTAGAGCCACGGCGTCGTCTGGCGCGGCGGTTTCAAGCGGAGGAGTAGTGGAAGCG
GTGGAATTGGCTGAGATAGGAGAGAAGAGTAAGAAATGGAAGTGGAAGGGAGAGTACTCG
ATCAATTACTTTCTCAAGAGTTCGCCGGAGGAAGTAACTCCGGCGAGTCAGACTGTTCTC
TTAGTTCACGGCTTTGGCGCCTCTATTCCTCACTGGCGAAGGAATATAAATGCTCTGTCC
AAACACCATACAGTGTATGCCATTGATCTTCTTGGG*TTTGGTGCTTCGGAGAAGCCACC
TGGTTTTAGCTACACTATGGAGTCATGGGCTGAGTTGATACTAAACTTCTTGGAGGAAGT
GGTTCAGAAACCGACAGTTTTGATTGGGAACTCTGTTGGAAGCCTTGCTTGCGTTATAGC
TGCTTCAGAAGAATCGCAGCGAGATCTGGTTAAAGGTCTTGTTCTGTTGAATTGTGCTGG
TGGCATGAACAACAAAGCCGTGTTTGACGACTGGAGAATCAAGCTG

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3CM03TF 724 0 0
CAATCAACC
AACACGGATAAACTAAAGAAGCAGAGCAGAGCTAGAGAGAGACGACGATGAGAGCTCTGA
CATGGACAGGATTATCTCCGCCGCCGCCGGCTATGGTGGCGCGAATGACGATGACTCCGA
AGATAGTCGCCTTACGACGGATGATCCCCCGAAAAGATCGTGTCTGTGCTAGAGCCACGG
CGTCGTCTGGCGCGGCGGTTTCAAGCGGAGGAGTAGTGGAAGCGGTGGAATTGGCTGAGA
TAGGAGAGAAGAGTAAGAAATGGAAGTGGAAGGGAGAGTACTCGATCAATTACTTTCTCA
AGAGTTCGCCGGAGGAAGTAACTCCGGCGAGTCAGACTGTTCTCTTAGTTCACGGCTTTG
GCGCCTCTATTCCTCACTGGCGAAGGAATATAAATGCTCTGTCCAAACACCATACAGTGT
ATGCCATTGATCTTCTTGGGGTTTGGTGCTTCGGAGAAGCCACCTGGTTTTAGCTACACT
ATGGAGTCATGGGCTGAGTTGATACTAAACTTCTTGGAGGAAGTGGTTCAGAAACCGACA
GTTTTGATTGGGAACTCTGTTGGAAGCCTTGCTTGCGTTATAGCTGCTTCAGAAGAATCG
CAGCGAGATCTGGTTAAAG*TCTTGTTCTGTTGA*TTGTGCTGGTGGTATGA*CAACAAA
GCCGTGTTTGACGACTGGAGAATCAAGCTGCTGATGCCATTGCTCTTGCTTATCG

QA 10 724 10 724
DS 

RD RR3EH18TF 766 0 0
GG
AACACGGATAAACTAAAGAAGCAGAGCAGAGCTAGAGAGAGACGACGATGAGAGCTCTGA
CATGGACAGGATTATCTCCGCCGCCGCCGGCTATTGTGGCGCGAATGACGATGACTCCGA
AGATAGTCGCCTTACGACGGATGATCCCCCGAAAAGATCGTGTCTGTGCTAGAGCCACGG
CGTCGTCTGGCGCGGCGGTTTCAAGCGGAGGAGTAGTGGAAGTGGTGGAATTGGCTGAGA
TAGGAGAGAAGAGTAAGAAATGGAAGTGGAAGGGAGAGTACTCGATCAATTACTTTCTCA
AGAGTTCGCCGGAGGAAGTAACTCCGGCTAGTCAGACTGTTCTCTTAGTTCACGGCTTTG
GCGCCTCTATTCCTCACTGGCGAAGGAATATAAATGCTCTGTCCAAACACCATACAGTTT
ATGCCATTGATCTTCTTGGG*TTTTGTGCTTCCGAGAAGCCACCTGGTTTTAGCTACACT
ATGGAGTCATGGGCTGAGTTGATACTAAACTTCTTGGAGGAAGTGGTTCAGAAACCGACA
GTTTTGATTGGAAACTCTGTTGGAAGCCTTGCTTGCGTTATAGCTGCTTCAGAAGAATCG
CAGCGAGATCTGGTTAAAGGTCTTGTTCTGTTGA*TTGTGCTGGTGGTATGAACAACAAA
GCCGTGTTTGACGACTGGAGAATCAAGCTGCTGATGCCATTGCTCTTGCTTATCGACTTC
TTACTCAAGCAAAGAGGAATTGCTTCTGCACTCTTTA
CCGTGTT

QA 3 759 3 759
DS 

RD RR3A631TF 734 0 0
GG
GAGACGACGATGAGAGCTCTGACATGGACAGGATTATCTCCGCCGCCGCCGGCTATGGTG
GCGCGAATGACGATGACTCCGAAGATAGTCGCCTTACGACGGATGATCCCCCGAAAAGAT
CGTGTCTGTGCTAGAGCCACGGCGTCGTCTGGCGCGGCGGTTTCAAGCGGAGGAGTAGTG
GAAGCGGTGGAATTGGCTGAGATAGGAGAGAAGAGTAAGAAATGGAAGTGGAAGGGAGAG
TACTCGATCAATTACTTTCTCAAGAGTTCGCCGGAGGAAGTAACTCCGGCGAGTCAGACT
GTTCTCTTAGTTCACGGCTTTGGCGCCTCTATTCCTCACTGGCGAAGGAATATAAATGCT
CTGTCCAAACACCATACAGTGTATGCCATTGATCTTCTTGGG*TTTGGTGCTTCGGAGAA
GCCACCTGGTTTTAGCTACACTATGGAGTCATGGGCTGAGTTGATACTAAACTTCTTGGA
GGAAGTGGTTCAGAAACCGACAGTTTTGATTGGGAACTCTGTTGGAAGCCTTGCTTGCGT
TATAGCTGCTTCAGAAGAATCGCAGCGAGATCTGGTTAAAGGTCTTGTTCTGTTGAATTG
TGCTGGTGGTATGAACAACAAAGCCGTGTTTGACGACTGGAGAATCAAGCTGCTGATGCC
ATTGCTCTTGCTTATCGACTTCTTACTCAAGCAAAGAGGAATTGCTTCTGCACTCTTTAA
CCGTGTTAAAGA

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR3A717TF 684 0 0
GAGAAGAGTAAGAAATGGAAGTGGAAGGGAGAGTACTCGATCAATTACTTTCTCAAGAGT
TCGCCGGAGGAAGTAACTCCGGCGAGTCAGACTGTTCTCTTAGTTCACGGCTTTGGCGCC
TCTATTCCTCACTGGCGAAGGAATACAAATGCTCTGTCCAAACACCATACAGTTTATGCC
ATTGATCTTCTTGGG*TTTGGTGCTTCCGAGAAGCCACCTGGTTTTAGCTACACTATGGA
GTCATGGGCTGAGTTGACACTAAACTTCTTGGAGGAAGTGGTTCAGAAACCGACAGTTTT
GATTGGAAACTCTGTTGGAAGCCTTGCTTGCGTTATAGCTGCTTCAGAAGAATCGCAGCG
AGATCTGGTTAAAGGTCTTGTTCTGTTGAATTGTGCTGGTGGTATGAACAACAAAGCCGT
GTTTGACGACTGGAGAATCAAGCTGCTGATGCCATTGCTCTTGCTTATCGACTTCTTACT
CAAGCAAAGAGGAATTGCTTCTGCATTCTTTAACCATGTTAAAGACAGGGAGAATCTCAA
GAACATCTTGACAAATGTATATGGCAACAAAGACAATGTAGATGATACCCTTGTGGAGAT
TATCGCTGGACCAGCGGATGTTGCTTTTAG*ACTCCGCTGGAATAACAAAACCGGTTCTT
GTCTTATGGGGAGACCAGGATGGA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3A717JQ 827 0 0
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GTTATAGCTGCTTCAGAAGAATCGCAGCGAGATCTGGTTAAAGGTCTTGTTCTGTTGAAT
TGTGCTGGTGGTATGAACAACAAAGCCGTGTTTGACGACTGGAGAATCAAGCTGCTGATG
CCATTGCTCTTGCTTATCGACTTCTTACTCAAGCAAAGAGGAATTGCTTCTGCATTCTTT
AACCATGTTAAAGACAGGGAGAATCTCAAGAACATCTTGACAAATGTATATGGCAACAAA
GACAATGTAGATGATACCCTTGTGGAGATTATCGCTGGACCAGCGGATGTTGCTTTTAGG
ACTCCGCTGGAATAACAAAACCGGTTCTTGTCTTATGGGGAGACCAGGATGGATTAACTC
CACTTGACGGTCCTGTAGGTAAGTACTTCACGTCCCTTCCGGAACAGTTACCTAACTTCA
ACCTCTATGTTCTAGAAGGTGTTGGACATTGCCCACAAGATGATCGTCCGGATCTTGTCC
ATGAGCGTCTCCTTCCATGGCTGGCACAGCTTTCTTCCACATAGTCTCAATTTGTTTTCA
GCCATGTGTATGGTGTTCACAAATGTATAACATGTTTGATTGTTGCGTCTATGCACTAGA
TATCCAAATTCTACCATTTTTTGTAAATAAAAATGGTAAAACGTTGTATATCGAATGTAT
ATGGGTTCATTTATCGAATGTGTGTGTTTTTAATAGGTTTCATTTTGTTTTGACTAAACC
TGGAATGCGCAGGAGATTAAATTCTTTAGTGAAACTTTTTAATTAAG

QA 1 827 1 827
DS 



AS 3 10

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CAGAAAATGGACATGCTCAAACATCGAATGCTTATTGTAAGAAAACAAGAAGCAAATTGG
CCTCACATGACACTTGTACAAAGAAAAATGGTGATGCGTTGTGCAAAACGTCTTGCAAAC
ATGAATATTATCTCAATGGAAGTTGTCTAATACTTCCAAAGACAACAAAAAAAGATTGCT
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AGTGTATGGAAATTCTTCGTCAGTACAACTACTACTTGATATCAATAGTTATTATGCTGA
TGTGTGTAATAAATTCATCTTATAATCAATTAAGTAATCAAGAAACATGTATAAATAAGA
ATATCAAAATTGAAGATATGATAAAAATTCTTTCAAGATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EO57JQ C 1
AF RR3EO57TF U 1
BS 1 520 RR3EO57TF

RD RR3EO57JQ 520 0 0
GGAATCATTCCATACTAATTTAAAACACGAAAATAACAAGAAAATAAAATAAACAAATGG
CCATCAGTTCAAATGGTATTATGTTTGCCTTTATTGTGATGCTATTTTTGTTGGTTTCAA
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CCTCACATGACACTTGTACAAAGAAAAATGGTGATGCGTTGTGCAAAACGTCTTGCAAAC
ATGAATATTATCTCAATGGAAGTTGTCTAATACTTCCAAAGACAACAAAAAAAGATTGCT
ATTGCTACCATTTCGATGATGGATCCAAATGCTCAGGTGTCTAAATCCACAGGCCATGAA
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TGTGTGTAATAAATTCATCTTATAATCAATTAAGTAATCAAGAAACATGTATAAATAAGA
ATATCAAAATTGAAGATATGATAAAAATTCTTTCAAGATT

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3EO57TF 520 0 0
GGAATCATTCCATACTAATTTAAAACACGAAAATAACAAGAAAATAAAATAAACAAATGG
CCATCAGTTCAAATGGTATTATGTTTGCCTTTATTGTGATGCTATTTTTGTTGGTTTCAA
CAGAAAATGGACATGCTCAAACATCGAATGCTTATTGTAAGAAAACAAGAAGCAAATTGG
CCTCACATGACACTTGTACAAAGAAAAATGGTGATGCGTTGTGCAAAACGTCTTGCAAAC
ATGAATATTATCTCAATGGAAGTTGTCTAATACTTCCAAAGACAACAAAAAAAGATTGCT
ATTGCTACCATTTCGATGATGGATCCAAATGCTCAGGTGTCTAAATCCACAGGCCATGAA
AGTGTATGGAAATTCTTCGTCAGTACAACTACTACTTGATATCAATAGTTATTATGCTGA
TGTGTGTAATAAATTCATCTTATAATCAATTAAGTAATCAAGAAACATGTATAAATAAGA
ATATCAAAATTGAAGATATGATAAAAATTCTTTCAAGATT

QA 1 520 1 520
DS 



CO CL367Contig2 494 3 4 U
CAATTTTGATATTATTATTTATACATGTTTCTTGATTACTTAATTGATTATAAGATGAAT
TTATTACACACATCAGCATAATAACTATTGATATCAAGTAGTAGTTGTACTGACGAAGAA
TTTCCATACACTTTCATGGCCTGTGGATTTAGACACCTGAGCATTTGGATCCATCATCGA
AATGGTAGCAATAGCAATCTTTTTTTGTTGTCTTTGGAAGTATTAGACAACTTCCATTGA
GATAATATTCATGTTTGCAAGACGTTTTGCACAACGCATCACCATTTTTCTTTGTACAAG
TGTCATGTGAGGCCAATTTGCTTCTTGTTTTCTTACAATAAGCATTCGATGTTTGAGCAT
GTCCATTTTCTATTCCTGTTGAAACCAACAAAAATAGCATCACAATAAAGGCAAACATAA
TACCATTTGAACTGATGGCCATTTGTTTCTTTTATTTTCTTGTTATTTTCGTGTTTTAAA
TTAGTATGGAATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3EQ67JQ U 1
AF RR3EQ67TF C 1
AF RR3C716JQ U 46
BS 1 117 RR3EQ67JQ
BS 118 118 RR3C716JQ
BS 119 492 RR3EQ67JQ
BS 493 494 RR3C716JQ

RD RR3EQ67JQ 494 0 0
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TTATTACACACATCAGCATAATAACTATTGATATCAAGTAGTAGTTGTACTGACGAAAAA
TTTCCATACACTTTCATGGCCTGTGGATTTAGACACCTGAGCATTTGGATCCATCATCGA
AATGGTAGCAATAGCAATCTTTTTTTGTTGTCTTTGGAAGTATTAGACAACTTCCATTGA
GATAATATTCATGTTTGCAAGACGTTTTGCACAACGCATCACCATTTTTCTTTGTACAAG
TGTCATGTGAGGCCAATTTGCTTCTTGTTTTCTTACAATAAGCATTCGATGTTTGAGCAT
GTCCATTTTCTATTCCTGTTGAAACCAACAAAAATAGCATCACAATAAAGGCAAACATAA
TACCATTTGAACTGATGGCCATTTGTTTCTTTTATTTTCTTGTTATTTTCGTGTTTTAAA
TTAGTATGGAAT
CC

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR3EQ67TF 494 0 0
CAATTTTGATATTATTATTTATACATGTTTCTTGATTACTTAATTGATTATAAGATGAAT
TTATTACACACATCAGCATAATAACTATTGATATCAAGTAGTAGTTGTACTGACGAAGAA
TTTCCATACACTTTCATGGCCTGTGGATTTAGACACCTGAGCATTTGGATCCATCATCGA
AATGGTAGCAATAGCAATCTTTTTTTGTTGTCTTTGGAAGTATTAGACAACTTCCATTGA
GATAATATTCATGTTTGCAAGACGTTTTGCACAACGCATCACCATTTTTCTTTGTACAAG
TGTCATGTGAGGCCAATTTGCTTCTTGTTTTCTTACAATAAGCATTCGATGTTTGAGCAT
GTCCATTTTCTATTCCTGTTGAAACCAACAAAAATAGCATCACAATAAAGGCAAACATAA
TACCATTTGAACTGATGGCCATTTGTTTCTTTTATTTTCTTGTTATTTTCGTGTTTTAAA
TTAGTATGGAAT
CC

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR3C716JQ 449 0 0
GATTATAAGATGAATTTATTACACACATCAGCATAATAACTATTGATATCAAGTAGTAGT
TGTACTGACGAAGAATTTCCATACACTTTCATGGCCTGTGGATTTAGACACCTGAGCATT
TGGATCCATCATCGAAATGGTAGCAATAGCAATCTTTTTTTGTTGTCTTTGGAAGTATTA
GACAACTTCCATTGAGATAATATTCATGTTTGCAAGACGTTTTGCACAACGCATCACCAT
TTTTCTTTGTACAAGTGTCATGTGAGGCCAATTTGCTTCTTGTTTTCTTACAATAAGCAT
TCGATGTTTGAGCATGTCCATTTTCTATTCCTGTTGAAACCAACAAAAATAGCATCACAA
TAAAGGCAAACATAATACCATTTGAACTGATGGCCATTTGTTTCTTTTATTTTCTTGTTA
TTTTCGTGTTTTAAATTAGTATGGAATCC

QA 1 449 1 449
DS 



CO CL367Contig3 499 5 3 U
CAATGTTGATATTCTTATTTATACATGTTTCTTGATTACTTGATTGATTGTAAGATGAAT
TTATTACACACATCAACATAATAACTATTGATATCAAGTAGTAGTTGTAATGACGAAAAA
TTTCCATACACTTTCATGGCCTGTGGATTTAGACACCTGAGCATTTGGATCCATCATCGA
AATGGTAGCAATAGCAATCTTTTTTTGTCGTCTTTGGAAGTATTAGACAACTTCCATTGG
TTATATATTCATGTTTGCAAGACGTTTTGCACAACGCATCACCATTTTTCTTTGTACAAG
TGTCATGTGAGGCCAATTTGCTTCGTGTTTTCTTACAATAATGATTAGATGTTTGAGCAT
GTCCATTTTCTATTCCTGTTGAAACCAACAAAAATAGCATCACAATAACAGCAAACATAA
TACCATTTGAACTGATGGTCATTTGTTTCTTTTTGTTTTCTTGTTATTTTCGTGTTTTAA
ATTAGCATGGAATGATTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 

AF RR3F428JQ U 1
AF RR3FG16JQ U 74
AF RR3F428TF C 1
AF RR3DQ17JQ U 21
AF RR3DQ17TF C 21
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BS 258 258 RR3FG16JQ
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RD RR3F428JQ 499 0 0
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TTATATATTCATGTTTGTAAGACGTTTTGCACAACGCATCACCATTTTTCTTTGTACAAG
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QA 1 499 1 499
DS 

RD RR3FG16JQ 426 0 0
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GCAATCTTTTTTTGTCGTCTTTGGAAGTATTAGACAACTTCCATTGGATATATATTCATG
TTTGCAAGACGTTTTGCACAACGCATCACCATTTTTCTTTGTACAAGTGTCATGTGAGGC
CAATTTGCTTCGTGTTTTCTTACAATAATGATTAGATGTTTGAGCATGTCCATTTTCTAT
TCCTGTTGAAACCAACAAAAATAGCATCACAATAACAGCAAACATAATACCATTTGAACT
GATGGTCATTTGTTTCTTTTTGTTTTCTTGTTATTTTCGTGTTTTAAATTAGCATGGAAT
GATTCC

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR3F428TF 499 0 0
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TTATTACACACATCAACATAATAACTATTGATATCAAGTAGTAGTTGTAATGACGAAAAA
TTTCCATACACTTTCATGGCCTGTGGATTTAGACACCTGAGCATTTGGATCCATCATCGA
AATGGTAGCAATAGCAATCTTTTTTTGTCGTCTTTGGAAGTATTAGACAACTTCCATTGG
TTATATATTCATGTTTGTAAGACGTTTTGCACAACGCATCACCATTTTTCTTTGTACAAG
TGTCATGTGAGGCCAATTTGCTTCGTGTTTTCTTACAATAATGATTAGATGTTTGAGCAT
GTCCATTTTCTATTCCTGTTGAAACCAACAAAAATAGCATCACAATAACAGCAAACATAA
TACCATTTGAACTGATGGTCATTTGTTTCTTTTTGTTTTCTTGTTATTTTCGTGTTTTAA
ATTAGCATGGAATGATTCC

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR3DQ17JQ 479 0 0
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TTTTTTGTCGTCTTTGGAAGTGTTAGACAACTTCCATTGGTTATATATTCATGTTTGCAA
GACGTTTTGCACAACGCATCACCATTTTTCTTTGTACAAGTGTCATGTGAGGCCAATTTG
CTTCGTGTTTTCTTACAATAATGATTAGATGTTTGAGCATGTCCATTTTCTATTCCTGTT
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ATTTGTTTCTTTTTGTTT*CTTGTTATTTTCGTGTTTTAAATTAGCATGGAATGATTCC

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR3DQ17TF 479 0 0
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ATAACTATTGATATCAAGTAGTAGTTGTAATGACGAAAAATTTCCATACACTTTCATGGC
CTGTGGATTTAGACACCTGAGCATTTGGACCCATCATCGAAATGGTAGCAATAGCAATCT
TTTTTTGTCGTCTTTGGAAGTGTTAGACAACTTCCATTGGTTATATATTCATGTTTGCAA
GACGTTTTGCACAACGCATCACCATTTTTCTTTGTACAAGTGTCATGTGAGGCCAATTTG
CTTCGTGTTTTCTTACAATAATGATTAGATGTTTGAGCATGTCCATTTTCTATTCCTGTT
GAAACCAACAAAAATAGCATCACAATAACAGCAAACATAATACCATTTGAACTGATGGTC
ATTTGTTTCTTTTTGTTT*CTTGTTATTTTCGTGTTTTAAATTAGCATGGAATGATTCC

QA 1 479 1 479
DS 



AS 1 6

CO CL368Contig1 1027 6 16 U
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GCCGCCTAGGATATCTAGCGGTTCGATCTCTGGTGTCACGGCTGATGCGTATGAAGATGA
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TGGGAGGTACCGTAACATCATGGACATGAACGCAGGGTTTGGTGGGTTTGCTGCTGCTTT
GGAGTCACAGAAGCTTTGGGTTATGAATGTTGTTCCAACCATTGCTGAGAAGAATAGGCT
TGGTGTTGTGTATGAACGAGGACTCATTGGTATCTACCATGACTGGTGCGAGGCTTTCTC
GACATACCCGAGAACATATGACTTAATTCATGCGAACCATCTCTTCAGTCTTTACAAGAA
CAAGTGCAATGCGGAAGACATTCTTCTGGAGATGGATAGGATTCTGCGTCCAGAAGGAGC
GGTTATAATCAGGGACGATGTTGACACATTGATGAAGGTGAAGGGAATCATCTCCGGAAT
GAGATGGGACTCGAAGATGGTTGATCATGAGGATGGTCCTTTGGTTCCTGAGAAGGTTTT
GATTGCTGTGAAGCAGTATTGGGTCACCAACTCCACTGCGTCTCACTGAAGTAATGTTTA
CTACCCGGTGTGAGTGACCTGACATTTTGATCTTATGATAGAGCTTTCGAGCTACATTCT
CTGTCTCTGTTACACTTTTATAAGTACAATCTCTATTTATTAATGTAATAGTTTATATTT
GTTTCTTTGTCCCAAAAGCTTGGAACTTTTGTGGTGTATCATTGAATTATCAACTTTTAT
AATGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP24TF U 1
AF RR3FS09TF U 92
AF RR3G273TF U 293
AF RR3G273JQ C 293
AF RR3D776TF U 337
AF RR3D776JQ C 337
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BS 324 324 RR3G273TF
BS 325 345 RR3BP24TF
BS 346 346 RR3G273TF
BS 347 423 RR3BP24TF
BS 424 424 RR3G273TF
BS 425 483 RR3BP24TF
BS 484 484 RR3G273TF
BS 485 612 RR3BP24TF
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BS 614 655 RR3BP24TF
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BS 657 697 RR3BP24TF
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BS 944 1017 RR3D776TF
BS 1018 1027 RR3D776JQ

RD RR3BP24TF 697 0 0
GTGCTGGGAGAAGAAGTACGAACACGGCGAGATCGCCATCTGGCAGAAGAGAGTCAACGA
CGAGGCGTGCCGCTCGAGACAAGACGACCCTAGAGCCAACTTCTGCAAAACCACTGATGA
CACCGATGACGTGTGGTACAAGAAAATGGAGGCGTGCATTACACCTTATCCCGAGACGAG
CAGCTCGGACGAAGTGGCTGGAGGAGAGCTTCAGGTGTTCCCTGATAGGCTCAACGCGGT
GCCGCCTAGGATATCTAGCGGTTCGATCTCTGGTGTCACGGCTGATGCGTATGAAGATGA
TAACAGACAGTGGAAGAAACATGTGAAGGCTTACAAGAGGATCAACAGTTTGATTGATAC
TGGGAGGTACCGTAACATCATGGACATGAACGCAGGGTTTGGTGGGTTTGCTGCTGCTTT
GGAATCACAGAAGCTTTGGGTTATGAATGTTGTTCCAACCATTGCTGAGAAGAATAGGCT
TGGAGTTGTGTATGAACGAGGACTCATTGGTATCTACCATGACTGGTGCGAGGCTTTCTC
GACATACCCGAGAACATATGACTTAATTCATGCGAACCATCTCTTCAGTCTTTACAAGAA
CAAGTGCAATGCAGAAGACATTCTTCTGGAGATGGATAGGATTCTGCGTCCAGAAAGAGC
GGTTATAATCAGGGACGATGTTGACACATTGATGAAG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3FS09TF 609 0 0
G
GAGCCAACTTCTGCAAAACCACTGATGACACCGATGACGTGTGGTACAAGAAAATGGAGG
CGTGCATTACACCTTATCCCGAGACGAGCAGCTCGGACGAAGTGGCTGGAGGAGAGCTTC
AGGTGTTCCCTGATAGGCTCAACGCGGTGCCGCCTAGGATATCTAGCGGTTCGGTCTCTG
GTGTCACGGCTGATGCGTATGAAGATGATAACAGACAGTGGAAGAAACATGTGAAGGCTT
ACAAGAGGATCAACAGTTTGATTGATACTGGGAGGTACCGTAACATCATGGACATGAACG
CAGGGTTTGGTGGGTTTGCTGCTGCTTTGGAATCACAGAAGCTTTGGGTTATGAATGTTG
TTCCAACCATTGCTGAGAAGAATAGGCTTGGAGTTGTGTATGAACGAGGACTCATTGGTA
TCTACCATGACTGGTGCGAGGCTTTCTCGACATACCCGAGAACATATGACTTAATTCATG
CGAACCATCTCTTCAGTCTTTACAAGAACAAGTGCAATGCAGAAGACATTCTTCTGGAGA
TGGATAGGATTCTGCGTCCAGGAGGAGCGGTTATAATCAGGGACGATGTTGACACATTGA
TGAA
AGTG

QA 2 605 2 605
DS 

RD RR3G273TF 651 0 0
GAAGATGATAACAGACAGTGGAAGAAACATGGGAAGGCTTACAAGAGGATCAATAGTTTG
ATTGATACTGGGAGGTACCGTAACATCATGGACATGAACGCAGGGTTTGGTGGGTTTGCT
GCTGCTTTGGAGTCACAGAAGCTTTGGGTTATGAATGTTGTTCCAACCATTGCTGAGAAG
AATAGGCTTGGTGTTGTGTATGAACGAGGACTCATTGGTATCTACCATGACTGGTGCGAG
GCTTTCTCGACATACCCGAGAACATATGACTTAATTCATGCGAACCATCTCTTCAGTCTT
TACAAGAACAAGTGCAATGCGGAAGACATTCTTCTGGAGATGGATAGGATTCTGCGTCCA
GAAGGAGCGGTTATAATCAGGGACGATGTTGACACATTGATGAAGGTGAAGGGAATCATC
TCCGGAATGAGATGGGACTCGAAGATGGTTGATCATGAGGATGGTCCTTTGGTTCCTGAG
AAGGTTTTGATTGCTGTGAAGCAGTATTGGGTCACCAACTCCACTGCGTCTCACTGAAGT
AATGTTTACTACCCGGTGTGAGTGACCTGACATTTTGATCTTATGATAGAGCTTTCGAGC
TACATTCTCTGTCTCTGTTACACTTTTATAAGTACAATCTCTATTTATTAA

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3G273JQ 669 0 0
GAAGATGATAACAGACAGTGGAAGAAACATGGGAAGGCTTACAAGAGGATCAATAGTTTG
ATTGATACTGGGAGGTACCGTAACATCATGGACATGAACGCAGGGTTTGGTGGGTTTGCT
GCTGCTTTGGAGTCACAGAAGCTTTGGGTTATGAATGTTGTTCCAACCATTGCTGAGAAG
AATAGGCTTGGTGTTGTGTATGAACGAGGACTCATTGGTATCTACCATGACTGGTGCGAG
GCTTTCTCGACATACCCGAGAACATATGACTTAATTCATGCGAACCATCTCTTCAGTCTT
TACAAGAACAAGTGCAATGCGGAAGACATTCTTCTGGAGATGGATAGGATTCTGCGTCCA
GAAGGAGCGGTTATAATCAGGGACGATGTTGACACATTGATGAAGGTGAAGGGAATCATC
TCCGGAATGAGATGGGACTCGAAGATGGTTGATCATGAGGATGGTCCTTTGGTTCCTGAG
AAGGTTTTGATTGCTGTGAAGCAGTATTGGGTCACCAACTCCACTGCGTCTCACTGAAGT
AATGTTTACTACCCGGTGTGAGTGACCTGACATTTTGATCTTATGATAGAGCTTTCGAGC
TACATTCTCTGTCTCTGTTACACTTTTATAAGTACAATCTCTATTTATTAATGTAATAGT
TTATATTTG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3D776TF 691 0 0
GAGGATCAATAGTTTGATTGATACTGGGAGGTACCGTAACATCATGGACATGAACGCAGG
GTTTGGTGGGTTTGCTGCTGCTTTGGAGTCACAGAAGCTTTGGGTTATGAATGTTGTTCC
AACCATTGCTGAGAAGAATAGGCTTGGTGTTGTGTATGAACGAGGACTCATTGGTATCTA
CCATGACTGGTGCGAGGCTTTCTCGACATACCCGAGAACATATGACTTAATTCATGCGAA
CCATCTCTTCAGTCTTTACAAGAACAAGTGCAATGCGGAAGACATTCTTCTGGAGATGGA
TAGGATTCTGCGTCCAGAAGGAGCGGTTATAATCAGGGACGATGTTGACACATTGATGAA
GGTGAAGGGAATCATCTCTGGAATGAGATGGGACTCGAAGATGGTTGATCATGAGGATGG
TCCTTTGGTTCCTGAGAAGGTTTTGATTGCTGTGAAGCAGTATTGGGTCACCAACTCCAC
TGCGTCTCACTGAAGTAATGTTTACTACCCGGTGTGAGTGACCTGACATTTTGATCTTAT
GATAGAGCTTTCGAGCTACATTCTCTGTCTCTGTTACACTTTTATAAGTACAATCTCTAT
TTATTAATGTAATAGTTTATATTTGTTTCTTTGTCCCAAAAGCTTGGAACTTTTGTGGTG
TATCATTGAATTATCAACTTT
TATAATGACC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3D776JQ 691 0 0
GAGGATCAATAGTTTGATTGATACTGGGAGGTACCGTAACATCATGGACATGAACGCAGG
GTTTGGTGGGTTTGCTGCTGCTTTGGAGTCACAGAAGCTTTGGGTTATGAATGTTGTTCC
AACCATTGCTGAGAAGAATAGGCTTGGTGTTGTGTATGAACGAGGACTCATTGGTATCTA
CCATGACTGGTGCGAGGCTTTCTCGACATACCCGAGAACATATGACTTAATTCATGCGAA
CCATCTCTTCAGTCTTTACAAGAACAAGTGCAATGCGGAAGACATTCTTCTGGAGATGGA
TAGGATTCTGCGTCCAGAAGGAGCGGTTATAATCAGGGACGATGTTGACACATTGATGAA
GGTGAAGGGAATCATCTCTGGAATGAGATGGGACTCGAAGATGGTTGATCATGAGGATGG
TCCTTTGGTTCCTGAGAAGGTTTTGATTGCTGTGAAGCAGTATTGGGTCACCAACTCCAC
TGCGTCTCACTGAAGTAATGTTTACTACCCGGTGTGAGTGACCTGACATTTTGATCTTAT
GATAGAGCTTTCGAGCTACATTCTCTGTCTCTGTTACACTTTTATAAGTACAATCTCTAT
TTATTAATGTAATAGTTTATATTTGTTTCTTTGTCCCAAAAGCTTGGAACTTTTGTGGTG
TATCATTGAATTATCAACTTTTATAATGACC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 10

CO CL369Contig1 1161 10 17 U
GGAAGCTAACGAGCCGTTACTCCTTAAAACATCTCCACTCTCAAAAACGCCGTCGTTTCA
GCTATGGCGTTGAGCTCAGCTGCTACTCTTAAACTAACCTCCTTGTCCTTCTCCGCGAAG
AAGACGACGAATCGAAACCCGAGGAATCCGTCCCTCTCCTTCACCATCAACTGCTCATCA
TCATCATCATTCGACGAACCACCTAAACCTTCTCTCACCTCTTCTACTCCACCGATTCGC
GTCTCCTCCTCGAGCTCTTCCCCGAAAGCTCGATTCGTCGCTCGTCAGAAACAATCCGTC
TCCGTTCGCCAGCTCCAACGACCTCTAATTGAGTATATGAGCTTACCTGCAAGTCAGTAC
TCGGTGCTAGATGCGGAGAGGATTGAGAGAGTTGATGATAACACGTTCAGATGCTATGTT
TACACCTTTAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCTGTTCTCCTCGTCAGGGTCGAAGAA
CAGACTAACGGCTGCTGCATCAAGCTCTTATCCTGCAAGCTTGAGGGGTCTCCTGTTGTG
GTTGCTCAAAATGATAAATTTGATGCTTCTATGGTGAACCGGGTATCGTGTGATAGCAGC
ACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTACTTCAGATGCAGTCATTGAGGTCAATATC
GAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGTCGGAGCAATTGAAGCGACGGGGACACAA
GTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACCACGATTCTTGTCTCAGCTCTCGAAAGAC
TATCAAGCATGGGCTTCTGGAGACACTTCAAGGCAACCTCTTGGGACTGGCGAGATCTGA
TAGTAAAGCCAAAAAAATCTACCTTACCTGGTTCAGAGAACCTATGCATCCTGGAGACTA
GAGTTTTAGCAAATTCTCGTTCATTTTAAAATGTTTTCTTTGGGTTATATAACGACTAGT
GAATTTGTATTCTCTGGAATAACTCTTTAAACCTTCTCAGGAGAAATGCATGCTTGTTTG
TTTTGTTTGTTCCACTGTGGGTGTCGATGTTTCATGTTAATCCAACCAGGAGTTTCTTAC
CCGGGTCTGGATTTTGTACCAAAAACCTGTTTGTTCCAATGTTGGTAAGGCCGGTATATT
GGATGGACCAGTTCAGATTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 50 50 50 30 45 45 30 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 40 40 40 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H667TF U 1
AF RR3C401TF U 27
AF RR3A303TF U 29
AF RR3B905TF U 36
AF RR3C446TF U 52
AF RR3B905JQ C 213
AF RR3C401JQ C 361
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AF RR3H667JQ C 479
AF RR3C446JQ C 459
BS 1 499 RR3H667TF
BS 500 500 RR3C401TF
BS 501 605 RR3H667TF
BS 606 636 RR3C401TF
BS 637 637 RR3A303TF
BS 638 713 RR3C401TF
BS 714 714 RR3A303TF
BS 715 722 RR3C401TF
BS 723 723 RR3A303TF
BS 724 812 RR3C401TF
BS 813 813 RR3C446TF
BS 814 817 RR3B905TF
BS 818 818 RR3B905JQ
BS 819 853 RR3B905TF
BS 854 856 RR3C446TF
BS 857 1032 RR3B905JQ
BS 1033 1161 RR3A303JQ

RD RR3H667TF 605 0 0
GGAAGCTAACGAGCCGTTACTCCTTAAAACATCTCCACTCTCAAAAACGCCGTCGTTTCA
GCTATGGCGTTGAGCTCAGCTGCTACTCTTAAACTAACCTCCTTGTCCTTCTCCGCGAAG
AAGACGACGAATCGAAACCCGAGGAATCCGTCCCTCTCCTTCACCATCAACTGCTCATCA
TCATCATCATTCGACGAACCACCTAAACCTTCTCTCACCTCTTCTACTCCACCGATTCGC
GTCTCCTCCTCGAGCTCTTCCCCGAAAGCTCGATTCGTCGCTCGTCAGAAACAATCCGTC
TCCGTTCGCCAGCTCCAACGACCTCTAATTGAGTATATGAGCTTACCTGCAAGTCAGTAC
TCGGTGCTAGATGCGGAGAGGATTGAGAGAGTTGATGATAACACGTTCAGATGCTATGTT
TACACCTTTAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCTGTTCTCCTCGTCAGGGTCGAAGAA
CAGACTAACGGCTGCTGCAGCAAGCTCTTATCCTGCAAGCTTGAGGGGTCTCCTGTTGTG
GTTGCTCAAAATGATAAATTTGATGCTTCTATGGTGAACCGGGTATCGTGTGATAGCAGC
ACTCA

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3C401TF 798 0 0
AGGG
ATCTCCACTCTCAAAAACGCCGTCGTTTCAGCTATGGCGTTGAGCTCAGCTGCTACTCTT
AAACTAACCTCCTTGTCCTTCTCCGCGAAGAAGACGACGAATCGAAACCCGAGGAATCCA
TCCCTCTCCTTCACCATCAACTGCTCATCATCATCATCATTCGACGAACCACCTAAACCT
TCTCTCACCTCTTCTACTCCACCGATTCACGTCTCCTCCTCGAGCTCTTCCCCGAAAGCT
CGATTCGTCGCTCGTCAGAAACAATCCGTCTCCGTTCGCCAGCTCCAACGACCTCTAATT
GAGTATATGAGCTTACCTGCAAGTCAGTACTCGGTGCTAGATGCGGAGAGGATTGAGAGA
GTTGATGATAACACGTTCAGATGCTATGTTTACACCTTTAAGTTCTTCAACTTCGAAGTC
TGCCCTGTTCTCCTCGTCAGGGTCGAAGAACAGACTAACGGCTGCTGCATCAAGCTCTTA
TCCTGCAAGCTTGAGGGGTCTCCTGTTGTGGTTGCTCAAAATGATAAATTTGATGCTTCT
ATGGTGAACCGGGTATCGTGTGATAGCAGCACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATT
ACTTCATATGCAGTCATTGAGGTCAATATCGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCA
GTCGGAGCAATTGAAGCGACGGG*ACACAAGTCCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTA
CCACGATTCTTGTCTCAGCTCTCGAAAGACTATCAAGCATGGGCTTCTGGAGACACTTCA
AG
CACCTCTTGGGA

QA 5 786 5 786
DS 

RD RR3A303TF 781 0 0
GGATCTCC
ACTCTCAAAAACGCCGTCGTTTCAGCTATGGCGTTGAGCTCAGCTGCTACTCTTAAACTA
ACCTCCTTGTCCTTCTCCGCGAAGAAGACGACGAATCGAAACCCGAGGAATCCGTCCCTC
TCCTTCACCATCAACTGCTCATCATCATCATCATTCGACGAACCACCTAAACCTTCTCTC
ACCTCTTCTACTCCACCGATTCGCTTCTCCTCCTCGAGCTCTTCCCCGAAAGCTCGATTC
GTCGCTCGTCAGAAACAATCCGTCTCCGTTCGCCAGCTCCAACGACCTCTAATTGAGTAT
ATGAGCTTACCTGCAAGTCAGTACTCGGTGCTAGATGCGGAGAGGATTGAGAGAGTTGAT
GATAACACGTTCAGATGCTATGTTTACACCTTTAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCT
GTTCTCCTCGTCAGGGTCGAAGAACAGACTAACGGCTGCTGCATCAAGCTCTTATCCTGC
AAGCTTGAGGGGTCTCCTGTTGTGGTTGCTCAAAATGATAAATTTGATGCTTCTATGGTG
AACCGGGTATCGTGTGATAGCAGCACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTACTTCA
GATGCAGTCATTGAGGTCAATATCGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGTCGGA
GCAATTGAAGCGACGGGGACACAAGTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACCACGA
TTCTTGTCTCAGCTCTCGAAAGACTATCAAGCATGGGCTTCTGGAGACACTTC

QA 9 781 9 781
DS 

RD RR3B905TF 818 0 0
G
ACTCTCAAAAACGCCGTCGTTTCAGCTATGGCGTTGAGCTCAGCTGCTACTCTTAAACTA
ACCTCCTTGCCCTTCTCCGCGAAGAAGACGACGAATCGAAACCCGAGGAATCCGTCCCTC
TCCTTCACCATCAACTGCTCATCATCATCATCATTCGACGAACCACCTAAACCTTCTCTC
ACCTCTTCTACTCCACCGATTCGCGTCTCCTCCTCGAGCTCTTCCCCGAAAGCTCGATTC
GTCGCTCGTCAGAAACAATCCGTCTCCGTTCGCCAGCTCCAACGACCTCTAATTGAGTAT
ATGAGCTTACCTGCAAGTCAGTACTCGGTGCTAGATGCGGAGAGGATTGAGAGAGTTGAT
GATAACACGTTCAGATGCTATGTTTACACCTTTAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCT
GTTCTCCTCGTCAGGGTCGAAGAACAGACTAACGGCTGCTGCATCAAGCTCTTATCCTGC
AAGCTTGAGGGGTCTCCTGTTGTGGTTGCTCAAAATGATAAATTTGATGCTTCTATGGTG
AACCGGGTATCGTGTGATAGCAGCACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTACTTCA
GATGCAGTCATTGAGGTCAATATCGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGTCGGA
GCAATTGAAGCGACGGGGACACAAGTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACCACGA
TTCTTGTCTCAGCTCTCGAAAGACTATCAAGCATGGGCTTCTGGAGACACTTCAAG*CAA
C*TCTTGGGACTGGCGAGATCTGATAGTAAAGCCAAA

QA 2 818 2 818
DS 

RD RR3C446TF 805 0 0
GGGT
TTTCAGCTATGGCGTTGAGCTCAGCTGCTACTCTTAAACTAACCTCCTTGTCCTTCTCCG
CGAAGAAGACGACGAATCGAAACCCGAGGAATCCGTCCCTCTCCTTCACCATCAACTGCT
CATCATCATCATCATTCGACGAACCACCTAAACCTTCTCTCACCTCTTCTACTCCACCGA
TTCGCGTCTCCTCCTCGAGCTCTTCCCCGAAAGCTCGATTCGTCGCTCGTCAGAAACAAT
CCGTCTCCGTTCGCCAGCTCCAACGACCTCTAATTGAGTATATGAGCTTACCTGCAAGTC
AGTACTCGGTGCTAGATGCGGAGAGGATTGAGAGAGTTGATGATAACACGTTCAGATGCT
ATGTTTACACCTTTAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCTGTTCTCCTCGTCAGGGTCG
AAGAACAGACTAACGGCTGCTGCATCAAGCTCTTATCCTGCAAGCTTGAGGGGTCTCCTG
TTGTGGTTGCTCAAAATGATAAATTTGATGCTTCTATGGTGGACCGGGTATCGTGTGATA
GCAGCACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTACTTCAGATGCAGTCATTGAGGTCA
ATATCGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGTCGGAGCAATTGAAGCGACGGGGA
CACAAGTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACCACGATTCTTGTCTCAGCTCTCGA
AAGACTATCAAGCATGGGCTTCTGGAG*CACTTCAAGGCACC*TCTTGGGACTGGCGAGA
TCTGATAGTAAAGCCAAAAAA

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GGTGAACCGGGTATCGTGTGATAGCAGCACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTAC
TTCAGATGCAGTCATTGAGGTCAATATCGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGT
CGGAGCAATTGAAGCGACGGGGACACAAGTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACC
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GCAACCTCTTGGGACTGGCGAGATCTGATAGTAAAGCCAAAAAAATCTACCTTACCTGGT
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GTTTTCTTTGGGTTATATAACGACTAGTGAATTTGTATTCTCTGGAATAACTCTTTAAAC
CTTCTCAGGAGAAATGCATGCTTGTTTGTTTTGTTTGTTC

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DS 

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TACACCTTTAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCTGTTCTCCTCGTCAGGGTCGAAGAA
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GTTGCTCAAAATGATAAATTTGATGCTTCTATGGTGAACCGGGTATCGTGTGATAGCAGC
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GAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGTCGGAGCAATTGAAGCGACGGGGACACAA
GTCCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACCACGATTCTTGTCTCAGCTCTCGAAAGAC
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TAGTAAAGCCAAAAAA*TCTACCTTACCTGGTTCAGAGAACCTATGCATCCTGGAGACTA
GAGTTTTAGCAAATTCTCGTTCATTTTAAAATGTTTTCTTTGGGTTATATAACGACTAGT
GAATTTGTATTCTCTGGAATAACTCTTTAAACCTTCTCAGGAGAAATGCATGCTTGTTTG
TTTTGTTTGTTCC

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ATGCTATGTTTACACCTTTAAGTTCTTCAACTTCGAAGTCTGCCCTGTTCTCCTCGTCAG
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TCCTGTTGTGGTTGCTCAAAATGATAAATTTGATGCTTCTATGGTGAACCGGGTATCGTG
TGATAGCAGCACTCAGGAGGGATCATCAGAGCAACAGATTACTTCAGATGCAGTCATTGA
GGTCAATATCGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGTCGGAGCAATTGAAGCGAC
GGGGACACAAGTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACCACGATTCTTGTCTCAGCT
CTCGAAAGACTATCAAGCATGGGCTTCTGGAGACACTTCAAGGCAACCTCTTGGGACTGG
CGAGATCTGATAGTAAATCCAAAAAAATCTACCTTACCTGGTTCAGAGAACCTATGCATC
CTGGAGACTAGAGTTTTAGCAAATTCTCGTTCATTTTAAAATGTTTTCTTTGGGTTATAT
AACGACTAGTGAATTTGTATTCTCTGGAATAACTCTTTAAACCTTCTCAGGAGAAATGCA
TGCTTGTTTGTTTTGTTTGTTCCACTGTGGGTGTCGATGTTTCATGTTAATCCAACCAGG
AGTTTCTTACCCGGGTCTGGATTTTGTACCAAAAACCTGTTTGTTCCAATGTTGGTAAGG
CCGGTATATTGGATGGACCAGTTCAGATTCT

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DS 

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TGGTTGCTCAAAATGATAAATTTGATGCTTCTATGGTGAACCGGGTATCGTGTGATAGCA
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TCGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGTCGGAGCAATTGAAGCGACGGGGACAC
AAGTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACCACGATTCTTGTCTCAGCTCTCGAAAG
ACTATCAAGCATGGGCTTCTGGAGACACTTCAAGGCAACCTCTTGGGACTGGCGAGATCT
GATAGTAAAGCCAAAAAAATCTACCTTACCTGGTTCAGAGAACCTATGCATCCTGGAGAC
TAGAGTTTTAGCAAATTCTCGTTCATTTTAAAATGTTTTCTTTGGGTTATATAACGACTA
GTGAATTTGTATTCTCTGGAGTAACTCTTTAAACCTTCTCAGGAGAAATGCATGCTTGTT
TGTTTTGTTTGTTCCACTGTGGGTGTCGATGTTTCATGCTAATCCAACCAGGAGTTTCTT
ACCCGGGTCTGGATTTTGTACCAAAAACCTGTTTGTTCCAATGTTGGTAAGGCCGGTATA
TTGGATGGACCAGTTCAGATTCT

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GCTTGAGGGGTCTCCTGTTGTGGTTGCTCAAAATGATAAATTTGATGCTTCTATGGTGGA
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TGCAGTCATTGAGGTCAATATCGAGATTCCTTTTGCATTTAGAGTCTTCCCAGTCGGAGC
AATTGAAGCGACGGGGACACAAGTTCTTGACCAGATTCTTAGACTCATGCTACCACGATT
CTTGTCTCAGCTCTCGAAAGACTATCAAGCATGGGCTTCTGGAGGCACTTCAAGGCAACC
TCTTGGGACTGGCGAGATCTGATAGTAAAGCCAAAAAAATCTACCTTACCTGGTTCAGAG
AACCTATGCATCCTGGAGACTAGAGTTTTAGCAAATTCTCGTTCATTTTAAAATGTTTTC
TTTGGGTTATATAACGACTAGTGAATTTGTATTCTCTGGAATAACTCTTTAAACCTTCTC
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AATCCAACCAGGAGTTTCTTACCCGGGTCTGGATTTTGTACCAAAAACCTGTTTGTTCCA
ATGTTGGTAAGGCCGGTATATTGGATGGACCAGTTCAGATTCT

QA 1 703 1 703
DS 



AS 2 10

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GGATATATCATTTTCCATGGATGGACCTTGACCTCTGCTTCCCTTCTCTCTCCTGATTTC
GTTCGTGCACTCACTCTCTCTCTCTCTTCGTTAGTTTGATCTTCTACTGTGTTCCGTCTT
CTCTCTCCAGA*TAAAAAGACAAGTTGTGTAGCAAACAAAGAGATCTCATGTCTTATCGA
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TTCGGTTTGTCTGATTGCTCCTCTGTTGACAGCTCAACCATTCCCAGTGCTGACAAGAAG
AGCAGCAGCCTCAACTTCAAAGCTACAGAGCTAAGGCTGGGTCTTCCTGACTCTCAATCT
CCTCAGAGAGAAACTGATTTCGGTTTGCTGAGTCCGAGAACTCCTGATGAGAAACTTCTC
TTCCCGCTGCTCCCTTGCAAAGACCATTCTGCTTCAGGCAACAAAAGAGGATATCTTGCT
AAGAGTGGCTCCAACAATGCACCTGCTGCCAAGGCACAGGTTGTTGGTTGGCCTCCAATC
AGATCCTTCAGGAAGAACACAATGGCTTCTTCTACTTCCAAGAACACTAATGAGGTTGAT
GGGAAACCTGGTCTCGGCGCTCTGTTTGTGAAGGTGAGCATGGATGGTGCTCCCTATCTG
AGGAAAGTTGATTTGGGAACCTACACTTGCTATCAACACTTGTCTTCTGCACTTGAGAAG
ATGTTCAGCTGCTTCACTCTTGGTCAATGTGGACTTCATGGAGCTCATGGGAAGGAAAGA
ATGAGTGAGGTGAAGTTGAAGGATCTTCTTCACGGATCAGAGTTTGTGCTTACTTATGAA
GACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAGATATTTACTGAAACG
TGTAGGAAATTGAAGATCATGAAGGGCTCTGATTCTATTGGTTTAGCTCCAAGTGCAGTG
GAGAAATCGAAGAACAAAGATTGAGAGGCTCAAAACAAAACATTATGCACAGTTCCTCCA
ATGTTTCAGTCTTCTTAAACTGATGTGTGTTTGAAAACTCTTGTCATCTAGTCTTTTACT
AATCTGTGTTTGTTAAGACTTCGGAATCTCTTTTGTGCTTGTTTAGAACAAATACACTTG
CTCTGATGTGTGTTCAGTTTTAATTTTCAAGACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

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AF RR3AO21JQ C 408
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AGCAGCAGCCTCAACTTCAAAGCTACAGAGCTAAGGCTAGGTCTTCCTGACTCTCAATCT
CCTCAGAGAGAAACTGATTTCGGTTTGCTGAGTCCGAGAACTCCTGATGAGAAACTTCTC
TTCCCGCTGCTCCCTTGCAAAGACCATTCTGCTTCTGGCAACAAAAGAGAATATCTTGCT
AAGTGTGGCTCCAACAATGCACCTGCTGCCAAGGCACAGGTTGTTGGTTGGCCTCCAATC
AGATCCTACAGGAAGAACACAATGGCTTCTTCTACATCCAAGAACACTAATGAGGTTGAT
GGGAAACCTGGTCTTGGCGCTCTGTTTGTGAAGGTGAGCATGGATGGTGCTCCCTATCTG
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ATGTTCAGCTGCTTCACTCTTGGTCAATGTGGACTTCATGGAGCTCATGG

QA 1 770 1 770
DS 

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GG
ATCATTTTCCATGGATGGACCTTGACCTCTGCTTCCCTTCTCTCTCCTGATTTCGTTCGT
GCACTCACTCTCTCTCTCTCTTCGTTAGTTTGATCTTCTACTGTGTTCCGTCTTCTCTCT
CCAGA*TAAAAAGACAAGTTGTGTAGCAAACAAAGAGATCTCATGTCTTATCGATTGGAA
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DS 

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AT
ATCATTTTCCATGGATGGACCTTGACCTCTGCTTCCCTTCTCTCTCCTGATTTCGTTCGT
GCACTCACTCTCTCTCTCTCTTCGTTAGTTTGATCTTCTACTGTGTTCCGTCTTCTCTCT
CCAGA*TAAAAAGACAAGTTGTGTAGCAAACAAAGAGATCTCATGTCTTATCGATTGGAA
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DS 

RD RR3A231JQ 811 0 0
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CCTTCAGGAAGAACACAATGGCTTCTTCTACTTCCAAGAACACTAATGAGGTTGATGGGA
AACCTGGTCTCGGCGCTCTGTTTGTGAAGGTGAGCATGGATGGTGCTCCCTATCTGAGGA
AAGTTGATTTGGGAACCTACACTTGCTATCAACACTTGTCTTCTGCACTTGAGAAGATGT
TCAGCTGCTTCACTCTTGGTCAATGTGGACTTCATGGAGCTCATGGGAAGGAAAGAATGA
GTGAGGTGAAGTTGAAGGATCTTCTTCACGGATCAGAGTTTGTGCTTACTTATGAAGACA
AAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAGATATTTACTGAAACGTGTA
GGAAATTGAAGATCATGAAGGGCTCTGATTCTATTGGTTTAGCTCCAAGTGCAGTGGAGA
AATCGAAGAACAAAGATTGAGAGGCTCAAAACAAAACATTATGCACAGTTCCTCCAATGT
TTCAGTCTTCTTAAACTGATGTGTGTTTGAAAACTCTTGTCATCTAGTCTTTTACTAATC
TGTGTTTGTTAAGACTTCGGAATCTCTTTTGTGCTTGTTTAGAACAAATACACTTGCTCT
GATGTGTGTTCAGTTTTAATTTTCAAGACTT

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DS 

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CGGATCAGAGTCTGTGCTTACTTATGAAGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGA
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TTCTATTGGTTTAGCTCCAAGTGCAGTGGAGAAATCGAAGAACAAAGATTGAGAGGCTCA
AAACAAAACATTATGCACAGTTCCTCCAATGTTTCAGTCTTCTTAAACTGATGTGTGTTT
GAAAACTCTTGTCATCTAGTCTTTTACTAATCTGTGTTTGTTAAGACTTCGGAATCTCTT
TTGTGCTTGTTTAGAACAAATACACTTGCTCT

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3AO21JQ 766 0 0
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AGAATATCTTGCTAAGTGTGGCTCCAACAATGCACCTGCTGCCAAGGCACAGGTTGTTGG
TTGGCCTCCAATCAGATCCTACAGGAAGAACACAATGGCTTCTTCTACATCCAAGAACAC
TAATGAGGTTGATGGGAAACCTGGTCTTGGCGCTCTGTTTGTGAAGGTGAGCATGGATGG
TGCTCCCTATCTGAGGAAAGTTGATTTGGGAACCTACACATGCTATCAACACTTGTCTTC
TGCACTTGAGAAGATGTTCAGCTGCTTCACTCTTGGTCAATGTGGACTTCATGGAGCTCA
TGGGAAGGAAATAATGAGTGAGGTGAAGTTAAAGGATCTTCTTCACGGATCAGAGTTTGT
GCTTACTTATGAAGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAGAT
ATTTACTGAAACTTGTAGGAAACTGAAGATCATGAAGGGCTCTGATTCTATTGGTTTAGC
TCCAAGTGCAGTGGAGAAATCGAAGAACAAAGATTGAGAGGCTCAAAACAAAACATTATG
CACAGTTCCTCCAATGTTTCAGTCTTCTTAAACTGATGTGTGTTTGAAAACTCTTATCAT
CTAGTCTTTTACTAATCTGTGTTTGT*AAGACTTCGGAATCTCTTTTGTGCTTGTTTAGA
ACAACTACACTTGCTCTGATGTGTGTTCAGTTTTAATTTTCAAGAC

QA 1 766 1 766
DS 



CO CL370Contig2 1165 4 7 U
ATATCATTTTCCATGGATGGACCTTGACCCCTGCTTCCCTTCTCTCTCCTGATTTCGTTC
GTGCACTTTCTCTCTCTTCGTTAGTTTGATCTTCTACTGTGTTCGTCTTCTCTCTCCAGA
TAAAAGTGTGAAAACTAAGAGATCTCATGTCTTATCGATTGGAAAGTGTGGACAAGGAGG
GTTTGGGTACATCACCTGGTCTGAAGGAACGCAACTACTTTGGTTTGTCTGATTGCTCCT
CTGTTGACAGCTCAACCCTTCCCAATGCTGACAAGAAGAGCAGCAGCCTCAACTTCAAAG
CTACAGAGCTAAGGCTAGGTCTTCCTGACTCTCAATCTCCTCAGAGAGAAACTGATTTCG
GTTTGCTGAGTCCAAGAACTCCTGATGAGAAACTTCTCTTCCCGCTGCCCCCTTGCAAAG
ACCATGCTTCGGGAAGCAAAAGAGGATATCTTGCTAAGTGTGACTCCAACAATGCACCTG
CTGCCAAGGCACAGGTTGTTGGTTGGCCTCCAATCAGATCCTACAGGAAGAACACTATGG
CTTCTTCTACTTCAAAGAACACTAATGAGGTTGATGGGAAACCTGGTCTTGGCGCTCTGT
TTGTGAAGGTGAGCATGGATGGTGCTCCCTATCTGAGGAAAGTTGATTTGGGAACCTACA
CTTGCTATCAACATTTGTCTTCTGCACTTGAGAAGATGTTCAGCTGCTTCACCCTTGGTC
AATGTGGACTTCATGGAGCTCATGGGAAGGAAAGAATGAGTGAGGTGAAGTTGAAGGATC
TTCTTCACGGATCAGAGTTTGTGCTTACTTATGAAGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTG
TTGGAGATGTCCCTTGGGAGATATTTACTGAAACGTGTAGGAAACTGAAGATCATGAAGG
GCTCTGATTCTATTGGATTAGCTCCAAGTGCAATGGAGAAATCTAAGAACAAAGATTGAG
AGGCTCAAAACAAAACATTATGCACAGTTCCTCCAATGTTTCAGTCTTCTTAAACTGATG
TGTGTTTGAAAACTCTTTATCATCTAGTCTTTTACTAATTTGTGTTTGTAAGACTTTGGA
ATCTCTTTTGTGCTTGTTTAGAACAAATACCCTTGCTCTGATGTGTGTTCAGTTTTAATT
TTCAAGACTTATATTTATGTTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G534TF U 1
AF RR3AU87TF U 198
AF RR3AU87JQ C 416
AF RR3FE23TF U 847
BS 1 435 RR3G534TF
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BS 625 625 RR3AU87TF
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RD RR3G534TF 720 0 0
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GTTTGGGTACATCACCTGGTCTGAAGGAACGCAACTACTTTGGTTTGTCTGATTGCTCCT
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CTTGCTATCAACATTTGTCTTCTGCACTTGAGAAGATGTTCAGCTGCTTCACCCTTGGTC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3AU87TF 679 0 0
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CTTCCCAATGCTGACAAGAAGAGCAGCAGCCTCAACTTCAAAGCTACAGAGCTAAGGCTA
GGTCTTCCTGACTCTCAATCTCCTCAGAGAGAAACTGATTTCGGTTTGCTGAGTCCAAGA
ACTCCTGATGAGAAACTTCTCTTCCCGCTGCTCCCTTGCAAAGACCATGCTTCGGGAAGC
AAAAGAGGATATCTTGCTAAGTGTGACTCCAACAATGCACCTGCTGCCAAGGCACAGGTT
GTTGGTTGGCCTCCAATCAGATCCTACAGGAAGAACACTATGGCTTCTTCTACTTCAAAG
AACACTAATGAGGTTGATGGGAAACCTGGTCTTGGCGCTCTGTTTGTGAAGGTGAGCATG
GATGGTGCTCCCTATCTGAGGAAAGTTGATTTGGGAACCTACACTTGCTATCAACATTTG
TCTTCTGCACTTGAGAAGATGTTCAGCTGCTTCACCCTTGGTCAATGTGGACTTCATGGA
GCTCATGGGAAGGAAAGAATGAGTGAGGTGAAGTTGAAGGATCTTCTTCACGGATCAGAG
TTTGTGCTTACTTATGAAGACAAAGATGGTGACTGGATGCTTGTTGGAGATGTCCCTTGG
GAGATATTTACTGAAACGT

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DS 

RD RR3AU87JQ 696 0 0
CAAAGACCATGCTTCGGGAAGCAAAAGAGGATATCTTGCTAAGTGTGACTCCAACAATGC
ACCTGCTGCCAAGGCACAGGTTGTTGGTTGGCCTCCAATCAGATCCTACAGGAAGAACAC
TATGGCTTCTTCTACTTCAAAGAACACTAATGAGGTTGATGGGAAACCTGGTCTTGGCGC
TCTGTTTGTGAAGGTGAGCATGGATGGTGCTCCCTATCTGAGGAAAGTTGATTTGGGAAC
CTACACTTGCTATCAACATTTGTCTTCTGCACTTGAGAAGATGTTCAGCTGCTTCACCCT
TGGTCAATGTGGACTTCATGGAGCTCATGGGAAGGAAAGAATGAGTGAGGTGAAGTTGAA
GGATCTTCTTCACGGATCAGAGTTTGTGCTTACTTATGAAGACAAAGATGGTGACTGGAT
GCTTGTTGGAGATGTCCCTTGGGAGATATTTACTGAAACGTGTAGGAAACTGA*GATCAT
GAAGGGCTCTGATTCTATTGGATTAGCTCCAAGTGCAATGGAGAAATCTAAGAACAAAGA
TTGAGAGGCTCAAAACAAAACATTATGCACAGTTCCTCCAATGTTTCAGTCTTCTTAAAC
TGATGTGTGTTTGAAAACTCTTTATCATCTAGTCTTTTGCTAATTTGTGTTTGTAAGACT
TTGGAATCTCTTTTGTGCTTGTTTAGAACAAATAC
C

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3FE23TF 319 0 0
G
TGTCCCTTGGGAGATATTTACTGAAACGTGTAGGAAACTGAAGATCATGAAGGGCTCTGA
TTCTATTGGATTAGCTCCAAGTGCAATGGAGAAATCTAAGAACAAAGATTGAGAGGCTCA
AAACAAAACATTATGCACAGTTCCTCCAATGTTTCAGTCTTCTTAAACTGATGTGTGTTT
GAAAACTCTTTATCATCTAGTCTTTTACTAATTTGTGTTTGTAAGACTTTGGAATCTCTT
TTGTGCTTGTTTAGAACAAATACCCTTGCTCTGATGTGTGTTCAGTTTTAATTTTCAAGA
CTTATATTTATGTTTCAC

QA 2 319 2 319
DS 



AS 2 8

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GCTCGCGTACACATCGTTCGTTGGTTTGTTCCCGTTACTTTCACGAGGGATCGTGCCGTT
AGTTAAAGTCGACGGGATCTCACAGACCATCGATTCAGACTTCTTCACGGTCGAGAACTC
TGTCCTGTTCGCTGGTCCGTTGGCTACGACCTCGATCAGCACCAACGCCAAATTCGAAAT
CCGGAGCCCCAAACGCGTCCAGATTAAGTTCGAGGAAGGTGTGATCGGGACTCCTCAACT
AACGGATTCGATCGAGATCCCGGAGTACGTTGAGTTTCTTGGACAGAAGATTGATCTTGC
TCCGGTCAGAGGGTTGCTTACATTGGTACAAGACACGGCCTCGTCTGTGGCGAGAACCAT
ATCGAGCCAGCCACCGTTGAAGTTCTCTTTGCCAGGGGACAATGCACAGTCGTGGCTGCT
CACGACGTATCTGGACAAGGAGATTCGGATCTCTAGAGGAGATGGTGGAAGCGTCTTTGT
GCTTATCAAAGAAGGAAGCCCTCTCTTGAGTTAATAGCTCCTCATAATCTATCACTACCT
TTCATGCCGAGTGTTGTCATAGTTTTTTTACTTTAATTGTTTGTATTAACTTGGGTGATA
TGGTAATTAAGAAATAATGTTTGTAACTGATATAAAAGTACAAATCCTTAAGATT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3B493JQ C 1
AF RR3B493TF U 1
BS 1 1 RR3B493JQ
BS 2 650 RR3B493TF
BS 651 655 RR3B493JQ

RD RR3B493JQ 655 0 0
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TGTCCTGTTCGCTGGTCCGTTGGCTACGACCTCGATCAGCACCAACGCCAAATTCGAAAT
CCGGAGCCCCAAACGCGTCCAGATTAAGTTCGAGGAAGGTGTGATCGGGACTCCTCAACT
AACGGATTCGATCGAGATCCCGGAGTACGTTGAGTTTCTTGGACAGAAGATTGATCTTGC
TCCGGTCAGAGGGTTGCTTACATTGGTACAAGACACGGCCTCGTCTGTGGCGAGAACCAT
ATCGAGCCAGCCACCGTTGAAGTTCTCTTTGCCAGGGGACAATGCACAGTCGTGGCTGCT
CACGACGTATCTGGACAAGGAGATTCGGATCTCTAGAGGAGATGGTGGAAGCGTCTTTGT
GCTTATCAAAGAAGGAAGCCCTCTCTTGAGTTAATAGCTCCTCATAATCTATCACTACCT
TTCATGCCGAGTGTTGTCATAGTTTTTTTACTTTAATTGTTTGTATTAACTTGGGTGATA
TGGTAATTAAGAAATAATGTTTGTAACTGATATAAAAGTACAAATCCTTAAGATT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3B493TF 655 0 0
G
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GTTAAAGTCGACGGGATCTCACAGACCATCGATTCAGACTTCTTCACGGTCGAGAACTCT
GTCCTGTTCGCTGGTCCGTTGGCTACGACCTCGATCAGCACCAACGCCAAATTCGAAATC
CGGAGCCCCAAACGCGTCCAGATTAAGTTCGAGGAAGGTGTGATCGGGACTCCTCAACTA
ACGGATTCGATCGAGATCCCGGAGTACGTTGAGTTTCTTGGACAGAAGATTGATCTTGCT
CCGGTCAGAGGGTTGCTTACATTGGTACAAGACACGGCCTCGTCTGTGGCGAGAACCATA
TCGAGCCAGCCACCGTTGAAGTTCTCTTTGCCAGGGGACAATGCACAGTCGTGGCTGCTC
ACGACGTATCTGGACAAGGAGATTCGGATCTCTAGAGGAGATGGTGGAAGCGTCTTTGTG
CTTATCAAAGAAGGAAGCCCTCTCTTGAGTTAATAGCTCCTCATAATCTATCACTACCTT
TCATGCCGAGTGTTGTCATAGTTTTTTTACTTTAATTGTTTGTATTAACTTGGGTGATAT
GGTAATTAAGAAATAATGTTTGTAACTGATATAAAAGTACAAATCCTTA
AGATT

QA 2 650 2 650
DS 



CO CL371Contig2 1148 6 12 U
ACGTAAGCATTTATACTTTTATAGCAGTTTACAAACATTATTTCTTAATTACCATATCAC
CCAAGTTAATACAAACCATTAAGTAAAAACCTACGACAACACTTGGCATGAAAGGTAGTA
ATTTAGATCACGAGGAGCTATTAACTCAAGGATTCAAGAGAGGGCTTCCTTCTTTGATGA
GCACAAAGACGCTTCCACCATCTCCTCTAGAGATCCGAATCTCCTTGTCCAGATAAGTCG
TGAGCAGCCACGACTGCGCATTGTCCCCTGGCAAAGCGAACTTCAACGGTGGCTGGCTCG
ATATGGTTCTCGCCACAGACGAAGCCGTGTCTTGTACCGAAGTAAGCAGCCCTCTGATCG
GAGCAAGATCAATCTTCTGTCCAAGAAACTCAACGTACTCAGGGATCTCGATCGAATCCG
TTAGCTGAGGAGTCCCGATCACACCTTCCTCGAACTTGATCTGGACGCGTTTGGGGCTCC
GGATTTCGAATTTCGCGTTGGTGCTGATCGAGGTTGTAGCCAACGGACCAGCGAACAGAA
CAGAGTTCTCGACCGTGAAGAAGTATGAATCGATGGTCTGTGAGATCTCGTCGACTTTAA
CTAACGGCACGATCCCTCGTGAAAGTAACGGGAACAAACCAACGAACGATGTGTACGCGA
GGATCCATTTGCCGTTGAGAAGGAAGAGAGCTTCGGTGGGAGCTGGGGTAGGGTTCTTGG
ACTCGAGCTGTGTGATTAGATCTCCGATCTCGGCTCTCGTCTCGCTCGATGCGCTCAAAC
CTCTGTCTGTGCCGTACAAGGAATCCACAAGCGATCTCTTGAGTGCCTCCGTCTCTTCCA
CAGATTCGATTGCTTCCTCCGCCAGCAATAGAGCAGATCCTCCCTCACTCGTCTCTGGAA
CGCTCTCCTCGTCCGCATCGATGGCTCTGACTCTGATGTCCGCACGAGAGATGGCGAATT
CTCCGGGGGAGAACAACGGACGGTGGCGAGTGAGCGTGGTCATCCGCACCAGCGACGGTG
GCTTGGAGAGGGGTTTTGAGTTTGATGAGCTTTGGACTCGGGTTTTGCAGGGGAATTGGT
TGAAGAACTGAACCGTCGCCATTTTTTTCTTTTAGGTAAGACTATTCGAAAGGAACTAGT
GAACCCCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB14JQ U 3
AF RR3HB14TF C 174
AF RR3CR53JQ U 1
AF RR3AE62JQ U 2
AF RR3ET25TF C 258
AF RR3AE62TF C 306
BS 1 264 RR3CR53JQ
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BS 566 678 RR3CR53JQ
BS 679 836 RR3AE62JQ
BS 837 841 RR3ET25TF
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BS 843 1060 RR3ET25TF
BS 1061 1148 RR3AE62TF

RD RR3HB14JQ 240 0 0
G
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AGTTAATACAAACCATTAAGTAAAA*CCTACGACAACACTTGGCATGAAAGGTAGTAATT
TAAATCACGAGGAGCTATTAACTCAAGGATTCAAGAGAGGGCTTCCTTCTTTGATGAGCA
CAAAGACGCTTCCACCATCTCCTCTAGAGATCCGAATCTCCTTGTCCAGATAAGTCGTG

QA 2 240 2 240
DS 

RD RR3HB14TF 338 0 0
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TAAGTCGTGAGCAGCCACGACTGCGCATTGTCCCCTGGCAAAGCGAACTTCAACGGTGGC
TGGCTCGATATGGTTCTCGCCACAGACGAAGCCGTGTCTTGTACCGAAGTAAGCAGCCCT
CTGATCGGAGCAAGATCAATCTCCTGTCCAAGAAACTCAACGTACTCAGGGATCTCGATC
GAATCCGTTAGCTGAGGAGTCCCGATCACACCTTCCTCGAACTTGATCTGGACGCGTTTG
GGGCTCCGGATTTCGAATTTCGCGTTGGTGCTGATCGA

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR3CR53JQ 678 0 0
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ATTTAGATCACGAGGAGCTATTAACTCAAGGATTCAAGAGAGGGCTTCCTTCTTTGATGA
GCACAAAGACGCTTCCACCATCTCCTCTAGAGATCCGAATCTCCTTGTCCAGATAAGTCG
TGAGCAGCCACGACTGCGCATTGTACCCTGGCAAAGCGAACTTCAACGGTGGCTGGCTCG
ATATGGTTCTCGCCACAGACGAAGCCGTGTCTTGTACCGAAGTAAGCAGCCCTCTGATCG
GAGCAAGATCAATCTTCTGTCCAAGAAACTCAACGTACTCAGGGATCTCGATCGAATCCG
TTAGCTGAGGAGTCCCGATCACACCTTCCTCGAACTTGATCTGGACGCGTTTGGGGCTCC
GGATTTCGAATTTCGCGTTGGTGCTGATAGAGGTTGTAGCCAACGGACCAGCGAACAGAA
CAGAGTTCTCGACCGTGAAGAAGTCTGAATCGATGGTCTGTGAGATCTCGTCGACTTTAA
CTAACGGCACGATCCCTCGTGAAAGTAACGGGAACAAACCAACGAACGATGTGTACGCGA
GGATCCATTTGCCGTTGA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3AE62JQ 835 0 0
CG
TAAGCATTTATACTTTTATAGCAGTTTACAAACATTATTTCTTAATTACCATATCACCCA
AGTTAATACAAACCAT*AAGTAAAAACCTACGACAACACTTGGCATGAAAGGTAGTAATT
TAGATCACGAGGAGCTATTAACTCAAGGATTCAAGAGAGGGCTTCCTTCTTTGATGAGCA
CAAAGACGCTTCCACCATCTCCTCTAGAGATCCGAATCTCCTTGTCCAGATAAGTCGTGA
GCAGCCACGACTGCGCATTGTCCCCTGGCAAAGCGAACTTCAACGGTGGCTGGCTCGATA
TGGTTCTCGCCACAGACGAAGCCGTGTCTTGTACCGAAGTAAGCAGCCCTCTGATCGGAG
CAAGATCAATCTTCTGTCCAAGAAACTCAACGTACTCAGGGATCTCGATCGAATCCGTTA
GCTGAGGAGTCCCGATCACACCTTCCTCGAACTTGATCTGGACGCGTTTGGGGCTCCGGA
TTTCGAATTTCGCGTTGGTGCTGATCGAGGTTGTAGCCAACGGGCCAGCGAACAGAACAG
AGTTCTCGACCGTGAAGAAGTATGAATCGATGGTCTGTGAGATCTCGTCGACTTTAACTA
ACGGCACGATCCCTCGTGAAAGTAACGGGAACAAACCAACGAACGATGTGTACGCGAGGA
TCCATTTGCCGTTGAGAAGGAAGAGAGCTTCGGTGGGAGCTGGGGTAGGGTTCTTGGACT
CGAGCTGTGTGATTAGATCTCCGATCTCGGCTCTCGTCTCGCTCGATGCGCTCAAACCTC
TGTCTGTGCCGTACAAGGAATCCACAAGCGATCTCTTGAGTGCCTCCGTCTCT

QA 3 835 3 835
DS 

RD RR3ET25TF 804 0 0
GCGCATGTCCCCT
GCAAAGCGAACT*CAACGGTGGCTGGCTCGATATGGTTCTCGCCACAGACGAAGCCGTGT
CTTGTACCGAAGTAAGCAGCCCTCTGATCGGAGCAAGATCAATCTTCTGTCCAAGAAACT
CAACGTACTCAGGGATCTCGATCGAATCCGTTAGCTGAGGAGTCCCGATCACACCTTCCT
CGAACTTGATCTGGACGCGTTTGGGGCTCCGGATTTCGAATTTCGCGTTGGTGCTGATCG
AGGTTGTAGCCAACGGACCAGCGAACAGAACAGAGTTCTCGACCGTGAAGAAGTCTGAAT
CGATGGTCTGTGAGATCTCGTCGACTTTAACTAACGGTACGATCCCTCGTGAAAGTAACG
GGAACAAACCAACGAACGATGTGTACGCGAGGATCCATTTGCCGTTGAGAAGGAAGAGAG
CTTCGGTGGGAGCTGGGGTAGGGTTCTTGGACTCGAGCTGTGTGATTAGATCTCCGATCT
CGGCTCTCGTCTCGCTCGATGCGCTCAAACCTCTGTCTGTGCCGTACAAGGAATCCACAA
GCGATCTCTTGAGTGCCTCCGTCTCTTCCACCGATTCGATTGCTTCCTCCGCCAGCAATA
GAGCAGATCCTCCCTCACTCGTCTCTGGAACGCTCTCCTCGTCCGCATCGATGGCTCTGA
CTCTGATGTCCGCACGAGAGATGGCGAATTCTCCGGGGGAGAACAACGGACGGTGGCGAG
TGAGCGTGGTCATCCGCACCAGCGACGGTGGCTTGGAGAGGGGTTTTGAGTTTGATGAGC
TTTGGACTCG
C

QA 14 803 14 803
DS 

RD RR3AE62TF 843 0 0
GTTCTCGCCACAGACGAAGCCGTGTCT*GTACCGAAGTAAGCAGCCCTCTGATCGGAGCA
AGATCAATCTTCTGTCCAAGAAACTCAACGTACTCAGGGATCTCGATCGAATCCGTTAGC
TGAGGAGTCCCGATCACACTTTCCTCGAACTTGATCTGGACGCGTTTGGGGCTCCGGATT
TCGAATTTCGCGTTGGTGCTGATCGAGGTTGTAGCCAACGGGCCAGCGAACAGAACAGAG
TTCTCGACCGTGAAGAAGTATGAATCGATGGTCTGTGAGATCTCGTCGACTTTAACTAAC
GGCACGATCCCTCGTGAAAGTAACGGGAACAAACCAACGAACGATGTGTACGCGAGGATC
CATTTGCCGTTGAGAAGGAAGAGAGCTTCGGTGGGAGCTGGGGTAGGGTTCTTGGACTCG
AGCTGTGTGATTAGATCTCCGATCTCGGCTCTCGTCTCGCTCGATGCGCTCAAACCTCTG
TCTGTGCCGTACAAGGAATCCACAAGCGATCTCTTGAGTGCCTCCGTCTCTTCCACAGAT
TCGATTGCTTCCTCCGCCAGCAATAGAGCAGATCCTCCCTCACTCGTCTCTGGAACGCTC
TCCTCGTCCGCATCGATGGCTCTGACTCTGATGTCCGCACGAGAGATGGCGAATTCTCCG
GGGGAGAACAACGGACGGTGGCGAGTGAGCGTGGTCATCCGCACCAGCGACGGTGGTTTG
GAGAGGGGTTTTGAGTTTGATGAGCTTTGGACTCGGGTTTTGCAGGGGAATTGGTTGAAG
AACTGAACCGTCGCCATTTTTTTCTTTTAGGTAAGACTATTCGAAAGGAACTAGTGAACC
CCC

QA 1 843 1 843
DS 



AS 1 10

CO CL372Contig1 953 10 13 U
GGATCACAACTAAAACAATAACATACCAAAAACAATAATGAAGATCCTCTCACTTTCACT
TATCTTGCTCTTGGCCGCTACGGTCTCCCAAGGCCGACCTTCGCTACCTTTGCCTAGGCT
CATTGAACTCCTCACATCAGCCAACGAAGCCGAACTCTCAGAGGAACAACGACTCTCCAT
CAGCTACCCCAACTGCAGAAGCTGGCACCTTGGTGTTGAGACCTCTAACATCATAAACTT
CCAGACAGTGCCCGCAAATTGCAAAGACTATGTTGAAGACTACCTCACTTCCGAACAGTA
CCGTGCTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGAAGCTTATTTCTACGCCAAAGGACTTGCTTT
GAAGAATGACACCGTCAATGTTTGGATCTTTGACCTTGACGAGACCCTCCTCTCTAATGT
TCCCTTTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAGAAGCAAGACCCAAATGCGTTCAATAA
GTGGCTGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCAGAGACTTTGCATCTTTACCAAAACAT
CCAAGAACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACTGAGCGTTACCAAGAGTTGGCGGAAGT
CACTCTAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTTCACCTATTGGAGACAAATCTTATTTAAGCC
AACGGGTTCAAACACGAAGATATCAAACTTCAAGTCAAAGGAGAGGAAGAAGCTGG*TGA
GGAGTGGTCACACTATCATTGGGAATATTGGAGACCAATGGGCTGATTTGGCTAAAGACA
GCCCTGGGAGAAGGACATTCAAGCTCCCTAATCCACTCTACTACAAGAACTAATCAAGCA
TCTTTTTCATGTATTTGTTGTTCATGCATCCACCTAAATATGAGTCAATGTATTCTATCG
CAACTAAATAAATAACTCATAAATAAATGAGTACTTCGTACGTACTTTTTTAT


BQ
10 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 45 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3CL83TF U 1
AF RR3C874TF U 1
AF RR3GI83TF U 1
AF RR3C872TF U 2
AF RR3AC38TF U 4
AF RR3AC38JQ C 122
AF RR3GI83JQ C 290
AF RR3CL83JQ C 215
AF RR3C444JQ C 146
AF RR3C874JQ C 218
BS 1 85 RR3C874TF
BS 86 86 RR3CL83TF
BS 87 668 RR3C874TF
BS 669 716 RR3GI83TF
BS 717 717 RR3C872TF
BS 718 755 RR3GI83TF
BS 756 756 RR3C872TF
BS 757 782 RR3GI83TF
BS 783 795 RR3C872TF
BS 796 796 RR3AC38JQ
BS 797 825 RR3AC38TF
BS 826 951 RR3AC38JQ
BS 952 953 RR3C444JQ

RD RR3CL83TF 656 0 0
G
GATCACAACTAAAACAATAACATACCAAAAACAATAATGAAGATCCTCTCACTTTCACTT
ATCTTGCTCTTGGCC**TACGGTCTCCCAAGGCCGACCTTCGCTACCTTTGCCTAGGCTC
ATTGAACTCCTCACATCAGCCAACGAAGCTGAACTCTCAGAGGAACAACGACTCTCCATC
AGCTACCCCAACTGCAGAAGCTGGCACCTTGGTGTTGAGACCTCTAACATCATAAACTTC
CAGACAGTGCCCGCAAATTGCAAAGACTATGTTGAAGACTACCTCACTTCCGAACAGTAC
CGTGCTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGAAGCTTATTTCTACGCCAAAGGACTTGCTTTG
AAGAATGACACCGTCAATGTTTGGATCTTTGACCTTGACGAGACCCTCCTCTCTAATGTT
CCCTTTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAGAAGCAAGACCCAAATGCGTTCAATAAG
TGGCTGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCAGAGACTTTGCATCTTTACCAAAACATC
CAAGAACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACTGAGCGTTACCAAGAGTTGGCGGAAGTC
ACTCTAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTTCACCTATTGGAGACAAATCTTATTTA

QA 2 656 2 656
DS 

RD RR3C874TF 668 0 0
GGATCACAACTAAAACAATAACATACCAAAAACAATAATGAAGATCCTCTCACTTTCACT
TATCTTGCTCTTGGCCGCTACGGTCCCCCAAGGCCGACCTTCGCTACCTTTGCCTAGGCT
CATTGAACTCCTCACATCAGCCAACGAAGCCGAACTCTCAGAGGAACAACGACTCTCCAT
CAGCTACCCCAACTGCAGAAGCTGGCACCTTGGTGTTGAGACCTCTAACATCATAAACTT
CCAGACAGTGCCCGCAAATTGCAAAGACTATGTTGAAGACTACCTCACTTCCGAACAGTA
CCGTGCTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGAAGCTTATTTCTACGCCAAAGGACTTGCTTT
GAAGAATGACACCGTCAATGTTTGGATCTTTGACCTTGACGAGACCCTCCTCTCTAATGT
TCCCTTTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAGAAGCAAGACCCAAATGCGTTCAATAA
GTGGCTGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCAGAGACTTTGCATCTTTACCAAAACAT
CCAAGAACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACTGAGCGTTACCAAGAGTTGGCGGAAGT
CACTCTAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTTCACCTATTGGAGACAAATCTTATTTAAGCC
AACGGGTT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3GI83TF 782 0 0
G
GATCACAACTAAAACAATAACATACCAAAAACAATAATGAAGATCCTCTCACTTTCACTT
ATCTTGCTCTTGGCCGCTACGGTCTCCCAAGGCCGACCTTCGCTACCTTTGCCTAGGCTC
ATTGAACTCCTCACATCAGCCAACGAAGCCGAACTCTCAGAGGAACAACGACTCTCCATC
AGCTACCCCAACTGCAGAAGCTGGCACCTTGGTGTTGAGACCTCTAACATCATAAACTTC
CAGACAGTGCCCGCAAATTGCAAAGACTATGTTGAAGACTACCTCACTTCCGAACAGTAC
C*TGCTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGAAGCTTATTTCTACGCCAAAGGACTTGCTTTG
AAGAATGACACCGTCAATGTTTGGATCTTTGACCTTGACGAGACCCTCCTCTCTGATGTT
CCCTTTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAGAAGCAAGACCCAAATGCGTTCAATAAG
TGGCTGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCAGAGACTTTGCATCTTTACCAAAACATC
CAAGAACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACTGAGCGTTACCAAGAGTTGGCGGAAGTC
ACTCTAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTTCACCTATTGGAGACAAATCTTATTTAAGCCA
ACGGGTTCAAACACGAAGATATCAAACTTCAAGTCAAAGGAGAGGAAGAAGCTGGGTGAG
GAGTGGTCACACTATCATTGGGAATATTGGAGAC*AATGGGCTGATTTGGCTAAAGACAG
C

QA 2 782 2 782
DS 

RD RR3C872TF 794 0 0
GATCACAACTAAAACAATAACATACCAAAAACAATAATGAAGATCCTCTCACTTTCACTT
ATCTTGCTCTTGGCCGCTACGGTCTCCCAAGGCCGACCTTCGCTACCTTTGCCTAGGCTC
ATTGAACTCCTCACATCAGCCAACGAAGCCGAACTCTCAGAGGAACAACGACTCTCCATC
AGCTACCCCAACTGCAGAAGCTGGCACCTTGGTGTTGAGACCTCTAACATCATAAACTTC
CAGACAGTGCCCGCAAATTGCAAAGACTATGTTGAAGACTACCTCACTTCCGAACAGTAC
CGTGCTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGAAGCTTATTTCTACGCCAAAGGACTTGCTTTG
AAGAATGACACCGTCAATGTTTGGATCTTTGACCTTGACGAGACCCTCCTCTCTAATGTT
CCCTTTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAGAAGCAAGACCCAAATGCGTTCAATAAG
TGGCTGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCAGAGACTTTGCATCTTTACCAAAACATC
CAAGGACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACTGAGCGTTACCAAGAGTTGGCGGAAGTC
ACTCTAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTTCACCTATTGGAGACAAATCTTATTTAAGCCA
ACGGGTTCAAACACGAAGATATCAAACTTCAAGTCAAAGGAGAGGAAGAAGCTGG*TGAG
GAGTGGTCACACTATCATTGGGAATATTGGAGACCAATGGGCTGATTTGGCTAAAGACAG
CCCTGGGAGAAGGA

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3AC38TF 824 0 0
GG
ACAACTAAACCAATAACATACCAAAAACAATAATGAAGATCCTCTCACTTTCACTTAGCT
TGCTCTTGGCCGCTACGGTCTCCCAAGGCCGACCTTCGCTACCTTTGCCTAGGCTCATTG
AACTCCTCACATCAGCCAACGAAGCCGAACTCTCAGAGGAACAACGACTCTCCATCAGCT
ACCCCAACTGCAGAAGCTGGCACCTTGGTGTTGAGACCTCTAACATCATAAACTTCCAGA
CAGTGCCCGCAAATTGCAAAGACTATGTTGAAGACTACCTCACTTCCGAACAGTACCGTG
CTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGAAGCTTATTTCTACGCCAAAGGACTTGCTTTGAAGA
ATGACACCGTCAATGTTTGGATCTTTGACCTTGACGAGACCCTCCTCTCTAATGTTCCCT
TTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAGAAGCAAGACCCAAATGCGTTCAATAAGTGGC
TGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCAGAGACTTTGCATCTTTACCAAAACATCCAAG
AACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACTGAGCGTTACCAAGAGTTGGCGGAAGTCACTC
TAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTTCACCTATTGGAGACAAATCTTATTTAAGCCAACGG
GTTCAAACACGAAGATATCAAACTTCAAGTCAAAGGAGAGGAAGAAGCTGG*TGAGGAGT
GGTCACACTATCATTGGGAATATTGGAGACCAATGGGCTGATTTGGCTAAAGACAGCCCT
GGGAGAAGAC*ATTCAAGCTCCCTAATCCACTCTACTACA
GA

QA 3 822 3 822
DS 

RD RR3AC38JQ 830 0 0
ATTGAACTCCTCACATCAGCCAACGAAGCCGAACTCTCAGAGGAACAACGACTCTCCATC
AGCTACCCCAACTGCAGAAGCTGGCACCTTGGTGTTGAGACCTCTAACATCATAAACTTC
CAGACAGTGCCCGCAAATTGCAAAGACTATGTTGAAGACTACCTCACTTCCGAACAGTAC
CGTGCTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGAAGCTTATTTCTACGCCAAAGGACTTGCTTTG
AAGAATGACACCGTCAATGTTTGGATCTTTGACCTTGACGAGACCCTCCTCTCTAATGTT
CCCTTTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAGAAGCAAGACCCAAATGCGTTCAATAAG
TGGCTGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCAGAGACTTTGCATCTTTACCAAAACATC
CAAGAACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACTGAGCGTTACCAAGAGTTGGCGGAAGTC
ACTCTAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTTCACCTATTGGAGACAAATCTTATTTAAGCCA
ACGGGTTCAAACACGAAGATATCAAACTTCAAGTCAAAGGAGAGGAAGAAGCTGG*TGAG
GAGTGGTCACACTATCATTGGGAATATTGGAGACCAATGGGCTGATTTGGCTAAAGACAG
CCCTGGGAGAAGGACATTCAAGCTCCCTAATCCACTCTACTACAAGAACTAATCAAGCAT
CTTTTTCATGTATTTGTTGTTCATGCATCCACCTAAATATGAGTCAATGTATTCTATCGC
AACTAAATAAATAACTCATAAATAAATGAGTACTTCGTACGTACTTTTTT

QA 1 830 1 830
DS 

RD RR3GI83JQ 650 0 0
TCCGAACAGTACC*TGCTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGAAGCTTATTTCTACGCCAAA
GGACTTGCTTTGAAGAATGACACCGTCAATGTTTGGATCTTTGACCTTGACGAGACCCTC
CTCTCTGATGTTCCCTTTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAGAAGCAAGACCCAAAT
GCGTTCAATAAGTGGCTGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCAGAGACTTTGCATCTT
TACCAAAACATCCAAGAACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACTGAGCGTTACCAAGAG
TTGGCGGAAGTCACTCTAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTTCACCTATTGGAGACAAATC
TTATTTAAGCCAACGGGTTCAAACACGAAGATATCAAACTTCAAGTCAAAGGAGAGGAAG
AAGCTGG*TGAGGAGTGGTCACACTATCATTGGGAATATTGGAGACCAATGGGCTGATTT
GGCTAAAGACAGCCCTGGGAGAAGGACATTCAAGCTCCCTAATCCACTCTACTACAAGAA
CTAATCAAGCATCTTTTTCATGTATTTGTTGTTCATGCATCCACCTAAATATGAGTCAAT
GTATTCTATCGCAACTAAATAAATAACTCATAAATAAATGAGTACTTCG
C

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3CL83JQ 725 0 0
GTTGAGACCTCTAACATCATAAACTTCCAGACAGTGCCCGCAAATTGCAAAGACTATGTT
GAAGACTACCTCACTTCCGAACAGTACCGTGCTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGAAGCT
TATTTCTACGCCAAAGGACTTGCTTTGAAGAATGACACCGTCAATGTTTGGATCTTTGAC
CTTGACGAGACCCTCCTCTCTAATGTTCCCTTTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAG
AAGCAAGACCCAAATGCGTTCAATAAGTGGCTGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCA
GAGACTTTGCATCTTTACCAAAACATCCAAGAACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACT
GAGCGTTACCAAGAGTTGGCGGAAGTCACTCTAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTTCACC
TATTGGAGACAAATCTTATTTAAGCCAACGGGTTCAAACACGAAGATATCAAACTTCAAG
TCAAAGGAGAGGAAGAAGCTGG*TGAGGAGTGGTCACACTATCATTGGGAATATTGGAGA
CCAATGGGCTGATTTGGCTAAAGACAGCCCTGGGAGAAGGACATTCAAGCTCCCTAATCC
ACTCTACTACAAGAACTAATCAAGCATCTTTTTCATGTATTTGTTGTTCATGCATCCACC
TAAATATGAGTCAATGTATTCTATCGCAACAAAATAAATAACTCATAAATAAATGAGTAC
TTCGT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3C444JQ 808 0 0
CGAAG
CGAACTCTCAGAGGAACAACGACTCTCCATCAGCTACCCCAACTGCAGAAGCTGGCACCT
TGGTGTTGAGACCTCTAACATCATAAACTTCCAGACAGTGCCCGCAAATTGCAAAGACTA
TGTTGAAGACTACCTCACTTCCGAACAGTACCGTGCTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGA
AGCTTATTTCTACGCCAAAGGACTTGCTTTGAAGAATGACACCGTCAATGTTTGTATCTT
TGACCTTGACGAGACCCTCCTCTCTAATGCTCCCTTTTACGCTCAATATGGATACGGGAC
AGAGAAGCAAGACCCAAATGCGCTCAATAAGTGGCTGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCT
CCCAGAGACTTTGCATCTTTACCAAAACATCCAAGAACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACT
CACTGAGCGTTACCAAGAGTTGGCGGAAGTCACTCTAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTT
CACCTATTGGAGACAAATCTTATTTAAGCCAACGGGTTCAAACACGAAGATATCAAACTT
CAAGTCAAAGGAGAGGAAGAAGCTGG*TGAGGAGTGGTCACACTATCATTGGGAATATTG
GAGACCAATGGGCTGATTTGGCTAAAGACAGCCCTGGGAGAAGGACATTCAAGCTCCCTA
ATCCACTCTACTACAAGAACTAATCAAGCATCTTTTTCATGTATTTGTTGTTCATGCATC
CACCTAAATATGAGTCAATGTATTCTATCGCAACAAAATAAATAACTCATAAATAAATGA
GTACTTCGTACGTACTTTTTTAT

QA 6 808 6 808
DS 

RD RR3C874JQ 736 0 0
TGAGA
CTCTAACATCATAAACTTCCAGACAGTGCCCGCAAATTGCAAAGACTATGTTGAAGACTA
CCTCACTTCCGAACAGTACCGTGCTGACTCCAAAACGGTGTGCAAAGAAGCTTATTTCTA
CGCCAAAGGACTTGCTTTGAAGAATGACACCGTCAATGTTTGGATCTTTGACCTTGACGA
GACCCTCCTCTCTAATGTTCCCTTTTACGCTCAATATGGATACGGGACAGAGAAGCAAGA
CCCAAATGCGTTCAATAAGTGGCTGGAGGCCGGAGAAGCTCCCGTGCTCCCAGAGACTTT
GCATCTTTACCAAAACATCCAAGAACTCGGGATTGAGCCTGTCTTACTCACTGAGCGTTA
CCAAGAGTTGGCGGAAGTCACTCTAAAGAATCTCGAAGCTGCTGGCTTCACCTATTGGAG
ACAAATCTTATTTAAGCCAACGGGTTCAAACACGAAGATATCAAACTTCAAGTCAAAGGA
GAAGAAGAAGCTGG*TGAGGAGTGGTCACACTATCATTGGGAATATTGGAGACCAATGGG
CTGATTTGGCTAAAGACAGCCCTGGGAGAAGGACATTCAAGCTCCCTAATCCACTCTACT
ACAAGAACTAATCAAGCATCTTTTTCATGTATTTGTTGTTCATGCATCCACCTAAATATG
AGTCAATGTATTCTATCGCAACTAAATAAATAACTCATAAATAAATGAGTACTTCGTACG
TACTTTTTT
AT

QA 6 734 6 734
DS 



AS 1 8

CO CL373Contig1 932 8 13 U
GGAGAGGGAAGTTAGATATCGCTAAGCGGAGGGAGGGTGAGAGGAAGCCTTTAGATTAGT
ATAGTTCCCGCCGCCATGGCCGTTACGGCGTCTGGATTCATCGGCAAAGCTACAATCTCC
TCCGTTCGAGTAGAGTTCTCTTCCAAATTATCATACCTGAAACGTCCCTTCTCTTCCTCA
AAGCCTCCGGTGGTTCGGTCCGTAGCCTTATCGCCGCCGGCGAGAACAGTTGAGTCGCCG
CCGGTTGGTTACCGGAAAAATGTTGGGATTTGTCTCGTTAGTCCATGTAGAAAGATTTTT
ACTGCATCAAAGATTCACGTTCCGGATACATGGCAAATGCCTCAGGGTGGTGCTGATGAG
GGAGAAGATCTTAGAAATGCTGCTTTTAGAGAGCTCAGAGAAGAAACAGGGGTTACCTCT
GCTGAATTCATTGCCGAGATACCAAACTGGCTGACCTATGATTTCCCCCGGGATGTGAAG
GACAAACTTAATCGGAAATGGCGAACAAGTTACAAAGGCCAAGCTCAGAAATGGTTTCTC
TTCAAGTTCACTGGCAAGGAGGAAGAAATAAATCTCCTAGGAGATGGTACTGCAAAACCA
GAGTTTAAGGTGTGGTCCTGGATGCTACCCGAACAAGTGATTGAACATGCTGTATATTTC
AAGAGACCTGTCTACGAGCATGTCATAAATCAATTCAATCCTTACTTTGTGGATGAAGAC
AAGGAACTCCCGTAAGGATTGAAACGTACACAAGATCGGTAAAAAAAAAA*GTGAATACT
GATTAGGAGGAAATCAACCAAACATTATACCCCCATCATAGATGAAATTGCTTCATTATC
TTTATGCTTGGACACTTCAAAAATTGTACTTATGAAACGCAAACTACTGTTCTTAGAGCT
CATAATCAAAGTTTTCATGGCGTTGGATAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3D093TF U 38
AF RR3D350TF U 7
AF RR3AG86TF U 19
AF RR3B461TF U 1
AF RR3AO74TF U 16
AF RR3D093JQ C 620
AF RR3AG86JQ C 160
AF RR3AO74JQ C 181
BS 1 414 RR3B461TF
BS 415 415 RR3D350TF
BS 416 538 RR3B461TF
BS 539 539 RR3D350TF
BS 540 560 RR3B461TF
BS 561 561 RR3AO74TF
BS 562 703 RR3B461TF
BS 704 704 RR3AO74TF
BS 705 759 RR3B461TF
BS 760 760 RR3AO74TF
BS 761 770 RR3AG86JQ
BS 771 771 RR3D093JQ
BS 772 932 RR3AG86JQ

RD RR3D093TF 348 0 0
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TCATCGGCAAAGCTACAATCTCCTCCGTTCGAGTAGAGTTCTCTTCCAAATTATCATACC
TGAAACGTCCCTTCTCTTCCTCAAAGCCTCCGGTGGTTCGGTCCGTAGCCTTATCGCCGC
CGGCGAGAACAGTTGAGTCGCCGCCGGTTGGTTACCGGAAAAATGTTGGGATTTGTCTCG
TTAGTCCATGTAGAAAGATTTTTACTGCATCAAAGATTCACGTTCCGGATACATGGCAAG
TGCCTCAGGGTGGTGCTGATGAGGGAGAAGATCTTAGAAATGCTGCTT

QA 1 348 1 348
DS 

RD RR3D350TF 679 0 0
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CCCGCCGCCATGGCCGTTACGGCGTCTGGATTCATCGGCAAAGCTACAATCTCCTCCGTT
CGAGTAGAGTTCTCTTCCAAATTATCATACCTGAAACGTCCCTTCTCTTCCTCAAAGCCT
CCGGTGGTTCGGTCCGTACCCTTATCGCCGCCGGCGAGAACAGTTGAGTCGCCGCCGGTT
GGTTACCGGAAAAATGTTGGGATTTGTCTCGTTAGTCCATGTAGAAAGATTTTTACTGCA
TCAAAGATTCACGTTCCGGATACATGGCAAATGCCTCAGGGTGGTGCTGATGAGGGAGAA
GATCTTAGAAATGCTGCTTTTAGAGAGCTCAGAGAAGAAACAGGGGTTACCTCTGCTGAA
TTCATTGCCGAGATACCAAACTGGCTGACCTATGATTTCCCCCGGGATGTGAAGGACAAA
CTTAATCGGAAATGGCGAACAAGTTATAAAGGCCAAGCTCATAAATGGTTTCTCTTCAAG
TTCACTGGCAAGGAAGAAGAAATAAATCTCCTAGGAGATGGTACTGCAAAACCAGAGTTT
AAGGTGTGGTCCTGGATGCTACCCGAACAAGTGATTGAACATGCTGTATATTTCAAGAGA
CCTGTCTACGAGCATGTCA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3AG86TF 696 0 0
GG
GCTAAGCGGAGGGAGGGTGAGAGGAAGCCTTTAGATTAGTATAGTTCCCGCCGCCATGGC
CGTTACGGCGTCTGGATTCATCGGCAAAGCTACAATCTCCTCCGTTCGAGTAGAGTTCTC
TTCCAAATTATCATACCTGAAACGTCCCTTCTCTTCCTCAAAGCCTCCGGTGGTTAGGTC
CGTAGCCTTATCGCCGCCGGCGAGAACAGTTGAGTCGCCGCCGGTTGGTTACCGGAAAAA
TGTTGGGATTTGTCTCGTTAGTCCATGTAGAAAGATTTTTACTGCATCAAAGATTCACGT
TCCGGATACATGGCAAATGCCTCAGGGTGGTGCTGATGAGGGAGAAGATCTTAGAAATGC
TGCTTTTAGAGAGCTCAGAGAAGAAACAGGGGTTACCTCTGCTGAATTCATTGCCGAGAT
ACCAAACTGGCTGACCTATGATTTCCCCCGGGATGTGAAGGACAAACTTAATCGGAAATG
GCGAACAGGTTACAAAGGCCAAGCTCAGAAATGGTTTCTCTTCAAGTTCACTGGCAAGGA
GGAAGAAATAAATCTCCTAGGAGATGGTACTGCAAAACCAGAGTTTAAGGTGTGGTCCTG
GATGCTACCCGAACAAGTGATTGAACATGCTGTATATTTCAAGAGACCTGTCTACGAGCA
TGTCATAAATCAATTCAATCCTTACTTTGTGGAT

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR3B461TF 764 0 0
GGAGAGGGAAGTTAGATATCGCTAAGCGGAGGGAGGGTGAGAGGAAGCCTTTAGATTAGT
ATAGTTCCCGCCGCCATGGCCGTTACGGCGTCTGGATTCATCGGCAAAGCTACAATCTCC
TCCGTTCGAGTAGAGTTCTCTTCCAAATTATCATACCTGAAACGTCCCTTCTCTTCCTCA
AAGCCTCCGGTGGTTCGGTCCGTAGCCTTATCGCCGCCGGCGAGAACAGTTGAGTCGCCG
CCGGTTGGTTACCGGAAAAATGTTGGGATTTGTCTCGTTAGTCCATGTAGAAAGATTTTT
ACTGCATCAAAGATTCACGTTCCGGATACATGGCAAATGCCTCAGGGTGGTGCTGATGAG
GGAGAAGATCTTAGAAATGCTGCTTTTAGAGAGCTCAGAGAAGAAACAGGGGTTGCCTCT
GCTGAATTCATTGCCGAGATACCAAACTGGCTGACCTATGATTTCCCCCGGGATGTGAAG
GACAAACTTAATCGGAAATGGCGAACAAGTTACAAAGGCCAAGCTCAGAAATGGTTTCAC
TTCAAGTTCACTGGCAAGGAAGAAGAAATAAATCTCCTAGGAGATGGTACTGCAAAACCA
GAGTTTAAGGTGTGGTCCTGGATGCTACCCGAACAAGTGATTGAACATGCTGTATATTTC
AAGAGACCTGTCTACGAGCATGTCATAAATCAATTCAATCCTTGCTTTGTGGATGAAGAC
AAGGAACTCCCGTAAGGATTGAAACGTACACAAGATCGG
CCAAA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3AO74TF 745 0 0
GGATC
GCTAAGCGGAGGGAGGGTGAGAGGAAGCCTTTAGATTAGTATAGTTCCCGCCGCCATGGC
CGTTACGGCGTCTGGATTCATCGGCAAAGCTACAATCTCCTCCGTTCGAGTAGAGTTCTC
TTCCAAATTATCATACCTGAAACGTCCCTTCTCTTCCTCAAAGCCTCCGGTGGTTCGGTC
CGTAGCCTTATCGCCGCCGGCGAGAACAGTTGAGTCGCCGCCGGTTGGTTACCGGAAAAA
TGTTGGGATTTGTCTCGTTAGTCCATGTAGAAAGATTTTTACTGCGTCAAAGATTCACGT
TCCGGATACATGGCAAATGCCTCAGGGTGGTGCTGATGAGGGAGAAGATCTTAGAAATGC
TGCTTTTAGAGAGCTCAGAGAAGAAACAGGGGTTACCTCTGCTGAATTCATTGCCGAGAT
ACCAAACTGGCTGACCTATGATTTCCCCCGGGATGTGAAGGACAAACTTAATCGGAAATG
GCGAACAAGTTACAAAGGCCAAGCTCAGAAATGGTTTCTCTTCAAGTTCACTGGCAAGGA
GGAAGAAATAAATCTCCTAGGAGATGGTACTGCAAAACCAGAGTTTAAGGTGTGGTCCTG
GATGCTACCCGAACAAGTGATTGAACATGCTGTATATTTCAAGAGACCTGTCTACGAGCA
TGTCATAAATCAATTCAATCCTTACTTTGTGGATGAAGACAAGGAACTCCCGTAAGGATT
GAAACGTACACAAGATCGGT

QA 6 745 6 745
DS 

RD RR3D093JQ 201 0 0
GGATGCTACCCGAACAAGTGATTGAACATGCTGTATATTTCAAGAGACCTGTTTACGAGC
ATGTCATAAATCAATTCAATCCTTACTTTGGGGAGGAAGACAAGGAACTCCCGTAAGGAT
TGAAACGTACCCAAGATCGGTAAAAAAAAAA*GTGAATACTGATTAGGGGGAAATCAACC
AAACATTATACCCCCATCATA

QA 1 201 1 201
DS 

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AAACGTCCCTTCTCTTCCTCAAAGCCTCCGGTGGTTAGGTCCGTAGCCTTATCGCCGCCG
GCGAGAACAGTTGAGTCGCCGCCGGTTGGTTACCGGAAAAATGTTGGGATTTGTCTCGTT
AGTCCATGTAGAAAGATTTTTACTGCATCAAAGATTCACGTTCCGGATACATGGCAAATG
CCTCAGGGTGGTGCTGATGAGGGAGAAGATCTTAGAAATGCTGCTTTTAGAGAGCTCAGA
GAAGAAACAGGGGTTACCTCTGCTGAATTCATTGCCGAGATACCAAACTGGCTGACCTAT
GATTTCCCCCGGGATGTGAAGGACAAACTTAATCGGAAATGGCGAACAGGTTACAAAGGC
CAAGCTCAGAAATGGTTTCTCTTCAAGTTCACTGGCAAGGAGGAAGAAATAAATCTCCTA
GGAGATGGTACTGCAAAACCAGAGTTTAAGGTGTGGTCCTGGATGCTACCCGAACAAGTG
ATTGAACATGCTGTATATTTCAAGAGACCTGTTTACGAGCATGTCATAAATCAATTCAAT
CCTTACTTTGTGGATGAAGACAAGGAACTCCCGTAAGGATTGAAACGTACACAAGATCGG
TAAAAAAAAAAAGTGAATACTGATTAGGAGGAAATCAACCAAACATTATACCCCCATCAT
AGATGAAATTGCTTCATTATCTTTATGCTTGGACACTTCAAAAATTGTACTTATGAAACG
CAAACTACTGTTCTTAGAGCTCATAATCAAAGTTTTCATGGCGTTGGATAATT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3AO74JQ 748 0 0
AAGCCTCCGGTGGTTCGGTCCGTAGCCTTATCGCCGCCGGCGAGAACAGTTGAGTCGCCG
CCGGTTGGTTACCGGAAAAATGTTGGGATTTGTCTCGTTAGTCCATGTAGAAAGATTTTT
ACTGCGTCAAAGATTCACGTTCCGGATACATGGCAAATGCCTCAGGGTGGTGCTGATGAG
GGAGAAGATCTTAGAAATGCTGCTTTTAGAGAGCTCAGAGAAGAAACAGGGGTTACCTCT
GCTGAATTCATTGCCGAGATACCAAACTGGCTGACCTATGATTTCCCCCGGGATGTGAAG
GACAAACTTAATCGGAAATGGCGAACAAGTTACAAAGGCCAAGCTCAGAAATGGTTTCTC
TTCAAGTTCACTGGCAAGGAGGAAGAAATAAATCTCCTAGGAGATGGTACTGCAAAACCA
GAGTTTAAGGTGTGGTCCTGGATGCTACCCGAACAAGTGATTGAACATGCTGTATATTTC
AAGAGACCTGTCTACGAGCATGTCATAAATCAATTCAATCCTTACTTTGTGGATGAAGAC
AAGGAACTCCCGTAAGGATTGAAACGTACACAAGATCGGTAAAAAAAAA**GTGAATACT
GATTAGGAGGAAATCAACCAAACATTATACCCCCATCATAGATGAAATTGCTTCATTATC
TTTATGCTTGGACACTTCAAAAATTGTACTTATGAAATGCAAACTACTGTTCTTAGAGCT
CATAATCAAAGTTTTCATGGCGTTGGAT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 8

CO CL374Contig1 1099 8 27 U
GACCATCATCGCTGAAACACACAAAGGAGAGAGAGAAAAATGGAGATTGGGTTTCTGGGC
TTGGGTATCATGGGAAAGGCCATGTCAATGAATCTACTGAAACATGGTTTCAAACTAACC
GTCTGGAACAGGACACTCTCCAAGTGTGATGAACTTGTGGAGCATGGAGCTTCAGTATGC
GAGACTCCAGCTGAAGTAATCAAGAAATGCAAATACACTATCGCTATGCTCTCTGACCCT
TCCGCTGCTCTTTCGGTTGTTTTCGATAAAGATGGCGTTTTGGAGCAAATCTGTGAAGGG
AAAGGCTATATCGATATGTCAACTGTTGATGCTGAGACCTCGTTAAAGATCAACGAGGCA
ATCACCGGGAAAGGTGGTCGGTTTGTAGAAGGTCCGGTTTCAGGTAGCAAGAAGCCGGCA
GAAGATGGCCAGCTCATCATACTTGCTGCTGGTGACAAGTCCCTTTTCGATGAATCGGTC
CCAGCTTTTGACGTCTTGGGGAAGAAGTCTTTTTACTTGGGACAAGTTGGGAACGGAGCT
AAGATGAAACTTGTTGTCAACATGGTCATGGGAAGCATGATGAACGCCTTCGCCGAGGGG
CTTGTATTAGCTGACAAGAGTGGACTTAGCTCTGACACTCTTCTTGATATTCTGGATCTT
GGTGCAATGACAAACCCGATGTTCAAAGGGAAAGGACCTTCGATGAATAAGAGTAGTTAC
CCACCAGCGTTCCCGTTGAAACATCAGCAGAAGGACATGAGGCTAGCTCTTGCTCTTGGC
GATGAAAACGCTGTTTCCATGCCTGTAGCTGCAGCCGCAAATGAGGCTTTTAAGAAGGCA
AGAAGCATGGGACTTGGAGATCTGGACTTCTCTGCTGTGATTGAGGCTGTGAAATTCTCC
AGGGAGTAGTAGTTAAACTATTGGAAAAGAAAAAACTAAAATGATTGTTGTCTTCCCAAA
GACAGTTTACTCTACTCATGATTTGGCCAAGAACACATTTTAATCCTTCACCAAATAAGA
CGTCTTTTAAAACAGTCCCATATGTTACCTCTTTTGGTTTGTGTAACAAATGCAAAAGCT
TGGTAACAAGTGAATTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG69TF U 69
AF RR3BW56TF U 1
AF RR3D095TF U 13
AF RR3GG69JQ C 266
AF RR3D095JQ C 310
AF RR3E926TF U 413
AF RR3EI76JQ C 346
AF RR3B224JQ C 247
BS 1 116 RR3BW56TF
BS 117 117 RR3D095TF
BS 118 146 RR3BW56TF
BS 147 147 RR3D095TF
BS 148 197 RR3BW56TF
BS 198 198 RR3D095TF
BS 199 275 RR3BW56TF
BS 276 276 RR3D095TF
BS 277 299 RR3BW56TF
BS 300 300 RR3D095TF
BS 301 341 RR3BW56TF
BS 342 342 RR3D095TF
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BS 354 354 RR3D095TF
BS 355 494 RR3BW56TF
BS 495 495 RR3D095TF
BS 496 591 RR3BW56TF
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BS 593 691 RR3BW56TF
BS 692 729 RR3E926TF
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BS 763 1004 RR3E926TF
BS 1005 1007 RR3B224JQ
BS 1008 1028 RR3E926TF
BS 1029 1099 RR3B224JQ

RD RR3GG69TF 427 0 0
CATGGGAAAGGCCATGTCAATGAATCTACTGAAACATGGTTTCAAACTAACCGTCTGGAA
CAGGACACTCTCCAAGTGTGATGAACTTGTGGAGCATGGAGCTTCAGTATGCGAGACTCC
AGCTGAAGTAATCAAGAAATGCAAATACACTATCGCTATGCTCTCTGACCCTTCCGCTGC
TCTTTCGGTTGTTTTCGATAAAGATGGCGTTTTGGAGCAAATCTGTGAAGGGAAAGGCTA
TATCGATATGTCAACTGTTGATGCTGAGACCTCGTTAAAGATCAACGAGGCAATCACCGG
GAAAGGTGGTCGGTTTGTAGAAGGTCCGGTTTCAGGTAGCAAGAAGCCGGCAGAAGATGG
CCAGCTCATCATACTTGCTGCTGGTGACAAGTCCCTTTTCGATGAATCGGTCCCAGCTTT
TGACGTC

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR3BW56TF 691 0 0
GACCATCATCGCTGAAACACACAAAGGAGAGAGAGAAAAATGGAGATTGGGTTTCTGGGC
TTGGGTATCATGGGAAAGGCCATGTCAATGAATCTACTGAAACATGGTTTCAAACTCACC
GTCTGGAACAGGACACTCTCCAAGTGCGATGAACTTGTGGAGCATGGAGCTTCAGTATGC
GAGACTCCAGCTGAAGTGATCAAGAAATGCAAATACACTATCGCTATGCTCTCTGACCCT
TCCGCTGCTCTTTCGGTTGTTTTCGATAAAGATGGTGTTTTGGAGCAAATCTGTGAAGGA
AAAGGCTATATCGATATGTCAACTGTTGATGCTGAGACCTCCTTAAAGATCAATGAGGCA
ATCACCGGGAAAGGTGGTCGGTTTGTAGAAGGTCCGGTTTCAGGTAGCAAGAAGCCGGCA
GAAGATGGCCAGCTCATCATACTTGCTGCTGGTGACAAGTCCCTTTTCGATGAATCGGTC
CCAGCTTTTGACGTTTTGGGGAAGAAGTCTTTTTACTTGGGACAAGTTGGGAACGGAGCT
AAGATGAAACTTGTTGTCAACATGGTCATGGGAAGCATGATGAACGCCTTCTCCGAGGGG
CTTGTATTAGCTGACAAGAGTGGACTTAGCTCTGACACTCTTCTTGATATTCTGGATCTT
GGTGCAATGACAAACCCGATGTTCAAAGGGA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3D095TF 670 0 0
GGACAAAGGAGAGA
GAGAGAGAGAAAAATGGAGATTGGGTTTCTGGGCTTGGGTATCATGGGAAAGGCCATGTC
AATGAATCTACTGAAACATGGTTTCAAACTAACCGTCTGGAACAGGACACTCTCCAAGTG
TGATGAACTTGTGGAGCATGGAGCTTCAGTATGCGAGACTCCAGCTGAAGTAATCAAGAA
ATGCAAATACACTATCGCTATGCTCTCTGACCCTTCCGCTGCTCTTTCGGTTGTTTTCGA
TAAAGATGGCGTTTTGGAGCAAATCTGTGAAGGGAAAGGCTATATCGATATGTCAACTGT
TGATGCTGAGACCTCGTTAAAGATCAACGAGGCAATCACCGGGAAAGGTGGTCGGTTTGT
AGAAGGTCCGGTTTCAGGTAGCAAGAAGCCGGCAGAAGATGGCCAGCTCATCATACTTGC
TGCTGGTGACAAGTCCCTTTTCGATGAATCGGTCCCAGCTTTTGACGTCTTGGGGAAGAA
GTCTTTTTACTTGGGACAAGTTGGGAACGGAGCTAAGATGAAACTTGTTGTCAACATGGT
CATGGGAAGCATGATGAACGCCTTCGCCGAGGGGCTTGTATTAGCTGACAAGAGTGGACT
TAGCTCTGACACTCTTCTTGATATTCTGGATCTTGGTGCAATGACAAACCCGATGT

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DS 

RD RR3GG69JQ 670 0 0
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TTGATGCTGAGACCTCGTTAAAGATCAACGAGGCAATCACCGGGAAAGGTGGTCGGTTTG
TAGAAGGTCCGGTTTCAGGTAGCAAGAAGCCGGCAGAAGATGGCCAGCTCATCATACTTG
CTGCTGGTGACAAGTCCCTTTTCGATGAATCGGTCCCAGCTTTTGACGTCTTGGGGAAGA
AGTCTTTTTACTTGGGACAAGTTGGGAACGGAGCTAAGATGAAACTTGTTGTCAACATGG
TCATGGGAAGCATGATGAACGCCTTCGCCGAGGGGCTTGTATTAGCTGACAAGAGTGGAC
TTAGCTCTGACACTCTTCTTGATATTCTGGATCTTGGTGCAATGACAAACCCGATGTTCA
AAGGGAAAGGACCTTCGAGGAATAAGAGTAGTTACCCACCAGCGTTCCCGTTGAAACATC
AGCAGAAGGACATGAGGCTAGCTCTTGCTCTTGGCGATGAAAACGCTGTTTCCATGCCTG
TAGCTGCAGCCGCAAATGAGGCTTTTAAGAAGGCAAGAAGCATGGGACTTGGAGATCTGG
ACTTCTCTGCTGTGATTGAGGCTGTGAAATTCTCCAGGGAGTAGTAGTTAAACTATTGGA
AAAGAAAAAA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3D095JQ 730 0 0
ATCGATATGTCAACTGTTGATGCTGAGACCTCGTTAAAGATCAACGAGGCAATCACCGGG
AAAGGTGGTCGGTTTGTAGAAGGTCCGGTTTCAGGTAGCAAGAAGCCGGCAGAAGATGGC
CAGCTCATCATACTTGCTGCTGGTGACAAGTCCCTTTTCGATGAATCGGTCCCAGCTTTT
GACGTCTTGGGGAAGAAGTCTTTTTACTTGGGACAAGTTGGGAACGGAGCTAAGATGAAA
CTTGTTGTCAACATGGTCATGGGAAGCATGATGAACGCCTTCGCCGAGGGGCTTGTATTA
GCTGACAAGAGTGGACTTAGCTCTGACACTCTTCTTGATATTCTGGATCTTGGTGCAATG
ACAAACCCGATGTTCAAAGGGAAAGGACCTTCGATGAATAAGAGTAGTTACCCACCAGCG
TTCCCGTTGAAACATCAGCAGAAGGACATGAGGCTAGCTCTTGCTCTTGGCGATGAAAAC
GCTGTTTCCATGCCTGTAGCTGCAGCCGCAAATGAGGCTTTTAAGAAGGCAAGAAGCATG
GGACTTGGAGATCTGGACTTCTCTGCTGTGATTGAGGCTGTGAAATTCTCCAGGGAGTAG
TAGTTAAACTATTGGAAAAGAAAAAACTAAAATGATTGTTGTCTTCCCAAAGACAGTTTA
CTCTACTCGTGATTTGGCCAAGAACACATTTTAATCCTTCACCAAATAAGACCTCTTTTA
AAACAGTCCC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3E926TF 616 0 0
G
GCCGGCAGAAGATGGCCAGCTCATCATACTTGCTGCTGGTGACAAGTCCCTTTTCGATGA
ATCGGTCCCAGCTTTTGACGTCTTGGGGAAGAAGTCTTTTTACTTGGTACAAGTTGGGAA
CGGAGCTAAGATGAAACTTGTTGCCAACATGGTCATGGGAAGCATGATGAACGCCTTCGC
CGAGGGGCTTGTATTAGCTGACAAGAGTGGACTTAGCTCTGACACTCTTCTTGATATTCT
GGATCTTGGTGCAATGACAAACCCGATGTTCAAAGGGAAAGGACCTTCGATGAATAAGAG
TAGTTACCCACCAGCGCTCCCGTTGAAACATCAGCAGAAGGACATGAGTCTAGCTCTTGC
TCTTGGCGATGAAAACGCTGTTTCCATGCCTGTAGCTGCAGCCGCAAATGAGGCTTTTAA
GAAGGCAAGAAGCATGGGACTTGGAGATCTGGACTTCTCTGCTGTGATTGAGGCTGTGAA
ATTCTCCAGGGAGTAGTAGTTAAACTATTGGAAAAGAAAAAACTAAAATGATTGTTGTCT
TCCCAAAGACAGTTTACTCTACTCATGATTTGGCCAAGAACACATTTTAAT***TCACCA
AATAAGACGTCTTTT

QA 2 616 2 616
DS 

RD RR3EI76JQ 683 0 0
AAGATCAATGAGGCAATCACCGGGAAAGGTGGTCGGTTTGTAGAAGGTCCGGTTTCAGGT
AGCAAGAAGCCGGCAGAAGATGGCCAGCTCATCATACTTGCTGCTGGTGACAAGTCCCTT
TTCGATGAATCGGTCCCAGCTTTTGACGTTTTGGGGAAGAAGTCTTTTTACTTGGGACAA
GTTGGGAACGGAGCTAAGATGAAATTTGTTGTCAACATGGTCATGGGAAGCATGATGAAC
GCCTTCTCCGAGGGGCTTGTATTAGCTGACAAGAGTGGACTTAGCTCTGACACTCTTCTT
GATATTCTGGATCTTGGTGCAATGACAAACCCGATGTTCAAAGGGAAAGGACCTTCGATG
AATAAGAGTAGTTACCCACCAGCGTTCCCGTTGAAACATCAGCAGAAGGACATGAGGCTA
GCTCTTGCTCTTGGCGATGAAAACGCTGTTTCCATGCCTGTAGCTGCAGCTGCAAATGAG
GCTTTTAAGAAGGCAAGAAGCTTGGGACTTGGAGATCTGGACTTTTCTGCTGTGATTGAG
GCTGTGAAATTCTCCAGGGAGTAGTAGTTAAACTATTGGAAAAGAAAAAACTAAAATGAT
TGTTGTCTTCCCAAACACAGTTTACTCTACTCATGATTTGGCCAAGAACACATTTTAATC
CTTCACCAAATAAGACGTCTTTT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3B224JQ 853 0 0
GCTCTTTCGGTTGTTTTCGATAAAGACGGCGTTTTGGAGCAAATCTGTGAAGGGAAAGGC
TATATCGATATGTCAACTGTTGATGCTGAGACCTCGTTAAAGATCAACGAGGCAATCACC
GGGAAAGGTGGTCGGTTTGTAGAAGGTCCGGTTTCAGGTAGCAAGAAGCCGGCAGAAGAT
GGCCAGCTCATCATACTTGCTGCTGGTGACAAGTCCCTTTTCGATGAATCGGTCCCAGCT
TTTGACGTCTTGGGGAAGAAGTCTTTTTACTTGGGACAAGCTGGGAACGGAGCTAAGATG
AAACTTGTTGTCAACATGGTCATGGGAAGCATGATGAACGCCTTCGCCGAGGGGCTTGTA
TTAGCTGACAAGAGTGGACTTAGCTCTGACACTCTTCTTGATATTCTGGATCTTGGTGCA
ATGACAAACCCGATGTTCAAAGGGAAAGGACCTTCGATGAATAAGAGTAGTTACCCACCA
GCGTTCCCGTTGAAACATCATCAGAAGGACATGAGGCTAGCTCTTGCTCTTGGCGATGAA
AACGCTGTTTCCATGCCTGTAGCTGCAGCCGCAAATGAGGCTTTTAAGAAGGCAAGAAGC
ATGGGACTTGGAGATCTGGACTTCTCTGCTGTGATTGAGGCTGTGAAATTCTCCAGGGAG
TAGTAGTTAAACTATTGGAAAAGAAAAAACTAAAATGATTGTTGTCTTCCCAAAGACAGT
TTACTCTACTCGTGATTTGGCCAAGAACACATTTTAATCCTTCACCAAATAAGACCTCTT
TTAAAACAGTCCCATATGTTACCTCTTTTGGTTTGTGTAACAAATGCAAAAGCTTGGTAA
CAAGTGAATTTAT

QA 1 853 1 853
DS 



AS 2 5

CO CL375Contig1 1475 3 11 U
GGACAAAACATAGGCTTTTCCGGAAATCTGAGATCTTACAGTAATAGCTGAAGAGGAGCA
CTGAGAAAGAGAAGATGAGCGACGGAGACGATGCCGCTAGACGCCGTACCGCTGCAGTTG
CCGATTACCGGAAAAAGCTCCTCCAACATAAGGAGCTCGAGTCCCGAGTTCGAACAGCTA
GGGAGAACTTGAGAGGATCTAAAAAGGAATTCAACAAAACTGAAGATGATCTCAAGTCTC
TTCAAAGTGTTGGCCAGATCATTGGCGAAGTCCTTCGACCTCTCGATAATGAAAGATTGA
TTGTCAAAGCTAGCAGTGGTCCTCGGTATGTGGTAGGCTGCCGTAGCAAAGTGGACAAGG
AGAAGCTAACCTCAGGAACTCGAGTTGTTCTTGATATGACCACACTTACCATAATGAGAG
CCCTTCCCCGAGAAGTCGATCCCGTTGTGTATAACATGCTGCACGAAGACCCTGGCAACA
TTAGCTACTCTGCTGTCGGAGGTTTAGGTGATCAAATCAGAGAACTCAGGGAATCTATTG
AGCTTCCTCTCATGAATCCTGAACTTTTCCTCCGAGTTGGGATCAAACCACCCAAGGGAG
TCCTTCTGTATGGACCTCCAGGGACAGGAAAAACTCTACTAGCTAGGGCTATTGCCAGCA
ACATCGATGCCAACTTCTTGAAGGTTGTGTCGAGTGCAATCATAGACAAATACATTGGAG
AAAGTGCTAGGCTGATTCGGGAGATGTTTAACTATGCCCGTGAACACCAGCCTTGTATCA
TTTTCATGGACGAAATCGATGCTATTGGTGGGCGTCGTTTTAGCGAGGGAACTAGTGCTG
ATCGTGAAATTCAAAGAACACTCATGGAGTTACTCAACCAGCTTGATGGGTTTGACAACC
TCGGAAAGGTGAAAATGATAATGGCGACGAACAGGCCTGATGTGCTTGATCCTGCGCTTC
TCCGTCCAGGTAGATTAGATAGAAAGACTGAGATCCCTTTGCCAAACGAGCAATCAAGAA
TGGATATCCTCAAGATCCATGCAGCTGGTATAGCCAAACATGGTGAAATTGAGTACGAGG
CTATTGTCAAACTTGCAGAGGGCTTCAATGGTGCTGATCTGCGTAACATATGCACGGAGG
CTGGAATGTTTGCAATCCGAGCAGAGCGGGACTATGTGATCCAGGAAGATTTCATGAAGG
CGGTGAGAAAGCTGAGCGAGGCCAAGAAACTTGAGTCGAGTTCACACTACAATGCAGATT
TCGGAAAAGAGTGAGAGGAGGGATTAAAAAACTCTTGTCGTGTGAGCTAGGGATAAAGAA
AGGACAGTGCAATGGAATGGCAGTTTCGTATTATTGTTTGTTCTTTGACTTTGGCAATGT
GAAACTTTGTTTTAATTTTTTTTCTGAGAAGCAGAGATTGTGGAGTGTGTGCTTTTACTA
CCTTTTAGTACTTTAAAAGCTTCAATCATTTGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C692TF U 1
AF RR3BF96TF U 169
AF RR3BF96JQ C 650
BS 1 683 RR3C692TF
BS 684 684 RR3BF96TF
BS 685 709 RR3C692TF
BS 710 710 RR3BF96TF
BS 711 724 RR3C692TF
BS 725 725 RR3BF96TF
BS 726 748 RR3C692TF
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BS 750 781 RR3C692TF
BS 782 923 RR3BF96TF
BS 924 1475 RR3BF96JQ

RD RR3C692TF 783 0 0
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CTGAGAAAGAGAAGATGAGCGACGGAGACGATGCCGCTAGACGCCGTACCGCTGCAGTTG
CCGATTACCGGAAAAAGCTCCTCCAACATAAGGAGCTCGAGTCCCGAGTTCGAACAGCTA
GGGAGAACTTGAGAGGATCTAAAAAGGAATTCAACAAAACTGAAGATGATCTCAAGTCTC
TTCAAAGTGTTGGCCAGATCATTGGCGAAGTCCTTCGACCTCTCGATAATGAAAGATTGA
TTGTCAAAGCTAGCAGTGGTCCTCGGTATGTGGTAGGCTGCCGTAGCAAAGTGGACAAGG
AGAAGCTAACCTCAGGAACTCGAGTTGTTCTTGATATGACCACACTTACCATAATGAGAG
CCCTTCCCCGAGAAGTCGATCCCGTTGTGTATAACATGCTGCACGAAGACCCTGGCAACA
TTAGCTACTCTGCTGTCGGAGGTTTAGGTGATCAAATCAGAGAACTCAGGGAATCTATTG
AGCTTCCTCTCATGAATCCTGAACTTTTCCTCCGAGTTGGGATCAAACCACCCAAGGGAG
TCCTTCTGTATGGACCTCCAGGGACAGGAAAAACTCTACTAGCTAGGGCTATTGCCAGCA
ACATCGATGCCAACTTCTTGAAG*TTGTGTCGAGTGCAATCATAGACAA*TACATTGGAG
AAAGCGCTAGGCTGATTCGGGAGATGTT*AACTATGCCCGTGAACACCAGCCTTGTATCA
T
CT

QA 1 781 1 781
DS 

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G
TCGAACAGCTAGGGAGAACTTGAGAGGATCTAAAAAGGAATTCAACAAAACTGAAGATGA
TCTCAAGTCTCTTCAAAGTGTTGGCCAGATCATTGGCGAAGTCCTTCGACCTCTCGATAA
TGAAAGATTGATTGTCAAAGCTAGCAGTGGTCCTCGGTATGTGGTAGGCTGCCGTAGCAA
AGTGGACAAGGAGAAGCTAACCTCAGGAACTCGAGTTGTTCTTGATATGACCACATTTAC
CATAATGAGAGCCCTTCCCCGAGAAGTCGATCCCGTTGTGTATAACATGCTGCACGAAGA
CCCTGGCAACATTAGCTACTCTGCTGTCGGAGGTTTAGGTTATCAAATCAGAGAACTCAG
GGAATCTATTGAGCTTCCTCTCATGAATCCTGAACTTTTCCTCCGAGTTGGGATCAAACC
ACCCAAGGGAGTCCTTCTGTATGGACCTCCAGGGACAGGAAAAACTCTACTAGCTAGGGC
TATTGCCAGCAACATCGATGCCAACTTCTTGAAGGTTGTGTCGAGTGCAATCATAGACAA
ATACATTGGAGAAAGTGCTAGGCTGATTCGGGAGATGTTTAACTATGCCCGTGAACACCA
GCCTTGTATCATTTTCATGGACGAAATCGATGCTATTGGTGGGCGTCGTTTTAGCGAGGG
AACTAGTGCTGATCGTGAAATTCAAAGAACACTCATGGAGTTACTCAACCAGCTTGATGG
GTTTGACAACCTCGGAAAGGTGAAAATGATAATG

QA 2 755 2 755
DS 

RD RR3BF96JQ 826 0 0
TATTGCCAGCAACATCGATGCCAACTTCTTGAAGGTTGTGTCGAGTGCAATCATAGACAA
ATACATTGGAGAAAGTGCTAGGCTGATTCGGGAGATGTTTAACTATGCCCGTGAACACCA
GCCTTGTATCATTTTCATGGACGAAATCGATGCTATTGGTGGGCGTCGTTTTAGCGAGGG
AACTAGTGCTGATCGTGAAATTCAAAGAACACTCATGGAGTTACTCAACCAGCTTGATGG
GTTTGACAACCTCGGAAAGGTGAAAATGATAATGGCGACGAACAGGCCTGATGTGCTTGA
TCCTGCGCTTCTCCGTCCAGGTAGATTAGATAGAAAGACTGAGATCCCTTTGCCAAACGA
GCAATCAAGAATGGATATCCTCAAGATCCATGCAGCTGGTATAGCCAAACATGGTGAAAT
TGAGTACGAGGCTATTGTCAAACTTGCAGAGGGCTTCAATGGTGCTGATCTGCGTAACAT
ATGCACGGAGGCTGGAATGTTTGCAATCCGAGCAGAGCGGGACTATGTGATCCAGGAAGA
TTTCATGAAGGCGGTGAGAAAGCTGAGCGAGGCCAAGAAACTTGAGTCGAGTTCACACTA
CAATGCAGATTTCGGAAAAGAGTGAGAGGAGGGATTAAAAAACTCTTGTCGTGTGAGCTA
GGGATAAAGAAAGGACAGTGCAATGGAATGGCAGTTTCGTATTATTGTTTGTTCTTTGAC
TTTGGCAATGTGAAACTTTGTTTTAATTTTTTTTCTGAGAAGCAGAGATTGTGGAGTGTG
TGCTTTTACTACCTTTTAGTACTTTAAAAGCTTCAATCATTTGCCT

QA 1 826 1 826
DS 



CO CL375Contig2 679 2 7 U
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ATTGCAAACATTCCAGCTTCCGTGCATATGTTACGCAAATCAGCACCATTGAATCCCTCC
GCAAGTTTGACGATAGCCTCGTACTCTATTTCACCATGTTTGGCTATAACAGCTGCATGG
ATCTTGAGGATATCCATTCTTGATTGCTCATTCGGCAAAGGGATCTCAATTTTTCTATCT
AACCTACCAGGACGGAGAAGTGCAGGATCAAGCACGTCGGGCCTGTTCGTTGCCATTATC
ATTTTCACCTTTCCGAGGTTGTCAAACCCATCAAGCTGGTTGAGCAACTCCATAAGTGTT
CTTTGAATTTCACGATCAGCACTAGTTCCCTCACTAAAACGACGCCCACCAATAGCATCG
ATTTCATCCATGAAAATGATACAAGGCTGGTGCTCACGAGCATAGTTAAACATCTCCCGA
ATGAGCCTAGCACTTTCTCCAATGTATTTGTCTATGATTGCACTAGACACAACCTTCAAG
AAGTTGGCATCGATGTTGCTGGCAATAGCCCTAGCTAGTAGAGTTTTGCCGGTGCCGGGC
GGTCATACAGAAGAACTCCCTTTGGTGGTTTGATGCCAACACGGAGGAAAAGTTCAGGGT
TCATGAGAAGAAGCTCAAT


BQ
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AF RR3H330JQ U 56
AF RR3H330TF C 1
BS 1 55 RR3H330TF
BS 56 84 RR3H330JQ
BS 85 85 RR3H330TF
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BS 211 450 RR3H330JQ
BS 451 679 RR3H330TF

RD RR3H330JQ 395 0 0
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CCTCCGCAAGTTTGACGATAGCCTCGTACTCTATTTCACCATGTTTGGCTATAACAGCTG
CATGGATCTTGAGGATATCCATTCTTGATTGCTCCTTCGGCAAAGGGATCTCAATTTTTC
TATCTAACCTACCAGGACGGAGAAGTGCAGGATCAAGCACGTCGGGCCTGTTCGTTGCCA
TTATCATTTTCACCTTTCCGAGGTTGTCAAACCCATCAAGCTGGTTGAGCAACTCCATAA
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CATCGATTTCATCCATGAAAATGATACAAGGCTGG

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR3H330TF 679 0 0
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ATTGCAAACATTCCAGCTTCCGTGCATATGTTACGCAGATCAGCACCATTGAATCCCTCC
GCAAGTTTGACGATAGCCTCGTACTCTATTTCACCATGTTTGGCTATAACAGCTGCATGG
ATCTTGAGGATATCCATTCTTGATTGCTCATTCGGCAAAGGGATCTCAATTTTTCTATCT
AACCTACCAGGACGGAGAAGTGCAGGATCAAGCACGTCGGGCCTGTTCGTTGCCATTATC
ATTTTCACCTTTCCGAGGTTGTCAAACCCATCAAGCTGGTTGAGCAACTCCATAAGTGTT
CTTTGAATTTCACGATCAGCACTAGTTCCCTCACTAAAACGACGCCCACCAATAGCATCG
ATTTCATCCATGAAAATGATACAAGGCTGGTGCTCACGAGCATAGTTAAACATCTCCCGA
ATGAGCCTAGCACTTTCTCCAATGTATTTGTCTATGATTGCACTAGACACAACCTTCAAG
AAGTTGGCATCGATGTTGCTGGCAATAGCCCTAGCTAGTAGAGTTTTGCCGGTGCCGGGC
GGTCATACAGAAGAACTCCCTTTGGTGGTTTGATGCCAACACGGAGGAAAAGTTCAGGGT
TCATGAGAAGAAGCTCAAT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 2 8

CO CL376Contig1 690 6 34 U
GTAGCAAAATAAACAAAATCGATGCATTAAAACATTAATATCTGAACACTCAAATGTAAA
ATTCTTCCATAGATAAA*GGGATAAAAGCATCCAAAAACATAAACTAAGCTGAAAAGCTC
CCTTATTACATTCCAGTAAAAGCCTTCTTCGCGAAAGCAGAAGCACCAGCTGGAATCACC
TTCAACACATTGAACCTCACAGTCTTGGACACTGGCCTGCATTGGCCGATGATGACATGG
TCTCCTTCCTTGACACGGAAGCATGGTGAGACATGAGCAGGGATGTTCGAGTGCCTCTTC
TCGTACCTCTGATACTTCTTGACAAAGTGGAGATAGTTCCTTCTCACGATGATGGTCCTC
TGCATCTTGGCGCTGTGGCAAGTACCGGCTAAGATACGGCCTCTGATGGAGACAGTTCCG
GTGAAGGGACATTTTCTGTCAATGTAAGTTCCTTGAATGGCTTCACGAGGAGTCTTGAAG
CCCAAACCGATGTTCTTGGAGAAACGGTTTCCACCCTTCCCAGGTCGCTTTCCCTTTCCA
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GCCATGGCTGCTGTTTTGTGAAAGCTTG*GGGCAAGAATGTAGGAGACGATATGATATGA
TAGGAGAGGCAGAGACGGCTAAAGCTTCCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3EE48JQ U 187
AF RR3C738JQ U 1
AF RR3C803JQ U 3
AF RR3C803TF C 3
AF RR3BR14JQ U 26
AF RR3BR14TF C 222
BS 1 51 RR3C738JQ
BS 52 52 RR3C803JQ
BS 53 58 RR3C738JQ
BS 59 59 RR3C803JQ
BS 60 77 RR3C738JQ
BS 78 78 RR3C803JQ
BS 79 118 RR3C738JQ
BS 119 119 RR3C803JQ
BS 120 121 RR3C738JQ
BS 122 122 RR3C803JQ
BS 123 124 RR3C738JQ
BS 125 125 RR3C803JQ
BS 126 211 RR3C738JQ
BS 212 212 RR3C803JQ
BS 213 287 RR3C738JQ
BS 288 288 RR3C803JQ
BS 289 299 RR3C738JQ
BS 300 300 RR3EE48JQ
BS 301 347 RR3C738JQ
BS 348 348 RR3C803JQ
BS 349 381 RR3C738JQ
BS 382 382 RR3EE48JQ
BS 383 471 RR3C738JQ
BS 472 472 RR3EE48JQ
BS 473 515 RR3C738JQ
BS 516 516 RR3C803JQ
BS 517 533 RR3C738JQ
BS 534 534 RR3C803JQ
BS 535 569 RR3C738JQ
BS 570 570 RR3C803JQ
BS 571 628 RR3C738JQ
BS 629 629 RR3C803JQ
BS 630 643 RR3C738JQ
BS 644 690 RR3C803JQ

RD RR3EE48JQ 362 0 0
ACATTGAACCTCACAGTCTTGGACAATGGCCTGCATTGGCCGATGATGACATGGTCTCCT
TCCTTGACACGGAAGCATGGTGAGACATGAGCAGGGATGTTGGAGTGCCTCTTCTCGTAC
CTCTGATACTTCTTGACAAAGTGGAAATAGTTCCTTCTCACAATGATGGTCCTCTGCATC
TTGGCGCTGTGGCAAGTACCGGCTAAGATACGGCCTCTGATGGAGACAGTTCCGGTGAAG
GGACATTTTCTGTCAATGTAAGTTCCTTGAATGGCTTCACGAGGAGTCTTGAAGCCCAAA
CCGATGTTCTTGGAGAAACGGTTTCCACCTTTCCCAGGTCGCTTTCCTTTTCCAGATATC
TT

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR3C738JQ 646 0 0
GTAGCAAAATAAACAAAATCGATGCATTAAAACATTAATATCTGAACACTCGAATGTAGA
ATTCTTCCATAGATAAAAGGGATAAAAGCATCCAAAAACATAAACTAAGCTGAAAAGCCC
CGTTCTTACATTCCAGTAAAAGCCTTCTTCGCGAAAGCAGAAGCACCAGCTGGAATCACC
TTCAACACATTGAACCTCACAGTCTTGGACAATGGCCTGCATTGGCCGATGATGACATGG
TCTCCTTCCTTGACACGGAAGCATGGTGAGACATGAGCAGGGATGTTGGAGTGCCTCTTA
TCGTACCTCTGATACTTCTTGACAAAGTGGAGATAGTTCCTTCTCACAATGATGGTCCTC
TGCATCTTGGCGCTGTGGCAAATACCGGCTAAGATACGGCCTCTGATGGAGACAGTTCCG
GTGAAGGGACATTTTCTGTCAATGTAAGTTCCTTGAATGGCTTCACGAGGAATCTTGAAG
CCCAAACCGATGTTCTTGGAGAAACGGTTTCCACCTTTCCCAGGTCGCTTTCCTTTTCCA
GATATCTTCGAGCTAAGGAAGACCTTAGGTTGCTTTAGAAAAGCCTTCTCAGTCTGTTCC
GCCATGGCTGCTGTTTTGTGAAAGCTTGAGGGCAAGAATGTAG
AGA

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3C803JQ 688 0 0
G
GCAAAATAAACAAAATCGATGCATTAAAACATTAATATCTGAACACTCAAATGTAAAATT
CTTCCATAGATAAA*GGGATAAAAGCATCCAAAAACATAAACTAAGCTGAAAAGCTCCCT
TATTACATTCCAGTAAAAGCCTTCTTCGCGAAAGCAGAAGCACCAGCTGGAATCACCTTC
AACACATTGAACCTCACAGTCTTGGACACTGGCCTGCATTGGCCGATGATGACATGGTCT
CCTTCCTTGACACGAAAGCATGGTGAGACATGAGCAGGGATGTTCGAGTGCCTCTTCTCG
TACCTCTGATACTTCTTGACAAAGTGGAGATAGTTCCTTCTCACGATGATGGTCCTCTGC
ATCTTGGCGCTGTGGCAAGTACCGGCTAAAATACGGCCTCTGATGGAGACAGTTCCGGTG
AAGGGACATTTTCTGTCAATGTAAGTTCCTTGAATGGCTTCACGAGGAGTCTTGAAGCCC
AAACCGATGTTCTTGGAGAAACGGTTTCCACCCTTCCCAGGTCGCTTTCCCTTTCCAGAT
ATCTTCGAGCTAAGGAAGACCTTAGGCTGCTTTAGAAAAGCCTTCTCAGTCTGTTCCGCC
ATGGCTGCTGTTTTGTGAAAGCTTG*GGGCAAGAATGTAGGAGACGATATGATATGATAG
GAGAGGCAGAGACGGCTAAAGCTTCCC

QA 2 688 2 688
DS 

RD RR3C803TF 688 0 0
G
GCAAAATAAACAAAATCGATGCATTAAAACATTAATATCTGAACACTCAAATGTAAAATT
CTTCCATAGATAAA*GGGATAAAAGCATCCAAAAACATAAACTAAGCTGAAAAGCTCCCT
TATTACATTCCAGTAAAAGCCTTCTTCGCGAAAGCAGAAGCACCAGCTGGAATCACCTTC
AACACATTGAACCTCACAGTCTTGGACACTGGCCTGCATTGGCCGATGATGACATGGTCT
CCTTCCTTGACACGAAAGCATGGTGAGACATGAGCAGGGATGTTCGAGTGCCTCTTCTCG
TACCTCTGATACTTCTTGACAAAGTGGAGATAGTTCCTTCTCACGATGATGGTCCTCTGC
ATCTTGGCGCTGTGGCAAGTACCGGCTAAGATACGGCCTCTGATGGAGACAGTTCCGGTG
AAGGGACATTTTCTGTCAATGTAAGTTCCTTGAATGGCTTCACGAGGAGTCTTGAAGCCC
AAACCGATGTTCTTGGAGAAACGGTTTCCACCCTTCCCAGGTCGCTTTCCCTTTCCAGAT
ATCTTCGAGCTAAGGAAGACCTTAGGCTGCTTTAGAAAAGCCTTCTCAGTCTGTTCCGCC
ATGGCTGCTGTTTTGTGAAAGCTTG*GGGCAAGAATGTAGGAGACGATATGATATGATAG
GAGAGGCAGAGACGGCTAAAGCTTCCC

QA 2 688 2 688
DS 

RD RR3BR14JQ 665 0 0
ATTAAAACATTAATATCTGAACACTCAAATGTAAAATTCTTCCATAGATAAA*GGGATAA
AAGCATCCAAAAACATAAACTAAGCTGAAAAGCTCCCTTATTACATTCCAGTAAAAGCCT
TCTTCGCGAAAGCAGAAGCACCAGCTGGAATCACCTTCAACACATTGAACCTCACAGTCT
TGGACACTGGCCTGCATTGGCCGATGATGACATGGTCTCCTTCCTTGACACGGAAGCATG
GTGAGACATGAGCAGGGATGTTCGAGTGCCTCTTCTCGTACCTCTGATACTTCTTGACAA
AGTGGAGATAGTTCCTTCTCACGATGATGGTCCTCTGCATCTTGGCGCTGTGGCAAGTAC
CGGCTAAAATACGGCCTCTGATGGAGACAGTTCCGGTGAAGGGACATTTTCTGTCAATGT
AAGTTCCTTGAATGGCTTCACGAGGAGTCTTGAAGCCCAAACCGATGTTCTTGGAGAAAC
GGTTTCCACCCTTCCCAGGTCGCTTTCCCTTTCCAGATATCTTCGAGCTAAGGAAGACCT
TAGGCTGCTTTAGAAAAGCCTTCTCAGTCTGTTCCGCCATGGCTGCTGTTTTGTGAAAGC
TTG*GGGCAAGAATGTAGGAGACGATATGATATGATAGGAGAGGCAGAGACGGCTAAAGC
TTCCC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3BR14TF 469 0 0
TTGGCCGATGATGACATGGTCTCCTTCCTTGACACGGAAGCATGGTGAGACATGAGCAGG
GATGTTCGAGTGCCTCTTCTCGTACCTCTGATATTTCTTGACAAAGTGGAGATAGTTCCT
TCTCACGATGATGGTCCTCTGCATCTTGGCGCTGTGGCAAGTACCGGCTAAGATACGGCC
TCTGATGGAGACAGTTCCGGTGAAGGGACATTTTCTGTCAATGTAAGTTCCTTGAATGGC
TTCACGAGGAGTCTTGAAGCCCAAACCGATGTTCTTGGAGAAACGGTTTCCACCCTTCCC
AGGTCGCTTTCCCTTTCCAGATATCTTCGAGCTAAGGAAGACCTTAGGCTGCTTTAGAAA
AGCCTTCTCAGTCTGTTCCGCCATGGCTGCTGTTTTGTGAAAGCTTG*GGGCAAGAATGT
AGGAGACGATATGATATGATAGGAGAGGCAGAGACGGCTAAAGCTTCCC

QA 1 469 1 469
DS 



CO CL376Contig2 575 2 3 U
AAAGCAACCTAAGGTCTTCCTCAGCTCGAAGATATCTGGAAAGGGAAAGAGACCTGGAAA
GGGTGGAAACAGATTCGTGAAGAACATTGGCTTGGGCTTCAAGACTCCTCGTGATGCCAT
TCAAGGAACCTATATCGACAGTAAATGTCCCTTCACTGGAACTGTTTCGATTAGAGGTCG
TATCTTAGCTGGTACTTGCCACTCGGCCAAAATGCAGAGGACCATTATCGTCCGAAGAAA
CTACCTTCACTTTGTCAAGAAGTATCAGAGGTATGAGAAGAGGCATTCGAACATCCCTGC
TCATGTCTCACCTTGCTTCCGTGTCAAGGAAGGAGACCATGTCATCATTGGACAATGCAG
GCCTTTGTCCAAGACTGTGAGGTTCAATGTGTTGAAGGTGATACCAGCTGGTGCTTCTGC
TTTCGCAAAGAAGGCTTTCACTGGCGCTTAAAGAGTGTTTTGTTATGCTAGTTTATGTTT
CTTGATAGACCTAAACTCTGTTGTTACCCTTTTATCTTGAAGTTTCAGATTTTAATGCAC
TGATTTTGTTTACTCTTCTATAGTATTTTCGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ62JQ C 1
AF RR3D041TF U 237
BS 1 247 RR3FQ62JQ
BS 248 556 RR3D041TF
BS 557 575 RR3FQ62JQ

RD RR3FQ62JQ 575 0 0
AAAGCAACCTAAGGTCTTCCTCAGCTCGAAGATATCTGGAAAGGGAAAGAGACCTGGAAA
GGGTGGAAACAGATTCGTGAAGAACATTGGCTTGGGCTTCAAGACTCCTCGTGATGCCAT
TCAAGGAACCTATATCGACAGTAAATGTCCCTTCACTGGAACTGTTTCGATTAGAGGTCG
TATCTTAGCTGGTACTTGCCACTCGGCCAAAATGCAGAGGACCATTATCGTCCGAAGAAA
CTACCTTCACTTTGTCAAGAAGTATCAGAGGTATGAGAAGAGGCATTCGAACATCCCTGC
TCATGTCTCACCTTGCTTCCGTGTCAAGGAAGGAGACCATGTCATCATTGGACAATGCAG
GCCTTTGTCCAAGACTGTGAGGTTCAATGTGTTGAAGGTGATACCAGCTGGTGCTTCTGC
TTTCGCAAAGAAGGCTTTCACTGGCGCTTAAAGAGTGTTTTGTTATGCTAGTTTATGTTT
CTTGATAGACCTAAACTCTGTTGTTACCCTTTTATCTTGAAGTTTCAGATTTTAATGCAC
TGATTTTGTTTACTCTTCTATAGTATTTTCGTCCC

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR3D041TF 320 0 0
GAAACTACCTT
CACTTTGTCAAGAAGTATCAGAGGTATGAGAAGAGGCATTCGAACATCCCTGCTCATGTC
TCACCTTGCTTCCGTGTCAAGGAAGGAGACCATGTCATCATTGGACAATGCAGGCCTTTG
TCCAAGACTGTGAGGTTCAATGTGTTGAAGGTGATACCAGCTGGTGCTTCTGCTTTCGCA
AAGAAGGCTTTCACTGGCGCTTAAAGAGTGTTTTGTTATGCTAGTTTATGTTTCTTGATA
GACCTAAACTCTGTTGTTACCCTTTTATCTTGAAGTTTCAGATTTTAATGCACTGATTTT
GTTTACTCT

QA 12 320 12 320
DS 



AS 3 8

CO CL377Contig1 1328 4 18 U
GGGTCCGAGTCGAGAAGAAGAAGAAAAAAGAATAGTCCGATCTGAACAAGCTAGGGTTTC
GTCTATCATCAATCAATCTCCGATCAAATGGCAATGGCTGTTTTCCGTCGCGAAGGGAGG
CGTCTCCTCCCTTCAATCGCAGCTCGCCCAATCGCTGCCACCACCCCGTCTCCTCTCTCT
TCTGACCGGGAGGAGGGACCTTTTGGAGTTCGATCTATCTCTACTCAAGTGGTGCGTAAC
CGTATGAAGAGTGTAAAGAACATCCAGAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCT
TCTAAGCTTAGAGCTGTTCAAGGACGAGCTGAGAACTCCCGTGGTCTTTGGCAGCCATTT
ACTGCTCTTCTTGGAGATAATCCCAGCATTGACGTGAAGAAGAGTGTGGTGGTCACTCTC
TCTTCTGACAAGGGTCTCTGTGGTGGAATTAACTCCACTGTTGTTAAAGTCAGCAGGGCT
CTCTACAAATTGAACGCTGGTCCTGAAAAGGACGTGAAGTTTGTTATCGTGGGAGAGAAA
GCGAAAGCTATAATGTTTCGTGACTCAAAGAACGACATCTCCCTTACTGTCACAGAGCTG
AACAAGAATCCGCTCAATTATGCTCAGGTCTCAGTTCTTGCTGATGACATCCTGAAAAAC
GTTGAATTTGATGCTTTGCGCATTGTCTACAACAAGTTCCATTCCGTTGTCGCATTTCTA
CCAACTGTGGCCACTGTGTTGTCCCCTGAGATCATTGAAAAGGAATCTGAAGTTGGAGGA
AAACTCGGTGAGCTTGACTCATACGAGATCGAAGGTGGTGAAACAAAGGGAGAAATTCTG
CAGAATCTGGCCGAGTTCCAGTTCTTTTGTGTGATGTTCAACGCGGTGCTGGAGAATGCG
TGTAGTGAGATGGGAGCAAGGATGTCAGCAATGGACAGCTCAAGCAGAAACGCAGGAGAG
ATGCTTGACCGTCTCACCCTCACTTACAACAGGACTCGTCAAGCTTTTATCACAACAGAG
CTTATCGAGATTATCTCTGGAGCTTCTGCACTTGAAGCTGCTAAATAAGCAAAGCACATC
ATCCTTGTTTTGCGTTAAACTTGGCTTTTGATATATCTATATCTACCATAAAGGAGAAGA
GTGTGTTTTGAACTCTTCAGGGCTACCGAAATCATTTTCTTTTACTGGCTTCTTGTTTTG
GCCAACCTGACTTGACTAAGATTTTTCTTACAATAAATTTCCCTGTAATTTCCAGCAAGT
TTTGCAAACAAGAATGAAGAAACAGAGGAGGAAAAAGCATAAGTAAGGAGCTGCTATGTT
TTTATTAA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E619TF U 1
AF RR3E994TF U 2
AF RR3GH02TF U 315
AF RR3GH02JQ C 643
BS 1 25 RR3E619TF
BS 26 26 RR3E994TF
BS 27 45 RR3E619TF
BS 46 49 RR3E994TF
BS 50 62 RR3E619TF
BS 63 63 RR3E994TF
BS 64 146 RR3E619TF
BS 147 147 RR3E994TF
BS 148 395 RR3E619TF
BS 396 396 RR3E994TF
BS 397 461 RR3E619TF
BS 462 601 RR3E994TF
BS 602 658 RR3GH02TF
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BS 723 760 RR3GH02TF
BS 761 1328 RR3GH02JQ

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GTGTATCATCAATCAATCTCCGATCAAATGGCAATGGCTGTTTTCCGTCGCGAAGGGAGG
CGTCTCCTCCCTTCAATCGCAGCTCGTCCAATCGCTGCCACCACCCCGTCTCCTCTCTCT
TCTGACCGGGAGGAGGGACCTTTTGGAGTTCGATCTATCTCTACTCAAGTGGTGCGTAAC
CGTATGAAGAGTGTAAAGAACATCCAGAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCT
TCTAAGCTTAGAGCTGTTCAAGGACGAGCTGAGAACTCCCGTGGTCTTTGGCAGCCATTT
ACTGCTCTTCTTGGAGATAATCCCAGCATTGACGTAAAGAAGAGTGTGGTGGTCACTCTC
TCTTCTGACAAGGGTCTCTGTGGTGGAATTAACTCCACTGT

QA 1 461 1 461
DS 

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GGGT
CGAGTCGAGAAGAAGAAGAAAGAAGAATAGTCCGATCTGAACAAGCTAGGGTTTCGTCTA
TCATCAATCAATCTCCGATCAAATGGCAATGGCTGTTTTCCGTCGCGAAGGGAGGCGTCT
CCTCCCTTCAATCGCCGCTCGCCCAATCGCTGCCACCACCCCGTCTCCTCTCTCTTCTGA
CCGGGAGGAGGGACCTTTTGGAGTTCGATCTATCTCTACTCAAGTGGTGCGTAACCGTAT
GAAGAGTGTAAAGAACATCCAGAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCTTCTAA
GCTTAGAGCTGTTCAAGGACGAGCTGAGAACTCCCGTGGTCTTTGGCAGCCATTTACTGC
TCTTCTTGGAGATAATCCCAGCATTGACGTGAAGAAGAGTGTGGTGGTCACTCTCTCTTC
TGACAAGGGTCTCTGTGGTGGAATTAACTCCACTGTTGTTAAAGTCAGCAGGGCTCTCTA
CAAATTGAACGCTGGTCCTGAAAAGGACGTGAAGTTTGTTATCGTGGGAGAGAAAGCGAA
AGCTATAATGTTTCGTGACTCAAAGAACGACATCTCCCTTACTGTCACAGAGCTGA
ACAAG

QA 5 600 5 600
DS 

RD RR3GH02TF 449 0 0
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AGATAATCCCAGCATTGACGTGAAGAAGAGTGTGGTGGTCACTCTCTCTTCTGACAAGGG
TCTCTGTGGTGGAATTAACTCCACTGTTGTTAAAGTCAGCAGGGCTCTCTACAAATTGAA
CGCTGGTCCTGAAAAGGACGTGAAGTTTGTTATCGTGGGAGAGAAAGCGAAGGCTATAAT
GTTTCGTGACTCAAAGAACGACATCTCCCTTACTGTCACAGAGCTGAACAAGAATCCGCT
CAATTATGCTCAGGTCTCAGTTCTTGCTGATGACATCCTGAAAA*CGTTGAATTTGATGC
TTTGCGCATTGTCTACAACAAGTTCCATTCCGTTGTCGCATTTCTAC*AACTGTGGCCAC
TGTGTTGTCCCCTGAGATCATTGAAA
GGA

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3GH02JQ 686 0 0
GATGACATCCTGAAAAACGTTGAATTTGATGCTTTGCGCATTGTCTACAACAAGTTCCAT
TCCGTTGTCGCATTTCTACCAACTGTGGCCACTGTGTTGTCCCCTGAGATCATTGAAAAG
GAATCTGAAGTTGGAGGAAAACTCGGTGAGCTTGACTCATACGAGATCGAAGGTGGTGAA
ACAAAGGGAGAAATTCTGCAGAATCTGGCCGAGTTCCAGTTCTTTTGTGTGATGTTCAAC
GCGGTGCTGGAGAATGCGTGTAGTGAGATGGGAGCAAGGATGTCAGCAATGGACAGCTCA
AGCAGAAACGCAGGAGAGATGCTTGACCGTCTCACCCTCACTTACAACAGGACTCGTCAA
GCTTTTATCACAACAGAGCTTATCGAGATTATCTCTGGAGCTTCTGCACTTGAAGCTGCT
AAATAAGCAAAGCACATCATCCTTGTTTTGCGTTAAACTTGGCTTTTGATATATCTATAT
CTACCATAAAGGAGAAGAGTGTGTTTTGAACTCTTCAGGGCTACCGAAATCATTTTCTTT
TACTGGCTTCTTGTTTTGGCCAACCTGACTTGACTAAGATTTTTCTTACAATAAATTTCC
CTGTAATTTCCAGCAAGTTTTGCAAACAAGAATGAAGAAACAGAGGAGGAAAAAGCATAA
GTAAGGAGCTGCTATGTTTTTATTAA

QA 1 686 1 686
DS 



CO CL377Contig2 603 2 1 U
GGGTCCGAGTCGAGAAGAAGAAGAAGAAGAATAGTCCGATCTGTGAGCTAGGGTTTCGTG
TATCATCAATCAATCTCCGATCAAATGGCAATGGCTGTTTTCCGACGCGAAGGGAGGCGT
CTCCTCCCTTCAATCGCCGCTCGCCCAATCGCTGCCACCACACCGTCTCCTCTCTCTTCT
GACCGGGAGGAGGGACCTTTTGGAGTTCGATCTATCTCTACTCAAGTGGTGCGTAACCGT
ATGAAGAGTGTAAAGAACATCCAGAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCTTCT
AAGCTCAGAGCTGTTCAAGGACGAGCTGAGAACTCCCGTGGTCTTTGGCAGCCATTTACT
GCTCTTCTTGGAGATAATCCCAGTATTGACGTGAAGAAGAGTGTGGTGGTCACCCTCTCT
TCTGACAAGGGTCTCTGTGGTGGAATTAACTCCACTGTTGTTAAAGTCAGCAGGGCTCTC
TACAAGTTGAACGCTGGTCCTGAAAAGGACGTGAAGTTTGTCATTGTTGGAGAGAAAGCA
AAAGCTATAATGTTTCGTGACTCAAAGAACGACATCTCCCTCACTGTAACAGAGCTGACA
AGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 

AF RR3A595TF U 15
AF RR3ER58TF U 1
BS 1 603 RR3ER58TF

RD RR3A595TF 547 0 0
GGGAAGAAG
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AATGGCAATGGCTGTTTTCCGACGCGAAGGGAGGCGTCTCCTCCCTTCAATCGCCGCTCG
CCCAATCGCTGCCACCACACCGTCTCCTCTCTCTTCTGACCGGGAGGAGGGACCTTTTGG
AGTTCGATCTATCTCTACTCAAGTGGTGCGTAACCGTATGAAGAGTGTAAAGAACATCCA
GAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCTTCTAAGCTCAGAGCTGTTCAAGGACG
AGCTGAGAACTCCCGTGGTCTTTGGCAGCCATTTACTGCTCTTCTTGGAGATAATCCCAG
TATTGACGTGAAGAAGAGTGTGGTGGTCACCCTCTCTTCTGACAAGGGTCTCTGTGGTGG
AATTAACTCCACTGTTGTTAAAGTCAGCAGGGCTCTCTACAAGTTGAACGCTGGTCCTGA
AAAGGACGTGAAGTTTGTCATTGTTGGAGAGAAAGCAAAAGCTATAATGTTTCGTGAC

QA 10 547 10 547
DS 

RD RR3ER58TF 603 0 0
GGGTCCGAGTCGAGAAGAAGAAGAAGAAGAATAGTCCGATCTGTGAGCTAGGGTTTCGTG
TATCATCAATCAATCTCCGATCAAATGGCAATGGCTGTTTTCCGACGCGAAGGGAGGCGT
CTCCTCCCTTCAATCGCCGCTCGCCCAATCGCTGCCACCACACCGTCTCCTCTCTCTTCT
GACCGGGAGGAGGGACCTTTTGGAGTTCGATCTATCTCTACTCAAGTGGTGCGTAACCGT
ATGAAGAGTGTAAAGAACATCCAGAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCTTCT
AAGCTCAGAGCTGTTCAAGGACGAGCTGAGAACTCCCGTGGTCTTTGGCAGCCATTTACT
GCTCTTCTTGGAGATAATCCCAGTATTGACGTGAAGAAGAGTGTGGTGGTCACCCTCTCT
TCTGACAAGGGTCTCTGTGGTGGAATTAACTCCACTGTTGTTAAAGTCAGCAGGGCTCTC
TACAAGTTGAACGCTGGTCCTGAAAAGGACGTGAAGTTTGTCATTGTTGGAGAGAAAGCA
AAAGCTATAATGTTTCGTGACTCAAAGAACGACATCTCCCTCACTGTAACAGAGCTGACA
AGA

QA 1 603 1 603
DS 



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AAAAACATCTTGGCAAAGTCAGGTGGTTCTCAACAAGAAGCCAGCAAAAATAAATTGGTT
CCGGTAACCCTTAGGTACTCCTTTATGGTGGATAGATATATCAAAAGCCAAGTTTAACGC
AAAACAAGGATGATGTGCTTTGCTTATTTAGCGGCTTCAAGTGCAGAAGCTCCAGAGATA
ATCTCGATAAGCTCTGTTGTGATAGAAGCTTGACGAGTCCTGTTGTAAGTGAGGGTGAGA
CGGTCAAGCATCTCTCCTGCGTTTCTGCTTGAGCTGTCCATTGCTGACATCCTTGCTCCC
ATCTCACCACACGCATTCTCCAGCACCACGTTGAACATCACACAAGAGAATTGGAACTCG
GCCAGGTTCTGCAGAATTTCTCCCTTGGTTTCACCACCTTCAATCTCGTATGAGTCCAGC
TCACCGAGTTTTCCTCCGACTTCAGATTCCTTTTCAATAATCTCAGGAGACAAAACAGTG
GCCACAGTTGGTAGAAATGCGACAACGGAATGGAACTTGTTGTAGACAATGCGCAAAGCA
TCAAATTCAACGTTTTTCAGGATGTCATCAGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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BS 368 368 RR3FU34TF
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BS 388 388 RR3FU34TF
BS 389 607 RR3ER58JQ
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GCCAGGTTCTGCAGAATTTCTCCCTTGGTTTCACCACCTTCAATCTCGTATGAGTCCAGC
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GCCACAGTTGGTAGAAATGCGACAACGGAATGGAACTTGTTGTAGACAATGCGCAAAGCA
TCAAATTCAACGTTTTTCAGGATGTCATCAGCTC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3ER58JQ 600 0 0
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TCTTGGCAAAGTCAGGTGGTTCTCAACAAGAAGCCAGCAAAAATAAATTGGTTCCGGTAA
CCCTTAGGTACTCCTTTATGGTGGATAGATATATCAAAAGCCAAGTTTAACGCAAAACAA
GGATGATGTGCTTTGCTTATTTAGCGGCTTCAAGTGCAGAAGCTCCAGAGATAATCTCGA
TAAGCTCTGTTGTGATAGAAGCTTGACGAGTCCTGTTGTAAGTGAGGGTGAGACGGTCAA
GCATCTCTCCTGCGTTTCTGCTTGAGCTGTCCATTGCTGACATCCTTGCTCCCATCTCAC
TACACGCATTCTCCAGCACCGCGTTGAACATCACACAAGAGAATTGGAACTCGGCCAGGT
TCTGCAGAATTTCTCCCTTGGTTTCACCACCTTCAATCTCGTATGAGTCCAGCTCACCGA
GTTTTCCTCCGACTTCAGATTCCTTTTCAATAATCTCAGGAGACAAAACAGTGGCCACAG
TTGGTAGAAATGCGACAACGGAATGGAACTTGTTGTAGACAATGCGCAAAGCATCAAATT

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 7

CO CL378Contig1 1173 7 18 U
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CGTTCAATCTTATCTCAGTGATTTACTTGCAAGAGAAGTATCCTCTTAAGCTCTCTCTAG
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CACTGTCACAATGCTCGGTGTGATGAAAGCTCGTCTCGTTGGAGCCACAAGAGGCCACGC
CCTCCTCAAGAAGAAGAGCGACGCTCTAACCGTTCAGTTCCGAGCCCTTCTCAAGAAAAT
CGTGACGGCGAAAGAATCAATGGGAGATATGATGAAGACATCCTCCTTCGCTCTCACCGA
AGTCAAGTACGTCGCCGGCGAGAACGTCAAACACGTCGTCCTCGAGAACGTCAAAGAAGC
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GGTCCAAGCTTGCCGTGTGGCTTACGTGAAAGCCATTGAGGTTCTAGTCGAGCTTGCTTC
TCTCCAGACTTCGTTCTTGACGCTTGATGAAGCGATCAAGACGACTAATCGGAGGGTGAA
CGCTCTGGAGAACGTGGTGAAACCGAAGATTGAGAATACGATTAGTTACATCAAGGGAGA
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TGCAGAGAAGGATGCAGACATTATTTTTTGAGGTGTGCGTGTGTGTGTCTGAGAGGCTCT
CTATTTATATTTTTGTTTGTGATTGTTTGGTTTATTAATCGGTTCATCGGAGTTTATGTT
TCTTCAAATAAAATGGATTTGATGTAGATGAAAGATTGTTGTATCATCTTGAGTTGTGAT
TTGCTATGATTTTCCTGAAGAGGTTTGTGATTGTTACTCTTGTGTAATGATTAATTACCT
TGTTTCAAATAAGTATGGATGTTACATGTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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GG
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GTGGCTTACGTGAAAGCCATTGAGGTTCTAGTCGAGCTTGCTTCTCTCCAGACTTCGTTC
TTGACGCTTGATGAAGCGATCAAGACGACTAATC

QA 3 576 3 576
DS 

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GG
GTGTCTTCGTTCAATCTTATCTCAGTGATTTACTTGCAAGAGAAGTATCCTCTTGAGCTC
TCTCTAGAGGCTCAGTATTTTTTCTCTTCACCATGGCCGGCCAAAACGCGCGTTTGAATG
TGGTCCCCACTGTCACAATGCTCGGTGTGATGAAAGCTCGTCTCGTTGGAGCCACAAGAG
GCCACGCCCTCCTCAAGAAGAAGAGCGACGCTTTAACCGTTCAGTTCCGAGCCCTTCTCA
AGAAAATCGTGACGGCGAAAGAATCAATGGGAGATATGATGAAGACATCCTCCTTCGCTC
TCACCGAAGTCAAGTACGTCGCCGGCGAGAACGTCAAACACGTCGTCCTCGAGAACGTCA
AAGAAGCCACGCTCAAAGTCAGGTCCAGGCAAGAGAACATCGCCGGCGTGAAGCTCCCCA
AGTTCGATCACTTCTCCGAAGGAGAGACCAAGAACGACTTGACCGGTTTAGCGAGAGGTG
GACAGCAGGTCCAAGCTTGCCGTGTGGCTTACGTGAAAGCCATTGAGGTTCTAGTCGAGC
TTGCTTCTCTCCAGACTTCGTTCTTGACGCTTGATGAAGCGATCAAGACGACTAA

QA 3 597 3 597
DS 

RD RR3AY02TF 776 0 0
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CGTTCAATCTTATCTCAGTGATTTACTTGCAAGAGAAGTATCCTCTTAAGCTCTCTCTAG
AGGCTCAGTATTTTTTCTCTTCACCATGGCCGGCCAAAACGCGCGTTTGAATGTGGTCCC
CACTGTCACAATGCTCGGTGTGATGAAAGCTCGTCTCGTTGGAGCCACAAGAGGCCACGC
CCTCCTCAAGAAGAAGAGCGACGCTCTAACCGTTCAGTTCCGAGCCCTTCTCAAGAAAAT
CGTGACGGCGAAAGAATCAATGGGAGATATGATGAAGACATCCTCCTTCGCTCTCACCGA
AGTCAAGTACGTCGCCGGCGAGAACGTCAAACACGTCGTCCTCGAGAACGTCAAAGAAGC
CACGCTCAAAGTCAGGTCCAGGCAAGAGAACATCGCCGGCGTGAAGCTCCCCAAGTTCGA
TCACTTCTCCGAAGGAGAGACCAAGAACGACTTGACCGGTTTAGCGAGAGGTGGACAGCA
GGTCCAAGCTTGCCGTGTGGCTTACGTGAAAGCCATTGAGGTTCTAGTCGAGCTTGCTTC
TCTCCAGACTTCGTTCTTGACGCTTGATGAAGCGATCAAGACGACTAATCGGAGGGTGAA
CGCTCTGGAGAACGTGGTGAAACCGAAGATTGAGAATACGATCAGTTACATCAAGGGAGA
GCTTGATGAGCTCGAGAGGGAAGATTTCTTTAG*CTGAAGAAGATTCAGG
ATACAA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3CH92TF 693 0 0
GGGT
GTGTCTTCGTTCAATCTTATCTCAGTGATTTACTTGCAAGAGAAGTATCCTCTTAAGCTC
TCTCTAGAGTCTCAGTTTTTTCTCTTTTCACCATGGCCGGCCAAAACGCGCGTTTGAATG
TGGTCCCCACTGTCACAATGCTCGGTGTGATGAAAGCTCGTCTCGTTGGAGCCACAAGAG
GCCACGTTCTCCTAAAGAAGAAGAGCGACGCTCTAACCGTTCAGTTCAGAGCCCTTCTCA
AGAAAATCGTGACAGCCAAGGAATCAATGGGAGATATGATGAAGACATCCTCTTTCGCTC
TCACCGAAGTCAAGTACGTGGCTGGCGAGAACGTCAAACACGTCGTCCTCGAGAACGTCA
AAGAAGCCACGCTCAAAGTCAGGTCAAGGCAAGAGAACATCGCCGGGGTGAAGCTCCCCA
AGTTCGACCATTTCTCCGAAGGAGAGACCAAGAACGACTTGACCGGTTTAGCTAGAGGTG
GACAGCAGGTCCAAGCTTGCCGTGTGGCTTACGTGAAAGCCATTGAGGTGCTTGTCGAGC
TTGCTTCTCTCCAGACTTCGTTCTTGACGCTTGACGAAGCGATCAAGACGACTAATCGGA
GGGTTAACGCTTTGGAGAACGTGGTGAAACCGAAGATTGAGAATACGATTAGTTACATCA
AGGGAGAGCTTGATGAGCTCGAGAGGGAA

QA 5 693 5 693
DS 

RD RR3AY02JQ 719 0 0
ATATGATGAAGACATCCTCCTTCGCTCTCACCGAAGTCAAGTACGTCGCCGGCGAGAACG
TCAAACACGTCGTCCTCGAGAACGTCAAAGAAGCCACGCTCAAAGTCAGGTCCAGGCAAG
AGAACATCGCCGGCGTGAAGCTCCCCAAGTTCGATCACTTCTCCGAAGGAGAGACCAAGA
ACGACTTGACCGGTTTAGCGAGAGGTGGACAGCAGGTCCAAGCTTGCCGTGTGGCTTACG
TGAAAGCCATTGAGGTTCTAGTCGAGCTTGCTTCTCTCCAGACTTCGTTCTTGACGCTTG
ATGAAGCGATCAAGACGACTAATCGGAGGGTGAACGCTTTGGAGAACGTGGTGAAACCGA
AGATTGAGAATACGATCAGTTACATCAAGGGAGAGCTTGATGAGCTCGAGAGGGAAGATT
TCTTTAGGCTGAAGAAGATTCAGGGATACAAGAGGAGGGAAGTCGAGAGACAGGCTGCTA
ATGCTAAGGCCTTTGCTGAGGAAATGGTTCTTGAAGGGATCTCTATGCAGAGAGGGATTT
CGATAAACGCTGCTCGTGATTTACTTGCTGGTGGTGCAGAGAAGGATGCAGACATTATTT
TTTGAGGTGTGCGTGTGTGTGTCTGTGAGGCTCTCTATTTATATTTTTGTTTGTGATTGT
TTGGTTTATTAATCGGTTCATCGGAGTTTATGTTTCTTCAAATAAAAGGGATTTGATGT

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3DY74JQ 608 0 0
CGAAGGAGAGACCAAGAACGACTTGACCGGTTTAGCGAGAGGTGGACAGCAGGTCCAAGC
TTGCCGTGTGGCTTACGTGAAAGCCATTGAGGTTCTAGTCGAGCTTGCTTCTCTCCAGAC
TTCGTTCTTGACGCTTGATGAAGCGATCAAGACGACTAATCGGAGGGTGAACGCTCTGGA
GAACGTGGTGAAACCGAAGATTGAGAATACGATTAGTTACATCAAGGGAGAGCTTGATGA
GCTCGAGAGGGAAGATTTCTTCAGGCTGAAGAAGATTCAGGGGTACAAGAGGAGGGAAGT
CGAGAGACAAGCTGCTAATGCTAAGGCCTTTGCTGAGGAAATGGTTCTTGAAGGGATCTC
TATGCAGAGAGGGATTTCGATAAACGCTGCTCGTGATTTACTTGCTGGTGGTGCAGAGAA
GGATGCAGACATTATTTTTTGAGGTGTGCGTGTGTGTGTTTGAGAGGCTCTCTATTTATA
TTTTTGTTTGTGATTGTTTGGTTTATTAATCGGTTCATCGGAGTTTATGTTTCTTCAAAT
AAAATGGATTTGATGTAGATGAAAGATTGTTGTATCATCTTGAGTTGTGATTTTCTATGA
TTTTCCTG

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3D495JQ 563 0 0
TCGTTCTTGACGCTTGATGAAGCGATCAAGACGACTAATCGGAGGGTGAACGCTCTGGAG
AACGTGGTGAAACCGAAGATTGAGAATACGATTAGTTACATCAAGGGAGAGCTTGATGAG
CTCGAGAGGGAATATTTCTTCAGGCTGAAGAAGATTCAGGGGTACAAGAGGAGGGAAGTC
GAGAGACAAGCTGCTAATGCTAAGGCCTTTGCTGAGGAAATGGTTCTTGAAGGGATCTCT
ATGCAGAGAGGGATTTCGATAAACGCTGCTCGTGATTTACTTGCTGGTGGTGCAGAGAAG
GATGCAGACATTATTTTCTGAGGTGTGCGTGTGTGTGTCTGAGAGGCTCTCTATTTATAT
TTTTGTTTGTGATTGTTTGGTTTATTAATCGGTTCATCGGAGTTTATGTTTCTTCAAATA
AAATGGATTTGATGTAGATGAAAGATTGTTGTATCATCTTGAGTTGTGATTTGCTATGAT
TTTCCTGAAGAGGTTTGTGATTGTTACTCTTGTGTAATGATTAATTACCTTGTTTCAAAT
AAGTATGGATGTTACATGTTGAC

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 10

CO CL379Contig1 669 10 7 U
TTTATAGTTTTAACTTCATTTTGTGAATAGAAGGATGACAAGGGAGGTGGTTCAAACAAA
ACTTTTAGCTGTTCAGGAATACTCTTTAACCTACAAACACTGTCTGAAACTCTCAAAACG
AGCTTATTTAAAAGAAAGATATTCATTCAATGGCGGATTCTTCAAGCCTGTCTGTTCCTC
CTCTTGGGGCCAGACTTGGCGACTCTGAGGCCTTTGCTGATCACGCTGAGCCTAGCAAGC
GCTGCCTTCTTCAAATCAGGCCTGTAGTAGTTGTCCACAACCTGGTTGGCAACAGCTTTG
GCCATCCTCGGGAACTCCTTCTTGAGGACAGACTTGTTAACAGAGAGCTTTGGCTTGTTT
TGCTTCTTGGTCTTGGTGGTTCCAAGTACCACACCTTGATCTTTGTCAGCTGGCTGAATG
GTCACGGTCTTCTTGTTTGCCAAACCGGAGTGCTTGTAAGAGTTGAGGTTGCAGAGGTTG
TTGCTCTCCTTGCTGAACTGAACCTTAGCATTGCCTCTACCGAACTGTTTCACCAAGAAA
CAGTTGTTTCTCTTTACGATCTCCCACACCAGCTGTCCTGGAACTGTTGTCATTTCGATC
TCCTA********GCAAATTGAATAACTAGACAGCGGCGGAATAGAGAGAATGAGACTTG
TGCCGGCCC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 

AF RR3E629JQ U 3
AF RR3EI69JQ U 67
AF RR3CY39TF C 1
AF RR3CY39JQ U 4
AF RR3CE79JQ U 12
AF RR3EI69TF C 152
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AF RR3FX49TF C 16
AF RR3CE79TF C 12
BS 1 4 RR3CY39TF
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BS 606 613 RR3FX49JQ
BS 614 669 RR3CY39JQ

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CG
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TTAGCTGTTCAGGAATACTCTTTAACCTACAAACACTGTCTGAAACTCTCAAAACGAGCT
TATTTAAAAGAAAGATATTCATTCAATGGCGGATTCTTCAAGCCTGTCTGTTCCTCCTCT
TGGGGCCAGACTTGGCGACTCTGAGGCCTTTGCTGATCACGCTGAGCCTAGCAAGCGCTG
CCTTCTTCAAATCAGGCCTGTAGTAGTTGTCCACAACCTGGTTGGCAACAGCTTTGGCCA
TCCTCGGGAACTCCTTCTTGGGGACAGACTTGTTAACAGAGAGCTTTGGCTTGTTTTGCT
TCTTGGTCTTGGTGGTTCCAAGTACCACACCTTGATCTTTGTCAGCTGGCTGAATGGTCA
CGGTCTTCTTGTTTGCCAAACCGGAGTGCTTGTAAGAGTTGAGGTTGCAGAGGTTGTTGC
TCTCCTTGCTGAACTGAACCTTAGCATTGCCTCTACCGAACTGTTTCACCAAGAAACAGT
TGTTTCTCTTTACGATCTCCCACACCAGCTGTCCTGGAACTGTTGTCATTTCGATCTCCT

QA 3 602 3 602
DS 

RD RR3EI69JQ 583 0 0
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TTGGTCTTGGTGGTTCCAAGTACCACACCTTGATCTTTGTCAGCTGGCTGAATGGTCACG
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TCCTTGCTGAACTGAACCTTAGCATTGCCTCTACCGAACTGTTTCACCAAGAAACAGTTG
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*******GCAAATTGAATAACTAGACAGCGGCGGAATAGAGAG

QA 1 583 1 583
DS 

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AGCTTATTTAAAAGAAAGATATTCATTCAATGGCGGATTCTTCAAGCCTGTCTGTTCCTC
CTCTTGGGGCCAGACTTGGCGACTCTGAGGCCTTTGCTGATCACGCTGAGCCTAGCAAGC
GCTGCCTTCTTCAAATCAGGCCTGTAGTAGTTGTCCACAACCTGGTTGGCAACAGCTTTG
GCCATCCTCGGGAACTCCTTCTTGAGGACAGACTTGTTAACAGAGAGCTTTGGCTTGTTT
TGCTTCTTGGTCTTGGTGGTTCCAAGTACCACACCTTGATCTTTGTCAGCTGGCTGAATG
GTCACGGTCTTCTTGTTTGCCAAACCGGAGTGCTTGTAAGAGTTGAGGTTGCAGAGGTTG
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TCCTACACCACTAGCAAATTGAATAACTAGACAGCGGCGGAATAGAGAGAATGAGACTTG
TGCCGGCCC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3CY39JQ 666 0 0
A
TAGTTTTAACTTCATTTTGTGAATAGAAGGATGACAAGGGAGGGGGTTCAAACAAAACTT
TTAGCTGTTCAGGAATACTCTTTAACCTACAAACACTGTCTGAAACTCTCAAAACGAGCT
TATTTAAAAGAAAGATATTCATTCAATGGCGGATTCTTCAAGCCTGTCTGTTCCTCCTCT
TGGGGCCAGACTTGGCGACTCTGAGGCCTTTGCTGATCACGCTGAGCCTAGCAAGCGCTG
CCTTCTTCAAATCAGGCCTGTAGTAGTTGTCCACAACCTGGTTGGCAACAGCTTTGGCCA
TCCTCGGGAACTCCTTCTTGAGGACAGACTTGTTAACAGAGAGCTTTGGCTTGTTTTGCT
TCTTGGTCTTGGTGGTTCCAAGTACCACACCTTGATCTTTGTCAGCTGGCTGAATGGTCA
CGGTCTTCTTGTTTGCCAAACCGGAGTGCTTGTAAGAGTTGAGGTTGCAGAGGTTGTTGC
TCTCCTTGCTGAACTGAACCTTAGCATTGCCTCCACCGAACTGTTTCACCAAGAAACAGT
TGTTTCTCTTTACGATCTCCCACACCAGCTGTCCTGGAACTGTTGTCATTTCGATCTCCT
ACACCACTAGCAAATTGAATAACTAGACAGCGGCGGAATAGAGAGAATGAGACTTGTGCC
GGCCC

QA 2 666 2 666
DS 

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AAGAAAGATATTCATTCAATGGCGGATTCTTCAAGCCTGTCTGTTCCTCCTCTTGGGGCC
AGACTTGGCGACTCTGAGGCCTTTGCTGATCACGCTGAGCCTAGCAAGCGCTGCCTTCTT
CAAATCAGGCCTGTAGTAGTTGTCCACAACCTGGTTGGCAACAGCTTTGGCCATCCTCGG
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CTTGGTGGTTCCAAGTACCACACCTTGATCTTTGTCAGCTGGCTGAATGGTCACGGTCTT
CTTGTTTGCCAAACCGGAGTGCTTGTAAGAGTTGAGGTTGCAGAGGTTGTTGCTCTCCTT
GCTGAACTGAACCTTAGCATTGCCTCTACCGAACTGTTTCACCAAGAAACAGTTGTTTCT
CTTTACGATCTCCCACACCAGCTGTCCTGGAACTGTTGTCATTTCGATCTCCTACACCAC
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DS 

RD RR3EI69TF 518 0 0
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CTTTGCTGATCACGCTGAGCCTAGCAAGCGCTGCCTTCTTCAAATCAGGCCTGTAGTAGT
TGTCCACAACCTGGTTGGCAACAGCTTTGGCCATCCTCGGGAACTCCTTCTTGAGGACAG
ACTTGTTAACAGAGAGCTTTGGCTTGTTTTGCTTCTTGGTCTTGGTGGTTCCAAGTACCA
CACCTTGATCTTTGTCAGCTGGCTGAATGGTCACGGTCTTCTTGTTTGCCAAACCGGAGT
GCTTGTAAGAGTTGAGGTTGCAGAGGTTGTTGCTCTCCTTGCTGAACTGAACCTTAGCAT
TGCCTCTACCGAACTGTTTCACCAAGAAACAGTTGTTTCTCTTTACGATCTCCCACACCA
GCTGTCCTGGAACTGTTGTCATTTCGATCTCCTA********GCAAATTGAATAACTAGA
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QA 1 518 1 518
DS 

RD RR3E629TF 577 0 0
ACAAACACTGTCTGAAACTCTCAAAACGAGCTTATTTAAAAGAAAGATATTCATTCAATG
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TTTGCTGATCACGCTGAGCCTAGCAAGCGCTGCCTTCTTCAAATCAGGCCTGTAGTAGTT
GTCCACAACCTGGTTGGCAACAGCTTTGGCCATCCTCGGGAACTCCTTCTTGGGGACAGA
CTTGTTAACAGAGAGCTTTGGCTTGTTTTGCTTCTTGGTCTTGGTGGTTCCAAGTACCAC
ACCTTGATCTTTGTCAGCTGGCTGAATGGTCACGGTCTTCTTGTTTGCCAAACCGGAGTG
CTTGTAAGAGTTGAGGTTGCAGAGGTTGTTGCTCTCCTTGCTGAACTGAACCTTAGCATT
GCCTCTACCGAACTGTTTCACCAAGAAACAGTTGTTTCTCTTTACGATCTCCCACACCAG
CTGTCCTGGAACTGTTGTCATTTCGATCTCCTA********GCAAATTGAATAACTAGAC
AGCGGCGGAATAGAGAGAATGAGACTTGTGCCGGCCC

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3FX49JQ 654 0 0
TCATTTTGTGAATAGAAGGATGACAAGGGAGGTGGTTCAAACAAAACTTTTAGCTGTTCA
GGAATACTCTTTAACCTACAAACACTGTCTGAAGCTCTCAAAACGAGCTTATTTAAAAGA
AAGATATTCATTCAATGGCGGATTCTTCAAGCCTGTCTGTTCCTCCTCTTGGGGCCAGAC
TTGGCGACTCTGAGGCCTTTGCTGATCACGCTGAGCCTAGCAAGCGCTGCCTTCTTCAAA
TCAGGCCTGTAGTAGTTGTCCACAACCTGGTTGGCAACAGCTTTGGCCATCCTCGGGAAC
TCCTTCTTGAGGACAGACTTGTTAACAGAGAGCTTTGGCTTGTTTTGCTTCTTGGTCTTG
GTGGTTCCAAGTACCACACCTTGATCTTTGTCAGCTGGCTGAATGGTCACGGTCTTCTTG
TTTGCCAAACCGGAGTGCTTGTAAGAGTTGAGGTTGCAGAGGTTGTTGCTCTCCTTGCTG
AACTGAACCTTAGCATTGCCTCTACCGAACTGTTTCACCAAGAAACAGTTGTTTCTCTTT
ACGATCTCCCACACCAGCTGTCCTGGAACTGTTGTCATTTCGATCTCCTA********GC
AAATTGAATAACTAGACAGCGGCGGAATAGAGAGAATGAGACTTGTGCCGGCCC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3FX49TF 654 0 0
TCATTTTGTGAATAGAAGGATGACAAGGGAGGTGGTTCAAACAAAACTTTTAGCTGTTCA
GGAATACTCTTTAACCTACAAACACTGTCTGAAGCTCTCAAAACGAGCTTATTTAAAAGA
AAGATATTCATTCAATGGCGGATTCTTCAAGCCTGTCTGTTCCTCCTCTTGGGGCCAGAC
TTGGCGACTCTGAGGCCTTTGCTGATCACGCTGAGCCTAGCAAGCGCTGCCTTCTTCAAA
TCAGGCCTGTAGTAGTTGTCCACAACCTGGTTGGCAACAGCTTTGGCCATCCTCGGGAAC
TCCTTCTTGAGGACAGACTTGTTAACAGAGAGCTTTGGCTTGTTTTGCTTCTTGGTCTTG
GTGGTTCCAAGTACCACACCTTGATCTTTGTCAGCTGGCTGAATGGTCACGGTCTTCTTG
TTTGCCAAACCGGAGTGCTTGTAAGAGTTGAGGTTGCAGAGGTTGTTGCTCTCCTTGCTG
AACTGAACCTTAGCATTGCCTCTACCGAACTGTTTCACCAAGAAACAGTTGTTTCTCTTT
ACGATCTCCCACACCAGCTGTCCTGGAACTGTTGTCATTTCGATCTCCTA********GC
AAATTGAATAACTAGACAGCGGCGGAATAGAGAGAATGAGACTTGTGCCGGCCC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3CE79TF 658 0 0
AACTTCATTTTGTGAATAGAAGGATGACAAGGGAGGTGGTTCAAACAAAACTTTTAGCTG
TTCAGGAATACTCTTTAACCTACAAACACTGTCTGAAACTCTCAAAACGAGCTTATTTAA
AAGAAAGATATTCATTCAATGGCGGATTCTTCAAGCCTGTCTGTTCCTCCTCTTGGGGCC
AGACTTGGCGACTCTGAGGCCTTTGCTGATCACGCTGAGCCTAGCAAGCGCTGCCTTCTT
CAAATCAGGCCTGTAGTAGTTGTCCACAACCTGGTTGGCAACAGCTTTGGCCATCCTCGG
GAACTCCTTCTTGAGGACAGACTTGTTAACAGAGAGCTTTGGCTTGTTTTGCTTCTTGGT
CTTGGTGGTTCCAAGTACCACACCTTGATCTTTGTCAGCTGGCTGAATGGTCACGGTCTT
CTTGTTTGCCAAACCGGAGTGCTTGTAAGAGTTGAGGTTGCAGAGGTTGTTGCTCTCCTT
GCTGAACTGAACCTTAGCATTGCCTCTACCGAACTGTTTCACCAAGAAACAGTTGTTTCT
CTTTACGATCTCCCACACCAGCTGTCCTGGAACTGTTGTCATTTCGATCTCCTACACCAC
TAGCAAATTGAATAACTAGACAGCGGCGGAATAGAGAGAATGAGACTTGTGCCGGCCC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 2 7

CO CL380Contig1 657 2 5 U
GGACTCTCTCAATTTCCTCATCCGTGTCTTCCTCGTTTTCTCCGCTTTAAGCCATGAAAG
TCACCGTCGTCTCCCGTAGCGGTAGAGAAGTTCTCAAAGCCCCCCTCGACCTCCCCGATT
CGGCGACTGTTGCTGATCTGCAGGAAGCTTTTCACAAGAGAGCTAAGAAGTTTTACCCAT
CTAGGCAAAGACTTACTCTTCCCGTGGCTCCTGGGTCAAAGGACAAACCTGTTGTCCTCA
ACAGCAAGAAATCACTCAAAGAGTACTGTGACGGAAACACAGACTCATTAACCGTTGTCT
TCAAGGACTTGGGAGCACAAGTCTCGTACCGCACGCTCTTCTTCTTCGAGTACCTAGGCC
CACTCTTGATCTACCCTGTCTTCTACTACTTCCCTGTTTACAAATACCTCGGCTACGGAG
AAGACCGTGTGATCCACCCGGTCCAGACCTACGCTATGTACTACTGGTGCTTTCACTACT
TCAAACGCATCATGGAGACGTTCTTCGTCCACAGGTTCAGCCACGCAACTTCGCCGATAG
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TGAACCATCCTTTATACACACCGGTTAGTGACCTTCAGATGAAGATTGGTTTCGGGT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DY91TF U 1
AF RR3GH61TF U 1
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DS 

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TCACCGTCGTCTCCCGTAGCGGTAGAGAAGTTCTCAAAGCCCCCCTCGACCTCCCCGATT
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CTAGGCAAAGACTTACTCTTCCCGTGGCTCCTGGGTCAAAGGACAAACCTGTTGTCCTCA
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TCAAGGACTTGGGAGCACAAGTCTCGTACCGCACGCTCTTCTTCTTCGAGTACCTAGGCC
CACTCTTGATCTACCCTGTCTTCTACTACTTCCCTGTTTACAAATACCTCGGCTACGGAG
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C

QA 1 651 1 651
DS 



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TCAAATCTCTTTTACAACCTTATTAAGAAAAGCTTCATAACGATAAGTCTTCTACAGGAA
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CTTTCTCAGACGGCTATGCTTTCCAAGAGCCCAATTGGTCATAATCAGAGCAGCAACCGC
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GGAAACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW14JQ U 84
AF RR3GH61JQ U 1
AF RR3CW14TF C 82
AF RR3DY91JQ U 99
AF RR3H171TF C 487
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BS 922 1209 RR3H171TF

RD RR3CW14JQ 465 0 0
GCGCGAGA
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TTCAACAGAATGTGACAGTAGAAGTTGGCGACTTGGC

QA 9 465 9 465
DS 

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TAAACTTACAAAACATCTCAAAACAAAAGTGATAACAAATACAGAGAAAAAAAACATCTT
TCAAATCTCTTTTACAACCTTATTAAGAAAAGCTTCATAACGATAAGTCTTCTACAGGAA
TGGAGGCAATATCACCCATCTTCTTGGATACTTTGGCTTCCCATCTTTCCCATCAAATAT
CTTTCTCAGACGGCTATGCTTTCCAATAGCCCAATTGGTCATAATCAGAGCAGCAACCGC
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GTGGATCA

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3CW14TF 762 0 0
TTTGCGCGAG
AACGATTAAAGCAAAGTGTCTAAAATCTCTAAACTTACAAAACATCTCAAAACAAAAGTG
ATAACAAATACAGAGAAAAAAAACATCTTTCAAATCTCTTTTACAACCTTATTAAGAAAA
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CAATTGGTCATAATCAGAGCAGCAACCGCTAAGAAAACATATCCTGCAACGGTCTGAGTA
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C

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QA 5 723 5 723
DS 



AS 2 8

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 5 15 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D129TF U 24
AF RR3AZ85TF U 1
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AF RR3AZ85JQ C 609
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CC

QA 1 602 1 602
DS 

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AAGTGTACGGAGGAGATGGTGGATCGTACTCCGCGTGGTGCCCTGAAGAGTTGCCGATGC
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TTCCTTTCGGTGTTGTCACATGGTGGTTCAACAGTGGGGAGAGTGACCTTGTTATCCTCT
TCCTTGGTGAAACACACAAGGCTCACAAGAGGGGAGAGTTCACCGACTTTTACCTCACCG
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CACCAGAGGGGAGAGTTCACCGACTTTTACCTCACCGGCTCTAACGGGATCTTCACCGGT
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ACGATGGAGTTGGATCTTACACCGAAGCTGCCAAAGCAAGTGTACGGAGGAGATGGTGGA
TCGTACTCCGCGTGGTGCCCTGAAGAGTTGCCGATGCTGAAAGAGGGTAACATCGGAGCA
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TGGTTCAACAGTGGGGAGAGTGACCTTGTTATCCTCTTCCTTGGTGAAACACACAAGGCT
CACAAGAGGGGAGAGTTCACCGACTTTTACCTCACCGGCTCTAACGGGATCTTCACCGGT
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CACTAA

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GG
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GGATCGTACTCCGCGTGGTGCCCTGAAGAGTTGCCGATGCTGAAAGAGGGTAACATCGGA
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CAGCCCAGGGACGGGGACCGTGAAGGGTTTGTGTTGAACTGTTTGGGAGCTCCTCTCGAT
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GGGGAGGTCGGGTTTGGTGCTGATCTCGTTAGGATTGACGCGCATTCCATGTGTTCGCCA
GGTTTCTCTTGTGACTCGGC
TCT

QA 3 742 3 742
DS 

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GCTCCTCTCGATGTTGACATCAAGGACGGTGGGAGGGTTGTGGTGTTGAACACTAAGAAC
CTTCCTCTGGTTGGGGAGGTCGGGTTTGGTGCTGATCTCGTTAGGATTGACGCGCATTCC
ATGTGTTCGCCAGGTTTCTCTTGTGACTCGGCTCTTCAGGTGACTTACATTGTTGCCGGT
AGTGGGAGAGTTCAGGTTGTTGGTGCTGATGGGAAGAGGGTTCTTGAGACTCATATCAAG
GCTGGTTCTCTCTTTATTGTTCCGAGGTTCTTTGTGGTTTCCAAGATTGCTGATCCTGAG
GGCATGTCTTGGTTCTCCATTGTGACTACTCCCGATCCAATCTTCACGCATTTGGCTGGG
AGGACATCGGTTTGGAAGGCATTGTCTCCAGAGGTTTTGCAGGCGGCGTTTAAGGTTGAT
CCTGAGGTGGAGCAGTCCTTCCGTTCAAAGAGAACTGCGGACGCCATTTTCTTCCCTCCT
TCCAACTGAATAAGGCGCAGAGGGGAGAACAAGAACCAGCTTTGTCTTTAGTTTCTTCCC
TTGTTTTTTCTTTGCTTGTGACTCACGGGAGTACGTAGGGTTTGCTTTTCTTCTTGTGTT
TTATCCTGGACCGGTTCTTGTTCTCTTTGTTGATCTTTACGCTTTGTTATTGAAATAAAA
CATTATCAACACC

QA 1 733 1 733
DS 



CO CL381Contig2 826 2 10 U
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CGGTCCAGGATAAAACACAAGAAGAAAAGCAAACCCTACGTACTCCCGTGAGTCACAAGC
AAAGAAAAAACAAGGGAAGAAACTAAAGACAAAGCTGGTTCTTGTTCTCCTCTCTGCGCA
TTGTTCAGTTGGAAGGAGGGAAGAATATGGCGTCGGAAGTTCTCTTTGAACGGAAGGACT
GCTCCACCTCAGGATCAACCTTAAACGCCGCCTGCAGAACCTCTGGAGACAATGCCTTCC
AAACCGATGTCCTCCCAGCCAAATGCGTGAAGATCGGATCGGGAGTAGTCACAATGGAGA
ACCAAGACATGCCCTCAGGATCAGCAATCTTGGAAACCACAAAGAACCTCGGAACAATAA
AGAGAGAACCAGACTTGATGTGAGTCTCGAGAACTCTCTTCCCATCAGCACCAACAACCT
GGACTCTCCCGCTCCCGGCAACAATGTAAGTCACCTGAAGCGCCGAGTAACAAGAGAAGC
CTGGAGAACACATGGAATGCGCATCGATCCGAACAAGATCAGCACCAAACCCAACCTCCC
CAACCAGAGGAAGGTTCTTAGTGTTCAACACCACAACTCTCCCACCGTCCTTGATGTCAA
CATCAAGAGGAGCTTCCAAACAGTTCAACACAAACCCTTCACGGTCCCCTTCCCTGGGCT
GCGGCATCTTGACACCAGCATCGAGCTTCACAATGCCTTTACCGGTCTGAGAACCCACAA
GTTTCTTCACGGTCCCCTCGTCAGATCCCACGCTCTGCCGACAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H355JQ U 1
AF RR3CN23JQ U 9
BS 1 97 RR3H355JQ
BS 98 98 RR3CN23JQ
BS 99 122 RR3H355JQ
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RD RR3H355JQ 564 0 0
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CGGTCCAGGATAAAACACAAGAAGAAAAGCAAACCCTGCGTACTCCCGTGAGTCACAAGC
AAGGAAAAAACAAGGGAAGAAACTAAAGACAAAGCTGGTTCTTGTTCTCCTCTCTGCGCA
TTGTTCAGTTGGAAGGAGGGAAGAATATGGCGTCGGAAGTTCTCTTTGAACGGAAGGACT
GCTCCACCTCAGGATCAACCTTAAACGCCGCCTGCAGAACCTCTGGAGACAATGCCTTCC
AAACCGATGTCCTCCCAGCCAAATGCGTGAAGATCGGATCGGGAGTAGTCACAATGGAGA
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GGACTCTCCCGCTCCCGGCAACAATGTGAGTCACCTGAAGCGCCGAGTAACAAGAGAAGC
CTGGAGAACACATGGAATGCGC
AT

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3CN23JQ 818 0 0
TAATGTTTTATTTCAATAACAAAGCGTAAAGATCAACAAAGAGAGCAAGAACCGGTCCAG
GATAAAACACAAGAAGAAAAGCAAACCCTACGTACTCCCGTGAGTCACAAGCAAAGAAAC
AACAAGGGAAGAAACTAAAGACAAAGCTGGTTCTTGTTCTCCTCTCTGCGCATTGTTCAG
TTGGAAGGAGGGAAGAATATGGCGTCGGAAGTTCTCTTTGAACGGAAGGACTGCTCCACC
TCAGGATCAACCTTAAACGCCGCCTGCAGAACCTCTGGAGACAATGCCTTCCAAACCGAT
GTCCTCCCAGCCAAATGCGTGAAGATCGGATCGGGAGTAGTCACAATGGAGAACCAAGAC
ATGCCCTCAGGATCAGCAATCTTGGAAACCACAAAGAACCTCGGAACAATAAAGAGAGAA
CCAGCCTTGATGTGAGTCTCGAGAACTCTCTTCCCATCAGCACCAACAACCTGGACTCTC
CCGCTCCCGGCAACAATGTAAGTCACCTGAAGCGCCGAGTCACAAGAGAAGCCTGGAGAA
CACATGGAATGCGCATCGATCCGAACAAGATCAGCACCAAACCCAACCTCCCCAACCAGA
GGAAGGTTCTTAGTGTTCAACACCACAACTCTCCCACCGTCCTTGATGTCAACATCAAGA
GGAGCTTCCAAACAGTTCAACACAAACCCTTCACGGTCCCCTTCCCTGGGCTGCGGCATC
TTGACACCAGCATCGAGCTTCACAATGCCTTTACCGGTCTGAGAACCCACAAGTTTCTTC
ACGGTCCCCTCGTCAGATCCCACGCTCTGCCGACAAAC

QA 1 818 1 818
DS 



AS 1 8

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TTTTTACCGTTTTGTAATTTAATTATAAATGGCTCCAGGAACTCTAACCGAGCTTGCCGG
AGAGACTAAGCTCAACTCTAAGTTCGTCCGGGACGAGGATGAACGTCCCAAGGTTGCCTA
CAATGAGTTCAGCACGGAGATCCCCGTAATTTCTCTTGCCGGAATCGACGATGTTGGTGG
GAAAAGAGGAGAGATCTGTCGTCAGATCGTTGAAGCTTGTGAGAACTGGGGTGTTTTTCA
GGTGGTCGATCATGGAGTGGATACTAGTTTGGTGGCGGATATGACTCGTCTCGCTCGTGA
CTTCTTCGCTTTAGCTCCTGAGGAGAAACTGAAGTTCGACATGTCCGGTGGTAAAAAGGG
AGGATTCATT*GTCTCTAGTCATCTTCAGGGAGAGTCTGTTCAAGATTGGAGAGAGATCG
TGACGTATTTCTCGTACCCGGTGAGAAACAGAGACTACTCACGGTGGCCGACTAAACCGG
AAGGATGGGTCAAAGTGACGGAGGAGTACAGCGAGAAGCTGATGAGTTTGGCTTGTAAAC
TTCTTGAGGTTTTGTCTGAAGCTATGGGGCTTGAGAAA*GAGGCACTTACCAATGCATGC
GTCGATATGGACCAGAAAA*TAGTTGTTAACTATTACCCAAAATGCCCTCAGCCTGATCT
AACCCTCGGACTCAAGCGTCACACCGACCCCGGAACCATCACTTTGCTGCTCCAGGACCA
AGTCGGTGGTTTACAAGCCACGCGAGACGATGGGAAGACATGGATCACGGTTCAGCCTGT
TGAAGGAGCTTTTGTCGTTAATTTCGGCGACCATGGCCACTATCTGAGCAACGGGAGGTT
CAAGAACGCGGATCACCAGGCGGTGGTGAACTCCAACTCGAGCAGATTATCAATAGCCAC
GTTCCAGAATCCGGCGCCGGAAGCAACCGTGTATCCTCTTAAAGTGAGAGACGGAGAGAA
GCCGATCCTGGAGGAGCCTATTACGTTTGCGGAGATGTATAAGAGAAAGATGAGTAGAGA
TATTGAGCTGGCTCGCCTCAAGAAGCTGGCGAAAGAAGAACATGACAACAAGGAAGCTGC
CAAGCCTCTCGACCAAATCATCGCTTAGACT***CCTTGTGTTGGCCCCTTGCTATTGTG
TTGGTTCGGTTGTGTAAGTTGGTACTGAATTTAAGTTATGTCATGTTGGGTAAAATTGTG
TTGTATCTCTTTTCTATCATATAGAAATAATGATAATAATGTCTATGACGC


BQ
10 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 10 10 10 

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AF RR3C385TF U 1
AF RR3FM89TF U 1
AF RR3AS65TF U 6
AF RR3BG29TF U 3
AF RR3BG29JQ C 431
AF RR3FM89JQ C 474
AF RR3CS01JQB C 493
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BS 84 84 RR3H156TF
BS 85 130 RR3C385TF
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BS 132 721 RR3C385TF
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TT
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AGACTAAGCTCAACTCTAAGTTCGTCCGGGACGAGGATGAACGTCCCAAGGTTGCCTACA
ATGAGTTCAGCACGGAGATCCCCGTAATCTCTCTTGCCGGAATCGACGATGTTGGTGGGA
AAAGAGGAGAGATCTGTTGTCAGATCGTTGAAGCTTGTGAGAACTGGGGTGTTTTTCAGG
TGGTCGATCATGGAGTTGATACTAGTTTGGTGGCGGATATGACTCGTCTCGCTCGTGACT
TCTTCGCTCTAACTCCTGATGAGAAACTGAAGTTCGACATGTCCGGTGGTAAAAAGGGAG
GATTCATT*GTCTCTAGTCATCTTCAGGGAGAGTCTGTTCAAGATTGGAGAGAGATCGTG
ACGTATTTCTCGTACCCGGTGAGAAACAGAGACTACTCACGGTGGCCGACTAAGCCGGAA
GGGTGGGTGAAAGTGACGGAGGAGTACAGCGAGAAGCTGATGAGTTTGGCTTGTAAACTT
CTTGAGGTTTTGTCTGAAGCTATGGGACTTGAGAAA*GAGGCACTTACCAATGCATGCGT
CGATATGGACCAGAAAA*TAGTTGTTAACTATTACCCAAA*TGCCCTCAGCCTGATCTAA
CCCTCGGACTCAAGCGTCACACCGACCCCGGAACCATCACTTTGCTGCTC
AGACCAA

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DS 

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AGAGACTAAGCTCAACTCTAAGTCCGTCCGGGACGAGGATGAACGTCCCAAGGTTGCCTA
CAATGAGTTCGGCACGGAGATCCCCGTAATTTCTCTTGCCGGAATCGACGATGTTGGTGG
GAAAAGAGGAGAGATCTGTCGTCAGATCGTTGAAGCTTGTGAGAACTGGGGTGTTTTTCA
GGTGGTCGATCATGGAGTGGATACTAGTTTGGTGGCGGATATGACTCGTCTCGCTCGTGA
CTTCTTCGCTTTAGCTCCTGAGGAGAAACTGAAGTTCGACATGTCCGGTGGTAAAAAGGG
AGGATTCATT*GTCTCTAGTCATCTTCAGGGAGAGTCTGTTCAAGATTGGAGAGAGATCG
TGACGTATTTCTCGTACCCGGTGAGAAACAGAGACTACTCACGGTGGCCGACTAAACCGG
AAGGATGGGTCAAAGTGACGGAGGAGTACAGCGAGAAGCTGATGAGTTTGGCTTGTAAAC
TTCTTGAGGTTTTGTCTGAAGCTATGGGGCTTGAGAAA*GAGGCACTTACCAATGCATGC
GTCGATATGGACCAGAAAA*TAGTTGTTAACTATTACCCAAAATGCCCTCAGCCTGATCT
AACCCTCGGACTCAAGCGTCACACCGACCCCGGAACCATCACTTTGCTGCTCCAGGACCA
A

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DS 

RD RR3FM89TF 721 0 0
TT
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AGACTAAGCTCAACTCTAAGTTCGTCCGGGACGAGGATGAACGTCCCAAGGTTGCCTACA
ATGAGTTCGGCACGGAGATCCCCGTAATTTCTCTTGCCGGAATCGACGATGTTGGTGGGA
AAAGAGGAGAGATCTGTCGTCAGATCGTTGAAGTTTGTGAGAACTGGGGTGTTTTTCAGG
TGGTCGATCATGGAGTGGATACTAGTTTGGTGGCGGATATGACTCGTCTCGCTCGTGACT
TCTTCGCTTTAGCTCCTGAGGAGAAACTGAAGTTCGACATGTCCGGTGGTAAAAAGGGAG
GATTCATT*GTCTCTAGTCATCTTCAGGGAGAGTCTGTTCAAGATTGGAGAGAGGTCGTG
ACGTATTTCTCGTACCCGGTGAGAAACAGAGACTACTCACGGTGGCCGACTAAACCGGAA
GGATGGGTCAAAGTGACGGAGGAGTACAGCGAGAAGCTGATGGGTTTGGCTTGTAAACTT
CTTGAGGTTTTGTCTGAAGCTATGGGGCTTGAGAAA*GAGGCACTTACCAATGCATGCGT
CGATATGGACCAGAAAA*TAGTTGTTAACTATTACCCAAAATGCCCTCAGCCTGATCTAA
CCCTCGGACTCAAGCGTCACACCGACCCCGGAACCATCACTTTGCTGCTCCAGGACCAA

QA 3 721 3 721
DS 

RD RR3AS65TF 760 0 0
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CTAAGCTCAACTCTAAGTTCGTCCGGGACGAGGATGAACGTCCCAAGGTTGCCTACAATG
AGTTCAGCACGGAGATCCCCGTAATTTCTCTTGCCGGAATCGACGATGTCGGTGGGAAAA
GAGGAGAGATCTGTCGTCAGATCGTTGAAGCTTGTGAGAACTGGGGTGTTTTTCAGGTGG
TCGATCATGGAGTGGATACTAGTTTGGTGGCGGATATGACTCGTCTCGCTCGTGACTTCT
TCGCTTTAGCTCCTGAGGAGAAACTGAAGTTCGACATGTCCGGTGGTAAAAAGGGAGGAT
TCATT*GTCTCTAGTCATCTTCAGGGAGAGTCTGTTCAAGATTGGAGAGAGATCGTGACG
TATTTCTCGTACCCGGTGAGAAACAGAGACTACTCACGGTGGCCGACTAAACCGGAAGGA
TGGGTCAAAGTGACGGAGGAGTACAGCGAGAAGCTGATGAGTTTGGCTTGTAAACTTCTT
GAGGTTTTGTCTGAAGCTATGGGGCTTGAGAAA*GAGGCACTTACCAATGCATGCGTCGA
TATGGACCAGAAAA*TAGTTGTTAACTATTACCCAAAATGCCCTCAGCCTGATCTAACCC
TCGGACTCAAGCGTCACACCGACCCCGGAACCATCACTTTGCTGCTCCAGGACCAAGTCG
GTGGTTTACAAGCCACGCGAGACGATGGGAAGACATGGAT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3BG29TF 796 0 0
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AGACTAAGCTCAACTCTAAGTTCGTCCGGGACGAGGATGAACGTCCCAAGGTTGCCTACA
ATGAGTTCAGCACGGAGATCCCCGTAATTTCTCTTGCCGGAATCGACGATGTTGGTGGGA
AAAGAGGAGAGATCTGTCGTCAGATCGTTGAAGCTTGTGAGAACTGGGGTGTTTTTCAGG
TGGTCGATCATGGAGTGGATACTAGTTTGGTGGCGGATATGACTCGTCTCGCTCGTGACT
TCTTCGCTTTAGCTCCTGAGGAGAAACTGAAGTTCGACATGTCCGGTGGTAAAAAGGGAG
GATTCATTTGTCTCTAGTCATCTTCAGGGAGAGTCTGTTCAAGATTGGAGAGAGATCGTG
ACGTATTTCTCGTACCCGGTGAGAAACAGAGACTACTCACGGTGGCCGACTAAACCGGAA
GGATGGGTCAAAGTGACGGAGGAGTACAGCGAGAAGCTGATGAGTTTGGCTTGTAAACTT
CTTGAGGTTTTGTCTGAAGCTATGGGGCTTGAGAAA*GAGGCACTTACCAATGCATGCGT
CGATATGGACCAGAAAAATAGTTGTTAACTGTTACCCAAAATGCCCTCAGCCTGATCTAA
CCCTCGGACTCAAGCGTCACACCGACCCCGGAACCATCACTTTGCTACTCCAGGACCAAG
TCGGTGGTTTACAAGCCACGCGAGACGATGGGAAGACATGGATCACGGTTCAGCCTGTTG
AAGGAGCTTTTGTCGT

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3BG29JQ 814 0 0
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CAAAGTGACGGAGGAGTACAGCGAGAAGCTGATGAGTTTGGCTTGTAAACTTCTTGAGGT
TTTGTCTGAAGCTATGGGGCTTGAGAAA*GAGGCACTTACCAATGCATGCGTCGATATGG
ACCAGAAAA*TAGTTGTTAACTGTTACCCAAAATGCCCTCAGCCTGATCTAACCCTCGGA
CTCAAGCGTCACACCGACCCCGGAACCATCACTTTGCTACTCCAGGACCAAGTCGGTGGT
TTACAAGCCACGCGAGACGATGGGAAGACATGGATCACGGTTCAGCCTGTTGAAGGAGCT
TTTGTCGTTAATCTCGGCGACCATGGCCACTATCTGAGCAACGGGAGGTTCAAGAACGCG
GATCACCAGGCGGTGGTGAACTCCAACTCGAGCAGATTATCAATAGCCACGTTCCAGAAT
CCGGCGCCGGAAGCAACCGTGTATCCTCTTAAAGTGAGAGACGGAGAGAAGCCGATCCTG
GAGGAGCCTATTACGTTTGCGGAGATGTATAAGAGAAAGATGAGTAGAGATATTGAGCTG
GCTCGCCTCAAGAAGCTGGCGAAAGAAGAACATGACAACAAGGAAGCTGCCAAGCCTCTC
GACCAAATCATCGCTTAGACT***CCTTGTGTTGGCCCCTTGCTATTGTGTTGGTTCGGT
TGTGTAAGTTGGTACTGAATTTAAGTTATGTCATGTTGGGTAAAATTGTGTTGTATCTCT
TTTCTATCATATAGAAATAATGATAATAATGTC
C

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DS 

RD RR3FM89JQ 778 0 0
TAAA
CGGAAGGATGG*TCAAAGTGACGGAGGAGTACAGCGAGAAGCTGATGGGTTTGGCTTGTA
AACTTCTTGAGGTTTTGTCTGAAGCTATGGGGCTTGAGAAAAGAGGCACTTACCAATGCA
TGCGTCGATATGGACCAGAAAA*TAGTTGTTAACTATTACCCAAAATGCCCTCAGCCTGA
TCTAACCCTCGGACTCAAGCGTCACACCGACCCCGGAACCATCACTTTGCTGCTCCAGGA
CCAAGTCGGTGGTTTACAAGCCACGCGAGACGATGGGAAGACATGGATCACGGTTCAGCC
TGTTGAAGGAGCTTTTGTCGTTAATTTCGGCGACCATGGCCACTATCTGAGCAACGGGAG
GTTCAAGAACGCGGATCACCAGGCGGTGGTGAACTCCAACTCGAGCAGATTATCAATAGC
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GAAGCCGATCCTGGAGGAGCCTATTACGTTTGCGGAGATGTATAAGAGAAAGATGAGTAG
AGATATTGAGCTGGCTCGCCTCAAGAAGCTGGCGAAAGAAGAACATGACAACAAGGAAGC
TGCCAAGCCTCTCGACCAAATCATCGCTTAGACT***CCTTGTGTTGGCCCCTTGCTATT
GTGTTGGTTCGGTTGTGTAAGTTGGTACTGAATTTAAGTTATGTCATGTTGGGTAAAATT
GTGTTGTATCTCTTTTCTATCATATAGAAATAATGATAATAATGTCTATGA
CGC

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DS 

RD RR3CS01JQB 759 0 0
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TGTCTGAAGCTATGGGGCTTGAGAAA*GAGGCACTTACCAATGCATGCGTCGATATGGAC
CAAAAAA*TAGTTGTTAACTATTACCCAAAATGCCCTCAGCCTGATCTAACCCTCGGACT
CAAGCGTCACACCGACCCCGGAACCATCACTTTGCTGCTCCAAGACCAAGTCGGTGGTTT
ACAAGCCACACGAGACGATGGGAAGACATGGATTACGGTTCAGCCTGTTGAAGGAGCTTT
TGTCGTTAATTTCGGCGACCATGGCCACTATCTGAGCAATGGGAGGTTCAAGAACGCTGA
CCACCAGGCGGTGGTGAATTCCAACTCGAGCAGATTATCAATGGCCACGTTCCAGAATCC
GGCGCCGGAAGCAACCGTGTATCCTCTTAAAGTGAGAGAAGGAGAGAAGCCGATCCTGGA
GGAGCCTATTACGTTTGCGGAGATGTATAAGAGAAAGATGAGTAGAGATATTGAGCTGGC
TCGCCTCAAGAAGCTGGCGAAAGAAGAACATGACCACAAGGAAGCTGGCAAGCCTCTCGA
CCAAATCATCGCTTAGACTACTCCTTGTGTTGGCCCCTTGCTATTGTGTTGGTTCGGTTG
TGTAAGTTGGTACTGAAATTAAGTTATGTCATGTTGGGTGAAATTGTGTTGTATCTCTTT
TCTATCATATAGAAATAATGATAATAATGTCTATGACGC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 2 7

CO CL383Contig1 1152 5 33 U
GGGAAGCCGACTGATTTTACCTGAGATTATGGAGAGATTACAGCGAATCTTCGGCGCCGG
TGGCGGTCTAGGTCACGCATCGCCTGATTCTCCGACACTCGACACGTCGGAGCAAGTTTA
CATCTCTTCTCTCGCCCTCCTCAAGATGCTCAAGCACGGAAGAGCTGGAGTTCCTATGGA
AGTGATGGGATTAATGCTTGGAGAGTTCGTGGATGAGTACACTGTTAGGGTTGTTGATGT
TTTCGCTATGCCTCAGAGTGGTACTGGTGTTAGCGTCGAAGCTGTGGATCATGTCTTCCA
GACTAATATGCTCGACATGCTCAAACAGACTGGAAGACCTGAGATGGTGGTGGGTTGGTA
TCATTCACATCCTGGATTTGGATGCTGGCTTTCTGGTGTTGATATTAATACTCAACAGAG
TTTTGAAGCTTTGAACCAGCGAGCCGTGGCAGTGGTGGTTGATCCGATTCAAAGTGTGAA
GGGGAAAGTGGTGATTGATGCGTTCCGCTCGATAAACCCGCAGACCATTATGCTTGGGCA
GGAACCTCGACAGACAACGTCGAACCTTGGGCATCTGAACAAACCATCGATCCAGGCCTT
GATTCATGGACTGAACAGACACTACTATTCAATAGCCATCAACTATAGGAAGAACGAGCT
GGAGGAGAAGATGTTACTAAACCTCCACAAGAAGAAATGGACAGATGGTCTGACGCTAAG
ACGCTTTGACACCCACTCCAAGACAAACGAACAGACGGTTCAGGAAATGTTGAACTTGGC
TGCTAAATATAACAAGGCGGTACAAGAGGAGGACGAGTTGTCACCGGAAAAACTGGCGAT
CGTGAATGTGGTAAGACAGGACGCAAAGAAGCATCTGGAAGAACATGTTTCCAACTTGAT
GTCATCCAACATTGTTCAGACACTAGGCACCATGCTCGACACTGTTGTCTTCTAGAGAAC
TTGTTCACTTTACCAGCTAGGAGTACTCTGCTTCAGTCATTTTGGCTGGAAAGTTAAGCT
TCGTTCTTCTGCATCTCTTTTGTTTCTGTTGAATCAACTCTTTATGACTTATCTCCTAGC
AAGCATCTGATAAGATTGTATTGTACCAAGTGGTTTCGTTCTTTTCATCAAGGCTATGGA
TTGATTTCTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 10 10 

AF RR3BE02TF U 1
AF RR3GN42TF U 261
AF RR3GN42JQ C 360
AF RR3BX41JQ C 501
AF RR3BX41TF U 501
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BS 446 465 RR3BE02TF
BS 466 466 RR3GN42TF
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BS 481 481 RR3GN42TF
BS 482 549 RR3BE02TF
BS 550 550 RR3GN42TF
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BS 565 565 RR3GN42TF
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BS 631 631 RR3GN42TF
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TGGCGGTCTAGGTCACGCATCGCCTGATTCTCCGACACTCGACACGTCGGAGCAAGTTTA
CATCTCTTCTCTCGCCCTCCTCAAGATGCTCAAGCACGGAAGAGCTGGAGTTCCTATGGA
AGTGATGGGATTAATGCTTGGAGAGTTCGTGGATGAGTACACTGTTAGGGTTGTTGATGT
TTTCGCTATGCCTCAGAGTGGTACTGGTGTTAGCGTCGAAGCTGTGGATCATGTCTTCCA
GACTAATATGCTCGACATGCTCAAACAGACTGGAAGACCTGAGATGGTGGTGGGTTGGTA
TCACTCACATCCTGGATTTGGATGCCGGCTTTCTGGTGTTGATATTAATACTCAGCAGAG
TTTTGAAGCTTTGAACCAGCGAGCTGTGGCAGTGGTGGTTGATCCCATTCAAAGTGTGAA
AGGGAAAGTGGTGATTGATGCGTTCCGCTCGATAAACCCGCAGACCATTATGCTTGGGCA
GGAACCTCGTCAAACGACGTCGAATCTTGGGCATCTGAACAAACCATCGATCCAGGCCTT
GATTCATGGATTGAACAGACACTACTATTCTATAGCCATCAACTATAGGAAGAACGAGCT
CGAGGAGAAGATGTTACTTAACCTCCACAAGAAGAAATGGACAGATGGTCTGACGCTAAG
ACGCTTTGACACCCGCTCCAAGACAAACGAACAGAC
TGT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3GN42TF 475 0 0
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TCAAACAGACTGGAAGACCTGAGATGGTTGTGGGTTGGTATCATTCACATCCTGGATTTG
GATGCTGGCTTTCTGGTGTTGATATTAATACTCAACAGAGTTTTGAAGCTTTGAACCAGC
GAGCCGTGGCAGTGGTGGTTGATCCGATTCAAAGTGTGAAGGGGAAAGTGGTGATTGATG
CGTTCCGCTCGATAAACCCGCAGACCATTATGCTTGGGCAGGAACCTCGACAGACAACGT
CGAACCTTGGGCATCTGAACAAACCATCGATCCAGGCCTTGATTCATGGACTGAACAGAC
ACTACTATTCAATAGCCATCAACTATAGGAAGAACGAGCTGGAGGAGAAGATGTTACTAA
ACCTCCACAAGAAGAAATGGACAGATGGTCTGACGCTAAGACGCTTTGACACCCA

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR3GN42JQ 790 0 0
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GTTTTGAAGCTTTGAACCAGCGAGCCGTGGCAGTGGTGGTTGATCCGATTCAAAGTGTGA
AGGGGAAAGTGGTGATTGATGCGTTCCGCTCGATAAACCCGCAGACCATTATGCTTGGGC
AGGAACCTCGACAGACAACGTCGAACCTTGGGCTTCTGAACAAACCATCGATCCAGGCCT
TGATTCATGGACTGAACAGACACTACTATTCAATAGCCATCAACTATAGGAAGAACGAGC
TGGAGGAGAAGATGTTACTAAACCTCCACAAGAAGAAATGGACAGATGGTCTGACGCTAA
GACGCTTTGACACCCACTCCAAGACAAACGAACAGACGGTTCAGGAAATGTTGAACTTGG
CTGCTAAATATAACAAGGCGGTACAAGAGGAGGACGAGTTGTCACCGGAAAAACTGGCGA
TCGTGAATGTGGGAAGACAGGACGCAAAGAAGCATCCGGAAGAACATGTTTCCAACTTGA
TGTCATCCAACATTGTTCAGACACTAGGCACCATGCTCGACACTGTTGTCTTCTAGAGAA
CTTGTTCACTTTACCAGCTAGGAGTACTCTGCTTCAGTCATTTTGGCTGGAAAGTTAAGC
TTCGTTCTTCTGCATCTCTTTTGTTTCTGTTGAATCAACTCTTTATGACTTATCTCCTAG
CAAGCATCTGATAAGATTGTATTGTACCAAGTGGTTTCGTTCTTTTCATCAAGGCTATGG
ATTGATTTCT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3BX41JQ 652 0 0
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CGAACCTTGGGCATCTGAACAAACCATCGATCCAGGCCTTGATTCATGGACTGAACAGAC
ACTACTATTCAATAGCCATCAACTATAGGAAGAACGAGCTGGAGGAGAAGATGTTACTAA
ACCTCCACAAGAAGAAATGGACAGATGGTCTGACGCTAAGACGCTTTGACACCCACTCCA
AGACAAACGAACAGACGGTTCAGGAAATGTTGAACTTGGCTGCTAAATATAACAAGGCGG
TACAAGAGGAGGACGAGTTGTCACCGGAAAAACTGGCGATCGTGAATGTGGTAAGACAGG
ACGCAAAGAAGCATCTGGAAGAACATGTTTCCAACTTGATGTCATCCAACATTGTTCAGA
CACTAGGCACCATGCTCGACACTGTTGTCTTCTAGAGAACTTGTTCACTTTACCAGCTAG
GAGTACTCTGCTTCAGTCATTTTGGCTGGAAAGTTAAGCTTCGTTCTTCTGCATCTCTTT
TGTTTCTGTTGAATCAACTCTTTATGACTTATCTCCTAGCAAGCATCTGATAAGATTGTA
TTGTACCAAGTGGTTTCGTTCTTTTCATCAAGGCTATGGATTGATTTCTATT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3BX41TF 652 0 0
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CGAACCTTGGGCATCTGAACAAACCATCGATCCAGGCCTTGATTCATGGACTGAACAGAC
ACTACTATTCAATAGCCATCAACTATAGGAAGAACGAGCTGGAGGAGAAGATGTTACTAA
ACCTCCACAAGAAGAAATGGACAGATGGTCTGACGCTAAGACGCTTTGACACCCACTCCA
AGACAAACGAACAGACGGTTCAGGAAATGTTGAACTTGGCTGCTAAATATAACAAGGCGG
TACAAGAGGAGGACGAGTTGTCACCGGAAAAACTGGCGATCGTGAATGTGGTAAGACAGG
ACGCAAAGAAGCATCTGGAAGAACATGTTTCCAACTTGATGTCATCCAACATTGTTCAGA
CACTAGGCACCATGCTCGACACTGTTGTCTTCTAGAGAACTTGTTCACTTTACCAGCTAG
GAGTACTCTGCTTCAGTCATTTTGGCTGGAAAGTTAAGCTTCGTTCTTCTGCATCTCTTT
TGTTTCTGTTGAATCAACTCTTTATGACTTATCTCCTAGCAAGCATCTGATAAGATTGTA
TTGTACCAAGTGGTTTCGTTCTTTTCATCAAGGCTATGGATTGATTTCTA
TT

QA 1 650 1 650
DS 



CO CL383Contig2 1282 2 10 U
AATAGAAATCAATCCATAGCCTTGATGAAAAGAACGAAACCACTTGGTACAATACAATCT
TATCAGATGCTTGCTATAAGATAAGTCATAAAGAGTTGATTCAACAGAAACAAAAGAGAT
GCAGAAGAACGAAGCTTAACTTTCCAGCCAAAATGACTGAAGCAGAGTACTCCTAGCTGG
TAAAGTGAACAAGTTCTCTAGAAGACAACAGTGTCGAGCATGGTGCCTAGTGTCTGAACA
ATGTTGGATGACATCAAGTTGGAAACATGTTCTTCCAGATGCTTCTTTGCGTCCTGTCTT
CCCACATTCACGATCGCCAGTTTTTCCGGTGACAACTCGTCCTCCTCTTGTACCGCCTTG
TTATATTTAGCAGCCAGTTCAACATTTCCTGAACCGTCTGTTCGTTTGTCTTGGAGTGGG
TGTCAAAGCGTCTTAGCGTCAGACCATCTGTTCAGTCCATGAATCAAGGCCTGGATCGAT
GGTTTGTTCAGATGCCCAAGGTTCGACGTTGTCTGTCGAGGTTCCTGCCCAAGCATAATG
GTCTGCGGGTTTATCGAGCGGAACGCATCAATCACTACTTTCCCCTTCACACTTTGAATC
GGATCAACCACCACTGCCACGGCTCGCTGGTTCAAAGCTGCAAAACTCTGTTGAGTATTA
ATATCAACACCAGAAAGCCAGCATCCAAATCCAGGATGTGAATGATACCAACCCACCACC
ATCTCAGGTCTTCCAGTCTGTTTAAGCATGTCGAGCATATTAGTCTGGAAGACATGATCA
ACAGCTTCGACGCTAACACCAGTACCACTCTGAGGCATAGCGAAAACATCAACAACCCTA
ACAGTGTACTCATCCACGAACTCTCCAAGCATCAATCCCATCACTTCCATAGGTTCTCCA
GCTCTTCCGTGCTTGAGCATCTTGTACCGCCTTGTTATATTTAGCAGCCAAGCTCAACAT
TTCCTGAACAGTCTGTTCGTTTGTCTTGGAGTGGATGTCAAAGCGTCTTAGCGTCAGACC
ATCTGTCCATTTCTTCTTGTGGAGGTTTAGTAACATCTTCTCCTCGAGCTCGTTCTTCCT
ATAGTTGATGGCTATTGAATAGTAGTGCCTGTTCAGTCCATGAATCAAGGCCTGGATCGA
TGGTTTGTTCAGATGCCCAAGGTTCGACGTTGTCTGTCGAGGTTCCTGCCCAAGCATAAT
GGTCTGCGGGTTGATCGAGCGGAAGGCATCAATCACCACTTTCCCCTTCACACTTTGAAT
AGGATCAACAACCACTGCCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV32JQ U 1
AF RR3DB60TF C 614
BS 1 639 RR3DV32JQ
BS 640 640 RR3DB60TF
BS 641 743 RR3DV32JQ
BS 744 744 RR3DB60TF
BS 745 825 RR3DV32JQ
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BS 834 854 RR3DV32JQ
BS 855 1282 RR3DB60TF

RD RR3DV32JQ 854 0 0
AATAGAAATCAATCCATAGCCTTGATGAAAAGAACGAAACCACTTGGTACAATACAATCT
TATCAGATGCTTGCTATAAGATAAGTCATAAAGAGTTGATTCAACAGAAACAAAAGAGAT
GCAGAAGAACGAAGCTTAACTTTCCAGCCAAAATGACTGAAGCAGAGTACTCCTAGCTGG
TAAAGTGAACAAGTTCTCTAGAAGACAACAGTGTCGAGCATGGTGCCTAGTGTCTGAACA
ATGTTGGATGACATCAAGTTGGAAACATGTTCTTCCAGATGCTTCTTTGCGTCCTGTCTT
CCCACATTCACGATCGCCAGTTTTTCCGGTGACAACTCGTCCTCCTCTTGTACCGCCTTG
TTATATTTAGCAGCCAGTTCAACATTTCCTGAACCGTCTGTTCGTTTGTCTTGGAGTGGG
TGTCAAAGCGTCTTAGCGTCAGACCATCTGTTCAGTCCATGAATCAAGGCCTGGATCGAT
GGTTTGTTCAGATGCCCAAGGTTCGACGTTGTCTGTCGAGGTTCCTGCCCAAGCATAATG
GTCTGCGGGTTTATCGAGCGGAACGCATCAATCACTACTTTCCCCTTCACACTTTGAATC
GGATCAACCACCACTGCCACGGCTCGCTGGTTCAAAGCTTCAAAACTCTGTTGAGTATTA
ATATCAACACCAGAAAGCCAGCATCCAAATCCAGGATGTGAATGATACCAACCCACCACC
ATCTCAGGTCTTCCAGTCTGTTTGAGCATGTCGAGCATATTAGTCTGGAAGACATGATCA
ACAGCTTCGACGCTAACACCAGTACCACTCTGAGGCATAGCGAAA*CATCAA*AACCCTA
ACAGTGTACTCATC

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR3DB60TF 669 0 0
CTGCCACGGCTCGCTGGTTCAAAGCTGCAAAACTCTGTTGAGTATTAATATCAACACCAG
AAAGCCAGCATCCAAATC*AGGATGTGAATGATACCAACCCACCACCATCTCAGGTCTTC
CAGTCTGTTTAAGCATGTCGAGCATATTAGTCTGGAAGACATGATCAACAGCTTCGACGC
TAACACCAGTACCACTCTGAGGCATAGCGAAAACATCCACAACCCTAACAGTGTACTCAT
CCACGAACTCTCCAAGCATCAATCCCATCACTTCCATAGGTTCTCCAGCTCTTCCGTGCT
TGAGCATCTTGTACCGCCTTGTTATATTTAGCAGCCAAGCTCAACATTTCCTGAACAGTC
TGTTCGTTTGTCTTGGAGTGGATGTCAAAGCGTCTTAGCGTCAGACCATCTGTCCATTTC
TTCTTGTGGAGGTTTAGTAACATCTTCTCCTCGAGCTCGTTCTTCCTATAGTTGATGGCT
ATTGAATAGTAGTGCCTGTTCAGTCCATGAATCAAGGCCTGGATCGATGGTTTGTTCAGA
TGCCCAAGGTTCGACGTTGTCTGTCGAGGTTCCTGCCCAAGCATAATGGTCTGCGGGTTG
ATCGAGCGGAAGGCATCAATCACCACTTTCCCCTTCACACTTTGAATAGGATCAACAACC
ACTGCCACC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 10

CO CL384Contig1 1672 10 19 U
GGACAAGAATACCCTCCTGGAATATCCGTATCTTCGGAGCTTTTCCTCAGATGGATGTTG
TAGACGGAGGAGTTGATCGGGGAAGAGCAACTATGGAGAGGAGGGATTCAGATGATAAGA
TCGCAGAGCCTTCATGGTTCTCTCCTAAAAGGCTTCTCTTTATGTTTTGTGTAGTCAACT
TGGTCAATTATATAGATCGAGGAGCTATAGCAAGTAATGGTGTCAATGGGAGTCGTGGTA
GTTGCACCTCCGGTGGTACATGCTCAGCTGGCAGCGGAATACAGGGAGATTTTAACTTGA
GCAATTTTCAAGATGGAGTTTTGTCTTCTGCTTTCATGGTTGGCCTTCTTGTCGCCTCTC
CTATCTTTGCTTCTGTTGCCAAGAGTGTTAATCCGTTTAGACTTATTGGAATTGGGTTAA
CGATCTGGACTCTTGCTGTCATTGGCTGCGGTCTATCCTTTGATTTCTGGTCCATCACAT
TCTGTCGAATGTTTGTTGGTGTTGGTGAGGCATCATTTGTCAGCCTCGCTGCCCCATTTA
TCGACGATAATGCCCCTCAAGCTCAGAAATCAGCGTGGCTTGCTATGTTCTACATGTGTA
TTCCAACAGGATACTCTCTTGGCTATGTATATGGTGGACTGGTGGGGAGTGTTCTGCCGT
GGCGTGCTGCATTTTGGGGAGAAGCAATACTTATGCTTCCTTTCGCTGTTCTAGGTTTTG
TTATCAAACCCTTGCACTTGAAAGGTTTCGCTCCTGATGATAAAGGAAAACCCCGGACAG
ATAGCTTAAACGTTTTGCCAACTGGTTATGGGTTCTCAGCTGTCTTGAAAGATTTGAAAC
TGCTTCTGGTAGATAAGATTTATGTTACAAACATCCTCGGGTATATTGCTTACAACTTTG
TCTTAGGCGCATATTCTTATTGGGGTCCAAAGGCTGGTTATAACATATACAAGATGGAAA
ACGCTGATTTGATATTTGGAGGGGTTACCGTTATCTGTGGAATCGTTGGCACATTGTCTG
GAGGATTTGTCTTAGATTTCATGGATGCTACTATCTCAAATGCTTTCAAGCTTCTATCAG
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CATTTCTAGCTTTCTTTGCTGTTGGTGAACTTCTCGTCTTTGCCACACAGGGTCCTGTGA
ATTTCATAGTTCTCCATTGTGTGAAACCAAGTTTGAGACCACTTGCAATGGCCATGTCTA
CTGTCTCCATCCATATCTTTGGAGATGTTTCTTCCTCACCACTCGTTGGAGTTCTTCAGG
ACTACGTGAACAATTGGAGAGTAACTGCTCTTGTTCTTACACTTGTTCTCTTTCCAGCTG
CTGCAATTTGGTCCATAGGGATCTTCCTAAACAGTGTGGATCGTTATAACGAAGATTCAG
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GCAACAAAGAGAGAAACTAACAATGTCACAGTGTACTAAGAATCAGTCTATGTATGGTTT
ATTCATTATCTCTTTTCTCTACTTTCTTGTACAAAGATATGTACTTAAACATAAACAATT
ACCTTTTTTTTTTTTTGAACACCACATAAACAATTACCTTGAAGTTGTAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3DE15TF U 1
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AF RR3BK54TF U 510
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BS 749 760 RR3DE15TF
BS 761 1047 RR3E929TF
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BS 1508 1672 RR3AT88JQ

RD RR3DE15TF 778 0 0
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TAGACGGAGGAGTTGATCGGGGAAGAGCAACTATGGAGAGGAGGGATTCAGATGATAAGA
TCGCAGAGCCTTCATGGTTCTCTCCTAAAAGGCTTCTCTTTATGTTTTGTGTAGTCAACT
TGGTCAATTATATAGATCGAGGAGCTATAGCAAGTAATGGTGTCAATGGGAGTCGTGGTA
GTTGCACCTCCGGTGGTACATGCTCAGCTGGCAGCGGAATACAGGGAGATTTTAACTTGA
GCAATTTTCAAGATGGAGTTTTGTCTTCTGCTTTCATGGTTGGCCTTCTTGTCGCCTCTC
CTATCTTTGCTTCTGTTGCCAAGAGTGTTAATCCGTTTAGACTTATTGGAATTGGGTTAA
CGATCTGGACTCTTGCTGTCATTGGCTGCGGTCTATCCTTTGATTTCTGGTCCATCACAT
TCTGTCGAATGTTTGTTGGTGTTGGTGAGGCATCATTTGTCAGCCTCGCTGCCCCATTTA
TCAACGATAATGCCCCTCAAGCTCAGAAATCAGCGTGGCTTGCTATGTTCTACATGTGTA
TTCCAACAGGATACTCTCTTGGCTATGTATATGGTGGATGGGTGGGGAGTGTTCTGCCGT
GGCGTGCTGCATTTTGGGGAGAAGCAATACTTATGCTTCCTTTCGCTGTTCTAG**TTTG
TTATCAAACCCTTGCACTTGAAAGGTT*CGCTCCTGATGA
AAAGAAACCCGGACAGAT

QA 1 760 1 760
DS 

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G
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TCGAATGTTTGTTGGTGTTGGTGAGGCATCATTTGTCAGCCTCGCTGCCCCATTTATCGA
CGATAATGCCCCTCAAGCTCAGAAATCAGCGTGGCTTGCTATGTTCTACATGTGTATTCC
AACAGGATACTCTCTTGGCTATGTATATGGTGGACTGGTGGGGAGTGTTCTGCCGTGGCG
TGCTGCATTTTGGGGAGAAGCAATACTTATGCTTCCTTTCGCTGTTCTAGGTTTTGTTAT
CAAACCCTTGCACTTGAAAGGTTTCGCTCCTGATGATAAAGGAAAACCCCGGACAGATAG
CTTAAACGTTTTGCCAACTGGTTATGGGTTCTCAGCTGTCTTGAAAGATTTGAAACTGCT
TCTGGTAGATAAGATTTATGTTACAAACATCCTCGGGTATATTGCTTACAACTTTGTCTT
AGGCGCATATTCTTATTGGGGTCCAAAGGCTGGTTATAACATATACAAGATGGAAAACGC
TGATTTGATATTTGGAGGGGTTACCGTTATCTGTGGAATCGTTGGCACATTGTCTGGAGG
ATTTGTCTTAGATTTCATGGATG

QA 2 624 2 624
DS 

RD RR3BK54TF 674 0 0
GCATCATTTGTCAGCCTCGCTGCCCCATTTATCGACGATAATGCCCCTCAAGCTCAGAAA
TCAGCGTGGCTTGCTATGTTCTACATGTGTATTCCAACAGGATACTCTCTTGGCTATGTA
TATGGTGGACTGGTGGGGAGTGTTCTGCCGTGGCGTGCTGCATTTTGGGGAGAAGCAATA
CTTATGCTTCCTTTCGCTGTTCTAGGTTTTGTTATCAAACCCTTGCACTTGAAAGGTTTC
GCTCCTGATGATAAAGGAAAACCCCGGACAGATAGCTTAAACGTTTTGCCAACTGGTTAT
GGGTTCTCAGCTGTCTTGAAAGATTTGAAACTGCTTCTGGTAGATAAGATTTATGTTACA
AACATCCTCGGGTATATTGCTTACAACTTTGTCTTAGGCGCATATTCTTATTGGGGTCCA
AAGGCTGGTTATAACATATACAAGATGGAAAACGCTGATTTGATATTTGGAGGGGTTACC
GTTATCTGTGGAATCGTTGGCACATTGTCTGGAGGATTTGTCTTAGATTTCATGGATGCT
ACTATCTCAAATGCTTTCAAGCTTCTATCAGTTTCAACGTTTATAGGAG*CTTGTTCTGC
TTTGTTGCTTTCTGTTTCA*GAGCATGTATGCATTTCTAGCTTTCTTTGCTGTTGGTGA*
CTTCTCGTCTTTGC

QA 1 674 1 674
DS 

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G
TGATGATAAAGGAAAACCCCGGACAGATAGCTTAAACGTTTTGCCAACTGGTTATGGGTT
CTCAGCTGTCTTGAAAGATTTGAAACTGCTTCTGGTAGATAAGGTTTATGTTACAAACAT
CCTCGGGTATATTGCTTACAACTTTGTCTTAGGCGCATATTCTTATTGGGGTCCAAAGGC
TGGTTATAACATATACAAGATGGAAAACGCTGATTTGATATTTGGAGGGGTTACCGTTAT
CTGTGGAATCGTTGGCACATTGTCTGGAGGATTTGTCTTAGATTTCATGGATACTACTAT
CTCAAATGCTTTCAAGCTTCTATCAGTTTCAACGTTTATAGGAGGCTTGTTCTGCTTTGT
TGCTTTCTGTTTCAAGAGCATGTATGCATTTCTAGCTTTCTTTGCTGTTGGTGAACTTCT
CGTCTTTGCCACACAGGGTCCTGTGAATTTCATAGTTCTCCATTGTGTGAAACCAAGTTT
GAGACCACTTGCAATGGCCATGTCTACTGTCTCCATCCATATCTTTGGAGATGTTTCTTC
CTCACCACTCGTTGGAGTTCTTCAGGACTACGTGAACAATTGGAGAGTAACTGCTCTTGT
TCTTACACTTGTTCTCTTTCCAGCTGCTGCAATTTGGTCCATAGGGATCTTCCTAAACAG
TGTGGATCGTTATAACGAAGATTCAGAGTCTGATGCTGTGACCAGAGAATCAGCCGTTGC
ACCTCTTCTCGAGGAAGCATG

QA 2 742 2 742
DS 

RD RR3AT52TF 754 0 0
G
TGATGATAAAGGAAAACCCCGGACAGATAGCTTAAACGTTTTGCCAACTGGTTATGGGTT
CTCAGCTGTCTTGAAAGATTTGAAACTGCTTCTGGTAGATAAGGTTTATGTTACAAACAT
CCTCGGGTATATTGCTTACAACTTTGTCTTAGGCGCATATTCTTATTGGGGTCCAAAGGC
TGGTTATAACATATACAAGATGGAAAACGCTGATTTGATATTTGGAGGGGTTACCGTTAT
CTGTGGAATCGTTGGCACATTGTCTGGAGGATTTGTCTTAGATTTCATGGATACTACTAT
CTCAAATGCTTTCAAGCTTCTATCAGTTTCAACGTTTATAGGAGGCTTGTTCTGCTTTGT
TGCTTTCTGTTTCAAGAGCATGTATGCATTTCTAGCTTTCTTTGCTGTTGGTGAACTTCT
CGTCTTTGCCACACAGGGTCCTGTGAATTTCATAGTTCTCCATTGTGTGAAACCAAGTTT
GAGACCACTTGCAATGGCCATGTCTACTGTCTCCATCCATATCTTTGGAGATGTTTCTTC
CTCACCACTCGTTGGAGTTCTTCAGGACTACGTGAACAATTGGAGAGTAACTGCTCTTGT
TCTTACACTTGTTCTCTTTCCAGCTGCTGCAATTTGGTCCATAGGGATCTTCCTAAACAG
TGTGGATCGTTATAACGAAGATTCAGAGTCTGATGCTGTGACCAGAGAATCAGCCGTTGC
ACCTCTTCTCGAGGAAGCATGAGACAGCAACAA

QA 2 754 2 754
DS 

RD RR3AT88JQ 871 0 0
CTGGTTATGGGTTCTCAGCTGTCTTGAAAGATTTGAAACTGCTTCTGGTAGATAAGGTTT
ATGTTACAAACATCCTCGGGTATATTGCTTACAACTTTGTCTTAGGCGCATATTCTTATT
GGGGTCCAAAGGCTGGTTATAACATATACAAGATGGAAAACGCTGATTTGATATTTGGAG
GGGTTACCGTTATCTGTGGAATCGTTGGCACATTGTCTGGAGGATTTGTCTTAGATTTCA
TGGATACTACTATCTCAAATGCTTTCAAGCTTCTATCAGTTTCAACGTTTATAGGAGGCT
TGTTCTGCTTTGTTGCTTTCTGTTTCAAGAGCATGTATGCATTTCTAGCTTTCTTTGCTG
TTGGTGAACTTCTCGTCTTTGCCACACAGGGTCCTGTGAATTTCATAGTTCTCCATTGTG
TGAAACCAAGTTTGAGACCACTTGCAATGGCCATGTCTACTGTCTCCATCCATATCTTTG
GAGATGTTTCTTCCTCACCACTCGTTGGAGTTCTTCAGGACTACGTGAACAATTGGAGAG
TAACTGCTCTTGTTCTTACACTTGTTCTCTTTCCAGCTGCTGCAATTTGGTCCATAGGGA
TCTTCCTAAACAGTGTGGATCGTTATAACGAAGATTCAGAGTCTGATGCTGTGACCAGAG
AATCAGCCGTTGCACCTCTTCTCGAGGAAGCATGAGACAGCAACAAAGAGAGAAACTAAC
AATGTCACAGTGTACTAAGAATCAGTCTATGTATGGTTTATTCATTATCTCTTTTCTCTA
CTTTCTTGTACAAAGATATGTACTTAAACATAAACAATTACCTTTTTTTTTTTTTGAACA
CCACATAAACAATTACCTTGAAGTTGTAAAT

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DS 

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AGAGCATGTATGCATTTCTAGCTTTCTTTGCTGTTGGTGAACTTCTCGTCTTTGCCACAC
AGGGTCCTGTGAATTTCATAGTTCTCCATTGTGTGAAACCAAGTTTGAGACCACTTGCAA
TGGCCATGTCTACTGTCTCCATCCATATCTTTGGAGATGTTTCTTCCTCACCACTCGTTG
GAGTTCTTCAGGACTACGTGAACAATTGGAGAGTAACTGCTCTTGTTCTTACACTTGTTC
TCTTTCCAGCTGCTGCAATTTGGTCCATAGGGATCTTCCTAAACAGTGTGGATCGTTATA
ACGAAGATTCAGAGTCTGATGCTGTGACCAGAGAATCAGCCGTTGCACCTCTTCTCGAGG
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TATGTATGGTTTATTCATTATCTCTTTTCTCTACTTTCTTGTACAAAGATATGTACTTAA
ACATAAACAATTACCTTTTTTTTTTTTTGAACACCACATAAACAATTACCTT

QA 1 592 1 592
DS 

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CGCATATTCTTATTGGG*TCCAAAGGCTGGTTATAACATATACAAGATGGAAAACGCTGA
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TGTCTTAGATTTCATGGATGCTACTATCTCAAATGCTTTCAAGCTTCTATCAGTTTCAAC
GTTTATAGGAGGCTTGTTCTGCTTTGTTGCTTTCTGTTTCAAGAGCATGTATGCATTTCT
AGCTTTCTTTGCTGTTGGTGAACTTTTCGTCTTTGCCACACGGGGTCCTGTGAATTTCAT
AGTTCTCCATTGTGTGAAACCAAGTTTGAGACCACTTGCAATGGCCATGTCTACTGTCTC
CATCCATATCTTTGGAGATGTTCCTTCCTCACCACTCGTTGGAGTTCTTCAGGACTACGT
GAACAATTGGAGAGTAACTGCTCTTGTTCTTACATTTGTTCTCTTTCCAGCTGCTGCAAT
TTGGTCCATAGGGATCTTCCTAAACAGTGTGGATCGTTATAACGAAGATTCAGAGTCTGA
TGCTGTGACCAGAGAATCAGCCGTTGCACCTCTTCTCGAGGAAGCATGAGACAGCAACAA
AGAGAGAAACTAACAATGTCACAGTGTACTAAGAATCAGTCTATGTATGGTTTATTCATT
ATCTCTTTTCTCTACTTTCTTGTACAAAGATATGTACTTAAACATAAACAATTACCTTTT
TTTTTTT**GAACACCACATAAACAATTACCTTGAAGTTGTA
T

QA 1 822 1 822
DS 

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GGTTACCGTTATCTGTGGAATCGTTGGCACATTGTCTGGAGGATTTGTCTTAGATTTCAT
GGATGCTACTATCTCAAATGCTTTCAAGCTTCTATCAGTTTCAACGTTTATAGGAGGCTT
GTTCTGCTTTGTTGCTTTCTGTTTCAAGAGCATGTATGCATTTCTAGCTTTCTTTGCTGT
TGGTGAACTTTTCGTCTTTGCCACACGGGGTCCTGTGAATTTCATAGTTCTCCATTGTGT
GAAACCAAGTTTGAGACCACTTGCAATGGCCATGTCTACTGTCTCCATCCATATCTTTGG
AGATGTTCCTTCCTCACCACTCGTTGGAGTTCTTCAGGACTACGTGAACAATTGGAGAGT
AACTGCTCTTGTTCTTACATTTGTTCTCTTTCCAGCTGCTGCAATTTGGTCCATAGGGAT
CTTCCTAAACAGTGTGGATCGTTATAACGAAGATTCAGAGTCTGATGCTGTGACCAGAGA
ATCAGCCGTTGCACCTCTTCTCGAGGAAGCATGAGACAGCAACAAAGAGAGAAACTAACA
ATGTCACAGTGTACTAAGAATCAGTCTATGTATGGTTTATTCATTATCTCTTTTCTCTAC
TTTCTTGTACAAAGATATGTACTTAAACATAAACAATTACCTTTTTTTTTTT**GAACAC
CACATAAACAATTACCTTGAAGTTGTA
T

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3DE15JQ 750 0 0
GGTATA
TGCTTACAACTTTGTCTTAGGCGCATATTCTTATTGGGGTCCAAAGGCTGGTTATAACAT
ATACAAGATGGAAAACGCTGATTTGATATTTGGAGGGGTTACCGTTATCTGTGGAATCGT
TGGCACATTGTCTGGAGGATTTGTCTTAGATTTCATGGATGCTACTATCTCAAATGCTTT
CAAGCTTCTATCAGTTTCAACGTTTATAGGAGGCTTGTTCTGCTTTGTTGCTTTCTGTTT
CAAGAGCATGTATGCATTTCTAGCTTTCTTTGCTGTTGGTGAACTTTTCGTCTTTGCCAC
ACAGGGTCCTGTGAATTTCATAGTTCTCCATTGTGTGAAACCAAGTTTGAGACCACTTGC
AATGGCCATGTCTACTGTCTCCATCCATATCTTTGGAGATGTTCCTTCCTCACCACTCGT
TGGAGTTCTTCAGGACTACGTGAACAATTGGAGAGTAACTGCTCTTGTTCTTACATTTGT
TCTCTTTCCAGCTGCTGCAATTTGGTCCATAGGGATCTTCCTAAACAGTGTGGATCGTTA
TAACGAAGATTCAGAGTCTGATGCTGTGACCAGAGAATCAGCCGTTGCACCTCTTCTCGA
GGAAGCATGAGACAGCAACAAAGAGAGAAACTAACAATGTCACAGTGTACTAAGAATCAG
TCTATGTATGGTTTATTCATTATCTCTTTTCTCTACTTTCTTGTACAAAGATATGTACTT
AAACATAAACAATTACCTTTTTTT

QA 7 750 7 750
DS 



AS 2 10

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GTCACATGTTTCACATATTTTCAAAAATAAAGAAATAAAAACAGAGAAGTAACAAAATAA
ATAAAGGTTTTAGCTCGTTTCGAATAAGAAAAAATAACAACATTTTGTAATTATTATATT
GTTTCACAAATTGCAGAAAACGTTTTCATCTGAGAATATTAAACCGAATATTACTAATTC
GGTAATTCCACATAAACCAGCTCCAACAGCTCCAACAGTAATCTCTTAGCAGAAGAACAT
TCTGGATCAGACGGAGAGTTCGGTCTTGGAGATCAAGATACCATCACTATCAGCATAAAG
CCATTCACCATCTCTAATCAAAGTCCCTCCAATATAAACCGGCACATTCTTCTCACCCTG
ACCTTTCTTACTAGACTTCAACGGGTTAGAACCCAATGCCCTAACCCCAACATCACAGTC
ATTGATTTCATCCACACCTCTAACGCACCCATTCACCAAAATCCCTACCCACCCGTTGTT
CTGAGCTAACTGTCCGAGGTTTCCTCCAACAAGCGCGCATCTCATGCTTCCACCACCGTC
TATAACTAAGACTGCGCCTTCTCCTTTTGTCTCTAGTTGGTTTCTGACTAGGACGTTGTC
TTCAAAGACCTTGAGTGTCACGATTGGTCCGGAGAAGCATCTTCTTTGTCCATAGATCTT
GAAGATTGGTTGGAGAGCCCGTAGGTCTCCGTTTGATATTAGTTCTGCGTTGCTGTCACA
CGCTTCTGCTGTTGCAAATGCAGCCATGGGAGATTGTATTCACGCGTGTCGTGTGTGTG*
*GTGTGTTCAAGGAAAGAGAGAAAGGCTTCCAAAGATTCTTAAACGGCGATTGTATATAC
AAGTAAGTAACGGGTAAGATCAGCTTTCTCGCGTCAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 

AF RR3F063JQ U 1
AF RR3AZ40JQ U 59
AF RR3AZ40TF C 109
AF RR3F063TF C 175
BS 1 82 RR3F063JQ
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QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3AZ40JQ 741 0 0
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ATTCTGGATCAGACGGAGAGTTCGGTCTTGGAGATCAAGATACCATCACTATCAGCATAA
AGCCATTCACCATCTCTAATCAAAGTCCCTCCAATATAAACCGGCACATTCTTCTCACCC
TGACCTTTCTTACTAGACTTCAACGGGTTAGAACCCAATGCCCTAACCCCAACATCACAG
TCATTGATTTCATCCACACCTCTAACGCACCCATTCACCAAAATCCCTACCCACCCGTTG
TTCTGAGCTAACTGTCCGAGGTTTCCTCCAACAAGCGCGCATCTCATGCTTCCACCACCG
TCTATAACTAAGACTGCGCCTTCTCCTTTTGTCTCTAGTTGGTTTCTGACTAGGACGTTG
TCTTCAAAGACCTTGAGTGTCACGATTGGTCCGGAGAAGCATCTTCTTTGTCCATAGATC
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CACGCTTCTGCTGTTGCAAATGCAGCCATGGGAGATTGTATTCACGCGTGTCGTGTGTGT
G**GTGTGTTCAAGGAAAGAG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3AZ40TF 770 0 0
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TATTACTAATTCGGTAATTCCACATAAACCAGCTCCAACAGCTCCAACAGTAATCTCTTA
GCAGAAGAACATTCTGGATCAGACGGAGAGTTCGGTCTTGGAGATCAAGATACCATCACT
ATCAGCATAAAGCCATTCACCATCTCTAATCAAAGTCCCTCCAATATAAACCGGCACATT
CTTCTCACCCTGACCTTTCTTACTAGACTTCAACGGGTTAGAACCCAATGCCCTAACCCC
AACATCACAGTCATTGATTTCATCCACACCTCTAACGCACCCATTCACCAAAATCCCTAC
CCACCCGTTGTTCTGAGCTAACTGTCCGAGGTTTCCTCCAACAAGCGCGCATCTCATGCT
TCCACCACCGTCTATAACTAAGACTGCGCCTTCTCCTTTTGTCTCTAGTTGGTTTCTGAC
TAGGACGTTGTCTTCAAAGACCTTGAGTGTCACGATTGGTCCGGAGAAGCATCTTCTTTG
TCCATAGATCTTGAAGATTGGTTGGAGAGCCCGTAGGTCTCCGTTTGATATTAGTTCTGC
GTTGCTGTCACACGCTTCTGCTGTTGCAAATGCAGCCATGGGAGATTGTATTCACGCGTG
TCGTGTGTGTG**GTGTGTTCAAGGAAAGAGAGAAGGGCTTCCAAAGATTCTTAAACGGC
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QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3F063TF 704 0 0
CT
ATTCGGTAATTCCACATAAACCAGCTCCAACAGCTCCAACAGTA*TCTCTTAGCAGAAGA
ACATTCTGGATCAGACGGAGAGTTCGGTCTTGGAGATCAAGATACCATCACTATCAGCAT
AAAGCCATTCACCATCTCTAATCAAAGTCCCTCCAATATAAACCGGCACATTCTTCTCAC
CCTGACCTTTCTTACTAGACTTCAACGGGTTAGAACCCAATGCCCTAACCCCAACATCAC
AGTCATTGATTTCATCCACATCTCTAACGCACCCATTCACCAAAATCCCTACCCACCCGT
TGTTCTGAGCTAACTGTCCGAGGTTTCCTCCAACAAGCGCGCATCTCATGCTTCCACCAC
CGTCTATAACTAAGACTGCGCCTTCTCCTTTTGTCTCTAGTTGGTTTCTGACTAGGACGT
TGTCTTCAAAGACCTTGAGTGTCACGATTGGTCCGGAGAAGCATCTTCTTTGTCCATAGA
TCTTGAAGATTGGTTGGAGAGCCCGTAGGTCTCCGTTTGATATTAGTTCTGCGTTGCTGT
CACACGCTTCTGCTGTTGCAAATGCAGCCATGGGAGATTGTATTCACGCGTGTCGTGTGT
GTGTGGTGTGTTCATGGAAAGAGAGAAAGGCTTCCAAAGATTCTTAAACGGCGATTGTAT
ATACAAGTAAGTAACGGGTAAGATCAGCTTTCTCGTGTCAGG

QA 3 704 3 704
DS 



CO CL385Contig2 860 6 15 U
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TTATTATATTGTTTCACAAATTGCAGAAAACGTTTTCATCTGAGAATATTAAACCGAATA
TTACTAATTCCACATAAACCAGCTCCAACAGTAATCTCTTAGCAGAAGAACATTCTGGAT
CAGACGGAGAGTTCGGTCTTGGAGATCAAGATACCATCACTATCAGCATAAAGCCATTCA
CCATCCCTAATCAAAGTCCCTCCAATATAAACCGGCACATTCTTCTCACCCTGACCTTTC
TTACTAGACTTCAACGGGTTAGAACCCAATGCCCTAACCCCAACATCACAGTCATTGATC
TCATCCACATCTCTAACGCACCCATTCACCAAAATCCCTACCCACCCGTTGTTCTGAGCT
AACTGTCCGAGGTTTCCTCCAACAAGTGCGCACCTCATGCTTCCACCACCGTCTATAACT
AAGACCGCGCCTTCTCCTTTTGTCTCTAGTTGGTTTCTGACTAGGACGTTGTCTTCAAAG
ACCTTGAGTGTCACGATTGGTCCGGAGAAGCATCTTCTTTGTCCATAGATCTTGAAGGTT
GGTTGGAGAGCCCGTAGGTCTCCGTTTGATATTAGTTCTGCGTTGCTGTCACACGCTTCT
GCTGTTGCAAATGCAGCCATGGGAGATTGTATTCACGCGTGTCGTGTGTGTGTGTGTTCA
AGGAGAGAGAGAAGGGCTTCCAAATATTCTTAAACGGCGATTGTAATATACAAGTAAGTA
ACGGGTAAGATCAGCTTTCTCGTGTCAGGCTATCCAACGCACTGAAAGTTCCTCATAGAA
ACTTGTGCCATTACAGCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H865JQ U 1
AF RR3C245JQ U 46
AF RR3EL89JQ U 57
AF RR3C245TF C 104
AF RR3H865TF C 162
AF RR3EL89TF C 127
BS 1 300 RR3H865JQ
BS 301 482 RR3C245JQ
BS 483 483 RR3EL89JQ
BS 484 488 RR3C245JQ
BS 489 489 RR3EL89JQ
BS 490 587 RR3C245JQ
BS 588 588 RR3EL89JQ
BS 589 634 RR3C245JQ
BS 635 803 RR3EL89JQ
BS 804 818 RR3C245TF
BS 819 819 RR3H865TF
BS 820 838 RR3C245TF
BS 839 839 RR3H865TF
BS 840 852 RR3C245TF
BS 853 860 RR3EL89TF

RD RR3H865JQ 300 0 0
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TTATTATATTGTTTCACAAATTGCAGAAAACGTTTTCATCTGAGAATATTAAACCGAATA
TTACTAATTCCACATAAACCAGCTCCAACAGTAATCTCTTAGCAGAAGAACATTCTGGAT
CAGACGGAGAGTTCGGTCTTGGAGATCAAGATACCATCACTATCAGCATAAAGCCATTCA
CCATCCCTAATCAAAGTCCCTCCAATATAAACCGGCACATTCTTCTCACCCTGACCTTTC

QA 1 300 1 300
DS 

RD RR3C245JQ 589 0 0
AACAACATTTTGTAATTATTATATTGTTTCACAAATTGCAGAAAACGTTTTCATCTGAAA
ATATTAAACCGAATATTACTAATTCCACATAAACCAGCTCCAACAGTAATCTCTTAGCAG
AAGAACATTCTGGATCAGACGGAGAGTTCGGTCTTGGAGATCAAGATACCATCACTATCA
GCATAAAGCCATTCACCATCCCTAATCAAAGTCCCTCCAATATAAACCGGCACATTCTTC
TCACCCTGACCTTTCTTACTAGACTTCAACGGGTTAGAACCCAATGCCCTAACCCCAACA
TCACAGTCATTGATCTCATCCACATCTCTAACGCACCCATTCACCAAAATCCCTACCCAC
CCGTTGTTCTGAGCTAACTGTCCGAGGTTTCCTCCAACAAGTGCGCACCTCATGCTTCCA
CCACCGTCTATAACTAAAACCGCCCCTTCTCCTTTTGTCTCTAGTTGGTTTCTGACTAGG
ACGTTGTCTTCAAAGACCTTGAGTGTCACGATTGGTCCGGAGAAGCATCTTCTTTGTCCA
TAAATCTTGAAGGTTGGTTGGAGAGCCCGTAGGTCTCCGTTTGATATTA

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3EL89JQ 747 0 0
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AATATTACTAATTCCACATAAACCAGCTCCAACAGTAATCTCTTAGCAGAAGGACATTCT
GGATCAGACGGAGAGTTCGGTCTTGGAGATCAAGATACCATCACTATCAGCATAAAGCCA
TTCACCATCCCTAATCAAAGTCCCTCCAATATAAACCGGCACATTCTTCTCACCCTGACC
TTT***ACTAGACTTCAACGGGTTAGAACCCAATGCCCTAACCCCAACATCACAGTCATT
GATCTCATCCACATCTCTAACGCACCCATTCACCAAAATCCCTACCCACCCGTTGTTCTG
AGCTAACTGTCCGAGGTTTCCTCCAACAAGTGCGCACCTCATGCTTCCACCACCGTCTAT
AACTAAGACCGCGCCTTCTCCTTTTGTCTCTAGTTGGTTTCTGACTAGGACGTTGTCTTC
AAAGACCTTGAGTGTCACGATTGGTCCGGAGAAGCACCTTCTTTGTCCATAGATCTTGAA
GGTTGGTTGGAGAGCCCGTAGGTCTCCGTTTGATATTAGTTCTGCGTTGCTGTCACACGC
TTCTGCTGTTGCAAATGCAGCCATGGGAGATTGTATTCACGCGTGTCGTGTGTGTGTGTG
TTCAAGGAGAGAGAGAAGGGCTTCCAAATATTCTTAAACGGCGATTGTAATATACAAGTA
AGTAACGGGTAAGATCAGCTTTCTCGT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3C245TF 751 0 0
G
AATATTAAACCGAATATTACTAATTCCACATAAACCAGCTCCAACAGTAATCTCTTAGCA
GAAGAACATTCTGGATCAGACGGAGAGTTCGGTCTTGGAGATCAAGATACCATCACTATC
AGCATAAAGCCATTCACCATCCCTAATCAAAGTCCCTCCAATATAAACCGGCACATTCTT
CTCACCCTGACCTTTCTTACTAGACTTCAACGGGTTAGAACCCAATGCCCTAACCCCAAC
ATCACAGTCATTGATCTCATCCACATCTCTAACGCACCCATTCACCAAAATCCCTACCCA
CCCGTTGTTCTGAGCTAACTGTCCGAGGTTTCCTCCAACAAGTGCGCACCTCATGCTTCC
ACCACCGTCTATAACTAAGACCGCGCCTTCTCCTTTTGTCTCTAGTTGGTTTCTGACTAG
GACGTTGTCTTCAAAGACCTTGAGTGTCACGATTGGTCCGGAGAAGCATCTTCTTTGTCC
ATAGATCTTGAAGGTTGGTTGGAGAGCCCGTAGGTCTCCGTTTGATATTAGTTCTGCGTT
GCTGTCACACGCTTCTGCTGTTGCAAATGCAGCCATGGGAGATTGTATTCACGCGTGTCG
TGTGTGTGTGTGTTCAAGGAGAGAGAGAAGGGCTTCCAAATATTCTTAAACGGCGATTGT
AATATACAAGTAAGTAACGGGTAAGATCAGCTT*CTCGTGTCAGGCTATCCAACACACTG
AAAGTTCCTCATAGGAACTTGTGCCATT
CC

QA 2 749 2 749
DS 

RD RR3H865TF 693 0 0
GCAGAAGAACATTCTGGATCAGACGGAGAGTTCGGTCTTGGAGATCAAGATACCATCACT
ATCAGCATAAAGCCATTCACCATCCCTAATCAAAGTCCCTCCAATATAAACCGGCACATT
CTTCTCACCCTGACCTTTCTTACTAGACTTCAACGGGTTAGAACCCAATGCCCTAACCCC
AACATCACAGTCATTGATCTCATCCACATCTCTAACGCACCCATTCACCAAAATCCCTAC
ACACCCGTTGTTCTGAGCTAACTGTCCGAGGTTTCCTCCAACAAGTGCGCACCTCATGCT
TCCACCACCGTCTATAACTAAGACCGCGCCTTCTCCTTTTGTCTCTAGTTGGTTTCTGAC
TAGGACGTTGTCTTCAAAGACCTTGAGTGTCACGATTGGTCCGGAGAAGCATCTTCTTTG
TCCATAGATCTTGAAGGTTGGTTGGAGGGCCCGTAGGTCTCCGTTTGATGTTAGTTCTGC
GTTGCTGTCACACGCTTCTGCTGTTGCAAATGCAGCCATGGGAGATTGTATTCACGCGTG
TCGTGTGTGTGTGTGTTCAAGGAGAGAGAAAAGGGCTTCCAAATATTCTTAAACGGCGAT
TGTAATATACAAGTAAGTAACGGGTAAGATCAGCTTTCTCGTGTCAGGCTATCCAACGCA
CTGAAAGTTCCTCATAGAAACTTGTGCCATT
CC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3EL89TF 734 0 0
ATTCCACATAAACCAGCTCCAACAGTAATCTCTTAGCAGAAGGACATTCTGGATCAGACG
GAGAGTTCGGTCTTGGAGATCAAGATACCATCACTATCAGCATAAAGCCATTCACCATCC
CTAATCAAAGTCCCTCCAATATAAACCGGCACATTCTTCTCACCCTGACCTTT***ACTA
GACTTCAACGGGTTAGAACCCAATGCCCTAACCCCAACATCACAGTCATTGATCTCATCC
ACATCTCTAACGCACCCATTCACCAAAATCCCTACCCACCCGTTGTTCTGAGCTAACTGT
CCGAGGTTTCCTCCAACAAGTGCGCACCTCATGCTTCCACCACCGTCTATAACTAAGACC
GCGCCTTCTCCTTTTGTCTCTAGTTGGTTTCTGACTAGGACGTTGTCTTCAAAGACCTTG
AGTGTCACGATTGGTCCGGAGAAGCACCTTCTTTGTCCATAGATCTTGAAGGTTGGTTGG
AGAGCCCGTAGGTCTCCGTTTGATATTAGTTCTGCGTTGCTGTCACACGCTTCTGCTGTT
GCAAATGCAGCCATGGGAGATTGTATTCACGCGTGTCGTGTGTGTGTGTGTTCAAGGAGA
GAGAGAAGGGCTTCCAAATATTCTTAAACGGCGATTGTAATATACAAGTAAGTAACGGGT
AAGATCAGCTTTCTCGTGTCAGGCTATCCAACGCACTGAAAGTTCCTCATAGAAACTTGT
GCCATTACAGCCCC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 10

CO CL386Contig1 1271 10 21 U
GCGATGAAAAGAATGGTCTTACATACAGAACACATGTATAACAACGTCTAGAGTCAGAGA
TCAAAGTTTAAAAAAAACTGCATAAAAACCACTAGAATTGCTAAAGTGACGATCAATCCC
ACAAGAAAATGTGTCTGTTTCCAAAAGAAGGCGTAAAAACAATGGAAGTGTAAGCACAAC
ATCAGAAGATATACCTTGCAAGAACATAAGCCAACGGTAATGGCGCTAACTTCGTCAGAA
CAATATGAGACTAATAACGTAGGACCATCACTATCCATTACAGGAAGTAAGGAACACCTG
TTCTTGGCCCTCTCATTTGATTATTCTCTTCTGTCTCCGTGAAGAACTTCACATCCCTTT
CCATGTTGTCATTGAAGCTCAACATAGAAGCCACATTCCCACAGCGGTAGCAGTAGTTAG
GAGCAGACCACACGGTTACAAGGCCTTTGTCTTGGAACATGTACTTGAGACCTTCTTGTA
CAAGCTGATGTGCGCGACACACTAGTTCAAGATTGTTTATATGGTTAAACTCAGTGGTAA
CCCTGGACCCGAAAAGCCAACCAGCCCCACGTGGACTTACAGCCCATGTTTCAATGTCTT
CAGGATCACTCCACATAAGATCACAGAATGGTCCTT*CATGCGGGATTTCGCAATTTCGA
TCAATCAATCTTATCTGGTCGATTGTCCGCACATCAGGTGAAAGGCCACCATGAACACAT
AGAACGGTGCCATCGATAATAGCTGAGAGAGTGAGATAGTCAAACACATCCGTGCAGTAT
CTCCAAGCATTAGCATTACCATACTTCCTTTGGCATTCGTCATAGAAACCGTACACCTGA
GTAAGCTGTCTGCTTTCATGATTTCCACGCAAAAGTGTGATATGGGCTGGATATCTTGCT
TTGAGAAGCAAAAGAATAGTGAAAACTTCAAGACTGTTGTAACCTCTGTCAACGAAATCT
CCCATAAAAATGTAATTAGTGTCTGGAACATGGCCTCCGGTCTGGAAAAGCTTCATGAGG
TCATGAAACTGGCCATGGATATCACCACAGACGGTGACAGGACTGTTGACAGGTTGCACA
TTAGACTCCTCAATCAGAATCTCTTTCACGTATTCGCAGAGAAGGTGAAGCTCGTCTTCG
GAGAGATGTTGGGCGTCTTTGACCTTGGATATCCATTGATCTAAATCCATTGATTTTAGC
GCGTCTTGGTCTCTTCGGATTTAGATCTCTCTATCTATTATTCTACCACACCATTGCTCT
CTCCGCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 30 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED88JQ U 6
AF RR3AT84JQ U 187
AF RR3GZ89JQ U 1
AF RR3AH60JQ U 6
AF RR3CW01JQ U 2
AF RR3AT84TF C 304
AF RR3AH60TF C 554
AF RR3ED88TF C 484
AF RR3CW01TF C 496
AF RR3GZ89TF C 566
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BS 597 773 RR3GZ89JQ
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BS 875 888 RR3CW01JQ
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GG
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TTAAAAAAAACTGCATAAAAACCACTAGAATTGCTAAAGTGACGATCAATCCCACAAGAA
AATGTGTCTGTTTCCAAAAGAAGGCGTAAAAACAATGGAAGTGTAAGCACAACATCAGAA
GATATACCTTGCAAGAACATAAGCCAACGGTAATGGCGCTAACTTCGTCAGAACAATATG
AGACTAATAACGTAGGACCATCACTATCCATTAC

QA 3 276 3 276
DS 

RD RR3AT84JQ 427 0 0
AA
ATATACCTTGCAAGAACATAAGCCAACGGTAATGGCGCTAACTTCGTCAGAACAATATGA
GACTAATAACGTAGGACCATCACTATCCATTACAGGAAGTAAGGAACACCTGTTCTTGGC
CCTCTCATTTGATTATTCCCTTCTGTCTCCGTGAAAAACTTCACATCCCTTTCCATGTTG
TCATTGAAGCTCAACATAAAAGCCACATTCCCACAGCGGTAGCAGTAGTTAGGAGCAAAC
CACACGGTTACAAGGCCTTTGTCTTGGAACATGTACTTGAGACCTTCTTGTACAAGCTGA
TGTGCGCGACACACTAGTTCAAGATTGTTTATATGGTTAAACTCAGTGGTAACCCTGGAC
CCGAAAAGCCAACCAGCCCCACGTGGACTTACAGCCCATGTTTCAATGTCTTCAGGATCA
CTCCA

QA 3 427 3 427
DS 

RD RR3GZ89JQ 773 0 0
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TCAAAGTTTAAAAAAAACTGCATAAAAACCACTAGAACTGCTAAAGTGACGATCAATCCC
ACAAGAAAATGTGTCTGTTTCCAAAAGAAGGCGTAAAAACAATGGAAGTGTAAGCACAAC
ATCAGAAGATATACCTTGCAAGAACATAAGCCAACGGTAATGGCGCTAACTTCGTCAGAA
CAATATGAGACTAATAACGTAGGACCATCACTATCCATTACAGGAAGTAAGGAACACCTG
TTCTTGGCCCTCTCATTTGATTGTTCTCTTCTGTCTCCGTGAAGAACTTCACATCCCTTT
CCATGTTGTCATTGAAGCTCAACATAGAAGCCACATTCCCACAGCGGTAGCAGTAGTTAG
GAGCAGACCACACGGTTACAAGGCCTTTGTCTTGGAACATGTACTTGAGACCTTCTTGTA
CAAGCTGATGTGCGCGACACACTAGTTCAAGATTGTTTATATGGTTAAACTCAGTGGTAA
CCCTGGACCCGAAAAGCCAACCAGCCCCACGTGGACTTACAGCCCATGTTTCAATATCTT
CAGGATCACTCCACATAAGATCACAGAATGGTCCTT*CATGCGGGATTTCGCAATTTCGA
TCAATCAATCTTATCTGGTCGATTGTCCGCACATCAGGTGAAAGGCCACCATGAACACAT
AGAACGGTGCCATCGATAATAGCTGAGAGAGTGAGATAGTCAAACACATCCGT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3AH60JQ 787 0 0
GA
AAAGAATGGTCTTACATACAGAACACATGTATAACAACGTCTAGAGTCAGAGATCAAAGT
TTAAAAAAAACTGCATAAAAACCACTAGAATTGCTAAAGTGACGATCAATCCCACAAGAA
AATGTGTCTGTTTCCAAAAGAAGGCGTAAAAACAATGGAAGTGTAAGCACAACATCAGAA
GATATACCTTGCAAGAACATAAGCCAACGGTAATGGCGCTAACTTCGTCAGAACAATATG
AGACTAATAACGTAGGACCATCACTATCCATTACAGGAAGTAAGGAACACCTGTTCTTGG
CCCTCTCATTTGATTGTTCTCTTCTGTCTCCGTGAAGAACTTCACATCCCTTTCCATGTT
GTCATTGAAGCTCAACATAGAAGCCACATTCCCACAGCGGTAGCAGTAGTTAGGAGCAGA
CCACACGGTTACAAGGCCTTTGTCTTGGAACATGTACTTGAGACCTTCTTGTACAAGATG
ATGTGCGCGACACACTAGTTCAAGATTGTTTATATGGTTAAACTCAGTGGTAACCCTGGA
CCCGAAAAGCCAACCAGCCCCACGTGGACTTACAGCCCATGTTTCAATGTCTTCAGGATC
ACTCCACATAAGATCACAGAATGGTCCTT*CATGCGGGATTTCGCAATTTCGATCAATCA
ATCTTATCTGGTCGATTGTCCGCACATCAGGTGAAAGGCCACCATGAACACATAGAACGG
TGCCATCGATAATAGCTGTGAGAGTGAGATAGTCAAACACATCCGTGCAGTATCCCCAAG
CATTA

QA 3 787 3 787
DS 

RD RR3CW01JQ 887 0 0
GGATGA
AAAGAATGGTCTTACATACAGAACACATGTATAACAACGTCTAGAGTCAGAGATCAAAGT
TTAAAAAAAACTGCATAAAAACCACTAGAATTGCTAAAGTGACGATCAATCCCACAAGAA
AATGTGTCTGTTTCCAAAAGAAGGCGTAAAAACAATGGAAGTGTAAGCACAACATCAGAA
GATATACCTTGCAAGAACATAAGCCAACGGTAATGGCGCTAACTTCGTCAGAACAATATG
AGACTAATAACGTAGGACCATCACTATCCATTACAGGAAGTAAGGAACACCTGTTCTTGG
CCCTCTCATTTGATTGTTCTCTTCTGTCTCCGTGAAGAACTTCACATCCCTTTCCATGTT
GTCATTGAAGCTCAACATAGAAGCCACATTCCCACAGCGGTAGCAGTAGTTAGGAGCAGA
CCACACGGTTACAAGGCCTTTGTCTTGGAACATGTACTTGAGACCTTCTTGTACAAGCTG
ATGTGCGCAACACACTAGTTCAAGATTGTTTATATGGTTAAACTCAGTGGTAACCCTGGA
CCCGAAAAGCCAACCAGCCCCACGTGGACTTACAGCCCATGTTTCAATGTCTTCAGGATC
ACTCCACATAAGATCACAGAATGGTCCTT*CATGCGGGATTTCGCAATTTCGATCAATCA
ATCTTATCTGGTCGATTGTCCGCACATCAGGTGAAAGGCCACCATGAACACATAGAACGG
TGCCATCGATAATAGCTGAGAGAGTGAGATAGTCAAACACATCCGTGCAGTATCTCCAAG
CATTAGCATTACCATACTTCCTTTGGCAT*CGTCATAGAA*CCGTACACCTGAGTAAGCT
GTCTGCTTTCATGATT*CCACGCAAA*GTGTGATATGGGCT

QA 7 887 7 887
DS 

RD RR3AT84TF 740 0 0
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TGTTGTCATTGAAGCTCAACATAGAAGCCACATTCCCACAGCGGTAGCAGTAGTTAGGAG
CAGACCACACGGTTACAAGGCCTTTGTCTTGGAACATGTACTTGAGACCTTCTTGTACAA
GCTGATGTGCGCGACACACTAGTTCAAGATTGTTTATATGGTTAAACTCAGTGGTAACCC
TGGACCCGAAAAGCCAACCAGCCCCACGTGGACTTACAGCCCATGTTTCAATGTCTTCAG
GATCACTCCACATAAGATCACAGAATGGTCCTT*CATGCGGGATTTCGCAATTTCGATCA
ATCAATCTTATCTGGTCGATTGTCCGCACATCAGGTGAAAGGCCACCATGAACACATAGA
ACGGTGCCATCGATAATAGCTGAGAGAGTGAGATAGTCAAACACATCCGTGCAGTATCTC
CAAGCATTAGCATTACCATACTTCCTTTGGCATTCGTCATAGAAACCGTACACCTGAGTA
AGCTGTCTGCTTTCATGATTTCCACGCAAAAGTGTGATATGGGCTGGATATCTTGCTTTG
AGAAGCAAAAGAATAGTGAAAACTTCAAGACTGTTGTAACCTCTGTCAACGAAATCTCCC
ATAAAAATGTAATTAGTGTCTGGAACATGGCCTCCGGTCTGGAAAAGCTTCATGAGGTCA
TGAAACTGGCCATGGATATC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3AH60TF 704 0 0
AAGCCAACCAGCCCCACGTGGACTTACAGCCCATGTTTCAATGTCTTCAGGATCACTCCA
CATAAGATCACAGAATGGTCCTT*CATGCGGGATTTCGCAATTTCGATCAATCAATCTTA
TCTGGTCGATTGTCCGCACATCAGGTGAAAGGCCACCATGAACACATAGAACGGTGCCAT
CGATAATAGCTGTGAGAGTGAGATAGTCAAACACATCCGTGCAGTATCCCCAAGCATTAG
CATTACCATACTTCCTTTGGCATTCGTCATAGAAACCGTACACCTGAGTAAGCTGTCTGC
TTTCATGATTTCCACGCAAAAGTGTGATATGGGCTGGATATCTTGCTTTGAGAAGCAAAA
GAATAGTGAAAACTTCAAGACTGTTGTAACCTCTGTCAACGAAATCTCCCATAAAAATGT
AATTAGTGTCTGGAACATGGCCTCCGGTCTGGAAAAGCTTCATGAGGTCATGAAACTGGC
CATGGATATCACCACAGACGGTGACAGGACTGTTGACAGGTTGCACATTAGACTCCTCAA
TCAGAATCTCTTTCACGTATTCGCAGAGAAGGTGAAGCTCGTCTTCGGAGAGATGTTGGG
CGTCTTTGACCTTGGATATCCATTGATCTAAATCCATTGATTTTAGCGCGTCTTGGTCTC
TTCGGATTTAGATCTCTCTATCTATTATTCTACCACACCATT
CC

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DS 

RD RR3ED88TF 788 0 0
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TG*ACCCGAAA*GCCAACCAGCCCCACGTG*ACTTACAGCCCATGTTTCAATGTCT*CAG
GATCACTCCACATAAGATCACAGAATGGTC*TT*CATGCGGGATTTCGCAATTTCGATCA
ATCAATCTTATCTGGTCGATTGTCCGCACATCAGGTGAA*GGCCACCATGAACACATAGA
ACGGTGCCATCGATAATAGCTGAGAGAGTGAGATAGTCAAACACATCCGTGCAGTATCTC
CAAGCATTAGCATTACCATACTTCCTTTGGCATTCGTCATAGAAACCGTACACCTGAGTA
AGCTGTCTGCTTTCATGATTTCCACGCAAAAGTGTGGTATGGGCTGGATATCTTGCTTTG
AGAAGCAAAAGAATAGTGAAAACTTCAAGACTGTTGTAACCTCTGTCAACGAAATCTCCC
ATAAAAATGTAATTAGTGTCTGGAACATGGCCTCCGGTCTGGAAAAGCTTCATGAGGTCA
TGAAACTGGCCATGGATATCACCACAGACGGCGACAGGACTGTTGACAGGTTGCACATTA
GACTCCTCAATCAGAATCTCTTTCACGTATTCGCAGAGAAGGTGAAGCTCGTCTTCGGAG
AGATGTTGGGCGTCTTTGACCTTGGATATCCATTGATCTAAATCCATTGATTTTAGCGCG
TCTTGGTCTCTTCGGATTTAGATCTCTCTATCTATTATTCTACCACACCATTGCTCTCTC
C
GCTTCCC

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DS 

RD RR3CW01TF 776 0 0
A
ACACACTAGTTCAAGATTGTTTATATGGTTAAACTCAGTGGTAACCCTGGACCCGAAAAG
CCAACCAGCCCCACGTGGACTTACAGCCCATGTTTCAATGTCTTCAGGATCACTCCACAT
AAGATCACAGAATGGTCTTT*CATGCGGGATTTCGCAATTTCGATCAATCAATCTTATCT
GGTCGATTGTCCGCACATCAGGTGAAAGGCCACCATGAACACATAGAACGGTGCCATCGA
TAATAGCTGAGAGAGTGAGATAGTCAAACACATCCGTGCAGTATCTCCAAGCATTAGCAT
TACCATACTTCCTTTGGCATTCGTCATAGAAACCGTACACCTGAGTAAGCTGTCTGCTTT
CATGATTTCCACGCAAAAGTGTGATATGGGCTGGATATCTTGCTTTGAGAAGCAAAAGAA
TAGTGAAAACTTCAAGACTGTTGTAACCTCTGTCAACGAAATCTCCCATAAAAATGTAAT
TAGTGTCTGGAACATGGCCTACGGTCTGGAAAAGCTTCATGAGGTCATGAAACTGGCCAT
GGATATCACCACAGACGGTGACAGGACTGTTGACAGGTTGCACATTAGACTCCTCAATCA
GAATCTCTTTCACGTATTCGCAGAGAAGGTGAAGCTCGTCTTCGGAGAGATGTTGGGCGT
CTTTGACCTTGGATATCCATTGATCTAAATCCATTGATTTTAGCGCGTCTTGGTCTCTTC
GGATTTAGATCTCTCTATCTATTATTCTACCACACCATTGCTCTCTCCGCTTCCC

QA 2 776 2 776
DS 

RD RR3GZ89TF 701 0 0
CCCACGTGGACTTACAGCCCATGTTTCAATATCTTCAGGATCACTCCACATAAGATCACA
GAATGGTCCTTTCATGCGGGATTTCGCAATTTCGATCAATCAATCTTATCTGGTCGATTG
TCCGCACATCAGGTGAAAGGCCACCATGAACACATAGAACGGTGCCATCGATAATAGCTG
AGAGAGTGAGATAGTCAAACACATCCGTGAAGTATCTCCAAGCATTAGCATTACCATACT
TCCTTTGGCATTCGTCATAGAAACCGTACACCTGAGTAAGCTGTCTGCTTTCATGATTTC
CACGCAAAAGTGTGATATGGGCTGGATATCTTGCTTTGAGAAGCAAAAGAATAGTGAAAA
CTTCAAGACTGTTGTAACCTCTGTCAACGAAATCTCCCATAAAAATGTAATTAGTGTCTG
GAACATGGCCTCCGGTCTGGAAAAGCTTCATGAGGTCATGAAAC*GGCCATGGATATCAC
CACAGACGGTGACAGGACTGTTGACAGGTTGCACATTAGACTCCTCAATCAGAATCTCTT
TCACGTATTCGCAGAGAAGGTGAAGCTCGTCTTCGGAGAGATGTTGGGCGTCTTTGACCT
TGGATATCCATTGATCTAAATCCATTGATTTTAGCGCGTCTTGGTCTCTTCGGATTTAGA
TCTCTCTATCTATTATTCTGCCACACCATTGCTCTCTCC
CC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 3 10

CO CL387Contig1 868 2 3 U
GTCTCGTCTCTCAGTCTATAGGACAACAAACTAAATGTATGTATACATTTAAATCACCAA
ACTAAGCTTAGCAGAAAAAAAAAGACAGCTTAATAGTTCCATTTAATTTGTGTTACAGAT
TTTTACGAATAGAAAATAACACAAAACACAGCCAAATCCTTCATTGCCATTGTCCCAATC
TAAGAAGATCATAATATTTTCAAGAGCTGGACTTCAAAGACCAGAGGCTCATTTGCGTGC
GATAGAAGGCTGCGTCTTGGTCCAAACTCCTCAGGGATTGGCTTCAGTGTCTCGTTTATG
TACCCTACTGATGGAGGTATCAGTGCTCTACGCTTCCCTCCAGCTTTCATGCCCACCAAT
ACTTCCTTCAAGCCCTCGATAACCTCATTGCCGTCAAGAAAAAGTTTAACAGGAGCGGCT
TCCCCACTGAATTGGTCCACCGTGCTATGAACGAAGTATCCATTTGCACGTCTACATACG
TAGTTAAGTTCGACCAGGTCCCCTTCATGAGCTTCTCGTCCTTCCCCTTCAATAATCTCT
TGAATCCTGACGTCACTTGGGAGCTTCAACGTCCTGGACACTGACAACTTCAGATTCCTT
CATCTCAGGAACTGGCGCAGCTAAACCAGGAAGATTCACAAGAGTCAAGACCGAACCCAA
CCCAGCTAGCTGCATAAACATCCTTCTGGGACGATGATGAACGGCCGATATAGAAAATAA
CCTACTACGGGAAACGCCGTTCCTAGAATTTCCCACGCTGCTAATGAAAGTTCAGTCTCC
AGTTACATGACACACTCGAACCACCGAGGGGGCAAACGATAGAGGCGTATGTTGAGAAAC
CAACCTTAATCTCATGGATGATCCGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B042JQ U 11
AF RR3B042TF C 1
BS 1 16 RR3B042TF
BS 17 822 RR3B042JQ
BS 823 868 RR3B042TF

RD RR3B042JQ 812 0 0
CAGTCT
TATAGGACAACAAACTAAATGTATGTATACATTTAAATCACCAAACTAAGCTTAGCAGAA
AAAAAAAGACAGCTTAATAGTTCCATTTAATTTGTGTTACAGATTTTTACGAATAGAAAA
TAACACAAAACACAGCCAAATCCTTCATTGCCATTGTCCCAATCTAAGAAGATCATAATA
TTTTCAAGAGCTGGACTTCAAAGACCAGAGGCTCATTTGCGTGCGATAGAAGGCTGCGTC
TTGGTCCAAACTCCTCAGGGATTGGCTTCAGTGTCTCGTTTATGTACCCTACTGATGGAG
GTATCAGTGCTCTACGCTTCCCTCCAGCTTTCATGCCCACCAATACTTCCTTCAAGCCCT
CGATAACCTCATTGCCGTCAAGAAAAAGTTTAACAGGAGCGGCTTCCCCACTGAATTGGT
CCACCGTGCTATGAACGAAGTATCCATTTGCACGTCTACATACGTAGTTAAGTTCGACCA
GGTCCCCTTCATGAGCTTCTCGTCCTTCCCCTTCAATAATCTCTTGAATCCTGACGTCAC
TTGGGAGCTTCAACGTCCTGGACACTGACAACTTCAGATTCCTTCATCTCAGGAACTGGC
GCAGCTAAACCAGGAAGATTCACAAGAGTCAAGACCGAACCCAACCCAGCTAGCTGCATA
AACATCCTTCTGGGACGATGATGAACGGCCGATATAGAAAATAACCTACTACGGGAAACG
CCGTTCCTAGAATTTCCCACGCTGCTAATGAAAGTTCAGTCTCCAGTTACATGACACACT
CGAACCACCGAGGGGGCAAACGATAG

QA 7 812 7 812
DS 

RD RR3B042TF 868 0 0
GTCTCGTCTCTCAGTCTATAGGACAACAAACTAAATGTATGTATACATTTAAATCACCAA
ACTAAGCTTAGCAGAAAAAAAAAGACAGCTTAATAGTTCCATTTAATTTGTGTTACAGAT
TTTTACGAATAGAAAATAACACAAAACACAGCCAAATCTTTCATTGCCATTGTCCCAATC
TAAGAAGATCATAATATTTTCAAGAGCTGGACTTCAAAGACCAGAGGCTCATTTGCGTGC
GATAGAAGGCTGCGTCTTGGTCCAAACTCCTCAGGGATTGGCTTCAGTGTCTCGTTTATG
TACCCTACTGATGGAGGTATCAGTGCTCTACGCTTCCCTCCAGCTTTCATGCCCACCAAT
ACTTCCTTCAAGCCCTCGATAACCTCATTGCCGTCAAGAAAAAGTTTAACAGGAGCGGCT
TCCCCACTGAATTGGTCCACCGTGCTATGAACGAAGTATCCATTTGCACGTCTACATACG
TAGTTAAGTTCGACCAGGTCCCCTTCATGAGCTTCTCGTCCTTCCCCTTCAATAATCTCT
TGAATCCTGACGTCACTTGGGAGCTTCAACGTCCTGGACACTGACAACTTCAGATTCCTT
CATCTCAGGAACTGGCGCAGCTAAACCAGGAAGATTCACAAGAGTCAAGACCGAACCCAA
CCCAGCTAGCTGCATAAACATCCTTCTGGGACGATGATGAACGGCCGATATAGAAAATAA
CCTACTACGGGAAACGCCGTTCCTAGAATTTCCCACGCTGCTAATGAAAGTTCAGTCTCC
AGTTACATGACACACTCGAACCACCGAGGGGGCAAACGATAGAGGCGTATGTTGAGAAAC
CAACCTTAATCTCATGGATGATCCGACG

QA 1 868 1 868
DS 



CO CL387Contig2 787 4 23 U
TATCCAGAATCTAAAAAGGAAGAAGACGACAATGGCTATGGAGATTGCTCAGTTTTCGTC
GGATCATCCATGAGATTAAGCAGCGTGGGAAATTCTAGGAACGGCGTTTCCCGTAGTAGG
TTATTTTCTATATCGGCCGTTCATCATCGTCCCAGAAGGATGTTTATGCAGCTAGCTGGG
TTGGGTTCGGTCTTGACTCTTGTGAATCTTCCTGGTTTAGCTGCACCAGTTCCTGAGATG
AAGGAACCTGAAGTTGTCAGGACGTTGAAGCTCCCAAGTGGCGTCAGGATTCAAGAGATT
ATTGAAGGGGAAGGACGAGAAGCTCATGAAGGGGACCCGGTCGAACTAAACTACGTATGT
AGACGTGCAAATGGATACTTCGTTCATAGCACGGTGGACCAATTCAGTGGGGAAGCCGCT
CCTGTCAAACTTTTTCTTGACGGCAATGAGGTTATCGAGGGCTTGAAGGAAGTATTGGTG
GGCATGAAAGCTGGAGGGAAGCGTAGAGCACTGATACCTCCATCAGTAGGGTACATAAAC
GAGACACTGAAGCCAATCCCTGAGGAGGTAGTTTGGACCAAGACGCAGCCTTCTATCGCA
CGCAAATGAGCCTCTGGTCTTTGAAGTCCAGCTCTTGAAAATATTATGATCTTCTTAGAC
TGGGACAATGGCAATGAAGGATTTGGCTGTGTTTTGTGTTATTTTCTATTCGTAAAAATC
TGTAACACAAATTAAATGGAACTATTAAGCTGTCTTTTTTTTTCTGCTAAGCTTAGTTTG
GTGATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3C592TF U 52
AF RR3C592JQ C 1
AF RR3BD40JQ C 103
AF RR3BD40TF U 103
BS 1 52 RR3C592JQ
BS 53 210 RR3C592TF
BS 211 211 RR3BD40TF
BS 212 353 RR3C592TF
BS 354 354 RR3BD40TF
BS 355 360 RR3C592TF
BS 361 361 RR3BD40TF
BS 362 449 RR3C592TF
BS 450 450 RR3BD40TF
BS 451 603 RR3C592TF
BS 604 604 RR3BD40TF
BS 605 640 RR3C592TF
BS 641 641 RR3BD40TF
BS 642 656 RR3C592TF
BS 657 657 RR3BD40TF
BS 658 667 RR3C592TF
BS 668 668 RR3BD40TF
BS 669 679 RR3C592TF
BS 680 680 RR3BD40TF
BS 681 717 RR3C592TF
BS 718 718 RR3BD40TF
BS 719 729 RR3C592TF
BS 730 787 RR3BD40TF

RD RR3C592TF 678 0 0
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CCTGAGATGAAGGAACCTGAAGTTGTCAGGACGTTGAAGCTCCCAAGTGGCGTCAGGATT
CAAGAGATTATTGAAGGGGAAGGACGAGAAGCTCATGAAGGGGACCCGGTCGAACTAAAC
TATGTATGTCGACGTGCAAATGGATACTTCGTTCATAGCACGGTGGACCAATTCAGTGGG
GAAGCCGCTCCTGTCAAACTTTTTCTTGACGGCAATGATGTTATCGAGGGCTTGAAGGAA
GTATTGGTGGGCATGAAAGCTGGAGGGAAGCGTAGAGCACTGATACCTCCATCAGTAGGG
TACATAAACGAGACACTGAAGCCAATCCCTGAGGAGGTAGTTTGGACCAAGACGCAGCCT
TCTATCGCACGCGAATGAGCCTCTGGTCTTTGAAGTCCAGCTCTTGAAA*TATTATGATC
TTCTTGGACTGGGACA*TGGCAATGAAGTATTTGGCTGTGTTTTGTGTTATTTTCTATTC
GTAAAA*TCTGTAACACA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3C592JQ 787 0 0
TATCCAGAATCTAAAAAGGAAGAAGACGACAATGGCTATGGAGATTGCTCAGTTTTCGTC
GGATCATCCATGAGATTAAGCAGCGTGGGAAATTCTAGGAACGGCGTTTCCCGTAGTAGG
TTATTTTCTATATCGGCCGTTCATCATCGTCCCAGAAGGATGTTTATGCAGCTAGCTGGG
TTGGGTTCGGTCTTGACTCTTGTGAATCTTTCTGGTTTAGCTGCACCAGTTCCTGAGATG
AAGGAACCTGAAGTTGTCAGGACGTTGAAGCTCCCAAGTGGCGTCAGGATTCAAGAGATT
ATTGAAGGGGAAGGACGAGAAGCTCATGAAGGGGACCCGGTCGAACTAAACTATGTATGT
CGACGTGCAAATGGATACTTCGTTCATAGCACGGTGGACCAATTCAGTGGGGAAGCCGCT
CCTGTCAAACTTTTTCTTGACGGCAATGATGTTATCGAGGGCTTGAAGGAAGTATTGGTG
GGCATGAAAGCTGGAGGGAAGCGTAGAGCACTGATACCTCCATCAGTAGGGTACATAAAC
GAGACACTGAAGCCAATCCCTGAGGAGGTAGTTTGGACCAAGACGCAGCCTTCTATCGCA
CGCGAATGAGCCTCTGGTCTTTGAAGTCCAGCTCTTGAAAATATTATGATCTTCTTGGAC
TGGGACAATGGCAATGAAGTATTTGGCTGTGTTTTGTGTTATTTTCTATTCGTAAAAATC
TGTAACACAAATTAAATGGAACTATTAAGCTGTCTTTGTTTTTCTGCTAAGCTTAGTTTG
GTGATTT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3BD40JQ 685 0 0
GGCGTTTCCCGTAGTAGGTTATTTTCTATATCGGCCGTTCA*CATCGTCCCAGAAGGATG
TTTATGCAGCTAGCTGGGTTGGGTTCGGTCTTGACTCTTGTGAATCTTCCTGGTTTAGCT
GCGCCAGTTCCTGAGATGAAGGAACCTGAAGTTGTCAGGACGTTGAAGCTCCCAAGTGGC
GTCAGGATTCAAGAGATTATTGAAGGGGAAGGACGAGAAGCTCATGAAGGGGACCTGGTC
GAACTTAACTACGTATGTAGACGTGCAAATGGATACTTCGTTCATAGCACGGTGGACCAA
TTCAGTGGGGAAGCCGCTCCTGTTAAACTTTTTCTTGACGGCAATGAGGTTATCGAGGGC
TTGAAGGAAGTATTGGTGGGCATGAAAGCTGGAGGGAAGCGTAGAGCACTGATACCTCCA
TCAGTAGGGTACATAAACGAGACACTGAAGCCAATCCCTGAGGAG****TTTGGACCAAG
ACGCAGCCTTCTATCGCACGCAAATGAGCCTCTGGTCTTTGAAGTCCAGCTCTTGAAAAT
ATTATGATCTTCTTAGATTGGGACAATGGCAATGAAGGATTTGGCTGTGTTTTGTGTTAT
TTTCTATTCGTAAAAATCTGTAACACAAATTAAATGGAACTATTAAGCTGTCTTTTTTTT
TCTGCTAAGCTTAGTTTGGTGATTT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3BD40TF 685 0 0
GGCGTTTCCCGTAGTAGGTTATTTTCTATATCGGCCGTTCA*CATCGTCCCAGAAGGATG
TTTATGCAGCTAGCTGGGTTGGGTTCGGTCTTGACTCTTGTGAATCTTCCTGGTTTAGCT
GCGCCAGTTCCTGAGATGAAGGAACCTGAAGTTGTCAGGACGTTGAAGCTCCCAAGTGGC
GTCAGGATTCAAGAGATTATTGAAGGGGAAGGACGAGAAGCTCATGAAGGGGACCTGGTC
GAACTTAACTACGTATGTAGACGTGCAAATGGATACTTCGTTCATAGCACGGTGGACCAA
TTCAGTGGGGAAGCCGCTCCTGTTAAACTTTTTCTTGACGGCAATGAGGTTATCGAGGGC
TTGAAGGAAGTATTGGTGGGCATGAAAGCTGGAGGGAAGCGTAGAGCACTGATACCTCCA
TCAGTAGGGTACATAAACGAGACACTGAAGCCAATCCCTGAGGAG****TTTGGACCAAG
ACGCAGCCTTCTATCGCACGCAAATGAGCCTCTGGTCTTTGAAGTCCAGCTCTTGAAAAT
ATTATGATCTTCTTAGATTGGGACAATGGCAATGAAGGATTTGGCTGTGTTTTGTGTTAT
TTTCTATTCGTAAAAATCTGTAACACAAATTAAATGGAACTATTAAGCTGTCTTTTTTTT
TCTGCTAAGCTTAGTTTGGTGATTT

QA 1 685 1 685
DS 



CO CL387Contig3 797 4 8 U
CTGGAAAGGAAGAAGACGACAATGGCTATGGAGTTTGCTCAGTTTTTCGTCGGATCATCC
ATGAGATTAAGCAGCGCGGGAAATTCTAGGTACGGCGTTTCCCGTAGTAGATTATTTTCT
ATATCGGCCGTTCATCATCGTCCCAGAAGGATGTTTATGCAGCTCGCTGGGTTGGGTTCG
GTGTTGACTCTTGTGAATCTTCCTGGTTTAGCTGCGCCAGTTCCTGAGATGAAGGAAACT
GAAGTTGTCAGGACGTTGAAGCTCCCAAGTGGCGTCAGGATTCAAGAGATTATTGAAGGG
GAAGGACGAGAAGCTCATGAAGGGGACCTGGTCGAACTAAACTATGTATGTCGACGTGCA
AATGGATACTTCGTTCATAGCACGGTGGACCAATTCAGTGGGGAAGCCGCTCCTGTCAAA
CTTTTTCTTGACGGCAATGACGTTATCGAGGGCTTGAAGGAAGTATTGTTGGGCATGAAA
GCTGGAGGGAAGCGTAGAGCACTGATACCTCCATCAGTAGGGTACATAAACGAGACACTG
AAGCCAATCCCTGAGGAGTTTGGACCAAGACGCAGCCTTCTATCGCACGCGAATGAGCCT
CTGGTCTTTGAAGTCCAGCTCTTGAAAATATTATGATCTTCTTGGCTTGTGGTAGTTGGG
ACAATGGCAATGAAGTATTTGGCTGTGTTTTGTGTTATTTTCTATTCGTAAAAATCTGTA
ACACAAATTAAATGGAACTATGAAGCTGTCTTTTTTTTCCTGCTATGCTTAGTTTGGTGA
TTTAAATGTATACATAC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK36TF U -10
AF RR3B044JQ C -10
AF RR3B044TF U -10
AF RR3CK36JQ C 1
BS 1 4 RR3CK36JQ
BS 5 71 RR3CK36TF
BS 72 74 RR3B044TF
BS 75 588 RR3CK36TF
BS 589 589 RR3B044TF
BS 590 649 RR3CK36TF
BS 650 757 RR3B044TF
BS 758 797 RR3CK36JQ

RD RR3CK36TF 660 0 0
GGATCCATAATCTGG
AAAGGAAGAAGACGACAATGGCTATGGAGTTTGCTCAGTTTTTCGTCGGATCATCCATGA
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CGGCCGTTCATCATCGTCCCAGAAGGATGTTTATGCAGCTCGCTGGGTTGGGTTCGGTGT
TGACTCTTGTGAATCTTCCTGGTTTAGCTGCGCCAGTTCCTGAGATGAAGGAAACTGAAG
TTGTCAGGACGTTGAAGCTCCCAAGTGGCGTCAGGATTCAAGAGATTATTGAAGGGGAAG
GACGAGAAGCTCATGAAGGGGACCTGGTCGAACTAAACTATGTATGTCGACGTGCAAATG
GATACTTCGTTCATAGCACGGTGGACCAATTCAGTGGGGAAGCCGCTCCTGTCAAACTTT
TTCTTGACGGCAATGACGTTATCGAGGGCTTGAAGGAAGTATTGTTGGGCATGAAAGCTG
GAGGGAAGCGTAGAGCACTGATACCTCCATCAGTAGGGTACATAAACGAGACACTGAAGC
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TCTTTGAAGTCCAGCTCTTGAAAATATTATGATCTTCTTGGCTTG

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DS 

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AAAGGAAGAAGACGACAATGGCTATGGAGTTTGCTCAGTTTTTCGTCGGATCATCCATGA
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CGGCCGTTCATCATCGTCCCAGAAGGATGTTTATGCAGCTCGCTGGGTTGGGTTCGGTGT
TGACTCTTGTGAATCTTCCTGGTTTAGCTGCGCCAGTTCCTGAGATGAAGGAAACTGAAG
TTGTCAGGACGTTGAAGCTCCCAAGTGGCGTCAGGATTCAAGAGATTATTGAAGGGGAAG
GACGAGAAGCTCATGAAGGGGACCTGGTCGAACTAAACTATGTATGTCGACGTGCAAATG
GATACTTCGTTCATAGCACGGTGGACCAATTCAGTGGGGAAGCCGCTCCTGTCAAACTTT
TTCTTGACGGCAATGACGTTATCGAGGGCTTGAAGGAAGTATTGTTGGGCATGAAAGCTG
GAGGGAAGCGTAGAGCACTGATACCTCCATCAGTAGGGTACATAAACGAGACACTGAAGC
CAATCCCTGAGGAGTTTGGACCAAGACGCAGCCTTCTATCGCACGCGAATGAGCCTCTGG
TCTTTGAAGTCCAGCTCTTGAAAATATTATGATCTTCTTGGCTTGTGGTAGTTGGGACAA
TGGCAATGAAGTATTTGGCTGTGTTTTGTGTTATTTTCTATTCGTAAAAATCTGTAACAC
AAATTAAATGGAACTATGAAGCTGTCTTTTTTT
CCTGC

QA 16 768 16 768
DS 

RD RR3B044TF 773 0 0
GGATCCATAATCTGG
AAAGGAAGAAGACGACAATGGCTATGGAGTTTGCTCAGTTTTTCGTCGGATCATCCATGA
GATTAAGCAGCGCGGGAAATTCTAGGTACGGCGTTTCCCGTAGTAGATTATTTTCTATAT
CGGCCGTTCATCATCGTCCCAGAAGGATGTTTATGCAGCTCGCTGGGTTGGGTTCGGTGT
TGACTCTTGTGAATCTTCCTGGTTTAGCTGCGCCAGTTCCTGAGATGAAGGAAACTGAAG
TTGTCAGGACGTTGAAGCTCCCAAGTGGCGTCAGGATTCAAGAGATTATTGAAGGGGAAG
GACGAGAAGCTCATGAAGGGGACCTGGTCGAACTAAACTATGTATGTCGACGTGCAAATG
GATACTTCGTTCATAGCACGGTGGACCAATTCAGTGGGGAAGCCGCTCCTGTCAAACTTT
TTCTTGACGGCAATGACGTTATCGAGGGCTTGAAGGAAGTATTGTTGGGCATGAAAGCTG
GAGGGAAGCGTAGAGCACTGATACCTCCATCAGTAGGGTACATAAACGAGACACTGAAGC
CAATCCCTGAGGAGTTTGGACCAAGACGCAGCCTTCTATCGCACGCGAATGAGCCTCTGG
TCTTTGAAGTCCAGCTCTTGAAAATATTATGATCTTCTTGGCTTGTGGTAGTTGGGACAA
TGGCAATGAAGTATTTGGCTGTGTTTTGTGTTATTTTCTATTCGTAAAAATCTGTAACAC
AAATTAAATGGAACTATGAAGCTGTCTTTTTTT
CCTGC

QA 16 768 16 768
DS 

RD RR3CK36JQ 797 0 0
CTGGAAAGGAAGAAGACGACAATGGCTATGGAGTTTGCTCAGTTTTTCGTCGGATCATCC
ATGAGATTAAG***CGCGGGAAATTCTAGGTACGGCGTTTCCCGTAGTAGATTATTTTCT
ATATCGGCCGTTCATCATCGTCCCAGAAGGATGTTTATGCAGCTCGCTGGGTTGGGTTCG
GTGTTGACTCTTGTGAATCTTCCTGGTTTAGCTGCGCCAGTTCCTGAGATGAAGGAAACT
GAAGTTGTCAGGACGTTGAAGCTCCCAAGTGGCGTCAGGATTCAAGAGATTATTGAAGGG
GAAGGACGAGAAGCTCATGAAGGGGACCTGGTCGAACTAAACTATGTATGTCGACGTGCA
AATGGATACTTCGTTCATAGCACGGTGGACCAATTCAGTGGGGAAGCCGCTCCTGTCAAA
CTTTTTCTTGACGGCAATGACGTTATCGAGGGCTTGAAGGAAGTATTGTTGGGCATGAAA
GCTGGAGGGAAGCGTAGAGCACTGATACCTCCATCAGTAGGGTACATAAACGAGACACTG
AAGCCAATCCCTGAGGAGTTTGGACCAAGACGCAGCCTTCTATCGCACTCGAATGAGCCT
CTGGTCTTTGAAGTCCAGCTCTTGAAAATATTATGATCTTCTTGGCTTGTGGTAGTTGGG
ACAATGGCAATGAAGTATCTGGCTGTGTCTTGTGTTATTTTCTATTCGTAAAAATCTGTA
ACACAAATTAAATGGAACTATGAAGCTGTCTTTTTTTTCCTGCTATGCTTAGTTTGGTGA
TTTAAATGTATACATAC

QA 1 797 1 797
DS 



AS 2 7

CO CL388Contig1 1237 5 11 U
GGACACAATTAACCACAAAAAACTTGAAAAGTGTTTTAAGAGAGAAAAAGAATCAAAGAG
ACTCACGGAAATGGAAAATGCAGTAGCGAAACAGAGCATCCCTCTCCTTACTCCCTACAA
GATGGGAAGATTCAATCTTTCCCACAGGGTTGTGCTGGCACCAATGACGAGACAGAGATC
ATACGGAAACGTTCCTCAGCCTCACGCTGTCTTGTACTACTCTCAGAGAACGAGCCCAGG
AGGGTTTCTTGTCACTGAAGCTACAGGAGTTTCAGACACAGCTCAAGGCTATCAAGATAC
TCCTGGGATATGGACTAAAGGTCATGTGGAGGCATGGAAACCAATCGTGGAAGCTGTTCA
CGCCAAAGGTGGTGTCTTCTTCTGTCAAATCTGGCATGCTGGCCGTGTTTCTAACCGAGG
TTTTCAACCAAATGGGCAAGCTCCCATCTCTTGTACAGACAAGCCATTGATGCCTCAAAT
CCGCTCTAATGGCATCGACGAAGCCATGTTCACCCCTCCAAGACGGCTAAGTACTGAAGA
AATCCCCAGCATTGTCAACGACTTTAGGCTAGCAGCAAGAAACGCCATGGAGGCAGGCTT
TGATGGAGTAGAGATTCATGGTGCTCACGGCTATCTGATCGACCAGTTCATGAAGGACGC
GGTGAATGACAGAACAGATGAATACGGTGGATCATTACAAAACCGTTGCAAATTCGCTTT
AGACATAGTTGAAGCAGTGGCTAACGAGATAGGACCAGACCGTGTTGGCATCAG*CTCTC
TCCCTTTGCTGACTACTTGGAGTCTGCAGACACAAACCCACAAGCGTTAGCCCTTTACAT
GGCTGAATCTTTAAACAAATACGGAATCCTCTACTGTCATGTGGTTGAAGCAAGAATGAA
AACAGTGGGAGAAGTAGGAGAGTGTCCTCCTCACATGCTAGTGCCTATGAGGAAAGCCTT
TCATGGCACTTTCATCTCAGCGGGTGGTTTCACGAGGAAAAATGGGAATGAGGCAGTAGC
AGAGGGACAGACCGATCTTGTGGCTTATGGTCGGTGGTTTCTTGCAAACCCGGATTTGCC
TAAGAGGTTTGAAGTGGATGCAGCGTGGAATAAATATGATAGGCCAACGTTTTACACTTC
TGATCCTGTCGTGGGCTACACGGATTACCCTTTTCTTGAGCCAACTGCTTAATGTGTGTT
CCTCTTTCATGTAATAACATTTCTGGCATTTAAGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 15 15 30 0 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD43TF U 24
AF RR3AP45TF U 6
AF RR3B925TF U 1
AF RR3B925JQ C 383
AF RR3DD43JQ C 478
BS 1 43 RR3B925TF
BS 44 44 RR3DD43TF
BS 45 586 RR3B925TF
BS 587 587 RR3DD43TF
BS 588 822 RR3B925TF
BS 823 823 RR3B925JQ
BS 824 846 RR3B925TF
BS 847 1072 RR3B925JQ
BS 1073 1073 RR3DD43JQ
BS 1074 1217 RR3B925JQ
BS 1218 1237 RR3DD43JQ

RD RR3DD43TF 804 0 0
GGGA
AAAGTGTTTTAAGAGAGAAAAAGAATCAAAGAGACTCACGGAAATGGAAAATGCAGTAGC
GAAACAGAGCATCCCTCTCCTTACTCCCTACAAGATGGGAAGATTCAATCTTTCCCACAG
GGTTGTGCTGGCACCAATGACGAGACAGAGATCATACGAAAACGTTCCTCAGCCTCACGC
TGTCTTGTACTACTCTCAGAGAACGAGCCCAGGAGGGTTTCTTGTCACTGAAGCTACAGG
AGTTTCAGACACAGCTCAAGGTTATCAAGATACTCCTGGGATATGGACTAAAGAGCATGT
GGAGGCATGGAAACCAATCGTGGAAGCTGTTCACGCCAAAGGTGGTGTCTTCTTCTGTCA
AATCTGGCATGCTGGCCGTGTTTCTAACCGAGGTTTTCAACCAAATGGGCAAGCTCCCAT
CTCTTGTACAGACAAGCCATTGATGCCTCAAATCCGCTCTAATGGCATCGACGAAGCCAT
GTTCACCCCTCCAAGACGGCTAAGTACTGAAGAAATCCCCAGCATTGTCAACGACTTTAG
GCTAGCAGCAAGAAACGCCATGGAGGCAGGCTTTGATGGAGTAGAGATTCATGGTGCTCA
CGGCTATCTGATCGACCAGTTCATGAAGGACGCGGTGAATGACAGAACAGATGAATACGG
TGGATCATTACAAAACCGTTGCAAATTCGCTTTAGACATAGTTGAAGCAGTGGCTAACGA
GATAGGACCAGACCGTGTTGGCATCAG*CTCTCTCCCTTTGCTGACTACTTGGAGTCTGC
AGACACAACCCACAA*GCGT

QA 5 804 5 804
DS 

RD RR3AP45TF 801 0 0
AGGGG
AACCACAAAAAACTTGAAAAGTGTTTTAAGAGAGAAAAAGAATCAAAGAGACTCACGGAA
ATGGAAAATGCAGTAGCGAAACAGAGCATCCCTCTCCTTACTCCCTACAAGATGGGAAGA
TTCAATCTTTCCCACAGGGTTGTGCTGGCACCAATGACGAGACAGAGATCATACGGAAAC
GTTCCTCAGCCTCACGCTGTCTTGTACTACTCTCAGAGAACGAGCCCAGGAGGGTTTCTT
GTCACTGAAGCTACAGGAGTTTCAGACACAGCTCAAGGCTATCAAGATACTCCTGGGATA
TGGACTAAAGGTCATGTGGAGGCATGGAAACCAATCGTGGAAGCTGTTCACGCCAAAGGT
GGTGTCTTCTTCTGTCAAATCTGGCATGCTGGCCGTGTTTCTAACCGAGGTTTTCAACCA
AATGGGCAAGCTCCCATCTCTTGTACAGACAAGCCATTGATGCCTCAAATCCGCTCTAAT
GGCATCGACGAAGCCATGTTCACCCCTCCAAGACGGCTAAGTACTGAAGAAATCCCCAGC
ATTGTCAACGACTTTAGGCTAGCAGCAAGAAACGCCATGGAGGCAGGCTTTGATGGAGTA
GAGATTCATGGTGCTCACGGCTATCTGATCGACCAGTTCATGAAAGACGCGGTGAATGAC
AGAACAGATGAATACG*TGGATCATTACAAAACCGTTGCAAATTCGCTTTAGACATAGTT
GAAGCAGTGGCTAACGAGATAG*ACCAGACCGTGTTGGCATCAG*CTCTCTCCCTTTGCT
GACTACTTGGAGTCTG

QA 6 801 6 801
DS 

RD RR3B925TF 849 0 0
GGACACAATTAACCACAAAAAACTTGAAAAGTGTTTTAAGAGA*AAAAAGAATCAAAGAG
ACTCACGGAAATGGAAAATGCAGTAGCGAAACAGAGCATCCCTCTCCTTACTCCCTACAA
GATGGGAAGATTCAATCTTTCCCACAGGGTTGTGCTGGCACCAATGACGAGACAGAGATC
ATACGGAAACGTTCCTCAGCCTCACGCTGTCTTGTACTACTCTCAGAGAACGAGCCCAGG
AGGGTTTCTTGTCACTGAAGCTACAGGAGTTTCAGACACAGCTCAAGGCTATCAAGATAC
TCCTGGGATATGGACTAAAGGTCATGTGGAGGCATGGAAACCAATCGTGGAAGCTGTTCA
CGCCAAAGGTGGTGTCTTCTTCTGTCAAATCTGGCATGCTGGCCGTGTTTCTAACCGAGG
TTTTCAACCAAATGGGCAAGCTCCCATCTCTTGTACAGACAAGCCATTGATGCCTCAAAT
CCGCTCTAATGGCATCGACGAAGCCATGTTCACCCCTCCAAGACGGCTAAGTACTGAAGA
AATCCCCAGCATTGTCAACGACTTTAGGCTAGCAGCAAGAAACGCCGTGGAGGCAGGCTT
TGATGGAGTAGAGATTCATGGTGCTCACGGCTATCTGATCGACCAGTTCATGAAGGACGC
GGTGAATGACAGAACAGATGAATACGGTGGATCATTACAAAACCGTTGCAAATTCGCTTT
AGACATAGTTGAAGCAGTGGCTAACGAGATAGGACCAGACCGTGTTGGCATCAG*CTCTC
TCCCTTTGCTGACTACTTGGAGTCTGCAGACACAAACCCACA*GCGTTAGCCCTTTACAT
GGCTGA
TCT

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR3B925JQ 851 0 0
TGTCAAATCTGGCATGCTGGCCGTGTTTCTAACCGAGGTTTTCAACCAAATGGGCAAGCT
CCCATCTCTTGTACAGACAAGCCATTGATGCCTCAAATCCGCTCTAATGGCATCGACGAA
GCCATGTTCACCCCTCCAAGACGGCTAAGTACTGAAGAAATCCCCAGCATTGTCAACGAC
TTTAGGCTAGCAGCAAGAAACGCCGTGGAGGCAGGCTTTGATGGAGTAGAGATTCATGGT
GCTCACGGCTATCTGATCGACCAGTTCATGAAGGACGCGGTGAATGACAGAACAGATGAA
TACGGTGGATCATTACAAAACCGTTGCAAATTCGCTTTAGACATAGTTGAAGCAGTGGCT
AACGAGATAGGACCAGACCGTGTTGGCATCAGGCTCTCTCCCTTTGCTGACTACTTGGAG
TCTGCAGACACAAACCCACAAGCGTTAGCCCTTTACATGGCTGAATCTTTAAACAAATAC
GGAATCCTCTACTGTCATGTGGTTGAAGCAAGAATGAAAACAGTGGGAGAAGTAGGAGAG
TGTCCTCCTCACATGCTAGTGCCTATGAGGAAAGCCTTTCATGGCACTTTCATCTCAGCG
GGTGGTTTCACGAGGAAAAATGGGAATGAGGCAGTAGCAGAGGGACAGACCGATCTTGTG
GCTTATGGTCGGTGGTTTCTTGCAAACCCGTATTTGCCTAAGAGGTTTGAAGTGGATGCA
GCGTGGAATAAATATGATAGGCCAACGTTTTACACTTCTGATCCTGTCGTGGGCTACACG
GATTACCCTTTTCTTGAGCCAACTGCTTAATGTGTGTTCCTCTTTCATGTAATAA
GATATTTCTGGCATTT

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR3DD43JQ 760 0 0
AATCCGCTCTAATGGCATCGACGAAGCCATGTTCACCCCTCCAAGACGGCTAAGTACTGA
AGAAATCCCCAGCATTGTCAACGACTTTAGGCTAGCAGCAAGAAACGCCATGGAGGCAGG
CTTTGATGGAGTAGAGATTCATGGTGCTCACGGCTATCTGATCGACCAGTTCATGAAGGA
CGCGGTGAATGACAGAACAGATGAATACGGTGGATCATTACAAAACCGTTGCAAATTCGC
TTTAGACATAGTTGAAGCAGTGGCTAACGAGATAGGACCAGACCGTGTTGGCATCAGGCT
CTCTCCCTTTGCTGACTACTTGGAGTCTGCAGACACAAACCCACAAGCGTTAGCCCTTTA
CATGGCTGAATCTTTAAACAAATACGGAATCCTCTACTGTCATGTGGTTGAAGCAAGAAT
GAAAACAGTGGGAGAAGTAGGAGAGTGTCCTCCTCACATGCTAGTGCCTATGAGGAAAGC
CTTTCATGGCTCTTTCATCTCAGCGGGTGGTTTCACGAGGAAAGATGGGAATGAGGCAGT
AGCAGAGGGACAGACCGATCTTGTGGCTTATGGTCGGTGGTTTCTTGCAAACCCGGATTT
GCCTAAGAGGTTTGAAGTGGATGCAGCGTTGAATAAATATGATAGGCCAACGTT**ACGC
TTCTGATCCTGTCGTGGGCTACACGGATTACCCTTTTCTTGAGCCAACTGCTTAATGTGT
GTTCCTCTTTCATGTAATAACATTTCTGGCATTTAAGATG

QA 1 760 1 760
DS 



CO CL388Contig2 682 2 8 U
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CTCACGGAAATGGAAAATGCAGTAGCGAAACAGAGCATCCCTCTCCTCACTCCCTACAAG
ATGGGAAGATTCAATCTTTCCCACAGGGTTGTGCTGGCACCACTGACGAGACAGAGATCA
TACGGAAACGTTCCTCAGCCTCACACTGTCTTGTACTACTCTCAGAGAACAAGCCCAGGA
GGGTTTCTTGTCACTGAAGCTACAGGAGTTTCAGACACAGCTCAAGGCTACCAAGATACT
CCTGGTATATGGACTAAAGAGCATGTGGAGGCATGGAAGCCTATTGTGGATGCTGTTCAT
GCCAAAGGTGGTGTATTCTTCTGTCAAATCTGGCATGTTGGCCGTGTTTCTAACCGAGGT
TTTCAACCAAATGGGCAAGCTCCCATCTCTTGTTCAGACAAGCCATTGATGCCTCAAATC
CGCTCTAATGGCATCGATGAAGCCATGTTCACCCCTCCAAGACGGCTAAGTACTGAAGAA
ATCCCCAGCATTGTCAACGACTTTAGGCTCGCAGCAAGAAACGCCATGGAAGCTGGCTTT
GATGGAGTTGAGATTCATGGTGCTAACGGCTATCTGATAGACCAGTTCATGAAAGATACT
GTGAATGACAGAACAGATGAAT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GP74TF U 1
AF RR3H873TF U 4
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GGGTTTCTTGTCACTGAAGCTACAGGAGTTTCAGACACAGCTCAAGGCTACCAAGATACT
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GCCAAAGGTGGTGTATTCTTCTGTCAAATCTGGCATGTTGGCCGTGTTTCTAACCGAGGT
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CGCTCTAATGGCATCGATGAAGCCATGTTCACCCCTCCAAGACGGCTAAGTACTGAAGAA
ATCCCCAGCATTGT

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3H873TF 679 0 0
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GGAAGATTCAATCTTTCCCACAGGGTTGTGCTGGCACCACTGACGAGACAGAGATCATAC
GGAAACGTTCCTCAGCCTCACGCTGTCTTGTACTACTCTCAGAGAACAAGCCCAGGAGGG
TTTCTTGTCACTGAAGCTACAGGAGTTTCAGACACAGCTCAAGGCTACCAAGATACTCCT
GGTATATGGACTAAAGAGCATGTGGAGGCATGGAAGCCTATTGTGGATGCTGTTCATGCC
AAAGGTGGTGTATTCTTCTGTCAAATCTGGCATGTTGGCCGTGTTTCTAACCGAGGTTTT
CAACCAAATGGGCAAGCTCCCATCTCTTGTTCAGACAAGCCATTGATGCCTCAAATCCGC
TCTAATGGCATCGATGAAGCCATGTTCACCCCTCCAAGACGGCTAAGTACTGAAGAAATC
CCCAGCATTGTCAACGACTTTAGGCTCGCAGCAAGAAACGCCATGGAAGCTGGCTTTGAT
GGAGTTGAGATTCATGGTGCTAACGGCTATCTGATAGACCAGTTCATGAAAGATACTGTG
AATGACAGAACAGATGAAT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 10

CO CL389Contig1 1183 10 15 U
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GAAAAATAACATGTTGATTATACCAAAATTATAGAACAATTAAGGAATTTTAACTTATCA
TGGGGAAAGACACTAGTTGCTGATATAATAACCTCTATACGAAATGCTGACATGAATAGA
AAAGGAACAGTTCGGATAGGATCGACTAACATCACCGAAAGCATTGTTAAAATACTTTTA
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TTAACCCTAAGACATAGACGAAATAAGAAAGAATCCTATAAAACTATTTTAAATTTAAAG
AGAATAAGCCGACCGGGTCTACGAATCTATTCTAACTCTCAACGAATTCCACGAATTTTA
GGCGGAATAGGAATTGTAATCCTTTCGACTTCTCAAGGTATAATGACAGATCGAGAAGCT
CGACTAAAAAGAATCGGCGGAGAAATTTTGTGTTATATATGGTAATCCTTCTAATATCAA
AATTGGATATCCGGAACTTACCATTTGTGAAAAAAAAAA*GGGGGGTTGTGTAATACCAC
CCCTGCTAAAAAAGTTTAGAATGTTTTACCCCAAATGAAATTAAAGAAAAAATGAATTAA
TGAAAGTTTTCTTTATGAATCACTTCCGAACGGCATGGTTCGATTTTGTTTAGATACTAA
AGATTTTTTTTATTTTAGGTCATGCTTCTGAAAGGATTCGACATATTTTTGTATAGGTAT
ACCTATAGGAGAAAAAGTTAAAAATTTTAGTAAGTTCTTAGGTATTAAGTTAATCGGGGA
ACAGCCACTTTCTAGACTCCATAACAAGGATTCAAATAAGTCAGTGGTTTTTT*GAAATT
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GTCCAAGAATAAGTATATTAAGAGAATTAAGGAATAACAACTATGAAAATAAGGGCTTCC
GTTCGTAAAATTTGTGAAAAGTGTCGGCTAATCCGTAGGAGGGGACGAATTATAGTAATT
TGTTCCAACCCGAGGCATAAACAAAGACAAGGATAATCTTACTAAAGGAAATGCTATTCG
AGCGGTAGTGGATCAAGGTATGCAACGAGCTGAAGTAAAGATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
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50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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RD RR3AK75TF 772 0 0
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GAAAAATAACATGTTGATTATACCAAAATTATAGAACAATTAAGGAATTTTAACTTATCA
TGGGGAAAGACACTATTTGCTGATATAATAACCTCTATACGAAATGCTGACATGAATAGA
AAAGGAACAGTTCGGATAGGATCGACTAACATCACCGAAAGCATTGTTAAAATACTTTTA
CGAGAGGGTTTTATCGAAAACGTAAGGAAACATCGCGAAAACAATCAATATTTTTTGATT
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AGAATAAGCCGACCGGGTCTACGAATCTATTCTAACTCTCAACGAATTCCACGAATTTTA
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TGAAAGTTTTCTTTATGAATCACTTCCGAACGGCATGGTTCGATTTTGTTTAGATACTAA
AGATTTTTTTTATTTTAG*TCATGCTTCTGAAAGGATTCGACATATTTTTGT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3F665TF 563 0 0
G
ATCACCGAAAGCATTGTTAAAATACTTTTACGAGAGGGTTTTATCGAAAACGTAAGGAAA
CATCGCGAAAACAATCAATATTTTTTGATTTTAACCCTAAGACATAGACGAAATAAGAAA
GAATCCTATAAAACTATTTTAAATTTAAAGAGAATAAGCCGACCGGGTCTACGAATCTAT
TCTAACTCTCAACGAATTCCACGAATTTTAGGCGGAATAGGAATTGTAATCCTTTCGACT
TCTCAAGGTATAATGACAGATCGAGAAGCTCGACTAAAAAGAATCGGCGGAGAAATTTTG
TGTTATATATGGTAATCCTTCTAATATCAAAATTGGATATCCGGAACTTACCATTTGTGA
AAAAAAAAAAGGGGGGTTGTGTAATACCACCCCTGCTAAAAAAGTTTAGAATGTTTTACC
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CGGCATGGTTCGATTTTGTTTAGATACTAAAGATTTTTTTTATTTTAGGTCATGCTTCTG
AAAGGATTCGACATATTTTTGT

QA 2 563 2 563
DS 

RD RR3GB86TF 745 0 0
TTTTTATAAAAATAAAAGAAAAATAACATGTTGATTATATCAAAATTATAGAACAATTAA
GGAATTTTAACTTATCATGGGGAAAGACACTAGT*GCTGATATAATAACCTCTATACGAA
ATGCTGACATGAATAGAAAAGGAACAGTTCGGATAGGATCGACTAACATCACCGAAAGCA
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GAATTCCACGAATTTTAGGCGGAATAGGAATTGTAATCCTTTCGACTTCTCAAGGTATAA
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AATCCTTCTAATATCAAAATTGGATATCCGGAACTTACCATTTGTGAAAAAAAAAAGGGG
GGGTTGTGTAATACCACCCCTGCTAAAAAAGTTTAGAATGTTTTACCCCAAATGAAATTA
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TTTTGTTTAGATACTAAAGATTTTTTT*ATTTTAGGTCATGCTTCTGAAAG*ATTCGACA
TATTTTTGTATAG*TATACCTATAG

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3AK75JQ 774 0 0
TAAATTTAAAGAGAATAAGCCGACCGGGTCTACGAATCTATTCTAACTCTCAACGAATTC
CACGAATTTTAGGCGGAATAGGAATTGTAATCCTTTCGACTTCTCAAGGTATAATGACAG
ATCGAGAAGCTCGACTAAAAAGAATCGGCGGAGAAATTTTGTGTTATATATGGTAATCCT
TCTAATATCAAAATTGGATATCCGGAACTTACCATTTGTGAAAAAAAAAA*GGGGGGTTG
TGTAATACCACCCCTGCTAAAAAAGTTTAGAATGTTTTACCCCAAATGAAATTAAAGAAA
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TTAGATACTAAAGATTTTTTTTATTTTAGGTCATGCTTCTGAAAGGATTCGACATATTTT
TGTATAGGTATACCTATAGGAGAAAAAGTTAAAAATTTTAGTAAGTTCTTAGGTATTAAG
TTAATCGGGGAACAGCCACTTTCTAGACTCCATAACAAGGATTCAAATAAGTCAGTGGTT
TTTT*GAAATTCAACATTCCTTTCACGAAGATACAATTCAAGATTCAAAAATATCAAGAA
ACCTTTTTTTCGTCCAAGAATAAGTATATTAAGAGAATTAAGGAATAACAACTATGAAAA
TAAGGGCTTCCGCTCGTAAAATTTGTGAAAAGTGTCGGCTAATCCGTAGGAGGGGACGAA
TTATAGTAATTTGTTCCAACCCGAGGCATAAACAAAGACAAGGATAATCTTACT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3GB86JQ 722 0 0
AACGAATTCCACGAATTTTAGGCGGAATAGGAATTGTAATCCTTTCGACTTCTCAAGGTA
TAATGACAGATCGAGAAGCTCGACTAAAAAGAATCGGCGGAGAAATTTTGTGTTATATAT
GGTAATCCTTCTAATATCAAAATTGGATATCCGGAACTTACCATTTGTGAAAAAAAAAA*
GGGGGGTTGTGTAATACCACCCCTGCTAAAAAAGTTTAGAATGTTTTACCCCAAATGAAA
TTAAAGAAAAAATGAATTAATGAAAGTTTTCTTTATGAATCACTTCCGAACGGCATGGTT
CGATTTTGTTTAGATACTAAAGATTTTTTTTATTTTAGGTCATGCTTCTGAAAGGATTCG
ACATATTTTTGTATAGGTATACCTATAGGAGAAAAAGTTAAAAATTTTAGTAAGTTCTTA
GGTATTAAGTTAATCGGGGAACAGCCACTTTCTAGACTCCATAACAAGGATTCAAATAAG
TCAGTGGTTTTTTTGGAATTCAACATTCCTTTCACGAAGATACAATTCAAGATTCAAAAA
TATCAAGAAACCTTTTTTTCGTCCAAGAATAAGTATATTAAGAGAATTAAGGAATAACAA
CTATGAAAATAAGGGCTTCCGTTCGTAAAATTTGTGAAAAGTGTCGGCTAATCCGTAGGA
GGGGACGAATTATAGTAATTTGTTCCAACCCGAGGCATAAACAAAGACAAGGATAATCTT
AC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3C813TF 754 0 0
GGGTCTACGAATCTATTCTAACTCTCAACGAATTCCACGAATTTTAGTCGGAATAGGAAT
TGTAATCCTTTCGACTTCTCAAGGTATAATGACAGATCGAGAAGCTCGACTAAAAAGAAT
CGGCGGAGAAATTTTGTGTTATATATGGTAATCCTTCTAATATCAAAATTGGATATCCGG
AACTTACCATTTGTGAAAAAAAAA**GGGGGGTTGTGTAATACCACCCCTGCTAAAAAAG
TTTAGAATGTTTTACCCCAAATGAAATTAAAGAAAAAATGAATTAATGAAAGTTTTCTTT
ATGAATCACTTCCGAACGGCATGGTTCGATTTTGTTTAGATACTAAAGATTTTTTTTATT
TTAGGTCATGCTTCTGAAAGGATTCGACATATTTTTGTATAGGTATACCTATAGGAGAAA
AAGTTAAAAATTTTAGTAAGTTCTTAGGTATTAAGTTAATCGGGGAACAGCCACTTTCTA
GACTCCATAACAAGGATTCAAATAAGTCAGTGGTTTTTT*GAAATTCAACATTCCTTTCA
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TGAAAAGTGTCGGCTAATCCGTAGA**GGGACGAATTATAGTAATTTGTTCCAACCCGAG
GCATAAACAAAGACAAG*ATAATCTTACTAAAGG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3C813JQ 721 0 0
GAATAGGAATTGTAATCCTTTCGACTTCTCAAGGTATAATGACAGATCGAGAAGCTCGAC
TAAAAAGAATCGGCGGAGAAATTTTGTGTTATATATGGTAATCCTTCTAATATCAAAATT
GGATATCCGGAACTTACCATTTGTGAAAAAAAAA**GGGGGGTTGTGTAATACCACCCCT
GCTAAAAAAGTTTAGAATGTTTTACCCCAAATGAAATTAAAGAAAAAATGAATTAATGAA
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ATAGGAGAAAAAGTTAAAAATTTTAGTAAGTTCTTAGGTATTAAGTTAATCGGGGAACAG
CCACTTTCTAGACTCCATAACAAGGATTCAAATAAGTCAGTGGTTTTTT*GAAATTCAAC
ATTCCTTTCACGAAGATACAATTCAAGATTCAAAAATATCAAGAAACCTTTTTTTCGTCC
AAGAATAAGTATATTAAGAGAATTAAGGAATAACAACTATGAAAATAAGGGCTTCCGTTC
GTAAAATTTGTGAAAAGTGTCGGCTAATCCGTAGGAGGGGACGAATTATAGTAATTTGTT
CCAACCCGAGGCATAAACAAAGACAAGGATAATCTTACTAAAGGAAAT
AAAGGAAAAGGCA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3F665JQ 625 0 0
AATTTTGTGTTATATATGGTAATCCTTCTAATATCAAAATTGGATATCCGGAACTTACCA
TTTGTGAAAAAAAAAAAGGGGGGTTGTGTAATACCACCCCTGCTAAAAAAGTTTAGAATG
TTTTACCCCAAATGAAATTAAAGAAAAAATGAATTAATGAAAGTTTTCTTTATGAATCAC
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GCTTCTGAAAGGATTCGACATATTTTTGTATAGGTATACCTATAGGAGAAAAAGTTAAAA
ATTTTAGTAAGTTCTTAGGTATTAAGTTAATCGGGGAACAGCCACTTTCTAGACTCCATA
ACAAGGATTCAAATAAGTCAGTGGTTTTTT*GAAATTCAACATTCCTTTCACGAAGATAC
AATTCAAGATTCAAAAATATCAAGAAACCTTTTTTTCGTCCAAGAATAAGTATATTAAGA
GAATTAAGGAATAACAACTATGAAAATAAGGGCTTCCGTTCGTAAAATTTGTGAAAAGTG
TCGGCTAATCCGTAGGAGGGGACGAATTATAGTAATTTGTTCCAACCCGAGGCATAAACA
AAGACAAGGATAATCTTACTAAAGG

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3CV34TF 642 0 0
G
GACAGATCGAGAAGCTCGACTAAAAAGAATCGGCGGAGAAATTTTGTGTTATATATGGTA
ATCCTTCTAATATCAAAATTGGATATCCGGAACTTACCATTTGTGAAAAAAAAA**GGGG
GGTTGTGTAATACCACCCCTGCTAAAAAAGTTTAGAATGTTTTACCCCAAATGAAATTAA
AGAAAAAATGAATTAATGAAAGTTTTCTTTATGAATCACTTCCGAACGGCATGGTTCGAT
TTTGTTTAGATACTAAAGATTTTTTTTATTTTAGGTCATGCTTCTGAAAGGATTCGACAT
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AAGAAACCTTTTTTTCGTCCAAGAATAAGTATATTAAGAGAATTAAGGAATAACAACTAT
GAAAATAAGGGCTTCCGTTCGTAAAATTTGTGAAAAGTGTCGGCTAATCCGTAGTAGGGG
ACGAATTATAGTAATTTGTTCCAACCCGAGGCATAAACAAA

QA 2 642 2 642
DS 

RD RR3B508TF 712 0 0
G
GAGAAGCTCGACTAAAAAGAATCGGCGGAGAAATTTTGTGTTATATATGGTAATCCTTCT
AATATCAAAATTGGATATCCGGAACTTACCATTTGTGAAAAAAAA***GGGGGGTTGTGT
AATACCACCCCTGCTAAAAAAGTTTAGAATGTTTTACCCCAAATGAAATTAAAGAAAAAA
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GATACTAAAGATTTTTTTTATTTTAGGTCATGCTTCTGAAAGGATTCGACATATTTTTGT
ATAGGTATACCTATAGGAGAAAAAGTTAAAAATTTTAGTAAGTTCTTAGGTATTAAGTTA
ATCGGGGAACAGCCACTTTCTAGACTCCATAACAAGGATTCAAATAAGTCAGTGGTTTTT
T*GAAATTCAACATTCCTTTCACGAAGATACAATTCAAGATTCAAAAATATCAAGAAACC
TTTTTTTCGTCCAAGAATAAGTATATTAAGAGAATTAAGGAATAACAACTATGAAAATAA
GGGCTTCCGTTCGTAAAATTTGTGAAAAGTGTCGGCTAATCCGTAGGAGGGGACGAATTA
TAGTAATTTGTTCCAACCCGAGGCATAAACAAAGACAAGGATAATCTTACTAAAGGAAAT
GCTATTCGAGCGGTAGTGGATCAAGGTATGCAACGAGCTGAAGTAAAGATA

QA 2 712 2 712
DS 



AS 2 7

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AGATCTTTTTCCTTGCCACGATATATGCGCTGATGGGATGTCCACTTTCTTATGTTGTAT
GGTACAGGCCTCTCTACCGAGCCATGAGGACTGACAGCGCTTTGAAGTTTGGTTGGTTTT
TCTTCACCTACTTGATTCACATTGGCTTCTGCATCGTTGCCGCCATTGCCCCGCCAATCT
TTTTCCATGGAAAATCATTAACGGGTGTGCTTGCAGCAATTGATGTCATCTCAGACAGTG
TATTAGCCGGGATCTTCTACTTTATCGGCTTTGGTCTCTTCTGCTTGGAGTCACTTCTGA
GTCTATGGGTTCTTCAGAAAATTTACCTCTACTTTAGGGGAAACAAGTAAAAAGAGAAGG
AAGAGAGGATGGTGGTAATTTTCCCTTTCGGGTAAAAGGTTTGAAGTATGTGCATCTCGT
ATGAATATAATTACATATTACCATTGTGTTGAGGTAAATTCTTTAGTTATAGTTGCAAGA
GTGGTTGTTCAGCTATTTCTTTAGTGTTTTTTTTTTTCTGCAATACCTTTAGTACCAGTG
TCGTTCTCTGAACGTTTGGAATTTTTTCTTGACTAAGTGAACTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E714TF U 1
AF RR3E714JQ C 73
BS 1 647 RR3E714TF

RD RR3E714TF 647 0 0
GGTGTCTGGTATTCAATGTGATTGCAACCATGGTCTGCTGGATTAAAGGCGGAGGTGTGA
AGATCTTTTTCCTTGCCACGATATATGCGCTGATGGGATGTCCACTTTCTTATGTTGTAT
GGTACAGGCCTCTCTACCGAGCCATGAGGACTGACAGCGCTTTGAAGTTTGGTTGGTTTT
TCTTCACCTACTTGATTCACATTGGCTTCTGCATCGTTGCCGCCATTGCCCCGCCAATCT
TTTTCCATGGAAAATCATTAACGGGTGTGCTTGCAGCAATTGATGTCATCTCAGACAGTG
TATTAGCCGGGATCTTCTACTTTATCGGCTTTGGTCTCTTCTGCTTGGAGTCACTTCTGA
GTCTATGGGTTCTTCAGAAAATTTACCTCTACTTTAGGGGAAACAAGTAAAAAGAGAAGG
AAGAGAGGATGGTGGTAATTTTCCCTTTCGGGTAAAAGGTTTGAAGTATGTGCATCTCGT
ATGAATATAATTACATATTACCATTGTGTTGAGGTAAATTCTTTAGTTATAGTTGCAAGA
GTGGTTGTTCAGCTATTTCTTTAGTGTTTTTTTTTTTCTGCAATACCTTTAGTACCAGTG
TCGTTCTCTGAACGTTTGGAATTTTTTCTTGACTAAGTGAACTTTTG

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3E714JQ 575 0 0
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TCTACCGAGCCATGAGGACTGACAGCGCTTTGAAGTTTGGTTGGTTTTTCTTCACCTACT
TGATTCACATTGGCTTCTGCATCGTTGCCGCCATTGCCCCGCCAATCTTTTTCCATGGAA
AATCATTAACGGGTGTGCTTGCAGCAATTGATGTCATTTCAGACAGTGTATTAGCCGGGA
TCTTCTACTTTATCGGCTTTGGTCTCTTCTGCTTGGAGTCACTTCTGAGTCTATGGGTTC
TTCAGAAAATTTACCTCTACTTTAGGGGAAACAAGTAAAAAGAGAAGGAAGAGAGGATGG
TGGTAATTTTCCCTTTCGGGTAAAAGGTTTGAAGTATGTGCATCTCGTATGAATATAATT
ACATATTACCATTGTGTTGAGGTAAATTCTTTAGTTATAGTTGCAAGAGTGGTTGTTCAG
CTATTTCTTTAGTGTTTTTTTTTTTCTGCAATACCTTTAGTACCAGTGTCGTTCTCTGAA
CGTTTGGAATTTTTTCTTGACTAAGTGAACTTTTG

QA 1 575 1 575
DS 



CO CL390Contig2 1167 5 7 U
GGATACCAGTTTCCTATGCAGTCGGTTTGCTATCCTTTTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
TTTTTTCGGCAATCTTATCGGAAGAGTAAGATTCGAGTTCGTGAATCTAGGGATCTGCAA
TCAACAATGAACCGCCACCACGATCCCAACCCTTTCGACGAGGAGGAAGAAGAAATCGTC
AATCCCTTCTCTAAAGGCGGTGGACGGGTACCTGCTGCATCTAGGCCAGCTGGATTTGGT
CAAAGCCTCGATGCTACTGTTGATATTCCCTTGGATAACATGAATGACTCTTCACAGAAA
CAGAGAAAGCTTGCTGACTGGGAAGCTGAGCTTAGGAAGAAAGAAATGGATATTAAACGG
AGAGAGGATGCTATTGCTAAATCTGGTGTTCAGATAGATGACAAGAACTGGCCCCCGTTT
TTTCCAATCATACACCATGACATTGCTAATGAGATACCAGTTCATGCTCAAAAGCTGCAG
TATCTGGCTTTTGCTAGTTGGTTAGGTATCGTTTTGTGTCTGCTATTCAATGTGATTGCA
ACCATGGTCTGCTGGATTAAAGGCGGAGGTGTGAAGATCTTTTTCCTTGCCACAATATAT
GCGTTGATGGGATGTCCACTTTCTTATGTTGTGTGGTACAGGCCTCTCTACCGAGCCATG
AGGACTGACAGCGCTTTGAAGTTTGGTTGGTTTTTCTTCACCTACTTGATTCACATTGGC
TTCTGCATCGTTGCCGCCATTGCCCCGCCCATCTTTTTCCATGGAAAATCATTAACGGGT
GTGCTTGCAGCAATTGATGTCATCTCAGACAGTGTATTAGCCGGGATCTTCTACTTTATC
GGCTTTGGTCTCTTCTGCTCGGAGTCACTTCTGAGTCTATGGGTTCTTCAGAAAATTTAC
CTCTACTTTAGGGGAAACAAGTAAAAAGAGAAGGAAGAGAGGATGGTGGTAATTTTCCCT
TACGGGTAAAAGGTTTGAAGTATGTGCATCTCGTATGAATATAATTACATATTACCATTG
TGTTGAGGTAAATTCTTTAGTTACTATAGTTGCAAGAGTGGTTGTTCAGCTATTTCTTTA
GTTTTTTTTTTCTGCAATACCTTTAGTACCAGTGTCGTTCTCTGAACGTTTGGAATTTTT
TCTCGACTAAGTGAACTTTTGAAAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV12TF U 1
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TTTTTTCGGCAATCTTATCGGAAGAGTAAGATTCGAGTTCGTGAATCTAGGGATCTGCAA
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AATCCCTTCTCTAAAGGCGGTGGACGGGTACCTGCTGCATCTAGGCCAGCTGGATTTGGT
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G
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GGCGTTGGACGGGTACCTGCTGCATCTAGGCCAGCTGGATTTGGTCAAAGCCTCGATGCT
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GACTGGGAAGCTGAGCTTAGGAAGAAAGAAATGGATATTAAACGGAGAGAGGATGCTATT
GCTAAATCTGGTGTTCAGATAGATGACAAGAACTGGCCCCCGTTTTTTCCAATCATACAC
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ATTAAAGGCGGAGGTGTGAAGATCTTTTTCCTTGCCACAATATATGCGTTGATGGGATGT
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AGGGATCTGCAATCAACAATGAACCGCCACCACGATCCCAACCCTTTCGACGAGGAGGAA
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TCTTCACAGAAACAGAGAAAGCTTGCTGACTGGGAAGCTGAGCTTAGGAAGAAAGAAATG
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TGGCCCCCGTTTTTTCCAATCATACACCATGACATTGCTAATGAGATACCAGTTCATGCT
CAAAAGCTGCAGTATCTGGCTTTTGCTAGTTGGTTAGGTATCGTTTTGTGTCTGCTATTC
AATGTGATTGCAACCATGGTCTGCTGGATTAAAGGCGGAGGTGTGAAGATCTTTTTCCTT
GCCACAATATATGCGTTGATGGGATGTCCACTTTCTTATGTTGTGTGGTACAGGCCTCTC
TACCGAGCCATGAGGACTGACAGCGCTTTGAAGTTTGGTTGGTTTTTCTTCACCTACTTG
ATTCACATTGGCTTCTGCATCGTTGCCGCCATTGCCCCGCCCATCTTTTTCCATGGAAAA
TCATTAACGGGTGTGCTTGCAGCAATTGATGTCATCTCAGACAGTGTATTAGCCGGGATC
TTCTACTTTA

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CAGTATCTGGCTTTTGCTAGTTGGTTAGGTATCGTTTTGTGTCTGCTATTCAATGTGATT
GCAACCATGGTCTGCTGGATTAAAGGCGGAGGTGTGAAGATCTTTTTCCTTGCCACAATA
TATGCGTTGATGGGATGTCCACTTTCTTATGTTGTGTGGTACAGGCCTCTCTACCGAGCC
ATGAGGACTGACAGCGCTTTGAAGTTTGGTTGGTTTTTCTTCACCTACTTGATTCACATT
GGCTTCTGCATCGTTGCCGCCATTGCCCCGCCCATCTTTTTCCATGGAAAATCATTAACG
GGTGTGCTTGCAGCAATTGATGTCATCTCAGACAGTGTATTAGCCGGGATCTTCTACTTT
ATCGGCTTTGGTCTCTTCTGCTCGGAGTCACTTCTGAGTCTATGGGTTCTTCAGAAAATT
TACCTCTACTTTAGGGGAAACAAGTAAAAAGAGAAGGAAGAGAGGATGGTGGTAATTTTC
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TTGTGTTGAGGTAAATTCTTTAGTTACTATAGTTGCAAGAGTGGTTGTTCAGCTATTTCT
TTAGTTTTTTTTTTCTGCAATACCTTTAGTACC

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DS 

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GAGAAAGCTTGCTGACTGGGAAGCTGAGCTTAGGAAGAAAGAAATGGATATTAAACGGAG
AGAGGATGCTATTGCTAAATCTGGTGTTCAGATAGATGACAAGAACTGGCCCCCGTTTTT
TCCAATCATACACCATGACATTGCTAATGAGATACCAGTTCATGCTCAAAAGCTGCAGTA
TCTGGCTTTTGCTAGTTGGTTAGGTATCGTTTTGTGTCTGCTATTCAATGTGATTGCAAC
CATGGTCTGCTGGATTAAAGGCGGAGGTGTGAAGATCTTTTTCCTTGCCACAATATATGC
GTTGATGGGATGTCCACTTTCTTATGTTGTGTGGTACAGGCCTCTCTACCGAGCCATGAG
GACTGACAGCGCTTTGAAGTTTGGTTGGTTTTTCTTCACCTACTTGATTCACATTGGCTT
CTGCATCGTTGCCGCCATTGCCCCGCCCATCTTTTTCCATGGAAAATCATTAACGGGTGT
GCTTGCAGCAATTGATGTCATCTCAGACAGTGTATTAGCCGGGATCTTCTACTTTATCGG
CTTTGGTCTCTTCTGCTTGGAGTCACTTCTGAGTCTATGGGTTCTTCAGAAAATTTACCT
CTACTTTAGGGGAAACAAGTAAAAAGAGAAGGAAGAGAGGATGGTGGTAATTTTCCCTTA
CGGGTAAAAGGTTTGAAGTATGTGCATCTCGTATGAATATAATTACATATTACCATTGTG
TTGAGGTAAATTCTTTAGTTACTATAGTTGCAAGAGTGGTTGTTCAGCTATTTCTTTAGT
TTTTTTTT*CTGCAATACCTTTAGTACCAGTGTCGTTCTCTGAACGTTTGGAATTTTTTC
TCGACTAAGTGAACTTTTGAAAGAC

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DS 



AS 1 9

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GTAGTAGTTCAAAAAAAAAAAGAACTGATGATAATGGTAACGATACATGCTTGACGAGAA
AAGCATCACTTTCACAGCGTCAAAAGATGGTAAAAGTATGTACAGGTTTTGGAATTAGAC
ACATGGGTACAACACTCTCTCTTAGTAGCAGAGGGTTTCAGATGTTGGGGCCTGACCTAA
GAACCTTTTCCAGCTTCTCGGCCTTAAGGTAATCAATCTCTGTAAGCGGACCAGCTGGAA
AAGGTGTGATCTCAACCACCAAATGTGGCGTCGGTAACTCATCAAACAAAGCTCTCACGT
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GGTGCCATTTGCTCACTAGCTTCCTCTTATCAGCTGCATCCTTATCTGGTTTGCCCTTAA
TGTTCTGAATCCACTTGGAGAAACCAAGATCCACAGCAGCAGAACCATCATCTTCAACAT
CAACACCGCCACTCTCCAAACCAGAGACGATGGGGTTAGACTTGGATCCAGCTAAACCGG
CTCTGACGAGGGCGTAAAAGACGCAGATTCGACCAGCCCACAAGACAGGCGTCTCGAGCA
GGGAAGCGCGAGGAGACCCGTTTGAGGGTTTCTTCTTCGTGGAGCGGAAGATCCGGTGGA
AAGCTGTTAACTTGGTCGAATCAGGAAAGATTGACTTTTGGAGAAGTATACCAGAGGAGG
AGGAGGAGGAGGGCTTGGGAAGAGTTGATTGGGATCTCAAGTAGGACACTGAAGCGGCTT
GGACTAGTGACAGTGGCATTGCTTTCTTCTTTGTTTTTTCTTTTGGGCGGCGCAAAGAGA
ATCTTACGGGTAAGGAAAGGACTCGGAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3FA56JQ U 72
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AF RR3EY30JQ U 96
AF RR3BX01JQ U 26
AF RR3CQ15JQ U 1
AF RR3EH79JQ U 72
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AF RR3EH79TF C 352
AF RR3FA56TF C 520
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CC
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AACCACCAAATGTGGCGTCGGTAACTCATCAAATAAAGCTCTCACGTTGTTGCAACAGAC
GCTTTGACCGTGTGCACTCTCTCGCCGTATTTGACAGCCCTTGTGAGATGTTGCATCTCT
AAAGTGGTCATCATCTGA
AAAAA

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DS 

RD RR3FP10JQ 597 0 0
G
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GGTGATAATGGTAATGATACATGCTTGACGAGAAAAGCATCACTTTCACAGCGTCAAAAG
ATGGTAAAAGTATGTACAGGTTTTGAAATTAGACACATGGGTACAACACTCTCTCTTAGT
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AGGTAATCAATCTCTGTAAGCGGACCAGCTGGAAAAGGTGTGATCTCAACCACCAAATGT
GGCGTCGGTAACTCATCAAACAAAGCTCTCACGTTGTTGCAACAGACGCTTTGACCGTGT
GCACTCTCTCGCCGTATTTGACAGCCCTTGTGAGATGTTGCATCTCTAAAGTGGTCATCA
TCTGAGAGAAGAGAGGCAATGGCCTTGAGCAGACGGTTTCCTTCACCTTTGGAAGGTACC
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TTATCAGCTGCATCCTTATCTGGTTTGCCCTTAATGTTCTGAATCCACTTGGAGAA

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DS 

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GTATGTACAGGTTTTGGAATTAAACACATGGGTACAACACTCTCTCTTAGTAGCAGAGGG
TTTCAGATGTTGGGGCCTGACCTAAGAACCTTTTCCAGCTTCTCGGCCTTAAGGTAATCA
ATCTCTGTAAGCGGACCAGCTGGAAAAGGTGTGATCTCAACCACCAAATGTGGCGTCCGT
AACTCATCAAATAAAGCTCTCACGTTGTTGCAACAGACGCTTTGACCGTGTGCACTCTCT
CGCCGTATTTGACAGCCCCTGTGAGATGTTGCATCTCTAAAGTGGTCATCATCTGAGAGA
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CTTCTAAGTGTTCCCTTTGTCGTTGGGTGCCATTTGCTCACTAGCTTCCTCTTATCAGCT
GCATCCTTATCTGGTTTGCCCTTAATGTTCTGAATCCACTTGGAGAAACCAAGATCCAC

QA 1 539 1 539
DS 

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A
CAACCTTAAAACGATCTTTTTAATCATGATAGTGGTAGTAGTTCCAAAAAAA***GAACT
GATGATGATGGTAACGATACATGCTTGACGAGAAAAGCATCACTTTCACAGCGTCAAAAG
ATGGTAAAAGTATGTACAGGTTTTGGAATTAGACACATGGGTACAACACTCTCTCTTAGT
AGCAGAGGGTTTCAGATGTTGGGGCCTGACCTAAGAACCTTTTCCAGCTTCTCGGCCTTA
AGGTAATCAATCTCTGTAAGCGGACCGGCTGGAAAAGGTGTGATCTCAACCACCAAATGT
GGCGTCGGTAACTCATCAAATAAAGCTCTCACGTTG***CAACAGACGCTTTGACCGTGT
GCACTCTCTCGCCGTATTTGACAGCCCTTGTGAGATGTTGCATCTCTAAAGTGGTCATCA
TCTGAGAGAAGAGAGGCAATGGCCTTGAGGAGACGGTTTCCTTCACCTTTGGAAGGTACC
CTGTAGTTCCTTCTAAGTGTTCCCTTTGTCGTTGGGTGCCATTTGCTCACTAGCTTCCTC
TTATCAGCTGCATCCTTATCTGGTTTGCCCTTAATGTTCTGAATCCACTTGGAGAAACCA
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ACGATGGGGTTAGACTTGGATCCAGCTAAACCGGCTCTGACGAGGGCGTAAAAGAC

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DS 

RD RR3CQ15JQ 787 0 0
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GTAGTAGTTCAAAAAAAAAAAGAACTGGTGATAATGGTAATGATACATGCTTGACGAGAA
AAGCATCACTTTCACAGCGTCAAAAGATGGTAAAAGTATGTACAGGTTTTGAAATTAGAC
ACATGGGTACAACACTCTCTCTTAGTAGCAGAGGGTTTCAGATGTTGGGGCCTGACCTAA
GAACCTTTTCCAGCTTCTCGGCCTTAAGGTAATCAATCTCTGTAAGCGGACCAGCTGGAA
AAGGTGTGATATCAACCACCAAGTGTGGCGTCGGTAACTCATCAAACAAAGCTCTCACGT
TGTTGCAACAGACGCTTTGACCGTGTGCACTCTCTCGCCGTATTTGACAGCCCTTGTGAG
ATGTTGCATCTCTAAAGTGGTCACCATCTGAGAGAAGAGAGGCAATGGCCTTGAGCAGAC
GGTTTCCTTCACCTTTGGAAGGTACCCTATAGTTCCTTCTTAGTGTTCCCTTTGTCGTTG
GGTGCCATTTGCTCACTAGCTTCCTCTTATCAGCTGCATCCTTATCTGGTTTGCCCTTAA
TGTTCTGAATCCACTTGGGGAAACCAAGATCCACAGCTGCAGTACCATCATCTTCAACAT
CAACACCGCCACTCTCCAAACCAGAGACGATGGGGTTAGACTTGGATCCAGCTAAACCAG
CTCTGACGAGGGTGTAAAAGACGCAGATTCGACCAGCCCACAAGACAG*CGTCTCGAGCA
GG
AAGCG

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DS 

RD RR3EH79JQ 759 0 0
CC
AAAAAAAAGAACTGATGATAATGGTAACGATACATGCTTGACGAGAAAAGCATCACTTTC
ACAGCGTCAAAAGATGGTAAAAGTATGTACAGGTTTTGGAATTAGACACATGGGTACAAC
ACTCTCTCTTAGTAGCAGAGGGTTTCAGATGTTGGGGCCTGACCTAAGAACCTTTTCCAG
CTTCTCGGCCTTAAGGTAATCAATCTCTGTAAGCGGACCAGCTGGAAAAGGTGTGATCTC
AACCACCAAATGTGGCGTCGGTAACTCATCAAATAAAGCTCTCACGTTGTTGCAACAGAC
GCTTTGACCGTGTGCACTCTCTCGCCGTATTTGACAGCCCTTGTGAGATGTTGCATCTCT
AAAGTGGTCATCATCTGAGAGAAGAGAGGCAATGGCCTTGAGGAGACGGTTTCCTTCACC
TTTGGAAGGTACCCTGTAGTTCCTTCTAAGTGTTCCCTTTGTCGTTGGGTGCCATTTGCT
CACTAGCTTCCTCTTATCAGCTGCATCCTTATCAGGTTTGCCCTTAATGTTCTGAATCCA
CTTGGAGAAACCAAGATCCACAGCAGCAGAACCATCATCTTCAACATCAACACCGCCACT
CTCCAAACCAGAGACGATGGGGTTAGACTTGGATCCAGCTAAACCGGCTCTGACGAGGGC
GTAAAAGACGCAGATTCGACCAGCCCACAAGACAGGCGTCTCGAGCAGGGAAGCGCGAGG
AGACCCGTTTGAGGGTTTCTTCTTCGTGGAGCGGAAG

QA 3 759 3 759
DS 

RD RR3FP10TF 742 0 0
AAGGTAATCAATCTCTGTAAGCGGACCAGCTGGAAAAGGTGTGATCTCAACCACCAAATG
TGGCGTCGGTAACTCATCAAACAAAGCTCTCACGTTGTTGCAACAGACGCTTTGACCGTG
TGCACTCTCTCGCCGTATTTGACAGCCCTTGTGAGATGTTGCATCTCTAAAGTGGTCATC
ATCTGAGAGAAGAGAGGCAATGGCCTTGAGCAGACGGTTTCCTTCACCTTTGGAAGGTAC
CCTGTAGTTCCTTCTTAGTGTTCCCTTTGTCGTTGGGTGCCATTTGCTCACTAGCTTCCT
CTTATCAGCTGCATCCTTATCTGGTTTGCCCTTAATGTTCTGAATCCACTTGGAGAAACC
AAGATCCACAGCTGCAGTACCATCATCTTCAACATCAACACCGCCACTCTCCAAACCAGA
GACGATGGGGTTAGACTTGGATCCAGCTAAACCAGCTCTGACGAGGACGTAAAAGACGCA
GATTCGACCAGCCCACAAGACAGGCGTCTCGAGCAGGGAAGCGCGAGGAGACCCGTTTGA
GGGTTTCTTCTTCGTGGAGCGGAAGATCCGGCGGAAAGCTGTCAACTTGGTCGAATCAGG
AAAGATTGACTTTTGGAGAAGTATACCAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGGCTTGGGAAGAGT
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CTTCTTTGTTTTTT
TCTTTTCC

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DS 

RD RR3EH79TF 700 0 0
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CCTTGTGAGATGTTGCATCTCTAAAGTGGTCATCATCTGAGAGAAGAGAGGCAATGGCCT
TGAGGAGACGGTTTCCTTCACCTTTGGAAGGTACCCTGTAGTTCCTTCTAAGTGTTCCCT
TTGTCGTTGGGTGCCATTTGCTCACTAGCTTCCTCTTATCAGCTGCATCCTTATCAGGTT
TGCCCTTAATGTTCTGAATCCACTTGGAGAAACCAAGATCCACAGCAGCAGAACCATCAT
CTTCAACATCAACACCGCCACTCTCCAAACCAGAGACGATGGGGTTAGACTTGGATCCAG
CTAAACCGGCTCTGACGAGGGCGTAAAAGACGCAGATTCGACCAGCCCACAAGACAGGCG
TCTCGAGCAGGGAAGCGCGAGGAGACCCGTTTGAGGGTTTCTTCTTCGTGGAGCGGAAGA
TCCGGTGGAAAGCTGTTAACTTGGTCGAATCAGGAAAGATTGACTTTTGGAGAAGTATAC
CAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGGCTTGGGAAGAGTTGATTGGGATCTCAAGTAGGACACTG
AAGCGGCTTGGACTAGTGACAGTGGCATTGCTTTCTTCTTTGTTTTTTCTTTTGGGCGGC
GCAAAGAGAATCTTACGGGTAAGGAAAGGACTCGGAGTCC

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DS 

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CCTTATCAGGTTTGCCCTTAATGTTCTGAATCCACTTGGAGAAACCAAGATCCACAGCAG
CAGAACCATCATCTTCAACATCAACACCGCCACTCTCCAAACCAGAGACGATGGGGTTAG
ACTTGGATCCAGCTAAACCGGCTCTGACGAGGGCGTAAAAGACGCAGATTCGACCAGCCC
ACAAGACAGGCGTCTCGAGCAGGGAAGCGCGAGGAGACCCGTTTGAGGGTTTCTTCTTCG
TGGAGCGGAAGATCCGGTGGAAAGCTGTTAACTTGGTCGAATCAGGAAAGATTGACTTTT
GGAGAAGTATACCAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGGCTTGGGAAGAGTTGATTGGGATCTCA
AGTAGGACACTGAAGCGGCTTGGACTAGTGACAGTGGCATTGCTTTCTTCTTTGTTTTTT
CTTTTGGGCGGCGCAAAGAGAATCTTACGGGTAAGGAAAGGACTCGGAGTCC

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 10

CO CL392Contig1 627 10 3 U
ATTCCTAAAAGTTTCTATGGCTCCTAAGGCTCTTGCAGTTACAGCTCTTCTTCTCACACT
TAATCTTCTTTTCTTCAGTTTTGTAACTTCCACAAAATGTCCACCAACTACTCCTAAAAC
CCCAAAATCTCCAAAGAAGCCCCCGGCGGTTAAACCCACTTGTCCTACCGACACACTTAA
GCTTGGTGTTTGCGCAGACCTATTGGGCTTAGTTAACGTTCTTGTTGGTTCTCCACCAAA
GACCCCTTGTTGTGCACTTCTTAATGGTCTTGCTAACCTTGAAGCTGCAGTTTGTCTTTG
CACCGCTCTTAAAGCCAATATCTTGGGGATTAATCTCAATGTTCCCGTCGATCTGAGCTT
GTTATTGAACTATTGTGGCAAGAAACTTCCTTATGGCTTCCAATGTGCTTGAAGAGATTT
CAAAAAGATAAATCTCTTCGTTGTGCTTTGTTCTGTTGCTTTCTATTGTTATTTTGTTTG
TGAGAAAAATGCAAATCTCCAACTTTTGTTATTTCATATTGAATGGGTTTTAATGTGAGG
GTTGAACTTGTTAATGAAATCGTTTAATGTAATATCTTAATAATGTAAATGTGCGGTTGA
TAAAAATTATCAGTTCCATGATTCCTT


BQ
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 45 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 
60 45 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 45 60 45 60 60 60 45 60 60 60 60 60 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 
35 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DX39TF U 1
AF RR3BS19TF U 1
AF RR3FP19TF U 1
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DS 

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GCTTGGTGTTTGCGCAGACCTATTGGGCTTAGTTAACGTTCTTGTTGGTTCTCCACCAAA
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C*CCGCTCTTAAA*CCAATATCTTGGGG*TTAATCTCAATGT*CCCGTCGATCTGAGCTT
GT
ATGACT

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DS 

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GCTTGGTGTTTGCGCAGACCTATTGGGCTTAGTTAACGTTCTTGTTGGTTCTCCACCAAA
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GTTGAACTTGTTAATGAAATCGTTTAATGTA

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DS 

RD RR3ED95TF 598 0 0
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CACCGCTCTTAAAGCCAATATCTTGGGGATTAATCTCAATGTTCCCGTCGATCTGAGCTT
GTTATTGAACTATTGTGGCAAGAAACTTCCTTATGGCTTCCAATGTGCTTGAAGAGATTT
CAAAAAGATAAATCTCTTCGTTGTGCTTTGTTCTGTTGCTTTCTATTGTTATTTTGTTTG
TGAGAAAAATGCAAATCTCCAACTTTTGTTATTTCATATTGAATGGGTTTTAATGTGAGG
GTTGAACTTGTTAATGAAATCGTTTAATGTAATATCTTAATAATGTAAATGTGCGGTT

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DS 

RD RR3FX27TF 598 0 0
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GACCCCTTGTTGTGCACTTCTTAATGGTCTTGCTAACCTTGAAGCTGCAGTTTGTCTTTG
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GTTGAACTTGTTAATGAAATCGTTTAATGTAATATCTTAATAATGTAAATGTGCGGTTGA
TAAAA*TTATCAGTTCCA

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TAATCTTCTTTTCTTCAGTTTTGTAACTTCCACAAAATGTCCACCAACTACTCCTAAAAC
CCCAAAATCTCCAAAGAAGCCCCCGGCGGTTAAACCCACTTGTCCTACCGACACACTTAA
GCTTGGTGTTTGCGCAGACCTATTGGGCTTAGTTAACGTTCTTGTTGGTTCTCCACCAAA
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GTTATTGAACTATTGTGGCAAGAAACTTCCTTATGGCTTCCAATGTGCTTGAAGAGATTT
CAAAAAGATAAATCTCTTCGTTGTGCTTTGTTCTGTTGCTTTCTATTGTTATTTTGTTTG
TGAGAAAAATGCAAATCTCCAACTTTTGTTATTTCATATTGAATGGGTTTTAATGTGAGG
GTTGAACTTGTTAATGAAATCGTTTAATGTAATATCTTAATAATGTAAATGTGCGGTTGA
T

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TAAAGCCAATATTTTGGGGATTAATTTCAATGTTCCCGTCGATTTGAGCTTGTTATTGAA
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GTTATTTCATATTGAATGGGTTTTAATGTGAGGGTTGAACTTGTTAATGAAATCGTTTAA
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DS 



AS 1 8

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ATATGCCTCATAGTGTCGAATATAGCCATGCCAGCTGTAACTGATCCACCAGGAGAATTC
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ATTATGTTGGCCATATCATCATCCACAGCACCACCACAGCGAATAATCCTATATTGGAAG
AGCTGGCTTATGATACTCTGGAAACGCTCCTGCACCATAGGAGGTGGTCCTTGTCCTTGT
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GGCTCGAAAGGGAGAGAAAGCTTCTGAGAATCGAAAGAGGAGGCGTTGGGACTCGCGGAG
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TTCTTGTTCAACGAAACCCTAATTTCGTCACCGGCGAGGCTTATCCTTTCCGAAATTTGG
GGATTTTTTTTTGTTTCGAAGAGTGACTAATCTGACTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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AF RR3GN07JQ U 20
AF RR3GV20JQ U 20
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QA 1 656 1 656
DS 

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CGCTCT

QA 1 803 1 803
DS 

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GATG
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QA 5 782 5 782
DS 

RD RR3GV20JQ 783 0 0
GATG
GCCAATAATTCGATTACAAAGGATCAAAACATTACAAAGTCATTGTTTTTCAATAAAACA
GCAGAGAAAGAACTTTACTTGTTTTTCATGTATGTATCAGCTACTGATTTTGATTTCATT
CTAGAAGAAAAGGCACATTTAATGGAAACCTTAAGTTCAGAAAAGGCCCATCAAAAATAG
AAGTGCCAAGCCGAAACATTACCTTCAGGCGATCGATCAAGCTGCGGCAAGTGGCTGAAG
AGTTTTAAGAGGGTTCATGATGACACCATCGATAAGCCCGTAATCTTTTGCTTCTTTAGC
ACTCATGAAGAAATCACGGTCTGTGTCTTGGTTTATCCTCTCAAGGCTTTGACCAGTTTG
GTAAGCGAGGTAACCGTTTAGGTTTGCCTTGTGATGCAGCATTTCATTTGCCTGAATGTC
GATATCGGTTTGGCCACCTTGAGCTCCACCAAGAGGTTGATGGATCATTATCCTTGAGTT
TGGCAGACTGTATCTTTTCCCTTTGGTTCCAGCACTAAGCAGAAATGCACCCATACTAGC
AGCTAGACCGACACAAACAGTGGAGACATCAGGTCGGATATGCCTCATAGTGTCGAATAT
AGCCATGCCAGCTGTAACTGATCCACCAGGAGAATTCACATACATGACGATATCCTTAGT
GGGATCAACAGCATCAAGGTAGAGAAGCTGAGCCACGATTATGTTGGCCATATCATCATC
CACAGCACCACCACAGCGAATAATCCTATATTGGAAGAGCTGGCTTATGATACTCTGGA

QA 5 783 5 783
DS 

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TTTGGCAGACTGTATCTTTTCCCTTTGGTTCCAGCACTAAGTAGAAATGCACCCATACTA
GCAGCTAGACCGACACAAACAGTGGAGACATCAGGTCGGATATGCCTCATAGTGTCGAAT
ATAGCCATGCCAGCTGTAACTGATCCACCAGGAGAATTCACATACATGACGATATCCTTA
GTGGGATCAACAGCATCAAGGTAGAGAAGCTGAGCCACGATTATGTTGGCCATATCATCA
TCCACAGCACCACCACAGCGAATAATCCTATATTGGAAGAGCTGGCTTATGATACTCTGG
AAACGCTCCTGCACCATAGGAGGTGGTCCTTGTCCTTGTGCGTACACAGGAAAGTAAGGC
GAAGAAGGCACTTGTAAATCATCTCTGATGGACCAAACTCCTTGCGGCGAAGGAGTATCC
GGTGTCCAGAGATTGCCGGAGTATACAGCCTTCGGAGTTGATGAGCTCCTCCACTTCTTT
CTCTCGCTAACTAACTTCTTCGTCTTTCTTGAACGAAGGGGCTCGAAAGGGAGAGAAAGC
TTCTGAGAATCGAAAGAGGAGGCGTTGGGACTCGCGGAGACGAATCCAGCTGTAAACCTG
AGAGAAGAAGCCGATGTGGAGACGCAAGCGTGAGCCATCTTCA*GTTCAACGAAACCCTA
ATTTCGTCACCGGCGAGGCTTATCCTTTCCGAAATTTGGGGATTTTTTTTTGTTTCGAAG
AGTGACT
CC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3G750TF 714 0 0
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GACATCAGGTCGGATATGCCTCATAGTGTCGAATATAGCCATGCCAGCTGTAACTGATCC
ACCAGGAGAATTCACATACATGACGATATCCTTAGTGGGATCAACAGCATCAAGGTAGAG
AAGCTGAGCCACGATTATGTTGGCCATATCATCATCCACAGCACCACCACGGCGAATAAT
CCTATATTGGAAGAGCTGGCTTATGATACTCTGGAAACGCTCCTGCACCATAGGAGGTGG
TCCTTGTCCTTGTGCGTACACAGGAAAGTAAGGCGAAGAAGGCACTTGTAAATCATCTCT
GATGGACCAAACTCCTTGCGGCGAAGGAGTCTCCGGTGTCCAGAGATTGCCGGAGTATAC
AGCCTTCGGAGTTGATGAGCTCCTCCACTTCTTTCTCTCGCTAACTAACTTCTTCGTCTT
TCTTGAACGAAGGGGCTCGAAAGGGAGAGAAAGCTTCTGAGAATCGAAAGAGGAGGCGTT
GGGACTCGCGGAGACGAATCCAGCTGTAAACCTGAGAGAAGAAGCCGATGTGGAGACACA
AGCGTGAGCCATCTTCTTGTTCAACGAAACCCTAATTTCGTCACCGGCGAGGCTTACCCT
TTCCGAAATTTGGGGATTTTTTTTTGTTTCGAAGAGTGACTAATCTGACTACCC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3GV20TF 714 0 0
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GACATCAGGTCGGATATGCCTCATAGTGTCGAATATAGCCATGCCAGCTGTAACTGATCC
ACCAGGAGAATTCACATACATGACGATATCCTTAGTGGGATCAACAGCATCAAGGTAGAG
AAGCTGAGCCACGATTATGTTGGCCATATCATCATCCACAGCACCACCACAGCGAATAAT
CCTATATTGGAAGAGCTGGCTTATGATACTCTGGAAACGCTCCTACACCATAGGAGGTGG
TCCTTGTCCTTGTGCGTACACAGGAAAGTAAGGCGAAGAAGGCACTTGTAAATCATCTCT
GATGGACCAAACTCCTTGCGGCGAAGGAGTCTCCGGTGTCCAGAGATTGCCGGAGTATAC
AGCCTTCGGAGTTGATGAGCTCCTCCACTTCTTTCTCTCGCTAACTAACTTCTTCGTCTT
TCTTGAACGAAGGGGCTCGAAAGGGAGAGAAAGCTTCTGAGAATCGAAAGAGGAGGCGTT
GGGACTCGCGGAGACGAATCCAGCTGTAAACCTGAGAGAAGAAGCCGATGTGGAGACGCA
AGCGTGAGCCATCTTCTTGTTCAACGAAACCCTAATTTCGTCACCGGCGAGGCTTATCCT
TTCCGAAATTTGGGGATTTTTTTTTGTTTCGAAGAGTGACTAATCTGACTACCC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3EY11TF 707 0 0
GCACTAAGCAGAAATGCACCCATACTAGCAGCTAGACCGACACAAACAGTGGAGACATCA
GGTCGGATATGCCTCATAGTGTCGAATATAGCCATGCCAGCTGTAACTGATCCACCAGGG
GAATTCACATACATGACGATATCCTTAGTGGGATCAACAGCATCAAGGTAGAGAAGCTGA
GCCACGATTATGTTGGCCATATCATCATCCACAGCACCACCACAGCGAATAATCCTATAT
TGGAAGAGCTGGCTTATGATACTCTGGAAACGCTCCTGCACCATAGGAGGTGGTCCTTGT
CCTTGTGCGTACACAGGAAAGTAAGGCGAAGAAGGCACTTGTAAATCATCTCTGATGGAC
CAAACTCCTTGCGGCGAAGGAGTCTCCAGTGTCCAGAGATTGCCGGAGTATACAGCCTTC
GGAGTTGATGAGCTCCTCCACTTCTTTCTCTCGCTAACTAACTTCTTCGTCTTTCTTGAA
CGAAGGGGCTCGAAAGGGAGAGAAAGCTTCTGAGAATCGAAAGAGGAGGCGTTGGGACTC
GCGGAGACGAATCCAGCTGTAAACCTGAGAGAAGAAGCCGATGTGGAGACGCAAGCGTGA
GCCATCTTCTTGTTCAACGAAACCCTAATTTCGTCACCGGCGAGGCTTATCCTTTCCGAA
ATTTGGGGATTTTTTTTTGTTTCGAAGAGTGACTAATCTGACTACCC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 2 9

CO CL394Contig1 865 6 27 U
GGAGAGAGAGAAAATAAAATCTCATACCATGGCTTCGCTTCCTGTCCACTTCTCCAGGAA
TCATTTCTCTTCGCCCAATTTCTCCCGCAGATTCCGCCGTTCCACCGAGACCAGATCTTT
TGTAGCTCTTGTACATTGCTCCGCTAGAGAAAATGATCAAGGAATCAAGAAGACTTTGTT
TCCTGTGAAGGAGCTTGGATGTTTCGCTTGCGCCGCTCTTTCTGCTTTCACTCTCACAAT
GGCCTCTCCTGTCATTGCTGCTAACCAGAGACTTCCTCCGCTTTCAACAGATCCAACTCG
GTGTGAACAGGCTTTTGTTGGTAACACGATAGGTCAAGCAAACGGGGTCTATGACAAGCC
ACTCGATCTCAGGTTCTGCGACTACACCAACGATCAGTCTAATCTCAAAGGCAAGACTCT
CTCTGCTGCCTTGATGTCAGGTGCCAAGTTTGATGGTGCTGACATGTCTGAAGTCGTTAT
GTCTAAAGCTTACGCCGTTGGAGCTAGCTTCAAGGGGGTGAATTTCTCGAATGCCGTTAT
CGATCGGGTGAACTTCGGGAAGTCGGATCTAAAAGGAGCTGTGTTCAAGAACACGGTGTT
GTCAGGTTCGACATTCGAGGAGGCAAACCTGGAGGATGTGGTCTTTGAGGACACCATCAT
TGGTTACATAGACCTTCAGAAGATATGTAG*AACGTGACAATAAACGAAGAAG*AAGACT
CGTCTTGGGTTGCAGATAAATAAGAGATGAAGAGACAAAAGGGTTTTGGATTTGGTGTGT
GTGTGTGTGTAAGAATTTGAGAGTTGACACAAAAGAATGTATGAACAAATAAGCGTACGT
TTCAGTGTTGAAGGATATTAGGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 15 30 5 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 5 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E581TF U 1
AF RR3HB96TF U 14
AF RR3DH67TF U 13
AF RR3C669TF U 14
AF RR3CL06TF U 14
AF RR3CL06JQ C 90
BS 1 89 RR3E581TF
BS 90 90 RR3CL06TF
BS 91 170 RR3E581TF
BS 171 171 RR3CL06TF
BS 172 204 RR3E581TF
BS 205 205 RR3CL06TF
BS 206 237 RR3E581TF
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BS 417 488 RR3E581TF
BS 489 489 RR3C669TF
BS 490 509 RR3E581TF
BS 510 510 RR3C669TF
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BS 525 525 RR3C669TF
BS 526 588 RR3E581TF
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BS 598 598 RR3CL06TF
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BS 741 743 RR3CL06JQ
BS 744 754 RR3C669TF
BS 755 865 RR3CL06JQ

RD RR3E581TF 588 0 0
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TCCTGTGAAGGAGCTTGGATGTTTGGCTTGCGCCGCTCTTTCTGCTTTCACTCTCACTAT
GGCCTCTCCTGTCATTGCTGCTAATCAGAGACTTCCTCCGCTTTCAACGGATCCAACTCG
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ACTCGATCTCAGGTTCTGCGACTACACCAACGATCAGTCTAATCTCAAAGGCAAGGCTCT
CTCTGCTGCCTTGATGTCAGGTGCCAAGTTTGATGGTGCTGACATGTCTGAAGTCGTTAT
GTCTAAAGTTTACGCCGTTGGAGCTAGCTCCAAGGGGGTGAATTCCTCGAATGCCGTTAT
CGATCGGGTGAACTTCGGGAAGTCGGATCTAAAAGGAGCTGTGTTCAA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3HB96TF 617 0 0
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TTCTGCGACTACACCAACGATCAGTCTAATCTCAAAGGCAAGACTCTCTCTGCTGCCTTG
ATGTCAGGTGCCAAGTTTGATGGTGCTGACATGTCTGAAGTCGCTATGTCTAAAGCTTAC
GCCGTTGGAGCTAGCTTCAAGGGGGTGAATTTCTCGAATGCCGTTATCGATCGGGTGAAC
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TTCGAGGAGGCAAACCT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3DH67TF 696 0 0
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ATGGCTTCGCTTCCTGTCCACTTCTCCAGGAATCATCTCTCTTCGCCCAATTTCTCCGGC
AGATTCCGCCGTTCCACCGAGACCAGATCTTTTGTAGCTCTTGTACATTGCTCCGCTAGA
GAAAATGATCAAGAAATCAAGAAGACTTTGTTTCCTGTGAAGGAGCTTGGATGTTTAGCT
TGCGCTGCTCTTTCCGCTTTCACTCTCACAATGGCCTCTCCTGTCATTGCTGCTAACCAG
AGACTTCCTCCGCTTTCAACAGATCCAACTCGGTGTGAACAAGCTTTTGTCGGTAACACG
AT*GGTCAAGCAAACGGGGTCTATGACAAGCCACTCGATCTCAGGTTCTGCGACTACACC
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TTTGATGGTGCTGACATGTCTGAAGTCGTTATGTCTAAAGCTTACGCCGTTGGAGCTAGC
TTCAAGGGGGTGAATTTCTCGAATGCCGTTATCGATCGGGTGAACTTCGGGAAGTCGGAT
CTAAAAGGAGCTGTGTTCAAGAACACGGTGTTGTCAGGTTCCACATTCGAGGAGGCAAAC
CTGGAGGATGTGGTCTTTGAG*ACACCATCATTGGTTACATAGACCTTCAGAAGATATGT
AG*AACGAGACA
TAAACGAA

QA 17 688 17 688
DS 

RD RR3C669TF 741 0 0
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CCCAATTTCTCCCGCAAATTCCGCCATTCCACCGAGACCAGATCTTTTGTAGCTCTTGTA
CATTGCTCCGCTAGAGAAAATGATCAAGGAATCAAGACGACTTTGTTTCCTGTGAAGGAG
CTTGGATGTTTGGCTTGCGCCGCTCTTTCTGCTTTCACTCTCACTATGGCCTCTCCTGTC
ATTGCTGCTAATCAGAGACTTCCTCCGCTTTCAACGGATCCAACTCGGTGTGAACAGGCT
TTTGTTGGTAACACGATAGGTCAAGCAAACGGGGTCTATGACAAGCCACTCGATCTCAGG
TTCTGCGACTACACCAACGATCAGTCTAACCTCAAAGGCAAGACTCTCTCTGCTGCCTTG
ATGTCAGGTGCCAAGTTTGATGGTGCTGACATGTCTGAAGTCGTTATGTCTAAAGCTTAC
GCCGTTGGAGCTAGCTTCAAGGGGGTGAATTTCTCGAATGCCGTTATCGATCGGGTGAAC
TTCGGGAATTCGGATCTAAAAGGAGCTGTGTTCAAGAACACGGTTTTGTCAGGTTCGACA
TTCGAGGAGGCAAACCTGGAGGATGTGGTCTTTGAGGACACCATCATTGGTTACATAGAC
CTTCAGAAGATATGTAG*AACGTGACAATAAACGAAGAAG*AAGACTCGTCTTGGGTTGC
AGATAAA***GAGATGAAGAG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3CL06TF 729 0 0
ATAAAATCTCATACCATGGCTTCGCTTCCTGTCCACTTCTCCAGGAATCATCTCTCTTCC
CCCAATTTCTCCGGAAGATTCCGCCGTTCCACCGAGACCAGATCTTTTGTAGCTCTTGTA
CATTGCTCCGCTAGAGAAAATGATCAAGGAATCAAGAAGACTTTGTTTCCTGTGAAAGAG
CTTGGATGTTTCGCTTGCGCCGCTCTTTCTGCTTTCACTCTCACAATGGCCTCTCCTGTC
ATTGCTGCTAACCAGAGGCTTCCTCCGCTTTCAACAGATCCAACTCGGTGTGAACAGGCC
TTTGTTGGTAACACGATAGGTCAAGCAAACGGGGTCTATGACAAGCCACTCGATCTCAGG
TTCTGCGACTACACAAACGATCAGTCTAATCTCAAAGGCAAGACTCTCTCTGCAGCCTTG
ATGTCAGGTGCCAAGTTTGATGGTGCTGACATGTCTGAAGTCGTTATGTCTAAAGCTTAT
GCCGTTGGAGCTAGCTTCAAGGGGGTGAATTTCTCGAATGCCGTTATCGATCGGGTCAAC
TTCGGGAAGTCGGATCTAAAAGGAGCTGTGTTCAAGAACACGGTGTTGTCAGGTTCGACA
TTCGAGGAGGCAAACCTGGAGGATGTGGTCTTTGAGGACACCATCATTGGTTACATAGAC
CTTCAGAAGATATGTAG*AACGTGACAATAAACGAAGAAG*AAGACTCGTCTTGGGTTGC
AGATAAA
AA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3CL06JQ 776 0 0
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AAAATGATCAAGGAATCAAGAAGACTTTGTTTCCTGTGAAAGAGCTTGGATGTTTCGCTT
GCGCCGCTCTTTCTGCTTTCACTCTCACAATGGCCTCTCCTGTCATTGCTGCTAACCAGA
GGCTTCCTCCGCTTTCAACAGATCCAACTCGGTGTGAACAGGCCTTTGTTGGTAACACGA
TAGGTCAAGCAAACGGGGTCTATGACAAGCCACTCGATCTCAGGTTCTGCGACTACACAA
ACGATCAGTCTAATCTCAAAGGCAAGACTCTCTCTGCAGCCTTGATGTCAGGTGCCAAGT
TTGATGGTGCTGACATGTCTGAAGTCGTTATGTCTAAAGCTTATGCCGTTGGAGCTAGCT
TCAAGGGGGTGAATTTCTCGAATGCCGTTATCGATCGGGTCAACTTCGGGAAGTCGGATC
TAAAAGGAGCTGTGTTCAAGAACACGGTGTTGTCAGGTTCGACATTCGAGGAGGCAAACC
TGGAGGATGTGGTCTTTGAGGACACCATCATTGGTTACATAGACCTTCAGAAGATATGTA
GGAACGTGACAATAAACGAAGAAGGAAGACTCGTCTTGGGTTGCAGATAAATAAGAGATG
AAGAGACAAAAGGGTTTTGGATTTGGTGTGTGTGTGTGTGTAAGAATTTGAGAGTTGACA
CAAAAGAATGTATGAACAAATAAGCGTACGTTTCAGTGTTGAAGGATATTAGGACT

QA 1 776 1 776
DS 



CO CL394Contig2 832 3 9 U
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CCCTTTTGTCTGATTACAAACTTTTACAGGAATTAATTATACAAACCTCATAACACTCTT
CTGAGTCCTAATATCCTTCAACACTTGAACGTACTTTATTTGTTCATACATTCTTTTGTG
TCAATCAACTCTCAAATTCTTACACACACACACCAAATCCAAAACCCTTTTTGTCTCTTC
ATCTCTTTATCTGCAACCCAAGACGAGTCTTCCTTCTTCGTTTATTGTCACGTTCCTACA
TATCTTCTGAAGGTCTATGTAACCAATGATGGTGTCCTCAAAGACCACATCCTCCAGGTT
TGCCTCCTCGAATGTCGAACCTGACAAAACCGTGTTCTTGAACACAGCTCCTTTTAGATC
CGACTTCCCGAAGTTCACCCGATCGATAACGGCATTCGAGAAATTCACCCCCTTGAAGCT
AGCTCCAACGGCGTAAGCTTTAGACATAACGACTTCAGACATGTCAGCACCATCAAACTT
GGCACCTGACATCAAGGCAGCAGAAAGAGCCTTGCCTTTGAGATTAGACTGATCGTTGGT
GTAGTCGCAGAACCTGAGATCGAGTGGCTTGTCATAGACCCCGTTTGCTTGACCTATCGT
GTTACCAACAAAAGCCTGTTCACACCGAGTTGGATCCGTTGAAAGCGGAGGAAGTCTCTG
ATTAGCAGCAATGACAGGAGAGGCCATAGTGAGAGTGAAAGCAGAAAGAGCGGCGCAAGC
CAAACATCCAAGCTCCTTCACAGGAAACAAAGTCGTCTTGATTCCTTGATCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3HB96JQ U 1
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AF RR3E581JQ U 112
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TATCTTCTGAAGGTCTATGTAACCAATGATGGTGTCCTCAAAGACCACATCCTCCAGGTT
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TATCTGCAACCCAAGACGAGTCTTCCTTCTTCGTTTATTGTCACGTTCCTACATATCTTC
TGAAGGTCTATGTAACCAATGATGGTGTCCTCAAAGACCACATCCTCCAGGTTTGCCTCC
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CAGAACCTGAGATCGAGTGGCTTGT

QA 1 565 1 565
DS 

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A

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 6

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TCTTTCTACGTATTGGTTTATGAGCTCAAAGGAGAAGCCCACTCTCGGAGGAACGCGGAT
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CGACTGCCAACCAAACCGTGAAGCCATCTTACCATCAGTTGTATACATTCAGAAAATCCT
GCGCAGGAAACCTTTCCTCATAAAGAACCTCGAGAATGTCACCCGGAGATTCTTGCAGTC
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AGACACTATTCTCCATTGGTATCGCAAAGGGAGCAACCCCAAGGGCAGGCAAACGTTTGT
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CTTTGATTATCCTTAGTGCATTTCGGAAACACAAAAGTCAGATGCTTGAAGCTTTATTTT
TAAATGGATTGTTTGTTTGTTTGTTTATGGGACTATGTCTTTAAACAGTTTTGAGTTCTC
TTATGTTTGATATG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F543TF U 6
AF RR3AS02TF U 1
AF RR3DV94TF U 1185
AF RR3AA20JQ C 688
AF RR3AA20TF U 688
AF RR3DV94JQ C 831
BS 1 141 RR3AS02TF
BS 142 142 RR3F543TF
BS 143 229 RR3AS02TF
BS 230 230 RR3F543TF
BS 231 231 RR3AS02TF
BS 232 232 RR3F543TF
BS 233 252 RR3AS02TF
BS 253 253 RR3F543TF
BS 254 310 RR3AS02TF
BS 311 311 RR3F543TF
BS 312 312 RR3AS02TF
BS 313 313 RR3F543TF
BS 314 354 RR3AS02TF
BS 355 355 RR3F543TF
BS 356 367 RR3AS02TF
BS 368 368 RR3F543TF
BS 369 561 RR3AS02TF
BS 562 562 RR3F543TF
BS 563 597 RR3AS02TF
BS 598 598 RR3F543TF
BS 599 776 RR3AS02TF
BS 777 1467 RR3AA20TF
BS 1468 1514 RR3DV94JQ

RD RR3F543TF 604 0 0
GG
AGAAACGCGAAGTTGAACAACATCCATATCTCTCT******ACCTACCTTTGATCTTTCT
ACGTATTGGTTTATGAGCTCAAAGGAGAAGCCCACTCTCGGAGGAACGCGGATTAAGACC
CGCAAAAGGAATATAGCTGCTCCTTTGGACCCTGCTGCTTTCTCTGATGCTGTTGTCCTG
ATTTATCTCGATAATGCTGGTGATCTCGAACTTGTTGCCAAGACCATTGAGTCATCTGAT
CTTAACTTCTCTCGTTACGGCGATATCTTCTTTGAGGTTGTTTTCATTGGAGGACGTACG
CAAACCGGTTCTGTGAAATCTGATGAAGGGGAACGCCATCCTTACTCCATCATCGACTGC
CAACCAAACCGTGAAGCCATCTTACCATCAGTTGTATACATTCAGAAAATCCTGCGCAGG
AAACCTTTCCTCATAAAGAACCTCGAGAATGTCACCCGGAGGTTCTTGCAGTCGCTCGAG
CTTTTCGAGGAGAGCGAGAGGAAGAAGCTCGCCATATTCACGGCCCTCGCCTTCTCCCAG
AAGCTCTCGGGTTTACCTGCAGAGACCGTCTTCCAGCCGCTGCTTAAGGACAACCTTGTT
GC

QA 3 604 3 604
DS 

RD RR3AS02TF 776 0 0
GGGGTGCAGAAACGCGAAGTTGAACAACATCCATATCTCTCTCTCTCTACCCACCTTTGA
TCTTTCTACGTATTGGTTTATGAGCTCAAAGGAGAAGCCCACTCTCGGAGGAACGCGGAT
TAAGACCCGCAAAAGGAATATTGCTGCTCCTCTGGACCCTGCTGCTTTCTCTGATGCTGT
TGTACTGATTTATCTCGATAATGCTGGTGATCTCGAACTTGTTGCCAAGGCTATTGAGTC
ATCTGATCTTAATTTCTCTCGATACGGCGATATCTTCTTTGAGGTTGTTTTCATTGGAGG
ACGTACGCAAGCGGGTTCTGTGAAATCTGATGAAGGGGAACGCCATCCTTACTCTATCAT
CGACTGCGAACCAAACCGTGAAGCCATCTTACCATCAGTTGTATACATTCAGAAAATCCT
GCGCAGGAAACCTTTCCTCATAAAGAACCTCGAGAATGTCACCCGGAGATTCTTGCAGTC
GCTCGAGCTTTTCGAGGAGAGCGAGAGGAAGAAGCTCGCCATATTCACGGCCCTCGCCTT
CTCCCAGAAGCTCTCGGGGTTGCCTGCAGAGACCGTCTTCCAGCCCCTGCTTAAGGATAA
CCTTGTTGCCAAAGGGATAGTGCTCACTTTTGTGACGGACTTCTTCAATGAGTATTTGGT
TGAGAACAGCCTCGATGACTTGATTGCTATTCTGAGGCGTGGCAAGATGGAAGACAAGCT
CTTGGACTTCTTGCCCCCCACTAAGCGGACTACTGAATGTTTCTCTGAGCATTTCA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3DV94TF 101 0 0
TTGATGTGCTTGCTGAAGACACTATTCTCCATTGGTATGGCAAAGGGAGCAACCCCAAGG
GCAGGCAAACGTTTGTGAAGGGTTTGGAGCCGTTTGTGAAT

QA 1 101 1 101
DS 

RD RR3AA20JQ 779 0 0
G
ATTCTGAGGCGTGGCAAGATGGAAGACAAGCTCTTGGACTTCTTGCCCCCCACTAAGCGG
ACTACTGAATGTTTCTCTGAGCATTTCACCAAGGCAGGATTGACAGCACTGGTAGAGTAC
AATGAAAAGAAAATATTTGAGGTGAAGCTCAAGGAAATAAAAGAGGTGCTTACGAGCCAA
GTAACGGAGGAGATTAACATAGATGGGGTGATTGAAACGGTGAAGCAACAGGTGAAAGAT
GCTAAACTGCCAGAGATTGAGGTTGTGCGTGTCATTTGGGACGGGATAATGGATGCTGTT
CAGTGGTTTGGTAAAAACCAGCAGCAAAACTCCAACTCTGTATTACGCCAAGTGAAGACG
TGGGCACCGCTTCTGAACACGTTCTGCAGTAACGGGAAAATGGAGATGGAGCTCATGTAC
AAAGTACAGATGCAATGCTATGAGGATGCAAAGCTGATGAAGGTGTTTCCAGAGGTAGTG
AGGTCTTTGTACGAGCTTGATGTGCTTGCTGAAGACACTATTCTCCATTGGTATCGCAAA
GGGAGCAACCCCAAGGGCAGGCAAACGTTTGTGAAGGGGTTGGAGCCGTTTGTGAATTGG
CTGGAAGAGGCTGAGGAAGAAGAGTGAGTGAATGAGTGAGCCACGGAAGCCAAATCTGTT
TTTTCTTTTATCTCTTCTAATAAAACATAAAACTTTGATTATCCTTAGTGCATTTCGGAA
ACACAAAAGTCAGATGCTTGAAGCTTTATTTTTAAATGGATTGTTTGTTTGTTTGTTT

QA 2 779 2 779
DS 

RD RR3AA20TF 781 0 0
G
ATTCTGAGGCGTGGCAAGATGGAAGACAAGCTCTTGGACTTCTTGCCCCCCACTAAGCGG
ACTACTGAATGTTTCTCTGAGCATTTCACCAAGGCAGGATTGACAGCACTGGTAGAGTAC
AATGAAAAGAAAATATTTGAGGTGAAGCTCAAGGAAATAAAAGAGGTGCTTACGAGCCAA
GTAACGGAGGAGATTAACATAGATGGGGTGATTGAAACGGTGAAGCAACAGGTGAAAGAT
GCTAAACTGCCAGAGATTGAGGTTGTGCGTGTCATCTGGGACGGGATAATGGATGCTGTT
CAGTGGTCTGGTAAAAACCAGCAGCAAAACTCCAACTCTGTATTACGCCAAGTGAAGACG
TGGGCACCGCTTCTGAACACGTTCTGCAGTAACGGGAAAATGGAGATGGAGCTCATGTAC
AAAGTACAGATGCAATGCTATGAGGATGCAAAGCTGATGAAGGTGTTTCCAGAGGTAGTG
AGGTCTTTGTACGAGCTTGATGTGCTTGCTGAAGACACTATTCTCCATTGGTATCGCAAA
GGGAGCAACCCCAAGGGCAGGCAAACGTTTGTGAAGGGGTTGGAGCCGTTTGTGAATTGG
CTGGAAGAGGCTGAGGAAGAAGAGTGAGTGAATGAGTGAGCCACGGAAGCCAAATCTGTT
TTTTCTTTTATCTCTTCTAATAAAACATAAAACTTTGATTATCCTTAGTGCATTTCGGAA
ACACAAAAGTCAGATGCTTGAAGCTTTATTTTTAAATGGATTGTTTGTTTGTTTGTTTA
A

QA 2 780 2 780
DS 

RD RR3DV94JQ 684 0 0
G
GAAGCTCAAGGAAATAAAAGAGGTGCTTACGAGCCAAGTAACGGAGGAGGTTAACATAGA
TGAGGTGATTGAAACGGTGAAGCAACAGGTGAAAGATGCTAAACTGCCAGAGATTGAGGT
TGTGCGTGTCGTCTGGGACGGGATAATGGATGCTGTTCAGTGGTCTGGTAAAAACCAGCA
GCAAAACTCCAACTCTGTATTACGCCAAGTGAAGACGTGGGCACCGCTTCTGAACACGTT
CTGCAGCAACGGGAAAATGGAGATGGAGCTGATGTACAAAGTACAGATGCAATGCTATGA
GGATGCAAAGCTGATGAAGGTGTTTCCAGAGGTAGTGAGGTCTTTGTACGAGCTTGATGT
GCTTGCTGAAGACACTATTCTCCATTGGTATGGCAAAGGGAGCAACCCCAAGGGCAGGCA
AACGTTTGTGAAGGGTTTGGAGCCGTTTGTGAATTGGCTGGAAGAGGCTTAGGAAGAAGA
GTGAGTGAATGAGTGAGCCACGGAAGCCAAATCTGTTTTT*CTTTTATCTCTTCTAATAA
AACATAAAACTTTGATTATCCTTAGTGCATTTCGGAAACACAAAAGTCAGATGCTTGAAG
CTTTTTTTTTAA*TGGATTGTTTGTTTGTTTGTTTATGGGACTATGTCTTTAAACAGTTT
TGAGTTCTCTTATGTTTGATATG

QA 2 684 2 684
DS 



AS 2 9

CO CL396Contig1 829 3 4 U
GGACGGAAATCATGATTATATAACGCAAATTACAAGAAGTTTACACAATATGAAAAAAAA
AGAAGTTTACACAGTATGGAAGTGAACCATAAAGCGATTATATGAAATTATGGTCCAACC
TAGAAACACTTGTACAATAAAACTATATAACCCATCTGGATTACTAGAAATACAAGTTAC
TTCACACCCAACAGAGATCAAACCAAAAGCTCTCTGATCTCTGAAAACACAAGCATTCAT
ATTTTAAAACACATAATTAAGAAAAAAAAACCAAACAAAGGAACTTAAAAGTCTTTATAT
AATGAACTCATCGAAGGTTCTTATACGCTTCATGTTCACTTGTACTCCAAGATCATGTTG
TTCTCCGGAGCCAGCCCAACGCAGGCCCTAAGAATGTTCTCCAGCATCGCCCGCTGCTTA
AACAACGCATTAACCACCGGTGTTCCAGGCGGCACGAGCGGTGCCTTGGTGAGGTAGCTG
AGTATAGTGGCCACAGGATGGAAAGAATGAAACTTCCCCTCTTTCTCGGATTTGAACTGA
ATCCTGGTGCTGAGTTCAGCGAGGAGAACAAGATCCAAGATAATTGGAGCAGCTAGGAGA
GAGTCCTCGCAGGTGTTGTGCATCACAATTGTGTTCTTTCCTCCCATGAATATCTCTGAT
GTATACTCATCCATGGCTCGCTTGCTATCTGCAACATACGGTACATACTTGATGACAACA
ACATGGTCAGGGTGTTCCCCGGGCTCGAAGAGGATACCGTTGCTAGCAACCATATCATCC
ACCACATTACTTTTGGAGATCTCCTTAGATCTGAATGTCTGTGGAGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F635JQ U 1
AF RR3GD10JQ U 112
AF RR3D461JQ U 32
BS 1 481 RR3F635JQ
BS 482 482 RR3D461JQ
BS 483 564 RR3F635JQ
BS 565 829 RR3D461JQ

RD RR3F635JQ 564 0 0
GGACGGAAATCATGATTATATAACGCAAATTACAAGAAGTTTACACAATATGAAAAAAAA
AGAAGTTTACACAGTATGGAAGTGAACCATAAAGCGATTATATGAAATTATGGTCCAACC
TAGAAACACTTGTACAATAAAACTATATAACCCATCTGGATTACTAGAAATACAAGTTAC
TTCACACCCAACAGAGATCAAACCAAAAGCTCTCTGATCTCTGAAAACACAAGCATTCAT
ATTTTAAAACACATAATTAAGAAAAAAAAACCAAACAAAGGAACTTAAAAGTCTTTATAT
AATGAACTCATCGAAGGTTCTTATACGCTTCATGTTCACTTGTACTCCAAGATCATGTTG
TTCTCCGGAGCCAGCCCAACGCAGGCCCTAAGAATGTTCTCCAGCATCGCCCGCTGCTTA
AACAACGCATTAACCACCGGTGTTCCAGGCGGCACGAGCGGTGCCTTGGTGAGGTAGCTG
AATATAGTGGCCACAGGATGGAAAGAATGAAACTTCCCCTCTTTCTCGGATTTGAACTGA
ATCCTGGTGCTGAGTTCAGCGAGG

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3GD10JQ 587 0 0
GGTCCAACCTAGAAACACTTGTACAATAAAACTATATAACCCATCTGGATTACTAGAAAT
ACAAGTTACTTCACACCCAACAGAGATCAAACCAAAAGCTCTCTGATCTCTGAAAACACA
AGCATTCATATTTTAAAACACATAATTAAGAAAAAAAAACCAAACAAAGGAACTTAAAAG
TCTTTATATAATGAACTCATCGAAGGTTCTTATACGCTTCATGTTCACTTGTACTCCAAG
ATCATGTTGTTCTCCGGAGCCAGCCCAACGCAGGCCCTAAGAATGTTCTCCAGCATCGCC
CGCTGCTTAGACAACGCATTAACCACCGGTGTTCCAGGCGGCACGAGCGGTGCCTTGGTG
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TTGAACTGAATCCTGGTGCTGAGTTCAGCGAGGAGAACAAGATCCAAGATAATTGGAGCA
GCTAGGAGAGAGTCCTCGCAGGTGTTGTGCATCACAATTGTGTTCTTTCCTCCCATGAAT
ATCTCTGATGTATACTCATCCATGGCTCGCTTGCTATCTGCAACATA

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3D461JQ 798 0 0
C
CAAGAAGTTTACACAATATGAAAAAAGAAGAAGTTTACACAGTATGGAAGTGAACCATAA
AGCGATTATATGAAATTATGGTCCAACCTAGAAACACTTGTACAATAAAACTATATAACC
CATCTGGATTACTAGAAATACAAGTTACTTCACACCCAACAGAGATCAAACCAAAAGCTC
TCTGATCTCTGAAAACACAAGCATTCATATTTTAAAACACATAATTAAGAAAAAAAA*CC
AAACAAAGGAACTTAAAAGTCTTTATATAATGAACTCATCGAAGGTTCTTATACGCTTCA
TGTTCACTTGTACTCCAAGATCATGTTGTTCTCCGGAGCCAGCCCAACGCAGGCCCTAAG
AATGTTCTCCAGCATCGCCCGCTGCTTAAACAACGCATTAACAACCGGTGTTCCAGGCGG
CACGAGCGGTGCCTTGGTGAGGTAGCTGAGTATAGTGGCCACAGGATGGAAGGAATGAAA
CTTCCCCTCTTTCTCGGATTTGAACTGAATCCTGGTGCTGAGTTCAGCGAGGAGAACAAG
ATCCAAGATAATTGGAGCAGCTAGGAGAGAGTCCTCGCAGGTGTTGTGCATCACAATTGT
GTTCTTTCCTCCCATGAATATCTCTGATGTATACTCATCCATGGCTCGCTTGCTATCTGC
AACATACGGTACATACTTGATGACAACAACATGGTCAGGGTGTTCCCCGGGCTCGAAGAG
GATACCGTTGCTAGCAACCATATCATCCACCACATTACTTTTGGAGATCTCCTTAGATCT
GAATGTCTGTGGAGCTG

QA 2 798 2 798
DS 



CO CL396Contig2 993 6 15 U
TTTTTTTTGGACGGAAATCATGATTATACAACGCAAATTACAAGAAGTTTACAGAATACG
AAAAAAGAAGAAGTTTACACAATATGGAAGTGAACCATAAAACGATTTATATGAAATTAT
GGTCCAACCTAGAAACACTTGTACAATATACTATATAACCCATCTGGATTACTAGAAATA
CAAGTTAATTCACACCCAACAAAGATCAAACCAAAAGCTCTTTGATCTCTGAAAACACAA
GCATTCATATTTTAAAACACAATATAAAAAAAAA*CAAACAAAGGAACTTAAAAGTCTTT
ATATAATGAACTCATCGAAGGTTCTTATACGCTTCATGTTCACTTGTACTCCAAGATCAT
GTTGTTCTCCGGAGCCAGCCCAACGCACGCCCTAAGAATGTTCTCCAGCATCGCCCGCTG
CTTAAACAACGCATTAACCACCGGTGTTCCAGGCGGCACGAGCGGTGCCTTGGTGAGGTA
GCTGAATATAGTGGCCACAGGATGGAAAGAATGAAACTTCCCCTCTTTCTCGGATTTGAA
CTGAATCCTGGTGCTGAGTTCAGCGAGGAGAACAAGATCCAAGATAATTGGAGCAGCTAA
GAGAGAGTCCTCGCAGGTGTTGTGCATCACAATTGTGTTCTTGCCACCCATGAATATCTC
TGATGTATACTCATCCATGACTCGCTTGCTATCTGCAACATACAGTACATACTTGATGAC
AACAACATGGTCAGGGTATTCGCCGGGCTCGAAGAGGATACCGTTGCTAGCAACCATATC
GTCAACCACATTACTTTTGGAGATCTCCTTAGATCTGAATGTCTGTGGAGCTGAGAGGTT
CATGCCATCGTTGTTCCCTAGGTGATTGTAGCTCACTATTGAAGTAGGCTTGATTCCAGC
ACCAACAAGGAAATCAACCAAGACGGATTTCATCTTGGTTTGACCACTCCTGAAGTCATC
ACCACCGATCAAAACATTGTTCTTGATAGCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
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40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3BW92TF C 290
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BS 834 906 RR3BW92JQ
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CCC

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AAAAAACAAACAAAGGAACTTAAAAGTCTTTATATAATGAACTCATCGAAGGTTCTTATA
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TGTGTTCTTGCCACCCATGAATATCTCTGATGTATACTCATCCATGGCTCGCTTGCTATC
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T

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DS 



AS 1 10

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AAAAAGATGCTCAAGGTCCCTGAACACCAAGTAGCTGGTCACATCGCCAAAGATGGGAAG
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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 20 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 
25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3FC77TF U 1
AF RR3F254TF U 16
AF RR3A129TF U 14
AF RR3BU61TF U 14
AF RR3AP49TF U 82
AF RR3A129JQ C 285
AF RR3BU61JQ C 579
AF RR3F254JQ C 343
AF RR3FC77JQ C 357
AF RR3AP49JQ C 399
BS 1 402 RR3FC77TF
BS 403 418 RR3A129TF
BS 419 419 RR3BU61TF
BS 420 528 RR3A129TF
BS 529 529 RR3BU61TF
BS 530 599 RR3A129TF
BS 600 601 RR3BU61TF
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BS 685 686 RR3BU61TF
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BS 743 747 RR3AP49TF
BS 748 748 RR3A129JQ
BS 749 778 RR3AP49TF
BS 779 1077 RR3A129JQ
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BS 1079 1111 RR3A129JQ

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AAAAAGATGCTCAAGGTCCCTGAACACCAAGTAGCTGGTCACATCGCCAAAGATGGGAAG
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GGCGAAAACGAGGCTAAGTTCTACGAGTCCTTCTCCTCCAACAAGAACGTTCCCGACAGC
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GGAAAGCTTCCGCATTTGGCTCTCGAAGACGTTGTCTCCGGCTACGCGAAGCCTTCTGTT
ATGGACGTCAAGATCGGGTCCAGGACGTGGTACCCTGATGTG

QA 1 402 1 402
DS 

RD RR3F254TF 630 0 0
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GGCAGATTCTACAAGCCGCTTCAAGGCGACGCGCGCGGCGAAAACGAGGCTAAGTTCTAC
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CACGGAGTTCAGCTGGTGGAAGCGTCCGACGGATCAGGAAAGCTTCCGCATTTGTCTCTC
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ACGTGGTACCCTGATGTGTCGGAAGAGTATTTCGACAAGTGTATAAAGAAAGATAGAGAG
ACCACCACGGTTTCTTTGGGGTTTAGGGTTTCGGGTTTGAAGGTTTTCGACCACCTGGAG
TCCGGGTTCTGGAGACCGGACAAGAGGGTCGTTCTGGCCTACAAGGTTGATGGTGCTAGA
ACGGCTCTAAGGAAGTTTGTCTCGTCGAACCCGCTTGCTGAGAACTCGGTGGTACCAGAC
TGTGCATTTGCGTCAGAG
TTT

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DS 

RD RR3A129TF 671 0 0
ATTCTCTTCTC
TCTCTCTCTCTCCGTGGAGATTTCTTTGTGTTGCAGAAAAAGATGCTCAAGGTCCCTGAA
CACCAAGTAGCTGGTCACATCGCCAAAGATGGGAAGCTAGGCCCACTCGTAGACGAACAA
GGCAGATCCTACAAGCCGCTTCAAGGCGACGCGCGCGGCGAAAACGAGGCTAAGTTCTAC
GAGTCCTTCTCCTCCAACAAGAACGTTCCCGACAGCATCCGTGGATACTTCCCTGCGTAC
CACGGAGTTCAGCTGGTGGAAGCGTCCTACGGATCAGGAAAGCTTCCGCATTTGGCTCTC
GAAGACGTTGTCTCCGGCTACGCGAAGCCTTCTGTTATGGACGTCAAGATCGGGTCCAGG
ACGTGGTACCCTGATGTGTCGGAAGAGTATTTCGGCAAGTGTATAAAGAAAGATAGAGAG
ACCACCACGGTTTCTTTGGGGTTTAGGGTTTCGGGTTTGAAGGTTTTCGACCACCTGGAG
TCCGGGTTCTGGAGACCGGACAAGTGGGTCGTTCTGGCCTACAAGGTTGATGGTGCTAGA
ACGGCTCTAAGGAAGTTTGTCTCGTCGAACCCGCT**CTGAGAACTCGGTGGTACCAGAC
TGTGCATTTGCGTCAGAGGTTTACGGAGGTACTAACGGGATCTTGGCGCAGTTGCTTGAG

QA 12 671 12 671
DS 

RD RR3BU61TF 729 0 0
ATTCTCTTCTC
TCTCTCTCTCTCCGTGGAGATTTCTTTGTGTTGCAGAAAAAGATGCTCAAGGTCCCTGAA
CACCAAGTAGCTGGTCACATCGCCAAAGATGGGAAGCTAGGCCCACTCGTAGACGAACAA
GGCAGATTCTACAAGCCGCTTCAAGGCGACGCGCGCGGCGAAGACGAGGCTAAGTTCTAC
GAGTCCTTCTCCTCCAACAAGAACGTTCCCGACAGCATCCGTGGATACTTCCCTGCGTAC
CACGGAGTTCAGCTGGTGGAAGCGTCCGACGGATCAGGAAAGCTTCCGCATTTGGCTCTC
GAAGACGTTGTCTCCGGCTACGCGAAGCCTTCTGTTATGGACGTCAAGATCGGGTCCAGG
ACGTGGTACCCTGATGTGTCGGAAGAGCATTTCGACAAGTGTATAAAGAAAGATAGAGAG
ACCACCACGGTTTCTTTGGGGTTTAGGGTTTCGGGTTTGAAGGTTTTCGACCACCTGGAG
TCCGGGTTCTGGAGACCGGACAAGAGGGTCGTTCTGGCCTACAAGGTTGATGGTGCTAGA
ACGGCTCTAAGGAAGTTTGTCTCGTCGAACCCGCTTGCTGAGAACTCGGTGGTACCAGAC
TGTGCATTTGCGTCAGAGGTTTACGGAGGTACTAACGGGGTCTTGGCGCAGTTGCTTGAG
CTAAAG*CTTGGTTTGAGTCGCAGACGCTTTACCATTTCA*CTCTTGCTCGATCTTGA

QA 12 729 12 729
DS 

RD RR3AP49TF 697 0 0
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CAAGGCAGATTCTACAAGCCGCTTCAAGGCGACGCGCGCGGCGAAAACGAGGCTAAGTTC
TACGAGTCCTTCTCCTCCAACAAGAACGTTCCCGACAGCATCCGTGGATACTTCCCTGCG
TACCACGGAGTTCAGCTGGTGGAAGCGTCCGACGGATCAGGAAAGCTTCCGCATTTGGCT
CTCGAAGACGTTGTCTCCGGCTACGCGAAGCCTTCTGTTATGGACGTCAAGATCGGGTCC
AGTACGTGGTACCCTGATGTGTCGGAAGAGTATTTCGACAAGTGTATAAAGAAAGATAGA
GAGACCACCACGGTTTCTTTGGGTTTTAGGGTTTCGGGTTTGAAGGTTTTCGACCACCTG
GAGTCCGGGTTCTGGAGACCGGACAAGAGGGTCGTTCTGGCCTACAAGGTTGATGGTGCT
AGAACGGCTCTAAGGAAGTTTGTCTCGTCGAACCCGCTTGCTGAGAACTCGGTGGTACCA
GACTGTGCATTTGCGTCAGAGGTTTACGGAGGTACTAACGGGATCTTGGCGCAGTTGCTT
GAGCTTAAGGCTTGGTTTGAGACGCAGACGCTTTACCATTTCAACTCTTGCTCGATCTTG
ATGGTTCATGAGAATGATGAATCAGTTGATGATGCGC

QA 1 697 1 697
DS 

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AAGCGTCT
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CTTCTGTTATGGACGTCAAGATCGGGTCCAGGACGTGGTACCCTGATGTGTCGGAAGAGT
ATTTCGGCAAGTGTATAAAGAAAGATAGAGAGACCACCACGGTTTCTTTGGGGTTTAGGG
TTTCGGGTTTGAAGGTTTTCGACCACCTGGAGTCCGGGTTCTGGAGACCGGACAAGTGGG
TCGTTCTGGCCTACAAGGTTGATGGTGCTAGAACGGCTCTAAGGAAGTTTGTCTCGTCGA
ACCCGCT**CTGAGAACTCGGTGGTACCAGACTGTGCATTTGCGTCAGAGGTTTACGGAG
GTACTAACGGGATCTTGGCGCAGTTGCTTGAGCTTAAGGCTTGGTTTGAGACGCAGACGC
TTTACCATTTCAACTCTTGCTCGATCTTGATGGTTTATGAGAATGATGAATCAGTTGATG
ATGCGCCAAGGAGGGCGCGAGTGAAGCTGGTGGATTTCGCGCATGTTCTTGATGGTAACG
GTGTAATTGATCATAACTTCTTCGGTGGACTCTGCTCTTTCATTAAGTTCATCAAAGATA
TAGTTGAGAGCTCAGAGAATTGCTGTGAAAATGGGCACTAAGGGACTTGTGTTTTTTTCT
TCAAATAAATGTCCGGTTCTTCCTTCCTTGGGGCTAACTGTGTTTGGACATAAGACTTGT
TGTGTCTCCTTTGAATTGTATAATTTGGTTATGCCCTACTAAACCAAACCATTGTACTGT
ACTTCCTCATATGAGTTTTAATGAAGTTTCCATGGAAGC

QA 9 827 9 827
DS 

RD RR3BU61JQ 533 0 0
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AGAGGTTTACGGAGGTACTAACGGGGTCTTGGCGCAGTTGCTTGAGCTTAAGGCTTGGTT
TGAGTCGCAGACGCTTTACCATTTCAACTCTTGCTCGATCTTGATGGTTTATGAGAATGA
TGAATCAGTTGATGATGCGCCAAGGAGGGCACGAGTGAAGCTGGTGGATTTCGCGCATGT
TCTTGATGGTAACGGTGTAATTGATCATAACTTCTTCGGTGGACTCTGCTCTTTCATTAA
GTTCATCAAAGATATAGTTGAGAGCTCAGAGAATTGCTGTGAAAATGGGCACTAAGGGAC
TTGTGTTTTTTTCTTCAAATAAATGTCCGGTTCTTCCTTCCTTGGGGCTAACTGTGTTTG
GACATAAGACTTGTTGTGTCTCCTTTGAATTGTATAATTTGGTTATGCCCTACTAAACCA
AACCATTGTACTGTACTTCTTCATATGAGTTTTAATGAAGTTTCCATGG
AAGC

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DS 

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GGGTTTAGGGTTTCGGGTTTGAAGGTTTTCGACCACCTGGAGTCCGGGTTCTGGAGACCG
GACAAGAGGGTCGTTCTGGCCTACAAGGTTGATGGTGCTAGAACGGCTCTAAGGAAGTTT
GTCTCGTCGAACCCGCTTGCTGAGAACTCGGTGGTACCAGACTGTGCATTTGCGTCAGAG
GTTTACGGAGGTACTAACGGGATCTTGGCGCAGTTGCTTGAGCTTAAGGCTTGGTTTGAG
ACGCAGACGCTTTACCATTTCAACTCTTGCTCGATCTTGATGGTTTATGAGAATGATGAA
TCAGTTGATGATGCGCCAAGGAGGGCGCGAGTGAAGCTGGTGGATTTCGCGCATGTTCTT
GATGGTAACGGTGTAATTGATCATAACTTCTTCGGTGGACTCTGCTCTTTCATTAAGTTC
ATCAAAGATATAGTTGAGAGCTCAGAGAATTGCTGTGAAAATGGGTACTAAGGGACTTGT
GTTTTTTTCTTCAAATAAATGTCCGGTTCTTCCTTCCTTGGGGCTAATTGTGTTTGGACA
TAAGACTTGTTGTGTCTCCTTTGAATTGTATAATTTGGTTATGCCCTACTAAACCAAACC
ATTGTACTGTACTTCTTCATATGAGTTTTAATGAAGTTTCCATGG

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3FC77JQ 755 0 0
TGTTATGGACGTCAAGATCGG*TCCAGGACGTGGTACCCTGATGTGTCGGAAGAGTATTT
CGACAAGTGTATAAAGAAAGATAGAGAGACCACCACGGTTTCTTTGGGGTTTAGGGTTTC
GGGTTTGAAGGTTTTCGACCACCTGGAGTCCGGGTTCTGGAGACCGGACAAGAGGGTCGT
TCTGGCCTACAAGGTTGATGGTGCTAGAACGGCTCTAAGGAAGTTTGTCTCATCGAACCC
GCTTGCTGAGAACTCGGTGGTACCAGACTGTGCATTTGCGTCAGAGGTTTACGGAGGTAC
TAACGGGATCTTGGCGCAGTTGCTTGAGCTTAAGGCTTGGTTTGAGACGCAGACGCTTTA
CCATTTCAACTCTTGCTCGATCTTGATGGTTTATGAGAATGATGAATCAGTTGATGATGC
GCCAAGGAGGGCGCGAGTGAAGCTGGTGGATTTCGCGCATGTTCTTGATGGTAACGGTGT
AATTGATCATAACTTCTTCGGTGGACTCTGCTCTTTCATTAAGTTCATCAAAGATATAGT
TGAGAGCTCAGAGAATTGCTGTGAAAATGGGCACTAAGGGACTTGTGTTTTTTTCTTCAA
ATAAATGTCCGGTTCTTCCTTCCTTGGGGCTAACTGTGTTTGGACATAAGACTTGTTGTG
TCTCCTTTGAATTGTATAATTTGGTTATGCCCTACTAAACCAAACCATTGTACTGTACTT
CTTCATATGAGTTTTAATGAAGTTTCCATGG
AAGC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3AP49JQ 709 0 0
TGTGTCGGAAGAGTATTTCGACAAGTGTATAAAGAAAGATAGAGAGACCACCACGGTTTC
TTTGGGTTTTAGGGTTTCGGGTTTGAAGGTTTTCGACCACCTGGAGTCCGGGTTCTGGAG
ACCGGACAAGAGGGTCGTTCTGGCCTACAAGGTTGATGGTGCTAGAACGGCTCTAAGGAA
GTTTGTCTCGTCGAACCCGCTTGCTGAGAACTCGGTGGTACCAGACTGTGCATTTGCGTC
AGAGGTTTACGGAGGTACTAACGGGATCTTGGCGCAGTTGCTTGAGCTTAAGGCTTGGTT
TGAGACGCAGACGCTTTACCATTTCAACTCTTGCTCGATCTTGATGGTTCATGAGAATGA
TGAATCAGTTGATGATGCGCCAAGGAGGGCGCGAGTGAAGCTGGTGGATTTCGCGCATGT
TCTTGATGGTAACGGTGTGATTGATCATAACTTCTTCGGTGGACTCTGCTCTTTCATTAA
GTTCATCAAAGATATAGTTGAGAGCTCAGAGAATTGCTGTGAAAATGGGCACTAAGGGAC
TTGTGTTTTTTTCTTCAAATAAATGTCCGGTTCTTCCTTCCTTGGGGCTAACTGTGTTTG
GACATAAGACTTGTTGTGTCTCCTTTGAATTGTATAATTTGGTTATGCCCTACTAAACCA
AACCATTGTACTGTACTTCTTCATATGAGTTTTAATGAAGTTTCCATGG

QA 1 709 1 709
DS 



AS 2 9

CO CL398Contig1 1431 6 23 U
GTGCAAGAATGCGCTCTTGGAGAGCGAGGGCGATATGGTGAAAGCTCAAGAGTACCTCCG
CAAGAAGGGACTAGCGAGCGCAGACAAGAAAGCCAGCAGAGCCACAGCCGAAGGGAGAAT
CGGTTCGTATATCCATGACAGCAGAATCGGTGTCCTCTTGGAGTTTAACTGTGAGACAGA
CTTTGTCTCACGCGGTGACATTTTCAAGGAACTGGTTGATGATCTGGCGATGCAGGTGGC
TGCGTGCCCTCAAGTAGAGTACCTTGTACCTGAAGATGTTTCCGAAGAAATTGTGAAGAA
GGAAAAAGAGATAGAGATGCAAAAGGAAGATCTTCTGTCGAAACCGGAGCAGATAAGGGA
GAAGATAGTGGAAGGTCGGATAAAGAAGAGGGTAGACGCTCTTGCATTGCTGGAGCAACC
ATACATTAAAGACGATAAGGTGATAGTGAAGGACCTTGTAAAGCAGAGGATCGCAACCAT
TGGAGAAAACATCAAGGTGAAGAGATTCATTAGGTACACTCTCGGAGAAGGCCTTGAGAA
GAAAAGTCAGGACTTTGCTGCTGAGGTTGCTGCTCAAACCGCAGCTAAACCGAAAGCCGA
ACCAGAGAAAGAGGAGCCAAAAGCTGAAGAGCCCAAGGAAGCTGTTCCAAGTCCACCAAC
AGCAGTGGTTTCAGCTGGACTTGTGAAGCAGCTGCGTGAAGAAACAGGAGCAGGAATGAT
GGATTGCAAGAAGGCATTGGCGGAGACAGGAGGAGATCTTGAGAAAGCACAAGAGTACCT
GAGAAAGAAAGGTCTTTCAACAGCTGATAAGAAATCAAGCAGGCTTGCAGCTGAAGGGAG
AATCGGGTCATACATCCACGATGCTCGCATTGGAGTCCTCATAGAAGTGAACTGCGAGAC
TGATTTCGTGGGAAGAAGTGAAAAGTTCAAGGAACTGGTTGATGATCTTGCAATGCAAGC
AGTGGCTAATCCACAGGTGCAATATGTATCCATCGAGGACATTCCAGAGGAGATAAAGCA
GAAAGAAAAGGAGATGGAGATGCAGAGAGAGGATCTTTTGTCGAAACCAGAGAACATAAA
GGAGAAAATTGTTGAAGGAAGGATCTCAAAGAGGCTTGGAGAAATGGCATTGCTGGAGCA
GCCTTTCATTAAAGATGATAGCGTTCTGGTCAAGGATCTTGTGAAGCAGACGGTGGCTAC
TCTTGGTGAAAACATCAAAGTCAGGAGGTTTGTCAAGTTTACTCTTGGAGAAGACAACTG
AGGATGGAA*GGGAGTTCTCTTTTGTGACAGTGAGTTTAAAGCAAAGTCTTACTCTTTTG
TTCTGTAGACAAAATCTTCATTATTCAACCCCCTTTGATTAGAGTTTTTAATCAAAAAGC
TGTAAACTTCTTTGGTTCATGAAAATATGAGATTGTTTTTCACTTGTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN46TF U 1
AF RR3G894TF U 312
AF RR3CL91TF U 495
AF RR3DL80TF U 650
AF RR3CL91JQ C 607
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BS 518 519 RR3G894TF
BS 520 565 RR3DN46TF
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BS 624 631 RR3DN46TF
BS 632 759 RR3G894TF
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BS 761 780 RR3G894TF
BS 781 781 RR3CL91TF
BS 782 818 RR3G894TF
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BS 1193 1193 RR3AC37TF
BS 1194 1211 RR3CL91TF
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BS 1213 1222 RR3CL91TF
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CAAGAAGGGACTAGCGAGCGCAGACAAGAAAGCCAGCAGAGCCACAGCCGAAGGGAGAAT
CGGTTCGTATATCCATGACAGCAGAATCGGTGTCCTCTTGGAGTTTAACTGTGAGACAGA
CTTTGTCTCACGCGGTGACATTTTCAAGGAACTGGTTGATGATCTGGCGATGCAGGTGGC
TGCGTGCCCTCAAGTAGAGTACCTTGTACCTGAAGATGTTTCCGAAGAAATTGTGAAGAA
GGAAAAAGAGATAGAGATGCAAAAGGAAGATCTTCTGTCGAAACCGGAGCAGATAAGGGA
GAAGATAGTGGAAGGTCGGATAAAGAAGAGGGTAGACGCTCTTGCATTGCTGGAGCAACC
ATACATTAAAGACGATAAGGTGATAGTGAAGGACCTTGTAAAGCAGAGGATCGCAACCAT
TGGAGAAAACATCAAGGTGAAGAGATTCATTAGGTAC**TCTCGGAGAAGGCCTTGAGAA
GAAAAGTCAGGACTTTGCTGCTGAG*TTGCTGCTCAAACCGCAGCTAAACCGAAAGCCGA
ACCAGAGAAAGA*GAGCCAAAACCTGAAGAG

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DS 

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GT
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GGTCGGATAAAGAAGAGGGTAGACGCTCTTGCATTGCTGGAGCAACCATACATTAAAGAC
GATAAGGTGATAGTGAAGGACCTTGTAAAGCAGAGGATCGCAACCATTGGAGAAAACATC
AAGGTGAAGAGATTCATTATGTACACTCTCGGAGAAGGCCTTGAGAAGAAAAGTCAGGAC
TTTGCTGCTGAGGTTGCTGCTCAAACCGCAGCTAAACCGAAAGCCGAACCAGAGAAAGAA
GAGCCAAAACCTGAAGAGCCCAAGGAAGCTGTTCCAAGTCCACCAACAGCAGTGGTTTCA
GCTGGACTTGTGAAGCAGCTGCGTGAAGAAACAGGAGCAGGAATGATGGATTGCAAGAAG
GCATTGGCGGAGACAGGAGGAGATCTAGAGAAAGCACAAGAGTACCTCAGAAAGAAAGGT
CTTTCAACAGCTGATAAGAAATCAA

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DS 

RD RR3CL91TF 728 0 0
G
GGTGAAGAGATTCATTAGGTACACTCTGGGAGAAGGCCTTGAGAAGAAAAGTCAGGACTT
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ATTGGCGGAGACAGGAGGAGATCTTGAGAAAGCACAAGAGTACCTGAGAAAGAAAGGTCT
TTCAACAGCTGATAAGAAATCAAGCAGGCTTGCAGCTGAAGGGAGAATCGGGTCATACAT
CCACGATGCTCGCATTGGAGTCCTCATAGAAGTGAACTGCGAGACTGATTTCGTGGGAAG
AAGTGAAAAGTTCAAGGAACTGGTTGATGATCTTGCAATGCAAGCAGTGGCTAATCCACA
GGTGCAATATGTATCCATCGAGGACATTCCAGAGGAGATAAAGCAGAAAGAAAAGGAGAT
GGAGATGCAGAGAGAGGATCTTTTGTCGAAACCAGAGAACATAAAGGAGAAAATTGTTGA
AGGAAGGATCTCAAAGAGGCTTGGAGAAATGGCATTGCTGGAGCAGCCTTTCATTAAAGA
TGATAGCGTTCTGGTCAAGGATCTTGTGAAGCAGACG*TGGCTACTCTTGGTGAAA*CAT
CAAAGTC

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DS 

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G
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ACTGCGAGACTGATTTCGTGGGAAGAAGTGAAAAGTTCAAGGAACTTGTTGATGATCTTG
CAATGCAAGCAGTGGCTAATCCACAGGTGCAATATGTATCCATCGAGGACATTCCAGAGG
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AGAACATAAAGGAGAAAATTGTTGAAGGAAGGATCTCAAAGAGGCTTGGAGAAATGGCAT
TGCTGGAGCAGCCTTTCATTAAAGATGATAGCGTTCTGGTCAAGGATCTTGTGAAGCAGA
CGGTGGCTACTCTTGGTGAAAACATCAAAGTCAGGAGGTTTGTCAAGTTTACTCTTGGAG
AAGACAACTGAGGATGGAAAGGGAGTTCTCTTTTGTGACAGTGAGTTTAAAGCAAAGTCT
TACTCTTTTGTTCTGTAGACAAA*TCTTCATTATTCAACCCCCTTTGATTAGAGTTTT
AATC

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GAAAGGTCTTTCAACAGCTGATAAGAAATCAAGCAGGCTTGCAGCTGAAGGGAGAATCGG
GTCATACATCCACGATGCTCGCATTGGAGTCCTCATAGAAGTGAACTGCGAGACTGATTT
CGTGGGAAGAAGTGAAAAGTTCAAGGAACTGGTTGATGATCTTGCAATGCAAGCAGTGGC
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AAAGGAGATGGAGATGCAGAGAGAGGATCTTTTGTCGAAACCAGAGAACATAAAGGAGAA
AATTGTTGAAGGAAGGATCTCAAAGAGGCTTGGAGAAATGGCATTGCTGGAGCAGCCTTT
CATTAAAGATGATAGCGTTCTGGTCAAGGATCTTGTGAAGCAGACGGTGGCTACTCTTGG
TGAAAACATCAAAGTCAGGAGGTTTGTCAAGTTTACTCTTGGAGAAGACAACTGAGGATG
GAA*GGGAGTTCTCTTTTGTGACAGTGAGTTTAAAGCAAAGTCTTACTCTTTTGTTCTGT
AGACAAAATCTTCATTATTCAACCCCCTTTGATTAGAGTTTTTAATCAAAAAGCTGTAAA
CTTTTTTGGTTCATGAAAATATGAGATTGTTTTTCACTTGTTTAC

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR3AC37TF 235 0 0
GG
GGATCTTGTGAAGCAGACGGTGGCTACTCTTGGTGAAAACATCAAAGTCAGGAGGTTTGT
CAAGTTTACTCTTGGAGAATACAACTGAGGATGGAA*GGGAGTTCTCTTTTGTGACAGTG
AGTTTAAAGCAAAGTCTTACTCTTTTGTTCTGTAGACAAAATCTTCATTATTCAACCCCC
TTTGATTAGAGTTTTTAATCAAAAAGCTGTAAACTTCTTTGGTTCATGAAAAT

QA 3 235 3 235
DS 



CO CL398Contig2 812 3 5 U
GTAAACAAGTGAAAAACAATCTCATATTTTCATGAACCAAAAAAGTTTACAGCGTTTTTT
GATTAAAAACTCTAATCAAAAGGGGTTGAATACTGAAGATTTTTTTTGTCTACAGAACAA
AAGAGTAAGACTTTGCTTTAAACTCACGTCACAAAAGAGAACTGTTTTTCCATCCTCAGT
TGTTGTCTTCTCCAAGAGTGAACTTCACAAACCTCCTGACTTTGATGTTTTCACCAAGAG
TAGCCACCGTCTGCTTCACAAGATCCTTGACCAGAACGCTATCATCTTTAATGAAAGGCT
GCTCAAGCAATGCCATTTCTCCCAGCCTCTTTGAGATCCTTCCTTCCACAATTTTCTCCT
TTATGTTCTCTGGTTTCGACAAAAGATCCTCTCTCTGCATCTCCATTTCCTTTTCTTTCT
GCTTTATCTCCTCTGGAATGTCCTCGATGGATACATATTGCACCTGTGGATTAGCCACTG
CTTGCATTGCAAGATCATCAACCAGTTCCTTGAACTTTTCACTTCTTCCCACGAAATCAG
TCTCGCAGTTCACTTCTATGAGGACTCCAATGCGAGCATCGTGGATGTATGACCCGATTC
TCCCTTCAGCTGCAAGCCTGCTTGATTTCTTATCAGCTGTTGAAAGACCTTTCTTTCTGA
GGTACTCTTGTGCTTTCTCTAGATCTCCTCCTGTCTCCGCCAATGCCTTCTTGCAATCCA
TCATTCCTGCTCCTGTTTCTTCACGCAGCTGCTTCACAAGTCCAGCTGAAACCACTGCTG
TTGGTGGACTTGGAACAGCTTCCTTGGGCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G894JQ U 1
AF RR3C673JQ U 7
AF RR3DN46JQ U 31
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TAGCCACCGTCTGCTTCACAAGATCCTTGACCAGAACGCTATCATCTTTAATGAAAGGCT
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GGTACTCTTGTGCTTTCTCTAGATCTCCTCCTGTCTCCGCCAATGCCTTCTTGCAATCCA
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DS 

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AAAATCTAATCAAAAGGGGTTGAATACTGAAGATTTTTTTTGTCTACAGAACAAAAGAGT
AAGACTTTGCTTTAAACTCACGTCACAAAAGAGAACTGTTTTTCCATCCTCAGTTGTTGT
CTTCTCCAAGAGTGAACTTCACAAACCTCCTGACTTTGATGTTTTCACCAAGAGTAGCCA
CCGTCTGCTTCACAAGATCCTTGACCAGAACGCTATCATCTTTAATGAAAGGCTGCTCAA
GCAATGCCATTTCTCCCAGCCTCTTTGAGATCCTTCCTTCCACAATTTTCTCCTTTATGT
TCTCTGGTTTCGACAAAAGATCCTCTCTCTGCATCTCCATTTCCTTTTCTTTCTGCTTTA
TCTCCTCTGGAATGTCCTCGATGGATACATATTGCACCTGTGGATTAGCCACTGCTTGCA
TTGCAAGATCATCAACCAGTTCCTTGAACTTTTCACTTCTTCCCACGAAATCAGTCTCGC
AGTTCACTTCTATGAGGACTCCAATGCGAGCATCGTGGATGTATGACCCGATTCTCCCTT
CAGCTGCAAGCCTGCTTGATTTCTTATCAGCTGTTGAAAGACCTTTCTTTCTGAGGTACT
CTTGTGCTTTCTCTAGATCTCCTCCTGTCTCCGCCAATGCCTTCTTGCAATCCATCATTC
CTGCTCCTGTTTCTTCACGCAGCTGCTTCACAAGTCCAGCTGAAACCACTGCTGTTGG

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3DN46JQ 782 0 0
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TGAACTTTTCACTTCTTCCCACGAAATCAGTCTCGCAGTTCACTTCTATGAGGACTCCAA
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TATCAGCTGTTGAAAGACCTTTCTTTATGAGGTACTCTTGTGCTTTCTCTAGATCTCCTC
CTGTCTCCGCCAATGCCTTCTTGCAATCCATCATTCCTGCTCCTGTTTCTTCACGCAGCT
GCTTCACAAGTCCAGCTGAAACCACTGCTGTTGGTGGACTTGGAACAGCTTCCTTGGGCT
CT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 10

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CTGGAAGAAAATCGTTGCTCCGCTGTCTTCGAACGGTCGTATGTGGAAGATGGCTTGTAC
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GGGCGTTTTTGTAGATCAGGAGGATCTTGTCAGGTGGGCCAGACTTCTTAAGAACCGCAA
ACCTGAAAACGCCCTTGAG****ATCTTTAGGTGGATGGATAAAAAGAAGATGGTGTTTT
CTCCCTCTCAACTTGAGCTTTATGTGGATCTTCTTGGCAAGGTTAAAGGACATGCAGCAG
CTTCAGCGTACTTCAACAAAGTAGAGCCTAATTTCGATGAGATGGACGTTGATGCCAAAA
ACCGCCCTGCCTACTTGAAGGTCTTGCATCGGTTCCACGTTGCAGGCCAGAGTCGGACTA
AAGGGCTAATACCATATGTTCTCAAGTACCCTAAATGTGATGATAATTGGAATCTTCTCG
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TCTATGTAATAATCTTTTGCTCTGTAAAACGAATCCTAAGTTAAATTGCATCTCTTCTGT
TTATAGTCCTTATAAGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AM34TF U 1
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AF RR3B744JQ C 65
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AF RR3AM34JQ C 92
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ACCTGAAAACGCCCTTGAG****ATCTTTGGGTGGATGGATAAAAAGAAGATGGTGTTTT
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ACCGCCCTGCCTACTTGAAGGTCTTACATCGGTTCCACGTTGCAGGCCAGAGTCAGACTA
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AGTGAATTTGTTGTTT

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DS 

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GGAAAC
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QA 7 761 7 761
DS 

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GG
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TCTGGTCCGATAAAGCCAGAGAAACAGAAAGTGGAGAAGAGGAAGGTATTTCAGAAGCTG
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TTTGTAGATCAGGAGGATCTTGTCAGGTGGGCCAGACTTCTTAAGAACCGCAAACCTGAA
AACGCCCTTGAG****ATCTTTAGGTGGATGGATAAAAAGAAGATGGTGTTTTCTCCCTC
TCAACTTGAGCTTTATGTGGATCTTCTTGGCAAGGTTAAAGGACATGCAGCAGCTTCAGC
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AATACCATATGTTCTCAAGTACCCTAAATGTGATGATAATTGGAATCCTCTCGAGTGAAT
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CTGTT

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DS 

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GTTTTTGTAGATCAGGAGGATCTTGTCAGGTGGGCCAGACTTTTTAAGAACCGCAAACCT
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QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3GG75TF 721 0 0
GG
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GGCGTCGAGAGCTCAGCACCGGTCAAGGTTGAGAAGGAGAGCTCTGGTCCGATAAAGCCA
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CTTGTCAGGTGGGCCAGACTTCTTAAGAACCGCAAACCTGAAAACGCCCTTGAG****AT
CTTTAGGTGGATGGATAAAAAGAAGATGGTGTTTTCTCCCTCTCAACTTGAGCTTTATGT
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GCCTAATTTCGATGAGATGGACGTTGATGCCAAAAACCGCCCTGCCTACTTGAAGGTCTC
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GTACCCTAAATGTGATGATAATTGGAATCTTCTCGAGTGAATTTGTTGTTTCAAGCTGTT
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QA 3 721 3 721
DS 

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G
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CCTAAGTTAAATTGCA
A

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DS 

RD RR3C004JQ 736 0 0
G
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GGTCGTATGTGGAAGATGGCTTGTACAACGGTGGCTGCGCCGTTTTCATCTGGCGTCGAG
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AAAGTGGAGAAGAGGAAGGTATTTCAGAAGCTGAAGTCTCTTACGGTTGAGACAATAGAT
CACATCATAAGGGAAGAAGGAAAGAAGGGCGTTTTTGTAGATCAGGAGGATCTTGTCAGG
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TGGCAAGGTTAAAGGACATGCAGCAGCTTCAGCGTACTTCAACAAAGTAGAGCCTAATTT
CGATGAGATGGACGTTGATGCCAAAAACCGCCCTGCCTACTTGAAGGTCTTGCATCGGTT
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ATGTGATGATAATTGGAATCTTCTCGAGTGAATTTGTTGTTTCAAGCTGTTTGGTGTGTG
TTTTAATGCCTTCTTGTAGTCACTCATCTATGTAATAATCTTTTGCTCTGTAAAACGAAT
CCTAAGTTAAATTGC

QA 2 736 2 736
DS 

RD RR3GG75JQ 717 0 0
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AGCTCTGGTCCGATAAAGCCAGAGAAACAGAAAGTGGAGAAGAGGAAGGTATTTCAGAAG
CTGAAGTCTCTTACGGTTGAGACAATAGATCTCATCATAAGGGAAGAAGGAAAGAAGGGC
GTTTTTGTAGATCAGGAGGATCTTGTCAGGTGGGCCAGACTTCTTAAGAACCGCAAACCT
GAAAACGCCCTTGAG****ATCTTTAGGTGGATGGATAAAAAGAAGATGGTGTTTTCTCC
CTCTCAACTTGAGCTTTATGTGGATCTTCTTGGCAAGGTTAAAGGACATGCAGCAGCTTC
AGCGTACTTCAACAAAGTAGAGCCTAATTTCGATGAGATGGACGTTGATGCCAAAAACCG
CCCTGCCTACTTGAAGGTCTCGCATCGGTTCCACGTTGCAGGCCAGAGTCGGACTAAAGG
GCTAATACCATATGTTCTCAAGTACCCTAAATGTGATGATAATTGGAATCTTCTCGAGTG
AATTTGTTGTTTCAAGCTGTTTGGTGTGTGTTTTAATGCCTTCTTGTAGTCACTCATCTA
TGTAATAATCTTTTGCTCTGTAAAACGAATCCTAAGTTAAATTGCATCTCT
TCTGTT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3C264JQ 775 0 0
CACATAATATCTGCCGCAGTTAGTTCCCCCATGGCTTCTCTTGAGCTCTG*AAGAAAATC
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CCGTTTTCATCTGGCGTCGAGAGCTCAGCACCGGTCAAGGTTGAGAAGGAGAGCTCTGGT
CCGATAAAGCCAGAGAAACAGAAAGTGGAGAAGAGGAAGGTATTTCAGAAGCTGAAGTCT
CTTACGGTTGAGACAATAGATCTCATCATAAGGGAAGAAGGAAAGAAGGGCGTTTTTGTA
GATCAGGAGGATCTTGTCAGGTGGGCCAGACTTCTTAAGAACCGCAAACCTGAAAACGCC
CTTGAG****ATCTTTAGGTGGATGGATAAAAAGAAGATGGTGTTTTCTCCCTCTCAACT
TGAGCTTTATGTGGATCTTCTTGGCAAGGTTAAAGGACATGCAGCAGCTTCAGCGTACTT
CAACAAAGTAGAGCCTAATTTCGATGAGATGGACGTTGATGCCAAAAACCGCCCTGCCTA
CTTGAAGGTCTTGCATCGGTTCCACGTTGCAGGCCAGAGTCGGACTAAAGGGCTAATACC
ATATGTTCTCAAGTACCCTAAATGTGATGATAATTGGAATCCTCTCGAGTGAATTTGTTG
TTTCAAGCTGTTTGGTGTGTGTTTTAATGCCTTCTTGTAGTCACTCATCTATGTAATAAT
CTTTTGCTCTGTAAAACGAATCCTAAGTTAAATTGCATCTCTTCTGTT
TATAGTC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3AM34JQ 709 0 0
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GAGAGCTCAGCACCGGTCAAGGTTGAGAAGGAGAGCTCTGGTCCGATAAAGCCAGAGAAA
CAGAAAGTGGAGAAGAGGAAGGTATTTCAGAAGCTGAAGTCTCTTACGGTTGAGACAATA
GATCTCATCATAAGGGAAGAAGGAAAGAAGGGCGTTTTTGTAGATCAGGAGGATCTTGTC
AGGTGGGCCAGACTTCTTAAGAACCGCAAACCTGAAAACGCCCTTGAG****ATCTTTGG
GTGGATGGATAAAAAGAAGATGGTGTTTTTTCCCTCTCAACTTGAGCTTTATGTGGATCT
TCTTGGCAAGGTTAAAGGACATGCAGCAGCTTCAGCGTACTTCAACAAAGTAGAGCCTAA
TTTCGATGAGATGGACGTTGATGCCAAAAACCGCCCTGCCTACTTGAAGGTCTTACATCG
GTTCCACGTTGCAGGCCAGAGTCAGACTAAAGGGCTAATACCATATGTTCTCAAGTACCC
TAAATGTGATGATAATTGGAATCTTCTCGAGTGAATTTGTTGTTTCAAGCTGTTTGGTGT
GTGTTTTAATGCCTTCTTGTAGTCACTCGTCTATGTAATAATCTTTTGCTCTGTAAAACG
AATCCTAAGTTAAATTGCATCTCTTCTGTTTATAGTCCTTATAAGTATT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 7

CO CL400Contig1 1386 7 27 U
GGATAGTGAAATGATCTAGTTTACTTAAGCCTTTTGTTAAGACAAGAAAATAATAATGTC
TATTGTATGTACCATTTTCTTGTTTCTCTTAACCGCTTCTTCCGCGTTTGCGTCTGCGTT
TCCTAAACCGTCACCCCCAAGGCAATGGTCAACATCAGACACATCAAACTCAACAGCTTC
TTGCTCAGCCACTGGAAACCCAATCGACGACTGCTGGAGATGCGACCAGAAGTGGAACTC
CAACCGCAAAAGCCTCGCGGACTGCGCGGTTGGATTCGGCCGCGACTCAATAGGCGGTAG
AGCCGGGGAGTTCTACACCGTAACAGATTCAGGAGACGAGGATCCTCTAAACCCATCTCC
AGGTACATTACGTTACGCCGCAACACAAGACCAACCTCTATGGATCATATTCGATAGAGA
CATGGTAATAACACTAAAAGAAGACATTCAAGTGACCTCATACAAAACCATAGACGGCAG
AGGAAATAACGTGCAGATAGCTTATGGACCGTGTTTAGCTTTGTATCAAGTAAGTAACGT
AATCATACACAATATTTATATCCACCATTGCGTTCCGGCGAAACGGTCGTTGGGAGGGTA
TTCTGATGGAGATGGGATCTCGATATTCGATTCGCGGGATGTTTGGATTGATCATTGTAC
GTTAGAGAAGTGTCACGATGGGCTTATCGATGCGGTGAGTGGGTCGACGGATATAACGAT
TTCGAATAACTACATGTTGAATCATAATGAAGTCATGCTTTTGGGTCACAGTGATGAGTT
TGACGGTGATCGAGACATGAGGGTTTCGATCGCGTTTAATTATTTTGGTGAAGGACTTGT
CCAGCGAATGCCCAGGTGCAGGCATGGATATTTTCACATTGTGAATAATATTTATAGAGA
GTGGGAGATGTATGCAATTGGTGGAAGTGCTAATCCAACCATTTTTAGTCAAGGGAATGT
GTTTATAGCTTCGGATAATCAGTTCACAAAGGAGGTGACAAAGCGAGAGAGTATAGATGG
AGACGATGAATGGAAGGAATGGAATTGGAAATCAGAAGGAGATGAAATGCTAAACGGTGC
TTTCTTTACACCATCAGGGAACGAAGATTCTCCTAGCTATACCAAAATGTCTAGTATGGT
AGCTCGACCAGCTTCACTTCTCAAGACCACACATCCATCAGTAGGTGTTCTTAGTTGCCA
AATTGGCAAACCTTGTTAGAACCATTCATCAGCTTGTAACCAAATATTGTATTGTCTTCT
TCTTTATTGTGGTTAATGTTAGAGCATTATAGGATTTGTGATGATCATAGAGCCAATCAA
AACAATTGCATAGCTCATTGTCAATTTCATTAAATGTTTCTATTCAAAAGTTACTGAGAT
TCTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

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RD RR3GU24TF 651 0 0
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TATTGTATGTACCATTTTCTTGTTTCTCTTAACCGCTTCTTCCGCGTTTGCGTCTGCGTT
TCCTAAACCGTCACCCCCAAGGCAATGGTCAGCATCAGAGACATCAAACTCAACAGCTTC
TTGCTCAGCCACTGGAAATCCAATCGACGACTGCTGGAGATGCGACCAGAAGTGGAACTC
CAACCGCAAAAGCCTCGCGGACTGCGCGGTTGGATTCGGCCGCGACTCAATAGGCGGTAG
AGCCGGGGAGTTCTACACCGTAACAGATTCAGGAGACGAGGATCCTCTAAACCCATCTCC
AGGTACATTACGTTACGCCGCAACACAAGACCAACCTCTATGGATCATATTCGATAGAGA
CATGGTAATAACACTAAAAGAAGACATTCAAGTGACCTCATACAAAACCATAGACGGCAG
AGGAAATAACGTGCAGATAGCTTATGGACCGTGTTTAGCTTTGTATCAAGTAAGTAACGT
AATCATACACAATATTTATATCCACCATTGCGTTCCGGCGAAACGGTCGTTGGGAGGGTA
TTCTGATGGAGATGGGATCTCGATATTCGATTCGCGGGATGTTTGGATTGA

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3AR54TF 786 0 0
GG
GAAAATAATAATGTCTATTGTATGTACCATTTTCTTGTTTCTCTTAACCGCTTCTTCCGC
GTTTGCGTCTGCGTTTCCTAAACCGTCACCTCCAAGGCAATGGTCAACATCAGACGCATC
AAACTCAACAGCTTCTTGCTCAGCCACTGGAAACCCAATCGACGACTGCTGGAGATGCGA
CCAGAAGTGGAACTCCAACCGCAAAAGCCTCGCGGACTGCGCGGTTGGATTCGGCCGCGA
CTCAATAGGCGGTAGAGCCGGGGAGTTCTACACCGTAACAGATTCAGGAGACGAGGATCC
TCTAAACCCATCTCCAGGTACATTACGTTACGCCGCAACACAAGACCAACCTCTATGGAT
CATATTCGATAGAGACATGGTAATAACACTAAAAGAAGACATTCAAGTGACCTCATACAA
AACCATAGACGGCAGAGGAAATAACGTGCAGATAGCTTATGGACCGTGTTTAGCTTTGTA
TCAAGTAAGTAACGTAATCATACACAATATTTATATCCACCATTGCGTTCCGGCGAAACG
GTCGTTGGGAGGGTATTCTGATGGAGATGGGATCTCGATATTCGATTCGCGGGATGTTTG
GATTGATCATTGTACGTTAGAGAAGTGTCACGATGGGCTTATCGATGCGGTGAGTGGGTC
GACGGATATAACGATTTCGAATAACTACATGTTGAATCATAATGAAGTCATGCTTTTGGG
TCACAGTGATGAGTTTGACG*TGATCGAGACATGAGGGTTTCGATCGCGTTTAATTATTT
TGGT

QA 3 786 3 786
DS 

RD RR3B037TF 865 0 0
G
ACACCGTAACAGATTCAGGAGACGAGGATCCTCTAAACCCATCTCCAGGTACATTACGTT
ACGCCGCAACACAAGACCAACCTCTATGGATCATATTCGATAGAGACATGGTAATAACAC
TAAAAGAAGACATTCAAGTGACCTCATACAAAACCATAGACGGCAGAGGAAATAACGTGC
AGATAGCTTATGGACCGTGTTTAGCTTTGTATCAAGTAAGTAACGTAATCATACACAATA
TTTATATCCACCATTGCGTTCCGGCGAAACGGTCGTTGGGAGGGTATTCTGATGGAGATG
GGATCTCGATATTCGATTCGCGGGATGTTTGGATTGATCATTGTACGTTAGAGAAGTGTT
ACGATGGGCTTATCGATGCGGTGAGTGGGTCGACGGATATAACGATTTCGAATAACTACA
TGTTGAATCATAATGAAGTCATGCTTTTGGGTCACAGTGATGAGTTTGACGGTGATCGAG
ACATGAGGGTTTCGATCGCGTTTAATTATTTTGGTGAAGGACTTGTCCAGCGAATGCCCA
GGTGCAGGCATGGATATTTTCACATTGTGAATAATATTTATAGAGAGTGGGAGATGTATG
CAATTGGTGGAAGTGCTAATCCAACCATTTTTAGTCAAGGGAATGTGTTTATAGCTTCGG
ATAATCAGTTCACAAAGGAGGTGACAAAGCGAGAGAGTATAGATGGAGACGATGAATGGA
AG*AATGGAATTGGAAATCAGAACGAGATGAAATGCTAAACGGTGCTTTCTTTACACCAT
CAGG*AACGAATATTCTCCTAGCTATACCAAA*TGTCTAGTATGGTAGCTCGGCCAGCTT
CACTTCTCA*GACCACACATC
ATC

QA 2 862 2 862
DS 

RD RR3GU24JQ 624 0 0
GGGTCATAGTGATGAGTTTGACGGTGATCGAGACATGAGGGTTTCGATCGCGTTTAATTA
TTTTGGTGAAGGACTTGTCCAGCGAATGCCCAGGTGCAGGCATGGATATTTTCACATTGT
GAATAATATTTATAGAGAGTGGGAGATGTATGCAATTGGTGGAAGTGCTAATCCGACCAT
TTTTAGTCAAGGGAATGT*TTTATAGCTTCGGATAATCAGTTCACAAAGGAGGTGACAAA
GCGAGAGAGTATAGATGGAGACGATGAATGGAAGGAATGGAATTGGAAATCAGAAGGAGA
TGAAATGCTAAACGGTGCTTTCTTTACACCATCAGGGAACGAAGATTCTCCTAGCTATAC
CAAAATGTCTAGTATGGTAGCTCGACCAGCTTCACTTCTCAAGACCACACATCCATCAGT
AGGTGTTCTTAGTTGCCAAATTGACAAACCTTGTTAGAACCATTCATCAGCTTGTAACCA
AATATTGTATTGTCTTCTTCTTTATTGTGGTTAATGTTAGAGCATTATAGGATTTGTGAT
GATCATAGAGCCAATCAAAACAATTGCATAGCTCATTGTCAATTTCATTAAATGTTTCTA
TTCAAA
AGTTACTGAGATTCTACC

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3C883TF 684 0 0
GGGTCGACGGATATAACGATTTCGAATAACTACATGTTGAATCATAATGAAGTCATGCTT
TTGGGTCACAGTGATGAGTTTGACGGTGATCGAGACATGAGGGTTTCGATCGCGTTTAAT
TATTTTGGTGAAGGACTTGTCCAGCGAATGCCCAGGTGCAGGCATGGATATTTTCACATT
GTGAATAATATTTATAGAGAGTGGGAGATGTATGCAATTGGTGGAAGTGCTAATCCAACC
ATTTTTAGTCAAGGGAATGTGTTTATAGCTTCGGATAATCAGTTCACAAAGGAGGTGACA
AAGCGAGAGAGTATAGATGGAGACGATGAATGGAAGGAATGGAATTGGAAATCAGAAGGA
GATGAAATGCTAAACGGTGCTTTCTTTACACCATCAGGGAACGAAGATTCTCCTAGCTAT
ACCAAAATGTCTAGTATGGTAGCTCGACCAGCTTCACTTCTCAAGACCACACATCCATCA
GTAGGTGTTCTTAGTTGCCAAATTGGCAAACCTTGTTAGAACCATTCATCAGCTTGTAAC
CAAATATTGTATTGTCTTCTTCTTTATTGTGGTTAATGTTAGAGCATTATAGGATTTGTG
ATGATCATAGAGCCAATCAAAACAATTGCATAGCTCATTGTCAATTTCATTAAATGTTTC
TATTCAAA
GTTACGAGATTCTACC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3G771JQ 711 0 0
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AATAACTACATGTTGAATCATAATGAAGTCATGCTTTTGGGTCACAGTGATGAGTTTGAC
GGTGATCGAGACATGAGGGTTTCGATCGCGTTTAATTATTTTGGTGAAGGACTTGTCCAG
CGAATGCCCAGGTGCAGGCATGGATATTTTCACATTGTGAATAATATTTATAGAGAGTGG
GAGATGTATGCAATTGGTGGAAGTGCTAATCCAACCATTTTTAGTCAAGGGAATGTGTTT
ATAGCTTCGGATAATCAGTTCACAAAGGAGGTGACAAAGCGAGAGAGTATAGATGGAGAC
GATGAATGGAAGGAATGGAATTGGAAATCAGAAGGAGATGAAATGCTAAACGGTGCTTTC
TTTACACCATCAGGGAACGAAGATTTTCCTAGCTATACCAAAATGTCTAGTATGGTAGCT
CGACCAGCTTCACTTCTCAAGACCACACATCCATCAGTAGGTGTTTTTAGTTGCCAAATT
GGCAAACCTTGTTAGAACCATTCATCAGCTTGTAACCAAATATTGTATTGTCTTCTTCTT
TATTGTGGTTAATGTTAGAGCATTATAGGATTTGTGATGATCATAGAGCCAATCAAAACA
ATTGCATAGCTCATTGTCAATTTCATTAAATGTTTCTATTCAAA
AGTTACT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3AR54JQ 776 0 0
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TGTCACGATGGGCTTATCGATGCGGTGAGTGGGTCGACGGATATAACGATTTCGAATAAC
TACATGTTGAATCATAATGAAGTCATGCTTTTGGGTCACAGTGATGAGTTTGACGGTGAT
CGAGACATGAGGGTTTCGATCGCGTTTAATTATTTTGGTGAAGGACTTGTCCAGCGAATG
CCCAGGTGCAGGCATGGATATTTTCACATTGTGAATAATATTTATAGAGAGTGGGAGATG
TATGCAATTGGTGGAAGTGCTAATCCAACCATTTTTAGTCAAGGGAATGTGTTTATAGCT
TCGGATAATCAGTTCACAAAGGAGGTGACAAAGCGAGAGAGTATAGATGGAGACGATGAA
TGGAAGGAATGGAATTGGAAATCAGAAGGAGATGAAATGCTAAACGGTGCTTTCTTTACA
CCATCAGGGAACGAAGATTCTCCTAGCTATACCAAAATGTCTAGTATGGTAGCTCGACCA
GCTTCACTTCTCAAGACCACACATCCATCAGTAGGTGTTCTTAGTTGCCAAATTGGCAAA
CCTTGTTAGAACCATTCATCAGCTTGTAACCAAATATTGTATTGTCTTCTTCTTTATTGT
GGTTAATGTTAGAGCATTATAGGATTTGTGATGATCATAGAGCCAATCAAAACAATTGCA
TAGCTCATTGTCAATTTCATTAAATGTTTCTATTCAAAAGTTACTGAGATTCTACC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 2 9

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ACCATCCTCAATTTTTGTTCTTGTAAGAACAAGACCAAGAAACAACACGAACAACTTAAA
CCAAAACATCAAAAGTTAAAAAAAACTAACCGAAATCATGATTCAACAGGAGACTCAACT
TTGTTTTCCTCAGCTGCATAGAAAGGGATGGGTTTCTTCGGAGCAGGAAGACGTCCGATG
CTATCGACCCTATCTTGTTGTTTAGGAGGTGGTCTGGCTGCTTTTGGCAATAGCCTTTCT
TTCTTCTCAAACCATTCCGGTCGAAGTAATGCCCTCAACCCCAATTTGTTGTAATACACT
CTTCTCACCGATCCTCCTGCTGCTTCCACCACCTCCTTGGCCCTAACTGTCACTCTCGAA
ACCTCGAAATGAAGTGGCCATTTGATCTCATCAGCACCACGACCCATCAGTCTCACTCCG
TCTTCTATTTGCTTTCCGATAGCTCCCACATCCTTGAGCGTTTTCATCGTGATCAACTCA
TGTGAATCTATCTCCCCAGCGTTTATGAGTTTAGCGATCTTCCCCAAACCAACCGGCTGA
AAATGGAGCTTAAACTTGCTCTTGAAGCCACGTTTAGGAAAACGGCGTCGTAAAGGAGTC
TGCCCACCTTCGAAACCAAACTTCATCGTCCCTCTCGCCTTCTGCCCCTTGTGACCTCTC
CCCGCGGTTTTACCTTTCCCAGACCCGATACCTCTTCCTTTCCTCGTCTTCAGCTTTCTC
GGCACATTGTCTCTCAGATCGTTCAGGCTCAGCAAACTGTAAGCCCTGATTCCCTCGAAC
GACGAAACTCTTCTTCCCGCTAAGGTAGGTGGAGCTTGAGTCAGGATAGGAGATCGGCGG
CATTGAAGAAGCGGCGAAGAGACGATGGATCTGGGCGTGGCGGAGTGATGAAACGGAGAA
TTGACGAGAGACGATGAAATGATCGAAGAGATTCTTCTTCTGATCATCTTTTTTTCGATT
TCGATTTCGATTTGAGATCTTCTGTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3CB95JQ U 291
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AF RR3A031JQ U 1
AF RR3AH73JQ U 44
AF RR3A031TF C 381
AF RR3AH73TF C 381
AF RR3ER92TF C 741
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RD RR3CB95JQ 113 0 0
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QA 1 113 1 113
DS 

RD RR3ER92JQ 605 0 0
GC
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ATCGACCCTATCTTGTTGTTTAGGAGGTGGTCTGGCTGCTTTTGGCAATAGCCTTTCTTT
CTTCTCAAACCATTCCGGTCGAAGTAATGCCCTCAACCCCAATTTGTTGTAATACACTCT
TCTCACCGATCCTCCTGCTGCTTCCACCACCTCCTTGGCCCTAACTGTCACTCTCGAAAC
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TGAATCTATCTCCCCAGCGTTTATGAGTTTAGCGATCTTCCCCAAACCAACCGGCTGAAA
ATG

QA 3 605 3 605
DS 

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CTATCGACCCTATCTTGTTGTTTAGGAGGTGGTCTGGCTGCTTTTGGCAATAGCCTTTCT
TTCTTCTCAAACCATTCCGGTCGAAGTAATGCCCTCAACCCCAATTTGTTGTAATACACT
CTTCTCACCGATCCTCCTGCTGCTTCCACCACCTCCTTGGCCCTAGCTGTCACTCTCGAA
ACCTCGAAATGAAGTGGCCATTTGATCTCATCAGCACCACGACCCATCAGTCTCACTCCG
TCTTCTATTTGCTTTCCGATAGCTCCCACATCCTTGAGCGTTTTCATCGTGATCAACTCA
TGTGAATCTATCTCCCCAGCGTTTATGAGTTTAGCGATCTTCCCCAAACCAACCGGCTGA
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TGCCCACCTTCGAAACCAAACTTCATCGTCCCTCTCGCCTTCTGCCCCTTGTGACCTCTC
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GGCACATTGTCTCTCAGATCGT

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3AH73JQ 751 0 0
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AACACGAACAACTTAAACCAAAACATCAAAAGTTAAAAAAAACTAACCGAAATCATGATT
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CAGGAAGATGTCCGATGCTATCGACCCTATCTTGTTGTTTAGGAGGTGGTCTGGCTGCTT
TTGGCAATAGCCTTTCTTTCTTCTCAAACCATTCCGGTCGAAGTAATGCCCTCAACCCCA
ATTTGTTGTAATACACTCTTCTCACCGATCCTCCTGCTGCTTCCACCACCTCCTTGGCCC
TAACTGTCACTCTCGAAACCTCGAAATGAAGTAGCCATTTGATCTCATCAGCACCACGAC
CCATCAGTCTCACTCCGTCTTCTATTTGCTTTCCGATAGCTCCCACATCCTTGAGCGTTT
TCATCGTGATCAACTCATGTGAATCTATCTCCCCAGCGTTTATGAGTTTAGCGATCTTCC
CCAAACCAACCGGCTGAAAATGGAGCTTAAACTTGCTCTTGAAGCCACGTTTAGGCAAAC
GGCGTCGTAAAGGAGTCTGCCCACCTTCGAAACCAAACTTCATCGTCCCTCTCGCCTTCT
GCCCCTTGTGACCTCTCCCCGCGGTTTTACCTTTCCCAGACCCGATACCTCTTCCTTTCC
TCGTCTTCAGCTTTCTCGGCACATTGTCTCT

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DS 

RD RR3A031TF 655 0 0
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AGCTCCCACATCCTTGAGCGTTTTCATCGTGATCAACTCATGTGAATCTATCTCCCCAGC
GTTTATGAGTTTAGCGATCTTCCCCAAACCAACCGGCTGAAAATGGAGCTTAAACTTGTT
CTTGAAGCCACGTTTAGGAAAACGGCGTCGTAAAGGAGTCTGCCCACCTTCGAAACCAAA
CTTCATCGTCCCTCTCGCCTTCTGCCCCTTGTGACCTCTCCCCGCGGTTTTACCTTTCCC
AGACCCGATACCTCTTCCTTTCCTCGTCTTCAGCTTTCTCGGCACATTGTCTCTCAGATC
GTTCAGGCTCAGCAAACTGTAAGCCCTGATTCCCTCGAACGACGAAACTCTTCTTCCCGC
TAAGGTAGGCGGAGCTTGAGTCAGGACAGGAGATCGGCGGCATTGAAGAAGCGGCGAAGA
GACGATGGATCTAGGCGTGGCGGAGTGATGAAACGGAGAATTGACGAGAGACGATGAAAT
GATCGAAGAGATTCTTCTTCTGATCATCTTTTTTTCGATTTCGATTTCGATTT
CC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3AH73TF 665 0 0
TGCTTCCACCACCTCCTTGGCCCTAACTGTCACTCTCGAAACCTCGAAATGAAGTAGCCA
TTTGATCTCATCAGCACCACGACCCATCAGTCTCACTCCGTCTTCTATTTGCTTTCCGAT
AGCTCCCACATCCTTGAGCGTTTTCATCGTGATCAACTCATGTGAATCTATCTCCCCAGC
GTTTATGAGTTTAGCGATCTTCCCCAAACCAACCGGCTGAAAATGGAGCTTAAACTTGCT
CTTGAAGCCACGTTTAGGCAAACGGCGTCGTAAAGGAGTCTGCCCACCTTCGAAACCAAA
CTTCATCGTCCCTCTCGCCTTCTGCCCCTTGTGACCTCTCCCCGCGGTTTTACCTTTCCC
AGACCCGATACCTCTTCCTTTCCTCGTCTTCAGCTTTCTCGGCACATTGTCTCTCAGATC
GTTCAGGCTCAGCAAACTGTAAGCCCTGATTCCCTCGAACGACGAAACTCTTCTTCCCGC
TAAGGTAGGTGGAGCTTGAGTCAGGATAGGAGATCGGCGGCATTGAAGAAGCGGCGAAGA
GACGATGGATCTGGGCGTGGCGGAGTGATGAAACGGAGAATTGACGAGAGACGATGAAAT
GATCGAAGAGATTCTTCTTCTGATCATCTTTTTTTCGATTTCGATTTCGATTTGAGATCT
TCT
CC

QA 1 663 1 663
DS 

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GTTCAGGCTCAGCAAACTGTAAGCCCT*ATTCCCTCGAACGACGAAACTCTTCTTCCCGC
TAAGGTAGGTGGAGCTTGAGTCAGGATAGGAGATCGGCGGCATTGAAGAAGCGGCGAAGA
GACGATGGATCTGGGCGTGGCGGAGTGATGAAACGGAGAATTGACGAGAGACGATGAAAT
GATCGAAGAGATTCTTCTTCTGATCATCTTTTTTTCGATTTCGATTTCGATTTGAGATCT
TCTGTCC

QA 1 307 1 307
DS 



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TCGATCATTTCATCGTCTCTCATCAATTCTTCGTCCCATCACTCCGCCAAGCCCAGATTC
ATCAACTCTTCGCCGCTTCCCCAATGCCGTCGATCTCCGATCCTGACTCAAGCTCCTCCC
ACCTTTGCGGGAAGAAGAGTTCCGTCGTTCGAGGGGATCAGGGCTTACAGTTTGCTGAGC
CTGAACGATCTGAGAGACAATGTGCCGAGAAAGCTGAAGACGAGGAAAGGAAGAGGTATC
GGGTCTGGGAAAGGCAAAACCGCGGGGAGAGGTCACAAGGGGCAGAAGGCGAGAGGGACG
ATGAAGTTTGGTTTCGAAGGTGGGCAGACTCCTTTACGACGCCGTTTGCCTAAACGTGGC
TTCAAGAACAAGTTTAAGCTCCATTTTCAGCCGGTTGGTTTGGGGAAGATCGCTAAACTC
ATAAACGCTGGGGAGATAGATTCACATGAGTTGATCACGATGAAAACGCTCAAGGATGTG
GGAGCTATCGGAAAGCAAATAGAAGACGGAGTGAGACTGATGGGGTCGTGGTGCTGATGA
GATCAAATGGCCACTTCACTTCGAGGTTTCGAGAGTGACAGTTAGGGCCAATAGCATCGG
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TCTCCTGTTGAAT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB95TF U 2
AF RR3G258TF U 1
BS 1 94 RR3G258TF
BS 95 95 RR3CB95TF
BS 96 280 RR3G258TF
BS 281 282 RR3CB95TF
BS 283 387 RR3G258TF
BS 388 388 RR3CB95TF
BS 389 526 RR3G258TF
BS 527 527 RR3CB95TF
BS 528 617 RR3G258TF
BS 618 618 RR3CB95TF
BS 619 647 RR3G258TF
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BS 649 649 RR3G258TF
BS 650 650 RR3CB95TF
BS 651 733 RR3G258TF

RD RR3CB95TF 650 0 0
GAC
AGAAGATCTCAAATCGAAATCGAAATTCGAAAAAAATGATCAGAAGAAGAATCTCTTCGA
TCATTTCATCGTCTCTCATCAATTCTTCGTCCCATCACTCCGCCAAGCCCAGATTCATCA
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ACGATCTGAGAGACAATGTGCCGAGAAAGCTGAAGACGAGGAAAGGAAGAGGTATCGGGT
CTGGGAAAGGCAAAACCGCGGGGAGAGGTTACAAGGGGCAGAAGGCGAGAGGGACGATGA
AGTTTGGTTTCGAAGGTGGGCAGACTCCTTTACGACGCCGTTTGCCTAAACGTGGCTTCA
AGAACAAGTTTAAGCTCCATTTTCAGCCGGTTGGTTTGGGGAAGATCGCTAAACTCATAA
ACGCTGGGGAGATAGATTCACATGAGTTGATCACGATGAAAACGCTCAAGGATGTGGGAG
CTATCGGAAAGCAAATAGAAGACGGAGTGAGACTGATGGG*TCGTGGTGCTGATGATATC
AAATGGCCACTTCATTTCGAGGTTTCGAGAGTGACAGTTAGGGCCAA

QA 4 650 4 650
DS 

RD RR3G258TF 733 0 0
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TCGATCATTTCATCGTCTCTCATCAATTCTTCGTTCCATCACTCCGCCAAGCCCAGATTC
ATCAACTCTTCGCCGCTTCCCCAATGCCGTCGATCTCCGATCCTGACTCAAGCTCCTCCC
ACCTTTGCGGGAAGAAGAGTTCCGTCGTTCGAGGGGATCAGGGCTTACAGTTTGCTGAGC
CTGAACGATCTGAGAGACAATGTGCCGAGAAAGCTGAAGA**AGGAAAGGAAGAGGTATC
GGGTCTGGGAAAGGCAAAACCGCGGGGAGAGGTCACAAGGGGCAGAAGGCGAGAGGGACG
ATGAAGTTTGGTTTCGAAGGTGGGCAGGCTCCTTTACGACGCCGTTTGCCTAAACGTGGC
TTCAAGAACAAGTTTAAGCTCCATTTTCAGCCGGTTGGTTTGGGGAAGATCGCTAAACTC
ATAAACGCTGGGGAGATAGATTCACATGAGTTGATCACGATGAAAATGCTCAAGGATGTG
GGAGCTATCGGAAAGCAAATAGAAGACGGAGTGAGACTGATGGGGTCGTGGTGCTGATGA
GATCAAATGGCCACTTCGCTTCGAGGTTTCGAGAGTGACAGTTAGGGTCGATAGCATCGG
ACGTCTTCCTGCTCCGAAGAAACCCATCCCTTTCTATGCAGCTGAGAAAACAGAGTCGAG
TCTCCTGTTGAAT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 2 10

CO CL402Contig1 879 6 5 U
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AAACCGACAGACACATGCTGGGCAATAAATATGACACAAACACAGAGATATTTTCAGTTT
CCTCTCTTTTGGTCACATTACATTTTTTTCCACACCTTACTGGTAACATAATACTATTGC
CATAGATACCCATCAAGTATTTAAATTACAACACACATATAGGAGATAGAAATACATAAA
AATGCAAATCAAGAACCCGTCATATGGACATTGATGGTTCTTTTTTTCTTCTTATTATAA
AATTCATGATCTGTTCTTGCAGTACTTCTCCATTGCTCTGGGAGCAAGTCCAATTGCTTC
AGATCCCTTCATGATGCGCAAACGTTTGCACGACTGGACGAACATTTCCCATGGGACATC
TCCGACGAGCATCCAATCGCCATCTTTGTCCTCGTAGCTTGGAACATATTCGGAACTGTT
CAACAGATTCATGAGCTTGCTCTCGTTCATGAAATCTATCATTCCTTGTGCTCCATAGTT
TCCCATAGTGAAGGAGCTGAACATTTTGGCCAAAGCATCAGAGAGATCCTGATAGCTTTT
GTACATCGTGAGGTTAACTTTTCTTAGGTAAGGAGCTCCATCCATGGATACCTTCACCAA
GGCAGCTCCTCCACCATTTCCGGCCTTCTCGCTGCTGGCCTCCTCCTCGGCGCTTGTTTT
CTGCTGAGTCATCATGTTCTTCCTGTAGTTCCTCACAGGTGGCCATCCCACCACTTGGGC
TTTAGCAGGAGGCTTAGCAGGGTCTTTGAGGAGAGTCCGATCATGTTACTTCTAATAGAT
TAGAGATGTTATTTCTCTCTCTGATTTGGTAAGAGGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 5 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C085JQ U 1
AF RR3CX21JQ U 231
AF RR3CU19JQB U 431
AF RR3EP29JQ U 161
AF RR3BR70JQ U 93
AF RR3BR70TF C 151
BS 1 181 RR3C085JQ
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BS 867 879 RR3BR70TF

RD RR3C085JQ 657 0 0
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AAACCGACAGACACATGCTGGGCAATAAATATGACACAAACACAGAGATATTTTCAGTTT
CCTCTCTTTTGGTCACATTACATTTTTTTCCACACCTTACTGGTAACATAATACTATTGC
CCTAGATACCCATCAAGTATTTAAATTACAACACACATATAGGAGATAGAAATACATAAA
AATGCAAATCAAGAACCCGTCATATGGACATTGATGGTTCTTTTTTTCTTCTTATTATAA
AATTCATGATCTGTTCTTGCAGTACTTCTCCATTGCTCTGGGAGCAAGTCCAATTGCTTC
AGATCCCTTCATGATGCGCAAACGTTTGCACGACTGGACGAACATTTCCCATGGGACATC
TCCGACGAGCATCCAATCGCCATCTTTGTCCTCGTAGCTTGGAACATATTCGGAACTGTT
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TCCCATAGTGAAGGAGCTGAACATTTTGGCCAAAGCATCAGAGAGATCCTGATAGCTTTT
GTACATCGTGAGGTTAACTTTTCTTAGGTAAGGAGCTCCATCCATGGATACCTTCAC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3CX21JQ 439 0 0
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CTTATTATAAAATTCATGATCTGTTCTTGCAGTACTTCTCCATTGCTCTGGGAGCAAGTC
CAATTGCTTCAAATCCCTTCATGATGCGCAAACGTTTGCACGACTGGACGAACATTTCCC
ATGGGACATCTCCGACGAACATCCAATCCCCATCTTTGTCCTCGTAGCTTGGAACATATT
CGGAACTGTTCAACAGATTCATGAGCTTGCTCTCGTTCATGAAATCTATCATTCCTTGTG
CTCCATAGTTTCCCATAGTGAAGGAGCTGAACATTTTGGCCAAAGCATCAAAAAAATCCT
GATAGCTTTTGTACATCGTGAGGTTAACTTTTCTTAGGTAAGGAGCTCCATCCATGGATA
CCTTCACCAAGGCAGCTCC

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR3CU19JQB 353 0 0
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ATGAGCTTGCTCTCGTTCATGAAATCTATCATTCCTTGTGCTCCATAGTTTCCCATAGTG
AAGGAGCTGAACATTTTGGCCAAAGCATCAAAAAAATCCTGATAGCTTTTGTACATCGTG
AGGCTAACTTTTCTTAGGTAAGGAGCTCCATCCATGGATACCTTCACCAAGGCAGCTCCT
CCACCATTTCCGGCCTTCTCGCTGCTGGCCTCCTCTTCGGCGCTTGTTTTCTGCTGAGTC
ATCATGTTCTTCCTGTAGTTCCTCACAGGTGGCCATCCCACCACTTGGGCTTT

QA 1 353 1 353
DS 

RD RR3EP29JQ 624 0 0
CGGTA
ACATAATACTATTGCCCTAGATACCCATCAAGTATTTAAATTACAACACACATATAGGAG
ATAGAAATACATAAAAATGCAAATCAAGAACCCGTCATATGGACATTGATGGTTCTTTTT
TTCTTCTTATTATAAAATTCATGATCTGTTCTTGCAGTACTTCTCCATTGCTCTGGGAGC
AAGTCCAATTGCTTCAAATCCCTTCATGATGCGCAAACGTTTGCACGACTGGACGAACAT
TTCCCATGGGACATCTCCGACGAGCATCCAATCGCCATCTTTGTCCTCGTAGCTTGGAAC
ATATTCGGAACTGTTCAACAGATTCATGAGCTTGCTCTCGTTCATGAAATCTATCATTCC
TTGTGCTCCATAGTTTCCCATAGTGAAGGAGCTGAACATTTTGGCCAAAGCATCAGAGAG
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GGATACCTTCACCAAGGCAGCTCCTCCACCATTTCCGGCCTTCTCGCTGCTGGCCTCCTC
CTCGGCGCTTGTTTTCTGCTGAGTCATCATGTTCTTCCTGTAGTTCCTCACAGGTGGCCA
TCCCACCACTTGGGCTTTA

QA 6 624 6 624
DS 

RD RR3BR70JQ 774 0 0
GG
CACAAACACAGAGATATTTTCAGTTTCCTCTCTTTTGGTCACATTACATTTTTTTCCACA
CCTTACTGGTAACATAATACTATTGCCATAGATACCCATCAAGTATTTAAATTACAACAC
ACATATAGGAGATAGAAATACATAAAAATGCAAATCAAGAACTCGTCATATGGACATTGA
TGGTTCTTTTTTTCTTCTTATTATAAAATTCATGATCTGTTCTTGCAGTACTTCTCCATT
GCTCTGGGAGCAAGTCCAATTGCTTCAGATCCCTTCATGATGCGCAAACGTTTGCACGAC
TGGACGAACATTTCCCGTGGGACATCTCCGACGAGCATCCAATCGCCATCTTTGTCCTCG
TAGCTTGGAACATATTCGGAACTGTTCAACAGATTCATGAGCTTGCTCTCGTTCATGAAA
TCTATCATTCCTTGTGCTCCATAGTTTCCCATAGTGAAGGAGCTGAACATTTTGGCCAAA
GCATCAGAAAGATCCTGATAGCTTTTGTACATCGTGAGGTTAACTTTTCTTAGGTAAGGA
GCTCCATCCATGGATACCTTCACCAAGGCAGCTCCTCCACCATTTCCGGCCTTCTCGCTG
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ACAGGTGGCCATCCCACCACTTGGGCTTTAGCAGGAGGCTTAGCAGGGTCTTTGAGGAGA
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QA 3 774 3 774
DS 

RD RR3BR70TF 729 0 0
CCACA
CTTACTGGTA*CATAATACTATTGCCATAGATACCCATCAAGTATTTAAATTACAACACA
CATATAGGAGATAGAAATACATAAAAATGCAAATCAAGAACTCGTCATATGGACATTGAT
GGTTCTTTTTTTCTTCTTATTATAAAATTCATGATCTGTTCTTGCAGTACTTCTCCATTG
CTCTGGGAGCAAGTCCAATTGCTTCAGATCCCTTCATGATGCGCAAACGTTTGCACGACT
GGACGAACATTTCCCGTGGGACATCTCCGACGAGCATCCAATCGCCATCTTTGTCCTCGT
AGCTTGGAACATATTCGGAACTGTTCAACAGATTCATGAGCTTGCTCTCGTTCATGAAAT
CTATCATTCCTTGTGCTCCATAGTTTCCCATAGTGAAGGAGCTGAACATTTTGGCCAAAG
CATCAGAGAGATCCTGATAGCTTTTGTACATCGTGAGGTTAACTTTTCTTAGGTAAGGAG
CTCCATCCATGGATACCTTCACCAAGGCAGCTCCTCCACCATTTCCGGCCTTCTCGCTGC
TGGCCTCCTCCTCGGCGCTTGTTTTCTGCTGAGTCATCATGTTCTTCCTGTAGTTCCTCA
CAGGTGGCCATCCCACCACTTGGGCTTTAGCAGGAGGCTTAGCAGGGTCTTTGAGGAGAG
TCCGATCATGTTACTTCTAATAGATTAGAGATGTTATTTCTCTCTCTGATTTGGTAAGAG
GGCC

QA 6 729 6 729
DS 



CO CL402Contig2 857 4 7 U
GGATACATAATACACCCCACCGCCATTTTCTCTCCTTATATTATTATTGCTATTTCCTCT
CCCTTCTTCTTCCCCTCTTACCAAATCAGAGAGAGAAATAACATCTCTAATCTATTAGAA
GTAACATGATCGGACAGCTTATGAACCTTAACGCGACGGAGCTCTGTCTCGGCCTCCCTG
GCGGCATTAAAGCCGTCGACAGCCCGGCCAGATCGTCGGTGAGGAACAAGAGAGGCTTCT
CCGAGACCGTGGATCTCATGCTCAATCTTCAGTGCAACAAAGAAGAAACCGTCGATCTTA
ACAACGCCACAGCTTCCAAAGAGAAGACTCTCCTCAAAGACCCTGCTAAGCCTCCTGCTA
AAGCCCAAGTGGTGGGATGGCCACCTGTGAGGAACTACAGGAAGAACATGATGACTCAGC
AGAAAACAAGCGCCGAGGAGGAGGCCAGCAGCGAGAAGGCCGGAAATGGTGGAGGAGCTG
CCTTGGTGAAGGTATCCATGGATGGAGCTCCTTACCTAAGAAAAGTTAACCTCACGATGT
ACAAAAGCTATCAGGATCTCTCTGATGCTTTGGCCAAAATGTTCAGCTCCTTCACTATGG
GAAACTATGGAGCACAAGGAATGATAGATTTCATGAACGAGAGCAAGCTCATGAATCTGT
TGAACAGTTCCGAATATGTTCCAAGCTACGAGGACAAAGATGGCGATTGGATGCTCGTCG
GAGATGTCCCATGGGAAATGTTCGTCCAGTCGTGCAAACGTTTGCGCATCATGAAAGGGA
TCTGAAGCAATTGGACTTGCTCCCAGAGCAATGGAGAAGTACTGCAAGAACAGATCATGA
ATTTTATAATAAGAGAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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DS 



AS 1 8

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CTGAACTTTTATCT


BQ
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TCTTTGTTTATGAAAGAATTGAAGAGACGAGGTATGACTCCTACTTCGTTGCTTCAAGAC
TACGAAGTTGATGTAGATGAGATCAAAACTACTGGTAA**AAAGCTCTAAGAAGACTGCA
ACTACTACTCCTCCATTTGACCAAAGCTTGTTAAACCAGAGAGAGAGATCGTTGGCCTTA
AACAGC

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3C886TF 670 0 0
GGGTCCGACATCT
GAAAAAAAAA*GACAAAGAGAATTCGAGTTAGAAAGGAAACAAAAACAAAA*CAATGGCT
GTTTCTTCTCTGGAGATTGTTAAATTATGTGGCTACTCTCCTGTGTCATCGATTTCCCGC
CATAAATCTACAGTGAAACTGGAATCGAGAGAAAGGGTTTTAAGATTAGCAGATTCTCGG
CGTCTTGGTCGATGTGTTAGAGTTTATTCATCATCTCCTCGTAACGGCGGCGATAATCAG
TCAAAAGGTGATGAACCCCCAGAATCTTTGTTCATGAAAGAATTGAAGAGACGAGGTATG
ACTCCTACTTCGTTGCTTCAGGACTACGAAGTTGATGTAGATGAGATCAAAACCACTGGT
AAAGAAAGCTCTAAGAAGACTGCAACTACTACTCCTCCATTTGACCAAAGCTTGTTAAAC
CAGAGAGAGAGATCGTTGGCCTTAAACAGCGAAGGGCTTGAGGGATTGATTCCACGTGCT
AAGATATTGCTAACGACTGGAGGGACTTTCTTCTTGGGTTTTTGGCCCTTGATAGTCTTA
ACTCTTGGCGCCTTCTCTGCCCTTTACCTTTACTTTGGAGCAGATTTCGTTCATGATGGA
AGCAGAACTCCAGTGTCACCACCACCATACATCGATCCTTATGCCCTCTTGGAGGAT

QA 14 670 14 670
DS 

RD RR3AZ56TF 815 0 0
TTT
GCCGTCTGAGTTTCCTTTCTCTATTTATCCTGCGGCGGCGTCTGGATCATGATTCTTTCC
GACATCTGA**AAAAAAAA*GACAAAGAGAATTCGAGTTAGAAAGGAAACAAAAACAAAA
*CAATGGCTGTTTCTTCTCTGGAGATTGTTAAATTATGTGGCTACTCTCCTGTGTCATCG
ATTTCCCGCCATAAATCTACAGTGAAACTGGAATCGAGAGAAAGGGTTTTAAGATTAGCA
GATTCTCGGCGTCTTGGTCGATGTGTTAGAGTTTATTCATCATCTCCTCGTAACGGCGGC
GATAATCAGTCAAAAGGTGATGAACCCCCAGAATCTTTGTTCATGAAAGAATTGAAGAGA
CGAGGTATGACTCCTACTTCGTTGCTTCAGGACTACGAAGTTGATGTGGATGAGATCAAA
ACCACTGGTAAAGAAAGCTCTAAGAAGACTGCAACTACTACTCCTCCATTTGACCAAAGC
TTGTTAAACCAGAGAGAGAGATCGTTGGCCTTAAACAGCGAAGGGCTTGAGGGATTGATT
CCACGTGCTAAGATATTGCTAACGACTGGAGGGACTTTCTTCTTGGGTTTTTGGCCCTTG
ATAGTCTTAACTCTTGGCGCCTTCTCTGCCCTTTACCTTTACTTTGGAGCAGATTTCGTT
CATGATGGAAGCAGAACTCCAGTGTCACCACCACCATACATCGATCCTTATGCCCTCTTG
GAGGATGAGAGGATATCTGGGATCAATCCTCGTCTAAATTAGCACCACCACCACCGTGTT
CTTTCTCAAGTAGTATTTGATAATGATATATT

QA 4 815 4 815
DS 

RD RR3B722TF 866 0 0
GG
GCCGTCTGAGTTTCCTTTCTCTATTTATCCTGCGGCGGCGTCTGGATCATGATTCTTTCC
GACATCTGAGAAAAAAAAAAGACAAAGAGAATTCGAGTTAGAAAGGAAACAAAAACAAAA
GCAATGGCTGTTTCTTCTCTGGAGATTGTTAAATTATGTGGCTACTCTCCTGTATCATCG
ATTTCCCGCCATAAATTTACAGTGAAACTGGAATCAAGAAAAAGGGTTTTAAGATTAGCA
GATTCTCGGCGTCTTGGTCGATGTGTTAGGGTTTATTCATCATCTCCTCGTAACGGCGGC
GATAATCAGTCAAAAGGAGATGAACCCCCAGAATCTTTGTTTATGAAAGAATTGAAGAGA
CGAGGTATGACTCCTACTTCGTTGCTTCAAGACTACGAAGTTGATGTAGATGAGATCAAA
ACTACTGGTAAAGAAAGCTCTAAGAAGACTGCAACTACTACTCCTCCATTTGACCAAAGC
TTGTTAAACCAGAGAGAGAGATCGTTGGCCTTAAACAGCGAAGGGCTTGAGGGATTGATT
CCACGTGCTAAGATATTGCTAACGACTGGAGGGACTTTCTTCTTGGGTTTTTGGCCCTTG
ATAGTCTTAACTCTTGGCGCCTTCTCTGCCCTTTACCTTTACTTTGGAGCAGATTTTGTT
CATGATGGAAGCAGAACTCCAGTGTCACCACCACCATACATCGATCCTTATGCCCTCTTG
GAGGATGAGAGGATATCTGGGATCAATCCTCGTCTAAATTAGCACCACCACCACCGTGTT
CTTTCTCAAGTAGTATTTGATAATGATATATTGTTGCTTTCAAGTATATATTTACTCCAT
CTGCGTTCTTTTTCACGCCTGTAT

QA 3 866 3 866
DS 

RD RR3F579JQ 713 0 0
TCATCGATTTCCCGCCATAAATTTACAGTGAAACTGGAATCAAGAAAAAGGGTTTTAAGA
TTAGCAGATTCTCGGCGTCTTGGTCGATGTGTTAGGGTTTATTCATCATCTCCTCGTAAC
GGCGGCGATAATCAGTCAAAAGGAGATGAACCCCCAGAATCTTTGTTTATGAAAGAATTG
AAGAGACGAGGTATGACTCCTACTTCGTTGCTTCAAGACTACGAAGTTGATGTAGATGAG
ATCAAAACTACTGGTAA**AAAGCTCTAAGAAGACTGCAACTACTACTCCTCCATTTGAC
CAAAGCTTGTTAAACCAGAGAGAGAGATCGTTGGCCTTAAACAGCGAAGGGCTTGAGGGA
TTGATTCCACGTGCTAAGATATTGCTAACGACTGGAGGGACTTTCTTCTTGGGTTTTTGG
CCCTTGATAGTCTTAACTCTTGGCGCCTTTTCTGCCCTTTACCTTTACTTTGGAGCAGAT
TTTGTTCATGATGGAAGCAGAACTCCAGTGTCACCACCACCATACATCGATCCTTATGCC
CTCTTGGAGGATGAGAGGATATCTGGGATCAATCCTCGTCTAAATTAGCACCACCACCAC
CGTGTTCTTTCTCAAGTAGTATTTGATAATGATATATTGTTGCTTTCAAGTATATATTTA
CTCCATCTGCGTTCTTTTTCACGCCTGTATTGTAAAAAAA
AATGTTGCTTCTC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3AZ56JQ 816 0 0
ACAATGGCTGTTTCTTCTCTGGAGATTGTTAAATTATGTGGCTACTCTCCTGTGTCATCG
ATTTCCCGCCATAAATCTACAGTGAAACTGGAATCGAGAGAAAGGGTTTTAAGATTAGCA
GATTCTCGGCGTCTTGGTCGATGTGTTAGAGTTTATTCATCATCTCCTCGTAACGGCGGC
GATAATCAGTCAAAAGGTGATGAACCCCCAGAATCTTTGTTCATGAAAGAATTGAAGAGA
CGAGGTATGACTCCTACTTCGTTGCTTCAGGACTACGAAGTTGATGTGGATGAGATCAAA
ACCACTGGTAAAGAAAGCTCTAAGAAGACTGCAACTACTACTCCTCCATTTGACCAAAGC
TTGTTAAACCAGAGAGAGAGATCGTTGGCCTTAAACAGCGAAGGGCTTGAGGGATTGATT
CCACGTGCTAAGATATTGCTAACGACTGGAGGGACTTTCTTCTTGGGTTTTTGGCCCTTG
ATAGTCTTAACTCTTGGCGCCTTCTCTGCCCTTTACCTTTACTTTGGAGCAGATTTCGTT
CATGATGGAAGCAGAACTCCAGTGTCACCACCACCATACATCGATCCTTATGCCCTCTTG
GAGGATGAGAGGATATCTGGGATCAATCCTCGTCTAAATTAGCACCACCACCACCGTGTT
CTTTCTCAAGTAGTATTTGATAATGATATATTGTTGCTTTCAAGTATATATTTACTCCAT
CTGCGTTCTTTTTCACGCCTGTATTGTAAAAAAA**TGTTGCTTCTCTATTCTGGCAACT
TTTAAAAAGGCTGCACCAGAAAGTAGAAAAGTTCTG

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3C886JQ 754 0 0
TTCCCGCCATAAATCTACAGTGAAACTGGAATCGAGAGAAAGGGTTTTAAGATTAGCAGA
TTCTCGGCGTCTTGGTCGATGTGTTAGAGTTTATTCATCATCTCCTCGTAACGGCGGCGA
TAATCAGTCAAAAGGTGATGAACCCCCAGAATCTTTGTTCATGAAAGAATTGAAGAGACG
AGGTATGACTCCTACTTCGTTGCTTCAGGACTACGAAGTTGATGTAGATGAGATCAAAAC
CACTGGTAAAGAAAGCTCTAAGAAGACTGCAACTACTACTCCTCCATTTGACCAAAGCTT
GTTAAACCAGAGAGAGAGATCGTTGGCCTTAAACAGCGAAGGGCTTGAGGGATTGATTCC
ACGTGCTAAGATATTGCTAACGACTGGAGGGACTTTCTTCTTGGGTTTTTGGCCCTTGAT
AGTCTTAACTCTTGGCGCCTTCTCTGCCCTTTACCTTTACTTTGGAGCAGATTTCGTTCA
TGATGGAAGCAGAACTCCAGTGTCACCACCACCATACATCGATCCTTATGCCCTCTTGGA
GGATGAGAGGATATCTGGGATCAATCCTCGTCTAAATTAGCACCACCACCACCGTGTTCT
TTCTCAAGTAGTATTTGATAATGATATATTGTTGCTTTCAAGTATATATTTACTCCATCT
GCGTTCTTTTTCACGCCTGTATTGTAAAAAAAA*TGTTGCTTCTCTATTCTGGCAACTTT
TAAAAAGGCTGCACCAGAAAGTAGAAAAGTTCTG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3B722JQ 774 0 0
A
TCATCGATTTCCCGCCATAAATTTACAGTGAAACTGGAATCAAGAAAAAGGGTTTTAAGA
TTAGCAGATTCTCGGCGTCTTGGTCGATGTGTTAGGGTTTATTCATCATCTCCTCGTAAC
GGCGGCGATAATCAGTCAAAAGGAGATGAACCCCCAGAATCTTTGTTTATGAAAGAATTG
AAGAGACGAGGTATGACTCCTACTTCGTTGCTTCAAGACTACGAAGTTGATGTAGATGAG
ATCAAAACTACTGGTAAAGAAAGCTCTAAGAAGACTGCAACTACTACTCCTCCATTTGAC
CAAAGCTTGTTAAACCAGAGAGAGAGATCGTTGGCCTTAAACAGCGAAGGGCTTGAGGGA
TTGATTCCACGTGCTAAGATATTGCTAACGACTGGAGGGACTTTCTTCTTGGGTTTTTGG
CCCTTGATAGTCTTAACTCTTGGCGCCTTCTCTGCCCTTTACCTTTACTTTGGAGCAGAT
TTTGTTCATGATGGAAGCAGAACTCCAGTGTCACCACCACCATACATCGATCCTTATGCC
CTCTTGGAGGATGAGAGGATATCTGGGATCAATCCTCGTCTAAATTAGCACCACCACCAC
CGTGTTCTTTCTCAAGTAGTATTTGATAATGATATATTGTTGCTTTCAAGTATATATTTA
CTCCATCTGCGTTCTTTTTCACGCCTGTATTGTAAAAAAAAATGTTGCTTCTCTATTCTG
GCAACTTTTAAAAAGGCTGCCCCAGAAAGTAGAAAAGTTCTGAACTTTTATCT

QA 2 774 2 774
DS 



AS 1 10

CO CL404Contig1 806 10 19 U
GATCGTGGAACGTGGAGCTCACATAACTAAACAAGATCCGATCTAACCCCCGGTTCTCGT
CGGAATCTCTTCACGGTTAACCGGCGTTCCTCATCCACCTTTCGTTGTCATGGAAGACGT
CAAGGGAAAGGAGCTTGTTGATGATACTCCACCTCCTGTTGACCAAAATGATAACAAGAA
TGAAACTGAGATTCATAAACAGCCATCATCTGAGTCAGAGGAAAATGCGATCAAGAAAAA
GTATGGAGGATTGTTGCCAAAGAAGATTCCTTTGATATCCAAGGATCATGAGCGCGCATT
TTTTGACTCTGCTGATTGGGCATTAGGCAAGCAAAAAGGACAAAAGCCTAAAGGGCCTTT
GGAAGCTCTCCGACCAAAACTGCAGCCAACCCCGCACCAGCAGCCTAGAGCTAGACGGAT
GGCTTTATCTTCAGGCGACAACACTGAAGACGCTGATGCTGACAACAACGAACCTCTCGA
TGACCAAGCTAGCGCATCAGTTGCCAAGGATGATGGAGGCAACGATACTGCTGACGCGAA
AGAAGACATCAAGTCATGAACAAAAACATATCACAAGTCAATTTTACAGAAGAATAAGCG
ACCAGGTTTGCTGCTATGCAAACGGTCGTAGTAATATCGAGTCTCTCTCCCTCTCTCTTT
ACATTATATTCCATACATACTTGAACACCAGCAAATCTGTATCACCATTACAAAACCTAG
TAGTTGTCTGAAACGTCTTATTGGACGATTTGCAAAATGGTTTGCTTTTAATGATCCATT
AAAATACCCTCTTTCTATTACTCATC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 40 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL10TF U 28
AF RR3GI66JQ C 65
AF RR3CC94JQ C 1
AF RR3G656JQ C 109
AF RR3GI66TF U 1
AF RR3G656TF U 13
AF RR3CC94TF U 1
AF RR3A609TF U 3
AF RR3A609JQ C 64
AF RR3EL10JQ C 86
BS 1 4 RR3CC94JQ
BS 5 22 RR3GI66TF
BS 23 23 RR3G656TF
BS 24 28 RR3GI66TF
BS 29 514 RR3EL10TF
BS 515 516 RR3GI66TF
BS 517 542 RR3EL10TF
BS 543 543 RR3GI66TF
BS 544 605 RR3EL10TF
BS 606 606 RR3GI66TF
BS 607 650 RR3EL10TF
BS 651 651 RR3GI66TF
BS 652 709 RR3EL10TF
BS 710 714 RR3GI66TF
BS 715 715 RR3G656TF
BS 716 750 RR3GI66TF
BS 751 752 RR3G656TF
BS 753 778 RR3A609TF
BS 779 806 RR3A609JQ

RD RR3EL10TF 682 0 0
G
AAACAAGATCCGATCTAACCCCCGGTTCTCGTCGGAATCTCTTCACGGTTAACCGGCGTT
CCTCATCCACCTTTCGTTGTCATGGAAGACGTCAAGGGAAAGGAGCTTGTTGATGATACT
CCACCTCCTGTTGACCAAAATGATAACAAGAATGAAACTGAGATTCATAAACAGCCATCA
TCTGAGTCAGAGGAAAATGCGATCAAGAAAAAGTATGGAGGATTGTTGCCAAAGAAGATT
CCTTTGATATCCAAGGATCATGAGCGCGCATTTTTTGACTCTGCTGATTGGGCATTAGGC
AAGCAAAAAGGACAAAAGCCTAAAGGGCCTTTGGAAGCTCTCCGACCAAAACTGCAGCCA
ACCCCGCACCAGCAGCCTAGAGCTAGACGGATGGCTTTATCTTCAGGCGACAACACTGAA
GACGCTGATGCTGACAACAACGAACCTCTCGATGACCAAGCTAGCGCATCAGTTGCCAAG
GATGAT**AGGCAACGATACTGCTGACGCGAAAGGAGACATCAAGTCATGAACAAAAACA
TATCACAAGTCAATTTTACAGAAGAATAAGCGACCAGATTTGCTGCTATGCAAACGGTCG
TAGTAATATCGAGTCTCTCTCC*TCTCTCTTTACATTATATTCCATACATACTTGAACAC
CAGCAAATCTGTATCACCATT

QA 2 682 2 682
DS 

RD RR3GI66JQ 621 0 0
ATCTCTTCACGGTTAACCGGCGTTCCTCATCCACCTTTCGTTGTCATGGAAGACGTCAAG
GGAAAGGAGCTTGTTGATGATACTCCACCTCCTGTTGACCAAAATGATAACAAGAATGAA
ACTGAGATTCATAAACAGCCATTATCTGAGTCAGAGGAAAATGCGATCAAGAAAAAGTAT
GGAGGATTGTTGCCAAAGAAGATTCCTTTGATATCCAAGGATCATGAGCGCGCATTTTTT
GACTCTGCTGATTGGGCATTAGGCAAGCAAAAAGGACAAAAGCCTAAAGGGCCTTTGGAA
GCTTTCCGACCAAAACTGCAGCCAACCCCGCACCAGCAGCCTAGAGCTAGACGGATGGCT
TTATCTTCAGGCGACAACACTGAAGACGCTGATGCTGACAACAACGAACCTCTCGATGAC
CAAGCTAGCGCATCAGTTGCCAAGGATGATGGAGGCAACGATACTGCTGACGCGAAAGAA
GACATCAAGTCATGAACAAAAACATATCACAAGTCAATTTTACAGAAGAATAAGCGACCA
GGTTTGCTGCTATGCAAACGGTCGTAGTAATATCGAGTCTCTCTCCCTCTCTCTTTACAT
TATATTCCATACATACTTGAA

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3CC94JQ 753 0 0
GATCGTGGAACGTGGAGCTCACATAACTAAACAAGATCCGATCTAACCCCCGGTTCTCGT
CGGAATCTCTTCACGGTTAACCGGCGTTCCTCATCCACCTTTCGTTGTCATGGAAGACGT
CAAGGGAAAGGAGCTTGTTGATGATACTCCACCTCCTGTTGACCAAAATGATAACAAGAA
TGAAACTGAGATTCATAAACAGCCATCATCTGAGTCAGAGGAAAATGCGATCAAGAAAAA
GTATGGAGGATTGTTGCCAAAGAAGATTCCTTTGATATCCAAAGATCATGAGCGCGCATT
TTTTGACTCTGCTGATTGGGCATTAGGCAAGCAAAAAGGACAAAAGCCTAAAGGGCCTTT
GGAAGCTCTCCGACCAAAACTGCAGCCAACCCCGCACCAGCAGCCTAGAGCTAGACGGAT
GGCTTTATCTTCAGGCGACAACACTGAAGACGCTGATGCTGACAACAACGAACCTCTCGA
TGACCAAGCTAGCGCATCAGTTGCCAAGGATGATGGAGGCAACGATACTGCTGACGCGAA
AGAAGACATCAAGTCATGAACAAAAACATATCACAAGTCAATTTTACAGAAGAATAAGCG
ACCAGGTTTGCTGCTATGCAAACGGTCGTAGTAATATCGAGTCTCTCTCCCTCTCTCTTT
ACATTATATTCCATACATACTTGAACACCAGCAAATCTGTATCACCATTACAAAACCTAG
TAGTTGTCTGAAACGTCTTATTGGACGATTTGC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3G656JQ 645 0 0
CATGGAAGACGTCAAGGGAAAGGAGCTTGTTGACGATACTCCACCTCCTGTTGACCAAAA
TGATAACAAGAATGAAACTGAGATTCATAAACAGCCATCATCTGAGCCAGAGGAAAATGC
GATCAAGAAAAAGTATGGAGGATTGTTGCCAAAGAAGATTCCTTTGATATCCAAGGATCA
TGAGCGCGCATTTTTTGACTCTGCTGATTGGGCATTAGGCAAGCAAAAAGGACAAAAGCC
TAAAGGGCCTTTGGAAGCTCTCCGACCAAAACTGCAGCCAACCCCGCACCATCAGCCTAG
AGCTAGACGGATGGCTTTATCTTCAGGCGACAACACTGAAGACGCTGATGCTGACAACAA
CGAACCTCTCGATGACCAAGCTAGCGCATCAGTTGCCAAGGATGATGGAGGCAACGATAC
TGCTGACGCGAAAGAAGACATCAAGTCATGAACAAAAACATATCACAAGTCAATTTTACA
GAAGAATAAGCGACCAGGTTTGCTGCTATGCAAACGGTCGTAGTAATATCGAGTCTCTCT
CCCTCTCTCTTTACATTATATTCCATACATACTTGAACACCAGCAAATCTGTATCACCAT
TACAAAACCTAGTAGTTGTCTGAAACGTCTTATTGGACGATTTGC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3GI66TF 755 0 0
GATC
GTGGAACGTGGAGCTCACGTAACTAAACAAGATCCGATCTAACCCCCGGTTCTCGTCGGA
ATCTCTTCACGGTTAACCGGCGTTCCTCATCCACCTTTCGTTGTCATGGAAGACGTCAAG
GGAAAGGAGCTTGTTGATGATACTCCACCTCCTGTTGACCAAAATGATAACAAGAATGAA
ACTGAGATTCATAAACAGCCATTATCTGAGTCAGAGGAAAATGCGATCAAGAAAAAGTAT
GGAGGATTGTTGCCAAAGAAGATTCCTTTGATATCCAAGGATCATGAGCGCGCATTTTTT
GACTCTGCTGATTGGGCATTAGGCAAGCAAAAAGGACAAAAGCCTAAAGGGCCTTTGGAA
GCTCTCCGACCAAAACTGCAGCCAACCCCGCACCAGCAGCCTAGAGCTAGACGGATGGCT
TTATCTTCAGGCGACAACACTGAAGACGCTGATGCTGACAACAACGAACCTCTCGATGAC
CAAGCTAGCGCATCAGTTGCCAAGGATGATGGAGGCAACGATACTGCTGACGCGAAAGAA
GACATCAAGTCATGAACAAAAACATATCACAAGTCAATTTTACAGAAGAATAAGCGACCA
GGTTTGCTGCTATGCAAACGGTCGTAGTAATATCGAGTCTCTCTCCCTCTCTCTTTACAT
TATATTCCATACATACTTGAACACCAGCAAATCTGTATCAC*ATTACAAA*CCTAGTAGT
TGTCTGAAACGTCTTATTGGACGATT
GCAAA

QA 5 750 5 750
DS 

RD RR3G656TF 740 0 0
G
GGAGCTCACATAACTAAACAAGATCCGATCTAACCCCCGGTTCTCGTCGGAATCTCTTCA
CGGTTAACCGGCGTTCCTCATCCACCTTTCGTTGTCATGGAAGACGTCAAGGGAAAGGAG
CTTGTTGACGATACTCCACCTCCTGTTGACCAAAATGATAACAAGAATGAAACTGAGATT
CATAAACAGCCATCATCTGAGCCAGAGGAAAATGCGATCAAGAAAAAGTATGGAGGATTG
TTGCCAAAGAAGATTCCTTTGATATCCAAGGATCATGAGCGCGCATTTTTTGACTCTGCT
GATTGGGCATTAGGCAAGCAAAAAGGACAAAAGCCTAAAGGGCCTTTGGAAGCTCTCCGA
CCAAAACTGCAGCCAACCCCGCACCATCAGCCTAGAGCTAGACGGATGGCTTTATCTTCA
GGCGACAACACTGAAGACGCTGATGCTGACAACAACGAACCTCTCGATGACCAAGCTAGC
GCATCAGTTGCCAAGGATGATGGAGGCAACGATACTGCTGACGCGAAAGAAGACATCAAG
TCATGAACAAAAACATATCACAAGTCAATTTTACAGAAGAATAAGCGACCAGGTTTGCTG
CTATGCAAACGGTCGTAGTAATATCGAGTCTCTCTCCCTCTCTCTTTACATTATATTCCA
TACATACTTGAACACCAGCAAATCTGTATCACCATTACAAAACCTAGTAGTTGTCTGAAA
CGTCTTATTGGACGATTTG

QA 2 740 2 740
DS 

RD RR3CC94TF 745 0 0
GATC
GTGGAACGTGGAGCTCACATAACTAAACAAGATCCGATCTAACCCCCGGTTCTCGTCGGA
ATCTCTTCACGGTTAACCGGCGTTCCTCATCCACCTTTCGTTGTCATGGAAGACGTCAAG
GGAAAGGAGCTTGTTGATGATACTCCACCTCCTGTTGACCAAAATGATAACAAGAATGAA
ACTGAGATTCATAAACAGCCATCATCTGAGTCAGAGGAAAATGCGATCAAGAAAAAGTAT
GGAGGATTGTTGCCAAAGAAGATTCCTTTGATATCCAAAGATCATGAGCGCGCATTTTTT
GACTCTGCTGATTGGGCATTAGGCAAGCAAAAAGGACAAAAGCCTAAAGGGCCTTTGGAA
GCTCTCCGACCAAAACTGCAGCCAACCCCGCACCAGCAGCCTAGAGCTAGACGGATGGCT
TTATCTTCAGGCGACAACACTGAAGACGCTGATGCTGACAACAACGAACCTCTCGATGAC
CAAGCTAGCGCATCAGTTGCCAAGGATGATGGAGGCAACGATACTGCTGACGCGAAAGAA
GACATCAAGTCATGAACAAAAACATATCACAAGTCAATTTTACAGAAGAATAAGCGACCA
GGTTTGCTGCTATGCAAACGGTCGTAGTAATATCGAGTCTCTCTCCCTCTCTCTTTACAT
TATATTCCATACATACTTGAACACCAGCAAATCTGTATCACCATTACAAAACCTAGTAGT
TGTCTGAAACGTCTTATTGGA

QA 5 745 5 745
DS 

RD RR3A609TF 776 0 0
GG
GTGGAACGTGGAGCTCACATAACTAAACAAGATCCGATCTAACCCCCGGTTCTCGTCGGA
ATCTCTTCACGGTTAACCGGCGTTCCTCATCCACCTTTCGTTGTCATGGAAGACGTCAAG
GGAAAGGAGCTTGTTGATGATACTCCACCTCCTGTTGACCAAAATGATAACAAGAATGAA
ACTGAGATTCATAAACAGCCATCATCTGAGTCAGAGGAAAATGCGATCAAGAAAAAGTAT
GGAGGATTGTTGCCAAAGAAGATTCCTTTGATATCCAAGGATCATGAGCTCGCATTTTTT
GACTCTGCT**TTGGGCATTAGGCATGCAAAAAGGACAAAAGCCTAAAGGGCCTTTGGAA
GCTCTCCGACCAAAACTGCAGCCAACCCCGCACCAGCAGCCTAGAGCTAGACGGATGGCT
TTATCTTCAGGCGACAACACTGAAGACGCTGATGCTGACAACAACGAACCTCTCGATGAC
CAAGCTAGCGCACCAGTTGCCAAGGATGATGGAGGCAACGATACTGCTGACGCGAAAGAA
GACATCAAGTCATGAACAAAAACATATCACAAGTCAATTTTACAGAAGAATAAGCGACCA
GGTTTGCTGCTATGCAAACGGTCGTAGTAATATCGAGTCTCTCTCCCTCTCTCTTTACAT
TATATTCCATACATACTTGAACACCAGCAAATCTGTATCACCATTACAAAACCTAGTAGT
TGTCTGAAACGTCTTATTGGACGATTTGCAAAATGGTTTGCTTTTAATGATCCA

QA 3 776 3 776
DS 

RD RR3A609JQ 743 0 0
AATCTCTTCACGGTTAACCGGCGTTCCTCATCCACCTTTCGTTGTCATGGAAGACGTCAA
GGGAAAGGAGCTTGTTGATGATACTCCACCTCCTGTTGACCAAAATGATAACAAGAATGA
AACTGAGATTCATAAACAGCCATCATCTGAGTCAGAGGAAAATGCGATCAAGAAAAAGTA
TGGAGGATTGTTGCCAAAGAAGATTCCTTTGATATCCAAGGATCATGAGCTCGCATTTTT
TGATTCTGCT**TTGGGCATTAGGCATGCAAAAAGGACAAAAGCCTAAAGGGCCTTTGGA
AGCTCTCCGACCAAAACTGCAGCCAACCCCGCACCAGCAGCCTAGAGCTAGACGGATGGC
TTTATCTTCAGGCGACAACACTGAAGACGCTGATGCTGACAACAACGAACCTCTCGATGA
CCAAGCTAGCGCACCAGTTGCCAAGGATGATGGAGGCAACGATACTGCTGACGCGAAAGA
AGACATCAAGTCATGAACAAAAACATATCACAAGTCAATTTTACAGAAGAATAAGCGACC
AGGTTTGCTGCTATGCAAACGGTCGTAGTAATATCGAGTCTCTCTCCCTCTCTCTTTACA
TTATATTCCATACATACTTGAACACCAGCAAATCTGTATCACCATTACAAAACCTAGTAG
TTGTCTGAAACGTCTTATTGGACGATTTGCAAAATGGTTTGCTTTTAATGATCCATTAAA
ATACCCTCTTTCTATTACTCATC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3EL10JQ 705 0 0
GTTCCTCATCCACCTTTCGTTGTCATGGAAGACGTCAAGGGAAAGGAGCTTGTTGATGAT
ACTCCACCTCCTGTTGACCAAAATGATAACAAGAATGAAACTGAGATTCATAAACAGCCA
TCATCTGAGTCAGAGGAAAATGCGATCAAGAAAAAGTATGGAGGATTGTTGCCAAAGAAG
ATTCCTTTGATATCCAAGGATCATGAGCGCGCATTTTTTGACTCTGCTGATTGGGCATTA
GGCAAGCAAAAAGGACAAAAGCCTAAAGGGCCTTTGGAAGCTCTCCGACCAAAACTGCAG
CCAACCCCGCACCAGCAGCCTAGAGCTAGACGGATGGCTTTATCTTCAGGCGACAACACT
GAAGACGCTGATGCTGACAACAACGAACCTCTCGATGACCAAGCTAGCGCATCAGTTGCC
AAGGATGAT**AGGCAACGATACTGCTGACGCGAAAGGAGACATCAAGTCATGAACAAAA
ACATATCACAAGTCAATTTTACAGAAGAATAAGCGACCAGATTTGCTGCTATGCAAACGG
TCGTAGTAATATCGAGTCTCTCTCCCTCTCTCTTTACATTATATTCCATACATACTTGAA
CACCAGCAAATCTGTATCACCATTACAAAACCTAGTAGTTGTCTGAAACGTCTTATTGGA
CGATTTGCAAAATGGTTTGCTTTTAATGATCCATTAAAATACC
AT

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 10

CO CL405Contig1 849 10 14 U
GTTACATAAAGATACGCATACAAAAGATAAGCTATCTAGACAAGACACACC*ACAAACTC
TAACCTAATGAAGATGCTTACTCTCTGTTTAACCACTCTCACCGTTCTCTCAGCCGTCTT
GGCCGCAGCTTCTGCCGCCAATGCTCTACCAGGCAAAGCAGTCGTAGACATAGCAGGACA
TCCAGTTCAGTCCAATGTCCAATACTACATAATACCGGCTAAGATCGGAGCCGGAAGTGG
TCTTATCCCTTCAAGCCGAAATGTAAACACACAAGACTCGTGTCTGAATCTTGACATCGT
ACAGTCATCATCTCCTTTTTTCTCAGGCCTTCCAGTAACTTTCTCTCCGCTCAACACCAA
AGCCAAGGATGTCCAGCTCTCAACTAGCCTCAGCCTCGAGTTTGATTCCACGGTTTGGTT
ATGCCCTGAATCTAAAGTGTGGAGAATCAACCACTCCGTGCAACTGAGGAAGAGCTTTGT
GAGCATTGGTGGTGAGAAAGGTAAAGGGAATAGCTTGTTTCAGATTCAAGAAGATGGAGA
TGCTTACAAGCTTATGTATTGTCCGGTTATCTCCTCTGTTTCGTGTATCAACGTGGGTCT
AGAGATCGATGATCTTGGAGTGCGACGTTTGGTTCTTAGCAATGATCAATCTTTTGCTGT
GAAGTTTCAAAGGGCTTATGATGATTCAAACTCCAACTGTCATCTCAGGCCTCGTTGGAG
GATGTTCCCTTTGTTCTAAAATGTGAAATAATTGTATCTTGTATTATGGTTGGAGAATGC
TTGTGATCATACCAAAGTTGTGATGTAACCAACGGTTTATATGAAATAAGACATGTGGTT
ATTGTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 45 45 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR3E209TF U 274
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AF RR3B457TF U 34
AF RR3CS07TF U 34
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AF RR3AC67JQ C 278
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BS 699 706 RR3AC67TF
BS 707 707 RR3EH27TF
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BS 742 776 RR3EH27TF
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BS 804 844 RR3B457JQ
BS 845 849 RR3AC67JQ

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G
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QA 2 285 2 285
DS 

RD RR3AC67TF 706 0 0
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GGCCGCAGCTTCTGCCGCCAATGCTCTACCAGGCAAAGCAGTCGTAGACATAGCAGGACA
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TCTTATCCCTTCAAGCCGAAATGTAAACACACAAGACTCGTGTCTGAATCTTGACATCGT
ACAGTCATCATCTCCTTTTTTCTCAGGCCTTCCAGTAACTTTCTCTCCGCTCAACACCAA
AGCCAAGGATGTCCAGCTCTCAACTAGCCTCAGCCTCGAGTTTGATTCCACGGTTTGGTT
ATGCCCTGAATCTAAAGTGTGGAGAATCAACCACTCCGTGCAACTGAGGAAGAGCTTTGT
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TGCTTACAAGCTTATGTATTGTCCGGTTATCTCCTCTGTTTCGTGTATCAACGTGGGTCT
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QA 1 706 1 706
DS 

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GG
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CCGTGCAACTGAGGAAGAGCTTTGTGAGCATTGGTGGTGAGAAAGGTAAAGGGAATAGCT
TGTTTCAGATTCAAGAAGATGGAGATGCTTACAAGCTTATGTATTGTCCGGTTATCTCCT
CTGTTTCGTGTATCAACGTGGGTCTAGAGATCGATGATCTTGGAGTGCGACGTTTGGTTC
TTAGCAATGATCAATCTTT*GCTGTGAAGTTTC

QA 3 635 3 635
DS 

RD RR3CS07TF 673 0 0
GGAG
AGACAAGACACACC*ACAAACTCTAACCTAATGAAGATGCTTACTCTCTGTTTAACCACT
CTCACCATTCTCTCAGCCGTCTTGGCCGCAGCTTCTGCCGCCAATGCTCTACCAGGCAAA
GCAGTCGTAGACATAGCAGGACATCCAGTTCAGTCCAATGTCCAATACTACATAATACCG
GCTAAGATCGGAGCCGGAAGTGGTCTTATCCCTTCAAGCCGAAATGTAAACACACAAGAC
TCGTGTCTGAATCTTGACATCGTACAGTCATCATCTCCTTTTTTCTCAGGCCTTCCAGTA
ACTTTCTCTCCGCTCAACACCAAAGCCAAGGATGTCCAGCTCTCAACTAGCCTCAGCCTC
GAGTTTGATTCCACGGTTTGGTTATGCCCTGAATCTAAAGTGTGGAGAATCAACCACTCC
GTGCAACTGAGGAAGAGCTTTGTGAGCATTGGTGGTGAGAAAGGTAAAGGGAATAGCTTG
TTTCAGATTCAAGAAGATGGAGATGCTTACAAGCTTATGTATTGTCCGGTTATCTCCTCT
ATTTCGTGTATCAACCTGGGTCTAGAGATCGATGATCTTGGAGTGCGACGTTTGGTTCTT
AGCAATGATCAATCTTTTGCTGTGAAGTTTCAAAGGGCTTATGATGATTCAAACTCCAAC
TGTCATCTC

QA 5 673 5 673
DS 

RD RR3A804TF 654 0 0
GG
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GCAGGACATCCAGTTCAGTCCAATGTCCAATACTACATAATACCGGCTAAGATCGGAGCC
GGAAGTGGTCTTATCCCTTCAAGCCGAAATGTAAACACACAAGACTCGTGTCTGAATCTT
GACATCGTACAGTCATCATCTCCTTTTTTCTCAGGCCTTCCAGTAACTTTCTCTCCGCTC
AACACCAAAGCCAAGGATGTCCAGCTCTCAACTAGCCTCAGCCTCGAGTTTGATTCCACG
GTTTGGTTATGCCCTGAATCTAAAGTGTGGAGAATCAACCACTCCGTGCAACTGAGGAAG
AGCTTTGTGAGCATTGGTGGTGAGAAAGGTAAAGGGAATAGCTTGTTTCAGATTCAAGAA
GATGGAGATGCTTACAAGCTTATGTATTGTCCGGTTATCTCCTCTGTTTCGTGTATCAAC
GTGGGTCTAGAGATCGATGATCTTGGAGTGCGACGTTTGGTTCTTAGCAATGATCAATCT
TTTGCTGTGAAGTTTCAAAGGGCTTATGGTGATTCAAACTCCAACTGTCATC

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DS 

RD RR3EH27TF 772 0 0
GGAT
CTAGACAAGACACACC*ACAAGCTCTAACCTAATGAAGATGCTTACTCTCTGTTTAACCA
CTCTCACCGTTCTCTCAGCCGTCTTGGCCGCAGCTTCTGCCGCCAATGCTCTACCAGGCA
AAGCAGTCGTAGACATAGCAGGACATCCAGTTCAGTCCAATGTCCAATACTACATAATAC
CGGCTAAGATCGGAGCCGGAAGTGGTCTTATCCCTTCAAGCCGAAATGTAAACACACAAG
ACTCGTGTCTGAATCTTGACATCGTACAGTCATCATCTCCTTTTTTCTCAGGCCTTCCAG
TAACTTTCTCTCCGCTCAACACCAAAGCCAAGGATGTCCAGCTCTCAACTAGCCTCAGCC
TCGAGTTTGATTCCACGGTTTGGTTATGCCCTGAATCTAAAGTGTGGAGAATCAACCACT
CCGTGCAACTGAGGAAGAGCTTTGTGAGCATTGGTGGTGAGAAAGGTAAAGGGAATAGCT
TGTTTCAGATTCAAGAAGATGGAGATGCTTACAAGCTTATGTATTGTCCGGTTATCTCCT
CTGTTTCGTGTATCAACGTGGGTCTAGAGATCGATGATCTTGGAGTGCGACGTTTGGTTC
TTAGCAATGATCAATCTTTTGCTGTGAAGTTTCAAAGGGCTTATGATGATTCAAACTCCA
ACTGTCATCTCACGCCTCGTTGGAG*ATGTTCCCTTTGTTCTAAA*TGTGAAATAATTGT
ATCTTGTATTATGGTTGGAGA*TGCTTGTGATCATACCAAAGTTGTGA

QA 5 772 5 772
DS 

RD RR3B457JQ 816 0 0
GG
CTAGACAAGACACACCCACAAACTCTAACCTAATGAAGATGCTTACTCTCTGTTTAACCA
CTCTCACCGTTCTCTCAGCCGTCTTGGCCGCAGCTTCTGCCGCCAATGCTCTACCAGGCA
AAGCAGTCGTAGACATAGCAGGACATCCAGTTCAGTCCAATGTCCAATACTACATAATAC
CGGCTAAGATCGGAGCCGGAAGTGGTCTTATCCCTTCAAGCCGAAATGTAAACACACAAG
ACTCGTGTCTGAATCTTGACATCGTACAGTCATCATCTCCTTTTTTCTCAGGCCTTCCAG
TAACTTTCTCTCCGCTCAACACCAAAGCCAAGGATGTCCAGCTCTCAACTAGCCTCAGCC
TCGAGTTTGATTCCACGGTTTGGTTATGCCCTGAATCTAAAGTGTGGAGAATCAACCACT
CCGTGCAACTGAGGAAGAGCTTTGTGAGCATTGGTGGTGAGAAAGGTAAAGGGAATAGCT
TGTTTCAGATTCAAGAAGATGGAGATGCTTACAAGCTTATGTATTGTCCGGTTATCTCCT
CTGTTTCGTGTATCAACGTGGGTCTAGAGATCGATGATCTTGGAGTGCGACGTTTGGTTC
TTAGCAATGATCAATCTTTTGCTGTGAAGTTTCAAAGGGCTTATGATGATTCAAACTCCA
ACTGTCATCTCAGGCCTCGTTGGAGGATGTTCCCTTTGTTCTAAAATGTGAAATAATTGT
ATCTTGTATTATGGTTGGAGAATGCTTGTGATCATACCAAAGTTGTGATGTAACCAACGG
TTTATATGAAATAAGACATGTGGTTATTG
TATGT

QA 3 811 3 811
DS 

RD RR3E209JQ 534 0 0
TTTTTTCTCAGGCCTTCCAGTAACTTTCTCTCCGCTCAACACCAAAGCCAAGGATGTCCA
GCTCTCAACTAGCCTCAGCCTCGAGTTTGATTCCACGGTTTGGTTATGCCCTGAATCTAA
AGTGTGGAGAATCAACCACTCCGTGCAACTGAGGAAGAGCTTTGTGAGCATTGGTGGTGA
GAAAGGTAAAGGGAATAGCTTGTTTCAGATTCAAGAAGATGGAGATGCTTACAAGCTTAT
GTATTGTCCGGCTATCTCCTCTGTTTCGTGTATCAACGTGGGTCTAGAGATCGATGATCT
TGGAGTGCGACGTTTGGTTCTTAGCAATGATCAATCTTTTGCTGTGAAGTTTCAAAGGGC
TTATGATGATTCAAACTCCAACTGTCATCTCAGGCCTCGTTGGAGGATGTTCCCTTTGTT
CTAAAATGTGAAATAATTGTATCTTGTATTATGGTTGGAGAATGCTTGTGATCATACCAA
AGTTGTGGTGTAACCAACGGTTTATATGAAATAAGACATGTGGTTATTG
TATGT

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DS 

RD RR3EH27JQ 568 0 0
TCGTGTCTGAATCTTGACATCGTACAGTCATCATCTCCTTTTTTCTCAGGCCTTCCAGTA
ACTTTCTCTCCGCTCAACACCAAAGCCAAGGATGTCCAGCTCTCAACTAGCCTCAGCCTC
GAGTTTGATTCCACGGTTTGGTTATGCCCTGAATCTAAAGTGTGGAGAATCAACCACTCC
GTGCAACTGAGGAAGAGCTTTGTGAGCATTGGTGGTGAGAAAGGTAAAGGGAATAGCTTG
TTTCAGATTCAAGAAGATGGAGATGCTTACAAGCTTATGTATTGTCCGGTTATCTCCTCT
GTTTCGTGTATCAACGTGGGTCTAGAGATCGATGATCTTGGAGTGCGACGTTTGGTTCTT
AGCAATGATCAATCTTTTGCTGTGAAGTTTCAAAGGGCTTATGATGATTCAAACTCCAAC
TGTCATCTCAGGCCTCGTTGGAGGATGTTCCCTTTGTTCTAAAATGTGAAATAATTGTAT
CTTGTATTATGGTTGGAGAATGCTTGTGATCATACCAAAGTTGTGATGTAACCAACGGTT
TATATGAAATAAGACATGTGGTTATTG
C

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3AC67JQ 572 0 0
TCGTGTCTGAATCTTGACATCGTACAGTCATCATCTCCTTTTTTCTCAGGCCTTCCAGTA
ACTTTCTTTCCGCTCAACACCAAAGCCAAGGATGTCCAGCTCTCAACTAGCCTCAGCCTC
GAGTTTGATTCCACGGTTTGGTTATGCCCTGAATTTAAAGTGTGGAGAATCAACCACTCC
GTGCAACTGAGGAAGAGCTTTGTGAGCATTGGTGGTGAGAAAGGTAAAGGGAATAGCTTG
TTTCAGATTCAAGAAGATGGAGATGCTTACAAGCTTATGTATTGTCCGGTTATCTCCTCT
GTTTCGTGTATCAACGTGGGTCTAGAGATCGATGATCTTGGAGTGCGACGTTTGGTTTTT
AGCAATGATCAATCTTTTGCTGTGAAGTTTCAAAGGGCTTATGATGATTCAAACTCCAAC
CGTCATCTCAGGCCTCGTTGGAGGATGTTCCCTTTGTTCTAAAATGTGAAATAATTGTAT
CTTGTATTATGGTTGGAGAATGCTTGTGATCATACCAAAGTTGTGATGTAACCAACGGTT
TATATGAAATAAGACATGTGGTTATTGTATGC

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 9

CO CL406Contig1 963 9 14 U
GACAATTGGATACATACATAGTTCCAATATGAGCTAGACATCATATCTCAATATGAAATA
TCTTCATTTACAACCCTTTTTAATTGGTAAAATAAATGTCCACACAAGCAAAACAAAGCA
AAGATATGCAAAACACAGAAGTCCATAACTCAATGTTGACTGACCAGAAGGTCCCCTTT*
*AAGGGAAGTGTATTCCATTACATATAA*ATAACTAAGCACAACAAGATGAACTCACTGC
CCTATCCATGGCCCTATCTGGTAGAACCATTCCTGTTGGGTTTTCTGTTGGTTGTACTCT
CGGTAACCTTCTTGCAATTTCATAGAATATCTCCTTGACATTAGCTGCGGTTTTTGCTGA
AGTTTCCATGAAGAAAAGACCGTTCTCCTGAGCATATGTTTGTGCCTCCTCTGCGGAAAC
CTTCCTTGCATCTAATAAATCAGATTTGTTTCCAGCAAGGGCCATCACCATATTAGCGTT
ACCTTGTGCCTGAAGTTCCTGAACCCATTTCTTTGCCCTCTCAAACGAGGCTTGGTTTGT
AACGTCAAAGACAATGATAGCAGCAGCAGCACCCCTGTAGTACATAGGAGCCAAACTATG
GTACCGTTCCTGACCTGCTGTATCCCATATCTCAAACTTTACAGTCGCATCGTTGACAGC
TAGTGTTTGTGAGAAAAAC*GCTGCACCTATGGTTGATTCCTGAAACTCAACAAACTGAT
CTTTAACAAACCGTAACACAAGGCTCGATTTCCCAGCGCCAACATCTCCAAGCAACACCA
ATTTGGCGTTAATGGTCTTGTTTGCAGCGGTGGTAGCCATGATTGAGCTCAAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGCTCGTGGATGGATGGATGGAAAGGAGATTTGAAGATCAAAAGACAGAGA
GAACCCAAAAAGACGCGTCGTCGGCAACAACCACCCAATTTTATGTATCTCTTTCCAGGA
GCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 5 5 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 0 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 25 40 40 10 10 10 35 35 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3EN88JQ U 31
AF RR3H089JQ U 65
AF RR3DF91JQ U 1
AF RR3CL19JQ U 31
AF RR3G549JQ U 48
AF RR3CL19TF C 233
AF RR3DF91TF C 192
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AF RR3EN88TF C 277
BS 1 208 RR3DF91JQ
BS 209 209 RR3EN88JQ
BS 210 344 RR3DF91JQ
BS 345 345 RR3CL19JQ
BS 346 742 RR3DF91JQ
BS 743 743 RR3CL19JQ
BS 744 758 RR3DF91JQ
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BS 935 958 RR3G549TF
BS 959 963 RR3EN88TF

RD RR3EN88JQ 643 0 0
GG
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TAAATGTCCACACAAGCAAAACAAAGCAAAGATATGCAAAACACAGAAGTCCATAACTCA
ATGTTGACTGACCAGAAGGTCCCCTTT**AGGGGAAGTGTATTCCATTACATATAA****
*CTAAGCACAACAAGATGAACTCACCGCCCTATCCATGGCCCTATCTGGTAGAACCATTC
CTGTTGGGTTTTCTGTTGGTTGTACTCTCGGTAACCTTCTTGCAATTTCATAGAATATCT
CCTTGACATTAGCTGCGGTTTTTGCTGAAGTTTCCATGAAGAAAAGACCGTTATCCTGAG
CATATGTTTGTGCCTCCTCTGCGGAAACCTTCCTTGCATCTAATAAATCAGATTTGTTTC
CAGCAAGGGCCATCACCATATTAGCGTTACCTTGTGCCTGAAGTTCCTGAACCCATTTCT
TTGCCCTCTCAAACGAGGCTTGGTTTGTAACGTCAAAGACAACGATAGCAGCAGCAGCAC
CCCTGTAGTACATAGGAGCCAAACTATGGTACCGTTCCTGACCAGCTGTATCCCATATCC
CAAACTTTACAGTCGCATCGTTGACAGCTAGTGTTTGTGAG

QA 3 643 3 643
DS 

RD RR3H089JQ 605 0 0
CG
TTTACAACCCTTTTTAATTGGTAAAATAAATGTCCACACAAGCAAAACAAAGCAAAGATA
TGCAAAACACAGAAGTCCATAACTCAATGTTGACTGACCAAAAGGTCCCCTTTTTAAGGG
AAGTGTATTCCATTACATATAA*****CTAACCACAACAAGATGAACTCACTGCCCTATC
CATGGCCCTATCTGGTAAAACCATTCCTGTTGGGTTTTCTGTTGGTTGTACTCTCGGTAA
CCTTCTTGCAATTTCATAAAATATCTCCTTGACATTAGCTGCGGTTTTTGCTGAAGTTTC
CATGAAAAAAAAACCGTTCTCCTGAGCATATGTTTGTGCCTCCTCTGCGGAAACTTTCCT
TGCATCTAATAAATCAAATTTGTTTCCAGCAAGGGCCATCACCATATTAGCGTTACCTTG
TGCCTGAAGTTCCTGAACCCATTTCTTTGCCCTCTCAAACGAGGCTTGGTTTGTAACGTC
AAAGACAATGATAGCAGCAGCAGCACCCCTGTAGTACATAGGAGCCAAACTATGGTACCG
TTCCTGACCTGCTGTATCCCATATCTCAAACTTGACAGTGGCATCGTTGACAGCTAGTGT
TTG

QA 3 605 3 605
DS 

RD RR3DF91JQ 758 0 0
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TCTTCATTTACAACCCTTTTTAATTGGTAAAATAAATGTCCACACAAGCAAAACAAAGCA
AAGATATGCAAAACACAGAAGTCCATAACTCAATGTTGACTGACCAGAAGGTCCCCTTT*
*AAGGGAAGTGTATTCCATTACATATAATATAACTAAGCACAACAAGATGAACTCACTGC
CCTATCCATGGCCCTATCTGGTAGAACCATTCCTGTTGGGTTTTCTGTTGGTTGTACTCT
CGGTAACCTTCTTGCAATTTCATAGAATATCTCCTTGACATTAGATGCGGTTTTTGCTGA
AGTTTCCATGAAGAAAAGACCGTTCTCCTGAGCATATGTTTGTGCCTCCTCTGCGGAAAC
CTTCCTTGCATCTAATAAATCAGATTTGTTTCCAGCAAGGGCCATCACCATATTAGCGTT
ACCTTGTGCCTGAAGTTCCTGAACCCATTTCTTTGCCCTCTCAAACGAGGCTTGGTTTGT
AACGTCAAAGACAATGATAGCAGCAGCAGCACCCCTGTAGTACATAGGAGCCAAACTATG
GTACCGTTCCTGACCTGCTGTATCCCATATCTCAAACTTTACAGTCGCATCGTTGACAGC
TAGTGTTTGTGAGAAAAAC*GCTGCACCTATGGTTGATTCCTGAAACTCAACAAACTGAT
CTTTAACAAACCGTAACACAAG*CTCGATTTCCCAGCG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3CL19JQ 831 0 0
GA
GCTAGACATCATATCTCAATATGAAATATCTTCATTTACAACCCTTTTTAATTGGTAAAA
TAAATGTCCACACAAGCAAAACAAAGCAAAGATATGCAAAACACAGAAGTCCATAACTCA
ATGTTGACTGACCAGAAGGTCCCCTTT**AAGGGAAGTGTATTCCATTACATATAATATA
ACTAAGCACAACAAGATGAACTCACTGCCCTATCCATGGCCCTATCTGGTAGAACCATTC
CTGTTGGGTTTTCTGTTGGTTGTACTCTCGGTAACCTTCTTGCAATTTCATAGAATATCT
CCTTGACATTAGCTGCGGTTTTTGCTGAAGTTTCCATGAAGAAAAGACCGTTCTCCTGAG
CATATGTTTGTGCCTCCTCTGCGGAAACCTTCCTTGCATCTAATAAATCAGATTTGTTTC
CAGCAAGGGCCATCACCATATTAGCGTTACCTTGTGCCTGAAGTTCCTGAACCCATTTCT
TTGCCCTCTCAAACGAGGCTTGGTTTGTAACGTCAAAGACAATGATAGCAACAGCAGCAC
CCCTGTAGTACATAGGAGCCAAACTATGGTACCGTTCCTGACCTGCTGTATCCCATATCT
CAAACTTTACAGTCGCATCGTTGACAGCTAGTGTTTGTGAGAAAAAC*GCTGCACCTATG
GTTGATTCCTGAAACTCAACAAACTGATCTTTAACAAACCGTAACACAAGGCTCGATTTC
CCAGCGCCAACATCTCCAAGCAACACCAATTTGGCGTTAATGGTCTTGTTTGCAGCGGTG
GTAGCCATGATTGAGCTCAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTCGTGG
ATG

QA 3 828 3 828
DS 

RD RR3G549JQ 833 0 0
C
CAATATGAAATATCTTCATTTACAACCCTTTTTAATTGGTAAAATAAATGTCCACACAAG
CAAAACAAAGCAAAGATATGCAAAACACAGAAGTCCATAACTCAATGTTGACTGACCAGA
AGGTCCTCTTT**AAGGGAAGTGTATTCCATTACATATAA*****CTAAGCACAACAAGA
TGAACTCACTGCCCTATCCATGGCCCTATCTGGTAGAACCATTCCTGTTGGGTTTTCTGT
TGGTTGTACTCTCGGTAACCTTCTTGCAATTTCATAGAATATCTCCTTGACATTAGCTGC
GGTTTTTGCTGAAGTTTCCATGAAGAAAAGACCGTTATCCTGAGCATATGTTTGTGCCTC
CTCTGCGGAAACCTTCCTTGCATCTAATAAATCAGATTTGTTTCCAGCAAGGGCCATCAC
CATATTAGCGTTACCTTGTGCCTGAAGTTCCTGAACCCATTTCTTTGCCCTCTCAAACGA
GGCTTGGTTTGTAACGTCAAAGACAATGATAGCAGCAGCAGCACCCCTGTAGTACATAGG
AGCCAAACTATGGTACCGTTCCTGACCAGCTGTATCCCATATCTCAAACTTTACAGTCGC
ATCGTTGACAGCTAGTGTTTGTGAGAAAAAA*GCTGCACCGATGGTTGATTCCTGAAACT
CAACAAACTGATCTTTAACAAAGCGTAACACAAGGCTCGATTTCCCAGCGCCAACATCTC
CAAGCAACACCAATTTGGCGTTGATTGTCTTGTTTGCAGCGGTGGTAGCCATGATTGAGC
TCAAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGCTGGGGGATGGA
GGAAAGGAGATTTGAAG

QA 2 816 2 816
DS 

RD RR3CL19TF 667 0 0
CTCACTGCCCTATCCATG*CCCTATCTG*TAGAACCAT*CCTGTTGGGTTT*CTGTTGGT
TGTACTCTCGGTAACCT*CTTGCAATTTCATAGAATATCTCCTTGACATTAGCTGCGGTT
TT*GCTGAAGTTTCCATGAAGAAAAGACCGTTCTCCTGAGCATATGTTTGTGCCTCCTCT
GCGGAAACCTTCCTTGCATCTAATAAATCAGATTTGTTTCCAGCAAGGGCCATCACCATA
TTAGCGTTACCTTGTGCCTGAAGTTCCTGAACCCATTTCTTTGCCCTCTCAAACGAGGCT
TGGTTTGTAACGTCAAAGACAATGATAGCAACAGCAGCACCCCTGTAGTACATAGGAGCC
AAACTATGGTACCGTTCCTGACCTGCTGTATCCCATATCTCAAACTTTACAGTCGCATCG
TTGACAGCTAGTGTTTGTGAGAAAAAC*GCTGCACCTATGGTTGATTCCTGAAACTCAAC
AAACTGATCTTTAACAAACCGTAACACAAGGCTCGATTTCCCAGCGCCAACATCTCCAAG
CAACACCAATTTGGCGTTAATGGTCTTGTTTGCAGCGGTGGTAGCCATGATTGAGCTCAA
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTCGTGGATGGATGGATGGAAAGGAGATT*GAAGATCAAAA
GACAGAG

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3DF91TF 758 0 0
TGTATTCCATACATATAA
ATAACTAAGCACAACAAGATGAACTCACTGCCCTATCCATG*CCCTATCTGGTAGAACCA
TTCCTGTTGGGTTTTCTGTTGGTTGTACTCTCGGTAACCTTCTTGCAATTTCATAGAATA
TCTCCTTGACATTAGATGCGGTTTTTGCTGAAGTTTCCATGAAGAAAAGACCGTTCTCCT
GAGCATATGTTTGTGCCTCCTCTGCGGAAACCTTCCTTGCATCTAATAAATCAGATTTGT
TTCCAGCAAGGGCCATCACCATATTAGCGTTACCTTGTGCCTGAAGTTCCTGAACCCATT
TCTTTGCCCTCTCAAACGAGGCTTGGTTTGTAACGTCAAAGACAATGATAGCAGCAGCAG
CACCCCTGTAGTACATAGGAGCCAAACTATGGTACCGTTCCTGACCTGCTGTATCCCATA
TCTCAAACTTTACAGTCGCATCGTTGACAGCTAGTGTTTGTGAGAAAAAC*GCTGCACCT
ATGGTTGATTCCTGAAACTCAACAAACTGATCTTTAACAAACCGTAACACAAGGCTCGAT
TTCCCAGCGCCAACATCTCCAAGCAACACCAATTTGGCGTTAATGGTCTTGTTTGCAGCG
GTGGTAGCCATGATTGAGCTCAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTCGTGGATGGATGGATG
GAAAGGAGATT*GAAGATCAAAAGACAGAGAGAACCCAAAAAGACGCGTCGTCGGCAACA
ACCAC
TAATTTCTGTATCTC

QA 19 743 19 743
DS 

RD RR3G549TF 717 0 0
ATCCATGGCCCTATCTGGTAGAACCATTCCTGTTGGGTTTTCTGTTGGTTGTACTCTCGG
TAACCTTCTTGCAATTTCATAGAATATCTCCTTGACATTAGCTGCGGTTTTTGCTGAAGT
TTCCATGAAGAAAAGACCGTTATCCTGAGCATATGTTTGTGCCTCCTCTGCGGAAACCTT
CCTTGCATCTAATAAATCAGATTTGTTTCCAGCAAGGGCCATCACCATATTAGCGTTACC
TTGTGCCTGAAGTTCCTGAACCCATTTCTTTGCCCTCTCAAACGAGGCTTGGTTTGTAAC
GTCAAAGACAATGATAGCAGCAGCAGCACCCCTGTAGTACATAGGAGCCAAACTATGGTA
CCGTTCCTGACCAGCTGTATCCCATATCTCAAACTTTACAGTCGCATCGTTGACAGCTAG
TGTTTGTGAGAAAAAA*GCTGCACCGATGGTTGATTCCTGAAACTCAACAAACTGATCTT
TAACAAAGCGTAACACAAGGCTCGATTTCCCAGCGCCAACATCTCCAAGCAACACCAATT
TGGCGTTGATTGTCTTGTTTGCAGCGGTGGTAGCCATGATTGAGCTCAAGAGAGAGAGAG
GGAGAGAGCTGGTGG***GATGGA*GGAAAGGAGATTTGAAGATCAAAAGACAGAGAGAA
CCCAAAAAGACGCGTCGTCGGCAACAACCACCCAATTTTATGTATCTCTTTCCAG
CC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3EN88TF 687 0 0
TGGGTTTTCTGTTGGTTGTACTCTCGGTAACCTTCTTGCAATTTCATAGAATATCTCCTT
GACATTAGCTGCGGTTTTTGCTGAAGTTTCCATGAAGAAAAGACCGTTATCCTGAGCATA
TGTTTGTGCCTCCTCTGCGGAAACCTTCCTTGCATCTAATAAATCAGATTTGTTTCCAGC
AAGGGCCATCACCATATTAGCGTTACCTTGTGCCTGAAGTTCCTGAACCCATTTCTTTGC
CCTCTCAAACGAGGCTTGGTTTGTAACGTCAAAGACAACGATAGCAGCAGCAGCACCCCT
GTAGTACATAGGAGCCAAACTATGGTACCGTTCCTGACCAGCTGTATCCCATATCCCAAA
CTTTACAGTCGCATCGTTGACAGCTAGTGTTTGTGAGAAAAAAAGCTGCACCGATGGTTG
ATTCCTGAAACTCAACAAACTGATCTTTAACAAAGCGTAACACAAGGCTCGATTTCCCAG
CGCCAACATCTCCAAGCAACACCAATTTGGCGTTGATTGTCTTGTTTGCAGCGGTGGTAG
CCATGATTGAGCTCAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTGGTGG***GATGGA*GGAAAGGA
GATTTGAAGATCAAAAGACAGAGAGAACCCAAAAAGACGCGTCGTCGGCAACAACCACCC
AATTTTATGTATCTCTTTCCAGGAGCC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 2 8

CO CL407Contig1 1082 5 17 U
GGAATCCCAAGTCACTGAGTTGAAAATGGTGTTGATCGAAAGCGAAAGCGACGATGAAAT
CTCCGTCATAGAAGAACCAAATCCATCGCGTTCTTCCTCGTCGCCGCCCAAAACAACGGA
GGCGAAAATCGTCGGCGGAGATGATTCCGACGGGTTCGAAACTGCCAGCGAACGTGGAGT
TAGCGATAACGAAGAAGAAGACGAAGAAGGTGATAGGAAACATGAAGCGGTAGAGAATCA
GGAGCCGCAACCGTCGGATAAACCTGAGAAGAAGGAGGAAGATCAGGTGGAGGCCATTGC
CGATGTTGAATCAAATCAGAAGGAGAAAGCTTTGGAGGATGCAAACGAAGCTAAAATGGA
AGGAAACAGATTGTTTGGAAATGGCTTATACGAAGATGCATTGTCAAAGTATGAGCTTGC
TTTACAGTTTGCTCAGGAGTTTCCTGAATCTTTGGAGCTTCGATCTATCTGCCATTCAAA
CAGAGCGATATGTTATCTCAAATTGGGTAAATATGCAGAAGCAATCAAGGAAAGCACAAA
AGCGATAGAGCTGAATCCGAGCTATACTAAAGCTTTGGTCCGTCGTGCAGAAGCTCATGA
GAAGCTTGAACATTTTGAAGAAGCCCTCACTGACTTGAAGAAGATATTAGAACTGGACCC
TTCAAATGATCAGGCTAGAAAAGGAATTCGGCGTTTGGAACCATTGGCGGCTGCGAAGCA
AGAAAAGATGAAAGAAGAAGCCATAGCAAAGTTGAAGGAGACGGGAAACACGATATTGGG
CAAATTTGGGATGAGTGTAGACAATTTCAAGGCGGTTAAAGATCCCAACACTGGCTCTTA
CTCTTTTTCTTTCCAAAACTAGTTGACCAACAATACACTCATGGTTTGCTTGCATTAACC
ATTTTGTGTTCATCGGTGGTGATATCAGTACGTTTGTTGTCAGATGATTTTGTACTGGAA
AGTGGAAGATTCGTTTGTTCCATGGCTTCATATCTATCTGTAAATTCTTTGTTACAATTT
GGCATGGCGTATAATCCAGAGCCGAACCGAATTAAGAGGTACTGAAACATATAATTTCAG
GC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3AQ71TF U 1
AF RR3FV77TF U 1
AF RR3H189TF U 45
AF RR3AQ71JQ C 267
AF RR3FV77JQ C 309
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BS 596 669 RR3AQ71TF
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BS 674 674 RR3H189TF
BS 675 686 RR3FV77TF
BS 687 687 RR3H189TF
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BS 689 734 RR3H189TF
BS 735 744 RR3AQ71JQ
BS 745 749 RR3FV77JQ
BS 750 761 RR3AQ71JQ
BS 762 762 RR3FV77JQ
BS 763 769 RR3AQ71JQ
BS 770 770 RR3FV77JQ
BS 771 1017 RR3AQ71JQ
BS 1018 1082 RR3FV77JQ

RD RR3AQ71TF 669 0 0
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TTCAAATGA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3FV77TF 686 0 0
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CTCCGTCATAGAAGAACCAAATCCATCGCGTTCTTCCTCGTCGCCGCCCAAAACAACGGA
GGCGAAAATCGTCGGCGGAGATGATTCCGACGGGTTCGAAACTGCCAGCGAACGTGGAGT
TAGCGATAACGAAGAAGAAGACGAAGAAGGTGATAGGAAACATGAAGCGGTAGAGAATCA
GGAGCCGCATCCGTCGGATAAACCTGAGAGGAAGGAGGAAGATCAGGTGGAGGCCATTGC
CGATGTTGAATCAAATCAGAAGGAGGAAGCTTTGGAGGATGCAAACGAAGCTAAAATGGA
AGGAAACAGATTGTTTGGAAATGGCTTATACGAAGATGCATTGTCAAAGTATGAGCTTGC
TTTACAGTTTGCTCAGGAGTTTCCTGAATCTTTGGAGCTTCGATCTATCTGCCATTCAAA
CAGAGCGATATGCTATCTCAAATTGGGTAAATATGCAGAAGCAATCAAAGAAAGCACAAA
AGCGATAGAGCTGAATCCGAGCTATACTAAAGCTTTGGTCCGTCGTGCAGAAGCTCATGA
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TTCAAATGATCAG*CTAGAAAAGGAA

QA 1 686 1 686
DS 

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GG
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AAGTATGAGCTTGCTTTACAGTTTGCTCAGGAGTTTCCTGAATCTTTGGAGCTTCGATCT
ATCTGCCATTCAAACAGAGCGATATGTTATCTCAAATTGGGTAAATATGCAGAAGCAATC
AAGGAAAGCACAAAAGCGATAGAGCTGAATCCGAGCTATACTAAAGCTTTGGTCCGTCGT
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TTAGAACTGGACCCTTCAAATGATCAGGCTAGAAAAGAATT*CGGCGTTTGGAACCATTG
GCGGCTGCGAAGCAAGAAAAGATGAAAG

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DS 

RD RR3AQ71JQ 754 0 0
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CTTTGGAGCTTCGATCTATCTGCCATTCAAACAGAGCGATATGTTATCTCAAATTGGGTA
AATATGCAGAAGCAATCAAGGAAAGCACAAAAGCGATAGAGCTGAATCCGAGCTATACTA
AAGCTTTGGTCCGTCGTGCAGAAGCCCATGAGAAGCTTGAACATTTTGAAGAAGCCCTCA
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GGCGTTTGGAACCATTGGCGGCTGCGAAGCAAGAAAAGATGAAAGAAGAAGCCAT*****
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AGGCGGTTAAAGATCCCAACACTGGCTCTTACTCTTTTTCTTTCCAAAACTAGTTGACCA
ACAATACACTCATGGTTTGCTTGCATTAACCATTTTGTGTTCATCGGTGGTGATATCAGT
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CCG

QA 4 751 4 751
DS 

RD RR3FV77JQ 774 0 0
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TATGCTATCTCAAATTGGGTAAATATGCAGAAGCAATCAAAGAAAGCACAAAAGCGATAG
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TGAAAGAAGAAGCCATAGCAAAGTTGAAGGAGACGGGAAACACGATATTGGGCAAATTTG
GGATGAGTGTAGACAATTTCAAGGCGGTTAAAGATCCCAACACTGGCTCTTACTCTTTTT
CTTTCCAAAACTAGTTGACCAACAATACACTCATGGTTTGCTTGCATTAACCATTTTGTG
TTCATCGGTGGTGATATCAGTACGTTTGTTGTCAGATGATTTTGTACTGGAAAGTGGAAG
ATTCGTTTGTTCCATGGCTTCATATCTATCTGTAAATTCTTTGTTACAATTTGGCATGGC
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QA 1 774 1 774
DS 



CO CL407Contig2 589 3 3 U
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TCTGCATATTTGCCCAATTTGAGATAACATATCGCTCTGTTTGAATGGC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN36JQ U 1
AF RR3DN36TF C 1
AF RR3CE08JQ U 1
BS 1 27 RR3CE08JQ
BS 28 28 RR3DN36JQ
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ACCAAAGCTTTAGTATAGCTC
C

QA 1 501 1 501
DS 

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GACATATATGAAGCCATGAAAACAAACGAATCTTCTACTTTCCAGTACAAATCCATGGAC
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TCCAAACGCCGAATTCCTTTTCTAGCCTGATCATTTGAAGGGTCCAGTTCTAATATCTTC
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ACCAAAGCTTTAGTATAGCTC
C

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR3CE08JQ 589 0 0
CGGTTAAGTTTTCTTGGTTTTGGATAACACGCCTTGCCAAATTGTAACAAAGAATTTACA
GACATATATGAAGCCATGAAAACAAACGAATCTTCTACTTTCCAGTACAAATCCATGGAC
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TCTGCATATTTGCCCAATTTGAGATAACATATCGCTCTGTTTGAATGGC

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 7

CO CL408Contig1 1404 7 13 U
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TGTAAATACATTAATAAAAAGAAAGGTTCCACGAGTACATTTTAAACTTAAAACAGCAAC
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CACCAGTGTCACTGACGTAGTGATCTTTTTTAATACTTGCGACCAAACTCTCCACCAAGT
GAATCAGTATTGCTCCTGACGTCTTCGGCTCTCTGTAGTATCTTCCCAGCACATGTTTAG
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CACCATAGACTTTGAGAACTGTGACTGGACCAAGGAGGAACGATAGATAAACAAGAGTGG
CCAGCATTATGGACCAGCAAGTAGTTGAAGTTGCAATAAGCTTCCTCTCGCTTGGAGCAA
ATAAACTACTGTATGGGTTATAATGTGACCCTTCTTTTCCAGGACTTCTGTACCACAGAT
AGATCGGGTAAGCGAGCATGGGCAGAGGGACAGTGTATCTGAGCATCCGAGTACTATGGG
GCAAGCTCTTGTACAACTTTTCTGGTAGCGGAACCCAAGACTCATCGTTTTCAACATGGC
CATGGTTCTGGTGGTGTGTCCGATGGCTTATTCTCCAACCATGGTAAGGAACGAGGATGA
ATGAATGAAGAATGTGACCAACCACACTGTTCAGCAGAGGAATGTCTGAGAAACTTCCGT
GCCCACAGTCGTGGCCAAGAACGAAGATGGCCCAGAAAAGGGTTCCTTGGGCAACCCAGT
AGAGTGGCCAGAGGAACCAGCTATCAAAATACACAGCGGCCATGGCCAGAGCCGCGACGG
CGAAAATGTCTATGGCGACATAGCTCATAGATCTCAAAGGACTCTTGACCCAACAATGCT
TCGGAATGGCCGCCCTTATATCTCCGATCTTAAACGGTGGTTGTGCGCTTGGATCAAACC
CTTCTTCCTTCCGAGCACCGGAAACTCCGTTCACATTGCTGCGCTGGTCCATAGCAACAA
CCATTGCTGGAGAGAGATTTGGGAGAAGTTTCTCTCTCTCTATATGTGGGCTCTCGGTGA
AATGTGGTGAAGAAAGGTTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 0 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF68JQ U 33
AF RR3EF68TF C 33
AF RR3H111JQ U 30
AF RR3D676JQ U 1
AF RR3FB91JQ U 57
AF RR3H111TF C 523
AF RR3FB91TF C 755
BS 1 54 RR3D676JQ
BS 55 55 RR3EF68JQ
BS 56 124 RR3D676JQ
BS 125 125 RR3EF68JQ
BS 126 170 RR3D676JQ
BS 171 171 RR3EF68JQ
BS 172 305 RR3D676JQ
BS 306 306 RR3EF68JQ
BS 307 773 RR3D676JQ
BS 774 774 RR3FB91JQ
BS 775 865 RR3D676JQ
BS 866 1268 RR3H111TF
BS 1269 1404 RR3FB91TF

RD RR3EF68JQ 524 0 0
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AATAGAGCCAGGGAGAAGAGTTGATTGATTTTAGATTTGTCAGAAGCATAAACGTAGAGA
TCTGGATCTGTCTCGTAGAAGACAATATCACCAGTGTCACTGACGTAGTGATCTTTTTTA
ATACTTGCGACCAAACTCTCCACCAAGTGAATCAGTATTGCTCCTGACGTCTTCGGCTCT
CTGTAGTATCTTCCCAGCACATGTTTAGCTGCTTTCGTGGCGTCGACCAAGTGATAGTGA
GGGATTTGTGGGAAAAGATGATGGATCACGTGAGTTCCAATGTCGTGATGGATGTTGTTG
AAGATTCCATAATCTCTATCAATAGTTGTTAATCCTCCACGTAGATAACTCCATTCCTTG
CCTCTGTACCACGGCGACTTCTCATCATGACCATGATGATGCA
C

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR3EF68TF 524 0 0
AAGATAACAAAACTTCCACTTTCTGTAATGTAAATACATTAATAAAAAGAAAGGTTCCAC
GAGTACATTTTAAACTTAAAACAGCAACAAATAAGCAAAAGAAAAGGAGTGCTTATTCCT
AATAGAGCCAGGGAGAAGAGTTGATTGATTTTAGATTTGTCAGAAGCATAAACGTAGAGA
TCTGGATCTGTCTCGTAGAAGACAATATCACCAGTGTCACTGACGTAGTGATCTTTTTTA
ATACTTGCGACCAAACTCTCCACCAAGTGAATCAGTATTGCTCCTGACGTCTTCGGCTCT
CTGTAGTATCTTCCCAGCACATGTTTAGCTGCTTTCGTGGCGTCGACCAAGTGATAGTGA
GGGATTTGTGGGAAAAGATGATGGATCACGTGAGTTCCAATGTCGTGATGGATGTTGTTG
AAGATTCCATAATCTCTATCAATAGTTGTTAATCCTCCACGTAGATAACTCCATTCCTTG
CCTCTGTACCACGGCGACTTCTCATCATGACCATGATGATGCA
C

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR3H111JQ 611 0 0
GGA
AAGATAACAAAACTTCCACTTTTTGTAATGTAAATACATTAATAAAAAGAAAGGTTCCAC
GAGTACATTTTAAACTTAAAACAGCAACAAATAAGCAAAAGAAAAGGAGTGCTTATTCCT
AATAGAGCCAGGGAGAAGGGTTAATTGATTTTAGATTTGTCAGAAGCATAAACGTAGAGA
TCTGGATCTGTCTCGTAGAAGACAATATCACCAGTGTCACTGACGTAGTGATCTTTTTTA
ATACTTGCGACCAAACTCTCCACCAAGTGAATCGGTATTGCTCCTGACGTCTTCGGCTCT
CTGTAGTATCTTCCCAGCACATGTTTAGCTGCTTTCGTGGCGTCGACCAAGTGATAGTGA
GGGATTTGTGGGAAAAGATGATGGATCACGTGAGTTCCAATGTCGTGATGGATGTTGTTG
AAGATTCCATAATCTCTATCAATAGTTGTTAATCCTCCACGTAAATAACTCCATTCCTTG
CCTCTGTACCACGGCAACTTCTCATCATGACCATGATGATGCAAGTACGTGACAGCGTCC
AACCACATCACAAAGATAATGTAAGGAACACCATAGACTTTGAGAACTGTGACTGGACCA
AGGAGGAA

QA 4 611 4 611
DS 

RD RR3D676JQ 865 0 0
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TGTAAATACATTAATAAAAAGAAAGGTTCCACGAGTACATTTTAAACTTAAAACAGCAAC
AAATGAGCAAAAGAAAAGGAGTGCTTATTCCTAATAGAGCCAGGGAGAAGGGTTAATTGA
TTTTAGATTTGTCAGAAGCATAAACGTAGAGATCTGGATCTGTCTCGTAGAAGACAATAT
CACCAGTGTCACTGACGTAGTGATCTTTTTTAATACTTGCGACCAAACTCTCCACCAAGT
GAATCGGTATTGCTCCTGACGTCTTCGGCTCTCTGTAGTATCTTCCCAGCACATGTTTAG
CTGCTTTCGTGGCGTCGACCAAGTGATAGTGAGGGATTTGTGGGAAAAGATGATGGATCA
CGTGAGTTCCAATGTCGTGATGGATGTTGTTGAAGATTCCATAATCTCTATCAATAGTTG
TTAATCCTCCACGTAAATAACTCCATTCCTTGCCTCTGTACCACGGCAACTTCTCATCAT
GACCATGATGATGCAAGTACGTGACAGCGTCCAACCACATCACAAAGATAATGTAAGGAA
CACCATAGACTTTGAGAACTGTGACTGGACCAAGGAGGAACGATAGATAAACAAGAGTGG
CCAGCATTATGGACCAGCAAGTAGTTGAAGTTGCAATAAGCTTCCTCTCGCTTGGAGCAA
ATAAACTACTGTATGGGTTATAATGTGACCCTTCTTTTCCAGGACTTCTGTAC*ACAGAT
AGATCGGGTAAGCGAGCATGGGCAGAGGGACAGTGTATCTGAGCATCCGAGTACTATGGG
GCAAGCTCTTGTACAACTTTTCTGG

QA 1 865 1 865
DS 

RD RR3FB91JQ 806 0 0
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CAACAAATAAGCAAAAGAAAAGGAGTGCTTATTCCTAATAGAGCCAGGGAGAAGGGTTAA
TTGATTTTAGATTTGTCAGAAGCATAAACGTAGAGATCTGGATCTGTCTCGTAAAAGACA
ATATCACCAGTGTCACTGACGTAGTGATCTTTTTTAATACTTGCGACCAAACTCTCCACC
AAGTGAATCGGTATTGCTCCTGACGTCTTCGGCTCTCTGTAGTATCTTCCCAGCACATGT
TTAGCTGCTTTCGTGGCGTCGACCAAGTGATAGTGAGGGATTTGTGGGAAAAGATGATGG
ATCACGTGAGTTCCAATGTCGTGATGGATGTTGTTGAAGATTCCATAATCTCTATCAATA
GTTGTTAATCCTCCACGTAAATAACTCCATTCCTTGCCTCTGTACCACGGCAACTTCTCA
TCATGACCATGATGATGCAAGTACGTGACAGCGTCCAACCACATCACAAAGATAATGTAA
GGAACACCATAGACTTTGAGAACTGTGACTGGACCAAGGAGGAACGATAGATAAACAAGA
GTGGCCAGCATTATGGACCAGCAAGTAGTTGAAGTTGCAATAAGCTTCCTCTCGCTTGGA
GCAAATAAACTACTGTATGGGTTATAATGTGACCCTTCTTTTCCAGGACTTCTGTACCAC
AGATAGATCGGGTAAGCGAGCATGGGCAGAGGGACAGTGTATCTGAGCATCCGAGTACTA
TGGGGCAAGCTCT*GTACAACTTTTC

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3H111TF 746 0 0
ACGGCAACTTCTCATCATGACCATGATGATGCAAGTACGTGACAGCGTCCAACCACATCA
CAAAGATAATGTAAGGAACACCATAGACTTTGAGAACTGTGACTGGACCAAGGAGGAACG
ATAGATAAACAAGAGTGGCCAGCATTATGGACCAGCAAGTAGTTGAAGTTGCAATAAGCT
TCCTCTCGCTTGGAGCAAATAAACTACTGTATGGGTTATAATGTGACCCTTCTTTTCCAG
GACTTCTGTACCACAGATAGATCGGGTAAGCGAGCATGGGCAGAGGGACAGTGTATCTGA
GCATCCGAGTACTATGGGGCAAGCTCTTGTACAACTTTTCTGGTAGCGGAACCCAAGACT
CATCGTTTTCAACATGGCCATGGTTCTGGTGGTGTGTCCGATGGCTTATTCTCCAACCAT
GGTAAGGAACGAGGATGAATGAATGAAGAATGTGACCAACCACACTGTTCAGCAGAGGAA
TGTCTGAGAAACTTCCGTGCCCACAGTCGTGGCCAAGAACGAAGATGGCCCAGAAAAGGG
TTCCTTGGGCAACCCAGTAGAGTGGCCAGAGGAACCAGCTATCAAAATACACAGCGGCCA
TGGCCAGAGCCGCGACGGCGAAAATGTCTATGGCGACATAGCTCATAGATCTCAAAGGAC
TCTTGACCCAACAATGCTTCGGAATGGCCGCCCTTATATCTCCGATCTTAAACGGTGGTT
GTGCGCTTGGATCAAACCCTTCTTCC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3FB91TF 650 0 0
TTTTCCAGGACTTCTGTACCACAGATAGATCGGGTAAGCGAGCATGGGCAGAGGGACAGT
GTATCTGAGCATCCGAGTACTATGGGGCAAGCTCTTGTACAACTTTTCTGGTAGCGGAAC
CCAAGACTCGTCGTTTTCAACATGGCCATGGTTCTGGTGGTGTGTCCGATGGCTTATTCT
CCAACCATGGTAAGGAACGAGGATGAATGAATGAAGAATGTGACCAACCACACTGTTCAG
CAGAGGAATGTCTGAGAAACTTCCGTGCCCATAGTCGTGGCCAAGAACGAAGATGGCCCA
GAAAAGGGTTCCTTGGGCAACCCAGTAGAGTGGCCAGAGGAACCAGCTATCGAAATACAC
AGCGGCCATGGCCAGAGCCGCGACGGCGAAAATGTCTCTGGCGACATAGCTCATAGATCT
CAAAGGACTCTTGACCCAACAATGCTTCGGAATGGCCGCCCTTATATCTCCGATCTTAAA
CGGTGGTTGTGCGCTTGGATCAAACCCTTCTTCCTTCCGAGCACCGGAAACTCCGTTCAC
ATTGCTGCGCTGGTCCATAGCAACAACCATTGCTGGAGAGAGATTTGGGAGAAGTTTCTC
TCTCTCTATATGTGGGCTCTCGGTGAAATGTGGTGAAGAAAGGTTTGATC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 2 5

CO CL409Contig1 700 3 6 U
GGGGGTAATGATTGTCTCTTTAGATTGTTGATGGAAAATCATCACATGCAGAAGAAAGAT
GAAGAATTGACAATGGCATCAGCTCCTTTATCTACATAATAATATTAATAAACCCTCTCA
CAATCTTGCTTAGTAGACTTCCACATTCCACTGCTCACTCTTCTTCAATTGCTTCTTGTA
CTCCAACCAATCAATCCCATCTTTAGCAGCAAGTGAGACCATGATCTCATCAATACCCTT
CTCCATACCCTTGAGACCACACATGTAAACAAAGGTGTTGTCTTTCTTCAGCAACTCCCA
CAGCTCTTCTGCATACTCTGCCATTCTTGTCTGTATGTACATTTTCTCTCCCTTCTCGTT
TGTCTGCTCTCTGCTCACCGCAAAGTCCAACCTGAAATTTTCCGGGTTCTTCTCCTTCAT
CTTCTCAAACTCCTCCTTGTAGAGCAATGAGCTGCTTGTGGGTACACCCAAGAAGAGCCA
TGCCAAACCGTTGAACTTGTAGTCCTCATGCTCCTCAAAGAACATTTTCCACAAAAATGA
TCTGAATGGTGCTATTCCAGTTCCTGTTCCAAGCATGATGATGGTGGCATTAGGATCTTT
AGGCATAAGCATTTCCTTTCCAACTGGTCCAGTGATCTTTGCCTCATCACCAGGCTTCAA
GTCACACAAGAAGTTGGAGCAGAATCCCTTAACAAGCTCT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BC79TF C 2
AF RR3EC57JQ U 1
AF RR3CW43JQ U 72
BS 1 168 RR3EC57JQ
BS 169 169 RR3CW43JQ
BS 170 230 RR3EC57JQ
BS 231 231 RR3CW43JQ
BS 232 678 RR3EC57JQ
BS 679 700 RR3CW43JQ

RD RR3BC79TF 531 0 0
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AAGAATTGACAATGGCATCAGCTCCTTTATCTACATAATAATATTAATAAACCCTCTCAC
AATCTTGCTTAGTAGACTTCCACATTCCACTGCTCACTCTTCTTCAATTGCTTCTTGTAC
TCCAACCAATCAATCCCATCTTTAGCAGCAAGTGAGACCATGATCTCATCAATACCCTTC
TCCATACCCTTGAGACCACACATGTAAACAAAGGTGTTGTCTTTCTTCAGCAACTCCCAC
AGCTCTTCTGCATACTCTGCCATTCTTGTCTGTATGTACATTTTCTCTCCCTTCTCGTTT
GTCTGCTCTCTGCTCACCGCAAAGTCCAACCTGAGATTTTCCGGGTTCTTCTCCTTCATC
TTCTCAAACTCCTCCTTGTAGAGCAATGAGCTGCTTGTGGGTACACCCAAGAAGAGCCAT
GCCAAACCGTCGAACTTGTAGTCCTCATGCTCCTCAAAGAACATTTTCCAC

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR3EC57JQ 678 0 0
GGGGGTAATGATTGTCTCTTTAGATTGTTGATGGAAAATCATCACATGCAGAAGAAAGAT
GAAGAATTGACAATGGCATCAGCTCCTTTATCTACATAATAATATTAATAAACCCTCTCA
CAATCTTGCTTAGTAGACTTCCACATTCCACTGCTCACTCTTCTTCAACTGCTTCTTGTA
CTCCAACCAATCAATCCCATCTTTAGCAGCAAGTGAGACCATGATCTCATTAATACCCTT
CTCCATACCCTTGAGACCACACATGTAAACAAAGGTGTTGTCTTTCTTCAGCAACTCCCA
CAGCTCTTCTGCATACTCTGCCATTCTTGTCTGTATGTACATTTTCTCTCCCTTCTCGTT
TGTCTGCTCTCTGCTCACCGCAAAGTCCAACCTGAAATTTTCCGGGTTCTTCTCCTTCAT
CTTCTCAAACTCCTCCTTGTAGAGCAATGAGCTGCTTGTGGGTACACCCAAGAAGAGCCA
TGCCAAACCGTTGAACTTGTAGTCCTCATGCTCCTCAAAGAACATTTTCCACAAAAATGA
TCTGAATGGTGCTATTCCAGTTCCTGTTCCAAGCATGATGATGGTGGCATTAGGATCTTT
AGGCATAAGCATTTCCTTTCCAACTGGTCCAGTGATCTTTGCCTCATCACCAGGCTTCAA
GTCACACAAGAAGTTGGA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3CW43JQ 629 0 0
AATGGCATCAGCTCCTTTATCTACATAATAATATTAATAAACCCTCTCACAATCTTGCTT
AGTAGACTTCCACATTCCACTGGTCACTCTTCTTCAATTGCTTCTTGTACTCCAACCAAT
CGATCCCATCTTTAGCAGCAAGTGAGACCATGATCTCATCGATACCCTTCTCCATACCCT
TGAGACCACACATGTAAACAAAGGTGTTGTCTTTCTTAAGCAACTCCCACAGCTCTTCTG
CATACTCTGCCATTCTTGTCTGTATGTACATTTTCTCTCCCTTCTCGTTTGTCTGCTCTC
TGCTCACCGCAAAGTCCAACCTGAAGTTTTCCGGGTTTTTCTCCTTCATCTTCTCAAACT
CCTCCTTGTAGAGCAGTGAGCTGCTTGTGGGTACACCCAAGAAGAACCATGCCAAACCGT
TGAACTTGTAGTCCTCATGCTCCTCAAAGAACATTTTCCACAAAAATGATCTGAATGGTG
CTATTCCAGTTCCTGTTCCAAGCATGATGATGGTGGCATTAGGATCTTTAGGCATAAGCA
TTTCCTTTCCAACTGGTCCAGTGATCTTTGCCTCATCACCAGGCTTCAAGTCACACAGGA
AGTTGGAGCAGAATCCCTTAACAAGCTCT

QA 1 629 1 629
DS 



CO CL409Contig2 800 2 6 U
GAGAGGCCCATCTTCGTTGCATAGTTGATCAAACATGGCTGCTGCAATAGGTGCTGCAGT
CTCTTATCCTTCATCCAAGTCCTCTTCTCTTCCCTCCAAAACTTCCTTCGTCTCCCCTCA
AAGGATTTTCCTCAACAACAAGAGCAGAGTGTGCTACAGAGAGGCGTGTATTTATAGGGG
AAGAGTGAAGGCTCAGGTGTCAACAGAGACGCCAGTGAAAGTAGTCAAGGAGTCAAAGAA
ACAGGAAGAAGGGATTGTTGTCAACAAATTCAAACCAAAGGAGCCTTACACTGGTAGATG
CCTCTTGAACACCAGGATCACTGGCGATGACGCTCCCGGTGAAACCTGGCACATCGTCTT
CAGCACCGAAGGGGAGGTTCCATACAGAGAAGGGCAGTCGATAGGAGTGATTCCAGAAGG
AATTGACAAGAACGGGAAGCCCCACAAGCTGAGGTTATACTCTATCGCCAGCAGTGCCAT
TGGTGACTTTGGTGATTCCAAAACCGTTTCTCTCTGTGTCAAGAGATTAGTTTACACTAA
CGAAAGCGGAGAGCTTGTTAAGGGAGTCTGCTCCAACTTCTTGTGTGACTTGAAGCCTGG
TGATGAGGCAAAGATCACTGGACCAGTTGGAAAGGAAATGCTTATGCCTAAAGATCCTAA
TGCCACCATCATCATGCTTGGAACAGAACTGGAATAGCACCATTCAGATCATTTTTGTGG
AAATGTTCTTTGAGAGCATGAGAACTACAAGTTCAACGGTTGGCATGCTCTTCTGGGTGT
ACCCACAGCAGCTCATGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EC57TF U 1
AF RR3FC39TF U 72
BS 1 153 RR3EC57TF
BS 154 154 RR3FC39TF
BS 155 469 RR3EC57TF
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BS 471 558 RR3EC57TF
BS 559 800 RR3FC39TF

RD RR3EC57TF 558 0 0
GAGAGGCCCATCTTCGTTGCATAGTTGATCAAACATGGCTGCTGCAATAGGTGCTGCAGT
CTCTTATCCTTCATCCAAGTCCTCTTCTCTTCCCTCCAAAACTTCCTTCGTCTCCCCTCA
AAGGATTTTCCTCAACAACAAGAGCAGAGTGTGTTACAGAGAGGCGTGTATTTATAGGGG
AAGAGTGAAGGCTCAGGTGTCAACAGAGACGCCAGTGAAAGTAGTCAAGGAGTCAAAGAA
ACAGGAAGAAGGGATTGTTGTCAACAAATTCAAACCAAAGGAGCCTTACACTGGTAGATG
CCTCTTGAACACCAGGATCACTGGCGATGACGCTCCCGGTGAAACCTGGCACATCGTCTT
CAGCACCGAAGGGGAGGTTCCATACAGAGAAGGGCAGTCGATAGGAGTGATTCCAGAAGG
AATTGACAAGAACGGGAAGCCCCACAAGCTGAGGTTATACTCTATCGCCGGCAGTGCCAT
TGGTGACTTTGGTGATTCCAAAACCGTTTCTCTCTGTGTCAAGAGATTAGTTTACACTAA
CGAAAGCGGAGAGCTTGT

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR3FC39TF 729 0 0
G
ATCCAAGTCCTCTTCTCT*CCCTCCAAAACTTCCTTCGTCTCCCCTCAAAGGATTTTCCT
CAACAACAGGAGCAGAGTGTGCTACAGAGAGGCGTGTATTTATAGGGGAAGAGTGAAGGC
TCAGGTGTCAACAGAGACGCCAGTGAAAGTAGTCAAGGAGTCAAAGAAACAGGAAGAAGG
G**TGTTGTCAACAAATTCAAACCAAAGGAGCCTTACACTGGTAGATGCCTCTTGAACAC
CAGGATCACTGGCGATGACGCTCCCGGTGAAACCTGGCACATCGTCTTCAGCACCGAAGG
GGAGGTTCCATACAGAGAAGGGCAGTCGATAGGAGTGATTCCAGAAGGAATTGACAAGAA
CGGGAAGCCCCACAGGCTGAGGTTATACTCTATCGCCAGCAGTGCCATTGGTGACTTTGG
TGATTCCAAAACCGTTTCTCTCTGTGTCAAGAGATTAGTTTACACTAACGAAAGCGGAGA
GCTTGTTAAGGGAGTCTGCTCCAACTTCTTGTGTGACTTGAAGCCTGGTGATGAGGCAAA
GATCACTGGACCAGTTGGAAAGGAAATGCTTATGCCTAAAGATCCTAATGCCACCATCAT
CATGCTTGGAACAGAACTGGAATAGCACCATTCAGATCATTTTTGTGGAAATGTTCTTTG
AGAGCATGAGAACTACAAGTTCAACGGTTGGCATGCTCTTCTGGGTGTACCCACAGCAGC
TCATGCTC

QA 2 729 2 729
DS 



AS 2 9

CO CL410Contig1 723 2 1 U
GGACTCGCAATCCGAAACAAAGGCAATCAATCAACTTTTTATCCCTGAAATGGCGGCGGC
TCTGCAGACAAACATCCGACCGGTCAAGTTTCCGGCAACGTTGAGAGCTCTCACCAAACA
ATCCTCTTCCGCACCCTTGAGAGTAAGATGCGCCGCTGCTTCCCCCGGAAAAAAGAGATA
CAACATCACTCTCCTTCCCGGCGACGGCATCGGTCCGGAGGTTATCTCCATAGCTAAAAA
TGTGCTTCAGCAAGCTGGTTCCTTGGAAGGTCTGGAGTTTAGCTTCCAGGAAATGCCTGT
AGGAGGAGCTGCTTTGGATTTGGTTGGAGTGCCTTTGCCTGAGGACACCATCTCCGCTGC
TAAAGAATCAGATGCTATTCTTCTTGGAGCCATTGGAGGGTACAAATGGGATAAGAATGA
AAAACATCTCAAGCCTGAGACTGGTTTGCTTCAACTTCGGGCCGGTCTTAAAGTCTTTGC
CAATCTCAGACCTGCTACAGTTCTTCCTCAGTTGGTGGATGCTTCGACCTTGAAGAGAGA
GGTTGCAGAAGGTGTTGATCTAATGGTTGTTAGGGAGCTTACTGGAGGTATTTACTTTGG
AGTGCCAAGGGGCATTAAGACTAATGAAAATGGTGAGGAAGTTGGGTTTAATACCGAGGT
CTATGCTGCTCACGAGATTGATAGAATTGCTCGTGTTGCCTTCGAGACTGCTCGGAAACG
GCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 

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GCG

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BQ
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TTCCGGCAACGTTCAGAGCTCTCACCAAACAATCCTCATCCGCACCCTTGAGAGTAAGAT
GCGCCGCTGCTTCCCCCGGGAAAAAGAGATACAACATTACTCTCCTTCCCGGAGACGGAA
TCGGTCCGGAGGTTATCTCCATAGCTAAAAATGTGCTTCAGCAAGCTGGTTCCTTGGAAG
GTCTGGAGTTTAGCTTCCAGGAAATGCCTGTAGGAGGAGCTGCTTTGGATTTGGTCGGAG
TGCCTTTGCCTGAGGACACCATCTCCGCTGCTAAAGAATCTGATGCTGTGCTTCTTGGAG
CCATTGGAGGGTATAAATGGGATAAGAATGAAAAACATCTCAAGCCTGAGACTGGTTTAC
TTCAACTTCGGGCTGGTCTTAAAGTCTTTGCTAATCTCAGACCTGCTACTGTTCTTCCCC
AGTTAGTGGATGCTTCTACCTTGAAGAGAGAGGTTGCAGAAGGTGTTGATCTTATGGTTG
TAAGGGAGCTTACTGGAGGTATCTACTTTGGAGTGCCAAGGGGCATTAAGACTAATGAAA
ATGGTGAGGAAGTTGGTTTTAATACCGAGGTCTATGCTGCTCACGAGATTGATAGAATTG
CTCGTGTTGCCTTCGAGACTGCTAGGAAACGGCGTGGCAAGCTGTGTTCTGTTGACAAAG
CTAACGTCTTGGATGCCTCGATCTT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3A645TF 786 0 0
CTCCCTGAAATAATGGC
GGCGGCGGCTCTGCAGACAAACATCCTACCGGTCAAGTTTCCGGCAACGTTCAGAGCTCT
CACCAAACAATCCTCATCCGCACCCTTGAGAGTAAGATGCGCCGCTGCTTCCCCCGGGAA
AAAGAGATACAACATTACTCTCCTTCCCGGAGACGGAGTCGGTCCGGAGGTTATCTCCAT
AGCTAAAAATGTGCTTCAGCAAGCTGGTTCCTTGGAAGGTCTGGAGTTTAGCTTCCAGGA
AATGCCTGTAGGAGGAGCTGCTTTGGATTTGGTCGGAGTGCCTTTGCCTGAGGACACCAT
CTCCGCTGCTAAAGAATCTGATGCTGTGCTTCTTGGAGCCATTGGAGGGTATAAATGGGA
TAAGAATGAAAAACATCTCAAGCCTGAGACTGGTTTACTTCAACTTCGGGCTGGTCTTAA
AGTCTTTGCTAATCTCAGACCTGCTACTGTTCTTCCCCAGTTAGTGGATGCTTCTACCTT
GAAGAGAGAGGTTGCAGAAGGTGTTGATCTTATGGTTGTAAGGGAGCTTACTGGAGGTAT
CTACTTTGGAGTGCCAAGGGGCATTAAGACTAATGAAAATGGTGAGGAAGTTGGGTTTAA
TACCGAGGTCTATGCTGCTCACGAGATTGATAGAATTGCTCGTGTCGCCTTCGAGACTGC
TAGGAAACGGCGTGGCAAGCTGTGTTCTGTTGACAAAGCTAACGTCTTGGATGCCTCGAT
CTTATGGAGGAGGCGAGTAACCGCATTAGCTGCTGAATATCCTGATGTT

QA 18 786 18 786
DS 

RD RR3B138TF 750 0 0
G
CAGACCTGCTACTGTTCTTCCCCAGTTAGTGGATGCTTCTACCTTGAAGAGAGAGGTTGC
AGAAGGTGTTGATCTTATGGTTGTAAGGGAGCTTACTGGAGGTATCTACTTTGGAGTGCC
AAGGGGCATTAAGACTAATGAAAATGGTGAGGAAGTTGGGTTTAATACCGAGGTCTATGC
TGCTCACGAGATTGATAGAATTGCTCGTGTTGCCTTCGAGACTGCTAGGAAACGGCGTGG
CAAGCTGTGTTCTGTTGACAAAGCTAACGTCTTGCATGCCTCGATCTTATGGAGGAGGCG
AGTAACCGCATTAGCTGCTGAATATCCTGATGTTGAACTGTCACATATGTATGTTGACAA
TGCTGCCATGCAGCTTGTTCGTGATCCGAAACAGTTTGACACCATTGTCACAAACAACAT
TTTTGGTGATATATTATCTGATGAAGCGTCAATGATCACAGGAAGCATTGGCATGCTTCC
CTCTGCCAGTCTTAGTGATTCGGGACCTGGACTCTTTGAACCTATACATGGCTCCGCACC
TGATATTGCTGGACAGGATAAAGCAAACCCGTTGGCAACCATCCTCAGCGCTGCGATGCT
TCTGAAGTACGGACTAGGAGAAGAAAAGGCAGCTAAGAGAATTGAAGACGCGGTGTTGGG
TGCTCTGAACAAAGGATTCAGAACAGGAGACATCTACTCCGCTGGAACTGAACTTGTGGG
GTGCAAGGAGATGGGAGAGGAGGTTCTGA

QA 2 750 2 750
DS 

RD RR3CC65TF 776 0 0
TCTACTTTGGAGTGCCAAGGGGCATTAAGACTAATGAAAATGGTGAGGAAGTTGGGTTTA
ATACCGAGGTCTATGCTGCTCACGAGATTGATAGAATTGCTCGTGTTGCCTTCGAGACTG
CTAGGAAACGGCGTGGCAAGCTGTGTTCTGTTGACAAAGCTAACGTCTTGGATGCCTCGA
TCTTATGGAGGAGGCGAGTAACCGCATTAGCTGCTGAATATCCTGATGTTGAACTGTCAC
ACATGTATGTTGACAATGCTGCCATGCAGCTTGTTCGTGATCCGAAACAGTTTGACACCA
TTGTCACAAACAACATTTTTGGTGATATATTATCTGATGAAGCGTCAATGATCACAGGAA
GCATTGGCATGCTTCCCTCTGCCAGTCTTAGTGATTCGGGACCTGGACTCTTTGAACCTA
TACATGGCTCCGCACCTGATATTGCTGGACAGGATAAAGCAAACCCGTTGGCAACCATCC
TCAGCGCTGCGATGCTTCTGAAGTACGGACTAGGAGAAGAAAAGGCAGCTAAGAGAATTG
AAGACGCGGTGTTGGGTGCTCTGAACAAAGGATTCAGAT*AGGAGACATCTACTCCGCTG
GAACTAAACTTGTGGGGTGCAAG*AGATGGGAGAGGAGGTTCTGAAGTCAGTGGACTCCC
ATGTTCAAGCTTCTGTTTA*TCATCTGTAAA*CTTTGA*GAGA*TTTTCATTATTTTCC*
*ATAATAAGTGCTTGTACGCGA*GAGA*TATCAGTCACATCAGTCACAATGTATGT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3A645JQ 797 0 0
TTTGGAGTGCCAAGGGGCATTAAGACTAATGAAAATGGTGAGGAAGTTGGGTTTAATACC
GAGGTCTATGCTGCTCACGAGATTGATAGAATTGCTCGTGTCGCCTTCGAGACTGCTAGG
AAACGGCGTGGCAAGCTGTGTTCTGTTGACAAAGCTAACGTCTTGGATGCCTCGATCTTA
TGGAGGAGGCGAGTAACCGCATTAGCTGCTGAATATCCTGATGTTAAACTGTCACATATG
TATGTTGACAATGCTGCCATGCAGCTTGTTCGTGATCCGAAACAGTTTGACACCATTGTC
ACAAACAACATTTTTGGTGATATATTATCTGATGAAGCGTCAATGATCACAGGAAGCATT
GGCATGCTTCCCTCTGCCAGTCTTAGTGATTCGGGACCTGGACTCTTTGAACCTATACAT
GGCTCCGCACCTGATATTGCTGGACAGGATAAAGCAAACCCGTTGGCAACCATCCTCAGC
GCTGCGATGCTTCTGAAGTACGGACTAGGAGAAGAAAAGGCAGCTAAGAGAATTGAAGAC
GCGGTGTTGGGTGCTCTGAACAAAGGATTCAGAACAGGAGACATCTACTCCGCTGGAACT
AAACTTGTGGGGTGCAAGTAGATGGGAGAGGAGGTTCTGAAGTCAGTGGACTCCCATGTT
CAAGCTTCTGTTTAATCATCTGTAAAACTTTGAAGAGAATTTTCATTATTTTTCCAATAA
TAAGTGCTTGTACGCGAAGAGAATATCAGTCACATCTGCCACAATGTATGTGTTATTAGC
GGGACGTATTT
GATCGC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3B138JQ 697 0 0
TAGGAAACGGCGTGGCAAGCTGTGTTCTGTTGACAAAGCTAACGTCTTGCATGCCTCGAT
CTTATGGAGGAGGCGAGTAACCGCATTAGCTGCTGAATATCCTGATGTTGAACTGTCACA
TATGTATGTTGACAATGCTGCCATGCAGCTTGTTCGTGATCCGAAACAGTTTGACACCAT
TGTCACAAACAACATTTTTGGTGATATATTATCTGATGAAGCGTCAATGATCACAGGAAG
CATTGGCATGCTTCCCTCTGCCAGTCTTAGTGATTCGGGACCTGGACTCTTTGAACCTAT
ACATGGCTCCGCACCTGATATTGCTGGACAGGATAAAGCAAACCCGTTGGCAACCATCCT
CAGCGCTGCGATGCTTCTGAAGTACGGACTAGGAGAAGAAAAGGCAGCTAAGAGAATTGA
AGACGCGGTGTTGGGTGCTCTGAACAAAGGATTCAGAACAGGAGACATCTACTCCGCTGG
AACTGAACTTGTGGGGTGCAAGGAGATGGGAGAGGAGGTTCTGAAGTCAGTGGACTCCCA
TGTTCAAGCTTCTGTTTAATCATCTGTAAAACTTTGAAGAGAATTTTCATTATTTTTCCA
ATAATAAGTGCTTGTACGCGAAGAGAATATCAGTCACATCAGCCACAATGTATGTGTTAT
TAGCGGGACGTATTTGATCACATTGAAACTTTTGGCC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3EU12JQ 669 0 0
TGGCAAGCTGTGTTCTGTTGACAAAGCTAACGTCTTGGATGCCTCGATCTTATGGAGGAG
GCGAGTAACCGCATTAGCTGCTGAATATCCTGATGCTGAACTGTCACATATGTATGTTGA
CAATGCTGCCATGCAACTTGTTCGTGATCCGAAACAGTTTGACACCATTGTCACAAACAA
CATTTTTGGTGATATATTACCTGATGAAGCTTCAATGATCACAGGAAGCATTGGCATGCT
TCCCTCTGCCAGTCTTAGTGATTCGGGACCTGGACTCTTTGAACCTATACATGGCTCCGC
ACCTGATATTGCTGGACAGGATAAAGCAAACCCGTTGGTAACCATCCTCAGCGCTGCGAT
GCTTCTGAAGTACGGACTAGGAGAAGAAAAGGCAGCTAAGAGAATTGAAGACGCGGTGTT
GGGTGCTCTGAACAAAGGATTCAGAACAGGAGACATCTACTCCGCTGGAACTAAACTTGT
GGGGTGCAAGGAGATGGGAGAGGAGGTTCTGAAGTCAGTGGACTCCCATGTTCAAGCTTC
TGTTTAATCATCTGTAAAACTTTGAAGAGAGTTTTCATTATTTTTCCAATAATAAGTGCT
TGTACGCGAAGAGAATATCAGTCACATCAGCCACAATGTATGTGTTATTAGCGGGACGTA
TTT
GATCAC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 2 9

CO CL411Contig1 747 3 2 U
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GGATCCACTCCATAGACCTCACCGATGCTTCTCGCACTCCCTTCTCCACCTTCAAACTCA
TAAACTTCCCTCACCCGTCAAGAACCCGTCTCCACGTGGTCTCCGCCGCCAAAAACAACT
CCTCCCAAACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGAACCCTCGTCCCGACAACAACCA
AGGAACAGACGGAAGAAAGCAGCAACATCGACAACGCACCACCGTCTCAGAACGAAATCG
CCGACGACAGAGATGAAGATAGGTTTGCGGTGAACACTCGCTTCAGAGGTGATCCGAAAG
ACGCGCCCAAGTTCTTGCTTAAGGATCTTCCTGGGCTTGAATCTGATCCATTCGAAGGTC
CTCAGTGGGATGGTTTAGGTTTCTTCGTTCAGTACTTGTGGGCTTTCGGAATCGTTTTCG
CGTTAATCTCCGATGCAATTGCGGCGGGGACTTATAACGAAGGTGCGACGGACTTCAAGG
AGACGCCAGTTTATAAGGAGGCGATGGAGTCTCGTGACCTTCTAGATGAAGCAGAGGGTT
CGAACTCGGAAGATGTTTTTGAGTCTAATCCGACAGAAGTCGCGCCTACTTTGGAGTAGT
TTCAGTTGTGTTATAAAAAGCCATAGATCATGAGCTTCTTGTGTTCATAATGTTACAGAA
TCAAAGCGAAAAAGCCATTATTAAACG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3BV83TF U 1
AF RR3BG23JQ C 1
AF RR3BG23TF U 1
BS 1 746 RR3BG23TF
BS 747 747 RR3BG23JQ

RD RR3BV83TF 679 0 0
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CGAACTCGGAAGATGTTTTTGAGTCTAATCCGACAGAAGTCGCGCCTACTTTGGAGTAGT
TTCAGTTGTGTTATAAAAA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3BG23JQ 747 0 0
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GGATCCACTCCATAGACCTCACCGATGCTTCTCGCACTCCCTTCTCCACCTTCAAACTCA
TAAACTTCCCTCACCCGTCAAGAACCCGTCTCCACGTGGTTTCCGCCGCCAAAAACAACT
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AGGAACAGACGGAAGAAAGCAGCAACATCGACAACGCACCACCGTCTCAGAACGAAATCG
CCGACGACAGAGATGAAGATAGGTTTGCGGTGAACACTCGCTTCAGAGGTGATCCGAAAG
ACGCGCCCAAGTTCTTGCTTAAGGATCTTCCTGGGCTTGAATCTGATCCATTCGAAGGTC
CTCAGTGGGATGGTTTAGGTTTCTTCGTTCAGTACTTGTGGGCTTTCGGAATCGTTTTCG
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CGAACTCGGAAGATGTTTTTGAGTCTAATCCGACAGAAGTCGCGCCTACTTTGGAGTAGT
TTCAGTTGTGTTATAAAAAGCCATAGATCATGAGCTTCTTGTGTTCATAATGTTACAGAA
TCAAAGCGAAAAAGCCTTTATTAAACG

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3BG23TF 747 0 0
GGATCCACACACACAAAAAAGAAATGACTCTCACCGTGAGCAGCGGTGGCAGAGTCGCTA
GGATCCACTCCATAGACCTCACCGATGCTTCTCGCACTCCCTTCTCCACCTTCAAACTCA
TAAACTTCCCTCACCCGTCAAGAACCCGTCTCCACGTGGTCTCCGCCGCCAAAAACAACT
CCTCCCAAACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGAACCCTCGTCCCGACAACAACCA
AGGAACAGACGGAAGAAAGCAGCAACATCGACAACGCACCACCGTCTCAGAACGAAATCG
CCGACGACAGAGATGAAGATAGGTTTGCGGTGAACACTCGCTTCAGAGGTGATCCGAAAG
ACGCGCCCAAGTTCTTGCTTAAGGATCTTCCTGGGCTTGAATCTGATCCATTCGAAGGTC
CTCAGTGGGATGGTTTAGGTTTCTTCGTTCAGTACTTGTGGGCTTTCGGAATCGTTTTCG
CGTTAATCTCCGATGCAATTGCGGCGGGGACTTATAACGAAGGTGCGACGGACTTCAAGG
AGACGCCAGTTTATAAGGAGGCGATGGAGTCTCGTGACCTTCTAGATGAAGCAGAGGGTT
CGAACTCGGAAGATGTTTTTGAGTCTAATCCGACAGAAGTCGCGCCTACTTTGGAGTAGT
TTCAGTTGTGTTATAAAAAGCCATAGATCATGAGCTTCTTGTGTTCATAATGTTACAGAA
TCAAAGCGAAAAAGCCATTATTAAAC
G

QA 1 746 1 746
DS 



CO CL411Contig2 837 6 13 U
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GCGGTGGCAGAGTCGCTAGGATCCACTCCATAGACCTCACCGATGCTTCTCGCACTCCCT
TCTCCACCTTCAAACTCATAAACTTCCCTCACCCGTCAAGAACCCGTCTCCACGTGGTCT
CCGCCGCCAAAAACAACTCCTCCCAAACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGAACCC
TCGTCCCGACAACAACCAAGGAACAGACGGAAGAAAGCAGCAACATCGACAACACACCAC
CGTCTCAGAACGAAATCGCCGACGACGGAGATGAAGATAGGTTTGCGGTGAACACTCGCT
TCAGAGGTGATCCGAAAGACGCGCCCAAGTTCTTGCTTAAGGATCTTCCTGGGCTTGAAT
CTGATCCATTCGAAGGTCCTCAGTGGGATGGTTTAGGTTTCTTCGTTCAGTACTTGTGGG
CTTTCGGAATCGTTTTCGCGTTAATCTCCGGTGCAATTGCGGCGGGGACGTATAACGAAG
GTGCTACGGATTTCAAGGAGACGCCGGTTTATAAGGAGGCGATGGAGTCTCGTGACCTTC
TGGATGAAGCAGAGGGTTCGAACTCGGAAGATGTTTTTGAGTCTAATCCGACAGAAGTCG
CGCCTAGTTTGGAGTAGTTTCAGTTCACTGTATTGTAAAAGCCATATTCGAAGTTGATCA
TGAGCTTCTTGTGTTCATAATTTTACAGAATCAAAGCAATTATTACACAAGAGGTTGTTT
CCATTGTTCTGTTTTCTTGGTTTCATTTCAATAACTGTAAAAGTTAGAAACATACAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H527TF U 1
AF RR3H527JQ C 334
AF RR3FQ80TF U 19
AF RR3G903TF U 15
AF RR3G903JQ C 57
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BS 77 77 RR3G903TF
BS 78 112 RR3H527TF
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BS 700 760 RR3FQ80TF
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CTGATCCATTCGAAGGTCCTCAGTGGGATGGTTTAGGTTTCTTCGTTCAGTACTTGTGGG
CTTTCGGAATCGTTTTCGCGTTAATCTCCGGTGCAATTGCGGCGGGGACGTATAACGAAG
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CGCCTAGTTTGGAGTAGTTTCAGTTCACTGTATTGTAAA

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TGTAAAAGCCATATTCGAAGTTGAT

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DS 

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GGATCCACTCCATAGACCTCACCGACGCTTCTCGTACTCCCTTCTCCACCTTCAAACTCA
TAAACTTCCCTTACCCGTCAAGAATCCGTCTCCACGTGGTCTCCGCAGCCAAAAACAACT
CCTCCCAAACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGAACCCTCGTCCCGACAACAACCA
AGGAACAGACGGAAGAAAGCAGCAACATCGACAACACACCACCGTCCCAGAACGAAATCG
CCGACGACGGAGATGAAGATAGGTTTGCGGTGAACACTCGCTTCAGAGGTGATCCGAAAG
ACGCGCCCAAGTTCTTGCTTAAGGATCTTCCTGGGCTTGAATCTGATCCATTCGAAGGTC
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CGTTAATCTCCGGTGCAATTGCGGCGGGGACGTATAACGAAGGTGCTACGGATTTCAAGG
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AATTTTACAGAATCAAAGCAAT
ATACACAA

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DS 

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GGACAC
ATCCACACACACAAAAAAGAAATGACTCTCACCGTGAGCAGCGGTGGCAGAGTCGCTAGG
ATCCACTCCATAGACCTCACCGATGCTTCTCGCACTCCCTTCTCCACCTTCAAACTCATA
AACTTCCCTCACCCGTCAAGAACCCGTCTCCACGTGGTCTCCGCCGCCAAAAACAACTCC
TCCCAAACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGAACCCTCGTCCCGACAACAACCAAG
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GACGACGGAGATGAAGATAGGTTTGCGGTGAACACTCGCT*CAGAGGTGATCCGAAAGAC
GCGCCCAAGTTCTTGCTTAAGGATCTTCCTGGGCTTGAATCTGATCCATTCGAAGGTCCT
CAGTGGGATGGTTTAGGTTTCTTCGTTCAGTACTTGTGGGCTTTCGGAATCGTTTTCGCG
TTAATCTCCGGTGCAATTGCGGCGGGGACGTATAACGAAGGTGCTACGGATTTCAAGGAG
ACGCCGGTTTATAAGGAGGCGATGGAGTCTCGTGACCTTCTGGATGAAGCAGAGGGTTCG
AACTCGGAAGATGTTTTTGAGTCTAATCCGACAGAAGTCGCGCCTAGTTTGGAGTAGTTT
CAGTTCACTGTATTGTAAAAGCCATATTCGAAGTTGATCATGAGCTTCTTGTGTTCAT
G

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DS 

RD RR3G903JQ 682 0 0
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CCCTTCTCCACCTTCAAACTCATAAACTTCCCTCACCCGTCAAGAACCCGTCTCCACGTG
GTCTCCGCCGCCAAAAACAACTCCTCCCAAACCGGTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGA
ACCCTCGTCCCGACAACAACCAAGGAACAGACGGAAGAAAGCAGCAACATCGACAACACA
CCACCGTCTCAGAACGAAATCGCCGACGACGGAGATGAAGATAGGTTTGCGGTGAACACT
CGCT*CAGAGGTGATCCGAAAGACGCGCCCAAGTTCTTGCTTAAGGATCTTCCTGGGCTT
GAATCTGATCCATTCGAAGGTCCTCAGTGGGATGGTTTAGGTTTCTTCGTTCAGTACTTG
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ATCATGAGCTTCTTGTGTTCAT

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DS 

RD RR3EH47JQ 603 0 0
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CACCACCGTCTCAGAACGAAATCGCCGACGACGGAGATGAAGATAGGTTTGCGGTGAACA
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TTGAATCTGATCCATTCGAAGGTCCTCAGTGGGATGGTTTAGGTTTCTTCGTTCAGTACT
TGTGGGCTTTCGGAATCGTTTTCGCGTTAATCTCCGGTGCAATTGCGGCGGGGACGTATA
ACGAAGGTGCTACGGATTTCAAGGAGACGCCGGTTTATAAGGAGGCGATGGAGTCTCGTG
ACCTTCTGGATGAAGCAGAGGGTTCGAACTCGGAAGATGTTTTTGAGTCTAATCCGACAG
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TTGTTTCCATTGTTCTGTTTTCTTGGTTTCATTTCAATAACTGTAAAAGTTAGAAACATA
CAG

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 7

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GTCAATTTCATGTACATACGATTAACCATATACTATTTTGAAATCAAATTGATAAAAGTA
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AATGAACAGAATAATCCAAACTCTTTTGTTGCATTATTTCGCAAAAGTTAACTTAGGCTC
CAGCGTAAGGGTTGGCAGGTTTGGGTGTGTTCTTGACGAGACCACACTGGAGGCTTGTCT
CAGGCATGTTGTATTCATCTCTAAGTGATTTCTCTGGAGACAAGATACTAGCGTAAAGCT
GCTGTCCTAAGTAACGTCTCTCGGTGTTCTCAGATCGAATGTTCCACATTCCACAGTTAT
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CCGCGTCCAAAAGGTTGTAGTTCTTTCTCTTCTCTGGGGTCCAAGTCCCTGGCTCAACAG
CAACGGCAAAGAAAGAGTAACCGTCCAAGTGCCAAGACTGAACAGTCTTCTCGTGATTCT
CGAACACCACCTCAACGAAGGTACGGTGAGTGATGTTAAGAACGTTTGGCTCGATCCTGA
TGTTCTTGATCTCTTCTGGGG*TAGGGTTGTCGGTGATGATATTATACTTAAAGACCTTG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 30 45 30 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 25 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3FC61JQ U 37
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RD RR3FN93JQ 521 0 0
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CTATTTTGAAATCAAATTGATAAAAGTAAAAATAATGAAAAAAAAAAAAA*CAGGAAAGT
AAATCGTGCAAATGCCTCTCATTGATCAAATGAACAGAATAATCCAAACTCTTTTGTTGC
ATTATTTCCCAAACGTTAACTTAGGCTCCAGCGTAAGGGTTGGCAGGTTTGGGTGTGTTC
TTGACGAAACCACACTGGAGGCTTGTCTCAGGCATGTTGTATTCATCTCTAAGTGATTTC
TCTGGAAACAAGATACTAGCGTAAAGCTGCTGTCCTAAGTAACGTCTCTCGGTGTTCTCA
AATCGAATGTTCCACATTCCACAGTTATCAAATGTGAGCAAGATTGCTGCCCAACATTTT
GGGTACACTTGGACTGTGTGTCTGCTCACCGCGTCCAAAAGGTTGTAGTTCTTTCTCTTC
TCTGGGGTCCAAGTCCCCGGCTCAACAGCAACGGCAAAGAA

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR3ED14JQ 578 0 0
ATAAGAAGAAAAAATTACTTAAGGGATAATCATATCATATACATGTCAATTTCATGTACA
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AAAAAAACAGGAAAGTAAATCGTGCAAGTGCCTCTCATTGATCAAATGAACAGAATAATC
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TCTCTCGGTGTTCTCAGATCGAATGTTCCGCATTCCACAGTTATCAAATGTGAGCAAGAT
TGCTGCCCAACATTTTGGGTACACTTGGACTGTGTGTCTGCTCACCGCGTCCAAAAGGTT
GTAGTTCTTTCTCTTCTCTGGGGTCCAAGTCCCTGGCTCAACAGCAACGGCAAAGAAAGA
GTAACCGTCCAAGTGCCAAGACTGAACAGTCTTCTCGT

QA 1 578 1 578
DS 

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AAGGGATAATCATATCATATACATGTCAATTTCATGTACATACGATTAACCATATACTAT
TTTGAAATCAAATTGATAAAAGTAAAAATAATGAGAAAAAAAAAA**CAGGAAAGTAAAT
CGTGCAAATGCCTCTCATTGATCAAATGAACAGAATAATCCAAACTCTTTTGTTGCATTA
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ATGATGTTGTACTTAAAGACCTTGTCGGCAATACCAAAGTAC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3H092JQ 798 0 0
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GTCAATTTCATGTACATACGATTAACCATATACTATTTTGAAATCAAATTGATAAAAGTA
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CAGGCATGTTGTATTCATCTCTAAGTGATTTCTCTGGAGACAGGATACTAGCGTAAAGCT
GCTGTCCTAAGTAACGTCTCTCGGTATTCTCAGATCGTATGTTCCACATTCCACAGTTAT
CAAATGTGAGCAAGATTGCTGCCCAACACTTTGGGTAGACTTGGACTGTGTGTCTGCTCA
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TCGGCAATACCAAAGTACTCAGCAAGCTTCAAAGGGGGTTTCGGGCTCTGTGTGGGAGAC
TCCGTTCAATGC
GTACCT

QA 1 792 1 792
DS 

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CTATTT*GAAATCAAATTGATAAAAGTAAAAATAATGAGAAAAAAAAAA**CAGGAAAGT
AAATCGTGCAAATGCCTCTCATTGATCAAATGAACAGAATAATCCAAACTCTTTTGTTGC
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TCTGGAGACAAGATACTAGCGTAAAGCTGCTGTCCTAAGTAACGTCTCTCGGTGTTCTCA
GATCGAATGTTCCACATTCCACAGTTATCAAATGTGAGCAAGATTGCTGCCCAACATTTT
GGGTACACTTGGACTGTGTGTCTGCTCACCGCGTCCAAGAGGTTGTAGTTCTTTCTCTTC
TCTGGGGTCCAAGTCCCCGGCTCAACAGCAACGGCAAAGAAAGAGTAACCGTCCAAGTGC
CAAGACTGAACAGTCTTCTCGTGATTCTCGAACACCACCTCAACGAAGGTACGGTGAGTG
ATGTTAAGAACGTTTGGCTCGATCCTGATGTTCTTGATCTATTCTGGGG*TAGGGTTATC
GGTGATGATGTTGTACTTAAAGACCTTGTCGGCAATACCAAAGTACTCAGCAAGCTTCAA
AGGGG*TTTCGGGCTCTGTGTGGGAGACTCCGTTCAATGC
C

QA 1 760 1 760
DS 

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TACGATTAACCATATACTATTTTGAAATCGAATTGATAAAAGTAAAAATAATGAGAAAAA
AAAAAA*CAGGAAAGTAAATCGTGCAAATGCCCCTCATCGATCAAATGAACAGAATAATC
CAAACTCTTTTGTTGCATTATTTCGCAAAAGTTAACTTAGGCTCCAGCGTAAGGGTTGGC
AGGTTTAGGTGTGTTTTTGACGAGACCACACTGGAGGCTTGTCTCAGGCATGTTGTATTC
ATCTCTAAGTGATTTCTCTGGAGACAGGATACTAGCGTAAAGCTGCTGTCCTAAGTAACG
TCTCTCGGTATTCTCAGATCGAATGTTCCACATTCCACAGTTATCAAATGTGAGCAAGAT
TGCTGCCCAACACTTTGGGTAGACTTGGACTGTGTGTCTGCTCACCGCGTCCAAAAGGTT
GTAGTTCTTTCTCTTCTCTGGGGTCCAAGTCCCTGGCTCAACAGCAACGGCGAAGAAAGA
GTAACCGTCCAAGTGCCAAGACTGAACAGTCTTCTCATGATTCTCGAACACCACCTCAAC
GAAGGTACGGTGAGTGATGTTAAGAACGTTTGGCTCGATCCTGATGTTCTTGATCTCTTC
TGGGG*TAGGGTTGTCGGTGATGATATTATACTTAAAGACCTTGTCGGCAATACCAAAGT
ACTCAGCAAGCTTCAAAGGGGTTTT***GCTCTGTGTGGGAGACTCCGTTCAATGCGTAC
CTAAGCTTACCATCGATCTTGCCCTGAGTGTTCACGAGCTTGATTGTGCGTGTGA

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR3H092TF 712 0 0
CGCAAAAGTTAACTTAGGCTCCAGCGTAAGGGTTGGCAGGTTTAGGTGTGTT*TTGACGA
GACCACACTGGAGGCTTGTCTCAGGCATGTTGTATTCATCTCTAAGTGATTTCTCTGGAG
ACAGGATACTAGCGTAAAGCTGCTGTCCTAAGTAACGTCTCTCGGTATTCTCAGATCGTA
TGTTCCACATTCCACAGTTATCAAATGTGAGCAAGATTGCTGCCCAACACTTTGGGTAGA
CTTGGACTGTGTGTCTGCTCACCGCGTCCAAGAGGTTGTAGTTCTTTCTCTTCTCTGGGG
TCCAAGTCCCTGGCTCAACAGCAACGGCGAAGAAAGAGTAACCGTCCAAGTGCCAAGACT
GAACAGTCTCCTCGTGATTCTCGAACACCACCTCAACGAAGGTACGGTGAGTGATGTTAA
GAACGTTTGGCTCGATCCTGATGTTCTTGATCTCTTCTGGGG*TAGGGTTGTCGGTGATG
ATATTATACTTAAAGACCTTGTCGGCAATACCAAAGTACTCAGCAAGCTTCAAAGGGG*T
TTCGGGCTCTGTGTGGGAGACTCCGTTCAATGCGTACCTAAGCTTACCATCGATCTTGCC
CTGAGTGTTCACGAGCTTGATTGTGCGTGTGATGTTGATCTTTCCATAATGGTAAGATCC
CTGAGGGTTAGGCCTAGCTGCACTAGCGGTCAAATTCCACCTGAATGATCGC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 8

CO CL413Contig1 825 8 17 U
AGGATCGCTCCAAATAAAAATAAAAATAGTTGAAGATGGCTCTAGAAGTCTGCGTGAAAG
CCGCCGTTGGTGCCCCTGATGTTCTCGGCGACTGCCCTTTCAGCCAACGGGTTCTTCTCA
CCCTCGAGGAGAAGCATCTGCCCTACAAAATGCATCTCATTAACGTCTCCGACAAACCTC
AATGGTTCTTAGCCATTAGTCCTGAAGGCAAAGTACCAGTGCTCAAGAACGACGACAAGT
GGGTGCCTGATTCCGACGTCATCACCGGCATTCTCGAGGAGAAGTACCCCGAGCCATCTC
TCAAAACCCCTCCCGAGTTAGCCTCTGTCGGATCCAAAATCTTCGGCACTTTCGTCGCTT
TCTTGAAAAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGAGAAGGCCTTGCTCGATGAGCTTGAAG
CTCTCGAGAATCACCTCAAGACTCATGACGGTCCTTTCATCGCGGGTGGGAAAGCCACAG
CGGTGGATCTTAGCTTAGCACCGAAGCTTTACCATCTCAAAGTCGCTCTCGGACACTACA
AAAGCTGGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCACATGTTCATGGCTACATGAATGCTTTGTTCT
CTCTTGACTCCTTTGAGAAAACAAAGACCGAGGAGAAGTATGTGATCGCTGGATGGGAAC
ACAAGGTCAACCCCTGAAAACTACTACTAGTTGTTCCATGTGTTGTTGTGTGATGATGAT
GTGGTTCAAGGTCTATCTTCTCTTATCAGTAAAATAATGTGCTTGGACCTGTTTATGTTG
TTGTTATTGTGTATCAAATCAAATAATAAGCCTCGTTTTTGAATT


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO71TF U 1
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AF RR3BA27JQ C 2
AF RR3BA27TF U 2
AF RR3GH93JQ C 96
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QA 1 584 1 584
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CA

QA 1 662 1 662
DS 

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AGGCCTTGCTCGATGAGCTTGAAGCTCTCGAGAATCACCTCAAGACTCATGACGGTCCTT
TCATCGCGGGTGGGAAAGCCACAGCGGTGGATCTTAGCTTAGCACCGAAGCTTTACCATC
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ATGTGCTTGGACC

QA 1 673 1 673
DS 

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CCTCGAGGAGAAGCATCTGCCCTACAAAATGCATCTCATTAACGTCTCCGACAAACCTCA
ATGGTTCTTAGCCATTAGTCCTGAAGGCAAAGTACCAGTGCTCAAGAACGACGACAAGTG
GGTGCCTGATTCCGACGTCATCACCGGCATTCTCGAGGAGAAGTACCCCGAGCCATCTCT
CAAAACCCCTCCCGAGTTAGCCTCTGTCGGATCCAAAATCTTCGGCACTTTCGTCGCTTT
CTTGAAAAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGAGAAGGCCTTGCTCGATGAGCTTGAAGC
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AAGCTGGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCACATGTTCATGGCTACATGAATGCTTTGTTCTC
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TGTTATTGTGTATCAAATCAAATAATA

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3BA27TF 806 0 0
GGATCGCTCCAAATAAAAATAAAAATAGTTGAAGATGGCTCTAGAAGTCTGCGTGAAAGC
CGCCGTTGGTGCCCCTGATGTTCTCGGCGACTGCCCTTTCAGCCAACGGGTTCTTCTCAC
CCTCGAGGAGAAGCATCTGCCCTACAAAATGCATCTCATTAACGTCTCCGACAAACCTCA
ATGGTTCTTAGCCATTAGTCCTGAAGGCAAAGTACCAGTGCTCAAGAACGACGACAAGTG
GGTGCCTGATTCCGACGTCATCACCGGCATTCTCGAGGAGAAGTACCCCGAGCCATCTCT
CAAAACCCCTCCCGAGTTAGCCTCTGTCGGATCCAAAATCTTCGGCACTTTCGTCGCTTT
CTTGAAAAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGAGAAGGCCTTGCTCGATGAGCTTGAAGC
TCTCGAGAATCACCTCAAGACTCATGACGGTCCTTTCATCGCGGGTGGGAAAGCCACAGC
GGTGGATCTTAGCTTAGCACCGAAGCTTTACCATCTCAAAGTCGCTCTCGGACACTACAA
AAGCTGGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCACATGTTCATGGCTACATGAATGCTTTGTTCTC
TCTTGACTCCTTTGAGAAAACAAAGACCGAGGAGAAGTATGTGATCGCTGGATGGGAACA
CAAGGTCAACCCCTGAAAACTACTACTAGTTGTTCCATGTGTTGTTGTGTGATGATGATG
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TGTTATTGTGTATCAAATCAA
TAATA

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3GH93JQ 730 0 0
CCTTTCAGCCAACGGGTTCTTCTCACCCTCGAGGAGAAGCATCTGCCCTACAAAATGCAT
CTCATTAACGTCTCCGACAAACCTCAATGGTTCTTAGCCATTAGTCCTGAAGGCAAAGTA
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GAGGAGAAGTACCCCGAGCCATCTCTCAAAACCCCTCCCGAGTTAGCCTCTGTCGGATCC
AAAATCTTCGGCACTTTCGTCGCTTTCTTGAAAAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGAG
AAGGCCTTGCTCGATGAGCTTGAAGCTCTCGAGAATCACCTCAAGACTCATGACGGTCCT
TTCATCGCGGGTGGGAAAGCCACAGCGGTGGATCTTAGCTTAGCACCGAAGCTTTACCAT
CTCAAAGTCGCTCTCGGACACTACAAAAGCTGGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCACATGTT
CATGGCTACATGGATGCTTTGCTCTCTCTTGACTCCTTTGAGAAAACAAAGACCGAGGAG
AAGTATGTGATCGCTGGATGGGAACACAAGGTCAACCCCTGAAAACTACTACTAGTTGTT
CCATGTGTTGTTGTGTGATGATGATGTGGTTCAAGGTCTATCTTCTCTTATCAGTAAAAT
AATGTGCTTGGACCTGTTTATGTTGTTGTTATTGTGTATCAAATCAAATAATAAGCCTCG
TTT
TTGAATT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3FV92JQ 711 0 0
TTCTCACCCTCGAGGAGAAGCATCTGCCCTACAAAATGCATCTCATTAACGTCTCCGACA
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ACAAGTGGGTGCCTGATTCCGACGTCATCACCGGCATTCTCGAGGAGAAGTACCCCGAGC
CATCTCTCAAAACCCCTCCCGAGTTAGCCTCTGTCGGATCCAAAATTTTCGGCACTTTCG
TCGCTTTCTTGAAAAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGAGAAGGCCTTGCTCGATGAGC
TTGAAGCTCTCGAGAATCACCTCAAGACTCATGACGGTCCTTTCATCGCGGGTGGGAAAG
CCACAGCGGTGGATCTTAGCTTAGCACCGAAGCTTTACCATCTCAAAGTCGCTCTCGGAC
ACTACAAAAGCTGGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCACATGTTCATGGCTACATGAATGCTT
TGTTCTCTCTTGACTCCTTTGAGAAAACAAAGACCGAGGAGAAGTATGTGATCGCTGGAT
GGGAACACAAGGTCAACCCCTGAAAACTACTACTAGTTGTTCCATGTGTTGTTGTGTGAT
GATGATGTGGTTCAAGGTCTATCTTCTCTTATCAGTAAAATAATGTGCTTGGACCTGTTT
ATGTTGTTGTTATTGTGTATCAAATCAAATAATAAGCCTCGTTT
TTGAATT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3FO71JQ 666 0 0
TTAACGTCTCCGACAAACCTCAATGGTTCTTAGCCATTAGTCCTGAAGGCAAAGTACCAG
TGCGCAAGAACGACGACAAGTGGGTGCCTGATTCCGACGTCATCACCGGCATTCTCGAGG
AGAAGTACCCCGAGCCATCTCTCAAAACCCCTCCCGAGTTAGCCTCTGTCGGATCCAAAA
TTTTCGGCACTTTCGTCGCTTTCTTGAAAAGCAAAGACTCCAGCGACGGATCCGAGAAGG
CCTTGTTCGATGAGCTTGAAGCTCTCGAGAATCACCTCAAGACTCATGACGGTCCTTTCA
TCGCGGGTGGGAAAGCCACAGCGGTGGATCTTAGCTTAGCACCGAAGCTTTACCATCTCA
AAGTCGCTTTCGGACACTACAAAAGCTGGTCTGTCCCCGAGAGCTTGCCACATGTTCATG
GCTACATGAATGCTTTGTTCTCTCTTGACTCCTTTGAGAAAACAAAGACCGAGGAGAAGT
ATGTGATCGCTGGATGGGAACACAAGGTCAACCCCTGAAAACTACCACTAGTTGTTCCAT
GTGTTGTTGTGTGATGATGATGTGGTTCAAGGTCTATCTTCTCTTATCAGTAAAATAATG
TGCTTGGACCTGTTTATGTTGTTGTTATTGTGTATCAAATCAAATAATAAGCCTCGTTTT
TGAATT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 2 8

CO CL414Contig1 898 6 13 U
AATATCCAAATCAAACATGTGAGAGAATCGCAACGCGCAACTCTCTCTTCTTTAAATTCC
ACAAAAAAACCAATCAAACTCCCCCAAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGA
AAGAAAGATGGAGCCATTGGTGGAAGACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCC
GTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGGAGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAG
AGGGAGAGATGTGATCGTGGCCGTTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTG
GGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCCTCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAG
TGTTAAGAACGATGTTGTGTACGAGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGA
GGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGAAGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAA
AGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGATATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGG
CCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGCTACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTG
CAAATCCGCTCCTGTCATTATCGTTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAG
TTGGACAAAATCTGGAGATCCTAAACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACC
TTTT*ATCTTTCTCATTGTAGTTGCAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAA
GTAATTGTCTTTTGCTATTCTTCTTCC****CTCTGTGTGTATGTGTTTTGTAGTCTCAA
GTTTTGTGTATAAAAAAAAATAACATTTGTTATGAGTATGCAATGGTGTTGTGATGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG89TF U 1
AF RR3H396TF U 84
AF RR3GN39TF U 86
AF RR3H968TF U 137
AF RR3H968JQ C 153
AF RR3H396JQ C 189
BS 1 648 RR3FG89TF
BS 649 649 RR3H396TF
BS 650 669 RR3FG89TF
BS 670 670 RR3H396TF
BS 671 691 RR3FG89TF
BS 692 692 RR3H396TF
BS 693 752 RR3FG89TF
BS 753 757 RR3H396TF
BS 758 785 RR3GN39TF
BS 786 786 RR3H968TF
BS 787 798 RR3GN39TF
BS 799 847 RR3H968TF
BS 848 898 RR3H968JQ

RD RR3FG89TF 752 0 0
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ACAAAAAAACCAATCAAACTCCCCCAAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGA
AAGAAAGATGGAGCCATTGGTGGAAGACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCC
GTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGGAGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAG
AGGGAGAGATGTGATCGTGGCCGTTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTG
GGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCCTCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAG
TGTTAAGAACGATGTTGTGTACGAGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGA
GGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGAAGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAA
AGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGATATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGG
CCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGCTACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTG
CAAATCCGCTCCTGTCATTATCGTTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGA*TCGATTGTCAG
TTGGACAAA*TCTGGAGATCCTAAACCCTGA*GAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACC
TTTT*ATCTTTCTCATTGTAGTTGCAGTCCTT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3H396TF 674 0 0
GG
AAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATTGGTGGAA
GACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGGAG
CCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATCGTGGCCGTT
GATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCCTC
GCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGTACGAG
ACGAGCCAAGCACTGATGGACAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGAAG
AGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGATA
TTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGCTA
CAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTCCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATTATCGTT
CCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGATCCTAAA
CCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACCTTTT*ATCTTTCTCATTGTAGTTGC
AGTCCTTGTTTC

QA 3 674 3 674
DS 

RD RR3GN39TF 724 0 0
AAATCGAAAAACCCATTAATCTGAAAATCCGGGGAAAGAAAGATGGAGCCATTGGTGGAA
GACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTGCCGGAG
CCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATCGTGGCCGTT
GATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCCTC
GCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGTACGAG
ACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGAAG
AGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGATA
TTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGCTA
CAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATTATCGTT
CCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAAAATCTGGAGATCCTAAA
CCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACCTTTT*ATCTTTCTCATTGTAGTTGC
AGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAAT*GTCTTTTGCTAT
CTCTCTCCTCT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3H968TF 712 0 0
TTGA
TGGAAGACGAAGAGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTAC
CGGAGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATCGTGG
CCGTAGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCC
GCCTCGCCGATACCCTTCACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGT
ACGAGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGTTGCCATGG
TGAAGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAG
AGATATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTG
TGCTTCAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATCA
TCGTTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTAAATTGGACAAAATCAGGAGATC
CTAAACCCTGAAGAAAAAAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACCTTTTTATCTTTCTCATTGTA
GTTGCAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGTCTTTTGCTATTC
TTCTTCC****CTCTGTGTGTATGTGTTTTGTAGTCTCAAGTTTTGT
G

QA 5 711 5 711
DS 

RD RR3H968JQ 746 0 0
AGTACAGCTTCAGGGAAGTGGTGTTGCCGTCGCTGATCCCGGTCGTACCGGAGCCGGAGC
TAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAGATGTGATCGTGGCCGTAGATCATG
GTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCGTTCATTTCTGCCGCCTCGCCGATA
CCCTTCACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGAACGATGTTGTGTACGAGACGAGCC
AAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTCAAGTTGCCATGGTGAAGAGTGTGG
CTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCTGCAAGGAAGCAGAGATATTGAAGC
CTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCTTAGTGAGGAGTGTGCTTCAAGGGA
GTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCCGCTCCTGTCATCATCGTTCCTGGGA
AAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTAAATTGGACAAAATCAGGAGATCCTAAACCCTGAA
GAAAAAAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACCTTTTTATCTTTCTCATTGTAGTTGCAGTCCTT
GTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGTCTTTTGCTATTCTTCTTCC****C
TCTGTGTGTATGTGTTTTGTAGTCTCAAGTTTTGTGTATAAAAAAAAATAACATTTGTTA
TGAGTATGCAATGGTGTTGTGATGTT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3H396JQ 689 0 0
TCCCGGTCGTGCCGGAGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGGGAGAG
ATGTGATCGTGGCCGTTGATCATGGTCCCAACAGCAAACACGCCTTTGATTGGGCTCTCG
TTCATTTCTGCCGCCTCGCCGATACCCTACACCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAGA
ACGATGTTGTGTACGAGACGAGCCAAGCACTGATGGACAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTTC
AAGTTGCCATGGTGAAGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATCT
GCAAGGAAGCAGAGATATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGCT
TAGTGAGGAGTGTGCTACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTCCCATAATTGCAAATCCG
CTCCTGTCATTATCGTTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACAA
AATCTGGAGATCCTAAACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACCTTTT*ATC
TTTCTCATTGTAGTTGCAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGT
CTTTTGCTATTCTTCTTCTTCTTCTCTGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTTGTT
TATAAAAAATAA*AACATTTGTTATG
TGT

QA 1 686 1 686
DS 



CO CL414Contig2 629 2 3 U
GCTGATCCCGGTCGTGCCGGAGCCGGAGCTAGAGAGGGAGAACGGAGAGAGGAGAAGAGG
GAGAGATGTGATCGTGGCCGTTGATCATGGTCCCTCGTCCACGCCGTCTCAAGTGTTAAG
AACGATGTTGTGTACGAGACGAGCCAAGCACTGATGGAGAAGCTCGCTGTTGAGGCCTTT
CAAGTTGCCATGGTGAAGAGTGTGGCTCGTGTTGTTGAAGGGGACGCTGGTAAAGTAATC
TGCAAGGAAGCAGAGATATTGAAGCCTGCGGCTGTCATTATGGGTACCCGAGGCCGGGGC
TTAGTGAGGAGTGTGCTACAAGGGAGTGTAAGCGAGTATTGTTTCCATAATTGCAAATCC
GCTCCTGTCATTATCGTTCCTGGGAAAGAAGCTGGAGACGAATCGATTGTCAGTTGGACA
AAATCTGGAGATCCTAAACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACCTTTTATC
TTTCTCATTGTAGTTGCAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATTGT
CTTTTGCTATTCTTCTTCTTCTCTGTGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTTGTTT
ATAAAAAATAAAACATTTGTTATGTGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3G621JQ C 1
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CTTTTGCTATTCTTCTTCTTCTCTGTGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTTGTTT
ATAAAAAATAAAACATTTGTTATGTGTAC

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DS 

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CAAAATCTGGAGATCCTAAACCCTGAAGAAAATAGCTCTCCAGTCTCTTTGTACCTTTTA
TCTTTCTCATTGTAGTTGCAGTCCTTGTTTCAGAATGTGTTGTAGAACCTTCAAGTAATT
GTCTTTTGCTATTCTTCTTCTTCTCTGTGTGTGTATGTGTTTTGTAGTTTCAAGTTTTGT
TTATAAAAAATAAAACATTTGTTATG
TGT

QA 1 326 1 326
DS 



AS 2 9

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ACAGAACACGCGACCCAGAGTTTTGTGAAACCCAACACGGAAGGTAAACAGATTCAATAA
AAGAAAGGGAATGGAATTTAAAGACGAAACCATCACTTCACATTAACATTAAATACGAAC
TTCGGTTTTCTTCTTTTAAGTCGCCGATTTCGAGGAATCTCCGGCGTCAAGTTTCACGGC
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GTTTCCGAGCTTCCTCAACCCTCTTGCTCTAGTTCGAAGAACATCTTTTGAAACACTTGG
ATCTTTAAGCACCGCTTGGCAGACACGAGATAAGGTTGATTCGATGTCAAGCACGTTGAT
TTGCCAAAGTGACTGAAGCATTGCATCTTTTTTAGCTTCAATCGCCTTCTGAATATGCTC
CTCTTTGTTCTCTCCCTGGTTCAGCTTGCTCACTTCGTCCTGCAACACCAGTAACGAAAC
CGCACCAGAAGCAGCCATGACTTGAGATTTGATGAGGTGGCCTTTGTCACGCACCCATTC
AGCTAAGAAGGGTACTTTCATGAGACGTTTGTCCTTCCCGAGTTCTTTCGCAGCTTTTCT
AGTGTAAATGTAACCCACAGTGTGCAGCATTGCTTCCCCAAAACCAGCAGTTGAGAGTCG
CCTTGCCTCAGCGGTAGCCCAATTCACAAAATCATCGGTTCGTCCTTCCACGAATGGTTC
GAGTTTGTTCTTCTCGGGATCGCTAAGAACCTGGTAAGCTTCACCTAGTGTCTGAAAGTT
TTTAGCAGCTTGAGGATCATTAGGGTTCTTGTCTGGATGGACTTGCCTTGCTTTGATATA
ATAAGCTTTCTTAATGTCAGCAGCAGAGGCATCAGTCTTGACGCCTAAGACGTCGTAATA
CTCACTCTCCTTCACCATATCCCCCGTCACTAAAGTGTTGGTGTGGAGCACAAAAGCCAG
AAGGAGATTATTGGATTGTTTCAGATTTGGTAAGTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ77JQ U 20
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AF RR3BM91JQ U 1
AF RR3GJ64JQ U 29
AF RR3BT52JQ U 20
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C
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GTTTCCGAGCTTCCTCAACCCTCTTGCTCTAGTTCGAAGAACATCTTTTGAAACACTTGG
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CGCACCAGAAGCAGCCATGACTTGAGATTTGATGAGGTGGCCTTTGTCACGCACCCATTC
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CCTTGCCTCAGCGGTAGCC*AATTCACAAAATCATCGGTTCGTC
TTCCA

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DS 

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CTAGAGTATGGTTTCTTAGAACCCTGGAAAATGTTTCCGAGCTTCCTCAACCCTCTTGCT
CTAGTTCAAAGAACATCTTTTGAAACACTTGGATCTTTAAGCACCGCTTGGCAGACACGA
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A
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TTTTGTGAAACCCAACACGGAAGGTAAACAGATTCAATAAAAGAAAGGGAATGGAATTTA
AAGACGAAACCATCACTTCACATTAACATTAAATACGAACTTCGGTTTTCTTCTTTTAAG
TCGCCGATTTCGAGGAATCTCCGGCGTCAAGTTTCACGGCGGAATTTTCGTGGCGCAAGC
TATTTTCCCTAGAGTATGGTTTCTTAAAACCCTGGAAAATGTTTCCGAGCTTCCTCAACC
CTCTTGCTCTAGTTCGAAAAACATCTTTTGAAACACTTGGATCTTTAAGCACCGCTTGGC
AAACACGAAATAAGGTTGATTCGATGTCAAGCACGTTGATTTGCCAAAGTGACTGAAGCA
TTGCATCTTTTTTTGCTTCAATCGCCTTCTGAATATGCTCCTCTTTGTTCTCTCCCTGGT
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CTTGAGATTTGATGAGGTGGCCTTTGTCACGCACCCATTCAGCTAAAAAGGGTACTTTCA
TGAGACGTTTGTCCTTCCCGAGTTCTTTCGCAGCTTTTCTAGTGTAAATGTAACCCACAG
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AATTCACAAAATCA

QA 2 735 2 735
DS 

RD RR3GJ64TF 728 0 0
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CCCGAGTTCTTTCGCAGCTTTTCTAGTGTAAATGTAACCCACAGTGTGCAGCATTGCTTC
CCCAAAACCAGCAGTTGAGAGTCGCCTTGCCTCAGCGGTAGCCCAATTCACAAAATCATC
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AGCTTCACCTAGTGTCTGAAAGTTTTTAGCAGCTTGAGGATCATTAGGGTTCTTGTCTGG
ATGGACTTGCCTTGCTTTGATATAATAAGCTTTCTTAATGTCAGCAGCAGAGGCATCAGT
CTTGACGCCTAAGACGTCGTAATACTCACTCTCCTTCACCATATCCCCCGTCACTAAAGT
GTTGGTGTGGAGCACAAAAGCCAGAAGGAGATTATTGGATTGTTTCAGATTTGGTAAGTC
C

QA 8 728 8 728
DS 



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AACACTTTAGTTTGACGGGGGATATGGTGAAGGAGAGTGAGTATTACGACGTCTTAGGCG
TCAAGACTGATGCCTCTGCTGCTGACATTAAGAAAGCTTATTATATCAAAGCAAGGCAAG
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AAGCTTACCAGGTTCTTAGCGATCCCGAGAAGCGAACTGCTTATGATAAATTTGGCAAAG
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CTGAAGTAGAATCCCATGAGCCTGAGATTAGGAAAAAGTTGCTCCAAGACAAGATCAAAG
CGATGCAAAAAGAAAGGGAAGACAAGCTTGTCACTACGCTGAAGAACAAACTCGAACCAT
TCGTGGAAGGACGAACCGATGATTTTGTGAATTGGGCTACCGCTGAGGCAAGGCGACTCT
CAACTGCTGGTTTTGGGGAAGCAATGCTGCACACTGTGGGTTACATTTACACTAGAAAAG
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GCGTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3H639TF U 1
AF RR3EJ77TF U 10
AF RR3BT52TF U 10
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GG
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GG
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TTGACGGGAGATATGGTGAAGGAGAGTGAGTATTACGACGTCTTAGGCGTCAAGACTGAT
GCCTCTGCTGCTGACATTAAGAAAGCTTATTATATCAAAGCAAGGCAAGTCCATCCAGAC
AAGAACCCTAATGATCCTCAAGCTGCTAAAAACTTTCAGACACTAGGTGAAGCTTACCAG
GTTCTTAGCGATCCCGAGAAGCGAACTGCTTATGATAAATTTGGCAAAGACGGCGTTCAA
CAGGATGCAATGGTTGATCCTGCAGCTGTGTTTGGAATGCTCTTTGGCAGCGAGTTGTTT
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TCCCATGAGCCTGAGATTAGGAAAAAGTTGCTCCAAGACAAGATCAAAGCGATGCAAAAA
GAAAGGGAAGACAAGCTTGTCACTACGCTGAAGAACAAACTCGAACCATTCGTGGAAGGA
CGAACCGATGATTTTGTGAATTGGGCTACCGCTGAGGCAAGGCGACTCTCAACTGCTGGT
TTTGGGGAAGCA*TGCTGCACACTGTGGGTTACATTTACACTAGAAAAGCTGCGAAAGAA
CTCGGGA*GGACAAACGTCTCATGAAAGTACCCTCTTAGCTGAATGGGTGCGTGA

QA 3 717 3 717
DS 



AS 1 9

CO CL416Contig1 991 9 17 U
GGAACCCATTTTCTCATTTTCTATAAATAACGTCATGGCTCGCAGTTGAAGACCACGCGC
TTTACTGTTTTTTCTTCTCACTTTCCGCAAGATTGTTCTGTTCTTGAAACAGTTCCACGA
TGAGTGAAGAGGTCAATAAGCTTCAGAAGCCAACTCCACGTTTAAACGAGAGGATCCTCT
CATCTTTATCTAAGAGATCGGTTGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAAATCGGACCTG
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AACTTGACAAAAAGACAGGACTAATCAAGGTTGATAGGATCCTTTATTCATCAGTTGTGT
ATCCTCATAACTACGGCTTTATTCCCCGCACATTATGCGAAGACAATGATCCGTTGGATG
TGCTAGTCATCATGCAGGAGCCTGTACTTCCAGGCTGTTTTCTGCGCGCCCGAGCTATTG
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ATGATCCGGAGTATAAGCATTACACTGACATCAAAGAACTTCCTCCTCATCGTCTCACTG
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AGTACATTCTTCACACCTTGAGAAGATAAGGGAAGGGCCATTCCTGCCAAAAGAAAGAGA
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ACTTTAAAGCTTGTTTTGACTTTAAAGCTTTTTTGTTGTTGTTTTCTTCTGGGGATCTTT
TGTCTGAAGATTAAATCCCAGTTGAGTTTTTTTTT*CTCTTATTTGTATTGGATCTTTTT
ATCCTTTTAAAGTTTCGATTTCGTTCCAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3AV46TF U 352
AF RR3AV46JQ C 404
AF RR3DN48TF U 68
AF RR3D552TF U 1
AF RR3BY22TF U 68
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AF RR3D552JQ C 146
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AF RR3DN48JQ C 245
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CAT
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CTATTGGATTAATGCCCATGATTGAT

QA 4 149 4 149
DS 

RD RR3AV46JQ 202 0 0
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TCCTCATCGTCCCAATGAAATC

QA 1 202 1 202
DS 

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DS 

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CATCTTTATCTAAGAGATCGGTTGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAAATCGGACCTG
GAGCTCCAGTGATTTTCAATGTGGTTGTTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCAAATATG
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AAATCCGGCGACTCTTTGAAGATTACAAGAAGAATGAGAACAAG*AAGTTGCTGTAAATG
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AGTACATTCTT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3BY22TF 679 0 0
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CAAAAAGACAGGACTAATCAAGGTTGATAGGATCCTTTATTCATCAGTTGTGTATCCTCA
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CATCATGCAGGAGCCTGTACTTCCAGGCTGTTTTCTGCGCGCCCGAGCTATTGGATTAAT
GCCCATGATTGATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCCGTATGTGTTGATGATCC
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GCGATTCTTTGAAGATTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTGTAAATGACTTTCT
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TCTTCACACCTTGAGAAGA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3FR14TF 679 0 0
TTTTTTCTTCTCACTTTCCGCAAGATTGTTCTGTTCTCGAAACAGTTCCACGATGAGTGA
AGAGGTCAATAAGCTTCAGAAGCCAACTCCACGTTTAAACGAGAGGATCCTCTCATCTTT
ATCTAAGAGATCGGTTGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAAATCGGACCTGGAGCTCC
AGTGATTTTCAATGTGGTTGTTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCAAATATGAACTTGA
CAAAAAGACAGGACTAATCAAGGTTGATAGGATCCTTTATTCATCAGTTGTGTATCCTCA
TAACTACGGCTTTATTCCCCGCACATTATGCGAAGACAATGATCCGTTGGATGTGCTAGT
CATCATGCAGGAGCATGTACTTCCAGGCTGTTTTCTGCGCGCCCGAGCTATTGGATTAAT
GCCCATGATTGATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCCGTATGTGTTGATGATCC
GGAGTATAAGCATTACGCTGACATCAAAGAACTTCCTCCTCATCGTCTCACTGAAATCCG
GCGATTCTTTGAAGATTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTGTAAATGACTTTCT
ACCGAATGGTCCTGCTGTTGAAGCCATTCAGTACTCAATGGACCTTTACGCTGAGTACAT
TCTTCACACCTTGAGA
GAT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3D552JQ 846 0 0
GAAGCCAACTCCACGTTTAA*CGAGAGGATCCTCTCATCTT*ATCTAAGAGATCGGTTGC
TGCTCATCCATGGCATGATCTTGAAATCGGACCTGGAGCTCCAGTGATTTTCAATGTGGT
TGTTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCAAATATGAACTTGACAAAAAGACAGGACTAAT
CAAGGTTGATAGGATCCTTTATTCATCAGTTGTGTATCCTCATAACTACGGCTTTATTCC
CCGCACATTATGCGAAGACAATGATCCGTTGGATGTGCTAGTCATCATGCAGGAGCCTGT
ACTTCCAGGCTGTTTTCTGCGCGCCCGAGCTATTGGATTAATGCCCATGATTGATCAGGG
AGAAAAAGATGACAAGATCATTGCCGTATGTGTTGATGATCCGGAGTATAAGCATTACAC
TGACATCAAAGAACTTCCTCCTCATCGTCTCACTGAAATCCGGCGACTCTTTGAAGATTA
CAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTGTAAATGACTTTCTACCGAATGGTCCTGCTGT
TGAAGCCATTCAGTACTCAATGGACCTTTACGCTGAGTACATTCTTCACACCTTGAGAAG
ATAAGGGAAGGGCCATTCCTGCCAAAAGAAAGAGAGAATTTGTCTGATTGAATTTTGAAT
AAAGCACGTGTTCATGAAACGGTTTTGATGTTTTGACTTTAAAGCTTGTTTTGACTTTAA
AGCTTTTTTGTTGTTGTTTTCTTCTGGGGATCTTTTGTCTGAAGATTAAATCCCAGTTGA
GTTTTTTTT**CTCTTATTTGTATTGGATCTTTTTATCCTTTTAAAGTTTCGATTTCGTT
CCAACG

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR3BY22JQ 617 0 0
CTACGGCTTTATTCCCCGCACATTATGCGAAGACAATGATCCGTTGGATGTGCTAGTCAT
CATGCAGGAGCCTGTACTTCCAGGCTGTTTTCTGCGCGCCCGAGCTATTGGATTAATGCC
CATGATTGATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCCGTATGTGTTGATGATCCGGA
GTATAAGCATTACACTGACATCAAAGAACTTCCTCCTCATCGTCTCACTGAAATCCGGCG
ATTCTTTGAAGATTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTGTAAATGACTTTCTACC
GAATGGTCCTGCTGTTGAAGCCATTCAGTACTCAATGGACCTTTACGCTGAGTACATTCT
TCACACCTTGAGAAGATAAGGGAAAGGCCATTCCTGCCAAAAGAAAGAGAGAATTTGTCT
GATTGAATTTTGAATAAAGCACGTGTTCATGAAACTGTTCTGATGTTTTGACTTTAAAGC
TTGTTTTGACTTTAAAGCTTTTTTGTTGTTGTTTTCTTCTGGGGATCTTTTGTCTGAAGA
TTAAATCCCAGTTGAGTTTTTTTTT*CTCTTATTTGTATTGGATCTTTTTATCCTTTTAA
AGTTTCGATTTCGTTCC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3DN48JQ 743 0 0
TCCAGTGATTTTCAATGTGGTTGTTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCAAATATGAACT
TGACAAAAAGACAGGACTAATCAAGGTTGATAGGATCCTTTATTCATCAGTTGTGTATCC
TCATAACTACGGCTTTATTCCCCGCACATTATGCGAAGACAATGATCCGTTGGATGTGCT
AGTCATCATGCAGGAGCCTGTACTTCCAGGCTGTTTTCTGCGCGCCCGAGCTATTGGATT
AATGCCCATGATTGATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCCGTATGTGTTGATGA
TCCGGAGTATAAGCATTACACTGACATCAAAGAACTTCCTCCTCATCGTCTCACTGAAAT
CCGGCGATTCTTTGAAGATTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTGTAAATGACTT
TCTACCGAATGGTCCTGCTGTTGAAGCCATTCAGTACTCAATGGACCTTTACGCTGAGTA
CACTCTTCACACCTTGAGAAGATAAGGGAAGGGCCATTCCTGCCAAAAGAAAGAGAGAAT
TTGTCTGATTGAATTTTGAATAAAGCACGTGTTCATGAAACTGTTCTGATGTTTTGACTT
TAAAGCTTGTTTTGACTTTAAAGCTTTTTTGTTGTTGTTTTCTTCTGGGGATCTTTTGTC
TGAAGATTAAATCCCAGTTGAGTTTTTTTTTTCTCTTATTTGTATTGGATCTTTTTATCC
TTTTAAAGTTTCGATTTCGTTCC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 8

CO CL417Contig1 1116 8 32 U
GATATCACATTTTAAGAAGCCAAACACTCTATTATTTGTCAAAGAAGCGGTAGCCTCCTA
CTTATTCTACGATAAAATGGACATTAACTTATTTTGTTAACTATGCATACTCCTTTTTCC
GTTTACATCTAAAAACTGCGTAGAGTGATGACCACATCTTATTCTTCATCTAAGGTTTGT
TTGATGGACTTCCAGTAGAGCTTCCGGAGTTGGGACCCTTAGAGCCTCCAGTTTCAGTTC
CAGTAGAAGCAGTGTTCGTGGTATCTTCGGATTCATTGTCTGTATCCTCAGAGGGAGTTC
CAGCTCCAGAGTTTGAACCAGCTTCTGGTTTGTTTGAGGGAGTTCCAGCTCCAGGGTTTG
AACCAGCTTCTGGTTTGTTTGATGGACTTCCTGTAGAGCTTCCGGCATTAGGACCCGAAG
AGCCTCCAGTGGTAGATTCAGAGCTTCCAGTGGTAGTTTCAGAGCTTTCGCTGGTTGTTG
TGCTAACTACCATAGTGTTTGTGATCTTAACAATCGTAGTCTGCCACTTCAAGATCCCAT
CTTTGATTTCTTTCAGCTGTTCAGCTGTTAGTGCCGTGGTTGCTTTCTCTTCTTTCTTGC
GGCCACCCAAAATTCTACCAGCCAAGGATTTCATAAACTTAAAGGTTTCGATAGCTTCCT
GTTTCTCCTCTTGAATTTCCCTCTTTATCTTTCCAATAGCAAAAGAGGCGATGGTTTTGA
GGATGCCTGCTTCTTTGGCCTTCATGTCGGCATCATCTTTTTTGCCAAATATTTTTAGTG
GGCAAACATACTTGGCAAATCCTCTGAGTTTGTCGAAGAACGCTTTGAATTTGCTTGTTT
TAGGACATTCTTTCTCGAGGTCCCCCACAAATACCATCACTACTTGAACAGTGTATTCTT
CCACATCACCCACTGTCTTCGGATCTTCAATCTGAGGCAAAGATGGCTTTAGCTTCAGAA
AAGCTGAAGCCACGTCAAAAAGGGTTACAAATGCAAATAGAAGGGCCAAGCATAACAATA
GATGAACTCTTGCCATTATTCTTTTCTTTTTGATTTTTTTATAAGGAAATTATATATATT
TTTTTTTT**GTGAGGAATGAATTGGATGATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 20 35 35 35 35 15 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH67JQ U 1
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AF RR3CC58JQ U 12
AF RR3BC22JQ U 14
AF RR3CC58TF C 355
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AF RR3H376TF C 419
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BS 1 43 RR3GH67JQ
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BS 45 142 RR3GH67JQ
BS 143 143 RR3CC58JQ
BS 144 197 RR3GH67JQ
BS 198 198 RR3CC58JQ
BS 199 221 RR3GH67JQ
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BS 247 395 RR3GH67JQ
BS 396 396 RR3CC58JQ
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BS 420 420 RR3CC58JQ
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BS 430 430 RR3CC58JQ
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BS 559 680 RR3GH67JQ
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BS 682 691 RR3GH67JQ
BS 692 762 RR3CC58JQ
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BS 799 816 RR3BC22JQ
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BS 982 1087 RR3BC22TF
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BS 1109 1116 RR3EK12TF

RD RR3GH67JQ 691 0 0
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CTTATTCTACGATAAAATGGACATTAACTTATTTTGTTAACTATGCATACTCCTTTTTCC
GTTTACATCTAAAAACTGCGTAAAGTGATGACCACATCTTATTCTTCATCTAAGGTTTGT
TTGATGGACTTCCAGTAAAGCTTCCGGAGTTGGGACCCTTAAAGCCTCCAGTTTCAGTTC
CAGTAAAAGCAGTGTTCGTGGTATCTTCGGATTCATTGTCTGTATCCTCAGAGGGAGTTC
CAGCTCCAGAGTTTGAACCAGCTTCTGGTTTGTTTGAGGGAGTTCCAGCTCCAGGGTTTG
AACCAGCTTCTGGTTTGTTTGATGGACTTCCTGTAAAGCTTCCGGCATTAGGACCCGAAA
AGCCTCCAGCGGTAGATTCAGAGCTTCCAGTGGTAGTTTCAGAGCTTTCGCTGGTTGTTG
TGCTAACTACCATAGTGTTTGTGATCTTAACAATCGTAGTCTGCCACTTCAAGATCCCAT
CTTTGATTTCTTTCAGCCGTTCAGCTGTTAGTGCCGTGGTTGCTTTCTCTTCTTTCTTGC
GGCCACCCAAAATTCTACCAGCCAAGGATTTCATAAACTTAAAGGTTTCGATAGCTTCCT
GTTTCTCCTCTTGAATTTCCTTCTTTATCTT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3EK12JQ 696 0 0
AAGAAGCCAAACACTCTATTATTTGTCAAAGAAGCGGTAGCCTCCTACTTATTCTACGAT
AAAATGGACATTAACTTATTTTGTTAACTATGCATACTCCTTTTTCCGTTTACATCTAAA
AACTGCGTAGAGTGATGACCACATCTTATTCTTCATCTAAGGTTTGTTTGATGGACTTCC
AGTTGAGCTTCCGGAGTTGGGACCCTTAGAGCCTCCAGTTTCAGTTCCAGTAGAAGCAGT
GTTCGTGGTATCTTCGGATTCATTGTCTGTATCCTCAGAGGGAGTTCCAGCTCCAGAGTT
TGAACCAGCTTCTGGTTTGTTTGAGGGAGTCCCAGCTCCAGGGTTTGAACCAGCTTCTGG
TTTGTTTGATGGACTTCCTGTAGAGCTTCCGGCATTAGGACCCGAAGAGCCTCCAGTGGT
AGATTCAGAGCTTCCAGTGGTAGTTTCAGAGCTTTCGCTGGTTGTTGTGCTAACTACCAT
AGTGTTTGTGATCTTAACAATCGTAGTCTGCCACTTCAAGATCCCATCTTTGATTTCTTT
CAGCTGTTCAGCTGTTAGTGCCGTGGTTGCTTTCTCTTCTTTCTTGCGGCCACCCAAAAT
TCTACCAGCCAAGGATTTCATAAACTTAAAGGTTTCGATAGCTTCCTGTTTCTCCTCTTG
AATTTCCCTCTTTATCTTTCCAATAGCAAAAGAGGC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3CC58JQ 789 0 0
CT
AAGAAGCCAAACACTCTACTATTTGTCAAAGAAGCGGTAGCCTCCTACTTATTCTACGAT
AAAATGGACATTAACTTATTTTGTTAACTATGCATACTCCTTTTTCCGTTTACATCTAAA
AACTGCGTAGAGTGATGACCACATCTTATTCTTCATCTAAGGTTTGTTTGATGGACTTCC
AGTAGAGCTTCCGGAGTTGGGACCCTTAGAGCCTCCAGTTTCAGTTCCAGTAGAAGCAGT
GTTCGTGGTATCTTCGGATTCATTGTCTGTATCCTCAGAGGGAGTTCCAGCTCCAGAGTT
TGAACCAGCTTCTGGTTTGTTTGAGGGAGTTCCAGCTCCAGGGTTTGAACCAGCTTCTGG
TTTGTTTGATGGACTTCCTGTAGAGCTTCCGGCATTAGGACCCGAAGAGCCTCCAGTGGT
AGATTCAGAGCTTCCAGTGGTAGTTTCAGAGCTTTCGCTGGTTGTTGTGCTAACTACCAT
AGTGTTTGTGATCTTAACAATCGTAGTCTGCCACTTCAAGATCCCATCTTTGATTTCTTT
CAGCTGTTCAGCTGTTAGTGCCGTGGTTGCTTTCTCTTCTTTCTTGCGGCCACCCAAAAT
TCTACCAGCCAAGGATTTCATAAACTTAAAGGTTTCGATAGCTTCCTGTTTCTCCTCTTG
AATTTCCCTCTTTATCTTTCCAATAGCAAAAGAGGCGATGGTTTTGAGGATGCCTGCTTC
TTTGGCCTTCATGTCGGCATCATCTTTTT*GCCAAATATTTTTAGTGGGCAA*CATACTT
GGCAA
TC

QA 3 787 3 787
DS 

RD RR3BC22JQ 803 0 0
AAGAAGCCAAACACTCTATTATTTGTCAAAGAAGCGGTAGCCTCCTACTTATTCTACGAT
AAAATGGACATTAACTTATTTTGTTAACTATGCATACTCCTTTTTCCGTTTACATCAAAA
AACTGCGTAGAGTGATGACCACATCTTGTTCTTCATCTAAGGTTTGTTTGATGGACTTCC
AGTAGAGCTTCCGGAGTTGGGACCCTTAGAGCCTCCAGTTTTAGTTCCAGTAGAAGCAGT
GTTCGTGGTATCTTCGGATTCATTGTCTGTATCCTCAGAGGGAGTTCCAGCTCCAGAGTT
TGAACCAGCTTCTGGTTTGTTTGAGGGAGTTCCAGCTCCAGGGTTTGAACCAGCTTCTGG
TTTGTTTGATGGACTTCCTGTAGAGCTTCCGGCATTAGGACCCGAAGAGCCTCCAGTGGT
AGATTCAGAGCTTCCAGTGGTAGTTTCAGAGCTTTCGCTGGTTGTTGTGCTAACTACCAT
AGTGTTTGTGATCTTAACAATCGTAGTCTGCCACTTCAGGATCCCATCTTTGATTTCTTT
CAGCTGTTCAGCTGTTAGTGCCGTGGTTGCTTTCTCTTCTTTCTTGCGGCCACCCAAAAT
TCTACCAGCCAAGGATTTCATAAACTTAAAGGTTTCGATAGCTTCCTGTTTCTCCTCTTG
AATTTCCCTCTTTATCTTTCCAATAGCAAAAGAGGCGATGGTTTTGAGGATGCCTGCTTC
TTTGGCCTTCATGTCGGCATCATCTTTTTTGCCAAATATTTTTAGTGGGCAAACATACTT
GGCAAATCCTCTGAGTTTGTCGA

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3CC58TF 627 0 0
GGG
TTGAACCAGCTTCTGGTTTGTT*GATGGACTTC*TGTAGAGCT*CCGGCATTAGGACCCG
AAGAGCCTCCAGTGGTAGATTCAGAGCTTCCAGTGGTAGTTTCAGAGCTTTCGCTGGTTG
TTGTGCTAACTACCATAGTGTTTGTGATCTTAACAATCGTAGTCTGCCACTTCAAGATCC
CATCTTTGATTTCTTTCAGCTGTTCAGCTGTTAGTGCCGTGGTTGCTTTCTCTTCTTTCT
TGCGGCCACCCAAAATTCTACCAGCCAAGGATTTCATAAACTTAAAGGTTTCGATAGCTT
CCTGTTTCTCCTCTTGAATTTCCCTCTTTATCTTTCCAATAGCAAAAGAGGCGATGGTTT
TGAGGATGCCTGCTTCTTTGGCCTTCATGTCGGCATCATCTTTTTTGCCAAATATTTTTA
GTGGGCAAACATACTTGGCAAATCCTCTGAGTTTGTCGAAGAACGCTTTGAATTTGCTTG
TTTTAGGACATTCTTTCTCGAGGTCCCCCACAAATACCATCACTACTTGAACAGTGTATT
CTTCCACATCACCCACTGTCTTCGGATCTTCAATCTGAGGCAAAGATGGCTTTAGCTTCA
GAAAAGCTGAAGCCACGTCAAAAA

QA 4 627 4 627
DS 

RD RR3BC22TF 706 0 0
GCATTAGGACCCGAAGAGCCTCCAGTGGTAGATTCAGAGCTTCCAGTGGTAGTTTCAGAG
CTTTCGCTGGTTGTTGTGCTAACTACCATAGTGTTTGTGATCTTAACAATCGTAGTCTGC
CACTTCAGGATCCCATCTTTGATTTCTTTCAGCTGTTCAGCTGTTAGTGCCGTGGTTGCT
TTCTCTTCTTTCTTGCGGCCACCCAAAATTCTACCAGCCAAGGATTTCATAAACTTAAAG
GTTTCGATAGCTTCCTGTTTCTCCTCTTGAATTTCCCTCTTTATCTTTCCAATAGCAAAA
GAGGCGATGGTTTTGAGGATGCCTGCTTCTTTGGCCTTCATGTCGGCATCATCTTTTTTG
CCAAATATTTTTAGTGGGCAAACATACTTGGCAAATCCTCTGAGTTTGTCGAAGAACGCT
TTGAATTTGCTTGTTTTAGGACATTCTTTCTCGAGGTCACCCACAAATACCATCACTACT
TGAACAGTGTATTCTTCCACATCACCCACTGTCTTCGGATCTTTAATCTGAGGCAAAGAT
GGCTTTAGCTTCAGAAAAGCTGAAGCCACGTCAAAAAGGGTTACAAATGCAAATAGAAGG
GCCAAGCATAACAATAGATGAACTCTTGCCATTATTCTTTTCTTTTTGATTTTTTTATAA
GGAAATTATATATATTTTTTTTT***GTGAGGAATGAATTGGAT
CC

QA 1 704 1 704
DS 

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TGTGCTAACTCCCATAGTGTTTGTGATCTTAACAATCGTAGTCTGCCACTTCAAGATCCC
ATCTTTGATTTCTTTCAGCTGTTCAGCTGTTAGTGCCGTGGTTGCTTTCTCTTCTTTCTT
GCGGCCACCCAAAATTCTACCAGCCAAGGATTTCATAAACTTAAAGGTTTCGATAGCTTC
CTGTTTCTCCTCTTGAATTTCCCTCTTTATCTTTCCAATAGCAAAAGAGGCGATGGTTTT
GAGGATGCCTGCTTCTTTGGCCTTCATGTCGGCATCATCTTTTTTGCCAAATATTTTTAG
TGGGCAAACATACTTGGCAAATACTCTGAGTTTGTCGAAGAACGCTTTGAATTTGCTTGT
TTTAGGACATTCTTTCTCGAGGTCCCCCACAAATACCATCACTACTTGAACAGTGTATTC
TTCCACATCACCCACTGTCTTCGGATCTTCAATCTGAGGCAAAGATGGCTTTAGCTTCAG
AAAAGCTGAAGCCACGTCAAAAAGGGTTACAAATGCAAATAGAAGGGCCAAGCATAACAA
TAGATGAACTCTTGCCATTATTCTTTTCTTTTTGATTTTTTTATAAGGAAATTATATATA
TTTTTTTTTTTTGTGAGGAATGAATTGGAT
GATTTTCC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3EK12TF 689 0 0
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TACCATAGTGTTTGTGATCTTAACAATCGTAGTCTGCCACTTCAAGATCCCATCTTTGAT
TTCTTTCAGCTGTTCAGCTGTTAGTGCCGTGGTTGCTTTCTCTTCTTTCTTGCGGCCACC
CAAAATTCTACCAGCCAAGGATTTCATAAACTTAAAGGTTTCGATAGCTTCCTGTTTCTC
CTCTTGAATTTCCCTCTTTATCTTTCCAATAGCAAAAGAGGCGATGGTTTTGAGGATGCC
TGCTTCTTTGGCCTTCATGTCGGCATCATCTTTTTTGCCAAATATTTTTAGTGGGCAAAC
ATACTTGGCAAATCCTCTGAGTTTGTCGAAGAACGCTTTGAATTTGCTTGTTTTAGGACA
TTCTTTCTCGAGGTCCCCCACAAATACCATCACTACTTGAACAGTGTATTCTTCCACATC
ACCCACTGTCTTCGGATCTTCAATCTGAGGCAAAGATGGCTTTAGCTTCAGAAAAGCTGA
AGCCACGTCAAAAAGGGTTACAAATGCAAATAGAAGGGCCAAGCATAACAATAGATGAAC
TCTTGCCATTATTCTTTTCTTTTTGATTTTTTTATAAGGAAATTATATATATTTTTTTTT
T**GTGAGGAATGAATTGGATGATTTTCC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 2 8

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TCCGCGGATCTGAATCATCAATTTTGTCTGAAATCCGAAAGAAGGAACAACCATGGGTTT
GGTCGGAGAAACAGTAGACTCAATAAAATCAATCAAGATCCGTCAGCTTCTCACTCAGGC
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GACTGGCACTGAGTCTCCAGTAGTGGTTGTTCTCTCGGGAAGCATGGAACCTGGCTTCAA
GAGAGGGGATATATTGTTCTTGACCATGACCAAAGAGCCCATTAGAACAGGCGAGATTGT
TGTTTTTAATGTTGATGGTCGTGACATTCCCATCGTCCATCGTGCCATCAAAGTTCATGA
GAGGGGAAACACTGGACATGTTGATGTTCTAACAAAAGGTGACAACAATGACGTGGATGA
CATTGGTCTCTATGCTGATGGACAGTTTTGGCTTCATCGGCACCATATAATGGGCAGAGC
TGTTGGGTTTTTGCCTTATGTTGGATGGGTGACTATTATCATGTCAGAGAAGCCTATCAT
CAAGTATATACTCATTGGTGCATTGGGTTTGCTCGTTATAACATCCAAAGACTGAGACAA
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AGTCATGTCAACGTATATGATATTATAATTGAACTACAGATTCTTACAAGCCAGATTTTA
TACTTTATACAATTTTTTGCCTTAAAGTCAGCAATGTTTTCGTGACAATTTCTTTAACAG
CATTGTCTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A222TF U 1
AF RR3A222JQ C 32
BS 1 781 RR3A222TF
BS 782 850 RR3A222JQ

RD RR3A222TF 781 0 0
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T

QA 1 781 1 781
DS 

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CTTCATCGGCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGGGTTTTTGCCTTATGTTGGATGGGTG
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AAGTGGCTTCTGCAACTGCAACTCTCATTAGTCATGTCAACGTATATGATATTATAATTG
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QA 1 819 1 819
DS 



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TGTTTTTGCACATGACCAAAGAGCCTATTCGAGCAGGCGAGATTGTTGTTTTCAATGTTG
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CTTATGTTGGATGGGTGACTATTATCATGTCAGAGAAGCCTATCATCAAGTATATACTCA
TTGGTGCATTGGGTTTGCTCGTTATAACATCCAAAGACTGAGACAAACATACAAATAAGC
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TCAGATTTTATAATTGAACTACAGATTCTTACAAGCCAGATTTTATAATTTATACAATTT
TTTGCCTTAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3EO65TF U 4
AF RR3ED08TF U 1
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AF RR3CZ07TF U 61
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TGTCTGGAAATCGAAAGAAGGAACAACCATGGGTTTGGTCGGAGAAACAGTAGACTCAAT
CAAATCAATCAAGATCCGTCAGCTTCTCACGCAGGCCGTCACGCTCGGTATGATCGTGAC
G
CAGC

QA 8 188 8 188
DS 

RD RR3ED08TF 670 0 0
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ATCATCATTTTGTCTGGAAATCGAAAGAAGGAACAACCATGGGTTTGGTCGGAGAAACAG
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CTCCAGTAGTCGTTGTTCTCTCGGGAAGCATGGAACCTGGCTTCAAGAGAGGGGATATAT
TGTTTTTGCACATGACCAAAGAGCCTATTCGAGCAGGCGAGATTGTTGTTTTCAATGTTG
ATGGTCGTGACATTCCCATTGTCCATCGTGCCATCAAAGTTCATGAGAGGGGAAACACTG
GACATGTTGATGTTCTAACAAAAGGTGACAACAATGACGTGGATGACATTGGTCTCTATG
CTGATGGACAGTTTTGGCTTCACAGGCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGGGTTTTTGC
CTTATGTTGGATGGGTGACTATTATCATGTCAGAGAAGCCTATCATCAAGTATATACTCA
TTGGTGCATTGGGTTTGCTCGTTATAACATCCAAAGACTGAGACAAACATACAAATAAGC
ATGTCTGTGG

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3CT59TF 546 0 0
CTCAATCAAATCAATCAAGATCCGTCAGCTTCTCACGCAGGCCGTCACGCTCGGTATGAT
CGTGACGTCAGCGTTGATAATATGGAAGGCGTTGATGTGTGTGACTGGCACTGAGTCTCC
AGTAGTCGTTGTTCTCTCGGGAAGCATGGAACCTGGCTTCAAGAGAGGGGATATATTGTT
TTTGCACATGACCAAAGAGCCTATTCGAGCAGGCGAGATTGTTGTTTTCAATGTTGATGG
TCGTGACATTCCCATTGTCCATCGTGCCATCAAAGTTCATGAGAGGGGAAACACTGGACA
TGTTGATGTTCTAACAAAAGGTGACAACAATGACGTGGATGACATTGGTCTCTATGCTGA
TGGACAGTTTTGGCTTCACAGGCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGGGTTTTTGCCTTA
TGTTGGATGGGTGACTATTATCATGTCAGAGAAGCCTATCATCAAGTATATACTCATTGG
TGCATTGGGTTTGCTCGTTATAACATCCAAAGACTGAGACAAACATACAAATAAGCATGT
CTGTGG

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3CZ07TF 691 0 0
AT
CATCATTTTGTCTGGAAATCGAAAGAAGGAACAACCATGGGTTTGGTCGGAGAAACAGTA
GACTCAATCAAATCAATCAAGATCCGTCAGCTTCTCACGCAGGCCGTCACGCTCGGCATG
ATCGTGACGTCAGCGTTGATAATATGGAAGGCGTTGATGTGTGTGACTGGCACTGAGTCT
CCAGTAGTCGTTGTTCTCTCGGGAAGCATGGAACCTGGCTTCAAGAGAGGGGATATATTG
TTTTTGCACATGACCAAAGAGCCTATTCGAGCAGGCGAGATTGTTGTTTTCAATGTTGAT
GGTCGTGACATTCTCATTGTCCATCGTGCCATCAAAGTTCATGAGAGGGGAAACACTGGA
CATGTTGATGTTCTAACAAAAGGTGACAACAATGACGTGGATGACATTGGTCTCTATGCT
GATGGACAGTTTTGGCTTCACAGGCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGGGTTTTTGCCT
TATGTTGGATGGGTGACTATTATCATGTCAGAGAAGCCTATCATCAAGTATATACTCATT
GGTGCATTGGGTTTGCTCGTTATAACATCCAAAGACTGAGACAAACATACAAATAAGCAT
GTCTGTGGTCAGGGGAGTGGCTTCTGCAACTGCAACCCTTATTAGTCATGTCAACGTATC
AGATTTTATA
TTGACTACAGATTCTACAG

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR3CG87JQ 732 0 0
GG
ATCATTTTGTCTGGAAATCGAAAGAAGGAACAACCATGGGTTTGGTCGGAGAAACAGTAG
ACTCAATCAAATCAATCAAGATCCGTCAGCTTCTCACGCAGGCCGTCACGCTCGGTATGA
TCGTGACGTCAGCGTTGATAATATGGAAGGCGTTGATGTGTGTGACTGGCACTGAGTCTC
CAGTAGTCGTTGTTCTCTCGGGAAGCATGGAACCTGGCTTCAAGAGAGGGGATATATTGT
TTTTGCACATGACCAAAGAGCCTATTCGAGCAGGCGAGATTGTTGTTTTCAATGTTGATG
GTCGTGACATTCCCATTGTCCATCGTGCCATCAAAGTTCATGAGAGGGGAAACACTGGAC
ATGTTGATGTTCTAACAAAAGGTGACAACAATGACGTGGATGACATTGGTCTCTATGCTG
ATGGACAGTTTTGGCTTCACAGGCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGGGTTTTTGCCTT
ATGTTGGATGGGTGACTATTATCATGTCAGAGAAGCCTATCATCAAGTATATACTCATTG
GTGCATTGGGTTTGCTCGTTATAACATCCAAAGACTGAGACAAACATACAAATAAGCATG
TCTGTGGTCAGGGGAGTGGCTTCTGCAACTGCAACCCTTATTAGTCATGTCAACGTATCA
GATTTTATAATTGAACTACAGATTCTTACAAGCCAGATTTTATAATTTATACAATTTTTT
GCCTTAAGCC

QA 3 732 3 732
DS 

RD RR3CZ07JQ 717 0 0
GAAATCGAAAGAAGGAACAACCATGGGTTTGGTCGGAGAAACAGTAGACTCAATCAAATC
AATCAAGATCCGTCAGCTTCTCACGCAGGCCGTCACGCTCGGCATGATCGTGACGTCAGC
GTTGATAATATGGAAGGCGTTGATGTGTGTGACTGGCACTGAGTCTCCAGTAGTCGTTGT
TCTCTCGGGAAGCATGGAACCTGGCTTCAAGAGAGGGGATATATTGTTTTTGCACATGAC
CAAAGAGCCTATTCGAGCAGGCGAGATTGTTGTTTTCAATGTTGATGGTCGTGACATTCT
CATTGTCCATCGTGCCATCAAAGTTCATGAGAGGGGAAACACTGGACATGTTGATGTTCT
AACAAAAGGTGACAACAATGACGTGGATGACATTGGTCTCTATGCTGATGGACAGTTTTG
GCTTCACAGGCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGGGTTTTTGCCTTATGTTGGATGGGT
GACTATTATCATGTCAGAGAAGCCTATCATCAAGTATATACTCATTGGTGCATTGGGTTT
GCTCGTTATAACATCCAAAGACTGAGACAAACATACAAATAAGCATGTCTGTGGTCAGGG
GAGTGGCTTCTGCAACTGCAACCCTTATTAGTCATGTCAACGTATCAGATTTTATAATTG
AACTACAGATTCTTACAAGCCAGATTTTATAATTTATACAATTTTTTGCCTTAA
GTC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 2 10

CO CL419Contig1 838 8 10 U
GGGGACACCAAGCTAATTTATTCTCAGTTAAACTAAAACAGATTATAAAACACAAAATAA
AAT*GGCGGGCCGTGACATCTTCCAGCTGCGTTTCGT*GGCTGTCGCGGTATCCGTCGCC
GTATTGACCTTCCTCGCCTCCAGCCAAGTCACAGAAG*GGTCACGTATGATGAACCTCTG
CTCGCACACCGCGTATCCATCCCTATGCCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAACCCAAG
ACGTGCCACGCACCGAACCATTCAGGCTTTGGAAGCTAAGACAAAAGTGGCTTTAGCTGA
AGCGGCTAGGTACAAAGACGGTAACCAAGCGATCGCAACGTGTTACGCGACGTTTAGCGA
TGCAGTTTATAATCTTGCGAACGCAAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGGGAT
GAACACGTTTTTGACTGCGGCTGTGTCTGATTACGGTGTATGTGTTGAAGGGTTTATTGA
CGCGAACCAAGTTAATACGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATTAGCAGCAA
CTGCTTGTCGTTGTCTACATTGGTTTAGATGATCGAGTACAAATTACCATTTTTTAATTT
TTTCTCAAAACAAACAAAAAACTAATTAATTTCGTCTAAATGAATAAGAAGGAAAAAAAT
TCTTGAATAATTAAAAATGTTTTTTCTTATGTTGCAACTTTTGTTTTGAGGGGGAGATGT
TTGCTGGATCATCATTTGTCATGTAAAACGCCACTGGGTGCTATTAATTATACTTGGTTT
CTTGTAAATTAATTGCTGATAGAATTCTTTTTCTTATGGTAATTTAAAAATTTTCAAC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3FM54TF U 3
AF RR3G979TF U 3
AF RR3BB48TF U 1
AF RR3BH05JQ C 41
AF RR3BH05TF U 1
AF RR3BB48JQ C 28
AF RR3FM54JQ C 197
AF RR3G979JQ C 42
BS 1 150 RR3BB48TF
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BS 152 286 RR3BB48TF
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BS 288 413 RR3BB48TF
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BS 415 746 RR3BB48TF
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RD RR3FM54TF 618 0 0
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TAGGCGGGCCGTGACATCTTCCAGCTGCGTTTCGTAGGCTGTCGCGGTATCCGTCGCCGT
ATTGACCTTCCTCGCCTCCAGCCAAGTCACAGAAGAGGTCACGTATGATGAACCTCTGCT
CGCACACCGCGTATCCATCCCTATGCCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAACCCAAGAC
GTGCCACGCACCGAACCATTCAGGCTTTGGAAGCTAAGACAAAAGTGGCTTTAGCTGAAG
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ACACGTTTTTGACTGCGGCTGTGTCTGATTACGGTGTAGGTGTTGAAGGGTTTATTGACG
CGAACCAAGTTAATACGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATTAGCAGCAACT
GCTTGTCGTTGTCTACATTGGTTTAGATGATCGAGTACAAATTACCATTTTTTAATTTTT
TCTCAAAACAAACAAAAA

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3G979TF 635 0 0
GGACACCAAGCTAATTTATTCTCAGTTAAACTAAAACAGATTATAAAACACAAAATAAAA
T*GGCGGGCCGTGACATCTTCCAGCTGCGTTTCGT*GGCTGTCGCGGTATCCGTCGCCGT
ATTGACCTTCCTCGCCTCCAGCCAAGTCACAGAAG*GGTCACGTATGATGAACCTCTGCT
CGCACACCGCGTATCCATCCCTATGCCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAACCCAAGAC
GTGCCACGCACCGAACCATTCAGGCTTTGGAAGCTAAGACAAAAGTGGCTTTAGCTGAAG
CGGCTAGGTACAAAGACGGTAACCAAGCGATCGCAACGTGTTACGCGACGTTTAGCGATG
CAGTTTATAATCTTGCGAACGCAAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGGGATGA
ACACGTTTTTGACTGCGGCTGTGTCTGATTACGGT*TATGTGTTGAAGGGTTTATTGACG
CGAACCAAGTTAATACGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATTAGCAGCAACT
GCTTGTCGTTGTCTACATTGGTTTAGATGATCGAGTACAAATTACCATTTTTTAATTTTT
TCTCAAAACAAACAAAAAACTAATTAATTTCGTCT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3BB48TF 821 0 0
GGGGACACCAAGCTAATTTATTCTCAGTTAAACTAAAACAGATTATAAAACACAAAATAA
AAT*GGCGGGCCGTGACATCTTCCAGCTGCGTTTCGT*GGCTGTCGCGGTATCCGTCGCC
GTATTGACCTTCCTCGCCTCCAGCCAAGTCTCAGAAG*GGTCACGTATGATGAACCTCTG
CTCGCACACCGCGTATCCATCCCTATGCCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAACCCAAG
ACGTGCCACGCACCGAACCATTCAGGCTTTGGAAGCTAAGACAAAAATGGCTTTAGCTGA
AGCGGCTAGGTACAAAGACGGTAACCAAGCGATCGCAACGTGTTACGCGACGTTTAGCGA
TGCAGTTTATAATCTTGCGAACGCAAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGACGGGGAT
GAACACGTTTTTGACTGCGGCTGTGTCTGATTACGGTGTATGTGTTGAAGGGTTTATTGA
CGCGAACCAAGTTAATACGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATTAGCAGCAA
CTGCTTGTCGTTGTCTACATTGGTTTAGATGATCGAGTACAAATTACCATTTTTTAATTT
TTTCTCAAAACAAACAAAAAACTAATTAATTTCGTCTAAATGAATAAGAAGGAAAAAAAT
TCTTGAATAATTAAAAATGTTTTTTCTTATGTTGCAACTTTTGTTTTGAGGGGGAGATGT
TTGCTGGATCATCATTTGTCATGTAAGACGCCACTGGGTGCTATTAATTATACTTGGTTT
CTTGTAAATTAATTGCTGATAGAATTCTTTTTCTTATGGTA

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR3BH05JQ 773 0 0
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CTGTCGCGGTATCCGTCGCCGTATTGACCTTCCTCGCCTCCAGCCAAGTCACAGAAG*GG
TCACGTATGATGAACCTCTGCCCGCACACCGCGTATCCATCCCTATGCCAACCTTTGATT
AAACGTATCACGAACCCAAGACGTGCCACGCACCGAACCATTC****TTTGGAAGCTAAG
ACAAAAGTGGCTTTAGCTGAAGCGGCTAGGTACAAAGACGGTAACCAAGCGATCGCAACG
TGTTACGCGACGTTTAGCGATGCAGTTTATAATCTTGCGAACGCAAGGAAGAGTATAAGG
AAACGTGATGTGATGGGGATGAACACGTTTTTGACTGCGGCTGTGTCTGATTACGGTGTA
TGTGTTGAAGGGTTTATTGACGCGAACCAAGTTAATACGGTTCAGAATGTAGCGGTTGAC
CTGAGAAAAATTAGCAGCAACTGCTTGTCGTTGTCTACATTGGTTTAGATGATCGAGTAC
AAATTACCATTTTTTAATTTTTTCTCAAAACAAACAAAAAACTAATTAATTTCGTCTAAA
TGAATAAGAAGGAAAAAAATTCTTGAATAATTAAAAATGTTTTTTCTTATGTTGCAACTT
TTGTTTTGAGGGGGAGATGTTTGCTGGATCATCATTTGTCATGTAAAACGCCACTGGGTG
CTATTAATTATACTTGGTTTCTTGTAAATTAATTGCTGATAGAATTCTTTTTC

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3BH05TF 813 0 0
GGCTACTA
CAAGCTAATTTATTCTCAGTTAAACTAAAACAGATTATAAAACACAAAATAAAAT*GGCG
GGCCGTGACATCTTCCAGCTGCGTTTCGT*GGCTGTCGCGGTATCCGTCGCCGTATTGAC
CTTCCTCGCCTCCAGCCAAGTCACAGAAG*GGTCACGTATGATGAACCTCTGCCCGCACA
CCGCGTATCCATCCCTATGCCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAACCCAAGACGTGCCA
CGCACCGAACCATTC****TTTGGAAGCTAAGACAAAAGTGGCTTTAGCTGAAGCGGCTA
GGTACAAAGACGGTAACCAAGCGATCGCAACGTGTTACGCGACGTTTAGCGATGCAGTTT
ATAATCTTGCGAACGCAAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGGGATGAACACGT
TTTTGACTGCGGCTGTGTCTGATTACGGTGTATGTGTTGAAGGGTTTATTGACGCGAACC
AAGTTAATACGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATTAGCAGCAACTGCTTGT
CGTTGTCTACATTGGTTTAGATGATCGAGTACAAATTACCATTTTTTAATTTTTTCTCAA
AACAAACAAAAAACTAATTAATTTCGTCTAAATGAATAAGAAGGAAAAAAATTCTTGAAT
AATTAAAAATGTTTTTTCTTATGTTGCAACTTTTGTTTTGAGGGGGAGATGTTTGCTGGA
TCATCATTTGTCATGTAAAACGCCACTGGGTGCTATTAATTATACTTGGTTTCTTGTAAA
TTAATTGCTGATAGAATTCTTTTTC

QA 9 813 9 813
DS 

RD RR3BB48JQ 811 0 0
TTAAACTAAAACAGATTATAAAACACAAAATAAAAT*GGCGGGCCGTGACATCTTCCAGC
TGCGTTTCGT*GGCTGTCGCGGTATCCGTCGCCGTATTGACCTTCCTCGCCTCCAGCCAA
GTCTCAGAAG*GGTCACGTATGATGAACCTCTGCTCGCACACCGCGTATCCATCCCTATG
CCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAACCCAAGACGTGCCACGCACCGAACCATTCAGGC
TTTGGAAGCTAAGACAAAAATGGCTTTAGCTGAAGCGGCTAGGTACAAAGACGGTAACCA
AGCGATCGCAACGTGTTACGCGACGTTTAGCGATGCAGTTTATAATCTTGCGAACGCAAG
GAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGACGGGGATGAACACGTTTTTGACTGCGGCTGTGTC
TGATTACGGTGTATGTGTTGAAGGGTTTATTGACGCGAACCAAGTTAATACGGTTCAGAA
TGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATTAGCAGCAACTGCTTGTCGTTGTCTACATTGGTTTA
GATGATCGAGTACAAATTACCATTTTTTAATTTTTTCTCAAAACAAACAAAAAACTAATT
AATTTCGTCTAAATGAATAAGAAGGAAAAAAATTCTTGAATAATTAAAAATGTTTTTTCT
TATGTTGCAACTTTTGTTTTGAGGGGGAGATGTTTGCTGGATCATCATTTGTCATGTAAG
ACGCCACTGGGTGCTATTAATTATACTTGGTTTCTTGTAAATTAATTGCTGATAGAATTC
TTTTTCTTATGGTAATTTAAAAATTTTCAAC

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3FM54JQ 639 0 0
CCATCCCTATGCCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAACCCAAGACGTGCCACGCACCGA
ACCATTCAGGCTTTGGAAGCTAAGACAAAAGTGGCTTTAGCTGAAGCGGCTAGGTACAAA
GACGGTAACCAAGCGATCGCAACGTGTTACGCGACGTTTAGCGATGCAGTTTATAATCTT
GCGAACGCAAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGATGTGATGGGGATGAACACGTTTTTGACT
GCGGCTGTGTCTGATTACGGTGTATGTGTTGAAGGGTTTATTGACGCGAACCAAGTTAAT
ACGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATTAGCAGCAACTGCTTGTCGTTGTCT
ACATTGGTTTAGATGATCGAGTACAAATTACCATTTTTTAATTTTTTCTCAAAACAAACA
AAAAACTAATTAATTTCGTCTAAATGAATAAGAAGGAAAAAAATTCTTGAATAATTAAAA
ATGTTTTTTCTTATGTTGCAACTTTTGTTTTGAGGGGGAGATGTTTGCTGGATCATCATT
TGTCATGTAAAACGCCACTGGGTGCTATTAATTATACTTGGTTTCTTGTAAATTAATTGC
TGATAGAATTCTTTTTCTTATGGTAATTTAAAAATTTTC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3G979JQ 761 0 0
ATTATAAAACACAAAATAAAAT*GGCGGGCCGTGACATCTTCCAGCTGCGTTTCGT*GGC
TGTCGCGGTATCCGTCGCCGTATTGACCTTCCTCGCCTCCAGCCAAGTCACAGAAG*GGT
CACGTATGATGAACCTCTGCTCGCACACCGCGTATCCATCCCTATGCCAACCTTTGATTA
AACGTATCACGAACCCAAGACGTGCCACGCACCGAACCATTCAGGCTTTGGAAGCTAAGA
CAAAAGTGGCTTTAGCTGAAGCGGCTAGGTACAAAGACGGTAACCAAGCGATCGCAACGT
GTTACGCGACGTTTAGCGATGCAGTTTATAATCTTGCGAACGCAAGGAAGAGTATAAGGA
AACGTGATGTGATGGGGATGAACACGTTTTTGACTGCGGCTGTGTCTGATTACGGT*TAT
GTGTTGAAGGGTTTATTGACGCGAACCAAGTTAATACGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACC
TGAGAAAAATTAGCAGCAACTGCTTGTCGTTGTCTACATTGGTTTAGATGATCGAGTACA
AATTACCATTTTTTAATTTTTTCTCAAAACAAACAAAAAACTAATTAATTTCGTCTAAAT
GAATAAGAAGGAAAAAAATTCTTGAATAATTAAAAATGTTTTTTCTTATGTTGCAACTTT
TGTTTTGAGGGGGAGATGTTTGCTGGATCATCATTTGTCATGTAAAACGCCACTGGGTGC
TATTAATTATACTTGGTTTCTTGTAAATTAATTGCTGATAG

QA 1 761 1 761
DS 



CO CL419Contig2 782 2 2 U
GGACACCAAGCTAATTTATTCTCAGTTAAACTAAAACAGATTTAAACACAAAAATAAAAA
TGGCGGGCCGTGACATCTTCCAGCTGCGTTTTGCGGCTGTCGCGGTATCCGTCGCCGTAT
TGACCTTCCTCTTCTCCACTCAAGTCACAGAAGCGTCACGTGTGATGAACCTCTGCTCAC
ACACCGCGTATCCATCCCTATGCCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAACCCAAGACGTG
CCACGCACCGGACCATTCAGGCTTTGGAAGCTAAGACAAAAGTGGCTTTAGCTGAAGCGG
CTAGGTACAAAGACGTTAACCAACCAATCGCGACGTGTTACGCGACGTTTAGCGATGCAG
TTTATAATCTTGCGAACGCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGACGTGATGGGGATGAACA
CGTTTTTGACCGCGGCTGTGTCTGATTACGGTGTATGTGTTGAAGGGTTTATTGACGCGA
ACCAAGTTAATACGGTTCAGAATGTAGCGGTTGACCTGAGAAAAATTAGCAGCAACTGCT
TGTCGTTGTCTACATTGGTTTAGATGATTGATTACAGATTACCATTTATTTAATTTTTTC
TCAAAACAAACAAAAAACTAATTAATTTCGTCTAAATGAATAAGAAGGAAAAAAAATCTT
GAATAATTAAAAATGTTTTTTCTTATGTTGCAACTTTTGTTTTGAGGGGGAGATGTTTGC
TGGATCATCGTTTGTCATGTAAAACGCCACTGGGTGGTCATTAATTATACTTGGTTTCTT
GT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3DN75TF U 1
AF RR3DN75JQ C 18
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BS 256 782 RR3DN75JQ

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TGACCTTCCTCTTCTCCACTCAAGTCACAGAAGCGTCACGTGTGATGAACCTCTGCTCAC
ACACCGCGTATCCATCCCTATGCCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAACCCAAGACGTG
CCACGCACCGGACCA

QA 1 255 1 255
DS 

RD RR3DN75JQ 765 0 0
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ACTCAAGTCACAGAAGCGTCACGTGTGATGAACCTCTGCTCACACACCGCGTATCCATCC
CTATGCCAACCTTTGATTAAACGTATCACGAACCCAAGACGTGCCACGCACCGGACCATT
CAGGCTTTGGAAGCTAAGACAAAAGTGGCTTTAGCTGAAGCGGCTAGGTACAAAGACGTT
AACCAACCAATCGCGACGTGTTACGCGACGTTTAGCGATGCAGTTTATAATCTTGCGAAC
GCGAGGAAGAGTATAAGGAAACGTGACGTGATGGGGATGAACACGTTTTTGACCGCGGCT
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GTTTAGATGATTGATTACAGATTACCATTTATTTAATTTTTTCTCAAAACAAACAAAAAA
CTAATTAATTTCGTCTAAATGAATAAGAAGGAAAAAAAATCTTGAATAATTAAAAATGTT
TTTTCTTATGTTGCAACTTTTGTTTTGAGGGGGAGATGTTTGCTGGATCATCGTTTGTCA
TGTAAAACGCCACTGGGTGGTCATTAATTATACTTGGTTTCTTGT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 10

CO CL420Contig1 913 10 27 U
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GTTACATTCAAATCTCATCAGCTAAATAAACTCAAAAAGGATGAATCCTATGTTTTACTT
CCTTCTTGCCTTAACCGCTGTTTTTGCCGCCAAAACAAACGCCGCTGGACCGATTTTCGA
CACTGATGGTGATGTCATATTCGGGGGCACTAGTTACTACGTTCTCCCCATCTTTTGGGG
CGCTGGAGGCGGCGGTCTAACTCTCGTCCCCGGTCGTGGCAACCAATGTCCCCTCTTTGT
CGGACAGGAGGGTTCAGACATGATCAAGGGCATTCCCGTGAGATTCTCAAACTGGAGGTC
TAGAGTTAGGAACGTTCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCAAGATGGATATCGAACCAAC
GATCTGCCCAGAGTCACTTTATTGGTGGGCCACTCCGGGCGTCAGTGACTTTAGGACGTT
GTTCATAACGGCTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGAAGAATATTATTCGAGGAGTTTCTT
CCAGATCGTCAAGAAAACTGTGGGACAACTTGACGCTTACAACTTTGCATTTTGTCGTGA
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AGGCTCTGCTACACCATTCAACGTTGTGTTCGCGAAAGCTACCAGGACAGAGACTTTATC
CAAGACTATGTCCATTATCTAAGAGAAATTAAAGACTGCAAAATGAAGAGGATAAGAGTT
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CTCTATCTATGTTGGCTGTTTTCTTTGATCATCAATCATCATCGTATCTGGAAGAAAACA
TCTTTCCTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 35 35 20 20 20 35 
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20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CACTGATGGTGATGTCATATTCGGGGGCACTAGTTACTACGTTCTCCCCATCTTTTGGGG
CGCTGGAGGCGGCGGTCTAACTCTCGTCCCCGGTCGTGGCAACCAATGTCCCCTCTTTGT
CGGACAGGAGGGTTCAGACATGATCAAGGGCATTCCCGTGAGATTCTCAAACTGGAGGTC
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CCAGATCGTCAAGAAAACTGTGGGACAACTTGACGCTTACAACTTTGCATTTTGTCGTGA
CCATAACGATTGCGTCGATGTCG
TG

QA 1 623 1 623
DS 

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G
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TTTGGGGCGCTGGAGGCGGCGGTCTAACTCTCGTCCCCGGTCGTGGCAACCAATGTCCCC
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A*GAGT
TATACTTACGAC

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DS 

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TCTTTGTCGGACAGGAGGGTTCAGACATGATCAAGGGCATTCCCGTGAGATTCTCAAACT
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AACCAACGATCTGCCCAGAGTCACTTTATTGGTGGGCCACTCCGGGCGTCAGTGACTTTA
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A

QA 1 721 1 721
DS 

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TTTACTTCCTTCTTGCCTTAACCGCTGTTTTTGCCGCCAAAACAAACGCCGCTGGACCGA
TTTTCGACACTGATGGTGATGTCATATTCGGGGGCACTAGTTACTACGTTCTCCCCATCT
TTTGGGGCGCTGGAGGCGGCGGTCTAACTCTCGTCCCCGGTCGTGGCAACCAATGTCCCC
TCTTTGTCGGACAGGAGGGTTCAGACTTGATCAAGGGCATTCCCGTGAGATTCTCAAACT
GGAGGTCTAGAGTTAGGAACGTTCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCAAGATGGATATCG
AACCAACGATCTGCCCAGAGTCACTTTATTGGTGGGCCACTCCGGACGTCAGTGACTTTA
GGACGTTGTTCATAACGGCTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGAAGAATATTATTCGAGGA
GTTTCTTCCAGATCGTCAAGAAAACTGTGGGACAACTTGACGCTTACAACTTTGCATTTT
GTCGTGACCATAACGATTGCGTCGATGTCGGTGTAAAAATGGACCAAGGCGTTCGGCGTT
TGGTTTTAGGCTCTGCTACACCATTCAACGTTGTGTTCGCGAAAGCTACCAGGACAGAGA
CTTTATCCAAGACTATGTCCATTATCTAAGAGAAATTAAAGACTGCAAAATGA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3F203TF 731 0 0
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TTTACTTCCTTCTTGCCTTAACCGCTGTTTTTGCCGCCAAAACAAACGCCGCTGGACCGA
TTTTCGACACTGATGGTGATGTCATATTCGGGGGCACTAGTTACTACGTTCTCCCCATCT
TTTGGGGCGCTGGAGGCGGCGGTCTAACTCTCGTCCCCGGTCGTGGCAACCAATGTCCCC
TCTTTGTCGGACAGGAGGGTTCAGACATGATCAAGGGCATTCCCGTGAGATTCTCAAACT
GGAGGTCTAGAGTTAGGAACGTTCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCAAGATGGATATCG
AACCAACGATCTGCCCAGAGTCACTTTATTGGTGGGCCACTCCGGGCGTCAGTGACTTTA
GGACGTTGTTCATAACGGCTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGAAGAATATTATTCGAGGA
GTTTCTTCCAGATCGTCAAGAAAACTGTGGGACAACTTGACGCTTACAACTTTGCATTTT
GTCGTGACCATAACGATTGCGTCGATGTCGGTGTAAAAATGGACCAAAGCGTTCGGCGTT
TGGTTTTACGCTCTGCTACACCATTCAACGTTGTGTTCGCGAAAGCTACCAGGACAGAGA
CTTTATCCAAGACTATGTCCATTATCTAAGAGAAATTAAAGACTGCAAA*TGAAGAGGAT
A
GAGTATAACT

QA 1 721 1 721
DS 

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TTTACTTCCTTCTTGCCTTAACCGCTGTTTTTGCCGCCAAAACAAACGCCGCTGGACCGA
TTTTCGACACTGATGGTGATGTCATATTCGGGGGCACTAGTTACTACGTTCTCCCCATCT
TTTGGGGCGCTGGAGGCGGCGGTCTAACTCTCGTCCCCGGTCGTGGCAACCAATGTCCCC
TCTTTGTCGGACAGGAGGGTTCAGACATGATCAAGGGCATTCCCGTGAGATTCTCAAACT
GGAGGTCTAGAGTTAGGAACGTTCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCAAGATGGATATCG
AACCAACGATCTGCCCAGAGTCACTTTATTGGTGGGCCACTCCGGGCGTCAGTGACTTTA
GGACGTTGTTCATAACGGCTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGAAGAATATTATTCGAGGA
GTTTCTTCCAGATCGTCAAGAAAACTGTGGGACAACTTGACGCTTACAACTTTGCATTTT
GTCGTGACCATAACGATTGCGTCGATGTCGGTGTAAAAATGGACCAAGGCGTTCGGCGTT
TGGTTTTAGGCTCTGCTACACCATTCAACGTTGTGTTCGCGAAAGCTACCAGGACAGAGA
CTTTATCCAAGACTATGTCCATTATCTAAGAGAAATTAA*GACTGCAAA*TGA*GAGGAT
A*GAGTTATAACTTACGACTA
TATAAATAAACTCTTTA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3E680JQ 722 0 0
GCCGCCAAAACAAACGCCGCTGGACCGATTTTCGACACTGATGGTGATGTCATATTCGGG
GGCACTAGTTACTACGTTCTCCCCATCTTTTGGGGCGCTGGAGGCGGCGGTCTAACTCTC
GTCCCCGGTCGTGGCAACCAATGTCCCCTCTTTGTCGGACAGGAGGGTTCAGACATGATC
AAGGGCATTCCCGTGAGATTCTCAAACTGGAGGTCTAGAGTTAGGAACGTTCCCGAATCA
GAGAACCTCAACATCAAGATGGATATCGAACCAACGATCTGCCCAGAGTCACTTTATTGG
TGGGCCACTCCGGGCGTCAGTGACTTTAGGACGTTGTTCATAACGGCTGGTCCTAAGCCA
GAAGCTGGAGAAGAATATTATTCGAGGAGTTTCTTCCAGATCGTCAAGAAAACTGTGGGA
CAACTTGACGCTTACAACTTTGCATTTTGTCGTGACCATAACGATTGCGTCGATGTCGGT
GTAAAAATGGACCAAGGCGTTCGGCGTTTGGTTTTAGGCTCTGCTACACCATTCAACGTT
GTGTTCGCGAAAGCTACCAGGACAGAGACTTTATCCAAGACTATGTCCATTATCTAAGAG
AAATTAAAGACTGCAAAATGAAGAGGATAAGAGTTATAACTTACGACTAATAATAAATTA
AACTCTTTATCTTTTTTTTGGTTAGCTTAATAAAACTCTATCTATGTTGGCTGTTTTCTT
TG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3FA69JQ 179 0 0
TGCTCCACT
ATTCAACGTTGTGTTCGGGAAAGCTACCAGGACAGAGACTTTATCCAAGACTATGTCCAT
TATTTAAGAGAAATTAAAGACTGCAAAATGAAGAGGATAAGAGTTATAACTTACGACTAA
TAATAAATTAAACTCTTTATTTTTTTTTTGGTTAGCTTAATAAAACTCTA

QA 10 179 10 179
DS 

RD RR3A323JQ 139 0 0
AAGAGAAATTAAAGACTGCAAAATGAAGAGGATAAGAGTTTTAACTTACGACTAATAATA
AATTAAACTCTTTATTTTTTTTTTGGTTAGCTTAATAAAACTCTATTTATGTTGGCTGTT
TTCTTTGATCATCAATCAT

QA 1 139 1 139
DS 

RD RR3EF23JQ 746 0 0
GACCGATTTTCGACACTGATGGTGATGTCATATTCGGGGGCACTAGTTACTACGTTCTCC
CCATCTTTTGGGGCGCTGGAGGCGGCGGTCTAACTCTCGTCCCCGGTCGTGGCAACCAAT
GTCCCCTCTTTGTCGGACAGGAGGGTTCAGACTTGATCAAGGGCATTCCCGTGAGATTCT
CAAACTGGAGGTCTAGAGTTAGGAACGTTCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCAAGATGG
ATATCGAACCAACGATCTGCCCAGAGTCACTTTATTGGTGGGCCACTCCGGACGTCAGTG
ACTTTAGGACGTTGTTCATAACGGCTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGAAGAATATTATT
CGAGGAGTTTCTTCCAGATCGTCAAGAAAACTGTGGGACAACTTGACGCTTACAACTTTG
CATTTTGTCGTGACCATAACGATTGCGTCGATGTCGGTGTAAAAATGGACCAAGGCGTTC
GGCGTTTGGTTTTAGGCTCTGCTACACCATTCAACGTTGTGTTCGCGAAAGCTACCAGGA
CAGAGACTTTATCCAAGACTATGTCCATTATCTAAGAGAAATTAAAGACTGCAAAATGAA
GAGGATAAGAGTTATAACTTACGACTAATAATAAATTAAACTCTTTATCTTTTTTTTGGT
TAGCTTAATAAAACTCTATCTATGTTGGCTGTTTTCTTTGATCATCAATCATCATCGTAT
CTGGAAGAAAACATCTTTCCTTTGTT

QA 1 746 1 746
DS 



AS 2 6

CO CL421Contig1 1014 3 13 U
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CGACGACAACAACAGAAGCAACGAAGACATCTCCTACTAATGGAGAAGACAAGCAATCTC
AGAATCTCCGACACCAAGAAGTCGGTCACAAGAGTCTCTTACAGAGCGACGATCTCTACC
AGTATATTCTGGAGACGAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAATCAATGAAAGAACTCAGGG
AAGTCACGGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCGGCAGACGAAGGACAGTTTC
TCAACATGCTCATCAAGCTCGTTAACGCCAAGAACACCATGGAGATCGGTGTGTACACTG
GCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCTGAAGACGGCAAAATTCTTGCTATGG
ACGTAAACAGAGAGAACTACGAGTTGGGTTTGCCGATCATCGAGAAAGCTGGCGTTGCTC
ACAAGATCGACTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCTGTTCTTGATCAACTCGTTGCTGACG
AGAAGAACCATGGAACGTATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAAGACAACTACATCA
ACTACCATAAACGTTTGATCGATCTTGTGAAAGTTGGAGGAGTGATCGGCTACGACAACA
CTCTGTGGAACGGTTCGGTCGTGGCTCCTCCTGATGCGCCAATGAGGAAGTACGTTCGTT
ACTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCTTAACAAGGCTCTTGCTGCCGACCCTAGGATCGAGA
TCTGCATGCTCCCTGTTGGTGATGGAATCACTATCTGCCGTCGGATCAATTGACTGATAC
CCACTTTTGAATGTGGGTTTTGATTACTTTCATTTCCACCAACCATTTTATGTATTATGT
TAAGTATTATCTCTATTATTTTTCCTTTGCTTTATACTTTCTTTATGAACAAAGAAATGA
TGTATCCTACCTTTTGTTTTGTTTGTTTTTCATTTATATATGATAAAAACATCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ06TF U 1
AF RR3E486TF U 1
AF RR3CQ06JQ C 207
BS 1 699 RR3CQ06TF
BS 700 700 RR3E486TF
BS 701 701 RR3CQ06JQ
BS 702 706 RR3E486TF
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BS 773 773 RR3CQ06JQ
BS 774 805 RR3E486TF
BS 806 1014 RR3CQ06JQ

RD RR3CQ06TF 703 0 0
GGACCCAAAAAAAACATACTCGTCAATACAAGCGAAACAAAACAAAATACAGAGAGATGT
CGACGACAACAACAGAAGCAACGAAGACATCTCCTACTAATGGAGAAGACAAGCAATCTC
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AGTATATTCTGGAGACGAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAATCAATGAAAGAACTCAGGG
AAGTCACGGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCGGCAGACGAAGGACAGTTTC
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GCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCTGAAGACGGCAAAATTCTTGCTATGG
ACGTAAACAGAGAGAACTACGAGTTGGGTTTGCCGATCATCGAGAAAGCTGGCGTTGCTC
ACAAGATCGACTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCTGTTCTTGATCAACTCGTTGCTGACG
AGAAGAACCATGGAACGTATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAAGACAACTACATCA
ACTACCATAAACGTTTGATCGATCTTGTGAAAGTTGGAGGAGTGATCGGCTACGACAACA
CTCTGTGGAACGGTTCGGTCGTGGCTCCTCCTGATGCGC
AATG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3E486TF 805 0 0
GGACCCAAAAAAAACATACTCGTCAATACAAGCGAAACAAAACAAAATACAGAGAGATGT
CGACGACAACAACAGAAGCAACGAAGACATCTCCTACTAATGGAGAAGACAAGCAATCTC
AGGATCTCCGACACCAAGAAGTCGGTCACAAGAGTCTCTTACAGAGCGACGATCTCTACC
AGTATATTCTGGAGACGAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAATCAATGAAAGAACTCAGGG
AAGTCACGGCAAAACACCCTTGGAACATAGTGACAACATCGGCAGACGAAGGACAGTTTC
TCAACATGCTCATCAAGCTCGTTAACGCCAAGAACACCATGGAGATCGGTGTTTACACTG
GCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCTGAAGACGGCAAAATTCTTGCTATGG
ACGTTAACAGAGAGAACTACGAGTTGGGTTTACCGATCATCGAGAAAGCTGGCGTTGCTC
ACAAGATCGACTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCTGTTCTTGATCAACTCGTTGCTGACG
AGAAGAACCATGGAACGTATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAAGACAACTACATCA
ACTACCATAAACGTTTGATCGATCTTGTGAAAGTTGGAGGAGTGATCGGCTACGACAACA
CTCTGTGGAACGGTTCGGTCGTGGCTCCTCCTGATGCGCCGATGAG*AAGTACGTTCGTT
ACTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCT*AACAAG*CTCTTGCTGCCGACCCTAG*ATCGAGA
TCTGCATGCTCCCTGTTGGTGATGG

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR3CQ06JQ 808 0 0
CCAAGAGAACCAGAATCAATGAAAGAACTCAGGGAAGTCACGGCAAAACACCCTTGGAAC
ATAATGACAACATCGGCAGACGAAGGACAGTTTCTCAACATGCTCATCAAGCTCGTTAAC
GCCAAGAACACCATGGAGATCGGTGTGTACACTGGCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTT
GCTCTCCCTGAAGACGGCAAAATTCTTGCTATGGACGTAAACAGAGAGAACTACGAGTTG
GGTTTGCCGATCATCGAGAAAGCTGGCGTTGCTCACAAGATCGACTTCAGGGAAGGCCCT
GCTCTTCCTGTTCTTGATCAACTCGTTGCTGACGAGAAGAACCATGGAACGTATGACTTT
ATATTCGTTGATGCTGACAAAGACAACTACATCAACTACCATAAACGTTTGATCGATCTT
GTGAAAGTTGGAGGAGTGATCGGCTACGACAACACTCTGTGGAACGGTTCGGTCGTGGCT
CCTCCTGATGCGCCAATGAGGAAGTACGTTCGTTACTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCTT
AACAAGGCTCTTGCTGCTGACCCTAGGATCGAGATCTGCATGCTCCCTGTTGGTGATGGA
ATCACTATCTGCCGTCGGATCAATTGACTGATACCCACTTTTGAATGTGGGTTTTGATTA
CTTTCATTTCCACCAACCATTTTATGTATTATGTTAAGTATTATCTCTATTATTTTTCCT
TTGCTTTATACTTTCTTTATGAACAAAGAAATGATGTATCCTACCTTTTGTTTTGTTTGT
TTTTCATTTATATATGATAAAAACATCT

QA 1 808 1 808
DS 



CO CL421Contig2 1034 3 20 U
GGACCCAAAAACACTTTAAGGTATACAGAGAGAGTTGTTCAAAAAAAAAAAACATATACA
GAGAGAGAGATGGCGACGACAACAGCAGAGACAACGAAGACATCTCCTACAAATGGAGAA
GACAAGCAATCTCAGAATCTCCGACACCAAGAAGTCGGTCACAAGAGTCTCTTACAGAGC
GACGAACTCTACCAGTATATTCTGGAGACAAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAATCAACG
AAAGAACTTAGGGAAGTCACAGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCAGCAGAT
GAAGGTCAGTTTCTCGACATGCTCATCAAGCTTGTTAACGCCAAGAACACTATGGAGATC
GGCGTTTACACTGGCTACTCTCTCCTCGCCACCGCTCTTGCTCTCCCTGAAGACGGCAAA
ATTCTAGCTATGGACGTTAACAGAGAGAACTACGAGTTGGGTCTACCGATCATCGAGAAA
GCTGGTGTATCTCACAAGATCGACTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCTGTTCTTGATGAA
CTCGTTGCTGACGAGAAGAACCATGGAACGTATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAA
GACAACTACATCAACTACCATAAGCGTTTGATCGATCTTGTAAAAGTTGGAGGAGTCATC
GGCTACGACAACACTCTTTGGAACGGCTCCGTTGTGGCCCCTCCTGATGCACCGATGAGG
AAGTACGTTCGTTACTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCTTAATAAGGCTCTCGCAGCTGAC
CCTAGGATCGAGATTTGCATGCTCCCTGTTGGTGATGGAATCACTATCTGTCGTCGGGTC
AATTGATTGATATCACACTTTTGAGTGTGGGTGGATTAACTTACCTCCCTCTGTTTTTCA
AATCGCTCTTATCACTACCATTCACCAACCAAACAAAATGGACCGCTTTTATGCATTTTG
TTTAGTAATATCTCCACATTGTCATTTGTGTTTTGCTTTCTTTGTGAAGAGATAAATAAT
GTTCTCAACCTTAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FI67TF U 1
AF RR3G558TF U 1
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AA

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AAAGAACTTAGGGAAGTCACAGCAAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCAGCAGAT
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AAGTACGTTCGTTACT

QA 1 736 1 736
DS 

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AATGGACCGCTTTTATGCATTTTGTTTAGTAATATCTCCACATTGTCATTTGTGTTTTGC
TTTCTTTGTGAAGAGATAAATAATGTTCTCAACCTTAG

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 10

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TCCAAAAGAAACAGAATAATGTGTCCATTTGCATCTGAATGTTGTTCACTTTATACTATA
AAAGTTCTAAACTTTCGAATTAATCTTCTCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 
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60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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TAGCACATGAAGACTGGTCAATGTCACAAGCTCTTGGTGACTCATACGAAAGAACACTCA
AGAAATGGCACGGATGGCTCGCTAGCGCTACCTCTTCTATGGGTT*AAAGCTTGCTCCAG
ACAGGAAGAAGTTCATGGAGGTTACAGCTGGTTCTGGTGACCTCAATGCCGACATGGAAA
GGTTTTGCTCAAAGTTTGGTCCGATCCTTCGAGATAATCACAAATTTCTGGCTAGTGTTG
GTATGGACGACATGAAAGCTACTTAAGCCACCATATGTTTACTGTCTGTCT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3EM89TF 684 0 0
GGAACCTCGTTGACT
TCTGATCCCACTTTTCTTTGATTCTCAGACCAAAAGTTGATATGGAAAGGACTGTGTTCA
CGCCAAGTTTGGAAGGAATGAAGCATGTCAAATCTGAACAAGGCGAGATGCTTACTAAGC
CTTTTCTTGACCTCTGCAAGACCCTCTTGCCTGTTATAGAAAAGTTTGGAGCCGCTATGA
CTATCGTGAAAGCTGACATTGGTGGCAACATATCGAGGTTGGAGAAGAACTACTTGTCTG
ATCCAGACAAGTACAAGTGTTTGTACACCATTGTTCAATGTGAAATTTAGTCAGGGACAT
CAAAAGGATCGTCTAGTTGTACCAACGGTCTTCTCTGGCTAACCAGAGCCATGGGTTTCT
TAGTGGAGGTATTCCGCAACTTGTTAGCACATGAAGACTGGTCAATGTCACAAGCTCTTG
GTGACTCATACGAAAGAACACTCAAGAAATGGCACGGATGGCTCGCTAGCGCTACCTCTT
CTATGGGTTTAAAGCTTGCTCCAGACAGGAAGAAGTTCATGGAGGTTACAGCTGGTTCTG
GTAACCTCAATGCCGACATGGAAAGGTTTTGCTCAAAGTTTGGTCCGATCCTTCGAGATA
ATCACAAATTTCTGGCTAGTGTTGGTATGGACGACATGAAAGCTACTTAAGCTACCATAT
GTTTACTGT

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DS 

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GGGAACCTCGTTGACT
TCTGATCCCACTTTTCTTTGATTCTCAGACCAAAAGTTGATATGGAAAGGACTGTGTTCA
CGCCAAGTTTGGAAGGAATGAAGCATGTCAAATCTGAACAAGGCGAGATGCTTACTAAGC
CTTTTCTTGACCTCTGCAAGACCCTCTTGCCTGTTATAGAAAAGTTTGGAGCCGCTATGA
CTATCGTGAAAGCTGACATTGGTGGCAACATATCGAGGTTGGAGAAGAACTACTTGTCTG
ATCCAGACAAGTACAAGTGTTTGTACACCATTGTTCAATGTGAAATTGAGTCAGGGACAT
TAAAAGGATCGTCTAGTTGTACCAACGGTCTTCTCTGGCTAACCAGAGCCATGGGTTTCT
TAGTGGAGGTATTCCGCAACTTGTTAGCACATGAAGACTGGTCAATGTCACAAGCTCTTG
GTGACTCATACGAAAGAACACTCAAGAAATGGCACGGATGGCTCGCTAGCGCTACCTCTT
CTATGGGTTTAAAGCTTGCTCCAGACAGGAAGAAGTTCATGGAGGTTACAGCTGGTTCTG
GTAACCTCAATGCCGACATGGAAAGTTTTTGCTCAAAGTTTGGTCCGATCCTTCGAGATA
ATCACAAATTTCTGGCTAGTGTTGGTATGGACGACATGAAAGCTGCTTAAGCCACCATAT
GTTTACTGTCTGTCTCGAATCTTGTTTT**CCGAAACATTGTCTGGTTT*ACTTTTCTCC
TTTGGATTCTAAA*CTCGTAACC
TCCAAAGAAACA

QA 17 759 17 759
DS 

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TCACGCCAAGTTTGGAAGGAATGAAGCATGTCAAATCTGAACAAGGCGAGATGCTTACTA
AGCCTTTTCTTGACCTCTGCAAGACCCTCTTGCCTGTTATAGAAAAGTTTGGAGCCGCTA
TGACTATCGTGAAGGCTGACATTGGTGGCAACATATCGAGGTTGGAGAAGAACTACTTGT
CTGATCCAGACAAGTACAAGTGTTTGTACACCATTGTTCAATGTGAAATTGAGTCAGGGA
CATCAAAAGGATCGTCTAGTTGTACCAACGGTCTTCTCTGGCTAACCAGAGCCATGGGTT
TCCTAGTGGAGGTATTCCGCAACTTGTTAGCACATGAATACTGGTCAATGTCACAAGCTC
TTGGTGACTCATACGAAAGAACACTCAAGAAATGGCACGGATGGCTCGCTAGCGCTACCT
CTTCTATGGGTTTAAAGCTTGCTCCAGACAGGAAGAAGTTCATGGAGGTTACAGCTGGTT
CTGGTAACCTCAATGCCGACATGGAAAGTTTTTGCTCAAAGTTTGGTCCGATCCTTCGAG
ATAATCACAAATTTCTGGCTAGTGTTGGTATGGACGACATGAAAGCTGCTTAAGCCAC*A
TATGTTTACTGTCTGTCTCGAATCTTGTTTT**CCGAA*CATTGTCTGGTTT*ACTTTTC
TCCTTTGGATTCTAAA
CTCGTACCCTCCAAAGA

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DS 

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AGAACTCGTGAC
TCTGATCCCACTTTTCTTTGATTCTCAGACCAAAAGTTGATATGGAAAGGACTGTGTTCA
CGCCAAGTTTGGAAGGAATGAAGCATGTCAAATCTGAACAAGGCGAGATGCTTACTAAGC
CTTTTCTTGACCTCTGCAAGACCCTCTTGCCTGTTATAGAAAAGTTTGGAGCCGCTATGA
CTATCGTGAAGGCTGACATTGGTGGCAACATATCGAGGTTGGAGAAGAACTACTTGTCTG
ATCCAGACAAGTACAAGTGTTTGTACACCATTGTTCAATGTGAAATTGAGTCAGGGACAT
CAAAAGGATCGTCTAGTTGTACCAACGGTCTTCTCTGGCTAACCAGAGCCATGGGTTTCC
TAGTGGAGGTATTCCGCAACTTGTTAGCACATGAATACTGGTCAATGTCACAAGCTCTTG
GTGACTCATACGAAAGAACACTCAAGAAATGGCACGGATGGCTCGCTAGCGCTACCTCTT
CTATGGGTTTAAAGCTTGCTCCAGACAGGAAGAAGTTCATGGAGGTTACAGCTGGTTCTG
GTAACCTCAATGCCGACATGGAAAGTTTTTGCTCAAAGTTTGGTCCGATCCTTCGAGATA
ATCACAAATTTCTGGCTAGTGTTGGTATGGACGACATGAAAGCTGCTTAAGCCACCATAT
GTTTACTGTCTGTCTCGAATCTTGTTTTTCCGGAAACATTGTCTGGTTTTACTTTTCTCC
TTTGGATTCTAAAACTCGTAACCCTCCAAAAGAAACAGAATAATGTGTCCATTTGCATCT
GAATGTTGTTCACTTTATACTATAAAAGTTCTA
GACT

QA 13 825 13 825
DS 

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TTCTTTGA
TCTCAGACCAAAAGTTGATATGGAAAGGACTGTGTTCACGCCAAGTTTGGAAGGA*TGAA
GCATGTCAAATCTGAACAAGGCGAGATGCTTACTAAGCCTTTTCTTGACCTCTGCAAGAC
CCTCTTGCCTGTTATAGAAAAGTTTGGAGCCGCTATGACTATCGTGAAAGCTGACATTGG
TGGCAACATATCGAGGTTGGAGAAGAACTACTTGTTTGATCCAGACAAGTACAAGTGTTT
GTACACCATTGTTCAATGTGAAATTGAGTCAGGGACATCAAAAGGATCGTCTAGTTGTAC
CAACGGTTTTTTCTGGCTAACCAGGGCCATGGGTTTTTTAGTGGAGGTATTCCGCAACTT
GTTAGCACATGAAGACTGGTCAATGTCACAAGCTCTTGGTGACTCATACGAAAGAACACT
CAAGAAATGGCACGGATGGCTCGCTAGCGCTACCTTTTTTATGGGTTTAAAGCTTGCTCC
AGACAGGAAGAAGTTCATGGAGGTTACAGCTGGTTTTGGTAACCTCAATGCCGACATGGA
AAGTTTTTGCTCAAAGTTTGGTCCGATCCTTCGAGATAATCACAAATTTCTGGCTAGTGT
TGGTATGGACGACATGAAAGCTGCTTAAGCCACCATATGTTTACTGTCTGTCTCGAATCT
TGTTTTTCCGGAAACATTGTCTGGTTTTACTTTTCTCCTTTGGATTCTAAAACTCGTAAC
CCTCCAAAAGAAACAGAATAATGTGTCCATTTGCATCTGAATGTTGTTCACTTTATACTA
TAAAAGTTCTAAACTTTCG

QA 9 807 9 807
DS 

RD RR3FG32JQ 701 0 0
TCTTGACCTCTGCAAGACCCTCTTGCCTGTTATAGAAAAGTTTGGAGCCGCTATGACTAT
CGTGAAAGCTGACATTGGTGGCAACATATCGAGGTTGGAGAAGAACTACTTGTCTGATCC
AGACAAGTACAAGTGTTTGTACACCATTGTTCAATGTGAAATTGAGTCAGGGACATCAAA
AGGATCGTCTAGTTGTACCAACGGTCTTTTCTGGCTAACCAGAGCCATGGGTTTCTTAGT
GGAGGTATTCCGCAACTTGTTAGCACATGAAGACTGGTCAATGTCACAAGCTCTTGGTGA
CTCATACGAAAGAACACTCAAGAAATGGCACGGATGGCTCGCTAGCGCTACCTCTTCTAT
GGGTTTAAAGCTTGCTCCAGACAGGAAGAAGTTCATGGAGGTTACAGCTGGTTCTGGTAA
CCTCAATGCCGACATGGAAAGTTTTTGCTCAAAGTTTGGTCCGATCCTTCGAGATAATCA
CAAATTTCTGGCTAGTGTTGGTATGGACGACATGAAAGTTGCTTAAGCCACCATATGTTT
ACTGTCTGTCTCGAATCTTGTTTTTCCGGAAACATTGTCTGGTTTTACTTTTCTCCTTTG
GATTCTAAAACTCGTAACCCTCCAAAAGAAACAGAATAATGTGTCCATTTGCATCTGAAT
GTTGTTCACTTTATACTATAAAAGTTCTAAACTTTCG
AATT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3FK40TF 465 0 0
G
AGTGGAGGTATTCCGCAACTTGTTAGCACATGAAGACTGGTCAATGTCACAAGCTCTTGG
TGACTCATACGAAAGAACACTCAAGAAATGGCACGGATGGCTCGCTAGCGCTACCTCTTC
TATGGGTTTAAAGCTTGCTCCAGACAGGAAGAAGTTCATGGAGGTTACAGCTGGTTCTGG
TAACCTCAATGCCGACATGGAAAGTTTTTGCTCAAAGTTTGGTCCGATCCTTCGAGATAA
TCACAAATTTCTGGCTAGTGTTGGTATGGACGACATGAAAGCTGCTTAAGCCACCATATG
TTTACTGTCTGTCTCGAATCTTGTTTTTCCGGAAACATTGTCTGGTTTTACTTTTCTCCT
TTGGATTCTAAAACTCGTAACCCTCCAAAAGAAACAGAATAATGTGTCCATTTGCATCTG
AATGTTGTTCACTTTATACTATAAAAGTTCTAAACTTTCG
AATT

QA 2 461 2 461
DS 

RD RR3EM89JQ 641 0 0
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GTGTTTGTACACCATTGTTCAATGTGAAATTTAGTCAGGGACATCAAAAGGATCGTCTAG
TTGTACCAACGGTCTTCTCTGGCTAACCAGAGCCATGGGTTTCTTAGTGGAGGTATTCCG
CAACTTGTTAGCACATGAAGACTGGTCAATGTCACAAGCTCTTGGTGACTCATACGAAAG
AACACTCAAGAAATGGCACGGATGGCTCGCTAGCGCTACCTCTTCTATGGGTTTAAAGCT
TGCTCCAGACAGGAAGAAGTTCATGGAGGTTACAGCTGGTTCTGGTAACCTCAATGCCGA
CATGGAAAGGTTTTGCTCAAAGTTTGGTCCGATCCTTCGAGATAATCACAAATTTCTGGC
TAGTGTTGGTATGGACGACATGAAAGCTACTTAAGCTACCATATGTTTACTGTCTGTCTC
GAATCTTGTTTTTACGGAAACATTGTCTGGTTTTACTTTTCTCCTTTGGATTCTAAAACT
CGTAACCCTCCAAAAGAAACAGAATAATGTGTCCATTTGCATCTGAATGTTGTTCACTTT
ATACTATAAAGTTTCTAAACTTTCGAATTAATCTTCTCACT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3FC60JQ 494 0 0
TTTTTT
TCTGGCTAACCAGAGCCATGGGTTTTTTAGTGGAGGTATTCCGCAACTTGTTAGCACATG
AAGACTGGTCAATGTCACAAGCTCTTGGTGACTCATACGAAAGAACACTCAAGAAATGGC
ACGGATGGCTCGCTAGCGCTACCTTTTTTATGGGTT*AAAGCTTGCTCCAGACAGGAAGA
AGTTCATGGAGGTTACAGCTGGTTCTGGTGACCTCAATGCCGACATGGAAAGGTTTTGCT
CAAAGTTTGGTCCGATCCTTCGAGATAATCACAAATTTCTGGCTAGTGTTGGTATGGACG
ACATGAAAGCTACTTAAGCCACCATATGTTTACTGTCTGTCTCGAATCTTGTTTTTCCGG
AAACATTGTCTGGTTTTACTTTTCTCCTTTGGATTTTAAAACTCGTAACCCTCCAAAAGA
AACAGAATAATGTGTCCATTTGCATCTGAATGTTGTTCACTTTATACTATAAAGTTTTTA
AACTTTC
C

QA 7 493 7 493
DS 



AS 2 9

CO CL423Contig1 1053 3 5 U
GATCCCAAAATCAACTCATCACTCTCCTATCAGCAACATGTTGTCTCCAATGGCTTCTTT
TGCTTTGTTTATTTTCACCCTCGTTGCCCCCTCAAGTTCATGTAGCTACGCAATTGGTCC
ACAAAACAACAAAACATTGTTATCACTTGCAAGCAGGATTGGTATCAACTACGGAAGATT
AGGCAACAATCTCCCATCTCCTTACCAATCTATCAACCACATCAAATCCATTAAAGCAGG
TCATGTCAAGCTTTACGACGCAGATCAAGAAACCCTAATGCTCCTCTCTCAAACCAATCT
CTACGTCACAATCATGGTTCCTAACAACCAAATCATTTCAATCGGTGCCGACCAAGCCGC
TGCAGACAACTGGATCAACACCAACGTCCTTCCTCACTACCCACAAACAAGAATCCGGTT
CGTCCTTGTCGGAAACGAAATTCTCAGCTACAGCTCCGACCAAGACAAGCAAATATGGGC
TATTCTTGTCCCGGCCATGCGTAAGATCGTGAACTCTCTTAGAGCAAGAGGCATTCACAA
CATCAAAGTCGGAACACCACTCGCCATCGATATTCTCCGGTCGAGTTTTCCTCCGTCCAG
CGGTGCATTCCGGGAAGAAGTCGCCGCTCCGGTGATGTTACCGTTGCTGAAGTTTCTCAA
CGGAACAAACTCTTTCTTCTTCCTCGATGTTTACCCTTACTTCCCTTGGTCCACTGATCC
GGTTAACAACCATTTGGATTTCGCTCTGTTCGAATCGAATTCAACTTATACCGACCCCCA
AACCGGTTTGGTTTACACCAATTTATTAGACCAGATGCTTGATTCGGTTATCTTCGCGAT
GACCAAGCTCGGTTACCCCGACGTCCGTCTTGCAATCTCTGAAACCGGGTGGCCTAACTC
CGGTGATATCGACGAAACCGGAGCTAACATTTTCAATGCCGCAACTTATAACCGGAATTT
GATCAAGAAGATGACTGCTAACCCGCCACTCGGTACACCGGCTAGACGCGGTTCACCAAT
ACCAACGTTTTTGTTCTCATTGTTCAATGAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB39TF U 1
AF RR3E438TF U 170
AF RR3G070TF U 310
BS 1 631 RR3FB39TF
BS 632 632 RR3E438TF
BS 633 664 RR3FB39TF
BS 665 878 RR3E438TF
BS 879 1053 RR3G070TF

RD RR3FB39TF 664 0 0
GATCCCAAAATCAACTCATCACTCTCCTATCAGCAACATGTTGTCTCCAATGGCTTCTTT
TGCTTTGTTTATTTTCACCCTCGTTGCCCCCTCAAGTTCATGTAGCTACGCAATTGGTCC
ACAAAACAACAAAACATTGTTATCACTTGCAAGCAGGATTGGTATCAACTACGGAAGATT
AGGCAACAATCTCCCATCTCCTTACCAATCTATCAACCACATCAAATCCATTAAAGCAGG
TCATGTCAAGCTTTACGACGCAGATCAAGAAACCCTAATGCTCCTCTCTCAAACCAATCT
CTACGTCACAATCATGGTTCCTAACAACCAAATCATTTCAATCGGTGCCGACCAAGCCGC
TGCAGACAACTGGATCAACACCAACGTCCTTCCTCACTACCCACAAACAAGAATCCGGTT
CGTCCTTGTCGGAAACGAAATTCTCAGCTACAGCTCCGACCAAGACAAGCAAATATGGGC
TATTCTTGTCCCGGCCATGCGTAAGATCGTGAACTCTCTTAGAGCAAGAGGCATTCACAA
CATCAAAGTCGGAACACCACTCGCCATCGATATTCTCCGGTCGAGTTTTCCTCCGTCCAG
CGGTGCATTCCGGGAAGAAGTCGCCGCTCCG*TGATGTTACCGTTGCTGAAGTTTCTCAA
CGGA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3E438TF 709 0 0
G
ACGGAAGATTAGGCAACAATCTCCCATCTCCTTACCAATCTATCAACCACATCAAATCCA
TTAAAGCAGGTCATGTCAAGCTTTACGACGCAGATCAAGAAACCCTAATGCTCCTCTCTC
AAACCAATCTCTACGTCACAATCATGGTTCCTAACAACCAAATCATTTCAATCGGTGCCG
ACCAAGCCGCTGCAGACAACTGGATCAACACCAACGTCCTTCCTCACTACCCACAAACAA
GAATCCGGTTCGTCCTTGTCGGAAACGAAATTCTCAGCTACAGCTCCGACCAAGACAAGC
AAATATGGGCTATTCTTGTCCCGGCCATGCGTAAGATCGTGAACTCTCTTAGAGCAAGAG
GCATTCACAACATCAAAGTCGGAACACCACTCGCCATCGATATTCTCCGGTCGAGTTTTC
CTCCGTCCAGCGGTGCATTCCGGGAAGAAGTCGCCGCTCCGGTGATGTTACCGTTGCTGA
AGTTTCTCAACGGAACAAACTCTTTCTTCTTCCTCGATGTTTACCCTTACTTCCCTTGGT
CCACTGATCCGGTTAACAACCATTTGGATTTCGCTCTGTTCGAATCGAATTCAACTTATA
CCGACCCCCAAACCGGTTTGGTTTACACCAATTTATTAGACCAGATGCTTGATTCGGTTA
TCTTCGCGATGACCAAGCTCGGTTACCCCGACGTCCGTCTTGCAATCT

QA 2 709 2 709
DS 

RD RR3G070TF 744 0 0
AGGGATGGTT
CCTAACAACCAAATCATTTCAATCGGTGCCGACCAAGCCGCTGCAGACAACTGGATCAAC
ACCAACGTCCTTCCTCACTACCCACAAACAAGAATCCGGTTCGTCCTTGTCGGAAACGAA
ATTCTCAGCTACAGCTCCGACCAAGACAAGCAAATATGGGCTATTCTTGTCCCGGCCATG
CGTAAGATCGTGAACTCTCTTAGAGCAAGAGGCATTCACAACATCAAAGTCGGAACACCA
CTCGCCATCGATATTCTCCGGTCGAGTTTTCCTCCGTCCAGCGGTGCATTCCGGGAAGAA
GTCGCCGCTCCGGTGATGTTACCGTTGCTGAAGTTTCTCAACGGAACAAACTCTTTCTTC
TTCCTCGATGTTTACCCTTACTTCCCTTGGTCCACTGATCCGGTTAACAACCATTTGGAT
TTCGCTCTGTTCGAATCGAATTCAACTTATACCGACCCCCAAACCGGTTTGGTTTACACC
AATTTATTAGACCAGATGCTTGATTCGGTTATCTTCGCGATGACCAAGCTCGGTTACCCC
GACGTCCTTCTTGCAATCTCTGAAACCGGGTGGCCTAACTCCGGTGATATCGACGAAACC
GGAGCTAACATTTTCAATGCCGCAACTTATAACCGGAATTTGATCAAGAAGATGACTGCT
AACCCGCCACTCGGTACACCGGCTAGACGCGGTTCACCAATACCAACGTTTTTGTTCTCA
TTGTTCAATGAAAA

QA 11 744 11 744
DS 



CO CL423Contig2 818 6 13 U
GGTGGAAGCTTCACTTTAAGATATTAGCTAGTAACAATATTTTTCATTGTTTATTCGATT
TTTCTCAACAATAGGAAACAAGGAGTACAAACTTGGAATAATAAGGAAATTACTAATTAC
TAAGAACAAGATTGACTTAATACGAATGATCCAGCTTTTGATCCTTCTCCATAAGCTTTA
GTTTTGACTGTTGAGGAGGTCTTACAGGGTAACGCTAGGGAACTTGCAATGTTCATTTCC
TGGGTTGGTTGTGGTCTCACGCGCCAAGCCGTTGAAGTAGCACTGAGAGCTTTGGTTCCG
GAACTGAGCCCAGTACGAGCTAAACGCATAGCTTGCATGCCAAGTAACCGAAACTGGTGC
GTAACACTCTCTTCCCGGCGCCAAAGCTGCACATGTCTCATTGCTTCTTCCACAAGCAAA
ATCAAGCGCCTGCCCTAACTCCGCCTCGCTAGCTCCTTCTGCCGCCACACACCACACGTT
GCCCTTGAACGGAACATTGTTATCTGGTTTAGGCAACGAACCAAGACTAGAAACCGGTCT
TGTTCCACTTAAATCAATATCATAGATCTGTGTACCGTTAGGATTCAAAATTCCCCAATG
CCTCTCTGTTCCTGAACCGGGTTTCTGGTTTTCATTGAACAATGAGAACAAAAACGTCGG
TATTGGTGAACCGCGTCTAGCCGGTGTACCGAGTGGCGGGTTAGCAGTCATCTTCTTGAT
CAAATTCCGGTTATAAGTTGCGGCATTGAAAATGTTAGCTCCGGTTTCGTCGATATCACC
GGAGTTAGGCCACCCGGTTTCAGAGATGCAAGACGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 15 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB39JQ U 30
AF RR3E438JQ U 31
AF RR3G070JQ U 1
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AF RR3B884TF C 58
AF RR3CQ31JQ U 30
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BS 761 786 RR3B884JQ
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A
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QA 2 541 2 541
DS 

RD RR3E438JQ 611 0 0
GTAACAATATTTTTCATTGTTTATTCGATTTTTCTCAACAATAGGAAACAAGGAGTACAA
ACTTGGAATAATAAGGAAATTACTAATTACTAAGAACAAGATTGACTTAATACGAATGAT
CCAGCTTTTGATCCTTCTCCATAAGCTTTAGTTTTGACTGTTGAGGAGGTCTTACAGGGT
AACGCTAGGGAACTTGCAATGTTCATTTCCTGGGTTGGTTGTGGTCTCACGCGCCAAGCC
GTTGAAGTAGCACTGAGAGCTTTGGTTCCGGAACTGAGCCCGGTACGAGCTAAACGCATA
GCTTGCATGCCAAGTAACCGAAACTGGTGCGTAACACTCTCTTCCCGGCGCCAAAGCTGC
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AGCTCCTTCTGCCGCCACACACCACGCGTTGCCCTTGAACGGAACATTGTTATCTGGTTT
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TTCATTGAACA

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3G070JQ 760 0 0
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TTTCTCAACAATAGGAAACAAGGAGTACAAACTTGGAATAATAAGGAAATTACTAATTAC
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GTTTTGACTGTTGAGGAGGTCTTACAGGGTAATGCTAGGGAACTTGCAATGTTCATTTCC
TGGGTTGGTTGTGGTCTCACGCGCCAAGCCGTTGAAGTAGCACTGAGAGCTTTGGTTCCG
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GTAACACTCTCTTCCCGGCGCCAAAGCTGCACATGTCTCATTGCTTCTTCCACAAGCAAA
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GCCCTTGAACGGAACATTGTTATCTGGTTTAGGCAACGAACCAAGACTAGAAACCGGTCT
TGTTCCACTTAAATCAATATCATAGATCCGTGTACCGTTAGGATTCAAAATTCCCCAATG
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TATTGGTGAACCGCGTCTAGCCGGTGTACCGAGTGGCGGGTTAGCAGTCATCTTCTTGAT
CAAATTCCGGTTATAAGTTGCGGCATTGAAAATGTTAGCT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3B884JQ 758 0 0
G
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CCAGCTTTTGATCCTTCTCCATAAGCTTTAGTTTTGACTGTTGAGGAGGTCTTACAGGGT
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GTTGAAGTAGCACTGAGAGCTTTGGTTCCGGAACTGAGCCCAGTACGAGCTAAACGCATA
GCTTGCATGCCAAGTAACCGAAACTGGTGCGTAACACTCTCTTCCCGGCGCCAAAGCTGC
ACATGTCTCATTGCTTCTTCCACAAGCAAAATCAAGCGCCTGCCCTAACTCCGCCTCGCT
AGCTCCTTCTGCCGCCACACACCACACGTTGCCCTTGAACGGAACATTGTTATCTGGTTT
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TGTACCGTTAGGATTCAAAATTCCCCAATGCCTCTCTGTTCCTGAACCGGGTTTCTGGTT
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GAGTGGCGGGTTAGCAGTCATCTTCTTGATCAAATTCCGGTTATAAGTTGCGGCATTGAA
AATGTTAGCTCCGGTTTCGTCGATATCACCGGAGTT
C

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR3B884TF 730 0 0
GA
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CTAAGAACAAGATTGACTTAATACGAATGATCCAGCTTTTGATCCTTCTCCATAAGCTTT
AGTTTTGACTGTTGAGGAGGTCTTACAGGGTAACGCTAGGGAACTTGCAATGTTCATTTC
CTGGGTTGGTTGTGGTCTCACGCGCCAAGCCGTTGAAGTAGCACTGAGAGCTTTGGTTCC
GGAACTGAGCCCAGTACGAGCTAAACGCATAGCTTGCATGCCAAGTAACCGAAACTGGTG
CGTAACACTCTCTTCCCGGCGCCAAAGCTGCACATGTCTCATTGCTTCTTCCACAAGCAA
AATCAAGCGCCTGCCCTAACTCCGCCTCGCTAGCTCCTTCTGCCGCCACACACCACACGT
TGCCCTTGAACGGAACATTGTTATCTGGTTTAGGCAAAGAACCAAGACTAGAAACCGGTC
TTGTTCCACTTAAATCAATATCATAGATCTGTGTACCGTTAGGATTCAAAATTCCCCAAT
GCCTCTCTGTTCCTGAACCGGGTTTCTGGTTTTCATTGAACAATGAGAACAAAAACGTCG
GTATTGGTGAACCGCGTCTAGCCGGTGTACCGAGTGGCGGGTTAGCAGTCATCTTCTTGA
TCAAATTCCGGTTATAAGTTGCGGCATTGAAAATGTTAGCTCCGGTTTCGTCGATATCAC
CGGAGTT
C

QA 3 729 3 729
DS 

RD RR3CQ31JQ 789 0 0
C
GTAACAATATTTTTCATTGTTTATTGGGGTTTTCTCAACAATAGGAAACAAGGAGTACAA
ACTTGGAATAATAAGGAAATTACTAATTACTAAGAACAAGATTGACTTAATACGAATGAT
CCAGCTTTTGATCCTTCTCCATAAGCTTTAGTTTTGACTGTTGAGGAGGTCTTACAGGGT
AACGCTTGGGAACTTGCAATGTTCATTTCCTGGGTTGGTCGTGGTCTCCCGCGCCAAGCC
GTTGAAGTAGCACTGGGAGCTTTGGTTCCGGAACTGAGCCCAGTACGAGCTAAATGCATA
GCTTGCATGCCAAGTAACCGAAACTGGTGCGTAACACTCTCTTCCCGGCGCCAAAGCTGC
ACATGTCTCATTGCTTCTTCCACAAGCAAAATCAAGCGCCTGCCCTAACTCCGCCTCGCT
AGCTCCTTCTGCCGCCACACACCACACGTTGCCCTTGAACGGAACATTGTTATCTGGTTT
AGGCAACGAACCAAGACTAGAAACCGGTCTTGTTCCACTTAAATCAATATCATAGATCTG
TGTACCGTTAGGATTCAAAATTCCCCAATGCCTCTCTGTTCCTGAACCGGGTTTCTGGTT
TTCATTGAGCAATGAGAACAAAAACGTCGGTATTGGTGAACCGCGTCTAGCCGGTGTACC
AAGTGGCGGGTTAGCAGTCATCTTCTTGATCAAATTCCGGTTATAAGTTGCGGCATTGAA
AATGTTAGCTCCGGTTTCGTCGATGTCACCGGAGTTAGGCCACCCGGTTTCAGAGATGCA
AGACGGAC

QA 2 789 2 789
DS 



AS 4 8

CO CL424Contig1 1183 2 4 U
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CTTATCCCTGCTACCTAACAAGCTTTGCAAACAATGAGTGGTCGGCTTTCTCGGTCCATC
TATGTTGGTAACTTGCCCGGTGACATAAGGGAGTCTGAGATTGAAGATCTCTTCTACAAG
TATGGCCGCATTGTGGATATTGAATTGAAGGTCCCACCTCGTCCTCCATGTTATTGTTTT
GTTGAGTTTGAGCATCCTCGGGATGCTGAAGATGCTATCGATGGCCGTGACGGGTACAAC
TTTGACGGCTCTCGTTTGAGGGTTGAGCTTGCCCATGGTGGTAGAGGACAGTCTTCAGGT
GATCGCCATGGCGGTGGTGGATATCGTGGTGGGGGGTGGTGGTGGCTATGGAGGTGGTGG
AGGATCTGCCCGGTTTGGTGTCTCACGACACTCTGAATTCCGAGGTTTGTGTAATTTGGT
AAGGTTTGGTTGAATCTTCAACCACTTTCTGAATGTTTCTGTGTGTTTCTTGGATGGCTA
CGTGCAGTTATTGTACGTGGGCTCCCATCATCTGCTTCGTGGCAAGATTTGAAGGATCAT
ATGCGGAAAGCTGGTGATGTGTGCTTTGCTGAGGTCACTCGAGACAGTGATGGAACTTAT
GGTGTTGTTGACTACACCAATTATGATGACATGAAGTATGCGATAAGGAAACTTGATGAT
ACAGAGTTCAGAAACCCCTGGGCTAGAGGCTATATCCGGGTTAAGAAGTATGAAAGCTCC
CAGTCTAGAAGCCCAAGCAGAAGCAGGAGCCGTAGTAGAGGCCGTGGTCGCAGCCCTAGT
CGTAGCGTTAACAGAAGCAGGAGCCCAAGAAAGGATCTGAGTAAATCACCCAGACGTTCT
CTTTCAAGATCGTTATCAAAATCTAGATCTCCATCTCCCGGCAGGAAGAAGAGTCCTCCT
AGGGCAATGTCGAGATCGAGGTCCGGGTCTCTTTCAAAATCTCCTGCCAAGGTTCAGGAA
GGAACCGAGTGAGTGATGGCACTTCGAACCCTCCATGGCAAAGATCAAATCGGATAAATG
GGGAGTTCTATGCAAAATTGTAATTTGTTCTTAGGCTACTAGTTCTGGATTCTTTCTTTT
TCCTCTGCTACTACTACTTTGATCTTTAAAACATGTTATCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AU59TF U 1
AF RR3AU59JQ C 288
BS 1 395 RR3AU59TF
BS 396 396 RR3AU59JQ
BS 397 733 RR3AU59TF
BS 734 1183 RR3AU59JQ

RD RR3AU59TF 733 0 0
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TATGTTGGTAACTTGCCCGGTGACATAAGGGAGTCTGAGATTGAAGATCTCTTCTACAAG
TATGGCCGCATTGTGGATATTGAATTGAAGGTCCCACCTCGTCCTCCATGTTATTGTTTT
GTTGAGTTTGAGCATCCTCGGGATGCTGAAGATGCTATCGATGGCCGTGACGGGTACAAC
TTTGACGGCTCTCGTTTGAGGGTTGAGCTTGCCCATGGTGGTAGAGGACAGTCTTCAGGT
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AGGATCTGCCCGGTTTGGTGTCTCACGACACTCTGAATTCCGAGGTTTGTGTAATTTGGT
AAGGTTTGGTTGAATCTTCAACCACTTTCTGAATGTTTCTGTGTGTTTCTTGGATGGCTA
CGTGCAGTTATTGTACGTGGGCTCCCATCATCTGCTTCGTGGCAAGATTTGAAGGATCAT
ATGCGGAAAGCTGGTGATGTGTGCTTTGCTGAGGTCACTCGAGACAGTGATGGAACTTAT
GGTGTTGTTGACTACACCAATTATGATGACATGAAGTATGCGATAAGGAAACTTGATGAT
ACAGAGTTCAGAA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3AU59JQ 896 0 0
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ATGGAGGTGGTGGAGGATCTGCCCGGTTTGGTGTCTCACGACACTCTGAATTCCGAGGTT
TGTGTAATTTGGTAAGGTTTGGTTGAATCTTCAACCACTTTCTGAATGTTTCTGTGTGTT
TCTTGGATGGCTACGTGCAGTTATTGTACGTGGGCTCCCATCATCTGCTTCGTGGCAAGA
TTTGAAGGATCATATGCGGAAAGCTGGTGATGTGTGCTTTGCTGAGGTCACTCGAGACAG
TGATGGAACTTATGGTGTTGTTGACTACACCAATTATGATGACATGAAGTATGCGATAAG
GAAACTTGATGATACAGAGTTCAGAAACCCCTGGGCTAGAGGCTATATCCGGGTTAAGAA
GTATGAAAGCTCCCAGTCTAGAAGCCCAAGCAGAAGCAGGAGCCGTAGTAGAGGCCGTGG
TCGCAGCCCTAGTCGTAGCGTTAACAGAAGCAGGAGCCCAAGAAAGGATCTGAGTAAATC
ACCCAGACGTTCTCTTTCAAGATCGTTATCAAAATCTAGATCTCCATCTCCCGGCAGGAA
GAAGAGTCCTCCTAGGGCAATGTCGAGATCGAGGTCCGGGTCTCTTTCAAAATCTCCTGC
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AATCGGATAAATGGGGAGTTCTATGCAAAATTGTAATTTGTTCTTAGGCTACTAGTTCTG
GATTCTTTCTTTTTCCTCTGCTACTACTACTTTGATCTTTAAAACATGTTATCTTT

QA 1 896 1 896
DS 



CO CL424Contig2 1241 2 8 U
CTTATCCCTGCTACCTAACAAGCTTTACAAACAATGAGTGGTCGGTTTTCTCGGTCCATC
TATGTTGGTAACTTGCCCGGTGACATAAGGGAGTCTGAGATTGAAGATCTCTTCTACAAG
TATGGCCGCATTGTGGATATTGAATTGAAGGTCCCACCTCGTCCTCCATGTTATTGTTTT
GTTGAGTTTGAGCATCCTCGGGATGCTGAAGATGCTATCGATGGCCGTGACGGGTACAAC
TTTGACGGCTCTCGTTTGAGGGTTGAGCTTGCCCATGGTGGTGGCTATGGAGGTGGTGGA
GGATCTGCCCGGTTTGGTGTCTCACGACACTCTGAATTCCGAGTTATTGTACGTGGGCTC
CCATCATCTGCTTCGTGGCAAGATTTGAAGGATCATATGCGGAAAGCTGGTGATGTGTGC
TTTGCTGAGGTCACTCGAGACAGTGATGGAACTTATGGTGTTGTTGACTACACCAATTAT
GATGACATGAAGTATGCGATAAGGAAACTTGATGATACAGAGTTCAGAAACCCCTGGGCT
AGAGGCTATATCCGGGTTAAGAAGTATGAAAGCTCCCAGTCTAGAAGCCCAAGCAGAAGC
AGGAGCCGTAGTAGAGGCCGTGGTCGCAGCCCTAGTCGTAGCGTTAGCAGAAGCAGGAGC
CCAAGAAAGGATCTGAGTAAATCACCCAGACGTTCTCTTTCAAGATCGTTATCAAAATCT
AGATCTCCATCTCCCGACAGGAAGAAGAGTCCTCCTAGGGCAATGTCGAGATCGAGGTCC
AGGTCTCTTTCAAAATCTCCTGCCAAGGTTCAGGAAGGAACCGAGTGAGTGATGGCACTT
CGAACCCTCCATGGCAAAGATCGTGGTGGGGGTGGTGGTGGCTATGGAGGTGGTGGAGGA
TCTGCCCGGTTTGGTGTCTCACGACACTCTGAATTCCGAGTTATTGTACGTGGGCTCCCA
TCATCTGCTTCGTGGCAAGATTTGAAGGATCATATGCGGAAAGCTGGTGATGTGTGCTTT
GCTGAGGTCACTCGAGACAGTGATGGAACTTATGGTGTTGTTGACTACACCAATTATAAC
GACACTCTGAATTCCGAGTTCTATGCAAAATTGTAATTTGTTCTTAGGCTACTAGTTCTG
GATTCTTTCTTTTTCCTCTGCTACTACTACTTTGATCTTTAAAACATGTTATCTTTACCG
GTTCTTTAAATTTTTATGTTTACTGTTTGGGAGTTTTAGAC


BQ
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AF RR3BA45TF U 1
AF RR3BA45JQ C 399
BS 1 656 RR3BA45TF
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BS 658 680 RR3BA45TF
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BS 704 737 RR3BA45TF
BS 738 1241 RR3BA45JQ

RD RR3BA45TF 737 0 0
CTTATCCCTGCTACCTAACAAGCTTTACAAACAATGAGTGGTCGGTTTTCTCGGTCCATC
TATGTTGGTAACTTGCCCGGTGACATAAGGGAGTCTGAGATTGAAGATCTCTTCTACAAG
TATGGCCGCATTGTGGATATTGAATTGAAGGTCCCACCTCGTCCTCCATGTTATTGTTTT
GTTGAGTTTGAGCATCCTCGGGATGCTGAAGATGCTATCGATGGCCGTGACGGGTACAAC
TTTGACGGCTCTCGTTTGAGGGTTGAGCTTGCCCATGGTGGTGGCTATGGAGGTGGTGGA
GGATCTGCCCGGTTTGGTGTCTCACGACACTCTGAATTCCGAGTTATTGTACGTGGGCTC
CCATCATCTGCTTCGTGGCAAGATTTGAAGGATCATATGCGGAAAGCTGGTGATGTGTGC
TTTGCTGAGGTCACTCGAGACAGTGATGGAACTTATGGTGTTGTTGACTACACCAATTAT
GATGACATGAAGTATGCGATAAGGAAACTTGATGATACAGAGTTCAGAAACCCCTGGGCT
AGAGGCTATATCCGGGTTAAGAAGTATGAAAGCTCCCAGTCTAGAAGCCCAAGCAGAAGC
AGGAGCCGTAGTAGAGGCCGTGGTCGCAGCCCTAGTCGTAGCGTTAGCAGAAGCAG*AGC
CCAAGAAAGGATCTGAGTAA*TCACCCAGACGTTCTCTTTCA*GATCGTTATCAAAATCT
AGATCTCCATCTCCCGA

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3BA45JQ 843 0 0
GCGGAAAGCTGGTGATGTGTGCTTTGCTGAGGTCACTCGAGACAGTGATGGAACTTATGG
TGTTGTTGACTACACCAATTATGATGACATGAAGTATGCGATAAGGAAACTTGATGATAC
AGAGTTCAGAAACCCCTGGGCTAGAGGCTATATCCGGGTTAAGAAGTATGAAAGCTCCCA
GTCTAGAAGCCCAAGCAGAAGCAGGAGCCGTAGTAGAGGCCGTGGTCGCAGCCCTAGTCG
TAGCGTTAGCAGAAGCAGGAGCCCAAGAAAGGATCTGAGTAAATCACCCAGACGTTCTCT
TTCAAGATCGTTATCAAAATCTAGATCTCCATCTCCCGACAGGAAGAAGAGTCCTCCTAG
GGCAATGTCGAGATCGAGGTCCAGGTCTCTTTCAAAATCTCCTGCCAAGGTTCAGGAAGG
AACCGAGTGAGTGATGGCACTTCGAACCCTCCATGGCAAAGATCGTGGTGGGGGTGGTGG
TGGCTATGGAGGTGGTGGAGGATCTGCCCGGTTTGGTGTCTCACGACACTCTGAATTCCG
AGTTATTGTACGTGGGCTCCCATCATCTGCTTCGTGGCAAGATTTGAAGGATCATATGCG
GAAAGCTGGTGATGTGTGCTTTGCTGAGGTCACTCGAGACAGTGATGGAACTTATGGTGT
TGTTGACTACACCAATTATAACGACACTCTGAATTCCGAGTTCTATGCAAAATTGTAATT
TGTTCTTAGGCTACTAGTTCTGGATTCTTTCTTTTTCCTCTGCTACTACTACTTTGATCT
TTAAAACATGTTATCTTTACCGGTTCTTTAAATTTTTATGTTTACTGTTTGGGAGTTTTA
GAC

QA 1 843 1 843
DS 



CO CL424Contig3 887 2 3 U
GATCTCAAGACTCATGCTTATCTAAAACTCCCAAACAGTAAACATAAAAATTTAAAGAAC
CGGTAAAGATAACATGTTTTAAAGATCAAAGTAGTAGTAGCAGAGGAAAAAGAAAGAATC
CAGAACTAGTAGCCTAAGAACAAATTACAATTTTGCATAGAACTCCCCATTTATCCGATT
TGATCTTTGCCATGGAGGGTTCGAAGTGCCATCACTCACTCGGTTCCTTCCTGAACCTTG
GCAGGAGATTTTGAAAGAGACCTGGACCTCGATCTCGACATTGCCCTAGGAGGACTCTTC
TTCCTGTCGGGAGATGGAGATCTAGATTTTGATAACGATCTTGAAAGAGAACGTCTGGGT
GATTTACTCAGATCCTTTCTTGGGCTCCTGCTTCTGCTAACGCTACGACTAGGGCTGCGA
CCACGGCCTCTACTACGGCTCCTGCTTCTGCTTGGGCTTCTAGACTGGGAGCTTTCATAC
TTCTTAACCCGGATATAGCCTCTAGCCCAGGGGTTTCTGAACTCTGTATCATCAAGTTTC
CTTATCGCATACTTCATGTCATCATAATTGGTGTAGTCAACAACACCATAAATTCCATCA
CTGTCTCGAGTGACCTCAGCAAAGCACACATCACCAGCTTTCCGCATATGATCCTTCAAA
TCTTGCCACGAAGCAGATGATGGGAGCCCACGTACAATAACTCGGAATTCAGAGTGTCGT
GAGACACCAAACCGGGCAGATCCTCCACCACCTCCATAGCCACCACCACCCCCACCACGA
TATCCACCCCGCCACGGCGATCACCTGAAGACTGTCCTCTACACATGGGCAAGCTCACCC
TCAAACGAGAGCCGTCAAGTTGTACCCGTCACGGCATCGATAGCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ85JQ U 30
AF RR3CB28JQ U 1
BS 1 591 RR3CB28JQ
BS 592 592 RR3CQ85JQ
BS 593 887 RR3CB28JQ

RD RR3CQ85JQ 726 0 0
CCCAAACAGTAAACATAAAAATTTAAGGAACCGGTAAAGATAACATGTTTTAAAGATCAA
AGTAGTAGTAGCAGAGGAAAAAGAAAGAATCCAGAACTAGTAGCCTAAGAACAAATTACA
ATTTTGCATAGAACTCCCCATTTATCCGATTTGATCTTTGCCATGGAGGGTTCGAAGTGC
CATCACTCACTCGGTTCCTTCCTGAACCTTGGCAGGAGATTTTGAAAGAGACCTGGACCT
CGATCTCGACATTGCCCTAGGAGGACTCTTCTTCCTGTCGGGAGATGGAGATCTAGATTT
TGATAACGATCTTGAAAGAGAACGTCTGGGTGATTTACTCAGATCCTTTCTTGGGCTCCT
GCTTCTGCTAACGCTACGACTAGGGCTGCGACCACGGCCTCTACTACGGCTCCTGCTTCT
GCTTGGGCTTCTAGACTGGGAGCTTTCATACTTCTTAACCCGGATATAGCCTCTAGCCCA
GGGGTTTCTGAACTCTGTATCATCAAGTTTCCTTATCGCATACTTCATGTCATCATAATT
GGTGTAGTCAACAACACCATAAATTCCATCACTGTCTCGAGTGACCTCAGCAAAGCACAC
ATCACCAGCTTTCCGCATATGATCCTTCAAATCTTGCCACGAAGCAGATGATGGGAGCCC
ACGTACAATAACTCGGAATTCAGAGTGTCGTGAGACACCAAACCGGGCAGATCCTCCACC
ACCTCC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3CB28JQ 887 0 0
GATCTCAAGACTCATGCTTATCTAAAACTCCCAAACAGTAAACATAAAAATTTAAAGAAC
CGGTAAAGATAACATGTTTTAAAGATCAAAGTAGTAGTAGCAGAGGAAAAAGAAAGAATC
CAGAACTAGTAGCCTAAGAACAAATTACAATTTTGCATAGAACTCCCCATTTATCCGATT
TGATCTTTGCCATGGAGGGTTCGAAGTGCCATCACTCACTCGGTTCCTTCCTGAACCTTG
GCAGGAGATTTTGAAAGAGACCTGGACCTCGATCTCGACATTGCCCTAGGAGGACTCTTC
TTCCTGTCGGGAGATGGAGATCTAGATTTTGATAACGATCTTGAAAGAGAACGTCTGGGT
GATTTACTCAGATCCTTTCTTGGGCTCCTGCTTCTGCTAACGCTACGACTAGGGCTGCGA
CCACGGCCTCTACTACGGCTCCTGCTTCTGCTTGGGCTTCTAGACTGGGAGCTTTCATAC
TTCTTAACCCGGATATAGCCTCTAGCCCAGGGGTTTCTGAACTCTGTATCATCAAGTTTC
CTTATCGCATACTTCATGTCATCATAATTGGTGTAGTCAACAACACCATAAGTTCCATCA
CTGTCTCGAGTGACCTCAGCAAAGCACACATCACCAGCTTTCCGCATATGATCCTTCAAA
TCTTGCCACGAAGCAGATGATGGGAGCCCACGTACAATAACTCGGAATTCAGAGTGTCGT
GAGACACCAAACCGGGCAGATCCTCCACCACCTCCATAGCCACCACCACCCCCACCACGA
TATCCACCCCGCCACGGCGATCACCTGAAGACTGTCCTCTACACATGGGCAAGCTCACCC
TCAAACGAGAGCCGTCAAGTTGTACCCGTCACGGCATCGATAGCATC

QA 1 887 1 887
DS 



CO CL424Contig4 649 2 3 U
GGACGGCCGACAAGATCTAATTATCAAAGCCTTGGTTCCTCCGAATCTTGTCCGGTGCTG
CTTATCCCTGCTACCTAACAAGCTTTGCAAACAATGAGTGGTCGGTTTTCTCGGTCCATC
TATGTTGGTAACTTGCCCGGTGACATAAGGGAGTCTGAGATTGAAGATCTCTTCTACAAG
TATGGCCGCATTGTGGATATTGAATTGAAGGTCCCACCTCGTCCTCCATGTTATTGTTTT
GTTGAGTTTGAGCATCCTCGGGATGCTGAAGATGCTATCGATGGCCGTGACGGGTACAAC
TTTGACGGCTCTCGTTTGAGGGTTGAGCTTGCCCATGGTGGTAGAGGACAGTCTTCAGGT
GATCGCCGTGGCGGTGGTGGATATCGTGGTGGGGGTGGTGGTGGCTATGGAGGTGGTGGA
GGATCTGCCCGGTTTGGTGTCTCACGACACTCTGAATTCCGAGTTATTGTACGTGGGCTC
CCATCATCTGCTTCGTGGCAAGATTTGAAGGATCATATGCGGAAAGCTGGTGATGTGTGC
TTTGCTGAGGTCACTCGAGACAGTGATGGAACTTATGGTGTTGTTGACTACACCAATTAT
GATGACATGAAGTATGCGATAAGGAAACTTGATGATACAGAGTTCAGAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ85TF U 1
AF RR3CB28TF U 1
BS 1 269 RR3CB28TF
BS 270 270 RR3CQ85TF
BS 271 649 RR3CB28TF

RD RR3CQ85TF 456 0 0
GGACGGCCGACAAGATCTAATTATCAAAGCCTTGGTTCCTCCGAATCTTGTCCGGTGTTG
CTTATCCCTGCTACCTAACAAGCTTTGCAAACAATGAGTGGTCGGTTTTCTCGGTCCATC
TATGTTGGTAACTTGCCCGGTGACATAAGGGAGTCTGAGATTGAAGATCTCTTCTACAAG
TATGGCCGCATTGTGGATATTGAATTGAAGGTCCCACCTCGTCCTCCATGTTATTGTTTT
GTTGAGTTTGAGCATCCTCGGGATGCTGAAGATGCTATCGATGGCCGTGACGGGTACAAC
TTTGACGGCTCTCGTTTGAGGGTTGAGCTTGCCCATGGTGGTAGAGGACAGTCTTCAGGT
GATCGCCGTGGCGGTGGTGGATATCGTGGTGGGGGTGGTGGTGGCTATGGAGGTGGTGGA
GGATCTGCCCGGTTTGGTGTCTCACGACACTCTGAA

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR3CB28TF 649 0 0
GGACGGCCGACAAGATCTAATTATCAAAGCCTTGGTTCCTCCGAATCTTGTCCGGTGCTG
CTTATCCCTGCTACCTAACAAGCTTTGCAAACAATGAGTGGTCGGTTTTCTCGGTCCATC
TATGTTGGTAACTTGCCCGGTGACATAAGGGAGTCTGAGATTGAAGATCTCTTCTACAAG
TATGGCCGCATTGTGGATATTGAATTGAAGGTCCCACCTCGTCCTCCATGTTATTGTTTT
GTTGAGTTTGAGCATCCTCGGGATGCTGATGATGCTATCGATGGCCGTGACGGGTACAAC
TTTGACGGCTCTCGTTTGAGGGTTGAGCTTGCCCATGGTGGTAGAGGACAGTCTTCAGGT
GATCGCCGTGGCGGTGGTGGATATCGTGGTGGGGGTGGTGGTGGCTATGGAGGTGGTGGA
GGATCTGCCCGGTTTGGTGTCTCACGACACTCTGAATTCCGAGTTATTGTACGTGGGCTC
CCATCATCTGCTTCGTGGCAAGATTTGAAGGATCATATGCGGAAAGCTGGTGATGTGTGC
TTTGCTGAGGTCACTCGAGACAGTGATGGAACTTATGGTGTTGTTGACTACACCAATTAT
GATGACATGAAGTATGCGATAAGGAAACTTGATGATACAGAGTTCAGAA

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 8

CO CL425Contig1 865 8 13 U
GGACGATCAAAAGCTCACATTGAGAGAGAGAGAAGTAGACAAGTCTCTCACATAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAACCCACCGGAGAAAAAAAAAAGAGAAGAAGATGTCGTGGCAATCGTAC
GTTGATGACCACCTCATGTGCGACGTCGAAGGCAGCCAGCTCACCGCCGCCGCTATTCTC
GGCCAAGACGGCAGCGTCTGGGCTCAGAGCGCCAATTTCCCTCAGTTGAAGAGTGAAGAA
ATCAAAGGAATCACAAAGGACTTCGAGGAGCCTGGGCATCTTGCACCAACCGGACTCTTT
CTGGGTGGAGCCAAGTACATGGTTATTCAAGGTGAGCCAGGAGCTGTGATCCGAGGCAAG
AAGGGACCTGGAGGAGTTACTATCAAGAAGACGAATCAAGCATTGGTCATTGGCATCTAC
GAGGAGCCCATGACTGGTGGTCAATGCAACTTGGTTGTGGAGAGGCTTGGTGATTATCTC
ATCGAGTCTGATCTCTAAATTTTTCAGTTTCAAAAGTCTCTTCTTTCTTTATAACTAAAG
AAATGTTCTTTTATCATTGTGATTGAATCGTAATGCTATCAAAACGCAAATCAAATTTGA
GGTTTGGAACCAATATCTTGTTGTTGGTCTTTGTTATTACCGGGTTTGTGTGTCTTATGT
AATGGCATTTTGATCATCTCTTCATCCCTTCATATGTATTGTGTTTTTTGGATTTTTGTT
TCTCCCTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTGATCGACGCTGTTGGTTTACGTTTTGT
GGCTGAAACATCTTTGTGTACAATTGCCACATAAAAGAACGTTTTGTAGAAATATGGATT
TGCATAAAGAAAACGTAAACGGAGT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL08TF U 1
AF RR3DG95JQ C 298
AF RR3FK24TF U 3
AF RR3E733TF U 1
AF RR3FK24JQ C 143
AF RR3EL08JQ C 51
AF RR3F430TF U 35
AF RR3E733JQ C 304
BS 1 98 RR3E733TF
BS 99 99 RR3EL08TF
BS 100 101 RR3E733TF
BS 102 102 RR3EL08TF
BS 103 140 RR3E733TF
BS 141 141 RR3EL08TF
BS 142 206 RR3E733TF
BS 207 207 RR3EL08TF
BS 208 635 RR3E733TF
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BS 689 711 RR3F430TF
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GGAC
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AAAAAAAAACCCACCGGAGAAAAAAAAAAGAGAAGAAGATGTCGTGGCAATCGTACGTTG
ATGACCACCTCATGTGCGACGTCGAAGGCAGCCAGCTCACCGCCGCCGCTATTCTCGGCC
AAGACGGCAGCGTCTGGGCTCAGAGCGCCAATTTCCCTCAGTTGAAGAGTGAAGAAATCA
AAGGAATCACAAAGGACTTCGAGGGGCCTGGGCATCTTGCATCAACCGGACTCTTTCTGG
GTGGAGCCAAGTACATGGTTATTCAAGGTGAGCCAGGAGCTGTGATCCGAGGCAAGAAGG
GACCTGGAGGAGTTACTATCAAGAA

QA 5 389 5 389
DS 

RD RR3DG95JQ 275 0 0
TTTT
TGGGTGGAGCCAAGTACATGGTTATTCAAGGTGAGCCAGGAGCTGTGATCCGAGGCAAGA
AGGGACCTGGAGGAGTTACTATCAAGAAGACGAATCAAGCATTGGTCGTTGGCATTTACG
AGGAGCCCATGACTGGTGGTCAATGCAACTTGGTTGTGGAGAGGCTTGGTGATTATCTCA
TCGAGTCTGATCTCTAAATTTTTCAGTTTCAAAAGTTTCTTCTTTCTTTATAACTAAAGA
AATGTTCTTTTATCATTGTGATTGAATCGTA

QA 5 275 5 275
DS 

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GG
GATCAAAAGCTCACATTGAGAGAGAGAGAAGTAGACAAGTCTCTCACATAAAAAAAAAAA
AAAAAA***CCCACCGGAGAAAAAAAAAAGAGAAGAAGATGTCGTGGCAATCGTACGTTG
ATGACCACCTCATGTGCGACGTCGAAGGCAGCCAGCTCACCGCCGCCGCTATTCTCGGCC
AAGACGGCAGCGTCTGGGCTCAGAGCGCCAATTTCCCTCAGTTGAAGAGTGAAGAAATCA
AAGGAATCACAAAGGACTTCGAGGAGCCTGGGCATCTTGCACCAACCGGACT*TTTCTGG
GTGGAGCCAAGTACATGGTTATTCAAGGTGAGCCAGGAGCTGTGATCCGAGGCAAGAAGG
GACCTGGAGGAGTTACTATCAAGAAGACGAATCAAGCATTGGTCATTGGCATCTACGAGG
AGCCCATGACTGGTGGTCAATGCAACTTGGTTGTGGAGAGGCTTGGTGATTATCTCATCG
AGTCTGATCTCTAAATTTTTCAGTTTCAAAAGTCTCTTCTTTCTTTATAACTAAAGAAAT
GTTCTTTTATCATTGTGATTGAATCGTAATGCTATCAAAACGCAAATCAAATTT

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DS 

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GGACGATCAAAAGCTCACATTGAGAGAGAGAGAAGTAGACAAGTCTCTCACATAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAACCCACCGGAGAAAAAAAAAAGAGAAAAAAATGTCGTGGCAATCGTAC
GTTGATGACCACCTCATGTGTGACGTCGAAGGCAGCCAGCTCACCGCCGCCGCTATTCTC
GGCCAAGACGGCAGCGTCTGGGCTCAAAGCGCCAATTTCCCTCAGTTGAAGAGTGAAGAA
ATCAAAGGAATCACAAAGGACTTCGAGGAGCCTGGGCATCTTGCACCAACCGGACTCTTT
CTGGGTGGAGCCAAGTACATGGTTATTCAAGGTGAGCCAGGAGCTGTGATCCGAGGCAAG
AAGGGACCTGGAGGAGTTACTATCAAGAAGACGAATCAAGCATTGGTCATTGGCATCTAC
GAGGAGCCCATGACTGGTGGTCAATGCAACTTGGTTGTGGAGAGGCTTGGTGATTATCTC
ATCGAGTCTGATCTCTAAATTTTTCAGTTTCAAAAGTCTCTTCTTTCTTTATAACTAAAG
AAATGTTCTTTTATCATTGTGATTGAATCGTAATGCTATCAAAACGCAAATCAAATTTGA
GGTTTGGAACCAATATCTTGTTGTTGGTCTTTGTT

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DS 

RD RR3FK24JQ 469 0 0
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CTCAGAGCGCCAATTTCCCTCAGTTGAAGAGTGAAGAAATCAAAGGAATCACAAAGGACT
TCGAGGAGCCTGGGCATCTTGCACCAACCGGACT*TTTCTGGGTGGAGCCAAGTACATGG
TTATTCAAGGTGAGCCAGGAGCTGTGATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGAGTTACTA
TCAAGAAGACGAATCAAGCATTGGTCATTGGCATTTACGAGGAGCCCATGACTGGTGGTC
AATGCAACTTGGTTGTGGAGAGGCTTGGTGATTATCTCATCGAGTCTGATCTCTAAATTT
TTCAGTTTCAAAAGTTTCTTCTTTCTTTATAACTAAAGAAATGTTCTTTTATCATTGTGA
TTGAATCGTAATGCTATCAAAACGCAAATCAAATTTGAGGTTTGGAACC

QA 1 469 1 469
DS 

RD RR3EL08JQ 561 0 0
CATA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAACCCACCGGAGAAAAAAAAAAGAGAAGAAGATGTCGTGGCAA
TCGTACGTTGATGACCACCTCATGTGCGACGTCGAAGGCAGCCAGCTCACCGCCGCCGCT
ATTTTCGGCCAAGACGGCAGCGTCTGGGCTCAGAGCGCCAATTTCCCTCAGTTGAAGAGT
GAAGAAATCAAAGGAATCACAAAGGACTTCGAGGGGCCTGGGCATCTTGCATCAACCGGA
CTCTTTCTGGGTGGAGCCAAGTACATGGTTATTCAAGGTGAGCCAGGAGCTGTGATCCGA
GGCAAGAAGGGACCTGGAGGAGTTACTATCAAGAAGACGAATCAAGCATTGGTCATTGGC
ATCTACGAGGAGCCCATGACTGGTGGTCAATGCAACTTGGTTATGGAGAGGCTTGGTGAT
TATCTCATCGAGTCTGATCTCTAAATTTTTCAGTTTCAAAAGTCTCTTCTTTCTTTATAA
CTAAAGAAATGTTCTTTTATCATTGTGATTGAATCGTAATGCTATCAAAACGCAAATCAA
ATTTGAGGTTTGGAACC

QA 5 561 5 561
DS 

RD RR3F430TF 678 0 0
GG
AGACAAGTCTCTCACATAAAAAAAAAAAAAAAAA***CCCACCGGAGAAAAAAAAAAGAG
AAGAAGATGTCGTGGCAATCGTACGTTGATGACCACCTCATGTGCGACGTCGAAGGCAGC
CAGCTCACCGCCGCCGCTATTCTCGGCCAAGACGGCAGCGTCTGGGCTCAGAGCGCCAAT
TTCCCTCAGTTGAAGAGTGGAGAAATCAAAGGAATCACAAAGGACTTCGAGGAGCCTGGG
CATCTTGCACCAACCGGACTCTTTCTGGGTGGAGCCAAGTACATGGTTATTCAAGGTGAG
CCAGGAGCTGTGATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGAGTTACTATCAAGAAGACGAAT
CAAGCATTGGTCATTGGCATCTACGAGGAGCCCATGACTGGTGGTCAATGCAACTTGGTT
GTGGAGAGGCTTGGTGATTATCTCATCGAGTCTGATCTCTAAATTTTTCAGTTTCAAAAG
TCTCTTCTTTCTTTATAACTAAAGAAATGTTCTTTTATCATTGTGATTGAATCGTAATGC
TATCAAAACGCAAATCAAATTTGAGGTTTGGAACCAATATCTTGTTGTTGGTCTTTGTTA
TTACCGGGTTTGTGTGTCTTATGTAATGGCATTTTGATCATCTCTTCATCC*TTCATATG
TATTGTGTTTTTTGG
G

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR3E733JQ 562 0 0
GGTGGAGCCAAGTACATGGTTATTCAAGGTGAGCCAGGAGCTGTGATCCGAGGCAAGAAG
GGACCTGGAGGAGTTACTATCAAGAAGACGAATCAAGCATTGGTCATTGGCATTTACGAG
GAGCCCATGACTGGTGGTCAATGCAACTTGGTTGTGGAGAGGCTTGGTGATTATTTCATC
GAGTTTGATCTTTAAATTTTTCAGTTTCAAAAGTTTTTTCTTTCTTTATAACTAAAGAAA
TGTTCTTTTATCATTGTGATTGAATCGTAATGCTATCAAAACGCAAATCAAATTTGAGGT
TTGGAACCAATATCTTGTTGTTGGTTTTTGTTATTACCGGGTTTGTGTGTCTTATGTAAT
GGCATTTTGATCATCTCTTCATCCCTTCATATGTATTGTGTTTTTTGGATTTTTGTTTCT
CCCTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTGATCGACGCTGTTGGTTTACGTTTTGTGGC
TGAAACATCTTTGTGTACAATTGCCACATAAAAGAACGTTTTGTAGAAATATGGATTTGC
ATAAAGAAAACGTAAACGGAGT

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 10

CO CL426Contig1 1717 10 15 U
GAATCTTCGCAGGAGGAGTACGAATTGACTTTTGTCGTTTTCCCCTTGGGAATCAAGACT
AATTTGATACCAAAGCTTTGACTTGTATAATACGAAAACAACTGATAGTAACACATTAAC
TCTAAGATTTGATTTAACTAATTCGATCTCATAACTCATAAATCATAACCCAAACTTTAC
ATTTAGTTTGTTTTTCTCGCCATAATTTTGAATGTTACATCTCTTGATATGGATTTTTTT
TAAGCCTTTGGAAGTGGCTTGCCTGTCAAGAAATACTTGAACAGCTCAAAAGCAGCACGA
GGCTTGAACAATGGCACCTCGTGACCTGCTCCTCTGACCGTCACGAACGTTAGTCCCTCG
TACACTTCCGTCCACCCTCCGACCTGTTTCTTGACATACCAAGGATACCAAGAGACTTTG
GTACTCAAAGAAAGTCTTGCTAATGCGTACCTAGTCGCCGTCACCGGTACAACGGAATCC
ACATCGCCACTGAAAACCCAAACCCTAATCCCACCAGAAATCATTTCTCGGTATATAGGT
AGAACCGATAAATCTGAGTCGTTCCAGTTCCGGTTTAGTACCTCACTGCAAGCTGTCCAT
TTGTAAGGAATCTTGGTGGTGTTGGCATGAAGAGCTTTCTGAACATCGGGCCGGTTGTAA
TAGATCTCTGCATATCTCTCGGTACATGGATCATACCCTGATATTTTCCTCAACACGGAG
TGAGGAAGATGAGGGACACGCATACTCCGGCGACCAGATGAACCACTGACTCCACGGCCA
ACTTCACTTGACTTGTTGCACGGGGGTGCATAGATGTTGTACTGGTCTATGTTACCAAAC
TCTTTCTCCATCGCGTAAGAGTAAACCGTTTCGCATTGATCTGATTCCGTCTGTCGACTA
AAATCGCACGTGTTTACCAGCTGATGATACGTCCTATCAGAGATCATCGCATGGCTCCAC
CAATACGTCACCGTTCCAAGATTATCATAGTGATTGTCAGTCACGGCATTTCCAACCATG
ATTCCTTTGAGATTGATTGGATTCTTAGAGCGTTTGTTGTAATGCATGATTTCTCTAGCG
AGCTGAGGGACGTAATGTCCGGCGTAACTCTCTCCGGTGATGTAAACCTCACGGCGGTTG
TATCTCGGAAACCGGTGAAGCCATTTAATAAGAAACTGAAGTGAATCTTTGGCAGTGCGG
ATGTCGCCAGTATTGAAGAGGTCGGAGGAGCGGTTAGTGTAAGAGAAACCGACGCCGGCG
GGAGCTTCGAGGAACAAGAGATTGGCGATTGAGTTCCACGCGAACTTGTTGAGATACAAA
C*CGGACCCACCTCTGCTTATCCTGAATGGTCCTATCTCTTCCGACGCACCGTACGCTAC
CGACGAACATCCCGGTCCTCCGTTGAGCCAAATCACGAGAGGTTTGGAGAGAGGAAGGTG
AGAAGCTTCGGTGAGCCAATAGAAGAGTGATCTTCCTGAGTGTGTATCGACGGTGACATA
GCCGGCAAACTGCTCAAACGTGACGTTTGGTTGACCGGGAAGTGATGTAATCCGGTCTGC
TTCAGCTTGTTTCTCTCCTTCTCCTGCTTCACTTCCCCCTTGAGATGTCATTACAAGTAT
GGCCATGAGAGTGGTGAAAAGTATGCATTTTACCATCGCCATGGTCAGAAAGAGGGGAAG
AAAAGTTTAGAGTGTGTCGGAGACTTTTCAGATTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3F092JQ U 1
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AF RR3EG63TF C 1053
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TCTAAGATTTGATTTAACTAATTCGATCTCATAACTCATAAATCATAACCCAAACTTTAC
ATTTAGTTTGTTTTTCTCGCCATAATTTTGAATGTTACATCTCTTGATATGGATTTTTTT
TAAGCCTTTGGAAGTGGCTTGCCTGTCAAGAAATACTTGAACAGCTCAAAAGCAGCACGA
GGCTTGAACAATGGCACCTCGTGACCTGCTCCTCTGACCGTCACGAACGTTAGTCCCTCG
TACACTTCCGTCCACCCTCCGACCTGTTTCTTGACATACCAAGGATACCAAGAGACTTTG
GTACTCAAAGAAAGTCTTGCTAATGCGTACCTAGTCGCCGTCACCGGTACAACGGAATCC
ACATCGCCACTGAAAACCCAAACCCTAATCCCACCAGAAATCATTTCTCGGTATATAGGT
AGAACCGATAAATCTGAGTCGTTCCAGTTCCGGTTTAGTACCTCACTGCAAGCTGTCCAT
TTGTAAGGAATCTTGGTGGTGTTGGCATGAAGA

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DS 

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TTTTTCTCGCCATAATTTTGAATGTTACATCTCTTGATATGGATTTTTTTTAAGCCTTTG
GAAGTGGCTTGCCTGTCAAGAAATACTTGAACAGCTCAAAAGCAGCACGAGGCTTGAACA
ATGGCACCTCGTGACCTGCTCCTCTGACCGTCACGAACGTTAGTCCCTCGTACACTTCCG
TCCACCCTCCGACCTGTTTCTTGACATACCAAGGATACCAAGAGACTTTGGTACTCAAAG
AAAGTCTTGCTAATGCGTACCTAGTCGCCGTCACCGGTACAACGGAATCCACATCGCCAC
TGAAAACCCAAACCCTAATCCCACCAGAAATCATTTCTCGGTATATAGGTAGAACCGATA
AATCTGAGTCGTTCCAGTTCCGGTTTAGTACCTCACTGCAAGCTGTCCATTTGTAAGGAA
TCTTGGTGGTGTTGGCATGAAGAGCTTTCTGAACATCGGGCCGGTTGTAATAGATCTCTG
CATATCTCTCGGTACATGGATCATACCCTGATATTTTCCTCAACACGGAGTGAGGAAGAT
GAGGGACACGCATACTCCGGCGACCAGATGAACCACTGACTCCACGGCCAACTTCACTTG
ACTTGTTGCACGGGGGTGCATAGATGTTGTACTGGTCTATGTTACCAAACTCTTTCTCCA
TCGCGTAAGAGTAAACCGTTTCGCATTGATCTGATTCCGTCTGTCGACTAAAATCGCACG
TGTTA**CAGCTGATGATACGTCCTATCAGAGATCATCGCATGG

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DS 

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AAATACTTGAACAGCTCAAAAGCAGCACGAGGCTTGAACAATGGCACCTCGTGACCTGCT
CCTCTGACCGTCACGAACGTTAGTCCCTCGTACACTTCCGTCCACCCTCCGACCTGTTTC
TTGACATACCAAGGATACCAAGAGACTTTGGTACTCAAAGAAAGTCTTGCTAATGCGTAC
CTAGTCGCCGTCACCGGTACAACGGAATCCACATCGCCACTGAAAACCCAAACCCTAATC
CCACCAAAAATCATTTCTCGGTATATAGGTAGAACCGATAAATCTGAGTCGTTCCAGTTC
CGGTTTAGTACCTCACTGCAAGCTGTCCATTTGTAAGGAATCTTGGTGGTGTTGGCATGA
AGAGCTTTCTGAACATCGGGCCGGTTGTAATAGATCTCTGCATATCTCTCGGTACATGGA
TCATACCCTGATATTTTCCTCAACACGGAGTGAGGAAGATGAGGGACACGCATACTCCGG
CGACCAGATGAACCACTGACTCCACGGCCAACTTCACTTGACTTGTTGCACGGGGGTGCA
TAGATGTTGTACTGGTCTATGTTACCAAACTCTTTCTCCATCGCGTAAGAGTAAACCGTT
TCGCATTGATCTGATTCCGTCTGTCGACTAGAATCGCACGTGTTTACCAGCTGATGATAC
GTCCTATCAGAGATCATCGCATGGCTCCACCAATAC

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DS 

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AATGTTACATCTCTTGATATGGATTTTTTTTAAGCCTTTGGAAGTGGCTTGCCTGTCAAG
AAATACTTGAACAGCTCAAAAGCAGCACGGGGCTTGAACAATGGCACCTCGTGACCTGCT
CCTCTGACCGTCACGAACGTTAGTCCCTCGTACACTTCCGTCCACCCTCCGACCTGTTTC
TTGACATACCAAGGATACCAAGAGACTTTGGTACTCAAAGAAAGTCTTGCTAATGCGTAC
CTAGTCGCCGTCACCGGTACAACGGAATCCACATCGCCACCGAAAACCCAAACCCTAATC
CCACCAGAAATCATTTCTCGGTATATAGGTAGAACCGATAAATCTGAGTCGTTCCAGTTA
CGGTTTAGTACCTCACTGCAAGCTGTCCATTTGTAAGGAATCTTGGTGGTGTTGGCATGA
AGAGCTTTCTGAACATCGGGCCGGTTGTAATAGATCTCTGCATATCTCTCGGTACATGGA
TCATACCCTGATATTTTCCTCAACACGGAGTGAGGAAGATGAGGGACACGCATACTCCGG
CGACCAGATGAACCACTGACTCCACGGCCAACTTCACTTGACTTGTTGCACGGGGGTGCA
TAGATGTTGTACTGGTCTATGTTACCAAACTCTTTCTCCATCGCGTAAGAATAAACCGTT
TCGCATTGATCTGATTCCGTCTGTCGACTAAAATCGCACGTGTTTACCAGCTGATGATAC
GTCCTATCAGAGATCATCGCATGGCTCCACCAATACGTCACCGTTCCA*GATTATCATAG
TGATTGTCAGT

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DS 

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GGCCGGTTGTAATAGATCTCTGCATATCTCTCGGTACATGGATCATACCCTGATATTTTC
CTCAACACGGAGTGAGGAAGATGAGGGACACGCATACTCCGGCGACCAGATGAACCACTG
ACTCCACGGCCAACTTCACTTGACTTGTTGCACGGGGGTGCATAGATGTTGTACTGGTCT
ATGTTACCAAACTCTTTCTCCATCGCGTAAGAGTAAACCGTTTCGCATTGATCTGATTCC
GTCTGTCGACTAAAATCGCACGTGTTTACCAGCTGATGATACGTCCTATCAGAGATCATC
GCATGGCTCCACCAATACGTCACCGTTCCA
GATATCATAG

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CCAAACTCTTTCTCCATCGCGTAAGAGTAAACCGTTTCGCATTGATCTGATTCCGTCTGT
CGACTAGAATCGCACGTGTTTACCAGCTGATGATACGTCCTATCAGAGATCATCGCATGG
CTCCACCAATACGTCACCGTTCCAAGATTATCATAGTGATTGTCAGTCACGGCATTTCCA
ACCATGATTCCTTTGAGATTGATTGGATTCTTAGAGCGTTTGTTGTAATGCATGATTTCT
CTAGCGAGCTGAGGGACGTAATGTCCGGCGTAACTCTCTCCGGTGATGTAAACCTCACGG
CGGTTGTATCTCGGAAACCGGTGAAGCCATTTAATAAGAAACTGAAGTGAATCTTTGGCA
GTGCGGATGTCGCCAGTATTGAAGAGGTCGGAGGAGCGGTTAGTGTAAGAGAAACCGACG
CCGGCGGGAGCTTCGAGGAACAAGAGATTGGCGATTGAGTTCCACGCGAACTTGTTGAGA
TACAAAC*CGGACCCACCTCTGCTTATCCTGAATGGTCCTATCTCTTCCGACGCACCGTA
CGCTACCGACGAACATCCCGGTCCTCCGTTGAGCCAAATCACGAGAGGTTTGGAGAGAGG
AAGGTGAGAAGCTTCGGTGAGCCAATAGAAGAGTGATCTTCCTGAGTGTGTATCGACGGT
GACATAGCCGGCAAACTGCTC
C

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CTTAGAGCGTTTGTTGTAATGCATGATTTCTCTAGCGAGCTGAGGGACGTAATGTCCGGC
GTAACTCTCTCCGGTGATGTAAACCTCACGGCGGTTGTATCTCGGAAACCGGTGAAGCCA
TTTAATAAGAAACTGAAGTGAATCTTTGGCAGTGCGGATGTCGCCAGTATTGAAGAGGTC
GGAGGAGCGGTTAGTGTAAGAGAAAACGACGCCGGCGGGAGCTTCGAGGAACAAGAGATT
GGCGATTGAGTTCCACGCGAACTTGTTGAGATACAAACTCGGACCCACCTCTGCTTATCC
TGAATGGTCCTATCTCTTCCGACGCACCGTACGCTACCGACGAACATCCCGGTCCTCCGT
TGAGCCAAATCACGAGAGGTTTGGAGAGAGGAAGGTGAGAAGCTTCGGTGAGCCAATAGA
AGAGTGATCTTCCTGAGTGTGTATCGACGGTGACATAGCCGGCAAACTGCTCAAACGTGA
CGTTTGGTTGACCGGGAAGTGATGTAATCCGGTCTGCTTCAGCTTGTTTCTCTCCTTCTC
CTGCTTCACTTCCCCCTTGAGATGTCATTACAAGTATGGCCATGAGAGTGGTGAAAAGTA
TGCATTTTACCATCGCCATGGTCAGAAA

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DS 

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ATGATTCCTTTGAGATTGATTGGATTCTTAGAGCGTTTGTTGTAATGCATGATTTCTCTA
GCGAGCTGAGGGACGTAATGTCCGGCGTAACTCTCTCCGGTGATGTAAACCTCACGGCGG
TTGTATCTCGGAAACCGGTGAAGCCATTTAATAAGAAACTGAAGTGAATCTTTGGCAGCG
CGGATGTCGCCAGTATTGAAGAGGTCGGAGGAGCGGTTAGTGTAAGAGAAACCGACGCCG
GCGGGAGCTTCGAGGAACAAGAGATTGGCGATTGAGTTCCACGCGAACTTGTTGAGATAC
AAAC*CGGACCCACCTCTGCTTATCCTGAATGGTCCTATCTCTTCCGACGCACCATACGC
TACCGACGAACATCCCGGTCCTCCGTTGAGCCAAATCACGAGAGGTTTGGAGAGAGGAAG
GTGAGAAGCTTCGGTGAGCCAATAGAAGAGTGATCTTCCTGAGTGCGTATCGACGGTGAC
ATAGCCGGCAAACTGCTCAAACGTGACGTTTGGTTGACCGGGAAGTGATGTAATCCGGTC
TGCTCCAGCTTGTTTCTCTCCCTCTCCTGCTTCACTTCCCCCTTGAGATGTCATTACAAG
TATGGCCATGAGAGTGGTGAAAAGTATGCATTTTACCATCGCCATGGTCAGAAAGAGGGG
AAGAAAAGTTTAGAGTGTGTCGGAGACTTTTCAGATT
CC

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DS 

RD RR3F092TF 737 0 0
AGA
TATCATAGTGAT*GTCAGTCACGGCATT*CCAACCATGATTCCTTTGAGATTGATTGGAT
TCTTAGAGCGTTTGTCGTAATGCATGATTCCTCTAGCGAGCTGAGGGACGTAATGTCCGG
CGTAACTCTCTCCGGTGATGTAAACCTCACGGCGGTTGTATCTCGGAAACCGGTGAAGCC
ATTTAATAAGAAACTGAAGTGAATCTTTGGCAGTGCGGATGTCGCCAGTATTGAAGAGGT
CGGAGGAGCGGTTAGTGTAAGAGAAACCGACGCCGGCGGGAGCTTCGAGGAACAAGAGAT
TGGCGATTGAGTTCCACGCGAACTTGTTGAGATACAAAC*CGGACCCACCTCTGCTTATC
CTGAATGGTCCTATCTCTTCCGACGCACCGTACGCTACCGACGAACATCCCGGTCCTCCG
TTGAGCCAAATCACGAGAGGTTTGGAGAGAGGAAGGTGAGAAGCTTCGGTGAGCCAATAG
AAGAGTGATCTTCCTGAGTGTGTATCGACGGTGACATAGCCGGCAAACTGCTCAAACGTG
ACGTTTGGTTGACCGGGAAGTGATGTAATCCGGTCTGCTTCAGCTTGTTTCTCTCCTTCT
CCTGCTTCACTTCCCCCTTGAGATGTCATTACAAGTATGGCCATGAGAGTGGTGAAAAGT
ATGCATTTTACCATCGCCATGGTCAGAAAGAGGGGAAGAAAAGTTTAAAGTGTGTCGGAG
ACTTTTCAGATT
CC

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DS 

RD RR3EG63TF 665 0 0
TTTGTTGTAATGCATGATTTCTCTAGCGAGCTGAGGGACGTAATGTCCGGCGTAACTCTC
TCCGGTGATGTAAACCTCACGGCGGTTGTATCTCGGAAACCGGTGAAGCCATTTAATAAG
AAACTGAAGTGAATCTTTGGCAGTGCGGATGTCGCCAGTATTGAAGAGGTCGGAGGAGCG
GTTAGTGTAAGAGAAAACGACGCCGGCGGGAGCTTCGAGGAACAAGAGATTGGCGATTGA
GTTCCACGCGAACTTGTTGAGATACAAAC*CGGACCCACCTCTGCTTATCCTGAATGGTC
CTATCTCTTCCGACGCACCGTACGCTACCGACGAACATCCCGGTCCTCCGTTGAGCCAAA
TCACGAGAGGTTTGGAGAGAGGAAGGTGAGAAGCTTCGGTGAGCCAATAGAAGAGTGATC
TTCCTGAGTGTGTATCGACGGTGACATAGCCGGCAAACTGCTCAAACGTGACGTTTGGTT
GACCGGGAAGTGATGTAATCCGGTCTGCTTCAGCTTGTTTCTCTCCTTCTCCTGCTTCAC
TTCCCCCTTGAGATGTCATTACAAGTATGGCCATGAGAGTGGTGAAAAGTATGCATTTTA
CCATCGCCATGGTCAGAAAGAGGGGAAGAAAAGTTTAGAGTGTGTCGGAGACTTTTCAGA
TTGCC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 9

CO CL427Contig1 866 9 33 U
CCGGTTCGATAACCTCTGCAAGAAAAGAAGCTTCTTTTAACTCCAACACATCTTATCTTT
TTTTCTTTC*AATTCTCTCT*****GTGGGGATTATT***GTTCAATT*GGGATCGCGAA
GATGATAGATATCAGCCGAGTCCAGAAAGAGCTCCAAGATTGCGAGAAAGACAGAGACTC
CTCGGGCATCCGGGTCTGCCCGAAATCCGACAACCTTACCCGACTCACCGGAACCATCCC
CGGTCCAATCGGTACTCCTTACGAAGGCGGAACCTTTCAGATCGATATCACCATTCCAGA
AGGGTATCCCTTTGAGCCTCCAAAGATGCAATTTTCAACCAAAGTTTGGCACCCGAATAT
CAGTAGCCAAAGCGGGGCAATATGCTTGGATGTCTTGAAAGATCAGTGGAGTCCAGCTCT
TACTTTGAAGACAGCTCTTGTTTCTGTCCAGGCATTACTCTCTGCACCAGAGCCTAAAGA
CCCTCAAGATGCTGTTGTTGCTGAGCAGTACATGAAGAACTATCAAGTGTTCGTATCAAC
AGCTCGTTACTGGACACAAACATTCGCCAAGAACTCTTCTCTTGAGGACAAAGTGAAGAG
ACTTGTGGAGATGGGTTTTGGAGATGCTCAGGTCAGGAGTGCAATTGAATCAAGTGGTGG
AGATGAGAATCTGGCGCTTGAAAAGCTCTGCTCTGGTTAGAATCTA*TCAAAGCAGAGGC
CTCTTTGGGCGCTAGATATGATATTAATTGGGTTTATTATAACTTT***ATGTGTTGCGT
TTCTGTTCTTGTCTGATGATAAGAGTGAACTACTTTTAAAACTAAATGCAATGCTATATA
TCCATAAAAGGAGATTTTATCTAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 40 40 10 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 10 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

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GATGC

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TACTTTGAAGACAGCTCTTGTTTCAGTCCAGGCATTACTCTCTGCACCAGAGCCTAAAGA
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GG
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CGGGTCTGCCCGAAATCCGACAACCTTACCCGACTCACCGGAACCATCCCCGGTCCAATC
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TTTTT
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CTGTTCTTGTCTGATGATAAGAGTGAACTACTTTTAAAACTAAATGCAATGCTATATATC
CAT

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CTGTTCTTGTCTGATGATAAGAGTGAACTACTTTTAAAACTAAATGCAATGCTATATATC
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AAT
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DS 

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TGATGATAAGAGTGAACTACTTTTAAAACTAAATGCAATGCTATATATCCATAAAAGGAG
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CT

QA 1 607 1 607
DS 



AS 2 9

CO CL428Contig1 810 5 5 U
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BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D205JQ U 1
AF RR3GS76JQ U 6
AF RR3E963JQ U 1
AF RR3EG03JQ U 17
AF RR3GZ25JQ U 18
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TTGCCTCCGGGGTTGTGAGCCAGCATGAGGCAGTCCATGTGGACAACTTCTTTCGTCATG
AGGCTTGAGTCTGGCAACACCGGAAGCATTGATTCCGCCACTATCACTTTCCCGTTGTCT
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RD RR3GS76JQ 650 0 0
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TGAGTCTGGCAACACCGGAAGCATTGATTCCGCCACTATCACTTTCCCGTTGTCTGGGGG
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CCACTTCATGAAGATGGCATCTGCTTTAGGGACATTCACAAACATATCTCCGCCAATGTG
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QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3E963JQ 634 0 0
GGTCT
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CCTCACAAGCCAGAAAAACAACATATATGCAGAACAGGATAACACTGGAAATGTAGAAAA
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TCATGTCTTCTTGAGGAACTCGAAGATGTGAGTACCATAGGCTCTGCAGACAACTTGAAA
GCGTTGGAAGCCAGAAGCTCTGGCTAATGCTTCAAACTCCTTCTCAGTCCGTTCTTTGCC
TCCGGGGTTGTGAGCCAGCATGAGGCAGTCCATGTGGACAACTTCTTTCGTCATGAGGCT
TGAGTCTGGCAACACCGGAAGCATTGATTCCGCCACTATCACTTTCCCGTTGTCTGGGAG
TGCTTCATAACAATTCTTGAGAAATTTCAAACAGTGTTGGTCACTCCAATCATGACATAT
CCACTTCATGAAGATGGCATCTGCTTTAGGGACATTCACAAACATATCTCCGCCAATGTG
TTCAATACCAGGATAGGAAATAGCTTCCT

QA 6 634 6 634
DS 

RD RR3EG03JQ 701 0 0
C
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CAAAAAATCGAGAAGAAAATGTTCCATGGATATTTGTACTTATTAGGCTCATGTCTTCTT
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GTGCTTGGAGACAATCATACGGAGAGTGACTCCAATGCCG

QA 2 701 2 701
DS 

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CCAACAACATCAAAAACAGCTTAAACAAGTAAACAACGACGATAGTGGCCTCACAAGCCA
GAGAAACAACATATATGCAGAACAGGATAACACTGGAAATGTAGAAAAAATATCTGGACG
CAAAAAATCGAGAAAAAAATGTTCCATGGATATTTGTACTTATTAGGCTCATATCTTCTT
GAGGAACTCGAAGATGTGAGTACCATAGGCTCTGCAGACAACTTGAAAGCCTTGGAAGCC
AGAAGCTCTGGCTAATGCTTCAAACTCCTTCTCAGTCCGTTCTTTGCCTCCGGGGTTGTG
AGCCAGCATGAGGCAGTCCATGTGGACAACTTCTTTCGTCATGAGGCTTGAGTCTGGCAA
CACCGGAAGCATTGATTCCGCCACTATCACTTTCCCGTTGTCTGGGAGTGCTTCATAACA
ATTCTTGAGAAATTTCAAACAGTGTTGGTCACTCCAATCATGACATATCCACTTCATGCA
GATGGCATCTGCTTTAGGGACATTCACAAACATATCTCCGCCAATGTGTTCAATACCAGG
ATAGGAAATAGCTTCCTCGATGACGTGAGGGAGATCATAGAGGATCCCCTTGATGTATGG
GTGCTTGGAGACAATCATACGGAGAGTGACTCCAATGCCGCCACCAACATCAACCAACGA
AGATAATCCCTCAAAGCCTTTGTATATCTCTAGAATCTTGGTCATGACTATCATCGTGTG
GTTGGACATTCCA

QA 1 793 1 793
DS 



CO CL428Contig2 808 4 15 U
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TCAGCCCTGGAGCTCGACCTGCTCGAGATCATATCCAAGAATGTCGCTCTCCCTGGCGGT
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ATGGTTGACCGGATCCTTAGGTTGCTTGCCGCTTACTCCGTCTTAACCTGCTCTGTCCGT
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AAGGCATTTGGTATGAGCGCTTTCGAGTACCAAGGGTCTGATCCGAGGTTCAACAAGGTG
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ATCGAGGAAGCTATTTCCTATCTGGTAT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E963TF U 1
AF RR3EG03TF U 2
AF RR3GZ25TF U 37
AF RR3D205TF U 11
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RD RR3E963TF 808 0 0
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CGTATGATTGTCTC*AAGCACCCATACATCAAGGG*ATCCTCTATGATCTCCCTCATGTC
ATCGAGGA*GCTATTTCCTATCTGGTAT

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3EG03TF 805 0 0
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AACTGTCTCCCTCGGAGGTAGCTTCTTATCTTCCGACCCAAAACCCTGATGCTCCAGTCA
TGGTTGACCGGATCCTTAGGTTGCTTGCCGCTTACTCCGTCTTAACCTGCTCTGTCCGTA
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TCATGGATAGCTGGTATCATTTGAAAGATACAGTTCTTGAAGGTGGGATTCCATTCAACA
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AAGGCTTTGAGGGATTATCTTCGTTGGTTGATGTTGGTGGCGGCATTGGAGTCACTCTCC
GTATGATTGTCTCCAAGCACC*ATACATCAAGGGGATCCTCTATGATCTCCCTCATGTCA
TCGAGGAAGCTATTTCCTATC
TGGT

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3GZ25TF 762 0 0
GGG
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AAAAACCCTGATGCTCCAGTCATGGTTGACCGGATCCTTAGGTTGCTTGCGGCTTACTCC
ATCTTAACCTGCTCTGTCCGTAAGCTTCCCGATGGCGGCGTGGAACGTCTGTACGGACTT
GGACCGGTATGCAAGTACCTTATTAAGAACGAAGACGGAGTTGCACTCGATGCACTCTGT
CATTTGAACAGAGACAGGGTCTTCATGGAGAGCTGGTATCATTTGGAAGATGCAGTTCTT
GAAGGTGGGATTCCATTCAACAGGGCATTTGGTATGGGCGCTTTCGAGTACCAAGGGTCT
GATCCGAGGTTCAACAAGGTGTTCAACAGTGGAATGTCCAACCACACGATGATAGTCATG
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GGCGGCATTGGAGTCACTCTCCGTATGATTGTCTCCAAGCACC*ATACATCAAGGG*ATC
CTCTATGATCTCCCTCACGTCATCGAGGA
GCTATTTCTA

QA 4 752 4 752
DS 

RD RR3D205TF 774 0 0
GTCATCACAACATTCTCAAATCAGAGACCAAAAACGTCAAATCAAAACACAGAGTCATAA
TGGGATCTTTGGCTGAAACACAGATTACTCCGGCTAAAATCTCCGACGAAGAAGCCAACC
TCTTTGCTATGCAGCTCGTTGGTGCCACCGTGCTTCCGATGGTTCTGACATCAGCCCTGG
AGCTCGACCTGCTCGAGATCATATCCAAGAATGTCGCTCTCCCTGGCGGTCAACTGTCTC
CCTCGGAGGTAGCTT**TATCTTCCGACCCAAAACCCTGATGCTCCAGTCATGGTTGACC
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ATGGCGGCGTGGAACGTCTGTACGGACTTGGACCGGTATGCAAGTACCTTATTAAGAACG
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GCTGGTATCATTTGAAAGATACAGTTCTTGAAGGTGGGATTCCATTCAACAAGGCATTTG
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AGGGATTATCTTCGTTGGTTGATGTTGGTGGCGGCATTGGAGTCACTCTCCGTATGATTG
TCTCCAAGCACCCATACATCAAGGG*ATCCTCTATGATCTCCCTCATGTCATCG

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 8

CO CL429Contig1 1419 8 35 U
TCCATTATTCAATATACAATCTTCGTGACTCTACAGTTCTCTCTCTCTCGCTCGAATCTT
AGAAACTATGGCTTCATCTACTAAAACGGTTATGATCCCTATTGCTCACGGTACCGAGCC
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GTCTGTCGAGGATAAAGTTGGCGTTGATGCTTGTCATGGCATCAAGATGGTCGCTGATAC
TCTCCTCTCCGATATCACCGACTCTATTTTCGACCTTATTGTTCTCCCAGGAGGGCTTCC
CGGTGGCGAGACTCTTAAGAACTGCAAACCATTAGAGAACATGGTGAAGAAACAAGACAC
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TCTTCTAGAGGGCAAAACAGCAACGGGTTACCCTGTTTTCATGGAGAAACTTGCGGCTAC
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AGCTGATGAAGTCTCTAATATCTTGCTGGTTCGTCCTAATCCTGGTGAGGAGTTTACCTT
TACCGAGCTTAACCAAACCAACTGGTCGTTCGAAGATACTCCACAGATTCTTGTCCCCAT
TGCAGAGGACTCTGAGGAGATCGAAGCTATTGCACTTGTAGATATCCTGAGGAGGGTAAA
AGCAAATGTCGTGATAGCTGCAGTTGGTAACAGTTTAGAAGTGGTAGGATCTCGCAAATG
TAAGCTAGTTGCAGATGTGCTTCTTGATGAGGTTGCAGAGAAGTCGTTCGATCTGATTGT
GTTGCCTGGAGGTCTTAAAGGTGCTCCAAGATTAGCAAGCTGCGAGAAACTGG*TGAATA
TGTTAAAGAAACAAGCGGAAGCAAACAAACCTTATGGAGGAATCTGCGCATCACCTGTTT
ACGTCTTTGAGCATCATGGTTTACTCAAGGGTAAGAAGGCAACTACCCACCCAGTGGTGA
GTGACAAACTTTCGGACCAGAGCCACGTTGAGCACAGAGTTGTTGTGGACGGGAATGTGA
TAACGAGCAGAGCTCCAGGGACTGCTATGGAGTTTTCACTTGCCATCGTTGAGAAGTTTT
ACGGGCGAGAGAAAGCGCTTCAGCTCGCCAAGGGAACACTTGTGTAAATTTTAAAGTACG
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TTGTTGATGATGATGAGTGGCTTTGTAATGTGAGCTTTTGGCTGAATGGAGTGTGAATTT
TATGTCTTTAGTAATTGAATAAATAAATGTTATTTTACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3FE76TF U 1
AF RR3DN66TF U 1
AF RR3HA14TF U 65
AF RR3AK76TF U 1
AF RR3BH31TF U 241
AF RR3BH31JQ C 686
AF RR3FE76JQ C 698
AF RR3DN66JQ C 744
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BS 267 270 RR3AK76TF
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BS 290 335 RR3AK76TF
BS 336 336 RR3HA14TF
BS 337 528 RR3AK76TF
BS 529 529 RR3DN66TF
BS 530 570 RR3AK76TF
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BS 572 618 RR3AK76TF
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BS 831 866 RR3AK76TF
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BS 955 1045 RR3BH31TF
BS 1046 1089 RR3BH31JQ
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BS 1399 1414 RR3FE76JQ
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RD RR3FE76TF 714 0 0
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TCTTCTAGAGGGCAAAACAGCAACGGGTTACCCTGTTTTCATGGAGAAACTTGCGGCTAC
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QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3DN66TF 723 0 0
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AGAAACTATGGCTTCATCTACTAAAACGGTTATGACCCCTATTGCTCACGGTACCGAGCC
TCTAGAAGCGGTGGCGATGATCACTGTCTTGCGGAGAGGTGGTGCTGATGTGACGGTGGC
GTCTGTCGAGGATAAAGTTGGCGTTGATGCTTGTCATGGCATCAAGATGGTCGCTGATAC
TCTCCTCTCCGATATCACCGACTCTATTTTCGACCTTATTGTTCTCCCAGGAGGGCTTCC
CGGTGGCGAGACTCTTAAGAACTGCAAACCATTAGAGAACATGGTGAAGAAACAAGACAC
AGATGGAGGACTTAACGCAGCTATCTGTTGTGCTCCTGCTTTGGCTCTTGGTACTTGGGG
TCTTCTAGAGGGCAAAACAGCAACGGGTTACCCTGTTTTCATGGAGAAACTTGCGGCTAC
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TACCGAGCTTAACCAAACCAACTGGTCGTTCGAAGATACTCCACAGATTCTTGTCCCCAT
TGC

QA 1 723 1 723
DS 

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G
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AAGCGGTGGCTATGATCACCGTCTTGCGGAGAGGTGGCGCTGATGTGACGGTGGCGTCTG
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TCTCCGATATCACCGACTCTATTTTCGACCTTATTGTTCTCCCCGGAGGGCTTCCCGGTG
GCGAGACTCTTAAGAACTGCAAACCATTAGAGAACATGGTGAAGAAACAAGACACAGATG
GAAGACTTAACGCGGCTATCTGTTGTGCTCCTGCTTTGGCTCTTGGTACTTGGGGTCTTC
TAGAGGGCAAAACAGCAACGGGTTACCCTGTTTTCATGGA*AAACTTGCGGCTACTTGTG
CGACTGCTAGTGAGTCAAGAGTGGAGATAGATGGAAGGATTGTGACAAGTCGAGGACCAG
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QA 2 762 2 762
DS 

RD RR3AK76TF 866 0 0
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AGAAACTATGGCTTCATCTACTAAAACGGTTATGATCCCTATTGCTCACGGTACCGAGCC
TCTAGAAGCGGTGGCGATGATCACCGTCTTGCGGAGAGGTGGTGCTGATGTGACGGTGGC
GTCTGTCGAGGATAAAGTTGGCGTTGATGCTTGTCATGGCATCAAGATGGTCGCTGATAC
TCTCCTCTCCGATATCACCGACTCTGTTTTTGACCTTATTGTTCTCCCCGGAGGGCTTCC
CGGTGGCGAGACTCTTAAGAACTGCAAACCATTAGGGAACATGGTGAAGAAACAAGACAC
AGATGGAAGACTTAACGCAGCTATCTGTTGTGCTCCTGCTTTGGCTCTTGGTACTTGGGG
TCTTCTAGAGGGCAAAACAGCAACGGGTTACCCTGTTTTCATGGAGAAACTTGCGGCTAC
TTGTGCAACTGCTAGTGAGTCAAGAGTGGAGATAGATGGAAGGATTGTCACAAGTCGAGG
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TACCGAGCTTAACCAAACCAACTGGTCGTTCGAAGATACTCCACAGATTCTTGTCCCCAT
TGCAGAGGACTCCG**GAGATCGAAGCTATTGCGCTTGTAGATATCCTGAGGAGGGTAAA
AGCAAATGTCGTGATAGCTGCAGTTGGTAACAGTTTGGAAGTGGTAGGAGCTCGCAAATG
TAAGCTAGTTGCAGATGTGCTTCTTG

QA 1 866 1 866
DS 

RD RR3BH31TF 805 0 0
GCC
CCTCTCCGATATCACCGACTCTATTTTCGACCTTATTGTTCTCCCAGGAGGGCTTCCCGG
TGGCGAGACTCTTAAGAACTGCAAACCATTAGAGAACATGGTGAAGAAACGAGACACAGA
TGGAAGACTTAACGCAGCTATCTGTTGTGCTCCTGCTTTGGCTCTTGGTACTTGGGGTCT
TCTAGAGGGCAAAACAGCAACGGGTTACCCTGTTTTCATGGAGAAACTTGCGGCTACTTG
TGCAACTGCTAGTGAGTCAAGAGTGGAGATAGATGGAAGGATTGTAACAAGTCGAGGACC
AGGAACCACCATTGAATTCTCCATCACTCTTATTGAGCAGTTGTTTGGGAAAGACAAAGC
TGATGAAGTCTCTAATATCTTGCTGGTTCGTCCTAATCCTGGTGAGGAGTTTACCTTTAC
CGAGCTTAACCAAACCAACTGGTCGTTCGAAGATACTCCACAGATTCTTGTCCCCATTGC
AGAGGACTCTGAGGAGATCGAAGCTATTGCACTTGTAGATATCCTGAGGAGGGTAAAAGC
AAATGTCGTGATAGCTGCAGTTGGTAACAGTTTAGAAGTGGTAGGATCTCGCAAATGTAA
GCTAGTTGCAGATGTGCTTCTTGATGAGGTTGCAGAGAAGTCGTTCGATCTGATTGTGTT
GCCTGGAGGTCTTAAAGGTGCTCCAAGATTAGCAAGCTGCGAGAAACTGGGTGAATATGT
TAAAGAAACAAGCGGAAGCAAACAAACCTTATGGAGGAATCTGCGCATCACCTGTTTACG
TCTTTGAGCATCATGGTTTACT

QA 4 805 4 805
DS 

RD RR3BH31JQ 714 0 0
TCGTTCGAAGATACTCCACAGATTCTTGTCCCCATTGCAGAGGACTCTGAGGAGATCGAA
GCTATTGCACTTGTAGATATCCTGAGGAGGGTAAAAGCAAATGTCGTGATAGCTGCAGTT
GGTAACAGTTTAGAAGTGGTAGGATCTCGCAAATGTAAGCTAGTTGCAGATGTGCTTCTT
GATGAGGTTGCAGAGAAGTCGTTCGATCTGATTGTGTTGCCTGGAGGTCTTAAAGGTGCT
CCAAGATTAGCAAGCTGCGAGAAACTGG*TGAATATGTTAAAGAAACAAGCGGAAGCAAA
CAAACCTTATGGAGGAATTTGCGCATCACCTGTTTACGTCTTTGAGCATCATGGTTTACT
CAAGGGTAAGAAGGCAACTACCCACCCAGTGGTGAGTGACAAACCTTCGGACCAGAGCCA
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TATGGAGTTTTCACTTGCCATCGTTGAGAAGTTTTACGGGCGAGAGAAAGCGCTTCAGCT
CGCCAAGGGAACACTTGTGTAAATTTTAAAGTACGAAAAAATGTGGGGAGCCTGCAAGGG
ACGTTAATAAAAGGGCTTTTTTATTTATCTTTCTGTTGTTGATGATGATGAGTGGCTTTG
TAATGTGAGCTTTTGGCTGAATGGAGTGTGAATTTTATGTCTTTAGTAATTGA
G

QA 1 713 1 713
DS 

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GAAGTGGTAGGATCTCGCAAATGTAAGCTAGTTGCAGATGTGCTTCTTGATGAGGTTGCA
GAGAAGTCGTTCGATCTGATTGTGTTGCCTGGAGGTCTTAAAGGTGCTCCAAGATTGGCA
AGCTGCGAGAAACTGG*TGAATATGTTAAAGAAACAAGCGGAAGCAAACAAACCTTATGG
AGGAATCTGCGCATCACCTGTTTACGTCTTTGAGCATCATGGTTTACTCAAGGGTAAGAA
GGCAACTACCCACCCAGTGGTGAGCGACAAACTTTCGGACCAGAGCCACGTTGAGCACAG
AGTTGTTGTGGACGGGAATGTGATAACGAGCAGAGCTCCAGGGACTGCTATGGAGTTTTC
ACTTGCCATCGTTGAGAAGTTTTACGGGCGAGAGAAAGCGCTTCAGCTCGCCAAGGGAAC
ACTTGTGTAAATTCTAAAGTACGAAAAAATGTGGGGAGCCTGCAAGGGACGTTAATAAAA
GGGCTTTTTTATTTATCTTTCTGTTGTTGATGATGATGAGTGGCTTTGTAATGTGAGCTT
TTGGCTGAATGGAGTGTGAATTTTATGTCTTTAGTAATTGAATAAATAAATGTTATT
CT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3DN66JQ 676 0 0
AAGCTATTGCACTTGTAGATATCCTGAGGAGGGTAAAAGCAAATGTCGTGATAGCTGCAG
TTGGTAACAGTTTAGAAGTGGTAGGATCTCGCAAATGTAAGCTAGTTGCAGATGTGCTTC
TTGATGAGGTTGCAGAGAAGTCGTTCGATCTGATTGTGTTGCCTGGAGGTTTTAAAGGTG
CTCCAAGATTGGCAAGCTGCGAGAAACTGG*TGAATATGTTATAGAAACAAGCGGAAGCA
AACAAACCTTATGGAGGAATTTGCGCATCACCTGTTTACGTCTTTGAGCATCATGGTTTA
CTCAAGGGTAAGAAGGCAACTACCCACCCAGTGGTGAGTGACAAACTTTCGGACCAGAGC
CACGTTGAGCACAGAGTTGTTGTGGACGGGAATGTGATAACGAGCAGAGCTCCAGGGACT
GCTATGGAGTTTTCACTTGCCATCGTTGAGAAGTTTTACGGGTGAGAGAAAGCGCTTCAG
CTCGCCAAGGGAACACTCGTGTAAATTTTAAAGTACGAAAAAATGTGGGGAGCCTGCAAG
GGACGTTAATAAAAGGGCTTTTTTATTTATCTTTTTGTTGTTGATGATGATGAGTGGCTT
TGTAATGTGAGCTTTTGACTGAATGGAGTGTGAATTTTATGTCTTTAGTAATTGAATAAA
TAAATGTTATTTTACT

QA 1 676 1 676
DS 



AS 2 8

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GGGCTAAAAAGATCTATCATTTGAGCTAAGCAGAGAGTGTGGATCTTTCGCCGGAGCATC
TTCCGTTGGAAAATCGGTTTGGAGATGGAGAGGAGGGCAGAGGACAACGAAGAAACCGGT
GAACCTTCTGGAGAAGCCATAAGATCTCGGCTCAGTAACAGAGCCGACCCTTTCCTTGTT
GTTTGCAGGTGCTTCAGCTTCGTTACGTCTCTCGTCGCTGTTCTCTGCGTTGTTGTTAAT
GTTCTCGCTGCTGTTCGTTCCTTCCGCGATAGCCACGATATATTCGATGGAATATTCAGG
TGTTATGCTGTGTTGATCGCTTGTTTTGTGGTTCTAGCCGAGACGGAATGGGGATTTATC
CTTAAATTCTCCAAGGTTCTTGAGTACTGGGCTGGGAGAGGAATGCTTCAGATTTTTGTG
GCTGTGATGACAAGAGCTTTCCCTGACTATATGACTCAAAAGAAGGATCTCTTGCTTCTA
CAGAACATCGCTAGCTACATGCTCCTCGCTTGTGGTCTTGTCTATTTCATATCAGGGATT
CTATGCATTGGTTTTCTGAAACGTGCTCGACAGAAGAAGGAGATCTCAAAAGAACAAGCT
GTCAAAGATCTTGAGGAGATAGACCGACGCAGGGAAGAACTGGAACAGTTGCTCGTGGAG
CATCGGAGTAGAGACGATGTGTAAATGTGATCACAAGTACAGTAGCTTCATTTTGAACAG
ACGAGATCAGTTTGTTTTATGTATTAAAGGATTGTGTGAGCTCTCTGTTTTCATCCTTTC
CACTTTGGATAGTAACAGCAGATTCTTGTTTTCTTTCTTTCTTTGTTTGAATAATTAAAC
GCTAGGCTTGTAATAATTGTCGTATAAGAGACGAGCACTATTTTGATGATACATTCATCT
ATTTATTCCATGTAAAGTCTTTTGCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G494TF U 1
AF RR3B463TF U 22
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AF RR3B463JQ C 253
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RD RR3G494TF 709 0 0
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GTTCTCGCTGCTGTTCGTTCCTTCCGCGATAGCCACGATATATTCGATGGAATATTCAGG
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QA 1 709 1 709
DS 

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TGATCACAAGTACAGTAGCTTCATTTTGAACAGACGAGATCAGTTTGTTTTATGTATT

QA 7 724 7 724
DS 

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TGA
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QA 4 761 4 761
DS 

RD RR3B463JQ 676 0 0
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TTGATCGCTTGTTTTGTGGTTCTAGCCGAGACGGAATGGGGATTTATCCTTAAATTCTCC
AAGGTTCTTGAGTACTGGGCTGGGAGAGGAATGCTTCAGATTTTTGTGGCTGTGATGACA
AGAGCTTTCCCTGACTATATGACTCAAAAGAAGGATCTCTTGCTTCTACAGAACATCGCT
AGCTACATGCTCCTCGCTTGTGGTCTTGTCTATTTCATATCAGGGATTTTATGCATTGGT
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GAGGAGATAGACCGACGCAGGGAAGAACTGGAACAGTTGCTCGTGGAGCATCGGAGTAGA
GACGATGTGTAAATGTGATCACAAGTACAGTAGCTTCATTTTGAACAGACGAGATCAGTT
TGTTTTATGTATTAAAGGATTGTGTGAGCTCTCTGTTTTCATCCTTTCCACTTTGGATAG
TAACAGCAGATTCTTGTTTTCTTTCTTTCTTTGTTTGAATAATTAAACGCTAGGCTTGTA
ATAATTGTCGTATAAGAGACGAGCACTATTTTGATGATACATTCATCTATTTATTCCATG
TAAAGTCTTTTGCCTC

QA 1 676 1 676
DS 



CO CL430Contig2 856 4 19 U
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GGAAATCGGTTTAGGAGATGGAGAGGAGGGCAGAGGACGTTGAAGAAACAGCCGCCGAAC
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GCAGGTGTTTCAGCTTCGTTACGTCTCTCGTCGCTGTTCTCTGCGTTGTTGTTAATGTTC
TCGCTGCTGTTCGCTCCTTCCGCGACAGCCACGATATATTCGATGGAATATTCAGGTGTT
ATGCTGTGTTGATCGCTTGTTTTGTGGTTCTTGCCGAGACAGAATGGGGATTTATCCTTA
AATTCTCCAAGGTTCTTGAGTACTGGGCTGGCAGAGGAATGCTTCAGATTTTTGTGGCCG
TGATGACAAGAGCTTTCCCTGACTATATGGCTCAAAAGAAGGATCTCTTGCTTCTACAGA
ACATCGCTAGCTACATGCTCCTCGCTTGTGGTCTTGTCTATTTCATATCAGGGATTCTAT
GCATTGGTTTTCTGAAACGTGCTCGACAGAAGAAGGAAATCTCAAAAGAACAAGCTGTCA
AGGATCTTCAGGAGATAGACCGACGCAGGGAAGAACTGGAACAGTTGCTCCTGGAGCATC
GGAGTAGAGACGATGTGTGAATGTCATCATCACAATTGTATTCAATTTACCTATATTACT
AGTATTCAAACTCTGCTAGGATTGAGGATTTAAGATGTTTGTATGTGAAAAAAAAA*TCT
AGGCTTGAGTTCTTTAATTGCTCATTCATTGAGTTGTGGTGAACTTATATCTGTCATATT
GAAGAGTGGATTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 5 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3H057TF U 1
AF RR3CZ55TF U 19
AF RR3CZ55JQ C 196
AF RR3H057JQ C 511
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BS 334 418 RR3H057TF
BS 419 419 RR3CZ55TF
BS 420 449 RR3H057TF
BS 450 450 RR3CZ55TF
BS 451 729 RR3H057TF
BS 730 730 RR3CZ55TF
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BS 744 772 RR3H057TF
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BS 775 776 RR3CZ55JQ
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BS 797 797 RR3CZ55JQ
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BS 807 822 RR3CZ55TF
BS 823 856 RR3CZ55JQ

RD RR3H057TF 772 0 0
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GGAAATCGGTTTAGGAGATGGAGAGGAGGGCAGAGGACGTTGAAGAAACAGCCGCCGAAC
CTTCTGGTGAAGCCATAAGATCGAGGCTCAGTAACAGAGCAGACCCTTTCCTTGTTGTTT
GCAGGTGTTTCAGCTTCGTTACGTCTCTCGTCGCTGTTCTCTGCGTTGTTGTTAATGTTC
TCGCTGCTGTTCGCTCCTTCCGCGACAGCCACGATATATTCGATGGAATATTCAGGTGTT
ATGCTGTGTTGATCGCTTGTTTTGTGGTTCTTTCCGAGACAGAATGGGGATTTATCCTTA
AATTCTCCAAGGTTCTTGAGTACTGGGCTGGCAGAGGAATGCTTCAGATTTTTGTGGCTG
TGATGACAAGAGCTTTCCCTGACTATATGACTCAAAAGAAGGATCTCTTGCTTCTACAGA
ACATCGCTAGCTACATGCTCCTCGCTTGTGGTCTTGTCTATTTCATATCAGGGATTCTAT
GCATTGGTTTTCTGAAACGTGCTCGACAGAAGAAGGAAATCTCAAAAGAACAAGCTGTCA
AGGATCTTCAGGAGATAGACCGACGCAGGGAAGAACTGGAACAGTTGCTCCTGGAGCATC
GGAGTAGAGACGATGTGTGAATGTCATCATCACAATTGTATTCAATTTACCTATATTACT
AGTATTCAA*CTCTGCTAGGAT*GAGGATTTAAGATGTTTGTATGTGAAAAA

QA 1 772 1 772
DS 

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GG
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ACGTCTCTCGTCGCTGTTCTCTGCGTTGTTGTTAATGTTCTCGCTGCTGTTCGCTCCTTC
CGCGACAGCCACGATATATTCGATGGAATATTCAGGTGTTATGCTGTGTTGATCGCTTGT
TTTGTGGTTCTTGCCGAGACAGAATGGGGATTTATCCTTAAATTCTCCAAGGTTCTTGAG
TACTGGGCTGGCAGAGGAATGCTTCAGATTTTTGTGGCCGTGATGACAAGAGCTTTCCCT
GACTATATGGCTCAAAAGAAGGATCTCTTGCTTCTACAGAACATCGCTAGCTACATGCTC
CTCGCTTGTGGTCTTGTCTATTTCATATCAGGGATTCTATGCATTGGTTTTCTGAAACGT
GCTCGACAGAAGAAGGAAATCTCAAAAGAACAAGCTGTCAAGGATCTTCAGGAGATAGAC
CGACGCAGGGAAGAACTGGAACAGTTGCTCCTGGAGCATCGGAGTAGAGACGATGTGTGA
ATGTCATCATCACAATTGTATTCA*TTTACCTATATTACTAGTATTCAAACTCTGCTAGG
AT*GAGGATT*AAGATGTTTGTATGTGAAAAAAA***TCTAGGCTTGAGTTCTTTA*TTG
CTCAT*CATTGAGTTGTGGTGA
CTATATCTG

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DS 

RD RR3CZ55JQ 661 0 0
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CCTTCCGCGACAGCCACGATATATTCGATGGAATATTCAGGTGTTATGCTGTGTTGATCG
CTTGTTTTGTGGTTCTTGCCGAGACAGAATGGGGATTTATCCTTAAATTCTCCAAGGTTC
TTGAGTACTGGGCTGGCAGAGGAATGCTTCAGATTTTTGTGGCCGTGATGACAAGAGCTT
TCCCTGACTATATGGCTCAAAAGAAGGATCTCTTGCTTCTACAGAACATCGCTAGCTACA
TGCTCCTCGCTTGTGGTCTTGTCTATTTCATATCAGGGATTCTATGCATTGGTTTTCTGA
AACGTGCTCGACAGAAGAAGGAAATCTCAAAAGAACAAGCTGTCAAGGATCTTCAGGAGA
TAGACCGACGCAGGGAAGAACTGGAACAGTTGCTCCTGGAGCATCGGAGTAGAGACGATG
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CTAGGATTGAGGATTTAAGATGTTTGTATGTGAAAAAAAAA*TCTAGGCTTGAGTTCTTT
AATTGCTCATTCATTGAGTTGTGGTGAACTTATATCTGTCATATTGAAGAGTGGATTTTA
T

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DS 

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AGAAGGAAATCTCAAAAGAACAAGCTGTCAAGGATTTTCAGGAGATAGACCGACGCAGGG
AAGAACTGGAACAGTTGCTCCTGGAGCATCGGAGTAGAGACGATGTGTGAATGTCATCAT
CACAATTGTATTCAATTTACCTATATTACTAGTATTCAAACTCTGCTAGGATTGAGGATT
TAAGATGTTTGTATGTGAAAAAAAAAATTTAGGCTTGAGTTCTTTAATTGCTCATTCATT
GAGTTGTGGTGAACTTATATCTGTCATATTGAAGAGTGGATTTT
TT

QA 1 344 1 344
DS 



AS 2 10

CO CL431Contig1 1353 5 13 U
GGATATATTTGGGGAACTAACAAATGCTCTAAAGAACCCACCTCTCTCTTTTTCTTAACT
TGGTTTCATGAACAATTATTATTGATTAGTACTCGTGAGAGAAACGAATATAGAGAATAT
AAGCATACTTTTCTTTCGAAGAATATATTGAAGATGGTTAAATCGAGAGACTTGTTGCCG
TCCTTGGCGATGGTGTTGGTGCAAATCGGCTACGCAGGCATGAACATTACGTCGAAGATG
GCTATGGAATCCGGCATGAAGCCTCTCATTCTTGTCGCTTACCGCCAAATCTTTGCCACT
ATCACCACCTTTCCCGTCGCATTTTTTCTTGAACGTAAGACAAGACCGAAGATCACACTA
AGGGTTCTTGTCCAAATCTTCTTCTGCTCCATCACCGGTGTGACCGGGAACCAAGTGCTC
TACTTCATAGGACTTCAGAATTCATCTCCCACCATTGCTTGTGCCTTAACTAATCTCTTG
CCGGCGGTCACTTTCCTCCTCGCCGCAATCTTCAGACAAGAAGCTGTAGGGATTAGAAAG
GCATCAGGACAAGCCAAAGTGATTGGGACAGTAGTATGCGTCGCTGGAGCCATGGTTCTC
TCCTTCTACCATGGCCACACCATTGGTATCGGAGAGTCCAAGATCCATTGGGCTTATGCT
CAAAACATCACTAACCATGGTTCCGACTCCAACGGTTCAAACTTCTTATTGGGGCCTTTC
ATGATCATGGCTGCTGCTGTTTCTTGGGCCGTTTGGTTCATTATTCAGACGAAAATGAGT
GAAACATTTGCAGCACCATACACGAGCACACTTCTAATGTGTTTGATGGGAAGTATCGAA
TGTGGAGGCATCGCTTTGATCTCCGATCACAAACTCGCTGATTGGTCTCTCGGCTCTCCT
CTCCGTCTCATTTCCGCCCTTTACGCCGGAGTGGTGGCGTTTGCGTTAGCGTTCTGCTTA
ATGTCATGGGCAATACAGATAAAAGGTCCTCTCTACGTATCTGTTTTCAGCCCATTACTG
CTCGTAGTTGTCGCCGTTTTCAGCTGGACTCTTCTTGAAGAGAAACTCTACACCGGTTTA
TGGGATCAACACTTGTGGTTATTGGGCTGTATGGCGTTTTGTGGGGGAAAGACAGAGAGA
TGAATGAGAATCAAGACCAAGAAGAGAACCAAAAGAAGGTAAAACAACAACACGCAGCCA
AATGTGATAATGTTAACGAAGATATTGAATCGAGATTGCCTACGGGAGGAGGAGGAGCAG
CATCAGGTAGTGGCAACGGTGCCGGTAGACTTATCTCGCCTTAAAATGTTGTTGCTTCTT
CATCATATAAGTATGAGCTATTATGAGTCAACT


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E817TF U 1
AF RR3HB26TF U 3
AF RR3F465TF U 3
AF RR3D194TF U 3
AF RR3F465JQ C 607
BS 1 136 RR3E817TF
BS 137 137 RR3D194TF
BS 138 223 RR3E817TF
BS 224 224 RR3D194TF
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BS 243 259 RR3E817TF
BS 260 744 RR3D194TF
BS 745 745 RR3F465JQ
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BS 776 810 RR3D194TF
BS 811 1353 RR3F465JQ

RD RR3E817TF 270 0 0
GGATATATTTGGGGAACTAACAAATGCTCTAAAGAACCCACCTCTCTCTTTTTCTTAACT
TGGTTTCATGAACAATTATTATTGATTAGTACTCGTGAGAGAAACGAATATAGAGAATAT
AAGCATACTTTTCTTTTGAAGAATATATTGAAGATGGTTAAATCGAGAGACTTGTTGCCG
TCCTTGGCGATGGTGTTGGTGCAAATCGGCTACGCAGGCATGAGCATTACGTCGAAGATG
G*TATGGAATCCGGCATGA
TCCTCTCATTC

QA 1 259 1 259
DS 

RD RR3HB26TF 684 0 0
GG
ATATTTGGGGAACTAACAAATGCTCTAAAGAACCCACCTCTCTCTTTTTCTTAACTTGGT
TTCATGAACAATTATTATTGATTAGTACTCGTGAGAGAAACGAATATAGAGAATATAAGC
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GG
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TGGAATCCGGCATGAAGCCTCTCATTCTTGTCGCTTACCGCCAAATCTTTGCCACTATCA
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A

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GG
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TTCATGAACAATTATTATTGATTAGTACTCGTGAGAGAAACGAATATAGAGAATATAAGC
ATACTTTTCTTTCGAAGAATGTATTGAAGATGGTTAAATCGAGAGACTTGTTGCCGTCCT
TGGCGATGGTGTTGGTGCAAATCGGCTACGCAGGCATGAACATTACGTCGAAGATGGCTA
TGGAATCCGGCATGAAGCCTCTCATTCTTGTCGCTTACCGCCAAATCTTTGCCACTATCA
CCACCTTTCCCGTCGCATTTTTTCTTGAACGTAAGACAAGACCGAAGATCACACTAAGGG
TTCTTGTCCAAATCTTCTTCTGCTCCATCACCGGTGTGACCGGGAACCAAGTGCTCTACT
TCATAGGACTTCAGAATTCATCTCCCACCATTGCTTGTGCCTTAACTAATCTCTTGCCGG
CGGTCACTTTCCTCCTCGCCGCAATCTTCAGACAAGAAGCTGTAGGGATTAGAAAGGCAT
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DS 



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TGGATATTGGACTCTCCAATGCCAATGGTGTGACCATGGTAGAAGGAAAGAACCATGGCT
CCGGCCACACATACTACTGTCCCTATCACCTTGGCTTGTCCTGATGCCTTTCTAATCCCT
ACAGCTTCTTGTCTGAAGATTGCGGCGAGGAGGAAAGTGACCGCCGGCAAGAGATTAGTT
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CCGGTCACACCGGTGATGGAGCAGAAGAAGATTTGGACAAGAACCCTTAGTGTGATCTTC
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3HB26JQ U 1
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AF RR3GV76TF C 696
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TTCTTTTGGTTCTCTTCTTG******GTCTTGATTCTCATTCATCTCTCTGTCTTTCCCC
CACAAAACGCCATACAGCCCAATAACCACAAGTGCTGATCCCATAAACGTGCCGGTGTAG
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QA 1 514 1 514
DS 

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GG
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TCGTTAACAT***CACATTTGGCTGCGTATTGTTGTTTCACCTTCTTTTGGTTCTCTTCT
TGTTCTTGGTCTTGATTCTCATTCATCTCTCTGTCTTTCCCCCACAAAACGCCATACAGC
CCAATAACCACAAGTGCTGATCCCATAAACGTGCCGGTGTAGAGTTTCTCTTCAAGAAGA
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TGATCGGAGATCAAAGCGATGCCTCCACATTCGATACTTCCCATCAAACACAT

QA 3 595 3 595
DS 

RD RR3GV76JQ 757 0 0
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GCTGCTCCTCCTCCTCCCGTAGGCAATCTCGATTCAATATCTTCGTTAACAT***CACAT
TTGGCTGCGTGTTGTTGTTTCACCTTCTTTTGGTTCTCTTCTTGTTCTTGGTCTTGATTC
TCATTCATCTCTCTGTCTTTCCCCCACAAAACGCCATACAGCCCAATAACCACAAGTGCT
GATCCCATAAACGTGCCGGTGTAGAGTTTCTCTTCAAGAAGAGTCCAGCTGAAAACGGCG
ACAACTACGAGCAGTAATGGGCTGAAAACAGATACGTAGAGAGGACCTTTTATTTGTATT
GCCCATGACATTAAGCAGAACGCTAACGCAAACGCCACCACTCCGGCGTAAAGGGCGGAA
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ATGCCTCCACATTCGATACTTCCCATCAAACACATTAGAAGTGTGCTCGTGTATGGTGCT
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GCCATGATCATGAAAGGCCCCAAGAAGAAGTTAGAACCGTTGGAATCGGAACCATGGTTA
GTGATGTTTTGAGCATAAGCCCAATGGATATTGGACT

QA 1 757 1 757
DS 

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T
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GTGATGTTTTGAGCATAAGCCCAATGGATATTGGACTCTCCAATGCCAATGGTGTGACCA
TGGTAGAAGGAAAGAACCATGGCTCCGGCCACACATACTACTGTCCCTATCACCTTGGCT
TGTCCTGATGCCTTTCTAATCCCTACAGCTTCTTGTCTGAAGATTGCGGCGAGGAGGAAA
GTGACCGCCGGCAAGAGATTAGTTAAGGCACAAGCAATGGTGGGAGATGAATTCTGAAGT
CCTATGAAGTAGAGCACTTGGTTCCCGGTCACACCGGTGATGGAGCAGAAGAAGATTTGG
ACAAGAACCCTTAGTGTGATCTTCGGTCTTGTCTTACGTTCAAGAAAAAATACGACGGGA
AAGGTGGCGATAGTGGCAAAGATTTGGCGGTAAGCGACAAGAATGAGAGGCTTCATGCCG
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ATCGCCAAGGACGGCAAAAAGTCTCTCGATTTAACCATCTTCAATATATTCTTCAAAAGA
AAAGTATGCTTATATTCTCTATATTCGTTTCTCTCACGAGTACTAATCAATAATAATTGT
TCATGAAACCAAGTTAAGAAAAAGAGAGAGGTGGGTTCTTTAGAGCATTTGTTAGTTCCC
CAAAAA

QA 2 727 2 727
DS 

RD RR3DW94TF 683 0 0
A
TCGGAACCATGGTTAGTGATGTTT*GAGCATAAGCCCAATGGATCTTGGACTCTCCAATG
CCAATGGTGTGACCATGGTAGAAGGAAAGAACCATGGCTCCGGCCACACATACTACTGTC
CCTATCACCTTGGCTTGTCCTGATGCCTTTCTAATCCCTACAGCTTCTTGTCTGAAGATT
GCGGCGAGGAGGAAAGTGACCGCCGGCAAGAGATTAGTTAAGGCACAAGCAATGGTGGGA
GATGAATTCTGAAGTCCTATGAAGTAGAGCACTTGGTTCCCGGTCACACCGGTGATGGAG
CAGAAGAAGATTTGGACAAGAACCCTTAGTGTGATCTTCGGTCTTGTCTTACGTTCAAGA
AAAAATGCGACGGGAAAGGTGGCGATAGTGGCAAAGATTTGGCGGTAAGCGACAAGAATG
AGAGGCTTCATGCCGGATTCCATAGCCATCTTCGACGTAATGTTCATGCCTGCGTAGCCG
ATTTGCACCAACACCATCGCCAAGGACGGCAACAAGTCTCTCGATTTAACCATCTTCAAT
ATATTCTTCAAAAGAAAAGTATGCTTATATTCTCTATATTCGTTTCTCTCACGAGTACTA
ATCAATAATAATTGTTCATGAAACCAAGTTAAGAAAAAGAGAGAGGTGGGTTCTTTAGAG
CATTTGTTAGTTCCCC
GAATCC

QA 2 677 2 677
DS 



AS 2 7

CO CL432Contig1 888 5 20 U
AAAATAACAATAGAAAAACCCTCCTTTATTTAGATAGCCAATAGACAAGACAAACGTACA
TTAAGATATAAGACAAACCAAAAACAACAACAATAGACCATGCAACTCCATAAGTTCACA
TGATAATCTTATTCATACACAATATAAGATTGGTTCTGCATCAGTTGGCTATGGGCGCCA
CTCTAACTCCGATCTTGTAAAGAAACTCACCAGCTTGTCCATAGAACCCAACGACCTTGT
GGTCTTTCTTCTCCAGCACGAATTCAGTTCCTGAGTCCATTCCATACGGGTCAAAAATTC
TCTTGTTTGTCTTGAATTTAAAACAGATGATCGCCGGTGCATCGACACCATAAATCTTGT
CATAGTAGCCTATCACACCTGTGAGATATTCACCATCTTCAAGCACAAACTCTTCAGCAT
CAAGCAATGACTTCTTCCCATGAACACTTCCAAGGACAGGCTTTGAAGCATTTACATACT
CAGCCTCGAAATAAGTCACACAAGAGTCACCTTGTCCTACATATATCTTCTTCACACCGT
CGTGAACACCATCGTCCCACTTAACTCCAGCGTCTCCACCTTGTGCTGGAATAGTATCGA
CGGGAGTCACTGGTGTTGACGTAGGAGCAATATAAACTCCAAGAGAGTGGATCACGTCGC
TTGCACTTCCATGGAATCCAACGATTTTGCCACCTCCTAGCTCTGCTTCTTGTCCAGAGG
CCATTCCAAACGGCTGAGAAACTTTTCCCTTGAATGTCTTGAAGATAAGAGCGGTGATGA
TCTCTGTTGGTGTTACAAAGAGTTTCTCGTAGTAAACTTTTACAGATGTTATGTAATCAT
CTGAATCAAGCTCAAACTCCTCTGGGTCAAGTAACGTCTTTTTACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CM57JQ U 1
AF RR3F394JQ U 12
AF RR3BE45JQ U 12
AF RR3AO86TF C 28
AF RR3BE45TF C 79
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BS 17 22 RR3CM57JQ
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BS 43 65 RR3CM57JQ
BS 66 66 RR3BE45JQ
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BS 90 92 RR3BE45JQ
BS 93 175 RR3CM57JQ
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BS 177 217 RR3CM57JQ
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BS 219 337 RR3CM57JQ
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BS 339 485 RR3CM57JQ
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BS 794 812 RR3AO86TF
BS 813 888 RR3BE45TF

RD RR3CM57JQ 485 0 0
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TTAAGCTATAAGACAAACCAAAAACAACA***ATAGACCATGCAACTCCATAAGTTCACA
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TCTTGTTTGTCTTGAATTTAAAACAGATGATCGCCGGGGCATCGACACCATAAATCTTGT
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CAAGCAATGACTTCTTCCCATGAACACTTCCAAGGACAGGCTTTGAAGCATTTACATACT
CAGCC

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR3F394JQ 652 0 0
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GGTGTTGACGTAGGAGCAATATAAACTCCAAGAGAGTGGATCACGTCGCTTG

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3BE45JQ 782 0 0
AGAAAAACCCTCCTTTATTTAGATAGCCAATAGACAAGACAAACGTACATTAAGATATAA
GACAAACCAAAAACAACAACAATAGACCATGCAACTCCATAAGTTCACATGATAATCTTA
TTCATACACAATATAAGATTGGTTCTGCATCAGTTGGCTATGGGCGCCACTCTAACTCCG
ATCTTGTAAAGAAACTCACCAGCTTGTCCATAGAACCCAACGACCTTGTGGTCTTTCTTC
TCCAGCACGAATTCAGTTCCTGAGTCCATTCCATACGGGTCAAAAATTCTCTTGTTTGTC
TTGAATTTAAAACAGATGATCGCCGGTGCATCGACACCATAAATCTTGTCATAGTAGCCT
ATCACACCTGTGAGATATTCACCATCTTCAAGCACAAACTCTTCAGCATCAAGCAATGAC
TTCTTCCCATGAACACTTCCAAGGACAGGCTTTGAAGCATTTACATACTCAGCCTCGAAA
TAAGTCACACAAGAGTCACCTTGTCCTACATATATCTTCTTCACACCGTCGTGAACACCA
TCGTCCCACTTAACTCCAGCGTCTCCACCTTGTGCTGGAATAGTATCGACGGGAGTCACT
GGTGTTGACGTAGGAGCAATATAAACTCCAAGAGAGTGGATCACGTCGCTTGCACTTCCA
TGGAATCCAACGATTTTGCCACCTCCTAGCTCTGCTTCTTGTCCAGAGGCCATTCCAAAC
GGCTGAGAAACTTTTCCCTTGAATGTCTTGAAGATAAGAGCGGTGATGATCTCTGTTGGT
GT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3AO86TF 786 0 0
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CAACAATAGACCATGCAACTCCATAAGTTCACATGATAATCTTATTCATACACAATATAA
GATTGGTTCTGCATCAGTTGGCTATGGGCGCCACTCTAACTCCGATCTTGTAAAGAAACT
CACCAGCTTGTCCATAGAACCCAACGACCTTGTGGTCTTTCTTCTCCAGCACGAATTCAG
TTCCTGAGTCCATTCCATACGGGTCAGAAATTCTCTTGTTTGTCTTGAATTTAAGACAGA
TGATCGCCGGTGCATCGACACCATAAATCTTGTCATAGTAGCCTATCACACCTGTGAGAT
ATTCACCATCTTCAAGCACAAACTCTTCAGCATCAAGCAATGACTTCTTCCCATGAGCAC
TTCCAAGGACAGGCTTTGAAGCATTTACATACTCAGCCTCGAAATAAGTCACACAAGAGT
CACCTTGTCCTACATATATCTTCTTCACACCGTCGTGAACACCATCGTCCCACTTAACTC
CAGCGTCTCCACCTTGTGCTGGAATAGTATCGACGGGAGTCACTGGTGTTGACGTAGGAG
CAACATAAACTCCAAGAGAGTGGATCACGTCGCTTGCACTTCCATGGAATCCAACGATTT
TGCCACCTCCTAGCTCTGCTTCTTGTCCAGAGGCCATTCCAAACGGCTGAGAAACTTTTC
CCTTGAATGTCTTGAAGATAAGAGCGGTGATGATCTCTGTTGGTGTTACAAAGAGTTTCT
CGTAG
C

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3BE45TF 810 0 0
CAAAAACAACAACAATAGACCATGCAACTCCATAAGTTCACATGATAATCTTATTCATAC
ACAATATAAGATTGGTTCTGCATCAGTTGGCTATGGGCGCCACTCTAACTCCGATCTTGT
AAAGAAACTCACCAGCTTGTCCATAGAACCCAACGACCTTGTGGTCTTTCTTCTCCAGCA
CGAATTCAGTTCCTGAGTCCATTCCATACGGGTCAGAAATTCTCTTGTTTGTCTTGAATT
TAAGACAGATGATCGCCGGTGCATCGACACCATAAATCTTGTCATAGTAGCCTATCACAC
CTGTGAGATATTCACCATCTTCAAGCACAAACTCTTCAGCATCAAGCAATGACTTCTTCC
CATGAACACTTCCAAGGACAGGCTTTGAAGCATTTACATACTCAGCCTCGAAATAAGTCA
CACAAGAGTCACCTTGTCCTACATATATCTTCTTCACACCGTCGTGAACACCATCGTCCC
ACTTAACTCCAGCGTCTCCACCTTGTGCTGGAATAGTATCGACGGGAGTCACTGGTGTTG
ACGTAGGAGCAATATAAACTCCAAGAGAGTGGATCACGTCGCTTGCACTTCCATGGAATC
CAACGATTTTGCCACCTCCTAGCTCTGCTTCTTGTCCAGAGGCCATTCCAAACGGCTGAG
AAACTTTTCCCTTGAATGTCTTGAAGATAAGAGCGGTGATGATCTCTGTTGGTGTTCCAA
AGAGTTTCTCGTAGTAAACTTTTACAGATGTTATGTAATCATCTGAATCAAGCTCAAACT
CCTCTGGGTCAAGTAACGTCTTTTTACCCC

QA 1 810 1 810
DS 



CO CL432Contig2 738 2 5 U
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GCTATGGGACGATGGTGGTGTTTATGAGAACGTCAAGAAAGTGTATGTCGGTCAAGGTGA
CTCTGGTGTGGTTTACGTCAAGTTTGATTACGAGAAAGACGGCAAGATCGTATCACTCGA
GCATGGGAAGAAGACACTTCTTGATCCAGAGGAGTTTGAGCTTGATCCAGAAGATTACAC
CACATCCGTGAAAGTGTACTACGAGAAGCTCTTTGGAACCCCAGTGGAGATCATCACGGC
TCTTATCTTCAAAACATTCAAAGGCAAAGTTTCTCAGCCTTTTGGATTAGCTTCTGGAAC
AGAAGCCGAGCTTGGAGGTGGCAAGATCGTCGGATTCCATGGAAGTTCCAGTGATGCTAT
TCATTCCCTGGGGGCTTATATAACACCGCCAACTACTCCGGTGACTCCACCGGCGTCAGG
TGGTCCGACCAAGCTGGAAGCTCAAGGTGGTCGTGGAGGAGAGTTATGGGACGATGGTGG
TGCTTATGAGAATGTCAAGAAAGTGTATGTTGGACAAGGTGACTCTGGTGTGGTTTATGT
CAAGTTTGATTATGAGAAAGATGGGAAGATTGTATCACTCGAACATGGTAAAAAGACGTT
ACTTGACCCAGAGGAGTTTGAGCTTGATTCAGATGATTACATAACATCTGTAAAGTTTAC
TACGAGAAACTCTTTGGA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CM57TF U 1
AF RR3F394TF U 1
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BS 140 239 RR3F394TF
BS 240 240 RR3CM57TF
BS 241 738 RR3F394TF

RD RR3CM57TF 589 0 0
GG
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ATGGGAAGAAGACACTTCTTGATCCAGAGGAGTTTGAGCTTGATCCAGAAGATTACACCA
CATCCGTGAAAGTGTACTACGAGAAGCTCTTTGGAACCCCAGTGGAGATCATCACGGCTC
TTATCTTCAAAACATTCAAAGGCAAAGTTTCTCAGCCTTTTGGATTAGCTTCTGGAACAG
AAGCCGAGCTTGGAGGTGGCAAGATCGTCGGATTCCATGGAAGTTCCAGTGATGCTATTC
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CTTATGAGAATGTCAAGAAAGTGTATGTTGGACAAGGTGACTCTGGT

QA 3 589 3 589
DS 

RD RR3F394TF 738 0 0
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CTCTGGTGTGGTTTACGTGAAGTTTGATTACGAGAAAGACGGCAAGATCGTATCACTCGA
GCATGGGAAGAAGACACTTCTTGATCCAGAGGAGTTTGAGCTTGATCCAGAAGATTACAT
CACATCCGTGAAAGTGTACTACGAGAAGCTCTTTGGAACCCCAGTGGAGATCATCACGGC
TCTTATCTTCAAAACATTCAAAGGCAAAGTTTCTCAGCCTTTTGGATTAGCTTCTGGAAC
AGAAGCCGAGCTTGGAGGTGGCAAGATCGTCGGATTCCATGGAAGTTCCAGTGATGCTAT
TCATTCCCTGGGGGCTTATATAACACCGCCAACTACTCCGGTGACTCCACCGGCGTCAGG
TGGTCCGACCAAGCTGGAAGCTCAAGGTGGTCGTGGAGGAGAGTTATGGGACGATGGTGG
TGCTTATGAGAATGTCAAGAAAGTGTATGTTGGACAAGGTGACTCTGGTGTGGTTTATGT
CAAGTTTGATTATGAGAAAGATGGGAAGATTGTATCACTCGAACATGGTAAAAAGACGTT
ACTTGACCCAGAGGAGTTTGAGCTTGATTCAGATGATTACATAACATCTGTAAAGTTTAC
TACGAGAAACTCTTTGGA

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 10

CO CL433Contig1 1454 10 12 U
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AAAAAGCAAATAGATTTTTTGTAATTTCGGTTGAAATAATGAAAAAGAAGTTTATTCTTC
TTTTCATTTCAATATTTTTTAAGAATAAAATATTGGATTTTTAAACAGAAAGAAAACGAT
GGTGTACAAAGGCAATAGAAGATTGATTTCGTAATGACTGGACTCTGGGACGGAAGGATT
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TATTTTTATTCAAGACTACTAAAAGAGTAATATTGCTGTTGGTTGTTCGTCAATTCAATT
TCAGCCCAAATGAAATATAGATTACATTGGTGCTATAGTTTTGACACGTGTAGATAGCAA
ATCAAACTGACTTTATTGATCATTACATAGAATTCAATTAAGATATTGTATGAAAATATT
ATTTCTTTAATTCTCATAAGAGAATGAAAGGATTTTTGATTGAGTAAGTTCAACAAAGTC
TTTTTAGACTATCTTTATTTATTTATTTTTTCCTTATATAAAAAATATATTAATAACTCA
ATCAAAATTAAATTATCCACAAGAACACCAATTTTTGTTATGCTTAATATATTTAATTTG
ATCTGTATTTGTTTTAATTCGGCCCTTTTTTCAAGCACTTTTTTAGTCGCCAAATTGCCG
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CTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCAGCTGTAAGTTTTCGATGAAATTATTAATACTGT
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ATTTGATTTCCTCAGTTTTATCCTCTTTTCTCTAAATGAAAGAACTTAATTAGATTCGAG
TTCACTCACAAAAAAAATATCTAGATATTTAGTATAAAAATAGAGAATCTATTCTCTTTT
TTTTTTTCAAAAAAAAAAAGTAAGATCTTGGAGATTGTGTAATGCTTACTCTCAAACTTT
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ATCCAGGACGTAATCCGGGACGTGAAGAATAAAAAACCTTTCTTTTTTATTACTTTATTT
AATATTTAATTAGTGAAAATGTGCGAATTTTATTAGCATTTTATCTATTTCACATCATCA
AAAAGCGGAAGGGAAAGAGAGGGATTCGAACCCTCGGTACGATTAACTCGTACAATGGAT
TAGCAATCCAACGCTTTAGTCCACTCAGCCATCTCTCCTAATCGAAAAGGGATACTTATT
AGGTTCCATTAGAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EY70TF U 1
AF RR3AY37TF U 1
AF RR3GK70TF U 632
AF RR3EY70JQ C 314
AF RR3AT24JQ C 471
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AF RR3AY37JQ C 362
AF RR3ED86TF U 471
AF RR3ED86JQ C 994
AF RR3BE95TF U 1338
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BS 694 777 RR3AY37TF
BS 778 814 RR3GK70TF
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BS 1038 1087 RR3ED86TF
BS 1088 1338 RR3ED86JQ
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RD RR3EY70TF 678 0 0
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CGAACCTCCGAATAGCGGGACCAAAACCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTACGCCCCATTTT
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TCAGCCCAAATGAAATATAGATTACATTGGTGCTATAGTTTTGACACGTGTAGATAGCAA
ATCAAACTGACTTTATTGATCATTACATAGAATTCAATTAAGATATTGTATGAAAATATT
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TTTTTAGACTATCTTTATTTATTTATTTTTTCCTTATATAAAAAATATATTAATAACTCA
ATCAAAATTAAATTATCCACAAGAACACCAATTTT*GTTATGCTTAATATATTTAATTTG
ATCTGTATTTGTTT
AATT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3AY37TF 777 0 0
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AAAAAGCAAATAGATTTTTTGTAATTTCGGTTGAAATAATGAAAAAGAAGTTTATTCTTC
TTTTCATTTCAATATTTTTTAAGAATAAAATATTGGATTTTTAAACAGAAAGAAAACGAT
GGTGTACAAAGGCAATAGAAGATTGATTTCGTAATGACTGGACTCTGGGACGGAAGGATT
CGAACCTCCGAATAGCGGGACCAAAACCCGTTGCCTTACCGCTTGGCTACGCCCCATTTT
TATTTTTATTCAAGACTACTAAAAGAGTAATATTGCTGTTGGTTGTTCGTCAATTCAATT
TCAGCCCAAATGAAATATAGATTACATTGGTGCTATAGTTTTGACACGTGTAGATAGCAA
ATCAAACTGACTTTATTGATCATTACATAGAATTCAATTAAGATATTGTATGAAAATATT
ATTTCTTTAATTCTCATAAGAGAATGAAAGGATTTTTGATTGAGTAAGTTCAACAAAGTC
TTTTTAGACTATCTTTATTTATTTATTTTTTCCTTATATAAAAAATATATTAATAACTCA
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ATCTGTATTTGTTTTAATTCGGCCCTTTTTTCGAGCACTTTTTTAGTCGCCAAATTGCCG
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QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3GK70TF 261 0 0
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CAAGCACTTTTTTAGTCGCCAAATTGCCGGAGGCCTACGCCTTTTTGAATCCAATCATAG
ATGTTATGCCCGTAATACCTCTTTTCTTTCTTCTCTTAGCCTTTGTTTGGCAAGCAGCTG
TAAATTTTCGATGAAATTATTAATACTGTCTTAGACAAATTCACGATTTTGATTCTTGCA
ACAATTCAAAAGATTCAAAAA

QA 1 261 1 261
DS 

RD RR3EY70JQ 716 0 0
GACTACTAAAAGAGTAATATTGCTGTTGGTTGTTCGTCAATTCAATTTCAGCCCAAATGA
AATATAGATTACATTGGTGCTATAGTTTTGACACGTGTAGATAGCAAATCAAACTGACTT
TATTGATCATTACATAGAATTCAATTAAGATATTGTATGAAAATATTATTTCTTTAATTC
TCATAAGAGAATGAAAGGATTTTTGATTGAGTAAGTTCAACAAAGTCTTTTTAGACTATC
TTTATTTATTTATTTTTTCCTTATATAAAAAATATATTAATAACTCAATCAAAATTAAAT
TATCCACAAGAACACCAATTTTTGTTATGCTTAATATATTTAATTTGATCTGTATTTGTT
TTAATTCGGCCCTTTTTTCAAGCACTTTTTTAGTCGCCAAATTGCCGGAGGCCTACGCCT
TTTTGAATCCAATCATGGATGTTATGCCCGTAATACCTCTTTTCTTTCTTTTCTTAGCCT
TTGTTTGGCAAGCAGCTGTAAGTTTTCGATGAAATTATTAATACTGTCTTAGACAAATTC
ACGATTTTGATTCTTGCAACAATTCAAAAGATTCAAAAATCTTGACGTAGGAAAGAACTC
TCAATTCAAACATTGAATTTTTTTGGTAGCCATACTAAATCTGGATCATTTGATTTCCTC
AGTTTTATCCTCTTTTCTCTAAATGAAAGAACTTAATTAGATTCGAGTTCACTC
AC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3AT24JQ 557 0 0
G
GAAAATATTATTTCTTTAATTCTCATAAGAGAATGAAAGGATTTTTGATTGAGTAAGTTC
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AGATTCGAGTTCACTC

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G
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C

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DS 

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ATAAAAATAGAGAATCTATTCTCTTTTTTTTTTTCAAAAAAAAAAAGTAAGATCTTGGAG
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TCGGTACGATTAACTCGTACAATGGATTAGCAATCCAACGCTTTAGTCCACTCAGCCATC
TCTCCTAATC
T

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DS 

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G
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GTCCACTCAGCCATCTCTCCTAATCGAAAAGGGATACTTATTAGGTTCCATTAGAC

QA 2 117 2 117
DS 



AS 1 9

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CGGCTCGGTCCGAGAATAGACACGGAGTTGAAGGATCTAGGCTACAATGGTCCGCTCACT
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CGCTTTGGTGGAGAGTGGCTCTGGGATAGGGCTAGCTTACTGAAAGGGTCCTCAAATGAG
GAGACAAGAAGATTCGACAAAGGCAGTAAAATGTCGTTTTCTTGCGGATTATGCTATTTT
TTCTGCCCCAGCTTTGATGATTTCACCAGTCACCTCCAGAGCGTCGATCATACACGCAAT
GTTGAAGTGGATAATGGTGCCAGGGATACCAAGTTTAAGCTGGCTCTTAAACAATTAGAG
GAGGATAAACTTTCAGAGCCTTATCTTGAAGAATTGAGTTCAAAACAATCCTACTTTATT
CGTCTGCACAAGCATTGTACTTCTACCTTGAAGACGAATTCTAAGGCAGAAATGTCGAAG
TTTCAAAATGGTGTTTCTTCCCTTTCAAAGAATTCTACTTCTAAGACGAAGAAGGCAAGT
TCAGTTACAAAAAAGAAAAAAAAGACGAAGAAGTCAAAAAAGTCGATGATTGAAGGAGAG
GACATGGCCCTCCGTAGTCCTCTTGTTCTCTAGAGGGGCCATTTTCTATGTTGAATGGTT
TGTTTATTTGCTAGTCTTGTTTGTTTTATTTTAAGTTAAACTTGAATACTTATATGAACG
TCTTGTTAAATTAGCGGATATGTAATGGCATGCCGAACAATACTTTATGAGCAAATAATA
ATGTGCTGAAGGCACTAGAGTTTGAATG


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR3DQ21TF U 1
AF RR3F764TF U 205
AF RR3FY33TF U 1
AF RR3B810TF U 3
AF RR3CJ35TF U 427
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AF RR3B810JQ C 939
BS 1 95 RR3DQ21TF
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BS 97 237 RR3DQ21TF
BS 238 238 RR3FY33TF
BS 239 307 RR3DQ21TF
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BS 1172 1224 RR3CJ35JQ
BS 1225 1228 RR3B810JQ

RD RR3DQ21TF 307 0 0
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AAAGAAGAAAAAAAGATGATGAAGAACGTCAGCAAGGCGACGCCTGAGTATGCGACATCT
GAAACTTTGGTGTGGTGGGACATGGACAGCTGTCCGCTCCCCAATGGTTATGACCCAAGT
CGGCTCGGTCCGAGAATAGACACGGAGTTGAAGGATCTAGGCTACAATGGTCCGCTC*CT
ATCATTGCCGTTGGCAACCTGGACGGGATCCCTTATGACTTCCTGAAAGTCCTCTCCTCC
AACGGAT

QA 1 307 1 307
DS 

RD RR3F764TF 384 0 0
GTGT
TGAAGGATCTAGGCTACAATGGTCCGCTCACTATCATTGCCGTTGGCAACCTGGACGGGA
TCCCTTATGACTTCCTGAAAGTCCTCTCCTCCAACGGATTCGTTATCAAACATTCAGGAC
ATGGCATGTATCAGGATGTGTCAGATTATTTCGTTTCGCGTAACAGACTTTGTCAGCCTC
CTCCGGTGACAATAATGATCATATCCGGCGTTCCTGGTCTAATGGAATCAGTCACTAGAG
AGATTTACGTCAGGCCTGACTATGGATACAATCTTCTTCTGGCATATCCACTAAATGTTG
AGCCTAGACAACCACATCCTTCATCCTTTGTCCGCTTTGGTGGAGAGTGGCTCTGGGATA
GGGCTAGCTTACTGAAAGGG

QA 5 384 5 384
DS 

RD RR3FY33TF 601 0 0
GGAC
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AAGAAAAAAAGATGATGAAGAACGTCAGCAAAGCGACGCCTGAGTATGCGACATCTGAAA
CTTTGGTGTGGTGGGACATGGACAGCTGTCCGCTCCCCAATGGTTATGACCCAAGTCGGC
TCGGTCCGAGAATAGACACGGAGGTGAAGGATCTAGGCTACAATGGTCCGCTCACTATCA
TTGCCGTTGGCAACCTGGACGGGATCCCTTATGACTTCCTGAAAGTCCTCTCCTCCAACG
GATTCGTTATCAAACATTCAGGACATGGCATGTATCAGGATGTGTCAGATTATTTCGTTT
CGCGTAACAGACTTTGTCAGCCTCCTCCGGTGACAATAATGATCATATCCGGCGTTCCTG
GTCTAATGGAATCAGTCGCTAGAGAGATTTACGTCAGGCCTGACTATGGATACAATCTTC
TTCTGGCATATCCACTAAATGTTGAGCCTAGACGACCACATCCTTCATCCTTTGTCCGCT
TTGGTGGAGAGTGGCTCTGGGATAGGGCTAGCTTACTGAAAGGGTCCTCAAATGAGG

QA 5 601 5 601
DS 

RD RR3B810TF 691 0 0
GG
ATTGCTTTTGATCTCTCAACCCCTCTCTCTGTCGGCGTAGTATCTGATCCGAGGTTAAAG
AAGAAAAAAAGATGATGAAGAACGTCAGCAAAGCGACGCCTGAGTATGCGACATCTGAAA
CTTTGGTGTGGTGGGACATGGACAGCTGTCCGCTCCCCAATGGTTATGACCCAAGTCGGC
TCGGTCCGAGAATAGACACGGAGTTGAAGGATCTAGGCTACAATGGTCCGCTCACTATCA
TTGCCGTTGGCAACCTGGACGGGATCCCTTATGACTTCCTGAAAGTCCTCTCCTCCAACG
GATTCGTTATCAAACATTCAGGACATGGCATGTATCAGGATGTGTCAGACTATTTCGTTT
CGCGTAACAGACTTTGTCAGCCTCCTCCGGTGGCAATAATGATCATATCCGGCGTTCCTG
GTCTAATGGAATCAGTCACTAGAGAGATTTACGTCAGGCCTGACTATGGATACAATCTTC
TTCTGGCATATCCACTAAATGTTGAGCCTAGACAACCACATCCTTCATCCTTTGTCCGCT
TTGGTGGAGAGTGGCTCTGGGATAGGGCTAGCTTACTGAA*GGGTCCTCAAATGAGGAGA
CAAGAAGATTCGGCAAAGGCAGTAAAATGTCGTTTTCTTGCGGATTATGCTATTTTTTCT
GCCCCAGCTTTGATGATTTCACCAGTCAC

QA 3 691 3 691
DS 

RD RR3CJ35TF 745 0 0
G
TAATGGAATCAGTCACTAGAGAGATTTACGTCAGGCCTGACTATGGATACAATCTTCTTC
TGGCATATCCACTAAATGTTGAGCCTAGACAACCACATCCTTCATCCTTTGTCCGCTTTG
GTGGAGAGTGGCTCTGGGATAGGGCTAGCTTACTGAAAGGGTCCTCAAATGAGGAGACAA
GAAGATTCGACAAAGGCAGTAAAATGTCGTTTTCTTGCGGATTATGCTATTTTTTCTGCC
CCAGCTTTGATGATTTCACCAGTCACCTCCAGAGCGTCGATCATACACGCAATGTTGAAG
TGGATAATGGTGCCAGGGATACCAAGTTTAAGCTGGCTCTTAAACAATTAGAGGAGGATA
AACTTTCAGAGCCTTATCTTGAAGAATTGAGTTCAAAACAATCCTACTTTATTCGTCTGC
ACAAGCATTGTACTTCTACCTTGAAGACGAATTCTAAGGCAGAAATGTCGAAGTTTCAAA
ATGGTGTTTCTTCCCTTTCAAAGAATTCTACTTCTAAGACGAAGAAGGCAAGTTCAGTTA
CAAAAAAGAAAAAAAAGACGAAGAAGTCAAAAAAGTCGATGATTGAAGGAGAGGACATGG
CCCTCCGTAGTCCTCTTGTTCTCTAGAGGGGCCATTTTCTATGTTGAATGGTTTGTTTAT
TTGCTAGTCTTGTTTGTTTTATTTTAAGTTAAACTTGAATACTTATATGAACGTCTTGTT
AAATTAGCGGATATGTAATGGCAT

QA 2 745 2 745
DS 

RD RR3CJ35JQ 768 0 0
GTCAGGCCTGACTATGGATACAATCTTCTTCTGGCATATCCACTAAATGTTGAGCCTAGA
CAACCACATCCTTCATCCTTTGTCCGCTTTGGTGGAGAGTGGCTCTGGGATAGGGCTAGC
TTACTGAAAGGGTCCTCAAATGAGGAGACAAGAAGATTCGACAAAGGCAGTAAAATGTCG
TTTTCTTGCGGATTATGCTATTTTTTCTGCCCCAGCTTTGATGATTTCACCAGTCACCTC
CAGAGCGTCGATCATACACGCAATGTTGAAGTGGATAATGGTGCCAGGGATACCAAGTTT
AAGCTGGCTCTTAAACAATTAGAGGAGGATAAACTTTCAGAGCCTTATCTTGAAGAATTG
AGTTCAAAACAATCCTACTTTATTCGTCTGCACAAGCATTGTACTTCTACCTTGAAGACG
AATTTTAAGGCAGAAATGTCGAAGTTTCAAAATGGTGTTTCTTCCCTTTCAAAGAATTCT
ACTTTTAAGACGAAGAAGGCAAGTTCAGTTACAAAAAAGAAAAAAAAGACGAAGAAGTCA
AAAAAGTCGATGATTGAAGGAGAGGACATGGCCCTCCGTAGTCCTCTTGTTCTCTAGAGG
GGCCATTTTCTATGTTGAATGGTTTGTTTATTTGCTAGTCTTGTTTGTTTTATTTTAAGT
TAAACTTGAATACTTATATGAACGTCTTGTTAAATTAGCGGATATGTAATGGCATGCCGA
ACAATACTTTATGAGCAAATAATAATGTGCTGAAGGCACTAGAGTTTG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3DQ21JQ 738 0 0
CATATCCACTAAATGTTGAGCCTAGACAACCACATCCTTCATCCTTTGTCCGCTTTGGTG
GAGAGTGGCTCTGGGATAGGGCTAGCTTACTGAAAGGGTCCTCAAATGAGGAGACAAGAA
GATTCGACAAAGGCAGTAAAATGTCGTTTTCTTGCGGATTATGCTATTTTTTCTGCCCCA
GCTTTGATGATTTCACCAGTCACCCCCAGAGCGTCGAGCATACACGCAATGTTGAAGTGG
ATAATGGTGCCAGGGATACCAAGTTTAAGCTGGCTCTTAAACAATTAGAGGAGGATAAAC
TTTCAGAGCCTTATCTTGAAGAATTGAGTTCAAAACAATCCTACTTTATTCGT*TGCACA
AGCATTGTACTTCTACCTTGAAGACGAATTTTAAGGCAGAAATGTCGAAGTTTCAAAATG
GTGTTTCCTCCCTTTCAAAGAATTCTACTTCTAAGACGAAGAAGGCAAGTTCAGTTACAA
AAAAGAAAAAAAAGACGAAGAAGTCAAAAAAGTCGATGATTGAAGGAGAGGACATGGCCC
TCCGTAGTCCTCTTGTTCTCTAGAGGGGCCATTTTCTATGTTGAATGGTTTGTTTATTTG
CTAGTCTTGTTTGTTTTATTTTAAGTTAAACTTGAATACTTATATGAACGTCTTGTTAAA
TTAGCGGATATGTAATGGCATGCCGAACAATACTTTATGAGCAAATAATAATGTGCTGAA
GGCACTAGAGTTTG
AACC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3FY33JQ 713 0 0
ACG
ACCACATCCTTCATCCTTTGTCCGCTTTGGTGGAGAGTGGCTCTGGGATAGGGCTAGCTT
ACTGAAAGGGTCCTCAAATGAGGAGACAAGAAGATTCGACAAAGGCAGTAAAATGTCGTT
TTCTTGCGGATTATGCTATTTTTTCTGCCCCAGCTTTGATGATTTCACCAGTCACCTCCA
GAGCGTCGAGCATACACGCGATGTTGAAGTGGATAATGGTGCCAGGGATACCAAGTTTAA
GCTGGCTCTTAAACAATTAGAGGAGGATAAACTTTCAGAGCCTTATCTTGAAGAATTGAG
TTCAAAACAATCCTACTTTATTCGTCTGCACAAGCATTGTACTTCTACCTTGAAGACGAA
TTCTAAGGCAGAAATGTCGAAGTTTCAAAATGGTGTTTCTTCCCTTTCAAAGAATTCTAC
TTCTAAGACGAAGAAGGCAAGTTCAGTTACAAAAAAGAAAAAAAAGACGAAGAAGTCAAA
AAAGTCGATGATTGAAGGAGAGGACATGGCCCTCCGTAGTCCTCTTGTTCTCTAGAGGGG
CCATTTTCTATGTTGAATGGTTTGTTTATTTGCTAGTCTTGTTTGTTTTATTTTAAGTTA
AACTTGAATACTTATATGAACGTCTTGTTAAATTAGCGGATATGTAATGGCATGCCGAAC
AATACTTTATGAGCAAATAATAATGTGCTGAAGGCACTAGAGTTTG
AATG

QA 4 709 4 709
DS 

RD RR3B810JQ 290 0 0
TTCTAAGACGAAGAAGGCAAGTTCAGTTACAAAAAAGAAAAAAAAGACGAAGAAGTCAAA
AAAGTCGATGATTGAAGGAGAGGACATGGCCCTCCGTAGTCCTCTTGTTCTCTAGAGGGG
CCATTTTTTATGTTGAATGGTTTGTTTATTTGCTAGTCTTGTTTGTTTTATTTTAAGTTA
AACTTGAATACTTATATGAACGTCTTGTTAAATTAGCGGATATGTAATGGCATGCCGAAC
AATACTTTATGAGCAAATAATAATGTGCTGAAGGCACTAGAGTTTGAATG

QA 1 290 1 290
DS 



AS 3 7

CO CL435Contig1 875 2 4 U
GATCTAGCTTATCGGCATTGCAGTTGATAATACTTTACTCCATAGTTGTAAAGCTATGGT
GACGATCCGGAGCGCTTCAGTCTTTATTCTGGTTCTGCTCACTGTCTCATGCCTTGCTTT
GGTTGCAAATGGGGAAGACAAAACGATTAAAGTGAAGAAGGTGAAGGGGAAGAAAGTGTG
CACGCAGGGATGGGAATGCGTCTGGTGGTCTCAGTACTGCTGTAACGAGACCATCTCTGA
TTACTTCCAGGTGTATCAGTTTGAGCAGCTCTTCGCCAAAAGAAACACCCCCATTGCTCA
TGCTGTCGGTTTCTGGGACTACCAGTCTTTCATCACCGCTGCTGCTCTCTACGAGCCTCT
TGGGTTTGGTACCACTGGTGGAAAGCTCATGGGACAGAAAGAAATGGCTGCCTTCCTCGG
CCATGTCGCCAGCAAAACGTCATGTGGCTATGGAGTTGCAACAGGAGGGCCTTTAGCTTG
GGGTCTGTGCTACAACAGGGAGATGAGCCCAATGCAATCTTACTGTGACGAGACCTGGAA
GTACAAGTACCCTTGCAGCCCTGGAGCTGAGTACTACGGACGTGGTGCCTTACCCATTTA
CTGGAACTTCAACTACGGTGCGGCTGGAGAAGCACTAAAAGCCGATCTCTTGAACCACCC
GGAGTACATCGAGCAGAACGCCACGCTTGCCTTCCAAGCTGCAATCTGGAGATGGATGAC
ACCGATCAAGAAAGCTCAGCCTTCAGCTCACGATATCTTTGTTGGAAACTGGAAACCGAC
GAAAACGATACTCTGTCCAACGTGGACCGACTTTGGTACCACCATGAACGTCTTGTACGA
GAGTACACGTGCGGTCAAGTGACATGAGCGATGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 0 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ44TF U 1
AF RR3BP75TF U 71
BS 1 783 RR3AJ44TF
BS 784 784 RR3BP75TF
BS 785 785 RR3AJ44TF
BS 786 875 RR3BP75TF

RD RR3AJ44TF 785 0 0
GATCTAGCTTATCGGCATTGCAGTTGATAATACTTTACTCCATAGTTGTAAAGCTATGGT
GACGATCCGGAGCGCTTCAGTCTTTATTCTGGTTCTGCTCACTGTCTCATGCCTTGCTTT
GGTTGCAAATGGGGAAGACAAAACGATTAAAGTGAAGAAGGTGAAGGGGAAGAAAGTGTG
CACGCAGGGATGGGAATGCGTCTGGTGGTCTCAGTACTGCTGTAACGAGACCATCTCTGA
TTACTTCCAGGTGTATCAGTTTGAGCAGCTCTTCGCCAAAAGAAACACCCCCATTGCTCA
TGCTGTCGGTTTCTGGGACTACCAGTCTTTCATCACCGCTGCTGCTCTCTACGAGCCTCT
TGGGTTTGGTACCACTGGTGGAAAGCTCATGGGACAGAAAGAAATGGCTGCCTTCCTCGG
CCATGTCGCCAGCAAAACGTCATGTGGCTATGGAGTTGCAACAGGAGGGCCTTTAGCTTG
GGGTCTGTGCTACAACAGGGAGATGAGCCCAATGCAATCTTACTGTGACGAGACCTGGAA
GTACAAGTACCCTTGCAGCCCTGGAGCTGAGTACTACGGACGTGGTGCCTTACCCATTTA
CTGGAACTTCAACTACGGTGCGGCTGGAGAAGCACTAAAAGCCGATCTCTTGAACCACCC
GGAGTACATCGAGCAGAACGCCACGCTTGCCTTCCAAGCTGCAATCTGGAGATGGATGAC
ACCGATCAAGAAAGCTCAGCCTTCAGCTCACGATATCTTTGTTGGAAACTGGAAACCGAC
GAAGA

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3BP75TF 805 0 0
G
GCGCTTCAGTCTTTATTCTGGTTCTGCTCGCTGTCTCATGCCTTGCTTTGGTTGCAAATG
GGGAAGACAAAACGATTAAAGTGAAGAAGGTGAAGGGGAAGAAAGTGTGCACGCAGGGAT
GGGAATGCGTCTGGTGGTCTCAGTACTGCTGTAACGAGACCATCTCTGATTACTTCCAGG
TGTATCAGTTTGAGCAGCTCTTCGCCAAAAGAAACACCCCCATTGCTCATGCTGTCGGTT
TCTGGGACTACCAGTCTTTCATCACCGCTGCTGCTCTCTACGAGCCTCTTGGGTTTGGTA
CCACTGGTGGAAAGCTCATGGGACAGAAAGAAATGGCTGCCTTCCTCGGCCATGTCGCCA
GCAAAACGTCATGTGGCTATGGAGTTGCAACAGGAGGGCCTTTAGCTTGGGGTCTGTGCT
ACAACAGGGAGATGAGCCCAATGCAATCTTACTGTGACGAGACCTGGAAGTACAAGTACC
CTTGCAGCCCTGGAGCTGAGTACTACGGACGTGGTGCCTTACCCATTTACTGGAACTTCA
ACTACGGTGCGGCTGGAGAAGCACTAAAAGCCGATCTCTTGAACCACCCGGAGTACATCG
AGCAGAACGCCACGCTTGCCTTCCAAGCTGCAATCTGGAGATGGATGACACCGATCAAGA
AAGCTCAGCCTTCAGCTCACGATATCTTTGTTGGAA*CTGGAAACCGACGAGAACGATAC
TCTGTCCAACGTGGACCGACTTTGGTACCACCATGAACGTCTTGTACGAGAGTACACGTG
CGGTCAAGTGACATGAGCGATGAC

QA 2 805 2 805
DS 



CO CL435Contig2 762 3 6 U
AAAACATAATAATAATTGAATAAGGTATTACATACAGGAAAATATAAGTTGTTCTACAGG
GACCAAGCCCTAGACAAAAAGAAGCCACACGCACACACACACACACACAAGCAATTTCAC
TTATTACATAACACTTGTCGAGTTAAAAGCAAAAGAGACTTGAGAACAACGAGCAATGCG
GAGATACTTACGAGGAGGAGGAGGAAGGTGCAGTCGAAGGGTTAAACGGTTTCTGCTCAG
CGCAGCTGAGCTCCTCGTTAGGCCCCGCGTCTTCTCTTCCAATACCCAAGAGATCAAGGA
AGTACAAGTAGTGAGAGACAATGTTGTTCATCGGCTCAATGTCACCTTGACCGCACGTGT
ACTCTCCGTACAAGACGTTCATGGTGGTGCCAAAAGTCGGTCCACGTCTGGACAGAGTAT
CGTTCTTCGTCGGTTTCCAGTTTCCAACGAAGATGTCGTGAGCTGAAGGCTGAGCTTTCT
TGATCGGTGTCATCCATCTCCAGATCGCTGCTTGGAATGCAAGCGTGGCGTTCTGCTCGA
TGTACTCAGGGTGGTTCAAGAGATCAGCTTTTAGTGCTTCCCCTGCTGCACCGTAGTTGA
AGTTCCAGTAAATGGGTAAAGCACCACGTCCGTAGTATTCAGCTCCAGGGCTGCAAGGGT
ACTTATACTTCCAGGTCTCGTCACAGTAAGACTGCATTGGGCTCATCTCCCTGTTGTAGC
ACAGACCCCAAGCTAAAGGCCCTCCTGTTGCAACCCATAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B873JQ U 1
AF RR3B873TF C 67
AF RR3FN44JQ U 47
BS 1 156 RR3B873JQ
BS 157 157 RR3FN44JQ
BS 158 451 RR3B873JQ
BS 452 452 RR3FN44JQ
BS 453 754 RR3B873JQ
BS 755 762 RR3FN44JQ

RD RR3B873JQ 755 0 0
AAAACATAATAATAATTGAATAAGGTATTACATACAGGAAAATATAAGTTGTTCTACAGG
GACCAAGCCCTAGACAAAAAGAAGCCACACGCACACACACACACACACAAGCAATTTCAC
TTATTACATAACACTTGTCGAGTTAAAAGCAAAAGAAACTTGAGAACAACGAGCAATGCG
GAGATACTTACGAGGAGGAGGAGGAAGGTGCAGTCGAAGGGTTAAACGGTTTCTGCTCAG
CGCAGCTGAGCTCCTCGTTAGGCCCCGCGTCTTCTCTTCCAATACCCAAGAGATCAAGGA
AGTACAAGTAGTGAGAGACAATGTTGTTCATCGGCTCAATGTCACCTTGACCGCACGTGT
ACTCTCCGTACAAGACGTTCATGGTGGTGCCAAAAGTCGGTCCACGTCTGGACAGAGTAT
CGTTCTTCGTCGGTTTCCAGTTTCCAACGAAAATGTCGTGAGCTGAAGGCTGAGCTTTCT
TGATCGGTGTCATCCATCTCCAGATCGCTGCTTGGAATGCAAGCGTGGCGTTCTGCTCGA
TGTACTCAGGGTGGTTCAAGAGATCAGCTTTTAGTGCTTCCCCTGCTGCACCGTAGTTGA
AGTTCCAGTAAATGGGTAAAGCACCACGTCCGTAGTATTCAGCTCCAGGGCTGCAAGGGT
ACTTATACTTCCAGGTCTCGTCACAGTAAGACTGCATTGGGCTCATCTCCCTGTTGTAGC
ACAGACCCCAAGCTAAAGGCCCTCCTGTTGCAAC
C

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3B873TF 689 0 0
GCCCTAGACAAAAAGAAGCCACACGCACACACACACACACACAAGCAATTTCACTTATTA
CATAACACTTGTCGAGTTAAAAGCAAAAGAGACTTGAGAACAACGAGCAATGCGGAGATA
CTTACGAGGAGGAGGAGGAAGGTGCAGTCGAAGGGTTAAACGGTTTCTGCTCAGCGCAGC
TGAGCTCCTCGTTAGGCCCCGCGTCTTCTCTTCCAATACCCAAGAGATCAAGGAAGTACA
AGTAGTGAGAGACAATGTTGTTCATCGGCTCAATGTCACCTTGACCGCACGTGTACTCTC
CGTACAAGACGTTCATGGTGGTGCCAAAAGTCGGTCCACGTCTGGACAGAGTATCGTTCT
TCGTCGGTTTCCAGTTTCCAACGAAGATGTCGTGAGCTGAAGGCTGAGCTTTCTTGATCG
GTGTCATCCATCTCCAGATCGCTGCTTGGAATGCAAGCGTGGCGTTCTGCTCGATGTACT
CAGGGTGGTTCAAGAGATCAGCTTTTAGTGCTTCCCCTGCTGCACCGTAGTTGAAGTTCC
AGTAAATGGGTAAAGCACCACGTCCGTAGTATTCAGCTCCAGGGCTGCAAGGGTACTTAT
ACTTCCAGGTCTCGTCACAGTAAGACTGCATTGGGCTCATCTCCCTGTTGTAGCACAGAC
CCCAAGCTAAAGGCCCTCCTGTTGCAAC
C

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3FN44JQ 716 0 0
AGTTGTTCTACAGGGACCAAGCCCTAGACAAAAAGAAGCCACAC****ACACACACACAC
ACAAGCAATTTCACTTATTACATAACACTTGTCGAGTTAAAAGCAAAAGAGACTTGAGAA
CAACGAGCAATGCGGAGATACTTACGAGGAGGAGGAGGAAGGTGCAGTCGAAGGGTTAAA
CGGTTTCTGCTCAGCGCAGCTGAGCTCCTCGTTAGGCCCCGCGTCTTCTCTTCCAATACC
CAAGAGATCAAGGAAGTACAAGTAGTGAGAGACAATGTTGTTCATCGGCTCAATGTCACC
TTGACCGCACGTGTACTCTCCGTACAAGACGTTCATGGTGGTGCCAAAAGTCGGTCCACG
TTTGGACAGAGTATCGTTCTTCGTCGGTTTCCAGTTTCCAACGAAGATGTCGTGAGCTGA
AGGCTGAGCTTTCTTGATCGGTGTCATCCATCTCCAGATCACTG****GAATGCAAGCGT
GGCGTTCTGCTCGATGTACTCAGGGTGGTTCAAGAGATCAGCTTTTAGTGCTTCCCCTGC
TGCACCGTAGTTGAAGTTCCAGTAAATGGGTAAAGCACCACGTCCGTAGTATTCAGCTCC
AGGGCTGCAAGGGTACTTATACTTCCAGGTCTCGTCACAGTAAGACTGCATTGGGCTCAT
CTCCCTGTTGTAGCACAGACCCCAAGCTAAAGGCCCTCCTGTTGCACTCCATAGCC

QA 1 716 1 716
DS 



CO CL435Contig3 555 2 6 U
CAGCAAAACATAATAATAATTGAATAAGGTATTACATACAGGAAAATATAAGTTCTACAT
GGACAAAAAGAAGCCACACACACACAAGCAATTTCACTTATTACATAATTGTTGAGTTAA
AAGCAAAAGAGACTTGAGAACAATGAGCAATGCGGAAAGAGACTTACGAGGAGGAGGAGG
AAGGTGCAGTTGAAGGGTTAAATGGTTTCTGCTCAGCGCAGCTGAGCTCCTCGTTAGGCC
CCGCGTCTTCTCTTCCAATACCCAAGAGATCAAGGAAGTACAAGTAGTGAGAGACAATGT
TGTTCATCGGCTCAATGTCACCTTGACCGCACGTGTACTCTCCGTACAAGACGTTCATGG
TGGTACCAAAAGTCGGTCCACGTTTGGACAGAGTATCGTTCTTCGTCGGTTTCCAGTTTC
CAACAAAGATATCGTGAGCTGAAGGCTGAGCTTTCTTGATCGGTGTCATCCATCTCCAGA
TTGCAGCTTGGAAGGCAAGCGTGGCGTTCTGCTCCATGTACTCCGGGTGGTTAAAGAGAT
CGGCTTTTAGTGCTT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES17JQ U 1
AF RR3CN62JQ U 2
BS 1 7 RR3ES17JQ
BS 8 8 RR3CN62JQ
BS 9 156 RR3ES17JQ
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BS 468 555 RR3CN62JQ

RD RR3ES17JQ 467 0 0
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GGACAAAAAGAAGCCACACACACACAAGCAATTTCACTTATTACATAATTGTTGAGTTAA
AAGCAAAAGAGACTTGAGAACAATGAGCAATGCGGAGAGAGACTTACGAGGAGGAGGAGG
AAGGTGCAGTTGAAGGGTTAAATGGTTTCTGCTCAGCGCAGCTGAGCTCCTCGTTAGGCC
CCGCGTCTTCTCTTCCAATACCCAAGAGATCAAGGAAGTACAAGTAGTGAGAGACAATGT
TGTTCATCGGCTCAATGTCACCTTGACCGCACGTGTACTCTCCGTACAAGACGTTCATGG
TGGTACCAAAAGTCGGTCCACGTTTGGACAGAGTATCGTTCTTCGTCGGTTTCCAGTTTC
CAACAAAGATATCGTGAGCTGAAGGCTGAGCTTTCTTGATCGGTGTC

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR3CN62JQ 554 0 0
G
GCAAAACATAATAATAATTGAATAAGGTATTACATACAGGAAAATATAAGTTCTACATGG
ACAAAAAGAAGCCACACACACACAAGCAATTTCACTTATTACATAATTGTTGAGTTAAAA
GCAAAAGAGACTTGAGAACAATGAGCAATGCGGAAAGAGACTTACGAGGAGGAGGAGGAA
GGTGCAGTTGAAGGGTTAAATGGTTTCTGCTCAGCGCAGCTGAGCTCCTCGTTAGGCCCC
GCGTCTTCTCTTCCAATACCCAAGAGATCAAGGAAGTACAAGTAGTGAGAGACAATGTTG
TTCATCGGCTCAATGTCACCTTGACCGCACGTGTACTCTCCGTACAAGACGTTCATGGTG
GTACCAAAAGTCGGTCCACGTTTGGACAGAGTATCGTTCTTCGTCGGTTTCCAGTTTCCA
ACAAAGATATCGTGAGCTGAAGGCTGAGCTTTCTTGATCGGTGTCATCCATCTCCAGATT
GCAGCTTGGAAGGCAAGCGTGGCGTTCTGCTCCATGTACTCCGGGTGGTTAAAGAGATCG
GCTTTTAGTGCTT

QA 2 554 2 554
DS 



AS 1 10

CO CL436Contig1 893 10 12 U
CTTATCCATAACGTTAGGCATAACATGTCTCATATTATAGACTTTGAAGCAAATATGTTT
ATGGCTCTCATAGAAGGGAAAAATAAGCCTTAGAAGTGGGGAAACACAAATGAAAATGGT
TAAGAAATGCAAGTGAACAACACAAGAGAACCAACGGGGAGTCTCTGCAACTCAACCTAT
GTAGTGAGTTCCATAATGGCAGAAACGATATCTCCATCATTAGTCTTGAGAGCCTTAACG
GCTTTGGCCTTAGAGACACCAGCTTGAGTCATCACAAGATCAATGTCCTTAGCTTCAACA
CCAGTCTCATCAACATCATCATCATCTTCCTCCTCTTGTGCAACAGTGGCTGCTTGAGAG
GCATCAGCGTTGCTGGGGATCATAGACGCAACATCAGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCT
TGGGCTTGTAGCTGAGAGCTCATGTCATCAATCTTGGCCTCGCCGAATATCACATAGGTG
TCAGAGTTGGGACTCTTGAACACATCAGGCTTCGAGATGACAAACAGAACATTCTTTGAT
CTCTTGATTGTGACTCTGCTAACATCAGTGACAGGTTTCATTCCAAGTTTCAGCATTGCT
TTGCGGCTTTTCTTCTCGCTTCGGCTTTGCTTTGAGCTCTCATTCTCACCAGCTCCATCG
ATCTTGTCATCGTCGTCGTCCTCATCTTCGTCTTCTTCATCTCCGTCTTTCACATCCTCA
ACGACAACATCATTTTCCTTCTGGAGCTTCATTTGCTCTTTGATGGCATCCATCAACTGC
TCCTCAGTGTTAACTTCTTCAACGACTGGGCCTGGCATCTTCTTCACCCTCTTTCTTATC
TTCTCTTCTCTTCTTCCTTCGTAACCAACGAAACCCTTGGAACAGCGCAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 60 60 45 60 60 
45 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 15 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 55 40 55 30 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3BD62JQ U 16
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AF RR3BD62TF C 16
AF RR3H559JQ U 1
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BS 1 299 RR3H559JQ
BS 300 300 RR3BD62JQ
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TCATCATCATCTTCCTCCTCTTGTGCAACAGTGGCTGCTTGAGAGGCATCAGCGTTGCTG
GGGATCATAGACGCAACATCAGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCTTGGGCTTGTAGCTGA
AAGCTCATGTCATCAATCTTGGCCTCGCCGAATATCACATAGGTGTCAAAATTGGGAC
C

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3C593JQ 357 0 0
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GAGTTCCATAATGGCAGAAACGATATCTCCATCATTAGTCTTGAGAGCCTTAACGGCTTT
GGCCTTAAAGACACCAGCTTGAGTCATCACAAGATCAATGTCCTTAGCTTCAACACCAGT
CTCATCAACATCATCATCATCTTCCTCCTCTTGTGCAACAGTGGCTGCTTGAGAGGCATC
AGCGTTGCTGGGGATCATAGACGCAACATCAGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCTTGGGC
TTGTAGCTGAAAGCTCATGTCATCAATCTTGGCCTCGCCGAATATCACATAGGTGTC

QA 1 357 1 357
DS 

RD RR3BD62TF 479 0 0
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GGGAAAAATAAGCCTTAGAAGTGGGGAAACACAAATGAAAATGGTTAAGAAATGCAAGTG
AACAACACAAGAGAACTAACGGGGAGTCTCTGCAACTCAACCTATGTAGTGAGTTCCATA
ATGGCAGAAACGATATCTCCATCATTAGTCTTGAGAGCCTTAACGGCTTTGGCCTTAGAG
ACACCAGCTTGAGTCATCACAAGATCAATGTCCTTAGCTTCAACACCAGTCTCATCAACA
TCATCATCATCTTCCTCCTCTTGTGCAACAGTGGCTGCTTGAGAGGCATCAGCGTTGCTG
GGGATCATAGACGCAACATCAGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCTTGGGCTTGTAGCTGA
GAGCTCATGTCATCAATCTTGGCCTCGCCGAATATCACATAGGTGTCAGAGTTGGGAC
C

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3H559JQ 717 0 0
CTTATCCATAACGTTAGGCATAACATGTCTCATATTATAGACTTTGAAGCAAATATGTTT
ATGGCTCTCATAGAAGGGAAAAATAAGCCTTAGAAGTGGGGAAACACAAATGAAAATGGT
TAAGAAATGCAAGTGAACAACACAAGAGAACCAACGGGGAGTCTCTGCAACTCAACCTAT
GTAGTGAGTTCCATAATGGCAGAAACGATATCTCCATCATTAGTCTTGAGAGCCTTAACG
GCTTTGGCCTTAGAGACACCAGCTTGAGTCATCACAAGATCAATGTCCTTAGCTTCAACT
CCAGTCTCATCAACATCATCATCATCTTCCTCCTCTTGTGCAACAGTGGCTGCTTGAGAG
GCATCAGCGTTGCTGGGGATCATAGACGCAACATCAGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCT
TGGGCTTGTAGCTGAAAGCTCATGTCATCAATCTTGGCCTCGCCGAATATCACATAGGTG
TCAGAGTTGGGACTCTTGAACACATCAGGCTTCGAGATGACAAACAGAACATTCTTTGAT
CACTTGATTGTGACTCTGCTAACATCAGTGACAGGTTTCATTCCAAGTTTCAGCATTGCT
TTGCGGCTTTTCTTCTCGCCTCGGCTTTGCTTTGAGCTCTCATTCTCACCAGCTCCATCG
ATCTTGTCATCGTCGTCGTCCTCATCTTCGTCTTCTTCATCTCCGTCTTTCACATCC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3DV54JQ 628 0 0
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TAAGAAATGCAAGTGAACAACACAAGAGAACCAACGGGGAGTCTCTGCAACTCAACCTAT
GTAGTGAGTTCCATAATGGCAGAAACGATATCTCCATCATTAGTCTTGAGAGCCCTAACG
GCTTTGGCCTTAGAGACACCAGCTTGAGTCATCACAAGATCAATGTCCTTAGCTTCAACA
CCAGTCTCATCAACATCATCATCATCTTCCTCCTCTTGTGCAACAGTGGCTGCCTGAAAG
GCATCAGCGTTGCTGGGGATCATAGACGCAACATCAGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCT
TGGGCTTGTAGCTGAAAGCTCATGTCATCAATCTTGGCCTCGCCGAATATCACATAGGTG
TCAGAATTGGGACTCTTGAACACATCAGGCTTCGAGATGACAAACAGAACATTCTTTGAT
CTCTTGATTGTGACTCTGCTAACATCAGTGACAGGTTTCATTCCAAGTTTCAGCATTGCT
TTGCGGCTTTTCTTCTCGCTTCGGCTTTGCTTTGAGCTCTCATTCTCACCAGCTCCATCG
ATCTTGTCATCGTCGTCGTCCTCATCT
C

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3DV54TF 628 0 0
ATGGCTCTCATAGAAGGGAAAAATAAGCCTTAGAAGTGGGGAAACACAAATGAAAATGGT
TAAGAAATGCAAGTGAACAACACAAGAGAACCAACGGGGAGTCTCTGCAACTCAACCTAT
GTAGTGAGTTCCATAATGGCAGAAACGATATCTCCATCATTAGTCTTGAGAGCCCTAACG
GCTTTGGCCTTAGAGACACCAGCTTGAGTCATCACAAGATCAATGTCCTTAGCTTCAACA
CCAGTCTCATCAACATCATCATCATCTTCCTCCTCTTGTGCAACAGTGGCTGCCTGAGAG
GCATCAGCGTTGCTGGGGATCATAGACGCAACATCAGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCT
TGGGCTTGTAGCTGAGAGCTCATGTCATCAATCTTGGCCTCGCCGAATATCACATAGGTG
TCAGAGTTGGGACTCTTGAACACATCAGGCTTCGAGATGACAAACAGAACATTCTTTGAT
CTCTTGATTGTGACTCTGCTAACATCAGTGACAGGTTTCATTCCAAGTTTCAGCATTGCT
TTGCGGCTTTTCTTCTCGCTTCGGCTTTGCTTTGAGCTCTCATTCTCACCAGCTCCATCG
ATCTTGTCATCGTCGTCGTCCTCATCT
C

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3CO03JQ 793 0 0
AGGCATAACATGTCTCATATTATAGACTTTGAAGCAAATATGTTTATGGCTCTCATAGAA
GGGAAAAATAAGCCTTAGAAGTGGGGAAACACAAATGAAAATGGTTAAGAAATGCAAGTG
AACAACACAAGAGAACCAACGGGGAGTCTCTGCAACTCAACCTATGTAGTGAGTTCCATA
ATGGCAGAAACGATATCTCCATCATTAGTCTTGAGAGCCTTAACGGCTTTGGCCTTAGAG
ACACCAGCTTGAGTCATCACAAGATCAATGTCCTTAGCTTCAACACCAGTCTCATCAACA
TCATCACCATCTTCCTCCTCTTGTGCAACAGTGGCTGCTTGAGAGGCATCAGCGTTGCTG
GGGATCATAGACGCAACATCAGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCTTGGGCTTGTAGCTGA
GAGCTCATGTCATCAATCTTGGCCTCGCCGAATATCACATAGGTGTCAGAGTTGGGACTC
TTGAACACATCAGGCTTCGAGATGACAAACAGAACATTCTTTGATCTCTTGATTGTGACT
CTGCTAACATCAGTGACAGGTTTCATTCCAAGTTTCAGCATTGCTTTGCGGCTTTTCTTC
TCGCTTCGGCTTTGCTTTGAGCTCTCATTCTCACCAGCTCCATCGATCTTGTCATCGTCG
TCGTCCTCATCTTCGTCTTCTTCATCTCCGTCTTTCACATCCTCAACGACAACATCATTT
TCCTTCTGGAGCTTCATTTGCTCTTTGATGGCATCCATCAACTGCTCCTCAGTGTTAACT
TCTTCAACGACTG

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3CO03TF 761 0 0
AGTGAACAACACAAGAGAACCAACGGGGAGTCTCTGCAACTCAAC*TATGTAGTGAGTTC
CATAATGGCAGAAACGATATCTCCATCATTAGTCTTGAGAGCCTTAACGGCTTTGGCCTT
AGAGACACCAGCTTGAGTCATCACAAGATCAATGTCCTTAGCTTCAACACCAGTCTCATC
AACATCATCACCATCTTCCTCCTCTTGTGCAACAGTGGCTGCTTGAGAGGCATCAGCGTT
GCTGGGGATCATAGACGCAACATCAGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCTTGGGCTTGTAG
CTGAGAGCTCATGTCATCAATCTTGGCCTCGCCGAATATCACATAGGTGTCAGAGTTGGG
ACTCTTGAACACATCAGGCTTCGAGATGACAAACAGAACATTCTTTGATCTCTTGATTGT
GACTCTGCTAACATCAGTGACAGGTTTCATTCCAAGTTTCAGCATTGCTTTGCGGCTTTT
CTTCTCGCTTCGGCTTTGCTTTGAGCTCTCATTCTCACCAGCTCCATCGATCTTGTCATC
GTCGTCGTCCTCATCTTCGTCTTCTTCATCTCCGTCTTTCACATCCTCAACGACAACATC
ATTTTCCTTCTGGAGCTTCATTTGCTCTTTGATGGCATCCATCAACTGCTCCTCAGTGTT
AACTTCTTCAACGACTGGGCCTGGCATCTTCTTCACCCTCTTTCTTATCTTCTCTTCTCT
TCTTCCTTCGTAACCAACGAAACCCTTGGAACAGCGC
GCCC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3H559TF 641 0 0
GAGACACCAGCTTGAGTCATCACAAGATCAATGTCCTTAGCTTCAACTCCAGTCTCATCA
ACATCATCATCATCTTCCTCCTCTTGTGCAACAGTGGCTGCTTGAGAGGCATCAGCGTTG
CTGGGGATCATAGACGCAACATCAGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCTTGGGCTTGTAGC
TGAGAGCTCATGTCATCAATCTTGGCCTCGCCGAATATCACATAGGTGTCAGAGTTGGGA
CTCTTGAACACATCAGGCTTCGAGATGACAAACAGAACATTCTTTGATCACTTGATTGTG
ACTCTGCTAACATCAGTGACAGGTTTCATTCCAAGTTTCAGCATTGCTTTGCGGCTTTTC
TTCTCGCCTCGGCTTTGCTTTGAGCTCTCATTCTCACCAGCTCCATCGATCTTGTCATCG
TCGTCGTCCTCATCTTCGTCTTCTTCATCTCCGTCTTTCACATCCTCAACGACAACATCA
TTTTCCTTCTGGAGCTGCATTTGCTCTTTGATGGCATCCATCAACTGCTCCTCAGTGTTA
ACTTCTTCAACGACTGGGCCTGGCATCTTCTTCACCCTCTTTCTTATCTTCTCTTCTCTT
CTTCCTTCGTAACCAACGAAACCCTTGGAACAGCGC
AGCCC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3C593TF 567 0 0
CTTCCT
CTCTTGTGCAACAGTGGCTGCTTGAGAGACATCAGCGTTGCTGGGGATCATAGACGCAAC
ATCAGGCATCTTGAACCTCTGAGCAGCTTGGGCTTGTAGCTGAGAGCTCATGTCATCAAT
CTTGGCCTCGCCGAATATCACATAGGTGTCAGAGTTGGGACTCTTGAACACATCAGGCTT
CGAGATGACAAACAGAACATTCTTTGATCTCTTGATTGTGACTCTGCTAACATCAGTGAC
AGGTTTCATTCCAAGTTTCAGCATTGCTTTGCGGCTTTTCTTCTCGCTTCGGCTTTGCTT
TGAGCTCTCATTCTCACCAGCTCCATCGATCTTGTCATCGTCGTCGTCCTCATCTTCGTC
TTCTTCATCTCCGTCTTTCACATCCTCAACGACAACATCATTTTCCTTCTGGAGCTTCAT
TTGCTCTTTGATGGCATCCATCAACTGCTCCTCAGTGTTAACTTCTTCAACGACTGGGCC
TGGCATCTTCTTCACCCTCTTTCTTATCTTCTCTTCTCTTCTTCCTTCGTAACCAACGAA
ACCCTTGGAACAGCGCAGCCC

QA 7 567 7 567
DS 



AS 1 10

CO CL437Contig1 611 10 4 U
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TAACTAAAAAAATCTCTTGAGAATTGCAGGAATGTCAAAACGATACCCATCGGGTACAAA
CTAAGA***AACAACATAAAGGTTTCAAAGGGTTTAACACAAAATGAAAAAGACGACAAA
AACAGAATGCGGACAAGCATTACTCGAAAAGACTGAAACCCATGTCATCATCGGATTCTT
CCTTCTCTTCTTTCTTCTCTTCCTTCTTGGCCTCAGCCGCAGGAGCAGCACCACCTCCAC
CACCGGCAGATGGAGCAGAAGCCATGGCGACACCACCACCGCTTGGAACAGAAGCCAACT
TCTCCCTACCAGCAGCGATCAGTTCGCACAAGTCTTTCCCGTTCACTTCCTTCAACAAAA
GCTCAATCTGAGAGTCTTCAGATTCACAACCAACAGATCCGAGGATGCTCTTGACATCGG
CACTGGTCGGGGAAGCTTTTCCGCTCAAAGCAGCGAGCAGGTACGCGGCGACAACCTTCA
TTTTAGCAGAAGTT*GATGGAGATCTCGAAGGAGGAGGAAAGCTCGCGAGTGTTTTTGAA
GACGGCCCCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 40 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 10 60 60 30 30 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 10 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 30 60 
60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 25 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 30 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 60 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 10 60 60 10 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 60 
60 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 5 5 10 10 10 

AF RR3DD17JQ U 60
AF RR3DA64JQ U 1
AF RR3DA64TF C 1
AF RR3DD17TF C 60
AF RR3A437JQ U 42
AF RR3C220JQ U 94
AF RR3C220TF C 94
AF RR3A437TF C 42
AF RR3AN58JQ U 60
AF RR3AN58TF C 60
BS 1 317 RR3DA64JQ
BS 318 318 RR3DD17JQ
BS 319 608 RR3DA64JQ
BS 609 611 RR3AN58JQ

RD RR3DD17JQ 485 0 0
G
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CTAAGA***AACAACATAAAGGTTTCAAAGGGTTTAACACAAAATGAAAAAGACGACAAA
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CCTTCTCTTCTTTCTTCTCTTCCTTCTTGGCCTCAGCCGCAGGAGCAGCACCACCTCCAC
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CACTGGTCGGGGAAGCTTTTCCGCTCAAAGCAGCGAGCAGGTACGCGGCGACAACCTTCA
TTTT

QA 2 485 2 485
DS 

RD RR3DA64JQ 608 0 0
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TAACTAAAAAAATCTCTTGAGAATTGCAGGAATGTCAAAACGATACCCATCGGGTACAAA
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CCTTCTCTTCTTTCTTCTCTTCCTTCTTGGCCTCAGCCGCAGGAGCAGCACCACCTCCAC
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GCTCAATCTGAGAGTCTTCAGATTCACAACCAACAGATCCGAGGATGCTCTTGACATCGG
CACTGGTCGGGGAAGCTTTTCCGCTCAAAGCAGCGAGCAGGTACGCGGCGACAACCTTCA
TTTTAGCAGAAGTT*GATGGAGATCTCGAAGGAGGAGGAAAGCTCGCGAGTGTTTTTGAA
GACGGCCC

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3DA64TF 608 0 0
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TAACTAAAAAAATCTCTTGAGAATTGCAGGAATGTCAAAACGATACCCATCGGGTACAAA
CTAAGA***AACAACATAAAGGTTTCAAAGGGTTTAACACAAAATGAAAAAGACGACAAA
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CCTTCTCTTCTTTCTTCTCTTCCTTCTTGGCCTCAGCCGCAGGAGCAGCACCACCTCCAC
CACCGGCAGATGGAGCAGAAGCCATGGCGACACCACCACCGCTTGGAACAGAAGCCAACT
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GCTCAATCTGAGAGTCTTCAGATTCACAACCAACAGATCCGAGGATGCTCTTGACATCGG
CACTGGTCGGGGAAGCTTTTCCGCTCAAAGCAGCGAGCAGGTACGCGGCGACAACCTTCA
TTTTAGCAGAAGTT*GATGGAGATCTCGAAGGAGGAGGAAAGCTCGCGAGTGTTTTTGAA
GACGGCCC

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3DD17TF 549 0 0
G
TAACTAAAAGAATCTCTTGAGAATTGCAGGAATGTCAAAACGATACCC***GGGTACAAA
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CCTTCTCTTCTTTCTTCTCTTCCTTCTTGGCCTCAGCCGCAGGAGCAGCACCACCTCCAC
CACCGGCAGATGGAGCAGAAGCCATGGCGACACCACCACCGCTTGGAACAGAAGCCAACT
TCTCCCTACCAGCAGCGATCAGTTCGCACAAGTCTTTCCCGTTCACTTCCTTCAACAAAA
GCTCAATCTGAGAGTCTTCAGATTCACAACCAACAGATCCGAGGATGCTCTTGACATCGG
CACTGGTCGGGGAAGCTTTTCCGCTCAAAGCAGCGAGCAGGTACGCGGCGACAACCTTCA
TTTTAGCAGAAGTT*GATGGAGATCTCGAAGGAGGAGGAAAGCTCGCGAGTGTTTTTGAA
GACGGCCC

QA 2 549 2 549
DS 

RD RR3A437JQ 569 0 0
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GTTATAACTAAAAAAATCTCTTGAGAATTGCAGGAATGTCAAAAAGATAGCCATCGGGTA
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CAAAAACAGAATGCGGACAAGTATTACTCGAAAAGACTGAAACCCATGTCATCATCGGAT
TCTTCCTTCTCTTCTTTCTTCTCTTCCTTCTTGGCCTCAGCAGCAGGAGCAGCACCTCCT
CCACCACCAGCAGATGGAGCAAAGGCCATGGCAACACCACCACCGCTTGGAACAGAAGCC
AGCTTCTCCCTACCAGCAGCGATCAATTCGCACAAGTCTTTCCCATTCACTTCCTTCAAC
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TTCATTTTAGCAGAAGTTTGATGGAGATCTCGAAGGAGGAGGAAAGCTCACGAGTGTTTT
TGAAGACGGCGA
TC

QA 16 567 16 567
DS 

RD RR3C220JQ 515 0 0
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TTAACACAAAATGAAAAAGACGACAAAAACAGAATGCGGACAAGTATTACTCGAAAAGAC
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CAGCAGCAGGAGCAGCACCTCCTCCACCACCAGCAGATGGAGCAGAGGCCATGGCAACAC
CACCACCGCTTGGAACAGAAGCCAGCTTCTCCCTACCAGCAGCGATCAATTCACACAAGT
CTTTCCCATTCACTTCCTTCAACAAAAGCTCAATCTGAGAGTCTTCAGATTCACAACCAA
CAGATCCGAGGATACTCTTGACATCGGCACTGGTTGGGGAAGCTTTTCCGCTCAATGCGG
CGAGCAGGTACGCGGCGACAACCTTCATTTTAGCAGAAGTTTGATGGAGATCTCGAAGGA
GGAGGAAAGCTCACGAGTGTTTTTGAAGACGGCCC

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3C220TF 515 0 0
GTCAAAAAGATAGCCATCGGGTACAAACTAAGAAAAAACAACATAGAGGTTCCAAAGGGT
TTAACACAAAATGAAAAAGACGACAAAAACAGAATGCGGACAAGTATTACTCGAAAAGAC
TGAAACCCATGTCATCATCGGATTCTTCCTTCTCTTCTTTCTTCTCTTCCTTCTTGGCCT
CAGCAGCAGGAGCAGCACCTCCTCCACCACCAGCAGATGGAGCAGAGGCCATGGCAACAC
CACCACCGCTTGGAACAGAAGCCAGCTTCTCCCTACCAGCAGCGATCAATTCACACAAGT
CTTTCCCATTCACTTCCTTCAACAAAAGCTCAATCTGAGAGTCTTCAGATTCACAACCAA
CAGATCCGAGGATACTCTTGACATCGGCACTGGTTGGGGAAGCTTTTCCGCTCAATGCGG
CGAGCAGGTACGCGGCGACAACCTTCATTTTAGCAGAAGTTTGATGGAGATCTCGAAGGA
GGAGGAAAGCTCACGAGTGTTTTTGAAGACGGCCC

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3A437TF 569 0 0
AATGTAAATGCGAAT
GTTATAACTAAAAAAATCTCTTGAGAATTGCAGGAATGTCAAAAAGATAGCCATCGGGTA
CAAACTAAGAAAAAACAACATAGAGGTTCAAAAGGGTTTAACACAAAATGAAAAAGACGA
CAAAAACAGAATGCGGACAAGTATTACTCGAAAAGACTGAAACCCATGTCATCATCGGAT
TCTTCCTTCTCTTCTTTCTTCTCTTCCTTCTTGGCCTCAGCAGCAGGAGCAGCACCTCCT
CCACCACCAGCAGATGGAGCAGAGGCCATGGCAACACCACCACCGCTTGGAACAGAAGCC
AGCTTCTCCCTACCAGCAGCGATCAATTCGCACAAGTCTTTCCCATTCACTTCCTTCAAC
AAAAGCTCAATCTGAGAGTCTTCAGATTCACAACCAACAGATCCGAGGATACTCTTGACA
TCGGCACTGGTTGGGGAAGCTTTTCCGCTCAATGCGGCGAGCAGGTACGCGGCGACAACC
TTCATTTTAGCAGAAGTTTGATGGAGATCTCGAAGGAGGAGGAAAGCTCACGAGTGTTTT
TGAAGACGGCGA
TC

QA 16 567 16 567
DS 

RD RR3AN58JQ 552 0 0
ATAACTAAAAAAATCTCTTGAGAATTGCAGGAATGTCAAAACGATACCCATCGGGTACAA
ACTAAGA***AACAACATAAAGGTTTCAAAGGGTTTAACACAAAATGAAAAAGACGACAA
AAACAGAATGCGGACAAGCATTACTCGAAAAGACTGAAACCCATGTCATCATCGGATTCT
TCCTTCTCTTCTTTCTTCTCTTCCTTCTTGGCCTCAGCCGCAGGAGCAGCACCACCTCCA
CCGCCGGCAGATGGAGCAAAAGCCATGGCGACACCACCACCGCTTGGAACAGAAGCCAAC
TTCTCCCTACCAGCAGCGATCAGTTCGCACAAGTCTTTCCCGTTCACTTCCTTCAACAAA
AGCTCAATCTGAGAGTCTTCAGATTCACAACCAACAGATCCGAGGATGCTCTTGACATCG
GCACTGGTCGGGGAAGCTTTTCCGCTCAAAGCAGCGAGCAGGTACGCGGCGACAACCTTC
ATTTTAGCAGAAGTT*GATGGAGATCTCGAAGGAGGAGGAAAGCTCGCGAGTGTTTTTGA
AGACGGCGACCC

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR3AN58TF 552 0 0
ATAACTAAAAAAATCTCTTGAGAATTGCAGGAATGTCAAAACGATACCCATCGGGTACAA
ACTAAGA***AACAACATAAAGGTTTCAAAGGGTTTAACACAAAATGAAAAAGACGACAA
AAACAGAATGCGGACAAGCATTACTCGAAAAGACTGAAACCCATGTCATCATCGGATTCT
TCCTTCTCTTCTTTCTTCTCTTCCTTCTTGGCCTCAGCCGCAGGAGCAGCACCACCTCCA
CCGCCGGCAGATGGAGCAGAAGCCATGGCGACACCACCACCGCTTGGAACAGAAGCCAAC
TTCTCCCTACCAGCAGCGATCAGTTCGCACAAGTCTTTCCCGTTCACTTCCTTCAACAAA
AGCTCAATCTGAGAGTCTTCAGATTCACAACCAACAGATCCGAGGATGCTCTTGACATCG
GCACTGGTCGGGGAAGCTTTTCCGCTCAAAGCAGCGAGCAGGTACGCGGCGACAACCTTC
ATTTTAGCAGAAGTT*GATGGAGATCTCGAAGGAGGAGGAAAGCTCGCGAGTGTTTTTGA
AGACGGCGA
CCC

QA 1 549 1 549
DS 



AS 2 10

CO CL438Contig1 865 5 7 U
AACAAATATTGGAGAATACATTAATAACTGGTTTATTCCAATCCATATTCTTATAATTTG
ATTAAGGATAAATATAGATTAATGGAGTGTGTCTAACTCTATACAATATGAAGAAGAAGA
AAAAAAA*CACTTTGTAGTCTATGTTGTCTTTCCTTTGCAAAGATCAAGACCATACAAAA
CATCAATAGTGAAGAAAGCTAAAGTGGAACCATCTCTAAGGAGGGTAGGTCTGAAAAATT
TTTCTCTACAACCTCCTTCCTAGAATTCTTCTTCTACCTCTGTCATCACACAGCAAAATC
AGCATCAGAAACTTCAAGAACTTTGTGGGTACCAATTGGGTTTACCCCTTGTTTGAACAT
GTTGCCTTCAATGTACATTTCTTTGAGGAATGGATGCTTGTAGAAAGCGTCTGGGATTCT
CCCAGTGAATTGGTTGTGATCAAGATACAGGAATGTCAGCTTAGGAATATGAGCAATGGC
GAAAGGAATGTTTCCAATAAACTTGTTGTAAGACAGGTACACAATCTCTAAGCTTGTAAG
ATTCGATAGCTGAGCAGGGATTCCTCCACTCAAATAGTTATTATTCAAGTACAGGTTGCG
AAGAGATGGGAAACTACCATCAAAACGGATGAGCTCCCTTATAGTTCCAACCAAATGATT
GTTACCAGCATCTAGATGGCGGAGGTTTTGAAGCGTCCCCAGTTCAGCAGGAATTCTACC
AATGAGACGGTTTTCTTGAAGGTATAGATACCGAAGCTCGGGAAGAGCAGCCAGTTCCTT
TGGAATTTCTCCCTTGAAGCTATTGAAGCTCAAGTACAAATGCGTTAGTCTCTTCAGCTC
CCGATCTCAGGGGATCACATCTTGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D282JQ U 1
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AF RR3FP94JQ U 60
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AAGAGATGGGAAACTACCA

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CAAT

QA 1 664 1 664
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ATTAAGGATAAATATAGATTAATGGAGTGTGTCTAACTCTATACAATATGAAGAAGAAGA
AAAAAAA*CACTTTGTAGTCTATGTTGTCTTTCCTTTGCAAAGATCAAGACCATACAAAA
CATCAATAGTGAAGAAAGCTAAAGTGGAACCATCTCTAAGGAGGGTAGGTCTGAGAAATT
TTTCTCTACAACCTCCTTCCTAGAATTCTTCTTCTACCTCTGTCATCACACAGCAAAATC
AGCATCAGAAACTTCAAGAACTTTGTGGGTACCAATTGGGTTTACCCCTTGTTTGAACAT
GTTGCCTTCAATGTACATTTCTTTGAGGAATGGATGCTTGTAGAAAGCGTCTGGGATTCT
CCCAGTGAATTGGTTGTGATCAAGATACAGGAATGTCAGCTTAGGAATATGAGCAATGGC
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AAGAGATGGGAAACTACCATCAAAACGGATGAGCTCCCTTATAGTTCCAACCAAATGATT
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AATGAGACGGTTTTCTTGAAGGTATAGATACCGAAGCTCGGGAAGAGCAGCCAGTTCCTT
TGGAATTTCTCCCTTGAAGCTATTGAAGCTCAAGTACAAATGCGTTAGTCTCTTCAGCTC
CCGATCTCAGGGGATCACATCTTGC

QA 1 865 1 865
DS 



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GATGTGTACTGTCTTAAACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL32TF U 1
AF RR3D282TF U 1
AF RR3FP94TF U 7
AF RR3EU67TF U 15
AF RR3BR91TF U 7
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RD RR3FL32TF 666 0 0
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QA 9 666 9 666
DS 

RD RR3D282TF 762 0 0
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TCTACTTGTGATCTTCGTCTTGTCTCTCCTCGTTGCTCTCACTCACTCCAAGACGTTGAA
GCGAGACGCGAAAGCTTTGAATGAAATCAAAGCCTCATTGGGGTGGAGAGTGGTGTATTC
ATGGGTCGGTGACGATCCTTGCGGAGATGGAGACCTTCCTCCTTTGTCTGGTGTCACCTG
TTCTACTCAAGGTGACTATAGGGTTGTCACTGAATTAGAAGTATACGCCGTTTCGATTGT
TGGACCTTTCCCCATTGCAGTAACAAACCTTCTGGATCTCACTAGACTGGATCTACATAA
CAACAAGCTCACTGGTCCAATCCCTCCCCAAATTGGACGACTGGGACGCCTGAAAGTACT
AAACCTGAGGTGGAACAAACTGCAAGATGTGATTCCCCCTGAGATCGGGGAGCTGAAGAG
ACTAACGCATTTGTACTTGAGCTTCAATAGCTTCAAGGGAGAAATTCCAAAGGAACTGGC
TGCTCTTCCCGAGCTTCGATATCTATACCTTCAAGAAAACCGTCTCATTGGTAGAATTCC
TGCTGAACTGGGGACGCTTCAAAACCTCCGCCATCTAGATGCTGGTAACAATCATTTGGT
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CTTGAATAAAACTATTTGAGTGGAGGAATCCCTGCTCAGCTA

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DS 

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GG
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GTGACGATCCTTGCGGAGATGGAGACCTTCCTCCTTGGTCTGGTGTCACCTGTTCTACTC
AAGGTGACTATAGGGTTGTCACTGAATTAGAAGTATACGCCGTTTCGATTGTTGGACCTT
TCCCCATTGCAGTAACAAACCTTCTGGATCTCACTAGACTGGATCTACATAACAACAAGC
TCACTGGTCCAATCCCTCCCCAAATTGGACGACTGAGACGCCTGAAAGTACTAAACCTGA
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TAAGG*AGCTCATCCGTTTTGATGGTAGTTTCCCATCTCTTCGCAACCTGTACTTGA
T

QA 3 719 3 719
DS 

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CTTTGAATGAAATCAAAGCCTCATTGGGGTGGAGAGTGGTGTATTCATGGGTCGGTGACG
ATCCTTGCGGAGATGGAGACCTTCCTCCTTGGTCTGGTGTCACCTGTTCTACTCAAGGTG
ACTATAGGGTTGTCACTGAATCAGAAGTATACGCCGTTTCGATTGTTGGACCTTTCCCCA
TTGCAGTAACAAACCTTCTGGATCTCACTAGACTGGATCTACATAACAACAAGCTCACTG
GTCCAATCCCTCCCCAAATTGGACGACTGAGACGCCTGAAAGTACTAAACCTGAGGTGGA
ACAAACTGCAAGATGTGATTCCCCCTGAGATCGGGGAGCTGAAGAGACTAACGCATTTGT
ACTTGAGCTTCAATAGCTTCAAGGGAGAAATTCCAAAGGAACTGGCTGCTCTTCCCGAGC
TTCGGTATCTATACCTTCAAGAAAACCGTCTCATTGGTAGAATTCCTGCTGAACTGGGGA
CGCTTCAAAACCTCCGCCATCTAGATGCTGGTAACAATCATTTGGTTGGAACTATAAGG*
AGCTCATCCGTTTTGATGGTAGTTTCCCATCTCTTCGCA*CCTGTACTTGA*TATA*CTA
TTTGAGTGGAGGAT**CCTGCTCA
CTATC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3BR91TF 794 0 0
GG
ATTCACACTTGAGCTGTTGAGCGAAAATAGAAACCATGGCTACTCGCTGTGATCTACTTG
TGATCTTCGTCTTGTCTCTCCTCGTTGCTCTCACTCACTCCAAGACGTTGAAGCGAGACG
TGAAAGCTTTGAATGAAATCAAAGCCTCATTGGGGTGGAGAGTGGTGTATTCATGGGTCG
GTGACGATCCTTGCGGAGATGGAGACCTTCCTCCTTGGTCTGGTGTCACCTGTTCTACTC
AAGGTGACTATAGGGTTGTCACTGAATTAGAAGTATACGCCGTTTCGATTGTTGGACCTT
TCCCCATTGCAGTAACAAACCTTCTGGATCTCACTAGACTGGATCTACATAACAACAAGC
TCACTGGTCCAATCCCTCCCCAAATTGGACGACTGAGACGCCTGAAAGTACTAAACCTGA
GGTGGAACGAACTGCAAGATGTGATTCCCCCTGAGATCGGGGAGCTGAAGAGACTAACGC
ATTTGTACTTGAGCTTCAATAGCTTCAAGGGAGAAATTCCAAAGGAACTGGCTGCTCTTC
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TGGGGACGCTTCAAAACCTCCACCATCTAGATGCTGGTAACAATCATTTGGTTGGAACTA
TAAGGGAGCTCATCCGTTTTGATGGTAGTTTCCCATCTCTTCGCA*CCTGTACTTGAATA
TAACTATTTGAGTGGAGGAT**CCTGCTCAGCTATCGATCTTGCAGCTTAGAGATGTGTA
CTGTCTTAAACA

QA 3 794 3 794
DS 



AS 2 7

CO CL439Contig1 922 5 20 U
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CACGAAGCAG**AATTCAATAAAAGAAGCATTGATCTTTTTAATACACAAAGACATTAAT
GATACATACACAAAAGCAGAGACCCATTCCCAAAGGTTTGAAGCTTAACGTCATAGAGAC
TGAAGCGGCTCAAACTCCTCAGACCTGCTCGTGAAGTCTAACCCTCGAAGTGCTGGCATC
CTTTTCATATCGTCTTCTGTGTACAATGGTACGAACCAATACAGTTTATCCCTTCCAAAA
ACCTGTTCAAAGTTTTGCTTACGACCAATGTTATAAGGAGAGTTAGGAGCTGTATGCTTC
TCATATGCCTCAATAGTTGTGGAGTTACGCATGACCAACATTATGTGCATGATTAGGAAG
CCGAGGACACTTAGCGCAAACGGTATGTTCAACACAAATGCAACAAAGGTGGCTGCTAGG
CTTCCTGGTGATACTGTAACGTCACTATCTCCATCGTTAAAGAATACGAGGAAAACTGGA
AACAGTGATATTGCAACCACCGTTGTCTCAAGAAATGTGTAAAACAAGAAGAGGAGAAAA
GACTTGTAGTTCTTCGCCCCAACACAATTCACAACCCAAACACAGTGATGGTCCATCTTT
AGAATGCATCTTCCACAGACAGAACAGTGGTGAGAACGAGGAGGTTTATACTGATTGCAC
TTGCGGCAGTATCTTACAATATGAGAGGAGGAATCTCCAACCGTAAGTGAAGTGTACTCT
TGGGTTCCATCGCTTTTTTCTACGTCTAGTTCCGGCCTCCATCCCGTAATTGGCGACGAC
AAGGGCGTAGTATGTGAATCCGACGATCCCGATTACGACTAGGATCATGATCGAACCCAA
CGCCCGAAGTGCTGTGCAGAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 0 0 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX57JQ U 7
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AF RR3A254JQ U 60
AF RR3A254TF C 101
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QA 1 748 1 748
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TCAAAGTTTTGCTTACGACCAATGTTATAAGGAGAGTTAGGAGCTGTATGCTTCTCATAT
GCCTCAATAGTTGTGGTGTTACGCATGACCAACATTATGTGCATGATTAGGAAGCCGAGG
ACACTTAGCGCAAACGTTATGTTCAACACAAATGCAACAAAGGTGGCTGCTAGGCTTCCT
GGTGATACTGTAACGTCACTATCTCCATCGTTAAAGAATACGAGGAAAACTGGAAACAGT
GATATTGCAACCACCGTTGTCTCAAGAAATGTGTAAAACAAGAAGAGGAGAAAAGACTTG
TAGTTCTTTGCCCCAACACAATTCACAACCCAAACGCAGTGATGGTCCATCTTTAGAATG
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CAGTATCTTACAATATGAGAGGAGGAATCTCCAACCGTAAGTGAAGTGTACTCTTGGGTT
CCATCGCTTTTTTCTACGTCTA

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3A254JQ 856 0 0
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TCTTCTGTGTACAATGGTACGAACCAATACAGTTTATCCCTTCCAAAAACCTGTTCAAAG
TTTTGCTTGCGACCAATGTTATAAGGAGAGTTAGGAGCTGTATGCTTCTCATATGCCTCA
ATAGTTGTGGAGTTACGCATGACCAACATTATGTGCATGATTAGGAAGCCGAGGACACTT
AGCGCAAACGGTATGTTCAACACAAATGCAACAAAGGTGGCTGCTAGGCTTCCTGGTGAT
ACTGTAACGTCACTATCTCCATCGTTAAAGAATACGAGGAAAACTGGAAACAGTGATATT
GCAACCACCGTTGTCTCAAGAAATGTGTAAAACAAGAAGAGGAGAAAAGACTTGTAGTTC
TTCGCCCCAACACAATTCACAACCCAAACACAGTGATGGTCCATCTTTAGAATGCATCTT
CCACAGACAGAACAGTGGTGAGAACGAGGAGGTTTATACTGATTGCACTTGCGGCAGTAT
CTTACAATATGAGAGGAGGAATCTCCAACCGTAAGTGAAGTGTACTCTTGGGTTCCATCG
CTTTTTTCTACGTCTAGTTCCGGCCTCCATCCCGTAATTGGCGACGACAAGGGCGTAGTA
TGTGAATCCGACGATCCCGATTACGACTAGGATCATGATCGAACCCAACGCCCGAAGTGC
TGT

QA 14 856 14 856
DS 

RD RR3A254TF 822 0 0
TAATACACAAAGACATTAATGATACATACACAAAAGCAGAGACCCATTCCCAAAGGTT*G
AAGCTTAACGTCATAGAGACTGAAGCGGCTCAGACTCCTCAGAC*TGCTCGTGAAGTCTA
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ACAGTTTATCCCTTCCAAAAACCTGTTCAAAGTTTTGCTTGCGACCAATGTTATAAGGAG
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CAACAAAGGTGGCTGCTAGGCTTCCTGGTGATACTGTAACGTCACTATCTCCATCGTTAA
AGAATACGAGGAAAACTGGAAACAGTGATATTGCAACCACCGTTGTCTCAAGAAATGTGT
AAAACAAGAAGAGGAGAAAAGACTTGTAGTTCTTCGCCCCAACACAATTCACAACCCAAA
CACAGTGATGGTCCATCTTTAGAATGCATCTTCCACAGACAGAACAGTGGTGAGAACGAG
GAGGTTTATACTGATTGCACTTGCGGCAGTATCTTACAATATGAGAGGAGGAATCTCCAA
CCGTAAGTGAAGTGTACTCTTGGGTTCCATCGCTTTTTTCTACGTCTAGTTCCGGCCTCC
ATCCCGTAATTGGCGACGACAAGGGCGTAGTATGTGAATCCGACGATCCCGATTACGACT
AGGATCATGATCGAACCCAACGCCCGAAGTGCTGTGCAGAAC

QA 1 822 1 822
DS 



CO CL439Contig2 630 2 3 U
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GGATGGAGGCCGGAACTAGACGTAGAAAAAAGCGATGGAACCCAAGAGTACACTTCACTT
ACGGTTGGAGATTCCTCCTCTCATATTGTAAGATACTGCCGCAAGTGCAATCAGTATAAA
CCTCCCTCGTTCTCACCACTGTTCTGTCTGTGGAAGATGCATTCTAAAGATGGACCATCA
CTGCGTTTGGGTTGTGAATTGTGTTGGGGCAAAGAACTACAAGTCTTTTCTCCTCTTCTT
GTTTTACACATTTCTTGAGACAACGGTGGTTGCAATATCACTGTTTCCAGTTTTCCTCGT
ATTCTTTAACGATGGAGATAGTGACGTTACAGTATCACCAGGAAGCCTAGCAGCCACCTT
TGTTGCATTTGTGTTGAACATAACGTTTGCGCTAAGTGTCCTCGGCTTCCTAATCATGCA
CATAATGTTGGTCATGCGTAACACCACAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX91TF U 32
AF RR3GV38TF U 1
BS 1 305 RR3GV38TF
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BS 307 630 RR3GV38TF

RD RR3CX91TF 308 0 0
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TCGTCTTATCCCTCTTTCACTTTCTGCTTATAATGTTACTGTGGAGTTATTTCTCTGTTG
TTGTGACGGACCCTGGTGGTGTTCCACCGGGATGGAGGCCGGAACTAGACGTAGAAAAAA
GCGATGGAACCCAAGAGTACACTTCACTTACGGTTGGAGATTCCTCCTCTCATATTGTAA
GATACTGCCGCAAGTGCAATCAGTATAAACCTCCCTCGTTCTCACCACTGTTCTGTCTGT
GGAAGATG

QA 1 308 1 308
DS 

RD RR3GV38TF 630 0 0
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CTCGGTGGCTTCGATTCATTACTATCTCTTCTCGTCTTATCCCTCTTTCACTTTCTGCTT
ATAATGTTACTGTGGAGTTATTTCTCTGTTGTTGTGACGGACCCTGGTGGTGTTCCACCG
GGATGGAGGCCGGAACTAGACGTAGAAAAAAGCGATGGAACCCAAGAGTACACTTCACTT
ACGGTTGGAGATTCCTCCTCTCATATTGTAAGATACTGCCGCAAGTGCAATCAGTATAAA
CCTCC*TCGTTCTCACCACTGTTCTGTCTGTGGAAGATGCATTCTAAAGATGGACCATCA
CTGCGTTTGGGTTGTGAATTGTGTTGGGGCAAAGAACTACAAGTCTTTTCTCCTCTTCTT
GTTTTACACATTTCTTGAGACAACGGTGGTTGCAATATCACTGTTTCCAGTTTTCCTCGT
ATTCTTTAACGATGGAGATAGTGACGTTACAGTATCACCAGGAAGCCTAGCAGCCACCTT
TGTTGCATTTGTGTTGAACATAACGTTTGCGCTAAGTGTCCTCGGCTTCCTAATCATGCA
CATAATGTTGGTCATGCGTAACACCACAAC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 3 9

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CTTATCATTAAGAAGGCAATAATTGGAAAATAAATACACAAATGAGTCATTTTCTGAATC
CATATTAAAGATTGCACATAATGCTTTGAGAAAAATGTCCTGGGAGAGAGCTAATAGCTT
AATTTCTTTTGGCAGATCAAAAAATACCCATCCCGAAGTCAGTTTTTGGTGTTTTCAATC
TTGTCTTGGAGGGGATGTGGCCGTTGATGTACCTTTGGGTTGGCTTTCTTCGGTAGAAGA
TGTTTGTTGAGTCTGAGTTTGATCGCCGGCTTCACCTGGAGACAAAGCTTTGAGCTGCTC
TTCTGTAATCTTGAGGTAATCCTCGGTTGTGTAAGCTTTTGGTGATTGAACATCATTCGG
ACCACTTGCAGCAGTCACAGGATCTTCAGTGCTAGGAACTGATGTTGGTGGTGGTGGTGG
AGTGTTCATTCTGTTCTGGTTGTACACATTTGGAGTTGAGATTTCATCAAGGCCAATCTC
ACGCTCAAGGGTGCTTTTGAAATCTCTTGAAACATCCTGTAGCTCTCTAATAGTGGGCTG
AAATGTACGCAGTGTTTTCCCAAGAGTTCGAGCAACCTCTGCAAGGCCTTTAGGACCAAA
GACGAGCAAAGCAACAACTCCAATTACCAAAGCCTCAGGTGCTCCAACGCCAAACAGAGA
CGCACGAATCACCATACCTTTACTACATCTTCTCTTTCTCTCTGCACAACAAACCGAACA
TATTATCACAAAAAAGAAATCAACTTTGTGATGATATAGAGAAATTCGAGACCTGGGTTT
GAAGATTTCGGCGAGATTGAGATGCCCATATGCTTTAGACCAATGTAAGGAGAGTAACGA
GAAGAACCCAAACATGAAGAGAGATAAGGTTTCGAAGTTTTGTAACAAGGGAGAAGGTGA
GACCTATTTGTAATCGTTGGTGAAGAAGATGCTATAATCTGAGAGGCCATGGCCATGGGC
AGCTTCGAAATTTTTATTATTACAGTTTTTGTCTGTGTTGGCTTCGAAGAATCTTTAAGA
CATAACTCACTCCCTCACCTTCATCAGGACCAATCCATGTCCATTAGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BY67JQ U 4
AF RR3CX01JQ U 13
AF RR3AC15JQ U 1
AF RR3AC15TF C 221
BS 1 19 RR3AC15JQ
BS 20 20 RR3BY67JQ
BS 21 825 RR3AC15JQ
BS 826 1070 RR3AC15TF

RD RR3BY67JQ 402 0 0
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AATGCTTTGAGAAAAATGTCCTGGGAGAGAGCTAATAGCTTAATTTCTTTTGGCAGATCA
AAAAATACCCATCCCGAAGTCAGTTTTTGGTGTTTTCAATCTTGTCTTGGAGGGGATGTG
GCCGTTGATGTACCTTTGGGTTGGCTTTCTTCGGTAGAAGATGTTTGTTGAGTCTGAGTT
TGATCGCCGGCTTCACCTGGAGACAAAGCTTTGAGCTGCTCTTCTGTAATCTTGAGGTAA
TCCTCGGTTGTGTAAGCTTTTGGTGATTGAACATCATTCGGACCACTTGCAGCAGTCACA
GGATCTTCAGTGCTAGGAACTGATGT

QA 17 402 17 402
DS 

RD RR3CX01JQ 372 0 0
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AATGCTTTGAGAAAAATGTCCTGGGAGAGAGCTAATAGCTTAATTTCTTTTGGCAGATCA
AAAAATACCCATCCCGAAGTCAGTTTTTGGTGTTTTCAATCTTGTCTTGGAGGGGATGTG
GCCGTTGATGTACCTTTGGGTTGGCTTTCTTCGGTAGAAGATGTTTGTTGAGTCTGAGTT
TGATCGCCGGCTTCACCTGGAGACAAAGCTTTGAGCTGCTCTTCTGTAATCTTGAGGTAA
TCCTCGGTTGTGTAAGCTTTTGGTGATTGAACATCATTCGGACCACTTGCAGCAGTCACA
GGATC

QA 8 372 8 372
DS 

RD RR3AC15JQ 825 0 0
CTTATCATTAAGAAGGCAACAATTGGAAAATAAATACACAAATGAGTCATTTTCTGAATC
CATATTAAAGATTGCACATAATGCTTTGAGAAAAATGTCCTGGGAGAGAGCTAATAGCTT
AATTTCTTTTGGCAGATCAAAAAATACCCATCCCGAAGTCAGTTTTTGGTGTTTTCAATC
TTGTCTTGGAGGGGATGTGGCCGTTGATGTACCTTTGGGTTGGCTTTCTTCGGTAGAAGA
TGTTTGTTGAGTCTGAGTTTGATCGCCGGCTTCACCTGGAGACAAAGCTTTGAGCTGCTC
TTCTGTAATCTTGAGGTAATCCTCGGTTGTGTAAGCTTTTGGTGATTGAACATCATTCGG
ACCACTTGCAGCAGTCACAGGATCTTCAGTGCTAGGAACTGATGTTGGTGGTGGTGGTGG
AGTGTTCATTCTGTTCTGGTTGTACACATTTGGAGTTGAGATTTCATCAAGGCCAATCTC
ACGCTCAAGGGTGCTTTTGAAATCTCTTGAAACATCCTGTAGCTCTCTAATAGTGGGCTG
AAATGTACGCAGTGTTTTCCCAAGAGTTCGAGCAACCTCTGCAAGGCCTTTAGGACCAAA
GACGAGCAAAGCAACAACTCCAATTACCAAAGCCTCAGGTGCTCCAACGCCAAACAGAGA
CGCACGAATCACCATACCTTTACTACATCTTCTCTTTCTCTCTGCACAACAAACCGAACA
TATTATCACAAAAAAGAAATCAACTTTGTGATGATATAGAGAAATTCGAGACCTGGGTTT
GAAGATTTCGGCGAGATTGAGATGCCCATATGCTTTAGACCAATG

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR3AC15TF 850 0 0
TTGGC
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AGCTTTGAGCTGCTCTTCTGTAATCTTGAGGTAATC*TCGGTTGTGTAAGCTTTTGGTGA
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AACGCCAAACAGAGACGCACGAATCACCATACCTTTACTACATCTTCTCTTTCTCTCTGC
ACAACAAACCGAACATATTATCACAAAAAAGAAATCAACTTTGTGATGATATAGAGAAAT
TCGAGACCTGGGTTTGAAGATTTCGGCGAGATTGAGATGCCCATATGCTTTAGACCAATG
TAAGGAGAGTAACGAGAAGAACCCAAACATGAAGAGAGATAAGGTTTCGAAGTTTTGTAA
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GCCATGGCCATGGGCAGCTTCGAAATTTTTATTATTACAGTTTTTGTCTGTGTTGGCTTC
GAAGAATCTTTAAGACATAACTCACTCCCTCACCTTCATCAGGACCAATCCATGTCCATT
AGCTC

QA 6 850 6 850
DS 



CO CL440Contig2 1063 3 10 U
CTGTGCTACGTCATTTATCACTAAGAAGACAACTAATGGGAAAATAAATACACAAATGAG
TCAATCTCTGAATCCATATTAAAGATTGCACATAATGGTTTGAGAAAAATGTCCTGAGAG
AGAGCTAATAGCTTCATTTCTTTTGGCAGATCAAAAAATATCCATCCTGAAGTCAGTTTT
TGGTGTTTTCAATCTTGCCTTGGAGGGGATGTGGCCGTTGATGTACCTTTGGGTTGGCTT
TCTTCGGTAGATGTTTGTAGCTTTTCTTGATCGCCGGCTTCACCTGGAGACAAAGCTTTG
AGCTGCTCTTCTGTAATCTTGAGGTAATCCTCGGTTGTGTAAGCTTTTGGTGATTGAACA
TCATTCGGGTCACTTGCAGCAGTCACGGGATCTTCAGTGCGAGGAACTGGTGTTGGTGGT
GGTGGAGGAGTACCAGTGTTCATTCTGTTCTGGTTGTATACATTTGGAGTTGAGATTTCA
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TTTGAAGATTTCGGCGAGATTGAGATGCCCATATGCTTTAGACCAATGTAAGGGGAGAAA
CGAGGAGAAGAACCCAAACATGAAGAGAGATAAGGTTTCGAAGTTTTGTAAGAAGCGAGA
AGGTGAGACCTATTTGTAATCGTTGGTGAAGAAGATGCTATAATCTGAGATGTCATGGCC
ATGGGCAGCTTCGAAATTTTTATTATTACAGTTTTTGTCTGTGTTAGCTTCGAAGAATCT
TTAAGACATAACTCACTCCCTCCCCTTCATCAGGACCAATCCATGTCCATTAGCTTGGAG
AAAAAAAAAAAGGATAAAATGGAAATCTAAATTATCCTATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C677JQ U 17
AF RR3CW63JQ U 1
AF RR3C677TF C 268
BS 1 65 RR3CW63JQ
BS 66 66 RR3C677JQ
BS 67 197 RR3CW63JQ
BS 198 198 RR3C677JQ
BS 199 473 RR3CW63JQ
BS 474 474 RR3C677JQ
BS 475 531 RR3CW63JQ
BS 532 532 RR3C677JQ
BS 533 768 RR3CW63JQ
BS 769 1063 RR3C677TF

RD RR3C677JQ 632 0 0
ATCACTAAGAAGACAAC
TAATGGGAAAATAAATACACAAATGAGTCAATCTCTGAATCCATATTAAAGATTGCACCT
AATGGTTTGAGAAAAATGTCCTGAGAGAGAGCTAATAGCTTCATTTCTTTTGGCAGATCA
AAAAATATCCGTCCTGAAGTCAGTTTTTGGTGTTTTCAATCTTGCCTTGGAGGGGATGTG
GCCGTTGATGTACCTTTGGGTTGGCTTTCTTCGGTAGATGTTTGTAGCTTTTCTTGATCG
CCGGCTTCACCTGGAGACAAAGCTTTGAGCTGCTCTTCTGTAATCTTGAGGTAATCCTCG
GTTGTGTAAGCTTTTGGTGATTGAACATCATTCGGGTCACTTGCAGCAGTCACGGGATCT
TCAGTGCGAGGAACTGGTGTTGGTGGTGGTGGAGGAGTACCAGTGTTCATTCTGTTCTGG
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AAATCTCTTGAAACATCCAGTAGCTCTCTAATAGTGGGCTGAAACGTACGCAGTGTTTTC
CCAAGAGTTCGAGCTACCTCTGCAAGGCCTTTAGGACCAAAGACGAGCAAAGCAACAACT
CCAATTACCAAAGCC

QA 18 632 18 632
DS 

RD RR3CW63JQ 768 0 0
CTGTGCTACGTCATTTATCACTAAGAAGACAACTAATGGGAAAATAAATACACAAATGAG
TCAATTTCTGAATCCATATTAAAGATTGCACATAATGGTTTGAGAAAAATGTCCTGAGAG
AGAGCTAATAGCTTCATTTCTTTTGGCAGATCAAAAAATATCCATCCTGAAGTCAGTTTT
TGGTGTTTTCAATCTTGTCTTGGAGGGGATGTGGCCGTTGATGTACCTTTGGGTTGGCTT
TCTTCGGTAGATGTTTGTAGCTTTTCTTGATCGCCGGCTTCACCTGGAGACAAAGCTTTG
AGCTGCTCTTCTGTAATCTTGAGGTAATCCTCGGTTGTGTAAGCTTTTGGTGATTGAACA
TCATTCGGGTCACTTGCAGCAGTCACGGGATCTTCAGTGCGAGGAACTGGTGTTGGTGGT
GGTGGAGGAGTACCAGTGTTCATTCTGTTCTGGTTGTATACATTTGGAGTTGAAATTTCA
TCGAGTCCAATCTCACGCTCAAGGGTGCTTTTGAAATCTCTTGAAACATCCTGTAGCTCT
CTAATAGTGGGCTGAAACGTACGCAGTGTTTTCCCAAGAGTTCGAGCTACCTCTGCAAGG
CCTTTAGGACCAAAGACGAGCAAAGCAACAACTCCAATTACCAAAGCCTCAGGTGCTCCA
ACGCCAAACAGAGACGCACGAATCACCATACCTTTACTACATCTTCTCTTTCTCTCTGGT
TTTGAAGATTTCGGCGAGATTGAGATGCCCATATGCTTTAGACCAATG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3C677TF 796 0 0
CTGATCG
CGGCTTCACCTGGAGACAAAGCTT*GAGCTGCTCTTCTGTAATCTTGAGGTAT**CTCGG
TTGTGTAAGCTTTTGGTGATTGAACATCATTCGGGTCACTTGCAGCAGTCACGGGATCTT
CAGTGCGAGGAACTGGTGTTGGTGGTGGTGGAGGAGTACCAGTGTTCATTCTGTTCTGGT
TGTATACATTTGGAGTTGAGATTTCATCGAGTCCAATCTCACGCTCAAGGGTGCTTTTGA
AATCTCTTGAAACATCCAGTAGCTCTCTAATAGTGGGCTGAAACGTACGCAGTGTTTTCC
CAAGAGTTCGAGCTACCTCTGCAAGGCCTTTAGGACCAAAGACGAGCAAAGCAACAACTC
CAATTACCAAAGCCTCAGGTGCTCCAACGCCAAACAGAGACGCACGAATCACCATACCTT
TACTACATCTTCTCTTTCTCTCTGGTTTTGAAGATTTCGGCGAGATTGAGATGCCCATAT
GCTTTAGACCAATGTAAGGGGAGAAACGAGGAGAAGAACCCAAACATGAAGAGAGATAAG
GTTTCGAAGTTTTGTAAGAAGCGAGAAGGTGAGACCTATTTGTAATCGTTGGTGAAGAAG
ATGCTATAATCTGAGATGTCATGGCCATGGGCAGCTTCGAAATTTTTATTATTACAGTTT
TTGTCTGTGTTAGCTTCGAAGAATCTTTAAGACATAACTCACTCCCTCCCCTTCATCAGG
ACCAATCCATGTCCATTAGCTTGGAGAAAAAAAAAAAGGATAAAATGGAAATCTAAATTA
TCCTATCCC

QA 8 796 8 796
DS 



CO CL440Contig3 769 2 4 U
GGGATTCCCATAGGATAATTTAGATTTCCATTTTATCCTTTTTTTTCTCCAAGCTAATGG
ACATGGATTGGTCCTGATGAAGGTGAGGGAGTGAGTTATGTCTTAAAGATTCTTCGAAGC
TAACACAGACAAAAACTGTAATAATAAAAATTTCGAAGCTGCCCATGGCCATGGCCTCTC
AGATTATAGCATCTTCTTCACCAACGATTACAAATAGGTCTCACCTTCTCCCTTGTTACA
AAACTTCGAAACCTTATCTCTCTTCATGTTTGGGTTCTTCTCGTTACTCTCCTTACATTG
GTCTAAAGCATATGGGCATCTCAATCTCGCCGAAATCTTCAAACCCAGAGAGAAAGAGAA
GATGTAGTAAAGGTACGGTGATTCGTGCGTCTCTGTTTGGCGTTGGAGCACCTGAGGCTT
TGGTAATTGGAGTCGTTGCTTTGCTCGTCTTTGGTCCTAAAGGCCTTGCAGAGGTTGCTC
GAACTCTTGGGAAAACACTGCGTACATTTCAACCCACTATTAGAGAGCTACAGGATGTTT
CAAGAGATTTCAAAAGCACCCTTGAGCGTGAGATTGGCCTTGATGAAATCTCAACTCCAA
ATGTGTACAACCAGAACAGAATGAACACTCCACCACCACCACCAACATCAGTTCCTAGCA
CTGAAGATCCTGTGACTGCTGCAAGTGGTCCGAATGATGTTCAATCACCAAAAGCTTACA
CAACCGAGGATACCTCAAGATTACAGAAGAGCAGCTCAAAGCTTTGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CX01TF U 1
AF RR3BY67TF U 39
BS 1 433 RR3CX01TF
BS 434 434 RR3BY67TF
BS 435 615 RR3CX01TF
BS 616 769 RR3BY67TF

RD RR3CX01TF 615 0 0
GGGATTCCCATAGGATAATTTAGATTTCCATTTTATCCTTTTTTTTCTCCAAGCTAATGG
ACATGGATTGGTCCTGATGAAGGTGAGGGAGTGAGTTATGTCTTAAAGATTCTTCGAAGC
TAACACAGACAAAAACTGTAATAATAAAAATTTCGAAGCTGCCCATGGCCATGGCCTCTC
AGATTATAGCATCTTCTTCACCAACGATTACAAATAGGTCTCACCTTCTCCCTTGTTACA
AAACTTCGAAACCTTATCTCTCTTCATGTTTGGGTTCTTCTCGTTACTCTCCTTACATTG
GTCTAAAGCATATGGGCATCTCAATCTCGCCGAAATCTTCAAACCCAGAGAGAAAGAGAA
GATGTAGTAAAGGTACGGTGATTCGTGCGTCTCTGTTTGGCGTTGGAGCACCTGAGGCTT
TGGTAATTGGAGTTGTTGCTTTGCTCGTCTTTGGTCCTAAAGGCCTTGCAGAGGTTGCTC
GAACTCTTGGGAAAACACTGCGTACATTTCAACCCACTATTAGAGAGCTACAGGATGTTT
CAAGAGATTTCAAAAGCACCCTTGAGCGTGAGATTGGCCTTGATGAAATCTCAACTCCAA
ATGTGTACAACCAGA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3BY67TF 731 0 0
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CTGCCCATGGCCATGGCCTCTCAGATTATAGCATCTTCTTCACCAACGATTACAAATAGG
TCTCACCTTCTCCCTTGTTACAAAACTTCGAAACCTTATCTCTCTTCATGTTTGGGTTCT
TCTCGTTACTCTCCTTACATTGGTCTAAAGCATATGGGCATCTCAATCTCGCCGAAATCT
TCAAACCCAGAGAGAAAGAGAAGATGTAGTAAAGGTATGGTGATTCGTGCGTCTCTGTTT
GGCGTTGGAGCACCTGAGGCTT*GGTAATTGGAGTCGTTGCTTTGCTCGTCTTTGGTCCT
AAAGGCCTTGCAGAGGTTGCTCGAACTCTTGGGAAAACACTGCGTACATTTCAGCCCACT
ATTAGAGAGCTACAGGATGTTTCAAGAGATTTCAAAAGCACCCTTGAGCGTGAGATTGGC
CTTGATGAAATCTCAACTCCAAATGTGTACAACCAGAACAGAATGAACACTCCACCACCA
CCACCAACATCAGTTCCTAGCACTGAAGATCCTGTGACTGCTGCAAGTGGTCCGAATGAT
GTTCAATCACCAAAAGCTTACACAACCGAGGATACCTCAAGATTACAGAAGAGCAGCTCA
AAGCTTTGTCT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 2 9

CO CL441Contig1 750 5 10 U
GGATCTTGTTATCGAGTGGGTAAGAAGAGAAACAGAAACAGAAACAGAGATATGGCGAAT
ACAATCTGCTTCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTACCTTTTGCCTCCTTCAGTCTCCCGGA
CAAAGTGTTAAACCTCCTCTCTTCTTCCCCATTGGTGATAAGAAGAGTGAAGTGTTTAAG
ACTTGCAAATCCAAAAGCTTCGAGATTCAGGCAACCAACGGTACTCAGACTCCTAAAGTC
AGCAGCATAGTTTGTCAAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAA
GGAGGTGGTGTGAATTTGACTGATCATTTTAATGGGCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGT
TGGCTTTGCAGAGGTAAAAAGGAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATT
GGTGGTTTCTTGAGCACCTTCGATGAGTAATGCAGAAAAGCTTCTTCAAGAAAATGGGAT
CTTTGTGCTATATTATTATCCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTCTTCTTTCTCTATCAGT
GCTGAATGTGTTGCTTTTTCTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTGTTTTTT
TCATGTCTCTCTCTGTCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAACCAAAACGGTCAAAAAGATT
GTTATCGTAACTACTTTTTAAGATCATGCGGAGTGTGAATATGTATGCTCTCGACTCATT
TCAATAGTCAAGGACATGTGTGTACCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AO48TF U 107
AF RR3AN90JQ C 1
AF RR3AN90TF U 1
AF RR3EC84TF U 32
AF RR3EC84JQ C 440
BS 1 7 RR3AN90JQ
BS 8 108 RR3AN90TF
BS 109 225 RR3AO48TF
BS 226 226 RR3AN90TF
BS 227 238 RR3AO48TF
BS 239 239 RR3AN90TF
BS 240 651 RR3AO48TF
BS 652 685 RR3AN90TF
BS 686 721 RR3EC84TF
BS 722 750 RR3EC84JQ

RD RR3AO48TF 545 0 0
GG
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GAAGTGTTTAAGACTTGCAAATCCAAAAGCTTCGAGATTCAGGCAACCAACGGTACTTAG
ACTCCTAAAGCCAGCAGCATAGTTTGTCAAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGT
TCACAATGCAAAGGAGGTGGTGTGAATTTGACTGATCATTTTAATGGGCAGTTTAAAGCT
GGTGGCCTCTGTTGGCTTTGCAGAGGTAAAAAGGAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGA
GCTGGTTTCATTGGTGGTTTCTTGAGCACCTTCGATGAGTAATGCAGAAAAGCTTCTTCA
AGAAAATGGGATCTTTGTGCTATATTATTATCCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTCTTCT
TTCTCTATCAGTGCTGAATGTGTTGCTTTTTCTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTG
TTGTTGTTTTTTTCATGTCTCTCTCTGTCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAACCAAAACG
GTC

QA 3 545 3 545
DS 

RD RR3AN90JQ 685 0 0
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CAAAGTGTTAAACCTCCTCTCTTCTTCCCCATTGGTGATAAGAAGAGTGAAGTGTTTAAG
ACTTGCAAATCCAAAAGCTTCGAGATTCAGGCAACCAACGGTACTCAGACTCCTAAAGTC
AGCAGCATAGTTTGTCAAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAA
GGAGGTGGTGTGAATTTGACTGATCATTTTAATGGGCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGT
TGGCTTTGCAGAGGTAAAAAGGAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATT
GGTGGTTTCTTGAGCACCTTCGATGAGTAATGCA*AAAAGCTTCTTCAAGAAAATGGGAT
CTTTGTGCTATATTATTATCCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTCTTCTTTCTCTATCAGT
GCTGAATGTGTTGCTTTTTCTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTGTTTTTT
TCATGTCTCTCTCTGTCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAACCAAAACGGTCAAAAAGATT
GTTATCGTAACTACTTTTTAAGATC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3AN90TF 685 0 0
GGATCTT
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GCTTCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTACCTTTTGCCTCCTTCAGTCTCCCGGACAAAGTG
TTAAACCTCCTCTCTTCTTCCCCATTGGTGATAAGAAGAGTGAAGTGTTTAAGACTTGCA
AATCCAAAAGCTTCGAGATTCAGGCAACCAACGGTACTCAGACTCCTAAAGTCAGCAGCA
TAGTTTGTCAAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAAGGAGGTG
GTGTGAATTTGACTGATCATTTTAATGGGCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGTTGGCTTT
GCAGAGGTAAAAAGGAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATTGGTGGTT
TCTTGAGCACCTTCGATGAGTAATGCA*AAAAGCTTCTTCAAGAAAATGGGATCTTTGTG
CTATATTATTATCCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTCTTCTTTCTCTATCAGTGCTGAAT
GTGTTGCTTTTTCTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTGTTTTTTTCATGTC
TCTCTCTGTCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAACCAAAACGGTCAAAAAGATTGTTATCG
TAACTACTTTTTAAGATC

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DS 

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GGAA
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CTTTTGCCTCCTTCAGTCTCCCGGACAAAGTGTTAAACCTCCTCTCTTCTTCCCCATTGG
TGATAAGAAGAGTGAAGTGTTTAAGACTTGCAAATCCAAAAGCTTCGAGATTCAGGCAAC
CAACGGTACTCAGACTCCTAAAGTCAGCAGCATAGCTTGTCAAAAGTGTGAAGGGAATGG
TGCTGTGGCATGTCCACAATGCAAAGGAGGTGGTGCGAATTTGACTGATCATTTTAATGG
GCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGTTGGCTTTGCAGAGGTAAAAAGGAGGTTTTGTGTGG
AGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATTGGTGGTTTCTTGAGCACCTTCGATGAGTAATGCAG
AAAAGCTTCTTCAAGAAAATGGGATCTTTGTGCTATATTATTATCCATTCAAAAACGTCA
GAAGAAGTCTTCTTTCTCTATCAGTGCTGAATGTGTTGCTTTTTCTTGTTGAACACTATC
TTTGATCGTTTTGTTGTTGTTTTTTTCATGTCTCTCTCTGTCTCTCATGTCTCGAGTTCT
TGTAACCAAAACGGTCAAAAAGATTGTTATCGTAACTACTTTTTAAGATCATGCGGAGTG
TGAATATGTATGCTCTCGACTCATTT
CATAGT

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DS 

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CCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTCTTCTTTCTCTATCAGTGCTGAATGTGTTGCTTTTT
CTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTGTTTTTTTCATGTCTCTCTCTGTCTC
TCATGTCTCGAGTTCTTGTAACCAAAACGGTCAAAAAGATTGTTATCGTAACTACTTTTT
AAGATCATGCGGAGTGTGAATATGTATGCTCTCGACTCATTTCAATAGTCAAGGACATGT
GTGTACCCCCC

QA 1 311 1 311
DS 



CO CL441Contig2 742 4 6 U
GGGTTATCGAGTGGGTAAGAAGAGAAACAGAAACAGAAACAGAGATCTGGCGAATTCAAT
CTGCTTCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTTGCCTCCTTCAGTCTACCGGAAAAAGTGTTAA
ACCTCCTCTCTTCTTCCCCATTGGTGATAAGAAGAGTGAAGTGTTTAAGACTTGCAAATC
CAAAAGCTTCGAGATTCAGGCAACCAACGGTACTCAGACTCCTAAAGTCAGCAGCATAGT
TTGTCAAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAAGGAGGTGGTGT
GAATTTGACTGATCATTTTAATGGTCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGTTGGCTTTGCAG
AGGTAAAAAGGAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATTGGTGGTTTCTT
GAGCACCTTCGATGAGTAATGCAGAAAAGCTTCTTCAAAAAATGGGATCTTTGTGCTATT
ATTATCCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTCTTCTTTCTCTATCAATGCTGAATATGTTGC
TTTTTCTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTGTTTTTTTCATGTCTCTCTCT
CTCTCTCTCCCTCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAACCAAAACGGTCATAAAGATTGTTA
TCGTAACTACTTTTAAGATCATGCGGAGTGTGAATATGTATGCTCTCGACTCATTTCAAT
AGTCAAGGACATGTGTACCCCC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D250TF U 1
AF RR3GG19JQ C 4
AF RR3GG19TF U 4
AF RR3D250JQ C 137
BS 1 46 RR3D250TF
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BS 676 676 RR3D250JQ
BS 677 716 RR3D250TF
BS 717 742 RR3D250JQ

RD RR3D250TF 716 0 0
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CTGCTTCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTTGCCTCCTTCAGTCTACCGGAAAAAGTGTTAA
ACCTCCTCTCTTCTTCCCCATTGGTGATAAGAAGAGTGAAGTGTTTAAGACTTGCAAATC
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TTGTCAAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAAGGAGGTGGTGT
GAATTTGACTGATCATTTTAATGGTCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGTTGGCTTTGCAG
AGGTAAAAAGGAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATTGGTGGTTTCTT
GAGCACCTTCGATGAGTAATGCAGAAAAGCTTCTTCAAAAAATGGGATCTTTGTGCTATT
ATTATCCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTCTTCTTTCTCTATCAATGCTGAATATGTTGC
TTTTTCTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTGTTTTTTTCATGTCTCTCTCT
CTCTCTCTCCCTCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAACCAAAACGGTCATAAAGATTGTTA
TCGTAACTACTTTTA*GATCATGCGGAGTGTGAATATGTATGCTCTCGACTCATTT

QA 1 716 1 716
DS 

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GG
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TCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTTGCCTCCTTCAGTCTACCGGAAAAAGTGTTAAACCTC
CTCTCTTCTTCCCCATTGGTGATAAGAAGAGTGAAGTGTTTAAGACTTGCAAATCCAAAA
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AAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAAGGAGGTGGTGTGAATT
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AAAAGGAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATTGGTGGTTTCTTGAGCA
CCTTCGATGAGTAATGCAGAAAAGCTTCTTCAAAAAATGGGATCTTTGTGCTATTATTAT
CCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTCTTCTTTCTCTATCAATGCTGAATATGTTGCTTTTT
CTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTGTTTTTTTCATGTCTCTCTCTCTCTC
TCTC**TCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAACCAAAACGGTCATAAAGATTGTTATCGTA
ACTACTTTTA
AGACC

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR3GG19TF 677 0 0
GG
ATCGAGTGGGTAAGAAGAGAAACAGAAACAGAAACAGAGATCTGGCGAATTCAATCTGCT
TCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTTGCCTCCTTCAGTCTACCGGAAAAAGTGTTAAACCTC
CTCTCTTCTTCCCCATTGGTGATAAGAAGAGTGAAGTGTTTAAGACTTGCAAATCCAAAA
GCTTCGAGATTCAGGCAACCAACGGTACTCAGACTCCTAAAGTCAGCAGCATAGTTTGTC
AAAAGTGTGAAGGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAAGGAGGTGGTGTGAATT
TGACTGATCATTTTAATGGTCAGTTTAAATCTGGTGGCCTCTGTTGGCTTTGCAGAGGTA
AAAAGGAGGTTTTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATTGGTGGTTTCTTGAGCA
CCTTCGATGAGTAATGCAGAAAAGCTTCTTCAAAAAATGGGATCTTTGTGCTATTATTAT
CCATTCAAAAACGTCAGAAGAAGTCTTCTTTCTCTATCAATGCTGAATATGTTGCTTTTT
CTTGTTGAACACTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTGTTTTTTTCATGTCTCTCTCTCTCTC
TCTC**TCTCTCATGTCTCGAGTTCTTGTAACCAAAACGGTCATAAAGATTGTTATCGTA
ACTACTTTTA
AGACC

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR3D250JQ 606 0 0
CCCATTGGTGATAAGAAGAGTGAAGTGTTTAAGACTTGCAAATCCAAAAGCTTCGAGATT
CAGGCAACCAACGGTACTCAGACTCCTAAAGTCAGCAGCATAGTTTGTCAAAAGTGTGAA
GGGAATGGTGCTGTGGCATGTTCACAATGCAAAGGAGGTGGTGTGAATTTGACTGATCAT
TTTAATGGTCAGTTTAAAGCTGGTGGCCTCTGTTGGCTTTGCAGAGGTAAAAAGGAGGTT
TTGTGTGGAGAATGCAACGGAGCTGGTTTCATTGGTGGTTTCTTGAGCACCTTCGATGAG
TAATGCAGAAAAGCTTCTTCAAAAAATGGGATCTTTGTGCTATTATTATCCATTCAAAAA
CGTCAGAAGAAGTCTTCTTTCTCTATCAATGCTGAATATGTTGCTTTTTCTTGTTGAACA
CTATCTTTGATCGTTTTGTTGTTGTTTTTTTCATGTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCT
CATGTCTCGAGTTCTTGTAACCAAAACGGTCATAAAGATTGTTATCGTAACTACTTTTAA
GATCATGCGGAGTGTGAATATGTATGCTCTCGACTCATTTCAATAGTCAAGGACATGTGT
ACCCCC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 2 9

CO CL442Contig1 636 5 8 U
GGGATTAAATCCATTCAGACAACGAAACATAGTCAGATACAATGCTGTCTTCTCGAGCTT
TTAATGCAGCGTCTCGCTCGTATCTCAGTCGTCCTCTTCTCTCCAAGAGACTAGCTTCTT
CTGGTCGGACTGCTGATCCTAAGATCCATAGTCGTAACGATGGAGACGAGCCTAGTCTTT
TCCCAACAGACCCCGAAGGTTTGGATGATGTAGCGAATCCTAAGACTCCGGCAGATGAGA
TTGTACCGGACATTCGACCACCCGGTTTAGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCCTAAAAACC
CACGAGCTACTTCACACAAGATTGAGTCTACTCCGGTTAGTCTCCCCGCAGATCCCAGTC
TCCAACAGAAACGAAGATAAGAGCAGCAGAAGCCTTGGCACCCGCTATGGTCGCCTAGTT
TAAGACATAATATTGTGAACTGAAGGCAGATATGTTTACTTTTTATTAGCTTTGGAGAAT
ATAAAAAAAAA**CTATTGCTTTCTTGGGATTAAAGAAAGTTAGTTACTTCTATTTTTGT
AAATGCGTTACTCCCTCTGTTTCTGAATAAGTATGTTTTGACATTTTTTACACAGATTAA
AAAAGTGACGGAAATATATGTAAATTGTTACTAATT


BQ
10 10 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H978JQ C 5
AF RR3H978TF U 19
AF RR3CE07TF U 5
AF RR3AA89JQ C 1
AF RR3AA89TF U 1
BS 1 2 RR3AA89JQ
BS 3 351 RR3AA89TF
BS 352 352 RR3CE07TF
BS 353 468 RR3AA89TF
BS 469 469 RR3CE07TF
BS 470 491 RR3AA89TF
BS 492 493 RR3CE07TF
BS 494 636 RR3AA89TF

RD RR3H978JQ 505 0 0
GG
AAATCCATTCAGACAACGAAACATAGTCAGATACAATGCTGTCTTCTCGAGCTTTTAATG
CAGCGTCTCGCTCGTATCTCAGTCGTCCTCTTCCCTCCAAGAGACTAGCTTCTTCTGGTC
GGACTGCTGATCCTAAGATCCATAGTCGTAACGATGGAGACGAGCCTAGTCTTTTCCCAA
CAGACCCCGAAGGTTTGGATGATGTAGCGAATCCTAAGACTCCGGCAGATGAGATTGTAC
CGGACATTCGACCACCCGGTTTAGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCCTAAAAACCCACGAG
CTACTTCACACAAGATTGAGTCTACTCCGGTTAGTCTCCCCGCAGATCCCAGTCTCCAAC
AGTAACGAAGATAAGAGCAGCAGAAGCCTTGGCACCCGCTATGGTCGCCTAGTTTAAGAC
ATAATATTGTGAATTGAAGGCAGATATGTTTACTTTTTATTAGCTTTGGAGAATATAAAA
AAAAA**CTATTGCTTTCTTGGG

QA 3 505 3 505
DS 

RD RR3H978TF 491 0 0
ACAACGAAACATAGTCAGATACAATGCTGTCTTCTCGAGCTTTTAATGCAGCGTCTCGCT
CGTATCTCAGTCGTCCTCTTCCCTCCAAGAGACTAGCTTCTTCTGGTCGGACTGCTGATC
CTAAGATCCATAGTCGTAACGATGGAGACGAGCCTAGTCTTTTCCCAACAGACCCCGAAG
GTTTGGATGATGTAGCGAATCCTAAGACTCCGGCAGATGAGATTGTACCGGACATTCGAC
CACCCGGTTTAGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCCTAAAAACCCACGAGCTACTTCACACA
AGATTGAGTCTACTCCGGTTAGTCTCCCCGCAGATCCCAGTCTCCAACAGTAACGAAGAT
AAGAGCAGCAGAAGCCTTGGCACCCGCTATGGTCGCCTAGTTTAAGACATAATATTGTGA
ATTGAAGGCAGATATGTTTACTTTTTATTAGCTTTGGAGAATATAAAAAAAAA**CTATT
GCTTTCTTGGG

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR3CE07TF 600 0 0
GG
AAATCCATTCAGACAACGAAACATAGTCAGATACAATGCTGTCTTCTCGAGCTTTTAATG
CAGCGTCTCGCTCGTATCTCAGTCGTCCTCTTCTCTCCAAGAGACTAGCTTCTTCTGGTC
GGACTGCTGATCCTAAGATCCATAGTCGTAACGATGGAGACGAGCCTAGTCTTTTTCCAA
CAGACCCCGAAGGTTTGGATGATGTAGCGAATCCTAAGACTCCGGCAGATGAGATTGTAC
CGGACATTCTACCACCCGGTTTAGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCCTAAAAACCCACGAG
CTACTTCACACAAGATTGAGTCTACTCCGGTTAGTCTCCCCGCAGATCCCAGTCTCCAAC
AGAAACGAAGATAATAGCAGCAGAAGCCTTGGCACCCGCTATGGTCGCCTAGTTTAAGAC
ATAATATTGTGAACTGAAGGCAGATATGTTTACTTTTTATTAGCTTTGGAGAATATAAAA
AAAAA**CTATTGCTTTCTTGGGATTAAAGAAAGTTAGTTACTTCTATTTTTGCAAATGC
GTTACTCCCTCTGTTTCTGAATAAGTATGTTTTGACATTTTTTACACAGATTAA
AAAA

QA 3 596 3 596
DS 

RD RR3AA89JQ 636 0 0
GGGATTAAATCCATTCAGACAACGAAACATAGTCAGATACAATGCTGTCTTCTCGAGCTT
TTAATGCAGCGTCTCGCTCGTATCTCAGTCGTCCTCTTCTCTCCAAGAGACTAGCTTCTT
CTGGTCGGACTGCTGATCCTAAGATCCATAGTCGTAACGATGGAGACGAGCCTAGTCTTT
TCCCAACAGACCCCGAAGGTTTGGATGATGTAGGGAATCCTAAGACTCCGGCAGATGAGA
TTGTACCGGACATTCGACCACCCGGTTTAGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCCTAAAAACC
CACGAGCTACTTCACACAAGATTGAGTCTACTCCGGTTAGTCTCCCCGCAGGTCCCAGTT
TCCAACAGAAACGAAGATAAGAGCAGCAGAAGCCTTGGCACCCGCTATGGTCGCCTAGTT
TAAGACATAATATTGTGAACTGAAGGCAGATATGTTTACTTTTTATTAACTTTGGAGAAT
ATAAAAAAAAAAACTATTGCTTTCTTGGGATTAAAGAAAGTTAGTTACTTCTATTTTTGT
AAATGCGTTACTCCCTCTGTTTCTGAATAAGTATGTTTTGACATTTTTTACACAGATTAA
AAAAGTGACGGAAATATATGTAAATTGTTACTAATT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3AA89TF 636 0 0
GG
GATTAAATCCATTCAGACAACGAAACATAGTCAGATACAATGCTGTCTTCTCGAGCTTTT
AATGCAGCGTCTCGCTCGTATCTCAGTCGTCCTCTTCTCTCCAAGAGACTAGCTTCTTCT
GGTCGGACTGCTGATCCTAAGATCCATAGTCGTAACGATGGAGACGAGCCTAGTCTTTTC
CCAACAGACCCCGAAGGTTTGGATGATGTAGCGAATCCTAAGACTCCGGCAGATGAGATT
GTACCGGACATTCGACCACCCGGTTTAGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCCTAAAAACCCA
CGAGCTACTTCACACAAGATTGAGTCTACTCCGGTTAGTCTCCCCGCAGGTCCCAGTCTC
CAACAGAAACGAAGATAAGAGCAGCAGAAGCCTTGGCACCCGCTATGGTCGCCTAGTTTA
AGACATAATATTGTGAACTGAAGGCAGATATGTTTACTTTTTATTAACTTTGGAGAATAT
AAAAAAAAAAACTATTGCTTTCTTGGGATTAAAGAAAGTTAGTTACTTCTATTTTTGTAA
ATGCGTTACTCCCTCTGTTTCTGAATAAGTATGTTTTGACATTTTTTACACAGATTAAAA
AAGTGACGGAAATATATGTAAATTGTTACTAATT

QA 3 636 3 636
DS 



CO CL442Contig2 665 4 4 U
GGATTGTTCTGATTAAATCCATTTAGACAACGAAACATAGTCAGATACAATGCTGTCTTC
TCGAGCTTTTAATGCAGCGTCTCGCTCGTCTCTCAGTCGTCCTCTTCTCTCCAAGAGACT
AGCTTCTTCTGGTCGGACTGCTGATCCTAAGATCCATAGTCGTAACGATGGAGACGAGCC
TAGTCTTTTCCCAACAGACCCCGAAGGTTTGGATGATGTAGCGAATCCTAAGACTCCGGC
AGATGAGATTGTACCGGACATTCGACCACCCGGTTTAGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCC
TAAAAACCCACGAGCTACTTCACACAAGATTGAGTCTACTCCGGTTAGTCTACCCGCAGA
TCCCAGCCTCCAACAGAAACGAAGATAAGAGCAGCAAAAGCCTTGGCAGCTGCACCCGCT
ATGGTCGCCTAGTTTAAGACATAATATTGTGAACTGAAGGCAGATATGTTTACTTTTTAT
TAGCTTTTGAGAATATAAAAAAAAAAACTATTGCTTTCTTGGGATTAAAGAAAGTTAGTT
ACTTCTATTTTTGCAAATGCTTTGCTTCCTCTGTTTTTGAATAAGTGTCATTTTGATATT
TTTCACACAGATTAAGAAAGTGATGGAAATATACGTAAGTTGTTACTAATTACATCTTTC
TGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3EQ95TF U 1
AF RR3H373TF U 4
AF RR3H373JQ C 97
AF RR3EQ95JQ C 145
BS 1 302 RR3EQ95TF
BS 303 303 RR3H373TF
BS 304 651 RR3EQ95TF
BS 652 665 RR3EQ95JQ

RD RR3EQ95TF 657 0 0
GGATTGTTCTGATTAAATCCATTTAGACAACGAAACATAGTCAGATACAATGCTGTCTTC
TCGAGCTTTTAATGCAGCGTCTCGCTCGTCTCTCAGTCGTCCTCTTCTCTCCAAGAGACT
AGCTTCTTCTGGTCGGACTGCTGATCCTAAGATCCATAGTCGTAACGATGGAGACGAGCC
TAGTCTTTTCCCAACAGACCCCGAAGGTTTGGATGATGTAGCGAATCCTAAGACTCCGGC
AGATGAGATTGTACCGGACATTCGACCACCCGGTTTAGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCC
TACAAACCCACGAGCTACTTCACACAAGATTGAGTCTACTCCGGTTAGTCTACCCGCAGA
TCCCAGCCTCCAACAGAAACGAAGATAAGAGCAGCAAAAGCCTTGGCAGCTGCACCCGCT
ATGGTCGCCTAGTTTAAGACATAATATTGTGAACTGAAGGCAGATATGTTTACTTTTTAT
TAGCTTTTGAGAATATAAAAAAAAAAACTATTGCTTTCTTGGGATTAAAGAAAGTTAGTT
ACTTCTATTTTTGCAAATGCTTTGCTTCCTCTGTTTTTGAATAAGTGTCATTTTGATATT
TTTCACACAGATTAAGAAAGTGATGGAAATATACGTAAGTTGTTACTAATT
ACATCT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3H373TF 653 0 0
GGGTTCT
GATTAAATCCATTTAGACAACGAAACATAGTCAGATACAATGCTGTCTTCTCGAGCTTTT
AATGCAGCGTCTCGCTCGTCTCTCAGTCGTCCTCTTCTCTCCAAGAGACTAGCTTCTTCT
GGTCGGACTGCTGATCCTAAGATCCATAGTCGTAACGATGGAGACGAGCCTAGTCTTTTC
CCAACAGACCCCGAAGGTTTGGATGATGTAGCGAATCCTAAGACTCCGGCAGATGAGATT
GTACCGGACATTCGACCACCCGGTTTAGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCCTAAAAACCCA
CGAGCTACTTCACACAAGATTGAGTCTACTCCGGTTAGTCTACCCGCAGATCCCAGTCTC
CAACAGAAACGAAGATAAGAGCAGCAAAAGCCTTGGCAGCTGCACCCGCTATGGTCGCCT
AGTTTGAGACATAATATTGTGAACTGAAGGCAGATATGTTTACTTTTTATTAGCTTTTGA
GAATATAAAAAAAAAA*CTATTGCTTTCTTGGGATTAAAGAAAGTTAGTTACTTCTATTT
TTGCAAATGCTTTGCTTCCTCTGTTTTTGAATAAGTGTCATTTTGATATTTTTCACACAG
ATTAAGAAAGTGATGGAAATATACGTAAGTTGTTAC
CAAAAAAAAA

QA 8 643 8 643
DS 

RD RR3H373JQ 551 0 0
TCGTCCTCTTCTCTCCAAGAGACTAGCTTCTTCTGGTCGGACTGCTGATCCTAAGATCCA
TAGTCGTAACGATGGAGACGAGCCTAGTCTTTTCCCAACAGACCCCGAAGGTTTGGATGA
TGTAGCGAATCCTAAGACTCCGGCAGATGAGATTGTACCGGACATTCGACCACCCGGTTT
AGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCCTAAAAACCCACGAGCTACTTCACACAAGATTGAGTC
TACTCCGGTTAGTCTACCCGCAGATCCCAGTCTCCAACAGAAACGAAGATAAGAGCAGCA
AAAGCCTTGGCAGCTGCACCCGCTATGGTCGCCTAGTTTGAGACATAATATTGTGAACTG
AAGGCAGATATGTTTACTTTTTATTAGCTTTTGAGAATATAAAAAAAAAA*CTATTGCTT
TCTTGGGATTAAAGAAAGTTAGTTACTTCTATTTTTGCAAATGCTTTGCTTCCTCTGTTT
TTGAATAAGTGTCATTTTGATATTTTTCACACAGATTAAGAAAGTGATGGAAATATACGT
AAGTTGTTAC
C

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR3EQ95JQ 521 0 0
TCCTAAGATCCATAGTCGTAACGATGGAGACGAGCCTAGTCTTTTCCCAACAGACCCCGA
AGGTTTGGATGATGTAGCGAATCCTAAGATTCCGGCAGATGAGATTGTACCGGACATTCG
ACCACCCGGTTTAGAAAAAGAACCGCTTAAGCCTCCTAAAAACCCACGAGCTACTTCACA
CAAGATTGAGTTTACTCCGGTTAGTCTACCCGCAGATCCCAGCCTCCAACAGAAACGAAG
ATAAGAGCAGCAAAAGCCTTGGCAGCTGCACCCGCTATGGTCGCCTAGTTTAAGACATAA
TATTGTGAACTGAAGGCAGATATGTTTACTTTTTATTAGCTTTTGAGAATATAAAAAAAA
AAACTATTGCTTTCTTGGGATTAAAGAAAGTTAGTTACTTCTATTTTTGCAAATGCTTTG
CTTCCTCTGTTTTTGAATAAGTGTCATTTTGATATTTTTCACACAGATTAAGAAAGTGAT
GGAAATATACGTAAGTTGTTACTAATTACATCTTTCTGACC

QA 1 521 1 521
DS 



AS 1 8

CO CL443Contig1 736 8 3 U
CGCTTGTTTTTAAAGTCTCACATTAAGTCATTAACCCATACTTAGTTCACAACTTGCAAG
ACTCCATTGAGCCCTTAGTTTGCAGAGAATACAAGAATAGAGTAGTGGTTTAGATTCGGT
TTTTACATTACAAGCTTTATTTTTCGGATGGAGATAAATATATTACAAAGTAGCTTTCAC
TTGTTGCTCCTGTCCTGGCTTCACAGATCTCTTGAATTGAATCAAGAAGAAGATCGTTTC
CCTTCACAATCAAGACTCTCGTCGAAGTTCTTCGAAGGGTATTTAGCGGTTACGACGCCG
ACCTCGAAGACAAGGTTATCACCGGAGGATCGAATCCCGGTGATGGACCACCACTGGAAA
AACGCTCTGACCCGGATGCCACGGAGCTCCGCGATCTGACCCTTGGTGATCCGACCCGTT
ACCTTGTTGGAGTAAGTGGCGAGGTAGTTGTCGGGAGGAAGCGTGATTTTGCACGTGCCG
TGGAGGAAGAGGGAGAAGTCGCCGGAGGTTTTGTTGATGTAGTAGTCTTTGATGGATAGA
GGGAGGAGACCAATCGGGAAACCATGATTGGTGAGCTCCGCGTGAGCACGAGTCGGTGCT
TTGACTTCTGCTTTGACTTCTGGACTGGGATCTTGTAGGGAGAGAGGTAAGAGGATGAGG
AAAGAGATAAGGAAGAGAGATATCTTCATGTTCGTTCGCGACGGAGAAACAAAGCTTCGA
AACCACAAAAGTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 
50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3FS39JQ U 120
AF RR3EW03JQ U 32
AF RR3DJ24JQ U 1
AF RR3DJ24TF C 7
AF RR3B654JQ U 19
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AF RR3B654TF C 19
AF RR3EW03TF C 78
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BS 604 693 RR3B654JQ
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CTTGTTGCTCCTGTCCTGGCTTCACACATCTCTTGAATTGAATCAAGA

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TTGAATTGAATCAAGAAGAAGATCGTTTCCCTTCACAATCAAGACTCTCGTCGAAGTTCT
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TGTTGATGTAGTAGTCTTTGATGGATAGAGGGAGGAGACCAATCGGGAAACCATGATTGG
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DS 

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TTTTACATTACAAGCTTTATTTTTCGGATGGAGATAAATATATTACAAAGTAGCTTTCAC
TTGTTGCTCCTGTCCTGGCTTCACAGATCTCTTGAATTGAATCAAGAAGAAGATCGTTTC
CCTTCACAATCAAGACTCTCGTCGAAGTTCTTCGAAGGGTATTTAGCGGTTACGACGCCG
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ACCTTGTTGGAGTAAGTGGCGAGGTAGTTGTCGGGAGGAAGCGTGATTTTGCACGTGCCG
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TTG
C

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TTGAGCCCTTAGTTTGCAGAGAATACAAGAATAGAGTAGTGGTTTAGATTCGGTTTTTAC
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CAATCAAGACTCTCGTCGAAGTTCTTCGAAGGGTATTTAGCGGTTACGACGCCGACCTCG
AAGACAAGGTTATCACCGGAGGATCGAATCCCGGTGATGGACCACCACTGGAAAAACGCT
CTGACCCGGATGCCACGGAGCTCCGCGATCTGACCCTTGGTGATCCGACCCGTTACCTTG
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AAGAGGGAGAAGTCGCCGGAGGTTTTGTTGATGTAGTAGTCTTTGATGGATAGAGGGAGG
AGACCAATCGGGAAACCATGATTGGTGAGCTCCGCGTGAGCACGAGTCGGTGCTTTG
C

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DS 

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AGAATACAAGAATAGAGTAGTGGTTTAGATTCGGTTTTTACATTACAAGCTTTATTTTTC
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GATCTCTTGAATTGAATCAAGAAGAAGATCGTTTCCCTTCACAATCAAGACTC**GTCGA
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TGGGATCTTGTAGGGAGAGAGGTAAGAGGATGAGGAAAGAGATAAGGAAGAGAGATATCT
TCATGTTC
GTTCCC

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DS 

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CACATTAAGTCATTAACCCATACTTAGTTCACAACTTGCAAGACTCCATTGAGCCCTTAG
TTTGCAGAGAATACAAGAATAGAGTAGTGGTTTAGATTCGGTTTTTACATTACAAGCTTT
ATTTTTCGGATGGAGATAAATATATTACAAAGTAGCTTTCACTTGTTGCTCCTGTCCTGG
CTTCACAGATCTCTTGAATTGAATCAAGAAGAAGATCGTTTCCCTTCACAATCAAGACTC
TCGTCGAAGTTCTTCGAAGGGTATTTAGCGGTTACGACGCCGACCTCGAAGACAAGGTTA
TCACCGGAGGATCGAATCCCGGTGATGGACCACCACTGGAAAAACGCTCTGACCCGGATG
CCACGGAGTTCCGCGATCTGACCCTTGGTGATCCGACCCGTTACCTTGTTGGAGTAAGTG
GCGAGGTAGTTGTCGGGAGGAAGCGTGATTTTGCACGTGCCGTGGAGGAAGAGGGAGAAG
TCGCCGGAGGTTTTGTTGATGTAGTAGTCTTTGATGGATAGAGGGAGGAGACCAATCGGG
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TCTGGACTGGGATCTTGTAGGGAGAGAGGTAAGAGGATGAGGAAAGAGATAAGGAAGAGA
GATATCTTCATGTTCGTTCGCGACGGAGAAACAAAGCTTCGAAACCACAAAAGTGTTC

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DS 

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AG
TTGCAGAGAATACAAGAATAGAGTAGTGGTTTAGATTCGGTTTT*ACATTACAAGCTTTA
TTTTTCGGATGGAGATAAATATACTACAAAGTAGCTTTCACTTGTTGCTCCTGTCCTGGC
TTCACAGATCTCTTGAATTGAATCAAGAAGAAGATCGTTTCCCTTCACAATCAAGACTCT
CGTCGAAGTTCTTCGAAGGGTATTTAGCGGTTACGACGCCGACCTCGAAGACAAGGTTAT
CACCGGAGGATCGAATCCCGGTGATGGACCACCACTGGAAAAACGCTCTGACCCGGATGC
CACGGAGCTCCGCGATCTGACCCTTGGTGATCCGACCCGTTACCTTGTTGGAGTAAGCGG
CGAGGTAGTTGTCGGGAGGAAGCGTGATTTTGCACGTGCCGTGGAGGAAGAGGGAGAGGT
CGCCGGAGGTTTTGTTGATGTAGTAGTCTTTGATGGATAGAGGGAGGAGACCAATCGGGA
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CTGGACTGGGATATTGTAGGGAGAGAGGTAAGAGGATGAGGAAAGAGATAAGGAAGAGAG
ATATCTTCATGTTCGTTCGCGACGGAGAAACAAAGCTTCGAAACCACAAAAGTGT
CC

QA 3 657 3 657
DS 



AS 2 9

CO CL444Contig1 746 7 18 U
GGATAAATCTAAAACCACTCTTTCTCTCTTGCGGGAAGAAAAAAAGAAAGAACTCTCCCA
AAAGAAGAAGAAGAAGAAAACATGGCGACAAACGCATCTGCTTTGCTCACGCCAACAACA
ACCTTTTCCACTACAATCTCCCAGAAAAACCCCAACTCCATCTCATTCCATGGCCTCCGT
TCTCTCCGCCTCGGTGGCCCCTCCTCCTCCGCCTTACCCAAGCTATCCACCACCTCCGGG
AGAAGATCTTCCTCCGCTTTGGTGAGAGCCGAGCTCAGTCCATCCGTCGTTATAAGCCTC
AGCACTGGTCTCTCCCTCTTCCTTGGCCGGTTCGTCTTCTTCAACTTCCAGAGAGAGAAT
GTGGCGAAGCAGGTGCCGGAGCAGAACGGCAAAACCCACTTCGAAGCCGGAGACGATCGT
GCCAAAGAGTACGTTAGCCTCTTGAAATCGAACGACCCTGTTGGATTCAACATCGTTGAT
GTTCTTGCTTGGGGTTCTATTGGCCACATCGTTGCTTACTATGTCTTGGTCACTTCTAGC
AATGGCTACGATCCTAGCTTCTTTGGCTGATTCTTTCTGGTCTCTCTGTTCCTTGTTCAT
GTATATGTTTGACTTGTATCTCAAGCTGCCAAATGTGTCCTCTTATCTATGTTTCTTCCA
ACTCTATCATTATTGTCTAGGGCATAAATCTCTCTTTCGTTTGCAACACTTCAATATATT
TCATGATCCCAAAATAGTTTGGAGAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD81JQ C 1
AF RR3BC05JQ C 34
AF RR3FY60TF U 34
AF RR3BC16JQ C 34
AF RR3BC05TF U 34
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AF RR3FD81TF U 1
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RD RR3FD81JQ 746 0 0
GGATAAATCTAAAACCACTCTTTCTCTCTTGCGCTAAGAAAAAAAGAAAGAACTCTCCCA
AAA*AAGAAGAAGAAGAAAACATGGCGACAAGCGCATCTGCTTTGCTCACACCAACAACA
ACCTTTTCCACTACAATCTCCCAGAAAAACCCCAACTCCATCTCATTCCATGGCCTCCGT
TCTCTCCGCCTCGGTGGCCCCTCCTCCTCCGCCTTACCCAAGCTACCCACCACCTCCGGG
AGAAGATCTTCCTCCGCCGTCGTGAGAGCCGAGCTCAGCCCATCCGTCGTTATAAGCCTC
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GTGGCGAAGCAGGTGCCGGAGCAGAACGGCAGAACCCACTTCGAAGCCGGAGACGATCGT
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GTTCTTGCTTGGGGTTCTATTGGCCACATCGTTGCTTACTATGTCTTGGCCACTTCTAGC
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TCATGATCCTAAAATAGTTTGGAGAT

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DS 

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CTTTCGTTTGCAACACTTCAATATATTTCATGATCC
T

QA 1 696 1 696
DS 

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CTTTCGTTTGCAACACTTCAATATATTTCATGATCCC

QA 1 697 1 697
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AACTCCATCTCATTCCATGGCCTCCGTTCTCTCCGCCTCGGTGGCCCCTCCTCCTCCGCC
TTACCCAAGCTATCCACCACCTCCGGGAGAAGATCTTCCTCCGCTTTGGTGAGAGCCGAG
CTCAGTCCATCCGTCGTTATAAGCCTCAGCACTGGTCTCTCCCTCTTCCTTGGCCGGTTC
GTCTTCTTCAACTTCCAGAGAGAGAATGTGGCGAAGCAGGTGCCGGAGCAGAACGGCAAA
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GACCCTGTTGGATTCAACATCGTTGATGTTCTTGCTTGGGGTTCTATTGGCCACATCGTT
GCTTACTATGTCTTGGTCACTTCTAGCAATGGCTACGATCCTAGCTTCTTTGGCTGATTC
TTTCTGGTCTCTCTGTTCCTTGTTCATGTATATGTTTGACTTGTATCTCAAGCTGCCAAA
TGTGTCCTCTTATCTATGTTTCTTCCAACTCTATCATTATTGTCTAGGGCATAAATCTCT
CTTTCGTTTGCAACACTTCAATATATTTCATGATCCC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3BC16TF 697 0 0
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AACTCCATCTCATTCCATGGCCTCCGTTCTCTCCGCCTCGGTGGCCCCTCCTCCTCCGCC
TTACCCAAGCTATCCACCACCTCCGGGAGAAGATCTTCCTCCGCTTTGGTGAGAGCCGAG
CTCAGTCCATCCGTCGTTATAAGCCTCAGCACTGGTCTCTCCCTCTTCCTTGGCCGGTTC
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GACCCTGTTGGATTCAACATCGTTGATGTTCTTGCTTGGGGTTCTATTGGCCACATCGTT
GCTTACTATGTCTTGGTCACTTCTAGCAATGGCTACGATCCTAGCTTCTTTGGCTGATTC
TTTCTGGTCTCTCTGTTCCTTGTTCATGTATATGTTTGACTTGTATCTCAAGCTGCCAAA
TGTGTCCTCTTATCTATGTTTCTTCCAACTCTATCATTATTGTCTAGGGCATAAATCTCT
CTTTCGTTTGCAACACTTCAATATATTTCATGATCCC

QA 1 697 1 697
DS 

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AAAGAAGAAGAAGAAGAAAACATGGCGACAAGCGCATCTGCTTTGCTCACACCAACAACA
ACCTTTTCCACTACAATCTCCCAGAAAAACCCCAACTCCATCTCATTCCATGGCCTCCGT
TCTCTCCGCCTCGGTGGCCCCTCCTCCTCCGCCTTACCCAAGCTACCCACCACCTCCGGG
AGAAGATCTTCCTCCGCCGTCGTGAGAGCCGAGCTCAGCCCATCCGTCGTTATAAGCCTC
AGCACGGGTCTCTCCCTCTTCCTTGGCCGGTTCGTCTTCTTCAACTTCCAGAGAGAGAAT
GTGGCGAAGCAGGTGCCGGAGCAGAACGGCAGAACCCACTTCGAAGCCGGAGACGATCGT
GCCAAGGAGTACGTAAGCCTCTTGAAATCGAACGACCCTGTTGGATTCAACATCGTTGAT
GTTCTTGCTTGGGGTTCTATTGGCCACATCGTTGCTTACTATGTCTTGGCCACTTCTAGC
AATGGCTACGATCCCAGCTTCTTTGGCTGATTCTTTCTG*TCTCTCTGTTCCTTGTTCGT
GTATATGTTTGACTTGTATCTCAAGCTGCCAAATGTGTCCTCTTATCTATGTTTCTTCCA
ACTCTATTATTATTGTCTAGGGTATAAATCTCTCTTTCGTTTGCAACACTTAAATATATT
TCATGATCC
TAAAA

QA 1 729 1 729
DS 



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CGACAAGCGCATCTGCTATGCTCACACCCACAACAACCTTCTCCACTACAATCTCCCAGA
AAAACCCCAACTCCATCTCATTCCACGGCCTCCGTTCTCTCCGCCTCGGTGGCTCCTCCT
CCTCCTCCTCCGCCTTACCCAAGCTATCCACCACCACCTCCGGGAGAAGATCTTCCTCCG
CCGTCGTGAGAGCCGAGCTCAGCCCATCCGTCGTTATAAGCCTCAGCACTGGTCTATCCC
TCTTCCTTGGCCGGTTCGTCTTCTTCAACTTCCAGAGAGAGAATGTGGCGAAACAGGTGC
CGGAGCAGAACGGAAAAACCCACTTCGAAGCCGGAGACGATCGTGCCAAGGAGTACGTAA
GCCTCTTGAAATCGAACGACCCTGTTGGATTCAACATCGTTGATGTTCTTGCTTGGGGTT
CTATTGGCCACATCGTTGCTTACTATGTCTTGGCCACTTCTAGCAATGGCTACGATCCTA
GCTTCTTTGGCTGATTCTTTCTGTCTCTCTGTTCCTTGTTCATGTATATGTTTGACTTGT
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TAGGGTATAAATCTCTCTTCCGTTTGCAAGACTTAAATATATTTCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GM09TF U 1
AF RR3AE74TF U 5
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BS 640 708 RR3AE74TF

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CCGTCGTGAGAGCCGAGCTCAGCCCATCCGTCGTTATAAGCCTCAGCACTGGTCTATCCC
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GCCTCTTGAAATCGAACGACCCTGTTGGATTCAACATCGTTGATGTTCTTGCTTGGGGTT
CTATTGGCCACATCGTTGCTTACTATGTCTTGGCCACTTCTAGCAATGGCTACGATCCTA
GCTTCTTTGGCTGATTCTTTCTGTCTCTCTGTTCCTTGTTCATGTATATGTTTGACTTGT
ATCTCAAGCTGCCAA*TGTGTCCTCTTATCTATGTTTCT
CCCACCT

QA 1 639 1 639
DS 

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GGAAAAAG
AAAAAAGAAAGAACTCTCCGAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAACATGGCGACAAGCGCAT
CTGCTATGCTCACACCCACAACAACCTTCTCCACTACAATCTCCCAGAAAAACCCCAACT
CCATCTCATTCCACGGCCTCCGTTCTCTCCGCCTCGGTGGCTCCTCCTCCTCCTCCTCCG
CCTTACCCAAGCTATCCACCACCACCTCCGGGAGAAGATCTTCCTCCGCCGTCGTGAGAG
CCGAGCTCAGCCCATCCGTCGTTATAAGCCTCAGCACTGGTCTATCCCTCTTCCTTGGCC
GGTTCGTCTTCTTCAACTTCCAGAGAGAGAATGTGGCGAAACAGGTGCCGGAGCAGAACG
GAAAAACCCACTTCGAAGCCGGAGACGATCGTGCCAAGGAGTACGTAAGCCTCTTGAAAT
CGAACGACCCTGTTGGATTCAACATCGTTGATGTTCTTGCTTGGGGTTCTATTGGCCACA
TCGTTGCTTACTATGTCTTGGCCACTTCTAGCAATGGCTACGATCCTAGCTTCTTTGGCT
GATTCTTTCTGTCTCTCTGTTCCTTGTTCATGTATATGTTTGACTTGTATCTCAAGCTGC
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CTCTCTTCCGTTTGCAAGACTTAAATATATTTCATG

QA 9 704 9 704
DS 



AS 1 8

CO CL445Contig1 716 8 14 U
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AAAATACAACATGAAACACACAAATAAACTATTTTATTGTATCAAATGAAACAAGTGATA
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TTGAGAAGTTTGGCTTTAATGGTGGTACATAAGCAAACGGCTGCGTCTAGGTCAACTAAA
CCTCCCAAAACCGGACAACACTTTTCTTTAGCGTACCCTTTACCAAGCCCTATGTGAATC
AAACCTCCAAGAACGTCCACACAAGCGCCTAGCTTCAACGTGTCGATTGGGCAAGTCTCT
GGCTTAGGTGGAGTTGGTGGTGTTACGACCGGTGGGCTTGGTGGCGTTACAACAGGTGGC
GGTGGACACGGTGATGGCGGTTTGTGGGGGTGAGGTGATGGTTTAGGAGGACTACAGTCG
CAAGCGAAGGAGACGACAAGAAAGCCAAGGAGGAGGAGGATAAGAAAAGAGAGGTTTTGT
GTACGAGACCCCATTTTTCTAGTATGAGGGTGTGGTTTACCCAAAGGAGTGAGTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FQ01JQ U 124
AF RR3D115TF C 1
AF RR3DP65TF C 94
AF RR3FO28JQ U 1
AF RR3EQ11JQ U 35
AF RR3EQ11TF C 248
AF RR3AV89JQ U 94
AF RR3AV89TF C 94
BS 1 3 RR3D115TF
BS 4 123 RR3FO28JQ
BS 124 180 RR3FQ01JQ
BS 181 181 RR3FO28JQ
BS 182 222 RR3FQ01JQ
BS 223 223 RR3FO28JQ
BS 224 232 RR3FQ01JQ
BS 233 277 RR3FO28JQ
BS 278 278 RR3EQ11JQ
BS 279 410 RR3FO28JQ
BS 411 411 RR3EQ11JQ
BS 412 479 RR3FO28JQ
BS 480 553 RR3EQ11JQ
BS 554 716 RR3AV89JQ

RD RR3FQ01JQ 109 0 0
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DS 

RD RR3D115TF 415 0 0
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AAAATACAACATGAAACACACAAATAAACTATTTTATTGTATCAAATGAAACAAGTGATA
AAAGGTACCACACACACAAATTAACCTCTCGTCAAAAGAGATCATCAAACCAACACATTC
TACAGAAACAAAAGCTTCGGAAGACTCTTCATAAATCAAGCTGGACATTTGAAGCCAGGC
GGTGGAGTCTTTCCACAGGCGACAAGAACCTCAAGAGCAATTGGGATGATAAGGTTGATG
TTGAGAAGTTTGGCTTTAATGGTGGTACATAAGCAAACGGCTGCGTCTAGGTCAACTAAA
CCTCCCAAAACCGGACAACACTTTTCTTTAGCGTACCCTTTACCAAGCCC
GATGC

QA 1 410 1 410
DS 

RD RR3DP65TF 308 0 0
TTATTGTATCAAATGAAACAAGTGATAAAAGGTACCACACACACAAATTAACCTCTCGTC
AAAAGAGATCATCAAACCAACACATTCTACAGAAACAAAAGCTTCGGAAGACTCTTCATA
AATCAAGCTGGACATTTGAAGCCAGGCGGTGGAGTCTTTCCACAGGCGACAAGAACCTCA
AGAGCAATTGGGATGATAAGGTTGATGTTGAGAAGTTTGGCTTTAATGGTGGTACATAAG
CAAACGGCTGCGTCTAGGTCAACTAAACCTCCCAAAACCGGACAACACTTTTCTTTAGCG
TACCCTT
C

QA 1 307 1 307
DS 

RD RR3FO28JQ 480 0 0
CAA
ATACAAACTTGTTTAATATTTAGAAAAAGTTACCGTTTCACAGTTTTCTTCTTACTAAAA
ATACAACATGAAACACACAAATAAACTATTTTATTGTATCAAATGAAACAAGTGATAAAA
GGTACCACACACACAAATTAATCTCTCGTCAAAAGAGATCATCAAACCAACACATTCTAC
AGAAACAAAAGCTTCGGAAGACTCTTCATAAATCGAGCTGGACATTTGAAGCCAGGCGGT
GGAGTCTTTCCACAGGCGACAAGAACCTCAAGAGTAATTGGGATGATAAGGTTGATGTTG
AGAAGTTTGGCTTTAATGGTGGTACATAAGCAAACGGCTGCGTCTAGGTCAACTAAACCT
CCCAAAACCGGACAACACTTTTCTTTAGCGTACCCTTTACCAAGCCCGATGTGAATCAAA
CCTCCAAGAACGTCCACACAAGCGCCTAGCTTCAACGTGTCGATTGGGCAAGTCTC
C

QA 4 479 4 479
DS 

RD RR3EQ11JQ 520 0 0
ACCGTTTCACAGTTTTCTTCTTGCTAAAAGTACAACATGAAACACACAAATAAACCATTT
TATTGTATCAAATGAAACAAGTGATAAAAGGTACCACACACACAAATTAACCTCTCGTCA
AAAGAGATCATCAAACCAACACATTCTACAGAAACAAAAGCTTCGGAAGACTCTTCATAA
ATCAAGCTGGACATTTGAAGCCAGGCGGTGGAGTCTTTCCACAGGCGACAAGAACCTCAA
GAGCAATTGGGATGATAAGGTTGATGTTGAGAAGTTTGGCTTTAATGGTGGTACATAAGC
AAACGGCTGCGTCTAGGTCAACTAAACCTCCCAAAACCGGACAACACTTTTCTTTAGCGT
ACCCTTTACCAAGCCCTATGTGAATCAAACCTCCAAGAACGTCCACACAAGCGCCTAGCT
TCAACGTGTCGATTGGGCAAGTCTCTGGCTTAGGTGGAGTTGGTGGTGTTACGACCGGTG
GGCTTGGTGGCGTTACAACAGGTGGCGGTGGACACGGTG
C

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR3EQ11TF 307 0 0
TCTTTGCACAGGCGACAAGAACCTCAAGAGCAATTGGGATGATAAGGTTGATGTTGAGAA
GTTTGGCTTTAATGGTGGTACATAAGCAAACGGCTGCGTCTAGGTCAACTAAACCTCCCA
AAACCGGACAACACTTTTCTTTAGCGTACCCTTTACCAAGCCCTATGTGAATCAAACCTC
CAAGAACGTCCACACAAGCGCCTAGCTTCAACGTGTCGATTGGGCAAGTCTCTGGCTTAG
GTGGAGTTGGTGGTGTTACGACCGGTGGGCTTGGTGGCGTTACAACAGGTGGCGGTGGAC
ACGGTG
C

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR3AV89JQ 623 0 0
TTATTGTATCAAATGAAACAAGTGATAAAAGGTACCACACACACAAATTAACCTCTCGTC
AGAAGAGATCATCAAACCAACACATTCTACAGAAACAAAAGCTTCGGAAGACTCTTCATA
AATCAAGCTGGACATTTGAAGCCAGGCGGTGGAGTCTTTCCACAGGCGACAAGAACCTCA
AGAGCAATTGGGATGATAAGGTTGATGTTGAGAAGTTTGGCTTTAATGGTGGTACATAAG
CAAACGGCTGCGTCTAGGTCAACTAAACCTCCCAAAACCGGACAACACTTTTCTTTAGCG
TACCCTTTACCAAGCCCTATGTGAATCAAACCTCCAAGAACGTCCACACAAGCGCCTAGC
TTCAACGTGTCGATTGGGCAGGTCTCTGGCTTAGGTGGAGTTGGTGGTGTTACGACCGGT
GGGCTTGGTGGCGTTACAACAGGTGGCGGTGGACACGGTGATGGCGGTTTGTGGGGGTGA
GGTGATGGTTTAGGAGGACTACAGTCGCAAGCGAAGGAGACGACAAGAAAGCCAAGGAGG
AGGAGGATAAGAAAAGAGAGGTTTTGTGTACGAGACCCCATTTTTCTAGTATGAGGGTGT
GGTTTACCCAAAGGAGTGAGTCC

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3AV89TF 623 0 0
TTATTGTATCAAATGAAACAAGTGATAAAAGGTACCACACACACAAATTAACCTCTCGTC
AGAAGAGATCATCAAACCAACACATTCTACAGAAACAAAAGCTTCGGAAGACTCTTCATA
AATCAAGCTGGACATTTGAAGCCAGGCGGTGGAGTCTTTCCACAGGCGACAAGAACCTCA
AGAGCAATTGGGATGATAAGGTTGATGTTGAGAAGTTTGGCTTTAATGGTGGTACATAAG
CAAACGGCTGCGTCTAGGTCAACTAAACCTCCCAAAACCGGACAACACTTTTCTTTAGCG
TACCCTTTACCAAGCCCTATGTGAATCAAACCTCCAAGAACGTCCACACAAGCGCCTAGC
TTCAACGTGTCGATTGGGCAGGTCTCTGGCTTAGGTGGAGTTGGTGGTGTTACGACCGGT
GGGCTTGGTGGCGTTACAACAGGTGGCGGTGGACACGGTGATGGCGGTTTGTGGGGGTGA
GGTGATGGTTTAGGAGGACTACAGTCGCAAGCGAAGGAGACGACAAGAAAGCCAAGGAGG
AGGAGGATAAGAAAAGAGAGGTTTTGTGTACGAGACCCCATTTTTCTAGTATGAGGGTGT
GGTTTACCCAAAGGAGTGAGTCC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 2 5

CO CL446Contig1 752 2 1 U
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ACAGACCGTCAGCATGGGGAGGCTTCACTCGAAAGGTAAGGGAATCTCAGCACCTGCTTT
ACCGTACAAGCGCTCACCCCCGAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGATGTTGATGAGTC
TATTTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGA
CTCTCACGGTATCCCTCAGGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATTTTGAGAATCTTGAA
AGCTCATGGTCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTCTACCACCTGATCAAGAAAGCAGT
AGCTATCCGCAAGCACCTTGTGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAGTTCAGATTGAT
TCTTGTTGAGAGCAGAATCCACCGCCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACTAAGAAGCTCCC
TCCTGTCTGGAAATACGAGTCCACCACAGCAAGCACTCTCGTGGCTTAAGGAAATCATAA
AGCTGGTCAACCATTTCATTTGCATTGCAACTCAAGTTCTATAACAATGGACTTTTGTAT
CTGGTTTTGATAGTTTTAATGCGATTTTGAATTTAGTGAAAACTCTTTTCATTTTGCTTA
GTGTTTACTTTCACTGATCTTTCCCGTTGTACTTGCAAGCTAAGAATTGGGCCAAGAATT
GGGTATTTCTATTTCACTGGCCCTTTAGAGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP40TF U 8
AF RR3AA46TF U 1
BS 1 752 RR3AA46TF

RD RR3FP40TF 323 0 0
GG
AGCGCAGTCCTAGCCGCACGAAACCGAGTAAGACCGTTCTCATCTCCGTTAACAGACCGT
CAGCATGGGGAGGCTTCACTCGAAAGGTAAGGGAATCTCAGCATCTGCTTTACCGTACAA
GCGCTCACCCCCGAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGATGTTGATGAGTCTATTTGCAA
GTTTGCGAAGAAGGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGACTCTCACGG
TATCCCTCAGGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATTTTGAGAATCTTGAAAGCTCATGG
TCTTGCTCCTGAGATCCCTGA

QA 3 323 3 323
DS 

RD RR3AA46TF 752 0 0
GGACTCTTTAGCGCAGTCCTAGCCGCACGAAACCGAGTAAGACCGTTCTCATCTCCGTTA
ACAGACCGTCAGCATGGGGAGGCTTCACTCGAAAGGTAAGGGAATCTCAGCACCTGCTTT
ACCGTACAAGCGCTCACCCCCGAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGATGTTGATGAGTC
TATTTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGTTTGACTCCATCTCAGATTGGTGTCATTCTTCGTGA
CTCTCACGGTATCCCTCAGGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATTTTGAGAATCTTGAA
AGCTCATGGTCTTGCTCCTGAGATCCCTGAGGATCTCTACCACCTGATCAAGAAAGCAGT
AGCTATCCGCAAGCACCTTGTGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAGTTCAGATTGAT
TCTTGTTGAGAGCAGAATCCACCGCCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACTAAGAAGCTCCC
TCCTGTCTGGAAATACGAGTCCACCACAGCAAGCACTCTCGTGGCTTAAGGAAATCATAA
AGCTGGTCAACCATTTCATTTGCATTGCAACTCAAGTTCTATAACAATGGACTTTTGTAT
CTGGTTTTGATAGTTTTAATGCGATTTTGAATTTAGTGAAAACTCTTTTCATTTTGCTTA
GTGTTTACTTTCACTGATCTTTCCCGTTGTACTTGCAAGCTAAGAATTGGGCCAAGAATT
GGGTATTTCTATTTCACTGGCCCTTTAGAGGA

QA 1 752 1 752
DS 



CO CL446Contig2 669 3 2 U
GCTCATTAATCCAAAATCGCATTATAACTGTAACTCAATCAGAAAAATTAAAAAACAGAT
ACAAAATCCATTGTCATAGAAATTGAGTTGCAATATGTAGCAATGAAATTGTAGTTCATC
AAGGACTTTGCCAAGCTCTATGATTCCCTAAGCGACAAGAGTGCTTGCGGTAGTAGACTC
GTACTTCCAGAGGGGAGGGAGCTTCTTGGTCTTCTTGTAGTAACGAGCAAGACGGTGGAT
TCTGCTCTCCACGAGAATCAACCTGAACTTGGAGTCCTTGTCCTTCCTGTTCCTCTCAAG
ATGCTTGCGGATAGTAACTGCTTTCTTGATCAGGTGGTAAAGATCCTCAGGGATCTCAGG
AGCAAGACCATGAGCTTTCAAGATTCTCAAAATCTTGTTTCCAGTAACACTCTTCACCTG
TGGGATACCGTGAGAGTCACGAAGAATGACACCAATCTGAGACGGAGTCAAACCCTTCTT
TGCAAACTTGCAAATGGACTCATCAACATCCTGGGAGGTTGTCTTGAGCCAACTCGGGGG
TGAACGCTTGTACGGCAAAGCAGATGCTGAGATTCCCTTACCTTTAGAGTGGAGTCGCCC
CATGTCGACGGCTGCGAACGGAGTTTGCTTTCTCTAAGAACGTTCTTCGTCCGGCTGCGA
CTGCGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TCTGCTCTCCACGAGAATCAACCTGAACTTGGAGTCCTTGTCCTTCCTGTTCCTCTCAAG
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CATG
T

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DS 

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ATCCATTGTCATAGAAATTGAGTTGCAATATGTAGCAATGAAATTGTAGTTCATCAAGGA
CTTTGCCAAGCTCTATGATTCCCTAAGCGACAAGAGTGCTTGCGGTAGTAGACTCGTACT
TCCAGAGGGGAGGGAGCTTCTTGGTCTTCTTGTAGTAACGAGCAAGACGGTGGATTCTGC
TCTCCACGAGAATCAACCTGAACTTGGAGTCCTTGTCCTTCCTGTTCCTCTCAAGATGCT
TGCGGATAGTAACTGCTTTCTTGATCAGGTGGTAAAGATCCTCAGGGATCTCAGGAGCAA
GACCATGAGCTTTCAAGATTCTCAAAATCTTGTTTCCAGTAACACTCTTCACCTGTGGGA
TACCGTGAGAGTCACGAAGAATGACACCAATCTGAGACGGAGTCAAACCCTTCTTTGCAA
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CGACGGCTGCGAACGGAGTTTGCTTTCTCTAAGAACGTTCTTCGTCCGGCTGCGACTGCG
CTCC

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DS 



AS 1 9

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CAACAATGTCTAGAAACACAACTGATAATATCTCAAAGACCGAGCGAGAAAGGGAAACCG
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TCTGACCATCCTTCGGGTCGGATCACATCGGAAATATCCGACTGCATTATCACCGTCTGC
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TTTGACGGACCCGCCGTATTCTGGAAAGTGATGTCACGCGCTAGGAATCTCTCGCCGACA
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TCCACATTATCTCTATAAACTCCTGCTTTAATATGTATTACATACCTCTTATTACTATTC
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TGAAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 20 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ48JQ U 12
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GC
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TAACCTTAAAGCCCTTCCACGTCACTCTATTTGAAGTTCCAGCCCCTGCTCCTGTATTCG
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CGGGTCGGATCACATCGGAAATATCCGACTGCATTATCACCGTCTGCGAGTACTCTTTCC
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CCGTGACCATGTTTTTCTGGCCGGAGTTTGGCCGGCGAGCGTGGATGTCGCAGTCTTGCA
GAACAACGGCGGCATTTCCGAAGATGAA

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DS 

RD RR3AD65JQ 350 0 0
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CCCATACTCTCTATAAGTCAAAGTGTTCGACGCGAATGTCCCGCTCCACTCTGACCATCC
TTCGGGTCGGATCACATCGGAAATATCCGACTGCATTATCACCGTCTGCGAGTACTCTTT
CCACGGGCGACCAAGATACGTTGGAAAACTACTTTTCACGGGCTGTAAATCCGACGTGGC
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GGCCGTGACCATGTTTTTCTGGCCGGAGTTTGGCCGGCGAGCGTGGATGT

QA 1 350 1 350
DS 

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GG
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TAACCTTAAAGCCCTTCCACGTCACTCTATTTGAAGTTCCAGCCCCTGCTCCTGTATTCG
CATACCCTCTATAAGTCAAAGTGTTCAACGCGAATGTCCCGCTCCACTCTGACCATCTTT
CGGGTAGGATCACATCGGAAATATCCGACTGCATTATCACTGTCTGCGAGTACTCTTTCC
ACGGGCGACCAAGATACGTTGGAAAACTACTTTTCACGGGCTGTAAATCCGACGTGGCAC
CGATTCTACATTTTTGGATAACTATCCCAGTGTTTTGGTTAGGGCCTGTTCGTCCTTGGG
CCGTGACCATGTTTTTCTGGCCGGAGTTTGGCCGGCGAGCGTGGATGTCGC

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DS 

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CAACAATGTCTAGAAACACAACTGATAATATCTCAAAGACCGAGCGAGAAAGGGAAACCG
GTCGAGGATAACCAACCACCACCACCAATAAACTGACCAGCCGTATATGGCTGAGCTTCA
GCAGCAGAAGTAATAACCTTAAAGCCCTTCCACGTCACTCTATTTGAAGTTCCAGCCCCT
GCTCCTGTATTCGCATACTCTCTATAAGTCAAAGTGTTCAACGCGAATGTCCCGCTCCAC
TCTGACCATCCTTCGGGTCGGATCACATCGGAAATATTCGACTGCATTATCACCGTCTGC
GAGTACTCTTTCCACGGGCGACCAAGATACGTTGGAAAACTACTTTTCACGGGCTGTAAA
TCCGACGTGGCACCGATTCTACATTTTTGGATAACTATCCCAGTGTTTTGGTTAGGGTCT
GTCCGTCCTCGGGCCGTGACCATGTTTTTCTGGCCGGAGTTTGGCCGGCGAGCGTGGATG
TCGCAGTCTTGCAGAACAACGGCGGCATTTCCGAAGATGAAGTCGACGGTTCCGGCAATG
AGGCATTTGACAAAGAACTGACGGTTG
C

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DS 

RD RR3C059TF 628 0 0
CACAAGCCAAGGAGTAGATATTTTGATTTATTTTATTCATAACATCAATGATTATTCAAC
CAACAATGTCTAGAAACACAACTGATAATATCTCAAAGACCGAGCGAGAAAGGGAAACCG
GTCGAGGATAACCAACCACCACCACCAATAAACTGACCAGCCGTATATGGCTGAGCTTCA
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GCTCCTGTATTCGCATACTCTCTATAAGTCAAAGTGTTCAACGCGAATGTCCCGCTCCAC
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GAGTACTCTTTCCACGGGCGACCAAGATACGTTGGAAAACTACTTTTCACGGGCTGTAAA
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TCGCAGTCTTGCAGAACAACGGCGGCATTTCCGAAGATGAAGTCGACGGTTCCGGCAATG
AGGCATTTGACAAAGAACTGACGGTTG
C

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DS 

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GGGTAGATATTTTGA
TTTATTCATAACATCAATGATTATTCAACCAACAATGTCTAGAAACACAACTGATAATAT
CTCAAAGACCGAGCGAGAAAGGGAAACCGGTCGAGGATAACCAACCACCACCACCAATAA
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ACGTCACTCTATTTGAAGTTCCAGCCCCTGCTCCTGTATTCGCATACTCTCTATAAGTTA
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GGCCGGAGTTTGGCCGGCGAGCGTGGATGTCGCAGTCTTGCAGAACAACGGCGGCATTTC
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GAACGTAAAGAGTGTCTTGGTACGCTAGCATGTCGCATTGGTAAAAAGCGGAGAAGTCGG
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TGTCACGCGCTAGGAATCTCTCGCCGACAGCAGCAACGGTGGCGGAGTTAAAGGTAGTGC
TACCGTCGACGACATTTCTACTTGCGGTA
C

QA 16 824 16 824
DS 

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CCACCATAAACTGACCAGCCGTATATGGCTGAGCTTCAGCAGCAGAAGTAATAACCTTAA
AGCCCTTCCACGTCACTCTATTTGAAGTTCCAGCCCCTGCTCCTGTATTCGCATACTCTC
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CAAGATACGTTGGAAAACTACTTTTCACGGGCTGTAAATCCGACGTGGCACCGATTCTAC
ATTTTTGGATAACTATCCCAGTGTTTTGGTTAGGGTCTGTCCGTCCTTGGGCCGTGACCA
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GGAAAGTGATGTCACGCGCTAGGAATCTCTCGCCGACAGCAGCAACGGTGGCGGAGTTAA
AGGTAGTGCTACCGTCGACGACATTTCTACTTGCGGTA
C

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DS 

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AATAATAGTTTTTGTCCGACCATCTCCCATAAACATTATGTTCTTTTTCTTCTTGGCCAC
GTCCACATTCTCTCTATAAACTCCTGCTTTAATATGTATTACATACCTCTTATTACTATT
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CCAAGTCGGCCACCCATCAGCACCTAATTCTCCGGCACCGGCAATATCTACGGCCACCGT
AGTCTCCTCCTCCTTGAGTTTACGGTTGTTTGAGCTGAATTTAGCTTTCAGCTCGAAATT
GGCTATGTCGGTATCAGTCATGTTCTTGATCATTGCTAGTGCGTTGCTGCACATGTGCTC
TACGTGCATCTGGCCCTTCAACAAAGCCTTACGGACTTTCTTGTCGGCGTTGTCATGAGA
GAAGCCGTCGAGACAAGTCTCC

QA 1 562 1 562
DS 

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AGTGCTACCGTCGACGACATTTCTACTTGCGGTAATAATAGTTTTTGTCCGACCATCTCC
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CCCTTGAAGAAGTCTTCTGTCTCCCGCAGATAACCAAGTCGGCCACCCATCAGCACCTAA
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GTTTGAGCTGAATTTAGCTTTCAGCTCGAAATTGGCTATGTCGGTATCAGTCATGTTCTT
GATCATTGCTAGTGCGTTGCTGCACATGTGCCCTACGTGCATCTGGCCCTTCAACAAAGC
CTTACGGACTTTCTTGTCGGCGTTGTCATGAGAGAAGCCGTCGAGACAAGTCTCCTGGTT
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GTTAGGATACATATGGAGATCTTCGAGCGCCTCGTGAAGC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 2 7

CO CL448Contig1 1317 4 8 U
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CGATTGGCATTCAACACCGCGTGCTCGTGATCCCATGGATGAAGAGACACTCTGTGCCTC
CAAGAATCTTGTGTTCATCAGAGAAGCGGGATTACACTTCCTCTGGACTCAGTAGGTATG
TTCCCAAGAAGTCTCGGGAGATTAGTGAACAAGTGACATCTAAGCCTCTTGATAGCTCTG
AGAAGAGTGTAAATGCTAGTAGATGGGATCGTAGTGTATCAGAGTCTATTAAAGCCAAGG
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AGGGTATGTCTGCTGGTAGATGGGATCATTGTGTACCGAAGGGGCCTAAAGGTAACTTTA
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GTAATGTGTCTTCTGACGACTCTGGAGAAGAGTTGGAAGAAAGCAGTGAGGATGATATAT
CAACGAGGCAACACAAACAAGCTTATGATGAAATCAAGCTATATATGGATGCTGAGACGG
CCAAGAGTAGCAAAGAAACCCGAGAGGCAGAGAACATAGCTATTCGTTATCTTGGTTTAA
GAGCATATACAGCAGTTGAGCTGAAGAAGAAGCTCATTGGAAAGAAATATCCTCTTGAAA
TCGTTGACAGTGTGATCAATGACTTTCAGCACCGAGGTTTCATCAATGATAACTTCTACG
CGGAAGCATTCACACGGTCTAGATAGTCTTCCTTAAGTTGGGGACCTAGACGGATCAAGC
AAGCACTGTTTAAGAAAGGCGTAAGCAACGAAGACTCAGATGCGGCCATAAAGCTTGTTT
TTGAGAAAGACAACCAATGCAAAGAAACAGAACTTAGTCACGGGATGTCCAAGGAAGCTA
TGGATCAGCTCTATGTTCAGGCGTCAAAGCGGTGGCTCCAAGGCAAAGACTTGCCTATAG
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CTACACCTTTATGGTTTTGGTCCCTAGGTTTTTCTAGTTGTTTTGAATTTCTTCCCAGTT
TATGTTGGAGTGGAGTTTAGCCCACAGTTTTTATAGTATCAATAAATTCATTTATGT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3DW35TF U 1
AF RR3A033TF U 1
AF RR3A033JQ C 461
AF RR3DW35JQ C 577
BS 1 361 RR3A033TF
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RD RR3DW35TF 671 0 0
GG
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CCCAAGAAGTCTCGGGAGATTAGTGAACAAGTGACATCTAAGCCTCTTGATAGCTCTGAG
AAGAGTGTAAATGCTAGTAGATGGGATCGTAGTGTATCAGAGTCTATTAAAGCCAAGGGT
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GGTATGTCTGCTGGTAGATGGGATCATTGTGTACCGAAGGGGCCTAAAGGTAACTTTAGA
GAGGCTGAGGCTGGCGCGTATTCCCACCTGCAGGGTAAAAATGATGCTGGAATGTACAGT
AATGTGTCTTCTGACGACTCTGGAGAAGAGTTGGAAGAAAGCAGTGAGGATGATATATCA
ACGAGGCAACACAAACAAGCTTATGATGAAATCAAGCTATATATGGATGCTGAGACGGCC
AAGAGTAGC

QA 3 671 3 671
DS 

RD RR3A033TF 742 0 0
GGGTTCTCTGAGATTCTTCTCACTAATAAGGGGAGATGTTGAAACTAGGGTTTAGGTTAT
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CAAGAATCTTGTGTTCATCAGAGAAGCGGGATTACACTTCCTCTGGACTCAGTAGGTATG
TTCCCAAGAAGTCTCGGGAGATTAGTGAACAAGTGACATCTAAGCCTCTTGATAGCTCTG
AGAAGAGTGTAAATGCTAGTAGATGGGATCGTAGTGTATCAGAGTCTATTAAAGCCAAGG
GTAACACGAAAGAGGCTAGGGAGGACGAGATATATATGGATCTGCAAGAGAGAAACGATG
CTGGAAGTTACATGGATGCGTCTTTTGATGTCCCTAATGAAGGTACTATGAGTTTGGAGA
AGGGTATGTCTGCTGGTAGATGGGATCATTGTGTACCGAAGGGGCCTAAAGGTAACTTTA
GAGAGGCTGAGACTGGCGCGTATTCCCACCTGCAGGGTAAAAATGATGCTGGAATGTGCA
GTAATGTGTCTTCTGACGACTCTGGAGAAGAGTTGGAAGAAAGCAGTGAGGATGATATAT
CAACGAGGCAACACAAACAAGCTTATGATGAAATCAAGCTATATATGGATGCTGAGACGG
CCAAGAGTAGCAAAGAAACCCGAGAGGCAGAGAACATAGCTATTCGTTATCTTGGTTTAA
GAGCATATACAGCAGTTGAGCT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3A033JQ 857 0 0
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AGGCAAAGACTTGCCTATAGAAAACCGTAAAGCTAGAGTTATACGGTGGCTTCAGTACAG
GGGATTCAACTGGGGTGTTGTCTCTCAGCTTATGAAGAGACTAGAATCTCCACTGTCCTG
AGTCTCTAAGATCATTTTTCCTACACCTTTATGGTTTTGGTCCCTAGGTTTTTCTAGTTG
TTTTGAATTTCTTCCCAGTTTATGTTGGAGTGGAGTTTAGCCCACAGTTTTTATAGTATC
AATAAATTCATTTATGT

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR3DW35JQ 741 0 0
AAGAAAGCAGTGAGGATGATATATCAACGAGGCAACACAAACAAGCTTATGATGAAATCA
AGCTATATATGGATGCTGAGACGGCCAAGAGTAGCAAA*AAACCCAAGAGGCAGAGAACA
TGGCTATTCGTTATCTTGGTTTAAGAGCATATACAGCAGTTGAGCTGAAGAAGAAGCTCA
TTGGAAAGAAATATCCTCTTGAAATCGTTGACAGTGTGATCAATGACTTTCAGCACCGAG
GTTTCATCAATGATAACTTCTACGCGGAAGCATTCACACGGTCTAGATAGTCTTCCTTAA
GTTGGGGACCTAGACGGATCAAGCAAGCACTGTTTAAGAAAGGCGTAAGCAACGAAGACT
CAGATGCGGCCATAAAGCTTGTTTTTGAGAAAGACAACCAATGCAAAGAAACAGAACTTA
GTCACGGGATGTCCAAGGAAGCTATGGATCAGCTCTATGTTCAGGCGTCAAAGCGGTGGC
TCCAAGGCAAAGACTTGCCTATAGAAAACCGTAAAGCTAGAGTTATACGGTGGCTTCAGT
ACAGGGGATTCAACTGGGGTGTTGTCTCTCAGCTTATGAAGAGACTAGAATCTCCACTGT
CCTGAGTCTCTAAGATCATTTTTCCTACACCTTTATGGTTTTGGTCCCTAGGTTTTTCTA
GTTGTTTTGAATTTCTTCCCAGTTTATGTTGGAGTGGAGTTTAGCCCACAGTTTTTATAG
TATCAATAAATTCATTTAT
AT

QA 1 739 1 739
DS 



CO CL448Contig2 1018 3 23 U
TTTTTGCTACTTACTACCGTTCTCTGAGATACTTCTCTCCAATAAGGGAGATGTTGAAAC
AAGGGTTTAGGTTATCGATTGGCATTCAACACCGCGTGCTCGTGATCCCATGGATGAAGA
GACACTCTGTGACGCCAAGAATCTTGTGTTCATCGGAGAAGCGGGATTACACTTCCTCTG
GACTCAGTAGGTATGTTCCCAAGAAGTCCCGGGAGATTAGTGAACAAGTGACACCTGAGA
AGAGTGTAAATGCTAGTAGATGGGATCGTAGTGCATCGGAGTCTATTAAAGCCAAGGGTA
ACACGAAAGAGGCTAAGGAGGAGGACATGTATATGGATCTGCAAGACAGAAACGATGCTG
GAGGTAGTTACATGGATGTGTCTTTTGATGGCTCTAATGAAGGTACTACTATGAGTTTGG
AGAAGGGTATGTCTGCTGGTAGATGGGATCATTGTGTACCCGAGGGGCCTAAAGGTGACT
TTAGAAAAGAGGCTGGAGCTGGTACGTATTCTCACCTGAATGTTAAAAACGGTGCTGGAA
CGTTCAGGAATGTGTCTTCTGATGATGACTCTGGAGAAGAGTTGGAAGAAAGCAGTGACG
ATCTTAGATCAATGAGACAACACAAACAAGCTTATGATGAAATCAAGCTATATATGGATG
CTGAGACTGCCAAGAGTAGCAAAGAAACCCAAGAGGCAGAGAACATGGCTATTCGTTATC
TTGGTTTAAGAGCATATACAGCAGTTGAGCTGAAGAAGAAGCTCATTGCAAAGAAATATC
CTCTTGAAATCGTTGACAGTGTGATCAATGACTTTCAGCACCGAGGTTTCATCAATGATA
ACTTCTACGCGGAAGCATTCACACGGTCTAGATGGTCTTCCTTAAGTTGGGGACCTAGAC
GGATCAAGCAAGCATTGTTTAAGAAAGGCGTAAGCAACGAAGACTCAGATGCGGCCATAA
AGCTTGTTTTTGAGAAAGACCACCAATGCAAAGAAACAGAACTTAGTCACGGGATGTC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CS14TF U 1
AF RR3B543TF U 6
AF RR3DS30TF U 377
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BS 31 31 RR3B543TF
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BS 770 805 RR3B543TF
BS 806 806 RR3DS30TF
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BS 841 841 RR3DS30TF
BS 842 853 RR3B543TF
BS 854 1018 RR3DS30TF

RD RR3CS14TF 758 0 0
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AAGGGTTTAGGTTATCGATTGGCATTCAACACCGCGTGCTCGTGATCCCATGGATGAAGA
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GACTCAGTAGGTATGTTCCCAGGAAGTCCCGGGAGATTAGTGAACAAGTGACACCTGAGA
AGAGTGTAAATGCTAGTAGATGGGATCGTAGTGCATCGGAGTCTATTAAAGCCAAGGGTA
ACACGAAAGAGGCTAAGGAGGAGGACATGTATATGGATCTGCAAGACAGAAACGATGCTG
GAGGTAGTTACATGGATGTGTCTTTTGATGGCTCTAATGAAGGTACTACTATGAGTTTGG
AGAAGGGTATGTCTGCTGGTAGATGGGATCATTGTGTACCCGAGGGGCCTAAAGGTGACT
TTAGAAAAGAGGCTGGAGCTGGTACGTATTCTCACCTGAATGTTAAAAACGGTGCTGGAA
CGTTCAGGAATGTGTCTTCTGATGATGACTCTGGAGAAGAGTTGGAAGAAAGCAGTGACG
ATCTTAGATCAATGAGACAACACAAACAAGCTTATGATGAAATCAAGCTATATATGGATG
CTGAGACTGCCAAGAGTAGCAA*GAAACCCAAGAG*CAGAGA*CATGGCTATTCGTTATC
TTGGTTTA*GAGCATATACAGCAGTTGAGCTGA
GAGAG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3B543TF 851 0 0
GCTACTTACTACCGTTCTCTGAGATACTTCTCTCCAATAAGGGAGATGTTGAAACAAGGG
TTTAGGTTATCGATTGGCATTCAACACCGCGTGCTCGTGATCCCATGGATGAAGAGACAC
TCTGTGACGCCAAGAATCTTGTGTTCATCGGAGAAGCGGGATTACACTTCCTCTGGACTC
AGTATGTATGTTCCCAAGAAGTCCCGGGAGATTAGTGAACAAGTGACATCTGAGAAGAGT
GTAAATGCTAGTAGATGGGATCGTAGTGTATCGGAGTCTATTAAAGCCAAGGGTAACACG
AAAGAGGCTAAGGAGGAGGACATGTATATGGATCTGCAAGACAGAAACGATGCTGGAGGT
AGTTACATGGATGTGTCTTTTGATGGCTCTAATGAAGGTACTACTATGAGTTTGGAGAAG
GGTATGTCTGCTGGTAGATGGGATCATTGTGTACCCGAGGGGCCTAAAGGTGACTTTAGA
AAAGAGGCTGGAGCTGGTACGTATTCTCACCTGAATGTTAAAAACGGTGCTGGAACGCTC
AGGAATGTGTCTTCTGATGATGACTCTGGAGAAGAGTTGGAAGAAAGCAGTGACGATCTT
AGATCAATGAGACAACACAAACAAGCTTATGATGAAATCAAGCTATATATGGATGCTGAG
ACTGCCAAGAGTAGCAAAGAAACCCAAGAGGCAGAGAACATGGCTATTCGTTATCTTGGT
TTAAGAGCATATACAGCAGTTGAGCTGAAGAAGAAGCTCATTGGAAAGAAATATCCTCTT
GAAATCGTTGACAGTGTGATTAATGACTTTCAGCACCGAG*TTTCATCAATGATA*CTTC
TACGCGGA
GCA

QA 1 848 1 848
DS 

RD RR3DS30TF 642 0 0
G
GTGTCTTTTGATGGCTCTAATGAAGGTACTACTATGAGTTTGGAGAAGGGTATGTCTGCT
GGTAGATGGGATCATTGTGTACCCGAGGGGCCTAAAGGTGACTTTAGAAAAGAGGCTGGA
GCTGGTACGTATTCTCACCTGAATGTTAAAAACGGTGCTGGAACGTTCAGGAATGTGTCT
TCTGATGATGACTCTGGAGAAGAGTTGGAAGAAAGCAGTGACGATCTTAGATCAATGAGA
CAACACAAACAAGCTTATGATGAAATCAAGCTATATATGGATGCTGAGACTGCCAAGAGT
AGCAAAGAAACCCAAGAGGCAGAGAACATGGCTATTCGTTATCTTGGTTTAAGAGCATAT
ACAGCAGTTGAGCTGAAGAAGAAGCTCGTTGCAAAGAAATATCCTCTTGAAATCGTTGAC
AGTGTGATCAATGACTTTCAGCACCGAGGTTTCATCAATGATAACTTCTACGCGGAAGCA
TTCACACGGTCTAGATGGTCTTCCTTAAGTTGGGGACCTAGACGGATCAAGCAAGCATTG
TTTAAGAAAGGCGTAAGCAACGAAGACTCAGATGCGGCCATAAAGCTTGTTTTTGAGAAA
GACCACCAATGCAAAGAAACAGAACTTAGTCACGGGATGTC

QA 2 642 2 642
DS 



AS 1 6

CO CL449Contig1 1153 6 28 U
GAGACACAACAAACACTTGTCTTTTTAAAACAATTTTATTATTCGAACAAATATCCAAAA
ATTACAGACAAGATAAAGCAGGAAAAACATTAAAAGGCCGCAACTAAAATCGATTAAAAA
GAAGAAAAAACTCATCTCCTTGAAGTTGGATCACAACAAAACCTCATTCATGTCTTCAGA
GCTCTTAGAGTGGCTTACCGCTAATCTTGATGTCATTTCTGATGGCTCCTTGGATCATCT
TAACGACGAACCACTGAGCAGCGATGATAAGAGGGATGAGTTTTTTTCCTTTGTCATCAG
AGTAAGAACCATCTACCATCTTCTTGTCCACATGAATTGCTTTCTTTTGATTTGTTGCTA
CATCGGTTATGGCCTTAACCAAGTTCGGGATCCACGCCTCACCATTCGGTAATGCCTTTT
CTTCCTTGTCATTCTTGCTACATCTCCCACTGTTCTCCGCATATACAACCTCAATTGCAG
AATCCTCAAACTGTTGTTTACGCATCTTAGAACCAGCGCGGATAGTTTTGAGGAGAGAAT
CTGATCTCTTGGAAGAGAAAGTTTCATAGGAAAGGTCATCGGGTGGGGAGAACTGAGCAT
GAGTCAAAACAAGCAAGGTTTTGCACCAAATCTCTTTGCCAAAGGTTTGGGTGATGGCTT
GAACAACTTGCTTATCTAGCTCATCCACTCTATACACATCCAGACGATCAACATACAGCA
ACACATCTATGGTTCTGTTCACAAGAAACCCTTTGATTAACTCGAGGGCTTGGTGATTGA
CATAACCAGCTTCCACAAGACCAGGGGTGTCAATGATGTTAATAGTGAAGCCTCCCATTG
TTCTTGAAACCATCACTGGCCTCAAACCTTCCGCCTGGAAAGGACTGACACGGACGACTT
GTTCGCCGATAAGAGAGTTGACGGTGGATGATTTTCCGACACCGCCTTTACCCATTACAA
CAACTGTCAGAGAGTTCATGTCCTTTTGCTTCAATTTGGAGAAGAATTCAATTAACTTTT
CTTGGGTAGCCGCTGGAAATTGCTGAAACCCAACCCATTCACGAACAAGAGATCCCATCC
CACGTTTGTTGTTTGGTGTGTGAGCTTTGTGAGGTTTTTAGGAGAAGAAAGCTGAAAGCA
AACTCCTATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 20 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3CF92JQ U 1
AF RR3E541JQ U 18
AF RR3AK44JQ U 27
AF RR3AV29TF C 377
AF RR3AK44TF C 419
AF RR3CF92TF C 426
BS 1 161 RR3CF92JQ
BS 162 162 RR3E541JQ
BS 163 214 RR3CF92JQ
BS 215 215 RR3E541JQ
BS 216 371 RR3CF92JQ
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BS 548 548 RR3E541JQ
BS 549 793 RR3CF92JQ
BS 794 849 RR3AK44JQ
BS 850 910 RR3AV29TF
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BS 924 928 RR3AV29TF
BS 929 929 RR3AK44TF
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BS 1041 1085 RR3AV29TF
BS 1086 1153 RR3AK44TF

RD RR3CF92JQ 793 0 0
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ATTACAGACAAGATAAAGCAGGAAAAACATTAAAAGGCCGCAACTAAAATCGATTAAAAA
GAAGAAAAAACTCATCTCCTTGAAGTTGGATCACAACAAAAACTCATTCATGTCTTCAGA
GCTCTTAGAGTGGCTTACCGCTAATCTTGATGTCGTTTCTGATGGCTCCTTGGATCATCT
TAACGACGAACCACTGAGCAGCGATGATAAGAGGGATGAGTTTTTTTCCTTTGTCATCAG
AGTAAGAACCATCTACCATCTTCTTGTCCACATGAATTGCTTTCTTTTGATTTGTTGCTA
CATCGGTTATGACCTTAACCAAGTTCGGTATCCACGCTTCACCATTCGGTAATGCCTTTT
CTTCCTTGTCATTCTTGCTACATCTCCCACTGTTCTCCGCATATACAACCTCAATTGCAG
AATCCTCAAACTGTTGTTTACGCATCTTAGAACCAGCGCGGATAGTTTTGAGGAGAGAAT
CTGATCTATTGGAAGAGAAAGTTTCATAGGAAAGGTCATCGGGTGGGGAGAACTGAGCAT
GAGTCAAAACAAGCAAGGTTTTGCACCAAATCTCTTTGCCAAAGGTTTGGGTGATGGCTT
GAACAACTTGCTTATCTAGCTCATCCACTCTATACACATCCAGACGATCAACATACAGCA
ACACATCTATGGTTCTGTTCACAAGAAACCCTTTGATTAACTCGAGGGCTTGGTGATTGA
CATAACCAGCTTC

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3E541JQ 775 0 0
GGCCATTTC
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ACATGAAAAGGCCGCAACTAAAATCGATTAAAAAGAAGAAAAAACTCATCTCCTTGAAGT
TGGATCACAACAAAACCTCATTCATGTCTTCAGAGCTCTTAGAGTGGCTTACCGCTAATC
TTGATGTCATTTCTGATGGCTCCTTGGATCATCTTAACCACGAACCACTGAGCGGAAATG
ATAAGAGGGATGAGTTTCTTTCCTTTGTCATCAGAGTAAGATCCATCTACCATCTTCTTG
TCTACATGAATAGCTTTCTTCTGATTTGTTGCAACATCGGTTATGGCCTTAACCAAGTTC
GGGATCCACGCCTCACCATTCGGTAATGCCTTTTCTTCCTTGTCATTCTTGCTGCATCTC
CCACTGTTCTCCGCATAAACAACCTCAATTGCAGAATCCTCAAACTGTTGTTTACGCATC
TTAGAACCAGCGCGGATAGTTTTGAGGAGAGAATCTGATCTCTTTGAAGAGAAAGTCTCA
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AACCCTTTGATTAACTCGAGGGCTTGGTGATTGACGTAACCAGCTT

QA 10 775 10 775
DS 

RD RR3AK44JQ 823 0 0
AAAACAATTTTATTATTCGAACAAATATCCAAAAATTACAGACAAGATAAAGCAGGAAAA
ACATTAAAAGGCCGCAACTAAAATCGATTAAAAAGAAGAAAAAACTCATCTCCTTGAAGT
TGGATCACAACAAAACCTCATTCATGTCTTCAGAGCTCTTAGAGTGGCTTACCGCTAATC
TTGATGTCATTTCTGATGGCTCCTTGGATCATCTTAACGACGAACCACTGAGCAGCGATG
ATAAGAGGGATGAGTTTTTTTCCTTTGTCATCAGAGTAAGAACCATCTACCATCTTCTTG
TCCACATGAATTGCTTTCTTTTGATTTGTTGCTACATCGGTTATGGCCTTAACCAAGTTC
GGTATCCACGCTTCACCATTCGGTAATGCCTTTTCTTCCTTGTCATTCTTGCTACATCTC
CCACTGTTCTCCGCATATACAACCTCAATTGCAGAATCCTCAAACTGTTGTTTACGCATC
TTAAAACCAGCGCGGATAGTTTTGAGGAGAGAATCTGATCTCTTGGAAGAGAAAGTTTCA
TAGGAAAGGCCATCGGGTGGGGAGAACTGAGCATGAGTCAAAACAAGCAAGGTTTTGCAC
CAAATCTCTTTGCCAAAGGTTTGGGTGATGGCTTGAACAACTTGCTTATCTAGCTCATCC
ACTCTATACACATCCAGACGATCAACATACAGCAACACATCTATGGTTCTGTTCACAAGA
AACCCTTTGATTAACTCGAGGGCTTGGTGATTGACATAACCAGCTTCCACAAGACCAGGG
GTGTCAATGATGTTAATAGTGAAGCCTCCCATTGTTCTTGAAA

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR3AV29TF 709 0 0
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GCTGCATCTCCCACTGTTCTCCGCATAAACAACCTCAATTGCAGAATCCTCAAACTGTTG
TTTACGCATCTTAGAACCAGCGCGGATAGTTTTGAGGAGAGAATCTGATCTCTTGGAAGA
GAATGTTTCGTAGGAAAGGTCATCGGGTGGGGAGAATTGAGCATGAGTCAAAACAAGTAA
CGTTTTGCACCATATCTCTTTGCCAAAGGTTTGGGTGATAGCTTGAACAACTTGCTTATC
TAGCTCATCCACTCTATACACATCCAGACGATCAACATACAGGAACACATCTATGGTTCT
GTTCACAAGAAACCCTTTGATTAACTCGAGGGCTTGGTGATTGACGTAACCAGCTTCCAC
AAGGCCAGGGGTGTCAATGATGTTAATAGTGAACCCTCCCATTGTTCTTGAAACCATCAC
TGGCCTCAAACCTTCCGCCTGGAAAGGACTGACACGGACGACTTGTTCGCCGATTAAAGA
GTTGACAGTGGACGATTTTCCGACACCGCCTTTACCCATTACAACAACTGTCAGAGAGTT
CATGTCCTTTTGCTTCAATTTGGAGAAGAATTCAATTAACTTTTCTTGGGTTGCCGCTGG
AAACTGCTGAAACCCAACCCATTCACGAACAAGAGATCCCATCCCACGT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3AK44TF 735 0 0
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AGAATCCTCAAACTGTTGTTTACGCATCTTAGAACCAGCGCGGATAGTTTTGAGGAGAGA
ATCTGATCTCTTGGAAGAGAAAGTTTCATAGGAAAGGCCATCGGGTGGGGAGAACTGAGC
ATGAGTCAAAACAAGCAAGGTTTTGCACCAAATCTCTTTGCCAAAGGTTTGGGTGATGGC
TTGAACAACTTGCTTATCTAGCTCATCCACTCTATACACATCCAGACGATCAACATACAG
CAACACATCTATGGTTCTGTTCACAAGAAACCCTTTGATTAACTCGAGGGCTTGGTGATT
GACATAACCAGCTTCCACAAGACCAGGGGTGTCAATGATGTTAATAGTGAAGCCTCCCAT
TGTTCTTGAAACCATCACTGGCCTCAAACCTTCCGCCTGGAAAGGACTGACACGGACGAC
TTGTTCGCCGATAAGAGAGTTGACGGTGGATGATTTTCCGACACCGCCTTTACCCATTAC
AACAACTGTCAGAGAGTTCATGTCCTTTTGCTTCAATTTGGAGAAGAATTCAATTAACTT
TTCTTGGGTAGCCGCTGGAAATTGCTGAAACCCAACCCATTCACGAACAAGAGATCCCAT
CCCACGTTTGTTGTTTGGTGTGTGAGCTTTGTGAGGTTTTTAGGAGAAGAAAGCTGAAAG
CAAACTCCTATGTCC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3CF92TF 727 0 0
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TCAAACTGTTGTTTACGCATCTTAGAACCAGCGCGGATAGTTTTGAGGAGAGAATCTGAT
CTATTGGAAGAGAAAGTTTCATAGGAAAGGTCATCGGGTGGGGAGAACTGAGCATGAGTC
AAAACAAGCAAGGTTTTGCACCAAATCTCTTTGCCAAAGGTTTGGGTGATGGCTTGAACA
ACTTGCTTATCTAGCTCATCCACTCTATACACATCCAGACGATCAACATACAGCAACACA
TCTATGGTTCTGTTCACAAGAAACCCTTTGATTAACTCGAGGGCTTGGTGATTGACATAA
CCAGCTTCCACAAGACCAGGGGTGTCAATGATGTTAATAGTGAAGCCTCCCATTGTTCTT
GAAACCATCACTGGCCTCAAACCTTCCGCCTGGAAAGGACTGACACGGACAACTTGTTCG
CCGATAAGAGAGTTGACGGTGGATGATTTTCCGACACCGCCTTTACCCATTACAACAACT
GTCAGAGAGTTCATGTCCTTTTGCTTCAATTTGGAGAAGAATTCAATTAACTTTTCTTGG
GTAGCCGCTGGAAATTGCTGAAACCCAACCCATTCACGAACAAGAGATCCCATCCCACGT
TTGTTGTTTGGTGTGTGAGCTTTGTGAGGTTTTTAGGAGAAGAAAGCTGAAAGCAAACTC
CTAT
TCC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 2 7

CO CL450Contig1 732 2 13 U
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GGGAAAACAACAATGATAACAATAAAGGAAGGTCATGAATTGTTGTTTTGTAAAGATCCA
GAAGAGGAAGAAGACAAAGATCAAGCAGCTTTGAGGAACTTCAAGGTCTCATCAATGTGT
TTCTCAGGCTGGAACTGGTTGTTGTAGATGAGCTGAACGACACCGTTTTTGTCAAGAACA
TAAGTCTGCCTCCCTGGCAATGCCCCAAACAGATCTCCAGGCACTCCCCAATCTTTCCTC
ACCTTATTCCCTTCGTCACTCAACAATGTGTAAGGAAGCTTGTATTTGCTTGCAAAAGCC
TTGTGAGAAGCAGAATCATCACCACTTATGCCAATGACCTCTGCGACGGCCTTCTTGAAT
TTCTCATAAGAGTCTCTGAACGCACAAGCCTGCTTGGTGCAGCCAGGGGTTTCATCTGCA
GGGTAAAAATATAGAACAACAGGCTTCCCTTTATACTTCTTCAGGCTCACCGGCTTTCCG
TTTTGATCCTTTAGCGTGAAGTCTGGTGCAGTCTGCCCCTTGTTAACCTTAGCAAAGATA
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ATGGTGTTTCTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BL13JQ U 1
AF RR3AJ19JQ U 1
BS 1 37 RR3AJ19JQ
BS 38 38 RR3BL13JQ
BS 39 106 RR3AJ19JQ
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BS 109 135 RR3AJ19JQ
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BS 137 405 RR3AJ19JQ
BS 406 406 RR3BL13JQ
BS 407 521 RR3AJ19JQ
BS 522 522 RR3BL13JQ
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BS 531 531 RR3BL13JQ
BS 532 732 RR3AJ19JQ

RD RR3BL13JQ 698 0 0
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GGGAAAACAGCAATGATAACAATAAAGGAAGGTCATGAATTGTTGTTTTGTAAAGATCCA
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GAGCTTTTGAAAGAACAGGGAGAGTAGAGGGGAGAGAGAGAGGTGGAGGGAGAGAGTCTG
AGACCAAAGAAGTTAGATTCTGATGATTTTGTGGGAGC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3AJ19JQ 732 0 0
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GGGAAAACAACAATGATAACAATAAAGGAAGGTCATGAATTGTTGT**TGTAAAGATCCA
GAAGAGGAAGAAGACGAAGATCAAGCAGCTTTGAGGAACTTCAAGGTCTCATCAATGTGT
TTCTCAGGCTGGAACTGGTTGTTGTAGATGAGCTGAACGACACCGTTTTTGTCAAGAACA
TAAGTCTGCCTCCCTGGCAATGCCCCAAACAGATCTCCAGGCACTCCCCAATCTTTCCTC
ACCTTATTCCCTTCGTCACTCAACAATGTGTAAGGAAGCTTGTATTTGCTTGCAAAAGCC
TTGTGAGAAGCAGAATCATCACCACTTATGCCAATGACCTCTGCGCCGGCCTTCTTGAAT
TTCTCATAAGAGTCTCTGAACGCACAAGCCTGCTTGGTGCAGCCAGGGGTTTCATCTGCA
GGGTAAAAATATAGAACAACAGGCTTCCCTTTATACTTCTTTAGGCTCACTGGCTTTCCG
TTTTGATCCTTTAGCGTGAAGTCTGGTGCAGTCTGCCCCTTGTTAACCTTAGCAAAGATA
GAGCTTTTGAAAGAACAGGGAGAGTAGAGGGGAGAGAGAGAGGTGGAGGGAGAGAGTCTG
AGACCAAAGAAGTTAGATTCTGATGATTTTGTGGGAACTGGAAACTGGGTTTTGGTGAGA
ATGGTGTTTCTC

QA 1 732 1 732
DS 



CO CL450Contig2 888 5 4 U
GGGCGTGAACCTAGTGGCAGACGTCTTTGATAGAGAGAACAAAAAAAAAAATATGGCTTC
TTCTTCTTGTTCTACATTTTTCACTTTCTCTAGTCAGACCACACTGCACTCTCTTCCTCA
GAGAAACACCATTCTCACCAAAACCCAATTTCCAGCTCCCACAAAATCATCAGAATCTAA
CTTCTTTGGTCTCAGACTCTCTCCCTCCACCTCTCTCGCCCCCCTCTACTCTCCCGGTTC
TTTCAAAAGCTCAATCTTTGCTAAGGTAAACAAGGGGCAGAGTGCACCAGACTTCACACT
AAAGGATCAAAACGGAAAGCCGGTGAGCCTCAAGAAGTATAAAGGGAAGCCTGTTGTTCT
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CTCTTATGAGAAATTCAAGAAGGCCGGCGCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGATGATTC
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TTGCTGTTTTCCCAATGACTCCAATTCAAAACACCAAACTTGATAAAAACAAAATATAAG
AGTTTAATTTCACAAAAATTTCTAAATTACAGTTAAGTCTTCTAAATT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
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TATCTTTGCTAAGGTTAACAAGGGGCAGACTGCACCAGACTTCACGCTAAAGGATCAAAA
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G
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AAA

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GCGCAGAGGTCATTGGCATAAGTGGTGATGATTCTGCTTCTCACAAGGCTTTTGCAAGCA
AATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGGTGAGGAAAGATTGGG
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AGCAAATACAAGCTTCCATACACATTGTTGAGTGACGAAGGGAATAAGGTGAGGAAAGAT
TGGGGAGTGCCTGGAGATCTGTTTGGGGCATTGCCAGGGAGGCAGACTTATGTTCTTGAC
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GAGACCTTGAAGTTCCTCAAAGCTGCTTGATCCCTTGTCGTCTTCCTCTTCTGCATCTTT
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AATTCAAAACACCAAACTTGATAAAAACAAAATATAAGAGTTTAATTTC
AT

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DS 



AS 1 8

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TGTCTGTCTTCTTACGCGGAGGAATCGCCGGAGGATTTCTTATCCGTAGTCGTGACACCT
CAGCCGTCATCACAAAACAACGACGAATCTCATCCGTTGGAGCCGTAACAGGACCAAGCG
TCAATCCAACGGCAGCCATTGAACAACGTGCCACATGGCTACCTGGTCTCGAACCTCCAC
CTTACCTCGACGGAAAGTTAGCTGGAGACTACGGGTTCGACCCACTCGGGTTAGGAGAAG
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GTACAACAAATCTAACCACTCTTTTTAACATTAATCAT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 10 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D143TF U 1
AF RR3DG06TF U 85
AF RR3AF20TF U 76
AF RR3D166TF U 86
AF RR3EG02TF U 68
AF RR3EG02JQ C 228
AF RR3D143JQ C 460
AF RR3AF20JQ C 422
BS 1 91 RR3D143TF
BS 92 92 RR3EG02TF
BS 93 99 RR3D143TF
BS 100 100 RR3AF20TF
BS 101 148 RR3D143TF
BS 149 149 RR3EG02TF
BS 150 165 RR3D143TF
BS 166 166 RR3EG02TF
BS 167 303 RR3D143TF
BS 304 304 RR3EG02TF
BS 305 337 RR3D143TF
BS 338 338 RR3EG02TF
BS 339 343 RR3D143TF
BS 344 344 RR3EG02TF
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BS 417 574 RR3D143TF
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BS 576 615 RR3D143TF
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BS 651 706 RR3EG02TF
BS 707 707 RR3AF20TF
BS 708 724 RR3EG02TF
BS 725 725 RR3AF20TF
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BS 745 861 RR3EG02TF
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BS 863 865 RR3EG02TF
BS 866 866 RR3EG02JQ
BS 867 893 RR3EG02TF
BS 894 998 RR3EG02JQ

RD RR3D143TF 615 0 0
TTTTTTAAATTTTATTATTTTCTGTGGACAATGTACTTTAGCTTCTTCACCCTCTGATTG
GAGATAACAGTGTCAGAGCCGAAACAACGTAACCAAAAA*AAAAAAAAAACAGAGCAAAA
TGTCTGTCTTCTTACGCGGAGGAATCGCGGGAGGATTTCTTATCCATAGTCGTGACACCT
CAGCCGTCATCACAAAACAACGACGAATCTCATCCGTTGGAGCCGTAACAGGACCAAGCG
TCAATCCAACGGCAGCCATTGAACAACGTGCCACATGGCTACCTGGTCTCGAACCTCCAC
CTTGCCTCGACGGAAAGTTAGCTGGAGACTACGGGTTTGACCCGCTCGGGTTAGGAGAAG
ATCCGAAAAGCTTGAAATGGTATGTTCAAGCAGAGCTTGTCCATGCTCGTTTCGCTATGC
TTGGTGTTGCCGGAATACTCTTCACGGATCTACTTCGTACCACAGGGATTAGCAACTTAC
CGATTTGGTACGAAGCTGGAGCAACGAAATTTGATTTTGCCAGCACAAAAACTCTCATTG
TTGTACAGTTTCTACTTATGGGGTTTGCTGAGACAAAAAGGTATATGGACTTCGTCTCAC
CAGGATCTCAAGCCG

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3DG06TF 611 0 0
GG
ACGTAGCCAAAAAGAAAAAAAAA*CAGCG*AAAATGTCTGTCTTCTTACGCGGAGGAATC
GCCGGAGGATTTCTTATCCGTAGTCGTGACACCTCAGCCGTCATCACAAAACAACGACGA
ATCTCATCCGTTGGAGCCGTAACAGGACCAAGCGTCAATCCAACGGCAGCCATTGAACAA
CGTGCCACATGGCTACCTGGTCTCGAACCTCCACCTTACCTCGACGGAAAGTTAGCTGGA
GACTACGGGTTCGACCCACTCGGGTTAGGAGAAGATCCGAAAAGCTTGAAATGGTATGTT
CAAGCAGAGCTTGTCCATGCTCGTTTCGCCATGCTTGGTGTTGCCGGAATACTCTTCACG
GATCTACTTCGTACCACAGGGATTAGCAACTTACCGATTTGGTACGAAGCTGGAGCAACG
AAATTTGATTTTGCCAGCACAAAAACTCTCATTGTTGTACAGTTTCTACTTATGGGGTTT
GCTGAGACCAAAAGGTATATGGACTTCGTCTCACCAGGATCTCAAGCCGCAGAAGGATCT
TTCTTTGGACTTGATGAAGCTCTGGAAGGGCTCGAGCCCGGATATCCTGGAGGGCCGCTC
TTGAATCCA

QA 3 611 3 611
DS 

RD RR3AF20TF 704 0 0
GG
GCCGAAACAACGTAGCCAAAAAAAAAAAAAAAACAGAGCAAAATGTCTGTCTTCTTACGC
GGAGGAATCGCCGGAGGATTTCTTATCCGTAGTCGTGACACCTCAGCCGTCATCACAAAA
CAACGACGAATCTCATCCGTTGGAGCCGTAACAGGACCAAGCGTCAATCCAACGGCAGCC
ATTGAACAACGTGCCACATGGCTACCTGGTCTCGAACCTCCACCTTACCTCGACGGAAAG
TTAGCTGGAGACTACGGGTTTGACCCGCTCGGGTTAGGAGAAGATCCGAAAAGCTTGAAA
TGGTATGTTCAAGCAGAGCTTGTCCATGCTCGTTTCGCTATGCTTGGTGTTGCCGGAATA
CTCTTCACGGATCTACTTCGTACCACAGGGATTAGCAACTTACCGATTTGGTACGAAGCT
GGAGCAACGAAATTTGATTTTGCCAGCACAAAGACTCTCATTGTTGTACAGTTTCTACTC
ATGGGGTTTGCTGAGACCAAAAGGTATATGGACTTCGTCTCACCAGGATCTCAAGCCGCA
GAAGGTTCTTTCTTTGGACTTGAAGCAGCACTCGAAGGGCTCGAGCCCGGATATCCTGGA
GGACCGCTCTTGAATCCACTAGGACTTGCGAAGGATATCAAGAACGCAAATGACTGGAAG
CTTAAG*AGATCAAGAATGGTCGTCTAGCAATGATGGCGATG

QA 3 704 3 704
DS 

RD RR3D166TF 694 0 0
GGAACGTAGCC
AAAAAAAAAAAAAACAGAGCAAAATGTCTGTCTTCTTACGCGGAGGAATCGCCGGAGGAT
TTCTTATCCGTAGTCGTGACACCTCAGCCGTCATCACAAAACAACGACGAATCTCATCCG
TTGGAGCCGTAACAGGACCAAGCGTCAATCCAACGGCAGCCATTGAACAACGTGCCACAT
GGCTACCTGGTCTCGAACCTCCACCTTACCTCGACGGAAAGTTAGCTGGAGACTACGGGT
TTGACCCGCTCGGGTTAGGAGAAGATCCGAAAAGCTTGAAATGGTATGTTCAAGCAGAGC
TTGTCCATGCTCGTTTCGCTATGCTTGGTGTTGCCGGAATACTCTTCACGGATCTACTTC
GTACCACAGGGATTAGCAACTTACCGATTTGGTACGAAGCTGGAGCAACGAAATTTGATT
TTGCCAGCACAAAGACTCTCATTGTTGTACAGTTTCTACTCATGGGGTTTGCTGAGACCA
AAAGGTATATGGACTTCGTCTCACCAGGATCTCAAGCCGCAGAAGGTTCTTTCTTTGGAC
TTGAAGCAGCACTCGAAGGGCTCGAGCCCGGATATCCTGGAGGACCGCTCTTGAATCCAC
TAGGACTTGCGAAGGATATCAAGAACGCAAATGACTGGAAGCTTAAGGAGATCAAGAATG
GTCGTCTAGCA*TGATGGCGATG

QA 12 694 12 694
DS 

RD RR3EG02TF 829 0 0
GG
GTGTCAGAGCCGAAACAACGTAGCCAAAAAGAAAAAAAAAACAGCG*AAAATGTCTGTCT
TCTTACGCGGAGGAATCGCCGGAGGATTTCTTATCCGTAGTCGTGACACCTCAGCCGTCA
TCACAAAACAACGACGAATCTCATCCGTTGGAGCCGTAACAGGACCAAGCGTCAATCCAA
CGGCAGCCATTGAACAACGTGCCACATGGCTACCTGGTCTCGAACCTCCACCTTACCTCG
ACGGAAAGTTAGCTGGAGACTACGGGTTCGACCCACTCGGGTTAGGAGAAGATCCGAAAA
GCTTGAAATGGTATGTTCAAGCAGAGCTTGTCCATGCTCGTTTCGCCATGCTTGGTGTTG
CCGGAATACTCTTCACGGATCTACTTCGTACCACAGGGATTAGCAACTTACCGATTTGGT
ACGAAGCTGGAGCAACGAAATTTGATTTTGCCAGCACAAAAACTCTCATTGTTGTACAGT
TTCTACTTATGGGGTTTGCTGAGACCAAAAGGTATATGGACTTCGTCTCACCAGGATCTC
AAGCCGCAGAAGGATCTTTCTTTGGACTTGAAGAAGCTCTGGAAGGGCTCGAGCCCGGAT
ATCCTGGAGGGCCGCTCTTGAATCCACTAGGACTTGCTAAGGATATCAAGAACGCTAATG
ACTGGAAGCTTAAG*AGATCAAGAATGGTCGTCTAGCAATGATGGCGATGCTAGGGTTCT
TCGTCCAAGCCTCTGTGACTCACACTGGTCCTATCGATAACCTTGTCGAGCATCTCTCTA
CTCCGTGGCATA*GAC*ATCATTCAAACCCTCTTCACCTCTGCT
CTA

QA 3 826 3 826
DS 

RD RR3EG02JQ 771 0 0
ACAGGACCAAGCGTCAATCCAACGGCAGCCATTGAACAACGTGCCACATGGCTACCTGGT
CTCGAACCTCCACCTTACCTCGACGGAAAGTTAGCTGGAGACTACGGGTTCGACCCACTC
GGGTTAGGAGAAGATCCGAAAAGCTTGAAATGGTATGTTCAAGCAGAGCTTGTCCATGCT
CGTTTCGCCATGCTTGGTGTTGCCGGAATACTCTTCACGGATCTACTTCGTACCACAGGG
ATTAGCAACTTACCGATTTGGTACGAAGCTGGAGCAACGAAATTTGATTTTGCCAGCACA
AAAACTCTCATTGTTGTACAGTTTCTACTTATGGGGTTTGCTGAGACCAAAAGGTATATG
GACTTCGTCTCACCAGGATCTCAAGCCGCAGAAGGATCTTTCTTTGGACTTGAAGAAGCT
CTGGAAGGGCTCGAGCCCGGATATCCTGGAGGGCCGCTCTTGAATCCACTAGGACTTGCT
AAGGATATCAAGAACGCTAATGACTGGAAGCTTAAGGAGATCAAGAATGGTCGTCTAGCA
ATGATGGCGATGCTAGGGTTCTTCGTCCAAGCCTCTGTGACTCACACTGGTCCTATCGAT
AACCTTGTCGAGCATCTCTCTACTCCGTGGCATAAGACCATCATTCAAACCCTCTTCACC
TCTGCTTCTTAGTTACATTTCATGTAGCAAATTCAATATACTGCTGGAGAAGTGTATCAA
TTACCTTTAAAAAGTACAACAAATCTAACCACTCTTTTTAACATTAATCAT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3D143JQ 533 0 0
CCACAGGGATTAGCAACTTACCGATTTGGTACGAAGCTGGAGCAACGAAATTTGATTTTG
CCAGCACAAAAACTCTCATTGTTGTACAGTTTCTACTTATGGGGTTTGCTGAGACAAAAA
GGTATATGGACTTCGTCTCACCAGGATCTCAAGCCGCAGAAGGATCTTTCTTTGGACTTG
AAGCAGCACTCGAAGGGCTCGAGCCCGGATATCCTGGAGGGCCGCTCTTGAATCCACTAG
GACTTGCTAAGGATATCAAGAACGCTAATGACTGGAAGCTTAAGGAGATCAAGAATGGTC
GTCTAGCAATGATGGCGATGCTAGGGTTCTTTGTTCAAGCCTCTGTGACTCACACTGGTC
CTATCGATAACCTTGTCGAGCATCTCTCTAATCCGTGGCATAAGACCATCATCCAAACCC
TCTTCACCTCTGCTTCTTAGTTACATTTCATGTAGCAAATTCAATATA*TGCTGGAGAAG
TGCATCAATTACCTTTAAAAAGTACAACAAATCTAACCACTCTTTTTAAC
ATT

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR3AF20JQ 568 0 0
TGGTGTTGCCGGAATACTTTTCACGGATTTACTTCGTACCACAGGGATTAGCAACTTACC
GATTTGGTAGGAAGCTGGAGCAACGAAATTTGATTTTGCCAGCACAAAGACTCTCATTGT
TGTACAGTTTCTACTCATGGGGTTTGCTGAGACCAAAAGGTATATGGACTTCGTCTCACC
AGGATCTCAAGCCGCAGAAGGTTCTTTCTTTGGACTTGAAGCAGCACTCGAAGGGCTCGA
GCCCGGATATCCTGGAGGACCGCTCTTGAATCCACTAGGACTTGCGAAGGATATCAAGAA
CGCAAATGACTGGAAGCTTAAGGAGATCAAGAATGGTCGTCTAGCAATGATGGCGATGTT
AGGGTTCTTTGTTCAAGCCTTTGCGACTCACACTGGTCCTATCGATAACCTTGTCGAGCA
TCTCTTTAATCCGTGGCATAAGACCATCATTCAAACCCTCTTCACCTCTGCTTTTTAGTT
ACATTTCATGTAGCAAATTCAATATACTGCCGGAGAAGTGTATCAATTACCTTTAAAAAG
TACAACAAATCTAACCACTCTTTTTAAC

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 9

CO CL452Contig1 677 9 9 U
GGATCTCACACACAAACACTTCGTACAATATATCAAAAGCTTTGGAGAAACATTAAGAAG
TCAAAAGAAATCACACGAAATATATATCAACTTAAAAGCCAAAGCAGAAGCAATGTCACA
AGTCTATCTAAAATTGTCATTGTTAGGCCTTTTGGTGATGGCCGTCGTGACTCCATCGGC
GAACGCGATAAGGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCCGAACGTTCAGAC
CAACATGGAAGTTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTAGAACAATTCAATCTAGAGGAACA
GAGCGAGAAAGGAAACGTAGCTTCGATTGCGAAAAGAGAAACGGCCGTGTCGAGTCCGTT
GACATTTAGCCGAGTTGTGTCAGCTCAGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCT
AAGGATTGAAGTGACTCAAACTGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGT
TCAACCATGGCTTCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTT
CTAAAAGTTCCCTTTTTTTTCGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAA
CAATGTGTTAGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAG
ACTTGTTGGAGAACCAT


BQ
40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 35 35 35 35 10 10 

AF RR3BQ39JQ C 12
AF RR3AU10JQ C 1
AF RR3BQ39TF U 1
AF RR3B282JQ C 8
AF RR3B282TF U 8
AF RR3B059JQ C 1
AF RR3B059TF U 1
AF RR3AU10TF U 1
AF RR3B035TF U 1
BS 1 24 RR3BQ39TF
BS 25 25 RR3B282TF
BS 26 637 RR3BQ39TF
BS 638 638 RR3B282TF
BS 639 653 RR3BQ39TF
BS 654 654 RR3B282TF
BS 655 671 RR3BQ39TF
BS 672 675 RR3B282TF
BS 676 677 RR3AU10JQ

RD RR3BQ39JQ 445 0 0
ACAAACACTTCGTGCAATATATCAAAAGCTTTGGAGAAACATTAAGAAGTCAAAAGAAAT
CACACGAAATATATATCAACTTAAAAGCCAAAGCAGAAGCAATGTCACAAGTCTATCTAA
AATTGTCATTGTTAGGCCTTTTGGTGATGGCCGTCGTGACTCCATCGGCGAACGCGATAA
GGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCCGAACGTTCAGACCAACATGGAAG
TTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTAGAACAATTCAATCTAGAGGAACAGAGCGAGAAAG
GAAACGTAGCTTCGATTGCGAAAAGAGAAACGGCCGTGTCGAGTCCGTTGACATTTAGCC
GAGTTGTGTCAGCTCAGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCTAAGGATTGAAG
TGACTCAAACTGATGGCACGAGC
CG

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR3AU10JQ 677 0 0
GGATCTCACACACAAACACTTCGTACAATATATCAAAAGCTTTGGAGAAACATTAAGAAG
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AGTCTATCTAAAATTGTCATTGTTAGGCCTTTTGGTGATGGCCGTCGTGACTCCATCGGC
GAACGCGATAAGGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCCGAACGTTCAGAC
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GACATTTAGCCGAGTTGTGTCAGCTCAGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCT
AAGGATTGAAGTGACTCAAACTGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGT
TCAACCATGGCTTCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTT
CTAAAAGTTCCCTTTTTTTTCGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAA
CAATGTGTTAGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAG
ACTTGTTGGAGAACCAT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3BQ39TF 671 0 0
GGATCTCACACACAAACACTTCGTGCAATATATCAAAAGCTTTGGAGAAACATTAAGAAG
TCAAAAGAAATCACACGAAATATATATCAACTTAAAAGCCAAAGCAGAAGCAATGTCACA
AGTCTATCTAAAATTGTCATTGTTAGGCCTTTTGGTGATGGCCGTCGTGACTCCATCGGC
GAACGCGATAAGGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCCGAACGTTCAGAC
CAACATGGAAGTTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTAGAACAATTCAATCTAGAGGAACA
GAGCGAGAAAGGAAACGTAGCTTCGATTGCGAAAAGAGAAACGGCCGTGTCGAGTCCGTT
GACATTTAGCCGAGTTGTGTCAGCTCAGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCT
AAGGATTGAAGTGACTCAAACTGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGT
TCAACCATGGCTTCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTT
CTAAAAGTTCCCTTTTTTTTCGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAA
CAATGTGTTAGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTGCGTTCATAAATAAAA*CAAAAG
ACTTGTTGGAG

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3B282JQ 668 0 0
GG
ACACAAACACTTCGTACAATATATCAAAAGCTTTGGAGAAACATTAAGAAGTCAAAAGAA
ATCACACGAAATATATATCAACTTAAAAGCCAAAGCAGAAGCAATGTCACAAGTCTATCT
AAAATTGTCATTGTTAGGCCTTTTGGTGATGGCCGTCGTGACTCCATCGGCGAACGCGAT
AAGGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCTGAACGTTCAGACCAACATGGA
AGTTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTAGAACAATTCAATCTAGAGGAACAGAGCGAGAA
AGGAAACGTAGCTTCGATTGCGAAAAGAGAAACGGCCGTGTCGAGTCCGTTGACATTTAG
CCGAGTTGTGTCAGCTCAGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCTAAGGATTGA
AGTGACTCAAACTGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGTTCAACCATG
GCTTCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTTCTAAAAGTT
CCCTTTTTTTTCGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAACAATGTGTT
AGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAGACTTGTCGG
AGAACC

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR3B282TF 668 0 0
GG
ACACAAACACTTCGTACAATATATCAAAAGCTTTGGAGAAACATTAAGAAGTCAAAAGAA
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AGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAGACTTGTCGG
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QA 3 668 3 668
DS 

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CAATGTGTTAGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAG
ACTTGTTGGAG

QA 1 671 1 671
DS 

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CTAAAAGTTCCCTTTTTTTTCGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAA
CAATGTGTTAGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAG
ACTTGTTGGAG

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3AU10TF 677 0 0
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CTAAAAGTTCCCTTTTTTTTCGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAA
CAATGTGTTAGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAG
ACTTGTTGGAGAACC
AT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3B035TF 675 0 0
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TCAAAAGAAATCACACGAAATATATATCAACTTAAAAGCCAAAGCAGAAGCAATGTCACA
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GAACGCGATAAGGAAGTCCATCCTTGTCGGAGGGAAGTCGGATGTTCCGAACGTTCAGAC
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GACATTTAGCCGAGTTGTGTCAGCTCAGCAACAGGTCGTGGCTGGTCTTAAATACTATCT
AAGGATTGAAGTGACTCAAACTGATGGCACGAGCAGGATGTTCGACTCTATTGTGGTTGT
TCAACCATGGCTTCATTCTAAGAAGTTGCTCGGTTTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTT
CTAAAAGTTCCCTTTTTTTTCGAGAAAAGACTCGAGAGGTGTATGATATGAAGCTATTAA
CAATGTGTTAGTGGCTAGTTTTGTAATATGATGTTTTACGTTCATAAATAAAAACAAAAG
ACTTGTTGGAGAACC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 8

CO CL453Contig1 1074 8 6 U
CGAATCATCCACGAGAATATCTTCTCCCTTTTTGCATTTTTATTTAAAACTAATAAAAAC
AAAAAGTAGAAGAGCTAAAAATTATAAAATACACACCATATTTCTATATATACATATACA
TATAAGGTAAATATTTTTTGCTCATTCTAAACTGTTTAACTATATTATTTCTTAATTTAA
AAAAAAAACTGGTTATGTGAAGAAGATGTTGAGTGATCATCAATCAAACACACAAGTACT
TATTGAAGCATAACAGTTTTATTCCAAACTTCGGTCTTAAATCTTAAGTAGTCTTTTGCT
CACACAAGGCGTCTGCATAGAGTGAGACCATCTCCAACGGAGATCTGAGAGATTTCTACT
CGAGGATCCAAAGCCAATTTCTTATTAAATTCTATAACAGCCGCTCTTGATTCCCTCATA
AACTCAGGAACGTTCTCTTCTTCCTCAACCACAAAACTAAACCACAAGGTGTTGTCGAAT
GCAATGATTCCTCCAACCTTCACCAATTTCAGAAATCTCTCAAGGAAGTTCACGTAGTTT
GGCTTGTCAGCGTCAGCAAATATGAAATCAAACTCCTCATT***GTCGTTAACCAATTTG
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TTCATAAACTCTAATCCCACTTCATAGGCTTCCTTGTCAATATCTATTGCAGTAATGCGA
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TGAGGAGTATTGAGGTGTCTTTGTAATAAAGAGAGATGTTATACTTTGGTCCGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3FX76JQ U 158
AF RR3GR08JQ U 1
AF RR3GR08TF C 1
AF RR3A519JQ U 187
AF RR3FL40JQ U 264
AF RR3FX76TF C 291
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BS 1 581 RR3GR08JQ
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BS 972 1074 RR3FX76TF

RD RR3FX76JQ 351 0 0
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TAAACCACAAGGGGTTGTCGAATGCAATGATTCCTCCAACCTTCACCAATT

QA 1 351 1 351
DS 

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GGCTTGTCAGCGTCAGCAAATATGAAATCAAACTCCTCATTCTTGTCGTTAACCAATTTG
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TTCATAAACTCTAATCCC
C

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3GR08TF 679 0 0
CGAATCATCCACGAGAATATCTTCTCCCTTTTTGCATTTTTATTTAAAACTAATAAAAAC
AAAAAGTAGAAGAGCTAAAAATTATAAAATACACACCATATTTCTATATATACATATACA
TATAAGGTAAATATTTTTTGCTCATTCTAAACTGTTTAACTATATTATTTCTTAATTTAA
AAAAAAAACTGGTTATGTGAAGAAGATGTTGAGTGATCATCAATCAAACACACAAGTACT
TATTGAAGCATAACAGTTTTATTCCAAACTTCGGTCTTAAATCTTAAGTAGTCTTTTGCT
CACACAAGGCGTCTGCATAGAGTGAGACCATCTCCAACGGAGATCTGAGAGATTTCTACT
CGAGGATCCAAAGCCAATTTCTTATTAAATTCTATAACAGCCGCTCTTGATTCCCTCATA
AACTCAGGAACGTTCTCTTCTTCCTCAACCACAAAACTAAACCACAAGGTGTTGTCGAAT
GCAATGATTCCTCCAACCTTCACCAATTTCAGAAATCTCTCAAGGAAGTTCACGTAGTTT
GGCTTGTCAGCGTCAGCAAATATGAAATCAAACTCCTCATTCTTGTCGTTAACCAATTTG
TCTAAGACCTCCAGACCATCGCAATAGATGAAATTGATCTTGTGATCAACACCTGCTTTC
TTCATAAACTCTAATCCC
C

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3A519JQ 782 0 0
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AGCATAACAGTTTTATTCCAAACTTCGGTCTTAAATCTTAAGCAGTCTTTTGCTCACACA
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TCCAAAGCCAATTTCTTATTAAATTCTATAACAGCCGCTCTTGATTCCCTCATAAACTCA
GGAACGTTCTCTTCTTCCTCAACCACAAAACTAAACCACAAGGTGTTGTCGAATGCAATG
ATTCCTCCAACCTTCACCAATTTCAGAAATCTCTCAAGGAAGTTCACGTAGTTTGGCTTG
TCAGCGTCAGCAAATATGAAATCAAACTCCTCATTCTTGTCGTTAACCAATTTGTCTAAG
AC*TCCAGACCATCGCAATAGATGAAATTGATCTTGTGATCAACACCTGCTTTCTTCATA
AACTCTAATCCCACTTCATAGGCTTCCTTGTCAATATCTATTGCAGTAATGCGACCATCT
TCAGGCAAAGCAAGGGCCGTGGTGAGAAGAGAGTAACCAGTGAAAACACCAAGCTCAAGA
GTGTTCTTAGCGTTTATGATCTTTAAAAGCATCGATAGAAAAATGCCCTCATCAACTGGA
ATAACC*ATTTCGATTAAGTTGCCAAATTTCTCTTCTGTGACTTTCCGAAGCTCCTTGAG
CAGCTCATGTTCTCTTGGATACGCTGACGTTTCCAAGATATACTGTCTCAGAGCTTCGCT
CT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3FL40JQ 708 0 0
CCAAACTTCGGTCTTAAATCTTAAGTAGTCTTTTGCTCACACAAGGCGTCTGCATAGAGT
GAGACCATCTCCAACGGAGATCTGAGAGATTTCTACTCGAGGATCCAAAGCCAATTTCTT
ATTAAATTCTATAACAGCCGCTCTTGATTCCCTCATAAACTCAGGAACGTTCTCTTCTTC
CTCAACCACAAAACTAAACCACAAGGTGTTGTCGAATGCAATGATTCCTCCAACCTTCAC
CAATTTCAGAAATCTCTCAAGGAAGTTCACGTAGTTTGGCTTGTCAGCGTCAGCAAATAT
GAAATCAAACTCCTCATT***GTCGTTAACCAATTTGTCTAAGACCTCCAGACCATCGCA
ATAGATGAAATTGATCTTGTGATCAACACCTGCTTTCTTCATAAACTCTAATCCCACTTC
ATAGGCTTCCTTGTCAATATCTATTGCAGTAATGCGACCATCTTCAGGCAAAGCAAGGGC
CGTGGTGAGAAGAGAGTAACCAGTGAAAACACCAAGCTCAAGAGTGTTCTTAGCGTTTAT
GATCTTTAAAAGCATCGATAGAAAAATGCCCTCATCAACTGGAATAACC*ATCTCGATTA
AGTTGCCAAATTTCTCTTCTGTGACTTTCCGAAGCTCCTTGAGCAGCTCATGTTCTCTTG
GATACGCTGACGTTTCCAAGATATACTGTCTCAGAGCTTCGCTCTTGA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3FX76TF 784 0 0
AGTC
TTTGCTCACACAAGGCGTCTGCATAGAGTGAGACCATCTCCAACGGAGATCTGAGAGATT
*CTACTCGAGGATCCAAAGCCAATTTCTTATTAAATTCTATAACAGCCGCTCTTGATTCC
CTCATAAACTCAGGAACGTTCTCTTCTTCCTCAACCACAAAACTAAACCACAAGGTGTTG
TCGAATGCAATGATTCCTCCAACCTTCACCAATTTCAGAAATCTCTCAAGGAAGTTCACG
TAGTTTGGCTTGTCAGCGTCAGCAAATATGAAATCAAACTCCTCATT***GTCGTTAACC
AATTTGTCTAAGACCTCCAGACCATCGCAATAGATGAAATTGATCTCGTGATCAACACCT
GCTTTCTTCATAAACTCTAATCCCACTTCATAGGCTTCCTTGTCAATATCTATTGCAGTA
ATGCGACCATCTTCAGGCAAAGCAAGGGCCGTGGTGAGAAGAGAGTAACCAGTGAAAACA
CCAAGCTCAAGAGTGTTCTTAGCGTTTATGATCTTTAAAAGCATCGATAGAAAAATGCCC
TCATCAACTGGAATAACCTATTTCGATTAAGTTGCCAAATTTCTCTTCTGTGACTTTCCG
AAGCTCCTTGAGCAGCTCATGTTCTCTTGGATACGCTGACGTTTCCAAGATATACTGTCT
CAGAGCTTCGCTCTTGAGGATCCCTTTGGGAGGTAGTTCATCCGCCATCTCTCAGTCTGG
CGATTGTGAGGAGTATTGAGGTGTCTTTGTAATAAAGAGAGATGTTATACTTTGGTCCGC

QA 5 784 5 784
DS 

RD RR3FL40TF 655 0 0
TAAACTCAGGAACGTTCTCTTCTTCCTCAACCACAAAACTAAACCACAAGGTGTTGTCGA
ATGCAATGATTCCTCCAACCTTCACCAATTTCAGAAATCTCTCAAGGAAGTTCACGTAGT
TTGGCTTGTCAGCGTCAGCAAATATGAAATCAAACTCCTCATT***GTCGTTAACCAATT
TGTCTAAGACCTCCAGACCATCGCAATAGATGAAATTGATCTTGTGATCAACACCTGCTT
TCTTCATAAACTCTAATCCCACTTCATAGGCTTCCTTGTCAATATCTATTGCAGTAATGC
GACCATCTTCAGGCAAAGCAAGGGCCGTGGTGAGAAGAGAGTAACCAGTGAAAACACCAA
GCTCAAGAGTGTTCTTAGCGTTTATGATCTTTAAAAGCATCGATAGAAAAATGCCCTCAT
CAACTGGAATAACC*ATCTCGATTAAGTTGCCAAATTTCTCTTCTGTGACTTTCCGAAGC
TCCTTGAGCAGCTCATGTTCTCTTGGATACGCTGACGTTTCCAAGATATACTGTCTCAGA
GCTTCGCTCTTGAGGATCCCTTTGGGAGGTAGTTCATCCGCCATCTCTCAGTCTGGCGAT
TGTGAGGAGTATTGAGGTGTCTTTGTAATAAAGAGAGATGTTATACTTTGGTCC
C

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3F533TF 603 0 0
CCACAAGGTGTTGTCGAATGCAATGATTCCTCCAACTTTCACCAATTTCAGAAATCTCTC
AAGGAAGTTCACGTAGTTTGGCTTGTCAGCGTCAGCAAATATGAAATCAAACTCCTCATT
***GTCGTTAACCAATTTGTCTAAGACCTCCAGACCATCGCAATAGATGAAATTGATCTT
GTGATCAACACCTGCTTTCTTCATAAACTCTAATCCCACTTCATAGGCTTCCTTGTCAAT
ATCTATTGCAGTAATGCGACCATCTTCAGGCAAAGCAAGGGCCGTGGTGAGAAGAGAGTA
ACCAGTGAAAACACCAAGCTCAAGAGTGTTCTTAGCGTTTGTGATCTTTAAAAGCATCGA
TAGAAAAATGCCCTCATCAACTGGAATAACC*ATTTCGATTAAGTTGCCAAATTTCTCTT
CTGTGACTTTCCGAAGCTCCTTGAGCAGCTCATGTTCTCTTGGATACGCTGACGTTTCCA
AGATATACTGTCTCAGAGCTTCGCTCTTGAGGATCCCTTTGGGAGGTAGTTCATCCGCCA
TCTCTCAGTCTGGCGATTGTGAGGAGTATTGAGGTGTCTTTGTAATAAAGAGAGATGTTA
T
CC

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 8

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TTTCTTCAAAATAAGCAAT***TACTACAAAAGAGATAATTGATTCCCAATATATTTTAC
TGTATTTCTCTAGAAAACCATAGAAACACGTAAGAGAAACTTGATAGATGTTTTAAAGGG
CTTCTTGAAGAGTTCCTGCTTCACCTGCCATTTAAGCATTGGAAACTCTGATATTATCAT
CAGTCCGTGAGGCTGAAGATGAATATTTGTGGTATCTATCTAATTGCTCAAAGTTGAAGA
CAAGTAGAAGTTCCAAAACACAGAACCCATTGACATGAAAGCTACACGAGCTTGAAGCGG
CACTACCCAAAAGTTAAGTATGCTAACAGGAACCCAGAAGCGCAACCCATAAAGGAGCGT
TGGAAGAGCATCTTTCTGATACTTGTTTCCAAGCTCAGAGATCTTTCCCAGCCACAAGTT
GTTCCAAGCGAATATAACAGCGATCACAGATGGACCGAGGATCACTTGGTTAAGCACAAC
CTTAAGCACAATATTGGTCGCGGTTGGTTTTGGCAAAGAACGGTCAAGGTACTGATACCA
TGCATAAGAACCAGGACCGTACAAGAGAAACCCATAACTACTCATCCTCAGTGCACGAAC
CCAGTCATGTTCTGAGAAAATGTTCCACAGTTCCTCCTCGTCTGGTTTATCAGAAGACGA
TTGTTTAAGAGCGGCGGCTCTCTTCTTCCACCTCCCAGACAACTGAGCAATCGTGTCACC
GGTGAAAGTGAGCGCACCGGCCGTCACAGCTTGCTTTAACGGAAAACGATAGCCACTGGA
GTCTCTGCTCACGTCGACGGAATCGGAAGATCCAGAGTTCCTTTGATTGCGTCTATCGCC
GGAAGAGTTGTTCTTCTTCTTCCTCCGTTGATTGAAGCCGTTCCATCCCCAGAAACCGTT
AGCGCCGCCGCAACCACCCAATGCGTCCATTACAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 15 30 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 20 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 10 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

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CAAGTAGAAGTTCCAAAACACAGAACCCATTGACATGAAAGCAACACGAGCTTGAAGCGG
CACTACCCAAAAGTTAAGTATGCTAACAGGAACCCAGAAGCGCAGCCCATAAAGGAGCGT
TGGAAGAGCATCTTTCTGATACTAGTTTCCAAGCTCAGAGATCTTTCCCAGCCACAAGTT
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CTTAAGCACAATATTGGTCGCGGTTGGTTTTGGCAAAGAACGGTCAAGGTACTGATACCA
TGCATAAGAACCAGGACCGTACAAGAGAAACCCGTAACTAC

QA 1 641 1 641
DS 

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G
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TAAAGGGCTTCTTGAAGAGTTCCTGCTTCACCTGCCATTTAAGCATTGGAAACTCTGATA
TTATCATCAGTCCGTGAGGCTGAAGATGAATATTTGTGGTATCTATCTAATTGCTCAAAG
TTGAAGACAAGTAGAAGTTCCAAAACACAGAACCCATTGACATGAAAGCTACACGAGCTT
GAAGCGGCACTACCCAAAAGTTAAGTATGCTAACAGGAACCCAGAAGCGCAACCCATAAA
GGAGCGTTGGAAGAGCATCTTTCTGATACTTGTTTCCAAGCTCAGAGATCTTTCCCAGCC
ACAAGTTGTTCCAAGCGAATATAACAGCGATCACAGATGGACCGAGGATCACTTGGTTAA
GCACAACCTTAAGCACAATATTGGTCGCGGTTGGTTTTGGCAAAGAACGGTCAAGGTACT
GATACCATGCATAAGAACCAGGACCGTACAAGAGAAACCCATAACTACTCATCCTCAGTG
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QA 2 657 2 657
DS 

RD RR3AU81JQ 423 0 0
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CTCAAAAATCTTTCCCAGCCACAAGTTGTTCCAAGCAAATATAACAGCGATCACAGATGG
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CAAAAAACGGTCAAGGTACTGATACCATGCATAAAAACCAGGACCGTACAAGAGAAACCC
GTAACTACTCATCCTCAGTGCACGAACCCAGTCATGTTCTGAGAAAATGTTCCACAGTTC
CTC

QA 1 423 1 423
DS 

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GTAAGAGAAACTTGATAGATGTTTTAAAGGGCTTCTTGAAGAGTTCCTGCTTCACCTGCC
ATTTAAGCATTGGAAACTCTGATATTATCATCAGTCCGTGAGGCTGAAGATGAATATTTG
TGGTATCTATCTAATTGCTCAAAGTTGAAGACAAGTAGAAGTTCCAAAACACAGAACCCA
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ATGGACCGAGGATCACTTGGTTAAGCACAACCTTAAGCACAATATTGGTCGCGGTTGGTT
TTGGCAAAGAACGGTCAAGGTACTGATACCATGCATAAGAACCAGGACCGTACAAGAGAA
ACCCATAACTACTCATCCTCAGTGCACGAACCCAGTCATGTTCTGAGAAAATGTTCCACA
GTTCCTCCTCGTCTGGTTTATCAGAAGACGATTGTTTAAGAGCGGCGGCTCTCTTCTTCC
ACCTCCCAGACAACTGAGCAATCGTGTCACCGGTGAAAGTGAGCGCACCGGCCGTCACAG
CTTGCTTTA

QA 1 789 1 789
DS 

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TTGCTCAAAGT*GAAGACAAGTAGAAGTTCCAAAACACAGAACCCATTGACATGAAAGCT
ACACGAGCTTGAAGCGGCACTACCCAAAAGTTAAGTATGCTAACAGGAACCCAGAAG*GC
AACCCATAAAGGAGCGTTGGAAGAGCATCTTTCTGATACTTGTTTCCAAGCTCAGAGATC
TTTCCCAGCCACAAGTTGTTCCAAGCGAACATAACAGCGATCACAGATGGACCGAGGATC
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TCAAGGTACTGATACCATGCATAAGAACCAGGACCGTACAAGAGAAACCCATAACTACTC
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GGTTTATCAGAAGACGATTGTTTAAGAGCGGCGGCTCTCTTCTTCCACCTCCCAGACAAC
TGAGCAATCGTGTCACCGGTGAAAGTGAGCGCACCGGCCGTCACAGCTTGCTTTAACGGA
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TGATTGCGTCTATCGCCGGAAGAGTTGTTCTTCTTCTTCCTCCGTTGATTGAAGCCGTTC
CATCCCCAGAAACCGTTAGCGCCGCCGCAACCACCCAATGCGTCCATTAC
AAAAA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3CI70TF 749 0 0
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AAAGTTAAGTATGCTAACAGGAACCCAGAAGCGCAACCCATAAAGGAGCGTTGGAAGAGC
ATCTTTCTGATACTTGTTTCCAAGCTCAGAGATCTTTCCCAGCCACAAGTTGTTCCAAGC
GAATATAACAGCGATCACAGATGGACCGAGGATCACTTGGTTAAGCACAACCTTAAGCAC
AATATTGGTCGCGGTTGGTTTTGGCAAAGAACGGTCAAGGTACTGATACCATGCATAAGA
ACCAGGACCGTACAAGAGAAACCCATAACTACTCATCCTCAGTGCACGAACCCAGTCATG
TTCTGAGAAAATGTTCCACAGTTCCTCCTCGTCTGGTTTATCAGAAGACGATTGTTTAAG
AGCGGCGGCTCTCTTCTTCCACCTCCCAGACAACTGAGCAATCGTGTCACCGGTGAAAGT
GAGCGCACCGGCCGTCACAGCTTGCTTTAACGGAAAACGATAGCCACTGGAGTCTCTGCT
CACGTCGACGGAATCGGAAGATCCAGAGTTCCTTTGATTGCGTCTATCGCCGGAAGAGTT
GTTCTTCTTCTTCCTCCGTTGATTGAAGCCGTTCCATCCCCAGAAACCGTTAGCGCCGCC
GCAACCACCCAATGCGTCCATTACAAAAA

QA 1 749 1 749
DS 

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AGAGCATCTTTCTGATACTTGTTTCCAAGCTCAGAGATCTTTCCCAGCCACAAGTTGTTC
CAAGCGAATATAACAGCGATCACAGATGGACCGAGGATCACTTGGTTAAGAACAACCTTA
AGCACAATATTGGTCGCGGTTGGTTTTGGCAAAGAACGGTCAAGGTACTGATACCATGCA
TAAGAACCAGGACCGTACAAGAGAAACCCATAACTACTCATCCTCAGTGCACGAACCCAG
TCATGTTCTGAGAAAATGTTCCACAGTTCCTCCTCGTCTGGTTTATCAGAAGACGATTGT
TTAAGAGCGGCGGCTCTCTTCTTCCACCTCCCAGACAACTGAGCAATCGTGTCACCGGTG
AAAGTGAGCGCACCGGCCGTCACAGCTTGCTTTAACGGAAAACGATAGCCACTGGAGTCT
CTGCTCACGTCGACGGAATCGGAAGATCCAGAGTTCCTTTGATTGCGTCTATCGACGGAA
GAGTTGTTCTTCTTCTTCCTCCGTTGATTGAAGCCGTTCCATCCCCAGAAACCGTTAGCG
CCGCCGCAACCACCCAATGCGTCCATTAC
AAAAA

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DS 

RD RR3AU81TF 696 0 0
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CGGCACTACCCAAAAGTTAAGTATGCTAACAGGAACCCAGAAGCGCAGCCCATAAAGGAG
CGTTGGAAGAGCATCTTTCTGATACTTGTTTCCAAGCTCAGAGATCTTTCCCAGCCACAA
GTTGTTCCAAGCAAATATAACAGCGATCACAGATGGACCGAGGATCACTTGGTTAAGCAC
AACCTTAAGCACAATATTGGTCGCGGTTGGTTTTGGCAAAGAACGGTCAAGGTACTGATA
CCATGCATAAGAACCAGGACCGTACAAGAGAAACCCGTAACTACTCATCCTCAGTGCACG
AACCCAGTCATGTTCTGAGAAAATGTTCCACAGTTCCTCCTCGTCTGGTTTATCAGAAGA
CGATTGTTTAAGAGCAGCGGCTCTCTTCTTCCACCTCCCAGACAACTGAGCAATCGTGTC
ACCGGTGAAAGTGAGCGCACCGGCCGTCACAGCTTGCTTTAACGGGAAACGATAACCGGC
GGAGTCTCTGCTCTCGTCGACGGAATCGGAAGATCCAGAGTTCCTTTGATTGCGTCTATC
GCCGGAAGAGTTGTTCTTCTTCTTCCTCCGTTGATTGAAGCCGTTCCATCCCCAGAAACC
GTTAGCGCCGCCGCAACCACCCAATGCGTCCATTAC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 7

CO CL455Contig1 943 7 37 U
GGATACACAAGATTAAAGTCCAAATCACGGAGGAGAAAGGGAGGAGAGAAAAAAATGGAG
TATCTAGGGATCGACCTGAGCTGTGCGATGGGATCTCTCCGGAACGGTGAATTCCCGGAG
AAAGATTGTCTTCTTCCTCTAATTTCCAAGCTTCTCGGTTACATCCTTGTCGCTGCTTCC
ATCACCGTCAAGCTCCCTCAGATAATGAAAATCGTGCACCATAAAAGCGTACGAGGCCTA
AGTGTTGTGGCATTCGAGCTCGAAGTGGTTGGTTATACAATTTCTCTTGCCTATTGCCTT
CACAAAGGTCTTCCCTTTTCTGCCTTTGGTGAAATGGCTTTTCTTTTGATTCAAGCTTTA
ATCTTGGTTGCTTGTATCTATTATTACTCTCAACCTGTCCCTATGACAACTTGGGTCAGA
GCACTCCTATATTGTGCTGTAGCACCAACTGTGCTTGCTGGGCAGATTAATCCAACGCTT
TTCGACGCTCTTTATGCTTCACAACATGCGATATTTCTGTTTGCAAGGCTCCCTCAGATA
TGGAAGAACTTCAAAAACAAAAGCACTGGAGAACTCAGTTTCTTAACTTTCTTCATGAAC
TTCGCTGGGTCCATTGTGAGAGTTTTCACCAGTATCCAGGAAAATGCCCCAGTTAGCATT
CTTACGGGATTTGCTCTTGGAGTCTTCACCAACGGAACCATCCTGAGTCAGATTCTCCTG
TATCACAAGGCTGCTGCAGCAAAGGAGAAGAAAACCAATTGAAAGCTAGAAAGATATATC
CTAAATCAAATACTTCTGTTGTTGGCCCCAAAAAACAAAAGAGACTAATCAGTGTTGCAG
TGTTTTCTTTTTTTTT*AATATCACTTTTCATGGATGACCAGACTTTGTTCACTGTATGG
GTTTCGACTTGATTCTGATAGTAAAGTAGCTGTTTGAAGTTTG


BQ
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 15 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 20 20 35 35 35 35 35 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3GF49TF U 31
AF RR3F987TF U 1
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AF RR3BA37TF U 1
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AAGCGTACGAGGCCTAAGTGTTGTGGCATTCGAGCTCGAAGTGGTTGGTTATACAATTTC
TCTTGCCTATTGCCTTCACAAAGGTCTTCCCTTTTCTGCCTTTGGTGAAATGGCTTTCCT
TTTGATTCAAGCTTTAATCTTGGTTGCTTGTATCTATTATTACTCTCAACCTGTCCCTAT
GACAACTTGGGTCAGAGCACTCCTATATTGTGCTGTAGCACCAACTGTGCTTGCTGGGCA
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AAGGCTCCCTCAGATATGGAAGAACTTCGAAAACAAAAGCACTGGAGAACTCAGTTTCTT
AACTTTCTTCATGAACTTCGCTGGGTCCATTGTGAGAGTTTTCACCAGTATCCAGGAAAA
TGCCCCAGTTAGCATTCT

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AGTGTTGTGGCATTCGAGCTCGAAGTGGTTGGTTATACAATTTCTCTTGCCTATTGCCTT
CACAAAGGTCTTCCCTTTTCTGCCTTTGGTGAAATGGCTTTTCTTTTGATTCAAGCTTTA
ATCTTGGTTGCTTGTATCTATTATTACTCTCAACCTGTCCCTGTGACAACTTGGGTCAGG
GCACTCCTATATTGTGCTGTAGCACCAACTGTGCTTGCTGGGCAGATTAATCCAACGCTT
TTCGACGCTCTTTATGCTTCACAACATGCGATATTTCTGTTTGCAAGGCTCCCTCAGATA
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TATCACAA*GCTGCTGCAGCA

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GAG
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ATAAAAGCGTACGAGGCCTAAGTGTTGTGGCATTCGAGCTCGAAGTGGTTGGTTATACAA
TTTCTCTTGCCTATTGCCTTCACAAAGGTCTTCCCTTTTCTGCCTTTGGTGAAATGGCTT
TTCTTTTGATTCAAGCTTTAATCTTGGTTGCTTGTATCTATTATTACTCTCAACCTGTCC
CTATGACAACTTGGGTCAGAGCACTCCTATATTGTGCTGTAGCACCAACTGTGCTTGCTG
GGCAGATTAATCCAACGCTTTTCGACGCTCTTTATGCTTCACAACATGCGATATTTCTGT
TTGCTAGGCTCCCTCAGATATGGAAGAACTTCAAAAACAAAAGCACTGGAGAACTCAGTT
TCTTAACTTTCTTCATGAACTTCGCTGGGTCCATTGTGAGAGTTTTCACCAGTATCCAGG
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TCCTGAGTCAGATTCTCCTGTATCACAA*GCTGCTGCAGCAAGAGAGAA****ACCAATT
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DS 

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AAAGATTGTCTTCTTCCTCTAATTTCCAAGCTTCTCGGTTACATCCTTGTCGCTGCTTCC
ATCACCGTCAAGCTCCCTCAGATAATGAAAATCGTGCACCATAAAAGCGTACGAGGCCTA
AGTGTTGTGGCATTTGAGCTCGAAGTGGTTGGTTATACAATTTCTCTTGCCTATTGCCTT
CACAAAGGTCTTCCCTTTTCTGCCTTTGGCGAAATGGCTTTTCTTTTGATTCAAGCTTTA
ATCTTGGTTGCTTGTATCTATTATTACTCTCAACCTGTCCCTATGACAACTTGGGTCAGA
GCACTCCTATATTGTGCTGTAGCACCAACTGTGCTTGCTGGGCAGATTAATCCGACGCTC
TTCGACGCTCTTTATGCTTCACAACATGCGATATTTCTGTTTGCAAGACTCCCTCAGATA
TGGAAGAACTTCAAAAACAAAAGCACTGGAGAACTCAGTTTCTTAACATTCTTCATGAAC
TTCGCTGGGTCCATTGTGAGAGTTTTCACCAGTATCCAGGAAAATGCCCCAGTTAGCATT
CTTACGGGATTTGCTCTTGGAGTCTTTACCAACGGAACCATCCTGAGTCAGATTCTCCTG
TATCACAAAGCTGCTGCAGCAAAGGAGAAGAAAACCAATTGAAAGCTAGAAAGATA*ATC
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TTATTTCTTTT

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DS 

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GC
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AATGGCTTTTCTTTTGATTCAAGCTTTAATCTTGGTTGCTTGTATCTATTATTACTCTCA
ACCTGTCCCTATGACAACTTGGGTCAGAGCACTCCTATATTGTGCTGTAGCACCAACTGT
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ATTTCTGTTTGCAAGGCTCCCTCAGATATGGAAGAACTTCAAAAACAAAAGCACTGGAGA
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AAACAAAAGAGACTAATCAGTGTTGCAGTGTTTTCTTTTTTTTTTAATATCACTTTTCAT
GGATGACCAGACTTTGTTCACTGTATGGGTTTCGACTTGATTCTGATAGTAAAGTAGCTG
TTTGAAGT
CT

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DS 

RD RR3GF49JQ 668 0 0
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CCTGTCCCTATGACAACTTGGGTCAGAGCACTCCTATATTGTGCTGTAGCACCAACTGTG
CTTGCTGGGCAGATTAATCCAACGCTTTTCGACGCTCTTTATGCTTCA**ACATGCGATA
TTTCTGTTTGCAAGGCTCCCTCAGATATGGAAGAACTTCGAAAACAAAAGCACTGGAGAA
CTCAGTTTCTTAACTTTCTTCATGAACTTCGCTGGGTCCATTGTGAGAGTTTTCACCAGT
ATCCAGGAAAATGCCCCAGTTAGCATTCTTACGGGATTTGCTCTTGGAGTCTTCACCAAC
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ACCAATTGAAAGCTAGAAAGATATATCCTAAATCAAATACTTCTGTTGTTGGCCCCAAAA
AACAAAAGAGACTAATCAGTGTTGCAGTGTTTTCTTTTTTTTT*AATATCACTTTTCATG
GATGACCAGACTTTGTTCACTGTATGGGTTTCGACT*GATTCTGATAGTAAAGTAGCTGT
TTGAAGT
C

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DS 

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GCATTCGAGCTCGAAGTGGTTGGTTATACAATTTCTCTTGCCTATTGCCTTCACAAAGGT
CTTCCCTTTTCTGCCTTTGGTGAAATGGCTTTTCTTTTGATTCAAGCTTTAATCTTGGTT
GCTTGTATCTATTATTACTCTCAACCTGTCCCTGTGACAACTTGGGTCAGGGCACTCCTA
TATTGTGCTGTAGCACCAACTGTGCTTGCTGGGCAGATTAATCCAACGCTTTTCGACGCT
CTTTATGCTTCACAACATGCGATATTTCTGTTTGCAAGGCTCCCTCAGATATGGAAGAAC
TTCAAAAACAAAAGCACTGGAGAACTCAGTTTTTTAACTTTCTTCATGAACTTCGCTGGG
TCCATTGTGAGAGTTTTCACCAGTATCCAGGAAAATGCCCCAGTTAGCATTCTTACGGGA
TTTGCTCTTGGAGTCTTCACCAACGGAACCATCCTGAGTCAGATTCTCCTGTATCACAAG
GCTGCTGCAGCAAAGGAGAAGAAAACCAATTGAAGGCTAGAAAGATATATCCTAAATCAA
ATACTTCTGTTGTTGGCCCCAAAAAACAAAAGAGACTAATCAGTGTTGCAGTGTTTTCTT
TTTTTTT*AATATCACTTTTCATGGATGACCAGACTTTGTTCACTGTATGGGTTTCGACT
TGATTCTGATAGTAAAGTAGCTGTTTGAAGTTTG

QA 1 754 1 754
DS 



AS 2 8

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AGAGATAAAAGCAAAAAAAACAAGGCTTTTACAGCTCGTCCTTTGCGGCCGATTCCCCAG
TCTTATGTTCTCCACTCCTAACAGTAGTAGAAGACTCTTCACGATGAGAAGCTGGCTTGT
TCTTCTCAACGAAGCTTATGAAGTCTTCCTTTGTCCTGCTTCCATCGTACAATACAACCT
TTCCATCCGCTGATCTGAAGTAAATTGATGGGAAGCCTTTCACATCAAAGGTATCGCTGG
GGATATCATTTGCGGTTGCGTCTAGTTTTGCTGTCAGGAGTCTGGATAATGATGAGGGGA
ACTTGGCTCTCTTCGAGTCCAAAGTACTGCAAAGCGCCTTGACTGTTCTCGGCATCACCA
ACAAGGAAGGCAAGATCTTGTCCTTTGTAGGATGTAGCAGTTTCACGGAACTTTGATTTT
AGAGATTCGGCTGTTTCTCCAGTGAAGTTAACGAACATCATTACCTTAGTGGCAGTGCTG
TCGAAGAATTTGGCAACATATGGGTGGTTGCTTGGATCTTTGTCAAAGACGGTAACAAGA
GGAATGCTTGATTCTTTGACAAACTTCTCCAGAGCTTCCCCATTGAAATCCTTGGAATCG
ACAAAAAGTTCATCGAAAGGCTTGAATAGCCTCACGACAGGTCCCGCCACAGATGAGTCT
CCACGAGGAAGAAGCTTGGCGTCCAAAGTATGTGCGAAATCATAGTCAGCGCGCAGTTTC
TCAGCAAGGGCCATGAAAGAATCAAACTCCTCACCGTATAACTTAGGGAACACACCAACA
GCAACAACATTCTTCTCACCAATAACCTCACCAGCAACATCAGCCGACTCAATCTCAGCA
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TTGTAGTCTTGTACTCGTTCGCAATCCCTTTGTTAGACTCCTCGCTAGCGTCAATCTTGG
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TGTTGATGGTATCGGTGAAGTTAGAGTGATCCAACGTCAAGACGAACTCCTTCGTCGTCT
CTTCTTCGCTTCTAATAGACGAAGCGAAGAGGAGGGATAACGCGAGGATCGATAACATCG
CGGAACCGTTAGACGCCATTATCGCTCTTCTCTTCACTACTACTCCTCCGTGTACTAAAA
CGTTTGTACGAATATTCGTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G742JQ U 1
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CCA

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DS 

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TCTGCTTCTTCACATAAGTCACAATACCCGCAGCTTCACGCGGTCCGTTGTAGTCTTGTA
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AGGGCTTTGGCTGCTCAGCTCCGCTGCAGCCTTCTCATACTCAGGAGCAAGACTCTTGCA
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ATTCGTGTTCC

QA 1 791 1 791
DS 



CO CL456Contig2 1016 6 14 U
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TTGCGGTTGCGTCTAGTTTTGCTACGATGACACTTGGGTCGTTCTGGAACGACAAAGCCA
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ACTTCTTGCTGTCAGGAGTCTGGATAATGATGAGGGGAACTTGGCTCTCTTCGAGTCCAA
AGTACTGCAAAGCGCCTTGGCTGTTCTCGGCATCACCAACAAGGAAGGCAAGATCTTGTC
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TGAAGTTAACGAACATCATTACCTTAGTGGCAGTGCTGTCAAAGAATTTGGCAACATATG
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BQ
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AAAAAAAA***CAAGGCTTTTACAGCTCGTCCTTTGCGGCCGATTCCCCAGTCTTATGTT
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CTGATCTGAAGTAAATTGTTGGG

QA 1 383 1 383
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GG
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ACAAAGCCACTTCGTCCAGGATTGGGGCAAGTTTTTGGCAGTGTCCACACCACGGTGCGT
AGAATTCAATCAAGACATTCTTTCCAGAGTTGAAAACCATGTCGTCAAGGCTCTCAGCTA
CAACAACCTTCACTGGCTCGTTGTTTTCAGCTGGGATAGGCTGAGATTTTTTGTGGGCGG
CAACTTTCCCGTCCTTGAAGTCCTTCATCCATGAATCAATCTGGTCAACCACAACGTTTG
CTTTCAAATACTTCTTGCTGTCAGGAGTCTGGATGATGATGAGTGGAACTTGGCTCTCTT
CGAG

QA 3 666 3 666
DS 

RD RR3A378JQ 740 0 0
GT
GATTAATATGGTTTTATTTGATCTTATTACCGGGTAACACTGAGTTCAAATGTCAGAAAG
AGATAAAAGCAAAAAAAAA***CAAGGCTTTTACAGCTCGTCCTTTGCGGCCGATTCCCC
AGTCTTATGTTCTCCACTCCTAACAGTAGTAGAAGACTCTTCACGATGAGAAGCTGATTT
GTTCTTCTCAACGAAGCTTATGAAGTCTTCCTTTGTCCTGCTTCCATCGTACAATACAAC
CTTTCCATCCGCTGATCTGAAGTAAATTGTTGGGAAGCCTTTCACATCAAAGGTATCGCT
GGGGATATCATTTGCGGTTGCGTCTAGTTTTGCTACGATGACACTTGGGTCGTTCTGGAA
CGACAAAGCCACTTCGTCCAAGATTGGGGCAAGTTTTTGGCAATGTCCACACCACGGTGC
GTAAAATTCAATCAACACATTCTTTCCAGAGTTGAAAACCATGTCGTCAAGGCTCTCAGC
TACAACAACCTTCACTGGCTCGTTGTTTTCAGCTGGAATAGGCTGAAATTTTTTGTGGGC
GGCAACTTTCCCGTCCTTGAAGTCCTTCATCCATGAATCAATCTGGTCAACCACAACGTT
TGCTTCCAAATACTTCTTGCTGTCAGGAGTCTGGATAATGATGAGGGGAACTTGGCTCTC
TTCGAGTCCAAAGTACTGCAAAGCGCCTTGGCTGTTCTCGGCATCACCAACAAGGAAGGC
AAGACCTTGTCCTTTGTA

QA 3 740 3 740
DS 

RD RR3BN85TF 743 0 0
GATTAATATGGTTT*ATTTGATCTTATTACCGGGTAACACTGAGTTCAAATGTCAGAAAG
AGATAAAAGCAAAAAAAAAA**CAAGGCTTTTACAGCTCGTCCTTTGCGGCCGATTCCCC
AGTCTTATGTTCTCCACTCCTAACAGTAGTAGAAGACTCTTCACGATGAGAAGCTGGCTT
GTTCTTCTCAACGAAGCTTATGAAGTCTTCCTTTGTTCTGCTTCCATCGTACAATACAAC
CTTTCCATCCGCTGATCTGAAATAAATCGTTGGAAAGCCTTTCACATCAAAGGTATCGCT
TGGGATATCATTCGCGGTTGCGTCTAGTTTTGCTACGATGACACTTGGGTCGTTCTGGAA
CGACAAAGCCACTTCGTCCAGGATTGGGGCAAGTTTTTGGCAGTGTCCACACCACGGTGC
GTAGAATTCAATCAAGACATTCTTTCCAGAGTTGAAAACCATGTCGTCAAGGCTCTCAGC
TACAACAACCTTCACTGGCTCGTTGTTTTCAGCTGGGATAGGCTGAGATTTTT*GTGGGC
GGCAACTTTCCCGTCCTTGAAGTCCTTCATCCATGAATCAATCTGGTCAACCACAACGTT
TGCTTTCAAATACTTCTTGTTGTCAGGAGTCTGGATGATGATGAGTGGAACTTGGCTCTC
TTCGAGTCCAAAGTACTGCAAAGCGCCTTGGCTGTTCTCGGCATCACCAACGAGGAAGAC
AAGATCTTCTCCTTTGTA
GGAAG

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3H558JQ 771 0 0
ATTTGATCTTATTACCGGGTAACACTGAGTTCAAATGTCAGAAAGAGATAAAAGCAAAAA
AAAA***CAAGACTTTTACAGCTCGTCCTTTGCGGCCGATTCCCCGGTCTTATGTTCTCC
ACTCCTAACAGTAGTAGAAGACTCTTCACGATGAGAAGCTGGCTTGTTCTTCTCAACGAA
GCTTATGAAGTCTTCCTTTGTCCTGCTTCCATCGTACAATACAACCTTTCCATCCGCTGA
TCTGAAGTAAATTGTTGGGAAGCCTTTCACATCAAAGGTATCGCTGGGGATATCATTTGC
GGTTGCGTCTAGTTTTGCTACGATGACACTTGGGTCGTTCTGGAACGACAAAGCCACTTC
GTCCAAGATTGGGGCAAGTTTTTGGCAATGTCCACACCACGGTGCGTAGAATTCAATCAA
CACATTCTTTCCAGAGTTGAAAACCATGTCGTCAAGGCTCTCAGCTACAACAACCTTCAA
TGGCTCGTTGTTTTCAGCTGGAATAGGCTGAGATTTTTTGTGGGCGGCAACTTTCCCGTC
CTTGAAGTCCTTCATCCATGAATCAATCTGGTCAACCACAACGTTTGCTTTCAAATACTT
CTTGCTGTCAGGAGTCTGGATAATGATGAGGGGAACTTGGCTCTCTTCGAGTCCAAAGTA
CTGCAAAGCGCCTTGGCTGTTCTCGGCATCACCAACAAGGAAGGCAAGATCTTGTCCTTT
GTAGGATGTAGCAATTTCACGGAACTTTGATTTTAGAGATTCGGCTGTTTC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3H558TF 660 0 0
TCCGCTGATCTGAAGTAAATTGTTGGGAAGC*TTTCACATCAAAGGTATCGCTGGGGATA
TCATTTGCGGTTGCGTCTAGTTTTGCTACGATGACACTTGGGTCGTTCTGGAACGACAAA
GCCACTTCGTCCAAGATTGGGGCAAGTTTTTGGCAATGTCCACACCACGGTGCGTAGAAT
TCAATCAACACATTCTTTCCAGAGTTGAAAACCATGTCGTCAAGGCTCTCAGCTACAACA
ACCTTCAATGGCTCGTTGTTTTCAGCTGGAATAGGCTGAGATTTTTTGTGGGCGGCAACT
TTCCCGTCCTTGAAGTCCTTCATCCATGAATCAATCTGGTCAACCACAACGTTTGCTTTC
AAATACTTCTTGCTGTCAGGAGTCTGGATAATGATGAGGGGAACTTGGCTCTCTTCGAGT
CCAAAGTACTGCAAAGCGCCTTGGCTGTTCTCGGCATCACCAACAAGGAAGGCAAGATCT
TGTCCTTTGTAGGATGTAGCAATTTCACGGAACTTTGATTTTAGAGATTCGGCTGTTTCT
CCAGTGAAGTTAACGAACATCATTACCTTAGTGGCAGTGCTGTCAAAGAATTTGGCAACA
TATGGGTGGTTGCTTGGATCTTTGTCAAAGACGGTAACAAGAGGAATGCTTGATTCTTTG

QA 1 660 1 660
DS 



AS 3 7

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ACAGATGTATGGGCACGTGGTATTGGTGTGCAGCAAGTTTCTCTTGTCATAAATTATGAT
CTCCCCAACAACCGTGAGCTCTACATCCACCGTATTGGACGATCTGGTCGTTTTGGGCGT
AAGGGAGTTGCGATCAACTTTGTTAAAAGCGACGACATAAAGATCCTCCGAGACATTGAG
CAGTACTACAGTACCCAGATTGACGAGATGCCAATGAATGTAGCTGATCTTATCTAAAAG
AAGACCTTGTGTGAGATTTTTTTTTTATGATGGGTCTTTCGGCTTTTTAAAGTGAGAAGT
ATCTGAATGAGAAAGGTGTTCGGAGCTTATGTAAGATTGTTGCACTATCTAATGATACTT
TTTCACACTCAGTACCTCCCTTTGATGTTTCTTTGGAGTTTTCATGGGTTCTTTTGAAAC
AATTGTGGTAAATGTTTAATGATTTGAGAATCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3DB26JQ C 1
AF RR3DB26TF U 1
BS 1 689 RR3DB26TF
BS 690 693 RR3DB26JQ

RD RR3DB26JQ 693 0 0
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AAGGAAAGAGACGAGATCATGAATCAGTTTCGGTCAGGCGACAGTCGTGTTTTGATCACA
ACAGATGTATGGGCACGTGGTATTGGTGTGCAGCAAGTTTCTCTTGTCATAAATTATGAT
CTCCCCAACAACCGTGAGCTCTACATCCACCGTATTGGACGATCTGGTCGTTTTGGGCGT
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CAGTACTACAGTACCCAGATTGACGAGATGCCAATGAATGTAGCTGATCTTATTTAAAAG
AAGACCTTGTGTGAGATTTTTTTTTTATGATGGGTCTTTCGGCTTTTTAAAGTGAGAAGT
ATCTGAATGAGAAAGGTGTTCGGAGCTTATGTAAGATTGTTGCACTATCTAATGATACTT
TTTCACACTCAGTACCTCCCTTTGATGTTTCTTTGGAGTTTTCATGGGTTCTTTTGAAAC
AATTGTGGTAAATGTTTAATGATTTGAGAATCT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3DB26TF 692 0 0
TTTTTCGTTGCTGTGGAGAAGGAGGAATGGAAATTTGATACGCTCTGTGATCTTTATGAC
ACACTTACTATCACTCAAGCTGTTATCTTCTGCAACACAAAAAGAAAGGTGGATTGGCTA
AGTGAGAAAATGAGGACTAACAACTTCACAGTCTCATCAATGCACGGTGACATGCCACAG
AAGGAAAGAGACGAGATCATGAATCAGTTTCGGTCAGGCGACAGTCGTGTTTTGATCACA
ACAGATGTATGGGCACGTGGTATTGGTGTGCAGCAAGTTTCTCTTGTCATAAATTATGAT
CTCCCCAACAACCGTGAGCTCTACATCCACCGTATTGGACGATCTGGTCGTTTTGGGCGT
AAGGGAGTTGCGATCAACTTTGTTAAAAGCGACGACATAAAGATCCTCCGAGACATTGAG
CAGTACTACAGTACCCAGATTGACGAGATGCCAATGAATGTAGCTGATCTTATCTAAAAG
AAGACCTTGTGTGAGATTTTTTTTTTATGATGGGTCTTTCGGCTTTTTAAAGTGAGAAGT
ATCTGAATGAGAAAGGTGTTCGGAGCTTATGTAAGATTGTTGCACTATCTAATGATACTT
TTTCACACTCAGTACCTCCCTTTGATGTTTCTTTGGAGTTTTCATGGGTTCTTTTGAAAC
AATTGTGGTAAATGTTTAATGATTTGAGA
TCT

QA 1 689 1 689
DS 



CO CL457Contig2 1243 2 8 U
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AAGAAGACGTTCTCCGCGGCGTCTACGAGTACGGTTTCGAGAAGCCCTCCGCGATCCAGC
AGAGAGCGGTGATGCCGATTCCCCAAGGACGAGATGTCATCGCTCAGGCTCAGTCCGGTA
CGGGAAAGACCTCGATGATTGCTCTCTCCGTCTGCCAAATCGTTGACACTTCGTCTAGAG
AAGTTCAGGCGTTGATATTGTCGCCAACGAGGGAGCTGGCATCACAGACGGAGAAGACTA
TTCAAGCGATCGGGTTACACGCTAATATACAGGCGCATGCTTGCATTGGTGGGAAGAGCG
TTGGAGAGGATATCAGGAAGCTGGAGAATGGTGTCCATGTCGTGTCTGGGACACCTGGTC
GTGTCTGTGATATGATTAAGAGGAGGAGTCTGCGGACCAGAGCAATTAAGCTTTTGATTC
TTGATGAGTCGGATGAGATGCTTAGCAGAGGGTTCAAGGACCAAATCTATGATGTTTACA
GATATCTTCCACCTGATCTTCAGGTTTGCTTGGTGTCTGCGACTCTTCCTCACGAGATTT
TGGAGATGACCTCCAAGTTTATGACGGAGCCAGTGAAGATTCTTGTGAAGCGTGATGAGT
TGACTCTTGAGGGCATTAAACAATTTTTCGTTGCTGTGGAGAAGGAGGAATGGAAATTTG
ATACGCTCTGTGATCTTTATGACACACTTACTATCACTCAAGCTGTTATCTTCTGCAACA
CAAAAAGAAAGGTGGATTGGCTAAGTGAGAAAATGAGGGCTAACAACTTCACAGTCTCAT
CAATGCACGGTGACATGCCTCAGAAAGAAAGAGACGAGATCATGAATCAGTTTCGGTCAC
GCGACAGTCGTGTTTTGATCACAACAGATGTATGGGCACGTTGTATTGATGTGCAGCAAG
TTTCCCTTGTCATAAATTATGATCTCCCCAACAACCGTGAGCTCTACATCCACCGCATTG
GACGATCTGGTCGTTTTGGGCGTAGGAGTGCGATCACTTTGTTAAAGCGACGACATAAGA
TCCTCCGAGACATGAGCAGTACTACAGTACCAGATTGACGAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EU83TF U 1
AF RR3BA83TF U 382
BS 1 430 RR3EU83TF
BS 431 431 RR3BA83TF
BS 432 520 RR3EU83TF
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TTTGC

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RD RR3BA83TF 862 0 0
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TGGAGAATGGTGTCCATGTCGTGTCTGGGACACCTGGTCGTGTCTGTGATATGATTAAGA
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TTAGCAGAGGGTTCAAGGACCAAATCTATGATGTTTACAGATATCTTCCTCCTGATCTTC
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AGAAAGAAAGAGACGAGATCATGAATCAGTTTCGGTCACGCGACAGTCGTGTTTTGATCA
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CTACAGTACCAGATTGACGAGA

QA 1 862 1 862
DS 



CO CL457Contig3 1021 3 43 U
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ATGTAACTGATGTTGAGAGACAACAAGAAAACAGTGAACCTCTTCAACTGTTGATCATAG
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ACTTAGATAAGATCAGCTACATTCATTGGCATCTCGTCAATCTGGGTACTGTAGTACTGC
TCAATGTCCCTGAGGATCTTGATGTCGTCGCTTTTAACAAAGTTGATCGCAACACCCTTA
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GTGATCAAAACACGACTGTCGCCTGACCGAAACTGATTCATGATCTCGTCTCTCTCCTTC
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TCATAAAGATCACAGAGGGTGTCAAATTTCCATTCCTCCTTCTCAACAGCAACGAAAAAT
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TGAAGATCGGGCGGAAGATATCTGTAAACATCATAAATCTGGTCCTTGAACCCTCTGCTC
AGCATCTCATCAGATTCATCAAGAATCAAAAGCTTAATACCCCTGGTACGCAAACTTCTC
CTCTTAATCATATCACAAACACGCCCCGGCGTCCCAGACACAACATGGATACCGTTCTCC
AGCTTCCTAATATCTTCCCCAACGCTCTTCCCACCAATACACGCATGCGCCTGAATGTTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 

AF RR3FN85JQ U 1
AF RR3DF53JQ U 6
AF RR3DF53TF C 447
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ACTTACAGGTACTGTAATTTGGAGATTTGAGCCACAATCAAAACAAATTAAACATTGTCT
ATTTAGATAAGATCAGCTACATTCATTGGCATCTCGTCAATCTGGGTACTGTAGTACTGC
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TCATAATTGATGACGAGAGAAACTTGCTGCACATCAATACCACGTGCCCATACATCTGTC
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AGCCAATCCACCTTTCGTTTAGTGTTGCAGAAGATAACAGCTTGAGTGATAGTAAGCGTG
TCATAAAGATCACAGAGCGTATCGAATTTCCATTCCTCCTTCTCAACAGCAACGAAAAAT
TGTTTAATGCCTTCAAGAGTCAACTCACCACGCTTCACAAGTATCTTCACTGGCTCTGTC
ATAAACTTTGATGTCATCT

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DS 

RD RR3DF53JQ 855 0 0
TTTT
TCTCTCAAGTCAACCAACTCGATTTATATAACTCCTTAAAAGCATGAAAAA*TGTAACTG
ATGTTGAGAGAGAATAAGAAAACAGTGAACCTCTTCAACTGTTGATCATAGACTTACAGA
TACTGTAATTTGGAGATTTGAGCCACAATCAAAACAAATTAAACATGGTCTTCTTAGATA
AGATCAGCTACATTCATTGGCATCTCGTCAATCTGGGTACTGTAGTACTGCTCAATGTCC
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CGACCAGATCGTCCAATACGATGGATGTAGAGCTCACGGTTGTTAGGGAGATCATAATTG
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ACACGACTGTCGCCTGACCGAAACTGATTCATGATCTCGTCTCTCTCCTTCTGAGGCATG
TCACCGTGCATTGATGAGGCCGTGAAGTTGTTAGTCCTCATTTTCTCACTTAGCCAATCC
ACCTTCCGTTTAGTGTTGCAGAAGATAACAGCTTGAGTAATAGTAAGCGTGTCATAAAGA
TCACAGAGGGTGTCAAATTTCCATTCCTCCTTCTCAACAGCAACGAAAAATTGTTTAATG
CCTTCAAGAGTCAACTCATCACGCTTCACAAGTATCTTCACTGGCTCCGTCATAAACTTT
GATGTCATCTCTAAAATCTCGTGAGGAAGAGTTGCAGAAACCAAGCAA*CCTGAAGATCG
GGCGGAAGATATCTGTAAACATCATAAATCTGGTCCTTGAACCCTCTGCTCAGCATCTCA
TC
AGATTCATC

QA 5 846 5 846
DS 

RD RR3DF53TF 575 0 0
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GGCCGTGAAGTTGTTAGTCCTCATTTTCTCACTTAGCCAATCCACCTTCCGTTTAGTGTT
GCAGAAGATAACAGCTTGAGTAATAGTAAGCGTGTCATAAAGATCACAGAGGGTGTCAAA
TTTCCATTCCTCCTTCTCAACAGCAACGAAAAATTGTTTAATGCCTTCAAGAGTCAACTC
ATCACGCTTCACAAGTATCTTCACTGGCTCCGTCATAAACTTTGATGTCATCTCTAAAAT
CTCGTGAGGAAGAGTTGCAGAAACCAAGCAAACCTGAAGATCGGGCGGAAGATATCTGTA
AACATCATAAATCTGGTCCTTGAACCCTCTGCTCAGCATCTCATCAGATTCATCAAGAAT
CAAAAGCTTAATACCCCTGGTACGCAAACTTCTCCTCTTAATCATATCACAAACACGCCC
CGGCGTCCCAGACACAACATGGATACCGTTCTCCAGCTTCCTAATATCTTCCCCAACGCT
CTTCCCACCAATACACGCATGCGCCTGAATGTTCC

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 8

CO CL458Contig1 833 8 13 U
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GGAAGGAATTGGCTCTAGTGGTGGTTCAGGTGTTGGCATTGGAGAAGGAAGAGGATCAGG
GTATGGCCAACCTAACTGCGGTCCTGTCACAGGAGCCCCAGGTAGCGGATTTGGTGAAGG
CATTGGACGAGGTAGTGGTTCAGGTGAAGGGATTGGTATCGGTATAGGAGGAAGTGGCTC
TACTGGTGGTGTAGTTGTCCCTCCCATAAATGTTCCAGGGACAACAATCCCTCCCATAAC
AGTACCAGGCACCCATATTCCAGGTTTTGTGATTCCAGGAGTGACGGTTCCTGGTTATGG
TACTGGTGGATGCCAAACCGGTGGGTGCACCCCAAGCGTGCCATACTATCATCCACCTAT
ATACCAGCCACCAGAGTGTCCACATTGTCCTCCTTACGTTGCAGGACAAGACAAACACAT
GGTAGATAAAGAAACCATGACGGAAGCTCTTGCACCCATGTCAAGCGAGATGCACGCCTA
AGCTATTTAGTGACCAGAGAAACAGAGAGTCTAAGAAAGTCACTCATAATGAGATTTAAA
GTATGTTTTGGTTTTGGTAAGCTTCATGTTAAGTTGAATAATCCTCCTACTTTACCCAAG
TAAAGTTCTGAATAAGTGAAATGTGGAGAAGAAATAGTATTTATGTAAAGAAGCAGGCAA
CTGGAACTGTATGTTGCATTTTCATGGATGTATCTTTGACAATGAGTTTTTAATAGGCCC
CAAGCTTGTATAATAGTGTGTTATTTTCTTAAAATTTAAAATAAAGAGTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 40 10 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 10 40 0 40 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DP61TF U 10
AF RR3GP87TF U 1
AF RR3GP87JQ C 49
AF RR3CA76TF U 6
AF RR3BK10TF U 87
AF RR3BK10JQ C 147
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AF RR3DP61JQ C 254
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BS 773 776 RR3CA76TF
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BS 780 806 RR3CA76TF
BS 807 833 RR3CA76JQ

RD RR3DP61TF 243 0 0
G
GGTAGTGGCTTTGGAGAAGGAATAGGCTCTAGTGGAGGAAGTGGCTTTGGGGAAGGAATT
GGCTCTAGTGGTGGTTCAGGTGTTGGCATTGGAGAAGGAAGAGGATCAGGGTATGGCCAA
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GGTAGTGGTTCAGGTGAAGGGATTGGTATCGGTATAGGAGGAAGTGGCTCTACTGGTGGT
GT

QA 2 243 2 243
DS 

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GGAAGGAATTGGCTCTAGTGGTGGTTCAGGTGTTGGCATTGGAGAAGGAAGAGGATCAGG
GTATGGCCAACCTAACTGCGGTCCTGTCACAGGAGCCCCAGGTAGCGGATTTGGTGAAGG
CATTGGACGAGGTAGTGGTTCAGGTGAAGGGATTGGTATCGGTATAGGAGGAAGTGGCTC
TACTGGTGGTGTAGTTGTCCCTCCCATAAATGTTCCAGGGACAACAATCCCTCCCATAAC
AGTACCAGGCACCCATATTCCAGGTTTTGTGATTCCAGGAGTGACGGTTCCTGGTTATGG
TACTGGTGGATGCCAAACCGGTGGGTGCACCCCAAGCGTGCCATACTATCATCCACCTAT
ATACCAGCCACCAGAGTGTCCACATTGTCCTCCTTACGTTGCAGGACAAGACAAACACAT
GGTAGATAAAGAAACCATGACGGAAGCTCTTGCACCCATGTCAAGCGAGATGCACGCCTA
AGCTATTTAGTGACCAGAGAAACAGAGAGTCTAAGAAAGTCACTCATAATGAGATTTAAA
GTATGTTTTGGTTTTGGTAAGCTTCATGTTAAGTTGAATAATCCTCCTACTTTACCCAAG
TAAAGTTCTGAATAAGTGAAATGTGGAGAAGAAATAGTATTTATGTAAAGAAGCAG*CAA
CTGGAACTGTATGTTGCATTTTCATGGATGTATCT

QA 1 755 1 755
DS 

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AAGAGGATCAGGGTATGGCCAACCTAACTGCGGTCCTGTCACAGGAGCCCCAGGTAGCGG
ATTTGGTGAAGGCATTGGACGAGGTAGTGGTTCAGGTGAAGGGATTGGTATCGGTATAGG
AGGAAGTGGCTCTACTGGTGGTGTAGTTGTCCCTCCCATAAATGTTCCAGGGACAACAAT
CCCTCCCATAACAGTACCAGGCACCCATATTCCAGGTTTTGTGATTCCAGGAGTGACGGT
TCCTGGTTATGGTACTGGTGGATGCCAAACCGGTGGGTGCACCCCAAGCGTGCCATACTA
TCATCCACCTATATACCAGCCACCAGAGTGTCCACATTGTCCTCCTTACGTTGCAGGACA
AGACAAACACATGGTAGATAAAGAAACCATGACGGAAGCTCTTGCACCCATGTCAAGCGA
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ACTTTACCCAAGTAAAGTTCTGAATAAGTGAAATGTGGAGAAGAAATAGTATTTATGTAA
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TTTAATAGGCCC

QA 1 732 1 732
DS 

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GTGGA
GGTAGTGGCTTTGGAGAAGGAATAGGCTCTAGTGGAGGAAGTGGCTTTGGGGAAGGAATT
GGCTCTAGTGGTGGTTCAGGTGTTGGCATTGGAGAAGGAAGAGGATCAGGGTATGGCCAA
CCTAACTGCGGTCCTGTCACAGGAGCCCCAGGTAGCGGATTTGGTGAAGGCATTGGACGA
GGTAGTGGTTCAGGTGAAGGGATTGGTATCGGTATAGGAGGAAGTGGCTCTACTGGTGGT
GTAGTTGTCCCTCCCATAAATGCTCCAGGGACAACAATCCCTCCCATAACAGTACCAGGC
ACCCATATTCCAGGTTTTGTGATTCCAGGAGTGACGGTTCCTGGTTATGGTACTGGTGGA
TGCCAAACCGGTGGGTGCACCCCAAGCGTGCCATACTATCATCCACCTATATACCAGCCA
CCAGAGTGTCCACATTGTCCTCCTTACGTTGCAGGACAAGACAAACACATGGTAGATAAA
GAAACCATGACGGAAGCTCTTGCACCCATGTCAAGCGAGATGCACGCCTAAGCTATTTAG
TGACCAGAGAAACAGAGAGTCTAAGAAAGTCACTCATAATGAGATTTAAAGTATGTTTTG
GTTTTGGTAAGCTTCATGTTAAGTTGAATAATCCTCCTACTTTACCCAAGTAAAGTTCTG
AATAAGTGAAATGTGGAGAAGAAATAGTATTTATGTAAAGAAGCAG*CAACTGGAACTGT
ATGTTGCATTTTCATGAATGTATCTTTGACA*TGAGTTTT**ATAG*C*CCAAGCTTGTA
TAATAGTGTGTTATTT
CTTAAA

QA 6 801 6 801
DS 

RD RR3BK10TF 715 0 0
GG
GGTGTTGGCATTGGAGAAGGAAGAGGATCAGGGTATGGTCAACCTAACTGCGGTCCTGTC
ACAGGAGCCCCAGGTAGCGGATTTGGTGAAGGCATTGGACGAGGTAGTGGTTCAGGTGAA
GGGATTGGTATCGGTATAGGAGGAAGTGGCTCTACTGGTGGTGTAGTTGTCCCTCCCATA
AATGTTCCAGGGACAACAATCCCTCCCATAACAGTACCAGGCACCCATATTCCAGGTTTT
GTGATTCCAGGAGTGACGGTTCCTGGTTATGGTACTGGTGGATGCCAAACCGGTGGGTGC
ACCCCAAGCGTGCCATACTATCATCCACCTATATACCAGCCACCAGAGTGTCCACATTGT
CCTCCTTACGTTGCAGGACAAGACAAACACATGGTAGATAAAGAAACCATGACGGAAGCT
CTTGCACCCATGTCAAGCGAGATGCACGCCTAAGCTATTTAGTGACCAGAGAAACAGAGA
GTCTAAGAAAGTCACTCATAATGAGATTTAAAGTATGTTTTGGTTTTGGTAAGCTTCATG
TTAAGTTGAATAATCCTCCTACTTTACCCAAGTAAAGTTCTGAATAAGTGAAATGTGGAG
AAGAAATAGTATTTATGTAAAGAAGCAGGCAACTGGAACTGTATGTTGCATTTTCATGGA
TGTATCTTCGACAATGAGTTTTTAATAG*CTCCAAGCTTGTATAATA
AAAAAA

QA 3 709 3 709
DS 

RD RR3BK10JQ 645 0 0
TCACAGGAGCCCCAGGTAGCGGATTTGGTGAAGGCATTGGACGAGGTAGTGGTTCAGGTG
AAGGGATTGGTATCGGTATAGGAGGAAGTGGCTCTACTGGTGGTGTAGTTGTCCCTCCCA
TAAATGTTCCAGGGACAACAATCCCTCCCATAACAGTACCAGGCACCCATATTCCAGGTT
TTGTGATTCCAGGAGTGACGGTTCCTGGTTATGGTACTGGTGGATGCCAAACCGGTGGGT
GCACCCCAAGCGTGCCATACTATCATCCACCTATATACCAGCCACCAGAGTGTCCACATT
GTCCTCCTTACGTTGCAGGACAAGACAAACACATGGTAGATAAAGAAACCATGACGGAAG
CTCTTGCACCCATGTCAAGCGAGATGCACGCCTAAGCTATTTAGTGACCAGAGAAACAGA
GAGTCTAAGAAAGTCACTCATAATGAGATTTAAAGTATGTTTTGGTTTTGGTAAGCTTCA
TGTTAAGTTGAATAATCCTCCTACTTTACCCAAGTAAAGTTCTGAATAAGTGAAATGTGG
AGAAGAAATAGTATTTATGTAAAGAAGCAGGCAACTGGAACTGTATGTTGCATTTTCATG
GATGTATCTTCGACAATGAGTTTTTAATAGGCTCCAAGCTTGTAT

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3CA76JQ 686 0 0
CACAGGAGCCCCAGGTAGCGGATTTGGTGAAGGCATTGGACGAGGTAGTGGTTCAGGTGA
AGGGATTGGTATCGGTATAGGAGGAAGTGGCTCTACTGGTGGTGTAGTTGTCCCTCCCAT
AAATGCTCCAGGGACAACAATCCCTCCCATAACAGTACCAGGCACCCATATTCCAGGTTT
TGTGATTCCAGGAGTGACGGTTCCTGGTTATGGTACTGGTGGATGCCAAACCGGTGGGTG
CACCCCAAGCGTGCCATACTATCATCCACCTATATACCAGCCACCAGAGTGTCCACATTG
TCCTCCTTACGTTGCAGGACAAGACAAACACATGGTAGATAAAGAAACCATGACGGAAGC
TCTTGCACCCATGTCAAGCGAGATGCACGCCTAAGCTATTTAGTGACCAGAGAAACAGAG
AGTCTAAGAAAGTCACTCATAATGAGATTTAAAGTATGTTTTGGTTTTGGTAAGCTTCAT
GTTAAGTTGAATAATCCTCCTACTTTACCCAAGTAAAGTTCTGAATAAGTGAAATGTGGA
GAAGAAATAGTATTTATGTAAAGAAGCAGGCAACTGGAACTGTATGTTGCATTTTCATGA
ATGTATCTTTGACAATGAGTTTTTAATAGGCCCCAAGCTTGTATAATAGTGTGTTATTTT
CTTAAAATTTAAAATAAAGAGTTACC

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3DP61JQ 564 0 0
GTTGTCCCTCCCATAAATGTTCCAGGGACAACAATCCCTCCCATAACAGTACCAGGCACC
CATATTCCAGGTTTTGTGATTCCAGGAGTGACGGTTCCTGGTTATGGTACTGGTGGATGC
CAAACCGGTGGGTGCACCCCAAGCGTGCCATACTATCATCCACCTATATACCAGCCACCA
GAGTGTCCACATTGTCCTCCTTACGTTGCAGGACAAGACAAACACATGGTAGATAAAGAA
ACCATGACGGAAGCTCTTGCACCCATGTCAAGCGAGATGCACGCCTAAGCTATTTAGTGA
CCAGAGAAACAGAGAGTCTAAGAAAGTCACTCATAATGAGATTTAAAGTATGTTTTGGTT
TTGGTAAGCTTCATGTTAAGTTGAATAATCCTCCTACTTTACCCAAGTAAAGTTCTGAAT
AAGTGAAATGTGGAGAAGAAATAGTATTTATGTAAAGAAGCAGGCAACTGGAACTGTATG
TTGCATTTTCATGGATGTATCTTTGACAATGAGTTTTTAATAGGCCCCAAGCTTGTATAA
TAGTGTGTTATTT
TCTTAAAATTT

QA 1 553 1 553
DS 



AS 2 7

CO CL459Contig1 1211 3 2 U
GTAACAAACTGAACATGCCATAGAGAAACAATGTTGCAAAGTTCACACATGAAATGAAAA
CAAGGGGGCTATATTAGCCAGTGAAGAATCTACTTGATTACATAAAAGATCGTATCCTAA
ACAAACACACAGAGAGATAACACAACACTTTGACTTCACTTGTTTTCATTTTGCGCTATC
AGTTTTACTCATTACAACTTCCATTTTCTCCATCTTCGCATACTCAAACTCCTTTGTCAT
CACGAGATTGTTCCTTTTGAAAGCTGCCCATATATGCATCATGGCGAAGAACACAAGCCC
TGTAGACCCAAAGGTCATCACAAAGCAGGTAACAATCTCCCACGCCCTCGCTCTTCTCAT
CCTCCTCCTCTTCGCCGCCTCCCCTTCCTCTATAAGCTTCTCTACCATAACCGCCCCATA
AGAGTGCACACCCTTAGGGACACTCCTCGCTTCTAAGCTCCAAGAGTGGAGATTCACGTT
CCCACCGTACGACTTCACACCAACCATGAACTCACTGTTACCTTTCAACATTCCCGACAA
GTCGATCCTAGTGAACATCAAAGGATCAACGTGTTGGAAGCTCTCTGATTTGCTTAACCG
GACTTCCAAGAACTTCCCACTTGCAATGTAATTAACCCAAGCGTACAACAACACTACCTT
CTTCTCCTTATCCTCTTCCTCCAAGTTAGCAACCGTGAAACTGCGAATCTCCTCGGGAAC
CGTAGTGCCATCTACACTCACAGTTACATTCCTTTCAAAAAAAGTACCGAAGTTTACTTC
GAACAGAGATTGATCAAACGTTCCGTTAATAGGAAACACGACGAACCCGAGTCTCCCGCC
ACCATTAACGGAGAAAGAGATGAGAGTAGAGAATCCGGCGGGATACTCGGACTTGGTCTC
GACGAAGTCGATGGGCTTCTTGTAGACGACTCGCCCACTGTTATGACTCACTGAGTCATT
CAGCTGGATCGAAATCGAAGATCCGCCGTGGAGGAGGTTTGCTTCGCCGTACAGAGCGAT
GTCTTCGGACGCAAAGCTTCCATTTTTACCGAAGGTGAAGGATGGTTTAGCTTCAGATAT
CGTGATTGCGGAGAAGAGTGATAGTAAAGGCGAGAGGAGTAGAAGGAAGAGGGACCTGGG
GAGAATGAAGCTCGCCATTGGTGGAGCAAGCTGTGGCTAAATTGAATTTGATTGGTTTTT
CTAGGGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ38JQ U 51
AF RR3AQ27JQ U 1
AF RR3AQ27TF C 393
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BS 866 1211 RR3AQ27TF

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CC

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TGTAGACCCAAAGGTCATCACAAAGCAGGTAACAATCTCCCACGCCCTCGCTCTTCTCAT
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AAATTGAATTTGATTGGTTTTTCTAGGGTTTCC

QA 7 819 7 819
DS 



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AACAAGGGGGCTATATTAGCCAGTGAAGAATCTACTTGATTACATAAAAGATCATAACAT
CCTAAACAAACACACATAGAG**ATATCACAACACTTGATTACTTCACTTGTTTTCATTT
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CTTTGTCATCACGAGATTGTTCCTTTTGAAAGCTGCCCAAATATGCATCATGGCGAAAAA
CACAAGCCCTGTAGACCCAAAGGTCATCACAAAGCAAGTCACAATCTCCCACGCCCTCGC
TCTTCTCATCCTCCTCCTCTTCTCCGCCTCCTCTTCCTCTATAAGCTTCTCCACCATAAC
CGCCCCATAAGAGTGCACACCCTTGGGGACGCTTCTCGCTTCTAAGCTCCAAGAGTGGAA
ACCAACGTTCCCACCGTACGCCTTCACACCAACCATGAACTCATTGTCACCTTTCAACAT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DG80JQ U 1
AF RR3G683JQ U 24
AF RR3H932JQ U 100
AF RR3H932TF C 650
BS 1 152 RR3DG80JQ
BS 153 153 RR3G683JQ
BS 154 609 RR3DG80JQ
BS 610 636 RR3G683JQ
BS 637 637 RR3H932JQ
BS 638 680 RR3G683JQ
BS 681 768 RR3H932JQ
BS 769 1300 RR3H932TF

RD RR3DG80JQ 610 0 0
CTGAAACAAACTGAACATGCCATAGAGAAACAATGTTGCAAAGTTCACACATGAAATGAA
AACAAGGGGGCTATATTAGCCAGTGAAGAATCTACTTGATTACATAAAAGATCATAACAT
CCTAAACAAACACACATAGAG**ATATCACAA*ACTTGATTACTTCACTTGTTTTCATTT
TGTGCTATCAGCTTTACCCATCACAGCTTCCATTTTCTCCATCTTCTCATACTCAAACTC
CTTTGTCATCACGAGATTGTTCCTTTTGAAAGCTGCCCAAATATGCATCATGGCGAAAAA
CACAAGCCCTGTAGACCCAAAGGTCATCACAAAGCAAGTCACAATCTCCCACGCCCTCGC
TCTTCTCATCCTCCTCCTCTTCTCCGCCTCCTCTTCCTCTATAAGCTTCTCCACCATAAC
CGCCCCATAAGAGTGCACACCCTTGGGGACGCTTCTCGCTTCTAAGCTCCAAGAGTGGAA
ACCAACGTTCCCACCGTACGCCTTCACACCAACCATGAACTCATTGTCACCTTTCAACAT
TCCCGACAAGTCGATCCTAGTGAACATCAAAGGATCAACATGTTCGAAGCTCTCTGATTT
GCTTAACCG
C

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3G683JQ 676 0 0
AGAGAAACAATGTTGCAAAGTTCACACATGAAATGAAAACAAGGGGGCTATATTAGCCAG
TGAAGAATCTACTTGATTACATAAAAGATCATAACATCCTAAACAAACACACATAGAG**
ATATCACAACACTTGATTACTTCACTTGTTTTCATTTTGTGCTATCAGCTTTACCCATCA
CAGCTTCCATTTTCTCCATCTTCTCATACTCAAACTCCTTTGTCATCACGAGATTGTTCC
TTTTGAAAGCTGCCCAAATATGCATCATGGCGAAAAACACAAGCCCTGTAGACCCAAAGG
TCATCACAAAGCAAGTCACAATCTCCCACGCCCTCGCTCTTCTCATCCTCCTCCTCTTCT
CCGCCTCCTCTTCCTCTATAAGCTTCTCCACCATAACCGCCCCATAAGAGTGCACACCCT
TGGGGACGCTTCTCGCTTCTAAGCTCCAAGAGTGGAAACCAACGTTCCCACCGTACGCCT
TCACACCAACCATGAACTCATTGTCACCTTTCAACATTCCCGACAAGTCGATCCTAGTAA
ACATCAAAGGATCAACATGTTCGAAGCTCTCTGATTTGCTTAACCGGACTTCCAAGAACT
TCCCACTTGCAAT*TAATTAACCCAAGCGTACAACAACAACACCTTCTTCTCCTTAT
TATCCTCTCCCTCCAAGTT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3H932JQ 675 0 0
GATTACATAAAAAGATCAT
ATCCTAAACAAACACACATAGAGAAATATCACAACACTTGATTACTTCACTTGTTTTCAT
TTTGTGCTATCAGCTTTACCCATCACAGCTTCCATTTTCTCCATCTTCTCATACTCAAAC
TCCTTCGTCATCACGAAATTGTTCCTTTTGAAAGCTGCCCATATATGCATCATGGCGAAG
AACACAAGTCCTGTAGACCCAAAGGTCATCACAAAGCAAGTCACAATCTCCCACGCCCTC
GCTCTTCTCATCCTCCTCCTCTTCGCCTCCTCCTCTTCCTCTATAAGCTTCTCCACCATA
ATCGCCCCATAAGAGTGCACACCCTTAGAGACACTTCTCGCTTCTAAGCTCCAAGAATGG
AGATCAACGTTCCCACCATACGACTTCACACCAACCATGAACTCATTGTCACCTTTCAAC
ATTCCCGACAAGTCGATCCTAGTGAACATCAAAGGATCAACATGTTCGAAGCTCTCTGAT
TTGCTTAAACGGACTTCCAAGAACTTCCCACTTGCAATGTAATTAACCCAAGCGTACAAC
AACAACACCTTCTTCTCCTTATTATCCTCTTCCTCCAAGTTAGCAACCGTGAAACTGCAA
ATCTCCTCGGGAACCGTAGTGCCATCTACACTCACAGTTACATTCCTTTC
GAAAGC

QA 20 669 20 669
DS 

RD RR3H932TF 651 0 0
GCGTACAACAACAACACCTTCTTCTCCTTATTATCCTCTTCCTCCAAGTTAGCAACCGTG
AAACTGCAAATCTCCTCGGGAACCGTAGTGCCATCTACACTCACAGTTACATTCCTTTCG
AAAGCACCGAACTTTACTTCGAACAGAGACTGCTCAAACGTTCCGTTAACAGGAAACACG
ACGAACCCGAGTCTCCCGCCACCGTTGACGGAGAAAGCGATGAGAGTAGAGAATCCGGCG
GGATACTCGGACTTGGTCTCGACGAACTCAATGGGCTTCTTGTAGACGACTCGCCCACTG
TTATGACTCACCGAGTCATTCAGCTGGATCGAAATCGAAGATCCGCCGTTGAGGAGGTTT
GCTTCGCCGTACAGAGCGATGTCGTCGGACGCAAAGCTTCCATTTTTACCGAAGCTTGTG
AAGGTAAAGGATGGTTTAGCTTCAGATATTGCGGAGAAGAGTGAGAGTAAAGGCAAGAGG
AGTAGAAGGAGGAGTGACTTGGGGGGAATGAAGCTCGCCATTGGTGGAGCAAACTGTGGC
TGATTGAATTTGATTGATTTTTCTAGGGTTTGAAATGGGAGATGAGATCTACTGTTGGGG
GAGAGTAAAGTGTGTGGTGCGGGCAGAGAGAACAGAGAAGCACTTGGACCC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 9

CO CL460Contig1 644 9 9 U
GGGCTAGAACCAAAAAAAAAAAACTGAAAAACAGATCGCACAGTAAAATTTAAGTTTGTT
TAACGTAACAGTCAAAGGAAATGGCGAGCACTGTAATGACTACCCTGCCTCAGTTCAATG
GTCTTCGTGCCAGCAAGATCTCCGCAGCTCCTGTTCAACGCCTGGCAACTGTTCAGCCCA
TGAGACGTAAGGGAAATGGTGCATTAGGTGCAAAGTGTGGTGACTTCATTGGTTCATCAA
CAAATCTGATAATGGTAACATCTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTG
CACCATCAGCAAATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTCGGGTC
TACAAACGGGTGATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTG
GTCATATCATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAA*CATTGGTGCTATATAAAAC
TTATTTTATTGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAAACAAAATTCTCAAGATACCT
GAGGGGGAGATCTAAATAAATATTTAAGTGTCTTTATGTTTATAATGTCTGCATCGCATG
CATTTGTTCAAATAGAAAATACCACCAGGCTTAGAAGTTTAAAA


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3CQ67JQ C 293
AF RR3CQ67TF U 293
AF RR3DH39TF U 5
AF RR3GN81TF U 128
AF RR3EO66TF U 3
AF RR3B940JQ C 1
AF RR3A049JQ C 4
AF RR3A049TF U 4
AF RR3B940TF U 1
BS 1 5 RR3B940JQ
BS 6 35 RR3A049TF
BS 36 36 RR3DH39TF
BS 37 467 RR3A049TF
BS 468 468 RR3CQ67TF
BS 469 590 RR3A049TF
BS 591 591 RR3B940TF
BS 592 607 RR3A049TF
BS 608 644 RR3B940TF

RD RR3CQ67JQ 299 0 0
G
GGACTTGCACCATCAGCAAATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGAC
TCGGGTTTACAAACGGGTGATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGC
ACCGTTGGTCATATCATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAA*CATTGGTGCTAT
ATAAAACTTATTTTATTGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTTTTAAACAAAATTTTCAA
GATACCTGAGGGGGAGATCTAAATAAATATTTAAGTGTCTTTATGTTTATAATGT
TTT

QA 2 296 2 296
DS 

RD RR3CQ67TF 299 0 0
G
GGACTTGCACCATCAGCAAATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGAC
TCGGGTCTACAAACGGGTGATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGC
ACCGTTGGTCATATCATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAA*CATTGGTGCTAT
ATAAAACTTATTTTATTGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAAACAAAATTCTCAA
GATACCTGAGGGGGAGATCTAAATAAATATTTAAGTGTCTTTATGTTTATAATGT
CTT

QA 2 296 2 296
DS 

RD RR3DH39TF 578 0 0
GGAGAACC
AAAAAAAAAAACTGAAAAACAGATCGCACAGTAAAATTTAAGTTTGTTTAACGTAACAGT
CAAAGGAAATGGCGAGCACTGTAATGACTACCCTGCCTCAGTTCAGTGGTCTTCGTGCCA
GCAAGATCTCCGCAGCTCCTGTTCAACGCCTGGCAACTGTTCAGCCCATGAGACGTAAGG
GAAATGGTGCATTAGGTGCAAAGTGTGGTGACTTCATTGGTTCATCAACAAATCTGATAA
TGGTAACATCTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTGCACCATCAGCAA
ATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTCGGGTCTACAAACGGGTG
ATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTGGTCATATCATCG
GAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAA*CATTGGTGCTATATAAAACTTATTTTATTGT
GTATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAAACAAAATTCTCAAGATACCTGAGGGGGAGATC
TAAATAAATATTTAAGTGTCTTTATGTT
AA

QA 9 576 9 576
DS 

RD RR3GN81TF 453 0 0
G
GCCAGCAAGATCTCCGCAGCTCCTGTTCAACGCCTGGCAACTGTTCAGCCCATGAGACGT
AAGGGAAATGGTGCATTAGGTGCAAAGTGTGGTGACTTCATTGGTTCATCAACAAATCTG
ATAATGGTAACATCTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTGCACCATCA
GCAAATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTCGGGTCTACAAACG
GGTGATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTGGTCATATC
ATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAAACATTGGTGCTATATAAAACTTATTTTA
TTGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAAACAAAATTCTCAAGATACCTGAGGGGGA
GATCTAAATAAATATTTAAGTGTCTTTATGTT

QA 2 453 2 453
DS 

RD RR3EO66TF 575 0 0
GGGCTAGAACC
AAAAAAAAAACTGAAAAACAGATCGCACAGTAAAATTTAAGTTTGTTTAACGTAACAGTC
AAAGGAAATGGCGAGCACTGTAATGACTACCCTGCCTCAGTTCAATGGTCTTCGTGCCAG
CAAGATCTCCGCAGCTCCTGTTCAACGCCTGGCAACTGTTCAGCCCATGAGACGTAAGGG
AAATGGTGCATTAGGTGCAAAGTGTGGTGACTTCATTGGTTCATCAACAAATCTGATAAT
GGTAACATCTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTGCACCATCAGCAAA
TAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTCGGGTCTACAAACGGGTGA
TCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTGGTCATATCATCGG
AGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAA*CATTGGTGCTATATAAAACTTATTTTATTGTG
TATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAAACAAAATTCTCAAGATACCTGAGGGGGAGATCT
AAATAAATATTTAAGTGTCTTTAT

QA 12 575 12 575
DS 

RD RR3B940JQ 640 0 0
GGGCTAGAACCAAAAAAAAAAAACTGAAAAACAGATCGCACAGTAAAATTTAAGTTTGTT
TAACGTAACAGTCGAAGGAAATGGTGACCACTGTAATGACTACACTGCCTCAGTTCAATG
GTCTTCGTGCCAGCAAGATCTCCGCAGCTCCTGTTCAACGCCTGGCAATTGTTCAGCCCA
TGAGACGCAAGGGAAATGGTGCATTGGGTGCAAAGTGTGGTGACTTCATTGGTTCATCAA
CAAATTTGATAATGGTAACATTTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTG
CACCATCAGCAAATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTCGGGTC
TACAAACGGGTGATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTG
GTCATATCATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAA*CATTGGTGCTATTTAAAAC
TTATTTTATTGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTTTTAAACAAAATTCTCAAGATACCT
GAGGGGGAGATCTAAATAAATATTTAAGTGTCTTTATGTTTATAATGTTTGCATCGCATG
CATTTGTTCAAATAGAAAATACCACCAGGCTTAGAAGTTT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3A049JQ 606 0 0
GG
AGAACCAAAAAAAAAAAACTGAAAAACAGATCGCACAGTAAAATTTAAGTTTGTTTAACG
TAACAGTCAAAGGAAATGGCGAGCACTGTAATGACTACCCTGCCTCAGTTCAATGGTCTT
CGTGCCAGCAAGATTTCCGCAGCTCCTGTTCAACGCCTGGCAACTGTTCAGCCCATGAGA
CGTAAGGGAAATGGTGCATTAGGTGCAAAGTGTGGTGACTTCATTGGTTCATCAACAAAT
CTGATAATGGTAACATTTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTGCACCA
TCAGCAAATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTCGGGTTTACAA
ACGGGTGATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTGGTCAT
ATCATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAA*CATTGGCGCTATATAAAACTTATT
TTATTGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTTTTAAACAAAATTCTCAAGATACCTGAGGG
GGAGATCTAAATAAATATTTAAGTGTCTTTATGTTTATAATGTTTTCATCGCATGCATTT
GT
CC

QA 3 604 3 604
DS 

RD RR3A049TF 606 0 0
GG
AGAACCAAAAAAAAAAAACTGAAAAACAGAACGCACAGTAAAATTTAAGTTTGTTTAACG
TAACAGTCAAAGGAAATGGCGAGCACTGTAATGACTACCCTGCCTCAGTTCAATGGTCTT
CGTGCCAGCAAGATCTCCGCAGCTCCTGTTCAACGCCTGGCAACTGTTCAGCCCATGAGA
CGTAAGGGAAATGGTGCATTAGGTGCAAAGTGTGGTGACTTCATTGGTTCATCAACAAAT
CTGATAATGGTAACATCTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTGCACCA
TCAGCAAATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTCGGGTCTACAA
ACGGGTGATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTGGTCAT
ATCATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAA*CATTGGCGCTATATAAAACTTATT
TTATTGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAAACAAAATTCTCAAGATACCTGAGGG
GGAGATCTAAATAAATATTTAAGTGTCTTTATGTTTATAATGTCTTCATCGCATGCATTT
GT
CC

QA 3 604 3 604
DS 

RD RR3B940TF 644 0 0
GGGCT
AGAACCAAAAAAAAAAAACTGAAAAACAGATCGCACAGTAAAATTTAAGTTTGTTTAACG
TAACAGTCGAAGGAAATGGTGACCACTGTAATGACTACACTGCCTCAGTTCAATGGTCTT
CGTGCCAGCAAGATCTCCGCAGCTCCTGTTCAACGCCTGGCAATTGTTCAGCCCATGAGA
CGCAAGGGAAATGGTGCATTGGGTGCAAAGTGTGGTGACTTCATTGGTTCATCAACAAAT
CTGATAATGGTAACATCTACGACCCTGATGCTGTTCGCGGGGAGATTCGGACTTGCACCA
TCAGCAAATAGGAAAGCAACAGCTGGACTTAAGCTGGAGGCACGTGACTCGGGTCTACAA
ACGGGTGATCCAGCCGGATTCACGCTCGCTGACACGTTGGCCTGTGGCACCGTTGGTCAT
ATCATCGGAGTAGGAGTTGTCCTTGGCCTAAAAAA*CATTGGTGCTATTTAAAACTTATT
TTATTGTGTATTTGTAACCATTGTAGATTTCTTAAACAAAATTCTCAAGATACCTGAGGG
GGAGATCTAAATAAATATTTAAGTGTCTTTATGTTTATAATGTCTGCATCGCATGCATTT
GTTCAAATAGAAAATACCACCAGGCTTAGAAGTTTAAAA

QA 6 644 6 644
DS 



AS 1 8

CO CL461Contig1 900 8 25 U
GGTGGGAGGACTACTTCTACTTCACACTTATCAAGCGGCGATGGCGATGTCTCTTCTGAA
GCTAAGAAACTCACCTGCTTTGAGATCGGCGGCGAATATTTCCCCGATCGGAGTTTTATC
AAGGGCTTTCTCAAAGCTCTCTGAGGGCACGGACATAACCTCGGCGGCTCCAGGCGTTTC
CCTCCAGAAAGCTCGCAGCTGGGACGAAGGCGTCTCCTCCAAATTCTCCACCACACCATT
GGCCGACATCTTCAAGGGGAAGAAAGTCGTCATCTTTGGACTTCCTGGCGCGTACACAGG
AGTCTGCTCACAGCAGCATGTGCCAAGCTACAAGAGCCACATTGATAAGTTCAAAGCCAA
AGGCATTGACTCCGTCATCTGTGTCTCTGTCAATGATCCATATACTATAAATGGTTGGGC
AGACAAGATTGGAGCCAAAGACGCTATTGAGTTTTATGGAGATTTTGATGGGAAATTCCA
TAAAAGCTTGGGGCTAGACAAGGATCTCTCTGCTGCATTGCTCGGCCCTCGGTCTGAGAG
ATGGTCGGCTTATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGAACGTGGAAGAAGCACCGTC
TGACTTCAAGGTGTCAGGAGCAGAAGTCATTTTAGGACAGATCTAACAAGTGTTTCGACA
AGTTCTTCTTTGTCTCTGTTGTTTCCTCTTTTATATGAGTTGCGAGTGAGAATAAGTTTG
ATCCGAACATCACCAAAGGATCACACCAAGTCAACAACTCCACTTCTTTTTTTGGATCTT
GTTTTATGTTTCAATAACAAAAAAGTTTGTTTCTTGCCGTTTCTCAGCAAATGTACATCA
TAACATGATAGATAGAGTAGAGTACTCCATTAGTAAGTTATTCAAAGATAAATTTTATAG


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DR33TF U 1
AF RR3F123TF U 6
AF RR3CX47TF U 285
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AGACAAGATTGGAGCCAAAGACGCTATTGAGTTTTATGGAGATTTTGATGGGAAATTCCA
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ATGGTCGGCTTATGTAGAAG

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AGAAAGCTCGCAGCTGGGACGAAGGCGTCTCCTCCAAATCCTCCACCACACCATTGGCCG
ACATCTTCAAGGGGAAGAAAGTCGTCATCTTTGGACTTCCTGGCGCTTACACAGGAGTCT
GCTCACAGCAGCATGTGCCAAGCTACAAGAGCCACATTGATAAGTTCAAAGCCAAAGGCA
TTGACTCCGTCATCTGTGTCTCTGTCAATGATCCATATACTATAAATGGTTGGGCAGACA
AGATTGGAGCCAAAGACGCTATTGAGTTTTATGGAGATTTTGATGGGAAATTCCATAAAA
GCTTGGGGCTAGACAAGGATCTCTCTGCTGCATTGCTCGGCCCTCGGTCTGAGAGATGGT
CGGCTTATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGAACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACT
TCAAG
TGT

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DS 

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ATAAGTTCAAAGCCAAAGGCATTGACTCCGTCATCTGTGTCTCTGTCA*TGATCCATATA
CTATAAATGGTTGGGCAGACAAGATTGGAGCCAAAGACGCTATTGAGTTTTATGGAGATT
TTGATGGGAAATTCCATAAAAGCTTGGGGCTAGACAAGGATCTCTCTGCTGCATTGCTCG
GCCCTCGGTCTGAGAGATGGTCGGCTTATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGAACG
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GGG
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AGAAAGCTCGCAGCTGGGACGAAGGCGTCTCCTCCAAATTCTCCACCACACCATTGGCCG
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GCTCACAGCAGCATGTGCCAAGCTACAAGAGCCACATTGATAAGTTCAAAGCCAAAGGCA
TTGACTCCGTCATCTGTGTCTCTGTCAATGATCCATATACTATAAATGGTTGGGCAGACA
AGATTGGGGCCAAAGACGCTATGGAGTTTTATGGAGATTTTGATGGGAAATTCCATAAAA
GCTTGGGGCTAGACAAGGATCTCTCTGCTGCATTGCTCGGCCCTCGGTCTGAGAGATGGT
CGGCATATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGAACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACT
TCAAGGTGTCAGGAGCAGAAGTCATTTTAG*ACAGATCTAACAAGTGTTTCAACAAGTTG
TTCTCTGTCTCTGTTGTTTCCTCTTTTATATAAGTTGCGAGTGAAAATAAGTTTGATCCG
AACATAACCAAAG*ATCACACCAAGTTTACAACTCTACTT
TTTCTTGGTTCTTG

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DS 

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GG
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GAAACTCACCTGCTTTGAGATCGGCGGCAAATATTTCCCCGATCGGAGTTTTATCAAGGG
CTTTCTCAAAGCTCTCTGAGGGCACGGACATAACCTCGGCGGCTCCAGGCGTTTCCCTCC
AGAAAGCTCGCAGCTGGGACGAAGGCGTCTCCTCCAAATTCTCCACCACACCATTGGCCG
ACATCTTCAAGGGGAAGAAAGTCGTCATCTTTGGACTTCCTGGCGCGTACACAGGAGTCT
GCTCACAGCAGCATGTGCCAAGCTACAAGAGCCA**TTGGTAAGTTCAAAGCCAAAGGCA
TTGACTCCGTCATCTGTGTCTCTGTCAATGATCCATATACTATAAATGGTTGGGCAGACA
AGATTGGAGCCAAAGACGCTATTGAGTTTTATGGAGATTTTGATGGGAAATTTCATAAAA
GCTTGGGGCTAGACAAGGATCTCTCTGCTGCATTGCTCGGCCCTCGGTCTGAGAGATGGT
CGGCTTATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGAACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACT
TCAAGGTGTCAGGAGCAGAAGTCATTTTAGGACAGATCTAACAAGTGTTTCGACAAGTTC
TTCTTTGTCTCTGTTGTTTCCTCTTTTATATGAGTTGCGAGTGAGAATAAGTTTGATCCG
AACATCACCA

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G
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GACTCCGTCATCTGTGTTTCTGTCA*TGATCCATATACTATAAATGGTTGGGCAGACAAG
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GCTTATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGAACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACTTC
AAGGTGTCAGGAGCAGAAGTCATTTTAGGACAGATCTAACAAGTGTTTCGACAAGTTCTT
CTTTGTCTCTGTTGTTTCCTCTTTTATATGAGTTGCGAGTGAGAATAAGTTTGATCCGAA
CATCACCAAAGGATCACACCAAGTCAACAACTCCACTTCTTTTTTTGGATCTTGTTTTAT
GTTTCAATAACAAAAAAGTTTGT
C

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DS 

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C
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ATTGATAAGTTCAAAGCCAAAGGCATTGACTCCGTCATCTGTGTCTCTGTCAATGATCCA
TATACTATAAATGGTTGGGCAGACAAGATTGGAGCCAAAGACGCTATTGAGTTTTATGGA
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CTCGGCCCTCGGTCTGAGAGATGGTCGGCTTATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCTGTG
AACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACTTCAAGGTGTCAGGAGCAGAAGTCATTTTAGGACAG
ATCTAACAAGTGTTTCGACAAGTTCTTCTTTGTCTCTGTTGTTTCCTCTTTTATATGAGT
TGCGAGTGAGAATAAGTTTGATCCGAACATCACCAAAGGATCACACCAAGTCAACAACTC
CACTTCTTTTTTTGGATCTTGTTTTATGTTTCAATAACAAAAAAGTTTGTTTCTTGCCGT
TTCTCAGCAAATGTACATCATAACATGATAGATAGAGTAGAGTACTCCATTAGTAAGTTA
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DS 

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AAAGCTCGCAGCTGGGACGAAGGCGTCTCCTCCAAATTCTCCACCACACCATTGGCCGAC
ATCTTCAAGGGGAAGAAAGTCGTCATCTTTGGACTTCCTGGCGCGTACACAGGAGTCTGC
TCACAGCAGCATGTGCCAAGCTACAAGAGCCA**TTGGTAAGTTCAAAGCCAAAGGCATT
GACTCCGTCATCTGTGTCTCTGTCAATGATCCATATACTATAAATGGTTGGGCAGACAAG
ATTGGAGCCAAAGACGCTATTGAGTTTTATGGAGATTTTGATGGGAAATTTCATAAAAGC
TTGGGGCTAGACAAGGATCTTTTTGCTGCATTGCTCGGCCCTCGGTTTGAGAGATGGTCG
GCTTATGTAGAAGACGGCAAGGTGAAGGCTGTGAACGTGGAAGAAGCACCGTCTGACTTC
AAGGTGTCAGGAGCAGAAGTCATTTTAGGACAGATCTAACAAGTGTTTCGACAAGTTCTT
CTTTGTCTCTGTTGTTTCCTCTTTTATATGAGTTGCGAGTGAGAATAAGTTTGATCCGAA
CATCACCAAAGGATCACACCAAGTCAACAACTCCACTTCTTTTTTTGGATCTTGTTTTAT
GTTTCAATAACAAAAAAGTTTGTTTCTTGCCGTTTCTCAGCAAATGTACATCATAACATG
ATAGATAGAGTAGAGTACTCCATTAGTAAGTT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 7

CO CL462Contig1 972 7 7 U
GGATCGCCTCTCGAGAAAAGAAAACCTAGCGCTGCAGTCGCCATGGACGTATCCGCGAAC
AAAGGTCTGGAATTGAACGGTCGTGATGCAGAGGTTCTAATAAGCTCTAGCACTAGGAGA
ATCCACGAGAAACCTAGGGAAGTCGCCATGGACCAAGGTCTGGAATTGAACGGTGGGATT
CTTAAAAGCAGTATTATTAGCAGGATGGTGGTTGAGGGATACGACACCTCCCCTCCTAGG
GAGGATGTCGAAAAGGCTCTGAAACAACACTTCGCATCACATGGAATAAAGCTAATACAT
GTCTCTGTTCCCGTTGACTGCAAATTTCGCAAATATCTTAGTCGCAGACGCGCCTTAATC
TATGTTAATGGAGAATGTGAAGCAGAGGCGTTGAAGCTTGATGGAACTGACATGGGAGGA
CGTATTTTGAAAATTACGGCTTACCCTTTTGACGACAACAGCCTTGAGCATGACTTTGCT
CCTACCGAAGTCATAGACGAATACCGACCGCGCAAGTTGCAAGTTACAGGATTTGGTACT
TCCCTCTCTCGGAATGATATCAAGAAGATGCTATGTAGGGTTTTCCCCGGATCCACTTGT
GTTTCTGTCAGGGACTGCTCAGCATTGCTTCATCTCCGTGGACCATATGCTATGGACGAG
GCTCTGAAACTTAGCGGAGGTTCTGTGGAAGGCTTTAAATTTGCAGTTACTATGGTCCTC
CCAGAAATTAAGATGCAGGTTGGCATCCGTCGCGAGGATTGGGTCTAAAACCAATCAGAA
GATCAAGACTACGGACTAGGAATCTCACTCTCTCTCTCTCTC**AAATGCTGTCTCGTGT
TATTAACTTGTGTCATGCAATGCCACCTTCTTTTCTCTTGTCTGGATTTTGAATCTTATG
TTTTTATTCGTGTGTGTTGTTTTTAAAGATAAAACTCTATAAAATCACTATGACAAACTT
GGTTGTCCAACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA53TF U 1
AF RR3CC09TF U 1
AF RR3AD48TF U 27
AF RR3H762TF U 102
AF RR3H762JQ C 346
AF RR3CA53JQ C 245
AF RR3AD48JQ C 185
BS 1 670 RR3CA53TF
BS 671 673 RR3CC09TF
BS 674 728 RR3AD48TF
BS 729 738 RR3H762TF
BS 739 739 RR3AD48JQ
BS 740 776 RR3H762TF
BS 777 972 RR3AD48JQ

RD RR3CA53TF 670 0 0
GGATCGCCTCTCGAGAAAAGAAAACCTAGCGCTGCAGTCGCCATGGACGTATCCGCGAAC
AAAGGTCTGGAATTGAACGGTCGTGATGCAGAGGTTCTAATAAGCTCTAGCACTAGGAGA
ATCCACGAGAAACCTAGGGAAGTCGCCATGGACCAAGGTCTGGAATTGAACGGTGGGATT
CTTAAAAGCAGTATTATTAGCAGGATGGTGGTTGAGGGATACGACACCTCCCCTCCTAGG
GAGGATGTCGAAAAGGCTCTGAAACAACACTTCGCATCACATGGAATAAAGCTAATACAT
GTCTCTGTTCCCGTTGACTGCAAATTTCGCAAATATCTTAGTCGCAGACGCGCCTTAATC
TATGTTAATGGAGAATGTGAAGCAGAGGCGTTGAAGCTTGATGGAACTGACATGGGAGGA
CGTATTTTGAAAATTACGGCTTACCCTTTTGACGACAACAGCCTTGAGCATGACTTTGCT
CCTACCGAAGTCATAGACGAATACCGACCGCGCAAGTTGCAAGTTACAGGATTTGGTACT
TCCCTCTCTCGGAATGATATCAAGAAGATGCTATGTAGGGTTTTCCCCGGATCCACTTGT
GTTTCTGTCAGGGACTGCTCAGCATTGCTTCATCTCCGTGGACCATATGCTATGGACGAG
GCTCTGAAAC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3CC09TF 673 0 0
GGATCGCCTCTCGAGAAAAGAAAACCTAGCGCTGCAGTCGCCATGGACGTATCCGCGAAC
AAAGGTCTGGAATTGAACGGTCGTGATGCAGAGGTTCTAATAAGCTCTAGCACTAGGAGA
ATCCACGAGAAACCTAGGGAAGTCGCCATGGACCAAGGTCTGGAATTGAACGGTGGGATT
CTTAAAAGCAGTATTATTAGCAGGATGGTGGTTGAGGGATACGACACCTCCCCTCCTAGG
GAGGATGTCGAAAAGGCTCTGAAACAACACTTCGCATCACATGGAATAAAGCTAATACAT
GTCTCTGTTCCCGTTGACTGCAAATTTCGCAAATATCTTAGTCGCAGACGCGCCTTAATC
TATGTTAATGGAGAATGTGAAGCAGAGGCGTTGAAGCTTGATGGAACTGACATGGGAGGA
CTTATTTTGAAAATTACGGCTTACCCTTTTGAC***AACAGCCTTGAGCATGACTTTGCT
CCTACCGAAGTCGTAGACGAATACCGACCGCGCAAGTTGCAAGTTACAGGATTTGGTACT
TCCCTCTCTCGGAATGATATCAAGAAGATGCTATGTAGGGTTTTCCCCGGATCCACTTGT
GTTTCTGTCAGGGACTGCTCAGCATTTCTTCATCTCCGTGGACCATATGCTATGGACGAG
*CTCTGAAACTTA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3AD48TF 702 0 0
GG
GCGCTGCAGTCGCCATGGACGTATCCGCGAACAAAGGTCTGGAATTGAACGGTCGTGATG
CAGAGGTTCTAATAAGCTCTAGCACTAGGAGAATCCACGAGAAACCTAGGGAAGTCGCCA
TGGACCAAGGTCTGGAATTGAACGGTGGGATTCTTAAAAGCAGTATTATTAGCAGGATGG
TGGTTGAGGGATACGACACCTCCCCTCCTAGGGAGGATGTCGAAAAGGCTCTGAAACAAC
ACTTCGCATCACATGGAATAAAGCTAATACATGTCTCTGTTCCCGTTGACTTCAAATTTC
GCAAATATCTTAGTCGCAGACGCGCCTTAATCTATGTTAATGGAGAATGTGAAGCAGAGG
CGTTGAAGCTTGATGGAACTGACATGGGAGGACGTATTTTGAAAATTACGGCTTACCCTT
TTGACGACAACAGCCTTGAGCATGACTTTGCTCCTACCGAAGTCATAGACGAATACCGAC
CGCGCAAGTTGCAAGTTACAGGATTTGGTACTTCCCTCTCTCGGAATGATATCAAGAAGA
TGCTATGTAGGGTTTTCCCCGGATCCACTTGTGTTTCTGTCAGGGACTGCTCAGCATTGC
TTCATCTCCGTGGACCATATGCTATGGACGAGGCTCTGAAACTTAGCGGAGGTTCTGTGG
AAGGCTTTAAATTTGCAGTTACTATGGTCCTCCCAGAAAT

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR3H762TF 675 0 0
G
AGCTCTAGCACTAGGAGAATCCACGAGAAACCTAGGGAAGTCGCCATGGACCAAGGTCTG
GAATTGAACGGTGGGATTCTTAAAAGCAGTATTATTAGCAGGATGGTGGTTGAGGGATAC
GACACCTCCCCTCCTAGGGAGGATGTCGAAAAGGCTCTGAAACAACACTTCGCATCACAT
GGAATAAAGCTAATACATGTCTCTGTTCCCGTTGACTGCAAATTTCGCAAATATCTTAGT
CGCAGACGCGCCTTAATCTATGTTAATGGAGAATGTGAAGCAGAGACGTTGAAGCTTGAT
GGAACTGACATGGGAGGACGTATTTTGAAAATTACGGCTTACCCTTTTGACGACAACAGC
CTTGAGCATGACTTTGCTCCTACCGAAGTCATAGACGAATACCGACCGCGCAAGTTGCAA
GTTACAGGATTTGGTACTTCCCTCTCTCGGAATGATATCAAGAAGATGCTATGTAGGGTT
TTCCCCGGATCCACTTGTGTTTCTGTCAGGGACTGCTCAGCATTGCTTCATCTCCGTGGA
CCATATGCTATGGACGAGGCTCTGAAACTTAGCGGAGGTTCTGTGGAAGGCTTTAAATTT
GCAGTTACTATGGTCCTCCCAGAAATTAAGATGCAG*TTGGCATCCGTCGCGAGGATTGG
GTCTAAAACCAATC

QA 2 675 2 675
DS 

RD RR3H762JQ 609 0 0
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ACTGACATGGGAGGACGTATTTTGAAAATTACGGCTTACCCTTTTGACGACAACAGCCTT
GAGCATGACTTTGCTCCTACCGAAGTCATAGACGAATACCGACCGCGCAAGTTGCAAGTT
ACAGGATTTGGTACTTCCCTCTCTCGGAATGATATCAAGAAGATGCTATGTAGGGTTTTC
CCCGGATCCACTTGTGTTTCTGTCAGGGACTGCTCAGCATTGCTTCATCTCCGTGGACCA
TATGCTATGGACGAGGCTCTGAAACTTAGCGGAGGTTCTGTGGAAGGCTTTAAATTTGCA
GTTACTATGGTCCTCCCAGAAATTAAGATGCAGGTTGGCATCCGTCGCGAGGATTGGGTC
TAAAACCAATCAGAAGATCAAGACTACGGACTAGGAATCTCACTCTCTCTCTCTCTC**A
AATGCTGTCTCGTGTTATTAACTTGTGTCATGCAATGCCACCTTCTTTTCTCTTGTCTGG
ATTTTGAATCTTATGTTTTTATTCGTGTGTGTTGTTTTTAAAGATAAAACTCTATAAACT
CACTATGAC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3CA53JQ 696 0 0
ATGTCGAAAAGGCTCTGAAACAACACTTCGCATCACATGGAATAAAGCTAATACATGTCT
CTGTTCCCGTTGACTGCAAATTTCGCAAATATCTTAGTCGCAGACGCGCCTTAATCTATG
TTAATGGAGAATGTGAAGCAGAGGCGTTGAAGCTTGATGGAACTGACATGGGAGGACGTA
TTTTGAAAATTACGGCTTACCCTTTTGACGACAACAGCCTTGAGCATGACTTTGCTCCTA
CCGAAGTCATAGACGAATACCGACCGCGCAAGTTGCAAGTTACAGGATTTGGTACTTCCC
TCTCTCGGAATGATATCAAGAAGATGCTATGTAGGGTTTTCCCCGGATCCACTTGTGTTT
CTGTCAGGGACTGCTCAGCATTGCTTCATCTCCGTGGACCATATGCTATGGACGAGGCTC
TGAAACTTAGCGGAGGTTCTGTGGAAGGCTTTAAATTTGCAGTTACTATGGTCCTCCCAG
AAATTAAGATGCAGGTTGGCATCCGTCGCGAGGATTGGGTCTAAAACCAATCAGAAGATC
AAGACTACGGACTAGGAATCTCACTCTCTCTCTCTCTCTCAAATGCTGTCTCGTGTTATT
AACTTGTGTCATGCAATGCCACCTTCTTCTCTCTTGTCTGGATTTTGAATCTTATGTTTT
TATTCGTGTGTGTTGTTTTTAAAGATAAAACTCTAT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3AD48JQ 788 0 0
AAAGCAGTATTATTAGCAGGATGGTGGTTGAGGGATACGACACCTCCCCTCCTAGGGAGG
ATGTCGAAAAGGCTCTGAAACAACACTTCGCATCACATGGAATAAAGCTAATACATGTCT
CTGTTCCCGTTGACTTCAAATTTCGCAAATATCTTAGTCGCAGACGCGCCTTAATCTATG
TTAATGGAGAATGTGAAGCAGAGGCGTTGAAGCTTGATGGAACTGACATGGGAGGACGTA
TTTTGAAAATTACGGCTTACCCTTTTGACGACAACAGCCTTGAGCATGACTTTGCTCCTA
CCGAAGTCATAGACGAATACCGACCGCGCAAGTTGCAAGTTACAGGATTTGGTACTTCCC
TCTCTCGGAATGATATCAAGAAGATGCTATGTAGGGTTTTCCCCGGATCCACTTGTGTTT
CTGTCAGGGACTGCTCAGCATTGCTTCATCTCCGTGGACCATATGCTATGGACGAGGCTC
TGAAACTTAGCGGAGGTTCTGTGGAAGGCTTTAAATTTGCAGTTACTATGGTCCTCCCAG
AAATTAAGATGCAGGTTGGCATCCGTCGCGAGGATTGGGTCTAAAACCAATCAGAAGATC
AAGACTACGGACTAGGAATCTCACTCTCTCTCTCTCTC**AAATGCTGTCTCGTGTTATT
AACTTGTGTCATGCAATGCCACCTTCTTTTCTCTTGTCTGGATTTTGAATCTTATGTTTT
TATTCGTGTGTGTTGTTTTTAAAGATAAAACTCTATAAAATCACTATGACAAACTTGGTT
GTCCAACC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 2 8

CO CL463Contig1 567 4 5 U
GGAAAAAGCACAAACTCATATTCCCAAATCAACTCGAAAAAGATCGAAGAAGAGAGACTC
AGAAATGGCTTCTACCTCCGCTGTAGCATCGGTCATGCCACTCACCCAAAACCGATCATC
TTCGGCGAAAACCATTGCCTTCCTCAAGCCACTGCCTTTGAAACCATCTAAGGCGTCCTC
CTTCTCCGTAGCCATGCCTTCACGGAAGTTTCAAGTGAATGCGTCTAACCTGAAGATGGA
GAAGGCTGTGAGCGGCTTATCCGGTGCAGCTCTCACTGTTTCCATGGTGCTCCCTGAGGT
GGCCGAAGCGGCAGGCTCAGGTATCTCTCCTTCTCTCCAGAACTTCTTGCTTAGCATTGC
TGCAGGAGGCGTGGTGCTCACGGTCATCATAGGTGTTGTTGTTGGTGCCTCCAACTTTGA
TCCTGTCAAGAGAGCCTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAATGATCTCTGTTGTTA
CTCTTTGTTGTCTGTTATCGATTTGTGAAATCATGTAATGAACTTTTGGCGGTCTTCTTC
AATCTTATATGCTTCTTATATTACAGG


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3B566JQ C 29
AF RR3B566TF U 29
AF RR3AT65JQ C 1
AF RR3AT65TF U 1
BS 1 4 RR3AT65JQ
BS 5 30 RR3AT65TF
BS 31 533 RR3B566TF
BS 534 563 RR3AT65TF
BS 564 567 RR3AT65JQ

RD RR3B566JQ 506 0 0
GG
AACTCGAAAAAGATCGAAGAAGAGAGACTCAGAAATGGCTTCTACCTCCGCTGTAGCATC
GGTCATGCCACTCACCCAAAACCGATCATCTTCGGCGAAAACCATTGCCTTCCTCAAGCC
ACTGCCTTTGAAACCATTTAAGGCGTCCTCCTTCTCCGTAGCCATGCCTTCACGGAAGTT
TCAAGTGAATGCGTCTAACCTGAAGATGGAGAAGGCTGTGAGCGGCTTATCCGGTGCAGC
TCTCACTGTTTCCATGGTGCTCCCTGAGGTGGCCGAAGCGGCAGGCTCAGGTATCTCTCC
TTCTCTCCAGAACTTCTTGCTTAGCATTGCTGCAGGAGGCGTGGTGCTCACGGTCATCAT
AGGTGTTGTTGTTGGTGCCTCCAACTTTGATCCTGTCAAGAGAGCCTAAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAAAGAGAAATGATCTCTGTTGTTACTCTTTGTTGTCTGTTATCGATTTGTGAAA
TCATGTAATGAACTTTTGGCGGT
C

QA 3 505 3 505
DS 

RD RR3B566TF 506 0 0
GG
AACTCGAAAAAGATCGAAGAAGAGAGACTCAGAAATGGCTTCTACCTCCGCTGTAGCATC
GGTCATGCCACTCACCCAAAACCGATCATCTTCGGCGAAAACCATTGCCTTCCTCAAGCC
ACTGCCTTTGAAACCATCTAAGGCGTCCTCCTTCTCCGTAGCCATGCCTTCACGGAAGTT
TCAAGTGAATGCGTCTAACCTGAAGATGGAGAAGGCTGTGAGCGGCTTATCCGGTGCAGC
TCTCACTGTTTCCATGGTGCTCCCTGAGGTGGCCGAAGCGGCAGGCTCAGGTATCTCTCC
TTCTCTCCAGAACTTCTTGCTTAGCATTGCTGCAGGAGGCGTGGTGCTCACGGTCATCAT
AGGTGTTGTTGTTGGTGCCTCCAACTTTGATCCTGTCAAGAGAGCCTAAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAAAGAGAAATGATCTCTGTTGTTACTCTTTGTTGTCTGTTATCGATTTGTGAAA
TCATGTAATGAACTTTTGGCGGT
C

QA 3 505 3 505
DS 

RD RR3AT65JQ 567 0 0
GGAAAAAGCACAAACTCATATTCCCAAATCGACTCGAAAAAGATCGAAGAAGAGAGACTC
ATAAATGGCTTCTACCTCCGCTGTAGCATCGGTCATGCCACTCACCCAAAACTGATCATT
TTCGGCGAAAACCATTGCCTTCCTCAAGCCACTGCCTTTGAAACCATTTAAGGCGTCCTC
CTTCTCCGTAGCCATGCCTTCACGGAAGTTTCAAGTGAATGCGTCTAACCTGAAGATGGA
GAAGGCTGTGAGCGGCTTATCCGGTGCAGCTCTCACTGTTTCCATGGTGCTCCCTGAGGT
GGCCGAAGCGGCAGGCTCAGGTATCTCTCCTTCTCTCCAGAACTTCTTGCTTAGCGTTGC
TGCAGGAGGCGTGGTGCTCACGGTCATCATAGGTGTTGTTGTTGGTGTCTCCAACTTTGA
TCCTGTCAAGAGAGCCTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAATGATCTCTGTTGTTA
CTCTTTGTTGTCTGTTATCGATTTGTGAAATCATGTAATGAACTTTTGGCGGTTTTCTTC
AATCTTATATGCTTCTTATATTACAGG

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3AT65TF 567 0 0
GGAA
AAAGCACAAACTCATATTCCCAAATCGACTCGAAAAAGATCGAAGAAGAGAGACTCATAA
ATGGCTTCTACCTCCGCTGTAGCATCGGTCATGCCACTCACCCAAAACTGATCATCTTCG
GCGAAAACCATTGCCTTCCTCAAGCCACTGCCTTTGAAACCATCTAAGGCGTCCTCCTTC
TCCGTAGCCATGCCTTCACGGAAGTTTCAAGTGAATGCGTCTAACCTGAAGATGGAGAAG
GCTGTGAGCGGCTTATCCGGTGCAGCTCTCACTGTTTCCATGGTGCTCCCTGAGGTGGCC
GAAGCGGCAGGCTCAGGTATCTCTCCTTCTCTCCAGAACTTCTTGCTTAGCGTTGCTGCA
GGAGGCGTGGTGCTCACGGTCATCATAGGTGTTGTTGTTGGTGTCTCCAACTTTGATCCT
GTCAAGAGAGCCTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAATGATCTCTGTTGTTACTCT
TTGTTGTCTGTTATCGATTTGTGAAATCATGTAATGAACTTTTGGCGGTCTTCTTCAATC
TTATATGCTTCTTATATTA
CAGG

QA 5 563 5 563
DS 



CO CL463Contig2 569 4 7 U
GGAAAGCACAAACTCACATTCACAAATCAACTCGAAAAAGATCGAAGAAGAGAGACTCAG
AAATGGCTTCTACCTCCGCTGTATCATTTGTCATGCCACTCACCGAAAACCGATCATCTT
CGGCGAAAACCATTGCCTTCCTCAAGCCACTGCCTTTGAAACCATCTAAGGCGTCCTCCT
TCTCCGTAGCCATGCCTTCACGGAAGTTTCAAGTGAATGCGCCTAACCTGAAGATGGAGA
AGGCTGTGAGCGGCTTAGCAGCGGCAGCTCTCACCGTTTCCATGGTGATCCCTGAGGTGG
CTGAAGCGGCAGGTTCAGGTATCTCTCCTTCTCTCAAGAACTTTTTGCTTAGCATTGCCG
CAGGAGGCGTGGTGCTCACGGTCATCATCGGTGTTGTTGTTGGTGTCTCCAACTTTGATC
CTGTCAAGAGAGGCTAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAAATGATCTCTGTTAT
TACTCTTTGTTGTCTGTTATCGATTTGTGAATTCATGTAATGAACTTTTGGCATTCTTCT
TCAATCTTATATGCTTCTTATATTAAGCT


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3CN37JQ C 1
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AF RR3CN37TF U 1
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AGCT

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DS 



AS 2 8

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AGAGAGCTTTGTCGGAGAGAGAAGATCGAGAAAGTTCCTCACTTTAGCTTTTATAAGAGC
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ATATTACGGGGATAGCCACTCGGCGGTTGTGCAGCTGCATGGACGAGCCGACGTGGAGAA
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AGTCTGTCGTGTTCGCTAGAATGAATGGGGACGAGAACGATAGCTGTATGGAGTTTCTTA
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GTTTTGTTTGTACCATCCAATTGAGACCGGTTGAATATGAAAAAGCAAAGTGTGTGATTA
TTAGTTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI45TF U 1
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AGTCTGTCGTGTTCGCTAGA
TGATGGGGAC

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TTGACGAAGCGCTTAAGAAGGCCAAGAACAAGCTTGTGGTTGTTGAGTTTGCCACGAGT*
*****GATCAGAGTAGTAAGATATATCCTTTTATGGTGGAGCTGAGCAGGACATGTAACG
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GAGAGAAGATCGAGAAAGTTCCTCACTTTAGCTTTTATAAGAGCATGGAGAAAATACACG
AGGAAGAAGGTATCGGACCGGACCAGCTAATGGGGG*ACGTGCTATATTACGGGGATAGC
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AAGGTTTATCCAACGGTGCTGAAACTGTCCCAG*TCGATGTCCGAGTCTGTCGTGTTCGC
TAGA

QA 8 791 8 791
DS 

RD RR3EK50TF 774 0 0
GG
ATTCACCAATCTCTAGCCAATAGTCACACACATTCACAATGGCCACCGTCGCAAACTTCT
CAGCCAAACCAATCACCACCGTGATTCCACGGCTGTCATCCGCCGTTGCCTCCACCTCCT
CCTTCGTATTCTTCGACCCCAAACCCAACTCACTGATCCTAAAACAGAGCTGGGTTAAAA
ATCCCTCGAAAAGAAGATTCTCAGCCGTGAAGGTCAAGGCCAGTGCGGCGTCACCAGGGA
AGGTGGGTACACCGGCGGCCAAGGACGAGAAGGTGCAAAAGATTCACAGCGGAGAGGAGT
TTGACGAAGCGCTTAAGAAGGCCAAGAACAAGCTTGTGGTTGTTGAGTTTGCCACGAGTA
AGAGTGATCAGAGTAGTAAGATATATCCTTTTATGGTGGAGCTGAGCAGGACATGTAACG
ACGTCGACTTCTTGCTCGTCATGGGTGATGAGTCCGAAAAGACTAGAGAGCTTTGTCGGA
GAGAGAAGATCGAGAAAGTTCCTCACTTTAGCTTTTATAAGAGCATGGAGAAAATACACG
AGGAAGAAGGTATCGGACCGGACCAGCTAATGGGGG*ACGTGCTATATTACGGGGATAGC
CACTCGGCGGTTGTGCAGCTGCATGGACGAGCCGACGTGGAGAAGCTGATTGACGAGAAC
CGTACTGGAG*CAAGCTGATTGTGCTGGATGTTGTTCTGAAACACTGTGTACCATGCGTG
AAG*TTTATCCAACGGTGCTGAAACTGTCCCGGGTCGATGTCCGAGTCTGTC

QA 3 774 3 774
DS 

RD RR3ET81TF 809 0 0
GG
CTAGCCAATAGTCACACACATTCACAATGGCCACCGTCGCAAACTTCTCAGCCAAACCAA
TCACCACCGTGATTCCACGGCTGTCATCCGCCGTTGCCTCCACCTCCTCCTTCGTATTCT
TCGACCCCAAACCCAACTCACTGATCCTAAAACAGAGCTGGGTTAAAAATCCCTCGAAAA
GAAGATTCTCAGCCGTGAAGGTCAAGGCCAGTGCGGCGTCACCAGGGAAGGTGGGTACAC
CGGCGGCCAAGGACGAGAAGGTGCAAAAGATTCACAGCGGAGAGGAGTTTGACGAAGCGC
TTAAGAAGGCCAAGAACAAGCTTGTGGTTGTTGAGTTTGCCACGAGTAAGAGTGATCAGA
GTAGTAAGATATATCCTTTTATGGTGGAGCTGAGCAGGACATGTAACGACGTCGACTTCT
TGCTCGTCATGGGTGATGAGTCCGAAAAGACTAGAGAGCTTTGTCGGAGAGAGAAGATCG
AGAAAGTTCCTCACTTTAGCTTTTATAAGAGCATGGAGAAAATACACGAGGAAGAAGGTA
TCGGACCGGACCAGCTAATGGGGG*ACGTGCTATATTACGGGGATAGCCACTCGGCAGTT
GTGCAGCTGCATGGACGAGCCGACGTGGAGAAGCTGATTGACGAGAACCGTACTGGAGGC
AAGCTGATTGTGCTGGATGTTGGTCTGAAACACTGTGGAC*ATGCGTGAAG*GTTATCCA
ACGGTGCTGAAACTGTCCCGG*TCGATGTCCGAGTCTGTCGTGT*CGCTAGAATGA*TGG
GGACGAGAACGATAGCTGTATGGAGTT

QA 3 809 3 809
DS 

RD RR3ET81JQ 727 0 0
GTTTGCCACGAGTAAGAGTGATCAGAGTAGTAAGATATATCCTTTTATGGTGGAGCTGAG
CAGGACATGTAACGACGTCGACTTCTTGCTCGTCATGGGTGATGAGTCCGAAAAGACTAG
AGAGCTTTGTCGGAGAGAGAAGATCGAGAAAGTTCCTCACTTTAGCTTTTATAAGAGCAT
GGAGAAAATACACGAGGAAGAAGGTATCGGACCGGACCAGCTAATGGGGG*ACGTGCTAT
ATTACGGGGATAGCCACTCGGCAGTTGTGCAGCTGCATGGACGAGCCGACGTGGAGAAGC
TGATTGACGAGAACCGTACTGGAGGCAAGCTGATTGTGCTGGATGTTGGTCTGAAACACT
GTGGACCATGCGTGAAGGTTTATCCAACGGTGCTGAAACTGTCCCGG*TCGATGTCCGAG
TCTGTCGTGTTCGCTAGAATGAATGGGGACGAGAACGATAGCTGTATGGAGTTTCTTAAG
GACATGAATGTTATCGAAGTACCAACTTTCCTGTTCATCAGAGACGGCGATATTCGTGGG
CGGTATGTTGGTTCCGGTAAAGGAGAACTCATTGGAGAGATTCTCCGGTACTCAGGCGTT
CGTGTCACTTACTAATTTGTATCAAAACTCGATTGATTAAAAGAATATGTTTTTGTGGGT
TTTGTTTGTACCATCCAATTGAGACCGGTTGAATATGAAAAAGCAAAGTGTGTGATTATT
AGTTTGT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3DI45JQ 634 0 0
TGCTCGTCATGGGTGATGAGTCCGAAAAGACTAGAGAGCTTTGTCGGAGAGAGAAGATCG
AGAAAGTTCCTCACTTTAGCTTTTATAAGAGCATGGAGAAAATACACGAGGAAGAAGGTA
TTGGACCGGACCAGCTAATGGGGG*ACGTGCTATATTACGGGGATAGCCACTCGGCGGTT
TTGCAGCTGCATGGACGAGCCGACGTGGAGAAGCTGATTGACGAGAACCGTACTGGAGGC
AAGCTGATTGTGCTGGATGTTGGTTTGAAACACTGTGGACCATGCGTGAAGGTTTATCCA
ACGGTGCTGAAACTGTCCCGG*TCGATGTCCGAGTCTGTCGTGTTCGCTAGAATGAATGG
GGACGAGAACGATAGCTGTATGGAGTTTTTTAAGGACATGAATGTTATCGAAGTACCAAC
TTTCCTGTTCATCAGAGACGGCGATATTCGTGGGCGGTATGTTGGTTCCGGTAAAGGAGA
ACTCATTGGAGAGATTTTCCGGTACTCAGGCGTTCGTGTCACTTACTAATTTGTATCAAA
ACTCGATTGATTAAAAGAATATGTTTTTGTGGGTTTTGTTTGTACCATCCAATTGAGACC
GGTTGAATATGAAAAAGCAAAGTGTGTGATTATT

QA 1 634 1 634
DS 



CO CL464Contig2 1136 2 10 U
GACACACACACACTCATAATGGCCACCGTCGCTAACTTCTCAGCCAAACCAATCACCACC
GTGATTCCACGTCTGTCATCCGCCGTTGCCTCCACCTCCTCCTTCGTATTCTTCGACCCC
AAACCCAACTCACTGATCCTAAAACAGAGCTGGGTTAAAAATCCCTCGAAAAGAAGATTC
TCAGCCGTGAAGGTCAAGGCCAGTGCGGCGTCACCAGGGAAGGTGGGTACACCGGCGGCG
AAGGACGAGAAAGTGCAAAAGATTCACAGCGGAGAGGAGTTTGACGAAGCGCTTAAGAAG
GCCAAGAACAAGCTTGTGGTTGTGGAGTTTGCCACGAGTAAGAGTGATCAGAGTAGTAAG
ATATATCCGTTTATGGTGGAGCTGAGCAGGACATGTAACGACGTCGACTTCTTGCTCGTC
ATGGGTGATGAGTCGGAAAAGACTAGAGAGCTTTGTCGGAGAGAGAAGATCGAGAAAGTT
CCTCACTTTAGCTTTTATAAGAGCATGGAGAAAATACACGAGGAAGAAGGCATCGGACCG
GACCAGTTAATGGGGGACGTGCTATATTATGGAGACAGCCACTCGGCGGTTGTGCAGCTG
CATGGACGAGCTGACGTGGATAAGCTGATTGACGAGAACCGTACTGGAGGCAAGCTGATT
GTGCTGGATGTCGGTCTGAAACACTGTGGACCATGCGTGAAGGTTTATCCGACGGTGCTG
AAACTGTCCCGGTCGATGTCCGCGTCTGTCGTGTTCGCTAGAATGAATGGGGACGAGAAT
GATAGCTGTATGGAGTTTCTAAAGGACATGAATGTTATCGAAGTACCAACTTTCTTGTTC
ATCAGGGACGGCGATATTCGTGGGCGGTATGTTGGTTCCGGTAAAGGAGAACTCATTGGA
GAGATTCTCCGGTACTCAGGCGTTCGTGTCACTTACTAATTTGTATCAAAACTCAATTGA
TTCAAAGAATTATGTTTTTGTGGGTTTTGTTTGTACCATCCGATCGAGACCGGTGTGTGA
TTATTGGTTCGATTCTGCTGTGTTATTTTTCCCTTTAACTATGAAGGCACGTAATTTGAT
ATGTCTGGGATACCTGTTCAGTCTGGATCGGGATTTTGGATTCAATTTCCTAGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H825TF U 1
AF RR3H825JQ C 379
BS 1 691 RR3H825TF
BS 692 692 RR3H825JQ
BS 693 702 RR3H825TF
BS 703 703 RR3H825JQ
BS 704 714 RR3H825TF
BS 715 715 RR3H825JQ
BS 716 762 RR3H825TF
BS 763 763 RR3H825JQ
BS 764 792 RR3H825TF
BS 793 1136 RR3H825JQ

RD RR3H825TF 792 0 0
GACACACACACACTCATAATGGCCACCGTCGCTAACTTCTCAGCCAAACCAATCACCACC
GTGATTCCACGTCTGTCATCCGCCGTTGCCTCCACCTCCTCCTTCGTATTCTTCGACCCC
AAACCCAACTCACTGATCCTAAAACAGAGCTGGGTTAAAAATCCCTCGAAAAGAAGATTC
TCAGCCGTGAAGGTCAAGGCCAGTGCGGCGTCACCAGGGAAGGTGGGTACACCGGCGGCG
AAGGACGAGAAAGTGCAAAAGATTCACAGCGGAGAGGAGTTTGACGAAGCGCTTAAGAAG
GCCAAGAACAAGCTTGTGGTTGTGGAGTTTGCCACGAGTAAGAGTGATCAGAGTAGTAAG
ATATATCCGTTTATGGTGGAGCTGAGCAGGACATGTAACGACGTCGACTTCTTGCTCGTC
ATGGGTGATGAGTCGGAAAAGACTAGAGAGCTTTGTCGGAGAGAGAAGATCGAGAAAGTT
CCTCACTTTAGCTTTTATAAGAGCATGGAGAAAATACACGAGGAAGAAGGCATCGGACCG
GACCAGTTAATGGGGGACGTGCTATATTATGGAGACAGCCACTCGGCGGTTGTGCAGCTG
CATGGACGAGCTGACGTGGATAAGCTGATTGACGAGAACCGTACTGGAGGCAAGCTGATT
GTGCTGGATGTCGGTCTGAAACACTGTGGAC*ATGCGTGAAG*TTTATCCGACG*TGCTG
AAACTGTCCCGGTCGATGTCCGCGTCTGTCGTGTTCGCTAGA*TGAATGGGGACGAGAAT
GATAGCTGTATG

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3H825JQ 758 0 0
GAGCTGAGCAGGACATGTAACGACGTCGACTTCTTGCTCGTCATGGGTGATGAGTCGGAA
AAGACTAGAGAGCTTTGTCGGAGAGAGAAGATCGAGAAAGTTCCTCACTTTAGCTTTTAT
AAGAGCATGGAGAAAATACACGAGGAAGAAGGCATCGGACCGGACCAGTTAATGGGGGAC
GTGCTATATTATGGAGACAGCCACTCGGCGGTTGTGCAGCTGCATGGACGAGCTGACGTG
GATAAGCTGATTGACGAGAACCGTACTGGAGGCAAGCTGATTGTGCTGGATGTCGGTCTG
AAACACTGTGGACCATGCGTGAAGGTTTATCCGACGGTGCTGAAACTGTCCCGGTCGATG
TCCGCGTCTGTCGTGTTCGCTAGAATGAATGGGGACGAGAATGATAGCTGTATGGAGTTT
CTAAAGGACATGAATGTTATCGAAGTACCAACTTTCTTGTTCATCAGGGACGGCGATATT
CGTGGGCGGTATGTTGGTTCCGGTAAAGGAGAACTCATTGGAGAGATTCTCCGGTACTCA
GGCGTTCGTGTCACTTACTAATTTGTATCAAAACTCAATTGATTCAAAGAATTATGTTTT
TGTGGGTTTTGTTTGTACCATCCGATCGAGACCGGTGTGTGATTATTGGTTCGATTCTGC
TGTGTTATTTTTCCCTTTAACTATGAAGGCACGTAATTTGATATGTCTGGGATACCTGTT
CAGTCTGGATCGGGATTTTGGATTCAATTTCCTAGGTT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 8

CO CL465Contig1 1403 8 29 U
GGGCACACAAGCAAACATCCTCTCTCACTTTCCTCCTCTCTCACTCAATGGCAGGCCAGT
GTATTTTAACGAGTGTTCTAGGGGTAGTTTTGGTATTGACGCTGCTACACAACCCGCTCA
CCGTCTCCGGTCAAAATATCCCGGCGGTGGCTTTGTTCACGTTCGGTGACTCCAACTTCG
ACGTAGGAAACAAACAGACTCTCACCACAGCAAACGTT*CCCCAAGGTTTCTGGCCGTAC
GGTAAATCCAGAGATGATCCTAATGGCAAATTCTCCGACGGTTTCATCGCTCCTGACTTC
GTCGCAAAATTCATGGGGATACCAATCCCAATCCCGGCGGCGCTTAAACCGAACGTCAAT
GTCTCACGTGGAGCTAGTTTCGCCGTTGCTGATGCTACTCTTCTCGGAGCTCCGGTTGAA
TCTTTGACTCTAAATCAACAAATCCGGAAATTTAATCAAATGAAAGCAGCAAACTGGAAT
GATGACTTCATCAAGAAGTCAGTGTTTATGATATACGTTGGTGCTAACGACTACTTGAAT
TTCACCAAGAACAACCCTAGCGCCGATGCATCTGCTCAACAAGCTTTCGTCACTTCGGTG
ACCAACAAGTTAAAGAATGATATCGGCTTGTTGTATTCATCAGGAGCTAGTAAATTTGTG
ATCCAAACCCTAGCACCATTAGGTTGCTTACCTATAGTCAGACAAGATTACAAAACAGGA
ATGGATCAATGCCACGAAGTTCTCAACAATTTGGCTAAACAACACAACGAAAAAATCGGA
CCGATGCTGAACGAAATGGCCCGAACAACTCCTGGTTTCCAATTTACCGTCTTCGATTTC
TACAATGTCATTCTTCGTAGGACGCAGAGAGGCTTCAACTACAGGTTTTTCGTGACAAAT
GCATCGTGCTGCGGTGTTGGGACACACAATGCTTACGGTTGCGGTTTACCTAACGTGCAC
TCCAAGCTATGTGAGTACCAACGATCTTACTTATTCTTCGATGGGCGTCACAATACCGAG
AAGGCACAAGAGAGTTTTGGTCATCTTCTTTTCGGAGCCGATCCAAATGTGATCCAACCA
ATGAATGTCCGCGAGCTCGTTGTTTACCCAGTCGATGAACCTATGAGGGAAGTTTGGTTA
CCTACAACGTCAGCCACCATCCAAGCCAGCGACTCTAGCTCGTCAGCAAGCCGCGGTTAC
GAATTCTATTGAGTCCCTATAAATTACATCTAAGAAATTGAATTTGTGATGTTTTCGTTT
TCAACTTCTTTTTTTTATCTTGCTCGAGCGAAATTCCCTCTATAATAAAAGATCGATCAT
TGTAACTCTTACCACGTAGTGGACTGTTTAGGAAGTTAATCAATATGTCGATCATTTACT
CAAATAATAAACCAAAATTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H131TF U 1
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AF RR3CU47TF U 37
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AF RR3FC27TF U 454
AF RR3B640JQ C 725
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ACGTAGGAAACAAACAGACTCTCACCACAGCAAACGTT*CCCCAAGGTTTCTGGCCGTAC
GGTAAATCCAGAGATGATCCTAATGGCAAATTCTCCGACGGTTTCATCGCTCCTGACTTC
GTCGCAAAATTCATGGGGATACCAATCCCAATCCCGGCGGCGCTTAAACCGAACGTCAAT
GTCTCACGTGGAGCTAGTTTCGCCGTTGCTGATGCTACTCTTCTCGGAGCTCCGGTTGAA
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GATGACTTCATCAAGAAGTCAGTGTTTATGATATACGTTGGTGCTAACGACCACTTGAAT
TTCACCAAGAACAACCCGAGCGCCGATGCATCTGCTCAACAAGCTTTCGTCACTTCGGTG
ACCAACAAGTTAAAGAATGATATCGGCTTGTTGTATTCATCAGGAGCTAGTAAATTTGTG
ATCCAAACCTTAGCACCATTAGGTTGCTTACCTATAGTCAGACAAGAT
ACAAA

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DS 

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GGTCAAAATATCCCGGCGGTGGCTTTGTTCACGTTCGGTGACTCCAACTTCGACGTAGGA
AACAAACAGACTCTCACCACAGCAAACGTT*CCCCAAGGTTTCTGGCCGTACGGTAAATC
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ATTCATGGGGATACCAATCCCAATCCCGGCTGCGCTTAAACCGAACGTCAATGTCTCACG
TGGAGCTAGTTTCGCCGTTGCTGATGCTACTCTTCTCGGAGCTCCGGTTGAATCTTTGAC
TCTGAATCAACAAATCCGGAAATTTAATCAAATGAAAGCAGCAAACTGGAATGATGACTT
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GAACAACCCTAGCGCCGATGCATCTGCTCAACAAGCTTTCGTCACTTCGGTGACCAACAA
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ATGCCACGAAGTTCTCAACAATTTGGCTAAACAACACAACGAAA

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DS 

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TCACGTTCGGTGACTCCAACTTCGACGTAGGAAACAAACAGACTCTCACCACAGCAAACG
TT*CCCCAAGGTTTCTGGCCGTACGGTAAATCCAGAGATGATCCTAATGGCAAATTCTCT
GACGGTTTCATCGCTCCTGACTTCGTCGCAAAATTCATGGG*ATACCAATCCCAATCCCG
GCTGCGCTTAAACCGAACGTCAATGTCTCACGTGGAGCTAGTTTCGCCGTTGCTGATGCT
ACTCTTCTCGGAGCTCCGGTTGAATCTTTGACTCTGAATCAACAAATCCGGAAATTTAAT
CAAATGAAAGCAGCAAACTGGAATGATGACTTCATCAAGAAGTCAGTGTTTATGATATAC
GTTGGTGCTAACGACTACTTGAATTTCACCAAGAACAACCCTAGCGCCGATGCATCTGCT
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GTCAGACA*GATTACAAA*CAGGA*TGGATCATTGCCACGAAGTT

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DS 

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GG
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ACGAGTGTTCTAGGGGTAGTTTTGGTATTGACGCTGCTACACAACCCGCTCACCGTCTCC
GGTCAAAATATCCCGGCGGTGGCTTTGTTCACGTTCGGTGACTCCAACTTCGACGTAGGA
AACAAACAGACTCTCACCACAGCAAACGTTTCCCCAAGGTTTCTGGCCGTACGGTAAATC
CAGAGATGATCCTAATGGCAAATTCTCCGACGGTTTCATCGCTCCTGACTTCGTCGCAAA
ATTCATGGGGATACCAATCCCAATCCCGGCGGCGCTTAAACCGAACGTCAATGTCTCACG
TGGAGCTAGTTTCGCCGTTGCTGATGCTACTCTTCTCGGAGCTCCGGTTGAATCTTTGAC
TCTAAATCAACAAGTGCGGAAATTTAATCAAATGAAAGCAGCAAATTGGGATGATGACTC
CATCAAGAAGTCAGTGTTTATGATATACGTTGGTGTTAACGACTACTTGAATTTCACCAA
GAACAACCCGAGCGCCGATGCATCTGCTCAACAAGCTTTCGTCACTTCGGTGACCAACAA
GTTAAAGAATGATATCGGCTTGTTGTATTCATCAGGAGCTAGTAAATTTGTGATCCAAAC
CTTAGCACCATTAGGTTGCTTACCTATAGTCAGACAAGATTACAAAACAGGAATGGATCA
ATGCCACGAAGTTCTCAACAATTTGGCTAAACAACACAACGAAAAAATCGGACCGATGCT
GAACGAAATGGCCCGAACAACTCCTGGTTTCCAATTTACCGTCTTCGATTTCTACAATGT
CATTCTTCGTAG
ACGC

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DS 

RD RR3AF45JQ 348 0 0
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TGACAAATGCATCGTGCTGCGGTGTTGGGACACACAATGCTTACGGTTGCGGTTTACCTA
ACGTGCACTCCAAGCTATGTGAGTACCAACGATTTTACTTATTTTTCGATGGGCGTCACA
ATACCGAGAAGGCACAAGAGAGTTTTGGTCATTTTCTTTTCGGAGCCGATCCAAATGTGA
TCCAACCAATGAATGTCCGCGAGCTCGTTGTTTACCCAGTCGATGAACCTATGAGGGAAG
TTTGGTTACCTACAACGTCAGCTACCATCCAAGCCAGCGACTTTAGCT

QA 1 348 1 348
DS 

RD RR3H131JQ 223 0 0
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GTGATCCAACCAATGAATGTCCGCTAGCTCGTTGTTTACCCAGTCGATGAACCTATGAGG
GAAGTTTGGTTACCTACAACGTCAGCCCCCGTCAAAGCCAGCG

QA 1 223 1 223
DS 

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G
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ACGTTGGTGCTAACGACTACTTGAATTTCACCAAGAACAACCCTAGCGCCGATGCATCTG
CTCAACAAGCTTTCGTCACTTCGGTGACCAACAAGTTAAAGAATGATATCGGCTTGTTGT
ATTCATCAGGAGCTAGTAAATTTGTGATCCAAACCCTAGCACCATTAGGTTGCTTACCTA
TAGTCAGACAAGATTACAAAACAGGAATGGATCAATGCCACGAAGTTCTCAACAATTTGG
CTAAACAACACAACGAAAAAATCGGACCGATGTTGAACGAAATGGCCCTAACAACTCCTG
GTTTCCAATTTACCGTCTTCGATTTCTGCAGTGTCATTCTTCGTAGGACGCAGAGAGGCT
TCAACTA**GGTTTTTCGTGACAAATGCATCGTGCTGCGGTGTTGGGACACACAATGCTT
ACGGTTGCGGTTTACCTAACGTGCACTCCAAGCTATGTGAGTACCAACGATCTTACTTAT
TCTTCGATGGGCGTCACAATACCGAGAAGGCACAAGAGAGTTTTGGTCATCTTCTTTTCG
GAGCCGATCCAAATGTGATCCAACCAATGAATGTCCGCGAGCTCGTTGTTTACCCAGTCG
ATGAACCTATGAGGGAAGTTTGGTTACCTACAACGTCAGCCACCATCCAAGCCAGCGACT
CTAGCTCGTCAGCAAGTCGCGGTTACGAGTTCTATTGAGTCCCTATAAAT*ACATCTAAG
AA

QA 2 783 2 783
DS 

RD RR3B640JQ 679 0 0
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TGCTGAACGAAATGGCCCGAACAACTCCTGGTTTCCAATTTACCGTCTTCGATTTCTACA
ATGTCATTCTTCGTAGGACGCAGAGCGGCTTCAACTACAGGTTTTTCGTGACAAATGCAT
CATGCTGCGGTGTTGGGACACACAATGCTTACGGTTGCGGTTTACCTAACGTGCACTCCA
GGCTATGTGAGTACCAACGATCTTACTTATTCTTCGATGGGCGTCACAATACCGAAAAGG
CACAAGAGAGTTTTGGTCATCTTCTTTTCGGAGCCGATCCAAATGTGATCCAACCAATGA
ATGTCCGCGAGCTCGTTGGTTACCCAGTCGATGAACCTATGAGGGAAGTTTGGTTACCTA
CAACGTCAGCCACCGTCAAAGCCAGCGACTCTAGCTCGTCAGCAAGCCGCGGTTACGAAT
TCTATTGAGTCCCTATAAATTACATCTAAGAAATTGAATTTGTGATGTTTTCGTTTTCAA
CTTCTTTTTTTTATCTTGCTCGAGCGAAATTCCCTCTATAATAAAAGATCGATCATTGTA
ACTCTTACCACGTAGTGGACTGTTTAGGAAGTTAATCAATATGTCGATCATTTACTCAAA
TAATAAACCAAAATTCAGC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 2 8

CO CL466Contig1 830 3 4 U
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AAGACAATAGTACTTGGATAGTAATAGCAACAACAATACATTACAGAGCAAATCTTTCTT
CCTTAACCGATCTTGGCAAGTACATTGTTCAAACTCGAGACAGTTTCTGAGTAATACTTC
TCAGCATCCGGGCTGCTCTTTGACCTCGCCGCATAGTCCAGGTTGTCGATGGTTTGGAAG
AGCTTGCCGGTGAGTTCTTTGAGGCTCTGTTTCTCTTCCTTAGGCTTGGCGGAGATAACG
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CACGCTTTTTTGTCGATCAAAGACTTAACGTTAATGATCTCTTTAGCAGATTCTTTGGCC
CTAGCTGCAGCTTCTGTTGGTGACAATGGCTGTAAGTAAAACCTGTCTTTCAGTTTCAGT
GAAAAGTCTCTTGCTTGGTCTGAGTTATCTGTTCCAGGTAGACCACCGGAAGGAGGTGGA
GGAGGACCAACTTTAATCGCAAGAGCTTCGGTGGCGAAGGCAGACTTAACGAACGAACCA
CCGACTAAACCAGCCGCCACGAGTCCAATCACAGACCGGCGACTACTTTCCGGCACTGAC
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ATCGAAGTCATTGCTTGAGCCATTTTTTTCTGTTGCTGCTTTGAAAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL85JQ U 61
AF RR3CI53JQ U 1
AF RR3CI53TF C 67
BS 1 408 RR3CI53JQ
BS 409 409 RR3EL85JQ
BS 410 727 RR3CI53JQ
BS 728 830 RR3CI53TF

RD RR3EL85JQ 638 0 0
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CCTTAACCGATCTTGGCAAGTACATTGTTCAAACTCGAGACAGTTTCTGAGTAATACTTC
TCAGCATCCGGGCTGCTCTTTGACCTCGCCGCATAGTCCAGGTTGTCGATGGTTTGGAAA
AGCTTGCCGGTGAGTTCTTTGAGGCTCTGTTTCTCTTCCTTAGGCTTGGCGGAGATAACG
GTGTTAAGATCGTAACGGAGGTACGATGCTCTTAAACGGAGATCGTTCTGGACGTAAGGC
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CTAGCTGCAGCTTCTGTTGGTGACGATGGCTGTAAGTAAAACCTGTCTTTCAGTTTCAGT
GAAAAGTCTCTTGCTTGGTCTGAGTTATCTGTTCCAGGTAGACCACCGGAAGGAGGTGGA
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TCGTTCTGCTGAGCCCTGATCACAAGCCCGGTTCTCT
T

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DS 

RD RR3CI53JQ 727 0 0
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AAGACAATAGTACTTGGATAGTAATAGCAACAACAATACATTACAGAGCAAATCTTTCTT
CCTTAACCGATCTTGGCAAGTACATTGTTCAAACTCGAGACAGTTTCTGAGTAATACTTC
TCAGCATCCGGGCTGCTCTTTGACCTCGCCGCATAGTCCAGGTTGTCGATGGTTTGGAAG
AGCTTGCCGGTGAGTTCTTTGAGGCTCTGTTTCTCTTCCTTAGGCTTGGCGGAGATAACG
GTGTTAAGATCGTAACGGAGGTACGATGCTCTTAAACGGAGATCGTTCTGGACGTAAGGC
CACGCTTTTTTGTCGATCAAAGACTTAACGTTAATGATCTCTTTAGCAAATTCTTTGGCC
CTAGCTGCAGCTTCTGTTGGTGACAATGGCTGTAAGTAAAACCTGTCTTTCAGTTTCAGT
GAAAAGTCTCTTGCTTGGTCTGAGTTATCTGTTCCAGGTAGACCACCGGAAGGAGGTGGA
GGAGGACCAACTTTAATCGCAAGAGCTTCGGTGGCGAAGGCAGACTTAACGAACGAACCA
CCGACTAAACCAGCCGCCACGAGTCCAATCACAGACCGGCGACTACTTTCCGGCACTGAC
TCGTTCTGCTGAGCCCTGATCACAAGCCCGGTTCTCTTAGACCCAACGGTGACTCTAGAG
ATGTTCA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3CI53TF 764 0 0
AATAGTAC
TGGATAGTAATAGCAACAACAATACATTACAGAGCAAATCTTTCTTCTT**ACCGATCTT
GGCAAGTACATTGT*CAAACTCGAGACAGTTTCTGAGTA*TACTTCTCAGCATCCGGGCT
GCTCTTTGACCTCGCCGCATAGTCCAGGTTGTCGATGGTTTGGAAGAGCTTGCCGGTGAG
TTCTTTGAGGCTCTGTTTCTCTTCCTTAGGCTTGGCGGAGATAACGGTGTTAAGATCGTA
ACGGAGGTACGATGCTCTTAAACGGAGATCGTTCTGGACGTAAGGCCACGCTTTTTTGTC
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TGTTGGTGACAATGGCTGTAAGTAAAACCTGTCTTTCAGTTTCAGTGAAAAGTCTCTTGC
TTGGTCTGAGTTATCTGTTCCAGGTAGACCACCGGAAGGAGGTGGAGGAGGACCAACTTT
AATCGCAAGAGCTTCGGTGGCGAAGGCAGACTTAACGAACGAACCACCGACTAAACCAGC
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TGAGTCATTGGTCTGGAGAGCCTGAGATGCACCACGTAGACCAGCCATCGAAGTCATTGC
TTGAGCCATTTTTTTCTGTTGCTGCTTTGAAAATCC

QA 9 764 9 764
DS 



CO CL466Contig2 846 5 6 U
GGCGAAAACTTGAAACTGAAATTAAATATAACCGATTTGATCAGACAGAAAGAGGAGGAG
AAAGACAATAGTACTTGGATAGTAATACCAACAACAATACATTAAAGAGCAGATCTTTCT
TCCTTAACCAATCTTGGCAAGAACATTGTTCAAACTCGAGACAGTCTCTGAGTAATACTT
CTCAGCATCCGGGCTGCTCTTTGACCTCGCCGCATAGTCCAGGTTGTCGATGGTTTGGAA
GAGCTTGCCGGTGAGTTCTTTGAGGCTCTGTTTCTCTTCCTTAGGCTTGGCGGAGATAAC
GGTGTTAAGATCGTAACGGAGGTACGATGCTCTTAAACGGAGATCGTTCTGGACGTAAGG
CCACGCTTTTTTGTCGATCAAAGACTTAACGTTAATGATCTCTTTAGCGGATTCTTTGGC
CCTAGCTGCAGCTTCTGTTGGTGACAATGGCTGTAAGTAAAATCTGTCTTTCAGTTTCAG
TGAAAAGTCTCTTGCCTGGTCTGAGTTATCTGTTCCAGGTAGACCACCGGAAGGAGGTGG
AGGAGGACCAACTTTGATAGCAAGAGCTTCGGTGGCGAACGCAGACTTAACGAACGAACC
ACCGACTAAACCAGCCGCAACGAGCCCAATCACAGACCGGCGACTACTTTCCGGTACTGA
CTCGTTCTGCTGAGCCCTGGTCACAAGCCCGGTTCTCTGAGACCGGACCGTGGCTCTGGA
GATGTTCAAACGGTTTGAGCCATTGTTCTGGAAACTTCCTTCAAGAACAGCCTGAGATGC
ACCACGTAAACCAGCCATCGAAGTCACTGCTTGAGCCATTTTTTTCTGTTGCTGCTTTGA
AAATCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP27JQ U 549
AF RR3ER34JQ U 1
AF RR3CU45JQB U 5
AF RR3D619JQ U 1
AF RR3D619TF C 56
BS 1 294 RR3D619JQ
BS 295 295 RR3CU45JQB
BS 296 789 RR3D619JQ
BS 790 790 RR3D619TF
BS 791 819 RR3D619JQ
BS 820 846 RR3D619TF

RD RR3BP27JQ 101 0 0
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QA 1 101 1 101
DS 

RD RR3ER34JQ 649 0 0
GGCGA
AAACTTGAAACTGAAATTAAATATAACCGATTTGATCAGACAGAAAGAGGAGGAGAAAGA
CAATAGTACTTGGATAGTAATACCAACAACAATACATTAAAGAGCAGATCTTTCTTCCTT
AACCAATCTTGGCAAGAACATTGTTCAAACTCGAGACAGTCTCTGAGTAATACTTCTCAG
CATCCGGGCTGCTCTTTGACCTCGCCGCATAGTCCAGGTTGTCGATGGTTTGGAAGAGCT
TGCCGGTGAGTTCTTTGAGGCTCTGTTTCTCTTCCTTAGGCTTGGCGGAAATAACGGTGT
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CTGCAGCTTCTGTTGGTGACAATGGCTGTAAGTAAAATCTGTCTTTCAGTTTCAGTGAAA
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CTAAACCAGCCGCAACGAGCCCAATCACAGACCGGCGACTACTT

QA 6 649 6 649
DS 

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G
AAACTTGAAACTGAAATTAAATATAACCGATTTGATCAGAAAGGAAGAGGAGGAGAAAGA
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AACCGATCTTGGCAAGAACATTGTTCAAACTCGAGACAGTTTCTGAGTAATACTTCTCAG
CATCCGGGCTGCTCTTTGACCTCGCCGCATAGTCCAGGTTGTCGATGGTTTGGAAGAGCT
TGCCGGTGAGTTCTTTGAGGCTCTGTTTCTCTTCCTTAGGCTTAGCGGAGATAACGGTGT
TAAGATCGTAACGGAGGTACGATGCTCTTAAACGGAGATCATTCTGAACGTAGGGCCACG
CTTTTTTGTCGATCAAAGACTTAACGTTAATGATCTCTTTAGCAGACTCTTTGGCCCTAG
ATGCAGCTTCTGTTGGTGACAATGGCTGTAAGTAAAACCTGTCTTTCAGTTTCAGTGAAA
AGTCTCTTGCTTGGTCTGAGTTATCGGTTCCAGGTAGACCACCGGAAGGAGGTGGAGGAG
GACCAACTTTGATAGCAAGAGCTTCGGTGGCGAAGGCAGACTTAACGAACGAACCACCGA
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TCTGCTGAGCCCTGATCACAAGCCCGGTTCTCTGAGACCGGACCGTGGCTCTGGAGATGT
TCAAACGGTTTGAGCCATTGTTCTGGAAACTTCC

QA 2 755 2 755
DS 

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GGCGAAAACTTGAAACTGAAATTAAATATAACCGATTTGATCAGACAGAAAGAGGAGGAG
AAAGACAATAGTACTTGGATAGTAATACCAACAACAATACATTAAAGAGCAGATCTTTCT
TCCTTAACCAATCTTGGCAAGAACATTGTTCAAACTCGAGACAGTCTCTGAGTAATACTT
CTCAGCATCCGGGCTGCTCTTTGACCTCGCCGCATAGTCCAGGTTGTCGATGGTTTGGAA
GAGCTTGCCGGTGAGTTCTTTGAGGCTCTGTTTCTCTTCCTTAGGCTTGGCGGAAATAAC
GGTGTTAAGATCGTAACGGAGGTACGATGCTCTTAAACGGAGATCGTTCTGGACGTAAGG
CCACGCTTTTTTGTCGATCAAAGACTTAACGTTAATGATCTCTTTAGCGGATTCTTTGGC
CCTAGCTGCAGCTTCTGTTGGTGACAATGGCTGTAAGTAAAATCTGTCTTTCAGTTTCAG
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ACCGACTAAACCAGCCGCAACGAGCCCAATCACAGACCGGCGACTACTTTCCGGTACTGA
CTCGTTCTGCTGAGCCCTGGTCACAAGCCCGGTTCTCTGAGACCGGACCGTGGCTCTGGA
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ACCACGTAA*CCAGCCATCGAAGTCACTGCTTGAGCCAT

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR3D619TF 791 0 0
GAGGAG
AAGACAATAGTACT*GGATAGTAATACCAACAACAATACATTAAAGAGCAGATCTTTCTT
C*TTAACCAATCTTGGCAAGAACATTGTTCAAACTCGAGACAGTCTCTGAGTAATACTTC
TCAGCATCCGGGCTGCTCTTTGACCTCGCCGCATAGTCCAGGTTGTCGATGGTTTGGAAG
AGCTTGCCGGTGAGTTCTTTGAGGCTCTGTTTCTCTTCCTTAGGCTTGGCGGAGATAACG
GTGTTAAGATCGTAACGGAGGTACGATGCTCTTAAACGGAGATCGTTCTGGACGTAAGGC
CACGCTTTTTTGTCGATCAAAGACTTAACGTTAATGATCTCTTTAGCGGATTCTTTGGCC
CTAGCTGCAGCTTCTGTTGGTGACAATGGCTGTAAGTAAAATCTGTCTTTCAGTTTCAGT
GAAAAGTCTCTTGCCTGGTCTGAGTTATCTGTTCCAGGTAGACCACCGGAAGGAGGTGGA
GGAGGACCAACTTTGATAGCAAGAGCTTCGGTGGCGAACGCAGACTTAACGAACGAACCA
CCGACTAAACCAGCCGCAACGAGCCCAATCACAGACCGGCGACTACTTTCCGGTACTGAC
TCGTTCTGCTGAGCCCTGGTCACAAGCCCGGTTCTCTGAGACCGGACCGTGGCTCTGGAG
ATGTTCAAACGGTTTGAGCCATTGTTCTGGAAACTTCCTTCAAGAACAGCCTGAGATGCA
CCACGTAAACCAGCCATCGAAGTCACTGCTTGAGCCATTTTTTTCTGTTGCTGCTTTGAA
AATCC

QA 7 791 7 791
DS 



AS 1 7

CO CL467Contig1 1080 7 6 U
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CCCTGCTCTGGCTCCCGGTGTCCCTCCTCAGTTTGGTCCCTTTCTCACCGCCGACCTTCC
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GTACGTCTTTCCCATAAAGTTCGCAGTAACCAGTGGAGGAGTGTCTTACTCGCATACCGA
GTCTCCCGCTGTATCTCGCGTTCTCACCGCTGCTCAGTCGTATGTCGAATTCCCTCACGG
TGGGTTGCTGCTCATTAATCCTGGTCGTCTGTTTGCCCATAAGGTTTTGAAAGTTAATCG
TGTAGCCATTATGGAGATTCCTAGTGGCGGATATGTTAAGTTCTTCGGCAATGAGACGGA
TGAAGACCAAATCGAAGACGAAAACGAAAACGAAAACGAAGACGAAGTCGAAGACGCAGT
CGCACCTCAGTTTGGTCCTTTTCCCACCAACGACCTTGCTGCGTTTGACTTCAATGGTGA
TCAGATCCGTTGTGTGTCTGGCGACGAGTCGTACGTGTTTCCCATAAAGTTCGCAGTAAC
CAGTGGAGCATTTTCTTACACGGTTCCCGATCTTCCCGGTAACCAACATTTTACCACTGA
TGAGCAGCGTCTCAGCTTCCCTTACGGTGGGATAGTGCGCATTCGTAATGGTTATTTGTT
TGCACATGAGCCTATGGAATTTGAAGATGAAAATGATGGCTTTATTTCCGTTCCTGCTGG
CGGATACGCTCAGTGCTTCAACAATGTGGTTTCCGGTGATGGTGGTGGAGGTGGAGGTGG
TGGTGGTGATGAATTTGAAGTTGAAGTGGAAATCGATGATGATGCTGCAGCCCCAGCCGC
AGCCGCAGTCGCAGTCGCAAACGAAATCGAGTACGAAGTCGAGCACGAAGTCCAGTAAAG
CTTTTAATTATCTCTGTTATTATGTAAAGGAGTTATCGTTTATGGTTAAATGTTTTTCTT
TAATAATTTGAATGTTGTGTTGGAAACTTTATGATAAGTAAGATAGATATTATGGTTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH91TF U 11
AF RR3BH72TF U 1
AF RR3CJ32TF U 11
AF RR3AM18TF U 7
AF RR3BH72JQ C 683
AF RR3CJ32JQ C 235
AF RR3GH91JQ C 495
BS 1 776 RR3BH72TF
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BS 807 823 RR3CJ32JQ
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RD RR3GH91TF 672 0 0
GG
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CATTAATCCTGGTCGTCTGTTTGCCCATAAGGTTTTGAAAGTTAATCGTGTAGCCATTAT
GGAGATTCCTAGTGGCGGATATGTTAAGTTCTTCGGCAATGAGACGGATGAAGACCAAAT
CGAAGACGAAAACGAAAACGAAAACGAAGACGAAGTCGAAGACGCAGTCGCACCTCAGTT
TGGTCCTTTTCCCACCAACGACCTTGCTGCGTTTGACTTCAATGGTGATCAGATCCGTTG
TGTGTCTGGCGACGAGTCGTACGTGTTTCCCATAAAGTTCGCAGTAACCAGTGGAGCATT
TTCTTACACGGTTCCCGATCTTCCCGGTAACCAACATTTTACCACTGATGAGCAGCGTCT
CAGCTTCCCT

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR3BH72TF 776 0 0
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TAACTTCGACCGGCAAGGTGATCAGATCCGTCTGACTTATGAGGACGTCGTCAGCAAATC
GTACGTCTTTCCCATAAAGTTCGCAGTAACCAGTGGAGGAGTGTCTTACTCGCATACCGA
GTCTCCCGCTGTATCTCGCGTTCTCACCGCTGCTCAGTCGTATGTCGAATTCCCTCACGG
TGGGTTGCTGCTCATTAATCCTGGTCGTCTGTTTGCCCATAAGGTTTTGAAAGTTAATCG
TGTAGCCATTATGGAGATTCCTAGTGGCGGATATGTTAAGTTCTTCGGCAATGAGACGGA
TGAAGACCAAATCGAAGACGAAAACGAAAACGAAAACGAAGACGAAGTCGAAGACGCAGT
CGCACCTCAGTTTGGTCCTTTTCCCACCAACGACCTTGCTGCGTTTGACTTCAATGGTGA
TCAGATCCGTTGTGTGTCTGGCGACGAGTCGTACGTGTTTCCCATAAAGTTCGCAGTAAC
CAGTGGAGCATTTTCTTACACGGTTCCCGATCTTCCCGGTAACCAACATTTTACCACTGA
TGAGCAGCGTCTCAGCTTCCCTTACGGTGGGATAGTGCGCATTCGTAATGGTTATTTGTT
TGCACATGAGCCTATGGAATTTGAAGATGAAAATGATGGCTTTATTTCCGTTCCTG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3CJ32TF 748 0 0
GG
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TCCCGGTGTCCCTCCTCAGTTTGGTCCCTTTCTCACCGCCGACCTTCCTAACTTCGACCG
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ATCTCGCGTTCTCACCGCTGCTCAGTCGTATGTCGAATTCCCTCACGGTGGGTTGCTGCT
CATTAATCCTGGTCGTCTGTTTGCCCATAAGGTTTTGAAAGTTAATCGTGTAGCCATTAT
GGAGATTCCTAGTGGCGGATGTGTTAAGTTCTTCGGCAATGAGACGGATGAAGACCAAAT
CGAAGACGAAAACGAAAACGAAAACGAAGACGAAGTCGAAGACGCAGTCGCACCTCAGTT
TGGTCCTTTTCCCACCAACGACCTTGCTGCGTTTGACTTCAATGGTGATCAGATCCGTTG
TGTGTCTGGCGACGAGTCGTACGTGTTTCCCATAAAGTTCGCAGTAACCAGTGGAGCATT
TTCTTACACGGTTCCCGATCTTCCCGGTAACCAACATTTTACCACTGATGAGCAGCGTCT
CAGCTTCCCTTACG*TGGGATAGTGCGCATTCGTAATGGTTATT*GTTTGCACATGAGC*
TATGGA*TTTGAAGATGAAA
TGATGG

QA 3 742 3 742
DS 

RD RR3AM18TF 800 0 0
GGATTC
ATAGCAACTAACGATGGCAGATGAAAATCCTCCTCACGTTCCCGGTGTCCCTGCTCTGGC
TCCCGGTGTCCCTCCTCAGTTTGGTCCCTTTCTCACCGCCGACCTTCCTAACTTCGACCG
GCAAGGTGATCAGATCCGTCTGACTTATGAGGACGTCGTCAGCAAATCGTACGTCTTTCC
CATAAAGTTCGCAGTAACCAGTGGAGGAGTGTCTTACTCGCATACCGAGTCTCCCGCTGT
ATCTCGCGTTCTCACCGCTGCTCAGTCGTATGTCGAATTCCCTCACGGTGGGTTGCTGCT
CATTAATCCTGGTCGTCTGTTTGCCCATAAGGTTT*GAAAGTTAATCGTGTAGCCATTAT
GGAGATTCCTAGTGGCGGATATGTTAAGTTCTTCGGCAATGAGACGGATGAAGACCAAAT
CGAAGACGAAAACGAAAACGAAAACGAAGACGAAGTCGAAGACGCAGTCGCACCTCAGTT
TGGTCCTTTTCCCACCAACGACCTTGCTGCGTTTGACTTCAATGGTGATCAGATCCGTTG
TGTGTCTGGCGACGAGTCGTACGTGTTTCCCATAAATTTCGCAGTAACCATTGGAGCATT
TTCTTACACGGTTCCCGATCTTCCCGGTAACCAACATTTTACCACTGATGAGCAGCGTCT
CAGCTTCCCTTACG*TGGGATAGTGCGCATTCGTAATGGTTATTTGTTTGCACATGAGCC
TATGGAATTTGAAGATGAAA*TGATGGCTTTATTTCCGTTCCTGCTGGCGGATACGCTCA
GTGCTTCAACAATG

QA 7 800 7 800
DS 

RD RR3BH72JQ 208 0 0
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GAAGATGAAAATGATGGCTTTATTTCCGTTCCTGCTGGCGGATACGCTCAGTGCTTCAAC
AATGTGGTTTCCGGTGATGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGATGAATTTGAAGTT
GAAGTGGAAATCGATGATGATGCTGCAG

QA 1 208 1 208
DS 

RD RR3CJ32JQ 821 0 0
TACCGAGTCTCCCGCTGTATCTCGCGTTCTCACCGCTGCTCAGTCGTATGTCGAATTCCC
TCACGGTGGGTTGCTGCTCATTAATCCTGGTCGTCTGTTTGCCCATAAGGTTTTGAAAGT
TAATCGTGTAGCCATTATGGAGATTCCTAGTGGCGGATGTGTTAAGTTCTTCGGCAATGA
GACGGATGAAGACCAAATCGAAGACGAAAACGAAAACGAAAACGAAGACGAAGTCGAAGA
CGCAGTCGCACCTCAGTTTGGTCCTTTTCCCACCAACGACCTTGCTGCGTTTGACTTCAA
TGGTGATCAGATCCGTTGTGTGTCTGGCGACGAGTCGTACGTGTTTCCCATAAAGTTCGC
AGTAACCAGTGGAGCATTTTCTTACACGGTTCCCGATCTTCCCGGTAACCAACATTTTAC
CACTGATGAGCAGCGTTTCAGCTTCCCTTACGGTGGGATAGTGCGCATTCGTAATGGTTA
TTTGTTTGCACATGAGCCTATGGAATTTGAAGATGAAAATGATGGCTTTATTTCCGTTCC
TGCTGGCGGATACGCTCAGTGCTTCAACAATGTGGTTTCCGGTGATGGT**TGGAGGTGG
AGGTGGTGGTGGTGATGAATTTGAAGTTGAAGTGGAAATCGATGATGATGCTGCAGCCCC
AGCCGCAGCCGCAGTCGCAGTCGCAAACGAAATCGAGTACGAAGTCGAGCACGAAGTCCA
GTAAAGCTTTTAATTATCTCTGTTATTATGTAAAGGAGTTATCGTTTATGGTTAAATGTT
TTTCTTTAATAATTTGAATGTTGTGTTGGAAACTTTATGAT

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR3GH91JQ 586 0 0
GTCCTTTTCCCACCAACGACCTTGCTGCGTTTGACTTCAATGGTGATCAGATCCGTTGTG
TGTCTGGCGACGAGTCGTACGTGTTTCCCATAAAGTTCGCAGTAACCAGTGGAGCATTTT
CTTACACGGTTCCCGATCTTCCCGGTAACCAACATTTTACCACTGATGAGCAGCGTCTCA
GCTTCCCTTACGGTGGGATAGTGCGCATTCGTAATGGTTGTTTGTTTGCACATGAGCCTA
TGGAATTTGAAGATGAAAATGATGGCTTTATTTCCGTTCCTGCTGGCGGATACGCTCAGT
GCTTCAACAATGTGGTTTCCGGTGATGGTGGTGGAGGTGGAGGTGGTGGTGGTGATGAAT
TTGAAGTTGAAGTGGAAATCGATGATGATGCTGCAGCCCCAGCCGCAGCCGCAGTCGCAG
TCGCAAACGAAATCGAGTACGAAGTCGAGCACGAAGTCCAGTAAAGCTTTTAATTATCTC
TGTTATTATGTAAAGGAGTTATCGTTTATGGTTAAATGTTTTTCTTTAATAATTTGAATG
TTGTGTTGGAAACTTTATGATAAGTAAGATAGATATTATGGTTATG

QA 1 586 1 586
DS 



AS 2 8

CO CL468Contig1 898 3 6 U
GGGCCCCTCAACGAGTTTCAAAACCCGAGTAGCCATGTCGCTCACGATCCCGACGAACCT
CGTCCTCAACCCGAGATCCAACAAATCTCTCACTCAATCCTTGCCTAATCCACCGCAAGA
TTCGTCTGCTCCGATGACAAATCCGCGACGCAGCAACAGCAGTCCATGAAGGCTTTCTCC
GCAGCAGTGGCTCTCTCTTCCATCCTCCTCTCAGCTCCGATGCCAGCCGTCGCTGATATC
TCGGGGTTAACCCCTTGCAAGGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGGGAGAAGCAACAGAT
CAAGAAGCTTCAATCATCTCTTAAGCTCTACGCTCCCTGAAAGTGCTCCTGCTCTTGCTC
TTAACGCTCAGATCGAGAAGACCAAACGCAGGTTCGACAACTACGGCAAGTATGGACTAC
TGTGTGGTGCAGACGGTCTACCCCACCTAATAGTGAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAG
AGTTCATAACTCCAGGCCTTCTCTTCCTCTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTTGGAA
GAAGCTACTTGATAGCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAGGAGATCATTATTG
ATGTTCCATTGGCTAGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCTGTTGCTGCTTACA
GAGCGTTAATCAACGGCGATCTCATTGCCAAGGATGTCTAGAAAAACAAAAAACAAATCT
ATATTTGTTGTTTTGTTTGCTTCTCTTTCTCTCATGTTTTCCATTGTATGTATTGATATC
TCTAATTAACTCTTCCTTCAAAGAATATCTTTGCATTATGGAAAAACTTGTATTTTGGAT
TAAATGTTAATTGCGGAAAAAGTCATTTCATACCCAATATATTGCGATATGTTCAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO53TF U 175
AF RR3AA19TF U 1
AF RR3FO53JQ C 507
BS 1 286 RR3AA19TF
BS 287 287 RR3FO53TF
BS 288 336 RR3AA19TF
BS 337 337 RR3FO53TF
BS 338 782 RR3AA19TF
BS 783 898 RR3FO53JQ

RD RR3FO53TF 204 0 0
TTCTCCGCAGCAGTGGCTCTCTCTTCCATCCTCCTCTCAGCTCCGATGCCAGCCGTCGCT
GATATCTCGGGGTTAACCCCTTGCAAGGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGGGAGAAGCA
ACAGATCAAGAAGCTTCAATCATCTCTTAAGCTCTACGCTCCCTGAAAGTGCTCCTGCTC
TTGCTCTTAACGCTCAGATCGAGA

QA 1 204 1 204
DS 

RD RR3AA19TF 782 0 0
GGGCCCCTCAACGAGTTTCAAAACCCGAGTAGCCATGTCGCTCACGATCCCGACGAACCT
CGTCCTCAACCCGAGATCCAACAAATCTCTCACTCAATCCTTGCCTAATCCACCGCAAGA
TTCGTCTGCTCCGATGACAAATCCGCGACGCAGCAACAGCAGTCCATGAAGGCTTTCTCC
GCAGCAGTGGCTCTCTCTTCCATCCTCCTCTCAGCTCCGATGCCAGCCGTCGCTGATATC
TCGGGGTTAACCCCTTGCAAGGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGG*AGAAGCAACAGAT
CAAGAAGCTTCAATCATCTCTTAAGCTCTACGCTCC*TGAAAGTGCTCCTGCTCTTGCTC
TTAACGCTCAGATCGAGAAGACCAAACGCAGGTTCGACAACTACGGCAAGTATGGACTAC
TGTGTGGTGCAGACGGTCTACCCCACCTAATAGTGAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAG
AGTTCATAACTCCAGGCCTTCTCTTCCTCTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTTGGAA
GAAGCTACTTGATAGCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAGGAGATCATTATTG
ATGTTCCATTGGCTAGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCTGTTGCTGCTTACA
GAGCGTTAATCAACGGCGATCTCATTGCCAAGGATGTCTAGAAAAACAAAAAACAAATCT
ATATTTGTTGTTTTGTTTGCTTCTCTTTCTCTCATGTTTTCCATTGTATGTATTGATATC
TC

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3FO53JQ 392 0 0
CTCTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGTTGGAAGAAGCTACTTGATAGCGATCAGTGAT
GAGAAGAAACCAGCGATGAAGGAGATCATTATTGATGTTCCATTGGCTAGTCGTCTCATC
TTCCGTGGTTTCATTTGGTCTGTTGCTGCTTACAGAGCGTTAATCAACGGCGATCTCATT
GCCAAGGATGTCTAGAAAAACAAAAAACAAATCTATATTTGTTGTTTTGTTTGCTTCTCT
TTCTCTCATGTTTTCCATTGTATGTATTGATATCTCTAATTAACTCTTCCTTCAAAGAAT
ATCTTTGCATTATGGAAAAACTTGTATTTTGGATTAAATGTTAATTGCGGAAAAAGTCAT
TTCATACCCAATATATTGCGATATGTTCAATT

QA 1 392 1 392
DS 



CO CL468Contig2 760 5 11 U
CCACCGCGAGATTCGTCTACTCCGATGACAAATCCGCAACGCCGCAGCAACAGCAGTCCA
TGAAGGCTTTCTCCGCGGCCGTAGCTCTCTCTTCCATCCTCCTCTCAGCTCCGATGCCAG
CCGTCGCCGATATCTCGGGCTTAACCCCTTGCAAGGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGATGG
AGAAGCAACAGATCAAGAAGCTCGAATCATCTCTTAAGCTCTACGCTCCTGAGAGCGCCC
CTGCTCTTGCTCTTAACGCTCAGATCGAGAAGACCAAGCGCAGGTTTGACAACTACGGCA
AGTACGGGCTCCTCTGCGGTGCAGACGGGCTACCACACTTGATAGTCAACGGAGACCAGC
GGCATTGGGGAGAGTTCATAACACCAGGACTTCTCTTCCTCTACATTGCTGGATGGATCG
GGTGGG*TCGGAAGAAGCTACTTGATAGCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCCATGAAA
GAGATCATTATCGATGTTCCATTGG*CTAGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCC
CATTGCTGCTTACAGAGCGTTACTCAATGGTGATCTCATCGCCAAGGATGTCTAGAAACA
TATCTGCTTTTCATCTTTTGTTTGCTTCTTTCTCTATCGCTCTTGTGTTTTCCATTGTAT
GTATTCAATCTCTTTCTTAAAAAGAAAATTATGTATTCAATCTCTTGTTAACTCTTCTTG
TCTCTGCAATATTGACAAAAATATATTATGATTTTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3E953TF U 101
AF RR3A551TF U 196
AF RR3F338JQ C 1
AF RR3EC91TF U 101
AF RR3A551JQ C 487
BS 1 101 RR3F338JQ
BS 102 281 RR3E953TF
BS 282 426 RR3A551TF
BS 427 427 RR3EC91TF
BS 428 505 RR3A551TF
BS 506 506 RR3EC91TF
BS 507 581 RR3A551TF
BS 582 740 RR3EC91TF
BS 741 741 RR3F338JQ
BS 742 758 RR3EC91TF
BS 759 760 RR3F338JQ

RD RR3E953TF 181 0 0
G
CTCTCAGCTCCGATGCCAGCCGTCGCCGATATCTCGGGCTTAACCCCTTGCAAGGAGTCG
AAACAGTTCGCCAAGATGGAGAAGCAACAGATCAAGAAGCTCGAATCATCTCTTAAGCTC
TACGCTCCTGAGAGCGCCCCTGCTCTTGCTCTTAACGCTCAGATCGAGAAGACCAAGCGC

QA 2 181 2 181
DS 

RD RR3A551TF 386 0 0
AGAAGCTCGAATCATCTCTTAAGCTCTACGCTCCTGAGAGCGCCCCTGCTCTTGCTCTTA
ACGCTCAGATCGAGAAGACCAAGCGCAGGTTTGACAACTACGGCAAGTACGGGCTCCTCT
GCGGTGCAGACGGGCTACCACACTTGATAGTCAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAGAGT
TCATAACACCAGGACTTCTCTTCCTCTACATTGCTGGATGGATCGGGTGGGGTCGGAAGA
AGCTACTTGATAGCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCCATGAAAGAGATCATTATCGAT
GTTCCATTGGGCTAGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCCATTGCTGCTTACAG
AGCGTTACTCAATGGTGATCTCATCG

QA 1 386 1 386
DS 

RD RR3F338JQ 760 0 0
CCACCGCGAGATTCGTCTACTCCGATGACAAATCCGCAACGCCGCAGCAACAGCAGTCCA
TGAAGGCTTTCTCCGCGGCCGTAGCTCTCTCTTCCATCCTCCTCTCAGCTCCGATGCCAG
CCGTCGCCGATATCTCGGGCTTAACCCCTTGCAAGGAGTCGAAACAGTTCGCCAAGAGGG
AGAAGCAACAGATCAAGAAGCTCGAATCATCTCTTAAGCTCTACGCTCCTGAGAGCGCCC
CTGCTCTTGCTCTTAACGCTCAGATCGAGAAGACCAAGCGCAGGTTTGACAACTACGGCA
AGTACGGGCTCCTCTGCGGTGCAGACGGGCTACCACACTTGATAGTCAACGGAGACCAGC
GGCATTGGGGAGAGTTCATAACACCAGGACTTCTCTTCCTCTACATTGCTGGATGGATCG
GGTGGG*TCGGAAGAAGCTACTTGATAGCGATCAGTGATGAGAAGAAACCAGCCATGAAA
GAGATCATTATCGATGTTCCATTGG*CTAGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCC
CATTGCTGCTTACAGAGCGTTACTCAATGGTGATCTCATCGCCAAGGATGTCTAGAAACA
TATCTGCTTTTCATCTTTTGTTTGCTTCTTTCTCTATCGCTCTTGTGTTTTCCATTGTAT
GTATTCAATCTCTTTCTTAAAAAGAAAATTATGTATTCAATCTCTTGTTAACTCTTCTTG
TCTCTGCAATATTGACAAAAATATATTATGATTTTTGTCC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3EC91TF 659 0 0
G
CTCTCAGCTCCGATGCCAGCCGTCGCCGATATCTCGGGCTTAACCCCTTGCAAGGAGTCG
AAACAGTTCGCCAAGATGGAGAAGCAACAGATCAAGAAGCTCGAATCATCTCTTAAGCTC
TACGCTCCTGAGAGCGCCCCTGCTCTTGCTCTTAACGCTCAGATCGAGAAGACCAAGCGC
AGGTTTGACAACTACGGCAAGTACGGGCTCCTCTGCGGTGCAGACGGGCTACCACACTTG
ATAGTCAACGGAGACCAGCGGCATTGGGGAGAGTTCATAACACCAGGACTTCTCTTCCTC
TACATTGCTGGATGGATCGGGTGGG*TCGGAAGAAGCTACTTGATAGCGATCAGTGATGA
GAAGAAAGCAGCCATGAAAGAGATCATTATCGATGTTCCATTGG*CTAGTCGTCTCATCT
TCCGTGGTTTCATTTGGCCCATTGCTGCTTACAGAGCGTTACTCAATGGTGATCTCATCG
CCAAGGATGTCTAGAAACATATCTGCTTTTCATCTTTTGTTTGCTTCTTTCTCTATCGCT
CTTGTGTTTTCCATTGTATGTATTCAATCTCTTTCTTAAAAAGAAAATTATGTATTCAAT
CTCTTGTTAACTCTTCTTGTCTCTGCAATATTGACAAAA*TATATTATGATTTTTGT
T

QA 2 658 2 658
DS 

RD RR3A551JQ 250 0 0
ATTATCGATGTTCCATTGG*CTAGTCGTCTCATCTTCCGTGGTTTCATTTGGCCCATTGC
TGCTTACAGAGCGTTACTCAATGGTGATCTCATCGCCAAGGATGTCTAGAAACATATCTG
CTTTTCATCTTTTGTTTGCTTCTTTCTCTATCGCTCTTGTGTTTTCCATTGTATGTATTC
AATCTCTTTCTTAAAAAGAAAATTATGTATTCAATCTCTTGTTAACTCTTCTTGTCTCTG
CAATATTGAC

QA 1 250 1 250
DS 



AS 2 8

CO CL469Contig1 1007 3 6 U
TTTTTTTTCTTCTCCCTAGAATCTGAAGTGGAAGCTTTCTATGTTCAAAGCTTTAGTTTT
GTTCTAGCTTCAGTTAAAGTGGAAGAGAGAGAGAGAGAGTTAAAGGAAACGACTTTGGTT
GTTGAAGGGTCTGTATGGGTACCTAGGAGAAGAAGGAACTTTTTGTTGTGGCAGGAGGCA
AGGATCAGATGCATAGTATTAGCTCCAACCCCGCTGGTGACCTTGAGAAGCAGCAGCAGG
ACAAGACTCCGGAGAAGCAGAGCGAGTTAGTAAATGAAGCTGCCAAGGAAGTGAACCACC
TCACCATTGTTGTCTGCAATGGAGATTCAAGTGGGGCACATGAAACCGTAGAATTGGCTC
AGAAACTCCAGCTCTCACGAGCAGTGTAGGGTTTGTCAGCAAGAGAAAGAAGAGGCTTTG
ATAGAACTGGGGTGCCTATGTCGTGGTGGCCTTGCTAAATCCCATAGGTCATGCATAGAT
GCTTGGTTTCGCACAAAAGGCTCTAATCAGTGCGAGATCTGCCAGGCAGTGGCTGTCAAC
GTGCCACCTCCAGAGACCCATCCAACTACAAATTACTGGGTTTGGAGGATTGATCCCAGC
TATAGGCAAGAGCAGCGCGAGAGAGGATGTTTCAATCCTCTATGGGTAGCATTCTCAATT
CTGATAGGTGGTCTAATGCTGGATGTGTTAATATCCATCACACTTGGTGTGTCTGCGCTT
CCGGTTAACATAATCATTGGAGTGATAGTGGTGCTAGGGCTAGGAACAGCACTAAGACTG
ACATTGGAGTTCTGCTATGAGTGGAGCTTGAGAAGAGCGGTTCAGAGGGCAGTGCAGAGG
AGTGAAACAGCCTTTAATAACATTGCATATCCACCTGCCTTGTAAGAGATAAATGCCAAA
GCTGGAAACATCTTGTGTGTGTTAGTGTGTTATGTAAAAAAGTTGTGCGAGGAAGACAAA
AGTGTGATTGTTTTTACATACAGTACAATGCTGAATTCGTTTGGAGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GK34TF U 1
AF RR3D615TF U 1
AF RR3D615JQ C 227
BS 1 110 RR3D615TF
BS 111 111 RR3GK34TF
BS 112 605 RR3D615TF
BS 606 606 RR3D615JQ
BS 607 663 RR3D615TF
BS 664 1007 RR3D615JQ

RD RR3GK34TF 283 0 0
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GTTCTAGCTTCAGTTAAAGTGGAAGAGAGAGAGAGAGAGTTAAAGGAAACGACTTTGGTT
GTTGAAGGGTCTGTATGGGTACCTAGGAGAAGAAGGAACTTTTTGTTGTGGCAGGAGGCA
AGGATCAGATGCATAGTATTAGCTCCAACCCCGCTGGTGACCTTGAGAAGCAGCAGCAGG
ACAAGACTCCGGAGAAGCAGAGCGAGTTAGTAAATGAAGCTGC

QA 1 283 1 283
DS 

RD RR3D615TF 663 0 0
TTTTTTTTCTTCTCCCTAGAATCTGAAGTGGAAGCTTTCTATGTTCAAAGCTTTAGTTTT
GTTCTAGCTTCAGTTAAAGTGGAAGAGAGAGAGAGAGAGTTAAAGGAAACTACTTTGGTT
GTTGAAGGGTCTGTATGGGTACCTAGGAGAAGAAGGAACTTTTTGTTGTGGCAGGAGGCA
AGGATCAGATGCATAGTATTAGCTCCAACCCCGCTGGTGACCTTGAGAAGCAGCAGCAGG
ACAAGACTCCGGAGAAGCAGAGCGAGTTAGTAAATGAAGCTGCCAAGGAAGTGAACCACC
TCACCATTGTTGTCTGCAATGGAGATTCAAGTGGGGCACATGAAACCGTAGAATTGGCTC
AGAAACTCCAGCTCTCACGAGCAGTGTAGGGTTTGTCAGCAAGAGAAAGAAGAGGCTTTG
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GCTTGGTTTCGCACAAAAGGCTCTAATCAGTGCGAGATCTGCCAGGCAGTGGCTGTCAAC
GTGCCACCTCCAGAGACCCATCCAACTACAAATTACTGGGTTTGGAGGATTGATCCCAGC
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CTG

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DS 

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CGTAGAATTGGCTCAGAAACTCCAGCTCTCACGAGCAGTGTAGGGTTTGTCAGCAAGAGA
AAGAAGAGGCTTTGATAGAACTGGGGTGCCTATGTCGTGGTGGCCTTGCTAAATCCCATA
GGTCATGCATAGATGCTTGGTTTCGCACAAAAGGCTCTAATCAGTGCGAGATCTGCCAGG
CAGTGGCTGTCAACGTGCCACCTCCAGAGACCCATCCAACTACAAATTACTGGGTTTGGA
GGATTGATCCCAGCTATAGGCAAGAGCAGCGCGAGAGAGGATGTTTCAATCCTCTATGGG
TAGCATTCTCAATTCTGATAGGTGGTCTAATGCTGGATGTGTTAATATCCATCACACTTG
GTGTGTCTGCGCTTCCGGTTAACATAATCATTGGAGTGATAGTGGTGCTAGGGCTAGGAA
CAGCACTAAGACTGACATTGGAGTTCTGCTATGAGTGGAGCTTGAGAAGAGCGGTTCAGA
GGGCAGTGCAGAGGAGTGAAACAGCCTTTAATAACATTGCATATCCACCTGCCTTGTAAG
AGATAAATGCCAAAGCTGGAAACATCTTGTGTGTGTTAGTGTGTTATGTAAAAAAGTTGT
GCGAGGAAGACAAAAGTGTGATTGTTTTTACATACAGTACAATGCTGAATTCGTTTGGAG
C

QA 1 781 1 781
DS 



CO CL469Contig2 1105 5 9 U
TGGGGTTAATACTAATTTTTGTAAAAGTTTTAAGCTACACAAAAGATGATGCTCCAAACG
AATTCAGCATTGTACTGTATGTAAAAACAATCACACTTTTGTCTTCCTCGCACAACTTTT
TTACATAACACACTAACACACACAAGATGTTTCCAGCTTTGACATTTATCTCTTACAAGG
CAGGTGGATATGCAATGTTATTAAAGGCTGTTTCACTCCTCTGCACTGCCCTCTGAACCG
CCCTTCTCAAGCTCCACTCATAGCAAAACTCCAATGTCAGTCTTAGTGCTGTTCCTAGCC
CTAGCACCACTATCACTCCAATGATTATGTTAACCGGAAGCGCAAACACACCAAGTGTGA
TGGATATTAACACATCCAGCATTAGACCACCTATCAAAATTGAGAATGCTACCCATAGAG
GATTGAAACATCCTCTCTCGCGCTGCTCTTGCCTATAGCTGGGATCAATCCTCC*AAACC
CAGTAATTTGTAGTTGGATGGGTCTCTGGAGGTGGCACGTTGACAGCCACTGCCTGGCAG
ATCTCGCACTGATTAGAGCCTTTTGTGCGAAACCAAGCATCTATGCATGACCTATGGGAT
TTAGCAAGGCCACCACGACATAGGCACCCCAGTTCTATCAAAGCCTCTTCTTTCTCTTGC
TGACAAACCCTACGCTGCTCGTGAGAGCTGGAGTTTCTGGACAAGCAAACCTTTTTGGGG
GACTCTTCCCTCTCAGCTGCTGGCCCATAGATCTGAGCCAATTCTACGGTTTCATGTGCC
CCACTTGAATCCCCATTGCAGACAACAATGGTGAGGTGGTTCACTTCCTTGGCAGCTTCA
TTTACTAACTCGCTCTGCTTCTCCGGAGTCTTGTCCTGCTGCTGCTTCTCAAGGTCACCA
GCGGGGTTGGAGCTAATACTATGCATCTGATCCTTGCCTCCTGCCACAACAAAAAGTTCC
TTCTTCTCCTAGGTACCCATACAGACCCTTCAACAACCAAAGTCGTTTCCTTTAACTCTC
TCTCTCTCTCTCTTCCACTTTAACTGAAGCTAGAACAAAACTAAAGCTTTGAACATAGAA
AGCTTCCACTTCAGATTCTAGGGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BP44JQ U 281
AF RR3GK34JQ U 1
AF RR3BP31JQ U 565
AF RR3BB37JQ U 48
AF RR3BP31TF C 405
BS 1 241 RR3GK34JQ
BS 242 242 RR3BB37JQ
BS 243 425 RR3GK34JQ
BS 426 426 RR3BP44JQ
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BS 675 764 RR3GK34JQ
BS 765 877 RR3BB37JQ
BS 878 1105 RR3BP31TF

RD RR3BP44JQ 240 0 0
TCTTAGTGCTGTTCCTAGCCCTAGCACCACTATCACTCCAATGATTATGTTAACCGGAAG
CGCAAACACACCAAGTGTGATGGATATTAACACATCCAGCATTAGACCACCTATCAAAAT
TGAGAATGCTACCCATAGAGGATTGAAACATCCTCTCTCGCCCTGCTCTTGCCTATAGCT
GGGATCAATCCTCC*AAACCCAGTAATTTGTAGTTGGATGGGTCTCTGGAGGTGGCACGT

QA 1 240 1 240
DS 

RD RR3GK34JQ 764 0 0
TGGGGTTAATACTAATTTTTGTAAAAGTTTTAAGCTACACAAAAGATGATGCTCCAAACG
AATTCAGCATTGTACTGTATGTAAAAACAATCACACTTTTGTCTTCCTCGCACAACTTTT
TTACATAACACACTAACACACACAAGATGTTTCCAGCTTTGACATTTATCTCTTACAAGG
CAGGTGGATATGCAATGTTATTAAAGGCTGTTTCACTCCTCTGCACTGCCCTCTGAACCG
CTCTTCTCAAGCTCCACTCATAGCAAAACTCCAATGTCAGTCTTAGTGCTGTTCCTAGCC
CTAGCACCACTATCACTCCAATGATTATGTTAACCGGAAGCGCAAACACACCAAGTGTGA
TGGATATTAACACATCCAGCATTAGACCACCTATCAAAATTGAGAATGCTACCCATAGAG
GATTGGAACATCCTCTCTCGCGCTGCTCTTGCCTATAGCTGGGATCAATCCTCC*AAACC
CAGTAATTTGTAGTTGGATGGGTCTCTGGAGGTGGCACGTTGACAGCCACTGCCTGGCAG
ATCTCGCACTGATTAGAGCCTTTTGTGCGAAACCAAGCATCTATGCATGACCTATGGGAT
TTAGCAAGGCCACCACGACATAGGCACCCCAGTTCTATCAAAGCCTCTTCTTTCTCTTGC
TGACAAACCCTACACTGCTCGTGAGAGCTGGAGTTTCTGGACAAGCAAACCTTTTTGGGG
GACTCTTCCCTCTCAGCTGCTGGCCCATAGATCTGAGCCAATTC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3BP31JQ 190 0 0
GTGCGAAACCAAGCATCTATGCATGACCTATGGGATTTAGCAAGGCCACCACGACATAGG
CACCCCAGTTCTATCAAAGCCTCTTCTTTCTCTTGCTGACAAACCCTACGCTGCTCGTGA
GAGCTGGAGTTTCTGGACAAGCAAACCTTTTTGGGGGACTCTTCCCTCTCAGCTGCTGGC
CCATAGATCT

QA 1 190 1 190
DS 

RD RR3BB37JQ 830 0 0
GAT
GCTCCAAACGAATTCAGCATTGTACTGTATGTAAAAACAATCACACTTTTGTCTTCCTCG
CACAACTTTTTTACATAACACACTAACACACACAAGATGTTTCCAGCTTTGACATTTATC
TCTTACAAGGCAGGTGGATATGCGATGTTATTAAAGGCTGTTTCACTCCTCTGCACTGCC
CTCTGAACCGCCCTTCTCAAGCTCCACTCATAGCAGAACTCCAATGTCAGTCTTAGTGCT
GTTCCTAGCCCCAGCACCACTATCACTCCAATGATTATGTTAACCGGAAGCGCAGACACA
CCAAGTGTGATGGATATTAACACATCCAGCATTAGACCACCTATCAGAATTGAGAATGCT
ACCCATAGAGGATTGAAACATCCTCTCTCGCGCTGCTCTTGCCTATAGCTGGGATCAATC
CTCC*AAACCCAGTAATTTGTAGTTGGATGGGTCTCTGGAGGTGGCACGTTGACAGCCAC
TGCCTGGCAGATCTCGCACTGATTAGAGCCTTTTGTGCGAAACCAAGCATCTATGCATGA
CCTATGGGATTTAGCAAGGCCACCAAGACATAGGCACCCCAGTTCTATCAAAGCCTCTTC
TTTCTCTTGCTGACAAACCCTACACTGCTCGTGAGAGCTGGAGTTTCTGGACAAGCAAAC
CTTTTTGGGGGACTCTTCCCTCTCAGCTGCTGGCCCATAGATCTGAGCCAATTCTACGGT
TTCATGTGCCCCACTTGAATCCCCATTGCAGACAACAATGGTGAGGTGGTTCACTTCCTT
GGCAGCTTCATTTACTAACTCGCTCTGCTTCTCCGGAGTCTTGTCCT

QA 4 830 4 830
DS 

RD RR3BP31TF 701 0 0
AATGCTACCCATAGAGGATTGAAACATCCTCTCTCGCGCTGCTCTTGC*TATAGCTGGGA
TCAATCCTCCCAAACCCAGTAATT*GTAGTTGGATGGGTCTCTGGAGGTGGCACGTTGAC
AGCCACTGCCTGGCAGATCTCGCACTGATTAGAGCCTTTTGTGCGAAACCAAGCATCTAT
GCATGACCTATGGGATTTAGCAAGGCCACCACGACATAGGCACCCCAGTTCTATCAAAGC
CTCTTCTTTCTCTTGCTGACAAACCCTACGCTGCTCGTGAGAGCTGGAGTTTCTGGACAA
GCAAACCTTTTTGGGGGACTCTTCCCTCTCAGCTGCTGGCCCATAGATCTGAGCCAATTC
TACGGTTTCATGTGCCCCACTTGAATCTCCATTGCAGACAACAATGGTGAGGTGGTTCAC
TTCCTTGGCAGCTTCATTTACTAACTCGCTCTGCTTCTCCGGAGTCTTGTCCTGCTGCTG
CTTCTCAAGGTCACCAGCGGGGTTGGAGCTAATACTATGCATCTGATCCTTGCCTCCTGC
CACAACAAAAAGTTCCTTCTTCTCCTAGGTACCCATACAGACCCTTCAACAACCAAAGTC
GTTTCCTTTAACTCTCTCTCTCTCTCTCTTCCACTTTAACTGAAGCTAGAACAAAACTAA
AGCTTTGAACATAGAAAGCTTCCACTTCAGATTCTAGGGAG

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 9

CO CL470Contig1 562 9 7 U
GGATCACTTCTTTTGCATTGTGCGGAAACTCTTGAGCTTTTGTCTTCATCTTACCAAAGA
AACAAACCTCATCGAATCAGATTAGAATAATTTCAACCTCGCTAAGAATGAAAATGAAAC
TCGCTGTTGTAACGTTCGTCATCATCTCCCTACTCCTCTCATCTTCTTTGTTCATGCTTT
CAGAAGCCTCACCATGCGACGGAAAATGCAATGCGAGATGTTCAAAGGCAGGAAGACAAG
ATCGGTGTCTCAAGTATTGCAATATATGTTGTGAGAAGTGTAACTACTGTGTTCCCTCCG
GCACTTATGGAAACAAAGATGAATGCCCCTGTTACAGGGATATGAAAAACTCCAAAGGCC
ATCCCAAATGTCCTTGAACATGTTTTGAAGATAATCTTCATATACATCATATCTATTATA
CACAAAAATATTACAATGGTGGTTGGCGTATGAAATAATGAGTTTGAATATGTTTGTATG
GAAATGTGAAAGATATTGACTATAAACGAAATAATGTACTTTTAATTTCAACTACTAAAA
GTAAAGCTTTTATTTATATGCC


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 10 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG31JQ C 1
AF RR3GG31TF U 1
AF RR3ED06TF U 1
AF RR3DB85JQ C 1
AF RR3DB85TF U 1
AF RR3DT06TF U 149
AF RR3DT07TF U 149
AF RR3DT07JQ C 149
AF RR3DT06JQ C 294
BS 1 520 RR3GG31TF
BS 521 529 RR3ED06TF
BS 530 530 RR3DB85TF
BS 531 531 RR3DT06TF
BS 532 555 RR3DB85TF
BS 556 556 RR3DT06TF
BS 557 562 RR3DT06JQ

RD RR3GG31JQ 486 0 0
GGATCACTTCTTTTGCATTGTGCGGAAACTCTTGAGCTTTTGTCTTCATCTTACCAAAGA
AACAAACCTCATCGAATCAGATTAGAATAATTTCAACCTCGCTAAGAATGAAAATGAAAC
TCGCTGTTGTAACGTTCGTCATCATCTCCCTACTCCTCTCATCTTCTTTGTTCATGCTTT
CAGAAGCCTCACCATGCGACGGAAAATGCAATGCGAGATGTTCAAAGGCAGGAAGACAAG
ATCGGTGTCTCAAGTATTGCAATATATGTTGTGAGAAGTGTAACTACTGTGTTCCCTCCG
GCACTTATGGAAACAAAGATGAATGCCCCTGTTACAGGGATATGAAAAACTCCAAAGGCC
ATCCCAAATGTCCTTGAACATGTTTTGAAGATAATCTTCATATACATCATATCTATTATA
CACAAAAATATTACAATGGTGGTTGGCGTATGAAATAATGAGTTTGAATATGTTTGTATG
GAAATG

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR3GG31TF 520 0 0
GGATCACTTCTTTTGCATTGTGCGGAAACTCTTGAGCTTTTGTCTTCATCTTACCAAAGA
AACAAACCTCATCGAATCAGATTAGAATAATTTCAACCTCGCTAAGAATGAAAATGAAAC
TCGCTGTTGTAACGTTCGTCATCATCTCCCTACTCCTCTCATCTTCTTTGTTCATGCTTT
CAGAAGCCTCACCATGCGACGGAAAATGCAATGCGAGATGTTCAAAGGCAGGAAGACAAG
ATCGGTGTCTCAAGTATTGCAATATATGTTGTGAGAAGTGTAACTACTGTGTTCCCTCCG
GCACTTATGGAAACAAAGATGAATGCCCCTGTTACAGGGATATGAAAAACTCCAAAGGCC
ATCCCAAATGTCCTTGAACATGTTTTGAAGATAATCTTCATATACATCATATCTATTATA
CACAAAAATATTACAATGGTGGTTGGCGTATGAAATAATGAGTTTGAATATGTTTGTATG
GAAATGTGAAAGATATTGACTATAAACGAAATAATGTACT

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3ED06TF 529 0 0
GGATCACTTCTTTTGCATTGTGCGGAAACTCTCGAGCTTTTGTCTTCATCTTACCAAAGA
AACAAACCTCATCGAATCAGATTAGAATAATTTCAACCTCGCTAAGAATGAAAATGAAAC
TCGCTGTTGTAACGTTCGTCATCATCTCCCTACTCCTCTCATCTTCTTTGTTCATGCTTT
CAGAAGCCTCACCATGCGACGGAAAATGCAATGCGAGATGTTCAAAGGCAGGAAGACAAG
ATCGGTGTCTCAAGTATTGCAATATATGTTGTGAGAAGTGTAACTACTGTGTTCCCTCCG
GCACTTATGGAAACAAAGATGAATGCCCCTGTTACAGGGATATGAAAAACTCCAAAGGCC
ATCCCAAATGTCCTTGAACATGTTTTGAAGATAATCTTCATATACATCATATCTATTATA
CACAAAAATATTACAATGGTGGTTGGCGTATGAAATAATGAGTTTGAATATGTTTGTATG
GAAATGTGAAAGATATTGACTATAAACGAAATAATGTACTTTTAATTTC

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR3DB85JQ 555 0 0
GGATCACTTCTTTTGCATTGTGCGGAAACTCTTGAGCTTTTGTCTTCATCTTACCAAAGA
AACAAACCTCATCGAATCAGATTAGAATAATTTCAACCTCGCTAAGAATGAAAATGAAAC
TCGCTGTTGTAACGTTCGTCATCATCTCCCTACTCCTCTCATCTTCTTTGTTCATGCTTT
CAGAAGCCTCACCATGCGACGGAAAATGCAATGCGAGATGTTCAAAGGCAGGAAGACAAG
ATCGGTGTCTCAAGTATTGCAATATATGTTGTGAGAAGTGTAACTACTGTGTTCCCTCCG
GCACTTATGGAAACAAAGATGAATGCCCCTGTTACAGGGATATGAAAAACTCCAAAGGCC
ATCCCAAATGTCCTTGAACATGTTTTGAAGATAATCTTCATATACATCATATCTATTATA
CACAAAAATATTACAATGGTGGTTGGCGTATGAAATAATGAGTTTGAATATGTTTGTATG
GAAATGTGAAAGATATTGACTATAAACGAAATAATGTACTTTTAATTTCAGCTACTAAAA
GTAAAGCTTTTATTT

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3DB85TF 555 0 0
GGATCACTTCTTTTGCATTGTGCGGAAACTCTTGAGCTTTTGTCTTCATCTTACCAAAGA
AACAAACCTCATCGAATCAGATTAGAATAATTTCAACCTCGCTAAGAATGAAAATGAAAC
TCGCTGTTGTAACGTTCGTCATCATCTCCCTACTCCTCTCATCTTCTTTGTTCATGCTTT
CAGAAGCCTCACCATGCGACGGAAAATGCAATGCGAGATGTTCAAAGGCAGGAAGACAAG
ATCGGTGTCTCAAGTATTGCAATATATGTTGTGAGAAGTGTAACTACTGTGTTCCCTCCG
GCACTTATGGAAACAAAGATGAATGCCCCTGTTACAGGGATATGAAAAACTCCAAAGGCC
ATCCCAAATGTCCTTGAACATGTTTTGAAGATAATCTTCATATACATCATATCTATTATA
CACAAAAATATTACAATGGTGGTTGGCGTATGAAATAATGAGTTTGAATATGTTTGTATG
GAAATGTGAAAGATATTGACTATAAACGAAATAATGTACTTTTAATTTCAGCTACTAAAA
GTAAAGCTTTTATTT

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3DT06TF 414 0 0
G
CTACTCCTCTCATCTTCTTTGTTCATGCTTTCAGAAGCCTCGCCATGCGACGGAAAATGC
AATGCGAGATGTTCAAAGGCAGGAAGACAAGATCGGTGTCTCAAGTATTGCAATATATGT
TGTGAGAAGTGTAACTACTGTGTTCCCTCCGGCATTTATGGAAACAAAGATGAATGCCCC
TGTTACAGGGATATGAAAAACTCCAAAGGCCATCCCAAATGTCCTTGAACATGTTTTGAA
GATAATCTTCATATACATCATATCTATTATACACAAAAATATTACAATGGTGGTTGGCGT
ATGAAATAATGAGTTTGAATATGTTTGTATGGAAATGTGAAAGATATTGACTATAAACGA
AATAATGTACTTTTAATTTCAACTACTAAAAGTAAAGCTTTTATTTA
TATGCC

QA 2 408 2 408
DS 

RD RR3DT07TF 414 0 0
G
CTACTCCTCTCATCTTCTTTGTTCATGCTTTCAGAAGCCTCACCATGCGACGGAAAATGC
AATGCGAGATGTTCAAAGGCAGGAAGACAAGATCGGTGTCTCAAGTATTGCAATATATGT
TGTGAGAAGTGTAACTACTGTGTTCCCTCCGGCATTTATGGAAACAAAGATGAATGCCCC
TGTTACAGGGATATGAAAAACTCCAAAGGCCATCCCAAATGTCCTTGAACATGTTTTGAA
GATAATCTTCATATACATCATATCTATTATACACAAAAATATTACAATGGTGGTTGGCGT
ATGAAATAATGAGTTTGAATATGTTTGTATGGAAATGTGAAAGATATTGACTATAAACGA
AATAATGTACTTTTAATTTCAACTACTAAAAGTAAAGCTTTTATTTA
TATGCC

QA 2 408 2 408
DS 

RD RR3DT07JQ 408 0 0
G
CTACTCCTCTCATCTTCTTTGTTCATGCTTTCAGAAGCCTCACCATGCGACGGAAAATGC
AATGCGAGATGTTCAAAGGCAGGAAGACAAGATCGGTGTCTCAAGTATTGCAATATATGT
TGTGAGAAGTGTAACTACTGTGTTCCCTCCGGCATTTATGGAAACAAAGATGAATGCCCC
TGTTACAGGGATATGAAAAACTCCAAAGGCCATCCCAAATGTCCTTGAACATGTTTTGAA
GATAATCTTCATATACATCATATCTATTATACACAAAAATATTACAATGGTGGTTGGCGT
ATGAAATAATGAGTTTGAATATGTTTGTATGGAAATGTGAAAGATATTGACTATAAACGA
AATAATGTACTTTTAATTTCAACTACTAAAAGTAAAGCTTTTATTTA

QA 2 408 2 408
DS 

RD RR3DT06JQ 269 0 0
CCCTCCGGCATTTATGGAAACAAAGATGAATGCCCCTGTTACAGGGATATGAAAAACTCC
AAAGGCCATCCCAAATGTCCTTGAACATGTTTTGAAGATAATCTTCATATACATCATATC
TATTATACACAAAAATATTACAATGGTGGTTGGCGTATGAAATAATGAGTTTGAATATGT
TTGTATGGAAATGTGAAAGATATTGACTATAAACGAAATAATGTACTTTTAATTTCAATT
ACTAAAAGTAAAGCTTTTATTTATATGCC

QA 1 269 1 269
DS 



AS 1 8

CO CL471Contig1 1215 8 20 U
GGGAAGTAGTCTTATTACTATATTGTAAAATACATCTCACTCTCACTAACTTCTCTTCAC
CCGAAAATGTCGACCGCTCCTCTCTCCGGCTTCTTCCTCACCTCTCTTTCTCCTTCTCAA
CCTTCTCTCCAAAAACTCTCTCTTCGTTCCTCTCCCGCCGTTGCTTGCCTTCCCTCATCC
TCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCCCCTCTCGTTCCGTTCCAACACTTATCCGTAAC
GAGCCCGTTTTTGCCGCTCCTGCTCCTATCATCACCCCTTATTGGAGCGAAGAGATGGGT
AGCGAAGCATACGAAGAGGCCATTGAAGCTCTCAAGAAGCTTATTATCGAGAAGGAGGAG
CTAAAGACTGTTGCGGCCGCTAAGGTGGAGCAGGTCACGGCAGCACTTCAGACAGGTACT
TCCTCCGACAAGAAAGCTTTCGACCCCGTCGAAAACATTAAGCAAGGCTTCATCACTTTC
AAGAAGGAGAAATACGAAACCAACCCTGCTTTGTACGGTGAGCTCGCCAAGGGTCAGAGT
CCTAAGTACATGGTGTTT*GCTTGTTCCGACTCGCGTGTGTGTCCATCGCACGTTCTCAA
CTTTCAGCCAGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTAACATAGCCAACATGGTTCCTCCTTTTGA
CAAGGTCAAATACGGTGGAGTAGGAGCAGCCATCGAATACGCTGTTTTGCACCTTAAGGT
GGAGAACATTGTGGTCATAGGACACAGCGCTTGTGGTGGGATCAAGGGACTCATGTCTTT
TCCTTTGGATGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGACTGGGTCAAAATCTGTTTACC
AGCCAAGTCAAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAGTCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGGCCG
ATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGCAAACTTGTTGACTTATCCATTCGTGAG
AGAAGGACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTATGATTTTATAAAGGG
TGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGCTCAGTATGAACCAA
TCCACCCATCATCATCATGAGCATCCATCACCATCATATATCTCATTTACATATGTAATT
TGTAATGTGCTGAGTTGTTTTCCAATCTTCATGGTATTCAACTTTCATATAAATAAAAAA
GAAAACTCAGATGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3G206TF U 34
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AF RR3H339JQ C 514
AF RR3H339TF U 514
AF RR3G206JQ C 574
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AF RR3FW72JQ C 621
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BS 153 397 RR3FW72TF
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TTCCTCACCTCTCTTTCTCCTTCTCAACCTTCTCTCCAAAAACTCTCTCTTCGTTCCTCT
CCCGCCGTTGCTTGCCTTCCCTCATCCTCTTCTTCTTCTTCTTC***CTCCTCCCCCTCT
CGTTCCGTTCCAACACTTATCCGTAACGAGCCCGTTTTTGCCGCTCCTGCTCCTATCATC
ACCCCTTATTGGAGCGAAGAGATGGGTAGCGAAGCATACGAAGAGGCCATTGAAGCTCTC
AAGAAGCTTATTATCGAGAAGGAGGAGCTAAAGACTGTTGCGGCCGCTAAGGTGGAGCAG
GTCACGGCAGCACTTCAGACAGGTACTTCCTCCGACAAGAAAGCTTTCGACCCCGTCGAA
AACATTAAGCAAGGCTTCATCACTTTCAAGAAGGAGAAATACGAAACCAACCCTGCTTTG
TACGGTGAGCTCGCCAAGGGTCAGAGTCCTAAGTACATGGTGTTTTGCTTGTTCCGACTC
GCGTGTGTGTCCATCGCACGTTCTCAACTTTCAGCCAGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTAA
CATAGCCAACATGGTTCCTCCTTTTGA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3FW72TF 728 0 0
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CCGAAAATGTCGACCGCTCCTCTCTCCGGCTTCTTCCTCACCTCTCTTTCTCCTTCTCAA
CCTTCTCTCCAAAAACTCTCTCTTCGTTCCTTTCCCGCCGTTGCTTGCCTTCCCTCATCC
TCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCCTCCCCCTCTCGTTCCGTTCCAACACTTATCCGTAAC
GAGCCCGTTTTTGCCGCTCCTGCTCCTATCATCACCCCTTATTGGAGCGAAGAGATGGGT
AGCGAAGCATACGAAGAGGCCATTGAAGCTCTCAAGAAGCTTATTATCGAGAAGGAGGAG
CTAAAGACTGTTGCGGCCGCTAAGGTGGAGCAGGTCAGGGCAGCACTTCAGACAGGTACT
TCCTCCGACAAGAAAGCTTTCGACCCCGTCGAAAACATTAAGCAAGGCTTCATCACTTTC
AAGAAGGAGAAATACGAAACCAACCCTGCTTTGTACGGTGAGCTCGCCAAGGGTCAGAGT
CCTAAGTACATGGTGTTT*GCTTGTTCCGACTCGCGTGTGTGTCCATCGCACGTTCTCAA
CTTTCAGCCAGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTAACATAGCCAACATGGTTCCTCCTTTTGA
CAAG*TCAAATACGGTGGAGTAGGAGCAGCCATCGAATACGCTGTTTTGCACCTTAAG*T
GGAGAACA

QA 1 728 1 728
DS 

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G
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CGTGTGTGTCCATCGCACGTTCTCAACTTTCAGCCAGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTAAC
ATAGCCAACATGGTTCCTCCTTTTGACAAGGTCAAATACGGTGGAGTAGGAGCAGCCATC
GAATACGCTGTTTTGCACCTTAAGGTGGAGAACATTGTGGTGATAGGACACAGCGCTTGT
GGTGGGATCAAGGGACTCATGTCTTTTCCTTTGGATGGAAACAACTCCACTGATTTCATA
GAGGACTGGGTCAAAATCTGTTTACCAGCCAAGTCAAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAG
TCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGCA
AACTTGTTGACTTATCCATTCGTGAGAGAAGTACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAG
GGAGGCTACTATGATTTTATAAAGGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTC
TCCGAAACTAGCTCAGTATGAACCAATCCACC*ATCATCATCATGAGCATCCATCATCAT
CATATATCTCATTTACATATGTAATTTGTAATGTGCTGAGTTGTTTTCCAATCTTCATGG
TATTCAACTTTCATATAAATAA
TT

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DS 

RD RR3H339TF 685 0 0
G
ACGGTGAGCTCGCCAAGGGTCAGAGTCCTAAGTACATGGTGTTT*GCTTGTTCCGACTCG
CGTGTGTGTCCATCGCACGTTCTCAACTTTCAGCCAGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTAAC
ATAGCCAACATGGTTCCTCCTTTTGACAAGGTCAAATACGGTGGAGTAGGAGCAGCCATC
GAATACGCTGTTTTGCACCTTAAGGTGGAGAACATTGTGGTGATAGGACACAGCGCTTGT
GGTGGGATCAAGGGACTCATGTCTTTTCCTTTGGATGGAAACAACTCCACTGATTTCATA
GAGGACTGGGTCAAAATCTGTTTACCAGCCAAGTCAAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAG
TCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGCA
AACTTGTTGACTTATCCATTCGTGAGAGAAGTACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAG
GGAGGCTACTATGATTTTATAAAGGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTC
TCCGAAACTAGCTCAGTATGAACCAATCCACC*ATCATCATCATGAGCATCCATCATCAT
CATATATCTCATTTACATATGTAATTTGTAATGTGCTGAGTTGTTTTCCAATCTTCATGG
TATTCAACTTTCATATAAATAA
TT

QA 2 683 2 683
DS 

RD RR3G206JQ 617 0 0
GCGTGTGTGTCCATCGCACGTTCTCAACTTTCAGCCAGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTAA
CATAGCCAACATGGTTCCTCCTTTTGACAAGGTCAAATACGGTGGAG**GGAGCAGCCAT
CGAATACGCTGTTTTGCCCCTTAAGGTGGAGAACATTGTGGTGATAGGACACAGCGCTTG
TGGTGGGATCAAGGGACTCATGTTTTTTCCTTTGGATGGAAACAACTCCACTGATTTCAT
AGAGGACTGGGTCAAAATCTGTTTACCAGCCAAGTCAAAAGTCATATCAGAACTTGGGGA
GTCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGC
AAACTTGTTGACTTATCCATTCGTGAGAGAAGGACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAA
GGGAGGCTACTATGATTTTATAAAGGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCT
CTCCGAAACTAGCTCAGTATGAACCAATCCACCCATCATCATCATGAGCATCCATCATCA
TCATATATCTCATTTACATATGTAATTTGTAATGTGCTGAGTTGTTTTCCAATCTTCATG
GTATTCAACTTTCATAT

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DS 

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GCACCTTAAGGTGGAGAACATTGTGGTCATAGGACACAGCGCTTGTGGTGGGATCAAGGG
ACTCATGTCTTTTCCTTTGGATGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGACTGGGTCAA
AATCTGTTTACCAGCCAAGTCAAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAGTCAGCCTTTGAGGA
CCAGTGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGTAGTGAATGTTTCACTAGCAAACTTGTTGACTTA
TCCATTCGTGAGAGAAGGACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTATGA
TTTTATAAAGGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGCTC
AGTATGAACCAATCCACCCATCATCATCATGAGCATCCATCACCATCATATATCTCATTT
ACATATGTAATTTGTAATGTGCTGAGTTGTTTTCCAATCTTCATGGTATTCAACTTTCAT
ATAAATAA
AAAA

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DS 

RD RR3D976JQ 615 0 0
AACTTTCAGCCAGGAGAGGCCTTCGTTGTCCGTAACATAGCCAACATGGTTCCTCCTTTT
GACAAGGTCAAATACGGTGGAGTAGGAGCAGCCATCGAATACGCTGTTTTGCACCTTAAG
GCGGAGAACATTGTGGTCATAGGACACAGCGCTTGTGGTGGGATCAAGGGACTCATGTCT
TTTCCTTTGGATGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGACTGGGTCAAAATCTGTTTA
CCAGCCAAGTCAAAAGTCATATCAGAACTTGGGGAGTCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGGC
CGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTTTCACTAGCAAACTTGTTGACTTATCCATTCGTG
AGAGAAGGACTTGTGAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTATGATTTTATAAAG
GGTGCTTTTGAGCTTTGGGGACTTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGCTCAGTATGAACC
AATCCACCCATCATCATCATGAGCATCCATCGCCATCATATATCTCATTTACATATGTAA
TTTGTAATGTGCTGAGTTGTTTTCCAATCTTCATGGTATTCAACTTTCATATAAATAAAA
AAGAAAACTCAGA
CG

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DS 

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CCACTGATTTCATAGAGGACTGGGTCAAAATCTGTTTACCAGTCAAGTCAAAAGTCATAT
CAGAACTTGGGGAGTCAGCCTTTGAGGACCAGTGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGA
ATGTTTCACTAGCAAACTTGTTGACTTATCCATTCGTGAGAGAAGGACTTGTGAAAGGAA
CACTTGCTTTGAAGGGAGGCTACTATGATTTTATAAAGGGTGCTTTTGAGCTTTGGGGAC
TTGAGTTTGGCCTCTCCGAAACTAGCTCAGTATGAACCAATCCACCCATCATCATCATGA
GCATCCATCACCATCATATATCTCATTTACATATGTAATTTGTAATGTGCTGAGTTGTTT
TCCAATCTTCATGGTATTCAACTTTCATATAAATAAAAAAGAAAACTCAGATGAT

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 9

CO CL472Contig1 777 9 4 U
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ATGGTTTTGGTGATGATACTGTTAGTGCAAGTATCTTCGACGCAGTACAAAGTCGGGAAC
TTGGACTCATGGGGTATCCCGGTTGATGCTAAAGTCTACTCCAAATGGCCCAAATCTCAC
TCTTTCAAGATCGGTGACTCCCTCTTGTTCTTGTACCCACCAAGCGAAGATTCAATGATT
CAAGTGACACCTTCCAACTTCAAGAGCTGCAACACCAAAGATCCAATCTTGTACATGAAC
GACGGCAACTCTCTCTTCAACCTCACCCAAAACGGAACCTTTTACTTCACCAGCGGACAG
CCTGGCCACTGTCTAAAGTACCAGAAGCTCATTGTCTCCGTCGGCACTTACTCCGCCGAA
GCAGACGCCTTGTCTCCTTCTTCTTCTGCCGATGCCGATGCTCCCTCTTACCAAAACGCA
TTTGGATCTATCCCACTCTCTCAGAAATCTTCTTCTTCGTCGCTGCAATTCTCCACCGTC
GTTGCTTCGCTGGCCTGCGCTGTCGTCGTCGGTGCTATCATGTGAAAATGGAATATTTTA
TTAATTTTGTTCTGTCCAAAAAGCAAGAGTGATTGGCTCTTTTTCGGATATTTTATTGGG
TCTTAAATCATTTGTTATTAGTTTATTACCTCCGAATCTCCATTTCTAGTCATGTGCCAG
AAAAAAAATCTCATTTCTAGTCAGTCGATTTCTAAATATCATAAATGAGTATGTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G793TF U 1
AF RR3E469JQ C 101
AF RR3E469TF U 101
AF RR3GS59JQ C 6
AF RR3GS59TF U 6
AF RR3G793JQ C 11
AF RR3CE04JQ C 10
AF RR3CE04TF U 10
AF RR3ED51TF U 5
BS 1 508 RR3G793TF
BS 509 509 RR3ED51TF
BS 510 713 RR3G793TF
BS 714 777 RR3ED51TF

RD RR3G793TF 713 0 0
GGGAATCAAGACAGGGGGGAGAGAGAGAGAGAGATGGGAATGATGAGTTTGAGCAGCGTA
ATGGTTTTGGTGATGATACTGTTAGTGCAAGTATCTTCGACGCAGTACAAAGTCGGGAAC
TTGGACTCATGGGGTATCCCGGTTGATGCTAAAGTCTACTCCAAATGGCCCAAATCTCAC
TCTTTCAAGATCGGTGACTCCCTCTTGTTCTTGTACCCACCAAGCGAAGATTCAATGATT
CAAGTGACACCTTCCAACTTCAAGAGCTGCAACACCAAAGATCCAATCTTGTACATGAAC
GACGGCAACTCTCTCTTCAACCTCACCCAAAACGGAACCTTTTACTTCACCAGCGGACAG
CCTGGCCACTGTCTAAAGTACCAGAAGCTCATTGTCTCCGTCGGCACTTACTCCGCCGAA
GCAGACGCCTTGTCTCCTTCTTCTTCTGCCGATGCCGATGCTCCCTCTTACCAAAACGCA
TTTGGATCTATCCCACTCTCTCAGAAATTTTCTTCTTCGTCGCTGCAATTCTCCACCGTC
GTTGCTTCGCTGGCCTGCGCTGTCGTCGTCGGTGCTATCATGTGAAAATGGAATATTTTA
TTAATTTTGTTCTGTCCAAAAAGCAAGAGTGATTGGCTCTTTTTCGGATATTTTATTGGG
TCTTAAATCATTTGTTATTAGTTTATTACCTCCGAATCTCCATTTCTAGTCAT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3E469JQ 587 0 0
G
GCAGTACAAAGTCGGGAACTTGGACTCATGGGGTATCCCGGTTGATGCTAAAGTCTACTC
CAAATGGCCCAAATCTCACTCTTTCAAGATCGGTGACTCCCTCTTGTTCTTGTACCCACC
AAGCGAAGATTCAATGATTCAAGTGACACCTTCCAACTTCAAGAGCTGCAACACCAAAGA
TCCAATCTTGTACATGAACGACGGCAACTCTCTCTTCAACCTCACCCAAAACGGAACCTT
TTACTTCACCAGCGGACAGCCTGGCCACTGTCTAAAGTACCAGAAGCTCATTGTCTCCGT
CGGCACTTACTCCGCCGAAGCAGACGCCTTGTCTCCTTCTTCTTCTGCCGATGCCGATGC
TCCCTCTTACCAAAACGCATTTGGATCTATCCCACTCTCTCAGAAATCTTCTTCTTCGTC
GCTGCAATTCTCCACCGTCGTTGCTTCGCTGGCCTGCGCTATCGTCGTCGGTGCTATCAT
GTGAAAATGGAATATTTTATTAATTTTGTTCTGTCCAAAAAGCAAGAGTGATTGGCTCTT
TTTCGGATATTTTATTGGGTCTTAAATCATTTGTTATTAGTTTATT

QA 2 587 2 587
DS 

RD RR3E469TF 587 0 0
G
GCAGTACAAAGTCGGGAACTTGGACTCATGGGGTATCCCGGTTGATGCTAAAGTCTACTC
CAAATGGCCCAAATCTCACTCTTTCAAGATCGGTGACTCCCTCTTGTTCTTGTACCCACC
AAGCGAAGATTCAATGATTCAAGTGACACCTTCCAACTTCAAGAGCTGCAACACCAAAGA
TCCAATCTTGTACATGAACGACGGCAACTCTCTCTTCAACCTCACCCAAAACGGAACCTT
TTACTTCACCAGCGGACAGCCTGGCCACTGTCTAAAGTACCAGAAGCTCATTGTCTCCGT
CGGCACTTACTCCGCCGAAGCAGACGCCTTGTCTCCTTCTTCTTCTGCCGATGCCGATGC
TCCCTCTTACCAAAACGCATTTGGATCTATCCCACTCTCTCAGAAATCTTCTTCTTCGTC
GCTGCAATTCTCCACCGTCGTTGCTTCGCTGGCCTGCGCTATCGTCGTCGGTGCTATCAT
GTGAAAATGGAATATTTTATTAATTTTGTTCTGTCCAAAAAGCAAGAGTGATTGGCTCTT
TTTCGGATATTTTATTGGGTCTTAAATCATTTGTTATTAGTTTATT

QA 2 587 2 587
DS 

RD RR3GS59JQ 688 0 0
GAAGACAGGA
GGGGAGAGAGAGAGAGAGATGGGAATGATGAGTTTGAGCAGCGTAATGGTTTTGGTGATG
ATACTGTTAGTGCAAGTATCTTCGACGCAGTACAAAGTCGGGAACTTGGACTCATGGGGT
ATCCCGGTTGATGCTAAAGTCTACTCCAAATGGCCCAAATCTCACTCTTTCAAGATCGGT
GACTCCCTCTTGTTCTTGTACCCACCAAGCGAAGATTCAATGATTCAAGTGACCCCTTCC
AACTTCAAGAGCTGCAACACCAAAGATCCAATCTTGTACATGAACGACGGCAACTCTCTC
TTCAACCTCACCCAAAACGGAACCTTTTACTTCACCAGCGGACAGCCTGGCCACTGTCTA
AAGTACCAGAAGCTCATTGTCTCCGTCGGCACTTACTCCGCCGAAGCAGACGCCTTGTCT
CCTTCTTCTTCTGCCGATGCCGATGCTCCCTCTTACCAAAACGCATTTGGATCTATCCCA
CTCTCTCAGAAATCTTCTTTTTCGTCGCTGCAATTCTCCACCGTCGTTGCTTCGCTGGCC
TGCGCTGTCGTCGTCGGTGCTATCATGTGAAAATGGAATATTTTATTAATTTTGTTCTGT
CCAAAAAGCAAGAGTGATTGGCTCTTTTTCGGATATTTTATTGGGTCTTAAATCATTTGT
TATTAGTTTATTACCTCC

QA 11 688 11 688
DS 

RD RR3GS59TF 688 0 0
GAAGACAGGA
GGGGAGAGAGAGAGAGAGATGGGAATGATGAGTTTGAGCAGCGTAATGGTTTTGGTGATG
ATACTGTTAGTGCAAGTATCTTCGACGCAGTACAAAGTCGGGAACTTGGACTCATGGGGT
ATCCCGGTTGATGCTAAAGTCTACTCCAAATGGCCCAAATCTCACTCTTTCAAGATCGGT
GACTCCCTCTTGTTCTTGTACCCACCAAGCGAAGATTCAATGATTCAAGTGACACCTTCC
AACTTCAAGAGCTGCAACACCAAAGATCCAATCTTGTACATGAACGACGGCAACTCTCTC
TTCAACCTCACCCAAAACGGAACCTTTTACTTCACCAGCGGACAGCCTGGCCACTGTCTA
AAGTACCAGAAGCTCATTGTCTCCGTCGGCACTTACTCCGCCGAAGCAGACGCCTTGTCT
CCTTCTTCTTCTGCCGATGCCGATGCTCCCTCTTACCAAAACGCATTTGGATCTATCCCA
CTCTCTCAGAAATCTTCTTCTTCGTCGCTGCAATTCTCCACCGTCGTTGCTTCGCTGGCC
TGCGCTGTCGTCGTCGGTGCTATCATGTGAAAATGGAATATTTTATTAATTTTGTTCTGT
CCAAAAAGCAAGAGTGATTGGCTCTTTTTCGGATATTTTATTGGGTCTTAAATCATTTGT
TATTAGTTTATTACCTCC

QA 11 688 11 688
DS 

RD RR3G793JQ 708 0 0
ACAGG
GGGGAGAGAGAGAGAGAGATGGGAATGATGAGTTTGAGCAGCGTAATGGTTTTGGTGATG
ATACTGTTAGTGCAAGTATCTTCGACGCAGTACAAAGTCGGGAACTTGGACTCATGGGGT
ATCCCGGTTGATGCTAAAGTCTACTCCAAATGGCCCAAATCTCACTCTTTCAAGATCGGT
GACTCCCTCTTGTTCTTGTACCCACCAAGCGAAGATTCAATGATTCAAGTGACACCTTCC
AACTTCAAGAGCTGCAACACCAAAGATCCAATCTTGTACATGAACGACGGCAACTCTCTC
TTCAACCTCACCCAAAACGGAACCTTTTACTTCACCAGCGGACAGCCTGGCCACTGTCTA
AAGTACCAGAAGCTCATTGTCTCCGTCGGCACTTACTCCGCCGAAGCAGACGCCTTGTCT
CCTTCTTCTTCTGCCGATGCCGATGCTCCCTCTTACCAAAACGCATTTGGATCTATCCCA
CTCTCTCAGAAATTTTCTTCTTCGTCGCTGCAATTCTCCACCGTCGTTGCTTCGCTGGCC
TGCGCTGTCGTCGTCGGTGCTATCATGTGAAAATGGAATATTTTATTAATTTTGTTCTGT
CCAAAAAGCAAGAGTGATTGGCTCTTTTTCGGATATTTTATTGGGTCTTAAATCATTTGT
TATTAGTTTATTACCTCCGAATCTCCATTTCTAGTCATGT
GCC

QA 6 705 6 705
DS 

RD RR3CE04JQ 709 0 0
GTGAAGACAGGAGGG
GAGAGAGAGATGGGAATGATGAGTTTGGGCAGCGTAATGGTTTTGGTGATGATACTGTTA
GTGCAAGTATCTTCGACGCAGTACAAAGTCGGGAACTTGGACTCATGGGGTATCCCGGTT
GATGCTAAAGTCTACTCCAAATGGCCCAAATCTCACTCTTTCAAGATCGGTGACTCCCTC
TTGTTCTTGTACCCACCAAGCGAAGATTCAATGATTCAAGTGACACCTTCCAACTTCAAG
AGCTGCAACACCAAAGATCCAATCTTGTACATGAACGACGGCAACTCTCTCTTCAACCTC
ACCCAAAACGGAACCTTTTACTTCACCAGCGGACAGCCTGGCCACTGTCTAAAGCACCAG
AAGCTCATTGTCTCCGTCGGCACTTACTCCGCCGAAGCAGACGCCTTGTCTCCTTCTTCT
TCTGCCGATGCCGATGCTCCCTCTTACCAAAACGCATTTGGATCTATCCCACTCTCTCAG
AAATCTTCTTTTTCGTCGCTGCAATTCTCCACCGTCGTTGCTTCGCTGGCCTGCGCTGTC
GTCGTCGGTGCTATCATGTGAAAATGGAATATTTTATTAATTTTGTTCTGTCCAAAAAGC
AAGAGTGATTGGCTCTTTTTCGGATATTTTATTGGGTCTTAAATCATTTGTTATTAGTTT
ATTACCTCCGAATCTCCATTTCTAGTCATGT
GCC

QA 16 706 16 706
DS 

RD RR3CE04TF 706 0 0
GTGAAGACAGGAGGG
GAGAGAGAGATGGGAATGATGAGTTTGGGCAGCGTAATGGTTTTGGTGATGATACTGTTA
GTGCAAGTATCTTCGACGCAGTACAAAGTCGGGAACTTGGACTCATGGGGTATCCCGGTT
GATGCTAAAGTCTACTCCAAATGGCCCAAATCTCACTCTTTCAAGATCGGTGACTCCCTC
TTGTTCTTGTACCCACCAAGCGAAGATTCAATGATTCAAGTGACACCTTCCAACTTCAAG
AGCTGCAACACCAAAGATCCAATCTTGTACATGAACGACGGCAACTCTCTCTTCAACCTC
ACCCAAAACGGAACCTTTTACTTCACCAGCGGACAGCCTGGCCACTGTCTAAAGCACCAG
AAGCTCATTGTCTCCGTCGGCACTTACTCCGCCGAAGCAGACGCCTTGTCTCCTTCTTCT
TCTGCCGATGCCGATGCTCCCTCTTACCAAAACGCATTTGGATCTATCCCACTCTCTCAG
AAATCTTCTTCTTCGTCGCTGCAATTCTCCACCGTCGTTGCTTCGCTGGCCTGCGCTGTC
GTCGTCGGTGCTATCATGTGAAAATGGAATATTTTATTAATTTTGTTCTGTCCAAAAAGC
AAGAGTGATTGGCTCTTTTTCGGATATTTTATTGGGTCTTAAATCATTTGTTATTAGTTT
ATTACCTCCGAATCTCCATTTCTAGTCATGT

QA 16 706 16 706
DS 

RD RR3ED51TF 773 0 0
GGAAGACAGGA
GGGGAGAGAGAGAGAGAGATGGGAATGATGAGTTTGAGCAGCGTAATGGTTTTGGTGATG
ATACTGTTAGTGCAAGTATCTTCGACGCAGTACAAAGTCGGGAACTTGGACTCATGGGGT
ATCCCGGTTGATGCTAAAGTCTACTCCAAATGGCCCAAATCTCACTCTTTCAAGATCGGT
GACTCCCTCTTGTTCTTGTACCCACCAAGCGAAGATTCAATGATTCAAGTGACACCTTCC
AACTTCAAGAGCTGCAACACCAAAGATCCAATCTTGTACATGAACGACGGCAACTCTCTC
TTCAACCTCACCCAAAACGGAACCTTTTACTTCACCAGCGGACAGCCTGGCCACTGTCTA
AAGTACCAGAAGCTCATTGTCTCCGTCGGCACTTACTCCGCCGAAGCAGACGCCTTGTCT
CCTTCTTCTTCTGCCGATGCCGATGCTCCCTCTTACCAAAACTCATTTGGATCTATCCCA
TTCTCTCAGAAATCTTCTTCTTCGTCGCTGCAATTCTCCGCCGTCGTTGCTTCGCTGGCC
TGCGCTGTCGTCGTCGGTGCTATCATGTGAAAATGGAATATTTTATTAATTTTGTTCTGT
CCAAAAAGCAAGAGTGATTGGCTCTTTTTCGGATATTTTATTGGGTCTTAAATCATTTGT
TATTAGTTTATTACCTCCGAATCTC*ATTTCTAGTCATGTGCCAGAAAAAAAATCTCATT
TCTAGTCAGTCGATTTCTAAATATCATAAATGAGTATGTATC

QA 12 773 12 773
DS 



AS 3 8

CO CL473Contig1 666 4 11 U
TTTTTTTTCTCAATCAATCGAGAAGAAAGTTAGGGTTCGTTATCAGCAATGATTCCAGCG
AAGAGTTCCGATGATTTCAGTTGGGAGAAAGATTTGTCAGAGGATCTTCGAATGTATAAT
GAAGAGTGGGATAAGAGCGGGGGTTTCGATATCGACTTCTCGAAACTCCGTCACAAATTC
GACACAGGAGCTGTGGATCTCAACGACGATAACCTGGTTCTTGACCCTGATGATACCAAC
TTAGCTCTGCTCACCAGGTTGACGCACTTGGCTATCACGCACCACAAATACGAGACGGGT
ATAAGAAGCCTTGAGTTTGTCAGGGTCTTGAAAGCAAACTACCACCCATCCGCTGGAGTC
ACCTACTACATCACATTCGAAGCCGATGATGGTAATCGGACTAAACAGTATCAGGCAGTG
GTTCGCTACTTGCCTGTGAATACTCAAGTTATCTCTTGCTGGCCTAAACCCTCTTGAATG
TTTTCCACCACTGCCGCTCTCTATGAATGGGAAGAATAAAAAGTCGGTTACTGTTATCTT
GTTCCTTTAACTTCTATATGTCAGACTTTTAGTTGTTTCACTATGGCTTTTGCCAAGTGT
TGTTGCTACAAAAGCCACTACTGTTTACATCAGCTACTTATGGAATATGTTGTTGTTTCG
TGTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 

AF RR3BL31TF U 1
AF RR3BF80TF U 9
AF RR3H669JQ C 281
AF RR3H669TF U 281
BS 1 260 RR3BL31TF
BS 261 261 RR3BF80TF
BS 262 397 RR3BL31TF
BS 398 398 RR3H669TF
BS 399 577 RR3BL31TF
BS 578 578 RR3BF80TF
BS 579 644 RR3BL31TF
BS 645 645 RR3BF80TF
BS 646 655 RR3BL31TF
BS 656 664 RR3BF80TF
BS 665 666 RR3H669JQ

RD RR3BL31TF 655 0 0
TTTTTTTTCTCAATCAATCGAGAAGAAAGTTAGGGTTCGTTATCAGCAATGATTCCAGCG
AAGAGTTCCGATGATTTCAGTTGGGAGAAAGATTTGTCAGAGGATCTTCGAATGTATAAT
GAAGAGTGGGATAAGAGCGGGGGTTTCGATATCGACTTCTCGAAACTCCGTCACAAATTC
GACACAGGAGCTGTGGATCTCAACGACGATAACCTGGTTCTTGACCCTGATGATACCAAC
TTAGCTCTGCTCACCAGGTTTACGCACTTGGCTATCACGCACCACAAATACGAGACGGGT
ATAAGAAGCCTTGAGTTTGTCAGGGTCTTGAAAGCAAACTACCACCCATCCGCTGGAGTC
ACCTACTACATCACATTCGAAGCCGATGATGGTAATCAGACTAAACAGTATCAGGCAGTG
GTTCGCTACTTGCCTGTGAATACTCAAGTTATCTCTTGCTGGCCTAAACCCTCTTGAATG
TTTTCCACCACTGCCGCTCTCTATGAATGGGAAGAATAAAAAGTCGGTTACTGTTATCTT
GTTCCTTTAACTTCTATATGTCAGACTTTTAGTTGTTACACTATGGCTTTTGCCAAGTGT
TGTTGCTACAAAAGCCACTACTGTTTACATCAGCTACTTATGGA*TATGTTGTTG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3BF80TF 656 0 0
CTCAATCAATCGAGAAGAAAGTTAGGGTTCGTTATCAGCAATGATTCCAGCGAAGAGTTC
CGATGATTTCAGTTGGGAGAAAGATTTGTCAGAGGATCTTCGAATGTATAATGAAGAGTG
GGATAAGAGCGGGGGTTTCGATATCGACTTCTCGAAACTCCGTCACAAATTCGACACAGG
AGCTGTGGATCTCAACGACGATAACCTGGTTCTTGACCCTGATGATACCAACTTAGCTCT
GCTCACCAGGTTGACGCACTTGGCTATCACGCACCACAAATACGAGACGGGTATAAGAAG
CCTTGAGTTTGTCAGGGTCTTGAAAGCAAACTACCACCCATCCGCTGGAGTCACCTACTA
CATCACATTCGAAGCCGATGATGGTAATCAGACTAAACAGTATCAGGCAGTGGTTCGCTA
CTTGCCTGTGAATACTCAAGTTATCTCTTGCTGGCCTAAACCCTCTTGAATGTTTTCCAC
CACTGCCGCTCTCTATGAATGGGAAGAATAAAAAGTCGGTTACTGTTATCTTGTTCCTTT
AACTTCTATATGTCAGACTTTTAGTTGTTTCACTATGGCTTTTGCCAAGTGTTGTTGCTA
CAAAAGCCACTACTGTTTACATCAGCTACTTATGGAATATGTTGTTGTTTCGTGTT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3H669JQ 386 0 0
G
CCACAAATACGAGACGGGTATAAGAAGCCTTGAGTTTGTCAGGGTCTTGAAAGCAAACTA
CCACCCATCCGCTGGAGTCACCTACTACATCACATTCGAAGCCGATGATGGTAATCGGAC
TAAACAGTATCAGGCAGTGGTTCGCTACTTGCCTGTGAATACTCAAGTTATCTCTTGCTG
GCCTAAACCCTCTTGAATGTTTTCCACCACTGCCGCTCTCTATGAATGGGAAGAATAAAA
AGTCGGTTACTGTTATCTTGTTCCTTTAACTTCTATATGTCAGACTTTTAGTTGTTTCAC
TATGGCTTTTGCCAAGTGTTGTTGCTACAAAAGCCACTACTGTTTACATCAGCTACTTAT
GGAATATGTTGTTGTTTCGTGTTAG

QA 2 386 2 386
DS 

RD RR3H669TF 386 0 0
G
CCACAAATACGAGACGGGTATAAGAAGCCTTGAGTTTGTCAGGGTCTTGAAAGCAAACTA
CCACCCATCCGCTGGAGTCACCTACTACATCACATTCGAAGCCGATGATGGTAATCGGAC
TAAACAGTATCAGGCAGTGGTTCGCTACTTGCCTGTGAATACTCAAGTTATCTCTTGCTG
GCCTAAACCCTCTTGAATGTTTTCCACCACTGCCGCTCTCTATGAATGGGAAGAATAAAA
AGTCGGTTACTGTTATCTTGTTCCTTTAACTTCTATATGTCAGACTTTTAGTTGTTTCAC
TATGGCTTTTGCCAAGTGTTGTTGCTACAAAAGCCACTACTGTTTACATCAGCTACTTAT
GGAATATGTTGTTGTTTCGTGTT
AG

QA 2 384 2 384
DS 



CO CL473Contig2 681 2 1 U
TTTTTTTTCTCAATCAATCGAGAAGAAAGTTAGGGTTCGTTATCAGCAATGATTCCAGCT
AAGAATTCCGATGATTTCAGTTGGGAGAAAGATTTGTCAGAGGATCTTCGAATGTATAAT
GAAGAGTGGGATAAGAGCGGGGGTTTCGATATCGACTTCTCGAAACTCCGTCACAAATTC
GACACAGGAGCTGTGGATCTCAACGACGATAACCTGGTTCTTGACCCTGATGATACCAAC
TTAGCTCTGCTCACCAGGTTGACGCACTTGGCTATCACGCACCACAAAAACGAGACGGGT
ATAACAAGCCTTGAGTTTGTCAGGGTCTTGAAAGCAAACTACCACCCATCCGCTGGAGTC
ACCTACTACATCACATTCGAAGCCAATGTTGGTAATCAGACTAAACAGTATCAGGCAGTG
GTTCGCTACTTGCCTATGAATACTCAAGTTATCTCTTGCTGGCCTAAACCCTCTTGAATG
TTTTCCACCACTGCCGCTCTCTATGAATGGGAAGAATAAAAAGTCGGTTACTGTTATCTT
GTTCCTTTAACTTCTATATGTCAGACTTTAAGTTGTTTCACTATGGCTTTTACCAAATTA
TATGTGGTGGTTTATCTGGTGTTTGTTGCTACAAAGCCGCTACTATTTACATCAGCTACT
TATGGATATGTGTGTTTCGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GL51TF U 235
AF RR3DQ64TF U 1
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ACGGGTATAACAAGCCTTGAGTTTGTCAGGGTCTTGAAAGCAAACTACCACCCATCCGCT
GGAGTCACCTACTACATCACATTCGAAGCCAATGTTGGTAATCAGACTAAACAGTATCAG
GCAGTGGTTCGCTACTTGCCTATGAATACTCAAGTTATCTCTTGCTGGCCTAAACCCTCT
TGAATGTTTTCCACCACTGCCGCTCTCTATGAATG

QA 1 275 1 275
DS 

RD RR3DQ64TF 681 0 0
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AAGAATTCCGATGATTTCAGTTGGGAGAAAGATTTGTCAGAGGATCTTCGAATGTATAAT
GAAGAGTGGGATAAGAGCGGGGGTTTCGATATCGACTTCTCGAAACTCCGTCACAAATTC
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TTAGCTCTGCTCACCAGGTTGACGCACTTGGCTATCACGCACCACAAAAACGAGACGGGT
ATAACAAGCCTTGAGTTTGTCAGGGTCTTGAAAGCAAACTACCACCCATCCGCTGGAGTC
ACCTACTACATCACATTCGAAGCCAATGTTGGTAATCAGACTAAACAGTATCAGGCAGTG
GTTCGCTACTTGCCTATGAATACTCAAGTTATCTCTTGCTGGCCTAAACCCTCTTGAATG
TTTTCCACCACTGCCGCTCTCTATGAATGGGAAGAATAAAAAGTCGGTTACTGTTATCTT
GTTCCTTTAACTTCTATATGTCAGACTTTAAGTTGTTTCACTATGGCTTTTACCAAATTA
TATGTGGTGGTTTATCTGGTGTTTGTTGCTACAAAGCCGCTACTATTTACATCAGCTACT
TATGGATATGTGTGTTTCGTG

QA 1 681 1 681
DS 



CO CL473Contig3 1042 2 2 U
TTTTTTTTCTCAATCAATCGAGAAGAAAGTTAGGGTTCGTTATCAGCAATGATTCCAGCG
AAGAGTTCCGATGATTTCAGTTGGGAGAAAGATTTGTCAGAGGATCTTCGAATGTATAAT
GAAGAGTGGGATAAGAGCGGGGTTAGGAGAAACGAAACGATGATCCCTCCATTTTTCTCT
CTCTCTCTCTTCTTGATTCAATTTTGATTATTTTGTTGTTGTTGCTCTCTTCGTTTGTCA
GGGTTTCGATATCGACTTCTCGAAACTCCGTCACAAACTCGACACAGGAGCTGTGGATCT
CAACGACGATAACCTGGTTCTTGACCCTGATGATACCAACTTAGCTCTGCTCACCAGGTT
GACGCACTTGGCTATCACGCACCACAAATACGAGACGGTTAGTTAGTAAAACGATGACTT
TTTTACCCCTTTGACAGATTGAATATCTCTCTCTCTCTCTTTGCTTGTGGTCTAGGGTAT
AAGAAGCCTTGAGTTTGTCAGGGTCTTGAAAGCGAACTACCACCCATCCGCTGGAGTCAC
CTACTACATCACATTCGAAGCCCGATGATGGTAATCAGACTAAACAGTATCAGGCAGTGG
TTCGCTACTTGCCTGTGAATACTCAAGTTATCTCTTGCTGGCCTAAACCCTCTTGAATGT
TTTCCACCACTGCCGCTCTCTATGAATGGGAAGAATAAAAAGTCGGTTACTGTTATCTTG
TTCCTTTAACTTCTATATGTCAGACTTTTAGTTGTTTCACTATGGCTTTTGCCAAGTGTT
GTTGCTACAAAAGCCACTACTGTTTACATCAGCTACTTATGGAATATGTTGTTGTTTCGT
GTTTTTGTCTACTCTTTTTTCCTGCTCATAGCTTAGGTTCTTAAAAGAGTAAATAGTAAA
ATGATTAAGATGTGGAGGAGGCAATGAGACCTGGTGGTGCTGGAGCCAGAGAGAATGGTG
TGGAGATGATTATTCTCGCACAAAGTTGCTTGTTGTACGCTCTTGAACACTTCCAAAATC
AACCATGCATATTTTCCCAACG


BQ
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AF RR3F546TF U 1
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BS 1 700 RR3F546TF
BS 701 1042 RR3F546JQ

RD RR3F546TF 700 0 0
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AAGAGTTCCGATGATTTCAGTTGGGAGAAAGATTTGTCAGAGGATCTTCGAATGTATAAT
GAAGAGTGGGATAAGAGCGGGGTTAGGAGAAACGAAACGATGATCCCTCCATTTTTCTCT
CTCTCTCTCTTCTTGATTCAATTTTGATTATTTTGTTGTTGTTGCTCTCTTCGTTTGTCA
GGGTTTCGATATCGACTTCTCGAAACTCCGTCACAAACTCGACACAGGAGCTGTGGATCT
CAACGACGATAACCTGGTTCTTGACCCTGATGATACCAACTTAGCTCTGCTCACCAGGTT
GACGCACTTGGCTATCACGCACCACAAATACGAGACGGTTAGTTAGTAAAACGATGACTT
TTTTACCCCTTTGACAGATTGAATATCTCTCTCTCTCTCTTTGCTTGTGGTCTAGGGTAT
AAGAAGCCTTGAGTTTGTCAGGGTCTTGAAAGCGAACTACCACCCATCCGCTGGAGTCAC
CTACTACATCACATTCGAAGCCCGATGATGGTAATCAGACTAAACAGTATCAGGCAGTGG
TTCGCTACTTGCCTGTGAATACTCAAGTTATCTCTTGCTGGCCTAAACCCTCTTGAATGT
TTTCCACCACTGCCGCTCTCTATGAATGGGAAGAATAAAA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3F546JQ 823 0 0
GTG
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AGCTCTGCTCACCAGGTTGACGCACTTGGCTATCACGCACCACAAATACGAGACGGTTAG
TTAGTAAAACGATGACTTTTTTACCCCTTTGACAGATTGAATATCTCTCTCTCTCTCTTT
GCTTGTGGTCTAGGGTATAAGAAGCCTTGAGTTTGTCAGGGTCTTGAAAGCGAACTACCA
CCCATCCGCTGGAGTCACCTACTACATCACATTCGAAGCC*GATGATGGTAATCAGACTA
AACAGTATCAGGCAGTGGTTCGCTACTTGCCTGTGAATACTCAAGTTATCTCTTGCTGGC
CTAAACCCTCTTGAATGTTTTCCACCACTGCCGCTCTCTATGAATGGGAAGAATAAAAAG
TCGGTTACTGTTATCTTGTTCCTTTAACTTCTATATGTCAGACTTTTAGTTGTTTCACTA
TGGCTTTTGCCAAGTGTTGTTGCTACAAAAGCCACTACTGTTTACATCAGCTACTTATGG
AATATGTTGTTGTTTCGTGTTTTTGTCTACTCTTTTTTCCTGCTCATAGCTTAGGTTCTT
AAAAGAGTAAATAGTAAAATGATTAAGATGTGGAGGAGGCAATGAGACCTGGTGGTGCTG
GAGCCAGAGAGAATGGTGTGGAGATGATTATTCTCGCACAAAGTTGCTTGTTGTACGCTC
TTGAACACTTCCAAAATCAACCATGCATATTTTCCCAACG

QA 4 823 4 823
DS 



AS 2 8

CO CL474Contig1 706 3 8 U
TTTTTCTCTCTTCTTCACATCACATAGTACATAGAAACAGAAAAGAAGAGAAACTCTTTA
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TGTTTCTCTTCTTGGCTCCTTCGATAACATTCAAGAGAATCATCAAGTGCAAATCGACTG
AACAGTTCTCTGGCATCCCTTACCCTATGACTCTCCTCAACTGTCTCCTCTCCGCCTGGT
ACGGACTTCCCTTTGTATCAAAGGACAACACGCTCGTGAGCACAATCAACGGAACAGGAG
CAGTGATCGAGACAGTCTACGTGCTGATCTTCCTTATCTACGCACCGAAGAAGGAGAAAG
CTAAGATCTTTGGCATCTTCACTGCCGTCTTGGCCGTATTCGCAACCGTGGCTCTCGTCT
CTCTCTTTGCCCTCCATGGTAACGCTAGAAAACTCTTCTGTGGTATTGCAGCCACAGTTT
TCTCCATCATCATGTACGCTTCTCCCCTCTCAATCATGAGGTTGGTGATAAAGACGAAGA
GTGTAGAGTACATGCCCTTCTTTCTCTCACTCTTTGTGTTCCTCTGTGGAACTTCTTGGT
TCATCTATGGTCTTATCGGTCGTGACCCTTTCGTTGCAATACCAAATGGGTTTGGATGTG
CTTTAGAACACTGCAGCTGATTCTCTACGTCATCTACTGCGGAAAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3EF53TF U 1
AF RR3D082TF U 1
AF RR3CM24TF U 29
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BS 256 256 RR3EF53TF
BS 257 539 RR3D082TF
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ACGGACTTCCCTTTGTATCAAAGGACAACACGT**GTGAGCACAATCAACGGAACAGGAG
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DS 

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GAGATCAAAAGATGAACATCGCTCACACCATCTTCGGCGTTTTCGGAAATGCGACTGCTC
TGTTTCTCTTCTTGGCTCCTTCGATAACATTCAAGAGAATCATCAAGTGCAAATCGACTG
AACAGTTCTCTGGCATCCCTTACCCTATGACTCTCCTCAACTGTCTCCTCTCCGCCTGGT
ACGGACTTCCCTTTGCATCAAAGGACAACACGCTCGTGAGCACAATCAACGGAACAGGAG
CAGTGATCGAGACAGTCTACGTGCTGATCTTCCTTATCTACGCACCGAAGAAGGAGAAAG
CTAAGATCTTTGGCATCTTCACTGCCGTCTTGGCCGTATTCGCAACCGTGGCTCTCGTCT
CTCTCTTTGCCCTCCATGGTAACGCTAGAAAACTCTTCTGTGGTATTGCAGCCACAGTTT
TCTCCATCATCATGTACGCTTCTCCCCTCTCAATCATGAGGTTGGTGATAAAGACGAAGG
GTGTAGAGTACATGCCCTTCTTTCTCTCACTCTTTGTGTTCCTCTGTGGAACTTCTTGGT
TCATCTATGGTCTTATCGGTCGTGACCCTTTCGTTGCAATCCCAAATGGGTTTGGATGTG
CTTTAGAACACTGCAGCTGATTCTCTACGTCATCTACTGCGGAA

QA 1 704 1 704
DS 

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AAGAGAAACTCTTTAGAGATCAAAAGATGAACATCGCTCACACCATCTTCGGCGTTTTCG
GAAATGCAACTGCTCTGTTTCTCTTCTTGGCTCTTTCGATAACATTCAAGAGAATCATCA
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TCCTCTCCGCATGGTACGGACTTCCCTTTGTGTCAAAGGACAACACGCTCGTGAGCACAA
TCAACGGAACAGGAGCAGTGATCGAGACAGTCTACGTGCTGATCTTCCTTATCTACGCAC
CGAAGAAGGAGAAAGTCAAGATCTTTGGCATCTTCACTGCCGTCTTGGCCGTATTCGCAA
CCGTGGCTCTTGTCTCTCTCTTTGCCCTCCACGGTAACGCTAGAAAACTCTTCTGTGGTA
TTGCAGCCACAGTTTTCTCCATCATCATGTACGTTTCTCCACTCTCAATCATGGGGTTGG
TGATAAAGACGAAGAGTGTAGAGTACATGCCCTTCTTTCTCTCACTCTTTGTGTTCCTCT
GTGGAACTTCTTGGTTCATCTATGGTCTTATCGGTCGTGACCCTTTTGTTGCAATACCAA
ATGGGTTTGGATGTGCTTTAGAACACTGCAGCTGATTCTCTACTTCATCTACTGCGGAAA
C

QA 18 678 18 678
DS 



CO CL474Contig2 1101 5 6 U
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TCTTACATTTTGTTCAGCATAGATTTTTAATCTCTGTTACATCCCAACTAAAACTCTAAT
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AGAAGCGTACATGATGATGGAGAAAACTGTGGCTGCAATACCACAGAAGAGTTTTCTAGC
GTTACCATGGAGGGCAAAGAGAGAGACGAGAGCCACGGTTGCGAATACGGCCAAGACGGC
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GAAACAGAGTTTGTTAAACAGAGTCAGTACCTGAAGTTAAGGTTTAACCAGGCGGAGAGG
AGACAGTTGAGGAGAGTCATAGGGTAAGGGATGCCAGAGAACTGTTCAGTCGATTTGCAC
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CCGAAAACGCCGAAGATGGTGTGAGCGATGTTCATCTTTTGATCTCTAAAGAGTTTCTCT
TCTTTTCTGTTTCTATGTACTATGTGATGTGAAGAAGAGAGAAAAAGTGAGAGAGAATGT
GGTGAGTGTTGTGTATATCCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DJ01JQ U 6
AF RR3EF53JQ U 59
AF RR3D082JQ U 38
AF RR3GZ54JQ U 1
AF RR3DJ01TF C 468
BS 1 545 RR3GZ54JQ
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CATGGAGGGCAAAGAGAGAGACGAGAGCCACGGTTGCGAATACGGC

QA 1 586 1 586
DS 

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TGCTGCTCTTGCTGCTTTCCATTAACAACATGTTGCTTCTTCTCCTCACCTCTCATCTCC
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GCAGTGAAGATGCCAAAGA

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3D082JQ 585 0 0
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DS 

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AAAGAAGGGCATGTACTCTACACTCTTCGTCTTTATCACCAACCTCATGATTGAGAGGGG
AGAAGCGTACATGATGATGGAGAAAACTGTGGCTGCAATACCACAGAAGAGTTTTCTAGC
GTTAC*ATGGAGGGCAAAGAGAGAGACGAGAGCCACGGTTGCGAATACGGCCAAGACGGC
AGTGAAGATGCCAAAGATCTTAGCTTTCTCCTTCTTCGGTGCGTAGATAAAGAAGATCAG
TACGTAGATTGTCTCGATCACTGCTCCTGTTCCGTTGATTGTGCTCACGAGCGTGTTGTC
CTTTGATACAA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3DJ01TF 634 0 0
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AGAGTTTTCTAGCGTTACCATGGAGGGCAAAGAGAGAGACGAGAGCCACGGTTGCGAATA
CGGCCAAGACGGCAGTGAAGATGCCAAAGATCTTAGCTTTCTCCTTCTTCGGTGCGTAGA
TAAGGAAGATCAGCACGTAGATTGTCTCGATCACTGCTCCTGTTCCGTTGATTGTGCTCA
CGAGCGTGTTGTCCTTTGATACAAAGGGAAGTCCGTACCTGAAAGAATCAGAGGAAACAG
AGGAGGAAGCTCAGAAACAGAGTTTGTTAAACAGAGTCAGTACCTGAAGTTAAGGTTTAA
CCAGGCGGAGAGGAGACAGTTGAGGAGAGTCATAGGGTAAGGGATGCCAGAGAACTGTTC
AGTCGATTTGCACTTGATGATTCTCTTGAATGTTATCGAAGGAGCCAAGAAGAGAAACAG
AGCAGTCGCATTTCCGAAAACGCCGAAGATGGTGTGAGCGATGTTCATCTTTTGATCTCT
AAAGAGTTTCTCTTCTTTTCTGTTTCTATGTACTATGTGATGTGAAGAAGAGAGAAAAAG
TGAGAGAGAATGTGGTGAGTGTTGTGTATATCCC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 5

CO CL475Contig1 1181 5 35 U
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ACGCTTTGGGGCTCTTCATGATTGCGAAAGCTCCTTGGTATCTGCTTCCTTTGGCTTGGG
CGTGGACTGGAACTGCTGTTACAGGGTTCTTTGTGATAGGTCATGATTGTGCTCATAAAT
CTTTTTCAAAGAACAAATTGGTTGAAGACATTGTCGGTACTCTAGCCTTCCTACCTCTTG
TGTACCCGTATGAGCCGTGGCGGTTTAAGCATGACCGTCACCACGCCAAAACCAACATGT
TAGTTCATGACACAGCTTGGCAACCAGTTCCACCAGAGGAGTTTGATTCATCACCGGTTC
TGAGAAAGGCAATCATTTTTGGATATGGCCCTATTAGACCTTGGTTGTCCATAGCTCACT
GGGTGAACTGGCACTTCAATCTGAAAAAGTTCAGACCGAGTGAAGTGAATAGGGTGAAGA
TAAGTCTAGCTTGTGTCTTCGCCTTCATGGCCGTTGGGTGGCCACTGATCATATACAAAG
TTGGTATCTTAGGATGGGTTAA*GTTCTGGCTTATGCCATGGTTGGGCTATCACTTTTGG
ATGAGCACATTCACGATGGTTCATCACACGGCTCCACACATTCCTTTCAAGCCTGCTGAT
GAGTGGAACGCTGCTCAGGCTCAGCTCAACGGAACTGTTCATTGTGATTACCCTAGTTGG
ATTGAGATTCTCTGCCATGATATCAACGTACACATCCCGCATCACATTAGCCCAAGGATA
CCGAGCTACAATCTACGTGCGGCTCATCAGTCTATACAAGAGAACTGGGGAAAGTATACA
AACTTGGCTACATGGAACTGGCGCTTGATGAAGACGATAATGACTGTGTGTCATGTCTAT
GACAAAGAGGAGAACTACATTCCTTTTGACCGGTTAGCCCCTGAAGAATCGCAACCAATA
ACATTCCTCAAGAAAGCAATGCCTGACTACGCAGCTTGATTCGTGGCCAGCCTTTGTATT
AGTCCTTATTTTTGAAATCACCAATGATATTCACTAGCTTGTAAGCTTTTCGAGCAATAA
GCTTCTCCTAACGTTTTTATACACTGCATCTTATAAACTTTATCAAAAAAGAGAGAAAAC
TGGCTGTCCGTTTGCAATTCTATGATCACTTTCTTTGCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FI56TF U 1
AF RR3GS20TF U 198
AF RR3GS20JQ C 376
AF RR3DJ55JQ C 603
AF RR3DJ55TF U 603
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BS 216 232 RR3FI56TF
BS 233 233 RR3GS20TF
BS 234 256 RR3FI56TF
BS 257 257 RR3GS20TF
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BS 282 295 RR3FI56TF
BS 296 296 RR3GS20TF
BS 297 493 RR3FI56TF
BS 494 494 RR3GS20TF
BS 495 496 RR3FI56TF
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BS 564 608 RR3FI56TF
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BS 615 615 RR3GS20TF
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BS 670 678 RR3FI56TF
BS 679 679 RR3GS20TF
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BS 754 947 RR3GS20TF
BS 948 1181 RR3DJ55TF

RD RR3FI56TF 753 0 0
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ACGCTTTGGGGCTCTTCATGATTGCGAAAGCTCCTTGGTATCTGCTTCCTTTGGCTTGGG
CGTGGACTGGAACTGCTGTTACAGGGTTCTTTGTGATAGGTCATGATTGTGCTCATAAAT
CTTTTTCAAAGAACAAATTGGTTGAAGACATTGTTGGTACTCTAGCCTTCCTGCCTCTTG
TGTACCCGTATGAGCCTTGGCGGTTTAAGCATGACCGTCATCACGCCAAAACCAATATGT
TAGTTCATGACACAGCTTGGCAACCAGTTCCACCAGAGGAGTTTGATTCATCACCGGTTC
TGAGAAAGGCAATCATTTTTGGATATGGCCCTATTAGACCTTGGTTGTCCATAGCTCACT
GGGTGAACTGGCACTTCAATCTGAAAAAGTTCAGACCGAGTGAAGTGAATAGGGTGAAGA
TAAGTCTAGCTTGCGTTTTCGCCTTCATGGCTGTTGGGTGGCCACTGATCATATACAAAG
TTGGTATCTTAGGGTGGGGTAAAGTTCTGGCTTATGCCATGGTTGGGCTATCACTTTTGG
ATGAGCACCTTCACAATGGTTCATCACACGGCTCCACACATTCCTTTCAAGCCTGCTGAT
GAGTGGAATGCTGCTCAG*CTCAGCTCAACGGAACTGTTCATTGTGATTACCCTAGTTGG
ATTGAGATTCTGTGCCATGATATCAACGTACAC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3GS20TF 751 0 0
G
TGGTTGAAGATATTGTCGGTACTCTAGCCTTCCTACCTCTTGTGTACCCGTATGAGCCGT
GGCGGTTTAAGCATGACCGTCACCACGCCAAAACCAACATGTTAGTTCATGACACAGCTT
GGCAACCAGTTCCACCAGAGGAGTTTGATTCATCACCTGTTCTGAGAAAGGCAATCATTT
TTGGATATGGCCCTATTAGACCTTGGTTGTCCATAGCTCACTGGGTGAACTGGCACTTCA
ATCTGAAAAAGTTCAGACCGAGTGAAGTGAATAGGGTGAAGATAAGTCTAGCTTGTGTCT
TCGCCTTCATGGCCGTTGGGTGGCCACTGATCATATACAAAGTTGGTATCTTAGGATGGG
TTAA*GTTCTGGCTTATGCCATGGTTGGGCTATCACTTTTGGATGAGCACATTCACGATG
GCTCATCACACGGCTCCACACATTCCTTTCAAGCCTGCTGATGAGTGGAACGCTGCTCAG
GCTCAGCTCAACGGAACTGTTCATTGTGATTACCCTAGTTGGATTGAGATTCTCTGCCAT
GATATCAACGTACACATCCCGCATCACATTAGCCCAAGGATACCGAGCTACAATCTACGT
GCGGCTCATCAGTCTATACAAGAGAACTGGGGAAAGTATACAAACTTGGCTACATGGAAC
TGGCGCTTGATGAAGACGATAATGACTGTGTGTCATGTCTATGACAAAGAGGAGAACTAC
ATTCCTTTTGACCGGTTAGCCCCTGAAGA
T

QA 2 750 2 750
DS 

RD RR3GS20JQ 684 0 0
T
TTTTGGATATGGCCCTATTAGACCTTGGTTGTCCATAGCTCACTGGGTGAACTGGCACTT
CAATCTGAAAAAGTTCAGACCGAGTGAAGTGAATAGGGTGAAGATAAGTCTAGCTTGTGT
CTTCGCCTTCATGGCCGTTGGGTGGCCACTGATCATATACAAAGTTGGTATCTTAGGATG
GGTTAA*GTTCTGGCTTATGCCATGGTTGGGCTATCACTTTTGGATGAGCACATTCACGA
TGGCTCATCACACGGCTCCACACATTCCTTTCAAGCCTGCTGATGAGTGGAACGCTGCTC
AGGCTCAGCTCAACGGAACTGTTCATTGTGATTACCCTAGTTGGATTGAGATTTTCTGCC
ATGATATCAACGTACACATCCCGCATCACATTAGCCCAAGGATACCGAGCTACAATCTAC
GTGCGGCTCATCAGTCTATACAAGAGAACTGGGGAAAGTATACAAACTTGGCTACATGGA
ACTGGCGCTTGATGAAGACGATAATGACTGTGTGTCATGTCTATGACAAAGAGGAGAACT
ACATTCCTTTTGACCGGTTAGCCCCTGAAGAATCGCAACCAATAACATTCCTCAAGAAAG
CAATGCTTGACTATGCAGCTTGATTCGTGGCCAGCCTTTGTATTAGTCCTTATTTTTGAA
ATCACCAATGATATTCACTAGC
G

QA 2 683 2 683
DS 

RD RR3DJ55JQ 579 0 0
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GTGGAACGCTGCTCAGGCTCAGCTCAACGGAACTGTTCATTGTGATTACCCTAGTTGGAT
TGAGATTTTCTGCCATGATATCAACGTACACATCCCGCATCACATTAGCCCAAGGATACC
GAGCTACAATCTACGTGCGGCTCATCAGTCTATACAAGAGAACTGGGGAAAGTATACAAA
CTTGGCTACATGGAACTGGCGCTTGATGAAGACGATAATGACTGTGTGTCATGTCTATGA
CAAAGAGGAGAACTACATTCCTTTTGACCGGTTAGCCCCTGAAGAATCGCAACCAATAAC
ATTCCTCAAGAAAGCAATGCCTGACTACGCAGCTTGATTCGTGGCCAGCCTTTGTATTAG
TCCTTATTTTTGAAATCACCAATGATATTCACTAGCTTGTAAGCTTTTCGAGCAATAAGC
TTCTCCTAACGTTTTTATACACTGCATCTTATAAACTTTATCAAAAAAGAGAGAAAACTG
GCTGTCCGTTTGCAATTCTATGATCACTTTCTTTGCTTG

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3DJ55TF 579 0 0
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GTGGAACGCTGCTCAGGCTCAGCTCAACGGAACTGTTCATTGTGATTACCCTAGTTGGAT
TGAGATTCTCTGCCATGATATCAACGTACACATCCCGCATCACATTAGCCCAAGGATACC
GAGCTACAATCTACGTGCGGCTCATCAGTCTATACAAGAGAACTGGGGAAAGTATACAAA
CTTGGCTACATGGAACTGGCGCTTGATGAAGACGATAATGACTGTGTGTCATGTCTATGA
CAAAGAGGAGAACTACATTCCTTTTGACCGGTTAGCCCCTGAAGAATCGCAACCAATAAC
ATTCCTCAAGAAAGCAATGCCTGACTACGCAGCTTGATTCGTGGCCAGCCTTTGTATTAG
TCCTTATTTTTGAAATCACCAATGATATTCACTAGCTTGTAAGCTTTTCGAGCAATAAGC
TTCTCCTAACGTTTTTATACACTGCATCTTATAAACTTTATCAAAAAAGAGAGAAAACTG
GCTGTCCGTTTGCAATTCTATGATCACTTTCTTTGCTTG

QA 1 579 1 579
DS 



AS 3 9

CO CL476Contig1 615 2 3 U
GGATTCATCAAATCATCTCTCTCTCTCTTCTCTTTCTCTCCAATCTCGCAAAACCAGATC
TTATAAACATGGAGTCAACGGGAAATCATGGAGGCATCCAGCAACTGCTTGCTGCTGAAC
AGGAAGCTCAGCAGATTGTCAATGCTGCTAGGACCGCGAAAATGGCGAGACTGAAGCAAG
CCAAGGAAGAAGCTGAAACAGAGATTGCTGAGCACAAAACCAGTACTGAGCATGGTTTCC
AGAGGAAACTCGAAGAGACCAGTGGAGATTCAGGTGCAAACGTGAAGAGGCTTGAGCAAG
AGACCGATGAGAAGATCGAGCAGTTGAAGAACGAAGCTTCCAGGATTTCCAGAGATGTTG
TGGACATGCTTCTCAAACATGTCACCACTGTCAACAACTGATATACACCATCGTCTTTAA
GATGGTGTGAATTGTTTGTTATTTTGAGTGGATTTATTCATTCGTTTCTTTTACTGTTTG
GTGGATTCCGGGTTTCATTCAACTTGTTGCTATTTGATTTTCAGTTGCAGCCTTGAGTTG
TTGTTGTATTCATCTCTCCAGAAGACTTTGACTTTTGTGTTTGTAATATTCAGAAAAAAG
GGAACCCCATTGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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GGAACCCCATTGGAT

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CCAGGATTTCCAGAGATGTTGTGGACATGCTTTTCAAACATGTCACCACTGTCAACAACT
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ATTCGTTTCTTTTACTGTTTGGTGGATTCCGGGTTTCATTCAACTTGTTGCTATTTGATT
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TTTGTAATATTCAGAAAAAAGGGAACCCCATTGGAT

QA 1 576 1 576
DS 



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GAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR3BF32JQ C 1
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GAT

QA 1 663 1 663
DS 

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DS 



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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR3EF55JQ C 1
AF RR3H995JQ C 77
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AF RR3H995TF U 9
AF RR3EF55TF U 1
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TTTCCAGAGATGTTGTGGACATGCTTTTCAAACATGCCACCACTGTCAACAACTGATATC
TATATAT**ACACCATCGTCTTTGAGATGGTGTAAATTGTTATTTTGAGTGGATTTATTC
ATTCGTTTCTTTTACTGTTTGGTGGATTCCGGGTTTCATTCAACTTGTTGCTATTTGATT
TTCAGTTTCAGCCTTGAGTTGTTGTTGTATTCATCTCTCCAGAAGACTTTGACTTTTGTG
TTTGTAATATTCAGAATAAAGGGAACCCCATTGGAT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3H995JQ 560 0 0
TATAAACATGGAGTCAACGGGAAATCATGGAGGCATCCAGCAACTGCTTGCTGCTGAACA
GGAAGCTCAGCAGATTGTCAATGCTGCTAGGACCGCGAAAATGGCGAGACTGAAGCAAGC
CAAGGAAGAAGCTGAAACAGAGATTGCTGAGCACAAAACCAGTACTGAGCATGGTTTCCA
GAGGAAACTCGAAGAGACCAGTGGAGATTCAGGTGCAAACGTGAAGAGGCTTGAGCAGGA
GACCGATGAGAAGATCGAGCAGTTGAAGAACGAAGCTTCCAGGATTTCCAGAGATGTTGT
GGACATGCTTCTCAAACATGTCACCACTGTCAACAACTGATATCTATATATATACACCAT
CGTCTTTGAGATGGTGTAAATTGTTATTTTGAGTGGATTTATTCATTCGTTTCTTTTACT
GTTTGGTGGATTCCGGGTTTCATTCAACTTGTTGCTATTTGATTTTCAGTTTCAGCCTTG
AGTTGTTGTTTTATTCATCTCTCCAGAAGACTTTGACTTTTGTGTTTGTAATATTCAGAA
TAAAGGGAACCCCATTGGA
G

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3GH01TF 633 0 0
GGGGAGTC
ATTCATCAAATCATCTCTCTCTCTCTCTTCTCTTTCTCTCCAATCTCGCAAAACCAGACA
GATCTTATAAACATGGAGTCAACGGGAAATCATGGAGGCATCCAGCAACTGCTTGCTGCT
GAACAGGAAGCTCAGCAGATTGTCAATGCTGCTAGGACCGCGAAAATGGCGAGACTGAAG
CAAGCCAAGGAAGAAGCTGAAACAGAGATTGCTGAGCACAAAACCAGTACTGAGCATGGT
TTCCAGAGGAAACTCGAAGAGACCAGTGGAGATTCAGGTGCAAT**TGAAGAGGCTTGAG
CAAGAGACCGATGAGAAGATCGAGCAGTTGAAGAACGAAGCTTCCAGGATTTCCAGAAAT
GTTGTGGACATGCTTCTCAAACATGTCCCCACTGTCAACAACTGATATCTATATATATAC
ACCATCGTCTTTGAGATGGTGTAAATTGTTATTTTGAGTGGATTTATTCATTCGTTTCTT
TTACTGTTTGGTGGATTCCGGGTTTCATTCAACTTGTTGCTATTTGATTTTCAGTTTCAG
CCTTGAGTTGTTGTTGTATTCATCTCTCCAGAAGACTTTGACTTTTGTGTTTGTAATATT
CAGAATAAAGGGGACCCCATTGGAT

QA 9 633 9 633
DS 

RD RR3H995TF 609 0 0
GGG
ATTCATCAAATCATCTCTCTCTCTCTCTTCTCTTTCTCTCCAATCTCGCAAAACCAGACA
GATCTTATAAACATGGAGTCAACGGGAAATCATGGAGGCATCCAGCAACTGCTTGCTGCT
GAACAGGAAGCTCAGCAGATTGTCAATGCTGCTAGGACCGCGAAAATGGCGAGACTGAAG
CAAGCCAAGGAAGAAGCTGAAACAGAGATTGCTGAGCACAAAACCAGTACTGAGCATGGT
TTCCAGAGGAAACTCGAAGAGACCAGTGGAGATTCAGGTGCAAACGTGAAGAGGCTTGAG
CAGGAGACCGATGAGAAGATCGAGCAGTTGAAGAACGAAGCTTCCAGGATTTCCAGAGAT
GTTGTGGACATGCTTCTCAAACATGTCACCACTGTCAACAACTGATATCTATATATATAC
ACCATCGTCTTTGAGATGGTGTAAATTGTTATTTTGAGTGGATTTATTCATTCGTTTCTT
TTACTGTTTGGTGGATTCCGGGTTTCATTCAACTTGTTGCTATTTGATTTTCAGTTTCAG
CCTTGAGTTGTTGTTTTATTCATCTCTCCAGAAGACTTTGACTTTTGTGTTTGTAATATT
CAGAAT

QA 4 609 4 609
DS 

RD RR3EF55TF 617 0 0
GGATTC
GAGTCATTCATCAAATCATCTCTCTCTCTCTCTTCTCTTTCTCTCCAATCTCGCAAAACC
AGA****TCTTATAAACATGGAGTCAACGGGAAATCATGGAGGCATCCAGCAACTGCTTG
CTGCTGAACAGGAAGCTCAGCAGATTGTCAATGCTGCTAGGACCGCGAAAATGGCGAGAC
TGAAGCAAGCCAAGGAAGAAGCTGAAACAGAGATTGCTGAGCACAAAACCAGTACTGAGC
ATGGTTTCCAGAGGAAACTCGAAGAGACCAGTGGAGATTCAGGTGCAAACGTGAAGAGGC
TTGAGCAAGAGACCGATGAGAAGATCGAGCAGTTGAAGAACGAAGCTTCCAGGATTTCCA
GAGATGTTGTGGACATGCTTCTCAAACATGCCACCACTGTCAACAACTGATATCTATATA
T**ACACCATCGTCTTTGAGATGGTGTAAATTGTTATTTTGAGTGGATTTATTCATTCGT
TTCTTTTACTGTTTGGTGGATTCCGGGTTTCATTCAACTTGTTGCTATTTGATTTTCAGT
TTCAGCCTTGAGTTGTTGTTGTATTCATCTCTCCAGAAGACTTTGACTTTTGTGTTTGTA
*TATTCAGAAT

QA 7 617 7 617
DS 



AS 1 3

CO CL477Contig1 873 3 2 U
GGGTCTCTCTCTGTCTCTCATCCAATCAGGTGCCTTCGTCTCTCTCTCAGCTTTGGCGTT
CGTGATGCGTCGTTCTGGAGCTGCTGCATCTAAGAAGAAATCGGATTCAATCACATCTTC
AGCCACGGATCTCTTTCGCTCAGCATCGAGTAAGGCGACGACTAAAGAGATGGATCGAAT
AGACCATTTGTTTAATCAGTATGCCAATTCATCTTCCAATCTCATTGATCCTGAAGGAAT
AGAGGAGCTCTGTTCCAATTTGGATGTTCCTCATACTGATATCAGAATCTTGATGCTTGC
TTGGAAAATGAAATCTGAGAAACAAGGCTACTTTACTCAGGAGGAGTGGAGAAGAGGCCT
TAAGGCTTTAAGAGCTGATACACTCAGTAAACTGAAGAAAGCCCTCCCCGAGCTCGAGAA
AGAGGTCAGGAGGCAATCAAATTTTGCAGATTTCTATGCTTATGCCTTCCGCTATTGCTT
AACAGAGGAAAAGCAGAAGAGCATAGACATAGAGACTATATGTCAACTCCTGGAGATTGT
CATGGGATCTACATTCCGACCCCAAGTTGACTACTTTGTCGACTACTTAAAGATCCAAAA
CGACTACAAAGTCATAAACATGGATCAATGGATGGGCTTTTACAGGTTCTGCAATGAGAT
AAGTTTCCCGGAGATGACGGAATACAATCCAGAGCTTGCATGGCCATTGGTTCTCGACGA
TTTTGTTGAGTGGATTCGTGAAAAACAAGCCTGAAAAGCTTTTACCCTGTATCGGTCGGT
GTTTGGTTTTTGCAGAATCGTTGGTTCGTTCTCAACAAACAGATTCAGCAAGATTTTATT
TCAGTTTCTTCAATCCTTCAAAACATGTTTAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E709TF U 5
AF RR3FL67TF U 1
AF RR3B738TF U 9
BS 1 675 RR3FL67TF
BS 676 873 RR3B738TF

RD RR3E709TF 637 0 0
GGCTCTCTG
TCTCTCATCCAATCAGGTGCCTTCGTCTCTCTCTCAGCTTTGGCGTTCGTGATGCGTCGT
TCTGGAGCTGCTGCATCTAAGAAGAAATCGGATTCGATCACATCTTCAGCCACGGATCTC
TTTCGCTCAGCATCGAGTAAGGCGACGACTAAAGAGATGGATCGAATAGACCATTTGTTT
AATCAGTATGCCAATTCATCTTCCAATCTCATTGATCCTGAAGGAATAGAGGAGCTCTGT
TCCAATTTGGATGTTCCTCATACTGATATCAGAATCTTGATGCTTGCTTGGAAAATGAAA
TCTGAGAAACAAGGCTACTTTACTCAGGAGGAGTGGAGAAGAGGCCTTAAGGCTTTAAGA
GCTGATACACTCAGTAAACTGAAGAAAGCCCTCCCCGAGCTCGAGAAAGAGGTCAGGAGG
CAATCAAATTTTGCAGATTTCTATGCTTATGCCTTCCGCTATTGCTTAACAGAGGAAAAG
CAGAAGAGCATAGACATAGAGACTATATGTCAACTCCTGGAGATTGTCATGGGATCTACA
TTCCGACCCCAAGTTGACTACTTTGTCGACTACTTAAAGATCCAAAACGACTACAAAGTC
ATAAACATGGATCAATGGATGGGCTTTT

QA 10 637 10 637
DS 

RD RR3FL67TF 675 0 0
GGGTCTCTCTCTGTCTCTCATCCAATCAGGTGCCTTCGTCTCTCTCTCAGCTTTGGCGTT
CGTGATGCGTCGTTCTGGAGCTGCTGCATCTAAGAAGAAATCGGATTCAATCACATCTTC
AGCCACGGATCTCTTTCGCTCAGCATCGAGTAAGGCGACGACTAAAGAGATGGATCGAAT
AGACCATTTGTTTAATCAGTATGCCAATTCATCTTCCAATCTCATTGATCCTGAAGGAAT
AGAGGAGCTCTGTTCCAATTTGGATGTTCCTCATACTGATATCAGAATCTTGATGCTTGC
TTGGAAAATGAAATCTGAGAAACAAGGCTACTTTACTCAGGAGGAGTGGAGAAGAGGCCT
TAAGGCTTTAAGAGCTGATACACTCAGTAAACTGAAGAAAGCCCTCCCCGAGCTCGAGAA
AGAGGTCAGGAGGCAATCAAATTTTGCAGATTTCTATGCTTATGCCTTCCGCTATTGCTT
AACAGAGGAAAAGCAGAAGAGCATAGACATAGAGACTATATGTCAACTCCTGGAGATTGT
CATGGGATCTACATTCCGACCCCAAGTTGACTACTTTGTCGACTACTTAAAGATCCAAAA
CGACTACAAAGTCATAAACATGGATCAATGGATGGGCTTTTACAGGTTCTGCAATGAGAT
AAGTTTCCCGGAGAT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3B738TF 865 0 0
GGGTC
TCTCTCATCCAATCAGGTGCCTTCGTCTCTCTCTCAGCTTTGGCGTTCGTGATGCGTCGT
TCTGCTGCTGCTGCATCTAAGAAGAAATCGGATTCAATCACATCTTCAGCCACGGATCTC
TTTCGCTCAGCATCGAGTAAGGCGACGACTAAAGAGATAGATCGAATAGACCATTTGTTT
AATCAGTATGCCAATTCATCTTCCAATCTCATTGATCCTGAATGAATAGAGGAGCTCTGT
TCCAATTTGGATGTTCCTCATACTGATATCAGAATCTTGATGCTTGCTTGGAAAATGAAA
TCTGAAAAACAAGGCTACTTTACTCAGGAGGAGTGGAGAAGAGGCCTTAAGGCTTTAAGA
GCTGATACTCTCAGTAAACTGAAGAAATCCCTCCCCGAGCTCGAGAAAGAGGTCAGGAGG
CAATCAAATTTTGCAGATTTCTATGCTTATGCCTTCCGCTATTGCTTAACAGAGGAAAAG
CAGAAGAGCATAGACATAGAGACTATATGTCAACTCCTGGAGATTGTCATGGGATCTACA
TTCCGACCCCAAGTTGACTACTTTGTCGACTACTTAAAGATCCAAAACGACTACAAAGTC
ATAAACATGGATCAATGGATGGGCTTTTACAGGTTCTGCAATGAGATAAGTTTCCCGGAG
ATGACGGAATACAATCCAGAGCTTGCATGGCCATTGGTTCTCGACGATTTTGTTGAGTGG
ATTCGTGAAAAACAAGCCTGAAAAGCTTTTACCCTGTATCGGTCGGTGTTTGGTTTTTGC
AGAATCGTTGGTTCGTTCTCAACAAACAGATTCAGCAAGATTTTATTTCAGTTTCTTCAA
TCCTTCAAAACATGTTTAAA

QA 6 865 6 865
DS 



AS 3 9

CO CL478Contig1 1066 4 6 U
TTGGGGAGCAATTGTCTGGTTTTGCCTTCACCGCAAACGGATGGGTTCAATCTTATGGAT
CTCGCTGTGTGAAACCTCCAGTTATCTACGGTGATGTGAGCCGTCCTAAGGCAATGACCG
TCTTCTGGTCCGCAATGGCTCAGAGCATGACCTCTCGCCCAATGAAGGGTATGCTTACCG
GCCCTGTCACCATTCTTAACTGGTCCTTCGTCAGAAACGACCAGCCCAGGCACGAAACCT
GTTACCAGATTGCTTTGGCCATCAAGGACGAAGTCGAGGATCTTGAGAAAGGTGGAATTA
GTGTCATTCAGATTGACGAGGCTGCCCTCAGAGAAGGACTACCACTGAGGAAGTCCGAGC
ACGCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCCTTCAGAATCACCAACTGTGGCGTCCAAG
ACACCACCCAGATTCACACTCACATGTGCTACTCCCACTTCAATGACATCATACACTCCA
TCATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATCGAGAACTCCCGATCTGATGAGAAGCTTC
TCTCTGTGTTCCGTGAGGGAGTGAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAGGTGTCTATGACA
TCCACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAAATCGCAGACAGGGTGAACAAGATGCTTG
CTGTTCTTGAGCAGAACATCCTTTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTCAAGACCCGTAAGT
ACACAGAGGTTAAGCCTGCCCTGAAGAACATGGTTGATGCGGCTAAACTCATCCGCTCCC
AGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAAGAAAGCTTGAAAAGAGATGAATGATTTGAAGAAGGATA
CTCTATAATGCTTGTGTTTTGTTTTGTTTGGTTTAATTACCCTTTTTAAAAATATTTTAG
TTCAAGTAGGTTTGATGCATATGGTTTCAGCTCTTGCTGAGAGAGATTGAGAGATATGTA
TCGTTTGGATCTGTTTGTGTTTCTCGTTTTGTATCCTTCATTTCTCTGATGAAACATATC
TTTTTTTTGTAAGGGGTCTTGAAAGGAAATAAAGATTGATTCTTCT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG84TF U 1
AF RR3ES64TF U 3
AF RR3ES64JQ C 349
AF RR3AG84JQ C 243
BS 1 453 RR3AG84TF
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BS 455 530 RR3AG84TF
BS 531 531 RR3ES64TF
BS 532 725 RR3AG84TF
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RD RR3AG84TF 725 0 0
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TCTTCTGGTCCGCAATGGCTCAGAGCATGACCTCTCGCCCAATGAAGGGTATGCTTACCG
GCCCTGTCACCATTCTTAACTGGTCCTTCGTCAGAAACGACCAGCCCAGGCACGAAACCT
GTTACCAGATTGCTTTGGCCATCAAGGACGAAGTCGAGGATCTTGAGAAAGGTGGAATTA
GTGTCATTCAGATTGACGAGGCTGCCCTCAGAGAAGGACTACCACTGAGGAAGTCCGAGC
ACGCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCCTTCAGAATCACCAACTGTGGCGTCCAAG
ACACCACCCAGATTCACACTCACATGTGCTACTTCCACTTCAATGACATCATACACTCCA
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TCCACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAAATCGCAGACAGGGTGAACAAGATGCTTG
CTGTTCTTGAGCAGAACATCCTTTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTCAAGACCCGTAAGT
ACACA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3ES64TF 719 0 0
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CGCTGTGTGAAACCTCCAGTTATCTACGGTGATGTGAGCCGTCCTAAGGCAATGACCGTC
TTCTGGTCCGCAATGGCTCAGAGCATGACCTCTCGCCCAATGAAGGGTATGCTTACCGGC
CCTGTCACCATTCTTAACTGGTCCTTCGTCAGAAACGACCAGCCCAGGCACGAAACCTGT
TACCAGATTGCTTTGGCCATCAAGGACGAAGTCGAGGATCTTGAGAAAGGTGGAATTAGT
GTCATTCAGATTGACGAGGCTGCCCTCAGAGAAGGACTACCACTGAGGAAGTCCGAGCAC
GCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCCTTCAGAATCACCAACTGTGGCGTCCAAGAC
ACCACCCAGATTCACACTCACATGTGCTACTCCCACTTCAATGACATCATACACTCCATC
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TCTGTGTTCCGTGAGGGAGTGAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAGGTGTCTATGACATC
CACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAAATCGCAGACAGGGTGAACAAGATGCTTGCT
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QA 1 719 1 719
DS 

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ATGAGAAGCTTCTCTCTGTGTTCCGTGAGGGAGTGAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAG
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TGAAGAAGGATACTCTATAATGCTTGTGTTTTGTTTTGTTTGGTTTAATTACCCTTTTTA
AAAATATTTTAGTTCAAGTAGGTTTGATGCATATGGTTTCAGCTCTTGCTGAGAGAGATT
GAGAGATATGTATCGTTTGGATCTGTTTGTGTTT

QA 1 634 1 634
DS 

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GCTTTCTACTTGGACTGGGCTGTTCACTCCTTCAGAATCACCAACTGTGGCGTCCAAGAC
ACCACCCAGATTCACACTCACATGTGCTACTTCCACTTCAATGACATCATACACTCCATC
ATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATCGAGAACTCCCGATCTGATTAGAAGCTTCTC
TCTGTGTTCCGTGAGGGAGTGAAGTACGGTGCTGGAATTGGTCCAGGTGTCTATGACATC
CACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAAATCGCAGACAGGGTGAACAAGATGCTTGCT
GTTCTTGAGCAGAACATCCTTTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCTCAAGACCCGTAAGTAC
ACAGAGGTTAAGCCTGCCCTGAAGAACATGGTTGATGCGGCTAAACTCATCCGCTCCCAG
CTCGCCAGTGCCAAGTGAAAGAAAGCTTGAAAAGAGATGAATGATTTGAAGAAGGATACT
CTATAATGCTTGTGTTTTGTTTTGTTTGGTTTAATTACCCTTTTTAAAAATATTTTAGTT
CAAGTAGGTTTGATGCATATGGTTTCAGCTCTTGCTGAGAGAGATTGAGAGATATGTATC
GTTTGGATCTGTTTGTGTTTCTCGTTTTGTATCCTTCATTTCTCTGATGAAACATATCTT
TTTTTTGTAAGGGGTCTTGAAAGGAAATAAAGATTGATTCTTCT

QA 1 824 1 824
DS 



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CTTTTGAAAAAATATTTTAGTCGAAGTTAGATTCGATGCATATGTTTCCTTCGGTTTTGC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3FB78TF U 1
AF RR3FB78JQ C 23
AF RR3AG80TF U 123
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RD RR3FB78TF 649 0 0
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CTTCAATGACATCATACACTCCATCATCGACATGGATGCTGATGTCATCACCATCGAGAA
CTCCCGATCTGATGAGAAGCTTCTCTCCGTGTTCCGTGAGGGAGTGAAGTACGGTGCTGG
TATTGGTCCAGGTGTCTATGACATCCACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAAATCGC
GGACAGAGTCAACAAGATGCTTGCTGTTCTTGAGCAGAACATCCTCTGGGTTAACCCTGA
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CTTTTGAAAAA*TATTTTAGTCGAAGTTAGATTCGATGCATATGTTTCC

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DS 

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G
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QA 2 729 2 729
DS 

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G
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GGCTAAACTCATCCGTTCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAGAGAAGTTTGAATGATTTG
AACAAGGAAACGAGTTCTTTTTATCTATAACGGTTGTGTTTTTGTTTGTTTTTGTTACTT
TTGAAAAAATATTTTAGTCGAAGTTAGATTCGATGCATATGTTTCCTTCGGTTTTGCTGC
AATGTCTGTTTTCTATTGTCTCCTTTATTCTCTGATGGAATATCTTTCTGTAAGGTCTCT
TGAAAGGAAATAAAAGATCGATTCTTA

QA 2 628 2 628
DS 



CO CL478Contig3 668 2 1 U
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CTGTGGCGTCCAAGACAGCACCCAGATCCACACTCACATGTGCTACTCCCACTTCAACGA
CATCATACACTCTATCATCGACATGGACGCTGATGTCATCACCATCGAGAACTCCCGATC
TGATGAGAAGCTTCTCTCCGTTTTCCGTGAGGGAGTGAAGTACGGTGCCGGTATTGGTCC
AGGTGTCTATGACATCCACTCTCCAAGAATACCATCTTCTGAGGAGATCGCGGACAGAGT
CAACAAGATGCTTGCTGTTCTTGAGCAGAACATCCTCTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCT
CAAGACCCGTAAGTACACAGAGGTCAAGCCTGCTTTGAAGAACATGGTTGATGCGGCTAA
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ATTTGAACAAGGAAACGAGTTCTTTTTATCTATAATTGTTGTGTTTTTGTTTGGTTTTAT
TACTTTAGTCGAAGTTAGATTCGATGCATTTGCTGTAATGTTTGTTTTCTTTTTGTCTCC
TTTATTTCTCTGATGGAATGTCTTTCTCTAAGTCTCTTGAAAAGAAATAAAAGATTGAAT
CTTATACG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FU40JQ C 1
AF RR3FU40TF U 1
BS 1 668 RR3FU40TF

RD RR3FU40JQ 668 0 0
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CTTATACG

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3FU40TF 668 0 0
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CTGTGGCGTCCAAGACAGCACCCAGATCCACACTCACATGTGCTACTCCCACTTCAACGA
CATCATACACTCTATCATCGACATGGACGCTGATGTCATCACCATCGAGAACTCCCGATC
TGATGAGAAGCTTCTCTCCGTTTTCCGTGAGGGAGTGAAGTACGGTGCCGGTATTGGTCC
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CAACAAGATGCTTGCTGTTCTTGAGCAGAACATCCTCTGGGTTAACCCTGACTGTGGTCT
CAAGACCCGTAAGTACACAGAGGTCAAGCCTGCTTTGAAGAACATGGTTGATGCGGCTAA
ACTCATCCGCTCCCAGCTCGCCAGTGCCAAGTGAAGAGAAGCTTGAAAATGAGATGAATG
ATTTGAACAAGGAAACGAGTTCTTTTTATCTATAATTGTTGTGTTTTTGTTTGGTTTTAT
TACTTTAGTCGAAGTTAGATTCGATGCATTTGCTGTAATGTTTGTTTTCTTTTTGTCTCC
TTTATTTCTCTGATGGAATGTCTTTCTCTAAGTCTCTTGAAAAGAAATAAAAGATTGAAT
CTTATACG

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 9

CO CL479Contig1 658 9 16 U
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BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 10 10 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 25 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 0 40 40 40 40 25 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3CO52JQ C 29
AF RR3CO52TF U 48
AF RR3A692JQ C 1
AF RR3A692TF U 1
AF RR3EX82TF U 4
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AF RR3B352JQ C 145
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TCTCAAGAACC

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DS 

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DS 

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AGACGCAAGGGGAATGGAGCTTTGGGTGCAAAGTGTGACTTCATTGGTTCATCAACAAAT
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C

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QA 1 628 1 628
DS 

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TCCTTGGTTTCAAAAACATTGGTGCTATTTAAAAACATGTTCATTTGTATTTTGTCAACT
TGTAGATTTTTAAAAAACAAAGTTTTCAAGAACCCGAGGGGAGATTTAGTCAATGTTTAT
AATGTTTGT*ATCGCATTGTATTCCTCTTTAAAGCAAATAGAACGACCGCATTTTCAAGT
ATGTAACGTGAAGGGAAGGCATTGTTCCCTTGTT

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 9

CO CL480Contig1 770 9 18 U
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TCTTGTGTTGTTTGGTATAATCCTTCTTCTAGATTCTCCGATTAGATCTGAAATTATTGG
GAGATTTCGTCTCCTCGTCGTCTCAGGGATCTAGAAGTGAG*GGAGAGAAGATGGCAGGC
AAGGGAGGGAAAGGGCTCGTAGCTGCAAAGACGATGGCTTCTAACAAGGACAAAGACAAG
GGCAAGATGAAACCCATCTCTCGATCTGCTCGTGCCGGTATTCAGTTTCCAGTGGGTCGT
ATCCATAGGCAACTCAAGACCAGGGTTTCAGCACACGGAAGAGTTGGTGCCACTGCTGCT
GTTTACACTGCTTCGATTCTGGAGTACTTGACTGCAGAAGTTCTTGAGTTAGCTGGAAAC
GCAAGCAAGGATCTGAAAGTGAAGAGGATAACTCCTAGGCATTTGCAGTTGGCAATCAGA
GGAGATGAGGAGCTTGACACGCTCATCAAAGGAACCATTGCCGGAGGTGGTGTGATCCCT
CACATCCACAAGTCTCTCATCAACAAAACCACCACTGAGTGATTTGTTGTTAACGTGATC
TT*GCTAGTTAGTTGCTCATCGTGTGTTGGTGTTTTGTTAACGTCTTGAACTGCTTTTCC
GTTCCTTTATTAGTGTTTGCCTTTTATTGGACATCTTCAGGTGTACATGAGTTAATTTGA
ACTCTTCTGCTTCTCTGTTTAGCAATTCTTGTCTTTGCAAACAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 
30 45 45 30 30 45 45 30 30 45 45 45 30 30 15 30 45 45 30 30 30 30 30 30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 40 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 45 
45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CD01TF U 132
AF RR3H929TF U 1
AF RR3DE55TF U 120
AF RR3DE65JQ C 120
AF RR3D926TF U 120
AF RR3D926JQ C 268
AF RR3B090JQ C 120
AF RR3B090TF U 120
AF RR3DE65TF U 120
BS 1 119 RR3H929TF
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BS 122 123 RR3H929TF
BS 124 125 RR3DE55TF
BS 126 127 RR3H929TF
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BS 130 132 RR3H929TF
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BS 139 144 RR3DE55TF
BS 145 600 RR3H929TF
BS 601 601 RR3DE55TF
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BS 701 701 RR3DE55TF
BS 702 745 RR3H929TF
BS 746 770 RR3DE65TF

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TCTGCTCGTGCCGGTATTCAGTTTCCAGTGGGTCGTATCCATAGGCAACTCAAGACCAGG
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AGGATAACTCCAAGGCATTTGCAGTTGGCAATCAGAGGAGACGAGGAGCTTGACACGCTC
ATCAAAGGAACCATTGCCGGAGGTGGTGTCATCCCTCACATCCACAAGTCTCTCATCAAC
AAAACCACCACTGAGTGATTTGTTGTTAAAGTGATCTTTGCTAGTTAGTTGCTCATCGTG
TGTTGGTGTTTTGTTAACGTCTTGAACTGCTTT

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TCTTGTGTTGTTTGGTATAATCCTTCTTCTAGATTCTCCGATTAGATCTGAAATTATTGT
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GTTTACACTGCTTCGATTCTGGAGTACTTGACTGCAGAAGTTCTTGAGTTAGCTGGAAAC
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CACATCCACAAGTCTCTCATCAACAAAACCACCACTGAGTGATTTGTTGTTAACGTGATC
CT*GCTAGTTAGTTGCTCATCGTGTGTTGGTGTTTTGTTAACGTCTTGAACTGCTTTTCC
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ATCTGTCTTTGAAG

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DS 

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TTCTTGTCTTTGC

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AACTCTTCTGCTTCTCTGTTTAGCAA
TTCTTGTCTTTGC

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AACTCTTCTGCTTCTCTGTT

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CTT*GCTAGTTAGTAGCTCATCGTGTGTTGGTGTTTTGTTAACGTCTTGAACTGCTTTTC
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AACTCTTCT

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CTT*GCTAGTTAGTAGCTCATCGTGTGTTGGTGTTTTGTTAACGTCTTGAACTGCTTTTC
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AACTCTTCT

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DS 

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TCACATCCACAAGTCTCTCATCAACAAAACCACCACTGAGTGATTTGTTGTTAAAGTGAT
CTT*GCTAGTTAGTTGCTCATCGTGTGTTGGTGTTTTGTTAACGTCTTGAACTGCTTTTC
CGTTCCTTTATTAGTGTT*GCCTTTTATTGGACATCTTCAGGTGTACATGAGTTAATTTG
AACTCTTCTGCTTCTCTGTTTAGCAATTCTTGTCTTTGCAAACAAAAAAAA

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 7

CO CL481Contig1 1085 7 16 U
GGATGTATGTATATCTCAAACTAGTAAAATCAGAACAAGGTGGTCAATGTATGA**CCAA
ACACCAAGTTACAACGAGTCCTTAACACTTTTTTCTTACTCTTGTTTT*CGACAAAGGAC
GAGAGAAACTGCGAAAAAGGAACTAAGAAACCGAGATCTCTTCTACGCTGCTGATTTCTT
CAGTCAGCTCATGTTGTACTTTGGGCTCCAAGTCGATGAACTGGTTCGACTTGCTTGCTA
GGTGTGAGATACTAACTCTTCCTTGACGTTTGATGTAATCAGCAACAGCATTCATCTCTT
CCATTGATATGTATATGTATTTTCCTCTATCATCCATAACCCCCGAGAGGCGCCCAATGC
TCTCCAACGAGGCGATCCTGTTGATGCATTCCTGAGTTCTTAGATGAAACTCTGCTGCAA
GATCTTCAAGTGGAACACATTTCTGTTTCTTAATGTATTCAACAAATTCTGAAAGCAAAT
CTTGATTTCCACCTTCCACTTCCTCCGTAGTACCTTCAGCATCGACTGAGAACTCTCCTT
TCCATTTGTCAAACTCTAGCGCAGCTGCCTCTTCTTCCTTGGCTTGTCGTGCTTTTTCTT
CTTCTTCCAACTTCCGCTCCTCTGCCTCACGCTCTTCATCTTTCTTCCTCCGCATTTCTG
CATACCAGTCTTGTTTTGTACTCCTTGACTCGCGTGCAGCTTCTTCAGCCTGTCTTTGTT
CTTCTCGTTCTTGTCTCTTCTTCTCTTTCTTCTTTGAAGCTCTGGCCTGATTCCCACCGG
CTTCATCTTCATCCTCATCTTCACTCCCACTGATGTTTTCTTGAACGTTGGTAGATGAAG
AGGAGGTAGCACCAGCAGCAGAAGCTGCAGGTCTCCGACGCATTCTACGCCCAACACCAC
CAGTAGCACGTCCCACGTTTTCACGCGCCTGAACCTGCGGAGGTGCTGCATCTTCCTCAC
GTGATCTACTTGTACTATCTACCCGACGTTTCCACAAGAACAAGGGAATCACCGCAGCTA
TGAGAATCATTGAGACTATCAGAGCGAACATCTCTTCCATCTCTTCTTACCTAAATTGCG
TTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 20 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3CQ65JQ U 13
AF RR3HB86JQ U 1
AF RR3H975JQ U 7
AF RR3DP79JQ U 110
AF RR3DP79TF C 110
AF RR3CQ65TF C 403
AF RR3HB86TF C 510
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BS 197 197 RR3H975JQ
BS 198 401 RR3HB86JQ
BS 402 424 RR3H975JQ
BS 425 425 RR3DP79JQ
BS 426 478 RR3H975JQ
BS 479 479 RR3DP79JQ
BS 480 693 RR3H975JQ
BS 694 992 RR3CQ65TF
BS 993 1085 RR3HB86TF

RD RR3CQ65JQ 230 0 0
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AACGAGTCCTTAACACTTTTTTCTTACTCTTGTTTT*CGACAAAGGACGAAAGAAACTGC
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GCTGAACTTTGGGCTCCAAGTCGATGAACTGGTTCGACTTGCTTGCTAGG

QA 1 230 1 230
DS 

RD RR3HB86JQ 401 0 0
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ACACCAAGTTACAACGAGTCCTTAACACTTTTTTCTTACTCTTGTTTT*CGACAAAGGAC
GAGAGAAACTGCGAACAAGGAACTAAGAAACCGAGATCTCTTCTACGCTGCTGATTTGTT
CAGTCAGCTCATGCTGAACTTTGGGCTCCAAGTCGATGAACTGGTTCGACTTGCTTGCTA
GGTGTGAGATACTAACTCTTCCTTGACGTTTGATGTAATCAGCAACAGCATTCATCTCTT
CCATTGATATGTATATGTATTTTCCTCTATCATCCATAACCCCCGAGAGGCGCCCAATGC
TCTCCAACGAGGCGATCCTGTTGATGCATTCCTGAGTTCTT

QA 1 401 1 401
DS 

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GTATGG
ATCTCAAACTAGTAAAATCAGAACAAGGTGGTCAATGTATGAGACCAAACACCAAGTTAC
AACGAGTCCTTAACACTTTTTTCTTACTCTTGTTTTTCGACAAAGGACGAGAGAAACTGC
GAACAAGGAACTAAGAAACCGAGGTCTCTTCTACGCTGCTGATTTCTTCAGTCAGCTCAT
GTTGTACTTTGGGCTCCAAATCGATGAACTGGTTCGACTTGCTTGCTAGGTGTGAGATAC
TAACTCTTCCTTGACGTTTGATGTAATCAGCAACAGCATTCATCTCTTCCATTGATATGT
ATATGAATTTTCCTCTATCATCCATAACCCCCGAGAGGCGCCCAATGCTCTCCAACGAGG
CGATCCTGTTGATGCATTCCTGAGTTCTTAGATGAAACTCTGCTGCAAGATCGTCAAGTG
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CTTCCACTTCCTCCGTAGTACCTTCAGCATCGACTGAGAACTCTCCTTTCCATTTGTCAA
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GTTTTGTACTCCTTGACTCGC

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DS 

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CTTGCTTGCTAGGTGTGAGATACTAACTCTTCCTTGACGTTTGATGTAATCAGCAACAGC
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GCGCCCAATGCTCTCCAACGAGGCGATCCTGTTGATGCATTCCTGAGTTCTTAGATGAAA
CTCTGCTGCAAGATCTTCAAGTGGAACACATTTCTGTTTCTTAATGTATTCAACAAATTC
TGAAAGCAAATCTTGATTTCCACCTTCCACTTCCTCCGTAGTACCTTCAGCATCGACTGA
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TGCTTTTTCTTCTTCTTCCAACTTCCGCTCCTCTGCCTCACGCTCTTCGTCCTTCTTCCT
CCGCATCTCTGCATACCAATCTTGTTTTGTACTCC
CCC

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR3DP79TF 578 0 0
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GCTGATTTCTTCAGTCAGCTCATGTTGTACTTTGGGCTCCAAGTCGATGAACTGGTTCGA
CTTGCTTGCTAGGTGTGAGATACTAACTCTTCCTTGACGTTTGATGTAATCAGCAACAGC
ATTCATCTCTTCCATTGATATGTATATGTATTTTCCTCTATCATCCATAACCCCCGAGAG
GCGCCCAATGCTCTCCAACGAGGCGATCCTGTTGATGCATTCCTGAGTTCTTAGATGAAA
CTCTGCTGCAAGATCTTCAAGTGGAACACATTTCTGTTTCTTAATGTATTCAACAAATTC
TGAAAGCAAATCTTGATTTCCACCTTCCACTTCCTCCGTAGTACCTTCAGCATCGACTGA
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TGCTTTTTCTTCTTCTTCCAACTTCCGCTCCTCTGCCTCACGCTCTTCGTCCTTCTTCCT
CCGCATCTCTGCATACCAATCTTGTTTTGTACTCC
CCC

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR3CQ65TF 590 0 0
GATGAAACTCCGCTGCAAGATCTTCAAGCGGAACACATTTCTGTTTCTTAATGTATTCAA
CAAATTCTGAAAGCAAATCTTGATTTCCACTTTCCACTTCCTCCGTAGTACCTTCAGCAT
CGACTGAGAACTCTCCTTTCCATTTGTCAAACTCTAGCGCAGCTGCCTCTTCTTCCTTGG
CTTGTCGTGCTTTTTCTTCTTCTTCCAACTTTCGCTCCTCTGCCTCCCGCTCTTCATCTT
TCTTCCTCCGCATTTCTGCATACCAGTCTTGTTTTGTACTCCTTGACTCGCGTGCAGCTT
CTTCAGCCTGTCTTTGTTCTTCTCGTTCTTGTCTCTTCTTCTCTTTCTTCTTTGAAGCTC
TGGCCTGATTCCCACCGGCTTCATCTTCATCCTCATCTTCACTCCCACTGATGTTTTCTT
GAACGTTGGTAGATGAAGAGGAGGTAGCACCAGCAGCAGAAGCTGCAGGTCTCCGACGCA
TTCTACGCCCAACACCACCAGTAGCACGTCCCACGTTTTCACGCGCCTGAACCTGCGGAG
GTGCTGCATCTTCCTCACGTGATCTACTTGTACTATCTACCCGACGTTTC

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DS 

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TCTTCTTCCTTGGCTTGTCGTGCTTTTTCTTCTTCTTCCAACTTTCGCTCCTCTGCCTCC
CGATCTTCATCTTTCTTCCTCCGCATTTCTGCATACCAGTCTTGTTTTGTACTCCTTGAC
TCGCGTGCAGCTTCTTCAGCCTGTCTTTGTTCTTCTCGTTCTTGTCTCTTCTTCTCTTTC
TTCTTTGAAGCTCTGGCCTGATTCCCACCGGCTTCATCTTCATCCTCATCTTCACTCCCA
CTGATGTTTTCTTGAACGTTGGTAGATGAAGAGGAGGTAGCACCAGCAGCAGAAGCTGCA
GGTCTCCGACGCATTCTACGCCCAACACCACCAGTAGCACGTCCCACGTTTTCACGCGCC
TGAACCTGCGGAGGTGCTGCATCTTCCTCGCGTGATCTACTTGTACTATCTACCCGACGT
TTCCACAAGAACAAGGGAATCACCGCAGCTATGAGAATCATTGAGACTATCAGAGCGAAC
ATCTCTTCCATCTCTTCTTACCTAAATTGCGTTTCC

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 5

CO CL482Contig1 997 5 22 U
GGACCCCAATCTGTAAACACAC**TCGACGACGACCAATGGCGGTCTCGTTTAATACAAC
CCTTCACCAGTGTTCTCTGAGTCCGAGCTGTAGCATCAAACTTTATTCTGGGTTGAAGCC
TCAATCTGCAAGCTTTTTGACAAATGGGTATCAGAATCTGAATAAGGAGTTCTATGGCAG
GATCCACAAGAGTTTGGAATCCGGGACTGGGAAAGCGAGTAGGTCACGGGTGAAGATGAT
GCCAATAGGCACACCTAGGGTGCCTTACAGAAACCGAGAGGAAGGAACTTGGCAATGGGT
CGACATTTGGAATGCCCTTTATCGAGAGCGTGTAATCTTCATTGGACAAAACATAGATGA
AGAGTTTAGCAACCAGATATTAGCAACTATGTTGTATCTTGATACTCTTGATGACTCGAG
AAGGATTTATATGTACCTTAATGGACCAGGCGGGGATCTTACTCCAAGTCTGGCTATCTA
TGATACGATGAAGAGCTTGAAGAGTCCTGTGGGGACACATTGTGTTGGGCTTGCTTATAA
CCTTGCAGGTTTTCTTCTTGCTGCTGGTGAGAAGGGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTC
AAGAATAGCTCTCACGTCACCAGCTGGTGCAGCTCGTGGTCAGGCTGATGATATACAAAA
TGAAGCAAAAGAGCTTTCAAGGATAAGAGATTACCTCTTCAATGAGCTAGCCAAGAATAC
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GTCTGGAAGTTTATACAATCTTGAAAAGTCATTGGTTCTTTCTTGTTTACCGTATGAAAT
CACATTTTTCCATGTTATTTTGATTCCCACTTATTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 10 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 10 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G125TF U 1
AF RR3GB25TF U 1
AF RR3A025TF U 1
AF RR3D575JQ C 167
AF RR3A025JQ C 215
BS 1 22 RR3A025TF
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BS 860 860 RR3A025JQ
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RD RR3G125TF 639 0 0
GGACCCCAATCTGTAAACACAC**TCGACGACGACCAATGGCGGTCTCGTTTAATACAAC
CCTTCACCAGTGTTCTCTGAGTCCGAGCTGTAGCACCAAACTTTATTCTGGGTTGAAGCC
TCAATCTGCAAGCTTTTTGACAAATGGGTATCAGAATCTGAATAAGGAGTTCTATGGCAG
GATCCACAAGAGTTTGGAATCCGGGAGTGGGAAAGCGAGTAGGTCACGGGTGAAGATGAT
GCCAATAGGCACACCTAGAGTGCCTTACAGAAACCGAGAAGAAGGCACTTGGCAATGGGT
CGACATTTGGAATGCCCTTTATCGAGAGCGTGTAATCTTCATTGGACAAAACATCGATGA
AGAGTTTAGTAACCAGATATTAGCAACTATGTTGTATCTTGATACTCTTGATGACTCCAG
GAGGATTTATATGTACCTTAATGGACCAGGCGGGGATCTTACTCCAAGTCTGGCTATCTG
TGATACGATGAAGAGCTTGAAGAGTCCTGTGGGGACACATTGTGTCGGGCTTGCTTATAA
CCTTGCAGGTTTTCTTCTTGCTGCTGGAGAGAAGGGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTC
AAGAATAGCCCTCACGTCACCAGCTGGTGCAGCTCGTGG

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3GB25TF 715 0 0
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CCTTCACCAGTGTTCTCTGAGTCCGAGCTGTAGCATCAAACTTTATTCTGGGTTGAAGCC
TCAATCTGCAAGCTTTTTGACAAATGGGTATCAGAATCTGAATAAGGAGTTCTATGGCAG
GATCCACAAGAGTTTGGAATCCGGGAGTGGGAAAGCGAGTAGGTCACGGGTGAAGATGAT
GCCAATAGGCACACCTAGAGTGCCTTACAGAAACCGAGAAGAAGGCACTTGGCAATGGGT
CGACATTTGGAATGCCCTTTATCGAGAGCGTGTAATCTTCATTGGACAAAACATCGATGA
AGGGTTTAGTAACCAGATATTAGCAACTATGTTGTATCTTGATACTCTTGATGACTCCAG
GAGGATTTATATGTACCTTAATGGACCAGGCGGGGATCTTACTCCAAGTCTGGCTATCTA
TGATACGATGAAGAGCTTGAAGAGTCCTGTGGGGACACATTGTGTCGGGCTTGCTTATAA
CCTTGCAGGTTTTCTTCTTGCTGCTGGAGAGAAGGGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTC
AAGAATAGCCCTCACGTCACCAGCTGGTGCAGCTCGTGGTCAGGCTGATGATATACAAAA
TGAAGCAAAAGAGCTTTCAAGGATAAGAGATTACCTCTTCAATGAGCTAGCCA
GA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3A025TF 805 0 0
GGACCCCAATCTGTAAACACACACTCGACGACGACCA*TGGCGGTCTCGTTTAATACGAC
CCTTCACCAGTGTTCTCTGAGTCCGAGCTGTAGCATCAAACTTTATTCTGGGTTGAAGCC
TCAATCTGCAAGCTTTTTGACAAATGGGTATCAGAATCTGAATAAGGAGTTCTACGGCAG
GATCCACAAGAGTTTGGAATCCGGGACTGGGAAAGCGAGTAGGTCACGGGTGAAGATGAT
GCCAATAGGCACACCTAGGGTGCCTTACAGAAACCGAGAGGAAGGAACTTGGCAATGGGT
CGACATTTGGAATGCCCTTTATCGAGAGCGTGTAATCTTCATTGGACAAAACATAGATGA
AGAGTTTAGCAACCAGATATTAGCAACTATGTTGTATCTTGATACTCTTGATGACTCGAG
AAGGATTTATATGTACCTTAATGGACCAGGCGGG*ATCTTACTCCAAGTCTGGCTATCTA
TGATACGATGAAGAGCTTGAAGAGTCCTGTGGGGACACACTGTGTTGGGCTTGCTTATAA
CCTTGCAGGTTTTCTTCTTGCTGCTGGTGAGAAGGGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTC
AAGAATAGCTCTCACGTCACCAGCTGGTGCAGCTCGTGGTCAGGCTGGTGATATACAAAA
TGAAGCAAAAGAGCTTTCAAGGATAAGAGATTACCTCTTCAATGAGCTAGCCAAGAATAC
AGGGCAGCCTGCGGAAAGGATATTCAA*GACCTGAGCAGAGTGAAA*GGTTCAACGCAGA
GGAAGCTATGGAGTATGGGCTTATC

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR3D575JQ 831 0 0
GGAG
TCTATGGCAGGATCCACAAGAGTTGG**ATCCGGGACTGG*AAAGCGAGTAGGTCACGGG
TGAAGATAATGCCAATAGGCACAC*TAGGGTGCCTTACAGAAACTGAGAGGAAGGAACTT
GGCAATGGGTCGACATTTGGAATGCCCTTTATCGAGAGCGTGTAATCTTCATTGGACAAA
ACATAGATGAAGAGTTTAGCAACCAGATATTAGCAACTATGTTGTATCTTGATACTCTTG
ATGACTCGAGAAGGATTTATATGTACCTTAATGGACCAGGCGGGGATCTTACTCCAAGTC
TGGCTATCTATGATACGATGAAGAGCTTGAAGAGTCCTGTGGGGACACATTGTGTTGGGC
TTGCTTATAACCTTGCAGGTTTTTTTCTTGCTGCTGGTGAGAAGGGTCAACGGTTTGCGA
TGCCATTGTCAAGAATAGCTCTCACGTCACCAGCTGGTGCAGCTCGTGGTTAGGCTGATG
ATATACAAAATGAAGCAAAAGAGCTTTCAAGGATAAGAGATTACCTCTTCAATGAGCTAG
CCAAGAATACAGGGCAGCCTGCGGAAAGGATATTCAAAGACCTGAGCAGAGTGAAAAGGT
TCAACGCAGAAGAAGCTATGGAGTATGGGCTTATCGATAAGATTGTTAGACCACCTCGTA
TCAAAGCGGACGCTCCTCGTCAAGATGAAGCTGCAGGTCTCGGTTAATCTGTTTCCTTTT
GTAATGTAATGTCTGGAAGTTTATACAATCTTGAAAAGTCATTGGTTCTTTCTTGTTTAC
CGTATGAAATCACATTTTTCCATGTTATTTTGATTCCCACTTATTTG

QA 5 831 5 831
DS 

RD RR3A025JQ 777 0 0
GCGAGTAGGTCACGGGTGAAGATGATGCCAATAGGCACACCTAGGGTGCCTTACAGAAAC
CGAGAGGAAGGAACTTGGCAATGGGTCGACATTTGGAATGCCCTTTATCGAGAGCGTGTA
ATCTTCATTGGACAAAACATAGATGAAGAGTTTAGCAACCAGATATTAGCAACTATGTTG
TATCTTGATACTCTTGATGACTCGAGAAGGATTTATATGTACCTTAATGGACCAGGCGGG
*ATCTTACTCCAAGTCTGGCTATCTATGATACGATGAAGAGCTTGAAGAGTCCTGTGGGG
ACACACTGTGTTGGGCTTGCTTATAACCTTGCAGGTTTTCTTCTTGCTGCTGGTGAGAAG
GGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTCAAGAATAGCTCTCACGTCACCAGCTGGTGCAGCT
CGTGGTCAGGCTGGTGATATACAAAATGAAGCAAAAGAGCTTTCAAGGATAAGAGATTAC
CTCTTCAATGAGCTAGCCAAGAATACAGGGCAGCCTGCGGAAAGGATATTCAAAGACCTG
AGCAGAGTGAAAAGGTTCAACGCAGAGGAAGCTATGGAGTATGGGCTTATCGATAAGATT
GTTAGACCACCTCGTATCAAAGCGGACGCTCCTCGTCAAGATGAAACTGCAGGTCTCGGT
TAATCTGTTTCCTTTTGTAATGTAATGTCTGGAAGTTTATACAATCTTGAAAAGTCATTG
GTTCTTTCTTGTTTACCGTATGAAATCACATTTTTCCATGTTATTTTGATTCCCACT

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 9

CO CL483Contig1 721 9 3 U
GGGGGAGATTAAACAGGAATCCAAGTGACTGAATGAAAAAATCGAAAGAACCTCAGTTGA
GATGGAGCTCTGTTTCAAGCTGCGATCTTTTTCATGTCTCTCCCCTGTTTCTAGTGCCAA
GGATGGGAGGTTATTTAACTCAGTCTCGTTCTTTGATATGAAAAGGTCCTCACATCAAAG
ACCTAAGAGGAGGTCATCTTCATCATCATCAACAACAGCCATTCCTGCTTTAGTTGAAAC
AGCTGTTTCTGTAGCGATTGCAGCCACGGTTGTTGGCACTGCAGCCACTCTTCTTGTTCG
GAGAAGTACCAAAGCCAACGAAGAAGCCGAGGCTTCTATGAAAGAATGTGAAGTTTGTGG
CGGTTCAGGAATCTGTTCTGAGTGCAAAGGTGAAGGGTTTGTTCTGAAGAAACTATCTGA
TGAAAATGCTGAGAAGGCAAGGCTCACTGCAAAGAACATGGCCACCAGATATACAGCCGG
GCTTCCCAAGAAATGGAGCTACTGCACTAAATGTTCTTCAACGCGATCTTGTATCACGTG
TGGTGGAAGTGGAAAGATAAGCTTCTAGCGCCTTTCATAGATTAAACTCTTATAACATAG
CTTTCTTGTAATGGTTGTTTGGAAACTCTCATTAAACTAAAGTTTTTCACATGTCGTATT
AGTTTAGTTTCTTCTTACTATATCCAGATGCGGTTAATGCGATATGATTCTGAAAAAAAA
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 5 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 25 55 55 55 55 
55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3G748JQ C 229
AF RR3G748TF U 229
AF RR3G459JQ C 36
AF RR3G459TF U 36
AF RR3FK63JQ C 9
AF RR3FK63TF U 9
AF RR3CA50TF U 39
AF RR3FQ27JQ C 2
AF RR3FQ27TF U 1
BS 1 696 RR3FQ27TF
BS 697 697 RR3FQ27JQ
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RD RR3G748JQ 422 0 0
G
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GC

QA 2 420 2 420
DS 

RD RR3G748TF 422 0 0
G
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CTTCTTGTTCGGAGAAGTACCAAAGCCAACGAAGAAGCCGAGGCTTCTATGAAAGAATGT
GAAGT**GTGGCGGTTCAGGAATCTGTTCTGAGTGCAAAGGTGAAGGGTTTGTTCTGAAG
AAACTATCTGATGAAAATGCTGAGAAGGCAAGGCTCACTGCAAAGAACATGGCCACCAGA
TATACAGCCGGGCTTCCCAAGAAATGGAGCTACTGCACTAAATGTTCTTCAACGCGATCT
TGTATCACGTGTGGTGGAAGTGGAAAGATAAACTTCTAGCGCCTTTCATAGATTAAACTC
TTATAACATAGCTTTCTTGTAATGGTTGTTTGGAAACTCTCATTAAACTAAAGTTTTTC
GC

QA 2 420 2 420
DS 

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GGAAATCGAAAAA
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TGAAGTTTGTGGCGGTTCAGGAATCTGTTCTGAGTGCAAGGGTGAAGGGTTTGTTCTGAA
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ATATACAGCCGGGCTTCCCAAGAAATGGAGCTACTGCACTAAATGTTCTTCAACGCGATC
TTGTATCACGTGTGGTGGAAGTGGAAAGATAAGCTTCTAGCGCCTTTCCTAGATTAAACT
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ACATGTCGTATT

QA 14 625 14 625
DS 

RD RR3G459TF 625 0 0
GGAAATCGAAAAA
AACCTCAGTTGAGATGGAGCTCTGTTTCAAGCTGCGGTCTTTTTCATGTCCCTCCCCTGT
TTCTAGTGTTAAGGATGGGAGGTTATTTAACTCAGTCTCGTTCTTTGATATGAAAAGATC
CTCACATCAAAGACCTAAGAGGAGGTCATCTTCATCATCATCAACAACAGCCATTCCTGC
TTTAGTTGAAACAGCTGTTTCTGTAGCGATTGCAGCCACGGTTGTTGGCACTGCAGCCAC
TCTTCTTGTTCGGAGAAGTACCAAAGCCTCCGAAGAAGCCGAGGCTTATATGAAAGAATG
TGAAGTTTGTGGCGGTTCAGGAATCTGTTCTGAGTGCAAGGGTGAAGGGTTTGTTCTGAA
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ATATACAGCCGGGCTTCCCAAGAAATGGAGCTACTGCACTAAATGTTCTTCAACGCGATC
TTGTATCACGTGTGGTGGAAGTGGAAAGATAAGCTTCTAGCGCCTTTCCTAGATTAAACT
CTTATAACATAGCTTTCTTGTAATGGTTGTTTGGAAACTCTCATTAAACTAAAGTTTTTC
ACATGTCGTATT

QA 14 625 14 625
DS 

RD RR3FK63JQ 637 0 0
GG
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AAAGCCAACGAAGAAGCCGAGGCTTCTATGAAAGAATGTGAAGTTTGTGGCGGTTCAGGA
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GGAAAGATAAGCTTCTAGCGCCTTCCATAGATTAAACTCTTATAACATAGCTTTCTTGTA
ATGGTTGTTTGGAAACTCTCATTAAACTAAAGTT
G

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DS 

RD RR3FK63TF 637 0 0
GG
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TGTTTCAAGCTGCGATCTTTTTCATGTCTCTCCCCTGTTTCTAGTGCCAAGGATGGGAGG
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GTAGCGATTGCAGCCACGGTTGTTGGCACTGCAGCCACTCTTCTTGTTCGGAGAAGTACC
AAAGCCAACGAAGAAGCCGAGGCTTCTATGAAAGAATGTGAAGTTTGTGGCGGTTCAGGA
ATCTGTTCTGAGTGCAAAGGTGAAGGGTTTGTTCTGAAGAAACTATCTGATGAAAATGCT
GAGAAGGCAAGGCTCACTGCAAAGAACATGGCCACCAGATATACAGCCGGGCTTCCCAAG
AAATGGAGCTACTGCACTAAATGTTCTTCAACGCGATCTTGTATCACGTGTGGTGGAAGT
GGAAAGATAAGCTTCTAGCGCCTTCCATAGATTAAACTCTTATAACATAGCTTTCTTGTA
ATGGTTGTTTGGAAACTCTCATTAAACTAAAGTT
G

QA 3 636 3 636
DS 

RD RR3CA50TF 644 0 0
GATCGAAAAA
AACCTCAGTTGAGATGGAGCTCTGTTTCAAGCTGCGGTCTTTTTCATGTCCCTCCCCTGT
TTCTAGTGTTAAGGATGGGAGGTTATTTAACTCAGTCTCGTTCTTTGATATGAAAAGATC
CTCACATCAAAGACCTAAGAGGAGGTCATCTTCATCATCATCAACAACAGCCATTCCTGC
TTTAGTTGAAACAGCTGTTTCTGTAGCGATTGCAGCCACGGTTGTTGGCACTGCAGCCAC
TCTTCTTGTTCGGAGAAGTACCAAAGCCTCCGAAGAAGCCGAGGCTTATATGAAAGAATG
TGAAGTTTGTGGCGATTCAGGAATCTGTTCTGAGTGCAAGGGTGAAGGGTTTGTTCTGAA
GAAACTATCTGATGAAAATGCTGAGAAGGCAAGGCTCACTGCAAAGAACATGGCCTCCCG
ATATACAGCCGGGCTTCCCAAGAAATGGAGCTACTGCACTAAATGTTCTTCAACGCGATC
TTGTATCACGCGTGGTGGAAGTGGAAAGATAAGCTTCTAGCGCCTTTCCTAGATTAAACT
CTTATAACATAGCTTTCTTGTAATGGTTGTTTGGAAACTCTCATTAAACTAAAGTTTTTC
ACATGTCGTATTAGTTTAGTTTCTTCTTACTATA

QA 11 644 11 644
DS 

RD RR3FQ27JQ 711 0 0
GGGGAGATT
AAACAGGAATCCAAGTGACTGAATGAAAAAATCGAAAGAACCTCAGTTGAGATGGAGCTC
TGTTTCAAGCTGCGATCTTTTTCATGTCTCTCCCCTGTTTCTAGTGCCAAGGATGGGAGG
TTATTTAACTCAGTCTCGTTCTTTGATATGAAAAGGTCCTCACATCAAAGACCTAAGAGG
AGGTCATTTTCATCATCATCAACAACAGCCATTCCTGCTTTAGTTGAAACAGCTGTTTCT
GTAGCGATTGCAGCCACGGTTGTTGGCACTGCAGCCACTCTTCTTGTTCGGAGAAGTACC
AAAGCCAACGAAGAAGCCGAGGCTTCTATGAAAGAATGTGAAGTTTGTGGCGGTTCAGGA
ATCTGTTTTGAGTGCAAAGGTGAAGGGTTTGTTTTGAAGAAACTATTTGATGAAAATGCT
GAGAAGGCAAGGCTCACTGCAAAGAACATGGCCACCAGATATACAGCCGGGCTTCCCAAG
AAATGGAGCTACTGCACTAAATGTTCTTCAACGCGATCTTGTATCACGTGTGGTGGAAGT
GGAAAGATAAGCTTCTAGCGCCTTTCATAGATTAAACTCTTATAACATAGCTTTCTTGTA
ATGGTTGTTTGGAAACTCTCATTAAACTAAAGTTTTTCACATGTCGTATTAGTTTAGTTT
CTTCTTACTATATCCAGATGCGGTTAATGCGATATGATT
TTG

QA 10 708 10 708
DS 

RD RR3FQ27TF 721 0 0
GGGGGAGATTAAACAGGAATCCAAGTGACTGAATGAAAAAATCGAAAGAACCTCAGTTGA
GATGGAGCTCTGTTTCAAGCTGCGATCTTTTTCATGTCTCTCCCCTGTTTCTAGTGCCAA
GGATGGGAGGTTATTTAACTCAGTCTCGTTCTTTGATATGAAAAGGTCCTCACATCAAAG
ACCTAAGAGGAGGTCATCTTCATCATCATCAACAACAGCCATTCCTGCTTTAGTTGAAAC
AGCTGTTTCTGTAGCGATTGCAGCCACGGTTGTTGGCACTGCAGCCACTCTTCTTGTTCG
GAGAAGTACCAAAGCCAACGAAGAAGCCGAGGCTTCTATGAAAGAATGTGAAGTTTGTGG
CGGTTCAGGAATCTGTTCTGAGTGCAAAGGTGAAGGGTTTGTTCTGAAGAAACTATCTGA
TGAAAATGCTGAGAAGGCAAGGCTCACTGCAAAGAACATGGCCACCAGATATACAGCCGG
GCTTCCCAAGAAATGGAGCTACTGCACTAAATGTTCTTCAACGCGATCTTGTATCACGTG
TGGTGGAAGTGGAAAGATAAGCTTCTAGCGCCTTTCATAGATTAAACTCTTATAACATAG
CTTTCTTGTAATGGTTGTTTGGAAACTCTCATTAAACTAAAGTTTTTCACATGTCGTATT
AGTTTAGTTTCTTCTTACTATATCCAGATGCGGTTA*TGCGATATGATTCTGAAAAAAAA
A

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 6

CO CL484Contig1 1093 6 47 U
GGACCTTAAGGCCACATCATATCTCTCTCTTTCTCTCTTTCTCAACTCACTTCCACCATG
TCTGCAGCACTGAGCTCGTCTCTCTACATCTCCCCAAAGAAACCTTCACCATGTCCACCA
CAGCAATCTCTATCCACGAAACCCACAACCATCAAAACCACTCTCCACAGCCACCCTCTC
TTCTCCGTAGCCGACCAAGCCGTAACCCTCCAGATGAAAGAGAAGATCCTATGCCTCGAG
CTCATGGGAATCGACTCCGGCAAAGCCCTCTCTCTCAACCCTTTCCTCCGCTCGGCCTCT
CTCGACTCCGTCGAGTCCGTCCTCAACTTCCTCCAGTCAAAAGGAATCTACCCGAACGAC
CTCCCGAGGATCTTGGGGATGTGTCCTAAGATCCTCACCTCCGACGTCAGAACAGAACTC
AACCCCGTTTTCGTGTTCCTGTCGAGCGATCTCCGAGTCCCCGACAATGCGTTCAGAAGA
GTGGTCAAGAAATGCCCGAGGCTACTGATCAGCAGCGTCGAAGACCAGCTCAAGCCTGCG
CTGTTCTACTTGCAGAGACTTGGTTTCAAGGATCTTGATTCTCTTGCTTACCAGGATCCT
GTCTTGTTGGTGTCTAGTGTTGAACACACTCTCATCCCAAAGCTTAGATTCTTGGAGAGT
ATAGGGTTTACGAGATCAGAGGCGATTGGAATGATCCTTAGATGTCCAGCTCTCTTCACA
TTCAGCATAGAGAACAACTTTAAACCGAAGCTTGATTACTTCATGTGCGAGATCAAAGGT
AGACTGGAGAGTCTGAAGGAGTTTCCGCAGTATTTTGCGTTCAGTCTAGAGAAAAGGATA
AAACCGAGGCACGTGGAGTCGATGGAGAGAGGTTTAGAATTGCCCTTGTCGTTGATGCTT
AAGAGCACTGATGAAGAGTTCGAGCAGTTGCTCCAGCAAACAAAGCACTCTTCAGTGGTA
AATGTGTAATATTATTATCATTGTATATGATGGAAAACGTTACAGTGTGTATTAATAGTA
TTTTGACATTGTTCCATGTGTATGTGAAATTGATATATGGTACCAATGACCAGTTGAAAG
AAATTGTGGTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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AF RR3F252TF U 43
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GG
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CGCTCGGCCTCTCTCGACTCCGTCGAGTCCGTCCTCAACTTCCTCCAGTCAAAAGGAATC
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GAGAAA
GAT

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QA 1 768 1 768
DS 



AS 2 9

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX14TF U 1
AF RR3BX14JQ C 58
AF RR3GO72JQ C 423
AF RR3GO72TF U 423
BS 1 466 RR3BX14TF
BS 467 467 RR3GO72TF
BS 468 522 RR3BX14TF
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TCTGTTCGTTTCCGTATTCCTTCTCTCCGCATGGCAAGAGTTCAATGGGTTTGGCGATGA
TGGGGGTCGAGCAGCTAAATCCTTAAAACCAAAGTTCAATGCTTTTGTTAGCCACGTGAC
AACTCATACCGGCCAGCAATTGCCACCAGTTGATATGAAGATTCTTATTGCTGCTGCTAT
AGCCTTGAAGGGCATTGGTGGACTTTTGTTCCTCTTTGACAGCTCTCTAGGAGCTTATCT
CTTGCTTCTGCATCAAGCCGTTGCCACCCCGGTTCTGTATGATTTCTACAACTACGATGT
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GGCACTGCTCTTCTTCATTGGAATGAAGAATTCGAGGAGACATGGTAGGCAACTCCGGAA
G

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ATTCGTGAGAAGCAAAGAAAGAGAGAGAGCTTCGATGGAATTAGCTTCCTTTGTCGGTAG
AGCTCTGTTCGTTTCCGTATTCCTTCTCTCCGCATGGCAAGAGTTCAATGGGTTTGGCGA
TGATGGGGGTCGAGCAGCTAAATCCTTAAAACCAAAGTTCAATGCTTTTGTTAGCCACGT
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TATAGCCTTGAAGGGCATTGGTGGACTTTTGTTCCTCTTTGACAGCTCTCTAGGAGCTTA
TCTCTTGCTTCTGCATCAAGCCGTTGCCACCCCGGTTCTGTATGATTTCTACAACTACGA
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TGGGGCACTGCTCTTCTTCATTGGAATGAAGAATTCGAGGAGACATGGTAGGCAACTCCG
GAAGAAGGCTCCAAAAGCTAAAGCAAGCTGATAAAAAATGATGTTTTCATCGGGTTGTTT
CAAGCTTTTGTCTGTATTTTTATTTTTTATTTTGGAAACCATGAGGAGAGGCAAAATCTT
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ATACTATTTCAATTTCGGATTTGGC

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G
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GGCTCCAAAAGCTAAAGCAAACTGATAAAAAATGATGTTTTCATCGGGTTGTTTCAAGCT
TTTGTCTGTATTTTTATTTTTTATTTTGGAAACCATGAGGAGAGGCAAAATCTTTGCTTA
TTTCCTTGAGCTTATTGACACTTTTTGTAGAGACTTTTTGGTTCTCTAGAGAAAATACTA
TTTCAATTT

QA 2 370 2 370
DS 

RD RR3GO72TF 370 0 0
G
GCTTCTGCATCAAGCCGTTGCCACCCCGGTTCTGTATGATTTCAACAACTACGATGTTGA
CAAAAAGGAATTCAGCCAACTGTTTTCCAAGTTTACTCAGAGCTTGGCACTTCTTGGGGC
ACTGCTCTTCTTCATTGGAATGAAGAATTCGAGGAGACATGGTAGGCAACTCCGGAAGAA
GGCTCCAAAAGCTAAAGCAAACTGATAAAAAATGATGTTTTCATCGGGTTGTTTCAAGCT
TTTGTCTGTATTTTTATTTTTTATTTTGGAAACCATGAGGAGAGGCAAAATCTTTGCTTA
TTTCCTTGAGCTTATTGACACTTTTTGTAGAGACTTTTTGGTTCTCTAGAGAAAATACTA
TTTCAATTT

QA 2 370 2 370
DS 



CO CL485Contig2 719 5 30 U
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AGAGAGCTTCAATGGAGTTAGCTTCCTTTGTCGGTAGAGCTCTGTTCGTCTCCGTGTTCC
TTCTCTCCGCATGGCAAGAGTTCAATGGGTTTGGCGATGATGGGGGTCGAGCAGCTAAAT
CCTTAAGACCAAAGTACAATGCTTTTGTTAGCCACGTGACAACTCATACTGGCCAGCAAT
TGCCACCAGTTGATATGAAGATTCTTGTTGCTGCTGCTATAGCCTTGAAGGGCATTGGTG
GACTTTTGTTCGTCTTTGGCAGCTCTCTCGGAGCTTATCTCTTGCTTCTGCATCAAGCCG
TTGCCACCCCGATTCTGTATGATTTCTACAACTACGATGTTGACAAAAAGGAATTCAGCC
AACTGTTTTCCAAGTTTACTCAGAGCTTGGCACTCCTTGGGGCACTACTCTTCTTCATTG
GAATGAAGAATTCGAGGAGACATGGTAGGCAACTCCGGAAGAAGGCTCCAAAAGCTAAAG
CAAACTGATAAAAAATGATGTTTTCATCGGGTTGTTCAAGCTTTTGTCTGTATTTTTATT
TTTT*ATTTTGGAAACCATGAGGAGAGGCAAAATCTTTGCTTATTTACTTGATCTTATTG
ACAGTTTTTGTAGAGACTTTTTGGTTCTCTAGAGAAAATACTATTTCAATTTCGGATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 35 35 20 20 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G013TF U 1
AF RR3AB88JQ C 17
AF RR3AB88TF U 17
AF RR3CA22JQ C 23
AF RR3CA22TF U 23
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TTGCCACCCCGATTCTGTATGATTTCTACAACTACGATGTTGACAAAAAGGAATTCAGCC
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CAAACTGATAAAAA*TGATGTTTTCATCGGGTTGTTCAAGCTTTTGTCTGTATTTTTATT
TTTTTATTTTGGAAACCATGAGGAGAGGCAAAATCTTTGCTTATTTCCTTGATCTTATTG
AC

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DS 

RD RR3AB88JQ 692 0 0
GG
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GACATGGTAGGCAACTCCGGAAGAAGGCTCCAAAAGCTAAAGCAAACTGATAAAAAATGA
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TTTTGGTTCTCTAGAGAAAATACTATT
GCC

QA 3 689 3 689
DS 

RD RR3AB88TF 692 0 0
GG
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TAGCTTCCTTTGTCGGTAGAGCTCTGTTCGTCTCCGTGTTCCTTCTCTCCGCATGGCAAG
AGTTCAATGGGTTTGGCGATGATGGGGGTCGAGCAGCTAAATCCTTAAGACCAAAGTACA
ATGCTTTTGTTAGCCACGTGACAACTCATACTGGCCAGCAATTGCCACCAGTTGATATGA
AGATTCTTGTTGCTGCTGCTATAGCCTTGAAGGGCATTGGTGGACTTTTGTTCGTCTTTG
GCAGCTCTCTCGGAGCTTATCTCTTGCTTCTGCATCAAGCCGTTGCCACCCCGATTCTGT
ATGATTTCTACAACTACGATGTTGACAAAAAGGAATTCAACCAACTGTTTTCCAAGTTTA
CTCAGAGCTTGGCACTCCTTGGGGCACTACTCTTCTTCATTGGAATGAAGAATTCGAGGA
GACATGGTAGGCAACTCCGGAAGAAGGCTCCAAAAGCTAAAGCAAACTGATAAAAAATGA
TGTTTTCATCGGGTTGTTCAAGCTTTTGTCTGTATTTTTATTTTTT*ATTTTGGAAACCA
TGAGGAGAGGCAAAATCTTTGCTTATTTACTTGATCTTATTGACAGTTTTTGTAGAGACT
TTTTGGTTCTCTAGAGAAAATACTATT
GCC

QA 3 689 3 689
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GG
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CATCGGGTTGTTCAAGCTTTTGTCTGTATTTTTATTTTTT*ATTTTGGAAACCATGAGGA
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TTCTCTAGAGAAAATACTATTTCAATTTCGGATTT

QA 3 697 3 697
DS 

RD RR3CA22TF 689 0 0
GG
GCCTTGGATTCGTGAGAAGCAAAGAAAGAGAGAGACAGAGAGCTTCAATGGAGTTAGCTT
CCTTTGTCGGTAGAGCTCTGTTCGTCTCCGTGTTCCTTCTCTCCGCATGGCAAGAGTTCA
ATGGGTTTGGT*ATGATGGGGGTCGAGCAGCTAAATCCTTAAGACCAAAGTACAATGCTT
TTGTTAGCCACGTGACAACTCATACTGGCCGGCAATTGCCACCAGTTGATATGAAGATTC
TTGTTGCTGCTGCTATAGCCTTGAAGGGCATTGGTGGACTTTTGTTCGTCTTTGGCAGCT
CTCTCGGAGCTTATCTCTTGCTTCTGCATCAAGCCGTTGCCACCCCGATTCTGTATGATT
TCTACAACTACGATGTTGACAAAAAGGAATTCAGCCAACTGTTTTCCAAGTTTACTCAGA
GCTTGGCACTCCTTGGGGCACTACTCTTCTTCATTGGAATGAAGAATTCGAGGAGACATG
GTAGGCAACTCCGGAAGAAGGCTCCAAAAGCTAAAGCAAACTGATAAAAAATGATGTTTT
CATCGGGTTGTTCAAGCTTTTGTCTGTATTTTTATTTTTT*ATTTTGGAAACCATGAGGA
GAGGCAAAATCTTTGCTTATTTACTTGATCTTATTGACAGTTTTTGTAGAGACTTTTTGG
TTCTCTAGAGAAAATACTATTTCAATT

QA 3 689 3 689
DS 



AS 2 5

CO CL486Contig1 1162 2 4 U
GGATTGCTATCTTTCAGGTGCTCTGCTCCACTTACCTTTAATCTTCTCCAGTCAACGCTA
CTCTCAACTCGAAAACTCATTCGCAATGCTCAGATTAAACGCTAACTACCCTTTCTTTCC
CAAGAAACCTCATCGGGTTTGCAACAGAAAGCTCGGGAATTACTATGATTCTTCGTCCAT
CTTTAAACATGGCGGTGTTGGCGATGATGGTAATAAGATGAAGAAGGAGCAGATGTTTCT
AAGCGTTTCAGTGAAAGCAATGAAGGAAGAAGGTAAAGGAAGTGGAAGCATGAGTTTCTC
TGGACAAAGCTGGGATCCCAGTTCCGAGATACAAGTTCCTACCGACCAAAGACCTGCGAA
TGAGTATTCGTCTTTGAAGGAAGGGATGTTGTATTCATGGGGAGAATTGGGTCCAACTCA
ATTCTTTCTTCGTCTCGGTGGTCTCTGGTTGGTCACTTTCACTGTTCTTGGTGTTCCCAT
CGCAGCTGCTAGCTTTAATCCTTCCAGAGAGCCTTTGAGGTTTGTTATAGCTGCCGGGAC
TGGAACCTTATTCCTGGTTTCATTGATTGTCTTGAGAATTTACCTGGGATGAAGCTATGT
TGGAGATAGATTACTTTCTGCAGTTATTCCATACGAAGAGAGCGGATGGTATGATGGCCA
AATGTGGGTGAAGCCACCAGAGGTATTGGCTCGGGACAGGTTGTTAGGTTCTTACAAGGT
GAAGCCGGTAATCAAAATGCTCAAACAAACATTAATTGGAACAGGAGCTTTACTCGTTTC
AGCATTCGTACTATTCATCTTTGCAACACCAGTCGAGGATTTCTTTAAAACCACTCTAAG
TTCTAAGGATGAGGTTTCTATTTCAAGAACCAACAACAACAAATTCAATATGAGGAAAGA
ACAATTGCTTCGGTTGCCCACAGGTGTAGTGACCAATGACGACTTGGCAGCCGCTGCGGC
TGAGGCTGCTGATGGAAGACCAGTCTATTGCAGAGACCGTTACTACCGTGCATTGGCCGG
TGGTCAGTACTGCAAATGGGACGATCTTGTTAAATAGTTGTCAAAATATAGTATAACAAC
ACTATCCGTTTTCTCAGTTTTGATTAAACTGGCTTAGTAAGCCTAAATCATCCTAAATAC
TGAGTTATACACACACATGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EM80TF U 1
AF RR3BP03TF U 542
BS 1 591 RR3EM80TF
BS 592 592 RR3BP03TF
BS 593 678 RR3EM80TF
BS 679 1162 RR3BP03TF

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ATTCTTTCTTCGTCTCGGTGGTCTCTGGTTGGTCACTTTCACTGTTCTTGGTGTTCCCAT
CGCAGCTGCTAGCTTTAATCCTTCCAGAGAGCCTTTGAGGTTTGTTATAGCTGCCGGGAC
TGGAACCTTATTCCTGGTTTCATTGATTGTCTTGAGAATTTACCTGGGATGGAGCTATGT
TGGAGATAGATTACTTTCTGCAGTTATTCCATACGAAGAGAGCGGATGGTATGATGGCCA
AATGTGGGTGAAGCCACC

QA 1 678 1 678
DS 

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ATGTGGGTGAAGCCACCAGAGGTATTGGCTCGGGACAGGTTGTTAGGTTCTTACAAGGTG
AAGCCGGTAATCAAAATGCTCAAACAAACATTAATTGGAACAGGAGCTTTACTCGTTTCA
GCATTCGTACTATTCATCTTTGCAACACCAGTCGAGGATTTCTTTAAAACCACTCTAAGT
TCTAAGGATGAGGTTTCTATTTCAAGAACCAACAACAACAAATTCAATATGAGGAAAGAA
CAATTGCTTCGGTTGCCCACAGGTGTAGTGACCAATGACGACTTGGCAGCCGCTGCGGCT
GAGGCTGCTGATGGAAGACCAGTCTATTGCAGAGACCGTTACTACCGTGCATTGGCCGGT
GGTCAGTACTGCAAATGGGACGATCTTGTTAAATAGTTGTCAAAATATAGTATAACAACA
CTATCCGTTTTCTCAGTTTTGATTAAACTGGCTTAGTAAGCCTAAATCATCCTAAATACT
GAGTTATACACACACATGATT

QA 1 621 1 621
DS 



CO CL486Contig2 1071 3 14 U
GGAAAACTCATTGGCAAAATGCTCAGATTAAACGTTAATTACCCTTTGCTTCCGAAGATA
CCACCACCCAATCGCGTTTGTAACAGAAAGCTCGGCAGCTACTATGATTATTCGTCGAAC
GTTAAATATGGCGATGATGATGGCAAGAAGAAGCAGATGTTTCTAAGCGTTTCTGTGAAA
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CCTAGCTCCGAGATACAAGTTCCTTCCGACCAAAGACCTGTGAATGAGTATTCGGCTTTG
AAGGAAGGGACGTTGTATTCATGGGGAGAACTGAGTCCAACCCAATTCTTTCTTCGTATA
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ATGCTGAAACAAACATTAGTTGGAACAGGAGCTTTGCTCGTTTCAGCATTCGTCCTATTC
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CCGGAGGTTTTTATTTCAAGAACCAACAACAAGTTCAATATGAGAAAAGAACAATTGCTT
CGGTTGCCCACAGATGTTGTGACAGATGATGACTTAGCAGCGGCCGCAGCTGAGGCTGCT
GATGGAAGACCGGTCTATTGTAGAGACCGTTACTATCGTGCATTGGCCGGTGGCCAATAC
TGCAAATGGGAAGATCTTGTTAAATAATTGTCATACTAGAAATACAACAACACACATACA
CTATGTACTCTTTTTCAGTTTTGATTATAATGCCTATATATCAATCATCTT


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB75TF U 8
AF RR3FL62TF U 1
AF RR3FL62JQ C 349
BS 1 118 RR3FL62TF
BS 119 119 RR3EB75TF
BS 120 330 RR3FL62TF
BS 331 331 RR3EB75TF
BS 332 642 RR3FL62TF
BS 643 643 RR3FL62JQ
BS 644 688 RR3FL62TF
BS 689 689 RR3FL62JQ
BS 690 725 RR3FL62TF
BS 726 726 RR3FL62JQ
BS 727 729 RR3FL62TF
BS 730 730 RR3FL62JQ
BS 731 748 RR3FL62TF
BS 749 1071 RR3FL62JQ

RD RR3EB75TF 612 0 0
GG
ATTGGCAAAATGCTCAGATTAAACGTTAATTACCCTTTGCTTCCGAAGATACCACCAGCC
AATCGCGTTTGTAACAGAAAGCTCGGCAGCTACTATGATTATTCGTCGAACGTTAAATAT
GGCGATGATGATGGTAAGAAGAAGCAGATGTTTCTAAGCGTTTCTGTGAAAGCAATGAAG
GAAGAAGGTAACGGAAGTGGAAGCATGAGTTTCTCTGGACAAAGCTGGGATCCTAGCTCT
GAGATACAAGTTCCTTCCGACCAAAGACCTGTGAATGAGTATTCGGCTTTGAAGGAAGGG
ACGTTGTATTCATGGGGAGAACTGAGTCCAACCCAATTCTTTCTTCGTATAGGTGGCCTT
TGGTTGGCCACTTTCACTGTTCTTGGAGTTCCCATCGCTGCTGCTAGCTTTAATCCTTCC
AGAGAACCTTTGAGGTTTGTTATAGCTGCAGGGACAGGAACTTTATTCCTGGTTTCATTG
ATTGTCTTGAGAATTTACCTGGGATGGAGCTATGTTGGAGATAGACTACTCTCTGCTGTT
ATTCCGTACGAAGAGAGCGGATGGTATGATGGCCAAATGTGGGTTAAGCCACCTGAG*TA
TTGGCTCGGG

QA 3 612 3 612
DS 

RD RR3FL62TF 748 0 0
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CCACCACCCAATCGCGTTTGTAACAGAAAGCTCGGCAGCTACTATGATTATTCGTCGATC
GTTAAATATGGCGATGATGATGGCAAGAAGAAGCAGATGTTTCTAAGCGTTTCTGTGAAA
GCAATGAAGGAAGAAGGTAACGGAAGTGGAAGCATGAGTTTCTCTGGACAAAGCTGGGAT
CCTAGCTCCGAGATACAAGTTCCTTCCGACCAAAGACCTGTGAATGAGTATTCGGCTTTG
AAGGAAGGGACGTTGTATTCATGGGGAGAATTGAGTCCAACCCAATTCTTTCTTCGTATA
GGTGGTCTTTGGTTGGTCACTTTCACTGTTCTTGGTGTTCCCATCGCTGCTGCTAGCTTT
AATCCTTCCAGAGAACCTTTGAGGTTTGTTATAGCTGCAGGGACAGGAACTTTATTCCTG
TTTTCATTGATTGTCTTGAGAATTTACCTGGGATGGAGCTATGTTGGAGATAGACTACTC
TCTGCTGTTATTCCATACGAAGAGAGCGGATGGTATGATGGCCAAATGTGGGTTAAGCCA
CCTGAGGTATTGGCTCGGGACAGGTTGTTAGGTTCGTACAAG*TGAAGCCGGTAATCAAG
ATGCTGAAACAAACATTAGTTGGAACAG*AGCTTTGCTCGTTTCAGCATTCGTCCTATTC
GTTTT*GCA*CACCTGTTGAGGATTTTT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3FL62JQ 723 0 0
TTTCTTCGTATAGGTGGTCTTTGGTTGGTCACTTTCACTGTTCTTGGTGTTCCCATCGCT
GCTGCTAGCTTTAATCCTTCCAGAGAACCTTTGAGGTTTGTTATAGCTGCAGGGACAGGA
ACTTTATTCCTGTTTTCATTGATTGTCTTGAGAATTTACCTGGGATGGAGCTATGTTGGA
GATAGACTACTTTTTGCTGTTATTCCATACGAAGAGAGCGGATGGTATGATGGCCAAATG
TGGGTTAAGCCACCTGAGGTATTGGCTCGGGACAGGTTGTTAGGTTCGTACAAGGTGAAG
CCGGTAATCAAGATGCTGAAACAAACATTAGTTGGAACAGGAGCTTTGCTCGTTTCAGCA
TTCGTCCTATTCGTTTTTGCAACACCTGTTGAGGATTTTTTAAAAAACACTTTAAGATCA
AATGGTAACCAACCGGAGGTTTTTATTTCAAGAACCAACAACAAGTTCAATATGAGAAAA
GAACAATTGCTTCGGTTGCCCACAGATGTTGTGACAGATGATGACTTAGCAGCGGCCGCA
GCTGAGGCTGCTGATGGAAGACCGGTCTATTGTAGAGACCGTTACTATCGTGCATTGGCC
GGTGGCCAATACTGCAAATGGGAAGATCTTGTTAAATAATTGTCATACTAGAAATACAAC
AACACACATACACTATGTACTCTTTTTCAGTTTTGATTATAATGCCTATATATCAATCAT
CTT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 9

CO CL487Contig1 832 9 22 U
GGGAGGACCATCACAGTATCGCATTCCTTCCTCTTTCACTTGCTGTATAGAAAGAAAGCT
CTCTCTCTTTTCTCTCTGCTACATCATTTTGGAATCTTATTCTTCTTCTTCTTC***CAT
AATTAAGCTCAAACAAAAGATTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCGCTGATGGTCGT
CGGTCTGGACGAAAGCGAGCAGAGCACCTACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTT
CGCTCCTTATGCTCCGAATTTTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGC
CGTCTCTGCCGTTGGTTTCGCTGGTCCCGGAATTGCAGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGC
AGATTTGAAGCATACCGCTGCTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAA
ATCGGTTCATGACGCGACTATGGAAGTTTTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGA
GGCTGTGGATAAACACCATGCTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAGCTAT
CAAGAGGGCGGTTATGGGG*AGCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCG
TGATGATCGTGAAGAAGCCTAAGATCAAGGTCTGATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAG
TGTATCTGCATAGTCAAATCAAAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTTACCTTGATGT
GAAATGATTCAAGACAATCTTTGTGTGTGGTTGTTTATCACATATACTCTTTTAATAGCA
GAGTATTCGCTATTCCTGAACTAAATTATATGATGAACTATAACATTTCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 0 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 40 40 40 40 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS87TF U 97
AF RR3GS87JQ C 97
AF RR3GG10JQ C 79
AF RR3GG10TF U 79
AF RR3D137TF U 123
AF RR3CR45TF U 1
AF RR3CR45JQ C 35
AF RR3E260TF U 77
AF RR3AV17TF U 180
BS 1 419 RR3CR45TF
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BS 561 629 RR3CR45TF
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GG
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AGTGGACGCTTAATCGTTTCTTCGCCCCTTATGCTCCGAATTTTCCGTTCAAGCTCTTAA
TCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTCTCTGCCGTTGGTTTCGCTGGTCCCGGAATTGCAG
AGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGATTTGAAGCATACCGCTGCTAAGGTTGTCGACAAGG
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ATGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCTGTGGATAAACATCATGCTTCTCTTCTTGTTGTGG
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TCACCCAACAGCCAAAATAAAGTGTATCTGCATAGTCAAATCAAAATTGTGCCAAAGAGT
GAAATAATGTTTACCTTGATGTGAAATGATTCAAGACAATCTTTGTGTGTGGTTGTTTAT
CACATATACTC

QA 3 673 3 673
DS 

RD RR3GS87JQ 669 0 0
GG
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AGTGGACGCTTAATCGTTTCTTCGCCCCTTATGCTCCGAATTTTCCGTTCAAGCTCTTAA
TCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTCTCTGCCGTTGGTTTCGCTGGTCCCGGAATTGCAG
AGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGATTTGAAGCATACCGCTGCTAAGGTTGTCGACAAGG
CCAAAGGAATCTGTGAGAGCAAATCGGTTCATGACGCGACTATGGAAGTTTTCGAAGGCG
ATGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCTGTGGATAAACATCATGCTTCTCTTCTTGTTGTGG
GAAACCATGGTCATGGAGCTATCAAGAGGGCGGTTATGGGG*AGCGTGAGCGACTACTGT
GCTCACCATGCGCATTGCTCCGTGATGATCGTGAAGAAGCCTAAGATCAAGGTCTGATGA
TCACCCAACAGCCAAAATAAAGTGTATCTGCATAGTCAAATCAAAATTGTGCCAAAGAGT
GAAATAATGTTTACCTTGATGTGAAATGATTCAAGACAATCTTTGTGTGTGGTTGTTTAT
CACATAT

QA 3 669 3 669
DS 

RD RR3GG10JQ 695 0 0
GG
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TTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCGCTGATGGTCGTCGGTCTGGACGAAAGCGAGC
AGAGCACCTACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTTCGCTCCTTATGCTCCGAATT
TTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTTTCTGCCGTTGGTTTCG
CTGGTCCCGGAATTGCAGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGATTTGAAGCATACCGCTG
CTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAAATCGGTTCATGACGCGACTA
TGGAAGTTTTCGAAGGCGGTGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCTGTGGATAAACACCATG
CTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAACTATCAAGAGGGCGGTTATGGGG*
AGCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCGTGATGATCGTGAAGAAGCCT
AAGATCAAGGTCTGATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAGTGTATCTGCATAGTCAAATC
AAAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTTACCTTGATGTGAAATGATTCAAGACAATCT
TTGTGTGTGGTTGTTTATCACATATACTCTTTT

QA 3 695 3 695
DS 

RD RR3GG10TF 695 0 0
GG
ACATCATTTTGGAATCTTATTCTTCTTCTTCTTC***CATAATTAAGCTCAAACAAAAGA
TTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCGCTGATGGTCGTCGGTCTGGACGAAAGCGAGC
AGAGCACCTACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTTCGCTCCTTATGCTCCGAATT
TTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTCTCTGCCGTTGGTTTCG
CTGGTCCCGGAATTGCAGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGATTTGAAGCATACCGCTG
CTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAAATCGGTTCATGACGCGACTA
TGGAAGTTTTCGAAGGCGGTGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCTGTGGATAAACACCATG
CTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAACTATCAAGAGGGCGGTTATGGGG*
AGCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCGTGATGATCGTGAAGAAGCCT
AAGATCAAGGTCTGATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAGTGTATCTGCATAGTCAAATC
AAAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTTACCTTGATGTGAAATGATTCAAGACAATCT
TTGTGTGTGGTTGTTTATCACATATACTCTTTT

QA 3 695 3 695
DS 

RD RR3D137TF 633 0 0
GG
AAGCTCAAACAAAAGATTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCACTGATGGTCGTCGGT
CTGGACGAAAGCGAGCAGAGCACCTACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTTCGCT
CCTTATGCTCCGAATTTTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTC
TCTGCCGTTGGTTTCGCTGGTCCCGGAATTGCAGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGAT
TTGAAGCATACCGCTGCTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAAATCG
GTTCATGACGCGACTATGGAAGTTTTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCT
GTGGATAAACACCATGCTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAGCTATCAAG
AGGGCGGTTATGGGG*AGCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCGTGAT
GATCGTGAAGAAGCCTAAGATCAAGGTCTGATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAGTGTA
TCTGCATAGTCAAATCAAAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTTACCTTGATGTGAAA
TGATTCAAGACAATCTTTGTGTGTGGTTGTT

QA 3 633 3 633
DS 

RD RR3CR45TF 791 0 0
GGGAGGACCATCACAGTATCGCATTCCTTCCTCTTTCACTTGCTGTATAGAAAGAAAGCT
CTCTCTCTTTTCTCTCTGCTACATCATTTTGGAATCTTATTCTTCTTCTTCTTC***CAT
AATTAAGCTCAAACAAAAGATTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCGCTGATGGTCGT
CGGTCTGGACGAAAGCGAGCAGAGCACCTACGCTTTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTT
CGCTCCTTATGCTCCGAATTTTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGC
CGTCTCTGCCGTTGGTTTCGCTGGTCCCGGAATTGCAGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGC
AGATTTGAAGCATACCGCTGCTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAG
ATCGGTTCATGACGCGACTATGGAAGTTTTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGA
GGCTGTGGATAAACACCATGCTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGG**CTAT
CAAGAGGGCGGTTATGGGGGAGCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCG
TGATGATCGTGAAGAAGCCTAAGATCAAG*TCTGATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAA
TGTATCTGCATAGTCAAATCAAA*TTGTGCCATAGAGTGAAATAATGTTTACCTTGATGT
GAAATGATTCA*GACA*TCTTTGTGTGTGGTTGTTTATCACATATACTCTTTTA*TAGCA
GAGTAT
TCGCT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3CR45JQ 757 0 0
TTCACTTGCTGTATAGAAAGAAAGCTCTCTCTCTTTTCTCTCTGCTACATCATTTTGGAA
TCTTATTCTTCTTCTTCTTC***CATAATTAAGCTCAAACAAAAGATTGTCATGGCTACC
GGAGAGGAGAAACCGCTGATGGTCGTCGGTCTGGACGAAAGCGAGCAGAGCACCTACGCT
TTGGAGTGGACGCTTGATCGTTTCTTCGCTCCTTATGCTCCGAATTTTCCGTTCAAGCTC
TTAATCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTTTCTGCCGTTGGTTTCGCTGGTCCCGGAATT
GCAGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGATTTGAAGCATACCGCTGCTAAGGTTGTCGAC
AAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAGATCGGTTCATGACGCGACTATGGAAGTTTTCGAA
GGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCTGTGGATAAACACCATGCTTCTCTTCTTGTT
GTGGGAAACCATGGTCATGG**CTATCAAGAGGGCGGTTATGGGG*AGCGTGAGCGACTA
CTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCGTGATGATCGTGAAGAAGCCTAAGATCAAGGTCTG
ATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAATGTATCTGCATAGTCAAATCAAAATTGTGCCATA
GAGTGAAATAATGTTTACCTTGATGTGAAATGATTCAAGACAATCTTTGTGTGTGGTTGT
TTATCACATATACTCTTTTAATAGCAGAGTAT
TCGCT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3E260TF 710 0 0
GGCT
ACATCATTTTGGAATCTTATTCTTCTTCTTCTTCTTCCATAATTAAGCGCAAACAAAAGA
TTGTCATGGCTACCGGAGAGGAGAAACCGCTGATGGTCGTCGGTCTGGACGAAAGCGAGC
AGAGCACCTACGCTTTGGAGTTGACGCTTGATCGTTTCTTCGCTCCTTATGCTCCGAATT
TTCCGTTCAAGCCCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGCCGTCTCTGCCGTTGGTTTCG
CTGGTCCCGGAATTGCGGAGGTTGTGCCTCATGTTGATGCAGATTTGAAGCATACCGCTG
CTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAAATCGGTTCATGACGCGACTA
TGGAAGTTTTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGAGGCTGTGGATAAACACCATG
CTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAGCTATCAAGAGGGCGGTTATGGGG*
AGCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGTTCCGTGATGATTGTGAAGAAGCCT
AAGATCAAGGTCTGATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAGTGTATCTGCATAGTCAAATC
AAAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTTACCTTGATGTGAAATGATTCAAGACAATCT
TTGTGTGTGGTTGTTTATCACATATACTCTTTTAATAGCAGAGTAT

QA 5 710 5 710
DS 

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G
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CGCTCCTTATGCTCCGAATTTTCCGTTCAAGCTCTTAATCATCCACGCCAAACTTAACGC
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AGATTTGAAGCATACCGCTGCTAAGGTTGTCGACAAGGCCAAAGGAATCTGTGAGAGCAA
ATCGGTTCATGACGCGACTATGGAAGTTTTCGAAGGCGATGCGAGGAATATCCTGTGCGA
GGCTGTGGATAAACACCATGCTTCTCTTCTTGTTGTGGGAAACCATGGTCATGGAGCTAT
CAAGAGGGCGGTTATGGG**AGCGTGAGCGACTACTGTGCTCACCATGCGCATTGCTCCG
TGATGATCGTGAAGAAGCCTAAGATCAAGGTCTGATGATCACCCAACAGCCAAAATAAAG
TGTATCTGCATAGTCAAATCAAAATTGTGCCAAAGAGTGAAATAATGTTTACCTTGATGT
GAAATGATTCAAGACAATCTTTGTGTGTGGTTGTTTATCACATATACTCTTTTAATAGCA
GAGTATTCGCTATTCCTGAACTAAATTATATGATGAACTATAACATTTCAAC

QA 2 653 2 653
DS 



AS 2 9

CO CL488Contig1 926 2 2 U
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TGCTCCACGAAGACTTTCTCCAATCAACACCTCTTCCACCACTTTCCGATTGAGCGCCAA
GTCCACCTTCGACTCCACCAAGTTCCCGTCTTTAACCGCCTCATCGCTCCTCCTCCATAT
ATCTTCTTCCACCAGAAGCAACCGCCGCTGCTTATCTGTTCAATCCAGTGCTGAGCCTTT
AGCAGAGCCGCAATCGAAGATAACGCACAAGGTGTATTTCGACATAAGTGTTGGGAACCC
AGTGGGGAAATTAGCTGGGAGGATTGTTATTGGTTTGTTTGGTGATGATGTTCCCCAAAC
TGTTGAGAACTTCCGTGCTCTTTGTACTGGTGAGAAGGGTTTTGGATACAAGGGTTCAAC
TTTCCACCGTGTCATCAGAGATTTCATGATTCAGGGTGGAGACTTTGACAAGGGCAATGG
AACTGGAGGTAAAAGTGTATATGGCCGGACATTCAAGGATGAGAATTTCAACTTATCCCA
TGTCGGACCAGGAGTTGTGAGTATGGCAAATGCTGGCCCTAATACAAATGGAAGTCAGTT
CTTCATCTGCACTGTTAAGACGTCATGGTTGGACGGGAGGCATGTGGTGTTCGGGCAAGT
TATAGAAGGAATGGATGTGGTGAGGCTTATAGAGGAACAAGAGACTGACAGAGGAGACCG
TCCCAGGAAGAAAGTGATCATTGCAGACTGTGGTCAACTTCCAATGTCTGAAGCTTAAGT
AACAACAACACATCTAATACCCAAAACCTTTTGACAATGAGATGGAGTTGTGTTTTGCGT
TTGCATTTTTACACGCTTTCTTTCTTTTGTGAAATGGATTCAAGTCTCTTTGTAATAAGA
TCAATCTCAGTTTCTTCTTTGTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BD06TF U 1
AF RR3BD06JQ C 134
BS 1 777 RR3BD06TF
BS 778 926 RR3BD06JQ

RD RR3BD06TF 777 0 0
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TTTCCACCGTGTCATCAGAGATTTCATGATTCAGGGTGGAGACTTTGACAAGGGCAATGG
AACTGGAGGTAAAAGTGTATATGGCCGGACATTCAAGGATGAGAATTTCAACTTATCCCA
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TCCCAGGAAGAAAGTGATCATTGCAGACTGTGGTCAACTTCCAATGTCTGAAGCTTA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3BD06JQ 793 0 0
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AGTGTATATGGCCGGACATTCAAGGATGAGAATTTCAACTTATCCCATGTCGGACCAGGA
GTTGTGAGTATGGCAAATGCTGGCCCTAATACAAATGGAAGTCAGTTCTTCATCTGCACT
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CTAATACCCAAAACCTTTTGACAATGAGATGGAGTTGTGTTTTGCGTTTGCATTTTTACA
CGCTTTCTTTCTTTTGTGAAATGGATTCAAGTCTCTTTGTAATAAGATCAATCTCAGTTT
CTTCTTTGTGATT

QA 1 793 1 793
DS 



CO CL488Contig2 963 7 9 U
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AAAGTGTATATGGCCGGACATTCAAGGATGAGAATTTCAACTTATCCCATGTCGGACCAG
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CTGTTAAGACGTCATGGTTGGACGGGAGGCATGTGGTGTTCGGGCAAGTTATAGAAGGAA
TGGATGTGGTGAGGCTTATAGAGGAACAAGAGACAGACAGAGGAGACCGTCCCAGAAAGA
AAGTGATCATTGCAGACTGTGGTCAACTTCCAATGTCTGAAGCTTAAGTAAACATCATCT
AGATCCCAAAACCTTGTGACAAATGAGATGGAGTTGTGTTTTGCGTTTGCATTTTTACAC
GCTTTCTTTCTTTTGTGAAATGGATTCAAGTCTCTTTATAATAAGATCATTCTCAGTTTG
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 30 30 30 30 10 30 30 
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10 10 10 

AF RR3BO15TF U 1
AF RR3E280TF U 1
AF RR3BO85TF U 1
AF RR3H172TF U 5
AF RR3E280JQ C 199
AF RR3H172JQ C 345
AF RR3BO15JQ C 339
BS 1 709 RR3BO15TF
BS 710 713 RR3BO85TF
BS 714 717 RR3H172TF
BS 718 718 RR3E280JQ
BS 719 745 RR3H172TF
BS 746 746 RR3E280JQ
BS 747 759 RR3H172TF
BS 760 959 RR3E280JQ
BS 960 963 RR3BO15JQ

RD RR3BO15TF 711 0 0
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CGACCTTCTCGATGACTCTGTCAAATCCGAGGTCGTTCTCAGTTGCTCCACGAAGACTTT
CTCCAATCAACACCTCTTCTACCACTTTCCGATTGAATTTGAACGCCAAGTCTACCTTCG
ACTCCATCAAGTTTCCGTCTTTAACCGCCTCATCGCTCCTCCTTCATACATCTTCTTCCA
CCAGAAGCAACCGCCGCTGCTTATCTGTTCAATCCAGTGCTGAGCCTTTAGCAGAGCCGC
AATCGAAGATAACGCACAAGGTGTATTTCGATATAAGTGTTGGGAACCCAGTGGGGAAAT
TAGCTGGGAGGATTGTGATTGGTTTGTTTGGTGATGACGTTCCCCAAACTGTTGAGAACT
TCCGTGCTCTTTGTACTGGTGAGAAGGGCTTTGGCTACAAGGGTTCAACTTTCCACCGTG
TCATCAGAGATTTCATGATTCAGGGTGGAGACTTTGACAAGGGCAATGGGACTGGAGGTA
AAAGTGTATATGGCCGGACATTCAAGGATGAGAATTTCAACTTATCCCATGTCGGACCAG
GAGTTGTGAGTATGGCAAATGCTGGCCCTAATACAAATGGAAGTCAGTTCTTCATCTGCA
CTGTTAAGACGTCATGGTTGGACGGGAGGCATGTGGTGTTCGGGCAAGT
AT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3E280TF 680 0 0
GGACTC
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TCTCGATGACTCTGTCAAATCCGAGGTCGTTCTCAGTTGCTCCACGAAGACTTTCTCCAA
TCAACACCTCTTCTACCACTTTCCGATTGAATTTGAACGCCAAGTCTACCTTCGACTCCA
TCAAGTTTCCGTCTTTAACCGCCTCATCGCTCCTCCTTCATACATCTTCTTCCACCAGAA
GCAACCGCCGCTGCTTATCTGTTCAATCCAGTGCTGAGCCTTTAGCAGAGCCGCAATCGA
AGATAACGCACAAGGTGTATTTCGATATAAGTGTTGGGAACCCAGTGGGGAAATTAGCTG
GGAGGATTGTGATTGGTTTGTTTGGTGATGACGTTCCCCAAACTGTTGAGAACTTCCGTG
CTCTTTGTACTGGTGAGAAGGGCTTTGGCTACAAGGGTTCAACTTTCCACCGTGTCATCA
GAGATTTCATGATTCAGGGTGGAGACTTTGACAAGGGCAATGGGACTGGAGGTAAAAGTG
TATATGGCCGGACATTCAAGGATGAGAATTTCAACTTATCCCATGTCGGACCAGGAGTTG
TGAGTATGGCAAATGCTGGCCCTAATACAAATGGAAGTCAGTTCTTCATCTGCACTGTTA
AGACGTCATGGTTG

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DS 

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GGACTC
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TCTCGATGACTCTGTCAAATCCGAGGTCGTTCTCAGTTGCTCCACGAAGACTTTCTCCAA
TCAACACCTCTTCTACCACTTTCCGATTGAATTTGAACGCCAAGTCTACCTTCGACTCCA
TCAAGTTTCCGTCTTTAACCGCCTCATCGCTCCTCCTTCATACATCTTCTTCCACCAGAA
GCAACCGCCGCTGCTTATCTGTTCAATCCAGTGCTGAGCCTTTAGCAGAGCCGCAATCGA
AGATAACGCACAAGGTGTATTTCGATATAAGTGTTGGGAACCCAGTGGGGAAATTAGCTG
GGAGGATTGTGATTGGTTTGTTTGGTGATGACGTTCCCCAAACTGTTGAGAACTTCCGTG
CTCTTTGTACTGGTGAGAAGGGCTTTGGCTACAAGGGTTCAACTTTCCACCGTGTCATCA
GAGATTTCATGATTCAGGGTGGAGACTTTGACAAGGGCAATGGGACTGGAGGTAAAAGTG
TATATGGCCGGACATTCAAGGATGAGAATTTCAACTTATCCCATGTCGGACCAGGAGTTG
TGAGTATGGCAAATGCTGGCCCTAATACAAATGGAAGTCAGTTCTTCATCTGCACTGTTA
AGACGTCATGGTTGGACGGGAGGCATGTGGTGTTCGGGCAAGTTATA

QA 7 713 7 713
DS 

RD RR3H172TF 755 0 0
GG
ACACCAGCTAGCTACCGAGCAAGAGGAGTCCGTTTTTGAGCTCCCTGGCCATGGCGACCT
TCTCGATGACTCTGTCAAATCCGAGGTCGTTCTCAGTTGCTCCACGAAGACTTTCTCCAA
TCAACACCTCTTCTACCACTTTCCGATTGAATTTGAACGCCAAGTCTACCTTCGGCTCCA
CCAAGTTTCCGTCTTTAACCGCCTCATCGCTCCTCCTTCATACATCTTCTTCCACCAGAA
GCAACCGCCGCTGCTTATCTGTTCAATCCAGTGCTGAGCCTTTAGCAGAGCCGCAATCGA
AGATAACGCACAAGGTGTATTTCGATATAAGTGTTGGGAACCCAGTGGGGAAATTAGCTG
GGAGGATTGTGATTGGTTTGTTTGGTGATGACGTTCCCCAAACTGTTGAGAACTTCCGTG
CTCTTTGTACTGGTGAGAAGGGCTTTGGCTACAAGGGTTCAACTTTCCACCGTGTCATCA
GAGATTTCATGATTCAGGGTGGAGACTTTGACAAGGGCAATGGGACTGGAGGTAAAAGTG
TATATGGCCGGACATTCAAGGATGAGAATTTCAACTTATCCCATGTCGGACCAGGAGTTG
TGAGTATGGCAAATGCTGGCCCTAATACAAATGGAAGTCAGTTCTTCATCTGCACTGTTA
AGACGTCATG*TTGGACGGGAGGCATGTGGTGTTCGGGCAAGTTATAGAAG*AATGGATG
TGGTGAGGCTTATAGAGGA*CAAGAGACAGACA

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR3E280JQ 765 0 0
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GCTTATCTGTTCAATCCAGTGCTGAGCCTTTAGCAGAGCCGCAATCGAAGATAACGCACA
AGGTGTATTTCGATATAAGTGTTGGGAACCCAGTGGGGAAATTAGCTGGGAGGATTGTGA
TTGGTTTGTTTGGTGATGACGTTCCCCAAACTGTTGAGAACTTCCGTGCTCTTTGTACTG
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TTCAGGGTGGAGACTTTGACAAGGGCAATGGGACTGGAGGTAAAAGTGTATATGGCCGGA
CATTCAAGGATGAGAATTTCAACTTATCCCATGTCGGACCAGGAGTTGTGAGTATGGCAA
ATGCTGGCCCTAATACAAATGGAAGTCAGTTCTTCATCTGCACTGTTAAGACGTCATGGT
TGGACGGGAGGCATGTGGTGTTCGGGCAAGTTATAGAAGGAATGGATGTGGTGAGGCTTA
TAGAGGAACAAGAGACAGACAGAGGAGACCGTCCCAGAAAGAAAGTGATCATTGCAGACT
GTGGTCAACTTCCAATGTCTGAAGCTTAAGTAAACATCATCTAGATCCCAAAACCTTGTG
ACAAATGAGATGGAGTTGTGTTTTGCGTTTGCATTTTTACACGCTTTCTTTCTTTTGTGA
AATGGATTCAAGTCTCTTTATAATAAGATCATTCTCAGTTT
GTTC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3H172JQ 619 0 0
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TCAACTTTCCACCGTGTCATCAGAGATTTCATGATTCAGGGTGGAGACTTTGACAAGGGC
AATGGGACTGGAGGTAAAAGTGTATATGGCCGGACATTCAAGGATGAGAATTTCAACTTA
TCCCATGTCGGACCAGGAGTTGTGAGTATGGCAAATGCTGGCCCTAATACAAATGGAAGT
CAGTTCTTCATCTGCACTGTTAAGACGTCATG*TTGGACGGGAGGCATGTGGTGTTCGGG
CAAGTTATAGAAGGAATGGATGTGGTGAGGCTTATAGAGGAACAAGAGACAGACAGAGGA
GACCGTCCCAGAAAGAAAGTGATCATTGCAGACTGTGGTCAACTTCCAATGTCTGAAGCT
TAAGTAAACATCATCTAGATCCCAAAACCTTGTGACAAATGAGATGGAGTTGTGTTTTGC
GTTTGCATTTTTACACGCTTTCTTTCTTTTGTGAAATGGATTCAAGTCTCTTTATAATAA
GATCATTCTCAGTTT
GTTC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3BO15JQ 625 0 0
GTTGGGAACCCAGTGGGGAAATTAGCTGGGAGGATTGTGATTGGTTTGTTTGGTGATGAC
GTTCCCCAAACTGTTGAGAACTTCCGTGCTCTTTGTACTGGTGAGAAGGGCTTTGGCTAC
AAGGGTTCAACTTTCCACCGTGTCATCAGAGATTTCATGATTCAGGGTGGAGACTTTGAC
AAGGGCAATGGGACTGGAGGTAAAAGTGTATATGGCCGGACATTCAAGGATGAGAATTTC
AACTTATCCCATGTCGGACCAGGAGTTGTGAGTATGGCAAATGCTGGCCCTAATACAAAT
GGAAGTCAGTTCTTCATCTGCACTGTTAAGACGTCATGGTTGGACGGGAGGCATGTGGTG
TTCGGGCAAGTTATAGAAGGAATGGATGTGGTGAGGCTTATAGAGGAACAAGAGACAGAC
AGAGGAGACCGTCCCAGAAAGAAAGTGATCATTGCAGACTGTGGTCAACTTCCAATGTCT
GAAGCTTAAGTAAACATCATCTAGATCCCAAAACCTTGTGACAAATGAGATGGAGTTGTG
TTTTGCGTTTGCATTTTTACACGCTTTCTTTCTTTTGTGAAATGGATTCAAGTCTCTTTA
TAATAAGATCATTCTCAGTTTGTCC

QA 1 625 1 625
DS 



AS 2 8

CO CL489Contig1 882 6 25 U
GGGAAAATCTTCGGAAAAAAATCTCTACTTGTTTCCGGAAGAAGAAGATGACGGGAGTTG
ATGATAATAAGGAGTTGAAGGATGAAACCGTGATTCTCAGCGACGACGATAGTGAAGTGG
AAGAAGTTAAAGACGGTGGAGAAGAAGGTTCCGACGAGGAACCAGAAGTCGATGGAAGTG
AAGGTGACGACGATGATGATGATGATGATGATGAGGAAGATGACGACGATGAGGTCCAGG
TTTTGCAGTCCTTAGGTGGGCCTCCGGTACAGTCGGCTGAAGATGAAGATGAGGAAGGCG
AAGAAGACGGAAACGGAGACGACGGCGATGACGACGACGACGATGATGATGACGACGACG
ACGATGATGACGAGGACGATGACGGTGAAGATGAGGAGGATCTTGGGACAGAATACCTAG
TCAGGCCAGTTGGTCGGGCTGAAGACGAAGAGGACGCAAGTGATTTTGAGCCGGAAGAGA
ACGGTGTTGAGGAAGACCTTGACGAAGGTGAAGACGACGAGAATGATGACTCGGGTGCTG
GAAAATCTGAGGCTCCTCCCAAAAGGAAGAGAGGAGCTGCTGATGAAGAGGAAGAGGAGG
ATAGTGATGATGGAGATGATGCAAGACCTCCAAAGAGGTAGTTTTCAAGGAATTATAACA
ACAGCACGGTTCAAACAAACAGAAAGAGAGCTTTATGGTTTTTTCCTTTTTAAGTTTGGA
GTCGTGAGATTTGAATCATTGGTTGGGGTTCATGTAAGTTTATTATGGATCAAGAAGTAG
GGCTTTTTATTTTTCATTTTATGCAGATGTTTTCTCTTTTCTAGTGAGTCAATAACCAAT
GTTTCTTGAACGATTTGCTGTCTAATGCTTTTTCTTTATTAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL50TF U 1
AF RR3GP18TF U 1
AF RR3B626JQ C 477
AF RR3GP18JQ C 41
AF RR3DL50JQ C 270
AF RR3B626TF U 477
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BS 706 706 RR3B626TF
BS 707 730 RR3GP18TF
BS 731 882 RR3B626TF

RD RR3DL50TF 587 0 0
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GAAAATCTGAG*CTCCTCCCAAAAG*AAGAGAGGAGCTGCTGATGAA

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3GP18TF 730 0 0
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ATGATAATAAGGAGTTGAAGGATGAAACCGTGATTCTCAGCGACGACGATAGTGAAGTGG
AAGAAGTTAAAGACGGTGGAGAAGAAGGTTCCGACGAGGAACCAGAAGTCGATGGAAGTG
AAGGTGACGACGATGATGATGATGATGATGATGAGGAAGATGACGACGATGAGGTCCAGG
TTTTGCAGTCCTTAGGTGGGCCTCCGGTACAGTCGGCTGAAGATGAAGATGAGGAAGGCG
AAGAAGACGGAAACGGAGACGACGGCGATGACGACGACGACGATGATGATGACGACGACG
ACGATGATGACGAGGACGATGACGGTGAAGATGAGGAGGATCTTGGGACAGAATACCTAG
TCAGGCCAGTTGGTCGGGCTGAAGACGAAGAGGACGCAGGTGATTTTGAGCCGGAAGAGA
ACGGTGTTGAGGAAGACCTTGACGAAGGTGAAGACGACGAGAATGATGACTCGGGTGCTG
GAAAATCTGAGGCTCCTCCCAAAAGGAAGAGAGGAGCTGCTGATGAAGAGGAAGAGGAGG
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ACAGCACGGTTCAA*CAAACAGAAAGAGAGCTTTATGTTTTTTTC*TTTTTAAGTTTGGA
GTCGTGAGAT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3B626JQ 344 0 0
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TGGAGTCGTGAGATTTGAATCATTGGTTGGGGTTCATGTAAGTTTATTATGGATCAAGAA
GTAGGGCTTTTTATTTTTCATTTTATGCAGATGTTTT
TTTTTTT

QA 1 337 1 337
DS 

RD RR3GP18JQ 808 0 0
AG
AGAAGATGACGGGAGTTGATGATA*TAAGGAGTTGAAGGATGAAACCGTGATTCTCAGCG
ACGACGATAGTGAAGTGGAAGAAGTTAAAGACGGTGGAGAAGAAGGTTCCGACGAGGAAC
CAGAAGTCGATGGAAGTGAAGGTGACGACGATGATGATGATGATGATGATGAGGAAGATG
ACGACGATGAGGTCCAGGTTTTGCAGTCCTTAGGTGGGCCTCCGGTACAGTCGGCTGAAG
ATGAAGATGAGGAAGGCGAAGAAGACGGAAACGGAGACGACGGCGATGACGACGACGACG
ATGATGATGACGACGACGACGATGATGACGAGGACGATGACGGTGAAGATGAGGAGGATC
TTGGGACAGAATACCTAGTCAGGCCAGTTGGTCGGGCTGAAGACGAAGAGGACGCAGGTG
ATTTTGAGCCGGAAGAGAACGGTGTTGAGGAAGACCTTGACGAAGGTGAAGACGACGAGA
ATGATGACTCGGGTGCTGGAAAATCTGAGGCTCCTCCCAAAAGGAAGAGAGGAGCTGCTG
ATGAAGAGGAAGAGGAGGATAGTGATGATGGAGATGAAGCAAGACCTCCAAAGAGGTAGT
TTTCAAGGAATTATAACAACAGCACGGTTCAAACAAACAGAAAGAGAGCTTTATGTTTTT
TTCCTTTTTAAGTTTGGAGTCGTGAGATTCGAATCATTGGTTGGGGTTCATGTAAGTTTA
TTATGGATCAAGAAGTAGGGCTTTTTATTTTTCATTTTATGCAGATGTTTTCTCTTTTCT
AGTGAGTCAATAACCAATGTTTCTTG

QA 3 808 3 808
DS 

RD RR3DL50JQ 611 0 0
CAT
TCGGCTGAAGATGAAGATGAGGAAGGCGAAGAAGACGGAAACGGAGACGACGGCGATGAC
GACGACGACGATGATGATGACGACGACGACGATGATGACGAGGACGATGACGGTGAAGAT
GAGGAGGATCTTGGGACAGAATACCTAGTCAGGCCAGTTGGTCGGGCTGAAGACGAAGAG
GATGCAAGTGATTTTGAGCCGGAAGAGAACGGTGTTGAGGAAGACCTTGACGAAGGTGAA
GACGACGAGAATGATGACTCGGGTGCTGGAAAATTTGAGGCTCCTCCCAAAAGGAAGAGA
GGAGCTGCTGATGAAGAGGAAGAGGAGGATAGTGATGATGGAGATGATGCAAGACCTCCA
AAGAGGTAGTTTTCAAGGAATTATAACAACAGCACGGTTCAAACAAACAGAAAGAGAGCT
TTATGGTTTTTTCCTTTTTAAGTTTGGAGTCGTGAGATTTGAATCATTGGTTGGGGCTCA
TGTAAGTTTATTATGGATCAAGAAGTAGGGCTTTTTATTTTTCATTTTATGCAGATGTTT
TTTCTTTTTTAGTGAGTCAATAACCAATGTTTCTTGAACGATTTGCTGTTTAATGCTTTT
T
TTTTTTT

QA 4 604 4 604
DS 

RD RR3B626TF 406 0 0
GAGAACGGTGTTGAGGAAGACCTTGACGAAGGTGAAGACGACGAGAATGATGACTCGGGT
GCTGGAAAATCTGAGGCTCCTCCCAAAAGGAAGAGAGGAGCTGCTGATGAAGAGGAAGAG
GAGGATAGTGATGATGGAGATGATGCAAGACCTCCAAAGAGGTAGTTTTCAAGGAATTAT
AACAACAGCACGGTTCAAACAAACAGAAAGAGAGCTTTATGGTTTTTTCCTTTTTAAGTT
TGGAGTCGTGAGATTTGAATCATTGGTTGGGGTTCATGTAAGTTTATTATGGATCAAGAA
GTAGGGCTTTTTATTTTTCATTTTATGCAGATGTTTTCTCTTTTCTAGTGAGTCAATAAC
CAATGTTTCTTGAACGATTTGCTGTCTAATGCTTTTTCTTTATTAG

QA 1 406 1 406
DS 



CO CL489Contig2 858 2 6 U
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ATGATGGTAAGGAGTTCAAGGATGAAACCGTGATTCTCAGCGACGACGATAGTGAAGTGG
AAGAAGTTAAAGACGGAGGAGAAGAAGGTTCCGACGAGGAACCAGAAGTCGATGGAAGTG
AAGGTGACGACGATGATGATGATGATGATGATGAGGAAGATGACGACGACGAGGTCCAGG
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AGGAAGACGGAAACGGAGACGACGGCGACGACGATGATGATGACGACGACGACGATGATG
ATGACGACGATGAAGACGGTGAAGATGAGGAGGATCTTGGGACAGAATACCTAGTCAGGC
CAGTTGGTCGGGCTGAAGATGAAGAGGACGCAAGTGATTTTGAGCCGGAAGAGAATGGTG
TTGAGGAAGACCTTGACGAAGGTGAAGACAACGAGAATGATGACTCGGGTGCTGGAAAAT
CGGAGGCTCCTCCCAAAAGGAAGAGAGGAGCTGCTGATGAAGAGGAAGAGGAGGATAGTG
ATGATGGAGATGATGCAAGACCTCCAAAGAGGTAGTTTTCATGGAATTATAACAACAGCA
CGGTTCAAACAAACAGAAAGAGAGCTTTATGGTTTTTTCCCTTTTTAAGTTTGGAGTCGT
GAGATTTGAATCATTGGTTGGGGTTCATGTAAGTTTATTATGGATCAAGAAGTAGGGCTT
TTTATTTTTCATTTTATGCAGATGTTTTCTCTTTTCTAGCGAGTCAATAACCAATGTTTC
TTGAACGATTTGCTGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU51TF U 1
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QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3FU51JQ 765 0 0
A
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QA 2 765 2 765
DS 



AS 1 7

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AGGTTGTTGGTTCAACCGGTTAATTAAGACCTGAACCGGAGCTGGTTCGGTGTCTGAATC
TCCCAAGGGAAATTATTTATGTACCTTCTTAACTATATCAGTACATATTCAAATGCCTAT
GACGACTGTGTTATAACCACTTCGACTCGCGGGTCTAGATGATCTATAATAAAACGTAAA
AATAGATTCTGAGAAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK65TF U 108
AF RR3BO43TF U 1
AF RR3A691TF U 43
AF RR3AV70TF U 106
AF RR3A691JQ C 327
AF RR3G033TF U 596
AF RR3AV70JQ C 356
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BS 107 115 RR3BO43TF
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BS 1185 1218 RR3AV70JQ

RD RR3DK65TF 579 0 0
AATCTTTCG
TTACTCTCAAAGAATCTGAAGCATCAAAGATCAAAGCTCTAAGTAAATATGGAGATGGGT
TTCCAGGAAAATCAGCAAAACCAAGAACTTACAAATCTCATGGAGATTGGATCTGGGCAT
TACGGGCGCTCACATTACAGAAGACGATGTAAGATTAGAGCACCTTGTTGTGATGAAGTT
TTCGATTGTAGACACTGCCACAACGAAGCTAAGGACTCTCTTCAAACTGAACAGCTTCTT
AGACATGATCTCCCTCGACATGATGTTTCAAAGGTCATTTGCTCGCTTTGTGAGACAGAA
CAAGACGTCCAGCAGAACTGCATCAGTTGTGGCGTATGTATGGGGAAGTACTTTTGCTCA
AAATGCAAGTTCTTTGACGATGATCTTTCCAAGAAGCAATATCACTGCGATGAATGTGGG
ATTTGCAG*ACCGGAGGAGAAGAAAACTTCTTCCATTGCAAAAGATGTCGGTGTTGCTAC
TCCAAAGTCATGGAGGACAAGCATCGATGTGTAGAAAGCGCAATGCATCACAATTGCCCT
GTTTGTTTTGAGTATCTGTTTGATTCCACA

QA 10 579 10 579
DS 

RD RR3BO43TF 776 0 0
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CAAACGTCAAAGCACTTCTTCATTTT*ACG****TTCTTTTTTTTGCAATCTTTC*TTAC
TCTCGAAGAATTTGAAGCATCAAAGATCAAAACTTTAAGTAAATATGGAGATGGGTTTCC
AGGAAAATCAGCAAAACCAAGAACTTACAAATCTCATGGAGATTGGATCTGGGCATTACG
GGTGCTCACATTATAGAAGACGATGTAAGATTAGAGCACCTTGTTGTGATGAAGTTTTCG
ATTGTAGACACTGCCACAACGAAGCCAAGGATTCTCTTCAAACTGAACAGCTTCTCGGAC
ATGATCTTCCTCGACATGATGTTTCAAAGGTCATTTGCTCGCTTTGTGAGACAGAACAAG
ACGTCCAGCAGAACTGCATCAGTTGCGGCGTATGTATGGGGAAGTACTTTTACTCAAAAT
GCAAGTTCTTTGATGATGATCTTACCAAGAAGCAATACCACTGCGATGAATGTGGGATTT
GCAGGACCGGAGGAGAAGAAAACTTCTTCCATTGCAAAAGATGTCGGTGTTGCTACTCCA
AAGTCATGGAGGACAAGCATCGATGTGTAGAACGCGCAATGCATCACAATTGCCCTGTTT
GTTTTGAGTATCTGTTTGATTCCACAAGAGATATCACGGTGTTGAGACGTGGTCACACAA
TGCATTTACA*TGCACCAAAGATATGGGGCTGCATAACCGATACACATGCCCTGTA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3A691TF 784 0 0
GGCT
CATCTGATTAATAACAAACGTCAAAGCATTTCTTCATTTTTACGTTTATTTTTATTTTTA
CAACCTTTCGTTACTCTCAAAGAATCTGAAGCATCAAAGATCAAAGCTCTAAGTAAATAT
GGAGATGGGTTTCCAGGAAAATCATCAAAACCAAGAACTTACAAATCTCATGGAGATTGG
ATCTGGGCATTACGGGTGCTCACATTACAGAAGACGATGTAAGATTAGAGCACCTTGTTG
TGATGAAGTTTTCGATTGTAGACACTGCCACAACGAAGCTAAGGACTCTCTTCAAACTGA
ACAGCTTCTTAGACATGATCTCCCTCGACATGATGTTTCAAAGGTCATTTGCTCGCTTTG
TGAGACAGAACAAGACGTCCAGCAGAACTGCATCAGTTGTGGCGTATGTATGGGGAAGTA
CTTTTGCTCAAAATGCAAGTTCTTTGACGATGATCTTTCCAAGAAGCAATATCACTGCGA
TGAATGTGGGATTTGCAGGACCGGAGGAGAAGAAAACTTCTTCCATTGCAAAAGATGTCG
GTGTTGCTACTCCAAAGTCATGGAGGACAAGCATCGATGTGTAGAAGGCGCAATGCATCA
CAATTGCCCTGTTTGTTTTGAGTATCTGTTTGATTCCACAAGAGATATCACGGTGTTGAG
ATGTGGTCACACAATGCATTTACAATGCACCAAAGATATGGGGCTGCATAACCGATACAC
ATGCCCTGTATGCTCTAAATCCATATGTGACATGTCCAACATGTGGAAGAAACTTGATGA

QA 5 784 5 784
DS 

RD RR3AV70TF 754 0 0
AC
AATCTTTCGTTACTCTCAAAGAATCTGAAGCATCAAAGATCAAAGCTCTAAGTAAATATG
GAGATGGGTTTCCAGGAAAATCAGCAAAACCAAGAACTTACAAATCTCATGGAGATTGGA
TCTGGGCATTACGGGTGCTCACATTACAGAAGACGATGTAAGATTAGAGCACCTTGTTGT
GATGAAGTTTTCGATTGTAGACACTGCCACAACGAAGCTAAGGACTCTCTTCAAACTGGA
CAGCTTCTTAGACATGATCTCCCTCGACATGATGTTTCAAAGGTCATTTGCTCGCTTTGT
GAGACAGAACAAGACGTCCAGCAGAACTGCATCAGTTGCGGCGTATGTATGGGGAAGTAC
TTTTGCTCAAAATGCAAGTTCTTTGACGATGATCTTTCCAAGAAGCAATATCACTGCGAT
GAATGTGGGATTTGCAGGACCGGAGGAGAAGAAAACTTCTTCCATTGCAAAAGATGTCGG
TGTTGCTACTCCAA*GTCATGGAGGACAAGCATCGATGTGTAGAAGGCGCAATGCATCAC
AATTGCCCTGTTTGTTTTGAGTATCTGTTTGATTCCACAAGAGATATCACGGTGTTGAGA
TGTGGTCACACAATGCATTTACAATGCACCAAAGATATGGGGCTGCATAACCGATACACA
TGCCCTGTATGCTCTAAATCCATATGTGACATGTCCAACATGTGGAAGAAACTTGATGAA
GAGGTTGCTGCATACCCAATGCCAAAAGTGTA

QA 3 754 3 754
DS 

RD RR3A691JQ 871 0 0
AAGGACTCTCTTCAAACTGAACAGCT*CTTAGACATGATCTCCCTCGACATGATGTTTCA
AAGGTCATTTGCTCGCTTTGTGAGACAGAACAAGACGTCCAGCAGAACTGCATCAGTTGT
GGCGTATGTATGGGGAAGTACTTTTGCTCAAAATGCAAGTTCTTTGACGATGATCTTTCC
AAGAAGCAATATCACTGCGATGAATGTGGGATTTGCAGGACCGGAGGAGAAGAAAACTTC
TTCCATTGCAAAAGATGTCGGTGTTGCTACTCCAAAGTCATGGAGGACAAGCATCGATGT
GTAGAAGGCGCAATGCATCACAATTGCCCTGTTTGTTTTGAGTATCTGTTTGATTCCACA
AGAGATATCACGGTGTTGAGATGTGGTCACACAATGCATTTACAATGCACCAAAGATATG
GGGCTGCATAACCGATACACATGCCCTGTATGCTCTAAATCCATATGTGACATGTCCAAC
ATGTGGAAGAAACTTGATGAAGAGGTTGCTGCATACCCAATGCCAAAAGTGTACGAAGAC
AAGATGGTGTGGATACTTTGCAATGACTGTGGTTCAAACTTGAATGTTCGGTTTCATTTG
ATCGCGCATAAGTGCACTAGCTGCGGTTCCTACAACACTAGACAGACGCAGAGAGGACCT
GATACTACTCACTCTTGCTCTTCAGGAGTTCCTCAGGTTGTTGGTTCAACCGGTTAATTA
AGACCTGAACCGGAGCTGGTTCGGTGTTTGAATCTCCCAAGGGAAATTATTTATGTACCT
TCTTAACTATATCAGTACATATTCAAATGCCTATGACGACTGTGTTATAACCCCTTCGAC
TCGCGGGTCTAGATGATC
TATAATAAAACGT

QA 1 858 1 858
DS 

RD RR3G033TF 607 0 0
G
TCCAAAGTCATGGAGGACAAGCACCGATGTGTGGAAGGCGCAATGCATCACAATTGCCCT
GTTTGTTTTGAGTATCTGTTTGATTCCACAAGAGATATCACGGTGTTGAGATGTGGTCAC
ACAATGCATTTACAATGCACCAAAGATATGGGGCTGCATAACCGATACACATGCCCTGTA
TGCTCTAAATCCATATGTGACATGTCCAACATGTGGAAGAAACTTGATGAAGAGGTTGCT
GCATACCCAATGCCAAAAGTGTACGAAGACAAGATGGTGTGGATACTTTGCAATGACTGT
GGTTCAAACTTGAATGTTCGGTTTCATTTGATCGCGCATAAGTGCACTAGCTGCGGTTCC
TACAACACTAGACAGACGCAGAGAGGACCTGATACTACTCACTCTTGCTCTTCAGGAGTT
CCTCAGGTTGTTGGTTCAACCGGTTAATTAAGACCTGAACCGGAGCTGGTTCGGTGTCTG
AATCTCCCAAGGGAAATTATTTATGTACCTTCTTAACTATATCAGTACATATTCAAATGC
CTATGACGACTGTGTTATAACCACTTCGACTCGCGGGTCTAGATGATC
TATAATAAAACGTAAAAA

QA 2 589 2 589
DS 

RD RR3AV70JQ 863 0 0
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ACAAGACGTCCAGCAGAACTGCATCAGTTGCGGCGTATGTATGGGGAAGTACTTTTGCTC
AAAATGCAAGTTCTTTGACGATGATCTTTCCAAGAAGCAATATCACTGCGATGAATGTGG
GATTTGCAGGACCGGAGGAGAAGAAAACTTCTTCCATTGCAAAAGATGTCGGTGTTGCTA
CTCCAA*GTCATGGAGGACAAGCATCGATGTGTAGAAGGCGCAATGCATCACAATTGCCC
TGTTTGTTTTGAGTATCTGTTTGATTCCACAAGAGATATCACGGTGTTGAGATGTGGTCA
CACAATGCATTTACAATGCACCAAAGATATGGGGCTGCATAACCGATACACATGCCCTGT
ATGCTCTAAATCCATATGTGACATGTCCAACATGTGGAAGAAACTTGATGAAGAGGTTGC
TGCATACCCAATGCCAAAAGTGTACGAAGACAAGATGGTGTGGATACTTTGCAATGACTG
TGGTTCAAACTTGAATGTTCGGTTTCATTTGATCGCGCATAAGTGCACTAGCTGCGGTTC
CTACAACACTAGACAGACGCAGAGAGGACCTGATACTACTCACTCTTGCTCTTCAGGAGT
TCCTCAGGTTGTTGGTTCAACCGGTTAATTAAGACCTGAACCGGAGCTGGTTCGGTGTCT
TAATCTCCCAAGGGAAATTATTTATGTACCTTCTTACCTATATCAGTACATATTCAAATG
CCTATGACGACTGTGTTATAACCACTTCGACTCGCGGGTCTAGATGATCTATAATAAAAC
GTAAAAATAGATTCTGAGAAAAG

QA 1 863 1 863
DS 



AS 2 9

CO CL491Contig1 749 7 15 U
AACCACAATAGATAACAATAGAGAAAGGAGCAGGGACATGGGTAACAAATGGTTCACAAA
AGACAGATCATAAGATTGAAAAGGTCTCAAAACTAGATTCAAAAGGTGTCTCACAAACTA
GTTCGAAGAAGAAACATAAATTAAAATCGATTCTTGTGAAGCATATCCAGTGAAGCAGTA
ACTAGCAACACAAGTAGAGGCTTGCTTAACGCTTCTTTGACACACCAACAGTCTTTCCTC
TGCGGCCAGTTGTCTTGGTGTGTTGTCCACGAACACGGAGACCCCAGTAGTGTCTCAGAC
CACGATGGTTCCTGATTTTCTTGAGACGTTCAAGGTCATCCCTGAGCTTCATGTCAAGGG
CATTGGAGACAACTTGAGAGTACTTGCCGTCTTTGTAATCCTTCTGTCTGTTCAGGAACC
AGTCTGGGATCTTGTACTGCTTCGGGTTAGCGACAATCGTCATCAGGTTGTCGATCTCAG
CAGCAGATAACTCACCAGCCCTTTTGTTCATGTCGACATCAGCCTTCTTGCAGACGATGT
TAGCCAATCGCCTCCCAATACCTTTGATAGAGGTAAGGGCAAACATTATCTTCTGCTTAC
CATCAACATTTGTGTTGAGCACACGGAGAATATGCTGAAACTCCTCATTTGCGACCAAAG
ACATTGTGATTCGCAGAGATGAGATTCGTAAAAGAGGCAAGCCGTCTTTCAAGCAGTGAG
GATCGCTGGAGAGTTGAACACAAGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 30 

AF RR3A269JQ U 1
AF RR3A269TF C 4
AF RR3CQ84JQ U 10
AF RR3CQ84TF C 18
AF RR3EJ85TF C 158
AF RR3EJ85JQ U 50
AF RR3FW78JQ U 74
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BS 27 196 RR3A269JQ
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BS 199 550 RR3A269JQ
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BS 749 749 RR3EJ85JQ

RD RR3A269JQ 744 0 0
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ACTAGCAACACAAGTA**GGCTTGCTTAACGCTTCTTTGACACACCAACAGTCTTTCCTC
TGCGGCCAGTTGTCTTGGTGTGTTGTCCACGAACACGGAGACCCCAGTAGTGTCTCAGAC
CACGATGGTTCCTGATTTTCTTGAGACGTTCAAGGTCATCCCTGAGCTTCATGTCAAGGG
CATTGGAGACAACTTGAGAGTACTTGCCGTCTTTGTAATCCTTCTGTCTGTTCAGGAACC
AGTCTGGGATCTTGTACTGCTTCGGGTTAGCGACAATCGTCATCAGGTTGTCGATCTCAG
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TAGCCAATCGTCTCCCAATACCTTTGATAGAGGTAAGGGCAAACATTATCCTCTGCTTAC
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ACATTGTGATTTGCAGAGATGAGATTCGTAAAAGAGGCAAGCCGTCTTTCAAGCAGTGAG
GATCGCTGCTGAGTTGAACACAAG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3A269TF 741 0 0
CACAAT
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TCCTGATTTTCTTGAGACGTTCAAGGTCATCCCTGAGCTTCATGTCAAGGGCATTGGAGA
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TCTTGTACTGCTTCGGGTTAGCGACAATCGTCATCAGGTTGTCGATCTCAGCAGCAGATA
ACTCACCAGCCCTTTTGTTCATGTCGACATCAGCCTTCTTGCAGACGATGTTAGCCAATC
GTCTCCCAATACCTTTGATAGAGGTAAGGGCAAACATTATCCTCTGCTTACCATCAACAT
TTGTGTTGAGCACACGGAGAATATGCTGAAACTCCTCATTTGCGACCAAAGACATTGTGA
TTTGCAGAGATGAGATTCGTAAAAGAGGCAAGCCGTCTTTCAAGCAGTGAGGATCGCTGC
TGAGTTGAACACAAG

QA 7 741 7 741
DS 

RD RR3CQ84JQ 739 0 0
AGATAACAATAGAGAAAGGAGCAGGGACATGGGTAACAAATGGTTCACAAAAGACAGATC
ATAAGATTGAAAAGGTCTCAAAACTAGATTCAAAAGGTGTCTCACAAACTAGTTCGAAGA
AGAAACATAAATTAAAATCGATTCTTGTGAAGCATATCCAGTGAAGCAGTAACTAGCAAC
ACAAGTAGAGGCTTGCTTAACGCTTCTTTGACACACCAACAGTCTTTCCTCTGCGGCCAG
TTGTCTTGGTGTGTTGTCCACGAACACGGAGACCCCAGTAGTGTCTCAGACCACGATGGT
TCCTGATTTTCTTGAGACGTTCAAGGTCATCCCTGAGCTTCATGTCAAGGGCATCGGAGA
CAACTTGAGAGTACTTGCCGTCTTTGTAATCCTTCTGTCTGTTCAGGAACCAGTCTGGGA
TCTTGTACTGCTTCGGGTTAGCGACAATCGTCATCAGGTTGTCGATCTCAGCAGCAGATA
ACTCACCAGCCCTTTTGTTCATGTCGACATCAGCCTTCTTGCAGACGATGTTAGCCAATC
GCCTCCCAATACCTTTGATAGAGGTAAGGGCAAACATTATCTTCTGCTTACCATCAACAT
TTGTGTTGAGCACACGGAGAATATGCTGAAACTCCTCATTTGCGACCAAAGACATTGTGA
TTCGCAGAGATGAGATTCGTAAAAGAGGCAAGCCGTCTTTCAAGCAGTGAGGATCGCTGG
AGAGTTGAACACAAGAAAA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3CQ84TF 732 0 0
ATAGAGAAAGGAGCAGGGACATGGGTAACAAATGGTTCACAAA*GACAGATCATAAGATT
GAAAAGGTCTCAAAACTAGATTCAAAAGGTGTCTCACAAACTAGTTCGAAGAAGAAACAT
AAATTAAAATCGATTCTTGTGAAGCATATCCAGTGAAGCAGTAACTAGCAACACAAGTAG
AGGCTTGCTTAACGCTTCTTTGACACACCAACAGTCTTTCCTCTGCGGCCAGTTGTCTTG
GTGTGTTGTCCACGAACACGGAGACCCCAGTAGTGTCTCAGACCACGATGGTTCCTGATT
TTCTTGAGACGTTCAAGGTCATCCCTGAGCTTCATGTCAAGGGCATCGGAGACAACTTGA
GAGTACTTGCCGTCTTTGTAATCCTTCTGTCTGTTCAGGAACCAGTCTGGGATCTTGTAC
TGCTTCGGGTTAGCGACAATCGTCATCAGGTTGTCGATCTCAGCAGCAGATAACTCACCA
GCCCTTTTGTTCATGTCGACATCAGCCTTCTTGCAGACGATGTTAGCCAATCGCCTCCCA
ATACCTTTGATAGAGGTAAGGGCAAACATTATCTTCTGCTTACCATCAACATTTGTGTTG
AGCACACGGAGAATATGCTGAAACTCCTCATTTGCGACCAAAGACATTGTGATTCGCAGA
GATGAGATTCGTAAAAGAGGCAAGCCGTCTTTCAAGCAGTGAGGATCGCTGGAGAGTTGA
ACACAAGAAAAA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3EJ85TF 592 0 0
GAAGCATATCCAGTGAAGCAGTAACTAGCAACACAAGTAGAGGCTTGCTTAACGCTTCTT
TGACACACCAACAGTCTTTCCTCTGCGGCCAGTTGTCTTGGTGTGTTGTCCACGAACACG
GAGACCCCAGTAGTGTCTCAGACCACGATGGTTCCTGATTTTCTTGAGACGTTCAAGGTC
ATCCCTGAGCTTCATGTCAAGGGCATTGGAGACAACTTGAGAGTACTTGCCGTCTTTGTA
ATCCTTCTGTCTGTTCAGGAACCAGTCTGGGATCTTGTACTGCTTCGGGTTAGCGACAAT
CGTCATCAGGTTGTCGATCTCAGCAGCAGATAACTCACCAGCCCTTTTGTTCATGTCGAC
ATCAGCCTTCTTGCAGACGATGTTAGCCAATCGCCTCCCAATACCTTTGATAGAGGTAAG
GGCAAACATTATCTTCTGCTTACCATCAACATTTGTGTTGAGCACACGGAGAATATGCTG
AAACTCCTCATTTGCGACCAAAGACATTGTGATTCGCAGAGATGAGATTCGTAAAAGAGG
CAAGCCGTCTTTCAAGCAGTGAGGATCGCTGGAGAGTTGAACACAAGAAAAA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3EJ85JQ 700 0 0
A
GGTTCACAAAAGACAGATCATAAGATTGAAAAGGTCTCAAAACTAGATTCAAAAGGTGTC
TCACAAACTAGTTCGAAGAAGAAACATAAATTAAAATCGATTCTTGTGAAGCATATCCAG
TGAAGCAGTAACTAGCAACACAAGTAGAGGCTTGCTTAACGCTTCTTTGACACACCAACA
GTCTTTCCTCTGCGGCCAGTTGTCTTGGTGTGTTGTCCACGAACACGGAGACCCCAGTAG
TGTCTCAGACCACGATGGTTCCTGATTTTCTTGAGACGTTCAAGGTCATCCCTGAGCTTC
ATGTCAAGGGCATTGGAGACAACTTGAGAGTACTTGCCGTCTTTGTAATCCTTCTGTCTG
TTCAGGAACCAGTCTGGGATCTTGTACTGCTTCGGGTTAGCGACAATCGTCATCAGGTTG
TCGATCTCAGCAGCAGATAACTCACCAGCCCTTTTGTTCATGTCGACATCAGCCTTCTTG
CAGACGATGTTAGCCAATCGCCTCCCAATACCTTTGATAGAGGTAAGGGCAAACATTATC
TTCTGCTTACCATCAACATTTGTGTTGAGCACACGGAGAATATGCTGAAACTCCTCATTT
GCGACCAAAGACATTGTGATTCGCAGAGATGAGATTCGTAAAAGAGGCAAGCCGTCTTTC
AAGCAGTGAGGATCGCTGGAGAGTTGAACACAAGAAAAA

QA 2 700 2 700
DS 

RD RR3FW78JQ 676 0 0
GATTGAAAAGGTCTCAAAACTAGATTCAAAAGGTGTCTCACAAACTAGTTCGAAGAAGAA
ACATAAATTAAAATCGATTCTTGTGAAGCATATCCAGTGAAGCAGTAACTAGCAACACAA
GTAGAGGCTTGCTTAACGCTTCTTTGACACACCAACAGTCTTTCCTCTGCGGCCAGTTGT
CTTGGTGTGTTGTCCACGAACACGGAGACCCCAGTAGTGTCTCAGACCACGATGGTTCCT
GATTTTCTTGAGACGTTCAAGGTCATCCCTGAGCTTCATGTCAAGGGCATTGGAGACAAC
TTGAGAGTACTTGCCGTCTTTGTAATCCTTCTGTCTGTTCAGGAACCAGTCTGGGATCTT
GTACTGCTTCGGGTTAGCGACAATCGTCATCAGGTTGTCGATCTCAGCAGCAGATAACTC
ACCAGCCCTTTTGTTCATGTCGACATCAGCCTTCTTGCAGACGATGTTAGCCAATCGCCT
CCCAATACCTTTGATAGAGGTAAGGGCAAACATTATCTTCTGCTTACCATCAACATTTGT
GTTGAGCACACGGAGAATATGCTGAAACTCCTCATTTGCGACCAAAGACATTGTGATTCG
CAGAGATGAGATTCGTAAAAGAGGCAAGCCGTCTTTCAAGCAGTGAGGATCGCTGGAGAG
TTGAACACAAGAAAAA

QA 1 676 1 676
DS 



CO CL491Contig2 771 2 3 U
GGGGCAGTCGTCCTCTATTTTCTTGTGTTCAACTCTCCAGCGATCCTCACTGCTTGAAAG
ACGGCTTGCCTCTTTTACGAATCTCATCTCTGCAAATCACAATGTCTTTGGTCGCAAATG
AGGAGTTTCAGCATATTCTCCGTGTGCTCAACACAAATGTTGATGGTAAGCAGAAGATAA
TGTTTGCCCTTACCTCTATCAAAGGTATTGGGAGGCGATTGGCTAACATCGTCTGCAAGA
AGGCTGATGTCGACATGAACAAAAGGGCTGGTGAGTTATCCGCTGCTGAGATCGACAACC
TGATGACAATTGTCGCTAACCCGAAGCAGTACAAGATCCCAGACTGGTTCCTGCACAGAC
AGAAGGATTACAAAGACGGGAAGTACTCTCAAGTTGTCTCCAATGCCCTTGACATGAAGC
TCAGGGATGACCTTGAACGTCTCAAGAAAATCATGAACCATCGTGGTCTGAGACACTACT
GGGGTCTCCGCGTTCGTGGACAACACACCAAGACAACTGGCCGCAGAGGAAAGACTGTTG
GTGTGTCAAAGAAGCGTTAAGCAAAGCCTATTGATCTTGCTAGTTGCTGCTTTACTGGAT
ATGCTTCACAAGAATCGATTTTAATTTATGTTTCTTCTTCGAACTAGTTTGTGAGACACC
TTTTGAATCTAGTTTTGAGACCTTTTCAATCTTATGATCTGTCTTTGTGAACCATTTGTT
ACACATGTGCCTGCTCCCTTCTCTATTGCTATCTATTGTGGTTTCGAAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP25JQ C 1
AF RR3FP25TF U 17
BS 1 17 RR3FP25JQ
BS 18 728 RR3FP25TF
BS 729 771 RR3FP25JQ

RD RR3FP25JQ 771 0 0
GGGGCAGTCGTCCTCTATTTTCTTGTGTTCAACTCTCCAGCGATCCTCACTGCTTGAAAG
ACGGCTTGCCTCTTTTACGAATCTCATCTCTGCAAATCACAATGTCTTTGGTCGCAAATG
AGGAGTTTCAGCATATTCTCCGTGTGCTCAACACAAATGTTGATGGTAAGCAGAAGATAA
TGTTTGCCCTTACCTCTATCAAAGGTATTGGGAGGCGATTGGCTAACATCGTCTGCAAGA
AGGCTGATGTCGACATGAACAAAAGGGCTGGTGAGTTATCCGCTGCTGAGATCGACAACC
TGATGACAATTGTCGCTAACCCGAAGCAGTACAAGATCCCAGACTGGTTCCTGCACAGAC
AGAAGGATTACAAAGACGGGAAGTACTCTCAAGTTGTCTCCAATGCCCTTGACATGAAGC
TCAGGGATGACCTTGAACGTCTCAAGAAAATCATGAACCATCGTGGTTTGAGACACTACT
GGGGTCTCCGCGTTCGTGGACAACACACCAAGACAACTGGCCGCAGAGGAAAGACTGTTG
GTGTGTCAAAGAAGCGTTAAGCAAAGCCTATTGATCTTGCTAGTTGCTGCTTTACTGGAT
ATGCTTCACAAGAATCGATTTTAATTTATGTTTTTTTTTCGAACTAGTTTGTGAGACACC
TTTTGAATCTAGTTTTGAGACCTTTTCAATCTTATGATCTGTCTTTGTGAACCATTTGTT
ACACATGTGCCTGCTCCCTTCTCTATTGCTATCTATTGTGGTTTCGAAGTG

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3FP25TF 712 0 0
TTTTTCTTGTGTTCAACTCTCCAGCGATCCTCACTGCTTGAAAGACGGCTTGCCTCTTTT
ACGAATCTCATCTCTGCAAATCACAATGTCTTTGGTCGCAAATGAGGAGTTTCAGCATAT
TCTCCGTGTGCTCAACACAAATGTTGATGGTAAGCAGAAGATAATGTTTGCCCTTACCTC
TATCAAAGGTATTGGGAGGCGATTGGCTAACATCGTCTGCAAGAAGGCTGATGTCGACAT
GAACAAAAGGGCTGGTGAGTTATCCGCTGCTGAGATCGACAACCTGATGACAATTGTCGC
TAACCCGAAGCAGTACAAGATCCCAGACTGGTTCCTGCACAGACAGAAGGATTACAAAGA
CGGGAAGTACTCTCAAGTTGTCTCCAATGCCCTTGACATGAAGCTCAGGGATGACCTTGA
ACGTCTCAAGAAAATCATGAACCATCGTGGTCTGAGACACTACTGGGGTCTCCGCGTTCG
TGGACAACACACCAAGACAACTGGCCGCAGAGGAAAGACTGTTGGTGTGTCAAAGAAGCG
TTAAGCAAAGCCTATTGATCTTGCTAGTTGCTGCTTTACTGGATATGCTTCACAAGAATC
GATTTTAATTTATGTTTCTTCTTCGAACTAGTTTGTGAGACACCTTTTGAATCTAGTTTT
GAGACCTTTTCAATCTTATGATCTGTCTTTGTGAACCATTTGTTACACATGT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 7

CO CL492Contig1 1375 7 17 U
AAACGTAAATGGCGAACAATGGACCCAGCTGGGACGGATTGCTCAAATGGAGCCTCTCCC
ATTCCGATGGCGCTTCCCCTTCCCGCCCTTTGAGTGAGGAAGATCGACAATGGTTCATGG
AAGCAATGCAAGGACATACGATCGATTCGATTTCGCGTATGAAACAAATATCTCAAATCA
TGAAAATGCCTGAACACCTCTTGGATTCTCAAGGAGTCACAACAGACGATCTTGAAGGAA
TGTTGGATGAGTTGCAAGAACACGTCGAGTCAATCGATTTAGCCAATGATCTTCATTCCA
TTGGAGGTTTGGTCCCTCTCCTTGGTTATCTTAAGAACTCTAACGCCAAGATCCGAGCAA
AAGCAGCAGATGTTTTGACCACGGTTGTCCAAAACAATCCTCGTAGCCAGCAGCTTGTTA
TGGAAGCAAATGGCTTCGAGCCCTTGTTAACAAACTTTATTACCGATCCCGACGTTAGAG
TCAGGACCAAAGCCCTCGGTGCTTTATCTTCTCTTATCCGTCACAACCAACAAGGGATTA
CAGCTTTCCGCCTAGCAAATGGTTACGCTGGCTTGCGAGACGCACTGGTCTCTGATACCG
TTAGATTTCAAAGGAAAGCGTTGAATTTGATTCACTATCTTCTCCAAGAAAGCAACTCAG
ACTGTAGAATCGCTAGGGATCTTGGATTCCCTCGCATAATGATCCACCTAGCATCAAACC
AAGACCTTGAAGTCCGTGAATTCGCTCTTCGTGGTCTCCTACAGCTTACCCGTGAAGAAT
CCGAGAGAAACCTCGACAGAGCGGATGTGAATCTAAGACAGCTTCTTGAGGAGAGAACAA
GAAGAATCATCGCAATGTCGGAGGAAGATCTTTGTGCAGCTAGAGAAGAAAGAGAGCTGG
TGGATATTCTTTGGACCGTGTGTTACGAAGAACCGTCTCTTCTAAGAGAGAGAGGTCTGG
TTTACCTCCCGTGTGATGATGAGATGGCTCCTGATGTGGTTAGAGACCGCTTTGAACCTC
CATTAAGGGCTTGGGCTGCAAGACGAGATGATGAAATGAATGAACCACCGGTTCCACTTC
TTCTTGGTCCTCCTGCTCAGTGATCTCATTGCTATGGGCCTTTGATCCCATCACAAATAA
AAACTGCGTGGAACAGTTATTTCAAATGTTCTACCGTTTCTCTGTTCAGTTCTGCCAAAA
CCATAATGTTTCATTATTGAACTATTGCAATCTTTTTGAGAAGATTATAGAAACATAAAG
ATTCAAAAATAATTTGGAAAAATAGAGAAATATCTTACCTACAAATTTAGTATAAAAATT
TAGGTTTAATTTTAAGTCGATGCATATTGTAATCTGAGTCAAAAACATTTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AF16TF U 1
AF RR3BR01TF U 256
AF RR3A889TF U 221
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AF RR3AF16JQ C 682
AF RR3CZ32JQ C 503
AF RR3CW13TF U 875
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TGAAAATGCCTGAACACCTCTTGGATTCTCAAGGAGTCACAACAGACGATCTTGAAGGAA
TGTTGGATGAGTTGCAAGAACACGTCGAGTCAATCGATTTAGCCAATGATCTTCATTCCA
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AAGCAGCAGATGTTTTGACCACGGTTGTCCAAAACAATCCTCGTAGCCAGCAGCTTGTTA
TGGAAGCAAATGGCTTCGAGCCCTTGTTAACAAACTTTATTACTGATCCCGACGTTAGAG
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TTAGATTTCAAAGGAAAGCGTTGAATTTGATTCACTATCTTCTCCAAGAAAGCAACTCAG
ACTGTAGAATCGCTAGGGATCTTGGATTCCCTCGCATAATGATCCACCTAGCATCAAACC
AAGACCTTGAAGTCCGTGAATTCGCTCTTCGTGGTCTC

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DS 

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G
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GACCACGGTTGTCCAAAACAATCCTCGTAGCCAGCAGCTTGTTATGGAAGCAAATGGCTT
CGAGCCCTTGTTAACAAACTTTATTACCGATCCCGACGTTAGAGTCAGGACCAAAGCCCT
CGGTGCTTTATCTTCTCTTATCCGTCACAACCAACAAGGGATTACAGCTTTCCGCCTAGC
AAATGGTTACGCTGGCTTGCGAGACGCACTGGTCTCTGATACCGTTAGATTTCAAAGGAA
AGCGTTGAACTTGATTCACTATCTTCTCCAAGAAAGCAACTCAGACTGTAGAATCGCTAG
GGATCTTGGATTCCCTCGCATAATGATCCACCTAGCATCAAACCAAGACCTTGAAGTCCG
TGAATTCGCTCTTCGTGGTCTCCTACAGCTTACCCGTGAAGAATCCGAGAGAAACCTCGA
CAGAGCGGATGTGAATCTAAGACAGCTTCTTGAGGAGAGAACAAGAAGAATCATCGCAAT
GTCGGAGGAAGATCTTTGTGCAGCTAGAGAAGAAAGAGAGCTGGTGGATATTCTTTGGAC
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CCTCCA

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G
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GCCAATGATCTTCATGCCATTGGAGGTTTGGTCCCTCTCCTTGGTTATCTTAAGAACTCT
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CGTAGCCAGCAGCTTGTTATGGAAGCAAATGGCTTCGAGCCCTTGTTAACAAACTTTATT
ACTGATCCCGACGTTAGAGTCAGGACCAAAGCCCTCGGTGCTTTATCTTCTCTTATCCGT
CACAACCAACAAGGGATTACAGCTTTCCGCCTAGCTAATGGTTACGCTGGCTTGCGAGAC
GCACTGGTCTCTGATACCGTTAGATTTCAAAGGAAAGCGTTGAATTTGATTCACTATCTT
CTCCAAGAAAGCAACTCAGACTGTAGAATTGTTAGGGATCTTGGTTTCCCTCGCATAATG
ATCCACCTAGCATCCAACCAAGACCTTGAAGTCCGTGAATTCGCTCTCCGTGGTCTCCTA
GAGCTTACCCGTGAAGAGTCCGAGAGAAACCTCGATAGAGCGGATGTGAATCTAAGACAG
CTTCTTGAGGAGAGAACAAGAAGAATCATCGCAATGTCGGAGGAAGATCTTTGTGCAGCT
AGAGAAGAAAGAGAGCTGGTGGATATTCTTTGGACCGTGTGTTACGATGAACCGTCTCTT
CTAAGAGAGAGAGGTCTGGTTTACCTCCCGTGTGATGATGAGATGGCTCCTGATGTTGTT
AGAGACCGCTTTGAACCTCCAT

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DS 

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GGCTTGCGAGACGCACTGGTCTCTGATACCGTTAGATTTCAAAGGAAAGCGTTGAACTTG
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CCTCGCATAATGATCCACCTAGCATCAAACCAAGACCTTGAAGTCCGTGAATTCGCTCTT
CGTGGTCTCCTACAGCTTACCCGTGAAGAATCCGAGAGAAACCTCGACAGAGCGGATGTG
AATCTAAGACAGCTTCTTGAGGAGAGAACAAGAAGAATCATCGCAATGTCGGAGGAAGAT
CTTTGTGCAGCTAGAGAAGAAAGAGAGCTGGTGGATATTCTTTGGACCGTGTGTTACGAA
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CCTGATGTGGTTAGAGACCGCTTTGAACCTCCATTAAGGGCTTGGGCTGCAAGACGAGAT
GATGAAATGAATGAACCACCGGTTCCACTTCTTCTTGGTCCTCCTGCTCAGTGATCTCAT
TGCTATGGGCCTTTGATCCCATCACAAATAAATACTGCGTGGAACAGTTATTTCAAATGT
TCTACCGTTTCTCTGTTCAGTTCTGCCAAAACCATAATGTTTCATTATTGAAC
G

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DS 

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TCGCTCTTCGTGGTCTCCTACAGCTTACCCGTGAAGAATCCGAGAGAAACCTCGACAGAG
CGGATGTGAATTTAAGACAGCTTCTTGAGGAGAGAACAAGAAGAATCATCGCAATGTCGG
AGGAAGATCTTTGTGCAGCTAGAGAAGAAAGAGAGCTGGTGGATATTCTTTGGACCGTGT
GTTACGAAGAACCGTTTCTTTTAAGAGAGAGAGGTCTGGTTTACCTCCCGTGTGATGATG
AGATGGCTCCTGATGTGGTTAGAGACCGCTTTGAACCTCCATTAAGGGCTTGGGCTGCAA
GACGAGATGATGAAATGAATGAACCACCGGTTCCACTTCTTCTTGGTCCTCCTGCTCAGT
GATCTCATTGCTATGGGCCTTTGATCCCATCACAAATAAAAACTGCGTGGAACAGTTATT
TCAAATGTTCTACCGTTTCTCTGTTCAGTTCTGCCAAAACCATAATGTTTCATTATTGAA
C
C

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DS 

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TTACGCTGGCTTGCGAGACGCACTGGTCTCTGATACCGTTAGATTTCAAAGGAAAGCGTT
GAATTTGATTCACTATCTTCTCCAAGAAAGCAACTCAGACTGTAGAATCGCTAGGGATCT
TGGATTCCCTCGCATAATGATCCACCTAGCATCAAACCAAGACCTTGAAGTCCGTGAATT
CGCTCTTCGTGGTCTCCTACAGCTTACCCGTGAAGAATCCGAGAGAAACCTCGACAGAGC
GGATGTGAATCTAAGACAGCCTCTTGAGGAGAGAACAAGAAGAATCATCGCAATGTCGGA
GGAAGATCTTTGTGCAGCTAGAGAAGAAAGAGAGCTGGTGGATATTCTTTGGATCGTGTG
TTACGAAGAACCGTCTCTTCTAAGAGAGAGAGGTCTGGTTTACCTCCCGTGTGATGATGA
GATGGCTCCTGATGTGGTTAGAGACCGCTTTGAACCTCCATTAAGGGCTTGGGCTGCAAG
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ATCTCATTGCTATGGGCCTTTGATCCCATCACAAATAAAAACTGCGTGGAACAGTTATTT
CAAATGTTCTACCGTTTCTCTGTTCAGTTCTGCCAAAACCATAATGTTTCATTATTGAAC
TATTGCAATCTTTTTGAGAAGATTATAGAAACATAAAGATTCA
C

QA 1 763 1 763
DS 

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G
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TCTCTTCTAAGAGAGAGAGGTCTGGTTTACCTCCCGTGTGATGATGAGATGGCTCCTGAT
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ATGAATGAGCCACCGGTTCCACTTCTTCTTGGTCCTCCTGCTCAGTGATCTCATTGCTAT
GGGCCTTTGATCCCATCACAAATAAAAACTGCGTGGAACAGTTATTTCAAATGTTCTACC
GTTTCTCTGTTCAGTTCTGCCAAAACCATAATGTTTCATTATTGAACTATTGCAATCTTT
TTGAGAAGATTATAGAAACATAAAGATTCAAAAATAATTTGGAAAAATAGAGAAATATCT
TACCTACAAATTTAGTATAAAAATTTAGGTTTAATTTTAAGTCGATGCATATTGTAATCT
GAGTCAAAAACATTTCTTCC

QA 2 501 2 501
DS 



AS 1 5

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CGAGTCGAGGAGAAGAAGAAGTAGAAGATCTGTGAGCAATGGCAATGGCTGTTTTCCGTC
GCGAAGGGAGGCGTCTCCTCCCTTCAATCGCCGCTCGCCCAATCGCCGCCATCCGATCTC
CTCTCTCTTCTGACCAGGAGGAAGGACCTCTTGGAGTTCGTTCTATCTCAACTCAAGTTG
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GCAGGGCTTTGTACAAGTTGAATGCTGGTCCTGAAAAGGACGTGAAGTCTGTTATTGTGG
GAGAGAAAGCAAAGGCTATAATGTTTCGTGACTCAAAGAACGACATTTCCCTTACTGTTA
CAGAGCTGAATAAGAATCCACTCAACTATGCTCAGGTCTCAGTTTTAGCTGATGACATCC
TGAAGAACGTTGAGTTCGATGCTTTGCGCATTGTTTACAACAAGTTCCATTCTGTCGTCG
CATTTCTACCGACTGTGGCCACTGTTTTGTCACCTGAGATTATTGAGAAGGAGTCTGAAG
TGGGAGGAAAGCTCGGTGAGCTCGACTCATACGAGATTGAAGGTGGTGAAACAAAGGGAG
AAATTCTGCAGAATCTGGCCGAGTTCCAGTTCTCTTGTGTAATGTTCAATGCGGTGCTGG
AGAATGCGTGTAGTGAGATGGGAGCTAGGATGTCTGCCATGGACAGCTCAAGCAGAAACG
CAGGAGAAATGCTTGACCGTCTCACCCTCACTTACAACAGGACTCGTCAAGCTTCTATCA
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ATTCTTGTTTGCGTTGACTTGGTTTTTGATATCTATCCACCTTGAAGGAGACAGTGTGTT
TTGAATTTTCTAAGGGCTACTGAATCAGTTTTCCTTCGCTGTCTTCTTGTTGAGGCTACC
AGTCTTTGCTCAAAGGATTTTTCATAATAATATCCCTGTAATTTCCAGCAGGATTACTAA
TAATTGCATTAACATTGGTTCTGACTTCAGTACACTTCCTACCAGTCTTTGCTGAAAGGA
TTTTTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 5 30 30 5 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AE47TF U 1
AF RR3BM49TF U 35
AF RR3G183TF U 71
AF RR3G183JQ C 515
AF RR3EV46JQ C 613
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BS 525 528 RR3AE47TF
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BS 530 538 RR3AE47TF
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CGAGTCGAGGGGAAGAAGAATTAGAAGATCTGTGAGCAATGGCAATGGCTGTTTTCCGTC
GCGAAGGGAGGCGTCTCCTCCCTTCAATCGCCGCTCGCCCAATCGCCGCCATCCGATCTC
CTCTCTCTTCTGACCAGGAGGAAGGACCTCTTGGAGTTCGTTCTATCTCAACTCAAGTTG
TGCGTAACCGGATGAAGAGTGTGAAGAACATCCAAAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGG
TTGCTGCTTCTAAGCTAAGAGCTGTTCAAGGCAGAGCTGAGAACTCCCGTGGACTTTGGC
AGCCTTTTACTGCTCTTCTTG*AGACAATCCCAGCATTGATGTGAAGAAGAGTGTGGTGG
TCACTCTCTCTTCTGACAAGGGTCTCTGTGGTGGAATCAACTCCACTGTTGTTAAAGTGA
GCAGGGCTTTGTACAAGTTGAATGCTGGTCCTGAAAAGGACGTAAAGTTTGTTATTGTCG
GAGAGAAAGCAAAGGCTATAATGTTTCGTGACTCAAAGAACGACATTTCCCTTACTGTTA
CGGAGCTGAATAAGAATCCACTCAACTACGCTCAGGTCTCAGTTTTAGCTGATGACATCC
TGAAGAACGTTGAGTTCGATGCTTTGCGCATTGTTTACAACAAGTTCCATTCTGTCGTCG
CATTTCTACCGACTGTGGCCACTGTTTTGTCACCTGAGATTATTGAGAAAGAGT
CTGA

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DS 

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AGCAATGGCAATGGCTGTTTTCCGTCGCGAAGGGAGGCGTCTCCTCCCTTCAATCGCCGC
TCGCCCAATCGCCGCCATCCGATCTCCTCTCTCTTCTGACCAGGAGGAAGGACCTCTTGG
AGTTCGTTCTATCTCAACTCAAGTTGTGCGTAACCGGATGAAGAGTGTGAAGAACATCCA
AAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCTTCTAAGCTAAGAGCTGTTCAAGGCAG
AGCTGAGAACTCCCGTGGACTTTGGCAGCCTTTTACTGCTCTTCTTGGAGACAATCCCAG
CATTGATGTGAAGAAGAGTGTGGTGGTCACTCTCTCTTCTGACAAGGGTCTCTGTGGTGG
AATCAACTCCACTGTTGTTAAAGTGAGCAGGGCTTTGTACAAGTTGAATGCTGGTCCTGA
AATGGACGTAAAGTTTGTTATTGTCGGAGAGAAAGCAAAGGCTATAATGTTTCGTGACTC
AAAGAACGACATTTCCCTTACTGTTACGGTGCTGAATAAGAATCCACTCAACTACGCTCA
GGTCTCAGTTTTAGCTGATGACATCCTGAAGAACGTTGAGTTCGATGCTTTGCGCATTGT
TTACAACAAGTTCCATTCTGTCGTCGCATTTCGACCGACTGTGGCCACTGTTT*GTCACC
TGAG

QA 1 724 1 724
DS 

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GGGAAGAACCAACCCC
GATCTGTGAGCAATGGCAATGGCTGTTTTCCGTCGCGAAGGGAGGCGTCTCCTCCCTTCA
ATCGCCGCTCGCCCAGTCGCCGCCATCCGATCTCCTCTCTCTTCTGACCAGGAGGAAGGA
CCTCTTGGAGTTCGTTCTATCTCAACTCAAGTTGTGCGTAACCGGATGAAGAGTGTGAAG
AACATTCAAAAGATCACAAAGGCCATGAAGATGGTTGCTGCTTCCAAGCTAAGAGCTGTT
CAAGGCAGAGCTGAGAACTCCCGTGGACTTTGGCAGCCTTTTACTGCTCTTCTTGGAGAC
AATCCCAGCATTGATGTGAAGAAGAGTGTGGTGGTCACTCTCTCTTCTGACAAGGGTCTC
TGTGGTGGAATTAACTCCACTGTTGTTAAAGTGAGCAGGGCTTTGTACAAGTTGAATGCT
GGTCCTGAAAAAGAGGTGAAGTCTGTTATTGTGGGAGAGAAAGCAAAGGCTATAATGTTT
CGTGACTCAAAGAACGACATTTCCCTTACTGTTACAGAGCTGAATAAGAATCCACTCAAC
TATGCTCAGGTCTCAGTTTTAGCTGATGACATCCTGAAGAACGTTGAGTTCGATGCTTTG
CGCATTGTTTACAACAAGTTCCATTCTGTCGTCGCATTTCTACCGACTGTGGCCACTGTT
TTGTCACCTGAGATTATTGAGAA*GAGTCTGAAGTGGG
AGG

QA 17 714 17 714
DS 

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AAAAGAG
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GACATTTCCCTTACTGTTACAGAGCTGAATAAGAATCCACTCAACTATGCTCAGGTCTCA
GTTTTAGCTGATGACATCCTGAAGAACGTTGAGTTCGATGCTTTGCGCATTGTTTACAAC
AAGTTCCATTCTGTCGTCGCATTTCTACCGACTGTGGCCACTGTTTTGTCACCTGAGATT
ATTGAGAAGGAGTCTGAAGTGGGAGGAAAGCTCGGTGAGCTCGACTCATACGAGATTGAA
GGTGGTGAAACAAAGGGAGAAATTCTGCAGAATCTGGCCGAGTTCCAGTTCTCTTGTGTA
ATGTTCAATGCGGTGCTGGAGAATGCGTGTAGTGAGATGGGAGCTAGGATGTCTGCCATG
GACAGCTCAAGCAGAAACGCAGGAGAAATGCTTGACCGTCTCACCCTCACTTACAACAGG
ACTCGTCAAGCTTCTATCACAACAGAGCTTATCGAGATTATCTCTGGAGCCTCTGCACTT
GAAGCCGCTAAATAAGCACATTCTTGTTTGCGTTGACTTGGTTTTTGATATCTATCCACC
TTGAAGGAGACAGTGTGTTTTGAATTTTCTAAGGGCTACTGAATCAGTTTTCCTTCGCTG
TCTTCTTGTTGAGGCTACCAGTCTTTGCTCAAAGGATTTTTCATAATAATATCCCTGTAA
TTTCCAGCAGGATT

QA 8 741 8 741
DS 

RD RR3EV46JQ 716 0 0
AGAATCCACTCAACTATGCTCAGGTCTCAGTTTTAGCTGATGACATCCTGAAGAACGTTG
AGTTCGATGCTTTGCGCATTGTTTACAACAAGTTCCATTCTGTCGTCGCATTTCTACCGA
CTGTGGCCACTGTTTTGTCACCTGAGATTATTGAGAAGGAGTCTGAAGTGGGAGGAAAGC
TCGGTGAGCTCGACTCATACGAGATTGAAGGTGGTGAAACAAAGGGAGAAATTCTGCAGA
ATCTGGCCGAGTTCCAGTTCTCTTGTGTAATGTTCAATGCGGTGCTGGAGAATGCGTGTA
GTGAGATGGGAGCTAGGATGTCTGCCATGGACAGCTCAAGCAGAAACGCAGGAGAAATGC
TTGACCGTCTCACCCTCACTTACAACAGGACTCGTCAAGCTTCTATCACAACAGAGCTTA
TTGAGATTATCTCTGGAGCCTCTGCACTTGAAGCCGCTAAATAAGCACATTCTTGTTTGC
GTTGACTTGGTTTTTGATATCTATCCACCTTGAAGGAGACAGTGTGTTTTGAATTTTCTA
AGGGCTACTGAATCAGTTTTCCTTCGCTGTCTTCTTGTTGAGGCTACCAGTCTTTGCTCA
AAGGATTTTTCATAATAATATCCCTGTAATTTCCAGCAGGATTACTAATAATTGCATTAA
CATTGGTTCTGACTTCAGTACACTTCCTACCAGTCTTTGCTGAAAGGATTTTTCAT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 2 6

CO CL494Contig1 1198 4 3 U
GGAAAACTATATTACAGAGCAATACGGAGAGAACAGACAGAGACATTTATACAAGTCATT
CTTGTCCTAATCCTAACAAGACTCAAGTAATGGGAAATCTTTTGTGCTGCGTGCTGGTGA
AGCAATCAGATGTGGCAATCAAGGAGAGGTTTGGCAAATTTCAAAAAGTTCTTAATCCAG
GTCTCCAGTTTGTGCCCTGGGTCATTGGTGATTATGTCGCCGGTCACCTCACCCTCCGTC
TCCAGCAACTTGATGTTCAATGCGAAACCAAAACAAAGGACAATGTGTTTGTGACAGTGG
TTGCATCCATACAATACAGAGTCTTGGTTGACAAGGCAAGTGATGCCTTCTACAGACTTA
GCAACCCTACTTCCCAAATCAAAGCCTACGTCTTCGACGTGATCAGAGCATGTGTACCAA
AGCTGAACTTGGACGATGTGTTCGAGCAGAAGAATGAAATAGCCAAATCCGTGGAAGAAG
AGCTAGACAAAGCCATGACAGCTTATGGTTATGAGATTCTTCAAACCCTGATCATCGACA
TCGAGCCTGATCAACAGGTTAAACGTGCCATGAACGAAATCAACGCCGCGGCGAGGATGA
GGGTGGCTGCGAACGAGAAAGCCGAGGCGGAGAAAATCATTCAGATAAAGAGAGCAGAGG
GTGAAGCTGAGTCCAAGTACCTTTCTGGACTCGGTATCGCTCGTCAGAGACAAGCTATCG
TGGACGGTCTGAGAGACAGTGTTCTCGGTTTCGCAGGAAACGTGCCTGGGACGTCAGCGA
AGGATGTGTTGGACATGGTGATGATAACTCAGTACTTTGACACGATGAGAGATATCGGAG
CTAGCTCCAAATCTTCGGCGGTGTTTATCCCTCACGGTCCAGGCGCCGTCGCTGACGTGG
CGGCACAGATTCGAAATGGATTACTGCAGGCCCACCAGACCAATGCTTAAAGGGCTCAGT
CAAGAGTCCACTGTCCGAAAAGTCGTCTCCACCCTGTTGTTTTAATGATATTTTTTTATT
GAAAATAGATATCCTTAAAAGATATAAAATGCTATGCTGATTGTGGTTTGATATTTTTCC
TTTTCCATGTGATAATGTTTTCTTTTTGGGTCTTTCCTTGTTGTCTTGTATTTATTTTGA
GAATTCAGTTTGTATGTGAAAATTTATAACTATCTCTAATTATATGTTTTCAAAGTTT


BQ
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AF RR3A749TF U 1
AF RR3AL45TF U 1
AF RR3AL45JQ C 406
AF RR3A749JQ C 551
BS 1 536 RR3A749TF
BS 537 722 RR3AL45TF
BS 723 1198 RR3AL45JQ

RD RR3A749TF 536 0 0
GGAAAACTATATTACAGAGCAATACGGAGAGAACAGACAGAGACATTTATACAAGTCATT
CTTGTCCTAATCCTAACAAGACTCAAGTAATGGGAAATCTTTTGTGCTGCGTGCTGGTGA
AGCAATCAGATGTGGCAATCAAGGAGAGGTTTGGCAAATTTCAAAAAGTTCTTAATCCAG
GTCTCCAGTTTGTGCCCTGGGTCATTGGTGATTATGTCGCCGGTCACCTCACCCTCCGTC
TCCAGCAACTTGATGTTCAATGCGAAACCAAAACAAAGGACAATGTGTTTGTGACAGTGG
TTGCATCCATACAATACAGAGTCTTGGTTGACAAGGCAAGTGATGCCTTCTACAGACTTA
GCAACCCTACTTCCCAAATCAAAGCCTACGTCTTCGACGTGATCAGAGCATGTGTACCAA
AGCTGAACTTGGACGATGTGTTCGAGCAGAAGAATGAAATAGCCAAATCCGTGGAAGAAG
AGCTAGACAAAGCCATGACAGCTTATGGTTATGAGATTCTTCAAACCCTGATCATC

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR3AL45TF 722 0 0
GGAAAACTATATTACAGAGCAATACGGAGAGAACAGACAGAGACATTTATACAAGTCATT
CTTGTCCTAATCCTAACAAGACTCAAGTAATGGGAAATCTTTTGTGCTGCGTGCTGGTGA
AGCAATCAGATGTGGCAATCAAGGAGAGGTTTGGCAAATTTCAAAAAGTTCTTAATCCAG
GTCTCCAGTTTGTGCCCTGGGTCATTGGTGATTATGTCGCCGGTCACCTCACCCTCCGTC
TCCAGCAACTTGATGTTCAATGCGAAACCAAAACAAAGGACAATGTGTTTGTGACAGTGG
TTGCATCCATACAATACAGAGTCTTGGTTGACAAGGCAAGTGATGCCTTCTACAGACTTA
GCAACCCTACTTCCCAAATCAAAGCCTACGTCTTCGACGTGATCAGAGCATGTGTACCAA
AGCTGAACTTGGACGATGTGTTCGAGCAGAAGAATGAAATAGCCAAATCCGTGGAAGAAG
AGCTAGACAAAGCCATGACAGCTTATGGTTATGAGATTCTTCAAACCCTGATCATCGACA
TCGAGCCTGATCAACAGGTTAAACGTGCCATGAACGAAATCAACGCCGCGGCGAGGATGA
GGGTGGCTGCGAACGAGAAAGCCGAGGCGGAGAAAATCATTCAGATAAAGAGAGCAGAGG
GTGAAGCTGAGTCCAAGTACCTTTCTGGACTCGGTATCGCTCGTCAGAGACAAGCTATCG
TG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3AL45JQ 793 0 0
GAGCATGTGTACCAAAGCTGAACTTGGACGATGTGTTCGAGCAGAAGAATGAAATAGCCA
AATCCGTGGAAGAAGAGCTAGACAAAGCCATGACAGCTTATGGTTATGAGATTCTTCAAA
CCCTGATCATCGACATCGAGCCTGATCAACAGGTTAAACGTGCCATGAACGAAATCAACG
CCGCGGCGAGGATGAGGGTGGCTGCGAACGAGAAAGCCGAGGCGGAGAAAATCATTCAGA
TAAAGAGAGCAGAGGGTGAAGCTGAGTCCAAGTACCTTTCTGGACTCGGTATCGCTCGTC
AGAGACAAGCTATCGTGGACGGTCTGAGAGACAGTGTTCTCGGTTTCGCAGGAAACGTGC
CTGGGACGTCAGCGAAGGATGTGTTGGACATGGTGATGATAACTCAGTACTTTGACACGA
TGAGAGATATCGGAGCTAGCTCCAAATCTTCGGCGGTGTTTATCCCTCACGGTCCAGGCG
CCGTCGCTGACGTGGCGGCACAGATTCGAAATGGATTACTGCAGGCCCACCAGACCAATG
CTTAAAGGGCTCAGTCAAGAGTCCACTGTCCGAAAAGTCGTCTCCACCCTGTTGTTTTAA
TGATATTTTTTTATTGAAAATAGATATCCTTAAAAGATATAAAATGCTATGCTGATTGTG
GTTTGATATTTTTCCTTTTCCATGTGATAATGTTTTCTTTTTGGGTCTTTCCTTGTTGTC
TTGTATTTATTTTGAGAATTCAGTTTGTATGTGAAAATTTATAACTATCTCTAATTATAT
GTTTTCAAAGTTT

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3A749JQ 648 0 0
TCAACAGGTTAAACGTGCCATGAACGAAATCAACGCCGCGGCGAGGATGAGGGTGGCTGC
GAACGAGAAAGCCGAGGCGGAGAAAATCATTCAGATAAAGAGAGCAGAGGGTGAAGCTGA
GTCCAAGTACCTTTCTGGACTCGGTATCGCTCGTCAGAGACAAGCTATCGTGGACGGTCT
GAGAGACAGTGTTCTCGGTTTCGCAGGAAACGTGCCTGGGACGTCAGCGAAGGATGTGTT
GGACATGGTGATGATAACTCAGTACTTTGACACGATGAGAGATATCGGAGCTAGCTCCAA
ATCTTCGGCGGTGTTTATCCCTCACGGTCCAGGCGCCGTCGCTGACGTGGCGGCACAGAT
TCGAAATGGATTACTGCAGGCCCACCAGACCAATGCTTAAAGGGCTCAGTCAAGAGTCCA
CTGTCCGAAAAGTCGTCTCCACCCTGTTGTTTTAATGATATTTTTTTATTGAAAATAGAT
ATCCTTAAAAGATATAAAATGCTATGCTGATTGTGGTTTGATATTTTTCCTTTTCCATGT
GATAATGTTTTCTTTTTGGGTCTTTCCTTGTTGTCTTGTATTTATTTTGAGAATTCAGTT
TGTATGTGAAAATTTATAACTATCTCTAATTATATGTTTTCAAAGTTT

QA 1 648 1 648
DS 



CO CL494Contig2 1075 2 2 U
GGAACTCATTCTTGTTCTTATCCTAACAAGACTAAGTAATGGGTAACCTTTTGTGCTGCG
TGCTGGTGAAGCAATCGGATGTGGCGATCAAGGAGCGATTTGGCAAGTTTCAAAAAGTGC
TTAATCCAGGTCTCCAGTTTGTGCCCTGGGTCATAGGTGATTATGTCGCCGGTCAACTCA
CCCTCCGCCTCCAGCAACTCGATGTTCAATGCGAAACCAAGACAAAGGACAATGTGTTTG
TGACAGTGGTTGCATCCATACAATACAGAGTCTTGGTTGACAAGGCAAGTGATGCTTTCT
ACAGACTTAGCAATCCAACATCACAAATCAAAGCCTATGTCTTTGATGTGATCAGAGCAT
GCGTACCGAAGCTGAACTTGGACGACGTGTTCGAGCAGAAGAATGAAATAGCCAAATCCG
TGGAAGAAGAGCTAGACAAAGCCATGACTACTTATGGTTATGAGATCCTTCAAACCCTTA
TCATCGACATCGAGCCTGATCAACAGGTCAAACGCGCCATGAACGAAATCAACGCCGCGG
CGAGGATGAGAGTGGCGGCGAACGAGAAAGCAGAGGCGGAGAAAATCATTCAGATAAAGA
GAGCAGAAGGTGAAGCTGAGTCCAAGTACCTTTCTGGTCTCGGTATCGCTCGCCAGAGAC
AAGCTATCGTGGACGGTCTCAGAGACAGTGTTCTCGGTTTCGCTGGAAACGTGCCTGGGA
CGTCAGCTAAGGATGTGTTGGACATGGTGATGATGACTCAGTACTTTGACACGATGAGAG
ACATCGGAGCTCACTCCAAATCTTCGTCCGTGTTTATTCCTCACGGTCCCGGCGCCGTCG
CTGACGTGGCAACACAGATTCGAAACGGATTACTTCAGGCCCACCAGACTAATCCCTAAA
TGGCTCTGTTAAGAGTCAACTCTCTAAAAGTCTTCTCCCCCACTAAATATTTATGATATA
TACATATTTTTTTATCGTGATTGTGGTTTTATATTTTCTTTTGCCAGATTTAATAATTGT
GTCTGTCTGTCTTTGTGATTTTGTAATTATATTGCCAATTAAGTTTGTATAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AB41TF U 1
AF RR3AB41JQ C 197
BS 1 824 RR3AB41TF
BS 825 1075 RR3AB41JQ

RD RR3AB41TF 824 0 0
GGAACTCATTCTTGTTCTTATCCTAACAAGACTAAGTAATGGGTAACCTTTTGTGCTGCG
TGCTGGTGAAGCAATCGGATGTGGCGATCAAGGAGCGATTTGGCAAGTTTCAAAAAGTGC
TTAATCCAGGTCTCCAGTTTGTGCCCTGGGTCATAGGTGATTATGTCGCCGGTCAACTCA
CCCTCCGCCTCCAGCAACTCGATGTTCAATGCGAAACCAAGACAAAGGACAATGTGTTTG
TGACAGTGGTTGCATCCATACAATACAGAGTCTTGGTTGACAAGGCAAGTGATGCTTTCT
ACAGACTTAGCAATCCAACATCACAAATCAAAGCCTATGTCTTTGATGTGATCAGAGCAT
GCGTACCGAAGCTGAACTTGGACGACGTGTTCGAGCAGAAGAATGAAATAGCCAAATCCG
TGGAAGAAGAGCTAGACAAAGCCATGACTACTTATGGTTATGAGATCCTTCAAACCCTTA
TCATCGACATCGAGCCTGATCAACAGGTCAAACGCGCCATGAACGAAATCAACGCCGCGG
CGAGGATGAGAGTGGCGGCGAACGAGAAAGCAGAGGCGGAGAAAATCATTCAGATAAAGA
GAGCAGAAGGTGAAGCTGAGTCCAAGTACCTTTCTGGTCTCGGTATCGCTCGCCAGAGAC
AAGCTATCGTGGACGGTCTCAGAGACAGTGTTCTCGGTTTCGCTGGAAACGTGCCTGGGA
CGTCAGCTAAGGATGTGTTGGACATGGTGATGATGACTCAGTACTTTGACACGATGAGAG
ACATCGGAGCTCACTCCAAATCTTCGTCCGTGTTTATTCCTCAC

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR3AB41JQ 879 0 0
ACTC
GATGTTCAATGCGAAACCAAGACAAAGGACAATGTGTT*GTGACAGTGGTTGCATCCATA
CAATACAGAGTCTTGGTTGACAAGGCAAGTGATGCTTTCTACAGACTTAGCAATCCAACA
TCACAAATCAAAGCCTATGTCTTTGATGTGATCAGAGCATGCGTACCGAAGCTGAACTTG
GACGACGTGTTCGAGCAGAAGAATGAAATAGCCAAATCCGTGGAAGAAGAGCTAGACAAA
GCCATGACTACTTATGGTTATGAGATCCTTCAAACCCTTATCATCGACATCGAGCCTGAT
CAACAGGTCAAACGCGCCATGAACGAAATCAACGCCGCGGCGAGGATGAGAGTGGCGGCG
AACGAGAAAGCAGAGGCGGAGAAAATCATTCAGATAAAGAGAGCAGAAGGTGAAGCTGAG
TCCAAGTACCTTTCTGGTCTCGGTATCGCTCGCCAGAGACAAGCTATCGTGGACGGTCTC
AGAGACAGTGTTCTCGGTTTCGCTGGAAACGTGCCTGGGACGTCAGCTAAGGATGTGTTG
GACATGGTGATGATGACTCAGTACTTTGACACGATGAGAGACATCGGAGCTCACTCCAAA
TCTTCGTCCGTGTTTATTCCTCACGGTCCCGGCGCCGTCGCTGACGTGGCAACACAGATT
CGAAACGGATTACTTCAGGCCCACCAGACTAATCCCTAAATGGCTCTGTTAAGAGTCAAC
TCTCTAAAAGTCTTCTCCCCCACTAAATATTTATGATATATACATATTTTTTTATCGTGA
TTGTGGTTTTATATTTTCTTTTGCCAGATTTAATAATTGTGTCTGTCTGTCTTTGTGATT
TTGTAATTATATTGCCAATTAAGTTTGTATAAATT

QA 5 879 5 879
DS 



AS 2 8

CO CL495Contig1 1090 3 11 U
AGCCAAGTTTTTTATAGCATTATTTACATGAGACCATGCCCAAGATTGAGACAGGATCTG
ACAAAGGTAGATATGCCCGCACGAATCACATTATAATATTACCCAAAGATTTGGAATATT
ACCCGAAGTTGTGCAGACCACAAGCTGTTGATTTAGGGAAGAAGACCATTAAATAAATTG
AAATTCATTTCATAATATAAAGTTACAAACCATCCATGATGGGCCAAATATTGGTGTATG
TGAAAAACCGAAAGGGTTTTCGAATCTACTGAAGGGAATTGTAAAACAAGATTAACACAA
CCGATATACCGATGATAACTGGAAAAGATGAGACTAAGTACAACGCTCCATAACCCATGG
CTTTCTTGGCTACTCCAGTGTCATCATCATCGACATCAGCTTCTTCAATTGCAGCAGCTG
AATCCCACTCTAGGTTGAGTCTCTTGGCTGCCTCTTTTGGATCGATTCCGGTGTCTGTGG
ATTTTGCATACAATGATTTTGTTCGCTGCTTCTTTGAAACCTCAACCTCTAAATTTGGCC
AACGGATCATTTCCTCATATAGCATCTGGAGAGTGAGACGATCTTTAGGGATTTTCCCTT
CATTGACCAGTTCCAAGGCATCGGCTAAGTCTTCCCTACTAGGGGCATCCTCCTCTTCTA
TGCCAAGAAGTCTCCTTTTTTCCAATTCCCTTGGGTCCTCAATCATTATGGTCAACTTCA
CCTCATTGAACATCATGTCTCTGTTCCTCCTGAGCAGCTCCAACACCCGTTTGATCTCAT
TGACGTATTTAAGATCTTCAGGATCCACTTCTCCTTCGTCTTCATCTTCGTCGTCTCTGT
CTTCTTTCTCCTTCTCTCCTTTCTCCTGATGAACTACCACTCTCCGATTCTTCCTCTGAC
CACCACTACTCCTACGGACTACAACCGGAGACGGCGAGCAAACACCGAATAACTCCGTTG
GCAGGAAGAAACAGAGTACTGTAACGGTAACTGAAATATTTGCGTCGCAGCCGCCACCAT
TTTTCCCTCTTCTATATCCAGAAACAGCAAACTTCACAGATTCTGCATCTATCAGTCGGT
AGATAATTCC


BQ
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AF RR3AB91JQ U 1
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ATTCC

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DS 



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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA82TF U 1
AF RR3CX37TF U 50
AF RR3AB91TF U 65
AF RR3AS36JQ C 259
AF RR3CA82JQ C 275
BS 1 634 RR3CA82TF
BS 635 635 RR3CX37TF
BS 636 641 RR3CA82TF
BS 642 642 RR3CX37TF
BS 643 656 RR3CA82TF
BS 657 737 RR3CX37TF
BS 738 819 RR3AB91TF
BS 820 973 RR3AS36JQ
BS 974 1018 RR3CA82JQ

RD RR3CA82TF 656 0 0
GGGATGATTTGAAAATCGTCTTCTACGTCCTTCCTTTTGGTATTCTTCTTCAATTATCTA
CCGACTGATAGATGCAGAATCTGTGAAGTTTGCTGTTTCTGGATATAGAAGAGGGAAAAA
TGGTGGCGGCTGCGACGCAAATATTTCAGTTACCGTTACAGTACTCTGTTTCTTCCGGCC
GACGGAGTTATTACGGTGTTTGCTCGCCGTCTCCGGTTGTAGTCCGTAGGAGTAGTGGTG
GTCAGAGGAAGAATCGGAGAGTGGTAGTTCATCAGGAGAAAGGAGAGGCGGCGGAGATTC
GAGTTCCGGTTCCGTTAACATTGGAGCAACAAGAGAAGGAGAAAGAAGACAGAGACGACG
AAGATGAAGACGAAGGAGAAGTGGATCCTGAAGATCTTAAATACGTCAATGAGATCAAAC
GGGTGTTGGAGCTGCTCAGGAGGAACAGAGACATGATGTTCAATGAGGTGAAGTTGACCA
TAATGATTGAGGACCCAAGGGAATTGGAAAAAAGGAGACTTCTTGGCATAGAAGAGGAGG
ATGCCCCTAGTAGGGAAGACTTAGCCGATGCCTTGGAACTGGTCAATGAAGGGAAAATCC
CTAAAGATCGTCTCACTCTCCAGATGCTATATGACGAAATGGTCCGTTGGCCAAAT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3CX37TF 695 0 0
GG
AATTATCTACCGACTGATAGATGCAGAATCTGTGAAGTTTGCTGTTTCTGGATATAGAAG
AGGGAAAAATGGTGGCGGCTGCGACGCAAATATTTCAGTTACCGTTACAGTACTCTGTTT
CTTCCGGCCGACGGAGTTATTACGGTGTTTGCTCGCCGTCTCCGGTTGTAGTCCGTAGGA
GTAGTGGTAGTCAGAGGAAGAATCGGAGAGTGGTAGTTCATCAGGAGAAAGGAGAGGCGG
CGGAGATTCGAGTTCCGGTTCCGTTAACATTGGAGCAACAAGAGAAGGAGAAAGAAGACA
GAGACGACGAAGATGAAGACGAAGGAGAAGTGGATCCTGAAGATCTTAAATACGTCAATG
AGATCAAACGGGTGTTGGAGCTGCTCAGGAGGAACAGAGACATGATGTTCAATGAGGTGA
AGTTGACCATAATGATTGAGGACCCAAGGGAATTGGAAAAAAGGAGACTTCTTGGCATAG
AAGAGGAGGATGCCCCTAGTAGGGAAGACTTAGCCGATGCCTTGGAACTGGTCAATGAAG
GGAAAATCCCTAAAGATCGTCTCACTCTCCAGATGCTATATGAGGAAATGATCCGTTGGC
CAAATTTAGAGGTTGAGGTTTCAAAGAAGCAGCGAACAAAATCATTGTATGCAAAATCCA
CAGACACCGGAATCGATCCAAAAGAG
CAGCCAG

QA 3 688 3 688
DS 

RD RR3AB91TF 755 0 0
GG
GATAGATGCAGAATCTGTGAAGTTTGCTGTTTCTGGATATAGAAGAGGGAAAAATGGTGG
CGGCTGCGACGCAAATATTTCAGTTACCGTTACAGTACTCTGTTTCTTCCGACCGACGGA
GTTATTACGGTGTTTGCTCGCCGTCTCCGGTTGTAGTCCGTAGGAGTAGTGGTGGTCAGA
GGAAGAATCGGAGAGTGGTAGTTCATCAGGAGAAAGGAGAGGCGGCGGAGATTCGAGTTC
CGGTTCCGTTAACATTGGAGCAACAAGAGAAGGAGAAAGAAGACAGAGACGACGAAGATG
AAGACGAAGGAGAAGTGGATCCTGAAGATCTTAAATACGTCAATGAGATCAAACGGGTGT
TGGAGCTGCTCAGGAGGAACAGAGACATGATGTTCAATGAGGTGAAGTTGACCATAATGA
TTGAAGACCCAAGGGAATTGGAAAAAAGGAGACTTCTTGGCATAGAAGAGTAGGATGCCC
CTAGTAGGGAAGACATAGCCGATGCCTTGGAACTGGTCAATGAAGGGAAAATCCCTAAAG
ATCGTCTCACTCTCCAGATGCTATATGAGGAAATGATCCGTTGGCCAAATTTAGAGGTTG
AGGTTTCAAAGAAGCAGCGAACAAAATCATTGTATGCAAAATCCACAGACACCGGAATCG
ATCCAAAAGAGGCAGCCAAGAGACTCAACCTAGAGTGGGATTCAGCTGCTGCAATTGAAG
AAGCTGATGTCGATGATGATGACACTGGAGTAG

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR3AS36JQ 717 0 0
GAGTGGTAGTTCATCAGGAGAAAGGAGAGGCGGCGGAGATTCGAGTTCCGGTTCCGTTAA
CATTGGAGCAACAAGAGAAGGAGAAAGAAGACAGAGACGACGAAGATGAAGACGAAGGAG
AAGTGGATCCTGAAGATCTTAAATACGTCAATGAGATCAAACGGGTGTTGGAGCTGCTCA
GGAGGAACAGAGACATGATGTTCAATGAGGTGAAGTTGACCATAATGATTGAGGACCCAA
GGGAATTGGAAAAAAGGAGACTTCTTGGCATAGAAGAGGAGGATGCCCCTAGTAGGGAAG
ACGTAGCCGATGCCTTGGAACTGGTCAATGAAGGGAAAATCCCTAAAGATCGTCTCACTC
TCCAGATGCTATATGAGGAAATGATCCGTTGGCCAAATTTAGAGGTTGAGGTTTCAAAGA
AGCAGCGAACAAAATCATTGTATGCAAAATCCACAGACACCGGAATCGATCCAAAAGAGG
CAGTCAAGAGACTCAACCTAGAGTGGGATTCAGCTGCTGCAATTGAAGAAGCTGATGTCG
ATGATGATGACACTGGAGTAGCCAAGAAAGCCATGGGTTATGGAGCGTTGTACTTAGTCT
CATCTTTTCCAGGTATCATCGGTATATCGGTTGTGTTAATCTTGTTTTACAATTCCCTTC
AGTAGATTCGAAAACCCTTTCGGTTTTTCACATACACCAATATTTGGCCCATCAT
GG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3CA82JQ 744 0 0
GGAGAAAGGAGAGGCGGCGGAGATTCGAGTTCCGGTTCCGTTAACATTGGAGCAACAAGA
GAAGGAGAAAGAAGACAGAGACGACGAAGATGAAGACGAAGGAGAAGTGGATCCTGAAGA
TCTTAAATACGTCAATGAGATCAAACGGGTGTTGGAGCTGCTCAGGAGGAACAGAGACAT
GATGTTCAATGAGGTGAAGTTGACCATAATGATTGAGGACCCAAGGGAATTGGAAAAAAG
GAGACTTCTTGGCATAGAAGAGGAGGATGCCCCTAGTAGGGAAGACTTAGCCGATGCCTT
GGAACTGGTCAATGAAGGGAAAATCCCTAAAGATCGTCTCACTCTCCAGATGCTATATGA
GGAAATGGTCCGTTGGCCAAATTTAGAGGTTGAGGTTTCAAAGAAGCAGCGAACAAAATC
ATTGTATGCAAAATCCACAGACACCGGAATCGATCCAAAAGAGGCAGCCAAGAGACTCAA
CCTAGAGTGGGATTCAGCTGCTGCAATTGAAGAAGCTGATGTCGATGATGATGACACTGG
AGTAGCCAAGAAAGCCATGGGTTATGGAGCGTTGTACTTAGTTTCATCTTTTCCAGTTAT
CATCGGTATATCGGTTGTGTTAATCTTGTTTTACAATTCCCTTCAGTAGATTCGAAAACC
CTTTCGGTTTTTCACATACACCAATATTTGGCCCATCATAGATGGTTTGTAACTTTATAT
TATGAAATGAATTTCAATTTATTT

QA 1 744 1 744
DS 



AS 2 8

CO CL496Contig1 777 2 2 U
GGACAGAGACAGACTGTGAGGATGAGGATAATTTCAATGGCGTCCACCACCACCATCAGA
CCTTCCCTGGGCTGCTTCTCTGCATCTCCTCGCTTCCCCTTCGTCTCCTCCCGGAATCTA
TCTCGCCCCACCCTCTCTTCTTTCTCCCATGTTTAATCAGTCAAAGCCTTTGACTCTGAG
AAGAAGCGTAAGGTGCTTAGGAGTAGCTGAATCAGGAAACGCGGCTCAAGCAGTTACGGA
AGAGGATCTTCTCAAGTGGGTCAAAAATGATAGCAGAAGAATGCTTCATGTCGTTTACCG
TGTTGGCGATTTGGACCGGACTATTAAATTCTATACGGAATGTCTTGGGATGAAGCTTCT
ACGCAAGCGTGATATACCCGAAGAGAAGTATACTAATGCTTTCCTTGGTTATGGTCCTGA
AGATTCACACTTCGTCATCGAGCTCACTTATAATTATGGAGTTGATAAGTATGACATTGG
GGCAGGTTTTGGTCACTTTGGTATTGCTGTCGACGACGTGGCGAAAACTGTAGAACTGAT
AAAAGCCAAGGGAGGGAAAGTAACAAGGGAGCCTGGTGCTGTCAAAGGTGGCAAAACTGT
GATCGCCTTCATTGAAGATCCTGATGGTTACAAATTCGAACTCTTGGAGAGAGGTCCTAC
ACCTGAACCTCTTTGTCAAGTTATGCTCCGTGTCGGTGATCTCGACAGTCCATCAAATTC
TATGAGAGGCCTTTGGAATGGAGCTTCTGCGCACAGAGACACCCAGAGTATAGTACA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AT72TF U 1
AF RR3F079TF U 1
BS 1 191 RR3AT72TF
BS 192 777 RR3F079TF

RD RR3AT72TF 197 0 0
GGACAGAGACAGACTGTGAGGATGAGGATAATTTCAATGGCGTCCACCACCACCATCAGA
CCTTCCCTGGGCTGCTTCTCTGCATCTCCTCGCTTCCCCTTCGTCTCCTCCCGGAATCTA
TCTCGCCCCACCCTCTCTTCTTTCTCCCATGTTTAATCAGTCAAAGCCTTTGACTCTGAG
AAGAAGCGTAA
AGGTGC

QA 1 191 1 191
DS 

RD RR3F079TF 777 0 0
GG
ACAGAGACAGACTGTGAGGATGAGGATAATTTCAATGGCGTCCACCACCACCATCAGACC
TTCCCTGGGCTGCTTCTCTGCATCTCCTCGCTTCCCCTTCGTCTCCTCCCGGAATCTATC
TCGCCCCACCCTCTCTTCTTTCTCCCATGTT*AATCAGTCAAAGCCTTTGACTCTGAGAA
GAAGCGTAAGGTGCTTAGGAGTAGCTGAATCAGGAAACGCGGCTCAAGCAGTTACGGAAG
AGGATCTTCTCAAGTGGGTCAAAAATGATAGCAGAAGAATGCTTCATGTCGTTTACCGTG
TTGGCGATTTGGACCGGACTATTAAATTCTATACGGAATGTCTTGGGATGAAGCTTCTAC
GCAAGCGTGATATACCCGAAGAGAAGTATACTAATGCTTTCCTTGGTTATGGTCCTGAAG
ATTCACACTTCGTCATCGAGCTCACTTATAATTATGGAGTTGATAAGTATGACATTGGGG
CAGGTTTTGGTCACTTTGGTATTGCTGTCGACGACGTGGCGAAAACTGTAGAACTGATAA
AAGCCAAGGGAGGGAAAGTAACAAGGGAGCCTGGTGCTGTCAAAGGTGGCAAAACTGTGA
TCGCCTTCATTGAAGATCCTGATGGTTACAAATTCGAACTCTTGGAGAGAGGTCCTACAC
CTGAACCTCTTTGTCAAGTTATGCTCCGTGTCGGTGATCTCGACAGTCCATCAAATTCTA
TGAGAGGCCTTTGGAATGGAGCTTCTGCGCACAGAGACACCCAGAGTATAGTACA

QA 3 777 3 777
DS 



CO CL496Contig2 1377 6 9 U
GGTTCTTATCTATCATTCATTTATCATCTTATTTCAACGGCAATAATGGTTCAAGTAAAA
CTGATATACAAGACGCTACATGGGATAATTCTGTAGAATAACTACACTGAACTCTGAAAA
ACAAATCATTCACTTTGAACAAACTAGATACTCACACTGAGAGATA*GATATACGAAACC
CCAGCTGATGTAAAA*CGAAAAACCCATCCTCCTGTTTCCTTCATAGCTATGAAACTAGC
CATTTTGGTGGCCTCCTTTCTCCTATCACTCCAGTTCTTTGAGAAAGTCAACGTTGTCCA
CAAACACCGACTTCCAACCATCAGGATCCAAACACGCTGTGATCTTCGTGCTTATACCTG
GTAAGGGACCAGGCTCCCTCGTGATTTTCCCACCAAAGAGTTTTACAGCCTCTGCGGTTT
TGTACACGTCATCCGTCCCTATTGCAATCTGAGCATAAGCATTTCCTTTATCATATTCAG
TGACACCATAGTTATATGTCAGCTCCAGGACTGCAGTTTTATCTTCTGGACCATATCCCA
TCATAGCTATTGTGTACTTATACTCTGGGTTGTCTCTTGTGCGCAGAAGCTCCATTCCAA
AAGCCTTCTCATAGAATTTGATGGACTTGTCGAGATCACCGACACGGAGCATAACTTGAC
AAAGAGGTTCAGGTGTAGGACCTCTCTCCAAGAGTTCGAATTTGTAACCATCAGGATCTT
CAATGAAGGCGATCACAGTTTTGCCACCTTTGACAGCACCAGGCTCCCTTGTTACTTTCC
CTCCCTTGGCTTTTATCAGTTCTACAGTTTTCGCTACGTCGTCGACAGCAATACCAAAGT
GACCAAAACCTGCCCCAATGTCATACTTGTCAACTCCATAATTATAAGTGAGCTCAATGA
CGAAGTGTGAATCTTCAGGACCATAACCAAGGAAAGCATTAGTATACTTCTCTTCCGGTA
TATCACGCTTGCGTAGAAGCTTCATCCCAAGACATTCCGTATAGAATTTAATAGTCCGGT
CCAAATCGCCAACACGGTAAACGACATGAAGCATTCTTCTGTTATCATTTTTGACCCACT
TGAGAAGATCCTCTTCAGTAACTGCTTGAGCCGCGTTTCCTGATTCAGCTACTCCTAAGC
ACCTTACGCTTCTTCTCACAGTCAAAGGCTTTGACTGATTAACATGGGAGAAAGAAGAAA
GGGTGGGGCGAGAGAGATTCCGTGAGGAGACGAAGGGGAAGCGAGGAGATGAAGAGAAGC
AGCCGAGAGAAGGTCGGATGGTGGTGGACGCCATTGAAATTATCCTCATCCTCACAGTCT
GTCTCTGTGATTCTGAACCTCCGCCGAGTGAAGCCAACGGTGAAGATAAAGCTCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 
25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GCATAACTTGACAAAGAGGTTCAGGTGTAGGACCTCTCTCCAAGAGTTCGAATTTGTAAC
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CTGATATACAAGACGCTACATGGGATAATTCTGTAGAATAACTACACTGAACTCTGAAAA
ACAAATCATTCACTTTGAACAAACTAGATACTCACACTGAGAGATA*GATATACGAAACC
CCAGCTGATGTAAAA*CGAAAAACCCATCCTCCTGTTTCCTTCATAGCTATGAAACTAGC
CATTTTGGTGGCCTCCTTTCTCCTATCACTCCAGTTCTTTGAGAAAGTCAACGTTGTCCA
CAAACACCGACTTCCAACCATCAGGATCCAAACACGCTGTGATCTTCGTGCTTATACCTG
GTAAGGGACCAGGCTCCCTCGTGATTTTCCCACCAAAGAGTTTTACAGCCTCTGCGGTTT
TGTACACGTCATCCGTCCCTATTGCAATCTGAGCATAAGCATTTCCTTTATCATATTCAG
TGACACCATAGTTATATGTCAGCTCCAGGACTGCAGTTTTATCTTATGGACCATATCCCA
TCATAGCTATTGTGTACTTATACTCTGGGTTGTCTCTTGTGCGCAGAAGCTCCATTCCAA
AGGCCTTCTCATAGAATTTGATGGACTTGTCGAGATCACCGACACGGAGCATAACTTGAC
AAAGAGGTTCAGGTGTAGGACCTCTCTCCAAGAGTTCGAATTTGTAACCATCAGGATCTT
CAATGAAGGCGATCACAGTTTTGCCACCTTTGACAGCACCAGGCTCCCTTGTTACTTTCC
CTCCCTTGGCTT

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TCCTTTCTCATCTCACTCCAGTTCTTTGAGAAAGTCAACGTTGTCCACAAACACCGACTT
CCAACCATCGGGATCCAAACACGCGGTGATCTTCGTGCTTATACCTGGTAAGGGACCAGG
TTCCCTCGTGATTTTCCCACCAAAGAGTTTTACAGCCTCTGCGGTTTTGTACACGTCATC
CGTCCCTATTGCAATCTGAGCATAAGCATTTCCTTTATCATATTCAGTGACACCATAGTT
ATATGTCAGCTCCAGGACTGCAGTTTTATCTTCTGGACCATATCCCATCATAGCTATTGT
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GAATTTGATGGACTTGTCGAGATCACCGACACGGAGCATAACTTGACAAAGAGGTTCAGG
TGTAGGACCTCTCTCCAAGAGTTCGAATTTGTAACCATCAGGATCTTCAATGAAGGCGAT
CACAGTTTTGCCACCTTTGACAGCACCAGGCTCCCTTGTTACTTTCCCTCCCTTGGCTTT
TATCAGTTCTACAGTTTTC

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C
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GATACTCACACTGAGAGATA*GATATACGAAACCCCAGCTGATGTAAAA*CGAAAAACCC
ATCCTCCTGTTTCCTTCATAGCTATGAAACTAGCCATTTTGGTGGCCTCCTTTCTCCTAT
CACTCCAGTTCTTTGAGAAAGTCAACGTTGTCCACAGACACCGACTTCCAACCATCAGGA
TCCAAACACGCTGTGATCTTCGTGCTTATACCTGGTAAGGGACCAGGCTCCCTCGTGATT
TTCCCACCAAAGAGTTTTACAGCCTCTGCGGTTTTGTACACGTCATCCGTCCCTATTGCA
ATCTGAGCATAAGCATTTCCTTTATCATATTCAGTGACACCATAGTTATATGTCAGCTCC
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TTGTCGAGATCACCGACACGGAGCATAACTTGACAAAGAGGTTCAGGTGTAGGACCTCTC
TCCAAGAGTTCGAATTTGTAACCATCAGGATCTTCAATGAAGGCGATCACAGTTT*GCCA
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GTTTTCGCTACGTCGTCGACAGCAATACCAAAGTGACCAAAACCTGCCCCAATGTCATAC
TTGTCAACTCCATAATTATAAGTGAGCTCAATGACGAAGTGTGA
T

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DS 

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TCAGGTGTAGGACCTCTCTCCAAGAGTTCGAATTTGTAACCATCAGGATCTTCAATGAAG
GCGATCACAGTTT*GCCACCTTTGACAGCACCAGGCTCCCTTGTTACTTTCCCTCCCTTG
GCTTTTATCAGTTCTACAGTTT*CGCTACGTCGTCGACAGCAATACCAAAGTGACCAAAA
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TTGCGTAGAAGCTTCATCCCAAGACATTCCGTATAGAATTTAATAGTCCGGTCCAAATCG
CCAACACGGTAAACGACATGAAGCATTCTTCTGTTATCATTTTTGACCCACTTGAGAAGA
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CGAGAGAGATTCCGTGAGGAGACGAAGGGGAAGCGAGGAGATGAAGAGAAGCAGCCGAGA
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CC

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DS 

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AC
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TTCCCTCCCTTGGCTTTTATCAGTTCTACAGTTTTCGCTACGTCGTCGACAGCAATACCA
AAGTGACCAAAACCTGCCCCAATGTCATACTTGTCAACTCCATAATTATAAGTGAGCTCA
ATGACGAAGTGTGAATCTTCAGGACCATAACCAAGGAAAGCATTAGTATACTTCTCTTCC
GGTATATCACGCTTGCGTAGAAGCTTCATCCCAAGACATTCCGTATAGAATTTAATAGTC
CGGTCCAAATCGCCAACACGGTAAACGACATGAAGCATTCTTCTGTTATCATTTTTGACC
CACTTGAGAAGATCCTCTTCAGTAACTGCTTGAGCCGCGTTTCCTGATTCAGCTACTCCT
AAGCACCTTACGCTTCTTCTCACAGTCAAAGGCTTTGACTGATTAACATGGGAGAAAGAA
GAAAGGGTGGGGCGAGAGAGATTCCGTGAGGAGACGGAGGGGAAGCGAGGAGATGAAGAG
AAGCAGCCGAGAGAAGGTCGGATGGTGGTGGACGCCATTGAAATTATCCTCATCCTCACA
GTCTGTCTCTGTGATTCTGAACCTCCGCCGAGTGAAGCCAACGGTGAAGATAAAGCTCTA
T

QA 3 723 3 723
DS 



AS 2 6

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ATAGTATGAACATATCAATAATCCGAAGCTTAAACGAAAAAAAAAATAATAGACAAGTTA
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GAAAAAACTTGAACAGATGAAAAGGGAAATTAACGATAAAAGTTTTGGCAACTATCCGGC
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GACATCACCGACTTTAAGATCAGCCAGAAAATCTTCATTCTGAGTAACGTAACCGAAGAC
AGCGTAACGACCGTCCAAGATGTTGGAATTGCTTGGGGTCAGCTCACTCTCTTTCAGCAG
CCAAAACACTTGGCTCGATCCCGAGTCATTCTCAAACTCTTCTCTAGCCATAGCCATTGT
CCCAAATGCGTTGAAAGGAAGCATAACCTGAGCCTTGTACAGACCTAATTCTTCAAGGGT
TGAGCCGTAAAAAGGAGTCTTCTTGCCAGCCACCATAATCTCAAGAGGAACAGTCCTCAC
TTTCTCAGTGCTTGGATCTATAAATCCTTCCGCAGGACCCTCTGGATCTCCCGTTTGTAC
CACAAACCCATCAGATCTCTGGATCTCCATGCCATCGTAGAAATGGCGCTCCACCAAATC
GACAAAGTTCCCAGCCGTAACAGGGGCGTTATAGCCATCAAGTACAATGCGGAAAACACA
ATCCTGGAGGTTGGGGTTGTCCTTGATCTTGACTTTCACGTCAAGAGTGGCTCTTCCTTT
GAGAAGAGGCATGTTGCGGTACTCATCAGGGACTTGATAAGGGAAGCCATCGACCATATC
CTCTTCAATTCCGCCAACAAATTGGAGAATCTCTTTCTGTTTAGGAGAAACCGCATCTCT
CTTCCGATCTTCAACAATCTGAAGCATATCTTGCATACCAGCTTCCAACTGTTGAATCAG
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CTGCAGTGATCTATTTGCTTGCCTCACGTTCCGTTCAACAGAATCGAGAGCCTTGAGGCC
AGAAATCTTGAGGCTGTCAGTGATATCCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C322JQ U 1
AF RR3CD76JQ U 91
AF RR3C322TF C 550
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GACAAAGTTCCCAGCCGTAACAGGGGCGTTATAGCCATCAAGTACAATGCGGAAAACACA
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DS 

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C**ACAAAGATTAGAAAAAACTTGAACAGATGAAAAGGGAAATTAACGATAAAAGTTTTG
GCAACTATCCGGCGATTTTGTAACTGGGGTTGACGAGATTGTCTAAACCGGAGACAACTT
GAATGGACTCAATGACATCACCGACTTTAAGATCAGCCAGAAAATCTTCATTCTGAGTAA
CGTAACCGAAGACAGCGTAACGACCGTCCAAGATGTTGGAATTGCTTGGGGTCAGCTCAC
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CCATAGCCATTGTCCCAAATGCGTTGAAAGGAAGCATAACCTGAGCCTTGTACAGACCTA
ATTCTTCAAGGGTTGAGCCGTAAAAAGGAGTCTTCTTGCCAGCCACCATAATCTCAAGAG
GAACAGTCCTCACTTTCTCAGTGCTTGGATCTATAAATCCTTCCGCAGGACCCTCTGGAT
CTCCCGTTTGTACCACAAACCCATCAGATCTCTGGATCTCCATGCCATCGTAGAAATGGC
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ACTTGA

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DS 

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GCTTGGATCTATAAATCCTTCCGCAGGACCCTCTGGATCTCCCGTTTGTACCACAAACCC
ATCAGATCTCTGGATCTCCATGCCATCGTAGAAATGGCGCTCCACCAAATCGACAAAGTT
CCCAGCCGTAACAGGGGCGTTATAGCCATCAAGTACAATGCGGAAAACACAATCCTGGAG
GTTGGGGTTGTCCTTGATCTTGACTTTCATGTCAAGAGTGGCTCTTCCTTTGAGAAGAGG
CATGTTGCGGTACTCATCAGGGACTTGATAAGGGAAGCCATCGACCATATCCTCTTCAAT
TCCGCCAACAAATTGGAGAATCTCTTTCTGTTTAGGAGAAACCGCATCTCTCTTCCGATC
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TCTATTTGCTTGCCTCACGTTCCGTTCAACAGAATCGAGAGCCTTGAGGCCAGAAATCTT
GAGGCTGTCAGTGATATCCC

QA 1 620 1 620
DS 



CO CL497Contig2 1012 3 17 U
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AGAAAAAAAAACTTGAACAGATAAAAAGGGAAATTAACGATAAAGTTTTTGGCAACTATC
CGGCGATTTTGTAACTGGGGTTAACAAGATTGTCTAAACCGGAGACAACTTGAATGGACT
CAATGACATCACCGACTTTAAGATCAGCCAGAAAATCTTCATTCTGAGTAACGTAACCGA
AGACAGCGTAACGACCGTCCAAGATGTTGGAATTGCTTGGGGTCAGCTCACTCTCTTTCA
GCAGCCAAAACACTTGGCTCGATCCCGAGTCATTCTCAAACTCTTCTCTAGCCATAGCCA
TTGTCCCAAATGCGTTGAAAGGAAGCATAACCTGAGCCTTGTACAGACCCAATTCTTCAA
GGGTAGAGCCGTAAAAAGGAGTCTTCTTGCCAGCCACCATAATCTCAAGAGGAACAGTCC
TCACTTTCCCAGTGCTTGGATCTATAAATCATTCCGCAGGACCCTCTGGATCTCCCGTTT
GTACCACAAACCCATCAGATCTCTGGATCTCCATGCCATCGTAGAAATGGCGCTCCACCA
AATCGACAAAGTTCCCAGCGGTAACAGGGGCGTTGTAACCATCAAGTACAATACGGAAGA
CACAATCCTCGAGGTTGGGGTTGTCCTTGATCTTGACTTTCATGTCGAGAGTGGCTCTTC
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CTGAAGCATATCTTGCATACCAGCTTCCAACTGTTGAATCAGTTGGTTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 0 15 15 15 15 
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AF RR3EB65JQ U 1
AF RR3F678JQ U 53
AF RR3EB65TF C 723
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RD RR3EB65JQ 683 0 0
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GGGTTGAGCCGTAAAAAGGAGTCTTCTTGCCAGCCACCATAATCTCAAGAGGAACAGTCC
TCACTTTCTCAGTGCTTGGATCTATAAATCATTCCGCAGGACCCTCTGGATCTCCCGTTT
GTACCACAAACCCATCAGATCTCTGGATCTCCATGCCATCGTAGAAATGGCGCTCCACCA
AATCGACAAAGTTCCCAG
AGGTA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3F678JQ 738 0 0
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TCACAAAGATAAAAAAAAACTTGAACAGATAAAAAGGGAAATTAACGATAAAGTTTTTGG
CAACTATCCGGCGATTTTGTAACTGGGGTTAACAAGATTGTCTAAACCGGAGACAACTTG
AATGGACTCAATGACATCACCGACTTTAAGATCAGCCAGAAAATCTTCATTCTGAGTAAC
GTAACCGAAGACAGCGTAACGACCGTCCAAGATGTTGGAATTGCTTGGGGTCAGCTCACT
CTCTTTCAGCAGCCAAAACACTTGGCTCGATCCCGAGTCATTCTCAAACTCTTCTCTAGC
CATAGCCATTGTCCCAAATGCGTTGAAAGGAAGCATAACCTGAGCCTTGTACAGACCCAA
TTCTTCAAGGGTAGAGCCGTAAAAAGGAGTCTTCTTGCCAGCCACCATAATCTCAAGAGG
AACAGTCCTCACTTTCCCAGTGCTTGGATCTATAAATCCTTCCGCAGGACCCTCTGGATC
TCCCGTTTGTACCACAAACCCATCAGATCTCTGGATCTCCATGCCATCGTAGAAATGGCG
CTCCACCAAGTCGACAAAGTTCCCGGCGGTAACAGGGGCGTTGTAACCATCAAGTACAAT
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GGCTCTTCCTTTGAGAAG

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3EB65TF 290 0 0
AC
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GAGAAGAGGCATGTTGCGGTACTCATCAGGGACTTGGTAAGGGAAGCCATCGACCATATC
CTCTTCAATTCTGCAGAAGAGCGCCACAGAAGGACAGGAAGATCTCAGCCGCCAACAAAT
TGGAGAATCTCTTTCTGTTTAGGAGAAACCGCATCTCTCTTCCGATCTTCAACAATCTGA
AGCATATCTTGCATACCAGCTTCCAACTGTTGAATCAGTTGGTTACCC

QA 3 290 3 290
DS 



AS 1 8

CO CL498Contig1 766 8 15 U
GGGTTGTCGTTCTTCTTTCTTCGAGGGGGGATTAGCGAAAAGTAAGATGACGACGATTCG
TAGATTCAGCTGCAACGACCTCCTCCGATTCACCTCCGTGAATCTGGACCACCTCACTGA
AACATTCAATATGTCATTCTACATGACCTACTTGGCGAGATGGCCCGACTATTTCCATGT
CGCTGAAGGTCCTGGCAATCGCGTCATGGGTTATATTATGGGTAAAGTTGAAGGGCAGGG
TGAATCATGGCATGGTCATGTGACAGCTGTCACTGTCTCTCCAGAATATCGCAGGCAGCA
ACTCGCCAAGAAGCTGATGAACCTTCTTGAAGAGATCAGCGATAAGATTGATAAGGCCTA
CTTTGTGGATCTTTTTGTGAGAGCTTCCAACACACCAGCCATCAAGATGTATGAAAAGCT
TGGCTACATAATATATAGGCGGGTTCTACGCTATTACTCAGGAGAAGAAGACGGGTTAGA
TATGAGGAAGGCATTGTCAAGAGATGTAGAGAAAAAGTCTGTGATTCCTCTCAAGAGACC
CATCACTCCTGATGAATTAGAGTATGATTAAGTCTCTACATAGAGACTACGTTCCTTTTG
TCCTTGTCTTTTCTTTTGAAAAACACTTCCTTTTGTTCTTGTCATACTTTTTGTATTTGC
ATTAAAAATTCCGCACATGATGTTTTCGTAATTGAATTTTCCCTATTTTT*ACCACACAA
ACTTTAATTTTGATTTTGATTCTAATTATGAAAAAAAACTTAATGT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 5 20 20 20 20 5 20 5 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 
50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 30 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ37TF U 1
AF RR3HA65TF U 4
AF RR3DT55TF U 21
AF RR3DT55JQ C 103
AF RR3FZ37JQ C 143
AF RR3D960TF U 5
AF RR3D960JQ C 13
AF RR3HA65JQ C 106
BS 1 258 RR3FZ37TF
BS 259 259 RR3HA65TF
BS 260 304 RR3FZ37TF
BS 305 305 RR3HA65TF
BS 306 312 RR3FZ37TF
BS 313 313 RR3HA65TF
BS 314 363 RR3FZ37TF
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BS 365 450 RR3FZ37TF
BS 451 451 RR3HA65TF
BS 452 703 RR3FZ37TF
BS 704 704 RR3D960TF
BS 705 714 RR3FZ37TF
BS 715 736 RR3D960TF
BS 737 766 RR3D960JQ

RD RR3FZ37TF 716 0 0
GGGTTGTCGTTCTTCTTTCTTCGAGGGGGGATTAGCGAAAAGTAAGATGACGACGATTCG
TAGATTCAGCTGCAACGACCTCCTCCGATTCACCTCCGTGAATCTGGACCACCTCACTGA
AACATTCAATATGTCATTCTACATGACCTACTTGGCGAGATGGCCCGACTATTTCCATGT
CGCTGAAGGTCCTGGCAATCGCGTCATGGGTTATATTATGGGTAAAGTTGAAGGGCAGGG
TGAATCATGGCATGGTCACGTGACAGCTGTCACTGTCTCTCCAGAATATCGCAGGCAGCA
ACTCACCAAGAA*CTGATGAACCTTCTTGAAGAGATCAGCGATAAGATTGATAAGGCCTA
CTTCGTGGATCTTTTTGTGAGAGCTTCCAACACACCAGCCATCAAGATGTATGAAAAGCT
TGGCTACATAATATATAGGCGGGTTCTACGTTATTACTCAGGAGAAGAAGACGGGTTAGA
TATGAGGAAGGCATTGTCAAGAGATGTAGAGAAAAAGTCTGTGATTCCTCTCAAGAGACC
CATCACTCCTGATGAATTAGAGTATGATTAAGTCTCTACATAGAGACTACGTTCCTTTTG
TCCTTGTCTTTTCTTTTGAAAAACACTTCCTTTTGTTCTTGTCATACTTTTTGTATTTGC
ATTAAAAATTCCGCACATGATGTTTTCGTAATTGAATTTTCCCCATTTTT*ACC
AC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3HA65TF 664 0 0
GG
GTCGTTCTTCTTTCTTCGAGGGGGGATTAGCGAAAAGTAAGATGACGACGATTCGTAGAT
TCAGCTGCAACGACCTCCTCCGATTCACCTCCGTGAATCTGGACCACCTCACTGAAACAT
TCAATATGTCATTCTACATGACCTACTTGGCGAGATGGCCCGACTATTTCCATGTCGCTG
AAGGTCCTGGCAATCGCGTCATGGGTTATATTATGGGTAAAGTTGAAGGGCAGGGTGAAT
CATGGCATGGTCATGTGACAGCTGTCACTGTCTCTCCAGAATATCGCAGGCAGCAACTCG
CCAAGAAGCTGATGAACCTTCTTGAAGAGATCAGCGATAAGATTGATAAGGCCTACTTTG
TGGATCTTTTTGTGAGAGCTTCCAACACACCAGCCATCAAGATGTATGAAAAGCTTGGCT
ACATAATATATAGGCGGGTTCTACGCTATTACTCAGGAGAAGAAGACGGGTTAGATATGA
GGAAGGCATTGTCAAGAGATGTAGAGAAAAAGTCTGTGATTCCTCTCAAGAGACCCATCA
CTCCTGATGAATTAGAGTATGATTAAGTCTCTACATAGAGACTGCGTTCCTTTTGTCCTT
GTCTTTTCTTTTGAAAA*CACTTCCTTTTGTTCTTGTCATACTTTTTGTATTTGCATTAA
AA

QA 3 664 3 664
DS 

RD RR3DT55TF 674 0 0
GGGAGG
GGGGATTAGCGAAAAGTAAGATGACGACGATTCGTAGATTCAGCTGCAACGACCTCCTCC
GATTCACCTCCGTGAATCTGGACCACCTCACTGAAACATTCAATATGTCATTCTACATGA
CCTACTTGGCGAGATGGCCCGACTATTTCCATGTCGCTGAAGGTCCTGGCAATCGCGTCA
TGGGTTATATTATGGGTAAAGTTGAAGGGCAGGGTGAATCATGGCATGGTCATGTGACAG
CTGTCACTGTCTCTCCAGAATATCGCAGGCAGCAACTCGCCAAGAAGCTGATGAACCTTC
TTGAAGAGATCAGCGATAAGATTGATAAGGCCTACTTTGTGGATCTTTTTGTGAGAGCTT
CCAACACACCAGCCATCAAGATGTATGAAAAGCTTGGCTACATAATATATAGGCGGGTTC
TACGTTATTACTCAGGAGAAGAAGACGGGTTAGATATGAGGAAGGCATTGTCAAGAGATG
TAGAGAAAAAGTCTGTGATTCCTCTCAAGAGACCCATCACTCCTGATGAATTAGAGTATG
ATTAAGTCTCTACATAGAGACTACGTTCCTTTTGTCCTTGTCTTTTCTTTTGAAAAACAC
TTCCTTTTGTTCTTGTCATACTTTTTGTATTTGCATTAAAAATTCCGCACATGATGTTTT
CG
CAAAAA

QA 7 668 7 668
DS 

RD RR3DT55JQ 572 0 0
TCTGGACCACCTCACTGAAACATTCAATATGTCATTCTACATGACCTACTTGGCGAGATG
GCCCGACTATTTCCATGTCGCTGAAGGTCCTGGCAATCGCGTCATGGGTTATATTATGGG
TAAAGTTGAAGGGCAGGGTGAATCATGGCATGGTCATGTGACAGCTGTCACTGTCTCTCC
AGAATATCGCAGGCAGCAACTCGCCAAGAAGCTGATGAACCTTCTTGAAGAGATCAGCGA
TAAGATTGATAAGGCCTACTTTGTGGATCTTTTTGTGAGAGCTTCCAACACACCAGCCAT
CAAGATGTATGAAAAGCTTGGCTACATAATATATAGGCGGGTTTTACGTTATTACTCAGG
AGAAGAAGACGGGTTAGATATGAGGAAGGCATTGTCAAGAGATGTAGAGAAAAAGTCTGT
GATTCCTCTCAAGAGACCCATCACTCCTGATGAATTAGAGTATGATTAAGTCTCTACATA
GAGACTACGTTCCTTTTGTCCTTGTCTTTTCTTTTGAAAAACACTTCCTTTTGTTCTTGT
CATACTTTTTGTATTTGCATTAAAAATTCCGC

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3FZ37JQ 574 0 0
ATGACCTACTTGGCGAGATGGCCCGACTATTTCCATGTCGCTGAAGGTCCTGGCAATCGC
GTCATGGGTTATATTATGGGTAAAGTTGAAGGGCAGGGTGAATCATGGCATGGTCACGTG
ACAGCTGTCACTGTCTCTCCAGAATATCGCAGGCAGCAACTCACCAAGAA*CTGATGAAC
CTTCTTGAAGAGATCAGCGATAAGATTGATAAGGCCTACTTCGTGGATCTTTTTGTGAGA
GCTTCCAACACACCAGCCATCAAGATGTATGAAAAGCTTGGCTACATAATATATAGGCGG
GTTCTACGTTATTACTCAGGAGAAGAAGACGGGTTAGATATGAGGAAGGCATTGTCAAGA
GATGTAGAGAAAAAGTCTGTGATTCCTCTCAAGAGACCCATCACTCCTGATGAATTAGAG
TATGATTAAGTCTCTACATAGAGACTACGTTCCTTTTGTCCTTGTCTTTTCTTTTGAAAA
ACACTTCCTTTTGTTCTTGTCATACTTTTTGTATTTGCATTAAAAATTCCGCACATGATG
TTTTCGTAATTGAATTTTCCCCATTTTT*ACC
CC

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3D960TF 732 0 0
GGGTTCGAGGGAA
GCTTCAAAGGGG*ATTAGCGAAAAGTAAGATGACGACGATTCGTAGATTCAGCTGCAACG
ACCTTCTCCGATTCACCTCCGTGAACCTGGACCACCTCACTGAAACATTCAATATGTCAT
TCTACATGACCTACTTGGCGAGATGGCCCGACTATTTTCATGTCGCCGAAGGTCCTGGCA
ATCGCGTCATGGGTTATATTATGGGTAAAGTTGAAGGGCAGGGTGAATCATGGCATGGTC
ATGTGACAGCTGTCACTGTCTCTCCAGAATATCGCAGGCAGCAACTCGCCAAGAAGCTGA
TGAACCTTCTTGAAGAGATCAGCGATAAGATTGATAAGGCCTACTTTGTGGATCTTTTTG
TGAGAGCTTCCAACACACCAGCCATCAAGATGTATGAAAAGCTTGGCTACATAATATATA
GGCGGGTTCTACGCTATTACTCAGGAGAAGAAGACGGGTTAGATATGAGGAAGGCATTGT
CAAGAGATGTAGAGAAAAAGTCTGTGATTCCTCTCAAGAGACCCATCACTCCTGATGAAT
TAGAGTATGATTAAGTCTCTACATAGAGACTGCGTTCCTTTTGTCCTTGTCTTTTCTTTT
GAAAAACACTTCCTTTTGTTCTTGTCATACTTTTTGTATTTGCATTAAAAATTCCGCACA
TGATGTTTTCGTAATTGAATTTTCCCTATTTTT*ACCACACAAACTTTAATTTTGATTT

QA 14 732 14 732
DS 

RD RR3D960JQ 754 0 0
AGGGAAGCTTCAAA
GGGGATTAGCGAAAAGTAAGATGACGACGATTCGTAGATTCAGCTGCAACGACCTTCTCC
GATTCACCTCCGTGAACCTGGACCACCTCACTGAAACATTCAATATGTCATTCTACATGA
CCTACTTGGCGAGATGGCCCGACTATTTTCATGTCGCCGAAGGTCCTGGCAATCGCGTCA
TGGGTTATATTATGGGTAAAGTTGAAGGGCAGGGTGAATCATGGCATGGTCATGTGACAG
CTGTCACTGTCTCTCCAGAATATCGCAGGCAGCAACTCGCCAAGAAGCTGATGAACCTTC
TTGAAGAGATCAGCGATAAGATTGATAAGGCCTACTTTGTGGATCTTTTTGTGAGAGCTT
CCAACACACCAGCCATCAAGATGTATGAAAAGCTTGGCTACATAATATATAGGCGGGTTT
TACGCTATTACTCAGGAGAAGAAGACGGGTTAGATATGAGGAAGGCATTGTCAAGAGATG
TAGAGAAAAAGTCTGTGATTCCTCTCAAGAGACCCATCACTCCTGATGAATTAGAGTATG
ATTAAGTCTCTACATAGAGACTGCGTTCCTTTTGTCCTTGTCTTTTCTTTTGAAAAACAC
TTCCTTTTGTTCTTGTCATACTTTTTGTATTTGCATTAAAAATTCCGCACATGATGTTTT
CGTAATTGAATTTTCCCTATTTTT*ACCACACAAACTTTAATTTTGATTTTGATTCTAAT
TATGAAAAAAAACTTAATGT

QA 15 754 15 754
DS 

RD RR3HA65JQ 620 0 0
GGACCACCTCACTGAAACATTCAATATGTCATTCTACATGACCTACTTGGCGAGATGGCC
CGACTATTTCCATGTCGCTGAAGGTCCTGGCAATCGCGTCATGGGTTATATTATGGGTAA
AGTTGAAGGGCAGGGTGAATCATGGCATGGTCATGTGACAGCTGTCACTGTCTCTCCAGA
ATATCGCAGGCAGCAACTCGCCAAGAAGCTGATGAACCTTCTTGAAGAGATCAGCGATAA
GATTGATAAGGCCTACTTTGTGGATCTTTTTGTGAGAGCTTCCAACACACCAGCCATCAA
GATGTATGAAAAGCTTGGCTACATAATATATAGGCGGGTTTTACGCTATTACTCAGGAGA
AGAAGACGGGTTAGATATGAGGAAGGCATTGTCAAGAGATGTAGAGAAAAAGTCTGTGAT
TCCTCTCAAGAGACCCATCACTCCTGATGAATTAGAGTATGATTAAGTCTCTACATAGAG
ACTGCGTTCCTTTTGTCCTTGTCTTTTCTTTTGAAAAACACTTCCTTTTGTTCTTGTCAT
ACTTTTTGTATTTGCATTAAAAATTCGGCACATGATGTTTTCGTAATTGAATTTTCCCTA
TTTTTTACCACACAAACTTT

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 7

CO CL499Contig1 1466 7 31 U
GCGGAGAGCATATTGACTATGAGGGGTACTCTGTGTTACCGATGGCTATTCGTCAGGACA
CTATTATCGCAATCAGGAAACGTGAGGGTTCAAATGAGTTGAGGATTGCAAACGTTAACG
AAAAGTACTCCATGTGTACTTATCCTGCTGATCCTCACCAGGAGATTGACTTGCAGAATC
ACAAGTGGGGTCATTACTTCATTTGCGCGTATAAAGGGTTCCATGAGTATGCAAAGTCAA
AAGGGGTGAACGTTGATTCACCTGTTGGACTTGATGTGGTTGTTGATGGCATTGTTCCTA
CAGGTTCTGGGTTGTCAAGTTCTGCTGCCTTTGTTTGCTCATCAACCATTGCTATTATGG
CCGTCTTTGGTGAGAACTTTGAAAAGAAAGAACTTGCACAGCTTACATGTGAATGTGAAC
ACCACATTGGAACACAATCTGGTGGCATGGACCAGGCAATCTCTATCATGGCTAAAACTG
GTTTTGCTGAGCTTATCGACTTCAACCCGGTCCGCGCAACCGATGTGAAGCTCCCTCATG
GTGGGAGTTTTGTGATCGCACACTCTCTTGCAGAGTCTCAGAAGGCGGTCACAGCTGCTA
CTAATTACAACAACAGGGTCGTTGAGTGTCGACTTGCTTCGATCATACTTGGCATTAAAC
TCGGAATGGAACCGAAAGAAGCAATATCAAAAGTTAAGACTCTCTCTGACGTGGAAGGAT
TATGTGTTTCATTTGCTGGTGATCGTGGCTCCTCTGATCCTGTTCTAGCTGTTAAGGAAT
ATCTGAAAGAAGAACCATACACGGCCGAGGAGATTGAGAAAATCGTCCAGGAGAAGTTAC
CATCGATCTTGAACAACGATCCAACATCTTTAGCTGTACTTAATGCTGCAACGCATTTCA
AACTGCATCAGAGAGCTGCACATGTTTACTCCGAAGCACGGAGAGTTCATGGTTTCAAGG
ACACTGTTGATTCAAACTTAAGTGACGAAGAGAAGTTGAAGAAACTTGGTGATCTCATGA
ACGAGAGCCATTACAGCTGCAGTGTCCTATACGAGTGCAGTTGTCCGGAGCTAGAAGAAC
TAGTTAAAGTGAGCAGGGAGAATGGAGCACTTGGAGCAAGGCTGACAGGAGCTGGATGGG
GAGGTTGCACTGTGGCCTTGGTTAAAGAATCTGGTGTCTCTCAGTTCATCGCTGCTGTTA
AGGATAAATACTACAAGAAGAGGATAGAGAAAGGAGTGGTGAAGGAAGAAGACATGGAGC
TTTACCTTTTTGCTTCCAAGCCTTCAAGTGGTGCTGCCATCTTCAACCTCTAAACATTGC
CTCTTCCACTCTTCTTTTGTTTTAATTTATTCAAGTCTTTCTCAATTTGAACTGTTTGCA
GTTGCCATCTTACATTGAATTAGATCATATCATTTGTTGCTGAATAATTGGTTGGCCTGA
GATCAAATAAAATATTAGAATAGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD74TF U 1
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AAGGGGTGAACGTTGATTCACCTGTTGGACTTGATGTGGTTGTTGATGGCATTGTTCCTA
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GTTTTGCTGAGCTTATCGACTTCAACCCGGTCCGCGCAACCGATGTGAAGCTCCCTCATG
GTGGGAGTTTTGTGATCGCACACTCTCTTGCA
AAG

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DS 

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TATGCAAAGTCAAAAGGGGTGAACGTTGATTCACCTGTTGGACTTGATGTGGTTGTTGAT
GGCATTGTTCCTACAGGTTCTGGGTTGTCAAGTTCTGCTGCCTTTGTTTGCTCATCAACC
ATTGCTATTATGGCCGTCTTTGGTGAGAACTTTGAAAAGAAAGAACTTGCACAGCTTACA
TGTGAATGTGAACACCACATTGGAACACAATCTGGTGGCATGGACCAGGCAATCTCTATC
ATGGCTAAAACTGGTTTTGCTGAGCTTATCGACTTCAACCCGGTCCGCGCAACCGATGTG
AAGCTCCCTCATGGTGGGAGTTTTGTGATCGCACACTCTCTTGCAGAGTCTCAGAAGGCG
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CTTGGCATTAAACTCGGAATGGAACCGAAAGAAGCAATATCAAAAGTTAAGACTCTCTCT
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GCTGTTAAGGAATATCTGAAAGAAGAACCATACACGGCCGAGGAGATTGAGAAAATCGTC
CAGGAGAAGTTACCATCGATCTTGAACAACGATCCAACATCTTTAGCTGTACTTAATGCT
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CATGGTTTCAAG

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DS 

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CAGAGTCTCAGAAGGCGGTCACAGCTGCTACTAATTACAACAACAGGGTCGTTGAGTGTC
GACTTGCTTCGATCATACTTGGCATTAAGCTCGGAATGGAACCGAAAGAAGCAATATCAA
AAGTTAAGACTCTCTCTGACGTGGAAGGATTATGTGTTTCATTTGCTGGTGATCGTGGCT
CCTCTGATCCTGTTCTAGCTGTTAAGGAATATCTGAAAGAAGAACCATACACGGCCGAGG
AGATTGAGAAAATCGTCCAGGAGAAGTTACCATCGATCTTGAACAACGATCCAACATCTT
TAGCTGTACTTAATGCTGCAACGCATTTCAAACTGCATCAGAGAGCTGCACATGTTTACT
CCGAAGCACGGAGAGTTCATGGTTTCAAGGACACAGTTGATTCAAACCTAAGTGACGAAG
AGAAGTTAAAGAAACTTGGTGATCTCATGAACGAGAGCCATTACAGCTGCAGTGTCCTAT
ACGAGTGCAGTTGCCCGGAGCTAGAAGAGCTAGTTAAAGTGAGCAGGGAGAATGGAGCAC
TTGGTGCAAGACTGACAGGAGCTGGATGGGGCGGTTGCACTGTGGCCTTGGTTAAAGAAT
CTGGTGTCTCTCAGTTCATCGCTGCTGTTA*GGATAAATACTACAAGAAGAG
ATA

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CCATACACGGCCGAGGAGATTGAGAAAATCGTCCAGGAGAAGTTACCATCGATCTTGAAC
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GCTGCACATGTTTACTCCGAAGCACGGAGAGTTCATGGTTTCAAGGACACTGTTGATTCA
AACTTAAGTGACGAAGAGAAGTTGAAGAAACTTGGTGATCTCATGAACGAGAGCCATTAC
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AGGGAGAATGGAGCACTTGGAGCAAGGCTGACAGGAGCTGGATGGGGAGGTTGCACTGTG
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AAGAAGAGGATAGAGAAAGGAGTGGTGAAGGAAGAAGACATGGAGCTTTACCTTTTTGCT
TCCAAGCCTTCAAGTGGTGCTGCCATCTTCAACCTCTAAACATTGCCTCTTCCACTCTTC
TTTTGTTTTAATTTATTCAAGTCTTTCTCAATTTGAACTGTTTGCAGTTGCCATCTTACA
TTGAATTAGATCACATCATTTGTTGCTG

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DS 

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A
TACAACAACAGGGTCGT*GAGTGTCGACTTGCTTCGATCATACTTGGCATTAAACTCGGA
ATGGA*CCGAAAGAAGCAATATCAAAAGTTA*GACTCTCTCTGACGTGGAAGGATTATGT
GTTTCATTTGCTGGTGATCGTGGCTCCTCTGATCCTGTTCTAGCTGTTAAGGAATATCTG
AAAGAAGAACCATACACGGCCGAGGAGATTGAGAAAATCGTCCAGGAGAAGTTACCATCG
ATCTTGAACAACGATCCAACATCTTTAGCTGTACTTAATGCTGCAACGCATTTCAAACTG
CATCAGAGAGCTGCACATGTTTACTCCGAAGCACGGAGAGTTCATGGTTTCAAGGACACT
GTTGATTCAAACTTAAGTGACGAAGAGAAGTTGAAGAAACTTGGTGATCTCATGAACGAG
AGCCATTACAGCTGCAGTGTCCTATACGAGTGCAGTTGTCCGGAGCTAGAAGAACTAGTT
AAAGTGAGCAGGGAGAATGGAGCACTTGGAGCAAGGCTGACAGGAGCTGGATGGGGAGGT
TGCACTGTGGCCTTGGTTAAAGAATCTGGTGTCTCTCAGTTCATCGCTGCTGTTAAGGAT
AAATACTACAAGAAGAGGATAGAGAAAGGAGTGGTGAAGGAAGAAGACATGGAGCTTTAC
CTTTTTGCTTCCAAGCCTT*AAGTGGTGCTGCCATCTTCAACCTCTAAACATTGCCTCTT
CCACTCTTCTTTTGTTTTAATTTATTCAAGTCTTTCTCAATTTGAACTGTTTGCAGTTGC
CATCTTACATTGAATTAGATCATATCATTTGTTGCTGAATAATTGGTTGGCCTGAGATCA
AATAAAATATTAGAATAGTGG

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DS 

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TTAGCTGTACTTAATGCTGCAACGCATTTCAAACTGCATCAGAGAGCTGCACATGTTTAC
TCCGAAGCACGGAGAGTTCATGGTTTCAAGGACACTGTTGATTCAAACTTAAGTGACGAA
GAGAAGTTGAAGAAACTTGGTGATCTCATGAACGAGAGCCATTACAGCTGCAGTGTCCTA
TACGAGTGCAGTTGTCCGGAGCTAGAAGAACTAGTTAAAGTGAGCAGGGAGAATGGAGCA
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TCTGATGTCTCTCAGTTCATCGCTGCTGTTAAGGATAAATACTACAAGAAGAGGATAGAG
AAAGGAGTGGTGAAGGAAGAAGACATGGAGCTTTACCTTTTTGCTTCCAAGCCTTCAAGT
GGTGCTGCCATCTTCAACCTCTAAACATTGCCTCTTCCACTCTTCTTTTGTTTTAATTTA
TTCAAGTCTTTCTCAATTTGAACTGTTTGCAGTTGCCATCTTACATTGAATTAGATCATA
TCATTTGTTGCTGAATAATTGGTTGGCCTGAGATCAAATAAAATATTAGA
ATAAAAAAAA

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DS 

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GAGAGCCATTACAGCTGCAGTGTCCTATACGAGTGCAGTTGTCCGGAGCTAGAAGAACTA
GTTAAAGTGAGCAGGGAGAATGGAGCACTTGGAGCAAGGCTGACAGGAGCTGGATGGGGA
GGTTGCACTGTGGCCTTGGTTAAAGAATCTGATGTCTCTCAGTTCATCGCTGCTGTTAAG
GATAAATACTACAAGAAGAGGATAGAGAAAGGAGTGGTGAAGGAAGAAGACATGGAGCTT
TACCTTTTTGCTTCCAAGCCTTCAAGTGGTGCTGCCATCTTCAACCTCTAAACATTGCCT
CTTCCACTCTTCTTTTGTTTTAATTTATTCAAGTCTTTCTCAATTTGAACTGTTTGCAGT
TGCCATCTTACATTGAATTAGATCATATCATTTGTTGCTGAATAATTGGTTGGCCTGAGA
T

QA 1 601 1 601
DS 



AS 2 6

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CCTCTATCTCTAGAGTTTTGCCGACACACGGCAGAGTAAGGAGCCAATGCACTTCACGGC
TTCCTTCTCTTACTACCACAAGATCTCAAACTCAATCTTTAGATTGTCTCAGGTTGTTTC
CTGTTAGTAAAACTGGAATAAGTTTGAAGGTTCAGAGCAGTAAACCTTTAAGCTCTGTCT
TTCCTCTTGACTCAGCTTCCTCCAGGAGCAGCAAGGTTGCTTGCAATGCTGCTGCATATC
TGTCTGGTGAAAACAGTCCTAAGGAACTTAGCCAATACGAGAAGACTATTGAGCTTTTGA
CCACTCTTTTCCCACTTTGGGGTTGGTTTTCTTGCTCAGTATATGATCAAACCAGTGCTA
GGTTTTCTCATTGCAATGACACTTAAGCTTTCGGCACCACTTGCAACTGGTCTTATTCTG
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CTTCTCACTAAGCTTCTTGCTGGCCAGCTTGTTCCCGTTGATGCTGCTGGACTTGCTCTT
CTCTGTGCTAGCCCTATTGGACAAGTTTCAGCGGTTTTGAAAACACAAGGAGCTCAGCTT
ATACTCCCAGTGGCACTCCTTCATGCTGCAGCCTTTGCAATTGGCTATTGGATTTCAAAG
TTCTCTTTCGGCGAGTCTACGTCTCGCACCATTTCTATTGAATGTGGAATGCAAAGCTCA
GCGCTGGGGTTCTTGTTAGCACAAAAGCATTTCACAAACCCTCTTGTGGCTGTTCCTTCT
GCAGTCAGTGTCGTCTGCATGGCGCTCGGCGGGAGTGGCTTAGCCGTGTTCTGGAGGAAC
CAACCGATTCCAGAAGATGACAAGGATGACTTCAAAGAGTGAAAGAATGAAGTAGGAGAA
TCTATTTTGTGTGGTTTGTTGTAATGTTTGTCGACTTGCTCCCTTGGATTTTTATTGAAA
GACATAAAACAAGATCTTTGTTAGGAAGACAAAAGCAAGATCTTGCATGTTCAATTCGTT
GTCAATTTTTGTTTTGGGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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DS 



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AAGATCTTGCTTTTGTCTTCCTAACAAAGATCTTGTTTTATGTCTTTCAATAAAAATCCA
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GACAGGAGGAAAAAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A577JQ U 98
AF RR3EG04JQ U 1
AF RR3G434JQ U 80
AF RR3G434TF C 815
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AATAGCCCCAATGGTTGAACACGTTGTCGTGAGTACAGAGAGCGCAACGTTCCCCTTGGA
AATGTAG*TTGCAACGTTAGACGCCTGTCCTCCAGGGCAGCATGAGAC
AGAATA

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AGCGCCATGCAGACGACACTGACTGCAGAAGGAACAGCCACAAGAGGGTTTGTGAAATGC
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AACCTGAGACAATCTAAAGATTGAGTTTGAGATCTTGTGGTAGTAAGAGAAGGAAGCCGT
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AATAAAAGAGGAGATGAATCCAAAAAGACAGGAGGAAAAAAA

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 9

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TTCTCTCATCACCAAACACTTTCAGTTTTACAGATCTACAGCTCCGGCGGCTTCCATAGC
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TATCTGTGTTTTTTTCTGTTTCTTCTCTGTTTCAGTGGTAGACTATTTGTAAGATTTGGT
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CTCCCCATGGTTGGGGCTTTTGTCTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACACAATCTTCGC
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TATGTTTTGAATTTTGTTCGGCCTTTTGTATCTGAAGTTAATGTTGGGCTTTGTTCATTT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 40 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ93TF U 7
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AF RR3HA67TF U 17
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GG
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CTTTGTTCATTTTGGACATAGACCTTTTAATAAAATACCAGA

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TTTTTTTCTGTTTCTTCTCTGTTTCAGTGGTAGACTATTTGTAAGATTTGGTGTGGTTTG
ATCCCTTCGTCACTGCGGTGTCTTGCTTGATTGATTTTGACCAGATCTGTATTTTTTTTT
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GGTCAAATCTTCTTGTTTGAGTAATTGGTGGTCGGCGTTCTGGTCCTTATGTCTCCCCAT
GGTTGGGGCTTTTGTCTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACACAATCTTCGCCGGCTTTT
ATCTCGGAAAATATCGAAGCTTTGGATTCAAACTTTCTTCTCCCAGTCTGGTTTCGTTAA
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GACCTTTTAATAAAATACCAGATGAC
AG

QA 3 748 3 748
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RD RR3HA67JQ 738 0 0
GG
GGTCGGAGGTACCCCGACTCTCTCTCTCATAAACGCTCCATCTTCTCTCATCACCAAACA
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TGTTTGTATATTTTCTCTGTGGTTCTTTTAAGATCCGTTTTGTATCTGTGTTTTTTTCTG
TTTCTTCTCTGTTTCAGTGGTAGACTATTTGTAAGATTTGGTGTGGTTTGATCTCTTCGT
CGCTGCGGTGTCTTGCTTGATTGATTTTGACCAGATCTGTATTTTTTTCTGGTGTACGGT
GCTGGTTGATGCCGTCTCTGATGTGGGTTGTTAATTCTTCCATCAGATTTGGTCAAATCT
TCTTGTTTGAGTAATTGGTGGTCGGCGTTCTGGTCCTTATGTCTCCCCATGGTTGGGGCT
TTTGTCTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACACAATCTTCGCCGGCTTTTATCTCGGAAA
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TCGGTGAAGGATGCTCGTGCCTTCCAGACGTGATGGGCTTTCATGTGGTGGG*TGTGTGT
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CGGCCTTTTGTATCTGAAGTTAATGTTGGGCTTTGTTCATTTTGGACATAGACCTTTTAA
TAAAATACCAGATGAC

QA 3 738 3 738
DS 

RD RR3BV20TF 722 0 0
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TTCAGTTTTACAGATCTACAGCTCCGGCGGCTTCCATAGCGTCGGAGCTGTGCGTTCATG
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TGTCTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACACAATCTTCGCCGGCTTTTATCTCGGAAAAT
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GCCTTTTGTATCTGAAGTTAATGTTGGGCTTTGTTCATTT*GGACATAGACCTTTTA
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DS 

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GG
GGTCGGAGGTACCCCGACTCTCTCTCTCATAAACGCTCCATCTTCTCTCATCACCAAACA
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TCTTGTTTGAGTAATTGGTGGTCGGCGTTCTGGTCCTTATGTCTCCCCATGGTTGGGGCT
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CGGCCTTTTGTATCTGAAGTTAATGTTGGGCTTTGTTCATTTTGGACATAGACCTTTTAA
TA

QA 3 724 3 724
DS 



AS 1 9

CO CL502Contig1 1385 9 67 U
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TCGAACTGTGTAAATCTTCACCAGATCCAAAAGGTTACCGAGAGAGAGAGAGAGACTGAG
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TCGAAAGTCAAGGATCCAGCTCATCTCTCCGATGATGGAACTTATGCGATGAAGAAAGTT
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TTCAGCCACCCTAATTTGCTTCCTCTCCTTGATCATGCCATTATTCCTGTTAAGGGTGGT
GGCCAAGAGGGAGCTGGGAAACATGAGGCCTTCCTGCTGTTTCCTGTTCACCTGGATGGG
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GTCTTGCATATATTTCGTCAGCTTTGTGATGGACTCAAACACATGCACTCTCTGGAGCCA
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TCCCGTCAAGAGGCCTTACAGTTACAGGAATGGACAGCTGAACATTCTTCAGCACCGTTT
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CTTGAAGAATCTGATGGAAGTCTTCAGCTTGCAATCGTGAACACTAAGATCAAATGGCCA
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CTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 5 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 40 10 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 10 25 25 10 25 25 25 25 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

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GG
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AGATCCAAAAGGTTACCGAGAGAGAGAGAGAGACTGAGGAAGCAAGCATGGGGTGTTCGT
TTTCGGGATTGAACGCGCTTTACGACAACGGCGGAGGCGACGTGTGGATCAATGAGAACC
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AAATCGTCGCCGACGCTTCGTCCGGTGGCGGTCTGGCGTCGAAAGTCAAGGATCCAGCTC
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TA

QA 3 537 3 537
DS 

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GGATGAACGCT
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ATCTTCACCAGATCCAAAAGGTTACCGAGAGAGAGAGAGAGACTGAGGAAGCAAGCATGG
GGTGTTCGTTTTCGGGATTGAACGCGCTTTACGACAACGGGGGAGGCGACGTGTGGATCA
ATGAGAACCGTTTCAGGATCGTGAGGCAGCTCGGCGAAGGCGGATTCGCTTTCGTGTTTC
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ATTTGCTTCCTCTCCTTGATCATGCCATTATTCCTGTTAAGGGTGGTGGCCAAGAGGGAG
CTGGGAAACATGAGGCCTTCCTGCTGTTTCCTGTTCACCTGGATGGGACCTTGCTGGATA
ATTCCACAGCTTTGAAGGCTAAGAGGGAAACATTCTCAACAACTGATGTCTTGCATATAT
TTCGTCAGCTTTGTGATGGACTCAAACACATGCACTCTCTGGAGCCACCATATGCTCACA
ACGATGTCAAACCTGGAAACGTGCTGTTAACACGTA
TG

QA 12 707 12 707
DS 

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GGGACATGAACGCTTCAACTCCAGAATTCGAGATCTGGAGAATGCGAATCTGAAGGATCT
TCGAACTGTGTAAATCTTCACCAGATCCAAA*GATTACCGAG********AGAGACTGAG
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GACGTGTGGATCAATGAGAACCGTTTCAGGATCGTGAGGCAGCTCGGCGAAGGCGGATTC
GCGTTCGTGTTTCTGGTTAAGGAGATTGTCGCTGACGCTTCGTCCGGTGGGGGTCTGGCG
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TTCAGCCACCCTAATTTGCTTCCTCTCCTTGATCATGCCATTATTCCTGTTAAGGGTGGT
GGCCAAGAGGGAGCTGGGAAACACGAGGCCTTCTTGCTGTTTCCTGTTCACCTGGATGGG
ACCTTGCTGGATAATTCCACTGCGATGAAGGCTAAAAAGGAGACATTCTCAACAACTGAT
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CCATATGCTCACAACGATGTCAAACCTGGAAACGTGCTGTTA*CACGTAGAAAGGGACAG
ACTCCTCTTGCCATTTTGATGGACTTTGGGAGTGCTCGTCCTG

QA 1 763 1 763
DS 

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GGAGA
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CAACGGGGGAGGCGACGTGTGGATCAATGAGAACCGTTTCAGGATCGTGAGGCAGCTCGG
CGAAGGCGGATTCGCTTTCGTGTTTCTGGTGAAGGAAATCGTCGCCGACGCTTCGTCCGG
TGGCGGTCTGGCGTCGAAAGTCAAGGATCCAGCTCATCTCTCCGATGATGGAACTTATGC
GATGAAGAAAGTTCTGATTCAGAACAAGGAGCAGCTGGAACTGGTGCGGGAGGAGATTCG
TGTTTCGTCTCTGTTCAGCCACCCTAATTTGCTTCCTCTCCTTGATCATGCCATTATTCC
TGTTAAGGGTGGTGGCCAAGAGGGAGCTGGGAAACATGAGGCCTTCCTGCTGTTTCCTGT
TCACCTGGATGGGACCTTGCTGGATAATTCCACAGCTATGAAGGCTAAGAAGGAAACATT
CTCAACAACTGATGTCTTGCATATATTTCGTCAGCTTTGTGATGGACTCAAACACATGCA
CTCTCTGGAGCCACCATATGCTCACAACGATGTCAAACCTGGAAACGTGCTGTTAACACG
TAGGAAAGGACAGACTCCTCTTGCGATTTTGATGGACTTTGGGAGTGCTCGTCCTGCACG
GAAGCAAATCCGCTCCCGTCA*GAGGC*TTACAGTTACAGGA*TGGACAGCTGAACATTC
TTCAGCACCCTTTAGAGCTCC*GAGCTCTGGGATTGCCCA
GCATGC

QA 6 765 6 765
DS 

RD RR3B279TF 721 0 0
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TTCTGATTCAGAACAAGGAGCAGCTGGAACTGGTGCGGGAGGAGATTCGTGTTTCGTCTC
TGTTCAGCCACCCTAATTTGCTTCCTCTCCTTGATCATGCCATTATTCCTGTTAAGGGTG
GTGGCCAAGAGGGAGCTGGGAAACATGAGGCCTTCCTGCTGTTTCCTGTTCACCTGGATG
GGACCTTGCTGGATAATTCCACAGCTATGAAGGCTAAGAAGGAAACATTCTCAACAACTG
ATGTCTTGCATATATTTCGTCAGCTTTGTGATGGACTCAAACACATGCACTCTCTGGAGC
CACCATATGCTCACAACGATGTCAAACCTGGAAACGTGCTGTTAACACGTAGGAAAGGAC
AGACTCCTCTTGCGATTTTGATGGACTTTGGGAGTGCTCGTCCTGCACGGAAGCAAATCC
GCTCCCGTCAAGAGGCCTTACAGTTACAGGAATGGACAGCTGAACATTCTTCAGCACCGT
TTAGAGCTCCCGAGCTCTGGGATTGCCCAAGCCATGCGGATATTGATGAGAGAACTGATA
TCTGGTCACTAGGCTGCACACTATACGCAATAATGTACGGTGTGTCTCCGTTTGAATACG
TACTTGAAGAATCTGATGGAAGTCTTCAGCTTGCAGTCGTGAACACTAAGATCAAATGGC
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3BZ62JQ 800 0 0
CACCTGGATGGGAC*TTGCTGGATAATTCCACAGCTTTGAAGGCTAAGAGGGAAACATTC
TCAACAACTGATGTCTTGCATATATTTCGTCAGCTTTGTGATGGACTCAAACACATGCAC
TCTCTGGAGCCACCATATGCTCACAACGATGTCAAACCTGGAAACGTGCTGTTAACACGT
AGGAAAGGACAGACTCCTCTTGCGATTTTGATGGACTTTGGGAGTGCTCGTCCTGCACGG
AAGCAAATCCGCTCCCGTCAAGAGGCCTTACAGTTACAGGAATGGACAGCTGAACATTCT
TCAGCACCGTTTAGAGCTCCCGAGCTCTGGGATTGCCCAAGCCATGCGGATATTGATGAG
AGAACTGATATCTGGTCACTAGGCTGCACACTATACGCAATAATGTACGGTGTGTCTCCG
TTTGAATATGTACTTGAAGAATCTGATGGAAGTCTTCAGCTTGCAATCGCGAACGCTAAG
ATCAAATGGCCAAAGGCAGGACCAAAGGCTTCGTATCCTGAAGCACTTCACCAGTTCGTG
ACTTGGATGCTGCAACCCCAGGCTGCGGTTCGACCTCGCATTGACGATATCATCATCCAT
GTCGACAAGTTGATCGCAAAATTCACCAAGTGATTCCCTATTCAGGTGGTATAATCTAAA
G**TTAAAAAAGAAAAGGATTTTAATATACATTACTTGCTCTCTTTATTTATATGTTTTA
GCTATTTTGAAAATTCCCATATTAGATACATATTAAACCACATGATATTTTCGCTTTATC
TATTTGTAAGACGTCTTTTT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3B279JQ 595 0 0
TCGTCCTGCACGGAAGCAAATCCGCTCCCGTCAAGAGGCCTTACAGTTACAGGAATGGAC
AGCTGAACATTCTTCAGCACCGTTTAGAGCTCCCGAGCTCTGGGATTGCCCAAGCCATGC
GGATATTGATGAGAGAACTGATATCTGGTCACTAGGCTGCACACTATACGCAATAATGTA
CGGTGTGTCTCCGTTTGAATACGTACTTGAAGAATCTGATGGAAGTCTTCAGCTTGCAGT
CGTGAACACTAAGATCAAATGGCCAAAGGCAGGACCAAAGGCTTCGTATCCTGAAGCACT
TCACCAGTTCGTGACTTGGATGCTGCAACCTCAGGCTGCGGTTCGACCTCGCATTGACGA
TATCATCATCCATGTCGACAAGTTGATCGCAAAATTCACCAAGTGATTCCCTATTCAGGT
GGTATAATCTAAAGAGTTAAAAAAGAAAAGGATTTTAATATACATTACTTGCTCTCTTTA
TTTATATGTTTTAGCTATTTTGAAAATTCCCATATTAGATACATATTAAACCACATGATA
TTTTCGCTTTATCTATTTGTAAGACGTCTTTTTAAAATAATGTTATTTATCAGAC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3CZ24JQ 713 0 0
AACACATGCACTCTCTGGAGCCACCATATGCTCACAACGATGTCAAACCTGGAAACGTGC
TGTTGACACGTAGAAAAGGACAGACTCCTCTTGCGATTTTGATGGACTTTGGGAGTGCTC
GTCCTGCACGGAAGCAAATCCGCTCCCGTCAAGAGGCCTTACAGTTACAGGAATGGACAG
CTGAACATTCTTCAGCACCGTTTAGAGCTCCCGAGCTCTGGGATTGCCCAAGCCATGCGG
ATATTGATGAGAGAACTGATATCTGGTCACTAGGCTGCACACTATACGCAATAATGTACG
GTGTGTCTCCGTTTGAATATGTACTTGAAGAATCTGATGGAAGTCTTCAGCTTGCAATCG
TTAACGCTAAGATCAAATGGCCAAAGGCAGGACCAAAGGCTTCGTATCCTGAAGCACTTC
ACCAGTTCGTAACTTGGATGCTGCAACCTCAGGCTGCGGTTCGACCTCGCATTGACGATA
TCATCATCCATGTCGACAAATTGATCGCAAAATTCACCAAGTGATTCCCTATTCAGGTGG
TATAATTTAAAGAGTTTAAAAGAAAAAGGATTTTAATATACATTACTTGCTCTCTTTATT
TATATGTTT*AGCTATTTTGAAAATTCCCATATTAGATACATATTAAACCACATAATATT
TTCGTTTTATCTATTTGTAAGACTTCTTTTTAAAATAATGTTATTTATCAGAC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3D891JQ 751 0 0
TCAAACACATGCACTCTCTGGAGCCACCATATGCTCACAACGATGTCAAACCTGGAAACG
TGCTGTTAACACGTAGGAAAGGACAGACTCCTCTTGCGATTTTGATGGACTTTGGGAGTG
CTCGTCCTGCACGGAAGCAAATCCGCTCCCGTCAAGAGGCCTTACAGTTACAGGAATGGA
CAGCTGAACATTCTTCAGCACCCTTTAGAGCTCCCGAGCTCTGGGATTGCCCAAGCCATG
CGGATATTGATGAGAGAACTGATATCTGGTCACTGGGCCGCACACTATACGCAATAATGT
ACGGTGTGTCTCCGTTTGAATATGTACTTGAAGAATCTGATGGAAGTCTTCAGCTTGCAA
TCGTGAACGCTAAGATCAAATGGCCAAAGGCAGGACCAAAGGCTTCGTATCCTGAAGCAC
TTCACCAGTTCGTGACTTGGATGCTGCAACCTCAGGCTGCGGTTCGACCTCGCATTGACG
ATATCATCATCCATGTCGACAAGTTGATCGCAAAATTCACCAAGTGATTCCCTATTCAGG
TGGTATAATCTAAAGAGTTAAAAAAGAAAAGGATTTTAATATACATTACTTGCTCTCTTT
ATTTATATGTTTTAGCTATTTTGAAAATTCCCATATTAGATACATATTAAACCACATGAT
ATTTTCGCTTTATCTATTTGTAAGACGTCTTTTTAAAATAATGTTATTTATCAGACAGAT
AACAATTTTATATATGTTTTTAATTGCTGTT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 2 8

CO CL503Contig1 815 3 13 U
GGGGTCGGGGGATGTTTATAAACTCGTGTTGACTCTAGCATCTTCTTTTTCTCTCACTCA
CTTCATCTTCCTCTTGTCGGAAAATTCTAGTCTC**CAGACGAACGTTCCTCTCTCTCTC
TCGGGCTCGTGAATCGTGAAAATGGCTACCTTCGGTGCGACGGCTAATACTAATCCCAAC
AAATCCTTTGAGGTTACTCCGTCACCAGCAGATTCAATCAGCAGCTTGACCTTTAGCCCC
AGAGCCGATATCCTTGTGGCCACTTCTTGGGACAATCAGGTGAGGTGTTGGGAGATATCC
CGTAGTGGGAACAATCTAGCAAGTGCTCCTAAAGCATCCATATCCCATGATCAGCCCGTC
TTGTGCTCTGCTTGGAAAGATGATGGGACCGCTGTCTTTAGTGGTGGTTGTGATAAGCAA
GCCAAAATGTGGCCCTTGTTGTCTGGTGGTCAACCTGTTACTGTTGCTATGCACGATGCT
CCTATTGTTGACATGGGCTGGATCCCTGGGATGAATCTCCTCGTTACTGGAAGCTGGGAT
AAGACTTTGAGGTATTGGGACACGAGGCAGCAAACACCTGTGCATACCCAACAGCTTCCA
GATAAATGCTATGCTTTGTCTGTGAAACACCCTCTCATGGTTGTCGCAACTGCTGATAGG
AATCTCATTGTCTACAACTTGCAAAATCCTCAGACTGAGTTCAAGAGAGTGGTGTCCCCA
CTCAAGTACCAGACGAGGTGTGTTACTGCCTTCCCTGATCAGCAAGGATTTTTGGTTGGT
TCAATTGAGGGCGGGTTGGTGTGCATCATCTGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F434TF U 1
AF RR3GK43TF U 15
AF RR3DT12TF U 48
BS 1 31 RR3F434TF
BS 32 32 RR3GK43TF
BS 33 119 RR3F434TF
BS 120 120 RR3GK43TF
BS 121 340 RR3F434TF
BS 341 341 RR3GK43TF
BS 342 605 RR3F434TF
BS 606 606 RR3GK43TF
BS 607 612 RR3F434TF
BS 613 685 RR3GK43TF
BS 686 686 RR3DT12TF
BS 687 724 RR3GK43TF
BS 725 815 RR3DT12TF

RD RR3F434TF 612 0 0
GGGGTCGGGGGATGTTTATAAACTCGTGTTGTCTCTAGCATCTTCTTTTTCTCTCACTCA
CTTCATCTTCCTCTTGTCGGAAAATTCTAGTCTC**CAGACGAACGTTCCTCTCTCTCTT
TCGGGCTCGTGAATCGTGAAAATGGCTACCTTCGGTGCGACGGCTAATACTAATCCCAAC
AAATCCTTTGAGGTTACTCCGTCACCAGCAGATTCAATCAGCAGCTTGACCTTTAGCCCC
AGAGCCGATATCCTTGTGGCCACTTCTTGGGACAATCAGGTGAGGTGTTGGGAGATATCC
CGTAGTGGGAACAATCTAGCAAGTGCTCCTAAAGCATCCACATCCCATGATCAGCCCGTC
TTGTGCTCTGCTTGGAAAGATGATGGGACCGCTGTCTTTAGTGGTGGTTGTGATAAGCAA
GCCAAAATGTGGCCCTTGTTGTCTGGTGGTCAACCTGTTACTGTTGCTATGCACGATGCT
CCTATTGTTGACATGGGCTGGATCCCTGGGATGAATCTCCTCGTTACTGGAAGCTGGGAT
AAGACTTTGAGGTATTGGGACACGAGGCAGCAAACACCTGTGCATACCCAACAGCTTCCA
GATAAGTGCTAT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3GK43TF 711 0 0
TTTATAAACTCGTGTTGACTCTAGCATCTTCTTTTTCTCTCACTCACTTCATCTTCCTCT
TGTCGGAAAATTCTAGTCTCTCCAGACGAACGTTCCTCTCTCTCTCTCGGGCTCGTGAAT
CGTGAAAATGGCTACCTTCGGTGCGACGGCTAATACTAATCCCAACAAATCCTTTGAGGT
GACTCCGTCACCAGCAGATTCAATCAGCAGCTTGACCTTTAACCCCAGAGCCGATATCCT
TGTGGCCACTTCTTGGGACAATCAGGTGAGGTGTTGGGAGATATCC*GTAGTGGGAACAA
TCTAGCAAGTGCTCCTAAAGCATCCATATCCCATGATCAGCCCGTCTTGTGCTCTGCTTG
GAAAGATGATGGGACCGCTGTCTTTAGTGGTGGTTGTGATAAGCAAGCCAAAATGTGGCC
CCTGTTGTCTGGTGGTCAACCTGTTACTGTTGCTATGCACGATGCTCCTATTGTTGACAT
GGGCTGGATCCCTGGGATGAATCTCCTCGTTACTGGAAGCTGGGATAAGACTTTGAGGTA
TTGGGATACAAGGCAGCAAACACCTGTGCATACCCAACAGCTTCCAGATAAATGCTATGC
TTTGTCTGTGAAACACCCTCTCATGGTTGTCGCAACTGCTGATAGGAATCTCATTGTCTA
CAACTTGCAAA*TCCTCAGACTGAGTTCAAGAGAGTGGTGTCCCCACTCA
G

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3DT12TF 768 0 0
GGTCTCTC
ACTCACTTCATCTTCCTCTTGTCGGAAAATTCTAGCCTC**CAGACGAACGTTCCTCTCT
CTCTCTCGGGCTCGTGAATCGTGAAAATGGCTACCTTCGGTGCGACGGCTAATACTAATC
CCAACAAATCCTTTGAGGTTACTCCGTCACCAGCAGATTCAATCAGCAGCTTGACCTTTA
GCCCCAGAGCCGATATCCTTGCGGCCACTTCTTGGGACAATCAGGTGAGGTGTTGGGAGA
TATCCCGTAGTGGGAACAATCTAGCAAGTGCTCCTAAAGCATCCATATCCCATGATCAGC
CCGTCTTGTGCTCTGCTTGGAAAGATGATGGGACCGCTGTCTTTAGTGGTGGTTGCGATA
AGCAAGCCAAAATGTGGCCCTTGTTGTCTGGTGGTCAACCTGTTACTGTTGCTATGCACG
ATGCTCCTATTGTTGACATGGGCTGGATCCCTGGGATGAATCTCCTCGTTACTGGAAGCT
GGGATAAGACTTTGAGGTATTGGGACACGAGGCAGCAAACACCTGTGCATACCCAACAGC
TTCCAGATAAATGCTATGCTTTGTCTGTGAAACACCCTCTCATGGTTGTCGCAACTGCTG
ATAGGAATCTCATTGTCTACAACTTGCAAAATCCTCAGACTGAGTTCAAGAGAGTGGTGT
CCCCACTCAAGTACCAGACGAGGTGTGTTACTGCCTTCCCTGATCAGCAAGGATTTTTGG
TTGGTTCAATTGAGGGCGGGTTGGTGTGCATCATCTGGAT

QA 9 768 9 768
DS 



CO CL503Contig2 795 5 11 U
ATCTCAAAAGTTTTTCATTATGTTTTAGAGACTAGTACTTGAGACAAAGCAATTCCAAAC
TGAGCCAGCCAAAAGAAGAACATCCAAGATAGAAAGACAGATACTTTTACTTGATATGAA
AGAAAGACTCTTAACATTATTAAACATTATTAAGACAGCTAAAAGCATTATCCACTCTCA
CTGAAAGGCTAATCTCATTTTCTGCCGGTTGCTACTCTAGGCTTCGCCTTGACCTCACTT
TCCTGAGGCATGTGCAAGAAGATGCTGCTTTTAGCAGTTGCCGGGTTGTGATTCTCTGCA
CCTTTGCTCCAGTCATAGCACGACGCATATGCAAATATCGACCCATCGTGGTTAAACGAA
CTGCAAGTAATTGGCTGACTGCACCTTGACATTGCCTTGAGTCTTTGTTTGCTATCCTTG
TCCCAGAAATTGAAAGCCCCATCTGAGCCAGCAGTAGCAAAAGTTCCTTGTACCGGGTGG
AAGTTGAGAGAGTTGACAGAATAGATCTCATTCCCATCTCTGTGGCATTTGAATGTGAAG
TTCTTGTTCTGTTGAGAATCATCCAGATGATGCACACCAACCCGCCCCTCAATTGAACCA
ACCAAAAATCCTTGCTGATCAGGGAAGGCAGTAACACACCTCGTCTGGTACTTGAGTGGG
GACACCACTCTCTTGAACTCAGTCTGAGGATTTTGCAAGTTGTAGACAATGAGATTCCTA
TCAGCAGTTGCGACAACCATGAGAGGGTGTTTCACAGACAAAGCATAGCATTTATCTGGA
AGCTGTTGGGTATGC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HA96JQ U 182
AF RR3HA96TF C 223
AF RR3F434JQ U 257
AF RR3DT12JQ U 3
AF RR3GK43JQ U 1
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BS 613 616 RR3F434JQ
BS 617 795 RR3GK43JQ

RD RR3HA96JQ 239 0 0
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CTTTGCTCCAGTCATAGCACGACGCATATGCAAATATCGACCCATCGTGGTTAAACGAAC
TGCAAGTAATTGGCTGACTGCCCCTTGACATTGCCTTGAGTCTTTGTTTGCTATCCTTG

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DS 

RD RR3HA96TF 418 0 0
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CTTTGTTTGCTATCCTTGTCCCAGAAATTGAAAGCCCCATGTGAGCCAGCAGTAGCAAAA
GTTCCTTGTACCGGGTGGAAGTTGAGAGAGTTGACAGAATAGATCTCATTCCCATCTCTG
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CGCCCCTCAATTGAACCAACCAAAAATCCTTGCTGATCAGGGAAGGCAGTAACACACC

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DS 

RD RR3F434JQ 475 0 0
AAAAA
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TCTGAGCCAGCAGTAGCAAAAGTTCCTTGTACCGGGTGGAAGTTGAGAGAGTTGACAGAA
TAGATCTCATTCCCATCTCTGTGGCATTTGAATGTGAAGTTCTTGTTCTGTTGAGAATCA
TCCAGATGATGCACACCAACCCGCCCCTCAATTGAACCAACCAAAAATCCTTGCTGATCA
GGGAAGGCAGTAACACACCTCGTCTGGTACTTGAGTGGGGACACCACTCTCTTGAACTCA
GTCTGAGGATTTTGCAAGTTGTAGACAATGAGATTCCTATCAGCAGTTGC

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DS 

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AAAGACTCTTAACATTATTAAACATTATTAAGACAGCTAAAAGCATTATCCACTCTCACT
GAAAGGCTAATCTCATTTTCTGCCGGTTGCTACTCTAGGCTTCGCCTTGACCTCACTTTC
CTGAGGCATGTGCAAGAAGATGCTGCTTTTAGCAGTTGCCGGGTTGTGATTCTCTGCACC
TTTGCTCCAGTCATAGCACGACGCATATGCAAATATCGACCCATCGTGGTTAAACGAACT
GCAAGTAATTGGCTGACTGCACCTTGACATTGCCTTGAGTCTTTGTTTGCTATCCTTGTC
CCAGAAATTGAAAGCCCCATCTGAGCCAGCAGTAGCAAAAGTTCCTTGTACCGGGTGGAA
GTTGAGAGAGTTGACAGAATAGATCTCATTCCCATCTCTGTGGCATTTGAATGTGAAGTT
CTTGTTCTGTTGAGAATCATCCAGATGATGCACACCAACCCGCCCCTCAATTGAACCAAC
CAAAAATCCTTGCTGATCAGGGAAGGCAGTAACACACCTCGTCTGGTACTTGAGTGGGGA
CACCACTCTCTTGAACTCAGTCTGAGGATTTTGCAAGTTGTAGACAATGAGATTCCTATC
AGCA

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DS 

RD RR3GK43JQ 795 0 0
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TGAGCCAGCCAAAAGGAGAACATCCAAGATAGAAAGACAGATACTTTTACTTGATATGAA
AGAAAGACTCTTAACATTATTAAACATTATTAAGACAGCTAAAAGCATTATCCACTCTCA
CTGAAAGGCTAATCTCATTTTCTGCCGGTTGCTACTCTAGGCTTCGCCTTGACCTCACTT
TCCTGAGGCATGTGCAAGAAGATGCTGCTTTTAGCAGTTGCCGGGTTGTGATTCTCTGCA
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TCCCAAAAATTGAAAGCCCCATCTGAGCCAGCAGTAGCAAAAGTTCCTTGTACCGGGTGG
AAGTTGAGAGAGTTGACAGAATAAATCTCATTCCCATCTCTGTGGCATTTGAATGTGAAG
TTCTTGTTCTGTTGAGAATCATCCAGATGATGCACACCAACCCGCCCCTCAATTGAACCA
ACCAAAAATCGT****GATCAGGGAAGGCAGTAACACACCTCGTCTGGTACTTGAGTGGG
GACACCACTCTCTTGAACTCAGTCTGAGGATTTTGCAAGTTGTAGACAATGAGATTCCTA
TCAGCAGTTGCGACAACCATGAGAGGGTGTTTCACAGACAAAGCATAGCATTTATCTGGA
AGCTGTTGGGTATGC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 2 8

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TCCACTTGTTGGTGTTATTAGGATCCTCAGTGGATGCTTATTGGCCACCATCACCTGGTT
ACTGGCCAAGCTCCAAGGTTGGGTCCTTGAACTTCTACAAAGGTTTTAAGAATCTTTGGG
GTCCTCAGCATCAGAGAATAGACCAAAATGCCCTCACCATCTGGCTTGATAGAACCTCTG
GAAGTGGATTCAAGTCAGTGAAGCCATTCAGATCAGGCTACTTTGGAGCATCCATCAAAC
TCCAACCTGGTTACACTGCTGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAATGAGGCAC
ATCCAGGATTCCATGATGAGGTGGACATAGAATTCTTGGGGACAACATTTGGGAAGCCTT
ACACACTTCAGACAAATGTGTACATTAGAGGAAGTGGTGATGGCAAAATCATTGGTCGTG
AGATGAAGTTTCGCTTGTGGTTTGATCCCACTTCGGATTTTCACCATTATGCTATTCTTT
GGAGCCCTAGAGAAATCATTTTTTTGGTGGACGATATTCCTATAAGAAGATACCCAAAAA
AGAGTGCGGCTACATTTCCTCTAAGACCAATGTGGCTTTATGGTTCCATATGGGATGCTT
CTTCTTGGGCAACTGAGAATGGTAAATACAAAGCTGACTACAAATATCAACCTTTCACTG
CCAAGTACACCAATTTTAAAGCGATTGGTTGCACCGCCTACTCACCCGCACGGTGCCATC
CACTGTCAGCTTCACCATACCGTTCTGGCGGATTAACTCGAAAGCAATACCAAGCAATGA
GATGGGTGCAAACACATAATATGGTATACAATTATTGCAAAGATTATAAACGCGACCATT
CTCTAACGCCAGAATGTGGGCGCTAGAAGAAAATTTGAAAAATGTTCTGAAGTTTGAAAT
TTTTAATTTTCATTAAGAAAGTTTTGCAAAAGAATTGGGAAAATTTCTGAAGGTTTTATG
CTACTACATTATTGTCTGTTTTTTTTTGTTTCACAAAAAATAAAGGGTTTATTTTTTTTG
CTTATCATCTTGTCGAATATGTAAAGGTGTCCAATACCACATTGTTTGTCAAATGTGTTA
AAAAGATGTTTGAATGTTGTTTCGTTATCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG04TF U 2
AF RR3F831TF U 17
AF RR3AK91TF U 1
AF RR3F831JQ C 313
AF RR3CG04JQ C 401
BS 1 820 RR3AK91TF
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RD RR3CG04TF 638 0 0
GG
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CTCAGCATCAGAGAATAGACCAAAATGCCCTCACCATCTGGCTTGATAGAACCTCCGGAA
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AACCTGGTTACACTGCTGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAATGAGGCACATC
CAGGATTCCATGATGAGGTGGACATAGAATTCTTGGGGACAACATTTGGGAAGCCTTACA
CACTTCAGACAAATGTGTACATTAGAGGAAGTGGTGATGGCAAAATCATTGGTCGGGAGA
TGAAGTTTCGCTTGTGGTTTGATCCCACTTCGGATTTTCACCATTATGCTATTCTTTGGA
GCCCTAGAGAAATCATATTTTTGGTGGACGATATTCCTATAAGAAGATACCCAAAAAAGA
GTGCGGCTACATTTCCGCTAAGACCAATGTGGCTTT

QA 3 638 3 638
DS 

RD RR3F831TF 662 0 0
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ATTAGGATCCTCAGTGGATGCTTATTGGCCACCATCACCTGGTTACTGGCCAAGCTCCAA
GGTTGGGTCCTTGAACTTCTACAAAGGTTTTAAGAATCTTTGGGGTCCTCAGCATCAGAG
AATAGACCAAAATGCCCTCACCATCTGGCTTGATAGAACCTCTGGAAGTGGATTCAAGTC
AGTGAAGCCATTCAGATCAGGCTACTTTGGAGCATCCATCAAACTCCAACCTGGTTACAC
TGCTGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAATGAGGCACATCCAGGATTCCATGA
TGAGGTGGACATAGAATTCTTGGGGACAACATTTGGGAAGCCACACACACTTCAGATAAA
TGTGTACATTAGAGGAAGTGGTGATGGCAAAATCATTGGTCGTGAGATGAAGTTTCGCTT
GTGGTTTGATCCCACTTCGGATTTTCACCATTATGCTATTCTTTGGAGCCCTAGAGAAAT
CATTTTTTTGGTGGACGATATTCCTATAAGAAGATACCCAAAAAAGAGTGCGGCTACATT
TCCTCTAAGACCAATGTGGCTTTATGGTTCCATATGGGATGCTTCTTCTTGGGCAACTGA
GA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3AK91TF 822 0 0
GGCACACAAAAGAAGAGAACCAAAACATGGCTAACTCTCTCATCTCTCTTCTCCCAATCT
TCCACTTGTTGGTGTTATTAGGATCCTCAGTGGATGCTTATTGGCCACCATCACCTGGTT
ACTGGCCAAGCTCCAAGGTTGGGTCCTTGAACTTCTACAAAGGTTTTAAGAATCTTTGGG
GTCCTCAGCATCAGAGAATAGACCAAAATGCCCTCACCATCTGGCTTGATAGAACCTCTG
GAAGTGGATTCAAGTCAGTGAAGCCATTCAGATCAGGCTACTTTGGAGCATCCATCAAAC
TCCAACCTGGTTACACTGCTGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAATGAGGCAC
ATCCAGGATTCCATGATGAGGTGGACATAGAATTCTTGGGGACAACATTTGGGAAGCCTT
ACACACTTCAGACAAATGTGTACATTAGAGGAAGTGGTGATGGCAAAATCATTGGTCGTG
AGATGAAGTTTCGCTTGTGGTTTGATCCCACTTCGGATTTTCACCATTATGCTATTCTTT
GGAGCCCTAGAGAAATCATTTTTTTGGTGGACGATATTCCTATAAGAAGATACCCAAAAA
AGAGTGCGGCTACATTTCCTCTAAGACCAATGTGGCTTTATGGTTCCATATGGGATGCTT
CTTCTTGGGCAACTGAGAATGGTAAATACAAAGCTGACTACAAATATCAACCTTTCACTG
CCAAGTACACCAATTTTAAAGCGATTGGTTGCACCGCCTACTCACCCGCACGGTGCCATC
CACTGTCAGCTTCACCATACCGTTCTGGCGGATTAACTCG
AA

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3F831JQ 662 0 0
ACACTGCTGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAATGAGGCACATCCAGGATTCC
ATGATGAGGTGGACATAGAATTCTTGGGGACAACATTTGGGAAGCCACACACACTTCAGA
TAAATGTGTACATTAGAGGAAGTGGTGATGGCAAAATCATTGGTCGTGAGATGAAGTTTC
GCTTGTGGTTTGATCCCACTTCGGATTTTCACCATTATGCTATTCTTTGGAGCCCTAGAG
AAATCATTTTTTTGGTGGACGATATTCCTATAAGAAGATACCCAAAAAAGAGTGCGGCTA
CATTTCCTTTAAGACCAATGTGGCTTTATGGTTCCATATGGGATGCTTCTTCTTGGGCAA
CTGAGAATGGTAAATACAAAGCTGACTACAAATATCAACCTTTCACTGCCAAGTACACCA
ATTTTAAAGCGATTGGTTGCACCGCCTACTCACCCGCACGGTGCCATCCACTGTCAGCTT
CACCATACCGTTCTGGCGGATTAACTCGAAAGCAATATCAAGCAATGAGATGGGTGCAAA
CACATAATATGGTATACAATTATTGCAAAGATTATAAACGCGACCATTCTCTAACGCCGG
AATGTGGGCGCTAGAAGAAAATTTGAAAAATGTTCTGAAGTTTGAAATTTT*AATTTTCA
TT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3CG04JQ 770 0 0
GACAACATTTGGGAAGCCTTACACACTTCAGACAAATGTGTACATTAGAGGAAGTGGTGA
TGGCAAAATCATTGGTCGGGAGATGAAGTTTCGCTTGTGGTTTGATCCCACTTCGGATTT
TCACCATTATGCTATTCTTTGGAGCCCTAGAGAAATCATATTTTTGGTGGACGATATTCC
TATAAGAAGATACCCAAAAAAGAGTGCGGCTACATTTCCGCTAAGACCAATGTGGCTTTA
CGGTTCCATATGGGATGCTTCTTCTTGGGCAACTGAGAATGGTAAATACAAAGCTGACTA
CAAATATCAACCTTTCACTGCCAAGTACACCAATTTTAAAGCGATTGGTTGCACCGCCTA
CTCACCCGCACGGTGCCATCCACCGTCAGCTTCACCATACCGTTCTGGCGGATTAACTCG
TAAGCAATACCAAGCAATGAGATGGGTGCAAACACATAATATGGTATACAATTATTGCAA
AGATTATAAACGCGACCATTCTCTAACGCCAGAATGTGGGCGTTAGAAGAAAATTTGAAA
AATGTTCTGAAGTTTGAAATTTTTAATTTTCATTAAGAAAGTTTTGCAAAAGAATTGGGA
AAATTTCTGAAGGTTTTATGCTACTACATTATTGTCTGTTTTTTTTTGTTTCACAAAAAA
TAAAGGGTTTATTTTTTTTGCTTATCATCTTGTCGAATATGTAAAGGTGTCCAATACCAC
ATTGTTTGTCAAATGTGTTAAAAAGATGTTTGAATGTTGTTTCGTTATCC

QA 1 770 1 770
DS 



CO CL504Contig2 767 3 4 U
GGACACACACAATCTGCATTTATATACTCCACTCTTCTTCGCCATTTCACACAAAAGAAG
AAACCAACACAAAATGGGTAGCTATCTGATCTCTCTTCTCCCAATTGTCCACATGTTGGT
GTTATTAGGATCCTCAGTAGATGCTTATTGGCCACCATCACCTGGTTACTGGCCAAGCTC
CAAGGTTGGACCCGTGAGCTTCTACAAAGGTTTTAGGAATCTTTGGGGTCCTCAGCATCA
GAGAATGGACCAAAATGCTCTTAACCTCTGGCTTGATAGAGCCTCAGGAAGTGGATTCAA
GTCAGTGAAGCCATTCAGATCAGGTTACTTTGGAGCATCCATTAAACTCCAACCTGGCTA
CACTGCTGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAATGAGGCACATCCAGGCTTCCA
TGATGAAGTGGACATAGAATTTTTGGGGACAACATTTGGAAAACCATACACACTTCAGAC
AAATGTGTACATTAGTGGAAGTGGTGATGGCAAAATTATTGGTCGTGAAATGAAGTATCG
CTTGTGGTTTGATCCCACTTCAGGTTTTCACCATTATGCTATTCTTTGGAACCCTAAAGA
AATCATTTTCCGTAGGGTGTCACTATTCGGGCAAGGAGAGTTGTAAGTAGAGACAAACAA
GACAGAGACAATGACCGTACGACGTTGGACAATCATACTTTATTTATTTTTTATAAATAG
TTATTGATATTCTCTTTTTTTTTTTTGAACAAATTATTGATATTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E971TF U 1
AF RR3AO93TF U 47
AF RR3AO93JQ C 262
BS 1 355 RR3E971TF
BS 356 356 RR3AO93TF
BS 357 455 RR3E971TF
BS 456 767 RR3AO93TF

RD RR3E971TF 455 0 0
GGACACACACAATCTGCATTTATATACTCCACTCTTCTTCGCCATTTCACACAAAAGAAG
AAACCAACACAAAATGGGTAGCTATCTGATCTCTCTTCTCCCAATTGTCCACATGTTGGT
GTTATTAGGATCCTCAGTAGATGCTTATTGGCCACCATCACCTGGTTACTGGCCAAGCTC
CAAGGTTGGACCCGTGAGCTTCTACAAAGGTTTTAGGAATCTTTGGGGTCCTCAGCATCA
GAGAATGGACCAAAATGCTCTTAACCTCTGGCTTGATAGAGCCTCAGGAAGTGGATTCAA
GTCAGTGAAGCCATTCAGATCAGGTTACTTTGGAGCATCCATTAAACTCCAACCTAGCTA
CACTGCTGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAATGAGGCACATCCAGGCTTCCA
TGATGAAGTGGACATAGAATTTTTGGGGACAACAT

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR3AO93TF 721 0 0
GG
ACACAAAAGAAGAAACCAACACAAAATGGGTAGCTATCTGATCTCTCTTCTCCCAGTTGT
CCACATGTTGGTGTTATTAGGATCCTCAGTAGATGCTTATTGGCCACCATCACCTGGTTA
CTGGCCAAGCTCCAAGGTTGGACCCGTGAGCTTCTACAAAGGTTTTAGGAATCTTTGGGG
TCCTCAGCATCAGAGAATGGACCAAAATGCTCTTAACCTCTGGCTTGATAGAGCCTCAGG
AAGTGGATTCAAGTCAGTGAAGCCATTCAGATCAGGTTACTTTGGAGCATCCATTAAACT
CCAACCTGGCTACACTGCTGGAGTCATCACATCTCTCTATCTATCAAATAATGAGGCACA
TCCAGGCTTCCATGATGAAGTGGACATAGAATTTTTGGGGACAACATTTGGAAAACCATA
CACACTTCAGACAAATGTGTACATTAGTGGAAGTGGTGATGGCAAAATTATTGGTCGTGA
AATGAAGTATCGCTTGTGGTTTGATCCCACTTCAGGTTTTCACCATTATGCTATTCTTTG
GAACCCTAAAGAAATCATTTTCCGTAGGGTGTCACTATTCGGGCAAGGAGAGTTGTAAGT
AGAGACAAACAAGACAGAGACAATGACCGTACGACGTTGGACAATCATACTTTATTTATT
TTTTATAAATAGTTATTGATATTCTCTTTTTTTTTTTTGAACAAATTATTGATATTCCC

QA 3 721 3 721
DS 

RD RR3AO93JQ 506 0 0
TAACC
TCTGGCTTGATAGAGCCTCAGGAAGTGGATTCAAGTCAGTGAAGCCATTCAGATCAGGTT
ACTTTGGAGCATCCATTAAACTCCAACCTGGCTACACTGCTGGAGTCATCACATCTCTCT
ATCTATCAAATAATGAGGCACATCCAGGCTTCCATGATGAAGTGGACATAGAATTTTTGG
GGACAACATTTGGAAAACCATACACACTTCAGACAAATGTGTACATTAGTGGAAGTGGTG
ATGGCAAAATTATTGGTCGTGAAATGAAGTATCGCTTGTGGTTTGATCCCACTTCAGGTT
TTCACCATTATGCTATTCTTTGGAACCCTAAAGAAATCATTTTCCGTAGGGTGTCACTAT
TCGGGCAAGGAGAGTTGTAAGTAGAGACAAACAAGACAGAGACAATGACCGTACGACGTT
GGACAATCATACTTTATTTATTTTTTATAAATAGTTATTGATATTTTCTTTTTTTTTTTT
GAACAAATTATTGATATTCCC

QA 6 506 6 506
DS 



AS 1 9

CO CL505Contig1 1594 9 30 U
GGATCTTCTTATAGGCTTTTGTAGCATCTTACTGTTTTCGAGGAAGGTACGATCTGAGTT
TCTAGCGATGGCGAAACTAAACCCTAACTTCATCTCTCTGATCCTTATCGGCCTCGTCGC
GATCGCATCTGCTAGCGTTATCTTCGAGGAGAAATTCGACGATGGATGGGAGAACAGATG
GGTGAAATCTGACTGGAAGAAAGATGACAACACTGCTGGAGAATGGAGCCACACAGCTGG
CAACTGGTCTGGTGACGCTAACGACAAAGGTATTCAGACTAGCGAGGACTACAGATTCTA
CGCCATTTCAGCTGAGTTCCCTGAGTTCAGCAACAAGGACAAGACCCTTGTGTTCCAATT
CTCCGTCAAGCACGAGCAGAAGCTGGATTGTGGTGGTGGATACATGAAGCTTCTCAGTGG
TGATGTTGACCAGAAGAAATTCGGTGGAGACACTCCTTACAGCATCATGTTTGGTCCTGA
TATCTGTGGCTACGACACCAAGAAAGTGCATGCTATCCTTACCTACAATGGAAAAAACCA
TCTGATCAAGAAGGAGGTTCCATGTGAGACTGATCAGCTCACACATGTCTACACGTTTAT
CCTCCGCCCAGATGCTACTTACAGTATTCTTATCGATAACGTCGAGAAGCAAACTGGTAG
CCTCTACTCTGACTGGGATCTCCTCCCAGCCAAGAAGATTAAGGATCCAAGCGCCAAGAA
GCCTGAGGACTGGGATGACAAAGAGTACATTCCTGATCCTGA*GACACAAAGCCAGCTGG
ATATGATGACATCCCAAAGGAGATCCCAGACGCTGATGCAAAGAAGCCTGAGGACTGGGA
TGATGAAGAAGATGGTGAGTGGACTGCCCCTACCATTCCCAACCCCGAGTACAACGGTGA
GTGGAAGCCCAAGAAAATCAAGAACCCTAACTACAAGGGCAAATGGAAGGCTCCAATGAT
TGACAACCCTGACTTCAAGGATGACCCAGAACTCTATGTCTTCAAATTTAAGTATGTTGG
AGTAGAGTTGTGGCAGGTGAAATCTGGATCATTGTTCGACAATGTCTTAGTCTGCGATGA
CCCTGAGTACGCTAAGAAGTTGGCTGAGGAAACCTGGGGAAAGCTCAAGGATGCTGAGAA
AGCAGCATTCGACGAAGCTGAGAAGAAGAGAGAGGAAGAGGAATCAAAGGATGCTCCCGC
TGCTGATTCTGATGCTGAGGATGAACAAGAGGACGATGACCATGAAGGAGATGAATCCGA
CACTGAATCAAAAACTGAGGAAACCAAGGAAGAAACCTCCTCAGACAAGGATGATTCCGC
CCATGACGAGCTCTAAGCCGAATAAGGTGGAGATTATGAATGAAGGATCCAACAAGTTTT
CAGAGTCGTATTTGTGTTTCTTTCTTTTAAAGAATTATTTTAGCGCTAGTTTGTTGGGGA
TGTTAGAACTTTTTTAGCTACCAAAAAAAAGAATATGGTGAAATGATGGGCGTGGCAGCC
TCTTTTAGACTTTGATAAATTCCTGACTTTCTGATACTCTCTCATCTGTACGTTCTTTCT
ATGGACCAACAATAGATCCACTCTTGAGCAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3AG08TF U 1
AF RR3BW65TF U 22
AF RR3H366TF U 158
AF RR3GL36TF U 598
AF RR3AY14JQ C 1192
AF RR3AY14TF U 1192
AF RR3H366JQ C 1206
AF RR3AG08JQ C 794
AF RR3GL36JQ C 814
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BS 480 692 RR3AG08TF
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TCTAGCGATGGCGAAACTAAACCCTAACTTCATCTCTCTGATTCTTATCGGGCTCTTCGC
GATCGCATCTGCTAGCGTTATCTTCGAGGAGAAATTCGACGATGGATGGGAGAACAGATG
GGTGAAATCTGACTGGAAGAAAGATGACAACACTGCTGGAGAATGGAGCCACACAGCTGG
CAACTGGTCTGGTGACGCTAACAACAAAGGTATTCAGACTAGCGAGGACTACAGATTCTA
CGCCATTTCAGCTGAGTTCCCTGAGTTCAGCAACAAGGACAAGACCCTTGTGTTCCAATT
CTCCGTCAAGCACGAGCAGAAGCTGGATTGTGGTGGTGGATACATGAAGCTTCTCAGTGG
TGATGTTGACCAGAAGAAATTCGGTGGAGACACTCCTTACAGCATCATGTTTGGTCCTTA
TATCTGTGGCTACGACACCAAGAAAGTGCATGCTATCCTTACCTACAATGGAAAAAACCA
TCTGATCAAGAAGGAGGTTCCATGTGAGACTGATCAGCTCACACATGTCTACACGTTTAT
CCTCCGCCCAGATGCTACTTACAGTATTCTTATCGATAACGTCGAGAAGCAAACTGGTAG
CCTCTACTCTGACTGGGATCTCCTCCCAGCCA
AGAAGATT

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DS 

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GG
GCATCTTACTGTTTTCGAGGAAGGTGCGATCTGAGTTTCTAGCGATGGCGAAACTAAACC
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ATGACAACACTGCTGGGGAATGGAGCCACACAGCTGGCAACTGGTCTGGTGACGCTAACG
ACAAAGGTATCCAGACTAGCGAGGACTACAGATTCTACGCCATATCAGCTGAGTTCCCTG
AGTTCACCAACAAGGACAAGACCCTTGTGTTCCAATTCTCCGTCAAGCACGAGCAGAAGC
TGGACTGTGGTGGAGGATACATGAAGCTTCTCAGTGGTGATGTTGACCAGAAGAAATTCG
GTGGAGACACTCCTTACAGCATCATGTTTGGTCCTGATATCTGTGGATACGACACCAAGA
AAGTGCATGCTATCCTTACCTACAATGGAAAAAACCATCTGATCAAGAAGGAGGTTCCAT
GTGAGACTGATCAGCTCACACGTGTCTACACGTTTATCCTCCGCCCAGACGCTACTTACA
GTATTCTTATCGATAACGTTGAGAAGCAAACTGGCAGCCTCTACTCTGACTGGGATCTCC
TCCCAGCCAG**AGATTAAG*ATCCAAGCGCCA*GAAGCCTGAGGACTGGGATGACAAAG
AGTACATTCCTGATCCTGA*GACACAA
GCAGCTGGATACGATGA

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DS 

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GGT
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GAATGGAGCCACACAGCTGGCAACTGGTCTGGTGACGCTAACGACAAAGGTATTCAGACT
AGCGAGGACTACAGATTCTACGCCATTTCAGCTGAGTTCCCTGAGTTCAGCAACAAGGAC
AAGACCCTTGTGTTCCAATTCTCCGTCAAGCACGAGCAGAAGCTGGATTGTGGTGGTGGA
TACATGAAGCTTCTCAGTGGTGATGTTGACCAGGAGAAATTCGGTGGAGACACTCCTTAC
AGCATCATGTTTGGTCCTGATATCTGTGGCTACGACACCAAGAAAGTGCATGCTATCCTT
ACCTACAATGGAAAAAACCATCTGATCAAGAAGGAGGTTCCATGTGAGACTGATCAGCTC
ACACATGTCTACACGTTTATCCTCCGCCCAGATGCTACTTACAGTATTCTTATCGATAAC
GTCGAGAAGCAAACTGGTAGCCTCTACTCTGACTGGGATCTCCTCCCAGCCAAGAAGATT
AAGGATCCAAGCGCCAAGAAGCCTGAGGACTGGGATGACAAAGAGTACATTCCTGATCCT
GAAGACACAAAGCCAGCTGGATATGATGACATCCCAAAGGAGATCCCAGACGCTGATGCA
AAGAAGCCTGAGGACTGGGATGATGAAGAAGATGGTGAGTTGACTGCCCCTAC*ATTCTC
AACCCCGAGTACAACGGTGA
ATG

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G
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GGATATGATGACATCCCAAAGGAGATCCCAGACGCTGATGCAAAGAAGCCTGAGGACTGG
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ATTGACAACCCTGACTTCAAGGATGACCCAGAACTCTATGTCTTCAAATTTAAGTATGTT
GGAGTAGAGTTGTGGCAGGTGAAATCTGGATCATTGTTCGACAATGTCTTAGTCTGCGAT
GACCCTGAGTACGCTAAGAAGTTGGCTGAGGAAACCTGGGGAAAGCTCAAGGATGCTGAG
AAAGCAGCATTCGACGAAGCTGAGAAGAAGAGAGAGGAAGAGGAATCAAAGGATGCTCCC
GCTGCTGATTCTGATGCTGAGGATGA

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G
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GATTCCGCCCATGACGAGCTTTAAGCCGAATAAGGTGGAGATTATGAATGAAGGATCCAA
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GTTGGGGATGTTAGAACTTTTTTAGCTACC

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DS 

RD RR3AY14TF 271 0 0
G
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GAATCCGACACTGAATCAAAAACTGAGGAAACCAAGGAAGAAACCTCCTCAGACAAGGAT
GATTCCGCCCATGACGAGCTCTAAGCCGAATAAGGTGGAGATTATGAATGAAGGATCCAA
CAAGTTTTCAGAGTCGTATTTGTGTTTCTTTCTTTTAAAGAATTATTTTAGCGCTAGTTT
GTTGGGGATGTTAGAACTTTTTTAGCTACC

QA 2 271 2 271
DS 

RD RR3H366JQ 277 0 0
ATTT
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AAAAACTGAGGAAACCAAGGAAGAAACCTCTTCAGACAAGGATGATTCCGCCCATGACGA
GCTTTAAGCCGAATAAGGTGGAGATTATGAATGAAGGATCCAACAAGTTTTCAGAGTCGT
ATTTGTGTTTCTTTTTTTTAAAGAATTATTTTAGCGCTAGTTTGTTGGGGATGTTAGAAC
TTTTTTAGCTACCAAAAAAAA
AAGAATATGGCC

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DS 

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GGTGAGTGGACTGCCCCTACCATTCCCAACCCCGAGTACAACGGTGAATGGAAGCCCAAG
AAAATCAAGAACCCTAACTACAAGGGCAAACGGAAGGCTCCAATGATTGACAACCCTGAC
TTCAAGGATGACCCAGAACTCTATGTCTTCAAATTTAAGTATGTTGGAGTAGAGTTGTGG
CAGGTGAAATCTGGATCATTGTTCGACAATGTCTTAGTCTGCGATGACCCTGAGTACGCT
AAGAAGTTGGCTGAGGAAACCTGGGGAAAGCTCAAGGATGCTGAGAAAGCAGCATTCGAC
GAAGCTGAGAAGAAGAGAGAGGAAGAGGAATCAAAGGATGCTCCCGCTGCTGATTCTGAT
GCTGAGGATGAACAAGAGGACGATGACCATGAAGGAGATGAATCCGACACTGAATCAAAA
ACTGAGGAAACCAAGGAAGAAACCTCCTCAGACAAGGATGATTCCGCCCATGACGAGCTC
TAAGCCGAATAAGGTGGAGATTATGAATGAAGGATCCAACAAGTTTTCAGAGTCGTATTT
GTGTTTCTTTCTTTTAAAGAATTATTTTAGCGCTAGTTTGTTGGGGATGTTAGAACTTTT
TTAGCTACCTAAAAAAAGAATATGGTGAAATGATGGGCGTGGCAGCTTCTTTTAGACTTT
GATAAATTCCTGACTTTCTGATACTCTCTCATCTGTACGTTCTTTCTATGGACCAACAAT
AGATCCACTCTTGAGCAACCC

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DS 

RD RR3GL36JQ 780 0 0
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CATTCCCAACCCCGAGTACAACGGTGAGTGGAAGCCCAAGAAAATCAAGAACCCTAACTA
CAAGGGCAAATGGAAGGCTCCAATGATTGACAACCCTGACTTCAAGGATGACCCAGAACT
CTATGTCTTCAAATTTAAGTATGTTGGAGTAGAGTTGTGGCAGGTGAAATCTGGATCATT
GTTCGACAATGTCTTAGTCTGCGATGACCCTGAGTACGCTAAGAAGTTGGCTGAGGAAAC
CTGGGGAAAGCTCAAGGATGCTGAGAAAGCAGCATTCGACGAAGCTGAGAAGAAGAGAGA
GGAAGAGGAATCAAAGGATGCTCCCGCTGCTGATTCTGATGCTGAGGATGAACAAGAGGA
CGATGACCATGAAGGAGATGAATCCGACACTGAATCAAAAACTGAGGAAACCAAGGAAGA
AACCTCCTCAGACAAGGATGATTCCGCCCATGACGAGCTCTAAGCCGAATAAGGTGGAGA
TTATGAATGAAGGATCCAACAAGTTTTCAGAGTCGTATTTGTGTTTCTTTCTTTTAAAGA
ATTATTTTAGCGCTAGTTTGTTGGGGATGTTAGAACTTTTTTAGCTACCAAAAAAAAGAA
TATGGTGAAATGATGGGCGTGGCAGCCTCTTTTAGACTTTGATAAATTCCTGACTTTCTG
ATACTCTCTCATCTGTACGTTCTTTCTATGGACCAACAATAGATCCACTCTTGAGCAACC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 9

CO CL506Contig1 663 9 4 U
GAGGAAATGTTGATATGAAATTCTCATAAAGCAAAACTGATTTATATTTAAATTAATAAA
AGAAGAATCATTATGACACACAAAGAATAACCAAAGCCAATTAATTAAATCATGTAGTAG
CAAATCAAATCAAGGTGGTTTTACAGCAACGTTCAAAATATTTTCACATTTTTAATCCAA
TCAAACGGTGACAACAACTTCTTTCTCTTCCTTCACTGGTTCGGCCTCAGCCTCTTTCAC
CGCAACCGCCTCAACGTTTTCTGTTGCAGCCACGACGTCCTCAACTTTCTCAGTTGCTGC
TGCAACCTCACCAGCAGAAGATGACTCTTCCACGGCTGCTGCAACCTCTGCTTCAGCAGT
AGGAGCTGTTTCCTTGGTCGGTTCGACCTCAGATGTCTCCTTAGCTTCCTCAGTAGTTGT
TTCAGTGGTCTCCGTCTGGTTCTGATTCTCACCGGTTTCTTCTGTGTTGATCTCCTTGGC
TACTACGTCTTCAGACACAGGCTTAGGAACAGATCCTTCGTTGTTCATGTCTGACTCCTT
GGGTCTACTCGCACAGCCACCCATTATTTATTTATTGTTTTTGTGGTTTAGGGTTGGGTT
TAGGCTGTGGAGTGTAAGAAATTATTTTGCTTTGCGATTTATTATTGTCGACCCGAGGAT
TCC


BQ
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 

AF RR3EO69JQ U 1
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AF RR3EO69TF C 1
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AF RR3FD25JQ U 29
AF RR3FD25TF C 30
AF RR3EM02JQ U 28
AF RR3EM02TF C 28
AF RR3B358TF C 28
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TTCAGTGGTCTCCGTCTGGTTCTGATTCTCACCGGTTTCTTCTGTGTTGATCTCCTTGGC
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GGGTCTACTCGCACAGCCACCCATTATTTATTTATTGTTTTTGTGGTTTAGGGTTGGGTT
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CCC

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DS 

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CGTCTTCAGACACAGGCTTAGGAACAGATCCTTCGTTGTTCATGTCTGACTCCTTGGGTC
TACTCGCACAGCCACCCATTATTTATTTATTGTTTTTGTGGTTTAGGGTTGGGTTTAGGC
TGTGG

QA 1 365 1 365
DS 

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CAAATCAAATCAAGGTGGTTTTACAGCAACGTTCAAAATATTTTCACATTTTTAATCCAA
TCAAACGGTGACAACAACTTCTTTCTCTTCCTTCACTGGTTCGGCCTCAGCCTCTTTCAC
CGCAACCGCCTCAACGTTTTCTGTTGCAGCCACGACGTCCTCAACTTTCTCAGTTGCTGC
TGCAACCTCACCAGCAGAAGATGACTCTTCCACGGCTGCTGCAACCTCTGCTTCAGCAGT
AGGAGCTGTTTCCTTGGTCGGTTCGACCTCAGATGTCTCCTTAGCTTCCTCAGTAGTTGT
TTCAGTGGTCTCCGTCTGGTTCTGATTCTCACCGGTTTCTTCTGTGTTGATCTCCTTGGC
TACTACGTCTTCAGACACAGGCTTAGGAACAGATCCTTCGTTGTTCATGTCTGACTCCTT
GGGTCTACTCGCACAGCCACCCATTATTTATTTATTGTTTTTGTGGTTTAGGGTTGGGTT
TAGGCTGTGGAGTGTAAGAAATTATTTTGCTTTGCGATTTATTATTGTCGACCC
CCC

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TTCCACGGCTGCTGCAACCTCTGCTTCAGCAGTAGGAGCTGTTTCCTTGGTCGGTTCGAC
CTCAAATGTCTCCTTAGCTTCCTCAGTAGTTGTTTCAGTGGTCTCCGTCTGGTTCCGATT
CTCACCGGTTTCTTCTGTGTTGATCTCCTTGGCTACTACGTCTTCAGACACAGGCTTAGG
AACAGATCCTTCGTTGTTCATGTCTGACTCCTTGGGTCTACTCGCACAGCCACCCATTAT
TTATTTATTGTTTTTGTGGTTTAGGGTTGGATTTAGGCTGTGGAGTGTAAGAAATTATTT
TGCTTTGCGATTTATTATTGTCGACCCGAGGATTCC

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AG
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TTTGCGATTTATTATTGTCGACCCGAGGATTCC

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DS 

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G
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ACCGGTTTCTTCTGTGTTGATCTCCTTGGCTACTACGTCTTCAGACACAGGCTTAGGAAC
AGAGCCTTCGTTGTTCATGTCTGACTCCTTGGGTCTACTCGCACAGCCACCCATTATTTA
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CTCACCGGTTTCTTCTGTGTTGATCTCCTTGGCTACTACGTCTTCAGACACAGGCTTAGG
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TGCTTTGCGATTTATTATTGTCGACCCGAGGATTCC

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TTCCACGGCTGCTGCAACCCCTGCTTCAGCAGTAGGAGCTGTTTCCTTGGTCGGTTTGAC
CTCAGATGTCTCCTTAGCTTCCTCAGTAGTTGTTTCAGTGGTCTCCGTCTGGTTCTGATT
CTCACCGGTTTCTTCTGTGTTGATCTCCTTGGCTACTACGTCTTCAGACACAGGCTTAGG
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TTATTTATTGTTTTTGTGGTTTAGGGTTGGGTTTAGGCTGTGGAGTGTAAGAAATTATTT
TGCTTTGCGATTTATTATTGTCGACCCGAGGATTCC

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DS 

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AACGTTCAAAATATTTTCACATTTTTAATCCAATCAAACGGTGACAACAACTTCTTTCTC
TTCCTTCACTGGTTCGGCCTCAGCCTCTTTCACCGCAACCGCCTCAACGTTTTCTGTTGC
AGCCACGACGTCCTCAACTTTCTCAGTTGCTGCTGCAACCTCACCAGCAGAAGATGACTC
TTCCACGGCTGCTGCAACCTCTGCTTCAGCAGTAGGAGCTGTTTCCTTGGTCGGTTCGAC
CTCAGATGTCTCCTTAGCTTCCTCAGTAGTTGTTTCAGTGGTCTCCGTCTGGTTCCGATT
CTCACCGGTTTCTTCTGTGTTGATCTCCTTGGCTACTACGTCTTCAGACACAGGCTTAGG
AACAGATCCTTCGTTGTTCATGTCTGACTCCTTGGGTCTACTCGCACAGCCACCCATTAT
TTATTTATTGTTTTTGTGGTTTAGGGTTGGATTTAGGCTGTGGAGTGTAAGAAATTATTT
TGCTTTGCGATTTATTATTGTCGACCCGAGGATTCC

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 9

CO CL507Contig1 966 9 18 U
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TGCAGTAGCATTATGTATAACAATGGTTGATGCTAGGTTTATCGGAGGGAGAGGAGTCGA
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TGACTTCGAGTTCTTAGGCAACAACGATGGAAAACCAATAACGTTACAGACAAATATCTT
TGCGAATGGAGAAGGAAACAGAGAACAGAGGTTCTTGCTTTGGTTTAACCCCATCAAACA
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AGGCAAATATCAAAGGCTAAGGGGATACGAACAGAAAATCTATGAGCATTTCAGAAATAA
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GAAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 15 30 30 45 45 45 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY33TF U 6
AF RR3DL87TF U 5
AF RR3E018TF U 1
AF RR3G562TF U 6
AF RR3DN96TF U 99
AF RR3BS15JQ C 209
AF RR3BS15TF U 209
AF RR3EY33JQ C 425
AF RR3E018JQ C 445
BS 1 94 RR3E018TF
BS 95 95 RR3EY33TF
BS 96 295 RR3E018TF
BS 296 296 RR3EY33TF
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BS 506 506 RR3DL87TF
BS 507 693 RR3E018TF
BS 694 694 RR3G562TF
BS 695 704 RR3E018TF
BS 705 705 RR3G562TF
BS 706 711 RR3E018TF
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BS 713 755 RR3E018TF
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BS 936 937 RR3BS15JQ
BS 938 960 RR3BS15TF
BS 961 966 RR3E018JQ

RD RR3EY33TF 305 0 0
GG
ACCTCAGAGAAAAATCAAACCAAGATGATACATACGAAAATCTTTGGTGTTTTTGCAGTA
GCATTATGTATAACAATGGTTGATGCTAGGTTTATCGGAGGGAGAGGAGTCGAGAAATAT
GTTACTTTCGGTCAGAACTATGTTGTTAAATGGGGTCAAGGTCATATTTCCACACTTCAC
TCTGGCAAAGAAGTTGATCTCTACATGGATCAGTCTTCAGGTGCCGGGTTCGAATCCAAG
AACATTTACGGATCAGGTCTCTTTCAAATGAGAATCAAAGTGCCCGGAGGAAATTCTGGT
GGC

QA 3 305 3 305
DS 

RD RR3DL87TF 670 0 0
GGG
ACCTCAGAGAAAAATCAAACCAAGATGATACATACGAAAATCTTTGGTGTTTTTGCAGTA
GCATTATGTATAACAATGGTTGATGCTAGGCTTATCGGAGGGAGAGGAGTCGAGAAATAT
GTTACTTTCGGTCAGAACTATGTTGTTAAATGGGGTCAAGGTCATATTTCCACACTTCAC
TCTGGCAAAGAAGTTGATCTCTACATGAATCAGTCTTCAGGTGCCGGATTCGAATCCAAG
AACATTTACGGATCAGGTCTCTTTCAAATGAGAATCAAAGTGCCCGGAGGAAATTCTGGT
GGCGTCGTCACCGCTTTTTATTTGACTTCGTTGGGAAGTAATCACGATGAGATTGACTTC
GAGTTCTTAGGCAACAACGATGGAAAACCAATAACGTTACAGACAAATATCTTTGCGAAT
GGAGAAGGAAACAGAGAACAGAGGTTCTTGCTTTGGTTTGACCCCATCAAACATTACCAC
ACTTATGGGATTCTTTGGAACCCTTACCAAATTGTGTTTTACGTTGACAACGTCCCAATA
AGAGTGTACAAGAACGAGAAAG*TGTTAACTATCCATCAAAGCCGATGAAAGTAGAAGCC
AGTCTCTGGAACGGTGACTCTTGGGCGACTGATGGCGGTCGGACCAAGATTAACTATGCA
TTTTCTC

QA 4 670 4 670
DS 

RD RR3E018TF 774 0 0
GGATAGTACCTCAGAGAAAAATCAAACCAAGATGATACATACGAAAATCTTTGGTGTTTT
TGCAGTAGCATTATGTATAACAATGGTTGATGCTGGGTTTATCGGAGGGAGAGGAGTCGA
GAAATATGTTACTTTCGGTCAGAACTATGTTGTTAAATGGGGTCAAGGTCATATTTCCAC
ACTTCACTCTGGCAAAGAAGTTGATCTCTACATGGATCAGTCTTCAGGTGCCGGGTTCGA
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ATCTCCACTATTGGTGGAT

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GG
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GGTCG*AGTGATAACGTTGC

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G
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TTCCAACTATTGGTGGAATGGAGGCA

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GG
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G

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DS 

RD RR3BS15TF 753 0 0
GG
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GACTTCGTTGGGAAGTAATCACGATGAGATTGACTTCGAGTTCTTAGGCAACAACGATGG
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A

QA 3 752 3 752
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ATGAACTATGACTATTGCACTGATCGCTCTAAGTACCAAAGTCCTGAATGTTATTGAAAT
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TGCCACTTGTGGATTTTCCAACTATTGGTGGAATGGAGGCAAATATCAAAGGCTAAGGGG
ATACGAACAGAAAATTTATGAGCATTTCAGAAATAAGTACATGAACTATGACTATTGCAC
TGATCGCTTTAAGTACCAAAGTCCTGAATGTTATTGAAATTACATAACGTTAATTATTAT
ATATGTCCAGGGAAAAATAAATAAGTAAGTCGTAAGGAAGAT

QA 1 522 1 522
DS 



AS 1 9

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GTCTTACCATCCGTGGCTCTGATGGTGAGGCACACCGAGAATCGACTGGGACAGTAACGA
TTACTGATGACCACATTGATGATCCAGTTGCTGCAGCTGAGGAAATAGCATTTTGCAGGG
CGTGTGCTCGATTTGGTCTCGGCTTGTATCTCTATCACGAAGAGTAGGCCAAGTGTGCTT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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GTCTTACCATCCGTGGCTCTGATGGTGAGGCACACCGAGAATCGACTGGGACAGTAACGA
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CGTGTGCTCGATT

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DS 

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GGATT
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GGACAAGTTCTCGTCCTCCTCGTCGG*CACTCGGCCTCTGATTGAGATACTTCGAGATCT
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TACTGATGACCACATTGATGATCCAGTTGCTGCAGCTGAGGAAATAGCATTTTGCAGGGC
GTGTGCTCGATTTGGTCTCGGCTTGTATCTCTATCACGAAGA

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DS 

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GGACCA
GAAACAAGAAAATGGCTTTGCAAATACAGACCTCAACGACGATCTTCAAAACCCCCACAC
CATCTACTGCCGCCGATGGGCTCACCGGAAGATTCTTCCCAGGAACGGTTGCGGTTCGCC
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ATTGATGATCCAGTTGCTGCAGCTGAGGAAATAGCATTTTGCAGGGCGTGTGCTCGATTT
GGTCTCGGCTTGTATCTCTATCACGAAGAGT

QA 7 637 7 637
DS 

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G
GAAACAAGAAAATGGCTTTGCAAATACAGACCTCAACGACGATCTTCAAAACCCCCACGC
CATCTACTGCCGCCGATGGGCTCACCGGAAGATTCTTCCCAGGAACGGTTGCGGTTCGCC
GGGAAATGTTAACGGTGTGGCGAGGAGTCAGATGCGGCAGCGGTGGAGTTGGTGGAGACG
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TCCTCCTCGTCGATCACTCGGCCTCTGATTGAGATACTTCGAGATCTCAACAAGAAGATC
CCTGATAACATCGTCAAGAGCCACGATCCTGGATCCAGTGCAGCTTCCTCTGGTTTCATC
CCTTGGTTTCATGCAAATCGGATGCTCAGCTTCTACGCACCTGGTTGGTGTGGGGAGGTT
CGTGACGTCATTTTCTCAGAGAATGGTAATGTTACTGTTGTTTATCGTCTTACCATCCGT
GGCTCTGATGGTGAGGCACACCGAGAATCGACTGGGACAGTAACGATTACTGATGACCAC
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GGTCTCGGCTTGTATCTCTATCACGAAGAGTAGGCCAAGTGTGCTTACCCTTTTTTT*GG
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TAATGATGTCTACAATCAAGTTATAATA

QA 2 749 2 749
DS 

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AGAAAATGGCTTTGCAAATACAGACCTCAACGACGATCTTCAAAACCCCCACGCCATCTA
CTGCCGCCGATGGGCTCACCGGAAGATTCTTCCCAGGAACGGTTGCGGTTCGCCGGGAAA
TGTTAACGGTGTGGCGAGGAGTCAGATGCGGCAGCGGTGGAGTTGGTGGAGACGCCGGGA
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GGCTTGTATCTCTATCACGAAGAGTAGGCCAAGTGTGCTTACCCTTTTTTT*GGTTGAAC
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TGTCTACAATCAAGTTATAATAACAATTATATAATGACAATTCCGTCAACTTTTATGTAT
ACATTTACCTGTGTTCTT
AAATT

QA 1 798 1 798
DS 

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ATCTACTGCCGCCGATGGGCTCACCGGAAGATTCTTCCCAGGAACGGTTGCGGTTCGCCG
GGAAATGTTAACGGTGTGGCGAGGAGTCAGATGCGGCAGCGGTGGAGTTGGTGGAGACGC
CGGGAAGAAAAAAAGCTGTTCCTAACTCGAACTATGTAGTGCCTTTGGACAAGTTTTCGT
CCTCCTCGTCGATCACTCGGCCTCTGATTGAGATACTTCGAGATCTCAACAAGAAGATCC
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AATGATGTCTACAATCAAGTTATAATAACAATTATATAATGACAATTCCGTC

QA 1 712 1 712
DS 

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TCTTCCCAGGAACGGTTGCGGTTCGCCGGGAAATGTTAACGGTGTGGCGAGGAGTCAGAT
GCGGCAGCGGTGGAGTTGGTGGAGACGCCGGGAAAAAAAAA*GCTGTTCCTAACTCGAAC
TATGTAGTGCCTTTGGACAAGTTCTCGTCCTCCTCGTCGG*CACTCGGCCTCTGATTGAG
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GGGACAGTAACGATTACTGATGACCACATTGATGATCCAGTTGCTGCAGCTGAGGAAATA
GCATTTTGCAGGGCGTGTGCTCGATTTGGTCTCGGCTTGTATCTCTATCACGAAGAGTAG
GCCAAGTGTGCTTACCCTTTTTTT*GGTTGAACAAGTCTATCAACTTGTTGAGAGACCCT
TATGCGTTCTAGATTGCTAAATATATGTAATGATGTCTACAATCAAGTTATAATAACAAT
TATATAATGACAATTCCGTCAACTTTTATGTATACATTTACCTGTGTTCTT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3BY58JQ 715 0 0
AGATTCTTCCCAGGAACGGTTGCGGTTCGCCGGGAAATGTTAACGGTGTGGCGAGGAGTC
AGATGCGGCAGCGGTGGAGTTGGTGGAGACGCCGGGAAGAAAAAA*GCTGTTCCTAACTC
GAACTATGTAGTGCCTTTGGACAAGTTCTCGTCCTCCTCGTCGATCACTCGGCCTCTGAT
TGAGATACTTCGAGATCTCAACAAGAAGATCCCTGATAACATCGTCAAGAGCCACGATCC
TGGATCCAGTGCAGCTTCCTCTGGTTTCACCCCTTGGTTTCATGCAAATCGGATGCTCAG
CTTCTACGCACCTGGTTGGTGTGGGGAGGTTCGTGACGTCATTTTCTCAGAGAATGGTAA
TGTTACTGTTGTTTATCGTCTTACCATCCGTGGCTCTGATGGTGAGGCACACCGAGAATC
GACTGGGACAGTAACGATTACTGATGACCACATTGATGATCCAGTTGCTGCAGCTGAGGA
AATAGCATTTTGCAGGGCGTGTGCTCGATTTGGTCTCGGCTTGTATCTCTATCACGAAGA
GTAGGCCAAGTGTGCTTACCCTTTTTTT*GGTTGAACAAGTCTATCAACTTGTTGAGAGA
CCCTTATGCGTTCTAGATTGCTAAATATATGTAATGATGTCTACAATCAAGTTATAATAA
CAATTATATAATGACAATTCCGTCAACTTTTATGTATACATTTACCTGTGTTCTT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3E310JQ 606 0 0
GCGTTCTAGATTGCTAAATATATGTAATGATGTCTACAATCAAGTTATAATAACAATTAT
ATAATGACAATTCCGTCAACTTTTATGTATACATTTACCTGTGTTCTTAAATTATTTTGT
GTACATGAGTAACAACATTATGATCTCAGAAGTTTTGGACCCATATTTGACGCCATCCAA
GATGTTATTGCATCGACAAGCTGGGTAAAATCTTTGGACATGTCTGCACGAAGGATCTTC
GAGTCCATTCCCAGCGTACCTCCAACCTCTTTCGCCACAGACTCCCACGGTGTCCCAACA
GCCATGTTCGCCAAAAACTCACTTCCTCGGTTCACCGCATCAGCCATTGCTGGTGGGACA
TCTGGAAGGGCCTGTCGCAAAAGAAGACCGTGATCCCCTGGAAGTGTACGGATAGACATG
TCTAGCTTTGAGCTTATGGATGATTCCACGCCAAGTACCTGAGCTAGAATTGATGTTTCA
TCTATTGAATCATCCTCGAACTTTATCAACATATTCCTAGAGATTCCATAGTAGGATCTT
ATAAGGCGTCTTGTTTCTTCTGGTTTTGGAATAAAATCTTCTCTTCCTTTTACCAAGTCC
ATGTAC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 8

CO CL509Contig1 1024 8 10 U
GGATCGCCTGTTCCTCCTCTTCCGGTTCCTGCATCAGCATATTCACCTCCAACTGGTATC
AAGAAGACATGGGAAGCCAATCATACGAAGACGCCATCGAAGCTCTCAAGAAGCTTATCA
TTGAGAAGGATGACCTGAAGACGGTGGCTGCGGCCAAGGTGGAGAAGCTCACAGCGGAGC
TTAAGACAATCTCGTCATCGGACGGCAAAGCATTCGATCCTGTGGAACGAATTAAGCAAG
GCTTCGTCACCTTCAAGAAGGAGAAATACGATACGAATCCAGCTTTGTACGGTGAGCTTG
CCAAAGGTCAAAGCCCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCGGACTCACGTGTGTGCCCAT
CACACGTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCATGGTTCGTAACATTGCAAATATGG
TTCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCT
TGCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATCAAGG
GACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGGGTAA
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CAGTTTGAGCCAATATATCATAATCATCTTCACCGTCTTCATCACCTTGCTCTCTACTCT
TGATCTCCCATCTAAATTAATGGCTACTCGAATAACTGCTTTTTT*ATTTGAGCTAAGCT
TCATTTTCTCAACAATCTATCCGACTTATAAAATGAATAAAAATAAATTCTGAATTCTAT
ATAC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR3D694TF U 1
AF RR3FK61TF U 1
AF RR3AF48TF U 4
AF RR3F193JQ C 239
AF RR3D694JQ C 288
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RD RR3D694TF 678 0 0
GGATCGCCTGTTCCTCCTCTTCCGGTTCCTGCATCAGCATATTCACCTCCAACTGGTATC
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TTGAGAAGGATGACCTGAAGACGTTGGCTGCGGCCAAGGTGGAGAAGCTCACAGCGGAGC
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CACACGTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCATGGTTCGTAACATTGCAAATATGG
TTCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCT
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ACCAATGTGGCCGATGTG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3FK61TF 679 0 0
GGATC
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GGTCAAAGCCCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCGGACTCACGTGTGTGCCCATCACAC
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CCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCTTGCAC
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TGTGGCCGATGTGA

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DS 

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GG
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GACATGGGAAGCCAATCATACGAAGACGCCGTCGAAGCTCTCAAGAAGCTTATCATTGAG
AAGGATGACCTGAAGACGGTGGCTGCGGCCAAGGTGGAGAAGCTCACAGCGGAGCTTAAG
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GTCACCTTCAAGAAGGAGAAATACGATACGAATCCAGCTTTGTACGGTGAGCTTGCCAAA
GGTCAAAGCCCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCGGACTCACGTGTGTGCCCATCACAC
GTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCATGGTTCGTAACATTGCAAATATGGTTCCT
CCTTATGGCCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCTTGCAC
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TTTGTGA

QA 3 729 3 729
DS 

RD RR3F193JQ 773 0 0
AGGCTTCGTCAC*TTCAAGAAGGAGAAATACGATACGAATCCAGCTTTGTACGGTGAGCT
TGCCAAAGGTCAAAGCCCAAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCGGACTCACGTGTGTGCCC
ATCACACGTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCGTGGTTCGTAACATTGCAAATAT
AGTTCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGT
CTTGCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCATCAA
GGGACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGATTGGGT
AAAAATCTGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTTGA
AGACCAATGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTATTAAC
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TGACTTTGTTAAGGGAGCTTTTGAGCTTTGGGAACTCCAGTTCGGCCTCTCTCCCGCTCA
TCCAGTTTGAGCCAATATATCATAATCATCTTCACCGTCTTCATCACCTTGCTCTCTACT
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CTTCATTTTCTCAACTATCTATCCGACTTATAAAATGAATAAAAATAAATTCT

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DS 

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CGTGTGTGCCCATCACACGTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCATGGTTCGTAAC
ATTGCAAATATGGTTCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATT
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GGTGGCATCAAGGGACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGAAACAACTCCACTGATTTCATA
GAGGATTGGGTAAAAATCTGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGT
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TCTCCCGCTCATCCAGTTTGAGCCAATATATCATAATCATCTTCACCGTCTTCATCACCT
TGCTCTCTACTCTCGATCTCCCATCTAAATTAATGGCTACTCGAATAACTGCTTTTTT*A
TTTGAGCTAAGCTTCATTTTCTCAACAATCTATCCGACTTATAAAATGAATAAAAATAAA
TTC
CG

QA 1 723 1 723
DS 

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GTGCTTAACTTCCATCCTGGAGATGCCTTCGTGGTTC*TAACATTGCAAATATGGTTCCT
CCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATGCTGTCTTGCAC
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TGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCATTTGAAGACCAA
TGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTATTAACATACCCA
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GTTAAGGGAGCTTTTGAGCTTTGGGAACTCCAGTTCGGCCTCTCTCCCGCTCATCCAGTT
TGAGCCAGTATATCATAATCATCTTCACCGCCTTCATCACCTTGCTCTCTACTCTTGATC
TCCCATCTAAATTAATGGCTACTCGAATAACTACTTTTTTTATTTGAGTTAAGCTACATT
TTCTCAACTATCTATCCGACTTATAAAATGAATAAAAATAAATTCT
G

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G
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ATATGGTTCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATG
CTGTCTTGCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCA
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GGGTAAAAATCTGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCAT
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TAACATACCCATTTGTGAGGGAAGGAGTTGTCAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCT
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CTCATCCAGTTTGAGCCAATATATCATAATCATCTTCACCGTCTTCATCACCTTGCTCTC
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G
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ATATGGTTCCTCCTTATGACCAGGTCAAATATGCAGGAGTTGGAGCCGCCATTGAATATG
CTGTCTTGCACCTTAAGGTCGAGAACATTGTGATAATAGGTCACAGTGCATGTGGTGGCA
TCAAGGGACTTATGTCATTTGCTCTTGACGGAAACAACTCCACTGATTTCATAGAGGATT
GGGTAAAAATCTGTTTGCCAGCAAAGTCAAAAGTTTTGGCAGAAGCTGAAAGTTCAGCAT
TTGAAGACCAATGTGGCCGATGTGAAAGGGAGGCAGTGAATGTGTCACTAGCAAACCTAT
TAACATACCCATTTGTGAGGGAAGGAGTTGTCAAAGGAACACTTGCTTTGAAGGGAGGCT
ATTATGACTTTGTTAAGGGAGCTTTTGAGCTTTGGGAACTCCAGTTCGGCCTCTCTCCCG
CTCATCCAGTTTGAGCCAATATATCATAATCATCTTCACCGTCTTCATCACCTTGCTCTC
TACTCTTGATCTCCCATCTAAATTAATGGCTACTCGAATAACTGCTTTTTT*ATTTGAGC
TAAGCTTCATTTTCTCAACAATCTATCCGACTTATAAAATGAATAAAAATAAATTCTGAA
TTCTATATAC

QA 2 671 2 671
DS 



AS 1 7

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TTCCTCTTCACCTTCCTCTTCCCCTCACCCCCTCCGTCGCGCCTTCACCGTACGCGCCGC
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CCATGGGAAAACCACTTTAACCGCCGCTCTTACCATGGCCTTAGCTTCCATGGGAAACAG
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TATCAACACCGCCACCGTCGAGTACGAAACCGAGAACCGTCACTACGCTCACGTAGACTG
TCCTGGCCATGCTGATTACGTGAAGAACATGATCACCGGAGCTGCTCAGATGGACGGAGC
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TGACGCGGAGCTTCTGGAGCTCGTTGAGCTTGAGGTTCGTGAGCTTCTCTCGTCTTATGA
GTTTAACGGTGATGATATTCCGATTATCTCCGGCTCTGCTTTGTTAGCTGTTGAGACTCT
CACTGAGAACCCTAACGTGAAGAGAGGTGAGAACAAATGGGTGGATAAGATTTACGAGTT
GATGGATTCCGTTGATAGTTACATCCCCATTCCGACACGACAGACGGACTTGCCGTTCTT
GTTAGCTGTCGAAGATGTGTTTTCCATCACCGGTCGTGGTACTGTCGCTACGGGTCGTGT
CGAAAGAGGTATGGTCAAAGTTGGAGAGACTGTGGATTTGGTTGGATTAAGAGAGACTAG
GAACTACACTGTAACGGGAGTTGAGATGTTCCAGAAGATTCTTGATGAAGCAATGGCTGG
AGATAACGTAGGATTGTTGCTTAGAGGTATACAGAAGGCTGATATTCAGAGAGGTATGGT
TTTAGCTAAGCCCGGATCCATTACTCCTCACACTAAGTTTGAAGCCATTGTGTACGTGTT
GAAGAAGGAAGAAGGTGGAAGACATTCTCCGTTTTTCGCCGGTTATAGGCCCCAGTTTTA
CATGAGGACGACTGATGTTACTGGTAAAGTGACTAAGATTATGAATGATAAGGATGAGGA
GTCGAAGATGGTTATGCCCGGTGATAGGGTTAAGATTGTTGTGGAGCTTATCGTGCCTGT
TGCTTGTGAACAAGGGATGAGGTTTGCTATTAGAGAAGGAGGGAAGACTGTTGGTGCTGG
AGTGATTCAGACTATTCTCGAATAAAGGAATTAGCCATAGCAAGCTTGTTCTTGCCTCTT
TTGGTGTTTTTACCCTTTTTGTGGGATTCAGAAACTCTTGAAATTTGGATTACCAAATTA
GTTTTCTTTATCATATTTTTACCATTTTCTGTGAGTATTTAGAATCAAAGTGTCATATAT
TCTTCCGTTTCAATCTGAATTGTATAGCTAGTGTTCATATATTTCAGTAATGTCCCAAAA
AGTTTCTTAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GTTTAACGGTGATGATATTCCGATTATCTCCGGCTCTGCTTTGTTAGCTGTTGAGACTCT
CACTGAGAACCCTAACGTGAAGAGAGGTGAGAACAAATGGGTGGATAAGATTTACGAGTT
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GTTAGCTGTCGAAGATGTGTTTTCCATCACCGGTCG

QA 1 756 1 756
DS 

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TACGAGTTGATGGATTCCGTTGATAGTTACATCCCCATTCCGACACGACAGACGGACTTG
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GAGACTAGGAACTACACTGTAACGGGAGTTGAGATGTTCCAGAAGATTCTTGATGAAGCA
ATGGCTGGAGATAACGTAGGTTTGTTGCTTAGAGGTATACAAAAGGCTGATATTCAAAGA
GGTATGGTTTTAGCTAAGCCCGGGTCCATTACTCCTCACACTAAGCTTGAGGCCATTGTG
TACGTGTTGAAGAAGGAAGAAGGTGGAAGACATTCTCCGTTTTTCGCCGGTTATAGACCT
CAGTTTTACATGAGGACGACTGATGTTACTGGTAAAGTGACTAAGATTATGAATGATAAG
GATGAGGAGTCGAAGATGGTTATGCCCGGTGATAGGGTTAAGATTGTTGTGGAGCTTATT
GTGCCTGTTGCTTGTGAACA*GGGATGAGGTTTGCTATTAGAGAAGT*GGGAAGACAGTT
GGTGCTGGAGTGATTCAGACTATTCTCGAATAAAGGAATTAGCCATAGCAAGCTTATTCT

QA 1 720 1 720
DS 

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TTTTT
AGCTGTTGAGACTCTCACTGAGAACCCTAACGTGAAGAGAGGTGAGAACAAATGGGTGGA
TAAGATTTACGAGTTGATGGATTCCGTTGATAGTTACATCCCCATTCCGACACGACAGAC
GGACTTGCCGTTCTTGTTAGCTGTCGAAGATGTGTTTTCCATCACCGGTCGTGGTACTGT
CGCTACGGGTCGTGTCGAAAGAGGTATGGTTAAAGTTGGAGAGACTGTGGATTTGGTTGG
ATTAAGGGAGACTAGGAACTACACTGTAACGGGAGTTGAGATGTTCCAGAAGATTCTTGA
TGAAGCAATGGCTGGAGATAACGTAGGATTGTTGCTTAGAGGTATACAGAAGGCTGATAT
TCAGAGAGGTATGGTTTTAGCTAAGCCCGGATCCATTACTCCTCACACTAAGTTTGAAGC
CATTGTGTACGTGTTGAAGAAGGAAGAAGGTGGAAGACATTCTCCGTTTTTCGCCGGTTA
TAGGCCCCAGTTTTACATGAGGACGACTGATGTTACTGGTAAAGTGACTAAGATTATGAA
TGATAAGGATGAGGAGTCGAAGATGGTTATGCCCGGTGATAGGGTTAAGATTGTTGTGGA
GCTTATCGTGCCTGTTGCTTGTGAACAAGGGATGAGGTTTGCTATTAGAGAAGGAGGGAA
GACTGTTGGTGCTGGAGTGATTCAGACTATTCTCGAATAAAGGAATTAGCCATAGCAAGC
TTGTTCTTGCCTCTTTTGGTGTTTTTACCCTTTTTGTGGGATTCAGAAACTCTTGAAATT
TGGATTACCAAATTAGTTTTCTTTATCATATTTTT

QA 6 820 6 820
DS 

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TCCATTACTCCTCACACTAAGTTTGAAGCCATTGTGTACGTGTTGAAGAAGGAAGAAGGT
GGAAGACATTCTCCGTTTTTCGCCGGTTATAGGCCCCAGTTTTACATGAGGACGACTGAT
GTTACTGGTAAAGTGACTAAGATTATGAATGATAAGGATGAGGAGTCGAAGATGGTTATG
CCCGGTGATAGGGTTAAGATTGTTGTGGAGCTTATCGTGCCTGTTGCTTGTGAACAAGGG
ATGAGGTTTGCTATTAGAGAAGGAGGGAAGACTGTTGGTGCTGGAGTGATTCAGACTATT
CTCGAATAAAGGAATTAGCCATAGCAAGCTCGTTCTTGCCTCTTTTGGTGTTTTTACCCT
TTTTGTGGGATTCAGAAACTCTTGAAATTTGGATTACCAAATTAGTTTTCTTTATCATAT
TTTTACCATTTTCTGTGAGT

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DS 

RD RR3DX86TF 560 0 0
GGAGTTGAGATGTTCCAGAAGATTCTTGATGAAGCAATGGCTGGAGATAACGTAGGATTG
TTGCTTAGAGGTATACAGAAGGCTGATATTCAGAGAGGTACGGTTTTAGCTAAGCCCGGA
TCCATTACTCCTCACACTAAGTTTGAAGCCATTGTGTACGTGTTGAAGAAGGAAGAAGGT
GGAAGACATTCTCCGTTTTTCGCCGGTTATAGGCCCCAGTTTTACATGAGGACGACTGAT
GTTACTGGTAAAGTGACTAAGATTATGAATGATAAGGATGAGGAGTCGAAGATGGTTATG
CCCGGTGATAGGGTTAAGATTGTTGTGGAGCTTATCGTGCCTGTTGCTTGTGAACAAGGG
ATGAGGTTTGCTATTAGAGAAGGAGGGAAGACTGTTGGTGCTGGAGTGATTCAGACTATT
CTCGAATAAAGGAATTAGCCATAGCAAGCTCGTTCTTGCCTCTTTTGGTGTTTTTACCCT
TTTTGTGGGATTCAGAAACTCTTGAAATTTGGATTACCAAATTAGTTTTCTTTATCATAT
TTTTACCATTTTCTGTGAGT

QA 1 560 1 560
DS 

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GAAGT
GAGACTAGGAACTACACTGTAACGGGAGTTGAGATGTTCCAGAAGATTCTTGATGAAGCA
ATGGCTGGAGATAACGTAGGATTGTTGCTTAGAGGTATACAGAAGGCTGATATTCAGAGA
GGTATGGTTTTAGCTAAGCCCGGATCCATTACTCCTCACACTAAGTTTGAAGCCATTGTG
TACGTGTTGAAGAAGGAAGAAGGTGGAAGACATTTTCCGTTTTTCGCCGGTTATAGGCCC
CAGTTTTACATGAGGACGACTGATGTTACTGGTAAAGTGACTAAGATTATGAATGATAAG
GATGAGGAGTCGAAGATGGTTATGCCCGGTGATAGGGTTAAGATTGTTGTGGAGCTTATC
GTGCCTGTTGCTTGTGAACAAGGGATGAGGTTTGCTATTAGAGAAGGAGGGAAGACTGTT
GGTGCTGGAGTGATTCAGACTATTCTCGAATAAAGGAATTAGCCATAGCAAGCTTGTTCT
TGCCTCTTTTGGTGTTTTTACCCTTTTTGTGGGATTCAGAAACTCTTGAAATTTGGATTA
CCAAATTAGTTTTCTTTATCATATTTTTACCATTTTCTGTGAGTATTTAGAATCAAAGTG
TCATATATTCTTCCGTTTCAATCTGAATTGTATAGCTAGTGTTCATATATTTCAGTAATG
TCCCAAAAAGTTTCTTAG

QA 6 683 6 683
DS 

RD RR3DH83TF 674 0 0
GAAGT
GAGACTAGGAACTACACTGTAACGGGAGTTGAGATGTTCCAGAAGATTCTTGATGAAGCA
ATGGCTGGAGATAACGTAGGATTGTTGCTTAGAGGTATACAGAAGGCTGATATTCAGAGA
GGTATGGTTTTAGCTAAGCCCGGATCCATTACTCCTCACACTAAGTTTGAAGCCATTGTG
TACGTGTTGAAGAAGGAAGAAGGTGGAAGACATTCTCCGTTTTTCGCCGGTTATAGGCCC
CAGTTTTACATGAGGACGACTGATGTTACTGGTAAAGTGACTAAGATTATGAATGATAAG
GATGAGGAGTCGAAGATGGTTATGCCCGGTGATAGGGTTAAGATTGTTGTGGAGCTTATC
GTGCCTGTTGCTTGTGAACAAGGGATGAGGTTTGCTATTAGAGAAGGAGGGAAGACTGTT
GGTGCTGGAGTGATTCAGACTATTCTCGAATAAAGGAATTAGCCATAGCAAGCTTGTTCT
TGCCTCTTTTGGTGTTTTTACCCTTTTTGTGGGATTCAGAAACTCTTGAAATTTGGATTA
CCAAATTAGTTTTCTTTATCATATTTTTACCATTTTCTGTGAGTATTTAGAATCAAAGTG
TCATATATTCTTCCGTTTCAATCTGAATTGTATAGCTAGTGTTCATATATTTCAGTAATG
TCCCAAAAA

QA 6 674 6 674
DS 



AS 2 9

CO CL511Contig1 902 4 3 U
GTAATTGTTTCCCAGGTTGAGGGGTCATAATGTTTTATTTTTGTCAACTGGGTTTGCTTT
GCAGCATCACAAACATGTTTCTTAAGGGAAAACTCTCAAAGATTTTTAGAGGTTGCTGAG
GTCAACAGGTTCACGGAGGAGCCTCTCCATCTGCTGTGCTCTTGTCCTGATTGACATGTC
CAACACCTTTTGCTGGAACTCTACTATTAGCCCTCCATATATACTCGGATCAATCTTCTG
TTCCACAGTTACTTTCTTCCCTTCTCCAATGATCTCCTGAAGTGTCTCTTTGAGTTCCTT
CTCCTCAGCAGGGGGAAGTGGCATGACAGTGGTAACCAAGACTTTGACGTCTCCCCTATG
TGCTGTTGTCAGCTGCATGAATTTTTTCACAATCACGTCTAGGTTCTTCAGCTTCCCATT
CTCAGCTAACAAAGATAGGAAGTTCTTGGTGGGTTCTGCAAACTTTGCTTTGTCACAAAC
ATCGACAATAGCAGCCAGTCTTGTCTCTCTAGGAACAGAGGGATCCTTAGTAAACTGTGA
GAAAGTAGGGCTGGTCTTCATCGCCTCAACCAGCTCAGAAAGATCAGACTCAATCTTTTC
CAAGGAATTCATCTTCACAGCTGCAATGTACAGCCACGAAGCAAAGTTGCCAGATTCACC
AACTAAAGCCACTGGCACCTTAACATTGCCAGTTTTCTCAGCTGAAGCTGTTGCATAATC
TCTCAACGCAGGGATAAGAGGCCGTCCACTGGGATAAGATCTCACAGAAGAGACGGAATC
TGAGACGGCGATGGTCTTGAAGAAGGAGATCCCGGATCTGATACGACCAGCCAAAGCCAT
TTTTGTTGTCGTTGTTGCAGATATCTGATTGGAACCCTAGCAAATGATTAAAAGCCGATC
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3BH82JQ U 287
AF RR3F950JQ U 1
AF RR3F950TF C 114
AF RR3BH82TF C 525
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BS 897 902 RR3BH82TF

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GCTTTGTCACAAACATCGACAATAGCAGCCAGTCTTGTCTCTCTAGGAAC

QA 1 230 1 230
DS 

RD RR3F950JQ 583 0 0
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GCAGCATCACAAACATGTTTCTTAAGGGAAAACTCTCAAAGATTTTTAGAGGTTGCTGAG
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TTCCACAGTTACTTTCTTCCCTTCTCCAATGATCTCCTGAAGTGTCTCTTTGAGTTCCTT
CTCCTCAGCAGGGGGAAGTGGCATGACAGTGGTAACCAAGACTTTGACGTCTCCCCTATG
TGCTGTTGTCAGCTGCATGAATTTTTTCACAATCACGTCTAGGTTCTTCAGCTTCCCATT
CTCAGCTAACAAAGATAGGAAGTTCTTGGTGGGTTCTGCAAACTTTGCTTTGTCACAAAC
ATCGACAATAGCAGCCAGTCTTGTCTCTCTAGGAACAGAGGGATCCTTAGTAAACTGTGA
GAAAGTAGGGCTGGTCTTCATCGCCTCAACCAGCTCAGAAAGA

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3F950TF 789 0 0
GAGTGCTGAGTCAACAG
TCACGGAGGAGCCTCTCCATCTGCTGTGCTCT*GTC*TGATTGACATGTCCAACAC*TTT
TGCTGGAACTCTACTATTAGCCCTCCATATATACTCGGATCAATCTTCTGTTCCACAGTT
ACTTTCTTCCCTTCTCCAATGATCTCGTGAAGTGTCTCTTTGAGTTCTTTCTCCTCAGCA
GGGGGAAGTGGCATGACAGTGGTAACCAAGACTTTGACGTCTCCCCTATGTGCTGTTGTC
AGCTGCATGAATTTTTTCACAATCACGTCTAGGTTCTTCAGCTTCCCATTCTCAGCTAAC
AAAGATAGGAAGTTCTTGGTGGGTTCTGCAAACTTTGCTTTGTCACAAACATCGACAATA
GCAGCCAGTCTTGTCTCTCTAGGAACAGAGGGATCCTTAGTAAACTGTGAGAAAGTAGGG
CTGGTCTTCATCGCCTCAACCAGCTCAGAAAGATCAGACTCAATCTTTTCCAAGGAATTC
ATCTTCACAGCTGCAATGTACAGCCACGAAGCAAAGTTGCCAGATTCACCAACTAAAGCC
ACTGGCACCTTAACATTGCCAGTTTTCTCAGCTGAAGCTGTTGCATAATCTCTCAACGCA
GGGATAAGAGGCCGTCCACTGGGATAAGATCTCACAGAAGAGACGGAATCTGAGACGGCG
ATGGTCTTGAAGAAGGAGATCCCGGATCTGATACGACCAGCCAAAGCCATTTTTGTTGTC
GTTGTTGCAGATATCTGATTGGAACCCTAGCAAATGATTAAAAGCC
GATCCC

QA 18 783 18 783
DS 

RD RR3BH82TF 378 0 0
CCTTAGTAAACTGTGAGAAAGTAGGGCTGGTCTTCATCGCCTCAACCAGCTCAGAAAGAT
CAGACTCAATCTTTTCCAAGGAATTCATCTTCACAGCTGCAATGTACAGCCACGAAGCAA
AGTTGCCAGATTCACCAACTAAAGCCACTGGCACCTTAACATTGCCAGTTTTCTCAGCTG
AAGCTGTTGCATAATCTCTCAACGCAGGGATAAGAGGCCGTCCACTGGGATAAGATCTCA
CAGAAGAGACGGAATCTGAGACGGCGATGGTCTTGAAGAAGGAGATCCCGGATCTGATAC
GACCAGCCAAAGCCATTTTTGTTGTCGTTGTTGCAGATATCTGATTGGAACCCTAGCAAA
TGATTAAAAGCCGATCCC

QA 1 378 1 378
DS 



CO CL511Contig2 1003 5 20 U
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GTTGGCTGGTCGTATCAGATCCGGGATCTCCTTCTTCAAGACCGTCGCCGTCTCAGATTC
CGTCTCCTCTGCGAGATCTTATCCCAGTGGACGTCCTCTTATCCCTGCGTTGAGAGATTA
TGCAACAGCTTCAGCTCAGAAAACTGGCAATGTTAAGGTGCCAGTGGCTTTAGTTGGTGA
ATCTGGCAACTTTGCTTCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAAGATGAATTCCTTGGAAAA
GATTGAGTCGGATCTTTCTGAGCTGGTTGAGGCGATGAAGACCAGCCCTACTTTCTCACA
GTTTACTAAGGATCCCTCTGTTCCTAGAGAGACAAGACTTGCTGCTATTGTCGATGTTTG
TGACAAAGCAAAGTTTGCAGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTGTTAGCTGAGAATGG
GAAGCTGAAGAACCTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACAACAGCACATAG
GGGAGACGTCAAAGTCTTGGTTACCACTGTCATGCCGCTTCCCCCTGCTGAGGAGAAGGA
ACTCAAAGAGACACTTCAGGAGATCATTGGAGAAGGGAAGAAAGTAACTGTGGAACAGAA
GATTGATCCGAGCATATATGG*AGGGCTAATAGTAGAGTTCCAACAAAAG*TGTTGGACA
TGTCAATCAGGACAAGAGCACAGCAGATGGAGAGGCTCCTCCGTGAACCTGTTGGCCTCA
GCAACCTCTGAAAATATATCCTCGAGAGAGTTTTCCCTTAAAAACATGTTTGTGTGATGC
TGCAAACCCAGTTGACAAAATAAAACATTATGACCCCTCCACCTGGGAAACAATTACATT
GTCGTTTTTGAAATTTGTTATTGCATTTTGCTTCCAATTGTTGTTTGCTTGGAAATAAGC
TTTTCGAGATTATTTACTTTATATACGAGAGAATAAATAGTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H422TF U 1
AF RR3G858TF U 96
AF RR3BA31TF U 7
AF RR3BA31JQ C 168
AF RR3G858JQ C 219
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BS 382 533 RR3H422TF
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BS 535 726 RR3H422TF
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BS 730 730 RR3BA31JQ
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BS 795 813 RR3BA31TF
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BS 815 823 RR3BA31TF
BS 824 971 RR3BA31JQ
BS 972 1003 RR3G858JQ

RD RR3H422TF 726 0 0
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GTTGGCTGGTCGTATCAGATCCGGGATCTCCTTCTTCAAGGCCGTCGCCGTCTCAGATTC
CGTCTCCTCTGCGAGATCTTATCCCAGTGGACGTCCTCTTATCCCTGCGTTGAGAGATTA
TGCAACAGCTTCAGCTCAGAAAACTGGCAATGTTAAGGTGCCAGTGGCTTTAGTTGGTGA
ATCTGGCAACTTTGCTTCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAAGATGAATTCCTTGGAAAA
GATTGAGTCGGATCTTTCTGAGCTGGTTGAGGCGATGAAGACCAGCCCTACTTTCTCACA
GTTTACTAAGGATCCCTCTGCTCCTAGAGAGACAAGACTTGCTGCTATTGTCGATGTTTG
TGACAAAGCAAAGTTTGCAGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTGTTAGCTGAGAATGG
GAAGCTGAAGAACCTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACAACAGTACATAG
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ACTCAAAGAGACACTTCAGGAGATCATTGGAGAAGGGAAGAAAGTAACTGTGGAACAGAA
GATTGATCCGAGCATATATGG*AGGGCTAATAGTAGAGTTCCAACAAAAG*TGTTGGACA
TGTCAA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3G858TF 631 0 0
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CTCTTATCCCTGCGTTGAGAGATTATGCAACAGCTTCAGCTCAGAAAACTGGCAATGTTA
AGGTGCCAGTGGCTTTAGTTGGTGAATCTGGCAACTTTGCTTCGTGGCTGTACATTGCAG
CTGTGAAGATGAATTCCTTGGAAAAGATTGAGTCGGATCTTTCTGAGCTGGTTGAGGCGA
TGAAGACCAGCCCTACTTTCTCGCAGTTTACTAAGGATCCCTCTGTTCCTAGAGAGACAA
GACTTGCTGCTATTGTCGATGTTTGTGACAAAGCAAAGTTTGCAGAACCCACCAAGAACT
TCCTCTCTTTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGGAGAACCTAGACGTGATTGTGAAAAAAT
TCATGCAGCTGACAACAGCACATAGGGGAGACGTCAAAGTCTTGGTTACCACTGTCATGC
CGCTTCCCCCTGCTGAGGAGAAGGAACTCAAAGAGACACTTCAGGAGATCATTGGAGAAG
GGAAGAAAGTAACTGTGGAACAGAAGATTTATCCGAGCATATATGG*AGGGCTAATAGTA
GAGTTCCAACAAAAG*TGTTGGACATGTCAA

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3BA31TF 820 0 0
GGAATCAT
TTTGCTAGGGTTCCAATCAGATATCTGCAACAACAACAAAAATGGCGTTGGCTGGTCGTA
TCAGATCCGGGATCTCCTTCTTCAAGACCGTCGCCGTCTCAGATTCCGTCTCCTCTGCGA
GATCTTATCCCAGTGGACGTCCTCTTATCCCTGCGTTGAGAGATTATGCAACAGCTTCAG
CTCAGAAAACTGGCAATGTTAAGGTGCCAGTGGTTTTAGTTGGTGAATCTGGCAACTTTG
CTTCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAAGATGAATTCCTTGGAAAAGATTGAGTCGGATC
TTTCTGAGCTGGTTGAGGCGATGAAGACCAGCCCTACTTTCTCACAGTTTACTAAGGATC
CCTCTGTTCCTAGAGAGACAAGACTTGCTGCTATTGTCGATGTTTGTGACAAAGCAAAGT
TTGCAGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAACC
TAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACAACAGCACATAGGGGAGACGTCAAAG
TCTTGGTTACCACTGTCATGCCGCTTCCCCCTGCTGAGGAGAAGGAACTCAAAGAGACAC
TTCAGGAGATCATTGGAGAAGGGAAGAAAGTAACTGTGGAACAGAAGATTGATCCGATCA
TATATGGGAGGGCTAATAGTAGAGTTCCAACAAAAG*TGTTGGACATGTCAATCACGACA
AGAGCACAGCAGATGGAGAGGCTCCTCCGTGAACCTGTTGGCCTCAGCA*CCTCTGAGA*
TATATCCTCGAGAGAGTTT*CCCTTAAAA
CAT

QA 9 817 9 817
DS 

RD RR3BA31JQ 804 0 0
CGTTGAGAGATTATGCAACAGCTTCAGCTCAGAAAACTGGCAATGTTAAGGTGCCAGTGG
TTTTAGTTGGTGAATCTGGCAACTTTGCTTCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAAGATGA
ATTCCTTGGAAAAGATTGAGTCGGATCTTTCTGAGCTGGTTGAGGCGATGAAGACCAGCC
CTACTTTCTCACAGTTTACTAAGGATCCCTCTGTTCCTAGAGAGACAAGACTTGCTGCTA
TTGTCGATGTTTGTGACAAAGCAAAGTTTGCAGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTGT
TAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAACCTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGA
CAACAGCACATAGGGGAGACGTCAAAGTCTTGGTTACCACTGTCATGCCGCTTCCCCCTG
CTGAGGAGAAGGAACTCAAAGAGACACTTCAGGAGATCATTGGAGAAGGGAAGAAAGTAA
CTGTGGAACAGAAGATTGATCCGATCATATATGG*AGGGCTAATAGTAGAGTTCCAACAA
AAGGTGTTGGACATGTCAATCAGGACAAGAGCACAGCAGATGGAGAGGCTCCTCCGTGAA
CCTGTTGGCCTCAGCAACCTCTGAAAATATATCCTCGAGAGAGTTTTCCCTTAAAAACAT
GTTTGTGTGATGCTGCAAACCCAGTTGACAAAATAAAACATTATGACCCCTCCACCTGGG
AAACAATTACATTGTCGTTTTTGAAATTTGTTATTGCATTTTGCTTCCAATTGTTGTTTG
CTTGGAAATAAGCTTTTCGAGATT

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3G858JQ 785 0 0
TGCCAGTGGCTTTAGTTGGTGAATCTGGCAACTTTGCTTCGTGGCTGTACATTGCAGCTG
TGAAGATGAATTCCTTGGAAAAGATTGAGTCGGATCTTTCTGAGCTGGTTGAGGCGATGA
AGACCAGCCCTACTTTCTCGCAGTTTACTAAGGATCCCTCTGTTCCTAGAGAGACAAGAC
TTGCTGCTATTGTCGATGTTTGTGACAAAGCAAAGTTTGCAGAACCCACCAAGAACTTCC
TCTCTTTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGGAGAACCTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCA
TGCAGCTGACAACAGCACATAGGGGAGACGTCAAAGTCTTGGTTACCACTGTCATGCCGC
TTCCCCCTGCTGAGGAGAAGGAACTCAAAGAGACACTTCAGGAGATCATTGGAGAAGGGA
AGAAAGTAACTGTGGAACAGAAGATTTATCCGAGCATATATGG*AGGGCTAATAGTAGAG
TTCCAACAAAAGGTGTTGGACATGTCAATCAGGACAAGAGCACAGCAGATGGAGAGGCTC
CTCCGTGAACCTGTTGACCTCAGCAACCTCTGAAAATATATCCTCGAGAGAGTTTTCCCT
TAAAAACATGTTTGTGTGATGCTGCAAACCCAGTTGACAAAATAAAACATTATGACCCCT
CCACCTGGGAAACAATTACATTGTCGTTTTTGAAATTTGTTATTGCATTTTGTTTCCAAT
TGTTGTTTGCTTGGAAATAAGCTTTTCGAGATTATTTACTTTATATACGAGAGAATAAAT
AGTCA

QA 1 785 1 785
DS 



AS 2 8

CO CL512Contig1 1516 6 13 U
GGGTTTAAGGGGTGTCAAACCATTAGCATTTACCATCTGGACTGATGATTATCGACTGTT
TTCGATACAAAATTTTTGTTTTTATCATTTTACCTGTGTCAACTGACACACCCAATCCTT
TACTGGGTCCGCCTCTGCCGGTAACACGTGCAAGTCTTGCTCCACTTTGGTGGGGACCAT
AATTCCCTTGTATAAATCTGTATAATTCAAAAAAGGATTCAAGGTAAAAAGTATAAACAG
TAATATGTTTGTGAACCTCTTGGGCTGTTCTCTTCCTTAATCACACTTTTGATATTGTTC
TCAAAATAATTGAATCTGCGAATCTAGATATATTACTTATACATCCATGTTGAATGTGTG
TGGAAAAGTTGTAGTTCATATTTTAAAATGGAGTAAAGCAGAGGTCCCATCAAGTCCTTT
GGTATTGTAGTAAGCAATGTACTCTCTAATGGTTGTCTCTCTGTACTTTGGAGGGTTTTC
TTTAGACAGAAGCTCTCTAATGGGTCCGTACATTTTTGGATTTGGCCTTACACCAGTGGT
GAAGAAACACGCGATGGAGACTCGAGCTTGTGGGAATCTATTTGCCAATACACGATGCTC
CAGACTGACGAACTTGTCATTTGTTATAAGCTGTAGAAGATCTCCGATGTTGATAATGAG
TGCACCAGGAACATGAGGAACATCAAACCAATACCCTTCACGGTTGACTTGAAGACCTTC
GATTTGATCTGGTAGAAGCACTGTAAGGAAAGAGTTGTCTGAATGCTGACTTGTGCCTAA
AGTTAGGTCAGGCTCTGGACAGGGTGGGTAGTAATGGTTAAGCATGAGCAAACCCTTTGA
GCAATCCATCTCATTCAAATGGTTAGGGTCTAACCCTAGAGCTTGTGATAAAAGCTCAAA
GAGAAACTCTCCTAGAATCATCACATGCTTTGTGTACTCCAACATAACATCCCTACAAAT
CTCTGGTAAGTCCTCTGGTTCTGGAGGATCTGGAGCAATGGTACAAGAGAAAGTGTCTCT
CCAGTTAGCAGCTGGAGCGCTAAAAAGATCAAAGTTAATCAAATACATAAACCTTCTGCT
GAAATCTCTCCCGTAATATTGTTTCCTCACTTCTGGTAGCTGCTCGTGAAACCCACGAAC
TCCATCTTTCATCTTTTCTAGAAGATCGAGGGGAACTCCATGGTTAATCACCTGGAAGAA
ACCCCACTTCTCTGATGCCTCTTTAATCCCTTGGATCACGTTCTTGCGCTTAGTCTCGTC
CTCGAAGACACGTCCTCCGATATCAAACGTTGGGATCGTTGTGAGATGTTGCAAGTCAGA
GGAAAGCGGTTTAGGGTTTGATAGTTTGAGAGATGAGTGATGGAATATGCGTGGAACCTC
TGAGATCCCGGCGTCTACGAGGCCTTTTACACCTGTCTTGGTGTTGTCGAAAGCTTTAAG
CTCACTGACACGATCGAATGAAGATATCTTCATCGTCTCCATTGCTTTTTTTCTTTCTAA
TCACATAACAGAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EW24JQ U 1
AF RR3EW24TF C 137
AF RR3AU31JQ U 308
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BS 550 916 RR3AU31JQ
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BS 938 1162 RR3AU31JQ
BS 1163 1196 RR3AU31TF
BS 1197 1197 RR3E242TF
BS 1198 1516 RR3AU31TF

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TACTGGGTCCGCCTCTGCCGGTAACACGTGCAAGTCTTGCTCCACTTTGGTGGGGACCAT
AATTCCCTTGTATAAATCTGTATAATTCAAAAAAGGATTCAAGGTAAAAAGTATAAACAG
TAATATGTTTGTGAACCTCTTGGGCTGTTCTCTTCCTTAATCACACTTTTGATATTGTTC
TCAAAATAATTGAATCTGCGAATCTAGATATATTACTTATACATCCATGTTGAATGTGTG
TGGAAAAGTTGTAGTTCATATTTTAAAATGGAGTAAAGCAAAAGTCCCATCAAGTCCTTT
GGTATTGTAGTAAGCAATGTACTCTCTAATGGTTGTCTCTCTGTACTTTGGAGGGTTTTC
TTTAGACAGAAGCTCTCTAATGGGTCCGTACATTTTTGGATTTGGCCTTACACCAGTGGT
GAAGAAACA

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DS 

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TCTGTATAATTCAAAAAAGGATTCAAGGTAAAAAGTATAAACAGTAATATGTTTGTGAAC
CTCTTGGGCTGTTCTCTTCCTTAATCACACTTTTGATATTGTTCTCAGAATAATTGAATC
TGCGAATCTAGATATATTACTTATACATCCATGTTGAATGTGTGTGGAAAAGTTGTAGTT
CATATTTTAAAATGGAGTAAAGCAGAGGTCCCATCAAGTCCTTTGGTATTGTAGTAAGCA
ATGTACTCTCTAATGGTTGTCTCTCTGTACTTTGGAGGGTTTTCTTTAGACAGAAGCTCT
CTAATGGGTCCGTACATTTTTGGATTTGGCCTTACACCAGTGGTGAAGAAACACGCGATG
GAGACTCGAGCTTGTGGGAATCTATTTGCCAATACACGATGCTCCAGACTGACGAACTTG
TCATTTGTTATAAGCTGTAGAAGATCTCCGATGTTGATAATGAGTGCACCAGGAACATGA
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GGACAGGGTGGGTAGTAATGGT
C

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GTTGTAGTTCATATTTTAAAATGGAGTAAAGCAGAGGTCCCATCAAGTCCTTTGGTATTG
TAGTAAGCAATGTACTCTCTAATGGTTGTCTCTCTGTACTTTGGAGGGTTTTCTTTAGAC
AGAAGCTCTCTAATGGGTCCGTACATTTTTGGATTTGGTCTTACACCAGTGGTGAAGAAA
CACGCGATGGAGACTCGAGCTTGTGGGAATCTATTTGCCAATACACGATGCTCCAGACTG
ACGAACTTGTCATTTGTTATAAGCTGTAGAAGATCTCCGATGTTGATAATGAGTGCACCA
GGAACATGAGGAACATCAAACCAATACCCTTCACGGTTGACTTGAAGACCTTCGATTTGA
TCTGGTAGAAGCACTGTAAGGAAAGAGTTGTCTGAATGCTGACTTGTGCCTAAAGTTAGG
TCAGGCTCTGGACAGGGTGGGTAGTAATGGTTAAGCATGAGCAAACCCTTTGAGCAATCC
ATCTCATTCAAATGGTTAGGGTCTAACCCTAGAGCTTGTGATAAAAGCTCAAAGAGAAAC
TCTCCTAGAGTCATCACATGCTTTGTGTATTCCAACATAACATCCCTACAAATCTCTGGT
AAGTCCTCTGGTTCTGGAGGATCTGGAGCAATGGTACAAGAGAAAGTGTCTCTCCAGTTA
GCAGCTGGAGCGCTAAAAAGATCAAAGTTAATCAAATACATAAACCTTCTGCTGAAATCT
CTCCCGTAATATTGTTTCCTCACTTCTGGTAGCTGCTCGTGAAACCCACGAACTCCATCT
TTCATCTTTTCTAGA
AGATC

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DS 

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CTATTTGCCAATACACGATGCTCCAGACTGACGAACTTGTCATTTGTTATAAGCTGTAGA
AGATCTCCGATGTTGATAATGAGTGCACCAGGAACATGAGGAACATCAAACCAATACCCT
TCACGGTTGACTTGAAGACCTTCGATTTGATCTGGTAGAAGCACTGTAAGGAAAGAGTTG
TCTGAATGCTGACTTGTGCCTAAAGTTAGGTCAGGCTCTGGACAGGGTGGGTAGTAATGG
TTAAGCATGAGCAAACCCTTTGAGCAATCCATCTCATTCAAATGGTTAGGGTCTAACCCT
AGAGCTTGTGATAAAAGCTCAAAGAGAAACTCTCCTAGAATCATCACATGCTTTGTGTAC
TCCAACATAACATCCCTACAAATCTCTGGTAAGTCCTCTGGTTCTGGAGGATCTGGAGCA
ATGGTACAAGAGAAAGTGTCTCTCCAGTTAGCAGCTGGAGCGCTAAAAAGATCAAAGTTA
CTCAAATACATAAACCTTCTGCTGAAATCTCTCCCGTAATATTGTTTCCTCACTTCTGGT
AGCTGCTCGTGAAACCCACGAACTCCATCTTTCATCTTTTCTAGA

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DS 

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ACCCTAGAGCTTGTGATAAAAGCTCAAAGAGAAACTCTCCTAGAATCATCACATGCTTTG
TGTACTCCAACATAACATCCCTACAAATCTCTGGTAAGTCCTCTGGTTCTGGAGGATCTG
GAGCAATGGTACAAGAGAAAGTGTCTCTCCAGTTAGCAGCTGGAGCGCTAAAAAGATCAA
AGTTACTCAAATACATAAACCTTCTGCTGAAATCTCTCCCGTAATATTGTTTCCTCACTT
CTGGTAGCTGCTCGTGAAACCCACGAACTCCATCTTTCATCTTTTCTAGAAGATCGAGGG
GAACTCCATGGTTAATCACCTGGAAGAATCCCCACTTCTCTGATGCCTCTTTAATCCCTT
GGATCACGTTCTTGCGCTTAGTCTCGTCCTCGAAGACACGTCCTCCGATATCAAACGTTG
GGATCGTTGTGAGATGTTGCAAGTCAGAGGAAAGCGGTTTAGGGTTTGATAGTTTGAGAG
ATGAGTGATGGAATATGCGTGGAACCTCTGAGATCCCGGCGTCTACGAGGCCTTTTACAC
CTGTCTTGGTGTTGTCGAAAGCTTTAAGCTCACTGACACGATCGAATGAAGATATCTTCA
TCGTCTCCATTGC
CC

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DS 

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GCAATCCATCTCATTCAAATGGTTAGGGTCTAACCCTAGAGCTTGTGATAAAAGCTCAAA
GAGAAACTCTCCTAGAGTCATCACATGCTTTGTGTATTCCAACATAACATCCCTACAAAT
CTCTGGTAAGTCCTCTGGTTCTGGAGGATCTGGAGCAATGGTACAAGAGAAAGTGTCTCT
CCAGTTAGCAGCTGGAGCGCTAAAAAGATCAAAGTTAATCAAATACATAAACCTTCTGCT
GAAATCTCTCCCGTAATATTGTTTCCTCACTTCTGGTAGCTGCTCGTGAAACCCACGAAC
TCCATCTTTCATCTTTTCTAGAAGATCGAGGGGAACTCCATGGTTAATCACCTGGAGGAA
ACCCCACTTCTCTGATGCCTCTTTAATCCCTTGGATCACGTTCTTGCGCTTAGTCTCGTC
CTCGAAGACACGTCCTCCGATATCAAACGTTGGGATCGTTGTGAGATGTTGCAAGTCAGA
GGAAAGCGGTTTAGGGTTTGATAGTTTGAGAGATGAGTGATGGAATATGCGTGGAACCTC
TGAGATCCCGGCGTCTACGAGGCCTTTTACACCTGTCTTGGTGTTGTCGAAAGCTTTAAG
CTCACTGACACGATCGAATGAAGATATCTTCATCGTCTCCATTGCTTTTTTTCTTTCTAA
TCACATAACAGAGCCC

QA 1 736 1 736
DS 



CO CL512Contig2 1104 2 4 U
GGAAAGAAAAAAAGCAATGGAGACGATGAAGATATCTTCATTCGATCGTGTCAGTGAGCT
TAAAGCTTTCGACAACACCAAGACAGGTGTAAAAGGCCTCGTAGACGCCGGAGTTTCAGA
GGTTCCACGCATATTCCATCACTCATCTCTCAAACTATCAAACCCTGAACCGCTTTCCTC
TGACTTGCTACATCTCACAACGATCCCAACGTTTGATATCGGAGGACGTGTCTTCGAGGA
CGAGACTAAGCGCAAGAACGTGATCCAAGGGATTAAAGAGTCATCAGAGAAGTGGGGTTT
CTTCCAGGTGATTAACCATGGAGTTCCCCTCGATCTTCTAGAAAAGATGAAAGATGGAGT
TCGTGGGTTTCACGAGCAGCTACCAGAAGTGAGGAAACAATATTACGGGAGATATTTCAG
CAGAAGGTTTATGTATTTGAGGACTTACCTGAGATTTGTAGGGATGTTATGTTGGAATAC
ACAAAGCATGTGATGACTCTAGGAGAGTTTCTCTTTGAGCTTTTATCAGAAGCTCTAGGG
TTAGACCCTAACCATTTGAATGAGATGGATTGCTCAAAGGGTTTGCTCATGCTTAACCAT
TACTACCCACCCTGTCCAGAACCTGACCTAACTTTAGGCACAAGTCAGCATTCAGACAGC
TCTTTCCTTACAGTGCTTCTACCAGATCAAATCGAAGGTCTTCAAGTCAACCGTGAAGGG
TATTGGTTTGATGTTCCTCATGTTCCTGGTGCACTCATTATCAACATCGGAGATCTTCTA
CAGCTTATAACAAATGACAAGTTCGTCAGTCTGGAGCATCGTGTATTGGCAAATAGATCC
ACACAAGCTCGAGTCTCCATCGCGTGTTTCTTCACCACTGGTGTAAGACCGAATCCAAGA
ATGTACGGACCCATTAGAGAGCTTCTGTCTAAAGAAAACCCTCCAAAGTACAGAGAGACA
ACCATGAGAGAGTACACTGCTTACTACAATACCAAAGGACTTGATGGGATCTCTGGTTTA
CTACATTTTAAAATATGAACTACAACTTTTCCACACACATTCGACATATGTATAAATAAT
ATATCTAGATTCACAGATTCAATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F815TF U 1
AF RR3F815JQ C 299
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BS 699 756 RR3F815TF
BS 757 1104 RR3F815JQ

RD RR3F815TF 756 0 0
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TAAAGCTTTCGACAACACCAAGACAGGTGTAAAAGGCCTCGTAGACGCCGGAGTTTCAGA
GGTTCCACGCATATTCCATCACTCATCTCTCAAACTATCAAACCCTGAACCGCTTTCCTC
TGACTTGCTACATCTCACAACGATCCCAACGTTTGATATCGGAGGACGTGTCTTCGAGGA
CGAGACTAAGCGCAAGAACGTGATCCAAGGGATTAAAGAGTCATCAGAGAAGTGGGGTTT
CTTCCAGGTGATTAACCATGGAGTTCCCCTCGATCTTCTAGAAAAGATGAAAGATGGAGT
TCGTGGGTTTCACGAGCAGCTACCAGAAGTGAGGAAACAATATTACGGGAGATATTTCAG
CAGAAGGTTTATGTATTTGAGGACTTACCTGAGATTTGTAGGGATGTTATGTTGGAATAC
ACAAAGCATGTGATGACTCTAGGAGAGTTTCTCTTTGAGCTTTTATCAGAAGCTCTAGGG
TTAGACCCTAACCATTTGAATGAGATGGATTGCTCAAAGGGTTTGCTCATGCTTAACCAT
TACTACCCACCCTGTCCAGAACCTGACCTAACTTTAGGCACAAGTCAGCATTCAGACAGC
TCTTTCCTTACAGTGCTTCTACCAGATCAAATCGAAG*TCTTCAAGTCAACCGTGAAGGG
TATTGGTTTGATGTTCCTCATGTTCCTGGTGCACTC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3F815JQ 806 0 0
TTT
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CGTGGGTTTCACGAGCAGCTACCAGAAGTGAGGAAACAATATTACGGGAGATATTTCAGC
AGAAGGTTTATGTATTTGAGGACTTACCTGAGATTTGTAGGGATGTTATGTTGGAATACA
CAAAGCATGTGATGACTCTAGGAGAGTTTCTCTTTGAGCTTTTATCAGAAGCTCTAGGGT
TAGACCCTAACCATTTGAATGAGATGGATTGCTCAAAGGGTTTGCTCATGCTTAACCATT
ACTACCCACCCTGTCCAGAACCTGACCTAACTTTAGGCACAAGTCAGCATTCAGACAGCT
CTTTCCTTACAGTGCTTCTACCAGATCAAATCGAAGGTCTTCAAGTCAACCGTGAAGGGT
ATTGGTTTGATGTTCCTCATGTTCCTGGTGCACTCATTATCAACATCGGAGATCTTCTAC
AGCTTATAACAAATGACAAGTTCGTCAGTCTGGAGCATCGTGTATTGGCAAATAGATCCA
CACAAGCTCGAGTCTCCATCGCGTGTTTCTTCACCACTGGTGTAAGACCGAATCCAAGAA
TGTACGGACCCATTAGAGAGCTTCTGTCTAAAGAAAACCCTCCAAAGTACAGAGAGACAA
CCATGAGAGAGTACACTGCTTACTACAATACCAAAGGACTTGATGGGATCTCTGGTTTAC
TACATTTTAAAATATGAACTACAACTTTTCCACACACATTCGACATATGTATAAATAATA
TATCTAGATTCACAGATTCAATT

QA 4 806 4 806
DS 



AS 2 8

CO CL513Contig1 764 2 6 U
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TCTTTTTCACTACTTGTCGATGCTGTGTAATTGAAGAGTCAGAGAGAGAGAGATCGTTGG
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TTAGATCTAGCTACTACAACGTCCTCGGTATTCGGAAAGATGCCTCTGTCTCCGATGTCC
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GTGTCGCCGGAGAAGCCAAACGTCGATTTCAGCAAATCCAAGAAGCCTATTCTGTTTTGA
ACGACGAGAATAAGCGCTCGATGTATGACGCTGGACTCTACGATCCCCACGAAGATGACG
ACGATGACTTCTGCGACTTCATGCAAGAGATGATCTCAATGATGAACAATGTCAAAGGCG
AGGGAGATAGCTTGGAGGACTTGCAACGGATGTTCACGGATATGGTTGGGTGGAGATGGC
GTGATCTTTGATTGTAACAACAATCCTAGGGACAGCAAAAGAGTTAATATCTCACGGAGT
AGTGCTGCGATGCGCTAGTGCTCTTGTTCTCTTTTGTGTTTGTGTCGTCTCGTTTCGCGT
TGAACTGTCTCATGCTAAGAACTCTCAAGTTCTCAATTGTCATTTCGTGTTTTATGTTCT
AGTGTCAATTCTGAAGGCTATAAAATAAAATATCTCTGAAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW81TF U 1
AF RR3CW81JQ C 14
BS 1 695 RR3CW81TF
BS 696 696 RR3CW81JQ
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BS 730 764 RR3CW81JQ

RD RR3CW81TF 730 0 0
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TCTTTTTCACTACTTGTCGATGCTGTGTAATTGAAGAGTCAGAGAGAGAGAGATCGTTGG
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ACGACGAGAATAAGCGCTCGATGTATGACGCTGGACTCTACGATCCCCACGAAGATGACG
ACGATGACTTCTGCGACTTCATGCAAGAGATGATCTCAATGATGAACAATGTCAAAGGCG
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GTGATCTTTGATTGTAACAACAATCCTAGGGACAGCAAAAGAGTTAATATCTCACGGAGT
AGTGCTGCGATGCGCTAGTGCTCTTGTTCTCTTTTGTGTTTGTGTCGTCTCGTTTCGCGT
TGAACTGTCTCATGCTAAGAACTCTCAAGTTCTCA*TTGTCATTTCGTGTTT*ATGTTCT
AGTGTCAAT
T

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3CW81JQ 751 0 0
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TTGTCGATGCTGTGTAATTGAAGAGTCAGAGAGAGAGAGATCGTTGGAGACGCAGCGGTG
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CTACAACGTCCTCGGTATTCGGAAAGATGCCTCTGTCTCCGATGTCCGCGCTGCTTACCG
TAAGCTCGCCATGAAATGGCATCCGGATAGATACGCGAGGAATCCTGGTGTCGCCGGAGA
AGCCAAACGTCGATTTCAGCAAATCCAAGAAGCCTATTCTGTTTTGAACGACGAGAATAA
GCGCTCGATGTATGACGCTGGACTCTACGATCCCCACGAAGATGACGACGATGACTTCTG
CGACTTCATGCAAGAGATGATCTCAATGATGAACAATGTCAAAGGCGAGGGAGATAGCTT
GGAGGACTTGCAACGGATGTTCACGGATATGGTTGG*TGGAGATGGCGTGATCTTTGATT
GTAACAACAATCCTAGGGACAGCAAAAGAGTTAATATCTCACGGAGTAGTGCTGCGATGC
GCTAGTGCTCTTGTTCTCTTTTGTGTTTGTGTCGTCTCGTTTCGCGTTGAACTGTCTCAT
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AAGGCTATAAAATAAAATATCTCTGAAGTCC

QA 1 751 1 751
DS 



CO CL513Contig2 758 6 10 U
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TGACTGAAACAGAGGAGAGATCCGAAAATGGAAGCTGGAGGATCCAACGTTAGATCTAGC
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CGTAAGCTCGCCATGAAATGGCATCCGGATAGATACGCGAGGAATCCTGGTGTCGCCGGA
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AAGCGCTCGATGTATGACGCTGGACTCTACGATCCCCACGAAGATGACGACGATGACTTC
TGCGACTTCATGCAAGAGATGATCTCAATGATGAACAATGTCAAAGGCGAGGGAGATAGC
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TGTAACAACAATCCAAGGGACAGCAAAAGACCACGTGTTAATATCTCACGGAGTAGTGCT
GCGATGCGTTAGTAGTACTCTTGTTCTCTTTTGTGTTTGTGTCGTGTCGTTTCGCGTTGA
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TTATTGGAAATTATCTCGGACGCGTGTTACCGAAATTG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GL58TF U 1
AF RR3FW61TF U 43
AF RR3FX72TF U 1
AF RR3FX72JQ C 343
AF RR3FK59JQ C 157
AF RR3D212JQ C 125
BS 1 193 RR3FX72TF
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BS 195 478 RR3FX72TF
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RD RR3GL58TF 600 0 0
GG
GCTTTAGAATTAAAGAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGATCGTTGGAGACGCGGCTGTG
ACTGAAACAGAGGAGAGATCCGAAAATGGAAGCTGGAGGATCCAACGTTAGATCTAGCTA
CTACAACGTCCTCGGTATTCGGAAAGATGCCTCTGTTTCCGATGTCCGCGCTGCTTACCG
TAAGCTCGCCATGAAATGGCATCCGGATAGATACGCGAGGAATCCTGGTGTCGCCGGATA
AGCCAAACGTCGATTTCAGCAAATCCAAGAAGCCTATTCTGTTTTGAATGACGAGAATAA
GCGCTCGATGTATGACGCTGGACTCTACGATCCCCACGAAGATGACGACGATGACTTCTG
CGACTTCATGCAAGAGATGATCCCAATGATGAACAATGTCAAAGGCGAGGGAGATAGCTT
GGAGGACTTGCAACGGATGTCCACGGATACGGTTGGTGGAGATAGCGTGATCTTTGACTG
TAACAACAATCCAAGGGACAGCAAAAGACCACGTGTTAATATCTCACGGAGTAGTGCTGC
GATGCGTTAGTAGTACTCTTGTTCTCTTTTGTGTTTGTGTCGTGTCGTTTCGCGTTGA

QA 3 600 3 600
DS 

RD RR3FW61TF 589 0 0
GG
GTTGGAGACGCGGCTGTGACTGAAACAGAGGAGAGATCCGAAAATGGAAGCTGGAGGATC
CAACGTTAGATCTAGCTACTACAACGTCCTCGGTATTCGGAAAGATGCCTCTGTTTCCGA
TGTCCGCGCTGCTTACCGTAAGCTCGCCATGAAATGGCATCCGGATAGATACGCGAGGAA
TCCTGGTGTCGCCGGAGAAGCCAAACGTCGATTTCAGCAAATCCAA**AGCCTATTCTGT
TTTGAATGACGAGAATAAGCGCTCGATGTATGACGCTGGACTCT*CGATCCCCACGAAGA
TGACGACGATGACTTCTGCGACTTCATGCAAGAGATGATCTCAATGATGAACAATGTCAA
AGGCGAGGGAGATAGCTTGGAGGACTTGCAACGGATGTTCACGGATATGGTTGGTGGAGA
TAGCGTGATCTTTGACTGTAACAACAATCCAAGGGACAGCAAAAGACCCCGTGTTAATAT
CTCACGGAGTAGTGCTGCGATGCGTTAGTAGTACTCTTGTTCTCTTCTGTGTTTGTGTCG
TGTCGTTTCGCGTTGAACTGTCTCATGCTGAGAAGTCTCAAGTTCTC

QA 3 589 3 589
DS 

RD RR3FX72TF 678 0 0
GGGCTTTAGAATTAAAGAGTGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGATCGTTGGAGACGCGGCTG
TGACTGAAACAGAGGAGAGATCCGAAAATGGAAGCTGGAGGATCCAACGTTAGATCTAGC
TACTACAACGTCCTCGGTATTCGGAAAGATGCCTCTGTTTCCGATGTCCGCGCTGCTTAC
CGTAAGCTCGCCACGAAATGGCATCCGGATAGATACGCGAGGAATCCTGGTGTCGCCGGA
GAAGCCAAACGTCGATTTCAGCAAATCCAAGAAGCCTATTCTGTTTTGAATGACGAGAAT
AAGCGCTCGATGTATGACGCTGGACTCTACGATCCCCACGAAGATGACGACGATGACTTC
TGCGACTTCATGCAAGAGATGATCTCAATGATGAACAATGTCAAAGGCGAGGGAGATAGC
TTGGAGGACTTGCAACGGATGTTCACGGATATGGTTGGTGGAGATAGCGTGATCTTTGGC
TGTAACAACAATCCAAGGGACAGCAAAAGACCACGTGTTAATATCTCACGGAGTAGTGCT
GCGATGCGTTAGTAGTACTCTTGTTCTCTTTTGTGTTTGTGTCGTGTCGTTTCGCGTTGA
ACTGTCTCATGCTGAGAAGTCTCAAGTTCTCAATTGTCATTTTCGTGTTTATTTTCTAGT
GTCAATGCTGAACGCTAT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3FX72JQ 336 0 0
GATGACGACGATGACTTCTGCGACTTCATGCAAGAGATGATCTCAATGATGAACAATGTC
AAAGGCGAGGGAGATAGCTTGGAGGACTTGCAACGGATGTTCACGGATATGGTTGGTGGA
GATAGCGTGATCTTTGGCTGTAACAACAATCCAAGGGACAGCAAAAGACCACGTGTTAAT
ATCTCACGGAGTAGTGCTGCGATGCGTTAGTAGTACTCTTGTTCTCTTTTGTGTTTGTGT
CGTGTCGTTTCGCGTTGAACTGTCTCATGCTGAGAAGTCTCAAGTTCTCAATTGTCATTT
TCGTGTTTATTTTCTAGTGTCAATGCTGAAGGCTAT

QA 1 336 1 336
DS 

RD RR3FK59JQ 544 0 0
GTTTCCGATGTCCGCGCTGCTTACCGTAAGCTCGCCATGAAATGGCATCCGGATAGATAC
GCGAGGAATCCTGGTGTCGCCGGAGAAGCCAAACGTCGATTTCAGCAAATCCAAGAAGCC
TATTCTGTTTTGAATGACGAGAATAAGCGCTCGATGTATGACGCTGGACTTTACGATCCC
CACGAAGATGACGACGATGACTTCTGCGACTTCATGCAAGAGATGATCTCAATGATGAAC
AATGTCAAAGGCGAGGGAGATAGCTTGGAGGACTTGCAACGGATGTTCACGGATATGGTT
GGTGGAGATAGCGTGATCTTTGACTGTAACAACAATCCAAGGGACAGCAAAAGACCACGT
GTTAATATCTCACGGAGTAGTGCTGCGATGCGTTAGTAGTACTCTTGTTCTCTTTTGTGT
TTGTGTCGTGTCGTTTCGCGTTGAACTGTCTCATGCTGAGAAGTCTCAAGTTCTCAATTG
TCATTT*CGTGTTTATTTTCTAGTGTCAATGCTGAAGGCTATAAAATAAAATATCTCTGA
AGTC

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR3D212JQ 634 0 0
ACAACGTCCTCGGTATTCGGAAAGATGCCTCTGTTTCCGATGTCCGCGCTGCTTACCGTA
AGCTCGCCATGAAATGGCATCCGGATAGATACGCGAGGAATCCTGGTGTCGCCGGAGAAG
CCAAACGTCGATTTCAGCAAATCCAAGAAGCCTATTCTGTTTTGAATGACGAGAATAAGC
GCTCGATGTATGACGCTGGACTCTACGATCCCCACGAAGATGACGACGATGACTTCTGCG
ACTTCATGCAAGAGATGATCTCAATGATGAACAATGTCAAAGGCGAGGGAGATAGCTTGG
AGGATTTGCAACGGATGTTCACGGATATGGTTGGTGGAGATAGCGTGATCTTTGACTGTA
ACAACAATCCAAGGGACAGCAAAAGACCACGTGTTAATATCTCACGGAGTAGTGCTGCGA
TGCGTTAGTAGTACTCTTGTTCTCTTTTGTGTTTGTGTCGTGTCGTTTCGCGTTGAACTG
TCTCATGCTGAGAAGTCTCAAGTTCTCAATTGTCATTT*CGTGTTTATTTTCTAGTGTCA
ATGCTGAAGGCTATAAAATAAAATATCTTTGAAGTCTAACTAGAACTACTTCAAAGTTAT
TGGAAATTATCTCGGACGCGTGTTACCGAAATTG

QA 1 634 1 634
DS 



AS 2 9

CO CL514Contig1 583 2 2 U
GGGGAGAAAATGACAACGCCAACATATAATACTTTATGTATAGGATTCATGTTCGTACAA
TGTTTCAGCACTGTCTTTGCTCGCAACCTACAAGATAAGCTCGATTCCACTCAAATCACA
CCAAAACATGTCGAAACAGGTCAGCTTACTAATTTCGGAGCTAAACACATTCCAAGTAAT
ATTGGTTTTGGTGCGGTTGGCAGTTTAGAAGTTGCCATCACATTCTCGATTCCTATCATC
CAGATTCCTTTTCCAAAGGAAGGTTCTACGGTGGGCATTATTAACGAACACGACAAAGAT
AAGATTAAAGGTATTGTAATTACTCCAGCGACTACTCATGAGTTTGGTCTTTCCCCTGGA
AAAGATGGTAGAGTTCTGACACAGCGAGGGAGAAACCATTCCTAAAAACCGAGTATTGAA
GACCATGCCACTTTCCTGAGAGTTATGTTAGCTGGAGATTGAAGTTACTATAAAAGCATA
TGATAAACTGATAATAAAGTAGATAAAATTAATTTACCTATGGTTTTTGAGACAAATAAG
TTGTTGTACACCAAATCAATCAAGAATCGGTCAACAAAAAGTC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G280JQ C 1
AF RR3G280TF U 1
BS 1 2 RR3G280JQ
BS 3 583 RR3G280TF

RD RR3G280JQ 583 0 0
GGGGAGAAAATGACAACGCCAACATATAATACTTTATGTATAGGATTCATGTTCGTACAA
TGTTTCAGCACTGTCTTTGCTCGCAACCTACAAGATAAGCTCGATTCCACTCAAATCACA
CCAAAACATGTCGAAACAGGTCAGCTTACTAATTTCGGAGCTAAACACATTCCAAGTAAT
ATTGGTTTTGGTGCGGTTGGCAGTTTAGAAGTTGCCATCACATTCTCGATTCCTATCATC
CAGATTCCTTTTCCAAAGGAAGGTTTTACGGTGGGCATTATTAACGAACACGACAAAGAT
AAGATTAAAGGTATTGTAATTACTCCAGCGACTACTCATGAGTTTGGTCTTTCCCCTGGA
AAAGATGGTAGAGTTCTGACACAGCGAGGGAGAAACCATTCCTAAAAACCGAGTATTGAA
GACCATGCCACTTTCCTGAGAGTTATGTTAGCTGGAGATTGAAGTTACTATAAAAGCATA
TGATAAACTGATAATAAAGTAGATAAAATTAATTTACCTATGGTTTTTGAGACAAATAAG
TTGTTGTACACCAAATCAATCAAGAATCGGTCAACAAAAAGTC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3G280TF 583 0 0
GG
GGAGAAAATGACAACGCCAACATATAATACTTTATGTATAGGATTCATGTTCGTACAATG
TTTCAGCACTGTCTTTGCTCGCAACCTACAAGATAAGCTCGATTCCACTCAAATCACACC
AAAACATGTCGAAACAGGTCAGCTTACTAATTTCGGAGCTAAACACATTCCAAGTAATAT
TGGTTTTGGTGCGGTTGGCAGTTTAGAAGTTGCCATCACATTCTCGATTCCTATCATCCA
GATTCCTTTTCCAAAGGAAGGTTCTACGGTGGGCATTATTAACGAACACGACAAAGATAA
GATTAAAGGTATTGTAATTACTCCAGCGACTACTCATGAGTTTGGTCTTTCCCCTGGAAA
AGATGGTAGAGTTCTGACACAGCGAGGGAGAAACCATTCCTAAAAACCGAGTATTGAAGA
CCATGCCACTTTCCTGAGAGTTATGTTAGCTGGAGATTGAAGTTACTATAAAAGCATATG
ATAAACTGATAATAAAGTAGATAAAATTAATTTACCTATGGTTTTTGAGACAAATAAGTT
GTTGTACACCAAATCAATCAAGAATCGGTCAACAAAAAGTC

QA 3 583 3 583
DS 



CO CL514Contig2 722 7 8 U
GGAGTGGAGAAAATGACAACGCTAACATATAATACTTTATGTATAGGATTCATGTTCGTT
CAATGTTTCAGCACTGTCTTTGCTCGCAACCTACAAGATAAGCTCGATGCCACTCAAATC
ACACCAAAACATGTCGAAACAGCTCAGCTTACTAATTTCGGAGCTAAACACATTCCAAGT
AATATTGGTTTTGGTGCGGTTGGAAGTTTAGAAGTTGCCATCACATTCTCGATTCCTATC
ATCCAGATTCCTTTTCCAAAGGAAGGTTCTACGGTGGGCATTATTAACGAACACGACAAA
GATAAGATTAAAGGTATTGTAATTACTCCAGCGACTACTCATGAGTTTGGTCTTTCCCCT
GGAAAAGATGGTGTAGAGTTCTGACACAGCGAGGGAGAAACCATTCCTAAAAACCGAGTA
TTGAAGACCATGCCACTTTCCTGAGAGTTATGTTAGCTGGAGAGTGGAGATTGAAGTTAC
TATAAAAGCATATAATAAACTGATAATAAAGTAGATAAAAGTACTTTACCTATGGTTTTT
GAGACAAATAAGTTGTTGTAAACCAAATCAATCAAGAATCGGTCAACAAAAAGTCAATGA
ATTTTCATCTAGCCATCCGATTAATCAACCAACTATTATTTTATATTTATTTTTGTATAA
ATATGAGCATATACAAGTTTTTATGTAACAGTATGTTTTCAAATCATTACATTTATTAAA
GT


BQ
10 10 10 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR3CA03TF U 2
AF RR3B328JQ C 3
AF RR3B328TF U 3
AF RR3H084JQ C 1
AF RR3H084TF U 1
AF RR3CQ81TF U 9
AF RR3CQ81JQ C 71
BS 1 3 RR3H084JQ
BS 4 88 RR3B328TF
BS 89 89 RR3H084TF
BS 90 141 RR3B328TF
BS 142 142 RR3H084TF
BS 143 614 RR3B328TF
BS 615 689 RR3H084TF
BS 690 722 RR3CQ81TF

RD RR3CA03TF 591 0 0
GG
GTGGAGAAAATGACAACGCTAACATATAATACTTTATGTATAGGATTCATGTTCGTTCAA
TGTTTCAGCACTGTCTTTGCTCGCAACCTACAAGACAAGCTCGATGCCACTCAAATCACA
CCAAAACATGTCGAAACAGCTCATCTTACTAATTTCGGAGCTAAACACATTCCAAGTAAT
ATTGGTTTTGGTGCGGTTGGAAGTTTAGAAGTTGCCATCACATTCTCGATTCCTATCATC
CAGATTCCTTTTCCAAAGGAAGGTTCTACGGTGGGCATTATTAACGAACACGACAAAGAT
AAGATTAAAGGTATTGTAATTACTCCAGCGACTACTCATGAGTTTGGTCTTTCCCCTGGA
AAAGATGGTGTAGAGTTCTGACACAGCGAGGGAGAAACCATTCCTAAAAACCGAGTATTG
AAGACCATGCCACTTTCCTGAGAGTTATGTTAGCTGGAGAGTGGAGATTGAAGTTACTAT
AAAAGCATATAATAAACTGATAATAAAGTAGATAAAAGTACTTTACCTATGGTTTTTGAG
ACAAATAAGTTGTTGTAAACCAAATCAATCAAGAATCGGTCAACAAAAA

QA 3 591 3 591
DS 

RD RR3B328JQ 612 0 0
G
GTGGAGAAAATGACAACGCTAACATATAATACTTTATGTATAGGATTCATGTTCGTTCAA
TGTTTCAGCACTGTCTTTGCTCGCAGCCTACAAGATAAGCTCGATGCCACTCAAATCACA
CCAAAACATGTCGAAACATCTCAGCTTACTAATTTCGGAGCTAAACACATTCCAAGTAAT
ATTGGTTTTGGTGCGGTTGGAAGTTTAGAAGTTGCCATCACATTCTCGATTCCTATCATC
CAGATTCCTTTTCCAAAGGAAGGTTTTACGGTGGGCATTATTAACGAACACGACAAAGAT
AAGATTAAAGGTATTGTAATTACTCCAGCGACTACTCATGAGTTTGGTCTTTCCCCTGGA
AAAGATGGTGTAGAGTTCTGACACAGCGAGGGAGAAACCATTCCTAAAAACCGAGTATTG
AAGACCATGCCACTTTCCTGAGAGTTATGTTAGCTGGAGAGTGGAGATTGAAGTTACTAT
AAAAGCATATAATAAACTGATAATAAAGTAGATAAAAGTACTTTACCTATGGTTTTTGAG
ACAAATAAGTTGTTGTAAACCAAATCAATCAAGAATCGGTCAACAAAAAGTCAATGAATT
TTCATCTAGCC

QA 2 612 2 612
DS 

RD RR3B328TF 612 0 0
G
GTGGAGAAAATGACAACGCTAACATATAATACTTTATGTATAGGATTCATGTTCGTTCAA
TGTTTCAGCACTGTCTTTGCTCGCAGCCTACAAGATAAGCTCGATGCCACTCAAATCACA
CCAAAACATGTCGAAACATCTCAGCTTACTAATTTCGGAGCTAAACACATTCCAAGTAAT
ATTGGTTTTGGTGCGGTTGGAAGTTTAGAAGTTGCCATCACATTCTCGATTCCTATCATC
CAGATTCCTTTTCCAAAGGAAGGTTCTACGGTGGGCATTATTAACGAACACGACAAAGAT
AAGATTAAAGGTATTGTAATTACTCCAGCGACTACTCATGAGTTTGGTCTTTCCCCTGGA
AAAGATGGTGTAGAGTTCTGACACAGCGAGGGAGAAACCATTCCTAAAAACCGAGTATTG
AAGACCATGCCACTTTCCTGAGAGTTATGTTAGCTGGAGAGTGGAGATTGAAGTTACTAT
AAAAGCATATAATAAACTGATAATAAAGTAGATAAAAGTACTTTACCTATGGTTTTTGAG
ACAAATAAGTTGTTGTAAACCAAATCAATCAAGAATCGGTCAACAAAAAGTCAATGAATT
TTCATCTAGCC

QA 2 612 2 612
DS 

RD RR3H084JQ 690 0 0
GGAGTGGAGAAAATGACAACGCTAACATATAATACTTTATGTATAGGATTCATGTTCGTT
CAATGTTTCAGCACTGTCTTTGCTCGCAACCTACAAGATAAGCTCGATGCCACTCAAATC
ACACCAAAACATGTCGAAACAGCTCAGCTTACTAATTTCGGAGCTAAACACATTCCAAGT
AATATTGGTTTTGGTGCGGTTGGAAGTTTAGAAGTTGCCATCACATTCTCGATTCCTATC
ATCCAGATTCCTTTTCCAAAGGAAGGTTTTACGGTGGGCATTATTAACGAACACGACAAA
GATAAGATTAAAGGTATTGTAATTACTCCAGCGACTACTCATGAGTTTGGTCTTTCCCCT
GGAAAAGATGGTGTAGAGTTTTGACACAGCGAGGGAGAAACCATTCCTAAAAACCGAGTA
TTGAAGACCATGCCACTTTCCTGAGAGTTATGTTAGCTGGAGAGTGGAGATTGAAGTTAC
TATAAAAGCATATAATAAACTGATAATAAAGTAGATAAAAGTACTTTACCTATGGTTTTT
GAGACAAATAAGTTGTTGTAAACCAAATCAATCAAGAATCGGTCAACAAAAAGTCAATGA
ATTTTCATCTAGCCATCCGATTAATCAACCAACTATTATTTTATATTTATTTTTGTATAA
ATATGAGCATATACAAGTTTTTATGTAAC
G

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3H084TF 690 0 0
GGA
GTGGAGAAAATGACAACGCTAACATATAATACTTTATGTATAGGATTCATGTTCGTTCAA
TGTTTCAGCACTGTCTTTGCTCGCAACCTACAAGATAAGCTCGATGCCACTCAAATCACA
CCAAAACATGTCGAAACAGCTCAGCTTACTAATTTCGGAGCTAAACACATTCCAAGTAAT
ATTGGTTTTGGTGCGGTTGGAAGTTTAGAAGTTGCCATCACATTCTCGATTCCTATCATC
CAGATTCCTTTTCCAAAGGAAGGTTCTACGGTGGGCATTATTAACGAACACGACAAAGAT
AAGATTAAAGGTATTGTAATTACTCCAGCGACTACTCATGAGTTTGGTCTTTCCCCTGGA
AAAGATGGTGTAGAGTTCTGACACAGCGAGGGAGAAACCATTCCTAAAAACCGAGTATTG
AAGACCATGCCACTTTCCTGAGAGTTATGTTAGCTGGAGAGTGGAGATTGAAGTTACTAT
AAAAGCATATAATAAACTGATAATAAAGTAGATAAAAGTACTTTACCTATGGTTTTTGAG
ACAAATAAGTTGTTGTAAACCAAATCAATCAAGAATCGGTCAACAAAAAGTCAATGAATT
TTCATCTAGCCATCCGATTAATCAACCAACTATTATTTTATATTTATTTTTGTATAAATA
TGAGCATATACAAGTTTTTATGTAAC
G

QA 4 689 4 689
DS 

RD RR3CQ81TF 714 0 0
GAAAATGACAACGCTAACATATAATACTTTATGTATAGGATTCATGTTCTTTCAATGTTT
CAGCACTGTCTTTGCTCGCAACCTACAAGATAAGCTCGATGCCACTCAAATCACACCAAA
ACATGTCGAAACAGCTCAGCTTACTAATTTCGGAGCTAAACACATTCCAAGTAATATTGG
TTTTGGTGCGGTTGGAAGTTTAGAAGTTGCCATCACATTCTCGATTCCTATCATCCAGAT
TCCTTTTCCAAAGGAAGGTTCTACGGTGGGCATTATTAACGAACACGACAAAGATAAGAT
TAAAGGTATTGTAATTACTCCAGCGACTACTCATGAGTTTGGTCTTTCCCCTGGAAAAGA
TGGTGTAGAGTTCTGACACAGCGAGGGAGAAACCATTCCTAAAAACCGAGTATTGAAGAC
CATGCCACTTTCCTGAGAGTTATGTTAGCTGGAGAGTGGAGATTGAAGTTACTATAAAAG
CATATAATAAACTGATAATAAAGTAGATAAAAGTACTTTACCTATGGTTTTTGAGACAAA
TAAGTTGTTGTAAACCAAATCAATCAAGAATCGGTCAACAAAAAGTCAATGAATTTTCAT
CTAGCCATCCGATTAATCAATCAACTATTATTTTATATTTATTTTTGTATAAATATGAGC
ATATACAAGTTTTTATGTAACAGTATGTTTTCAAATCATTACATTTATTAAAGT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3CQ81JQ 652 0 0
GCACTGTCTTTGCTCGCAACCTACAAGATAAGCTCGATGCCACTCAAATCACACCAAAAC
ATGTCGAAACAGCTCAGCTTACTAATTTCGGAGCTAAACACATTCCAAGTAATATTGGTT
TTGGTGCGGTTGGAAGTTTAGAAGTTGCCATCACATTCTCGATTCCTATCATCCAGATTC
CTTTTCCAAAGGAAGGTTCTACGGTGGGCATTATTAACGAACACGACAAAGATAAGATTA
AAGGTATTGTAATTACTCCAGCGACTACTCATGAGTTTGGTCTTTCCCCTGGAAAAGATG
GTGTAGAGTTCTGACACAGCGAGGGAGAAACCATTCCTAAAAACCGAGTATTGAAGACCA
TGCCACTTTCCTGAGAGTTATGTTAGCTGGAGAGTGGAGATTGAAGTTACTATAAAAGCA
TATAATAAACTGATAATAAAGTAGATAAAAGTACTTTACCTATGGTTTTTGAGACAAATA
AGTTGTTGTAAACCAAATCAATCAAGAATCGGTCAACAAAAAGTCAATGAATTTTCATCT
AGCCATCCGATTAATCAATCAACTATTATTTTATATTTATTTTTGTATAAATATGAGCAT
ATACAAGTTTTTATGTAACAGTATGTTTTCAAATCATTACATTTATTAAAGT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 3 7

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ATAAGGATTGGATCAAAAGTTCAAGAACAAACACAGAGAACCATCAACCTCACAAAAGAC
TGGCTTAACCTCCACGGATCAGACTAACACCAAATGAGATGGTGCAGATCATGAGACCAA
GCAATCCCAAGAAACCGTATTTCCCGATGGTGAGGCGTTTCATTGGATCTCCAGTAGAGT
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AAGGGTGTTTCATTCCACCAAGGATCATCAGTATGAAGTACATTGGCATCATCTCCAGAG
AGTTTTGATGACCTCTCTGGACGCAGTTGAAGAGTTTAGCATCTTTGTTTTCTGATTCTA
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CCATCCAGAGGTTGAGGAAGCAGTAGAAGACGAGGACGAGAGCTACATATCCGTACTCGT
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AGAAAGTTTGTGAAGGAATGGATTGATTGCAAAATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CT80TF C 1
AF RR3DZ60JQ U 47
BS 1 46 RR3CT80TF
BS 47 92 RR3DZ60JQ
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RD RR3CT80TF 697 0 0
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QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3DZ60JQ 642 0 0
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TCTTAAAACTGGCAAGAAAGTTTGTGAAGGAATGGATTG
ATT

QA 1 639 1 639
DS 



CO CL515Contig2 691 3 22 U
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TGGCTTAACCTCCACGGATCAGACTAACTCCAAACGAGATGGTGCAGATCATGAGACCAA
GCAATCCCAAGAAACCGTATTTCCCGATGGTGAGGCGTTTCATTGGATCTCCAGTAGAGT
AGCCTTTGAAGTAGAAGAAACGAGTGATATTGTAGAGCAAACCCAAACCAGCGCAGACAC
AAGGGTGTTTCATTCCACCAAGGATCATCAGTATGAAGTACATTGGCATCATCTCCAGAG
AGTTTTGATGACCTCTCTGAACGCAGTTGAAGGGTTTAGCATCTTTGTTTTCTGATTCTA
TAGCGTATAGAGTTGGATACGGCACATTGTACCTTTTGCGAGCCATGCCGACTTGAGCTC
CCATCCAGAGGTTGAGGAAGCAGTAGAAGACGAGGACGAGAGCCACATATCCGTACTCGT
TAGGCAGGAAGTCGGTGAGCGCCATGGATGATTTCAGCGATTAGCTTCTTGAAACTGGCA
AGAAAGTTTGTGAAGGAATTGATTGCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CY85JQ U 39
AF RR3D909JQ U 13
AF RR3D909TF C 1
BS 1 12 RR3D909TF
BS 13 38 RR3D909JQ
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RD RR3CY85JQ 532 0 0
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ACGCAAGTCTGTAAACAACTTATAAGGACTGGATCAAAAGTTCAAGAACAAACACACAGA
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ATGGTGCAAATCATGAGACCAAGCAATCCCAAGAAACCGTATTTCCCGATGGGGAGGCGT
TTCATTGGATCTCCAGTAGAGTAGCCTTTGAAGTAAAAAAAACGAGTGATATTGTAGAGC
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CGAGCCATGCCGACTTGAGCTCCCATCCAGAGGTTGAGGAAGCAGTA
AAAAA

QA 1 527 1 527
DS 

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TCTTTAGACAACTTAAAATGATTATTACGCAAGTCTGTAGACAACTTATAAGGACTGGAT
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TTGGATACGGCACATTGTACCTTTTGCGAGCCATGCCGACTTGAGCTCCCATCCAGAGGT
TGAGGAAGCAG

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3D909TF 691 0 0
TTTTTTTTTATTGAACATGATTTAATAAACTTGAAAAAAGTGTAGCAACAACTCTTAAGA
TTATTACACAAGTCTTTAGACAACTTAAAATGATTATTACGCAAGTCTGTAGACAACTTA
TAAGGACTGGATCAAAAGTTCAAGAACAAACACACAGAACCATCAACCTCACAAAAAAAC
TGGCTTAACCTCCACGGATCAGACTAACTCCAAACGAGATGGTGCAGATCATGAGACCAA
GCAATCCCAAGAAACCGTATTTCCCGATGGTGAGGCGTTTCATTGGATCTCCAGTAGAGT
AGCCTTTGAAGTAGAAGAAACGAGTGATATTGTAGAGCAAACCCAAACCAGCGCAGACAC
AAGGGTGTTTCATTCCACCAAGGATCATCAGTATGAAGTACATTGGCATCATCTCCAGAG
AGTTTTGATGACCTCTCTGAACGCAGTTGAAGGGTTTAGCATCTTTGTTTTCTGATTCTA
TAGCGTATAGAGTTGGATACGGCACATTGTACCTTTTGCGAGCCATGCCGACTTGAGCTC
CCATCCAGAGGTTGAGGAAGCAGTAGAAGACGAGGACGAGAGCCACATATCCGTACTCGT
TAGGCAGGAAGTCGGTGAGCGCCATGGATGATTTCAGCGATTAGCTTCTTGAAACTGGCA
AGAAAGTTTGTGAAGGAATTGATTGCAAAAA

QA 1 691 1 691
DS 



CO CL515Contig3 686 2 3 U
GGATTTTACATTTGGCAATCAATTCCTTCACAAACTTTCTTGCCAGTTTCAAGAAGCTCA
TCGCTGAAATCATCCATGGCGCTCACCGACTTCCTACCCAACGAGTACGGATATGTGGCT
CTCGTCCTCGTCTTCTACTGCTTCCTCGACCTCTGGATGGGAGCTCAAGTCGGCATGGCT
CGCAAAAGGTACAATGTGCCGTATCCAACTCTGTACGCTATAGAATCAGGAAACAAAGAT
GCTAAACGCTTCAACTGCGTTCAGAGAGGTCATCAAAACTCTCTGGAGATGATGCCAATG
TACTTCATACTGATGATCCTTGGTGGAATGAAACACCCTTGTGTCTGCGCTGGTTTGGGT
TTGCTCTACAATATCACTCGTTTCTTCTACTTCAAAGGTTACTCTACTGGAGATCCAATG
AAACGCCTCACCATCGGGAAGTACGGTTTCTTGGGATTGCTTGGTCTCATGATCTGCACC
ATCTCGTTTGGAGTAAGTCTGATCCGTGGAGGTTAAGCCAGTCTTTTGTGAGGTTGATGG
TTTTCTGTGTTTGTACTTGAACTTTTGATCCAGTCCTTGCAAGTTGTCTTCAGACTTGCG
TAATAATCATTTTAAGTTGTCTAAAGACTTGTGTAATAATCTTAGAGTTGTTGCTATACT
TTTTTCAAGTTTATTAAATCATGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN68TF U 1
AF RR3DN68JQ C 1
BS 1 15 RR3DN68JQ
BS 16 540 RR3DN68TF
BS 541 686 RR3DN68JQ

RD RR3DN68TF 540 0 0
GGATTTTACATTTGG
CAATCAATTCCTTCACAAACTTTCTTGCCAGTTTCAAGAAGCTCATCGCTGAAATCATCC
ATGGCGCTCACCGACTTCCTACCCAACGAGTACGGATATGTGGCTCTCGTCCTCGTCTTC
TACTGCTTCCTCGACCTCTGGATGGGAGCTCAAGTCGGCATGGCTCGCAAAAGGTACAAT
GTGCCGTATCCAACTCTGTACGCTATAGAATCAGGAAACAAAGATGCTAAACGCTTCAAC
TGCGTTCAGAGAGGTCATCAAAACTCTCTGGAGATGATGCCAATGTACTTCATACTGATG
ATCCTTGGTGGAATGAAACACCCTTGTGTCTGCGCTGGTTTGGGTTTGCTCTACAATATC
ACTCGTTTCTTCTACTTCAAAGGTTACTCTACTGGAGATCCAATGAAACGCCTCACCATC
GGGAAGTACGGTTTCTTGGGATTGCTTGGTCTCATGATCTGCACCATCTCGTTTGGAGTA
AGTCTGATCCGTGGAGGTTAAGCCAGTCTTTTGTGAGGTTGATGG

QA 16 540 16 540
DS 

RD RR3DN68JQ 686 0 0
GGATTTTACATTTGGCAATCAATTCCTTCACAAACTTTCTTGCCAGTTTCAAGAAGCTCA
TCGCTGAAATCATCCATGGCGCTCACCGACTTCCTACCCAACGAGTACGGATATGTGGCT
CTCGTCCTCGTCTTCTACTGCTTCCTCGACCTCTGGATGGGAGCTCAAGTCGGCATGGCT
CGCAAAAGGTACAATGTGCCGTATCCAACTCTGTACGCTATAGAATCAGGAAACAAAGAT
GCTAAACGCTTCAACTGCGTTCAGAGAGGTCATCAAAACTCTCTGGAGATGATGCCAATG
TACTTCATACTGATGATCCTTGGTGGAATGAAACACCCTTGTGTCTGCGCTGGTTTGGGT
TTGCTCTACAATATCACTCGTTTCTTCTACTTCAAAGGTTACTCTACTGGAGATCCAATG
AAACGCCTCACCATCGGGAAGTACGGTTTCTTGGGATTGCTTGGTCTCATGATCTGCACC
ATCTCGTTTGGAGTAAGTCTGATCCGTGGAGGTTAAGCCAGTCTTTTGTGAGGTTGATGG
TTTTCTGTGTTTGTACTTGAACTTTTGATCCAGTCCTTGCAAGTTGTCTTCAGACTTGCG
TAATAATCATTTTAAGTTGTCTAAAGACTTGTGTAATAATCTTAGAGTTGTTGCTATACT
TTTTTCAAGTTTATTAAATCATGTTC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 8

CO CL516Contig1 802 8 10 U
GGGAATACAGAGCCTGGGACGAATTACTAGTTACGGTGTAGGAGAGCAGAGAAAAGTGTC
CATGGCGACAATAGTCCAGTGTCTTTCGTCATGTGCGACCCTCAATTCCAAATTCAAAGT
CCTTTCTCTTAAGGGAGCTTCTTCTTCGTCGTCATCATCTCCAACTTCTTCTTCCTTGTC
CACTCGTCGTGGTGCGTCGGCGACTGTCTGCTCCTCCCTTGGCTTCTCTCAGAGTGTTTC
TCAATGTGTCGCTTTCTCCTCCGGGAATCTATGGGTGCAGAAGAATCCAGCGAGGCAATT
GATTGTGTGTGAAGCAGCTCCGACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGCCA
AGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACAACAAGTCTAAGAAATCTGAAGCCCGTACTCGTATGAA
GAAGGTTTTGGAAGCACTCGATGGGCTCAAGAAGAAACCAGATGCGCAACCTGACGAGAT
TGTTACCGTAGAGAAACTCATCGGAGAGGCTTATTCTGCAATAGACAAAGCAGTGAAGGT
TAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCGCGTAGGAAGTCTCGCTTGGCTAGGAGGAAAAA
GGCAGTTGAGATCCACCACGGTTGGTACGTGCCAGACACAGCAGCAGCAGCAGCAACAGA
AGCTGTGACCATGGCTGCGTGACAGAGATAATGGAAAATTCGTTTTTCTTATAAGAGATC
ATATTGAAAAAGATGTGAAAATTGCTTTCAAAATCAAATATGTTTATTTCATGTATAATT
CATTTCGACTTCAGTTTCTCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP61TF U 184
AF RR3G888TF U 1
AF RR3BQ43TF U 38
AF RR3AM45TF U 17
AF RR3FX09JQ C 326
AF RR3G888JQ C 203
AF RR3AM45JQ C 221
AF RR3BQ43JQ C 152
BS 1 58 RR3G888TF
BS 59 59 RR3AM45TF
BS 60 311 RR3G888TF
BS 312 312 RR3AM45TF
BS 313 580 RR3G888TF
BS 581 581 RR3AM45TF
BS 582 669 RR3G888TF
BS 670 670 RR3AM45TF
BS 671 690 RR3G888TF
BS 691 802 RR3AM45TF

RD RR3FP61TF 187 0 0
TCGTCGTGGTGCGTCGGCGACTGTCTGCTCCTCCCTTGGCTTCTCTCAGAGTGTTTCTCA
ATGTGTCGCTTTCTCCTCCGGGAATCTATGGGTGCAGAAGAATCCAGCGAGGCAATTGAT
TGTGTGTGAAGCAGCTCCGACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGCCAAGC
CGAGAAG

QA 1 187 1 187
DS 

RD RR3G888TF 708 0 0
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CATGGCGACAATAGTCCAGTGTCTTTCGTCATGTGCGACCCTCAATTCCAAATTCAAAGT
CCTTTCTCTTAAGGGAGCTTCTTCTTCGTCGTCATCATCTCCAACTTCTTCTTCCTTGTC
CACTCGTCGTGGTGCGTCGGCGACTGTCTGCTCCTCCCTTGGCTTCTCTCAGAGTGTTTC
TCAATGTGTCGCTTTCTCCTCCGGGAATCTATGGGTGCAGAAGAATCCAGCGAGGCAATT
GATTGTGTGTGGAGCAGCTCCGACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGCCA
AGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACAACAAGTCTAAGAAATCTGAAGCCCGTACTCGTATGAA
GAAGGTTTTGGAAGCACTCGATGGGCTCAAGAAGAAACCAGATGCGCAACCTGACGAGAT
TGTTACCGTAGAGAAACTCATCGGAGAGGCTTATTCTGCAATAGACAAAGCAGTGAAGGT
TAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCGCGTAGGAAGTCTAGCTTGGCTAGGAGGAAAAA
GGCAGTTGAGATCCACCACGGTTGGTACGTGCCAGACACAGCAGCAGCAGCAGCAACAGA
AGCTGTGAC*ATGGCTGCGTGACAGAGATA
TGGAAATTCGTTTTCTTA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3BQ43TF 695 0 0
GGAGGAGAGC
AGAGAAAAGTGTCCATGGCGACAATAGTCCAGTGTCTTTCGTCATGTGCGACCCTCAATT
CCAAATTCAAAGTCCTTTCTCTTAAGGGAGCTTCTTCTTCGTCGTCATCATCTCCAACTT
CTTCTTCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGCGTCGGCGACTGTCTGCTCCTCCCTTGGCTTCT
CTCAGAGTGTTTCTCAATGTGTCGCTTTCTCCTCCGGGAATCTATGGGTGCAGAAGAATC
CAGCGAGGCAATTGATTGTGTGTGAAGCAGCTCCGACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCAA
AGAGAGCTCGCCAAGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACAACAAGTCTAAGAAATCTGAAGCCC
GTACTCGTATGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTCGATGGGCTCAAGAAGAAACCAGATGCGC
AACCTGACGAGATTGTTACCGTAGAGAAACTCATCGGAGAGGCTTATTCTGCAATAGACA
AAGCAGTGAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCGCGTAGGAAGTCTCGCTTGG
CTAGGAGGAAAA*GGCAGTTGAGATCCACCACGGTTGGTACGTGCCAGACACAGCAGCAG
CAGCAGCAACAGAAGCTGTGACCATGGCTGCGTGACAGAGATAATGGAAAATTCGTTTT*
CTTATAAGAGATCATATTGAAAA
GA

QA 11 693 11 693
DS 

RD RR3AM45TF 786 0 0
GGACGAA
TTACTAGTTACGGTGTAGGAGAGCAGAGAAAAGTGTCCATGGCGACAATAGTCCAGTGTC
TTTCGTCATGTGCGACCCTCAATTCCAAATTCAAAGTCCTTTCTCTTAAGGGAGCTTCTT
CTTCGTCGTCATCATCTCCAACTTCTTCTTCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGCGTCGGCGA
CTGTCTGCTCCTCCCTTGGCTTCTCTCAGAGTGTTTCTCAATGTGTCGCTTTCTCCTCCG
GGAATCTATGGGTGCAGAAGAATCCAGCGAGGCAATTGATTGTGTGTGAAGCAGCTCCGA
CGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGCCAAGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACA
ACAAGTCTAAGAAATCTGAAGCCCGTACTCGTATGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTCGATG
GGCTCAAGAAGAAACCAGATGCGCAACCTGACGAGATTGTTACCGTAGAGAAACTCATCG
GAGAGGCTTATTCTGCAATAGACAAAGCAGCGAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTG
GTGCGCGTAGGAAGTCTCGCTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCAGTTGAGATCCACCACGGTT
GGTACGTGCCAGACACAGCAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCTGTGACCATGGCTGCGTGAC
AGAGATAATGGAAAATTCGTTTTTCTTATAAGAGATCATATTGAAAAAGATGTGAAAATT
GCTTTCAAAATCAAATATGTTTATTTCATGTATAATTCATTTCGACTTCAGTTTCTCAA

QA 8 786 8 786
DS 

RD RR3FX09JQ 467 0 0
AAGAAAGCTGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGCCAAGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACAAC
AAGTCTAAGAAATCTGAAGCCCGTACTCGTATGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTCGATGGG
CTCAAGAAGAAACCAGATGCGCAACCTGACGAGATTGTTACCGTAGAGAAACTCATCGGA
GAGGCTTATTCTGCAATAGACAAAGCAGTGAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGT
GCGCGTAGGAAGTCTCGCTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCAGTTGAGATCCACCACGGTTGG
TACGTGCCAGACACAGCAGCAGCAGCA***ACAGAAGCTGTGACTATGGCTGCGTGACAG
AGAGAATGGAAAATTCGTTTTTCTTATAAGAGATCATATTGAAAAAGATGTGAAAATTGC
TTTCAAAATCAAATATGTTTATTTCATGTATAATTCATTTCGACTTC

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR3G888JQ 594 0 0
ACTGTCTGCTCCTCCCTTGGCTTCTCTCAGAGTGTTTCTCAATGTGTCGCTTTCTCCTCC
GGGAATCTATGGGTGCAGAAGAATCCAGCGAGGCAATTGATTGTGTGTGGAGCAGCTCCG
ACGAAGAAAGCTGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGCCAAGCCGAGAAGAGGCGTGTTTAC
AACAAGTTTAAGAAATCTGAAGCCCGTACTCGTATGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTCGAT
GGGCTCAAGAAGAAACCAGATGCGCAACCTGACGAGATTGTTACCGTAGAGAAACTCATC
GGAGAGGCTTATTTTGCAATAGACAAAGCAGTGAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACT
GGTGCGCGTAGGAAGTCTAGCTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCAGTTGAGATCCACCACGGT
TGGTACGTGCCAGACACAGCAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCTGTGACCATGGCTGCGTGA
CAGAGATAATGGAAAATTCGTTTTTCTTATAAGAGATCATATTGAAAAAGATGTGAAAAT
TGCTTTCAAAATCAAATATGTTTATTTCATGTATAATTCATTTCGACTTC
AGTT

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3AM45JQ 580 0 0
GGCTTCTCTCAGAGTGTTTCTCAATGTGTCGCTTTCTCCTCCGGGAATCTATGGGTGCAG
AAGAATCCAGCGAGGCAATTGATTGTGTGTGAAGCAGCTCCGACGAAGAAAGCTGATTCA
GCTGCAAAGAGAGCTCGCCAAGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACAACAAGTCTAAGAAATCT
GAAGCCCGTACTCGTATGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTCGATGGGCTCAAGAAGAAACCA
GATGCGCAACCTGACGAGATTGTTACCGTAGAGAAACTCATCGGAGAGGCTTATTCTGCA
ATAGACAAAGCAGCGAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCGCGTAGGAAGTCT
CGCTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCAGTTGAGATCCACCACGGTTGGTACGTGCCAGACACA
GCAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCTGTGACCATGGCTGCGTGACAGAGATAATGGAAAATT
CGTTTTTCTTATAAGAGATCATATTGAAAAAGATGTGAAAATTGCTTTCAAAATCAAATA
TGTTTATTTCATGTATAATTCATTTCGACTTCAGTT
TCTC

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3BQ43JQ 641 0 0
TCATCATCTCCAACTTCTTCTTCCTTGTCCACTCGTCGTGGTGCGTCGGCGACTGTCTGC
TCCTCCCTTGGCTTCTCTCAGAGTGTTTCTCAATGTGTCGCTTTCTCCTCCGGGAATCTA
TGGGTGCAGAAGAATCCAGCGAGGCAATTGATTGTGTGTGAAGCAGCTCCGACGAAGAAA
GCTGATTCAGCTGCAAAGAGAGCTCGCCAAGCCGAGAAGAGGCGTGTTTACAACAAGTCT
AAGAAATCTGAAGCCCGTACTCGTATGAAGAAGGTTTTGGAAGCACTCGATGGGCTCAAG
AAGAAACCAGATGCGCAACCTGACGAGATTGTTACCGTAGAGAAACTCATCGGAGAGGCT
TATTCTGCAATAGACAAAGCAGTGAAGGTTAGAGCGCTACACAAGAACACTGGTGCGCGT
AGGAAGTCTCGCTTGGCTAGGAGGAAAAAGGCAGTTGAGATCCACCACGGTTGGTACGTG
CCAGACACAGCAGCAGCAGCAGCAACAGAAGCTGTGACCATGGCTGCGTGACAGAGATAA
TGGAAAATTCGTTTTTCTTATAAGAGATCATATTGAAAAAGATGTGAAAATTGCTTTCAA
AATCAAATATGTTTATTTCATGTATAATTCATTTCGACT
AC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 2 9

CO CL517Contig1 419 2 2 U
GGGGATCTGCCAAGAACCTACCACCTGACTTTGTTGGCATTCTCATTGGAATCTCAGAAA
GACAGTCCTATAAAAAAGCTCTGTATCATTTCTGCTTCACCCTCTTCACTTTGCCTTCCC
CGCCTCCTCCGTCTCACTCCGATATCTCTCTCTCCCTCCTTTGTATTCATGGCTTCCATG
GCTGCTGCCTCTACTTCCCTGCAGCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGAAGGGAAAAGCTT
AAGTCCAATATCATTTATTACAGAACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTAT
CTTGTCATTGTTTGGTTAGGTAGAGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTCGTTTGG
GCAAAATTATTACAAGGCTTGTATTTGACTTTTTTTCATCTTAAAACTTTTTACCTCCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G776JQ C 1
AF RR3G776TF U 1
BS 1 411 RR3G776TF
BS 412 419 RR3G776JQ

RD RR3G776JQ 419 0 0
GGGGATCTGCCAAGAACCTACCACCTGACTTTGTTGGCATTCTCATTGGAATCTCAGAAA
GACAGTCCTATAAAAAAGCTCTGTATCATTTTTGCTTCACCCTCTTCACTTTGCCTTCCC
CGCCTCCTCCGTCTCACTCCGATATCTCTCTCTCCCTCCTTTGTATTCATGGCTTCCATG
GCTGCTGCCTCTACTTCCCTGCAGCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGAAGGGAAAAGCTT
AAGTCCAATATCATTTATTACAGAACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTAT
CTTGTCATTGTTTGGTTAGGTAGAGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTCGTTTGG
GCAAAATTATTACAAGGCTTGTATTTGACTTTTTTTCATCTTAAAACTTTTTACCTCCT

QA 1 419 1 419
DS 

RD RR3G776TF 419 0 0
GGGGATCTGCCAAGAACCTACCACCTGACTTTGTTGGCATTCTCATTGGAATCTCAGAAA
GACAGTCCTATAAAAAAGCTCTGTATCATTTCTGCTTCACCCTCTTCACTTTGCCTTCCC
CGCCTCCTCCGTCTCACTCCGATATCTCTCTCTCCCTCCTTTGTATTCATGGCTTCCATG
GCTGCTGCCTCTACTTCCCTGCAGCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGAAGGGAAAAGCTT
AAGTCCAATATCATTTATTACAGAACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTAT
CTTGTCATTGTTTGGTTAGGTAGAGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTCGTTTGG
GCAAAATTATTACAAGGCTTGTATTTGACTTTTTTTCATCTTAAAACTTTT
TACCTCCT

QA 1 411 1 411
DS 



CO CL517Contig2 754 7 13 U
GGGCATTCTCATTGGAATCTCAGAAAGACAGTCCTATAAAAAAGCTCTGTATCATTTCTG
CTTCACCCTCTTCACTTTGCCTTCCCCGCCTCCTCCGTCTCACTCCGATATCTCTCTCTC
CCTCCTTTGTATTCATGGCTTCCATGGCTGCTGCCTCTACTTCCCTGCAGGCTCGTCCTC
GCCAAATGGCAACTGCGGTTAGATGTTTTAGTCAGGGAAGCAGAAACAATCTTTCTTTTA
CGCTTCGCCCGCTTCCTACTCGCTTGAGCGTTTCTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGG
ACAAAGTGTGTGAAGTCGTCAAAAA*GCAACTCTCACTTAAAGCGGGCGATGAAGTTACG
GCTGCCACCAAATTTGCTGCACTTGGTGCTGATTCTCTTGATACGGTGGAGATTGTGATG
GGCCTGGAGGAAGCCTTTGATATTGAAATGGCGGAGGATAAAGCACAGAATATTGCGACA
GTCGAGGAAGCAGCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGAAGGGAAAAGCTTAAGTCCAATAT
CATTTATTACAGAACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTATCTTGTCATTGT
TTGGTTAGGTAGAGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTCGTTTGGGCAAAA*TTAT
TACAAGGCTTGTATTTGACCTTTTTTTTTCATCTTAAAACTTTTTTTTTTTGAAACTTGG
CTTCTTTTTTTTCATCTTAAAACCTTTTACTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 40 40 10 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 0 30 30 30 30 25 10 10 10 25 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EB48TF U 20
AF RR3DK80TF U 66
AF RR3H867JQ C 1
AF RR3DK80JQ C 478
AF RR3H867TF U 1
AF RR3A138TF U 72
AF RR3A138JQ C 97
BS 1 21 RR3H867TF
BS 22 140 RR3EB48TF
BS 141 141 RR3DK80TF
BS 142 514 RR3EB48TF
BS 515 604 RR3DK80TF
BS 605 666 RR3H867TF
BS 667 667 RR3A138TF
BS 668 679 RR3H867TF
BS 680 682 RR3A138TF
BS 683 688 RR3H867TF
BS 689 689 RR3A138TF
BS 690 704 RR3H867TF
BS 705 754 RR3A138TF

RD RR3EB48TF 495 0 0
GG
AGAAAGACAGTCCTATAAAAAAGCTCTGTATCATTTCTGCTTCACCCTCTTCACTTTGCC
TTCCCCGCCTCCTCCGTCTCACTCCGATATCTCTCTCTCCCTCCTTTGTATTCATGGCT*
CCATGGCTGCTGCCTCTACTTCCCTGCAGGCTCGTCCTCGCCAAATGGCAACTGCGGTTA
GATGTTTTAGTCAGGGAAGCAGAAACAATCTTTCTTTTACGCTTCGCCCGCTTCCTACTC
GCTTGAGCGTTTCTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGGACAAAGTGTGTGAAGTCGTCA
AAAA*GCAACTCTCACTTAAAGCGGGCGATGAAGTTACGGCTGCCACCAAATTTGCTGCA
CTTGGTGCTGATTCTCTTGATACGGTGGAGATTGTGATGGGCCTGGAGGAAGCCTTTGAT
ATTGAAATGGCGGAGGATAAAGCACAGAATATTGCGACAGTCGAGGAAGCAGCTGAGCTC
ATTGAGGAGATCT

QA 3 495 3 495
DS 

RD RR3DK80TF 539 0 0
GG
CTCTTCACTTTGCCTTCCCCGCCTCCTCCGTCTCACTCCGATATCTCTCTCTCCCTCCTT
TGTATTCATGGCTTCCATGGCTGCTGCCTCTACTTCCCTGCAGGCTCGTCCTCGCCAAAT
GGCAACTGCGGTTAGATGTTTTAGTCAGGGAAGCAGAAACAATCTTTCTTTTACGCTTCG
CCCGCTTCCTACTCGCTTGAGCGTTTCTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGGACAAAGT
GTGTGAAGTCGTCAAAAAAGCAACTCTCACTTAAAGCGGGCGATGAAGTTACGGCTGCCA
CCAAATTTGCTGCACTTGGTGCTGATTCTCTTGATACGGTGGAGATTGTGATGGGCCTGG
AGGAAGCCTTTGATATTGAAATGGCGGAGGATAAAGCACAGAATATTGCGACAGTCGAGG
AAGCAGCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGAAGGGAAAAGCTTAAGTCCAATATCATTTAT
TACAGAACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTATCTTGTCATTGTTTGG

QA 3 539 3 539
DS 

RD RR3H867JQ 718 0 0
GGGCATTCTCATTGGAATCTCAGAAAGACAGTCCTATAAAAAAGCTCTGTATCATTTCTG
CTTCACCCTCTTCACTTTGCCTTCCCCGCCTCCTCCGTCTCACTCCGATATCTCTCTCAC
CCTCCTTTGTATTCATGGCTTCCATGGCTGCTGCCTCTACTTCCCTGCAGGCTCGTCCTC
GCCAAATGGCAACTGCGGTTAGATGTTTTAGTCAGGGAAGCAGAAACAATCTTTCTTTTA
CGCTTCGCCCGCTTCCTACTCGCTTGAGCGTTTCTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGG
ACAAAGTGTGTGAAGTCGTCAAAAA*GCAACTCTCACTTAAAGCGGGCGATGAAGTTACG
GCTGCCACCAAATTTGCTGCACTTGGTGCTGATTCTCTTGATACGGTGGAGATTGTGATG
GGCCTGGAGGAAGCCTTTGATATTGAAATGGCGGAGGATAAAGCACAGAATATTGCGACA
GTCGAGGAAGCAGCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGAAGGGAAAAGCTTAAGTCCAATAT
CATTTATTACAGAACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTATCTTGTCATTGT
TTGGTTAGGTAGAGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTCGTTTGGGCAAAA*TTAT
TACAAGGCTTGTATTTGAC***TTTTTTTCATCTTAAAACTTTTTACCTCC
ATTCTCC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3DK80JQ 203 0 0
ACAGTGGAGGAAGCAGCTGAGCTCATTGAGGAAATCTTGAAGGGAAAAGCTTAAGTCCAA
TATCATTTATTACAGAACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTATTTTGTCAT
TGTTTGGTTAGGTAGAGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTGGTTTGGGCAAAA*T
TATTACAAGGCTTGTATTTGA
TT

QA 1 201 1 201
DS 

RD RR3H867TF 710 0 0
GGGCATTCTCATTGGAATCTCAGAAAGACAGTCCTATAAAAAAGCTCTGTATCATTTCTG
CTTCACCCTCTTCACTTTGCCTTCCCCGCCTCCTCCGTCTCACTCCGATATCTCTCTCAC
CCTCCTTTGTATTCATGGCTTCCATGGCTGCTGCCTCTACTTCCCTGCAGGCTCGTCCTC
GCCAAATGGCAACTGCGGTTAGATGTTTTAGTCAGGGAAGCAGAAACAATCTTTCTTTTA
CGCTTCGCCCGCTTCCTACTCGCTTGAGCGTTTCTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGG
ACAAAGTGTGTGAAGTCGTCAAAAA*GCAACTCTCACTTAAAGCGGGCGATGAAGTTACG
GCTGCCACCAAATTTGCTGCACTTGGTGCTGATTCTCTTGATACGGTGGAGATTGTGATG
GGCCTGGAGGAAGCCTTTGATATTGAAATGGCGGAGGATAAAGCACAGAATATTGCGACA
GTCGAGGAAGCAGCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGAAGGGAAAAGCTTAAGTCCAATAT
CATTTATTACAGAACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTATCTTGTCATTGT
TTGGTTAGGTAGAGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTCGTTTGGGCAAAA*TTAT
TACAAG*CTTGTATTTGAC***TTTTTT*CATCTTAAAACTTTT
ACCTCC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3A138TF 683 0 0
TCACTTTGCCTTCCCCGCCTCCTCCGTCTCACTCCGATATCTCTCTCTCCCTCCTTTGTA
TTCATGGCTTCCATGGCTACTGCCTCTACTTCCCTGCAGGCTCGTCCTCGCCAAATGGCA
ACTGCGGTTAGATGTTTTAGCCAGGGAAGCAGAAACAATCTTTCTTTTAAGCTTCGCCAG
CTTCCTACCCGCTTGAGCGTTTCTTGCGCTGCAAAACCTGAGACAGTGGACAAAGTGTGT
GAAGTCGTCAAAAA*GCAACTCTCACTTAAAGCCGGCGACGAAGTTACGGCTGCCACCAA
ATTTGCTGCACTTGGTGCTGATTCTCTTGATACGGTGGAGATTGTGATGGGCCTGGAGGA
AGCGTTTGATATTGAAATGGCGGAGGATAAAGCACAGAATATTGCGACAGTCGAGGAAGC
AGCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTGGAGGAAAAAGCTTAAGTCCAATATCATTTATTACA
GAACCAACAATGGAAACACTAAGCCCAAAACCACTTATCTTGTTATTGTTTGGTTAGGTA
GAGACCACATCTGTCTGTTGAGATTTATGTTCGTTTGGGCAAAAATTATTACAAGGCTTG
TATTTGACCTTTTTTTTTCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAACTTGGCTTCTTTTTTT
TCATCTTAAAACCTTTTACTTCC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3A138JQ 658 0 0
GTCTCACTCCGATATCTCTCTCTCCCTCCTTTGTATTCATGGCTTCCATGGCTACTGCCT
CTACTTCCCTGCAGGCTCGTCCTCGCCAAATGGCAACTGCGGTTAGATGTTTTAGCCAGG
GAAGCAGAAACAATCTTTCTTTTAAGCTTCGCCAGCTTCCTACCCGCTTGAGCGTTTCTT
GCGCTGCAAAACCTGAGACAGTGGACAAAGTGTGTGAAGTCGTCAAAAA*GCAACTCTCA
CTTAAAGCCGGCGACGAAGTTACGGCTGCCACCAAATTTGCTGCACTTGGTGCTGATTCT
CTTGATACGGTGGAGATTGTGATGGGCCTGGAGGAAGCGTTTGATATTGAAATGGCGGAG
GATAAAGCACAGAATATTGCGACAGTCGAGGAAGCAGCTGAGCTCATTGAGGAGATCTTG
GAGGAAAAAGCTTAAGTCCAATATCATTTATTACAGAACCAACAATGGAAACACTAAGCC
CAAAACCACTTATCTTGTTATTGTTTGGTTAGGTAGAGACCACATCTGTCTGTTGAGATT
TATGTTCGTTTGGGCAAAAATTATTACAAGGCTTGTATTTGACCTTTTTTTTTCATCTTT
TTTTTTTTTTTTTTTGAAACTTGGCTTCTTTTTTTTCATCTTAAAACCTTTTACTTCC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 3 8

CO CL518Contig1 564 3 3 U
GGATACTCACAGCAGGTCCATCGTCTGAAACTTAAATTTTCCCCAATTCTCAGATCAGCA
TCAAACCCTAGGGCTCGAGGAACCAGCCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACC
TTTGAAGCAGCCAAAAGCTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAACCTTCA
GAAGAAGAAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGG
ATCTTTTGGAGGATCTGGTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGTTTTGTATCCAT
GAAGCCTGTCTTTGACAGAGTGCTTATTTATCAACTTATAATGTTGTGTAACTTC*TATC
ATATCTGTAGGGGAGTGACTTTTCCTTATCCCATAACATAACATATGTTTTGCTTTCGCC
ACTTTTTCATTTCAAAAGATTGTTTCTATCTAAAAGCCAAGTGATGCCGTAGTTCTCCAT
CTCCTGGTTCAAGATTCAGTTTGGTCCAATCTTAGATACTGTTGTTTGTCACAATTTGAA
GACAAGAACATATGTTGCATTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3GR04JQ C 3
AF RR3GR04TF U 3
AF RR3DF49TF U 1
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BS 356 356 RR3GR04TF
BS 357 564 RR3DF49TF

RD RR3GR04JQ 449 0 0
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AAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTTT
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CATTTCAAAAGATTGTTTCTATCT

QA 6 449 6 449
DS 

RD RR3GR04TF 449 0 0
GGACT
CACAGCAGGTCCATCGTCTGAAACTTAAATTTTCCCCAATTCTCAGATCAGCATCAAACC
CTAGGGCTCGAGGAACCAGCCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAAG
CAGCCAAAAGCTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAACCTTCAGAAGAAG
AAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTTT
GGAGGATCTGGTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGTTTTGTATCCATGAAGCCT
GTCTTTGACAGAGTGCTTATTTATCAACTTATAATGTTGTGTAACTTC*TATCATATCTG
TAGGGGAGTGACTTTTCCTTATCCCATAACATAACATATGTTTTGCTTTCGCCACTTTTT
CATTTCAAAAGATTGTTTCTATCT

QA 6 449 6 449
DS 

RD RR3DF49TF 564 0 0
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TCAAACCCTAGGGCTCGAGGAACCAGCCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACC
TTTGAAGCAGCCAAAAGCTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAACCTTCA
GAAGAAGAAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGG
ATCTTTTGGAGGATCTGGTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGTTTTGTATCCAT
GAAGCCTGTCTTTGACAGAGTGCTTATTTATCAACTTATAATGTTGTGTAACTTCCTATC
ATATCTGTAGGGGAGTGACTTTTCCTTATCCCATAACATAACATATGTTTTGCTTTCGCC
ACTTTTTCATTTCAAAAGATTGTTTCTATCTAAAAGCCAAGTGATGCCGTAGTTCTCCAT
CTCCTGGTTCAAGATTCAGTTTGGTCCAATCTTAGATACTGTTGTTTGTCACAATTTGAA
GACAAGAACATATGTTGCATTGAT

QA 1 564 1 564
DS 



CO CL518Contig2 490 3 7 U
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AAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTTTGGAGGCTCTGG
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TGCTTATTTATCAACTTAAAATGTTGTGTAACTTCCTATCATGTCTGTAGGGGAGTGACT
CTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCCACTTTTTCATTTCTAAAGAAAAGAAAGATG
GTTTCTATTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EA75TF U 58
AF RR3FD30JQ C 1
AF RR3FD30TF U 1
BS 1 57 RR3FD30TF
BS 58 233 RR3EA75TF
BS 234 235 RR3FD30TF
BS 236 282 RR3EA75TF
BS 283 283 RR3FD30TF
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BS 451 490 RR3FD30TF

RD RR3EA75TF 393 0 0
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CGAGGAACCAGCCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAAGCAGCCAAA
AACTGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAACCTTCAGAAGAAGAAAGACGA
GGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGGTCTTTTGGAGGCTC
TGGTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGCTTTGTATCCATGAAGCGTGTCTTTGA
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ACTCTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCC

QA 1 393 1 393
DS 

RD RR3FD30JQ 490 0 0
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AAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTTTGGAGGCTCTGG
TCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGCTTTGTATCCATGAAGCGTGTCTTTGACAG
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CTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCCACTTTTTCATTTCTAAAGAAAAGAAAGATG
GTTTCTATTT

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR3FD30TF 490 0 0
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TGATAAGAAGGAATACGATGAGCACGATATGGCCAACCTTCAGAAGAAGAAAG**GAGGA
AAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGCCAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTTTGGAGGCTCTGG
TCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATAATCCCGCTTTGTATCCATGAAGCGTGTCTTTGACAG
TGCTTATTTATCAACTTAAAATGTTGTGTAACTTCCTATCATGTCTGTAGGGGAGTGACT
CTTATCCCATAACATATGTTTGCTTTCGCCACTTTTTCATTTCTAAAGAAAAGAAAGATG
GTTTCTATTT

QA 1 490 1 490
DS 



CO CL518Contig3 732 2 1 U
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TTCTCAAATAATTTCAGTTTACCACATTTATTTTCCAAATTCACATTTCTTGCTTCTCAC
TTTCTTAAATGGCATCTTCTTCTTCTTCTAATAATATTGAAGACATTATGGATGAACAAT
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GTTGTGTAACTTCCTATCATATCTGTAGGGGAGTGACTTTTCCTTATCCCATAACATAAC
ATATGTTTTGCT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G057JQ C 1
AF RR3G057TF U 1
BS 1 732 RR3G057TF

RD RR3G057JQ 732 0 0
GGGTAGTTGTAAATGTTTTCTTTATAAGGCTTGTGTAGTACCATCGAAACATAAACCTTC
TACTACATTTTTGCTTCTATCTTATAAGACAGAGGAAGACATGATTTAAAGCTTTTGCTT
CTATCTTATTCAAAAAACATAAAACATAAAGCTTCTATCTTGTTTTCCTTTTACCACATA
TTCTCAAATAATTTCAGTTTACCACATTTATTTTCCAAATTCACATTTCTTGCTTCTCAC
TTTCTTAAATGGCATCTTCTTCTTCTTCTAATAATATTGAAGACATTATGGATGAACAAT
TCGACCAATTTTTCGATGAAAAATTTGATCAACTTTTCGATCAACGATTCGAAAATCTTT
TTAATCGTCATGATCAGCATCAAACCCTAGGGCTCGAGGAACCAGCCATGTCGTCCAAGC
AAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAAGCAGCCAAAAGCTGATAAGAAGGAATACGATGAGC
CGATATGGCCAACCTTCAGAAGAAGAAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGC
CAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTTTGGAGGATCTGGTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATA
ATCCCGTTTTGTATCCATGAAGCCTGTCTTTGACAGAGTGCTTATTTATCAACTTATAAT
GTTGTGTAACTTCCTATCATATCTGTAGGGGAGTGACTTTTCCTTATCCCATAACATAAC
ATATGTTTTGCT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3G057TF 732 0 0
GGGTAGTTGTAAATGTTTTCTTTATAAGGCTTGTGTAGTACCATCGAAACATAAACCTTC
TACTACATTTTTGCTTCTATCTTATAAGACAGAGGAAGACATGATTTAAAGCTTTTGCTT
CTATCTTATTCAAAAAACATAAAACATAAAGCTTCTATCTTGTTTTCCTTTTACCACATA
TTCTCAAATAATTTCAGTTTACCACATTTATTTTCCAAATTCACATTTCTTGCTTCTCAC
TTTCTTAAATGGCATCTTCTTCTTCTTCTAATAATATTGAAGACATTATGGATGAACAAT
TCGACCAATTTTTCGATGAAAAATTTGATCAACTTTTCGATCAACGATTCGAAAATCTTT
TTAATCGTCATGATCAGCATCAAACCCTAGGGCTCGAGGAACCAGCCATGTCGTCCAAGC
AAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAAGCAGCCAAAAGCTGATAAGAAGGAATACGATGAGC
CGATATGGCCAACCTTCAGAAGAAGAAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTAAGAGC
CAAGGCATCGCAGAAGGGATCTTTTGGAGGATCTGGTCTTAAGAAGAGTGGCAAGAAATA
ATCCCGTTTTGTATCCATGAAGCCTGTCTTTGACAGAGTGCTTATTTATCAACTTATAAT
GTTGTGTAACTTCCTATCATATCTGTAGGGGAGTGACTTTTCCTTATCCCATAACATAAC
ATATGTTTTGCT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 2 8

CO CL519Contig1 831 2 12 U
AAACAAGTGTTAGCGCTCCACTCGGAGAGGCGAGAACAAAGTTGAAAAAATGGCGACCAT
GTCTGCTCTTCAGAGCTCATTTACATCTCTTTCCATATCCTCCAACTCCTCCTTCCTCGG
CCAACGTCTCCTTTCCCCGATTCCCCTCTCCGTCGCTTCTCCGGTCAAGCTCACTGGGAA
CCCATGTCTTGTCTTTGCAAAGCTAAAGCGTTGGGAACGGAAGAAATGCAAACCAAACAG
TCTTCCCATTCTTCACAAGATGCATGTCAAGTTCGGAGATACGGTCAAAGTTATATCTGG
ACGCGACAAGGGTAAGATTGGAGAAGTCACTAAGATCTTTACCCACAACAGCACCATTGT
CATCAAAGATGTCAACCTCAAGACCAAACACATGAAGAGCCGTGAAGAGGGTGAGCCTGG
CCAAATTGTCAAGATCGAAGCGCCGATCCACAGCTCAAATGTGATGCTGTATTCGAAAGA
AAAAGGAGGTGGTAAGCCGGGTGGGTCACAAGGTCCTTGAAGATGGACAGAAAGTAAGGT
ATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATCGACACCATCGAGAAGTGGAAGCAACTTAAGGAGG
CTAAAGATAAAGAAAATACTCAAGTTGCAGTTGCCTCTTCATCTTAACGTCTCCACTTTT
GATATATTTGTCTGATGAATGTATTAAGTTGCTTCCTTAAGTTATGCTTAGAATGGTACT
TAAACTTGTGTTTTATTCTAGACATACATTTTTTACAAAGTTTTTGCAAAGCTGTGGGAC
GTATGTTTATATCGACCAACATTTTACATTAAAAAAACAATTCAAATGGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D556TF U 1
AF RR3BM15JQ C 33
BS 1 123 RR3D556TF
BS 124 124 RR3BM15JQ
BS 125 407 RR3D556TF
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BS 485 702 RR3D556TF
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BS 713 715 RR3BM15JQ
BS 716 733 RR3D556TF
BS 734 831 RR3BM15JQ

RD RR3D556TF 740 0 0
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TCTTCCCATTCTTCACAAGATGCATGTCAAGTTCGGAGATACGGTCAAAGTTATATCTGG
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CCAAATTGTCAAGATCGAAGCGCCGATCCACAGCTCAAATGTGATGCTGTATTCGAAAGA
AAA*GGAGGTGGTAAGCCGGGTGGGTCACAAGGTCCTTGAAGATGGACAGAAAGTAAGGT
ATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATCGACACCATCGAGAAGTGGAAGCAACTTAAGGAGG
CTAAAGATAAAGAAAATACTCAAGTTGCAGTTGCCTCTTCATCTTAACGTCTCCACTTTT
GATATATTTGTCTGATGAATGTATTAAGTTGCTTCCTTAAGT*ATGCTTAGAT**GTACT
TAAACTTGTGTTT
ATTCTAA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3BM15JQ 799 0 0
GAGAACAAAG
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GAAATGCAAACCAAACAGTCTTCCCATTCTTCACAAGATGCGTGTCAAGTTCGGAGATAC
GGTCAAAGTTATATCTGGACGCGACAAGGGTAAGATTGGAGAAGTCACTAAGATCTTTAC
CCACAACAGCACCATTGTCATCAAAGATGTCAACCTCAAGACCAAACACATGAAGAGCCG
TGAAGAGGGTGAGCCTGGCCAAATTGTCAAGATCGAAGCGCCGATCCACAGCTCAAATGT
GATGCTGTATTCGAAAGAAAAAGGAGGTGGTAAGCCGGGTGGGTCACAAGGTCCTTGAAG
ATGGACAGAAAGTAAGGTATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATCGACACCATCGAGAAGT
GGAAGCAACTTAAGGAGGCTAAAGATAAAGAAAATACTCAAGTTGCAGTTGCCTCTTCAT
CTTAGCGTCTCCACTTTTGATATATTTGTCTGATGAATGTATTAAGTTGCTTCCTTAAGT
TATGCTTAGAATGGTACTTAAACTTGTGTTTTATTCTAGACATACATTTTTTACAAAGTT
TTTGCAAAGCTGTGGGACGTATGTTTATATCGACCAACATTTTACATTAAAAAAACAATT
CAAATGGCT

QA 11 799 11 799
DS 



CO CL519Contig2 831 6 4 U
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AAGTTGAAGAAATGGCGACCATGTCTGCTCTTCAAAGCTCTTTCACTTCTCTTTCAATAA
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CTCCGGTCAAACTCGTTAAGAACCCATGTCTTGTCTTTGCAAAGCTAAAGCGTTGGGAAC
GGAAGAAATGCAAACCAAACAGTCTTCCCATTCTTCACAAGATGCATGTCAAGTTCGGAG
ATACGGTCAAAGTTATATCTGGACGCGACAAGGGTAAGATTGGAGAAGTCACTAAGATCT
TTACCCACAACAGCACCATTGTCATCAAAGATGTCAACCTCAAGACCAAACACATGAAGA
GCCGTGAAGAGGGTGAGCCTGGCCAAATTGTCAAGATCGAAGCACCGATCCACAGCTCAA
ATGTGATGCTGTATTCGAAAGAAAAGGAGGTTGTAAGCAGGGTGGGTCACAAGGTCCTTG
AAGATGGACAGAAGGTAAGGTATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATCGACACCATCGAGA
AGTGGAAGCAACTTAAGGAGGCTAAAGATAAAGAAAATACTCAAGTTGCAGTTGCCTCTT
CATCTTAACGTCTCCACTTTTGATATATTTGTCTGATGAATGTATTAAGTTGCTTCCTTA
AGTTATGCTTAGAATGGTACTTAAACTTGTGTTTTATTCTAAACATACATTTTTTACAAA
GTTTTTGCAAAGCTGTGGAACGTATGTTTATATCGACCAACATTTTACATT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 35 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL26TF U 2
AF RR3GI82TF U 1
AF RR3GT26JQ C 121
AF RR3GT26TF U 121
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RD RR3CL26TF 765 0 0
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AGTTGAAGAAATGGCGACCATGTCTGCTCTTCAAAGCTCTTTCACTTCTCTTT*AATAAC
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TCCGGTCAAACTCGTTAAGAACCCATGTCTTGTCTTTGCAAAGCTAAAGCGTTGGGAACG
GAAGAAGTGCAAACCAAACAGTCTTCCCATTCTTCACAAGATGCATGTCAAGTTCGGAGA
TACGGTCAAAGTTATATCTGGACGCGACAAGGGTAAGATTGGAGAAGTCACTAAGATCTT
TACCCACAACAGCACCATTGTCATCAAAGATGTCAACCTCAAGACCAAACACATGAAGAG
CCGTGAAGAGGGTGAGCCTGGCCAAATTGTCAAGATCGAAGCACCGATCCACAGCTCAAA
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AGATGGACAGAAGGTAAGGTATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATCGACACCATCGAGAA
GTGGAAGCAACTTAAGGAGGCTAAAGATAAAGAAAATACTCAAGTTGCAGTTGCCTCTTC
ATCTTAACGTCTCCACTTTTGATATATTTGTCTGATGA*TGTATTAAGTTGCTTCCTTAA
GT*ATGCTTA*AATGGTACTTAAACTTGTGTTT
ATCTAACATACA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3GI82TF 789 0 0
GGGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAACAAGTGTTAGCGCTCCACTTGGAGAGGCGAGACCA
AAGTTGAAGAAATGGCGACCATGTCTGCTCTTCAAAGCTCTTTCACTTCTCTTTCAATAA
CCTCCAACTCCTCCTTCCTCGGCCAGCGTCTCCTTTCCCCGATTCCCCTCTCCGTAGCTT
CTCCGGTCAAACTCGTTAAGAACCCATGTCTTGTCTTTGCAAAGCTAAAGCGTTGGGAAC
GGAAGAAATGCAAACCAAACAGTCTTCCCATTCTTCACAAGATGCATGTCAAGTTCGGAG
ATACGGTCAAAGTTATATCTGGACGCGACAAGGGTAAGATTGGAGAAGTCACTAAGATCT
TTACCCACAACAGCACCATTGTCATCAAAGATGTCAACCTCAAGACCAAACACATGAAGA
GCCGTGAAGAGGGTGAGCCTGGCCAAATTGTCAAGATCGAAGCACCGATCCACAGCTCAA
ATGTGATGCTGTATTCGAAAGAAAAGGAGGTTGTAAGCAGGGTGGGTCACAAGGTCCTTG
AAGATGGACAGAAGGTAAGGTATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATCGACACCATCGAGA
AGTGGAAGCAACTTAAGGAGGCTAAGGATAAAGAAAATACTCAAGTTGCAGTTGCCTCTT
CATCTTAACGTCTCCACTTTTGATATATTTGTCTGATGAATGTATTAAGTTGCTTCCTTA
AGTTATGCTTAGAATGGTACTTAAACTTGTGTTTTATTCTAAACATACATTTTTTACAAA
GTTTT
GCAA

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3GT26JQ 663 0 0
G
CTCCAACTCCTCCTTCCTCGGCCAGCGTCTCCTTTCCCCGATTCCCCTCTCCCTCGCTTC
TCCGGTCAAACTCGTTAAGAACCCATGTCTTGTCTTTGCAAAGCTAAAGCGTTGGGAACG
GAAGAAATGCAAACCAAACAGTCTTCCCATTCTTCACAAGATGCATGTCAAGTTCGGAGA
TACGGTCAAAGTTATCTCTGGACGCGACAAGGGTAAGATTGGAGAAGTCACTAAGATCTT
TACCCACAACAGCACCGTTGTCATCAAAGATGTCAACCTCAAGACCAAACACATGAAGAG
CCGTGAAGAGGGTGAGCCTGGCCAAATTGTCAAGATCGAAGCACCGATCCACAGCTCAAA
TGTGATGCTGTATTCGAAAGAAAAGGAGGTGGTAAGCAGGGTGGGTCACAAGGTCCTTGA
AGATGGACAGAAGGTAAGGTATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATCGACACCATCGAGAA
GTGGAAGCAACTTAAGGAGGCTAAAGATAAAGAAAATACTCAAGTTGCAGTTGCCTCTTC
ATCTTAACGTCTCCACTTTTGATATATTTGTCTGATGAATGTATTAAGTTGCTTCCTTAA
GTTATGCTTAGAATGGTACTTAAACTTGTGTTTTATTCTAAACATACATTTTTTACAAAG
T
G

QA 2 662 2 662
DS 

RD RR3GT26TF 663 0 0
G
CTCCAACTCCTCCTTCCTCGGCCAGCGTCTCCTTTCCCCGATTCCCCTCTCCCTCGCTTC
TCCGGTCAAACTCGTTAAGAACCCATGTCTTGTCTTTGCAAAGCTAAAGCGTTGGGAACG
GAAGAAATGCAAACCAAACAGTCTTCCCATTCTTCACAAGATGCATGTCAAGTTCGGAGA
TACGGTCAAAGTTATCTCTGGACGCGACAAGGGTAAGATTGGAGAAGTCACTAAGATCTT
TACCCACAACAGCACCGTTGTCATCAAAGATGTCAACCTCAAGACCAAACACATGAAGAG
CCGTGAAGAGGGTGAGCCTGGCCAAATTGTCAAGATCGAAGCACCGATCCACAGCTCAAA
TGTGATGCTGTATTCGAAAGAAAAGGAGGTGGTAAGCAGGGTGGGTCACAAGGTCCTTGA
AGATGGACAGAAGGTAAGGTATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATCGACACCATCGAGAA
GTGGAAGCAACTTAAGGAGGCTAAAGATAAAGAAAATACTCAAGTTGCAGTTGCCTCTTC
ATCTTAACGTCTCCACTTTTGATATATTTGTCTGATGAATGTATTAAGTTGCTTCCTTAA
GTTATGCTTAGAATGGTACTTAAACTTGTGTTTTATTCTAAACATACATTTTTTACAAAG
T
G

QA 2 662 2 662
DS 

RD RR3CL26JQ 650 0 0
TCGGCCAGCGTCTCCTTTCCCCGATTCCCCTCTCCGTAGCTTCTCCGGTCAAACTCGTTA
AGAACCCATGTCTTGTCTTTGCAAAGCTAAAGCGTTGGGAACGGAAGAAGTGCAAACCAA
ACAGTCTTCCCATTCTTCACAAGATGCATGTCAAGTTCGGAGATACGGTCAAAGTTATAT
CTGGACGCGACAAGGGTAAGATTGGAGAAGTCACTAAGATCTTTACCCACAACAGCACCA
TTGTCATCAAAGATGTCAACCTCAAGACCAAACACATGAAGAGCCGTGAAGAGGGTGAGC
CTGGCCAAATTGTCAAGATCGAAGCACCGATCCACAGCTCAAATGTGATGCTGTATTCGA
AAGAAAAGGAGGTTGTAAGCAGGGTGGGTCACAAGGTCCTTGAAGATGGACAGAAGGTAA
GGTATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATCGACACCATCGAGAAGTGGAAGCAACTTAAGG
AGGCTAAGGATAAAGAAAATACTCAAGTTGCAGTTGCCTCTTCATCTTAACGTCTCCACT
TTTGATATATTTGTCTGATGAATGTATTAAGTTGCTTCCTTAAGTTATGCTTAGAATGGT
ACTTAAACTTGTGTTTTATTCTAAACATACATTTTTTACAAAGTTTT
TGC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3GI82JQ 652 0 0
TCTCCGGTCAAACTCGTTAAGAACCCATGTCTTGTCTTTGCAAAGCTAAAGCGTTGGGAA
CGGAAGAAATGCAAACCAAACAGTCTTCCCATTCTTCACAAGATGCATGTCAAGTTCGGA
GATACGGTCAAAGTTATATCTGGACGCGACAAGGGTAAGATTGGAGAAGTCACTAAGATC
TTTACCCACAACAGCACCATTGTCATCAAAGATGTCAACCTCAAGACCAAACACATGAAG
AGCCGTGAAGAGGGTGAGCCTGGCCAAATTGTCAAGATCGAAGCACCGATCCACAGCTCA
AATGTGATGCTGTATTCGAAAGAAAAGGAGGTTGTAAGCAGGGTGGGTCACAAGGTCCTT
GAAGATGGACAGAAGGTAAGGTATCTGATCAAAACTGGGGAACTTATCGACACCATCGAG
AAGTGGAAGCAACTTAAGGAGGCTAAGGATAAAGAAAATACTCAAGTTGCAGTTGCCTCT
TCATCTTAACGTCTCCACTTTTGATATATTTGTCTGATGAATGTATTAAGTTGCTTCCTT
AAGTTATGCTTAGAATGGTACTTAAACTTGTGTTTTATTCTAAACATACATTTTTTACAA
AGTTTTTGCAAAGCTGTGGAACGTATGTTTATATCGACCAACATTTTACATT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 9

CO CL520Contig1 657 9 13 U
GGAGTCCTTGCGAGAGTGGCGGAGAGAGTTTATTCAGCTGAACCCTCCCTCCTGTTGTTG
AACAATAGCCATGGCGACAGGTAAAACAGTGAAAGATGTCTCTCCTCATGACTTCGTCAA
GGCGTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGGCAAGATCGAGCTTCCCCCATGGACAGACAT
TGTGAAGACTGGTAAGCTGAAGGAGCTTGCCCCTTATGATCCTGATTGGTACTACATCAG
AGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATACCTGAGGGGAGGTCTTGGCGTTGGTGCTTTCCG
TAGAATCTACGGTGGAAGCAAAAGAAACGGCAGTCGCCCACCACATTTCTGCAAAAGCAG
CGGTGGCGTTGCACGTCACATTCTCCAGCAGTTGGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGA
CACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCCAGTGGTCAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGG
ACGTATTGCAGCTGAAATTTGAAGATCTGAATCTTGTTTTTTTTTAGTTCTTCTACTGCT
TTTGAAACCAATGTCCTGTTTTTAGTCCTTTTATCTTTTACTCTCAAGAACCATTATCAA
TATCATTGCTGAAGACTTGCTCTCATAATGTTCAGAACTTGTTCATCCTTTAAAAGG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 15 55 55 
55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 20 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B445JQ C 1
AF RR3HB44JQ C 157
AF RR3HB44TF U 59
AF RR3D557JQ C 1
AF RR3D557TF U 1
AF RR3C351TF U 0
AF RR3F561JQ C 10
AF RR3F561TF U 10
AF RR3B445TF U 1
BS 1 23 RR3D557TF
BS 24 24 RR3C351TF
BS 25 58 RR3D557TF
BS 59 177 RR3HB44TF
BS 178 178 RR3D557TF
BS 179 321 RR3HB44TF
BS 322 322 RR3D557TF
BS 323 370 RR3HB44TF
BS 371 371 RR3D557TF
BS 372 622 RR3HB44TF
BS 623 624 RR3D557TF
BS 625 650 RR3F561TF
BS 651 657 RR3B445JQ

RD RR3B445JQ 657 0 0
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AACAATAGCCATGGCGACAGGTAAGACAGTGAAAGATGTCTCCCCTCATGACTTCGTCAA
GGCGTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGGCAAGATCGAGCTTCCCCCATGGACAGACAT
TGTGAAGACTGGTAAGCTGAAGGAGCTTGCCCCTTATGATCCTGATTGGTACTACATCAG
AGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATACCTGAGGGGAGGTCTTGGCGTTGGTGCTTTCCG
TAGAATTTACGGTGGAAGCAAAAGAAACGGCAGTCGCCCACCACATTTCTGCAAAAGCAG
CGGTGGCGTTGCACGTCACATTCTCCAGCAGTTGGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGA
CACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCCAGTGGTCAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGG
ACGTATTGCAGCTGAAATTTGAAGATCTGAATCTTGTTTTTTTT*AGTTCTTCTACTGCT
TTTGAAACCAATGTCCTGTTTTTAGTCCTTTTATCTTTTACTCTCAAGAACCATTATCAA
TATCATTGCTGAAGACTTGCTCTCATAATGTTCAGAACTTGTTCATCCTTTAAAAGG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3HB44JQ 468 0 0
CGAGCTCCCCCCATGGACAGATATTGTGAAGACTGGTAAGCTGAAGGAGCTTGCCCCTTA
TGATCCTGATTGGTACTACATCAGAGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATACCTGAGGGG
AGGTCTTGGCGTTGGTGCTTTCCGTAGAATCTACGGTGGAAGCAAGAGAAACGGCAGTCG
CCCACCACATTTCTGCAAAAGCAGCGGTGGCGTTTCACGTCACATTCTCCAGCAGTTGGA
GACTATGAACATTGTTGAGATTGACACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCCAGTGGTCA
ACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGGACGTATTGCAGCTGAAATTTGAAGATCTGAATCTTG
TTTTTTTTTAGTTCTTCTACTGCTTTTGAAACCAATGTCCTGTTTTTAGTCCTTTTATCT
TTTACTCTCAAGAACCATTATCAATATCATTGCTGAAGACTTGCTC
CC

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR3HB44TF 566 0 0
TGAACAATAGCCATGGCGACAGGTAAAACAGTGAAAGATGTCTCTCCTCATGACTTCGTC
AAGGCGTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGGCAAGATCGAGCTTCCCCCATGGACAGAT
ATTGTGAAGACTGGTAAGCTGAAGGAGCTTGCCCCTTATGATCCTGATTGGTACTACATC
AGAGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATACCTGAGGGGAGGTCTTGGCGTTGGTGCTTTC
CGTAGAATCTACGGTGGAAGCAAGAGAAACGGCAGTCGCCCACCACATTTCTGCAAAAGC
AGCGGTGGCGTTTCACGTCACATTCTCCAGCAGTTGGAGACTATGAACATTGTTGAGATT
GACACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCCAGTGGTCAACGGGATTTGGACCAGGTTGCT
GGACGTATTGCAGCTGAAATTTGAAGATCTGAATCTTGTTTTTTTTTAGTTCTTCTACTG
CTTTTGAAACCAATGTCCTGTTTTTAGTCCTTTTATCTTTTACTCTCAAGAACCATTATC
AATATCATTGCTGAAGACTTGCTC
CC

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3D557JQ 624 0 0
GGAGTCCTTGCGAGAGTGGCGGAGAGAGTTTATTCAGCTGAACCCTCCCTCCTGTTGTTG
AACAATAGCCATGGCGACAGGTAAAACAGTGAAAGATGTCTCTCCTCATGACTTCGTCAA
GGCGTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGGCAAGATCGAGCTTCCCCCATGGACCGACAT
TGTGAAGACTGGTAAGCTGAAGGAGCTTGCCCCTTATGATCCTGATTGGTACTACATCAG
AGCTGCATTTATGGCAAGGAAGGTATACCTGAGGGGAGGTCTTGGCGTTGGTGCTTTCCG
TAGAATTTACGGTGGAAGCAAAAGAAACGGCAGTCGCCCACCACATTTTTGCAAAAGCAG
CGGTGGCGTTGCACGTCACATTCTCCAGCAGTTGGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGA
CACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCCAGTGGTCAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGG
ACGTATTGCAGCTGAAATTTGAAGATCTGAATCTTGTTTTTTTTTAGTTCTTCTACTGCT
TTTGAAACCAATGTCCTGTTTTTAGTCCTTTTATCTTTTACTCTCAAGAACCATTATCAA
TATCATTGCTGAAGACTTGCTCTC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3D557TF 624 0 0
GGAGTCCTTGCGAGAGTGGCGGA*AGAGTTTATTCAGCTGAACCCTCCCTCCTGTTGTTG
AACAATAGCCATGGCGACAGGTAAAACAGTGAAAGATGTCTCTCCTCATGACTTCGTCAA
GGCGTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGGCAAGATCGAGCTTCCCCCATGGACCGACAT
TGTGAAGACTGGTAAGCTGAAGGAGCTTGCCCCTTATGATCCTGATTGGTACTACATCAG
AGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATACCTGAGGGGAGGTCTTGGCGTTGGTGCTTTCCG
TAGAATCTACGGTGGAAGCAAAAGAAACGGCAGTCGCCCACCACATTTCTGCAAAAGCAG
CGGTGGCGTTGCACGTCACATTCTCCAGCAGTTGGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGA
CACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCCAGTGGTCAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGG
ACGTATTGCAGCTGAAATTTGAAGATCTGAATCTTGTTTTTTTTTAGTTCTTCTACTGCT
TTTGAAACCAATGTCCTGTTTTTAGTCCTTTTATCTTTTACTCTCAAGAACCATTATCAA
TATCATTGCTGAAGACTTGCTCTC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3C351TF 623 0 0
GAGTCCTTGCGA
GAGAGTGGCGGAGAGAGTTTATTCAGCTGAACCCTCCCTCCTGTTGTTGAACAATAGCCA
TGGCGACAGGTAAAACAGTGAAAGATGTCTCTCCTCATGACTTCGTCAAGGCGTACGCTT
CTCATCTCAAGCGATCTGGCAAGATCGAGCTTCCCCCATGGACAGATATTGTGAAGACTG
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TGGCAAGGAAGGTATACCTGAGGGGAGGTCTTGGCGTTGGTGCTTTCCGTAGAATCTACG
GTGGAAGCAAGAGAAACGGCAGTCGCCCACCACATTTCTGCAAAAGCAGCGGTGGCGTTG
CACGTCACATTCTCCAGCAGTTGGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGACACCAAAGGAG
GAAGAAGAATCACTTCCAGTGGTCAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGGACGTATTGCAG
CTGAAATTTGAAGATCTGAATCTTGTTTTTTTTTAGTTCTTCTACTGCTTTTGAAACCAA
TGTCCTGTTTTTAGTCCTTTTATCTTTTACTCTCAAGAACCATTATCAATATCATTGCTG
AAGACTTGCTC

QA 13 623 13 623
DS 

RD RR3F561JQ 641 0 0
GG
GAGAGTGGCGGAGAGAGTTTATTCAGCTGAACCCTCCCTCCTGTTGTTGAACAATAGTCA
TGGCGACAGGTAAAACAGTGAAAGATGTCTCTCCTCATGACTTCGTCAAGGCGTACGCTT
CTCATCTCAAGCGATCTGGCAAGATCGAGCTTCCCCCATGGACAGACATTGTGAGGACTG
GTAAGCTGAAGGAGCTTGCCCCTTATGATCCTGATTGGTACTACATCAGAGCTGCATCTA
TGGCAAGGAAGGTATACCTGAGGGGAGGTCTTGGCGTTGGTGCTTTCCGTAGAATTTACG
GTGGAAGCAAAAGAAACGGCAGTCGCCCACCACATTTTTGCAAAAGCAGCGGTGGCGTTG
CACGTCACATTCTCCAGCAGTTGGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGACACCAAAGGAG
GAAGAAGAATCACTTCCAGTGGTCAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGGACGTATTGCAG
CTGAAATTTGAAGATTTGAATCTTGTTTTTTTT*AGTTCTTCTACTGCTTTTGAAACCAA
TGTCCTGTTTTTAGTCCTTTTATCTTTTACTCTCAAGAACCATTATCAATATCATTGCTG
AAGACTTGCTCTCATAATGTTCAGAACTTGTTCATCCTT

QA 3 641 3 641
DS 

RD RR3F561TF 641 0 0
GG
GAGAGTGGCGGAGAGAGTTTATTCAGCTGAACCCTCCCTCCTGTTGTTGAACAATAGTCA
TGGCGACAGGTAAAACAGTGAAAGATGTCTCTCCTCATGACTTCGTCAAGGCGTACGCTT
CTCATCTCAAGCGATCTGGCAAGATCGAGCTTCCCCCATGGACAGACATTGTGAGGACTG
GTAAGCTGAAGGAGCTTGCCCCTTATGATCCTGATTGGTACTACATCAGAGCTGCATCTA
TGGCAAGGAAGGTATACCTGAGGGGAGGTCTTGGCGTTGGTGCTTTCCGTAGAATCTACG
GTGGAAGCAAAAGAAACGGCAGTCGCCCACCACATTTCTGCAAAAGCAGCGGTGGCGTTG
CACGTCACATTCTCCAGCAGTTGGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGACACCAAAGGAG
GAAGAAGAATCACTTCCAGTGGTCAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGGACGTATTGCAG
CTGAAATTTGAAGATCTGAATCTTGTTTTTTTT*AGTTCTTCTACTGCTTTTGAAACCAA
TGTCCTGTTTTTAGTCCTTTTATCTTTTACTCTCAAGAACCATTATCAATATCATTGCTG
AAGACTTGCTCTCATAATGTTCAGAACTTGTTCATCCTT

QA 3 641 3 641
DS 

RD RR3B445TF 657 0 0
GGAGTCCTTGCGAGAGTGGCGGAGAGAGTTTATTCAGCTGAACCCTCCCTCCTGTTGTTG
AACAATAGCCATGGCGACAGGTAAGACAGTGAAAGATGTCTCCCCTCATGACTTCGTCAA
GGCGTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGGCAAGATCGAGCTTCCCCCATGGACAGACAT
TGTGAAGACTGGTAAGCTGAAGGAGCTTGCCCCTTATGATCCTGATTGGTACTACATCAG
AGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATACCTGAGGGGAGGTCTTGGCGTTGGTGCTTTCCG
TAGAATCTACGGTGGAAGCAAAAGAAACGGCAGTCGCCCACCACATTTCTGCAAAAGCAG
CGGTGGCGTTGCACGTCACATTCTCCAGCAGTTGGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGA
CACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCCAGTGGTCAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGG
ACGTATTGCAGCTGAAATTTGAAGATCTGAATCTTGTTTTTTTT*AGTTCTTCTACTGCT
TTTGAAACCAATGTCCTGTTTTTAGTCCTTTTATCTTTTACTCTCAAGAACCATTATCAA
TATCATTGCTGAAGACTTGCTCTCATAATGTTCAGAACTTGTTCATCCTT
TAAAAGG

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 8

CO CL521Contig1 1138 8 15 U
GGCCGAAACCCCTTTCCCTAAAACCCTAAAATCGACACACCACAAACGAAACGAGTTCCT
TCGTAGCCTCTCTCTCTCCCTCTCGACGAATCAA*GATGTTGCGCAGGAACGTTAGGTTG
AGAAAGGAGTATCTCTACAGGAAGAACTTGGAAGGTGATGAGCGTGAGCTCTACGAGAAG
AAGCGCAAGATAAGAGAAGCCCTTCAAGAAGGGAAGCCGATTCCTACTGAGCTCCGTAAC
GAGGAGGCCAAGCTTCGACAGGAGATTGATCTCGAAGATCAGAACACTGCCGTACCGCGG
AGTCATATAGATGATGAATACGCAAATGCAACTGAGAAAGAACCCAAGATTTTGTTGACT
ACGTCTAGGGATCCAAGTGCTCCTCTTACCCGATTCGTCAAGGAATTGAACAATGTATTT
CCTAACGCCAGTAGACTGAATCGTGGTAGTCAGGTTATTTCTGAGATTATTGAAACGGCT
CGTTCTCATGATTTTACTGATGTGATATTTGTTTCTGAGAACCGTGGTAAGCCTGACGGT
CTTATTATCTCTCATCTCCCGTTCGGTCCAACTGCCTACTTTCAGTTACTTAATGTGGTA
ACAAGACATGAGATTCAAACCAAGAAAGAAATGGG*AAAAATGTCTGAGCAATATCCTCA
TCTCATTTTTGAACGCTTTACAACCCAGATGGGTAAAAGAGTAATGAACATCTTAAAACA
CATCTTCCCAGTTCCTAAACTTGATGCAAAACGCATAGTTACTTTTTCTAATGAATCTGA
TTACATTTCATTCAGGAATCATGTGTATGATAAAGGAGAAGGAGGCCCGAAATCGATTGA
GCTAAAAGAAATTGGTCCTCGGTTTGAGTTGCGGCTCTACCAGGTGAAATTAGGAACATT
GGAACAAGATGAGGCAGAGGTCGAATGGGTTCTGAGACCGTACATGAACACTGCTAAAAA
A*CGCCAGTTTCTCGGTGAATGATGATAATATGCTAAAACGCCAGCTATTTTCGAATTCT
GTTTTACCTTTTGATTTTGTTGAAGGAGCTGTTCAGACCTTTATGTGACGCAGAATATTT
CGAAAAACTTTTATGATCTAAAATTAGCATTATAGATTTGCTGTTACCCTTTTTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 5 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 15 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 45 45 20 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 20 45 
45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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BS 81 579 RR3AM71TF
BS 580 580 RR3B427TF
BS 581 616 RR3AM71TF
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BS 618 795 RR3AM71TF
BS 796 796 RR3FZ52JQ
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GGGT
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DS 

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DS 

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DS 

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TTCATTCAG*AATCATGTGTATGA

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GGAAA
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CCCAGTTCCTAAACTTGATGCAAA*CGCATAGTTACTTTTTCTAATGAATCTGAT
ACA

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DS 

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GA
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DS 

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DS 

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TGATTTTACTGATGTGATATTTGTTTCTGAGAACCGTGGTAAGCCTGACGGTCTTATTAT
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TTTTATGATCTAAAATTAGCATTATAGATTTGCTGTTACCCTTTTTTGTG

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 8

CO CL522Contig1 960 8 6 U
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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 20 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 
35 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED72TF U 12
AF RR3G083TF U 1
AF RR3GO12TF U 1
AF RR3F122TF U 110
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ATTCCGGTTAGCGGATTTCTCTTCCCTAGGAGATTTTGGAGTGTTTCAATCTCAATTTCA
AAGTGAATCTTAATGTTTAATCTTTCTTTGATTTGGGGTTGATTAATAATCTATCTATCT
ATTTTCACCTTTTCCTCTGGTTCTTAGTTTTTAAATCCCGTTTGATAATGAGAAAGGATT
GTTTTTTCTCTGGTTATTCTTGGGGTCGGAATTTGAAAAGAATCAATCTTTGTCTTTTGA
TAAAATTGGTCGGTTGGCCTTTGGACAGAGTATCTAATCAGATCTGGTCCTCGAGTTATT
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GTTTCAACGAAGTCTCTTTCCAGAACTGTTCCCAGAAGCTTATCACTATTTTACACATCT
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GGAAAG

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TCTCAATTTCAAAGTGAATCTTAATGTTTAATCTTTCTTTGATTTGGGGTTGATTAATAA
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TCTCAATTTCAAAGTGAATCTTAATGTTTAATCTTTCTTTGATTTGGGGTTGATTAATAA
TCTATCTATCTATTTTCACCTTTTCCTCTGGTTCTTAGTTTTTAAATCCCGTTTGATAAT
GAGAAAGGATTGTTTTTTCTCTGGTTATTCTTGGGGTCGGAATTTGAAAAGAATCAATCT
TTGTCTTTTGATAAAATTGGTCGGTTGGCCTTTGGACAGAGTATCTAATCAGATCTGGTC
CTCGAGTTATTTGATTTATCTAGGGAACTTTGGAGGACTCAGTAGAGTTGAAGCTTTTCA
TATAGGAAAGTGTTTCAACGAAGTCTCTTTCCAGAACTGTTCCCAGAAGCTTATCACTAT
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TAGTCGGAGAAGAAGAGCAGTGCAATTTTC

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TTGGTTAATAATCTATCTATCTATTTTCACCTTTTCCTCTGGTTCTTAGTTTTTAAATCC
CGTTTGATAATGAGAAAGGATTGTTTTTTCTCTGGTTATTCTTGGGGTCGGAATTTGAAA
AGAATCAATCTTTGTCTTTTGATAAAATTGGTCGGTTGGCCTTTGGACAGAGTATCTAAT
CAGATCTGGTCCTCGAGTTATTTGATTTAGCTAGGGAACTTTGGAGGACTCAGTAGAGTT
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CTTATCACTATTTTACACATCTGGAGAAAAACATGAAATTTCTTATTATCTACGGTTATT
GGAAGGGGAAGGTTATAC**GTGGAAAGCCGGTGAATCATTGCCATGTCTTGGAGATTTG
TTCTCTGCTTCTAGTCGGAGAAGAAGAGCAGTGCAATTTTCTGGCAACCCCCAAA

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TTTAAATCCCGTTTGATAATGAGAAAGGATTGTTTTTTCTCTGGTTATTCTTGGGGTCGG
AATTTGAAAAGAATCAATCTTTGTCTTTTGATAAAATTGGTCGGTTGGCCTTTGGACAGA
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TCCCAGAAGCTTATCACTATTTTACACATCTGGAGAAAAACATGAAATTTCTTATTATCT
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TAATTGGGTTGTTTATAAAATTCCACTAGTATTTTCGTTTGGGCTTATGACCCAAAAGTT
TTAATGAAAAGCAGTTG
GC

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DS 

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CCGTTTGATAATGAGAAAGGATTGTTTTTTCTCTGGTTATTCTTGGGGTCGGAATTTGAA
AAGAATCAATCTTTGTCTTTTGATAAAATTGGTCGGTTGGCCTTTGGACAGAGTATCTAA
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GGCTCTTCTCAACTGAACGTTAGTGTGACACGTGGAAAGGCATGCATAGTCAAAATCAGG
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AAGCAGTTG
AC

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CCATGTCTTGGAGATTTGTTTTCTGCTTTTAGTCGGAGAAGAAGAGCAGTGCAATTTTTT
GGCAACCCCCAAAAGGTGGCTCTTTTCAACTGAACGTTAGTGTGACACGTGGAAAGGCAT
GCATAGTCAAAATCAGGATACGTGTATCAATCTTTATTTGAATGTTGTTGGGTTTGGGTG
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CCAAAAG
CTTT

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GAAATTTCTTATTATCTACGGTTATTGGAAGGGGAAGGTTATACAAGTGGAAAGCCGGTG
AATCATTGCCATGTCTTGGAGATTTGTTCTCTGCTTCTAGTCGGAGAAGAAGGGCAGTGC
AATTTTCTGGCAACCCCCAAAAGGTGGCTCCTCTCAACTGAACGTTAGTGTGACACGTGG
AAAGGCATGCATAGTCAAAATCAGGATACGTGTATCAATCTTTATCTGAATGTTGTTGGG
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CTTATGACCCAAAAGCTTTAATGAAAAGCAGTTGACAAAAAAAAATATTATTGGTTACAC
AGTTTTTGATAAAATTAAAAGGTACATTGATATATAG

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 4

CO CL523Contig1 938 4 20 U
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GGGAGATCCAATTTGACGGGAGAAGAAGAAGAAGCATGGACACTTTTACGGCGGAGGATC
TGTCGACGATCGGCGGAATCGCCACCGTGTCGCTCCTTCACTCGTTTATTCCGACGCATT
GGTTACCTTTCTCAATCGTTGGACGCGCGCAGAAATGGACGCTTTCCAGAACACTCTTAG
TCACTGCATTCGGAGCAGTCCTGCATGTTATCTCCACTTCTCTTCTCGGTATAACAGCGA
TCACAATGGCGAATACCATCGCCGGTGAAGAAACTGTTCACAAGCTTGCTTCTCTTTTGC
TTGTAATCCTCGGTGGAAGCTATGTCGTATTGTTTTTGGCTGGTAAAGGTGGTCACACTC
ATTCTCATAACAAACCCATGGAGAAGATGGCTGTTGCTGGGCTTGTTCTCGTTCCTGCAT
TATCTCCATGTGCAACAACTCTCCCTGTTTTCCTCGCTGTTGGAAATTCTAAGCCCATGA
TGGTTCTCGCCATCATAGTTCTGCTGATAAGCACCATATTGGTGATGACATCTCTGGTGG
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TACTGGTTGGTTCGGTTCTGTGTCTGGTAGGTATCTTAACCCTTCTCTTCCATGATCATG
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GGGTGTATGTCTATAACTAGTTGTAACGCTCTCTGTTTCCGCGTGAAAAAAACATATTGC
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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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G
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DS 

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CACCATTGTGAATGC

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DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

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CC
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DS 

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G
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ATCATCAGATGAAGGAGATTTGATTCTAGGTGAAATGGCTTCGTCTAATGCATCCCAAAA
GGTTTTGCCATCAACATCTCTCACAAGAACAATCTGCAATGACTTCTCTGCTTGATCTTG
AAAGATTGAACTAAAGAGTGATGAATCTCTTTGAATCTCATCAGCAGACTTCCCTTTCCA
AGCGCTTAGCCCGCTCAAGATAGATTCATCGACATACAAACCCGCAGCATAGACTTCGAC
ACCAATGATAGCAAACTTCTTCTCCCTAAACCCAGTGCCGAGCAAGGAGAGCGTGGTAGA
ACAACCGGGCAATGTCACTGATCTCTGAAACTTCACATTTGTAGCCGGCTCTTCCACGTT
CTCATCTGCATTTCCAACTGAAGAAGCTGCGGATTTGACGACCAAGCGTGAAGTTTCAAC
AGAATGTCGCTTTC

QA 3 796 3 796
DS 

RD RR3AE22TF 792 0 0
GC
ACCCTCCAGAAGAAACAGAAATAAGCATTTTAGAAGGATTGATCCAAGTCAAGAGAATGA
CACTTCCTTTGTTGAGAGGTCTGTTTTGGAAGATCCCTTGGAATGTAGAGAGAGCGGTTT
TATCATCAGATGAAGGAGATTTGATTCTAGGTGAAATGGCTTCGTCTAATGCATCCCAGA
AGGTTTTGCCATCAACATCTCTCACAAGAACAATCTGCAATGACTTCTCTGCTTGATCTT
GAAAGATTGAACTAAAGAGTGATGAATCTCTTTGAATCTCATCAGCAGACTTCCCTTTCC
AAGCGCTTAGCCCGCTCAAGATAGATTCATCGACATACAAACCCGCAGCATAGACTTCGA
CACCAATGATAGCAAACTTCTTCTCCCTAAACCCAGTGCCGAGCAAGGAGAGCGTGGTAG
AACAACCGGGCAATGTCACTGATCTCTGAAACTTCACATTTGTAGCCGGCTCTTCCACGT
TCTCATCTGCATTTCCAACTGAAGAAGCTGCGGATTTGACGACCAAGCGTGAAGTTTCAA
CAGAATGTCGCTTTCTAGGGTGGATGGAGAGAGAAGAAACGCAATTCACAGTTGGAATCA
CTGAAACTCGATTCGGGGATTGGTGTTTGGATCCAGCATTAACTCTGTTCAGACGGGTAG
TTCGCGGAGAGACACCACGGATTACAGATGGAAATGCCGTAAGAACAAGTCCGTCCATGT
TCGAATCTCCGGCGATGAATCCTAGAAGTGTGTTTGATCTTTAGAACAAGAGTTTTAATT
GACTCTGCCC

QA 3 792 3 792
DS 

RD RR3EA88TF 516 0 0
AATCTCATCAGCAGACTTCCCTTTCCAAGCGCTTAGCCCGCTCAAGATAGATTCATCGAC
ATACAAACCCGCAGCATAGACTTTGACACCAATGATAGCAAACTTCTTCTCCCTAAACCC
AGTGCCGAGCAAGGAGAGCGTGGTAGAACAACCAGGCAATGTCACTGATCTCTGAAACTT
CACATTTGTAGCCGGCTCTTCCACGTTCTCATCTGCATTTCCAACTGAAGAAGCTGCGGA
TTTGACGACCAAGCGTGAAGTTTCAACAGAATGTCGCTTTCCAGGGTGGATGGAGAGAGA
AGAAACGCAATTCACAGTTGGAATCACTGAAACTCGATTCGGGGATTGGTGTTTGGATCC
AGCATTAACTCTGTTCAGACGGGTAGTTCGCGGAGAGACACCACGGATTACAGATGGAAA
TGCCGTAAGAACAAGTCCGTCCATGTTCGAATCTCCGGCGATGAATCCTAGAAGTGTGTT
TGATCTTTAGAACAAGAGTTTTAATTGACTCTGCCC

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR3A581TF 695 0 0
TGTTGAGAGGTCTGTTTTGGAAGATCCCCTGGAATGTAGAGAGAGCGGTTTTATCATCAG
ATGAAGGAGATTTGATTCTAGGTGAAATGGCTTCGTCTAATGCATCCCAGAAGGTTTTGC
CATCAACATCTCTCACAAGAACAATCTGCAATGACTTCTCTGCTTGATCTTGAAAGATTG
AACTAAAGAGTGATGAATCTCTTTGAATCTCATCAGCAGACTTCCCTTTCCAAGCGCTTA
GCCCGCTCAAGATAGATTCATCGACATACAAACCCGCAGCATAGACTTTGACACCAATGA
TAGCAAACTTCTTCTCCCTAAACCCAGTGCCGAGCAAGGAGAGCGTGGTAGAACAACCAG
GCAATGTCACTGATCTCTGAAACTTCACATTTGTAGCCGGCTCTTCCACGTTCTCATCTG
CATTTCCAACTGAAGAAGCTGCGGATTTGACGACCAAGCGTGAAGTTTCAACAGAATGTC
GCTTTCTAGGGTGGATGGAGAGAGAAGAAACGCAATTCACAGTTGGAATCACTGAAACTC
GATTCGGGGATTGGTGTTTGGATCCAGCATTAACTCTGTTCAGACGGGTAGTTCGCGGAG
AGACACCACGGATTACAGATGGAAATGCCGTAAGAACAAGTCCGTCCATGTTCGAATCTC
CGGCGATGAATCCTAGAAGTGTGTTTGATCTTT
CC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 9

CO CL525Contig1 662 9 6 U
GGAAACTATCAACATAGAAAGCCAAAATGACAGAACTCAAATGGATATGCCTTTGCTTCT
CACTAACACTGTTGCTCAGCTTAGCAGTTGGATCCCATAACACAGTCTCTCAGAAATGGT
CTGTTGGAAACCACTTTGTTTACGATGGAGGCTTTTGTCTTCCCGGACTCTGCATTAGAG
GAGCCGGTGGTAGCAGAGTCAATTTTGGCCGTGGTGGTCGCGGAAGAATGCGATACAATG
GTGGCAGGGACAGGACTGGTATCAGAGAGACCATGTACTGCAAACCGCTGACTTGCTGGT
CTGGCTCATGTGATGCACTCCATTTGCATTTAGACAAAGGGCTGTACAAATCTCTCGTAG
CAGCAAAACAACCATCAACTGTTGATTACAAGATCCCCGAGACGTTCAAACACAATAATG
TCAACGATAATTATGAAGTGCAAGAGGCTGCAATGACACCACAATCTAACTAGCTAATGA
AGTTTTTGGTCTTTTGTCGTTTGAATTTGTAATAATTAACATAATTAATCTCAATAAGTC
TCATCAGACCGAGATGTTGTTATCAAAAGAACATTAGTGGAATATTTCACTCGTGTAAAC
AGAGAAATAATAAACTAGTAGAATAACAAATTTTACTTATCTAAGTTTTATTTATTTAAT
TA


BQ
40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 20 20 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3G604TF U 1
AF RR3G604JQ C 1
AF RR3BA69JQ C 1
AF RR3BA69TF U 1
AF RR3FN17JQ C 1
AF RR3FN17TF U 1
AF RR3AJ23TF U 244
AF RR3CV64TF U 6
AF RR3CH61TF U 5
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CTGGCTCATGTGATGCACTCCATTTGCATTTAGACAAAGGGCTGTACAAATCTCTCGTAG
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AGTTTTTGGTCTTTTGTCGTTTGAATTTGTAATAATTAACATAATTAATCTCAATAAGTC
TCATCAGACCGAGATGTTGTTATCAAAAGAACATTAGTGGAATATTTCACTCGTG
CA

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3G604JQ 596 0 0
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GAGCCGGTGGTAGCAGAGTCAATTTTGGCCGTGGTGGTCGCGGAAGAATGCGATACAATG
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CTGGCTCATGTGATGCACTCCATTTGCATTTAGACAAAGGGCTGTACAAATCTCTCGTAG
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TCAACGATAATTATGAAGTGCAAGAGGCTGCAATGATACCACAATCTAACTAGCTAATGA
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TCATCAGACCGAGATGTTGTTATCAAAAGAACATTAGTGGAATATTTCACTCGTG
C

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3BA69JQ 628 0 0
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CTGTTGGAAACCACTTTGTTTACGATGGAGGCTTTTGTCTTCCCGGACTCTGCATTAGAG
GAGCCGGTGGTAGCAGAGTCAATTTTGGCCGTGGTGGTCGCGGAAGAATGCGATACAATG
GTGGCAGGGACAGGACTGGTATCAGAGAGACCATGTACTGCAAACCGCTGACTTGCTGGT
CTGGCTCATGTGATGCACTCCATTTGCATTTAGACAAAGGGCTGTACAAATCTCTCGTAG
CAGCAAAACAACCATCAACTGTTGATTACAAGATCCCCGAGACGTTCAAACACAATAATG
TCAACGATAATTATGAAGTGCAAGAGGCTGCAATGACACCACAATCTAACTAGCTAATGA
AGTTTTTGGTCTTTTGTCGTTTGAATTTGTAATAATTAACATAATTAATCTCAATAAGTC
TCATCAGACCGAGATGTTGTTATCAAAAGAACATTAGTGGAATATTTCACTCGTGTAAAC
AGAGAAATAATAAACTAGTAGAATAAC
T

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3BA69TF 628 0 0
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CACTAACACTGTTGCTCAGCTTAGCAGTTGGATCCCATAACACAGTCTCTCAGAAATGGT
CTGTTGGAAACCACTTTGTTTACGATGGAGGCTTTTGTCTTCCCGGACTCTGCATTAGAG
GAGCCGGTGGTAGCAGAGTCAATTTTGGCCGTGGTGGTCGCGGAAGAATGCGATACAATG
GTGGCAGGGACAGGACTGGTATCAGAGAGACCATGTACTGCAAACCGCTGACTTGCTGGT
CTGGCTCATGTGATGCACTCCATTTGCATTTAGACAAAGGGCTGTACAAATCTCTCGTAG
CAGCAAAACAACCATCAACTGTTGATTACAAGATCCCCGAGACGTTCAAACACAATAATG
TCAACGATAATTATGAAGTGCAAGAGGCTGCAATGACACCACAATCTAACTAGCTAATGA
AGTTTTTGGTCTTTTGTCGTTTGAATTTGTAATAATTAACATAATTAATCTCAATAAGTC
TCATCAGACCGAGATGTTGTTATCAAAAGAACATTAGTGGAATATTTCACTCGTGTAAAC
AGAGAAATAATAAACTAGTAGAATAAC
T

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3FN17JQ 638 0 0
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CACTAACACTGTTGCTCAGCTTAGCAGTTGGATCCCATAACACAGTCTCTCAGAAATGGT
CTGTTGGAAACCACTTTGGTTACGATGGAGGCTTTTGTCTTCCCGGACTTTGCATTAGAG
GGT**GGTGGTAGCAGAGTCAATTTTGGCCGTGGTGGTCGCGGAAGAATGCGATACAATG
GTGGCAGGGACAGGACTGGTATCAGAGAGACCATGTACTGCAAACCGCTGACTTGCTGGT
CTGGCTCATGTGATGCACTCCATTTGCATTTAGACAAAGGGCTGTACAAATCTCTCGTAG
CAGCAAAACAACCATCAACTGTTGATTACAAGATCCCCGAGACGTTCAAACACAATAATG
TCAACGATAATTATGAAGTGCAAGAGGCTGCAATGACACCACAATCTAACTAGCTAATGA
AGTTTTTAGTCTTTTGTCGTTTGAATTTGTAATAATTAACATAATTAATCTCAATAAGTC
TCATCAGACCGAGATGTTGTTATCACAAGAACATTAGTGGAATATTTCACTCGTGTAAAC
AGAGAAATAATAAACTAGTAGAATAACAAATTTTACTT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3FN17TF 638 0 0
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CACTAACACTGTTGCTCAGCTTAGCAGTTGGATCCCATAACACAGTCTCTCAGAAATGGT
CTGTTGGAAACCACTTTGGTTACGATGGAGGCTTTTGTCTTCCCGGACTCTGCATTAGAG
GGT**GGTGGTAGCAGAGTCAATTTTGGCCGTGGTGGTCGCGGAAGAATGCGATACAATG
GTGGCAGGGACAGGACTGGTATCAGAGAGACCATGTACTGCAAACCGCTGACTTGCTGGT
CTGGCTCATGTGATGCACTCCATTTGCATTTAGACAAAGGGCTGTACAAATCTCTCGTAG
CAGCAAAACAACCATCAACTGTTGATTACAAGATCCCCGAGACGTTCAAACACAATAATG
TCAACGATAATTATGAAGTGCAAGAGGCTGCAATGACACCACAATCTAACTAGCTAATGA
AGTTTTTAGTCTTTTGTCGTTTGAATTTGTAATAATTAACATAATTAATCTCAATAAGTC
TCATCAGACCGAGATGTTGTTATCACAAGAACATTAGTGGAATATTTCACTCGTGTAAAC
AGAGAAATAATAAACTAGTAGAATAACAAATTTTACTT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3AJ23TF 410 0 0
GCAGGGACAGGACTGGTATCAGAGAGACCATGTACTGCAAACCGCTGACTTGCTGGTCTG
GCTCATGTGATGCACTCCATTTGCATTTAGACAAAGGGCTGTACAAATCTCTCGTAGCAG
CAAAACAACCATCAACTGTTGATTACAAGATCCCCGAGACGTTCAAACACAATAATGTCA
ACGATAATTATGAAGTGCAAGAGGCTGCAATGACACCACAATCTAACTAGCTAATGAAGT
TTTTAGTCTTTTGTCGTTTGAATTTGTAATAATTAACATAATTAATCTCAATAAGTCTCA
TCAGACCGAGATGTTGTTATCACAAGAACATTAGTGGAATATTTCACTCGTGTAAACAGA
GAAATAATAAACTAGTAGAATAACAAATTTTACTTATCTAAGTTTTATTT

QA 1 410 1 410
DS 

RD RR3CV64TF 633 0 0
GG
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AAACCACTTTGTTTACGATGGAGGCTTTTGTCTTCCCGGACTCTGCATTAGAGGAGCCGG
TGGTAGCAGAGTCAATTTTGGCCGTGGTGGTCGCGGAAGAATGCGATACAATGGTGGCAG
GGACAGGACTGGTATCAGAGAGACCATGTACTGCAAACCGCTGACTTGCTGGTCTGGCTC
ATGTGATGCACTCCATTTGCATTTAGACAAAGGGCTGTACAAATCTCTCGTAGCAGCAAA
ACAACCATCAACTGTTGATTACAAGATCCCCGAGACGTTCAAACACAATAATGTCAACGA
TAATTATGAAGTGCAAGAGGCTGCAATGACACCACAATCTAACTAGCTAATGAAGTTTTT
GGTCTTTTGTCGTTTGAATTTGTAATAATTAACATAATTAATCTCAATAAGTCTCATCAG
ACCGAGATGTTGTTATCAAAAGAACATTAGTGGAATATTTCACTCGTGTAAACAGAGAAA
TAATAAACTAGTAGAATAACAAATTTTACTT

QA 3 633 3 633
DS 

RD RR3CH61TF 658 0 0
GGG
ATCAACATAGAAAGCCAAAATGACAGAACTCAAATGGATATGCCTTTGCTTCTCACTAAC
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AAACCACTTTGGTTACGATGGAGGCTTTTGTCTTCCCGGACTCTGCATTAGAGGAGCCGG
TGGTAGCAGAGTCAATTTTGGCCGTGGTGGTCGCGGAAGAATGCGATACAATGGTGGCAG
GGACAGGACTGGTATCAGAGAGACCATGTACTGCAAACCGCTGACTTGCTGGTCTGGCTC
ATGTGATGCACTCCATTTGCATTTAGACAAAGGGCTGTACAAATCTCTCGTAGCAGCAAA
ACAACCATCAACTGTTGATTACAAGATCCCCGAGACGTTCAAACACAATAATGTCAACGA
TAATTATGAAGTGCAAGAGGCTGCAATGACACCACAATCTAACTAGCTAATGAAGTTTTT
AGTCTTTTGTCGTTTGAATTTGTAATAATTAACATAATTAATCTCAATAAGTCTCATCAG
ACCGAGATGTTGTTATCACAAGAACATTAGTGGAATATTTCACTCGTGTAAACAGAGAAA
TAATAAACTAGTAGAATAACAAATTTTACTTATCTAAGTTTTATTTATTTAATTA

QA 4 658 4 658
DS 



AS 2 9

CO CL526Contig1 927 6 16 U
GTAAAACCAATACAAATGATTAGATTTTAATATGGATTTCAAAATTATAGAAACAAAAAC
ACTCAATTTGGTTTAGATCTTCAAATCCATTAAAATACATAAACCAATAACACCCCTAAA
GCA**********CAACCAAAGTGTTACTTTACTAGGACACCAACCAAACTTAAACGACT
CTCTATGCATATCATCATATCAGAATTGGGATAAAGGCATTGTCTTTGTGTCGTCTAGAA
TCCAATAGAAGACAGAAGGTTCCCGGAACCGAGCCTTCTCTTACGCAGACGCTCTGCGAT
GATGAAGGCAAGCTCCAGAGACTGAGAAGCGTTGAGCCTCGGGTCACAGTGTGTATGGTA
ACGTGAGCTCAGATCGTTGTAAGTGATGGTGCGTGACCCTCCAACGCATTCCGTCACGTT
TTGACCCGTCATCTCTAGATGAACCCCACCAGGGAAGCTACCTTCTTGATCATGCACGTC
GAAGAACGCTCTCAACTCCGCCCTGATTGCATCGAAAGAACGAGTCTTTAGCCCACTTGG
AGCCATGATGGTGTTCCCGTGCATTGGATCACTAACCCAAGTCACAATCTGACCAGCTCC
ACGTACTGCCCTGATCAAATGAGGAAGCTTCACCCTCATATTCTCAGCTCCCATTCTCAC
TATAACCGTTATCCTTCCAGGCTTGTTCTGTGGGTTTAGTATCTCTATCAGCTTCACCAG
TTCACTTGGAACCATCTTATCACTCACCTTGATTCCAAGGGGGTTAGCGATTCCCCTCAA
GAACTCAACATGAGCACCATCGAGTTGGCGAGTTCGTTCCCCAACCCAAACCATGTGCGC
AGAGCAGTCATAGTAAAGTCCAGACGTTGAGTCTTCTCTCGTGAGTGCTTGCTCATAAGG
CAGCAGCAAGCACTCATGGGATGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C408JQ U 1
AF RR3F565JQ U 22
AF RR3A768JQ U 22
AF RR3EW13JQ U 61
AF RR3CO69JQ U 70
AF RR3EW13TF C 166
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BS 249 319 RR3C408JQ
BS 320 320 RR3A768JQ
BS 321 357 RR3C408JQ
BS 358 358 RR3A768JQ
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BS 485 754 RR3C408JQ
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BS 871 887 RR3CO69JQ
BS 888 927 RR3EW13TF

RD RR3C408JQ 754 0 0
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GCA**********CAACCAAAGTGTTACTTTACTAGGACACCAACCAAACTTAAACGACT
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GATGAAGGCAAGCTCCAGAAACTGAGAAGCGTTGAGCCTCGGGTCACAGTGTGTATGATA
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TTGACCCGTCATCTCTAGATGAACCCCACCAGGGAAGCTACCTTCTTGATCATGCACGTC
GAAAAACGCTCTCAACTCCGCCCTGATTGCATCGAAAGAACGAGTCTTTAGCCCACTTGG
AGCCATGATGGTGTTCCCGTGCATTGGATCACTAACCCAAGTCACAATCTGACCAGCTCC
ACGTACTGCCCTGATCAAATGAGGAAGCTTCACCCTCATATTCTCAGCTCCCATTCTCAC
TATAACCGTTATCCTTCCAGGCTTGTTCTGTGGGTTTAGTATCTCTATCAGCTTCACCAG
TTCACTTGGAACCATCTTATCACTCACCTTGATT

QA 1 754 1 754
DS 

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C
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GTGATGGTGCGTGACCCTCCAACGCATTCCGTCACGTTTTGACCCGTCATCTCTAGATGA
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CTCACCTTGATTCCAAGGGGGTTCGCGATTCCCCTCAAGAACTCAACATGAGCACCGTCG
AGTTGGCGA

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DS 

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A
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AAATCCATTAAAATACATAAACCAATAACACCCCTAAAGCA**********CAACCAAAG
TGTTACTTTACTAGGACACCAACCAAACTTAAACGACTCTCTATGCATATCATCATATCA
GAATTGGGATAAAGGCATTGTCTTTGTGTCGTCTAGAATCCAATAGAAGACAGAAGGTTC
CCGGAACCGAGCCTTCTCTTACGCAGACGCTCTGCGATGATGAAGGCAAGCTCCAGAGAC
TGAGAAGCGTTGAGCCTCGGGTCACAGTGTGTATGGTAACGTGAGCTCAGATCGTTGTAA
GTGATGGTGCGTGACCCTCCAACGCATTCCGTCACGTTTTGACCCGTCATCTCTAGATGA
ACCCCACCAGGGAAGCTACCTTCTTGATCATGCACGTCGAAGAACGCTCTCAACTCCGCC
CTGATTGCATCGAAAGAACGAGTCTTTAGCCCACTTGGAGCCATGATGGTGTTCCCGTGC
ATTGGATCACTAACCCAAGTCACAATCTGACCAGCTCCACGTACTGCCCTGATCAAATGA
GGAAGCTTCACCCTCATATTCTCAGCTCCCATTCTCACTATAACCGTTATCCTTCCAGGC
TTGTTCTGTGGGTTTAGTATCTCTATCAGCTTCACCAGTTCACTTGGAACCATCTTATCA
CTCACCTTGATTCCAAGGGGGTTCGCGATTCCCCTCAAGAACTCAACATGAGCACCGTCG
AGTTGGCGAGTTCGTTCCCCAACCCAAACCATGTGCGCAGAGCAGTCATAGTAAAGTCCA
GACGTTGA

QA 2 849 2 849
DS 

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CTCTATGCACATCATCATATCAGAATTGGGATAAAGGCATTGCCTTTGCGTCGTCTAGAA
TCCAATAGAAGACAGAAGGTTCCCGGAACCGAGCCTTCTCTTACGCAGACGCTCTGCGAT
GATGAAGGCAAGCTCCAGAGACTGAGAAGCGTTGAGCCTCGGGTCACAGTGTGTATGGTA
ACGTGAGCTCAGATCGTTGTAAGTGATGGTGCGTGACCCTCCAACACATTCTGTCACGTT
TTGACCCGTCATCTCTAGATGAACCCCACCAGGGAAGCTACCTTCTTGATCATGCACGTC
GAAGAACGCTCTCAACTCCGCCCTGATTGCATCGAAAGAACGAGTCTTTAGCCCACTTGG
AGCCATGATGGTGTTCCCGTGCATTGGATCACTAACCCAAGTCACAATCTGACCAGCTCC
ACGTACTGCCCTGATCAAATGAGAAAGCTTCACCCTCATATTCTCAGCTCCCATTCTCAC
*ATAACCGTTATCCTTCCAGGCTTGTTCTGTGGGTTTAGTATCTCTATCAGCTTCACCAG
TTCACTTGGAACCATCTTATCACTCACCTTGATTCCAAGGGGGTTAGCGATTCCCCTCAA
GAACTCAACATGAGCACCATCGAGTTGGCGAGTTCGTTCCCCAACCCAAACCATGTGCGC
AGAGC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3CO69JQ 818 0 0
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****CAACCAAAGTGTTACTTTACTAGGACACCAACCAAACTTAAACGACTCTCTATGCA
TATCATCATATCAGAATTGGGATAAAGACATTGTCTTTGTGTCGTCTAGAATCCAATAGA
AGGCAGAAGGTTCCCGGAACCGAGCCTTCTCTTACGCAGACGCTCTGCGATGATGAAGGC
AAGCTCCAGAGACTGAGAAGCGTTGAGCCTCGGGTCACAGTGTGTATGGTAACGTGAGCT
CAGATCGTTGTAAGTGATGGTGCGTGACCCTCCAACGCATTCCGTCACGTTTTGACCCGT
CATCTCTAGATGAACCCCACCAGGGAAACTACCTTCTTGATCATGCACGTCGAAGAACGC
TCTCAACTCCGCCCTGATTGCATCGAAAGAACGAGTCTTTAGCCCACTTGGAGCCATGAT
GGTGTTCCCGTGCATTGGATCACTAACCCAAGTCACAATCTGACCAGCTCCACGTACTGC
CCTGATCAAATGAGGAAGCTTCACCCTCATATTCTCAGCTCCCATTCTCACTATAACCGT
TATCCTTCCAGGCTTGTTCTGTGGGTTTAGTATCTCTATCAGCTTCACCAGTTCACTTGG
AACCATCTTATCACTCACCTTGATTCCAAGGGGGTTCGCGATTCCCCTCAAGAACTCAAC
ATGAGCACCGTCGAGTTGGCGAGTTCGTTCCCCAACCCAAACCATGTGCGCAGAGCAGTC
ATAGTAAAGTCCAGACGTTGAGTCTTCTCTCGTGAGTG

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DS 

RD RR3EW13TF 762 0 0
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TTGCGTCGTCTAGAATCCAATAGAAGACAGAAGGTTCCGGGA*CCGAGC*TTCTCTTACG
CAGACGCTCTGCGATGATGAAGGCAAGCTCCAGAGACTGAGAAGCGTTGAGCCTCGGGTC
ACAGTGTGTATGGTAACGTGAGCTCAGATCGTTGTAAGTGATGGTGCGTGACCCTCCAAC
ACATTCTGTCACGTTTTGACCCGTCATCTCTAGATGAACCCCACCAGGGAAGCTACCTTC
TTGATCATGCACGTCGAAGAACGCTCTCAACTCCGCCCTGATTGCATCGAAAGAACGAGT
CTTTAGCCCACTTGGAGCCATGATGGTGTTCCCGTGCATTGGATCACTAACCCAAGTCAC
AATCTGACCAGCTCCACGTACTGCCCTGATCAAATGAGAAAGCTTCACCCTCATATTCTC
AGCTCCCATTCTCAC*ATAACCGTTATCCTTCCAGGCTTGTTCTGTGGGTTTAGTATCTC
TATCAGCTTCACCAGTTCACTTGGAACCATCTTATCACTCACCTTGATTCCAAGGGGGTT
AGCGATTCCCCTCAAGAACTCAACATGAGCACCATCGAGTTGGCGAGTTCGTTCCCCAAC
CCAAACCATGTGCGCAGAGCAGTCATAGTAAAGTCCAGACGTCGAGTCTTCTCTCGTGAG
TGCTTGCTCATAAGGCAGCAGCAAGCACTCATGGGATGTCCC

QA 1 762 1 762
DS 



CO CL526Contig2 1546 3 3 U
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CTCCAAACCAGAGATGGTGACGACTCTCAACGTTTCTTCTTCTCCTCTCCCAACCAAATC
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CGCTCCACCGACCCCAAGAACTCTTCCCAATCAGCCTCCCGTCCTGCTAAATGGAGCTTG
GACAGCTGGAAATCGATGAAAGCTTTGCAGTTGCCGGAGTATCCGGACCAGAAGGATCTC
GACTCTGTTCTGGAGACGCTTTCCTCTTACCCTCCCATCGTCTTCGCCGGAGAGGCGAGG
AAACTCGAGGAGAAGCTTGGCCAAGCCGCCACGGGCCAGGCCTTTATGCTCCAAGGGGGT
GATTGCGCTGAGAGTTTCAAGGAGTTCAACGCTGATAACATTAGGGATACCTTTAGGGTT
CTTCTTCAGATGGGTGTTGTTCTCATGTTCGGTGGTCAGATGCCCGTTATAAAGGTGGGG
GAGAATGGCGGGGTCAGTTTGCGAAGCCGAGATCAGACCCGTTTGAGGAGAAAGATGGGG
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AGGATTCCTGATCCTCACAGGATGGAAAGAGCGTATACGCAATCTGTAGCTACGTTGAAT
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CTTGATTTCAGCCAACATAGTGAACAGGGCGACAGGTACCGTGAATTGGCTAATAGAGTT
GATGAGGCTTTAGGATTCATGGGTGCAGCTGGGCTTACGAACGCACACCCGATCATGACT
ACTACTGACTTTTGGACATCCCATGAGTGCTTGCTGCTGCCTTATGAGCAAGCACTCACG
AGAGAAGACTCAACGTCTGGACTTTACTATGACTGCTCTGCGCACATGGTTTGGGTTGGG
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CTTGGAATCAAGGTGAGTGATAAGATGGTTCCAAGTGAACTGGTGAAGCTGATAGAGATA
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TGGGTTAGTGATCCAATGCACGGGAACACCATCATGGCTCCAAGTGGGCTAAAGACTCGT
TCTTTCGATGCAATCAGGGCGGAGTTGAGAGCGTTCTTCGACGTGCATGATCAAGAAGTA
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TCTCAGTTTCTGGAGCTTGCTTCATCATCGCAGAGCGTCTGCGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CGCTCCACCGACCCCAAGAACTCTTCCCAATCAGCCTCCCGTCCTGCTAAATGGAGCTTG
GACAGCTGGAAATCGATGAAAGCTTTGCAGTTGCCGGAGTATCCGGACCAGAAGGATCTC
GACTCTGTTCTGGAGACGCTTTCCTCTTACCCTCCCATCGTCTTCGCCGGAGAGGCGAGG
AAACTCGAGGAGAAGCTTGGCCAAGCCGCCACGGGCCAGGCCTTTATGCTCCAAGGGGGT
GATTGCGCTGAGAGTTTCAAGGAGTTCAACGCTGATAACATTAGGGATACCTTTAGGGTT
CTTCTTCAGATGGGTGTTGTTCTCATGTTCGGTGGTCAGATGCCCGTTATAAAGGTGGGG
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CTC

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DS 

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GGAT
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AATCTTGATTTCAGCCAACATAGTGAACAGGGCGACAGGTACCGTGAATTGGCTAATAGA
GTTGATGAGGCTTTAGGATTCATGGGTGCAGCTGGGCTTACGAACGCACACCCGATCATG
ACTACTACTGACTTTTGGACATCCCATGAGTGCTTGCTGCTGCCTTATGAGCAAGCACTC
ACGAGAGAAGACTCAACGTCTGGACTTTACTATGACTGCTCTGCGCACATGGTTTGGGTT
GGGGAACGAACTCGCCAACTCGACGGTGCTCATGTTGAGTTCTTGAGGGGAATCGCGAAC
CCCCTTGGAATCAAGGTGAGTGATAAGATGGTTCCAAGTGAACTGGTGAAGCTGATAGAG
ATACTAAACCCACAGAACAAGCCTGGAAGGATAACGGTTATAGTGAGAATGGGAGCTGAG
AATATGAGGGTGAAGCTTCCTCATTTGATCAGGGCAGTACGTGGAGCTGGTCAGATTGTG
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DS 

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TGAATTGGCTAATAGAGTTGATGAGGCTTTAGGATTCATGGGTGCAGCTGGGCTTACGAA
CGCACACCCGATCATGACTACTACTGACTTTTGGACATCCCATGAGTGCTTGCTGCTGCC
TTATGAGCAAGCACTCACGAGAGAAGACTCAACTTCTGGACTTTACTATGACTGCTCTGC
GCACATGGTTTGGGTTGGGGAACGAACTCGCCAACTCGACGGTGCTCATGTTGAGTTCTT
GAGGGGAATCGCGAACCCCCTTGGAATCAAGGTGAGTGATAAGATGGTTCCAAGTGAACT
GGTGAAGCTGATAGAGATACTAAACCCACAGAACAAGCCTGGAAGGATAACGGTTATAGT
GAGAATGGGAGCTGAGAATATGAGGGTGAAGCTTCCTCATTTGATCAGGGCAGTACGTGG
AGCTGGTCAGATTGTGACTTGGGTTAGTGATCCAATGCACGGGAACACCATCATGGCTCC
AAGTGGGCTAAAGACTCGTTCTTTCGATGCAATCAGGGCGGAGTTGAGAGCGTTCTTCGA
CGTGCATGATCAAGAAGTAGCTTCCCTGGTGGGGTTCATCTAGAGATGACGGTCAAACGT
GACGGATGCGTTGGAGGTCACGCACATCACTACACGATCTGAGCTCACGTATCATACACA
CTGTGACCGAGCTCACGCTTCTCAGTTTCTGGAGCTTGCTTCATCATCGCAGAGCGTCTG
CGTAG

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 9

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GAGA**TATGGAAGGAGGAGCTGGTATCTACAATCCTCGCACTGTCGAAGAAGTTTTCAG
GGATTTCAAAGGCCGTAGAGCCGCCATTGTCAAAGCTCTCACCTCCGATGTTGCAGAGTT
TTACCAGCAATGCGATCCTGAGAAGGAGAATCTTTGCTTGTATGGGTTACCAAACGAACA
ATGGGAAGTGAACTTACCAGCAGAAGAAGTGCCTCCAGAGCTTCCAGAGCCAGCTCTAGG
CATTAACTTTGCAAGAGATGGACTCTCTGAGAAGGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTATCCA
CAGTGACACTTGGTTGCTCTCCGTCTCTTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCGACAA
ATATGAGAGGAAACGCTTGTTTGATATGATCAATGGGGTTCCTACCATATTTGAAGTAGT
CACTGGAAATATGAAAAAGCAAACTAAGGATAAGTCCTCTGCTTCAAATCGAAATGGCAA
TCTATCCAAGTCGGATTCCAAAGTGAGATCTTCAGATGGCAAAAGCTCAAAGGCCATGCA
GGCAAACAATGAGGAAGATGGATCAGAGGAAGAGGATGAGGATGAACACGGGGAAACCCT
TTGTGGTGCCTGTGGAGACAGTGATGGTACTGGTACTGATGATTTCTGGATCTGCTGTGA
CGTTTGTGAGGTATGGTTCCACGGGAAGTGTGTGAAGATAACTCCAGCTAGAGCTGAGCA
TATCAAACAGTACAAGTGCCCTGCATGTAGCAACAAAAGAGCTCGATCTTAAATGT**TC
TATTTGTAGAGAGTGTAGCCTGTAGTAAGAAACTCTTACTACCCTCATCTTTATTTGGCT
AGTTCTTAGCTCTTTCTATCCCACCATAACAACTTAGCCCCTATTTCTCATTTGAATTTG
CTGTATAATTAATTGGTTTGTTTCCAGAAACATATTTTCCAAGTCCATTAATCAAACTGC
TCATATGCAGCTAGCTTTTAAAACCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 15 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 
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45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 20 45 45 45 45 45 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

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AF RR3BD74TF U 6
AF RR3GX21TF U 6
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AF RR3E357JQ C 208
AF RR3GX21JQ C 245
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BS 829 844 RR3BD74JQ
BS 845 845 RR3E357JQ
BS 846 970 RR3BD74JQ
BS 971 987 RR3E357JQ
BS 988 1030 RR3GX21JQ
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BS 1032 1046 RR3GX21JQ
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GGAGTCC
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AAAGGCCGTAGAGCCGCCATTGTCAAAGCTCTCACCTCCGATGCTGCAGAGTTTTACCAG
CAATGCGATCCTGAGAAGGAGAATCTGTGCTTGTATGGGTTACCAAACGAACATTGGGAA
GTGAACTTACCAGCAGAAGAAGTGCCTCCGGAGCTTCCAGAGCCAGCTCTAGGCATTAAC
TTTGCAAGAGATGGACTCTCTGAGAAGGAATGGCTTTCTCTTGTGGCTATCCACAGTGAC
ACTTGGTTGCTCTCCGTCTCTTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCGACAAATATGAG
AGGAAACGCTTGTTTGATATGATCAATGGGGTTCCTACCATATTTGAAGTAGTCACTGGA
AATATGAAAAAGCAAACAAAGGATAAGTCCTCTGCTTCAAATCGAAATGGCAGTCTATCC
AAGTCGGATTCCAAAGTGAGATCTTCAGATGGCAAAAGCTCAAAGGCCAT

QA 8 597 8 597
DS 

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GGATTTCAAAGGCCGTAGAGCCGCCATTGTCAAAGCTCTCACCTCCGATGTTGCAGAGTT
TTACCAGCAATGCGATCCTGAGAAGGAGAATCTTTGCTTGTATGGGTTACCAAACGAACA
ATGGGAAGTGAACTTACCAGCAGAAGAAGTGCCTCCAGAGCTTCCAGAGCCAGCTCTAGG
CATTAACTTTGCAAGAGATGGACTCTCTGAGAAGGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTATCCA
CAGTGACACTTGGTTGCTCTCCGTCTCTTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCGACAA
ATATGAGAGGAAACGCTTGTTTGATATGATCAATGGGATTCCTACCATATTTGAAGTAGT
CACTGGAAATATGAAAAAGCAAACTAAGGATAAGTCCTCTGCTTCAAATCGAAATGGCAA
TCTATCCAAGTCGGATTCCAAAGTGAGATCTTCAGATGGCAAAAGCTCAAAGGCCATGC*
GGCAAACAATGAGGAAGATGGATCAGAGGAAGAGGATGAG*ATGAACACGGG*AAACCCT
TTGTGGTGCCTGTGGAGA

QA 1 678 1 678
DS 

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GG
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AAAGGCCGTAGAGCCGCCATTGTCAAAGCTCTCACCTCCGATGTTGCAGAGTTTTACCAG
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GTGAACTTACCAGCAGAAGAAGTGCCTCCAGAGCTTCCAGAGCCAGCTCTAGGCATTAAC
TTTGCAAGAGATGGACTCTCTGAGAAGGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTATCCACAGTGAC
ACTTGGTTGCTCTCCGTCTCTTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCGACAAATATGAG
AGGAAACGCTTGTTTGATATGATCAATGGGATTCCTACCATATTTGAAGTAGTCACTGGA
AATATGAAAAAGCAAACTAAGGATAAGTCCTCTACTTCAAATCGAAATGGCAATCTATCC
AAGTCGGATTCCAAAGTGAGATCTTCAGATGGCAAAAGCTCAAAGGCCATGCAGGCAAAC
AATGAGGAAGATGGATCAGAGGAAGAGGATGAGGATGAACACGGGGAAACCCTTTGTGGT
GCCTGTGGAGAC*GTGATGGTAATGGTACTGATGATTTCTGGATCTGCTGCGACGTTTGT
GAGGTATGGTTCCACGGGAAGTGTGTGAAGATAACTCCAGCTAGAGCTGAGCATATCAAA
CAGTA

QA 3 787 3 787
DS 

RD RR3BD74TF 823 0 0
GG
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AAAGGCCGTAGAGCCGCCATTGTCAAAGCTCTCACCTCCGATGTTGCAGAGTTTTACCTG
CAATGCGATCCTGAGAAGGAGAATCTTTGCTTGTATGGGTTACCAAACGAACAATGGGAA
GTGAACTTACCAGCAGAAGAAGTGCCTCCAGAGCTTCCAGAGCCAGCTCTAGGCATTAAC
TTTGCAAGAGATGGACTCTCTGAGAAGGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTATCCACAGTGAC
ACTTGGTTGCTCTCCGTCTCTTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCGACAAATACGAG
AGGAAACGCTTGTTTGATATGATCAATGGGGTTCCTACCATATTTGAAGTCGTCACTGGA
AATATGAAAAAGCAAACTAAGGATAAGTCCTCTGCTTCAAATCGAAATGGCAATCTATCC
AAGTCGGATTCCAAAGTGAGATCTTCAGATGGCAAAAGCTCAAAGGCCATGCAGGCAAAC
AATGAGGAAGATGGATCAGCGGAAGAGGATGAGGATGAACATGGGGAAACCCTTTGTGGT
GCCTGTGGAGAC*GTGATGGTACTGGTACTGATGATTTCTGGATCTGCTGTGACGTTTGT
GAGGTATGGTTCCACGGGAAGTGTGTGAAGATAACTCCAGCTAGAGCTGAGCATATCAA*
CAGTACAAGTGCCCTGCATGTAGCAC*AAAAGAGCTCGATC

QA 3 823 3 823
DS 

RD RR3GX21TF 812 0 0
GG
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ATGGAAGGAGGAGCTGGTATCTACAATCCTCGCACTGTCGAAGAAGTTTTCAGGGACTTC
AAAGGCCGTAGAGCCGCCATTGTCAAAGCTCTCACCTCCGATGTTGCAGAGTTTTACCAG
CAATGCGATCCTGAGAAGGAGAATCTTTGCTTGTATGGGTTACCAAACGAACAATGGGAA
GTGAACTTACCAGCAGAAGAAGTGCCTCCAGAGCTTCCAGAGCCAGCTCTAGGCATTAAC
TTTGCAAGAGATGGACTCTCTGAGAAGGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTATCCACAGTGAC
ACTTGGTTGCTCTCCGTCTCTTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCGACAAATACGAG
AGGAAACGCTTGTTTGATATGATCAATGGGGTTCCTACCATATTTGAAGTCGTCACTGGA
AATATGAAAAAGCAAACTAAGGATAAGTCCTCTGCTTCAAATCGAAATGGCAATCTATCC
AAGTCGGATTCCAAAGTGAGATCTTCAGACGGCAAAAGCTCAAAGGCCATGCAGGCAAAC
AATGAGGAAGATGGATCAGAGGAAGAGGATGAGGATGAACATGGGGAAACCCTTTGTGGT
GCCTGTGGAGACAGTGATGGTACTGGTACTGATGATTTCTGGATCTGCTGTGACGTTTGT
GAG*TATGGTTCCACGGGAAGTGTGTGAAGATA*CTCCAGCTAGAGCTGAGCATATCAA*
CAGTACA*GTGCCCTGCATGTAGCAA
AAAA

QA 3 808 3 808
DS 

RD RR3BD74JQ 780 0 0
ATGCGAT
CTGAGAAGGAGAATCTTTGCTTGTATGGGTTACCAAACGAACAATGGGAAGTGAACTTAC
CAGCAGAAGAAGTGCCTCCAGAGCTTCCAGAGCCAGCTCTAGGCATTAACTTTGCAAGAG
ATGGACTCTCTGAGAAGGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTATCCACAGTGACACTTGGTTGC
TCTCCGTCTCTTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCGACAAATACGAGAGGAAACGCT
TGTTTGATATGATCAATGGGGTTCCTACCATATTTGAAGTCGTCACTGGAAATATGAAAA
AGCAAACTAAGGATAAGTCCTCTGCTTCAAATCGAAATGGCAATCTATCCAAGTCGGATT
CCAAAGTGAGATCTTCAGATGGCAAAAGCTCAAAGGCCATGCAGGCAAACAATGAGGAAG
ATGGATCAGCGGAAGAGGATGAGGATGAACATGGGGAAACCCTTTGTGGTGCCTGTGGAG
ACGGTGATGGTACTGGTACTGATGATTTCTGGATCTGCTGTGACGTTTGTGAGGTATGGT
TCCACGGGAAGTGTGTGAAGATAACTCCAGCTAGAGCTGAGCATATCAAACAGTACAAGT
GCCCTGCATGTAGCAACAAAAGAGCTCGATCTTAAATGT**TCTATT*GTAGAGAGTGTA
GCCTGTAGTAAGAAACTCTTACTACCCTCATCTTTATTTGGCTAGTTCTTAGCTCTTTCT
ATCCCACCATAACAACTTAGCCCCTATTTCTCATTTGAATTTGCTGTATAATT

QA 8 780 8 780
DS 

RD RR3E357JQ 780 0 0
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TGAGAAGGAATGGCTTTCTCTTGTGGCTATCCACAGTGACACTTGGTTGCTCTCCGTCTC
TTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCGACAAATATGAGAGGAAACGCTTGTTTGATAT
GATCAATGGGGTTCCTACCATATTTGAAGTAGTCACTGGAAATATGAAAAAGCAAACAAA
GGATAAGTCCTCTGCTTCAAATCGAAATGGCAGTCTATCCAAGTCGGATTCCAAAGTGAG
ATCTTCAGATGGCAAAAGCTCAAAGGCCATGCAGGCAAACAATGAGGAAGATGGATCAGA
GGAAGAGGATGAGGATGAACACGGGGAAACCCTTTGTGGTGCCTGTGGAGACGGTGATGG
TACTGGTACTGATGATTTCTGGATCTGCTGTGACGTTTGTGAGGTATGGTTCCACGGGAA
GTGTGTGAAGATAACTCCAGCTAGAGCTGAGCATATCAAACAGTACAAGTGCCCTGCATG
TAGCAACAAAAGAGCTCGATCTTAAATGT**TCTATTTGTAGAGAGTGTAGCCTGTAGTA
AGAAACTCTTACTACCCTCATCTTTATTTGGCTAGTTCTTAGCTCTTTCTATCCCACCAT
AACAACTTAGCCCCTATTTCTCATTTGAATTTGCTGTATAATTAATTGGTTTGTTTCCAG

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3GX21JQ 804 0 0
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AACTTTGCAAGAGATGGACTCTCTGAGAAGGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTATCCACAGT
GACACTTGGTTGCTCTCCGTCTCTTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCGACAAATAC
GAGAGGAAACGCTTGTTTGATATGATCAATGGGGTTCCTACCATATTTGAAGTCGTCACT
GGAAATATGAAAAAGCAAACTAAGGATAAGTCCTCTGCTTCAAATCGAAATGGCAATCTA
TCCAAGTCGGATTCCAAAGTGAGATCTTCAGACGGCAAAAGCTCAAAGGCCATGCAGGCA
AACAATGAGGAAGATGGATCAGAGGAAGAGGATGAGGATGAACATGGGGAAACCCTTTGT
GGTGCCTGTGGAGACAGTGATGGTACTGGTACTGATGATTTCTGGATCTGCTGTGACGTT
TGTGAGGTATGGTTCCACGGGAAGTGTGTGAAGATAACTCCAGCTAGAGCTGAGCATATC
AAACAGTACAAGTGCCCTGCATGTAGCAACAAAAGAGCTCGATCTTAAATGT**TCTATT
T*TAGAGAGTGTAGCCTGTAGTAAGAAACTCTTACTACCCTCATCTTTATTTGGCTAGTT
CTTAGCTCTTTCTATCCCACCATAACAACTTAGCCCCTATTTCTCATTTGAATTTGCTGT
ATAATTAATTGGTTTGTTTCCAGAAACATATTTTCCAAGTCCATTAATCAAACTGCTCAT
ATGCAGTTAGCTTTTAAAACCA
TC

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3E128JQ 803 0 0
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ACACTTGGTTGCTCTCCGTCTCTTTTTACTTCGGCTCCAGATTCGCTTTCGACAAATATG
AGAGGAAACGCTTGTTTGATATGATCAATGGGATTCCTACCATATTTGAAGTAGTCACTG
GAAATATGAAAAAGCAAACTAAGGATAAGTCCTCTGCTTCAAATCGAAATGGCAATCTAT
CCAAGTCGGATTCCAAAGTGAGATCTTCAGATGGCAAAAGCTCAAAGGCCATGCAGGCAA
ACAATGAGGAAGATGGATCAGAGGAAGAGGATGAGGATGAACACGGGGAAACCCTTTGTG
GTGCCTGTGGAGACGGTGATGGTAATGGTACTGATGATTTCTGGATCTGCTGTGACGTTT
GTGAGGTATGGTTCCACGGGAAGTGTGTGAAGATAACTCCAGCTAGAGCTGAGCATATCA
AACAGTACAAGTGCCCTGCATGTAGCAACAAAAGAGCTCGATCTTAAATGTGTTCTATT*
GTAGAGAGTGTAGCCTGTGGTAAGAAACTCTTACTACCCTCATCTTTATTTGGCTAGT*C
TTAGCTCTTTCTATCC*ACCATAACAACTTAGCCTCTATTTCTCATTTGAATTTGCTGTA
TAATTAATTGGTTTGTTTCCAGAAACATATTTTCCAAGTCCATTAATCAAACTGCTCATA
TGCAGCTAGCTTTTAAAACCACC

QA 1 803 1 803
DS 



AS 2 7

CO CL528Contig1 1212 2 2 U
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TGCTCGGGGCATCATCTCTTCACATCCTCCTCCATATTATAGTAAACCAATTTGTTCATC
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CTTGAGTACTACTTCCCTTCATGCTGCTCCTAGAGGAGAAACAAGGCGTACTGGTTGTGT
ACAGTGGTGTAACCGCTCTATAAGATGTGACAAGAACTCACGGAGGCTAGTTAGTGTGAG
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TAAGTTGAGCTCAAGACTCAGAGGGATATGCTTTTGCCTCGTCGCTGGCGTTTCCGCCAT
CGTTCTCATCGTCCTGATGATTATTGGCCATCCTTTTGTACTTCTCTTTGACCGCTATAG
GAGAAAGTTCCATCACTTCGTTGCTAAACTCTGGGCTTCCATAAGCATCTACCCGTTCTA
CAAAACCGACATCCAGGGTTTGGAGAATCTGCCGTCATCGGACACTCCTTGTGTATATGT
TTCAAACCACCAGAGTTTTCTGGATATATACACGCTTCTCAGCCTTGGCCAAAGCTATAA
GTTCGTCAGCAAGACGGGGATATTCGTTATTCCTGTTATTGGTTGGGCTATGTCCATGAT
GGGCGTTGTTCCCTTGAAGCGGATGGACCCAAGAAGCCAAGTGGATTGCTTGAAACGATG
CATGGAGCTAGTGAAGAAGGGAGCATCTGTGTTTTTCTTCCCGTAAGGAACGCGGAGTAA
GGATGGTCGGTTAGGTCCTTTCAAGAAAGGTGCATTTACGGTAGCAGCAAAGACAGGAGT
TCCAGTAGTGCCAATAACGCTGATGGGAACAGGGAAGATCATGCCGACGGGTAGTGAAGG
TATACTGAATCATGGGAATGTGAGAGTGATCATCCACAAGCCGATATACGGAAGCAAAGC
TGATGTTCTTTGTGACGAGGCCAGGAACAAGATAGCTGAATCTATAAATCTCTTAAGCTG
AAACCTTGTTTTTACTTGTTTTTCTAATCAGTGGCTCTGATGAAACAATGAGAAAGGCTA
TGTCAATTTTTACATGTGGAAGAACAAAACATGTTCGGAATTATTGTTTTAAAAATAAAA
TTAGGCTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG51TF U 1
AF RR3CG51JQ C 583
BS 1 672 RR3CG51TF
BS 673 1212 RR3CG51JQ

RD RR3CG51TF 672 0 0
GGATGAGCAAATCTCACGGATGTTTTAGCTCTCGAGAGATTCCGCCATGGATGTCGCTTC
TGCTCGGGGCATCATCTCTTCACATCCTCCTCCATATTATAGTAAACCAATTTGTTCATC
ACAGTCATCGTTGATTCGCATTACGATCAATAAAGGATGTTTATTTGGTCGTGTTTCGAG
CTTGAGTACTACTTCCCTTCATGCTGCTCCTAGAGGAGAAACAAGGCGTACTGGTTGTGT
ACAGTGGTGTAACCGCTCTATAAGATGTGACAAGAACTCACGGAGGCTAGTTAGTGTGAG
GTCGGATCTTTCAGGAGCTGCTGCAACCCCTGAATCTACTACTTATCCAGAACCAGAGAT
TAAGTTGAGCTCAAGACTCAGAGGGATATGCTTTTGCCTCGTCGCTGGCGTTTCCGCCAT
CGTTCTCATCGTCCTGATGATTATTGGCCATCCTTTTGTACTTCTCTTTGACCGCTATAG
GAGAAAGTTCCATCACTTCGTTGCTAAACTCTGGGCTTCCATAAGCATCTACCCGTTCTA
CAAAACCGACATCCAGGGTTTGGAGAATCTGCCGTCATCGGACACTCCTTGTGTATATGT
TTCAAACCACCAGAGTTTTCTGGATATATACACGCTTCTCAGCCTTGGCCAAAGCTATAA
GTTCGTCAGCAA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3CG51JQ 630 0 0
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CCTTGGCCAAAGCTATAAGTTCGTCAGCAAGACGGGGATATTCGTTATTCCTGTTATTGG
TTGGGCTATGTCCATGATGGGCGTTGTTCCCTTGAAGCGGATGGACCCAAGAAGCCAAGT
GGATTGCTTGAAACGATGCATGGAGCTAGTGAAGAAGGGAGCATCTGTGTTTTTCTTCCC
GTAAGGAACGCGGAGTAAGGATGGTCGGTTAGGTCCTTTCAAGAAAGGTGCATTTACGGT
AGCAGCAAAGACAGGAGTTCCAGTAGTGCCAATAACGCTGATGGGAACAGGGAAGATCAT
GCCGACGGGTAGTGAAGGTATACTGAATCATGGGAATGTGAGAGTGATCATCCACAAGCC
GATATACGGAAGCAAAGCTGATGTTCTTTGTGACGAGGCCAGGAACAAGATAGCTGAATC
TATAAATCTCTTAAGCTGAAACCTTGTTTTTACTTGTTTTTCTAATCAGTGGCTCTGATG
AAACAATGAGAAAGGCTATGTCAATTTTTACATGTGGAAGAACAAAACATGTTCGGAATT
ATTGTTTTAAAAATAAAATTAGGCTTTTCC

QA 1 630 1 630
DS 



CO CL528Contig2 1019 5 9 U
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TGTACAGTGGTGTAACCGTTCTATAAGATGTGACAAGAACTCACGGAGGTTATTTAGTGT
GAGGTCGGATCTTTCAGGAGCTGCTGCAACCCCTGAATCTACTACTTATCCAGAACCAGA
GATTAAGTTGAGCTCAAGACTCAGAGGGATATGCTTTTGCCTCGTCGCTGGCGTTTCCGC
CATTGTTCTCATCGTCCTGATGTTCATTGGCCATCCTTTCGTACTTCTCTTTGACCGCTA
CAGGAGAAAGTTCCATCACATTATTGCTAAACTCTGGGCTTCCATAAGCATCTACCCGTT
CTACAAAACCGACATCCAAGGTCTGGAGAATCTACCGTCATCAGACACTCCTTGTGTCTA
CGTTTCAAACCACCAGAGTTTTCTGGATATATACACGCTTCTCAGCCTTGGTCAAAGCTA
TAAGTTCATCAGCAAGACGGGGATATTCGTTATTCCTGTTATCGGTTGGGCTATGTCCAT
GATGGGCGTTGTTCCCTTGAAGCGGATGGACCCAAGAAGCCAAGTGGATTGCTTGAAACG
ATGCATGGAGCTAGTGAAGAAGGGAGCATCTGTGTTTTTCTTCCCGGAAGGAACGAGGAG
TAAGGATGGTCGGTTAGGTCCGTTCAAGAAAGGTGCATTTACGGTAGCAGCTAAGACAGG
AGTTCCAGTAGTGCCAATAACGCTGATGGGAACAGGGAAGATCATGCCGACGGGTAGTGA
AGGTACTCTGAATCATGGGAGTGTGAGAGTGATCATCCACAAGCCGATATATGGAAGCAA
AGCTGACGTTCTTTGTGACGAGGCTAGAAACAAGATAGCGGATTCTATGAATCTCTTGAG
CTGAAACGTTTGTTTTTACTTGTTTTTTTTTAATCAGTGGCTCTGATGAACAATGAGAAA
GGCTATATCAATTTTTACATGTGGAAGAACAAAACATGTTCGGATTTATTGTTTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM56TF U 1
AF RR3FF93TF U 266
AF RR3FF93JQ C 541
AF RR3DM56JQ C 291
AF RR3D634TF U 369
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BS 779 1019 RR3D634TF

RD RR3DM56TF 561 0 0
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TGTACAGTGGTGTAACCGTTCTATAAGATGTGACAAGAACTCACGGAGGTTATTTAGTGT
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CATTGTTCTCATCGTCCTGATGTTCATTGGCCATCCTTTCGTACTTCTCTTTGACCGCTA
CAGGAGAAAGTTCCATCACATTATTGCTAAACTCTGGGCTTCCATAAGCATCTACCCGTT
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GATGGGCGTTGTTCCCTTGAA

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3FF93TF 513 0 0
G
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AGAATCTACCGTCATCAGACACTCCTTGTGTCTACGTTTCAAACCACCAGAGTTTTCTGG
ATATATACACGCTTCTCAGCCTTGGTCAAAGCTATAAGTTCATCAGCAAGACGGGGATAT
TCGTTATTCCTGTTATCGGTTGGGCTATGTCCATGATGGGCGTTGTTCCCTTGAAGCGGA
TGGACCCAAGATGCCAAGTGGATTGCTTGAAACGATGCATGGAGCTAGTGAAGAAGGGAG
CATCTGTGTTTTTCTTCCCGGAAGGAACGAGGAGTAAGGATGGTCGGTTAGGTCCGTTCA
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TGGGAACAGGGAAGATCATGCCGACGGGTAGT

QA 2 513 2 513
DS 

RD RR3FF93JQ 199 0 0
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ATGCATGGAGCTAGTGAAGAAGGGAGCATTTGTGTTTTTTTTCCCGGAAGGAACGAGGAG
TAAGGATGGTCGGTTAGGTCCGTTCAAGAAATGTGCATTTACGGTAGCAGCTAAGACAGG
AGTTCCAGTAGTGCTAATA

QA 1 199 1 199
DS 

RD RR3DM56JQ 719 0 0
TT
GACCGCTACAG*AGAAAGTTCCATCACATTATTGCTAAACTCTGGGCTTCCATAAGCATC
TACCCGTTCTACAAAACCGACATCCAAGGTCTGGAGAATCTACCGTCATCAGACACTCCT
TGTGTCTACGTTTCAAACCACCAGAGTTTTCTGGATATATACACGCTTCTCAGCCTTGGT
CAAAGCTATAAGTTCATCAGCAAGACGGGGATATTCGTTATTCCTGTTATCGGTTGGGCT
ATGTCCATGATGGGCGTTGTTCCCTTGAAGCGGATGGACCCAAGAAGCCAAGTGGATTGC
TTGAAACGATGCATGGAGCTAGTGAAGAAGGGAGCATCTGTGTTTTTCTTCCCGGAAGGA
ACGAGGAGTAAGGATGGTCGGTTAGGTCCGTTCAAGAAAGGTGCATTTACGGTAGCAGCT
AAGACAGGAGTTCCAGTAGTGCCAATAACGCTGATGGGAACAGGGAAGATCATGCCGACG
GGTAGTGAAGGTATTTTGAATCATGGGAGTGTGAGAGTGATCATCCACAAGCCGATATAT
GGAAGCAAAGCTGACGTTCTTTGTGACGAGGCTAGAAACAAGATAGCGGATTCTATGAAT
CTCTTGAGCTGAAACGTTTGTTTTTACTTGTTTTTTTTTAATCAGTGGCTTTGATGAACA
ATGAGAAAGGCTATATCAATTTTTACATGTGGAAGAACAAAACATGTTCGGATTTAT

QA 3 719 3 719
DS 

RD RR3D634TF 651 0 0
GG
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CACCAGAGTTTTCTGGATATATACACGCTTCTCAGCCTTGGTCAAAGCTATAAGTTCATC
AGCAAGACGGGGATATTCGTTATTCCTGTTATCGGTTGGGCTATGTCCATGATGGGCGTT
GTTCCCTTGAAGCGGATGGACCCAAGAAGCCAAGTGGATTGCTTGAAACTATGCATGGAG
CTAGTGAAGAAGGGAGCATCTGTGTTTTTCTTCCCGGAAGGAACGAGGAGTAAGGATGGT
CGGTTAGGTCCGTTCAAGAAAGGTGCATTTACGGTAGCAGCTAAGACGGGAGTTCCAGTA
GTGCCAATAACGCTGATGGGAACAGGGAAGATCATGCCGACGGGTAGTGAAGGTACTCTG
AATCATGGGAGTGTGAGAGTGATCATCCACAAGCCGATATATGGAAGCAAAGCTGACGTT
CTTTGTGACGAGGCTAGAAACAAGATAGCGGATTCTATGAATCTCTTGAGCTGAAACGTT
TGTTTTTACTTGTTTTTTTTTAATCAGTGGCTCTGATGAACAATGAGAAAGGCTATATCA
ATTTTTACATGTGGAAGAACAAAACATGTTCGGATTTATTGTTTAAAAA

QA 3 651 3 651
DS 



AS 2 8

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AATGGGAGGAGGAGCTTCCAAGTTATCAAATTTAGCTTGCTTTTTTTTTTTTTTGACGTA
TGTAACTTTGTCTTTACATGCTCAATGCTAAGTTTGAACACAAAGACATGGTAACTTTAC
CTTCAATAATGATCCTATTGTTTTATAAGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3AW47JQ C 1
AF RR3AW47TF U 95
BS 1 94 RR3AW47JQ
BS 95 387 RR3AW47TF
BS 388 391 RR3AW47JQ

RD RR3AW47JQ 391 0 0
GGGACTTACCACAGGTAATCCAGCAAGCGTGCTGATGCAAGCTAAACCTGCTTTTTTTAT
AGAGAACTATGCTGATCCGAAACTGTTGGGTGTGTTGGAGGAGTTTGATAACAAGAAGAG
TTCTTAGAAGTCATGTTGTTGTCGTCTCGCTTGTCTAGCTCGTGAAGCCTACGCACGCAT
GAGCAGCAGAACTTTTTTTTTATCTTTTGTTGAATATTATTCTTTTGGGGATTTTATGAC
AATGGGAGGAGGAGCTTCCAAGTTATCAAATTTAGCTTGCTTTTTTTTTTTTTTGACGTA
TGTAACTTTGTCTTTACATGCTCAATGCTAAGTTTGAACACAAAGACATGGTAACTTTAC
CTTCAATAATGATCCTATTGTTTTATAAGGT

QA 1 391 1 391
DS 

RD RR3AW47TF 297 0 0
TTGGAGGAGTTTGATAACAAGAAGAGTTCTTAGAAGTCATGTTGTTGTCGTCTCGCTTGT
CTAGCTCGTGAAGCCTACGCACGCATGAGCAGCAGAACTTTTTTTTTATCTTTTGTTGAA
TATTATTCTTTTGGGGATTTTATGACAATGGGAGGAGGAGCTTCCAAGTTATCAAATTTA
GCTTGCTTTTTTTTTTTTTTGACGTATGTAACTTTGTCTTTACATGCTCAATGCTAAGTT
TGAACACAAAGACATGGTAACTTTACCTTCAATAATGATCCTATTGTTTTATA
AGGT

QA 1 293 1 293
DS 



CO CL529Contig2 1215 6 15 U
ACCATATAAAACAATAGGATCATTATTGAAGGTAAAGTTACCATGTGTTTGTGTTCAAAC
TTAGCATTGAGCATGTAAAGACAA*GTTACATACGTCAAGAAAAAAAAAAGA***CAAGC
TAAATTTGATAACTTGGAAGCTCCTCCTCCCATTGTCATAAAATCCCCAAAAGAATAATA
TTCAACAAAAGATAAAAAAAAAGTTCTGCTGCTCATGCGTGCGTAGGCTTCATGAGCTAG
ACAAGTGAGACGACAACAACAAGACTTCTAAGAACTCTTCTTGTTATCAAGCTCCTCCAA
CACACCCAACAGTTTCGGATCAGCATAGTTCTCTATAAGAAAAGCAGGTTTAGCTTGCAT
CAGCACGCTTGCTGGATTACCTGTGGTAAGTCCAACCACAGGCATCCCAGCCGCAACTCC
AGCTTTGATCCCAGAGACCGAGTCCTCGAACACTAGCGTATGCTCCTTCGACACGTTAAG
CACTTCGAGAGCCTTCAAGTAAGCCGCCGGGTGTGGTTTTGGGTACTCACATTCAGAGCC
GAGAATCACTGCCTGGAAGAAATCAGTCAGACCGAGTTTCGATATGATGAGCTCTGCGTT
TTCTTTTGGTGCGTTTGTGACTGCGGCTCGTTTCAGTCCACGGTCTTCGATCCATTTGGT
CAGTTTTAGAAGTCCATCGAGTGGCTTTACCTTTTCTGCTACTAGTTTGCGGAAGAGAGC
TTCCTTTTCGTCACAGAATGTTAACCCTCTAGCAACATCATCAGGGAAGAGACCGCGAGC
AATCTCGGAGTTGTGTTTTCCAGCAATATTGGCAATAAAGAACTTCTCGTCGATTGGGAC
ACCATTGTTAAAACCAATCTGTTGAAGGAGTTCTTGGAAGGCGATAAGGTGGATGGGATC
AGAATCACAGAGTGTTCCATCAACATCAAACAGAATGGCTTCTAATGGAGCAAGATGTGA
GAGCGATGGTTTGCTGGAGGAAGATGATTCAAGAGCAAAGACAGAGCATAATGGTCTACT
ATTGTTCTGAACCTTCAGACTTACTCCAGCTTTACCAACGGGAAACAACTTGAGAGAATC
AAACTGAGTTTGAGCTCTCCTCGTAGGAGCAGAGACCCATGAAGTGCGTTGACTTAATAA
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ACGGAAGAAAGACCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 5 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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ACCA
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CCCAACAGTTTCGGATCAGCATAGTTCTCTATAAGAAAAGCAGGTTTAGCTTGCATCAGC
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TTTGGTGCGTT

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AAA

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CTTTTCTGCTACTAGTTTGCGGAAGAGAGCTTCCTTTTCGTCACAGAATGTTAACCCTCT
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CTCACATTCAGAGCCGAGAATCACTGCCTGGAAGAAATCAGTCAGACCGAGTTTCGATAT
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TTCGATCCATTTGGTCAGTTTTAGAAGTCCATCGAGTGGCTTTACCTTTTCTGCTACTAG
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AAGGTGGATGGGATCAGAATCACAGAGTGTTCCATCAACATCAAACAGAATGGCTTCTAA
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GCGTTGACTTAATAATCTGCCATCTGTTGGCAGAATTCTAGAGATAGAGGCCATGAAAAT
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QA 8 757 8 757
DS 



AS 1 9

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ACGAATCCAACAATGGCGATTTCGACTTTAACACTCACAACATCTATCTATACACGTTCC
TTCAGACCCACCATCTCTTCTTCTTCATCGTCATTCTCGTGTCTCTGTTCTTCTTCTCCC
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GTCAATGTTCACTATACGGCGAGGTTTGCAGACGGAACGTTGTTTGACAGTACCTATAAG
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ATATATATCACCAGATTCTGGATTTTATCATCTGTAAACATTGACATTTTCCAACTTAAA
CCCAATGAGTAGCTTGCTTTTGAAGAACAAGACATTTCCTCTGTGT


BQ
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55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER15TF U 1
AF RR3CG46TF U 30
AF RR3AP07TF U 30
AF RR3BX31TF U 29
AF RR3CY16TF U 31
AF RR3BU48JQ C 60
AF RR3AP07JQ C 36
AF RR3CY16JQ C 335
AF RR3ER15JQ C 155
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BS 253 526 RR3ER15TF
BS 527 527 RR3BX31TF
BS 528 540 RR3ER15TF
BS 541 541 RR3BX31TF
BS 542 553 RR3ER15TF
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BS 555 559 RR3ER15TF
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BS 561 584 RR3ER15TF
BS 585 757 RR3BX31TF
BS 758 760 RR3AP07JQ
BS 761 791 RR3BX31TF
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BS 833 862 RR3AP07JQ
BS 863 886 RR3ER15JQ

RD RR3ER15TF 586 0 0
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ACGAATCCAACAATGGCGATTTCGACTTTAACACTCACAACATCTATCTATACACGTTCC
TTCAGACCCACCATCTCTTCTTCTTCATCGTCATTCTCGTGTCTCTGTTCTTCTTCTCCC
ATTGACTGCCAGCAGAAACAGAGGAGCTTCACCGCCGGGAAGAAGAACGTTTTCGGAGTG
GGTTTAGGCAT*GTAGCCGCCACGATTCTCTCTCTGACGCCTCTGGATGCAGACGCCACG
AGGATAGAGTACTACGCCACTGTTGGAGACCCTCTCTGCGAATACAGCTACGCAAAATCA
GGGCTTGGATTCTGCGATATCGCTGTTGGGTTCGGTGACAAAGCTCCTCGTGGCGTACTT
GTCAATGTTCACTATACGGCGAGGTTTGCAGACGGAACGTTGTTTGACAGTACCTATAAG
CGTGCAAGACCACTTACTATGCGGATTGGTGTCGGCAAGGTTATAAAGGGTCTAGACCAA
AGGATTCTTGGAG*CGAAG*AGTACCTCCTATGCGAGTAGGGGG
AA

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3CG46TF 722 0 0
GG
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CACTCACAACATCTATCTATACACGTTCCTTCAGACCCACCATCTCTTCTTCTTCATCGT
CATTCTCGTGTCTCTGTTCTTCTTCTCCCATTGACTGCCAGCAGAAACAGAGGAGCTTCA
CCGCCGGGAAGAAGAACGTTTTCGGAGTGGGTTTAGGCATTGTAGCCGCCACGATTCTCT
CTCTGACGCCTCTGGATGCAGACGCCACGAGGATAGAGTACTACGCCACTGTTGGAGACC
CTCTCTGCGAATACAGCTACGCAAAATCAGGGCTTGGATTCTGCGATATCGCTGTCGGGT
TCGGTGACAAAGCTCCTCGTGGCGTACTTGTCAATGTTCACTATACGGCGAGGTTTGCAG
ACGGAACGTTGTTTGACAGTACCTATAAGCGTGCAAGACCACTTACTATGCGGATTGGTG
TCGGCAAGGTTATAAGGGGTCTAGACCAAGGGATTCTTGGAGGCGAAGGAGTACCTCCTA
TGCGAGTAGGGGGGAAGCGAAAGCTTCAGATTCCACCTAAGTTAGCTTATGGACCTGAGC
CTGCAGGG*GCTTTTCTGGTGACTGTAACATACCTGGCAACGCAACTTTGCTCTATGATA
TCAATTTTGTTGAGATCTACCCCGGAAGTAACACAAGATGAAGCTCTAATTTCGTTCTGT

QA 3 722 3 722
DS 

RD RR3AP07TF 722 0 0
GG
AAGGGAAGAAGAGAAGGAAGAAAGCTCTGACGAATCCAACAATGGCGATTTCGACTTTAA
CACTCACAACATCTATCTATACACGTTCCTTCAGACCCACCATCTCTTCTTCTTCATCGT
CATTCTCGTGTCTCTGTTCTTCTTCTCCCATTGACTGCCAGCAGAAACAGAGGAGCTTCA
CCGCCGGGAAGAAGAACGTTTTCGGAGTGGGTTTAGGCATTGTAGCCGCCACGATTCTCT
CTCTGACGCCTCTGGATGCAGACGCCACGAGGATAGAGTACTACGCCACTGTTGGAGACC
CTCTCTGCGAATACAGCTACGCAAAATCAGGGCTTGGATTCTGCGATATCGCTGTTGGGT
TCGGTGACAAAGCTCCTCGTGGCGTACTTGTCAATGTTCACTATACGGCGAGGTTTGCAG
ACGGAACGTTGTTTGACAGTACCTATAAGCGTGCAAGACCACTTACTATGCGGATTGGTG
TCGGCAAGGTTATAAGGGGTCTAGACCAAGGGATTCTTGGAGGCGAAGGAGTACCTCCTA
TGCGAGTAGGGGGGAAGCGAAAGCCTCAGATTCCACCTAAGTTAGCTTATGGACCTGAGC
CTGCAGGGTGCTTTTCTGGTGACTGTAACATACCTGGCAATGCAACTTTGCTCTATGATA
TCAATTTTGTTGAGATCTACCCCGGAAGTAACACAAGATGAAGCTCTAATTTCGTTCTGT

QA 3 722 3 722
DS 

RD RR3BX31TF 804 0 0
GGG
AAGGGAAGAAGAGAAGGAAGAAAGCTCTGACGAATCCAACAATGGCGATTTCGACTTTAA
CACTCACAACATCTATCTATACACGTTCCTTCAGACCCAC*ATCTCTTCTTCTTCATCGT
CATTCTCGTGTCTCTGTTCTTCTTCTCCCATTGACTGCCAGCAGAAACAGAGGAGCTTCA
CCGCCGGGAAGAAGAACGTTTTCGGAGTGGGTTTAGGCATTGTAGCCGCCACGATTCTCT
CTCTGACGCCTCTGGATGCAGACGCCACGAGGATAGAGTACTACGCCACTGTTGGAGACC
CTCTCTGCGAATACAGCTACGCAAAATCAGGGCTTGGATTCTGCGATATCGCTGTTGGGT
TCGGTGACAAAGCTCCTCGTGGCGTACTTGTCAATGTTCACTATACGGCGAGGTTTGCAG
ACGGAACGTTGTTTGACAGTACCTATAAGCGTGCAAGACCACTTACTATGCGGATTGGTG
TCGGCAAGGTTATAAGGGGTCTAGACCAAGGGATTCTTGGAGGCGAAGGAGTACCTCCTA
TGCGAGTAGGGGGGAAGCGAAAGCTTCAGATTCCACCTAAGTTAGCTTATGGACCTGAGC
CTGCAGGGTGCTTTTCTGGTGACTGTAACATACCTGGCAATGCAACTTTGCTCTATGATA
TCAATTTTGTTGAGATCTACCCCGGAAGTAACACAAGATGAAGCTCTAATTTCGTTCTGT
AAAGGAG***AAAAAAAGCTATGTATATGATATATATCAC*AGATTCTGGATTTTATCAT
CTGTAAACATTGACATTTTCC

QA 4 804 4 804
DS 

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GG
AGGGAAGAAGAGAAGGAAGAAAGCTCTGACGAATCCAACAATGGCGATTTCGACTTTAAC
ACTCACAACATCTATCTATACACGTTCCTTCAGACCCACCATCTCTTCTTCTTCATCGTC
ATTCTCGTGTCTCTGTTCTTCTTCTCCCATTGACTGCCAGCAGAAACAGAGGAGCTTCAC
CGCCGGGAAGAAGAACGTTTTCGGAGTGGGTTTAGGCATTGTAGCCGCCACGATTCTCTC
TCTGACGCCTCTGGATGCAGACGCCACGAGGATAGAGTACTACGCCACTGTTGGAGACCC
TCTCTGCGAATACAGCTACGCAAAATCAGGGCTTGGATTCTGCGATATCGCTGTTGGGTT
CGGTGACAAAGCTCCTCGTGGCGTACTTGTCAATGTTCACTATACGGCGAGGTTTGCAGA
CGGAACGTTGTTTGACAGTACCTATAAGCGTGCAAGACCACTTACTATGCGGATTGGTGT
CGGCAAGGTTATAAGGGGTCTAGACCAAGGGATTCTTGGAGGCGAAGGAGTACCTCCTAT
GCGAGTAGGGGGGAAGCGAAAGCTTCAGATTCCACCTAAGTTAGCTTATGGACCTGAGCC
TGCAGGGTGCTTTTCTGGTGACTGTAACATACCTGGCAATGCAACTTTGCTCTATGATAT
CAATTTTGTTGAGATCTACCCCGGAAGTAACACAAGATGAAGCTCTAATTTCGTTCTGTA
AAGGAG***AAAAAAAGCTATGTATATGATATATATCAC*AGATTCTGGATTT*ATCATC
TGTAA*CATTGACAT

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DS 

RD RR3BU48JQ 778 0 0
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CTTCAGACCCACCATCTCTTCTTCTTCATCGTCATTCTCGTGTCTCTGTTCTTCTTCTCC
CATTGACTGCCAGCAGAAACAGAGGAGCTTCACCGCCGGGAAGAAGAACGTTTTCGGAGT
GGGTTTAGGCATTGTAGCCGCCACGATTCTCTCTCTGACGCCTCTGGATGCAGACGCCAC
GAGGATAGAGTACTACGCCACTGTTGGAGACCCTCTCTGCGAATACAGCTACGCAAAATC
AGGGCTTGGATTCTGCGATATCGCTGTTGGGTTCGGTGACAAAGCTCCTCGTGGCGTACT
TGTCAATGTTCACTATACGGCGAGGTTTGCAGACGGAACGTTGTTTGACAGTACCTATAA
GCGTGCAAGACCACTTACTATGCGGATTGGTGTCGGCAAGGTTATAAGGGGTCTAGACCA
AGGGATTCTTGGAGGCGAAGGAGTACCTCCTATGCGAGTAGGGGGGAAGCGAAAGCTTCA
GATTCCACCTAAGTTAGCTTATGGACCTGAGCCTGCAGGGTGCTTTTCTGGTGACTGTAA
CATACCTGGCAATGCAACTTTGCTCTATGATATCAATTTTGTTGAGATCTACCCCGGAAG
TAACACAAGATGAAGCTCTAATTTCGTTCTGTAAAGGAAGAAAAAAAAAGCTATGTATAT
GATATATATCACCAGATTCTGGATTTTATCATCTGTAAACATTGACATTTTCCAACT
C

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DS 

RD RR3AP07JQ 830 0 0
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CACAACATCTATCTATACACGTTCCTTCAGACCCACCATCTCTTCTTCTTCATCGTCATT
CTCGTGTCTCTGTTCTTCTTCTCCCATTGACTGCCAGCAGAAACAGAGGAGCTTCACCGC
CGGGAAGAAGAACGTTTTCGGAGTGGGTTTAGGCATTGTAGCCGCCACGATTCTCTCTCT
GACGCCTCTGGATGCAGACGCCACGAGGATAGAGTACTACGCCACTGTTGGAGACCCTCT
CTGCGAATACAGCTACGCAAAATCAGGGCTTGGATTCTGCGATATCGCTGTTGGGTTCGG
TGACAAAGCTCCTCGTGGCGTACTTGTCAATGTTCACTATACGGCGAGGTTTGCAGACGG
AACGTTGTTTGACAGTACCTATAAGCGTGCAAGACCACTTACTATGCGGATTGGTGTCGG
CAAGGTTATAAGGGGTCTAGACCAAGGGATTCTTGGAGGCGAAGGAGTACCTCCTATGCG
AGTAGGGGGGAAGCGAAAGCCTCAGATTCCACCTAAGTTAGCTTATGGACCTGAGCCTGC
AGGGTGCTTTTCTGGTGACTGTAACATACCTGGCAATGCAACTTTGCTCTATGATATCAA
TTTTGTTGAGATCTACCCCGGAAGTAACACAAGATGAAGCTCTAATTTCGTTCTGTAAAG
GAAGAAAAAAAAAGCTATGTATATGATATATATCACCAGATTCTGGATTTTATCATCTGT
AAACATTGACATTTTCCAACTTAAACCCAATGAGTAGCTTGCTTTTG
AAG

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DS 

RD RR3CY16JQ 528 0 0
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GTGACAAAGCTCCTCGTGGCGTACTTGTCAATGTTCACTATACGGCGAGGTTTGCAGACG
GAACGTTGTTTGACAGTACCTATAAGCGTGCAAGACCACTTACTATGCGGATTGGTGTCG
GCAAGGTTATAAGGGGTCTAGACCAAGGGATTCTTGGAGGCGAAGGAGTACCTCCTATGC
GAGTAGGGGGGAAGCGAAAGCTTCAGATTCCACCTAAGTTAGCTTATGGACCTGAGCCTG
CAGGGTGCTTTTCTGGTGACTGTAACATACCTGGCAATGCAACTTTGCTCTATGATATCA
ATTTTGTTGAGATCTACCCCGGAAGTAACACAAGATGAAGCTCTAATTTCGTTCTGTAAA
GGAAGAAAAAAAAAGCTATGTATATGATATATATCACCAGATTCTGGATTTTATCATCTG
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DS 

RD RR3ER15JQ 732 0 0
TCTCGTGTCTCTGTTCTTCTTCTCCCATTGACTGCCAGCAGAAACAGAGGAGCTTCACCG
CCGGGAAGAAGAACGTTTTCGGAGTGGGTTTAGGCAT*GTAGCCGCCACGATTCTCTCTC
TGACGCCTCTGGATGCAGACGCCACGAGGATAGAGTACTACGCCACTGTTGGAGACCCTC
TCTGCGAATACAGCTACGCAAAATCAGGGCTTGGATTCTGCGATATCGCTGTTGGGTTCG
GTGACAAAGCTCCTCGTGGCGTACTTGTCAATGTTCACTATACGGCGAGGTTTGCAGACG
GAACGTTGTTTGACAGTACCTATAAGCGTGCAAGACCACTTACTATGCGGATTGGTGTCG
GCAAGGTTATAAGGGGTCTAGACCAAGGGATTCTTGGAGGCGAAGGAGTACCTCCTATGC
GAGTAGGGGGGAAGCGAAAGCTTCAGATTCCACCTAAGTTAGCTTATGGACCTGAGCCTG
CAGGGTGCTTTTCTGGTGACTGTAACATACCTGGCAATGCAACTTTGCTCTATGATATCA
ATTTTGTTGAGATCTACCCCGGAAGTAACACAAGATGAAGCTCTAATTTCGTTCTGTAAA
GGAAGA*AAAAAAAGCTATGTATATGATATATATCACCAGATTCTGGATTTTATCATCTG
TAAACATTGACATTTTCCAACTTAAACCCAATGAGTAGCTTGCTTTTGAAGAACAAGACA
TTTCCTCTGTGT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 2 6

CO CL531Contig1 1002 3 9 U
AATCACAGATTCACAACTGATTTATTCGAACCCATGATTTATATAACAAGAAAACAAACA
TCATAATAATATTCAATAAAGAGTAGAGTCCATTTGTTTTATTATCTTGCGGAGAGTAGC
TCAAAAACCAAGTCTTTGACAAGTTAACCAATGAAAACGACAG**ACAACAACAAACATC
AGAGAAGACTCCATATTTACATACGATCTTAAAGCTTTAGAGGATCATCAAGCAGTGGAT
ATAACACACGGAAAGTAACACTTCTCCTTACCAGTCTGCAACGTTAGTAACCTCCCTGGA
TAAACGCGTTTAGGCGGTTAAGCTCCTCGCGATGCTCAGTCACCACTGCACGAACCACAT
CTCCTATCGACACCATTCCCACCATACCCTTGTCTTTTATCACTGGAATGTGCCTAATCC
GGTTATCAGTCATTAGCTGCATAGCACGCAACACCTTGGTCTCTGGTGTCACGGTGATAA
GCTTATTCTCTTCAGTCATAATATCTCCTACTTTTGTTGATTTGGATGATCTCCCTTGCA
CGATGATCTTTCGCAGATAATCTCTCTCTGTAATGATACCAGCAAGAGATTGTTGCTCAC
CAGGTTTCACAACCACCAAGGCACCAACATTGTGTTGTGTCATGGATTTAACAGCGTCAT
AAACAGAGTCATCAGTAGTACACCAAAGCCAAGATCCATCAGCACTTTTGCCTTTGGCGT
TCATAACGTCAGAGATGGTTGTGCTCTCGAACCCATGCTCCTCCATACGAGATGACTGAG
TCGACTCGGAGCGTTTGCAAAACACAGAAGGCTGGATCGCCGGGTTAATCACACGGACAT
GTTGCAGCAGAGACGCTTTCACAACGTTTCCACCGGACACAAACGAACGAATCGCAGCTT
GCATCTTTTTACCTGAGATTGATTAAACAAGAAGAACAGATCGGAGTGAGGAAGCTGAAG
AACCCTAGAGTATGAGCAAGAGGCAGAGGACACGAGAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 5 5 25 25 25 5 25 25 5 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H024JQ U 1
AF RR3DI88JQ U 79
AF RR3B104TF C 144
BS 1 183 RR3H024JQ
BS 184 184 RR3DI88JQ
BS 185 624 RR3H024JQ
BS 625 625 RR3DI88JQ
BS 626 734 RR3H024JQ
BS 735 784 RR3DI88JQ
BS 785 785 RR3B104TF
BS 786 806 RR3DI88JQ
BS 807 1002 RR3B104TF

RD RR3H024JQ 734 0 0
AATCACAGATTCACAACTGATTTATTCGAACCCATGATTTATATAACAAGAAAACAAACA
TCATAATAATATTCAATAAAGAGTAGAGTCCATTTGTTTTATTATCTTGCGGAGAGTAGC
TCAAAAACCAAGTCTTTGACAAGTTAACCAATGAAAACGACAG**ACAACAACAAACATC
AGAAAAGACTCCATATTTACATACGATCTTAAAGCTTTAGAGGATCATCAAGCAGTGGAT
ATAACACACGGAAAGTAACACTTCTCCTTACCAGTCTGCAACGTTAGTAACCTCCCTGGA
TAAACGCGTTTAGGCGGTTAAGCTCCTCGCGATGCTCAGTCACCACTGCACGAACCACAT
CTCCTATCGACACCATTCCCACCATACCCTTGTCTTTTATCACTGGAATGTGCCTAATCC
GGTTATCAGTCATTAGCTGCATAGCACGCAACACCTTGGTCTCTGGTGTCACGGTGATAA
GCTTATTCTCTTCAGTCATAATATCTCCTACTTTTGTTGATTTGGATGATCTCCCTTGCA
CGATGATCTTTCGCAGATAATCTCTCTCTGTAATGATACCAGCAAGAGATTGTTGCTCAC
CAGGTTTCACAACCACCAAGGCACAAACATTGTGTTGTGTCATGGATTTAACAGCGTCAT
AAACAGAGTCATCAGTAGTACACCAAAGCCAAGATCCATCAGCACTTTTGCCTTTGGCGT
TCATAACGTCAGAG

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3DI88JQ 728 0 0
AAGAGTAGAGTCCATTTGTTTTATTATCTTGCGGAGAGTAGCTCAAAAACCAAGTCTTTG
ACAAGTTAACCAATGAAAACGACAG**ACAACAACAAACATCAGAGAAGACTCCATATTT
ACATACGATCTTAAAGCTTTAGAGGATCATCAAGCAGTGGATATAACACACGGAAAGTAA
CACTTCTCCTTACCAGTCTGCAACGTTAGTAACCTCCCTGGATAAACGCGTTTAGGCGGT
TAAGCTCCTCGCGATGCTCAGTCACCACTGCACGAACCACATCTCCTATCGACACCATTC
CCACCATACCCTTGTCTTTTATCACTGGAATGTGCCTAATCCGGTTATCAGTCATTAGCT
GCATAGCACGCAACACCTTGGTCTCTGGTGTCACGGTGATAAGCTTATTCTCTTCAGTCA
TAATATCTCCTACTTTTGTTGATTTGGATGATCTCCCTTGCACGATGATCTTTCGCAGAT
AATCTCTCTCTGTAATGATACCAGCAAGAGATTGTTGCTCACCAGGTTTCACAACCACCA
AGGCACCAACATTGTGTTGTGTCATGGATTTAACAGCGTCATAAACAGAGTCATCAGTAG
TACACCAAAGCCAAGATCCATCAGCACTTTTGCCTT*GGCGTTCATAACGTCAGAGATGG
TTGTGCTCTCGAACCCATGCTCCTCCATACGAGATGACTGAGTCGAGTCGGAGCGTTTGC
AAAACACA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3B104TF 859 0 0
AAAACGAAAGACAACAACAACAACAACAACAAACATCAGAGAAGACTCCATATAGACATT
CGATCTTAAAGCTTTAGAGGATCATCAAGCAGTGGATATAACACACGGAAAGTAACACTT
CTCCTTACCAGTCTGCAACGTTAGTAACCTCCCTGGATAAACGCGTTTAGGCGGTTAAGC
TCCTCGCGATGCTCAGTCACCACTGCACGAACCACATCTCCTATCGACACCATTCCCACC
ATACCCTTGTCTTTTATCACTGGAATGTGCCTAATCCGGTTATCAGTCATTAGCTGCATA
GCACGCAACACCTTGGTCTCTGGTGTCACGGTGATAAGCTTATTCTCTTCAGTCATAATA
TCTCCTACTTTTGTTGATTTGGATGATCTCCCTTGCACTATGATCTTCCGCAGATAATCT
CTCTCTGTAATGATACCAGCAAGAGACTGTTGCTCACCAGGTTTCACAACCACCAAGGCA
CCAACATTGTGTTGTGTCATGGATTTAACAGCGTCATAAACAGAGTCATCAGTAGTACAC
CAAAGCCAAGATCCATCGGCACTTTTGCCTTTGGCGTTCATAACGTCAGAGATGGTTGTG
CTCTCGAACCCATGCTCCTCCATACGAGATGACTGAGTCGACTCGGAGCGTTTGCAAAAC
ACAGAAGGCTGGATCGCCGGGTTAATCACACGGACATGTTGCAGCAGAGACGCTTTCACA
ACGTTTCCACCGGACACAAACGAACGAATCGCAGCTTGCATCTTTTTACCTGAGATTGAT
TAAACAAGAAGAACAGATCGGAGTGAGGAAGCTGAAGAACCCTAGAGTATGAGCAAGAGG
CAGAGGACACGAGAGTTCC

QA 1 859 1 859
DS 



CO CL531Contig2 935 3 12 U
GGAATTTATATTTTGCTGATTATCCATAAGAACCCTTCAAACGCTCCTCCCACTCAACTC
TCTCGCATCCTCCGTCTCTTGCTCATACTCTAGGGTTCTTCAGCTTCCCTACTCCGTTCC
GTTTCTTCTTGTTTAATCAAATCTCAGGTAAAAAGATGCAAGCTGCCATTCGCTCGTTTG
TGTCCGGTGGAAACGTTGTGAAAGCGTCTCTGCTGCAACATGTCCGTGTGATTAACCCGG
CGATCCAGCCTTCTGTGTTTTGCAAACGCTCCGACTCGACTCAGTCATCTCGTATGGAGG
AGCATGGGTTCGAGAGCACAACCATCTCTGACGTTATGAACGCCAAAGGCAAAAGTGCCG
ATGGATCTTGGCTTTGGTGTACTACTGATGACTCTGTTTATGACGCTGTTAAATCCATGA
CACAACACAATGTTGGTGCCTTGGTGGTTGTGAAACCTGGTGAGCAACAATCTCTT*GCT
GGTATCATTACAGAGAGAGATTATCTGCGAAAGATCATAGTGCAAGGGAGATCATCCAAA
TCAACAAAAGTAGGAGACATTATGACTGAAGAGAATAAGCTTATCACCGTGACACCAGAG
ACCAAGGTCTTGCGTGCTATGCAGCTAATGACTGATAACCGGATTAGGCACATTCCAGTT
ATAAAAGACAAGGGTATGGTTGGGATGGTGTCGATAGGAGATGTGGTCCGTGCAGTGGTG
ACTGAGCATCGTGAGGAGCTTAACCGCCTAAACGCGTTTATCCAGGGAGGTTACTAGACG
CTTGAAGATTGGTAAGAAGAGAGTTACCATATCCGTGTGTGGTCCACTGCTTGATGATCC
TCTAAAGCTTTAAGAACGAATGTAAAATATGGAGTCTTCTCTGATGTTCGTTGTTGTTGC
TGTTGTTGTCTGTCGTTTTCATTGGTTAACTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C503TF U 457
AF RR3H024TF U 1
AF RR3BZ17JQ C 180
BS 1 358 RR3H024TF
BS 359 359 RR3BZ17JQ
BS 360 434 RR3H024TF
BS 435 435 RR3BZ17JQ
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BS 519 519 RR3C503TF
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BS 610 645 RR3H024TF
BS 646 935 RR3BZ17JQ

RD RR3C503TF 122 0 0
CTGGTGAGCAACAATCTCTTTGCTGGTATCATTACAGAGAGAGATTATCTGCGAAAGATC
ATAGTGCAAGGTAGATCATCCAAATCAACAAAAGTAGGAAACATTATGACTGAAGAGAAT
AA

QA 1 122 1 122
DS 

RD RR3H024TF 645 0 0
GGAATTTATATTTTGCTGATTATCCATAAGAACCCTTCAAACGCTCCTCCCACTCAACTC
TCTCGCATCCTCCGTCTCTTGCTCATACTCTAGGGTTCTTCAGCTTCCCTACTCCGTTCC
GTTTCTTCTTGTTTAATCAAATCTCAGGTAAAAAGATGCAAGCTGCCATTCGCTCGTTTG
TGTCCGGTGGAAACGTTGTGAAAGCGTCTCTGCTGCAACATGTCCGTGTGATTAACCCGG
CGATCCAGCCTTCTGTGTTTTGCAAACGCTCCGACTCGACTCAGTCATCTCGTATGGAGG
AGCATGGGTTCGAGAGCACAACCATCTCTGACGTTATGAACGCCAAAGGCAAAAGTGCTG
ATGGATCTTGGCTTTGGTGTACTACTGATGACTCTGTTTATGACGCTGTTAAATCCATGA
CACAACACAATGTTTGTGCCTTGGTGGTTGTGAAACCTGGTGAGCAACAATCTCTT*GCT
GGTATCATTACAGAGAGAGATTATCTGCGAAAGATCATCGTGCAAGGGAGATCATCCAAA
TCAACAAAAGTAGGAGATATTATGACTGAAGAGAATAAGCTTATCACCGTGACACCAGAG
ACCAAGGTGTTGCGTGCTATGCAGCTAATGACTGATAACCGGATT

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3BZ17JQ 756 0 0
GTGTCCGGTGGAAACGTTGTGAAAGCGTCTCTGCTGCAACATGTCCGTGTGATTAACCCG
GCGATCCAGCCTTCTGTGTTTTGCAAACGCTCCGAGTCGACTCAGTCATCTCGTATGGAG
GAGCATGGGTTCGAGAGCACAACCATCTCTGACGTTATGAACGCCAAAGGCAAAAGTGCC
GATGGATCTTGGCTTTGGTGTACTACTGATGACTCTGTTTATGACGCTGTTAAATCCATG
ACACAACACAATGTTGGTGCCTTGGTGGTTGTGAAACCTGGTGAGCAACAATCTCTT*GC
TGGTATCATTACAGAGAGAGATTATCTGCGAAAGATCATAGTGCAAGGGAGATCATCCAA
ATCAACAAAAGTAGGAGACATTATGACTGAAGAGAATAAGCTTATCACCGTGACACCAGA
GACCAAGGTCTTGCGTGCTATGCAGCTAATGACTGATAACCGGATTAGGCACATTCCAGT
TATAAAAGACAAGGGTATGGTTGGGATGGTGTCGATAGGAGATGTGGTCCGTGCAGTGGT
GACTGAGCATCGTGAGGAGCTTAACCGCCTAAACGCGTTTATCCAGGGAGGTTACTAGAC
GCTTGAAGATTGGTAAGAAGAGAGTTACCATATCCGTGTGTGGTCCACTGCTTGATGATC
CTCTAAAGCTTTAAGAACGAATGTAAAATATGGAGTCTTCTCTGATGTTCGTTGTTGTTG
CTGTTGTTGTCTGTCGTTTTCATTGGTTAACTTGCC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 7

CO CL532Contig1 890 7 24 U
GGACGATGGAGGTTGACGCCGTCATCGGAGCTGACGGAGCTAACTCTAGAGTTGCGAAGT
CCATCGGCGCCGGAGATTACGACTACGCCATCGCTTTTCAGGAGAGAATTAGAATCCCAG
ATGATAAGATGACATACTACGAGGATCTAGCTGAGATGTACGTCGGAGATGACGTGTCAC
CC*GATTTCTACGGATGGGTTTTCCCGAAATGCGACCACGTAGCTGTCGGAACAGGCACT
GTGACTCACAAAGGTGACATCAAGAAGTTCCAGCTCGCGACAAGAAACAGAGCCAAGGAC
AAGATTCTAGGAGGCAAAATCATCCGCGTCGAGGCTCACCCTATCCCGGAACACCCGCGG
CCACGTAGGCTATCCAAGCGTGTGGCTCTTGTGGGTGATGCTGCAGGGTACGTGACTAAA
TGCTCTGGTGAAGGGATCTATTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGAATGTGTGCTGAAGCCATT
GTTGAAGGCTCGCAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAGAGTGACTTGAGGAAGTACTTG
GAGAAATGGGACAAGACATACTTGCCTACGTACAGGGTTCTTGATGTGTTGCAGAAAGTG
TTTTACAGATCTAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAGATGTGTAGCGATGAGTATGTT
CAGAAGATGACGTTCGATAGTTATCTGTACAAGAGGGTTGCACCGGGTAGTCCATTGGAG
GATTTGAAGTTGGCTGTGAACACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGCTAATGCTTTGAGGAGA
GAGATTGAGAAGCTAAATGTTTAAGACACAAATAAGAAGAGATTCTTTCTTGTCTTTTTT
AATTTTAAAAGTATGTTTATGTTATCTGTTTATTGAATGATCAGTCAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
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20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3CU88TF U 1
AF RR3AW31TF U 17
AF RR3FC13TF U 55
AF RR3B169JQ C 405
AF RR3AW31JQ C 155
AF RR3E150JQ C 303
AF RR3E150TF U 303
BS 1 106 RR3CU88TF
BS 107 107 RR3AW31TF
BS 108 254 RR3CU88TF
BS 255 255 RR3AW31TF
BS 256 314 RR3CU88TF
BS 315 315 RR3AW31TF
BS 316 317 RR3CU88TF
BS 318 318 RR3AW31TF
BS 319 338 RR3CU88TF
BS 339 339 RR3AW31TF
BS 340 579 RR3CU88TF
BS 580 581 RR3AW31TF
BS 582 597 RR3CU88TF
BS 598 598 RR3AW31TF
BS 599 691 RR3CU88TF
BS 692 778 RR3AW31TF
BS 779 785 RR3FC13TF
BS 786 786 RR3E150TF
BS 787 807 RR3FC13TF
BS 808 809 RR3E150TF
BS 810 824 RR3FC13TF
BS 825 825 RR3E150TF
BS 826 839 RR3FC13TF
BS 840 890 RR3E150TF

RD RR3CU88TF 691 0 0
GGACGATGGAGGTTGACGCCGTCATCGGAGCTGACGGAGCTAACTCTAGAGTTGCGAAGT
CCATCGGCGCCGGAGATTACGACTACGCCATCGCTTTTCAGGAGAGGATTAGAATCCCAG
ATGATAAGATGACATACTACGAGGATCTAGCTGAGATGTACGTCGGAGATGACGTGTCAC
CC*GATTTCTACGGATGGGTTTTCCCGAAATGCGACCACGTAGCTGTCGGAACAGGCACT
GTGACTCACAAAGGCGACATCAAGAAGTTCCAGCTCGCGACAAGAAACAGAGCCAAGGAC
AAGATTCTAGGAGGAAAGATCATCCGCGTCGAGGCTCATCCTATCCCGGAACACCCGCGG
CCACGTAGGCTATCCAAGCGTGTGGCTCTTGTGGGTGATGCTGCAGGGTACGTGACTAAA
TGCTCTGGTGAAGGGATCTATTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGAATGTGTGCTGAAGCCATT
GTTGAAGGCTCGCAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAGAGTGACTTGAGGAAGTACTTG
GAGAAATGGGACAAGACATACTTGCCTACGTACAGGGTT**TGATGTGTTGCAGAAAATG
TTTTACAGATCTAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAGATGTGTAGCGATGAGTATGTT
CAGAAGATGACGTTCGATAGTTATCTGTACA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3AW31TF 762 0 0
GGCCGTC
ATCGGAGCTGACGGGGCTAACTCTAGAGTTGCGAAGTCCATCGGCGCCGGAGATTACGAC
TACGCCATCGCTTTTCAGGAGAGAATTAGAGTCCCAGAT***AAGATGACATACTACGAG
GATCTAGCTGAGATGTACGTCGGAGATGACGTGTCACCC*GATTTCTACGGATGGGTTTT
CCCGAAATGCGACCACGTAGCTGTCGGAACAGGCACTGTGACTCACAAAGGTGACATCAA
GAAGTTCCAGCTCGCGACAAGAAACAGAGCCAAGGACAAGATTCTAGGAGGCAAAATCAT
CCGCGTCGAGGCTCACCCTATCCCGGAACACCCGCGGCCACGTAGGCTATCCAAGCGTGT
GGCTCTTGTGGGTGATGCTGCAGGGTACGTGACTAAATGCTCTGGTGAAGGGATCTATTT
CGCTGCAAAGAGTGGAAGAATGTGTGCTGAAGCCATTGTTGAAGGCTCGCAGAATGGTAA
GAAGATGATTGATGAGAGTGACTTGAGGAAGTACTTGGAGAAATGGGACAAGACATACTT
GCCTACGTACAGGGTTCTTGATGTGTTGCAGAAAGTGTTTTACAGATCTAATCCGGCTAG
AGAAGCGTTTGTGGAGATGTGTAGCGATGAGTATGTTCAGAAGATGACGTTCGATAGTTA
TCTGTACAAGAGGGTTGCACCGGGTAGTCCATTGGAGGATTTGAAGTTGGCTGTGAACAC
CATTGGGAGTGTGTTTAGAGCTAATGCTTTGAGGA

QA 8 762 8 762
DS 

RD RR3FC13TF 786 0 0
G
GAAGTCCATCGGAGCCGGAGATTACGACTATGCCATCGCGTTTCAGGAGAGAATTAGAAT
CCCAGATGATAAGATGACATACTACGAGGATCTAGCTGAGATGTACGTCGGAGATGACGT
GTCACCC*GATTTCTACGGATGGGTTTTCCCGAAATGCGACCACGTAGCTGTCGGAACAG
GCACTGTGGCTCACAAAGGTGACATCAAGAAGTTCCAGCTCGCGACAAGAAACAGAGCCA
AGGACAAGATTCTAGGAGGAAAGATCATCCGCGTCGAGGCTCATCCTATCCCGGAACACC
CGCGGCCACGTAGGCTATCCAAGCGTGTGGCTCTTGTGGGTGATGCTGCAGGGTACGTGA
CTAAATGCTCTGGTGAAGGGATCTATTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGAATTTGTGCTGAAG
CCATTGTTGAAGGCTCGCAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAGAGTGACTTGAGGAAGT
ACTTGGAGAAATGGGACAAGACATACTTGCCTACGTACAGGGTTCTTGATGTGTTGCAGA
AAGTGTTTTACAGATCTAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAGATGTGTAGCGATGAGT
ATGTTCAGAAGATGACGTTCGATAGTTATCTGTACAAGAGGGTTGCACCGGGTAGTCCAT
TGGAGGATTTGAAGTTGGCTGTGA*CACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGCTAATGCTTTGA
GGAGAGAGAT*GAGAAGCTAAATGTTTAAGAC**AAATAAGAAGAGATTATTTCTTGTCT
TTTT
A

QA 2 785 2 785
DS 

RD RR3B169JQ 423 0 0
AGGGTACGTGACTAAATGTTTTGGTGAAGGGATTTATTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGAAT
GTGTGCTGAAGCCATTGTTGAAGGCTCGCAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAGAGTGA
CTTGAGGAAGTACTTGGAGAAATGGGACAAGACATACTTGCCTACGTACAGGGTTCTTGA
TGTGTTGCAGAAAGTGTTTTACAGATTTAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAGATGTG
CAGCGATGAGTATGTTCAGAAGATGACGTTCGATAGTTATCTGTACAAGAGGGTTGCCCC
GGGTAGTCCATTGGAGGATTTGAAGTTGGCTGTGAACACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGC
TAATGCTTTGAGGAGAGAGATTGAGAAGCTAAATGTTTAAGAC**AAATAAGAAGAGATT
ATT

QA 1 420 1 420
DS 

RD RR3AW31JQ 736 0 0
GATGTACGTCGGAGATGACGTGTCACCCCGATTTCTACGGATGGGTTTTCCCGAAATGCG
ACCACGTAGCTGTCGGAACAGGCACTGTGACTCACAAAGGTGACATCAAGAAGTTCCAGC
TCGCGACAAGAAACAGAGCCAAGGACAAGATTCTAGGAGGCAAAATCATCCGCGTCGAGG
CTCACCCTATCCCGGAACACCCGCGGCCACGTAGGCTATCCAAGCGTGTGGCTCTTGTGG
GTGATGCTGCAGGGTACGTGACTAAATGCTCTGGTGAAGGGATTTATTTCGCTGCAAAGA
GTGGAAGAATGTGTGCTGAAGCCATTGTTGAAGGCTCGCAGAATGGTAAGAAGATGATTG
ATGAGAGTGACTTGAGGAAGTACTTGGAGAAATGGGACAAGACATACTTGCCTACGTACA
GGGTTCTTGATGTGTTGCAGAAAGTGTTTTACAGATTTAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTG
TGGAGATGTGTAGCGATGAGTATGTTCAGAAGATGACGTTCGATAGTTATCTGTACAAGA
GGGTTGCACCGGGTAGTCCATTGGAGGATTTGAAGTTGGCTGTGAACACCATTGGGAGTG
TGTTTAGAGCTAATGCTTTGAGGAGAGAGATTGAGAAGCTAAATGTTTAAGACACAAATA
AGAAGAGATTCTTTCTTGTCTTTTTTAATTTTAAAAGTATGTTTATGTTATCTGTTTATT
GAATGATCAGTCAAAA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3E150JQ 588 0 0
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ACGTAGGCTATCCAAGCGTGTGGCTCTTGTGGGTGATGCTGCAGGGTACGTGACTAAATG
CTCTGGTGAAGGGATCTATTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGAATGTGTGCTGAAGCCATTGT
TGAAGGCTCGCAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAGAGTGACTTGAGGAAGTACTTGGA
GAAATGGGACAAGACATACTTGCCTACGTACAGGGTTCTTGATGTGTTGCAGAAAGTGTT
TTACAGATCTAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAGATGTGTAGCGATGAGTATGTTCA
GAAGATGACGTTCGATAGTTATCTGTACAAGAGGGTTGCACCGGGTAGTCCATTGGAGGA
TTTGAAGTTGGCTGTGAACACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGCTAATGCTTTGAGGAGAGA
GATTGAGAAGCTAAATGTTTAAGACACAAATAAGAAGAGATTCTTTCTTGTCTTTTTTAA
TTTTAAAAGTATGTTTATGTTATCTGTTTATTGAATGATCAGTCAAAA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3E150TF 588 0 0
GATTCTAGGAGGCAAAATCATCCGCGTCGAGGCTCACCCTATCCCGGAACACCCGCGGCC
ACGTAGGCTATCCAAGCGTGTGGCTCTTGTGGGTGATGCTGCAGGGTACGTGACTAAATG
CTCTGGTGAAGGGATCTATTTCGCTGCAAAGAGTGGAAGAATGTGTGCTGAAGCCATTGT
TGAAGGCTCGCAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAGAGTGACTTGAGGAAGTACTTGGA
GAAATGGGACAAGACATACTTGCCTACGTACAGGGTTCTTGATGTGTTGCAGAAAGTGTT
TTACAGATCTAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAGATGTGTAGCGATGAGTATGTTCA
GAAGATGACGTTCGATAGTTATCTGTACAAGAGGGTTGCACCGGGTAGTCCATTGGAGGA
TTTGAAGTTGGCTGTGAACACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGCTAATGCTTTGAGGAGAGA
GATTGAGAAGCTAAATGTTTAAGACACAAATAAGAAGAGATTCTTTCTTGTCTTTTTTAA
TTTTAAAAGTATGTTTATGTTATCTGTTTATTGAATGATCAGTCAAAA

QA 1 588 1 588
DS 



AS 2 8

CO CL533Contig1 476 4 8 U
CACGAAAATGTCGTCTTAATTAAAAGATCATAAGTCCATAACCATTTTTTGAAGATTCAA
AATGTATTCGAAAGCCCAAGCAAGACAAAAGATTAAAAAAAAAGTAGATAGAGGAAACAA
CTTAAAAGAGAGACGTTCCTTTTCCCTTCTTGTCTCCACCAATCTCAAAGTGCTTGCACC
TCTTAATTGAGTGTTGAGAGAAATGCTTGCAGGTTTGGCATTGGAGCCTCAGCACAATCT
TCTTGGTCGTCTTAGCCTTCTTGTGGAAGACGGGTTTGGTCTGACCACCATATCCAGATT
GCTTGCGGTCATAACGACGCTTTCCTTGGGCAGCAAGACTGTCTTTACCCTTCTTGTACT
GGGTCACCTTGTGCAACGTATGCTTCTTGCATTCCTCGTTCTTACAGTAAGTCTTCTTTG
TCTTTGGAATGTTCACCATTTTCGATCTTCGGTGAAGCCCGTGCCGTCCGCTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 

AF RR3EZ18JQ U 1
AF RR3E207JQ U 18
AF RR3EZ18TF C 165
AF RR3E207TF C 18
BS 1 141 RR3EZ18JQ
BS 142 142 RR3E207JQ
BS 143 268 RR3EZ18JQ
BS 269 269 RR3E207JQ
BS 270 396 RR3EZ18JQ
BS 397 397 RR3E207JQ
BS 398 475 RR3EZ18JQ
BS 476 476 RR3E207JQ

RD RR3EZ18JQ 475 0 0
CACGAAAATGTCGTCTTAATTAAAAGATCATAAGTCCATAACCATTTTTTGAAGATTCAA
AATGTATTCGAAAGCCCAAGCAAGACAAAAGATTAAAAAAAAAGTAGATAGAGGAAACAA
CTTAAAAGAGAGACGTTCCTTGTCCCTTCTTGTCTCCACCAATCTCAAAGTGCTTGCACC
TCTTAATTGAGTGTTGAGAGAAATGCTTGCAGGTTTGGCATTGGAGCCTCAGCACAATCT
TCTTGGTCGTCTTAGCCTTCTTGTGGAAAACGGGTTTGGTCTGACCACCATATCCAGATT
GCTTGCGGTCATAACGACGCTTTCCTTGGGCAGCAAGACTGTCTTTACCCTTCTTGTACT
GGGTCACCTTGTGCAACGTATGCTTCTTGCATTCCTTGTTCTTACAGTAAGTCTTCTTTG
TCTTTGGAATGTTCACCATTTTCGATCTTCGGTGAAGCCCGTGCCGTCCGCTGCC

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR3E207JQ 459 0 0
AG
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GCAAGACAAAAGATTAAAAAAAAAGTAGATAGAGGAAACAACTTAAAAGAGAGACGTTCC
TTTTCCCTTCTTGTCTCCACCAATCTCAAAGTGCTTGCACCTCTTAATTGAGTGTTGAGA
GAAATGCTTGCAGGTTTGGCATTGGAGCCTCAGCACAATCTTCTTGGTCGTCTTAGCCTT
CTTGTGGAAGACGGGTTTGGTCTGACCACCATATCCAGATTGCTTGCGGTCATAACGACG
CTTTCCTTGGGCAGCAAGACTGTCTTTACCCTTCTTGTACTGGGTCACCTTGTGCAACGT
ATGCTTCTTGCATTCCTCGTTCTTACAGTAAGTCTTCTTTGTCTTTGGAATGTTCACCAT
TTTCGATCTTCGGTGAAGCCCGTGCCGTCCGCTGCCC

QA 3 459 3 459
DS 

RD RR3EZ18TF 311 0 0
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AGCCTCAGCACAATCTTCTTGGTCGTCTTAGCCTTCTTGTGGAAGACGGGTTTGGTCTGA
CCACCATATCCAGATTGCTTGCGGTCATAACGACGCTTTCCTTGGGCAGCAAGACTGTCT
TTACCCTTCTTGTACTGGGTCACCTTGTGCAACGTATGCTTCTTGCATTCCTTGTTCTTA
CAGTAAGTCTTCTTTGTCTTTGGAATGTTCACCATTTTCGATCTTCGGTGAAGCCCGTGC
CGTCCGCTGCC

QA 1 311 1 311
DS 

RD RR3E207TF 459 0 0
AG
TTAAAAGATCATAAGTCCATAACCATTTTTTGAAGATTCAAAATGTATTCGAAAGCCCAA
GCAAGACAAAAGATTAAAAAAAAAGTAGATAGAGGAAACAACTTAAAAGAGAGACGTTCC
TTTTCCCTTCTTGTCTCCACCAATCTCAAAGTGCTTGCACCTCTTAATTGAGTGTTGAGA
GAAATGCTTGCAGGTTTGGCATTGGAGCCTCAGCACAATCTTCTTGGTCGTCTTAGCCTT
CTTGTGGAAGACGGGTTTGGTCTGACCACCATATCCAGATTGCTTGCGGTCATAACGACG
CTTTCCTTGGGCAGCAAGACTGTCTTTACCCTTCTTGTACTGGGTCACCTTGTGCAACGT
ATGCTTCTTGCATTCCTCGTTCTTACAGTAAGTCTTCTTTGTCTTTGGAATGTTCACCAT
TTTCGATCTTCGGTGAAGCCCGTGCCGTCCGCTGCCC

QA 3 459 3 459
DS 



CO CL533Contig2 544 4 9 U
AAAAGCAAATGAATTTCATTAATGTCTGTAATAACTAGGTTCACGATATTACATACGAAA
ATGTCCTCTTAATTAAAAGATCATAGGTCCATAACCATTTTTTGAAGATTCAAAATGTAT
TTCGAATGCCCAAGCAAGACAAGTACCAAACAAAAGATAAAAAAAAGAGGTAAGACAGAG
GAAACAACTTAAAAGAGAGATGTTCCTTTTCCCTTCTTGTCTCCACCAATCTCAAAGTGC
TTGCACCTCTTAATTGAGTGTTGAGAGAAATGCTTGCAGGTTTGGCATTGGAGCCTCAGC
ACAATCTTCTTGGTCGTCTTAGCCTTCTTGTGGAAGACGGGTTTGGTCTGACCACCATAA
CCAGATTGCTTGCGGTCATAACGACGCTTTCCTTGGGCAGCAAGACTGTCTTTACCCTTC
TTGTACTGAGTCACCTTATGCAACGTATGCTTCTTGCATTCCTTGTTCTTACAGTAAGTC
TTCTTTGTCTTGGGAATGTTCACCATTTTCGATCTTCGGTGAAGCTCGTGCCGTCCGCTG
CCCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 

AF RR3G164JQ U 1
AF RR3DF43TF C 2
AF RR3DP51JQ U 56
AF RR3DP51TF C 56
BS 1 120 RR3G164JQ
BS 121 121 RR3DP51JQ
BS 122 303 RR3G164JQ
BS 304 304 RR3DP51JQ
BS 305 335 RR3G164JQ
BS 336 336 RR3DP51JQ
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BS 386 386 RR3DP51JQ
BS 387 544 RR3G164JQ

RD RR3G164JQ 544 0 0
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CTCGAATGCCCAAGCAAGACAAGTACCAAACAAAAGATAAAAAAAAGAGGTAAGACAGAG
GAAACAACTTAAAAGAGAGATGTTCCTTTTCCCTTCTTGTCTCCACCAATCTCAAAGTGC
TTGCACCTCTTAATTGAGTGTTGAGAGAAATGCTTGCAGGTTTGGCATTGGAGCCTCAGC
ACATTCTTCTTGGTCGTCTTAGCCTTCTTGTGGAAAACGGGTTTGGTCTGACCACCATAA
CCAGATTGCTTGCGGTCATAACGACCCTTTCCTTGGGCAGCAAGACTGTCTTTACCCTTC
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TTCTTTGTCTTGGGAATGTTCACCATTTTCGATCTTCGGTGAAGCTCGTGCCGTCCGCTG
CCCC

QA 1 544 1 544
DS 

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TGTCCTCTTAATTAAAAGATCATAGGTCCATAACCATTTTTTGAAGATTCAAAATGTATT
TCGAATGCCCAAGCAAGACAAGTACCAAACAAAAGATAAAAAAAAGAGGTAAGACAGAGG
AAACAACTTAAAAGAGAGATGTTCCTTTTCCCTTCTTGTCTCCACCAATCTCAAAGTGCT
TGCACCTCTTAATTGAGTGTTGAGAGAAATGCTTGCAGGTTTGGCATTGGAGCCTCAGCA
CAATCTTCTTGGTCGTCTTAGCCTTCTTGTGGAAGACGGGTTTGGTCTGACCACCATAAC
CAGATTGCTTGCGGTCATAACGACGCTTTCCTTGGGCAGCAAGACTGTCTTTACCCTTCT
TGTACTGAGTCACCTTATGCAACGTATGCTTCTTGCATTCCTTGTTCTTACAGTAAGTCT
TCTTTGTCTTGGGAATGTTCACCATTTTCGATCTTCGGTGAAGCTCGTGCCGTCCGCTGC
CC

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR3DP51JQ 489 0 0
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TGTATTTCGAATGCCCAAGCAAGACAAGTACCAAACAAAAGATAAAAAAAAGAGGTAAGA
CAGAGGAAACAACTTAAAAGAGAGATGTTCCTTTTCCCTTCTTGTCTCCACCAATCTCAA
AGTGCTTGCACCTCTTAATTGAGTGTTGAGAGAAATGCTTGCAGGTTTGGCATTGGAGCC
TCAGCACAATCTTCTTGGTCGTCTTAGCCTTCTTGTGGAAGACGGGTTTGGTCTGACCAC
CATAACCAGATTGCTTGCGGTCATAACGACGCTTTCCTTGGGCAGCAAGACTGTCTTTAC
CCTTCTTGTACTGAGTCACCTTATGCAACGTATGCTTCTTGCATTCCTTGTTCTTACAGT
AAGTCTTCTTTGTCTTGGGAATGTTCACCATTTTCGATCTTCGGTGAAGCTCGTGCCGTC
CGCTGCCCC

QA 1 489 1 489
DS 

RD RR3DP51TF 489 0 0
CGAAAATGTCCTCTTAATTAAAAGATCATAGGTCCATAACCATTTTTTGAAGATTCAAAA
TGTATTTCGAATGCCCAAGCAAGACAAGTACCAAACAAAAGATAAAAAAAAGAGGTAAGA
CAGAGGAAACAACTTAAAAGAGAGATGTTCCTTTTCCCTTCTTGTCTCCACCAATCTCAA
AGTGCTTGCACCTCTTAATTGAGTGTTGAGAGAAATGCTTGCAGGTTTGGCATTGGAGCC
TCAGCACAATCTTCTTGGTCGTCTTAGCCTTCTTGTGGAAGACGGGTTTGGTCTGACCAC
CATAACCAGATTGCTTGCGGTCATAACGACGCTTTCCTTGGGCAGCAAGACTGTCTTTAC
CCTTCTTGTACTGAGTCACCTTATGCAACGTATGCTTCTTGCATTCCTTGTTCTTACAGT
AAGTCTTCTTTGTCTTGGGAATGTTCACCATTTTCGATCTTCGGTGAAGCTCGTGCCGTC
CGCTGCCCC

QA 1 489 1 489
DS 



AS 2 9

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GGGCATTAGGAGAAGCCAAATTATCTTTTGCGTCTCTGAGCTGTGTATTGAACTACATCT
CCTTCAATGGCTTCCCTATCAACCAGTTCTCTAAGCTTCAAAGCTACCTCCCTCCCTACC
AGAATTTCTCAGGTGTTAAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTTTGGACGTTTT
CAGTCTTCAAAGAAGCTTCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGAGACCGTGCAG
AAAGTGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGCGCTCACTGCT
GAGTCCAAGTTCTCTGCTCTTGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTAGAGATAGTGATGGCT
TTGGAGGAGAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTTCGACGATT
CAAGAGGCGGCTGATTTGATT*GAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAGCTTC
GTAAACTATCCC*GGTTTAACACAAACCGGCTGTCTTTTTCTTTTTGCTTTTTTCCTTCT
TTCTGAGCTTTCTTGGTTTCAGATCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGCTATTATTT
TTTGTTTTCTTCTTTTGCAAGTTAAGATTGGATGTTGATGATGAGAAAACTTTGGTACGT
TGAGATTTGATTATTTGTGGTGGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR3AK94TF U 1
AF RR3A167JQ C 6
AF RR3A167TF U 6
AF RR3C589JQ C 17
AF RR3C589TF U 51
AF RR3AS47JQ C 54
AF RR3AS47TF U 54
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CAGTCTTCAAAGAAGCTTCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGAGACCGTGCAG
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GTAAACTATCCC*GGTTTAACACAAACCGGCTGTCTTTTTCTTTTTGCTTTTTTCCTTCT
TTCTGAGCTTTCTTGGTTTCAGATCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGCTATTATTT
TTTGTTTTCTTCTTTTGCAAGTTAAGATTGGATGTCGATGATGAGAAAACTTTGGTACGT
TGAGATTTGATTAT

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DS 

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GG
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CGGCTGATTTGATT*GAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAGCTTCGTAAACT
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CTTTCTTGGTTTCAGATCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGCTATTATTTTTTGTTT
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TGATTATTTGTGG
CG

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR3A167TF 677 0 0
GG
AGGAGAAGCCAAATTATCTTTTGCGTCTCTGAGCTGTGTATTGAACTACATCTCCTTCAA
TGGCTTCCCTATCAACCAGTTCTCTAAGCTTCAAAGCTACCTCCCTCCCTACCAGAATTT
CTCAGGTGTTAAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTTTGGACGTTTTCAGTCTT
CAAAGAAGCTTCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGAGACCGTGCAGAAAGTGA
GTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCA
AGTTCTCTGCTCTTGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTAGAGATAGTGATGGCTTTGGAGG
AGAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTTCGACGATTCAAGAGG
CGGCTGATTTGATT*GAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAGCTTCGTAAACT
ATCCC*GGTTTAACACAAACCGGCTGTCTTTTTCTTTTTGCTTTTTTCCTTCTTTCTGAG
CTTTCTTGGTTTCAGATCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGCTATTATTTTTTGTTT
TCTTCTTTTGCAAGTTAAGATTGGATGTTGATGATGAGAAAACTTTGGTACGTTGAGATT
TGATTATTTGTGG
CG

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR3C589JQ 656 0 0
G
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ATCAACCAGTTCTCTAAGCTTCAAAGCTACCTCCCTCCCTACCAGAATTTCTCAGGTGTT
AAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTTTGGACGTTTTCAGTCTTCAAAGAAGCT
TCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGAGACCGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGT
AAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGC
TCTTGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTAGAGATAGTGATGGCTTTGGAGGAGAAGTTTAA
CATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTTCGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTC
GATT*GAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAGCTTCGTAAACTATCCC*GGTT
TAACACAAACCGGCTGTCTTTTTCTTTTTGCTTTTTTCCTTCTTTCTGAGCTTTCTTGGT
TTCAGATCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGCTATTATTTTTTGTTTTCTTCTTTTG
CAAGTTAAGATTGGATGTTGATGATGAGAAAACTTTGGTACGTTGAGATTTGATT

QA 2 656 2 656
DS 

RD RR3C589TF 622 0 0
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CCTCCCTACCAGAATTTCTCAGGTGTTAAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTT
TGGACGTTTTCAGTCTTCAAAGAAGCTTCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGA
GACCGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGC
GCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTTGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTAGAGAT
AGTGATGGCTTTGGAGGAGAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACAT
TTCGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTCGATTTGAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGG
CCTAAGCTTCGTAAACTATCCCCGGTTTAACACAAACCGGCTGTCTTTTTCTTTTTGCTT
TTTTCCTTCTTTCTGAGCTTTCTTGGTTTCAGATCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCAT
GCTATTATTTTTTGTTTTCTTCTTTTGCAAGTTAAGATTGGATGTTGATGATGAGAAAAC
TTTGGTACGTTGAGATTTGATT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3AS47JQ 632 0 0
G
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CCTACCAGAATTTCTCAGGTGTTAAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTTTGGA
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GTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGCGCTC
ACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTTGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTAGAGATAGTG
ATGGCTTTGGAGGAGAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTTCG
ACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATT*GAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTA
AGCTTCGTAAACTATCCC*GGTTTAACACAAACCGGCTGTCTTTTTCTTTTTGCTTTTTT
CCTTCTTTCTGAGCTTTCTTGGTTTCAGATCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGCTA
TTATTTTTTGTTTTCTTCTTTTGCAAGTTAAGATTGGATGTTGATGATGAGAAAACTTTG
GTACGTTGAGATTTGATTATTTGTGGTGGCG

QA 2 632 2 632
DS 

RD RR3AS47TF 632 0 0
G
ACATCTCCTTCAATGGCTTCCCTATCAACCAGTTCTCTAAGCTTCAAAGCTACCTCCCTC
CCTACCAGAATTTCTCAGGTGTTAAGAAAACCCTTGAGTTTCCAGTCTATCTCCTTTGGA
CGTTTTCAGTCTTCAAAGAAGCTTCGTCTTCAGATCAGTTGTGCAGCAAAACCAGAGACC
GTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTTTGTCGGCCGACACTGCGCTC
ACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTTGGAGCTGATTCTCTCGACACCGTAGAGATAGTG
ATGGCTTTGGAGGAGAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTTCG
ACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATT*GAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTA
AGCTTCGTAAACTATCCC*GGTTTAACACAAACCGGCTGTCTTTTTCTTTTTGCTTTTTT
CCTTCTTTCTGAGCTTTCTTGGTTTCAGATCATTTTATTTTGGTTTATTAGACCATGCTA
TTATTTTTTGTTTTCTTCTTTTGCAAGTTAAGATTGGATGTTGATGATGAGAAAACTTTG
GTACGTTGAGATTTGATTATTTGTGG
TGGCG

QA 2 627 2 627
DS 



CO CL534Contig2 631 2 3 U
GGGAGCTGTGTATTGAACTACATCTCCTTCAATGGCTTCCCTATCAACCAGTTCTCTAAG
CTTCAAAGCTACCTCCATACAATCTACCAGAATTTCTCAGGTGTTAAGAAAACCCTTGAG
TTTCCAGTCTATCTCCTTTGGACGTTTTCAGTCTTCAAAGAACCTTCGTCTTCAGATCAG
TTGTGCAGCAAAACCAGAGACCGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGC
TTTGTCGGCCGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTTGGAGCTGATTC
TCTCGACACCGTGGAGATAGTGATGGCTTTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGA
AGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCTTGT
TCAGAAGACACCTGCGGCTTAAGCTTCCTAAACTATCCCGGTTTAACACAAACCGGCTAT
CTTTTTCTTTTCCCTTCTTTCTAAGCTTTCTTGGTTTCAGTTCATTTTATTTTGGTTTTG
TTAGACTATGTTATTAGTTTTTGTTTTCTTCTTTTGGAAGTAAGATTGGATGTTGATGAT
GAGAAAACTTTGGTACGTTGAGATTGATTCT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B667JQ C 1
AF RR3B667TF U 1
BS 1 2 RR3B667JQ
BS 3 625 RR3B667TF
BS 626 631 RR3B667JQ

RD RR3B667JQ 631 0 0
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TTTGTCGGCCGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTTGGAGCTGATTC
TCTCGACACCGTGGAGATAGTGATGGCTTTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGA
AGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCTTGT
TCAGAAGACACCTGCGGCTTAAGCTTCCTAAACTATCCCGGTTTAACACAAACCGGCTAT
CTTTTTCTTTTCCCTTCTTTCTAAGCTTTCTTGGTTTCAGTTCATTTTATTTTGGTTTTG
TTAGACTATGTTATTAGTTTTTGTTTTCTTCTTTTGGAAGTAAGATTGGATGTTGATGAT
GAGAAAACTTTGGTACGTTGAGATTGATTCT

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3B667TF 631 0 0
GG
GAGCTGTGTATTGAACTACATCTCCTTCAATGGCTTCCCTATCAACCAGTTCTCTAAGCT
TCAAAGCTACCTCCATACAATCTACCAGAATTTCTCAGGTGTTAAGAAAACCCTTGAGTT
TCCAGTCTATCTCCTTTGGACGTTTTCAGTCTTCAAAGAACCTTCGTCTTCAGATCAGTT
GTGCAGCAAAACCAGAGACCGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAGGGAACAATTGGCTT
TGTCGGCCGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTTGGAGCTGATTCTC
TCGACACCGTGGAGATAGTGATGGCTTTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGGAGGAAG
CTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGATCTTGTTC
AGAAGACACCTGCGGCTTAAGCTTCCTAAACTATCCCGGTTTAACACAAACCGGCTATCT
TTTTCTTTTCCCTTCTTTCTAAGCTTTCTTGGTTTCAGTTCATTTTATTTTGGTTTTGTT
AGACTATGTTATTAGTTTTTGTTTTCTTCTTTTGGAAGTAAGATTGGATGTTGATGATGA
GAAAACTTTGGTACGTTGAGATT
GATTCT

QA 3 625 3 625
DS 



AS 1 8

CO CL535Contig1 669 8 9 U
GGGCGGCGAAAGCAATCTTGGAAATTTCATTTATTTTGTTTATATAAATCTCTCAGCCAT
CACTGTTTCGAAGGCATTAACTCTCGGAGAATCATAAAAAGTAAGGATGTCTGCAACACA
GGAAGAAGACAAGAAGCCCGGTGGTGGTGACGGAGGAGCTCACATCAATCTTAAGGTCAA
GGGACAGGACGGGAATGAGGTGTTCTTTAGGATCAAGAGAAGCACTCAGCTGAAGAAGCT
GATGAATGCTTACTGTGACAGGCAATCTGTGGACATGAACGCCATTGCCTTCTTGTTTGA
TGGGCGTCGTCTGCGTGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTTGAAATGGAGGATGGTGATGA
GATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGGCTGTGGTGGTGGAGGTGGCTTGACATTTAT
CCGGGTTTAGGGTTTCATGATGTGTGATAGGAATGGTTAAGGAGTAATCGGCATTAGGAA
TTGCAGACTTGTTTTTCTTTTTTTTCTTAAATCGTGACCATCGTGACCATTGGCGTTAAA
AAACTAATATGGTCATGAAGGCTTAAAAAAACCTTTTGTTAAATTGTTGGTCTTGTTCCT
TTGGTATTGGATCCTTCTACGTTATGATAATGTTTGCGCTTAAGATTGTTATTTAACCTT
GTTGGAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 30 30 25 25 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL63TF U 36
AF RR3FH19JQ C 1
AF RR3DD33JQ C 74
AF RR3DD33TF U 74
AF RR3FH19TF U 1
AF RR3DL63JQ C 54
AF RR3C437JQ C 41
AF RR3C437TF U 41
BS 1 35 RR3FH19TF
BS 36 504 RR3DL63TF
BS 505 505 RR3DD33TF
BS 506 543 RR3DL63TF
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BS 653 656 RR3FH19TF
BS 657 669 RR3C437TF

RD RR3DL63TF 508 0 0
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AAAAAGTAAGGATGTCTGCAACACAGGAAGAAGACAAGAAGCCCGGTGGTGGTGACGGAG
GAGCTCACATCAATCTTAAGGTCAAGGGACAGGACGGGAATGAGGTGTTCTTTAGGATCA
AGAGAAGCACTCAGCTGAAGAAGCTGATGAATGCTTACTGTGACAGGCAATCTGTGGACA
TGAACGCCATTGCCTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTGCGTGCTGAGCAGACTCCCGATG
AGCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGGCTGTG
GTGGTGGAGGTGGCTTGACATTTATCCGGGTTTAGGGTTTCATGATGTGTGATAGGAATG
GTTAAGGAGTAATCGGCATTAGGAATTGCAGACTTGTTTTTCTTTTTTT*CTTAAATCGT
GACCATCGTGACCATTGGCGTTAAAAAA

QA 1 508 1 508
DS 

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GGGACAGGACGGGAATGAGGTGTTCTTTAGGATCAAGAGAAGCACTCAGCTGAAGAAGCT
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TGGGCGTCGTCTGCGTGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTTGAAATGGAGGATGGTGATGA
GATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGGCTGTGGTGGTGGAGGTGGCTTGACATTTAT
CCGGGTTTAGGGTTTCATGATGTGTGATAGGAATGGTTAAGGAGTAATCGGCATTAGGAA
TTGCAGACTTGTTTTTCTTTTTTTTCTTAAATCGTGACCATCGTGACCATTGGCGTTAAA
AAACTAATATGGTCATGAAGGCTTAAAAAAACCTTTTGTTAAATTGTTGGTCTTGTTCCT
TTGGTATTGGATCCTTCTACGTTATGATAATGTTTGCGCTTAAGATTGTTATTT

QA 1 654 1 654
DS 

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GG
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TGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCCATGCT
CCATCAGACTGGTGGCTGTGGTGGTGGAGGTGGCTTGACATTTATCCGGGTTTAGGGTTT
CATGATGTGTGATAGGAATGGTTAAGGAGTAATCGGCATTAGGAATTGCAGACTTGTTTT
TCTTTTTTTTCTTAAATCGTGACCATCGTGACCATTGGCGTTAAAAAACTAATATGGTCA
TGAAGGCTTAAAAAA*CCTTTTGTTAAATTGTTGGTCTTGTTCCTTTGGTATTGGATCCT
TCTACGTTATGATAATGTTTGCGCTTAAGATTGTTAT
CT

QA 3 579 3 579
DS 

RD RR3DD33TF 581 0 0
GG
ATTAACTCTCGGAGAATCATAAAAAGTAAGGATGTCTGCAACACAGGAAGAAGACAAGAA
GCCCGGTGGTGGTGACGGAGGAGCTCACATCAATCTTAAGGTCAAGGGACAGGACGGGAA
TGAGGTGTTCTTTAGGATCAAGAGAAGCACTCAGCTGAAGAAGCTGATGAATGCTTACTG
TGACAGGCAATCTGTGGACATGAACGCCATTGCCTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTGCG
TGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAGATCGATGCCATGCT
CCATCAGACTGGTGGCTGTGGTGGTGGAGGTGGCTTGACATTTATCCGGGTTTAGGGTTT
CATGATGTGTGATAGGAATGGTTAAGGAGTAATCGGCATTAGGAATTGCAGACTTGTTTT
TCTTTTTTTTCTTAAATCGTGACCATCGTGACCATTGGCGTTAAAAAACTAATATGGTCA
TGAAGGCTTAAAAAA*CCTTTTGTTAAATTGTTGGTCTTGTTCCTTTGGTATTGGATCCT
TCTACGTTATGATAATGTTTGCGCTTAAGATTGTTAT
CT

QA 3 579 3 579
DS 

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GGGCGGCGAAAGCAATCTTGGAAATTTCATTTATTTTGTTTATATAAATCTCTCAGCCAT
CACTGTTTCGAAGGCATTAACTCTCGGAGAATCATAAAAAGTAAGGATGTCTGCAACACA
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GGGACAGGACGGGAATGAGGTGTTCTTTAGGATCAAGAGAAGCACTCAGCTGAAGAAGCT
GATGAATGCTTACTTTGACAGGCAATCTGTGGACATGAACGCCATTGCCTTCTTGTTTGA
TGGGCGTCGTCTGCGTGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTTGAAATGGAGGATGGTGATGA
GATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGGCTGTGGTGGTGGAGGTGGCTTGACATTTAT
CCGGGTTTAGGGTTTCATGATGTGTGATAGGAATGGTTAAGGAGTAATCGGCATTAGGAA
TTGCAGACTTGTTTTTCTTTTTTTTCTTAAATCGTGACCATCGTGACCATTGGCGTTAAA
AAACTAATATGGTCATGAAGGCTTAAAAAAACCTTTTGTTAAATTGTTGGTCTTGTTCCT
TTGGTATTGGATCCTTCTACGTTATGATAATGTTTGCGCTTAAGATTGTTATTTAA
AAAAA

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3DL63JQ 597 0 0
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CAACACAGGAAGAAGACAAGAAGCCCGGTGGTGGTGACGGAGGAGCTCACATCAATCTTA
AGGTCAAGGGACAGGACGGGAATGAGGTGTTCTTTAGGATCAAGAGAAGCACTCAGCTGA
AGAAGCTGATGAATGCTTACTGTGACAGGCAATCTGTGGACATGAACGCCATTGCCTTCT
TGTTTGATGGGCGTCGTTTGCGTGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTTGAAATGGAGGATG
GTGATGAGATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGGCTGTGGTGGTGGAGGTGGCTTGA
CATTTATCCGGGTTTAGGGTTTCATGATGTGTGATAGGAATGGTTAAGGAGTAATCGGCA
TTAGGAATTGCAGACTTGTTTTTTTTTTTTTT*TTAAATCGTGACCATCGTGACCATTGG
CGTTAAAAAACTAATATGGTCATGAAGGCTTAAAAAAACCTTTTGTTAAATTGTTGGTCT
TGTTCCTTTGGTATTGGATCCTTCTACGTTATGATAATGTTTGCGCTTAAGATTGTT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3C437JQ 625 0 0
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GCCATTGCCTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTTTGCGTGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTT
GAAATGGAGGATGGTGA**AGATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGGCTGTGGTGGT
GGAGGTGGCTTGACATTTATCCGGGTTTAGGGTTTCATGATGTGTGGTAGGAATGGTTAA
GGAGTAATCGGCATTAGGAATTGCAGACTTGTTTTTCTTTTTTTTCTTAAATCGTGACCA
TCGTGACCATTGGCGTTAAAAAACTAATATGGTCATGAAGGCTTAAAAAAACCTTTTGTT
AAATTGTTGGTCTTGTTCCTTTGGTATTGGATCCTTCTACGTTATGATAATGTTTGCGCT
TAAGATTGTTATTTAA
CCTTGTTGG

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3C437TF 629 0 0
TATATAAATCTCTCAGCCATCACTGTTTCGAAGGCATTAACTCTCGGAGAATCATAAAAA
GTAAGGATGTCTGCAACACAGGAAGAAGACAAGAAGCCCGGTGGTGGTGACGGAGGAGCT
CACATCAATCTTAAGGTCAAGGGACAGGACGGGAATGAGGTGTTCTTTAGGATCAAGAGA
AGCACTCAGCTGAAGAAGCTGATGAATGCTTACTGTGACAGGCAATCTGTGGACATGAAC
GCCATTGCCTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTGCGTGCTGAGCAGACTCCCGATGAGCTT
GAAATGGAGGATGGTGA**AGATCGATGCCATGCTCCATCAGACTGGTGGCTGTGGTGGT
GGAGGTGGCTTGACATTTATCCGGGTTTAGGGTTTCATGATGTGTGGTAGGAATGGTTAA
GGAGTAATCGGCATTAGGAATTGCAGACTTGTTTTTCTTTTTTTTCTTAAATCGTGACCA
TCGTGACCATTGGCGTTAAAAAACTAATATGGTCATGAAGGCTTAAAAAAACCTTTTGTT
AAATTGTTGGTCTTGTTCCTTTGGTATTGGATCCTTCTACGTTATGATAATGTTTGCGCT
TAAGATTGTTATTTAACCTTGTTGGAAAA

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 7

CO CL536Contig1 884 7 13 U
GGCAACTCAACTCAAAAGGAAA*CAAAGAAAAAACCTACCAAACCCTAAAACACACAAAT
ATCAATCACAATGATGTCCTCGTTCCCATTGGTCTCCTTTCTCATCACTCTCATGTTGGC
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TCTTCCCGTCCCCGTTAAACTACTTCCCCTTTGTCCACTTGGCATCAGCCAATCCTCGGT
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TGTTAACGAAGGGCAAGCTGTAAATATCGAGTTTAGGTCCGACTTTAGGTCGGAAGCATG
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GGAGCCTGCGATTCTCATTGGTGGTAAGAAGCAGGAACGAAACGGCTGGTTTAAAATTGA
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TAATGTAAAGCCTGTGACTCGTCCATGGCCTAAAATAATGGGTTGAGATAATACCCTCAT
TGCCTGTACCTGAATTTCCATAAATATATCAAGTTATGTTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 5 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

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TCCTCGTGAA
TTCC

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TATGCACCCACGGAGGACAGGAACACGTGCTGGACACCTCCGAAGATCCAGTTCTAACGA
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TCCCCGTTAAACTACTTCCCCTTTGTCCACTTGGCATCAGCCAATCCTCGGTTACAGCCT
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AAAAATTTGTTGGAGGAGTTGCTTACAAGTTGACCACCTTAACCGGAACCATCGGAACCG
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TCCTCGTGAAAT

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DS 

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GG
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TATGCACCCACGGAGGACAGGAACACGTGCTGGACACCTCCGAAGATCCAGTTCTAACTA
CTGCACGATACTTGATCCAGCCGTACTCCCGGAGTAGTAACGGAGGTGGTCCTCTTCCCG
TCCCCGTTAAACTACTTCCCCTTTGTCCACTTGGCATCAGCCAATCCTCGGTTACAGCCT
TACCAGGCCTGCCAGTTAGCTTCTCATATCCATACGCGCTCATGGACACCTATGTTAACG
AAGGGCAAGCTGTAAATATCGAGTTTAGGTCCGACTTTAGGTCGGAAGCATGGCCGGGAT
GCGAGGAGTTTTCCAAGTACTGGGAAGTAGATGAATCCTCATCGGCTTCCGAGGAGCCTG
CGATTCTCATTGGTGGTAAGAAGTAGGAACGAAACGGCTGGTTTAAAATTGAGAGAAAAG
AAAAATTTGTTGGAGGAGTTGCTTACAAGTTGACCACCTTAACCGGAACAATTGGAACCG
TCCCAGGGCCTTGGGAAAATGCACCACAACTAGTTATCACCAATGATACTGCGAAGACCT
TCCTCGTGAAATTCCATAGGGTTCATGATGATACTACTTCTACTTCAAGTCTGTAGAAGT
TAGGTCTAAAGA****TGTTCCCATTCTACTA

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TCTTCCCGTCCCCGTTAAACTACTTCCCCTTTGTCCACTTGGCATCAGCCAATCCTCGGT
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TGTTAACGAAGGGCAAGCTGTAAATATCGAGTTTAGGTCCGACTTTAGGTCGGAAGCATG
GCCGGGATGCGAGGAGTTTTCCAAGTACTGGGAAGTAGATGAATCCTCATCGGCTTCCGA
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TTCTAACTACTGCACGATACTTGATCCAGCCGTACTCCCGGAGTAGTAACGGAGGTGGTC
CTCTTCCCGTCCCCGTTAAACTACTTCCCCTTTGTCCACTTGGCATCAGCCAATCCTCGG
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ATGTTAACGAAGGGCAAGCTGTAAATATCGAGTTTAGGTCCGACTTTAGGTCGGAAGCAT
GGCCGGGATGCGAGGAGTTTTCCAAGTACTGGGAAGTAGATGAATCCTCATCGGCTTCCG
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TTGCCTGT

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DS 

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GGAGGTGGTCTTCTTCCCGTCCCCGTTAAACTACTTCCCCTTTGTCCACTTGGCATCAGC
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ATGGGCACCTATGTTAACGAAGGGCAAGCTGTAAATATCGAGTTTAGGTCCGACTTTAGG
TCGGAAGCATGGCCGGGATGCGAGGAGTTTTCCAAGTACTGGGAAGTAGATGAATCCTCA
TCGGCTTCCGAGGAGCCTGCGATTCTCATTGGTGGTAAGAAGCAGGAACGAAACAGCTGG
TTTAAAATTGAGAGAAAAGAAAAATTTGTTGGAGGAGTTGCTTACAAGTTGACCACCTTA
ACCGGAACCATCGGAACCGTCCCAGGGCCTTGGGAAAATGCACCACAACTAGTTATCACC
AATGATACTGCGAAGACCTTCCTCGTGAAATTCCATAGGGTTCATGATGATACTACTTCT
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AATACCCTCATTGCCTGTACCTGAATTTCCATAAATATATCAAGTTATGTTTGCC

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DS 

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ACCAGGCCTGCCAGTTAGCTTCTCATATCCATACGCGCTCATGGACACCTATGTTAACGA
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CGAGGAGTTTTCCAAGTACTGGGAAGTAGATGAATCCTCATCGGCTTCCGAGGAGCCTGC
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AAAATTTGTTGGAGGAGTTGCTTACAAGTTGACCACCTTAACCGGAACAATCGGAACCGT
CCCAGGGCCTTGGGAAAATGCACCACAACTAGTTATCACCAATGATACTGCGAAGACCTT
CCTCGTGAAATTCCATAGGGTTCATGATGATACTACTTCTACTTCAAGTCTGTAGAAGTT
AGGTCTAAGGA****TGTTCCCATTCTACTAGTCAACAGGCCAAAATCACGTAATGTAAA
GCCTGTGACTCGTCCATGGCCTAAAATAATGGGTTGAGATAATACCCTCATTGCCTGTAC
CTGAATTTCCATAAATATATCAAGTTATGTTT
GCC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 8

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TCTTCTCTGTCTTCTCCTTCTAGCTTCTAGCTTGTCACATCAAGCTTTAGGCCGTGGTCG
TGGCCGTTCACCACCGGGAGGAAGCTCGGACCCTTCTTCTCGCATCACAGTCGTCGGAGT
TGTCTACTGTGACACTTGTTCAATCAACACTTTCTCAAGACAGAGCTATTTCTTACAAGG
AGTGGAAGTTCATGTGAGCTGTAGATTCAAAGCGAGTTCACCGAAAACAACAGAGGAAGT
GAACATATCGGTGAACAGAACAACAAACAGAAACGGCGTTTACAAGCTCGACATCCCTCA
CGTCGACGGGATAGATTGCGTCGACGGAATAGCCATAGCGTCTCAGTGCAGCGCCAAGCT
GCTCAAACCCTCCTCCGACAACAACAGCGTCGGCTGCAACATCCCCGTTTTTCAGACAGC
AGCAAACGAAGTATCTATCAAGTCGAAGCAGGATCGTGTCTGTATCTACAGCTTAAGCGC
ACTCAGCTACAAACCTTCCCACAGAAACACCACACTTTGCAGCGGCGGAAAGAGACATCA
CCACCAGCGAGAAGAGAAGGTGGAGAATAAGTTGAGAGATTCGAAGCTCTTCTGGCCTTA
TATGCCACCGTACTGGTTCCCTTGGCCGTACTCAACTCTGCCGCCGTTGCCTACTCTGCC
TCCGCTTCCGTCTTTCCCTTTTCCTTTTCTTCCCTTAGGAAACCCTAACGCATCATTGCC
TGCGTTTGACTGGAGAGATCCTACAACATGGATACCTTATCTCCCACGCTTTCCTCCAAG
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CTCTGTTTTTTTTGTGTGTGTTTTTTATGTGTGATTGATTTACTTATTAATGTGTAATTA
ATTATTGTTCAGATAAACAAAATAAGGATTTGGTTTGAGAG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 25 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
20 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 25 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
25 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AR75TF U 1
AF RR3CH63TF U 36
AF RR3AO02TF U 1
AF RR3BH35TF U 27
AF RR3BA71TF U 28
AF RR3BA71JQ C 159
AF RR3CH63JQ C 236
AF RR3BH35JQ C 189
BS 1 36 RR3AO02TF
BS 37 37 RR3BH35TF
BS 38 85 RR3AO02TF
BS 86 86 RR3BH35TF
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BS 109 109 RR3BH35TF
BS 110 125 RR3AO02TF
BS 126 126 RR3BH35TF
BS 127 189 RR3AO02TF
BS 190 190 RR3BH35TF
BS 191 199 RR3AO02TF
BS 200 200 RR3BH35TF
BS 201 329 RR3AO02TF
BS 330 330 RR3BH35TF
BS 331 336 RR3AO02TF
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BS 485 510 RR3AO02TF
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BS 809 824 RR3AO02TF
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RD RR3AR75TF 741 0 0
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TCTTCTCTGTCTTCTCCTTCTAGCTCCTAGCTTGTCACATCAAGCTTTTGGCCGTGGTCG
TGGCCTTTCACCACCGGGAGGAAGCTCGGACCCTTCTTCTCGCATCACAGTCGTCGGAGT
TGTCTACTGCGACACTTGTGCAATCAACACTTTCTCAAGACAGAGCTATTTCTTACAAGG
AGTGGAAGTTCATGTGAGCTGTAGATTCAAAGCGAGTTCACCGAAAACAACAGAGGAAGT
GAACATATCGGTGAACAGAACAACAAACATAAACGGTGTTTACAAGCTCGACATCCCTCA
CGTCGACGGGATAGATTGCGTCGACGGAATAGCCATAGCGTCTCAGTGCAGCGCCAAGCT
GCTCAAACCCTCCTCCGACAACAAC***GTCGGCTGCAACATCCCCGTTTTTCAGACAGC
AGCCAACGAAGTATCTATCAAGTCGAAGCAAGATCGTGTCTGTATCTACAGCTTAAGCGC
ACTCAGCTACAAACCTTCCCACAGAAACACCACACTTTGCAGCGGCGGAAAGAGACATCG
CCACCAGCGAGAGGAGAAGGTGGAGAATAAGTTGAGAGATTCGAAGCTCTTCTGGCCTTA
CATGCCACCGTACTGGTTCCCTTGGCCGTACTCTACTCTGCCACCGTTGCCTACTCTGCC
TCCGCTTCCGTCTTTCCCTTT

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DS 

RD RR3CH63TF 692 0 0
GG
AGATTAGCCACAATGTATCTTCCTCTTCTCTGTCTTCTCCTTCTAGCTTCTAGCTTGTCA
CATCAAGCTTTAGGCCGTGGTCGTGGCCGTTCACCACCGGGAGGAAGCTCGGACCCTTCT
TCTCGCATCACAGTCGTCGGAGTTGTCTACTGTGACACTTGTTCAATCAACACTTTCTCA
GGACAGAGCTATTTCTTACAAGGAGTGGAAGTTCATGTGAGCTGTAGATTCAAAGCGAGT
TCACCGAAAACAACAGAGGAAGTGAACATATCGGTGAACAGAACAACAAACAGAAACGGC
GTTTACAAGCTCGACATCCCTCACGTCGACGGGATAGATTGCGTCGACGGAATAGCCATA
GCGTCTCAGTGCAGCGCCAAGCTGCTCAAACCCTCCTCCGACAACAACAGCGTCGGCTGC
AACATCCCCGTTTTTCAGACAGCAGCAAACGAAGTATCTATCAAGTCGAAGCAGGATCGT
GTCTGTATCTACAGCTTAAGCGCACTCAGCTACAAACCTTCCCACAGAAACACCACACTT
TGCAGCGGCGGAAAGAGACATCACCACCAGCGAGAAGAGAAGGTGGAGAATAAGTTGAGA
GATTCGAAGCTCTTCTGGCCTTATATACCACCGTACTGGTTCCCTTGGCCGTACTC*ACT
CTGCCGCCGTTGC*TACTCTGCCTCCGCTT

QA 3 692 3 692
DS 

RD RR3AO02TF 836 0 0
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TCTTCTCTGTCTTCTCCTTCTAGCTCCTAGCTTGTCACATCAAGCTTTTGGCCGTGGTCG
TGGCCTTTCACCACCGGGAGGAAGCTCGGACCCTTCTTCTCGCATCACAGTCGTCGGAGT
TGTCTACTGCGACACTTGTGCAATCAACACTTTCTCAAGACAGAGCTATTTCTTACAAGG
AGTGGAAGTTCATGTGAGCTGTAGATTCAAAGCGAGTTCACCGAAAACAACAGAGGAAGT
GAACATATCGGTGAACAGAACAACAAACATAAACGGTGTTTACAAGCTCGACATCCCTCA
CGTCGACGGGATAGATTGCGTCGACGGAATAGCCATAGCGTCTCAGTGCAGCGCCAAGCT
GCTCAAACCCTCCTCCGACAACAAC***GTCGGCTGCAACATCCCCGTTTTTCAGACAGC
AGCCAACGAAGTATCTATCAAGTCGAAGCAAGATCGCGTCTGTATCTACAGCTTAAGCGC
ACTCAGCTACAAACCTTCCCACAGAAACACCACACTTTGCAGCGGCGGAAAGAGACATCG
CCACCAGCGAGAGGAGAAGGTGGAGAATAAGTTGAGAGATTCGAAGCTCTTCTGGCCTTA
CATGCCACCGTACTGGTTCCCTTGGCCGTACTCTACTCTGCCACCGTTGCCTACTCTGCC
TCCGCTTCCGTCTTTCCCTTTCCCTTTTCTTCCTTTAGGAAACCCTAATGCATCATTTCC
TGCGTTTGATTGGAGAGATCCTACCACTTGGATACCTTATCTCC
ACGTTTTCCTCC

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR3BH35TF 828 0 0
GGTGGA
AAAAAAGATTAGCCACAATGTATCTTCCTCTTCTCTGTCTTCTCCTTCTAGCTTCTAGCT
TGTCACATCAAGCTTTAGGCCGTGGTCGTGGCCGTTCACCACCGGGAGGAAGCTCGGACC
CTTCTTCTCGCATCACAGTCGTCGGAGTTGTCTACTGTGACACTTGTTCAATCAACACTT
TCTCAAGACAGAGCTATTTCTTACAAGGAGTGGAAGTTCATGTGAGCTGTAGATTCAAAG
CGAGTTCACCGAAAACAACAGAGGAAGTGAACATATCGGTGAACAGAACAACAAACAGAA
ACGGCGTTTACAAGCTCGACATCCCTCACGTCGACGGGATAGATTGCGTCGACGGAATAG
CCATAGCGTCTCAGTGCAGCGCCAAGCTGCTCAAACCCTCCTCCGACAACAACAGCGTCG
GCTGCAACATCCCCGTTTTTCAGACAGCGGCAAACGAAGTATCTATCAAGTCGAAGCTGG
ATCGTGTCTGTATCTACAGCTTAAGCGCACTCAGCTACAAACCTTCCCACAGAAACACCA
CACTTTGCAGCGGCGGAAAGAGACATCACCACCAGCGAGAAGAGAAGGTGGAGAATAAGT
TGAGAGATTCGAAGCTCTTCTGGCCTTATATGCCACCGTACTGGTTCCCTTGGCCGTACT
CAACTCTGCCGCCGTTGCCTACTCTGCCTCCGCTTCCGTCTTTCCCTTTTCCTTTTCTTC
CCTTAGGAAACCCTAACGCATCATTGCCTGCGTTTGACTGGAGAGATCCTACAACATGGA
TACCTTATCTCCCACGCTTTCCTCCAAGTGATAACAATCCTT

QA 7 828 7 828
DS 

RD RR3BA71TF 828 0 0
GGGAA
AAAAAAGATTAGCCACAATGTATCTTCCTCTTCTCTGTCTTCTCCTTCTAGCTTCTAGCT
TGTCACATCAAGCTTTAGGCCGTGGTCGTGGCCGTTCACCACCGGGAGGAAGCTCGGACC
CTTCTTCTCGCATCACAGTCGTCGGAGTTGTCTACTGTGACACTTGTTCAATCAACACTT
TCTCAAGACAGAGCTATTTCTTACAAGGAGTGGAAGTTCATGTGAGCTGTAGATTCAAAG
CGAGTTCACCGAAAACAACAGAGGAAGTGAACATATCGGTGAACAGAACAACAAACAGAA
ACGGCGTTTACAAGCTCGACATCCCTCACGTCGACGGGATAGATTGCGTCGACGGAATAG
CCATAGCGTCTCAGTGCAGCGCCAAGCTGCTCAAACCCTCCTCCGACAACAACAGCGTCG
GCTGCAACATCCCCGTTTTTCAGACAGCAGCAAACGAAGTATCTATCAAGTCGAAGCAGG
ATCGTGTCTGTATCTACAGCTTAAGCGCACTCAGCTACAAACCTTCCCACAGAAACACCA
CACTTTGCAGCGGCGGAAAGAGACATCACCACCAGCGAGAAGAGAAGGTGGAGAATAAGT
TGAGAGATTCGAAGCTCTTCTGGCCTTATATGCCACCGTACTGGTTCCCTTGGCCGTACT
CAACTCTGCCGCCGTTGCCTACTCTGCCTCCGCTTCCGTCTTTCCCTTTTCCTTTTCTTC
CCTTAG*AAACCCTAACGCATCATTGCCTGCGTTTGACTGGAGAGATCCTACAACATGGA
TACCTTATCTCCCACGCTTTCCTCCAAGTGATA*CAATCCTTA

QA 6 828 6 828
DS 

RD RR3BA71JQ 843 0 0
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GACAGAGCTATTTCTTACAAGGAGTGGAAGTTCATGTGAGCTGTAGATTCAAAGCGAGTT
CACCGAAAACAACAGAGGAAGTGAACATATCGGTGAACAGAACAACAAACAGAAACGGCG
TTTACAAGCTCGACATCCCTCACGTCGACGGGATAGATTGCGTCGACGGAATAGCCATAG
CGTCTCAGTGCAGCGCCAAGCTGCTCAAACCCTCCTCCGACAACAACAGCGTCGGCTGCA
ACATCCCCGTTTTTCAGACAGCAGCAAACGAAGTATCTATCAAGTCGAAGCAGGATCGTG
TCTGTATCTACAGCTTAAGCGCACTCAGCTACAAACCTTCCCACAGAAACACCACACTTT
GCAGCGGCGGAAAGAGACATCACCACCAGCGAGAAGAGAAGGTGGAGAATAAGTTGAGAG
ATTCGAAGCTCTTCTGGCCTTATATGCCACCGTACTGGTTCCCTTGGCCGTACTCAACTC
TGCCGCCGTTGCCTACTCTGCCTCCGCTTCCGTCTTTCCCTTTTCCTTTTCTTCCCTTAG
GAAACCCTAACGCATCATTGCCTGCGTTTGACTGGAGAGATCCTACAACATGGATACCTT
ATCTCCCACGCTTTCCTCCAAGTGATAACAATCCTTAGGGCTCAGATTCTCTTCCCTTTT
ACCTTCATATCTTCTCTGTTTCCTCTGTTTTTTTTGTGTGTGTTTTTTATGTGTGATTGA
TTTACTTATTAATGTGTAATTAATTATTTTTCAGATAAACAAAATAAGGATTTGGTTTGA
GAG

QA 1 843 1 843
DS 

RD RR3CH63JQ 766 0 0
CAAGGAGTGGAAGTTCATGTGAGCTGTAGATTCAAAGCGAGTTCACCGAAAACAACAGAG
GAAGTGAACATATCGGTGAACAGAACAACAAACAGAAACGGCGTTTACAAGCTCGACATC
CCTCACGTCGACGGGATAGATTGCGTCGACGGAATAGCCATAGCGTCTCAGTGCAGCGCC
AAGCTGCTCAAACCCTCCTCCGACAACAACAGCGTCGGCTGCAACATCCCCGTTTTTCAG
ACAGCAGCAAACGAAGTATCTATCAAGTCGAAGCAGGATCGTGTCTGTATCTACAGCTTA
AGCGCACTCAGCTACAAACCTTCCCACAGAAACACCACACTTTGCAGCGGCGGAAAGAGA
CATCACCACCAGCGAGAAGAGAAGGTGGAGAATAAGTTGAGAGATTCGAAGCTCTTCTGG
CCTTATATACCACCGTACTGGTTCCCTTGGCCGTACTCAACTCTGCCGCCGTTGCCTACT
CTGCCTCCGCTTCCGTCTTTCCCTTTTCCTTTTCTTCCCTCAGGAAACCCTAACGCATCA
TTGCCTGCGTTTGACTGGAGAGATCCTACAACATGGATACCTTATCTCCCACGCTTTCCT
CCAAGTGATAACAATCCTTAGGGCTCAGATTCTCTTCCCTTTTACCTTCATATCTTCTCT
GTTTCCTCTGTTTTTTTTGTGTGTGTTTTTTATGTGTGATTGATTTACTTATTAATGTGT
AATTAATTATTGTTCAGATAAACAAAATAAGGATTTGGTTTGAGAG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3BH35JQ 813 0 0
GTGACACTTGTTCAATCAACACTTTCTCAAGACAGAGCTATTTCTTACAAGGAGTGGAAG
TTCATGTGAGCTGTAGATTCAAAGCGAGTTCACCGAAAACAACAGAGGAAGTGAACATAT
CGGTGAACAGAACAACAAACAGAAACGGCGTTTACAAGCTCGACATCCCTCACGTCGACG
GGATAGATTGCGTCGACGGAATAGCCATAGCGTCTCAGTGCAGCGCCAAGCTGCTCAAAC
CCTCCTCCGACAACAACAGCGTCGGCTGCAACATCCCCGTTTTTCAGACAGCGGCAAACG
AAGTATCTATCAAGTCGAAGCTGGATCGTGTCTGTATCTACAGCTTAAGCGCACTCAGCT
ACAAACCTTCCCACAGAAACACCACACTTTGCAGCGGCGGAAAGAGACATCACCACCAGC
GAGAAGAGAAGGTGGAGAATAAGTTGAGAGATTCGAAGCTCTTCTGGCCTTATATGCCAC
CGTACTGGTTCCCTTGGCCGTACTCAACTCTGCCGCCGTTGCCTACTCTGCCTCCGCTTC
CGTCTTTCCCTTTTCCTTTTCTTCCCTTAGGAAACCCTAACGCATCATTGCCTGCGTTTG
ACTGGAGAGATCCTACAACATGGATACCTTATCTCCCACGCTTTCCTCCAAGTGATAACA
ATCCTTAGGGCTCAGATTCTCTTCCCTTTTACCTTCATATCTTCTCTGTTTCCTCTGTTT
TTTTTGTGTGTGTTTTTTATGTGTGATTGATTTACTTATTAATGTGTAATTAATTATTGT
TCAGATAAACAAAATAAGGATTTGGTTTGAGAG

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 8

CO CL538Contig1 1176 8 20 U
GTCATCTGATGGATTTATATTAATCTTGAAAATGGAAGTACACAAAGCCAGCAAAGGTGA
TCAAACCTTTCTGGAGCCATAAGCTGGTGGTGATGGACACCATCCAGAAACACAGATTGA
TACTAACACTGAAACCAGAAACTAGACTAAAATTGAAAACAAAGATGAGGAGGATGGTGG
AGATAGATGAGACTGCAACACTGGTGAAGCTGACTGGATACGAGAGAGAGAAATGCACAC
CTAATAAGTTGAGTTGCTAGATAATATCCACGAGCGCTTCCATCCGAGAAATCCGCTCCA
ACGCCACATATAGAACTACCGAGAACTCACCAACAATTAATACAGATTAAGAAGAGCAAA
GAAGGAAACTGGAAGCACTTGAACACCACCAAAACATAACTGAATCGAGAGGGGTTAGAA
TCCTTAACCGTCACTGTAAACACCTTACAATCCCAACTAAAACTCGCCATTGGACCTTGA
GTAGGCTTTCCCCGCGCCTCATACGCACCAACACCTCTCGGCGAAGCCTCTAAAAGCTTC
CCGAACACTACTTATTCACACAGCCGGTAGCTAGATAAAAACCACTCCAAATCCAGAACT
AACACGATTACCTCGCCGGTAATCGAGCAACTATGAAGCATACGTTCCGCAAACCAGCTA
ACACCTTCCGTTCTTCTCACAGGCTCGCAGGCTCTGACCATCAAAGCTCAACAACCACCG
GAGATGATTCCAGTGAGCAGAGACGGCACTCCCAAGACCAACCAATACGCCAAACCACAA
ACGCAGCTAAACCTCACGCACCCTCCACAACGGCCACTGACAGAGACTATGTTAGGTTTT
GGGCCTCACCAAACAGAGAAAATTGGGACAACCAAAACCTAAGCCAACTAAATCCGACCC
CCTACAGATACTCCAAAGTTCCTACAGCTCACCTTCACTCCAGATTAAAAGAGAAAAGCT
TCAAATCGAGATCTGACGACCCGATCTGAATGACTCCGTCTTCTTTCGTCACCAGGGCAA
CAAGCATATCACTGAAGAGAGGAGATCTGTCAGGGGCAAAAAAACAAAGAGCAACGGAGC
CGTAATCGACGCAAGCGCCGTCACGGCCAGAGCGAGATGAAAGAGACGATGTCTTCACGC
GTTCGTCTATAGGAGGTGGTCTAGTTCTCAATCCCC


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 0 0 0 0 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G395JQ U 1
AF RR3BC60JQ U 1
AF RR3DA42TF C 1
AF RR3DA42JQ U 1
AF RR3DS38JQ U 1
AF RR3A387TF C 450
AF RR3G395TF C 506
AF RR3BC60TF C 480
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BS 146 177 RR3BC60JQ
BS 178 178 RR3DA42JQ
BS 179 190 RR3BC60JQ
BS 191 191 RR3DA42JQ
BS 192 223 RR3BC60JQ
BS 224 224 RR3DA42JQ
BS 225 230 RR3BC60JQ
BS 231 231 RR3DA42JQ
BS 232 287 RR3BC60JQ
BS 288 288 RR3DA42JQ
BS 289 305 RR3BC60JQ
BS 306 306 RR3DA42JQ
BS 307 689 RR3BC60JQ
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BS 696 1176 RR3A387TF

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AGATAGATGAGACTGCAACACTGGTGAAGCTGACTGGATACGAGAGAGAGCAATGCACAC
CTAATAAGTTGAGTTGCTAGATAATATCCACGAGCGCTTCCATCCGAGAAATCCGCTCCA
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CCGAACACTACTTATTCACACAGCCGGTAGCTAGATAAAAA

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TACTAACACTGAAACCAGAAACTAAACTAAAATTGAAAACAAAGATGAGGAGGATGGGGG
AGATAGATGAAACTGCAACACTGGTGAAGCTGACTGGATACGAAAGAGAGCAATGCACAC
CTAATAAGTTGAGTTGCTAGATAATATCCACGAGCGCTTCCATCCGAAAAATCCGCTCCA
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ACACCTTCCGTTCTTCTCACAGGCTCGCA

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ACACCTTCCGTTC

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AGATAGATGAGACTGCAACACTGGTGAAGCTGACTGGATACGAGAGAGAGA***GCACAC
CTAATAAGTTGAGTTGCTAGATAATATCCACGAGCGCTTCCATCCGAGAAATCCGCTCCA
ACGCCACATATAGAACTACCGAGAACTCACCAACAATTAATACAGATTAAGAAGAGCAAA
GAAGGAAACTGGAAGCACTTGAACACCACCAAAACGTAACTGAATCGAGAGGGGTTAGAA
TCCTTAACCGTCACTGTAAACACCTTACAATCCCAACTAAAACTCGCCATTGGACCTTGA
GTAGGCTTTCCCCGCGCCTCATACGCACCAACACCTCTCGGCGAAGCCTCTAAAAGCTTC
CCGAACACTACTTATTCACACAGCCGGTAGCTAGATAAAAACCACTCCAAATCCAGAACT
AACACGATTACCTCGCCGGTAATCGAGCAACTATGAAGCATACGTTCCGCAAACCAGCTA
ACACCTTCCGTT

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TACTAACACTGAAGCCAGAAACTAGACTAAAATTGAAAACAAAGATGAGGAGGATGGTGG
AGATAGATGAGACTGCAACACTGGTGAAGCTGACTGGATACGAGAGAGAGCAATGCACAC
CTAATAAGTTGAGTTGCTAGATAATATCCACGAGCGCTTCCATCCGAGAAATCCGCTCCA
ACGCCACATATAGAACTACCGAGAACTCACCAACAATTAATACAGATTAAGAAGAGCAAA
GAAGGAAACTGGAAGCACTTGAACACCACCAAAACATAACTGAATCGAGAGGGGTTAGAA
TCCTTAACCGTCACTGTAAACACCTTACAATCCCAACTAAAACTCGCCATTGGACCTTGA
GTAGGCTTTCCCCGCGCCTCATACGCACCAACACCTCTCGGCGAAGCCTCTAAAAGCTTC
CCGAACACTACTTATTCACACAGCCGGTAGCTAGATAAAAACCACTCCAAATCCAGAACT
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ACACCTTCCGTTCTTCTCACAGGCTC

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AACACCTCTCGGCGAAGCCTCTAAAAGCTTCCCGAACACTACTTATTCACACAGCCGGTA
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TCCCAAGACCAACCAATACGCCAAACCACAAACGCAGCTAAACCTCACGCACCCTCCACA
ACGGCCACTGACAGAGACTATGTTAGGTTTTGGGCCTCACCAAACAGAGAAAATTGGGAC
AACCAAAACCTAAGCCAACTAAATCCGACCCCCTACAGATACTCCAAAGTTCCTACAGCT
CACCTTCACTCCAGATTAAAAGAGAAAAGCTTCAAATCGAGATCTGACGACCCGATCTGA
ATGACTCCGTCTTCTTTCGTCACCAGGGCAACAAGCATATCACTGAAGAGAGGAGATCTG
TCAGGGGCAAAAAAACAAAGAGCAACGGAGCCGTAATCGACGCAAGCGCCGTCACGGCCA
GAGCGAGATGAAAGAGACGATGTCTTCACGCGTTCGTCTATAGGAGGTGGTCTAGTTCTC
AATCCCC

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DS 

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CGCAGGCTCTGACCATCAAAGCTCAACAACCACCGGAGATGATTCCAGTGAGCAGAGACG
GCACTCCCAAGACCAACCAATACGCCAAACCACAAACGCAGCTAAACCTCACGCACCCTC
CACAACGGCCACTGACAGAGACTATGTTAGGTTTTGGGCCTCACCAAACAGAGAAAATTG
GGACAACCAAAACCTAAGCCAACTAAATCCGACCCCCTACAGATACTCCAAAGTTCCTAC
AGCTCACCTTCACTCCAGATTAAAAGAGAAAAGCTTCAAATCGAGATCTGACGACCCGAT
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TCTGTCAGGGGCAAAAAAACAAAGAGCAACGGAGCCGTAATCGACGCAAGCGCCGTCACG
GCCAGAGCGAGATGAAAGAGACGATGTCTTCACGCGTTCGTCTATAGGAGGTGGTCT
CC

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CCCGAACACTACTTATTCACACAGCCGGTAGCTAGATAAAAACCACTCCAAATCCAGAAC
TAACACGATTACCTCGCCGGTAATCGAGCAACTATGAAGCATACGTTCCGCAAACCAGCT
AACACCTTCCGTTCTTCTCACAGGCTCGCAGGCTCTGACCATCAAAGCTCAACAACCACC
GGAGATGATTCCAGTGAGCAGAGACGGCACTCCCAAGACCAACCAATACGCCAAACCACA
AACGCAGCTAAACCTCACGCACCCTCCACAACGGCCACTGACAGAGACTATGTTAGGTTT
TGGGCCTCACCAAACAGAGAAAATTGGGACAACCAGAACCTAAGCCAACTAAATCCGACC
CCCTACAGATACTCCAAAGTTCCTACAGCTCACCTTCACTCCAGATTAAAAGAGAAAAGC
TTCAAATCGAGATCTGACGACCCGATCTGAATGACTCCGTCTTCTTTCGTCACCAGGGCA
ACAAGCATATCACTGAAGAGAGGAGATCTGTCAGGGGCAAAAAAACAAAGAGCAACGGAG
CCGTAATCGACGCAAGCGCCGTCACGGCCAGAGCGAGATGAAAGAGACGATGTCTTCACG
CGTTCGTCTATAGGAGGTGGTCT
CC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 2 8

CO CL539Contig1 744 2 14 U
GGAGAATCAGTTTAGTGGTGTCTGATCTGGTTCTGTCGTTCATGTGGATATGGGCAGGAG
TCTTGGTCAACATCTTAGTCCACGGAGTACTCGGGTTCAGCCGGAAAGATACGACCGGCG
ATATCGTCCGTTATCTATTCTCCGTCATCTCCATGTTCGTCTTCGCTTTCCTTCAGAAAC
TCACCAAAGGTGGACTCTACAACCCTTTGACCGCTTTGGCTTCTGGCGTCTCCGGTGGCT
TCCGCAGTTTCATCTTCTCCGTCGTGGTTCCAATCCCCGTCGAGGTGATGGGATCAATCC
TTGCGGTTAAACATATCATTCACGTTTTCCCTGAGATTGGAAAAGGACCAAAACTGAACG
TAGCAATCCATCACGGCGCTTTAACCGAAGGGATACTAACCTTTTTCATAGTAATGCTCT
CATTAGGACTTACAAGGAAGATCCCTGGAAGTTTCTTCATGAAGACTTGGATTGCTAGTA
TTGCTAAGTTGACTCTCCATGTTCTCGGTTCTGATTTAACCGGTGGATGCATGAACCCAG
CTGCTGTGATGGGATGGGCTTATGCTCGAGGTGAACACATAACAAAGGAGCACTTGCTTG
TGTACTGGCTTGGACCTGTGAAGGCTACTTTGCTCGCTGTTTGGTTCTTCAATGTTGTGT
TTAAGCCTCTCACTGAAGAACAACAAGAGAAACCTAAGTCCAAATCTGAATGAGTAATGA
GGTCAGCTCTCCTCTACATACACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D542TF U 1
AF RR3CU87TF U 65
BS 1 270 RR3D542TF
BS 271 271 RR3CU87TF
BS 272 682 RR3D542TF
BS 683 683 RR3CU87TF
BS 684 700 RR3D542TF
BS 701 701 RR3CU87TF
BS 702 703 RR3D542TF
BS 704 704 RR3CU87TF
BS 705 709 RR3D542TF
BS 710 710 RR3CU87TF
BS 711 721 RR3D542TF
BS 722 722 RR3CU87TF
BS 723 731 RR3D542TF
BS 732 744 RR3CU87TF

RD RR3D542TF 744 0 0
GGAGAATCAGTTTAGTGGTGTCTGATCTGGTTCTGTCGTTCATGTGGATATGGGCAGGAG
TCTTGGTCAACATCTTAGTCCACGGAGTACTCGGGTTCAGCCGGAAAGATACGACCGGCG
ATATCGTCCGTTATCTATTCTCCGTCATCTCCATGTTCGTCTTCGCTTTCCTTCAGAAAC
TCACCAAAGGTGGACTCTACAACCCTTTGACCGCTTTGGCTTCTGGCGTCTCCGGTGGCT
TCCGCAGTTTCATCTTCTCCGTCGTGGTTCGAATCCCCGTCGAGGTGATGGGATCAATCC
TTGCGGTTAAACATATCATTCACGTTTTCCCTGAGATTGGAAAAGGACCAAAACTGAACG
TAGCAATCCATCACGGCGCTTTAACCGAAGGGATACTAACCTTTTTCATAGTAATGCTCT
CATTAGGACTTACAAGGAAGATCCCTGGAAGTTTCTTCATGAAGACTTGGATTGCTAGTA
TTGCTAAGTTGACTCTCCATGTTCTCGGTTCTGATTTAACCGGTGGATGCATGAACCCAG
CTGCTGTGATGGGATGGGCTTATGCTCGAGGTGAACACATAACAAAGGAGCACTTGCTTG
TGTACTGGCTTGGACCTGTGAAGGCTACTTTGCTCGCTGTTTGGTTCTTCAATGTTGTGT
TTAAGCCTCTCACTGAAGAACA*CAAGAGAAACCTAAGTCTAA*TCTGA*TGAGTAATGA
G*TCAGCTCTC
CTCTACATACACA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3CU87TF 680 0 0
GGTCAACATCTTAGTCCACGGAGTACTCGGGTTCAGCCGGAAAGATACGACCGGCGATAT
CGTCCGTTATCTATTCTCCGTCATCTCCATGTTCGTCTTCGCTTTCCTTCAGAAACTCAC
CAAAGGTGGACTCTACAACCCTTTGACCGCTTTGGCTTCTGGCGTCTCCGGTGGCTTCCG
CAGTTTCATCTTCTCCGTCGTGGTTCCAATCCCCGTCGAGGTGATGGGATCAATCCTTGC
GGTTAAACATATTATTCACGTTTTCCCTGAGATTGGAAAAGGACCAAAACTGAACGTAGC
AATCCATCACGGCGCTTTAACCGAAGGGATACTAACCTTTTTCATAGTAATGCTCTCATT
AGGACTTACAAGGAAGATCCCTGGAAGTTTCTTCATGAAGACTTGGATTGCTAGTATTGC
TAAGTTGACTCTCCATGTTCTCGGTTCTGATTTAACCGGTGGATGCATGAACCCAGCTGC
TGTGATGGGATGGGCTTATGCTCGAGGTGAACACATAACAAAGGAGCACTTGCTTGTGTA
CTGGCTTGGACCTGTGAAGGCTACTTTGCTCGCTGTTTGGTTCTTCAATGTTGTGTTTAA
GCCTCTCACTGAAGAACAACAAGAGAAACCTAAGTCCAAATCTGAATGAGTAATGAGGTC
AGCTCTCCTCTACATACACA

QA 1 680 1 680
DS 



CO CL539Contig2 1010 6 21 U
GCAATAAACCAAATACTGTTATCAACCGCATTGCACATTGTATAAAACCAGAATTCACAT
TTTTATTGAACTGATTGATACAACTAAGTTTGCTAAACAACGAAATCATCCCTGGATACA
ACAATATCACCCTTCGTGTGTATTGTAGAGGAGAGCTGACCTCATTACTTATTCAGATTT
GGCCTTAGGTTTCTCTTGATGTTCTTCAGTCAGCGGCTTAAACACAACATCGAAGAACCA
AACAGCGAGCAAAGTAGCCTTGACAGGTCCAAGCCAATACACAAGCAAGTGCTCCTTTGT
TATGTGTTCACCTCGAGCATAAGCCCATCCCATCACAGCAGCTGGGTTCATGCATCCACC
GGTTAAATCAGCACCAAGAACATGAAGAGTCAACTTAGCAATACTAGCAATCCAAGTCTT
CATGAAGAAACTTCCTGGGATCTTCCTTGTAAGTCCTAATGAGAGCATTACTATGGAAAA
GGTTAGTATCCCTTCGGTTAAAGCGCCGTGATGGATTGCTACGTTCAGTTTCGGTCCTTT
TCCAATCTCAGGGAAAACGTGAATGATATGTTTAACCGCAAGGACTGATCCCATCACCTC
GACGGGGATGCGAACCAAGACGGAGAAGATGAAACTGCGGAAGCCAC**CGGAGACGCCA
GAAGCCAAAGCGGTCAAAGGGTTGTAGAGTCCACCTTTGGTGAGTTTCTGAAGGAAAGCG
AAGAGGAACATGGAGATGACGGAGAATAGATAACGGACGATATCGCC*GGTCGTGTCTTT
CCGACTAAACCCAAGTACTCCGTGGACTAAGATGTTGACCAGAACTCCTGCCCATATCCA
CATGAACGACAGAACCAGATCAGAAACCACTAAACTGATTCGACCCATTTTCGATGGAAC
TCAGTTTCTTAGGAAAGTAACCTTTTTTTTTATAATGGTTGGGTCTTGTGAATCTAGCAT
AGAATTGACGCTAGAGACATTTTGTGTTATGTGATGGTGAGTCAAATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN10JQ U 1
AF RR3BL46JQ U 44
AF RR3AV07JQ U 11
AF RR3BL46TF C 143
AF RR3AV07TF C 191
AF RR3DN10TF C 449
BS 1 25 RR3DN10JQ
BS 26 26 RR3AV07JQ
BS 27 351 RR3DN10JQ
BS 352 352 RR3AV07JQ
BS 353 455 RR3DN10JQ
BS 456 456 RR3AV07JQ
BS 457 583 RR3DN10JQ
BS 584 646 RR3AV07JQ
BS 647 649 RR3BL46JQ
BS 650 767 RR3AV07JQ
BS 768 768 RR3BL46JQ
BS 769 798 RR3AV07JQ
BS 799 799 RR3BL46JQ
BS 800 865 RR3AV07JQ
BS 866 866 RR3BL46JQ
BS 867 890 RR3AV07JQ
BS 891 891 RR3BL46TF
BS 892 912 RR3AV07JQ
BS 913 913 RR3AV07TF
BS 914 930 RR3AV07JQ
BS 931 1010 RR3AV07TF

RD RR3DN10JQ 583 0 0
GCAATAAACCAAATACTGTTATCAATCGCATTGCACATTGTATAAAACCAGAATTCACAT
TTTTATTGAACTGATTGATACAACTAAGTTTGCTAAACAACGAAATCATCCCTGGATACA
ACAATATCACCCTTCGTGTGTATTGTAGAGGAGAGCTGACCTCATTACTTATTCAGATTT
GGCCTTAGGTTTCTCTTGATGTTCTTCAGTCAGCGGCTTAAACACAACATCGAAGAACCA
AACAGCGAGCAAAGTAGCCTTGACAGGTCCAAGCCAATACACAAGCAAGTGCTCCTTTGT
TATGTGTTCACCTCGAGCATAAGCCCATCCCATCACAGCAGCTGGGTTCATACATCCACC
GGTTAAATCAGCACCAAGAACATGAAGAGTCAACTTAGCAATACTAGCAATCCAAGTCTT
CATGAAGAAACTTCCTGGGATCTTCCTTGTAAGTCGTAATGAGAGCATTACTATGGAAAA
GGTTAGTATCCCTTCGGTTAAAGCGCCGTGATGGATTGCTACGTTCAGTTTCGGTCCTTT
TCCAATCTCAGGGAAAACGTGAATGATATGTTTAACCGCAAGG

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3BL46JQ 841 0 0
AAAACCAGAATTCACATTTTTATTGAACTGATTGATACAACTAAGTTTGCTAAACAACGA
AATCATCCCTGGATACAACAATATCACCCTTCGTGTGTATTGTAGAGGAGAGCTGACCTC
ATTACTTATTCAGATTTGGCCTTAGGTTTCTCTTGATGTTCTTCAGTCAGCGGCTTAAAC
ACAACATCGAAGAACCAAACAGCGAGCAAAGTAGCCTTGACAGGTCCAAGCCAATACACA
AGCAAGTGCTCCTTTGTTATGTGTTCACCTCGAGCATAAGCCCATCCCATCACAGCAGCT
GGGTTCATGCATCCACCGGTTAAATCAGCACCAAGAACATGAAGAGTCAACTTAGCAATA
CTAGCAATCCAAGTCTTCATGAAGAAACTTCCTGGGATCTTCCTTGTAAGTCCTAATGAG
AGCATTACTATGGAAAAGGTTAGTATCCCTTCGGTTAAAGCGCCGTGATGGATTGCTACG
TTCAGTTTCGGTCCTTTTCCAATCTCAGGGAAAACGTGAATGATATGTTTAACCGCAAGG
ACTGATCCCATCACCTCGACGGGGATGCGAACCAAGACGGAGAAGATGAAACTGCGGAAG
CCAC**CGGAGACGCCAGAAGCCAAAGCGGTCAAAGGGTTGTAGAGTCCACCTTTGGTGA
GTTTCTGAAGGAAAGCGAAGAGGAACATGGAGATGACGGAGAATAGATAACGGACGATAT
CGCC*GGTCGTGTCTTTCCGACTAAACCCAAGTACTCCGTGGACTAAGATGTTGACCAGA
ACTCCTGCCCATATCCACATGAACGACAGA*CCAGATCAGAAACCACTAAACTGATTCGA
C

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR3AV07JQ 924 0 0
TT
ATACTGTTATCAACCGCATTGCACATTGTATAAAACCAGAATTCACATTTTTATTGAACT
GATTGATACAACTAAGTTTGCTAAACAGCGAAATCATCCCTGGATACAACAATATCACCC
TTCGTGTGTATTGTAGAGGAGAGCTGACCTCATTACTTATTCAGATTTGGCCTTAGGTTT
CTCTTGATGTTCTTCAGTCAGCGGCTTAAACACAACATCGAAGAACCAAACAGCGAGCAA
AGTAGCCTTGACAGGTCCAAGCCAATGCACAAGCAAGTGCTCCTTTGTTATGTGTTCACC
TCGAGCATAAGCCCATCCCATCACAGCAGCTGGGTTCATGCATCCACCGGTTAAATCAGC
ACCAAGAACATGAAGAGTCAACTTAGCAATACTAGCAATCCAAGTCTTCATGAAGAAACT
TCCTGGGATCTTCCTTGTAAGTCCTAATGAGAGCATTACTATGGAAAAGGTTAGTATCCC
TTCGGTTAAAGCGCCGTGATGGATTGCTACGTTCAGTTTCGGTCCTTTTCCAATCTCAGG
GAAAACGTGAATGATATGTTTAACCGCAAGGACTGATCCCATCACCTCGACGGGGATGCG
AACCAAGACGGAGAAGATGAAACTGCGGAAGCCAAAGCGGAGACGCCAGAAGCCAAAGCG
GTCAAAGGGTTGTAGAGTCCACCTTTGGTGAGTTTCTGAAGGAAAGCGAAGAGGAACATG
GAGATGACGGAGAATAGATAACGGACGATATCGCCCGGTCGTGTCTTTCCGACTAAACCC
AAGTACCCCGTGGACTAAGATGTTGACCAGAACTCCTGCCCATATCCACATGAACGACAG
AACCAGATCAGAA*CCACTAAACTGATTCGACCCATTT*CGATGGAACTCAGTTTCTTAG
*AAAGTAACCTTTTTTTT
TATA

QA 3 920 3 920
DS 

RD RR3BL46TF 762 0 0
TATGTAGA
GAGAGCTGAC*TCAT*ACTTAT*CAGATTTGGC*TTAGGTTTCTCTTGATGTTCTTCAGT
CAGCGGCTTAAACACAACATCGAAGAACCAAACAGCGAGCAAAGTAGCCTTGACAGGTCC
AAGCCAATACACAAGCAAGTGCTCCTTTGTTATGTGTTCACCTCGAGCATAAGCCCATCC
CATCACAGCAGCTGGGTTCATGCATCCACCGGTTAAATCAGCACCAAGAACATGAAGAGT
CAACTTAGCAATACTAGCAATCCAAGTCTTCATGAAGAAACTTCCTGGGATCTTCCTTGT
AAGTCCTAATGAGAGCATTACTATGGAAAAGGTTAGTATCCCTTCGGTTAAAGCGCCGTG
ATGGATTGCTACGTTCAGTTTCGGTCCTTTTCCAATCTCAGGGAAAACGTGAATGATATG
TTTAACCGCAAGGACTGATCCCATCACCTCGACGGGGATGCGAACCAAGACGGAGAAGAT
GAAACTGCGGAAGCCAC**CGGAGACGCCAGAAGCCAAAGCGGTCAAAGGGTTGTAGAGT
CCACCTTTGGTGAGTTTCTGAAGGAAAGCGAAGAGGAACATGGAGATGACGGAGAATAGA
TAACGGACGATATCGCC*GGTCGTGTCTTTCCGACTAAACCCAAGTACTCCGTGGACTAA
GATGTTGACCAGAACTCCTGCCCATATCCACATGAACGACAGAACCAGATCAGAAACCAC
TAAACTGATTCGACCCATTTTCGATGGAACTC
CC

QA 9 760 9 760
DS 

RD RR3AV07TF 820 0 0
GGTTTCTCTGATGTC
TCAGTCAGCGGCTTAAACACAACATCGAAGAACCAAACAGCGAGCAAAGTAGCCTTGACA
GGTCCAAGCCAATGCACAAGCAAGTGCTC*TTTGTTATGTGTTCAC*TCGAGCATAAGCC
CATCCCATCACAGCAGCTGGGTTCATGCATCCACCGGTTAAATCAGCACCAAGAACATGA
AGAGTCAACTTAGCAATACTAGCAATCCAAGTCTTCATGAAGAAACTTCCTGGGATCTTC
CTTGTAAGTCCTAATGAGAGCATTACTATGGAAAAGGTTAGTATCCCTTCGGTTAAAGCG
CCGTGATGGATTGCTACGTTCAGTTTCGGTCCTTTTCCAATCTCAGGGAAAACGTGAATG
ATATGTTTAACCGCAAGGACTGATCCCATCACCTCGACGGGGATGCGAACCAAGACGGAG
AAGATGAAACTGCGGAAGCCAAAGCGGAGACGCCAGAAGCCAAAGCGGTCAAAGGGTTGT
AGAGTCCACCTTTGGTGAGTTTCTGAAGGAAAGCGAAGAGGAACATGGAGATGACGGAGA
ATAGATAACGGACGATATCGCC*GGTCGTGTCTTTCCGACTAAACCCAAGTACCCCGTGG
ACTAAGATGTTGACCAGAACTCCTGCCCATATCCACATGAACGACAGAACCAGATCAGAA
ACCACTAAACTGATTCGACCCATTTTCGATGGAACTCAGTTTCTTAGGAAAGTAACCTTT
TTTTTTATAATGGTTGGGTCTTGTGAATCTAGCATAGAATTGACGCTAGAGACATTTTGT
GTTATGTGATGGTGAGTCAAATTCC

QA 16 820 16 820
DS 

RD RR3DN10TF 517 0 0
GTAAGTCGTAATGAGAGCATTACTATGGAAAAGGTTAGTATCCCTTCGGTTAAAGCGCCG
TGATGGATTGCTACGTTCAGTTTCGGTCCTTTTCCAATCTCAGGGAAAACGTGAATGATA
TGTTTAACCGCAAGGACTGATCCCATCACCTCGACGGGGATGCGAACCAAGACGGAGAAG
ATGAAACTGCGGAAGCCAC**CGGAGACGCCAGAAGCCAAAGCGGTCAAAGGGTTGTAGA
GTCCACCTTTGGTGAGTTTCTGAAGGAAAGCGAAGAGGAACATGGAGATGACGGAGAATA
GATAACGGACGATATCGCC*GGTCGTGTCTTTCCGACTAAACCCAAGTACTCCGTGGACT
AAGATGTTGACCAGAACTCCTGCCCATATCCACATGAACGACAGAACCAGATCAGAAACC
ACTAAACTGATTCGACCCATTTTCGATGGAACTCAGTTTCTTAGGAAAGTAACCTTTTTT
TT*ATAATGGTTGGGTCTTGTGAATCTAGCATAG
CCC

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 9

CO CL540Contig1 607 9 18 U
GGGAGAAAATAAAATAAAAGAGATCGGTCTGTGAGAAAGAAGCAAAGAAGAAAAATGGCA
GCAACATTTGCAGCTCCATCGACAGTGATAGGTCTCGGAGGATCATCTGTTTCTCCCATC
AAGGCCAAAGCTCTCTCTTCATCATTTATAAAACCAACAATAAGAGCAAAGAACCCTCTG
AAAGTCGCCGGAGCATCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAGCAGAACTGGCTGAGGAGA
GATCTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGGCG
ATAAACGGGAAGAGCCTGTCGGGTCTCTTCTTCGAGAGCATAGGAACTGAGCTCGCTCAC
TTCCCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGATCACCTGGCACTTA
GGTCTCTTCATCTGCCTCACCTTCGGACAAATCGGGTTTAAGGGCAGGACCGAAGATTAC
TTCAAGAAATAAATCATCCATCTTGTTCCATCTTTACTTATTATCTTACATCTCTCTCTT
GGTTCTTCTCCGTGTAATATTATGAATCAAAACTCAGCTTTCTATGGTTTTCTATATTTG
ATGTTCC


BQ
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 55 55 55 55 55 
55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 50 50 50 50 20 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BG25TF U 56
AF RR3BM53JQ C 1
AF RR3BM53TF U 53
AF RR3CN02TF U 2
AF RR3EI28JQ C 2
AF RR3BG25JQ C 56
AF RR3EI28TF U 16
AF RR3GX62JQ C 2
AF RR3GX62TF U 2
BS 1 1 RR3BM53JQ
BS 2 13 RR3CN02TF
BS 14 14 RR3GX62TF
BS 15 31 RR3CN02TF
BS 32 32 RR3EI28TF
BS 33 52 RR3CN02TF
BS 53 155 RR3BM53TF
BS 156 156 RR3CN02TF
BS 157 335 RR3BM53TF
BS 336 336 RR3CN02TF
BS 337 386 RR3BM53TF
BS 387 387 RR3CN02TF
BS 388 455 RR3BM53TF
BS 456 456 RR3CN02TF
BS 457 573 RR3BM53TF
BS 574 593 RR3CN02TF
BS 594 594 RR3EI28TF
BS 595 607 RR3GX62TF

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CCATCAAGGCCAAAGCTCTCTCTTCATCATTTATAAAACCAACAATAAGAGCAAAGAACC
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GGAGAGATCTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTC
CGGCGATAAACGGGAAGAGCCTGTCGGGTCTCTTCTTCGAGAGCATAGGAACTGAGCTCG
CTCACTTCCCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGATCACCTGGC
AC

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DS 

RD RR3BM53JQ 590 0 0
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GCAACATTTGCAGCTCCATCGACAGTGATAGGTCTCGGAGGATCATCTGTTTCTCCCATC
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AAAGTCGCCGGAGCATCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAGCAGAACTGGCTGAGGAGA
GATCTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGGCG
ATAAACGGGAAGAGCCTGTCGGGTCTCTTCTTCGACAGCATAGGAACTGAGCTCGCTCAC
TTCCCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCCCAGTTCTGGTTGTGGTTGATCACCTGGCACTTA
GGTCTCTTCATCTGCCTCACCTTCGGACAAATCGGATTTAAGGGCAGGACCGAAGATTAC
TTCAAGAAATAAATCATCCATCTTGTTCCATCTTTACTTATTATCTTACATCTCTCTCTT
GGTTCTTCTCCGTGTAATATTATGAATCAAAAC
GAAACTTTCTTTCGGTT

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DS 

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CTCCCATCAAGGCCAAAGCTCTCTCTTCATCATTTATAAAACCGACAATAAGAGCAAAGA
ACCCTCTGAAAGTCGCCGGAGCATCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAGCAGAACTGGC
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TTCCGGCGATAAACGGGAAGAGCCTGTCGGGTCTCTTCTTCGACAGCATAGGAACTGAGC
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TCTCTCTTGGTTCTTCTCCGTGTAATATTATGAATCAAAAC
GAAACTTTCTTTCGGTT

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DS 

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AGGCCAAAGCTCTCTCTTCATCATTTATAAAACCAACAATAAGAGCAAAGAACCCTCTGA
AAGTCGCCGGAGCATCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAGCAGAACTGGCTGAGGAGAG
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DS 

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ATCTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGGCGA
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TCAAGAAATAAATCATCCATCTTGTTCCATCTTTACTTATTATCTTACATCTCTCTCTTG
GTTCTTCTCCGTGTAATATTATGAATCAAAACTCAGCTTTCTATGGTTTTCTA
C

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DS 

RD RR3BG25JQ 538 0 0
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CCATCAAGGCCAAAGCTCTCTCTTCATCATTTATAAAACCAACAATAAGAGCAAAGAACC
CTCTGAAAGTCGCCGAAGCATCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAGCAGAACTGGCTGA
GGAGAGATCTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTC
CGGCGATAAACGGGAAGAGCCTGTCGGGTCTCTTCTTCGAGAGCATAGGAACTGAGCTCG
CTCACTTCCCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGATCACCTGGC
ACTTAGGTCTCTTCATCTGCCTCACCTTCGGACAAATCGGGTTTAAGGGCAGGACCGAAG
AATACTTCAAGAAATAAATCATCCATCTTGTTCCATCTTTACTTATTATCTTACATCTCT
CTCTCGGTTCT***CCGTGTAATATTATGAATCAAAACTCAGCTTTCTATGGTTTTCT

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DS 

RD RR3EI28TF 580 0 0
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CCATCGACGGTGATAGGTCTCGGAGGATCATCTGTTTCTCCCATCAAGGCCAAAGCTCTC
TCGTCATCATTTATAAAACCAACAATAAGAGCGAAGAACCCTCTGAAAGTCGCCGGAGCA
TCGGGAGGAAGAGTCACTTGCTTTGAGCAGAACTGGCTGAGGAGAGATCTGAACGTGGTG
GGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGGCGATAAACGGGAAGAGC
CTTTCGGGTCTCTTCTTCGAGAGCATAGGAACTGAACTCGCTCACTTCCCAACTCCTCCT
GCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGATCACCTGGCACTTAGGTCTCTTCATCTGC
CTCACCTTCGGACAAATCGGGTTTAAGGGCAGGACCGAAGATTACTTCAAGAAATAAATC
ATCCATCTTGTTCCATCTTTACTTATTATCTTACATCTCTCTCTTGGTTCTTCTCCGTGT
AATATTATGAATCAAAACTCAGCTTTCTATGGTTTTCTA
C

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DS 

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ATCTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGGCGA
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TCCCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGATCACCTGGCACTTAG
GTCTCTTCATCTGCCTCACCTTCGGACAAATCGGGTTTAAGGGCAGGACCGAAGATTACT
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TGTTCC

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DS 

RD RR3GX62TF 606 0 0
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CAACATTTGCAGCTCCATCGACGGTGATAGGTCTCGGAGGATCATCTGTTTCTCCCATCA
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ATCTGAACGTGGTGGGGTTTGGTCTGATCGGATGGCTAGCTCCGTCGAGTATTCCGGCGA
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TCCCAACTCCTCCTGCTCTCACTTCGCAGTTCTGGTTGTGGTTGATCACCTGGCACTTAG
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GTTCTTCTCCGTGTAATATTATGAATCAAAACTCAGCTTTCTATGGTTTTCTATATTTGA
TGTTCC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 2 9

CO CL541Contig1 953 6 13 U
GGATTTCCCATCTGTCTGTATTGTGAGTTTTGAGAGTAATACAACAAAAGTTGCAAGGTT
TTCCTGCTTAAAGTCATTGCGCGATGGAAAGAGTTGAATCTTATATGTTTAATTTCTCCG
GCGATCAGTCTTCTTCTGAGTCTTTCTCTTCTTCCTCGGCGTCCTCTTCAATTGGGAGGA
ACAGCGACGACGAAGAAGAGTTTCACGGCGAGGGAGAAGAGAACGAAGCTGAGTCTTCCT
ACAAAGGGCCTCTTGATCTGATGGAATCTCTCGAAGAAGTCTTGCCCGTTAGGAAAGGGA
TATCGGACTATTACAGCGGGAAGTCCAAGTCTTTCACGAACTTAGCGGCTGCTGCGTCGG
CGTTGACTTCCTCCTCGTCGATGAAAGACTTGGCGAAACCGGAGAATCCTTACAGCCGTC
GGAGGAGGAACCTCCTCTGCCATCAGATCTGGGAGAACAGCAAAACGACTCCACGTGGCG
GGATCTCGAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGAGCGCTTTGACGCTAGCCATGGCGG
TTGCTGCTGGTGTGATGGCGAGAGAAGGATCTTCTTCTTCTTCAGGAGGAGATGGAGATT
CGTCTTCTTCGCCGGGATCGTCAAGTCCGACGACATCGGGATCTCCTCCGAGGCAGAGAC
ATGGTAGTATGATGCTTCCTCCGCTGTATCCTAGTAGAAGTCGAGAGTCTTTTGGGGACT
TGAAGTCGACTAAGCCGTCGTCGTCTTCGACGGGTTTTTATGCGTGGAGATCGTACTCGG
TGGCGGATATTCCGAGGTGTTTTCCGGCGACGGCTAGTGGTATTGGGTCCAGCGACTCGT
AGGGATGTTAACAGTTGTTTTATTAATTAAATCTTATGTTTTAAAGTTTAACCCTCTTTA
GTTTTCTTTTTTTGGAGTAACGTCCGGAGAATGTATATACGAGTTTCAAATCG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3ES85TF U 13
AF RR3GC90TF U 1
AF RR3CX63TF U 1
AF RR3ES86TF U 12
AF RR3CX63JQ C 167
AF RR3ES86JQ C 370
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BS 413 547 RR3CX63TF
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BS 950 953 RR3ES86JQ

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G
GTCTGTATTGTGAGTTTTGAGAGTAATACAACAAAAGTTGCAAGGTTTTCCTGCTTAAAG
TCATTGCGCGATGGAAAGAGTTGAATCTTATATGTTTAATTTCTC

QA 2 106 2 106
DS 

RD RR3GC90TF 747 0 0
GGATT
TCCCATCTGTCTGTATTGTGAGTTTTGAGAGTAATACAACAAAAGTTGCAAGGTTTTCCT
GCTTAAAGTCATTGCGCGATGGAAAGAGTTGAATCTTATATGTTTAATTTCTCCGGCGAT
CAGTCTTCTTCTGAGTCTTTCTCTTCTTCCTCGGCGTCCTCTTCAATTGGGAGGAACAGC
GACGACGAAGAAGAGTTTCACGGCGAGGGAGAAGAGAACGAAGCTGAGTCTTCCTACAAA
GGGCCTCTTGATCTGATGGAATCTCTCGAAGAAGTCTTGCCCGTTAGGAAAGGGATATCG
GACTATTACAGCGGGAAGTCCAAGTCTTTCACGAACTTAGCGGCTGCTGCGTCGGCGTTG
ACTTCCTCCTCGTCGATGAAAGACTTGGCGAAACCGGAGAATCCTTACAGCCGTCGGAGG
AGGAACCTCCTCTGCCATCAGATCTGGGAGAACAGCAAAACGACTCCACGTGGCGGGATC
TCGAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGAGCGCTTTGACGCTAGCCATGGCGGTTGCT
GCTGGTGTGATGGCGAGAGAAGGATCTTCTTCTTCTTCAGGAGGAGATGGAGATTCGTCT
TCTTCGCCGGGATCGTCAAGTCCGACGACATCGGGATCTCCTCCGAGGCAGAGACATGGT
AGTATGATGCTTCCTCCGCTGTATCCTAGTAGAAGTCGAGAGTCTTTTGGGGACTTGAAG
TCGACTAAGCCGTCGTCGTCTT

QA 6 747 6 747
DS 

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TTCCTGCTTAAAGTCATTGCGCGATGGAAAGAGTTGAATCTTATATGTTTAATTTCTCCG
GCGATCAGTCTTCTTCTGAGTCTTTCTCTTCTTCCTCGGCGTCCTCTTCAATTGGGAGGA
ACAGCGACGACGAAGAAGAGTTTCACGGCGAGGGAGAAGAGAACGAAGCTGAGTCTTCCT
ACAAAGGGCCTCTTGATCTGATGGAATCTCTCGAAGAAGTCTTGCCCGTTAGGAAAGGGA
TATCGGACTATTACAGCGGGAAGTCCAAGTCTTTCACGAACTTAGCGGCTGCTGCGTCGG
CGTTGACTTCCTCCTCGTCGATGAAAGACTTGGCGAAACCGGAGAATCCTTGCAGCCGTC
GGAGGAGGAACCTCCTCTGCCATCAGATCTGGGAGAACAGCAAAACGACTCCACGTGGCG
GGATCTCGAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGAGCGCTTTGACGCTAGCCATGGCGG
TTGCTGCCGGTGTGATGGCGAGAGAAGGATCTTCTTCTTCTTCAGGAGGAGATGGAGATT
CGTCTTCTTCGCCGGGATCGTCAAGTCCGACGACATCGGGATCTCCTCCGAGGCAGAGAC
ATGGTAGTATGATGCTTCCTCCGCTGTATCCTAGTAGAAGTCGAGAGTCTTTTGGGGACT
TGAAGTCGACTAAGCCGTCGTCGTCTTCGACGG**TTTTATGCGTGGAGATCGTACTCG*
TGGCG*ATATTC
GAGGTGTTTCGCGACG

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3ES86TF 794 0 0
GG
GTCTGTATTGTGAGTTTTGAGAGTAATACAACAAAAGTTGCAAGGTTTTCCTGCTTAAAG
TCATTGCGCGATGGAAAGAGTTGAATCTTATATGTTTAATTTCTCCGGCGATCAGTCTTC
TTCTGAGTCTTTCTCTTCTTCCTCGGCGTCCTCTTCAATTGGGAGGAACAGCGACGACGA
AGAAGAGTTTCACGGCGAGGGAGAAGAGAACGAAGCTGAGTCTTCCTACAAAGGGCCTCT
TGATCTGATGGAATCTCTCGAAGAAGTCTTGCCCGTTAGGAAAGGGATATCGGACTATTA
CAGCGGGAAGTCCAAGTCTTTCACGAACTTAGCGGCCGCTGCGTCGGCGTTGACTTCCTC
CTCGTCGATGAAAGACTTGGCGAAACCGGAGAATCCTTACAGCCGTCGGAGGAGGAACCT
CCTCTGCCATCAGATCTGGGAGAACAGCAAAACGACTCCACGTGGCGGGATCTCGAAGAA
ACACGTCATGAGCTCGAGCAGGAGCGCTTTGACGCTAGCCATGGCGGTTGCTGCTGGTGT
GATGGCGAGAGAAGGATCTTCTTCTTCTTCAGGAGGAGATGGAGATTCGTCTTCTTCGCC
GGGATCGTCAAGTCCGACGACATCGGGATCTCCTCCGAGGCAGAGACATGGTAGTATGAT
GCTTCCTCCGCTGTATCCTAGTAGAAGTCGAGAGTCTTTTGGGGACTTGAAGTCGACTAA
GCCGTCGTCGTCTTCGACGG**TTTTATGCGTGGAGATCGTACTCG*TGGCG*ATATTC
CGAGTGTTTCCGC

QA 3 781 3 781
DS 

RD RR3CX63JQ 786 0 0
TTCAATTGGGAGGAACAGCGACGACGAAGAAGAGTT*CACGGCGAGGGAGAAGAGAACGA
AGCTGAGTCTTCCTACAAAGGGCCTCTTGATCTGATGGAATCTCTCGAAGAAGTCTTGCC
CGTTAGGAAAGGGATATCGGACTATTACAGCGGGAAGTCCAAGTCTTTCACGAACTTAGC
GGCTGCTGCGTCGGCGTTGACTTCCTCCTCGTCGATGAAAGACTTGGCGAAACCGGAGAA
TCCTTGCAGCCGTCGGAGGAGGAACCTCCTCTGCCATCAGATCTGGGAGAACAGCAAAAC
GACTCCACGTGGCGGGATCTCGAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGAGCGCTTTGAC
GCTAGCCATGGCGGTTGCTGCCGGTGTGATGGCGAGAGAAGGATCTTCTTCTTCTTCAGG
AGGAGATGGAGATTCGTCTTCTTCGCCGGGATCGTCAAGTCCGACGACATCGGGATCTCC
TCCGAGGCAGAGACATGGTAGTATGATGCTTCCTCCGCTGTATCCTAGTAGAAGTCGAGA
GTCTTTTGGGGACTTGAAGTCGACTAAGCCGTCGTCGTCTTCGACGGGTTTTTATGCGTG
GAGATCGTACTCGGTGGCGGATATTCCGAGGTGTTTTCCGGCGACGGCTAGTGGTATTGG
GTCCAGCGACTCGTAGGGATGTTAACAGTTGTTTTATTAATTAAATCTTATGTTTTAAAG
TTTAACCCTCTTTAGTTTTCTTTTTTTGGAGTAACGTCCGGAGAATGTATATACGAGTTT
CAA
ATC

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3ES86JQ 584 0 0
CCTCCTCGTCGATGAAAGACTTGGCGAAACCGGAGAATCCTTACAGCCGTCGGAGGAGGA
ACCTCCTCTGCCATCAGATCTGGGAGAACAGCAAAACGACTCCACGTGGCGGGATCTCGA
AGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGAGCGCTTTGACGCTAGCCATGGCGGTTGCTGCTG
GTGTGATGGCGAGAGAAGGATCTTCTTCTTCTTCAGGAGGAGATGGAGATTCGTCTTCTT
CGCCGGGATCGTCAAGTCCGACGACATCGGGATCTCCTCCGAGGCAGAGACATGGTAGTA
TGATGCTTCCTCCGCTGTATCCTAGTAGAAGTCGAGAGTCTTTTGGGGACTTGAAGTCGA
CTAAGCCGTCGTCGTCTTCGACGGGTTTTTATGCGTGGAGATCGTACTCGGTGGCGGATA
TTCCGAGGTGTTTTCCGGCGACGGCTAGTGGTATTGGGTCCAGCGACTCGTAGGGATGTT
AACAGTTGTTTTATTAATTAAATCTTATGTTTTAAAGTTTAACCCTCTTTAGTTTTCTTT
TTTTGGAGTAACGTCCGGAGAATGTATATACGAGTTTCAAATCG

QA 1 584 1 584
DS 



CO CL541Contig2 981 3 3 U
GGATCCCATCTGTATGTATTGTGAGTTTTGAGAGTAACATAACAAAAGTTGCAAGGGTTT
TCTGCTAAACAGCTAAAGTCATTGCGCGATGGATAGAGTTGAATCTTATATGTTTAATTT
CTCCGGAGATCAGTCTTCTTCTGAGTCTTTCTCTTCTTCTTCGGCGTCTTCTTCAATTGG
GAGGAACAGCGACGAAGAAGAAGAGTTTCACGGCGAGGGAGAAGAGAACAACGAAGCTGA
GTCTTCCTACAAAGGTCCTCTTGATCTGATGGAATCTCTAGAAGAAGTCTTGCCCGTTAG
GAAAGGGATATCGAACTATTACAGCGGGAAGTCCAAGTCTTTCACGAACTTAGCGGCGGC
TGCCTCGGCGTTGAGTTCCTCCTCGTCGATGAAAGACTTGGCGAAGCCGGAGAATCCATA
CAGCCGTCGTCGGAGGAATCTCCTCTGCCATCAGATCTGGGAGAACAGCAAAACGACTCC
ACGTGGCGGGATCTCGAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGAGCGCTTTGACGCTGGC
CATGGCGGTCGCTGCTGGGGTGATGGCGAGAGAAAGATCTTCTTCTTCCTCTTCTTCGGG
AGGAGATTCATCTTCTTCGCCGGGATCTTCAAGTCCGACGACGTCGGGATCTCCTCCGAG
GCAGAGACGTGGTGGTAGCAGTAGTCAGATGACGATGATGCTTCCTCCGCTGTATCCTAG
TAGAAGTCGAGAGTCTTTTGGGGATTTAAAGTCGACTCAGTCGTCGTCTTCGACGGGTTT
TTGTGCGTGGAGATCGTACTCGGTGGCGGATATTCCGAGGTCTTTTCCGGCGACGGCTAG
TGGTATTGGGTCCAGCGACTCGTAGGGATGTTAACAGTTGTTTTATTAAATGAAATCTAT
GTTTTAAAGTTTAACCCTTTTTAGTATTTTTTCTTTTTGGAGTAACGTCCGGAGAATGTA
TATACGAGTTTCAATCAAATC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO17TF U 1
AF RR3EY67TF U 1
AF RR3EY67JQ C 404
BS 1 581 RR3DO17TF
BS 582 618 RR3EY67TF
BS 619 981 RR3EY67JQ

RD RR3DO17TF 581 0 0
GGATCCCATCTGTATGTATTGTGAGTTTTGAGAGTAACATAACAAAAGTTGCAAGGGTTT
TCTGCTAAACAGCTAAAGTCATTGCGCGATGGATAGAGTTGAATCTTATATGTTTAATTT
CTCCGGAGATCAGTCTTCTTCTGAGTCTTTCTCTTCTTCTTCGGCGTCTTCTTCAATTGG
GAGGAACAGCGACGAAGAAGAAGAGTTTCACGGCGAGGGAGAAGAGAACAACGAAGCTGA
GTCTTCCTACAAAGGTCCTCTTGATCTGATGGAATCTCTAGAAGAAGTCTTGCCCGTTAG
GAAAGGGATATCGAACTATTACAGCGGGAAGTCCAAGTCTTTCACGAACTTAGCGGCGGC
TGCCTCGGCGTTGAGTTCCTCCTCGTCGATGAAAGACTTGGCGAAGCCGGAGAATCCATA
CAGCCGTCGTCGGAGGAATCTCCTCTGCCATCAGATCTGGGAGAACAGCAAAACGACTCC
ACGTGGCGGGATCTCGAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGAGCGCTTTGACGCTGGC
CATGGCGGTCGCTGCTGGGGTGATGGCGAGAGAAAGATCTT

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3EY67TF 618 0 0
GGA
TCCCATCTGTATGTATTGTGAGTTTTGAGAGTAACATAACAAAAGTTGCAAGGGTTTTCT
GCTAAACAGCTAAAGTCATTGCGCGATGGATAGAGTTGAATCTTATATGTTTAATTTCTC
CGGAGATCAGTCTTCTTCTGAGTCTTTCTCTTCTTCTTCGGCGTCTTCTTCAATTGGGAG
GAACAGCGACGAAGAAGAAGAGTTTCACGGCGAGGGAGAAGAGAACAACGAAGCTGAGTC
TTCCTACAAAGGTCCTCTTGATCTGATGGAATCTCTAGAAGAAGTCTTGCCCGTTAGGAA
AGGGATATCGAACTATTACAGCGGGAAGTCCAAGTCTTTCACGAACTTAGCGGCGGCTGC
CTCGGCGTTGAGTTCCTCCTCGTCGATGAAAGACTTGGCGAAGCCGGAGAATCCATACAG
CCGTCGTCGGAGGAATCTCCTCTGCCATCAGATCTGGGAGAACAGCAAAACGACTCCACG
TGGCGGGATCTCGAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAG*AGCGCTTTGACGCTGGCCAT
GGCGGTCGCTGCTGGGGTGATGGCGAGAGAA*GATCTTCTTCTTCCTCTTCTTCGGGAGG
AGATTCATCTTCTTC

QA 4 618 4 618
DS 

RD RR3EY67JQ 578 0 0
AAG
CCGGAGAATCCATACAGCCGTCGTCGGAGGAATCTCCTCTGCCATCAGATCTGGGAGAAC
AGCAAAACGACTCCACGTGGCGGGATCTCGAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGAGC
GCTTTGACGCTGGCCATGGCGGTCGCTGCTGGGGTGATGGCGAGAGAAGGATCTTCTTCT
TCCTCTTCTTCGGGAGGAGATTCATCTTCTTCGCCGGGATCTTCAAGTCCGACGACGTCG
GGATCTCCTCCGAGGCAGAGACGTGGTGGTAGCAGTAGTCAGATGACGATGATGCTTCCT
CCGCTGTATCCTAGTAGAAGTCGAGAGTCTTTTGGGGATTTAAAGTCGACTCAGTCGTCG
TCTTCGACGGGTTTTTGTGCGTGGAGATCGTACTCGGTGGCGGATATTCCGAGGTCTTTT
CCGGCGACGGCTAGTGGTATTGGGTCCAGCGACTCGTAGGGATGTTAACAGTTGTTTTAT
TAAATGAAATCTATGTTTTAAAGTTTAACCCTTTTTAGTATTTTTTCTTTTTGGAGTAAC
GTCCGGAGAATGTATATACGAGTTTCAATCAAATC

QA 4 578 4 578
DS 



AS 1 7

CO CL542Contig1 1311 7 41 U
TTTTTTATTAAACTCTGTTTCCATCTCTTCTACTTAGGCTGTTAGCAATGAAAGGAGGCA
CCGGCTCGTTTCTCTGCGTTCTTCTCATCTCCACCATCACCTCCGTCGTCTGCTTCCGTG
ACGGGATGTTACCAAACGGTGATTTTGAGCTAGGACCAAAACCATCGGACATGAAAGGAA
CACAAGTGCTAAACAAGAACGCTATTCCAAGCTGGGAGCTTACAGGCTTCGTCGAATACA
TAAAATCCGGTCAGAAACAAGGAGACATGCTCCTAGTAGTCCCCGCCGGAAAATTCGCCA
TCCGGCTAGGAAACGAAGCATCGATCAAACAGAGACTTAACGTGACAAAAGGAATGTATT
ACTCGCTCACGTTCAGTGCCGCAAGGACTTGTGCTCAAGACGAACGGCTCAACATATCGG
TGGCACCTGACTCGGGCATCATTCCTATACAGACGGTGTACAGTAGCAGTGGATGGGACC
TATACGCTTGGGCGTTTCAAGCCGAGAGTAACGTGGCAGAGATCGTGATTCATAATCCTG
GCGAGGAAGAAGATCCTGCTTGTGGACCACTTATTGATGGTGTTGCAATCAAGGCCCTGT
ACCCTCCAAGACCTACCAATAAGAACATATTGAAAAACGGAGGATTCGAAGAAGGTCCCT
ATCTACTCCCAAACTCCACAACCGGCGTTTTGATTCCTCCCTTCATAGAAGATGATCACT
CTCCTTTACCCGCTTGGATGATCGAATCCCTCAAATCCGTCAAATACGTTGACGTCGAGC
ACTTTTCAGTCCCACAAGGCCGTCGTGCCGTCGAGCTAGTTGCGGGGAAAGAAAGCGCGA
TCGCTCAGGTGGCTAGGACCATCATAGGGAAGACTTACGTGCTTTCTTTTGCGGTTGGAG
ATGCTAACAACGCGTGCGAAGGCTCGATGATAGTCGAGGCGTTTGCGGGAAGGGACACGT
TAAAGGTTCCTTACGAGTCGAAAGGAAAGGGAGGCTTCAAACGCGCTTCTTTGCGGTTTG
TGGCGGTTTCTACCCGCACGAGGGTTATGTTTTACAGCACGTTTTACGCGATGAGAAGCG
ATGATTTCTCGTCTCTGTGTGGCCCCGTGATCGACGATGTTAAGCTCCTCAGCGTTCGCA
AGGCTTAAAATGGTCCTTGTTTTATTTTAAAGGTTTTTTCGTATAAGGAGTGTGGGCTTT
TTCTAAAAAGTAATTTTTATCTCTGGTGCTTTTTAAATGAGATGATTTATATACCGAGTG
AGTTGTTATGGCATAGAGTTATTATATATAAAACAGAAATGTCTTGCTTAT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

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***ATATAAAACAGAAATGTCTTGC

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DS 



AS 1 9

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TCAAGTTGTATTCTTTTTTTTTTTCTGTATCCTGCTGGTTTTGTTTATATTTTCTATATG
ATTTACTGGTAGTCTCTTTAGAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 0 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GW72TF U 63
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AF RR3G690TF U 1
AF RR3BH47TF U 63
AF RR3BG39TF U 68
AF RR3G690JQ C 337
AF RR3BH47JQ C 252
AF RR3BG39JQ C 228
AF RR3GW72JQ C 450
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BS 723 723 RR3BH47TF
BS 724 740 RR3G690TF
BS 741 754 RR3BH47TF
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BS 756 768 RR3BH47TF
BS 769 769 RR3BG39TF
BS 770 808 RR3BH47TF
BS 809 837 RR3BG39TF
BS 838 838 RR3BG39JQ
BS 839 880 RR3BG39TF
BS 881 881 RR3BG39JQ
BS 882 893 RR3BG39TF
BS 894 1051 RR3BG39JQ
BS 1052 1052 RR3G690JQ
BS 1053 1056 RR3BG39JQ
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BS 1058 1154 RR3BG39JQ
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GGATTTT
GTTTTGGGGCGTGTTTCACCTTAACCATCGCCAGCTTCAACCGCCGGAGCTGCCGTAAGG
AAGGCTCTTCATCGGCCATAACATATTTTGTGGTCTATAAAGCTGTCGCCTTTCTTGCCT
TTTCATACGGACTAGGAAATGGTTAAAAG***GCATGGAGAGTTTTGATTTACTAGAGAG
GGGATCGTGTCGCAGTGCGTAGACGGTTTTAGGCATGTATGCAACTCTTTGTTGCGGTGT
TTTGATATTGATATAGGCAAATCTTCTGGAGGCCCTGGAGACCCTGAACTACTTGCCAGA
GACACTGTTTTTGGCGTGAGTGAAATAGAAGCTCTCTATGAGCTGTTTAAAAAAATCAGC
AGTGCGGTGATTGATGATGGGCTAATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTTGCCTTATTTAAG
ACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGGTGTTCGATTTGTTCGACACAAAGCAT
AACGGAATACTGGGGTTTGAGGAGTTTGCTCGTGCTGCTCTCCGTTTTTCATCCAGATGC
TCCTATTGATAACAAGATTGACTTTTCGTTTCAGCTGTATGATCTTAAGC

QA 8 597 8 597
DS 

RD RR3EB18TF 575 0 0
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CTATAAAGCTGTCGCCTTTCTTGCCTTTTCATACGGACTAGGAAATGGTTAAAAGCAGGC
ATGGAGAGTTTTGATTTACTAGAGAGGGGATCATGTCGCAGTGCGTAGACGGTTTTAGGC
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CTGGAGACCCTGAACTACTTGCCAGAGACACTGTTTTTGGCGTGAGTGAAATAGAAGCTC
TCTACGAGCTGTTTAAAAAAATCAGCAGTGCGGTAATTGATGATGGGCTAATAAACAAGG
AAGAGTTTCAACTTGCCTTATTTAAGACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGG
TGTTCGATTTGTTCGACACAAAGCATAACGGAATACTGGGGTTTGAGGAGTTTGCTCGTG
CT*CTCTCCGTTTTTCATCCAGATGCTCCTATTGATAACAAGATTGACTTTTCGTTTCAG
CTGTATGATCTTAAGCAGCAAGGTTTCATCGAGAG

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DS 

RD RR3G690TF 740 0 0
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TTTTGTTTTGTTTTGGGGCGTGTTTCACCTTAACCATCGCCAGCTTCAACCGCCGGAGCT
GCCGTAAGGAAGGCTCTTCATCGGCCATAACATATTTTGTGGTCTATAAAGCTGTCGCCT
TTCTTGCCTTTTCATACGGACTAGGAAATGGTTAAAAG***GCATGGAGAGTTTTGATTT
ACTAGAGAGGGGATCATGTCGCAGTGCGTAGACGGTTTTAGGCATGTATGCAACTCTTTG
TTGCGGTGTTTTGATATTGATATAGGCAAATCTTCTGGAGGCCCTGGAGACCCTGAACTA
CTTGCCAGAGACACTGTTTTTGGCGTGAGTGAAATAGAAGCTCTCTATGAGCTGTTTAAA
AAAATCAGCAGTGCGGTGATTGATGATGGGCTAATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTTGCC
TTATTTAAGACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGGTGTTCGATTTGTTCGAC
ACAAAGCATAACGGAATACTGGGGTTTGAGGAGTTTGCTCGTGCT*CTCTCCGTTTTTCA
TCCAGATGCTCCTATTGATAACAAGATTGACTTTTCGTTTCAGCTGTATGATCTTAAGCA
GCAAGGTTTCATCGAGAGGCAGGAGGTGAAGCAAATGGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGTC
AG*CATGAACCTATCAGACG

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DS 

RD RR3BH47TF 746 0 0
GGGTTTT
GTTTTGGGGCGTGTTTCACCTTAACCATCGCCAGCTTCAACCGCCGGAGCTGCCGTAAGG
AAGGCTCTTCATCGGCCATAACATATTTTGTGGTCTATAAAGCTGTCGCCTTTCTTGCCT
TTTCATACGGACTAGGAAATGGTTAAAAG***GCATGGAGAGTTTTGATTTACTAGAGAG
GGGATCATGTCGCAATGCGTAGACGGTTTTAGGCATGTATGCAACTCTTTGTTGCGGTGT
TTTGATATTGATATAGGCAAATCTTCTGGAGGCCCTGGAGACCCTGAACTACTTGCCAGA
GACACTGTCTTTGGCGTGAGTGAAATAGAAGCTCTCTATGAGCTGTTTAAAAAAATCAGC
AGTGCGGTGATTGATGATGGGCTAATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTTGCCTTATTTAAG
ACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGGTGTTCGATTTGTTCGACACAAAGCAT
AACGGAATACTGGGGTTTGAGGAGTTTGCTCGTGCT*CTCTCCGTTTTTCATCCAGATGC
TCCTATTGATAACAAGATTGACTTTTCGTTTCAGCTGTATGATCTTAAGCAGCAAGGTTT
CATCGAGAGGCAGGAGGTGAAGCAAATGGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGTCAGGCATGAA
CCTATCAGACGAAGTCATAGAGAGTGTAATCGACAAGACGTTTGAGGAAGCTGATACAAA
ACATGACGGGAGGATCGAT

QA 8 746 8 746
DS 

RD RR3BG39TF 826 0 0
GG
GTTTTGGGGCGTGTTTCGCCTTAACCATCGCCAGCTTCAACCGCCGGAGCTGCCGTAAGG
AAGGCTCTTCATCGGCCATAACATATTTTGTGGTCTATAAAGCTGTCGCCTTTCTTGCCT
TTTCATACGGACTAGGAAATGGTTAAAAGCAGGCATGGAGAGTTTTGATTTACTAGAGAG
GGGATCATGTCGCAGTGCGTAGACGGTTTTAGGCATGTATGCAACTCTTTGTTGCGGTGT
TTTGATATTGATATAGGCAAATCTTCTGGAGGCCCTGGAGACCCTGAACTACTTGCCAGA
GACACTGTTTTTGGCGTGAGTGAAATAGAAGCTCTCTATGAGCTGTTTAAAAAAATCAGC
AGTGCGGTGATTGATGATGGGCTAATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTTGCCTTATTTAAG
ACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGGTGTTCGATTTGTTCGACACAAAGCAT
AACGGAATACTGGGGTTTGAGGAGTTTGCTCGTGCT*CTCTCCGTTTTTCATCCAGATGC
TCCTATTGATAACAAGATTGACTTTTCGTTTCAGCTGTATGATCTTAAGCAGCAAGGTTT
CATCGAGAGGCAGGAGGTGAAGCAAATGGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGTCAGGCATGAA
CCTATCAGACGAAGTCATAGAGAGTATAATCGACAAGACATTTGAGGAAGCTGATACAAA
ACATGACGGGAGGATCGATAGGGAAGAGTGGAGGATCCTTGTTCTTAG*CACCCTTCGCT
TCTGAAAAACATGACTCTTCAGTATCTCAAG*ATATCACGACTA

QA 3 826 3 826
DS 

RD RR3G690JQ 771 0 0
GGAGGCCCTGGAGACC*TGAACTACTTGCCAGAGACACTGTTTTTGGCGTGAGTGAAATA
GAAGCTCTCTATGAGCTGTTTAAAAAAATCAGCAGTGCGGTGATTGATGATGGGCTAATA
AACAAGGAAGAGTTTCAACTTGCCTTATTTAAGACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCA
GACCGGGTGTTCGATTTGTTCGACACAAAGCATAACGGAATACTGGGGTTTGAGGAGTTT
GCTCGTGCT*CTCTCCGTTTTTCATCCAGATGCTCCTATTGATAACAAGATTGACTTTTC
GTTTCAGCTGTATGATCTTAAGCAGCAAGGTTTCATCGAGAGGCAGGAGGTGAAGCAAAT
GGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGTCAGGCATGAACCTATCAGACGAAGTCATAGAGAGTAT
AATCGACAAGACATTTGAGGAAGCTGATACAAAACATGACGGGAGGATCGATAGGGAAGA
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CAAGGATATCACGACTACGTTTCCGAGCTTTGTGTTTCATTCACAGGTGGAAGATACCTG
AGAAAAGCATTTACTAGAGCATCAGACAACTTGGCAGTTGTGTTTTGTGTGTTTCTGAGT
GTATCATGTTTATTTTGTTTCAGTCTGAAAATCCAGTTCCAAGAGTTTGTTGTTTCTTCT
CTGAAAAACAGAAAGAGAAAACTTTCAAGTTGTATTCTTTTTTTTTT
CTGT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3BH47JQ 846 0 0
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TGATATTGATATAGGCAAATCTTCTGGAGGCCCTGGAGACCCTGAACTACTTGCCAGAGA
CACTGTCTTTGGCGTGAGTGAAATAGAAGCTCTCTATGAGCTGTTTAAAAAAATCAGCAG
TGCGGTGATTGATGATGGGCTAATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTTGCCTTATTTAAGAC
AAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGGTGTTCGATTTGTTCGACACAAAGCATAA
CGGAATACTGGGGTTTGAGGAGTTTGCTCGTGCT*CTCTCCGTTTTTCATCCAGATGCTC
CTATTGATAACAAGATTGACTTTTCGTTTCAGCTGTATGATCTTAAGCAGCAAGGTTTCA
TCGAGAGGCAGGAGGTGAAGCAAATGGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGTCAGGCATGAACC
TATCAGACGAAGTCATAGAGAGTGTAATCGACAAGACGTTTGAGGAAGCTGATACAAAAC
ATGACGGGAGGATCGATAGGGAAGAGTGGAGGATCCTTGTTCTTAGGCACCCTTCGCTTC
TGAAAAACATGACTCTTCAGTATCTCAAGGATATCACGACTACGTTTCCGAGCTTTGTGT
TTCATTCACAGGTGGAAGATACCTGAGAAAAGCATTTACTAGAGCATCAGACAACTTGGC
AGTTGTGTTTTGTGTGTTTCTGAGTGTATCATGTTTATTTTGTTTCAGTCTGAAAATCCA
GTTCCAAGAGTTTGTTGTTTCTTTTCTGAAAAACAGAAAGAGAAAACTTTCAAGTTGTAT
TCTTTT

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR3BG39JQ 928 0 0
AGAGTTTTGATTTACTAGAGAGGGGATCATGTCGCAGTGCGTAGACGGTTTTAGGCATGT
ATGCAACTCTTTGTTGCGGTGTTTTGATATTGATATAGGCAAATCTTCTGGAGGCCCTGG
AGACCCTGAACTACTTGCCAGAGACACTGTTTTTGGCGTGAGTGAAATAGAAGCTCTCTA
TGAGCTGTTTAAAAAAATCAGCAGTGCGGTGATTGATGATGGGCTAATAAACAAGGAAGA
GTTTCAACTTGCCTTATTTAAGACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGGTGTT
CGATTTGTTCGACACAAAGCATAACGGAATACTGGGGTTTGAGGAGTTTGCTCGTGCT*C
TCTCCGTTTTTCATCCAGATGCTCCTATTGATAACAAGATTGACTTTTCGTTTCAGCTGT
ATGATCTTAAGCAGCAAGGTTTCATCGAGAGGCAGGAGGTGAAGCAAATGGTGGTGGCTA
CTCTTGCTGAGTCAGGCATGAACCTATCAGACGAAGTCATAGAGAGTATAATCGACAAGA
CATTTGAGGAAGCTGATACAAAACATGACGGGAGGATCGATAGGGAAGAGTGGAGGATCC
TTGTTTTTAGGCACCCTTCGCTTTTGAAAAACATGACTCTTCAGTATCTCAAGGATATCA
CGACTACGTTTCCGAGCTTTGTGTTTCATTCACAGGTGGAAGATACCTGAGAAAAGCATT
TACTAGAGCATCAGACAACTTGGCAGTTGTGTTTTGTGTGTTTCTGAGTGTATCATGTTT
ATTTTGTTTCAGTCTGAAAATCCAGTTCCAAGAGTTTGTTGTTTTTTCTTTGAAAAACAG
AAAGAGAAAACTTTCAAGTTGTATTCTTTTTTTTTTTCTGTATCCTGCTGGTTTTGTTTA
TATTTTCTATATGATTTACTGGTAGTC
G

QA 1 927 1 927
DS 

RD RR3GW72JQ 716 0 0
GCTAATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTTGCCTTATTTAAGACAAATAAAAAAGAGAGCTT
GTTTGCAGACCGGGTGTTCGATTTGTTCGACACAAAGCATAACGGAATACTGGGGTTTGA
GGAGTTTGCTCGTGCTGCTCTCCGTTTTTCATCCAGATGCTCCTATTGATAACAAGATTG
ACTTTTCGTTTCAGCTGTATGATCTTAAGCAGCAAGGTTTCATCGAGAGGCAGGAGGTGA
AGCAAATGGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGTCAGGCATGAACCTATCAGACGAAGTCATAG
AGAGTATAATCGACAAGACATTTGAGGAAGCTGATACAAAACATGACGGGAGGATCGATA
GGGAAGAGTGGAGGATCCTTGTTCTTAGGCACCCTTCGCTTCTGAAAAACATGACTCTTC
AGTATCTCAAGGATATCACGACTACGTTTCCGAGCTTTGTGTTTCATTCACAGGTGGAAG
ATACCTGAGAAAAGCATTTACTAGAGCATCAGACAACTTGGCAGTTGTGTTTTGTGTGTT
TCTGAGTGTATCATGTTTATTTTGTTTCAGTCTGAAAATCTAGTTCCAAGAGTTTGTTGT
TTCTTTTCTGAAAAACAGAAAGAGAAAACTTTCAAGTTGTATTCTTTTTTTTTTTCTGTA
TCCTGCTGGTTTTGTTTATATTTTCTATATGATTTACTGGTAGTCTCTTTAGAGTC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 2 9

CO CL544Contig1 739 4 16 U
GGGATTTCCACCGCACTGCCTCCATCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACCAGT
ACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTACCGGA
TGAAGCTCTGGGCCACGAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTGAGGA
AGCTCAAGAAGGTGAAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTGAGA
AGAACCCGACAACGATCAAGAACTTCGGGATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGGAT
ACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTCGAGCAGATGT
ACACCGAGATGGCGTCCCGGCATCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATTAAGACCG
CGACAGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGCAAGA
TCAAGTTCCCGTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACCACTT
ACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATGTGGGTGAGGTTATTCTATCTGCTGCT
TTTGCTCTTCTCGGATATTTTTGGTTTTTTTTAGGCATTTCCATGGAACTAAACTCGACT
TTCTTTGGATTTTGTGGTTCTTGTTACTTCATGCTTATGGAAAACACTTTTTGTTTCTTA
ATTTATATGTTATCTTTTT


BQ
10 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG62TF U 1
AF RR3G029JQ C 34
AF RR3G029TF U -2
AF RR3AQ05TF U 2
BS 1 177 RR3CG62TF
BS 178 178 RR3AQ05TF
BS 179 382 RR3CG62TF
BS 383 383 RR3G029TF
BS 384 419 RR3CG62TF
BS 420 420 RR3AQ05TF
BS 421 477 RR3CG62TF
BS 478 478 RR3AQ05TF
BS 479 538 RR3CG62TF
BS 539 539 RR3AQ05TF
BS 540 631 RR3CG62TF
BS 632 634 RR3AQ05TF
BS 635 643 RR3CG62TF
BS 644 644 RR3AQ05TF
BS 645 703 RR3CG62TF
BS 704 739 RR3AQ05TF

RD RR3CG62TF 706 0 0
GGGATTTCCACCGCACTGCCTCCATCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACCAGT
ACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTACCGGA
TGAAGCTCTGGGCCACGAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTGATGA
AGCTCAAGAAGGTGAAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTGAGA
AGAACCCGACAACGATCAAGAACTTCGGGATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGGAT
ACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTCGAGCAGATGT
ACACCGAGATGGCGTCCCGGCACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATTAAGACCT
CGACAGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGCAGGA
TCAAGTTCCCGTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACCACCT
ACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATGTGGGTGAGGTTATTCTATCTGCTGCT
TTTGCTCTTCTCGGATATTTTTGGTTTTTTTA**GCATTTCCACGGAACTAAACTCGACT
TTCTTTGGATTTTGTGGTTCTTGTTACTTCATGCTTATGGAAA
CAC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3G029JQ 686 0 0
AAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACCAGTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGA
AGGATGTGCAACCCAAGATTTACCGGATGAAGCTTTGGGCCACGAACGAGGTTCGCGCCA
AGTCCAAGTTTTGGTACTTTTTGAGGAAGCTCAAGAAGGTGAAGAAGAGTAACGGTCAGA
TGCTCGCCATCAACGAGATTTTTGAGAAGAACCCGACAACGATCAAGAACTTCGGGATTT
GGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCA
CCTTGAACGGTGCCGTCGAGCAGATGTACACCGAGATGGCGTCCCGGCATCGTGTCAGGT
TCCCTTGCATTCAGATCATTAAGACCGCGACAGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGA
GCACCAAACAGTTTCACAATAGCAAGATCAAGTTCCCGTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGAC
CACCTACCAGGAAGCTCAAGACCACTTACAAGGCCTTTAAGCCCAACTTGTTTATGTAAT
GTGGGTGAGGTTATTCTATTTGCTGCTTTTGCTCTTTTCGGATATTTTTGGTTTTTTTTA
GGCATTTCCATGGAACTAAACTCGACTTTCTTTGGATTTTGTGGTTCTTGTTACTTCATG
CTTATGGAAAACACTTTTTGT
TTTTT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3G029TF 717 0 0
GGCCT
GATTTCCACCGCACTGCCTCCATCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACCAGTAC
CAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTACCGGATG
AAGCTCTGGGCCACGAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTGAGGAAG
CTCAAGAAGGTGAAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTGAGAAG
AACCCGACAACGATCAAGAACTTCGGGATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGGATAC
CACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTCGAGCAGATGTAC
ACCGAGATGGCGTCCCGGCATCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATTAAGACCGCG
ACAGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGCAAGATC
AAGTTCCCGTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACCACTTAC
AAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATGTGGGTGAGGTTATTCTATCTGCTGCTTT
TGCTCTTCTCGGATATTTTTGGTTTTTTTTAGGCATTTCCATGGAACTAAACTCGACTTT
CTTTGGATTTTGTGGTTCTTGTTACTTCATGCTTATGGAAAACACTTTTTGT

QA 6 717 6 717
DS 

RD RR3AQ05TF 738 0 0
GGATTTCCACCGCACTGCCTCCATCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACCAGTA
CCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTACCGGAT
GAAGCTCTGGGCCACGAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTGAGGAA
GCTCAAGAAGGTGAAGAAGAGTAACGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTGAGAA
GAACCCGACAACGATCAAGAACTTCGGGATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGGATA
CCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTCGAGCAGATGTA
CACCGAGATGGCGTCCCGGCACCGTGTCAGGTTCCCCTGCATTCAGATCATTAAGACCGC
GACAGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGCAAGAT
CAAGTTCCCGTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACCACTTA
CAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATGTGGGTGAGGTTATTCTATCTGCTGCTT
TTGCTCTTCTCGGATATTTTTGGTTTTTTTTAGGCATTTCCATGGAACTAAACTCTACTT
TCTTTGGATTTTGTGGTTCTTGTTACTTCATGCTTATGGAAAACACTTTTTGTTTCTTAA
TTTATATGTTATCTTTTT

QA 1 738 1 738
DS 



CO CL544Contig2 724 5 7 U
GGGATTTCCACCGCACTGCCTCCTCCTTCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACC
AGTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTACC
GGATGAAGCTCTGGGCCACGAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTGA
GGAAGCTCAAGAAGGTCAAGAAGAGTAATGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTG
AGAAGAACCCGACAACGATCAAGAACTTTGGGATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTG
GATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAGA
TGTACACCGAGATGGCGTCCCGACACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATTAAGA
CCGCGACTGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGTA
AGATCAAGTTCCCGTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACCA
CTTACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATTTGGGTGAAGTTATTCTATCTGCT
GCTGCTTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGTTTTTTTATTTAGGCATTTTCATGGAACTGA
ACTCGACTTTCTTTGGATTTTGTGGTTCTTGTTACTTCGTGCTTATGGAAAACACTTTTT
GTCT


BQ
10 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3D548TF U 1
AF RR3EB39TF U 6
AF RR3BI03JQ C 2
AF RR3BI03TF U 2
AF RR3EB39JQ C 37
BS 1 26 RR3D548TF
BS 27 27 RR3BI03TF
BS 28 420 RR3D548TF
BS 421 421 RR3BI03TF
BS 422 638 RR3D548TF
BS 639 674 RR3BI03TF
BS 675 724 RR3EB39JQ

RD RR3D548TF 638 0 0
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AGTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTACC
GGATGAAGCTCTGGGCCACGAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTGA
GGAAGCTCAAGAAGGTCAAGAAGAGTAATGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTG
AGAAGAACCCGACAACGATCAAGAACTTTGGGATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTG
GATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAGA
TGTACACCGAGATGGCGTCCCGACACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATTAAGA
TCGCGACTGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGTA
AGATCAAGTTCCCGTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACCA
CTTACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATTTGGGTGAAGTTATTCTATCTGCT
GCTGCTTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGTTTTTTTAT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3EB39TF 632 0 0
GG
CCACCGCACTGCCTCCTCCTTCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACCAGTACCA
GGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTACCGGATGAA
GCTCTGGGCCACGAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTGAGGAAGCT
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CCCGACAACGATCAAGAACTTTGGGATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGGATACCA
CAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAGATGTACAC
CGAGATGGCGTCCCGACACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATTAAGACCGCGAC
TGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGTAAGATCAA
GTTCCCGTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAATACCACTTACAA
GGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATTTGGGTGAAGTTATTCTATCTGCTGCTGCTT
TCGCTCTTCTCGGATATTTTTGTTTTTTTA

QA 3 632 3 632
DS 

RD RR3BI03JQ 675 0 0
GGATTTCCACCGCACTGCCTCCTCCTTCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACCA
GTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTACCG
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ATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAGAT
GTACACCGAGATGGCGTCCCGACACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATTAAGAC
CGCGACTGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGTAA
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TTACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATTTGGGTGAAGTTATTCTATCTGCTG
CTGCCTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGTTTTTTTATTTAGGCATTTTCATGGAACTGAA
CTCGACTTTCTTT
AG

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3BI03TF 675 0 0
GGATTTCCACCGCACTGCCTCCTCCTTCGAGACGAAAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACCA
GTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGAAGGATGTGCAACCCAAGATTTACCG
GATGAAGCTCTGGGCCACGAACGAGGTTCGCGCCAAGTCCAAGTTCTGGTACTTCTCGAG
GAAGCTCAAGAAGGTCAAGAAGAGTAATGGTCAGATGCTCGCCATCAACGAGATCTTTGA
GAAGAACCCGACAACGATCAAGAACTTTGGGATCTGGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGG
ATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCACCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAGAT
GTACACCGAGATGGCGTCCCGACACCGTGTCAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATTAAGAC
CGCGACTGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGAGCACCAAACAGTTTCACAATAGTAA
GATCAAGTTCCCGTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGACCACCTACCAGGAAGCTCAAGACCAC
TTACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAATTTGGGTGAAGTTATTCTATCTGCTG
CTGCCTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGTTTTTTTATTTAGGCATTTTCATGGAACTGAA
CTCGACTTTCTTT
AG

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3EB39JQ 688 0 0
AAATGGGTGCCTTCAGGTTTCACCAGTACCAGGTTGTCGGAAGAGCTCTCCCGACAGAGA
AGGATGTGCAACCCAAGATTTACCGGATGAAGCTCTGGGCCACGAACGAGGTTCGCGCCA
AGTCCAAGTTCTGGTACTTCTTGAGGAAGCTCAAGAAGGTCAAGAAGAGTAATGGTCAGA
TGCTCGCCATCAACGATATCTTTGAGAAGAACCCGACAACGATCAAGAACTTTGGGATCT
GGTTGAGGTACCAGAGCAGGACTGGATACCACAACATGTACAAGGAGTACCGTGACACCA
CCTTGAACGGTGCCGTTGAGCAGATGTACACCGAGATGGCGTCCCGACACCGTGTCAGGT
TCCCTTGCATTCAGATCATTAAGACCGCGACTGTTCCGGCCAAGCTTTGCAAGAGGGAGA
GCACCAAACAGTTTCACAATAGTAAGATCAAGTTCCCGTTGGTGTTCCGTAAGGTGAGAC
CACCTACCAGGAAGCTCAATACCACTTACAAGGCCTCTAAGCCCAACTTGTTTATGTAAT
TTGGGTGAAGTTATTCTATCTGCTGCTGCTTTCGCTCTTCTCGGATATTTTTGTTTTTTT
ATTTAGGCATTTTCATGGAACTGAACTCGACTTTCTTTGGATTTTGTGGTTCTTGTTACT
TCGTGCTTATGGAAAACACTTTTTGTCT

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 9

CO CL545Contig1 1290 9 33 U
GCAGATTTTAAAATAAATTTGTATTATTATTTTATTTATTTCCCGCCCGTAGGCTCCAAT
TACACAAGCATTAATTATTGAATATTTTTAGAAAAGATACACGTAGAACATTTTAGACGA
CGATTCGTCTAATACATATTTTAGGTAACGGCTTGAATTAAAAGATACACTTACTAGATA
TGACATATATGACACTTTTGTCACGTGACTTCACTACAAAAGTTATGTCACAAGAACCGG
ATACTTATGAACCGAGTCACCCCACGGGTTTCCCACCAGTGTCTCGCTCGCCGAAATCGT
TCTCAATGCACTCCACACAATACTATTGCATTTAAATCCCGACCCGAACGCCAACTGCCA
AACCCGATCTCCATGCTTGACCCGACACTTAGCCTCTATGTAAGCTAGCTCGTACCACAG
AGACGAGCTTGAAGTGTTTCCAAACCGGTGCAAAGTCATCCGAGATGGCTCGAGATCGAC
CTCACTGAGGCCAAGACCTTTTTCAACCGCGTCAAGTAACGCTCTACCACCAGCGTGGAT
ACAGAAGTGCTCGAAACATAGTTTAAAGTTCGGGACATATGGACTGCTCTTTAACCTAAA
AAGCCTACTCTTTACAATAGAGATAATAAACCGGAGCTTTTCAGATAAAGGCAGAACAAA
GGGACCAAGTGCGGTTAGATTCGTCTTCAACGTGTCACCAGCAACAATGGTTAGTTCTCT
AGATAGTGATACTCCAACGATACCTTTGTCGTCTTCCTTTTGGTCAGCACAAGTGTAATG
TTTGTCGCTAGCGCCTTTGTGGGTCCTAACGAGTTGAGTCAACTCATACTTAGACCGAAC
TCTGTCTTGGCTCCGGTTTGAGAGCAAAACCGCCGCACCTCCTACTCGAAATAGACAGTT
AGGGACCAGCATGGACCGGTCGTTGCCTCGATACATGCTAAGAGTCATGTTCTCCGTGCT
AACAATGACTGCATAGGTATTAGGGTTTGCTTTAAGGAGATGCGTGGCGAGATCTACAGA
GATTGCGCCGGCGCTGCATCCCATACCGGAGAGATTGTATGTTTTCACGTCGGTTTTGAG
CTTGTACCGGTTTACGATCATGGAAGAGAGAGATGGGTTAGGGTTAAACAAGCTGCAATT
TACAATGAAGATTCCAACTTCTCTCGGTTCAACTCCTGTTTTCTTGAATAGCGAGTTAAG
AGCTCCGAATATGACTAATTCGGCTTCATGTCTGGCCTCAAACATTGATGGTGTTGGTGG
AGAGGTCAACATGCAACGTGGGGCGTACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 15 15 15 15 30 15 30 
30 30 35 20 35 20 35 35 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF10JQ U 53
AF RR3DK02JQ U 348
AF RR3BQ50JQ U 85
AF RR3BQ50TF C 62
AF RR3FF10TF C 53
AF RR3C732JQ U 1
AF RR3AX38JQ U 53
AF RR3AX38TF C 249
AF RR3C732TF C 513
BS 1 53 RR3C732JQ
BS 54 57 RR3FF10JQ
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BS 59 59 RR3FF10JQ
BS 60 63 RR3C732JQ
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BS 66 66 RR3FF10JQ
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BS 908 954 RR3AX38TF
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BS 1001 1035 RR3AX38TF
BS 1036 1290 RR3C732TF

RD RR3FF10JQ 503 0 0
GCTCCAATTACACAAGCATTAATTATTGAATATTTTTAGAAAAGATACACGTAGAACATT
TTAGACGACGATTCGTCTAATACATATTTTAGGTAACGGCTTGAATTAAAAGATACACTT
ACTAGATATGACATATATGACACTTTTGTCACGTGACTTCACTACAAAAGTTATGTCACA
AGAACCGGATACTTATGAACCGAGTCACCCCACGGGTTTCCCACCAGTGTCTCGCTCGCC
GAAATCGTTCTCAATGCACTCCACACAATACTATTGCATTTAAATCCCGACCCGAACGCC
AACTGCCAAACCCGATCTCCATGCTTGACCCGACACTTAGCCTCTATGTAAGCTAGCTCG
TACCACAGAGACGAGCTTGAAGTGTTTCCAAACCGGTGCAAAGTCATCCGAGATGGCTCG
AGATCGACCTCACTGAGGCCAAGACCTTTTTCAACCGCGTCAAGTAACGCTCTACCACCA
GCGTGGATACAGAAGTGCTCGAA

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR3DK02JQ 227 0 0
ACGCCAACTGCCAAACCCGATCTCCATGCTTGACCCGACACTTAGCCTCTATGTAAGCTA
GCTCGTACCACAGAGACGAGCTTGAAGTGTTTCCAAACCGGTGCAAAGTCATCCGAGATG
GCTCGAGATCGACCTCACTGAGGCCAAGACCTTTTTCAACCGCGTCAAGTAACGCTCTAC
CACCAGCGTGGATACAGAAGTGCTCGAAACATAGTTTAAAGTTCGGG

QA 1 227 1 227
DS 

RD RR3BQ50JQ 518 0 0
TTTTTAGAAAAGATACACGTAGAACATTTTAGACGACGATTCGTCTAATACATATTTTAG
GTAACGGCTTGAATTAAAAGATACACTTACTAGATATGACATATATGACACTTTTGTCAC
GTGACTTCACTACAAAAGTTATGTCACAAGAACCGGATACTTATGAACCGAGTCACCCCA
CGGGTTTCCCACCAGTGTCTCGCTCGCCGAAATCGTTCTCAATGCACTCCACACAATACT
ATTGCATTTAAATCCCGACCCGAACGACAACTGCCAAACCCGATCTCCATGCTTGACCCG
ACACTTAGCCTCTATGTAAGCTAGCTCGTACCACAGAGACGAGCTTGAAGTGTTTCCAAA
CCGGTGCAAAGTCATCCGAGATGGCTCGAGATCGACCTCACTGAGGCCAAGACCTTTTTC
AACCGCGTCAAGTAACGCTCTACCACCAGCGTGGATACAGAAGTGCTCGAAACATAGTTT
AAAGTTCGGGACATATGGACTGCTCTTTAACCTAAAAA

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR3BQ50TF 541 0 0
G
CACAAGCATTAATTATTGAATATTTTTAGAAAAGATACACGTAGAACATTTTAGACGACG
ATTCGTCTAATACATATTTTAGGTAACGGCTTGAATTAAAAGATACACTTACTAGATATG
ACATATATGACACTTTTGTCACGTGACTTCACTACAAAAGTTATGTCACAAGAACCGGAT
ACTTATGAACCGAGTCACCCCACGGGTTTCCCACCAGTGTCTCGCTCGCCGAAATCGTTC
TCAATGCACTCCACACAATACTATTGCATTTAAATCCCGACCCGAACGACAACTGCCAAA
CCCGATCTCCATGCTTGACCCGACACTTAGCCTCTATGTAAGCTAGCTCGTACCACAGAG
ACGAGCTTGAAGTGTTTCCAAACCGGTGCAAAGTCATCCGAGATGGCTCGAGATCGACCT
CACTGAGGCCAAGACCTTTTTCAACCGCGTCAAGTAACGCTCTACCACCAGCGTGGATAC
AGAAGTGCTCGAAACATAGTTTAAAGTTCGGGACATATGGACTGCTCTTTAACCTAAAAA

QA 2 541 2 541
DS 

RD RR3FF10TF 550 0 0
GCTCCAATTACACAAGCATTAATTATTGAATATTTTTAGAAAAGATACACGTAGAACATT
TTAGACGACGATTCGTCTAATACATATTTTAGGTAACGGCTTGAATTAAAAGATACACTT
ACTAGATATGACATATATGACACTTTTGTCACGTGACTTCACTACAAAAGTTATGTCACA
AGAACCGGATACTTATGAACCGAGTCACCCCACGGGTTTCCCACCAGTGTCTCGCTCGCC
GAAATCGTTCTCAATGCACTCCACACAATACTATTGCATTTAAATCCCGACCCGAACGCC
AACTGCCAAACCCGATCTCCATGCTTGACCCGACACTTAGCCTCTATGTAAGCTAGCTCG
TACCACAGAGACGAGCTTGAAGTGTTTCCAAACCGGTGCAAAGTCATCCGAGATGGCTCG
AGATCGACCTCACTGAGGCCAAGACCTTTTTCAACCGCGTCAAGTAACGCTCTACCACCA
GCGTGGATACAGAAGTGCTCGAAACATAGTTTAAAGTTCGGGACATATGGACTGCTCTTT
AACCTAAAAA

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR3C732JQ 855 0 0
GCAGATTTTAAAATAAATTTGTATTATTATTTTATTTATTTCCCGCCCGTAGGGCGGATT
TACCCTAG******TTATTGAATATTTTTAGAAAAGATACACGTAGAACATTTTAGACGA
CGATTCGTCTAATACATATTTTAGGTAACGGCTTGAATTAAAAGATACACTTACTAGATA
TGACATAT**GACACTTTTGTCACGTGACTTCACTACAAAAGTTATGTCACATGAACCGG
ATACTTATGAACCGAGTCACCCCACGGGTTTCCCACCAGTGTCTCGCTCGCCGAAATCGT
TCTCAATGCACTCCACACAATACTGTTGCATTTAAATCCCGACCCGAACGCCAACTGCCA
AACCCGATCTCCATGCTTGACCCGACACTTAGCCTCTATGTAAGCTAGCTCGTACCACAG
AGACGAGCTTGAAGTGTTTCCAAACCGGTGCAAAGTCATCCGAGACGGCTCGAGATCGAC
CTCACTGAGGCCAAGACCTTTTTCAACCGCGTCAAGTAACGTTCTACCACCAGCGTGGAT
ACAGAAGTGCTCGAAACATAGTTTAAAATTCGGGACATATGGACTGCTCTTTAACCTAAA
AAGCCTACTCTTTACAATAGAGATAATAAACCGGAGCTTTTCAGATAAAGGCAGAACAAG
GGGACCAAGTGCGGTTAGATTCGTCTTCAACGTGTCACCAGCAACAATGGTTAGTTCTCT
AGATAGTGATACTCCAACGATACCTTTGTCGTCTTCCTTTTGGTCAGCACAAGTGTAATG
TTTGTCGCTAGCGCCTTTGTGGGTCCTAACGAGTTGAGTCAACTCATACTTAGACCGAAC
TCTGTCTTGGC
TCCG

QA 1 851 1 851
DS 

RD RR3AX38JQ 799 0 0
GCTCCAATTACACAAGCATTAATTATTGAATATTTTTAGAAAAGATACACGTAGAACATT
TTAGACGACGATTCGTCTAATACATATTTTAGGTAACGGCTTGAATTAAAAGATACACTT
ACTAGATATGACATGTATGACACTTTTGTCACGTGACTTCACTACAAAAGTTATGTCACA
AGAACCGGATACTTATGAACCGAGTCACCCCACGGGTTTCCCACCAGTGTCTCGCTCGCC
GAAATCGTTCTCAATGCACTCCACACAATACTATTGCATTTAAATCCCGACCCGAACGCC
AACTGCCAAACCCGATCTCCATGCTTGACCCGACACTTAGCCTCTATGTAAGCTAGCTCG
TACCACAGAGACGAGCTTGAAGTGTTTCCAAACCGGTGCAAAGTCATCCGAGATGGCTCG
AGATCGACCTCACTGAGGCCAAGACCTTTTTCAACCGCGTCAAGTAACGCTCTACCACCA
GCGTGGATACAGAAGTGCTCGAAACATAGTTTAAAGTTCGGGACATATGGACTGCTCTTT
AACCTAAAAAGCCTACTCTTTACAATAGAGATAATAAACCGGAGCTTTTCAGATAAAGGC
AGAACAAAGGGACCAAGTGCGGTTAGATTCGTCTTCAACGTGTCACCAGCAACAATGGTT
AGTTCTCTAGATAGTGATACTCCAACGATACCTTTGTCGTCTTCTTTTTGGTCAGCACAA
GTGTAATGTTTGTCGCTAGCGCCTTTGTGGGTCCTAACGAGTTGAGTCGACTCATACTTA
GACCGAACTCTGTCTTGGC

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3AX38TF 788 0 0
GAACCGAGTCACCCCACGGGTTTCCCACCAGTGTCTCGCTCGCCGAAATCGTTCTCAATG
CACTCCACACAATACTATTGCATTTAAATCCCGACCCGAACGCCAACTGCCAAACCCGAT
CTCCATGCTTGACCCGACACTTAGCCTCTATGTAAGCTAGCTCGTACCACAGAGACGAGC
TTGAAGTGTTTCCAAACCGGTGCAAAGTCATCCGAGATGGCTCGAGATCGACCTCACTGA
GGCCAAGACCTTTTTCAACCGCGTCAAGTAACGCTCTACCACCAGCGTGGATACAGAAGT
GCTCGAAACATAGTTTAAAGTTCGGGACATATGGACTGCTCTTTAACCTAAAAAGCCTAC
TCTTTACAATAGAGATAATAAACCGGAGCTTTTCAGATAAAGGCAGAACAAAGGGACCAA
GTGCGGTTAGATTCGTCTTCAACGTGTCACCAGCAACAATGGTTAGTTCTCTAGATAGTG
ATACTCCAACGATACCTTTGTCGTCTTCTTTTTGGTCAGCACAAGTGTAATGTTTGTCGC
TAGCGCCTTTGTGGGTCCTAACGAGTTGAGTCGACTCATACTTAGACCGAACTCTGTCTT
GGCTCCGGTTTGAGAGCAAAACCGCCGCACCTCCTACTCGAAATAGACAGTTAGGGACTA
GCATGGACCGGTCGTTGCCTCGATACATGCTAAGAGTCATGTTCTCTGTGCTAACAATGA
CTGCATAGGTATTAGGGTTTGCTTTAAGGAGGTGCGTGGCGAGATCTACAGAGATTGCGC
CGGCGCT
C

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3C732TF 778 0 0
TCAAGTACGT
TCTACCACCAGCGTGGATACAGAAGTGCTCGAAACATAGTTTAAAATTCGGGACATATGG
ACTGCTCTTTAAC*TAAAAAGC*TACTCTTTACAATAGAGATAATAAACCGGAGCTTTTC
AGATAAAGGCAGAACAAGGGGACCAAGTGCGGTTAGATTCGTCTTCAACGTGTCACCAGC
AACAATGGTTAGTTCTCTAGATAGTGATACTCCAACGATACCTTTGTCGTCTTCCTTTTG
GTCAGCACAAGTGTAATGTTTGTCGCTAGCGCCTTTGTGGGTCCTAACGAGTTGAGTCAA
CTCATACTTAGACCGAACTCTGTCTTGGCTCCGGTTTGAGAGCAAAACCGCCGCACCTCC
TACTCGAAATAGACAGTTAGGGACCAGCATGGACCGGTCGTTGCCTCGATACATGCTAAG
AGTCATGTTCTCCGTGCTAACAATGACTGCATAGGTATTAGGGTTTGCTTTAAGGAGATG
CGTGGCGAGATCTACCGAGATTGCGCCGGCGCTGCATCCCATACCGGAGAGATTGTATGT
TTTCACGTCGGTTTTGAGCTTGTACCGGTTTACGATCATGGAAGAGAGAGATGGGTTAGG
GTTAAACAAGCTGCAATTTACAATGAAGATTCCAACTTCTCTCGGTTCAACTCCTGTTTT
CTTGAATAGCGAGTTAAGAGCTCCGAATATGACTAATTCGGCTTCATGTCTGGCCTCAAA
CATTGATGGTGTTGGTGGAGAGGTCAACATGCAACGTGGGGCGTACGC

QA 11 778 11 778
DS 



AS 1 9

CO CL546Contig1 1082 9 27 U
GATATACAAACACACACACACACACACTCTTATAGGCAACGATGACAGAAGCTAGGCATA
GGAAATGGCATAAGTTTCAGACCAAGGATGAATTGTCGGTAGCAATGGCTAAGTACACTG
CCCATCTCTCGGAGAAGTTCTGTAAGGAGAAAGGCATTTTCACTGTTGTTCTCTCCGGCG
GTGGCCTCATCGACTGGCTCTGCAAGTTGTTGGAACCTCCCTACATAGATTCAGTCGAAT
GGTCAAAGTGGCACGTCTTTTGGGTCGATGAGAGGGTTTGTTCATATGAAGATCCAGACA
GCAACTACAAACTCGCCATGGATGGTTTTCTCTCCAAGGTTGGGATTCCGAATGAGAACA
TCTATGCAATCGACAAGCACTCTGCC*GCTGATGGTAACGCGGAGCACTGCGCGGCGCTC
TACGAGGAGTGTTTGAGGAACCTAGTGAAGCGAGACATAATCCCACTATGTCCAAATGGC
AAGTATCCTCAGTTCGATCTCCAGCTTCTAGGGATGGGTCCTGATGGCCACATGGCGTCT
CTCTTCCCGGGACATCCTCAGATCAATGTCAAGGACAAATGGGTAACTCACATTACCGAC
TCTCCTAAACTGCCACCAAGGAGAATCACATTCACTTTACCGGTCATCAACTCAGCTTTG
TACAATCTTATGGCCGTTTGCGACGACAACACAGAGCAATGTGCACGCTCCATCGCTGAT
ATCTTTAAGCACAACAATCTTGCTTTACCTGCTGCTCATCTTACTGCCCAAGTCGAAACT
ATGTGGTACCTTGACAAAGCAGCTGCATCATTGCTTTAGAAAGCCAACACACATTAAAAT
AGTGTGTCCTTTACAAAGTAGCAATAATAATCTCTCCTGTCATGCTTTGTGGAGCTTTGT
TGTTGGAGTTTGCTTGCATGTGTGTTAAATAAACGGCTAATAATGCATTTTGCGTATTCA
CTACACGTACCAAAATGTATTGAAAGGCCGATTTGTTGTTTATGTCTATTTATGTATCTT
GTGTTTGAGTCACAGGCTATGAGCCTGTGGTATAATAATAATAAGTTCTTTCGAAATTGT
TG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 10 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 
35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3EQ74TF U 1
AF RR3FN62TF U 2
AF RR3B151TF U 4
AF RR3A490TF U 343
AF RR3B151JQ C 225
AF RR3FZ53JQ C 732
AF RR3FZ53TF U 725
AF RR3FN62JQ C 363
AF RR3EQ74JQ C 378
BS 1 268 RR3EQ74TF
BS 269 269 RR3B151TF
BS 270 281 RR3EQ74TF
BS 282 441 RR3FN62TF
BS 442 442 RR3B151TF
BS 443 688 RR3FN62TF
BS 689 689 RR3B151TF
BS 690 770 RR3FN62TF
BS 771 771 RR3B151TF
BS 772 797 RR3FN62TF
BS 798 798 RR3B151TF
BS 799 807 RR3FN62TF
BS 808 817 RR3B151TF
BS 818 820 RR3FZ53TF
BS 821 821 RR3A490TF
BS 822 838 RR3FZ53TF
BS 839 839 RR3B151JQ
BS 840 855 RR3FZ53TF
BS 856 857 RR3B151JQ
BS 858 897 RR3FZ53TF
BS 898 898 RR3B151JQ
BS 899 958 RR3FZ53TF
BS 959 959 RR3B151JQ
BS 960 963 RR3FZ53TF
BS 964 964 RR3B151JQ
BS 965 1072 RR3FZ53TF
BS 1073 1082 RR3EQ74JQ

RD RR3EQ74TF 281 0 0
GATATACAAACACACACACACACACACTCTTATAGGCAACGATGACAGAAGCTAGGCATA
GGAAATGGCATAAGTTTCAGACCAAGGATGAATTGTCGGTAGCAATGGCTAAGTACACTG
CCCATCTCTCGGAGAAGTTCTGTAAGGAGAAAGGCATTTTCACTGTTGTTCTCTCCGGCG
GTGGCCTCATCGACTGGCTCTGCAAGTTGTTGGAACCTCCCTACATAGATTCAGTCGAAT
GGTCAAAGTGGCACGTCTTTTGGGTCGACGAGAGGGTTTGT

QA 1 281 1 281
DS 

RD RR3FN62TF 806 0 0
GGATACAAACGCG
CACACACACACACTCTTATAGGCAACGATGACAGAAGCTAGGCATAGGAAATGGCATAAG
TTTCAGACCAAGGATGAATTGTCGGTAGCAATGGCTAAGTACACTGCCCATCTCTCGGAG
AAGTTCTGTAAGGAGAAAGGCATTTTCACTGTTGTTCTCTCCGGCGGTGGCCTCATCGAC
TGGCTCTGCAAGTTTTTGGAACCTCCCTACATAGATTCAGTCGAATGGTCAAAGTGGCAC
GTCTTTTGGGTCGACGAGAGGGTTTGTTCATATGAAGATCCAGACAGCAACTACAAACTC
GCCATGGATGGTTTTCTCTCCAAGGTTGGGATTCCGAATGAGAACATCTATGCAATCGAC
AAGCACTCTGCC*GCTGATGGTAACGCGGAGCACTGCGCGGCGCTCTACGAGGAGTGTTT
GAGGAAC*TAGTGAAGCGAGACATAATCCCACTATGTCCAAATGGCAAGTATCCTCAGTT
CGATCTCCAGCTTCTAGGGATGGGTCCTGATGGCCACATGGCGTCTCTCTTCCCGGGACA
TCCTCAGATCAATGTCAAGGACAAATGGGTAACTCACATTACCGACTCTCCTAAACTGCC
ACCAAGGAGAATCACATTCACTTTACCGGTCATCAACTCAGCTTTGTACAATCTTATGGC
CGTTTGCGACGACA*CACAGAGCAATGTGCACGCTCCATCGCTGATATCTTTAAGCACAA
CAATCTTGCTTTACCTGCTGCTCATCTTACTGCCCA*GTCGAAACTATGTGGTACCTTGA
CAA*GCAGCTGCA

QA 14 806 14 806
DS 

RD RR3B151TF 814 0 0
GGATACAAACA
CACACACACACACTCTTATAGGCAACGATGACAGAAGCTAGGCATAGGAAATGGCATAAG
TTTCAGACCAAGGATGAATTGTCGGTAGCAATGGCTAAGTACACTGCCCATCTCTCGGAG
AAGTTCTGTAAGGAGAAAGGCATTTTCACTGTTGTTCTCTCCGGCGGTGGCCTCATCGAC
TGGCTCTGCAAGTTGTTGGAACCTCCCTACATAGATTCAGTCGAATGGTCAAAGTGGCAC
GTCTTTTGGGTCGATGAGAGGGTTTGTTCATATGAAGATCCAGACAGCAACTACAAACTC
GCCATGGATGGTTTTCTCTCCAAGGTTGGGATTCCGAATGAGAACATCTATGCAATCGAC
AAGCACTCTGCC*GCTGATGGTAACGCGGAGCACTGCGCGGCGCTCTACGAGGAGTGTTT
GAGGAACCTAGTGAAGCGAGACATAATCCCACTATGTCCAAATGGCAAGTATCCTCAGTT
CGATCTCCAGCTTCTAGGGATGGGTCCTGATGGCCACATGGCGTCTCTCTTCCCGGGACA
TCCTCAGATCAATGTCAAGGACAAATGGGTAACTCACATTACCGACTCTCCTAAACTGCC
ACCAAGGAGAATCACATTCACTTTACCGGTCATCAACTCAGCTTTGTACAATCTTATGGC
CGTTTGCGACGACAACACAGAGCAATGTGCACGCTCCATCGCTGATATCTTTAAGCACAA
CAATCTTGCTTTACCTGCTGCTCATCTTACTGCCCAAGTCGAAACTATGTGGTACCTTGA
CAAAGCAGCTGCATCATTGCTTT

QA 12 814 12 814
DS 

RD RR3A490TF 491 0 0
GGATTCCGAATGAGAACATCTATGCAATCGACAAGCACTCTGCCCGCTGATGGTAACGCA
GAGCACTGCGCGGCGCTCTACGAGGAGTGTTTGAGGAACCTAGTGAAGCGAGACATAATC
CCACTATGTCCAAATGGCAAGTATCCTCAGTTCGATCTCCAGCTTCTAGGGATGGGTCCT
GATGGCCACATGGCGTCTCTCTTCCCGGGACATCCTCAGATCAATGTCAAGGACAAATGG
GTAACTCACATTACCGACTCTCCTAAACTGCCACCAAGGAGAATCACATTCACTTTACCG
GTCATCAACTCAGCTTTGTACAATCTTATGGCCGTTTGCGACGACA*CACAGAGCAATGT
GCACACTCCATCGCTGATATCTTTAAGCACAACAATCTTGCTTTACCTGCTGCTCATCTT
ACTGCCCAAGTCGAAACTATGTGGTACCTTGACAAAGCAGCTGCATCATTGCTTTAGAAA
GCCA
CACACAT

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR3B151JQ 849 0 0
ATAGATTCAGTCGAATGGTCAAAGTGGCACGTCTTTTGGGTCGATGAGAGGGTTTGTTCA
TATGAAGATCCAGACAGCAACTACAAACTCGCCATGGATGGTTTTCTCTCCAAGGTTGGG
ATTCCGAATGAGAACATCTATGCAATCGACAAGCACTCTGCC*GCTGATGGTAACGCGGA
GCACTGCGCGGCGCTCTACGAGGAGTGTTTGAGGAACCTAGTGAAGCGAGACATAATCCC
ACTATGTCCAAATGGCAAGTATCCTCAGTTCGATCTCCAGCTTCTAGGGATGGGTCCTGA
TGGCCACATGGCGTCTCTCTTCCCGGGACATCCTCAGATCAATGTCAAGGACAAATGGGT
AACTCACATTACCGACTCTCCTAAACTGCCACCAAGGAGAATCACATTCACTTTACCGGT
CATCAACTCAGCTTTGTACAATCTTATGGCCGTTTGCGACGACAACACAGAGCAATGTGC
ACGCTCCATCGCTGATATCTTTAAGCACAACAATCTTGCTTTACCTGCTGCTCATCTTAC
TGCCCAAGTCGAAACTATGTGGTACCTTGACAAAGCAGCTGCATCATTGCTTTAGAAAGC
CAACACACATTAAAATAGTGTGTCCTTTACAAAGTAGCAATAATAATCTCTCCTGTCATG
CTTTGTGGAGCTTTGTTGTTGGAGTTTGCTTGCATGTGTGTTAAATAAACGGCTAATAAT
GCATTTTGCGTATTCACTACACGTACCAAA*TGTATTGAAAGGCCGATTTGTTGTTTATT
TCTATTTATGTATCTTGTGTTTGAGTCACAGGCTATGAGCCTGTGGTATAATAATAATAA
GTTCTTTC
G

QA 1 848 1 848
DS 

RD RR3FZ53JQ 342 0 0
CAACAATCTTGCTTTACCTGCTGCTCATCTTACTGCCCAAGTCGAAACTATGTGGTACCT
TGACAAAGCAGCTGCATTATTGCTTTAGAGAGCCAACACACATTAAA*TAGTGTGTCCTT
TACA**GTAGCAATAATAATCTCTCCTGTCATGCTTTGTGGAGCTT*GTTGTTGGAGTTT
GCTTGCATGTGTGTTAAATAAACGGCTAATAATGCATTTTGCGTATTTACTATACGTACC
AAAATGTATTGAAAGGCCGATTTGTTGTTTATGTCTATTTATGTATCTTGTGTTTGAGTC
ACAGGCTATGAGCCTGTGGTATAATAATAATAAGTTCTTTC
C

QA 1 341 1 341
DS 

RD RR3FZ53TF 349 0 0
G
TAAGCACAACAATCTTGCTTTACCTGCTGCTCATCTTACTGCCCAAGTCGAAACTATGTG
GTACCTTGACAAAGCAGCTGCATTATTGCTTTAGAGAGCCAACACACATTAAA*TAGTGT
GTCCTTTACA**GTAGCAATAATAATCTCTCCTGTCATGCTTTGTGGAGCTT*GTTGTTG
GAGTTTGCTTGCATGTGTGTTAAATAAACGGCTAATAATGCATTTTGCGTATTTACTATA
CGTACCAAAATGTATTGAAAGGCCGATTTGTTGTTTATGTCTATTTATGTATCTTGTGTT
TGAGTCACAGGCTATGAGCCTGTGGTATAATAATAATAAGTTCTTTC
C

QA 2 348 2 348
DS 

RD RR3FN62JQ 711 0 0
TATGCAATCGACAAGCACTCTGCC*GCTGATGGTAACGCGGAGCACTGCGCGGCGCTCTA
CGAGGAGTGTTTGAGGAAC*TAGTGAAGCGAGACATAATCCCACTATGTCCAAATGGCAA
GTATCCTCAGTTCGATCTCCAGCTTCTAGGGATGGGTCCTGATGGCCACATGGCGTCTCT
CTTCCCGGGACATCCTCAGATCAATGTCAAGGACAAATGGGTAACTCACATTACCGACTT
TCCTAAACTGCCACCAAGGAGAATCACATTCACTTTACCGGTCATCAACTCAGCTTTGTA
CAATTTTATGGCCGTTTGCGACGACAACACAGAGCAATGTGCACGCTCCATCGCTGATAT
CTTTAAGCACAACAATCTTGCTTTACCTGCTGCTCATCTTACTGCCCAAGTCGAAACTAT
GTGGTACCTTGACAAAGCAGCTGCATCATTGCTTTAGAAAGCCAACACACATTAAAATAG
TGTGTCCTTTACAAAGTAGCAATAATAATCTCTCCTGTCATGCTTTGTGGAGCTTTGTTG
TTGGAGTTTGCTTGCATGTGTGTTAAATAAACGGCTAATAATGCATTTTGCGTATTCACT
ACACGTACCAAA*TGTATTGAAAGGCCGATTTGTTGTTTATTTCTATTTATGTATCTTGT
GTTTGAGTCACAGGCTATGAGCCTGTGGTATAATAATAATAAGTTCTTTC
G

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3EQ74JQ 705 0 0
CACTCTGCC*GCTGATGGTAACGCGGAGCACTGCGCGGCGCTCTACGAGGAGTGTTTGAG
GAACCTAGTGA*GCGAGACATAATCCCACTATGTCCAAATGGCAAGTATCCTCAGTTCGA
TCTCCAGCTTCTAGGGATGGGTCCTGATGGCCACATGGCGTCTCTCTTCCCGGGACATCC
TCAGATCAATGTCAAGGACAAATGGGTAACTCACATTACCGACTCTCCTAAACTGCCACC
AAGGAGAATCACATTCACTTTACCGGTCATCAACTCAGCTTTGTACAATCTTATGGCCGT
TTGCGACGACGACACAGAGCAATGTGCACGCTCCATCGCTGATATCTTTAAGCACAACAA
TCTTGATTTACCTGCTGCTCATCTTACTGCCCAAGTCGAAACTATGTGGTACCTTGACAA
AGCAGCTGCATCATTGCTTTAGAAAGCCAACACACATTAAAATAGTGTGTCCTTTACAAA
GTAGCAATAATAATCTCTCCTGTCATGCTTTGTGGAGCTTTGTTGTTGGAGTTTGCTTGC
ATGTGTGTTAAATAAACGGCTAATAATGCATTTTGCGTATTCACTACACGTACCAAA*TG
TATTGAAAGGCCGATTTGTTGTTTATTTCTATTTATGTATCTTGTGTTTGAGTCACAGGC
TATGAGCCTGTGGTATAATAATAATAAGTTCTTTCGAAATTGTTG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 9

CO CL547Contig1 648 9 4 U
GGAGAGAAAGTCGCACGATATTTTAGTGGCACGAATCTCCAATCAAAAACTCTCTCATCT
TCCTCACCGGTGCCGCATCTCTCTATCCCAACGGATTTGGTTTCTGAAGATGGCATCGAA
GTTGGTACAAGTTCAGTCAAAGGCGTGTGAGGCTTCAAAGTTTGTGGCCAAGCATGGGAC
TTCTTATTACAGGCAGTTGCTTGAGAAGAACAAGCACTACATCCAGGAACCTGCCACTGT
GGAGAAGTGCCAAGAGTTGTCTAAGCAGCTGCTCTACACCCGTCTTGCTAGCATTCCCAA
ACGCTATGAAACTTTCTGGAAGGAAGTAGACTACGCTAAGAACTTGTGGAAGAACAGAAC
CGATCTGAAGGTAGAAGATGCAGGAATTGCTGCATTGTTTGGTCTCGAATGCTTTGCCTG
GTACTGCGCAGGCGAAATCGCCGGAAGAGGATTCACCTTCACCGGCTACTACCCTTGAAA
AAGAGGAACAATAACTTGAACAAGATTGTGTAATCTGAATCAATTTTTTTTTCTTCAAGT
TTTTCCCTGAAACGGAAACAGAGTATTTGGGATCTGAGAAAATTTCCATTTTGCTAAACT
CTCCTTGATAAGTTTGAGACTTAATAAAGAACAAAATTTTCTAAAAAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 45 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DA25JQ C 113
AF RR3DA25TF U 1
AF RR3G339TF U 1
AF RR3BY86JQ C 64
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AF RR3G339JQ C 67
AF RR3FF29JQ C 26
AF RR3BJ58TF U 29
AF RR3FF29TF U 26
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BS 630 630 RR3FF29TF
BS 631 648 RR3G339TF

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CATGGGACTTCTTATTACAGGCAGTTGCTTGAGAAGAACAAGCACTACATCCAGGAACCT
GCCACTGTGGAGAAGTGCCAAGAGTTGTCTAAGCAGCTGCTCTACACCCGTCTTGCTAGC
ATTCCCAAACGCTATGAAACTTTCTGGAAGGAAGTAGACTACGCTAAGAACTTGTGGAAG
AACAGAACCGATCTGAAGGTAGAAGATGCAGGAATTGCTGCATTGTTTGGTCTCGAATGC
TTTGCCTGGTACTGCGCAGGGGAAATCGCCGGAAGAGGATTCACCTTCACCGGCTACTAC
CCTTGAAAAA

QA 1 370 1 370
DS 

RD RR3DA25TF 607 0 0
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TCCTCACCGGTGCCGCATCTCTCTATCCCAACGGATTTGGTTTCTGAAGATGGCATCGAA
GTTGGTACAAGTTCAGTCAAAGGCGTGTGAGGCTTCAAAGTTTGTGGCCAAGCATGGGAC
TTCTTATTACAGGCAGTTGCTTGAGAAGAACAAGCACTACATCCAGGAACCTGCCACTGT
GGAGAAGTGCCAAGAGTTGTCTAAGCAGCTGCTCTACACCCGTCTTGCTAGCATTCCCAA
ACGCTATGAAACTTTCTGGAAGGAAGTAGACTACGCTAAGAACTTGTGGAAGAACAGAAC
CGATCTGAAGGTAGAAGATGCAGGAATTGCTGCATTGTTTGGTCTCGAATGCTTTGCCTG
GTACTGCGCAGGCGAAATCGCCGGAAGAGGATTCACCTTCACCGGCTACTACCCTTGAAA
AAGAGGAACAATAACTTGAACAAGATTGTGTAATCTGAATCAATTTTTTTTTCTTCAAGT
TTTTCCCTGAAACGGAAACAGAGTATTTGGGATCTGAGAAAATTTCCATTTTGCTAAACT
CTCCTTG

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DS 

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TCCTCACCGGTGCCGCATCTCTCTATCCCAACGGATTTGGTTTCTGAAGATGGCATCGAA
GTTGGTACAAGTTCAGTCAAAGGCGTGTGAGGCTTCAAAGTTTGTGGCCAAGCATGGGAC
TTCTTATTACAGGCAGTTGCTTGAGAAGAACAAGCACTACGTCCAGGAACCTGCCACTGT
GGAGAAGTGCCAAGAGTTGTCTAAGCAGCTGCTCTACACCCGTCTTGCTAGCATTCCCAA
ACGCTATGAAACTTTCTGGAAGGAAGTAGACTACGCTAAGAACTTGTGGAAGAACAGAAC
CGATCTGAAGGTAGAAGATGCAGGAATTGCTGCATTGTTTGGTCTCGAATGCTTTGCCTG
GTACTGCGCAGGCGAAATCGCCGGAAGAGGATTCACCTTCACCGGCTACTACCCTTGAAA
AAGAGGAACAATAACTTGAACAAGATTGTGTAATCTGAATCAATTTTTTTTTCTTCAAGT
TTTTCCCTGAAACGGAAACAGAGTATTTGGGATCTGAGAAAATTTCCATTTTGCTAAACT
CTCCTTGATAAGTTTGAGACTTAATAAAGCACAAAATTTTCTAAAAAA

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ATGAAACTTTCTGGAAGGAAGTAGACTACGCTAAGAACTTGTGGAAGAACAGAACCGATC
TGAAGGTAGAAGATGCAGGAATTGCTGCATTGTTTGGTCTCGAATGCTTTGCCTGGTACT
GCGCAGGCGAAATCGCCGGAAGAGGATTCACCTTCACCGGCTACTACCCTTGAAAAAGAG
GAACAATAACTTGAACAAGATTGTGTAATCTGAATCAATTTTTTTTTCTTCAAGTTTTTC
CCTGAAACGGAAACAGAGTATTTGGGATCTGAGAAAATTTCCATTTTGCTAAACTCTCCT
TGATAAGTTTGAGACTT

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DS 

RD RR3BY86TF 559 0 0
GG
ACCGGTGCCGCATCTCTCTATCCCAACGGATTTGGTTTCTGAAGATGGCATCGAAGTTGG
TACAAGTTCAGTCAAAGGCGTGTGAGGCTTCAAAGTTTGTGGCCAAGCATGGGACTTCT*
ATTACAGGCAGTTGCTTGAGAAGAACAAGCACTACATCCAGGAACCTGCCACTGTGGAGA
AGTGCCAAGAGTTGTCTAAGCAGCTGCTCTACACCCGTCTTGCTAGCATTCCCAAACGCT
ATGAAACTTTCTGGAAGGAAGTAGACTACGCTAAGAACTTGTGGAAGAACAGAACCGATC
TGAAGGTAGAAGATGCAGGAATTGCTGCATTGTTTGGTCTCGAATGCTTTGCCTGGTACT
GCGCAGGCGAAATCGCCGGAAGAGGATTCACCTTCACCGGCTACTACCCTTGAAAAAGAG
GAACAATAACTTGAACAAGATTGTGTAATCTGAATCAATTTTTTTTTCTTCAAGTTTTTC
CCTGAAACGGAAACAGAGTATTTGGGATCTGAGAAAATTTCCATTTTGCTAAACTCTCCT
TGATAAGTTTGAGACTT

QA 3 559 3 559
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TTACAGGCAGTTGCTTGAGAAGAACAAGCACTACGTCCAGGAACCTGCCACTGTGGAGAA
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TGAAACTTTCTGGAAGGAAGTAGACTACGCTAAGAACTTGTGGAAGAACAGAACCGATCT
GAAGGTAGAAGATGCAGGAATTGCTGCATTGTTTGGTCTCGAATGCTTTGCCTGGTACTG
CGCAGGCGAAATCGCCGGAAGAGGATTCACCTTCACCGGCTACTACCCTTGAAAAAGAGG
AACAATAACTTGAACAAGATTGTGTAATCTGAATCAATTTTTTTTTCTTCAAGTTTTTCC
CTGAAACGGAAACAGAGTATTTGGGATCTGAGAAAATTTCCATTTTGCTAAACTCTCCTT
GATAAGTTTGAGACTTAATAAAGCACAAAATTTTCT

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GAACAAGCACTACATCCAGGAACCTGCCACTGTGGAGAAGTGCCAAGAGTTGTCTAAGCA
GCTGCTCTACACCCGTCTTGCTAGCATTCCCAAACGCTATGAAACTTTCTGGAAGGAAGT
AGACTACGCTAAGAACTTGTGGAAGAACAGAACCGATCTGAAGGTAGAAGATGCAGGAAT
TGCTGCATTGTTTGGTCTCGAATGCTTTGCCTGGTACTGCGCAGGCGAAATCGCCGGAAG
AGGATTCACCTTCACCGGCTACTACCCTTGAAAAAGAGGAACAATAACTTGAACAAGATT
GTGTAATCTGAATCAATTTTTTTTTCTTCAAGTTTTTCCCTGAAACGGAAACAGAGTATT
TGGGATCTGAGAAAATTTCCATTTTGCTAAACTCTCCTTGATAAGTTTGAGACTTAATAA
AGAACAAAATTTTCT
AGAGT

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ACGGATTTGGTTTCTGAAGATGGCATCGAAGTTGGTACAAGTTCAGTCAAAGGCGTGTGA
GGCTTCAAAGTTTGTGGCCAAGCATGGGACTTCTTATTACAGGCAGTTGCTTGAGAAGAA
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GCTCTACACCCGTCTTGCTAGCATTCCCAAACGCTATGAAACTTTCTGGAAGGAAGTAGA
CTACGCTAAGAACTTGTGGAAGAACAGAACCGATCTGAAGGTAGAAGATGCAGGAATTGC
TGCATTGTTTGGTCTCGAATGCTTTGCCTGGTACTGCGCAGGCGAAATCGCCGGAAGAGG
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GG
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CCAACGGATTTGGTTTCTGAAGATGGCATCGAAGTTGGTACAAGTTCAGTCAAAGGCGTG
TGAGGCTTCAAAGTTTGTGGCCAAGCATGGGACTTCTTATTACAGGCAGTTGCTTGAGAA
GAACAAGCACTACATCCAGGAACCTGCCACTGTGGAGAAGTGCCAAGAGTTGTCTAAGCA
GCTGCTCTACACCCGTCTTGCTAGCATTCCCAAACGCTATGAAACTTTCTGGAAGGAAGT
AGACTACGCTAAGAACTTGTGGAAGAACAGAACCGATCTGAAGGTAGAAGATGCAGGAAT
TGCTGCATTGTTTGGTCTCGAATGCTTTGCCTGGTACTGCGCAGGCGAAATCGCCGGAAG
AGGATTCACCTTCACCGGCTACTACCCTTGAAAAAGAGGAACAATAACTTGAACAAGATT
GTGTAATCTGAATCAATTTTTTTTTCTTCAAGTTTTTCCCTGAAACGGAAACAGAGTATT
TGGGATCTGAGAAAATTTCCATTTTGCTAAACTCTCCTTGATAAGTTTGAGACTTAATAA
AGAACAAAATTTTCT
AGAGT

QA 3 617 3 617
DS 



AS 2 7

CO CL548Contig1 1348 5 19 U
GATAAAATATCTGGAAACATTTTTGAAATACAAATTGTTGTTGCACAATATAATATCAAC
TTCCTCTCAAATATGTATCTGCATATGTGGTCAGATAGTCCATTATTTATTCCATGCGAG
ACACCATGATGGTTTACAAGAAGATCTCACCTCACAAGGGCATATGCATGCACACTACAA
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GTTTGGCCTGAGGATGAGACGCGTGTTCTCTCCATCCCGTCATGTAAATCACCTGAAAAG
TAGCAGGTATAGTGCCGTCTTCAGTGGCGAACATGGAGTCATATATGGCGGCCGTGGCAA
GAGCAGTTTCACGATTCAATATCTTGTTTCTCTGGAGAAGAGCGTTGGTTTCACCCATTG
CACGAAGATGCTCTATAAGATCCAGCGCACTCTTGTATTTAACAACATATTCGTCAACGT
CAACACCAGGAAGACTAAAACCCGCCCTGGTCAACAGATTCCCTGCGTCCCTAACCTGTG
CCAAAGGAGATAGGAGGGGACTAATCCCTCCTTCGCGCTCCATGTGAGCCAAAGTGCATG
CTATTCTCAGCTCCTTTAAGGTTTCTCCACCAAGAATGGCTGCTAAAAACAAGCCATCAG
GCTTCAGAGCCAGTTTGCACTGTATCATGGAACCTGGAAGATCGTTTGTCCAATGAAGCC
CCAAGGAACTTATGATCAAATCAACCGAACTCTCTTTGATAGGGAGAAACTCTTCGTCAC
CAACCAAGTAAGATGTGTCGATGGAGTTATCAAGTGGAGCATCTCTACATGATTTAATCA
TGTCATGTGAGGTATCCATCATTATAAGCTTTTCAATCCCACCGCGACCACGTAGTAAAC
GCTGAATAGCACCAAGAGATCCTCCCAAACACAATGCAGATGGAAGACTCTTCTTACAAT
CCTCTAAGCGGTCAAGAAGATTCTCAGCAACAGCGTCGACAAAGGTGTCGTTTTTATTGC
GAGACAGCCACGCCGCTCTGTCACGATGTACGCGCTTGAGATCTCGATCGAAGATCTTCA
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CTGTAGAGAAAGAGAGAAAGGGCAGCAATGTGTGAGATTGCTTCCTAGGTTTTTCGAGTA
CTCTCTTAAGAGAAATCCCGATCCGTCCGTACATTGAATTCTCTCTCGCCTCACCGGGAA
AACGTCGGTACAGTGTTTCTGAGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C725JQ U 1
AF RR3H394TF C 96
AF RR3G328JQ U 228
AF RR3BD33JQ U 228
AF RR3BD33TF C 595
BS 1 211 RR3C725JQ
BS 212 212 RR3H394TF
BS 213 214 RR3C725JQ
BS 215 215 RR3H394TF
BS 216 238 RR3C725JQ
BS 239 239 RR3BD33JQ
BS 240 289 RR3C725JQ
BS 290 290 RR3BD33JQ
BS 291 317 RR3C725JQ
BS 318 318 RR3BD33JQ
BS 319 321 RR3C725JQ
BS 322 322 RR3BD33JQ
BS 323 367 RR3C725JQ
BS 368 368 RR3BD33JQ
BS 369 413 RR3C725JQ
BS 414 414 RR3BD33JQ
BS 415 459 RR3C725JQ
BS 460 986 RR3BD33JQ
BS 987 1348 RR3BD33TF

RD RR3C725JQ 459 0 0
GATAAAATATCTGGAAACATTTTTGAAATACAAATTGTTGTTGCACAATATAATATCAAC
TTCCTCTCAAATATGTATCTGCATATGTGGTCAGATAGTCCATTATTTATTCCATGCGAG
ACACCATGATGGTTTACAAGAAGATCTCACCTCACAAGGGCATATGCATGCACACTACAA
CTAAAAAAGTCACTGATTCTGACTCGAGTCT*TCTTTTTTTTTTTTTGTAAAAGTGTCCC
TTTATTGACCACCGAATTGCTTATGGATATCGGTGAAGGATACGGTGGCAGAACCTCTGC
GTTTGGCCTGAGGATGAAACGTGTGTTCTCTCCATCCCGTCATGTAAATCACCTGAAAAG
TAGCAGGGATAGTGCCGTCTTCAGTGGCGAACATGGAGTCATATATGGCGGCCATGGCAA
GAGCAGTTTCACGATTCAATATCTTGTTTCTCTGGAGAA

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR3H394TF 573 0 0
TAGTCCATTATTTATTCCATGCGAGACATCATGATGGTTTACAAGAAGATCTCACCTCAC
AAGGGCATATGCATGCACACTACAATTAAAAAAGTCACTGATTCTGACTCGAGTCTCTTC
TTTTTTTTTTTTGTAAAAGTGTCGCTTTATTGACCACCGAATTGCTTATGGATATCGGTG
AAGGATACGGTGGCTGAACCTCTGCGTTTGGCCTGAGGATGAGACGCGTGTTCTCTCCAT
CCCGTCATGTAAATCACCTGAAAAGTAGCAGGTATAGTGCCGTCTTCAGTGGCGAACATG
GAGTCATATATGGCGGCCGTGGCAAGAGCAGTTTCACGATTCAATATCTTGTTTCTCTGG
AGAAGAGCGTTGGTTTCACCCATTGCACGAAGATGCTCTATAAGATCCAGCGCACTCTTG
TATTTAACAACATATTCGTCAACGTCAACACCAGGAAGACTAAAACCCGCCCTGGTCAAC
AGATTCCCTGCGTCCCTAACCTGTGCCAAAGGAGATAGGCGGGGACTAATCCCTCCTTCG
CGCTCCATGTGAGCCAAAGTGCATGCTATTCTC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3G328JQ 532 0 0
GC
AAAAGTGTCGCTTTATTGACCACCGAATTGCTTGTGGATATCGGTGAAGGATACGGTGGC
AGAACCTCTGCGTTTGGCCTGAGGATGGGACGTGTGTTCTCTCCATCCCGTCATGTAAAT
CACCTGAAAAGTAGCAGGTATAGTGCCGTCTTCAGTGGCGAACATGGAGTCATATATGGC
GGCCGTGGCAAGAGCAGTTTCACGATTCAATATCTTGTTTCTCTGGAGAAGAGCGTTGGT
TTCACCCATTGCACGAAGATGCTCTATAAGATCCAGCGCACTCTTGTATTTAACAACATA
TTCGTCAACGTCAACACCAGGAAGACTAAAACCCGCCCTGGTCAATAGATTCCCTGCGTC
CCTAACCTGTGCCAAAGGAGATAGGCGGGGACTAATCCCTCCTTCGAGCTCCATGTGAGC
CAAAGTGCATGCTATTCTCAGCTCCTTTAAGGTTTCTCCACCAAGAATGGCTGCTAAAAA
CAAGCCATCAGGCTTCAGAACCAGTTTGCACTGTATCATGGAACCTGGAA

QA 3 532 3 532
DS 

RD RR3BD33JQ 759 0 0
GTAAAAGTGTCGCTTTATTGACCACCGAATTGCTTATGGATATCGGTGAAGGATACGGTG
GCTGAACCTCTGCGTTTGGCCTGAGGATGAGACGCGTGTTCTCTCCATCCCGTCATGTAA
ATCACCTGAAAAGTAGCAGGTATAGTGCCGTCTTCAGTGGCGAACATGGAGTCATATATG
GCGGCCGTGGCAAGAGCAGTTTCACGATTCAATATCTTGTTTCTCTGGAGAAGAGCGTTG
GTTTCACCCATTGCACGAAGATGCTCTATAAGATCCAGCGCACTCTTGTATTTAACAACA
TATTCGTCAACGTCAACACCAGGAAGACTAAAACCCGCCCTGGTCAACAGATTCCCTGCG
TCCCTAACCTGTGCCAAAGGAGATAGGAGGGGACTAATCCCTCCTTCGCGCTCCATGTGA
GCCAAAGTGCATGCTATTCTCAGCTCCTTTAAGGTTTCTCCACCAAGAATGGCTGCTAAA
AACAAGCCATCAGGCTTCAGAGCCAGTTTGCACTGTATCATGGAACCTGGAAGATCGTTT
GTCCAATGAAGCCCCAAGGAACTTATGATCAAATCAACCGAACTCTCTTTGATAGGGAGA
AACTCTTCGTCACCAACCAAGTAAGATGTGTCGATGGAGTTATCAAGTGGAGCATCTCTA
CATGATTTAATCATGTCATGTGAGGTATCCATCATTATAAGCTTTTCAATCCCACCGCGA
CCACGTAGTAAACGCTGAATAGCACCAAGAGATCCTCCC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3BD33TF 754 0 0
CCTGTGCCAAAGGAGATAGGAGGGGACTAATCCCTCCTTCGCGCTCCATGTGAGCCAAAG
TGCATGCTATTCTCAGCTCCTTTAAGGTTTCTCCACCAAGAATGGCTGCTAAAAACAAGC
CATCAGGCTTCAGAGCCAGTTTGCACTGTATCATGGAACCTGGAAGATCGTTTGTCCAAT
GAAGCCCCAAGGAACTTATGATCAAATCAACCGAACTCTCTTTGATAGGGAGAAACTCTT
CGTCACCAACCAAGTAAGATGTGTCGATGGAGTTATCAAGTGGAGCATCTCTACATGATT
TAATCATGTCATGTGAGGTATCCATCATTATAAGCTTTTCAATCCCACCGCGACCACGTA
GTAAACGCTGAATAGCACCAAGAGATCCTCCCAAACACAATGCAGATGGAAGACTCTTCT
TACAATCCTCTAAGCGGTCAAGAAGATTCTCAGCAACAGCGTCGACAAAGGTGTCGTTTT
TATTGCGAGACAGCCACGCCGCTCTGTCACGATGTACGCGCTTGAGATCTCGATCGAAGA
TCTTCACCCTTGAGGAGCTATTCTGCTGCTGAGACTCACCGCCACCGCCATAACCACTAC
CGTCCTCTGTAGAGAAAGAGAGAAAGGGCAGCAATGTGTGAGATTGCTTCCTAGGTTTTT
CGAGTACTCTCTTAAGAGAAATCCCGATCCGTCCGTACATTGAATTCTCTCTCGCCTCAC
CGGGAAAACGTCGGTACAGTGTTTCTGAGTTTCC

QA 1 754 1 754
DS 



CO CL548Contig2 711 2 8 U
GGGTGAAGCGAGAGAGAATTCAATGTACGGACGAATCGGGATTCTTAAGAGAGTACTCGA
AAAAACAACGAATCAATCTCACATATTTCTCGCCTCTCGTTCCTTCTCTACAGAGGACGG
TAGTGGTTATGGCGGTGGCGGTGAGTCACAGCAGAATAGCTCCACGAGGGTCAAGATCTT
CGATCGAGATCTCAAGCGCGTACATCGTGACAGAGCGGCGTGGCTGTCTCGCAACAAAAA
CGACACCTTTGTCGACGCTGTTGCTGAGAATCTACTTGACCGCTTAGAGGATTGTAAGAA
GAGTTTTCCATCTGCATTATGTTTGGGAGGATCTCTTGGTACTGTTCAGCGTTTACTACG
TGGTCGCGGTGGGATTGAGAAGCTTATCATGATGGATACCTCACATGACATGATTAAATC
ATGTAGAGATGCTCCACTTGATAACTCCATCGAGACATCTTACTTGGTTGGTGACGAAGA
GTTTCTACCTATCAAAGAGAGTTCGGTTGATTTGATCATAAGTTCTTTGGGGCTTCATTG
GACAAACGATCTTCCAGGTTCCATGATACAGTGCAAACTGGCTCTGAAGCCTGATGGCTT
GTTTTTAGCAGCCATTCTTGGTGGAGAAACCTTAAAGGAGCTGAGAATAGCATGCACTTT
GGCTCACATGGAGCGCGAAAGAGGGATTAGTCCCCGCCTATCTCCTTTGGC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C725TF U 1
AF RR3G328TF U 2
BS 1 318 RR3C725TF
BS 319 319 RR3G328TF
BS 320 340 RR3C725TF
BS 341 341 RR3G328TF
BS 342 495 RR3C725TF
BS 496 496 RR3G328TF
BS 497 679 RR3C725TF
BS 680 711 RR3G328TF

RD RR3C725TF 679 0 0
GGGTGAAGCGAGAGAGAATTCAATGTACGGACGAATCGGGATTCTTAAGAGAGTACTCGA
AAAAACAACGAATCAATCTCACATATTTCTCGCCTCTCGTTCCTTCTCTACAGAGGACGG
TAGTGGTTATGGCGGTGGCGGTGAGTCACAGCAGAATAGCTCCACGAGGGTCAAGATCTT
CGATCGAGATCTCAAGCGCGTACATCGTGACAGAGCGGCGTGGCTGTCTCGCAACAAAAA
CGACACCTTTGTCGACGCTGTTGCTGAGAATCTACTTGACCGCTTAGAGGATTGTAAGAA
GAGTTTTCCATCTGCATTGTGTTTGGGAGGATCTCTTGGTGCTGTTCAGCGTTTACTACG
TGGTCGCGGTGGGATTGAGAAGCTTATCATGATGGATACCTCACATGACATGATTAAATC
ATGTAGAGATGCTCCACTTGATAACTCCATCGAGACATCTTACTTGGTTGGTGACGAAGA
GTTTCTACCTATCAAGGAGAGTTCGGTTGATTTGATCATAAGTTCTTTGGGGCTTCATTG
GACAAACGATCTTCCAGGTTCCATGATACAGTGCAAACTGGCTCTGAAGCCTGATGGCTT
GTTTTTAGCAGCCATTCTTGGTGGAGAAACCTTAAAGGAGCTGAGAATAGCATGCACTTT
GGCTCACATGGAGCGCGAA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3G328TF 710 0 0
GGTGAAGCGAGAGAGAATTCAATGTACGGACGAATCGGGATTCTTAAGAGAGTACTCGAA
AAAACAACGAATCAATCTCACATATTTCTCGCCTCTCGTTCCTTCTCTACAGAGGACGGT
AGTGGTTATGGCGGTGGCGGTGAGTCACAGCAGAATAGCTCCACGAGG*TCAAGATCTTC
GATCGAGATCTCAAGCGCGTACATCGTGACAGAGCGGCGTGGCTGTCTCGCAACAAAAAC
GACACCTTTGTCGACGCTGTTGCTGAGAATCTACTTGACCGCTTAGAGGATTGTAAGAAG
AGTTTTCCATCTGCATTATGTTTGGGAGGATCTCTTGGTACTGTTCAGCGTTTGCTACGT
GGTCGCGGTGGGATTGAGAAGCTTATCATGATGGATACCTCACATGACATGATTAAATCA
TGTAGAGATGCTCCACTTGATAACTCCATCGAGACATCTTACTTGGTTGGTGACGAAGAG
TTTCTACCTATCAAAGAGAGTTCGGTTGATTTGATCATAAGTTCTTTGGGGCTTCATTGG
ACAAACGATCTTCCAGGTTCCATGATACAGTGCAAACTGGCTCTGAAGCCTGATGGCTTG
TTTTTAGCAGCCATTCTTGGTGGAGAAACCTTAAAGGAGCTGAGAATAGCATGCACTTTG
GCTCACATGGAGCTCGAAAGAGGGATTAGTCCCCGCCTATCTCCTTTGGC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 9

CO CL549Contig1 948 9 11 U
GGTCTAAACGAGTGAAAACTAAACAGGGTCTCGAGTTTCATAACAAGTTCCAAATGTTTT
ACAAGAGCAAGAACCATCAGTTTTTTTTTGTCCAACTAGGCAGAAAAGTAAAAAGATAGT
AATGAGATTCAACTCCAGGTTTGTTGGGCGACCAAAGTGAAAAGTTTTACTCGACCTCAG
CCAAGTAATCGTCGATCTCTGCCGGTGTTAGTACCCTAAAGACTTTGTCAGCGCCAATCT
TGCCAATCTCAATGTTCTTGCTCGAGATTTCTCCCTCGAAACCTTCCTTCAGTGTCAATA
TAGCCGTATGAATCGCATCATCAAGCTCCATATCTTCAGTGTACCTCTTCTCGAGAAATG
TCTTGGCATTCGAAACATTCTTCCCCATTGCCGAAGCTTTCCATGAGAAATAGGAACCAG
ACGGATCCACCTGGTACAGCTGTGGGCCCTTGTCATCATACCCAGCCACGAGTAGAGAAA
CTCCAAACGGCCTAACACCACCTGATTGAGTGAACTCTTGCATGACCGTAGCCGTTTCCC
TCACAAGTTGAGTGACAGGGATAGGTTCTTTGTACAAGCGGAGATACTGCTCAGCCTGCT
TCCTACTCTTTCGCACAAGAACTCGGAAATCAGGGCCCATACCACTGTATACAACTCCAA
TGTTGGGAGTCAAATGCTGAATCTTTTGAACAGAGGCTTCATCAACAAGAATAGAGGGAA
GCTTCTTTTCAGTAGCAATAACAACTCCATTTGAAGCTTTGATTCCCAGAGATGTCTGGC
CTGATCCAACAGCTGTTAGAGCATGCTCTATCTGAACCAGCTTTCCTGAAGGGCTGAA*G
GTAGTGAGTGAAAACGAGTACTGACTGTCTCCCATTGCAATCCCTTTGATGTTACGGATC
GAGGTAACGACGATAATGGAGAGACGAGGAAGGAAGGAGCCAAGTGCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 
50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK83JQ U 6
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AF RR3ET82JQ U 14
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BS 585 676 RR3BW44JQ
BS 677 838 RR3AX28JQ
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AGCAAGAACCATCAGTTTTTTTTTGTCCAACTAGGCAGAAAAGTAAAAAGATAGTAATGA
GATTCAACTCCAGGTTTGTTGGGGGACCAAAGTGAAAAGTTTTA

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DS 

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AATCGCATCATCAAGCTCCATATCTTCAGTGTACCTCTTCTCGAGAAATGTCTTGGCATT
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CTGGTACAGCTGTGGGCCCTTGTCATCATACCCAGCCCCGAGTAGAGAAACTCCAAACGG
CCTAACACCACCTGATTGAGTGAACTCTTGCATGACCGTAGCCGTTTCCCTCACAAGTTG
AGTGACAGGGATAGGTTCTTTGTACAAGCGGAGATACTGCTCAGCCTGCTTCCTACTCTT
TCGCACAAGAACTCGGAAATCAGGGCCCATACCACTGTA

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DS 

RD RR3ET82JQ 616 0 0
GG
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ATCAGTTTTTTTT*GTCCAACTAGGCAGAAAAGTAAAAAGATAGTAATGAGATTCAACTC
CAGGTTTGTTGGGCGACCAAAGTGAAAAGTTTTACTCGACCTCAGCCAAGTAATCGTCGA
TCTCTGCCGGTGTTAGTACCCTAAAGACTTTGTCAGCGCCAATCTTGCCAATCTCAATGT
TCTTGCTCGAGATTTCTCCCTCGAAACCTTCCTTCAGTGTCAATATAGCCGTATGAATCG
CATCATCAAGCTCCATATCTTCAGTGTACCTCTTCTCGAGAAATGTCTTGGCATTCGAAA
CATTCTTCCCCATTGCCGAAGCTTTCCATGAGAAATAGGAACCAGACGGATCCACCTGGT
ACAGCTGTGGGCCCTTGTCATCATACCCAGCCACGAGTAGAGAAACTCCAAACGGCCTAA
CACCACCTGATTGAGTGAACTCTTGCATGACCGTAGCCGTTTCCCTCACAAGTTGAGTGA
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CAAGAACTCGGAAA

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DS 

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ACAAGAGCAAGAACCATCAGTTTTTTTTTGTCCAACTAGGCAGAAAAGTAAAAAGATAGT
AATGAGATTCAACTCCAGGTTTGTTGGGCGACCAAAGTGAAAAGTTTTACTCGACCTCAG
CCAAGTAATCGTCGATCTCTGCCGGTGTTAGTACCCTAAAGACTTTGTCAGCGCCAATCT
TGCCAATCTCAATGTTCTTGCTCGAGATTTCTCCCTCGAAACCTTCCTTCAGTGTCAATA
TAGCCGTATGAATCGCATCATCAAGCTCCATATCTTCAGTGTACCTCTTCTCGAGAAATG
TCTTGGCATTCGAAACATTCTTCCCCATTGCCGAAGCTTTCCATGAGAAATAGGAACCAG
ACGGATCCACCTGGTACAGCTGTGGGCCCTTGTCATCATACCCAGCCACGAGTAGAGAAA
CTCCAAGCGGCCTAACACCACCTGATTGAGTGAACTCTTGCATGACCGTAGCCGTTTCCC
TCACAAGTTGAGTGACAGGGATAGGTTCTTTGTACAAGCGGAGGTACTGCTCAGCCTGCT
TCCTACTCTTTCGCACAAGAACTCGGAAATCAGGGCCCATACCACTGTATACAACTCCAA
TGTTGGGAGTCAAATG

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DS 

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GCCT
AAACGAGTGAAAACTAAACAGGGTCTCGAGTTTCATAACAAGTTCCAAATGTTTTACAAG
AGCAAGAACCATCAGTTTTTTTT*GTCCAACTAGGCAGAAAAGTAAAAAGATAGTAATGA
GATTCAACTCCAGGTTTGTTGGGCGACCAAAGTGAAAAGTTTTACTCGACCTCAGCCAAG
TAATCGTCGATCTCTGCCGGTGTTAGTACCCTAAAGACTTTGTCAGCGCCAATCTTGCCA
ATCTCAATGTTCTTGCTCGAGATTTCTCCCTCGAAACCTTCCTTCAGTGTCAATATAGCC
GTATGAATCGCATCATCAAGCTCCATATCTTCAGTGTACCTCTTCTCGAGAAATGTCTTG
GCATTCGAAACATTCTTCCCCATTGCCGAAGCTTTCCATGAGAAATAGGAACCAGACGGA
TCCACCTGGTACAGCTGTGGGCCCTTGTCATCATACCCAGCCACGAGTAGAGAAACTCCA
AACGGCCTAACACCACCTGATTGAGTGAACTCTTGCATGACCGTAGCCGTTTCCCTCACA
AGTTGAGTGACAGGGATAGGTTCTTTGTACAAGCGGAGATACTGCTCAGCCTGCTTCCTA
CTCTTTCGCACAAGAACTCGGAAATCAGGGCCCATACCACTGTATACAACTCCAATGTTG
GGAGTCAAATGCTGAATCTTTTGAACAGAGGCTTCATCAACAAGAATAGAGGGAAGCTTC
TTTTCAGTAGCAATAACAACTCCATTTGAAGCTTTGATTCCCAGAGATGTCTGGCCTGAT
CCAACAGCTGTTAGAGCATGCTCTATCTGAACCAGCTTTCCTGAAGGGCTGAAAGGTAGT
GAGTGAAAACGAGTACTGACTGTCTCCCATTGCAATCCCTTTGATGTTACGGATCGAGGT
AACGACGATA*TGGAGAGACGAGGAAG
AA

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DS 

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GTACCCTAAAGACTT*GTCAGCGCCAATCTTGCCAATCTCAATGTTCTTGCTCGAGATTT
CTCCCTCGAAACCTTCCTTCAGTGTCAATATAGCCGTATGAATCGCATCATCAAGCTCCA
TATCTTCAGTGTACCTCTTCTCGAGAAATGTCTTGGCATTCGAAACATTCTTCCCCATTG
CCGAAGCTTTCCATGAGAAATAGGAACCAGACGGACCCACCTGGTACAGCTGTGGGCCCT
TGTCATCATACCCAGCCACGAGTAGAGAAACTCCAAACGGCCTAACACCACCTGATTGAG
TGAACTCTTGCATGACCGTAGCCGTTTCCCTCACAAGTTGAGTGACAGGGATAGGTTCTT
TGTACAAGCGGAGATACTGCTCAGCCTGCTTCCTACTCTTTCGCACAAGAACTCGGAAAT
CAGGGCCCATACCACTGTATACAACTCCAATGTTGGGAGTCAAATGCTGAATCTTTTGAA
CAGAGGCTTCATCAACAAGAATAGAGGGAAGCTTCTTTTCAGTAGCAATAACAACTCCAT
TTGAAGCTTTGATTCCCAGAGATGTCTGGCCTGATCCAACAGCTGTTAGAGCATGCTCTA
TCTGAACCAGCTTTCCTGAAGGGCTGAA*GGTAGCGAGTGAAAACGAGTACTGACTGTCT
CCCATTGCAATCCCTTTGATGTTACGGATCGAGGTAACGACGAT
CC

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DS 

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ACCAGACGGATCCACCTGGTACAGCTGTGGGCCCTTGTCATCATACCCAGCCACGAGTAG
AGAAACTCCAAACGGCCTAACACCACCTGATTGAGTGAACTCTTGCATGACCGTAGCCGT
TTCCCTCACAAGTTGAGTGACAGGGATAGGTTCTTTGTACAAGCGGAGATACTGCTCAGC
CTGCTTCCTACTCTTTCGCACAAGAACTCGGAAATCAGGGCCCATACCACTGTATACAAC
TCCAATGTTGGGAGTCAAATGCTGAATCTTTTGAACAGAGGCTTCATCAACAAGAATAGA
GGGAAGCTTCTTTTCAGTAGCAATAACAACTCCATTTGAAGCTTTGATTCCCAGAGATGT
CTGGCCTGATCCAACAGCTGTTAGAGCATGCTCTATCTGAACCAGCTTTCCTGAAGGGCT
GAA*GGTAGTGAGTGAAAACGAGTACTGACTGTCTCCCATTGCAATCCCTTTGATGTTAC
GGATCGAGGTAACGACGATAATGGAGAGACGAGGAAGGAAGGAGCCAAGTGCC

QA 8 780 8 780
DS 

RD RR3ET82TF 653 0 0
AGTGTCAATATAGCCGTATGAATCGCATCATCAAGCTCCATATCTTCAGTGTACCTCTTC
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TAGGAACCAGACGGATCCACCTGGTACAGCTGTGGGCCCTTGTCATCATACCCAGCCACG
AGTAGAGAAACTCCAAACGGCCTAACACCACCTGATTGAGTGAACTCTTGCATGACCGTA
GCCGTTTCCCTCACAAGTTGAGTGACAGGGATAGGTTCTTTGTACAAGCGGAGATACTGC
TCAGCCTGCTTCCTACTCTTTCGCACAAGAACTCGGAAATCAGGGCCCATACCACTGTAT
ACAACTCCAATGTTGGGAGTCAAATGCTGAATCTTTTGAACAGAGGCTTCATCAACAAGA
ATAGAGGGAAGCTTCTTTTCAGTAGCAATAACAACTCCATTTGAAGCTTTGATTCCCAGA
GATGTCTGGCCTGATCCAACAGCTGTTAGAGTATGCTCTATCTGAACCAGCTTTCCTGAA
GGGCTGAA*GGTAGTGAGTGAAAACGAGTACTGACTGTCTCCCATTGCAATCCCTTAGAT
GTTACGGATCGAGGTAACGACGATAATGGAGAGACGAGGAAGGAAGGAGCC
CC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3BW44TF 692 0 0
TCAGCGCCAATCTTGCCAATCTCAATGTTCTTGCTCGAGATTTCTCCCTCGAAACCTTCC
TTCAGTGTCAATATAGCCGTATGAATCGCATCATCAAGCTCCATATCTTCAGTGTACCTC
TTCTCGAGAAATGTCTTGGCATTCGAAACATTCTTCCCCATTGCCGAAGCTTTCCATGAG
AAATAGGAACCAGACGGATCCACCTGGTACAGCTGTGGGCCCTTGTCATCATACCCAGCC
ACGAGTAGAGAAACTCCAAGCGGCCTAACACCACCTGATTGAGTGAACTCTTGCATGACC
GTAGCCGTTTCCCTCACAAGTTGAGTGACAGGGATAGGTTCTTTGTACAAGCGGAGGTAC
TGCTCAGCCTGCTTCCTACTCTTTCGCACAAGAACTCGGAAATCAGGGCCCATACCACTG
TATACAACTCCAATGTTGGGAGTCAAATGCTGAATCTTTTGAACAGAGGCTTCATCAACA
AGAATAGAGGGAAGCTTCTTTTCAGTAGCAATAACAACTCCATTTGAAGCTTTGATTCCC
AGAGATGTCTGGCCTGATCCAACAGCTGTTAGAGCATGCTCTATCTGAACCAGCTTTCCT
GAAGGGCTGAA*GGTAGTGAGTGAAAACGAGTACTGACTGTCTCCCATTGCAATCCCTTA
GATGTTACGGATCGAGGTAACGACGATA
ATCC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 2 7

CO CL550Contig1 1481 4 8 U
GGACAGACAGAAGATCACAGTCTCTATCTACACGCTTGGAGGAGTATGGCGGCGGAGAAA
TGGGTGTACATGGTGACGGCGCAAACCCCGACGAACATCGCGGTGATAAAGTATTGGGGA
AAGAGAGATGAAGTCCGTATCCTCCCCGTCAACGACAGCATCAGCGTTACTCTCGATCCC
GATCACCTCTGTACCGTCACCACTGTCGCCGTCAGTCCCGCTTTTGATCGCGATCGAATG
TGGCTCAACGGCAAGGAGATCTCTCTTTCTGGGAGTAGGTACCAAAACTGTTTGAGGGAG
ATTCGAGGTCGTGGTGGTGAGGTTGAAGACAAGGAGAAAGGTATCAAGATAGAGAAGAAA
GACTGGGAGAAACTTCATCTTCATATTGCTTCTCATAACAACTTCCCTACTGCTGCTGGC
TTAGCATCTTCTGCTGCTGGATTTGCTTGTCTTGTTTTTTCTCTGGCAAAGTTGATGAAT
GTAGATGAAGACGCAAGCCATCTTTCTGCGATAGCCAGGCAAGGTTCAGGAAGTGCTTGC
CGGAGTTTGTTTGGTGGATTTGTCAAGTGGGAAATGGGAAGCAAAGAAGATGGAAGTGAC
AGCGTTGCAGTTCAACTAGCAGACGAGAAGCATTGGAACGATCTTGTTATCATCATTGCC
GTGGTGAGTTCACGGCAGAAGGAAACGAGCAGCACCTCTGGAATGCGTGAAAGTGTTGAG
ACGAGTCTGCTTTTACAGCATAGAGCAAAAGAAGTTGTGCCTAAACGAATCCTGCAAATG
GAGGAAGCTATTAAAAACCGAGATTTTGCATCCTTTACACAATTGAGCTGCGCAGACAGC
AACCAGTTTCATGCTGTTTGTCTGGATACATCTCCACCCATATTTTACATGAATGACACC
TCCCACAGGATAATTAGCTTGGTTGAAAAATGGAATCGTTCTGAAGGCACACCACAGGTT
GCTTACACATTTGATGCTGGCCCAAATGCTGTACTGATTGCACGCAACAGAAAGGTAGCA
GTTCAATTGCTCCAAGGGCTTCTCTACTATTTTCCCCCTAAGTCCGACACTGATATGAAG
AGTTACGTAGTGGGAGATAATTCGATTCTAAAGGAGGCAGGATTAGATGGAGCAAACAGT
GTAGAGAATCTGCAACCTCCACCTGAAATAAAAGACAACATTGGATCACAGGATCAAAAA
GGCGAAGTCAGTTATTTTATCTGCACTAAACCTGGAAGAGGTCCTGTCGTGCTTCCCGAC
CAAACTCAGGCTCTTCTCGATCCAGAAACTGGCCTTCCCAAGTGAGCATGTTCTCTGCTT
GATCAATGATATGTTATATGATTAGCAGCAATCCTTTTGACTGCAAGCAAGTTTAAGAAA
CAATATTTGTGGCAGAATAAGGGCAAAGCTTCGTTTTTCTCTACTGCTGGCTTTCTTATG
TCCAATAAACAAAAATATCATCTTTTTCCTTTTACGTGAAT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AG49JQ C 656
AF RR3C248JQ C 776
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ACTGGGAGAAACTTCATCTTCATATTGCTTCTCATAACAACTTCCCTACTGCTGCTGGCT
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GGAGTTTGTTTGGTGGATTTGTCAAGTGGGAAATGGGAAGCAAAGAAGATGGAAGTGACA
GCGTTGCAGTTCAACTAGCAGACGAGAAGCATTGGAACGATCTTGTTATCATCATTGCCG
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TGGGTGTACATGGTGACGGCGCAAACCCCGACGAACATCGCGGTGATAAAGTATTGGGGA
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TGGCTCAACGGCAAGGAGATCTCTCTTTCTGGGAGTAGGTACCAAAACTGTTTGAGGGAG
ATTCGAGGTCGTGGTGGTGAGGTTGAAGACAAGGAGAAAGGTATCAAGATGGAGAAGAAA
GACTGGGAGAAACTTCATCTTCATATTGCTTCTCATAACAACTTCCCTACTGCTGCTGGC
TTAGCATCTTCTGCTGCTGGATTTGCTTGTCTTGTTTTTTCTCTGGCAAAGTTGATGAAT
GTAGATGAAGACGCAAGCCATCTTTCTGCGATAGCCAGGCAAGGTTCAGGAAGTGCTTGC
CGGAGTTTGTTTGGTGGATTTGTCAAGTGGGAAATGGGAAGCAAAGAAGATGGAAGTGAC
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GAGGAAGCTATT

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ACAGCAACCAGTTTCATGCTGTTTGTCTGGATACATCTCCACCCATATTTTACATGAATG
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TAGCAGTTCAATTGCTCCAAGGGCTTCTCTACTATTTTCCCCCTAAGTCTGACACTGATA
TGAAGAGTTACGTAGTGGGAGATAATTCGATTCTAAAGGAGGCAGGATTAGATGGAGCAA
ACAGTGTAGAGAATCTGCAACCTCCACCTGAAATAAAAGACAACATTGGATCACAGGATC
AAAAAGGCGAAGTCAGTTATTTTATCTGCACTAAACCTGGAAGAGGTCCTGTCGTGCTTC
CCGACCAAACTCAGGCTCTTCTCGATCCAGAAACTGGCCTTCCCAAGTGAGCATGTTCTC
TGCTTGATCAATGATATGTTATATGATTAGCAGCAATCCTTTTGACTGCAAGCAAGTTTA
AGAAACAATATTTGTGGCAGAATAAGGGCAAAGCTTCGTTTTTCTCTACTGCTGGCTTTC
TTATGTCCAATAAACAAAAATATCATCTTTTTCCTTTTACGTG
G

QA 1 703 1 703
DS 



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GGGACTCGCTGTTTGTATAGTTTCGAATTCTCCGTCCTTGAAAACTCTCTCTCCAGATCT
CTCTCTCTGCGCAACGACGAAGATCACTTCTTATGGCGGCGGAGAAATGGGTGCACACGG
TGACGGCTCAAACTCCGACGAACATCGCGGTGATTAAGTATTGGGGAAAGAGAGACGAGG
TCCGGATCCTCCCAGTAAACGACAGCATCAGCGTAACTCTCGATCCCGATCACCTCTGCA
CCGCCACCACCGTCGCCGTCAGTCCCGCTTTCGATCGGGATCGAATGTGGCTCAACGGCA
AGGAGATCTCTCTATCAGGGAGTAGGTACCAGAACTGTTTGAGGGAGATTCGAAGCCGTG
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TGAATCTGCATATTGCTTCTCATAACAACTTCCCTACTGCTGCTGGCTTAGCTTCTTCTG
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GGCAGAAGGAAACGAGCAGCACCTCTGGAATGCGAGAAAGTGTTGAGACGAGTTTGTTTC
TACAGCACAGAGCAAAAGAAGTTGTGTCGAAACGGATTGTGCAAATGGAGGAAGCTATTA
AAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3F095TF U 1
AF RR3CU82TF U 283
AF RR3CC96TF U 205
BS 1 484 RR3F095TF
BS 485 485 RR3CC96TF
BS 486 572 RR3F095TF
BS 573 669 RR3CC96TF
BS 670 670 RR3CU82TF
BS 671 843 RR3CC96TF

RD RR3F095TF 572 0 0
GGGACTCGCTGTTTGTATAGTTTCGAATTCTCCGTCCTTGAAAACTCTCTCTCCAGATCT
CTCTCTCTGCGCAACGACGAAGATCACTTCTTATGGCGGCGGAGAAATGGGTGCACACGG
TGACGGCTCAAACTCCGACGAACATCGCGGTGATTAAGTATTGGGGAAAGAGAGACGAGG
TCCGGATCCTCCCAGTAAACGACAGCATCAGCGTAACTCTCGATCCCGATCACCTCTGCA
CCGCCACCACCGTCGCCGTCAGTCCCGCTTTCGATCGGGATCGAATGTGGCTCAACGGCA
AGGAGATCTCTCTATCAGGGAGTAGGTACCAGAACTGTTTGAGGGAGATTCGAAGCCGTG
GTGGTGATGTCGAAGACAAGGAGAAAGGTGTGAAGATTGAGAAGAAAGATTGGGAGAGAT
TGAATCTGCATATTGCTTCTCATAACAACTTCCCTACTGCTGCTGGCTTAGCTTCTTCTG
CTGCGGGATTTGCTTGTCTAGTTTTCTCTCTTGCAAAGTTGATGAATGTAGAGGAAGATC
TAAGCCAGCTTTCTGCGATAGCCAGGCAAGGT

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3CU82TF 472 0 0
GAATGTGGCTCAACGGCAAGGAGATCTCTCTATCAGGGAGTAGGTACCAGAACTGTTTGA
GGGAGATTCGAAGCCGTGGTGGTGATGTCGAAGACAAGGAGAAAGGTGTGAAGATTGAGA
AGAAAGATTGGGAGAGATTGAATCTGCATATTGCTTCTCATAACAACTTCCCTACTGCTG
CTGGCTTAGCTTCTTCTGCTGCTGGATTTGCTTGTCTAGTTTTCTCTCTTGCAAAGTTGA
TGAATGTAGAGGAAGATCTAAGCCAGCTTTCTGCGATAGCCAGGCAAGGTTCAGGAAGTG
CTTGCTGTAGTTTGTTTGGTGGATTTGTCAAGTGGAAAATGGGAAGCAAAGAAGATGGAA
GTGATAGCGTTGCAGTTCAACTTGCAGATGAGAAGCATTGGGATGATCTTGTTATCATCA
TTGCTGTGGTAAGTTCACGGCAGAAGGAAACGAGCAGCACCTCTGGAATGCG

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3CC96TF 639 0 0
GCATCAGCGTAACTCTCGATCCCGATCACCTCTGCACCGTCACCACCGTCGCCGTCAGTC
CCGCTTTCGATCGGGATCGAATGTGGCTCAACGGCAAGGAGATCTCTCTATCAGGGAGTA
GGTACCAGAACTGTTTGAGGGAGATTCGAAGCCGTGGTGGTGATGTCGAAGACAAGGAGA
AAGGTGTGAAGATTGAGAAGAAAGATTGGGAGAGATTGAATCTGCATATTGCTTCTCATA
ACAACTTCCCTACTGCTGCTGGCTTAGCTTCTTCTGCTGCTGGATTTGCTTGTCTAGTTT
TCTCTCTTGCAAAGTTGATGAATGTAGAGGAAGATCTAAGCCAGCTTTCTGCGATAGCCA
GGCAAGGTTCAGGAAGTGCTTGCCGTAGTTTGTTTGGTGGATTTGTCAAGTGGAAAATGG
GAAGCAAAGAAGATGGAAGTGATAGCGTTGCAGTTCAACTTGCAGGTGAGAAGCATTGGG
ATGATCTTGTTATCATCATTGCTGTGGTAAGTTCACGGCAGAAGGAAACGAGCAGCACCT
CTGGAATGCGAGAAAGTGTTGAGACGAGTTTGTTTCTACAGCACAGAGCAAAAGAAGTTG
TGTCGAAACGGATTGTGCAAATGGAGGAAGCTATTAAAA

QA 1 639 1 639
DS 



AS 3 6

CO CL551Contig1 531 2 5 U
TTTTCTTGAAGGTTAACCAAATCGGGTCAGTGACAGAGAGTATTGAGGCAGTGAGGATGT
CGAAGAAAGCAGGATGGGGAGTGATGACCAGCCACAGAAGTGATGAAACCGAGGACACCT
TCATTGCTGACCTAGCTGTTGGCTTGTTTACTGGACAAATCAAGACTGGTGCTCCTTGCA
GGTCCGAGCGTCTTGCCAAGTACAACCAGCTTTTACGTATTGAGGAGGAGTTGGGATCAG
AGGCAGTTTACGCTGGAGCTAACTTCCGCAAACCTGTTGAGCCTTACTAGACAAGTGCCT
TCTTTTCAGAAGCGAGTGCCCCTCTTCGTGATGTGAAGATCAGAGTTGTGTTTGATCATT
TTCCTTTAATAAAAACACACGTTTGCTCTTTTTTTTGTTGGTTTATTTTGCGAACTCCCC
CTTGTTGGGATTTTAGTTGCATTTTTTTTTGTAAGAAAAAAAACTGAGATAGCTCTGCCT
TTAAAAGAGGACAGTAGCTGTTTTCTTATAATCTAATTTCGGCTTTACTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AD30JQ C 1
AF RR3BM21TF U 239
BS 1 239 RR3AD30JQ
BS 240 256 RR3BM21TF
BS 257 257 RR3AD30JQ
BS 258 502 RR3BM21TF
BS 503 531 RR3AD30JQ

RD RR3AD30JQ 531 0 0
TTTTCTTGAAGGTTAACCAAATCGGGTCAGTGACAGAGAGTATTGAGGCAGTGAGGATGT
CGAAGAAAGCAGGATGGGGAGTGATGACCAGCCACAGAAGTGATGAAACCGAGGACACCT
TCATTGCTGACCTAGCTGTTGGCTTGTTTACTGGACAAATCAAGACTGGTGCTCCTTGCA
GGTCCGAGCGTCTTGCCAAGTACAACCAGCTTTTACGTATTGAGGAGGAGTTGGGATCAG
AGGCAGTTTACGCTGGAGCTAACTTCCGCAAACCTGTTGAGCCTTACTAGACAAGTGCCT
TCTTTTCAGAAGCGAGTGCCCCTTTTCGTGATGTGAAGATCAGAGTTGTGTTTGATCATT
TTCCTTTAATAAAAACACACGTTTGCTCTTTTTTTTGTTGGTTTATTTTGCGAACTCCCC
CTTGTTGGGATTTTAGTTGCATTTTTTTTTGTAAGAAAAAAAACTGAGATAGCTCTGCCT
TTAAAAGAGGACAGTAGCTGTTTTCTTATAATCTAATTTCGGCTTTACTCT

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR3BM21TF 271 0 0
G
GAGGCAGTTTACGCTGGGGCTAACTTCCGCAAACCTGTTGAGCCTTACTAGACAAGTGCC
TTCTTTTCAGAAGCGAGTGCCCCTCTTCGTGATGTGAAGATCAGAGTTGTGTTTGATCAT
TTTCCTTTAATAAAAACACACGTTTGCTCTTTTTTTTGTTGGTTTATTTTGCGAACTCCC
CCTTGTTGGGATTTTAGTTGCATTTTTTTTTGTAAGAAAAAAAACTGAGATAGCTCTGCC
TTTAAAAGAGGACAGTAGCTGTT
TTCTTAT

QA 2 264 2 264
DS 



CO CL551Contig2 1032 2 30 U
GATTCAAAGAAGCCATGAAAATGGGTGTGGAAGTTTACCACAACTTGAAGTCTGTGATCA
AGAAGAAGTATGGCCAGGATGCCACCAACGTTGGTGATGAAGGTGGCTTTGCCTCAAACA
TTCAGGAGAACAAGGAAGGTCTTGAACTGCTCAAGACTGCCATTGAAAAGGCTGGCTACA
CTGGCAAGGTCGTCATTGGAATGGATGTGGCCGCTTCTGAGTTCTACTCATCAGACAAGA
CCTACGACTTGAACTTCAAAGAAGAGAACAACAATGGTTCTCAGAAGATTTCTGGAGATG
CACTCAAGGACCTATACAAGTCCTTTGTTGCTGAGTACCCAATTGTGTCCATTGAGGACC
CATTTGACCAAGATGACTGGGAGCACCATGCCAAGATGACCGCAGAATGTGGAGACAATG
TTCAGATTGTTGGTGATGATTTGTTGGTCACCAACCCCAAGAGGGTTGCAAAGGCAATCG
CAGAAAAGTCTTGCAATGCTCTTCTCTTGAAGGTTAACCAAATCGGGTCAGTGACAGAGA
GTATTGAGGCAGTGAGGATGTCGAAGAAAGCAGGATGGGGAGTGATGACCAGCCACAGAA
GTGATGAAACCGAGGACACCTTCATTGCTGACCTAGCTGTTGGCTTGTCTACTGGACAAA
TCAAGACTGGTGCTCCTTGCAGGTCCGAGCGTCTTGCCAAGTACAACCAGCTTTTACGTA
TTGAGGAGGAGTTGGGATCAGAGGCAGTTTACGCCGGAGCTAACTTCCGCAAACCTGTTG
AGCCGTACTAGACAAGTGCCAGCTTTTCAGAAGCGAAGTGCCCCTCTTCGTGACGAGAAG
ATCAGAGTTGTGTTTGATCATTTTACTTTAATAAAAACACTACGTTTGCTCTCTTTTTTT
GTTGGTTTATTTTGCGAACTCCCCTTGTTGGGAGTTTAGTTTCTTTTTTTGTAAGAAAAA
AAACTGAGATAGCTCTGCCTTTAAAAGAGGACAGTAGCTGTTCTTTTATAATCTTATTTC
GGCTTTACTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AD30TF U 1
AF RR3A109JQ C 229
BS 1 232 RR3AD30TF
BS 233 233 RR3A109JQ
BS 234 241 RR3AD30TF
BS 242 242 RR3A109JQ
BS 243 244 RR3AD30TF
BS 245 245 RR3A109JQ
BS 246 386 RR3AD30TF
BS 387 387 RR3A109JQ
BS 388 406 RR3AD30TF
BS 407 407 RR3A109JQ
BS 408 469 RR3AD30TF
BS 470 470 RR3A109JQ
BS 471 682 RR3AD30TF
BS 683 683 RR3A109JQ
BS 684 754 RR3AD30TF
BS 755 755 RR3A109JQ
BS 756 784 RR3AD30TF
BS 785 785 RR3A109JQ
BS 786 800 RR3AD30TF
BS 801 802 RR3A109JQ
BS 803 806 RR3AD30TF
BS 807 807 RR3A109JQ
BS 808 816 RR3AD30TF
BS 817 817 RR3A109JQ
BS 818 833 RR3AD30TF
BS 834 834 RR3A109JQ
BS 835 835 RR3AD30TF
BS 836 836 RR3A109JQ
BS 837 841 RR3AD30TF
BS 842 1032 RR3A109JQ

RD RR3AD30TF 841 0 0
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AGAAGAAGTATGGCCAGGATGCCACCAACGTTGGTGATGAAGGTGGCTTTGCCTCAAACA
TTCAGGAGAACAAGGAAGGTCTTGAACTGCTCAAGACTGCCATTGAAAAGGCTGGCTACA
CTGGCAAGGTCGTCATTGGAATGGATGTGGCCGCTTCTGAGTTCTACTCATCGGACAAGA
CTTATGACTTGAACTTCAAAGAAGAGAACAACAATGGTTCTCAGAAGATTTCTGGAGATG
CACTCAAGGACCTATACAAGTCCTTTGTTGCTGAGTACCCAATTGTGTCCATTGAGGACC
CATTTGACCAAGATGACTGGGAGCACTATGCCAAGATGACCGCAGAGTGTGGAGACAATG
TTCAGATTGTTGGTGATGATTTGTTGGTCACCAACCCCAAGAGGGTTGCTAAGGCAATCG
CAGAAAAGTCTTGCAATGCTCTTCTCTTGAAGGTTAACCAAATCGGGTCAGTGACAGAGA
GTATTGAGGCAGTGAGGATGTCGAAGAAAGCAGGATGGGGAGTGATGACCAGCCACAGAA
GTGATGAAACCGAGGACACCTTCATTGCTGACCTAGCTGTTGGCTTGTCTACTGGACAAA
TCAAGACTGGTGCTCCTTGCAG*TCCGAGCGTCTTGCCAAGTACAACCAGCTTTTACGTA
TTGAGGAGGAGTTGGGATCAGAGGCAGTTTACGCTGGAGCTAACTTCCGCAAACCTGTTG
AGCCTTACTAGACAAGTGCCTTCTTT*CAGAAGCGA*GTGCCCCTCTTCGTGATGTGAAG
A

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR3A109JQ 804 0 0
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TTTCTGGAGATGCACTCAAGGACCTATACAAGTCTTTTGTTGCTGAGTACCCAATTGTGT
CCATTGAGGACCCTTTTGACCAAGATGACTGGGAGCACCATGCCAAGATGACCGCAGAAT
GTGGAGACAATGTTCAGATTGTTGGTGATGATTTGTTGGTCACCAACCCCAAGAGGGTTG
CAAAGGCAATCGCAGAAAAGTCTTGCAATGCTCTTCTCTTGAAGGTTAACCAAATCGGGT
CAGTGACAGAGAGTATTGAGGCAGTGAGGATGTCGAAGAAAGCAGGATGGGGAGTGATGA
CCAGCCACAGAAGTGGTGAAACCGAGGACACCTTCATTGCTGACCTAGCTGTTGGCTTGT
TTACTGGACAAATCAAGACTGGTGCTCCTTGCAGGTCCGAGCGTCTTGCCAAGTACAACC
AGCTTTTGCGTATTGAGGAGGAGTTGGGATCAGAGGCAGTTTACGCCGGAGCTAACTTCC
GCAAACCTGTTGAGCCGTACTAGACAAGTGCCAGCTTTTCAGAATCGAAGTGCTCTTCTT
TGTGACGAGAAGATCAGAGTTGTGTTTGATCATTTTACTTTAATAAAAACACTACGTTTG
CTCTCTTTTTTTGTTGGTTTATTTTGCGAACTCCCCTTGTTGGGAGTTTAGTTTCTTTTT
TTGTAAGAAAAAAAACTGAGATAGCTCTGCCTTTAAAAGAGGACAGTAGCTGTTCTTTTA
TAATCTTATTTCGGCTTTACTCCT

QA 1 804 1 804
DS 



CO CL551Contig3 697 2 3 U
GGAACTACTGTAAAATCGATCGCTCACTAAAACCTCGTACTCATCGCCCCCCTGTCTGTA
TCTTCTTCTCTAGATCTACTCTTAACCATGGCCACTATCACTGTTGTTAAGGCTAGGCAG
ATCTTCGACAGCCGTGGCAACCCCACCGTCGAGGTTGATGTACACACATCCACTGGTGTC
AAGGTTACAGCAGCTGTTCCTAGTGGAGCTTCCACTGGTATCTACGAGGCTCTTGAGCTT
AGGGATGGTGGCTCTGACTACCTTGGAAAGGGTGTTTCTAAGGCTGTTGGCAATGTGAAC
AACATCATCGGCCCAGCATTGATTGGAAAGGACCCAACTCAGCAGACTGCTATTGACAAC
TTCATGGTCCATGAACTTGATGGCACCCAGAACGAGTGGGGTTGGTGCAAACAAAAGCTT
GGAGCCAATGCTATCCTTGCTGTGTCTCTTGCTGTCTGCAAGGCTGGGGCCGTTGTCAGT
GGCATTCCTCTCTACAAGCACATTGCCAATCTCGCTGGTAACCCTAAGATTGTGCTACCT
GTTCCTGCCTTCAACGTTATCAATGGTGGATCACATGCCGGAAACAAGCTCGCTATGCAG
GAGTTTATGATTCTCCCTATCGGAGCTTCATCTTTCAAAGAAGCCATGAAAATGGGTGTT
GAGGTTTACCACAACTTGAAGTCTGTGATTAAGAAGA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AT59TF U 1
AF RR3D057TF U 1
BS 1 408 RR3AT59TF
BS 409 409 RR3D057TF
BS 410 697 RR3AT59TF

RD RR3AT59TF 697 0 0
GGAACTACTGTAAAATCGATCGCTCACTAAAACCTCGTACTCATCGCCCCCCTGTCTGTA
TCTTCTTCTCTAGATCTACTCTTAACCATGGCCACTATCACTGTTGTTAAGGCTAGGCAG
ATCTTCGACAGCCGTGGCAACCCCACCGTCGAGGTTGATGTACACACATCCACTGGTGTC
AAGGTTACAGCAGCTGTTCCTAGTGGAGCTTCCACTGGTATCTACGAGGCTCTTGAGCTT
AGGGATGGTGGCTCTGACTACCTTGGAAAGGGTGTTTCTAAGGCTGTTGGCAATGTGAAC
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GGAGCCAATGCTATCCTTGCTGTGTCTCTTGCTGTCTGCAAGGCTGGGGCCGTTGTCAGT
GGCATTCCTCTCTACAAGCACATTGCCAATCTCGCTGGTAACCCTAAGATTGTGCTACCT
GTTCCTGCCTTCAACGTTATCAATGGTGGATCACATGCCGGAAACAAGCTCGCTATGCAG
GAGTTTATGATTCTCCCTATCGGAGCTTCATCTTTCAAAGAAGCCATGAAAATGGGTGTT
GAGGTTTACCACAACTTGAAGTCTGTGATTAAGAAGA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3D057TF 693 0 0
GGAACTACTGTAAAATCGATCGCTCACTAAAACCTCGTACTCATCGCCCCCCTGTCTGTA
TCTTCTTCTCTAGATCTACTCTTAACCATGGCCACTATCACTGTTGTTAAGGCTAGGCAG
ATCTTCGACAGCCGTGGCAACCCCACCGTCGAGGTTGATGTACACACATCCACTGGTGTC
AAGGTTACAGCAGCTGTTCCTAGTGGAGCTTCCACTGGTATCTACGAGGCTCTTGAGCTT
AGGGATGGTGGCTCTGACTACCTTGGAAAGGGTGTTTCTAAGGCTGTTGGCAATTTGAAC
AACATCATCGGCCCAGCATTGATTGGAAAGGACCCAACTCAGCAGACTGCTATTGACAAC
TTCATGGTCCATGAACTTGATGGCACCCAGAACGAGTGGGGTTGGTGCAAACAAAAGCTT
GGAGCCAATGCTATCCTTGCTGTGTCTCTTGCTGTCTGCAAGGCTGGGGCCGTTGTCAGT
GGCATTCCTCTCTACAAGCACATTGCCAATCTCGCTGGTAACCCTAAGATTGTGCTACCT
GTTCCTGCCTTCAACGTTATCAATGGTGGATCACATGCCGGAAACAAGCTCGCTATGCAG
GAGTTTATGATTCTCCCTATCGGAGCTTCATCTTTCAAAGAAGCCATGAAAATGGGTGTT
GAGGTTTACCACAACTTGAAGTCTGTGAT
TAAG

QA 1 689 1 689
DS 



AS 2 9

CO CL552Contig1 890 7 36 U
GAGAGAGAGATCGATGATCCAAGAGACGAATCTCTCTCTTTAGATCGTATGATCTGATCT
CGAAGACGAAGCTCAGGAAGAGAAGATGGGAATCGTGTTCACGAAGCTGTTTTCTTCCGT
ATTCGGAAACAAAGAAGCTCGTATCCTCGTCCTCGGTCTCGACAATGCCGGAAAAACCAC
CATCCTCTATCGGCTTCAGATGGGGGAGGTCGTCTCCACTATTCCCACTATTGGATTTAA
CGTGGAGACTGTGCAGTACAATAATATCAAGTTTCAGGTCTGGGATTTAGGTGGACAAAC
GAGTATCAGGCCATATTGGAGATGCTATTTCCCAAATACGCAAGCAGTGATTTATGTTGT
TGATTCGAGTGATACTGATAGAATTGGAGTGGCCAAAGAAGAGTTCCATGCAATTCTGGA
GGAAGAGGAACTGAAAGGTGCAATGGTTCTTATATTTGCAAACAAGCAGGATCTACCAGG
AGCACTCGACGATGCAGCTGTGACAGAGGCCTTGGAGTTGCACAAGATAAAGAGTCGTCA
ATGGGCAATATTCAAAACTTGTGCTGTGAAAGGCGAAGGACTTTTCGAAGGCCTAGACTG
GTTGAGTAATACCCTCAAATCAGGGACTGGCTAAATTCATCGCTCACCACAAAGCAGCAG
CGTGCGTGTATCATCTTTTTTACTGTTAGCTTTGCATTCTTCGACAAAGAGTTGATAGCG
TATCAGTTATTGACCTCTTATGTTTTTTGTCCGAAGAA*GATAAGACTTGTGGAGTTGTT
GTTGTGACATTTAAGACGTCATTTTTAACATAAAATTGAACATATAAAGATTTACCAATG
ACATTTTGCTTCACTCCCTCATCTATTGCAAATTTGAAGAACTTTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 30 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 40 40 40 40 40 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX81JQ C 153
AF RR3A182JQ C 19
AF RR3H739TF U 38
AF RR3A182TF U 19
AF RR3GX81TF U 7
AF RR3AD16TF U 1
AF RR3AD16JQ C 213
BS 1 39 RR3AD16TF
BS 40 40 RR3A182TF
BS 41 59 RR3AD16TF
BS 60 60 RR3A182TF
BS 61 102 RR3AD16TF
BS 103 103 RR3A182TF
BS 104 111 RR3AD16TF
BS 112 112 RR3H739TF
BS 113 120 RR3AD16TF
BS 121 121 RR3A182TF
BS 122 225 RR3AD16TF
BS 226 226 RR3A182TF
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BS 274 274 RR3H739TF
BS 275 339 RR3AD16TF
BS 340 340 RR3A182TF
BS 341 391 RR3AD16TF
BS 392 392 RR3H739TF
BS 393 415 RR3AD16TF
BS 416 416 RR3H739TF
BS 417 459 RR3AD16TF
BS 460 460 RR3H739TF
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BS 614 618 RR3AD16TF
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BS 635 635 RR3A182TF
BS 636 679 RR3AD16TF
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BS 681 762 RR3AD16TF
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BS 764 775 RR3AD16TF
BS 776 776 RR3H739TF
BS 777 867 RR3AD16TF
BS 868 890 RR3AD16JQ

RD RR3GX81JQ 683 0 0
TCGGTCTCGACAATGCCGGAAAAGCCACCATCCTCTATCGGCTTCAGATGGGGGAGGTCG
TCTCCACTATTCCCACTATTGGATTTAACGTGGAGACTGTGCAGTACAATAATATCAAGT
TTCAGGTCTGGGATTTAGGTGGACAAACGAGTATCAGGCCATATTGGAGATGCTATTTCC
CAAATACGCAAGCAGTGATTTATGTTGTTGATTCGAGTGATACTGATAGAATTGGAGTGG
CCAAAGAAGAGTTCCATGCAATTCTGGAGGAAGAGGAACTGAAAGGTGCAATGGTTCTTA
TATTTGCAAACAAGCAGGATCTACCAGGAGCACTCGACGATGCAGCTGTGACAGAGGCCT
TGGAGTTGCACAAGATAAAGAGTCGTCAATGGGCAATATTCAAAACTTGTGCTGTGAAAG
GCGAAGGACTTTTCGAAGGCCTAGACTGGTTGAGTAATACCCTCAAATCAGGGACTGGCT
AAATTCATCGCTCACCACAAAGCAGCAGCGTGCGTGTATCATCTTTTTTACTGTTAGCTT
TGCATTCTTCGACAAAGAGTTGATAGCGTATCAGTTATTGACCTCTTATGTTTTTTGTCC
GAAGAAAGATAAGACTTGTGGAGTTGTTGTTGTGACATTTAAGACGTCATTTTTAACATA
AAATTGAACATATAAAGATT
ACC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3A182JQ 807 0 0
G
CAAGAGACGAATCTCTCTCTTTAGATCGTATGATCTGATCTCGAAGACGAAGCTCAGGAA
GAGAAGATGGGAATCGTGTTCACGAAGCTGTTTTCTTCCGTATTCGGAAACAAAGAAGCT
CGTATCCTCGTCCTCGGTCTCGACAATGCCGGAAAAACCACCATCCTCTATCTGCTTCAG
ATGGGGGAGGTCGTCTCCACTATTCCCACTATTGGATTTAACGTGGAGACTGTGCAGTAC
AATAATATCAAGTTTCAGGTCTGGGATTTAGGTGGACAAACGAGTATCAGGCCATATTGG
AGATGCTATTTCCCAAATACGCAAGCAGTGATTTATGTTGTTGATTCGAGTGATACTGAT
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GCAATGGTTCTTATATTTGCAAACAAGCAGGATCTACCAGGAGCACTCGACGATGCAGCT
GTGACAGAGGCCTTGGAGTTGCACAAGATAAAGAGTCGTCAATGGGCAATATTCAAAACT
TGTGCTGTGAAAGGCGAAGGACTTTTCGAAGGCCTAGACTGGTTGAGTAATACCCTCAAA
TCAGGGACTGGCTAAATTCATCGCTCACCACAAAGCAGCAGCGTGCGTGTATCATCTTTT
TTACTGTTAGCTTTGCATTCTTCGACAAAGAGTTGATAGCGTATCAGTTATTGACCTCTT
ATGTTTTTTGTCCGAAGAAAGATAAGACTTGTGGAGTTGTTGTTGTGACATTTAAGACGT
CATTTTTAACATAAAATTGAACATAT

QA 2 807 2 807
DS 

RD RR3H739TF 771 0 0
GGC
TAGATCGTATGATCTGATC*CGAAGACGAAGCTCAGGAAGAGAAGATGGGAATCGTGTTC
ACTAAGCTGTTTTCTTCCGTTTTCGGAAACAAAGAAGCTCGTATCCTCGTCCTCGGTCTC
GACAATGCCGGGAAAACCACCATCCTCTATCGGCTTCAGATGGGGGAGGTCGTCTCCACT
ATTCCGACTATTGGATTTAACGTGGAGACTGTGCAGTACAATAATATCAAGTTTCAGGTC
TGGGATTTAGGTGGACAAACGAGTATCAGGCCATATTGGAGATGCTATTTCCCAAATACA
CAAGCAGTGATTTATGTTGTTGATTCGAGTGATACTGATAGAATTGGAGTGGCCAAAGAA
GAGTTCCATGCAATTCTGGAGGAAGAGGAACTGAAAGGTGCAATGGTTCTTATATTTGCA
AACAAGCAGGATCTACCAGGCGCTCTCGACGATGCAGCTGTAACAGAGGCCTTGGAGTTG
CACAAGATAAAGAGTCGTCAGTGGGCAATATTCAAAACTTGTGCTGTGAAAGGCGAAGGA
CTTTTTGAAGGCCTAGACTGGTTGAGTAATACCCTCAAATCAGGGACTGGCTAACTTCAT
CGCTCACCACAAAGCAGCAGCGTGCGTGTATCATCTTTTCTACTGTTAGCTTTGCATTCT
TCGACAAAGAG***ATAGCTTATCAGTTATTGACCTCTTATGTTTTT*GTCCGA*GAT**
AT*AGACTTGTGGAGTTGTTGTTGTGACATTTAAG*CGTCATTTT
ACA

QA 4 768 4 768
DS 

RD RR3A182TF 786 0 0
G
CAAGAGACGAATCTCTCTCTTTAGATCGTATGATCTGATCTCGAAGACGAAGCTCAGGAA
GAGAAGATGGGAATCGTGTTCACGAAGCTGTTTTCTTCCGTATTCGGAAACAAAGAAGCT
CGTATCCTCGTCCTCGGTCTCGACAATGCCGGAAAAACCACCATCCTCTATCTGCTTCAG
ATGGGGGAGGTCGTCTCCACTATTCCCACTATTGGATTTAACGTGGAGACTGTGCAGTAC
AATAATATCAAGTTTCAGGTCTGGGATTTAGGTGGACAAACGAGTATCAGGCCATATTGG
AGATGCTATTTCCCAAATACGCAAGCAGTGATTTATGTTGTTGATTCGAGTGATACTGAT
AGAATTGGAGTGGCCAAAGAAGAGTTCCATGCAATTCTGGAGGAAGAGGAACTGAAAGGT
GCAATGGTTCTTATATTTGCAAACAAGCAGGATCTACCAGGAGCACTCGACGATGCAGCT
GTGACAGAGGCCTTGGAGTTGCACAAGATAAAGAGTCGTCAATGGGCAATATTCAAAACT
TGTGCTGTGAAAGGCGAAGGACTTTTCGAAGGCCTAGACTGGTTGAGTAATACCCTCAAA
TCAGGGACTGGCTAAATTCATCGCTCACCACAAAGCAGCAGCGTGCGTGTATCATCTTTT
TTACTGTTAGCTTTGCATTCTTCGACAAAGAGTTGATAGCGTATCAGTTATTGACCTCTT
ATGTTTTTTGTCCGAAGAAAGATAAGACTTGTGGAGTTGTTGTTGTGACATTTAAGACGT
CATTT

QA 2 786 2 786
DS 

RD RR3GX81TF 793 0 0
GG
GATCGATGATCCAAGAGACGAATCTCTCTCTTTAGATCGTATGATCTGATCTCGAAGACG
AAGCTCAGGAAGAGAAGATGGGAATCGTGTTCACGAAGCTGTTTTCTTCCGTATTCGGAA
ACAAAGAAGCTCGTATCCTCGTCCTCGGTCTCGACAATGCCGGAAAAGCCACCATCCTCT
ATCGGCTTCAGATGGGGGAGGTCGTCTCCACTATTCCCACTATTGGATTTAACGTGGAGA
CTGTGCAGTACAATAATATCAAGTTTCAGGTCTGGGATTTAGGTGGACAAACGAGTATCA
GGCCATATTGGAGATGCTATTTCCCAAATACGCAAGCAGTGATTTATGTTGTTGATTCGA
GTGATACTGATAGAATTGGAGTGGCCAAAGAAGAGTTCCATGCAATTCTGGAGGAAGAGG
AACTGAAAGGTGCAATGGTTCTTATATTTGCAAACAAGCAGGATCTACCAGGAGCACTCG
ACGATGCAGCTGTGACAGAGGCCTTGGAGTTGCACAAGATAAAGAGTCGTCAATGGGCAA
TATTCAAAACTTGTGCTGTGAAAGGCGAAGGACTTTTCGAAGGCCTAGACTGGTTGAGTA
ATACCCTCAAATCAGGGACTGGCTAAATTCATCGCTCACCACAAAGCAGCAGCGTGCGTG
TATCATCTTTTTTACTGTTAGCTTTGCATTCTTCGACAAAGAGTTGATAGCGTATCAGTT
ATTGACCTCTTATGTTTTTTGTCCGAAGAA*GAT*AGACTTGTGGAGTTGTTGTTGTGAC
ATTTAAGACGT

QA 3 793 3 793
DS 

RD RR3AD16TF 867 0 0
GAGAGAGAGATCGATGATCCAAGAGACGAATCTCTCTCTCTAGATCGTATGATCTGATC*
CGAAGACGAAGCTCAGGAAGAGAAGATGGGAATCGTGTTCACCAAGCTGTTCTCTTCCGT
TTTCGGAAACAAAGAAGCTCGTATCCTCGTCCTCGGTCTCGACAATGCCGGAAAAACCAC
CATCCTCTATCGGCTTCAGATGGGGGAGGTCGTCTCCACTATTCCAACTATTGGATTTAA
CGTGGAGACTGTGCAGTACAATAATATCAAGTTCCAGGTCTGGGATTTAGGTGGACAAAC
GAGTATCAGGCCATATTGGAGATGCTATTTCCCAAATACACAAGCAGTGATTTATGTTGT
TGATTCGAGTGATACTGATAGAATTGGAGTGTCCAAAGAAGAGTTCCATGCAATTTTGGA
GGAAGAGGAACTGAAAGGTGCAATGGTTCTTATATTTGCCAACAAGCAGGATCTACCAGG
AGCACTCGACGATGCAGCTGTGACAGAGGCCTTGGAGTTGCACAAGATAAAGAGTCGTCA
ATGGGCAATATTCAAAACTTGTGCTGTGAAAGGCGAAGGACTTTTCGAAGGCCTAGACTG
GTTGAGTAATACGCTCAAGTCAGGGACTGGCTAACTTCATCGCTCACCACAAAGCAGCAG
CGTGCGTGTATCATCTTTTCTACTGTTAGCTTTGCATTCTTCGACAAAGAGTTGATAGCG
TATCAGTTATTGACCTCTTATGTTTTTTGTCCGAAGAA*GATCAGACTTGTGGAGCTGTT
GTTGTGACATTTAAGACGTCATTTTTAACATAAAATTGAACATATAAAGATTTACCAATG
ACATTTTGCTTCACTCCCTCATCTATT

QA 1 867 1 867
DS 

RD RR3AD16JQ 678 0 0
TCTCCACTATTCCAACTATTGGATTTAACGTGGAGACTGTGCAGTACAATAATATCAAGT
TCCAGGTCTGGGATTTAGGTGGACAAACGAGTATCAGGCCATATTGGAGATGCTATTTCC
CAAATACACAAGCAGTGATTTATGTTGTTGATTCGAGTGATACTGATAGAATTGGAGTGT
CCAAAGAAGAGTTCCATGCAATTTTGGAGGAAGAGGAACTGAAAGGTGCAATGGTTTTTA
TATTTGCCAACAAGCAGGATCTACCAGGAGCACTCGACGATGCAGCTGTGACAGAGGCCT
TGGAGTTGCACAAGATAAAGAGTCGTCAATGGGCAATATTCAAAACTTGTGCTGTGAAAG
GCGAAGGACTTTTCGAAGGCCTAGACTGGTTGAGTAATACGCTCAAGTCAGGGACTGGCT
AACTTCATCGCTCACCACAAAGCAGCAGCGTGCGTGTATCATCTTTTCTACTGTTAGCTT
TGCATTTTTCGACAAAGAGTTGATAGCGTATCAGTTATTGACCTCTTATGTTTTTTGTCC
GAAGAA*GATCAGACTTGTGGAGCTGTTGTTGTGACATTTAAGACGTCATTTTTAACATA
AAATTGAACATATAAAGATTTACCAATGACATTTTGCTTCACTCCCTCATCTATTGCAAA
TTTGAAGAACTTTTGATC

QA 1 678 1 678
DS 



CO CL552Contig2 697 2 3 U
GAAGCAAATGTTATTGGTAATCTTTATATGTTCAATTTTATGTTAAAAATGACGCCTTAA
ATGTCACAACAACAACTCCACAAGTCTTATATTCTTCGGACAAAAAACATAAGAGGTCAA
TAACTGATAAGCTATCTCTTTGTCGAAGAATGCAAAGCTAACAGTAGAAAAGATGATACA
CGCACGCTGCTGCTTTGTGGTGAGCGATGAAGTTAGCCAGTCCCTGATTTGAGGGTATTA
CTCAACCAGTCTAGGCCTTCAAAAAGTCCTTCGCCTTTCACAGCACAAGTTTTGAATATT
GCCCACTGACGACTCTTTATCTTGTGCAACTCCAAGGCCTCTGTTACAGCTGCATCGTCG
AGAGCGCCTGGTAGATCCTGCTTGTTTGCAAATATAAGAACCATTGCACCTTTCAGTTCC
TCTTCCTCCAGAATTGCATGGAACTCTTCTTTGGCCACTCCAATTCTATCAGTATCACTC
GAATCAACAACATAAATCACTGCTTGTGTATTTGGGAAATAGCATCTCCAATATGGCCTG
ATACTCGTTTGTCCACCTAAATCCCAGACCTGAAACTTGATATTATTGTACTGCACAGTC
TCCACGTTAAATCCAATAGTCGGAATAGTGGAGACGACCTCCCCCATCTGAAGCCGATAG
AGGATGGTGGTTTTCCCGGCATTGTCGAGACCGAGGA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN10JQ U 1
AF RR3H739JQ U 1
BS 1 90 RR3EN10JQ
BS 91 91 RR3H739JQ
BS 92 697 RR3EN10JQ

RD RR3EN10JQ 697 0 0
GAAGCAAATGTTATTGGTAATCTTTATATGTTCAATTTTATGTTAAAAATGACGCCTTAA
ATGTCACAACAACAACTCCACAAGTCTTATCTTCTTCGGACAAAAAACATAAGAGGTCAA
TAACTGATAAGCTATCTCTTTGTCGAAGAATGCAAAGCTAACAGTAGAAAAGATGATACA
CGCACGCTGCTGCTTTGTGGTGAGCGATGAAGTTAGCCAGTCCCTGATTTGAGGGTATTA
CTCAACCAGTCTAGGCCTTCAAAAAGTCCTTCGCCTTTCACAGCACAAGTTTTGAATATT
GCCCACTGACGACTCTTTATCTTGTGCAACTCCAAGGCCTCTGTTACAGCTGCATCGTCG
AGAGCGCCTGGTAGATCCTGCTTGTTTGCAAATATAAGAACCATTGCACCTTTCAGTTCC
TCTTCCTCCAGAATTGCATGGAACTCTTCTTTGGCCACTCCAATTCTATCAGTATCACTC
GAATCAACAACATAAATCACTGCTTGTGTATTTGGGAAATAGCATCTCCAATATGGCCTG
ATACTCGTTTGTCCACCTAAATCCCAGACCTGAAACTTGATATTATTGTACTGCACAGTC
TCCACGTTAAATCCAATAGTCGGAATAGTGGAGACGACCTCCCCCATCTGAAGCCGATAG
AGGATGGTGGTTTTCCCGGCATTGTCGAGACCGAGGA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3H739JQ 689 0 0
GAAGC
AAATGTTATTGGTAATCTTTATATGTTCAATTTTATGTTAAAAATGACGCCTTAAATGTC
ACAACAACAACTCCACAAGTCTTATATTCTTCGGACAAAAAACATAAGAGGTCAATAACT
GATAAGCTATCTCTTTGTCGAAGAATGCAAAGCTAACAGTAGAAAAGATGATACACGCAC
GCTGCTGCTTTGTGGTGAGCGATGAAGTTAGCCAGTCCCTGATTTGAGGGTATTACTCAA
CCAGTCTAGGCCTTCAAAAAGTCCTTCGCCTTTCACAGCACAAGTTTTGAATATTGCCCA
CTGACGACTCTTTATCTTGTGCAACTCCAAGGCCTCTGTTACAGCTGCATCGTCGAGAGC
GCCTGGTAGATCCTGCTTGTTTGCAAATATAAGAACCATTGCACCTTTCAGTTCCTCTTC
CTCCAGAATTGCATGGAACTCTTCTTTGGCCACTCCAATTCTATCAGTATCACTCGAATC
AACAACATAAATCACTGCTTGTGTATTTGGGAAATAGCATCTCCAATATGGCCTGATACT
CGTTTGTCCACCTAAATCCCAGACCTGAAACTTGATATTATTGTACTGCACAGTCTCCAC
GTTAAATCCAATAGTCGGAATAGTGGAGACGACCTCCCCCATCTGAAGCCGATAGAGGAT
GGTGGTTTTCCCGGCATTGTCGAG

QA 6 689 6 689
DS 



AS 2 7

CO CL553Contig1 1266 5 7 U
GAAAAAAAAACAGATGACAATTTCATTTATTACATAATACATTCATGTTACATAGTACAA
TCTTACACTTGACATAACGTAAACATCAACCACAAAATGCTAATCACAAGCTTATTGTAT
CAAACAAATTATTATTAGTAAACCAAATCATAAATTTAAACCAAACCACAGTGTTGTGCT
TTCATTCACTTTCTTAGTTGATCGCAGAGCAAACCCTACGAATCTCCCCATCTGATCCTG
TCTTGACTTCTATAAGACTCATCTTGACCATCGAATTCCCGAACTCTGCTCCGAACCTCA
AGGATGGTCGGCGTAAGCCTAATAAACGTTCTATGATGGTTCGGGTCTCGGGGTCATTCC
ACAAGACTAGATCGGACTGTAGAACCACGCGGTTTGACCTCACTTTACTTAGGAACGATG
TGTCAAACCTGCCAGCACTACCTTCGTCTAAGTCGACTCGGGCTGATGCGTCTCCGGCTT
GAGGGCATCGAGCCTGAACCAATGGTACGAAAGTCGGATCGATTGATGGGTCGGGTTGTC
CTGTGCCGTTGAAGTTAAAGAATCTGCCTCTCACCAAACCGCAACCAGCTGTTCCTATTG
TGTGTCCGCCAACAAGAGTTACGAGGTCTAATGTGTTGAGAGTTTTAGCAGCAAAGTCTC
GCTTCTGTTTGTCCACTGCATCGTTTGGTCCGGGTAAGATCACGTCTGAGGCTTGCGAAA
TACGGCCGTCTAGACGTCCCAATGGCACTCGCCAGCTTTGCCCACCAGTCAAAACAACGG
CGTCACGAGCAGCAAGGGTGAGGATATCAGCACAAGAGACAATTCCAGGACACGCAGCCT
CAAGCCTAGTCTTAGCCTCTTCAATAGCTTCAAACCCTCTCAATGAACGGTTTGGACCAG
CGGTTCTCTCCGTGTTGTTACCAGCGATGAGAACCGAGCCATCGCAGCCACGAACAAAGC
AATCGTGAAAATGCATACGCAAAATCCCGGGTGCATTAGCCGGGTTAGACTGGACATGTT
GTCGAACAACCGATGTCACAATGGACTCTACGTTTCGGCAACTATTTCCATAGAACCCAA
CACGCGGTCTTTGACCACCACCACGGCTCGAGCCACTGTTTCCTTGTGCAGCTACAGCTG
CAACCAATACTAAAAACGTTACTAGAATGAATAGTAGATTATAACCACGACCCATTTTGT
GTTTTTGATAATACTAATCAAGAAAGTGTTTGAGCTTTGCTAAAGTTGTTATTGTTTGTT
GTGTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 

AF RR3C765JQ U 1
AF RR3A116JQ U 1
AF RR3F028JQ U 16
AF RR3A116TF C 447
AF RR3F028TF C 570
BS 1 313 RR3A116JQ
BS 314 314 RR3C765JQ
BS 315 863 RR3A116JQ
BS 864 864 RR3A116TF
BS 865 898 RR3A116JQ
BS 899 1261 RR3A116TF
BS 1262 1266 RR3F028TF

RD RR3C765JQ 720 0 0
GAAAAAAAAACAGATGACAATTTCATTTATTACATAATACATTCATGTTACATAGTACAA
TCTTACACTTGACATAACGTAAACATCAACCACAAAATGCTAATCACAAGCTTATTGTAT
CAAACAAATTATTATTAGTAAACCAAATCATAAATTTAAACCAAACCACAGTGTTGTGCT
TTCATTCACTTTCTTAGTTGATCGCAGAGCAAACCCTACGAATCTCCCCATATGGTCCTG
TCTTGACTTCTATAAGACTCATCTTGACCATCGAATTCCCGAACTCTGCTCCGAACCTCA
AGGATGGTCGGCGTAAGCCTAATAAACGTTCTATGATGGTTCGGGTCTCGGGGTCATTCC
ACAAGACTAGATCGGACTGTAGAACCACGCGGTTTGACCTCACTTTACTTGGGAACGATG
TGTCAAACCTGCCAGCACTACCTTCGTCTAAGTCGACTCGGGCTGATGCGTCTCCGGCTT
GAGGGCATCGAGCCTGAACCAATGGTACGAAAGTCGGATCGATTGATGGGTCGGGTTGTC
CTGTGCCGTTGAAGTTAAAGAATCTGCCTCTCACCAAACCGCAACCAGCTGTTCCTATTG
TGTGTCCGCCAACAAGAGTTACGAGGTCTAATGTGTTGAGAGTTTTAGCAGCAAAGTCTC
GCTTCTGTTTGTCCACTGCATCGTTTGGTCCGGGTAAGATCACGTCTGAGGCTTGCGAAA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3A116JQ 902 0 0
GAAAAAAAAACAGATGACAATTTCATTTATTACATAATACATTCATGTTACATAGTACAA
TCTTACACTTGACATAACGTAAACATCAACCACAAAATGCTAATCACAAGCTTATTGTAT
CAAACAAATTATTATTAGTAAACCAAATCATAAATTTAAACCAAACCACAGTGTTGTGCT
TTCATTCACTTTCTTAGTTGATCGCAGAGCAAACCCTACGAATCTCCCCATCTGATCCTG
TCTTGACTTCTATAAGACTCATCTTGACCATCGAATTCCCGAACTCTGCTCCGAACCTCA
AGGATGGTCGGCGCAAGCCTAATAAACGTTCTATGATGGTTCGGGTCTCGGGGTCATTCC
ACAAGACTAGATCGGACTGTAGAACCACGCGGTTTGACCTCACTTTACTTAGGAACGATG
TGTCAAACCTGCCAGCACTACCTTCGTCTAAGTCGACTCGGGCTGATGCGTCTCCGGCTT
GAGGGCATCGAGCCTGAACCAATGGTACGAAAGTCGGATCGATTGATGGGTCGGGTTGTC
CTGTGCCGTTGAAGTTAAAGAATCTGCCTCTCACCAAACCGCAACCAGCTGTTCCTATTG
TGTGTCCGCCAACAAGAGTTACGAGGTCTAATGTGTTGAGAGTTTTAGCAGCAAAGTCTC
GCTTCTGTTTGTCCACTGCATCGTTTGGTCCGGGTAAGATCACGTCTGAGGCTTGCGAAA
TACGGCCGTCTAGACGTCCCAATGGCACTCGCCAGCTTTGCCCACCAGTCAAAACAACGG
CGTCACGAGCAGCAAGGGTGAGGATATCAGCACAAGAGACAATTCCAGGACACGCAGCCT
CAAGCCTAGTCTTAGCCTCTTCA*TAGCTTCAAACCCTCTCAATGAACGGTTTGGACC
AGCG

QA 1 898 1 898
DS 

RD RR3F028JQ 831 0 0
GG
CAATTTCATTTATTACATAATACATTCATGTTACATAGTACAATCTTACACTTGACATAA
CGTAAACATCAACCACAAAATGCTAATCACAAGCTTATTGTATCAAACAAATTATTATTA
GTAAACCAAATCATAAATTTAAACCAAACCACAGTGTTGTGCTTTCATTCACTTTCTTAG
TTGATCGCAGAGCAAACCCTACGAATCTCCCCATCTGATCCTGTCTTGACTTCTATAAGA
CTCATCTTGACCATCGAATTCCCGAACTCTGCTCCGAACCTCAAGGATGGTCGGCGTAAG
CCTAATAAACGTTCTATGATGGTTCGGGTCTCGGGGTCATTCCACAAGACTAGATCGGAC
TGTAGAACCACGCGGTTTGACCTCACTTTACTTAGGAACGATGTGTCAAACCTGCCAGCA
CTACCTTCGTCTAAGTCGACTCGGGCTGATGCGTCTCCGGCTTGAGGGCATCGAGCCTGA
ACCAATGGTACGAAAGTCGGATCGATTGATGGGTCGGGTTGTCCTGTGCCGTTGAAGTTA
AAGAATCTGCCTCTCACCAAACCGCAACCAGCTGTTCCTATTGTGTGTCCGCCAACAAGA
GTTACGAGGTCTAATGTGTTGAGAGTTTTAGCAGCAAAGTCTCGCTTCTGTTTGTCCACT
GCATCGTTTGGTCCGGGTAAGATCACGTCTGAGGCTTGCGAAATACGGCCGTCTAGACGT
CCCAATGGCACTCGCCAGCTTTGCCCACCAGTCAAAACAACGGCGTCACGAGCAGCAAGG
G*GAGGATATCAGCACAAGAGACAATTC*AGGACACGCAGCCTCAAGC
T

QA 3 830 3 830
DS 

RD RR3A116TF 815 0 0
TCTAAGTCGACTCGGGCTGATGCGTCTCCGGCTTGAGGGCATCGAGC*TGAACCAATGGT
ACGAAAGTCGGATCGATTGATGGGTCGGGTTGTCCTGTGCCGTTGAAGTTAAAGAATCTG
CCTCTCACCAAACCGCAACCAGCTGTTCATATTGTGTGTCCGCCAACAAGAGTTACGAGG
TCTAATGTGTTGAGAGTTTTAGCAGCAAAGTCTCGCTTCTGTTTGTCCACTGCATCGTTT
GGTCCGGGTAAGATCACGTCTGAGGCTTGCGAAATACGGCCGTCTAGACGTCCCAATGGC
ACTCGCCAGCTTTGCCCACCAGTCAAAACAACGGCGTCACGAGCAGCAAGGGTGAGGATA
TCAGCACAAGAGACAATTCCAGGACACGCAGCCTCAAGCCTAGTCTTAGCCTCTTCAATA
GCTTCAAACCCTCTCAATGAACGGTTTGGACCAGCGGTTCTCTCCGTGTTGTTACCAGCG
ATGAGAACCGAGCCATCGCAGCCACGAACAAAGCAATCGTGAAAATGCATACGCAAAATC
CCGGGTGCATTAGCCGGGTTAGACTGGACATGTTGTCGAACAACCGATGTCACAATGGAC
TCTACGTTTCGGCAACTATTTCCATAGAACCCAACACGCGGTCTTTGACCACCACCACGG
CTCGAGCCACTGTTTCCTTGTGCAGCTACAGCTGCAACCAATACTAAAAACGTTACTAGA
ATGAATAGTAGATTATAACCACGACCCATTTTGTGTTTTTGATAATACTAATCAAGAAAG
TGTTTGAGCTTTGCTAAAGTTGTTATTGTTTGTTG

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR3F028TF 697 0 0
CTCACCAAACCGCAACCAGCTGTTC*TATTGTGTGTCCGCCAACAAGAGTTACGAGGTCT
AATGTGTTGAGAGTTTTAGCAGCAAAGTCTCGCTTCTGTTTGTCCACTGCATCGTTTGGT
CCGGGTAAGATCACGTCTGAGGCTTGCGAAATACGGCCGTCTAGACGTCCCAATGGCACT
CGCCAGCTTTGCCCACCAGTCAAAACAACGGCGTCACGAGCAGCAAGGGGGAGGATATCA
GCACAAGAGACAATTCCAGGACACGCAGCCTCAAGCCTAGTCTTAGCCTCTTCAATAGCT
TCAAACCCTCTCAATGAACGGTTTGGACCAGCGGTTCTCTCCGTGTTGTTACCAGCGATG
AGAACCGAGCCATCGCAGCCACGAACAAAGCAATCGTGAAAATGCATACGCAAAATCCCG
GGTGCATTAGCCGGGTTAGACTGGACATGTTGTCGAACAACCGATGTCACAATGGACTCT
ACGTTTCGGCAACTATTTCCATAGAACCCAACACGCGGTCTTTGACCACCACCACGGCTC
GAGCCACTGTTTCCTTGTGCGGCTACAGCTGCAACCAATACTAAAAACGTTACTAGAATG
AATAGTAGATTATAACCACGACCCATTTTGTGTTTTTGATAATACTAATCAAGAAAGTGT
TTGAGCTTTGCTAAAGTTGTTATTGTTTGTTGTGTCC

QA 1 697 1 697
DS 



CO CL553Contig2 651 2 5 U
TCATATAGTATAATACATTCATGTTACAATTACAATCTTACAGTTGAATATTCATAACGT
AGCAATCAAACCACAAGAAGATATAGCAAACTTATCGTATAAAACAAATGATTATTGATT
AACCATCACAGATTAAAACCAAACCACACTGATGTGCTTTCATATTCTTAATCAGTTGAT
CCTAGAGCAAACCCTACGAATCTCCCCATCTGATCCTGTATTAACGTCTATAAGACTCAT
CTTGACCATTGACTTCCCGAACTCTGTTCCAAACCTCAACGATGGTCGGCGTAAGCCTAA
TAACTGTTCTATGATGGCTCGTGTCTCGGGGTCCCTCCACAAGACTAGGTCGGATTGGAG
AACCACACGGCTTGACCTCACGTTCCTTAGGAACGATGTGTCAAACCTGCCAACACTACC
AGCGTCTAAGTCGACTCGGGCTGATGCGTCTCCGGTTTGAGGGCATCGAGCCTGAACCAA
TGGTACGAACCTCGGATCGATTGATGGGTCTGGTTGTCCTGTGCCGTTGAAATTAAAGAA
CCTGCCTCTCACCAAACCGCAACCCGCTGTTCCTATCGTGTGTCCGCCAACAAGAGTTAC
GAGGTCTAATGTGTTGAGAGTTTTAGCAGCAAAGTCTCGCTTCTGCTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F433JQ U 1
AF RR3BG32JQ U 26
BS 1 219 RR3F433JQ
BS 220 220 RR3BG32JQ
BS 221 279 RR3F433JQ
BS 280 280 RR3BG32JQ
BS 281 651 RR3F433JQ

RD RR3F433JQ 651 0 0
TCATATAGTATAATACATTCATGTTACAATTACAATCTTACAGTTGAATATTCATAACGT
AGCAATCAAACCACAAGAAGATATAGCAAACTTATCGTATAAAACAAATGATTATTGATT
AACCATCACAGATTAAAACCAAACCACACTGATGTGCTTTCATATTCTTAATCAGTTGAT
CCTAGAGCAAACCCTACGAATCTCCCCATCTGATCCTGTCTTAACGTCTATAAGACTCAT
CTTGACCATTGACTTCCCGAACTCTGTTCCAAACCTCAATGATGGTCGGCGTAAGCCTAA
TAACTGTTCTATGATGGCTCGTGTCTCGGGGTCCCTCCACAAGACTAGGTCGGATTGGAG
AACCACACGGCTTGACCTCACGTTCCTTAGGAACGATGTGTCAAACCTGCCAACACTACC
AGCGTCTAAGTCGACTCGGGCTGATGCGTCTCCGGTTTGAGGGCATCGAGCCTGAACCAA
TGGTACGAACCTCGGATCGATTGATGGGTCTGGTTGTCCTGTGCCGTTGAAATTAAAGAA
CCTGCCTCTCACCAAACCGCAACCCGCTGTTCCTATCGTGTGTCCGCCAACAAGAGTTAC
GAGGTCTAATGTGTTGAGAGTTTTAGCAGCAAAGTCTCGCTTCTGCTTGTC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3BG32JQ 587 0 0
ACAATTAC
AATCTTACAGTTGAATATTCATAACGTAGCAATCAAACCACAAGAAGATATAGCAAACTT
ATCGTATAAAACAAATGATTATTGATTAACCATCACAGATTAAAACCAAACCACACTGAT
GTGCTTTCATATTCTTAATCAGTTGATCCTAGAGCAAACCCTACGAATCTCCCCATCTGA
TCCTGTATTAACGTCTATAAGACTCATCTTGACCATTGACTTCCCGAACTCTGTTCCAAA
CCTCAACGATGGTCGGCGTAAGCCTAATAACTGTTCTATGATGGCTCGTGTCTCGGGGTC
CCTCCACAAGACTAGGTCGGATTGGAGAACCACACGGCTTGACCTCACGTTCCTTAGGAA
CGATGTGTCAAACCTGCCAACACTACCAGCGTCTAAGTCGACTCGGGCTGATGCGTCTCC
GGTTTGAGGGCATCGAGCCTGAACCAATGGTACGAACCTCGGATCGATTGATGGGTCTGG
TTGTCCTGTGCCGTTGAAATTAAAGAACCTGCCTCTCACCAAACCGCAACCCGCTGTTCC
TATCGTGTGTCCGCCAACAAGAGTTACGAGGTCTAATG
C

QA 9 586 9 586
DS 



AS 2 5

CO CL554Contig1 771 2 17 U
GGATCGCCGTCGCCGCCGCTGCTGATCAATTAGTAGATCGATACAGAGAGAGAGAGAGGG
AGCGGGGGGCGGGGAAGAAGATTCCGACATTATTTGGTTGAGCGGATCCGGGAGAGAGAC
AGAACAGAAACATAAAAGATAAAAGATGGCTATGTCACAGATAGTGAACACGTACCCGCT
GTCGAACTACAGCTTCGGTACTAAAGAACCGAAGCTGGAAAAGGACACCTCCGTCGCCGA
CCGACTCGCTCGTATGAAAATCAACTATATGAAAGAGGGCATGAGGACTAGCGTTGACGC
CATTCTGCTGGTACAAGAACACAACCATCCTCACATACTTCTCCCGCAAATTGGTAACAC
CTTCTGCAAACTTCCAGGTGGACGCCTCAAGCCTGGAGAAAATGAAGTTGAAGGCTTGAA
AAGAAAGCTGACCAGTAAGCTTGGAGGCAATTCCGCTGGTCTTGTACCTGACTGGAAGGT
AGGAGAATGTGTTGCGACATGGTGGCGTCCAAACTTTGAAACCATGATGTACCCTTACTG
CCCTCCTCACATCACGAAACCAAAGGAATGCAAGAGACTCTTCGTTGTCCACTTGTCTGA
GAAAGAGTACTTTGCAGTGCCCAAAAACTTGAAGCTCTTGGCCGTCCCTTTGTTTGAACT
CTATGACAATGTTCAGAGATATGGACCAGTTATATCGACCATTCCTCAACAGCTATCCAG
ATTCCATTTCAACATGATTAGTTCGTGATTCTACTTTACTTGGTGTTCAAG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C936TF U 1
AF RR3GT81TF U 1
BS 1 12 RR3C936TF
BS 13 13 RR3GT81TF
BS 14 55 RR3C936TF
BS 56 57 RR3GT81TF
BS 58 87 RR3C936TF
BS 88 88 RR3GT81TF
BS 89 255 RR3C936TF
BS 256 256 RR3GT81TF
BS 257 262 RR3C936TF
BS 263 263 RR3GT81TF
BS 264 301 RR3C936TF
BS 302 302 RR3GT81TF
BS 303 344 RR3C936TF
BS 345 345 RR3GT81TF
BS 346 469 RR3C936TF
BS 470 470 RR3GT81TF
BS 471 771 RR3C936TF

RD RR3C936TF 771 0 0
GGATCGCCGTCGTCGCCGCTGCTGATCAATTAGTAGATCGATACAGAGAGAGAGA**GGG
AGCGGGGGGCGGGGAAGAAGATTCCGAGATTATTTGGTTGAGCGGATCCGGGAGAGAGAC
AGAACAGAAACATAAAAGATAAAAGATGGCTATGTCACAGATAGTGAACACGTACCCGCT
GTCGAACTACAGCTTCGGTACTAAAGAACCGAAGCTGGAAAAGGACACCTCCGTCGCCGA
CCGACTCGCTCGTATTAAAATCGACTATATGAAAGAGGGCATGAGGACTAGCGTTGACGC
CGTTCTGCTGGTACAAGAACACAACCATCCTCACATACTTCTCCTGCAAATTGGTAACAC
CTTCTGCAAACTTCCAGGTGGACGCCTCAAGCCTGGAGAAAATGAAGTTGAAGGCTTGAA
AAGAAAGCTGACCAGTAAGCTTGGAGGCAATTCCGCTGGTCTTGTACCT*ACTGGAAGGT
AGGAGAATGTGTTGCGACATGGTGGCGTCCAAACTTTGAAACCATGATGTACCCTTACTG
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CTATGACAATGTTCAGAGATATGGACCAGTTATATCGACCATTCCTCAACAGCTATCCAG
ATTCCATTTCAACATGATTAGTTCGTGATTCTACTTTACTTGGTGTTCAAG

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3GT81TF 752 0 0
GGATCGCCGTCGCCGCCGCTGCTGATCAATTAGTAGATCGATACAGAGAGAGAGAGAGGG
AGCGGGGGGCGGGGAAGAAGATTCCGACATTATTTGGTTGAGCGGATCCGGGAGAGAGAC
AGAACAGAAACATAAAAGATAAAAGATGGCTATGTCACAGATAGTGAACACGTACCCGCT
GTCGAACTACAGCTTCGGTACTAAAGAACCGAAGCTGGAAAAGGACACCTCCGTCGCCGA
CCGACTCGCTCGTATGAAAATCAACTATATGAAAGAGGGCATGAGGACTAGCGTTGACGC
CATTCTGCTGGTACAAGAACACAACCATCCTCACATACTTCTCCCGCAAATTGGTAACAC
CTTCTGCAAACTTCCAGGTGGACGCCTCAAGCCTGGAGAAAATGAAGTTGAAGGCTTGAA
AAGAAAGCTGACCAGTAAGCTTGGAGGCAATTCCGCTGGTCTTGTACCTGACTGGAAGGT
AGGAGAATGTGTTGCGACATGGTGGCGTCCAAACTTTGAAACCATGATGTACCCTTACTG
CCCTCCTCACATCACGAAACCAAAGGAATGCAAGAGACTCTTCGTTGTCCACTTGTCTGA
GAAAGAGTACTTT*CAGTGCCCAAAAACTTGAAGCTCTTGGCCGTCCCTTTGTTTGAACT
CTATGACAATGTTCAGAGATATGGACCAGTTATATCGACCATTCCTCAACAGCTATCCAG
ATTCCATTTCAACATGATTAGTTCGTGATTCT

QA 1 752 1 752
DS 



CO CL554Contig2 867 3 18 U
GGAGATCGATACAGAGAGAGATGGCGATGTCTCAGGTGGTGAACACGTACCCTCTCTCGA
ACTACAGCTTCGGAACTAAAGAACCGAAGCTGGAGAAGGACACCTCCGTCGCCGACAGAC
TCGCTCGTATGAAAGTCAACTATATGAAAGAGGGCATGAGGACTAGCGTTGAAGGGATTC
TTCTGGTACAAGAACACAACCATCCTCATATACTTCTCCTGCAAATTGGTAACACATTCT
GCAAACTTCCAGGTGGACGCCTAAAGCCTGGAGAAAACGAAGTCGAAGGACTGAAGAGAA
AGTTGACCAGTAAGCTTGGAGGCAATTCGGCTGGTTTTGTACCTGATTGGAAGGTAGGAG
AATGTGTTGCGACATGGTGGCGTCCAAACTTTGAAACCATGATGTACCCGTATTGCCCTC
CACACATCACCAAACCAAAGGAATGCAAGAGACTCTACATTGTTCACTTGTCTGAGAAAG
AGTACTTTGCAGTGCCCAAAAACTTGAAACTCTTGGCCGTTCCTTTGTTTGAACTCTATG
ACAACGTTCAGAGATATGGACCAGTTATATCGACCATTCCCCAACAGCTATCCAGATTCC
ATTTCAACATGATTAGTTCGTGATTCTACTCACTGTTCAAGAACAAGAAACCTATCAGAT
GATCAAGGTCAATTAGGCACGGTAGAGAGTTTAGAGAACCGAGTTCTGGATGATGCGTGT
GGGTTTGTTACATTAGACTTGTTGGGATTATGAGGAACCGTTTCATTCATGTTTCAGGAC
AAAAAGTTCTTCATTATTTGACTTATGTCTTGTCTAGCCGTGAAACATGTGTTTGACTTT
GTTAAATACTATTTTTACTTTAGTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FA47TF U 1
AF RR3BI88TF U 5
AF RR3FS79JQ C 181
BS 1 235 RR3FA47TF
BS 236 236 RR3BI88TF
BS 237 346 RR3FA47TF
BS 347 347 RR3BI88TF
BS 348 397 RR3FA47TF
BS 398 398 RR3BI88TF
BS 399 421 RR3FA47TF
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BS 521 521 RR3BI88TF
BS 522 544 RR3FA47TF
BS 545 545 RR3BI88TF
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BS 581 581 RR3BI88TF
BS 582 672 RR3FA47TF
BS 673 867 RR3FS79JQ

RD RR3FA47TF 672 0 0
GGAGATCGATACAGAGAGAGATGGCGATGTCTCAGGTGGTGAACACGTACCCTCTCTCGA
ACTACAGCTTCGGAACTAAAGAACCGAAGCTGGAGAAGGACACCTCCGTCGCCGACAGAC
TCGCTCGTATGAAAGTCAACTATATGAAAGAGGGCATGAGGACTAGCGTTGAAGGGATTC
TTCTGGTACAAGAACACAACCATCCTCATATACTTCTCCTGCAAATTGGTAACACGTTCT
GCAAACTTCCAGGTGGACGCCTAAAGCCTGGAGAAAACGAAGTCGAAGGACTGAAGAGAA
AGTTGACCAGTAAGCTTGGAGGCAATTCGGCTGGTTTTGTACCTGACTGGAAGGTAGGAG
AATGTGTTGCGACATGGTGGCGTCCAAACTTTGAAACAATGATGTACCCGTATTGCCCTC
CTCACATCACGAAACCAAAGGAATGCAAGAGACTCTACATTGTTCACTTGTCTGAGAAAG
AGTACTTTGCAGTGCCCAAAAACTTGAAACTCTTGGCCGTCCCTTTGTTTGAACTCTATG
ACAATGTTCAGAGATATGGACCAGTTATATCGACCATTCCTCAACAGCTATCCAGATTCC
ATTTCAACATGATTAGTTCGTGATTCTACTCACTGTTCAAGAACAAGAAACCTATCAGAT
GATCAAGGTCAA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3BI88TF 668 0 0
GGGCCCTGTGAGAG
AGATGGCGATGTCTCAGGTGGTGAACACGTACCCTCTCTCGAACTACAGCTTCGGAACTA
AAGAACCGAAGCTGGAGAAGGACACCTCCGTCGCCGACAGGCTCGCTCGTATGAAAGTCA
ACTATATGAAAGAGGGCATGAGGACTAGCGTTGAAGGGATTCTTCTGGTACAAGAACACA
ACCATCCTCATATACTTCTCCTGCAAATTGGTAACACATTCTGCAAACTTCCAGGTGGAC
GCCTAAAGCCTGGAGAAAACGAAGTCGAAGGACTGAAGAGAAAGTTGACCAGTAAGCTTG
GAGGCAATTCGGCTGGTTTTGTACCTGATTGGAAGGTAGGAGAATGTGTTGCGACATGGT
GGCGTCCAAACTTTGAAACCATGATGTACCCGTATTGCCCTCCACACATCACCAAACCAA
AGGAATGCAAGAGACTCTACATTGTTCACTTGTCTGAGAAAGAGTACTTTGCAGTGCCCA
AAAACTTGAAACTCTTGGCCGTTCCTTTGTTTGAACTCTATGACAACGTTCAGAGATATG
GACCAGTTATATCGACCATTCCCCAACAGCTATCCAGATTCCATTTCAACATGATT***T
CGTGATTCTACTCACTGTTCAAGAACAAGAAACCTATCAGATGATCAAGGTCAA

QA 15 668 15 668
DS 

RD RR3FS79JQ 687 0 0
TTCTGGTACAAGAACACAACCATCCTCATATACTTCTCCTGCAAATTGGTAACACATTCT
GCAAACTTCCAGGTGGACGCCTAAAGCCTGGAGAAAACGAAGTCGAAGGACTGAAGAGAA
AGTTGACCAGTAAGCTTGGAGGCAATTCGGCTGGTTTTGTACCTGATTGGAAGGTAGGAG
AATGTGTTGCGACATGGTGGCGTCCAAACTTTGAAACCATGATGTACCCGTATTGCCCTC
CACACATCACCAAACCAAAGGAATGCAAGAGACTTTACATTGTTCACTTGTCTGAGAAAG
AGTACTTTGCAGTGCCCAAAAACTTGAAACTCTTGGCCGTTCCTTTGTTTGAACTCTATG
ACAACGTTCAGAGATATGGACCAGTTATATCGACCATTCCCCAACAGCTATCCAGATTCC
ATTTCAACATGATTAGTTCGTGATTCTACTCACTGTTCAAGAACAAGAAACCTATCAGAT
GATCAAGGTCAATTAGGCACGGTAGAGAGTTTAGAGAACCGAGTTCTGGATGATGCGTGT
GGGTTTGTTACATTAGACTTGTTGGGATTATGAGGAACCGTTTCATTCATGTTTCAGGAC
AAAAAGTTCTTCATTATTTGACTTATGTCTTGTCTAGCCGTGAAACATGTGTTTGACTTT
GTTAAATACTATTTTTACTTTAGTGCC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 2 8

CO CL555Contig1 666 2 2 U
CCATCTTCTTCGATCTCTCTAATTCGAATTTCGGATCTCATCATGATTGGAGCTAAATCG
TTTCTAGGCCTTTCAATCGCATCCCCCAAAGGGATATCCGACAGCTATTCATCGAGTACT
AACTCCAGATCTGTTGGTGTTCTTCGTGCTTGTGTTTCCATGGAAGGATCTACTTACAGC
AAAAATGGATCTCTCCCTGAGCTAAAATCGGTCAATGGTCACACAGGACAAAAACAAGGA
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GTTGATAGACAGAGATTGCTTGACCAGAAAGGATGTGTGATTTGGGTCACTGGTCTTAGT
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GATGCTGGAATCATATGCATTGCAAGTTTGATTTCTCCTTACAGAAGAGACAGGGACGTT
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TTTGTG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

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QA 7 666 7 666
DS 



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CTTCTTCTCCTAGAGAAATCTCGCAGTTCAATGGTGGCTCGTAAGGGTCATCAATCCCGG
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CGGCTTTAAAGCTGAGATCACGGTTTAAGCCGTGCCTTACATTATCTCCGTCGAGAATAT
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BQ
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G
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ATCAACTTTCT

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AGCATCAGCAAAAAGCTTAGCAACTTCACCGACTCTTCGAATGTTCTCAGCACGATCTTC
CGCTTTAAAGCTGAGATCACGGTTTAAGCCGTGCCTTACATTATCTCCGTCGAGAATATA
ACAAAGCTTCCCCTTTTGGAACAGCTTCTGGTTCAAAGCACAAGCTAAAGTGCTCTTCCC
TGAACCACTAAGACCAGTGACCCAAATCACACATCCTTTCTGGTCAAGCAATCTCTGTCT

QA 1 720 1 720
DS 

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CCATGAACTTTATCAATTTTGTACTCTTGGCTTGTGTAATAGAAACTAAAACCATGGAAC
AACAAATATGTGCGGTTGAAGGTAACCCACAGTAATAGTATTCTATGCCTTAAGATAACC
CTTGTGTTCTAAGTACGCAACGACTGTTTCAGCCATTTCGATTGGAGAAGTTCCCGTTCC
CTCTTCTCCTAGAGAAATCTCGCAGTTCAATGGTGGCTCGTAAGGGTCATCAATCCCGGT
AAAACCTTTAATCTTTCCAGCACGTGCAAGCTTGTACAGACCCTTTGGATCCCTAGCCTC
ACAAACTTCAAGCGACACATTCATGAACACCTCAACAAAATCTCCCTCAGGAAGCAAAGT
TCGACAAGCGTCCCTGTCTCTTCTGTAAGGAGAAATCAAACTTGCAATGCATATGATTCC
AGCATCAGCAAAAAGCTTAGCAACTTCACCGACTCTACGAATGTTCTCAGCACGATCTTC
GGCTTTAAAGCTGAGATCACGGTTTAAGCCGTGCCTTACATTATCTCCGTCGAGAATATA
ACAAAGCTTCCCCTTTTGGAACAGTTTCTGGTTCAAAGCACAAGCTAAAGTGCTCTTCCC
TGAACCGCTAAGACCAGTGACCCAAATCACACATCCTTTCTGGTCAAGCAACCTCTGTCT
ATCAACTTTCTCAACAGGACATTCATGCCACTTTATGTTCGTCGAGTTTCCGACCGTAGA
CAATGGTCCTTGTTTTTGTCCTGTGTGACCGTTGACCGATTTGAGCTCAGG*AGAGATCC
ATTTTTGCT
ATGAGTCATCGGTGAGA

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DS 

RD RR3BG38JQ 761 0 0
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AGTATTTTATGCCTTAAGATAACCCTTGTGTTCTAAGTATGCAACGACTGTTTCTGCCAT
TTCGATTGGAGAAGTTCCCGTTCCTTCTTCTCCTAGAGAAATCTCGCAGTTCAATGGTGG
CTCGTAAGGGTCATCAATCCCGGTAAAACCTTTAATCTTTCCAGCACGTGCAAGCTTGTA
GAGACCCTTTGGATCCCTAGCCTCACAAACTTCAAGCGATACATTCATGAACACCTCAAC
AAAATCTCCCTCGGGAAGCAAAGTTCGACAAGCGTCCCTGTCTCTTCTGTAAGGAGAAAT
CAAACTTGCAATGCATATGATTCCAGCATCAGCAAAAAGCTTAGCAACTTCACCGACTCT
TCGAATGTTCTCAGCACGATCTTCCGCTTTAAAGCTGAAATCACGGTTTAAGCCGTGCCT
TACATTATCTCTGTCGAGAATATAACAAAGCTTCCCCTTTTGGAACAGCTTCTGGTTCAA
AGCACAAGCTAAAGTGCTCTTCCCTGAACCACTAAGACCAGTGACCCAAATCACACATCC
TTTCTGGTCAAGCAATCTCTGTCTATCAACTTTCTCAACGGGACATTCATGCCACTTTAT
GTTCGTCGAGTTTCCGACCGTAGACAATGGTCCTTGTTTTTGTCCTGTGTGACCATTGAC
CGATTTTAGCTCAGGGAGAGATCCATTTTTGCT
GTAAGTAG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3CC71TF 695 0 0
ACAAAATCTCCCTCAGGAAGCAAAGTTCGACAAGCGTCCCTGTCTCTTCTGTAAGGAGAA
ATCAAACTTGCAATGCATATGATTCCAGCATCAGCAAAAAGCTTAGCAACTTCACCGACT
CTACGAATGTTCTCAGCACGATCTTCGGCTTTAAAGCTGAGATCACGGTTTAAGCCGTGC
CTTACATTATCTCCGTCGAGAATATAACAAAGCTTCCCCTTTTGGAACAGTTTCTGGTTC
AAAGCACAAGCTAAAGTGCTCTTCCCTGAACCGCTAAGACCAGTGACCCAAATCACACAT
CCTTTCTGGTCAAGCAACCTCTGTCTATCAACTTTCTCAACAGGACATTCATGCCACTTT
ATGTTCGTCGAGTTTCCGACCGTAGACAATGGTCCTTGTTTTTGTCCTGTGTGACCGTTG
ACCGATTTGAGCTCAGGGAGAGATCCATTTTTGCTATGAGTCATCGGTTGAGATCCTTCC
ATGGAAACACAAGCACGAAGAACACCAACAGATCTCAAGTTAGTACTCAATGAATTGCTG
TCGGATATCCCTTTGGGAGATGCGATCGAAAGGCCTAGAAACGATTTAGCTCCGAGCATG
ATGAGATCCGAATTTCGAATTAGAGAGATCGAAGATGAAGAGGAGGTAAAAATAAGGAAA
TGTGTTTTTTTTTTGTTAATTGGGGAAAGAAGTTT

QA 1 695 1 695
DS 



AS 2 8

CO CL556Contig1 980 4 7 U
GGGCCTCCAAGTTGCAGAGGGAAGAAGAAAGACTCTCACCAACTCTGTTTCTCCTCCTTT
TAAACATTTTATCTCTTTTGCTTCGACCCTCACATCATGGCCTCTTCTCTCACCTCCAAA
TCCATTCTCGGATCCACCAAACCCGGTTCTTCTTCTCTCTCTCCAGACCTCCGTCGTCTC
TCCTCTCCCGCCGTCCAGATCTCTATCCGAACCCAAACCAAGAAAAACCTCCAGATAAAA
GCTACTGGTAGCTCATATGGGACTCATTTTCGAGTTTCCACCTTTGGAGAATCACATGGA
GGAGGTGTTGGTTGTATCATCGATGGATGTCCTCCTCGGATTCCACTCTCTGAATCCGAT
TTGCAATTCGACCTTGATAGGAGGAGACCGGGTCAGAGCCGGATCACGACTCCTAGAAAA
GAGACTGATACTTGCCGGATATCTTCTGGAGTCTCCGAAGGGATGACCACAGGAACTCCT
ATCCATGTGTTTGTGCCAAACACAGATCAGAGAGGACTTGATTACAGTGAAATGTCGGTT
GCTTATAGGCCATCACATGCTGATGCAACTTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTA
CAGGGTGGTGGAAGATCTTCAGCTAGAGAGACCATAGGAAGAGTTGCTCCTGGAGCTTTG
GCCAAGAAAATTTTGAAGCAATTTGCAGGAACTGAGATTCTTGCCTATGTCTCTCAAGTC
CACCAGGTTGTACTTCCAGAGGATTTGGTAGATCACGAGAATTTAACACTTGAGCAGATA
GAAAATAATATTGTGAGGTGCCCTAATCCCGAGTATGCTGAAAAGATGATAGCTGCCATT
GATGCTGTGAGGACTAAGGGGAACTCTGTTGGTGGTGTTGTGACCTGCATCGTTCGGAAT
GCTCCACGTGGGCTTGGAACACCGGTTTTCGATAAACTTGAAGCAGAACTTGCAAAAGCT
TGTATGTCCTTACCTGCACA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN17TF U 1
AF RR3BF40TF U 1
AF RR3H464TF U 133
AF RR3GI59TF U 328
BS 1 365 RR3BF40TF
BS 366 366 RR3H464TF
BS 367 723 RR3BF40TF
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BS 832 980 RR3GI59TF

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TCCTCTCCCGCCGTCCAGATCTCTATCCGAACCCAAACCAAGAAAAACCTCCAGATAAAA
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ATCCATGTGTTTGTGCCAAACACAGATCAGAGAGGACTTGATTACAGTGAAATGTCGGTT
GCTTAT

QA 1 546 1 546
DS 

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TAAACATTTTATCTCTTTTGCTTCGACCCTCACATCATGGCCTCTTCTCTCACCTCCAAA
TCCATTCTCGGATCCACCAAACCCGGTTCTTCTTCTCTCTCTCCAGACCTCCGTCGTCTC
TCCTCTCCCGCCGTCCAGATCTCTATCCGAACCCAAACCAAGAAAAACCTCCAGATAAAA
GCTACTGGTAGCTCATATGGGACTCATTTTCGAGTTTCCACCTTTGGAGAATCACATGGA
GGAGGTGTTGGTTGTATCATCGATGGATGTCCTCCTCGGATTCCACTCTCTGAATCCGAT
TTGCAGTTCGACCTTGATAGGAGGAGACCGGGTCAGAGCCGGATCACGACTCCTAGAAAA
GAGACTGATACTTGCCGGATATCTTCTGGAGTCTCCGAAGGGATGACCACAGGAACTCCT
ATCCATGTGTTTGTGCCAAACACAGATCAGAGAGGACTTGATTACAGTGAAATGTCGGTT
GCTTATAGGCCATCACATGCTGATGCAACTTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTA
CAGGGTGGTGGAAGATCTTCAGCTAGAGAGACCATAGGAAGAGTTGCTCCTGGAGCTTTG
GCCAAGAAAATTTTGAAGCAATTTGCAGGAACTGAGATTCTTGCCTATGTCTCTCAAGTC
CAC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3H464TF 699 0 0
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GTCCAGATCTCTACCCGAACCCAAACCAAGAAAAACCTCCAGATAAAAGCTACTGGTAGC
TCATATGGGACTCATTTTCGAGTTTCCACCTTTGGAGAATCACATGGAGGAGGTGTTGGT
TGTATCATCGATGGATGTCCTCCTCGGATTCCACTCTCTGAATCCGATTTGCAATTCGAC
CTTGATAGGAGGAGACCGGGTCAGAGCCGGATCACGACTCCTAGAAAAGAGACTGATACT
TGCCGGATATCTTCTGGAGTCTCCGAAGGGATGACCACAGGAACTCCTATCCATGTGTTT
GTGCCAAACACAGATCAGAGAGGACTTGATTACAGTGAAATGTCGGTTGCTTATAGGCCA
TCACATGCTGATGCAACTTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTACAGGGTGGTGGA
AGATCTTCAGCTAGAGAGACCATAGGAAGAGTTGCTCCTGGAGCTTTGGCCAAGAAAATT
TTGAAGCAATTTGCAGGAACTGAGATTCTTGCCTATGTCTCTCAAGTCCACCAGGTTGTA
CTTCCAGAGGATTTGGTAGATCACGAGAATTTAACACTTGAGCAGATAGAAA*TAATATT
GTGAGGTGCCCTAATCCCGAGTATGCTGAAAAGATGATA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3GI59TF 653 0 0
G
GTCCTCCTCGGATACCACTCTCTGAATCCGATTTGCAATTCGACCTTGATAGGAGGAGAC
CGGGTCAGAGCCGGATCACGACTCCTAGAAAAGAGACTGATACTTGCCGGATATCTTCTG
GAGTCTCCGAAGGGATGACCACAGGAACTCCTATCCATGTGTTTGTGCCAAACACAGATC
AGAGAGGACTTGATTACAGTGAAATGTCGGTTGCTTATAGGCCATCACATGCTGATGCAA
CTTATGACATGAAGTATGGTGTCAGATCAGTACAGGGTGGTGGAAGATCTTCAGCTAGAG
AGACCATAGGAAGAGTTGCTCCTGGAGCTTTGGCCAAGAAAATTTTGAAGCAATTTGCAG
GAACTGAGATTCTTGCCTATGTCTCTCAAGTCCACCAGGTTGTACTTCCAGAGGATTTGG
TAGATCACGAGAATTTAACACTTGAGCAGATAGAAAATAATATTGTGAGGTGCCCTAATC
CCGAGTATGCTGAAAAGATGATAGCTGCCATTGATGCTGTGAGGACTAAGGGGAACTCTG
TTGGTGGTGTTGTGACCTGCATCGTTCGGAATGCTCCACGTGGGCTTGGAACACCGGTTT
TCGATAAACTTGAAGCAGAACTTGCAAAAGCTTGTATGTCCTTACCTGCACA

QA 2 653 2 653
DS 



CO CL556Contig2 807 4 5 U
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TTTTACCCCCAAAAAAAATAATAATGTTCTTTTAAAATTATCCAGGGCACAAAAAACTAA
CCTCTTTATTCAAAATAATCACACAACAAAAGCGAAGCC*CTCTCTGTCACACTTATCTT
CTCTAGTTTTGCTTACAAAGCAGCAGCATTTTGCAGCTGCTCGAGCACGACAGGAGAAGC
TGTCCGAAGAGGTTCCTGCAACTCGGGATTTATCGGGAACAAATGGCACTGTGCGTACTG
CGCCATCAGCTGATCCACAAGAACTAAAGCCACCATTGCTTCCACCATTGGCACAGCTCG
TGGGACAACACAAGGATCATGACGTCCTCGTGCAATCATCTCAGTTTCTTTCTTATCTCT
TGTTACAGTATTTTGCTTCCTTCCAATTGTAGATGTTGGCTTGAAGGCTACTCTCATGTT
TATTATCTCACCATTTGATATCCCTCCCTGAATTCCACCGGATCGGTTTGTTTTTGTCCG
GATCCTTCCATTTCCATCAGTGTAGAACTCATCATTTTGTTCAAGACCAGTCAGAAAGGT
ACCTGAGAAGCCACTCCCAAACTCAAATCCCTTTGTTGCAGGTAACGACATACAAGCTTT
TGCAAGTTCTGCTTCAAGTTTATCGAAAACCGGTGTACCAAGCCCACGTGGAGCATTCCG
AACGATGCAGGTCACAACACCACCAACAGAGTTCCCTTTAGTCCTGACAGCGTCAATTGC
AGCTATCATCTTTTCAGCATACTCGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 
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25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3H464JQ U 1
AF RR3BF40JQ U 13
AF RR3DN17JQ U 13
AF RR3DP82JQ U 72
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BS 646 745 RR3BF40JQ
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TTTTACCCCCAAAAAAAATAATAATGTTCTTTTAAAATTATCCAGGGCACAAAAAACTAA
CCTCTTTATTCAAAATAATCACACAACAAAAGCGAAGCC*CTCTCTGTCACACTTATCTT
CTCTAGTTTTGCTTACAAAGCAGCAGCATTTTGCAGCTGCTCGAGCTCGACAGGAGAAGC
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TGGGACAACACAAGGATCATGACGTCCTCGTGCAATCATCTCAGTTTCTTTCTTATCTCT
TGTTACAGTATTTTGCTTCCTTCCAATTGTAGATGTTGGCTTGAAGGCTACTCTCATGTT
TATTATCTCACCATTTGATATCCCTCCCTGAATTCCACCGGATCGGTTTGTTTTTGTCCG
GATCCTTCCATTTCCATCAGTGTAGAACTCATCATTTTGTTCAAGACCAGTCAGAAAGGT
ACCTGAGAAGCCACTCCCAAACTCAAATCCCTTTGTTGCAGGTAA

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DS 

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AAAAAATAATAATGTTCTTTTAAAATTATCCAGGGCACAAAAAACTAACCTCTTTATTCA
AAATAATCACACAACAAAAGCGAAGCC*CTCTCTGTCACACTTATCTTCTCTAGTTTTGC
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TTGCTTCCTTCCAATTGTAGATGTTGGCTTGAAGGCTACTCTCATGTTTATTATCTCACC
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TCCATCAGTGTAGAACTCATCATTTTGTTCAAGACCAGTCAGAAAGGTACCTGAGAAGCC
ACTCCCAAACTCAAATCCCTTTGTTGCAGGTAACGACATACAAGCTTTTGCAAGTTCTGC
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CACAACACCACCA

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CGATTGACGTAACTGAATGAAAAGCAGGGATACAGAAGTAGATCATCATTTTACCCCCAA
AAAAAATAATAATGTTCTTTTAAAATTATCCAGGGCACAAAAAACTAACCTCTTTATTCA
AAATAATCACACAACAAAAGCGAAGCC*CTCTCTGTCACACTTATCTTCTCTAGTTTTGC
TTACAAAGCAGCAGCATTTTGCAGCTGCTCGAGCACGACAGGAGAAGCTGTCCGAAGAGG
TTCCTGCAACTCGGGATTTATCGGGAACAAATGGCACTGTGCGTACTGCGCCATCAGCTG
ATCCACAAGAACTAAAGCCACCATTGCTTCCACCATTGGCACAGCTCGTGGGACAACACA
AGGATCATGACGTCCTCGTGCAATCATCTCAGTTTCTTTCTTATCTCTTGTTACAGTATT
TTGCTTCCTTCCAATTGTAGATGTTGGCTTGAAGGCTACTCTCATGTTTATTATCTCACC
ATTTGATATCCCTCCCTGAATTCCACCGGATCGGTTTGTTTTTGTCCGGATCCTTCCATT
TCCATCAGTGTAGAACTCATCATTTTGTTCAAGACCAGTCAGAAAGGTACCTGAGAAGCC
ACTCCCAAACTCAAATCCCTTTGTTGCAGGTAACGACATACAAGCTTTTGCAAGTTCTGC
TTCAAGTTTATCGAAAACCGGTGTACCAAGCCCACGTGGAGCATTCCGAACGATGCAGGT
CACAACACCACCAACAGAGTTCCCTTTAGTCCTGACAGCGTCAATTGCAGCTATCATCTT
TTCAGCATACTCGGG

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3DP82JQ 736 0 0
GACGTAAATGC
AATGTTCTTTTAAAACGATCCGGGGCACAAAAATC*AACCTCTTTATTCAAAATAATCAC
ACAACAAAAGCGAAGCCTCTCTCTGTCACACTTATCTTCTCAAGTTTTGCTTACAAAGCA
GCAGCATTTTGCGGCTGCTCGAGCTCGACAGGAGAAGCTGTCCGAAGAGGTTCCTGCAGC
TCTGGATTTATCGGGAACAAATGGCACTGTGCGTACTGCGCCATCAACTGATCCACAAGA
ACTAAAGCCACCATTGCTTCCACCATTGGCACAGCTCGTGGAACGACACAAGGATCATGA
TGTCCACGCGCAATCATCTCAGTTTCTTTCTTATCTCTTGTTACAGTATTTTGCTTCCTT
CCAATTGTAGATGTTGGCTTGAAGGCTACTCTCATGTTTATTATCTCACCATTTGATATC
CCTCCCTGAATTCCACCGGATCGGTTTGTTTTTGTCCGGATCCTTCCATTTCCATCAGTG
TAGAACTCATCATTTTGTTCAAGACCAGTCAGAAAGGTACCTGAGAAGCCACTCCCAAAC
TCAAATCCCTTTGTTGCAGGTAACGATATACAAGCTTTTGCAAGTTCTGCTTCAAGTTTA
TCGAAAACCGGTGTACCAAGCCCACGTGGAGCATTCCGAACGATGCAGGTCACAACACCA
CCAACAGAGTTCCCTTTAGTCCTGACAGCGTCAATTGCAGCTATCATCTTTTCAGCATAC
TCGGG

QA 12 736 12 736
DS 



AS 1 9

CO CL557Contig1 926 9 14 U
GGATCAAGTAAAATTTGTAAGGATCGAAATTTCGAAAAATTCACTTTCTTGAGTGAACAA
CATTTTTGAGCGCCATGGCTACCTTATCTCCGATGACTCAGCCGTCGCTAGTACACATTC
CCGGCGAATCCGTCCCCCATCATCACGTACTACTACCAAGCACTTGCTCTTTCCCGCGGA
AACCAACAACCACGAGACGGATTATCTGTTCGCCGGCAAGGAGTTCCGATGAGACATCGA
CGGATGGAGAAACGGACGGTGGATCTAGCACTACTGCCGTCGATGAAGCGCCGAAAGAGA
GTCCATCTTTAATCTCCGCTCTCAACGTCGAACGCGCTCTCCGTGGCCTTCCCATTACAG
ATGTGGATCATTACGGTCGGCTTGGACTTCCTAGAAACTGCTCTTATGATCAGGTAAGAA
TTGGTTACCAAGATAGAGTTAAGGAGTTAATGGGACAAGGGCTAGACGAAGAACAACTCA
AGAACAAGATGGAGCTTGTCAAAGATTCATATACGATCTTGTCGTCGGTGGAAGAGAGAA
GGATGTACGATTGGAGTCTAGCCAGAAGCGAAAAAGCAGAGCGGTACATATGGCCGTTCG
AGGTTGACATCATGGAACCCTCCAGGGAAGAGCCTCCTCCTCAGGAACCAGAAGATGTAG
GACCAACGAGGATTCTTGGATACTTCATTGGGGCGTGGCTTGTCCTTGGTGTTGCCCTTT
CTGTTGCATTCAATCGTTAGCCACTTCGTTTCTTTCACCATCTTCTTCCTCACCTTAAAT
TAAATCATTTCGAGAAAATGTATATTTAGTAGTCGTTTATATACTTAAGTGTATTAATTG
TCTGACGAATGTTCAAGCTACTGATTGTAATAAATATTGTGTATCTACAAAGTAAAACGG
TCTGTCAGTGCTTACAATGAGTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 30 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
40 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 30 30 30 30 30 25 25 25 5 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO94TF U 63
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AF RR3G338TF U 63
AF RR3B240TF U 68
AF RR3G338JQ C 277
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AF RR3B944JQ C 68
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BS 454 454 RR3FO94TF
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BS 666 764 RR3BC69TF
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RD RR3FO94TF 625 0 0
TTTTT
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GATGGAGCTTGTCAAAGATTCATATACGATCTTGTCGTCGGTGGAAGAGAGAAGGATGTA
CGATTGGAGTCTAGCCAGAAGCGAAAAAGCAGAGCGGTACATATGGCCGTTCGAGGTTGA
CATCATGGAACCCTCCAGGGAAGAGCCTCCTCCTCAG*AACCAGAAGATGTAG*ACCAAC
GAGGATTCTTGGATACT
CAT

QA 6 622 6 622
DS 

RD RR3BC69TF 764 0 0
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CATTTTTGAGCGCCATGGCTACCTTATCTCCGATGACTCAGCCGTCGCTAGTACACATTC
CCGGCGAATCCGTCCCCCATCATCACGTACTACTACCAAGCACTTGCTCTTTCCCGCGGA
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CGGATGGAGAAACGGACGGTGGATCTAGCACTACTGCCGTCGATGAAGCGCCGAAAGAGA
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ATGTGGATCATTACGGTCGGCTTGGACTTCCTAGAAACTGCTCTTATGATCAGGTAATAA
TTGGTTACCAAGATAGAGTTAAGGAGTTAATGGTACAAGGGCTAGACGAAGAACAACTCA
AGAACAAGATGGAGCTTGTCAAAGATTCATATACGATCTTGTCGTCGGTGGAAGAGAGAA
GGATGTACGATTGGAGTCTAGCCAGAAGCGAAAAAGCAGAGCGGTACATATGGCCGTTCG
AGGTTGACATCATGGAACCCTCCAGGGAAGAGCCTCCTCCTCAG*AACCAGAAGATGTAG
GACCTACGAGGATTCTTGGATACTTCATTGGGGCGTGGCTTGTCCTTGGTGTTGCCCTTT
CTGTTGCATTCAATCGTTAGCCACTTCGTTTCTTTCACCATCTT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3G338TF 690 0 0
TTTTT
GAGCGCCATGGCTACCTTATCTCCGATGACTCAGCCGTCGCTAGTACACATTCCCGGCGA
ATCCGTCCCCCATCATCACGTACTACTACCAAGCACTTGCTCTTTCCCGCGGAAACCAAC
AACCACGAGACGGATTATCTGTTCGCCGGCAAGGAGTTCCGATGAGACATCGACGGATGG
AGAAACGGACGGTGGATCTAGCACTACTGCCGTCGATGAAGCGCCGAAAGAGAGTCCATC
TTTAATCTCCGCTCTCAACGTCGACCGCGCTCTCCGTGGCCTTCCCATTACAGATGTGGA
TCATTACGGTCGGCTTGGACTTCCTAGAAACTGCTCTTATGATCAGGTAAGAATTGGTTA
CCAAGATAGAGTTAAGGAGTTAATGGGACAAGGGCTAGACGAAGAACAACTCAAGAACAA
GATGGAGCTTGTCAAAGATTCATATACGATCTTGTCGTCGGTGGAAGAGAGAAGGATGTA
CGATTGGAGTCTAGCCAGAAGCGAAAAAGCAGAGCGGTACATATGGCCGTTCGAGGTTGA
CATCATGGAACCCTCCAGGGAAGAGCCTCCTCCTCAGGAACCAGAAGATGTAGGACCAAC
GAGGATTCTTGGATACTTCATTGGGGCGTGGCTTGTCCTTGGTGTTGCCCTTTCTGTTGC
ATTCAATCGTTAGCCACTTCGTTTC

QA 6 690 6 690
DS 

RD RR3B240TF 826 0 0
GAGCGCCATGGCTACCTTATCTCCGATGACTCAGCCGTCGCTAGTACACATTCCCGGCGA
ATCCGTCCCCCATCATCACGTACTACTACCAAGCACTTGCTCTTTCCCGCGGAAACCAAC
AACCACGAGACGGATTATCTGTTCGCCGGCAAGGAGTTCCGATGAGACATCGACGGATGG
AGAAACGGACGGTGGATCTAGCACTACTGCCGTCGATGAAGCGCCGAAAGAGAGTCCATC
TTTAATCTCCGCTCTCAACGTCGAACGCGCTCTCCGTGGCCTTCCCATTACAGATGTGGA
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CCAAGATAGAGTTAAGGAGTTAATGGGACAAGGGCTAGACGAAGAACAACTCAAGAACAA
GATGGAGCTTGTCAAAGATTCATATACGATCTTGTCGTCGGTGGAAGAGAGAAGGATGTA
CGATTGGAGTCTAGCCAGAAGCGAAAAAGCAGAGCGGTACATATGGCCGTTCGAGGTTGA
CATCATGGAACCCTCCAGGGAAGAGCCTCCTCCTCAGGAACCAGAAGATGTAGGACCAAC
GAGGATTCTTGGATACTTCATTGGGGCGTGGCTTGTCCTTGGTGTTGCCCTTTCTGTTGC
ATTCAATCGTTAGCCACTTCGTTTCTTTCACCATCTTCTTCCTCACCTTAAATTAAATCA
TTTCGAGAAAATGTATATTTAGTAGTCGTTTATATACTTAAGTGTATTAATTGTCTGACG
AATGTTCAAGCTACTGATTGTAATAAATATTGTGTATCTACAAAGT

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR3G338JQ 612 0 0
CCGTCGATGAAGCGCCGAAAGAGAGTCCATCTTTAATCTCCGCTCTCAACGTCGACCGCG
CTCTCCGTGGCCTTCCCATTACAGATGTGGATCATTACGGTCGGCTTGGACTTCCTAGAA
ACTGCTCTTATGATCAGGTAAGAATTGGTTACCAAGATAGAGTTAAGGAGTTAATGGGAC
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ATCCGTCCCCCATCATCACGTACTACTACCAAGCACTTGCTCTTTCCCGCGGAAACCAAC
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TCCCGCGGAAACCAACAACCACGAGACGGATTATCTGTTCGCCGGCAAGGAGTTCCGATG
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CTTGTGAGGTCCTGGTTTTCCTCCAGCAAGTATGGCGCTTTCCGTGGGTTCAACACCAAT
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GGAGTTGGGAGTGTTCTTCAAGATCTCTTCAGCCTTCTGAATTGCACCAGTCATGCCTTT
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ACATGGCTCCATGATCTCAAGCTTAGCAGCAACACTTGCAACAGAACCCTTGACTATATT
GTTCAAATACACCATAGGAGTTTTCCCAATAAGCTGAGCAGCATTCTCGGCGATATTGAG
CCCTTCAACACCAGCTTCGACCTTTGCAGACACAGCCTTGCACACGACAACAACATCGCT
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CTTTCTTTCGTCCTCCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BC37TF C 653
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RD RR3CF51JQ 719 0 0
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CTTTGCGACCTGGATTGCAGCTGCAGCAGCAGCTCCAGAAGATATACCAACCAACAAGCC
TTCTTGGAGAGCTAGTTGCTTTGCGGTTTCAATAGCTTCATCACTGGAAATCGCTATGTA
TTCATCTACAATAGTCTGATCCAAATTCTTAGGAATAAATCCAGCTCCAATCCCTTGAAT
CTTGTGAGGTCCTGGTTTTCCTCCAGCAAGTATGGCGCTTTCCGTGGGTTCAACACCAAT
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ACCAGTTGTCTCGTAATGAATCTTGGGATTGGCAGGGTTGTCAAACTGTTGGAGCATGT

QA 1 719 1 719
DS 

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CGTTCCCCGAAGCTCGGGAACACAACAGCTATGAGTTTCCCGGCATTTTCAGGTCTCTTT
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TGGAGAGATAGTTGCTTTGCGGTTTCAATAGCTTCATCACTGGAAATCGCTATGTATTCA
TCTACAATAGTCTGATCCAAATTCTTAGGAATAAATCCAGCTCCAATCCCTTGAATCTTG
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TTGAGTTCAGGTTTTCTTTCTTTAATGTATCGACCAACACCAGTAATGGTTCCACCAGTT
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GGTTCAGTCAACACAAGCTCAGCTCCAAAAGCCCTCAAA

QA 1 819 1 819
DS 

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TTGCAGCTGCAGCAGCAGCTCCAGAAGATATACCAACCAACAAGCTTTCTTGGAGAGCTA
GTTGCTTTGCGGTTTCAATAGCTTCATCACTGGAAATCGCTATGTATTCATCTACAATAG
TCTGATCCAAATTCTTAGGAATAAATCCAGCTCCAATCCCTTGAATCTTGTGAGGTCCTG
GTTTTCCTCCAGCAAGTATGGCGCTTTCCGTGGGTTCAACACCAATAACCTTGAGTTCAG
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CAACCAATATATCCACCTTCCCTCTTGTATCTTCCCAAATCTCAGGACCAGTTGTCTCGT
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TGTTTCCACTTGTTGATTC

QA 1 679 1 679
DS 

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CTTTCCAAACTCATGGACGCTGGCATCGTCAAGATAAGTTTATATCCTTTCGAAGCAGCA
ATAAAAGCAAGACCTATCCCTGTGTTTCCACTTGTTGATTCCACAAGAACACTCTTTCCA
GGTGTGATAAGTCCTTTCTCCTCAGCATCAGTAATCATACTATACCCAATCCTATCCTTG
ACACTGCAACATGGCTCCATGATCTCAAGCTTAGCAGCAACACTTGCAACAGAACCCTTG
ACTATATTGTTCAAATACACCATAGGAGTTTTCCCAATAAGCTGAGCAGCATTCTCGGCG
ATATTGAGCCCTTCAACACCAGCTTCGACCTTTGCAGACACAGCCTTGCACACGACAACA
ACATCGCTACACCTCTGGCTCTTGAGAGCGAGAGGAGGAGACGGGAGAGAATCGAAAGTA
GCCGCCTTTCTAGAGGATAAGGAGAGAGAAGCGAGGTGTGGAGAGTAGCTGAAAGGACGG
TGGCGAGAAGTCAACGGATTAAGGAGGAAAGCAGAGGCAGAAGATGTAGCAGCAGCCATG
GTGTGGATCTTTCTTTCGTCCTCCC

QA 1 745 1 745
DS 



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ACCCTGCCAATCCCAAGATTCATTACGAGACAACTGGTCCTGAGATTTGGGAAGATACAA
GAGGGAAGGTGGATATATTGGTTGCGGGAATTGGAACTGGTGGAACCATTACGGGTGTTG
GTCGATACATTAAAGAAAGAAAACCTGAACTCAAGGTTATTGGTGTTGAACCCACGGAAA
GCGCCATACTTGCTAGAGGAAAGCCAGGACCTCACAAGATTCAAGGGATTGGAGCTGGAT
TTATTCCTAAGAATTTGGATCAGACTATTGTCGATGAATACATAGCGATTTCCAGTGATG
AAGCTATTGAAACCGCAAAGCAACTAGCTCTCCAAGAAGGCTTGTTGGTTGGTATATCTT
CTGGAGCGGCTGCTGCTGCTGCAATCCAGGTCGCAAAGAGACCTGAAAATGCCGGGAAAC
TCATAGCTGTTGTGTTCCCGAGCTTTGGGGAACGTTACCTCTCGACAATGCTTTTCCAGT
CGATCCGTGAAGAGTGCGAGAAAATGCAGCCTGAGATTTGATTTTCCTCATTGTAATTTC
TTGATCTACAAGGAACCTCTTCTTTAATTTCTTTCTTGCTTCTCTCTCACTCTACGTCAA
CTGTATATTTGCGTTTTACAATGTGCACAACGCAATTGGTGTTTATTAATAAATGCACAA
GGCGTAATTGTCCCTTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ82TF U 1
AF RR3CQ82JQ C 128
BS 1 781 RR3CQ82TF
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BS 795 800 RR3CQ82JQ

RD RR3CQ82TF 799 0 0
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G*CGTAATTGTCCC
TTTGA

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3CQ82JQ 673 0 0
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GGTGGATATATTGGTTGCGGGAATTGGAACTGGTGGAACCATTACGGGTGTTGGTCGATA
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ACTTGCTAGAGGAAAGCCAGGACCTCACAAGATTCAAGGGATTGGAGCTGGATTTATTCC
TAAGAATTTGGATCAGACTATTGTCGATGAATACATAGCGATTTCCAGTGATGAAGCTAT
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GGCTGCTGCTGCTGCAATCCAGGTCGCAAAGAGACCTGAAAATGCCGGGAAACTCATAGC
TGTTGTGTTCCCGAGCTTTGGGGAACGTTACCTCTCGACAATGCTTTTCCAGTCGATCCG
TGAAGAGTGCGAGAAAATGCAGCCTGAGATTTGATTTTCCTCATTGTAATTTCTTGATCT
ACAAGGAACCTCTTCTTTAATTTCTTTCTTGCTTCTCTCTCACTCTACGTCAACTGTATA
TTTGCGTTTTACAATGTGCACAACGCAATTGGTGTTTATTAATAAATGCACAAGGCGTAA
TTGTCCCTTTGAT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 7

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TGTCATATGATCATCAGTTGGCGACTGGGATGGCGATTGGGAGGACATGGACTCCAATTT
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CTTTGAAAGGTTCGCCAGCTTCAAGACCAAAGGGATTGGATGTTCGTTTATTAGTCTCGA
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GCTTTCCACGTTCATCTCCAACAACCACTTCAGAACCATTGACATATTCAAACTTAACCG
CTGATACACCATCATGGCCTTGACCTACATACACCTTTTTAACACCATGGTGAGCACCAT
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ACCCATGAAAACCAACGATCTTCTTGTCTTGAACTTGGAGAGTGAATGAAGTACCATCGT
TGTATCCAATGACATCAGAAGACTTCTTGTTGGAGTTGAACTTAAGCCCTTGAATGAGAC
CGTCAGGATTATACCAACCTTCTACAGAAACTAGATGCTCCTCAGGATGGTTAATCACAA
AAGGATCAGCTGGAATACTACGGCCTTTGATACCGCGAAGAGGGGCCTCTTCGGTTTGTC
CGTTCTTGACATAATCGAACTTAACGTATTGAATGCCGATTCCACCTGCTCCGACCTGAA
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GTGCATCCACCTTTTGGGCCATCTTTGTTTGCTGTTAGATCAATCTTACAAATTACCTTT
AAAAGTATAGTATATTGTGATCGGTGCTATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3A127JQ U 1
AF RR3CT31JQB U 1
AF RR3GR89JQ U 7
AF RR3AD85JQ U 7
AF RR3A127TF C 320
AF RR3BI10TF C 397
AF RR3AD85TF C 517
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BS 90 90 RR3CT31JQB
BS 91 108 RR3A127JQ
BS 109 109 RR3CT31JQB
BS 110 128 RR3A127JQ
BS 129 129 RR3CT31JQB
BS 130 160 RR3A127JQ
BS 161 161 RR3CT31JQB
BS 162 324 RR3A127JQ
BS 325 325 RR3CT31JQB
BS 326 366 RR3A127JQ
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BS 384 384 RR3CT31JQB
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BS 475 475 RR3CT31JQB
BS 476 512 RR3A127JQ
BS 513 513 RR3CT31JQB
BS 514 766 RR3A127JQ
BS 767 808 RR3GR89JQ
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BS 1117 1148 RR3BI10TF
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RD RR3A127JQ 766 0 0
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AAGTAAAAGAACTTATTCAAAGATCACCAAAGACATAAACATAGAAAGAACTTCCGATGA
CAGACTTAAAACATAAAAAGACAGATATGATAACTTATTAAATTGAATCAAAGAGAAAGA
TGTCATATGATCATCAGTTGGCGACTGGGATGGCGATTGGGAGGACATGGACTCCAATTT
GATGAAGCAGCTCATTGGCTTTTCCATGAAACCCAACGATCTTGTGGCCTTCCTCTTTGA
CTTTGAAAGGTTCGCCAGCTTCAAAACCAAAGGGATTGGATGTTCGTTTATTAGTCTCGA
ACTTTACCATGGTGATGACGGCAAAGTCACTCCCAAAGATTTTATCGACTGTGCCATGAA
CAACCGTGATGTATTCATTTGGATAGTCAAGTTCGAACTCTTCGAATCCGAGCAAAGTAG
GCTTTCCACGTTCATCTCCAACAACCACTTCAAAACCATTGACATATTCAAACTTAACCG
CTGATACACCATCATGGCCTTGACCTACATACACCTTTTTAACACCATGGTGAGCACCAT
CGTCCCATGCAGTCCCTTCATCACTACCAAGTGCCGGTAGCTTCTTGGCAGGGGTCAACG
AGGTGGAACTATTCAACGGAGCAAAGTAAGCTCCAAGAGAATGGACATAGTCTCCGGCAA
ACCCATGAAAACCAACGATCTTCTTGTCTTGAACTTGGAGAGTGAA

QA 1 766 1 766
DS 

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CGCATT
CACAAAGAGATATTACTTATATAAAACTTTAGCAGGTTCAAACAGAAACAGGAAAAGTAA
AAGAACTTATACAAAGATCACCAGAGACATAAACATAGAAAGGACTTCCGATGACAGACT
TAGAACATAAAAAGACAGATATGATAACTTATTAGATTGAATCAAAGAGAAAGATGTCAT
ATGATCATCAGTTGGCGACTGGGATGGCGATTGGGAGGACATGGACTCCAATTTGATGAA
GCAGCTCATTGGCTTTTCCATGAAACCCAACGATCTTGTGGCCTTCCTCTTTGACTTTGA
AAGGTTCGCCAGCTTCAAGACCAAAGGGATTGGATGTTCGTTTATTAGTCTCGAACTTTA
GCATGGTGATGACGGCAGAGTCACTCCCAAAGATTTTATCGACTGTGCCATGAACAACCG
TGATGTATTCATTTGGATAGTCAAGTTCGAACTCTTCGAATCCGAGCAGAGTAGGCTTTC
CACGTTCATCTCCAACAACCACTTCAGAACCATTGACATATTCAAACTTAACCGCTGATA
CACCATCATGGCCTTGACCTACATACACCTTTTTAACACCATGGTGAGCACCATCGTCCC
ATGCAGTCCCTTCATCACTACCAAGTGCCGGTAGCTTCTTGGCAGGGGTCAACGAGGTGG
AACTAGTCAACGGAGCAAAGTAAGCTCCAAGAGAATGGACATAGTCTCCGGCAAGCCCAT
GAAAACCAACGATCTTCTTGTCTTGAACTTGGAGAGTGA
TGA

QA 7 765 7 765
DS 

RD RR3GR89JQ 802 0 0
CACAAAGAGATATTACTTATATAAAACTTTAGCAGCTTCAAACAGAAACAGGAAAAGTAA
AAGAACTTATTCAAAGATCACCAGAGACATAAACATAGAAAGGACTTCCGATGACAGACT
TAGAACATAAAAAGACAGATATGATAACTTATTAGATTGAATCAAAGAGAAAGATGTCAT
ATGATCATCAGTTGGCGACTGGGATGAAGATTGGGAGGACATGGACTCCAATTTGATGAA
GTAGCTCATTGGCTTTTCCATGAAACCCAACGATCTTGTGGCCTTCCTCTTTGACTTTGA
AAGGTTCGCCAGCTTCAAGACCAAAGGGATTGGATGTTCGTTTATTAGTCTCGAACTTTA
GCATGGTGATGACGGCAGAGTCACTCCCAAAGATTTTATCGACTGTGCCATGAACAACCG
TGATGTATTCATTTGGATAGTCAAGTTCGAACTCTTCGAATCCGAGCAGAGTAGGCTTTC
CACGTTCATCTCCAACAACCACTTCAGAACCATTGACATATTCAAACTTAACCGCTGATA
CACCATCATGGCCTTGACCTACATACACCTTTTTAACACCATGGTGAGCACCATCGTCCC
ATGCAGTCCCTTCATCACTACCAAGTGCCGGTAGCTTCTTGGCAGGGGTCAACGAGGTGG
AACTAGTCAACGGAGCAGAGTAAGCTCCAAGAGAATGGACATAGTCTCCGGCAAACCCAT
GAAAACCAACGATCTTCTTGTCTTGAACTTGGAGAGTGAATGAAGTACCATCGTTGTATC
CAATGACATCAGAAGACTTCTT

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3AD85JQ 875 0 0
CG
CAAAGAGATATTACTTATATAAAACTTTAGCAGGTTCAAACAGAAACAGGAAAAGTAAAA
GAACTTATTCAAAGATCACCAGAGACATAAACATAGAAAGGACTTCCGATGACAGACTTA
GAACATAAAAAGACAGATATGATAACTTATTAGATTGAATCAAAGAGAAAGATGTCATAT
GATCATCAGTTGGCGACTGGGATGGCGATTGGGAGGACATGGACTCCAATTTGATGAAGC
AGCTCATTGGCTTTTCCATGAAACCCAACGATCTTGTGGCCTTCCTCTTTGACTTTGAAA
GGTTCGCCAGCTTCAAGACCAAAGGGATTGGATGTTCGTTTATTAGTCTCGAACTTTAGC
ATGGTGATGACGGCAGAGTCACTCCCAAAGATTTTATCGACTGTGCCATGAACAACCGTG
ATGTATTCATTTGGATAGTCAAGTTCGAACTCTTCGAATCCGAGCAGAGTAGGCTTTCCA
CGTTCATCTCCAACAACCACTTCAGAACCATTGACATATTCAAACTTAACCGCTGATACA
CCATCATGGCCTTGACCTACATACACCTTTTTAACACCATGGTGAGCACCATCGTCCCAT
GCAGTCCCTTCATCACTACCAAGTGCCGGTAGCTTCTTGGCAGGGGTCAACGAGGTGGAA
CTATTCAACGGAGCAAAGTAAGCTCCAAGAGAATGGACATAGTCTCCGGCAAACCCATGA
AAACCAACGATCTTCTTGTCTTGAACTTGGAGAGTGAATGAAGTACCATCGTTGTATCCA
ATGACATCAGAAGACTTCTTGTTGGAGTTGAACTTAAGCCCTTGAATGAGACCGTCAGGA
TTATACCAACCTTCTACAGAAACTAGATGCTCC

QA 3 875 3 875
DS 

RD RR3A127TF 797 0 0
GCTC
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GAGTCACTCCCAAAGATTT*ATCGACTGTGCCATGAACAACCGTGATGTATTCATTTGGA
TAGTCAAGTTCGAACTCTTCGAATCCGAGCAGAGTAGGCTTTCCACGTTCATCTCCAACA
ACCACTTCAGAACCATTGACATATTCAAACTTAACCGCTGATACACCATCATGGCCTTGA
CCTACATACACCTTTTTAACACCATGGTGAGCACCATCGTCCCATGCAGTCCCTTCATCA
CTACCAAGTGCCGGTAGCTTCTTGGCAGGGGTCAACGAGGTGGAACTATTCAACGGAGCA
AAGTAAGCTCCAAGAGAATGGACATAGTCTCCGGCAAACCCATGAAAACCAACGATCTTC
TTGTCTTGAACTTGGAGAGTGAATGAAGTACCATCGTTGTATCCAATGACATCAGAAGAC
TTCTTGTTGGAGTTGAACTTAAGCCCTTGAATGAGACCGTCAGGATTATACCAACCTTCT
ACAGAAACTAGATGCTCCTCAGGATGGTTAATCACAAAAGGATCAGCTGGAATACTACGG
CCTTTGATACCGCGAAGAGGGGCCTCTTCGGTTTGTCCGTTCTTGACATAATCGAACTTA
ACGTATTGAATGCCGATTCCACCTGCTCCGGCCTGAATCTTGGTCACTGCATCGTGTTCG
GATCCATCGTCCCATTGGTTGCCTCCTTTCCCTCCTTGTGCATCCACCTTTTGGGCCATC
TTTGTTTGCTGTT

QA 5 797 5 797
DS 

RD RR3BI10TF 776 0 0
AGATTTTATCGACTGTGCCATGAACAACCGTGATGTATTCATTTGGATAGTCAAGTTCGA
ACTCTTCGAATCCGAGCAGAGTAGGCTTTCCACGTTCATCTCCAACAACCACTTCAGAAC
CATTGACATATTCAAACTTAACCGCTGATACACCATCATGGCCTTGACCTACATACACCT
TTTTAACACCATGGTGAGCACCATCGTCCCATGCAGTCCCTTCATCACTACCAAGTGCCG
GTAGCTTCTTGGCAGGGGTCAACGAGGTGGAACTAGTCAACGGAGCAAAGTAAGCTCCAA
GAGAATGGACATAGTCTCCGGCAAACCCATGAAAACCAACGATCTTCTTGTCTTGAACTT
GGAGAGTGAATGAAGTACCATCGTTGTATCCAATGACATCAGAAGACTTCTTGTTGGAGT
TGAACTTAAGCCCTTGAATGAGACCGTCAGGATTATACCAACCTTCTACAGAAACTAGAT
GCTCCTCAGGATGGTTAATCACAAAAGGATCAGCTGGAATACTACGGCCTTTGATACCGC
GAAGAGGGGCCTCTTCGGTTTGTCCGTTCTTGACATAATCGAACTTAACGTATTGAATGC
CGATTCCACCTGCTCCGACCTGAATCTTGGTCACTGCATCGTGTTCGGATCCATCGTCCC
ATTGGTTGCCTCCTTTCCCTCCTTGTGCATCCACCTTTTGGGCCATCTTTGTTTGCTGTT
AGATCAATCTTACAAATTACCTTTAAAAGTATTGTATATTGTGATCGGTGCTATCC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3AD85TF 657 0 0
CATTGACATATTCAAACTTAACCGCTGATACACCATCATGGCCTTGACCTACATACACCT
TTTTAACACCATGGTGAGCACCATCGTCCCATGCAGTCCCTTCATCACTACCAAGTGCCG
GTAGCTTCTTGGCAGGGGTCAACGAGGTGGAACTATTCAACGGAGCAAAGTAAGCTCCAA
GAGAATGGACATAGTCTCCGGCAAACCCATGAAAACCAACGATCTTCTTGTCTTGAACTT
GGAGAGTGAATGAAGTACCATCGTTGTATCCAATGACATCAGAAGACTTCTTGTTGGAGT
TGAACTTAAGCCCTTGAATGAGACCGTCAGGATTATACCAACCTTCTACAGAAACTAGAT
GCTCCTCAGGATGGTTAATCACAAAAGGATCAGCTGGAATACTACGGCCTTTGATACCGC
GAAGAGGGGCCTCTTCGGTTTGTCCGTTCTTGACATAATCGAACTTAACGTATTGAATGC
CGATTCCACCTGCTCCGACCTGGATCTTGGTCACTGCATCGTGTTCGGATCCATCGTCCC
ATTGGTTGCCTCCTTTCCCTCCTTGTGCATCCACCTTTTGGGCCATCTTTGTTTGCTGTT
AGATCAATCTTACAAATTACCTTTAAAAGTATAGTATATTGTGATCGGTGCTATCCC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 8

CO CL560Contig1 1377 8 24 U
TTTTTTTTTCCAGCTTAGATTGAATCAACAGAAGAACCATTGTTATGTACAACAAAACTA
ATCATCATTACTATATACATTACATATACATGAAGGACTAAACCAACAATCAGAGAGAGG
ACTAATCAGCTTCCCCATCCAACCATGGTTCCAGGGCGAGAAAACGCGAGCCCTCGATCA
TACATCCGTTGAATCTCTTCTCTGTATTCAGGCAGAGACTCATCAGGAATTGGTGGAGTC
AGCTCCACCACATCACCCATCTTCAGCTCCCACTTGAGGTCGCTTACAGGCCTCTGGTTC
AGCCTTGGCCTTAGCTCTTCCTTCGCTGGTATTCCATACATGGACCACCTCGAGCTCCCT
GGCCCCGCCCTGCTCAGCAGATCCGAGACTGTTGAACTCGCTGGAAACTCTTGCACAGAC
ATCTTGTCATTTTCGATTACAATGACATAGACTGGCCCGTCCTGGCTACTGTTAGGCTTG
TAAGAAGAAGCAGGGCAGTCCTCGGCGTGAGAGGGAAACTTGCAAGGGGGTTTGATGGAG
TCAGAAGAACAAATGGAAGTTCGGTCTTTGCTCATTGTTTCGCAGTGCAACGTCACAACC
CATCGAGCCCATTCAACCATCTGAAGTACAAACGAAGAGTATTTGCAGTCACCTTCCTTG
TACCTCCAGTGAGCTGCAAACCCATACTCAGCTTGCAAATGCATCTCTTGTGTACGTATT
TGAACCTCAAGTGGAACCGTTCCATCGTCCATCACTACCGTGTGCAAAGATTGATACCCA
TTGAACTTGGGATGAGTTATGTAATCCTTGAGCTTCCCAGGAACTTCAGACCATAAACTA
TGAACTACTCCTAAGGCCTTGTAACAATCTCCTTCGTTGTTAACAATCAAACGTAAACCA
TGAATGTCGTGAATTTCATCAACTGTTAGCTTTTTCTTCAACATCTTGCAGTAAATACTA
TACAAGCTCTTGTGCCGACCACATAGAAGTCGACAGATTGAAATCAGAAGCGGCGATCTG
GTGCGGCGTGGAGCACACGCTGCTAGGTGGACTAGCGCAAATTGCTATACTCACCATTGG
AAGAAGCTTTTTGTTTTGATTTTTCAGAGATCAAAAGGAACCAAGACCAAATGAATAAAG
AATTATCCTGAAATTAATTTTTGCAAAATTCCCCTGGAAAACGTCGGTTTATCGGGGAAT
CTTAAAGTCACCTTTTTTCTATGGAAACAGAAAAAGGATTACTCCTAACACGAAACCCCT
CGAGATAATTCGAGGAACACCGAAGATTTACTTACTGTGTTGTTGTTCTAGAATTAATTT
TATATTTAAGAAAAAAAAATTGTACTTTAAGATTTGAAGAAGAGATCAGATATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AM69JQ U 10
AF RR3D589TF C 1
AF RR3FO58JQ U 27
AF RR3FO58TF C 32
AF RR3BY31JQ U 10
AF RR3FI85JQ U 46
AF RR3FI85TF C 257
AF RR3AM69TF C 658
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BS 401 489 RR3FO58JQ
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BS 687 687 RR3FI85JQ
BS 688 745 RR3BY31JQ
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BS 829 1377 RR3AM69TF

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ACTATATACATTACATATACATGAAGGACTAAACAAACAATCAGAGAGAGGACTAATCAG
CTTCCCCATCCAACCATGGTTCCAGGGCGAGAAAACGCGAGCCCTCGATCATACATCCGT
TGAATCTCTTCTCTGTATTCAGG

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DS 

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ATCATCATTACTATATACATTACGTATACATGAAGGACTAAACCAACAATCAGAGAGAGG
ACTAATCAGCTTCCCCATCCAACCATGGTTCCAGGGCGAGAAAACGCGAGCCCTCGATCA
TACATCCGTTGAATCTCTTCTCTGTATTCAGGCAGAGACTCATCAGGAATTGGTGGAGTC
AGCTCCACCACATCACCCATCTTCAGCTCCCACTTGAGGTCGCTTACAGGCCTCTGGTTC
AGCCTTGGCCTTAGCTCTTCCTTCGCTGGTATTCCATACATGGACCACCTCGAGCTCCCT
GGCCCCGCCCTGCTCAGCAGATCCGAGACTGTTGAACTCGCTGGAAACTCTTGCACAGAC
ATCTTGTCATTTTCGATTACAATGACATAGACTGGCCCGTCCTGGCTACTGTTAGGCTTG
TAAGAAGAAGCA

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR3FO58JQ 463 0 0
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TACATGAAGGACTAAACCAACAATCAGAGAGAGGACTAATCAGCTTCCCCATCCAACCAT
GGTTCCAGGGCGAGAAAACGCGAGCCCTCGATCATACATCCGTTGAATCTCTTCTCTGTA
TTCAGGCAAAGACTCATCAGGAATTGGTGGAGTCAGCTCCACCACATCACCCATCTTCAG
CTCCCACTTGAGGTCGCTTACAGGCCTCTGGTTCAGCCTTGGCCTTAGCTCTTCCTTCGC
TGGTATTCCATACATGGACCACCTCGAGCTCCCTGGCCCCGCCCTGCTCAGCAGATCCGA
GACTGTTGAACTCCCTGGAAACTCTTGCACAGACATCTTGTCATTTTCGATTACAATGAC
ATAGACTGGCCCGTCCTGGCTACTGTTAGGCTTGTAAGAAGAA

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR3FO58TF 677 0 0
AAGAACCATTGTTATGTACAACAAAACTAATCATCATTACTATATACATTACATATACAT
GAAGGACTAAACCAACAATCAGAGAGAGGACTAATCAGCTTCCCCATCCAACCATGGTTC
CAGGGCGAGAAAACGCGAGCCCTCGATCATACATCCGTTGAATCTCTTCTCTGTATTCAG
GCAGAGACTCATCAGGAATTGGTGGAGTCAGCTCCACCACATCACCCATCTTCAGCTCCC
ACTTGAGGTCGCTTACAGGCCTCTGGTTCAGCCTTGGCCTTAGCTCTTCCTTCGCTGGTA
TTCCATACATGGACCACCTCGAGCTCCCTGGCCCCGCCCTGCTCAGCAGATCCGAGACTG
TTGAACTCGCTGGAAACTCTTGCACAGACATCTTGTCATTTTCGATTACAATGACATAGA
CTGGCCCGTCCTGGCTACTGTTAGGCTTGTAAGAAGAAGCAGGGCAGTCCTCGGCGTGAG
AGGGAAACTTGCAAGGGGGTTTGATGGAGTCAGAAGAACAAATGGAAGTTCGGTCTTTGC
TCATTGTTTCGCAGTGCCACGTCACAACCCATCGAGCCCATTCAACCATCTGAAGTACAA
ACGAAGAGTATTTGCAGTCACCTTCCTTGTACCTCCAGTGAGCTGCAAACCCATACTCAG
CTTGCAAATGCATCTC
C

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3BY31JQ 736 0 0
CCAGCTTAGATTGAATCAACAGAAGAACCATTGTTATGTACAACAAAACTAATCATCATT
ACTATATACATTACATATACATGAAGGACTAAACCAACAATCAGAGAGAGGACTAATCAG
CTTCCCCATCCAACCATGGTTCCAGGGCGAGAAAACGCGAGCCCTCGATCATACATCCGT
TGAATCTCTTCTCTGTATTCAGGCAGAGACTCATCAGGAATTGGTGGAGTCAGCTCCACC
ACATCACCCATCTTCAGCTCCCACTTGAGGTCGCTTACAGGCCTCTGGCTCACCCTTGGC
CTCAGCTCTTCCTTCGCTGGTATTCCATACATGGACCACCTCGAGCTCCCTGGCCCCGCC
CTGCTCAGCAGATCCGAGACTGTTGAACTCGCTGGAAACTCTTGCACAGACATCTTGTCA
TTTTCGATTACAATGACATAGACTGGCCCGTCCTGGCTACTGTTAGGCTTGTAAGAAGAA
GCAGGGCAGTCCTCGGCGTGAGAGGGAAACTTGCAAGGGGGTTTAATGGAGTCAGAAGAA
CAAATGGAAGTTCGGTCTTTGCTCATTGTTTCGCAGTGCCACGTTACAACCCATCGAGCC
CATTCAACCATCTGAAGTACAAACGAAGAGTATTTGCAGTCACCTTCCTTGTACCTCCGG
TGAGCTGCAAACCCATATTCAGCTTGCAAATGCATCTCTTGTGTACGTATTTGAACCTCA
AGTGGAACCGTTCCAT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3FI85JQ 784 0 0
A
GTACAACAAAACTAATCATCATTACTATATACATTACATATACATGAAGGACTAAACCAA
CAATCAGAGAGAGGACTAATCAGCTTCCCAATCCGACCATGGTTCCAGGGCGAGAAAACG
CGAGCCCTCGATCATACATCCGTTGAATCTCTTCTCTGTATTCAGGCAGAGACTCATCAG
GAATTGGTGGAGTCAGCTCCACCACATCACCCATCTTCAGCTCCCACTTGAGGTCGCTTA
CAGGCCTCTGGTTCAGCCTTGGCCTTAGCTCTTCCTTCGCTGGTATTCCATACATGGACC
ACCTCGAGCTCCCTGGCCCCGCCCTGCTCAGCAGATCCGAGACTGTTGAACTCGCTGGAA
ACTCTTGCACAGACATCTTGTCATTTTCGATTACAATGACATAGACTGGCCCGTCCTGGC
TACTGTTAGGCTTGTAAGAAGAAGCAGGGCAGTCCTCGGCGTGAGAGGGAAACTTGCAAG
GGGGTTTGATGGAGTCAGAAGAACAAATGGAAGTTCGGTCTTTGCTCATTGTTTCGCAGT
GCAACGTCACAACCCATCGAGCCCATTCAACCATCTGAAGTACAAACGAAGAGTATTTGC
AGTCACCTTCCTTGTACCTCCAGTGAGCTGCAAACCCATACTCAGCTTGCAAATGCATCT
CTTGTGTACGTATTTGGACTTCAAGTGGAACCGTTCCATCGTCCATCACTACCGTGTGCA
AAGATTGATACCCATTGAACTTGGGATGAGTTATGTAATCCTTGAGCTTCCCAGGAACTT
CA
C

QA 2 783 2 783
DS 

RD RR3FI85TF 573 0 0
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CTTCCTTCGCTGGTATTCCATACATGGACCACCTCGAGCTCCCTGGCCCCGCCCTGCTCA
GCAGATCCGAGACTGTTGAACTCGCTGGAAACTCTTGCACAGACATCTTGTCATTTTCGA
TTACAATGACATAGACTGGCCCGTCCTGGCTACTGTTAGGCTTGTAAGAAGAAGCAGGGC
AGTCCTCGGCGTGAGAGGGAAACTTGCAAGGGGGTTTGATGGAGTCAGAAGAACAAATGG
AAGTTCGGTCTTTGCTCATTGTTTCGCAGTGCAACGTCACAACCCATCGAGCCCATTCAA
CCATCTGAAGTACAAACGAAGAGTATTTGCAGTCACCTTCCTTGTACCTCCAGTGAGCTG
CAAACCCATACTCAGCTTGCAAATGCATCTCTTGTGTACGTATTTGGACTTCAAGTGGAA
CCGTTCCATCGTCCATCACTACCGTGTGCAAAGATTGATACCCATTGAACTTGGGATGAG
TTATGTAATCCTTGAGCTTCCCAGGAACTTCA
C

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DS 

RD RR3AM69TF 720 0 0
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ATTTGAACCTCAAGTGGAACCGTTCCATTGTCCATCACTACCGTGTGCAAAGATTGATAC
CCATTGAACTTGGGATGAGTTATGTAATCCTTGAGCTTCCCAGGAACTTCAGACCATAAA
CTATGAACTACTCCTAAGGCCTTGTAACAATCTCCTTCGTTGTTAACAATCAAACGTAAA
CCATGAATGTCGTGAATTTCATCAACTGTTAGCTTTTTCTTCAACATCTTGCAGTAAATA
CTATACAAGCTCTTGTGCCGACCACATAGAAGTCGACAGATTGAAATCAGAAGCGGCGAT
CTGGTGCGGCGTGGAGCACACGCTGCTAGGTGGACTAGCGCAAATTGCTATACTCACCAT
TGGAAGAAGCTTTTTGTTTTGATTTTTCAGAGATCAAAAGGAACCAAGACCAAATGAATA
AAGAATTATCCTGAAATTAATTTTTGCAAAATTCCCCTGGAAAACGTCGGTTTATCGGGG
AATCTTAAAGTCACCTTTTTTCTATGGAAACAGAAAAAGGATTACTCCTAACACGAAACC
CCTCGAGATAATTCGAGGAACACCGAAGATTTACTTACTGTGTTGTTGTTCTAGAATTAA
TTTTATATTTAAGAAAAAAAAATTGTACTTTAAGATTTGAAGAAGAGATCAGATATTTCC

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DS 



AS 1 8

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GGATCTCTCTCCAATCGCAAGCTGCAAGTGGCAGTGGGTTGCAGAAGAATCTTCCTTCAA
CGTTGTCAACGATGAGTCGTCGTCTTCTCCTTGCTCTCGTTGTTCTTCTTCTTCATCTAT
GCATCCTTTCTGCAGCAGTGGGTGACGAGATCGTGTCGAGATTTCAGGAGTATCTCCGAA
TCGACACGGTTCATCCAAATCCAGATTACTACAAAGCCGTTGACTTTATAAACACTCAGG
CCAAATCACTCTCCCTCGAATCTCAGACGACTGAGTTCGTTAAGGGAAAGCCGCATATCC
TCCTCAAGTGGGTTGGCTCCGACCCAACTCTACCTGCCCTTCTACTCAACTCCCACACCG
ATGTCGTTCCCTTCGAGGAATCCAAGTGGATCCACCACCCACTCCAAGCTCACATGGACA
AGGAGGGAGACATATATGCGAGAGGTTCTCAGGACATGAAGTGCGTTGGGATGCAGTATC
TGGAGGCCATACGCAAGCTCCAGGCTTCTGGCTTTCACCCAATCCGATCCGTCTATCTCT
CCTTCGTCCCCGATGAGGAGATCGGCGGCCACGATGGAGCCGAGAAGTTCACCGAATCTC
ACCTCTTCAAGACCTTGAACGTCGGTATCGTGCTCGACGAAGGTCTGCCATCGCCTAGTA
AGAGTTACAGAGTATTCTATGGAGAGAGGAGTCCCTGGTGGCTTGTGATTAAGGCTAAAG
GACCCCCTGGCCACGGTGCCAAGCTCTATGACAACTCTGCCATGGAGAATCTCCTCAAAA
GTATTGAGAGTATTCGTCGATTCAGAGCTTCCCAATTCGATCTTCTCAAAGCTGGTGGCA
CTGCTGAAGGCGATGTCGTCTCCGTCAACATGGCCTTCCTCAAGGCTGGCACACCCTCCC
CAACTGGTTTCGTGATGAATCTGCAACCTTCTGAGGCTGAAGCTGGTTTCGACATTCGTA
TCCCTCCCACCTTTGATTCTGAATCACTTGAAAGACGTTTGGTGGAGGAATGGGCTCCCG
CCGCACGCAACATGTCCTTTGAGTTCAAGCAGAAGCATTCGGGGGAACCGCTACTTACAG
CAGCAGATGATTCAAATCCTTGGTGGAGGCTCTTGGAAAATGCTGTCAAGGAAGCTGGAG
GTAAAACTAGTAAGCCTGAGATTTTCCCTGCATCAACAGATGCTCGCTACTTCCGGATGG
CTGGCGTTCCCGCGTTTGGCTTCTCTCCCATTTCAAACACCCCTAGTTTGCTTCATGACC
ACAATGAGTATTTGGGTAGAGCTGAGTATCTGAAGGGGATTGACGTGTATGTTTCAATTA
TCAAAGCTTATGCATCATATGAAAGCAAGAGTGGTTCACGAGATGAGTTATAAAAAGGTC
CACTTATAGTTTGCGCATCAAGTCTTTCTGTAACAACAATCAATAAGATCTGAACCCACC
ATGCTGTTGTAAAATCAGACAAAACATGTTATTTTCAACTTTATGTGATGTATCTTTCTG
TTTTTTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A635TF U 1
AF RR3DB73TF U 1
AF RR3G875TF U 294
AF RR3EE85TF U 481
AF RR3FL56JQ C 853
AF RR3FG24TF U 1094
AF RR3A635JQ C 963
AF RR3DB73JQ C 864
BS 1 78 RR3A635TF
BS 79 79 RR3DB73TF
BS 80 158 RR3A635TF
BS 159 159 RR3DB73TF
BS 160 389 RR3A635TF
BS 390 390 RR3DB73TF
BS 391 398 RR3A635TF
BS 399 399 RR3DB73TF
BS 400 621 RR3A635TF
BS 622 637 RR3DB73TF
BS 638 684 RR3G875TF
BS 685 685 RR3EE85TF
BS 686 858 RR3G875TF
BS 859 859 RR3EE85TF
BS 860 884 RR3G875TF
BS 885 885 RR3EE85TF
BS 886 900 RR3G875TF
BS 901 901 RR3EE85TF
BS 902 918 RR3G875TF
BS 919 1119 RR3EE85TF
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CGTTGTCAACGATGAGTCTTCGTCTTCTCCTTGCTCTCGTTGTTCTTCTTCTTCATCTAT
GCATCCTTTCTGCAGCAGTGGGTGACGAGATCGTGTCGGGATTTCAGGAGTATCTCCGAA
TCGACACGGTTCATCCAAATCCAGATTACTACAAAGCCGTTGACTTTATAAACACTCAGG
CCAAATCACTCTCCCTCGAATCTCAGACGACTGAGTTCGTTAAGGGAAAGCCGCATATCC
TCCTCAAGTGGGTTGGCTCCGACCCAACTCTACCTGCCCTTCTACTCAACTCCCACACCG
ATGTCGTTCCCTTCGAGGAATCCAAGTGGGTCCACCACACACTCCAAGCTCACATGGACA
AGGAGGGAGACATATATGCGAGAGGTTCTCAGGACATGAAGTGCGTTGGGATGCAGTATC
TGGAGGCCATACGCAAGCTCCAGGCTTCTGGCTTTCACCCAATCCGATCCGTCTATCTCT
CCTTCGTCCCCGATGAGGAGATCGGCGGCCACGATGGAGCCGAGAAGTTCACCGAATCTC
ACCTCTTCAAGACCTTGAACG

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3DB73TF 637 0 0
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CGTTGTCAACGATGAGTCGTCGTCTTCTCCTTGCTCTCGTTGTTCTTCTTCTTCATCTAT
GCATCCTTTCTGCAGCAGTGGGTGACGAGATCGTGTCGAGATTTCAGGAGTATCTCCGAA
TCGACACGGTTCATCCAAATCCAGATTACTACAAAGCCGTTGACTTTATAAACACTCAGG
CCAAATCACTCTCCCTCGAATCTCAGACGACTGAGTTCGTTAAGGGAAAGCCGCATATCC
TCCTCAAGTGGGTTGGCTCCGACCCAACTCTACCTGCCCTTCTACTCAACTCCCACACCG
ATGTCGTTCCCTTCGAGGAATCCAAGTGGATCCACCACCCACTCCAAGCTCACATGGACA
AGGAGGGAGACATATATGCGAGAGGTTCTCAGGACATGAAGTGCGTTGGGATGCAGTATC
TGGAGGCCATACGCAAGCTCCAGGCTTCTGGCTTTCACCCAATCCGATCCGTCTATCTCT
CCTTCGTCCCCGATGAGGAGATCGGCGGCCACGATGGAGCCGAGAAGTTCACCGAATCTC
ACCTCTTCAAGACCTTGAACGTCGGTATCGTGCTCGA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3G875TF 626 0 0
CATA
TCCTCCTCAAGTGGGTTGGCTCCGACCCAACTCTACCTGCCCTTCTACTCAACTCCCACA
CCGATGTCGTTCCCTTCGAGGAATCCAAGTGGATCCACCACCCACTCCAAGCTCACATGG
ACAAGGAGGGAGACATATATGCGAGAGGTTCTCAGGACATGAAGTGCGTTGGGATGCAGT
ATCTGGAGGCCATACGCAAGCTCCAGGCTTCTGGCTTTCACCCAATCCGATCCGTCTATC
TCTCCTTCGTCCCCGATGAGGAGATCGGCGGCCACGATGGAGCCGAGAAGTTCACCGAAT
CTCACCTCTTCAAGACCTTGAACGTCGGTATCGTGCTCGACGAAGGTCTGCCATCGCCTA
GTAAGAGTTACAGAGTATTCTATGGAGGGAGGAGTCCCTGGTGGCTTGTGATTAAGGCTA
AAGGACCCCCTGGCCACGGTGCCAAGCTCTATGACAACTCTGCCATGGAGAATCTCCTCA
AAAGTATTGAGAGTATTCGTCGATTCAGAGCTTCCCAATTCGATCTTCTCAAAGCTGGTG
GCACTGCTGAAGGCGATGTCGCCTCCGTCAACATGGCCTTCCTCAAG*CTGGCACACCCT
CCC*AACTGGTTTCGTGATGA
T

QA 5 625 5 625
DS 

RD RR3EE85TF 645 0 0
G
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CTTCGTCCCCGATGAGGAGATCGGCGGCCACGATGGAGCCGAGAAGTTCACCGAATCTCA
CCTCTTCAAGACCTTGAACGTCGGTATCGTGCTCGACGAAGGTCTGCCATCGCCTAGTAA
GAGTTACAGAGTATTCTATGGAGAGAGGGGTCCCTGGTGGCTTGTGATTAAGGCTAAAGG
ACCCCCTGGCCACGGTGCCAAGCTCTATGACAACTCTGCCATGGAGAATCTCCTCAAAAG
TATTGAGAGTATTCGTCGATTCGGAGCTTCCCAATTCGATCTTCTCAAAGCTGGTGGCAC
TGCTGAAGGCGATGTCGTCTCCGTCAACATGGCCTTCCTCAAGGCTGGCACACCCTCCCC
AACTGGTTTCGTGATGAATCTGCAACCTTCTGAGGCTGAAGCTGGTTTCGACATTCGTAT
CCCTCCCACCTTTGATTCTGAATCACTTGAAAGACGTTTGGTGGAGGAATGGGCTCCCGC
CGCACGCAACATGTCCTTTGAGTTCAAGCAGAAGCATTCGGGGGAACCGCTACTTACAGC
AGCAGATGATTCAAATCCTTGGTGGAGGCTCTTGGAAA
TGCTGT

QA 2 639 2 639
DS 

RD RR3FL56JQ 649 0 0
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TGATGAATCTGCAACCTTCTGAGGCTGAAGCTGGTTTCGACATTCGTATCCCTCCCACCT
TTGATTCTGAATCACTTGAAAGACGTTTGGTGGAGGAATGGGCTCCCGCCGCACGCAACA
TGTCCTTTGAGTTCAAGCAGAAGCATTCGGGGGAACCGCTACTTACAGCAGCAGATGATT
CAAATCCTTGGTGGAGGCTCTTGGAAAATGCTGTCAAGGAAGCTGGAGGTAAAACTAGTA
AGCCTGAGATTTTCCCTGCATCAACAGATGCTCGCTACTTCCGGATGGCTGGCGTTCCCG
CGTTTGGCTTCTCTCCCATTTCAAACACCCCTAGTTTGCTTCATGACCACAATGAGTATT
TGGGTAGAGCTGAGTATCTGAAGGGGATTGACGTGTATGTTTCAATTATCAAAGCTTATG
CATCATATGAAAGCAAGAGTGGTTCACGAGATGAGTTATAAAAAGGTCCACTTATAGTTT
GCGCATCAAGTCTTTCTGTAACAACAATCAATAAGATCTGAACCCACCATGCTGTTGTAA
AATCAGACAAAACATGTTATTTTCAACTTTATGTGATGTATCTTTCTG
C

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3FG24TF 409 0 0
G
AATCCTTGGTGGAGGCTCTTGGAAAATGCTGTCAAGGAAGCTGGAGGTAAAACTAGTAAG
CCTGAGATTTTCCCTGCATCAACAGATGCTCGCTACTTCCGGATGGCTGGCGTTCCCGCG
TTTGGCTTCTCTCCCATTTCAAACACCCCTAGTTTGCTTCATGACCACAATGAGTATTTG
GGTAGATCTGAGTATCTGAAGGGGATTGACGTGTATGTTTCAATTATCAAAGCTTATGCA
TCATATGAAAGCAAGAGTGGTTCACGAGATGAGTTATAAAAAGGTCCACTTATAGTTTGC
GCATCAAGTCTTTCTGTAACAACAATCAATAAGATCTGAACCCACCATGCTGTTGTAAAA
TCAGACAAAACATGTTATTTTCAACTTTATGTGATGTATCTTTCTG
TT

QA 2 407 2 407
DS 

RD RR3A635JQ 540 0 0
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GCACGCAACATGTCCTTTGAGTTCAAGCAGAAGCATTCGGGGGAACCGCTACCTACAGCA
GCAGATGATTCAAATCCTTGGTGGAGGCTCTTGGAAAATGCTGTCAAGGAAGCTGGAGGT
AAAACTAGTAAGCCTGAGATTTTCCCTGCATCAACAGATGCTCGCTACTTCCGGATGGCT
GGCGTTCCCGCGTTTGGCTTCCCTCCCATTTCAAACACCCCTAGTTTGCTTCATGACCAC
AATGAGTATTTGGGTAGAGCTGAGTATTTGAAGGGGATTGACGTGTATGTTTCAATTATC
AAAGCTTATGCATCATATGAAAGCAAGAGTGGTTCACGAGATGAGTTATAAAAAGGTCCA
TTTATAGTTTGCGCATCAAGTCTTTCTGTAACAACAATCAATAAGATCTGAACCCACCAT
GCTGTTGTAAAATCAGACAAAACATGTTATTTTCAACTTTATGTGATGTATCTTTCTG
TT

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DS 

RD RR3DB73JQ 645 0 0
GTCAACATGGCCTTCCTCAAGGCTGGCACACCCTCCCCAACTGGTTTCGTGATGAATCTG
CAACCTTCTGAGGCTGAAGCTGGTTTCGACATTCGTATCCCTCCCACCTTTGATTCTGAA
TCACTTGAAAGACGTTTGGTGGAGGAATGGGCTCCCGCCGCACGCAACATGTCCTTTGAG
TTCAAGCAGAAGCATTCGGGGGAACCGCTACTTACAGCAGCAGATGATTTAAATCCTTGG
TGGAGGCTCTTGGAAAATGCTGTCAAGGAAGCTGGAGGTAAAACTAGTAAGCCTGAGATT
TTCCCTGCATCAACAGATGCTCGCTACTTCCGGATGGCTGGCGTTCCCGCGTTTGGCTTC
TCTCCCATTTCAAACACCCCTAGTTTGCTTCATGACCACAATGAGTATTTGGGTAGAGCT
GAGTATCTGAAGGGAATTGACGTGTATGTTTCAATTATCAAAGCTTATGCATCATATGAA
AGCAAGAGTGGTTCACGAGATGAGTTATAAAAAGGTCCACTTATAGTTTGCGCATCAAGT
CTTTCTGTAACAACAATCAATAAGATCTGAACCCACCATGCTGTTGTAAAATCAGACAAA
ACATGTTATTTTCAACTTTATGTGATGTATCTTTCTGTTTTTTTT

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 8

CO CL562Contig1 972 8 4 U
GAGGAAATCAAAAGACAGCAGCAGAGGAGAGAAACACAAACAAACATGGCGGTTCTCTGT
TCGTCTTCAACAGTTATACTCCCTTCGGTGAAAACCTCTGGTGGTAACAGAAGGTCTCCG
TTTCTAGGCTTCTCTCTAGCTGCTATCTCGAAACCGTCGGTGCGAGTCGGCATTTACGCG
AACACGAAGAGGGGATTGCAGGTGAAGTGCGAAGCGGAGGAGCAGGGTACTACTGCTACT
ACTTCCTCCCTTGTTCCGGCGAATCAACGGTGGATGTTCGACGAAGAAGAAGCTAATGGC
CCTGACATTTGGAACACAACATGGTATCCAAAGGCTTCAGACCATGTGAACACGGACAAG
CCTTGGTATGTTGTCGATGCAACTGACAAGATTCTCGGTAGATTGGCATCCACCATTGCT
AATCACATCCGTGGGAAGAACCTTGCCTCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTT
GTGATTGTGGTGAATGCTGAGAAAGTTGCTGTGTCTGGAAAGAAGAGGAACCAGAAGCTT
TACAGGAGGCATTCGGGACGACCTGGTGGTATGACAGTGGAAACTTTTGATCAGTTGCAG
CAGAGGATCCCTGAAAGAATCATTGAGCACGCTGTTCGTGGAATGCTTCCAAAGGGACGG
CTTGGGAGAGCGCTGTTCAATCACCTGAAAGTGTACAAAGGCCCAGAGCATCCTCATGAG
GCGCAGAAGCCGCTTGATCTGCCCATCAGGGACAAGAGAATACAGCTGCAGAAATAGAAA
CACCATGGAATATCTCTACTAAGCTACCATTATCGCCAAGCTCATAAGAGTTTTTTTCTT
CTTCTCCGGTTTCTCTAGTTTCACATCTCAAAATCAGAGGAGACTTTGCAGATTCTTGTT
TCTATTACTTGCTTCTATCAACTCTATGCTTTAAAACCTTTGTAATGTGAAATAATCTTC
TATCCAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CR48TF U 1
AF RR3FO20TF U 60
AF RR3B936TF U 15
AF RR3AF05TF U 189
AF RR3E458JQ C 310
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AF RR3E458TF U 310
BS 1 655 RR3CR48TF
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BS 697 963 RR3AF05TF
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RD RR3CR48TF 655 0 0
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TCGTCTTCAACAGTTATACTCCCTTCGGTGAAAACCTCTGGTGGTAACAGAAGGTCTCCG
TTTCTAGGCTTCTCTCTAGCTGCTATCTCGAAACCGTCGGTGCGAGTCGGCATTTACGCG
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ACTTCCTCCCTTGTTCCGGCGAATCAACGGTGGATGTTCGACGAAGAAGAAGCTAATGGC
CCTGACATTTGGAACACAACATGGTATCCAAAGGCTTCAGACCATGTGAACACGGACAAG
CCTTGGTATGTTGTCGATGCAACTGACAAGATTCTCGGTAGATTGGCATCCACCATTGCT
AATCACATCCGTGGGAAGAACCTTGCCTCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTT
GTGATTGTGGTGAATGCTGAGAAAGTTGCTGTGTCTGGAAAGAAGAGGAACCAGAAGCTT
TACAGGAGGCATTCGGGACGACCTGGTGGTATGACAGTGGAAACTTTTGATCAGTTGCAG
CAGAGGATCCCTGAAAGAATCATTGAGCACGCTGTTCGTGGAATGCTTCCAAAGG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3FO20TF 589 0 0
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GTTTCTAGGCTTCTCTCTAGCTGCTATCTCGAAACCGTCGGTGCGAGTCGGCATTTACGC
GAACACGAAGAGGGGATTGCAGGTGAAGTGCGAAGCGGAGGAGCAGGGGACTACTGCTAC
TACTACTTCCCTTGTTCCGGCGAATCAACGGTGGATGTTCGACGAAGAAGAAGCTAATGG
CCCTGACATTTGGAACACAACGTGGTACCCAAAGGCTTCGGACCATGTGAACACGGACAA
GCCTTGGTATGTTGTCGATGCAACAGACAAGATTCTCGGTAGATTGGCATCCACCATTGC
TAACCACATCCGTGGGAAGAACCTTGCCTCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTT
TGTGATTGTGGTGAATGCTGAGAAAGTTGCTGTGTCTGGAAAGAAGAGGAACCAGAAGCT
TTACAGGAGGCATTCGGGACGACCTGGTGGTATGACAGTGGAAACTTTTGATCAGTTGCA
GCAGAGGATCCCTGAAAGAATCATTGAGCACGCTGTTCGTGGAATGCTT

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3B936TF 682 0 0
GG
AGCAGCAGAGGAGAGAAACACAAACAAACATGGCGGTTCTCTGTTCGTCTTCAACAGTTA
TACTCCCTTCGGTGAAAACCTCTGGTGGTAACAGAAGGTCTCCGTTTCTAGGCTTCTCTC
TAGCTGCTATCTCGAAACCGTCGGTGCGAGTCGGCATTTACGCGAACACGAAGAGGGGAT
TGCAGGTGAAGTGCGAAGCGGAGGAGCAGGGTACTACTGCTACTACTTCCTCCCTTGTTC
CGGCGAATCAACGGTGGATGTTCGACGAAGAAGAAGCTAATGGCCCTGACATTTGGAACA
CAACATGGTATCCAAAGGCTTCAGACCATGTGAACACGGACAAGCCTTGGTATGTTGTCG
ATGCAACTGACAAGATTCTCGGTAGATTGGCATCCACCATTGCTAATCACATCCGTGGGA
AGAACCTTGCCTCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTTGTGATTGTGGTGAATG
CTGAGAAAGTTGCTGTGTCTGGAAAGAAGAGGAACCAGAAGCTTTACAGGAGGCATTCGG
GACGACCTGGTGGTATGACAGTGGAAACTTTTGATCAGTTGCAGCAGAGGATCCCTGAAA
GAATCATTGAGCACGCTGTTCGTGGAATGCTTCCAAAGGGACGGCTTGGGAGAGCGCTGT
TCAATCACCTGAAAGTGTAC

QA 3 682 3 682
DS 

RD RR3AF05TF 781 0 0
GAGGGGATTGCAGGTGAAGTGCGAAGCGGAGGAGCAGGGTACTACTGCTACTACTTCCTC
CCTTGTTCCGGCGAATCAACGGTGGATGTTCGACGAAGAAGAAGCTAATGGCCCTGACAT
TTGGAACACAACATGGTATCCAAAGGCTTCAGACCATGTGAACACGGACAAGCCTTGGTA
TGTTGTCGATGCAACTGACAAGATTCTCGGTAGATTGGCATCCACCATTGCTAATCACAT
CCGTGGGAAGAACCTTGCCTCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTTGTGATTGT
GGTGAATGCTGAGAAAGTTGCTGTGTCTGGAAAGAAGAGGAACCAGAAGCTTTACAGGAG
GCATTCGGGACGACCTGGTGGTATGACAGTGGAAACTTTTGATCAGTTGCAGCAGAGGAT
CCCTGAAAGAATCATTGAGCACGCTGTTCGTGGAATGCTTCCAAAGGGACGGCTTGGGAG
AGCGCTGTTCAATCACCTGAAAGTGTACAAAGGCCCAGAGCATCCTCATGAGGCGCAGAA
GCCGCTTGATCTGCCCATCAGGGACAAGAGAATACAGCTGCAGAAATAGAAACACCATGG
AATATCTCTACTAAGCTACCATTATCGCCAAGCTCATAAGAGTTTTTTTCTTCTTCTCCG
GTTTCTCTAGTTTCACATCTCAAAATCAGAGGAGACTTTGCAGATTCTTGTTTCTATTAC
TTGCTTCTATCAACTCTATGCTTTAAAACCTTTGTAATGTGAAATAATCTTCTAT
TCAGAT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3E458JQ 656 0 0
G
GGAACACAACATGGTATCCAAAGGCTTCAGACCATGTGAACACGGACAAGCCTTGGTATG
TTGTCGATGCAACTGACAAGATTCTCGGTAGATTGGCATCCACCATTGCTAATCACATCC
GTGGGAAGAACCTTGCCTCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTTGTGATTGTGG
TGAATGCTGAGAAAGTTGCTGTGTCTGGAAAGAAGAGGAACCAGAAGCTTTACAGGAGGC
ATTCGGGATGACCTGGTGGTATGACAGTGGAAACTTTTGATCAGTTGCAGCAG*GGATCC
CTGAAAGAATCATTGAGCACGCTGTTCGTGGAATGCTTCCAAAGGGACGGCTTGGGAGAG
CGCTGTTCAATCACCTGAAAGTGTACAAAGGCCCAGAGCATCCTCATGAGGCGCAGAAGC
CGCTTGATCTGCCCATCAGGGACAAGAGAATACAGCTGCAGAAATAGAAACACCATGGAA
TATCTCTACTAAGCTACCATTATCGCCAAGCTCATAAGAGTTTTTTTCTTCTTCTCCGGT
TTCTCTAGTTTCACATCTCAAAATCAGAGGAGACTTTGCAGATTCTTGTTTCTATTACTT
GCTTCTATCAACTCTATGCTTTAAAACCTTTGTAATGTGAAATAATCTTCTAT
CC

QA 2 654 2 654
DS 

RD RR3CR48JQ 699 0 0
ACGGTGGATGTTCGACGAAGAAGAAGCTAATGGCCCTGACATTTGGAACACAACATGGTA
TCCAAAGGCTTCAGACCATGTGAACACGGACAAGCCTTGGTATGTTGTCGATGCAACTGA
CAAGATTCTCGGTAGATTGGCATCCACCATTGCTAATCACATCCGTGGGAAGAACCTTGC
CTCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTTGTGATTGTGGTGAATGCTGAGAAAGT
TGCTGTGTCTGGAAAGAAGAGGAACCAGAAGCTTTACAGGAGGCATTCGGGACGACCTGG
TGGTATGACAGTGGAAACTTTTGATCAGTTGCAGCAGAGGATCCCTGAAAGAATCATTGA
GCACGCTGTTCGTGGAATGCTTCCAAAGGGACGGCTTGGGAGAGCGCTGTTCAATCACCT
GAAAGTGTACAAAGGCCCAGAGCATCCTCACGAGGCGCAGAAGCCGCTTGATCTGCCCAT
CAGGGACAAGAGAATACAGCTGCAGAAATAGAAACACCATGGAATATCTCTACTAAGCTA
CCATTATCGCCAAGCTCATAAGAGTTTTTTTCTTCTTCTCCGGTTTCTCTAGTTTCACAT
CTCAAAATCAGAGGAGACTTTGCAGATTCTTGTTTCTATTACTTGCTTCTATCAACTCTA
TGCTTTAAAACCTTTGTAATGTGAAATAATCTTCTAT
CC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3B936JQ 774 0 0
GGGATTGCAGGTGAAGTGCGAAGCGGAGGAGCAGGGTACTACTGCTACTACTTCCTCCCT
TGTTCCGGCGAATCAACGGTGGATGTTCGACGAAGAAGAAGCTAATGGCCCTGACATTTG
GAACACAACATGGTATCCAAAGGCTTCAGACCATGTGAACACGGACAAGCCTTGGTATGT
TGTCGATGCAACTGACAAGATTCTCGGTAGATTGGCATCCACCATTGCTAATCACATCCG
TGGGAAGAACCTTGCCTCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTTGTGATTGTGGT
GAATGCTGAGAAAGTTGCTGTGTCTGGAAAGAAGAGGAACCAGAAGCTTTACAGGAGGCA
TTCGGGACGACCTGGTGGTATGACAGTGGAAACTTTTGATCAGTTGCAGCAGAGGATCCC
TGAAAGAATCATTGAGCACGCTGTTCGTGGAATGCTTCCAAAGGGACGGCTTGGGAGAGC
GCTGTTCAATCACCTGAAAGTGTACAAAGGCCCAGAGCATCCTCATGAGGCGCAGAAGCC
GCTTGATCTGCCCATCAGGGACAAGAGAATACAGCTGCAGAAATAGAAACACCATGGAAT
ATCTCTACTAAGCTACCATTATCGCCAAGCTCATAAGAGTTTTTTTCTTCTTCTCCGGTT
TCTCTAGTTTCACATCTCAAAATCAGAGGAGACTTTGCAGATTCTTGTTTCTATTACTTG
CTTCTATCAACTCTATGCTTTAAAACCTTTGTAATGTGAAATAATCTTCTAT
TC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3E458TF 663 0 0
G
GGAACACAACATGGTATCCAAAGGCTTCAGACCATGTGAACACGGACAAGCCTTGGTATG
TTGTCGATGCAACTGACAAGATTCTCGGTAGATTGGCATCCACCATTGCTAATCACATCC
GTGGGAAGAACCTTGCCTCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTTGTGATTGTGG
TGAATGCTGAGAAAGTTGCTGTGTCTGGAAAGAAGAGGAACCAGAAGCTTTACAGGAGGC
ATTCGGGATGACCTGGTGGTATGACAGTGGAAACTTTTGATCAGTTGCAGCAG*GGATCC
CTGAAAGAATCATTGAGCACGCTGTTCGTGGAATGCTTCCAAAGGGACGGCTTGGGAGAG
CGCTGTTCAATCACCTGAAAGTGTACAAAGGCCCAGAGCATCCTCATGAGGCGCAGAAGC
CGCTTGATCTGCCCATCAGGGACAAGAGAATACAGCTGCAGAAATAGAAACACCATGGAA
TATCTCTACTAAGCTACCATTATCGCCAAGCTCATAAGAGTTTTTTTCTTCTTCTCCGGT
TTCTCTAGTTTCACATCTCAAAATCAGAGGAGACTTTGCAGATTCTTGTTTCTATTACTT
GCTTCTATCAACTCTATGCTTTAAA*CCTTTGTAATGTGAAATAATCTTCTATCCAAAAA
AA

QA 2 663 2 663
DS 



AS 1 8

CO CL563Contig1 1207 8 14 U
GGAAAATACATTTCGTCGAGGAGCATTTGTCGAACTGGTTGCCCTCTTCTATCCGTTTTT
GCGAGCAGAGCAGGTTTTTTGTTTTGTTGATGCTTACGGGAGAGAAAGGGAAAGTGGTTT
TCTGATTTGTTTTCATCGGCGGGATTACCACCAGAGATGATGAATGCGTCCGGGTTAACT
CTAGCTACCCCCAAATTTCACATTCGATGGCGTTCGCATCGTTTTGGTACATCTCAGAAA
AGCTCTCAAGCTTTAGCTGTCCGTCGAGATGATGCAGCAGCTTGTCCTCGTCTTGAAAGG
GCTTGTTTAGCACTTTCTACACAAAGAAGCAATGCTTTAATCGTCCGTGCCATGAGTGCT
TCCTTTGGTGATATCTCAGACGATTCTTCTGCTGTTTTCCCTCGGATCAATGTCAAAGAC
CCATACAAACGTCTCGGGATAAGCCGGATGGCATCAGAGGACGAGATTCAAGGCGCGAGG
AACTTTCTCATCCAGCAGTACGCTGGTCACAAACCC*AGTGTCGACGCC*ATCGAGTCAG
CTCACGACAAGATCATCATGCAGAAGTTCCACGAGAGGAAGAACCCC*AAGATCGATATA
AACAAGAAGGTTCGCCAGGTGAGACAGTCCAAAGCTGTGAGCTTTGTTTTCGACAGATTC
CAAACTCCTCCCACCGCTTTCCTTGTCAAAACGGCGGCCACGTTTGCGGTTCTCGGAGCT
CTCACGGTTCTGTTCCCGACGGAAGAAGGACCAACTCTGCAGGTTTTGTTGTCTGCGATA
GCTACGTTTTACTTCATCCACCAGAGGCTGAAGAAGAAGCTCTGGTCTTTCCTTTACGGG
ACTGGTTCTTTCATCTTCTCGTGGCTGATTGGGACTTTCTTGATGGTGTCTGTGATCCCG
CCCTTCATCAAAGGACCAAGAGGTTTCGAAGTCATGTCTTCGCTCTTAAGCTACGTTTTG
CTTTGGGTGGCTTCGAGCTACCTTAGGTAGAGTAGCATTCTAGCTCTTCTCTTCACCCCC
TTTTTGGGTCGCAATAGTATTATTATCTCGGATATGTATGTGGAGAACACACAAAATGAG
AAACTGAGTCATCTTCATGTGGCATAGAGAAAGATACTGTTTTTGTTCTTGAAGAATTGT
TATTTCCATGAGACCTTAGCTCTCTTTGACGGTTCAATATCATAAGTCAAGTCTTCCTTT
GCCGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 

AF RR3BG20TF U 121
AF RR3AF62TF U 1
AF RR3A381TF U 118
AF RR3A844TF U 118
AF RR3BG20JQ C 371
AF RR3D782TF U 811
AF RR3A381JQ C 292
AF RR3A844JQ C 365
BS 1 190 RR3AF62TF
BS 191 191 RR3BG20TF
BS 192 722 RR3AF62TF
BS 723 723 RR3A381TF
BS 724 726 RR3AF62TF
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BS 728 743 RR3AF62TF
BS 744 911 RR3A844TF
BS 912 1108 RR3D782TF
BS 1109 1109 RR3A381JQ
BS 1110 1171 RR3D782TF
BS 1172 1172 RR3A381JQ
BS 1173 1197 RR3D782TF
BS 1198 1207 RR3A381JQ

RD RR3BG20TF 471 0 0
TCTGATTTGTTTTCATCGGCGGGATTACCACCAGAGATGATGAATGCGTCCGGGTTAACT
CTAGCTACCCCCAAATTTCACATTCGATGGCGTTCGCATCGTTTTGGTACATCTCAGAAA
AGCTCTCAAGCTTTAGCTGTCCGTCGAGATGATGCAGCAGCTTGTCCTCGTCTTGAAAGG
GCTTGTTTAGCACTTTCTACACAAAGAAGCAATGCTTTAATCGTCCGTGCCATGAGTGCT
TCCTTTGGTGATATCTCAGACGATTCTTCTGCTGTTTTCCCTCGGATCAATGTCAAAGAC
TCATACAAACGTCTCGGGATAAGCCGGATGGCATCAGAGGACGAGATTCAAGGCGCGAGG
AACTTTCTCATCCAGCAGTACGCTGGTCACAAACCCCAGTGTCGACGCCCATCGAGTCAG
CTCACGACAAGATCATCATGCAGAAGTTC*ACGAGAGGAAGAACCCC
CAAG

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR3AF62TF 743 0 0
GGAAAATACATTTCGTCGAGGAGCATTTGTCGAACTGGTTGCCCTCTTCTATCCGTTTTT
GCGAGCAGAGCAGGTTTTTTGTTTTGTTGATGCTTACGGGAGAGAAAGGGAAAGTGGTTT
TCTGATTTGTTTTCATCGGCGGGATTACCACCAGAGATGATGAATGCGTCCGGGTTAACT
CTAGCTACCCTCAAATTTCACATTCGATGGCGTTCGCATCGTTTTGGTACATCTCAGAAA
AGCTCTCAAGCTTTAGCTGTCCGTCGAGATGATGCAGCAGCTTGTCCTCGTCTTGAAAGG
GCTTGTTTAGCACTTTCTACACAAAGAAGCAATGCTTTAATCGTCCGTGCCATGAGTGCT
TCCTTTGGTGATATCTCAGACGATTCTTCTGCTGTTTTCCCTCGGATCAATGTCAAAGAC
CCATACAAACGTCTCGGGATAAGCCGGATGGCATCAGAGGACGAGATTCAAGGCGCGAGG
AACTTTCTCATCCAGCAGTACGCTGGTCACAAACCC*AGTGTCGACGCC*ATCGAGTCAG
CTCACGACAAGATCATCATGCAGAAGTTCCACGAGAGGAAGAACCCC*AAGATCGATATA
AACAAGAAGGTTCGCCAGGTGAGACAGTCCAAAGCTGTGAGCTTTGTTTTCGACAGATTC
CAAACTCCTCCCACCGCTTTCCTTGTCAAAACGGCGGCCACGTTTGCGGTTCTCGGAGCT
CTTACG*TTCTGTTCCCGACGGA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3A381TF 624 0 0
TTTTCTGATTTGTTTTCATCGGCG*************AGATGATGAATGCGTCCGGGTTA
ACTCTAGCTACCCCCAAATTTCACATTCGATGGCGTTCGCATCGTTTTGGTACATCTCAG
AAAAGCTCTCAAGCTTTAGCTGTCCGTCGAGATGATGCAGCAGCTTGTCCTCGTCTTGAA
AGGGCTTGTTTAGCACTTTCTACACAAAGAAGCAATGCTTTAATCGTCCGTGCCATGAGT
GCTTCCTTTGGTGATATCTCAGACGATTCTTCTGCTGTTTTCCCTCGGATCAATGTCAAA
GACCCATACAAACGTCTCGGGATAAGCCGGATGGCATCAGAGGACGAGATTCAAGGCGCG
AGGAACTTTCTCATCCAGCAGTACGCTGGTCACAAACCC*AGTGTCGACGCC*ATCGAGT
CAGCTCACGACAAGATCATCATGCAGAAGTTCCACGAGAGGAAGAACCCC*AAGATCGAT
ATAAACAAGAAGGTTCGCCAGGTGAGACAGTCCAAAGCTGTGAGCTTTGTTTTCGACAGA
TTCCAAACTCCTCCCACCGCTTTCCTTGTCAAAACGGCGGCCACGTTTGCGGTTCTCGGA
GCTCTCACGGTTCTGTTCCCGACG

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3A844TF 798 0 0
TTTTCTGATTTGTTTTCATCGGCG*************AGATGATGAATGCGTCCGGGTTA
ACTCTAGCTACCCCCAAATTTCACATTCGATGGCGTTTGCATCGTTTTGGTACATCTCAG
AAAAGCTCTCAAGCTTTAGCTGTCCGTCGAGATGATGCAGCAGCTTGTCCTCGTCTTGAA
AGGGCTTGTTTAGCACTTTCTACACAAAGAAGCAATGCTTTAATCGTCCGTGCCATGAGT
GCTTCCTTTGGTGATATCTCAGACGATTCTTCTGCTGTTTTCCCTCGGATCAATGTCAAA
GACCCATACAAACGTCTCGGGATAAGCCGGATGGCATCAGAGGACGAGATTCAAGGCGCG
AGGAACTTTCTCATCCAGCAGTACGCTGGTCACAAACCC*AGTGTCGACGCC*ATCGAGT
CAGCTCACGACAAGATCATCATGCAGAAGTTCCACGAGGGGAAGAACCCC*AAGATCGAT
ATAAACAAGAAGGTTCGCCAGGTGAGACAGTCCAAAGCTGTGAGCTTTGTTTTCGACAGA
TTCCAAACTCCTCCCACCGCTTTCCTTGTCAAAACGGCGGCCACGTTTGCGGTTCTCGGA
GCTCTCACGGTTCTGTTCCCTACGGAAGAAGGACCAACTCTGCAGGTTTTGTTGTCTGCG
ATAGCTACGTTTTACTTCATCCACCAGAGGCTGAAGAAGAAGCTCTGGTCTTTCCTTTAC
GGGACTGGTTCTTTCATCTTCTCGTGGCTGATTGGGACTTTCTTGATGGTGTCTGTGATC
CCGCCCTTCATCAA
GGAC

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3BG20JQ 717 0 0
ATATCTCAGACGATTCTTCTGCTGTTTTCCCTCGGATCAATGTCAAAGACTCATACAAAC
GTCTCGGGATAAGCCGGATGGCATCAGAGGACGAGATTCAAGGCGCGAGGAACTTTCTCA
TCCAGCAGTACGCTGGTCACAAACCC*AGTGTCGACGCC*ATCGAGTCAGCTCACGACAA
GATCATCATGCAGAAGTTC*ACGAGAGGAAGAACCCC*AAGATCGATATAAACAAGAAGG
TTCGCCAGGTGAGACAGTCCAAAGCTGTGAGCTTTGTTTTCGACAGATTCCAAACTCCCC
CCACCGCTTTCCTTGTCAAAACGGCGGCCACGTTTGCGGTTCTCGGAGCTCTCACGGTTC
TGTTCCCGACGGAAGAAGGACCAACTCTGCAGGTCTTGTTGTTTGCGATAGCCACGTTTT
ACTTCATCCACCAGAGGCTGAAGAAGAAGCTTTGGTCTTTCCTTTACGGGACTGGTTCTT
TCATCTTTTCGTGGCTGATTGGGACTTTCTTGATGGTGTCTGTGATCCCGCCCTTCATCA
AAGGACCAAGAGGTTTCGAAGTCATGTCTTCGCTCTTAAGCTACGTTTTGCTTTGGGTGG
CTTCGAGCTACCTTAGGTAGAGTAGCATTCTAGCTCTTCTCTTCACCCCCTTTTTGGGTC
GCAATAGTATTATTATCTCGGATATGTATGTGGAGAACCCCCAAAATAAGAAACTGA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3D782TF 387 0 0
G
AGAAGAAGCTCTGGTCTTTCCTTTACGGGACTGGTTCTTTCATCTTCTCGTGGCTGATTG
GGACTTTCTTGATGGTGTCTGTGATCCCGCCCTTCATCAAAGGACCAAGAGGTTTCGAAG
TCATGTCTTCGCTCTTAAGCTACGTTTTGCTTTGGGTGGCTTCGAGCTACCTTAGGTAGA
GTAGCATTCTAGCTCTTCTCTTCACCCCCTTTTTGGGTCGCAATAGTATTATTATCTCGG
ATATGTATGTGGAGAACACACAAAATGAGAAACTGAGTCATCTTCATGTGGCATAGAAAA
AGATACTGTTTTTGTTCTTGAAGAATTGTTATTTCCATGAGACCTTAGCTCTCTTTGACG
TTTCAATATCATAAGTCAAGTCTTCC

QA 2 387 2 387
DS 

RD RR3A381JQ 916 0 0
TC
TGAAAGGGCTTGTTTAGCACTTTCTACACAAAGAAGCAATGCTTTAATCGTCCGTGCCAT
GAGTGCTTCCTTTGGTGATATCTCAGACGATTCTTCTGCTGTTTTCCCTCGGATCAATGT
CAAAGACCCATACAAACGTCTCGGGATAAGCCGGATGGCATCAGAGGACGAGATTCAAGG
CGCGAGGAACTTTCTCATCCAGCAGTACGCTGGTCACAAACCC*AGTGTCGACGCC*ATC
GAGTCAGCTCACGACAAGATCATCATGCAGAAGTTCCACGAGAGGAAGAACCCC*AAGAT
CGATATAAACAAGAAGGTTCGCCAGGTGAGACAGTCCAAAGCTGTGAGCTTTGTTTTCGA
CAGATTCCAAACTCCTCCCACCGCTTTCCTTGTCAAAACGGCGGCCACGTTTGCGGTTCT
CGGAGCTCTCACGGTTCTGTTCCCGACGGAAGAAGGACCAACTCTGCAGGTTTTGTTGTC
TGCGATAGCTACGTTTTACTTCATCCACCAGAGGCTGAAGAAGAAGCTCTGGTCTTTCCT
TTACGGGACTGGTTCTTTCATCTTCTCGTGGCTGATTGGGACTTTCTTGATGGTGTCTGT
GATCCCGCTCTTCATCAAAGGACCAAGAGGTTTCGAAGTCATGTCTTCGCTCTTAAGCTA
CGTTTTGCTTTGGGTGGCTTCGAGCTACCTTAGGTAGAGTAGCATTCTAGCTCTTCTCTT
CACCCCCTTTTTGGGTCGCAATAGTATTATTATCTCGGATATGTATGTGGAGAACACACA
AAATGAGAAACTGAGTCATCTTCATGTGGCATAGAGAAAGATACTGTTTTTGTTCTTGAA
GAATTGTTATTTCCATGAGACCTTAGCTCTCTTTGACGGTTCAATATCATAAGTCAAGTC
TTCCTTTGCCGGTT

QA 3 916 3 916
DS 

RD RR3A844JQ 843 0 0
TTGGTGATATCTCAGACGATTCTTCTGCTGTTTTCCCTCGGATCAATGTCAAAGACCCAT
ACAAACGTCTCGGGATAAGCCGGATGGCATCAGAGGACGAGATTCAAGGCGCGAGGAACT
TTCTCATCCAGCAGTACGCTGGTCACAAACCCCAGTGTCGACGCC*ATCGAGTCAGCTCA
CGACAAGATCATCATGCAGAAGTTCCACGAGGGGAAGAACCCCCAAGATCGATATAAACA
AGAAGGTTCGCCAGGTGAGACAGTCCAAAGCTGTGAGCTTTGTTTTCGACAGATTCCAAA
CTCCTCCCACCGCTTTCCTTGTCAAAACGGCGGCCACGTTTGCGGTTCTCGGAGCTCTCA
CGGTTCTGTTCCCTACGGAAGAAGGACCAACTCTGCAGGTTTTGTTGTCTGCGATAGCTA
CGTTTTACTTCATCCACCAGAGGCTGAAGAAGAAGCTCTGGTCTTTCCTTTACGGGACTG
GTTCTTTCATCTTCTCGTGGCTGATTGGGACTTTCTTGATGGTGTCTGTGATCCCGCCCT
TCATCAAAGGACCAAGAGGTTTCGAAGTCATGTCTTCGCTCTTAAGCTACGTTTTGCTTT
GGGTGGCTTCGAGCTACCTTAGGTAGAGTAGCATTCTAGCTCTTCTCTTCACCCCCTTTT
TGGGTCGCAATAGTATTATTATCTCGGATATGTATGTGGAGAACACACAAAATGAGAAAC
TGAGTCATCTTCATGTGGCATAGAGAAAGATACTGTTTTTGTTCTTGAAGAATTGTTATT
TCCATGAGACCTTAGCTCTCTTTGACGGTTCAATATCATAAGTCAAGTCTTCCTTTGCCG
GTT

QA 1 843 1 843
DS 



AS 1 9

CO CL564Contig1 983 9 23 U
GGGCATCGTATCTCTTATATAACTCATCTCTCTAAACATAAAAAAATGTTCCTCTCCGTT
AACTCTAACGGTCATGTCAACTAATACCGTCGTCCCTCTCCGTCGCAGATCTAACGGATA
TCACACTAACGGAGTGGCCTTAAACGGAATGGAGAACGTTGTCAAGAAAACCGACGACTG
CTACACCAACGGCAACGGAGGAGGAGGGAAGAGCAAGGCGTCGTTTCTGACGTGGACTAT
GCGTGACGTTGTCTACGTGGCGAGATACCATTGGATACCGTGTTTCTTTGCGGTCGGAGT
TCTGTTCTTTATGGGCGTTGAGTACACGCTCCAGATGGTTCCGGCGAAGTCTGAGCCGTT
TGATATTGGGTTTGTGGTCACGCGCTCTCTGAACCGTGTCTTGGCGAGTTCACCGGATCT
TAACACCCTTTTAGCGGCTCTAAACACGGTATTCGTCGCGATGCAAACGACGTATATTGT
ATGGACATGGTTGATGGAAGGAAGACCACGAGCCACTATCTCGGCTTGCTTCATGTTTAC
TTGTCGCGGCATTCTTGGTTACTCTACTCAGCTCCCTCTCCCTCAGGATTTTTTAGGATC
AGGAGTTGATTTTCCGGTGGGAAATGTCTCATTCTTCCTCTTCTATTCTGGTCACGTCGC
TGGTTCAATGATCGCATCCTTGGACATGAGGAGAATGCAGAGGTTGAGACTAGCGATGCT
TTTTGACATCCTCAACGTGTTGCAATCGATCAGGCTGCTCGGGACGAGAGGACACTACAC
AATCGATCTTGCGGTAGGAGTTGGAGCTGGGATTCTCTTTGACTCTTTGGCCGGGAAATA
CGAGGAGATGATGAGCAAGAGACAGAATTTAGGCAATGGTTTTAGTTTGATTTCTAAAGA
CTCGCTACTCAATTAATCTTTTGTTTTCATTTTAAATGTTTAGTTGAACTTCAACATATT
TGGTTTAGTTAAAGTCTAATGAA


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ96TF U 1
AF RR3DY82TF U 46
AF RR3CM67TF U 1
AF RR3BI49TF U 3
AF RR3EN74TF U 46
AF RR3CM67JQ C 174
AF RR3DY82JQ C 393
AF RR3BZ96JQ C 257
AF RR3BI49JQ C 178
BS 1 114 RR3BZ96TF
BS 115 115 RR3BI49TF
BS 116 544 RR3BZ96TF
BS 545 704 RR3CM67TF
BS 705 705 RR3BI49TF
BS 706 723 RR3CM67TF
BS 724 724 RR3BI49TF
BS 725 734 RR3CM67TF
BS 735 735 RR3BI49TF
BS 736 744 RR3CM67TF
BS 745 745 RR3BI49TF
BS 746 752 RR3CM67TF
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BS 791 797 RR3BI49TF
BS 798 798 RR3CM67JQ
BS 799 813 RR3BI49TF
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BS 815 828 RR3BI49TF
BS 829 956 RR3CM67JQ
BS 957 983 RR3BI49JQ

RD RR3BZ96TF 544 0 0
GGGCATCGTATCTCTTATATAACTCATCTCTCTAAACATAAAAAAATGTTCCTCTCCGTT
AACTCTAACGGTCATGTCAACTAATACCGTCGTCCCTCTCCGTCGCAGATCTAATGGATA
TCACACTAACGGAGTGGCCTTAAACGGAATGGAGAACGTTGTCAAGAAAACCGACGACTG
CTACACCAACGGCAACGGAGGAGGAGGGAAGAGCAAGGCGTCGTTTCTGACGTGGACTAT
GCGTGACGTTGTCTACGTGGCGAGATACCATTGGATACCGTGTTTCTTTGCGGTCGGAGT
TCTGTTCTTTATGGGCGTTGAGTACACGCTCCAGATGGTTCCGGCGAAGTCTGAGCCGTT
TGATATTGGGTTTGTGGTCACGCGCTCTCTGAACCGTGTCTTGGCGAGTTCACCGGATCT
TAACACCCTTTTAGCGGCTCTAAACACGGTATTCGTCGCGATGCAAACGACGTATATTGT
ATGGACATGGTTGATGGAAGGAAGACCACGAGCCACTATCTCGGCTTGCTTCATGTTTAC
TTGT

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR3DY82TF 539 0 0
GG
GTTCCTCTCCGTTAGCTCTAACGGTCATGTCAACTAATACCGTCGTCCCTCTCCGTCGCA
GATCTAACGGATATCATACTAACGGAGTGGCCTTAAACGGAATGGAGAACGTTGTCAAGA
AAACCGACGACTGCTACACCAACGGCAACGGAGGAGAAGGGAAGAGCAAAGCGTCGTTTC
TGACGTGGACTATGCGTGACGTTGTCTACGTGGCGAGATACCATTGGATACCGTGTTTCT
TTGCGGTCGGAGTTCTGTTCTTTATGGGCGTTGAGTACACGCTCCAGATGGTTCCGGCGA
AGTCTGAGCCGTTTGATATTGGGTTTGTGGTCACGCGCTCTCTGAACCGTGTCTTGGCGA
GTTCACCGGATCTTAACACCCTTTTAGCGGCTCTAAACACGGTATTCGTCGCGATGCAAA
CGACGTATATTGTATGGACATGGTTGATGGAAGGAAGACCACGAGCCACTATCTCGGCTT
GCTTCATGTTTACTTGTCGCGGCATTCTTGGTTACTCTACTCAGCTCCCTCTCCCTC

QA 3 539 3 539
DS 

RD RR3CM67TF 789 0 0
GGGC
ATCGTATCTCTTATATAACTCATCTCTCTAAACATAAAAAAATGTTCCTCTCCGTTAACT
CTAACGGTCATGTCAACTAATACCGTCGTCCCTCTCCGTCGCAGATCTAATGGATATCAC
ACTAACGGAGTGGCCTTAAACGGAATGGAGAACGTTGTCAAGAAAACCGACGACTGCTAC
ACCAACGGCAACGGAGGAGGAGGGAAGAGCAAGGCGTCGTTTCTGACGTGGACTATGCGT
GACGTTGTCTACGTGGCGAGATACCATTGGATACCGTGTTTCTTTGCGGTCGGAGTTCTG
TTCTTTATGGGCGTTGAGTACACGCTCCAGATGGTTCCGGCGAAGTCTGAGCCGTTTGAT
ATTGGGTTTGTGGTCACGCGCTCTCTGAACCGTGTCTTGGCGAGTTCACCGGATCTTAAC
ACCCTTTTAGCGGCTCTAAACACGGTATTCGTCGCGATGCAAACGACGTATATTGTATGG
ACATGGTTGATGGAAGGAAGACCACGAGCCACTATCTCGGCTTGCTTCATGTTTACTTGT
CGCGGCATTCTTGGTTACTCTACTCAGCTCCCTCTCCCTCAGGATTTTTTAGGATCAGGA
GTTGATTTTCCGGTGGGAAATGTCTCATTCTTCCTCTTCTATTCTGGTCACGTCGCTGGT
TCAATGATCGCATCCTTGGACATGAGGAGAATGCAGAGGT*GAGACTAGCGATGCTTTT*
GACATCCTCA*CGTGTTGCA*TCGATCA*GCTGCTCGGGACGAGAGGACACTACACA
TCGATCTT

QA 5 781 5 781
DS 

RD RR3BI49TF 826 0 0
GG
ATCGCATCTCTTATATAACTCATCTCTCTAAACATAAAAAAATGTTCCTCTCCGTTAACT
CTAACGGTCATGTCAACTAATACCGTCGTCCCTCTCCGTCGCAGATCTAACGGATATCAC
ACTAACGGAGTGGCCTTAAACGGAATGGAGAACGTTGTCAAGAAAACCGACGACTGCTAC
ACCAACGGCAACGGAGGAGGAGGGAAGAGCAAAGCGTCGTTTCTGACGTGGACTATGCGT
GACGTTGTCTACGTGGCGAGATACCATTGGATACCGTGTTTCTTTGCGGTCGGAGTTCTG
TTCTTTATGGGCGTTGAGTACACGCTCCAGATGGTTCCGGCGAAGTCTGAGCCGTTTGAT
ATTGGGTTTGTGGTCACGCGCTCTCTGAACCGTGTCTTGGCGAGTTCACCGGATCTTAAC
ACCCTTTTAGCGGCTCTAAACACGGTATTCGTCGCGATGCAAACGACGTATATTGTATGG
ACATGGTTGATGGAAGGAAGACCACGAGCCACTATCTCGGCTTGCTTCATGTTTACTTGT
CGCGGCATTCTTGGTTACTCTACTCAGCTCCCTCTCCCTCAGGATTTTTTAGGATCAGGA
GTTGATTTTCCGGTGGGAAATGTCTCATTCTTCCTCTTCTATTCTGGTCACGTCGCTGGT
TCAATGATCGCATCCTTGGACATGAGGAGAATGCAGAGGTTGAGACTAGCGATGCTTTTT
GACATCCTCAACGTGTTGCAATCGATCACGCTGCTCGGGACGAGAGGACACTACACAATC
GATCT*GCGGTAG*AGTTGGAGCTGGGAT*CTCTTTGACTCTTT

QA 3 826 3 826
DS 

RD RR3EN74TF 749 0 0
GG
GTTCCTCTCCGTTAACTCTAACGGTCATGTCAACTAATACCGTCGTCCCTCTCCGTCGCA
GATCTAACGGATATCACACTAACGGAGTGGCCTTAAACGGAATGGAGAACGTTGTCAAGA
AAACCGACGACTGCTACACCAACGGCAACGGAGGAGGAGGGAAGAGCAAGGCGTCGTTTC
TGACGTGGACTATGCGTGACGTTGTCTACGTGGCGAGATACCATTGGATACCGTGTTTCT
TTGCGGTCGGAGTTCTGTTCTTTATGGGCGTTGAGTACACGCTCCAGATGGTTCCGGCGA
AGTCTGAGCCGTTTGATATTGGGTTTGTGGTCACGCGCTCTCTGAACCGTGTCTTGGCGA
GTTCACCGGATCTTAACACCCTTTTAGCGGCTCTAAACACGGTATTCGTCGCGATGCAAA
CGACGTATATTGTATGGACATGGTTGATGGAAGGAAGACCGCGAGCCACTATCTCGGCTT
GCTTCATGTTTACTTGTCGCGGCATTCTTGGTTACTCTACTCAGCTCCCTCTCCCTCAGG
ATTTTTTAGGATCAGGAGTTGATTTTCCGGTGGGAAATGTCTCATTCTTCCTCTTCTATT
CTGGTCACGTCGCTGGTTCAATGATCGCATCCTTGGACATGAGGAGAATGCAGAGGTTGA
GACTAGCGATGCTTTTTGACATCCTCAACGTGTTGCAATCGATCA*GCTGCTCGGGACGA
GAGGACACTACACAATCGATCTTGCGG

QA 3 749 3 749
DS 

RD RR3CM67JQ 784 0 0
ACGACTGCTACACCAACGGCAACGGAGGAGGAGGGAAGAGCAAGGCGTCGTTTCTGACGT
GGACTATGCGTGACGTTGTCTACGTGGCGAGATACCATTGGATACCGTGTTTCTTTGCGG
TCGGAGTTCTGTTCTTTATGGGCGTTGAGTACACGCTCCAGATGGTTCCGGCGAAGTCTG
AGCCGTTTGATATTGGGTTTGTGGTCACGCGCTCTCTGAACCGTGTCTTGGCGAGTTCAC
CGGATCTTAACACCCTTTTAGCGGCTCTAAACACGGTATTCGTCGCGATGCAAACGACGT
ATATTGTATGGACATGGTTGATGGAAGGAAGACCACGAGCCACTATCTCGGCTTGCTTCA
TGTTTACTTGTCGCGGCATTCTTGGTTACTCTACTCAGCTCCCTCTCCCTCAGGATTTTT
TAGGATCAGGAGTTGATTTTCCGGTGGGAAATGTCTCATTCTTCCTCTTCTATTCTGGTC
ACGTCGCTGGTTCAATGATCGCATCCTTGGACATGAGGAGAATGCAGAGGTTGAGACTAG
CGATGCTTTTTGACATCCTCAACGTGTTGCAATCGATCAGGCTGCTCGGGACGAGAGGAC
ACTACACAATCGATCTTGCGGTAGGAGTTGGAGCTGGGATTCTCTTTGACTCTTTGGCCG
GGAAATACGAGGAGATGATGAGCAAGAGACAGAATTTAGGCAATGGTTTTAGTTTGATTT
CTAAAGACTCGCTACTCAATTAATCTTTTGTTTTCATTTTAAATGTTTAGTTGAACTTCA
ACA
C

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3DY82JQ 565 0 0
ACCGTGTCTTGGCGAGTTCACCGGATCTTAACACCCTTTTAGCGGCTCTAAACACGGTAT
TCGTCGCGATGCAAACGACGTATATTGTATGGACATGGTTGATGGAAGGAAGACCACGAG
CCACTATCTCGGCTTGCTTCATGTTTACTTGTCGCGGCATTCTTGGTTACTCTATTCAGC
TCCCTCTCCCTCAGGATTTTTTAGGATCAGGAGTTGATTTTCCGGTGGGAAATGTCTCAT
TCTTCCTCTTCTATTCTGGTCACGTCGCTGGTTCAATGATCGCATCCTTGGACATGAGGA
GAATGCAGAGGTTGAGACTAGCGATGCTTTTTGACATCCTCAACGTGTTGCAATCGATCA
GGCTGCTCGGGACGAGAGGACACTACACAATCGATCTTGCGGTAGGAGTTGGAGCTGGGA
TTCTCTTTGACTCTTTGGCCGGGAAATACGAGGAGATGATGAGCAAGAGACAGAATTTAG
GCAATGGTTTTAGTTTGATTTCTAAAGACTCGCTACTCAATTAATCTTTTGTTTTCATTT
TAAATGTTTAGTTGAACTTCAACA
T

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3BZ96JQ 701 0 0
GTGGCGAGATACCATTGGATACCGTGTTTCTTTGCGGTCGGAGTTCTGTTCTTTATGGGC
GTTGAGTACACGCTCCAGATGGTTCCGGCGAAGTCTGAGCCGTTTGATATTGGGTTTGTG
GTCACGCGCTCTCTGAACCGTGTCTTGGCGAGTTCACCGGATCTTAACACCCTTTTAGCG
GCTCTAAACACGGTATTCGTCGCGATGCAAACGACGTATATTGTATGGACATGGTTGATG
GAAGGAAGACCACGAGCCACTATCTCGGCTTGCTTCATGTTTACTTGTCGCGGCATTCTT
GGTTACTCTACTCAGCTCCCTCTCCCTCAGGATTTTTTAGGATCAGGAGTTGATTTTCCG
GTGGGAAATGTCTCATTCTTCCTCTTCTATTCTGGTCACGTCGCTGGTTCAATGATCGCA
TCCTTGGACATGAGGAGAATGCAGAGGTTGAGACTAGCGATGCTTTTTGACATCCTCAAC
GTGTTGCAATCGATCAGGCTGCTCGGGACGAGAGGACACTACACAATCGATCTTGCGGTA
GGAGTTGGAGCTGGGATTCTCTTTGACTCTTTGGCCGGGAAATACGAGGAGATGATGAGC
AAGAGACAGAATTTAGGCAATGGTTTTAGTTTGATTTCTAAAGACTCGCTACTCAATTAA
TCTTTTGTTTTCATTTTAAATGTTTAGTTGAACTTCAACA
C

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3BI49JQ 806 0 0
CTGCTACACCAACGGCAACGGAGGAGGAGGGAAGAGCAAAGCGTCGTTTCTGACGTGGAC
TATGCGTGACGTTGTCTACGTGGCGAGATACCATTGGATACCGTGTTTCTTTGCGGTCGG
AGTTCTGTTCTTTATGGGCGTTGAGTACACGCTCCAGATGGTTCCGGCGAAGTCTGAGCC
GTTTGATATTGGGTTTGTGGTCACGCGCTCTCTGAACCGTGTCTTGGCGAGTTCACCGGA
TCTTAACACCCTTTTAGCGGCTCTAAACACGGTATTCGTCGCGATGCAAACGACGTATAT
TGTATGGACATGGTTGATGGAAGGAAGACCACGAGCCACTATCTCGGCTTGCTTCATGTT
TACTTGTCGCGGCATTCTTGGTTACTCTACTCAGCTCCCTCTCCCTCAGGATTTTTTAGG
ATCAGGAGTTGATTTTCCGGTGGGAAATGTCTCATTCTTCCTCTTCTATTCTGGTCACGT
CGCTGGTTCAATGATCGCATCCTTGGACATGAGGAGAATGCAGAGGTTGAGACTAGCGAT
GCTTTTTGACATCCTCAACGTGTTGCAATCGATCAGGCTGCTCGGGACGAGAGGACACTA
CACAATCGATCTTGCGGTAGGAGTTGGAGCTGGGATTCTCTTTGACTCTTTGGCCGGGAA
ATACGAGGAGATGATGAGCAAGAGACAGAATTTAGGCAATGGTTTTAGTTTGATTTCTAA
AGACTCGCTACTCAATTAATCTTTTGTTTTCATTTTAAATGTTTAGTTGAACTTCAACAT
ATTTGGTTTAGTTAAAGTCTAATGAA

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 9

CO CL565Contig1 991 9 19 U
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CCCTTCAGCTTCTTCGTTCCTCTGTTTCTCCTATATGCTCGAAACCCTTGTTTCGATCAT
CATCTAGCTTTTCATCTTCCATCGTTTCTACTCCTTTCGCCAGATCAAAATCCAATTCCC
TGATCTCTAGACCTCGTGTTGTTCTCGCGAGAGCAGCTTCCACGGGAGTAGCTGATCCCG
TCACTGAGTACAGAGAAGATATCGGTGAGATACTCGGGGATGTCTCCATCTTTACTGCTT
CAGGCCAGCCAGTGAAGTTCAGCAATCTCTTGGATCAGAACGATGGAGTTTCTGCTGTTG
TGCTTTTGAGGCATTTCGGATGCGTTTGCTGTTGGGAGCTTGCTACTGCATTGAGAGAGG
CGAAACCGCGGTTTGATGCGGCCGGTGTTAAACTGGTGGCTGTTGGTGTTGGAACTCCTG
ATAAGGCTCGTATACTCGCATCTCGGTTACCTTTTCCAATGGAATGTCTTTACGCCGATC
CTGAGCGCAAGGCGTATGATGTTCTTGGTTTATACTACGGTTTAGGCCGTACTTTCTTCA
ACCCAGCTAGTACAAAAATCTTCTCACGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCAAAGAACT
ACACCATAAAAGCCACTCCTGAAGACAGAAGCAGTGTGTTGCAACAGGGAGGTACGTTTG
TTTTCAGAGGCAAGAAGCTCTTGTATGGTCGAAAAGACGAAGGTACTGGTGATCACCCAT
CTCTTGATGATGTTCTCAATGTCTGCTGCACGAGCCAAGCCACTGTTGCTTGAACATTGG
TTTAAAGTCTCTCTGGTCTGGTTTAATGCTTACATCACTGTAATAATTGTAGCTATTAAT
ACATGTTTTTACGACGTTAATAAATTATAAATAGTATACATTTGAACCACACAAGTTTAT
AGTGTAAAGATAAGATAATAGTTTGGTATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 15 45 30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 
50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GO15TF U 1
AF RR3D345TF U 9
AF RR3FS74TF U 10
AF RR3CS68TF U 10
AF RR3DM72TF U 10
AF RR3GO15JQ C 197
AF RR3FS74JQ C 206
AF RR3DM72JQ C 312
AF RR3D345JQ C 409
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BS 12 301 RR3GO15TF
BS 302 302 RR3D345TF
BS 303 308 RR3GO15TF
BS 309 309 RR3D345TF
BS 310 357 RR3GO15TF
BS 358 358 RR3D345TF
BS 359 433 RR3GO15TF
BS 434 665 RR3D345TF
BS 666 666 RR3FS74TF
BS 667 703 RR3D345TF
BS 704 708 RR3CS68TF
BS 709 709 RR3GO15JQ
BS 710 754 RR3CS68TF
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BS 933 933 RR3FS74JQ
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BS 949 991 RR3D345JQ

RD RR3GO15TF 433 0 0
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CATCTAGCTTTTCATCTTCCATCGTTTCTACTCCTTTCGCCAGATCAAAATCCAATTCCC
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TCACTGAGTACAGAGAAGATATCGGTGAGATACTCGGGGATGTCTCCATCTTTACTGCTT
CGGGCCAGTCAGTGAAGTTCAGCAATCTCTTGGATCAGAACGATGGAGTTTCTGCTGGTG
TGCTTTTGAGGCATTTCGGATGCGTTTGCTGTTGGGAGCTTGCTACTGCATTGAGAGAGG
CGAAACCGCGGTT

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR3D345TF 695 0 0
G
GGAGGTTTCTTGTCTGAACAATGGCGAGTGTCTCTGTACGAACTCCAAGTTCCCTTCAGC
TTCTTCGTTCCTCTGTTTCTCCTATATGCTCGAAACCCTTGTTTCGATCATCATCTAGCT
TTTCATCTTCCATCGTTTCTACTCCTTTCGCCAGATCAAAATCCAATTCCCTGATCTCTA
GACCTCGTGTTGTTCTCGCGAGAGCAGCTTCCACGGGAGTAGCTGATCCCGTCACTGAGT
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GTATACTCGCATCTCGGTTACCTTTTCCAATGGAATGTCTTTACGCCGATCCTGAGCGCA
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GTACAAAAATCTTCTCACGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCAAAGAACTACACCGTAA
AAGCCACTCCTGAAGACAGAAGCAGTGTGTTGCA

QA 2 695 2 695
DS 

RD RR3FS74TF 694 0 0
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TTCTTCGTTCCTCTGTTTCTCCTATATGCTCGAAACCCTTGTTTCGATCATCATCTAGCT
TTTCATCTTCCATCGTTTCTACTCCTTTCGCCAGATCAAAATCCAATTCCCTGATCTCTA
GACCTCGTGTTGTTCTCGCGAGAGCAGCTTCCACGGGAGTAGCTGATCCCGTCACTGAGT
ACAGAGAAGATATCGGTGAGATACTCGGGGATGTCTCCATCTTTACTGCTTCAGGCCAGC
CAGTGAAGTTCAGCAATCTCTTGGATCAGAACGATGGAGTTTCTGCTGTTGTGCTTTTGA
GGCATTTCGGATGCGTTTGCTGTTGGGAGCTTGCTACTGCATTGAGAGAGGCGAAACCGC
GGTTTGATGCGGCCGGTGTTAAACTGGTGGCTGTTGGTGTTGGAACTCCTGATTAGGCTC
GTATACTCGCATCTCGGTTACCTTTTCCAATGGAATGTCTTTACGCCGATCCTGAGCGCA
AGGCGTATGATGTTCTTGGTTTATACTACGGTTTAGGCCGTACTTTCTTCAACCCAGCTA
GTACAAAAATCTTCTCACGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCAAAGAACTACACCATAA
AATCCACTCCTGAAGACAGAAGCAGTGTGTTGCA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3CS68TF 748 0 0
GGAGGTTTCTTGTCTGAACAATGGCGAGTGTCTCTGCACGAACTCCAAGTTCCCTTCAGC
TTCTTCGTTCCTCTGTTTCTCCTATGTGCTCGAAACCCTTGTTTCGATCATCATCGAGCT
TTTCATCTTCCATCGTTTCTACTCCTTTCGCCAGATCAAAATCCAATCCCCTAATCTCTA
GACCTCGTGTTGTTCTCGCGAGAGCAGCTTCCACGGGAGTAGCTGATCCCGTCACTGAGT
ACAGAGAAGACATCGGTGAGATACTCGGGGATGTCTCCATCTTTACTGCTTCAGGCCAGC
CCGTGAAGTTCAGCAATCTCTTGGATCAGAACGATGGAGTTTCTGCTGTTGTGCTTTCGA
GGCATTTCGGATGCGTTTGCTGTTGGGAACTTGCTACTGCATTGAGAGAGGCGAAACCGC
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AGGCGTATGATGTTCTTGGTTTATACTACGGTTTAGGCCGTACTTTCTTCAACCCAGCTA
GTA*AAAAATCTTCTCACGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCAAAGAACTACACCATAA
AAGCCACTCCTGAAGACAGAAGCAGCGTGTTGCAACAGG*AGGTACGTTTGTTTTCAGAG
GCAAGAAGCTCTTGTATGGTCGAAA
GAC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3DM72TF 717 0 0
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TTCTTCGTTCCTCTGTTTCTCCTATATGCTCGAAACCCTTGTTTCGATCATCATCTAGCT
TTTCATCTTCCATCGTTTCTACTCCTTTCGCCAGATCAAAATCCAATTCCCTGATCTCTA
GACCTCGTGTTGTTCTCGCGAGAGCAGCTTCCACGGGAGTAGCTGATCCCGTCACTGAGT
ACAGAGAAGATATCGGTGAGATACTCGGGGATGTCTCCATCTTTACTGCTTCAGGCCAGC
CAGTGAAGTTCAGCAATCTCTTGGATCAGAACGATGGAGTTTCTGCTGTTGTGCTTTTGA
GGCATTTCGGATGCGTTTGCTGTTGGGAGCTTGCTACTGCATTGAGAGAGGCGAAACCGG
GGTTTGATGCGGCCGGTGTTAAACTGGTGGCTGTTGGTGTTGGAACTCCTGATAAGGCTC
GTATACTCGCATCTCGGTTACCTTTTCCAATGGAATGTCTTTACGCCGATCCTGAGCGCA
AGGCGTATGATGTTCTTGGTTTATACTACGGTTTACGCCGTACTTTCTTCAACCCAGCTA
GTACAAAAATCTTCTCACGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCAAAGAACTACACCATAA
AAGCCACTCCTGA*GACAGAAGCAGTGTGTTGCAACAGG*AGGTACGTTTGTTT
CAG

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3GO15JQ 752 0 0
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AGATATCGGTGAGATACTCGGGGATGTCTCCATCTTTACTGCTTCGGGCCAGTCAGTGAA
GTTCAGCAATCTCTTGGATCAGAACGATGGAGTTTCTGCTGGTGTGCTTTTGAGGCATTT
CGGATGCGTTTGCTGTTGGGAGCTTGCTACTGCATTGAGAGAGGCGAAACCGCGGTTTGA
TGCGGCCGGTGTTAAACTGGTGGCTGTTGGTGTTGGAACTCCTGATAAGGCTCGTATACT
CGCATCTCGGTTACCTTTTCCAATGGAATGTCTTTACGCCGATCCTGAGCGCAAGGCGTA
TGATGTTCTTGGTTTATACTACGGTTTAGGCCGTACTTTCTTCAACCCAGCTAGTACAAA
AATCTTCTCACGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCAAAGAACTACACCATAAAAGCCAC
TCCTGAAGACAGAAGCAGTGTGTTGCAACAGGGAGGTACGTTTGTTTTCAGAGGCAAGAA
GCTCTTGTATGGTCGAAAAGACGAAGGTACTGGTGATCACCCATCTCTTGATGATGTTCT
CAATGTCTGCTGCACGAGCCAAGCCACTGTTGCTTGAACATTGGTTTAAAGTCTCTCTGG
TCTGGTTTAATGCTTACATCACTGTAATAATTGTAGCTATTAATACATGTTTTTACGACG
TTAATAAATTATAAATGGTATACATTTGAACC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3FS74JQ 743 0 0
CGCGAGAGCAGCTTCCACGGGAGTAGCTGATCCCGTCACTGAGTACAGAGAAGATATCGG
TGAGATACTCGGGGATGTCTCCATCTTTACTGCTTCAGGCCAGCCAGTGAAGTTCAGCAA
TCTCTTGGATCAGAACGATGGAGTTTCTGCTGTTGTGCTTTTGAGGCATTTCGGATGCGT
TTGCTGTTGGGAGCTTGCTACTGCATTGAGAGAGGCGAAACCGCGGTTTGATGCGGCCGG
TGTTAAACTGGTGGCTGTTGGTGTTGGAACTCCTGATTAGGCTCGTATACTCGCATCTCG
GTTACCTTTTCCAATGGAATGTCTTTACGCCGATCCTGAGCGCAAGGCGTATGATGTTCT
TGGTTTATACTACGGTTTAGGCCGTACTTTCTTCAACCCAGCTAGTACAAAAATCTTCTC
ACGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCAAAGAACTACACCATAAAATCCACTCCTGAAGA
CAGAAGCAGTGTGTTGCAACAGGGAGGTACGTTTGTTTTCAGAGGCAAGAAGCTCTTGTA
TGGTCGAAAAGGCGAAGGTACTGGTGATCACCCATCTCTTGATGATGTTCTCAATGTCTG
CTGCACGAGCCAAGCCACTGTTGCTTGAACATTGGTTTAAAGTCTCTCTGGTCTGGTTTA
ATGCTTACATCACTGTAATAATTGTAGCTATTAATACATGTTTTTACGACGTTAATAAAT
TATAAATAGTATACATTTGAACC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3DM72JQ 637 0 0
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CATTTCGGATGCGTTTGCTGTTGGGAGCTTGCTACTGCATTGAGAGAGGCGAAACCGGGG
TTTGATGCGGCCGGTGTTAAACTGGTGGCTGTTGGTGTTGGAACTCCTGATAAGGCTCGT
ATACTCGCATCTCGGTTACCTTTTCCAATGGAATGTCTTTACGCCGATCCTGAGCGCAAG
GCGTATGATGTTCTTGGTTTATACTACGGTTTAGGCCGTACTTTCTTCAACCCAGCTAGT
ACAAAAATCTTCTCACGATTTGATGAGTTACGAGAAGCTGCAAAGAACTACACCATAAAA
GCCACTCCTGAAGACAGAAGCAGTGTGTTGCAACAGGGAGGTACGTTTGTTTTCAGAGGC
AAGAAGCTCTTGTATGGTCGAAAAGACGAAGGTACTGGTGATCACCCATCTCTTGATGAT
GTTCTCAATGTCTGCTGCACGAGCCAAGCCACTGTTGCTTGAACATTGGTTTAAAGTCTC
TCTGGTCTGGTTTAATGCTTACATCACTGTAATAATTGTAGCTATTAATACATGTTTTTA
CGACGTTAATAAATTATAAATAGTATACATTTGAACC

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3D345JQ 583 0 0
CATTGAGAGAGGCGAAACCGCGGTTTGATGCGGCCGGTGTTAAACTGGTGGCTGTTGGTG
TTGGAACTCCTGATAAGGCTCGTATACTCGCATCTCGGTTACCTTTTCCAATGGAATGTC
TTTACGCCGATCCTGAGCGCAAGGCGTATGATGTTCTTGGTTTATACTACGGTTTAGGCC
GTACTTTCTTCAACCCAGCTAGTACAAAAATCTTCTCACGATTTGATGAGTTACGAGAAG
CTGCAAAGAACTACACCGTAAAAGCCACTCCTGAAGACAGAAGCAGTGTGTTGCAACAGG
GAGGTACGTTTGTTTTCAGAGGCAAGAAGCTCTTGTATGGTCGAAAAGACGAAGGTACTG
GTGATCACCCATCTCTTGATGATGTTCTCAATGTCTGCTGCACGAGCCAAGCCACTGTTG
CTTGAACATTGGTTTAAAGTCTCTCTGGTCTGGTTTAATGCTTACATCACTGTAATAATT
GTAGCTATTAATACATGTTTTTACGACGTTAATAAATTATAAATAGTATACATTTGAACC
ACACAAGTTTATAGTGTAAAGATAAGATAATAGTTTGGTATGG

QA 1 583 1 583
DS 



AS 2 6

CO CL566Contig1 375 2 1 U
GGAAGTGACATTGGAGGAATGAAGGAGACACAGGAGATGCTTGAGTTCTGCGCTAAGCAT
AACATAACGGCAGATATTGAGCTGATCAAGATGGATGAGATTAACACTGCAATGGAGAGG
CTTGCTAAGGCTGATGTTAGGTACAGGTTCGTGATCGACGTGGCTAACTCCTTGAGCCCT
CCATGACTTAGCCGAATCTAAGAGTTGACCCTGGAGGAGTTTGTATCTTGTGCTTCTGTT
GTCTTCGTGTTATCTTCGTTTTCTACTATTATGTTTTTAGTGAACTGGTTTCTTCTGAAA
CAAGTCACTTTAAGTTGTCAGAGAACGTCTCTCTGTGTTTCCTTTTCATGATATAATAAG
TATTTCTGATTAGAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BV76JQ C 1
AF RR3BV76TF U 1
BS 1 375 RR3BV76TF

RD RR3BV76JQ 375 0 0
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AACATAACGGCAGATATTGAGCTGATCAAGATGGATGAGATTAACACTGCAATGGAGAGG
CTTGCTAAGGCTGATGTTAGGTACAGGTTCGTGATCGACGTGGCTAACTCCTTGAGCCCT
CCATGACTTAGCCGAATCTAAGAGTTGACCCTGGAGGAGTTTGTATCTTGTGCTTCTGTT
GTCTTCGTGTTATCTTCGTTTTCTACTATTATGTTTTTAGTGAACTGGTTTCTTCTGAAA
CAAGTCACTTTAAGTTGTCAGAGAACGTCTCTCTGTGTTTCCTTTTCATGATATAATAAG
TATTTCTGATTAGAG

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR3BV76TF 375 0 0
GGAAGTGACATTGGAGGAATGAAGGAGACACAGGAGATGCTTGAGTTCTGCGCTAAGCAT
AACATAACGGCAGATATTGAGCTGATCAAGATGGATGAGATTAACACTGCAATGGAGAGG
CTTGCTAAGGCTGATGTTAGGTACAGGTTCGTGATCGACGTGGCTAACTCCTTGAGCCCT
CCATGACTTAGCCGAATCTAAGAGTTGACCCTGGAGGAGTTTGTATCTTGTGCTTCTGTT
GTCTTCGTGTTATCTTCGTTTTCTACTATTATGTTTTTAGTGAACTGGTTTCTTCTGAAA
CAAGTCACTTTAAGTTGTCAGAGAACGTCTCTCTGTGTTTCCTTTTCATGATATAATAAG
TATTTCTGATTAGAG

QA 1 375 1 375
DS 



CO CL566Contig2 1329 4 12 U
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GCGAAATCTCCAGAGACAGAGCATCCGAACAAAGCCTTTGGTTGGGCTGCCAAAGACAAA
TCTGGTCTACTCTCTCCTTTCCATTTCTCCAGAAGAGACAATGGTGACAATGATGTGACA
GTGAAAATCTTGTATTGTGGAGTGTGCCACACTGATTTGCATACCATCAAAAACGACTGG
GGCTTCTCCTATTATCCAGTAGTTCCAGGGCATGAAATAGTTGGAATCGCTACAAAAGTT
GGCAAAAACGTGACTAAATTCAGAGAAGGAGACCGTGTAGGAGTAGGAGTGATCACTGGT
TCCTGCCAATCTTGCGAATCTTGTGACCAAGATCTTGAAAACTACTGTCCCCAAATGTCT
TTCACCTACAACTCCATTGGATCCGATGGAACCAAGACCTACGGTGGATATTCGGAGTCC
ATTGTGGTCGACCAACGGTTTGTTTTACAGTTTCCCGAGGGATTACCTAGCGATTCTGGT
GCGCCTTTGCTGTGTGCTGGAATCACTGTGTATAGTCCAATGAAGTACTATGGTATGACC
GAGCCAGGGAAGCATTTGGGTGTGGCTGG*ACTTGGTGGGCTTGGTCATGTTGCTGTCAA
GATTGGTAAAGCTTTTGGTTTGAAAGTTACTGTGATTAGTTCTTCTCCTAATAAAGAAGA
TGAAGCCATTAATCGTCTTGGTGCTGATTCGTTTCTTGTCTCATCTGATCCTCAGAAGAT
GAAGGCTGCAATAGGAACAATGGACTACATTATCGATACCGTTTCAGCAGTACATGCTCT
GTTTCCATTACTTGGTTTACTCAAAGTCAATGGAAAGCTAGTCACTTTAGGCTTACCAGA
GAAGCCTCTTGAGCTACCAATCTTCCCTCTTGTTCTCGGAAGGAAAATGGTGGGAGGAAG
TGACATAGGAGGAATGAAGGAGACACAGGAGATGCTTGAGTTCTGCGCTAAGCATAACAT
AACGGCAGATATTGAGCTGATCAAGATGGATGAGATTAACACTGCAATGGAGAGGCTTGC
TAAGGCTGATGTTAGGTACAGGTTCGTGATCGACGTGGCTAACTCCTTGAGCCCTCCATG
ACTTAGCCGAATCTAAGAGTAGACCATGGAGGAATATGTATCTCGTGCTTCTGTTGTGTT
CGTGTTATCTTTGTTTTCTACTATTTATGTTTTAGTGAACTGGTTTCTTCTGAAACAAGT
CACCTTAAGTTGTCAGAGAACTTCTCTCTGTTTTTCTTTTCATGATATAATAAGTCTTTC
TGATTAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM28TF U 1
AF RR3EM56TF U 39
AF RR3A210TF U 570
AF RR3EM56JQ C 549
BS 1 508 RR3FM28TF
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BS 631 736 RR3FM28TF
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BS 777 897 RR3A210TF
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BS 899 1059 RR3A210TF
BS 1060 1060 RR3EM56JQ
BS 1061 1286 RR3A210TF
BS 1287 1329 RR3EM56JQ

RD RR3FM28TF 736 0 0
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GCGAAATCTCCAGAGACAGAGCATCCGAACAAAGCCTTTGGTTGGGCTGCCAAAGACAAA
TCTGGTCTACTCTCTCCTTTCCATTTCTCCAGAAGAGACAATGGTGACAATGATGTGACA
GTGAAAATCTTGTATTGTGGAGTGTGCCACACTGATTTGCATACCATCAAAAACGACTGG
GGCTTCTCCTATTATCCAGTAGTTCCAGGGCATGAAATAGTTGGAATCGCTACAAAAGTT
GGCAAAAACGTGACTAAATTCAGAGAAGGAGACCGTGTAGGAGTAGGAGTGATCACTGGT
TCCTGCCAATCTTGCGAATCTTGTGACCAAGATCTTGAAAACTACTGTCCCCAAATGTCT
TTCACCTACAACTCCATTGGATCCGATGGAACCAAGACCTACGGTGGATATTCGGAGTCC
ATTGTGGTCGACCAACGGTTTGTTTTACGGTTTCCCGAGGGATTACCTAGCGATTCTGGT
GCGCCTTTGCTGTGTGCTGGAATCACTGTGTATAGTCCAATGAAGTACTATGGTATGACC
GAGCCAGGGAAGCATTTGGGTGTGGCTGGGACTTGGTGGGCTTGGTCATGTTGCTGTCAA
GATTGGTAAAGCTTTTGGTTTGAAAGTTACTGTGATTAGTTCTTCTCCTAATAAAGAAGA
TGAAGCCATTAATCGT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3EM56TF 738 0 0
GG
AGACAAAAGAGAAACAAATGGCGAAATCTCCAGAGACAGAGCATCCGAACAAAGCCTTTG
GTTGGGCTGCCAAAGACAAATCTGGTCTACTCTCTCCTTTCCATTTCTCCAGAAGAGACA
ATGGTGACAATGATGTGACAGTGAAAATCTTGTATTGTGGAGTGTGCCACACTGATTTGC
ATACCATCAAAAACGACTGGGGCTTCTCCTATTATCCAGTAGTTCCAGGGCATGAAATAG
TTGGAATCGCTACAAAAGTTGGCAAAAACGTGACTAAATTCAGAGAAGGAGACCGTGTAG
GAGTAGGAGTGATCACTGGTTCTTGCCAATCTTGCGAATCTTGTGACCAAGATCTTGAAA
ACTACTGTCCCCAAATGTCTTTCACCTACAACTCCATTGGATCCGATGGAACCAAGACCT
ACGGTGGATATTCGGAGTCCATTGTGGTCGACCAACGGTTTGTTTTACAGTTTCCCGAGG
GATTACCTAGCGATTCTGGTGCGCCTTTGCTGTGTGCTGGAATCACTGTGTATAGTCCAA
TGAAGTACTATGGTATGACCGAGCCAGGGAAGCATTTGGGTGTGGCTGG*ACTTGGTGGG
CTTGGTCATGTTGCTGTCAAGATTGGTAAAGCTTTTGGTTTGAAAGTTACTGTGATTAGT
TCTTCTCCTAATAAAGAAGATGAAGCCATTAATCGTCTTGGTGCTGATTCGTTTCTTGTC
TCATCTGATCCTCAGA

QA 3 738 3 738
DS 

RD RR3A210TF 717 0 0
GG
ATAGTCCAATGAAGTACTATGGTATGACCGAGCCAGGGAAGCATTTGGGTGTGGCTGG*A
CTTGGTGGGCTTGGTCATGTTGCTGTCAAGATTGGTAAAGCTTTTGGTTTGAAAGTTACT
GTGATTAGTTCTTCTCCTAATAAAGAAGATGAAGCCATTAATCGTCTTGGTGCTGATTCG
TTTCTTGTCTCATCTGATCCTCAGAAGATGAAGGCTGCAATAGGAACAATGGACTACATT
ATCGATACCGTTTCAGCAGTACATGCTCTGTTTCCATTACTTGGTTTACTCAAAGTCAAT
GGAAAGCTAGTCACTTTAGGCTTACCTGAGAAGCCTCTTGAGCTACCAATCTTCCCTCTT
GTTCTCGGAAGGAAAATGGTGGGAGGAAGTGACATAGGAGGAATGAAGGAGACACAGGAG
ATGCTTGAGTTCTGCGCTAAGCATAACATAACGGCAGATATTGAGCTGATCAAGATGGAT
GAGATTAA*ACTGCAATGGAGAGGCTTGCTAAGGCTGATGTTAGGTACAGGTTCGTGATC
GACGTGGCTAACTCCTTGAGCCCTCCATGACTTAGCCGAATCTAAGAGTAGACCATGGAG
GAATATGTATCTCGTGCTTCTGTTGTGTTCGTGTTATCTTTGTTTTCTACTATTTATGTT
TTAGTGAACTGGTTTCTTCTGAAACAAGTCACCTTAAGTTGTCAGAGAACTTCTC

QA 3 717 3 717
DS 

RD RR3EM56JQ 781 0 0
GCTGTGTGCTGGA*TCACTGTGTATAGTCCAATGAAGTACTATGGTATGACCGAGCCAGG
GAAGCATTTGGGTGTGGCTGG*ACTTGGTGGGCTTGGTCATGTTGCTGTCAAGATTGGTA
AAGCTTTTGGTTTGAAAGTTACTGTGATTAGTTCTTCTCCTAATAAAGAAGATGAAGCCA
TTAATCGTCTTGGTGCTGATTCGTTTCTTGTCTCATCTGATCCTCAGAAGATGAAGGCTG
CAATAGGAACAATGGACTACATTATCGATACCGTTTCAGCAGTACATGCTCTGTTTCCAT
TACTTGGTTTACTCAAAGTCAATGGAAAGCTAGTCACTTTAGGCTTACCAGAGAAGCCTC
TTGAGCTACCAATCTTCCCTCTTGTTCTCGGAAGGAAAATGGTGGGAGGAAGTGACATAG
GAGGAATGAAGGAGACACAGGAGATGCTTGAGTTTTGCGCTAAGCATAACATAACGGCAG
ATATTGAGCTGATCAAGATGGATGAGATTAACACTGCAATGGAGAGGCTTGCTAAGGCTG
ATGTTAGGTACAGGTTCGTGATCGACGTGGCTAACTCCTTTAGCCCTCCATGACTTAGCC
GAATCTAAGAGTAGACCATGGAGGAATATGTATCTCGTGCTTCTGTTGTGTTCGTGTTAT
CTTTGTTTTCTACTATTTATGTTTTAGTGAACTGGTTTCTTTTGAAACAAGTCACCTTAA
GTTGTCAGAGAACTTCTCTCTGTTTTTCTTTTCATGATATAATAAGTCTTTCTGATTAGA
G

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 6

CO CL567Contig1 1628 6 23 U
TATGTATTAAAAACCTTTTATGGAATCTAATGACAATGCAGGATATCTTATATGTATATA
TATGGCTTCAAGTATTGAAAACAAAGTTGGGGTTTCCATCTCATTGTATTCAGAGATAAT
GGTAACACAATGAATTGACATTAATAAGCAAAAAAAATCAGCTGGTCAGAAACAAATGAA
TCTGACAACCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTTTGCTTGCTTCATTTCATTCTGCTGTTAC
CTTGATCTGTCCATAGAGATTAGGGTCTGCTTCATAGTATACAACATCTCCTTCATCGCT
CACAAAATGATCTTCTTTAATACTTTTTGCTAAGATTCCCAGTAAATGTAATGGCAAAGG
TCCAGACTTATCAGGCTCCCTGTAATACTTCCCTAATACTGGTTTAGCTGCTTCTGTTGC
TTCTACCAGATGATAATGTGGGATCTGAGGGAAAAGATGATGTATCACATGAGTTCCAAT
GTCGTGATGGATGTTGTTGATCAGTCCGTAGTCACGGTCCAATGTCGTAAGCCCTCCTCT
CAAGTAACTCCATTCCTTCCCACGGTACCAAGGGAGCTTATCTTCATGACCATGGTGATG
AAGGTAAGTCACAAAGTCCAACCACATTACATTTATCCAGTAAGGAACTACATAAAGTTT
AAGCATTTGCATAGGACCCATCACGAAGTTGAGACAGACAAGCAGAGCAGCCATTGCAGT
CAAACAAGCGGTAGAAGTAAGAACATCATTTCTCTCTTTAGGGAGGAACAAGTCGCTGTC
CGGATGGTAATGAGAACCCTTCTTCCCCGGACTTCGAGCCCACAAGTAGAAAGGGTAAGC
GAGCATCACAAGAGGCAATGTAAATCTAAAGAACCTAGTCGGTTTGTCCAAACTCTTGTA
GATTTTCTCAGACATAGGATGCCAAGATTCGTCGTTCTCAACATGTCCATGGTTCTGGTG
GTGAGATCTGTGGCTAATTCTCCAGCCATGGTAAGGGACCAGAATAGAGGAATGAAGAAG
GTGACCCACCACACTGTTCAACCTCGGATCATTTGAGAAGCTTCCATGTCCACAGTCATG
GCCAAGAACAAAGAGAGCCCAGAACATGGTTCCTTGAGCAAACCAATAGAGAGGCCAAAC
GAGCCAACTGTTGAGGTAAGCAGCACCAGCAGCCAACGCGAACACGATCGCTACGTCTCT
GACGACGTAACTCATCGATATCCATGGGTTCTTAACCCAGCAATGCTTGGGTATAGCTGC
TCTGATGTCAGCTAAGCTGAACGGGGGAGGGGCGCCTGGGTCGAATCTCTGCGTCTTGGG
TGGTTCTTCCTCGATTGGTGGAGAGGTGTCTACCGTTAGAGGCGTGCTCACATTCAACGC
CCAGTTTCGAGAATTCAGACGGAACCGGAGAGAGGATGGGGGTTGTCTGAATTTGAAGGA
GGTGGGTTTGTTGTTGTAAGAGAGGGGAGTGGATCTGGGTGTGGTGTAGATTCTGGGGAG
TGGTCCTATTCCGCATTCTGATAAGACCAAGTTCGCCATTACCAGAAGCTCTGTTTCTCT
CTCTCTGGAAGAAGAAAGAGAAAAGACTCTCTTTTTATTTCTCTCTCTGTTATTAAATGA
GAGGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 
0 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD11JQ U 46
AF RR3EX44JQ U 45
AF RR3G094JQ U 1
AF RR3H758JQ U 90
AF RR3H758TF C 549
AF RR3GD11TF C 973
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GGTATCTTA
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GATAATGGTAACACAATGAATTGACATTAATAAGCAAAAAAA*TCAGCTGGTCAGAAACA
AATGAATCTGACAACCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTTTGCTTGCTTCATTTCATTCTGC
TGTTACCTTGATCTGTCCATAGGGATTAGGGTCTGCTTCATAGTATACAACATCTCCTTC
ATCGCTCACAAAATGATCTTCTTTAATACTTTTTGCTAAGATTCCCAGTAAATGTAATGG
CAAAGGTCCAGACTTATCAGGCTCCCTGTAATACTTCCCTAATACTGGTTTAGCTGCTTC
TGTTGCTTCTACCAGATGATAATGTGGGATCTGAGGGAAAAGATGATGTATCACATGAGT
TCCAATGTCGTGATGGATGTTGTTGATCAGTCCGTAGTCACGGTCCAATGTCGTAAGCCC
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AA

QA 10 611 10 611
DS 

RD RR3EX44JQ 662 0 0
ATCTTATATG
TATATATATGGCTTCAAGTATTGAAAACAAAGTTGGGGTTTCCATCTCATTGTATTCAGA
GATAATGGTAACACAATGAATTGACATTAATAAGCAAAAAAAATCAGCTGGTCAGAAACA
AATGAATCTGACAACCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTTTGCTTGCTTCATTTCATTCTGC
TGTTACCTTGATCTGTCCATAGAGATTAGGGTCTGCTTCATAGTATACAACATCTCCTTC
ATCGCTCACAAAATGATCTTCTTTAATACTTTTTGCTAAGATTCCCAGTAAATGTAATGG
CAAAGGTCCAGACTTATCAGGCTCCCTGTAATACTTCCCTAATACTGGTTTAGCTGCTTC
TGTTGCTTCTACTAGATGGTAATGTGGGATCTGCGGGGAAAGATGATGTATCACATGTGT
TCCAATGTCGTGATGGATGTTGTTGATCAGTCCGTAGTCACGGTCCAATGTCGTAAGTCC
TCCTCTCAAGTAACTCCATTCCTTCCCACGGTACCAAGGGAGCTTATCTTCATGACCATG
GTGATGAAGGTAAGTCACAAAGTCCAACCACATAACATTTATCCAGTAAGGAACTACATA
AAGTTTGAGCATTTGCACGGGACCCATCACGAAGTTGAGACAGACAAGCAGA

QA 11 662 11 662
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TATGGCTTCAAGTATTGAAAACAAAGTTGGGGTTTCCATCTCATTGTATTCAGAGATAAT
GGTAACACAATGAATTGACATTAATAAGCAAAAAAAATCAGCTGGTCAGAAACAAATGAA
TCTGACAACCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTTTGCTTGCTTCATTTCATTCTGCTGTTAC
CTTGATCTGTCCATAGAGATTAGGGTCTGCTTCATAGTATACAACATCTCCTTCATCGCT
CACAAAATGATCTTCTTTAATACTTTTTGCTAAGATTCCCAGTAAATGTAATGGCAAAGG
TCCAGACTTATCAGGCTCCCTGTAATACTTCCCTAATACTGGTTTAGCTGCTTCTGTTGC
TTCTACTAGATGGTAATGTGGGATCTGCGGGAAAAGATGATGTATCACATGTGTTCCAAT
GTCGTGATGGATGTTGTTGATCAGTCCGTAGTCACGGTCCAATGTCGTAAGTCCTCCTCT
CAAGTAACTCCATTCCTTCCCACGGTACCAAGGGAGCTTATCTTCATGACCATGGTGATG
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CCAACAAGCGGTAGAAGTGAGAACATC
ATTTCTCT

QA 1 747 1 747
DS 

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AAAAAAA*TCAGCTGGTCAGAAACAAATGAATCTGACAACCTCTCTCTCTCTCTCTTTCT
CTTTGCTTGCTTCATTTCATTCTGCTGTTACCTTGATCTGTCCATAGAGATTAGGGTCTG
CTTCATAGTATACAACATCTCCTTCATCGCTCACAAAATGATCTTCTTTAATACTTTTTG
CTAAGATTCCCAGTAAATGTAATGGCAAAGGTCCAGACTTATCAGGCTCCCTGTAATACT
TCCCTAATACTGGTTTAGCTGCTTCTGTTGCTTCTACCAGATGATAATGTGGGATCTGAG
GGAAAAGATGATGTATCACATGAGTTCCAATGTCGTGATGGATGTTGTTGATCAGTCCGT
AGTCACGGTCCAATGTCGTAAGCCCTCCTCTTAAGTAACTCCATTCCTTCCCACGGTACC
AAGGGAGCTTATCTTCATGACCATGGTGATGAAGGTAAGTCACAAAGTCCAACCACATTA
CATTTATCCAGTAAGGAACTACATAAAGTTTAAGCATTTGCATAGGACCCATCACGAAGT
TGAGACAGACAAGCAGAGCAGCCATTGCAGTCAAACAAGC
GGTGGATGTA

QA 1 640 1 640
DS 

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TCACAAAGTCCAACCACATTACATTTATCCAGTAAGGAACTACATAAAGTTTAAGCATTT
GCATAGGACCCATCACGAAGTTGAGACAGACAAGCAGAGCAGCCATTGCAGTCAAACAAG
CGGTGGATGTAAGAACATCATTTCTCTCTTTAGGGAGGAACAAGTCGCTGTCCGGATGGT
AATGAGAACCCTTCTTCCCCGGACTTCGAGCCCACAAGTAGAAAGGGTAAGCGAGCATCA
CAAGAGGCAATGTAAATCTAAAGAACCTAGTCGGTTTGTCCAAACTCTTGTAGATTTTCT
CAGACATAGGATGCCAAGATTCGTCGTTCTCAACATGTCCATGGTTCTGGTGGTGAGATC
TGTGGCTAATTCTCCAGCCATGGTAAGGGACCAGAATAGAGGAATGAAGAAGGTGACCCA
CCACACTGTTCAACCTCGGATCATTTGAGAAGCTTCCATGTCCACAGTCATGGCCAAGAA
CAAAGAGAGCCCAGAACATGGTTCCTTGAGCAAACCAATAGAGAGGCCAAACGAGCCAAC
TGTTGAGGTAAGCAGCACCAGCAGCCAACGCGAACACGATCGCTACGTCTCTGACGACGT
AACTCATCGATATCCATGGGTTCTTAACCCAGCAATG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3GD11TF 656 0 0
GCT
AATTCTCCAGCCATGGTAAGGGACCAGAATAGAGGAATGAAGAAGGTGACCCACCACACT
GTTCAACCTCGGATCATTTGAGAAGCTTCCATGTCCACAGTCATGGCCAAGAACAAAGAG
AGCCCAGAACATGGTTCCTTGAGCAAACCAATAGAGAGGCCAAACGAGCCAACTGTTGAG
GTAAGCAGCACCAGCAGCCAACGCGAACACGATCGCTACGTCTCTGACGACGTAACTCAT
CGATATCCATGGGTTCTTAACCCAGCAATGCTTGGGTATAGCTGCTCTGATGTCAGCTAA
GCTGAACGGGGGAGGGGCGCCTGGGTCGAATCTCTGCGTCTTGGGTGGTTCTTCCTCGAT
TGGTGGAGAGGTGTCTACCGTTAGAGGCGTGCTCACATTCAACGCCCAGTTTCGAGAATT
CAGACGGAACCGGAGAGAGGATGGGGGTTGTCTGAATTTGAAGGAGGTGGGTTTGTTGTT
GTAAGAGAGGGGAGTGGATCTGGGTGTGGTGTAGATTCTGGGGAGTGGTCCTATTCCGCA
TTCTGATAAGACCAAGTTCGCCATTACCAGAAGCTCTGTTTCTCTCTCTCTGGAAGAAGA
AAGAGAAAAGACTCTCTTTTTATTTCTCTCTCTGTTATTAAATGAGAGGTTCC

QA 4 656 4 656
DS 



AS 2 9

CO CL568Contig1 525 7 3 U
GGAATCTCTCCATTGTTGTGAATTTCGGAGCGAAGAAAAGAAAGAGAAAAGAAGATCGGA
GATGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATCACCTA
CTCAAACATTTGTGCGAATCTTGTGAGGAACTGTCTCAAAGAGCCTTTCAAAGCTGAAGC
CCTTAGTCGCGAGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCTGGCGGAAAGCCTGAGAA
ACCAATTCTACGTTCTGACACACCTGGGGTTTGAAAATTTTTTACGTTTTGATATCAAGT
TTGAGGTTAATAATGGTGAGGAATGCAAGAAACTGTGTGCAACATTTTCCTTCTTTTGTT
TAAGATTGTTAACAATGGAGTTTGAGTGAGAGAGAGTTACCTCATTCCAATCTTGAAACT
TGTGTGTTATTTTCTTGTTTTGCCTCTAAAACTCTTTTATATGCAAATAAGCAGACCGCT
CTATACATGTGAGTAAAGAAGTATAAGACTCCAGCACATTCGAGT


BQ
30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AZ57JQ C 1
AF RR3AZ57TF U 1
AF RR3CF10TF U 10
AF RR3G274JQ C 1
AF RR3G274TF U 1
AF RR3CG57JQ C -2
AF RR3CG57TF U -2
BS 1 387 RR3AZ57TF
BS 388 388 RR3CF10TF
BS 389 525 RR3AZ57TF

RD RR3AZ57JQ 515 0 0
GGAATCTCTCCATTGTTGTGAATTTCGGAGCGAAGAAAAGAAAGAGAAAAGAAGATCGGA
GATGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTTTGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATCACCTA
CTCAAACATTTGTGGGAATTTTGTGAGGAACTGTTTCAAAGAGCCTTTCAAAGCTGAAGC
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CTATACATGTGAGTAAAGAAGTATAAGACTCCAGC

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3AZ57TF 525 0 0
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GATGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATCACCTA
CTCAAACATTTGTGCGAATCTTGTGAGGAACTGTCTCAAAGAGCCTTTCAAAGCTGAAGC
CCTTAGTCGCGAGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCTGGCGGAAAGCCTGAGAA
ACCAATTCTACGTTCTGACACACCTGGGGTTTGAAAATTTTTTACGTTTTGATATCAAGT
TTGAGGTTAATAATGGTGAGGAATGCAAGAAACTGTGTGCAACATTTTCCTTCTTTTGTT
TAAGATTGTTAACAATGGAGTTTGAGTTAGAGAGAGTTACCTCATTCCAATCTTGAAACT
TGTGTGTTATTTTCTTGTTTTGCCTCTAAAACTCTTTTATATGCAAATAAGCAGACCGCT
CTATACATGTGAGTAAAGAAGTATAAGACTCCAGCACATTCGAGT

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3CF10TF 473 0 0
GG
ATTGTTGTGAATTTCGGAGCGAAGAAAAGAAAGAGAAAAGAAGATCGGAGATGGCATCGA
CGGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATCACCTACTCAAACATTT
GTGCGAATCTTGTGAGGAACTGTCTCAAAGAGCCTTTCAAAGCTGAAGCCCTTAGTCGCG
AGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCTGGCGGAAAGCCTGAGAAACCAATTCTAC
GTTCTGACACACCTGGGGTTTGAAAATTTTTTACGTTTTGATATCAAGTTTGAGGTTAAT
AATGGTGAGGAATGCAAGAAACTGTGTGCAACATTTTCCTTCTTTTGTTTAAGATTGTTA
ACAATGGAGTTTGAGTGAGAGAGAGTTACCTCATTCCAATCTTGAAACTTGTGTGTTATT
TTCTTGTTTTGCCTCTAAAACTCTTTTATATGCAAATAAGCAGACCGCTC
G

QA 3 472 3 472
DS 

RD RR3G274JQ 486 0 0
GGAATCTCTCCATTGTTGTGAATTTCGGGGCGAAGAAAAGAAAGAGAAAAGAAGATCGGA
GATGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATCACCTA
CTCAAACATTTGTGCGAATCTTGTGAG*AACTGTCTCAAAGAGCCTTTCAAAGCTGAAGC
CCTTAGTCGCGAGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCTGGCGGAAAGCCTGAGAA
ACCAATTCTACGTTCTGACACACCTGGGGTTTGAAAATTTTTTACGTTTTGATATCAAGT
TTGAGGTTAATAATGGTGAGGAATGCAAGAAACTGTGTGCAACATTTTCCTTCTTTTGTT
TAAGATTGTTAACAATGGAGTTTGAGTGAGAGAGAGTTACCTCATTCCAATCTTGAAACT
TGTGTGTTATTTTCTTGTTTTGCCTCTAAAACTCTTTTATATGCAAATAAGCAGACCGCT
CTATAC

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR3G274TF 486 0 0
GGAATCTCTCCATTGTTGTGAATTTCGGGGCGAAGAAAAGAAAGAGAAAAGAAGATCGGA
GATGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATCACCTA
CTCAAACATTTGTGCGAATCTTGTGAG*AACTGTCTCAAAGAGCCTTTCAAAGCTGAAGC
CCTTAGTCGCGAGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCTGGCGGAAAGCCTGAGAA
ACCAATTCTACGTTCTGACACACCTGGGGTTTGAAAATTTTTTACGTTTTGATATCAAGT
TTGAGGTTAATAATGGTGAGGAATGCAAGAAACTGTGTGCAACATTTTCCTTCTTTTGTT
TAAGATTGTTAACAATGGAGTTTGAGTGAGAGAGAGTTACCTCATTCCAATCTTGAAACT
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CTATAC

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR3CG57JQ 484 0 0
GGATC
AATCTCTCCATTGTTGTGAATTTCGGAGCGAAGAAAAGAAAGAGAAAAGAAGATCGGAGA
TGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATCACCTACT
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TTAGTCGCGAGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCTGGCGGAAAGCCTGAGAAAC
CAATTCTACGTTCTTACACACCTGGGGTTTGAAAATTTTTTACGTTTTGATATCAAGTTT
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AGATTGTTAACAATGGAGTTTGAGTGAGAGAGAGTTACCTCATTCCAATCTTGAAACTTG
TGTGTTATTTTCTTGTTTTGCCTCTAAAACTCTTTTATATGCAAATAAGCAGACCGCTC

QA 6 484 6 484
DS 

RD RR3CG57TF 484 0 0
GGATC
AATCTCTCCATTGTTGTGAATTTCGGAGCGAAGAAAAGAAAGAGAAAAGAAGATCGGAGA
TGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATCACCTACT
CAAACATTTGTGCGAATCTTGTGAGGAACTGTCTCAAAGAGCCTTTCAAAGCTGAAGCCC
TTAGTCGCGAGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCTGGCGGAAAGCCTGAGAAAC
CAATTCTACGTTCTTACACACCTGGGGTTTGAAAATTTTTTACGTTTTGATATCAAGTTT
GAGGTTAATAATGGTGAGGAATGCAAGAAACTGTGTGCAACATTTTCCTTCTTTTGTTTA
AGATTGTTAACAATGGAGTTTGAGTGAGAGAGAGTTACCTCATTCCAATCTTGAAACTTG
TGTGTTATTTTCTTGTTTTGCCTCTAAAACTCTTTTATATGCAAATAAGCAGACCGCTC

QA 6 484 6 484
DS 



CO CL568Contig2 406 2 1 U
GGGTTGTGAATCTAAGGATCGGAGCGAAGAAAAGGAGAAAAGAAGATCGGAGATGGCATC
GACGGCGGCGGTTCCGTTCCGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATCACCTACTCGAACAT
TTGTGCGAATCTCGTGAGGAACTGTCTTAAGGAGCCTTTCAAAGCTGAAGCCCTTAGTCG
CGAGAAGGTTCATTTCTCGCTTTCCAAATGGGCTGGCGGAAAGCCTGAGAAACCAATTCT
GCGTTCTGACACACCGGGAGTTTGAGATTTTTTAACGTTTCGATATCAAGTTTGAGGTTA
ATAATGGTGAGGAATGCAAGAAATTGTGTGCAACATTTTCCTTCTTTTGTTTAAGATTGT
TAACAATGGAGTTTGAGTGAGAGAGAGTTACCTCATTCCAATCTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FX63JQ C 1
AF RR3FX63TF U 1
BS 1 406 RR3FX63TF

RD RR3FX63JQ 406 0 0
GGGTTGTGAATCTAAGGATCGGAGCGAAGAAAAGGAGAAAAGAAGATCGGAGATGGCATC
GACGGCGGCGGTTCCGTTCCGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATCACCTACTCGAACAT
TTGTGCGAATCTCGTGAGGAACTGTCTTAAGGAGCCTTTCAAAGCTGAAGCCCTTAGTCG
CGAGAAGGTTCATTTCTCGCTTTCCAAATGGGCTGGCGGAAAGCCTGAGAAACCAATTTT
GCGTTTTGACACACCGGGAGTTTGAGATTTTTTAACGTTTCGATATCAAGTTTGAGGTTA
ATAATGGTGAGGAATGCAAGAAATTGTGTGCAACATTTTCCTTCTTTTGTTTAAGATTGT
TAACAATGGAGTTTGAGTGAGAGAGAGTTACCTCATTCCAATCTTG

QA 1 406 1 406
DS 

RD RR3FX63TF 406 0 0
GGGTTGTGAATCTAAGGATCGGAGCGAAGAAAAGGAGAAAAGAAGATCGGAGATGGCATC
GACGGCGGCGGTTCCGTTCCGGAGAGCGGCGGGGATGACTTACATCACCTACTCGAACAT
TTGTGCGAATCTCGTGAGGAACTGTCTTAAGGAGCCTTTCAAAGCTGAAGCCCTTAGTCG
CGAGAAGGTTCATTTCTCGCTTTCCAAATGGGCTGGCGGAAAGCCTGAGAAACCAATTCT
GCGTTCTGACACACCGGGAGTTTGAGATTTTTTAACGTTTCGATATCAAGTTTGAGGTTA
ATAATGGTGAGGAATGCAAGAAATTGTGTGCAACATTTTCCTTCTTTTGTTTAAGATTGT
TAACAATGGAGTTTGAGTGAGAGAGAGTTACCTCATTCCAATCTTG

QA 1 406 1 406
DS 



AS 3 8

CO CL569Contig1 740 2 4 U
GGTGAAAGAAACACGGCAAAGCTGCCTGCTTGTGGTTCTAGTCATATAAGAACAACGCCT
TTCTTATCTTTCCTCGAAATTTCTCTGACCGCCCCTCTCCAGTTATTGTCCTTTGATTTT
GCGAAACACTTGTATCAGGCGAATCCCAGTTTCGTTATTCTTCACTTTAGTTGAAACTTT
ATAAGATGGCACGTCCACAAGACCCTCCACGCGGTTTCTTCCCTTTTGGAAACCCTTTCA
AGAACCTCTCTTCCAAGAACCCTCTACTCTCCTCTAAGCTTCTCTCCCTCTTGAACACTT
TCGAGACCAACTTATCTTCTTCCATCTCAAAGCTTGTCCCTACCGAAAAGTCCCAAATCC
TCACTCTTTCATGGATGAGTCAAGCTATGGTTTCTCTTTGCCAGACCCACGATGCTATCA
AGACTTTTATAACCGATCTTGAGCTTCCTGTCTCTGACTGGGAGGACAAGTGGGTCGATG
TCTACCTAGACATCAGCGTCAAGCTCCTCGACCTCTGCAACGCCTTCAGCTCTGAGCTTA
GCCGCCTCAACCAAGGCCATCTCTTTCTCCAGTATGCTTTGCATAACTTGGACACCAACT
CTCCTCAGAATCTTTCCAAAGCTCAATCGTCCCTCGACTCCTGGAAGCGACACATCGTTT
CCAAGAACCCGAGGTTGGAAAGCTGTCATTCAATCCTGACCAGCCTTGTTCAGACCTTGA
TCTCCCCAAGTGAAAACTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ03TF U 1
AF RR3GO06TF U 11
BS 1 529 RR3EJ03TF
BS 530 530 RR3GO06TF
BS 531 669 RR3EJ03TF
BS 670 740 RR3GO06TF

RD RR3EJ03TF 669 0 0
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TTCTTATCTTTCCTCGAAATTTCTCTGACCGCCCCTCTCCAGTTATTGTCCTTTGATTTT
GCGAAACACTTGTATCAGGCGAATCCCAGTTTCGTTATTCTTCACTTTAGTTGAAACTTT
ATAAGATGGCACGTCCACAAGACCCTCCACGCGGTTTCTTCCCTTTTGGAAACCCTTTCA
AGAACCTCTCTTCCAAGAACCCTCTACTCTCCTCTAAGCTTCTCTCCCTCTTGAACACTT
TCGAGACCAACTTATCTTCTTCCATCTCAAAGCTTGTCCCTACCGAAAAGTCCCAAATCC
TCACTCTTTCATGGATGAGTCAAGCTATGGTTTCTCTTTGCCAGACCCACGATGCTATCA
AGACTTTTATAACCGATCTTGAGCTTCCTGTCTCTGACTGGGAGGACAAGTGGGTCGATG
TCTACCTAGACATCAGCGTCAAGCTCCTCGACCTCTGCAACGCCTTCAGTTCTGAGCTTA
GCCGCCTCAACCAAGGCCATCTCTTTCTCCAGTATGCTTTGCATAACTTGGACACCAACT
CTCCTCAGAATCTTTCCAAAGCTCAATCGTCCCTCGACTCCTGGAAGCGACACATCGTTT
CCAAGAACC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3GO06TF 730 0 0
GG
ACGGCAAAGCTGCCTGCTTGTGGTTCTAGTCATATAAGAACAACGCCTTTCTTATCTTTC
CTCGAAATTTCTCTGACCGCCCCTCTCCAGTTATTGTCCTTTGATTTTGCGAAACACTTG
TATCAGGCGAATCCCAGTTTCGTTATTCTTCACTTTAGTTGAAACTTTATAAGATGGCAC
GTCCACAAGACCCTCCACGCGGTTTCTTCCCTTTTGGAAACCCTTTCAAGAACCTCTCTT
CCAAGAACCCTCTACTCTCCTCTAAGCTTCTCTCCCTCTTGAACACTTTCGAGACCAACT
TATCTTCTTCCATCTCAAAGCTTGTCCCTACCGAAAAGTCCCAAATCCTCACTCTTTCAT
GGATGAGTCAAGCTATGGTTTCTCTTTGCCAGACCCACGATGCTATCAAGACTTTTATAA
CCGATCTTGAGCTTCCTGTCTCTGACTGGGAGGACAAGTGGGTCGATGTCTACCTAGACA
TCAGCGTCAAGCTCCTCGACCTCTGCAACGCCTTCAGCTCTGAGCTTAGCCGCCTCAACC
AAGGCCATCTCTTTCTCCAGTATGCTTTGCATAACTTGGACACCAACTCTCCTCAGAATC
TTTCCAAAGCTCAATCGTCCCTCGACTCCTGGAAGCGACACATCGTTTCCAAGAACCCGA
GGTTGGAAAGCTGTCATTCAATCCTGACCAGCCTTGTTCAGACCTTGATCTCCCCAAGTG
AAAACTCT

QA 3 730 3 730
DS 



CO CL569Contig2 1335 3 8 U
AGAACACTATTATAGAGCTTTATAGATAAGTTGATAAAACCTTTTTCTTATACAAATAGT
AATAGTTTGATTGCGTCTCTTACAAACGACCACAATATAACAAGCACCTAATAATAATAC
ATTGACGACCAAGATGGAACACTTACAATACCATCTATTCACACAAAACCACTTTATCAG
AATCCTCTCTGCTTTTTTCCGGCAGCCTTTTTTGGTGATGTTGCCAACAGTGCCGTTGAT
GCGCCCATCGACCTGAGGTTCTCCAGCAAAGTGTCTCTCCCCGACAAGAGAATCTTGAAG
AAGCAATCCACCTCCTTGGAAACAAGGTCTATCCCACTCGTTAACTCTGTGACCGAGTCC
TTCAATGGCTGCAGCGAATTGGTATCTATTGACCCTTGTTGGATCGCAGGAGCAAGGTTC
TTAACACCTGAATCAACAGCCTCAAGCTCTTTCAGAACGGTTAAACCGTCAGATAAAAAT
ATGCTCTTGATCTCCGCGTTCATCGTGTTCTGCATTTGCATGAAGGATGGTGCCCATGGA
AGGTCGTTTGAGACCGTAACGTAGAGCAGGTCCTGCGATGAACCTGAGAAGGCAGCAGCA
AAGACACCAGAAATGTACAAAGTCTTGACCTTGACACCGTAAAGAGCACGCATCAGGACT
TTTCCTTTGGCAGAGTTTTTCACCTTGGGGAGATTCAAGGTCTGAACAAGGCTGGTCAGG
ATTGAATAACAGCTTTCCAACCTCGGGTTCTTGGAAACGATGTGTAGCTTCCAGGAGTCG
AGGGACGATTGAGCTTTGGAAAGATTCTGAGGAGCGTTCGTGTCCAAGTTATGCAAAGCA
AACTGGAGAAAGAGATGGCCTTGGTTGAGGCGGCTAAGCTCAGAGCTAAAGGCGTTGCAG
AGGTCAAGGAGCTTGACGCTGATGTCTAGGTAGACATCGACCCACTTGTCCTCCCAATCA
GAGACAGGAAGCTCAAGAGCGGTTATAAGAGTCTTGATAGCATCGTGGGTCTGGCAAAGA
GATACCATAGCTTGGCTCATCCATGAAAGAGTGAGGATTTGGGATTTTCCTTGGGGACAA
GCTTGGTAATGGAAGAAGATTAGTTGGTCTCGAAAGTGTTCAAGAGGGAGAGAAGATTAG
AGGATAGTACAGGGTTCTTGGAAGAGAGGTTCCTGAAGGGGTTTCCAAAAGGGAAGAAAC
CGCGTGGAGGGTCTTGTGGACGAGCCATCTTATAAAGTTTCAACTTACCTAAAGTGAAGA
AGAACGAAACGGGGATTCGCCTGATACAAGTGTTTCGCAAAATCAAAGGACAATAAGCTG
GAGAGGGGCGGTCCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ03JQ U 2
AF RR3GO06JQ U 1
AF RR3F209TF C 552
BS 1 501 RR3GO06JQ
BS 502 502 RR3EJ03JQ
BS 503 571 RR3GO06JQ
BS 572 572 RR3EJ03JQ
BS 573 727 RR3GO06JQ
BS 728 728 RR3F209TF
BS 729 765 RR3GO06JQ
BS 766 1335 RR3F209TF

RD RR3EJ03JQ 694 0 0
GAACACTATTATAGAGCTTTATAGATAAGTTGATAAAACCTTTTTCTTATACAAATAGTA
ATAGTTTGATTGCGTCTCTTACAAACGACCACAATATAACAAGCACCTAATAATAATACA
TTGACGACCAAGATGGAACACTTACAATACCATCTATTCACACAATACCACTTTATCAGA
ATCCTCTCTGCTTTTTTCCGGCAGCCTTTTTTGGTGATGTTGCCAGCAGTGCCGTTGATG
CGCCCATCGACCTGAGGTTCTCCAGCAAAGTGTCTCTCCCCGACAAGAGAATCTTGAAGA
AGCAATCCACCTCCTTGGAAACAAGGTCTATCCCACTCGTTAACTCTGTGACCGAGTCCT
TCAATGGCTGCAGCGAATTGGTATCTATTGACCCTTGTTGGATCGCAGGAGCAAGGTTCT
TAACACCTGAATCAACAGCCTCAAGCTCTTTCAGAACGGTTAAACCGTCAGATAAAAATA
TGCTCTTGATCTCCGCGTTCATCGTGTTCTGCATTTGCATGAAGGATGGTGCCCATGGAA
GGTCGTTTGAGACCGTAACGTAGAGCAGGTCCTGCGATGAACCTGAGAAGGCAGCAGCAA
AGACACCAGAAATGTACAAAGTCTTGACCTTGACACCGTAAAGAGCACGCATCAGGACTT
TTCCTTTGGCAGAGTTTTTCACCTTGGG
GAGATT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3GO06JQ 766 0 0
AGAACACTATTATAGAGCTTTATAGATAAGTTGATAAAACCTTTTTCTTATACAAATAGT
AATAGTTTGATTGCGTCTCTTACAAACGACCACAATATAACAAGCACCTAATAATAATAC
ATTGACGACCAAGATGGAACACTTACAATACCATCTATTCACACAAAACCACTTTATCAG
AATCCTCTCTGCTTTTTTCCGGCAGCCTTTTTTGGTGATGTTGCCAACAGTGCCGTTGAT
GCGCCCATCGACCTGAGGTTCTCCAGCAAAGTGTCTCTCCCCGACAAGAGAATCTTGAAG
AAGCAATCCACCTCCTTGGAAACAAGGTCTATCCCACTCGTTAACTCTGTGACCGAGTCC
TTCAATGGCTGCAGCGAATTGGTATCTATTGACCCTTGTTGGATCGCAGGAGCAAGGTTC
TTAACACCTGAATCAACAGCCTCAAGCTCTTTCAGAACGGTTAAACCGTCAGATAAAAAT
ATGCTCTTGATCTCCGCGTTCCTCGTGTTCTGCATTTGCATGAAGGATGGTGCCCATGGA
AGGTCGTTTGAGACCGTAACGTAGAGCAGGTTCTGCGATGAACCTGAGAAGGCAGCAGCA
AAGACACCAGAAATGTACAAAGTCTTGACCTTGACACCGTAAAGAGCACGCATCAGGACT
TTTCCTTTGGCAGAGTTTTTCACCTTGGGGAGATTCAAGGTCTGAACAAGGCTGGTCAGG
ATTGAATGACAGCTTTCCAACCTCGGGTTCTTGGAAACGATGTGT
C

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3F209TF 784 0 0
GACCGTGACGTAGAGCAGGT*CTGCGATGAAC*TGAGAAGGCAGCAGCAAAGACACCAGA
AATGTACAAAGTCTTGACCTTGACAC*GTAAAGAGCACGCATCAGGACTTT*CCTTTGGC
AGAGTTTT*CACCTTGGG*AGATTCAAGGTCTGAACAAGGCTGGTCAGGATTGAATAACA
GCTTTCCAACCTCGGGTTCTTGGAAACGATGTGTAGCTTCCAGGAGTCGAGGGACGATTG
AGCTTTGGAAAGATTCTGAGGAGCGTTCGTGTCCAAGTTATGCAAAGCAAACTGGAGAAA
GAGATGGCCTTGGTTGAGGCGGCTAAGCTCAGAGCTAAAGGCGTTGCAGAGGTCAAGGAG
CTTGACGCTGATGTCTAGGTAGACATCGACCCACTTGTCCTCCCAATCAGAGACAGGAAG
CTCAAGAGCGGTTATAAGAGTCTTGATAGCATCGTGGGTCTGGCAAAGAGATACCATAGC
TTGGCTCATCCATGAAAGAGTGAGGATTTGGGATTTTCCTTGGGGACAAGCTTGGTAATG
GAAGAAGATTAGTTGGTCTCGAAAGTGTTCAAGAGGGAGAGAAGATTAGAGGATAGTACA
GGGTTCTTGGAAGAGAGGTTCCTGAAGGGGTTTCCAAAAGGGAAGAAACCGCGTGGAGGG
TCTTGTGGACGAGCCATCTTATAAAGTTTCAACTTACCTAAAGTGAAGAAGAACGAAACG
GGGATTCGCCTGATACAAGTGTTTCGCAAAATCAAAGGACAATAAGCTGGAGAGGGGCGG
TCCC

QA 1 784 1 784
DS 



CO CL569Contig3 210 3 1 U
GGATTAGATATATAAGTTGATAAAACCTTTTTCTTATACAAATAGTAATAGTTTCCCTGC
GTCTCTTACAAACGACCACAATATGACAAGCACCTAATAATAATACATTGACGACCAAGA
TGGAACACTTACAATACCATCTATTCACACAATACCACTTTATCAGAATCCTCTCTGCTT
TTTTCCAGCAGCCTTTTTTGGTGATGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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ATTGACGACCAAGATGGAACACTTACAATACCATCTATTCACACAATACCACTTTATCAA
AATCCTCTCTGCTTTTTT
T

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DS 



AS 1 8

CO CL570Contig1 1443 8 19 U
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TGTAGAAAGTATAGAATCGGATTTGCATGTTTGTTTGTTTCAGGATCTTCTCATCGTTTA
CAAAAGTTAAGAAAATGATAACATAATCTTTTCTCCTTGTTCAACTGAAAACCTCAGCGA
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GCCTCAAGCAGTTAGGGATAACGGTAGCAACATCATCTGCAGTCACTCGATCTTTCCCTT
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TATTGGCTTTAGCCAACAAGCCAGGCTCAAAGGCTTTCACACCTTCTGTCAAAGCCTTCT
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CCATAATCATCACACCACCGATTTTGGGATCAATCACGTTCAACAAGAGACACAGCTTCA
TCTCATCTTGTCCTACTATAGCTGCAAAGGGATAAACAGGCCTCGCACTCTTCTTTGAAT
CAAACTTCCCTACTTGTTCAGTGGAGTTGATTTCTGTGGCGACACTCGTAACGGAGACAT
GGTGACGAGACCTGTTCTTCTTTGGCCTTATTTGGATCCCTGCGTTGAACTTTCCTCCAC
AGATCTTCCCTGGCCTGAAGCAAATGGGAGAGATCGAAGGTGTTGAGGAAGAAGAAGAAG
AGAGGGAATGAGAAGCACATATTGATGAAGAAGTTCCCAGAAGAGACGCCATTTTTTTTG
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 

AF RR3GZ75JQ U 71
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QA 1 599 1 599
DS 

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TATTGGCTTTAGCCAACAAGCCAGGCTCAAAGGCTTTCACACCTTCTGT

QA 1 829 1 829
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QA 1 829 1 829
DS 

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AGGATCTTCTCATCGTTTACAAAAGTTAAGAAAATGATAACATAATCTTTTCTCCTTGTT
CAACTGAAAACCTCAGCGAACTTCTCAGAAACCAACACTCCTGAATCGATAGACTCCAAC
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TCTCCTCTCAGCCCATCAACATTGAGCTCCGAACACACCTTAGAGATCTTCACCTTCAAC
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ATCAAGATAAACCTCGCCGGGTGAGAAATCGAGATCCCTTCTCTCTCGACCGTGTTCCAA
CCGGAAGCAGCTGAATCAAGAAGCACATCAACCAAATGATCATCCAAGAGGTTGACTTCA
TCAACATAGAGTATCCCTCTATTGGCTTTAGCCAACAAGCCAGGCTCAAAG*CTTTCACA
CCTTCTGTCAAAGCCTTCTCGATATCGATTGTTCCACAGACTCTGT

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DS 

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AGATCCCTTCTCTCTCAACCGTGTTCCAACCGGAAGCAGCTGAATCAAGAAGCACATCAA
CCAAATGATCATCCAAGAGGTTGACTTCATCAACATAGAGTATCCCTCTATTGGCTTTAG
CCAACAAGCCAGGCTCAAAGGCTTTCACACCTTCTGTCAAAGCCTTCTCGATATCGATTG
TTCCACAGACTCTGTCTTCAGTTGCACCCAGTGGAAGATCAACCATGTTGATCTTAGTAG
CAACAACAGGAACCTGCTCGCCTCTTTCCACCCTCTCTCTCACCTCAACACCCATGAACT
CAGGATCTAACGGGTCAGAGTTGTAAGGGTCACCTGCAACAACCTTGATCTCGGGTAGCA
GATCGACTAAGGACCTGACAGTTGTGGACTTCCCGGTTCCTCTGTCTCCCATAATCATCA
CACCACCGATTTTGGGATCAATCACGTTCAACAAGAGACACAGCTTCATCTCATCTTGTC
CAACTATAGCT
C

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DS 

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TCTTGACACGTAGATCAGCATCTCTAACCGTCCCTACTTGCGCATGCATACCAAACCTAT
CAAGAAGCTGTGGCGTAAGCTCTCCTTCCTCAGGATTCCCGGAACCAATCAAGATAAACC
TCGCCGGGTGAGAAATCGAGATCCCTTCTCTCTCAACCGTGTTCCAACCGGAAGCAGCTG
AATCAAGAAGCACATCAACCAAATGATCATCCAAGAGGTTGACTTCATCAACATAGAGTA
TCCCTCTATTGGCTTTAGCCAACAAGCCAGGCTCAAAGGCTTTCACACCTTCTGTCAAAG
CCTTCTCGATATCGATTGTTCCACAGACTCTGTCTTCAGTTGCACCCAGTGGAAGATCAA
CCATGTTGATCTTAGTAGCAACAACAGGAACCTGCTCGCCTCTTTCCACCCTCTCTCTCA
CCTCAACACCCATGAACTCAGGATCTAACGGGTCAGAGTTGTAAGGGTCACCTGCAACAA
CCTTGATCTCGGGTAGCAGATCGACTAAGGACCCGACAGTTGTGGACTTCCCGGTTCCTC
TATCTCCCATAATCATCACACCACCGATTTTGGGATCAATCACGTTCAACAAGAGACGCA
GCTTCATCTCATCTTGTCCTACTATAGCTGCAAAGGGATAAACAGGCCTCGCACTCTTCT
TTGAATCAAACTTCCCTACTTGTTCAGTGGAGTTGATTTCTGTGGCGACACTCG
C

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DS 

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AGCAGCTG
ATCAAGAAGCACATCAACCAAATGATCATCCAAGAGGT*GACTTCATCAACATAGAGTAT
CCCTCTATTGGCTTTAGCCAACAAGCCAGGCTCAAAGGCTTTCACACCTTCTGTCAAAGC
CTTCTCGATATCGATTGTTCCACAGACTCTGTCTTCAGTTGCACCCAGTGGAAGATCAAC
CATGTTGATCTTAGTAGCAACAACAGGAACCTGCTCGCCTCTTTCCACCCTCTCTCTCAC
CTCAACACCCATGAACTCAGGATCTAACGGGTCAGAGTTGTAAGGGTCACCTGCAACAAC
CTTGATCTCGGGTAGCAGATCGACTAAGGACCTGACAGTTGTGGACTTCCCGGTTCCTCT
GTCTCCCATAATCATCACACCACCGATTTTGGGATCAATCACGTTCAACAAGAGACACAG
CTTCATCTCATCTTGTCCTACTATAGCTGCAAAGGGATAAACAGGCCTCGCACTCTTCTT
TGAATCAAACTTCCCTACTTGTTCAGTGGAGTTGATTTCTGTGGCGACACTCGTAACGGA
GACATGGTGACGAGACCTGTTCTTCTTTGGCCTTATTTGGATCCCTGCGTTGAACTTTCC
TCCACAGATCTTCCCTGGCCTGAAGCAAATGGGAGAGATCGAAGGTGTTGAGGAAGAAGA
AGAAGAGAGGGAATGAGAAGCACATATTGATGGAGAAGTTCCCAGAAGAGACGCCATTTT
TTTTGT
CC

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DS 

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ATATCGATTGTTCCACAGACTCTGTCTTCAGTTGCACCCAGTGGAAGATCAACCATGTTG
ATCTTAGTAGCAACAACAGGAACCTGCTCGCCTCTTTCCACCCTCTCTCTCACCTCAACA
CCCATGAACTCAGGATCTAACGGGTCAGAGTTGTAAGGGTCACCTGCAACAACCTTGATC
TCGGGTAGCAGATCGACTAAGGACCTGACAGTTGTGGACTTCCCGGTTCCTCTGTCTCCC
ATAATCATCACACCACCGATTTTGGGATCAATCACGTTCAACAAGAGACACAGCTTCATC
TCATCTTGTCCTACTATAGCTGCAAAGGGATAAACAGGCCTCGCACTCTTCTTTGAATCA
AACTTCCCTACTTGTTCAGTGGAGTTGATTTCTGTGGCGACACTCGTAACGGAGACATGG
TGACGAGACCTGTTCTTCTTTGGCCTTATTTGGATCCCTGCGTTGAACTTTCCTCCACAG
ATCTTCCCTGGCCTGAAGCAAATGGGAGAGATCGAAGGTGTTGAGGAAGAAGAAGAAGAG
AGGGGATGAGAAGCACATATTGCTGAAGAAGTTCCCAGAAGAGACGCCATTTTTTTTGTC
C

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 8

CO CL571Contig1 1008 8 13 U
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TCTCAGGTTTGGTTAGAAGATGTCTCGAAGATATGATAGCCGCACCACAATCTTCTCCCC
AGAAGGCCGTCTCTACCAAGTCGAGTACGCAATGGAAGCCATCGGCAACGCCGGTTCCGC
CATCGGGATCTTATCCAAAGACGGCGTCGTATTGATCGGCGAGAAGAAAGTCACCTCAAA
GCTTCTCCAGACCTCAACCTCCTCCGAGAAAATGTACAAGATCGACGACCACGTCGCCTG
TGCCGTCGCTGGCATCATGTCCGACGCCAACATCCTCATCAACACTGCTAGAGTCCAGGC
CCAGCGCTACACCTTCATGTACCAGGAGCCCATGCCTGTTGAGCAGCTTGTTCAGTCTCT
CTGTGATACTAAACAAGGGTACACGCAGTTCGGTGGTCTTCGTCCCTTTGGTGTGTCGTT
TCTTTTTGCAGGGTGGGACAAGAACCATGGGTTTCAGCTGTATATGAGTGACCCGAGTGG
GAACTACGGTGGTTGGAAAGCCGCGGCTGTGGGAGCTAACAACCAGGCGGCTCAGTCTAT
TCTGAAACAGGACTACAAGGATGATGCGACTAGAGAAGAGGCAGTGGAGCTTGCCTTGAA
GGTTCTGAGCAAGACGATGGACAGCACTAGCTTGACGTCTGAGAAGCTTGAGCTTGCTGA
GGTGTTTCTGACTCCTTCC*GGGAGTGTTAAGTACCATGTTCACTCTCCTGACTCGCTTA
CTAAGCTGTTGGTGAAGCATGGTGTGACTCAACCCGCTTCTGAATCATCCTGAGCTCAAA
ACTAATCGCCAGAGAGTCTTGATCTCTGCTTGGTGATGTGTGTCCTTTTATCTATCTTGT
TAGTTCTCTGTTTTACATTTAGACTTTATGGCGATGAAACTTGAATTTCACAATGTTATG
AGAATTTTATTTGAAGGTATTTTGGGTTGAATTATATCATTAATGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 40 10 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
25 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 35 
35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B724TF U 1
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AF RR3A576TF U 57
AF RR3AC74JQ C 266
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BS 431 724 RR3B724TF
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RD RR3B724TF 724 0 0
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TCTCAGGTTTGGTTAGAAGATGTCTCGAAGATATGATAGCCGCACCACAATCTTCTCCCC
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TCTGAAACAGGACTACAAGGATGATGCGACTAGAGAAGAGGCAGTGGAGCTTGCCTTGAA
GGTTCTGAGCAAGACGATGGACAGCACTAGCTTGACGTCTGAGAAGCTTGAGCTTGCTGA
GGTG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3AC74TF 819 0 0
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AGAGGCGATCAGAGATCGAAATCAATTCCTTCCTCCTCTCAGGTTTGGTTAGAAGATGTC
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CGCCAACATCCTCATCAACACTGCTAGAGTCCAGGCCCAGCGCTACACCTTCATGTACCA
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GCAGTTCGGTGGTCTTCGTCCCTTTGGTGTGTCGTTTCTTTTTGCAGGGTGGGACAAGAA
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GGCTGCGGGAGCTAACAACCAGGCGGCTCAGTCTATTCTGAAACAGGACTACAAGGATGA
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TGACTCAACCCGCTTCTGA
TC

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DS 

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AATGGAAGCCATCGGCAACGCCGGTTCCGCCATCGGGATCTTATCCAAAGACGGCGTCGT
ATTGATCGGCGAGAAGAAAGTCACCTCAAAGCTTCTCCAGACCTCAACCTCCTCCGAGAA
AATGTACAAGATCGACGACCACGTCGCCTGTGCCGTCGCTGGCATCATGTCCGACGCCAA
CATCCTCATCAACACTGCTAGAGTCCAGGCCCAGCGCTACACCTTCATGTACCAGGAGCC
CATGCCTGTTGAGCAGCTTGTTCAGTCTCTCTGTGATACTAAACAAGGGTACACGCAGTT
CGGTGGTCTTCGTCCCTTTGGTGTGTCGTTTCTTTTTGCAGGGCGGGACAAGAACCATGG
GTTTCAGCTGTATATGAGTGACCCGAGTGGGAACTACGGTGGTTGGAAAGCCGCGGCTGT
GGGAGCTAACAACCAGGCGGCTCAGTCTATTCTGAAACAGGACTACAAGGATGATGCGAC
TAGAGAAGAGGCAGTGGAGCTTGCCTTGAAAGTTCTGAGCAAGACGATGGACAGTACTAG
CTTGACGTCTGAGAAGCTTGAGCTTGCTGAG*TGTTTCTGACTCCTTCC*GGGAGTGTTA
AGTACCATGTTCACTCTCCTGACTCGCTTACTAAGCTGTTGGTGAAGCATGGTGTGACTC
AACCCGCTTCTGAATCATCCTGAGCTCAAA
CTAATCGC

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DS 

RD RR3A576TF 787 0 0
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CCCCAGAAGGCCGTCTCTACCAAGTCGAGTACGCAATGGAAGCCATCGGCAACGCCGGTT
CCGCCATCGGGATCTTATCCAAAGACGGCGTCGTATTGATCGGCGAGAAGAAAGTCACCT
CAAAGCTTCTCCAGACCTCAACCTCCTCCGAGAAAATGTACAAGATCGACGACCACGTCG
CCTGTGCCGTCGCTGGCATCATGTCCGACGCCAACATCCTCATCAACACTGCTAGAGTCC
AGGCCCAGCGCTACACCTTCATGTACCAGGAGCCCATGCCTGTTGAGCAGCTTGTTCAGT
CTCTCTGTGATACTAAACAAGGGTACACGCAGTTCGGTGGTCTTCGTCCCTTTGGTGTGT
CGTTTCTTTTTGCAGGGTGGGACAAGAACCATGGGTTTCAGCTGTATATGAGTGACCCGA
GTGGGAACTACGGTGGTTGGAAAGCCGCGGCTGTGGGAGCTAACAACCAGGCGGCTCAGT
CTATTCTGAAACAGGACTACAAGGATGATGCGACTAGAGAAGAGGCAGTGGAGCTTGCCT
TGAAGGTTCTGAGCAAGACGATGGACAGCACTAGCTTGACGTCTGAGAAGCTTGAGCTTG
CTGAGGTGTTTCTGACTCCTTTCCGGGAGTGTTAAGTACCATGTTCACTCTCCTGACTCG
CTTACTAAGCTGTTGGTGAAGCATGGTGTGACTCAACCCGCTTCTGAATCATCCTGAGCT
CAAAACT

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DS 

RD RR3AC74JQ 743 0 0
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GCCAACATCCTCATCAACACTGCTAGAGTCCAGGCCCAGCGCTACACCTTCATGTACCAG
GAGCCCATGCCTGTTGAGCAGCTTGTTCAGTCTCTCTGTGATACTAAACAAGGGTACACG
CAGTTCGGTGGTCTTCGTCCCTTTGGTGTGTCGTTTCTTTTTGCAGGGTGGGACAAGAAC
CATGGGTTTCAGCTGTATATGAGTGACCCGAGTGGGAACTACGGTGGTTGGAAAGCCGCG
GCTGCGGGAGCTAACAACCAGGCGGCTCAGTCTATTTTGAAACAGGACTACAAGGATGAT
GCGACTAGAGAAGAGGCAGTGGAGCTTGCCTTGAAGGTTCTGAGCAAGACGATGGACAGC
ACTAGCTTGACGTCTGAGAAGCTTGAGCTTGCTGAGGTGTTTCTGACTCCTTCC*GGGAG
TGTTAAGTACCATGTTCACTCTCCTGACTCGCTTACTAAGCTGTTGGTGAAGCATGGTGT
GACTCAACCCGCTTCTGAATCATCCTGAGCTCAAAACTAATCGCCAGGGAGTCTTGATCT
CTGCTCGGTGATGTGTGTCCTTTTATCTATCTTGTTAGTTCTCTGTTTTACATTTAGACT
TTATGGCGATGAAACTTGAATTTCACAATGTTATGAGAATTTTATTTGAAGGTATTTTGG
GTTGAATTATATCATTAATGTAC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3F410JQ 684 0 0
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ACCTTCATGTACCAGGAGCCCATGCCCGTCGAGTAGCTTGTTCAGTCTCTCTGTGATACT
AAGCAAGGGTACACGCAGTTCGGTGGTCTTCGTCCCTTTGGTGTGTCGTTTCTTTTTGCA
GGGTGGGACAAGAACCATGGGTTTCAGCTGTATATGAGTGATCCCAGTGGGAACTACGGT
GGTTGGAAAGCTGCGGCTGTGGGAGCTAACAACCAGGCTGCTCAGTCTATTCTGAAGCAA
GACTACAAGGATGATGCGACTAGAGAAGAGGCGGTTGAGCTTGCCTTGAAGGTTCTGAGC
AAGACGATGGACAGCACTAGCTTGACGTCTGAGAAGCTTGAGCTTGCTGAGGTGTTTCTG
ACTCCTTCC*GGGAGTGTTAAGTACCATGTTCACTCTCCTGACTCGCTTACTAAGCTGTT
GGTGAAGCATGGTGTGACTCAACCCGCTGCTGAATCATCCTGAGCGCAAAACTAATCGCC
AGAGAGTCTTGATCTCTGCTTGGTGATGTGTCTCCTTTTATCTATCTTGTTAGTTCTCTG
TTTTACATT*AGACTTTATGGCGATGAAACTTGAATTTCACAATGTTATGAGAATTTTAT
TTGAAGGTATTT*GGGTTGAAT
TC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3B724JQ 692 0 0
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CAGCGCTACACCTTCATGTACCAGGAGCCCATGCCTGTTGAGCAGCTTGTTCAGTCTCTC
TGTGATACGAAACAAGGGTACACGCAGTTCGGTGGTCTTCGTCCCTTTGGTGTGTCGTTT
CTTTTTGCAGGGTGGGACAAGAACCATGGGTTTCAGCTGTATATGAGTGACCCGAGTGGG
AACTACGGTGGTTGGAAAGCCGCGGCTGTGGGAGCTAACAACCAGGCGGCTCAGTCTATT
CTGAAACAGGACTACAAGGATGATGCGACTAGAGAAGAGGCAGTGGAGCTTGCCTTGAAG
GTTCTGAGCAAGACGATGGACAGCACTAGCTTGACGTCTGAGAAGCTTGAGCTTGCTGAG
GTGTTTCTGACTCCTTCC*GGGAGTGTTAAGTACCATGTTCACTCTCCTGACTCGCTTAC
TAAGCTGTTGGTGAAGCATGGTGTGACTCAACCCGCTTCTGAATCATCCTGAGCTCAAAA
CTAATCGCCAGAGAGTCTTGATCTCTGCTTGGTGATGTGTGTCCTTTTATCTATCTTGTT
AGTTCTCTGTTTTACATTTAGACTTTATGGCGATGAAACTTGAATTTCACAATGTTATGA
GAATTTTATTTGAAGGTATTTTGGGTTGAAT
C

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3D279JQ 639 0 0
TCAACACTGCTAGAGTCCAGGCCCAGCGCTACACCTTCATGTACCAGGAGCCCATGCCTG
TTGAGCAGCTTGTTCAGTCTCTCTGTGATACTAAACAAGGGTACACGCAGTTCGGTGGTC
TTCGTCCCTTTGGTGTGTCGTTTCTTTTTGCAGGGCGGGACAAGAACCATGGGTTTCAGC
TGTATATGAGTGACCCGAGTGGGAACTACGGTGGTTGGAAAGCCGCGGCTGTGGGAGCTA
ACAACCAGGCGGCTCAGTCTATTCTGAAACAGGACTACAAGGATGATGCGACTAGAGAAG
AGGCAGTGGAGCTTGCCTTGAAGGTTTTGAGCAAGACGATGGACAGTACTAGCTTGACGT
TTGAGAAGCTTGAGCTTGCTGAGGTGTTTCTGACTCCTTCC*GGGAGTGTTAAGTACCAT
GTTCACTCTCCTGACTCGCTTACTAAGCTGTTGGTGAAGCATGGTGTGACTCAACCCGCT
TTTGAATCATCCTGAGCTCAAAACTAATCGCCAGAGAGTCTTGATCTCTGCTTGGTGATG
TGTGTCCTTTTATCTATCTTGTTAGTTCTCTGTTTTACATTTAGACTTTATGGCGATGAA
ACTTGAATTTCACAATGTTATGAGAATTTTATTTGAAGG

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 7

CO CL572Contig1 1051 7 39 U
AAAAACATAATTTTTGTATTATTCCTTGAGTTAGTTAAATGTGAAGAAACTACATGACAA
ATACAGCACGAATCCAAACTGCAATTATGGTTTTGCACATGTCCCGTCCCTTAGGAGGTC
AAGTTTATTTGACGCACTTGCACAGTTGCACTTGCACTTGCACTTGCACTTGCACTTTGT
TTTCCACGTAACATTTTTACCAAAGTAAACTCACAGACAACAAACAACAAACACTGCACA
ACCTTAAAGGCGGCTACGGCTCCGTGAAGCGGCAGGCTTGAAACTCGCGATCCCAGTTAC
TTCCCTCGCCGTCACTAAGGTGTTTATATCGTACGTCCCTTCGTATGTATAAATCGGTTC
AAGGTCACAGAAAGCCTTCGCCACCAGAAAATCCCCTAGAATTCCATTCCCACCGAGTAA
TTCTCGGCCTAACGAAGCAGTCTCCCTTGCCTTTGATGAAATCCATGCCTTTCCTAAACT
GGCTTGACCAGGAGTCATCTGACCCGTCTCATATAGCTTGCAGAGGCGCCAACCCATCAG
AAACATCGCTTGAACATTACCTAGCATCTTCACAAGTTTCTGTTGATTTATCTGGAAAGC
AGCCAACTGTGCTCCAAACTGTTTCCTCTCCATCAGATACCTGTGGCACATATCGTAGAC
TCCCATTGATATACCTATTGGTTGCCAAGCCACCATTACACGTGAGACAGCCAGCACCTT
GCTTGTGTCTTGAAAAGAATTTACTCCAGGTAACCGCTCCTCATCAGGAACAAAGACATT
CTGTAATAGAATATCTCCATTTTGAACAATACGTAAACCTATTTTATTCGGGATCTTAGT
AACTGTTAAACCAGGCGCATCTTTCTTGACTATGAATCCGTTCACTTGGTTCGTTGTCGT
ATTCCTAGCAAGGATGATCAACAGATCTGCAAAAGTGCTGTTACCGATCCAACGCTTTTG
TCCCGTAAGTACCCAACCTCCTTCAACCTTTGTGGCAGTTGTTTGTAGAGCACTTGCATC
ACTTCCGTTGTCAGGTTCTGTCAAAGCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 0 0 0 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 15 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GB14JQ U 16
AF RR3FX81JQ U 16
AF RR3FT77JQ U 1
AF RR3DT88JQ U 16
AF RR3A475TF C 247
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AF RR3FX81TF C 478
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BS 578 585 RR3FT77JQ
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BS 964 988 RR3DT88TF
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RD RR3GB14JQ 730 0 0
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AAACTGTTTCCTCTCCTTCAGATACCTGTGGCACATATCGTAGACTCCCATTGATATACC
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AGAATTTACT

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DS 

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AAACTGCAATTATGGTTTTGCACATGTCCCGTCCCTTAGGAGGTCAAGTTTATTTGACGC
ACTTGCACAGTTGCACTTGCACTTGCACTTGCACTT******TGTTTTCCACGTAACATT
TTTACCAAAGTAAACTCACAGACAACAAATAACAAACACTGCACAACCTTAAAGGCGGCT
ACGGCTCCGTGAAGCGGCAGGCTTGAAACTCGCGATCCCAGTTACTTCCCTCGACGTCAC
TAAGGTGTTTATATCGTACGTCCCTTCGTATGTATAAATCGGTTCAAGGTCACAGAAAGC
CTTCGCCACCAGAAAATCCCCTAGAATTCCATTCCCACCGAGTAATTCTCGGCCTAACGA
AGCAGTCTCCCTTGCCTTTGATGAAATCCATGCCTTTCCTAAACTGGCTTGACCAGGAGT
CATCTGACCCGTCTCATATAGCTTGCAGAGGCGCCAACCCATCAGAAACATCGCTTGAAC
ATTACCTAGCATCTTCACAAGTTTCTGTTGATTTATCTGGAAAGCAGCCAACTGTGCTCC
AAACTGTTTCCTCTCCATCAGATACCTGTGGCACATATCGTAGACTCCCATTGATATACC
TATTGGTTGCCAAGCCACCATTACACGTGAGACAGCCAGCACCTTGCTTGTGTCTTGAAA
AGAATTTACTCCAGGTAACCGCTCCTC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3FT77JQ 796 0 0
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ATACAGCACGAATCCAAACTGCAATTATGGTTTTGCACATGTCCCGTCCCTTAGGAGGTC
AAGTTTATTTGACGCACTTGCACAGTTGCACTTGCACTTGCACTTGCACTTGCACTTTGT
TTTCCACGTAACATTTTTACCAAAGTAAACTCACAGACAACAAACAACAAACACTGCACA
ACCTTAAAGGCGGCTACGGCTCCGTGAAGCGGCAGGCTTGAAACTCGCGATCCCAGTTAC
TTCCCTCGCCGTCACTAAGGTGTTTATATCGTACGTCCCTTCGTATGTATAAATCGGTTC
AAGGTAACAGAAAGCCTTCGCCACCAGAAAATCCCCTAGAATTCCATTCCCACCGAGTAA
TTCTCGGCCTAACGAAGCAGTCTCCCTTGCCTTTGATGAAATCCATGCCTTTCCTAAACT
GGCTTGACCAGGAGTCATCTGACCCGTCTCATATAGCTTGCAGAGGCGCCAACCCATCAG
AAACATCGCTTGAACATTACCTAGCATCTTCGCAAGCTTCTGTTGGTTTATCTGGAATGC
AGCCAACTCTGCTCCAAACTGTTTCCTCTCCTTCAGATACCTGTGGCACATATCGTAGAC
TCCCATTGATATACCTATTGGTTGCCAAGCCACCATTACACGTGAGACAGCCAGGACCTT
GCTTGTGTCTTGAAAAGAATTTACTCCAGGTAACCGCTCCTCATCAG*AACAAAGACATT
CTG
CAGTAAAATATCT

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3DT88JQ 821 0 0
GTATTATTCCTTGAGTTAGTTAAATGTGAAGAAACTACATGACAAATACAGCACGAATCC
AAACTGCAATTATGGTTTTGCACACGTCCCGTCCCTTAGGAGGTCAAGTTTATTTGACGC
ACTTGCACAGTTGCACTTGCACTTGCACTTGCACTT******TGTTTTCCACGTAACATT
TTTACCAAAGTAAACTCACAGACAACAAATAACAAACACTGCACAACCTTAAAGGCGGCT
ACGGCTCCGTGAAGCGGCAGGCTTGAAACTCGCGATCCCAGTTACTTCCCTCGCCGTCAC
TAAGGTGTTTATATCGTACGTCCCTTCGTATGTATAAATCGGTTCAAGGTCACAGAAAGC
CTTCGCCACCAGAAAATCCCCTAGAATT****TCCCACCGAGTAATTCTCGGCCTAACGA
AGCAGTCTCCCTTGCCTTTGATGAAATCCATGCCTTTCCTAAACTGGCTTGACCAGGAGT
CATCTGACCCGTCTCATATAGCTTGCAGAGGCGCCAACCCATCAGAAACATCGCTTGAAC
ATTACCTAGCATCTTCACAAGTTTCTGTTGATTTATCTGGAAAGCAGCCAACTGTGCTCC
AAACTGTTTCCTCTCCATCAGATACCTGTGGCACATATCGTAGACTCCCATTGATATACC
TATTGGTA*CCAAGCCACCATTACACGTGAGACAGCCAGCACCTTGCTTGTGTCTTGAAA
AGAATTTACTCCAGGTAACCGCTCCTCATCAG*AACAAAGACATTCTGTAATAGAATATC
TCCATTT*GAC**ATACGTAAACCTATTTTATTCGG
ATCTT

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3A475TF 717 0 0
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CGCCGTCACTAAGGTGTTTATATCGTACGTCCCTTCGTATGTATAAATCGGTTCAAGGTC
ACAGAAAGCCTTCGC*ACCAGAAAATCCCCTAGAATTCCATTCCCACCGAGTAATTCTCG
GCCTAACGAAGCAGTCTCCCTTGCCTTTGATGAAATCCATGCCTTTCCTAAACTGGCTTG
ACCAGGAGTCATCTGACCCGTCTCATATAGCTTGCAGAGGCGCCAACCCATCAGAAACAT
CGCTTGAACATTACCTAGCATCTTCACAAGCTTCTGTTGGTTTATCTGGAATGCAGCCAA
CTCTGCTCCAAACTGTTTCCTCTCCTTCAGATACCTGTGGCACATATCGTAGACTCCCAT
TGATATACCTATTGGTTGCCAAGCCACCATTACACGTGAGACAGCCAGGACCTTGCTTGT
GTCTTGAAAAGAATTTACTCCAGGTAACCGCTCCTCATCAGGAACAAAGACATTCTGCAG
TAAAATATCTCCATTTTGAACAATACGTAAACCTATTTTATTCGGGATTTTAGTAACTCT
TAAACCAGGCGCATCTTTCTTGACTATGAATCCGTTCACTTGGTTCGTTGTAGTATTCCT
AGCAAGGATGATCAACAGATCTGCAAAGGTGCTGTTACCGATCCAGCGTTTTTGTCC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3DT88TF 743 0 0
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GCCGTCACTAAGGTGTTTATATCGTACGTCCCTTCGTATGTATAAATCGGTTCAAGGTCA
CAGAAAGCCTTCGCCACCAGAAAATCCCCTAGAATT****TCCCACCGAGTAATTCTCGG
CCTAACGAAGCAGTCTCCCTTGCCTTTGATGAAATCCATGCCTTTCCTAAACTGGCTTGA
CCAGGAGTCATCTGACCCGTCTCATATAGCTTGCAGAGGCGCCAACCCATCAGAAACATC
GCTTGAACATTACCTAGCATCTTCACAAGTTTCTGTTGATTTATCTGGAAAGCAGCCAAC
TGTGCTCCAAACTGTTTCCTCTCCATCAGATACCTGTGGCACATATCGTAGACTCCCATT
GATATACCTATTGGTA*CCAAGCCACCATTACACGTGAGACAGCCAGCACCTTGCTTGTG
TCTTGAAAAGAATTTACTCCAGGTAACCGCTCCTCATCAGGAACAAAGACATTCTGTAAT
AGAATATCTCCATTTTGAACAATACGTAAACCTATTTTATTCGGGATCTTAGTAACTGTT
AAACCAGGCGCATCTTTCTTGACTATGAATCCGTTCACTTGGTTCGTTGTCGTATTCCTA
GCAAGGATGATCAACAGATCTGCAAAAGTGCTGTTACCGATCCAACGCTTTTGTCCCGTA
AGTACCCAACCTCCTTCAACC
CC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3FX81TF 574 0 0
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CAGAAACATCGCTTGAACATTACCTAGCATCTTCACAAGTTTCTGTTGATTTATCTGGAA
AGCAGCCAACTGTGCTCCAAACTGTTTCCTCTCCATCAGATACCTGTGGCACATATCGTA
GACTCCCATTGATATACCTATTGGTTGCCAAGCCACCATTACACGTGAGACAGCCAGCAC
CTTGCTTGTGTCTTGAAAAGAATTTACTCCAGGTAACCGCTCCTCATCAGGAACAAAGAC
ATTCTGTAATAGAATATCTCCATTTTGAACAATACGTAAACCTATTTTATTCGGGATCTT
AGTAACTGTTAAACCAGGTGCATCTTTCTTGACTATGAATCCGTTCACTTGGTTCGTTGT
CGTATTCCTAGCAAGGACGATCAACAGATCTGCAAAAGTGCTGTTACCGATCCAACGCTT
TTGTCCCGTAAGTACCCAACCTCCTTCAACCTTTGTGGCAGTTGTTTGTAGAGCACTTGC
ATCACTTCCGTTGTCAGGTTCTGTCAAAGCCCCC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 9

CO CL573Contig1 1115 9 6 U
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TAAGCATTTGAATTGGTTATATAAACCAAAAATGGAAAAGGGATAGAAAAGACTCAATAA
TCAGATTGGAACTCTGATCTTATTCATTGGTTAGAATATTATTCGTAAAATGATTTGATC
AAGCGACATAGTAGATGGAGTTAGGGAGCTTGAAGGTTCTCTTGGGAACTGGACAACCTG
CGAAGCTGTTCCATTGTGCACCCATCACTCCCCAAACTCTGTATCCAAGACTTGTAAGCC
ATGTCCTCACATCTGCTTTGTATTGGGTCACACTCTTCTTCTCTTCCTCTTCTCCTCTGA
GAAGGAGGTTAGACCAGCTGTGGTAACCGG*CTTCAATAAGGTTCTCGACGGTGGCGGAT
CTGAGGTACTCCTTGCGAGAAGAAACCAAAAAGATCTTGAAACCTCTCTCTCGGATCTCA
TGGAATAGCTTCACCATGTTTGGAACAGCTGGTGCCTTTCCCCAACTCTGCCACTCCTCG
AATTTGGTCGTGTTTAGTTGCTCACCACCGAAACAGCCGTTGCTCTTGTGGTACGGGATG
GTGGAGAGCAGAGTGTCATCAATGTCAAAGATCCAAGCATCCATGTCATCACATTTCTTC
TTTCCGCAACATGTTTTCCCGAGGTAGAGGATGGCTTCCTCAACAGCTCTCTCCACGTCA
TCATCGTACTGAGATGACGTCATGTACTGTTGGACGAACCACACGCACTCCTGTGGCACC
ACCGTGAAGTCTCTGATGTTGTGAAGCTCCACGTTGACTCTCCAGCTCTCGCAGTATCCG
TTTAGGTTTGGTCCTTTCAATGAGGCGACGCCGTTCTGGTTGGTGGTTGCGGTTGGCTTG
AGTCCCTTAAACTGGTTTAGGATGTTCCAGTCACGAGCTGAGACCATTCCTATGAAGAGG
AATGCGAGGGTTAGCGAGAGCACCAAAGATCTAGCCATGTTGTTGATGATACCAATTGAA
GAGGGTTATACTTTTTGGTGATCTGTTTGTAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 50 50 
15 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 20 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX14JQ U 47
AF RR3F743JQ U 47
AF RR3DI36JQ U 8
AF RR3DI12JQ U 1
AF RR3EA58JQ U 182
AF RR3EX14TF C 364
AF RR3DI12TF C 419
AF RR3F743TF C 419
AF RR3EA58TF C 452
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AACTGGACAACCTGCGAAGCTGTTCCATTGTGCACCCATCACTCCCCAAACTCTGTATCC
AAAACTTGTGAGCCATGTCCTCACATCTGCTTTGTATTGGGTCACACTCTTCTTCTCTTC
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TCTCTCGGATCTCATGGAATAGCTT

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TCATATATCACTCATAAGCATTTGAATTGGTTATATAAACCAGAAATGGAAAAGGGATAG
AAAAGACTCAATAATCAGATTGGAACTCTGATCTTATTCATTGGTTAGAATATTATTCGT
AAAATGATTTGATCAAGCGACATAGTAAATGGAGTTAGGGAGCTTGAAGGTTCTCTTGGG
AACTGGACAACCTGCGAAGCTGTTCCATTGTGCACCCATCACTCCCCAAACTCTGTATCC
AAGACTTGTAAGCCATGTCCTCACATCTGCTTTGTATTGGGTCACACTCTTCTTCTCTTC
CTCTTCTCCTCTGAAAAGGAGGTTAGACTAACTGTGGTAACCGG*CTTCAATAAGGTTCT
CGACGGTGGCGGATCTGAGGTACTCCTTGCGAGAAGAAACCAAAAAGATCTTGAAACCTC
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TTGAATTGGTTATATAAACCAAAAATGGAAAAGGGATAGAAAAGACTCAATAATCAGATT
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ATAGTAGATGGAGTTAGGGAGCTTGAAGGTTCTCTTGGGAACTGGACAACCTGCGAAGCT
GTTCCATTGTGCACCCATCACTCCCCAAACTCTGTATCCAAGACTTGTAAGCCATGTCCT
CACATCTGCTTTGTATTGGGTCACACTCTTCTTCTCTTCCTCTTCTCCTCTGAGAAGGAG
GTTAGACCAGCTGTGGTAACCGG*CTTCAATAAGGTTCTCGACGGTGGCGGATCTGAGGT
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ACTTCACCATGTTTGGAACAACTGGTGCCTTTCCCCAACTCTGCCACTCCTCGAATTTGG
TCGTGTTTAGTTGCTCACCACCGAAAC

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DS 

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TAAGCATTTGAATTGGTTATATAAACCAGAAATGGAAAAGGGATAGAAAAGACTCAATAA
TCAGATTGGAACTCTGATCTTATTCATTGGTTAGAATATTATTCGTAAAATGATTTGATC
AAGCGACATAGTAGATGGAGTTAGGGAGCTTGAAGGTTCTCTTGGGAACTGGACAACCTG
CGAAGCTGTTCCATTGTGCACCCATCACTCCCCAAACTCTGTATCCAAGACTTGTAAGCC
ATGTCCTCACATCTGCTTTGTATTGGGTCACACTCTTCTTCTCTTCCTCTTCTCCTCTGA
GAAGGAGGTTAGACCAGCTGTGGTAACCGG*CTTCAATAAGGTTCTCGACGGTGGCGGAT
CTGAGGTACTCCTTGCGAGAAGAAACCAAAAAGATCTTGAAACCTCTCTCTCGGATCTCA
TGGAATAGCTTCACCATGTTTGGAACAGCTGGTGCCTTTCCCCAACTCTGCCACTCCTCG
AATTTGGTCGTGTTTAGTTGCTCACCACCGAAACAGCCGTTGCTCTTGTGGTACGGGATG
GTGGAGAGCAGAGTGTCATCAATGTCAAAGATCCAAGCATCCATGTCATC

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DS 

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GAAGCTGTTCCATTGTGCACCCATCACTCCCCAAACTCTGTATCCAAGACTTGTAAGCCA
TGTCCTCACATCTGCTTTGTATTGGGTCACACTCTTCTTCTCTTCCTCTTCTCCTCTGAA
AAGGAGGTTAGACCAGCTGTGGTAACCGG*CTTCAATAAGGTTCTCGACGGTGGCGGATC
TGAGGTACTCCTTGCGAGAAGAAACCAAAAAGATCTTGAAACCTCTCTCTCGGATCTCAT
GGAATAGCTTCACCATGTTTGGAACAGCTGGTGCCTTTCCCCAACTCTGCCACTCCTCGA
ATTTGGTCGTGTTTAGTTGCTCACCACCGAAACAGCCGTTGCTCTTGTGGTACGGGATGG
TGGAGAGCGGAGTGTCATCAATGTCAAAGATCCAAGCATCCATGTCATCACATTTCTTCT
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AATAGCTTCACCATGTTTGGAACAGCTGGTGCCTTTCCCCAACTCTGCCACTCCTCGAAT
TTGGTCGTGTTTAGTTGCTCACCACCGAAACAGCCGTTGCTCTTGTGGTACGGGATGGTG
GAGAGCAGAGTGTCATCAATGTCAAAGATCCAAGCATCCATGTCATCACATTTCTTCTTT
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AGGTTTGGTCCTTTCAATGAGGCGACGCCGTTCTGGTTGGTGGTTGCGGTTGGCTTGAGT
CCCTTAAACTGGTTTAGGATGTTCCAGTCACGAGCTGAGACCATTCCTATGAAGAGGAAT
GCGAGGGTTAGCGAGAGCACCAAAGATCTAGCCATGTTGTTGATGATACCAATTGAAGAG
GGTTATACTTTTTGGTGATCTGTTT
TCC

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CGAATTTGGTCGTGTTTAGTTGCTCACCACCGAAACAGCCGTTGCTCTTGTGGTACGGGA
TGGTGGAGAGCAGAGTGTCATCAATGTCAAAGATCCAAGCATCCATGTCATCACATTTCT
TCTTTCCGCAACATGTTTTCCCGAGGTAGAGGATGGCTTCCTCAACAGCTCTCTCCACGT
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TGAGTCCCTTAAACTGGTTTAGGATGTTCCAGTCACGAGCTGAGACCATTCCTATGAAGA
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TCCC

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CATGGAATAGCTTCACCATGTTTGGAACAGCTGGTGCCTTTCCCCAACTCTGCCACTCCT
CGAATTTGGTCGTGTTTAGTTGCTCACCACCGAAACAGCCGTTGCTCTTGTGGTACGGGA
TGGTGGAGAGCAGAGTGTCATCAATGTCAAAGATCCAAGCATCCATGTCATCACATTTCT
TCTTTCCGCAACATGTTTTCCCGAGGTAGAGGATGGCTTCCTCAACAGCTCTCTCCACGT
CATCATCGTACTGAGATGACGTCATGTACTGTTGGACGAACCACACGCACTCCTGTGGCA
CCACCGTGAAGTCTCTGATGTTGTGAAGCTCCACGTTGACTCTCCAGCTCTCGCAGTATC
CGTTTAGGTTTGGTCCTTTCAATGAGGCGACGCCGTTCTGGTTGGTGGTTGCGGTTGGCT
TGAGTCCCTTAAACTGGTTTAGGATGTTCCAGTCACGAGCTGAGACCATTCCTATGAAGA
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AAGAGGGTTATACTTTTTGGTGATCTGTTT
GTCC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3EA58TF 664 0 0
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AGATCTTGAAACCTCTCTCTCGGATCTCATGGAATAGCTTCACCATGTTTGGAACAGCTG
GTGCCTTTCCCCAACTCTGCCACTCCTCGAATTTGGTCGTGTTTAGTTGCTCACCACCGA
AACAGCCGTTGCTCTTGTGGTACGGGATGGTGGAGAGCGGAGTGTCATCAATGTCAAAGA
TCCAAGCATCCATGTCATCACATTTCTTCTTTCCGCAACATGTTTTCCCGAGGTAGAGGA
TGGCTTCCTCAACAGCTCTCTCCACGTCATCATCGTACTGAGATGACGCCATGTACTGTT
GGACGAACCACACGCACTCCTGTGGCACCACCGTGAAGTCTCTGATGTTGTGAAGCTCCA
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CGTTCTGGTTGGTGGTTGCGGTTGGCTTGAGTCCCTTAAACTGGTTTAGGATGTTCCAGT
CACGAGCTGAGACCATTCCTATGAAGAGGAGTGCGAGGGTTAGCGAGAGCACCAAAGATC
TAGCCATGTTGTTGATGATACCAATTGAAGAGGGTTATACTTTTTGGTGATCTGTTTGTA
ATCC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 9

CO CL574Contig1 676 9 6 U
GGCCCAGCCAAAAATTCACAGCCATTGAGAGTTTAACATTTCATCCAAAAAATGTTTTTT
CAGATTATTCAGGAGGTTTTCACAGGCGTTGCGGCATTAGCTCTATTGGCATTCGCTGGT
ATAACCCTTGGTAGCTCAGCCGTGGCATTAGCCGTAAGCACGCCGTTTTTTGTCCTATTC
AGTCCGATTCTCGTGCCAGCAACTATAGCCACCACTTTGTTAACTACGGGCTTGTCGGCC
ACCGGCGGCCTCGGTTTAACGGCTATCCGCATCATCTGGAAGCTCTACAAGCGTTTTAAG
GCGAAGGGAGGGTCAAAAATTCCGGGATTGGCCCCGGGGGCTCCAGACTCTAAGCCAGTG
TCTGGGGGGTAAACGGAGTAGGCCTTTCGTAGTATGAGATGATCTAAGGGGGAATTAAAT
GAGAATTATTGGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTTTCTTTAATATAATAC
TAATTACACGCGGATGAACCTAATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTA
CGAAATTATAATAAATGTACTCGATTGTGTTGTAACGAATCAAGTGATATCAGTGAGATT
ACCATAGATTATTATAGTCAAGTTACATTGTTGATTCACTGAATCATTCGACTTTGAACC
AAGTGTTGTTTCTACC


BQ
35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CD60JQ C 1
AF RR3CD60TF U 1
AF RR3BM88JQ C 3
AF RR3BM88TF U 3
AF RR3EP22TF U 1
AF RR3GQ53JQ C 1
AF RR3GQ53TF U 1
AF RR3H876JQ C 18
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BS 670 676 RR3H876JQ

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GAGAATTATTGGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTTTCTTTAATATAATAC
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CGAAATTATAATAAATGTACTCGATTTTGTTGT

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DS 

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TCTGGGGGGTAAACGGAGTAGGCCTTTCGTAGTATGAGATGATCTAAGGGGGAATTAAAT
GAGAATTATTGGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTTTCTTTAATATAATAC
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CGAAATTATAATAAATGTACTCGATTTTGTTGT

QA 1 573 1 573
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GGG
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CCTTGGTAGCTCAGCCGTGGCATTAGCCGTAAGCACGCCGTTTTTTGTCCTATTCAGTCC
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TTATTGGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTTTCTTTAATATAATACTAATT
ACACGCGGATGAACCTAATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTACGAAA
TTATAATAAATGTACTCGATTGTGTTGTAACG

QA 4 575 4 575
DS 

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GAGAATTATTGGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTTTCTTTAATATAATAC
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ACCATAGATTATTATAGTCA

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TCTGGGGGGTAAACGGAGTAGGCCTTTCGTAGTATGAGATGATCTAAGGGGGAATTAAAT
GAGAATTATTGGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTTTCTTTAATATAATAC
TAATTACACGCGGATGAACCTAATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTA
CGAAATTATAATAAATGTACTCGATTGTGTTGTAACGAATCAAGTGATATCAGTGAGATT
ACCATAGATTATTATAGTCA

QA 1 620 1 620
DS 

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GG
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CGGCTATCCGCATCATCTGGAAGCTCTACAAGCGTTTTAAGGCGAAGGGAGGGTCAAAAA
TTCCGGGATTGGCCCCGGGGGCTCCAGACTCTAAGCCAGTGTCTGGGGGGTAAACGGAGT
AGGCCTTTCGTAGTATGAGATGATCTAAGGGGGAATTAAATGAGAATTATTGGGGTTCCT
TAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTTTCTTTAATATAATACTAATTACACGCGGATGAAC
CTAATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTACGAAATTATAATAAATGTA
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TTGGGGTTCCTTAAATAAAGCCTAAAATTATCCACTTTCTTTAATATAATACTAATTACA
CGCGGATGAACCTAATGTTTCAAATACCATTCTTCATATGTATATCGTGTTACGAAATTA
TAATAAATGTACTCGATTGTGTTGTAACGAATCAAGTGATATCAGTGAGATTACCATAGA
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T

QA 1 361 1 361
DS 



AS 1 3

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TGCCTTGAAAACATCTGTGCCACGTCTAACACCACCATCCAAGAAGACAGGGATACGTCC
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ATCCTCTCCTGTAATAACACCCTTGACAAGAATCGGCATTTTGGTAATTGTCTGGAGCCA
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GTCTACAGTGAGAGCAATGGCTTTAAACCCTGCTCTCTCAGCTCTTCTCAC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A911JQ U 1
AF RR3GN50JQ U 1
AF RR3A911TF C 57
BS 1 715 RR3A911JQ
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BS 769 813 RR3GN50JQ
BS 814 831 RR3A911TF

RD RR3A911JQ 715 0 0
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TGTCAGCTCGAACTCATCACGTAGCATTTGAAGCAATTTTCTGACTCCAGCCTCTCCTTC
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AGAGTCATTGGCCTCGTCCATCTTTCCGAGGTCAAGACCTTCAAAGTTCTTCAAT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3GN50JQ 823 0 0
C
CAGAATCACTAGGCATCGTTTTGCGATTCAGACATAAAAGGAGAAACAAGTTTTTGATAG
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GTTCTCTGGTTGTTTTTGGTGTCTCTCTATAACCTGGCCGAAGGACGTGGAGTGTCCCAT
TCGGTGGTGATGTGGTTACGGGTGATTTCCTTGAGAGACCTGCACCCACTTAACGCCATT
GTCAGCTCGAACTCATCACGTAGCATTTGAAGCACTTTTCTGACTCCAGCCTCTCCTTCA
GCAGCAAGTGAGAATACCACTGGTCTTCCAATAAATATCCCTGAGGCTCCAAGAGCAAGT
GCCTTGAAAACATCTGTGCCACGTCTAACACCACCATCCAAGAAGATAGGGATACGTCCT
TGTGTCGCTTTGACAACCTCTTCCAGGGCTGAGATTGTTGCTGGGACATAGTCAAGCTGG
CGAGCTCCATGGTTTGACACAATGATCCCGGCTGCTCCAGCTTGAACCGCTATCCTTGCA
TCCTCTCCTGTAATAACACCCTTGACAAGAATCGGCATTTTGGTAATTGTCTGGAGCCAC
TGGACATCCTTCCAGCTCAAGGTACGGTCAATTTGACCAGCAACATATGAAGCCAAGCCA
GAGTCATTGGCCTCGTCCATCTTTCCGAGGTCAAGACCTTCAAAGTTCTTCAATGTCAGG
TTTGGAGGCAAAGTAAATCTGTTCTTGATATCAGACTCTCTGCGAC*TAGCCTTGGGGTG
TCTACAGTGAGAGCAATGGCTTTAAACCCTGC
TCTCTCAGCT

QA 2 813 2 813
DS 

RD RR3A911TF 775 0 0
GATAGGTAGCAGCAAAGTAGCCCCGATCAGAATATGAGAGAAAGTGTAGCCATATTACAT
TACATGTTCTCTGGTTGTTTTTGGTGTCTCTCTATAACCTGGCCGAAGGACGTGGAGTGT
CCCATTCGGTGGTGATGTGGTTACGGGTGATTTCCTTGAGAGACCTGCACCCACTTAACG
CCATTGTCAGCTCGAACTCATCACGTAGCATTTGAAGCAATTTTCTGACTCCAGCCTCTC
CTTCAGCAGCAAGTGAGAATACCACTGGTCTTCCAATAAATATCCCTGAGGCTCCAAGAG
CAAGTGCCTTGAAAACATCTGTGCCACGTCTAACACCACCATCCAAGAAGACAGGGATAC
GTCCTTGTGTCGCTTTGACAACCTCTTCCAGGGCTGAGATTGTTGCTGGGACATAGTCAA
GCTGGCGAGCTCCATGGTTTGACACAATGATCCCGGCTGCTCCAGCTTGAACCGCTATCC
TTGCATCCTCTCCTGTAATAACACCCTTGACAAGAATCGGCATTTTGGTAATTGTCTGGA
GCCACTGGACATCCTTCCAGCTCAAGGTACGGTCAATTTGACCAGCAACATATGAAGCCA
AGCCAGAGTCATTGGCCTCGTCCATCTTTCCGAGGTCAAGACCTTCAAAGTTCTTCAATG
TCAGGTTTGGAGGCAAAGTAAATCTGTTCTTGATATCAGACTCTCTGCGACCTAGCCTTG
GGGTGTCTACAGTGAGAGCAATGGCTTTAAACCCTGCTCTCTCAGCTCTTCTCAC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 2 8

CO CL576Contig1 271 2 1 U
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TCTCTTTTATGTATATTATAGGGATTAACACTACATTTCCTAAGTTATGCGGAAAAAATG
GTGATTTCGATAGGGGTTGATTCTACAGCCATACCAAGTCCTCACAAGCTTTGCGATGCA
ATAGAGGACTCTCTAAAAGCCATGAAAGCCGCTCTCTCAGAAAGAGGATTAGTAAAAGCA
CCTTCAGTTAAAGATGTTTATATGAGTCTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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TCTCTTTTATGTATATTATAGGGATTAACACTACATTTCCTAAGTTATGCGGAAAAAATG
GTGATTTCGATAGGGGTTGATTCTACAGCCATACCAAGTCCTCACAAGCTTTGCGATGCA
ATAGAGGACTCTCTAAAAGCCATGAAAGCCGCTCTCTCAGAAAGAGGATTAGTAAAAGCA
CCTTCAGTTAAAGATGTTTATATGAGTCTCC

QA 1 271 1 271
DS 

RD RR3AZ86TF 271 0 0
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TCTCTTTTATGTATATTATAGGGATTAACACTACATTTCCTAAGTTATGCGGAAAAAATG
GTGATTTCGATAGGGGTTGATTCTACAGCCATACCAAGTCCTCACAAGCTTTGCGATGCA
ATAGAGGACTCTCTAAAAGCCATGAAAGCCGCTCTCTCAGAAAGAGGATTAGTAAAAGCA
CCTTCAGTTAAAGATGTTTATATGAGTCTCC

QA 1 271 1 271
DS 



CO CL576Contig2 1678 6 2 U
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CGCGTGTGTTCCAGTCGCCAGGCACCAGCTGCTGCATCATCACCATGATCGGTTGCAAAA
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GTTTCTCAAGCAAATTGTCAGATGATGGTTTGAGTTGGGTTAAGACAAAAGTCAACATAG
AGGACCATGTGTTTATAGTAGATATGGACTCGAACGAGATCGGAGAAGATGGAGAAAGTT
ACGTTGAGGACTACGTTACACGTCTCACTATGCTTCCTCTTGATAAATCGAAACCTTTAT
GGGATATTCACATCCTCAACGTCAAAACATCTGATGCAGAGGCTGTCTGTGTGATAAGAT
CTCACCATTCATTAGGAGATGGATCATCCCTTATGTCTCTCTTAGTCGCATGTACTCAGA
AAACATCAAACGGGAACACTGCTTCTACTACCCCTGTTCTTACCAGACGTAAAATGGTGC
CGAACGACAACACCTCATGGTTCTTAAGGTCGGTACTAGAGGTTTTTTCATCAGTGAGAC
TGATTTGGAATACTTTCGTGGATATCTTGCTGGCCCTGGCGATTGCTTTGTTCTTGAA*G
GATACGAAGACACATCTAAAAGGCGATATGGGTATCCAGAGTAATCCGAAGAAATTTTGC
CACCGAATTGTCTCGTTGGATGACATAAGACTCATAAAAGAAGTTATGAACATGACTATC
AACGATGTTTTGCTCGGAGTTACACAGTCTGCTATTTCACGCTATCTAAGTAATATGCCT
GGTAATATACGACTTACAGCATGTGTTTTAGTAAACTTAAGGCCAGACACTGGGATTCAG
CCATTAGCAGATATGACGGCTAAAGACTCGAAATGCAGATGGGGAAACTACTTCAGCTCT
ATCTATTTCCCTTTATATACTGGCTCAGAAACTGATCCCATTAGTGTATCTATCGAAGGC
TAAATCAAATATGGATCGGAGCAAGAACTCACTTCTTGCTACTTTGATATATTCAAGTAC
AAAATTATTCTTCAATATTTTTGGAGCAAAGGTAGGTGCAATATTAGTCGAACGACTTTT
TTTGAACACAACGACAGTCATTTCAAACATGATCGGTCCTATGGATGAAATCAGCTTCCA
TGGCCACCCCATTGCCTACATTGCTCCAAGTGTCTATGGACACTCTCATGGATTAACACT
ACATTTCCTAAGTTATGCGGAAAAAATGGTGATTTCGATAGGGGTTGATTCTACAGCCAT
ACCAAGTCCTCACAAGCTTTGCGATGCAATAGAGGACTCTCTAAAAGCCATGAAAGCCGC
TCTCTCAGAAAGAGGATTAGTAAAAGCACCTTCAGTTAAAGATGTTTATATGAGTCTCCA
AAAAAAAAATTGGGAAGAAAAAAGGAACAATGAAATGGAAAATTTTAATATAAAGAACCT
CATTAAAACCTTATAGAACACTTGAAAATAATAGGCTGGTTCAATTTATTTAGAACTTTT
CAGTTATATAATTAAACTGTATTACTGTTACTTTTTGTTTGAGAAATTGTATATTTTTTT
ATGAATACCTATCCAAACCGTTTTTATGTACACTTCAATGGAAATAATATTTAGTACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC93TF U 1
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CGCGTGTGTTCCAGTCGCCAGGCACCAGCTGCTGCATCATCACCATGATCGGTTGCAAAA
TCAAGATCAATGCTGACGTCATTCTAAGTGGCTTGAACCATAATGTTTCCACACATCCTC
GTTTCTCAAGCAAATTGTCAGATGATGGTTTGAGTTGGGTTAAGACAAAAGTCAACATAG
AGGACCATGTGTTTATAGTAGATATGGACCCGAACGAGATCGGAGAAGATGGAGAAAGTT
ACGTTGAGGACTACGTTACACGTCTCACTATGCTTCCTCTTGATAAATCGAAACCTTTAT
GGGATATTCACATCCTCAACGTCAAAACATCTGATGCAGAGGCTGTCTGTGTGATAAGAT
CTCACCATTCATTAGGAGATGGATCATCCCTTATGTCTCTCTTAGTCGCATGTACTCAGA
AAACATCAAACGGGAACACTGCTTCTACTACCCCTGTTCTTACCAGACGTAAAATGGTGC
CGAACGCCAACACCTCATGGTTCTTAGGGTCGGTACTAGAGGTTTTTTCATCAGTGAGAC
TGATTTGGAATACTTTCGTGGATATCTTGCTGGCCCTGGCGATTGCTTTGTTC

QA 1 653 1 653
DS 

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TGCTGACGTCATTCTAAGTGGCTTGAACCATAATGTTTCCACACATCCTCGTTTCTCAAG
CAAATTGTCAGATGATGGTTTGAGTTGGGTTAAGACAAAAGTCAACATAGAGGACCATGT
GTTTATAGTAGATATGGACTCGAACGAGATCGGAGAAGATGGAGAAAGTTACGTTGAGGA
CTACGTTACACGTCTCACTATGCTTCCTCTTGATAAATCGAAACCTTTATGGGATATTCA
CATCCTCAACGTCAAAACATCTGATGCAGAGGCTGTCTGTGTGATAAGATCTCACCATTC
ATTAGGAGATGGATCATCCCTTATGTCTCTCTTAGTCGCATGTACTCAGAAAACATCAAA
CGGGAACACTGCTTCTACTACCCCTGTTCTTACCAGACGTAAAATGGTGCCGAACGACAA
CACCTCATGGTTCTTAAGGTCGGTACTAGAGGTTTTTTCATCAGTGAGACTGATTTGGAA
TACTTTCGTGGATATCTTGCTGGCCCTGGCGATTGCTTTGTTCTTGAAAGGATACGAAGA
CACATC

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3GL18TF 653 0 0
CGCGTGTGTTCCAGTCGCCAGGCACCAGCTGCTGCATCATCACCATGATCGGTTGCAAAA
TCAAGATCAATGCTGACGTCATTCTAAGTGGCTTGAACCATAATGTTTCCACACATCCTC
GTTTCTCAAGCAAATTGTCAGATGATGGTTTGAGTTGGGTTAAGACAAAAGTCAACATAG
AGGACCATGTGTTTATAGTAGATATGGACTCGAACGAGATCGGAGAAGATGGAGAAAGTT
ACGTTGAGGACTACGTTACACGTCTCACTATGCTGC*TCTTGATAAATCGAAACCTTTAT
GGGATATTCACATCCTCAACGTCAAAACATCTGATGCAGAGGCTGTCTGTGTGATAAGAT
CTCACCATTCATTAGGAGATGGATCATCCCTTATGTCTCTCTTAGTCGCATGTACTCAGA
AAACATCAAACGGGAACACTGCTTCTACTACCCCTGTTCTTACCAGACGTAAAATGGTGC
CGAACGACAACACCTCATGGTTCTTAAGGTCGGTACTAGAGGTTTTTTCATCAGTGAGA*
TGATTTGGAATACTTTCGTGGATATCTTGCTGGCCCTGGCGATTGCTTTGTTCTTGAA*G
GATACGAAGACACATCTAAAAG*CGATATGGGTATCCAGAGTAATCCGAAGAA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3B033TF 871 0 0
GGAAGAGGAAATAGACGATGTCGGTGGGGGACGAAGACGGAGAACCGCTCAGCCCGATGG
CGCGTGTGTTCCAGTCGCCAGGCACCAGCTGCTGCATCATCACCATGATCGGTTGCAAAA
TCAAGATCAATGCTGACGTCATTCTAAGTGGCTTGAACCATAATGTTTCCACACATCCTC
GTTTCTCAAGCAAATTGTCAGATGATGGTTTGAGTTGGGTTAAGACAAAAGTCAACATAG
AGGACCATGTGTTTATAGTAGATATGGACTCGAACGAGATCGGAGAAGATGGAGAAAGTT
ACGTTGAGGACTACGTTACACGTCTCACTATGCTTCCTCTTGATAAATCGAAACCTTTAT
GGGATATTCACATCCTCAACGTCAAAACATCTGATGCAGAGGCTGTCTGTGTGATAAGAT
CTCACCATTCATTAGGAGATGGATCATCCCTTATGTCTCTCTTAGTCGCATGTACTCAGA
AAACATCAAACGGGAACACTGCTTCTACTACCCCTGTTCTTACCAGACGTAAAATGGTGC
CGAACGACAACACCTCATGGTTCTTAAGGTCGGTACTAGAGGTTTTTTCATCAGTGAGAC
TGATTTGGAATACTTTCGTGGATATCTTGCTGGCCCTGGCGATTGCTTTGTTCTTGAA*G
GATACGAAGACACATCTAAAAGGCGATATGGGTATCCAGAGTAATCCGAAGAAATTTTGC
CACCGAATTGTCTCGTTGGATGACATAAGACTCATAAAAGAAGTTATGAACATGACTATC
AACGATGTTTTGCTCGGAGTTACACAGTCTGCTATTTCACGCTATCTAAGTAATATGCCT
GGTAATATACGACTTACAGCATGTGTTTTAG

QA 1 871 1 871
DS 

RD RR3B033JQ 951 0 0
TGT
TCTCGTTGGATGACATAAGACTCATAAAAGAAGT*ATGAACATGACTATCAACGATGTTT
TGCTCGGAGTTACACAGTCTGCTATTTCACGCTATCTAAGTAATATGCCTGGTAATATAC
GACTTACAGCATGTGTTTTAGTAAACTTAAGGCCAGACACTGGGATTCAGCCATTAGCAG
ATATGACGGCTAAAGACTCGAAATGCAGATGGGGAAACTACTTCAGCTCTATCTATTTCC
CTTTATATACTGGCTCAGAAACTGATCCCATTAGTGTATCTATCGAAGGCTAAATCAAAT
ATGGATCGGAGCAAGAACTCACTTCTTGCTACTTTGATATATTCAAGTACAAAATTATTC
TTCAATATTTTTGGAGCAAAGGTAGGTGCAATATTAGTCGAACGACTTTTTTTGAACACA
ACGACAGTCATTTCAAACATGATCGGTCCTATGGATGAAATCAGCTTCCATGGCCACCCC
ATTGCCTACATTGCTCCAAGTGTCTATGGACACTCTCATGGATTAACACTACATTTCCTA
AGTTATGCGGAAAAAATGGTGATTTCGATAGGGGTTGATTCTACAGCCATACCAAGTCCT
CACAAGCTTTGCGATGCAATAGAGGACTCTCTAAAAGCCATGAAAGCCGCTCTCTCAGAA
AGAGGATTAGTAAAAGCACCTTCAGTTAAAGATGTTTATATGAGTCTCCAAAAAAAAAAT
TGGGAAGAAAAAAGGAACAATGAAATGGAAAATTTTAATATAAAGAACCTCATTAAAACC
TTATAGAACACTTGAAAATAATAGGCTGGTTCAATTTATTTAGAACTTTTCAGTTATATA
ATTAAACTGTATTACTGTTACTTTTTGTTTGAGAAATTGTATATTTTTTTATGAATACCT
ATCCAAACCGTTTTTATGTACACTTCAATGGAAATAATATTTAGTACC

QA 4 951 4 951
DS 

RD RR3AY77JQ 921 0 0
TG
TCTCGTTGGATGACATA*GACTCATAAAAGAAGTTATGAACATGACTATCAACGATGTTT
TGCTCGGAGTTACACAGTCTGCTATTTCACGCTATCTAAGTAATATGCCTGGTAATATAC
GACTTACAGCATGTGTTTTAGTAAACTTAAGGCCAGACACTGGGATTCAGCCATTAGCAG
ATATGACGGCTAAAGACTCGAAATGCAGATGGGGAAACTACTTCAGCTCTATCTATTTCC
CTTTATATACTGGCTCAGAAACTGATCC*ATTAGTGTATCTATCGAAGGCTAAATCAAAT
ATGGATCGGAGCAAGAACTCACTTCTTGCTACTTTGATATATTCAAGTACAAAATTATTC
TTCAATATTTTTGGAGCAAAGGTAGGTGCAATATTAGTCGAACGACTTTTTTTGAACACA
ACGACAGTCATTTCAAACATGATCGGTCCTATGGATGAAATCAGCTTCCATGGCCACCCC
ATTGCCTACATTGCTCCAAGTGTCTATGGACACTCTCATGGATTAACACTACATTTCCTA
AGTTATGCGGAAAAAATGGTGATTTCGATAGGGGTTGATTCTACAGCCATACCAAGTCCT
CACAAGCTTTGCGATGCAATAGAGGACTCTCTAAAAGCCATGAAAGCCGCTCTCTCAGAA
AGAGGATTAGTAAAAGCACCTTCAGTTAAAGATGTTTATATGAGTCTCCAAAAAAAA**T
TGGGAAGAAAAAAGGAACAATGAAATGGAAAATTTTAATATAAAGAACCTCATTAAAACC
TTATAGAACACTTGAAAATAATAGGCTGGTTCAATTTATTTAGAACTTTTCAGTTATATA
ATTAAACTGTATTACTGTTACTTTTTGTTTGAGAAATTGTATATTTTTTTATGAATACCT
ATCCAAACCGTTTTTATG
G

QA 3 920 3 920
DS 



AS 2 9

CO CL577Contig1 711 4 5 U
CTGTTTGTGATCTTTATATGTTTAGTAACCATGACCATAAAATTTAAGCACGTTTGTTCC
TTGAAATGATTAAAACCACAATTGTGACATGACAAAACAAAACAAGCACTAACACGAAAA
TGAGAAATTAAATCCAGTTGAGACACGAAGTGAATAGAAACGAGAATTCTTGAAGAACTT
CCAAATTCAATCCATGCCCTCTAAGCAACAAGGGTGCTGGCAGTAGTAGACTCGTACTTC
CAGACTGGAGGAAGCTTCTTGGTCTTCTTGTAATAGCGAGCAAGACGGTGGATCCTGCTC
TCGACAAGAATCAACATAAACTTGGAATCTTTGTCTTTCCTGTTCCTCTCCAAGTGCTTG
CGGATAGCAACTGCTTTCTTGATCAAGTGGTATAGATCCTCAGGAATCTCAGGTGCAAGA
CCGTGTGCTTTCAAGATTCGCAAGATCTTGTTACCGGTAACACTCTTGACCTGAGGGATA
CCGTGAGAGTCACGGAGAATGACACCAATCTGAGATGGTGTCAAACCCTTCTTTACAAAC
TTGCATATCGACTCATCAACATCGAGAGCGGTGGTCTTGAGCCAAGCCGGAGGTGAACGC
TTGTACGGCAAAGCAGATGCAGAGATCCCCTTTCCTCTTGAATGCATACGCCCCATCTTG
AAGTACTAGAAGAGTTTTCTTCACTGTCTGTCTCGATGAGATCTTTCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3D255JQ U 7
AF RR3AE08TF C 1
AF RR3D255TF C 7
AF RR3AE08JQ U 36
BS 1 6 RR3AE08TF
BS 7 534 RR3D255JQ
BS 535 535 RR3AE08JQ
BS 536 579 RR3D255JQ
BS 580 711 RR3AE08JQ

RD RR3D255JQ 573 0 0
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TGATTAAAACCACAATTGTGACATGACAAAACAAAACAAGCACTAACACGAAAATGAGAA
ATTAAATCCAGTTGAGACACGAAGTGAATAGAAACGAGAATTCTTGAAGAACTTCCAAAT
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AGAATCAACATAAACTTGGAATCTTTGTCTTTCCTGTTCCTCTCCAAGTGCTTGCGGATA
GCAACTGCTTTCTTGATCAAGTGGTATAGATCCTCAGGAATCTCAGGTGCAAGACCGTGT
GCTTTCAAGATTCGCAAGATCTTGTTACCGGTAACACTCTTGACCTGAGGGATACCGTGA
GAGTCACGGAGAATGACACCAATCTGAGATGGTGTCAAACCCTTCTTTGCAAACTTGCAT
ATCGACTCATCAACATCGAGAGCGGTGGTCTTG

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3AE08TF 711 0 0
CTGTTTGTGATCTTTATATGTTTAGTAACCATGACCATAAAATTTAAGCACGTTTGTTCC
TTGAAATGATTAAAACCACAATTGTGACATGACAAAACAAAACAAGCACTAACACGAAAA
TGAGAAATTAAATCCAGTTGAGACACGAAGTGAATAGAAACGAGAATTCTTGAAGAACTT
CCAAATTCAATCCATGCTCTCTAAGCAACAAGGGTGCTGGCAGTAGTAGACTCGTACTTC
CAGACTGGAGGAAGCTTCTTGGTCTTCTTGTAATAGCGAGCAAGACGGTGGATCCTGCTC
TCGACAAGAATCAACCTAAACTTGGAATCTTTGTCTTTCCTGTTCCTCTCCAAGTGCTTG
CGGATAGCAACTGCTTTCTTGATCAAGTGGTATAGATCCTCAGGAATCTCAGGTGCAAGA
CCGTGTGCTTTCAAGATTCGCAAGATCTTGTTACCGGTAACACTCTTGACCTGAGGGATA
CCGTGAGAGT*ACGGAGAATGACACCAATCTGAGATGGTGTCAAACCCTTCTTTACAAAC
TTGCATATCGACTCATCAACATCGAGAGCGGTGGTCTTGAGCCAAGCCGGAGGTGAACGC
TTGTACGGCAAAGCAGATGCAGAGATCCCCTTTCCTCTTGAATGCATACGCCCCATCTTG
AAGTACTAGAAGAGTTTTCTTCACTGTCTGTCTCGATGAGATCTTTCCTCC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3D255TF 705 0 0
GTGATCTTTATATGTTTAGTAACCATGACCATAAAATTTAAGCACGTTTGTTCCTTGAAA
TGATTAAAACCACAATTGTGACATGACAAAACAAAACAAGCACTAACACGAAAATGAGAA
ATTAAATCCAGTTGAGACACGAAGTGAATAGAAACGAGAATTCTTGAAGAACTTCCAAAT
TCAATCCATGCCCTCTAAGCAACAAGGGTGCTGGCAGTAGTAGACTCGTACTTCCAGACT
GGAGGAAGCTTCTTGGTCTTCTTGTAATAGCGAGCAAGACGGTGGATCCTGCTCTCGACA
AGAATCAACATAAACTTGGAATCTTTGTCTTTCCTGTTCCTCTCCAAGTGCTTGCGGATA
GCAACTGCTTTCTTGATCAAGTGGTATAGATCCTCAGGAATCTCAGGTGCAAGACCGTGT
GCTTTCAAGATTCGCAAGATCTTGTTACCGGTAACACTCTTGACCTGAGGGATACCGTGA
GAGTCACGGAGAATGACACCAATCTGAGATGGTGTCAAACCCTTCTTTGCAAACTTGCAT
ATCGACTCATCAACATCGAGAGCGGTGGTCTTGAGCCAAGCCGGAGGTGAACGCTTGTAC
GGCAAAGCAGATGCAGAGATCCCCTTTCCTCTTGAATGCATACGCCCCATCTTGAAGTAC
TAGAAGAGTTTTCTTCACTGTCTGTCTCGATGAGATCTTTCCTCC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3AE08JQ 676 0 0
CATAAAATTTAAGCACGTTAGTTCCTTGAAATGATTAAAACCACAATTGTGACATGACAA
AACAAAACAAGCACTAACACGAAAATGAGAAATTAAATCCAGTTGAGACACGAAGTGAAT
AGAAACGAGAATTCTTGAAGAACTTCCAAATTCAATCCATGCTCTCTAAGCAACAAGGGT
GCTGGCAGTAGTAGACTCGTACTTCCAGACTGGAGGAAGCTTCTTGGTCTTCTTGTAATA
GCGAGCAAGACGGTGGATCCTGCTCTCGACAAGAATCAACCTAAACTTGGAATCTTTGTC
TTTCCTGTTCCTCTCCAAGTGCTTGCGGATAGCAACTGCTTTCTTGATCAAGTGGTATAG
AACCTCAGGAATCTCAGGTGCAAGACCGTGTGCTTTCAAGATTCGCAAGATCTTGTTACC
GGTAACACTCTTGACCTGAGGGATACCGTGAGAGT*ACGGAGAATGACACCAATCTGAGA
TGGTGTCAAACCCTTCTTTACAAACTTGCATATCGACTCATCAACATCGAGAGCGGTGGT
CTTGAGCCAAGCCGGAGGTGAACGCTTGTACGGCAAAGCAGATGCAGAGATCCCCTTTCC
TCTTGAATGCATACGCCCCATCTTGAAGTACTAGAAGAGTTTTCTTCACTGTCTGTCTCG
ATGAGATCTTTCCTCC

QA 1 676 1 676
DS 



CO CL577Contig2 691 5 6 U
GCTTAGTAACCATGACTATAAAATTAAAGCACGTTTGTTCCTTGAAATGATTAAAACCAC
AATTGTGACATGACAAAACAAAACAAGCACTAACACGAAAATGAGAAATTAAATCCAGTT
GATACACGAAGTGAATAGAAACAAGAGTTCTTGAAGAACTTCCAATTCAATCCATGCTCT
CTAAGCAACAAGGGTGCTGGCAGTAGTAGACTCGTACTTCCAGACAGGAGGAAGCTTCTT
GGTCTTCTTGTAATAGCGAGCAAGACGGTGGATCCTGCTCTCAACAAGAATCAACCTAAA
CTTGGAATCTTTGTCCTTCCTGTTCCTCTCCAAGTGCTTGCGGATAGCAACTGCTTTCTT
GATCAAGTGGTACAGATCCTCAGGAATCTCAGGTGCAAGACCGTGTGCTTTCAAGATTCG
CAAGATCTTGTTACCGGTAACACTCTTGACCTGAGGGATACCGTGAGAGTCACGGAGAAT
GACACCAATCTGAGATGGTGTCAAACCCTTCTTTGCAAACTTGCATATCGACTCATCAAC
ATCGAGAGCGGTGGTCTTGAGCCAAGCCGGAGGTGAACGCTTGTACGGCAAAGCAGATGC
GGAGATTCCCTTTCCTCTTGAATGCATACGCCCCATCTTGAAGTACTAGCTAGAGTTTCT
TCACTGTCTGTCTCGATGAGATCTTTCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 20 20 

AF RR3C889JQ U 1
AF RR3BD77JQ U 26
AF RR3AX53JQ U 26
AF RR3AX53TF C 26
AF RR3BD77TF C 26
BS 1 443 RR3C889JQ
BS 444 444 RR3BD77JQ
BS 445 591 RR3C889JQ
BS 592 592 RR3BD77JQ
BS 593 689 RR3C889JQ
BS 690 691 RR3BD77JQ

RD RR3C889JQ 695 0 0
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AATTGTGACATGACAAAACAAAACAAGCACTAACACGAAAATGAGAAATTAAATCCAGTT
GATACACGAAGTGAATAGAAACAAGAGTTCTTGAAGAACTTCCAATTCAATCCATGCTCT
CTAAGCAACAAGGGTGCTGGCAGTAGTAGACTCGTACTTCCAGACAGGAGGAAGCTTCTT
GGTCTTCTTGTAATAGCGAGCAAGACGGTGGATCCTGCTCTCAACAAGAATCAACCTAAA
CTTGGAATCTTTGTCCTTCCTGTTCCTCTCCAAGTGCTTGCGGATAGCAACTGCTTTCTT
GATCAAGTGGTACAGATCCTCAGGAATCTCAGGTGCAAGACCGTGTGCTTTCAAGATTCG
CAAGATCTTGTTACCGGTAACACCCTTGACCTGAGGGATACCGTGAGAGTCACGGAGAAT
GACACCAATCTGAGATGGTGTCAAACCCTTCTTTGCAAACTTGCATATCGACTCATCAAC
ATCGAGAGCGGTGGTCTTGAGCCAAGCCGGAGGTGAACGCTTGTACGGCAAGGCAGATGC
GGAGATTCCCTTTCCTCTTGAATGCATACGCCCCATCTTGAAGTACTAGCTAGAGTTTCT
TCACTGTCTGTCTCGATGAGATCTTTCCT
TCCTCC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3BD77JQ 666 0 0
A
AAGCACGTTTGTTCCTTGAAATGATTAAAACCACAATTGTGACATGACAAAACAAAACAA
GCACTAACACGAAAATGAGAAATTAAATCCAGTTGATACACGAAGTGAATAGAAACAAGA
GTTCTTGAAGAACTTCCAATTCAATCCATGCTCTCTAAGCAACAAGGGTGCTGGCAGTAG
TAGACTCGTACTTCCAGACAGGAGGAAGCTTCTTGGTCTTCTTGTAATAGCGAGCAAGAC
GGTGGATCCTGCTCTCAACAAGAATCAACCTAAACTTGGAATCTTTGTCCTTCCTGTTCC
TCTCCAAGTGCTTGCGGATAGCAACTGCTTTCTTGATCAAGTGGTACAGATCCTCAGGAA
TCTCAGGTGCAAGACCGTGTGCTTTCAAGATTCGCAAGATCTTGTTACCGGTAACACTCT
TGACCTGAGGGATACCGTGAGAGTCACGGAGAATGACACCAATCTGAGATGGTGTCAAAC
CCTTCTTTGCAAACTTGCATATCGACTCATCAACATCGAGAGCGGTGGTCTTGAGCCAAG
CCGGAGGTGAACGCTTGTACGGCAAAGCAGATGCGGAGATTCCCTTTCCTCTTGAATGCA
TACGCCCCATCTTGAAGTACTAGCTAGAGTTTCTTCACTGTCTGTCTCGATGAGATCTTT
CCTCC

QA 2 666 2 666
DS 

RD RR3AX53JQ 662 0 0
AAAA
CACGTTTGTTCCTTGAAATGATTAAAACCACAATTGTGACATGACAAAACAAAACAAGCA
CTAACACGAAAATGAGAAATTAAATCCAGTTGATACACGAAGTGAATAGAAACAAGAGTT
CTTGAAGAACTTCCAATTCAATCCATGCTCTCTAAGCAACAAGGGTGCTGGCAGTAGTAG
ACTCGTACTTCCAGACAGGAGGAAGCTTCTTGGTCTTCTTGTAATAGTGAGCAAGACGGT
GGATCCTGCTCTCAACAAGAATCAACCTAAACTTGGAATCTTTGTCCTCCCTGTTCCTCT
CCAAGTGCTTGCGGATAGCAACTGCTTTCTTGATCAAGTGGTACAGATCCTCAGGAATCT
CAGGTGCATGACCGTGTGCTTTCAAGATTCGCAAGATCTTGTTACCGGTAACACTCTTGA
CCTGAGGGATACCGTGAGAGTCACGGAGAATGACACCAATCTGAGATGGTGTCAAACCCT
TCTTTGCAAACTTGCATATCGACTCATCAACATCGAGAGCGGTGGTCTTGAGCCAAGCCG
GAGGTGAACGCTTGTACGGCAAAGCAGATGCGGAGATTCCCTTTCCTCTTGAATGCATAC
GCCCCATCTTGAAGTACTAGCTAGAGTTTCTTCACTGTCTGTCTCGATGAGATCTTTC

QA 5 662 5 662
DS 

RD RR3AX53TF 662 0 0
AAAA
CACGTTTGTTCCTTGAAATGATTAAAACCACAATTGTGACATGACAAAACAAAACAAGCA
CTAACACGAAAATGAGAAATTAAATCCAGTTGATACACGAAGTGAATAGAAACAAGAGTT
CTTGAAGAACTTCCAATTCAATCCATGCTCTCTAAGCAACAAGGGTGCTGGCAGTAGTAG
ACTCGTACTTCCAGACAGGAGGAAGCTTCTTGGTCTTCTTGTAATAGTGAGCAAGACGGT
GGATCCTGCTCTCAACAAGAATCAACCTAAACTTGGAATCTTTGTCCTCCCTGTTCCTCT
CCAAGTGCTTGCGGATAGCAACTGCTTTCTTGATCAAGTGGTACAGATCCTCAGGAATCT
CAGGTGCATGACCGTGTGCTTTCAAGATTCGCAAGATCTTGTTACCGGTAACACTCTTGA
CCTGAGGGATACCGTGAGAGTCACGGAGAATGACACCAATCTGAGATGGTGTCAAACCCT
TCTTTGCAAACTTGCATATCGACTCATCAACATCGAGAGCGGTGGTCTTGAGCCAAGCCG
GAGGTGAACGCTTGTACGGCAAAGCAGATGCGGAGATTCCCTTTCCTCTTGAATGCATAC
GCCCCATCTTGAAGTACTAGCTAGAGTTTCTTCACTGTCTGTCTCGATGAGATCTTTC

QA 5 662 5 662
DS 

RD RR3BD77TF 666 0 0
A
AAGCACGTTTGTTCCTTGAAATGATTAAAACCACAATTGTGACATGACAAAACAAAACAA
GCACTAACACGAAAATGAGAAATTAAATCCAGTTGATACACGAAGTGAATAGAAACAAGA
GTTCTTGAAGAACTTCCAATTCAATCCATGCTCTCTAAGCAACAAGGGTGCTGGCAGTAG
TAGACTCGTACTTCCAGACAGGAGGAAGCTTCTTGGTCTTCTTGTAATAGCGAGCAAGAC
GGTGGATCCTGCTCTCAACAAGAATCAACCTAAACTTGGAATCTTTGTCCTTCCTGTTCC
TCTCCAAGTGCTTGCGGATAGCAACTGCTTTCTTGATCAAGTGGTACAGATCCTCAGGAA
TCTCAGGTGCAAGACCGTGTGCTTTCAAGATTCGCAAGATCTTGTTACCGGTAACACTCT
TGACCTGAGGGATACCGTGAGAGTCACGGAGAATGACACCAATCTGAGATGGTGTCAAAC
CCTTCTTTGCAAACTTGCATATCGACTCATCAACATCGAGAGCGGTGGTCTTGAGCCAAG
CCGGAGGTGAACGCTTGTACGGCAAAGCAGATGCGGAGATTCCCTTTCCTCTTGAATGCA
TACGCCCCATCTTGAAGTACTAGCTAGAGTTTCTTCACTGTCTGTCTCGATGAGATCTTT
CCTCC

QA 2 666 2 666
DS 



AS 2 6

CO CL578Contig1 988 3 15 U
GGAATTCTCATTCATTCGATCACTCTCTCGCTCTCTCTCACTTGGCGCGCTCCTCTCTGT
GTCTTTCCACAGAGTTTGTGTCTGTTGCGATAATATGGCCATGGCAGAGCTTTCAACTCC
CAAAACGACGTCGCCGTTTCTCAACTCTCCTTCGTCTGGGCTTCGTCTCTCCTCCAAGTT
GCATCTTTCAAACCAGTTTCGACATCTTCTTCTTCTTCCTCCACCTCTCCACGCAACTTC
CACCTCCAAAATATCTTGCTCTGTTTCTCAGAATAACCAAGCACCTGTAGCGGTTCAAGA
TAATGGGTCGGTGAAGACGAAGAAAGAGTGTTTTGGAGTGTTCTGTCTCACCTATGACCT
TAAAGCTGAAGAGGAGACGAAATCATGGAAGAAGATGATCAGTATTGCTGTTTCAGGTGC
TGCAGGAATGATATCTAACCACCTTCTCTTCAAACTTGCTTCAGGTGCAGTGTTTGGACC
AGACCAACCCATTGCTTTGAAACTTCTCGGATCAGAGAGATCAATCCAAGCTCTCGAAGG
CGTTGCAATGGAACTCGAGGATTCTTTGTTCCCGTTGCTGAGAGAAGTTGATATAGGAAC
AGATCCATATGAAGTGTTCCAAGATGTGGAGTGGGCTCTTCTGATTGGTGCAAAGCCTCG
AGGCCCTGGAATGGAACGTGCTGCATTGTTGGATATTAACGGACAGATATTTGCTGAGCA
GGGCAAAGCTCTTAACGCAGTTGCTTCCCCTAACGTCAAGGTCCTTGTAGTGGGGAATCC
TTGCAACACCAACGCCTTGATTTGTCTTAAAAATGCTCCCAACATTCCTGCAAAGAACTT
CCATGCTCTCACGAGGTTGGATGAGAATAGGGCCAAATGCCAGCTTGCTCTTAAAGCTGG
TGTCTTCTACGACAAAGTCTCTAATATGACCATATGGGGAAATCACTCCACTACACAGTG
CCAGACTTCTTGAACGCCAGAATCAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK15TF U 1
AF RR3DH96TF U 268
AF RR3DW74TF U 383
BS 1 318 RR3AK15TF
BS 319 319 RR3DH96TF
BS 320 459 RR3AK15TF
BS 460 460 RR3DH96TF
BS 461 659 RR3AK15TF
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BS 661 669 RR3AK15TF
BS 670 670 RR3DH96TF
BS 671 684 RR3AK15TF
BS 685 685 RR3DH96TF
BS 686 699 RR3AK15TF
BS 700 754 RR3DH96TF
BS 755 755 RR3DW74TF
BS 756 852 RR3DH96TF
BS 853 988 RR3DW74TF

RD RR3AK15TF 702 0 0
GGAATTCTCATTCATTCGATCACTCTCTCGCTCTCTCTCACTTGGCGCGCTCCTCTCTGT
GTCTTTCCACAGAGTTTGTGTCTGTTGCGATAATATGGCCATGGCAGAGCTTTCAACTCC
CAAAACGACGTCGCCGTTTCTCAACTCTCCTTCGTCTGGGCTTCGTCTCTCCTCCAAGTT
GCATCTTTCAAACCAGTTTCGACATCTTCTTCTTCTTCCTCCACCTCTCCACGCAACTTC
CACCTCCAAAATATCTTGCTCTGTTTCTCAGAATAACCAAGCACCTGTAGCGGTTCAAGA
TAATGGGTCGGTGAAGACTAAGAAAGAGTGTTTTGGAGTGTTCTGTCTCACCTATGACCT
TAAAGCTGAAGAGGAGACGAAATCATGGAAGAAGATGATCAGTATTGCTGTTTCAGGTGC
TGCAGGAATGATATCTAACCACCTTCTCTTCAAACTTGCGTCAGGTGCAGTGTTTGGACC
AGACCAACCCATTGCTTTGAAACTTCTCGGATCAGAGAGATCAATCCAAGCTCTCGAAGG
CGTTGCAATGGAACTCGAGGATTCTTTGTTCCCGTTGCTGAGAGAAGTTGATATAGGAAC
AGATCCATATGAAGTGTTCCAAGATGTGGAGTGGGCTCTTCTGATTGGTGCAAAGCCTCA
AGGCCCTGGGATGGAACGTGCTGCGTTGTTGGATATTAA
TGG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3DH96TF 585 0 0
G
CAGAATAACCAAGCACCTGTAGCGGTTCAAGATAATGGGTCGGTGAAGACGAAGAAAGAG
TGTTTTGGAGTGTTCTGTCTTACCTATGACCTTAAAGCTGAAGAGGAGACGAAATCATGG
AAGAAGATGATCAGTATTGCTGTTTCAGGTGCTGCAGGAATGATATCTAACCACCTTCTC
TTCAAACTTGCTTCAGGTGCAGTGTTTGGACCAGACCAACCCATTGCTTTGAAACTTCTC
GGATCAGAGAGATCAATCCAAGCTCTCGAAGGCGTTGCAATGGAACTCGAGGATTCTTTG
TTCCCGTTGCTGAGAGAAGTTGATATAGGAACAGATCCATACGAAGTGTTCCAAGATGTG
GAGTGGGCTCTTCTGATTGGTGCAAAGCCTCGAGGCCCTGGAATGGAACGTGCTGCATTG
TTGGATATTAACGGACAGATATTTGCTGAGCAGGGCAAAGCTCTTAACGCAGTTGCTTCC
CCTAACTTCAAGGTCCTTGTAGTGGGGAATCCTTGCAACACCAACGCCTTGATTTGTCTT
AAAAATGCTCCCAACATTCCTGCAAAGAACTTCCATGCTCTCAC

QA 2 585 2 585
DS 

RD RR3DW74TF 606 0 0
G
CATGGAAGAAGATGATCAGTATTGCTGTTTCAGGTGCTGCAGGAATGATATCTAACCACC
TTCTCTTCAAACTTGCTTCAGGTGCAGTGTTTGGACCAGACCAACCCATTGCTTTGAAAC
TTCTCGGATCAGAGAGATCAATCCAAGCTCTCGAAGGCGTTGCAATGGAACTCGAGGATT
CTTTGTTCCCGTTGCTGAGAGAAGTTGATATAGGAACAGATCCATAT*AAGTGTTCCAAG
ACGTGGAGTGGGCTCTTCTGATTGGTGCAAAGCCTCGAGGCCCTGGAATTGAACGTGCTG
CATTGTTGGATATTAATGGACAGATATTTGCTGAGCAGGGCAAAGCTCTTAACGCTGTTG
CTTCTCCTAACGTCAAGGTCCTTGTAGTGGGGGATCCTTGCAACACCAACGCCTTGATTT
GTCTTAAAAATGCTCCCAACATTCCTGCAAAGAACTTCCATGCTCTCACGAGGTTGGATG
AGAATAGGGCCAAATGCCAGCTTGCTCTTAAAGCTGGTGTCTTCTACGACAAAGTCTCTA
ATATGACCATATGGGGAAATCACTCCACTACACAGTGCCAGACTTCTTGAACGCCAGAAT
CAATG

QA 2 606 2 606
DS 



CO CL578Contig2 776 3 9 U
GGGAAAAGTTTGTGTGTTTGACATTAGATATGCATTACATAGTTTGTGTGTTTGGAACTA
AAAATAAAGCAGGTGTTTTACAAACACTACTGTATATGACTTTTGATGGATTTCTCAAGT
AAAATCACACATAAATGAGAGAAGAGTTCATTCACTTATTCCGACCAATCAACATGAGTA
AAGTGGGTGTGCTCTGTACAGCTTAACACCCAGAAGATAATATGCTTACTTTTGAGTTGA
GATTCTCAACGCCC*TCACCAAAATCAAACTTCACCAGGAAGCATAGTATCTACTGGACC
AAGATCACAGAAGGCAATGCCCTCTCCAGTGAGGTGTGCAACACATTGCTTCTCAGCCAA
CAGTTCTGCTTCCGACTTGGCGATTCGTTTGCGAAGGTAGTCATCAATTTCTACATCCTT
GACAAGTTCATAATCTCCATCCCCCTTTGACCTGCATGGCATGCTGAAAACAAGGTCCTC
AGCAATACCATAAGGATTGCCATTTGTGTACACCCCAGTCGAAAACCAGTCACCCTCAGG
AGTAGGAGTTACAAGAGACTTTATAGCATCAACAATGGAAACAGCTGTAGAAGCAGCAGA
AGATCGACCCCATTTCTGAATCAGTAAACCACCTCTCTTCTGCACACTCTCAGTAAACCC
CTCTTCTAACCATTTGTGATCTGTAATAACCTCCTTCACGGGCCGGCCATTGATTCTGGC
ATTCAAGAAGTCTGGCACCTGTGTAGTGGAGTGGTTTCCCCATATGGTCATATTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GB07JQ U 1
AF RR3DW74JQ U 20
AF RR3DH96JQ U 137
BS 1 78 RR3GB07JQ
BS 79 79 RR3DW74JQ
BS 80 597 RR3GB07JQ
BS 598 627 RR3DW74JQ
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BS 629 720 RR3DW74JQ
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BS 730 776 RR3DH96JQ

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AAAATAAAGCAGGTGTTT*ACAAACACTACTGTATATGACTTTTGATGGATTTCTCAAGT
AAAATCACACATAAATGAGAGAAGAGTTCATTCACTTATTCCGACCAATCAACATGAGTA
AAGTGGGTGTGCTCTGTACAGCTTAACACCCAGAAGATAATATGCTTACTTTTGAGTTGA
GATTCTCAACGCCC*TCACCAAAATCAAACTTCACCAGGAAGCATAGTATCTACTGGACC
AAGATCACAGAAGGCAATGCCCTCTCCAGTGAGGTGTGCAACACATTGCTTCTCAGCCAA
CAGTTCTGCTTCCGACTTGGCGATTCGTTTGCGAAGGTAGTCATCAATTTCTACATCCTT
GACAAGTTCATAATCTCCATCCCCCTTTGACCTGCATGGCATGCTGAAAACAAGGTCCTC
AGCAATACCATAAGGATTGCCATTTGTGTACACCCCAGTCGAAAACCAGTCACCCTCAGG
AGTAGGAGTTACAAGAGACTTTATAGCATCAACAATGGAAACAGCTGTAGAAGCAGC
CGAA

QA 1 597 1 597
DS 

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GACATTAGATATGCATTACATAGTTTGTGTGTTTGGAACTAAAA*TAAAGCAGGTGTTTT
ACAAACACTACTGTATATGACTTTTGATGGATTTCTCAAGTAAAATCACACATAAATGAG
AGAAGAGTTCATTCACTTATTCCGACCAATCAACATGCGTAAAGTGGGTGTGCTCTGTAC
AGCTTAACACCCAGAAGATAATATGCTTACTTTTGAGTTGAGATTCTCAACGCCCCTCAC
TAAAATCAAACTTCACCAGGAAGCATAGTATCTACTGGACCAAGATCACAGAAGGCAATA
CCATCTCCAGTGAGGTGTGCAACACATTGCTTCTCGGCCAACAGTTCTGCTTCCGACTTG
GCGATTCGTTTGCGAAGGTAGTCATCAATTTCTACATCCTTGACAAGTTCATAATCTCCA
TCCCCCTTTGACCTGCATGGCATGCTGAAAACAAGGTCCTCAGCAATACCATAAGGATTT
CCATTTGTGTACACCCCAGTCGAAAACCAGTCACCCTCAGGAGTAGGAGTTACAAGAGAC
TTTATAGCATCAACAATGGAAACAGCTGTAGAAGCAGCAGAAGATCGACCCCATTTCTGA
ATCAGTAAGCCACCTCTCTTCTGCACACTCTCAGTAAACCCCTCTTCTAACCATTTGTGA
TCTGTAATAACCTCCTTCACGGGCCGGCCATTGATTCTGGCGTTCAAGAA

QA 1 710 1 710
DS 

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GAGAGAAGAGTTCATTCACTTATTCCGACCAATCAACATGAGTAAAGTGGGTGTGCTCTG
TACAGCTTAACACCCAGAAGATAATATGCTTACTTTTGAGTTGAGATTCTCAACGCCC*T
CACCAAAATCAAACTTCACCAGGAAGCATAGTATCCACTGGACCAAGATCACAGAAGGCA
ATGCCCTCTCCAGTGAGGTGTGCAACACATTGCTTCTCAGCCAACAGTTCTGCTTCCGAC
TTGGCGATTCGTTTGCGAAGGTAGTCATCAATTTCTACATCCTTGACAAGTTCATAATCT
CCATCCCCCTTTGACCTGCATGGCATGCTGAAAACAAGGTCCTCAGCAATACCATAAGGA
TTGCCATTTGTGTACACCCCAGTCGAAAACCAGTCACCCTCAGGAGTAGGAGTTACAAGA
GACTTTATAGCATCAACAATGGAAGCAGCTGTAGAAGCAGCCGAAGATCGACCCCATTTC
TGAATCAGTAAACCACCTCTCTTCTGCACACTCTCAGTAAACCCCTCTTCTAACCATTTG
TGATCTGTAATAACCTCCTTCACGGGCCGGCCATTGATTCTGGCATTCAAGAAGTCTGGC
ACCTGTGTAGTGGAGTGGTTTCCCCATATGGTCATATTAG

QA 1 640 1 640
DS 



AS 2 9

CO CL579Contig1 808 7 44 U
GGCCCCTTCATTGGTCGGATCGGACGACGTTTTACATCTGGGTTTACATCTTCTTCCTCT
TCGCATTTCATCAGGGTGAGAAAAAAAATGAGCGGAGCCGGTAAGAAAATAGCGGATGTG
GCATTCAAAGCGTCGAGGACAATAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTAACCGAC
GAGGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACTCAGCTC
CAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCGGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATT
GGGTCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTTC
GTGGACACTGTTACTCCTGAATACAAGCCAAAGTTCGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAA
GAAGCAGAACAGAAATCGCTCAAGGAGTCTGAACGTCTGGAGAAAGAAATTGTTGATGTC
CAGGAGATAAGCAAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCA
GAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATCATTG
CTTCTTGTATCTTCGGCCTGTGAAACATACATTCACTTTTCTTTCTCATTTTTCTCTCTT
TCTTTTGCTGTGATTTTGTGATAATAAGTACACTCGGCTGTTGAGATTCATTGGAGACCC
AATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGCAGTGCATGTCCGGATTTGTATGACGACTCT
AAAGCGGACAAAAAGAATTTTGCCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 10 25 10 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 10 
10 10 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ51TF U 64
AF RR3DN29TF U 60
AF RR3CC37JQ C 40
AF RR3CC37TF U 40
AF RR3BO68TF U 1
AF RR3EQ51JQ C 103
AF RR3BO68JQ C 88
BS 1 39 RR3BO68TF
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RD RR3EQ51TF 287 0 0
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TTCAAAGCGTCGAGGACAATAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTAACCGACGAG
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TCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGAT

QA 1 287 1 287
DS 

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GCA
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ATTCAAAGCGTCGAGGACAATAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTAACCGACGA
GGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGCCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACTCAGCTCCA
GACCAAGTTCAGTCAGGAGCCGGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTGG
GTCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTTCGT
GGACACTGTTACTCCTGAATACAAGCCAAAGTTCGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGA
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GGAGATTAGCAAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCAGA
ACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATCATTGCT
TCTTGTATC

QA 4 552 4 552
DS 

RD RR3CC37JQ 711 0 0
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GGTAAGAAAATAGCGGATGTGGCATTCAAAGCGTCGAGGACAATAGATTGGGAAGGGATG
GCGAAGGTTCTTGTAACCGACGAGGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGTGCTTTC
GATGAGGTTAACACTCAGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCCAAACCCATTGATTGG
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AGCGTTGAGATTCCCAAGTTCGTGGACACTGTTACTCCTGAATACAAGCCAAAGTTCGAT
GCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAATCGCTCAAGGAGTCTGAACGTCTT
GAGAAAGAAATTGTTGATGTCCAGGAGATAAGCAAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGAT
GAGTACTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGAC
TACTGGGGATACTGATCATTGCTTCTTGTATCTTCGGCCTGTGAAACATACATTCACTTT
TCTTTCTCATTTTTCTCTCTTTCTTTTGCTGTGATTTTGTGATAATAAGTACACTCGGCT
GTTGAGATTCATTGGAGACCCAATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3CC37TF 711 0 0
GGGTTTACATCTTCTTCCTCTTCGCATTTCATCAGGGTGAGAAAAAAAATGAGCGGAGCC
GGTAAGAAAATAGCGGATGTGGCATTCAAAGCGTCGAGGACAATAGATTGGGAAGGGATG
GCGAAGGTTCTTGTAACCGACGAGGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGTGCTTTC
GATGAGGTTAACACTCAGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCCAAACCCATTGATTGG
GATTTCTACAGAAAGGGTATTGGGCCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGAC
AGCGTTGAGATTCCCAAGTTCGTGGACACTGTTACTCCTGAATACAAGCCAAAGTTCGAT
GCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAATCGCTCAAGGAGTCTGAACGTCTT
GAGAAAGAAATTGTTGATGTCCAGGAGATAAGCAAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGAT
GAGTACTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGAC
TACTGGGGATACTGATCATTGCTTCTTGTATCTTCGGCCTGTGAAACATACATTCACTTT
TCTTTCTCATTTTTCTCTCTTTCTTTTGCTGTGATTTTGTGATAATAAGTACACTCGGCT
GTTGAGATTCATTGGAGACCCAATGAGACA*TGACGATAAACCCATTTGGC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3BO68TF 795 0 0
GGCCCCTTCATTGGTCGGATCGGACGACGTTTTACATCTTCGTCTTCCTCCTCCTCTTCG
CAGCATTTCATCAGGGTG**AAAAAAAATGAGCGGAGCCGGTAAGAA*ATAGCGGATGTG
GCATTCAAAGCGTCGAGGACAATAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTAACCGAC
GAGGCTCGAAGAGAGTTC**TAACCTCCGCCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACTCAGCTC
CAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCGGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATT
GGGTCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTTC
GTGGACACTGTTACTCCTGAATACAAGCCAAAGTTCGATGCTTTGTTGGTGGAACTAAAA
GAAGCAGAACAGAAATCGCTCAGGGAGTCTGAACGTCTGGAGAAAGAAATTGTTGATGTC
CAGGAGATTAGCAAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCA
GAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATCATTG
CTTCTTATATCTTCGGCCTGTGAAACATACATTCACTTTTCTTTCTCATTTTTCTCTCTT
TCTTTTGCTGTGATTTTGTGATAATAAGTACACTCAGCTGTTGAGATTCATTTGAGACC*
AATGAGACAATGACGATAAACC*ATTTGGCAGTGCATGTCCG*ATTTGTATGACGACTCT
AA
GCGGACAAAAGAT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3EQ51JQ 686 0 0
AAGAAAATAGCGGATGTGGCATTCAAAGCGTCGAGGACAATAGATTGGGAAGGGATGGCG
AAGGTTCTTGTAACCGACGAGGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGTGCTTTCGAT
GAGGTTAACACTCAGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCTGAACCCATTGATTGGGAT
TTCTACAGAAAGGGTATTGGGTCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGC
GTTGAGATTCCCAAGTTCGTGGACACTGTTACTCCTGAATACAAGCCAAAGTTCGATGCT
TTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAATCGCTCAAGGAGTCTGAACGTCTTGAG
AAAGAAATTGTTGATGTCCAGGAGATAAGCAAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGATGAG
TACTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGACTAC
TGGGGATACTGATCATTGCTTCTTGTATCTTCGGCCTGTGAAACATACATTCACTTTTCT
TTCTCATTTTTCTCTCTTTCTTTTGCTGCGATTTTGTGATAATAAGTACACTCGGCTGTT
GAGATTCATTGGAGACCCAATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGCAGTGCATGTCCG
GATTTGTATGACTACTCTAA
AGCGGG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3BO68JQ 721 0 0
ATGAGCGGAGCCGGTAAGAA*ATAGCGGATGTGGCATTCAAAGCGTCGAGGACAATAGAT
TGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTAACCGACGAGGCTCGAAGAGAGTTC**TAACCTC
CGCCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACTCAGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCGGAA
CCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTGGGTCTGGCATTGTTGACATGTACAAG
GAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTTCGTGGACACTGTTACTCCTGAATACAAG
CCAAAGTTCGATGCTTTGTTGGTGGAACTAAAAGAAGCAGAACAGAAATCGCTCAGGGAG
TCTGAACGTCTGGAGAAAGAAATTGTTGATGTCCAGGAGATTAGCAAAAAGCTCAGCACC
ATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAA
ATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATCATTGCTTCTTATATCTTCGGCCTGTGAAACA
TACATTCACTTTTCTTTCTCATTTTTCTCTCTTTCTTTTGCTGTGATTTTGTGATAATAA
GTACACTCAGCTGTTGAGATTCATTTGAGACCCAATGAGACAATGACGATAAACCCATTT
GGCAGTGCATGTCCGGATTTGTATGACGACTCTAAAGCGGACAAAAAGAATTTTGCCTCT
T

QA 1 721 1 721
DS 



CO CL579Contig2 723 2 7 U
GGATCGCAAGCATTTCGTCAGGGTGAACTAAAATGAGCGGAGCCGGTAAGAAAATCGCGG
ATGTGGCGTTCAAAGCTTCAAGGACGATAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTCA
CCGATGAGGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACTC
AGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCTGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGG
GTATTGGCTCTGGCATTGTTGATATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCA
AGTTCGTGGACACTGTTACTCCTGAATACAAGCCAAAGTTCGATGCTTTGTTGGTGGAAC
TGAAAGAAGCAGAACAGAAATCGCTCAAGGAGTCTGAACGTCTTGAGAAAGAAATTGTTG
ATGTCCAGGAGATAAGCAAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGC
ACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGAT
CATTGCTTCTTGTATCTTCGGCCTGTGAAACATACATTCACTTTTCTTTCTCATTTTTCT
CTCTTTCTTTTACTGTGATTTTGTGATAATAAGTACACTCAGCTGTTGAGATTCATTGGA
GACCCAATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGCAGTGCATGTCCCGGATTTGTATGAC
GAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3DR24TF U 1
AF RR3G425TF U 1
BS 1 37 RR3G425TF
BS 38 38 RR3DR24TF
BS 39 233 RR3G425TF
BS 234 234 RR3DR24TF
BS 235 324 RR3G425TF
BS 325 325 RR3DR24TF
BS 326 723 RR3G425TF

RD RR3DR24TF 693 0 0
GGATCGCAAGCACTTCG
TCAGGGTGAACTAAAATGAGCGGAGCCGGTAAGAAAATCGCGGATGTGGCGTTCAAAGCT
TCAAGGACGATAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTCACCGATGAGGCTCGAAGA
GAGTTCTCTAACCTCCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACTCAGCTCCAGACCAAGTTC
AGTCAGGAGCCTGAACCCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTGGCTCTGGCATT
GTTGATATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTTCGTGGACACTGTT
ACTCCTGAATACAAGCCAAAGTTCGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGAACAG
AAATCGCTCAAGGAGTCTGAACGTCTTGAGAAAGAAATTGTTGATGTCCAGGAGATAAGC
AAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAG
AAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATCATTGCTTCTTGTATCT
TCGGCCTGTGAAACATACATTCACTTTTCTTTCTCATTTTTCTCTCTTTCTTTTACTGTG
ATTTTGTGATAATAAGTACACTCAGCTGTTGAGATTCATTGGAGACCCAATGAGACAATG
ACGATAAACCCATTTG

QA 18 693 18 693
DS 

RD RR3G425TF 723 0 0
GGATCGCAAGCATTTCGTCAGGGTGAACTAAAATGAGTGGAGCCGGTAAGAAAATCGCGG
ATGTGGCGTTCAAAGCTTCAAGGACGATAGATTGGGAAGGGATGGCGAAGGTTCTTGTCA
CCGATGAGGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGTGCTTTCGATGAGGTTAACACTC
AGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCTGAACCCATTGATTGGGATTTCTACGGAAAGG
GTATTGGCTCTGGCATTGTTGATATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCA
AGTTCGTGGACACTGTTACTCCTGTATACAAGCCAAAGTTCGATGCTTTGTTGGTGGAAC
TGAAAGAAGCAGAACAGAAATCGCTCAAGGAGTCTGAACGTCTTGAGAAAGAAATTGTTG
ATGTCCAGGAGATAAGCAAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGC
ACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGATGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGAT
CATTGCTTCTTGTATCTTCGGCCTGTGAAACATACATTCACTTTTCTTTCTCATTTTTCT
CTCTTTCTTTTACTGTGATTTTGTGATAATAAGTACACTCAGCTGTTGAGATTCATTGGA
GACCCAATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGCAGTGCATGTCCCGGATTTGTATGAC
GAC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 2 8

CO CL580Contig1 1124 5 36 U
CGCCTTATTAAAGCCGTTCAGTAAAGACACTACACAACAGAATTTGGTACAATACAAGAA
GCTTTTATTTTTTCAAAGTGATTTTGATCCAGAACAAAGTCGTAAAGTGGATACAAGACG
TAAAGTAGTAGTGTCAATAATATCTTTTATTGGTTATTAAACCTTAACGAAATCGCTGTC
TGTAGCTTCCCAAATGACAGTACCATCACAAGTACAAAGCTTCTTGTAGTTTTCTCCAAC
TCCTGCGCTTCTAGCAATCACTGCAGCTGTCAATCCGGGGCCTGAGTTCTTATCCTCTGT
CCTGTAGACCACCACGGCTCGGCCTATTAGATCGGCAACCTTGAGCTTCTCTTTCTTTCC
CGTGTAGAACGCCTCTCCGCTCTGGTCTGCCTCT***AGTGTTCCCAGGTCCCCCAATGG
CTCTGTGTTGGTAAGATCTTGAAGTTGGTTGTACAAGTTCCCAGTGCTGGCTGCTCCGTT
TGTGAGATCACCATACTCGTTGATACACCAGCTGTGTTTTCCAGGAGACAAACCAGTAAA
GTTGGCTTCGATTCTCGCAAGCTCCATACTGACCTGAGCAAATCTCACCACTCCAAAGAT
GTCTGGACCTTTGAACTCCGCCACTGCAGCCGAGACCAAGAAATCTTGAGGAACACCTTG
GCCAATCAAACGAGCTTTACGACCGGTTTGCTCCAAAGCTTGAGTCATAGCCTTAACAGG
GGAAGATCCAAGTATCCTCACAACTTGGTTAGCCAAATCCACCTCCACTTTCTCAATCCC
TTCAACAGTTTCTAACTTGCTCTTCACGGCGTTAACACAACCTTCACACTTCATATCGAC
CATGAACTCAGTAAGAAGCTGAGGCATGACGACTCGATCCTCCTGAGGGAGATTACGATC
GGATACCGGAACGGTCGTCATCGGAGAGCTAGCGAAGCTTCGTGAAAGACCCAAGCGATG
TGGAGACGATCGGGAGGAAAAGGAGAGATTAGGAGACTGAGATTTGGTAGAGGAAGAAGA
AGAAGAGGAGGAGAAGGCAATCGCGATTGGAATCGCAGACGCGGCGGCTACGGCGGCTGT
AGTCGTTGCCACTGACCGCAGAATTGATGCCATTCCTTTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D022JQ U 1
AF RR3BK31TF C 76
AF RR3BK31JQ U 100
AF RR3CM69JQ U 100
AF RR3CM69TF C 366
BS 1 90 RR3D022JQ
BS 91 91 RR3BK31TF
BS 92 116 RR3D022JQ
BS 117 117 RR3BK31JQ
BS 118 123 RR3D022JQ
BS 124 124 RR3BK31JQ
BS 125 147 RR3D022JQ
BS 148 148 RR3BK31JQ
BS 149 179 RR3D022JQ
BS 180 180 RR3BK31JQ
BS 181 301 RR3D022JQ
BS 302 302 RR3BK31JQ
BS 303 329 RR3D022JQ
BS 330 330 RR3BK31JQ
BS 331 333 RR3D022JQ
BS 334 334 RR3BK31JQ
BS 335 366 RR3D022JQ
BS 367 367 RR3BK31JQ
BS 368 387 RR3D022JQ
BS 388 388 RR3BK31JQ
BS 389 394 RR3D022JQ
BS 395 397 RR3BK31JQ
BS 398 445 RR3D022JQ
BS 446 446 RR3BK31JQ
BS 447 519 RR3D022JQ
BS 520 520 RR3BK31JQ
BS 521 522 RR3D022JQ
BS 523 523 RR3BK31JQ
BS 524 661 RR3D022JQ
BS 662 707 RR3BK31JQ
BS 708 708 RR3CM69JQ
BS 709 712 RR3BK31JQ
BS 713 713 RR3CM69JQ
BS 714 774 RR3BK31JQ
BS 775 804 RR3CM69JQ
BS 805 1124 RR3CM69TF

RD RR3D022JQ 661 0 0
CGCCTTATTAAAGCCGTTCAGTAAAGACACTACACAACAGAATTTGGTACAATACAAGAA
GCTTTTATTTTTTCAAAGTGATTTTGATCCGGAACAAAGTCGTAAAGTGGATACAACACG
TAACGTAGTAGTGTCAATAATATCTTT*ATTGGTTATTAAACCTTAACGAAATCGCTGTT
TGTAGCTTCCCAAATGACAGTACCATCACAAGTACAAAGCTTCTTGTAGTTTTCTCCAAC
TCCTGCGCTTCTAGCAATCACTGCAGCTGTCAATCCGGGGCCTGAGTTCTTATCCTCTGT
CTTGTAGACCACCACGGCTCGGCCTATTAAATCCGCAACCTTGAGCTTCTCTTTCTTTCC
CGTGTAAAACGCCTCTCCGCTCTGGTCCGCCTCTTCTAGTGTTCCCAGGTCCCCCAATGG
CTCTGTGTTGGTAAGATCTTGAAGTGGGTTGTACAAGTTCCCAGTGCTGGCTGCTCCGTT
TGTGAGATCACCATACTCGTTGATACACCAGCTGTGTTTCCCGGGAGACAAACCAGTAAA
GTTGGCTTCGATTCTCGCAAGCTCCATACTGACCTGAGCAAATCTCACCACTCCAAAGAT
GTCTGGACCTTTGAACTCCGCCACTGCAGCCGAGACCAAGAAATCTTGAGGAACACCTTG
G

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3BK31TF 635 0 0
TTTTTTTC
TTGATCCAGAACAAAGTCTTAAAGTGGATACAAGACGTAAAGTAGTAGTGTCAATAATAT
CTTTTATTGGTTATTAAACCTTAACGAAATCGCTGTCTGTAGCTTCCCAAATGACAGTAC
CATCACAAGTACAAAGCTTCTTGTAGTTTTCTCCAACTCCTGCGCTTCTAGCAATCACTG
CAGCTGTCAATCCGGGGCCTGAGTTCTTATCCTCTGTCCTGTAGACCACCACGGCTCGGC
CTATTAGATCGGCAACCTTGAGCTTCTCTTTCTTTCCCGTGTAGAACGCCTCTCCGCTCT
GGTCTGCCTCT***AGTGTTCCCAGGTCCCCCAATGGCTCTGTGTTGGTAAGATCTTGAC
GTTGGTTGTACAAGTTCCCAGTGCTGGCTGCTCCGTTTGTGAGATCACCATACTCGTTGA
TACACCAGCTGTGTTTTCCAGGAGACAAACCAGTAAAGTTGGCTTCGATTCTCGCAAGCT
CCATACTGACCTGAGCAAATCTCACCACTCCAAAGATGTCTGGACCTTTGAACTCCGCCA
CTGCAGCCGAGACCAAGAAATCTTGAGGAACACCTTGGCCAATCAAACGAGCTTTACGAC
CGGTTTGCTCCAAAGCTTGAGTCA
CAG

QA 9 632 9 632
DS 

RD RR3BK31JQ 676 0 0
TCT
TAAAGTGGATACAAGACGTAAAGTAGTAGTGTCAATAATATCTTTTATTGGTTATTAAAC
CTTAACGAAATCGCTGTCTGTAGCTTCCCAAATGACAGTACCATCACAAGTACAAAGCTT
CTTGTAGTTTTCTCCAACTCCTGCGCTTCTAGCAATCACTGCAGCTGTCAATCCGGGGCC
TGAGTTCTTATCCTCTGTCCTGTAGACCACCACGGCTCGGCCTATTAGATCGGCAACCTT
GAGCTTCTCTTTCTTTCCCGTGTAGAACGCCTCTCCGCTCTGGTCTGCCTCT***AGTGT
TCCCAGGTCCCCCAATGGCTCTGTGTTGGTAAGATCTTGACGTTGGTTGTACAAGTTCCC
AGTGCTGGCTGCTCCGTTTGTGAGATCACCATACTCGTTGATACACCAGCTGTGTTTTCC
AGGAGACAAACCAGTAAAGTTGGCTTCGATTCTCGCAAGCTCCATACTGACCTGAGCAAA
TCTCACCACTCCAAAGATGTCTGGACCTTTGAACTCCGCCACTGCAGCCGAGACCAAGAA
ATCTTGAGGAACACCTTGGCCAATCAAACGAGCTTTACGACCGGTTTGCTCCAAAGCTTG
AGTCACAGCCCTAACAGGGGAAGATCCAAGTATCCTCACAACTTGGTTAGCCAAATCCAC
CTCCACTTTCTC
C

QA 4 675 4 675
DS 

RD RR3CM69JQ 705 0 0
TCT
TAAAGTGGATACAAGACGTAAAGTAGTAGTGTCAATAATATCTTTTATTGGTTATTAAAC
CTTAACGAAATCGCTGTCTGTAGCTTCCCAAATGACAGTACCATCACAAGTACAAAGCTT
CTTGTAGTTTTCTCCAACTCCTGCGCTTCTAGCAATCACTGCAGCTGTCAATCCGGGGCC
TGAGTTCTTATCCTCTGTCTTGTAGACCACCACGGCTCGGCCTATTAGATCGGCAACCTT
GAGCTTCTCTTTCTTTCCCGTGTAGAACGCCTCTCCGCTCTGGTCTGCCTCT***AGTGT
TCCCAGGTCCCCCAATGGCTCTGTGTTGGTAAGATCTTGAAGTTGGTTGTACAAGTTCCC
AGTGCTGGCTGCTCCGTTTGTGAGATCACCATACTCGTTGATACACCAGCTGTGTTTTCC
AGGAGACAAACCAGTAAAGTTGGCTTCGATTCTCGCAAGCTCCATACTGACCTGAGCAAA
TCTCACCACTCCAAAGATGTCTGGACCTTTGAACTCCGCCACTGCAGCCGAGACCAAGAA
ATCTTGAGGAACACCTTGGCCAATCAAACGAGCTTTACGACCGGTTTGCTCCAAAGCTTG
AGTCATAGCCTTAACAGGGGAAGATCCAAGTATCCTCACAACTTGGTTAGCCAAATCCAC
CTCCACTTTCTCAATCCCTTCAACAGTTTCTAACTTGCTCTT

QA 4 705 4 705
DS 

RD RR3CM69TF 759 0 0
TAGAACG
CTCTCCGCTCTG*TCTGCCTCT***AGTGTTCCCAG*TCCCCCAATGGCTCTGTGTTGGT
AAGATCTTGAAGTTGGTTGTACAAGTTCCCAGTGCTGGCTGCTCCGTTTGTGAGATCACC
ATACTCGTTGATACACCAGCTGTGTTTTCCAGGAGACAAACCAGTAAAGTTGGCTTCGAT
TCTCGCAAGCTCCATACTGACCTGAGCAAATCTCACCACTCCAAAGATGTCTGGACCTTT
GAACTCCGCCACTGCAGCCGAGACCAAGAAATCTTGAGGAACACCTTGGCCAATCAAACG
AGCTTTACGACCGGTTTGCTCCAAAGCTTGAGTCATAGCCTTAACAGGGGAAGATCCAAG
TATCCTCACAACTTGGTTAGCCAAATCCACCTCCACTTTCTCAATCCCTTCAACAGTTTC
TAACTTGCTCTTCACGGCGTTAACACAACCTTCACACTTCATATCGACCATGAACTCAGT
AAGAAGCTGAGGCATGACGACTCGATCCTCCTGAGGGAGATTACGATCGGATACCGGAAC
GGTCGTCATCGGAGAGCTAGCGAAGCTTCGTGAAAGACCCAAGCGATGTGGAGACGATCG
GGAGGAAAAGGAGAGATTAGGAGACTGAGATTTGGTAGAGGAAGAAGAAGAAGAGGAGGA
GAAGGCAATCGCGATTGGAATCGCAGACGCGGCGGCTACGGCGGCTGTAGTCGTTGCCAC
TGACCGCAGAATTGATGCCATTCCTTTTCCCC

QA 8 759 8 759
DS 



CO CL580Contig2 730 3 6 U
GGGAAAGGATAAAAAAAAAACAAAAGCTGAAGAAAGGAAGCAATGGTATCTGTTCTGCGG
TCAGTGGCAACGACTACAGCCGCCGTAGCCGCCGCGTCTGCGATTCCAATCGCGATCGCT
TTCTCCTCTTCTTCTCCTTCCTCTACCAAATCTCAATCTCCCAATCTCTCCTTTTCCTCC
CGATCGTCTCCACGTCGATTGGGTCTCTCACGAAGTTTCGCTAGCTCTCCGATGACGACC
GTCCCCGTTTCCGATCGTAATCTCCCTCAGGAGGATCGAGTCGTCATGCCTCAGCTTCTT
ACTGAGTTCATGGTCGATATGAAGTGTGAAGGTTGTGTTAACGCCGTGAAGAGCAAGTTA
GAAACTGTTGAAGGGATTGAGAAAGTGGAGGTGGATTTGGCTAACCAAGTTGTGAGGATA
CTTGGATCTTCTCCTGTTAAGGCTATGACTCAAGCTTTGGAGCTAACCGGTCGTAAAGCT
CGTTTGATTGGCCAAGGTGTTCCTCAAGATTTCTTGGTCTCTGCTGCAGTGGCGGAGTTC
AAAGGTCCAGACATCTTTGGAGTGGTAAAGTTTGCTCAGTCAGTATGGAGCTTGCGAGAA
TCGAAGCCAACTTTACTGGCTTGTCTCCCGGGAAACACAGCTGGTGTATCAACGAGTATG
GTGATCTCACAAACGGAGCAGCTAGCACTGGGAACTTGTACACCCACTTCAGATCATACA
TCACAGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL17TF U 2
AF RR3GW81TF U 1
AF RR3CS52TF U 4
BS 1 205 RR3GW81TF
BS 206 206 RR3EL17TF
BS 207 672 RR3GW81TF
BS 673 673 RR3CS52TF
BS 674 711 RR3GW81TF
BS 712 730 RR3CS52TF

RD RR3EL17TF 402 0 0
GGAAAGGA
TAAAAAAAAAACAAAAGCTGAAGAAAGGAAGCAATGGTATCTGTTCTGCGGTCAGTGGCA
ACGACTACAGCCGCCGTAGCCGCCGCGTCTGCGATTCCAATCGCGATCGCTTTCTCCTCT
TCTTCTCCTTCCTCTACCAAATCTCAATCTCCCAATCTCTCCTTTTCCTCCCGATCGTCT
CCACGTCGATTGGGTCTCTCACGAAGTTTCGCTAGCTCTCCGATGACGACCGTCCCCGTT
TCCGATCGTAATCTCCCTCAGGAGGATCGAGTCGTCATGCCTCAGCTTCTTACTGAGTTC
ATGGTCGATATGAAGTGTGAAGGTTGTGTTAACGCCGTGAAGAGCAAGTTAGAAACTGTT
GAAAGGATTGAGAAAGTGGAGGTGGATTTGGCTA

QA 9 402 9 402
DS 

RD RR3GW81TF 730 0 0
GGGAAAGGATAAAAAAAAAACAAAAGCTGAAGAAAGGAAGCAATGGTATCTGTTCTGCGG
TCAGTGGCAACGACTACAGCCGCCGTAGCCGCCGCGTCTGCGATTCCAATCGCGATCGCT
TTCTCCTCTTCTTCTCCTTCCTCTACCAAATCTCAATCTCCCAATCTCTCCTTTTCCTCC
CGATCGTCTCCACGTCGATTGGGTCCCTCACGAAGTTTCGCTAGCTCTCCGATGACGACC
GTCCCCGTTTCCGATCGTAATCTCCCTCAGGAGGATCGAGTCGTCATGCCTCAGCTTCTT
ACTGAGTTCATGGTCGATATGAAGTGTGAAGGTTGTGTTAACGCCGTGAAGAGCAAGTTA
GAAACTGTTGAAGGGATTGAGAAAGTGGAGGTGGATTTGGCTAACCAAGTTGTGAGGATA
CTTGGATCTTCTCCTGTTAAGGCTATGACTCAAGCTTTGGAGCTAACCGGTCGTAAAGCT
CGTTTGATTGGCCAAGGTGTTCCTCAAGATTTCTTGGTCTCTGCTGCAGTGGCGGAGTTC
AAAGGTCCAGACATCTTTGGAGTGGTAAAGTTTGCTCAGTCAGTATGGAGCTTGCGAGAA
TCGAAGCCAACTTTACTGGCTTGTCTCCCGGGAAACACAGCTGGTGTATCAACGAGTATG
GTGATCTCACAA*CGGAGCAGCTAGCACTGGGAACTTGTACACCCACTTCA
GATCATACATCACAGAGCC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3CS52TF 727 0 0
GAAAGG
TAAAAAAAAAACAAAAGCTGAAGAAAGGAAGCAATGGTATCTGTTCTGCGGTCAGTGGCA
ACGACTACAGCCGCCGTAGCCGCCGCGTCTGCGATTCCAATCGCGATCGCTTTCTCCTCT
TCTTCTCCTTCCTCTACCAAATCTCAATCTCCCAATCTCTCCTTTTCCTCCCGATCGTCT
CCACGTCGATTGGGTCTCTCACGAAGTTTCGCTAGCTCTCCGATGACGACCGTCCCCGTT
TCCGATCGTAATCTCCCTCAGGAGGATCGAGTCGTCATGCCTCAGCTTCTTACTGAGTTC
ATGGTCGATATGAAGTGTGAAGGTTGTGTTAACGCCGTGAAGAGCAAGTTAGAAACTGTT
GAAGGGATTGAGAAAGTGGAGGTGGATTTGGCTAACCAAGTTGTGAGGATACTTGGATCT
TCTCCTGTTAAGGCTATGACTCAAGCTTTGGAGCTAACCGGTCGTAAAGCTCGTTTGATT
GGCCAAGGTGTTCCTCAAGATTTCTTGGTCTCTGCTGCAGTGGCGGAGTTCAAAGGTCCA
GACATCTTTGGAGTGGTAAGGTTTGCTCAGTCAGTATGGAGCTTGCGAGAATCGAAGCCA
ACTTTACTGGCTTGTCTCCCGGGAAACACAGCTGGTGTATCAACGAGTATGGTGATCTCA
CAAACGGAGCAGCTAGCACTGGGA*CTTGTACACCCACTTCAGATCATACATCACAGAGC
C

QA 7 727 7 727
DS 



AS 1 8

CO CL581Contig1 1063 8 51 U
TTTTTTCATTTATTTTATTTTGCTTCGGGTTCAAGCCAGCTATGGTGGCTATGGCCTCTG
CTTCTGGTTCAGCTCTTTGTTTTACTGATGCTTCTAGTTCTCCCGCTATCAGACGTGATG
TTGGAGCTTTCTGTCTTCCTCCTAGCACAATCACGTTTGGATATGTCGATAAGCCTATTA
TAAATCTTCAGCGACTCAGATTATCAGGTTTGAAGCCACGAGCTGCAAACGCTACTGCTG
TGGAGCAAGGTGGAAGTGCAGCTGATTCTGACAAAGTTCCAACTCCAGTGGTCATAATCG
ACCAAGATTCTGACCCTGAAGCAACCGTTCTGGAAGTTACATTTGGAGACCGTCTCGGAG
CTCTGCTTGACACTATGAATGCGCTCAAAAACTTGGGTCTGAATGTCGTCAAGGCTAATG
TCTATCTCGATTCTTCTGGCAAGCACAACAAATTTGCCATTACTAAAGCGGATAGCGGAA
GAAAAGTAGAAGACCCTGAGTTGCTCGAGGCCATCCGTCTCACTGTCATAAACAATTTGC
TCGAGTTCCATCCTGAATCAAGTTCTCAGTTGGCAATGGGAGCAGCTTTTGGTGTTCTTC
CACCAACTGAACAGGTTGATGTGGACATTGCAACACATATAAAAATTGAAGATGATGGAG
CAGACCGCAGTTTACTATACATAGAAACAGCGGATAGGCCTGGACTATTAGTTGAGCTGG
TGAAGATGATTACAGATATCAGTGTAGCTGTCGAATCTGGAGAATTTGACACCGAGGGTC
TCTTGGCTAAGGTTAAGTTCCACGTAAGTTACAGGAACAAAGCCCTAATCAAGCCTCTCC
AGCAGGTTCTTGCCAATAGTCTGAGGTACTTCTTGAGGCGTCCATCTACTGACGAATCCA
GTTTCTGAAAATGCAATTTATAAGAAAGAAAAAGAAGTACAAATTGAAATATCATCTTTT
TACATTTGACCAAAATAAGCTGCTTCATTTTAGTGGCCGTTTCATACATCTGTAATAGTA
ACATTTTCTCTACTTCGATCAGTTATCAAATTTACCTTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 35 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 15 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 10 10 10 10 10 

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TGGAGCAAGGTGGAAGTGCAGCTGATTCTGACAAAGTTCCAACTCCAGTGGTCATAATCG
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CTCTGCTTGACACTATGAATGCGCTCAAGAACTTGGGTCTGAATGTCGTCAAGGCTAATG
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GAAAAGTAGAAGACCCTGAACTGCTCGAGGCCATCCGTCTCACTGTCATAAACAATTTGC
TTGAGTTTCATCCTGAATCAAGTTCTCAGTTGGCAATGGGAGCAGCTTTTGGTGTGCTTC
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CAGACCGCAGTTTACTATACATAGAAACAGCGGATAG*CCTGGACTATTAGTTGAGCTGG
TGAAGATGAT*ACAGATATCAGTGTAGCTGT

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GC
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GCTGCAAACGCTACTGCTGTGGAGCAAGGTGGAAGTGCAGCTGATTCTGACAAAGTTCCA
ACTCCAGTGGTCATAATCGGCCAAGATTCTGACCCTGAAGCAACCGTTCTGGAAGTTACA
TTTGGAGACCGTCT*GGAGCTCTGCTTGACACTATGAATGCGCTCAAAAACTTGGGTCTG
AATGTCGTCAAGGCTAATGTCTATCTCGATTCTTCTGGCAAGCACAACAAATTTGCCATT
ACTAAAGCGGATAGCGGAAGAAAAGTAGAAGACCCTGAGTTGCTCGAGGCCATCCGTCTC
ACTGTCATAAACAATTTGCTCGAGTTCCATCCTGAATCAAGTTCTCAGTTGGCAATGGGA
GCAGCTTTTGGTGTTCTTCCACCAACTGAACAGGTTGATGTGGACATTGCGACACATATA
AAAATTGAAGATGATGGAGCAGACCGCAGTTTACTATACATAGAAACAGCGGATAGGCCT
GGACTATTAGTTGAGCTGGTGAAGATGATTACAGATATCAGTGTAGCTGTCGAATCTGGA
GAATTTGACAC

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CAATTTGCTCGAGTTCCATCCTGAATCAAGTTCTCAGTTGGCAATGGGAGCAGCTTTTGG
TGTTCTTCCACCAACTGAACAGGTTGATGTGGACATTGCAACACATATAAAAATTGAAGA
TGATGGAGCAGACCGCAGTTTACTATACATAGAAACAGCGGATAGGCCTGGACTATTAGT
TGAGCTGGTGAAGATGATTACAGATATCAG
CG

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DS 

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G
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CAAGGTGGAAGTGCAGCTGATTCTGACAAAGTTCCAACTCCAGTGGTCATAATCGACCAA
GATTCTGGCCCTGAAGCAACCGTTCTGGAAGTTACATTTGGAGACCGTCTCGGAGCTCTG
CTTGACACTATGAATGCGCTCAAAAACTTGGGTCTGAATGTCGTCAAGGCTAATGTCTAT
CTCGATTCTTCTGGCAAGCACAACAAATTTGCCATTACTAAAGCGGATAGCGGAAGAAAA
GTAGAAGACCCTGAGTTGCTCGAGGCCATCCGTCTCACTGTCATAAACAATTTGCTCGAG
TTCCATCCTGAATCAAGTTCTCAGTTGGCAATGGGAGCAGCTTTTGGTGTTCTTCCACCA
ACTGAACAGGTTGATGTGGACATTGCGACACATATAAAAATTGAAGATGATGGAGCAGAC
CGCAGTTTACTATACATAGAAACAGCGGATAGGCCTGGACTATTAGTTGAGCTGGTGAAG
ATGATTACAGATATCAGTGTAGCTGTCGAATCTGGAGAATTTGACACCGAGGGTCTCTTG
GCTAAG*TTAAGTTCCACGTAAGTTACAG*AACAAAGCCCTAATCAAGCCTCTCCAGCAG
*TTCTTGCCA*TAGTCTGAG
TACTTCT

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DS 

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AAGATTCTGACCCTGAAGCAACCGTTCTGGAAGTTACATTTGGAGACCGTCTCGGAGCTC
TGCTTGACACTATGAATGCGCTCAAAAACTTGGGTCTGAATGTCGTCAAGGCTAATGTCT
ATCTCGATTCTTCTGGCAAGCACAACAAATTCGCCATTACTAAAGCGGATAGCGGAAGAA
AAGTAGAAGACCCTGAGTTGCTCGAGGCCATCCGTCTCACTGTCATAAACAATTTGCTCG
AGTTCCATCCTGAATCAAGTTCTCAGTTGGCAATGGGAGCAGCTTTTGGTGTTCTTCCAC
CAACTGAACAGGTTGATGTGGACATTGCAACACATATAAAAATTGAAGATGATGGAGCAG
ACCGCAGTTTACTATACATAGAAACAGCGGATAGGCCTGGACTATTAGTTGAGCTGGTGA
AGATGATTACAGATATCAGCGTAGCTGTCGAATCTGGAGAATTTGACACCGAGGGTCTCT
TGGCTAAGGTTAAGTTCCACGTAAGTTACAGGAACAAAGCCCTAATCAAGCCTCTCCAGC
AGGTTCTTGCCAATAGTCTGAGGTACTTCTTGAGGCGTCCATCTACTGACGAATCCAGTT
TCTGAAAATGCAATTTATAAGAAA*AAAAGGAAGTACAAATTGAAATATCATCTTTTTAC
ATTTGACCAAAATAAGCCGCTTCATTTTAGTGGCCGTTTCATACATCTGTAATAGTAACA
TTTTCTCTACTTCGATCAGTTATCAAATTTACCTT
TATCC

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DS 

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ATGTCTATCTCGATTCTTCTGGCAAGCACAACAAATTTGCCATTACTAAAGCGGATAGCG
GAAGAAAAGTAGAAGACCCTGAGTTGCTCGAGGCCATCCGTCTCACTGTCATAAACAATT
TGCTCGAGTTCCATCCTGAATCAAGTTCTCAGTTGGCAATGGGAGCAGCTTTTGGTGTTC
TTCCACCAACTGAACAGGTTGATGTGGACATTGCGACACATATAAAAATTGAAGATGATG
GAGCAGACCGCAGTTTACTATACATAGAAACAGCGGATAGGCCTGGACTATTAGTTGAGC
TGGTGAAGATGATTACAGATATCAGTGTAGCTGTCGAATCTGGAGAATTTGACACCGAGG
GTCTCTTGGCTAAGGTTAAGTTCCACGTAAGTTACAGGAACAAAGCCCTAATCAAGCCTC
TCCAGCAGGTTCTTGCCAATAGTCTGAGGTACTTCTTGAGGCGTCCATCTACTGACGAAT
CCAGTTTCTGAAAATGCAATTTATAAGAAAGAAAAAGAAGTACAAATTGAAATATCATCT
TTTTACATTTGACCAAAATAAGCTGCTTCATTTTAGTGGCCGTTTCATACATCTGTAATA
GTAACATTTTCTCTACTTCGATCAGTTATCAAATTTACCTT
TATC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3BO02JQ 781 0 0
G
TCCAACTCCAGTG*TCATAATCGACCAAGATTCTGGCCCTGAAGCAACCGTTCTGGAAGT
TACATTTGGAGACCGTCTCGGAGCTCTGCTTGACACTATGAATGCGCTCAAAAACTTGGG
TCTGAATGTCGTCAAGGCTAATGTCTATCTCGATTCTTCTGGCAAGCACAACAAATTTGC
CATTACTAAAGCGGATAGCGGAAGAAAAGTAGAAGACCCTGAGTTGCTCGAGGCCATCCG
TCTCACTGTCATAAACAATTTGCTCGAGTTCCATCCTGAATCAAGTTCTCAGTTGGCAAT
GGGAGCAGCTTTTGGTGTTCTTCCACCAACTGAACAGGTTGATGTGGACATTGCGACACA
TATAAAAATTGAAGATGATGGAGCAGACCGCAGTTTACTATACATAGAAACAGCGGATAG
GCCTGGACTATTAGTTGAGCTGGTGAAGATGATTACAGATATCAGTGTAGCTGTCGAATC
TGGAGAATTTGACACCGAGGGTCTCTTGGCTAAGGTTAAGTTCCACGTAAGTTACAGGAA
CAAAGCCCTAATCAAGCCTCTCCAGCAGGTTCTTGCCAATAGTCTGAGGTACTTCTTGAG
GCGTCCATCTACTGACGAATCCAGTTTCTGAAAATGCAATTTATAAGAAAGAAAAAGAAG
TACAAATTGAAATATCATCTTTTTACATTTGACCAAAATAAGCTGCTTCATTTTAGTGGC
CGTTTCATACATCTGTAATAGTAACATTTTCTCTACTTCGATCAGTTATCAAATTTACCT

QA 2 781 2 781
DS 

RD RR3A643JQ 662 0 0
AATGTCGTCAAGGCTAATGTCTATCTCGATTCTTCTGGCAAGCACAACAAATTTGCCATT
ACTAAAGCGGATAGCGGAAGAAAAGTAGAAGACCCTGAGTTGCTCGAGGCCATCCGTCTC
ACTGTCATAAACAATTTGCTCGAGTTCCATCCTGAATCAAGTTCTCAGTTGGCAATGGGA
GCAGCTTTTGGTGTTCTTCCACCAACTGAACAGGTTGATGTGGACATTGCAACACATATA
AAAATTGAAGATGATGGAGCAGACCGCAGTTTACTATACATAGAAACAGCGGATAGGCCT
GGACTATTAGTTGAGCTGGTGAAGATGATTACAGATATCAGGGTAGCTGTCGAATCTGGA
GAATTTGACACCGAGGGTCTCTTGGCTAAGGTTAAGTTCCACGTAAGTTACAGGAACAAA
GCCCTAATCAAGCCTTTCCAGCAGGTTCTTGCCAATAGTCTGAGGTACTTCTTGAGGCGT
CCATCTACTGACGAATCCAGTTTCTGAAAATGCAATTTATAAGAAA*AAAAGGAAGTACA
AATTGAAATATCATCTTTTTACATTTGACCAAAATAAGCTGCTTCATTTTAGTGGCCGTT
TCATACATCTGTAATAGTAACATTTTCTCTACTTCGATCAGTTATCAAATTTACCTTTAT
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 2 9

CO CL582Contig1 1012 7 19 U
GCAATCGAGTTTCAGGTTTAGGAAGTAAACCAAAGCTTCTTCTTCAATCTCATAGCCTCA
CGTCGTCGTCGTCGCCGGACTTGTAGCTTGTGCTTTGGTGGAGGATGACGCTATTTCACT
TCTTCAACTGTGCGATTCTCACCTTCGGTCCACACGCCGTCTACTACTCCGCCACTCCAT
TATCTGAGTATGACACTCTTGGAACCTCCGTGAAGGCTGCTGTTGTTTACCTCGCTACAG
CACTGGTTAAGCTTGTTTGCTTGGCGACTTTTCTGCAAGTCTCTGAGACTGAAGTATTTG
ATCCTTACCAGGAAGCACTGAAAGCAATGATTGGCTTCATTGACGTCGCTGGTCTCTACT
TTGCTCTGGCTCAGCTGACACACAGGAACATCTCTCAAAACCATAAGTTTCAAGCTGTTG
GCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTCTGTTTTGCATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGTG
CTCGAGGACTTGAGTTCACTTGGGATTATGTTTTACAAGGGCTTGAAGCCAATGCAAATC
TGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGCGCTAGGATCGTTGATGTGGCTACGCAAGAACAAGC
CAAAGACTCTGATCCCCATCATATACACGTGTGCAGTGATTATCGCTACCATGCCTTCAA
TCACGAGCTATCTAAGGAGAGTCATGGGATGGCATTTCCCCAAAGTTGTTGGGTTTGAGC
TGATGACTTCTCTGGTAATGGCTTTCATCAGCTGTCAACTCTTCATTCTTTGTCAGAGAC
CGTCTTTGTGATTCCACTCCTATCGAGATTCTAAACTCACTTGAACTGCTCTTTTGGCAG
AAGAGAGCTTTATGTTTATGGGTAACTCTTGAGACCTTGTTTTTTGGTTGCTTGAAACTT
TTGTTTTTTACATTGTAGAAGAATATTGAACCACATATTCAAGAGATCCTTACACTCGAG
GTCTCTCTTGTAAGGAATCAACAAGAGCTTATAAACGTCAAGAGCGTTCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 5 5 5 5 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 10 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 5 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF59TF U 25
AF RR3G293TF U 1
AF RR3GT77TF U 25
AF RR3AG18TF U 12
AF RR3AP82TF U 17
AF RR3GT77JQ C 210
AF RR3AG18JQ C 273
BS 1 148 RR3G293TF
BS 149 149 RR3AG18TF
BS 150 194 RR3G293TF
BS 195 195 RR3AG18TF
BS 196 564 RR3G293TF
BS 565 565 RR3AG18TF
BS 566 670 RR3G293TF
BS 671 794 RR3AG18TF
BS 795 801 RR3AP82TF
BS 802 802 RR3GT77JQ
BS 803 805 RR3AP82TF
BS 806 806 RR3GT77JQ
BS 807 808 RR3AP82TF
BS 809 810 RR3GT77JQ
BS 811 813 RR3AP82TF
BS 814 814 RR3GT77JQ
BS 815 869 RR3AP82TF
BS 870 953 RR3GT77JQ
BS 954 1012 RR3AG18JQ

RD RR3GF59TF 285 0 0
GG
AAACCAAAGCTTCTTCTTCCATCTCATAGCCGCACGTCGTCG******CCGGACTTGTAG
CTTGTGCTTTGGTGGAGGATGACGCTATTTCACTTCTTCAACTGTGCGATTCTCACCTTC
GGTCCACACGCCGTCTACTACTCCGCCACTCCATTATCTGAATATGACACTCTTGGAACC
TCCGTGAAGGCTGCTGTTGTTTACCTCGCTACAGCACTGGTTAAGCTTGTTTGCTTGGCA
ACTTTTCTGCAAGTCTCTGAGACTGAAGTATTTGATCCTTACC

QA 3 285 3 285
DS 

RD RR3G293TF 670 0 0
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CGTCGTCGTCGTCGCCGGACTTGTAGCTTGTGCTTTGGTGGAGGATGACGCTATTTCACT
TCTTCAACTGTGCGATTCTCACCTTCGGCCCACACGCCGTCTACTACTCCGCCACTCCAT
TATCTGAGTATGACGCTCTTGGAACCTCCGTGAAGGCTGCTGTTGTTTACCTCGCTACAG
CACTGGTTAAGCTTGTTTGCTTGGCGACTTTTCTGCAAGTCTCTGAGACTGAAGTATTTG
ATCCTTACCAGGAAGCACTGAAAGCAATGATTGGCTTCATTGACGTCGCTGGTCTCTACT
TTGCTCTGGCTCAGCTGACACACAGGAACATCTCTCAAAACCATAAGTTTCAAGCTGTTG
GCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTCTGTTTTGCATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGTG
CTCGAGGACTTGAGTTCACTTGGGATTATGTTTTACAAGGGCTTGAAGCCAATGCAAATC
TGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGTGCTAGGATCGTTGATGTGGCTACGCAAGAACAAGC
CAAAGACTCTGATCCCCATCATATACACGTGTGCAGTGATTATCGCTACCATGCCTTCAA
TCACGAGCTA

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DS 

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GG
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CTTGTGCTTTGGTGGAGGATGACGCTATTTCACTTCTTCAACTGTGCGATTCTCACCTTC
GGTCCACACGCCGTCTACTACTCCGCCACTCCATTATCTGAGTATGACACTCTTGGAACC
TCCGTGAAGGCTGCTGTTGTTTACCTCGCTACAGCACTGGTTAAGCTTGTTTGCTTGGCG
ACTTTTCTGCAAGTCTCTGAGACTGAAGTATTTGATCCTTACCAGGAAGCACTGAAAGCA
ATGATTGGCTTCATTGACGCCGCTGGTCTCTACTTTGCTCTGGCTCAGCTGACACACAGG
AACATCTCTCAAAACCATAAGCTTCAAGCTTTTGGCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTCT
GTTTTGCATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGTGCTCGAGGACTTGAGTTCACTTGGGAT
TATGTTTTACGAGGGCTTGAAGCCAATGCAAATCTGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGCG
CTAGGATCGTTGATGTGGCTACGCAAGAACAAGCCAAAGACTCTGATCCCCATCATATAC
ACGTGTGCAGTGATTATCGCTACCATGCCTTCAATCACGAGCTATCTAAG*AGAGTCATG
GGATGGCATTTCCCCAAAGTTGTTGGGTTTGAGCTGATGACTTCTCTGGTAATGGCTTTC
ATCAGCTGTCA*CTCTTCATTCT

QA 3 745 3 745
DS 

RD RR3AG18TF 783 0 0
GGAGGTTTAGGAAG
TAAACCAAAGCTTCTTCTTCAATCTCATAGCCTCACGTCGTCGTCGTCGCCGGACTTGTA
GCTTGTGCTTTGGTGGAGGATGACGCTATTTCACTTCTTCAACTGTGCGATTCTCACCTT
CGGTCCACACGCCGTCTACTACTCCGCCACTCCATTATCTGAGTATGACACTCTTGGAAC
CTCCGTGAAGGCTGCTGTTGTTTACCTCGCTACAGCACTGGTTAAGCTTGTTTGCTTGGC
GACTTTTCTGCAAGTCTCTGAGACTGAAGTATTTGATCCTTACCAGGAAGCACTGAAAGC
AATGATTGGCTTCATTGACGTCGCTGGTCTCTACTTTGCTCTGGCTCAGCTGACACACAG
GAACATCTCTCAAAACCATAAGTTTCAAGCTGTTGGCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTC
TGTTTTGCATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGTGCTCGAGGACTTGAGTTCACTTGGGA
TTATGTTTTACAAGGGCTTGAAGCCAATGCAAGTCTGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGC
GCTAGGATCGTTGATGTGGCTACGCAAGAACAAGCCAAAGACTCTGATCCCCATCATATA
CACGTGTGCAGTGATTATCGCTACCATGCCTTCAATCACGAGCTATCTAAGGAGAGTCAT
GGGATGGCATTTCCCCAAAGTTGTTGGGTTTGAGCTGATGACTTCTCTGGTAATGGCTTT
CATCAGCTGTCAACTCTTCATTCTTTGTCAGAGACCGTCTTTGTGATTC

QA 15 783 15 783
DS 

RD RR3AP82TF 853 0 0
GGGAAGTAA
TAAACCAAAGCTTCTTCTTCAATCTCATAGCCGCACGTCATCG******CCGGACTTGTA
GCTTGTGCTTTGGTGGAGGATGACGCTATTTCACTTCTTCAACTGTGCGATTCTCACCTT
CGGTCCACACGCCGTCTACTACTCCGCCACTCCTTTATCTGAGTATGACACTCTTGGAAC
CTCCGTGAAGGCTGCTGTTGTTTACCTCGCTACAGCACTGGTTAAGCTTGTTTGCTTGGC
AACTTTTCTGCAAGTCTCTGAAACTGAAGTATTTGATCCTTACCAGGAAGCACTGAAAGC
AATGATTGGCTTCATTGACGTCGCTGGTCTCTACTTTGCTCTGGCTCAGCTGACACACAG
GAACATCTCTCAAAACCATAAGTTTCAAGCTGTTGGCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTC
TGTTTTGCATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGTGCTCGAGGACTTGAGTTCACTTGGGA
TTATGTTTTGCAAGGGCCTGAAGCCAATGCAAATCTGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGC
GCTAGGATCGTTGATGTGGCTACGCAAGAACAAGCCAAAGACTCTGATCCCCATCATATA
CACGTGTGCAGTGATCATCGCCACAATGCCTTCAATCACGAGCTATCTAAGGAGAGTCAT
GGGATGGCATTTCCCCAAAGTTGTGGGGTTTGAGCTGATGACTTCTCTGGTAATGGCTTT
CATCAGCTGTCAACTCTTCATTCTTTGTCAGAGACCGTCTTTGTGATTCCACTCCT*TCG
GGAGACTAGACTCACTTGAACTGCTCTTTTGGCAGAAGAGAGCTTTATGTTTATGGGTAA
CTCT

QA 10 853 10 853
DS 

RD RR3GT77JQ 744 0 0
GTGAAGGCTGCTGTTGTTTACCTCGCTACAGCACTGGTTAAGCTTGTTTGCTTGGCGACT
TTTCTGCAAGTCTCTGAGACTGAAGTATTTGATCCTTACCAGGAAGCACTGAAAGCAATG
ATTGGCTTCATTGACGCCGCTGGTCTCTACTTTGCTCTGGCTCAGCTGACACACAGGAAC
ATCTCTCAAAACCATAAGCTTCAAGCTTTTGGCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTCTGTT
TTGCATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGTGCTCGAGGACTTGAGTTCACTTGGGATTAT
GTTTTACGAGGGCTTGAAGCCAATGCAAATCTGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGCGCTA
GGATCGTTGATGTGGCTACGCAAGAACAAGCCAAAGACTCTGATCCCCATCATATACACG
TGTGCAGTGATTATCGCTACCATGCCTTCAATCACGAGCTATCTAAGGAGAGTCATGGGA
TGGCATTTCCCCAAAGTTGTTGGGTTTGAGCTGATGACTTCTCTGGTAATGGCTTTCATC
AGCTGTCAACTCTTCATTCTTTGCCAGAGACCGTCTTTGTGATTCCACTCCTATCGAGAT
TCTAAACTCACTTGAACTGCTCTTTTGGCAGAAGAGAGCTTTATGTTTATGGGTAACTCT
TGAGACCTTGTTTTTTGGTTGCTTGAAACTTTTGTTTTTTACATTGTAGAAGAATATTGA
ACCACATATTCAAGAGATCCTTAC

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DS 

RD RR3AG18JQ 740 0 0
CTGCAAGTCTCTGAGACTGAAGTATTTGATCCTTACCAGGAAGCACTGAAAGCAATGATT
GGCTTCATTGACGTCGCTGGTCTCTACTTTGCTCTGGCTCAGCTGACACACAGGAACATC
TCTCAAAACCATAAGTTTCAAGCTGTTGGCCTTGGATGGGCATTTGCGGATTCTGTTTTG
CATAGGTTGGCTCCTCTTTGGGTTGGTGCTCGAGGACTTGAGTTCACTTGGGATTATGTT
TTACAAGGGCTTGAAGCCAATGCAAGTCTGGTGTTTACGATATCTTTAGCTGCGCTAGGA
TCGTTGATGTGGCTACGCAAGAACAAGCCAAAGACTCTGATCCCCATCATATACACGTGT
GCAGTGATTATCGCTACCATGCCTTCAATCACGAGCTATCTAAGGAGAGTCATGGGATGG
CATTTCCCCAAAGTTGTTGGGTTTGAGCTGATGACTTCTCTGGTAATGGCTTTCATCAGC
TGTCAACTCTTCATTCTTTGTCAGAGACCGTCTTTGTGATTCCACTCCTATCGAGATTCT
AAACTCACTTGAACTGCTCTTTTGGCAGAAGAGAGCTTTATGTTTATGGGTAACTCTTGA
GACCTTGTTTTTTGGTTGCTTGAAACTTTTGTTTTTTACATTGTAGAAGAATATTGAATC
ACATATTCAAGAGATCCTTACACTCGAGGTCTCTCTTGTAAGGAATCAACAAGAGCTTAT
AAACGTCAAGAGCGTTCATC

QA 1 740 1 740
DS 



CO CL582Contig2 657 2 22 U
GGTGAATGCTCTTGACGTTTATAAGCTCTTGTTGATCCCTTACAAGAGCGACCTCAAGTG
TAAGGATCTCTCGAATATGTGGTTCAATATTCTTCTACAATGTAAAGATCAAAAGTTTCA
AGGAACCGAAAAACAAGGCAAGTACGTACGTCTCAAGAGTTACCCATAAACATAAAGCTC
TCTTCTGCCAAAAGAGCAGTTCAAGTGAGTCTAGTCTCCCGAAAGGAGTGGAATCACAAA
GACGGTCTCTGACAAAAAATGAAAAGTTGACAGCTGATGAAAGCCATTACCAGAAAAGTC
ATCAGCTCAAACCCAACAACTTTGGGGAAATGCCATCCCATGACTCTCCTTAAATAGCTC
GTGATTGAAGGCATTGTAGCGATGATCACTGCACACGTGTATATGATGGGGATCAAAGTC
TTTGGCTTGTTCTTGCGTAGCCACATCAACGATCCTAGCGCAGCTAAAGATATCGTAAAC
ACCAAATTTGCATTGGCTTCAGGCCCTTGCAAAACATAATCCCAAGTGAACTCAAGTCCT
CGAGCACCAACCCAAAGAGGAGCCAACCTATGCAAAACAGAATCCGCAAATGCCCATCCA
AGGCCAACAGCTTGAAACTTATGGTTTTGAGAGATGTTCCTGTGTGTCAGCTGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF59JQ U 1
AF RR3AP82JQ U 21
BS 1 71 RR3GF59JQ
BS 72 72 RR3AP82JQ
BS 73 75 RR3GF59JQ
BS 76 76 RR3AP82JQ
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DS 

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AGTACGTACGTCTCAAGAGTTACCCATAAACATAAAGCTCTCTTCTGCCAAAAGAGCAGT
TCAAGTGAGTCTAGTCTCCCGAA*GGAGTGGAATCACAAAGACGGTCTCTGACAAAAAAT
GAAAAGTTGACAGCTGATGAAAGCCATTACCAGAAAAGTCATCAGCTCAAACCCCACAAC
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ATGGTTTTGAGAGATGTTCCTGTGTGTCAGCTGAGCC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 9

CO CL583Contig1 1355 9 20 U
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TCACGTTGGTATCTAAAAGTTTTAGTCTAAAACGTTATTTCCGTCAAGAATCAAGCGACG
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CATCTTTACGAAGCTGAGATAGACCGGTTATGTCGAGCCAATAGACTGGTTTCTTCAATC
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CATTGACCCATCGAGCCCAAGTGGTCATCCCTTTGTAATAAGCGACCAGTCTGTTCATGT
CTTTGTACAATCTGTTCCCATCTTCCATGTAATCCCACGGCTGGATGTGATCAATATGGG
TCCACCAATGCCAACTGTTGAAAATCAAGACGTCCATGCCTCTCCACATCTTGCCTTGCT
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TCCTCAAGAAATACAACCCATTGAATCTGGGGAGAGAGCAAGAGGAAGGTTGCCATCGAT
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ATGGACATTTATATGGATCGTAAAGTGGGTACGTTACATCATAAACCCAACTCCCTCTAA
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AAGGGTTTTCTTGGGAAGAGAAACCCATTTTCTCTCGATCTGAGATTCAGATCCTCTGTG
TTTTCTGGCGAGAGATTGGTGTGTTGGAAAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3CX40TF C 63
AF RR3CX40JQ U 63
AF RR3GY08TF C 57
AF RR3GY08JQ U 1
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AF RR3A838TF C 575
AF RR3D107TF C 629
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G
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DS 

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G
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ATTGAAAGTT*AACTAAAGAAATAGATTGTTCTTGAGTAACTTATACATAAAATAAAAAA
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GACACCAATGGCTACAGTCATTACCAGGATGGTTACCACTGTAAGCAGAAGGATGAGCAT
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TGTACAATC
C

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DS 

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GACACCAATGGCTACAGTCATTACCGGGATGGTTACCACTGTAAGCAGAAGGATGAGCAT
CTTTACGAAGCTGAGATAGACAGGTTATGTCGAGCCAATAGACTGGTTTCTTCAATCTCC
TAAACACTTTGTTTAAAATCACCCAAGCCACTGGTGGCCCTCCTGGATACTTCCTCCCGT
AGAATGGTCGTGTCTGACTCTTACATGACTTCAGTGGCTCTCCCCAATCCCTTCCATCGT
AATGAACAGGAGAAACGCCATTGAAGAAAACCTTGGTCTTAGATGGATTGACGAATGCAT
TGACCCATCGAGCCCAAGTGGTCATCCCTTTGTAATAAGCGACCGGTCTGTTCATGTCTT
TGTACAATCTGTTCCCATCTTCCATGTAATCCCACGGCTGGATGTGATCGATATGGGTCC
ACCAATGCCAACTGTTGAAAATCAAGACGTCCA

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DS 

RD RR3GY08JQ 731 0 0
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AAAGATTTCAAGAGAAAAGAGCCGAATAAAAGAGTACGTTCCAAGTATCAGGTAGACCAG
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TCCTAAACACTTTGTTTAAAATCACCCAAGCCACTGGTGGCCCTCCTGGATACTTCCTCC
CGTAGAATGGTCGTGTCTGACTCTTACATGACTTCAGTGGCTCTCCCCAATCCCTTCCAT
CGTAATGAACAGGAGAAACGCCATTGAAGAAAACCTTGGTCTTAGATGGATTGACGAATG
CATTGACCCATCGAGCCCAAGTGGTCATCCCTTTGTAATAAGCGACCGGTCTGTTCATGT
CTTTGTACAATCTGTTCCCATCTTCCATGTAATCCCACGGCTGGATGTGATCGATATGGG
TCCACCAATGCCAACTGTTGAAAATCAAGACGTCCATGCCTCTCCACATCTTGCCTTGCT
TAATGGAATCC

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DS 

RD RR3BS67JQ 691 0 0
GAAAGT
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GGCTACAGTCATTACCAGGATGGTTACCACTGTAAGCAGAAGGGTGAGCATCTTTACGAA
GCTGAGATAGACCGGTTATGTCGAGCCAATAGACTGGTTTCTTCAATCTCCTAAACACTT
TGTTTAAAATCACCCAAGCCACTGGTGGCCCTCCTGGATACTTCCTCCCGTAGAATGGTT
GTGTCTGACTCTTACATGACTTCAATGGCTCTCCCCAATCCCTTCCATCGTAATGAACAG
GAGAAACGCCATTGAAGAAAACCTTGGTCTTAGATGGATTGACGAATGCATTGACCCATC
GAGCCCAAGTGGTCATCCCTTTGTAATAAGCGACCAGTCTGTTCATGTCTTTGTACAATC
TGTTCCCATCTTCCATGTAATCCCACGGCTGGATGTGATCAATATGGGTCCACCAATGCC
AACTGTTGAAAATCAAGACGTCCATGCCTCTCCACATCTTGCCTTGCTTAATGGAATCCA
GCTTAAGCACTCGTCCAACGTTCTCTGAATCTAAATCCACTAAGAACTGTGTTCTGTATA
GCTTTAATGTCACTCCGTAGTCCTC

QA 7 691 7 691
DS 

RD RR3D107JQ 783 0 0
AGC
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AGATTGTTCTTGAGTAACTTATACATAAAATAAAAAAGATTTCAAGAGAAAAGAGCCGAG
TAAAAGAGTACGTTCCAAGTATCAGGTAGACCAGGAAGACACCAATGGCTACAGTCATTA
CCAGGATGGTTACCACTGTAAGCAGAAGGGTGAGCATCTTTACGAAGCTGAGATAGACCG
GTTATGTCGAGCCAATAGACTGGTTTCTTCAATCTCCTAAACACTTTGTTTAAAATCACC
CAAGCCACTGGTGGCCCTCCTGGATACTTCCTCCCGTAGAATGGTTGTGTCTGACTCTTA
CATGACTTCAATGGCTCTCCCCAATCCCTTCCATCGTAATGAACAGGAGAAACGCCATTG
AAGAAAACCTTGGTCTTAGATGGATTGACGAATGCATTGACCCATCGAGCCCAAGTGGTC
ATCCCTTTGTAATAAGCGACCAGTCTGTTCATGTCTTTGTACAATCTGTTCCCATCTTCC
ATGTAATCCCACGGCTGGATGTGATCAATATGGGTCCACCAATGCCAACTGTTGAAAATC
AAGACGTCCATGCCTCTCCACATCTTGCCTTGCTTAATGGAATCCAGCTTAAGCACTCGT
CCAACGTTATCTGAATCTAAATCCACTAAGAACTGTGTTCTGTATAGCTTTAATGTCACT
CCGTAGTCCTCGAAG*TGAGGGAAGCTAGACCCTTTTGGGTAAGAAGAGTGTAACGAGCG

QA 4 783 4 783
DS 

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AAAAGAGCCGAGTAAAAGAGTACGTTCCAAGTATCAGGTAGACCAGGAAGACACCAATGG
CTACAGTCATTACCAGGATGGTTACCACTGTAAGCAGAAGGGTGAGCATCTTTACGAAGC
TGAGATAGACCGGTTATGTCGAGCCAATAGACTGGTTTCTTCAATCTCCTAAACACTTTG
TTTAAA*TCACCCAAGCCACTGGTGGCCCTCCTGGATACTTCCTCCCGTAGAATGGTTGT
GTCTGACTCTTACATGACTTCAATGGCTCTCCCCAATCCCTTCCATCGTAATGAACAGGA
GAAACACCATTGAAGAAAACCTTGGTCTTAGATGGATTGACGAATGCATTGACCCATCGA
GCCCAAGTGGTCATCCCTTTGTAATAAGCGACCAGTCTGTTCATGTCTTTGTACAATCTG
TTCCCATCTTCCATGTAATCCCACGGCTGGATGTGATCAATATGGGTCCACCAATGCCAA
CTGTTGAAAATCAAGACGTCCATGCCTCTCCACATCTTGCCTTGCTTAATGGAATCCAGC
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GTGTAACGAGCGTTAGGAACCCAAGCGTGAATTAGACAGGCAAGAGATTGCCACATGTTT
GTGCTTAGTGAATCTCCAACGAACATTATCTTTTTCCCTCTCATCTTCCTCAAGAAATAC
AACCCATTGAATCTGGGGAGAGAGCA

QA 1 866 1 866
DS 

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CTCTGAATCTAAATCCACTAAGAACTGTGTTCTGTATAGCTTTAATGTCACTCCGTAGTC
CTCGAAGGTGAGGGAAGCTAGACCCTTTTGGGTAAGAAGAGTGTAACGAGCGTTAGGAAC
CCAAGCGTGAATTAGACAGGCAAGAGATTGCCACATGTTTGTGCTTAGTGAATCTCCAAC
GAACATTATCTTTTTCCCTCTCATCTTCCTCAAGAAATACAACCCATTGAATCTGGGGAG
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CTTGCAGTTAAACTGTGGATCGATGAATGGACATTTATATGGATCGTAAAGTGGGTACGT
TACATCATAAACCCAACTCCCTCTAAACCAATTGCATCTCCAAGAAGCTAGCTCTCTTCT
TCCTCCTTCCTCGCCATTGTTGCTGCTTGTGTTGGTGTAAGCAGCAACTGTGGAGAGACA
GAGCAAGAAGAAGAAGAAGAAAAGAGAAGGGTTTTCTTGGGAAGAGAAACCCATTTTCTC
TCGATCTGAGATTCAGATCCTCTGTGTTTTCTGGCGAGAGATTGGTGTGTTGGAAAGATC
C

QA 1 781 1 781
DS 

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GTAATCCCACGGCTGGATGTGATCAATATGGGTCCACCAATGCCAACTGTTGAAAATCAA
GACGTCCATGCCTCTCCACATCTTGCCTTGCTTAATGGAATCCAGCTTAAGCACTCGTCC
AACGTTATCTGAATCTAAATCCACTAAGAACTGTGTTCTGTATAGCTTTAATGTCACTCC
GTAGTCCTCGAAGGTGAGGGAAGCTAGACCCTTTTGGGTAAGAAGAGTGTAACGAGCGTT
AGGAACCCAAGCGTGAATTAGACAAGCAGGAGATTGCCACATGTTTGTGCTTAGTGAATC
TCCAACGAACATTATCTTTTTCCCTCTCATCTTCCTCAAGAAATACAACCCATTGAATCT
GGGGAGAGAGCAAGAGGAAGGTTGCCATCGATACTTAAGATAAAGATTGTCAGGACGACC
ATACTTCTTGCAGTTAAACTGTGGATCGATGAATGGACATTTATATGGATCGTAAAGTGG
GTACGTTACATCATAAACCCAACTCCCTCTAAACCAATTGCATCTCCAAGAAGCTAGCTC
TCTTCTTCCTCCTTCCTCGCCATTGTTACTGCTTGTGTTGGTGTAAGCAGTAACTGTGGA
GAGACAGAGCAAGAAGAAGAAGAAGAAAAGAGAAGGGTTTTCTTGGGAAGAGAAACCCAT
TTTCTCTCGATCTGAGATTCAGATCCTCTGTGTTTTCTGGCGAGAGATTGGTGTGTTGGA
AAGATCC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 9

CO CL584Contig1 1004 9 11 U
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CGAACCAATCCTTCTTCGGAGAGATTCGCACGGGACTGATTGATCGATCAAGGCTTCTCG
GGCTATCAGAAATGGACCACGACAAGACAGGATGCCAAAGCCCACCTGAAGGTCCCAAGC
TTTGCATCAACAACTGCGGTTTCTTCGGAAGCGCTGCCACAATGAACATGTGTTCCAAGT
GTCACAAGACTATCCTCTTTCAACAGGAACAGGGGGCTAAGTTTGCATCTGCAGTGTCTG
GTTCTTCATCATC***ATCCAGCAACATCTTAAAGGAAACCTTTGCCGCTGCGCTGGTTG
ATCCTGAAACCAAATCCGTTGAGCCGGTGGTTGTATCTGTGCAGCCATCCTCTGTCCAAG
TTCCCGCAGAGGTAGTAGCTCCAGAAGCAGCAGCTGCAGCGAAACCGAAGCAAGGACCAA
GCCGATGTACTACTTGCAACAAACGGGTTGGTCTGACTGGATTCAAATGTCGCTGTGGTG
ACCTCTTCTGCGGGACGCACCGCTATGCAGACATACATAACTGCTCCTTCAATTACCATG
CCGCTGCGCAAGAAGCTATAGCTAAAGCAAACCCGGTTGTGAA*GGCAGAGAAGCTTGAC
AAAATCTGAAACTCAAACACCAAAGTTTCCTTCGTCCTGTCTGCGTCTGGTTCGAGGTGT
GTCGCATGTTAAAAAGGCTTTTTATATATATATATATA**TGGTCGAAGAACGAAAGCGT
GTGTTTATCTTTAGTTTCTCTCTGCAATATTTGTGGTGTGGAACATTCTATTATCTGTGG
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ATCTTTAGCTATTTGTTTTATTTAAAAACTTATGATTGTTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 40 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 
55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 25 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 55 55 55 
55 55 55 55 5 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 55 5 55 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 0 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 0 0 0 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3EG96TF U 1
AF RR3GV13TF U 1
AF RR3AP33TF U 8
AF RR3GV13JQ C 187
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CGAACCAATCCTTCTTCGGAGAGATTCGCACGGGACTGATTGATCGATCAAGGCTTCTCG
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TTTGCATCAACAACTGCGGTTTCTTCGGAAGCGCTGCCACAATGAACATGTGTTCCAAGT
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DS 

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GCAAGAAGCTATAGCTAAAGCAAACCCGGTTGT

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DS 

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TTTTTTT
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ATCCTTCTTCGGAGAGATTCGCACGGGACTGATTGATCGATCAAGGCTTCTCGGGCTATC
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CAACAACTGCGGTTTCTTCGGAAGCGCTGCCACAATGAACATGTGTTCCAAGTGTCACAA
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CTGCGGGACGCACCGCTATGCAGACATACATAACTGCTCCTTCAATTACCATGCCGCTGC
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GAAACTCAAACACCAAAGTTTCCTTCGTCCTGTCTGCGTCTGGTTCGAGGTGTGTCGCAT
GTTAAAAA

QA 8 735 8 735
DS 

RD RR3AP33TF 723 0 0
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ATCCTTCTTCGGAGAGATTCGCACGGGACTGATTGATCGATCAAGGCTTCTCGGGCTATC
AGAAATGGACCACGACAAGACAGGATGCCAAAGCCCACCTGAAGGTCCCAAGCTTTGCAT
CAACAACTGCGGTTTCTTCGGAAGCGCTGCCACAATGAACATGTGTTCCAAGTGTCACAA
GACTATCCTCTTTCAACAGGAACAGGGGGCTAAGTTTGCATCTGCAGTCTCTGGTTCATC
ATCATCGTCATCCAGCAACATCTTAAAGGAAACCTTTGCTGCTGCGCTGGTTGATGCTGA
AACCAAATCCGTTGAGCCGGTGGTTGTCTCTGTGCAGCCATCCTCTGTCCAAGTTGCCGC
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TACTACTTGCAATAAACGGGTTGGTCTGACTGGATTCAAATGTCGCTGTGGTGACCTCTT
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GCAAGAAGCTATAGCTAAAGCAAACCCGGTTGTGAA*GGCAGAGAAGCTTGACAAAATCT
GAAACTCAAACACCAAAGTTTCCTTCGTCCTGTCTGCGTCTGGTTCGAGGTGTGTCGCAT
GTT

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DS 

RD RR3GV13JQ 697 0 0
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TGAAACTCAAACACCAAAGTTTCCTTCGTCCTGTCTGCGTCTGGTTCGAGGTGTGTCGCA
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ATCTTTAGTTTCTCTCTGCAATATTTGTGGTGTGGAACATTCTATTATCTGTGGTTTGAA
GCGGAGAAGTGTGCTCTTAAAGAATATGCTTTGATGT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3C720JQ 789 0 0
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TTTCTTCGGAAGCGCTGCCACAATGAACATGTGTTCCAAGTGTCACAAGACTATCCTCTT
TCAACTGGAACAGGGGGCTAAGTTTGCATCTGCAGTGTCTGGTTCTTCATCATC***ATC
CAGCAACATCTTAAAGGAAACCTTTGCCGCTGCGCTGGTTGATCCTGAAACCAAATCCGT
TGAGCCGGTGGTTGTATCTGTGCAGCCATCCTCTGTTCAAGTTCCCGCAGAGGTAGTAGC
TCCAGAAGCAGCAGCTGCAGCGAAACCGAAGCAAGGACCAAGCCGATGTACTACTTGCAA
CAAACGGGTTGGTCTGACTGGATTCAAATGTCGCTGTGGTGACCTCTTCTGCGGGACGCA
CCGCTATGCAGACATACATAACTGCTCCTTCAATTACCATGCCGCTGCGCAAGAAGCTAT
AGCTAAAGCAAACCCGGTTGTGAA*GGCAGAGAAGCTTGACAAAATCTGAAACTCAAACA
CCAAAGTTTCCTTCGTCCTGTCTGCGTCTGGTTCAAGGTGTGTCGCATGTTAAAAAGGCT
TTTTATATATATAT****A**TGGTCGAAGAACGAAAGCGTGTGTTTATCTTTAGTTTCT
CTCTGCAATATTTGTGGTGTGGAACATTCTATTATCTGTGGTTTGAAGCAGAGAAGTGTG
CTCTTAAAGAATATGCTTTGATGTGTTTCTCTTTCTTATGATTTATGAGCACTGTGTTTG
TTTATGTT
T

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3AP33JQ 743 0 0
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AGACTATCCTCTTTCAACAGGAACAGGGGGCTAAGTTTGCATCTGCAGTCTCTGGTTCAT
CATCATCGTCATCCAGCAACATCTTAAAGGAAACCTTTGCTGCTGCGCTGGTTGATGCTG
AAACCAAATCCGTTGAGCCGGTGGTTGTCTCTGTGCAGCCATCCTCTGTCCAAGTTGCCG
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GTACTACTTGCAATAAACGGGTTGGTCTGACTGGATTCAAATGTCGCTGTGGTGACCTCT
TCTGCGGGACGCACCGCTATGCAGACATACATAACTGCTCCTTCAATTACCATGCCGCTG
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TGAAACTCAAACACCAAAGTTTCCTTCGTCCTGTCTGCGTCTGGTTCGAGGTGTGTCGCA
TGTTAAAAAGGCTTTTTATATATATATATATA**TGGTCGAAGAACGAAAGCGTGTGTTT
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AGCACTATGTTTGTTTATGTT
CC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3DL28JQ 818 0 0
TCAACAACTGCGGTTTCTTCGGAAGCGCTGCCACAATGAACATGTGTTCCAAGTGTCACA
AGACTATCCTCTTTCAACAGGAACAGGGGGCTAAGTTTGCATCTGCAGTGTCTGGTTCTT
CATCATC***ATCCAGCAACATCTTAAAGGAAACCTTTGCCGCTGCGCTGGTTGATCCTG
AAACCAAATCCGTTGAGCCGGTGGTTGTATCTGTGCAGCCATCCTCTGTTCAAGTTCCCG
CAGAGGTAGTAGCTCCAGAAGCAGCAGCTGCAGCGAAACCGAAGCAAGGACCAAGCCGAT
GTACTACTTGCAACAAACGGGTTGGTCTGACTGGATTCAAATGTCGCTGTGGTGACCTCT
TTTGCGGGACGCACCGCTATGCAGACATACATAACTGCTCCTTCAATTACCATGCCGCTG
CGCAAGAAGCTATAGCTAAAGCAAACCCGGTTGTGAA*GGCAGAGAAGCTTGACAAAATC
TGAAACTCAAACACCAAAGTTTCCTTCGTCCTGTCTGCGTCTGGTTCAAGGTGTGTCGCA
TGTTAAAAAGGCTTTTTATATATATATA******TGGTCGAAGAACGAAAGCGTGTGTTT
ATCTTTAGTTTCTTTCTGCAATATTTGTGGTGTGGAACATTCTATTATCTGTGGTTTGAA
GCAGAGAAGTGTGCTCTTAAAGAATATGCTTTGATGTGTTTCTCTTTCTTATGATTTATG
AGCACTGTGTTTGTTTATGTTTCATCATTTGGGTCTGTATCATATTGAGATTGTATCTTT
AGCTATTTGTTTTATTTAAAAACTTATGATTGTTCTTC

QA 1 818 1 818
DS 



AS 3 9

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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR3BV78TF U 1
AF RR3H127TF U 1
AF RR3BV78JQ C 1
AF RR3GS07JQ C 1
AF RR3GS07TF U 1
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DS 

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DS 

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DS 

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QA 1 652 1 652
DS 

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QA 1 652 1 652
DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F075JQ C 1
AF RR3F075TF U 1
BS 1 677 RR3F075TF

RD RR3F075JQ 677 0 0
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QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3F075TF 677 0 0
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TTATTTATGTTTGGTCG

QA 1 677 1 677
DS 



CO CL585Contig3 636 2 1 U
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FT42JQ C 1
AF RR3FT42TF U 1
BS 1 636 RR3FT42TF

RD RR3FT42JQ 636 0 0
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DS 

RD RR3FT42TF 636 0 0
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TCAGTGGACACAAGATTTACCCAGGCAGGGGTATCAGATTCATCAGATCTGACTCTCAGG
TGTTTTTGTTCATTAACTCAAAATGTAAGCATTATTTTCATAATAAGTTGAAGCCTTCCA
AGCTTGCATGGACCACCATGTACCGTAAACAGCACAAGAAGGACGCTGCTCAAGAGGCTG
TGAAGAAGAGGAGACGTGCAACCAAGAAGCCCTACTCTAGGTCAATCGTTGGAGCTACTT
TGGAGGTCATTCAGAAGAAGCGTGCAGAGAAGCCTGAAGTTCGTGATGCAGCCAGAGAAG
CTGCTTTACGTGACATTAAGGAGAGAATCAAGAAGACTAAAGACGAGAAGAAGGCAAAGA
AGGCCGAGTTTGCTTCCAAGCAACAAAAAATCAAGGGCAATATCCCCAAGGCTTCAGCCG
CACCAAAGGCTGCCAAGTTGGGTGGTGGCGGTGGCAGACGTTGAATAGATTATAGCCCCC
TCTTATCATCTCTCTGCACTTATCTTTTTATTTGTTTCAATTTTTGAAGTTTTTCACCTT
ATTGGTATTTGTGTACTCAAAAAGAGATTTTTATGG

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 6

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TGTCTCAAACTCATCGATATGTGAAGCTCCATACTCGGATCTTTGTCTATCTCAGTTACC
ATCCAAAGGCTGTCTCGTCCTCATCGATCTGTGAAGATCCATAATCGGATCTTTGTCTAT
CTCAGTTACCATCGAAAGGCTATCTCGTCCTCATCGATCTATACTTTACGTTTTGCTTGT
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TCAGAAGCATCAATAAAATCTGAGCTAGACATCTGCTAGAAAAAATGATCTCTAAAAATA
ATAATTTACGTTTTGCTTGTAGTGTAGATTGCTTGTCTAGAAATCTCTATTGTCTATCTC
ATATTTCGAGCTGGAATCATTTCTGATCTGAAAATAATAGTTTTTTTTT**AAATTTACA
TGCAGGATCAAATGAAAAAAGAATCTTATGGAAGCTGTTCTGGATAAAGTTAATTTATGT
CTGTGAAGTATGATAGACGAAAACCTATCTGAGATTCTTTGTCTCCATATGATCAAAACA
TAGCTCAGAGGTGATCCACAGCTATCGAAGCTTGTACCAGAGTAAATGAGAGCAAGGGAT
TAAGTAAGCACATTAACATGGATCTTTTGGCCGAGCTCTTAGATCATTCCTTTCTTGAGA
CAGCCAATGGAGAAAAAAACAGTTCTTCCAACTTGATAAAAGGATTATGGAGTGCAATCA
GGGATGTTCACATTTTCCATTGGCTTAACATGTATGGAGCACTTTAACTTGAACACGCCA
TTCTGACTTGAATGGTCTTATGTCAGCCAAAGTTGTGACTTCCATGCTTAAAGATAATTT
CTGGAGCTACTAAGTTTAGGAATAGTGATTATAGGAAGCGTGGTTTAAGTATAGAATGGA
GGAAAATATTTATAAGAGAGGATGGCGATGGAATCTATGTGATTTATGATTTAATAAATT
GGTTTTTATTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3C975TF U 1
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AF RR3A030JQ C 363
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CTCAGTTACCATCGAAAGGCTATCTCGTCCTCATCGATCTATACTTTACGTTTTGCTTGT
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AATCTCTATAGTGGCATCATCTTCACTATATTTCGAGCTGGAATCATTTTTTTTTTTTTT
TTGAGCAAAGCTGGAATCATTTCTGATCTGAAAATAATAGGTTTTATTTCTAGAAAACT

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DS 

RD RR3CN57TF 568 0 0
G
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CTCATCGATATGTGAAGCTCCATACTCGGATCTTTGTTTATCTCAGTTACCATCCAAAGG
CTGTCTCGTCCTCATCGATCTGCGAAGATCCATAATCGGATCTTTGTCTATCTCAGTTAC
CATCGAAAGGCTATCTCGTCCTCATCGATCTATACTTTACGTTTTGCTTGTAGTGTAGAT
TGAGCTGCTAAATAATTGTCTCTCTGTTACAATCCAAAATTGTTGTCTAGAAATCTCTAT
AGTGGCATCATCTTCACTATATTTCGAGCTGGAATCATTTTTTTTTTTT****GAGCAAA
GCTGGAATCATTTCTGATCTGAAAATAATAGTTTTTATTTCTAGAAAACTATCAGAAGCA
TCAATAAAATCTGAGCTAGACATCTGCTAGAAAAAATGATCTCTAAAAATAATAATTTAC
GTTTTGCTTATAGTGTAGATTGCTTGTCTAGAAATCTCTATTGTCTATCTCATATTTCGA
GCTGGAATCATTTCTGATCTGAAAATA

QA 2 568 2 568
DS 

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GG
ATCTCTGTCTCTTTCTACTGTCTCAAACTCATCGATATGTGAAGCTCCATACTCGGATCT
TTGTCTATCTCAGTTACCATCCAAAGGCTGTCTCGTCCTCATCGATCTGTGATGATCCAT
AATCGGATCTTTGTCTATCTCAGTTACCATCGAAAGGCTATCTCGTCCTCATCGATCTAT
ACTTTACGTTTTGCTTGTAGTGTAGATTGAGCTGCTAAATAATTGTCTCTCTGTTACAAT
CCAAAATTGTTGTCTAGAAATCTCTATAGTGGCATCATCTTCACTATATTTCGAGCTGGA
ATCATTTTTTTTTTT*****GAGCAAAGCTGGAATCGTTTCTGATCTGAAAATAATAGGT
TTTATTTCTAGAAAACTATCAGAAGCATCAATAAAATCTGAGCTAGACATCTGCTAGAAA
AAATGATCTCTAAAAATAATAATTTACGTTTTGCTTGTAGTGTAGATTGCTTGTCTAGAA
ATCTCTATTGTCTATCTCATATTTCGAGCTGGAATCATTTCTGATCTGAAAATAATAGTT
TTTTTTTTTAAATTTACATGCAGGATCAAATGAAAAAAGAATCTTATGGAAGCTGTTCTG
GATAAAGTTAATTTATGTCTGTGAAGTATGATAGACGAAAACCTATCTGAGATTCTTTGT
CTCCATATGATCAAA
CATAGCTC

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DS 

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G
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GTGAAGCTCCATACTCGGATCTTTGTCTATCTCAGTTACCATCCAAAGGCTGTCTCGTCC
TCATCGATCTGTGAAGATCCATAATCGGATCTTTGTCTATCTCAGTTACCATCGAAAGGC
TATCTCGTCCTCATCGATCTATACTTTACGTTTTGCTTGTAGTGTAGATTGAGCTGCTAA
ATAATTGTCTCTCTGTTACAATCCAAAATTGTTGTCTAGAAATCTCTATAGTGGCATCAT
CTTCACTATATTTCGAGCTGGAATCATTTTTTTTTTT*****GAGCAAAGCTGGAATCAT
TTCTGATCTGAAAATAATAGGTTTTATTTCTAGAAAACTATCAGAAGCATCAATAAAATC
TGAGCTAGACATCTGCTAGAAAAAATGATCTCTAAAAATAATAATTTACGTTTTGCTTGT
AGTGTAGATTGCTTGTCTAGAAATCTCTATTGTCTATCTCATATTTCGAGCTGGAATCAT
TTCTGATCTGAAAATAATAGTTTTTTTTT**AAATTTACATGCAGGATCAAATGAAAAAA
GAATCTTATGGAAGCTGTTCTGGATAAAGTTAATTTATGTCTGTGAAGTATGATAGACGA
AAACCTATCTGAGATTCTTTGTCTCCATATGATCAAAACATAGCTCAGAGGTGATCCACA
GCTATCGAAGCTTGTACCAGAGTAAATGAGAGCAAGGGATTAAGTAAGCACATTAACATG
GATCTTTTGGCCGAGCTCTTAGATCATTCCTTTCTTGAGACAGCCAATGGAGAAAA

QA 2 837 2 837
DS 

RD RR3GV28JQ 793 0 0
TTTGAGCAAAGCTGGAATCATTTCTGATCTGAAAATAATAGGTTTTATTTCTAGAAAACT
ATCAGAAGCATCAATAAAATCTGAGCTAGACATCTGCTAGAAAAAATGATCTCTAAAAAT
AATAATTTACGTTTTGCTTGTAGTGTAGATTGCTTGTCTAGAAATCTCTATTGTCTATCT
CATATTTCGAGCTGGAATCATTTCTGATCTGAAAATAATAGTTTTTTTTT**AAATTTAC
ATGCAGGATCAAATGAAAAAAGAATCTTATGGAAGCTGTTCTGGATAAAGTTAATTTATG
TCTGTGAAGTATGATAGACGAAAACCTATCTGAGATTCTTTGTCTCCATATGATCAAAAC
ATAGCTCAGAGGTGATCCACAGCTATCGAAGCTTGTACCAGAGTAAATGAGAGCAAGGGA
TTAAGTAAGCACATTAACATGGGTCTTTTGGCCGAGCTCTTAGATCATTCCTTTCTTGAG
ACAGCCAATGGAGAAAAAAACAGTTCTTCCAACTTGATAAAAGGATTATGGAGTGCAATC
AGGGATGTTCACATTTTCCATTGGCTTAACATGTATGGAGCGCTTTAACTTGAACACGCC
ATTCTGACTTGAATGGTCTTATGTCAGCCAAAGTTGTGACTTCCATGCTTAAAGATAATT
TCTGGAGCTACTAAGTTTAGGAATAGTGATTATAGGAAGCGTGGTTTAAGTATAGAATGG
AGGAAAATATTTATAAGAGAGGATGGCGATGGAATCTATGTGATTTATGATTTAATAAAT
TGGTTTTTATT
TG

QA 1 791 1 791
DS 

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AGAAGCATCAATAAAATCTGAGCTAGACATCTGCTAGAAAAAATGATCTCTAAAAATAAT
AATTTACGTTTTGCTTGTAGTGTAGATTGCTTGTCTAGAAATCTCTATTGTCTATCTCAT
ATTTCGAGCTGGAATCATTTTTGATTTGAAAATAATAGTTTTTTTTT**AAATTTACATG
CAGGATCAAATGAAAAAAGAATTTTATGGAAGCTGTTCTGGATAAAGTTAATTTATGTCT
GTGAAGTATGATAGACGAAAACCTATTTGAGATTCTTTGTCTCCATATGATCAAAACATA
GCTCAGAGGTGATCCACAGCTATCGAAGCTTGTACCAGAGTAAATGAGAGCAAGGGATTA
AGTAAGCACATTAACATGGATCTTTTGGCCGAGCTCTTAGATCATTCCTTTCTTGAGACA
GCCAATGGAGAAAAAAACAGTTCTTCCAACTTGATAAAAGGATTATGGAGTGCAATCAGG
GATGTTCACATTTTCCATTGGCTTAACATGTATGGAGCACTTTAACTTGAACACGCCATT
TTGACTTGAATGGTCTTATGTCAGCCAAAGTTGTGACTTCCATGCTTAAAGATAATTTCT
GGAGCTACTAAGTTTAGGAATAGTGATTATAGGAAGCGTGGTTTAAGTATAGAATGGAGG
AAAATATTTATAAGAGAGGATGGCGATGGAATCTATGTGATTTATGATTTAATAAATTGG
TTTTTATTCG

QA 1 790 1 790
DS 



AS 2 6

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GTCTGAGCTTAAGACGGAACCTGAAGATTCTGTTACTGGATCATCGTCGTCTCCTGTAGC
AATGAGCAACAAGGAAGAGGAAAAAACTGAGGTTTCGTCAAGCTCAAAGGACAATGCATG
AATGAAGAATGATAAGCTTTGTTTTCTCTGTAGCTAGAACAGTTTATGAAATGAGTTTAG
ATCAAATACTCTCTTTGTTGATGGAAGCAGACTTGTCTTCCTTTGAAATATGGTCGCTTG
GTGTTTGAATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3G554TF U 1
AF RR3G554JQ C 87
BS 1 609 RR3G554TF
BS 610 613 RR3G554JQ

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GTCTGAGCTTAAGACGGAACCTGAAGATTCTGTTACTGGATCATCGTCGTCTCCTGTAGC
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ATCAAATACTCTCTTTGTTGATGGAAGCAGACTTGTCTTCCTTTGAAATATGGTCGCTTG
GTGTTTGAA
TCCC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3G554JQ 527 0 0
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ATTCTGTTACTGGATCATCGTCGTCTCCTGTAGCAATGAGCAACAAGGAAGAGGAAAAAA
CTGAGGTTTCGTCAAGCTCAAAGGACAATGCATGAATGAAGAATGATAAGCTTTGTTTTC
TCTGTAGCTAGAACAGTTTATGAAATGAGTTTAGATCAAATACTCTCTTTGTTGATGGAA
GCAGACTTGTCTTCCTTTGAAATATGGTCGCTTGGTGTTTGAATCCC

QA 1 527 1 527
DS 



CO CL587Contig2 611 4 5 U
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CCAACTGTTTCATAGCGACCACCCAACGAAGACCAAAGACCCGTTCTTTGGTTGCGATTC
GACCGGAGCAGAGGAGGAGAAAGGCGGCACTGACTTGTAATGCTCTGTTTGGTCTCGGTG
TCCCTGAGCTCGCGGTGATCGCTGGCGTCGCCGCGTTGCTTTTCGGACCTAAGAAGCTTC
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TTGAGTCTGAGCTTAAGACGGAACCTGAAGATTCTGTAGCTGGCTCGTCGTCTCCAGTAG
CAATGAGCAACAAGGAAGAGGAAAAAAACTGAGGTTTCGTCAAGCTCAAAGGACAATGCA
TGAATGAAGAATGATAAGCTTTGTTTTCTCTGTAGCTAGAACAGTTTATGAAATGAGTTT
AGATCAAATACTCTTTGTTGATGGAAGCAGACTTGTCTTCCTATGATATATGGTTGCATG
GTGTTTGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 20 20 10 10 

AF RR3GW28JQ C 1
AF RR3EE53JQ C 243
AF RR3GW28TF U 1
AF RR3EE53TF U 11
BS 1 8 RR3GW28JQ
BS 9 286 RR3GW28TF
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BS 288 609 RR3GW28TF
BS 610 611 RR3GW28JQ

RD RR3GW28JQ 611 0 0
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GACCGGAGCAGAGGAGGAGAAAGGCGGCACTGACTTGTAATGCTCTGTTTGGTCTCGGTG
TCCCTGAGCTCGCGGTGATCGCTGGCGTCGCCGCGTTGCTTTTCGGGCCTAAGAAGCTTC
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TTGAGTCTGAGCTTAAGACGGAACCTGAAGATTCTGTAGCTGGCTCGTCGTCTCCAGTAG
CAATGAGCAACAAGGAAGAGGAAAAAAACTGAGGTTTCGTCAAGCTCAAAGGACAATGCA
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GTGTTTGAACC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3EE53JQ 365 0 0
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GAGATTGGCAAGAGTATCGGCAAGACCGTCAAAAGCTTTCAACAGGCTGCAAAAGAGTTT
GAGTTTGAGCTTAAGACGGAACCTGAAGATTTTGTAGCTGGCTTGTTGTTTCCCGTAGCA
ATGAGCAACAAGGAAGAGGAAAAAA*CTGAGGTTTTGTCAAGCTCAAAGGACAATGCATG
AATGAAGAATGATAAGCTTTGTTTTTTTTGTAGCTAGAACAGTTTATGAAATGAGTTTAG
ATCAAATACTCTTTGTTGATGGAAGCAGACTTGTCTTCCTATGATATATGGTTGCATGGT
GTTTG

QA 1 365 1 365
DS 

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AAGAAAAAAAAAAAGGACTGGAAGAGAGCAGTAATGGCGACATCGGTTGCGACTCTATCT
TCTCCGCCACCAGTCACTCTGCCTCTCTCTTCATCTCGCTCTTCCTTATTCTCCAACTGT
TTCATAGCGACCACCCAACGAAGACCAAAGACCCGTTCTTTGGTTGCGATTCGACCGGAG
CAGAGGAGGAGAAAGGCGGCACTGACTTGTAATGCTCTGTTTGGTCTCGGTGTCCCTGAG
CTCGCGGTGATCGCTGGCGTCGCCGCGTTGCTTTTCGGGCCTAAGAAGCTTCCTGAGATT
GGCAAGAGTATCGGCAAGACCGTCAAAAGCTTTCAACAGGCTGCAAAAGAGTTTGAGTCT
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AACAAGGAAGAGGAAAAAAACTGAGGTTTCGTCAAGCTCAAAGGACAATGCATGAATGAA
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A
CC

QA 9 609 9 609
DS 

RD RR3EE53TF 597 0 0
AGAAA
AAAAAAAGGATTGGAAGAGAGCAGTAATGGCGACATCGGTTGCGACTCTATCTTCTCCGC
CACCAGTCACTCTGCCTCTCTCTTCATCTCGCTCTTCCTTATTCTCCAACTGTTTCATAG
CGACCACCCAACGAAGACCAAAGACCCGTTCTTTGGTTGCGATTCGACCGGAGCATAGGA
GGAGAAAGGCGGCACTGACTTGTAATGCTCTGTTTGGTCTCGGTGTCCCTGAGCTCGCGG
TGATCGCTGGCGTCGCCGCGTTGCTTTTCGGACCTAAGAAGCTTCCTGAGATTGGCAAGA
GTATCGGCAAGACCGTCAAAAGCTTTCAACAGGCTGCAAAAGAGTTTGAGTCTGAGCTTA
AGACGGAACCTGAAGATTCTGTAGCTGGCTCGTCGTCTCCAGTAGCAATGAGCAACAAGG
AAGAGGAAAAAA*CTGAGGTTTCGTCAAGCTCAAAGGACAATGCATGAATGAAGAATGAT
AAGCTTTGTTTTCTCTGTAGCTAGAACAGTTTATGAAATGAGTTTAGATCAAATACTCTT
TGTTGATGGAAGCAGACTTGTCTTCCTATGATATATGGTTGCATGGTGTTTG

QA 6 597 6 597
DS 



AS 2 7

CO CL588Contig1 762 2 28 U
AAACCACTCTTTTGACTCGCAAAGTGTTCTCTTTTCTTTGGAAATTTTGTACAGTTTACG
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CCATCAAAGAGGTAAGACTCTAACACCAATACCTTTGACCTTGCTTTTAACTTTGGAAGT
TAGAAAAATGATCGGAGGGCAGCAACTACTTTCTCTGGCCAGTCTTCCTGAGGCAAATGG
CCAGCACCTTCAATGAGTCGAAGCTTAACATTTTGAGGGTTCTGTTTCTCAAACTCCTCT
GCTATAGACTGAGACAGGTACTTATCAGCTATACCCCAAGCCAGAAGCGTGGGTTTGTCC
CAGCTGCCTGATGAAAACCCATTTGAAATTTGACCCAAGGTGTCTCCGAAGTTGATCTTT
TTAGCAGTCTCTAGCAAGGCAAAACCAGGCCCTCCGCTTGACAAATATGGTAGACGATAG
ACATCAGCTTTCTCATTCTTCAAGACGTAGGGGCTACCTCCTTCAATGAACCGCTCGGCC
AATATAGCATTTTGGCACGTGAATTCACCAAAGAGGGGGATCCTCAGCTGCTTAAACAAT
CCAGGGACAGGGGATGAAACGGTCAACGGAGTATTAAGGATTGCAAGCTTGTCGACCTTA
CTTGGATTTTTCAGTGCCCATGTTAAACCGTAAGTACCCACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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DS 

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QA 1 749 1 749
DS 



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CTGAAAAATCCAAGCAAGGTCGACAAGCTTGCAATCCTTAATACTCCGTTGACCGTTTCA
TCCCCAGTCCCTGGACTATTTAAGCAGCTGAGGATCCCCCTCTTTGGTGAATTCACGTGC
CAAAATGCTATATTGGCCGAGCGGTTCATTGAAGGAGGTAGCCCATACGTCTTGAAGAAT
GAGAAAGCTGATGTCTATCGTCTACCATATTTGTCAAGCGGAGGCCCTGGCTTTGCCTTG
CTCGAGACTGCTAAAAAGATCAACTTCGGAGACACCTTGGGTCAAATTGCAAATGGGTTT
TCATCAGGCAGCTGGGATAAACCCACGCTTCTGGCTTGGGGAATAGCTGATAAGTACCTG
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CGATCATTTTTCTAACTTCCAAAGTTAAAACAAGGTCAAAGGTATTGGTGTAAGAGCCTT
ACCTCTTTGATGGATGTGTGCAAGGCTTCACATTGCTGTTTGGAGAGGCTAGAAGCAGTC
TGCAACGGGTGGATTCTTGCCTGTGAAAGAGAAAGACAAAGCAGAGCATAAATCCTACAA
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GTCG


BQ
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10 10 10 

AF RR3DJ68TF U 1
AF RR3EH81TF U -9
AF RR3B140TF U -5
AF RR3B836TF U 2
AF RR3B140JQ C 541
BS 1 15 RR3DJ68TF
BS 16 16 RR3EH81TF
BS 17 92 RR3DJ68TF
BS 93 93 RR3EH81TF
BS 94 262 RR3DJ68TF
BS 263 263 RR3EH81TF
BS 264 310 RR3DJ68TF
BS 311 311 RR3EH81TF
BS 312 431 RR3DJ68TF
BS 432 432 RR3EH81TF
BS 433 568 RR3DJ68TF
BS 569 569 RR3EH81TF
BS 570 583 RR3DJ68TF
BS 584 584 RR3EH81TF
BS 585 586 RR3DJ68TF
BS 587 587 RR3EH81TF
BS 588 617 RR3DJ68TF
BS 618 620 RR3EH81TF
BS 621 674 RR3B836TF
BS 675 675 RR3B140JQ
BS 676 737 RR3B836TF
BS 738 738 RR3B140JQ
BS 739 784 RR3B836TF
BS 785 785 RR3B140JQ
BS 786 812 RR3B836TF
BS 813 1384 RR3B140JQ

RD RR3DJ68TF 618 0 0
GGAACAAAAAAAAAAGGAAAATGCCTTTGTCTCTGCTCTCTCCTCTTCCTCTGCTCCACT
CGTTCTCTCCGACAAAATCCACCGCCTCTAGAGTCAGAGCCACGCCGTCTAGACTCCGCT
TGTCCGTCGTGAAAGCGACGTCGGATAAGGGAAGCAGCGGAAATGCTCCCGAGGAAGATG
ATCCATCTTTCAACCCGTTTGGCTTCGTCACGGACAATCCATCTAGCCGGAGCGCAATCC
AGCTGCCGGAGTCTCCGGCCGAGGACGGTAACGTCGGTCAGATGCTCTACAGGACAGAAG
ATAAGGGAAGGGAGTTTGGTTCCACCATCAGATCAGGGAAGCTTAGATGGTTTGTGAGAG
AAACTGGATCAAAGGAGAGTCGTAGAGGAACAGTTGTATTTCTTCATGGAGCTCCAACTC
AGTCTTTTAGTCACCGTACTGTCATGTCTGAGATGACAGAAGCTGGGTTTCATTGCTATG
CACCTGATTGGATAGGGTTCGGATTCAGTGACAAACCTCAGCCAGGATATGGTTTTAATT
ACACAGAGAAAGAGTACCATGAGGCGTT*GATAAACTGCTGGAGACATTGGAGATCAAAT
CTCCTTT*CTTTCTCGT
G

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3EH81TF 630 0 0
GGAAAAACAAAAAAAAAA
AAAAAGAAGAAAATGCCTTTGTCTCTGCTGTCTCCTCTTCCTCTGCTCCACTCGTTCTCT
CCGACAAAATCCACCGCCTCTAGAATCAGAGCCACTCCGTCTAGACTCCGCTTGTCCGTC
GTGAAAGCGACGTCGGATAAGGGAAGCAGCGGAAATGTTCCCGAGGACGATGATCCGTCT
TTCAACCCGTTTGGCTTCGTCACGGACAATCCATCTAGCCGGAGCGCAATCCAGCTGCCG
GAGTCTCTG*CCGAAGACGGTAACGTCGGTCAGATGCTCTACAGGACAGAAGATAAGGGA
AGAGAGTTTGGTTCCACCATCAGATCAGGGAAGCTTAGATGGTTTGTTAGAGAAACTGGA
TCAAAGGAGAGTCGTAGAGGAACAGTTGTGTTTCTTCATGGAGCTCCAACTCAGTCTTTT
AGTTACCGTACTGTCATGTCTGAGATGACAAAAGCTGGGTTTCATTGCTATGCACCTGAT
TGGATAGGATTCGGATTCAGTGACAAACCTCAGCCAGGATATGGTTTTAATTACACAGAG
AAAGAGTACCATGAGGCGTTTGATAAACTGCTGGACACGTTGGAGATCAAATCTCCTTTT
CTTTCTCGTTGT

QA 19 630 19 630
DS 

RD RR3B140TF 626 0 0
GGACGAATAACAAG
AAAAAAAAGAAAATGCCTCTGTCTCTGTTCTCTCCTCTTCCTCTGCTCCACTCGTTCTCT
CCGACAAAATCCACCGCCTCTAGAATCAGAGCCACGCCGTCTAGACTCCGCTTGTCCGTC
GTCAAAGCGACGTCGGATAAGGGAAGCAGCGGAAATGCTCCGGAGGAAGATGATCCATCT
TTCAACCCGTTTGGCTTCGTCACGGACAATCCATCTAGCCGGAGCGCAATCCAGCTGCCG
GAGTCTCCCGCCGAAGACGGTAACGTCGGTCAGATGCTCTACAGGACAGAAGATAAGGGA
AGAGAGTTTGGTTCCACCATCAGATCAGGGAAGCTTAGATGGTTTGTTAGAGAAACTGGA
TCAAAGGAGAGTCGTAGAGGAACAGTTGTATTTCTTCATGGAGCTCCAACTCAGTCTTTT
AGTTACCGTACTGTCATGTCTGAGATGTCAGAAGCTGGGTTTCATTGCTATGCACCTGAT
TGGATAGGGTTCGGATTCAGTGACAAACCTCAGCCAGGATATGGTTTTAATTACACAGAG
AAAGAGTACCATGAGGCGTTTGATAAACTGCTGGACACGTTGGAGATCAAATCTCCTTT*
CTTTCTCGTTGT

QA 15 626 15 626
DS 

RD RR3B836TF 829 0 0
GGAACAA
AAAAAAAGGAAAATGCCTTTGTCTCTGCTCTCTCCTCTTCCTCTGCTCCACTCGTTCTCT
CCGACAAAATCCACCGCCTCTAGAGTCAGAGCCACGCCGTCTAGACTCCGCTTGTCCGTC
GTGAAAGCGACGTCGGATAAGGGAAGCAGCGGAAATGCTCCCGAGGAAGATGATCCATCT
TTCAACCCGTTTGGCTTCGTCACGGACAATCCATCTAGCCGGAGCGCAATCCAGCTGCCG
GATTCTCCGGCCGAGGACGGTAACGTCGGTCAGATGCTCTACAGGACAGAAGATAAGGGA
AGGGAGTTTGGTTCCACCATCAGATCAGGGAAGCTTAGATGGTTTGTGAGAGAAACTGGA
TCAAAGGAGAGTCGTAGAGGAACAGTTGTATTTCTTCATGGAGCTCCAACTCAGTCTTTT
AGTTACCGTACTGTCATGTCTGAGATGACTGAAGCTGGGTTTCATTGCTATGCACCTGAT
TGGATAGGGTTCGGATTCAGTGACAAACCTCAGCCAGGATATGGTTTTAATTACACAGAG
AAAGAGTACCATGAGGCGTTTGATAAACTGCTGGAGACATTGGAGATCAAATCTCCTTT*
CTTTCTCGTTGTTCAGGGCTTTCTTGTGGGTACTTACGGTTTAACATGGGCACTGAAAAA
TCCAAGTAAGGTCGACAAGCTTGCAATCCTTAATACTCCGTTGACCGTTTCATCCCCAGT
CCCTGGACTCTTTAAGCAGCTGAGGATCCCCCTCTTTGGTGAATTCACGTGCCAAA*TGC
TATATTGGCCGAGCGGTTCATTGA
GAGCAGCCCATACGTCTG

QA 8 811 8 811
DS 

RD RR3B140JQ 844 0 0
ACACAGAGAAAGAGTACCATGAGGCGTTTGATAAACTGCTGGACACGTTGGAGATCAAAT
CTCCTTT*CTTTCTCGTTGTTCAGGGCTTTCTTGTGGGTTCTTACGGTTTAACATGGGCA
CTGAAAAATCCAAGCAAGGTCGACAAGCTTGCGATCCTTAATACTCCGTTGACGGTTTCA
TCCCCAGTCCCTGGACTATTTAAGCAGCTGAGGATCCCCCTCTTTGGTGAATTCACGTGC
CAAAATGCTATATTGGCCGAGCGGTTCATTGAAGGAGGTAGCCCATACGTCTTGAAGAAT
GAGAAAGCTGATGTCTATCGTCTACCATATTTGTCAAGCGGAGGCCCTGGCTTTGCCTTG
CTCGAGACTGCTAAAAAGATCAACTTCGGAGACACCTTGGGTCAAATTGCAAATGGGTTT
TCATCAGGCAGCTGGGATAAACCCACGCTTCTGGCTTGGGGAATAGCTGATAAGTACCTG
TCTCAGTCTATAGCAGAGGAGTTTGAGAGACAGAACCCTCAAAATATTAAGCTTCGACTC
ATTGAAGGTGCTGGCCATTTACCTCAGGAAGACTGGCCAGAGAAAGTAGTTGCTGCCCTC
CGATCATTTTTCTAACTTCCAAAGTTAAAACAAGGTCAAAGGTATTGGTGTAAGAGCCTT
ACCTCTTTGATGGATGTGTGCAAGGCTTCACATTGCTGTTTGGAGAGGCTAGAAGCAGTC
TGCAACGGGTGGATTCTTGCCTGTGAAAGAGAAAGACAAAGCAGAGCATAAATCCTACAA
ACATGTAAATTTGAGACGTAAAAATGTACAAATTTCCAAAGAAAAGAAAACACTTTGCGA
GTCG

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 8

CO CL589Contig1 754 8 39 U
GGACTAGAACCAATCTCAACAGATAAGGAAACTTCACAAGACAGAAACAGAGAGAGAGA*
*TGAGCCGTTGCTGCTATCTTGGGCTCTGTGTCCCGAATGCTTTGACCCCTCTTTCTCCA
AGGCCTCGCAGCGTCAAAGCTCCTTTCTGTATTACATCTCACACAAAACCCATCTCTAAC
ACCGATTCACTTCTTCAAAATGTTGCCAAGATGAGAGCAAAGGCTGGTGATATCTTTGGA
GCAAAGAAGACAATCTTTGCAGCTCAACTAGGGACAGTTCTTGCCATGATTGATCATCCG
GCGTTGGCTATAACTGGAGTCAACCACGAGCAGGAACTGGGCAGCGTGGTGCTCGACATC
GGTATCATATCTGTTTTCTACTTCCTAGTAATGCCACCAATCATAATGAACTGGCTGAGA
GTAAGATGGTACAGAAGGAAGTTCTTCGAGATGTATTTACAGTTCATGTTCGTCTTCATG
TTCTTCCCCGGGCTACTGTTATGGGCACCATTTCTCAACTTCAGAAAGTTCCCAAGAGAT
CCAAATATGAAGTATCCTTGGGACAAACCAAAAGACCCTTCCACTATCAAGAACGGTTAC
CTCAAGTACCCATTTGCACAGCCAGAAGACTACGACTACTAAAAGTTCCTTACATATCTT
GTCACTGTATATACTCTGGACTCACTCAATGTGCAGGCTCTTTTCTTATACTCAGTTTTT
AAGGCTCTATGTTCAATATAGACTCGTTTATAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 20 0 0 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 0 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 50 20 50 20 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 25 40 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H787JQ C 1
AF RR3H787TF U 1
AF RR3GC76TF U 6
AF RR3DK21TF U 23
AF RR3A603TF U 19
AF RR3A603JQ C 19
AF RR3DK21JQ C 23
AF RR3GC76JQ C 29
BS 1 6 RR3H787JQ
BS 7 49 RR3H787TF
BS 50 50 RR3GC76TF
BS 51 57 RR3H787TF
BS 58 59 RR3GC76TF
BS 60 105 RR3H787TF
BS 106 106 RR3GC76TF
BS 107 139 RR3H787TF
BS 140 140 RR3GC76TF
BS 141 209 RR3H787TF
BS 210 210 RR3GC76TF
BS 211 230 RR3H787TF
BS 231 231 RR3GC76TF
BS 232 286 RR3H787TF
BS 287 287 RR3GC76TF
BS 288 294 RR3H787TF
BS 295 295 RR3GC76TF
BS 296 339 RR3H787TF
BS 340 340 RR3GC76TF
BS 341 356 RR3H787TF
BS 357 357 RR3GC76TF
BS 358 377 RR3H787TF
BS 378 378 RR3GC76TF
BS 379 488 RR3H787TF
BS 489 489 RR3GC76TF
BS 490 647 RR3H787TF
BS 648 649 RR3GC76TF
BS 650 652 RR3H787TF
BS 653 653 RR3GC76TF
BS 654 654 RR3H787TF
BS 655 655 RR3GC76TF
BS 656 680 RR3H787TF
BS 681 681 RR3GC76TF
BS 682 683 RR3H787TF
BS 684 684 RR3GC76TF
BS 685 696 RR3H787TF
BS 697 697 RR3A603JQ
BS 698 717 RR3GC76TF
BS 718 754 RR3A603JQ

RD RR3H787JQ 694 0 0
GGACTAGAACCAATCTCAACAGATAAGGAAACTTCACAAGACAGAAACATAGAGAGA***
*TGAGCCGTTGCTGCTATCTTGGGCTCTGTGTCCCGAATGCTTTGTCCCCTCTTTCTCCA
AGGCCTCGCAGCGTCAAAGGTCCTTTCTGTATTACATCTCACACAAAACCCATCTCTAAC
ACCGATTCACTTCTTCAAAATGTTGCCAAAATGAGAGCAAAGGCTGGTGACATCTTTGGA
GCAAAGAAGACAATCTTTGCAGCTCAACTAGGGACAGTTCTTGCCACGATTGATTATCCG
GCGTTGGCTATAACTGGAGTCAACCACGAGCAGGAACTGAGCAGCGTGGTGCTCGATATC
GGTATCATATCTGTTTTTTACTTCCTAGTAATGCCACCAATCATAATGAACTGGCTGAGA
GTAAGATGGTACAGAAGGAAGTTCTTCGAGATGTATTTACAGTTCATGTTCGTCTTCATG
TTCTTCCCTGGGCTACTGTTATGGGCACCATTTCTCAACTTCAGAAAGTTCCCAAGAGAT
CCAAATATGAAGTATCCTTGGGACAAACCAAAAGACCCTTCCACTATCAAGAACGGTTAC
CTCAAGTACCCATTTGCACAGCCAGAAGACTACGACTACTAAAAGTTTGTTATACATCTT
GTCACTGTATATACTCTGGATTCCCTCAATGTGC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3H787TF 715 0 0
GGACTA
GAACCAATCTCAACAGATAAGGAAACTTCACAAGACAGAAACATAGAGAGA****TGAGC
CGTTGCTGCTATCTTGGGCTCTGTGTCCCGAATGCTTTGTCCCCTCTTTCTCCAAGGCCT
CGCAGCGTCAAAGGTCCTTTCTGTATTACATCTCACACAAAACCCATCTCTAACACCGAT
TCACTTCTTCAAAATGTTGCCAAAATGAGAGCAAAGGCTGGTGACATCTTTGGAGCAAAG
AAGACAATCTTTGCAGCTCAACTAGGGACAGTTCTTGCCACGATTGATTATCCGGCGTTG
GCTATAACTGGAGTCAACCACGAGCAGGAACTGAGCAGCGTGGTGCTCGATATCGGTATC
ATATCTGTTTTTTACTTCCTAGTAATGCCACCAATCATAATGAACTGGCTGAGAGTAAGA
TGGTACAGAAGGAAGTTCTTCGAGATGTATTTACAGTTCATGTTCGTCTTCATGTTCTTC
CCTGGGCTACTGTTATGGGCACCATTTCTCAACTTCAGAAAGTTCCCAAGAGATCCAAAT
ATGAAGTATCCTTGGGACAAACCAAAAGACCCTTCCACTATCAAGAACGGTTACCTCAAG
TACCCATTTGCACAGCCAGAAGACTACGACTACTAAAAGTTTGTTATACATCTTGTCACT
GTATATACTCTGGATTCCCTCAATGTGCAG
CTCTTTCTATAAAAAAAAA

QA 7 696 7 696
DS 

RD RR3GC76TF 712 0 0
G
GAACCAATCTCAACAGATAAGGAAACTTCACAAGACAGAAACAGAGAGAGAGAGATGAGC
CGTTGCTGCTATCTTGGGCTCTGTGTCCCGAATGCTTTGACCCCTCTTTCTCCAAGGCCT
CGCAGCGTCAAAGCTCCTTTCTGTATTACATCTCACACAAAACCCATCTCTAACACCGAT
TCACTTCTTCAAAATGTTGCCAAGATGAGAGCAAAGGCTGGTGATATCTTTGGAGCAAAG
AAGACAATCTTTGCAGCTCAACTAGGGACAGTTCTTGCCATGATTGATCATCCGGCGTTG
GCTATAACTGGAGTCAACCACGAGCAGGAACTGGGCAGCGTGGTGCTCGACCTCGGTATC
ATATCTGTTTTCTACTTCCTAGTAATGCCACCAATCATAATGAACTGGCTGAGAGTAAGA
TGGTACAGAAGGAAGTTCTTCGAGATGTATTTACAGTTCATGTTCGTCTTCATGTTCTTC
CCCGGGCTACTGTTATGGGCACCATTTCTCAACTTCAGAAAGTTCCCAAGAGATCCAAAT
ATGAAGTATCCTTGGGACAAACCAAAAGACCCTTCCACTATCAAGAACGGTTACCTCAAG
TACCCATTTGCACAGCCAGAAGACTACGACTACTAAAAGTTCCTTACATATCTTGTCACT
GTATATACTCTGGACTCACTCAATGTGCGG*CTCTTTTCTTATACTCAGTT

QA 2 712 2 712
DS 

RD RR3DK21TF 694 0 0
GG
AAGGAAACTTCACAAGACAGAAACAGAGAGAGGGA**TGAGCCGTTGCTGCTATCTTGGG
CTCTGTGTCCCGAATGCTTTGACCCCTCTTTCTCCAAGGCCGCGCAGCGTCAAAGCTCCT
TTCTGTATTACATCTCACACAAAACCCATCTCTAACACCGATTCACTTCTTCAAAATGTT
GCCAAGATGAGAGCAAAGGCTGGTGATATCTTTGGAGCAAAGAAGACAATCTTTGCAGCT
CAACTAGGGACAGTTCTTGCCATGATTGATCATCCGGCGTTGGCTATAACTGGAGTCAAC
CACGAGCAGGAACTGGGCAGCGTGGTGCTCGACCTCGGTATCATATCTGTTTTCTACTTC
CTAGTAATGCCACCAATCATAATGAACTGGCTGAGAGTAAGATGGTACAGAAGGAAGTTC
TTCGAGATGTATTTACAGTTCATGTTCGTCTTCATGTTCTTCCCCGGGCTACTGTTATGG
GCACCATTTCTCAACTTCAGAAAGTTCCCAAGAGATCCAAATATGAAGTATCCTTGGGAC
AAACCAAAAGACCCTTCCACTATCAAGAACGGTTACCTCAAGTACCCATTTGCACAGCCA
GAAGACTACGACTACTAAAAGTTCCTTACATATCTTGTCACTGTATATACTCTGGACTCA
CTCAATGTGCAG*CTCTTTTCTTATACTCAGT

QA 3 694 3 694
DS 

RD RR3A603TF 675 0 0
GG
AGATAAGGAAACTTCACAAGACAGAAACATAGAGAGA****TGAGCCGTTGCTGCTATCT
TGGGCTCTGTGTCCCGAATGCTTTGTCCCCTCTTTCTCCAAGGCCTCGCAGCGTCAAAGG
TCCTTTCTGTATTACATCTCACACAAAACCCATCTCTAACACCGATTCACTTCTTCAAAA
TGTTGCCAAGATGAGAGCAAAGGCTGGTGATATCTTTGGAGCAAAGAAGACAATCTTTGC
AGCTCAACTAGGGACAGTTCTTGCCATGATTGATCATCCGGCGTTGGCTATAACTGGAGT
CAACCACGAGCAGGAACTGGGCAGCGTGGTGCTCGACATCGGTATCATATCTGTTTTCTA
CTTCCTAGTAATGCCACCAATTATAATTAACTGGCTGAGAGTAAGATGGTACAGAAGGAA
GTTCTTCGAGATGTATTTACAGTTCATGTTCGTCTTCATGTCCTTCCCCGGGCTACTGTT
ATGGGCACCATTTCTCAACTTCAGAAAGTTCCCAAGAGATCCAAATATGAAGTATCCTTG
GGACAAACCAAAAGACCCTTCCACTATCAAGAACGGTTACCTCAAGTACCCATTTGCACA
GCCAGAAGACTACGACTACTAAAAGTTCCTTACATATCTTGTCACTGTATATACTCTGGA
CTCACTCAATGTG

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR3A603JQ 736 0 0
GG
AGATAAGGAAACTTCACAAGACAGAAACATAGAGAGA****TGAGCCGTTGCTGCTATCT
TGGGCTCTGTGTCCCGAATGCTTTGTCCCCTCTTTCTCCAAGGCCTCGCAGCGTCAAAGG
TCCTTTCTGTATTACATCTCACACAAAACCCATCTCTAACACCGATTCACTTCTTCAAAA
TGTTGCCAAGATGAGAGCAAAGGCTGGTGATATCTTTGGAGCAAAGAAGACAATCTTTGC
AGCTCAACTAGGGACAGTTCTTGCCATGATTGATCATCCGGCGTTGGCTATAACTGGAGT
CAACCACGAGCAGGAACTGGGCAGCGTGGTGCTCGACATCGGTATCATATCTGTTTTCTA
CTTCCTAGTAATGCCACCAATTATAATTAACTGGCTGAGAGTAAGATGGTACAGAAGGAA
GTTTTTCGAGATGTATTTACAGTTCATGTTCGTCTTCATGTCCTTCCCCGGGCTACTGTT
ATGGGCACCATTTCTCAACTTCAGAAAGTTCCCAAGAGATCCAAATATGAAGTATCCTTG
GGACAAACCAAAAGACCCTTCCACTATCAAGAACGGTTACCTCAAGTACCCATTTGCACA
GCCAGAAGACTACGACTACTAAAAGTTCCTTACATATCTTGTCACTGTATATACTCTGGA
CTCACTCAATGTGCAGGCTCTTTTCTTATACTCAGTTTTTAAGGCTCTATGTTCAATATA
GACTCGTTTATAAG

QA 3 736 3 736
DS 

RD RR3DK21JQ 705 0 0
GG
AAGGAAACTTCACAAGACAGAAACAGAGAGAGGGA**TGAGCCGTTGCTGCTATCTTGGG
CTCTGTGTCCCGAATGCTTTGACCCCTCTTTCTCCAAGGCCGCGCAGCGTCAAAGCTCCT
TTCTGTATTACATCTCACACAAAACCCATCTCTAACACCGATTCACTTCTTCAAAATGTT
GCCAAGATGAGAGCAAAGGCTGGTGATATCTTTGGAGCAAAGAAGACAATCTTTGCAGCT
CAACTAGGGACAGTTCTTGCCATGATTGATCATCCGGCGTTGGCTATAACTGGAGTCAAC
CACGAGCAGGAACTGGGCAGCGTGGTGCTCGACCTCGGTATCATATCTGTTTTCTACTTC
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GAAGACTACGACTACTAAAAGTTCCTTACATATCTTGTCACTGTATATACTCTGGACTCA
CTCAATGTGCAGGCTCTTTTCTTATACTCAGTTTTTAAGGCTC

QA 3 705 3 705
DS 

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CAAAAGACCCTTCCACTATCAAGAACGGTTACCTCAAGTACCCATTTGCACAGCCAGAAG
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ATGTGCAGGCTCTTTTCTTATACTCAGTTTTTAAGGCTC
TATGTTC

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DS 



AS 2 8

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TCCAATTATCCATCGATTCACCAATCTCATCTCCCCCTCAAAGCTCCAACACTTTCTCCG
TTCGCAGGTTTTAAAGTTAAGACCATGCCTAAAGAGAGGAAACAACGCTCTGTATCTCAT
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AGCCACCGGCATTCCAACTGTTTCGATCAGTACCGCAAAGCTTCTAAACAGACAGAAGGT
GCAGCAGTAGCTTCAGCTTCTGAGGTGGCAGTTGTGAATCCGAGAGAGGATGAAGGTGTT
GTGGAGACAGATGCAGGCAAACCGAAGCTTACTTGTCCGTTATGCCGTGGAGATATTAAA
GAATGGGTGGTTGTTGAGCCTGCTCGATATTTCATGAACGCAAAACACAGAAGCTGTTCT
TCCGAGACTTGTGAGTTCAGCGGGACCTACTCTGATCTGAGAAAGCACGCGAGGTTGCTG
CATCCAGGAGTGAGGCCGTCAGAGGCAGATCCGGAGAGGCAGAGAAGCTGGAGGAGGCTA
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GGAGGAGAAGAAAGAAGCAGCAGCAGCAACGAAGATGGGATCATGTCGTTTGATGATGGT
GGTTGGCTAACAGTGTTCTTCCTCATCCGCGTGTTTAGGCCAGAGTCAAGTGGTGGGGCA
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AGAAGATCTTCAAGGCTTTGGGGAGAGAGCTATGAAGGTGGTGATACAGGAACATCAGCA
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BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E459TF U 1
AF RR3EC85TF U 1
AF RR3EC85JQ C 631
AF RR3E459JQ C 639
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TCCGAGACTTGTGAGTTCAGCGGGACCTACTCTGATCTGAGAAAGCACGCGAGGTTGCTG
CATCCAGGAGTGAGGCCGTCAGA
GCAGA

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DS 

RD RR3EC85TF 689 0 0
GGGT
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ATTATCCATCGATTCACCAATCTCATCTCCCCCTCAAAGCTCCAACACTTTCTTCGTTCG
CAGGTTTTAAAGTTAAGACCATGCCTAAAGAGAGGAAACAACGCTCTGTATCTCATGAAA
GGCTTAGAGGATCGCCTATGTATTGTGAGTCAGGCCGTGCTCTGAAGCCGAGTGAGAAGC
AAGTTAAGGAATGGGAAGAAGCTAGATGTCCTGTCTGTATGGAACATCCTCACAACGGGA
TCCTTCTCGTTTGTTCTTCCTATGATAATGGCTGCAGGCCTTACATGTGTGACACTAGCC
ACCGGCATTCCAACTGTTTCGATCAGTACCGCAAAGCTTCTAAACAGACAGAAGGTGCAG
CAGTAGCTTCAGCTTCTGAGGTGGCAGTTGTGAATCCGAGAGAGGATGAAGGTGTTGTGG
AGACAGATGCAGGCAAACCGAAGCTTACTTGTCCGTTATGCCGTGGAGATATTAAAGAAT
GGGTGGTTGTTGAGCCTGCTCGATATTTCATGAACGCAAAACACAGAAGCTGTTCTTCCG
AGACTTGTGAGTTCAGCGGGACCTACTCTGATCTGAGAAAGCACGCGAGGTTGCTGCATC
CAGGAGTGAGGCCGTCAGA
GCAGAT

QA 5 683 5 683
DS 

RD RR3EC85JQ 665 0 0
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TCTGATGGACAAGAGTCTGGAACTCAAAGACGCCGTGTCAGAAGAAGATATTACATTGAA
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TTAAACTTTATGAAACAAAATATGGGGGGAAACTTTGTATTAATAACCCCCAACTCGTTA
AAACCTATTCTGTAAAATTTCTTTGCAGATTGAAAAAATGTTTCTATTGAGAAACAAAAT
GCTAC

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DS 

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GCCAGAGTCAAGTGGTGGGGCAAGGAGTAGTAGTAGCAGCTGGTCAGGTACGTCTAGAGC
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TATGAAACAAAATATGGGGGGAAACTTTGTATTAATAACCCCCAACTCGTTAAAACCTAT
TCTGTAAAATTTCTTTGCAGATTGAAAAAATGTTTTTATTGAGAAACAAAATGCTACAAA
ATAATTTAATACCTTTTTAC

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DS 



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CGATTTAGGGTTTCATCCATTAATCCATCGATTCACCATCTCATCTCCCCCTCAAAGCTC
CAACACTTTCTCCGTTTGCAGGTTTTAAGTTAAGACCATGCCTAAAGAGAGGAAACAACG
CTCTGTATCTCACGAAAGGCTTAGAGGATCTCCACTTTATTGTGAGTCAAGCCGTGCTTT
GAAGAAGCCGAGCGAGAAGCAAGTTAAGGAATGGGAAGAAGCTCGATGTCCTGTCTGTAT
GGAACATCCTCACAACGGAATCCTTCTCGTCTGTTCTTCCTATGATAATGGCTGTAGGCC
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GAGAAAGCACGCGAGGCTGCTGCATCCGGGAGTGAGGCCATCAGAAGCAGATCCGGAGAG
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GCCAGAGTCAAGTGGTGGGGCAAGGAGTAGTAGTAGCAGCTGGTCAGGTACGTCTAGAGC
TAGGTCACATATAGGTGTGAGAAGAAGATCTTCAAGGCTTTGGGGAGAGAGCTATGAAGG
TGGTGATACAGGAACATCATCAGCTAGAGATGGGGAGAACAATAATCAGTCTTCTGATGG
ACAAGAGTCTGGAACTCAAAGGCGCCGTGTCAGAAGAAGATATTACATTGAGGATGATGA
GGATGATGAAGAGGCGTAATGGCTCTCTCTCTCAAAACATACGTTTGGTTTTTTTAACTC
TATGAAACAAAAATATTGGGGGAGACTTTGTATTAATAACCCCCAACTCGTTAAAACCTA
TTCTGTAAAATTTCTTTGCAGATTGAAAAAATTTTCCTTCTTGTAGCCACAAAATGCTAC
AAAATAATTTAATACCCTTTTACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU81TF U 1
AF RR3GU81JQ C 656
AF RR3GJ55JQ C 689
AF RR3GJ55TF U 689
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AGCTAGA

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GATTT
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AAAATAATTTAATACC
C

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TTTTAC

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CTCTCAAAACATACGTTTGGTTTTTTTAACTCTATGAAACAAAAATATTGGGGGAGACTT
TGTATTAATAACCCCCAACTCGTTAAAACCTATTCTGTAAAATTTCTTTGCAGATTGAAA
AA*TTTTCCTTCTTGTAGCCACAAA*TGCTACAAAATAATTTAATACCCTTTTACA

QA 1 656 1 656
DS 



AS 2 7

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GAGTTCGGTTGTAACATTTATTTAAAGATGATTTTTCATTATATTAAACATAATGAAGAT
AGAAACTTAAAAAGAGAGGGTGATGCAAAAAGGGACAAGAGTGACAGACTCAGAACAACA
AAGCAAAGACGCAACGTACTTTTAAAAAAAAGTAGCAAATAGTGTACTTCCTTCTTCTTC
TTTCAGATTTACTCATCAGCCTTCTCCACGGCAACTTCTGCTGGAGCTGCGGCGGCTTCC
ACGGCTGCTACTTCAGTGATTTTCTCCTCCTCCTCTGCTTCTGGCTTCTTCTCTTCCTCC
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ACAACCACCGGTGCTTCTTCCTCTTTCTTGGGCTCTACGACTTCCTCTGTTTTGGTCTCT
TCCTCGTCAACCGCCGGAGTTTCTTCCTCTTTCTTGGGCTCTACAACGTCCTCTGCTTTG
CTCTCTTCCTCCACAACCGCTGGAGTTTCCTCTGTCTTTGTTTCTTCAGTTTCTGTTACC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E966JQ U 23
AF RR3E966TF C 1
AF RR3DM36JQ U 23
AF RR3DM36TF C 36
BS 1 23 RR3E966TF
BS 24 748 RR3DM36JQ

RD RR3E966JQ 556 0 0
T
AAAGATGATTTTTCATTATATTAAACATAATGAAGATAGAAACTTAAAAAGAGAGGGTGA
TGCAAAAAGGGACAAGAGTGACAGACTCAGAACAACAAAGCAAAGACGCAACGTACTTTT
AAAAAAAAGTAGCAAATAGTGTACTTCCTTCTTCTTCTTTCAGATTTACTCATCAGCCTT
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CTCCTCCTCCTCTGCTTCTGGCTTCTTCTCTTCCTCCACAACAGCTGGAGTTTCCTCTGT
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TTTCTTGGGCTCTACGACTTCCTCTGTTTTGGTCTCTTCCTCGTCAACCGCCGGAGTTTC
TTCCTCTTTCTTGGGCTCTACAACGTCCTCTGCTTTGCTCTCTTCCTCCACAACCGCTGG
AGTTTCCTCTGTCTTTGTTTCTTCAGTTTCTGTTACCGGAGCTGGAGCAGAATCAGCCAC
AACGGCAGCGACGGT

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AGAAACTTAAAA*GAGAGGGTGATGCAAAAAGGGACAAGAGTGACAGACTCAGAACAACA
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ACAACAGCTGGAGTTTCCTCTGTCTTCTTCACTTCTTCCTCTGCTTTGGTCTCTTCTTCC
ACAACCACCGGTGCTTCTTCCTCTTTCTTGGGCTCTACGACTTCCTCTGTTTTGGTCTCT
TCCTCGTCAACCGCCGGAGTTTCTTCCTCTTTCTTGGGCTCTACAACGTCCTCTGCTTTG
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GAGGCC

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DS 

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T
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AAAAAAAAGTAGCAAATAGTGTACTTCCTTCTTCTTCTTTCAGATTTACTCATCAGCCTT
CTCCACGGCAACTTCTGCTGGAGCTGCGGCGGCTTCCACGGCTGCTACTTCAGTGATTTT
CTCCTCCTCCTCTGCTTCTGGCTTCTTCTCTTCCTCCACAACAGCTGGAGTTTCCTCTGT
CTTCTTCACTTCTTCCTCTGCTTTGGTCTCTTCTTCCACAACCACCGGTGCTTCTTCCTC
TTTCTTGGGCTCTACGACTTCCTCTGTTTTGGTCTCTTCCTCGTCAACCGCCGGAGTTTC
TTCCTCTTTCTTGGGCTCTACAACGTCCTCTGCTTTGCTCTCTTCCTCCACAACCGCTGG
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AACGGCAGCGACGGTTTCCTCAGGCTCCACTGTCTTTGGTGGTGTCACCTCGACGTGCTC
AGCTGCGGCTGGAGTCACTTGTTCAACATCAGCAGTGGCCATTTGAATGTGTAGAAGAGA
GGAAAGATCAAAGAAGAGAAGAGAAAGTGTGTGTTTGTGTGTGTGATGCTTTGATGTGTG
AGGCC

QA 2 726 2 726
DS 

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TCATTATATTAAACATAATGAAGATAGAAACTTAAAAAGAGAGGGTGATGCAAAAAGGGA
CAAGAGTGACAGACTCAGAACAACAAAGCAAAGACGCAACGTACTTTTAAAAAAAAGTAG
CAAATAGTGTACTTC*TTCTTCTTCTTTCAGATTTACTCATCAGCCT*CTCCACGGCAAC
TTCTGCTGGAGCTGCGGCGGCTTCCACGGCTGCTACTTCAGTGATTTTCTCCTCCTCCTC
TGCTTCTGGCTTCTTCTCTTCCTCCACAACAGCTGGAGTTTCCTCTGTCTTCTTCACTTC
TTCCTCTGCTTTGGTCTCTTCTTCCACAACCACCGGTGCTTCTTCCTCTTTCTTGGGCTC
TACGACTTCCTCTGTTTTGGTCTCTTCCTCGTCAACCGCCGGAGTTTCTTCCTCTTTCTT
GGGCTCTACAACGTCCTCTGCTTTGCTCTCTTCCTCCACAACCGCTGGAGTTTCCTCTGT
CTTTGTTTCTTCAGTTTCTGTTACCGGAGCTGGAGCAGAATCAGCCACAACGGCAGCGAC
GGTTTCCTCAGGCTCCACTGTCTTTGGTGGTGTCACCTCGACGTGCTCAGCTGCGGCTGG
AGTCACTTGTTCAACATCAGCAGTGGCCATTTGAATGTGTAGAAGAGAGGAAAGATCAAA
GAAGAGAAGAGAAAGTGTGTGTTTGTGTGTGTGATGCTTTGATGTGT
GAGGCC

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DS 



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TCTCTTCTACACATCCAAATGGCCACTGCTGATGTTGAACAAGTGACTCCAGCCGCAGCT
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GAGGAAACCAAGACACAGACGGAGGAGATAAAGAAAGAGGAAGAAGCTCCTGTCGAAGTA
ACCACTAAAGACCTCCCTGTGGAAGAAGGTCCAGCCGCTGTGGAGGAAGAGAGCAAGACA
GAGGAAGTCGTAGAGCCCAAGAAAGAGGAAGAAGTAGAAGAAACAAAGACAGAGGAAACT
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ACTGAAGTAGCCGCCGTCCAAGCCGCCGCAGCTCCAGCAGATGTTGCCGTGGAGAAGGCT
GATGAGTAAATCTGAAAGAAGAAGAAGAAGTACACTATTTGCTACTTTTTAAAAAAAGTA
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CTCTTTTTAAGTTTCTATCTTCCATATGTTTAATATAAATTAAAAATCATCTTTG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3GS25TF U 1
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RD RR3GS25TF 708 0 0
G
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QA 2 708 2 708
DS 

RD RR3GS25JQ 775 0 0
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GAGGAAACCAAGACACAGACGGAGGAGATAAAGAAAGAGGAAGAAGCTCCTGTCGAAGTA
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CCAGCGGTTGTTGAGGAAGAGAGCAAAACAGAGGAAGTTGTAGAGCCCAAGAAAAAGGAA
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G

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G
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QA 2 270 2 270
DS 



AS 2 7

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CTCATGGAACGTCATCATGTTTTTGACCCTTGAACAGGCAAAGAAGTATGTCCGGGAACT
AGAATCGTCCAAGAAATAATAGTGAGACAAAAAAGAAGTTTTTATGCAGAGAGAATAAAA
AACATTGTTTTCTTCTTAATTTCGGTGGTCGAGAGAGAGAGAGAGAGGGACCAGAACATC
ATCAAATATTGTTTTGGAATAGAGACTTGATTTCAAGCAAACTGTGAAATAAATTTCTAT
TGGTGGCTGCACCATTCAAACAATCATCAAAATCATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D263TF U 1
AF RR3FF86TF U 65
AF RR3AI22TF U 65
AF RR3AI22JQ C 542
AF RR3FF86JQ C 618
BS 1 507 RR3D263TF
BS 508 508 RR3AI22TF
BS 509 510 RR3D263TF
BS 511 511 RR3AI22TF
BS 512 552 RR3D263TF
BS 553 553 RR3AI22TF
BS 554 612 RR3D263TF
BS 613 850 RR3AI22TF
BS 851 1269 RR3AI22JQ
BS 1270 1270 RR3FF86JQ
BS 1271 1281 RR3AI22JQ
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ATAGTCGTAATCGTCGTCACTGTTCTCGAGATTCTCTCTGTGTTCGATACTCTCTCTCTC
GTTTTTCATTCCTCGGATTAGCTTTTTTTCTTTTT****TTGTTGTTGTCTGGATCGAAG
AAGGATGGTATCTGATAGCAAATCTGACCTTTCATTGCCTAAAACATTCGCCTGCAGTGC
TTTCGCTGCCTGCGTCGGCGAGGTATGTACGATTCCATTGGACACTGCGAAAGTGAGGCT
TCAGCTCCAAAAGTCTGCCATTGCTGGAGATGTTACTCTCCCTAAGTATCGTGGATTGCT
CGGGACTGTTGGTACCATAGCAAGGGAAGAAGGGCTTCGTTCACTATGGAAAGGTGTTGT
TCCTGGCTTGCATCGTCAATGCCTCTTTGGAGGTCTTAGGATCGGAATGTATGAGCCGGT
CAAAAACTTGTACGTTGGGAAAGACCACGTGGGCGATGTTCCTTTGAGCAAGAAGATCCT
TGCTGGTTTGACAACAGGTGCTCTGGGTATCATGGTAGCCAATCCCACTGATCTTGTGAA
AGTTAGACTTCA
CGCT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3FF86TF 696 0 0
GG
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GGTATCTGATAGCAAATCTGACCTTTCATTGCCTAAAACATTCGCCTGCAGTGCTTTCGC
TGCCTGCGTCGGCGAGGTATGTACGATTCCATTGGACACTGCGAAAGCGAGGCTTCAGCT
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TGTTGGTACCATAGCAAGGGAAGAAGGGCTTCGTTCACTATGGAAAGGTGTTGTTCCTGG
CTTGCATCGTCAATGCCTCTTTGGAGGTCTTAGGATCGGAATGTATGAGCCGGTCAAAAA
CTTGTACGTTGGGAAAGACCATGTAGGCGATGTTCCTTTGAGCAAGAAGATCCTTGCTGG
TTTGACCACAGGTGCTCTGGGTATCATGGTAGCCAATCCCACTGATCTTGTGAAAGTTAG
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TAATGTTGCTAGAAACGCAATCATCAATGCTGCT

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR3AI22TF 786 0 0
GG
GTAATCGTCGTCACTGTTCTCGAGATTCTCTCTGTGTTCGATACTCTCTCTCTCGTTTTT
CATTCCTCGGATTAGCTTTTTTTCTTTTT****TTGTTGTTGTCTGGATCGAAGAAGGAT
GGTATCTGATAGCAAATCTGACCTTTCATTGCCTAAAACATTCGCCTGCAGTGCTTTCGC
TGCCTGCGTCGGCGAGGTATGTACGATTC*ATTGGACACTGCGAAAGTGAGGCTTCAGCT
CCAAAAGTCTGCCATTGCTGGAGATGTTACTCTCCCTAAGTATCGTGGATTGCTCGGGAC
TGTTGGTACCATAGCAAGGGAAGAAGGGCTTCGTTCACTATGGAAAGGTGTTGTTCCTGG
CTTGCATCGTCAATGCCTCTTTGGAGGTCTTAGGATCGGAATGTATGAGCCGGTCAAAAA
CTTGTACGTTGGGAAAGACCATGTAGGCGATGTTCCTTTGAGCAAGAAGATCCTTGCTGG
TTTGACCACAGGTGCTCTGGGTATCATGGTAGCCAATCCCACTGATCTTGTGAAAGTTAG
ACTTCAGGCTGATGGGAAACTAGCTGCAGGTGTGCCAAGACGGTATACTGGATCTTTGAA
TGCCTATTCAACCATTGTCAGACAAGAAGGAGTCAGAGCACTTTGGACTGGTCTTGGACC
TAATGTTGCTAGAAACGCAATCATCAATGCTGCTGAATTAGCGAGTTACGATCAAGTGAA
GCAGACAATCTTGAAGATTCCGGGGTTCACTGATAACATTGTCACGCATATTTTATCTGG
ACTG

QA 3 786 3 786
DS 

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GTTAGACTTCAGGCTGATGGGAAACTAGCTGCAGGTGTGCCAAGACGGTATACTGGATCT
TTGAATGCCTATTCAACCATTGTCAGACAAGAAGGAGTCAGAGCACTTTGGACTGGTCTT
GGACCTAATGTTGCTAGAAACGCAATCATCAATGCTGCTGAATTAGCGAGTTACGATCAA
GTGAAGCAGACAATCTTGAAGATTCCGGGGTTCACTGATAACATTGTCACGCATATTTTA
TCTGGACTGGGAGCAGGATTCTTTGCTGTCTGCATTGGTTCCCCTGTCGACGTGGTTAAG
TCAAGAATGATGGGAGATCCTTCTTACAAAGGCACCATTGACTGCTTCGTCAAAACTCCG
AAGGCTGACGGACCCATGGCATTTTACAAGGGTTTCATCCCCAACTTTGGACGCCTTGGC
TCATGGAACGTCATCATGTTTTTGACCCTTGAACAGGCAAAGAAGTATGTCCGGGAACTA
GAATCGTCCAAGAAATAATAGTGAGACAAAAAAGAAGTTTTTATGCAGAGAGAATAAAAA
ACATTGTTTTCTTCTTAATTTCGGTGGTCGAGAGAGAGAGAGAGAGGGACCAGAACATCA
TCAAATATTGTTTTGGAATAGAGACTTGATTTCAAGCAAACTGTGAAATAAATTTCTATT
GGTGGCTGTACCATTCAAAC

QA 1 740 1 740
DS 

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AA
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ATTGTCAGACAAGAAGGAGTCAGAGCACTTTGGACTGGTCTTGGACCTAATGTTGCTAGA
AACGCAATCATCAATGCTGCTGAATTAGCGAGTTACGATCAAGTGAAGCAGACAATCTTG
AAGATTCCGGGGTTCACTGATAACATTGTCACGCATATTTTATCTGGACTGGGAGCAGGA
TTTTTTGCTGTCTGCATTGGTTCCCCTGTCGACGTGGTTAAGTCAAGAATGATGGGAGAT
CCTTCTTACAAAGGCACCATTGACTGTTTCGTCAAAACTCTGAAGGCTGACGGACCCATG
GCATTTTACAAGGGTTTCATCCCCAACTTTGGACGCCTTGGCTCATGGAACGTCATCATG
TTTTTGACCCTTGAACAGGCAAAGAAGTATGTCCGGGAACTAGAATCGTCCAAGAAATAA
TAGTGAGACAAAAAAGAAGTTTTTATGCAGAGAGAATAAAAAACATTGTTTTTTTTTTAA
TTTCGGTGGTCGAGAGAGAGAGAGAGAGGGACCAGAACATCATCAAATATTGTTTTGGAA
TAGAGACTTGATTTCAAGCAAACTGTGAAATAAATTTCTATTGGTGGCTGCACCATTCAA
ACAATCATCAAAATCATAC

QA 3 681 3 681
DS 



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CACCGAAATTAAAAAAAAAACAATGTTTTTTTATTCTCTCTGCATAAAAACTTCTTTTTT
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GGTCAAAAACATGATGACGTTCCATGAGCCAAGGCGTCCAAAGTTGGGGATGAAACCCTT
GTAAAATGCCATGGGTCCGTCAGCCTTCAAAATTTTGACGAAGCAGTCAATGGTGCCTTT
GTAAGAAGGATCTCCCATCATTCTTGACTTAACCACGTCGACAGGGGAACCAATGCAGAC
AGCAAAGAATCCTGCTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI11TF C 1
AF RR3D263JQ U 13
BS 1 16 RR3DI11TF
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BS 61 61 RR3DI11TF
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BS 153 439 RR3D263JQ

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CCTCTATTCCAAAACAATATTTGATGATGTTCTGGTCTGTTTTCCTCTCTCTCTCTCGAC
CACCGAAATTAAGAAGAAAACAATGTTTTTTTATTCTCTCTGCATAAAAACTTCTTTTTT
GTCTCACTATTATTTCTTGGACGATTCTAGTTCCCGGACATACTTCTTTGCCTGTTCAAG
GGTCAAAAACATGATGACGTTCCATGAGCCAAGGCGTCCAAAGTTGGGGATGAAACCCTT
GTAAAAT
CC

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DS 

RD RR3D263JQ 427 0 0
GGTA
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AAAACAATGTTTTTT*ATTCTCTCTGCATAAAAACTTCTTTTTTGTCTCACTATTATTTC
TTGGACGATTCTAGTTCCCGGACATACTTCTTTGCCTGTTCAAGGGTCAAAAACATGATG
ACGTTCCATGAGCCAAGGCGTCCAAAGTTGGGGATGAAACCCTTGTAAAATGCCATGGGT
CCGTCAGCCTTCAAAATTTTGACGAAGCAGTCAATGGTGCCTTTGTAAGAAGGATCTCCC
ATCATTCTTGACTTAACCACGTCGACAGGGGAACCAATGCAGACAGCAAAGAATCCTGCT
CCC

QA 5 427 5 427
DS 



AS 2 7

CO CL593Contig1 714 2 4 U
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ATGCTGAGTCTCTCAATTGCCTCGCCGGGGACGGCGGTGACTTTCCTCCGAGGAAACGTT
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CGCGTGCCCGCGGCGGCGATTTCTTCTTACGGTAAACCATCGGTGGTGATGATGTCGAAA
AGGGAGGCGGAGTTGAAAGATATCAGGGCGAAGACGACGGAGGAGCTGAACGAGGAGGTG
ATTGACCTTAAAGGAGAGCTCTTTATGCTCCGTCTCCAGAAATCGGCGAGGAACGAGTTC
AAATCGAGCGAGTTTCGCCGTATGAAGAAACAAGTAGCTCGGATATTGACGGTGAGAAGA
GAGAGGGAGATAGAAGAAGGGATAGGGAAGAGGTTGTCGAGGAAACTTGACAGGCAATGG
AAGAAAAGCATTGTTGTCAGACCTCCTCCTTCTCTCAAGAAGCTTCAAGAGGAAGAAGCT
GCTGAAGAGGCTGCTGAAGCTGCCAAATCTGCTTGAGTAACCCCCTAGCAGCCATCGTAT
TTTCTTGTTTTCCTCTCTGTTGATGTTACTCTCTCTTGCTGGAAACCATTTGCTATTTTG
TTCTTCTTCTGTTGCTGTAAAAACTTGTTTCATTAAGCAGTTTACATAATTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C308JQ C 1
AF RR3C308TF U 1
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BS 683 683 RR3C308JQ
BS 684 714 RR3C308TF

RD RR3C308JQ 714 0 0
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ATGCTGAGTCTCTCAATTGCCTCGCCGGGGACGGCGGTGACTTTCCTCCGAGGAAACGTT
TCCACGACTTCGACCTCTTCTTCGTTCCACGGCGTCAGAATCCCGCGCAAAGCTTCCGCT
CGCGTGCCCGCGGCGGCGATTTCTTCTTACGGTAAACCATCGGTGGTGATGATGTCGAAA
AGGGAGGCGGAGTTGAAAGATATCAGGGCGAAGACGACGGAGGAGCTGAACGAGGAGGTG
ATTGACCTTAAAGGAGAGCTCTTTATGCTCCGTCTCCAGAAATCGGCGAGGAACGAGTTC
AAATCGAGCGAGTTTCGCCGTATGAAGAAACAAGTAGCTCGGATATTGACGGTGAGAAGA
GAGAGGGAGATAGAAGAAGGGATAGGGAAGAGGTTGTCGAGGAAACTTGACAGGCAATGG
AAGAAAAGCATTGTTGTCAGACCTCCTCCTTCTCTCAAGAAGCTTCAAGAGGAAGAAGCT
GCTGAAGAGGCTGCTGAAGCTGCCAAATCTGCTTGAGTAACCCCCTAGCAGCCATCGTAT
TTTCTTGTTTTCCTCTCTGTTGATGTTACTCTCTCTTGCTGGAAACCATTTGCTATTTTG
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QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3C308TF 714 0 0
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CGGAGTTGAAAGATATCAGGGCGAAGACGACGGAGGAGCTGAACGAGGAGGTGATTGACC
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GCATTGTTGTCAGACCTCCTCCTTCTCTCAAGAAGCTTCAAGAGGAAGAAGCTGCTGAAG
AGGCTGCTGAAGCTGCCAAATCTGCTTGAGTAACCCCCTAGCAGCCATCGTATTTTCTTG
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TCTGTTGCTGTAAAA*CTTGTTTCATTAAGCAGTTTACATAATTTCT

QA 8 714 8 714
DS 



CO CL593Contig2 688 5 10 U
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GAGATGCGGAGTTGAAAGAGATAAGAGGGAAGACGACGGAGGAGCTGAACGAGGAGGTGA
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AATCGAGCGAGTTTCGCCGTATGAAGAAACAAGTAGCTCGGATATTGACGGTGAGAAGAG
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CTGAAGAGGCTGCTGAAGCTGCCAAATCTGCTTGAATAACCCCCTAGCAGCCATTGTATT
TTCTTGTTTTCCTCTCTGTTGATGTTACTCTCTGTTTCTGGAAACCATATGCTATTTTGT
TCTTCTGCTGGTGTAAAACTTGTTTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
15 30 30 15 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH62TF U 20
AF RR3CU15TF U 1
AF RR3CR90TF U 8
AF RR3CR90JQ C 198
AF RR3BH62JQ C 142
BS 1 88 RR3CU15TF
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BS 90 160 RR3CU15TF
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BS 162 325 RR3CU15TF
BS 326 326 RR3CR90TF
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BS 548 666 RR3CU15TF
BS 667 688 RR3CR90TF

RD RR3BH62TF 641 0 0
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CGGTGACTTTCCTCCGAGGAAACGTTTCCGCGACTTCAACCTCTTCTTCGTTCCACGGCG
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AAACCTTCGGTGGTGATGATGTCGAAAAGAGATGCGGAGTTGAAAGAGATAAGAGGGAAG
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CTCAAGAAGCTTCAAGAGGAAGAAGCTGCTGAAGAGGCTGCTGAAGCTGCCAAATCTGCT
TGAATAACCCCCTAGCAGCCATTGTATTTTCTTGTTTTCCTCTCTGTTGATGTTACTCTC
TGTTTCTGGAAACCATATGCTATTTTGT

QA 14 641 14 641
DS 

RD RR3CU15TF 683 0 0
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AATCGAGCGAGTTTCGCCGTATGAAGAAACAAGTAGCTCGGATATTGACGGTGAGAAGAG
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AGAAAAGCATTGTTGTCAGACCTCCTCCTTCTCTCAAGAAGCTTCAAGAGGAAGAAGCTG
CTGAAGGGGCTGCTGAAGCTGCCAAATCTGCTTGAATAACCCCCTAGCAGCCATTGTATT
TTCTTGTTTTCCTCTCTGTTGATGTTACTCTCTGTTTCTGGAAACCATATGCTATTTTGT
TCTTCT
GCTGGTGTAAAACTTGT

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DS 

RD RR3CR90TF 681 0 0
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GGAGTTGAAAGAGATAAGAGGGAAGACGACGGAGGATCTGAACGAGGAGGTGATTGACCA
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CGAGTTTCGCCGTATGAAGAAACAAGTAGCTCGGATATTGACGGTGAGAAGAGAGAGGGA
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GGCTGCTGAAGCTGCCAAATCTGCTTGAATAACCCCCTAGCAGCCATTGTATTTTCTTGT
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QA 1 681 1 681
DS 

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CAAGTAGCTCGGATATTGACGGTGAGAAGAGAGAGGGAGATAGAAGAAGGGATAGGGAAG
AGGTTGTCGAGGAAACTTGACAGGCAATGGAAGAAAAGCATTGTTGTCAGACCTCCTCCT
TCTCTCAAGAAGCTTCAAGAGGAAGAAGCTGCTGAAGAGGCTGCTGAAGCTGCCAAATTT
GCTTGAATAACCCCCTAGCAGCCATTGTATTTTCTTGTTTTCCTCTCTGTTGATGTTACT
CTCTGTTTCTGGAAACCATATGCTATTTTGTTTTTTTGCTGGTGTAAAA
ACTTGTTTCATT

QA 13 481 13 481
DS 

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TTATGCTCCGTCTCCAGAAATCGGCGAGGAACGAGTTCAAATCGAGCGAGTTTCGCCGTA
TGAAGAAACAAGTAGCTCGGATATTGACGGTGAGAAGAGAGAGGGAGATAGAAGAAGGGA
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CCAAATCTGCTTGAATAACCCCCTAGCAGCCATTGTATTTTCTTGTTTTCCTCTCTGTTG
ATGTTACTCTCTGTTTCTGGAAACCATATGCTATTTTGTTCTTCT
GCCGGTG

QA 1 525 1 525
DS 



AS 2 6

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AAATGTCGCCAGGCTGAGTTCTTCCTCCCGTGGAAGTGCGAGGACGAGCGCCACGTGTAC
GAGAAGTACGAGTACGAGCTCGTGATGGAGAGGATGCTCGCGATGCAGAAGACCGCGAGG
AAGAAGCCAAGGCTAAACAGAATAAGCTACAAGGGAAGGGTGTTCCTCTAATCCCTAAGA
CCGCTAATGCTTAGCCGGTAGCCCTAATCGATTCGATCTTCCAGCTTCCCCGGGATTCTC
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AAGTTTGTTGCTGCATTTTCAGGATTATTATCTCCCTTTTCGTTTTTTTTTTTCCTTCCT
CTTGTTTAACTGTGAAACTGTTCCACATAAAAAGAAAATAAGATGCAAACACT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B265JQ C 1
AF RR3B265TF U 1
BS 1 1 RR3B265JQ
BS 2 438 RR3B265TF
BS 439 439 RR3B265JQ
BS 440 593 RR3B265TF

RD RR3B265JQ 593 0 0
GGGGGAGTCGCCAAAGAGAGAAAAAAAAGGAGAGGTTTGGGTAGAAGGGAGATCGCGAAG
ACGAAAATGGAGGTTCCAGGTTCATCGAAGAAGATGATCGCAACGCAGGAAGAGATGGTT
GAAGCGAAAGTACCTTTCGGATACAGAGATCAGTGCGCTCATTTCCTGATCCCGCTCAAC
AAATGTCGCCAGGCTGAGTTTTTCCTCCCGTGGAAGTGCGAGGACGAGCGCCACGTGTAC
GAGAAGTACGAGTACGAGCTCGTGATGGAGAGGATGCTCGCGATGCAGAAGACCGCGAGG
AAGAAGCCAAGGCTAAACAGAATAAGCTACAAGGGAAGGGTGTTCCTCTAATCCCTAAGA
CCGCTAATGCTTAGCCGGTAGCCCTAATCGATTCGATCTTCCAGCTTCCCCGGGATTTTC
TGGAACTGTGAAGAAGGGGGGGGCTCTGCTTTTCAGTATTTTTTTCTTGTTGGTGATGAA
AAGTTTGTTGCTGCATTTTCAGGATTATTATCTCCCTTTTCGTTTTTTTTTTTCCTTCCT
CTTGTTTAACTGTGAAACTGTTCCACATAAAAAGAAAATAAGATGCAAACACT

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3B265TF 593 0 0
G
GGGGAGTCGCCAAAGAGAGAAAAAAAAGGAGAGGTTTGGGTAGAAGGGAGATCGCGAAGA
CGAAAATGGAGGTTCCAGGTTCATCGAAGAAGATGATCGCAACGCAGGAAGAGATGGTTG
AAGCGAAAGTACCTCTCGGATACAGAGATCAGTGCGCTCATCTCCTGATCCCGCTCAACA
AATGTCGCCAGGCTGAGTTCTTCCTCCCGTGGAAGTGCGAGGACGAGCGCCACGTGTACG
AGAAGTACGAGTACGAGCTCGTGATGGAGAGGATGCTCGCGATGCAGAAGACCGCGAGGA
AGAAGCCAAGGCTAAACAGAATAAGCTACAAGGGAAGGGTGTTCCTCTAATCCCTAAGAC
CGCTAATGCTTAGCCGGTAGCCCTAATCGATTCGATCTTCCAGCTTCCCCGGGATTCTCT
GGAACTGTGAAGAAGGGTGGGGCTCTGCTTTTCAGTATTTTCTTCTTGTTGGTGATGAAA
AGTTTGTTGCTGCATTTTCAGGATTATTATCTCCCTTTTCGTTTTTTTTTTTCCTTCCTC
TTGTTTAACTGTGAAACTGTTCCACATAAAAAGAAAATAAGATGCAAACACT

QA 2 593 2 593
DS 



CO CL594Contig2 646 4 6 U
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CGCGAAGACGAAAATGGAGGTTCCAGGTTCATCGAAGAAGATGATCGCAACGCAGGAAGA
GATGGTTGAAGCGAAAGTACCTCTCGGATACAGAGACCAGTGCGCTCATCTCCTGATCCC
GCTCAACAAATGTCGCCAGGCCGAGTTCTTCCTCCCGTGGAAGTGCGAGGACGAGCGCCA
CGTGTACGAGAAGTGCGAGTACGAGCTCGTGATGGAGAGGATGCTCGCGATGCAGAAGAT
CCGCGAGGAAGAAGCCAAGGCTAAACAGAATAAGATACAAGGGAAGGGTGTTCCTCTTAT
CCCTAAAACCGCTAATGCGTAGCCCTAATCGATTCGATCTTCCAGCTTCCCCCGGGATTC
TCTGGAACTGTGAAGAAGGTGGGGCTCTGCTTTTCAGTATTTTCTTCTTGTTGGTGATGA
AAAGTTTGTTGCTACATTTTCAGGATTATTATCTCCCTTTTCGTTTTTTTTTCCTTCTTC
TTGTTTAACTATGTGAAACTGTTTCACATAAAAAGAAAATAAGATGCAGACCCTCATCTT
TTTGTTGGTTTTCTATCTTTAATCAAAGAAAGAAAATTGAACATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR3DR55TF U 1
AF RR3DR55JQ C 1
AF RR3AX25JQ C 63
AF RR3AX25TF U 63
BS 1 7 RR3DR55JQ
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BS 561 643 RR3AX25TF
BS 644 646 RR3DR55JQ

RD RR3DR55TF 560 0 0
GGAAATC
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ACGAAAATGGAGGTTCCAGGTTCATCGAAGAAGATGATCGCAACGCAGGAAGAGATGGTT
GAAGCGAAAGTACCTCTCGGATACAGAGACCAGTGCGCTCATCTCCTGATCCCGCTCAAC
AAATGTCGCCAGGCCGAGTTCTTCCTCCCGTGGAAGTTCGAGGACGAGCGCCACGTGTAC
GAGAAGTGCGAGTACGAGCTCGTGATGGAGAGGATGCTCGCGATGCAGAAGATCCGCGAG
GAAGAAGCCAAGGCTAAACAGAATAAGATACAAGGGAAGGGTGTTCCTCTTATCCCTAAA
ACCGCTAATGCGTAGCCCTAATCGATTCGATCTTCCAGCTTCCCCCGGGATTCTCTGGAA
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GTTGCTACATTTTCAGGATTATTATCTCCCTTTTCGTTTTTTTTTCCTTCTTCTTGTTTA
ACTATGTGAAACT

QA 8 560 8 560
DS 

RD RR3DR55JQ 646 0 0
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CGCGAAGACGAAAATGGAGGTTCCAGGTTCATCGAAGAAGATGATCGCAACGCAGGAAGA
GATGGTTGAAGCGAAAGTACCTCTCGGATACAGAGACCAGTGCGCTCATCTCCTGATCCC
GCTCAACAAATGTCGCCAGGCCGAGTTCTTCCTCCCGTGGAAGTTCGAGGACGAGCGCCA
CGTGTACGAGAAGTGCGAGTACGAGCTCGTGATGGAGAGGATGCTCGCGATGCAGAAGAT
CCGCGAGGAAGAAGCCAAGGCTAAACAGAATAAGATACAAGGGAAGGGTGTTCCTCTTAT
CCCTAAAACCGCTAATGCGTAGCCCTAATCGATTCGATCTTCCAGCTTCCCCCGGGATTC
TCTGGAACTGTGAAGAAGGTGGGGCTCTGCTTTTCAGTATTTTCTTCTTGTTGGTGATGA
AAAGTTTGTTGCTACATTTTCAGGATTATTATCTCCCTTTTCGTTTTTTTTTCCTTCTTC
TTGTTTAACTATGTGAAACTGTTTCACATAAAAAGAAAATAAGATGCAGACACTCATCTT
TTTGTTGGTTTTCTATCTTTAATCAAAGAAAGAAAATTGAACATAT

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3AX25JQ 582 0 0
G
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GGTTGAAGCGAAAGTACCTCTCGGATACAGAGACCAGTGCGCTCATCTCCTGATCCCGCT
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C

QA 2 581 2 581
DS 

RD RR3AX25TF 582 0 0
G
GAAGACGAAAATGGAGGTTCCAGGTTCATCGAAGAAGATGATCGCAACGCAGGAAGAGAT
GGTTGAAGCGAAAGTACCTCTCGGATACAGAGACCAGTGCGCTCATCTCCTGATCCCGCT
CAACAAATGTCGCCAGGCCGAGTTCTTCCTCCCGTGGAAGTGCGAGGACGAGCGCCACGT
GTACGAGAAGTGCGAGTACGAGCTCGTGATGGAGAGGATGCTCGCGATGCAGAAGATCCG
CGAGGAAGAAGCCAAGGCTAAACAGAATAAGATACAAGGGAAGGGTGTTCCTCTTATCCC
TAAAACCGCTAATGCGTAGCCCTAATCGATTCGATCTTCCAGCTTCCCCCGGGATTCTCT
GGAACTGTGAAGAAGGTGGGGCTCTGCTTTTCAGTATTTTCTTCTTGTTGGTGATGAAAA
GTTTGTTGCTACATTTTCAGGATTATTATCTCCCTTTTCGTTTTTTTTTCCTTCTTCTTG
TTTAACTATGTGAAACTGTTTCACATAAAAAGAAAATAAGATGCAGACCCTCATCTTTTT
GTTGGTTTTCTATCTTTAATCAAAGAAAGAAAATTGAACA
C

QA 2 581 2 581
DS 



AS 1 8

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GAAGAGGAGTTCAGATCTGGTCAGAAACTTCGAGCGGATTGAAGCAGAGAATCTCAAATC
GGACTACACAAGCGTCGATCTCGTCAGATCTACCGTTTGTGGAGGTAGATTTATGGTTAC
CGGCTGTTTTTAGAGCGTGTCTTCTTGGTTCGTTTGGCTTTGCTGTGGTTCTGAGGCGCG
TAATCGGCGCGGGGTGTACTCGTCCAGCGGTCAATGGCAAGTTCTAGTTGGATCTGGAGA
GAGTGAAGGAGAGGAGGCGTGTCTTCAACACGTGTAACCTTTCCCCAAAGTTCAATGGCG
GGTTTATTTGACTTTGGAGGGGT*GGTGGGGTTCAAGCGCAAATAAGATGCAATCGACAG
CTACGGTTATCCTGATCTTGCCGGTTTCGTTTTTCTCTTTGGCTGGGTTTGAGCTTTCTC
TAGGCATTTAGTTGTTGGTCTTGTCCTTGTTTGTGAAGTCTTTGCTTATTCGTTTAAGTG
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GGTTATTTCTTTAAATCGTCGGCTCTAGAAGTGGTGATAGTTGTTGTAACATGCCTTTTG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3BR23TF U 1
AF RR3HA90TF U 11
AF RR3BH04TF U 1
AF RR3FX88TF U 1
AF RR3BR23JQ C 7
AF RR3FX88JQ C 165
AF RR3HA90JQ C 48
AF RR3BH04JQ C 56
BS 1 30 RR3BH04TF
BS 31 31 RR3BR23TF
BS 32 136 RR3BH04TF
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BS 488 488 RR3BR23TF
BS 489 506 RR3BH04TF
BS 507 507 RR3BR23TF
BS 508 733 RR3BH04TF
BS 734 766 RR3FX88TF
BS 767 863 RR3BR23JQ

RD RR3BR23TF 719 0 0
GGGAAGA
ACAATAGTGACATTTGTGAAATAGCAAAAAAA*GGAGAATTTAGATTTGTAGAAAAAGGG
CAGAGAAAAAAAGGGCGAGAGAGAGTGCGATAAAAGAGACGCCGCGTTAGGGTTGTCCTT
AGCCGGTGATTCGTCACTGTGTCTATGGGATGACCTGTTTTTTGTTCTTTGTTTTCTTTT
TATCTGTGTTTTCTCTCGTTTGTGTTTCTGATGATATTTGTTGCGATATGTGCGAAGAGG
AGTTCAGATCTGGTCAGAAACTTCGAGCGGATTGAAGCAGAGAATCTCAAATCGGACTAC
ACAAGCGTCGATCTCGTCAGATCTACCGTTTGTGGAGGTAGATTTATGGTTACCGGCTGT
TTTTAGAGCGTGTCTTCTTGGTTCGTTTGGCTTTGCTGTGGTTCTGAGGCGCGTAATCGG
CGCGGGGTGTACTCGTCCAGCGGTCAATGGCAAGTTCTAGTTGGATCTGGAGAGAGTGAA
GGAGAGGAGGCGTGTCTTCAACACGTGTAACCTTTCCCCAAAGTTCAATGGCGGGTTTAT
TTGACTTTGGAGGGGT*GGTGGGGTTCAAGCGCAAATAAGATGCAATCGACAGCTACGGT
TATCCTGATCTTGCCGGTTTCGTTTTTCTCTTTGGCTGGGTTTGAGCTTTCTCTAG*CAT
TTAGTTGTTGGTCTTGTCCTTGTTTGTGAAGTCTTTGCTTATTCGTTTAAGT

QA 8 719 8 719
DS 

RD RR3HA90TF 707 0 0
GG
AGTGACATTTGTGAAATAGCAAAAAAAAGGAGAATTTAGATTTGTAGAAAAAGGGCAGAG
AAAAAAAGGGCGAGAGAGAGTGCGATAAAAGAGACGCCGCGTTAGGGTTGTCCTTAGCCG
GTGATTCGTCACTGTGTCTATGGGATGACCTGTTTTTTGTTCTTTGTTTTCTTTTTATCT
GTGTTTTCTCTCGTTTGTGTTTCTGATGATATTTGTTGCGATATGTGCGAAGAGGAGTTC
AGATCTGGTCAGAAACTTCGAGCGGATTGAAGCAGAGAATCTCAAATCGGACTACACAAG
CGTCGATCTCGTCAGATCTACCGTTTGTGGAGGTAGATTTATGGTTACCGGCTGTTTTTA
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TGATCTTGCCGGTTTCGTTTTTCTCTTTGGCTGGGTTTGAGCTTTCTCTAGGCATTTAGT
TGTTGGTCTTGTCCTTGTTTGTGAAGTCTTTGCTTATTCGTTTAA

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G
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CAGAGAAAAAAAGGGCGAGAGAGAGTGCGATAAAAGAGACGCCGCGTTAGGGTTGTCCTT
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TCTTTAAATCGTCGGCTCTAGAAGTGGTGATAGTTGTTGTAACATGCCTTTTGGCGTTCA
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DS 

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TTGTTGCGATATGTGCGAAGAGGAGTTCAGATCTGGTCAGAAACTTCGAGCGGATTGAAG
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DS 

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TTAGATTTGTAGAAAAAGGGCAGAGAAAAAAAGG*CGAGAGAGAGTGCGATAAAAGAGAC
GCCGCGTTAGGGTTGTCCTTAGCCGGTGATTCGTCACTGTGTCTATGGGATGACCTGTTT
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CTTATGGCTCCGAGGTTATTTCTTTAAATCGTCGGCTCTAGAAGTGGTGATAGTTGTTGT
AACATGCCTTTTGGCGTTCAAAGTTTGAAATCAATG

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3BH04JQ 808 0 0
GTAGAAAAAGGGCAGAGAAAAAAAGGGCGAGAGAGAGTGCGATAAAAGAGACGCCGCGTT
AGGGTTGTCCTTAGCCGGTGACTCGTCACTGTGTCTATGGGATGACCTGTTTTTTGTTCT
TTGTTTTCTTTTTATCTGTGTTTTCTCTCGTTTGTGTTTCTGATGATATTTGTTGCGATA
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GTTACCGGCTGTTTTTAGAGCGTGTCTTCTTGGTTCGTTTGGCTTTGCTGTGGTTCTGAG
GCGCGTAATCGGCGCGGGGTGTACTCGTCCAGCGGTCAATGGCAAGTTCTAGTTGGATCT
GGAGAGAGTGAATGAGAGGAGGCGTGTCTTCAACACGTGTAACCTTTCCCCAAAGTTCAA
TGGCGGGTTTATTTGACTTTGGAGGGGT*GGTGGGGTTCAAGCGCAAATAAGATGCAATC
GACAGCTACGGTTATCCTGATCTTGCCGGTTTCGTTTTTCTCTTTGGCTGGGTTTGAGCT
TTCTCTAGGCATTTAGTTGTTGGTCTTGTCCTTGTTTGTGAAGTCTTTGCTTATTCGTTT
AAGTGTTTTCTTATGTGGTTTGCCTCCGGGATTGCATCTGTGCAATGACCGGCTTATGGC
TCCGAGGTTATTTCTTTAAATCGTCGGCTCTAGAAGTGGTGATAGTTGTTGTAACATGCC
TTTTGGCGTTCGAAGTTTGAAATCAATG

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DS 



AS 2 7

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ACTGCTTATTTTAGGTAGAACCATAGTCCATAGAAGCGCCGGGTCGCTGGGGCTAAACTT
CTGTGGCTTTGCTCTATACATGAGCAAAGATTGTAGCAAACATAGAAAACACAACAACAT
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GTCTTCCCACCACTGATGAACAAAGACGCCACTGTTTCTGAGGCTCTTTATGATACTAGT
GCAGTGTCCATACCCTGTGCAGTGAAGAAACAGTTCATCAACTGAGCAAATCTCACCAGT
CTTTATCAGCTCCGACAGAAACTTCAGCTCGGCTTCGCCTGTGTTCATCTTCAGAACCAC
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BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG31JQ U 4
AF RR3BY41JQ U 1
AF RR3EG31TF C 232
BS 1 142 RR3BY41JQ
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RD RR3EG31JQ 731 0 0
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GCTTATTTTAGGTAGAACCATAG*******AAGCGCCGGGTCGCTGGG*CTAAACTTCTG
TGGCTTTGCTCTATACATGAGCAAAGATTGTAGCAAACATAGAAAACACAACAACATAAC
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TTCCCACCACTGATGAACAAAGACGCCACTGTTTCTGAGGCTCTTTATGATACTAGTGCA
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CCTCGGTGTTGTCAGATGATCCGCTGCTCCGATATCAATGTAAACCAGC*TCTTCCTGGA
AGAGAGATCAA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3BY41JQ 785 0 0
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CTGTGGCTTTGCTCTATACATGGGCAAAGATTGTAGCAAACATAGAAAACACAACAACAT
AACTTATCAAAACAACATAGTTTTTAGTTTTAAAGCTTTCATTTAGCTGCTGAGCTCTTC
GTCTTCCCACCACTGATGAACAAAGACGCCACTGTTTCTGAGGCTCTTTATGATACTAGT
GCAGTGTCCATACCCTGTGCAGTGAAGAAACAGTTCATCAACTGAGCAAATCTCACCAGT
CTTTATCAGCTCCGACAGAAACTTCAGCTCGGCTTCGCCTGTGTTCATCTTCAGAACCAC
AAAATCAGCGAAGCTCGCTGTCTCCTTGAACCATGCCAGAAAATCAAAGCCGTCATCTTC
TACAAAAGGTTCTTCTTCTTCATGCTCTCTCGGACTAGCTACAGTTCCCGCCAGTCCCGG
ATGGTAGACGAAGGTTACACCAGGACTTTTGACATAAGAAGTCAATATAGATGTGTTGTG
ATGCACAAAGTAGCTATTAAAAGCTTTCTTGTCGATAGGGTACGACGGGAAGAACCAATT
CGACCTCGGTGTTGTCAGATGATCCGCTGCTCCGATATCAATGTAAACCAGCCTCTTCCT
GGAAGAGAGATCAATAAACTCAG*CAAGTAATGTATCCTTCTCTCGAAATCCGAACGTTT
CTCCT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3EG31TF 628 0 0
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GATACTAGTGCAGTGTCCATACCCTGTGCAGTGAAGAAACAGTTCATCAACTGAGCAAAT
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CAGAACCACAAAATCAGCGAAGCTCGCTGTCTCCTTGAACCATGCCAGAAAATCAAAGCT
GTCATCTTCTACAAAAGGTTCTTCTTCTTCATGCTCTCTCGGACTAGCTACAGTTCCCGC
CAGTCCCGGATGGTAGACGAAGGTTACACCAGGACTTTTGACATAAGAAGTCAATATAGA
TGTGTTGTGATGCACAAAGTAGCTATTAAAAGCTTTCTTGTCGATAGGGTACGACGGGAA
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C*TCTTCCTGGAAGAGAGATCAATAAACTCAGGCAAGTAATGTATCCTTCTCTCGAAATC
CGAACGTTTCTCCTCGAGGAGAGGCTCTAACAACCCAACGTAGGGTTTGCTATTAAGCAC
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QA 1 628 1 628
DS 



CO CL596Contig2 1446 4 14 U
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AGGCAACAACGGCCTCCTCTCCTCCAACACCTTCCTCAAACCTGTCTGGAACTTCATAGA
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TCTTCTCGCCATGAACTCGCAAGGGATCTCCGACGCTCGCGTGAACCACCACGCGCCACC
TGTCTTCGCTTTCAAGCACAGGAAGTTCGCTAGTGGGTACTTACAGTACGACGACGCTTC
CTTCGGTTTCGTCTTGTCTACCGATCTCGAGACGGTTTCTGTTGTTTATGAGATCGAGCG
TGTGCTTAAGCCCGGTGGGACCGGAGCCATGCTTGCTGGGTCCGACTCTAACGGGTTGGT
TAGATCCGTCTCTCCTGTTTCTTCCCTGCTGAAGAACTCGAGTGTTGTCCACGTTGGTTC
CTTAGGTGAAGAGGTTTTGGTGGTGTTCAGGAGAAACGGTGAAGATAGTTACCGTTTTGA
TCAAACTCTTCCGGGTGATTGCTCGTCTGTGCTTAATAGCAAACCCTACGTTGGGTTGTT
AGAGCCTCTTCTCGAGGAGAAACGTTCGGATTTCGAGAGAAGGATCCATTACTTGCCTGA
GTTTATTGATCTCTCTTCCAGGAAGAGGCTGGTGTACATTGATATCGGAGCGGCGGATCA
TCTGACAACACCGAGATCGAATTGGTTCTTCCCGTCGTATCCTATCGACAAGAAAGCTTT
TAACAGCTATTTTGTGCATCACAACACATCTATCTTGACTTCTTATGTCAAAAGTCCTGG
TGTTACCTTCATCTACCATCCGGGACAGGCGGGAACAGTAGCTAGTCCGAGAGAGCATGA
AGAAGAAGAACCTTTTGTAGAAGATGACAGCTTTGATTTTCTGGCATGGTTCAAGGAAAC
AGCAAGCTTTGCTGATTTCGTGGTTCTGAAGATGAACACAGGCGAAGCCGAGCTGAAGTT
TCTGTCGGAGCTGATAAAGACTGGTGAGATCTGCTCAGTTGATGAACTGTTTCTTCACTG
CACAGGGTATGGAGACTGCACTAGTATCATAAAGAGCCTCAGAAACAGTGGCGTCTTTGT
TCATCAGTGGTGGGAAGACGAAGAGCTCAGCAGCTAAATGAAAGCTTTAAAACTAAAAAA
ACTATGTTGTTTGATAAGTTATGTTGTTGTTTTTCTATGTTTGTTACAATCTTTGCTCAT
GTATAGAGCAAAGCCACAGAAGTTAGCCCCAGCGACCCGGCGCTTCTATGGTTCTACCTA
AAATAAGCAGTCGCCACTCTGTATGTGTGTTTTTCAGTGAAGTTGCTATGTTGGGTGTTT
CTACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 10 10 10 

AF RR3BY41TF U 1
AF RR3GE03TF U 261
AF RR3BX75TF U 683
AF RR3GE03JQ C 1143
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BS 362 566 RR3BY41TF
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BS 904 1190 RR3BX75TF
BS 1191 1191 RR3GE03JQ
BS 1192 1394 RR3BX75TF
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BS 1435 1442 RR3BX75TF
BS 1443 1446 RR3GE03JQ

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AGGCAACAACGGCCTCCTCTCCTCCAACACCTTCCTCAAACCTGTCTGGAACTTCATAGA
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TCTGAACTTGCTGACCAACGACGCGAAAGCTCTCTGTATCGGCCATAGATCGGTCTCGGC
TCTTCTCGCCATGAACTCGCAAGGGATCTCCGACGCTCGCGTGAACCACCACGCGCCACC
TGTCTTCGCTTTCAAGCACAGGAAGTTCGCTAGTGGGTACTTACAGTACGACGACGCTTC
GTTCGGTTTCGTCTTGTCTACCGATCTCGAGACGGTTTCTGTTGTTTATGAGATCGAGCG
TGTGCTTAAGCCCGGTGGGACCGGAGCCATGCTTGCTGGGTCCGACTCTAACGGGTTGGT
TAGATCCGTCTCTCCTGTTTCTTCCCTGCTGAAGAACTCGAGTGTTGTCCACGTTGGTTC
CTTAGGTGAAGAGGTTTTGGTGGTGT

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DS 

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GG
GGGATCTCCGACGCTCGCGTGAGCCACCACGCGCCACCTGTCTTCGCTTTCAAGCACAGG
AAGTTCGCTAGTGGGTACTTACAGTACGACGACGCTTCCTTCGGTTTCGTCTTGTCTACC
GATCTCGAGACGGTTTCTGTTGTTTATGAGATCGAGCGTGTGCTTAAGCCCGGTGGGACC
GGAGCCATGCTTGTTGGGTCCGACTCTAACGGGTTGGTTAGATCCGTCTCTCCTGTTTCT
TCCCTGCTGAAGAACTCGAGTGTTGTCCACGTTGGTTCCTTAGGTGAAGAGGTTTTGGTT
GTGTTCAGGAGAAACGGTGAAGATAGTTACCGTTTTGATCAAACTCTTCCGGGTGATTGC
TCGTCTGTGCTTAATAGCAAACCCTACGTTGGGTTGTTAGAGCCTCTTCTCGAGGAGAAA
CGTTCGGATTTCGAGAGAAGGATCCATTACTTGCCTGAGTTTATTGATCTCTCTTCCAGG
AAGAGGCTGGTGTACATTGATATCGGAGCGGCGGATCATCTGACAACACCGAGATCGAAT
TGGTTCTTCCCGTCGTATCCTATCGACAAGAAAGCTTTTAACAGCTATTTTGTGCATCAC
AACACATCTATCTTGACTTCTTATGTCAAAAGTCCTGGTGT

QA 3 643 3 643
DS 

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G
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AGAGGCTGGTGTACATTGATATCGGAGCGGCGGATCATCTGACAACACCGAGATCGAATT
GGTTCTTCCCGTCGTATCCTATCGACAAGAAAGCTTTTAACAGCTATTTTGTGCATCACA
ACACATCTATCTTGACTTCTTATGTCAAAAGTCCTGGTGTTACCTTCATCTACCATCCGG
GACAGGCGGGAACAGTAGCTAGTCCGAGAGAGCATGAAGAAGAAGAACCTTTTGTAGAAG
ATGACAGCTTTGATTTTCTGGCATGGTTCAAGGAAACAGCAAGCTTTGCTGATTTCGTGG
TTCTGAAGATGAACACAGGCGAAGCCGAGCTGAAGTTTCTGTCGGAGCTGATAAAGACTG
GTGAGATCTGCTCAGTTGATGAACTGTTTCTTCACTGCACAGGGTATGGAGACTGCACTA
GTATCATAAAGAGCCTCAGAAACAGTGTCGTCTTTGTTCATCAGTGGTGGGAAGACGAAG
AGCTCAGCAGCTAAATGAAAGCTTTAAAACTAAAAAAACTATGTTGTTTGATAAGTTATG
TTGTTGTTTTTCTATGTTTGTTACAATCTTTGCTCATGTATAGAGCAAAGCCACAGAAGT
TAGCCCCAGCGACCCGGCGCTTCTATGGTTCTACCTAAAATAAGCAGTCGC*ACTCTGTA
TGTGTGTTTTTCAGTGA*GTTGCTATGTTGTGTGTTTCT

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DS 

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ATCAGTGGTGGGAAGACGAAGAGCTCAGCAGCTAAATGAAAGCTTTAAAACTAAAAAAAC
TATGTTGTTTGATAAGTTATGTTGTTGTTTTTCTATGTTTGTTACAATCTTTGCTCATGT
ATAGAGCAAAGCCACAGAAGTTAGCCCCAGCGCCCCGGCGCTTTTATGGTTCTACCTAAA
ATAAGCAGTCGCCACTCTGTATGTGTGTTTTTCAGTGAAGTTGCTATGTTGGGTGTTTCT
ACTT

QA 1 304 1 304
DS 



AS 2 8

CO CL597Contig1 463 4 3 U
GGATCATAGCACAAACACATACACACTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTTTAATTT
TTTCTTGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGTGAAGATGATGGTTGTTT
TCATGATCTTTGCTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAGTGGAAG
CTCCAGCTCCAAGCCCAACTTCGGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTGCATCTG
TTGTTGCTTTGGCCTCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAAACAACCATTTATCATTCATTT
TTTCTCCTCTATTAATTTTTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTTTGATTCTA
AAGCTATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGTGCTTTGTAT
GTATCATCATCATTTTTCATTGTTTATGGATTCATTTTATCTC


BQ
10 10 10 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR3A163TF U 1
AF RR3D037TF U -5
AF RR3BB86JQ C 4
AF RR3BB86TF U 4
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BS 439 459 RR3D037TF
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RD RR3A163TF 438 0 0
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TTTCTTGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGTGAAGATGATGGTTGTTT
TCATGATCTTTGCTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAGTGGAAG
CTCCAGCTCCAAGCCCAACTTCGGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTGCATCTG
TTGTTGCTTTGGCCTCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAAACAACCATTTATCATTCATTT
TTTCTCCTCTATTAATTTTTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTTTGATTCTA
AAGCTATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGTGCTTTGTAT
GTATCATCATCATTTTTC

QA 1 438 1 438
DS 

RD RR3D037TF 469 0 0
GGATTATCG
TCATAGCACAAACACATACACGCTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTTTAATTTTTT
CTTGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGTGAAGATGATGGTTGTTTTCA
TGATCTTTGCTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAGTGGAAGCTC
CAGCTCCAAGCCCAACTTCGGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTGCATCTGTTG
TTGCTTTGGCCTCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAAACAACCATTTATCATTCATTTTTT
CTCCTCTATTAATTTTTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTTTGATTCTAAAG
CTATAGAGTGTTGTAGTATTCTC***TTTACCATCCGTTTCTATGTGTGCCTTGTATGTA
TCATCATCATTTTTCATTGTTTATGGATTCATTTTA
TCTT

QA 10 465 10 465
DS 

RD RR3BB86JQ 460 0 0
GG
ATAGCACAAACACATACACACTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTTTAATTTTTTCT
TGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGTGAAGATGATGGTTGTTTTCATG
ATCTTTGCTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAGTGGAAGCTCCA
GCTCCAAGCCCAACTTCGGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTGCATCTGTTGTT
GCTTTGGCCTCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAAACAACCATTTATCATTCATTTTTTCT
CCTCTATTAATTTTTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTTTGATTCTAAAGCT
ATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGTGCTTTGTATGTATC
ATCATCATTTTTCATTGTTTATGGATTCATTTTATCTC

QA 3 460 3 460
DS 

RD RR3BB86TF 460 0 0
GG
ATAGCACAAACACATACACACTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTTTAATTTTTTCT
TGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGTGAAGATGATGGTTGTTTTCATG
ATCTTTGCTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAGTGGAAGCTCCA
GCTCCAAGCCCAACTTCGGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTGCATCTGTTGTT
GCTTTGGCCTCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAAACAACCATTTATCATTCATTTTTTCT
CCTCTATTAATTTTTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTTTGATTCTAAAGCT
ATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGTGCTTTGTATGTATC
ATCATCATTTTTCATTGTTTATGGATTCATTTTA
TCTC

QA 3 456 3 456
DS 



CO CL597Contig2 469 4 4 U
GGATTATCATCATAGCACAAACACATACACACTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTT
TAATTTTTTCTTGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGCAATGAAGATGA
TGGTTGTTTTCATGATCGTTGCTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCA
CAGTGGAAGCTCCAGCTCCAAGCCCAACTTCTGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGT
TTGCATCTGTTGTTGCTTTGGCATCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAATCAACCATTTAT
CATTCATTTTTTCCCCTTTATTAATTCTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTT
TGATTCTAAAGCTATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGCG
CTTTGTATGTATCATCATCATTTTTCATTGTTTATGGATTCGTTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3G507JQ C 1
AF RR3HA61JQ C 4
AF RR3HA61TF U 4
AF RR3G507TF U 1
BS 1 5 RR3G507JQ
BS 6 435 RR3HA61TF
BS 436 467 RR3G507TF
BS 468 469 RR3G507JQ

RD RR3G507JQ 469 0 0
GGATTATCATCATAGCACAAACACATACACACTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTT
TAATTTTTTCTTGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGCAATGAAGATGA
TGGTTGTTTTCATGATCGTTGCTGTGGCTTTTTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCA
CAGTGGAAGCTCCAGCTCCAAGCCCAACTTCTGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGT
TTGCATCTGTTGTTGTTTTGGCATCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAATCAACCATTTAT
CATTCATTTTTTCCCCTTTATTAATTCTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTT
TGATTCTAAAGCTATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGTG
CTTTGTATGTATCATCATCATTTTTCATTGTTTATGGATTCGTTTTACC

QA 1 469 1 469
DS 

RD RR3HA61JQ 432 0 0
GG
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TTTTCTTGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGCAATGAAGATGATGGTT
GTTTTCATGATCGTTGCTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAGTG
GAAGCTCCAGCTCCAAGCCCAACTTCTGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTGCA
TCTGTTGTTGCTTTGGCATCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAATCAACCATTTATCATTC
ATTTTTTCCCCTTTATTAATTCTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTTTGATT
CTAAAGCTATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGCGCTTTG
TATGTATCAT

QA 3 432 3 432
DS 

RD RR3HA61TF 432 0 0
GG
ATCATCATAGCACAAACACATACACACTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTTTAATT
TTTTCTTGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGCAATGAAGATGATGGTT
GTTTTCATGATCGTTGCTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAGTG
GAAGCTCCAGCTCCAAGCCCAACTTCTGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTGCA
TCTGTTGTTGCTTTGGCATCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAATCAACCATTTATCATTC
ATTTTTTCCCCTTTATTAATTCTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTTTGATT
CTAAAGCTATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGCGCTTTG
TATGTATCAT

QA 3 432 3 432
DS 

RD RR3G507TF 469 0 0
GGATT
ATCATCATAGCACAAACACATACACACTAAAGAAGAACATAATCTTTCTTTCTTTTAATT
TTTTCTTGTTCTTCTTCGTACAATCAAAGAGAAGCAATGGAGGCAATGAAGATGATGGTT
GTTTTCATGATCGTTGCTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGACAAGTGGCGGCTGCCACAGTG
GAAGCTCCAGCTCCAAGCCCAACTTCTGATGCTACTATGTTCGTACCAGCATTGTTTGCA
TCTGTTGTTGTTTTGGCATCTGGTCTTCTCTTTTGAGCCAAAATCAACCATTTATCATTC
ATTTTTTCCCCTTTATTAATTCTGTTGTTTTTGTTAATGATTTGTGCGTGTGGTTTGATT
CTAAAGCTATAGAGTGTTGTAGTATTCTTAATTTTACCATCCGTTTCTATGTGTGCTTTG
TATGTATCATCATCATTTTTCATTGTTTATGGATTCGTTTTA
CC

QA 6 467 6 467
DS 



AS 1 8

CO CL598Contig1 844 8 6 U
GGAGAACTGATAAAAATATCGCGGCTTATGGATACCCTACCAAGCAAAGCCGATCTTCTC
GACTCGTCTTTGACGGACAGATCCAGGATGAGGATCATTGGGCTGGCATTGGACGACCCT
CGTACTCTTCGACTCAAATTCAAAACCCGTAACGTTGGGAGGGTTTTCGTTGCGGGGTAT
GACACCAGTCTTCCACATGATGATGTCGAAGGAGCGTTGAAAAAACTCTTGTCATCATGT
GGACAGGTCACTGATATTTTTATCCACGAAACAGATGAAGGACTCGCAAGGCGTGCTATT
GTTTATATCTTGGGAGAAGGTGCAGCAGACAAGGCGTTGCTACTTAGTGGAATTGACGTT
GGAGGATGGAAGGCCATTGTTACGCCTTATCGTTTTCCGGAATCTACAGGCCGTCGTATT
ACCGTTAATGTTACTGGATATGACAACTCGCTTAGTGAGATTGAGAGTGCAATGCGTCAA
CATTTCTCTTCATGCGGAGAGATAAGTAACTTCGAATTTTTCTCGGATTCAGTTTATTTT
ATTGTTGAGGGAGAAGATGCCCAAGACAAGGTGACGGATCTTGATGGAAGTGAAATGGGT
GGACGCACATTACATGTTATGG*TTGTTTGTGGGGCAATAACCACTGTTCACACCAAGCG
TTATTCTGCCAAGATGTTCTAAGGTGCAATGGAGGAGCCTTTCTATCTTATTACTTTCTA
TCTGGATATGTTGTAGCGTGAGTCGTTGGATGTTTAATAATATCTTTCTATGGGAACAAC
GTTTTTCCATTAGAAAAAGTCGAAACATGTTTTGTTTTTCTTGTTAGTAAAACATTTCTG
AAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 35 35 35 0 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3CN10JQ C 203
AF RR3E551TF U 1
AF RR3AS17TF U 1
AF RR3GT55TF U 1
AF RR3AH34TF U 37
AF RR3E551JQ C 56
AF RR3GT55JQ C 56
AF RR3AH34JQ C 185
BS 1 679 RR3AS17TF
BS 680 682 RR3GT55TF
BS 683 683 RR3E551JQ
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BS 775 791 RR3AH34TF
BS 792 844 RR3AH34JQ

RD RR3CN10JQ 182 0 0
ATGTCGAAGGAGCGTTGAAAAAACTCTTGTCATCATGTGGACAGGTCACTGATATTTTTA
TCCACGAAACAGAGGAAGGACTCGCAAGGCGTGCTATTGTTTATATCTTGGGAGAAGGTG
CAGCAGACAAGGCGTTGCTACTTAGTGGAATTGACGTTGGAGGATGGAAGGCCATTGTTA
TT

QA 1 180 1 180
DS 

RD RR3E551TF 654 0 0
GGAGAACTGATAAAAATATCGCGGCTTATGGATACCCTACCAAGCAAAGCCGATCTTCTC
GACTCGTCTTTGACGGACAGATCCAGGATGAGGATCATTGGGCTGGCATTGGACGACCCT
CGTACTCTTCGACTCAAATTCAAAACCCGTAACGTTGGGAGGGTTTTCGTTGCGGGGTAT
GACACCAGTCTTCCACATGATGATGTCGAAGGAGCGTTGAAAAAACTCTTGTCATCATGT
GGACAGGTCACTGATATTTTTATCCACGAAACAGATGAAGGACTCGCAAGGCGTGCTATT
GTTTATATCTTGGGAGAAGGTGCAGCAGACAAGGCGTTGCTACTTAGTGGAATTGACGTT
GGAGGATGGAAGGCCATTGTTACGCCTTATCGTTTTCCGGAATCTACAGGCCGTCGTATT
ACCGTTAATGTTACTGGATATGACAACTCGCTTAGTGAGATTGAGAGTGCAATGCGTCAA
CATTTCTCTTCATGCGGAGAGATAAGTAACTTCGAATTTTTCTCGGATTCAGTTTATTTT
ATTGTTGAGGGAGAAGATGCCCAAGACAAAGTGGCGGATCTTGATGGAAGTGAAATGGGT
GGACGCACATTACATGTTATGG*TTGTTTGTGGGGCAATAACCACTGTTCACAC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3AS17TF 679 0 0
GGAGAACTGATAAAAATATCGCGGCTTATGGATACCCTACCAAGCAAAGCCGATCTTCTC
GACTCGTCTTTGACGGACAGATCCAGGATGAGGATCATTGGGCTGGCATTGGACGACCCT
CGTACTCTTCGACTCAAATTCAAAACCCGTAACGTTGGGAGGGTTTTCGTTGCGGGGTAT
GACACCAGTCTTCCACATGATGATGTCGAAGGAGCGTTGAAAAAACTCTTGTCATCATGT
GGACAGGTCACTGATATTTTTATCCACGAAACAGATGAAGGACTCGCAAGGCGTGCTATT
GTTTATATCTTGGGAGAAGGTGCAGCAGACAAGGCGTTGCTACTTAGTGGAATTGACGTT
GGAGGATGGAAGGCCATTGTTACGCCTTATCGTTTTCCGGAATCTACAGGCCGTCGTATT
ACCGTTAATGTTACTGGATATGACAACTCGCTTAGTGAGATTGAGAGTGCAATGCGTCAA
CATTTCTCTTCATGCGGAGAGATAAGTAACTTCGAATTTTTCTCGGATTCAGTTTATTTT
ATTGTTGAGGGAGAAGATGCCCAAGACAAGGTGACGGATCTTGATGGAAGTGAAATGGGT
GGACGCACATTACATGTTATGG*TTGTTTGTGGGGCAATAACCACTGTTCACACCAAGCG
TTATTCTGCCAAGATGTTC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3GT55TF 783 0 0
GGAGAACTGATAAAAATATCGCGGCTTATGGATACCCTACCAAGCAAAGCCGATCTTCTC
GACTCGTCTTTGACGGACAGATCCAGGATGAGGATCATTGGGCTGGCATTGGACGACCCT
CGTACTCTTCGACTCAAATTCAAAACCCGTAACGTTGGGAGGGTTTTCGTTGCGGGGTAT
GACACCAGTCTTCCACATGATGATGTCGAAGGAGCGTTGAAAAAACTCTTGTCATCATGT
GGACAGGTCACTGATATTTTTATCCACGAAACAGATGAAGGACTCGCAAGGCGTGCTATT
GTTTATATCTTGGGAGAAGGTGCAGCAGACAAGGCGTTGCTACTTAGTGGAATTGACGTT
GGAGGATGGAAGGCCATTGTTACGCCTTATCGTTTTCCGGAATCTACAGGCCGTCGTATT
ACCGTTAATGTTACTGGATATGACAACTCGCTTAGTGAGATTGAGAGTGCAATGCGTCAA
CATTTCTCTTCATGCGGAGAGATAAGTAACTTCGAATTTTTCTCGGATTCAGTTTATTTT
ATTGTTGAGGGAGAAGATGCCCAAGACAAGGTGACGGATCTTGATGGAAGTGAAATGGGT
GGACGCACATTACATGTTATGGGTTGTTTGTGGGGCAATAACCACTTTTCACACCAAGCG
TTATTCTGCCAAGATGTTCTAAAGTGCAATGGAGGAGCCTTTCTATCTTATTACTTTCTA
TCTGGATATGTTGTAGCGTGAGTCGTTGGATGTTTAATAATATCTTTCTATGGG
GACACGTTT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3AH34TF 757 0 0
GG
ACCAAGCAAAGCCGATCTTCTCGACTCGTCTTTGACGGACAGATCCAGGATGAGGATCAT
TGGGCTGGCATTGGACGACCCTCGTACTCTTCGACTCAAATTCAAAACCCGTAACGTTGG
GAGGGTTTTCGTTGCGGGTTATGACACCAGTCTTCCACATGATGATGTCGAAGGAGCGTT
GAAAAAACTCTTGTCATCATGTGGACAGGTCACTGATATTTTTATCCACGAAACAGATGA
AGGACTCGCAAGGCGTGCTATTGTTTATATCTTGGGAGAAGGTGCAGCAGACAAGGCGTT
GCTACTTAGTGGAATTGACGTTGGAGGATGGAAGGCCATTGTTACGCCTTATCGTTTTCC
GGAATCTACAGGCCGTCGTATTACCGTTAATGTTACTGGATATGACAACTCGCTTAGTGA
GATTGAGAGTGCAATGCGTCAACATTTCTCTTCATGCGGAGAGATAAGTAACTTCGAATT
TTTCTCGGATTCAGTTTATTTTATTGTTGAGGGAGAAGATGCCCAAGACAAGGTGACGGA
TCTTGATGGAAGTGAAATGGGTGGACGCACATTACATGTTATGG*TTGTTTGTGGGGCAA
TAACCACTGTTCACACCAAGCGTTATTCTGCCAAGATGTTCTAATGTGCAGTGGAGGAGC
CTTTCTATCTTATTACTTTCTATCTGTATATGTTGTAGCGTGAGTCGTTGGATGTTTAAT
AATATCTTTCTATGGGAACAACGTTTTTCCATT
AG

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR3E551JQ 739 0 0
TTCTCGACTCGTCTTTGACGGACAGATCCAGGATGAGGATCATTGGGCTGGCATTGGACG
ACCCTCGTACTCTTCGACTCAAATTCAAAACCCGTAACGTTGGGAGGGTTTTCGTTGCGG
GGTATGACACCAGTCTTCCACATGATGATGTCGAAGGAGCGTTGAAAAAACTCTTGTCAT
CATGTGGACAGGTCACTGATATTTTTATCCACGAAACAGATGAAGGACTCGCAAGGCGTG
CTATTGTTTATATCTTGGGAGAAGGTGCAGCAGACAAGGCGTTGCTACTTAGTGGAATTG
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GTATTACCGTTAATGTTACTGGATATGACAACTCGCTTAGTGAGATTGAGAGTGCAATGC
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ATTTTATTGTTGAGGGAGAAGATGCCCAAGACAAGGTGGCGGATCTTGATGGAAGTGAAA
TGGGTGGACGCACATTACATGTTATGG*TTGTTTGTGGGGCAATAACCACTGTTCACACC
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AGG

QA 1 736 1 736
DS 

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ACCCTCGTACTCTTCGACTCAAATTCAAAACCCGTAACGTTGGGAGGGTTTTCGTTGCGG
GGTATGACACCAGTCTTCCACATGATGATGTCGAAGGAGCGTTGAAAAAACTCTTGTCAT
CATGTGGACAGGTCACTGATATTTTTATCCACGAAACAGATGAAGGACTCGCAAGGCGTG
CTATTGTTTATATCTTGGGAGAAGGTGCAGCAGACAAGGCGTTGCTACTTAGTGGAATTG
ACGTTGGAGGATGGAAGGCCATTGTTACGCCTTATCGTTTTCCGGAATCTACAGGCCGTC
GTATTACCGTTAATGTTACTGGATATGACAACTCGCTTAGTGAGATTGAGAGTGCAATGC
GTCAACATTTCTCTTCATGCGGAGAGATAAGTAACTTCGAATTTTTCTCGGATTCAGTTT
ATTTTATTGTTGAGGGAGAAGATGCCCAAGACAAGGTGACGGATCTTGATGGAAGTGAAA
TGGGTGGACGCACATTACATGTTATGG*TTGTTTGTGGGGCAATAACCACTTTTCACACC
AAGCGTTATTCTGCCAAGATGTTCTAAGGTGCAATGGAGGAGCCTTTCTATCTTATTACT
TTCTATCTGGATATGTTGTAGCGTGAGTCGTTGGATGTTTAATAATATCTTTCTATGGGA
ACAACGTTTTTTCATT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3AH34JQ 660 0 0
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ATATCTTGGGAGAAGGTGCAGCAGACAAGGCGTTGCTACTTAGTGGAATTGACGTTGGAG
GATGGAAGGCCATTGTTACGCCTTATCGTTTTCCGGAATTTACAGGCCGTCGTATTACCG
TTAATGTTACTGGATATGACAACTCGCTTAGTGAGATTGAGAGTGCAATGCGTCAACATT
TCTCTTCATGGGGAGAGATAAGTAACTTCGAATTTTTTTCGGATTCAGTTTATTTTATTG
TTGAGGGAGAAGATGCCCAAGACAAGGTGACGGATCTTGATGGAAGTGAAATGGGTGGAC
GCACATTACATGTTATGG*TTGTTTGTGGGGCAATAACCACTGTTCACACCAAGCGTTAT
TCTGCCAAGATGTTTTAAGGTGCAGTGGAGGAGCCTTTCTATCTTATTACTTTCTATCTG
TATATGTTGTAGCGTGAGTCGTTGGATGTTTAATAATATCTTTCTATGGGAACAACGTTT
TTCCATTAGAAAAAGTCGAAACATGTTTTGTTTTTCTTGTTAGTAAAACATTTCTGAAGC

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 7

CO CL599Contig1 876 7 14 U
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CTATCAACTCTTTGCAGCTCTACTTCGTCTTCTCTTCATCCCAAATCAAATTCTCTTTCG
GCTAAGTTATCCTCCAAAGCAAATGTATCAGTCCAGTTCCTGGGAAAGAGACAGTCCCCA
CTTCTCTCCTCAACCCCGAGATTTCTCACCGTCATCGCCATGGCTCCACCCAAACCCGGA
GGCAAAGCCAAGAAAGTTGTGGGGCTGATAAAACTGGCTCTTGAGGCCGGGAAAGCAACT
CCGGCTCCTCCGGTAGGTCCGGCTCTTGGTTCAAAGGGTGTCAACATTATGGCTTTCTGC
AAGGACTACAATGCTAGAACCGCTGATAAAGCTGGTTACATCATTCCTGTCGAAATCACT
GTCTTCGATGATAAGAGCTTCACCTTTATCCTCAAGACCCCGCCTGCTTCGGTTTTGTTG
CTTAAGGCTGCAGGTGTTGAGAAGGGATCGAAAGATCCAAAGCAAGATAAAGTTGGGGTG
ATAACAATAGACCAGCTTCGCACAATCGCAGCTGAGAAGCTGCCCGATCTGAACTGCACG
ACCATTGAATCCGCTATGAGAATCATTGCAGGAACTGCAGCTAACATGGGGATCGACATA
GACCCTCCAGTTCTTGAACCCAAAAAGAAAGCAGTTTTGTTGTAAAAGCCTGCACTGTGG
TTTCTGTG*CTTTTGTTTGTTTCTAAATGTAATTTCCAACAAGACACTTGAGAGATCTCC
ATATGAACATTATCTTGCATGGTATCAGAGTCTTGGTGTGCAACTTGTGTATGTGTCTGA
TAGAGCTCAAACAGTATATTTTTACTGTGATCAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 40 40 15 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AN65TF U 1
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AF RR3FL03JQ C 3
AF RR3AP34TF U 6
AF RR3AP34JQ C 34
AF RR3DG78JQ C 136
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BS 123 123 RR3FL03TF
BS 124 167 RR3AN65TF
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BS 169 407 RR3AN65TF
BS 408 408 RR3BZ90TF
BS 409 630 RR3AN65TF
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RD RR3AN65TF 770 0 0
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GGCAAAGCCAAGAAAGTTGTGGGGCTGATAAAACTGGCTCTTGAGGCCGGGAAAGCAACT
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ATAACAATAGACCAGCTTCGCACAATCGCAGCTGAGAAGCTGCCCGATCTGAACTGCACG
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GACCCTCCAGTTCTTGAACCCAAAAAGAAAGCAGTTTTGTTGTAAAAGCCTGCACTGTGG
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DS 

RD RR3BZ90TF 763 0 0
GG
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G*CTTTTGTTTGTTTCTAAATGTAATTTCCAACAAGACACT

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DS 

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CCAAGAAAGTTGTGGGGCTGATAAAACTGGCTCTTGAGGCCGGGAAAGCAACTCCGGCTC
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QA 8 784 8 784
DS 

RD RR3FL03JQ 800 0 0
GATCC
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CTCTTTGCAGCTCTACTTCGTCTTCTCTTCATCCCAAATCAAATTCTCTTTCGGCTAAGT
TATCCTCCAAAGCAAATGTATCAGTCCAGTTCCTGGGAAAGATACAGTCCCCACTTCTCT
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CTCCGGTAGGTCCGGCGCTTGGTTCAAAGGGTGTCAACATTATGGCTTTCTGCAAGGACT
ACAATGCTAGAACCGCTGATAAAGCTGGTTACATCATTCCTGTCGAAATCACTGTCTTCG
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CTGCAGGTGTTGAGAAGGGATCGAAAGATCCGAAGCAAGATAAAGTTGGGGTGATAACAA
TAGACCAGCTTCGCACAATCGCAGCTGAGAAGCTGCCCGATCTAAACTGCACGACCATTG
AATCCGCTATGAGAATCATTGCAGGAACTGCAGCTAACATGGGGATCGACATAGACCCTC
CAGTTCTTGAACCCAAAAAGAAAGCAGTTTTGTTGTAAAAGCCTGCACTGTGGTTTCTGT
GGCTTTTGTTTGTTTCTAAATGTAATTTCCAACAAGACACTTGAGAGATCTCCATATGAA
CATTATCTTGC
GTGG

QA 6 796 6 796
DS 

RD RR3AP34TF 816 0 0
GG
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CTCTTTGCAGCTCTACTTCGTCTTCTCTTCATCCCAAATCAAATTCTCTTTCAGCTAAGT
TATCCTCCAAAGCAAATGTATCAGTCCAGTTCCTGGGAAAGAGACAGTCCCCACATCTCT
CCTCAACCCCGAGATTTCTCACCGTCATCGCCATGGCTCCACCCAAACCCGGAGGCAAAG
CCAAGAAAGTTGTGGGGCTGATAAAACTGGCTCTTGAGGCCGGGAAAGCAACTCCGGCTC
CTCCGGTAGGTCCGGCTCTTGGTTCAAAGGGTGTCAACATTATGGCTTTCTGCAAGGACT
ACAACGCTAGAACCGCTGATAAAGCTGGTTACATTATTCCTGTCGAAATCACTGTCTTCG
ATGATAAGAGCTTCACCTTTATCCTCAAGACCCCGCCTGCTTCGGTTTTGTTGCTTAAGG
CTGCAGGTGTTGAGAAGGGATCGAAAGATCCAAAGCAAGATAAAGTTGGGGTGATAACAA
TAGACCAGCTTCGCACAATCGCAGCTGAGAAGCTGCCCGATCTGAACTGCACGACCATTG
AATCCGCTATGAGAATCATTGCAGGAACTGCATCTAACATGGGGATCGACATAGACCCTC
CAGTTCTTGAACCCAAAAAGAAAGCAGTTTTGTTGTAAAAGCCTGCACTGTGGTTTCTGT
G*CTTTTGTTTGTTTCTAAATGTAATTTCCAACAAGACACTTGAGAGATCTCCATATGAA
CATTATCTTGCATGGTATCAGAGTCTTGGTGTGC

QA 3 816 3 816
DS 

RD RR3AP34JQ 788 0 0
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CTTCATCCCAAATCAAATTCTCTTTCAGCTAAGTTATCCTCCAAAGCAAATGTATCAGTC
CAGTTCCTGGGAAAGAGACAGTCCCCACATCTCTCCTCAACCCCGAGATTTCTCACCGTC
ATCGCCATGGCTCCACCCAAACCCGGAGGCAAAGCCAAGAAAGTTGTGGGGCTGATAAAA
CTGGCTCTTGAGGCCGGGAAAGCAACTCCGGCTCCTCCGGTAGGTCCGGCTCTTGGTTCA
AAGGGTGTCAACATTATGGCTTTCTGCAAGGACTACAACGCTAGAACCGCTGATAAAGCT
GGTTACATTATTCCTGTCGAAATCACTGTCTTCGATGATAAGAGCTTCACCTTTATCCTC
AAGACCCCGCCTGCTTCGGTTTTGTTGCTTAAGGCTGCAGGTGTTGAGAAGGGATCGAAA
GATCCAAAGCAAGATAAAGTTGGGGTGATAACAATAGACCAGCTTCGCACAATCGCAGCT
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GTTTTGTTGTAAAAGCCTGCACTGTGGTTTCTGTG*CTTTTGTTTGTTTCTAAATGTAAT
TTCCAACAAGACACTTGAGAGATCTCCATATGAACATTATCTTGCATGGTATCAGAGTCT
TGGTGTGC

QA 1 788 1 788
DS 

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GGTCCGGCTCTTGGTTCAAAGGGTGTCAACATTATGGCTTTCTGCAAGGACTACAACGCT
AGAACCGCTGATAAAGCTGGTTACATTATTCCTGTCGAAATCACTGTTTTCGATGATAAG
AGCTTCACCTTTATCCTCAAGACCCCGCCTGCTTCGGTTTTGTTGCTTAAGGCTGCAGGT
GTTGAGAAGGGATCGAAAGGTCCAAAGCAAGATAAAGTTGGGGTGATAACAATAGACCAG
CTTCGCACAATCGCAGCTGAGAAGCTGCCCGATTTGAACTGCACGACCATTGAATCCGCT
ATGAGAATCATTGCAGGAACTGCAGCTAACATGGGGATCGACATAGACCCTCCAGTTCTT
GAACCCAAAAAGAAAGCAGTTTTGTTGTAAAAGCCTGCACTGTGGTTTCTGTG*CTTTTG
TTTGTTTCTAAATGTAATTTCCAACAAGACACTTGAGAGATCTCCATATGAACATTATCT
TGCATGGTATCAGAGTCTTGGTGTGCAACTTGTGTATGTGTCTGATAGAGCTCAAACAGT
ATATTTTTACTGTGATCAAAC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 6

CO CL600Contig1 806 6 15 U
AATGAGACCACCCTTTTGCACGAGTTTCTTGTCTGAGGCAATTATGATAAAAGCTGAGAA
CAACAACGGATCATATCAAAACCCAAAGCAATACAACGAAAAATAACATGTTTTAATATC
CAATAATAAATAAAAACCCATTATGTCCTTTAGGGTGGGTCTTCTCCTTAGCTTGTTAAG
CAGCATCAGAGGTCACAAGAATAAATAGTGGCGTCTCTCCTAGCTTCTCCCTTCCCTTGA
GCACAGGTAACTCAATCACGCAAGCACACTCAGCAATCGTCACTCCTACTCGCTCAAGAA
GACGGATAGCAGCAGCGAGAGTGCCACCAGTGGCAATGAGGTCATCAATGATGATAGCAC
GCTCACCAGGCTCTACAGCACCTACATGCATCTCTATCTTATCTGTTCCATACTCCAACG
AATACTCCTCCGATATTACCTTCCCAGGAAGCTTCTTGGGCTTCCTCATGGGAACAAATT
TGGCACCAATAGCCAAGGCAATAGGAGGGCCAAAAATAAAACCTCTTGCTTCAACACCTG
CAACAACAGAGATGCCTTTGCCTTTGTATCTTTCAACAAAAATATCAATGGTGTCCTTAA
AGGCCTCAGTGTCCAGAAGCAGCGTCGTTATGTCCTGAAACATGATCCCTGGTTTAGGGA
AGTCAGGGATGACTCTAATGGAAGAGGCGATCTTTGGGACTCTCGGATCTTTCACATCTT
CTTCTTTAGTTCCTGCCATGATTTCCCTCTCCCGACTCTCGCTGCTTGGAACACACAAAG
AGAATCGGAGAACAAATGAGAGACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS90JQ U 1
AF RR3DS90TF C 11
AF RR3GZ29JQ U 33
AF RR3DA11JQ U 24
AF RR3DA11TF C 82
AF RR3GZ29TF C 87
BS 1 135 RR3DS90JQ
BS 136 136 RR3DA11JQ
BS 137 225 RR3DS90JQ
BS 226 226 RR3DA11JQ
BS 227 332 RR3DS90JQ
BS 333 333 RR3DA11JQ
BS 334 358 RR3DS90JQ
BS 359 359 RR3DA11JQ
BS 360 620 RR3DS90JQ
BS 621 621 RR3DA11JQ
BS 622 658 RR3DS90JQ
BS 659 696 RR3DA11JQ
BS 697 699 RR3DA11TF
BS 700 700 RR3GZ29TF
BS 701 806 RR3DA11TF

RD RR3DS90JQ 660 0 0
AATGAGACCACCCTTTTGCACGAGTTTCTTGTCTGAGGCAATTATGATAAAAGCTGAGAA
CAACAACGGATCATATCAAAACCCAAAGCAATACAACGAAAAATAACATGTTTTAATATC
CAATAATAAATAAAA*CCCATTATGTCCTTTAGGGTGGGTCTTCTCCTTAGCTTGTTAAG
CAGCATCAGAGGTCACAAGAATAAATAGTGGCGTCTCTCCTAGCTCCTCCCTTCCCTTGA
GCACAGGTAACTCAATCACGCAAGCACACTCAGCAATCGTCACTCCTACTCGCTCAAGAA
GACGGATAGCAGCAGCGAGAGTGCCACCAGTGACAATGAGGTCATCAATGATGATAGCGC
GCTCACCAGGCTCTACAGCACCTACATGCATCTCTATCTTATCTGTTCCATACTCCAACG
AATACTCCTCCGATATTACCTTCCCAGGAAGCTTCTTGGGCTTCCTCATGGGAACAAATT
TGGCACCAATAGCCAAGGCAATAGGAGGGCCAAAAATAAAACCTCTTGCTTCAACACCTG
CAACAACAGAGATGCCTTTGCCTTTGTATCTTTCAACAAAAATATCAATGGTGTCCTTAA
AGGCCTCAGTGTCCAGAAGCTGCGTCGTTATGTCCTGAAACATGATCCCTGGTTTAGG
CC

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3DS90TF 650 0 0
CCGTTTTGCA
CGAGTTTCTTGTCTGAGGCAATTATGATAAAAGCTGAGAACAACAACGGATCATATCAAA
ACCCAAAGCAATACAACGAAAAATAACATGTTTTAATATCCAATAATAAATAAAA*CCCA
TTATGTCCTTTAGGGTGGGTCTTCTCCTTAGCTTGTTAAGCAGCATCAGAGGTCACAAGA
ATAAATAGTGGCGTCTCTCCTAGCTCCTCCCTTCCCTTGAGCACAGGTAACTCAATCACG
CAAGCACACTCAGCAATCGTCACTCCTACTCGCTCAAGAAGACGGATAGCAGCAGCGAGA
GTGCCACCAGTGACAATGAGGTCATCAATGATGATAGCGCGCTCACCAGGCTCTACAGCA
CCTACATGCATCTCTATCTTATCTGTTCCATACTCCAACGAATACTCCTCCGATATTACC
TTCCCAGGAAGCTTCTTGGGCTTCCTCATGGGAACAAATTTGGCACCAATAGCCAAGGCA
ATAGGAGGGCCAAAAATAAAACCTCTTGCTTCAACACCTGCAACAACAGAGATGCCTTTG
CCTTTGTATCTTTCAACAAAAATATCAATGGTGTCCTTAAAGGCCTCAGTGTCCAGAAGC
TGCGTCGTTATGTCCTGAAACATGATCCCTGGTTTAGG
CC

QA 11 648 11 648
DS 

RD RR3GZ29JQ 588 0 0
CTGAGGCAATTATGATAAAAGCTGAAAACAACAACGGATCATATCAAAACCCAAAGCAAT
ACAACGAAAAATAACATGTTTTAATATCCAATAATAAATAAAAACCCATTATGTCCTTTA
GGGTGGGTCTTCTCCTTAGCTTGTTAAGCAGCATCAGAGGTCACAAGAATAAATAGTGGC
GTCTCTCCTAGCTTCTCCCTTCCCTTGAGCACAGGTAACTCAATCACGCAAGCACACTCA
GCAATCGTCACTCCTACTCGCTCAAGAAGACGGATAGCAGCAGCGAGAGTGCCACCAGTG
GCAATGAGGTCATCAATGATGATAGCACGCTCACCAGGCTCTACAGCACCTACATGCATC
TCTATCTTATCTGTTCCATACTCCAACGAATACTCCTCCGATATTACCTTCCCAGGAAGC
TTCTTGGGCTTCCTCATGGGAACAAATTTGGCACCAATAGCCAAGGCAATAGGAGGGCCA
AAAATAAAACCTCTTGCTTCAACACCTGCAACAACAGAAATGCCTTTGCCTTTGTATCTT
TCAACAAAAATATCAATGGTGTCCTTAAAGGCCTCAGTGTCCAGAAGC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3DA11JQ 673 0 0
GTTTCTTGTCTGAGGCAATTATGATAAAAGCTGAGAACAACAACGGATCATATCAAAACC
CAAAGCAATACAACGAAAAATAACATGTTTTAATATCCAATAATAAATAAAAACCCATTA
TGTCCTTTAGGGTGGGTCTTCTCCTTAGCTTGTTAAGCAGCATCAGAGGTCACAAGAATA
AATAGTGGCGTCTCTCCTAGCTTCTCCCTTCCCTTGAGCACAGGTAACTCAATCACGCAA
GCACACTCAGCAATCGTCACTCCTACTCGCTCAAGAAGACGGATAGCAGCAACGAGAGTG
CCACCAGTGGCAATGAGGTCATCAATGATGATAGCACGCTCACCAGGCTCTACAGCACCT
ACATGCATCTCTATCTTATCTGTTCCATACTCCAACGAATACTCCTCCGATATTACCTTC
CCAGGAAGCTTCTTGGGCTTCCTCATGGGAACAAATTTGGCACCAATAGCCAAGGCAATA
GGAGGGCCAAAAATAAAACCTCTTGCTTCAACACCTGCAACAACAGAGATGCCTTTGCCT
TTGTATCTTTCAACAAAAATATCAATGGTGTCCTTAAAGGCCTCAGTGTCCAGAAGCAGC
GTCGTTATGTCCTGAAACATGATCCCTGGTTTAGGGAAGTCAGGGATGACTCTAATGGAA
GAGGCGATCTTTG

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3DA11TF 725 0 0
CCCAAAGCAATACAACGAAAAATAACATGTTTTAATATCCAATAATAAATAAAAACCCAT
TATGTCCTTTAGGGTGGGTCTTCTC*TTAGCTTGTTAAGCAGCATCAGAGGTCACAAGAA
TAAATAGTGGCGTCTCTCCTAGCTTCTCCCTTCCCTTGAGCACAGGTAACTCAATCACGC
AAGCACACTCAGCAATCGTCACTCCTACTCGCTCAAGAAGACGGATAGCAGCAACGAGAG
TGCCACCAGTGGCAATGAGGTCATCAATGATGATAGCACGCTCACCAGGCTCTACAGCAC
CTACATGCATCTCTATCTTATCTGTTCCATACTCCAACGAATACTCCTCCGATATTACCT
TCCCAGGAAGCTTCTTGGGCTTCCTCATGGGAACAAATTTGGCACCAATAGCCAAGGCAA
TAGGAGGGCCAAAAATAAAACCTCTTGCTTCAACACCTGCAACAACAGAGATGCCTTTGC
CTTTGTATCTTTCAACAAAAATATCAATGGTGTCCTTAAAGGCCTCAGTGTCCAGAAGCA
GCGTCGTTATGTCCTGAAACATGATCCCTGGTTTAGGGAAGTCAGGGATGACTCTAATGG
AAGAGGCGATCTTTGGGATTCTCGGATCTTTCACATCTTCTTCTTTAGTTCCTGCCATGA
TTTCCCTCTCCCGACTCTCGCTGCTTGGAACACACAAAGAGAATCGGAGAACAAATGAGA
GACCC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3GZ29TF 702 0 0
AGCAATACAACGAAAAATAACATGTTTTAATATCCAATAATAAATAAAAACCCATTATGT
C*TTTAGGGTGGGTCTTCTCCTTAGCTTGTTAAGCAGCATCAGAGGTCACAAGAATAAAT
AGTGGCGTCTCTCCTAGCTTCTCCCTTCCCTTGAGCACAGGTAACTCAATCACGCAAGCA
CACTCAGCAATCGTCACTCCTACTCGCTCAAGAAGACGGATAGCAGCAGCGAGAGTGCCA
CCAGTGGCAATGAGGTCATCAATGATGATAGCACGCTCACCAGGCTCTACAGCACCTACA
TGCATCTCTATCTTATCTGTTCCATACTCCAACGAATACTCCTCCGATATTACCTTCCCA
GGAAGCTTCTTGGGCTTCCTCATGGGAACAAATTTGGCACCAATAGCCAAGGCAATAGGA
GGGCCAAAAATAAAACCTCTTGCTTCAACACCTGCAACAACAGAGATGCCTTTGCCTTTG
TATCTTTCAACAAAAATATCAATGGTGTCCTTAAAGGCCTCAGTGTCCAGAAGCAGCGTC
GTTATGTCCTGAAACATGATCCCTGGTTTAGGGAAGTCAGGGATGACTCTAATGGAAGAG
GCGATCTTTGGGACTCTCGGATCTTTCACATCTTCTTCTTTAGTTCCTGCCATGATTTCC
CTCTCCCGACTCTCGCTGCTTGGAACACACAAAGAGAATC
CC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 7

CO CL601Contig1 545 7 29 U
GGGCCGCCGCACTGCTCTCTCCGATTAGATTATTCTTCTGCTCAGATCGATTTTTCCAAG
CTAAAAAATCATGCAGAACGAGGAAGGAGTCGTCACAGAGCTTTACATTCCAAGGAAATG
CTCGGCAACAAACAGATTGATCACCTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTTAACATTGG
TCATCTTGACGCCGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTGCGGCTT
TGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTTGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGT
CGAAGCCAAACAACAGTGAGAGATAGAGATAATCTATATGCTGCCCGCTCTTGTTTTTGG
CAATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACAAGTATCTCTGTTTT*CTGATCGATAA
AAGATATTTAAGTTTTTT**TGGTGCCAATTGAATCAGTTCTCTTGATTATCTATACATT
GAGAACTGCCACGTCACTCAGCTTGATGATTATGTAACATGAACGTGATAAGTTGATGAT
TATGC


BQ
35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 15 45 45 45 45 45 5 15 45 15 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 0 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 5 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR3G861JQ C 1
AF RR3G861TF U 1
AF RR3AJ37JQ C -2
AF RR3AJ37TF U -2
AF RR3DE37TF U 1
AF RR3DA05JQ C 1
AF RR3DA05TF U 1
BS 1 10 RR3G861TF
BS 11 11 RR3AJ37TF
BS 12 64 RR3G861TF
BS 65 65 RR3DE37TF
BS 66 96 RR3G861TF
BS 97 97 RR3AJ37TF
BS 98 126 RR3G861TF
BS 127 127 RR3AJ37TF
BS 128 156 RR3G861TF
BS 157 157 RR3AJ37TF
BS 158 192 RR3G861TF
BS 193 193 RR3AJ37TF
BS 194 300 RR3G861TF
BS 301 301 RR3AJ37TF
BS 302 306 RR3G861TF
BS 307 307 RR3AJ37TF
BS 308 330 RR3G861TF
BS 331 331 RR3DE37TF
BS 332 403 RR3G861TF
BS 404 404 RR3AJ37TF
BS 405 408 RR3G861TF
BS 409 409 RR3AJ37TF
BS 410 438 RR3G861TF
BS 439 440 RR3AJ37TF
BS 441 453 RR3G861TF
BS 454 454 RR3AJ37TF
BS 455 459 RR3G861TF
BS 460 465 RR3AJ37TF
BS 466 545 RR3DA05TF

RD RR3G861JQ 461 0 0
GGGCCGCCGCTCTGCTCTCTCCGATTAGATTATTCTTCTGCTCAGATCGATTTTTCCAAG
CTAAGAAATCATGCAGAACGAGGAAGGAGTCGTCACCGAGCTTTACATTCCAAGGAAATG
CTCGGCCACAAACAGATTGATCACCTCAAAGGATCACGCCTCTGTTCAGCTTAACATTGG
TCATCTTGACGCTGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTGCGGCTT
TGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTTGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGT
TGAAGCTAAACAACAGTGAGAGATAGAGATCATCTATATGCTGCCCGCTCTTGTTTTTGG
CAATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACAAGTATCTCTCTTTTTCTGATCGATAA
AAGATATTTAAGTTTTTTTTTGGTGCCAATTGATTCAGT
CC

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR3G861TF 461 0 0
GGGCCGCCGCTCTGCTCTCTCCGATTAGATTATTCTTCTGCTCAGATCGATTTTTCCAAG
CTAAGAAATCATGCAGAACGAGGAAGGAGTCGTCACCGAGCTTTACATTCCAAGGAAATG
CTCGGCCACAAACAGATTGATCACCTCAAAGGATCACGCCTCTGTTCAGCTTAACATTGG
TCATCTTGACGCTGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTGCGGCTT
TGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTTGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGT
TGAAGCTAAACAACAGTGAGAGATAGAGATCATCTATATGCTGCCCGCTCTTGTTTTTGG
CAATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACAAGTATCTCTCTTTTTCTGATCGATAA
AAGATATTTAAGTTTTTTTTTGGTGCCAATTGATTCAGT
CC

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR3AJ37JQ 468 0 0
GGATC
GCCGCCGCACTGTTCTCTCTGTTCAGATTATTCTTCTTGTCAGATCGATTTTTCCAAGCT
AA**AATCATGCAGAACGAGGAAGGAGTCGTCACAGAGCTTTACATTCCGAGGAAATGCT
CGGCAACAAACAGATTGATCACCTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTTAACATTGGCC
ATCTTGACGCCGATGGTATTTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTTTGCGGCTTTG
TCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTCGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGTCG
AAGCCAAACAACAGTGAGAGATAGAGATGATCTATATGCTGCCCGCTCTTGTTTTTGGCA
ATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACAAGTATCTCTGTTTT*CTGATCGATAAAA
GATATTTAAGTTTTTT***GGTGCCAATTGAATCAGTTCTCTT

QA 6 468 6 468
DS 

RD RR3AJ37TF 468 0 0
GGATC
GCCGCCGCACTGTTCTCTCTGTTCAGATTATTCTTCTTGTCAGATCGATTTTTCCAAGCT
AA**AATCATGCAGAACGAGGAAGGAGTCGTCACAGAGCTTTACATTCCGAGGAAATGCT
CGGCAACAAACAGATTGATCACCTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTTAACATTGGCC
ATCTTGACGCCGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTGCGGCTTTG
TCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTCGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGTCG
AAGCCAAACAACAGTGAGAGATAGAGATGATCTATATGCTGCCCGCTCTTGTTTTTGGCA
ATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACAAGTATCTCTGTTTT*CTGATCGATAAAA
GATATTTAAGTTTTTT***GGTGCCAATTGAATCAGTTCTCTT

QA 6 468 6 468
DS 

RD RR3DE37TF 447 0 0
GGGCCGCCGCACTGCTCTCTTCGATTAGATTATTCTTCTGCTCAGATCGATTTTTCCAAG
CTAAAAAATCATGCAGAACGAGGAAGGAGTCGTCACAGAGCTTTACATTCCAAGGAAATG
CTCGGCAACAAATAGATTGATCACCTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTTAACATTGG
TCATCTTGACGCCGATGGTATCTACACTGGCCAGTACACCACTCTTGCTCTCTGCGGATT
TGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTTGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGT
CGAAGCCAAACAGCAGTGAGAGATGGAGATAATCTATATGCTGCCCGCTCTTGTTTTTGG
CAATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACAAGTATCTCTGTTTT*CTGATCGATAA
AAGATATTTAAGTTTTTT**TGGTGCC

QA 1 447 1 447
DS 

RD RR3DA05JQ 545 0 0
GGGCCGCCGCACTGCTCTCTTCGATTAGATTATTCTTCTGCTCAGATCGATTTTTCCAAG
CTAAAAAATCATGCAGAACGAGGAAGGAGTCGTCACAGAGCTTTACATTCCAAGGAAATG
CTCGGCAACAAATAGATTGATCACCTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTTAACATTGG
TCATCTTGACGCCGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTGCGGATT
TGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTTGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGT
CGAAGCCAAACAGCAGTGAGAGATGGAGATAATCTATATGCTGCCCGCTCTTGTTTTTGG
CAATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACAAGTATCTCTGTTTT*CTGATCGATAA
AAGATATTTAAGTTTTTT**TGGTGCCAATTGAATCAGTTCTCTTGATTATCTATACATT
GAGAACTGCCACGTCACTCAGCTTGATGATTATGTAACATGAACGTGATAAGTTGATGAT
TATGC

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3DA05TF 545 0 0
GGGCCGCCGCACTGCTCTCTTCGATTAGATTATTCTTCTGCTCAGATCGATTTTTCCAAG
CTAAAAAATCATGCAGAACGAGGAAGGAGTCGTCACAGAGCTTTACATTCCAAGGAAATG
CTCGGCAACAAATAGATTGATCACCTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTTAACATTGG
TCATCTTGACGCCGATGGTATCTACACTGGCCAGTTCACCACTCTTGCTCTCTGCGGATT
TGTCCGTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTTGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGT
CGAAGCCAAACAGCAGTGAGAGATGGAGATAATCTATATGCTGCCCGCTCTTGTTTTTGG
CAATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACAAGTATCTCTGTTTT*CTGATCGATAA
AAGATATTTAAGTTTTTT**TGGTGCCAATTGAATCAGTTCTCTTGATTATCTATACATT
GAGAACTGCCACGTCACTCAGCTTGATGATTATGTAACATGAACGTGATAAGTTGATGAT
TATGC

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 4

CO CL602Contig1 1179 4 20 U
AATAAGAAAGAGAGATTCACTCACTTGATTAAACAAATCACACGATACAAAGGAGACAAC
AGCAAAGTTTCAATGTTTTCAAAGAAACCTTAACCGACACTTTCCTCTTGCCCATCTACT
TACATGGATAAGAAGAAACCAAACAAACTAACCATTACATAAACTTTTACCATCCCTAAA
ATACTACTACCCAAGAAGGGGGACTGTGTGTAGATAGAAACACAGGTGAATTCACAAAAA
A**CAAGAGAACCGGACAGGTAAGTCAGTACAGTACAGTACA*****TCACTTGGTGTCT
CTACTACTTTATGGACAGTTCTCGTTTTTACCGGGACCTCCATAGTAGAAGAAATGACCC
CAATCATCATTGTTTCCGGGTTGAACATCATAACAGTTGGACTGCTCTGTGAACGTCCCA
AGTCCTTTAGGTGCCTTGAGGTTGTTTGAAGAATCAACCACTTGAATGTTCCTGAAGTAA
CTTGCTTTGCTGAAGCCTTCTTCAGGGAATCTACCACTGCCCATTTGCGTTGAAGTGTGG
TGGCCATCTGCTTGTGAGTTCACAACTTCCCCTCCCCATTCAATCATTGAAGCACTTTCT
GTTAAGTAGGAGAAGAGAAAAGATGGCCAGTATCCTAAAACATAGCCGTTTCCAAATTGC
ATCCACCAGTGTCCCTCTTTTGGATCCTTCCAGATCAGAATGCTGATGTCATACTGCGAG
TTACGGTAGCCAGAGACCGGAGAGATACTAGCTCCCATTGCTATGTCACTGTTGATTTGA
ATAAAACCAGAGCAAAGAAGATTGTAGCAGCCAGTAGCTTGATATGCATCACTAGTCCAG
TAAGTGAAGAGTCTTGTGTTATTGTCACCATACAGATCCGGGCTCACCTGCCAACCAGCT
TCGATGCTGTTAAGATCTTGTCCGAAAGAGCCACCAAGAAGCCATATCTGAGACAAGCTG
AACTCGTTCTGCTGCTGTATCTTCGGCTCCCACACATTAATAGTCGCTTTAGCTCCATAG
TACTTATCCCCTTCCACATAAGCTATGGCATGCTGGTGACCGCTTTGGTTGATGAGGTCA
GGTTCAGCAGATTTAGGCAAAGGGACGGTTCTATGCTTCTTCTTGCCATATCTTTTGACA
GAACTTGCTCTCAAGACATCGTCTTCTTTAGTCCTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H093JQ U 80
AF RR3FN55JQ U 10
AF RR3EN54JQ U 1
AF RR3FN55TF C 506
BS 1 62 RR3EN54JQ
BS 63 63 RR3FN55JQ
BS 64 199 RR3EN54JQ
BS 200 200 RR3H093JQ
BS 201 241 RR3EN54JQ
BS 242 243 RR3H093JQ
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BS 254 254 RR3H093JQ
BS 255 416 RR3EN54JQ
BS 417 417 RR3H093JQ
BS 418 490 RR3EN54JQ
BS 491 491 RR3H093JQ
BS 492 569 RR3EN54JQ
BS 570 570 RR3H093JQ
BS 571 617 RR3EN54JQ
BS 618 618 RR3FN55TF
BS 619 716 RR3EN54JQ
BS 717 717 RR3FN55TF
BS 718 773 RR3EN54JQ
BS 774 1179 RR3FN55TF

RD RR3H093JQ 535 0 0
CC
AAGAAACCTTAACCGACACTTTCCTCTTGCCCATCTACTTACATGGATAAGAAGAAACCA
AACAAACTAACCATTACATAAACTTTTACCATCCATAAAATACTACTACTCAAGAAGGGG
GACTGTGTGTAGATAGAAACACAGGTGAATTCACAAAAAA**CAAGAAAACCGGACAGGT
AAGTCAGTACGGTACAGTACA*****TCACTTGGTGTCTCTACTACTTTATGGACAGTTC
TCGTTTTTACCGGGACCTCCATAGTAAAAGAAATGACCCCAATCATCATTGTTTCCGGGT
TGAACATCATAACAGTTGGACTGCTCTGTGAACGTCCCAAGTCCTTTAGGTGCCTTGAGG
TTGTTTGAAAAATCAACCACTTGAATGTTCCTGAAGTAACTTGCTTTGCTGAAGCCTTCT
TCAGGGAACCTACCACTGCCCATTTGCGTTGAAGTGTGGTGGCCATCTGCTTGTGAGTTC
ACAACTTCCCCTCCCCATTCAATCATTGACGCACTTTCTGTTAAGTAGGAGAA

QA 3 535 3 535
DS 

RD RR3FN55JQ 593 0 0
GG
GAGATTCACTCACTTGATTAAACAAATCACACGATACAAAGGAGACAACAGCAAAGTTTC
AATGTTTTCAAAGAAACCTTAACCGACACTTTCCTCTTGCCCATCTACTTACATGGATAA
GAAGAAACCAAACAAACTAACCATTACATAAACTTTTACCATCCCTAAAATACTACTACC
CAAGAAGGGGGACTGTGTGTAGATAGAAACACAGGTGAATTCACAAAAAA**CAAGAGAA
CCGGACAGGTAAGTCAGTACAGTACAGTACAGTACATCACTTGGTGTCTCTACTACTTTA
TGGACAGTTCTCGTTTTTACCGGGACCTCCGTAGTAGAAGAAATGACCCCAATCATCATT
GTTTCCGGGTTGAACATCATAACAGTTGGACTGCTCAGTGAACGTCCCAAGTCCTTTAGG
TGCCTTGAGGTTGTTTGAAGAATCAACCACTTGAATGTTCCTGAAGTAACTTGCTTTGCT
GAAGCCTTCTTCAGGGAATCTACCACTGCCCATTTGCGTTGAAGTGTGGTGGCCATCTGC
TTGTGAGTTCACAACTTCCCCTCCCCATTCAATCATTGAAGCACTTTCTGT

QA 3 593 3 593
DS 

RD RR3EN54JQ 780 0 0
AATAAGAAAGAGAGATTCACTCACTTGATTAAACAAATCACACGATACAAAGGAGACAAC
AGTAAAGTTTCAATGTTTTCAAAGAAACCTTAACCGACACTTTCCTCTTGCCCATCTACT
TACATGGATAAGAAGAAACCAAACAAACTAACCATTACATAAACTTTTACCATCCCTAAA
ATACTACTACCCAAGAAGGTGGACTGTGTGTAGATAGAAACACAGGTGAATTCACAAAAA
AAACAAGAGAACCAGACAGGTAAGTCAGTACAGTACAGTACA*****TCACTTGGTGTCT
CTACTACTTTATGGACAGTTCTCGTTTTTACCGGGACCTCCATAGTAGAAGAAATGACCC
CAATCATCATTGTTTCCGGGTTGAACATCATAACAGTTGGACTGCTCTGTGAACGTTCCA
AGTCCTTTAGGTGCCTTGAGGTTGTTTGAAGAATCAACCACTTGAATGTTCCTGAAGTAA
CTTGCTTTGCCGAAGCCTTCTTCAGGGAATCTACCACTGCCCATTTGCGTTGAAGTGTGG
TGGCCATCTGCTTGTGAGTTCACAACTTCTCCTCCCCATTCAATCATTGAAGCACTTTCT
GTTAAGTAGGAGAAGAGGAAAGATGGCCAGTATCCTAAAACATAGCCGTTTCCAAATTGC
ATCCACCAGTGTCCCTCTTTTGGATCCTTCCAGATCAGAATGCTGATGTCATACTGGGAG
TTACGGTAGCCAGAGACCGGAGAGATACTAGCTCCCATTGCTATGTCACTGTT
ATTGGAT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3FN55TF 674 0 0
GGG
ATCTACCACTGCCCATTTGCGTTGAAGTGTGGTGGCCATCTGCTTGTGAGTTCACAACTT
CCCCTCCCCATTCAATCATTGAAGCACTTTCTGTTAAGTAGGAGAAGAGAAAAGATGGCC
AGTATCCTAAAACATAGCCGTTTCCAAATTGCGTCCACCAGTGTCCCTCTTTTGGATCCT
TCCAGATCAGAATGCTGATGTCATACTGCGAGTTACGGTAGCCAGAGACCGGAGAGATAC
TTGCTCCCATTGCTATGTCGCTGTTGATTTGAATAAAACCAGAGCAAAGAAGATTGTAGC
AGCCAGTAGCTTGATATGCATCACTAGTCCAGTAAGTGAAGAGTCTTGTGTTATTGTCAC
CATACAGATCCGGGCTCACCTGCCAACCAGCTTCGATGCTGTTAAGATCTTGTCCGAAAG
AGCCACCAAGAAGCCATATCTGAGACAAGCTGAACTCGTTCTGCTGCTGTATCTTCGGCT
CCCACACATTAATAGTCGCTTTAGCTCCATAGTACTTATCCCCTTCCACATAAGCTATGG
CATGCTGGTGACCGCTTTGGTTGATGAGGTCAGGTTCAGCAGATTTAGGCAAAGGGACGG
TTCTATGCTTCTTCTTGCCATATCTTTTGACAGAACTTGCTCTCAAGACATCGTCTTCTT
TAGTCCTCCCC

QA 4 674 4 674
DS 



AS 2 6

CO CL603Contig1 608 2 2 U
TCCGCCATCTCTCTCTCTCTCTCTCGAGCAGATCTCTCTCGTGAATATCGACAATGTCGA
CCACTTTCAGCTCCTCTGTCTCCATGCAAGCTACTTCTCTGGCAACATTCCAGAAGCCAG
CTGCTTTGGTTTCAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCTGCGCCGTTCGATCCCCACTCGCT
TCTCAATCTCTTGCGCGGCGAAACCAGAGACAGTAGAGAAAGTGTCAAAGATCGTCAAGA
AGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAGGTCGTTGCAGAAACCAAATTTGCTGATCTCG
GAGCTGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTTGGAGGAAGAGTTTGGCATCG
AAATGGCTGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTGGAGCAAGCTGCTGAGCTCATTG
AAGAGCTCGTGGAAGCCAATAAGTAATTTTAGTATTAAGAGAGAACCAAAGTCTTTGCTG
GGTTTGTTGTTTCCATAATCTTTCTGTCATTTTTCTTTTTGAATGTGTCATGCGACTCTG
TTGGTTTAATTAGTATCTGTATGCCATGGATATCTCTCTATTTGTCGACTGAAAACTTTT
GGTTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DR47JQ C 1
AF RR3DR47TF U 1
BS 1 15 RR3DR47JQ
BS 16 608 RR3DR47TF

RD RR3DR47JQ 608 0 0
TCCGCCATCTCTCTCTCTCTCTCTCGAGCAGATCTCTCTCGTGAATATCGACAATGTCGA
CCACTTTCAGCTCCTCTGTCTCCATGCAAGCTACTTCTCTGGCAACATTCCAGAAGCCAG
CTGCTTTGGTTTCAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCTGCGCCGTTCGATCCCCACTCGCT
TCTCAATCTCTTGCGCGGCGAAACCAGAGACAGTAGAGAAAGTGTCAAAGATCGTCAAGA
AGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAGGTCGTTGCAGAAACCAAATTTGCTGATCTCG
GAGCTGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTTGGAGGAAGAGTTTGGCATCG
AAATGGCTGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTGGAGCAAGCTGCTGAGCTCATTG
AAGAGCTCGTGGAAGCCAATAAGTAATTTTAGTATTAAGAGAGAACCAAAGTCTTTGCTG
GGTTTGTTGTTTCCATAATCTTTCTGTCATTTTTCTTTTTGAATGTGTCATGCGACTCTG
TTGGTTTAATTAGTATCTGTATGCCATGGATATCTCTCTATTTGTCGACTGAAAACTTTT
GGTTACAC

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3DR47TF 608 0 0
TCCGCCATCTCTCTC
TCTCTCTCTCGAGCAGATCTCTCTCGTGAATATCGACAATGTCGACCACTTTCAGCTCCT
CTGTCTCCATGCAAGCTACTTCTCTGGCAACATTCCAGAAGCCAGCTGCTTTGGTTTCAA
GGACTAATCTCTCCTTCAACCTGCGCCGTTCGATCCCCACTCGCTTCTCAATCTCTTGCG
CGGCGAAACCAGAGACAGTAGAGAAAGTGTCAAAGATCGTCAAGAAGCAACTCTCACTCA
AAGACGATCAAAAGGTCGTTGCAGAAACCAAATTTGCTGATCTCGGAGCTGATTCTCTCG
ACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTTGGAGGAAGAGTTTGGCATCGAAATGGCTGAAGAGA
AAGCACAGAAGATTGCAACTGTGGAGCAAGCTGCTGAGCTCATTGAAGAGCTCGTGGAAG
CCAATAAGTAATTTTAGTATTAAGAGAGAACCAAAGTCTTTGCTGGGTTTGTTGTTTCCA
TAATCTTTCTGTCATTTTTCTTTTTGAATGTGTCATGCGACTCTGTTGGTTTAATTAGTA
TCTGTATGCCATGGATATCTCTCTATTTGTCGACTGAAAACTTTTGGTTACAC

QA 16 608 16 608
DS 



CO CL603Contig2 635 4 5 U
GGGGTACACTCCGCCATCTCTCTCTCTCTCAATCTCCCTCTCGAGCAGATCTCTCTCGTG
AATATCGACAATGTCGACCACTTTCAGCTCTTCTGTCTCCATGCAAGCTACTTCTCTGGC
AAGATTCCAGAAGCCAGCTGCTTTGGTTTCAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCTGAGCCG
TTCGATCCCCACTCGCTTCTCAATCTCTTGCGCGGCCAAACCAGAGACAGTAGAGAAAGT
GTCTAAGATCGTCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAGGTCGTTGCAGAAAC
CAAATTTGCCGATCTCGGAGCTGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTTGGA
GGAAGAGTTTGGCATCGAAATGGCTGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTGGAGCA
AGCTGCTGAGCTCATTGAAGAGCTCGTGGAAGCCAATAAGTAATTTTAGTATTAAGAGAG
AACCAAAGTCTTTGTTGGGTTTGTTGTTTTCATAATCTTTCTCTCATTTTCCTTTTTCTT
AATGTGTCATGCGACTCTGTTGGTTTAATTAGTATCTGTATGCCATGGATATCTCTATTT
GTCGACTGAAAACTTTTGGTTACACATGAACGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR81TF U 1
AF RR3D849JQ C 167
AF RR3B157TF U 4
AF RR3FU14TF U 2
BS 1 211 RR3GR81TF
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BS 231 231 RR3B157TF
BS 232 635 RR3GR81TF

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AATATCGACAATGTCGACCACTTTCAGCTCTTCTGTCTCCATGCAAGCTACTTCTCTGGC
AAGATTCCAGAAGCCAGCTGCTTTGGTTTCAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCTGAGCCG
TTCGATCCCCACTCGCTTCTCAATCTCTTGCCCGGCCAAACCAGAGACAG*AGAGAAAGT
GTCTAAGATCGTCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAGGTCGTTGCAGAAAC
CAAATTTGCCGATCTCGGAGCTGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTTGGA
GGAAGAGTTTGGCATCGAAATGGCTGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTGGAGCA
AGCTGCTGAGCTCATTGAAGAGCTCGTGGAAGCCAATAAGTAATTTTAGTATTAAGAGAG
AACCAAAGTCTTTGTTGGGTTTGTTGTTTTCATAATCTTTCTCTCATTTTCCTTTTTCTT
AATGTGTCATGCGACTCTGTTGGTTTAATTAGTATCTGTATGCCATGGATATCTCTATTT
GTCGACTGAAAACTTTTGGTTACACATGAACGAAA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3D849JQ 457 0 0
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ACAGTAGAGAAAGTGTCTAAGATCGTCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAG
GTCGTTGCAGAAACCAAATTTGCCGATCTCGGAGCTGATTCTCTCGACACTGTTGAGATA
GTGATGGGTTTGGAGGAAGAGTTTGGCATCGAAATGGCTGAAGAGAAAGCACAGAAGATT
GCAACTGTGGAGCAAGCTGCTGAGCTCATTGAAGAGCTCGTGGAAGCCAATAAGTAATTT
TAGTATTAAGAGAGAACCAAAGTCTTTGTTGGGTTTGTTGTTTTCATAATCTTTCTCTCA
TTTTCCTTTTTCTTAATGTGTCATGCGACTCTGTTGGTTTAATTAGTATCTGTATGCCAT
GGATATCTCTATTTGTCGACTGAAAACTTTTGGTTAC

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR3B157TF 617 0 0
GGACACTCCGCCA
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GCTGCTTTGGTTTCAAGGACTAATCTCTCCTTCAGCCTGAGTCGTTCGATCCCCACTCGC
TTCTCAATCTCTTGCGCGGCCAAACCAGAGACAGTAGAGAAAGTGTCTAAGATCGTCAAG
AAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAGGTCGTTGCAGAAACCAAATTTGCCGATCTC
GGAGCTGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTTGGAGGAAGAGTTTGGCATC
GAAATGGCTGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTGGAGCAAGCTGCTGAGCTCATT
GAAGAGCTCGTGGAAGCCAATAAGTAATTTTAGTATTAAGAGAGAACCAAAGTCTTTGTT
GGGTTTGTTGTTTTCATAATCTTTCTCTCATTTTCCTTTTTCTTAATGTGTCATGCGACT
CTGTTGGTTTAATTAGTATCTGCATGCCATGGATATCTCTATTTGTCGACTGAAAACTTT
TGGT

QA 14 617 14 617
DS 

RD RR3FU14TF 619 0 0
GGGTACACTCCGCCATT
TCTCTCTCTCTCAATCTCCCTCTCGAGCAGATCTCTCTCGTGAATATCGACAATGTCGAC
CACTTTCAGCTCTTCTGTCTCCATACAAGCTACTTCTCTGGCAAGATTCCAGAAGCCAGC
TGCTTTGGTTTCAAGGACTAATCTCTCCCTCAACCTGAGCCGTTCGATCCCCACTCGCTT
CTCAATCTCTTGCGCGGCCAAACCAGAGACAGTAGAGAAAGTGTCTAAGATCGTCAAGAA
GCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAGGTCGTTGCAGAAACCAAATTTGCCGATCTCGG
AGCTGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTTGGAGGAAGAGTTTGGCATCGA
AATGGCTGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTGGAGCAAGCTGCTGAGCTCATTGA
AGAGCTCGTGGAAGCCAATAAGTAATTTTAGTATTAAGAGAGAACCAAAGTCTTTGTTGG
GTTTGTTGTTTTCATAATCTTTCTCTCATTTTCCTTTTTCTTAATGTGTCATGCGACTCT
GTTGGTTTAATTAGTATCTGTATGCCATGGATATCTCTATTTGTCGACTGAAAACTTTTG
GT

QA 18 619 18 619
DS 



AS 1 8

CO CL604Contig1 1201 8 16 U
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TCGAGTCAAATGGTTTGTCTCAACAGAAGAAGGTATAGAAATACGATATTACAATGGAAA
GCTTAGTTCTTCTCCTCCGCAGCATACAGAGACTTAATCTCCTCTACATCATCGTAGCTA
CCAAGAAATATCGGAAAACGCTCATGGATCTTCTCCGGGACAAGGTCCAGTGCCCTTTTC
TTGCCAGTGAAGGCCTGACCTCCAGCTTGCTCCATCAAGAACGCCATTGGGAAGACTTCA
TACAGGACACGCAATTTCCCATTGGGGCTTTTCTTGTCAGCCGGGTACAAGAAGATTCCT
CCATATAGCAGCGTGCGATGAACATCGGCTACCATACTTCCGACGTATCTCAAAGATTTT
GCGGGAGAACCGTCTTTGGGATACTTGCATCTCTCTACATACTTTGTGGTTGGACCATCC
C*AGTTCTGAGCATT*GCCTTCATTCACTGAGTAGATGTTTCCCTTATTTGGAATCTTAA
TGTCTGGGTGA*GTTAATATGAACTCTCCTAGAGATGGGTCCAGGGTAAACCCGTGGACA
CCTGTTCCAGTGCTCAACACAAGCATGCAGGAGCTTCCGTACATACAGTAACCCGCTGCA
ACCATTTCATTCCCAGGTTTCAGAACATCCTCAGTACTTGGCTCATCACTGTGGTTCATT
GTGTAAATTCCAAAGATTGTTCCAATGGAGACACCACAGTCAATGTTTGAGGATCCATCA
AGTGGATCAAAAACAACACAGTACTTTCCACGCTTGGATGATTCCACAAACGTAGCTTCC
TCATCTTCTTCCGAGACAAGAACAGAAGTTCTACCACTGCTAACCAAAGCTTTGATAAAA
ACATCATTAGAGAGCACATCCAGTTTCTTTTGCTCTTCGCCCTGAATATTTGTCTCCCCG
GCAAGTCCAATAAGCTTGGCCAAACCAGCCTTGTTGACGGCACTGCAGACGAATTTGCAA
CCCAAAACGATGTTGCTGAGCAAAATCGTGAAATCCCCACGAGACTCTGGGTACTTTGAT
TGCTCATTCAGCACGAATCTCGTGATCGTCATCAAATCCGTACGGTACGCATCTGCTTCG
TGATCCATCTCTGTTTCTCTCTCTCTCTCTCTGACACTCACTCACTCTCTATGTTATCTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 5 20 5 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 15 15 15 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 15 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 0 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BO91JQ U 469
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AF RR3EN79JQ U 1
AF RR3C018JQ U 36
AF RR3C018TF C 443
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AF RR3BO91TF C 528
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BS 414 692 RR3EN79JQ
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BS 794 834 RR3C018JQ
BS 835 905 RR3C018TF
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TTGGAATCTTAATGTCTGGGTGAAGTTAATATGAACTCTCCTAGAGATGGGTCCAGTGTA
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TAACCCGCTGCAACCATTTCATTCCCAGGTTTCAGAACATCCTCAGTACTTGGCTCATCA
CTGTGGTTCAT
CGT

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DS 

RD RR3D764JQ 681 0 0
AACCAGT
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ACGCCATTGGGAAGACTTCATACAGGACACGCAATTTCCCATTGGGGCTTTTCTTGTCAG
CCGGGTACAAGAAAATTCCTCCATAAAGCAGCGTGCGATGCACATCGGCTACCATACTTC
CGACATATCTAAAAAACTTTGCGGGAAAACCATCTTTGGGATACTTGCATCTCTCTACAT
ACTTTGTGGTTGGACCATCCC*AGTTCTGAACATT*GCCTTCATTCACTGAGTAAATGTT
TCCCTTATTTGGAATCTTAATGTCGGGGTGA*GTTAATATGAACTCTCCTAGAGATGGGT
CCAGTGTAAATCCGTGGACACCTGTTCCAGTGCTCAAAACAAGCATGCAGGAGCTTCCGT
ACATACAGTAACCCGCTGCAACCATTTCATTCCCAGGTTTCAGAACATCCTCAGTACTTG
GCTCATCACTGTGG

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DS 

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GCTTAGTTCTTCTCCTCCGCAGCATACAGAGACTTAATCTCCTCTACATCATCGTAGCTA
CCAAGAAATATCGGAAAACGCTCATGGATCTTCTCCGGGACAAGGTCCAGTGCCCTTTTC
TTGCCAGTGAAGGCCTGACCTCCAGCTTGCTCCATCAAGAACGCCATTGGGAAGACTTCA
TACAGGACACGCAATTTCCCATTGGGGCTTTTCTTGTCAGCCGGGTACAAGAAGATTCCT
CCATATAGCAGCGTGCGATGAACATCGGCTACCATACTTCCGACGTATCTCAGAGATTTT
GCGGGAGAACCGTCTTTGGGATACTTGCATCTCTCTACATACTTTGTGGTTGGACCATCC
C*AGTTCTGAGCATT*GCCTTCATTCACTGAGTAGATGTTTCCCTTATTTGGAATCTTAA
TGTCTGGGTGA*GTTAATATGAACTCTCCTAGAGATGGGTCCAGGGTAAACCCGTGGACA
CCTGTTCCAGTGCTCAACACAAGCATGCAGGAGCTTCCGTACATACAGTAACCCGCTGCA
ACCATTTCATTCCCAGGTTTCAGAACATCCTCGGTACTTGGCTCATCACTGTGGTTCATT
GTGTAAATTCCAAAGATTGTTCCAATGG

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DS 

RD RR3C018JQ 799 0 0
AACCA
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ATACGATATTACAATGGAAAGCTTAGTTCTTCTCCTCCGCAGCATACAGAGACTTAATCT
CCTCTACATCATCGTAGCTACCAAGAAATATCGGAAAACGCTCATGGATCTTCTCCGGGA
CAAGGTCCAGTGCCCTTTTCTTGCCAGTGAAGGCCTGACCTCCAGCTTGCTCCATCAAGA
ACGCCATTGGGAAGACTTCATACAGGACACGCAATTTCCCATTGGGGCTTTTCTTGTCAG
CCGGGTACAAGAAGATTCCTCCATATAGCAGCGTGCGATGAACATCGGCTACCATACTTC
CGACGTATCTCAAAGATTTTGCGGGAGAACCGTCTTTGGGATACTTGCATCTCTCTACAT
ACTTTGTGGTTGGACCATCCC*AGTTCTGAGCATT*GCCTTCATTCACTGAGTAGATGTT
TCCCTTATTTGGAATCTTAATGTCTGGGTGA*GTTAATATGAACTCTCCTAGAGATGGGT
CCAGGGTAAACCCGTGGACACCTGTTCCAGTGCTCAACACAAGCATGCAGGAGCTTCCGT
ACATACAGTAACCCGCTGCAACCATTTCATTCCCAGGTTTCAGAACATCCTCGGTAATTG
GCTCATCACTGTGGTTCATTGTGTAAATTCCAAAGATTGTTCCAATGGAGACACCACAGT
CAATGTTTGAGGATCCATCAAGTGGATCAAAA*CAACACAGTACTTTCCACGCTTGGATG
ATTCCACAAACGTA

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GCATGCAGGAGCTTCCGTACATACAGTAACCCGCTGCAACCATTTCATTCCCAGGTTTCA
GAACATCCTCGGTAATTGGCTCATCACTGTGGTTCATTGTGTAAATTCCAAAGATTGTTC
CAATGGAGACACCACAGTCAATGTTTGAGGATCCATCAAGTGGATCAAAAACAACACAGT
ACTTTCCACGCTTGGATGATTCCACAAACGTAGCTTCCTCATCTTCTTCCGAGACAAGAA
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GTTTCTTTTGCTCTTCGCCCTGAATATTTGTCTCCCCGGCAAGTCCAATAAGCTTGGCCA
AACCAGCCTTGTTGACGGCACTGCAGACGAATTTGCAACCCAAAACGATGTTGCTGAGCA
AAATCGTGAAATCCCCGCGAGACTCTGGGTACTTTGATTGCTCATTCAGCACGAATCTCG
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CTCT****CTGACACTCACTCACTCTCTATGTT
CC

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DS 

RD RR3EN79TF 670 0 0
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AAACCCGTGGACAC*TGTTCCAGTGCTCAACACAAGCATGCAGGAGCTTCCGTACATACA
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TGAGGATCCATCAAGTGGATCAAAAACAACACAGTACTTTCCACGCTTGGATGATTCCAC
AAACGTAGCTTCCTCATCTTCTTCCGAGACAAGAACAGAAGTTCTACCACTGCTAACCAA
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ATTTGTCTCCCCGGCAAGTCCAATAAGCTTGGCCAAACCAGCCTTGTTGACGGCACTGCA
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CGCATCTGCTTCGTGATCCATCTCTGTTTCTCTCTCTCT****CTGACACTCACTCACTC
TCTATGTT
CC

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DS 

RD RR3D764TF 694 0 0
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AAGCATGCAGGAGCTTCCGTACATACAGTAACCCGCTGCAACCATTTCATTCCCAGGTTT
CAGAACATCCTCAGTACTTGGCTCATCACTGTGGTTCATCGTGTAAATTCCAAAGATTGT
TCCAATGGAGACACCACAGTCAATGTTTGAGGATCCATCAAGTGGATCAAAAACAACACA
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AACAGAAGTTCTGCCACTGCTAACCAAAGCTTTGATAAAAACATCATTAGAGAGCACATC
CAGTTTCTTTTGCTCTTCGCCCTGGATATTTGTCTCTCCTGCAAGTCCAATAAGCTTGGC
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CAAAATCGTGAAATCCCCACGAGACTCTGGGTACTTTGATTGCTCATTCAGCACGAATCT
CGTGATCGTCATCAAATCCGTACGGTACGCATCTGCTTCGTGATCCATCTCTGTTTCTCT
CTCTCTCTCTCTGACACTCACTCACTCTCTAT
CC

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DS 

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AAATCCGTGGACACCTGTTCCAGTGCTCAACACAAGCATGCAGGAGCTTCCGTACATACA
GTAACCCGCTGCAACCATTTCATTCCCAGGTTTCAGAACATCCTCAGTACTTGGCTCATC
ACTGTGGTTCATCGTGTAAATTCCAAAGATTGTTCCAATGGAGACACCACAGTCAATGTT
TGAGGATCCATCAAGTGGATCAAAAACAACACAGTACTTTCCACGCTTGGATGACTCCAC
AAACGTAGCTTCCTCATCTTCTTCCGAGACAAGAACAGAAGTTCTGCCACTGCTAACCAA
AGCTTTGATAAAAACATCATTAGAGAGCACATCCAGTTTCTTTTGCTCTTCGCCCTGGAT
ATTTGTCTCTCCTGCAAGTCCAATAAGCTTGGCCAAACCAGCCTTGTTGACGGCACTGCA
GACGAATTTGCAACCCAAAACGATGTTGCTGAGCAAAATCGTGAAATCCCCACGAGACTC
TGGGTACTTTGATTGCTCATTCAGCACGAATCTCGTGATCGTCATCAAATCCGTACGGTA
CGCATCTGCTTCGTGATCCATCTCTGTTTCTCTCTCTCTCTCTCTGACACTCACTCACTC
TCTATGTTATCTCC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 2 7

CO CL605Contig1 760 2 2 U
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GGAAAAAGCTGGGATCCCTCGTCTCCCTTCAAATGCTAAGAACAGTATGATCGCTATTCC
ATTAGAAGAGCTGCCTAACAAAGTAAAAGGAATCGTGAGGAACTCGAAACGTGTTGAAGC
AGAAATAGCAGCGTTAAAGATATCTTACCTCAAGAGAATCAACAAAGGCTCCAACATCAT
CATCATGGACTCGTACTCGGACTCAGCTAAAATTGTGGCGAAAACCTTAAAGGTTCTCGG
GTATAAGAACTGCTGGATCGTGACAGATGGATTCTCTGGTGGCAGAGGATGGTTGCAGAG
CCGGTTAGGCACTGATTCTTACAACTTCTCGTTCGCACAGGTCTTGTCTCCATCGAGGAT
TATCCCGGCAGCTTCTAGGTTCGGTACTAGATCAGGAACCAAGTTCCTTCCTAGCTCGGA
CTGAAAAAAGATAAAACAAGAGAATGTGTATCATTAGCTAAAAGAAGTGTTGTTTTATAT
TCCTTTTTATATCTCAACTTTGAGAGATCTTTCGATAAGATTTTCGAATTATTGTTTTGT
CTTTTACATTGATGATTAGAAGTGGAACCAACAATTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DZ20TF U 1
AF RR3DZ20JQ C 120
BS 1 285 RR3DZ20TF
BS 286 760 RR3DZ20JQ

RD RR3DZ20TF 289 0 0
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GCAGAGAAGAAACCCATGGCTATGGCGGAGATGGCAATGAAGTCTTCAGTAACTGCAAAC
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GGAAAAAGCTGGGATCCCTCGTCTCCCTTCAAATGCTAAGAACAGTATGATCGCTATTCC
ATTAGAAGAGCTGCCTAACAAAGTAAAAGGAATCGTGAGGAACTC
GAAA

QA 1 285 1 285
DS 

RD RR3DZ20JQ 641 0 0
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AGGAAAAAGCTGGGATCCCTCGTCTCCCTTCAAATGCTAAGAACAGTATGATCGCTATTC
CATTAGAAGAGCTGCCTAACAAAGTAAAAGGAATCGTGAGGAACTCGAAACGTGTTGAAG
CAGAAATAGCAGCGTTAAAGATATCTTACCTCAAGAGAATCAACAAAGGCTCCAACATCA
TCATCATGGACTCGTACTCGGACTCAGCTAAAATTGTGGCGAAAACCTTAAAGGTTCTCG
GGTATAAGAACTGCTGGATCGTGACAGATGGATTCTCTGGTGGCAGAGGATGGTTGCAGA
GCCGGTTAGGCACTGATTCTTACAACTTCTCGTTCGCACAGGTCTTGTCTCCATCGAGGA
TTATCCCGGCAGCTTCTAGGTTCGGTACTAGATCAGGAACCAAGTTCCTTCCTAGCTCGG
ACTGAAAAAAGATAAAACAAGAGAATGTGTATCATTAGCTAAAAGAAGTGTTGTTTTATA
TTCCTTTTTATATCTCAACTTTGAGAGATCTTTCGATAAGATTTTCGAATTATTGTTTTG
TCTTTTACATTGATGATTAGAAGTGGAACCAACAATTAAGC

QA 1 641 1 641
DS 



CO CL605Contig2 1438 5 22 U
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GGAGAAGCACCATTAAATAAAGTCTCCTTTTTTTCTCTGTCACATTGATTGGCAGAGAAG
AAACCCATGGCTATGGCGGAGATGGCAATGAAGTCTTCAGTAACTGCAAACCTCACTATT
CCTCCTTCGTCTTGTAAGAAGAGAGTGAGGCAAATCTCTGTGGCACTTCCAACAACAACC
TCAATCTCTTTGCTATCCATCTTCTCATCTCCCCCTCCTGAAGCCAAAGCTGCCGTTTCC
ATTTCCAAGGACCAGATCGTCTCCTCTCTCACCGAAGTGGAGAAAACAATCAACCAAGTT
CAAGAAACAGGTTCGAGTGTTTTCGACGCAACGCAGCGTGTTTTCCAAGTAGTAGGAGAC
GCGCTTAAACCAGCCTTGGACACTGCTCTGCCCATCGCGAAGCAAGCCGGAGAAGAGGCT
TTGAAGCTTGCCACTCCCGCTTTCTCAGAGGCTTCGAAGAAAGCTCAAGAAGCAATGCAA
AGCTCTGGTATCGATGCGGAGCCCGTCTTTAATGCTGCAAAGACAGTAACAGATGTGGCC
CAACAGACAACAAAAGCTATCGAAGATGCTAAGCCCATTGCTTCATCGACCATGGAGACG
ATATCTTCGGCTGATCCTAGTGTCATTGTTGTTGCTGCTGGCGCTGCCTTTATTGCTTAC
CTTCTCCTCCCTCCTGTTTGGTCTGCTATATCTTTTAACTTCCGCGGTTACAAAGGTGAC
CTCACACCGGCTCAAACACTTGATCTTCTATGTTCCAAGAACTACTTGATGGTGGATATA
AGATCAGAGAAAGAGAAGGAAAAAGCTGGGATCCCTCGTCTCCCTTCAAATGCTAAGAAC
AGCATGATCGCCATTCCATTAGAAGAGCTACCGAACAAAGTAAAAGGAATCGTGAGGAAC
TCAAAACGTGTTGAAGCAGAAATAGCAGCGTTAAAAATATCTTACCTCAAGAGAATCAAC
AAAG*GCTCCAACATCATCATCATGGACTCGTACTCGGACTCAGCTAAAATTGTGGCGAA
AACCTTAAAGGTTCTCGGGTATAAGAACTGCTGGATCGTGACAGATGGATTCTCTGGTGG
CAGAGGATGGTTGCAGAGCCGGTTAGGCACTGATTCTTACAACTTCTCGTTCGCACAGGT
CTTGTCTCCATCGAGGATTATCCCGGCAGCTTCTAGGTTCGGTACTAGATCAGGAACCAA
GTTTCTTCCTAGCTCGGACTGAAAACAAAGAAAAACAAGAGAATGTGTATCATTTAGCTA
AAGAAGTGTTGTTTTTATGTTCCTTTTTATATCTCAACTTTGAGAGATCTTTCGATAAGA
TTTTCGAATTATTGTTTGTATTTTACATTGATGATCAGAAGTGGAACCAGCAAATTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU43TF U 1
AF RR3EJ08TF U 430
AF RR3FU43JQ C 599
AF RR3EJ08JQ C 737
AF RR3AH68TF U 911
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BS 741 741 RR3EJ08TF
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BS 751 848 RR3EJ08TF
BS 849 874 RR3FU43JQ
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BS 876 912 RR3FU43JQ
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BS 966 968 RR3FU43JQ
BS 969 998 RR3AH68TF
BS 999 999 RR3FU43JQ
BS 1000 1024 RR3AH68TF
BS 1025 1025 RR3FU43JQ
BS 1026 1090 RR3AH68TF
BS 1091 1091 RR3FU43JQ
BS 1092 1438 RR3AH68TF

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GGAGAAGCACCATTAAATAAAGTCTCCTTTTTTTCTCTGTCACATTGATTGGCAGAGAAG
AAACCCATGGCTATGGCGGAGATGGCAATGAAGTCTTCAGTAACTGCAAACCTCACTATT
CCTCCTTCGTCTTGTAAGAAGAGAGTGAGGCAAATCTCTGTGGCACTTCCAACAACAACC
TCAATCTCTTTGCTATCCATCTTCTCATCTCCCCCTCCTGAAGCCAAAGCTGCCGTTTCC
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GCGCTTAAACCAGCCTTGGACACTGCTCTGCCCATCGCGAAGCAAGCCGGAGAAGAGGCT
TTGAAGCTTGCCACTCCCGCTTTCTCAGAGGCTTCGAAGAAAGCTCAAGAAGCAATGCAA
AGCTCTGGTATCGATGCGGAGCCCGTCTTTAATGCTGCAAAGACAGTAACAGATGTGGCC
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ATATCTTCG*CTGATCCTAGTGTCATTGTTGTTGCTGCTGGCGCTGCCTT*ATTGCTTAC
CT*CTCCTCCCTCCTGTTTG*TCTGCTATA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3EJ08TF 419 0 0
GG
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CACTCCCGCTTTCTCAGAGGCTTCGAAGAAAGCTCAAGAAGCAATGCAAAGCTCTGGTAT
CGATGCGGAGCCCGTCTTTAAT*CTTCAAAGACAGTAACAGATGTGGCCCAACAGACAAC
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TGATCCTAGTGTCATTGTTGTTGCTGCTGGCGCTGCCTTTATTGCTTACCTTCTCCTCCC
TCCTGTTTGGTCTGCTATATCTTTTAACTTCCGCGGTTACAAAGGTGACCTCACACCGGC
TCAAACACTTGATCTTCTATGTTCCAAGAACTACTTGATGGTGGATATAAGATCAGA

QA 3 419 3 419
DS 

RD RR3FU43JQ 510 0 0
CCCAACAGACAACAAAAGCTATCGAAGATGCTAAGCCCATTGCTTCATCGACCATGGAGA
CGATATCTTCGGCTGATCCTAGTGTCATTGTTGTTGCTGCTGGCGCTGCCTTTATTGCTT
ACCTTCTCCTCCCTCCTGTTTGGTCTGCTATATCTTTTAACTTCCGCGGTTACAAAGGTG
ACCTCACACCGGCTCAAACACTTGATCTTCTATGTTCCAAGAACTACTTGATGGTGGATA
TAAGATCAGAGAAAGAGAAGGAAAAAGCTGGGATCCTTCGTCTCCCTTCAAATGCTAAGA
ACAGCATGATCGCCATTCCATTAGAAGAGCTACCGAACAAAGTAAAAGGAATCGTGAGGA
ACTCAAAACGTGTTGAAGCAGAAATAGCAGCGTTAAAAATATCTTACCTCAAGAGAATCA
ACAAAG*GCTCCAACATCATCATCATGGACTCGTACTCGGACTCAGCTAAAATTGTGGCG
AAAACCTTAAAGGTTCTCGGGTATAAGAAC

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR3EJ08JQ 668 0 0
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CACTTGATCTTCTATGTTCCAAGAACTACTTGATGGTGGATATAAGATCAGAGAAAGAGA
AGGAAAAAGCTGGGATCCCTCGTCTCCCTTCAAATGCTAAGAACAGCATGATCGCCATTC
CATTAGAAGAGCTACCGAACAAAGTAAAAGGAATCGTGAGGAACTCAAAACGTGTTGAAG
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ATCATCATGGACTCGTACTCGGACTCAGCTAAAATTGTGGCGAAAACCTTAAAGGTTCTC
GGGTATAAGAACTGCTGGATCGTGACAGATGGATTCTCTGGTGGCAGAGGATGGTTGCAG
AGCCGGTTAGGCACTGATTCTTACAACTTCTCGTTCGCACAGGTCTTGTCTCCATCGAGG
ATTATCCCGGCAGCTTCTAGGTTCGGTACTAGATCAGGAACCAAGTTTCTTCCTAGCTCG
GACTGAAAACAAAGAAAAACAAGAGAATGTGTATCATTTAGCTAAAGAAGTGTTGTTTTT
ATGTTCCTTTTTATATCTCAACTTTGAGAGATCTTTCGATAAGATTTTCGAATTATTGTT
T
GTATTTT

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3AH68TF 528 0 0
CC
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GAAGCAGAAATAGCAGCGTTAAAAAT*TCTTACCTCAAGAGAATCAACAAAGAGCTCCAA
CATCATCATCATGGACTCGTACTCGGACTCAGCTAAAATTGTGGCGAAAACCTTAAAGAT
TCTCGGGTATAAGAACTGCTGGATCGTGACAGATGGATTCTCTGGTGGCAGAGGATGGTT
GCAGAGCCGGTTAGGCACTGATTCTTACAACTTCTCGTTCGCACAGGTCTTGTCTCCATC
GAGGATTATCCCGGCAGCTTCTAGGTTCGGTACTAGATCAGGAACCAAGTTTCTTCCTAG
CTCGGACTGAAAACAAAGAAAAACAAGAGAATGTGTATCATTTAGCTAAAGAAGTGTTGT
TTTTATGTTCCTTTTTATATCTCAACTTTGAGAGATCTTTCGATAAGATTTTCGAATTAT
TGTTTGTATTTTACATTGATGATCAGAAGTGGAACCAGCAAATTAA

QA 3 528 3 528
DS 



AS 1 7

CO CL606Contig1 939 7 19 U
GGGTCTCTTTGAAACTCCGTTTGATTCGAACTCAACAGAGGTTAGAAATGACAGAATCAA
AGATTGTAGTTCCGGAGTCTCACCTGAAGAAGACGAAGAGAGAGGAGGAGTGGGCTTTGG
CGAAGAAGCAGGCCGCTGAAGCTGCCAAGAAGACAAACGCAGCCAACAGGAAGCTTATCT
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TGAAACGTGAGGCTAAGCTCAAAGGAGGTTTCTATGTTGATCCTGAAGCTAAACTCCTGT
TCATCATCCGTATCCGTGGTATTAACGCCATTGACCCAAAGACTAAGAAGATTCTTCAGC
TCTTGCGTTTGAGACAGATATTCAACGGTGTCTTTCTCAAAGTCAACAAGGCTACAATGA
ACATGCTTCGTCGTGTTGAGCCCTATGTGACCTACGGGTTCCCCAACTTGAAGAGTGTCA
AGGAATTGATCTACAAGAGAGGATACGGAAAACTCAACTCCCAGAGGGTGGCTTTGACTG
ACAACTCTATCGTAGAGCAGGGTTTGGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGA
TCCACGAGATTCTAACAGTTGGGCCTCATTTCAAGG*AAGCAAACAACTTCCTGTGGCCG
TTCCAGCTCAAGGCACCACTCGGTGGCCTGAAGAAGAAGAGGAATCACTACGTTGAAGGT
GGTGATGCTGGTAACCGTGAGAACTTCATCAATGAGCTTATCAGGAGGATGAATTAGATG
ATGTCTTCTTCTTTTCCAATCTCAAGTCTTATGATCTGTTTGTTTTCACTACTCCTGGAT
TTTGATATTTTTGTTGAGTCGAGACATGTTGAGCTTTCTCTTTTGTCGTCTTTGGATCGT
GTTCGTTCGCTTTCTATTTTAAGAAATAGTTCTACTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 0 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 15 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 25 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3E779TF U 1
AF RR3GU96TF U 1
AF RR3G573TF U 7
AF RR3G573JQ C 394
AF RR3D062JQ C 90
AF RR3GU96JQ C 370
AF RR3G331TF U 173
BS 1 238 RR3E779TF
BS 239 239 RR3G331TF
BS 240 259 RR3E779TF
BS 260 260 RR3G331TF
BS 261 325 RR3E779TF
BS 326 326 RR3G331TF
BS 327 630 RR3E779TF
BS 631 636 RR3GU96TF
BS 637 637 RR3G573TF
BS 638 651 RR3GU96TF
BS 652 672 RR3G573TF
BS 673 673 RR3G331TF
BS 674 714 RR3G573TF
BS 715 861 RR3G331TF
BS 862 862 RR3D062JQ
BS 863 921 RR3G331TF
BS 922 922 RR3D062JQ
BS 923 937 RR3G331TF
BS 938 939 RR3D062JQ

RD RR3E779TF 630 0 0
GGGTCTCTTTGAAACTCCGTTTGATTCGAACTCAACAGAGGTTAGAAATGACAGAATCAA
AGATTGTAGTTCCGGAGTCTCACCTGAAGAAGACGAAGAGAGAGGAGGAGTGGGCTTTGG
CGAAGAAGCAGGCCGCTGAAGCTGCCAAGAAGACAAACGCAGCCAACAGGAAGCTTATCT
ACAAAAGGGCCGAGCAGTACGCCAAGGAGTACGCCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCTT
TGAAACGTGAGGCTAAGCTTAAAGGAGGTTTCTATGTTGATCCTGAAGCTAAACTCCTGT
TCATCATCCGTATCCGTGGTATTAATGCCATTGACCCAAAGACTAAGAAGATTCTTCAGC
TCTTGCGTTTGAGACAGATATTCAACGGTGTCTTTCTCAAAGTCAACAAGGCTACAATGA
ACATGCTTCGTCGTGTTGAGCCCTATGTGACCTACGGGTTCCCCAACTTGAAGAGTGTCA
AGGAATTGATCTACAAGAGAGGATACGGAAAACTCAACTCCCAGAGGGTGGCTTTGACTG
ACAACTCTATCGTAGAGCAGGGTTTGGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGA
TCCACGAGATTCTAACAGTTGGGCCTCATT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3GU96TF 651 0 0
GGGTCTCTTT
GAAACTCCGTTTGATTCGAACTCAACAGAGGTTAGAAATGACAGAATCAAAGATTGTAGT
TCCGGAGTCTCACCTGAAGAAGACGAAGAGAGAGGAGGAGTGGGCTTTGGCGAAGAAGCA
GGCCGCTGAAGCTGCCAAGAAGACAAACGCAGCCAACAGGAAGCTTATCTACAAAAGGGC
CGAGCAGTACGCCAAGGAGTACGCCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCCTTGAAACGTGA
GGCTAAGCTTAAAGGAGGTTTCTATGTTGATCCTGAAGCTAAACTCCTGTTCATCATCCG
TATCCGTGGTATTAATGCCATTGACCCAAAGACTAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTT
GAGACAGATATTCAACGGTGTCTTTCTCAAAGTCAACAAGGCTACAATGAACATGCTTCG
TCGTGTTGAGCCCTATGTGACCTACGGGTTCCCCAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGAT
CTACAAGAGAGGATACGGAAAACTCAACTCCCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTCTAT
CGTAGAGCAGGGTTTGGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGATCCACGAGAT
TCTAACAGTTGGGCCTCATTTCAAGGGAAGCAAACAACTTC

QA 11 651 11 651
DS 

RD RR3G573TF 708 0 0
GGGG
GAAACTCCGTTTGATTCGAACTCAACAGAGGTTATAAATGACAGAATCAAAGATTGTAGT
TCCGGAGTCTCACCTGAAGAAGACGAAGAGAGAGGAGGAGTGGGCTTTGGCGAAGAAGCA
GGCCGCTGAAGCTGCCAAGAAGACAAACGCAGCCAACAGGAAGCTTATCTACAAAAGGGC
CGAGCAGTACGCCAAGGAGTACGCCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCTTTGAAACGTGA
GGCTAAGCTTAAAGGAGGTTTCTATGTTGATCCTGAAGCTAAACTCCTGTTCATCATCCG
TATCCGTGGTATTAATGCCATTGACCCAAAGACTAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTT
GAGACAGATATTCAACGGTGTCTTTCTCAAAGTCAACAAGGCTACAATGAACATGCTTCG
TCGTGTTGAGCCCTATGTGACCTACGGGTTCCCCAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGAT
CTACAAGAGAGGATACGAAAAACTCAACTCCCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTCTAT
CGTAGAGCAGGGTTTGGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGATCCACGAGAT
TCTAACAGTTGGGCCTCATTTCAAGG*AAGCAAACAACTTCCTGTGGCCGTTCCAGCTCA
AG*CACCACTCGGTGGCCTGAAGAAGAAGAGGAATCACTACGTT

QA 5 708 5 708
DS 

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ACGGGTTCCCCAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGATACGAAAAAC
TCAACTCCCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTCTATCGTAGAGCAGGGTTTGGGTAAAC
ATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGATCCACGAGATTCTAACAGTTGGGCCTCATTTCA
AGG*AAGCAAACAACTTCCTGTGGCCGTTCCAGCTCAAGGCACCACTCGGTGGCCTGAAG
AAGAAGAGGAATCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCTGGTAACCGTGAGAACTTCATCAAT
GAGCTTATCAGGAGGATGAATTAGATGATGT
TT

QA 1 391 1 391
DS 

RD RR3D062JQ 850 0 0
AAGACGAAGAGAGAGGAGGAGTGGGCTTTG*CGAAGAAGCAGACCGCTGAAGCTGCCAAG
AAGACAAACGCAGCCAACAGGAAGCTTATCTACAAAAGGGCCGAGCAGTACGCCAAGGAG
TACGCCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCGTTGAAACGTGAGGCTAAGCTCAAAGGAGGT
TTCTATGTTGATCCTGAAGCTAAGCTCTTGTTCATCATCCGTATCCGTGGTATTAACGCC
ATTGACCCAAAGACTAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGATATTCAACGGT
GTCTTTCTCAAAGTCAACAAGGCTACAATGAACATGCTTCGTCGTGTTGAGCCCTATGTG
ACCTACGGGTTCCCTAGCTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGATACGGA
AAGCTTAACTCCCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTCTATCGTAGAGCAGGGTTTGGGT
AAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGATCCACGAGATTCTAACAGTTGGGCCTCAT
TTCAAGG*AAGCTAACAACTTCCTGTGGCCGTTCCAGCTCAAGGCACCACTCGGTGGCCT
GAAGAAGAAGAGGAATCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCTGGTAACCGTGAGAACTTCAT
CAATGAGCTTATCAGGAGGATGAATTAGATGATGTCTTCTTCTTTTCCAATCTCAAGTCT
TATGATCTGTTTGTTTTCACTACTCCTGGATTTTGATATTTTTGTTGAGTCGAGACATGT
TGAGCTTTCTCTTTTGTCGTCTTTGGATCGTGTTCGTTCGCTTTCTATTTTAAGAAATAG
TTCTACTTCC

QA 1 850 1 850
DS 

RD RR3GU96JQ 569 0 0
TGAGACAGATATTCAACGGTGTCTTTCTCAAAGTCAACAAGGCTACAATGAACATGCTTC
GTCGTGTTGAGCCCTATGTGACCTACGGGTTCCCCAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGA
TCTACAAGAGAGGATACGGAAAACTCAACTCCCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACTCTA
TCGTAGAGCAGGGTTTGGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGAGGATTTGATCCACGAGA
TTCTAACAGTTGGGCCTCATTTCAAGG*AAGCAAACAACTTCCTGTGGCCGTTCCAGCTC
AAGGCACCACTCGGTGGCCTGAAGAAGAAGAGGAATCACTACGTTGAAGGTGGTGATGCT
GGTAACCGTGAGAACTTCATCAATGAGCTTATCAGGAGGATGAATTAGATGATGTCTTCT
TCTTTTCCAATCTCAAGTCTTATGATCTGTTTGTTTTCACTACTCCTGGATTTTGATATT
TTTGTTGAGTCTAGACATTTTGAGCTTTCTCTTTTATTGTCTTTGGATCGTATTCGTTCG
CTTTCCGTTTTAAGAAATAGTTCTACTT
T

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DS 

RD RR3G331TF 766 0 0
GCTTATCTACAAAAGGGCCGAGCAGTACGCCAAGGAGTACGCCGAGAAGGAGAAGGAGTT
GATCTCGTTGAAACGTGAGGCTAAGCTCAAAGGAGGTTTCTATGTTGATCCTGAAGCTAA
GCTCTTGTTCATCATCCGTATCCGTGGTATTAACGCCATTGACCCAAAGACTAAGAAGAT
TCTTCAGCTCTTGCGTTTGAGACAGATATTCAACGGTGTCTTTCTCAAAGTCAACAAGGC
TACAATGAACATGCTTCGTCGTGTTGAGCCCTATGTGACCTACGGGTTCCCTAACTTGAA
GAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGATACGGAAAGCTTAACTCCCAGAGGGTGGC
TTTGACTGACAACTCTATCGTAGAGCAGGGTTTGGGTAAACATGGGATCATCTGCACTGA
GGATTTGATCCACGAGATTCTAACAGTTGGGCCTCATTTCAAGG*AAGCTAGCAACTTCC
TGTGGCCGTTCCAGCTCAAGGCACCACTCGGTGGCCTGAAGAAGAAGAGGAATCACTACG
TTGAAGGTGGTGATGCTGGTAACCGTGAGAACTTCATCAATGAGCTTATCAGGAGGATGA
ATTAGATGATGTCTTCTTCTTTTCCAATCTCAAGTCTTATGATCTGTTTGTTTTCACTAC
TCCTGGATTTTGATATTTTTGTTGAGTCGGGACATGTTGAGCTTTCTCTTTTGTCGTCTT
TGGATCGTGTTCGTTCGCTTTCTATTTTA*GAAATAGTTCTACTT
T

QA 1 765 1 765
DS 



AS 3 8

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AGCTTGTGAAGCTTACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCTTATGACAAGATCCGTCTAG
AGCGCACAAACAAGAGACACGCCGGTGCTAGAGCCAAGAGAGCTGCTGATGCTGAGAAGG
AAGAGAAGAAGTGAGACAACCCCCTTAGAAGAAACTCTTTTTTATCTTGTCATCGTTTGA
ATCTCAGTTTTTGTGTATCAGACTGGTTTTTTCTTCAGATTTTTGCAATTACTTATCTGG
ATTTATGGAAAACATCCTTCTACATTATCTTTCTACTTCTTGAAGTCTTGTCTTTCTCT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BO63TF U 1
AF RR3DM64TF U 1
BS 1 359 RR3BO63TF

RD RR3BO63TF 359 0 0
GCAATGCCACTCAAGTCCGAGGAGACTACATGCCTATAGTCCGTGAGAAGCAAGCAACGG
AGCTTGTGAAGCTTACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCTTATGACAAGATCCGTCTAG
AGCGCACAAACAAGAGACACGCCGGTGCTAGAGCCAAGAGAGCTGCTGATGCTGAGAAGG
AAGAGAAGAAGTGAGACAACCCCCTTAGAAGAAACTCTTTTTTATCTTGTCATCGTTTGA
ATCTCAGTTTTTGTGTATCAGACTGGTTTTTTCTTCAGATTTTTGCAATTACTTATCTGG
ATTTATGGAAAACATCCTTCTACATTATCTTTCTACTTCTTGAAGTCTTGTCTTTCTCT

QA 1 359 1 359
DS 

RD RR3DM64TF 359 0 0
G
CAATGCCACTCAAGTCCGAGGAGACTACATGCCTATAGTCCGTGAGAAGCAAGCAACGGA
GCTTGTGAAGCTTACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCTTATGACAAGATCCGTCTAGA
GCGCACAAACAAGAGACACGCCGGTGCTAGAGCCAAGAGAGCTGCTGATGCTGAGAAGGA
AGAGAAGAAGTGAGACAACCCCCTTAGAAGAAACTCTTTTTTATCTTGTCATCGTTTGAA
TCTCAGTTTTTGTGTATCAGACTGGTTTTTTCTTCAGATTTTTGCAATTACTTATCTGGA
TTTATGGAAAACATCCTTCTACATTATCTTTCTACTTCTTGAAGTCTT
GTCTTTCTCT

QA 2 349 2 349
DS 



CO CL607Contig2 709 2 6 U
GTCAAACCAAAGGATGTATCATAATGCTGTAAAGAAAGATAATTTAGAAGGATGTTTTCC
TTAAATCCAGATAAGTAATTGCAAAAATCTGAAGAAAAAAACCAGTCTGATACACAAAAA
CTGAGATTTAAACGACGACAAGATAAAAAGAGTTTCTTCTAAGGGTTGTCTCACTTCTTC
TCTTCCTTCTCGGCATCAGCAGCTCTCTTGGCCCTAGCACCGGCGTGTCTCTTGTTTGTG
CGCTCTAGACGGATCTTGTCATAAGCCTTGAACGATTTCATCTCAGCGGTAAGCTTCACA
AGCTCAGTTGCTTGCTTCTCACGGACTATAGGCATGTAGTCTCCTTGGACTTGAGTGGCA
TTGGCCAACTCTTCTGCAGTAAAGTCACCAGCCTCGACCTTCCTGGCACGACGAGGGAAG
ATGACCAACTTAGCCTTGTAGGTTTTGAGACTCTGGACATTGGACTGAAGACCCTCGAGA
GATCTGTTCTTGCGACGATGGTCAACAGAAATACCAATTGTTGGTGCCAACTTCTTGGGG
ATTCCAGCAGACTTGAGCTCTTCAAGAGTGAAACCTTTACCGGTTCGGACCTTCATGTTG
TACTTGAGAGTCTGACCATGCACAACAGGACGGAGAGGTCCAGCAGTAGGACGAGGGAAG
ATCTTCACTGCTTTCTTTTGTCTCGCAACTCTTCTCCTGGTTTTCCTGG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD19JQ U 1
AF RR3H920JQ U 1
BS 1 135 RR3DD19JQ
BS 136 136 RR3H920JQ
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BS 396 405 RR3DD19JQ
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RD RR3DD19JQ 405 0 0
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TTAAATCCAGATAAGTAATTGCAAAAATCTGAAGAAAAAAACCAGTCTGATACACAAAAA
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CGCTCTAGACGGATCTTGTCATAAGCCTTGAACGATTTCATCTCAGCGGTAAGCTTCACA
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TTGGCCAACTCTTCTGCAGTAAAGTCACCAGCCTTGACCTTCCTG

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR3H920JQ 709 0 0
GC
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AAATCCAGATAAGTAATTGCAAAAATCTGAAGAAAAA**CCAGTCTGATACACAAAAACT
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TTCCTTCTCGGCATCAGCAGCTCTCTTGGCCCTAGCACCGGCGTGTCTCTTGTTTGTGCG
CTCTAGACGGATCTTGTCATAAGCCTTGAACGATTTCATCTCAGCGGTAAGCTTCACAAG
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GGCCAACTCTTCTGCAGTAGAGTCACCAGCCTCGACCTTCCTGGCACGACGAGGGAAGAT
GACCAACTTAGCCTTGTAGGTTTTGAGACTCTGGACATTGGACTGAAGACCCTCGAGAGA
TCTGTTCTTGCGACGATGGTCAACAGAAATACCAATTGTTGGTGCCAACTTCTTGGGGAT
TCCAGCAGACTTGAGCTCTTCAAGAGTGAAACCTTTACCGGTTCGGACCTTCATGTTGTA
CTTGAGAGTCTGACCATGCACAACAGGACGGAGAGGTCCAGCAGTAGGACGAGGGAAGAT
CTTCACTGCTTTCTTTTGTCTCGCAACTCTTCTCCTGGTTTTCCTGG

QA 3 709 3 709
DS 



CO CL607Contig3 884 4 56 U
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AAGCACAACAATGTCATCCCCAATGGTCACTTCAAGAAGCACTGGCAGAACTATGTCAAG
ACTTGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGGAGAAGAGTTGCGAGACAAAAGAAGGCA
GTGAAGATCTTCCCTCGTCCTACTGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTGTGCACGGTCAGACT
CTCAAGTACAACATGAAAGTCAGAACCGGTAAAGGTTTCACTCTTGAAGAGCTCAAGTCT
GCCGGAATCCCCAAAAAGTTGGCACCAACCATAGGTATCTCTGTTGATCATCGTCGCAAG
AACAGATCTCTCGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAG
TTGGTCATCTTCCCTCGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGACTCTACTGCAGAAGAG
TTGGCCAATGCCACTCAAGTCCAAGGAGACTACATGCCTATAGTCCGTGAGGAGCAAGCA
ACGGAGCTTGTGAAGCTTACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCTTATGACAAGATCCGT
CTAGAGCGCACAAACAAGAGACACGCCGGTGCTAGGGCCAAGAGAGCTGCTAACGCTGAG
AAGGAAGAGAAGAAGTGAGAGAAGCCTTAGAAGAAACTCTTTTTATCTTGTCATCGTTTT
GAATCTCAGTTTTTGTGTATCAGACTGGTTTCTTCTTCAGATTTTTGCAATTACTTATCT
GGATTTAAGGAAAACATCCTTCTACATTACATTTCTACTTCTTAAAGTCTTTGCCTTTCT
CTACAATGTGTTTCAAAAAGAAAAAACTCTTTCTTTACAACATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 5 30 30 5 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 15 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 5 
5 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD19TF U 1
AF RR3H920TF U 6
AF RR3B238TF U 10
AF RR3B238JQ C 10
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TTGGCCAATGCCACTCAAGTCCAAGGAGACTACATGCCTATAGTCCGTGAGAAGCAAGCA
ACTGAGCTTGTGAAGCTTACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCTTATGACAAGATCCGT
CTAGAGCGCACAAACAAGAGACACGCCGGTGCTAGGGCCAAGAGAGCTGCTGATGCCGAG
AA*GAAGAGAAGAAGTGAGACA*CCCTTAGAAGAAACTCTTTTTATCTTGTCATCGTTTA
*AATCTCAGTTTTTGTGTATCAGACTGGTTTTTTCTTC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3H920TF 751 0 0
GGAATC
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TT*GTGTATCAGACTGGTTTTT
CTT

QA 7 748 7 748
DS 

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GG
GTCTCGCCGCAAGCTTTTCTCTGTGACATTCATCTGAGGTGAAGAAATGAAGCACAACAA
TGTCATCCCCAATGGTCACTTCAAGAAGCACTGGCAGAACTATGTCAAGACTTGGTTCAA
CCAGCCTGCCAGGAAAACCAGGAGAAGAGTTGCGAGACAAAAGAAGGCAGTGAAGATCTT
CCCTCGTCCTACTGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTGTGCACGGTCAGACTCTCAAGTACAA
CATGAAAGTCAGAACCGGTAAAGGTTTCACTCTTGAAGAGCTCAAGTCTGCCGGAATCCC
CAAAAAGTTGGCACCAACCATAGGTATCTCTGTTGATCATCGTCGCAAGAACAGATCTCT
CGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTCAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTCATCTT
CCCTCGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGACTCTACTGCAGAAGAGTTGGCCAATGC
CACTCAAGTCCAAGGAGACTACATGCCTATAGTCCGTGAGGAGCAAGCAACGGAGCTTGT
GAAGCTTACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCTTATGACAAGATCCGTCTAGAGCGCAC
AAACAAGAGACACGCCGGTGCTAGGGCCAAGAGAGCTGCTAACGCTGAGAAGGAAGAGAA
GAAGTGAGAGAAGCCTTAGAAGAAACTCTTTTTATCTTGTCATCGTTTTGAATCTCAGTT
TTTGTGTATCAGACTGGTTTCTTCTTCAGATTTTTGCAATTACTTATCTGGATTTAAGGA
AAACATCCTTCTACATTACATTTCTACTTCTTAAAGTCTT
TGCC

QA 3 822 3 822
DS 

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GG
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TGTCATCCCCAATGGTCACTTCAAGAAGCACTGGCAGAACTATGTCAAGACTTGGTTCAA
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CAAAAAGTTGGCACCAACCATAGGTATCTCTGTTGATCATCGTCGCAAGAACAGATCTCT
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CCCTCGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGACTCTACTGCAGAAGAGTTGGCCAATGC
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GAAGTGAGAGAAGCCTTAGAAGAAACTCTTTTTATCTTGTCATCGTTTTGAATCTCAGTT
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AAACATCCTTCTACATTACATTTCTACTTCTTAAAGTCTTTGCCTTTCTCTACAATGTGT
TTCAAAAAGAAAAAACTCTTTCTTTACAACATT

QA 3 875 3 875
DS 



AS 1 8

CO CL608Contig1 1167 8 15 U
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CATTTTGTTCTTGAAGACAATCCTAAAGCTTTTCCCTTTCTTTATTTTCTTGCACAATAA
AGCTCACTGAGCTATTTCTTGTTTATGTCTCAATAAGCTCTTTGAGCATTCAATCTCTAT
TGTTTTGAGATTGTTATCATGGTATCAGAGCTTCAGTCGGTTCATGGGTTTAACTTGACT
CTTCTACAGCTCCTGCTCAAGCTAACAAGTTCATCTATGTTTTTTTGAAGACCCAAGCAA
AGTGGGTTTGAAGAAATCTCAGTCACGTGACTGTTGTCTTATTTACATAATATCAGAGTC
TCCTTTTCTTGGTGACGACGAGAGGCAGAGACGCCGTAACGGCTAAAGGTGCGACCTTTG
AGTTCGTGAGAGCAACAAGGTCTCAACGAAAATCAAGATGTGAAAGGTAACGCTTATGTC
CTCTCTTTATAGACATACC*ATGGAGTAGCTTACTGCCATAGCTTGAGAAGAACAGCTGT
TTTAGATTTAGAAGTATGGAACCGTGAAGCAGTACGTGGGTTTGGTGTGATATTTATGGG
TTAATAGCTGCAAATTTCTAAAGCGCTCACTAAGTGTTCGGTATATTGCCAAAGAGAAAG
GCATAATGGTAGAAGCAGTTTGTAGTTAGTTTAGTGATTGGTAGCAGAGAGTAAAAAGGA
TTCTTTAGTTGTGGAAGAAGACTCACATTCATTATGAGACAGCTTAGGGGAGTTAAACGA
GGTAAAGAAACCCGGACTCTTCGTGAGATAAATAGGCTACAAAGATAGACCTGAATAGAT
CGCACACTATTGACTGATCTTATGGTGAAGTGAAGAAATTGACTACTTCAAATGAACACT
TCCAGCTCTCGTTCCTTTACCAAGCTGCTGCACTTGAGCTTCCAAACTTAGTTCCGCACC
CTACACTAAGTTTGCAGGGGAGTATTAGAGCACAAGCCCAAACCATTGAAGTCAAGCCCA
AAACCCATGTAGTCTAGGTTTTCTATCAATTGATATAAATAGATGTCTAAGGTCATTGTA
GTAGATAACCAAGGCTGCGGTTTGTGCAGCCAAAACCTTATCTTTATGAATATCATTTCA
GAATCATTTTGTTCTTGAAGACAATCC


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H323TF U 2
AF RR3GT31TF U 1
AF RR3AP31TF U 1
AF RR3E005TF U 1
AF RR3BJ42TF U 2
AF RR3AP31JQ C 360
AF RR3H323JQ C 463
AF RR3E005JQ C 424
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BS 710 714 RR3E005TF
BS 715 718 RR3BJ42TF
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BS 720 769 RR3BJ42TF
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BS 771 815 RR3BJ42TF
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BS 1041 1041 RR3H323JQ
BS 1042 1153 RR3AP31JQ
BS 1154 1167 RR3E005JQ

RD RR3H323TF 542 0 0
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TT

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR3GT31TF 657 0 0
G
GAACCAAGGCTGCAGTTTGTGCAGCCAAAACCTTATCTTTATGAATATCATTTCAGAATC
ATTTTGTTCTTGAAGACAATCCTAAAGCTTTTCCCTTTCTTTATTTTCTTGCACAATAAA
GCTCACTGAGCTATTTCTTGTTTATGTCTCAATAAGCTCTTTGAGCATTCAATCTCTATT
GTTTTGAGATTGTTATCATGGTATCAGAGCTTCAGTCGGTTCATGGGTTTAACTTGACTC
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CCTTTTCTTGGTGACGACGAGAGGCAGAGACGCCGTAACGGCTAAAGGTGCGACCTTTGA
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QA 2 657 2 657
DS 

RD RR3AP31TF 713 0 0
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TCCTTTTCTTGGTGACGACGAGAGGCAGAGACGCCGTAACGGCTAAAGGTGCGACCTTTG
AGTTCGTGAGAGCAACAAGGTCTCAACGAAAATCAAGATGTGAAAGGTAACGCTTATGTC
CTCTCTTTATAGACATACC*ATGGAGTAGCTTACTGCCATAGCTTGAGAAGAACAGCTGT
TTTAGATTTAGAAGTATGGAACCGTGAAGCAGTACGTGGGTTTGGTGTGATATTTATGGG
TTAATAGCTGCAAATTTCTAAAGCGCTCACTAAGTGTTCGGTATATTGCCAAAGAGAAAG
GCATAATGGTAGAAGCAGTTTGTAGTTAGTTTAGTGATTGGTAGCAGAG
GGTA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3E005TF 714 0 0
G
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ATTTTGTTCTTGAAGACAATCCTAAAGCTTTTCCCTTTCTTTATTTTCTTGCACAATAAA
GCTCACTGAGCTATTTCTTGTTTATGTCTCAATAAGCTCTTTGAGCATTCAATCTCTATT
GTTTTGAGATTGTTATCATGGTATCAGAGCTTCAGTCGGTTCATGGGTTTAACTTGACTC
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CCTTTTCTTGGTGACGACGAGAGGCAGAGACGCCGTAACGGCTAAAGGTGCGACCTTTGA
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QA 2 714 2 714
DS 

RD RR3BJ42TF 829 0 0
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ATTTTGTTCTTGAAGACAATCCTAAAGCTTTTCCCTTTCTTTATTTTCTTGCACAATAAA
GCTCACTGAGCTATTTCTTGTTTATGTCTCAATAAGCTCTTTGAGCATTCAATCTCTATT
GTTTTGAGATTGTTATCATGGTATCAGAGCTTCAGTCGGTTCATGGGTTTAACTTGACTC
TTCTACAGCTCCTGCTCAAGCTAACAAGTTCATCTATGTTTTTTTGAAGACCCAAGCAAA
GTGGGTTTGAAGAAATCTCAGTCACGTGACTGTTGTCTTATTTACATAATATCAGAGTCT
CCTTTTCTTGGTGACGACGAGAGGCAGAGACGCCGTAACGGCTAAAGGTGCGACCTTTGA
GTTCGTGAGAGCAACAAGGTCTCAACGAAAATCAAGATGTGAAAGGTAACGCTTATGTCC
TCTCTTTATAGACATACC*ATGGAGTAGCTTACTGCCATAGCTTGAGAAGAACAGCTGTT
TTAGATTTAGAAGTATGGAACCGTGAAGCAGTACGTGGGTTTGGTGTGATATTTATGGGT
TAATAGCTGCAAATTTCTAAAGCGCTCACTAAGTGTTCGGTATATTGCCAAAGAGAAAGG
CATAATGGTAGAAGCAGTTTGTAGTTAGTTTAGTGATTGGTAGCAGAGAGTAAAAAG*AT
TCTTTAGTTGTGGAAGAAGACTCACATTCATTATGAGACAGCTTAGGG*AGTTAAACGAG
GTAAAGAAACCCGGACTCTTCGTGAGATAAATAG*CTACAAAGATAGAC

QA 1 829 1 829
DS 

RD RR3AP31JQ 794 0 0
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GAGTTCGTGAGAGCAACAAGGTCTCAACGAAAATCAAGATGTGAAAGGTAACGCTTATGT
CCTCTCTTTATAGACATACC*ATGGAGTAGCTTACTGCCATAGCTTGAGAAGAACAGCTG
TTTTAGATTTAGAAGTATGGAACCGTGAAGCAGTACGTGGGTTTGGTGTGATATTTATGG
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GGCATAATGGTAGAAGCAGTTTGTAGTTAGTTTAGTGATTGGTAGCAGAGGGTAAAAAGG
ATTCTTTAGTTGTGGAAGAAGACTCACATTCATTATGAGACAGCTTAGGGGAGTTAAACG
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TCGCACACTATTGACTGATCTTATGGTGAAGTGAAGAAATTGACTACTTCAAATGAACAC
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CCTACACTAAGTTTGCAGGGGAGTATTAGAGCACAAGCCCAAACCATTGAAGTCAAGCCC
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AGTAGATAACCAAGGCTGCGGTTTGTGCAGCCAAAACCTTATCTTTATGAATATCATTTC
AGAATCATTTTGTT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3H323JQ 683 0 0
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CTTGAGAAGAACAGCTGTTTTAGATTTAGAAGTATGGAACCGTGAAGCAGTACGTGGGTT
TGGTGTGATATTTATGGGTTAATAGCTGCAAATTTCTAAAGCGCTCACTAAGTGTTCGGT
ATATTGCCAAAGAGAAAGGCATAATTGTAGAAGCAGTTTGTAGTTAGTTTAGTGATTGGT
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CTTAGGGGAGTTAAACGAGGTAAAGAAACCCGGACTCTTCGTGAGATAAATAGGCTACAA
AGATAGACCTGAATAGATCGCACACTATTGACTGATCTTATGGTGAAGTGAAGAAATTGA
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TTTATGAATATCATTTCAGAA
CC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3E005JQ 744 0 0
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TCTTTATAGACATACC*ATGGAGTAGCTTACTGCCATAGCTCGAGAAGAACAGCTGTTTT
AGATTTAGAAGTATGGAACCGTGAAGCAGTACGTGGGTTTGGTGTGATATTTACGGGTTA
ATAGCTGCAAATTTCTAAAGCGCTCACTAAGTGTTCGGTATATTGCCAAAGAGAAAGGCA
TAATGGTAGAAGCAGTTTGTAGTTAGTTTAGTGATTGGTAGCAGAGAGTAAAAAGGATTC
TTTAGTTGTGGAAGAAGACTCACATTCATTATGAGACAGCTTAGGGGAGTTAAACGAGGT
AAAGAAACCCGGACTCTTCGTGAGATAAATAGGCTACAAAGATAGACCTGAATAGATCGC
ACACTATTGACTGATCTTATGGTGAAGTGAAGAAATTGACTACTTCAAATGAACACTTCC
AGCTCTCGTTCCTTTACCAAGCTGCTGCACTTGAGCTTCCAAACTTAGTTCCGCACCCTA
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CCCATGTAGTCTAGGTTTTCTATCAATTGATATAAATAGATGTCTAAGGTCATTGTAGTA
TATAACCAAGGCTGCGGTTTGTGCAGCCAAAACCTTATCTTTATGAATATCATTTCAGAA
TCATTTTGTTCTTGAAGACAATCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 2 8

CO CL609Contig1 730 4 5 U
TTTTTTTAAGAGTAAAAAATGGATCTACTTCACAACACGGTTTGTAGATATATTAAAAAT
TTCCAAGAAAGACAACATAAAATACATGAAAAGTCTCGCTTCATTTTCAAACGAACGAAT
CAAACAAACAAAAAGACTCTCAAAGAAGACATTACATTTTCACGTCAATCAAAAGAAACT
TTGCTTAGTAGTAAGTAGGTTCGGAGGTGTAGAAAAAAGGACCAGCCCAGTAAAGCTTGA
AGCTCTTGTCTTCAAGAACACGGTACTTGCTCAATGACATTCCTCTCACACCTTTGTTCA
CATCGGTCGGGAAGTCGCAGTCAGCGATTGGAGACTTGTAAAGGAAAACTTTGCACTTGG
TCACCGTCCTTCCTGCACGAAGCTGTGAAGGGAATAACGTGGCGAAGAAGTAACCTTTAG
CATCAGTTTTGCTGCTCATTATTGAGATTGGAACTATCTCTTTGCCATATGCGTCTGTCT
TTACACATGCGATTCTTGCCGTAGCACCTTGAATTGGGTAAGATTTGTCACCGGACTTGC
ACATGATGACACCTTCAATCGCGACAGGAATAAATTTTCCGGTCTCGGGGTTGACGTCAC
TGCCGTAATTAGCAACTGAGGATATGATTAGGGATGAGAAGACAACGAGAGAAGCAGCAA
ATGAAAGGCGTGAGAAAGCCATTTCTTTTCAGGGGCTTGCTTTGCTTATGTGTTGGATTG
TAGAAAAAAA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 10 

AF RR3D796JQ U 150
AF RR3BK29TF C 1
AF RR3D796TF C 220
AF RR3BK29JQ U 21
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CT
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TAGAAAAAAA

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A

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 

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G

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RD RR3BI12TF 697 0 0
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QA 1 697 1 697
DS 



AS 2 8

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AGAACAATGATGGCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 5 20 20 20 20 20 20 15 15 10 

AF RR3CU42JQB U 152
AF RR3CU22JQB U 1
AF RR3FT25JQ U 50
AF RR3HA13JQ U 67
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GAAGAGCCATCCATCTACATTGGAGGGAAATCTGAAAGCTTTCCAACGATGTTTTGGTTG
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AGTGAAGTTATGTTATTGAGATCGTCTTTAGAGTACAATGGGAGAAGCCAAAACGCCTTC
TTCTTCCCAAAAACCTGCTCGAAGTTTTTCTTCTTTCCCAAGTCATATTTCCATCTGACA
TCTCCGTTCTTCTCATGAACCTCCACTGAA

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DS 

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CGAGTTTTTGGGGGAGACTGCTCATAGATATCACCTGGGATTAGTTACTTGTACAACAAT
TAATCACGGGTTCTCATATCACTAT*AAGAACATAAAGTAACAAATGAATCATATCCTTT
TAACTATTACAACAAATGTAAGGGGGTTTGAGAAGAGCCATCCATCTACATTGGAGGGAA
ATCTGAGAGCTTTCCAACGATGTTTTGGTTGATTGATTGTTGTTTGAATCAAGGGGCGAC
GTCCGAATGAGTTGGAAACTCAAGGCCTTGAAGTGAAGTTATGTTATTGAGATCGTCTTT
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CTTCTTTCCCAAGTCATATTTCCATCTGACATCTCCGTTCTTCTCATGAACCTCGACTGA
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ATGCTTGATAGCTTGGCTGAAGAATTCAATGAAACTAGGAAGCAGGACTACAACGTCCAA
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AGAACAGTGATGGCAA

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DS 

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GGG
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TATCTTTTTAACTATTACAACAAATGTAATGTGGTTTGAGAAGAGCCATCCATCTACATT
GGAGGGAAATCTGAGAGCTTTCCAACGATGTTTTGGTTGATTGATTGTTGTTTGAATCAA
GGGGCGATGTCCGAATGAGTTGGAAACTCAAGGCCTTGAAGTGAAGTTATGTTATTGAGA
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AAGTTTTTCTTCTTTCCCAAGTCATATTTCCATATGACATCTCCGTTCTTCTCATGAACC
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ACGTCCAACAATGTCTCGAGAAACGTATACAACAGAAAGAGAAGGAAGAACTTGTAGTTA
CGCGCTCCGACACAGTTAACAATCCAAACACAATGATGATCCATCTTGAGAACACATCTT
TGACAGACAGAACAATGATGGCA
G

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DS 

RD RR3HA13JQ 727 0 0
TTTGGG
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TGGAAACTCAAGGCCTTGAAGTGAAGTTATGTTATTGAGATCGTCTTTAGAGTACAACGG
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G

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DS 

RD RR3GM22JQ 715 0 0
GT
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CTCATATCACTATTAAGAACATGAAGTAACAAATGAATCATATCTTTTTAACTATTACAA
CAAATGTAATGTGGTTTGAGAAGAGCCATCCATCTACATTGGAGGGAAATCTGAGAGCCT
TCCAGCGATGTTTTGGTTGATTGATTGTTGTTTGAATCAAGGGGCGATGTCCGAATGAGT
TGGAAACTCAAGGCCTTGAAGTGAAGTTATGTTATTGAGATCGTCTTTAGAGTACAACGG
GAGAAACCAAAACGCCTTCTTCTTCCCAAAAACCTGCTCGAAGTTTTTCTTCTTTCCCAA
GTCATATTTCCATCTGACATCTCCGTTCTTCTCATGAACCTCGACTGAAGTAGTGTTTGT
TGAGATAAGAGAGAGATGCATGACTACGAAACAGAGAAGGCTGAGAACGAACGCTAAGTT
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TTGGCTGAAGAATTCAATGAAACTAGGAAGCAAGACTACAACGTCCAACAATGTCTCGAG
AAACGTATACAACAGAAAGAGAAGGAAGAACTTGTAGTTACGCGCTCCGACACAGTTAAC
AATCCAAACACAATGATGATCCATCTTGAGAACACATCTTTGACAGACAGAAC

QA 3 715 3 715
DS 



CO CL610Contig2 923 3 3 U
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TCCCTTTAACCCGGCTGGAAATGAACCTCTTCCGGTTCTGCTCCGGTCTGAAAGTCCTCG
GCTACTTCATGATCCTTCTCGTCCTCGCCTTCGTCGCCGTATCTTACTACGCCGTCGTCG
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TCTTAATCATCTTGGTCTTCCACTTCTTGTTGATAATGCTGTTGTGGAGCTACTTCACTG
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GTTTGGAGGCTGGCGCTTCGACAGAGGAAGGAGCTTTTGGTTACTGTCCGAAATGCAGGA
ATGTTAAGCCACCTCGCTGCCATCATTGTTCTGTCTGTCAAAGATGTGTTCTCAAGATGG
ATCATCATTGTGTTTGGATTGTTAACTGTGTCGGAGCGCGTAACTACAAGTTCTTCCTTC
TCTTTCTGTTGTATACGTTTCTCGAGACATTGTTGGACGTTGTAGTCTTGCTTCCTAGTT
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TAGTTCTGGCTTTCGTTCTTAACTTAGCGTTCGTTCTCAGCCTTCTCTGTTTCGTAGTCA
TGCATCTCTCTCTTATCTCAACAACACTACTTCAGTCGAGGTCATGAGAAGAACGGAGAT
GTCAGATGGAAATATGACTTGGG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT25TF U 1
AF RR3HA13TF U 1
AF RR3GM22TF U 130
BS 1 374 RR3FT25TF
BS 375 712 RR3HA13TF
BS 713 923 RR3GM22TF

RD RR3FT25TF 374 0 0
GGGAAGTTTACTCCAAATCGGTTAGGACTAACCAACACGACGACGAATAGAATCAATCCA
CCGTCGTCCTCCGAACCAAGCAAACTCCGATCCCTTATTAAAATCCTCTCTCAGCCACCG
TGGCTCCGGATATCTTACGCCGGTTGTTCCCAGCTCGGACCCGAAGACCCACCCCGATTA
TCCCTTTAACCCGGCTGGAAATGAACCTCTTCCGGTTCTGCTCCGGTCTGAAAGTCCTCG
GCTACTTCATGATCCTTCTCGTCCTCGCCTTCGTCGCCGTATCTTACTACGCCGTCGTCG
TCAACACTTGGTGGCCGATCTTAATCGAAAACAACCATAGAGCTCTCTCAGCTCTCGCCT
TCTTAATCATCTTG

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR3HA13TF 712 0 0
GGGAAGTTTACTCCAAATCGGTTAGGACTAACCAACACGACGACGAATAGAATCAATCCA
CCGTCGTCCTCCGAACCAAGCAAACTCCGATCCCTTATTAAAATCCTCTCTCAGCCACCG
TGGCTCCGGATATCTTACGCCGGTTGTTCCCAGCTCGGACCCGAAGACCCACCCCGATTA
TCCCTTTAACCCGGCTGGAAATGAACCTCTTCCGGTTCTGCTCCGGTCTGAAAGTCCTCG
GCTACTTCATGATCCTTCTCGTCCTCGCCTTCGTCGCCGTATCTTACTACGCCGTCGTCG
TCAACACTTGGTGGCCGATCTTAATCGAAAACAACCATAGAGCTCTCTCAGCTCTCGCCT
TCTTAATCATCTTGGTCTTCCACTTCTTGTTGATAATGCTGTTGTGGAGCTACTTCACTG
TAGTGTTTACGGACCCAGGTTCTGTTCCTGAGCATTTCAGAAGAGAGCTTGGTGCTGATA
GTTTGGAGGCTGGCGCTTCGACAGAGGAAGGAGCTTTTGGTTACTGTCCGAAATGCAGGA
ATGTTAAGCCACCTCGCTGCCATCATTGTTCTGTCTGTCAAAGATGTGTTCTCAAGATGG
ATCATCATTGTGTTTGGATTGTTAACTGTGTCGGAGCGCGTAACTACAAGTTCTTCCTTC
TCTTTCTGTTGTATACGTTTCTCGAGACATTGTTGGACGTTGTAGTCTTGCT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3GM22TF 794 0 0
GG
ATCTTACGCCGGTTGTTCCCAGCTCGGACCCGAAGACCCACCCCGATTATCCCTTTAACC
CGGCTGGAAATGAACCTCTTCCGGTTCTGCTCCGGTCTGAAAGTCCTCGGCTACTTCATG
ATCCTTCTCGTCCTCGCCTTCGTCGCCGTATCTTACTACGCCGTCGTCGTCAACACTTGG
TGGCCGATCTTAATCGAAAACAACCATAGAGCTCTCTCAGCTCTCGCCTTCTTAATCATC
TTGGTCTTCCACTTCTTGTTGATAATGCTGTTGTGGAGCTACTTCACTGTAGTGTTTACG
GACCCAGGTTCTGTTCCTGAGCATTTCAGAAGAGAGCTTGGTGCTGATAGTTTGGAGGCT
GGTGCTTCGACAGAGGAAGGAGCTTTTGGTTACTGTCCGAAATGCAGGAATGTTAAGCCA
CCTCGCTGCCATCATTGTTCTGTCTGTCAAAGATGTGTTCTCAAGATGGATCATCATTGT
GTTTGGATTGTTAACTGTGTCGGAGCGCGTAACTACAAGTTCTTCCTTCTCTTTCTGTTG
TATACGTTTCTCGAGACATTGTTGGACGTTGTAGTCTTGCTTCCTAGTTTCATTGAATTC
TTCAGCCAAGCTATCAAGCATTCCTCTTCTCCGGGTCAACTAGCATCCTTAGTTCTGGCT
TTCGTTCTTAACTTAGCGTTCGTTCTCAGCCTTCTCTGTTTCGTAGTCATGCATCTCTCT
CTTATCTCAACAACACTACTTCAGTCGAGGTCATGAGAAGAACGGAGATGTCAGATGGAA
ATATGACTTGGG

QA 3 794 3 794
DS 



AS 1 7

CO CL611Contig1 1241 7 12 U
GGAAAAGGGAAATCAGATTAACCGGGCATAAGAATGACTAGAAACCTGAGAATTTTATCG
ATCAAACTCGCAAAAGTTTCAAATTCGCATCGCCAACAAATTAAATAAGTATCACTGTCC
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TGAGTTCAGTCGAGCATGAAGTTAACATGTGAGCTCACAGCAGCACCAGCCCAAGCTCTG
ATGGCTTTAAAGCGCTTCTTAGACGATAATTGTAGAGATAATAGTGAAGCTGCCCATCTC
CTGGCCCAAACTTCAGCTCTTTGAGGAAACTCTCATTGTGCATAACATCCAATGCATTGA
ATACATCAAAACCCTTCTGTTTGGCGACTATTAGAGCATCACTCATCAGCTGAAGAAAAG
TCATCTTTGTTGCCACATTGTAGTATGAATAAGCAGCTTTCAGTGTTGAATAGTTGGGGT
TGCCGAGAATTGTTGAAGGAAGAGTGTAGAAGCTGCAGAAATCAGTAACATCATGGGTCT
CCGGGCTTTCTACAAGGTAACTGTCCACAACATCCTCCCTTGGGAGAAGCCAGTGCTCAA
CATCATTCTCATCAAAATCTGTAGCAACAACAAACTGACTAAGATAATTCCTGAGCAACC
GTGTCACAGCAGGGACATCACAGGGCTCCATTTTCCTAAATCCAGGAGTAGCTGGTACAT
CTGGTAACTTGTACAGCTTGATGGTTCTGCTCATTGTCATTCTTGCACCAAGCCTTGAAA
ATCCGACATCAATGAGCTTCTTCGGGTTCAAGGTCCTGTGCCAATACTGGCAAGTCGCAA
CCGGCGTCGGAAGCACAACCCCTGCAGTGTAAGCTGCTTGCCATATATTCTCCAAATGAA
CCCTCCTCGTAACCTCCTTAATCATGACAGGTGCAAGCCTCTTCGACCTAAGCTTCTTGT
GAACGCACAAGAAATTGATCTCCGCCATCTTCACAACATCGTCACGCACCCTGATCCTAG
CTGGCACACCACTGATAAACGCCACGAGTTTCTTTGACACCTTGGCACGAACTCATATAT
GCCAACTCTGATAGTAACAGGCGGACGCAGAGCCCAACTCAGAAACTCCTTAGAGTAATT
GAACCTGAACATGTTCTCATCATCCTCGACATAGTTGTTCTTCAGAAGGTTGTAAACCTC
CGAGCAAACGTAATCACTTCATATCACACGTGGTCCATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AU52JQ U 63
AF RR3AU52TF C 63
AF RR3EB89JQ U 1
AF RR3G772JQ U 36
AF RR3CI39JQ U 36
AF RR3EB89TF C 468
AF RR3CI39TF C 583
BS 1 90 RR3EB89JQ
BS 91 91 RR3AU52JQ
BS 92 139 RR3EB89JQ
BS 140 140 RR3AU52JQ
BS 141 286 RR3EB89JQ
BS 287 287 RR3CI39JQ
BS 288 650 RR3EB89JQ
BS 651 808 RR3CI39JQ
BS 809 1074 RR3EB89TF
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BS 1076 1083 RR3EB89TF
BS 1084 1241 RR3CI39TF

RD RR3AU52JQ 517 0 0
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GGCTTTAAAGCGCTTCTTAGACGATAATTGTAGAGATAATAGTGAAGCTGCCCATCTCCT
GGCCCAAACTTCAGCTCTTTGAGGAAACTCTCATTGTGCATAACATCCAATGCATTGAAT
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GGGCTTTCTACAAGGTAACTGTCCACAACATCCTCCC

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR3AU52TF 517 0 0
CAAACTCGCAAAAGTTTCAAATTCGCATCGCCAACAAATTAAATAAGTATCACTGTCCCA
TACGGAAGGAGTTCAGAGAAAGAAAAAAAGAAAGGAAAAAGAAACCCAAAACTCCAGCTG
AGTTCAGTCGAGCATGAAGTTAACATGTGAGCTCACAGCAGCACCAGCCCAAGCTCTGAT
GGCTTTAAAGCGCTTCTTAGACGATAATTGTAGAGATAATAGTGAAGCTGCCCATCTCCT
GGCCCAAACTTCAGCTCTTTGAGGAAACTCTCATTGTGCATAACATCCAATGCATTGAAT
ACATCAAAACCCTTCTGTTTGGCGACTATTAGAGCATCACTCATCAGCTGAAGAAAAGTC
ATCTTTGTTGCCACATTGTAGTATGAATAAGCAGCTTTCAGTGTTGAATAGTTGGG*TTG
CCGAGAATTGTTGAAGGAAGAGTGTAGAAGCTGCAGAAATCAGTAACATCATGGGTCTCC
GGGCTTTCTACAAGGTAACTGTCCACAACATCCTCCC

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR3EB89JQ 650 0 0
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ATCAAACTCGCAAAAGTTTCAAATTCGCATTGCCAACAAATTAAATAAGTATCACTGTCC
CATACGGAAGGAGTTCAGAAAAAGAAAAAAAGAAAGGAAAAAGAAACCCAAAACTCCAGC
TGAGTTCAGTCGAGCATGAAGTTAACATGTGAGCTCACAGCAGCACCAGCCCAAGCTCTG
ATGGCTTTAAAGCGCTTCTTAGACGATAATTGTAGAGATAATAGTGGAGCTGCCCATCTC
CTGGCCCAAACTTCAGCTCTTTGAGGAAACTCTCATTGTGCATAACATCCAATGCATTGA
ATACATCAAAACCCTTCTGTTTGGCGACTATTAGAGCATCACTCATCAGCTGAAGAAAAG
TCATCTTTGTTGCCACATTGTAGTATGAATAAGCAGCTTTCAGTGTTGAATAGTTGGGGT
TGCCGAGAATTGTTGAAGGAAGAGTGTAGAAGCTGCAGAAATCAGTAACATCATGGGTCT
CCGGGCTTTCTACAAGGTAACTGTCCACAACATCCTCCCTTGGGAGAAGCCAGTGCTCAA
CATCATTCTCATCAAAATCTGTAGCAACAACAAACTGACTAAGATAATTC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3G772JQ 633 0 0
G
ACTAGAAACCTGAGAATTTTATCGATCAAACTCGCAAAAGTTTCAAATTCGCATTGCCAA
CAAATTAAATAAGTATCACTGTCCCATACGGAAGGAGTTCAGAGAAAGAAAAAAAGAAAG
GAAAAAGGAACCCAAAACTCCAGCTGAGTTCAGTCGAGCATGAAGTTAACATGTGAGCTC
ACAGCAGCACCAGCCCAAGCTCTGATGGCTTTAAAGCGCTTCTTAGACGATAATTGTAGA
GATAATAGTGAAGCTGCCCATCTCCTGGCCCAAACTTCAGCTCTTTGAGGAAACTCTCAT
TGTGCATAACATCCAATGCATTGAATATATCAAAACCCTTCTGTTTGGCGACTATTAGAG
CATCACTCATCAGCTGAAGAAAAGTCATCTTTGTTGCCACATTGTAGTATGAATAAGTAG
CTTTCAGTGTTGAATAGTTGGGGTTGCCGAGAATTGTTGAAGGAAGAGTGTAGAAGCTGC
AGAAATCAGTAACATCATGGGTCTCCGGGCTTTCTACAAGGTAACTGTCCACAACATCCT
CCCTTGGGAGAAGCCAGTGCTCAACATCATTCTCATCAAAATCTGTAGCAACAACAAACT
GACTAAGATAATTCCTGAGCAACCGAGTCACA

QA 2 633 2 633
DS 

RD RR3CI39JQ 773 0 0
A
ACTAGAAACCTGAGAATTTTATCGATCAAACTCGCAAAAGTTTCAAATTCGCATTGCCAA
CAAATTAAATAAGTATCACTGTCACATACGGAAGGAGTTCAGAAAAAGAAAAAAAGAAAG
GAAAAAGAAACCCAAAACTCCAGCTGAGTTCAGTCGAGCATGAAGTTAACATGTGAGCTC
ACAGCAGCACCAGCCCAAGCTCTGATGGCTTTAAAGCGCTTCTTAGACGATAATTGTAGA
GATAATAGTGAAGCTGCCCATCTCCTGGCCCAAACTTCAGCTCTTTGAGGAAACTCTCAT
TGTGCATAACATCCAATGCATTGAATACATCAAAACCCTTCTGTTTGGCGACTATTAGAG
CATCACTCATCAGCTGAAGAAAAGTCATCTTTGTTGCCACATTGTAGTATGAATAAGCAG
CTTTCAGTGTTGAATAGTTGGGGTTGCCGAGAATTGTTGAAGGAAGAGTGTAGAAGCTGC
AGAAATCAGTAACATCATGGGTCTCCGGGCTTTCTACAAGGTAACTGTCCACAACATCCT
CCCTTGGGAGAAGCCAGTGCTCAACATCATTCTCATCAAAATCTGTAGCAACAACAAACT
GACTAAGATAATTCCTGAGCAACCGTGTCACAGCAGGGACATCACAGGGCTCCATTTTCC
TAAATCCAGGAGTAGCTGGTACATCTGGTAACTTGTACAGCTTGATGGTTCTGCTCATTG
TCATTCTTGCACCAAGCCTTGAAAATCCGACATCAATGAGCTTCTTCGGGTT

QA 2 773 2 773
DS 

RD RR3EB89TF 617 0 0
GAATAGTTGGGGTTGCCGAGAATTGTTGAAGGAAGAGTGTAGAAGCTGCAGAAATCAGTA
ACATCATGGGTCTCCGGGCTTTCTACAAGGTAACTGTCCACAACATCCTCCCTTGGGAGA
AGCCAGTGCTCAACATCATTCTCATCAAAATCTGTAGCAACAACAAACTGACTAAGATAA
TTCCTGAGCAACCGTGTCACAGCAGGGACATCACAGGGCTCCATTTTCCTAAATCCAGGA
GTAGCTGGTACATCTGGTAACTTGTACAGCTTGATGGTTCTGCCCATTGTCATTCTTGCA
CCAAGCCTTGAAAATCCGGCATCAATGAGCTTCTTCGGGTTCAAGGTCCTGTGCCAATAC
TGGCAAGTCGCAACCGGCGTCGGAAGCACAACCCCTGCAGTGTAAGCTGCTTGCCATATA
TTCTCCAAATGAACCCTCCTCGTAACCTCCTTAATCATGACAGGTGCAAGCCTCTTCGAC
CTAAGCTTCTTGTGAACGCACAAGAAATTGATCTCCGCCATCTTCACAACATCGTCACGC
ACCCTGATCCTAGCTGGCACACCACTGATAAACGCCACGAGTTTCTTTGACACCTTGGCA
CGAACTCCTATATGCC
C

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3CI39TF 659 0 0
GGAGAAGCCAGTGCTCAACATCATTCTCATCAAAATCTGTAGCAACAACAAACTGACTAA
GATAATTCGTGAGCAACCGTGTCACAGCAGGGACATCACAGGGCTCCATTTTCCTAAATC
CAGGAGTAGCTGGTACATCTGGTAACTTGTACAGCTTGATGGTTCTGCTCATTGTCATTC
TTGCACCAAGCCTTGAAAATCCGACATCAATGAGCTTCTTCGGGTTCAAGGTCCTGTGCC
AATACTGGCAGGTCGCAACCGGCGTCGGAAGCACAACCCCTGCAGTGTAAGCTGCTTGCC
ATATATTCTCCAAATGAACCCTCCTCGTAACCTCCTTAATCATGACAGGTGCAAGCCTCT
TCGACCTAAGCTTCTTGTGAACGCACAAGAAATTGATCTCCGCCATCTTCACAACATCGT
CACGCACCCTGATCCTAGCTGGCACACCACTGATAAACGCCACGAGTTTCTTTGACACCT
TGGCACGAACTCATATATGCCAACTCTGATAGTAACAGGCGGACGCAGAGCCCAACTCAG
AAACTCCTTAGAGTAATTGAACCTGAACATGTTCTCATCATCCTCGACATAGTTGTTCTT
CAGAAGGTTGTAAACCTCCGAGCAAACGTAATCACTTCATATCACACGTGGTCCATTCC

QA 1 659 1 659
DS 



AS 2 7

CO CL612Contig1 777 2 6 U
GGAGAATCCCCACGACGACGACGACGATGGCTTCTCTCGCGACTTCCATTGCCGGAGCTG
GAACCTCCAAGATTCTCGTTTCATCATCTTCAAAGAGAATTGGGTTTCCCAACTCGAGAG
TCTTCTTCCTTTTCGCTAGACCGATCTCTAAAAGTGGGATCTTTCCCCGATCGGCGATAC
ACGCTTCGAGCCAAGAGGAAACAAAGGCTTCACCTTTCGCGTCCGTTGCGTCACCACCGG
GTCTATACTCTGCTCAGACTTTCGATTTGACTCCTCAAAACGTCGACTTGGTCCTCGAAG
ATGTCAGGCCATTCCTTATCTCTGATGGTGGGAACGTCGACGTTGTCTCTGTTGAAGACG
GCGTCGTTTCTCTCAAACTCCAAGGAGCATGTACTAGCTGTCCGAGTTCTTCAACAACCA
TGGCGATGGGAATCGAAAGGGTACTCAAAGAGAAGTTTGGAGATGCTTTGAAAGATATTC
GACAAGTTTTTGATGAAGAAGTTAAGCATATAACCGTGGAGGCAGTGAATGCTCATCTTG
ATATACTGAGACCAGCGATCAAGAACTATGGTGGAAGCGTGGAAGTTTTATCAGTTGAAG
GTGAAGACTGTGTTGTCAGGTACGTTGGACCTGAATCGATTGGAATGGGAATTAAAGCAG
CGATTAAAGAAAAGTTCAAGGACATATCTAATGTTACCTTTACAAGCTAGAAACTGTATA
TGTAAAAAAAAACACAAAGTTGCTCTTTGTTTAGGCTTATTTCATTTTGTAATGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO17TF U 1
AF RR3EO17JQ C 62
BS 1 600 RR3EO17TF
BS 601 601 RR3EO17JQ
BS 602 619 RR3EO17TF
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BS 621 640 RR3EO17TF
BS 641 777 RR3EO17JQ

RD RR3EO17TF 640 0 0
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GAACCTCCAAGATTCTCGTTTCATCATCTTCAAAGAGAATTGGGTTTCCCAACTCGAGAG
TCTTCTTCCTTTTCGCTAGACCGATCTCTAAAAGTGGGATCTTTCCCCGATCGGCGATAC
ACGCTTCGAGCCAAGAGGAAACAAAGGCTTCACCTTTCGCGTCCGTTGCGTCACCACCGG
GTCTATACTCTGCTCAGACTTTCGATTTGACTCCTCAAAACGTCGACTTGGTCCTCGAAG
ATGTCAGGCCATTCCTTATCTCTGATGGTGGGAACGTCGACGTTGTCTCTGTTGAAGACG
GCGTCGTTTCTCTCAAACTCCAAGGAGCATGTACTAGCTGTCCGAGTTCTTCAACAACCA
TGGCGATGGGAATCGAAAGGGTACTCAAAGAGAAGTTTGGAGATGCTTTGAAAGATATTC
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ATATACTGAGACCAGCGATCAAGAACTATGGTGGAAGCGTGGAAGTTTTATCAGTTGAAG
*TGAAGACTGTGTTGTCAG*TACGTTGGACCTGAATCGAT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3EO17JQ 716 0 0
AACCTCCAAGATTCTCGTTTCATCATCTTCAAAGAGAATTGGGTTTCCCAACTCGAGAGT
CTTCTTCCTTTTCGCTAGACCGATCTCTAAAAGTGGGATCTTTCCCCGATCGGCGATACA
CGCTTCGAGCCAAGAGGAAACAAAGGCTTCACCTTTCGCGTCCGTTGCGTCACCACCGGG
TCTATACTCTGCTCAGACTTTCGATTTGACTCCTCAAAACGTCGACTTGGTCCTCGAAGA
TGTCAGGCCATTCCTTATCTCTGATGGTGGGAACGTCGACGTTGTCTCTGTTGAAGACGG
CGTCGTTTCTCTCAAACTCCAAGGAGCATGTACTAGCTGTCCGAGTTCTTCAACAACCAT
GGCGATGGGAATCGAAAGGGTACTCAAAGAGAAGTTTGGAGATGCTTTGAAAGATATTCG
ACAAGTTTTTGATGAAGAAGTTAAGCATATAACCGTGGAGGCAGTGAATGCTCATCTTGA
TATACTGAGACCAGCGATCAAGAACTATGGTGGAAGCGTGGAAGTTTTATCAGTTGAAGG
TGAAGACTGTGTTGTCAGGTACGTTGGACCTGAATCGATTGGAATGGGAATTAAAGCAGC
GATTAAAGAAAAGTTCAAGGACATATCTAATGTTACCTTTACAAGCTAGAAACTGTATAT
GTAAAAAAAAACACAAAGTTGCTCTTTGTTTAGGCTTATTTCATTTTGTAATGTCG

QA 1 716 1 716
DS 



CO CL612Contig2 921 5 8 U
ATAAAACAGTGTTCTATTTATTTTCTGGTGAAGAGATTGGTGACTTGGAGAACAACTTGC
TTCTTTGTCTACACACTGTTCTTGATCAACTTTGCAAGATAGCTCTAAGAGATTACAAAA
TGAAATAAGCTCAAACAAAGAGCAACTTTGTGTTTTTTTACATATACAGTTTCTAGCTTG
TAAAGGTAACATTAGATATGTCCTTGAACTTTTCTTTAATCGCTGCTTTAATTCCCATTC
CAATCGATTCAGGTCCAACGTACTTCACAACACAGTCTTCCCCTTCAACTGATAAAACTT
CCACACTTCCTCCGTAGTTCTTGATCGCTGGTCTCAGTATATCAAGATGAGCATTCACTG
CCTCCACGGTTATATGCTTAACTTCTTCATCAAAAACTTGTCGAATATCTTTCAACGCAT
CTCCAAACTTCTCTTTGAGTACCCTTTCGATTCCCATCGTCATGGTTGTTGAAGAACTCG
GACAGCTAGTACATGCTCCTTGGAGTTTGAGAGAAACGACGCCGTCTTCAACGGAGACAA
CGTCGACGTTCCCACCGTCGGAGATGAGGAACGGCCTGACATCTTCGAGGACCAAGTCGA
CATTTTGAGGAGTCAAATCGAAAGTCTGAGCTGAGTATAGACCCGGTGGTGACGCAACGG
ATGCGAAAGGTGAAGACTTTGCTTCCTCTTGGCTCGAAGCATGTATCGCCAATCGGGGAA
AGATCCCAGCTTTAGAGATCGGTCTAGCGAAAAGGAAGAAGACTCTCGAGTTTGGAAACC
CAATTCTCTTTGAAGATGATGAAACGAGAATCTTGGAGGTTCCAGCTCCGGCAATGGAAG
TCGCGAGAGAAGCCATCGTCGTCGTCGTCGTGGGGATTCTACTGATTAGTTTCGTGTTTC
TGTGGCCACGAAAATAAATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F592JQ U 1
AF RR3CM64JQ U 42
AF RR3BF29JQ U 47
AF RR3BF29TF C 88
AF RR3F592TF C 286
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ATAAAACAGTGTTCTATTTATTTTCTGGTGAAGAGATTGGTGACTTGGAGAACAACTTGC
TTCTTTGTCTACACACTGTTCTTGATCAACTTTGCAAGATAGCTCTAAGAGATTACAAAA
TGAAATAAGCTCAAACAAAGAGCAACTTTGTGTTTTTTTACATATACAGTTTCTAGCTTG
TAAAGGTAACATTAGATATGTCCTTGAACTTTTCTTTAATCGCTGCTTTAATTCCCATTC
CAATCGATTCAGGTCCAACGTACTTCACAACACAGTCTTCCCCTTCAACTGATAAAACTT
CCACACTTCCTCCGTAGTTCTTGATCGCTGGTCTCAGTATATCAAGATGAGCATTCACTG
CCTCCACGGTTATATGCTTAACTTCTTCATCAAAAACTTGTCGAATATCTTTCAACGCAT
CTCCAAACTTCTCTTTGAGTACCCTTTCGATTCCCATCGTCATGGTTGTTGAAGAACTCG
GACAGCTAGTACATGCTCCTTGGAGTTTGAGAGAAACGACGCCGTCTTCAACGGAGACAA
CGTCGACGTTCCCACCGTCGGAGATGAGGAACGGCCTGACATCTTCGAGGACCAAGTCGA
CATTTTGAGGAGTCAAATCGAAAGTCTGAGCTGAGTATAGACCCGGTGGTGACGCAACGG
ATGCGAAAGGTGAAGACTTTGCTTCCTCTTGGCTCGAAGCATGTATCACCAATCGGGGAA
AGATCCCAGCTTTAGAGATCGGTCT

QA 1 745 1 745
DS 

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GGCTT
GGAGAACAACTTGCTTCTTTGTCTACACACTGTTCTTGATCAACTTTGCAAGATAGCTCT
AAGAGATTACAAAATGAAATAAGCTCAAACAAAGAGCAACTTTGTGTTTTTTTACATATA
CAGTTTCTAGCTTGTAAAGGTAACATTAGATATGTCCTTGAACTTTTCTTTAATCGCTGC
TTTAATTCCCATTCCAATCGATTCAGGTCCAACGTACTTCACAACACAGTCTTCCCCTTC
AACTGATAAAACTTCCACACTTCCTCCGTAGTTCTTGATCGCTGGTCTCAGTATATCAAG
ATGAGCATTCACTGCCTCCACGGTTATATGCTTAACTTCTTCATCAAAAACTTGTCGAAT
ATCTTTCAACGCATCTCCAAACTTCTCTTTGAGTACCCTTTCGATTCCCATCGTCATGGT
TGTTGAAGAACTCGGACAGATAGTACATGCTCCTTGGAGTTTGAGAGAAACGACGCCGTC
TTCAACAGAGACAACGTCGACGTTCCCACCATCAGAGATAAGGAACGGCCTGACATCTTC
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TGGTGACGCAACGGACGCGAAAGGTGAAGCCTTTGTTTCCTCTTGGCTCGAAGCGTGTAT
CGCCGATCGGGGAAAGATCCCACTTTTAGAGATCGGTCTAGC

QA 6 707 6 707
DS 

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GGAGAACAACTTGCTTCTTTGTCTACACACTGCTCTTGATCAACTTTGCAAGATAGCTCT
AAGAGATTACAAAATGAAATAAGCTCAAACAAAGAGCAACTTTGTGTTTTTTTACATATA
CAGTTTCTAGCTTGTAAAGGTAACATTAGATATGTCCTTGAACTTTTCTTTAATCGCTGC
TTTAATTCCCATTCCAATCGATTCAGGTCCAACGTACTTCACAACACAGTCTTCCCCTTC
AACTGATAAAACTTCCACACTTCCTCCGTAGTTCTTGATCGCTGGTCTCAGTATATCAAG
ATGAGCATTCACTGCCTCCACGGTTATATGCTTAACTTCTTCATCAAAAACTTGTCGAAT
ATCTTTCAACGCATCTCCAAACTTCTCTTTGAGTACCCTTTCGATTCCCATCGTCATGGT
TGTTGAAGAACTCGGACAGCTAGTACATGCTCCTTGGAGTTTGAGAGAAACGACGCCGTC
TTCAACGGAGACAACGTCGACGTTCCCACCGTCGGAGATGAGGAACGGCCTGACATCTTC
GAGGACCAAGTCGACATTTTGAGGAGTCAAATCGAAAGTCTGAGCTGAGTATAGACCCGG
TGGTGACGCAACGGATGCGAAAGGTGAAGACTTTGCTTCCTCTTGGCTCGAAGCATGTAT
CGCCAATCGGGGAAAGATCCCAGCTTTAGAGATCGGTCTAGCGAAAAGGAAGAAGACTCT
CGAGTTTGGAAACCCAATTCTCTTTGAAGATGATGAAACGAGAATCT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3BF29TF 834 0 0
TCAC
TTGCAAGATAGCTCTAAGAGATTACAAAATGAAATAAGCTCAAACAAAGAGCAACTTTGT
GTTTTTTTACATATACAGTTTCTAGCTTGTAAAGGTAACATTAGATATGTCCTTGAACTT
TTCTTTAATCGCTGCTTTAATTCCCATTCCAATCGATTCAGGTCCAACGTACTTCACAAC
ACAGTCTTCCCCTTCAACTGATAAAACTTCCACACTTCCTCCGTAGTTCTTGATCGCTGG
TCTCAGTATATCAAGATGAGCATTCACTGCCTCCACGGTTATATGCTTAACTTCTTCATC
AAAAACTTGTCGAATATCTTTCAACGCATCTCCAAACTTCTCTTTGAGTACCCTTTCGAT
TCCCATCGTCATGGTTGTTGAAGAACTCGGACAGCTAGTACATGCTCCTTGGAGTTTGAG
AGAAACGACGCCGTCTTCAACGGAGACAACGTCGACGTTCCCACCGTCGGAGATGAGGAA
CGGCCTGACATCTTCGAGGACCAAGTCGACATTTTGAGGAGTCAAATCGAAAGTCTGAGC
TGAGTATAGACCCGGTGGTGACGCAACGGATGCGAAAGGTGAAGACTTTGCTTCCTCTTG
GCTCGAAGCATGTATCGCCAATCGGGGAAAGATCCCAGCTTTAGAGATCGGTCTAGCGAA
AAGGAAGAAGACTCTCGAGTTTGGAAACCCAATTCTCTTTGAAGATGATGAAACGAGAAT
CTTGGAGGTTCCAGCTCCGGCAATGGAAGTCGCGAGAGAAGCCATCGTCGTCGTCGTCGT
GGGGATTCTACTGATTAGTTTTGTGTTTCTGTGGCCACGAAAATAAATAT

QA 5 834 5 834
DS 

RD RR3F592TF 625 0 0
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GATGAGCATTCACTGCCTCCACGGTTATATGCTTAACTTCTTCATCAAAAACTTGTCGAA
TATCTTTCAACGCATCTCCAAACTTCTCTTTGAGTACCCTTTCGATTCCCATCGTCATGG
TTGTTGAAGAACTCGGACAGCTAGTACATGCTCCTTGGAGTTTGAGAGAAACGACGCCGT
CTTCAACGGAGACAACGTCGACGTTCCCACCGTCGGAGATGAGGAACGGCCTGACATCTT
CGAGGACCAAGTCGACATTTTGAGGAGTCAAATCGAAAGTCTGAGCTGAGTATAGACCCG
GTGGTGACGCAACGGATGCGAAAGGTGAAGACTTTGCTTCCTCTTGGCTCGAAGCATGTA
TCACCAATCGGGGAAAGATCCCAGCTTTAGAGATCGGTCTAGCGAAAAGGAAGAAGACTC
TCGAGTTTGGAAACCCAATTCTCTTTGAAGATGATGAAACGAGAATCTTGGAGGTTCCAG
CTCCGGCAATGGAAGTCGCGAGAGAAGCCATCGTCGTCGTCGTCGTGGGGATTCTACTGA
TTAGTTTCGTGTTTCTGTGGCCACG

QA 1 625 1 625
DS 



AS 2 8

CO CL613Contig1 1014 6 22 U
GGGGCTGTTTCTTTAGTAGACCAAGAAAGAGAAAAAAAGAGTTTCAAAGAAAAATGGATC
CGAGCATGATGGCTGGACTCGATGGTCTTGGTGCAGAAGACCAAGCGAAAATGGCCTCCA
TGATCGATCAGCTTCAGCTACGTGATAGTTTGAGGATGTACAATTCGCTGGTGGAGAGGT
GTTTCGTGGACTGTGTAGATTCGTTTACGCGCAAGACTCTGCAGAAACAAGAGGAGACTT
GTGTCTTACGGTGCGCCGAGAAGTTCCTCAAGCACACGATGCGTGTAGGTCAGCGTTTTG
GTGAGCTCAATCAGAACGCACCAACTCAAGACTGAAGTCTCTCTACTTGTGTTGGTTTTG
TTTTTTTTTT*AGTCCGGTTTATGTGTTGGATCCCTGAATAAACCGGTTTTTTAGTGGTT
CAGACAACTGCTCAATACTCTGTTCTTTGAGAATGATACTCGTGTATTTTGAAGTTATTT
TGCGTCTGATTTTTAATATTGGATATGATTTGTATTTCAGAAGGGTCTATGAATAATCAT
TTCATATCGGTATTCTAGTGACCAAACAATTGGATTATGTTGGCTTTTGTTTGTACTATG
TTTGTCTTTCACTTGTTTGCTTTTGGGTCCTTCTCGTTGCTTGGAATTGGTGGTTGCTGT
GACTTTGAGCGGGTTTGATGCTACTGTCTCTCTCTCTCTGGTTTTGTGCCATGGTTCTGC
ATTCTTCGTTGAGACTGGAGGGCTGTTCTTCTTGGGGATAAATAATTTTAGTCTCGTTGA
TGGGCTCGGCATTTCTTCAGTACCGTCTCTGCTTGCGCTTCTTCATGTGGAGTCATTCCT
AATGATGCTGGTTATGGCGAGTTCTTTAGTGCGTACGCTATCTTCTTGGGGTTGGGTATC
TGCTTCCTGCACTTGTCTTTGTCTTTATATATATACGTAGTATCCCTTAAGTTCTTCTAG
TAGTCTTGTTGTTTAATCTCGAGTTTAGTGTTGTCTTTTGGTAATTTTTTTTTA


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ04JQ C 1
AF RR3CC61JQ C 14
AF RR3CC61TF U 14
AF RR3CZ04TF U 1
AF RR3CK45TF U 2
AF RR3CK45JQ C 185
BS 1 1 RR3CZ04JQ
BS 2 15 RR3CZ04TF
BS 16 306 RR3CC61TF
BS 307 307 RR3CZ04TF
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BS 372 512 RR3CC61TF
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BS 554 554 RR3CK45TF
BS 555 563 RR3CZ04TF
BS 564 704 RR3CK45TF
BS 705 705 RR3CK45JQ
BS 706 741 RR3CK45TF
BS 742 742 RR3CK45JQ
BS 743 756 RR3CK45TF
BS 757 757 RR3CK45JQ
BS 758 761 RR3CK45TF
BS 762 762 RR3CK45JQ
BS 763 768 RR3CK45TF
BS 769 769 RR3CK45JQ
BS 770 786 RR3CK45TF
BS 787 1014 RR3CK45JQ

RD RR3CZ04JQ 518 0 0
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GTTTCGTGGACTGTGTAGATTCGTTTACGCGCAAGACTCTGCAGAAACAAGAGGAGACTT
GTGTCTTACGGTGCGCCGAGAAGTTCCTCAAGCACACGATGCGTGTAGGTCAGCGTTTTG
GTGAGCTCAATCAGAACGCACCAACTCAAGACTGAAGTCTCTCTACTTGTGTTGGTTTTG
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TGCGTCTGATTTTTAATATTGGATATGATTTGTATTTC

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR3CC61JQ 500 0 0
GG
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ACGCACCAACTCAAGACTGAAGTCTCTCTACTTGTGTTGGTTTTGTTTTTTTTTTTAGTC
CGGTTTATGTGTTGGATCCCTGAATAAACCGGTTTTTTAGTGGTTCAGACAACTGCTCAA
TACTCTGTTCTTTGAGAATGATACTCGTGTATTTTGAAGTTATTTTGCGTCTGATTTTTA
ATATTGGATATGATTTG
C

QA 3 499 3 499
DS 

RD RR3CC61TF 500 0 0
GG
GTAGACCAAGAAAGAGAAAAAAAGAGTTTCAAAGAAAAATGGATCCGAGCATGATGGCTG
GACTCGATGGTCTTGGTGCAGAAGACCAAGCGAAAATGGCCTCCATGATCGATCAGCTTC
AGCTACGTGATAGTTTGAGGATGTACAATTCGCTGGTGGAGAGGTGTTTCGTGGACTGTG
TAGATTCGTTTACGCGCAAGACTCTGCAGAAACAAGAGGAGACTTGTGTCTTACGGTGCG
CCGAGAAGTTCCTCAAGCACACGATGCGTGTAGGTCAGCGTTTTGGTGAGCCCAATCAGA
ACGCACCAACTCAAGACTGAAGTCTCTCTACTTGTGTTGGTTTTGTTTTTTTTTTTAGTC
CGGTTTATGTGTTGGATCCCTGAATAAACCGGTTTTTTAGTGGTTCAGACAACTGCTCAA
TACTCTGTTCTTTGAGAATGATACTCGTGTATTTTGAAGTTATTTTGCGTCTGATTTTTA
ATATTGGATATGATTTG
C

QA 3 499 3 499
DS 

RD RR3CZ04TF 563 0 0
G
GGGCTGTTTCTTTAGTAGACCAAGAAAGAGAAAAAAAGAGTTTCAAAGAAAAATGGATCC
GAGCATGATGGCTGGACTCGATGGTCTTGGTGCAGAAGACCAAGCGAAAATGGCCTCCAT
GATCGATCAGCTTCAGCTACGTGATAGTTTGAGGATGTACAATTCGCTGGTGGAGAGGTG
TTTCGTGGACTGTGTAGATTCGTTTACGCGCAAGACTCTGCAGAAACAAGAGGAGACTTG
TGTCTTACGGTGCGCCGAGAAGTTCCTCAAGCACACGATGCGTGTAGGTCAGCGTTTTGG
TGAGCTCAATCAGAACGCACCAACTCAAGACTGAAGTCTCTCTACTTGTGTTGGTTTTGT
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AGACAACTGCTCAATACTCTGTTCTTTGAGAATGATACTCGTGTATTTTGAAGTTATTTT
GCGTCTGATTTTTAATATTGGATATGATTTGTATTTCAGAAGGGTCTATGAATAATCATT
TCATATCGGTATCCTAGTGACC

QA 2 563 2 563
DS 

RD RR3CK45TF 785 0 0
GGGCTGTTTCTTTAGTAGACCAAGAAAGAGAAAAAAAGAGTTTCAAAGAAAAATGGATCC
GAGCATGATGGCTGGACTCGATGGTCTTGGTGCAGAAGACCAAGCGAAAATGGCCTCCAT
GATCGATCAGCTTCAGCTACGTGATAGTTTGAGGATGTACAATTCGCTGGTGGAGAGGTG
TTTCGTGGACTGTGTAGATTCGTTTACGCGCAAGACTCTGCAGAAACAAGAGGAGACTTG
TGTCTTACGGTGCGCCGAGAAGTTCCTCAAGCACACGATGCGTGTAGGTCAGCGTTTTGG
TGGGCTCAATCAGAACGCACCAACTCAAGACTGAAGTCTCTCTACTTGTGTTGGTTTTGT
TTTTTTTTT*AGTCCGGTTTATGTGTTGGATCCCTGAATAAACCGGTTTTTTAGTGGTTC
AGACAACTGCTCAATACTCTGTTCTTTGAGAATGATACTCGTGTATTTTGAAGTTATTTT
GCGTCTGATTTTTAATATTGGATATGATTTGTATTTCAGAAGGGTCTATGAATAATCATT
TCATATCGGTATTCTAGTGACCAAACAATTGGATTATGTTGGCTTTTGTTTGTACTATGT
TTGTCTTTCACTTGTTTGCTTTTGGGTCCTTCTCGTTGCTTGGAATTGGTGGTTGCTGTG
ACTTTGAGCGGGTTTGATGCTACTGTCTCTCTCTCTCTGGTTT*GTGCCATGGTTCTGCA
TTCTTCGTTGAGACTGGAGG*CTGTTCTTCTTGGG*ATAA*TAATTT*AGTCTCGTTGAT
GGGCT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3CK45JQ 830 0 0
CGTGGACTGTGTAGATTCGTTTACGCGCAAGACTCTGCAGAAACAAGAGGAGACTTGTGT
CTTACGGTGCGCCGAGAAGTTCCTCAAGCACACGATGCGTGTAGGTCAGCGTTTTGGTGG
GCTCAATCAGAACGCACCAACTCAAGACTGAAGTCTCTCTACTTGTGTTGGTTTTGTTTT
TTTTTT*AGTCCGGTTTATGTGTTGGATCCCTGAATAAACCGGTTTTTTAGTGGTTCAGA
CAACTGCTCAATACTCTGTTCTTTGAGAATGATACTCGTGTATTTTGAAGTTATTTTGCG
TCTGATTTTTAATATTGGATATGATTTGTATTTCAGAAGGGTCTATGAATAATCATTTCA
TATCGGTATTCTAGTGACCAAACAATTGGATTATGTTGGCTTTTGTTTGTACTATGTTTG
TCTTTCACTTGTTTGCTTTTGGGTCCTTCTCGTTGCTTGGAATTGGTGGTTGCTGTGACT
TTGAGCGGGTTTGATGCTACTGTCTCTCTCTCTCTGGTTTTGTGCCATGGTTCTGCATTC
TTCGTTGAGACTGGAGGGCTGTTCTTCTTGGGGATAAATAATTTTAGTCTCGTTGATGGG
CTCGGCATTTCTTCAGTACCGTCTCTGCTTGCGCTTCTTCATGTGGAGTCATTCCTAATG
ATGCTGGTTATGGCGAGTTCTTTAGTGCGTACGCTATCTTCTTGGGGTTGGGTATCTGCT
TCCTGCACTTGTCTTTGTCTTTATATATATACGTAGTATCCCTTAAGTTCTTCTAGTAGT
CTTGTTGTTTAATCTCGAGTTTAGTGTTGTCTTTTGGTAATTTTTTTTTA

QA 1 830 1 830
DS 



CO CL613Contig2 537 2 1 U
GGCTAGTAGACCCAAGAAAGAGCGAAAGAGTTAAAAGGAAAAAAATGGATCCGAGCATGA
TGGCTGGACTCGATGGTCTTGGTGCAGAAGACCAAGCGAAAATGGCCTCCATGATCGATC
AGCTTCAGCTACGTGATAGCTTGAGGATGTACAATTCGCTGGTGGAGAGGTGTTTCGTGG
ACTGTGTGGATTCGTTTACGCGCAAGACTCTGCAGAAACAAGAGGAGACTTGTGTCTTAC
GGTGCGCCGAGAAGTTCCTCAAGCACACGATGCGTGTAGGTCAGCGTTTTGGTGAGCTCA
ATCAGAACGCACCAACTCAAGACTGAAGTCTCTCTACTTGTGTTGGTTTTGGTTTTTGTA
GTCCGGTTTATGTGTTGGAACCCTGAATAAACCGGTTTTTAGTGGTTCAGACAACTGCTC
AATACTCTGTTCTTTGAGAATGATACTCGTGTATTTTGAAGTTATTTTGCGTCTGATTTT
TAATATCGAAATGATTTGTATTTCAGAACGGTCTATTAATAATCATTTTATATCGGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EJ75JQ C 1
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BS 1 537 RR3EJ75TF

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QA 1 537 1 537
DS 

RD RR3EJ75TF 537 0 0
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ACTGTGTGGATTCGTTTACGCGCAAGACTCTGCAGAAACAAGAGGAGACTTGTGTCTTAC
GGTGCGCCGAGAAGTTCCTCAAGCACACGATGCGTGTAGGTCAGCGTTTTGGTGAGCTCA
ATCAGAACGCACCAACTCAAGACTGAAGTCTCTCTACTTGTGTTGGTTTTGGTTTTTGTA
GTCCGGTTTATGTGTTGGAACCCTGAATAAACCGGTTTTTAGTGGTTCAGACAACTGCTC
AATACTCTGTTCTTTGAGAATGATACTCGTGTATTTTGAAGTTATTTTGCGTCTGATTTT
TAATATCGAAATGATTTGTATTTCAGAACGGTCTATTAATAATCATTTTATATCGGT

QA 1 537 1 537
DS 



AS 2 5

CO CL614Contig1 1210 3 15 U
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GGCAATGGCGGCGGCGACGGAAAATGACGACACCATCCTCGACAACCAGCTCAAACCAGA
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CAGGAGAAGGAGCACAAGCGGAAAGAAGGCGAGAGAAAGCACAAGGAGTGGGAAGAAACA
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TCTGAGATCTCCAGCCTCGTTCAGCAGATAATGTATTGTTATGCGGTGAATGGGAGGAGC
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AGGCTTCCAGGTTTTGAGAAATGGTTTATATAGAAGGAGAGTAAGTGTTACATTGAGGCC
ATGGCTGATCGGAAAGAGAATCTGGTGTACCTTACGGCTGACTCCGAGACTGTTTTGGAG
GATCTCGACCCTAAGGATATCTACATAATTGGTGGGTTGGTTGATCGGAACCGGTTTAAA
GGGATCACCATGAACAAGGCACATAACAAGGGATTAAAACAGCTAAACTTCCTATAGGAG
AGTATATGAAAATGTCCAGTTCTCAGGTTCTCACTGTGAACCAAGTTTTGGAGATACTTG
TGAAGTATCTTGAGACGAGGGACTGGAAAACATCCTTCTTCACTGTGATTCCGCAGAGGA
AACGAAGTGGAGTTGATCCTGTAGACTCTTCGAAACCTTCGGAACCTCTCTCTGAAGAGC
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TCAATTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG62TF U 1
AF RR3BT71TF U 492
AF RR3BT71JQ C 555
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GCTAAAGAGATCGGACAGAACATCGTCATAGATGTTGACTTCGCTCATCTAATGTCTGAG
TCTGAGATCTCCAGCCTCGTTCAGCAGATAATGTATTGTTATGCGGTGAATGGGAGGAGC
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CGGTTTAA

QA 1 772 1 772
DS 

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TAAGGATATCTACATAATTGGTGGGTTGGTTGATCGGAACCGGTTTAAAGGGATCACCAT
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ATGTCCAGTTCTCAGGTTCTCACTGTGAACCAAGTTTTGGAGATACTTGTGAAGTATCTT
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TGAATTTTGAATGTTATTTTT*CCTTATTTGTTGAGTCA*GACGCACTA
TCA

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DS 

RD RR3BT71JQ 656 0 0
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GGATATCTACATAATTGGTGGGTTGGTTGATCGGAACCGGTTTAAAGGGATCACCATGAA
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TCCAGTTCTCAGGTTCTCACTGTGAACCAAGTTTTGGAGATACTTGTGAAGTATCTTGAG
ACGAGGGACTGGAAAACATCCTTCTTCACTGTGATTCCGCAGAGGAAACGAAGTGGAGTT
GATCCTGTAGACTCTTCGAAACCTTCGGAACCTCTCTCTGAAGAGCATCAAGAGGAAGAT
GATCCTTCGGAGAGGAAAAAGGTATGCGTTGAAGCTCCTCTGCAAAGTGGTAGCTAGATG
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QA 1 656 1 656
DS 



CO CL614Contig2 1135 2 2 U
AGTGCGTCTTGACTCAACATAGAAATAATAATAAGGAAGGACATAACATTCCAAAATTCA
AATTCTCAGCTACAGAAACTAGCGTTCAACAGAAACAGAAGCATGCATTTTATCTTCATC
TAGCTACTACCACTTTGCAGCGGAGCTTCAACGCATACCTTTTTCCTCTCCGAAGAATCA
TCATGTTCTTCCTCTTGATGCTCTTCAGAGAGAGGTTCAAGTTTCGAAGAGTCTACAGGA
TCAACTCCACTTCTTTTCCTCTGTGGAATCACAGTGAAGAAGGATGTTTTCCAGTCCCTC
GTCTCAAGAAACTTCACGAGTATCTCCAAAACTTGGTTCACAGTGAGAACCTGAGAACTG
GACATTTTCATATACTCTCCTATAGGAAGTTTAGCTGTCTTAATCCCTTGTTCTTGTGCC
TTGTTCATGGTGATCCCTTTGAACCTGTTCCGATCAACCAACCCACCAATTATATAGATA
TCCTTAGGGTCAAGATCCTCCAAAACAGTCTCGGAGTCAGCCGTAAGGTACACCAAATTC
TCTTTCCGATCAGCCATGGCCTCAATGTAACACCTACTCTACTTCTCTATAAACCATTTC
TCAAAACCTGGAAGCCTATCAAGCTGAGTACTCATCTCTCCTTGCACTCCCGTTAGCCAT
AGATGACAAGGAGAAGTGCTCCTCCCATTCACCGCATAACAATACATTATCTGCTGAACG
AGGCTGGAGATCTCAGACTCGGACATTAGATGCGGGAAGTCGACATCTATGACGATGTTC
TGTCCGATTTCTTTAGCTTTAGTGAGCCGTTCCATCTTCTTCTCTTTCTCCTCTGATCTC
TTCTCCATTCTCTCCTTTCTTAGGCTCCTCCTCGACTCGATCAGCTTCAGCCTCTCTTCC
CACTCCTTGTGCTTTCTCTCGCCTTCTTTCCTCTTGTGCTCCTTCTCCTGCGCCTTCTTC
TCGGCCTTCTTCGCCTCGTATCTTTGCTGCTTCAGCTGCTTCTTCTGGGCGTTTTTAGAG
AGAGGTTTCTCTTCGGGTTGAGAGGAGGGTTTGACCGGAGCCGGTTCGGAATCTGGTTTG
AGCTGGTTGTCGAGGATGGTGTCGTCATTTTCCGTCGCCGCCGCCATTGCCGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F528JQ U 1
AF RR3F412TF C 466
BS 1 667 RR3F528JQ
BS 668 1135 RR3F412TF

RD RR3F528JQ 667 0 0
AGTGCGTCTTGACTCAACATAGAAATAATAATAAGGAAGGACATAACATTCCAAAATTCA
AATTCTCAGCTACAGAAACTAGCGTTCAACAGAAACAGAAGCATGCATTTTATCTTCATC
TAGCTACTACCACTTTGCAGCGGAGCTTCAACGCATACCTTTTTCCTCTCCGAAGAATCA
TCATGTTCTTCCTCTTGATGCTCTTCAGAGAGAGGTTCAAGTTTCGAAGAGTCTACAGGA
TCAACTCCACTTCTTTTCCTCTGTGGAATCACAGTGAAGAAGGATGTTTTCCAGTCCCTC
GTCTCAAGAAACTTCACGAGTATCTCCAAAACTTGGTTCACAGTGAGAACCTGAGAACTG
GACATTTTCATATACTCTCCTATAGGAAGTTTAGCTGTCTTAATCCCTTGTTCTTGTGCC
TTGTTCATGGTGATCCCTTTGAACCTGTTCCGATCAACCAACCCACCAATTATATAGATA
TCCTTAGGGTCAAGATCCTCCAAAACAGTCTCGGAGTCAGCCGTAAGGTACACCAAATTC
TCTTTCCGATCAGCCATGGCCTCAATGTAACACCTACTCTACTTCTCTATAAACCATTTC
TCAAAACCTGGAAGCCTATCAAGCTGAGTACTCATCTCTCCTTGCACTCCCGTTAGCCAT
AGATGAC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3F412TF 670 0 0
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AGGTACACCAAATTCTCTTTCCGATTAGCCATGGCCTCAATGTAACACCTACTCTCCTTC
TCTATAAACCATT*CTCAAAACCTGGAAGCCTATCAAGCTGAGTACTCATCTCTCCTTGC
ACTCCCGTTAGCCATAGATGACAAGGAGAAGTGCTCCTCCCATTCACCGCATAACAATAC
ATTATCTGCTGAACGAGGCTGGAGATCTCAGACTCGGACATTAGATGCGGGAAGTCGACA
TCTATGACGATGTTCTGTCCGATTTCTTTAGCTTTAGTGAGCCGTTCCATCTTCTTCTCT
TTCTCCTCTGATCTCTTCTCCATTCTCTCCTTTCTTAGGCTCCTCCTCGACTCGATCAGC
TTCAGCCTCTCTTCCCACTCCTTGTGCTTTCTCTCGCCTTCTTTCCTCTTGTGCTCCTTC
TCCTGCGCCTTCTTCTCGGCCTTCTTCGCCTCGTATCTTTGCTGCTTCAGCTGCTTCTTC
TGGGCGTTTTTAGAGAGAGGTTTCTCTTCGGGTTGAGAGGAGGGTTTGACCGGAGCCGGT
TCGGAATCTGGTTTGAGCTGGTTGTCGAGGATGGTGTCGTCATTTTCCGTCGCCGCCGCC
ATTGCCGCCC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 2 8

CO CL615Contig1 1005 4 11 U
TTTTTTTTTGTTCCCAATCTCTCAGCCTAGGCTTCTCCCATTTCAAGCAAAAAAATAAAG
AATGGTTTCATCTCAGCAACGTCTCTCTTTCTCAAACTCAATGCTGGTCTTCTTCTTCTG
CTTCCTCTCTCTGTTCTGTCGTCCTTCTCTCTCCGCCTCATTTCTCGTTGATGGTGTCTC
TGTCTGGAAAA*CTCCCGTTGTTCATGTCAGCGACTCTGTTGTTTTCAGACATAAGTACG
AAAACGATCTATACATCTTCAGGACAAAAGATGCATTCAATGTCTGCGACTTTACTCAAG
CCACTCTTCTTACAAAATCTAACTCCACCTCCTTCACGTGGTACCCATCAAGACCAGGCT
CCTACTACTTTTCCTTCACAAACAACACATCTCTTCCCAAAACCTGCCAAGTCAGCCAGA
AGCTCACAGTCCAAGTCATCCTCGCAGCCGCACCTTCACCGTCACAGCCACCAACACCAG
CTATAGCTCCTGTTCCTGTCTCGGAAGGAGGAGTGGTCTCATCTTCTCCTTCTTACCCGT
GGCCATTAGGTCCAAGAGAAGGTTCAGCTTTATCTCCAGGACCATCTCCCTCAGAGATCA
CTTCAGTGACGGTTCCTGGAAAAGACGGAGTTCCGTTTATCAACAGTAACCCGGCTGTTC
CACTTCCCACCGGAGAAGTCGACTCTACTTCCATTAACCCTTTACCCACTTCCACAAACT
CAGCACATCAGGTAATGATGACAGTAACGGTGAAGCTAGTTATGTGCTGTGTAGCCATGT
TTCTTCTACTGTAGAGAGAGTATTAGTAGCTTTTTCCAATGGATGAATGATTACGTTTTC
TGATCTTATATGCTAATTACAACTTAATTTAGATCTCGTAATCATTCATTCATTCATTCT
CCCTTTTGCTTTTCTCTTATGGTTAGGATGTCTTTTATTAGAATGTTAGGTCGTTTACAT
TTTGTAATGTGCATTTTTTTCTTATAAAGTAATGTAGTTTCTTTC


BQ
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AF RR3CG40TF U 1
AF RR3F328TF U 2
AF RR3B431TF U 10
AF RR3B431JQ C 137
BS 1 54 RR3CG40TF
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BS 242 666 RR3CG40TF
BS 667 667 RR3F328TF
BS 668 694 RR3CG40TF
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BS 719 730 RR3F328TF
BS 731 1005 RR3B431JQ

RD RR3CG40TF 694 0 0
TTTTTTTTTGTTCCCAATCTCTCAGCCTAGGCTTCTCCCATTTCAAGCAAAAAA*TAAAG
AATGGTTTCATCTCAGCAACGTCTCTCTTTCTCAAACTCAATGCTGGTCTTCTTCTTCTG
CTTCCTCTCTCTGTTCTGTCGTCCTTCTCTCTCCGCCTCATTTCTCGTTGATGGTGTCTC
TGTCTGGAAAA*CTCCCGTTGTTCATGTCAGCGACTCTGTTGTTTTCAGACATAAGTACG
GAAACGATCTATACATCTTCAGGACAAAAGATGCATTCAATGTCTGCGACTTTACTCAAG
CCACTCTTCTTACAAAATCTAACTCCACCTCCTTCACGTGGTACCCATCAAGACCAGGCT
CCTACTACTTTTCCTTCACAAACAACACATCTCTTCCCAAAACCTGCCAAGTCAGCCAGA
AGCTCACAGTCCAAGTCATCCTCGCAGCCGCACCTTCACCGTCACAGCCACCAACACCAG
CTATAGCTCCTGTTCCTGTCTCGGAAGGAGGAGTGGTCTCATCTTCTCCTTCTTACCCGT
GGCCATTAGGTCCAAGAGAAGGTTCAGCTTTATCTCCAGGACCATCTCCCTCAGAGATCA
CTTCAGTGACGGTTCCTGGAAAAGACGGAGTTCCGTTTATCAACAGTAACCCGGCTGTTC
CACTTCTCACCGGAGAAGTCGACTCTACTTCCAT

QA 1 694 1 694
DS 

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TTCCTCTCTCTGTTCTGTCGTCCTTCTCTCTCCGCCTCATTTCTCGTTGATGGTGTCTCT
GTCTGGAAAA*CTCCCGTTGTTCATGTCAGCGACTCTGTTGTTTTCAGACATAAGTACGG
AAACGATCTATACATCTTCAGGACAAAAGATGCATTCAATGTCTGCGACTTTACTCAAGC
CACTCTTCTTACAAAATCTAACTCCACCTCCTTCACGTGGTACCCATCAAGACCAGGCTC
CTACTACTTTTCCTTCACAAACAACACATCTCTTCCCAAAACCTGCCAAGTCAGCCAGAA
GCTCACAGTCCAAGTCATCCTCGCAGCCGCACCTTCACCGTCACAGCCACCAACACCAGC
TATAGCTCCTGTTCCTGTCTCGGAAGGAGGAGTGGTCTCATCTTCTCCTTCTTACCCGTG
GCCATTAGGTCCAAGAGAAGGTTCAGCTTTATCTCCAGGACCATCTCCCTCAGAGATCAC
TTCAGTGACGGTTCCTGGAAAAGACGGAGTTCCGTTTATCAACAGTAACCCGGCTGTTCC
ACTTCCCACCGGAGAAGTCGACTCTACTTCCATTAACCCTTTACCCACTTCCACAA*CTC
AGCACATCA
CGTATGATG

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DS 

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ATCTCAGCAACGTCTCTCTTTCTCAAACTCAATGCTGGTCTTCTTCTTCTGCTTCCTCTC
TCTGTTCTGTCGTCCTTCTCTCTCCGCCTCATTTCTCGTTGATGGTGTCTCTGTCTGGAA
AA*CTCCCGTTGTTCATGTCAGCGACTCTGTTGTTTTCAGACATAAGTACGAAAACGATC
TATACATCTTCAGGACAAAAGATGCATTCAATGTCTGCGACTTTACTCAAGCCACTCTTC
TTACAAAATCTAACTCCACCTCCTTCACGTGGTACCCATCAAGACCAGGCTCCTACTACT
TTTCCTTCACAAACAACACATCTCTTCCCAAAACCTGCCAAGTCAGCCAGAAGCTCACAG
TCCAAGTCATCCTCGCAGCCGCACCTTCACCGTCACAGCCACCAACACCAGCTATAGCTC
CTGTTCCTGTCTCGGAAGGAGGAGTGGTCTCATCTTCTCCTTCTTACCCGTGGCCATTAG
GTCCAAGAGAAGGTTCAGCTTTATCTCCAGGACCATCTCCCTCAGAGATCACTTCAGTGA
CGGTTCCTGGAAAAGACGGAGTTCCGTTTATCAACAGTAACCCGGCTGTTCCACTTCCCA
CCGGAGAAGTCGACTCTACTTCCATTAACCCTTTACCCACTTCCACAAACTCAGC
GCAT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3B431JQ 869 0 0
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CGTTGTTCATGTCAGCGACTCTGTTGTTTTCAGACATAAGTACGAAAACGATCTATACAT
CTTCAGGACAAAAGATGCATTCAATGTCTGCGACTTTACTCAAGCCACTCTTCTTACAAA
ATCTAACTCCACCTCCTTCACGTGGTACCCATCAAGACCAGGCTCCTACTACTTTTCCTT
CACAAACAACACATCTCTTCCCAAAACCTGCCAAGTCAGCCAGAAGCTCACAGTCCAAGT
CATCCTCGCAGCCGCACCTTCACCGTCACAGCCACCAACACCAGCTATAGCTCCTGTTCC
TGTCTCGGAAGGAGGAGTGGTCTCATCTTCTCCTTCTTACCCGTGGCCATTAGGTCCAAG
AGAAGGTTCAGCTTTATCTCCAGGACCATCTCCCTCAGAGATCACTTCAGTGACGGTTCC
TGGAAAAGACGGAGTTCCGTTTATCAACAGTAACCCGGCTGTTCCACTTCCCACCGGAGA
AGTCGACTCTACTTCCATTAACCCTTTACCCACTTCCACAAACTCAGCGCATCAGGTAAT
GATGACAGTAACGGTGAAGCTAGTTATGTGCTGTGTAGCCATGTTTCTTCTACTGTAGAG
AGAGTATTAGTAGCTTTTTCCAATGGATGAATGATTACGTTTTCTGATCTTATATGCTAA
TTACAACTTAATTTAGATCTCGTAATCATTCATTCATTCATTCTCCCTTTTGCTTTTCTC
TTATGGTTAGGATGTCTTTTATTAGAATGTTAGGTCGTTTACATTTTGTAATGTGCATTT
TTTTCTTATAAAGTAATGTAGTTTCTTTC

QA 1 869 1 869
DS 



CO CL615Contig2 1157 4 7 U
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TCCCTAAGCTCCATAGGCACTCTAAACCTCTCTTTTGACCTACTGTTAGTGAGTGAGAGA
GGGCCTGCAAAGATAAAAAGGGCAGACATCATTGAAGCTCTTTACCTCTCTTTTTCTTTG
TTCACAATCTCTTAACCTAGGCTCCTCCCATTTCAAGCAAAAAAAAAAAGAAGAAGAATG
GTTTCATCTCAGCAACGACTCTCTTTCTCAAACTTAATGCTGGTCTTCTTCTTCTGCTTC
CTCTCTCTGTTCTCTCGTCCTTCTCACTCCGCCTCATTTCTCGTTGATGGTATCTCTGTC
TGGAAAACTCCCGTTGTTCATATCGGCGACTCTGTTATTTTCAGACATAAGTACGGAAAC
GATCTATACATCTTCAGGACAAAAGATGCATTCAATGTCTGCGACTTTACTCAAGCCACT
CTTCTTACAAAATCTAACTCCACCTCCTTCACGTGGTACCCATCAAGACCAGGCTCCTAC
TACTTTTCCTTCACAAACAACACATCTCTTCCCAAAACCTGCCAAGTCAGCCAGAAGCTC
ACAGTCCAAGTCATCCTCGCAGCCGCACCTTCACCGTCGCAGCCACCAACACCAGCTATA
GCTCCTGTTCCTGTCTCGGAAGGAGGAGTGGTCTCATCGTCTCCTTCTTACCCGTGGCCA
TTAGGTCCAAGAGAAGGTTCAGTTTTATCTCCAGGACCATCTCCTTCAGAGATTACTTCA
GTGACGGTTCCCGGGAAAGACGGAGTTCCGTTTATCAATAGTAATCCAGCGGTTCCACTT
CCCACCGGAGAAGTCGACTCTACTTCCATTAACCCTTTACCCACTTCCACAAACTCAGCA
CATCAGGTAATGATGACGGTAACGGTGAAGCTAGTTATGTGCTGTGTAGCCATGTTTCTT
CTACTGTAGAGAGAGTATTAGTAGCTTTTTCCAATGGATGAGTGATTACGTTTTCTGATC
TTATATGCTAATTTACAACTTAAACTTAGATCTCGTAATCATTCATTCATTCTCCCTTTT
GCTTTTCTCTTATGGTTAGGATGTCTTTTATTAGAATGTTAGGTCGTTTATATTTTGTAA
TGTGCATTTTTTTTAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FR15TF U 1
AF RR3BA24JQ C 710
AF RR3BA24TF U 477
AF RR3FR15JQ C 442
BS 1 681 RR3FR15TF
BS 682 682 RR3BA24TF
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BS 718 1015 RR3BA24TF
BS 1016 1157 RR3FR15JQ

RD RR3FR15TF 717 0 0
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GGGCCTGCAAAGATAAAAAGGGCAGACATCATTGAAGCTCTTTACCTCTCTTTTTCTTTG
TTCACAATCTCTTAACCTAGGCTCCTCCCATTTCAAGCAAAAAAAAAAAGAAGAAGAATG
GTTTCATCTCAGCAACGACTCTCTTTCTCAAACTTAATGCTGGTCTTCTTCTTCTGCTTC
CTCTCTCTGTTCTCTCGTCCTTCTCACTCCGCCTCATTTCTCGTTGATGGTATCTCTGTC
TGGAAAACTCCCGTTGTTCATATCGGCGACTCTGTTATTTTCAGACATAAGTACGGAAAC
GATCTATACATCTTCAGGACAAAAGATGCATTCAATGTCTGCGACTTTACTCAAGCCACT
CTTCTTACAAAATCTAACTCCACCTCCTTCACGTGGTACCCATCAAGACCAGGCTCCTAC
TACTTTTCCTTCACAAACAACACATCTCTTCCCAAAACCTGCCAAGTCAGCCAGAAGCTC
ACAGTCCAAGTCATCCTCGCAGCCGCACCTTCACCGTCGCAGCCACCAACACCAGCTATA
GCTCCTGTTCCTGTCTCGGAAAGAG*AGTGGTCTCATCGTCTCCTTCTTACCCGTGG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3BA24JQ 307 0 0
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AGATTACTTCAGTGACGGTTCCCGGGAAAGACGGAGTTCCGTTTATCAATAGTAATCCAG
CGGTTCCACTTCCCACCGGAGAAGTCGACTCTACTTCCATTAACCCTTTACCCACTTCCA
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CCATGTTTCTTCTACTGTAGAGAGAGTATTAGTAGCTTTTTCCAATGGATGAGTGATTAC
GTTTTC
C

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR3BA24TF 540 0 0
G
ACTCTTCTTACAAAATCTAACTCCACCTCCTTCACGTGGTACCCATCAAGACCAGGCTCC
TACTACTTTTCCTTCACAAACAACACATCTCTTCCCAAAACCTGCCAAGTCAGCCAGAAG
CTCACAGTCCAAGTCATCCTCGCAGCCGCACCTTCACCGTCGCAGCCACCAACACCAGCC
ATAGCTCCTGTTCCTGTCTCGGAAGGAGGAGTGGTCTCATCGTCTCCTTCTTACCCGTGG
CCATTAGGTCCAAGAGAAGGTTCAGTTTTATCTCCAGGACCATCTCCTTCAGAGATTACT
TCAGTGACGGTTCCCGGGAAAGACGGAGTTCCGTTTATCAATAGTAATCCAGCGGTTCCA
CTTCCCACCGGAGAAGTCGACTCTACTTCCATTAACCCTTTACCCACTTCCACAAACTCA
GCACATCAGGTAATGATGACGGTAACGGTGAAGCTAGTTATGTGCTGTGTAGCCATGTTT
CTTCTACTGTAGAGAGAGTATTAGTAGCTTTTTCCAATGGATGAGTGATTACGTTTTC
C

QA 2 539 2 539
DS 

RD RR3FR15JQ 716 0 0
AAAGATGCATTCAATGTCTGCGACTTTACTCAAGCCACTCTTCTTACAAAATCTAACTCC
ACCTCCTTCACGTGGTACCCATCAAGACCAGGCTCCTACTACTTTTCCTTCACAAACAAC
ACATCTCTTCCCAAAACCTGCCAAGTCAGCCAGAAGCTCACAGTCCAAGTCATCCTGGCA
GCCGCACCTTCACCGTCGCAGCCACCAACACCAGCTATAGCTCCTGTTCCTGTCTCGGAA
GGAGGAGTGGTCTCATCGTCTCCTTCTTACCCGTGGCCATTAGGTCCAAGAGAAGGTTCA
GTTTTATCTCCAGGACCATCTCCTTCAGAGATTACTTCAGTGACGGTTCCCGGGAAAGAC
GGAGTTCCGTTTATCAATAGTAATCCAGCGGTTCCACTTCCCACCGGAGAAGTCGACTCT
ACCTCCATTAACCCTTTACCCACTTCCACAAACTCAGCACATCAGGTAATGATGACGGTA
ACGGTGAAGCTAGTTATGTGCTGTGTAGCCATGTTTCTTCTACTGTAGAGAGAGTATTAG
TAGCTTTTTCCAATGGATGAGTGATTACGTTTTCTGATCTTATATGCTAATTTACAACTT
AAACTTAGATCTCGTAATCATTCATTCATTCTCCCTTTTGCTTTTCTCTTATGGTTAGGA
TGTCTTTTATTAGAATGTTAGGTCGTTTATATTTTGTAATGTGCATTTTTTTTAAA

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 6

CO CL616Contig1 940 6 22 U
GCTGAAAAGTAGAAACATCAAGCAAACAACGAAACTGTCTTCTTCATAAATATCAAAAGT
AAACAGGAGAGAAGGCAAACCATAGCAAAATCAAAAACATGAGTCCACAAGAAACTTGGA
AACAATAATAAGATTGCATGAGCGCTTCCTTAAAGCAAAGATGCCATCCTCAGATTTTGT
TGAAAGCAACAATGTCACAGCTCTAGACAAACTCATTGATTGGCTCGACGGTGAGCGTCT
CTTCAATCATGGTGTCAACAGAGACGAGGTCGTCAACAATGGTGCACATGATCTGCAACT
TCTTGATACCGTAACCAACCGGTACAAGCTTGGATGCTCCCCAGAATAAACCTTCCATCT
GGACGGATCTCACGGCTTCCTCTAGCTTCTTCATGTCGGTCTCATCGTCCCACGGCTTGA
TATCAATCAAAACTGATGACTTTCCAGATTCCTTCTTCTTTGTGGATGCCTTTACAGAAG
CAGCTCTCTCTTCAGCAGCCTTCTTCTCCTCCTCGGTCTCCTCTCCGAAAAGGTCAACAT
CATCATCATCCTCTTCATCAGCAGCATCCTTGGAATCAGCTGCAGGGGGAGTAGCAACGG
CCTCTTCCGCAACTGGGGCTGATCCCTCAACAATGACACCACTTCCCTCAGCAGAGACAC
CTGAGATTCTCAAGAGGGCATCGATGTGGTTGTACCAACGAGAAGCGTTCACAAACTGCG
ACGTTGGTGGCTTTGCAAGAGCAGCAAAGACAGTGATATCATCCTTGGAAGCCTGGTACC
CAGTGATGTAACTGCGAGTGAGAAGATGCTCATCGAGCTTCTTCAACCCAGCGTCAGTGT
TAAGGTTGGGAAAAGCAGCCATTATTCTCTAAAAGCTCGAACCTTTTTCACTGTATTACA
AGGAGACTTGAAGATGAGCGACGGAGGCGAGGAGGAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP27JQ U 28
AF RR3FB58JQ U 1
AF RR3BD81JQ U 27
AF RR3BC02JQ U 28
AF RR3BD81TF C 153
AF RR3FB58TF C 181
BS 1 58 RR3FB58JQ
BS 59 59 RR3BC02JQ
BS 60 64 RR3FB58JQ
BS 65 65 RR3BC02JQ
BS 66 70 RR3FB58JQ
BS 71 71 RR3BC02JQ
BS 72 129 RR3FB58JQ
BS 130 130 RR3BC02JQ
BS 131 204 RR3FB58JQ
BS 205 205 RR3BD81JQ
BS 206 343 RR3FB58JQ
BS 344 344 RR3BD81JQ
BS 345 700 RR3FB58JQ
BS 701 702 RR3BD81JQ
BS 703 803 RR3FB58JQ
BS 804 804 RR3BD81JQ
BS 805 817 RR3FB58JQ
BS 818 832 RR3BD81JQ
BS 833 833 RR3BD81TF
BS 834 840 RR3BC02JQ
BS 841 928 RR3BD81TF
BS 929 940 RR3FB58TF

RD RR3FP27JQ 621 0 0
GG
CGAAACTGTCTTCTTCATAAATATCAAAAGTAAACAGGAGAGAAGGCAAACCATAGCAAA
ATCAAAAACATGCGTCCACAAGAAACTTGGAAACAATAATAAGATTGCATGAGCGCTTCC
TTAAAGCAAAGATGCCATCCTCAGATTTTGTTGAAAGCAACAATGTCACAGCTCTGGACA
AACTCATTGATTGGCTCGACGGTGAGCGTCTCCTCAATCATGGTGTCAACAGAGACGAGG
TCGTCAACAATGGTGCACATGATCTGCAACTTCTTGATACCGTAACCAACCGGTACAAGC
TTGGATGCCCCCCAGAATAAACCTTCCATCTGGACGGATCTCACAGCTTCCTCTAGCTTC
TTCATGTCGGTCTCATCATCCCATGGCTTGATATCAATCAAAACAGACGACTTTCCAGAT
TCCTTCTTCTTTGTGGATGCCTTTACAGAAGCAGCTCTCTCTTCAGCAGCCTTCTTCTCC
TCCTCGGTCTCCTCTCCAAAAAGGTCAACATCATCATCATCCTCTTCATCAGCAGCATCC
TTGGAATCAGCTGCAGGGGGAGTAGCAACGGCCTCTTCCACAACTGGGGCTGATCCCTCA
ACAATGACACCACTTCCCT

QA 3 621 3 621
DS 

RD RR3FB58JQ 817 0 0
GCTGAAAAGTAGAAACATCAAGCAAACAACGAAACTGTCTTCTTCATAAATATCAAAATT
AAACCGGAGATAAGGCAAACCATAGCAAAATCAAAAACATGAGTCCACAAGAAACTTGGA
AACAATAATCAGATTGCATGAGCGCTTCCTTAAAGCAAAGATGCCATCCTCAGATTTTGT
TGAAAGCAACAATGTCACAGCTCTGGACAAACTCATTGATTGGCTCGACGGTGAGCGTCT
CTTCAATCATGGTGTCAACAGAGACGAGGTCGTCAACAATGGTGCACATGATCTGCAACT
TCTTGATACCGTAACCAACCGGTACAAGCTTGGATGCTCCCCAAAATAAACCTTCCATCT
GGACGGATCTCACGGCTTCCTCTAGCTTCTTCATGTCGGTCTCATCGTCCCACGGCTTGA
TATCAATCAAAACTGATGACTTTCCAGATTCCTTCTTCTTTGTGGATGCCTTTACAGAAG
CAGCTCTCTCTTCAGCAGCCTTCTTCTCCTCCTCGGTCTCCTCTCCGAAAAGGTCAACAT
CATCATCATCCTCTTCATCAGCAGCATCCTTGGAATCAGCTGCAGGGGGAGTAGCAACGG
CCTCTTCCGCAACTGGGGCTGATCCCTCAACAATGACACCACTTCCCTCAGCAGAGACAC
CTGAGATTCTCAAGAGGGCATCGATGTGGTTGTACCAACG**AAGCGTTCACAAACTGCG
ACGTTGGTGGCTTTGCAAGAGCAGCAAAGACAGTGATATCATCCTTGGAAGCCTGGTACC
CAGTGATGTAACTGCGAGTGAGA*GATGCTCATCGAG

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3BD81JQ 808 0 0
GAA
CGAAAATGTCTTCTTCATAAATATCAAAATTAAACCGGAGATAAGGCAAACCATAGCAAA
ATCAAAAACATGAGTCCACAAGAAACTTGGAAACAATAATCAGATTGCATGAGCGCTTCC
TTAAAGCAAAGATGCCATCCTCAGATTTTGTTGAAAGCAACAATGTCACAGCTCTAGACA
AACTCATTGATTGGCTCGACGGTGAGCGTCTCTTCAATCATGGTGTCAACAGAGACGAGG
TCGTCAACAATGGTGCACATGATCTGCAACTTCTTGATACCGTAACCAACCGGTACAGGC
TTGGATGCTCCCCAGAATAAACCTTCCATCTGGACGGATCTCATGGCTTCCTCTAGCTTC
TTCATGTCGGTCTCATCGTCCCACGGCTTGATATCAATCAAAACTGATGACTTTCCAGAT
TCCTTCTTCTTTGTGGATGCCTTTACAGAAGCAGCTCTCTCTTCAGCAGCCTTCTTCTCC
TCCTCGGTCTCCTCTCCGAAAAGGTCAACATCATCATCATCCTCTTCATCAGCAACATCC
TTGGAATCAGCTGCAGGGGGAGTAGCAACGGCCTCTTCCGCAACTGGGGCTGATCCCTCA
ACAATGACACCACTTCCCTCAGCAGAGACACCTGAGATTCTCAAGAGGGCATCGATGTGG
TTGTACCAACGAGAAGCATTCACAAACTGCGACGTTGGTGGCTTTGCAAGAGCAGCAAAG
ACAGTGATATCATCCTTGGAAGCCTGGTACCCAGTGATGTAACTGCGAGTGAGAAGATGC
TCATCGAGCTTCTTCAACCCAGC
GT

QA 4 806 4 806
DS 

RD RR3BC02JQ 813 0 0
AA
CGAAACTGTCTTCTTCATAAATATCAAAAGTAAACAGGAGAGAAGGCAAACCATAGCAAA
ATCAAAAACATGAGTCCACAAGAAACTTGGAAACAATAATAAGATTGCATGAGCGCTTCC
TTAAAGCAAAGATGCCATCCTCAGATTTTGTTGAAAGCAACAATGTCACAGCTCTGGACA
AACTCATTGATTGGCTCGACGGTGAGCGTCTCCTCAATCATGGTGTCAACAGAGACGAGG
TCGTCAACAATGGTGCACATGATCTGCAACTTCTTGATACCGTAACCAACCGGTACAAGC
TTGGATGCTCCCCAGAATAAACCTTCCATCTGGACGGATCTCACAGCTTCCTCTAGCTTC
TTCATGTCGGTCTCATCATCCCATGGCTTGATATCAATCAAAACAGACGACTTTCCAGAT
TCCTTCTTCTTTGTGGATGCCTTTACAGAAGCAGCTCTCTCTTCAGCAGCCTTCTTCTCC
TCCTCGGTCTCCTCTCCAAAAAGGTCAACATCATCATCATCCTCTTCATCAGCAGCATCC
TTGGAATCAGCTGCAGGGGGAGTAGCAACGGCCTCTTCCACAACTGGGGCTGATCCCTCA
ACAATGACACCACTTCCCTCAGCAGAGACACCTGAGATTCTCAAGAGGGCATCGATGTGG
TTGTACCAACGAGAAGCGTTCACATATTGCGAGGTTGGTGGCTTTGCAAGGGCAGTAAAG
ACAGTGATATCATCCTTGGAAGCCTGGTACCCAGTGATGTAACTGCGAGTGAGAAGATGC
TCATCGAGCTTCTTCAATCCAGCTTCAGTGT

QA 3 813 3 813
DS 

RD RR3BD81TF 780 0 0
AAGCAAAGATGCCATCCTCAGATTTTGTTGAAAGCAACAATGTCACAGCTCTAGACAAAC
TCATTGATTGGCTCGACGGTGAGCGTCTCTTCAATCATGGTGTCAACAGAGACGAGGTCG
TCAACAATGGTGCACATGATCTGCAACTTCTTGATACCGTAACCAACCGGTACAGGCTTG
GATGCTCCCCAGAATAAACCTTCCATCTGGACGGATCTCATGGCTTCCTCTAGCTTCTTC
ATGTCGGTCTCATCGTCCCACGGCTTGATATCAATCAAAACTGATGACTTTCCAGATTCC
TTCTTCTTTGTGGATGCCTTTACAGAAGCAGCTCTCTCTTCAGCAGCCTTCTTCTCCTCC
TCGGTCTCCTCTCCGAAAAGGTCAACATCATCATCATCCTCTTCATCAGCAACATCCTTG
GAATCAGCTGCAGGGGGAGTAGCAACGGCCTCTTCCGCAACTGGGGCTGATCCCTCAACA
ATGACACCACTTCCCTCAGCAGAGACACCTGAGATTCTCAAGAGGGCATCGATGTGGTTG
TACCAACGAGAAGCATTCACAAACTGCGACGTTGGTGGCTTTGCAAGAGCAGCAAAGACA
GTGATATCATCCTTGGAAGCCTGGTACCCAGTGATGTAACTGCGAGTGAGAAGATGCTCA
TCGAGCTTCTTCAACCCAGCGTCAGTGTTAAGGTTGGGAAAAGCAGCCATTATTCTCTAA
AAGCTCGAACCTTTTTCACTGTATTACAAGGAGACTTGAAGATGAGCGACGGAGGC
GACC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3FB58TF 760 0 0
TGAAAGCAACAATGTCACAGCTCT*GACAAACTCATTGATTG*CTCGACGGTGAGCGTCT
CTTCAATCATG*TGTCAACAGAGACGAGGTCGTCAACAATGGTGCACATGATCTGCAACT
TCTTGATAC*GTAACCAACCGGTACAAGCTTGGATGCTCCCCAGAATAAACTTTCCATCT
GGACGGATCTCACGGCTTCCTCTAGCTTCTTCATGTCGGTCTCATCGTCCCACGGCTTGA
TATCAATCAAAACTGATGACTTTCCAGATTCCTTCTTCTTTGTGGATGCCTTTACAGAAG
CAGCTCTCTCTTCAGCAGCCTTCTTCTCCTCCTCGGTCTCCTCTCCGAAAAGGTCAACAT
CATCATCATCCTCTTCATCAGCAGCATCCTTGGAATCAGCTGCAGGGGGAGTAGCAACGG
CCTCTTCCGCAACTGGGGCTGATCCCTCAACAATGACACCACTTCCCTCAGCAGAGACAC
CTGAGATTCTCAAGAGGGCATCGATGTGGTTGTACCAACG**AAGCGTTCACAAACTGCG
ACGTTGGTGGCTTTGCAAGAGCAGCAAAGACAGTGATATCATCCTTGGAAGCCTGGTACC
CAGTGATGTAACTGCGAGTGAGAAGATGCTCATCGAGCTTCTTCAACCCAGCGTCAGTGT
TAAGGTTGGGAAAAGCAGCCATTATTCTCTAAAAGCTCGAACCTTTTTCACTGTATTACA
AGGAGACTTGAAGATGAGCGACGGAGGCGAGGAGGAGTCC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 2 8

CO CL617Contig1 383 4 2 U
GGAGATTTAGGGTTTCTCTCTGTTGTCGGCTCGGTCCCAGAACCAAGATCGCAGTGCTTC
AAGATGCCGTCGCACAAGTCATTCATGATCAAGAAGAAGCTTGCCAAGAAAATGAGGCAG
AACAGGCCAATCCCTCACTGGATTCGTCTTCGCACTGACAATACCATCAGGTACAACGCA
AAGCGTAGACACTGGCGCAGAACCAAGCTTGGATTCTAAGCTGTCTTACCTTCGCCTATT
TGTGAAATCTCTGTTCTTTCTAAGACATTGTTTTCCTTTGTTTGGTTCTTTAGTGATTTG
TTTTCTCAGTTTTGATTGTGTCAGTTGCATTGTTCACAGTTTTGTAAGACAATCTTTTGA
TTAATTATGTTTCCAGACTATCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 10 10 10 10 

AF RR3C916JQ C 1
AF RR3C916TF U 1
AF RR3DK47TF U 17
AF RR3BK32TF U 46
BS 1 378 RR3C916TF
BS 379 383 RR3DK47TF

RD RR3C916JQ 379 0 0
GGAGATTTAGGGTTTCTCTCTGTTGTCGGCTCGGTCCCAGAACCAAGATCGCAGTGCTTC
AAGATGCCGTCGCACAAGTCATTCATGATCAAGAAGAAGCTTGCCAAGAAAATGAGGCAG
AACAGGCCAATCCCTCACTGGATTCGTCTTCGCACTGACAATACCATCAGGTACAACGCA
AAGCGTAGACACTGGCGCAGAACCAAGCTTGGATTCTAAGCTGTCTTACCTTCGCCTATT
TGTGAAATCTCTGTTCTTTTTAAGACATTGTTTTCCTTTGTTTGGTTCTTTAGTGATTTG
TTTTCTCAGTTTTGATTGTGTCAGTTGCATTGTTCACAGTTTTGTAAGACAATCTTTTGA
TTAATTATGTTTCCAGAC
C

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR3C916TF 379 0 0
GGAGATTTAGGGTTTCTCTCTGTTGTCGGCTCGGTCCCAGAACCAAGATCGCAGTGCTTC
AAGATGCCGTCGCACAAGTCATTCATGATCAAGAAGAAGCTTGCCAAGAAAATGAGGCAG
AACAGGCCAATCCCTCACTGGATTCGTCTTCGCACTGACAATACCATCAGGTACAACGCA
AAGCGTAGACACTGGCGCAGAACCAAGCTTGGATTCTAAGCTGTCTTACCTTCGCCTATT
TGTGAAATCTCTGTTCTTTCTAAGACATTGTTTTCCTTTGTTTGGTTCTTTAGTGATTTG
TTTTCTCAGTTTTGATTGTGTCAGTTGCATTGTTCACAGTTTTGTAAGACAATCTTTTGA
TTAATTATGTTTCCAGAC
C

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR3DK47TF 367 0 0
G
CTCTGTTGTCGGCTCGGTCCCAGAACCAAGATCGCAGTGCTTCAAGATGCCGTCGCACAA
GTCATTCATGATCAAGAAGAAGCTTGCCAAGAAAATGAGGCAGAACAGGCCAATCCCTCA
CTGGATTCGTCTTCGCACTGACAATACCATCAGGTACAACGCAAAGCGTAGACACTGGCG
CAGAACCAAGCTTGGATTCTAAGCTGTCTTACCTTCGCCTATTTGTGAAATCTCTGTTCT
TTCTAAGACATTGTTTTCCTTTGTTTGGTTCTTTAGTGTTTTGTTTTCTCAGTTTTGATT
GTGTCAGTTGCATTGTTCACAGTTTTGTAAGACAATCTTTTGATCAATTATGTTTCCAGA
CTATCT

QA 2 367 2 367
DS 

RD RR3BK32TF 334 0 0
G
GATCGCAGTGCTTCAAGATGCCGTCGCACAAGTCATTCATGATCAAGAAGAAGCTTGCCA
AGAAAATGAGGCAGAACAGGCCAATCCCTCACTGGATTCGTCTTCGCACTGACAATACCA
TCAGGTACAACGCAAAGCGTAGACACTGGCGCAGAACCAAGCTTGGATTCTAAGCTGTCT
TACCTTCGCCTATTTGTGAAATCTCTGTTCTTTCTAAGACATTGTTTTCCTTTGTTTGGT
TCTTTAGTGATTTGTTTTCTCAGTTTTGATTGTGTCAGTTGCATTGTTCACAGTTTTGTA
AGACAATCTTTTGATTAATTATGTTTCCAGACT

QA 2 334 2 334
DS 



CO CL617Contig2 383 4 6 U
GGATAGTCTGGAAACATAATTGATCAAAAGATTGTCTTACAAAACTGTGAACAATGCAAC
TGACACAATCAAAACTGAGAAAACAAAACACTAAAGAACCAAACAAAGGAAAACAATGTC
TTAAAAAGAACAGAGCTTTCACAAATATGCAAAGTTACGACAGCTTAAAATCCAAACTTG
GTTCTGCGCCAGTGTCTACGCTTTGCGTTGTACCTGATGGTATTGTCAGTGCGAAGACGA
ATCCAGTGAGGGATTGGCCTGTTCTGCCTCATTTTCTTGGCAAGCTTCTTCTTGATCATG
AATGACTTGTGCGACGGCATCTTGAAGCACTGCGATCTTGGTTCTGGGACCGAGCCGACA
ACAGAGAGAAACCCTAAATCTCC


BQ
10 10 10 10 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FJ56TF C 1
AF RR3FJ56JQ U 1
AF RR3CA26JQ U 6
AF RR3CA26TF C 6
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BS 359 359 RR3CA26JQ
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BS 367 375 RR3FJ56JQ
BS 376 383 RR3CA26JQ

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GGAT
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AAAGAACAGAGCTTTCACAAATATGCAAAGTTACGACAGCTTAGAATCCAAACTTGGTTC
TGCGCCAGTGTCTACGCTTTGCGTTGTACCTGATGGTATTGTCAGTGCGAAGACGAATCC
AGTGAGGGATT

QA 5 255 5 255
DS 

RD RR3FJ56JQ 377 0 0
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TGACACAATCAAAACTGAGAAAACAAAACACTAAAGAACCAAACAAAGGAAAACAATGTC
TTAAAAAGAACAGAGCTTTCACAAATATGCAAAGTTACGACAGCTTAAAATCCAAACTTG
GTTCTGCGCCAGTGTCTACGCTTTGCGTTGTACCTGATGGTATTGTCAGTGCGAAGACGA
ATCCAGTGAGGGATTGGCCTGTTCTGCCTCATTTTCTTGGCAAGCTTCTTCTTGATCATG
AATGACTTGTGCGACGGCATCTTGAAGCACTGCGATCTTGGTTCTGGGACCGAGCCGAAA
ACAGAAAGAAACCCT
CC

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR3CA26JQ 378 0 0
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AAGAACAGAGCTTTCACAAATATGCAAAGTTACGACAGCTTAAAATCCAAGCTTGGTTCT
GCGCCAGTGTCTACGCTTTGCGTTGTACCTGATGGTATTGTCAGTGCGAAGACGAATCCA
GTGAGGGATTGGCCTGTTCTGCCTCATTTTCTTGGCAAGCTTCTTCTTGATCATGAATGA
CTTGTGCGACGGCATCTTGAAGCACTGCGATCTTGGTTCTGGGACCGAGCCGACAACAGA
GAGAAACCCTAAATCTCC

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR3CA26TF 378 0 0
GTCTGGAAACATAATTGATCAAAAGATTGTCTTACAAAACTGTGAACAATGCAACTGACA
CAATCAAAACTGAGAAAACAAAACACTAAAGAACCAAACAAAGGAGAACAATGTCTTAGA
AAGAACAGAGCTTTCACAAATATGCAAAGTTACGACAGCTTAGAATCCAAGCTTGGTTCT
GCGCCAGTGTCTACGCTTTGCGTTGTACCTGATGGTATTGTCAGTGCGAAGACGAATCCA
GTGAGGGATTGGCCTGTTCTGCCTCATTTTCTTGGCAAGCTTCTTCTTGATCATGAATGA
CTTGTGCGACGGCATCTTGAAGCACTGCGATCTTGGTTCTGGGACCGAGCCGACAACAGA
GAGAAACCCTAAATCTCC

QA 1 378 1 378
DS 



AS 2 8

CO CL618Contig1 1032 6 18 U
GGAACCCTTCAGATCTCTCACAAACTGCTCTCTCTCTCTACGCATCACTCCCCAAAGCGG
TTAACAATGTCAGCCGCCGCCGCATCCTCCACGATCTCCGTCGCCGCCACCAACCCCCTC
AAGACCCTATCCCTCATCTCGGAGCCAGCACAATGGAGGCTCAGGAAGGAGTTGCTATTG
AGATTGCTGAAGCTGTTGTTGGTGCTTTGAATGGAGAGCTTGCTGCTACTGCTGTCAATG
CTCCTATGGTTTCTGCTGAGGTTCTGACTGAGCTGAAACCATACGTGATACTAGCCGAGA
AGCTAGGGAGACTAGCGGTGCAGCTAGTGGCTGGAGGAAGCGGCGTGAAGAACGTGAAAG
TTTCATACACCTCAGCAAGAGCCACTGATGATCTCGACACGAGACTGCTCCGAGCCATGA
TCACCAAGGGAATCATCGAGCCGATCTCCGACGTATACGTCAACTTGGTCAACGCTGACT
TCACAGCCAAGCAGAGAGGTCTCAGACTCTCGGAGGAGCGTGTGCTCTTGGACGGGTCGC
CAGAGAACCCGTTGGAGACCATAACAGTTCAGCTGGGAAACGTGGAGTCCAAGTTCGCTA
GTTCCTTGTCTGAATCAGGAGAGGTGAAAGTGGAAGGAAGGGTGAAAGACGGGATCCCGC
ATCTGACGAAGGTTGGATCTTTTGAGGTGGATGTGACTCTTGAAGGTAGTATCATACTGT
GCAGGCAGGTTGATCAGCCGGGTATGATTGGAACGGTGGGGAGCATTCTTGGAGAGTCTA
ATGTGAATGTTAACTTCATGAGCGTTGGGAGGATTGCGCCGAGGAAGCAAACGATCATGG
CGATTGGTGTAGATGATCAGCCAAGCAAGGAGACGCTTAAGAAGATTGGAGAGATCCCAG
CGGTCGAGGAGTTTGTTTTCCTCAAGCTCTAAGTTTGCTGCATTGTTGTTGTTGTTGTTG
ATTTTTGAACCTTGAATCTTGAATGTGAGGGAGGGAGGATTTGATGAAGTGTTTTACCTT
TACTGGGTTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 20 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3AF29TF U 1
AF RR3BL53TF U 146
AF RR3BL53JQ C 248
AF RR3FO38TF U 285
AF RR3AF29JQ C 253
AF RR3FO38JQ C 588
BS 1 518 RR3AF29TF
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BS 520 538 RR3AF29TF
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BS 768 982 RR3FO38TF
BS 983 998 RR3BL53JQ
BS 999 1032 RR3AF29JQ

RD RR3AF29TF 767 0 0
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TTAACAATGTCAGCCGCCGCCGCATCCTCCACGATCTCCGTCGCCGCCACCAACCCCCTC
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CTCCTATGGTTTCTGCTGAGGTTCTGACTGAGCTGAAACCATACGTGATACTAGCCGAGA
AGCTAGGGAGACTAGCGGTGCAGCTAGTGGCTGGAGGAAGCGGCGTGAAGAACGTGAAAG
TTTCATACACCTCAGCAAGAGCCACTGATGATCTCGACACGAGACTGCTCCGAGCCATGA
TCACCAAGGGAATCATCGAGCCGATCTCCGACGTATACGTCAACTTGGTCAACGCTGACT
TCACAGCCAAGCAGAGAGGTCTCAGACTCTCGGAGGAGAGTGTGCTCTTGGACGGGTCTC
CAGAGAATCCGTTGGAGACCATAACAGTTCAGCTGGGAAACGTGGAGTCCAAGTTCGCTA
GTTCCTTGTCTGAATCAGGAGAGGTGAAAGTGGAAGGAAGGGTGAAAGACGGGATCCCGC
ATCTGACGAAG*TTGGATCTTTTGAG*TGGATGTGACTCTTGAAAGTAGTATCATACTGT
GCAG*CAGGTTGATCAGCCGGGTATGATTGGAACGGTGGGGAGCATT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3BL53TF 588 0 0
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TTTGAATGGAGAGCTTGCTGCTACTGCTGTCAATGCTCCTATGGTTTCTGCTGAGGTTCT
GACTGAGCTGAAACCATACGTGATACTAGCCGAGAAGCTAGGGAGACTAGCGGTGCAGCT
AGTGGCTGGAGGAAGCGGCGTGAAGAACGTGAAAGTTTCATACACCTCAGCAAGAGCCAC
TGATGATCTCGACACGAGACTGCTCCGAGCCATGATCACCAAGGGAATCATCGAACCGAT
CTCCGACGTATACGTCAACTTGGTCAACGCTGACTTCACAGCCAAGCAGAGAGGTCTCAG
ACTCTCGGAGGAGCGTTTGCTCTTGGACGGGTCGCCAGAGAACCCGTTGGAGACCATAAC
AGTTCAGCTGGGAAACGCGGAGTCCAAGTTCGCTAGTTCCTTGTCTGAATCAGGAGAGGT
GAAAGTGGAAGGAAGGGTGAAAGACGGGATCCCGCATCTGACGAAGGTTGGATCTTTTGA
GGTGGATGTGACTCTTGAAGGTAGTATCATACTGTGCAG
CAGTTGATC

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3BL53JQ 759 0 0
GGTTT
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AGAGAGGTTTCAGACTCTCGGAGGAGCGTTTGCTCTTGGACGGGTCGCCAGAGAACCCGT
TGGAGACCATAACAGTTCAGCTGGGAAACGCGGAGTCCAAGTTCGCTAGTTCCTTGTCTG
AATCAGGAGAGGTGAAAGTGGAAGGAAGGGTGAAAGACGGGATCCCGCATCTGACGAAGG
TTGGATCTTTTGAGGTGGATGTGACTCTTGAAGGTAGTATCATACTGTGCAGGCAGGTTG
ATCAGCCGGGTATGATTGGAACGGTGGGGAGCATTCTTGGAGAGTCTAATGTGAATGTTA
ACTTCATGAGCGTTGGGAGGATTGCGCCGAGGAAGCAAGCGATCATGGCGATTGGTGTAG
ATGATCAGCCAAGCAAGGAGACGCTTAAGAAGATTGGAGAGATCCCAGCGGTCGAGGAGT
TTGTTTTCCTCAAGCTCTAAGTTTGCTGCATTGTTGTTGTTGTTGTTGATTTTTGAACCT
TGAATCTTGAATGTGAGGGAGGGAGG
ATTTGATG

QA 6 751 6 751
DS 

RD RR3FO38TF 700 0 0
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GTGAAGAACGTGAAAGTTTCATACACCTCAGCAAGAGCCACTGATGATCTCGACACGAGA
CTGCTCCGAGCCATGATCACCAAGGGAATCATCGAGCCGATCTCCGACGTATACGTCAAC
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CTCTTGGACGGGTCGCC*GAGAACCCGTTGGAGACCATAACAGTTCAGCTGGGAAACGTG
GAGTCCAAGTTCGCTAGTTCCTTGTCTGAATCAGGAGAGGTGAAAGTGGAAGGAAGGGTG
AAAGACAGGATCCCGCATCTGACGAAGGTTGGATCTTTTGAGGTGGATGTGACTCTTGAA
GGTAGTATCATACTGTGCAGGCAGGTTGATCAGCCGGGTATGATTGGAACGGTGGGGAGC
ATTCTTGGAGAGTCTAATGTGAATGTTAACTTCATGAGCGTTGGGAGGATTGCGCCGAGG
AAGCAAACGATCATGGCGATTGGTGTAGATGATCAGCCAAGCAAGGAGACGCTTAAGAAG
ATTGGAGAGATCCCAGCGGTCGAGGAGTTTGTTTTCCTCAAGCTCTAAGTTTGCTGCATT
GTTGTTGTTGTTGTTGATTTTTGAACCTTGAATCTTGA
TG

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3AF29JQ 780 0 0
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TAGCGGTGCAGCTAGTGGCTGGAGGAAGCGGCGTGAAGAACGTGAAAGTTTCATACACCT
CAGCAAGAGCCACTGATGATCTCGACACGAGACTGCTCCGAGCCATGATCACCAAGGGAA
TCATCGAGCCGATCTCCGACGTATACGTCAACTTGGTCAACGCTGACTTCACAGCCAAGC
AGAGAGGTCTCAGACTCTCGGAGGAGAGTGTGCTCTTGGACGGGTCTCCAGAGAATCCGT
TGGAGACCATAACAGTTCAGCTGGGAAACGTGGAGTCCAAGTTCGCTAGTTCCTTGTCTG
AATCAGGAGAGGTGAAAGTGGAAGGAAGGGTGAAAGACGGGATCCCGCATCTGACGAAGG
TTGGATCTTTTGAGGTGGATGTGACTCTTGAAGGTAGTATCATACTGTGCAGGCAGGTTG
ATCAGCCGGGTATGATTGGAACGGTGGGGAGCATTCTTGGAGAGTCTAATGTGAATGTTA
ACTTCATGAGCGTTGGGAGGATTGCGCCGAGGAAGCAAGCGATCATGGCGATTGGTGTAG
ATGATCAGCCGAGCAAGGAGACGCTTAAGAAGATTGGAGAGATCCCAGCGGTCGAGGAGT
TTGTTTTCCTCAAGCTCTAAGTTTGCTGCATTGTTGTTGTTGTTGTTGATTTTTGAACCT
TGAATCTTGAATGTGAGGGAGGGAGGATTTGATGAAGTGTTTTACCTTTACTGGGTTTTA

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3FO38JQ 445 0 0
TCCAAGTTCGCTAGTTCCTTGTCTGAATCAGGAGAGGTGAAAGTGGAAGGAAGGGTGAAA
GACAGGATCCCGCATCTGACGAAGGTTGGATCTTTTGAGGTGGATGTGACTCTTGAAGGT
AGTATCATACTGTGCAGGCAGGTTGATCAGCCGGGTATGATTGGAACGGTGGGGAGCATT
CTTGGAGAGTCTAATGTGAATGTTAACTTCATGAGCGTTGGGAGGATTGCGCCGAGGAAG
CAAACGATCATGGCGATTGGTGTAGATGATCAGCCAAGCAAGGAGACGCTTAAGAAGATT
GGAGAGATCCCAGCGGTCGAGGAGTTTGTTTTCCTCAAGCTCTAAGTTTGCTGCATTGTT
GTTGTTGTTGTTGATTTTTGAACCTTGAATCTTGAATGTGAGGGAGGGAGGATTTGATGA
AGTGTTTTACCTTTACTGGGTTTTA

QA 1 445 1 445
DS 



CO CL618Contig2 446 2 3 U
TAAAACCCAGTAAAGGTAAAACACTTCATCAAATCCTCCCTCCCTCCCCCACATTCAAAA
TTCAAGGGTCAAAAATCAACAACAACAACAACAATGCAGCAAACTTAAAGCTTGAGGAAA
ACAAACCCCTCGACCGCTGGGATCTCTCCAATCTTCTTAAGCGTCTCCTTGCTTGGCTGA
TCATCTACACCAATCGCCATGATCGCTTGCTTCCTCGGCGCAATCCTCCCAACGCTCATG
AAGTTAACATTCACATTAAACTCTCCAAGAATGCTACCCACCGTCCCAATCATACCCGGC
TGATCAACCTGCCTGCACAGTATGATACTACCTTCAAGAATCACATCCACTTCAAAAGAC
CCAACCTTTGTCAAATGCGGGATTCCATCTTTAACCCTTCCTTCCACTTTCACCTCTCCT
GACTCAGACAAGGAACTAGCGAACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CGTCCCAATCATACCCGGCTGATCAACCTGCCTGCACAGTATGATACTACCTTCAAGAAT
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ACAAACTCCTCGACCGCTGGGATCTCTCCAATCTTCTTAAGCGTCTCCTTGCTTGGCTGA
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AAGTTAACATTCACATTAGACTCTCCAAGAATGCTACCCACCGTCCCAATCATACCCGGC
TGATCAACCTGCCTGCACAGTATGATACTACCTTCAAGAGTCACATCCACTTCAAAAGAC
CCAACCTTTGTCAAATGCGGGATTCCATCTTTAACCCTTCCTTCCACTTTCACCTCTCCT
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DS 



AS 1 8

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CTTACCCACCAGGCACAGCTCCACCGCCTCAACAAGGCGGTGGCATCGCCGGAGTGATAG
TGGATCCAAGGTTCTGTGCTCCGTATCCCGTGGATCTGGCGATCGTGCGGAAGATGATGA
CGCTGACTGACGGTAACTTCGTTATAACGGACGTTAACGGGAACTTGCTGTTCAAGGTGA
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TCTTGACTTTGAGAGAGAAGATGGTGAGTTTGCACGACAGGTGGCAAGTATTTAGAGGAG
GGAGTACGGAGCAGCGTGATCTGCTGTACACGGTTAAGAGATCGTCGATGCTTCAGTTTA
AGACCAAACTCGATGTGTTTTTGAGTCACAATAAGGATGAGAAGAGATGTGATTTTCGGG
TCAAAGGGAGCTGGTTCGAGCGCTCTTGTGTCGTCTATGCCGGCGAATCTGACGCCATCG
TTGCCCAAATGCACAAGAAGCACACGGTGCAGAGCGTGTTCTTGGGAAAAGACAATTTCT
CGGTTACGGTTTATCCAAACGTGGACTATGCCTTCATTGCCTCTCTCGTCGTCATCCTCG
ATGACGTTAACCGAGAAGACCGTGCCGCAGGCAGCAGCTGATCAGATCAGACGTGTGTGT
GTGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGT**ATGAGAGAGAGAGAGAGGAGCCTGCTCACTCGCTT
GCCCACGTTATGCTTTTGACTTTGTGTTGTACCTATATTCTTTAAACTTTGCACTTTTTG
GAAGGTGGACTTGTTCTATGTGTGATCTTTCCAGTTGTAAAATAATACAAATGTATGTAT
AATGTATCGTTAGCCGTCACGCACAATTATTACTATATATGTTATGTTTTTTCTTTTCTG
TTACT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 5 15 15 15 15 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 0 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

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CGG

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GGG
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CTTGCTGTTCAAGGTGAAGGAGCCGGTGTTTGGTCTTCATGACAAGAGGGTTTTATTGGG
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TATATTC

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GAGTTTGCACGACAGGTGGCAAGTATTTAGAGGAGGGAGTACGGAGCAGCGTGATCTGCT
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GAGAGAGAGAGAGAGAGGAGCCTGCTCACTCGCTTGCCCACGTTATGCTTTTGACTTTGT
GTTGTACCTATATTCTTTAAACTTTGCACTTTTTGGAAGGTGGACTTGTTCTATGTGTG

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DS 

RD RR3B196JQ 700 0 0
G
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AGGAGGGAGTACGGAGCAGCGTGATCTGCTGTACACGGTTAAGAGATCGTCGATGCTTCA
GTTTAAGACCAAACTCGATGTGTTTTTGAGTCACAATAGGGATGAGAAGAGATGTGATTT
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CATCGTTGCCCAAATGCACAAGAAGCACACGGTGCAGAGCGTGTTCTTGGGAAAAGACAA
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CCTCGATGACGTTAACCGAGAAGACCGTGCCGCAGGCAGCAGCTGATCAGATCAGACGTG
TGTGTGTGT*******GTGTGTGTGTGT**ATGAGAGAGAGAGAGAGGAGCCTGCTCACT
CGCTTGCCCACGTTATGCTTTTGACTTTGTGTTGTACCTATATTCTTTAAACTTTGCACT
TT**GGAAGGTGGACTTGTTCTATGTGTGATCTTTCCAGTTGTAAAATAATACAAATGTA
TGTATAATGTATCGTTAGCCGTCACGCACAATTATTACT

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DS 

RD RR3B196TF 700 0 0
G
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TCCTGTCTTGACTTTGAGAGAGAAGATGGTGAGCTTGCACGACAGGTGGCAAGTATTTAG
AGGAGGGAGTACGGAGCAGCGTGATCTGCTGTACACGGTTAAGAGATCGTCGATGCTTCA
GTTTAAGACCAAACTCGATGTGTTTTTGAGTCACAATAGGGATGAGAAGAGATGTGATTT
TAGGGTCAAAGGGAGCTGGTTCGATCGCTCTTGTGTCGTCTATGCCGGAGAATCTGACGC
CATCGTTGCCCAAATGCACAAGAAGCACACGGTGCAGAGCGTGTTCTTGGGAAAAGACAA
TTTCTCGGTTACGGTTTATCCAAACGTGGACTATGCCTTCATTGCCTCTCTCGTCGTCAT
CCTCGATGACGTTAACCGAGAAGACCGTGCCGCAGGCAGCAGCTGATCAGATCAGACGTG
TGTGTGTGT*******GTGTGTGTGTGT**ATGAGAGAGAGAGAGAGGAGCCTGCTCACT
CGCTTGCCCACGTTATGCTTTTGACTTTGTGTTGTACCTATATTCTTTAAACTTTGCACT
TT**GGAAGGTGGACTTGTTCTATGTGTGATCTTTCCAGTTGTAAAATAATACAAATGTA
TGTATAATGTATCGTTAGCCGTCACGCACAATTATTACT

QA 2 700 2 700
DS 

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AACGGACGTTAACGGGAACTTGCTGTTCAAGGTGAAGGAGCCGGTGTTTGGTCTTCATGA
CAAGAGGGTTTTATTGGATGGTTCTGGATCTCCTGTCTTGACTTTAAGAGAGAAGATGGT
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TTGTGTCGTCTATGCCGGCGAATCTGACGCCATCGTTTCCCAAATGCACAAGAAGCACAC
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CTATGCCTTCATTGCCTCTCTCGTCGTCATCCTCGATGACGTTAACCGAGAAGACCGTGC
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GTTGTACCTATATTCTTTAAACTTTGCACTTTTTGGAAGGTGGACTTGTTCTATGTGTGA
TCTTTCCAGTTGTAAAATAATACAAATGTATGTATAATGTATCGTTAGCCGTCACGCACA
ATTATTACT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3C454JQ 834 0 0
TTCTGTGCTCCGTATCCCGTGGATCTG*CGATCGTGCGGAAGATGATGACGCTGACTGAC
GGTAACTTCGTTATAACGGACGTTAACGGGAACTTGCTGTTCAAGGTGAAGGAGCCGGTG
TTTGGTCTTCATGACAAGAGGGTTTTATTGGGTGGTTCTGGATCTCCTGTCTTGACTTTG
AGAGAGAAGATGGTGAGTTTGCACGACAGGTGGCAAGTATTTAGAGGAGGGAGTACGGAG
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TGGTTCGAGCGCTCTCGTGTCGTCTATGCCGGCGAATCTGACGCCATCGTTGCCCAAATG
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GCTTTTGACTTTGTGTTGTACCTATATTCTTTAAACTTTGCACTTTTTGGAAGGTGGACT
TGTTCTATGTGTGATCTTTCCAGTTGTAAAATAATACAAATGTATGTATAATGTATCGTT
AGCCGTCACGCACAATTATTACTATATATGTTATGTTTTTTCTTTTCTGTTACT

QA 1 834 1 834
DS 



AS 2 8

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TCCGATACTCCAAACCAAAAGGCTTCCATAGATTTCCGTTTGGTTCTATAGGGTTCTCCG
ACTGAATTTTGGTTGCGGGCGAATTGGATTGGAAAATGGCGCAGGGTGTAGAAGAATGGT
ACAAACAGATGCCGATCATCACTCGCTCCTATCTCACGGCCGCTGTTGTCACCACCGTCG
GATGTTCCCTCGATATAATATCACCGTATAGTCTCTACTTGAATCCCACCCTTGTGGTGA
AGCAACACCAGTACTGGCGTCTCTTTACCAACTTCTTGTATTTCAGGAAGATGGATTTGG
ACTTCATGTTCCATATGTTCTTTCTCGCACGATACTGCAAACTCCTTGAAGAAAACTCAT
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GTATTGTTCTCCTCGGCGGAATGATACCCTACTTATCCGCATCCTTTGCCAAAATCATCT
TCCTCAGCAACTCCTTAACTTTCATGATGGTATATGTGTGGAGTAAACAGAATCCTTATA
TTCACATGAGTTTCCTTGGTCTTTTCACCTTCACAGCAGCTTACCTACCATGGGTGCTTC
TTGGGTTCTCTGTACTTGTTGGTGCCAGTCCTTGGGTGGATCTTCTGGGTATGATAGCAG
GTCATGCTTACTACTTTCTGTCCGAGGTGTATCCGCGAATGACTAATCGTCGTCCTCTAA
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TCCAAAACCGGAACACCGATTTCGTTTGGTCAGATATAAAATGGTATGCAGTGGAAAAAG
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CTTTCATTTTAGCGCTTATGTTCTCCTTATTGACACACTCAAGTTGTACACAAACCTCCA
GTTATGTCTACAATGTTAATTATCGTCTTCAG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 0 10 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3AR49TF U 26
AF RR3CC02TF U 1
AF RR3GS55TF U 3
AF RR3FC14TF U 167
AF RR3FC14JQ C 457
AF RR3AR49JQ C 460
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RD RR3AR49TF 690 0 0
GG
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ATAGTCTCTACTTGAATCCCACCCTTGTGGTGAAGCAACACCAGTACTGGCGTCTCTTTA
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TGGTATATGTGTGGAGTAAACAGAATCCTTATATTCACATGAGTTTCCTTGGTCTTTTCA
CCTTCACAGCAGCTTACCTACCATGGGTGCTTCTTGGGTTCTCTGTACTTGTTGGTGCCA
GTCCTTGGGTGGATCTTCTGGGTATGAT

QA 3 690 3 690
DS 

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GATGTTCCCTCGATATAATATCACCGTATAGTCTCTACTTGAATCCGACCCTTGTGGTGA
AGCAACACCAGTACTGGCGTCTCTTTACCAACTTCTTGTATTTCAGGAAGATGGATTTGG
ACTTCATGTTCCATATGTTCTTTCTCGCACGTTACTGCAAACTCCTTGAAGAAAACTCCT
TCAGGGGAAAGACTGCTGATTTCCTTTACATGCTTCTCTTTGGTGCTACTGTACTTACTG
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TCCTCAGCAACTCTTTAACTTTCATGATGGTATATGTGTGGAGCAAACAGAATCCTTATA
TTCACATGAGTTTCCTTGGTCTTTTCACCTTCACAGCAGCTTACCTACCATGGGTGCTTC
TTGGGTTCTCTGTCCTTGTTGGTGCCAGTCCTTGGGTGGATCTTCTGGGTATGATAGCAG
*TCATGCTTACTACTT

QA 1 736 1 736
DS 

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GG
AAACGAATTTCTCAGTTTCGATTGTAATAAAAGTTTTGAATCTGAAAAAAACTCATTCCG
ATACTCCAAACCAAAAGGCTTCCATAGATTTCCGTTTGGTTCTATAGGGTTCTCCGACTG
AATTTTGGTTGCGGGCGAATTGGATTGGAAAATGGCGCAGGGTGTAGAAGAATGGTACAA
ACAGATGCCGATCATCACTCGCTCCTATCTCACGGCCGCTGTTGTCACCACCGTCGGATG
TTCCCTCGATATAATATCACCGTATAGTCTCTACTTGAATCCGACCCTTGTGGTGAAGCA
ACACCAGTACTGGCGTCTCTTTACCAACTTCTTGTATTTCAGGAAGATGGATTTGGACTT
CATGTTCCATATGTTCTTTCTCGCACGTTACTGCAAACTCCTTGAAGAAAACTCCTTCAG
GGGAAAGACTGCTGATTTCCTTTACATGCTCCTCTTTGGTGCTACTGTACTTACTGGTAT
TGTTCTCCTCGGCGGTATGATTCCCTACTTATCCGCATCCTTTGCTAAAATCATCTTCCT
CAGCAACTCTTTAACTTTC****TGGTATATGTGTGGAGCAAACAGAATCCTTATATTCA
CATGAGTTTCCTTGGTCTTTTCACCTTCACAGCAGCTTACCTACCATGGGTGCTTCTTGG
GTTCTCTGTCCTTGTTGGTGCCAGTCCTTGGGTGGATCTTCTGGGTATGATAGCAG*TCA
TGCTTACTACTTTCTGTCCGAGGTGTATCCGCGAATG

QA 3 759 3 759
DS 

RD RR3FC14TF 735 0 0
G
GTAGAAGAATGGTACAAACAGATGCCTATCATCACTCGCTCCTATCTCACGGCGGCTGTT
GTCACCACCGTCGGATGTTCCCTCGATATTATATCTCCGTATAGTCTCTACTTGAATCCC
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AAGATGGATTTGGACTTCATGTTCCATATGTTCTTTCTCGCACGATACTGCAAACTCCTT
GAAGAAAACTCATTCAGGGGAAAGACTGCTGATTTCCTTTACATGCTCCTTTTTGGAGCA
ACTGTACTTACTGGTATTGTTCTCCTCGGCGGAATGATACCCTACTTATCCGCATCCTTT
GCCAAAATCATCTTCCTCAGCAACTCCTTAACTTTCATGATGGTATATGTGTGGAGTAAA
CAGAATCCTTATATTCACATGAGTTTCCTTGGTCTTTTCACCTTCACAGCAGCTTACCTA
CCATGGGTGCTTCTTGGGTTCTCTGTACTTGTTGGTGCCAGTCCTTGGGTGGATCTTCTG
GGTATGATAGCAGGTCATGCTTACTACTTTCTGTCCGAGGTGTATCCGCGAATGACTAAT
CGTCGTCCTCTAAAGACTCCAGCTTTCCTCAAAGCCCTGTTTGCAGATGAGCCAGTCGTG
GTGGCACGGCCAGAGAACGTTATGTTTGCCCCTGCACCCTTCGATGAAATCCACCAAGAC
TGATCACTACA
CTT

QA 2 732 2 732
DS 

RD RR3FC14JQ 716 0 0
TTT
TTGGAGCAACTGTACTTACTGGTATTGTTCTCCTCGGCGGAATGATACCCTACTTATCCG
CATCCTTTGCCAAAATCATCTTCCTCAGCAACTCCTTAACTTTCATGATGGTATATGTGT
GGAGTAAACAGAATCCTTATATTCACATGAGTTTCCTTGGTCTTTTCACCTTCACAGCAG
CTTACCTACCATGGGTGCTTCTTGGGTTCTCTGTACTTGTTGGTGCCAGTCCTTGGGTGG
ATCTTCTGGGTATGATAGCAGGTCATGCTTACTACTTTCTGTCCGAGGTGTATCCGCGAA
TGACTAATCGTCGTCCTCTAAAGACTCCAGCTTTCCTCAAAGCCCTGTTTGCAGATGAGC
CAGTCGTGGTGGCACGGCCAGAGAACGTTAGGTTTGCCCCTGCACCCTTCGATGAAATCC
ACCAAGACTGATCACTACACTTCCAAAACCGGAACACCGATTTCGTTTGGTCAGATATAA
AATGGTATGCAGTGGAAAAAGATAATAGCACAAAGCCTATTGACTATGACACGCTAGTTG
TGAAGTAGTGTTAGTCTCAAGTAGTCTGGTGTCTCTTGGTTCCCTTCTGGTTTCTCTCAT
CGTGTTGTGTATACAGATTTGCTTTCATTTTAGCGCTTATGTTCTCCTTATTGACACACT
CAAGTTGTACACAAACCTCCAGTTATGTCTACAATGTTAATTATCGTCTTCAG

QA 4 716 4 716
DS 

RD RR3AR49JQ 712 0 0
TTGGAGCAACTGTACTTACTGGTATTGTTCTCCTCGGCGGAATGATACCCTACTTATCCG
CATCCTTTGCCAAAATCATCTTCCTCAGCAACTCCTTAACTTTCATGATGGTATATGTGT
GGAGTAAACAGAATCCTTATATTCACATGAGTTTCCTTGGTCTTTTCACCTTCACAGCAG
CTTACCTACCATGGGTGCTTCTTGGGTTCTCTGTACTTGTTGGTGCCAGTCCTTGGGTGG
ATCTTCTGGGTATGATAGCAGGTCATGCTTACTACTTTCTGTCCGAGGTGTATCCGCGAA
TGACTAATCGTCGTCCTCTAAAGACTCCAGCTTTCCTCAAAGCCCTGTTTGCAGATGAGC
CAGTCGTGGTGGCACGGCCAGAGAACGTTAGGTTTGCCCCTGCACCTTTCGATGAAATCC
ACCAAGACTGATCACTACACTTCCAAAACCGGAACACCGATTTCGTTTGGTCAGATATAA
AATGGTATGCAGTGGAAAAAGATAATAGCACAAAGCCTATTGACTATGACACGCTAGTTG
TGAAGTAGTGTTAGTCTCAAGTAGTCTGGTGTCTCTTGGTTCCCTTCTGGTTTCTCTCAT
CGTGTTGTGTATACAGATTTGCTTTCATTTTAGCGCTTATGTTCTCCTTATTGACACACT
CAAGTTGTACACAAACCTCCAGTTATGTCTACAATGTTAATTATCGTCTTC
G

QA 1 711 1 711
DS 



CO CL620Contig2 777 2 3 U
GATATTCGAAGACAATAATCAACATTTTAGACATAACTGGAGGTTTGTGTACAACTTGAG
TGTGTCAATAAAGAGAACATAAGCGCTAAAATGAAAGCAAATCTGTATACACAACACGAT
GAGAGAAACCAGAAGGAACCAAGAGACACCAGACTACTTGAGACTAACACTTTCTTCACA
ACTAGCGTGTCATAGTCAATAGGCTTTGTGCTATTATCTTCTTCCACTGCATACCATTTT
ATATCTGACCAAACGAAATCGGTGTTCCGGTTTTGAAATTGTAGTGATCAGTCTTGGTGG
ATTTCATCGAAAGGTGCAGCGGCAAACCTAACGTTCTCTGGCCGTGCCACCACGACTGGT
TCATCTGCAAACAGGGCTTTGAGGAAAGCTGGAGTCTTTAAAGGACGACGATTAGTCATT
CGCGGATACACCTCGGACAGAAAGTAGTAAGCATGACCTGCTATCATACCCAGAAGATCC
ACCCAAGGACTGGCACCAACAAGGACAGAAAACCCAAGAAGCACCCATGGTAGGTAAGCT
GCTGTGAAGGTGAAAAGACCAAGGAAACTCATGTGAATATAAGGATTCTGTTTGCTCCAC
ACATATACCATCATGAAAGTTAAAGAGTTGCTGAGGAAGATGATTTTAGCAAAGGATGCG
GATAAGTAGGGAATCATACCGCCGAGGAGAACAATACCAGTAAGTACAGTAGCACCAAAG
AGGAGCATGTAAAGGAAATCAGCAGTCTTTCCCCTGAAAGAGTTTTCTTCAAGAGTT


BQ
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DS 

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ATATCTGACCAAACGAAATCGGTGTTCCGGTTTTGAAATTGTAGTGATCAGTCTTGGTGG
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TCATCTGCAAACAGGGCTTTGAGGAAAGCTGGAGTCTTTAAAGGACGACGATTAGTCATT
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DS 



AS 1 8

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BQ
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BS 712 776 RR3C422JQ
BS 777 777 RR3C788JQ
BS 778 785 RR3C422JQ
BS 786 786 RR3C788JQ
BS 787 991 RR3C422JQ
BS 992 992 RR3C788JQ
BS 993 1224 RR3C422JQ

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GG
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GTTA***CAGTGGTGGAGAACAAGAAAGTGATACTAAAGAATTACGTAGATGGTATTCCT
ACAGAAACAGACATGGAAGTGAAGATTGGAGACACAATTGAGCTTAAGGCACCAAAAGGA
TCCTCTTGCTTCCTCGTCAAAAATCTCTACTTGTCTTGCGATCCTTACATGAGAGGTCGT
ATGCGCGATTTTCACGGCTCATACCTCCCTCCCTTTCTTCCTGGTCAACGTATTGAAGGG
TTCGGTTTAGCAAAGGTGATAGATTCTGATGATCCCAATTACACGCCGGGCGAGTTAATC
TGCGGGATTACTGGTTGGGAAGAATACAGTTTGCTTCGCGGCTCAAATGAGTTACAGTTG
AGAAAGATTCAGCTAGACGATGACATTCCACTTTCTTATCATCTTGGCCTTCTTGGAATG
GCTGGATTTACAGCGTATGCAGGGTTCTATGAGATATGCTCTCCGAAAAAAGGGGAGAGT
GTTTTTGTGTCTGCAGCTTCAGGAGCAGT

QA 3 571 3 571
DS 

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GGCC
ACCACAAACTTGAAATCACAAACGATTTCTGGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAATGGAAGAA
GTTA***CAGTGGTGGAGAACAAGAAAGTGATACTAAAGAATTACGTAGATGGTATTCCT
ACAGAAACAGACATGGAAGTGAAGATTGGAGACACAATTGAGCTTAAGGCACCAAAAGGA
TCCTCTTGCTTCCTCGTCAAAAATCTCTACTTGTCTTGCGATCCTTACATGAGAGGTCGT
ATGCGCGATTTTCACGGCTCATACCTCCCTCCCTTTCTTCCTGGTCAACGTATTGAAGGG
TTCGGTTTAGCAAAGGTGATAGATTCTGATGATCCCAATTACACGCCGGGCGAGTTAATC
TGCGGGATTACTGGTTGGGAAGAATACAGTTTGCTTCGCGGCTCAAATGAGTTACAGTTG
AGAAAGATTCAGCTAGACGATGACATCCCACTTTCTTATCATCTTGGCCTTCTTGGAATG
GCTGGATTTACAGCGTATGCAGGGTTCTATGAGATATGCTCTCCGAAAAAAGGGGAGAGT
GTTTTTGTGTCTGCAGCTTCAGGAGCAGTAGGACAACTTGTTGGTCAGCTAGCTAAGTTG
CATGGCTGCTACGTTGTTGGGAGTGCTGGTAGTAAACA

QA 5 642 5 642
DS 

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AAAAAAAAGAAAAATGGAAAAAGTTATTACAGTGGTGGAGAACAAGAAAGTGATACTAAA
GAATTACGTAGATGGTATTCCTACAGAAACAGACATGGAAGTGAAGATTGGAGACACAAT
TGAGCTTAAGGCACCAAAAGGATCCTCTTGCTTCCTCGTCAAAAATCTCTACTTGTCTTG
CGATCCTTACATGAGAGGTCGTATGTGCGATTTTCACGGCTCATATCTCCCTCCTTTTCT
TCCTGGTCAACGTATTGAAGGGTTCGGTTTAGCAAGGGTGGTAGATTCTGATGATCCCAA
TTACACGCCGGGCGAGTTAATCTGCGGGATTACTGGTTGGGAAGAATACAGTTTGCTTCG
CAGCTCAAATGAGTTACAGTTGAGAAAGATTCAGCTAGACGATGACATTCCACTTTCTTA
TCATCTTGGCCTTCTTGGAATGGCTGGATTTACAGCGTATGCAGGGTTTTATGAGATATG
CTCTCCGAAAAAAGGGGAGAGTGTTTTTGTGTCTGCAGCTTCAG*AGCAGTAG*ACAACT
TGTTGGTCAGCTAGCTAAGTTGCATGGCTGCTACGTTGTTGGGAGTGCTGGTAGTAAACA
AAAG
TTGATC

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DS 

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GG
ACCACAAACTTGAAATCACAAACGATTTCTGGAAAAGAAAAGAAAAGAAAAATGGAAGAA
GTTA***CAGTGGTGGAGAACAAGAAAGTGATACTAAAGAATTACGTAGATGGTATTCCT
ACAGAAACAGACATGGAAGTGAAGATTGGAGACACAATTGAGCTTAAGTCACCAAAAGGA
TCCTCTTGTTTCCTCGTCAAAAATCTCTACTTGTCTTGCGATCCTTACATGAGAGGTCGT
ATGCGCGATTTTCACGGCTCATACCTCCCTCCCTTTCTCCCTGGT*AACGTATTGAAGGG
TTCGGTTTAGCAAAGGTGATAGATTCTGATGATCCCAATTACACGCCGGGCGAGTTAATC
TGCGGGATTACTGGTTGGGAAGAATACAGTTTGCTTCGCGGCTCAAATGAGTTACAGTTG
AGAAAGATTCAGCTAGACGATGACATTCCACTTTCTTATCATCTTGGCCTTCTTGGAATG
GCTGGATTTACAGCGTATGCAGGGTTCTATGAGATATGCTCTCCGAAAAAAGGGGAGAGT
GTTTTTGTGTCTGCAGCTTCAGGAGCAGTAGGACAACTTGTTGGTCAGCTAGCTAAGTTG
CATGGCTGCTACGTTGTTGGGAGTGCTGGTAGTAAACAAAAG*TTGATCTTCTTAAAA*C
AAACTTGGGTTTGATGAAGCTTTTAACTA

QA 3 691 3 691
DS 

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ATCATCTTGGCCTTCTTGGAATGGCTGGATTTACAGCGTATGCAGGGTTCTATGAGATAT
GCTCTCCGAAAAAAGGGGAGAGTGTTTTTGTGTCTGCAGCTTCAGGAGCAGTAGGACAAC
TTGTTGGTCAGCTAGCTAAGTTGCATGGCTGCTACGTTGTTGGGAGTGCTGGTAGTAAAC
AAAAGGTTGATCTTCTTAAAAACAAACTTGGGTTTGATGAAGCTTTTAACTACAAGGAAG
AGGCTGATCTTGATGCCGCTTTGAAGAGGTATTTCCCGGAGGGGATCAATATCTACTCTG
ACAACGCGGGTGGATCCATGCTTGATGCAGCGCTCCTTAACATGAAGGTCCGTGGAAGAA
TCGCTCTCTGTGGAATGGTGTCTTTACAAAGCCTCTCAAGCTCATCACAAGGAATCAACA
ACCTGTACAACGCGATCCCCAAACGAGTAAGATTAGAAGGGTTCTTGCAAAGCGATTACA
TCCATATTTTCCCACAATTTCTTGAACATGTCGAAGAATATTACAAGGAAGGGAAGATTG
TGTACATCGAAGATATGTCAGAAGGCCTCGAGCTTGCTCCTGCTGCACTTGTCGGGTTGT
TTTCTGGGAAAAATGTTGGTAAACAGGTCGTTAGGGTTGCTAATGAGTGATTGTTTTTGA
AAGTATATTGCAGTGTCAGTAACACTGTTACGTTCAGAACAGACATTTTATGAATAAAGC
GGTGTTGTGCCTAACACTTCTTGCC

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DS 

RD RR3C788JQ 661 0 0
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ATGGCTGCTACGTTGTTGGGAGTGCTGGTAGTAAACAAAAGGTTGATCTTCTTAAAAACA
AACTTGGGTTTGATGAAGCTTTTAACTACAAGGAAGAGGCTGATCCTGATGCCGCTTTGA
AGAGGTATTTCCCGTAGGGGATCAATATCTACTTTGACAACGTGGGTGGATCCATGCTTG
ATGCAGCGCTCCTTAACATGAAGGTCCGTGGAAGAATCGCTCTCTGTGGAATGGTGTCTT
TACAAAGCCTCTCAAGCTCATCACAAGGAATCAACAACCTGTACAACGCGATCCCCAAAC
GAGTAAGATTAGAAGGGTTCTTGCAAAGCGATTACATCCATATTTTCCCACAATTTCTTG
AACATGTCAAAGAATATTACAAGGAAGGGAAGATTGTGTACATCGAAGATATGTCAGAAG
GCCTCTAGCTTGCTCCTGCTGCACTTGTCGGGTTGTTTTCTGGGAAAAATGTTGGTAAAC
AGGTCGTTAGGGTTGCTAATGAGTGATTGTTTTTGAAAGTATATTGCAGTGTCAGTAACA
CTGTTACGTTCAGAACAGACATTTTATGAATAAAGCGGTGTTGTGCCTAACACTTCTTGC
C

QA 1 661 1 661
DS 

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TTACAGCGTATGCAGGGTTTTATGAGATATGCTCTCCGAAAAAAGGGGAGAGTGTTTTTG
TGTCTGCAGCTTCAGGAGCAGTAGGACAACTTGTTGGTCAGCTAGCTAAGTTGCATGGCT
GCTACGTTGTTGGGAGTGCTGGTAGTAAACAAAAGGTTGATCTTCTTAAAAACAAGTTTG
GGTTTGATGAAGCTTTTAATTACAAGGAAGAGGCTGATCTTGATGCTGCTTTGAAGAGGT
ATTTCCCGGAGGGGATCAATATCTACTTTGACAACGTGGGTGGATCCATGCTTGATGCAG
CGCTCCTTAACATGAAGGTCCGTGGAAGAATCGCTCTCTGTGGAATGGTGTCTTTACAAA
GCCTCTCAAGCTCATCACAAGGAATCAACAACCTGTACAACGCGATCCCCAAACGAGTAA
GATTAGAAGGGTTCTTGCAAAGCGATTACGTCCATATTTTCCCTCAATTTCTTGAACATG
TCAAAGAATACTACAAGGAAGGGAAGATTGTGTACATCGAAGATATGTCAGAAGGCCTAG
AGCTTGCTCCTGCTGCACTTGTCGGGTTGTTTTCCGGGAAAAATGTTGGTAAACAGGTCG
TTAGGGTTGCTAATGAGTGATTATTTTTGAAAGTATATTGCAGTGTCAGTAACACTTTTA
CGTTCAGAAGAGACATTTTATGAATAAAGCGGTGTTGTGCC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3DO46JQ 717 0 0
TTGGAATGGCTGGATTTACAGCGTATGCAGGGTTCTATGAGATATGCTCTCCGAAAAAAG
GGGAGAGTGTTTTTGTGTCTGCAGCTTCAGGAGCAGTAGGACAACTTGTTGGTCAGCTAG
CTAAGTTGCATGGCTGCTACGTTGTTGGGAGTGCTGGTAGTAAACAAAAGGTTGATCTTC
TTAAAAACAAACTTGGGTTTGATGAAGCTTTTAACTACAAGGAAGAGGCTGATCTTGATG
CCGCTTTGAAGAGGTATTTCCCGGAGGGGATCAATATCTACTTTGACAACGTGGGTGGAT
CCATGCTTGATGCAGCGCTCCTTAACATGAAGGTCCGTGGAAGAATCGCTCTCTGTGGAA
TGGTGTCTTTACAAAGCCTCTCAAGCTCATCACAAGGAATCAACAACTTGTACAACGCGA
TCCCCAAACGAGTAAGATTAGAAGGGTTCTTGCAAAGCGATTACATCCATATTTTCCCAC
AATTTCTTGAACATGTCAAAGAATATTACAAGGAAGGGAAGATTGTGTACATCGAAGATA
TGTCAGAAGGCCTCGAGCTTGCTCCTGCTGCACTTGTCGGGTTGTTTTCTGGGAAAAATG
TTGGTAAACAGGTCGTTAGGGTTGCTAATGAGTGATTGTTTTTGAAAGTATATTGCAGTG
TCAGTAACACTGTTACGTTCAGAACAGACATTTTATGAATAAAGCGGTGTTGTGCC
C

QA 1 716 1 716
DS 



AS 2 6

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TTTTTGTCTTGTTGTCGGAGTGAAAATGGCGTCGTCGTACACGCTTTCCTTTATCCCTTT
GACGGTCGTCGTTCCCCGGCGGAGTGCATCATCATCATCTCCCTCTTCATTGATTCCTCC
TCCTCCTTCTCTGATAGGTAAGAAGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCGCTGCTT
CGTCTCCAAGAAGCACCGGTTCTTGACATCAGCCAGCACCGTCTTTAGCGTCCCAACTGC
GCAACCGGAGAACGGTTCTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGGGCGATAAA
ATCACTGGCAATGGGGGAATTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGA
GGCCATTCTCATGGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTCCTGAGGGG
GAACGGAATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATTAAGCTGCTAGGGAAATCAGA
TATGTACTTCTTCAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAAGGCCGTTGA
CTGGGCTGTTGACCAGAAGAAGAAATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTT
GCTTCTTGGGGTTTGGTCTCAGAAGGACTCAGCAGGCCGCCAGATTTTGGAGTCACTCGG
GTTCAACGAAGATAAAGCCAAACAAGTGACTGAATCGATGAATGAAGATGTAGATTTGAG
CTTCAAGAAACAAGGTCAATAGTGATGAGTTTTTATCTCAGTCTGTAACTGTATATGGAG
TAGCAAAAGCAACTCCTTATTCAACAAACCTGTCTCACTCTTATCAAATACGAGACACAG
GCCATCATCGTTAGCATTTTCTGTCTGTACACTTGGTTGCGGTTAAAGTTTTATTTTATT
TTTGCATTAGACAGCTATTCTGCATCTTATTATACAATTTACAACTTTCAAAAAATAATT
CAGTTGCTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DB63TF U 1
AF RR3B348TF U 6
AF RR3DB63JQ C 407
AF RR3B348JQ C 226
BS 1 108 RR3DB63TF
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BS 183 252 RR3DB63TF
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BS 311 621 RR3DB63TF
BS 622 785 RR3B348TF
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BS 826 826 RR3DB63JQ
BS 827 971 RR3B348JQ

RD RR3DB63TF 621 0 0
TTTTTGTCTTGTTGTCGGAGTGAAAATGGCGTCGTCGTACACGCTTTCCTTTATCCCTTT
GACGGTCGTCGTTCCCCGGCGGAGTGCATCATCATCATCTCCCTCTTCCTTGATTCCTCC
TCCTCCTTCTCTGATAGGTAAGAAGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCGCTGCTT
CTTCTCCAAGAAGCACCGGTTCTTGACATCAGCCAGCACCGTCTTTAGCGTCCCAACTGC
GCAACCGGAGAATGGTTCTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAA
ATCACTGGCGATGGGGGAATTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGA
GGCCATTCTCATGGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTCCTGAGGGG
GAACGGAATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATTAAGCTGCTAGGGAAATCAGA
TATGTACTTCTTCAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAAGGCCGTTGA
CTGGGCTGTTGACCAGAAGAAGAAATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTT
GCTTCTTGGGGTTTGGTCTCA

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3B348TF 780 0 0
GTCTTGTTGTCGGA
GTGAAAATGGCGTCGTCGTACACGCTTTCCTTTATCCCTTTGACGGTCGTCGTTCCCCGG
CGGAGTGCATCATCATCATCTCCCTCTTCATTGATTCCTCCTCCT***TCTCTGATAGGT
AAGAAGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCGCTGCTTCGTCTCCAAGAAGCACCGG
TTCTTGACATCAGCCAGCACCGTCTTTAGCGTCCCAACTGCGCAACCGGAGAACGGTTCT
TCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGGGCGATAAAATCACTGGCAATGGGGGAA
TTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGAGGCCATTCTCATGGGTATT
TTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTCCTGAGGGGGAACGGAATCACACTTTTC
AAGGTGAGGGATGAGATTATTAAGCTGCTAGGGAAATCAGATATGTACTTCTTCAGCCCT
GAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAAGGCCGTTGACTGGGCTGTTGACCAGAAG
AAGAAATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTTGCTTCTTGGGGTTTGGTCT
CAGAAGGACTCAGCAGGCCGCCAGATTTTGGAGTCACTCGGGTTCAACGAAGATAAAGCC
AAACAAGTGACTGAATCGATGAATGAAGATGTAGATTTGAGCTTCAAGAAACAAGGTCAA
TAGTGATGAGTTTTTATCTCAGTCTGTAACTGTATATGGAGTAGCA

QA 15 780 15 780
DS 

RD RR3DB63JQ 484 0 0
AAGTTCCTGAGGGGGAACGGAATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATTAAGCTG
CTAGGGAAATCAGATATGTACTTCTTCAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCT
CGCAAGGCCGTTGACTGGGCTGTTGACCAGAAGAAGAAATTTGGTGTGGATGGGGAACTA
ACAGCAGCCTACTTGCTTCTTGGGGTTTGGTCTCAGAAGGACTCAGCAGGCCGCCAGATT
TTGGAGTCGCTCGGGTTCAACGAAGATAAAGCCAAACAAGTGACTGAATCGATGAATGAA
GATGTAGATTTGAGCTTCAAGAAACAAGGTCAATAGTGATGAGTTTTTATCTCAGTCTGT
AACTGTATATGGAGTAGCAAAAGCAACTCCTTATTCAACAAACCTGTCTCACTCTTATCA
AATACGAGACACAGGCCATCATCGTTAGCTTTTTCTGTCTGTACACTTGGTTGCGGTTAA
AGTT

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR3B348JQ 746 0 0
TAGCGTCCCAACTGCGCAACCGGAGAACGGTTCTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTC
GGCGAGGGCGATAAAATCACTGGCAATGGGGGAATTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCC
AACTACAGGGACCGAGGCCATTCTCATGGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGC
TAAGTTCCTGAGGGGGAACGGAATCACACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATTAAGCT
GCTAGGGAAATCAGATATGTACTTCTTCAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGC
TCGCAAGGCCGTTGACTGGGCTGTTGACCAGAAGAAGAAATCTGGTGTGGATGGGGAACT
AACAGCAGCCTACTTGCTTCTTGGGGTTTGGTCTCAGAAGGACTCAGCAGGCCGCCAGAT
TTTGGAGTCACTCGGGTTCAACGAAGATAAAGCCAAACAAGTGACTGAATCGATGAATGA
AGATGTAGATTTGAGCTTCAAGAAACAAGGTCAATAGTGATGAGTTTTTATCTCAGTCTG
TAACTGTATATGGAGTAGCAAAAGCAACTCCTTATTCAACAAACCTGTCTCACTCTTATC
GAATACGAGACACAGGCCATCATCGTTAGCATTTTCTGTCTGTACACTTGGTTGCGGTTA
AAGTTTTATTTTATTTTTGCATTAGACAGCTATTCTGCATCTTATTATACAATTTACAAC
TTTCAAAAAATAATTCAGTTGCTATT

QA 1 746 1 746
DS 



CO CL622Contig2 888 2 6 U
GGGAGTAAGTAAAAATATCATCGCTAAAGCTCACCCAAAAAGGCTTCTTGTCTTGTTGTC
GGAGTGAAAATGGCGTCGTCGTACACGCTTTCCTTTATCCCTTTGACGGTCGTCGTTCCC
CGGCGGAGTGCATCATCATCATCTCCCCCTCATTGATTCCTCCTCCTTCTCTGATAGGTA
AGAAGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCGCTTCTTCGTCTCCAAGCACCGGTTCT
TGACATCGGCCAGCACCGTCTTTAGCGTCCCAACTGCGCAACCGGAGAATGGTTCTTCGG
ACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAAATCACTGGCAATGGGGGAATTGGAGG
CTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGAGGCCATTCTCATGGGTATTTTGGTCG
AAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTCCTGAGGGGGAATGGAATCACACTTCTCAAGGTGA
GGGATGAGATTATAAAACTGCTAGGGAAATCAGATATGTACTTCTTCAGCCCTGAGCATC
CTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAAGGCCGTTGACTGGGCTGTTGACCAGAAGAAGAAAT
CTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTTGCTTCTTGGGGTTTGGTCTCAGAAGG
ACTCAGCAGGCCGCCAGATTATGGAGTCGCTCGGGTTCAACGAAGATAAAGCCAAACAAG
TTGCTGATTCGATGAATGAAGATGTAGATTTGAGCTTCAAGAAACAAGGTCAATAGTGAT
GAGTTTTTATCTCAGTCTGTAACTGTATATTGAGTAGCAAAAGCAACTCCTTATTCAACA
AACCTGTCTCACTCTTATCAAATACGAGACACCAGGCCATCATCGTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM20TF U 1
AF RR3D731JQ C 149
BS 1 445 RR3DM20TF
BS 446 446 RR3D731JQ
BS 447 496 RR3DM20TF
BS 497 497 RR3D731JQ
BS 498 654 RR3DM20TF
BS 655 888 RR3D731JQ

RD RR3DM20TF 654 0 0
GGGAGTAAGTAAAAATATCATCGCTAAAGCTCACCCAAAAAGGCTTCTTGTCTTGTTGTC
GGAGTGAAAATGGCGTCGTCGTACACGCTTTCCTTTATCCCTTTGACGGTCGTCGTTCCC
CGGCGGAGTGCATCATCATCATCTCCCCCTCATTGATTCCTCCTCCTTCTCTGATAGGTA
AGAAGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCGCTTCTTCGTCTCCAAGCACCGGTTCT
TGACATCGGCCAGCACCGTCTTTAGCGTCCCAACTGCGCAACCGGAGAATGGTTCTTCGG
ACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAAATCACTGGCAATGGGGGAATTGGAGG
CTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGAGGCCATTCTCATGGGTATTTTGGTCG
AAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTTCTGAGGGGGAATGGAATCACACTTCTCAAGGTGA
GGGATGAGATTATAAAGCTGCTAGGGAAATCAGATATGTACTTCTTCAGCCCTGAGCATC
CTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAAGGCCGTTGACTGGGCTGTTGACCAGAAGAAGAAAT
CTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTTGCTTCTTGGGGTTTGGTCTC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3D731JQ 740 0 0
TCTTCCTGATTCCTCTCT
TTCTCTGATAGGTAAGAAGCTTCTGGTGAAACAACCGTCGCGCCGCCGCTTCTTCGTCTC
CAAGCACCGGTTCTTGACATCGGCCAGCACCGTCTTTAGCGTCCCAACTGCGCAACCGGA
GAATGGTTCTTCGGACAAGATCCCAAAATGGTCGGCGAGAGCGATAAAATCACTGGCAAT
GGGGGAATTGGAGGCTAGGAAGCTCAAGTATCCAACTACAGGGACCGAGGCCATTCTCAT
GGGTATTTTGGTCGAAGGTACAAGCACAGCTGCTAAGTTCCTGAGGGGGAATGGTATCAC
ACTTTTCAAGGTGAGGGATGAGATTATAAAACTGCTAGGGAAATCAGATATGTACTTCTT
CAGCCCTGAGCATCCTCCTCTTACTGAACCCGCTCGCAATGCCGTTGACTGGGCTGTTGA
CCAGAAGAAGAAATCTGGTGTGGATGGGGAACTAACAGCAGCCTACTTGCTTCTTGGGGT
TTGGTCTCAGAAGGACTCAGCAGGCCGCCAGATTATGGAGTCGCTCGGGTTCAACGAAGA
TAAAGCCAAACAAGTTGCTGATTCGATGAATGAAGATGTAGATTTGAGCTTCAAGAAACA
AGGTCAATAGTGATGAGTTTTTATCTCAGTCTGTAACTGTATATTGAGTAGCAAAAGCAA
CTCCTTATTCAACAAACCTGTCTCACTCTTATCAAATACGAGACACCAGGCCATCATCGT
TA

QA 19 740 19 740
DS 



AS 1 8

CO CL623Contig1 747 8 15 U
AGTCCGATGTAAACAAATACTATTAATGAACGCTCCAATGGTTCAAATTACGCTGGCGTC
GTTGCCAAAGGATTTCAAAGAGAAAAGATGTTTAAAATAAAATGTATTCAACAAAATCTT
AGCATATGGTTCTCTAACGCTCAAA*GCATAATCCAAACGAAGAAACAAGAACGAGTGTG
ACAATGAGAAGCAAAGATGACCATAAATAAGGGATGATGCAGAACAAAACCCATAACGAT
CCTGCGCTCTTCAAAAACTTCTCACTTCTTCTTGGGGTCACCGGCCTTGGTCTTCTTAAC
ACCACGGATTTTCTTGGCCCTGTTCTTCCTCTCCTTAATCTGTTTCCTTGATTTCTCAAT
CTTGGTGTCAAGTCCATTCCTGATAAGCCTATACTTGGGCTCGAACTTCTTGGCACTCTC
GACATTGTCGTAGATCAAACCAAACCCAGAAGATTTACCACCTCCAAAGTGGGTTCTGAA
TTTGAAAACAAAGATTGCATTTGGGTCCTTAACCTCGTACATCCTTGCCAACTTCTCCTT
CAGCTCAGCCTTTGAGACATTAGCTCTTCCTGGGTGAAGAACATCAATAACAAACTGCTT
CCTGGAGAGAAGCCTGTTGGTCATGAACTTCCTGGTCCTGATTGTGACTGCTTTCTCCGC
CATGGCTGCTTCGATTCCTCAGAGATCAGACTGAGC*CTCTCCGGTTGTGAAAATCGACG
TCGATGCAGCCTTTTGACGAAAGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 20 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 10 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 5 35 35 10 5 35 35 35 0 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BS90TF C 76
AF RR3F711JQ U 1
AF RR3AQ26JQ U 87
AF RR3F711TF C 167
AF RR3GN15JQ U 94
AF RR3GN15TF C 94
AF RR3AQ26TF C 87
AF RR3CT96JQB U 80
BS 1 338 RR3F711JQ
BS 339 339 RR3AQ26JQ
BS 340 346 RR3F711JQ
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BS 348 376 RR3F711JQ
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BS 378 670 RR3F711JQ
BS 671 681 RR3AQ26JQ
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RD RR3BS90TF 564 0 0
CAAA
GAGAAAAGATGTTTAAAATAAAATGTATTCAACAAAATCTTAGCATATGGTTCTCTAACG
CTCAAA*GCATAATCCAAACGAAGAAACAAGAACGAGTGTGACAATGAGAAGCAAAGATG
ACCATAAATAAGGGATGATGCAGAACAAAACCCATAACGATCCTGCGCTCTTCAAAAACT
TCTCACTTCTTCTTGGGGTCACCGGCCTTGGTCTTCTTAACACCACGGATTTTCTTGGCC
CTGTTCTTCCTCTCCTTAATCTGTTTCCTTGATTTCTCAATCTTGGTGTCAAGTCCATTC
CTGATAAGCCTATACTTGAGCTCGAACTTCTTGGCACTCTCGACATTGTCGTAGATCAAA
CCAAACCCAGAAGATTTACCACCTCCAAAGTGGGTTCTGAATTTGAAAACAAAGATTGCA
TTTGGGTCCTTAACCTCGTACATCCTTGCCAACTTCTCCTTCAGCTCAGCCTTTGAGACA
TTAGCTCTTCCTGGGTGAAGAACATCAATAACAAACTGCTTCCTGGAGAGAAGCCTGTTG
GTCATGAACTTCCTGGTCC
C

QA 5 563 5 563
DS 

RD RR3F711JQ 670 0 0
AGTCCGATGTAAACAAATACTATTAATGAACGCTCCAATGGTTCAAATTACGCTGGCGTC
GTTGCCAAAGGATTTCAAAGAGAAAAGATGTTTAAAATAAAATGTATTCAACAAAATCTT
AGCATATGGTTCTCTAACGCTCAAA*GCATAATCCAAACGAAGAAACAAGAACGAGTGTG
ACAATGAGAAGCAAAGATGACCATAAATAAGGGATGATGCAGAACAAAACCCATAACGAT
CCTGCGCTCTTCAAAAACTTCTCACTTCTTCTTGGGGTCACCGGCCTTGGTCTTCTTAAC
ACCACGGATTTTCTTGGCCCTGTTCTTCCTCTCCTTAACCTGTTTCTTTGATTTCTCAAT
CTTGGTGTCAAGTCCACTCCTGATAAGCCTATACTTGGGCTCGAACTTCTTGGCACTCTC
GACATTGTCGTAGATCAAACCAAACCCAGAAGATTTACCACCTCCAAAGTGGGTTCTGAA
TTTGAAAACAAAGATTGCATTTGGGTCCTTAACCTCGTACATCCTTGCCAACTTCTCCTT
CAGCTCAGCCTTTGAGACATTAGCTCTTCCTGGGTGAAGAACATCAATAACAAACTGCTT
CCTGGAGAGAAGCCTGTTGGTCATGAACTTCCTGGTCCTGATTGTGACTGCTTTCTCCGC
CATGGCTGCT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3AQ26JQ 595 0 0
GG
TGTTTAAAATAAAATGTATTCAACAAAATCTTAGCATATGGTTCTCTAACGCTCAAA*GC
ATAATCCAAACGAAGAAACAAGAACGAGTGTGACAATGAGAAGCAAAGATGACCATAAAT
AAGGGATGATGCAGAACAAAACCCATAACGATCCTGCGCTCTTCAAAAACTTCTCACTTC
TTCTTGGGGTCACCGGCCTTGGTCTTCTTAACACCACGGATTTTCTTGGCCCTGTTCTTC
CTCTCCTTAATCTGTTTCCTTGATTTCTCAATCTTGGTGTCAAGTCCATTCCTGATAAGC
CTATACTTGGGCTCGAACTTCTTGGCACTCTCGACATTGTTGTAGATCAAACCAAACCCA
GAAGATTTACCACTTCCAAAGTGGGTTCTGAATTTGAAAACAAAGATTGCATTTGGGTCC
TTAACCTCGTACATCCTTGCCAACTTCTCCTTCAGCTCAGCCTTTGAGACATTAGCTCTT
CCTGGGTGAAGAACATCAATAACAAACTGCTTCCTGGAGAGAAGCCTGTTGGTCATGAAC
TTCCTGGTCCTGATTGTGACTGCTTTCTCCGCCATGGCTGCTTCGATTCCTCA

QA 3 595 3 595
DS 

RD RR3F711TF 557 0 0
CAAGAACGAGTGTGACAATGAGAAGCAAAGATGACCATAAATAAGGGATGATGCAGAACA
AAACCCATAACGATCCTGCGCTCTTCAAAAACTTCTCACTTCTTCTTGGGGTCACCGGCC
TTGGTCTTCTTAACACCACGGATTTTCTTGGCCCTGTTCTTCCTCTCCTTAACCTGTTTC
TTTGATTTCTCAATCTTGGTGTCAAGTCCACTCCTGATAAGCCTATACTTGGGCTCGAAC
TTCTTGGCACTCTCGACATTGTCGTAGATCAAACCAAACCCAGAAGATTTACCACCTCCA
AAGTGGGTTCTGAATTTGAAAACAAAGATTGCATTTGGGTCCTTAACCTCGTACATCCTT
GCCAACTTCTCCTTCAGCTCAGCCTTTGAGACATTAGCTCTTCCTGGGTGAAGAACATCA
ATAACAAACTGCTTCCTGGAGAGAAGCCTGTTGGTCATGAACTTCCTGGTCCTGATTGTG
ACTGCTTTCTCCGCCATGGCTGCTTCGATTCCTCAGAGATCAGATTGAGAGCTCTCCGGT
TGTGAAAATCGACG
TCC

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3GN15JQ 637 0 0
AAAATAAAATGTATTCAACAAAATCTTAGCACATGGTTCTCTAACGCCCAAA*GAATAAT
CCAAACGAAGAAACAAGAACGAGTGTGACAATGAGAAGCAAAGATGACCATAAATAAGGG
ATGATGCATAACAAAACCCATAACGATCCTGCGCTCTTCAACAACTCCTCACTTCTTCTT
TGGGTCACCAGCCTTGGTCTTCTTAACACCACGGATTTTCTTGGCCCTGTTCTTCCTCTC
CTTAATCTGTTTCCTTGACTTCTCAATCTTGGTGTCAAGTCCATTCCTGATCAGCCTGTA
CTTGGGCTCGAACTTCTTGGCACTCTCGACATTGTCGTAGATCAAACCGAACCCAGAAGA
TTTACCACCTCCAAAGTGGGTTCTGAATTTGAAAACAAAGATTGCATTTGGGTCCTTAAC
CTCGTACATCCTTGCCAACTTCTCCTTGAGCTCAGCCTTTGAGACATTAGCTCTTCCTGG
GTGAAGAACATCAATAACAAACTGCTTCCTGGAGAGAAGCCTGTTGGTCATGAACTTCCT
GGTCCTGATTGTGACTGCTTTCTCCGCCATGGCTGCTTCGATTCCTCAGAGATCCGACCG
AGC*CTCTCCGGTTGTGAAAATCGACG
AGTTCTGCCC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3GN15TF 637 0 0
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CCAAACGAAGAAACAAGAACGAGTGTGACAATGAGAAGCAAAGATGACCATAAATAAGGG
ATGATGCATAACAAAACCCATAACGATCCTGCGCTCTTCAACAACTCCTCACTTCTTCTT
TGGGTCACCAGCCTTGGTCTTCTTAACACCACGGATTTTCTTGGCCCTGTTCTTCCTCTC
CTTAATCTGTTTCCTTGACTTCTCAATCTTGGTGTCAAGTCCATTCCTGATCAGCCTGTA
CTTGGGCTCGAACTTCTTGGCACTCTCGACATTGTCGTAGATCAAACCGAACCCAGAAGA
TTTACCACCTCCAAAGTGGGTTCTGAATTTGAAAACAAAGATTGCATTTGGGTCCTTAAC
CTCGTACATCCTTGCCAACTTCTCCTTGAGCTCAGCCTTTGAGACATTAGCTCTTCCTGG
GTGAAGAACATCAATAACAAACTGCTTCCTGGAGAGAAGCCTGTTGGTCATGAACTTCCT
GGTCCTGATTGTGACTGCTTTCTCCGCCATGGCTGCTTCGATTCCTCAGAGATCCGACCG
AGC*CTCTCCGGTTGTGAAAATCGACG
AGTTCTGCCC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3AQ26TF 661 0 0
GG
TGTTTAAAATAAAATGTATTCAACAAAATCTTAGCATATGGTTCTCTAACGCTCAAAAGC
ATAATCCAAACGAAGAAACAAGAACGAGTGTGACAATGAGAAGCAAAGATGACCATAAAT
AAGGGATGATGCAGAACAAAACCCATAACGATCCTGCGCTCTTCAAAAACTTCTCACTTC
TTCTTGGGGTCACCGGCCTTGGTCTTCTTAACACCACGGATTTTCTTGGCCCTGTTCTTC
CTCTCCTTAATCTGTTTCCTTGATTTCTCAATCTTGGTGTCAAGTCCATTCCTGATAAGC
CTATACTTGGGCTCGAACTTCTTGGCACTCTCGACATTGTTGTAGATCAAACCAAACCCA
GAAGATTTACCACTTCCAAAGTGGGTTCTGAATTTGAAAACAAAGATTGCATTTGGGTCC
TTAACCTCGTACATCCTTGCCAACTTCTCCTTCAGCTCAGCCTTTGAGACATTAGCTCTT
CCTGGGTGAAGAACATCAATAACAAACTGCTTCCTGGAGAGAAGCCTGTTGGTCATGAAC
TTCCTGGTCCTGATTGTGACTGCTTTCTCCGCCATGGCTGCTTCGATTCCTCAGAGATCA
GATTGAGAGCTCTCCGGTTGTGAAAATCGACGTCGCTGCAGCCTTTTGACGAAAGAGCC

QA 3 661 3 661
DS 

RD RR3CT96JQB 660 0 0
GAGAAAAGATGC
TTAAAATAAAATGTATTCAACAAAATCTTAGCATATGGTTCTCTAACGCTCAAA*GCATA
ATCCAAACGAAGAAACAAGAACGAGTGTGACAATGAGAAGAAAAGATGACCATAAATAAG
GGATGATGCAGAACAAAACCCATAACGATCCTGCGCTCTTCAACAACTCCTCACTTCTTC
TTGGGGTCACCAGCCTTGGTCTTCTTAACACCACGGATTTTCTTGGCCCTGTTCTTCCTC
TCCTTAATCTGTTTCCTTGATTTCTCAATCTTGGTGTCAAGTCCGTTCCTGATCAGCCTG
TACTTGGGCTCGAACTTCTTTGCACTCTCGACATTGTCGTAGATCAAACCAAACCCAGAA
GATTTACCACCTCCAAAGTGGGTTCTGAATTTGAAAACAAAGATTGCATTTGGGTCCTTA
ACCTCGTACATCCTTGCCAACTTCTCCATGAGCTCAGCCTTTGAGACATTAGCTCTTCCT
GGGTGAAGAACATCAATAACAAACTGCTTCCTGGAGAGAAGCCTGTTGGTCATGAACTTC
CTAGTCCTGATTGTGACTGCTTTCTCCGACATGGCTGCTTCGATTCCTCAGAGATCAGAC
TGAG**CTCTTCGGTTGTGAAAATCGACGTCGATGCAGCCTTT
GACCC

QA 13 655 13 655
DS 



AS 1 5

CO CL624Contig1 1020 5 4 U
ACTTCAAAGTTTCAAGCTTTGTTGACTTGTGAACACGCTCTTGTTCTTTGTAACCAAAGC
AAACAAAGGAAACCCTGTTTGTCGTTTTCTATCATAACACATAATCTGCAGGTAAAAGCA
ATCTCATGGTGAAGCTTTCAACTTTCTTGACTCTTTCACAATTTTGTTTCCCCCTCATTC
TAGAAACTAAACATGAAAGTAAGAAAAACGAAAAGAGGTAAAACCAGAAAACCACTGTTC
AACTGCATGCAGTACCATTGCCTGAGACAGAACCTCTAGCAAAGGCAATTAGCAATTTAA
ATCGCACCATATGTTCTTTCACTTGGTCTCTGCGTTGGTGCTTGAGTAGAAGACATGGAA
GACCGGTCCCATGAGACTTCATTGGCAAAAGCATTGTTGATCTCTTCAGTTCTTGAGTAG
CTTTGTCCACTTCCACTCACAGTTTCTAGTAAGCCTGATAGAAGTGACATGCCCGGCAAT
GCATCAATCCCACGCACGCGTTCTACTCTTGTTTTGTAGATAAATCCTCCACAGCAGAGA
AGTGTAAATGCAACGAGGGATACGCAGGAAAAAACTCCAAATATAGCCCATCCTTTCGCT
GATCCTCCTTCAGCACCTTGGTTGTATTCACAGAGTCTTGTGAGGAAAAACTGAACAGGA
TCATAACCATCCACAGGGATGGTGACATTGACTTCATACGGAGTCTTACGAGATTTCTCA
CAGTTCCAATCCAGCACTAAAGTTGAAGGTGATAACGTTGTTGGATGATTCCCAGTCAAG
GAAGAACCGGATATCTTAACGTTAAGACCATTCTCCGGGGAAACCTTGATGATAGGCTTC
CCTACCAATGTTGAGAGAGAAGCAATTGCAGTCATGTAGAGAGTAAGATGAGTCTGCTCT
GTCTTGAAGCTAAATTCACGACGGGGCTTGTCGAATCCAAACTGTGTCATCCCATTATAT
ATAAGTTCCCATGAGCGAGGATGCAAACCGACCGTGAATCCTTTAAAGACACGAGGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FA18JQ U 128
AF RR3H702JQ U 1
AF RR3E182JQ U 110
AF RR3H702TF C 224
AF RR3AY28TF C 266
BS 1 744 RR3H702JQ
BS 745 902 RR3E182JQ
BS 903 958 RR3H702TF
BS 959 1020 RR3AY28TF

RD RR3FA18JQ 439 0 0
GGG
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ACATGAAAGTAAGAAAAACGAAAAGAGGTAAAACCAGAAAACCACTGTTCAACTGCATGC
AGTACCATTGCCTGAGACAGAACCTCTAGCAAAGGCAATTAGCAATTTAAATCGCACCAT
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ATGAGACTTCATTGGCAAAAGCATTGTTGATCTCTTCGGTTCTTGAGTAGCTTTGTCCAC
TTCCACTCACAGTTTCTAGTAAGCCTGATAGAAGTGACATGCCCGGCAATGCATCAATCC
CACGCACGCGTTCTACTCTTGTTTTGTAGATAAATCCTCCACAGCAGAAAAGTGTAAATG
TAACGAGGGATACGCA

QA 4 439 4 439
DS 

RD RR3H702JQ 744 0 0
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TAGAAACTAAACATGAAAGTAAGAAAAACGAAAAGAGGTAAAACCAGAAAACCACTGTTC
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ATCGCACCATATGTTCTTTCACTTGGTCTCTGCGTTGGTGCTTGAGTAGAAGACATGGAA
GACCGGTCCCATGAGACTTCATTGGCAAAAGCATTGTTGATCTCTTCAGTTCTTGAGTAG
CTTTGTCCACTTCCACTCACAGTTTCTAGTAAGCCTGATAGAAGTGACATGCCCGGCAAT
GCATCAATCCCACGCACGCGTTCTACTCTTGTTTTGTAGATAAATCCTCCACAGCAGAGA
AGTGTAAATGCAACGAGGGATACGCAGGAAAAAACTCCAAATATAGCCCATCCTTTCGCT
GATCCTCCTTCAGCACCTTGGTTGTATTCACAGAGTCTTGTGAGGAAAAACTGAACAGGA
TCATAACCATCCACAGGGATGGTGACATTGACTTCATACGGAGTCTTACGAGATTTCTCA
CAGTTCCAATCCAGCACTAAAGTT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3E182JQ 793 0 0
CGG
TAAAAGCAATCTCATGGTGAAGCTTTCAACTTTCTTGACTCTTTCACAATTTTGTTTCCC
CCTCATTCTAGAAACTAAACATGAAAGTAAGAAAAACGAAAAGAGGTAAAACCAGAAAAC
CACTGTTCAACTGCATGCAGTACCATTGCCTGAGACAGAACCTCTAGCAAAGGCAATTAG
CAATTTAAATCGCACCATATGTTCTTTCACTTGGTCTCTGCGTTGGTGCTTGAGTAGAAG
ACATGGAAGACCGGTCCCATGAGACTTCATTGGCAAAAGCATTGTTGATCTCTTCAGTTC
TTGAGTAGCTTTGTCCACTTCCACTCACAGTTTCTAGTAAGCCTGATAGAAGTGACATGC
CCGGCAATGCATCAATCCCACGCACGCGTTCTACTCTTGTTTTGTAGATAAATCCTCCAC
AGCAGAGAAGTGTAAATGCAACGAGGGATACGCAGGAAAAAACTCCAAATATAGCCCATC
CTTTCGCTGATCCTCCTTCAGCACCTTGGTTGTATTCACAGAGTTTTGTGAGGAAAAACT
GAACAGGATCATAACCATCCACAGGGATGGTGACATTGACTTCATACGGAGTCTTACGAG
ATTTCTCACAGTTCCAATCCAGCACTAAAGTTGAAGGTGATAACGTTGTTGGATGATTCC
CAGTCAAGGAAGAACCGGATATCTTAACGTTAAGACCATTCTCCGGGGAAACCTTGATGA
TAGGCTTCCCTACCAATGTTGAGAGAGAAGCAATTGCAGTCATGTAGAGAGTAAGATGAG
TCTGCTCTGT

QA 4 793 4 793
DS 

RD RR3H702TF 736 0 0
ACCAG
AAACCACTGTTCAACTGCATGCAGTACCATTGC*TGAGACAGAAC*TCTAGCAAAGGCAA
TTAGCAATTTAAATCGCACCATATGTTCTTTCACTTGGTCTCTGCGTTGGTGCTTGAGTA
GAAGACATGGAAGACCGGTCCCATGAGACTTCATTGGCAAAAGCATTGTTGATCTCTTCA
GTTCTTGAGTAGCTTTGTCCACTTCCACTCACAGTTTCTAGTAAGCCTGATAGAAGTGAC
ATGCCCGGCAATGCATCAATCCCACGCACGCGTTCTACTCTTGTTTTGTAGATAAATCCT
CCACAGCAGAGAAGTGTAAATGCAACGAGGGATACGCAGGAAAAAACTCCAAATATAGCC
CATCCTTTCGCTGATCCTCCTTCAGCACCTTGGTTGTATTCACAGAGTCTTGTGAGGAAA
AACTGAACAGGATCATAACCATCCACAGGGATGGTGACATTGACTTCATACGGAGTCTTA
CGAGATTTCTCACAGTTCCAATCCAGCACTAAAGTTGAAGGTGATAACGTTGTTGGATGA
TTCCCAGTCAAGGAAGAACCGGATATCTTAACGTTAAGACCATTCTCCGGGGAAACCTTG
ATGATAGGCTTCCCTACCAATGTTGAGAGAGAAGCAATTGCAGTCATGTAGAGAGTAAGA
TGAGTCTGCTCTGTCTTGAAGCTAAATTCACGACGGGGCTTGTCGAATCCAAACTGTGTC
ATCCCATTAT
C

QA 6 735 6 735
DS 

RD RR3AY28TF 755 0 0
GACAGAACCTCTAGCAAAGGCAATTAGCAATTTAAATCGCACCATATGTTCTTTCACTTG
GTCTCTGCGTTGGTGCTTGAGTAGAAGACATGGAAGACCGGTCCCATGAGACTTCATTGG
CAAAAGCATTGTTGATCTCTTCAGTTCTTGAGTAGCTTTGTCCACTTCCACTCACAGTTT
CTAGTAAGCCTGATAGAAGTGACATGCCCGGCAATGCATCAATCCCACGCACGCGTTCTA
CTCTTGTTTTGTAGATAAATCCTCCACAGCAGAGAAGTGTAAATGCAACGAGGGATACGC
AGGAAAAAACTCCAAATATAGCCCATCCTTTCGCTGATCCTCCTTCAGCACCTTGGTTGT
ATTCACAGAGTTTTGTGAGGAAAAACTGAACAGGATCATAACCACCCACAGGGATGGTGA
CATTGACTTCATACGGAGTCTTACGAGATTTCTCACAGTTCCAATCCAGCACTAAAGTTG
AAGGTGATAACGTTGTTGGATGATTCCCAGTCAAGGAAGAACCGGATATCTTAACGTTAA
GACCATTCTCCGGGGAAACCTTGATGATAGGCTTCCCTACCAATGTTGAGAGAGAAGCAA
TTGCAG*CATGTAGAGAGTAAGATGAGTCTGCTCGGTCTTGAAGCTAAATTCACGACGGG
GCTTGTCGAATCCAAACTGTGTCATCCCATTATATATAAGTTCCCATGAGCGAGGATGCA
AACCGACCGTGAATCCTTTAAAGACACGAGGGCCC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 7

CO CL625Contig1 1094 7 5 U
TTTTTTTCGTTTAGTACGAGATGGCTCCACACCTCGCGGTGCTTCCACCTCTCGCCTATC
GAAGTTCTGTTCTAAAACCTGTTCCGAGAACTTGTATAGAGAAGGATTTCCCGCTAAGCA
GCAGTTCTTCCATACCAACTTAGCTTCCCGGCGCTGCTATTGTCATAACAACCGGTACAC
CATAGGTTGGCCCAACCCAGTCCTCTCGTACTAGGGTTGGCTCCTCGCAGTTCTCGCTTT
AACACCAACGGTAGATAGGAACCGAACTGTCTCACGACGTTCTAAACCCAACTCACGTAC
CACTTGAATCGGCGAACAACCGAACCCTTGGGACCTTCTTCAACCCCAGGATGTGATGAG
TCGACATCGAGGTGCCAAACGACTCCGTCGATAAGAGCTCTTGGGAGTCATCAGCCTGTT
ATCCCCGGCGTACCTTTGATCCGTTGAGCGAGAGCCCTTCCACACGGGACTCCCGGATCA
CTATGGCCGACTTTCGTCTCTGTTCGACCAGTCGGTCTCACAGTCAGGCAGGCTTATACC
ATTACGCTCACGAGCAGAATCTTTGCTTGAGCCTACCTTCGCACACCTCCGTTACTCTTT
AGGAGGCATCCGCCCCAGATAAACTACCCACCTCGCAGTGTCCCGCCTCCCCCCGAATTC
TCGGTGCGGCGGTTAGGCACCCTTAGACGAAAGAGTGGTCTTTCAGGATTGGTCTTTCTA
TGTGAGGACCTCCCACTTATCCTACACATTCGATCAAGGTTGTCACTGCGAAGCTATAGT
GAAGGTGCACGGGGTCTTACCGTCTAGCCGTTGGTACTCCGCATCTTCACGGAGAATTCA
ATTTCACTGGGTCCATGTCGGAGACAGCGGGGCAGTCGTTACACCATTCGTGTAGGTCGC
TACTTATGCGACAAGGAATTTCGCTACCTTAGGACAGTTAGAGTTACTGCCGCCGTTTAC
CGGGGCTTCCATTCAAAGCTTATAACACTTCTCCTTTTGACTTTCCAGCACCGGGCAGGT
GTCAGACTCTATACATCGTGTTACCACTTAGCAGAGTCCTGTGTTTTTAATAAACAGTCG
CTACCCCCTGGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP72TF C 1
AF RR3FM23TF C 5
AF RR3CP72JQ U 8
AF RR3FM23JQ U 8
AF RR3BZ30JQ U 8
AF RR3F842JQ U 8
AF RR3BZ30TF C 431
BS 1 7 RR3CP72TF
BS 8 704 RR3BZ30JQ
BS 705 705 RR3F842JQ
BS 706 754 RR3BZ30JQ
BS 755 1094 RR3BZ30TF

RD RR3CP72TF 618 0 0
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GAAGTTCTGTTCTAAAACCTGTTCCGAGAACTTGTATAGAGAAGGATTTCCCGCTAAGCA
GCAGTTCTTCCATACCAACTTAGCTTCCCGGCGCTGCTATTGTCATAACAACCGGTACAC
CATAGGTTGGCCCAACCCAGTCCTCTCGTACTAGGGTTGGCTCCTCGCAGTTCTCGCTTT
AACACCAACGGTAGATAGGAACCGAACTGTCTCACGACGTTCTAAACCCAACTCACGTAC
CACTTGAATCGGCGAACAACCGAACCCTTGGGACCTTCTTCAATCCCAGGATGTGATGAG
TCGACATCGAGGTGCCAAACGACTCCGTCGATAAGAGCTCTTGGGAGTCATCAGCCTGTT
ATCCCCGGCGTACCTTTGATCCGTTGAGCGAGAGCCCTTCCACACGGGACTCCCGGATCA
CTATGGCCGACTTTCGTCTCTGTTCGACCAGTCGGTCTCACAGTCAGGCAGGCTTATACC
ATTACGCTCACGAGCAGAATCTGTGCTTGAGCCTACCTTCGCACACCTCCGTTACTCTTT
AGGAGGCATCCGCCCC
CC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3FM23TF 649 0 0
TTT
CGTTTAGTACGAGATGGCTCCACACCTCGCGGTGCTTCCACCTCTCGCCTATCGAAGTTC
TGTTCTAAAACCTGTTCCGAGAACTTGTATAGAGAAGGATTTCCCGCTAAGCAGCAGTTC
TTCCATACCAACTTAGCTTCCCGGCGCTGCTATTGTCATAACAACCGGTACACCATAGGT
TGGCCCAACCCAGTCCTCTCGTACTAGGGTTGGCTCCTCGCAGTTCTCGCTT*AACACCA
ACGGTAGATAGGAACCGAACTGTCTCACGACGTTCTAAACCCAACTCACGTACCACTTGA
ATCGGCGAACAACCGAACCCTTGGGACCTTCTTCAACCCCAGGATGTGATGAGTCGACAT
CGAGGTGCCAAACGACTCCGTCGATAAGAGCTCTTGGGAGTCATCAGCCTGTTATCCCCG
GCGTACCTTTGATCCGTTGAGCGAGAGCCCTTCCACACGGGACTCCCGGATCACTATGGC
CGACTTTCGTCTCTGTTCGACCAGTCGGTCTCACAGTCAGGCAGGCTTATACCATTACGC
TCACGAGCAGAATCTTTGCTTGAGCCTACCTTCGCACACCTCCGTTACTCTTTAGGAGGC
ATCCGCCCCAGATAAACTACCCACCTCGCAGTGTCCCGCCTCCCCC

QA 4 649 4 649
DS 

RD RR3CP72JQ 611 0 0
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TGTTCTAAAACCTGTTCCGAGAACTTGTATAGAGAAGGATTTCCCGCTAAGCAGCAGTTC
TTCCATACCAACTTAGCTTCCCGGCGCTGCTATTGTCATAACAACCGGTACACCATAGGT
TGGCCCAACCCAGTCCTCTCGTACTAGGGTTGGCTCCTCGCAGTTCTCGCTTTAACACCA
ACGGTAGATAGGAACCGAACTGTCTCACGACGTTCTAAACCCAACTCACGTACCACTTGA
ATCGGCGAACAACCGAACCCTTGGGACCTTCTTCAATCCCAGGATGTGATGAGTCGACAT
CGAGGTGCCAAACGACTCCGTCGATAAGAGCTCTTGGGAGTCATCAGCCTGTTATCCCCG
GCGTACCTTTGATCCGTTGAGCGAGAGCCCTTCCACACGGGACTCCCGGATCACTATGGC
CGACTTTCGTCTCTGTTCGACCAGTCGGTCTCACAGTCAGGCAGGCTTATACCATTACGC
TCACGAGCAGAATCTGTGCTTGAGCCTACCTTCGCACACCTCCGTTACTCTTTAGGAGGC
ATCCGCCCC
CC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3FM23JQ 646 0 0
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TGTTCTAAAACCTGTTCCGAGAACTTGTATAGAGAAGGATTTCCCGCTAAGCAGCAGTTC
TTCCATACCAACTTAGCTTCCCGGCGCTGCTATTGTCATAACAACCGGTACACCATAGGT
TGGCCCAACCCAGTCCTCTCGTACTAGGGTTGGCTCCTCGCAGTTCTCGCTT*AACACCA
ACGGTAGATAGGAACCGAACTGTCTCACGACGTTCTAAACCCAACTCACGTACCACTTGA
ATCGGCGAACAACCGAACCCTTGGGACCTTCTTCAACCCCAGGATGTGATGAGTCGACAT
CGAGGTGCCAAACGACTCCGTCGATAAGAGCTCTTGGGAGTCATCAGCCTGTTATCCCCG
GCGTACCTTTGATCCGTTGAGCGAGAGCCCTTCCACACGGGACTCCCGGATCACTATGGC
CGACTTTCGTCTCTGTTCGACCAGTCGGTCTCACAGTCAGGCAGGCTTATACCATTACGC
TCACGAGCAGAATCTTTGCTTGAGCCTACCTTCGCACACCTCCGTTACTCTTTAGGAGGC
ATCCGCCCCAGATAAACTACCCACCTCGCAGTGTCCCGCCTCCCCC

QA 1 646 1 646
DS 

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TTCCATACCAACTTAGCTTCCCGGCGCTGCTATTGTCATAACAACCGGTACACCATAGGT
TGGCCCAACCCAGTCCTCTCGTACTAGGGTTGGCTCCTCGCAGTTCTCGCTTTAACACCA
ACGGTAGATAGGAACCGAACTGTCTCACGACGTTCTAAACCCAACTCACGTACCACTTGA
ATCGGCGAACAACCGAACCCTTGGGACCTTCTTCAACCCCAGGATGTGATGAGTCGACAT
CGAGGTGCCAAACGACTCCGTCGATAAGAGCTCTTGGGAGTCATCAGCCTGTTATCCCCG
GCGTACCTTTGATCCGTTGAGCGAGAGCCCTTCCACACGGGACTCCCGGATCACTATGGC
CGACTTTCGTCTCTGTTCGACCAGTCGGTCTCACAGTCAGGCAGGCTTATACCATTACGC
TCACGAGCAGAATCTTTGCTTGAGCCTACCTTCGCACACCTCCGTTACTCTTTAGGAGGC
ATCCGCCCCAGATAAACTACCCACCTCGCAGTGTCCCGCCTCCCCCCGAATTCTCGGTGC
GGCGGTTAGGCACCCTTAGACGAAAGAGTGGTCTTTC*GGATTGGTCTTTCTATGTGAGG
ACCTCCCACTTATCCTACACATTCGAT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3F842JQ 749 0 0
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TGTTCTAAAACCTGTTCCGAGAACTTGTATAGAGAAGGATTTCCCGCTAAGCAGCAGTTC
TTCCATACCAACTTAGCTTCCCGGCGCTGCTATTGTCATAACAACCGGTACACCATAGGT
TGGCCCAACCCAGTCCTCTCGTACTAGGGTTGGCTTCTCGCAGTTCTCGCTTTAACACCA
ACGGTAGATAGGAACCGAACTGTCTCACGACGTTCTAAACCCAACTCACGTACCACTTGA
ATCGGCGAACAACCGAACCCTTGGGACCTTCTTCAACCCCAGGATGTGATGAGTCGACAT
CGAGGTGCCAAACGACTCCGTCGATAAGAGCTCTTGGGAGTCATCAGCCTGTTATCCCCG
GCGTACCTTTGATCCGTTGAGCGAGAGCCCTTCCACACGGGACTCCCGGATCACTATGGC
CGACTTTCGTCTCTGTTCGACCAGTCGGTCTCACAGTCAGGCAGGCTTATACCATTACGC
TCACGAGCAGAATCTTTGCTTGAGCCTACCTTCGCACACCTCCGTTACTCTTTAGGAGGC
ATCCGCCCCAGATAAACTACCCACCTCGCAGTGTCCCGCCTCCCCCCGAATTCTCGGTGC
GGCGGTTAGGCACCCTTAGACGAAAGAGTGGTCTTTCAGGATTGGTCTTTCTATGTGAGG
ACCTCCCACCTATCCTACACATTCGAT
CA

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3BZ30TF 664 0 0
GTA
CTTTGATCCGTTGAGCGAGAGCCCTTCCACACGGGACTCCCGGATCACTATGGCCGACTT
TCGTCTCTGTTCGACCAGTCGGTCTCACAGTCAGGCAGGCTTATACCATTACGCTCACGA
GCAGAATCTTTGCTTGAGCCTACCTTCGCACACCTCCGTTACTCTTTAGGAGGCATCCGC
CCCAGATAAACTACCCACCTCGCAGTGTCCCGCCTCCCCCCGAATTCTCGGTGCGGCGGT
TAGGCACCCTTAGACGAAAGAGTGGTCTTTCAGGATTGGTCTTTCTATGTGAGGACCTCC
CACTTATCCTACACATTCGATCAAGGTTGTCACTGCGAAGCTATAGTGAAGGTGCACGGG
GTCTTACCGTCTAGCCGTTGGTACTCCGCATCTTCACGGAGAATTCAATTTCACTGGGTC
CATGTCGGAGACAGCGGGGCAGTCGTTACACCATTCGTGTAGGTCGCTACTTATGCGACA
AGGAATTTCGCTACCTTAGGACAGTTAGAGTTACTGCCGCCGTTTACCGGGGCTTCCATT
CAAAGCTTATAACACTTCTCCTTTTGACTTTCCAGCACCGGGCAGGTGTCAGACTCTATA
CATCGTGTTACCACTTAGCAGAGTCCTGTGTTTTTAATAAACAGTCGCTACCCCCTGGTA
C

QA 4 664 4 664
DS 



AS 1 8

CO CL626Contig1 247 8 7 U
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CCATGGGGAGATACCGTCTGTGATCCATGGATCTCCGATCGGGAAACCGTATCCAAGCTC
CGTGGCTAGTCTGCGCTCTTTGGACTTTGAAAACTTAGCGAACTGAAACATCTAAGTAGC
TAAAGGAAGGGAAATCAACCGAGACCCCGTTAGTAGCGGCGAGCGAGAGCGGATTTGGGA
TTTGAAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 10 10 10 

AF RR3EI25TF U 17
AF RR3A683JQ C 1
AF RR3EJ02JQ C 17
AF RR3EJ02TF U 17
AF RR3DA71JQ C 17
AF RR3DA71TF U 17
AF RR3EI25JQ C 17
AF RR3A683TF U 1
BS 1 16 RR3A683TF
BS 17 141 RR3EJ02TF
BS 142 142 RR3DA71TF
BS 143 224 RR3EJ02TF
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BS 226 244 RR3EJ02TF
BS 245 247 RR3A683JQ

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TCTTTGGACTTTGAAAACTTAGCGAACTGAAACATCTAAGTAGCTAAAGGAAGGGAAATC

QA 1 180 1 180
DS 

RD RR3A683JQ 247 0 0
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CCATGGGGAGATACCGTCTGTGATCCATGGATCTCCGATCGGGAAACCGTATCCAAGCTC
CGTGGCTAGTCTGCGCTCTTTGGACTTTGAAAACTTAGCGAACTGAAACATCTAGGTAGC
TAAAGGAAGGGAAATCAACCGAGACCCCGTTAGTAGCGGCGAGCGAGAGCGGATTTGGGA
TTTGAAG

QA 1 247 1 247
DS 

RD RR3EJ02JQ 228 0 0
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TCTGTGATCCATGGATCTCCGATCGGGAAACCGTATCCAAGCTCCGTGGCTAGTCTGCGC
TCTTTTGACTTTGAAAACTTAGCGAACTGAAACATCTAAGTAGCTAAAGGAAGGGAAATC
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QA 1 228 1 228
DS 

RD RR3EJ02TF 228 0 0
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QA 1 228 1 228
DS 

RD RR3DA71JQ 228 0 0
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TCTTTGGACTTTGAAAACTTAGCGAACTGAAACATCTAAGTAGCTAAAGGAAGGGAAATC
AACCGAGACCCCGTTAGTAGCGGCGAGCGAGAGCGGATTTGGGATTTG

QA 1 228 1 228
DS 

RD RR3DA71TF 228 0 0
ATGCCCGGGCATTGAGAAGGAAGGACGCTTTCAGAGGCGAAAGGCCATGGGGAGATACCG
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TCTTTGGACTTTGAAAACTTAGCGAACTGAAACATCTAAGTAGCTAAAGGAAGGGAAATC
AACCGAGACCCCGTTAGTAGCGGCGAGCGAGAGCGGATTTGGGATTTG

QA 1 228 1 228
DS 

RD RR3EI25JQ 228 0 0
ATGCCCGGGCATTGAGAAGGAAGGACGCTTTCAGAGGCGAAAGGCCATGGGGAGATACCG
TCTGTGATCCATGGATCTCCGATCGGGAAACCGTATCCAAGCTCCGTGGCTAGTCTGCGC
TCTTTGGACTTTGAAAACTTAGCGAACTGAAACATCTAAGTAGCTAAAGGAAGGGAAATC
AACCGAGACCCCGTTAGTAGCGGCGAGCGAGAGCGGATTTGGGATTTG

QA 1 228 1 228
DS 

RD RR3A683TF 247 0 0
GGAATGCACTGGATGGATGCCCGGGCATTGAGAAGGAAGGACGCTTTCAGAGGCGAAAGG
CCATGGGGAGATACCGTCTGTGATCCATGGATCTCCGATCGGGAAACCGTATCCAAGCTC
CGTGGCTAGTCTGCGCTCTTTGGACTTTGAAAACTTAGCGAACTGAAACATCTAGGTAGC
TAAAGGAAGGGAAATCAACCGAGACCCCGTTAGTAGCGGCGAGCGAGAGCGGATTTGGGA
TTTG
AAG

QA 1 244 1 244
DS 



AS 2 8

CO CL627Contig1 1055 4 15 U
AGTTCAAAAACAAAATCAAAACATGATTCTTTAAATAATCTCTCCAGACCAAACTGACCA
ATACTCATAAATCAAGCTCTGTTTTTTTTTTCCAAGTATATTTCCAGAAATAATAAACTT
TTGTTCTTCTTCTGAGTGATAAATGATGAAATAGACAAATCCAAATTACATGCTCTCAAA
AAA*GCTCTTATAATCTACATGAAGTCGAAATCGTCCATGGCATCATAAGGACCAGCCAC
TAGATCGTCATTGGCCTTATCTACAATCAGTTGTTTCTTTTTCCCACCAGTCTTCTTTCT
ACCAGCAGCAGCTTCTTTCTCCGCCTTAAGTTTTTCATTTGCTATTGCTGTAATGGACGA
AGCAACATCTTTAACATCTGCTGCCTTCATGTTGGTCACGGAAAGTCTCATGACTGCTTT
GAGTAGCGCAGTATAATGATAACTTTTCTCATATGGTTTAAGCCTATGAGAAATCATTTC
AGCATATTCCAAAAAATCGCTTTCAGACTTGGGGATGAACACATCAAGTTTTGTCTCTTC
ACCCTTCGTTCCAAAGAGTTCAGCAGTTGCCTTGTAGTCAGCTTCTTCAACAAGCCTCTG
CATGCGAAGTTTCTCAAAGATAGGATCCAAATGTTCTTCTTCCTTTGGTGCTTCTTTGGG
AACATCGGCTGCTTTACCCTTCTTTTCAACAGCTTTGGCTGCTGCTTTCTTAGGAGGAGC
CTTCTCAGTAGCAGGCTTTACCGGAGCAGGTACGTTGTCATCATCATCATCCTCCCAAGA
GTCCTTAATATCATTCTCATCTACATCCTCGTCATCCCAATTACTTTTAAGCTCAACTTT
AGCTGGAAGTGGTGCAAGCTGCTCATCCTCCCAGTCATCCATAATTGCTTGCTGCTAGTT
ATCGAGTAAAAATACAAGGCTGATATGTGAATCCAACTGTAAAACCGAGACACGAAGAGA
TACGGCCGTGGAAGATGAAGGAGCGTGTTCTTTAGATGAGATCGGTCTCCGATGCAAGGA
GGATGCGATAGGCTTTTAAACGGCTGGTGGGGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB73JQ U 1
AF RR3GV21JQ U 92
AF RR3CQ58JQ U 92
AF RR3CQ58TF C 389
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BS 401 430 RR3AB73JQ
BS 431 431 RR3CQ58JQ
BS 432 469 RR3AB73JQ
BS 470 470 RR3CQ58JQ
BS 471 585 RR3AB73JQ
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BS 587 615 RR3AB73JQ
BS 616 911 RR3CQ58JQ
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ACCAGCAGCAGCTTCTTTCTCCGCCTTAAGTTTTTCATTTGCTATTGCTGTAATGGACGA
AGCAACATCTTTAACATCTGCTGCCTTCATGTTGGTCACTGAAAGTCTCATGACTGCTTT
GAGTAGCGCAATATAATGATAACTTTTCTCATATGGTTTAAGCCTATGAAAAATCATTTC
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ACCCTTCGTTCCAAAGAGTTCAGCAGTTGCCTTGTAGTCAGCTTCCTCAACAAGCCTCTG
CATGCGAAGTTTCTC

QA 1 615 1 615
DS 

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QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3CQ58JQ 820 0 0
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TAGACAAATCCAAATTACATGCTCTCAAAAAAAGCTCTTATAATCTACATGAAGTCGAAA
TCGTCCATGGCATCATAAGGACCAGCCACTAGATCGTCATTGGCCCTATCTACAATCAGC
TGTTTCTTTTTCCCACCGGCCTTCTTTCTACCAGCAGCAGCTTCTTTCTCCGCCTTAAGT
TTTTCATTTGCTATTGCTGTAATGGACGAAGCAACATCTTTAACATCTGCTGCCTTCATG
TTGGTCACGGAAAGTCTCATGACTGCTTTGAGTAGCGCAGTATAATGATAACTTTTCTCA
TATGGTTTAAGCCTATGAGAAATCATTTCAGCATATTCCAAAAAATCGCTTTCAGACTTG
GGGATGAACACATCAAGTTTTGTCTCTTCACCCTTCGTTCCAAAGAGTTCAGCAGTTGCC
TTGTAGTCAGCTTCTTCAACAAGCCTCTGCATGCGAAGTTTCTCAAAGATAGGATCCAAA
TGTTCTTCTTCCTTTGGTGCTTCTTTGGGAACATCGGCTGCTTTACCCTTCTTTTCAACA
GCTTTGGCTGCTGCTTTCTTAGGAGGAGCCTTCTCAGTAGCAGGCTTTACCGGAGCAGGT
ACGTTGTCATCATCATCATCCTCCCAAGAGTCCTTAATATCATTCTCATCTACATCCTCG
TCATCCCAATTACTTTTAAGCTCAACTTTAGCTGGAAGTGGTGCAAGCTGCTCATCCTCC
CAGTCATCCATAATTGCTTGCTGCTAGTTATCGAGTAAAA

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3CQ58TF 667 0 0
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TCATATGGTTTAAGCCTATGAGAAATCATTTCAGCATATTCCAAAAAATCGCTTTCAGAC
TTGGGGATGAACACATCAAGTTTTGTCTCTTCACCCTTCGTTCCAAAGAGTTCAGCAGTT
GCCTTGTAGTCAGCTTCTTCAACAAGCCTCTGCATGCGAAGTTTCTCAGAGATAGGATCC
AAATGTTCTTCTTCCTTTGGTGCTTCTTTGGGAACATCGGCTGCTTTACCCTTCTTTTCA
ACAGCTTTGGCTGCTGCTTTCTTAGGAGGAGCCTTCTCAGTAGCAGGCTTTACCGGAGCA
GGTACGTTGTCATCATCATCATCCTCCCAAGAGTCCTTAATATCATTCTCATCTACATCC
TCGTCATCCCAATTACTTTTAAGCTCAACTTTAGCTGGAAGTGGTGCAAGCTGCTCATCC
TCCCAGTCATCCATAATTGCTTGCTGCTAGTTATCGAGTAAAAATACAAGGCTGATATGT
GAATCCAACTGTAAAACCGAGACACGAAGAGATACGGCCGTGGAAGATGAAGGAGCGTGT
TCTTTAGATGAGATCGGTCTCCGATGCAAGGAGGATGCGATAGGCTTTTAAACGGCTGGT
GGGGTGC

QA 1 667 1 667
DS 



CO CL627Contig2 878 4 13 U
GGACCCCACCCAGCAGTTTAAAAGCCTATCGCCTCTTTACATCGGAGACCGATCTCATCT
AAAGAACACGCTCCTTCATCTTCCTCGGCTGTATCTCTTCTTGTCTCGGTTTTACAGTTG
GATTCACATATCAGATTGAATTTTTTACTCGATAACTAGCAGCAATTATGGATGACTGGG
AGGATGAGCAGCTTGCACCACTTCCAGCTAAAGTTGAGCTTAAAAGCAACTGGGATGACG
AGGATGTAGATGAGAATGATATTAAGGACTCTTGGGAAGATGATGATGATGACGACGACG
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CTGTTGAAAAGAAGGGTAAAGCAGCCGATGTTCCAAAAGAAGCACCAAAGGAAGAAGAAC
CTTTGGATCCTATCTCTGAGAAACTTCGCATGCAGAGGCTTGTTGAGGAAGCTGACTACA
AGGCAACTGCTGAACTCTT*GGAACGAAGGGTGAAGAGACAAAACTTGATGTGTTCATCC
CCAAGTCTGAAAGCGATTTTTTGGAATATGCTGAAATGATTTCTCATAGGCTTAAACCAT
ATGAGAAAAGTTATCATTATATTGCGCTACTCAAAGCAGTCATGAGACTTTCAGTGACCA
ACATGAAAG*CAGCAGATGTTAAAGATGTTGCTTCGTCCATTACAGCAATAGCAAATGAA
AAACTTAAAGCGGAGAAAGAAGCTGCTGCTGGTAGAAAGAAGACTGGTGGGAAAAAGAAA
CAACTGATTGTAGATAAGGCCAATGACGATCTAGTGGCTGGTCCTTATGATGCCATGGAC
GATTTCGACTTCATGTAGATTATAAGAGCTTTTTTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV21TF U 1
AF RR3BO65TF U 1
AF RR3AB73TF U 50
AF RR3BO65JQ C 214
BS 1 157 RR3BO65TF
BS 158 158 RR3GV21TF
BS 159 722 RR3BO65TF
BS 723 723 RR3AB73TF
BS 724 728 RR3BO65TF
BS 729 729 RR3AB73TF
BS 730 757 RR3BO65TF
BS 758 779 RR3AB73TF
BS 780 780 RR3BO65JQ
BS 781 798 RR3AB73TF
BS 799 799 RR3BO65JQ
BS 800 835 RR3AB73TF
BS 836 878 RR3BO65JQ

RD RR3GV21TF 710 0 0
GGACCCCAC
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GCTCCTTCATCTTCCTCGGCTGTATCTCTTCTTGTCTCGGTTTTACAGTTGGATTCACAT
ATCAGATTGAATTTTTTACTCGATAACTAGCAGCAATTATGGATGACTGGGAGGATGAGC
AGCTTGCACCACTTCCAGCTAAAGTTGAGCTTAAAAGCAACTGGGATGACGAGGATGTAG
ATGAGAATGATATTAAGGACTCTTGGGAAGATGATGATTATGACGACGACGAACCTGCTC
CGGTAAAGCCTGCTACTGAGAAGGCTCCTCCTAAGAAAGCAGCAGCCAAAGCTGTTGAAG
AGAAGGGTAAAGCAGCCGATGTTCCAAAAGAAGCACCAAAGGAAGAAGAACCTTTGGATC
CTATCTCTGAGAAACTTCGCATGCAGAGGCTTGTTGAGGAAGCTGACTACAAGGCAACTG
CTGAACTCTTTGGAACGAAGGGTGAAGAGACAAAACTTGATGTGTTCATCCCCAAGTCTG
AAAGCGATTTTTTGGAATATGCTGAAATGATTTCTCATAGGCTTAAACCATATGAGAAAA
GTTATCATTATATTGCGCTACTCAAAGCAGTCATGAGACTTTCAGTGACCAACATGAAAG
GCAGCAGATGTTAAAGATGTTGCTTCGTCCATTACAGCAAT

QA 10 710 10 710
DS 

RD RR3BO65TF 769 0 0
GGACCCCACCCAGCAGTTTAAAAGCCTATCGCCTCTTTACATCGGAGACCGATCTCATCT
AAAGAACACGCTCCTTCATCTTCCTCGGCTGTATCTCTTCTTGTCTCGGTTTTACAGTTG
GATTCACATATCAGATTGAATTTTTTACTCGATAACT*GCAGCAATTATGGATGACTGGG
AGGATGAGCAGCTTGCACCACTTCCAGCTAAAGTTGAGCTTAAAAGCAACTGGGATGACG
AGGATGTAGATGAGAATGATATTAAGGACTCTTGGGAAGATGATGATGATGACGACGACG
AACCTGCTCCGGTAAAGCCTGCTACTGAGAAGGCTCCTCCTAAGAAAGCAGCAGCCAAAG
CTGTTGAAAAGAAGGGTAAAGCAGCCGATGTTCCAAAAGAAGCACCAAAGGAAGAAGAAC
CTTTGGATCCTATCTCTGAGAAACTTCGCATGCAGAGGCTTGTTGAGGAAGCTGACTACA
AGGCAACTGCTGAACTCTT*GGAACGAAGGGTGAAGAGACAAAACTTGATGTGTTCATCC
CCAAGTCTGAAAGCGATTTTTTGGAATATGCTGAAATGATTTCTCATAGGCTTAAACCAT
ATGAGAAAAGTTATCATTATATTGCGCTACTCAAAGCAGTCATGAGACTTTCAGTGACCA
ACATGAAAG*CAGCAGATGTTAAAGATGTTGCTTCGTCCATTACAGCAATAGCAAATGAA
AA*CTTAA*GCGGAGAAAGAAGCTGCTGCTGGTAGAA
GAGACTGGTGGG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3AB73TF 786 0 0
G
GATCTCATCTAAAGAACACGCTCCTTCATCTTCCTCGGCTGTATCTCTTCTTGTCTCGGT
TTTACAGTTGGATTCACATGTCAGATTGAATTTTTTACTCGATAACTAGCAGCAATTATG
GATGACTGGGAGGATGAGCAGCTTGCACCACTTCCAGCTAAAGTTGAGCTTAAAAGCAAC
TGGGATGACGAGGATGTAGATGAGAATGATATTAAGGACTCTTGGGAAGATGATGATGAT
GACGACGACGAACCTGCTCCGGTAAAGCCTGCTACTGAGAAGGCTCCTCCTAAGAAAGCA
GCAGCCAAAGCTGTTGAAAAGAAGGGTAAAGCAGCCGATGTTCCAAAAGAAGCA***AAG
GAAGAAGAACCTTTGGATCCTATCTCTGAGAAACTTCGCATGCAGAGGCTTGTTGAGGAA
GCTGACTACAAGGCAACTGCTGAACTCTTTGGAACGAAGGGTGAAGAGACAAAACTTGAT
GTGTTCATCCCCAAGTCTGAAAGCGATTTTTTGGAATATGCTGAAATGATTTCTCATAGG
CTTAAACCATATGAGAAAAGTTATCATTATATTGCGCTACTCAAAGCAGTCATGAGACTT
TCAGTGACCAACATGAAAG*CAGCAGATGTTAAAGATGTTGCTTCGTCCATTACAGCAAT
AGCAAATGAAAAACTTAAAGCGGAGAAAGAAGCTGCTGCTGGTAGAAAGAAGACTGGTGG
GAAAAAGAA*CAACTGATTGTAGATAAG*CCAATGACGATCTAGTGGCTGGTCCTTATGA
TGCCA

QA 2 786 2 786
DS 

RD RR3BO65JQ 665 0 0
G
TGAGCTTAAAAGCAACTGGGATGACGAGGATGTAGATGAGAATGATATTAAGGACTCTTG
GGAAGATGATGATGATGACGACGACGAACCTGCTCCGGTAAAGCCTGCTACTGAGAAGGC
TCCTCCTAAGAAAGCAGCAGCCAAAGCTGTTGAAAAGAAGGGTAAAGCAGCCGATGTTCC
AAAAGAAGCACCAAAGGAAGAAGAACCTTTGGATCCTATCTCTGAGAAACTTCGCATGCA
GAGGCTTGTTGAGGAAGCTGACTACAAGGCAACTGCTGAACTCTT*GGAACGAAGGGTGA
AGAGACAAAACTTGATGTGTTCATCCCCAAGTCTGAAAGCGATTTTTTGGAATATGCTGA
AATGATTTCTCATAGGCTTAAACCATATGAGAAAAGTTATCATTATATTGCGCTACTCAA
AGCAGTCATGAGACTTTCAGTGACCAACATGAAGG*CAGCAGATGTTAAAGATGTTGCTT
CGTCCATTACAGCAATAGCAAATGAAAAACTTAAGGCGGAGAAAGAAGCTGCTGCTGGTA
GAAAGAAGACTGGTGGGAAAAAGAAACAACTGATTGTAGATAAGGCCAATGACGATCTAG
TGGCTGTTCCTTATGATGCCCTGGACGATTTCGACTTCATGTAGATTATAAGAGCTTTTT
TGAG

QA 2 665 2 665
DS 



AS 1 8

CO CL628Contig1 845 8 5 U
GGGAGATTATCTGTACTCACAATGAAAACCCACTAGTCCACCTCTAAATCACAAGTCCAC
TAGAGGAGACAGAGAGAGAGAGAAAAGATGGCGAGATTCACGGTGTTGATTGCGGCAGCA
GTACTTGCTTTTCTAGTGGCAGCGCCGGTGCCGGAAGTGACGGCAAAGAAGTATTTAGTT
GGCGACAAAAAGTTTTGGAATCCAAACATCGACTATACCACCTGGGTTCAGGGAAAGCAT
TTCTACCTTGGAGATTGGCTCTATTTCGTGTACTACAGAGACCAACACAACATTCTTGAA
GTAAACAAGACCGACTACGAGAGATGTATCTCTGACCATCCTATCCGAAACTATACACGT
GGAGCTGGGAGAGACATTGTCCCTCTCAATGTCACCAAACAGTACTATCTACTTGACGGA
AGGGGTGGTTGTTTTAAAGGCATGAAGCTCACTGTTACAGTCGAGAACCTTCCTCCTCCA
CCAAAATCTGCACCTGTCAAAGAGCACTAGATCAGTTTCACATGACAAGAGTTTAAAAAC
ATCAGTTGATTGTTTGCCTCTCTTGTCGTGATATTCATTTCCGTGGATGATCTTGTTTCA
TGATTTGTTGTGTTTTGTTGCTATGGTTTACTTTCTTTTTGTTTTAGCATAAGACATGAA
TTTCAAACGCCTAAAAATATGGATCTACCATATGATAATGATATTTCTTGCTGGTTTGTT
TATGTTGTGTCAAAGCTAGTTCCCACTATTCAATACATATCGGAAGAATTAATATGAAAT
CTCACCTCGTTGTTTTGGAATAAGTTTTAGGTTTCTTTGTAATGATATTGTCTTGGCTGG
ATGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 30 30 30 30 
30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3DT48TF U 1
AF RR3B984JQ C 32
AF RR3B984TF U 32
AF RR3DT48JQ C 35
AF RR3B025JQ C 17
AF RR3B025TF U 17
AF RR3DR45TF U 79
AF RR3DR45JQ C 269
BS 1 714 RR3DT48TF
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BS 717 721 RR3B025TF
BS 722 733 RR3DR45TF
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RD RR3DT48TF 723 0 0
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GGCGACAAAAAGTTTTGGAATCCAAACATCGACTATACCACCTGGGTTCAGGGAAAGCAT
TTCTACCTTGGAGATTGGCTCTATTTCGTGTACTACAGAGACCAACACAACATTCTTGAA
GTAAACAAGACCGACTACGAGAGATGTATCTCTGACCATCCTATCCGAAACTATACACGT
GGAGCTGGGAGAGACATTGTCCCTCTCAATGTCACCAAACAGTACTATCTACTTGACGGA
AGGGGTGGTTGTTTTAAAGGCATGAAGCTCACTGTTACAGTCGAGAACCTTCCTCCTCCA
CCAAAATCTGCACCTGTCAAAGAGCACTAGATCAGTTTCACATGACAAGAGTTTAAAAAC
ATCAGTTGATTGTTTGCCTCTCTTGTCGTGATATTCATTTCCGTGGATGATCTTGTTTCA
TGATTTGTTGTGTTTTGTTGCTATGGTTTACTTTCTTTTTGTTTTAGCATAAGACATGAA
TTTCAAACGCCTAAAAATATGGATCTACCATATGATAATGATATTTCTTGCTGG
CAAAAAAAA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3B984JQ 686 0 0
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CGGAAGTGACGGCAAAGAAGTATTTAGTTGGCGACAAAAAGTTTTGGAATCCAAACATCG
ACTATACCACCTGGGTTCAGGGAAAGCATTTCTACCTTGGAGATTGGCTTTATTTCGTGT
ACTACAGAGACCAACACAACATTCTTGAAGTAAACAAGACCGACTACGAGAGATGTATCT
CTGACCATCCTATCCGAAACTATACACGTGGAGCTGGGAGAGACATTGTCCCTCTCAATG
TCACCAAACAGTACTATTTACTTGACGGAAGGGGTGGTTGTCTTAAAGGCATGAAGCTCA
CTGTTACAGTCGAGAACCTTCCTCCTCCACCAAAATCTGCACCTGTCAAAGAGCACTAGA
TCAGTTTCACATGACAAGAGTTTAAAAACATCAGTTGATTGTTTGCCTCTCTTGTCGTGA
TATTCATTTCCGTGGATGATCTTGTTTCATGATTTGTTGTGTTTTGTTGCTATGGTTTAC
TTTCTTTTTGTTTTAGCATAAGACATGAATTTCAAACGCCTAAAAATATGGATCTACCAT
ATGATAATGATATTTCTTGCTGGTT
C

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DS 

RD RR3B984TF 685 0 0
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CGAGATTCACGGTGTTGATTGCGGCAGCAGTACTTGCTTTTCTAGTGGCAGCGCCGGTGC
CGGAAGTGACGGCAAAGAAGTATTTAGTTGGCGACAAAAAGTTTTGGAATCCAAACATCG
ACTATACCACCTGGGTTCAGGGAAAGCATTTCTACCTTGGAGATTGGCTCTATTTCGTGT
ACTACAGAGACCAACACAACATTCTTGAAGTAAACAAGACCGACTACGAGAGATGTATCT
CTGACCATCCTATCCGAAACTATACACGTGGAGCTGGGAGAGACATTGTCCCTCTCAATG
TCACCAAACAGTACTATCTACTTGACGGAAGGGGTGGTTGTCTTAAAGGCATGAAGCTCA
CTGTTACAGTCGAGAACCTTCCTCCTCCACCAAAATCTGCACCTGTCAAAGAGCACTAGA
TCAGTTTCACATGACAAGAGTTTAAAAACATCAGTTGATTGTTTGCCTCTCTTGTCGTGA
TATTCATTTCCGTGGATGATCTTGTTTCATGATTTGTTGTGTTTTGTTGCTATGGTTTAC
TTTCTTTTTGTTTTAGCATAAGACATGAATTTCAAACGCCTAAAAATATGGATCTACCAT
ATGATAATGATATTTCTTGCTGGTT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3DT48JQ 681 0 0
AGTCCACCTCTAAATCACAAGTCCACTAGAGGAGACAGAGAGAGAGAGAAAAGATGGCGA
GATTCACGGTGTTGATTGCGGCAGCAGTACTTGCTTTTCTAGTGGCAGCGCCGGTGCCGG
AAGTGACGGCAAAGAAGTATTTAGTTGGCGACAAAAAGTTTTGGAATCCAAACATCGACT
ATACCACCTGGGTTCAGGGAAAGCATTTCTACCTTGGAGATTGGCTCTATTTCGTGTACT
ACAGAGACCAACACAACATTCTTGAAGTAAACAAGACCGACTACGAGAGATGTATTTCTG
ACCATCCTATCCGAAACTATACACGTGGAGCTGGGAGAGACATTGTCCCTCTCAATGTCA
CCAAACAGTACTATCTACTTGACGGAAGGGGTGGTTGTTTTAAAGGCATGAAGCTCACTG
TTACAGTCGAGAACCTTCCTCCTCCACCAAAATCTGCACCTGTCAAAGAGCACTAGATCA
GTTTCACATGACAAGAGTTTAAAAACATCAGTTGATTGTTTGCCTCTCTTGTCGTGATAT
TCATTTCCGTGGATGATCTTGTTTCATGATTTGTTGTGTTTTGTTGCTATGGTTTACTTT
CTTTTTGTTTTAGCATAAGACATGAATTTCAAACGCCTAAAAATATGGATCTACCATATG
ATAATGATATTTCTTGCTGG
C

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3B025JQ 705 0 0
GG
ACAATGAAAACCCACTAGTCCACCTCTAAATCACAAGTCCACTAGAGGAGACAGAGAGAG
AGAGAAAAGATGGCGAGATTCACGGTGTTGATTGCGGCAGCAGTACTTGCTTTTCTAGTG
GCAGCGCCGGTGCCGGAAGTGACGGCAAAGAAGTATTTAGTTGGCGACAAAAAGTTTTGG
AATCCAAACATCGACTATACCACCTGGGTTCAGGGAAAGCATTTCTACCTTGGAGATTGG
CTCTATTTCGTGTACTACAGAGACCAACACAACATTCTTGAAGTAAACAAGACCGACTAC
GAGAGATGTATCTCTGACCATCCTATCCGAAACTATACACGTGGAGCTGGGAGAGACATT
GTCCCTCTCAATGTCACCAAACAGTACTATCTACTTGACGGAAGGGGTGGTTGTTTTAAA
GGCATGAAGCTCACTGTTACAGTCGAGAACCTTCCTCCTCCACCAAAATCTGCACCTGTC
AAAGAGCACTAGATCAGTTTCACATGACAAGAGTTTAAAAACATCAGTTGATTGTTTGCC
TCTCTTGTCGTGATATTCATTTCCGTGGATGATCTTGTTTCATGATTTGTTGTGTTTTGT
TGCTATGGTTTACTTTCTTTTTGTTTTAGCATAAGACATGAATTTCAAACGCCTAAAAAT
ATGGATCTACCATATGATAATGATATTTCTTGCTGGTTTGTTT

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR3B025TF 705 0 0
GG
ACAATGAAAACCCACTAGTCCACCTCTAAATCACAAGTCCACTAGAGGAGACAGAGAGAG
AGAGAAAAGATGGCGAGATTCACGGTGTTGATTGCGGCAGCAGTACTTGCTTTTCTAGTG
GCAGCGCCGGTGCCGGAAGTGACGGCAAAGAAGTATTTAGTTGGCGACAAAAAGTTTTGG
AATCCAAACATCGACTATACCACCTGGGTTCAGGGAAAGCATTTCTACCTTGGAGATTGG
CTCTATTTCGTGTACTACAGAGACCAACACAACATTCTTGAAGTAAACAAGACCGACTAC
GAGAGATGTATCTCTGACCATCCTATCCGAAACTATACACGTGGAGCTGGGAGAGACATT
GTCCCTCTCAATGTCACCAAACAGTACTATCTACTTGACGGAAGGGGTGGTTGTTTTAAA
GGCATGAAGCTCACTGTTACAGTCGAGAACCTTCCTCCTCCACCAAAATCTGCACCTGTC
AAAGAGCACTAGATCAGTTTCACATGACAAGAGTTTAAAAACATCAGTTGATTGTTTGCC
TCTCTTGTCGTGATATTCATTTCCGTGGATGATCTTGTTTCATGATTTGTTGTGTTTTGT
TGCTATGGTTTACTTTCTTTTTGTTTTAGCATAAGACATGAATTTCAAACGCCTAAAAAT
ATGGATCTACCATATGATAATGATATTTCTTGCTGGTTTGTTT

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR3DR45TF 655 0 0
G
GAGAAAAGATGGCGAGATTCACGGTGTTGATTGCGGCAGCAGTACTTGCTTTTCTAGTGT
CAGCGCCAGTGCCGGAAGTGACGGCAAAGAAGTATTTAGTTGGCGACAAAAAATTTTGGA
ATCCAAACATCAACTACAACACCTGGGTTCAGGGAAAGCATTTCTACCTTGGAGATTGGC
TCTATTTCGTGTACTACAGAGACCAACACAACATTCTTGAAGTAAACAAGACCGACTACG
AGAGATGTATCTCCGACCATCCGATCCGAAACTATACACGTGGAGCTGGGAGAGACATTG
TCCCTCTCAATGTCACCAAACAGTACTATCTACTTGACGGAAGGGGTGGTTGTTTTAAAG
GCATGAAGCTCACTGTTACAGTCGAGAACCTTCCTCCTCCACCAAAATCTGCACCTGTCA
AAGAGCACTAGATCAGTTCCACATGACAAGAGTTTAAAAACATCAGTTGATTGTTTGCCT
CTCTTGTCGTGATATTCATTTCCGTGGATGATCTTGTTTCATGATTTGTTGTGTTTTATT
GCTATGGTTTACTTTCTTTTTGTTTTAGCATAAGACATGAATTTCAAACGCCTAAAAATA
TGGATCTACCATATGATAATGATTTTTCTTGCTGGTTTGTTTATGTTGTGTCAA

QA 2 655 2 655
DS 

RD RR3DR45JQ 577 0 0
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AGGTTTCTTTGTAATGATATTGTCTTGGCTGGATGTT

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 7

CO CL629Contig1 906 7 6 U
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TCCCCTTAAGCCAAAAAGTCTCCAGAGTGGACAGAGACTTGGTTAGTATCTTCTCAGCTT
CAGCAGCTGCTTTCGAATCCAGAGAACGGCCAAGAAATGGAGCTAGAACACTATTCATTA
CATATCCAGCTGCACCAGGGCGTAAGTTGGTGTGATGCCAATCCAAGACAGAGTGAATCT
TGGCTCTCTTGGAAAGATCATTTGGGTACCAATGATCAGCTACACTTGGGAATGCTGAAG
CAAGATAAATCAAGATGGCGTGACTCTCGAAGAGCTTAAATCTGCCGTCAACAATAGCTG
GAACCTTCCCCAATGGGTTAATCTCTTTGAATTCAGGGGATAATTGCTGACGCTTCGCCA
AGTTAATCAAAACCTCATCGAATTGGATTCCATTAACCTTGCAGAATATGATTACAGCAC
GAGATGGCTGTGACATACGATCTGCATACACTTTCAGCTTCATCTTCTTCTTCTTGTGGT
CTGTCC


BQ
20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 0 0 0 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3H359JQ U 1
AF RR3CM92JQ U 1
AF RR3G444JQ U 1
AF RR3E938JQ U 1
AF RR3CM92TF C 239
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QA 1 696 1 696
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RD RR3CM92JQ 748 0 0
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QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3G444JQ 748 0 0
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TGTAGGGACTAAACAACCTGAGACGATCTTTCTCATCCAAAACCTGGAGCTGCATAAGCT
CGCATACAAGGTTGAGATCAGCTATGGATGGTTGGTTGCTTCCCAGCAAGAATTTACCAT
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QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3E938JQ 737 0 0
GG
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QA 3 737 3 737
DS 

RD RR3CM92TF 666 0 0
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ACGAGATGGCTGTGACATACGATCTGCATACACTTTCAGCTTCATCTTCTTCTTCTTGTG
ATCTCC

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DS 

RD RR3E938TF 736 0 0
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ATTTT*TGAACCACATCAAAGTGAGGCAGTGTCGCCTTTCTCGTATCCTCAATCCATTCT
TCAACTTTCTTGTAGGGACTAAACAACCTGAGACGATCTTTCTCATCCAAAACCTGGAGC
TGCATAAGCTCGCATACAAGGTTGAGATCAGCTATAGATGGTTGGTTGCTTCCCAGTAAG
AATTTACCATTCCCCTTAAGCCAAAAAGTCTCCAGAGTGGACAGAGACTTGGTTAGTATC
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CTATTCATTACATATCCAGCTGCACCAGGGCGTAAGTTGGTGTGATGCCAATCCAAGACA
GAGTGAATCTTGGCTCTCTTGGAAAGATCATTTGGGTACCAATGATCAGCTACACTTGGG
AATGCTGAAGCAAGATAAATCAAGATGGCGTGACTCTCGAAGAGCTTAAATCTGCCGTCA
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CGCTTCGCCAAGTTAATCAAAACCTCATCGAATTGGATTCCATTAACCTTGCAGAATATG
ATTACAGCACAAGATGGCTGTGACATACGATCTGCATACACTTTCAGCTTCATCTTC
CC

QA 18 734 18 734
DS 

RD RR3G444TF 752 0 0
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ATCCTCAATCCATTCTTCAACTTTCTTGTAGGGACTAAACAACCTGAGACGATCTTTCTC
ATCCAAAACCTGGAGCTGCATAAGCTCGCATACAAGGTTGAGATCAGCTATGGATGGTTG
GTTGCTTCCCAGCAAGAATTTACCATTCCCCTTAAGCCAAAAAGTCTCCAGAGTGGACAG
AGACTTGGTTAGTATCTTCTCAGCTTCAGCAGCTGCTTTCGAATCCAGAGAACGGCCAAG
AAATGGAGCTAGAACACTATTCATTACATATCCAGCTGCACCAGGGCGTAAGTTGGTGTG
ATGCCAATCCAAGACAGAGTGAATCTTGGCTCTCTTGGAAAGATCATTTGGGTACCAATG
AT*AGCTACACTTGGGAATGCTGAAGCAAGATAAATCAAGATGGCGTGACTCTCGAAGAG
CTTAAATCTGCCGTCAACAATAGCTGGAACCTTCCCCAATGGGTTAATCTCTTTGAATTC
AGGGGATAATTGCTGACGCTTCGCCGAGTTAATCAAAACCTCATCGAATTGGATTCCATT
AACCTTGCAGAATATGATTACAGCACGAGATGGCTGTGACATACGATCTGCATACACTTT
CAGCTTCATCTTCTTCTTCTTGTGGTCTGTCC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 6

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ACGAGAGGCAGTACTGCGAGCTATCAACAAATCTCACCCGTAAATCCAATTCAGCTTCCC
TTCTCCCCCATGGAGATGATAAGAAAGGGAAGCTTAGTGAGATCAAATCTGGGATTGATG
AAGCTGATGTCTTGATCAGAAAAATGGACCTTGAGGCGAGGAGTTTACAGCCAAGTGCTA
AGGCTACCTGTCTTGCTAAACTCAGAGAATACAAATCTGACCTCAACCAACTCAAGAAGG
AATTCAAGAGAGTTTCTTCTCCAGATGTTAATCAATCTGCACGTGAAGAGTTGATGGAAT
CTGGAATGGCAGATCCGCACTCGGTTTCTACTGATCAAAGAGAGAGGTTGGCAATGTCCG
TGGAGAGGCTTGATCAGTCTAGCGACAGAATCAGAGAGAGTAGAAGAACCATGATGGAGA
CCGAAGAGCTTGGTGTCTCCATTCTCCAAGATCTTAGTCAGCAGCGCCAAACTCTCCTTC
ACTCCCACAGCAAGCTTCATGG*TGTGGATGAGGCCATTGACAAGAGCAAGAAGGTCTTG
ACGGCTATGTCGAGAAGAATGACGAGGAACAAATGGATCGTTACTTCAGCAATCATTGCT
CTCATTCTCGCCATCATCCTCATCATTTCATTCAAACTTTCTCATTGATATATGCTCTCA
GCCATTTGTGTATAAGATTGCTAGTACTTTCCTTTGTAATGAATGGGCTTGGATCTCTTT
GTCTCCCCCAGGTTTCCACTTGTATGACCCAAAAATGTGTTATGACATGTTTTTACATAT
TACTATTACAAAGTGGTGCATGTCCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DR03TF U 68
AF RR3A853TF U 1
AF RR3E174TF U 90
AF RR3BF82JQ C 293
AF RR3BF82TF U 121
AF RR3E174JQ C 360
BS 1 130 RR3A853TF
BS 131 131 RR3E174TF
BS 132 307 RR3A853TF
BS 308 308 RR3DR03TF
BS 309 346 RR3A853TF
BS 347 347 RR3E174TF
BS 348 403 RR3A853TF
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BS 405 418 RR3A853TF
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BS 444 466 RR3A853TF
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BS 468 526 RR3A853TF
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BS 694 730 RR3A853TF
BS 731 769 RR3E174TF
BS 770 770 RR3BF82TF
BS 771 836 RR3E174TF
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BS 864 881 RR3BF82TF
BS 882 989 RR3E174JQ

RD RR3DR03TF 643 0 0
GG
GAGGAGAAGCCAGCGCACCTCTTTTGAATCCTTTCAGCGA**TCCAAAATCAACTTACAA
ATCCAGCAATTGAGTAATCGAAGAAGAAGATGAGCGACGTGTTCGAAGGGTACGAGAGGC
AGTACTGCGAGCTATCAACAAATCTCACCCGTAAATCCAATTCAGCTTCCCTTCTCCCCC
ATGGAGATGATAAGAAAGGGAAGCTTAGTGAGATCAAATCTGGGATTGATGAAGCTGATG
TCTTGGTCAGAAAAATGGACCTTGAGGCGAGGAGTTTGCAGCCAAGTGCTAAGGCTACCT
GTCTTGCTAAACTCAGAGAATACAAATCTGACCTTAACCAACTCAAGAAAGAATTCAAGA
GAGTTTCTTCTCCGGATGTTAATCAATCTGCACGTGAGGAGTTGATGGAATCTGGAATGG
CAGATCCGCACTCGGTTTCTACTGATCAAAGAGAGAGATTGGCAATGTCCGTAGAGAGGC
TTGATCAGTCCAGCGACAGAATCAGAGAGAGTAGAAGGACCATGATGGAGACCGAAGAGC
TTGGTGTCTCCATTCTTCAAGATCTTAGTCAGCAGCGCCAAACTCTCCTTCACTCCCACA
GTAAGCTTCATGG*TGTGGATGAAGCCATTGACAAGAGCAA

QA 3 643 3 643
DS 

RD RR3A853TF 730 0 0
GGGTTTTGTGCCTGTACACGATCTGAAAGAGGAAATCTTGTATCTCAGCTTGGGAAAGCG
AAGAGAGGAGAGGAGAAGCCAGCGCACCTCTTTTGAATCCTTTCAGCGA**TCCAAAATC
AACTTACAAATCCAGCAATTGAGTAATCGAAGAAGAAGATGAGCGACGTGTTCGAAGGGT
ACGAGAGGCAGTACTGCGAGCTATCAACAAATCTCACCCGTAAATCCAATTCAGCTTCCC
TTCTCCCCCATGGAGATGATAAGAAAGGGAAGCTTAGTGAGATCAAATCTGGGATTGATG
AAGCTGACGTCTTGATCAGAAAAATGGACCTTGAGGCGAGGAGTTTGCAGCCAAGTGCTA
AGGCTACCTGTCTTGCTAAACTCAGAGAATACAAATCTGACCTGAACCAACTCAAGAAAG
AATTCAAGAGAGTTTCTTCTCCGGATGTTAATCAATCTGCACGTGAGGAGTTGATGGAAT
CTGGAATGGCAGATCCGCACTCGGTTTCTACTGATCAAAGAGAGAGATTGGCAATGTCCG
TAGAGAGGCTTGATCAGTCTAGCGACAGAATCAGAGAGAGTAGAAGGACCATGATGGAGA
CCGAAGAGCTTGGTGTCTCCATTCTTCAAGATCTTAGTCAGCAGCGCCAAACTCTCCTTC
ACTCCCACAGCAAGCTTCATGGGTGTGGATGAAGCCATTGACAAGAGCAAGAAGGTCTTG
ACGGCTATGT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3E174TF 750 0 0
CTTTTGAATCCTTTCAGCGAGATCCAAAATCAACTTGCAAAACCAGCAATTGAGTAATCG
AAGAAGAAGATGAGCGACGTGTTCGAAGGGTACGAGAGGCAGTACTGCGAGCTATCAACT
AATCTCACCCGTAAATCCAATTCAGCTTCCCTTCTCCCCCATGGAGATGATAAGAAAGGG
AAGCTTGGTGAGATCAAATCTGGAATTGATGAAGCTGATGTCTTGATCAGAAAAATGGAC
CTTGAGGCGAGGAGTTTACAGCCGAGTGCTAAGGCTACCTGTCTTGCTAAACTCAGAGAA
TACAAATCTGACCTCAACCAACTCAAGAAGGAATTCAAGAGAGTTTCTTCTCCAGATGTT
AATCAATCTGCACGTGAAGAGTTGATGGAATCTGGAATGGCAGATCCCCACTCGGTTTCT
ACTGATCAAAGAGAGAGGTTGGCAATGTCCGTGGAGAGGCTTGATCAGTCTAGCGACAGA
ATCAGAGAGAGTAGAAGAACCATGATGGAGACCGAAGAGCTTGGTGTCTCCATTCTCCAA
GATCTTAGTCAGCAGCGCCAAACTCTCCTTCACTCCCACAGCAAGCTTCATGG*TGTCGA
TGAGGCCATTGACAAGAGCAAGAAG*TCTTGACG*CTATGTCGAGAAGAATGACGAGGAA
CAAATGGATCGTTACTTCAGTAATCATTGCTCTCATTCTCGCCATCATCCTCATCATTTC
ATTCAAACTTTCTCATTGATATATGCT
CTC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3BF82JQ 493 0 0
GATTGATGAAGCTGATGTCTTGATCAGAAAAATGGACCTTGAGGCGAGGAGTTTACAGCC
AAGTGCTAAGGCTACCTGTCTTGCTAAACTCAGAGAATACAAATCTGACCTCAACCAACT
CAAGAAGGAATTCAAAAGGGTTTCCTCTCCAGATGTTAATCAATCTGCACGTGAAGAGTT
GATGGAATCTGGAATGGCCGATCCGCACTCGGTTTCCACTGATCAAAGAGAGAGGTTGGC
AATGTCCGTTGAGAGGCTTGATCAGTCTAGCGACATAATCAGAGAGAGTAGAAGAACCAT
GATGGAGACCGAAGAGCTTGGTGTCTCCATTCTCCAAGATCTTAGTCAGCAGCGCCAAAC
TCTCCTTCACTCCCACAGCAAGCTTCATGG*TGTGGATGAGGCCATTGACAAGAGCAAGA
AGGTCTTGACGGCTATGTCGAGAAGAATGACGAGGAACAAATGGATCGTTACTTCAGCGA
TCATTGCTTTCAT

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR3BF82TF 767 0 0
GAACTG
CAAAACCAGCAATTGAGTAATCGAAGAAGAAGATGAGCGACGTGTTCGAAGGGTACGAGA
GGCATTACTGCGAGCTATCAACTAATCTCACCCGTAAATCCAATTCAGCTTCCCTTCTCC
CCCATGGAGATGATAAGAAAGGGAGGCTTGGTGAGATCAAATCTGGGATTGATGAAGCTG
ATGTCTTGATCAGAAAAATGGACCTTGAGGCGAGGAGTTTACAGCCAAGTGCTAAGGCTA
CCTGTCTTGCTAAACTCAGAGAATACAAATCTGACCTCAACCAACTCAAGAAGGAATTCA
AAAGGGTTTCCTCTCCAGATGTTAATCAATCTGCACGTGAAGAGTTGATGGAATCTGGAA
TGGCCGATCCGCACTCGGTTTCCACTGATCAAAGAGAGAGGTTGGCAATGTCCGTTGAGA
GGCTTGATCAGTCTAGCGACATAATCAGAGAGAGTAGAAGAACCATGATGGAGACCGAAG
AGCTTGGTGTCTCCATTCTCCAAGATCTTAGTCAGCAGCGCCAAACTCTCCTTCACTCCC
ACAGCAAGCTTCATGG*TGTGGATGAGGCCATTGACAAGAGCAAGAAGGTCTTGACGGCT
ATGTCGAGAAGAATGACGAGGAACAAATGGATCGTTACTTCAGCGATCATTGCTCTCATT
CTCGCCATCATCCTCATCATTTCATTCAAACTTTCTCATTGATATATGCTCTCAGCCATT
TGTGTATAAGATTGCTGGTACTTTCCTTTGTAATG
AATGGG

QA 7 761 7 761
DS 

RD RR3E174JQ 630 0 0
AAGGCTACCTGTCTTGCTAAACTCAGAGAATACAAATCTGACCTCAACCAACTCAAGAAG
GAATTCAAGAGAGTTTCTTCTCCAGATGTTAATCAATCTGCACGTGAAGAGTTGATGGAA
TCTGGAATGGCAGATCCCCACTCGGTTTCTACTGATCAAAGAGAGAGGTTGGCAATGTCC
GTGGAGAGGCTTGATCAGTCTAGCGACAGAATCAGAGAGAGTAGAAGAACCATGATGGAG
ACCGAAGAGCTTGGTGTCTCCATTCTCCAAGATCTTAGTCAGCAGCGCCAAACTCTCCTT
CACTCCCACAGCAAGCTTCATGG*TGTCGATGAGGCCATTGACAAGAGCAAGAAGGTCTT
GACGGCTATGTCGAGAAGAATGACGAGGAACAAATGGATCGTTACTTCAGTAATCATTGC
TCTCATTCTCGCCATCATCCTCATCATTTCATTCAAACTTTCTCATTGATATATGCTTTC
AGCCATTTGTGTATAAGATTGTTAGTACTTTCCTTTGTAATGAATGGGCTTGGATCTCTT
TGTCTCCCCCAGGTTTCCACTTGTATGACCCAAAAATGTGTTATGACATGTTTTTACATA
TTACTATTACAAAGTGGTGCATGTCCTCCC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 2 7

CO CL631Contig1 710 5 13 U
GGTAGCCTTTGTGGGGGAGTAAACGTGAGAAGATTCAGCTGCGTTAGGCAAAATCACCAG
ACGAAAATCGCTGATTTCTGTTAGCTTTTTTTTTAAAGCAATGGCAACGGGTAAAACAGT
GAAAGACGTCTCTCCACATGACTTTGTCAAGGCTTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGG
CAAGATCGAGCTTCCATCATGGACAGACATTGTGAAGACCGGGAAGTTGAAGGAGCTTGC
CCCTTATGATCCTGATTGGTATTACATCAGAGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATACCT
GAGGGGAGGTCTTGGAGTAGGTGCTTTCCGTAGAATCTATGGTGGCAGCAAGAGAAACGG
GAGTCGCCCACCACATTTCTGCAAAAGCAGCGGTGGCATTGCCCGTCACATTCTCCAGCA
GTTGGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGACACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCAAG
TGGACAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGGACGTATTGCAGTTGAAATTTGAAGATCTGA
ATGTTGTTTTTAGTTCTTCTACTACTTTTGATGAAACCAATGTGCTGTTTTT*AGTGTTT
TTGTCTTTTTCTCCCAAAGAACAATTTTTATCAATGCCATTGCTCAAGACTGTTACCATA
ATGTTCAGAAACCTTCTTTGTTTCGAGTCTTAGAACCTTTAAATGTTCAG


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3AS60TF U 243
AF RR3AE19JQ C 1
AF RR3AE19TF U 1
AF RR3BY59JQ C 2
AF RR3BY59TF U 2
BS 1 3 RR3AE19JQ
BS 4 242 RR3AE19TF
BS 243 261 RR3AS60TF
BS 262 262 RR3AE19TF
BS 263 354 RR3AS60TF
BS 355 355 RR3AE19TF
BS 356 552 RR3AS60TF
BS 553 553 RR3AE19TF
BS 554 596 RR3AS60TF
BS 597 597 RR3AE19TF
BS 598 606 RR3AS60TF
BS 607 706 RR3AE19TF
BS 707 710 RR3BY59JQ

RD RR3AS60TF 367 0 0
CTTATGATCCTGATTGGTACTACATCAGAGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATACCTGA
GGGGAGGTCTTGGAGTAGGTGCTTTCCGTAGAATCTATGGTGGCAGCAAGAGGAACGGGA
GTCGCCCACCACATTTCTGCAAAAGCAGCGGTGGCATTGCCCGTCACATTCTCCAGCAGT
TGGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGACACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCAAGTG
GACAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGGACGTATTGCAGTTGAAATTTGAAGATCTGAAT
GTTGTTTTTACTTCTTCTACTACTTTTGATGAAACCAATGTGCTGTTTTT*AGT*TTTTT
GTCT
CCC

QA 1 364 1 364
DS 

RD RR3AE19JQ 708 0 0
GGTAGCCTTTGTGGGGGAGTAAACGTGAGAAGATTCAGCTGCGTTAGGCAAAATCACCAG
ACGAAAATCGCTGATTTCTGTTAGCTTTTTTTTTAAAGCAATGGCAACGGGTAAAACAGT
GAAAGACGTCTCTCCACATGACTTTGTCAAGGCTTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGG
CAAGATCGAGCTTCCATCATGGACAGACATTGTGAAGACCGGGAAGTTGAAGGAGCTTGC
CCCTTATGATCCTGATTGGTATTACATCAGAGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATACCT
GAGGGGAGGTCTTGGAGTAGGTGCTTTCCGTAGAGTCTATGGTGGCAGCAAGAGAAACGG
GAGTCGCCCACCACATTTCTGCAAAAGCAGCGGTGGCATTGCCCGTCACATTCTCCAGCA
GTTGGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGACACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCAAG
TGGACAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGGACGTATTGCAGTTGAAATTTGAAGATCTGA
ATGTTGTTTTTAGTTCTTCTACTACTTTTGATGAAACCAATGTGCTGTTTTT*AGTGTTT
TTGTCTTTTTCTCCCAAAGAACAATTTTTATCAATGCCATTGCTCAAGACTGTTACCATA
ATGTTCAGAAACCTTCTTTGTTTCGAGTCTTAGAACCTTTAAATGT
CC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3AE19TF 708 0 0
GGT
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AAAATCGCTGATTTCTGTTAGCTTTTTTTTTAAAGCAATGGCAACGGGTAAAACAGTGAA
AGACGTCTCTCCACATGACTTTGTCAAGGCTTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGGCAA
GATCGAGCTTCCATCATGGACAGACATTGTGAAGACCGGGAAGTTGAAGGAGCTTGCCCC
TTATGATCCTGATTGGTATTACATCAGAGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATACCTGAG
GGGAGGTCTTGGAGTAGGTGCTTTCCGTAGAGTCTATGGTGGCAGCAAGAGAAACGGGAG
TCGCCCACCACATTTCTGCAAAAGCAGCGGTGGCATTGCCCGTCACATTCTCCAGCAGTT
GGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGACACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCAAGTGG
ACAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGGACGTATTGCAGTTGAAATTTGAAGATCTGAATG
TTGTTTTTAGTTCTTCTACTACTTTTGATGAAACCAATGTGCTGTTTTTTAGTGTTTTTG
TCTTTTTCTCCCAAAGAACAATTTTTATCAATGCCATTGCTCAAGACTGTTACCATAATG
TTCAGAAACCTTCTTTGTTTCGAGTCTTAGAACCTTTAAATGT
CC

QA 4 706 4 706
DS 

RD RR3BY59JQ 709 0 0
GG
AGCCTTTGTGGGGGAGTAAACGTGAGAAGATTCAGCTGCGTTAGGCAAAATCACCAGACG
AAAATCGCTGATTTCTGTTAGCTTTTTTTTTAAAGCAATGGCAACGGGTAAAACAGTGAA
AGACGTCTCTCCACATGACTTTGTCAAGGCTTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGGCAA
GATCGAGCTTCCATCATGGACAGACATTGTGAAGACCGGGAAGTTGAAGGAGCTTGCCCC
TTATGATCCTGATTGGTATTACATCAGAGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATCCCTGAG
GGGAGGTCTTGGAGTAGGTGCTTTCCGTAGAATCCATGGTGGCAGCAAGAGAAACGGGAG
TCGCCCACCACATTTCTGCAAAAGCAGCGGTGGCATTGCCCGTCACATTCTCCAGCAGTT
GGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGACACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCAAGTGG
ACAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGGACGTATTGCAGTTGAAATTTGAAGATCTGAATG
TTGTTTTTAGTTCTTCTACTACTTTTGATGAAACCAATGTGCTGTTTTT*AGTGTTTTTG
TCTTTTTCTCCCAAAGAACAATTTTTATCAATGCCATTGCTCAAGACTGTTACCATAATG
TTCAGAAACCTTCTTTGTTTCGAGTCTTAGAACCTTTAAATGTTCAG

QA 3 709 3 709
DS 

RD RR3BY59TF 709 0 0
GG
AGCCTTTGTGGGGGAGTAAACGTGAGAAGATTCAGCTGCGTTAGGCAAAATCACCAGACG
AAAATCGCTGATTTCTGTTAGCTTTTTTTTTAAAGCAATGGCAACGGGTAAAACAGTGAA
AGACGTCTCTCCACATGACTTTGTCAAGGCTTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGGCAA
GATCGAGCTTCCATCATGGACAGACATTGTGAAGACCGGGAAGTTGAAGGAGCTTGCCCC
TTATGATCCTGATTGGTATTACATCAGAGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATCCCTGAG
GGGAGGTCTTGGAGTAGGTGCTTTCCGTAGAATCCATGGTGGCAGCAAGAGAAACGGGAG
TCGCCCACCACATTTCTGCAAAAGCAGCGGTGGCATTGCCCGTCACATTCTCCAGCAGTT
GGAGACTATGAACATTGTTGAGATTGACACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCAAGTGG
ACAACGGGATTTGGACCAGGTTGCTGGACGTATTGCAGTTGAAATTTGAAGATCTGAATG
TTGTTTTTAGTTCTTCTACTACTTTTGATGAAACCAATGTGCTGTTTTT*AGTGTTTTTG
TCTTTTTCTCCCAAAGAACAATTTTTATCAATGCCATTGCTCAAGACTGTTACCATAATG
TTCAGAAACCTTCTTTGTTTCGAGTCTTAGAACCTTTAAATGT
TCAG

QA 3 705 3 705
DS 



CO CL631Contig2 560 2 2 U
GGACTTTGTCAAGGCTTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGGCAAGACCGAGCTTCCATC
ATGGACAGACATTGTGAAGACCGGGAAGTTGAAGGAGCTTGCCCCTTATGATCCTGATTG
GTATTACATCAGAGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATACCTGAGGGGAGGTCTTGGAGT
TGGTGCTTTCCGTAGAATCTATGGTGGCAGCAAGAGAAGCGGCAGTCGCCCACCACATTT
CTGCAAAAGCAGCGGTGGCATTGCCCGTCACATTCTCCAGCAGTTGGAGACTATGAACAT
TGTTGAGATTGACACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCAAGTGGACAACGGGATTTGGA
CCAGGTTGCTGGACGTATTGCAGTTGAAATTTGAAGATCTGAATGTTGTTTTTAGTTCTT
CTACTACTTTTGATGAAACCAATGTGCTGTTTTTAGTGTTTTTGTCTTTTTCTCCCAAAG
AACAATTTTTATCAATACCAATGTTCAGAAACCTTCTTTGTTTCGAGTCTTAGAACCTTT
AAATCCCAAGTATCATCATC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D390JQ C 1
AF RR3D390TF U 1
BS 1 1 RR3D390JQ
BS 2 560 RR3D390TF

RD RR3D390JQ 560 0 0
GGACTTTGTCAAGGCTTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGGCAAGACCGAGCTTCCATC
ATGGACAGACATTGTGAAGACCGGGAAGTTGAAGGAGCTTGCCCCTTATGATCCTGATTG
GTATTACATCAGAGCTGCATTTATGGCAAGGAAGGTATACCTGAGGGGAGGTCTTGGAGT
TGGTGCTTTCCGTAGAATCTATGGTGGCAGCAAGAGAAGCGGCAGTCGCCCACCACATTT
CTGCAAAAGCAGCGGTGGCATTGCCCGTCACATTCTCCAGCAGTTGGAGACTATGAACAT
TGTTGAGATTGACACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCAAGTGGACAACGGGATTTGGA
CCAGGTTGCTGGACGTATTGCAGTTGAAATTTGAAGATCTGAATGTTGTTTTTAGTTCTT
CTACTACTTTTGATGAAACCAATGTGCTGTTTTTAGTGTTTTTGTCTTTTTCTCCCAAAG
AACAATTTTTATCAATACCAATGTTCAGAAACCTTCTTTGTTTCGAGTCTTAGAACCTTT
AAATCCCAAGTATCATCATC

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3D390TF 560 0 0
G
GACTTTGTCAAGGCTTACGCTTCTCATCTCAAGCGATCTGGCAAGACCGAGCTTCCATCA
TGGACAGACATTGTGAAGACCGGGAAGTTGAAGGAGCTTGCCCCTTATGATCCTGATTGG
TATTACATCAGAGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTATACCTGAGGGGAGGTCTTGGAGTT
GGTGCTTTCCGTAGAATCTATGGTGGCAGCAAGAGAAGCGGCAGTCGCCCACCACATTTC
TGCAAAAGCAGCGGTGGCATTGCCCGTCACATTCTCCAGCAGTTGGAGACTATGAACATT
GTTGAGATTGACACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCAAGTGGACAACGGGATTTGGAC
CAGGTTGCTGGACGTATTGCAGTTGAAATTTGAAGATCTGAATGTTGTTTTTAGTTCTTC
TACTACTTTTGATGAAACCAATGTGCTGTTTTTAGTGTTTTTGTCTTTTTCTCCCAAAGA
ACAATTTTTATCAATACCAATGTTCAGAAACCTTCTTTGTTTCGAGTCTTAGAACCTTTA
AATCCCAAGTATCATCATC

QA 2 560 2 560
DS 



AS 2 8

CO CL632Contig1 833 4 5 U
GTCATTAGAATAATGGACCAGCAACCATTTGCACGAAATTCTTTTACATTTTGGCGAGAT
TTTATCATCAATGGTTTTACAAGAGACCAGACTTTATATTGGTCGCATATATAGCACATA
TAGCTTGAGTTTTTACATGTCTTTGTTTCTCTCTTAGACACTTGATTGATGAATAATTTA
TAGCCATAACATTATGACTAGAATCTTACAACGATACAGGAGATGTCATCTTTGCTTTTC
CTAGAGATTGCTTCTTCTATCAACTCCTTGGCTGCCTCATGGGGATCTTTTATGCTTCTG
ATCGCGTCCACAGCTTCTTGGTTTGACATCACCTTCCAAATTCCATCACTGGCAAAAACA
ATGAACTCGGTCTCATCATGGATTGTCTGGTGTGTTATGTCTGGTTCTGAGCTCAGATGT
ATCTTTAAGCTCTTATCTCCAAACGCCCTCGCAACCGCTAGTTGTCCATCAACTCTTGGA
ACGTCCCCTGGAATATTGGATACAAAGCCGCCACGGCTCTCTATTTCCTTCTGCTCCTTG
CTTGGTTCATGATCAACAGAGAGCTGAGATGCAACACCATTCTTTGACATGACTGCCCGT
GAGTCTCCAACGTTAGCAACTATTAGCTTTTGCCCATCTATCAGAATTCCAGTTACAGCA
GTTGATCCACCTTTGCCAAGTTTAAGTGACTGCTCTAATATGGAAGCATCTGTTGATATG
TATGCATCCCTTATAGCCTTCTCCATATCAGTCCAAAAATCCTTCTCTTTGAGTATGTTG
TCAAAGAGGTTGGTCTGCAAGTACTTGGCCACGTCATGTCCCAAGTGACCGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H817JQ U 31
AF RR3BV77JQ U 7
AF RR3H578JQ U 35
AF RR3A038JQ U 1
BS 1 371 RR3A038JQ
BS 372 372 RR3H817JQ
BS 373 391 RR3A038JQ
BS 392 392 RR3H817JQ
BS 393 833 RR3A038JQ

RD RR3H817JQ 729 0 0
GCAC
GAAATTCTTTTACATTTTGGCGAGATTTTATCATCAATGGTTTTACAAGAGACCAGACTT
TATATTGGTCGCATATATAGCACATATAGCTTGAGTTTTTACATGTCTTTGTTTCTCTCT
TAGACACTTGATTGATGAATAATTTATAGCCATAACATTATGACTAGAATCTTACAACGA
TACAGGAGATGTCATCTTTGCTTTTCCTAGAGATTGCTTCTTCTATCAACTCCTTGGCTG
CCTCATGGGGATCTTTTATGCTTCTGATCGCGTCCACAGCTTCTTGGTTTGACATCACCT
TCCAAATTCCATCACTGGCAAAAACAATGAACTCGGTCTCATCATGGATTGTCTGGTGTG
TTATGTCTGGTTCTGAGCTCAGAT**ATCTTTAAGCTCTTATCTCCAAACGCCCTCGCAA
CCGCTAGTTGTCCATCAACTCTTGGAACGTCCCCTGGAATATTGGATACAAAGCCGCCAC
GGCTCTCTATTTCCTTCTGCTCCTTGCTTGGTTCATGATCAACAGAGAGCTGAGATGCAA
CACCATTCTTTGACATGACTGCCCGTGAGTCTCCAACGTTAGCAACTATTAGCTTTTGCC
CATCTATCAGAATTCCAGTTACAGCAGTTGATCCACCTTTGCCAAGTTTAAGTGACTGCT
CTAATATGGAAGCATCTGTTGATATGTATGCATCCCTTATAGCCTTCTCCATATCAGTCC
AAAAA

QA 5 729 5 729
DS 

RD RR3BV77JQ 753 0 0
AGAATAATGGACCAGCAACCATTTGCACGAAATTCTTTTACATTTTGGCGAGATTTTATC
ATCAATGGTTTTACAAGAGACCAGACTTTATATTGGTCGCATATATAGCACATATAGCTT
GAGTTTTTACATGTCTTTGTTTCTCTCTTAGACACTTGATTGATGAATAATTTATAGCCA
TAACATTATGACTAGAATCTTACAACGATACAGGAGATGTCATCTTTGCTTTTCCTAGAG
ATTGCTTCTTCTATCAACTCCTTGGCTGCCTCATGGGGATCTTTTATGCTTCTGATCGCG
TCCACAGCTTCTTGGTTTGACATCACCTTCCAAATTCCATCACTGGCAAAAACAATGAAC
TCGGTCTCATCATGGATTGTCTGGTGTGTTATGTCTGGTTCTGAGCTCAGATGTATCTTT
AAGCTCTTATCTCCAAACGCCCTCGCAACCGCTAGTTGTCCATCAACTCTTGGAACGTCC
CCTGGAATATTGGATACAAAGCCGCCACGGCTCTCTATTTCCTTCTGCTCCTTGCTTGGT
TCATGATCAACAGAGAGCCGAGATGCAACACCATTCTTTGACATGACTGCCCGTGAGTCT
CCAACGTTAGCAACTATTAGCTTTTGCCCATCTATCAGAATTCCAGTTACAGCAGTTGAT
CCACCTTTGCCAAGTTTAAGTGACTGCTCTAATATGGAAGCATCTGTTGATATGTATGCA
TCCCTTATAGCCTTCTCCATATCAGTCCAAAAA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3H578JQ 725 0 0
GAAATTCTTTTACATTTTGGCGAGATTTTATCATCAATGGTTTTACAAGAGACCAGACTT
TATATTGGTCGCATATATAGCACATATAGCTTGAGTTTTTACATGTCTTTGTTTCTCTCT
TAGACACTTGATTGATGAATAATTTATAGCCATAACATTATGACTAGAATCTTACAACGA
TACAGGAGATGTCATCTTTGCTTTTCCTAGAGATTGCTTCTTCTATCAACTCCTTGGCTG
CCTCATGGGGATCTTTTATGCTTCTGATCGCGTCCACAGCTTCTTGGTTTGACATCACCT
TCCAAATTCCATCACTGGCAAAAACAATGAACTCGGTCTCATCATGGATTGTCTGGTGTG
TTATGTCTGGTTCTGAGCTCAGATGTATCTTTAAGCTCTTATCTCCAAACGCCCTCGCAA
CCGCTAGTTGTCCATCAACTCTTGGAACGTCCCCTGGAATATTGGATACAAAGCCGCCAC
GGCTCTCTATTTCCTTCTGCTCCTTGCTTGGTTCATGATCAACAGAGAGCTGAGATGCAA
CACCATTCTTTGACATGACTGCCCGTGAGTCTCCAACGTTAGCAACTATTAGCTTTTGCC
CATCTATCAGAATTCCAGTTACAGCAGTTGATCCACCTTTGCCAAGTTTAAGTGACTGCT
CTAATATGGAAGCATCTGTTGATATGTATGCATCCCTTATAGCCTTCTCCATATCAGTCC
AAAAA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3A038JQ 833 0 0
GTCATTAGAATAATGGACCAGCAACCATTTGCACGAAATTCTTTTACATTTTGGCGAGAT
TTTATCATCAATGGTTTTACAAGAGACCAGACTTTATATTGGTCGCATATATAGCACATA
TAGCTTGAGTTTTTACATGTCTTTGTTTCTCTCTTAGACACTTGATTGATGAATAATTTA
TAGCCATAACATTATGACTAGAATCTTACAACGATACAGGAGATGTCATCTTTGCTTTTC
CTAGAGATTGCTTCTTCTATCAACTCCTTGGCTGCCTCATGGGGATCTTTTATGCTTCTG
ATCGCGTCCACAGCTTCTTGGTTTGACATCACCTTCCAAATTCCATCACTGGCAAAAACA
ATGAACTCGGTATCATCATGGATTGTCTGGTATGTTATGTCTGGTTCTGAGCTCAGATGT
ATCTTTAAGCTCTTATCTCCAAACGCCCTCGCAACCGCTAGTTGTCCATCAACTCTTGGA
ACGTCCCCTGGAATATTGGATACAAAGCCGCCACGGCTCTCTATTTCCTTCTGCTCCTTG
CTTGGTTCATGATCAACAGAGAGCTGAGATGCAACACCATTCTTTGACATGACTGCCCGT
GAGTCTCCAACGTTAGCAACTATTAGCTTTTGCCCATCTATCAGAATTCCAGTTACAGCA
GTTGATCCACCTTTGCCAAGTTTAAGTGACTGCTCTAATATGGAAGCATCTGTTGATATG
TATGCATCCCTTATAGCCTTCTCCATATCAGTCCAAAAATCCTTCTCTTTGAGTATGTTG
TCAAAGAGGTTGGTCTGCAAGTACTTGGCCACGTCATGTCCCAAGTGACCGTC

QA 1 833 1 833
DS 



CO CL632Contig2 782 4 8 U
CACATTTCATACACAAACACTCAACTCTCATTCTCACAACAATGACAGGCAGAGAAATTC
TGCACAAGATGAAGTTGAAGGCTGGATTCTGCGGATCTGAAACGGGCAGAGGTAAAAGCA
GGACATGGAAAAACATCTCCCACGGTTTTCACTTTGTCAAGGGCAAAGCTAACCATCCCA
TGGAGGACTACGTTGTGTCTGAGTTCAAAAAAGTAGACAACCACGATTTGGGTTTGTTTG
CCATTTTTGACGGTCACTTGGGACATGACGTGGCCAAGTACTTGCAGACCAACCTCTTTG
ACAACATACTCAAAGAGAAGGATTTTTGGACTGATATGGAGAAGGCTATAAGGGATGCAT
ACATATCAACAGATGCTTCCATATTAGAGCAGTCACTTAAACTTGGCAAAGGTGGATCAA
CTGCTGTAACTGGAATTCTGATAGATGGGCAAAAGCTAATAGTTGCTAACGTTGGAGACT
CACGGGCAGTCATGTCAAAGAATGGTGTTGCATCTCAGCTCTCTGTTGATCATGAACCAA
GCAAGGAGCAGAAGGAAATAGAGAGCCGTGGCGGCTTTGTATCCAATATTCCAGGGGACG
TTCCAAGAGTTGATGGACAACTAGCGGTTGCGAGGGCGTTTGGAGATAAGAGCTTAAAGA
TACATCTGAGCTCAGAACCAGACATAACACACCAGACAATCCATGATGAGACCGAGTTCA
TTGTTTTGGCCAGTGATGGAATTTGGAAGTGATGTCAACCAAGAAGCTGTGGACGCGATC
AG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3H578TF U 2
AF RR3A038TF U 1
AF RR3BV77TF U 8
AF RR3H817TF U 1
BS 1 689 RR3A038TF
BS 690 690 RR3BV77TF
BS 691 709 RR3A038TF
BS 710 710 RR3BV77TF
BS 711 727 RR3A038TF
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BS 729 743 RR3A038TF
BS 744 782 RR3H817TF

RD RR3H578TF 625 0 0
CACATTTCAT
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AAGTTGAAGGCTGGATTCTGCGGATCTGAAACGGGCAGAGGTAAAAGCAGGACATGGAAA
AACATCTCCCACGGTTTTCACTTTGTCAAGGGCAAAGCTAACCATCCCATGGAGGACTAC
GTTGTGTCTGAGTTCAAAAAAGTAGACAACCACGATTTGGGTTTGTTTGCCATTTTTGAC
GGTCACTTGGGACATGACGTGGCCAAGTACTTGCAGACCAACCTCTTTGACAACATACTC
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GATGCTTCCATATTAGAGCAGTCACTTAAACTTGGCAAAGGTGGATCAACTGCTGTAACT
GGAATTCTGATAGATGGGCAAAAGCTAATAGTTGCTAACGTTGGAGACTCACGGGCAGTC
ATGTCAAAGAATGGTGTTGCATCTCAGCTCTCTGTTGATCATGAACCAAGCAAGGAGCAG
AAGGAAATAGAGAGCCGTGGCGGCTTTGTATCCAATATTCCAGGGGACGTTCCAAGAGTT
GATGGACAACTAGCG

QA 11 625 11 625
DS 

RD RR3A038TF 743 0 0
CACATTTCATACACAAACACTCAACTCTCATTCTCACAACAATGACAGGCAGAGAAATTC
TGCACAAGATGAAGTTGAAGGCTGGATTCTGCGGATCTGAAACGGGCAGAGGTAAAAGCA
GGACATGGAAAAACATCTCCCACGGTTTTCACTTTGTCAAGGGCAAAGCTAACCATCCCA
TGGAGGACTACGTTGTGTCTGAGTTCAAAAAAGTAGACAACCACGATTTGGGTTTGTTTG
CCATTTTTGACGGTCACTTGGGACATGACGTGGCCAAGTACTTGCAGACCAACCTCTTTG
ACAACATACTCAAAGAGAAGGATTTTTGGACTGATATGGAGAAGGCTATAAGGGATGCAT
ACATATCAACAGATGCTTCCATATTAGAGCAGTCACTTAAACTTGGCAAAGGTGGATCAA
CTGCTGTAACTGGAATTCTGATAGATGGGCAAAAGCTAATAGTTGCTAACGTTGGAGACT
CACGGGCAGTCATGTCAAAGAATGGTGTTGCATCTCAGCTCTCTGTTGATCATGAACCAA
GCAAGGAGCAGAAGGAAATAGAGAGCCGTGGCGGCTTTGTATCCAATATTCCAGGGGACG
TTCCAAGAGTTGATGGACAACTAGCGGTTGCGAGGGCGTTTGGAGATAAGAGCTTAAAGA
TACATCTGAGCTCAGAACCAGACATAACATACCAGACAATCCATGATGATACCGAGTTCA
TTGTTTTTGCCAGTGATGGAATT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3BV77TF 736 0 0
CATA
CACAAACACTCAACTCTCATTCTCACAACAATGACAGGCAGAGAAATTCTGCACAAGATG
AAGTTGAAGGCTGGATTCTGCGGATCTGAAACGGTCAGAGGTAAAAGCAGGACATGGAAA
AACATCTCCCACGGTTTTCACTTTGTCAAGGGCAAAGCTAACCATCCCATGGAGGACTAC
GTTGTGTCTGAGTTCAAAAAAGTAGACAACCACGATTTGGGTTTGTTTGCCATTTTTGAC
GGTCACTTGGGACATGACGTGGCCAAGTACTTGCAGACCAACCTCTTTGACAACATACTC
AAAGAGAAGGATTTTTGGACTGATATGGAGAAGGCTATAAGGGATGCATACATATCAACA
GATGCTTCCATATTAGAGCAGTCACTTAAACTTGGCAAAGGTGGATCAACTGCTGTAACT
GGAATTCTGATAGATGGGCAAAAGCTAATAGTTGCTAACGTTGGAGACTCACGGGCAGTC
ATGTCAAAGAATGGTGTTGCATCTCGGCTCTCTGTTGATCATGAACCAAGCAAGGAGCAG
AAGGAAATAGAGAGCCGTGGCGGCTTTGTATCCAATATTCCAGGGGACGTTCCAAGAGTT
GATGGACAACTAGCGGTTGCGAGGGCGTTTGGAGATAAGAGCTTAAAGATACATCTGAGC
TCAGAACCAGACATAACACACCAGACAATCCATGATGAGACCGAGTTCATTGTTTT
GCAGTGATGGAATTTG

QA 5 720 5 720
DS 

RD RR3H817TF 782 0 0
CACATTT
CATACACAAACACTCAACTCTCATTCTCACAACAATGACAGGCAGAGAAATTCTGCACAA
GATGAAGTTGAAGGCTGGATTCTGCGGATCTGAAACGGGCAGAGGTAAAAGCAGGACATG
GAAAAACATCTCCCACGGTTTTCACTTTGTCAAGGGCAAAGCTAACCATCCCATAGAGGA
CTACGTTGTGTCTGAGTTCAAAAAAGTAGACAACCACGATTTGGGTTTGTTTGCCATTTT
TGACGGTCACTTGGGACATGACGTGGCCAAGTACTTGCAGACCAACCTCTTTGACAACAT
ACTCAAAGAGAAGGATTTTTGGACTGATATGGAGAAGGCTATAAGGGATGCATACATATC
AACAGATGCTTCCATATTAGAGCAGTCACTTAAACTTGGCAAAGGTGGATCAACTGCTGT
AACTGGAATTCTGATAGATGGGCAAAAGCTAATAGTTGCTAACGTTGGAGACTCACGGGC
AGTCATGTCAAAGAATGGTGTTGCATCTCAGCTCTCTGTTGATCATGAACCAAGCAAGGA
GCAGAAGGAAATAGAGAGCCGTGGCGGCTTTGTATCCAATATTCCAGGGGACGTTCCAAG
AGTTGATGGACAACTAGCGGTTGCGAGGGCGTTTGGAGATAAGAGCTTAAAGATA**TCT
GAGCTCAGAACCAGACATAACACACCAGACAATCCATGATGAGACCGAGTTCATTGTTTT
G**CAGTGATGGAATTTGGAAGTGATGTCAACCAAGAAGCTGTGGACGCGATCAG

QA 8 782 8 782
DS 



AS 1 8

CO CL633Contig1 744 8 20 U
GGAAGCGCCTCTACGATATACCTCACCGCCTTCTTGAGCTACCTCATCCCGTCGAGCTAA
TCTTTTCTCTCAGAAGCGTGAGTAATGAGGAAGCTCAAGTACCATGAGAAGAAGGTTCTG
AAGAAAGTAAATTTCTTGGAATGGAAAAGAGAACGTGGTCATCTCGAAAACCTCATCACG
GGTCGTTACCACATGGGTGGTCGTGACGACTACAAAAAA*TATTCAGGATTGAGTAGGAT
GGTTCAGAAGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCA
GATGACTGATAACCTTCTCGAGAAGCTATACAACATGGGAGTTATACCAACTAGGAAAAG
CTTGGCTTTAACTGATCGGTTATCAGTCTCCTCCT*TCTGTAGGCGTAGGCTATCAACTG
TGCTGGTTCACCTCAAGTACGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGCAAG
GACACATTCGTGTAGGACCAGACACTATCACTGATCCAGCCTTCTTAGTAACTCGGAACA
TGGAAGATTTCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAATACA
ATGACAAGTTGGATGACTACGACATGATGCTTGCTTAACTCAACTCTCTCTTAAGATAAT
ATTTGTCTTGCTTCTCAAAAGTGTAAACCTTTTTCTATTGCCAAACTATGTTTTCATTAC
TTATCAAAACCTTTTGCAACAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 35 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED74TF U 8
AF RR3FL37TF U 1
AF RR3DY27TF U 8
AF RR3DY27JQ C 122
AF RR3F849TF U 155
AF RR3BF77JQ C 34
AF RR3BF77TF U 34
AF RR3C740JQ C 61
BS 1 34 RR3FL37TF
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BS 340 340 RR3DY27TF
BS 341 343 RR3FL37TF
BS 344 344 RR3DY27TF
BS 345 387 RR3FL37TF
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RD RR3ED74TF 681 0 0
GGAAGCGCCTCA
ACCTCACCGCCTTCTTGAGCTACCTCATCCCGTCGAGCTAATCTTCTCTCTCAGAAGCGT
GAGTAATGAGGAAGCTCAAGTACCACGAGAAGAAGGTTCTGAAGAAAGTTAATTTCCTGG
AATGGAAAAGAGAACGTGGTCATCTCGAAAACCTCATCACGGGTCGTTACCACATGGGTG
GTCGTGACGACTACAAAAAAATATTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCAGAAGCTGACGAAT
GTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCAGATGACTGATAACCTTCTC
GAGAAGCTATACAACATGGGAGTTATACCGACTAGGAAAAGCTTGGCTTTAACTGATCGG
TTATCAGTCTCCTCCT*TCTGTAGGCGTAGGCTATCAACTGTGCTGGTTCACCTCAAGCA
CGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGCAAGGACACATTCGTGTAGGACC
AGACACTATCACTGATCCAGCCTTCTTAGTAACTCGGAACATGGAAGATTTCATCACTTG
GGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAAGTGCTTCAATACAATGACAAGTTGGATGACTA
CGACATGATGCTTGCTTAACTCAACTCTCTCTTAAGATA*TATTTGTCTT
CTCAAAGTGTAAACCTTTT

QA 13 662 13 662
DS 

RD RR3FL37TF 736 0 0
GGAAGCGCCTCTACGATATACCTCACCGCCTTCTCGAGCTACCTCATCCCGTCGAGCTAA
TCTTTTCTCTCAGAAGCGTGAGTAATGAGGAAGCTCAAGTACCATGAGAAGAAGGTTCTG
AAGAAAGTAAATTTCTTGGAATGGAAAAGAGAACGTGGTCATCTCGAAAACCTCATCACG
GGTCGTTACCACATGG*TGGTCGTGACGACTACAAAAAA*TATTCAGGATTGAGTAGGAT
GGTTCAGAAGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCA
GATGACTGATAACCTTCTCGAGAAGCTATACAACATGGGCGTTGTACCAACTAGGAAAAG
CTTGGCTTTAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCTCTCTGTAGGCGTAGGCTATCAACTG
TGCTGGTTCACCTCAAGTATGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAACAAG
GACACATTCGTGTAGGACCAGACACTATCACTGATCCAGCCTTCTTAGTAACTCGGAACA
TGGAAGATTTCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTACA
ATGACAAGTTGGATGACTACGACATGATGCTTGCTTAACTCAACTCTCTCTTAAGATAAT
ATTTGTCTTGCTTCTCAAAAGTGTAAACCTTTTTCTATTGCCAAACTATGTTTTCATTAC
TTATCAAA
CCTTTTGC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3DY27TF 726 0 0
GGAAGCGCCTCA
ACCTCACCGCCTTCTTGAGCTACCTCATCCCGTCGAGCTAATCTTCTCTCTCAGAAGCGT
GAGTAATGAGGAAGCTCAAGTACCACGAGAAGAAGGTTCTGAAGAAAGTTAATTTCCTGG
AATGGAAAAGAGAACGTGGTCATCTCGAAAACCTCATCACGGGTCGTTACCACATGGGTG
GTCGTGACGACTACAAAAAA*TATTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCAGAAGCTGACGAAT
GTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCAGATGACTGATAACCTTCTC
GAGAAGCTATACAACATGGGAGTTATACCGACTAGGAAAAGCTTGGCTTTAACTGATCGG
TTATCAGTCTCCTCCT*TCTGTAGGCGTAGGCTATCAACTGTGCTGGTTCACCTCAAGTA
CGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGCAAGGACACATTCGTGTAGGACC
AGACACTATCACTGATCCAGCCTTCTTAGTAACTCGGAACATGGAAGATTTCATCACTTG
GGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAAGTGCTTCAATACAATGACAAGTTGGATGACTA
CGACATGATGCTTGCTTAACTCAACTCTCTCTTAAGATA*TATTTGTCTTGCTTCTCAAA
*GTGTAAACCTTTTTCTATTGCCAAACTATGTTTTCATTACTTATCAAA
CACAC

QA 13 721 13 721
DS 

RD RR3DY27JQ 604 0 0
AGAAAGTTAATTTCCTGGAATGGAAAAGAGAACGTGGTCATCTCGAAAACCTCATCACGG
GTCGTTACCACATGGGTGGTCGTGACGACTACAAAAAA*TATTCAGGATTGAGTAGGATG
GTTCAGAAGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCAG
ATGACTGATAACCTTCTCGAGAAGCTATACAACATGGGAGTTATACCGACTAGGAAAAGC
TTGGCTTTAACTGATCGGTTATCAGTCTCCTCCT*TCTGTAGGCGTAGGCTATCAACTGT
GCTGGTTCACCTCAAGTACGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGCAAGG
ACACATTCGTGTAGGACCAGACACTATCACTGATCCAGCCTTTTTAGTAACTCGGAACAT
GGAAGATTTCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAATACAA
TGACAAGTTGGATGACTACGACATGATGCTTGCTTAACTCAACTCTCTCTTAAGATAATA
TTTGTCTTGCTTCTCAAAAGTGTAAACCTTTTTCTATTGCCAAACTATGTTTTCATTACT
TATC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3F849TF 571 0 0
GG
GGTCATCTCGAAAACCTCATCACGGGTCGTTACCACATGGGTGGTCATGACGACTACAAA
AAA*TATTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCAGAAGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGA
TGCAACTGATCCTTTTCGTATTCAGATGACTGATAACCTTCTCGAGAAGCTATACAACAT
GGGAGTTATACCGACTAGGAAAAGCTTGGCTTTAACTGATCGGTTATCAGTCTCCTCCT*
TCTGTAGGCGTAGGCTATCAACTGTGCTGGTTCACCTCAAGTACGCAGAGCACTTGAAAG
AAGCTGTGACATACATAGAGCAAGGACACATTCGTGTAGTACCAGACACTATCACTGATC
CAGCCTTCTTAGTAACTCGGAACATGGAAGATTTCATCACTTGGTTTGATTCTTCCAAGA
TCAAACGCAAGGTGCTTCAATACAATGACAAGTTGGATGACTACGACATGATGCTTGCTT
ATCTCAACTCTCTCTTAAGATAATATTTGTCTTGCTTCTCAAAAGTGTAAACCTTTTTCT
ATTGCCAAACTATGTTTTCATTACTTATC

QA 3 571 3 571
DS 

RD RR3BF77JQ 704 0 0
GG
GAGCTACCTCATCCCGTCGAGCTAATCTTTTCTCTCAGAAGCGTGAGTAATGAGGAAGCT
CAAGTACCATGAGAAGAAGGTTCTGAAGAAAGTAAATTTCTTGGAATGGAAAAGAGAACG
TGGTCATCTCGAAAACCTCATCACGGGTCGTTACCACATGGGTGGTCGTGACGACTACAA
AAAA*TTTTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCAGAAGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGG
ATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCAGATGACTGATAACCTTCTCGAGAAGCTATACAACA
TGGGCGTTATACCAACTAGGAAAAGCTTGGCTTTAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCT
*TCTGTAGGCGTAGGCTATCAACTGTGCTGGTTCACCTCAAGTATGCAGAGCACTTGAAA
GAAGCTGTGACATACATAGAGCAAGGACACATTCGTGTAGGACCAGACACTATCACTGAT
CCAGCCTTCTTAGTAACTCGTAACATGGAAGATTTCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAG
ATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTACAATGACAAGTTGGATGACTACGACATGATGCTTGCT
TAACTCAACTCTCTCTTAAGATAATATTTGTCTTGCTTCTCAAAAGTGTAAACCTTTTTC
TATTGCCAAACTATGTTTTCATTACTTATCAAA
ACCTTTTGC

QA 3 695 3 695
DS 

RD RR3BF77TF 711 0 0
GG
GAGCTACCTCATCCCGTCGAGCTAATCTTTTCTCTCAGAAGCGTGAGTAATGAGGAAGCT
CAAGTACCATGAGAAGAAGGTTCTGAAGAAAGTAAATTTCTTGGAATGGAAAAGAGAACG
TGGTCATCTCGAAAACCTCATCACGGGTCGTTACCACATGGGTGGTCGTGACGACTACAA
AAAA*TTTTCAGGATTGAGTAGGATGGTTCAGAAGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGG
ATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCAGATGACTGATAACCTTCTCGAGAAGCTATACAACA
TGGGCGTTATACCAACTAGGAAAAGCTTGGCTTTAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCT
*TCTGTAGGCGTAGGCTATCAACTGTGCTGGTTCACCTCAAGTATGCAGAGCACTTGAAA
GAAGCTGTGACATACATAGAGCAAGGACACATTCGTGTAGGACCAGACACTATCACTGAT
CCAGCCTTCTTAGTAACTCGTAACATGGAAGATTTCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAG
ATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTACAATGACAAGTTGGATGACTACGACATGATGCTTGCT
TAACTCAACTCTCTCTTAAGATAATATTTGTCTTGCTTCTCAAAAGTGTAAACCTTTTTC
TATTGCCAAACTATGTTTTCATTACTTATCAAAACCTTTTGCAACAAAG

QA 3 711 3 711
DS 

RD RR3C740JQ 680 0 0
TCTTTTCTCTCAGAAGCGTGAGTAATGAGGAAGCTCAAGTACCATGAGAAGAAGGTTCTG
AAGAAAGTAAATTTCTTGGAATGGAAAAGAGAACGTGGTCATCTCGAAAACCTCATCACG
GGTCGTTACCACATGGGTGGTCGTGACGACTACAAAAAA*TATTCAGGATTGAGTAGGAT
GGTTCAGAAGCTGACGAATGTATTGAAACAGATGGATGCAACTGATCCTTTTCGTATTCA
GATGACTGATAACCTTCTCGAGAAGCTATACAACATGGGCGTTATACCAACTAGGAAAAG
CTTGGCTTTAACTGATCGGTTATCAGTTTCCTCCT*TCTGTAGGCGTAGGCTATCAACTG
TGCTGGTTCACCTCAAGTATGCAGAGCACTTGAAAGAAGCTGTGACATACATAGAGCGAG
GACACATTCGTGTAGGACCAGACACTATCACTGATCCAGCCTTCTTAGTAACTCGGAACA
TGGAAGATTTCATCACTTGGGTTGATTCTTCCAAGATCAAACGCAAGGTGCTTCAGTACA
ATGACAAGTTGGATGACTACGACATGATGCTTGCTTAACTCAACTCTCTCTTAAGATAAT
ATTTGTCTTGCTTCTCAAAAGTGTAAACCTTTTTCTATTGCCAAACTATGTTTTCATTAC
TTATCAAA
ACCTTTTGCAGC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 5

CO CL634Contig1 970 5 10 U
CGGTGAAAAGAAGAATAAAGAGTATATTTTATTTTGTATAATACAAGCAGTTGGTGATGG
TCCAATGGACAGATAGAGAGAGTCTGTATCTAAATCCAACAAGTTTACAAACCCTATGCG
ACAATTCTTATGGACAAATACACAATCAAACTTGTTGTTCAAGAATCCGCCAAGCCTGCT
GCTGGCAGCCTTAGAACCGTTTGCTGGTTGGGACATGCGCGTAAGAGTGTGCAGATGTCG
TTTTTCACTAGGAATTCCTCTGCATTCACGAGGATCAAAGGTCCATACTCGAACACCAAC
TTCTTGCACTTCTTCTCGTACTCGTGGTTTTTGAACGATTTGCATCCCTTAAGAAGCAGC
TCAACTATATCCAACTGTGTGTCGGGATCTTGTAGTTTGATGAGAATCTCAGAAACAGTC
CTGTGGCAAACATCGCAAGTATCCTGACGAGCTTCTTCAACAAGAGCTACGACGTGACCA
CAAAGATTCAACCGCTTGCAGAAATAATGAGGTTGAAAGGACTCAAGATGCAAGAAGAAG
AGAGGGAGGTAGTAGTCAACCAAAGTTATGCACTGTTGTTCAAATCCGCGGATATGGGAA
CACTGGTCATGAAGGTCCTCTAATATCTGACTCTGTGTTTCGTTTTTCTCAAGGTAGCTG
AGAGCAGAGTTAACATACTCCTCACATAGACTGCAAACCTTTTCATCCTTGTACACTTCC
TCTGAGAGGGTGGAGGGAAGGAAGGATCTAGCGTGAGAAAGAAGGGACAAACCCAGCAAG
AAAAGAACAAAGGCTCCAGCTTTGGGTCCCATTAGATATTCCTAAGATTCAAAAAGTAAG
ACTCTTTTACCTGAGATTCAACAAGGCAAAAGAGAAAGCTAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAATCAACAGAGTTTGCAGATCCGTAGAGAATTGGGCGTTA
TGATAAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 10 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW53JQ U 1
AF RR3GY02JQ U 9
AF RR3DN86JQ U 11
AF RR3GY02TF C 215
AF RR3DN86TF C 287
BS 1 203 RR3FW53JQ
BS 204 204 RR3GY02JQ
BS 205 245 RR3FW53JQ
BS 246 246 RR3GY02JQ
BS 247 411 RR3FW53JQ
BS 412 412 RR3GY02JQ
BS 413 732 RR3FW53JQ
BS 733 735 RR3GY02JQ
BS 736 944 RR3GY02TF
BS 945 970 RR3DN86TF

RD RR3FW53JQ 732 0 0
CGGTGAAAAGAAGAATAAAGAGTATATTTTATTTTGTATAATACAAGCAGTTGGTGATGG
TCCAATGGACAGATAGAGAGAGTCTGTATCTAAATCCAACAAGTTTACAAACCCTATGCG
ACAATTCTTATGGACAAATACACAATCAAACTTGTTGTTCAAGAATCCGCCAAGCCTGCT
GCTGGCAGCCTTAGAACCGTTTGGTGGTTGGGACATGCGCGTAAGAGTGTGCAGATGTCG
TTTTTTACTAGGAATTCCTCTGCATTCACGAGGATCAAAGGTCCATACTCGAACACCAAC
TTCTTGCACTTCTTCTCGTACTCGTGGTTTTTGAACGATTTGCATCCCTTAAGAAGCAGC
TCAACTATATCCAACTGTGTGTCGGGATCTTGTAGTTTGATGAGAATCTCAAAAACAGTC
CTGTGGCAAACATCGCAAGTATCCTGACGAGCTTCTTCAACAAGAGCTACGACGTGACCA
CAAAGATTCAACCGCTTGCAGAAATAATGAGGTTGAAAGGACTCAAGATGCAAGAAGAAG
AGAGGGAGGTAGTAGTCAACCAAAGTTATGCACTGTTGTTCAAATCCGCGGATATGGGAA
CACTGGTCATGAAGGTCCTCTAATATCTGACTCTGTGTTTCGTTTTTCTCAAGGTAGCTG
AGAGCAGAGTTAACATACTCCTCACATAGACTGCAAACCTTTTCATCCTTGTACACTTCC
TCTGAGAGGGTG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3GY02JQ 727 0 0
AGA
AGAATAAAGAGTATATTTTATTTTGTATAATACAAGCAGTTGGTGATGGTCCAATGGACA
GATAGAGAGAGTCTGTATCTAAATCCAACAAGTTTACAAACCCTATGCGACAATTCTTAT
GGACAAATACACAATCAAACTTGTTGTTCAAGAATCCGCCAAGCCTGCTGCTGGCAGCCT
TAGAACCGTTTGCTGGTTGGGACATGCGCGTAAGAGTGTGCAGATGTCGTTTTTCACTAG
GAATTCCTCTGCATTCACGAGGATCAAAGGTCCATACTCGAACACCAACTTCTTGCACTT
CTTCTCGTACTCGTGGTTTTTGAACGATTTGCATCCCTTAAGAAGCAGCTCAACTATATC
CAACTGTGTGTCGGGATCTTGTAGTTTGATGAGAATCTCAGAAACAGTCCTGTGGCAAAC
ATCGCAAGTATCCTGACGAGCTTCTTCAACAAGAGCTACGACGTGACCACAAAGATTCAA
CCGCTTGCAGAAATAATGAGGTTGAAAGGACTCAAGATGCAAGAAGAAGAGAGGGAGGTA
GTAGTCAACCAAAGTTATGCACTGTTGTTCAAATCCGCGGATATGGGAACACTGGTCATG
AAGGTCCTCTAATATCTGACTCTGTGTTTCGTTTTTCTCAAGGTAGCTGAGAGCAGAGTT
AACATACTCCCCACATAGACTGCAAACCTTTTCATCCTTGTACACTTCCTCTGAGAGGGT
GGAG

QA 4 727 4 727
DS 

RD RR3DN86JQ 714 0 0
G
AGAATAAAGAGTATATTTTATTTTGTATAATACAAGCAGTTGGTGATGGTCCAATGGACA
GATAGAGAGAGTCTGTATCTAAATCCAACAAGTTTACAAACCCTATGCGACAATTCTTAT
GGACAAATACACAATCAAACTTGTTGTTCAAGAATCCGCCAAGCCTGCTGCTGGCAGCCT
TAGAACCGTTTGCTGGTTGGGACATACGCGTAAGAGTGTGCAGATGTCGTTTTTCACTAG
GAATTCCTCTGCATTCACGAGGATCAAAGGTCCATACTCGAACACCAACTTCTTGCACTT
CTTCTCGTACTCGTGGTTTTTGAACGATTTGCATCCCTTAAGAAGCAGCTCAACTATATC
CAACTGTGTGTCGGGATCTTGTAGTTTGATGAGAATCTCAGAAACAGTCCTGTGGCAAAC
ATCGCAAGTATCCTGACGAGCTTCTTCAACAAGAGCTACGACGTGACCACAAAGATTCAA
CCGCTTGCAGAAATAATGAGGTTGAAAGGACTCAAGATGCAAGAAGAAGAGAGGGAGGTA
GTAGTCAACCAAAGTTATGCACTGTTGTTCAAATCCGCGGATATGGGAACACTGGTCATG
AAGGTCCTCTAATATCTGACTCTGTGTTTCGTTTTTCTCAAGGTAGCTGAGAGCAGAGTT
AACATACTCCTCACATAGACTGCAAACCTTTTCATCCTTGTACACTTCCTCTG

QA 2 714 2 714
DS 

RD RR3GY02TF 733 0 0
ATGCGCGTAAGAGTGTGCAGATGTCGTTTT*CACTAGGAATTCCTCTGCATTCACGAGGA
TCAAAGGTCCATACTCGAACACCAACTTCTTGCACTTCTTCTCGTACTCGTGGTTTTTGA
ACGATTTGCATCCCTTAAGAAGCAGCTCAACTATATCCAACTGTGTGTCGGGATCTTGTA
GTTTGATGAGAATCTCAGAAACAGTCCTGTGGCAAACATCGCAAGTATCCTGACGAGCTT
CTTCAACAAGAGCTACGACGTGACCACAAAGATTCAACCGCTTGCAGAAATAATGAGGTT
GAAAGGACTCAAGATGCAAGAAGAAGAGAGGGAGGTAGTAGTCAACCAAAGTTATGCACT
GTTGTTCAAATCCGCGGATATGGGAACACTGGTCATGAAGGTCCTCTAATATCTGACTCT
GTGTTTCGTTTTTCTCAAGGTAGCTGAGAGCAGAGTTAACATACTCCCCACATAGACTGC
AAACCTTTTCATCCTTGTACACTTCCTCTGAGAGGGTGGAGGGAAGGAAGGATCTAGCGT
GAGAAAGAAGGGACAAACCCAGCAAGAAAAGAACAAAGGCTCCAGCTTTGGGTCCCATTA
GATATTCCTAAGATTCAAAAAGTAAGACTCTTTTACCTGAGATTCAACAAGGCAAAAGAG
AAAGCTAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAATCAACAGAGTTT
GCAGATCCGT
CCC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3DN86TF 684 0 0
ACTCGAACACCAACTTCTTGCACTTCTTCTCGTACTCGTGGTTTTTGAACGATTTGCATC
CCTTAAGAAGCAGCTCAACTATATCCAACTGTGTGTCGGGATCTTGTAGTTTGATGAGAA
TCTCAGAAACAGTCCTGTGGCAAACATCGCAAGTATCCTGACGAGCTTCTTCAACAAGAG
CTACGACGTGACCACAAAGATTCAACCGCTTGCAGAAATAATGAGGTTGAAAGGACTCAA
GATGCAAGAAGAAGAGAGGGAGGTAGTAGTCAACCAAAGTTATGCACTGTTGTTCAAATC
CGCGGATATGGGAACACTGGTCATGAAGGTCCTCTAATATCTGACTCTGTGTTTCGTTTT
TCTCAAGGTAGCTGAGAGCAGAGTTAACATACTCCTCACATAGACTGCAAACCTTTTCAT
CCTTGTACACTTCCTCTGAGAGGGTGGAGGGAAGGAAGGATCTAGCGTGAGAAAGAAGGG
ACAAACCCAGCAAGAAAAGAACAAAGGCTCCAGCTTTGGGTCCCATTAGATATTCCTAAG
ATTCAAAAAGTAAGACTCTTTTACCTGAGATTCGACAAGGCAAAAGAGAAAGCTAAGAAG
AAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAG***GAATCAACAGAGTTTGCAGGTCCGTAG
AGAATTGGGCGTTATGATAAGCCC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 2 8

CO CL635Contig1 806 4 6 U
GGGATTTTCCTCGGCTCATCTCTCGTCTCTCTCTCTCCGCGATCAGATCGCAAAACCAAA
ATCGGATCGAATCCACGACTTTGATCAAATATGACCCTTGGCTCCGGAGGGACGAGTGTC
GTTGTACCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGA
GATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGATGATGGTGATGACATTTACATGCGCTCTTGGACT
GGCACTATCATTGGTCCCCATAACACCGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTC
TTTTGTGACAAAGATTACCCTGAGAAACCTCCCACTGTCCGGTTCCATTCACGTATCAAT
ATGACTTGTGTCAATCATGAAACAGGAGTTGTGGACCCTAAGAAGTTCGGTCTTCTTGCC
AACTGGCAAAGGGAGTACACAATGGAAGATATACTGGTACAGCTGAAGAAAGAAATGACT
GCCTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTCTG
AAATCTTCTTCTGCTCCGCTTAAAAAAATCTTTGCCCCCTTCTAACACTAAAGTATGTAT
TTGGGGGTAATCTCAAGCTTTTTATGATTAAAAAATGGTCTGTTCGATTGATCATCTGAA
GTTTCACTGTTTAATCCATCTGTGTTCAATCTTTTGAAAACGCTACATATACGATTTCAC
TGTTTAACATTGACCTTGTTGGTCGTCTCTACCCGTGAGGTTTGCTTCTTGTGGTCAATG
GGTTAATGTCAAAGGTTTTTTAACCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC57JQ C 56
AF RR3DC57TF U 56
AF RR3DY36TF U 1
AF RR3DY36JQ C 101
BS 1 438 RR3DY36TF
BS 439 439 RR3DC57TF
BS 440 555 RR3DY36TF
BS 556 556 RR3DC57TF
BS 557 688 RR3DY36TF
BS 689 806 RR3DY36JQ

RD RR3DC57JQ 598 0 0
G
CAAAATCGGATCGAATCCACGACTTTGATCAAATATGACCCTTGGCTCCGGAGGGACGAG
TGTCGTTGTACCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTAT
TGGAGATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGATGATGGTGATGACATTTACATGCGCTCTTG
GACTGGCACTATCATTGGTCCCCATAACACCGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAA
GCTCTTTTGTGACAAAGATTACCCTGAGAAACCTCCCACTGTCCGGTTCCATTCACGTAT
CAATTTGACTTGTGTCAATCATGAAACAGGAGTTGTGGACCCTAAGAAGTTCGGTCTTCT
TGCCAACTGGCAAAGGGAGTACACAATGGAAGATATACTGGTACAGCTGAAGAAAGAAAT
GACTGCCTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCT
TCTGAAATCTTCTTCTGCTCTGCTTAAAAAAATCTTTGCCCC*TTCTAACACTAAAGTAT
GTATTTGGGGGTAATCTCAAGCTTTTTATGATTAAAAAATGGTCTGTTCGATTGATC

QA 2 598 2 598
DS 

RD RR3DC57TF 598 0 0
G
CAAAATCGGATCGAATCCACGACTTTGATCAAATATGACCCTTGGCTCCGGAGGGACGAG
TGTCGTTGTACCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTAT
TGGAGATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGATGATGGTGATGACATTTACATGCGCTCTTG
GACTGGCACTATCATTGGTCCCCATAACACCGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAA
GCTCTTTTGTGACAAAGATTACCCTGAGAAACCTCCCACTGTCCGGTTCCATTCACGTAT
CAATTTGACTTGTGTCAATCATGAAACAGGAGTTGTGGACCCTAAGAAGTTCGGTCTTCT
TGCCAACTGGCAAAGGGAGTACACAATGGAAGATATACTGGTACAGCTGAAGAAAGAAAT
GACTGCCTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCT
TCTGAAATCTTCTTCTGCTCTGCTTAAAAAAATCTTTGCCCC*TTCTAACACTAAAGTAT
GTATTTGGGGGTAATCTCAAGCTTTTTATGATTAAAAAATGGTCTGTTCGATTGATC

QA 2 598 2 598
DS 

RD RR3DY36TF 691 0 0
GGGATTTTCCTCGGCTCATCTCTCGTCTCTCTCTCTCCGCGATCAGATCGCAAAACCAAA
ATCGGATCGAATCCACGACTTTGATCAAATATGACCCTTGGCTCCGGAGGGACGAGTGTC
GTTGTACCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGA
GATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGATGATGGTGATGACATTTACATGCGCTCTTGGACT
GGCACTATCATTGGTCCCCATAACACCGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTC
TTTTGTGACAAAGATTACCCTGAGAAACCTCCCACTGTCCGGTTCCATTCACGTATCAAT
ATGACTTGTGTCAATCATGAAACAGGAGTTGTGGACCCTAAGAAGTTCGGTCTTCTTGCC
AACTGGCAAAGGGAGTACGCAATGGAAGATATACTGGTACAGCTGAAGAAAGAAATGACT
GCCTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTCTG
AAATCTTCTTCTGCTTCGCTTAAAAAAATCTTTGCCCCCTTCTAACACTAAAGTATGTAT
TTGGGGGTAATCTCAAGCTTTTTATGATTAAAAAATGGTCTGTTCGATTGATCATCTGAA
GTTTCACTGTTTAATCCATCTGTGTTCA
ATC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3DY36JQ 706 0 0
GCTCCGGAGGGACGAGTGTCGTTGTACCGAGGAATTTCCGGTTGCTGGAGGAGCTTGAAC
GTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGATGATGGTGATGACA
TTTACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATCATTGGTCCCCATAACACCGTTCATGAAGGTA
GGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGTGACAAAGATTACCCTGAGAAACCTCCCACTGTCC
GGTTCCATTCACGTATCAATATGACTTGTGTCAATCATGAAACAGGAGTTGTGGACCCTA
AGAAGTTCGGTCTTCTTGCCAACTGGCAAAGGGAGTACGCAATGGAAGATATACTGGTAC
AGCTGAAGAAAGAAATGACTGCCTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCA
CTTGCTTCTAGTAGCTTCTGAAATCTTCTTCTGCTTCGCTTAAAAAAATCTTTGCCCCCT
TCTAACACTAAAGTATGTATTTGGGGGTAATCTCAAGCTTTTTATGATTAAAAAATGGTC
TGTTCGATTGATCATCTGAAGTTTCACTGTTTAATCCATCTGTGTTCAATCTTTTGAAAA
CGCTACATATACGATTTCACTGTTTAACATTGACCTTGTTGGTCGTCTCTACCCGTGAGG
TTTGCTTCTTGTGGTCAATGGGTTAATGTCAAAGGTTTTTTAACCT

QA 1 706 1 706
DS 



CO CL635Contig2 743 4 5 U
GGACTGAAAGATAGCTTTCTCTAATTTCACCAGATTCTCTCTAGATTTTCCTCGGCTCAT
CTCTCGTCTCTCTCTCTCCGCGATCAGATCGCAAAACCAAAATCGGATCGAATCCACGAG
TTTGATCAAATATGACCCTTGGCTCCGGAGGGACGAGTGTCGTTGTACCGAGGAATTTCC
GGCTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTATG
GAATGGATGATGGTGATGACATTTACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATCATCGGTCCTC
ACAACACCGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGTGACAAAGATTACC
CTGAGAAACCTCCCACTGTCCGGTTCCATTCACGTATCAACATGACTTGTGTCAATCATG
AAACAGGAGTTGTGGATCCCAAGAAGTTCGGTCTTCTTGCCAACTGGCAAAGGGAGTACA
CAATGGAAGATATACTGGTACAGCTGAAGAAAGAAATGACTGCCTCGCATAACCGTAAGC
TTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTCTGAAATCTTCTTCTGCTTTGC
TTAAAAAAGTTTTTGCCCCCTTCTAACACTAAAGTATGTATCTGGGGGTAATCCATTGTC
GTTCTCAAGCTTTTTATGATTAAAAATGGTCTGTTCGATTGATCATCTGAAGTTTCACTG
TTTAATCCATCTGTGTTCAATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3F207TF U 1
AF RR3E314JQ C 28
AF RR3E314TF U 28
AF RR3F207JQ C 114
BS 1 460 RR3F207TF
BS 461 463 RR3E314TF
BS 464 551 RR3F207TF
BS 552 739 RR3E314TF
BS 740 743 RR3E314JQ

RD RR3F207TF 555 0 0
GGACTGAAAGATAGCTTTCTCTAATTTCACCAGATTCTCTCTAGATTTTCCTCGGCTCAT
CTCTCGTCTCTCTCTCTCCGCGATCAGATCGCAAAACCAAAATCGGATCGAATCCACGAG
TTTGATCAAATATGACCCTTGGCTCCGGAGGGACGAGTGTCGTTGTACCGAGGAATTTCC
GGCTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTATG
GAATGGATGATGGTGATGACATTTACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATCATCGGTCCTC
ACAACACCGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGTGACAAAGATTACC
CTGAGAAACCTCCCACTGTCCGGTTCCATTCACGTATCAACATGACTTGTGTCAATCATG
AAACAGGAGTTGTGGATCCCAAGAAGTTCGGTCTTCTTGCTTGCTGGCAAAGGGAGTACA
CAATGGAAGATATACTGGTACAGCTGAAGAAAGAAATGACTGCCTCGCATAACCGTAAGC
TTGTTCAACCT
TCAG

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3E314JQ 716 0 0
GGG
CAGATTCTCTCTAGATTTTCCTCGGCTCATCTCTCGTCTCTCTCTCTCCGCGATCAGATC
GCAAAACCAAAATCGGATCGAATCCACGAGTTTGATCAAATATGACCCTTGGCTCCGGAG
GGACGAGTGTCTTTGTACCGAGGAATTTCCGGCTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGA
AAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGATGGTGGTGATGACATTTACATGC
GCTCTTGGACTGGCACTATCATCGGTCCTCACAACACCGTTCATGAAGGTAGGATCTATC
AGTTGAAGCTCTTTTGTGACAAAGATTACCCTGAGAAACCTCCCACTGTCCGGTTCCATT
CACGTATCAACATGACTTGTGTCAATCATGAAACAGGAGTTGTGGATCCCAAGAAGTTCG
GTCTTCTTGCCAACTGGCAAAGGGAGTACACAATGGAAGATATACTGGTACAGCTGAAGA
AAGAAATGACTGCCTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCT
AGTAGCTTTTGAAATCTTCTTCTGCTTTGCTTAAAAAAGTTTTTGCCCCCTTCTAACACT
AAAGTATGTATCTGGGGGTAATCCATTGTCGTTCTCAAGCTTTTTATGATTAAAAATGGT
CTGTTCGATTGATCATCTGAAGTTTCACTGTTTAATCCATCTGTGTTCAATCG

QA 4 716 4 716
DS 

RD RR3E314TF 715 0 0
GGG
CAGATTCTCTCTAGATTTTCCTCGGCTCATCTCTCGTCTCTCTCTCTCCGCGATCAGATC
GCAAAACCAAAATCGGATCGAATCCACGAGTTTGATCAAATATGACCCTTGGCTCCGGAG
GGACGAGTGTCTTTGTACCGAGGAATTTCCGGCTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGA
AAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGATGGTGGTGATGACATTTACATGC
GCTCTTGGACTGGCACTATCATCGGTCCTCACAACACCGTTCATGAAGGTAGGATCTATC
AGTTGAAGCTCTTTTGTGACAAAGATTACCCTGAGAAACCTCCCACTGTCCGGTTCCATT
CACGTATCAACATGACTTGTGTCAATCATGAAACAGGAGTTGTGGATCCCAAGAAGTTCG
GTCTTCTTGCCAACTGGCAAAGGGAGTACACAATGGAAGATATACTGGTACAGCTGAAGA
AAGAAATGACTGCCTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCT
AGTAGCTTCTGAAATCTTCTTCTGCTTTGCTTAAAAAAGTTTTTGCCCCCTTCTAACACT
AAAGTATGTATCTGGGGGTAATCCATTGTCGTTCTCAAGCTTTTTATGATTAAAAATGGT
CTGTTCGATTGATCATCTGAAGTTTCACTGTTTAATCCATCTGTGTTCA
TCG

QA 4 712 4 712
DS 

RD RR3F207JQ 614 0 0
CCACGAGTTTGATCAAATATGACCCTTGGCTCCGGAGGGACGAGTGTCGTTGTACCGAGG
AATTTCCGGCTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTT
AGCTATGGAATGGATGATGGTGATGACATTTACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATCATC
GGTCCTCACAACACCGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGTGACAAA
GATTACCCTGAGAAACCTCCCACTGTCCGGTTCCATTCACGTATCAACATGACTTGTGTC
AATCATGAAACAGGAGTTGTGGATCCCAAGAAGTTCGGTCTTCTTGCTTGCTGGCAAAGG
GAGTACACAATGGAAGATATACTGGTACAGCTGAAGAAAGAAATGACTGCCTCGCATAAC
CGTAAGCTTGTTCAACCTTCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGTTTCTGAAATCTTCTTCT
GCTTTGCTTAAAAAAGTCTTTGCCCCCTTCTAACACTAAAGTATGTATCTGGGGGTAATC
CATTGTCGTTCTCAAGCTTTTTATGATTAAAAATGGTCTGTTCGATTGATCATCTGAAGT
TTCACTGTTTAATC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 7

CO CL636Contig1 1226 7 48 U
GGGACTTTCCCAAGCTCCACCAACCATTCAGTGAAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAAGCG
AAAACGATGTCGTCTGAGGCGGAAAAGTCAACAAATTCAGCTCCTCCGGCGACACCGCCG
CCGTATTTCTGGGGAGACATGCCGGAGGAAGAGTACTACACTTCTCAAGGTGTGCGTAAC
ACCAAATCCTACTTCGAAACACCCAACGGCAAGCTCTTCACGCAGAGCTTCCTTCCCTTA
GATGGTGACATCAAAGGAACGGTTTACATGTCTCACGGGTACGGATCCGACACGAGCTGG
ATGTTCCAGAAGATCTGCATGAGTTTCTCCAATTGGGGCTACGCCGTTTTCGCCGCCGAT
CTTCTCGGTCACGGCCGCTCCGATGGCATCCGCTGCTACTTGGGTGATATGGAGAAAGTT
GCAGCAACATCATTGTCATTCTTTAAGCATGTACGTTACAGCGAGCCGTATAAGCATCTC
CCTGCTTTCCTCTTTGGTGAATCTATGGGAGGTCTTGCCACACTTCTCATGTACTTTCAA
TCCGAACCGGATACTTGGACCGGTTTGATCTTTTCGTCTCCTCTCTTTGTTATCCCGGAG
GATATGAAACCGAGCAAGACTCATCTTTTCGCCTACGGTCTCCTCTTTGGCTTGGCTGAC
ACGTGGGCTGCAATGCCGGATAACAAGATGGTTGGCAAAGCTATCCATGACCCGGAAAAG
CTCAAGATCATCGCAGCTAACCCACAAAGGTACACAGGGAAGCCTAGAGTTGGAACAATG
AGAGAGTTACTAAGGAAGACTCTATACGTGCAGGAGAACTTCGGGAGAGTAACTATTCCG
TTTCTGACGGTGCACGGGACAGCTGATGGAGTGACGTGTCCTTCATCGTCAAAGCTACTA
TATGAGAAGGCATCTAGCGCTGATAAAACACTGAAGCTGTATGATGGGATGTACCAGTCA
TTGATTCAGGGAGAGCCAGATGAGAATGTTGCAATCGTGTTGAAGGATATGAGAGAGTGG
ATTGATGAGAGGGTTGAGAGGTACGGATCTAAGTAAAAGCAAGCTTGAAAGTTACATTTT
GCGAGGAGAAATGTGCGTTGATATCATGGTTCATAGTGGTTGTTGATTCGAGTTGTTATG
TTGTTTGTGTTTTATCCAAGAACATGACTTTTGGGATGTAATAATAAACTTATATATATC
ATGGATTACAGAATCCCTTTCTAAAC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 0 0 0 0 0 0 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR3CN67TF U 1
AF RR3FA54TF U 2
AF RR3AB89TF U 87
AF RR3AB89JQ C 435
AF RR3DH95JQ C 695
AF RR3DH95TF U 695
AF RR3FA54JQ C 646
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BS 114 114 RR3FA54TF
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BS 295 323 RR3CN67TF
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BS 697 718 RR3CN67TF
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BS 759 759 RR3AB89TF
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BS 815 1221 RR3DH95TF
BS 1222 1226 RR3AB89JQ

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ACCAAATCCTACTTCGAAACACCCAACGGCAAGCTCTTCACGCAGAGCTTCCTTCCCTTA
GATGGTGAGATCAAAGGGACGGTTTACATGTCTCACGGGTACGGATCCGACACTAGCTGG
ATGTTCCAGAAGATCTGCATGAGCTTCTCCAATTGGGGCTACGCTGTTTTCGCCGCCGAT
CTTCTCGGTCACGGCCGTTC*GACGGCATCCGCTGCTACTTGGGTGATATGGAGAAAGTT
GCAGCAACATCATTGTCATTCTTTAAGCATGTCCGTTACAGCGAGCCGTATAAGCATCTC
CCTGCTTTCCTCTTTGGTGAATCTATGGGAGGTCTTGCCACACTCCTCATGTACTTTCAA
TCCGAACCGGATACTTGGACCGGTTTGATCTTTTCGGCTCCTCTCTTTGTTATCCCGGAG
GATATGAAGCCAAGCAAGACTCATCTTTTCGCCTACG*TCTCCTCTTTGGCTTGGCTGAC
ACGTGGGCTGCAATGCCGGATAACAAGATGGTTGGTAAAGCTATCCATGACCCGGAAA*G
CTCAAGATCATCGCAGCTA*CCCACAAAG*TACACAGG*AAGCCTAGAGT
GGACATGAGAGAGTA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3FA54TF 736 0 0
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AAACGATGTCGTCTGAGGCGGAAAAGTCAACAAATTCAGCTCCTCCGGCGACACCGCCGC
CGTATTTCTGGGGAGACATGCCAGAGGAAGAGTACTACACTTCTCAAGGTGTGCGTAACA
CCAAATCCTACTTCGAAACACCCAACGGCAAGCTCTTCACGCAGAGCTTCCTTCCCTTAG
ATGGTGACATCAAAGGAACGGTTTACATGTCTCACGGGTACGGATCCGACACGAGCTGGA
TGTTCCAGAAGATCTGCATGAGTTTCTCCAATTGGGGCTACGCCGTTTTCGCCGCCGATC
TTCTCGGTCACGGCCGCTCCGATGGCATCCGCTGCTACTTGGGTGATATGGAGAAAGTTG
CAGCAACATCATTGTCATTCTTTAAGCATGTACGTTACAGCGAGCCGTATAAGCATCTCC
CTGCTTTCCTCTTTGGTGAATCTATGGGAGGTCTCGCCACACTTCTCATGTACTTTCAAT
CCGAACCGGATACTTGGACCGGTTTGATCTTTTCGGCTCCTCTCTTTGTTATCCCGGAGG
ATATGAAACCGAGCAAGACTCATCTTTTCGCCTACGGTCTCCTCTTTGGCTTGGCTGACA
CGTGGGCTGCAATGCCG*ATAACAAGATGGTTGGCAAAGCTATCCATGACCCGGAAA*GC
TCA*GATCATCGCAGC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3AB89TF 728 0 0
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GGAAGAGTACTACACTTCTCAAGGTGTGCGTAACACCAAATCCTACTTCGAAACACCCAA
CGGCAAGCTCTTCACGCAGAGCTTCCTTCCCTTAGATGGTGACATCAAAGGAACGGTTTA
CATGTCTCACGGGTACGGGTCCGACACGAGCTGGATGTTCCAGAAGATCTGCATGAGTTT
CTCCAATTGGGGCTACGCCGTTTTCGCCGCCGATCTTCTCGGTCACGGCCGCTCCGATGG
CATCCGCTGCTACTTGGGTGATATGGAGAAAGTTGCAGCAACATCATTGTCATTCTTTAA
GCATGTACGTTACAGCGAGCCGTATAAGCATCTCCCTGCTTTCCTCTTTGGTGAATCTAT
GGGAGGTCTTGCCACACTTCTCATGTACTTTCAATCCGAACCGGATACTTGGACCGGTTT
GATCTTTTCGTCTCCTCTCTTTGTTATCCCGGAGGATATGAAACCGAGCAAGACTCATCT
TTTCGCCTACGGTCTCCTCTTTGGCTTGGCTGACACGTGGGCTGCAATGCCGGATAACAA
GATGGTTGGCAAAGCTATCCATGACCCGGAAAAGCTCAAGATCATCGCAGCTAACCCACA
AAGGTACACAGGGAAGCCTAGAGTTGGAACAATGAGAGAGTTACTAAGGAAGACTCTATA
CGTGCAGG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3AB89JQ 792 0 0
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TGGTGAATCTATGGGAGGTCTTGCCACACTTCTCATGTACTTTCAATCCGAACCGGATAC
TTGGACCGGTTTGATCTTTTCGTCTCCTCTCTTTGTTATCCCGGAGGATATGAAACCGAG
CAAGACTCATCTTTTCGCCTACGGTCTCCTCTTTGGCTTGGCTGACACGTGGGCTGCAAT
GCCGGATAACAAGATGGTTGGCAAAGCTATCCATGACCCGGAAAAGCTCAAGATCATCGC
AGCTAACCCACAAAGGTACACAGGGAAGCCTAGAGTTGGAACAATGAGAGAGTTACTAAG
GAAGACTCTATACGTGCAGGAGAACTTCGGGAGAGTAACTATTCCGTTTCTGACGGTGCA
CGGGACAGCTGATGGAGTGACGTGTCCTTCATCGTCAAAGCTACTATATGAGAAGGCATC
TAGCGCTGATAAAACACTGAAGCTGTATGATGGGATGTACCATTCATTGATTCAGGGAGA
GCCAGATGAGAATGTTGCAATCGTGTTGAAGGATATGAGAGAGTGGATTGATGAGAGGGT
TGAGAGGTATGGATCTAAGTAAAAGCAAGCTTGAAAGTTACATTTTGCGAGGAGAAATGT
GCGTTGATATCATGGTTCATAGTGGTTGTTGATTCGAGTTGTTATGTTGTTTGTGTTTTA
TCCAAGAACATGACTTTTGGGATGTAATAATAAACTTATATATATCATGGATTACAGAAT
CCCTTTCTAAAC

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3DH95JQ 527 0 0
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CAGGGAAGCCTAGAGTTGGAACAATGAGAGAGTTACTAAGGAAGACTCTATACGTGCAGG
AGAACTTCGGGAGAGTAACTATTCCGTTTCTGACGGTGCACGGGACAGCTGATGGAGTGA
CGTGTCCTTCATCGTCAAAGCTACTATATGAGAAGGCATCTAGCGCTGATAAAACACTGA
AGCTGTATGATGGGATGTACCAGTCATTGATTCAGGGAGAGCCAGATGAGAATGTTGCAA
TCGTGTTGAAGGATATGAGAGAGTGGATTGATGAGAGGGTTGAGAGGTACGGATCTAAGT
AAAAGCAAGCTTGAAAGTTACATTTTGCGAGGAGAAATGTGCGTTGATATCATGGTTCAT
AGTGGTTGTTGATTCGAGTTGTTATGTTGTTTGTGTTTTATCCAAGAACATGACTTTTGG
GATGTAATAATAAACTTATATATATCATGGATTACAGAATCCCTTTC

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR3DH95TF 527 0 0
GCAAAGCTATCCATGACCCGGAAAAGCTCAAGATCATCGCAGCTAACCCACAAAGGTACA
CAGGGAAGCCTAGAGTTGGAACAATGAGAGAGTTACTAAGGAAGACTCTATACGTGCAGG
AGAACTTCGGGAGAGTAACTATTCCGTTTCTGACGGTGCACGGGACAGCTGATGGAGTGA
CGTGTCCTTCATCGTCAAAGCTACTATATGAGAAGGCATCTAGCGCTGATAAAACACTGA
AGCTGTATGATGGGATGTACCAGTCATTGATTCAGGGAGAGCCAGATGAGAATGTTGCAA
TCGTGTTGAAGGATATGAGAGAGTGGATTGATGAGAGGGTTGAGAGGTACGGATCTAAGT
AAAAGCAAGCTTGAAAGTTACATTTTGCGAGGAGAAATGTGCGTTGATATCATGGTTCAT
AGTGGTTGTTGATTCGAGTTGTTATGTTGTTTGTGTTTTATCCAAGAACATGACTTTTGG
GATGTAATAATAAACTTATATATATCATGGATTACAGAATCCCTTTC

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR3FA54JQ 576 0 0
TTTGGCTTGGCTGACACGTGGGCTGCAATGCCGGATAACAAGATGGTTGGCAAAGCTATC
CATGACCCGGAAAAGCTCAAGATCATCGCAGCTAACCCACAAAGGTACACAGGGAAGCCT
AGAGTTGGAACAATGAGAGAGTTACTAAGGAAGACTCTATACGTGCAGGAGAACTTCGGG
AGAGTAACTATTCCGTTTCTGACGGTGCACGGGACAGCTGATGGAGTGACGTGTCCTTCA
TCGTCAAAGCTACTATATGAGAAGGCATCTAGCGCTGATAAAACACTGAAGCTGTATGAT
GGGATGTACCATTCATTGATTCAGGGAGAGCCAGATGAGAATGTTGCAATCGTGTTGAAG
GATATGAGAGAGTGGATTGATGAGAGGGTTGAGAGGTATGGATCTAAGTAAAAGCAAGCT
TGAAAGTTACATTTTGCGAGGAGAAATGTGCGTTGATATCATGGTTCATAGTGGTTGTTG
ATTCGAGTTGTTATGTTGTTTGTGTTTTATCCAAGAACATGACTTTTGGGATGTAATAAT
AAACTTATATATATCATGGATTACAGAATCCCTTTC

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 6

CO CL637Contig1 626 6 6 U
GGAATCACCCATTGTTAGCCACAACAACAGAAAATAGTGATCAAACCTCATGGCGTCTCT
TGCAACCGTCGCCGCCGTGAAACCATCCGTCGCCGTTAAAGGCCTTGGGGGCAGCTCACT
CGCCGGAGCCAAGCTCTCCTTCAAGCCTTCCCGCCTAAGCATCAAAACCAAATCAATCCG
GTCTGGTGGTGTGGTGGCTAAGTATGGTGACAAAAGTGTTTACTTTGACTTAGAAGACTT
GGGAAACACAACAGGTCAATGGGATCTATACGGCTCTGATGCTCCTTCTCCTTACAACCC
TCTTCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTCGCGGCACCATTCACAAAGAGAGGATTGCTCCT
CAAGTTCTTGATCATCGGAGGAGGATCTTTGCTTACTTATGTCAGCGCTTCCTCCACCGG
AGATGTTCTTCCTATCAAGAGAGGTCCTCAGGAGAAGCCTAAGCTCGGTCCTCGCGGCAA
ACTCTGATTTAGATTCATGCACATGTTTTGTTACCTTCTTTCCCCCTCTTTATAATCCCC
AAAAACATTTCTCAATACTGCAAACTCTTTTAAGTGATTTTGATTTTATTGTATATTCTG
TTTCTCTGTTACATTTCCTTTTCCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TTTCTCTGTTA
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TGTT

QA 3 606 3 606
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TGTTA
AAG

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GG
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TTTCCTTTTCCTA

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TTTTATTGTATATTCTGTTTCTCTGTTACATTTCC

QA 1 575 1 575
DS 



AS 2 8

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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CB24TF C 8
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QA 1 578 1 578
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QA 1 703 1 703
DS 

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TTGTCTCATTAAGCATGCGCTCCTTACTCTGGAGATCATTGAGCTGGTCGAGCATGAACT
GTGTCCTGAGAGCTCTGATCTGCTTCAAAGAAGAATCAAGCTGTCTCTCAAGTGACTCAA
GCTCCTTTGTACTAAGTGGTCCAAGATCTTCTCCCAATAGATTCCTTTGGGTTCTCTGTA
AGGCGTCGTAACGCTCCTTAAGCTTGAGATACTCCTGCTGGCTACTAAGTTC***TGCTA
AGGCTTCTCTTGAAGGCACATTGGGCTCTGGCGGTCCGTAGTTGCACTTTTGGTACCTCT
CCAATGTCTTAAGCGTGCTCGAGTTACT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3FH05JQ 807 0 0
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ACGCTACACAAATATAGAGAGAGGTAGTTATTCATGTAGCCTAATAGGGGACCTAGGAGA
AAGTTTTGATATAAAAATGTCAAAAAATATATATATGAAGAAAGTTTCAAATAGAGTTGG
TGTCGTAAGGTAACCAACCCA*CATGTAATTATTCTCACTTGGTCCTGCTCCCATTCCAT
GATCTTGCTGTTGCCCCTGATAGTACCCGATTTGAAAAATGGGTTCGTATTCCAAAGGCT
GGAAGAAAGCTTGTTGTTGTGGTTGATGACGCCCAAAGTCAACAACATCTTCTTCTTGGT
TCGGGTTGAGTTGGAATGGCATCTGATACCCATCAGCTAACCTGAGCCTTAGAGATTTAT
TTGTCTCATTAAGCATGCGCTCCTTACTCTGGAGATCATTGAGCTGGTCGAGCATGAACT
GTGCCCTGAGAGCTCTGATCTGCTTCAAAGAAGAACCAAGCTGTCTCTCAAGTGACTCAA
GCTCCTTTGTACTAAGTGGTCCAAGATCTTCTCCCAATAGATTCCTTTGGGTTCTCTGTA
AGGCGTCGTAACGCTCCTTAAGCTTGAGATACTCCTGCTGGCTACTAAGTTCAACTGCTA
AGGCTTCTCTTGAAGGCACATTGGGCTCTGGCGGTCCGTAGTTGCACTTTTGGTACCTCT
CCAATGTCTTAAGCGTGCTCGAGTTACTGCAAACTCGTACAGTTTTCCTCTATTAGAGAG
ATGATGAGAGCAACCTCTGCATCACAT

QA 1 807 1 807
DS 



CO CL638Contig2 797 3 14 U
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ATCAATAGGCAAGTGACGTTTGCAAAAAGAAGGAATGGTGTTTTGAAGAAAGCATACGAG
CTTTCCGTTCTATGTGATGCAGAGGTTGCTCTCATCATCTTCTCTAATAGAGGAAAACTG
TACGAGTTTTGCAGTAACTCGAGCACGCTTAAGACATTGGAGAGGTACCAAAAGTGCAAC
TACGGACCGCCAGAGCCCAATGTGCCTTCAAGAGAAGCCTTAGCA***GAACTTAGTAGC
CAGCAGGAGTATCTCAAGCTTAAGGAGCGTTACGACGCCTTACAGAGAACCCAAAGGAAT
CTATTGGGAGAAGATCTTGGACCACTTAGTACAAAGGAGCTTGAGTCACTTGAGAGACAG
CTTGATTCTTCTTTGAAGCAGATCAGAGCTCTCAGGACACAGTTCATGCTCGACCAGCTC
AATGATCTCCAGAGTAAGGAGCGCATGCTTAATGAGACAAATAAATCTCTAAGGCTCAGG
TTAGCTGATGGGTATCAGATGCCATTCCAACTCAACCCGAACCAAGAAGAAGATGTTGTT
GACTTTGGGCGTCATCAACCACAACAACAAGCTTTCTTCCAGCCTTTGGAATACGAACCC
ATTTCTCAAATCGGGTACCATCAGGGGCAACAGCAAGATCATGGAATGGGAGCAGACCAA
GTGAGAAATTACATGTTGGGTTGGTACCTTACGACACCACTCTATTTGAACTTTCTTCAT
ATATATATTTTTGACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 0 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AA70TF U 1
AF RR3GS62TF U 5
AF RR3EY18TF U 1
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RD RR3AA70TF 659 0 0
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TACGGACCGCCAGAGCCCAATGTGCCTTCAAGAGAAGCCTTAGCA***GAACTTAGTAGC
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GACTTTGGGCGTCATCAACCACAACAACAAGCTTTCTTCCAGCCTTTGGAATACGAACC

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3GS62TF 724 0 0
GG
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GAGTATCTCAAGCTTAAGGAGCGTTACGACGCCTTACAGAGAACCCAAAGGAATCTATTG
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GGGCGTCATCAACCACAACAACAAGCTTTCTTCCAGCCTTTGGAATACGAACCCATTTTT
CAAATCGGGTACCATCAGGGGCAACAGCAAGATCATGGAATGGGAGCAGACCAAGTGAGA
AT

QA 3 724 3 724
DS 

RD RR3EY18TF 797 0 0
GGAAGA
GAGAAAGAAAAAATGGGAAGAGGGAGAGTAGAGTTGAAGAGGATAGAGAACAAGATCAAT
AGGCAAGTGACGTTTGCAAAAAGAAGGAATGGTGTTTTGAAGAAAGCATACGAGCTTTCC
GTTCTATGTGATGCAGAGGTTGCTCTCATCATCTTCTCTAATAGAGGAAAACTGTACGAG
TTTTGCAGTAACTCGAGCACGCTTAAGACATTGGAGAGGTACCAAAAGTGCAACTACGGA
CCGCCAGAGCCCAATGTGCCTTCAAGAGAAGCCTTAGCAGTTGAACTTAGTAGCCAGCAG
GAGTATCTCAAGCTTAAGGAGCGTTACGACGCCTTACAGAGAACCCAAAGGAATCTATTG
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TCTTCTTTGAAGCAGATCAGAGCTCTCAGGACACAGTTCATGCTCGACCAGCTCAATGAT
CTCCAGGGTAAGGAGCGCATGCTTAATGAGACAAATAAATCTCTAAGGCTCGGGTTAGCT
GATGGGTATCAGATGCCATTCCAACTCAACCCGAACCAAGAAGAAGATGTTGTTGACTTT
GGGCGTCATCAACCACAACAACAAGCTTTCTTCCAGCCTTTGGAATACGAACCCATTTCT
CAAATCGGGTACCATCAGGG*CAACAGCAAGATCATGGAATGGGAGTAGAC*AAGTGAGA
TATTACATGTTGGGTTGGTACCTTACGACACCACTCTATTTGAACTTTCTTCATATATAT
ATTTTTGACAT

QA 7 797 7 797
DS 



AS 1 7

CO CL639Contig1 1248 7 13 U
GCTTTAATCAAAGACCCTTTTTTCTCACTGTTGCAGAACCAAACTCTCTTCAAAACCAAT
ATAGCTCATGAAACAAGTTTTGTTTTCTATTTATTAGTTCAAGGACAAAGAAGAAGACAA
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TGCGATTTCCGTGACTGATAGTTGTCAAATCAAGCAGCAACTTTCTTGGACGTGACAGAG
CTCACAATGGTCGAAAACTCAGGCCCCTTCAAGGAGGCACCACCCACGAGAAATCCATCA
ATGTCTTCTTCTTTAACAAGCTCTGCACAGTTGCCTCCGTTGACAGAACCTCCGTATATG
ATTCTCGTTTTGGAAGCAACTTCTTCAGAAACATTCTTCTTGAGCCAATCACGGACAGCT
ACATGGACTTCCTGTGCTTGCTGAGGAGATGCAACTTTACCAGTTCCAATTGCCCACACT
GGCTCGTATGCAACCACTACCTTGTCCCAGCTAGGCACAGCATCAGCAAAGGCCTTCAAT
TGCTGGAAGCAAACATCAAAAGTCTTGCCTGCTTCCCTCTCTTCTAGCTTCTCCCCGATA
CAAGCTATTACTCCAAGACCCTCACTCAATGCATACGCAGCTTTCTTCCCAATAAACTCA
TCAACTTCACCGATGACATGTCTCCTTTCGGAGTGCCCCAGAATAACCCACTTGCATCCA
ATGTCTTTGAGCTGTTCCACGCTGATTTCACCAGTGAAGGCTCCACCTTTCCCAACCCAA
GAGTTCTGACCAGATATTTCAATACGGTCTGACAAGGAAGATTTGACTTGGTCGATGTAC
ACAAAGGGAGGCGACACGACGACATCTACATCAGCTTCCAAGGATGCACTGTTGAGGTCG
GAGACAAGCTTGGCGATGGAGTCTTTAGTCCCGTTACACTTCCAGTTTCCTCCAACGAAA
AACTTGCCGGATCCGGCCATGGCGACGACGCCTCTAGGAGAACGGTGCGAGGAGGAAACG
AGACGGATTGAGGAATGGACGCGGTGGGAGAAGGAGACGGCGGCGTCGAGCATGGGACAA
GTATGGCGGAGGCCGGAGAAAGAAGGGGCAGAGGGCTGAGTGCCACATGATATTTGGGCA
GTGAGAGAGGAAGCCATAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGAAGGTGGTCTCAGCT
TTGGCGTGTAGTGAGAATGGAGAAAAGGCGATAGAGACTTTGACTCCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB15JQ U 70
AF RR3DH35JQ U 6
AF RR3EH34JQ U 1
AF RR3ED67JQ U 70
AF RR3EB15TF C 616
AF RR3DH35TF C 572
AF RR3EH34TF C 431
BS 1 240 RR3EH34JQ
BS 241 241 RR3EB15JQ
BS 242 289 RR3EH34JQ
BS 290 290 RR3EB15JQ
BS 291 315 RR3EH34JQ
BS 316 316 RR3EB15JQ
BS 317 757 RR3EH34JQ
BS 758 758 RR3EB15JQ
BS 759 788 RR3EH34JQ
BS 789 812 RR3ED67JQ
BS 813 1179 RR3EH34TF
BS 1180 1181 RR3EB15TF
BS 1182 1248 RR3EH34TF

RD RR3EB15JQ 708 0 0
GT
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AGCTCGCCAAACCTTCCTTTTATTTCTCATCTCATCTTTTGTTCACAGGTGCGATTTCCG
TGACTGATAGTTGTCAAATCAAGCAGCAACTTTCTTGGACGTGACAGAGCTCACAATGGT
CGAAAACTCAGGCCCCTTCAAGGAGGCACCACCCACGAGAAATCCATCAATGTCTTCTTC
TTTAACAAGCTCTGCACAGTTGTCTCCGTTGACAGAACCTCCGTATATGATTCTCGTTTT
GGAAGCAACTTCTTCAGAAACATTCTTCTTGAGCCAATCACGGACAGCTACATGGACTTC
CTGTGCTTGCTGAGGAGATGCAACTTTACCAGTTCCAATTGCCCACACTGGCTCGTATGC
AACCACTACCTTGTCCCAGCTAGGCACAGCATCAGCAAAGGCCTTCAATTGCTGGAAGCA
AACATCAAAAGTCTTGCCTGCTTCCCTCTCTTCTAGCTTCTCCCCGATACAAGCTATTAC
TCCAAGACCCTCACTCAATGCATACGCAGCTTTCTTCCCAATAAACTCATCAACTTCACC
GATGACATGTCTCCTTTCGGAGTGCCCCAGAATAACCCACTTGCATCCAATGTCTTTGAG
CCGTTCCACGCTGATTTCACCAGTGAAGGCTCCACCTTTCCCAACC

QA 3 708 3 708
DS 

RD RR3DH35JQ 744 0 0
AATCAAAGACCCTTTTTTCTCACTGTTGCAGAGCCAAACTCTCTTCAAAACCAATATAGC
TCATGAAACAAGTTTTGTTTTCTATTTATTAGTTCAAGGACAAAGAAGAAGACAACAACA
ACACCAAGCTCGCCAAACCTTCCTTTTATTTCTCATCTCATCTTTTGTTCACAGGTGCGA
TTTCCGTGACTGATAGTTGTCAAATCAAGCAGCAACTTTCTTGGACGTGACAGAGTTCAC
AATGGTCGAAAACTCAGGCCCCTTCAAGGAGGCACCAACCACGAGAAATCCATCAATGTC
TTCTTCTTTAGCAAGCTCTGCACAGTTGCCTCCGTTGACAGAACCTCCGTATATGATTCT
CGTTTTGGAAGCAACTTCTTCAGAAACATTCTTCTTGAGCCAATCACGGACAGCTACATG
GACTTCCTGTGCTTGCTGAGGAGATGCAACTTTACCAGTTCCAATTGCCCACACTGGCTC
GTATGCAACCACTACCTTGTCCCAGCTAGGCACAGCATCAGCAAAGGCCTTCAATTGCTG
GAAGCAAACATCAAAAGTCTTGCCTGATTCCCTCTCTTCTAGCTTCTCCCCGGTACAAGC
TATTACTCCAAGACCCTCACTCAATGCATACGCAGCTTTCTTCCCAATAAACTCATCAAC
TTCACCGATGACATGTCTCCTTTCGGAGTGCCCCAGAATAACCCACTTGCATCCAATGTC
TTTGAGCTGTTCCACGCTGATTTC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3EH34JQ 788 0 0
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ATAGCTCATGAAACAAGTTTTGTTTTCTATTTATTAGTTCAAGGACAAAGAAGAAGACAA
CAACAACACCAAGCTCGCCAAACCTTCCTTTTATTTCTCATCTCATCTTTTGTTCACAGG
TGCGATTTCCGTGACTGATAGTTGTCAAATCAAGCAGCAACTTTCTTGGACGTGACAGAG
TTCACAATGGTCGAAAACTCAGGCCCCTTCAAGGAGGCACCACCCACGAAAAATCCATCA
ATGTCTTCTTCTTTAGCAAGCTCTGCACAGTTGCCTCCGTTGACAGAACCTCCGTATATG
ATTCTCGTTTTGGAAGCAACTTCTTCAGAAACATTCTTCTTGAGCCAATCACGGACAGCT
ACATGGACTTCCTGTGCTTGCTGAGGAGATGCAACTTTACCAGTTCCAATTGCCCACACT
GGCTCGTATGCAACCACTACCTTGTCCCAGCTAGGCACAGCATCAGCAAAGGCCTTCAAT
TGCTGGAAGCAAACATCAAAAGTCTTGCCTGCTTCCCTCTCTTCTAGCTTCTCCCCGATA
CAAGCTATTACTCCAAGACCCTCACTCAATGCATACGCAGCTTTCTTCCCAATAAACTCA
TCAACTTCACCGATGACATGTCTCCTTTCGGAGTGCCCCAGAATAACCCACTTGCATCCA
ATGTCTTTGAGCTGTTCCACGCTGATTTCACCAGTGA*GGCTCCACCTTTCCCAACCCAA
GAGTTCTG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3ED67JQ 743 0 0
GT
AACAAGTTTTGTTTTCTATTTATTAGTTCAAGGACAAAGAAGAAGACAACAACAACACCA
AGCTCGCCAAACCTTCCTTTTATTTCTCATCTCATCTTTTGTTCACAGGTGCGATTTCCG
TGACTGATAGTTGTCAAATCAAGCAGCAACTTTCTTGGACGTGACAGAGCTCACAATGGT
CGAAAACTCAGGCCCCTTCAAGGAGGCACCACCCACGAGAAATCCATCAATGTCTTCTTC
TTTAACAAGCTCTGCACAGTTGTCTCCGTTGACAGAACCTCCGTATATGATTCTCGTTTT
GGAAGCAACTTCTTCAGAAACATTCTTCTTGAGCCAATCACGGACAGCTACATGGACTTC
CTGTGCTTGCTGAGGAGATGCAACTTTACCAGTTCCAATTGCCCACACTGGCTCGTATGC
AACCACTACCTTGTCCCAGCTAGGCACAGCATCAGCAAAGGCCTTCAATTGCTGGAAGCA
AACATCAAAAGTCTTGCCTGCTTCCCTCTCTTCTAGCTTCTCCCCGATACAAGCTATTAC
TCCAAGACCCTCACTCAATGCATACGCAGCTTTCTTCCCAATAAACTCATCAACTTCACC
GATGACATGTCTCCTTTCGGAGTGCCCCAGAATAACCCACTTGCATCCAATGTCTTTGAG
CCGTTCCACGCTGATTTCACCAGTGAAGGCTCCACCTTTCCCAACCCAAGAGTTCTGACC
AGATATTTCAATACGGTCTGA

QA 3 743 3 743
DS 

RD RR3EB15TF 586 0 0
AGACCCTCACTCAATGCATACGCAGCTTTCTTCCCAATAAACTCATCAACTTCACCGATG
ACATGTCTCCTTTCGGAGTGCCCCAGAATAACCCACTTGCATCCAATGTCTTTGAGCCGT
TCCACGCTGATTTCACCAGTGAAGGCTCCACCTTTCCCAACCCAAGAGTTCTGACCAGAT
ATTTCAATACGGTCTGACAAGGAAGATTTGACTTGGTCGATGTACACAAAGGGAGGCGAC
ACGACGACATCTACATCAGCTTCCAAGGATGCACTGTTGAGGTCGGAGACAAGCTTGGCG
ATGGAGTCTTTAGTCCCGTTACACTTCCAGTTTCCTCCAACGAAAAACTTGCCGGATCCG
GCCATGGCGACGACGCCTCTAGGAGAACGGTGCGAGGAGGAAACGAGACGGATTGAGGAA
TGGACGCGGTGGGAGAAGGAGACGGCGGCGTCGAGCATGGGACAAGTATGGCGGAGGCCG
GAGAAAGAAGGGGCAGAGGGCTGAGTGCCACATGATATTTGGGCAGTGAGAGAGGAAGCC
ATAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGAAGGTGGTCTCAGCT
C

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3DH35TF 588 0 0
A
TTCCCTCTCTTCTAGCTTCTCCCCGGTACAAGCTATTACTCCAAGACCCTCACTCAATGC
ATACGCAGCTTTCTTCCCAATAAACTCATCAACTTCACCGATGACATGTCTCCTTTCGGA
GTGCCCCAGAATAACCCACTTGCATCCAATGTCTTTGAGCTGTTCCACGCTGATTTCACC
AGTGAAGGCTCCACCTTTCCCAACCCAAGAGTTCTGACCAGATATTTCAATACGGTCTGA
CAAGGAAGATTTGACTTGGTCGATGTACACAAAGGGAGGCGACACGACGACATCTACATC
AGCTTCCAAGGATGCACTGTTGAGGTCGGAGACAAGCTTGGCGATGGAGTCTTTAGTCCC
GTTACACTTCCAGTTTCCTCCAACGAAAAACTTGCCGGATCCGGCCATGGCGACGACGCC
TCTAGGAGAACGGTGCGAGGAGGAAACGAGACGGATTGAGGAATGGACGCGGTGGGAGAA
GGAGACGGCGGCGTCGAGCATGGGACAAGTATGGCGGAGGCCGGAGAAAGAAGGGGCAGA
GGGCTGAGTGCCACATGATATTTGGGCAGTGAGAGAGGAAGCCAT
CC

QA 2 586 2 586
DS 

RD RR3EH34TF 818 0 0
CCTGTGCTTGCTGAG*AGATGCAACTTTACCAGTTCCAATTGCCCACACTGGCTCGTATG
CAACCACTACCTTGTCCCAGCTAGGCACAGCATCAGCAAAGGC*TTCAATTGCTGGAAGC
AAACATCAAAAGTCTTGC*TGCTTCCCTCTCTTCTAGCTTCTCCCCGATACAAGCTATTA
CTCCAAGACCCTCACTCAATGCATACGCAGCTTTCTTCCCAATAAACTCATCAACTTCAC
CGATGACATGTCTCCTTTCGGAGTGCCCCAGAATAACCCACTTGCATCCAATGTCTTTGA
GCTGTTCCACGCTGATTTCACCAGTGAAGGCTCCACCTTTCCCAACCCAAGAGTTCTGAC
CAGATATTTCAATACGGTCTGACAAGGAAGATTTGACTTGGTCGATGTACACAAAGGGAG
GCGACACGACGACATCTACATCAGCTTCCAAGGATGCACTGTTGAGGTCGGAGACAAGCT
TGGCGATGGAGTCTTTAGTCCCGTTACACTTCCAGTTTCCTCCAACGAAAAACTTGCCGG
ATCCGGCCATGGCGACGACGCCTCTAGGAGAACGGTGCGAGGAGGAAACGAGACGGATTG
AGGAATGGACGCGGTGGGAGAAGGAGACGGCGGCGTCGAGCATGGGACAAGTATGGCGGA
GGCCGGAGAAAGAAGGGGCAGAGGGCTGAGTGCCACATGATATTTGGGCAGTGAGAGAGG
AAGCCATAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAG**ATAGAAGGTGGTCTCAGCTTTGGCGTGTA
GTGAGAATGGAGAAAAGGCGATAGAGACTTTGACTCCC

QA 1 818 1 818
DS 



AS 2 7

CO CL640Contig1 856 3 8 U
GTTCTTTCCTGGTTTGGTAAATAAATAAGAAAACAAACTACCAATCACAATCCAAAGGTT
TGGTTACTTTGTTAGAAACAAGTCAAAAACAACTTATCCATAATTTCTCACAAGTAGCAA
AAGCAGATCGATCATTAAAATAATAAACCAACATTTTTAGACACCAGACGTTTTCTCCTG
TGTGCTTGCCATTGCTTCCTTTAGGAGTTTCTCAGTCAATTCTTTAGGCAGACCCATGAC
GCTATCTATTGTCCCAACCATTTCTTTGACCCATGGCGAGATTAGAGGATGTTCGATTAG
GAGTGCACCAGCCACCTTAAGCACCATGCCTTCCTCAATCAGTTTCGCGATAATCTCCTC
CGATATTTCGTTGAAATAGATCTCCACTCTATCGACGCCTCCTTTTCTGAATCCTGTTTT
GGTATTTGTTACAACCACAGAACTGACTGTTGCTGTGTGTCCCATGGAATAGCCTCTTAT
GTATTCCCTTGCTTCTTCCACACTCGAGGGTTTCTCCCTAACGGCATTTGCATAGACGAC
AACTTGGTCACAAGTAACAAGTAAGGTCTCCTTTATGTCGTCGTCATCAGCCATCCGCTG
CATGATTGCTTCAGCCTTTGCCTCAGCTAAAACTAAAACCAACTCTTCAGGATTCTGCTT
ACGGATGCTTTTCTCGTCAATATCAGCACTCATTAGAGTGAATTGGTATCCAATGTCTGT
TAATATACTTCGTCGAGCAATCGATGAAGATCCCAAAACCAGCTTGAAGTGAGGAGGAGG
AGGAGAACTCGATTCCATTTTTCTTCCGCTATGTAAGTAGGTAGGTCAAAACGAGAGATA
TTTGAAGTGAGGACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN02JQ U 40
AF RR3B871JQ U 1
AF RR3GN02TF C 152
BS 1 270 RR3B871JQ
BS 271 271 RR3GN02JQ
BS 272 463 RR3B871JQ
BS 464 464 RR3GN02JQ
BS 465 631 RR3B871JQ
BS 632 632 RR3GN02TF
BS 633 775 RR3B871JQ
BS 776 856 RR3GN02TF

RD RR3GN02JQ 497 0 0
GT
CAATCACAATCCAAAGGTTTGGTTACTTTGTTAGAAACAAGTCAAAAACAACTTATCCAT
AATTTCTCACAAGTAGCAAAAGCAGATCGATCATTAAAATAATAAACCAACATTTTTAGA
CACCAGACGTTTTCTCCTGTGTGCTTGCCATTGCTTCCTTTAGGAGTTTCTCAGTCAATT
CTTTAGGCAGACCCATGACGCTATCTATTGTCCCAACCATTTCTTTGACCCATGGCGAGA
TTAGAGGATGTTCGATTAGGAGTGCACCAGCCACCTTAAGCACCATGCCTTCCTCAATCA
GTTTCGCGATAATCTCCTCCGATATTTCGTTGAAATAGATCTCCACTCTATCGACGCCTC
CTTTTCTGAATCCTGTTTTGGTATTTGTTACAACCACAGAACTGACTGTTGCTGTGTGTC
CCATGGAATAGCCTCTTATGTATTCCCTTGCTTCTTCCACACTCGAGGGTTTCTCCCTAA
CGGCATTTGCATAGA

QA 3 497 3 497
DS 

RD RR3B871JQ 775 0 0
GTTCTTTCCTGGTTTGGTAAATAAATAAGAAAACAAACTACCAATCACAATCCAAAGGTT
TGGTTACTTTGTTAGAAACAAGTCAAAAACAACTTATCCATAATTTCTCACAAGTAGCAA
AAGCAGATCGATCATTAAAATAATAAACCAACATTTTTAGACACCAGACGTTTTCTCCTG
TGTGCTTGCCATTGCTTCCTTTAGGAGTTTCTCAGTCAATTCTTTAGGCAGACCCATGAC
GCTATCTATTGTCCCAACCATTTCTTTGACGCATGGCGAGATTAGAGGATGTTCGATTAG
GAGTGCACCAGCCACCTTAAGCACCATGCCTTCCTCAATCAGTTTCGCGATAATCTCCTC
CGATATTTCGTTGAAATAGATCTCCACTCTATCGACGCCTCCTTTTCTGAATCCTGTTTT
GGTATTTGTTACAACCACAGAACTGACTGTTGCTGTGTGTCCCTTGGAATAGCCTCTTAT
GTATTCCCTTGCTTCTTCCACACTCGAGGGTTTCTCCCTAACGGCATTTGCATAGACGAC
AACTTGGTCACAAGTAACAAGTAAGGTCTCCTTTATGTCGTCGTCATCAGCCATCCGCTG
CATGATTGCTTCAGCCTTTGCCTCAGCTAAAGCTAAAACCAACTCTTCAGGATTCTGCTT
ACGGATGCTTTTCTCGTCAATATCAGCACTCATTAGAGTGAATTGGTATCCAATGTCTGT
TAATATACTTCGTCGAGCAATCGATGAAGATCCCAAAACCAGCTTGAAGTGAGGA

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3GN02TF 705 0 0
ACA
TTTTAGACACCAGACGTTT*CTCCTGTGTGCTTGCCATTGCTTCCTTTAGGAGTTTCTCA
GTCAATTCTTTAGGCAGACCCATGACGCTATCTATTGTCCCAACCATTTCTTTGACCCAT
GGCGAGATTAGAGGATGTTCGATTAGGAGTGCACCAGCCACCTTAAGCACCATGCCTTCC
TCAATCAGTTTCGCGATAATCTCCTCCGATATTTCGTTGAAATAGATCTCCACTCTATCG
ACGCCTCCTTTTCTGAATCCTGTTTTGGTATTTGTTACAACCACAGAACTGACTGTTGCT
GTGTGTCCCATGGAATAGCCTCTTATGTATTCCCTTGCTTCTTCCACACTCGAGGGTTTC
TCCCTAACGGCATTTGCATAGACGACAACTTGGTCACAAGTAACAAGTAAGGTCTCCTTT
ATGTCGTCGTCATCAGCCATCCGCTGCATGATTGTTTCAGCCTTTGCCTCAGCTAAAACT
AAAACCAACTCTTCAGGATTCTGCTTACGGATGCTTTTCTCGTCAATATCAGCACTCATT
AGAGTGAATTGGTATCCCATGTCTGTTAATATACTTCGTCGAGCAATCGATGAAGATCCC
AAAACCAGCTTGAAGTGAGGAGGAGGAGGAGAACTCGATTCCATTTTTCTTCCGCTATGT
AAGTAGGTAGGTCAAAACGAGAGATATTTGAAGTGAGGACCC

QA 4 705 4 705
DS 



CO CL640Contig2 752 4 6 U
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CAGATCGATCATTAAATAACAAACCAACATTTTTAGACACCAGACATTTTCTCCTGTGTG
CTTGCCATTGCTTCCTTTAGAAGTTCCTCAGTCAATTTTTTAGGCAGACCCATGACACTA
TCTATTGTCCCAACCATTTCTTTAACGCATGGCGATATTAGAGGATGTTCGATTAGGAGT
GCACCAGCTACCTTAAGCACCATGCCTTCCTCAATCAGTTTCGCGATAGTCTCCTCCGAT
ATTTCGGAGAAATATATCTCCACTCTATCGACGCCTCCTTTTCTGAATCCTGTTTTGGGA
TTTGTTACAACAACAGAACTGACAGTTGCAGTGTGTCCCTTGGAATAGCCTCTTATGTAT
TCCCTTGCTTCTTCCACACTCGATGGTTTCTCTCTAACCACATTTTCATAGACGACAACT
TGGTCACAAGTAACAAGTAAGGTCTCCTTTATGTCGTCGTCGTCGTCATCAGCCATCCGC
TGCATGATTGCTTCAGCCTTTGCCTCAGCTAAAGCTAAAACCAAGTCTTCAGGATTCTGC
TTACGGATGCTTTTCTCGTCAATATCAGCACTCATTAGAGTGAATTGGTATCCCATGTCT
GTTAATATACTTCGTCGAGCAATCGATGAAGATCCCAAAACCACCTTGAAGTGAGGAGGA
GGAGAACTCGATTCCATTTTTCTTCCGCTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3GH65JQ U 1
AF RR3DM74JQ U 17
AF RR3GH65TF C 51
AF RR3DM74TF C 256
BS 1 308 RR3GH65JQ
BS 309 309 RR3DM74JQ
BS 310 505 RR3GH65JQ
BS 506 668 RR3DM74JQ
BS 669 751 RR3GH65TF
BS 752 752 RR3DM74TF

RD RR3GH65JQ 505 0 0
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CAGATCGATCATTAAATAACAAACCAACATTTTTAGACACCAGACATTTTCTCCTGTGTG
CTTGCCATTGCTTCCTTTAGAAGTTCCTCAGTCAATTTTTTAGGCAGACCCATGACACTA
TCTATTGTCCCAACCATTTCTTTAACGCATGGCGATATTAGAGGATGTTCGATTAGGAGT
GCACCAGCTACCTTAAGCACCATGCCTTCCTCAATCAGTTTCGCGATAGTCTCCTCCGAT
ATTTCGGAAAAATATATCTCCACTCTATCGACGCCTCCTTTTCTGAATCCTGTTTTGGGA
TTTGTTACAACAACAGAACTGACAGTTGCAGTGTGTCCCTTGGAATAGCCTCTTATGTAT
TCCCTTGCTTCTTCCACACTCGATGGTTTCTCTCTAACCACATTTTCATAGACGACAACT
TGGTCACAAGTAACAAGTAAGGTCT

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR3DM74JQ 652 0 0
CGTC
AAAACAACTTATCCATAAAATTCTCGCAAGTAGCAGAAAGCAGATCGATCATTAAATAAC
AAACCAACATTTTTAGACACCAGACATTTTCTCCCGTGTGCTTGCCATTGCTTCCTTTAG
AAGTTCCTCAGTCAATTTTTTAGGCAGACCCATGACACTATCTATTGTCCCAACCATTTC
TTTAACGCATGGCGATATTAGAGGATGTTCGATTAGGAGTGCACCAGCTACCTTAAGCAC
CATGCCTTCCTCAATCAGTTTCGCGATAGTCTCCTCCGATATTTCGGAGAAATATATCTC
CACTCTATCGACGCCTCCTTTTCTGAATCCTGTTTTGGGATTTGTTACAACAACAGAACT
GACAGTTGCAGTGTGTCCCTTGGAATAGCCTCTTATGTATTCCCTTGCTTCTTCCACACT
CGATGGTTTCTCTCTAACCACATTTTCATAGACGACAACTTGGTCACAAGTAACAAGTAA
GGTCTCCTTTATGTCGTCGTCGTCGTCATCAGCCATCCGCTGCATGATTGCTTCAGCCTT
TGCCTCAGCTAAAGCTAAAACCAAGTCTTCAGGATTCTGCTTACGGATGCTTTTCTCGTC
AATATCAGCACTCATTAGAGTGAATTGGTATCCCATGTCTGTTAATAT

QA 5 652 5 652
DS 

RD RR3GH65TF 702 0 0
TAGCAG
AAAGCAGATCGATCATTAAATAACAAACCAACATTTTTAGACACCAGACATTTTCTCCTG
TGTGCTTGCCATTGCTTCCTTTAGAAGTTCCTCAGTCAATTTTT*AGGCAGACCCATGAC
ACTATCTATTGTCCCAACCATTTCTTTAACGCATGGCGATATTAGAGGATGTTCGATTAG
GAGTGCACCAGCTACCTTAAGCACCATGCCTTCCTCAATCAGTTTCGCGATAGTCTCCTC
CGATATTTCGGAGAAATATATCTCCACTCTATCGACGCCTCCTTTTCTGAATCCTGTTTT
GGGATTTGTTACAACAACAGAACTGACAGTTGCAGTGTGTCCCTTGGAATAGCCTCTTAT
GTATTCCCTTGCTTCTTCCACACTCGATGGTTTCTCTCTAACCACATTTTCATAGACGAC
AACTTGGTCACAAGTAACAAGTAAGGTCTCCTTTATGTCGTCGTCGTCGTCATCAGCCAT
CCGCTGCATGATTGCTTCAGCCTTTGCCTCAGCTAAAGCTAAAACCAAGTCTTCAGGATT
CTGCTTACGGATGCTTTTCTCGTCAATATCAGCACTCATTAGAGTGAATTGGTATCCCAT
GTCTGTTAATATACTTCGTCGAGCAATCGATGAAGATCCCAAAACCACCTTGAAGTGAGG
AGGAGGAGAACTCGATTCCATTTTTCTTCCGCTAT
C

QA 7 701 7 701
DS 

RD RR3DM74TF 497 0 0
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ATCTCCACTCTATCGACGCCTCCTTTTCTGAATCCTGTTTTGGGATTTGTTACAACAACA
GAACTGACAGTTGCAGTGTGTCCCTTGGAATAGCCTCTTATGTATTCCCTTGCTTCTTCC
ACACTCGATGGTTTCTCTCTAACCACATTTTCATAGACGACAACTTGGTCACAAGTAACA
AGTAAGGTCTCCTTTATGTCGTCGTCGTCGTCATCAGCCATCCGCTGCATGATTGCTTCA
GCCTTTGCCTCAGCTAAAGCTAAAACCAAGTCTTCAGGATTCTGCTTACGGATGCTTTTC
TCGTCAATATCAGCACTCATTAGAGTGAATTGGTATCCCATGTCTGTTAATATACTTCGT
CGAGCAATCGATGAAGATCCCAAAACCACCTTGAAGTGAGGAGGAGGAGAACTCGATTCC
ATTTTTCTTCCGCTATC

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 6

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TTTGATTTGGTCGTAATATGGTAGTTCCGATGCTTGGTGGGTTTCCGATCTTCTTGGTGG
TGAGAGTTCTGGGTTTCATCATTGCAGTTTTGGTTCTGACATGGACTGTTCACTACAGAG
GAGGCTTAGCTCTTTCCTCCGATAACAAAGATCTCATCTTCAATGTTCATCCAGTTTTGA
TGGTGATTGGGCTCGTACTCTTCAATGGTGAAGCTATGCTAGCATACAAGTCAGTTCAAG
GTACAAAGAACTTGAAGAAACTGGTTCATCTTACACTGCAATTCGCAGCTTTTATCCTAA
GTTTAGTCGGAGTCTGGGCTGCTCTTAAGTTCCATATCGACAAAGGGATTGAAAATTTCT
ACAGTCTGCATTCATGGCTCGGCTTAGCTTGTCTCTTTCTCTTCGCTTTTCAGTGGGCTT
CAGGGTTTGTGACTTACTGGTACCCGGGTGGTTCAAGAAACAGCCGAGCCAGCTTAATGC
CTTGGCACGTGTTCTTAGGGGTCGCCATCTATGCATTGGCTTTGGTGACTGTAACCACAG
GGATACTGGAGAAGTTGACGTTCCTGCAAGTGAACCAAGTGATAACTCGGTACTCCACAG
AGGCCATGTTAGTTAACACGATGGGTGTTCTGATTCTTGTTCTCGGCGGTTTCGTGGTGC
TCGGTGTGGTTACTCCCCTCCACGGCAAAGACCAAGTCCTTACTCAATAGAGAGAACAAA
TACTTTTCGTTTTTTTTGTGCACCAAAACAAATACTTTTCTTACAATCGCAATTTTCTTT
CAACATTTGGACCTTTTTCGAATCATCTGCGATAAAAACTTGTTACATATATTTAATCAG
AGCCCTTATTAAGAACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 10 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3DP19TF U 1
AF RR3DP06TF U 1
AF RR3BN56TF U 1
AF RR3H788TF U 26
AF RR3DP06JQ C 45
AF RR3DP19JQ C 272
BS 1 60 RR3BN56TF
BS 61 61 RR3DP19TF
BS 62 144 RR3BN56TF
BS 145 145 RR3DP19TF
BS 146 184 RR3BN56TF
BS 185 185 RR3DP19TF
BS 186 253 RR3BN56TF
BS 254 255 RR3DP19TF
BS 256 278 RR3BN56TF
BS 279 279 RR3DP19TF
BS 280 304 RR3BN56TF
BS 305 305 RR3DP19TF
BS 306 340 RR3BN56TF
BS 341 342 RR3DP19TF
BS 343 361 RR3BN56TF
BS 362 362 RR3DP19TF
BS 363 373 RR3BN56TF
BS 374 374 RR3DP19TF
BS 375 407 RR3BN56TF
BS 408 408 RR3DP19TF
BS 409 445 RR3BN56TF
BS 446 446 RR3DP19TF
BS 447 652 RR3BN56TF
BS 653 653 RR3DP06JQ
BS 654 675 RR3BN56TF
BS 676 676 RR3H788TF
BS 677 701 RR3BN56TF
BS 702 711 RR3H788TF
BS 712 712 RR3DP06JQ
BS 713 718 RR3H788TF
BS 719 719 RR3DP06JQ
BS 720 736 RR3H788TF
BS 737 917 RR3DP06JQ

RD RR3DP19TF 591 0 0
GGGAGATCACTTGGGTTGACCCGAACATCGCCGATCTAAGGATAGACGGTGGTTTCGATT
TTTGATTTGGTCGTAATATGGTAGTTCCGATGCTTGGTGGGTTTCCGATCTTCTTGGTGG
TGAGAGTTCTGGGTTTCATCATTGCAGTTTTGGTTCTGACATGGACTGTTCACTACAGAG
GAGGCTTAGCTCTTTCCTCCGATAACAAAGATCTCATCTTCAATGTTCATCCAGTTTTGA
TGGTGATTGGGCTCGTACTCTTCAATGGTGAAGCTATGCTAGCATACAAGTCAGTTCAAG
GTACAAAGAACTTGAAGAAACTGGTTCATCTTACACTGCAATTCGCAGCTTTTATCCTAA
GTTTAGTCGGAGTCTGGGCTGCTCTTAAGTTCCATATCGACAAAGGGATTGAAAATTTCT
ACAGTCTGCATTCATGGCTCGGCTTAGCTTGTCTCTTTCTCTTCGCTTTTCAGTGGGCTT
CATGGTTTGTGACTTACTGGTACCCGGGTGGTTCAAGAAACAGCCGAGCCAGCTTAATGC
CTTGGCACGTGTTCTTATGGGTCGCCATCTATGCATTGGCTTTGGTGACTG

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3DP06TF 554 0 0
GGGAGATCACTTGGGTTGACCCGAACATCGCCGATCTAAGGATAGACGGTGGTTTCGATT
TTTGATTTGGTCGTAATATGGTAGTTCCGATGCTTGGTGGGTTTCCGATCTTCTTGGTGG
TGAGAGTTCTGGGTTTCATCATTGCAGTTTTGGTTCTGACATGGACTGTTCACTACAGAG
GAGGCTTAGCTCTTTCCTCCGATAACAAAGATCTCATCTTCAATGTTCATCCAGTTTTGA
TGGTGATTGGGCTCGTACTCTTCAATGGTGAAGCTATGCTAGCATACAAGTCAGTTCAAG
GTACAAAGAACTTGAAGAAACTGGTTCATCTTACACTGCAATTCGCAGCTTTTATCCTAA
GTTTAGTCGGAGTCTGGGCTGCTCTTAAGTTCCATATCGACAAAGGGATTGAAAATTTCT
ACAGTCTGCATTCATGGCTCGGCTTAGCTTGTCTCTTTCTCTTCGCTTTTCAGTGGGCTT
CAGGGTTTGTGACTTACTGGTACCCGGGTGGTTCAAGAAACAGCCGAGCCAGCTTAATGC
CTTGGCACGTGTTC

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3BN56TF 701 0 0
GGGAGATCACTTGGGTTGACCCGAACATCGCCGATCTAAGGAGAGACGGTGGTTTCGATT
CTTGATTTGGTCGTAATATGGTAGTTCCGATGCTTGGTGGGTTTCCGATCTTCTTGGTGG
TGAGAGTTCTGGGTTTCATCATTGTAGTTTTGGTTCTGACATGGACTGTTCACTACAGAG
GAGGATTAGCTCTTTCCTCCGATAACAAAGATCTCATCTTCAATGTTCATCCAGTTTTGA
TGGTGATTGGGCTAATACTCTTCAATGGTGAAGCTATGTTAGCATACAAGTCAGTTCAAG
GTACGAAGAACTTGAAGAAACTGGTTCATCTTACACTGCAGCTCGCAGCTTTTATCCTAA
GCTTAGTCGGAGTATGGGCTGCTCTTAAGTTCCATATCGACAAAGGGGTTGAAAATTTCT
ACAGTCTGCATTCATGGCTCGGCTTGGCTTGTCTCTTTCTCTTCGCTTTTCAGTGGGCTT
CAGGGTTTGTGACTTACTGGTACCCGGGTGGTTCAAGAAACAGCCGAGCCAGCTTAATGC
CTTGGCACGTGTTCTTAGGGGTCGCCATCTATGCATTGGCTTTGGTGACTGTAACCACAG
GGATACTGGAGAAGTTGACGTTCCTGCAAGTGAACCAAGTGATAACTCGGTATTCCACAG
AGGCCATGTTAGTTA*CACGATGGGTGTTCTGATTCTTGTT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3H788TF 715 0 0
G
ATCGCCGATCTAAGGAGAGACGGTGGTTTCGATTCTTGATTTGGTCGTAATATGGTAGTT
CCGATGCTTGGTGGGTTTCCGATCTTCTTGGTGGTGAGAGTTCTGGGTTTCATCATTGCA
GTTTTGGTTCTGACATGGACTGTTCACTACAGAGGAGGATTGGCTCTTTCCTCCGATAAC
AAAGATCTCATCTTCAATGTTCATCCAGTTTTGATGGTGATTGGGCTAATACTCTTCAAT
GGTGAAGCTATGTTAGCATACAAGTCAGTTCAAGGTACGAAGAACTTGAAGAAACTGGTT
CATCTTACACTGCAATTCGCAGCTTTTATCCTAAGCTTAGTCGGAGTATGGGCTGCTCTT
AAGTTCCATATCGACAAAGGGATTGAAAATTTCTATAGTCTGCATTCATGGCTCGGCTTG
GCTTGTCTCTTTCTCTTCGCTTTTCAGTGGGCTTCAGGGTTTGTGACTTACTGATACCCG
GGTGGTTCAAGAAACAGCCGAGCCAGCTTAATGCCTTGGCACGTGTTCTTAGGGGTCGCC
ATCTATGCATTGGCTTTGGTGACTGTAACCACAGGGATACTGGAGAAGTTGACGTTCCTG
CAAGTGAACCAAGTGATAACTCGGTATTCCACAGAGGCCATGTTAGTTAACACGATGGGT
GTTCTGATTCTTGTTCTCGGCGGTT*CGTGGT*CTCGGTGTGGTTACTCC
ACTC

QA 2 711 2 711
DS 

RD RR3DP06JQ 873 0 0
ATAGACGTGTTTCGA
TTTTGATTTGGTCGTAATATGGTAGTTCCGATGCTTGGTGGGTT*CCGATCTTCTTGGTG
GTGAGAGTTCTGGGTTTCATCATTGCAGTTTTGGTTCTGACATGGACTGTTCACTACAGA
GGAGGCTTAGCTCTTTCCTCCGATAACAAAGATCTCATCTTCAATGTTCATCCAGTTTTG
ATGGTGATTGGGCTCGTACTCTTCAATGGTGAAGCTATGCTAGCATACAAGTCAGTTCAA
GGTACAAAGAACTTGAAGAAACTGGTTCATCTTACACTGCAATTCGCAGCTTTTATCCTA
AGTTTAGTCGGAGTCTGGGCTGCTCTTAAGTTCCATATCGACAAAGGGATTGAAAATTTC
TACAGTCTGCATTCATGGCTCGGCTTAGCTTGTCTCTTTCTCTTCGCTTTTCAGTGGGCT
TCAGGGTTTGTGACTTACTGGTACCCGGGTGGTTCAAGAAACAGCCGAGCCAGCTTAATG
CCTTGGCACGTGTTCTTAGGGGTCGCCATCTATGCATTGGCTTTGGTGACTGTAACCACA
GGGATACTGGAGAAGTTGACGTTCCTGCAAGTGAACCAGGTGATAACTCGGTACTCCACA
GAGGCCATGTTAGTTAACACGATGGGTGTTCTGATTCTTGTTCTCGGCGGTTTCGTGGTG
CTCGGTGTGGTTACTCCCCTCCACGGCAAAGACCAAGTCCTTACTCAATAGAGAGAACAA
ATACTTTTCGTTTTTTTTGTGCACCAAAACAAATACTTTTCTTACAATCGCAATTTTCTT
TCAACATTTGGACCTTTTTCGAATCATCTGCGATAAAAACTTGTTACATATATTTAATCA
GAGCCCTTATTAAGAACC

QA 16 873 16 873
DS 

RD RR3DP19JQ 646 0 0
AGCTATGCTAGCATACAAGTCAGTTCAAGGTACAAAGAACTTGAAGAAACTGGTTCATCT
TACACTGCAATTCGCAGCTTTTATCCTAAGTTTAGTCGGAGTCTGGGCTGCTCTTAAGTT
CCATATCGACAAAGGGATTGAAAATTTCTACAGTCTGCATTCATGGCTCGGCTTAGCTTG
TCTCTTTCTCTTCGCTTTTCAGTGGGCTTCAGGGTTTGTGACTTACTGGTACCCGGGTGG
TTCAAGAAACAGCCGAGCCAGCTTAATGCCTTGGCACGTGTTCTTAGGGGTCGCCATCTA
TGCATTGGCTTTGGTGACTGTAACCACAGGGATACTGGAGAAGTTGACGTTCCTGCAAGT
GAACCAGGTGATAACTCGGTACTCCACAGAGGCCATGTTAGTTAACACGATGGGTGTTCT
GATTCTTGTTCTCGGCGGTTTCGTGGTGCTCGGTGTGGTTACTCCCCTCCACGGCAAAGA
CCAAGTCCTTACTCAATAGAGAGAACAAATACTTTTCGTTTTTTTTGTGCACCAAAACAA
ATACTTTTCTTACAATCGCAATTTTCTTTCAACATTTGGACCTTTTTCGAATCATCTGCG
ATAAAAACTTGTTACATATATTTAATCAGAGCCCTTATTAAGAACC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 8

CO CL642Contig1 858 8 23 U
TTTTTGCAAAGAGTAAAGAGGACGCTCTCGTCACTAAGAACTTGGTTCCTGGTGAAGCTG
TTTACAACGAGAAGAGAATCTCTGTTCAGAATGAAGATGGAACCAAGACTGAATACAGGG
TGTGGAATCCTTTCCGTTCTAAGTTGGCTGCTGCTATTCTCGGTGGTGTTGATCACATTC
ACATCAAACCTGGTGCTAAAGTTCTATACCTTGGTGCTGCTTCTGGAACAACAGTCTCTC
ATGTCTCTGACATTGTTGGACCTGAGGGATGTGTTTACGCTGTTGAGTTCTCTCACCGAA
GTGGTAGAGATTTGGTGAACATGGCGAAGAAAAGAACTAATGTTATTCCGATCATCGAGG
ATGCTAGACACCCTGCTAAATACAGAATGCTTGTTGGCATGGTTGATGTTGTCTTCTCTG
ATGTTGCTCAGCCTGATCAGGCTAGGATCGTGGCTTTGAACTCAAGCTTCTTCCTCAAAA
CGGGAGGTCACTTTGTTATCTCCATCAAGGCAAACTGTATTGACTCGACGGTTCCAGCAG
AGGCAGTGTTTCAGAGTGAAGTGAAGAAGCTGCAACAGGAGCAGTTCAAGCCAGCTGAGC
AAGTGACGCTTGAGCCATTTGAGCGTGACCATGCCTGTGTCGTCGGTACATACCGTGCGC
CTAAGAAGAACAAGGTTGCTGCTTAGAAGTTTCATGTGTTGGGAATTGGTTCTTTGGATT
TTTCGTTAGGGTTTTATCTAGTATTGTGGTTTGTAATCGTTTTGAACCTGAATAGGCTTT
TTTCTATGTTTTTACTTTACTTAAAACTCAGTATCTATATAACCTATATTTTTCTCATTT
GAGAAAGTTTATAGTAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 
50 50 20 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3CE46TF U 355
AF RR3DL07TF U 32
AF RR3CN59TF U 75
AF RR3DL07JQ C 32
AF RR3CE46JQ C 1
AF RR3AR36TF U 75
AF RR3CN59JQ C 75
AF RR3AR36JQ C 167
BS 1 32 RR3CE46JQ
BS 33 281 RR3DL07TF
BS 282 282 RR3AR36TF
BS 283 354 RR3DL07TF
BS 355 426 RR3CE46TF
BS 427 427 RR3DL07TF
BS 428 538 RR3CE46TF
BS 539 539 RR3DL07TF
BS 540 542 RR3CE46TF
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BS 548 585 RR3CE46TF
BS 586 586 RR3DL07TF
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BS 630 630 RR3AR36TF
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BS 640 640 RR3AR36TF
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BS 775 775 RR3CE46JQ
BS 776 854 RR3AR36TF
BS 855 858 RR3AR36JQ

RD RR3CE46TF 311 0 0
TCGAGGATGCTAGACACCCTGCTAAATACAGAATGCTTGTTGGCATGGTTGATGTTGTCT
TCTCTGATGTTGTTCAGCCTGATCAGGCTAGGATCGTGGCTTTGAACTCAAGCTTCTTCC
TCAAAACGGGAGGTCACTTTGTTATCTCCATCAAGGCAAACTGTATTGACTCGACGGTTC
CAGCTGAGTCAGCGTTTCAGAGTGAAGTGAAGAAGCTGCAACAGGAGCAGT*CAAGCCAG
CTGAGCAAGTGACGCTTGAGCCATTTGAGCGTGAC*ATGCCTGTGCCGTCGGTACATACC
GTGC
CCTAAGA

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR3DL07TF 596 0 0
G
ACTAAGAACTTGGTTCCTGGTGAAGCTGTTTACAACGAGAAGAGAATCTCTGTTCAGAAT
GAAGATGGAACCAAGACTGAATACAGGGTGTGGAATCCTTTCCGTTCTAAGTTGGCTGCT
GCTATTCTCGGTGGTGTTGATCACATTCACATCAAACCTGGTGCTAAAGTTCTATACCTT
GGTGCTGCTTCTGGAACAACAGTCTCTCATGTCTCTGACATTGTTGGACCTGAGGGATGT
GTTTACGCT*TTGAGTTCTCTCACCGAAGTGGTAGAGATTTGGTGAACATGGCGAAGAAA
AGAACTAATGTTATTCCGATCATCGAGGATGCTAGACACCCTGCTAAATACAGAATGCTT
GTTGGCATGGTTGATGTTGTCTTCTCTGATGTTGCTCAGCCTGATCAGGCTAGGATCGTG
GCTTTGAACTCAAGCTTCTTCCTCAAAACGGGAGGTCACTTTGTTATCTCCATCAAGGCA
AACTGTATTGACTCGACGGTTCCAGCAGAGGCAGTGTTTCAGAGTGAAGTGAAGAAGCTG
CAACAG*AGCAGTTCAAGCCAGCTGAGCAAGTGACGCTTGAGCCATTTGAGCGTG

QA 2 596 2 596
DS 

RD RR3CN59TF 694 0 0
G
GAATCTCTGTTCAGAATGAAGATGGAACCAAGACTGAATACAGGGTGTGGAATCCTTTCC
GTTCTAAGTTGGCTGCTGCTATTCTCGGTGGTGTTGATCACATTCACATCAAACCTGGTG
CTAAAGTTCTATACCTTGGTGCTGCTTCTGGAACAACAGTCTCTCATGTCTCTGACATTG
TTGGACCTGAGGGATGTGTTTACGCTGTTGAGTTCTCTCACCGAAGTGGTAGAGATTTGG
TGAACATGGCGAAGAAAAGAACTAATGTTATTCCGATCATCGAGGATGCTAGACACCCTG
CTAAATACAGAATGCTTGTTGGCATGGTTGATGTTGTCTTCTCTGATGTTGCTCAGCCTG
ATCAGGCTAGGATCGTGGCTTTGAACTCAAGCTTCTTCCTCAAAACGGGAGGTCACTTTG
TTATCTCCATCAAGGCAAACTGTATTGACTCGACGGTTCCAGCAGAGGCAGTGTTTCAGA
GTGAAGTGAAGAAGCTGCAACAGGAGCAGTTCAAGCCAGCTGAGCAAGTGACGCTTGAGC
CATTTGAGCGTGACCATGCCTGTGTCGTCGGTACATACCGTGCGCCTAAGAAGAACAAGG
TTGCTGCTTAGAAGTTTCATGTGTTGGGAATTGGTTCTTTGGATTTTTCGTTAGGGTTTT
ATCTAGTATTGTGGTTTGTAATCGTTTTGAACC

QA 2 694 2 694
DS 

RD RR3DL07JQ 805 0 0
G
ACTAAGAACTTGGTTCCTGGTGAAGCTGTTTACAACGAGAAGAGAATCTCTGTTCAGAAT
GAAGATGGAACCAAGACTGAATACAGGGTGTGGAATCCTTTCCGTTCTAAGTTGGCTGCT
GCTATTCTCGGTGGTGTTGATCACATTCACATCAAACCTGGTGCTAAAGTTCTATACCTT
GGTGCTGCTTCTGGAACAACAGTCTCTCATGTCTCTGACATTGTTGGACCTGAGGGATGT
GTTTACGCT*TTGAGTTCTCTCACCGAAGTGGTAGAGATTTGGTGAACATGGCGAAGAAA
AGAACTAATGTTATTCCGATCATCGAGGATGCTAGACACCCTGCTAAATACAGAATGCTT
GTTGGCATGGTTGATGTTGTCTTCTCTGATGTTGCTCAGCCTGATCAGGCTAGGATCGTG
GCTTTGAACTCAAGCTTCTTCCTCAAAACGGGAGGTCACTTTGTTATCTCCATCAAGGCA
AACTGTATTGACTCGACGGTTCCAGCAGAGGCAGTGTTTCAGAGTGAAGTGAAGAAGCTG
CAACAGGAGCAGTTCAAGCCAGCTGAGCAAGTGACGCTTGAGCCATTTGAGCGTGACCAT
GCCTGTGTCGTCGGTACATACCGTGCGCCTAAGAAGAACAAGGTTGCTGCTTAGAAGTTT
CATGTGTTGGGAATTGGTTCTTTGGATTTTTCGTTAGGGTTTTATCTAGTATTGTGGTTT
GTAATCGTTTTGAACCTGAATAGGCTTTTTTCTATGTTTTTACTTTACTTAAAACTCAGT
ATCTATATAACCTATATTTTTCTC

QA 2 805 2 805
DS 

RD RR3CE46JQ 855 0 0
TTTTTGCAAAGAGTAAAGAGGACGCTCTCGTCACTAAGAACTTG*TTCCTGGTGAAGCTG
TTTACAACGAGAAGAGA*TCTCTGTTCAGAATGAAGATGGAACCAAGACTGAATACAGGG
TGTGGAATCCTTTCCGTTCTAAGTTGGCTGCTGCTATTCTCGGTGGTGTTGATCACATTC
ACATCAAACCTGGTGCTAAAGTTCTATACCTTGGTGCTACTTCTGGAACAACAGTCCCTC
ATGTCTCTGACATTGTTGGACCTGAGGGATGTGTTTACGCTGTTGAGTTCTCTCACCGAA
GTGGTAGAGATTTGGTGAACATGGCGAAGAAAAGAACTAATGTTATTCCGATCATCGAGG
ATGCTAGACACCCTGCTAAATACAGAATGCTTGTTGGCATGGTTGATGTTGTCTTCTCTG
ATGTTGTTCAGCCTGATCAGGCTAGGATCGTGGCTTTGAACTCAAGCTTCTTCCTCAAAA
CGGGAGGTCACTTTGTTATCTCCATCAAGGCAAACTGTATTGACTCGACGGTTCCAGCTG
AGTCAGCGTTTCAGAGTGAAGTGAAGAAGCTGCAACAGGAGCAGT*CAAGCCAGCTGAGC
AAGTGACGCTTGAGCCATTTGAGCGTGACCATGCCTGTGCCGTCGGTACATACCGTGCGC
CTAAGAAGAACAAGGTTGCTGCTTAGAAGTTTCATGTGTTGGGAATTGGTTCTTTGGATT
TTTCGTTAGGGTTTTATCTAGTATTGTGGTTTGTAATCGTTTTGAACCTGAATAGGCTTT
TTTCTATGTTTTTACTTTACTTAAAACTCAGTATCTATATAACCTATATTTTTCTCATTT
GAGAAAGTTTATAG
C

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR3AR36TF 784 0 0
G
GAATCTCTGTTCAGAATGAAGATGGAACCAAGACTGAATACAGGGTGTGGAATCCTTTCC
GTTCTAAGTTGGCTGCTGCTATTCTCGGTGGTGTTGATCACATTCACATCAAACCTGGTG
CTAAAGTTCTATACCTTGGTGCTGCTTCTGGAACAACAGTCTCTCATGTCTCTGACATTG
TTGGACCTGAGGGATGTGTTTACGCTGTTGAGTTCTCTCACCGAAGTGGTAGAGATTTGG
TGAACATGGCGAAGAAAAGAACTAATGTTATTCCGATCATCGAGGATGCTAGACACCCTG
CTAAATACAGAATGCTTGTTGGCATGGTTGATGTTGTCTTCTCTGATGTTGCTCAGCCTG
ATCAGGCTAGGATCGTGGCTTTGAACTCAAGCTTCTTCCTCAAAACGGGAGGTCACTTTG
TTATCTCCATCAAGGCAAACTGTATTGACTCGACGGTTCCAGCAGAGGCAGTGTTTCAGA
GTGAAGTGAAGAAGCTGCAACAGGAGCAGTTCAAGCCAGCTGAGCAAGTGACGCTTGAGC
CATTTGAGCGTGACCATGCCTGTGTCGTCGGTACATACCGTGCGCCTAAGAAGAACAAGG
TTGCTGCTTAGAAGTTTCATGTGTTGGGAATTGGTTCTTTGGATTTTTCGTTAGGGTTTT
ATCTAGTATTGTGGTTTGTAATCGTTTTGAACCTGAATACGCTTTTTTCTATGTTTTTAC
TTTACTTAAAACTCAGTATCTATATAACCTATATTTTTCTCATTTGAGAAAGTTTATAG
TAAC

QA 2 780 2 780
DS 

RD RR3CN59JQ 781 0 0
G
GAATCTCTGTTCAGAATGAAGATGGAACCAAGACTGAATACAGGGTGTGGAATCCTTTCC
GTTCTAAGTTGGCTGCTGCTATTCTCGGTGGTGTTGATCACATTCACATCAAACCTGGTG
CTAAAGTTCTATACCTTGGTGCTGCTTCTGGAACAACAGTCTCTCATGTCTCTGACATTG
TTGGACCTGAGGGATGTGTTTACGCTGTTGAGTTCTCTCACCGAAGTGGTAGAGATTTGG
TGAACATGGCGAAGAAAAGAACTAATGTTATTCCGATCATCGAGGATGCTAGACACCCTG
CTAAATACAGAATGCTTGTTGGCATGGTTGATGTTGTCTTCTCTGATGTTGCTCAGCCTG
ATCAGGCTAGGATCGTGGCTTTGAACTCAAGCTTCTTCCTCAAAACGGGAGGTCACTTTG
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GTGAAGTGAAGAAGCTGCAACAGGAGCAGTTCAAGCCAGCTGAGCAAGTGACGCTTGAGC
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AAGCATGGAGCTCTTCCCGAGGAA

QA 10 453 10 453
DS 

RD RR3EH38TF 681 0 0
GGGTGCTCAATATTTTCTCTCTCGCGGAGTAGTT*AAGTGAAAGTCAACGCAGCAACCAA
GTCTCTCGAAAAATGGCTTCACATGACCATGATCATCACCATCACCATCACGAGGAAGGC
CACAAGAAACAGGACTGTGGCGGCGGTGGG*ACACGTCTTGGGTAGGACCGGACGGGAGG
GTGTACCATAGCCACGATGGACTCGCACCGCACTCACACGAACCCATTTACTCTCCTGGT
TACTTCAGCCGCCGAGCTCCTCCTCTTAACGACCGTAACTTCTCTGAGAGAGCTTTCACC
GTCGGTATTGGCGGTCCTGTTGGCACAGGGAAAACAGCATTGATGCTTGCTCTTTGTAGA
GTCTTGAGGGACAAATACAGTCTTGCAGCAGTGACCAATGATATATTCACCAAAGAGGAC
GGTGAGTTT*CTGGTGAAGCATGGGGCTCTTCCCGAGGAAAGGATCAGGGCCGTTGAAAC
CGGTGGATGTCCACACGCTGCCATCCGTGAAGACATTAGTATCAATTTAGGTCCTCTCGA
GGAGTTATCGAACTTGTTCAAGACTGATTTGCTTCTTTGTGAATCTGGTGGAGATAATCT
AGCTGCTAATTTCAGCAGAGAGCTAGCTGACTATATCATCTACATCATCGATGTATCGGC
TGGTGATAAGATACCACGTAA

QA 1 681 1 681
DS 

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TGGGTAGGACCGGACGGGAGGGTGTACCATAGCCACGATGGACTCGCACCGCACTCACAC
GAACCCATTTACTCTCCTGGTTACTTCAGCCGCCGAGCTCCTCCGCTTAACGACCGTAAC
TTCTCTGAGAGAGCTTTCACCGTCGGTATTGGCGGTCCTGTTGGCACAGGGAAAACAGCA
TTGATGCTTGCTCTTTGTAGAGTCTTGAGAGACAAATACAGTCTTGCAGCAGTGACCAAT
GATATATTCACCAAAGAGGACGGTGAGTTT*CTGGTGAAGCATGGAGCTCTTCCCGAGGA
AAGGATCAGGGCCGTCGAAACCGGTGGATGTCCACACGCAGCCATCCGTGAAGACATCAG
TATCAACTTGGGTCCTCTCGAGGAGTTATCAAACTTGTTCAAGACTGATTTGCTTCTTTG
TGAATCTGGTGGAGATAATCTAGCTGCTAATTTCAGCAGGGAGCTAGCTGACTATATCAT
CTACATCATTGATGTATCGGCTGGTGATAAAATACCACGTAAAGGCGGTCCTGGCATCAC
TCAAGCTGATCTTCTGGTGATAAACAAGACAGACCTTGCAGCAGCTGTTGGGGCTGACTT
ATCTGTCATGGAGCGTGATGCACTGCGCATGCGTGATGGTGGTCCATTCGTCTTTGCTCA
GGTGAAGCATGGGCTTGGGGTTGAGGAAATAGTCAACCATGTCATGAACTCATGGGAACA
AGCAACCGGGAACAAGCGCCACTAATGAGTTCTTATGCCCCACAAAAAAAAACTGAATAA
AACTATCTCGAACTTGGTTTATGTATCTGTTTGTCAAAGACAGCAAGACAAAATAAGTGT
TTTTGTAAT

QA 1 849 1 849
DS 

RD RR3AV03JQ 617 0 0
GA
ATAAAACTATCTCGAACTTGGTTTATGTATCTGTTTGTCAAAGACAGCAAGACAAAATAA
GTGTTTTTGTAATAGAGCACGAGACTCATTAGTCATTACATTGTGATTCTAGTCAACGTC
CTCCTTTAACCGAAGCAAAGAGATCCTTGTAGGAACGTTTCGGAGCATCAGCACTAGCAA
CAATCTCCACAACCTTGAAAGAAGACGATTCCTCCTCAAGCAAAGCTTCCACCGCAACTT
CAGCCACCAGGTCTCTCGATATGCTCCCTCCAGACAAAGTATCCTCAGGCTCCATGACTA
CATTCCCCGAAGGAGGATCGTTCTTAAGACCACCAGGTCTCACTATAGTATAGTTAATCC
CAGATCTTCTGATATACTTCTCGGCTTGAAGCTTAGCGACGAGAGTGAGTCCAAAGACGT
TGAGGAAGATGTAAGCAGGGTTTAAAATCTGTCCCATGGCAGCTCCGTTCACCAAGATCG
AGCTCACGAGAACAAACCTGTTCACCTTTTGTTTCTTACACGCGTCCACAAGGTTCACGG
TTCCGTAGTTATCGATCTTCCAAGGAGCGAAGAGATCGAACCCGGGACGGAAACCAGTAG
CGCAGATCACGGCTT

QA 3 617 3 617
DS 

RD RR3AR61JQ 699 0 0
GG
ATAAAACTATCTCGAACTTGGTTTATGTATCTGTTTGTCAAAGACAGCAAGACAAAATAA
GTGTTTTTGTAATAGAGCACGAGACTCATTAGTCATTACATTGTGATTCTAGTCAACGTC
CCCCTTTAACCGAAGCAAAGAGATCCTTGTAGGAACGTTTCGGAGCATCAGCACTAGCAA
CAATCTCCACAACCTTGAAAGAAGACGATTCCTCCTCAAGCAAAGCTTCCACCGCAACTT
CAGCCACCAGGTCTCTCGATATGCTCCCTCCAGACAAAGTATCCTCAGGCTCCATGACTA
CATTCCCCGAAGGAGGATCGTTCTTAAGACCACCAGGTCTAACTATAGTATAGTTAATCC
CAGACCTCTTGATATACTTCTCGGCTTGAAGCTTGGCGACGAGAGTGAGTCCAAAAACGT
TGAGGAAGATGTACGCAGGGTTTAAAATCTGTCCCATGGCAGCTCCGTTCACCAAGATAG
AGCTCACGAGAACGAACCTGTTCACCTTTTGTTTCTTACACGCGTCCACAAGGTTCACAG
TTCCGTAGTTATCGATCTTCCAAGGAGCGAAGAGATCGAACCCGGGACGGAAACCAGTAG
CGCAGATCACGGCTTGTGAGTCGTCGCCTATGGCTTCTGCTAGCTTCTCTGAACCTTCTG
TCACGTCTGCTTTAACGAAGTGAAGAGAAGGGTCTTG

QA 3 699 3 699
DS 

RD RR3AR61TF 757 0 0
TCAGCCACCAGGTCTCTCGATATGCTCC*TCCAGACAAAGTATCCTCAGGCTCCATGACT
ACATTCCCCGAAGGAGGATCGTTCTTAAGACCACCAGGTCTAACTATAGTATAGTTAATC
CCAGACCTCTTGATATACTTCTCGGCTTGAAGCT*GGCGACGAGAGTGAGTCCAAAAACG
TTGAGGAAGATGTACGCAGGGTTTAAAATCTGTCCCATGGCAGCTCCGTTCACCAAGATA
GAGCTCACGAGAACGAACCTGTTCACCTTTTGTTTCTTACACGCGTCCACAAGGTTCACA
GTTCCGTAGTTATCGATCTTCCAAGGAGCGAAGAGATCGAACCCGGGACGGAAACCAGTA
GCGCAGATCACGGCTTGTGAGTCGTCGCCTATGGCTTCTGCTAGCTTCTCTGAGCCTTCT
GTCACGTCTGCTTTAACGAAGTGAAGAGAAGGGTCTTGTCTGAAAGATGTTTTTGCTTTG
TCTACGTCACGGACACCTGCTTTGACGGCGAATCCACGGGATAAGAGCTGTTCAACGATC
CTCTTCCCGGTTTGTCCCGTGGCTCCAGCGACGAATACCTTCTTCTTGGACGCGTTTGCG
TCACCGCTTTCCATCTTGATGGAAGTGAAGGAACGAGAAGAGTTGGTGTTCTTGGTGAAG
ACGAAAGAAGAAGATGAAGAGTAGAAGACAGCTGAAGAGGAGGAATGTCTGAGAAGGAGC
AGAGATGTTGTCATCATCGACCGACGATGATGTGTCC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 5

CO CL644Contig1 831 5 5 U
GCTGTCATTCATCTAGTAGAGATATTCTTATTTCTTTCTTTGGTACGTGAAAAGCATGAA
ACAAAAACTAAATCGATAATGTATAGA***ACTAAACAGAAATAACAACAGACATAAAAA
AGTCCACAAAACACCGACTCTACAAACCGTATCAGTTTATATATAGA**GTCTGTCGACT
TCTATACACTCTCAGGGCTTTGCCTTTTAAGCTGAAGCAACGAACGAGCTCAAGATATTT
CTCTTGAGAGTTAATTCATCAGCTTTCACCGGACTTATCGACTTGCCAAGGACGCGTCCA
AGCCGCTCGACTTCTTTTGTAGCATAGCCTGAACCTTTTTCTATATAGCTCTTTGCGAGT
TTCGAGTAAAGCTTCCCATACCTTGTTGTGGACCCCTTGAGGTTACTAGCTTCCTCTTCG
ATGCGAGACAAGATTGCCTTTT*CTCATCTTCACTGGCTGCAACTAGCTCCTTTACCAAC
GCATCTAAGCTTTCAACTATACCAGCCTTTGAAGTAAGCTGCCCTTGACTGTCTCTGCTG
GTCCCAACTTT*TCATTAATGAAGCTTACAAAGTCATCTAAGTCTCTTCCACCCTCATAG
TCTTGACCGGCTTTGTTGTCTTTTGGGAAGAACTTTAGTGTTGGGAATCCACTTACTCCA
TACTTCTCGCCGAGGCTTTTGTGTGCATCAGCATCCAAGTTGGCAATTACTACACCTTCT
TCCTGCTTAAATACCGTCGCTACCTTCTCATATACAGGAGCGAGGGACTTGCAGTGCCCG
CACCATGGGGCATAAAACTCGACGAGGACATCTTTGTTCTGATCCAGTACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D251JQ U 1
AF RR3DP63JQ U 1
AF RR3D910JQ U 55
AF RR3DP63TF C 105
AF RR3D251TF C 139
BS 1 584 RR3D251JQ
BS 585 757 RR3DP63JQ
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BS 759 824 RR3DP63JQ
BS 825 831 RR3D251TF

RD RR3D251JQ 584 0 0
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ACAAAAACTAAATCGATAATGTATAGA***ACTAAACAGAAATAACAACAGACATAAAAA
AGTCCACAAAACACCGACTCTACAAACCGTATCAGTTTATATATAGA**GTCTGTCGACT
TCTATACACTCTCAGGGCTTTGCCTTTTAAGCTGAAGCAACGAACGAGCTCAAGATATTT
CTCTTGAGAGTTAATTCATCAGCTTTCACCGGACTTATCGACTTGCCAAGGACGCGTCCA
AGCCGCTCGACTTCTTTTGTAGCATAGCCTGAACCTTTTTCTATATAGCTCTTTGCGAGT
TTCGAGTAAAGCTTCCCATACCTTGTTGTGGACCCCTTGAGGTTACTAGCTTCCTCTTCG
ATGCGAGACAAGATTGCCTTTT*CTCATCTTCACTGGCTGCAACTAGCTCCTTTACCAAC
GCATCTAAGCTTTCAACTATACCAGCCTTTGAAGTAAGCTGCCCTTGACTGTCTCTGCTG
GTCCCAACTTT*TCATTAATGAAGCTTACAAAGTCATCTAAGTC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3DP63JQ 827 0 0
GCTGTCATTCATCTAGTAGAGATATTCTTATTTCTTTCTTTGGTACGTGAAAAGCATGAA
ACAAAAACTAAATCGATAATGTATAGA***ACTAAACAGAAATAACAACAGACATAAAAA
AGTCCACAAAACACCGACTCTACAAACCGTATCAGTTTATATATAGA**GTCTGTCGACT
TCTATACACTCTCAGGGCTTTGCCTTTTAAGCTGAAGCAACGAACGAGCTCAAGATATTT
CTCTTGAGAGTTAATTCATCAGCTTTCACCGGACTTATCGACTTGCCAAGGACGCGTCCA
AGCCGCTCGACTTCTTTTGTAGCATAGCCTGAACCTTTTTCTATATAGCTCTTTGCGAGT
TTCGAGTAAAGCTTCCCATACCTTGTTGTGGACCCCTTGAGGTTACTAGCTTCCTCTTCG
ATGCGAGACAAGATTGCCTTTT*CTCATCTTCACTGGCTGCAACTAGCTCCTTTACCAAC
GCATCTAAGCTTTCAACTATACCAGCCTTTGAAGTAAGCTGCCCTTGACTGTCTCTGCTG
GTCCCAACTTT*TCATTAATGAAGCTTACAAAGTCATCTAAGTCTCTTCCACCCTCATAG
TCTTGACCGGCTTTGTTGTCTTTTGGGAAGAACTTTAGTGTTGGGAATCCACTTACTCCA
TACTTCTCGCCGAGGCTTTTGTGTGCATCAGCATCCAAGTTGGCAATTACTACACCTTCT
TCCTGCTTAAATACCGTCGCTACCTTCTCATATACAG*AGCGAGGGACTTGCAGTGCCCG
CACCATGGGGCATAAAACTCGACGAGGACATCTTTGTTCTGATC
AGT

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR3D910JQ 757 0 0
CGTG
AAACAAAAACTAAATCGATAATGTATAGAAGAACTAAACAGAAATAACAACAGACATAAA
AAAGTCCACAAAACACCGACTCTACAAACTGTATCAGTTTATATATAGAGAGTCTGTCGA
CTCCTATACACTCTCAGGGCTTTGCCTTTTAAGCTGAAGCAACGAACGAGCTCAAGATAT
TTCTCTTGAGAGTTAATTCATCAGCTTTCACCGGACTTATCGACTTGCCAAGGACGCGTC
CAAGCCACTCGACTTCTTTTGTAGCATAGCCTGAACCTTTTTCTATATAGCTCTTTGCGA
GTTTCGAGTAAAGCTTCCCATACCTTGTTGTGGACCCCTTAAGGTTACTAGCTCCCTCTT
CGATGCGAGACAAGATTGACTTTTTCTCATCTTCACTGGCTGCAACTAGCTCCTTTACCA
ACGCATCTAAGCTTTCAACTATACCAGCCTTTGAAGTAAGCTGCCCTTGACTGTCTCTGC
TGGTCCCAACTTTCTCATTAATGAAGCTTACAAAGTCATCTAAGTCTCTTCCACCCTCAT
AGTCTTGACCGGCTTTGTTGTCTTTTGGGAAGAACTTTAGTGTTGGGAATCCACTTACTC
CATACTTCTCGCCGAGGCTTTTGTGTGCATCAGCATCCAAGTTGGCAATTACTACACCTT
CTTCCTGCTTAAACACCGTCGCTACCTTCTCATACACAGGAGCGAGGGACTTGCAGTGGC
CGCACCATGGGGCATAAAACTCGACGAGGACAT

QA 5 757 5 757
DS 

RD RR3DP63TF 727 0 0
ACAACAGACATAAAAA*GTCCACAAAACAC*GACTCTACAAACCGTATCAGTTTATATAT
AGA**GTCTGTCGACTTCTATACACTCTCAGGGCTTTGCCTTTTAAGCTGAAGCAACGAA
CGAGCTCAAGATATTTCTCTTGAGAGTTAATTCATCAGCTTTCACCGGACTTATCGACTT
GCCAAGGACGCGTCCAAGCCGCTCGACTTCTTTTGTAGCATAGCCTGAACCTTTTTCTAT
ATAGCTCTTTGCGAGTTTCGAGTAAAGCTTCCCATACCTTGTTGTGGACCCCTTGAGGTT
ACTAGCTTCCTCTTCGATGCGAGACAAGATTGCCTTTT*CTCATCTTCACTGGCTGCAAC
TAGCTCCTTTACCAACGCATCTAAGCTTTCAACTATACCAGCCTTTGAAGTAAGCTGCCC
TTGACTGTCTCTGCTGGTCCCAACTTT*TCATTAATGAAGCTTACAAAGTCATCTAAGTC
TCTTCCACCCTCATAGTCTTGACCGGCTTTGTTGTCTTTTGGGAAGAACTTTAGTGTTGG
GAATCCACTTACTCCATACTTCTCGCCGAGGCTTTTGTGTGCATCAGCATCCAAGTTGGC
AATTACTACACCTTCTTCCTGCTTAAATACCGTCGCTACCTTCTCATATACAGGAGCGAG
GGACTTGCAGTGCCCGCACCATGGGGCATAAAACTCGACGAGGACATCTTTGTTCTGATC
CAGTACC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3D251TF 693 0 0
TCTACAAACTGTATCAGTTTATATATAGA**GTCTGTCGACTTCTATACACTCTCAGGGC
TTTGCCTTTTAAGCTGAAGCAACGAACGAGCTCAAGATATTTCTCTTGAGAGTTAATTCA
TCAGCTTTCACCGGACTTATCGACTTGCCAAGGACGCGTCCAAGCCGCTCGACTTCTTTT
GTAGCATAGCCTGAACCTTTTTCTATATAGCTCTTTGCGAGTTTCGAGTAAAGCTTCCCA
TACCTTGTTGTGGACCCCTTGAGGTTACTAGCTTCCTCTTCGATGCGAGACAAGATTGCC
TTTT*CTCATCTTCACTGGCTGCAACTAGCTCCTTTACCAACGCATCTAAGCTTTCAACT
ATACCAGCCTTTGAAGTAAGCTGCCCTTGACTGTCTCTGCTGGTCCCAACTTT*TCATTA
ATGAAGCTTACAAAGTCATCTAAGTCTCTTCCACCCTCATAGTCTTGACCGGCTTTGTTG
TCTTTTGGGAAGAACTTTAGTGTTGGGAATCCACTTACTCCATACTTCTCGCCGAGGCTT
TTGTGTGCATCAGCATCCAAGTTGGCAATTACTACACCTTCTTCCTGCTTAAATACCGTC
GCTACCTTCTCATATACAGGAGCGAGGGACTTGCAGTGCCCGCACCATGGGGCATAAAAC
TCGACGAGGACATCTTTGTTCTGATCCAGTACC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 8

CO CL645Contig1 1626 8 26 U
GGAAAGGCATTGACGACGAAAAAAAAGCCTTCTTCGATCTACACTTCTCTTCTCTTCTCT
TGTCTCTCTCTCTCTCTCCCATCTAACCTCTCGCAGACAAGGTTGGTAATGGCAGAATCA
TCCAAAGTCATTCATGTTCGTAATGTTGGACATGAGATTTCTGAAAATGATTTGCTTCAG
CTTTTCCAACCGTTTGGTGTCATAACTAAGCTCGTGATGCTCAGGGCAAAGAATCAGGCT
CTTCTCCAGATGCAAGATGTTTCTTCAGCAATCACTGCTCTTCAGTTCTTCACTACTGTC
CAACCAACCATAAGAGGAAGGAATGTGTATATCCAATTCTCGTCTCACCAAGAATTGACA
ACAGCCGAGCAGAATATTCATGGACGTGAAGATGAGCCGAACCGTATTCTCTTGGTCACA
GTCCATCACATGCTGTATCCAATCACCGTTGACGTCCTGCATCAAGTTTTTTCTCCCTAT
GGATTTGTGGAGAAGATCGTCACTTTCCAGAAGTCTGCTGGTTTTCAAGCTCTTATACAG
TATCAGGCACAACAGTGTGCTGCCTCTGCTAGAACTTCTCTACAGGGTCGTAACATATAT
GACGGGTGTTGTCAGTTGGATATCCAGTTCTCCAACCTTGAGGAGCTGCAAGTAAATTAC
AACAACGATCGATCTAGGGATTATACAAATCCAAACCTGCCATCAGAGCAAAAAGGCCGT
TTACCTCACCCTGGCTATGGTGATGCAGGAGTGGCCTATCCTCAGATGGCAAACACATCT
GCGATTGCAGCTGCCTTTGGCGGTGGCTTGCCTCCGGGTATAACTGGCACAAATGATAGG
TGTACAATCCTTGTCTCCAATCTTAATACAGATAGTGTTGATGAGGATAAGCTGTTCAAT
CTCTTTTCTCTTTACGGGAACATTGTGAGGATAAAGCTTCTTCGAAACAAACCTGACCAT
GCCCTTGTCCAAATGGGAGATGGTTTCCAAGCTGAACTTGCAGTTCATTTCCTCAAGGGA
GCGATGCTGTTTGGTAAGCGGCTAGAGGTGAACTACTCGAAGCATCCAAATATAACACCA
GGCACAGACTCGCATGATTATGTTAACTCGAACCTGAACCGCTTCAACCGCAATGCTGCA
AAGAACTACCGCTATTGCTGCTCCCCTACCAAGATGATTCACTTGTCCACTCTTCCGCAA
GACGTGACAGAGGAAGAAGTGGTGAACCACGTCCAAGAGCATGGGGCCATACTGAACACA
AAAGTGTTTGAGATGAACGGGAAAAAGCAAGCTCTGGTGCAGTTTGAGAACGAGGAGGAA
GCTGCGGAAGCACTGGTTTGCAAGCATGCGACCTCTCTAGGAGGTTCAATTATCAGAATC
TCCTTCTCTCAGCTGCAGACAATTTAAAGTCGACAAAGGCCTCTCTCTCTTTTCTCTCTC
TCTCTCTCACCTCTAATGACATTTGGGTATGGTGAGGATGATGAATGTGTGTTTGTTTAA
CTCAAATATCTCTGCTACTTGTTTGGACTTTTCTACACTCTTTTTTAAACTTGGTCCCTT
GGTTTAAATTTGTTTGTGCTGATTTAATGGTAATAAACATTTAATGGTTATCTTTATGAT
TAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 0 10 10 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ70TF U 1
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GTCCATCACATGCTGTATCCAATCACCGTTGACGTCCTGCATCAAGTTTTTTCTCCCTAT
GGATTTGTGGAGAAGATCGTCACTTTCCAGAAGTCTGCTGGTTTTCAAGCTCTTATACAG
TATCAGGCACAACAGTGTGCTGCCTCTGCTAGAACTTCTCTACAGGGTCGTAACATATAT
GACGGGTGTTGTCAGTTGGATATCCAGTTCTCCAACCTTGAGGAGCTGCAAGTAAATTAC
AACAACGATCGATCTAGGGATTATACAAATCCAAACCTGCCATCAGAGCAAAAA

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G
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AGATTTCTGAAAATGATTTGCTTCAGCTTTTCCAACCGTTTGGTGTCATAACTAAGCTCG
TGATGCTCAGGGCAAAGAATCAGGCTCTTCTCCAGATGCAAGATGTTTCTTCAGCAATCA
CTGCTCTTCAGTTCTTCACTACTGTCCAGCCAACCATAAGAGGAAGGAATGTGTATATCC
AATTCTCGTCTCACCAAGAATTGACAACAGCCGAGCAGAATATTCATGGACGTGAAGATG
AGCCGAACCGTATTCTCTTGGTCACAGTCCATCACATGCTGTATCCAATCACCGTTGACG
TCCTGCATCAAGTTTTTTCTCCCTATGGATTTGTGGAGAAGATCGTCACTTTCCAGAAGT
CTGCTGGTTTTCAAGCTCTTATACAGTATCAGGCACAACAGTGTGCTGCCTCTGCTAGAA
CTTCTCTACAGGGTCGTAACATTTATGACGGGTGTTGTCAGTTGGATATCCAGTTCTCCA
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ACCTGCCATCAGAGCAAAAAGGCCGTTTACCTCACCCTGGCTATGGTGATGCAGGAGTGG
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CGGGTATAACTGGCACAAATGA

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GTCTCCAATCTTAATACAGATAGTGTTGATGAGGATAAGCTGTTCAATCTCTTTTCTCTT
TACGGGAACATTGTGAGGATAAAGCTTCTTCGAAACAAACCTGACCATGCCCTTGTCCAA
ATGGGAGATGGTTTCCAAGCTGAACTTGCAGTTCATTTCCTCAAGGGAGCGATGCTGTTT
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GAGGAAGTGGTGAACCACGTCCAAGAGCATGGGGCGATACTGAACACCAAAGTGTTTGAG
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CTGGTTTGCAAGCATGCGACGTCTCTAGGAGGTTCAATTATCAGAATCTCCTTCTCTCAG
CTGCAGACAATTTAAAGTCGACAA
G

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G
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CATTTCCTCAAGGGAGCGATGCTGTTTGGTAAGCGGCTAGAGGTGAACTACTCGAAGCAT
CCAAATATAACACCAGGCACAGACTCGCATGATTATGTTAACTCGAACCTGAACCGCTTC
AACCGCAATGCTGCAAAGAACTACCGCTATTGCTGCTCCCCTACCAAGATGATTCACTTG
TCCACTCTTCCGCAAGACGTGACAGAGGAAGAAGTGGTGAACCACGTCCAAGAGCATGGG
GCCATACTGAACACAAAAGT*TTTGAGATGAACAGGAAAAAGCAAGCTCTGGTGCAGTTT
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DS 

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GCTTCTTCGAAACAAACCTGACCATGCCCTTGTCCAAATGGGAGATGGTTTCCAAGCTGA
ACTTGCAGTTCATTTCCTCAAGGGAGCGATGCTGTTTGGTAAGCGGCTAGAGGTGAACTA
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AGAGCATGGGGCCATACTGAACACAAAAGTGTTTGAGATGAACGGGAAAAAGCAAGCTCT
GGTGCAGTTTGAGAACGAGGAGGAAGCTGCGGAAGCACTGGTTTGCAAGCATGCGACCTC
TCTAGGAGGTTCAATTATCAGAATCTCCTTCTTTCAGCTGCAGACAATTTAAAGTCGACA
AAGGCCTCTCTCTCTTTTCTCTCTCTCTCTCTCACCTCTAATGACATTTGGGTATGGTGA
GGATGATGAATGTGTGTTTGTTTAACTCAAATATTTCTGCTACTTGTTTGGACTTTTCTA
CACTCTTTTTTAAACTTGGTCCCTTGGTTTAAATTTGTTTGTGTTGATTTAATGGTAATA
AACATTT
AATATC

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TGCAGTTCATTTCCTCAAGGGAGCGATGCTGTTTGGTAAGCGGCTAGAGGTGAACTACTC
GAAGCATCCAAATATAACACCAGGCACAGACTCGCATGATTATGTTAACTCGAACCTGAA
CCGCTTCAACCGCAATGCTGCAAAGAACTACCGCTATTGCTGCTCCCCTACCAAGATGAT
TCACTTGTCCACTCTTCCGCAAGACGTGACAGAGGAAGAAGTGGTGAACCACGTCCAAGA
GCATGGGGCCATACTGAACACAAAAGT*TTTGAGATGAACAGGAAAAAGCAAGCTCTGGT
GCAGTTTGAGAACGAGGAGGAAGCTGCGGAAGCACTGGTTTGCAAGCATGCGACCTCTCT
AGGAGGTTCAATTATCAGAATCTCCTTCTTTCAGCTGCAGACAATTTAAAGTCGACAAAG
GCCTCTCTCTCTTTTCTCTCTCTCTCTCTCACCTCTAATGACATTTGGGTATGGTGAGGA
TGATGAATGTGTGTTTGTTTAACTCAAATATCTTTGCTACTTGTTTGGACTTTTCTACAC
TCTTTTTTAAACTTGGTCCCTTGGTTTAAATTTGTTTGTGCTGATTTAATGGTAATAAAC
ATTT

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DS 

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GAGGATAAAGCTTCTTCGAAACAAACCTGACCATGCCCTTGTCCAAATGGGAGATGGTTT
CCAAGCTGAACTTGCAGTTCATTTCCTCAAGGGAGCGATGCTGTTTGGTAAGCGGCTAGA
GGTGAACTACTCGAAGCATCCAAATATAACACCAGGCACAGACTCGCATGATTATGTTAA
CTCGAACCTGAACCGGTTCAACCGCAATGCTGCAAAGAACTACCGCTATTGCTGCTCCCC
TACCAAGATGATTCACTTGTCCACTCTTCCGCAAGACGTGACAGAGGAGGAAGTGGTGAA
CCACGTCCAAGAGCATGGGGCGATACTGAACACCAAAGTGTTTGAGATGAACGGGAAAAA
GCAAGCTCTGGTGCAGTTTGAGAACGAGGAGGAAGCTGCGGAAGCACTGGTTTGCAAGCA
TGCGACGTCTCTAGGAGGTTCAATTATCAGAATCTCCTTCTCTCAGCTGCAGACAATTTA
AAGTCGACAAAGGCCTCTCTCTCTCTTTTCTCTCTCTCTCTCACCTCTAATGACATTTGG
GTATGGTGAGGATGATGAATGTGTGTTTGTTTAACTCAAATATCTCTGCTACTTGTTTGG
ACTTTTCTACACTCTTTTTTAAACTTGGTCCTTTGGTTT

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DS 

RD RR3EQ70JQ 658 0 0
CCAG
ATGGGAGATGGTTTCCAAGCTGAACTTGCAGTTCATTTCCTCAAGGGAGCGATGCTGTTT
GGTAAGCGGCTAGAGGTAAACTACTCGAAGCATCCAAATATAACACCAGGCACAGACTCG
CATGATTATGTTAACTCGAACCTGAACCGGTTCAACCGCAATGCCGCAAAGAACTACCGC
TACTGCTGCTCCCCTACCAAGATGATTCACTTGTCCACTCTTCCGCAAGACGTGACAGAG
GAAGAAGTGGTGAACCACGTCCAAGAGCATGGGGCCATACTGAACACCAAAGTGTTTGAG
ATGAACGGGAAAAAGCAAGCTCTGGTGCAGTTTGAGAACGAGGAGGAAGCTGCGGAAGCA
CTGGTTTGCAAGCATGCGACGTCTCTAGGAGGTTCAATTATCAGAATCTCCTTCTTTCAG
CTGCAGACAATTTAAAGTCGACAAAGGCCTCTCTCTCTTTT****CTCTCTCTCTCACCT
CTAATAACATTTGGGTATGGTGAGGATGATGAATGTGTGTTTGTTTAACTCAAATATTTC
TGCTACTTGTTTGGACTTTTCTACACTCTTTTTTAAACTTGGTCCCTTGGTTTAAATTTG
TTTGTGCTGATTTAATGGTAATAAACATTTAATGGTTATCTTTATGATTAAAGC

QA 5 658 5 658
DS 



AS 1 8

CO CL646Contig1 1162 8 16 U
GGATTTCAAAACAAAACCCCATACAACATGGATCATAAGACAAACACGACACTGCTTTTC
TATTTCTTGTTTTTCATCACGTACCTCATCACCATCGCTTCAACGAAAGATCTATGTAAC
AAAAACGACAAAAACACCCTCCTCAAGATCAAGAAGTCCCTAAACAACCCTTACCACCTC
GCCTCGTGGGACCCAAAAAGCGACTGCTGCTCCTGGTACTCCCTCGAGTGCGGCGACGCC
ACCGTTAACCACCGCGTCATTTCCCTAACCATATTCGCCGGTCAGATATCCGGTCAGATC
CCGCCTGAAGTCGGAGACTTACCGTATCTTCAGAATCTTATGTTCCACAAGATCACTAAC
ATCACCGGTCAGATCCCATCCACCATCACCAAGCTTAAGTATCTCCGTTCTCTCAGGCTT
AGCTGGCTGAACCTCACCGGCCCGGTTCCTGAGTTTCTGAGTCAGCTCATGAACCTCGAC
AACTTAGACCTTTCCTTCAATCAGCTCTCTGGTTCCTTACCTAGCTCTCTCTCCTCGTTA
CCTAAACTTTCGTACGTTGATCTTAGTAGGAATAAGCTTACAGGTACAATACCAGAGTCA
TTTGGATCGTTTCGAGCAGAACCTCCTTACCTTCTCTTATCACACAACCAGCTCTCCGGT
TCTATACCCAAATCACTAGGCAACATTGATTTTAACCACATAGATTTCTCAAGGAATAAG
CTCACAGGCGATGCTTCGATGTTGTTTGGAGCCAAAAAAACGACGTTTTCCATTGACTTA
TCAAGAAACATGTTCCAGTTCGATCTGTCCAGAGTTGAGCTCCATGAGTCATTTGCTGTC
TTGGACTTGAACCACAATAAAATCACTGGGAGTATTCCGGTTCAGTGGACTGAAAATTCT
CTCCAAATCTTAAACGTTAGCTATAACAGACTGTGTGGACGCATCCCCACTGGAGGAAGT
CTTCAGAGATTTGATTCTTATACGTATTTTCACAACAAGTGTTTGTGTGGTGCACCTCTT
GATAAGTGCAAGTGAAAAAAGCCAAGCTTTTATCTCTTGGTTTTCCCAAATAAATATGTA
ATGTCATCTGGATGGATTAAATAAAACATGTATCACAACTTGTATTCGATGAGTTCTTAT
AACATTTTTCAAAGTGGAGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D207TF U 1
AF RR3DF25TF U 6
AF RR3GK76TF U 157
AF RR3AK62TF U 5
AF RR3GK76JQ C 345
AF RR3D207JQ C 518
AF RR3AK62JQ C 453
AF RR3DF25JQ C 536
BS 1 12 RR3D207TF
BS 13 13 RR3AK62TF
BS 14 151 RR3D207TF
BS 152 152 RR3AK62TF
BS 153 193 RR3D207TF
BS 194 194 RR3AK62TF
BS 195 266 RR3D207TF
BS 267 267 RR3AK62TF
BS 268 477 RR3D207TF
BS 478 478 RR3AK62TF
BS 479 675 RR3D207TF
BS 676 841 RR3AK62TF
BS 842 1099 RR3GK76JQ
BS 1100 1100 RR3AK62JQ
BS 1101 1123 RR3GK76JQ
BS 1124 1162 RR3AK62JQ

RD RR3D207TF 675 0 0
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TATTTCTTGTTTTTCATCACGTACCTCATCACCATCGCTTCAACGAAAGATCTATGTAAC
AAAAACGACAAAAACACCCTCCTCAAGATCAGGAAGTCCCTAAACAACCCTTACCACCTC
GCCTCGTGGGACCTAAAAAGCGACTGCTGCTCCTGGTACTCCCTCGAGTGCGGCGACGCC
ACCGTTAACCACCGCGTCATTTCCCTGACCATATTCGCCGGTCAGATATCCGGTCAGATC
CCGCCTGAAGTCGGAGACTTACCGTATCTTCAGAATCTTATGTTCCACAAGATCACTAAC
ATCACCGGTCAGATCCCATCCACCATCACCAAGCTTAAGTATCTCCGTTCTCTCAGGCTT
AGCTGGCTGAACCTCACCGGCCCGGTTCCTGAGTTTCTGAGTCAGCTCATGAACCTCAAC
AACTTAGACCTTTCCTTCAATCAGCTCTCTGGTTCCTTACCTAGCTCTCTCTCCTCGTTA
CCTAAACTTTCGTACGTTGATCTTAGTAGGAATAAGCTTACAGGTACAATACCAGAGTCA
TTTGGATCGTTTCGAGCAGAACCTCCTTACCTTCTCTTATCACACAACCAGCTCTCCGGT
TCTATACCCAAATCA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3DF25TF 718 0 0
GG
AAAACAAAACCCCATACAACGTGGATCATAAGACAAACACGACACTGCTTTTCTATTTCT
TGTTTTTCATCACGTACCTCATCACCATCGCTTCAACGAAAGATCTATGTAACAAAAACG
ACAAAAACACCCTCCTCAAGATCAAGAAGTCCCTAAACAACCCTTACCACCTCGCCTCGT
GGGACCCAAAAAGCGACTGCTGCTCCTGGTACTCCCTCGAGTGCGGCGACGCCACCGTTA
ACCACCGCGTCATTTCCCTAACCATATTCGCCGGTCAGATATCCGGTCAGATCCCGCCGG
AAGTCGGAGACTTACCGTATCTTCAGAATCTTATGTTCCACAAGATCACTAACATCACCG
GTCAGATCCCATCCACCATCACCAAGCTTAAGTATCTCCGTTCTCTCAGGCTTAG*TGGC
TGAACCTCACCGGCCCGGTTCCTGAGTTTCTGAGTCAGCTCATGAACCTCGACAACTTAG
ACCTTTCCTTCAATCAGCTCTCTGGTTCCTTACCTAGCTCTCTCTCCTCGTTACCTAAAC
TTTCGTACGTTGATCTTAGTAGGAATAAGCTTACAGGTACAATACCAGAGTCATTTGGAT
CGTTTCGAGCAGAACCTCCTTACCTTCTCTTATCACACAACCAGCTCTCCGGTTCTATAC
CCAAATCACTAGGCAACATTGATTTTAACCACATAGATTTCTCAAGGAATAAGCTC

QA 3 718 3 718
DS 

RD RR3GK76TF 671 0 0
G
CCCTAAACAACCCTTACCACCTCGCCTCGTGGGACCCAAAAAGCGACTGCTGCTCCTGGT
ACTCCCTCGAGTGCGGCGACGCCACCGTTAACCACCGCGTCATTTCCCTAACCATATTCG
CCGGTCAGATATCCGGTCAGATCCCGCCTGAAGTCGGAGACTTACCGTATCTTCAGAATC
TTATGTTCCACAAGATCACTAACATCACCGGTCAGATCCCATCCACCATCACCAAGCTTA
AGTATCTCCGTTCTCTCAGGCTTAGCTGGCTGAACCTCACCGGCCCGGTTCCTGAGTTTC
TGAGTCAGCTCATGAACCTCGACAACTTAGACCTTTCCTTCAATCAGCTCTCTGGTTCCT
TACCTAGCTCTCTCTCCTCGTTACCTAAACTTTCGTACGTTGATCTTAGTAGGAATAAGC
TTACAGGTACAATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTCGAGCAGAACCTCCTTACCTTCTCT
TATCACACAACCAGCTCTCCGGTTCTATACCCAAATCACTAGGCAACATTGATTTTAACC
ACATAGATTTCTCAAGGAATAAGCTCACAGGCGATGCTTCGATGTTGTTTGGAGCCAAAA
AAACGACGTTTTCCATTGACTTATCAAGAAACATGTTCCAGTTCGATCTGTCCAGAGTTG
AGCTCCATGA

QA 2 671 2 671
DS 

RD RR3AK62TF 837 0 0
GGA
AAAACAAAACCCCATACAACATGGATCACAAGACAAACACGACACTGCTTTTCTATTTCT
TGTTTTTCATCACGTACCTCATCACCATCGCTTCAACGAAAGATCTATGTAACAAAAACG
ACAAAAACACCCTCCTCAAGATCAAGAAGTCCCTAAACAACCCTTACCACCTCGCCTCGT
GGGACCCAAAAAGCGACTGCTGCTCCTGGTACTCCCTCGAGTGCGGCGACGCCACCGTTA
ACCACCGCGTCATTTCCCTAACCATATTCGCCGGTCAGATATCCGGTCAGATCCCGCCTG
AAGTCGGAGACTTACCGTATCTTCAGAATCTTATGTTCCACAAGATCACTAACATCACCG
GTCAGATCCCATCCACCATCACCAAGCTTAAGTATCTCCGTTCTCTCAGGCTTAGCTGGC
TGAACCTCACCGGCCCGGTTCCTGAGTTTCTGAGTCAGCTCATGAACCTCGACAACTTAG
ACCTTTCCTTCAATCAGCTCTCTGGTTCCTTACCTAGCTCTCTCTCCTCGTTACCTAAAC
TTTCGTACGTTGATCTTAGTAGGAATAAGCTTACAGGTACAATACCAGAGTCATTTGGAT
CGTTTCGAGCAGAACCCCCTTACCTTCTCTTATCACACAACCAGCTCTCCGGTTCTATAC
CCAAATCACTAGGCAACATTGATTTTAACCACATAGATTTCTCAAGGAATAAGCTCACAG
GCGATGCTTCGATGTTGTTTGGAGCCAAAAAAACGACGTTTTCCATTGACTTATCAAGAA
ACATGTTCCAGTTCGATCTGTCCAGAGTTGAGCTCCATGAGTCATTTGCTGTCT

QA 4 837 4 837
DS 

RD RR3GK76JQ 779 0 0
CCACAAGATCACTAACATCACCGGTCAGATCCCATCCACCATCACCAAGCTTAAGTATCT
CCGTTCTCTCAGGCTTAGCTGGCTGAACCTCACCGGCCCGGTTCCTGAGTTTCTGAGTCA
GCTCATGAACCTCGACAACTTAGACCTTTCCTTCAATCAGCTCTCTGGTTCCTTACCTAG
CTCTCTCTCCTCGTTACCTAAACTTTCGTACGTTGATCTTAGTAGGAATAAGCTTACAGG
TACAATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTCGAGCAGAACCTCCTTACCTTCTCTTATCACA
CAACCAGCTCTCCGGTTCTATACCCAAATCACTAGGCAACATTGATTTTAACCACATAGA
TTTCTCAAGGAATAAGCTCACAGGCGATGCTTCGATGTTGTTTGGAGCCAAAAAAACGAC
GTTTTCCATTGACTTATCAAGAAACATGTTCCAGTTCGATCTGTCCAGAGTTGAGCTCCA
TGAGTCATTTGCTGTCTTGGACTTGAACCACAATAAAATCACTGGGAGTATTCCGGTTCA
GTGGACTGAAAATTCTCTCCAAATCTTAAACGTTAGCTATAACAGACTGTGTGGACGCAT
CCCCACTGGAGGAAGTCTTCAGAGATTTGATTCTTATACGTATTTTCACAACAAGTGTTT
GTGTGGTGCACCTCTTGATAAGTGCAAGTGAAAAAAGCCAAGCTTTTATCTCTTGGTTTT
CCCAAATAAATATGTAATGTCATCTGGATGGATTAGATAAAACATGTATCACAACTTGT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3D207JQ 610 0 0
TACCTAGCTCTCTCTCCTCGTTACCTAAACTTTCGTACGTTGATCTTAGTAGGAATAAGC
TTACAGGTACAATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTCGAGCAGAACCTCCTTACCTTCTCT
TATCACACAACCAGCTCTCCGGTTCTATACCCAAATCACTAGGCAACATTGATTTTAACC
ACATAGATTTCTCAAGGAATAAGCTCACAGGCGATGCTTCGATGTTGTTTGGAGCCAAAA
AAACGACGTTTTCCATTGACTTATCAAGAAACATGTTCCAGTTCGATCTGTCCAGAGTTG
AGCTCCGTGAGTCATTTGCTGTCTTGGACTTGAACCACAATAAAATCACTGGGAGTATTC
CGGTTCAGTGGACTGAAAATTCTCTCCAAATCTTAAACGTTAGCTATAACAGACTGTGTG
GACGCATCTCCACTGGAGGAAGTCTTCAGAGATTTGATTCTTATACGTATTTTCACAACA
AGTGTTTGTGTGGTGCACCTCTTGATAAGTGCAAGTGAAAAAAGCCAAGCTTTTATCTCT
TGGTTTTCCCAAATAAATATGTAATGTCATCTGGATGGATTAAATAAAACATGTATCACA
ACTTGT
ATCC

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3AK62JQ 710 0 0
GTTTCTGAGTCAGCTCATGAACCTCGACAACTTAGACCTTTCCTTCAATCAGCTCTCTGG
TTCCTTACCTAGCTCTCTCTCCTCGTTACCTAAACTTTCGTACGTTGATCTTAGTAGGAA
TAAGCTTACAGGTACAATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTCGAGCAGAACCCCCTTACCT
TCTCTTATCACACAACCAGCTCTCCGGTTCTATACCCAAATCACTAGGCAACATTGATTT
TAACCACATAGATTTCTCAAGGAATAAGCTCACAGGCGATGCTTCGATGTTGTTTGGAGC
CAAAAAAACGACGTTTTCCATTGACTTATCAAGAAACATGTTCCAGTTCGATCTGTCCAG
AGTTGAGCTCCATGAGTCATTTGCTGTCTTGGACTTGAACCACAATAAAATCACTGGGAG
TATTCCGGTTCAGTGGACTGAAAATTCTCTCCAAATCTTAAACGTTAGCTATAACAGACT
GTGTGGACGCATCCCCACTGGAGGAAGTCTTCAGAGATTTGATTTTTATACGTATTTTCA
CAACAAGTGTTTGTGTGGTGCACCTCTTGATAAGTGCAAGTGAAAAAAGCCAAGCTTTTA
TCTCTTGGTTTTCCCAAATAAATATGTAATGTCATCTGGATGGATTAAATAAAACATGTA
TCACAACTTGTATTCGATGAGTTCTTATAACATTTTTCAAAGTGGAGATG

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3DF25JQ 620 0 0
CGTTACCTAAACTTTCGTACGTTGATCTTAGTAGGAATAAGCTTACAGGTACAATACCAG
AGTCATTTGGATCGTTTCGAGCAGAACCTCCTTACCTTCTCTTATCACACAACCAGCTCT
CCGGTTCTATACCCAAATCACTAGGCAACATTGATTTTAACCACATAGATTTCTCAAGGA
ATAAGCTCACAGGCGATGCTTCGATGTTGTTTGGAGCCAAAAAAACGACGTTTTCCATTG
ACTTATCAAGAAACATGTTCCAGTTCGATCTGTCCAGAGTTGAGCTCCATGAGTCATTTG
CTGTCTTGGACTTGAACCACAATAAAATCACTGGGAGTATTCCGGTTCAGTGGACTGAAA
ATTCTCTCCAAATCTTAAACGTTAGCTATAACAGACTGTGTGGACGCATCCCCACTGGAG
GAAGTTTTCAGAGATTTGATTCTTATACGTATTTTCACAACAAGTGTTTGTGTGGTGCAC
CTCTTGATAAGTGCAAGTGAAAAAAGCCAAGCTTTTATCTCTCGGTTTTCCCAAATAAAT
ATGTAATGTCATCTGGATGGATTAAATAAAACATGTATCACAACTTGTATTCGATGAGTT
CTTATAACATTTTTCAAA
AA

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 7

CO CL647Contig1 1300 7 32 U
GGATTGCGCTTACCTTTGTTACTATTCTCCGAGAGATCTGAACTGAACAAACAAAATATG
GCGACCTCCTTCTTCCGCCGACTCGCTAGGTCAGC***TCCGATCGCACTCCCCGCCGCG
TTCAGATCCCAAAGCAAATCTGGTCTCGGCACTTTCCGATTCTCCGCCGGCGCGATCGCT
GCACTTTCCGGTGGACTCTCCTGTTACTACCTCTCTTCTGGAAACAATCTGGCTTATCTG
GATCAAGCTAAGGAAGAGACGGGACCCAAAACAGCTCTAAACCCTGATAAATGGCTCGAG
TTCAAGCTCCAAGACACTGCTACAGTTAGCCACAACACCAAGTTGTTCAGGTTCTCATTT
GACCCCTCAGCCAACTTGGGTCTTCATGTTGCTTCTTGTCTCCTGACAAGGGCTCCTTTG
GGCTATAATGCTGAAGGGAAAACGAAATATGTCGTTAGACCTTACACTCCTATCTCAGAC
CCAGAGGCTAAGGGCTATTTCGATTTACTGATTAAGGTATATCCAGATGGAAAAATGAGT
CAGCATTTTGCCAGCTTAAAACCGGGGGATGTGTTGGAAGTGAAAGGACCTATTGAAAAA
TTCAAATATTCGCCTAACATGAAGAAACATATTGGCATGATTGCTGGTGGAAGTGGGATT
ACTCCAATGCTTCA*GTGATTGATACCATTGTGAAGAATCCTGAGGACAACACGAAGATA
ACATTACTTTATGCCAATGTTTCTCCGGATGATATACTTCTCAAGCAAAAGCTGGATGCT
CTTCAGGCAAACCACCCAAATCTGAAGGTATTCTACACTGTTGACAATCCTACTAAAAAT
TGGAAAGGAGGAGTAGGTTACGTTTCAAAGGACATGGCTCTGAAAGGCTTACCTCTTCCT
GCTGACGATACACTTGTCCTCGTACGTGGTCCTCCTGGGATGATGGAACATGTATCCGGA
GGCAAAGCTCCAGACTGGTCACAAGGAGAGGTAAAGGGGATACTCAAAGAACTCGGATTC
ACAGAGCAAATGGTTTTCAAATTCTGAGAGGGCTTATGAATCGAAGTTCCTTAGTTTCTA
CTCTTGACGAGGTTTCATTTCATGTAATAAAGTGGCCCAAAGGCAAACATTAATTGATGC
ATGATGAGCTTGACACAGGACTTATCAAGCTTTGAAAATAAACAAAGCAAAAAGTTCAAT
TAGTCTTTTGTCTTTGGAGGGTTTTAGCTAGCGGGGACCTTTGCTATACTTGATTTTGAT
GATAAATTTCTATGCGATTGAGACTGCAAGATATTGAATA


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 5 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 5 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3BN60TF U 1
AF RR3HA43TF U 4
AF RR3GX01TF U 1
AF RR3C662TF U 1
AF RR3G679TF U 29
AF RR3G679JQ C 536
AF RR3GX01JQ C 583
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BS 99 155 RR3BN60TF
BS 156 156 RR3HA43TF
BS 157 213 RR3BN60TF
BS 214 214 RR3HA43TF
BS 215 218 RR3BN60TF
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BS 220 308 RR3BN60TF
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BS 448 692 RR3BN60TF
BS 693 705 RR3C662TF
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BS 710 710 RR3G679TF
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BS 764 764 RR3G679TF
BS 765 769 RR3C662TF
BS 770 770 RR3G679TF
BS 771 782 RR3C662TF
BS 783 783 RR3G679TF
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BS 1200 1300 RR3G679JQ

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GCACTTTCCGGTGGACTCTCCTGTTACTACCTCACTTCCGGAAACAATCTGGCTTATCTG
GATCAAGCTAAGGAAGAGACGGGACCCAAAACAGCTCTAAACCCTGATAAATGGCTCGAG
TTCAAGCTTCGAGACACTGCTACTGTTAGCCACAACACCAAGTTGTTCAGGTTCTCATTT
GACCCCTCAGCCAACTTGGGTCTTCATGTTGCTTCTTGTCTCCTGACAAGGGCTCCTTTA
GGCTATAATGCTGAAGGGAAAACGAAGTATGTCGTTAGACCTTACACTCCTATCTCAGAC
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CAGCATTTTGCCAGCTTAAAACCGGGGGATGTGTTGGAAGTGAAAGGACCTATTGAAAAA
TTCAAATATTCGCCTAACATGAAGAAACATATTGGCATGATTGCTGGTGGAAGTGGGATT
ACTCCAATGCTTCA*GTGATTGATACCATTGT

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DS 

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GG
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ATCCCAAAGCAAATCTGGTCTCGGCACTTTCCGATTCTCCGCCGGCGCGATCGCTGCACT
TTCCGGTGGACTCTCCTGTTACTACCTCTCTTCTGGCAACAATCTGGCTTATCTGGATCA
AGCTAAGGAAGAGACGGGACCCAAAACAGCTCTAAACCCTGATAAATGGCTCGAGTTCAA
GCTCCAAGACACTGCTACAGTTAGCCACAACACCAAGTTGTTCAGGTTCTCATTTGACCC
CTCAGCCAACTTGGGTCTTCATGTTGCTTCTTGTCTCCTGACAAGGGCTCCTTTGGGCTA
TAATGCTGAAGGGAAAACGAAATATGTCGTTAGACCTTACACTCCTATCTCAGACCCAGA
GGCTAAGGGCTATTTCGATTTACTGATTAAGGTATATCCAGATGGAAAAATGAGTCAGCA
TTTTGCCAGCTTAAAACCGGGGGATGTGTTGGAAGTGAAAGGACCTATTGAAAAATTCAA
ATATTCGCCTAACATGAAGAAACATATTGGCATGATTGCTGGTGGAAGTGGGATTACTCC
AATGCTTCA*GTGATTGATACCATTGTGAAGAATCC

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR3GX01TF 692 0 0
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CTCCTTCTTCCGCCGACTCGCTAGGTCAGC***TCCGATCGCACTCCCCGCCGCGTTCAG
ATCCCAAAGCAAATCTGGTCTCGGCACTTTCCGATTCTCCGCCGGCGCGATCGCTGCACT
TTCCGGTGGACTCTCCTGTTACTACCTCTCTTCTGGTAACAATCTGGCCTATCTGGATCA
AGCTAAGGAAGAGACGGGACCCAAAACAGCTCTAAACCCTGATAAATGGCTCGAGTTCAA
GCTCCAAGACACTGCTACAGTTAGCCACAACACCAAGTTGTTCAGGTTCTCATTTGACCC
CTCAGCCAACTTGGGTCTTCATGTTGCTTCTTGTCTCCTGGCAAGGGCTCCTTTGGGCTA
TAATGCTGAAGGGAAAACGAAATATGTCGTTAGACCTTACACTCCTATCTCAGACCCAGA
GGCTAAGGGCTATTTCGATTTACTGATTAAGGTATATCCAGATGGAAAAATGAGTCAGCA
TTTTGCCAGCTTAAAACCGGGGGATGTGTTGGAAGTGAAAGGACCTATTGAAAAATTCAA
ATATTCGCCTAACATGAAGAAACATATTGGCATGATTGCTGGTGGAAGTGGGATTACTCC
AATGCTTCA*GTGATTGATACCATTGT

QA 6 692 6 692
DS 

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GGATT
GCGCTTACCTTTGTTACTATTCTCCGAGAGATCTGAACTGAACAAACAAAATATGGCGAC
CTCCTTCTTCCGCCGACTCGCTAGGTCAGCAGCTCCGATCGCACTCCCCGCCGCGTTCAG
ATCCCAAAGCAAATCTGGTCTCGGCACTTTTCGATTCTCCGCCGGCGCGATCGCTGTACT
TTCCGGTGGACTCTCCTGTTACTACCTCACTTCCGGAAACAATCTGGCTTATCTGGATCA
AGCTAAGGAAGAGACGGGACCCAAAACAGCTCTAAACCCTGATAAATGGCTCGAGTTCAA
GCTTCAAGACACTGCTACTGTTAGCCACAACACCAAGTTGTTCAGGTCCTCATTTGACCC
CTCAGCCAACTTGGGTCTTCATGTTGCTTCTTGTCTCCTGACAAGGGCTCCTTTAGGCTA
TAATGCTGAAGGGAAAACGAAATATGTCGTTAGACCTTACACTCCTATCTCAGACCCAGA
GGCTAAGGGCTATTTCGATTTACTGATTAAGGTATATCCAGATGGAAAAATGAGTCAGCA
TTTTGCCAGCTTAAAACCGGGGGATGTGTTGGAAGTGAAAGGACCTATTGAAAAATTCAA
ATATTCGCCTAACATGAAGAAACATATTGGTATGATTGCTGGTGGAAGTTGGATTACTCC
AATGCTTCA*GTGATTGATACCATTGTGAAGAATCCTGAG*ACA*CACGAAGATAACATT
ACTTTATGCCAATGTTTCTCCGGATGATATACTTCTCA*GCAAA*GCTGGATGCTCT

QA 6 782 6 782
DS 

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GG
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TCAGC***TCCGATCTCACTCCCCGCCGCGTTCAGATCCCAAAGCAAATCTGGTCTCGGC
ACTTTCCGATTCTCCGCCGGCGCGATCGCTGCACTTTCCGGTGGACTCTCCTGTTACTAC
CTCTCTTCTGGCAACAATCTGGCTTATCTGGATCAAGCTAAGGAAGAGACGGGACCCAAA
ACAGCTCTAAACCCTGATAAATGGCTCGAGTTCAAGCTCCAAGACACTGCTACAGTTAGC
CACAACACCAAGTTGTTCAGGTTCTCATTTGACCCCTCAGCCAACTTGGGTCTTCATGTT
GCTTCTTGTCTCCTGACAAGGGCTCCTTTGGGCTATAATGCTGAAGGGAAAACGAAATAT
GTCGTTAGACCTTACACTCCTATCTCAGACCCAGAGGCTAAGGGCTATTTCGATTTACTG
ATTAAGGTATATCCAGATGGAAAAATGAGTCAGCATTTTGCCAACTTAAAACCGGGGGAT
GTGTTGGAAGTGAAAGGACCTATTGAAAAATTCAAATATTCGCCTAACATGAAGAAACAT
ATTGGTATGATTGCTGGTGGAAGTGGGATTACTCCAATGCTTCACGTGATTGATACCATT
GTAAAGAATCCTGAGGACAACACGAAGATAACATTACTTTATGCCAATGTTTCTCCGGAT
GATATACTTCTCAAGCAAAAGCTGGATGCTCTT

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR3G679JQ 765 0 0
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AAAAATTCAAATATTCGCCTAACATGAAGAAACATATTGGTATGATTGCTGGTGGAAGTG
GGATTACTCCAATGCTTCAGGTGATTGATACCATTGTAAAGAATCCTGAGGACAACACGA
AGATAACATTACTTTATGCCAATGTTTCTCCGGATGATATACTTCTCAAGCAAAAGCTGG
ATGCTCTTCAGGCAAACCACCCAAATCTGAAGGTATTCTACACTGTTGACAATCCTACTA
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TTCCTGCTGACGATACACTTGTCCTCGTACGTGGTCCTCCTGGGATGATGGAACATGTAT
CCGGAGGCAAAGCTCCAGACTGGTCACAAGGAGAGGTAAAGGGGATACTCAAAGAACTCG
GATTCACAGAGCAAATGGTTTTCAAATTCTGAGAGGGCTTATGAATCGAAGTTCCTTAGT
TTCTACTCTTGACGAGGTTTCATTTCATGTAATAAAGTGGCCCAAAGGCAAACATTAATT
GATGCATGATGAGCTTGACACAGGACTTATCAAGCTTTGAAAATAAACAAAGCAAAAAGT
TCAGTTAGTCTTTTGTCTTTGGAGGGTTTTAGCTAGCGGGGACCTTTGCTATACTTGATT
TTGATGATAAATTTCTATGCGATTGAGACTGCAAGATATTGAATA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3GX01JQ 718 0 0
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GAGGACAACACGAAGATAACATTACTTTATGCCAATGTTTCCCCGGATGATATACTTCTC
AAGCAAAAGCTGGATGCTCTTCAGGCAAACCACCCAAATCTGAAGGTATTCTACACTGTT
GACAATCCTACTAAAAATTGGAAAGGAGGAGTAGGTTACGTTTCAAAGGACATGGCTCTG
AAAGGCTTACCTCTTCCTGCTGACGATACACTTGTCCTCGTATGTGGTCCTCCTGGGATG
ATGGAACATGTATCCGGAGGCAAAGCTCCAGACTGGTCACAAGGAGAGGTAAAGGGGATA
CTCAAAGAACTCGGATTCACAGAGCAAATGGTTTTCAAATTCTGAGAGGGCTTATGAATC
GAAGTTCCTTAGTTTCTACTCTTGACGAGGTTTCATTTCATGTAATAAAGTGGCCCAAAG
GCAAACATTAATTGATGCATGATGAGCTTGACACAGGACTTATCAAGCTTTGAAAATAAA
CAAAGCAAAAAGTTCAATTAGTCTTTTGTCTTTGGAGGGTTTTAGCTAGCGGGGACCTTT
GCTATACTTGATTTTGATGATAAATTTCTATGCGATTGAGACTGCAAGATATTGAATA

QA 1 718 1 718
DS 



AS 2 8

CO CL648Contig1 569 2 2 U
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TGATCATATGCGGAGGAGAGAACATAAGCAGCGCGGAGGTTGAGACTGTTCTGTACACTA
ACCCGGTGGTGAAGGAAGCCGCGGTGGTGGCTAAACCGGATAAGATGTGGGGAGAGACAC
CGTGTGCTTTTGTGAGCTTGAAGTATGGTAATAATGGTGGTGATGGGTCGGTGACTGAGA
GGGAGATAAGGGAGTTCTGTAAGACCAAGTTACCTAAGTATATGGTTCCGAGGAAAGTGA
TCTTTCAGGAGGAGCTTCCAAAGACATCTACTGGAAAAATACAGAAGTTTCTTCTCAGAC
AAATGGCTAAGTCGTTGCCTTGATTGATGATCTGGTTTGAGTTATTGAGAATATGAAGAA
ACTATGAGACGTAAAAAATAAAGAGTATCTATCGTTTGTGATGTATTAATGAATATCCTT
GAGAGGGGATTAGTTTCTAAGTTTGATGTAACATATGCTTGCTTTTTATTGTAATGAGAT
TTGCTAAGAAAGAGTGACTTTACAAGTTG


BQ
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AF RR3D719JQ C 1
AF RR3D719TF U 1
BS 1 567 RR3D719TF
BS 568 569 RR3D719JQ

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TTGCTAAGAAAGAGTGACTTTACAAGTTG

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3D719TF 569 0 0
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TGATCATATGCGGAGGAGAGAACATAAGCAGCGCGGAGGTTGAGACTGTTCTGTACACTA
ACCCGGTGGTGAAGGAAGCCGCGGTGGTGGCTAAACCGGATAAGATGTGGGGAGAGACAC
CGTGTGCTTTTGTGAGCTTGAAGTATGGTAATAATGGTGGTGATGGGTCGGTGACTGAGA
GGGAGATAAGGGAGTTCTGTAAGACCAAGTTACCTAAGTATATGGTTCCGAGGAAAGTGA
TCTTTCAGGAGGAGCTTCCAAAGACATCTACTGGAAAAATACAGAAGTTTCTTCTCAGAC
AAATGGCTAAGTCGTTGCCTTGATTGATGATCTGGTTTGAGTTATTGAGAATATGAAGAA
ACTATGAGACGTAAAAAATAAAGAGTATCTATCGTTTGTGATGTATTAATGAATATCCTT
GAGAGGGGATTAGTTTCTAAGTTTGATGTAACATATGCTTGCTTTTTATTGTAATGAGAT
TTGCTAAGAAAGAGTGACTTTACAAGT
TG

QA 1 567 1 567
DS 



CO CL648Contig2 1262 6 17 U
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GCTCACTGTTAGCTCCATGCTTGACTGGTCCTTTCCAAACCGTCCGGTTTACCTCCGGAC
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TGTGTTAAAAGGAGGATCGGTTATGCTCGGTTACTACAAAGACCCTGAAGGAACCGCGGC
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CAGCGCGGAGGTTGAGACTGTTCTGTACACTAACCCGGTGGTGAAGGAAGCTGCGGTGGT
GGCTAAACCGGATAAGATGTGGGGAGAGACACCGTGTGCTTTTGTGAGCTTGAAGTATGG
TAATAATGGTGGTGACGGGTCGGTGACTGAGAGGGAGATAAGGGAGTTCTGTAAGACCAA
GTTACCTAAGTATATGGTTCCGAGGAAAGTGATTTTTCAGGAGGAGCTTCCAAAGACATC
TACTGGTAAAATTCAGAAGTTTCTTTTCAGACAGATGGCTAAGTCATTGCCTTGATTGAT
GATCTGGTTTGGGGTATTGAGAATATGAAGAAACTCTGAGAAGTAAAAAATAAAGAGTAT
CTGTCGTTTGTGATGTATTAATGTATATCCTTGAGAGGGGATTAGTTTCTAAGTTTGATG
TAACATATGCTTGAATTTATTGTAATGATGAGATTTGCTAAGAAAGAGTGAGTTTACAAG
TT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 10 

AF RR3FO48TF U 5
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BS 1047 1262 RR3A549JQ

RD RR3FO48TF 711 0 0
G
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CTGTTAGCTCCATGCTTGACTGGTCCTTTCCAAACCGTCCGGTTTACCTCCGGACCTTAC
CGATGTTCCATGCTAATGGCTGGGGTTACACGTGGGGCACCGCTGCCGTTGGAGCCACCA
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TGACTCACATGTGTGCTGCACCGATGGTTCTCAACATGCTCACTAACTACCCTTCCCGTA
AAACACTCAAGAGTCCGGTTCAGGTGATGACGGCTGGAGCCCCACCTCCCGCAGCCATCA
TCTCTCGAGCAGAGTCCCTCGGTTTCAACGTCGGTCATGACTATGGTTTAACCGAGACGG
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TAAAAGGAGGATCGGTTATGCTCGGTTACTACAAAGACCCTGAAAGAACCGCGGCGTGTA
TGAGAGAGGACGGATGGTTCTATACCGGAGATGTTGGGGTTATACATGAA

QA 2 711 2 711
DS 

RD RR3H841TF 734 0 0
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GCTCACTGTTAGCTCCATGCTTGACTGGTCCTTTCCAAACCGTCCGGTTTACCTCTGGAC
CTTACCGATGTTCCATGCTAATGGCTGGGGTTACACGTGGGGCACCGCTGCCGTTGGAGC
CACCAACGTTTGCACACGGAGAGTTGACGCGCCAACTATATATGACTTGATCGATAAGCA
TAACGTGACTCACATGTGTGCTGCACCGATGGTTCTCAACATGCTCACTAACTACCCTTC
CCGTAAAACACTCAAGAGTCCGGTTCAGGTGATGACGGCTGGAGCTCCACCTCCCGCAGC
CATCATCTCTCGAGCAGAGTCCCTCGGTTTCAACGTCGGTCATGGCTATGGTTTAACCGA
GACGGGAGGCCCTGTTATCTCATGTGCTTGGAAGCCTGAGTGGGATCGTCTTGATCCCTT
GGAGCGAGCTAGACTGAAGTCAAGACAAGGAGTAAGAACCGTTGGATTTGCTGAAGTCGA
CGTTAGGGACAAGAGAACAGGCGAAAGTGTAAAGCACGACGGAGTTTC*GTAGGAGAGAT
TGTGTTAAAAGGAGGATCGGTTATGCTCGGTTACTACAAAGACCCTGAAGGAACCGCGGC
GTGTATGAGAGAGGACGGATGGTTCTATACCGGAGATGTTGGGGT*ATACATGAAGACG*
TTACTTGGAGGT
AA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3A549TF 428 0 0
GG
AGGTGATGACGGCTGGAGCTCCACCTCCCGCAGCCATCATCTCTCGAGCAGAGTCCCTCG
GTTTCAACGTCGGTCATGGCTATGGTTTAACCGAGACGGGAGGCCCTGTTATCTCATGTG
CTTGGAAGCCTGAGTGGGATCGTCTTGATCCCTTGGAGCGAGCTAGACTGAAGTCAAGAC
AAGGAGTAAGAACCGTTGGATTTGCTGAAGTCGACGTTAGGGACAAGAGAACAGGCGAAA
GTGTAAAGCACGACGGAGTTTCAGTAGGAGAGATTGTGTTAAAAGGAGGATCGGTTATGC
TCGGTTACTACAAAGACCCTGAAGGAACCGCGGCGTGTATGAGAGAGGACGGATGGTTCT
ATACCGGAGATGTTGGGGTTATACATGAAGACGGTTACTTGGAGGTTAAGGACAGGTCCC
AAGATG

QA 3 428 3 428
DS 

RD RR3FO48JQ 713 0 0
TTTGCTGAAGTCGACGTTAGGGACAAGAGAACAGGCGAAAGTGTAAAGCACGACGGAGTT
TCAGTAGGAGAGATTGTGTTAAAAGGAGGATCGGTTATGCTCGGTTACTACAAAGACCCT
GAAGGAACCGCGGCGTGTATGAGAGAGGACGGATGGTTCTATACCGGAGATGTTGGGGTT
ATACATGAAGACGGTTACTTGGAGGTTAGGGACAGGTCCAAAGATGTGATCATATGCGGA
GGAGAGAACATAAGCAGCGCGGAGGTTGAGACTGTTCTGTACACTAACCCGGTGGTGAAG
GAAGCTGCGGTGGTGGCTAAACCGGATAAGATGTGGGGAGAGACACCGTGTGCTTTTGTG
AGCTTGAAGTATGGTAATAATGGTGGTGACGGGTCGGTGACTGAGAGGGAGATAAGGGAG
TTCTGTAAGACCAAGTTACCTAAGTATATGGTTCCGAGGAAAGTGATTTTTCAGGAGGAG
CTTCCAAAGACATCTACTGGTAAAATTCAGAAGTTTCTTTTCAGACAGATGGCTAAGTCA
TTGCCTTGATTGATGATCTGGTTTGGGGTATCGAGAATATGAAGAAACTCTGAGAAGTAA
AAAATAAAGAGTATCTGTCGTTTGTGATGTATTAATGTATATCCTTGAGAGGGGATTAGT
TTCTAAGTTTGATGTAACATATGCTTGAATTTATTGTAATGATGAGATTTGCT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3A549JQ 803 0 0
GTGGGATCGTCTTGATCCCTTGGAGCGAGCTAGACTGAAGTCAAGACAAGGAGTAAGAAC
CGTTGGATTTGCTGAAGTCGACGTTAGGGACAAGAGAACAGGCGAAAGTGTAAAGCACGA
CGGAGTTTCAGTAGGAGAGATTGTGTTAAAAGGAGGATCGGTTATGCTCGGTTACTACAA
AGACCCTGAAGGAACCGCGGCGTGTATGAGAGAGGACGGATGGTTCTATACCGGAGATGT
TGGGGTTATACATGAAGACGGTTACTTGGAGGTTAAGGACAGGTCCAAAGATGTGATCAT
ATGCGGAGGAGAGAACATAAGCAGCGCGGAGGTTGAGACTGTTCTGTACACTAACCCGGT
GGTGAAGGAAGCTGCGGTGGTGGCTAAACCGGATAAGATGTGGGGAGAGACACCGTGTGC
TTTTGTGAGCTTGAAGTATGGTAATAATGGTGGTGACGGGTCGGTGACTGAGAGGGAGAT
AAGGGAGTTCTGTAAGACCAAGTCACCTAAGTATATGGTTCCGAGGAAAGTGATTTTTCA
GGAGGAGCTTCCAAAGACATCTACTGGTAAAATTCAGAAGTTTCTTCTCAGACAGATGGC
TAAGTCATTGCCTTGATTGATGATCTGGTTTGGGGTATTGAGAATATGAAGAAACTCTGA
GAAGTAAAAAATAAAGAGTATCTGTCGTTTGTGATGTATTAATGTATATCCTTGAGAGGG
GATTAGTTTCTAAGTTTGATGTAACATATGCTTGAATTTATTGTAATGATGAGATTTGCT
AAGAAAGAGTGAGTTTACAAGTT

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3H841JQ 679 0 0
AGTTTC
GTAGGAGAGATTGTGTTAAAAGGAGGATCGGTTATGCTCGGTTACTACAAAGACCCTGAA
GGAACCGCGGCGTGTATGAGAGAGGACGGATGGTTCTATACCGGAGATGTTGGGGTTATA
CATGAAGACGGTTACTTGGAGGTTAAGGACAGGTCCAAAGATGTGATCATATGCGGAGGA
GAGAACATAAGCAGCGCGGAGGTTGAGACTGTTCTGTACACTAACCCGGTGGTGAAGGAG
GCTGCGGTGGTGGCTAAACCGGATAAGATGTGGGGAGAGACACCGTGTGCTTTTGTGAGC
TTGAAGTATGGTAATAATGGTGGTGACGGGTCGGTGACTGAGAGGGAGATAAGGGAGTTC
TGTAAGACCAAGCTACCTAAGTATATGGTTCCGAGGAAAGTGATTTTTCAGGAGGAGCTT
CCAAAGACATCTACTGGTAAAATTCAGAAGTTTCTTTTCAGACAGATGGCTAAGTCATTG
CCTTGATTGATGATCTGGTTTGGGGTATTGAGAATATGAAGAAACTCTGAGAAGTAAAAA
ATAAAGAGTATCTGTCGTTTGTGATGTATTAATGTATATCCTTGAGAGGGGATTAGTTTC
TAAGTTTGATGTAACATATGCTTGAATTTATTGTAATGATGAGATTTGCTAAGAAAGAGT
GAGTTTACAAGT
C

QA 7 678 7 678
DS 



AS 1 8

CO CL649Contig1 1122 8 18 U
GGGTCGCACCAGCTCCAAGTAGATTCGCTTCGTTGTCAGTTACAGTGTCGGCTCCAAGAA
AGTAGAAACCATTTAGATATCTAATCGTAGATCCACCGGAATCGTAGTATCAATGTCGAC
TCCCGAGACCGCCGGCAGAGGATCGATCACTCACGTGATCTTCGACATGGACGGTCTTCT
TCTCGACACGGAGAAGTTTTACACGGAGGTACAGGAGATCATACTTGCTAGATTCAACAA
GACTTTTGACTGGTCTCTCAAGGCTAAGATGATGGGAAGAAAAGCCATCGAAGCTGCCAG
GATCTTTGTTGACGAAAGCGGGATCAGCGATTCTCTTTCAGCTGAGGACTTTCTTGTCGA
GAGAGAGGCCATGCTTCAAGAACTCTTCCCTACTAGTGAGCTTATGCCAGGGGCTAGCAG
GCTCATCAAGCATCTCCATGCTAACAACATTCCAATTTGTATTGCTACCGGAACTCACAC
ACGTCACTTTGATTTAAAAACTCAAAGACACAAAGACTTGTTCTCACTGATGCATCACGT
AGTTCGCGGTGATGATCCTGAGGTGAAGCAAGGAAAGCCTGCCCCTGACGGCTTTCTCGC
TGCATCCAGGAGATTTAAGGATGGTCCTGTTGACCCACAAAGGGTTTTGGTATTTGAAGA
TGCTCCATCCGGAGTTCTTGCTGCCAAAAACGCTGGAATGAACGTGGTGATGGTGCCAGA
TCCTAGACTAGATATATCTCACCAAGACGTTGCAGATCAAATCATGACTTCTCTACTCGA
TTTCAAACCAGAGGAGTGGGGTTTGCCTCCATTTGAGGATTCAAACTAATCTTCTTGGAG
GTAATGATGAGAAGTCAGAATCATGAATCGGTGGGAGAGCGTGATTGTTTGTCTTTTTGT
TATATTTGTTTTTTTTGGCACTTACATGACAAGGCCATGAGGTTTTATGTCGTCAAGGGT
ATTATGATGTTTTGGCTATTAAAGCCAAGAAAACCAGAAACTAAGTTTGTGACGTGACAA
GAGACCAAACAAACATCTGCCTTGGCGTTTAAACAAAGAGATTGTACAAACTCTTCCTCC
CAAAGGTCCATACATTGGCTCATTTAGTTCTTTCTTGCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 15 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO76TF U 1
AF RR3CC40TF U 4
AF RR3ES91TF U 19
AF RR3AZ32TF U 36
AF RR3CC40JQ C 400
AF RR3FO76JQ C 339
AF RR3AZ32JQ C 399
AF RR3ES91JQ C 569
BS 1 360 RR3FO76TF
BS 361 361 RR3CC40TF
BS 362 613 RR3FO76TF
BS 614 689 RR3CC40TF
BS 690 690 RR3AZ32TF
BS 691 716 RR3CC40TF
BS 717 717 RR3ES91TF
BS 718 742 RR3CC40TF
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BS 744 750 RR3CC40TF
BS 751 751 RR3ES91TF
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BS 770 770 RR3AZ32TF
BS 771 779 RR3ES91TF
BS 780 782 RR3AZ32TF
BS 783 992 RR3FO76JQ
BS 993 993 RR3CC40JQ
BS 994 1122 RR3FO76JQ

RD RR3FO76TF 613 0 0
GGGTCGCACCAGCTCCAAGTAGATTCGCTTCGTTGTCAGTTACAGTGTCGGCTCCAAGAA
AGTAGAAACCATTTAGATATCTAATCGTAGATCCACCGGAATCGTAGTATCAATGTCGAC
TCCCGAGACCGCCGGCAGAGGATCGATCACTCACGTGATCTTCGACATGGACGGTCTTCT
TCTCGACACGGAGAAGTTTTACACGGAGGTACAGGAGATCATACTTGCTAGATTCAACAA
GACTTTTGACTGGTCTCTCAAGGCTAAGATGATGGGAAGAAAAGCCATCGAAGCTGCCAG
GATCTTTGTTGACGAAAGCGGGATCAGCGATTCTCTTTCAGCTGAGGACTTTCTTGTCGA
TAGAGAGGCCATGCTTCAAGAACTCTTCCCTACTAGTGAGCTTATGCCAGGGGCTAGCAG
GCTCATCAAGCATCTCCATGCTAACAACATTCCAATTTGTATTGCTACCGGAACTCACAC
ACGTCACTTTGATTTAAAAACTCAAAGACACAAAGACTTGTTCTCACTGATGCATCACGT
AGTTCGCGGTGATGATCCTGAGGTGAAGCAAGGAAAGCCTGCCCCTGACGGCTTTCTCGC
TGCATCCAGGAGA

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3CC40TF 766 0 0
GG
GCACCAGCTCCAAGTAGATTCGCTTCGTTGTCAGTTACAGTGTCGGCTCCAAGAAAGTAG
AAACCATTTAGATATCTAATCGTAGATCCACCGGAATCGTAGTGTCAATGTCGACTCCCG
AGACCGCCGGCAGAGGATCGATCACTCACGTGATCTTCGACATGGACGGTCTTCTTCTCG
ACACGGAGAAGTTTTACACGGAGGTACAGGAGATCATACTTGCTAGATTCAACAAGACTT
TTGACTGGTCTCTCAAGGCTAAGATGATGGGAAGAAAAGCCATCGAAGCTGCCAGGATCT
TTGTTGACGAAAGCGGGATCAGCGATTCTCTTTCAGCTGAGGACTTTCTTGTCGAGAGAG
AGGCCATGCTTCAAGAACTCTTCCCTACTAGTGAGCTTATGCCAGGGGCTAGCAGGCTCA
TCAAGCATCTCCATGCTAACAACATTCCAATTTGTATTGCTACCGGAACTCACACACGTC
ACTTTGATTTAAAAACTCAAAGACACAAAGACTTGTTCTCACTGATGCATCACGTAGTTC
GCGGTGATGATCCTGAGGTGAAGCAAGGAAAGCCTGCCCCTGACGGCTTTCTCGCTGCAT
CCAGGAGATTTAAGGATGGTCCTGTTGACCCACAAAGGGTTTTGGTATTTGAAGATGCTC
CATCCGGAGTTCTTGCTGCCAAAA*CGCTGGAATGAACGTGGTGATGGTGC*AGATCCTA
GACTAGATATATCTCAC*AAGACGT*GCAGATCAAATCATGACT

QA 3 766 3 766
DS 

RD RR3ES91TF 761 0 0
GG
AGATTCGCTTCGTTGTCAGTTACAGTGTCGGCTCCAAGAAAGTAGAAACCATTTAGATAT
CTAATCGTAGATCCACCGGAATCGTAGTATCAATGTCGACTCCCGAGACCGCCGGCAGAG
GATCGATCACTCACGTGATCTTCGACATGGACGGTCTTCTTCTCGACACGGAGAAGTTTT
ACACGGAGGTACAGGAGATCATACTTGCTAGATTCAACAAGACTTTTGACTGGTCTCTCA
AGGCTAAGATGATGGGAAGAAAAGCCATCGAAGCTGCCAGGATCTTTG***ACGAAAGCG
GGATCAGCGATTCTCTTTCAGCTGAGGACTTTCTTGTCGAGAGAGAGGCCATGCTTCAAG
AACTCTTCCCTACTAGTGAGCTTATGCCAGGGGCTAGCAGGCTCATCAAGCATCTCCATG
CTAACAACATTCCAATTTGTATTGCTACCGAAACTCACACATGTCACTTTGGTTTAAAAA
CTCAAAGACACAAAGACTTGTTCTCACTGATGCATCACGTAGTTCGCGGTGATGATCCTG
AGGTGAAGCAAGGAAAGCCTGCCCCTGACGGCTTTCTCGCTGCATCCAGGAGATTTAAGG
ATGGTCCTGTTGACCCACAAGGGGTTTTGGTATTTGAAGATGCTCCATCCGGAGTTCTTG
CTGCCAAAA*CGCTGGAATGAACGTGGTGATGGTGCCAGATCCTAGACTAGATATATCTC
ACCAAGACGTTGCAGATCAAATCATGACT*CTCTACTCG

QA 3 761 3 761
DS 

RD RR3AZ32TF 747 0 0
TCAGTTACAGTGTCGGCTCCAAGAAAGTAGAAACCATTTAGATATCTAATCGTAGATCCA
CCGGAATCGTAATATCAATGTCGACTCCCGAGACCGCCGGCAGAGGATCGATCACTCACG
TGATCTTCGACATGGACGGTCTTCTTCTCGACACGAAGAAGTTTTACACGGAGGTACAGG
AGATCATACTTGCTAGATTCAACAAGACTTTTGACTGGTCTCTCAAGGCTAAGATGATGG
GAAGAAAAGCCATCGAAGCTGCCAGGATCTTTGTTGACGAAAGCGGGATCAGCGATTCTC
TTTTAGCTGAGGACTTTCTTGTCGAGAGAGAGGCCATGCTTCAAGAACTCTTCCCTACTA
GTGAGCTTATGCCAGGGGCTAGCAGGCTCATCAAGCATCTCCATGCTAACAACATTCCAA
TTTGTATTGCTACCGGAACTCACACACGTCACCTTGATTTAAAAACTCAAAGACACAAAG
ACTTGTTCTCACTGATGCATCACGTAGTTCGCGGTGATGATCCTGAGGTGAAGCAAGGAA
AGCCTGCCCCTGACGGCTTTCTCGCTGCATCCAGGAGATTTAAGGATGGTCCTGTTGACC
CACAAAGGGTTTTGGTATTTGAAGATGCTCCATCCGGAGTTCTTGCTGCCAAAAACGCTG
GAATGAACGTGGTGATGGTGCCAGATCCTAGACTAGATATATCTCACCAAGACGTTGCAG
ATCAAATCATGACTTCTCTACTCGATT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3CC40JQ 668 0 0
GCTTATGCCAGGGGCTAGCAGGCTCATCAAGCATCTCCATGCTAACAACATTCCAATTTG
TATTGCTACCGGAACTCACACACGTCACTTTGATTTAAAAACTCAAAGACACAAAGACTT
GTTCTCACTGATGCATCACGTAGTTCGCGGTGATGATCCTGAGGTGAAGCAAGGAAAGCC
TGCCCCTGACGGCTTTCTCGCTGCATCCAGGAGATTTAAGGATGGTCCTGTTGACCCACA
AAGGGTTTTGGTATTTGAAGATGCTCCATCCGGAGTTCTTGCTGCCAAAAACGCTGGAAT
GAACGTGGTGATGGTGCCAGATCCTAGACTAGATATATCTCACCAAGACGTTGCAGATCA
AATCATGACTTCTCTACTCGATTTCAAACCAGAGGAGTGGGGTTTGCCTCCATTTGAGGA
TTCAAACTAATCTTCTTGGAGGTAATGATGAGAAGTCAGAATCATGAATCGGTGGGAGAG
CGTGATTGTTTGTCTTTTTGTTATATTTGTTTTTTTTGGCACTTACATGACAAGGCCATG
AGGTTTTATGTCGTCAAGGGTATTATGATGTTTTGGCTATTAAAGCCAAGAAAACCAGAA
ACTAAGTTTGTGACGTGACAAGAGACCAAACAAACATCTGCCTTGGCGTTTAAACAAAGA
GATTGTAC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3FO76JQ 784 0 0
CAGCTGAGGACTTTCTTGTCGATAGAGAGGCCATGCTTCAAGAACTCTTCCCTACTAGTG
AGCTTATGCCAGGGGCTAGCAGGCTCATCAAGCATCTCCATGCTAACAACATTCCAATTT
GTATTGCTACCGGAACTCACACACGTCACTTTGATTTAAAAACTCAAAGACACAAAGACT
TGTTCTCACTGATGCATCACGTAGTTCGCGGTGATGATCCTGAGGTGAAGCAAGGAAAGC
CTGCCCCTGACGGCTTTCTCGCTGCATCCAGGAGATTTAAGGATGGTCCTGTTGACCCAC
AAAGGGTTTTGGTATTTGAAGATGCTCCATCCGGAGTTCTTGCTGCCAAAAACGCTGGAA
TGAACGTGGTGATGGTGCCAGATCCTAGACTAGATATATCTCACCAAGACGTTGCAGATC
AAATCATGACTTCTCTACTCGATTTCAAACCAGAGGAGTGGGGTTTGCCTCCATTTGAGG
ATTCAAACTAATCTTCTTGGAGGTAATGATGAGAAGTCAGAATCATGAATCGGTGGGAGA
GCGTGATTGTTTGTCTTTTTGTTATATTTGTTTTTTTTGGCACTTACATGACAAGGCCAT
GAGGTTTTATGTCGTCAAGGGTATTATGATGTTTTGGCTATTAAAGCCAAGAAATCCAGA
AACTAAGTTTGTGACGTGACAAGAGACCAAACAAACATCTGCCTTGGCGTTTAAACAAAG
AGATTGTACAAACTCTTCCTCCCAAAGGTCCATACATTGGCTCATTTAGTTCTTTCTTGC
TTTT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3AZ32JQ 720 0 0
AGCTTATGCCAGGGGCTAGCAGGCTCATCAAGCATCTCCATGCTAACAACATTCCAATTT
GTATTGCTACCGGAACTCACACACGTCACCTTGATTTAAAAACTCAAAGACACAAAGACT
TGTTCTCACTGATGCATCACGTAGTTCGCGGTGATGATCCTGAGGTGAAGCAAGGAAAGC
CTGCCCCTGACGGCTTTCTCGCTGCATCCAGGAGATTTAAGGATGGTCCTGTTGACCCAC
AAAGGGTTTTGGTATTTGAAGATGCTCCATCCGGAGTTCTTGCTGCCAAAAACGCTGGAA
TGAACGTGGTGATGGTGCCAGATCCTAGACTAGATATATCTCACCAAGACGTTGCAGATC
AAATCATGACTTCTCTACTCGATTTCAAACCAGAGGAGTGGGGTTTGCCTCCATTTGAGG
ATTCAAACTAATCTTCTTGGAGGTAATGATGAGAAGTCAGAATCATGAATCGGTGGGAGA
GCGTGATTGTTTGTCTTTTTGTTATATTTGTTTTTTTTGGCACTTACATGACAAGGCCAT
GAGGTTTTATGTCGTCAAGGGTATTATGATGTTTTGGCTACTAAAGCCAAGAAAACCAGA
AACTAAGTTTGTGACGTGACAAGAGACCAAACAAACATCTGCCTTGGCGTTTAAACAAAG
AGATTGTACAAACTCTTCCTCCCAAAGGTCCATACATTGGCTCATTTAGTTCTTTC
TTGC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3ES91JQ 546 0 0
CAAGGAAAGCCTGCCCCTGACGGCTTTCTCGCTGCATCCAGGAGATTTAAGGATGGTCCT
GTTGACCCACAAGGGGTTTTGGTATTTGAAGATGCTCCATCCGGAGTTCTTGCTGCCAAA
AACGCTGGAATGAACGTGGTGATGGTGCCAGATCCTAGACTAGATATATCTCACCAAGAC
GTTGCAGATCAAATCATGACTTCTCTACTCGATTTCAAACCAGAGGAGTGGGGTTTGCCT
CCATTTGAGGATTCAAACTAATCTTCTTGGAGGTAATGATGAGAAGTCAGAATCATGAAT
CGGTGGGAGAGCGTGATTGTTTGTCTTTTTGTTATATTTGTTTTTTT*GGCACTTACATG
ACAAGGCCATGAGGTTTTATGTCGTCAAGGGTATTATGATGTTTTGGCTATTAAAGCCAA
GAAAACCAGAAACTAAGTTTGTGACGTGACAAGAGACCAAACAAACATCTGCCTTGGCGT
TTAAACAAAGAGATTGTACAAACTCTTCCTCCCAAAGGTCCATACATTGGCTCATTTAGT
TCTTTC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 7

CO CL650Contig1 833 7 25 U
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TATATAATATATATAATAACATTACACTATGATTTGGATTTGTTCTTGCATAGACAGAAG
TAAAAGTGTAAAGAACAACAAAAACACATAGATTCACAAGGGGGGTTGAAGGAACAAGGT
TGTATCCGTGTGATGATATTCTTATAAACTACTGAACTTTGTTTCATCCGTTCTTGGATG
CTACAGCCTGCATAGCATTACATTCTTCAAGTAGATTTAGCAAGTTGTGTTCAGGGGCAC
TGAGTGATGGCAATATAGAACGGTTTGGCTGGCTAGGGCGAGGCGGTTTTGGTGCAGATC
CATCAGATTCAGCAATCTGCAAATCACCTTTTATCCTCATAGATGCCGATACCCTCTCCT
TCCAGATTCTTCCATCATTTAGAATGGATGGTTCAGGTAGTGGACACTGAATCGGTTGAT
CATTGTCCAAAGGCTCGACCGGATGTTCCACTGGTTTAAACTCTGTTGCTACCTCAATTC
CATGAGTAGCAGTTGTGGTAGTAACATCAGGATTTGGAGCTAATACTTCCTTATCATCGA
TTGCACTTTGAGTCCGTCGATGGCTGCTTCTACCAACAGTAAATCTTGAAAAAATACCAA
CCATGGTTTTATTGAATTTGAAATTTTTTTTTTTTTT****GAATCTGAAATTCTTGTGA
TTACTAAACACGAACTCTCCCTTTGATCTTGAGTTCCAATAAAGAAACAGTTACCTAAAG
CAGAGGAAGACGAAGAAAGAAAGACAGAGGATTTGAGTTTATCTTCAACCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3H683JQ U 1
AF RR3H286JQ U 40
AF RR3GC83JQ U 47
AF RR3H286TF C 31
AF RR3GD74JQ U 25
AF RR3GC83TF C 80
AF RR3GD74TF C 145
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RD RR3H683JQ 697 0 0
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TATATAATATATATAA***CATTACACTATGATTTGGATTTGTTCTTGCATAGACAGAAG
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TGTATCCGTGTGATGATATTCTTATAAACTACTGAACTTTGTTTCATCCATTCTTGGATG
CTACCGCCTGCATAGCATTACATTCTTCAAGTAGATTAAGCAAGTTGTGTTCAGGGGCAC
TGAGTGATGGCAATATAGAACGGTTTGGCTGGCTAGGGCGAGGCGGTTTTGGTGCAGATC
CATCAAATTCAGCAATCTGCAAATCACCTTTTATCCTCATAGATGCCGATACCCTCTCCT
TCCAGATTCTTCCATCATTTAGAATGGATGGTTCAGGTAGTGGACACTGAATTGGTTGAT
CATTGTCCAAAGGCTCGACCGGATGTTCCACTGGTTTAAACTCTGTTGCTACCTCAATTC
CATGAGTAGCAGTTGTGGTAGTAACATCAGGATTTGGAGCTAATACTTCCTTATCATCGA
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CCATGGTTTGATTGAATCTGAA
GTCTTCTCGTGATCT

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DS 

RD RR3H286JQ 679 0 0
G
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GGGGGTTGAAGGAACAAGGTTGTATCCGTGTGATGATATTCTTATAAACTACTGAACTTT
GTTTCATCCGTTCTTGGATGCTACAGCCTGCATAGCATTACATTCTTCAAGTAGATTTAG
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AGGCGGTTTTGGTGCAAATCCATCAGATTCAGCAATCTGCAAATCACCTTTTATCCTCAT
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TGGACACTGAATCGGTTGATCATTGTCCAAAGGCTCGACCGGATGTTCCACTGGTTTAAA
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*GAATCTGAAATTCTT
CC

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DS 

RD RR3GC83JQ 625 0 0
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TGCATAGACAGAAGTAAAAGTGTAAAGAACAACAAAAACACATAGATTCACAAGGGGGGT
TGAAGGAACAAGGTTGTATCCGTGTGATGATATTCTTATAAACTACTGAACTTTGTTTCA
TCCGTTCTTGGATGCTACAGCCTGCATAGCATTACATTCTTCAAGTAGATTTAGCAAGTT
GTGTTCAGGGGCACTGAGTGATGGCAATATAGAACGGTTTGGCTGGCTAGGGCGAGGCGG
TTTTGGTGCAGATCCATCAGATTCAGCAATCTGCAAATCACCTTTTATCCTCATAGATGC
CGATACCCTCTCCTTCCAGATTCTTCCATCATTTAGAATGGATGGTTCAGGTAGTGGACA
CTGAATCGGTTGATCATTGTCCAAAGGCTCGACCGGATGTTCCACTGGTTTAAACTCTGT
TGCTACCTCAATTCCATGAGTAGCAGTTGTGGTAGTAACATCAGGATTTGGAGCTAATAC
TTCCTTATCATCGATTGCACTTTGAGTCCGTCGATGGCTGCTTCTACCAACAGTAAATCT
TGAAAAAATACCAACCATGGTTTTA

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3H286TF 688 0 0
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TGTTCTTGCATAGACAGAAGTAAAAGTGTAAAGAACAACAAAAACACATAGATTCACAAG
GGGGGTTGAAGGAACAAGGTTGTATCCGTGTGATGATATTCTTATAAACTACTGAACTTT
GTTTCATCCGTTCTTGGATGCTACAGCCTGCATAGCATTACATTCTTCAAGTAGATTTAG
CAAGTTGTGTTCAGGGGCACTGAGTGATGGCAATATAGAACGGTTTGGCTGGCTAGGGCG
AGGCGGTTTTGGTGCAGATCCATCAGATTCAGCAATCTGCAAATCACCTTTTATCCTCAT
AGATGCCGATACCCTCTCCTTCCAGATTCTTCCATCATTTAGAATGGATGGTTCAGGTAG
TGGACACTGAATCGGTTGATCATTGTCCAAAGGCTCGACCGGATGTTCCACTGGTTTAAA
CTCTGTTGCTACCTCAATTCCATGAGTAGCAGTTGTGGTAGTAACATCAGGATTTGGAGC
TAATACTTCCTTATCATCGATTGCACTTTGAGTCCGTCGATGGCTGCTTCTACCAACAGT
AAATCTTGAAAAAATACCAACCATGGTTTTATTGAATTTGAAATTTTTTTTTTTT*****
*GAATCTGAAATTCTT
CC

QA 11 686 11 686
DS 

RD RR3GD74JQ 794 0 0
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CTCAGTGAACCTTAGTTGAGTATATAATATATATAATAACATTACACTATGATTTGGATT
TGTTCTTGCATAGACAGAAGTAAAAGTGTAAAGAACAACAAAAACACATAGATTCACAAG
GGGGGTTGAAGGAACAAGGTTGTATCCGTGTGATGATATTCTTATAAACTACTGAACTTT
GTTTCATCAGTTCTTGGATGCTACAGCCTGCATAGCATTACATTCTTCAAGTAGATTTAG
CAAGTTGTGTTCAGGGGCACTGAGTGATGGCAATATAGAACGGTTTGGCTGGCTAGGGCG
AGGCGGTTTTGGTGCAGATCCATCAGATTCAGCAATCTGCAAATCACCTTTTATCCTCAT
AGATGCCGATACCCTCTCCTTCCAGATTCTTCCATCATTTAGAATGGATGGTTCAGGTAG
TGGACACTGAATTGGTTGATCATTGTCCAAAGGCTCGACCGGATGTTCCACTGGTTTAAA
CTCTGTTGCTACCTCAATTCCATGAGTAGCAGTTGTGGTAGTAACATCAGGATTTGGAGC
TAATACTTCCTTATCATCGATTGCACTTTGAGTCCGTCGATGGCTGCTTCTACCAACAGT
AAATCTTGAAAAAATACCAACCATGGTTTTATTGAATTTGAAATTTTTTTTTTTTTT***
*GAATCTGAAATTCTTGTGATTACTAAACACGAACTCTCCCTTTGATCTTGAGTTCCAAT
AAAGAAACAGTTACCTAAAGCAGAGGAAGACGAAGAAAGAAAGACAGAGGATTTGAGT

QA 17 794 17 794
DS 

RD RR3GC83TF 754 0 0
CATTACACTATGATTTGGATTTGTTCTTGCATAGACAGAAGTAAAAGTGTAAAGAACAAC
AAAAACACATAGATTCACAAGGGGGGTTGAAGGAACAAGGTTGTATCCGTGTGATGATAT
TCTTATAAACTACTGAACTTTGTTTCATCCGTTCTTGGATGCTACAGCCTGCATAGCATT
ACATTCTTCAAGTAGATTTAGCAAGTTGTGTTCAGGGGCACTGAGTGATGGCAATATAGA
ACGGTTTGGCTGGCTAGGGCGAGGCGGTTTTGGTGCAGATCCATCAGATTCAGCAATCTG
CAAATCACCTTTTATCCTCATAGATGCCGATACCCTCTCCTTCCAGATTCTTCCATCATT
TAGAATGGATGGTTCAGGTAGTGGACACTGAATCGGTTGATCATTGTCCAAAGGCTCGAC
CGGATGTTCCACTGGTTTAAACTCTGTTGCTACCTCAATTCCATGAGTAGCAGTTGTGGT
AGTAACATCAGGATTTGGAGCTAATACTTCCTTATCATCGATTGCACTTTGAGTCCGTCG
ATGGCTGCTTCTACCAACAGTAAATCTTGAAAAAATACCAACCATGGTTTTATTGAATTT
GAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTGAATCTGAAATTCTTGTGATTACTAAACACGAACTCTC
CCTTTGATCTTGAGTTCCAATAAAGAAACAGTTACCTAAAGCAGAGGAAGACGAAGAAAG
AAAGACAGAGGATTTGAGTTTATCTTCAACCCCC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3GD74TF 688 0 0
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TAAACTACTGAACTTTGTTTCATCAGTTCTTGGATGCTACAGCCTGCATAGCATTACATT
CTTCAAGTAGATTTAGCAAGTTGTGTTCAGGGGCACTGAGTGATGGCAATATAGAACGGT
TTGGCTGGCTAGGGCGAGGCGGTTTTGGTGCAGATCCATCAGATTCAGCAATCTGCAAAT
CACCTTTTATCCTCATAGATGCCGATACCCTCTCCTTCCAGATTCTTCCATCATTTAGAA
TGGATGGTTCAGGTAGTGGACACTGAATTGGTTGATCATTGTCCAAAGGCTCGACCGGAT
GTTCCACTGGTTTAAACTCTGTTGCTACCTCAATTCCATGAGTAGCAGTTGTGGTAGTAA
CATCAGGATTTGGAGCTAATACTTCCTTATCATCGATTGCACTTTGAGTCCGTCGATGGC
TGCTTCTACCAACAGTAAATCTTGAAAAAATACCAACCATGGTTTTATTGAATTTGAAAT
TTTTTTTTTTTTT****GAATCTGAAATTCTTGTGATTACTAAACACGAACTCTCCCTTT
GATCTTGAGTTCCAATAAAGAAACAGTTACCTAAAGCAGAGGAAGACGAAGAAAGAAAGA
CAGAGGATTTGAGTTTATCTTCAACCCC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 2 5

CO CL651Contig1 727 3 17 U
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TCGCTGGAGGTAATAGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCTAAGTCCGATGATGTCTACC
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CAGTGATCTTGAAGAGGCTTTTCATGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCTCTGTCTA
GACTCGTCGAGTTCATGGCTGGCAAGGAAGATAAGATTGCTGTCTTGGTTGGAACCATCA
CCGATGATTTGAGAGTACATGAGATCCCAGCTATCAAAGTGACTGCCTTGAGGTTCACAG
AGAGAGCCAGAGCTCGCATTGAGAAAGCTGGTGGTGAATTCTTAACCTTTGACCAGCTTG
CTCTCAGAGCTCCTTTGGGACAGAACACGGTCCTTCTTAGAGGACCTAAGAACTCTCTTG
AGGCTGTGAAGCATTTTGGTCCCGCACCTGGTGTGCCACACAGTCACTCCAAGCCATATG
TTCGGTCCAAGGGAAGGAAGTTCGAGAAGGCCAGAGGAAAGAGGAAGAGCCGTGGATTCA
AGGTTTAAGAACATTGTCTGTGTCCTATCGTGTTGTTGCTTCTTCTTCTCTTTCATAATC
GGATTTTTTTTAGAGAATTGTGTTTTTTTCAGTGCCTTGTTTCAGACAATATCTAAAGTT
TCTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3C216TF U 1
AF RR3G376TF U 11
AF RR3G376JQ C 37
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BS 74 74 RR3G376TF
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BS 400 400 RR3G376TF
BS 401 451 RR3C216TF
BS 452 452 RR3G376TF
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BS 479 602 RR3C216TF
BS 603 603 RR3G376TF
BS 604 668 RR3C216TF
BS 669 708 RR3G376TF
BS 709 709 RR3G376JQ
BS 710 726 RR3G376TF
BS 727 727 RR3G376JQ

RD RR3C216TF 668 0 0
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TCGCTGGAGGTAAGAGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCTAAGTCCGATGATGTCTACC
TCAAGCTTATTGTCAAGCTTTACCGGTTTCTGGTGAGAAGAACTCAGAGCAAGTTCGACG
CAGTGATCTTGAAGAGGCTTTTCATGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCTCTGTCTA
GACTCGTCGAGTTCATGGCTGGCAAGGAAGATAAGATTGCTGTCTTGGTTGGAACCATCA
CCGATGATTTGAGAGTACATGAGATCCCAGCTATCAAAGTGACTGCCTTGAGGTTCACAG
AGAGAGCCAGAGCTCGCATTGAGAAAGCTGGTGGTGAATGCTTAACCTTTGACCAGCTTG
CTCTCAGAGCTCCTTTGGGACAGAACACGGTTCTTCTTAGAGGACCTAAGAACTCACGTG
AGGCTGTGAAGCATTTTGGTCCCGCACCTGGTGTGCCACACAGTCACTCCAAGCCATATG
TTCGGTCCAAGGGAAGGAAGTTCGAGAAGGCCAGAGGAAAGAGGAAGAGCCGTGGATTCA
AG*TTTAAGAACATTGTCTGTGTCCTATCGTGTTGTTGCTTCTTCTTCTCTTTCATAATC
GGATTTTT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3G376TF 717 0 0
GAGCGGCAGCAC
CACCACATCCCCGGAGGTTACGATGGGTATCGATTTGATCGCTGGAGGTAATAGCAAGAA
GACCAAAAGGACAGCTCCTAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTATTGTCAAGCTTTA
CCGGTTTCTGGTGAGAAGAACTCAGAGCAAGTTCGACGCAGTGATCTTGAAGAGGCTTTT
CATGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCTCTGTCTAGACTCGTCGAGTTCATGGCTGG
CAAGGAAGATAAGATTGCTGTCTTGGTTGGAACCATCACCGATGATTTGAGAGTACATGA
GATCCCAGCTATCAAAGTGACTGCCTTGAGGTTCACAGAGAGAGCCAGAGCTCGCATTGA
GAAAGCTGGTGGTGAATTCTTAACCTTTGACCAGCTTGCTCTCAGAGCTCCTTTGGGACA
GAACACGGTCCTTCTTAGAGGACCTAAGAACTCTCTTGAGGCTGTGAAGCATTTTGGTCC
CGCACCTGGTGTGCCACACAGTCACTCCAAGCCATATGTTCGGTCCAAGGGAAGGAAGTT
CGAGAAGGCCAGAGGAAAGAGGAAGAGCCGTGGATTCAAGGTTTAAGAACATTGTCTGTG
TCCTATCGTGTTGTTGCTTCTTCTTCTCTTTCATAATCGGATTTTTTTTAGAGAATTGTG
TTTTTTTCAGTGCCTTGTTTCAGACA*TATCTAAAGTTTCTGAC
C

QA 13 716 13 716
DS 

RD RR3G376JQ 691 0 0
GAGT
TACGATGGGTATCGATTTGATCGCTGGAGGTAATAGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCC
TAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTATTGTCAAGCTTTACCGGTTTCTGGTGAGAAG
AACTCAGAGCAAGTTCGACGCAGTGATCTTGAAGAGGCTTTTCATGAGCAAAGTCAACAA
AGCTCCTCTTTCTCTGTCTAGACTCGTCGAGTTCATGGCTGGCAAGGAAGATAAGATTGC
TGTCTTGGTTGGAACCATCACCGATGATTTGAGAGTACATGAGATCCCAGCTATCAAAGT
GACTCCCTTGAGGTTCACAGAGAGAGCCAGAGCTCGCATTGAGAAAGCTGGTGGTGAATT
CTTAACCTTTGACCAGCTTGCTCTCAGAGCTCCTTTGGGACAGAACACGGTCCTTCTTAG
AGGACCTAAGAACTCTCTTGAGGCTGTGAAGCATTTTGGTCCCGCACCTGGTGTGCCACA
CAGTCACTCCAAGCCATATGTTCGGTCCAAGGGAAGGAAGTTCGAGAAGGCCAGAGGAAA
GAGGAAGAGCCGTGGATTCAAGGTTTAAGAACATTGTCTGTGTCCTATCGTGTTGTTGCT
TCTTCTTCTCTTTCATAATCGGATTTTTTTTAGAGAATTGTGTTTTTTTCAGTGCCTTGT
TTCAGACAATATCTAAAGTTTCTGACC

QA 5 691 5 691
DS 



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GCTGGAGGTAAGAGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCTAAGTCCGATGATGTCTACCTC
AAGCTTATTGTCAAGCTTTACCGGTTTCTGGTGAGAAGAACTCAGAGCAAGTTCGACGCA
GTGATCTTGAAGAGGCTTTTCATGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCTCTTTCTCTGTCTAGG
CTCGTCGAGTTCATGGCTGGCAAGGAAGATAAGATTGCTGTCTTGGTTGGAACCATCACC
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AGAGCCAGAGCTCGCATTGAGAAAGCTGGTGGTGAATTCTTAACCTTTGACCAGCTTGCT
CTCAGAGCTCCTTTGGGACAGAACACTGTTCTTCTTAGAGGACCTAAGAACTCGCGTGAG
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CGGTCCGAGGGAAGGAAGTTCGAGAAGGCCAGAGGAAAGAGGAAGAGCCGTGGATTCAAG
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AC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR3G658TF U 1
AF RR3G658JQ C 239
BS 1 600 RR3G658TF
BS 601 601 RR3G658JQ
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BS 702 719 RR3G658TF
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RD RR3G658TF 722 0 0
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CTCGTCGAGTTCATGGCTGGCAAGGAAGATAAGATTGCTGTCTTGGTTGGAACCATCACC
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CTCAGAGCTCCTTTGGGACAGAACACTGTTCTTCTTAGAGGACCTAAGAACTCGCGTGAG
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CGGTCCGAGGGAAGGAAGTTCGAGAAGGCCAGAGGAAAGAGGAAGAGCCGTGGATTCAAG
*TTTAAGAACATTGTCTGTGTCATTGAACTTGATTCTATTGTGTTGTTGCTTCTTCATCT
CTTTCGTAACCGGATTTTTGTTAGAGAATTGTGTTTTTTT*CTTCAGTGACTTGTTTCA
GAC

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DS 

RD RR3G658JQ 484 0 0
GG
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GATGATTTGAGAGTACATGAGATCCCAGCTATCAAAGTGACTGCCTTGAGGTTCACAGAG
AGAGCCAGAGCTCGCATTGAGAAAGCTGGTGGTGAATTCTTAACCTTTGACCAGCTTGCT
CTCAGAGCTCCTTTGGGACAGAACACTGTTCTTCTTAGAGGACCTAAGAACTCGCGTGAG
GCTGTGAAGCATTTTGGTCCCGCACCTGGTGTGCCACACAGTCACTCCAAGCCATATGTT
CGGTCCGAGGGAAGGAAGTTCGAGAAGGCCAGAGGAAAGAGGAAGAGCCGTGGATTCAAG
GTTTAAGAACATTGTCTGTGTCATTGAACTTGATTCTATTGTGTTGTTGCTTCTTCATCT
CTTTCGTAACCGGATTTTTGTTAGAGAATTGTGTTTTTTTTCTTCAGTGACTTGTTTCAG
AC

QA 3 484 3 484
DS 



AS 1 6

CO CL652Contig1 1118 6 19 U
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CACAAAGGTGACTCGTCGTCTTCATCAGATGACGAGAGCGACAAGAAACCGTCGTCTCTC
AAATCGAAGGTTTACCGTTTGTTCGGCAGGGAGAGGCCCGTTCATAAGGTTCTCGGTGGC
GGAAAACCGGCGGATATATTTATGTGGAAGAACAAGAAGATGTCAGGTGGTGTGCTCGGT
GGTGCTACAGTAGCCTGGGTGCTCTTTGAACTCATGGAGTATC*TCTTCTCACTCTGCTG
TGTCACGTTATGATCGTCGCTCTCGCTGCGTTGTTTCTTTGGTCTAATGTCACCATGTTC
ATTCACAAGTCTACACCAAAGATTCCTGAAGTACATATCCCTGAGGAGCCTCTTCTTCAG
CTTGCATCTGGGCTCAGAATCGAAATCAACCGTGGGTTTTCTTCTCTTCACGAGATTGCA
TCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTTCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCTATCAATC
TTGGGTGGATGCTGTAGTTTCTTGACGTTGGCATACATAGCTTTGGTTCTACTCTTCACT
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GCTGAGTTGAAGAAGCATTATGCTGTGTTGGACGCAAAGGTATTGAGCAAAATCCCAAGG
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TTTTTGCATGCATGTGCACAGTGTTCTGGTCTTTGAAATGTGGGATTGTGTTGTGAAATG
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CTTTGCTTCTGCTTCACTTTTTTTTGTGGTTTTGGTGCGTGGTGGCATGAGAACAAAACT
TGTAGTTGACCTCTTACTATATATTTGTGTATTTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH31TF U 1
AF RR3D309TF U 55
AF RR3BM75JQ C 473
AF RR3BM75TF U 473
AF RR3EH31JQ C 338
AF RR3D309JQ C 511
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CACAAAGGTGACTCGTCGTCTTCATCAGATGACGAGAGCGACAAGAAACCTTCGTCTCTG
AAATCGAAGGTTTACCGTTTGTTCGGCAGGGAGAGGCCCGTTCATAAGGTTCTCGGTGGC
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GGTGCTACAGTAGCCTGGGTGCTCTTTGAACTCATGGAGTATC*TCTTCTCACTCTGCTG
TGTCACGTTATGATCGTCGCTCTCGCTGCGTTGTTTCTTTGGTCTAATGTCACCATGTTC
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CTTGCATCTGGGCTCAGAATCGAAATCAACCGTGGGTTTTCTTCCCTTCACGAGATTGCA
TCTG

QA 1 604 1 604
DS 

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GG
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GGATCCGGCGGTGGAAATCGTAGAGAGAGAATCGTTGATGGACAAGATATCCGAGAAGAT
CCACCACAAAGGTGACTCGTCGTCTTCATCAGATGACGAGAGCGACAAGAAACCGTCGTC
TCTCAAATCGAAGGTTTACCGTTTGTTCGGCAGGGAGAGGCCCGTTCATAAGGTTCTCGG
TGGCGGAAAACCGGCTGATATATTTATGTGGAAGAACAAGAAGTTGTCAGGTGGTGTGCT
TGGTGGTGCTACAGTAGCCTGGGTGCTCTTTGAACTCATGGAGTATCATCTTCTCACTCT
GCTGTGTCACGTTATGATCGTCGCTCTCGCTGCGTTGTTTCTTTGGTCTAATGTCACCAT
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TCAGCTTGCATCTGGGCTCAGAATCGAAATCAACCGTGGGTTTTCTTCTCTTCACGAGAT
TGCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTTCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCTATC
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CACTGTTCCTCTTGTCTACGACAAGTACGAAGACAAAGTAGACTCGTATGGTGAGAAAGC
AATGGCTGAGTTGAAGAAGCATTATGCTGTGTTGGACGC

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DS 

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GG
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ATTGCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTTCCTCTCTGCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCTA
TCAATCTTGGGTGGATGCTGTAGTTTCTTGACGTTGGCATACATAGCTTTGGTTCTACTC
TTCACTGTTCCTCTTGTCTACGACAAGTACGAAGACAAAGTAGACTCGTATGGTGAGAAA
GCAATGGCTGAGTTGAAGAAGCATTATGCTGTGTTGGACGCAAAGGTATTGAGCAAAATC
CCAAGGGGGCCATTAAAGGACAAGAAGAAGGATTAGGAGTCGTTTTCGTGTTTTCTACTT
TTTTTTTTTTTGCATGCATGTGCACAGTGTTCTGGTCTTTGAAATGTGGGATTGTGTTGT
GAAATGGTAGTCTAAAATTTGTGTTAGGTCATCTTGTCGGTCTCGATTCTTGAATTTACT
TGTAAACTTTGCTTCTGCTTCACTTTT

QA 3 569 3 569
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AGA
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ATC*TCTTCTCACTCTGCTGTGTCACGTTATGATCGTCGCTCTCGCTGCGTTGTTTCTTT
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CTGAGGAGCCTCTTCTTCAGCTTGCATCTGGGCTCAGAATCGAAATCAACCGTGGGTTTT
CTTCCCTTCACGAGATTGCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTTCCTCTCTGCTCTGTTCG
GGCTGTGGATTCTATCAATCTTGGGTGGATGCTGTAGTTTCTTGACGTTGGCATACATAG
CTTTGGTTCTACTCTTCACTGTTCCTCTTGTTTACGACAAGTACGAAGACAAAGTAGACT
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TATTGAGCAAAATCCCAAGGGGGCCATTAAAGGACAAGAAGAAGGATTAGGAGTCGTTTT
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TGGGATTGTGTTGTGAAATGGTAGTCTAAAATTTGTGTTAGGTCATCTTGTCGGTCTCGA
TTCTTGAATTTACTTGTAAACTTTGCTTCTGCTTCACTTTTTTTTGTGGTTTTGGTGCGT
GGTGGCATGAGAACAAAACTTGT

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DS 

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CGTGGGTTTTCTTCTCTTCACGAGATTGCATCTGGAAGGGATCTCAAGAAGTTCCTCTCT
GCTCTGTTCGGGCTGTGGATTCTATCAATCTTGGGTGGATGCTGTAGTTTCTTGACGTTG
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AAAGTAGACTCGTATGGTGAGAAAGCAATGGCTGAGTTGAAGAAGCATTATGCTGTGTTG
GACGCAAAGGTATTGAGCAAAATCCCAAGGGGGCCATTAAAGGACAAGAAGAAGGATTAG
GAGTCGTTTTCGTGTTTTCTACTTTTTTTTTTTT*GCATGCATGTGCACAGTGTTCTGGT
CTTTGAAATGTGGGATTGTGTTGTGAAATGGTAGTCTAAAATTTGTGTTAGGTCATCTTG
TCGGTCTCGATTCTTGAATTTACTTGTAAACTTTGCTTCTGCTTCACTTTTTTTTGTGGT
TTTGGTGCGTGGTGGCATGAGAACAAAACTTGTAGTTGACCTCTTACTATATATTTGTGT
ATTTTCAC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 5

CO CL653Contig1 1002 5 31 U
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CATCGACACATCTTATCCACAACCTTCTCCGACATCCCGAACCACCGTCTTCCTTCGGTG
TCTTCATCAGACCCTTTCGCTTCTCCGCTATAACATGTCAATCCAGCCGCGGTAACAAGC
CTCGCTTTCAATCAATCTCTTCAAAGCTTCCGCTTCCTTTCCACTCTACTTCTTCTTCTT
CTTCTTCACTCGTAGCGAAATCCTTCTCTGCCATCGATGAGCCGGACCTCCTCGGAGAAG
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ACCTAAGAAGACCAGTTCTTTGCTTTTATATGCATTTTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 10 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 10 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A746TF U 1
AF RR3B121TF U 5
AF RR3C786TF U 21
AF RR3B776TF U 21
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BS 248 410 RR3A746TF
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BS 725 725 RR3B776TF
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BS 761 761 RR3B776TF
BS 762 771 RR3A746TF
BS 772 802 RR3B776TF
BS 803 803 RR3B776JQ
BS 804 844 RR3B776TF
BS 845 845 RR3B776JQ
BS 846 872 RR3B776TF
BS 873 1002 RR3B776JQ

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CATCGACACATCTTATCCACAACCTTCTCCGACATCCCGAACCACCGTCTTCCTTCGGTG
TCTTCATCAGACCCTTTCGCTTCTCCGCTATAACATGTCAATCCAGCCGCGGTAACAAGC
CTCGCTTTCAATCAATCTCTTCAAAGCTTCCGCTTCCTTTCCACTCTACTTCTTCTTCTT
CTTC***ACTCGTAGCGAAATCCTTCTCTGCCATCGATGAGCCGGACCTCCTCGGAGAAG
AAGATGAGAGCGAGGAAGACGATTACAACGAAGAAAAAGACGAAGAAGAAGAGCTGGACA
GTGGAATGGTATCCGCGAGAGGAAGTGAGGAGGACTACGAGGAAGGTTTAGGAGACAAGG
AGGAGGAGGATAAGATAGAGAAGATGAAGAAGAAGGCTCGGGGCTCCGGTTTGAAGTTGA
CTATTAAGGAGAAGAAGGAGCTTGCTTCATACGCCCATAGTCTTGGTGACAAATTGAAAT
GTCAACTCGTCGGCAAATCTGGCGTTACTGATTCGGTGGTTTTCTCATTCCTCGAGACTC
TCGAGAAGAACGAGCTCTTAAAGGTGAAGATACGGAAGACATCTCCAGAGGAGATGGAGG
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CGGTTATATTGTACCGGCCTAGTCCCACCAAAATGAAAGCTGAGGAGAAGA

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DS 

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GG
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CACATCTTATCCACAACCTTCTCCGACATCCCGAACCACCGTCTTCCTTCGGTGTCTTCA
TCAGACCCTTTCGCTTCTCCGCTATAACATGTCAATCCAGCCGCGGTAACAAGCCTCGCT
TTCAATCAATCTCTTCAAAGCTTCCGCTTCCTTTCCACTCTACTTCTTCTTCTTCTTC**
*ACTCGTAGCGAAATCCTTCTCTGCCATCGATGAGCCGGACCTCCTCGGAGAAGAAGATG
AGAGCGAGGAAGACGATTACAACGAAGAAAAAGACGAAGAAGAAGAGCTGGACAGTGGAA
TGGTATCCGCGAGAGGAAGTGAGGAGGACTACGAGGAAGGTTTAGGAGACAAGGAGGAGG
AGGATAAGATAGAGAAGATGAAGAAGAAGGCTCGGGGCTCCGGTTTGAAGTTGACTATTA
AGGAGAAGAAGGAACTTGCTTCATACGCCCATAGTCTTGGTGACAAATTGAAATGTCAAC
TCGTCGGCAAATCTGGCGTTACTGGTTCGGTGGTTTTCTCATTCCTCGAGACTCTCGAGA
AGAACGAGCTCTTAAAGGTGAAGATACGGAAGACATCTCCAGAGGAGATGGAGGACGCTG
TTAGGCATTTGGAGGAAGCCACTGGTTCTGTTGCTGTTGGCCAAATCGTGAGGACGGTTA
TATTGTACCGGCCTAGTCCCACCAAAATGAAAGCTGAGGAG

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DS 

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GG
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CCTTCTCCGACATCCCGAACCACCGTCTTCCTTCGGTGTCTTCATCAGACCCTTTCGCTT
CTCCGCTATAACATGTCAATCCAGCCGCGGTAACAAGCCTCGCTTTCAATCAATCTCTTC
AAAGCTTCCGCTTCCTTTCCACTCTACTTCTTCTTCTTCTTCTTCACTCGTAGCGAAATC
CTTCTCTGCCATCGATGAGCCGGACCTCCTCGGAGAAGAAGATGAGAGCGAGGAAGACGA
TTACAACGAAGAAAAAGACGAAGGAGAAGAGCTGGACAGTGGAATGGTATCCGCGAGAGG
AAGTGAGGAGGACTACGAGGAAGGTTTAGGAGAGAAGGAGGAGGAGGATAAGATAGAGAA
GATGAAGAAGAAGGCTCGGGGCTCCGGTTTGAAGTTGACTATTAAGGAGAAGAAGGAACT
TGCTTCATACGCCCATAGTCTTGGTGACAAATTGAAATGTCAACTCGTCGGAAAATCTGG
CGTTACTGATTCGGTGGTTTTCTCATTCCTCGAGACTCTAGAGAAGAACGAGCTCTTAAA
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AGCCACTGGTTCTGTTGCTGTTGGCCAAATCGGGAGGACTGTGATATTGTACCGGCCTAG
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DS 

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GG
ACAGATGGGGAGCGTAAGAATACCACCACCGTCTTCTTCATCGACACATCTTATCCACAA
CCTTCTCCGACATCCCGAACCACCGTCTTCCTTCGGTGTCTTCATCAGACCCTTTCGCTT
CTCCGCTATAACATGTCAATCCAGCCGCGGTAACAAGCCTCGCTTTCAATCAATCTCTTC
AAAGCTTCCGCTTCCTTTCCACTCTACTTCTTCTTCTTCTTCTTCACTCGTAGCGAAATC
CTTCTCTGCCATCGATGAGCCGGACCTCCTCGGAGAAGAAGATGAGAGCGAGGAAGACGA
TTACAACGAAGAAAAAGACGAAGAAGAAGAGCTGGACAGTGGAATGGTATCCGCGAGAGG
AAGTGAGGAGGGCTACGAGGAAGGTTTAAGAGAGAAGGAGGAGGAGGATAAGATAGAGAA
GATGAAGAAGAAGGCTCGGGGCTCCGGTTTGAAGTTGACTATTAAGGAGAAGAAGGAACT
TGCTTCATACGCCCATAGTCTTGGTGACAAATTGAAATGTCAACTCGTCGGAAAATCTGG
CGTTACTGATTCGGTGGTTTTCTCATTCCTCGAGACTCTAGAGAAGAACGAGCTCTTAAA
GGTGAAGATACGCAAGACGTCTCCAGAGGAGATGGAGGACGCTGTTATGCATTTGGAGGA
AGCCACTGGTTCTGTTGCTGTTGGCCAAATCGGGAGGACTGTGATATTGTACCGGCCTAG
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*AGACAGAAGTTCTCAAACTCGCGACCCACTAGACCTTTTAG*AGAGAGTATTCAGAGAG
ACCTGATGGA

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DS 

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TTCACTCGTAGCGAAATCCTTCTCTGCCATCGATGAGCCGGACCTCCTCGGAGAAGAAGA
TGAGAGCGAGGAAGACGATTACAACGAAGAAAAAGACGAAGAAGAAGAGCTGGACAGTGG
AATGGTATCCGCGAGAGGAAGTGAGGAGGGCTACGAGGAAGGTTTAAGAGAGAAGGAGGA
GGAGGATAAGATAGAGAAGATGAAGAAGAAGGCTCGGGGCTCCGGTTTGAAGTTGACTAT
TAAGGAGAAGAAGGAACTTGCTTCATACGCCCATAGTCTTGGTGACAAATTGAAATGTCA
ACTCGTCGGAAAATCTGGCGTTACTGATTCGGTGGTTTTCTCATTCCTCGAGACTCTAGA
GAAGAACGAGCTCTTAAAGGTGAAGATACGCAAGACGTCTCCAGAGGAGATGGAGGACGC
TGTTATGCATTTGGAGGAAGCCACTGGTTCTGTTGCTGTTGGCCAAATCGGGAGGACTGT
GATATTGTACCGGCCTAGTCCCACCAAAATGAAGGCAGAGGAGAAGAAGAAAGAAGTTGA
GAGATTGTTGATTAGAAGGAGACAGAAGTTCTCAAACTCGCGACCCACTAGACCTTTTAG
GAGAGAGTATTCAGAGAGACCTGATGGACGTGGACGCAGAGGAGGAAGTAGAATTGCAAC
GCCTTGATTTATTGTTATTATTAATTTGCGCGGTTTGTTTTTTTATTATCACCATCACCT
AAGAAGACCAGTTCTTTGCTTTTATATGCATTTTCTTC

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DS 



AS 1 6

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GGACACAATTATATACATAAAGAGAGAGAGAGGTAGATAACACTTGAGAGAGAGATGGTG
TATGCAGGTTACTGCTTGAAGGAGAAGAAGACATGTGTGAGATGGGTGGAGAGATACTTC
GATGACTGTCTTTGTAACCTGAACGATGAAGTCTCGTTCTCACTTGGAATCGTTAGCCTT
ATCTGCTGGGGCGTGGCAGAGATTCCCCAGATCATTACCAACTTCCGTACAAAATCTAGT
CATGGTGTCTCTCTATCTTTCCTCCTCGCTTGGGTCGCTGGTGATATCTTCAATCTCATC
GGGTGTCTTCTTGAACCAGCTACCTTGCCGACTCAGTTCTACACAGCCTTGCTTTACACA
GTGAGCACCGTGGTATTAGTGATCCAGACAATTTACTACGACTATATCTACAGACTTTGT
ACACATGGACGCACCAAGATCTGTCAAAAGGAGGAAGAGGATGAAGAGAAGAGGCCATTA
AACCCACCGAAGACGATGGGATCTGCAATTTCCATCCCAGGAGAATCTTACAAAGCTTCT
CCTCTGAGAGAGTTCTATTACACGTCAGCGAGATCACTGGCCGGAAGCGGAACACCGCCT
TTAAGAACGTCGTATTTTCGGGTGGCTAAGAGTGGACCTTCAGCCATGACAATAGATAGT
GGTTCCTCCTCGGACGAAGACGAGACAATGTTGACGCTTCCTGTTGTAACGGCTAAGACC
ATTACCCAACCAAGGCCAATCCCAAGACAGACAGGTATTGGAACGTTCTTAGCCGCATCT
GTTAGCCTTCCGCTGCAGGTCAAAAGCCTAGCGGAAAAGTATGCACATGCTTCAAGCAGG
CGGCTTCTAAATGAAAGAAGAGTTGAGCATAGCGCATTGGGACAATGGTTGGGATGGCTA
ATGGCAGCCATTTACATGGGTGGTCGCATCCCTCAGATCTGGCTAAACATCAAACGAGGA
AGCGTGGAGGGATTGAATCCACTCATGTTTATATTTGCGCTTGTAGCCAATGCAACATAC
GTTGGTAGTATTCTTGTAAGAACAACTGAATGGGATAGTATCAAAGCAAATCTCCCTTGG
TTGCTTGATGCTATTGTCTGCGTCCTACTCGATCTATTTATCATATTGCAGTATATCTAC
TACAAGTATTGCAGCTCAAAAGGCGAAGAAGAAGAACATGGCTACGGAGACTATGTGGAA
GCAAGCAAAACTTTGGTTTCGTGAATCACTCTTTGCGTTACAGTGATTTCTAAGTATTGA
TTCGAGGGTGTATGTCTGTCTACGAATCTATTTATATATGATAATCATAGTTCATTTAGC
ACC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 5 5 5 5 5 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3F780TF U 1
AF RR3BO37TF U 3
AF RR3DY48TF U 3
AF RR3CM07TF U 1
AF RR3BO37JQ C 642
AF RR3F780JQ C 673
BS 1 734 RR3CM07TF
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BS 736 754 RR3CM07TF
BS 755 756 RR3BO37JQ
BS 757 757 RR3F780JQ
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BS 889 1275 RR3BO37JQ
BS 1276 1323 RR3F780JQ

RD RR3F780TF 302 0 0
GGAC
ACAATTATATACATAAAGAGAGAGAG**GTAGATAACACTTGAGAGAGAGATGGTGTATG
CAGGTTACTGCTTGAAGGAGAAGAAGACATGTGTGAGATGGGTGGAGAGATACTTCGATG
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GCTGGGGCGTGGCAGAGATTCCCCAGATCATTACCAACTTCCGTACAAAATCTAGTCATG
GTGTCTCTCTATCTTTCCTCCTCGCTTGGGTCGCTGGTGATATCTTCAATCTCATCGG

QA 5 302 5 302
DS 

RD RR3BO37TF 672 0 0
GG
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CAGGTTACTGCTTGAAGGAGAAGAAGACATGTGTGAGATGGGTGGAGAGATACTTCGATG
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GCTGGGGCGTGGCAGAGATTCCCCAGATCATTACCAACTTCCGTACAAAATCTAGTCATG
GTGTCTCTCTATCTTTCCTCCTCGCTTGGGTCGCTGGTGATATCTTCAATCTCATCGGGT
GTCTTCTTGAACCAGCTACCTTGCCGACTCAGTTCTACACAGCCTTG**********TGA
GCACCGTGGTATTAGTGATCCAGACAATTTACTACGACTATATCTACAGACTTTGTACAC
ATGGACGCACCAAGATCTGTCAAAAGGAGGAAGAGGATGAAGAGAAGAGGCCATTAAACC
CACCGAAGACGATGGGATCTGCAATTTCCATCCCAGGAGAATCTTACAAAGCTTCTCCTC
TGAGAGAGTTCTATTACACGTCAGCGAGATCACTGGCCGGAAGCGGAACACCGCCTTTAA
GAACGTCGTATTTTCGGGTGGCTAAGAGTGGACCTTCAGCCATGACAATAGATAGTGGTT
CCTCCTCGGA

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR3DY48TF 713 0 0
GG
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CAGGTTACTGCTTGAAGGAGAAGAAGACATGTGTGAGATGGGTGGAGAGATACTTCGATG
ACTGTCTTTGTAACCTGAACGATGAAGTCTCGTTCTCACTTGGAATCGTTAGCCTTATCT
GCTGGGGCGTGGCAGAGATTCCCCAGATCATTACCAACTTCCGTACAAAATCTAGTCATG
GTGTCTCTCTATCTTTCCTCCTCGCTTGGGTCGCTGGTGATATCTTCAATCTCATCGGGT
GTCTTCTTGAACCAGCTACCTTGCCGACTCAGTTCTACACAGCCTTGCTTTACACAGTGA
GCACCGTGGTATTAGTGATCCAGACAATTTACTACGACTATATCTACAGACTTTGTACAC
ATGGACGCACCAAGATCTGTCAAAAGGATGAAGAGGATGAAGAGAAGAGGCCATTAAACC
CACCGAAGACGATGGGATCTGCAATTTCCATCCCAGGAGAATCTTACAAAGCTTCTCCTC
TGAGAGAGTTCTATTACACGTCAGCGAGATCACTGGCCGGAAGCGGAACACCGCCTTTAA
GAACGTCGTATTTTCGGGTGGCTAAGAGTGGACCTTCAGCCATGACAATAGATAGTGGTT
CCTCCTCGGACGA*GACGAGACAATGTTGACGCTTCCTGTTGTAACGGCTA

QA 3 713 3 713
DS 

RD RR3CM07TF 754 0 0
GGACACAATTATATACATAAAGAGAGAGAGAGGTAGATAACACTTGAGAGAGAGATGGTG
TATGCAGGTTACTGCTTGAAGGAGAAGAAGACATGTGTGAGATGGGTGGAGAGATACTTC
GATGACTGTCTTTGTAACCTGAACGATGAAGTCTCGTTCTCACTTGGAATCGTTAGCCTT
ATCTGCTGGGGCGTGGCAGAGATTCCCCAGATCATTACCAACTTCCGTACAAAATCTAGT
CATGGTGTCTCTCTATCTTTCCTCCTCGCTTGGGTCGCTGGTGATATCTTCAATCTCATC
GGGTGTCTTCTTGAACCAGCTACCTTGCCGACTCAGTTCTACACAGCCTTGCTTTACACA
GTGAGCACCGTGGTATTAGTGATCCAGACAATTTACTACGACTATATCTACAGACTTTGT
ACACATGGACGCACCAAGATCTGTCAAAAGGAGGAAGAGGATGAAGAGAAGAGGCCATTA
AACCCACCGAAGACGATGGGATCTGCAATTTCCATCCCAGGAGAATCTTACAAAGCTTCT
CCTCTGAGAGAGTTCTATTACACGTCAGCGAGATCACTGGCCGGAAGCGGAACACCGCCT
TTAAGAACGTCGTATTTTCGGGTGGCTAAGAGTGGACCTTCAGCCATGACAATAGATAGT
GGTTCCTCCTCGGACGAAGACGAGACAATGTTGACGCTTCCTGTTGTAACGGCTAAGACC
ATTACCCAACCAAG*CCAATCCCAAGACAGACAG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3BO37JQ 634 0 0
AGCCATGACAATAGATAGTGGTTCCTCCTCGGACGAAGACGAGACAATGTTGACGCTTCC
TGTTGTAACGGCTAAGACCATTACCCAACCAAGGCCAATCCCAAGACAGACAGGTTTTGG
AACGTTCTTAGCCGCATCTGTTAGCCTTCCGCTGCAGGTCAAAAGCCTAGCGGAAAAGTA
TGCACATGCTTCAAGCAGGCGGCTTCTAAATGAAAGAAGAGTTGAGCATAGCGCATTGGG
ACAATGTTTGGGATGGCTAATGGCAGCCATTTACATGGGTGGTCGCATCCCTCAGATCTG
GCTAAACATCAAACGAGGAAGCGTGGAGGGATTGAATCCACTCATGTTTATATTTGCGCT
TGTAGCCAATGCAACATACGTTGGTAGTATTCTTGTAAGAACAACTGAATGGGATAGTAT
CAAAGCAAATCTCCCTTGGTTGCTTGATGCTATTGTCTGCGTCCTACTCGATCTATTTAT
CATATTGCAGTATATCTACTACAAGTATTGCAGCTCAAAAGGCGAAGAAGAAGAACATGG
CTACGGAGACTATGTGGAAGCAAGCAAAACTTTGGTTTCGTGAATCACTCTTTGCGTTAC
AGTGATTTCTAAGTATTGATTCGAGGGTGTATGT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3F780JQ 651 0 0
GACGAAGACGAGACAATGTTGACGCTTCCTGTTGTAACGGCTAAGACCATTACCCAACCA
AGGCCAATCCCAAGACAGACAGGTATTGGAACGTTCTTAGCCGCATCTGTTAGCCTTCCG
CTGCAGGTCAAAAGCCTAGCGGAAAAGTATGCACATGCTTCAAGCAGGCGGCTTCTAAAT
GAAAGAAGAGTTGAGCATAGCGCATTGGGACAATGGTTGGGATGGCTAATGGCAGCCATT
TACATGGGTGGTCGCATCCCTCAGATCTGGCTAAACATCAAACGAGGAAGCGTGGAGGGA
TTGAATCCACTCATGTTTATATTTGCGCTTGTAGCCAATGCAACATACGTTGGTAGTATT
CTTGTAAGAACAACTGAATGGGATAGTATCAAAGCAAATCTCCCTTGGTTGCTTGATGCT
ATTGTCTGCGTCCTACTCGATCTATTTATCATATTGCAGTATATCTACTACAAGTATTGC
AGCTCAAGAGGCGAAGAAGAAGAACATGGCTACGGAGACTATGTGGAAGCAAGCAAAACT
TTGGTTTCGTGAATCACTCTTTGCGTTACAGTGATTTCTAAGTATTGATTCGAGGGTGTA
TGTCTGTCTACGAATCTATTTATATATGATAATCATAGTTCATTTAGCACC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 8

CO CL655Contig1 1342 8 10 U
CCTTATCAGAGAGGGGCCCCCTAGGGGGTGTTTAGTAACTCGAGCATTTCTTGTTTACTC
GAACAGCAAAGGAGAGGTGCTTTAGCAACTCGACTGCAAGGAGAGGGGCTGTGTAACTGC
TCTAAATAACACTACTCTCATCCCTCGCTTTTGTTCAATTATAAATCTAAATAAAAGAAA
GAAGAACTTTAATGGAGATTTATAGCATCATTCAAGTAAATACAGATTAAGATCGTAAAA
ACATAAGCTTGTAATATAGCTACACCTAATTCCAGACCGGTTAATGCAAGAACTATAAAT
AAAGGACCAAGAGCCCCTATAAAATAGAAAATCTCATTCATACATAGCATAGTCCAAGCG
AACCCACTTAAAATCTTTACTAAACTATGACCGGCCATCATATTAGCAAATAAACGTATT
CCTAAGCTTAATGCGCGAAAACAATAAGAAATTAGCTCAAGGAGTACTAAAAAAGGTGCT
AACGGCAGTGGGACTCCTGCGGGTAATAAAAAGCTGAAAAAATGAAGCCCATGTCTTTGA
AATCCCACTATAGTAATGCCAATAAAAATAGAAAATGAGAGAGCCAAAGTAATGAGAAAA
TGACTTGTCACTGTGAAGCTATAAGGTATCATACCCTGAAGATTACAAAATAACAAAAAA
AGAAAAGTGACCAAGATGCAAGGGAAAAACATTTGTTTCACATTTCCGGAAAGACCACCT
ATTTGTTCCTTTACCAGGTTCAGCACGAAATCATAAAGAAGCTCTACCAAGGATTGCCAA
GCATTTGGGACTAAGTTTCCTCCTCCCTTTTTAGTAATAAAATGAATCAGAAGTAGGAAA
AAACTCAGAGTTAGCAGCATGAACAAAGATGAATTTGTGAATGAGAAATAGAAGTTTCCG
ATATTCATAGGAATCAATGGGACAATCTCAAATTGGTCAAGTGGGGACTGCGCCACCAGC
CCTATTTGATTCATAGCCTCCTTAAAGGCTGAACTTTGTACTCCGTTTTCGCTCAAATCA
TCCAAAATGTGCTGAAGAAAAGCGGTATTGTCACTTCCCGCTTCGGCCGCTTCAAAAACC
TTGCGAGGTCGAGAACGACGGGGAGAGTGATGCAGAATGAAACCCTTACTTAGTGCGGAG
ACAGGATTCGAACCTGTAATCTTCAGGTCATGAGCCTGATGAGTTGACCAATTCCTCTAC
CCCGCTTCTTCCCCGAGGTATTTATTACTTCTGCTCATAAGGCTTTCAGACCTCAACTAG
TGCTTTGGTTCAGAATCTGAACATAGCGCCCTTACCTAATTCACTTCGAGAAAGATCACT
CCACAAAGCAGCCTTCTTCTTC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK32JQ U 5
AF RR3AL25JQ U 2
AF RR3AK32TF C 25
AF RR3CL24JQ U 1
AF RR3AL66JQ U 1
AF RR3AL66TF C 84
AF RR3CL24TF C 362
AF RR3AL25TF C 641
BS 1 151 RR3AL66JQ
BS 152 152 RR3CL24JQ
BS 153 660 RR3AL66JQ
BS 661 661 RR3CL24JQ
BS 662 791 RR3AL66JQ
BS 792 837 RR3AL66TF
BS 838 871 RR3CL24TF
BS 872 872 RR3AL25TF
BS 873 1132 RR3CL24TF
BS 1133 1342 RR3AL25TF

RD RR3AK32JQ 650 0 0
ATCAGAA
AGGGGCCCCCTAGGGGGTGTTTAGTAACTCGAGCATTTCTTGTTTACTCGAACAGCAAAG
GAGAGGTGCTTTAGCAACTCGACTGCAAGGAGAGGGGCTGTGTAACTGCTCTAAATAACA
CTACTCTCATCCCTCGCTTTTGTTCAATTATAAATCTAAATAAAAGAAAGAAGAACTTTA
ATGGAGATTTATAGCATCATTCAAGTAAATACAGATTAAGATCGTAAAAACATAAGCTTG
TAATATAGCTACACCTAATTCCAGACCGGTTAATGCAAGAACTATAAATAAAGGACCAAG
AGCCCCTATAAAATAGAAAATCTCATTCATACATAGCATAGTCCAAGCGAACCCACTTAA
AATCTTTACTAAACTATGACCGGCCATCATATTAGCAAATAAACGTATTCCTAAGCTTAA
TGCGCGAAAACAATAAGAAATTAGCTCAAGGAGTACTAAAAAAGGTGCTAACGGCAGTGG
GACTCCTGCGGGTAATAAAAAGCTGAAAAAATGAAGCCCATGTCTTTGAAATCCCACTAT
AGTAATGCCAATAAAAATAGAAAATGAGAGAGCCAAAGTAATGAGAAAATGACTTGTCAC
TGTGAAGCTATAAGGTATCATACCCTGAAGATTACAAAATAAC

QA 8 650 8 650
DS 

RD RR3AL25JQ 683 0 0
CTTATCAAAG
AGGGGCCCCCTAGGGGGTGTTTAGTAACTCGAGCATTTCTTGTTTACTCGAACAGCAAAG
GAAAGGTGCTTTAGCAACTCGACTGCAAGGAGAGGGGCTGTGTAACTGCTCTAAATAACA
CTACTCTCATCCCTCGCTTTTGTTCAATTATAAATCTAAATAAAAGAAAGAAAAACTTTA
ATGGAGATTTATAGCATCATTCAAGTAAATACAGATTAAAATCGTAAAAACATAAGCTTG
TAATATAGCTACACCTAATTCCAGACCGGTTAATGCAAGAACTATAAATAAAGGACCAAG
AGCCCCTATAAAATAGAAAATCTCATTCATACATAGCATAGTCCAAGCGAACCCACTTAA
AATCTTTACTGAACTATGACCGGCCATCATATTAGCAAATAAACGTATTCCTAAGCTTAA
TGCGCGAAAACAATAAGAAATTAGCTCAAGGGGTACTAAAAAAGGTGCTAACGGCAGTGG
GACTCCTGCGGGTAATAAAAAGCTGAAAAAATGAAGCCCATGTCTTTGAAATCCCACTAT
AGTAATGCCAATAAAAATAGAAAATGAGAGAGCCAAAGTAATGAGAAAATGACTTGTCAC
TGTGAAGCTATAAGGTATCATACCCTGAAGATTACAAAATAACAAAAAAAGAAAAGTGAC
CAAGATGCAAGGG

QA 11 683 11 683
DS 

RD RR3AK32TF 660 0 0
GGGGTGTTTAGTAACTCGAGCATTTCTTGTTTACTCGAACAGCAAAGGAGAGGTGCTTTA
GCAACTCGACTGCAAGGAGAGGGGCTGTGTAACTGCTCTAAATAACACTACTCTCATCCC
TCGCTTTTGTTCAATTATAAATCTAAATAAAAGAAAGAAGAACTTTAATGGAGATTTATA
GCATCATTCAAGTAAATACAGATTAAGATCGTAAAAACATAAGCTTGTAATATAGCTACA
CCTAATTCCAGACCGGTTAATGCAAGAACTATAAATAAAGGACCAAGAGCCCCTATAAAA
TAGAAAATCTCATTCATACATAGCATAGTCCAAGCGAACCCACTTAAAATCTTTACTAAA
CTATGACCGGCCATCATATTAGCAAATAAACGTATTCCTAAGCTTAATGCGCGAAAACAA
TAAGAAATTAGCTCAAGGAGTACTAAAAAAGGTGCTAACGGCAGTGGGACTCCTGCGGGT
AATAAAAAGCTGAAAAAATGAAGCCCATGTCTTTGAAATCCCACTATAGTAATGCCAATA
AAAATAGAAAATGAGAGAGCCAAAGTAATGAGAAAATGACTTGTCACTGTGAAGCTATAA
GGTATCATACCCTGAAGATTACAAAATAACAAAAAAAGAAAAGTGACCAAGATGCAAGGG

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3CL24JQ 767 0 0
CCTT
ATCAGAGAGGGGCCCCCTAGGGGGTGTTTAGTAACTCGAGCATTTCTTGTTTACTCGAAC
AGCAAAGGAGAGGTGCTTTAGCAACTCGACTGCAAGGAGAGGGGCTGTGTAACTGCTCTA
AATAACACTACTCTCATCCCTCGCTTTTGTTCAATCATAAATCTAAATAAAAGAAAGAAG
AACTTTAATGGAGATTTATAGCATCATTCAAGTAAATACAGATTAAGATCGTAAAAACAT
AAGCTTGTAATATAGCTACACCTAATTCCAGACCGGTTAATGCAAGAACTATAAATAAAG
GACCAAGAGCCCCTATAAAATAGAAAATCTCATTCATACATAGCATAGTCCAAGCGAACC
CACTTAAAATCTTTACTAAACTATGACCGGCCATCATATTAGCAAATAAACGTATTCCTA
AGCTTAATGCGCGAAAACAATAAGAAATTAGCTCAAGGAGTGCTAAAAAAGGTGCTAACG
GCAGTGGGACTCCTGCGGGTAATAAAAAGCTGAAAAAATGAAGCCCATGTCTTTGAAATC
CCACTATAGTAATGCCAATAAAAATAGAAAATGAGAGAGCCAAAGTAATGAGAAAATGAC
TTGTCACTGTGAAGCTATAAGGTATCATACCCTGAAGATTACAAAATAACAAAAAAAGAA
AAGTGACCAAGATGCAAGGGAAAAACATTTGTTTCACATTTCCGGAAAGACCACCTATTT
GTTCCTTTACCAGGTTCAGCACGAAATCATAAAGAAGCTCTAC

QA 5 767 5 767
DS 

RD RR3AL66JQ 791 0 0
CCTTATCAGAGAGGGGCCCCCTAGGGGGTGTTTAGTAACTCGAGCATTTCTTGTTTACTC
GAACAGCAAAGGAGAGGTGCTTTAGCAACTCGACTGCAAGGAGAGGGGCTGTGTAACTGC
TCTAAATAACACTACTCTCATCCCTCGCTTT*GTTCAATTATAAATCTAAATAAAAGAAA
GAAGAACTTTAATGGAGATTTATAGCATCATTCAAGTAAATACAGATTAAGATCGTAAAA
ACATAAGCTTGTAATATAGCTACACCTAATTCCAGACCGGTTAATGCAAGAACTATAAAT
AAAGGACCAAGAGCCCCTATAAAATAGAAAATCTCATTCATACATAGCATAGTCCAAGCG
AACCCACTTAAAATCTTTACTAAACTATGACCGGCCATCATATTAGCAAATAAACGTATT
CCTAAGCTTAATGCGCGAAAACAATAAGAAATTAGCTCAAGGAGTACTAAAAAAGGTGCT
AACGGCAGTGGGACTCCTGCGGGTAATAAAAAGCTGAAAAAATGAAGCCCATGTCTTTGA
AATCCCACTATAGTAATGCCAATAAAAATAGAAAATGAGAGAGCCAAAGTAATGAGAAAA
TGACTTGTCACTGTGAAGCTATAAGGTATCATACCCTGAAGATTACAAAATAACAAAAAA
*GAAAAGTGACCAAGATGCAAGGGAAAAACATTTGTTTCACATTTCCGGAAAGACCACCT
ATTTGTTCCTTTACCAGGTTCAGCACGAAATCATAAAGAAGCTCTACCAAGGATTGCCAA
GCATTTGGGAC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3AL66TF 754 0 0
AGCAACTCGACTGCAAGGAGAGGGGCTGTGTAACTGCTCTAAATAACACTACTCTCATCC
CTCGCTTT*GTTCAATTATAAATCTAAATAAAAGAAAGAAGAACTTTAATGGAGATTTAT
AGCATCATTCAAGTAAATACAGATTAAGATCGTAAAAACATAAGCTTGTAATATAGCTAC
ACCTAATTCCAGACCGGTTAATGCAAGAACTATAAATAAAGGACCAAGAGCCCCTATAAA
ATAGAAAATCTCATTCATACATAGCATAGTCCAAGCGAACCCACTTAAAATCTTTACTAA
ACTATGACCGGCCATCATATTAGCAAATAAACGTATTCCTAAGCTTAATGCGCGAAAACA
ATAAGAAATTAGCTCAAGGAGTACTAAAAAAGGTGCTAACGGCAGTGGGACTCCTGCGGG
TAATAAAAAGCTGAAAAAATGAAGCCCATGTCTTTGAAATCCCACTATAGTAATGCCAAT
AAAAATAGAAAATGAGAGAGCCAAAGTAATGAGAAAATGACTTGTCACTGTGAAGCTATA
AGGTATCATACCCTGAAGATTACAAAATAACAAAAAA*GAAAAGTGACCAAGATGCAAGG
GAAAAACATTTGTTTCACATTTCCGGAAAGACCACCTATTTGTTCCTTTACCAGGTTCAG
CACGAAATCATAAAGAAGCTCTACCAAGGATTGCCAAGCATTTGGGACTAAGTTTCCTCC
TCCCTTTTTAGTAATAAAATGAATCAGAAGTAGG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3CL24TF 772 0 0
ACCCACTTAAAATCTTTACTAAACTATGACCGGCCATCATATTAGCAAATAAACGTATTC
*TAAGCTTAATGCGCGAAAACAATAAGAAATTAGCTCAAGGAGTGCTAAAAAAGGTGCTA
ACGGCAGTGGGACTC*TGCGGGTAATAAAAAGCTGAAAAAATGAAGCCCATGTCTTTGAA
ATCCCACTATAGTAATGCCAATAAAAATAGAAAATGAGAGAGCCAAAGTAATGAGAAAAT
GACTTGTCACTGTGAAGCTATAAGGTATCATACCCTGAAGATTACAAAATAACAAAAAAA
GAAAAGTGACCAAGATGCAAGGGAAAAACATTTGTTTCACATTTCCGGAAAGACCACCTA
TTTGTTCCTTTACCAGGTTCAGCACGAAATCATAAAGAAGCTCTACCAAGGATTGCCAAG
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AACTCAGAGTTAGCAGCATGAACAAAGATGGATTTGTGAATGAGAAATAGAAGTTTCCGA
TATTCATAGGAATCAATGGGACAATCTCAAATTGGTCAAGTGGGGACTGCGCCACCAGCC
CTATTTGATTCATAGCCTCCTTAAAGGCTGAACTTTGTACTCCGTTTTCGCTCAAATCAT
CCAAAATGTGCTGAAGAAAAGCGGTATTGTCACTTCCCGCTTCGGCCGCTTCAAAAACCT
TGCGAGGTCGAGAACGACGGGGAGAGTGATGCAGAATGAAACCCTTACTTA
C

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3AL25TF 702 0 0
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CATTTCCGGAAAGACCACCTATTTGTTCCTTTACCAGGTTCAGCACGAAATCATAAAGAA
GCTCTACCAAGGATTGCCAAGCATTTGGGACTAAGTTTCCTCCTCCCTTTTTAGTAATAA
AATGAATCAGAAGTAGGAAAAAACTCAGAGTTAGCAGCATGAACAAAGATGAATTTGTGA
ATGAGAAATAGAAGTTTCCGATATTCATAGGAATCAATGGGACAATCTCAAATTGGTCAA
GTGGGGACTGCGCCACCAGCCCTATTTGATTCATAGCCTCCTTAAAGGCTGAACTTTGTA
CTCCGTTTTCGCTCAAATCATCCAAAATGTGCTGAAGAAAAGCGGTATTGTCACTTCCCG
CTTCGGCCGCTTCAAAAACCTTGCGAGGTCGAGAACGACGGGGAGAGTGATGCAGAATGA
AACCCTTACTTAGTGCGGAGACAGGATTCGAACCTGTAATCTTCAGGTCATGAGCCTGAT
GAGTTGACCAATTCCTCTACCCCGCTTCTTCCCCGAGGTATTTATTACTTCTGCTCATAA
GGCTTTCAGACCTCAACTAGTGCTTTGGTTCAGAATCTGAACATAGCGCCCTTACCTAAT
TCACTTCGAGAAAGATCACTCCACAAAGCAGCCTTCTTCTTC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 2 5

CO CL656Contig1 1154 3 11 U
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AACGAGTCTCTTCCTTTATAAATCCCATTTTACAAATCTCTTTTCCCTCTCTAAAATCTC
ATCACTCTTGTGTGTATATAAAGCCTTCCCCTTTTTTTTTCAAATCCTTCTCTTCCAATC
ATTTTGGGGCTAACTTAAACCCTAGATTTCAGATTCAGGATTGCAAACTAGCCAAAGAGA
ATGGCTGATCAAGGAATGGAAGGGAGCCAGCCAGTTGACCTTAGCAGGCATCCTTCAGGG
ATTGTTCCTACTCTTCAAAACATTGTCTCAACAGCCAACTTAGACTGCAAGCTTGATCTT
AAAGCCATTGCGTTGCAGGCTCGTAATGCTGAATATAACCCCAAGCGCTTTGCTGCGGTA
ATCATGAGGATAAGAGAGCCAAAGACAACCGCTTTGATCTTTGCTTCTGGAAAAATGGTG
TGTACTGGAGCTAAGAGTGAACACCTTTCAAAACTGGCTGCGAGGAAGTACGCTCGGATT
GTTCAAAAGCTTGGCTTTCCTGCAAAGTTCAAGGATTTCAAGATTCAGAACATTGTAGGC
TCTTGTGATGTCAAATTCCCCATTAGGCTTGAAGGTCTTGCATACTCTCACAGTGCTTTC
TCAAGTTACGAGCCTGAACTATTCCCAGGACTGATATATAGGATGAAACAACCAAAGATA
GTACTCCTTATTTTTGTGTCTGGAAAGATTGTTATAACTGGAGCCAAAATGAGAGAAGAG
ACTTACACCGCCTTTGAGAATATCTACCCAGTTCTTACAGAGTTCAGGAAAATCCAACAA
TAATACTAGCCTATACACCAGAAAACATGTTCACATTTGGATTGTCATGAACCAGAGATC
TCAGGATGGTGGCAAGCGCTTGGTGAGGTTATCTTACTTCAATAAGGACTTGGTCTGATC
CAGATTGAAAACCAAAAACTGTAAATACCGAAAGGAGATGCCAATGCATCTCTTTTTTTT
TGTTGTATGTTTCTTCCACGTATCTTTTTTCCTGTAATGTTTGTTTCAATGAGCAATACC
ATAGTAACTTAGAACCTCTCTCCTAACCATATGTAATAAGACACTAAGACTCTGTAATAA
ACTCCTTTAAGCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU19TF U 1
AF RR3B602TF U 8
AF RR3B602JQ C 415
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BS 239 266 RR3GU19TF
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BS 336 596 RR3GU19TF
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BS 866 874 RR3B602TF
BS 875 1154 RR3B602JQ

RD RR3GU19TF 596 0 0
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AACGAGTCTCTTCCTTTATAAATCCCATTTTACAAATCTCTTTTCCCTCTCTAAAATCTC
ATCACTCTTGTGTGTATATAAAGCCTTCCCCTTTTTTTTTCAAATCCTTCTCTTCCAATC
ATTTTGGGGCTAACTTAAACCCTAGATTTCAGATTCAGGATTGCAAACTAGCCAAAGGGA
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ATTGTTCCTACTCTTCAAAACATTGTCTCAACAGTCAACTTAGACTGCAAGCTTGATCTT
AAAGCCATTGCGTTGCAGGCTCGTAATGCTGAATATAACCCCAAGCGCTTTGCTGCGGTA
ATCATGAGGATAAGAGAGCCAAAGACAACCGCTTTGATCTTTGCTTCTGGAAAAATGGTG
TGTACTGGAGCTAAGAGTGAACACCTTTCAAAACTGGCTGCGAGGAAGTACGCTCGGATT
GTTCAAAAGCTTGGCTTTCCTGCAAAGTTCAAGGATTTCAAGATTCAGAACATTGT

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3B602TF 867 0 0
GG
CCTCATCACAAATCTCATCCCCAAGAGGCAGAGAGAGGGAGCGATATAGAAAACGAGTCT
CTTCCTTTATAAATCCCATTTTACAAATCTCTTTTCCCTCTCTAAAATCTCATCACTCTT
GTGTGTATATAAAGCCTTCCCCTTTTTTT**CAAATCCTTCTCTTCCAATCATTTTGGGG
CTAACTTAAACCCTAGATTTCAGATTCAGGATTGCAAACTAGCCAAAGAGAATGGCTGAT
CAAGGAATGGAAGGGAGCCAGCCAGTTGACCTTAGCAGGCATCCTTCAGGGATTGTTCCT
ACTCTTCAAAACATTGTCTCAACAGCCAACTTAGACTGCAAGCTTGATCTTAAAGCCATT
GCGTTGCAGGCTCGTAATGCTGAATATAACCCCAAGCGTTTTGCTGCGGTAATCATGAGG
ATAAGAGAGCCAAAGACAACCGCTTTGATCTTTGCTTCTGGAAAAATGGTGTGTACTGGA
GCTAAGAGTGAACACCTTTCAAAACTGGCTGCGAGGAAGTACGCTCGGATTGTTCAAAAG
CTTGGCTTTCCTGCAAAGTTCAAGGATTTCAAGATTCAGAACATTGTAGGCTCTTGTGAT
GTCAAATTCCCCATTAGGCTTGAAGGTCTTGCATACTCTCACAGTGCTTTCTCAAGTTAC
GAGCCTGAACTATTCCCAGGACTGATATATAGGATGAAACAACCAAAGATAGTACTCCTT
ATTTTTGTGTCTGGAAAGATTGTTATAACTGGAGCCAAAATGAGAGAAGAGACTTACACC
GCCTTTGAGAATATCTACCCAGTTCTTACAGAGTTCAGGAAAATCCAACAATAATACTAG
CCTATACACCAGAAA*CATGTTCAC

QA 3 867 3 867
DS 

RD RR3B602JQ 740 0 0
GCG
GTAATCATGAGGATAAGAGAGCCAAAGACAACCGCTTTGATCTTTGCTTCTGGAAAAATG
GTGTGTACTGGAGCTAAGAGTGAACACCTTTCAAAACTGGCTGCGAGGAAGTACGCTCGG
ATTGTTCAAAAGCTTGGCTTTCCTGCAAAGTTCAAGGATTTCAAGATTCAGAACATTGTA
GGCTCTTGTGATGTCAAATTCCCCATTAGGCTTGAAGGTCTTGCATACTCTCACAGTGCT
TTCTCAAGTTACGAGCCTGAACTATTCCCAGGACTGATATATAGGATGAAACAACCAAAG
ATAGTACTCCTTATTTTTGTGTCTGGAAAGATTGTTATAACTGGAGCCAAAATGAGAGAA
GAGACTTACACCGCCTTTGAGAATATCTACCCAGTTCTTACAGAGTTCAGGAAAATCCAA
CAATAATACTAGCCTATACACCAGAAAACATGTTCACATTTGGATTGTCATGAACCAGAG
ATCTCAGGATGGTGGCAAGCGCTTGGTGAGGTTATCTTACTTCAATAAGGACTTGGTCTG
ATCCAGATTGAAAACCAAAAACTGTAAATACCGAAAGGAGATGCCAATGCATCTCTTTTT
TTTTGTTGTATGTTTCTTCCACGTATCTTTTTTCCTGTAATGTTTGTTTCAATGAGCAAT
ACCATAGTAACTTAGAACCTCTCTCCTAACCATATGTAATAAGACACTAAGACTCTGTAA
TAAACTCCTTTAAGCCG

QA 4 740 4 740
DS 



CO CL656Contig2 978 2 2 U
CTCTAAATCCTCTCTTCCTTCATTTGTGTATATATACACAAATCCTTCTCCTTTTCAAAT
CATTTGGAGGTTTCGAAACCCTAGATTTGAGATTCCGCATTCCAATCTAACGAAAGAGAA
TGGCTGAACAAGGAATGGAAGGGAGTCAGCCAGTTGACCTTATGAAACATCCTTCAGGGA
TTATTCCAACTCTTCAAAACATTGTCTCGACAGTGAACTTAGACCGCAAGCTTGATCTTA
AATCCATAGCTTTGCAGGCTCGTAATGCTGAATATAACCCCAAGCGTTTTGCTGCAGTAA
TCATGAGGATAAGAGAGCCAAAGACTACAGCTTTGATTTTTGCTTCTGGGAAAATGGTAT
GTACCGGAGCCAAGAGTGAACATTTTTCAAAGCTTGCTGCGAGAAAGTACGCTCGGATTG
TTCAAAAGCTTGGCTTTCCTGCAAAGTTCAAGGATTTCAAGATTCAGAACATTGTAGGGT
CTTGTGATGTCAAATTCCCCATTAGGCTTGAAGGTCTTGCATACTCTCACAGTGCTTTCT
CAAGTTACGAGCCTGAACTATTCCCAGGGCTGATATATAGGATGAAACAACCAAAGATTG
TGCTACTTATTTTTGTTTCTGGGAAGATTGTTATAACTGGAGCCAAGATGAGAGAAGAGA
CTTACACTGCCTTTGAGAATATCTACCCAGTTCTTACAGAGTTCAGGAAAATCCAGCAGT
GATAGTATAGCTATGATATACATCAGAAGCAAAGAGAACATGTTTACAATTCAGATTGCC
ATGAACTAGAGATCCCGGGTGGTGGCAAAGCGCTTGGTGAGGTTACTTTCCTTCAACAAA
GGACTGTGTTTGATTATTCAGATTGAGAACCAGAATTTGTAAATACAGAATGGAGATTCC
AATCTCTTCTTCTTTTTTGTTCTATGTTGCTTCCAAGTATTGTGTTTCGTGTAATGTTTG
TTTTAGTGAGCAGTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H856TF U 1
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BS 1 500 RR3H856TF
BS 501 978 RR3H856JQ

RD RR3H856TF 500 0 0
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CATTTGGAGGTTTCGAAACCCTAGATTTGAGATTCCGCATTCCAATCTAACGAAAGAGAA
TGGCTGAACAAGGAATGGAAGGGAGTCAGCCAGTTGACCTTATGAAACATCCTTCAGGGA
TTATTCCAACTCTTCAAAACATTGTCTCGACAGTGAACTTAGACCGCAAGCTTGATCTTA
AATCCATAGCTTTGCAGGCTCGTAATGCTGAATATAACCCCAAGCGTTTTGCTGCAGTAA
TCATGAGGATAAGAGAGCCAAAGACTACAGCTTTGATTTTTGCTTCTGGGAAAATGGTAT
GTACCGGAGCCAAGAGTGAACATTTTTCAAAGCTTGCTGCGAGAAAGTACGCTCGGATTG
TTCAAAAGCTTGGCTTTCCTGCAAAGTTCAAGGATTTCAAGATTCAGAACATTGTAGGGT
CTTGTGATGTCAAATTCCCC

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR3H856JQ 786 0 0
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TGCAGGCTCGTAATGCTGAATATAACCCCAAGCGTTTTGCTGCAGTAATCATGAGGATAA
GAGAGCCAAAGACTACAGCTTTGATTTTTGCTTCTGGGAAAATGGTATGTACCGGAGCCA
AGAGTGAACATTTTTCAAAGCTTGCTGCGAGAAAGTACGCTCGGATTGTTCAAAAGCTTG
GCTTTCCTGCAAAGTTCAAGGATTTCAAGATTCAGAACATTGTAGGGTCTTGTGATGTCA
AATTCCCCATTAGGCTTGAAGGTCTTGCATACTCTCACAGTGCTTTCTCAAGTTACGAGC
CTGAACTATTCCCAGGGCTGATATATAGGATGAAACAACCAAAGATTGTGCTACTTATTT
TTGTTTCTGGGAAGATTGTTATAACTGGAGCCAAGATGAGAGAAGAGACTTACACTGCCT
TTGAGAATATCTACCCAGTTCTTACAGAGTTCAGGAAAATCCAGCAGTGATAGTATAGCT
ATGATATACATCAGAAGCAAAGAGAACATGTTTACAATTCAGATTGCCATGAACTAGAGA
TCCCGGGTGGTGGCAAAGCGCTTGGTGAGGTTACTTTCCTTCAACAAAGGACTGTGTTTG
ATTATTCAGATTGAGAACCAGAATTTGTAAATACAGAATGGAGATTCCAATCTCTTCTTC
TTTTTTGTTCTATGTTGCTTCCAAGTATTGTGTTTCGTGTAATGTTTGTTTTAGTGAGCA
GTACCC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 2 8

CO CL657Contig1 893 3 8 U
ACAAGAGATCTTTGGAGCCAAACATAAGCAATGAACACAATTGGATAAAAATATGGACTG
ATAGGAATCTAGAAGCAAATTAAATAAAAGCTTAAGTAAGCAGAATCAACGAGGAGAGGA
GGACAGGATAAGCGCACACCAATAGACAAACTTATTAAAGGGGAGACTCTGGAACTCTTA
TACTGCTCCGGACACACCTTGACGAGCCACGAGAAACCACAGAGAATCAAACCCAGGAGG
AAGAAGACTAACCATTAACTTACAAACCTCCAAGAACAGGTGAAGAAGGACCGAAGCCCC
AAATCCTTGAGACACTAGCTGAAAAATCCACGAACCGAGACGGACAACAACCGTCGCAAA
TGACCAAGGATAAGCACATCCTCCAGAACACGAAGAGACCACCACATAAGCAAACAACAC
AAACCAGCAGGAAAGGGAGACCGAGCTATTAAGAGAGGACCAAACCAGAACCGACAGGAC
CCACAAGAACCAGCACCAGCAGCCTCTACAACCACGAACTCGAACCTGCAAATCTAGAAC
TAGATTCCAAACGCCAACCTTTCATCCAAGAGAACCTGGAGGCCAGGACATAGATCTGAG
GAGGCGCCGACCGACCGCTCGTCGCTCAACAGCGAAACAACCAGCATCGAGACCTCCTAT
TGGCTCAGGCGAGCAAGAATCTGTAAGACAGAGCATCGCCATAAAAACCGATCTATAAAC
AAACCTCCAGATCCAACAAAATCAGTTCCTATATAATCTAAACGACTGAAACAAAGACAA
GAGAAGCCCCTCCGATGCTGACAAAAGGCGTCCGACACCGGAGAGCAACGGATCTGGACC
AAGATGAAGCTAGGCGGCGCTTTGAGTTTGGAGAGAAATTAGAGAGAAATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A196JQ U 11
AF RR3A619JQ U 1
AF RR3A196TF C 294
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BS 801 893 RR3A196TF

RD RR3A196JQ 652 0 0
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AGCGCACACCAATAGACAAACTTATTAAAGGGGAGACTCTGGAACTCTTATACTGCTCCG
GACACACCTTGACGAGCCACGAGAAACCACAGAGAATCAAACCCAGGAGGAAGAAGACTA
ACCATTAACTTACAAACCTCCAAGAACAGGTGCAGAAGGACCGAAGCCCCAAATCCTTGA
GACACTAGCTGAAAAATCCACGAACCGAGACGGACAACAACCGTCGCAAATGACCAAGGA
TAAGCACATCCTCCAGAACACGAAGAGACCACCACATAAGCAAACAACACAAACCAGCAG
GAAAGGGAGACCGAGCTATTAAGAGAGGACCAAACCAGAACCGACAGGACCCACAAGAAC
CAGCACCAGCAGCCTCTACAACCACGAACTCGAACCTGCAAATCTAGAACTAGATTCCAA
ACGCCAACCTTTCATCCAAGAGAACCTGGAGGCCAGGACATAGATCTGAGGAGGCGCCGA
CCGACCGCTCGTCGCTCAACAGCGAAACAACCAGCATCGAGACCTCCT
ATTG

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3A619JQ 800 0 0
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ATAGGAATCTAGGAGCAAATTAAATAAAAGCTTAAGTAAGCAGAATCAACGAGGAGAGGA
GGACAGGATAAGCGCACACCAATAGACAAACTTATTAAAGGGGAGACTCTGGAACTCTTA
TACTGCTCCGGACACACCTTGACGAGCCACGAGAAACCACAGAGAATCAAACCCAGGAGG
AAGAAGACTAACCATTAACTTACAAACCTCCAAGAACAGGTGAAGAAGGACCGAAGCCCC
AAATCCTTGAGACACTAGCTGAAAAATCCACGAACCGAGACGGACAACAACCGTCGCAAA
TGACCAAGGATAAGCACATCCTCCAGAACACGAAGAGACCACCACATAAGCAAACAACAC
AAACCAGCAGGAAAGGGAGACCGAGCTATTAAGAGAGGACCAAACCAGAACCGACAGGAC
CCACAAGAACCAGCACCAGCAGCCTCTACAACCACGAACTCGAACCTGCAAATCTAGAAC
TAGATTCCAAACGCCAACCTTTCATCCAAGAGAACCTGGAGGCCAGGACATAGATCTGAG
GAGGCGCCGACCGACCGCTCGTCGCTCAACAGCGAAACAAGCAGCATCGAGACCTCCTAT
TGGCTCAGGCGAGCAAGAATCTGTAAGACAGAGCATCGCCATAAACACCGATCTATAAAC
AAACCTCCAGATCCAACAAAATCAGTTCCTATATAATCTAAACGACTGAAACAAAGACAA
GAGAAGCCCCTCCGATGCTG

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3A196TF 600 0 0
AAGCCCCAAATCCTTGAGACACTAGCTGAAAAATCCACGAACCGAGACGGACAACAACCG
TCGCAAATGACCAAGGATAAGCACATCCTCCAGAACACGAAGAGACCACCACATAAGCAA
ACAACACAAACCAGCAGGAAAGGGAGACCGAGCTATTAAGAGAGGACCAAACCAGAACCG
ACAGGACCCACAAGAACCAGCACCAGCAGCCTCTACAACCACGAACTCGAACCTGCAAAT
CTAGAACTAGATTCCAAACGCCAACCTTTCATCCAAGAGAACCTGGAGGCCAGGACATAG
ATCTGAGGAGGCGCCGACCGACCGCTCGTCGCTCAACAGCGAAACAACCAGCATCGAGAC
CTCCTATTGGCTCAGGCGAGCAAGAATCTGTAAGACAGAGCATCGCCATAAAAACCGATC
TATAAACAGACCTCCAGATCCAACAAAATCAGTTCCTATATAATCTAAACGACTGAAACA
AAGACAAGAGAAGCCCCTCCGATGCTGACAAAAGGCGTCCGACACCGGAGAGCAACGGAT
CTGGACCAAGATGAAGCTAGGCGGCGCTTTGAGTTTGGAGAGAAATTAGAGAGAAATTCC

QA 1 600 1 600
DS 



CO CL657Contig2 1152 5 13 U
CTCTCTCATTTTCTCTCCAGCCCAATTTTGACCCACCTGACTCTTCTAAGCCATGTCAAA
AAAAAACTCGTTAATAAGCAATATAACATTTCTCTCCCAACTCAAAGTGCCGCCTAGCTT
CATCTTGGTCCAGATCCGTCGCTCTCCGGTGTCGGACGCCTTTCGTCAGCATCGGAGGGG
CTCCTCTTGTCTTTGTTTCAGTCGTTTAGATTATATAGGAACTGATTTTGTCGGATCTGG
AGGTTTGTTTATAGATCGGTTTTTATGGCGATGCTCTGTCTTACAGATTCTTGCTCGCCT
GAGCCAAGAGGAGGTCTCGATGCTGGTTGTTTCGCTGTTGAGCGACGGCGGTCGGTCGGC
GCCTCCTCAGATCTATGTCCTGGCCTCCAGGTTCTCTTGGATGAAAGGTTGGCGTTTGGA
ATCTAGTTCTAGATTTGCAGGTTCGAGTTCGTGGTTGTAGAGGCTGATGGTGCTGGTTCT
TGTGGGTCCTGTCGGTTCTGGTTTGGTCCTCTCTTAACAGCTCGGTCTCCCTTTCCTGCG
GGTTTGTGTTGTTTGCTTATGTAGTTATGTGGTGGTCTCTTCGTGTTCTGGAGGATGTGC
TTATCCTTGGTCATTTGCGACGGCTGTTGTCCGTCTCGGTTCGTGGATTTTCCGGCTAGT
GTCTCAAGGATTTGGGGCTTCGGTCCTTCTGCACCTGTTCATGGAGGTTTGTAAGTTAAT
GGTTAGTCTTCTTCCTCCTGGGTTTGATTCTCTGTGGTTTATCGTGGCTCGTCAAGGTGT
GTCCGGAGCAGTATAAGAGTTCCAGAGTCTCCCCCTTTAATAAGTTTGTCTATTGGTGTG
CGCTTATCCTGTCCTCCTCTCCTCGTTGTTTCTGCTTACTTAAGTTTTTATTTTATTTGC
TTCTAGATTCCTATCAGTCCATATTTTTATCCAATTGTGTTCATTGCTTATGTTTGGCTT
CAAAGATCTCTGGTAGTTCTGTTGGCTTTTGGCTCCAGAGGACTCTTATGCTCCTGGTGG
CTTTCTGTATTTCAAAAATGCATTCCACCCCTTTATTTTCTTCAAGTTAATAGAAATTTC
AGTGTAAAAAAAAAAAAACTCTCCTAAGCCTTTATCTTCTTGGTTGACTATGAAAAGAAA
ATTATGAGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV43TF U 75
AF RR3H087TF U 74
AF RR3F032TF U 1
AF RR3BV43JQ C 370
AF RR3F032JQ C 389
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BS 696 718 RR3F032TF
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BS 1012 1084 RR3BV43JQ
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RD RR3BV43TF 503 0 0
GAAGCAATATAAC
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GGTGTCGGACGCCTTTCGTCAGCATCGGAGGGGCTCCTCTTGTCTTTGTTTCAGTCGTTT
AGATTATATAGGAACTGATTTTTTCGGATCTGGAGGTTTGTTTATAGATCGGTTTTTATG
GCGATGCTCTGTCTTACAGATTCTTGCTCGCCTGAGCCAAGAGGAGGTCTCGATGCTGGT
TGTTTCGCTGTTGAGCGACGGCGGTCGGTCGGCGCCTCCTCAGATCTATGTCCTGGCCTC
CAGGTTCTCTTGGATGAAAGGTTGGCGTTTGGAATCTAGTTCTAGATTTGCAGGTTCGAG
TTCGTGGTTGTAGAGGCTGATGGTGCTGGTTCTTGTGGGTCCTGTCGGTTCTGGTTTGGT
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TGTGGTGGTC

QA 14 503 14 503
DS 

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GGAAGCAATATAAC
ATTTCTCTCCCAACTCAAAGTGCCGCCTAGCTTCATCTTGGTCCAGATCCGTCGCTCTCC
GGTGTCGGACGCCTTTCGTCAGCATCGGAGGGGCTCCTCTTGTCTTTGTTTCAGTCGTTT
AGATTATATAGGAACTGATTTTGTCGGATCCGGAGGTTTGTTTATAGATCGGTTTTTATG
GCGATGCTCTGTCTTACAGATTCTTGCTCGCCTGAGCCAAGAGGAGGTCTCGATGCTGGT
TGTTTCGCTGTTGAGCGACGGCGGTCGGTCGGCGCCTCCTCAGATCTATGTCCTGGCCTC
CAGGTTCTCTTGGATGAAAGGTTGGCGTTTGGAATCTAGTTCTAGATTTGCAGGTTCGAG
TTCGTGGTTGTAGAGGCTGATGGTGCTGGTTCTTGTGGGTCCTGTCGGTTCTGGTTTGGT
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TGTGGTGGTCTCTTCGTGTTCTGGAGGATGTGCTTATCCTTGGTCATTTGCGACGGCTGT
TGTCCGTCTCGGTTC

QA 15 569 15 569
DS 

RD RR3F032TF 729 0 0
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AAAAAACTCGTTAATAAGCAATATAACATTTCTCTCCCAACTCAAAGTGCCGCCTAGCTT
CATCTTGGTCCAGATCCGTCGCTCTCCGGTGTCGGACGCCTTTCGTCAGCATCGGAGGGG
CTCCTCTTGTCTTTGTTTCAGTCGTTTAGATTATATAGGAACTGATTTTGTCGGATCTGG
AGGTTTGTTTATAGATCGGTTTTTATGGCGATGCTCTGTCTTACAGATTCTTGCTCGCCT
GAGCCAAGAGGAGGTCTCGATGCTGGTTGTTTCGCTGTTGAGCGACGGCGGTCGGTCGGC
GCCTCCTCAGATCTATGTCCTGGCCTCCAGGTTCTCTTGGATGAAAGGTTGGCGTTTGGA
ATCTAGTTCTAGATTTGCAGGTTCGAGTTCGTGGTTGTAGAGGCTGATGGTGCTGGTTCT
TGTGGGTCCTGTCGGTTCTGGTTTGGTCCTCTCTTAACAGCTCGGTCTCCCTTTCCTGCG
GGTTTGTGTTGTTTGCTTATGTAGTTATGTGGTGGTCTCTTCGTGTTCTGGAGGATGTGC
TTATCCTTGGTCATTTGCGACGGCTGTTGTCCGTCTCGGTTCGTGGATTTTCCG*CTAGT
GTCTCAAGGATTTGGGGCTTCG*TCCTTCTGCAC*TGTTCATGGAGGTTTGTAAGTTA*T
GGTTAGTCT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3BV43JQ 715 0 0
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TAGATTTGCAGGTTCGAGTTCGTGGTTGTAGAGGCTGATGGTGCTGGTTCTTGTGGGTCC
TGTCGGTTCTGGTTTGGTCCTCTCTTAACAGCTCGGTCTCCCTTTCCTGCGGGTTTGTGT
TGTTTGCTTATGTAGTTATGTGGTGGTCTCTTCGTGTTCTGGAGGATGTGCTTATCCTTG
GTCATTTGCGACGGCTGTTGTCCGTCTCGGTTCGTGGATTTTCCGGCTAGTGTCTCAAGG
ATTTGGGGCTTCGGTCCTTCTGCACCTGTTCATGGAGGTTTGTAAGTTAATGGTTAGTCT
TCTTCCTCCTGGGTTTGATTCTCTGTGGTTTATCGTGGCTCGTCAAGGTGTGTCCGGAGC
AGTATAAGAGTTCCAGAGTCTCCCCCTTTAATAAGTTTGTCTATTGGTGTGCGCTTATCC
TGTCCTCCTCTCCTCGTTGTTTCTGCTTACTTAAGTTTTTATTTTATTTGCTTCTAGATT
CCTATCAGTCCATATTTTTATCCAATTGTGTTCATTGCTTATGTTTGGCTTCAAAGATCT
CTGGTAGTTCTGTTGGCTTTTGGCTCCAGAGGACTCTTATGTTCCTGGTGGCTTTCTGTA
TTTCAAAAATGCATTCCACCCCTTTATTTTCTTCAAGTTAATAGAAATTTCAGTG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3F032JQ 764 0 0
AGGTTCTCTTGGATGAAAGGTTGGCGTTTGGAATCTAGTTCTAGATTTGCAGGTTCGAGT
TCGTGGTTGTAGAGGCTGATGGTGCTGGTTCTTGTGGGTCCTGTCGGTTCTGGTTTGGTC
CTCTCTTAACAGCTCGGTCTCCCTTTCCTGCGGGTTTGTGTTGTTTGCTTATGTAGTTAT
GTGGTGGTCTCTTCGTGTTCTGGAGGATGTGCTTATCCTTGGTCATTTGCGACGGCTGTT
GTCCGTCTCGGTTCGTGGATTTTCCGGCTAGTGTCTCAAGGATTTGGGGCTTCGGCCCTT
CTGCCCCTGTTCATGGAGGTTTGTAAGTTAATGGTTAGTCTTCTTCCTCCTGGGTTTGAT
TCTCTGTGGTTTATCGTGGCTCGTCAAGGTGTGTCCGGAGCAGTATAAGAGTTCCAGAGT
CTCCCCCTTTAATAAGTTTGTCTATTGGTGTGCGCTTATCCTGTCCTCCTCTCCTCGTTG
TTTCTGCTTACTTAAGTTTTTATTTTATTTGCTTCTAGATTCCTATCAGTCCATATTTTT
ATCCAATTGTGTTCATTGCTTATGTTTGGCTTCAAAGATCTCTGGTAGTTCTGTTGGCTT
TTGGCTCCAGAGGACTCTTATGCTCCTGGTGGCTTTCTGTATTTCAAAAATGCATTCCCC
CCCTTTATTTTCTTCAAGTTAATAGAAATTTCAGTGTAAAAAAAAAAAAACTCTCCTAAG
CCTTTATCTTCTTGGTTGACTATGAAAAGAAAATTATGAGCTCC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 6

CO CL658Contig1 1330 6 10 U
ACGTCACCAAGAACAAAAGATTATATTGATATCATAAAAGATGGAGAAAGTGGCTGCTTG
AAACACAGCCAAAGTTGCAAGAAAAGTTCTCTAACAGAAATATTTATACTACTGTCAAAC
TTGCTAGTATACCTAGTTACATGGGCCATTCTTCATACACTGGGCTTGTATTGGGCTTCA
GTTTAATACTCCCCCGCAAACTTGGTGTCGGTGGAAGCAAGATGACAAGTTTGAATAGCA
AATGAAGATGGCTGTGGTAGTAGCTTGAGCAGCCAGAGGTCCAAGTGAAGTAGATAGATA
ACTCCAATCAGCTTAGAGAATAGTCATTAGGGTGAGAACATCTTCAGGTTCTTTTGACCT
ATTTGTCTCACCGTGAGTTGGGGTTTTTTTTTTTTTTACCCTCTTAGCTCAACTAAGCTA
TCTCATGGCTGATAAAATTTGCTTCCCACATCTATTGGAACTCTAATCACTCTCAGCTTC
TTATTAGTGTACCACCATATCTGCATTCCAATAATCTGACCTTCTTGGCATTTACTCGAG
CACCTTGTGTGCACTTAGTAAAACCAGAGACTTGCACCTAACTTAATTCTTTTCAGACCC
AAACCAAAACCAACCAAGCAACGCCATTCCAATCACGTAGATAAAAGCAGCTATAAAGCA
CCAATCAGTGACCAACAAGCCCCATTCTTCTTAATAGATCAACGGCAAGCTCCTTTTTTT
*CAAGACAAGAAAGCAATTACCGTGAGGAGAGGCTTGAGTTTCAGACGATAATCTCTTGA
AGTTGAAACCTTCAGCCTTTGAAGCCTTGCAGAACCGTGCTATGTCAACGGAAGCTTTTC
CTTTGTTGATTTTGCTTTCCCATCTTCAGGGACGAGCGACCATAGTCTCCGGCGTTACCA
AAGTCTTCTCTGAGGTGACCAGGCTTCTTCATAATTCTTGCAAAACAGATCTTTAACCCA
CTCTCGTGCTTCTCTTTTATTGCAGATAGATGACGTGAGCAAGGAAGTGTAACTCTAGAC
TCAGCAGATTTGAGGAACCCTTTTTTTTTT**TCATTAGCAGAAGATAAATGAAAAGTTT
GGAGCTTTATTGGTACAAGAAGTGTGTGAAATGAAATCCCATGAACCACCGTGGTCTCTG
ATACCATGTGAGCAAGTTGAAACTAAGATAGATTCTAACTTTATTGAAGAGAACAATAGC
TCATAGAGCTTTATTGAAAGACTAAGAAACTAACGAAAGGAGAAACTTGAGATTGTCACC
AAGAACAAAAGATTATATTGATATCATAAAAGATGGAGAAAGTGGCTGCTTGAAACACAG
CCAAAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C559JQ U 1
AF RR3CG47JQ U 12
AF RR3BZ39JQ U 13
AF RR3C559TF C 548
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BS 1054 1330 RR3C559TF

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AAACACAGCCAAAGTTGCAAGAAAAGTTCTCTAACAGAAATATTTATACTACTGTCAAAC
TTGCTAGTATACCTAGTTACATGGGCCATTCTTCATACACTGGGCTTGTATTGGGCTTCA
GTTTAATACTCCCCCGCAAACTTGGTGTCGGTGGAAGCAAGATGACAAGTTTGAATAGCA
AATGAAGATGGCTGTGGTAGTAGCTTGAGCAGCCAGAGGTCCAAGTGAAGTAGATAGATA
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ATTTGTCTCACCGTGAGTTGGGGTTTTTTTTTTTTTTACCCTCTTAGCTCAACTAAGCTA
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TTATTAGTGTACCACCATATCTGCATTCCAATAATCTGACCTTCTTGGCATTTACTCGAG
CACCTTGTGTGCACTTAGTAAAACCAGAGACTTGCACCTAACTTAATTCTTTT

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DS 

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AAGTTGCAAGAAAAGTTCTCTAACAGAAATATTTATACTACTGTCAAACTTGCTAGTATA
CCTAGTTACATGGGCCATTCTCCATACACTGGGCTTGTATTGGGCTTCAGTTTAATACTC
CCCCGCAAACTTGGTGTCGGTGGAAGCAAGATGACAAGTTTGAATAGCAAATGAAGATGG
CTGTGGTAGTAGCTTGAGCAGCCAGAGGTCCAAGTGAGGTAGATAGATAACTCCAATCAG
CTTAGAGAATAGTCATTAGGGTGAGAACATCTTCAGGTTCTTTTGACCTATTCGTCTCAC
CGTGAGTTGGGGTTTTTTTTTTTTTTACCCTCTTAGCTCAACTAAGCTATCTCATGGCTG
ATAAAATTTGCTTCCCACATCTATTGGAACTCTAATCACTCTCAGCTTCTTATTAGTGTA
CCACCATATCTGCATTCCAATAATCTGACCTTCTTGGCATTTACTCGAGCACCTTGTGTG
CACTTAGTAAAACCAGAGACTTGCACCTAACTTAATTCTTTTCAGACCCAAACCAAAACC
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CCAACAAGCCC

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DS 

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CTAGTTACATGGGCCATTCTTCATACACTGGGCTTGTATTGGGCTTCAGTTTAATACTCC
CCCGCAAACTTGGTGTCGGTGGAAGCAAGATGACAAGTTTGAATAGCAAATGAAGATGGC
TGTGGTAGTAGCTTGAGCAGCCAGAGGTCCAAGTGAAGTAGATAGATAACTCCAATCAGC
TTAGAGAATAGTCATTAGGGTGAGAACATCTTCAGGTTCTTTTGACCTATTTGTCTCACC
GTGAGTTGGGGTTTTTTTTTTTTT*ACCCTCTTAGCTCAACTAAGCTATCTCATGGCTGA
TAAAATTTGCTTCCCACATCTATTGGAACTCTAATCACTCTCAGCTTCTTATTAGTGTAC
CACCATATCTGCATTCCAATAATCTGACCTTCTTGGCATTTACTCGAGCACCTTGTGTGC
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ACCAAGCAACGCCATTCCAATCACGTAGATAAAAGCAGCTATAAAGCACCAATCAGTGAC
CAACAAGCCCCATTCTTCTTAATAGATCA
CGGC

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AACCAACCAAGCAACGCCATTCCAATCACGTAGATAAAAGCAGCTATAAAGCACCAATCA
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CTCTGAGGTGACCAGGCTTATTCATAATTCTTGCAAAACAGATCTTTAACCCACTCTCGT
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ATTTGAGGAACCCTTTTTTTTT****CATTAGCAGAAGATAAATGAAAAGTTTGGAGCTT
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GCTTTATTGAAAGACTAAGAAACTAACGAAAGGAGAAACTTGAGATTGTCACCAAGAACA
AAAGATTATATTGATATCATAAAAGATGGAGAAAGTGGCTGCTTGAAACACAGCCAAAGT
TCC

QA 1 783 1 783
DS 

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AGCTATAAAGCACCAATCAGTGACCAACAAGCCCCATTCTTCTTAATAGATCAACGGCAA
GCTCCTTTTTTT*CAAGACAAGAAAGCAATTACCGTGAGGAGAGGCTTGAGTTTCAGACG
ATAATCTCTTGAAGTTGAAACCTTCAGCCTTTGAAGCCTTGCAGAACCGTGCTATGTCAA
CGGAAGCTTTTCCTTTGTTGATTTTGCTTTCCCATCTTCAGGGACGAGCGACCATAGTCT
CCGGCGTTACCAAAGTCTTCTCTGAGGTGACCAGGCTTCTTCATAATTCTTGCAAAACAG
ATCTTTAACCCACTCTCGTGCTTCTCTTTTATTGCAGATAGATGACGTGAGCAAGGAAGT
GTAACTCTAGACTCAGCAGATTTGAGGAACCCTTTTTTTTTT**TCATTAGCAGAAGATA
AATGAAAAGTTTGGAGCTTTATTGGTACAAGAAGTGTGTGAAATGAAATCCCATGAACCA
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CTTGAAACACAGCCAAAGTTCC

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DS 

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GACCAACAAGCCCCATTCT*CTTAATAGATCAACGGCAAGCTCCTTTTTTTTCAAGACAA
GAAAGCAATTACCGTGAGGAGAGGCTTGAGTTTCAGACGATAATCTCTTGAAGTTGAAAC
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TTGAGGAACCCTTTTTTTTTTTTTCATTAGCAGAAGATAAATGAAAAGTTTGGAGCTTTA
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GAGCAAGTTGAAACTAAGATAGATTCTAACTTTATTGAAGAGAACAATAGCTCATAGAGC
TTTATTGAAAGACTAAGAAACTAA***AAGGAGAAACTTGAGATTGTCACCAAGAACAAA
AGATTATATTGATATCATAAAAGATGGAGAAAGTGGCTGCTTGAAACACAGCCAAAGTTC
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 6

CO CL659Contig1 1012 6 25 U
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ATGTCCATATCCATGGCGCTACTCTCTCCTCCGATCTCTTCTTCTTCACTCCAAAACCCT
AATCTCACCCCCAAGATCTCACTCTCACTCTCACTCCTCTCAACCAAGCGCTTCTCCCTC
CTCTCCGTCACTCGCTCTTCCTCCTCCGACAACGGTGCGTCAACTCCC*GATTCCGCTGC
AGTATCTGCGACAACAGTCGAGATTCCGAAGCCTGTAGAGGAAGTACCGGTTAAATCTCC
GCCGGCGGAAAGCTCCTCCGCGTCTGAAAACGGAGGAGACGAGACTGATCTCCCAACCAC
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GTTCGAGAAAGACGGGAAAACAGATTGGGATTCTGTTATCGTCGCTGAGGCAAAGAGGAG
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AGAGACGACGTTGTATGACAAGCAGTGGCAAGCGGCTTGGAAAGAGCCGGAATCATCATC
ATCATCATCAACGGTTTCTTCGAAGAAGTGAACAGAAACTTTCTCGCTTTTTGTTTCCTC
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TAGTGAAAATCTATTTGGCTTTGAAAAAATCTCTTTAAAAGTAGTTCCAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
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30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA51TF U 1
AF RR3A964TF U 39
AF RR3CA51JQ C 162
AF RR3A964JQ C 210
AF RR3F977JQ C 320
AF RR3AX03TF U 506
BS 1 81 RR3CA51TF
BS 82 82 RR3A964TF
BS 83 245 RR3CA51TF
BS 246 246 RR3A964TF
BS 247 507 RR3CA51TF
BS 508 508 RR3A964TF
BS 509 700 RR3CA51TF
BS 701 701 RR3A964TF
BS 702 721 RR3CA51TF
BS 722 765 RR3A964TF
BS 766 775 RR3AX03TF
BS 776 776 RR3CA51JQ
BS 777 825 RR3AX03TF
BS 826 826 RR3CA51JQ
BS 827 834 RR3AX03TF
BS 835 835 RR3CA51JQ
BS 836 846 RR3AX03TF
BS 847 850 RR3CA51JQ
BS 851 920 RR3AX03TF
BS 921 921 RR3CA51JQ
BS 922 966 RR3AX03TF
BS 967 967 RR3A964JQ
BS 968 968 RR3AX03TF
BS 969 969 RR3A964JQ
BS 970 1012 RR3AX03TF

RD RR3CA51TF 721 0 0
GGACACACATTCAAAACCAACTCTCTCGAAAACTGAGTGCAGAGGAGGAGGAGCAACAAA
ATGTCCATATCCATGGCGCTATTCTCTCCTCCGATCTCTTCTTCTTCACTCCAAAACCCT
AATCTCACCCCCAAGATCTCACTCTCACTCTCACTCCTCTCAACCAAGCGCTTCTCCCTC
CTCTCCGTCACTCGCTCTTCCTCCTCCGACAACGGTGCGTCAACTCCC*GATTCCGCTGC
AGTAT*TGCGACAACAGTCGAGATTCCGAAGCCTGTAGAGGAAGTACCGGTTAAATCTCC
GCCGGCGGAAAGCTCCTCCGCGTCTGAAAACGGAGGAGACGAGACTGATCTCCCAACCAC
AACGACGGAGATCAAGTTTCAGGATGCGAAGTGGGTTAATGGGACTTGGGATCTCAAACA
GTTCGAGAAAGACGGGAAAACAGATTGGGATTCTGTTATCGTCGCTGAGGCAAAGAGGAG
GAAGTGGCTTGAAGATAACCCAGAAACGACTACTAACGACGAGCCTGTTCTCTTCGATAC
CTCCATCATTCCATGGTGGGCATGGATGAAGAGATACCATCTACCAGAAGCTGAACTCCT
CAATGGTCGTGCTGCGATGATAGGGTTCTTCATGGCTTACTTTGTTGATAGTCTTACCGG
AGTAGGACTTGTTGATCAAATGGGAAACTTCTTCTGCAAA*CGCTCTTGTTTGTGGCTGT
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3A964TF 727 0 0
GGAGAGGAGGAGGAGCAAC
AAAATGTCCATATCCATGGCGCTACTCTCTCCTCCGGTCTCTTCTTCTTCACTCCAAAAC
CCTAATCTCACCCCCAAGATCTCACTCTCACTCTCACTCCTCTCAACCAAGCGCTTCTCC
CTCCTCTCCGTCACTCGCTCTTCCTCCTCCGACAACGGTGCGTCAACTCCC*GATTCCGC
TGCAGTATCTGCGACAACAGTCGAGATTCCGAAGCCTGTAGAGGAAGTACCGGTTAAATC
TCCGCCGGCGGAAAGCTCCTCCGCGTCTGAAAACGGAGGAGACGAGACTGATCTCCCAAC
CACAACGACGGAGATCAAGTTTCAGGATGCGAAGTGGGTTAATGGGACTTGGGATCTCAA
ACAGTTCGAGAAAGACGGGAAAACAGATTGGGATTCTGTTATCGTCGCTGAGGCAAAGAG
GAGGAAGTGGCTTGAAGATAACCCAGAAACAACTACTAACGACGAGCCTGTTCTCTTCGA
TACCTCCATCATTCCATGGTGGGCATGGATGAAGAGATACCATCTACCAGAAGCTGAACT
CCTCAATGGTCGTGCTGCGATGATAGGGTTCTTCATGGCTTACTTTGTTGATAGTCTTAC
CGGAGTAGGACTTGTTGATCAAATGGGAAACTTCTTCTGCAAAACGCTCTTGTTTGTGGC
TGTAGCCGGAGTTCTTTTCATTCGCAAGAACGAGGATTTAGATAAGCT

QA 20 727 20 727
DS 

RD RR3CA51JQ 823 0 0
CAACC
AGCGCTTCTCC*TCCTCTCCGTCACTCGCTCTTCCTC*TCCGACAACGGTGCGTCAACTC
CC*GATTCCGCTGCAGTAT*TGCGACAACAGTCGAGATTCCGAAGCCTGTAGAGGAAGTA
CCGGTTAAATCTCCGCCGGCGGAAAGCTCCTCCGCGTCTGAAAACGGAGGAGACGAGACT
GATCTCCCAACCACAACGACGGAGATCAAGTTTCAGGATGCGAAGTGGGTTAATGGGACT
TGGGATCTCAAACAGTTCGAGAAAGACGGGAAAACAGATTGGGATTCTGTTATCGTCGCT
GAGGCAAAGAGGAGGAAGTGGCTTGAAGATAACCCAGAAACGACTACTAACGACGAGCCT
GTTCTCTTCGATACCTCCATCATTCCATGGTGGGCATGGATGAAGAGATACCATCTACCA
GAAGCTGAACTCCTCAATGGTCGTGCTGCGATGATAGGGTTCTTCATGGCTTACTTTGTT
GATAGTCTTACCGGAGTAGGACTTGTTGATCAAATGGGAAACTTCTTCTGCAAAACGCTC
TTGTTTGTGGCTGTAGCCGGAGTTCTTTTCATTCGCAAGAACGAGGATTTAGATAAGCTC
AAGGGTCTGATCGAAGAGACGACGTTGTATGACAAGCAGTGGCAAGCGGCTTGGAAAGAG
CCGGAATCATCATCATCATCATCAACGGTTTCTTCGAAGAAGTGAACAGAAACTTTCTCG
CTTTTTGTTTCCTCTTTGTTATGTGATGTTTGTGGATCAGTGATAATTTCTTTATTGTAT
TACTGATCTTGAGATAGTGA
AAATCTATTTGGCCTTGG

QA 6 805 6 805
DS 

RD RR3A964JQ 779 0 0
CAACGGTGCGTCAACTCCCCGATTCCGCTGCAGTATCTGCGACAACAGTCGAGATTCCGA
AGCCTGTAGAGGAAGTACCGGTTAAATCTCCGCCGGCGGAAAGCTCCTCCGCGTCTGAAA
ACGGAGGAGACGAGACTGATCTCCCAACCACAACGACGGAGATCAAGTTTCAGGATGCGA
AGTGGGTTAATGGGACTTGGGATCTCAAACAGTTCGAGAAAGACGGGAAAACAGATTGGG
ATTCTGTTATCGTCGCTGAGGCAAAGAGGAGGAAGTGGCTTGAAGATAACCCAGAAACAA
CTACTAACGACGAGCCTGTTCTCTTCGATACCTCCATCATTCCATGGTGGGCATGGATGA
AGAGATACCATCTACCAGAAGCTGAACTCCTCAATGGTCGTGCTGCGATGATAGGGTTCT
TCATGGCTTACTTTGTTGATAGTCTTACCGGAGTAGGACTTGTTGATCAAATGGGAAACT
TCTTCTGCAAAACGCTCTTGTTTGTGGCTGTAGCCGGAGTTCTTTTCATTCGCAAGAACG
AGGATTTAGATAAGCTCAAGGGTCTGATCGAAGAGACGACGTTGTATGACAAGCAGTGGC
AAGCGGCTTGGAAAGAGCCGGAATCATCATCATCATCATCAACGGTTTCTTCGAAGAAGT
GAACAGAAACTTTCTCGCTTTTTGTTTCCTCTTTGTTATGTGATGTTTGTGGATCAGTGA
TAATTTCTTTATTGTATTACTGATCTTGAGATAGTGAAAATCTATTTGGC
TTTGAAAAT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3F977JQ 660 0 0
GCGTCTGAAAACGGAGGAGACGAGACTGATCTCCCAACCACAACGACGGAGATCAAGTTT
CAGGATGCGAAGTGGGTTAATGGGACTTGGGATCTCAAACAGTTCGAGAAAGACGGGAAA
ACAGATTGGGATTCTGTTATCGTCGCTGAGGCAAAGAGGAGGAAGTGGCTTGAAGATAAC
CCAGAAACAACTACTAACGACGAGCCTGTTCTCTTCGATACCTCCATCATTCCATGGTGG
GCATGGATGAAGAGATACCATCTACCAGAAGCTGAACTCCTCAATGGTCGTGCTGCGATG
ATAGGGTTCTTCATGGCTTACTTTGTTGATAGTCTTACCGGAGTAGGACTTGTTGATCAA
ATGGGAAACTTCTTCTGCAAAACGCTCTTGTTTGTGGCTGTAGCCGGAGTTCTTTTCATT
CGCAAGAACGAGGACTTAGATAAGCTCAAGGGTCTGATCGAAGAGACGACGTTGTATGAC
AAGCAGTGGCAAGCGGCTTGGAAAGAGCCGGAATCATCATCATCATCATCAACGGTTTCT
TCGAAGAAGTGAACAGAAACTTTCTCGCTTTTTGTTTCCTCTTTGTTATGTGATGTTTGT
GGATCAGTGATAATTTCTTTATTGTATTACTGATCTTGAGATAGTGA
AAATCTATTTGGC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3AX03TF 507 0 0
G
CAACTACTAACGCCGAGCCTGTTCTCTTCGATACATCCATCATTCCATGGTGGGCATGGA
TGAAGCGATACCATCTACCAGAAGCTGAACTCCTCAATGGCCGTGCTGCGATGATAGGGT
TCTTCATGGCTTACTTTGTTGACAGCCTTACCGGAGTAGGACTTGTTGATCAAATGGGAA
ACTTCTTCTGCAAAACGCTCTTGTTTGTGGCTGTAGCTGGAGTTCTTTTCATTCGCAAGA
ACGAAGATTTTGATAAGCTCAAGGGTCTGTTCGAAGAGACGACGTTGTATGACAAGCAGT
GGCAAGCGGCTTGGAAAGAACCGGAATCGTCATCATCATCG***ACGGTTTCTTCGAAGA
AGTGAACAGAAACTTTCTCGCTTTTTGTTTCCTCTTTGTTATGTGATGTTTGTG*ATCAG
TGATAATTTCTTTATTGTATTACTGATCTTGAGATAGTGACA*TCTATTTGGCTTTGAAA
AAATCTCTTTAAAAGTAGTTCCAAAG

QA 2 507 2 507
DS 



AS 3 8

CO CL660Contig1 767 2 1 U
GAAAACTTTGTGCATCAAACAAGAAAGTAAAAATAAATATTGCATGAGATTAAGAAGAAA
CATGTTCAGATGAGACATATGTTCGAAAATGAGAAAGAGGTGTCGATGAGCAAAGAGAGA
AACAGAGAAAGATGGGTCAAAAATCAAAACAAGAAGCTTGCGAAACAAGTAACCTTTTAC
TTCTTCTCCGGCGGCGAACAACGGTGGTTTTCTGTTCTTCTTCTTCAAAGCAGGTCGGCG
ACGTTTGAGGGAAAGCTCCTCAACAACCACATTGTAGAATTTCTGAATATCAAATAGCAT
TCTCTCATCGTCACGAGTCACGAAGTTAATCGCCACACCTTTCCTCCCAAACCTTCCACT
TCTTCCGATACGGTGAAGGTAGTTCTCCGGCTGAGTTGGGAGGTCGAAGTTGATGACCAG
AGAGACTTGCTGCACATCGATACCACGAGCCAAGAGATCGGTCGTGATGAGAACACGGGA
AGAACCAGACCTGAACTCTCTCATGATGATGTCTCTCGTGTTCTGGTCCATGTCTCCGTG
GGTGGCCGAGACCGTGTGGTCGCGGCTCCTCATTTTGTCAGTGAGCCAGTCCACCTTGCG
ACGAGTGTTGACGAAGATGACACTCTGAGTGATGGCTAACGTCTCGTAGAGGTCACAGAG
AGTTTCGAGCTTCCACTCTTCTTTCTCCACGTTCACGTAGAACTGCTTGATACCTTCGAG
AGTTAGCTCGTCACGCTTCACCAAGATTCTCACCGGTTTGCTCATGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C212JQ U 32
AF RR3CN25JQ U 1
BS 1 767 RR3CN25JQ

RD RR3C212JQ 622 0 0
G
ATAAATATTGCATGAGATTAAGAAGAAACATGTTCAGATGAGACATATGTTCGAAAATGA
GAAAGAGGTGTCGATGAGCAAAGAGAGAAACAGAGAAAGATGGGTCAAAAATCAAAACAA
GAAGCTTGCGAAACAAGTAACCTTTTACTTCTTCTCCGGCGGCGAACAACGGTGGTTTTC
TGTTCTTCTTCTTCAAAGCAGGTCGGCGACGTTTGAGGGAA*GCTCCTCAACAACCACAT
TGTAGAATTTCTGAATATCAAATAGCATTCTCTCATCGTCACGAGTCACGAAGTTAATCG
CCACACCTTTCCTCCCAAACCTTCCACTTCTTCCGATACGGTGAAGGTAGTTCTCCGGCT
GAGTTGGGAGGTCGAAGTTGATGACCAGAGAGACTTGCTGCACATCGATACCACGAGCCA
AGAGATCGGTCGTGATGAGAACACGGGAAGAACCAGACCTGAACTCTCTCATGATGATGT
CTCTCGTGTTCTGGTCCATGTCTCCGTGGGTGGCCGAGACCGTGTGGTCGCGGCTCCTCA
TTTTGTGAGTGAGCCAGTCCACCTTGCGACGAGTGTTGACGAAGATGACACT*TGAGTGA
TGGCTAACGTCTCGTAGAGGT

QA 2 622 2 622
DS 

RD RR3CN25JQ 767 0 0
GAAAACTTTGTGCATCAAACAAGAAAGTAAAAATAAATATTGCATGAGATTAAGAAGAAA
CATGTTCAGATGAGACATATGTTCGAAAATGAGAAAGAGGTGTCGATGAGCAAAGAGAGA
AACAGAGAAAGATGGGTCAAAAATCAAAACAAGAAGCTTGCGAAACAAGTAACCTTTTAC
TTCTTCTCCGGCGGCGAACAACGGTGGTTTTCTGTTCTTCTTCTTCAAAGCAGGTCGGCG
ACGTTTGAGGGAAAGCTCCTCAACAACCACATTGTAGAATTTCTGAATATCAAATAGCAT
TCTCTCATCGTCACGAGTCACGAAGTTAATCGCCACACCTTTCCTCCCAAACCTTCCACT
TCTTCCGATACGGTGAAGGTAGTTCTCCGGCTGAGTTGGGAGGTCGAAGTTGATGACCAG
AGAGACTTGCTGCACATCGATACCACGAGCCAAGAGATCGGTCGTGATGAGAACACGGGA
AGAACCAGACCTGAACTCTCTCATGATGATGTCTCTCGTGTTCTGGTCCATGTCTCCGTG
GGTGGCCGAGACCGTGTGGTCGCGGCTCCTCATTTTGTCAGTGAGCCAGTCCACCTTGCG
ACGAGTGTTGACGAAGATGACACTCTGAGTGATGGCTAACGTCTCGTAGAGGTCACAGAG
AGTTTCGAGCTTCCACTCTTCTTTCTCCACGTTCACGTAGAACTGCTTGATACCTTCGAG
AGTTAGCTCGTCACGCTTCACCAAGATTCTCACCGGTTTGCTCATGA

QA 1 767 1 767
DS 



CO CL660Contig2 1022 4 6 U
GGCAGATCGAGAAGGTCATGCGTGCTCTCGGAGATTACCTTGGCGTCAAGGTCCACGCCT
GTGTCGGTGGCACCAGTGTTCGTGAAGATCAGCGCATTCTCCAGGCCGGTGTCCATGTCG
TCGTTGGAACTCCAGGTCGTGTCTTTGACATGCTCCGAAGACAGTCACTTCGCTCTGACA
GCATCAAGATGTTTGTCCTCGACGAAGCTGACGAAATGCTCTCCCGTGGTTTCAAGGACC
AAATCTACGACATATTCCAGCTTCTCCCACCAAAGATTCAGGTCGGTGTGTTCTCAGCTA
CGATGCCACCAGAGGCGCTCGAGATCACGAGGAAGTTCATGAGCAAACCGGTGAGAATCT
TGGTGAAGCGTGACGAGCTAACTCTCGAAGGTATCAAGCAGTTCTACGTGAACGTGGAGA
AAGAAGAGTGGAAGCTCGAAACTCTCTGTGACCTCTACGAGACGTTAGCCATCACTCAGA
GTGTCATCTTCGTCAACACTCGTCGCAAGGTGGACTGGCTCACTGACAAAATGAGGAGCC
GCGACCACACGGTCTCGGCCACCCACGGAGACATGGACCAGAACACGAGAGACATCATCA
TGAGAGAGTTCAGGTCTGGTTCTTCCCGTGTTCTCATCACGACCGATCTCTTGGCTCGTG
GTATCGATGTGCAGCAAGTCTCTCTGGTCATCAACTTCGACCTCCCGACTCAGCCGGAGA
ACTACCTTCACCGTATCGGAAGAAGTGGAAGGTTTGGGAGGAAGGGTGTGGCGATCAACT
TCGTGACTCGTGACGATGAGAGAATGCTTTTTGATATTCAGAAATTCTACAATGTGGTCG
TTGAGGAGCTTCCCTCAAACGTCGCCGACCTGCTTTGAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAAA
AAACCACCGTTGTTCGCCCCCGGAGAAGAAGTAAAAGGTTACTTGTTTCGCAAGCTTCTT
GTTTTGATTTTTGACCCATCTTTCTCTGTTTCTCTCTTGCTCATCGACACCTCTTTCTCG
TT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3C212TF U 4
AF RR3CV73TF U 1
AF RR3A883JQ C 625
AF RR3A883TF U 256
BS 1 70 RR3CV73TF
BS 71 71 RR3C212TF
BS 72 701 RR3CV73TF
BS 702 918 RR3A883TF
BS 919 919 RR3A883JQ
BS 920 1022 RR3A883TF

RD RR3C212TF 606 0 0
G
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CGGTGGCACCAGTGTTCGTGAAGATCAGCGCATTCTCCAGGCCGGTGTCCATGTCGTCGT
TGGAACTCCAGGTCGTGTCTTTGACATGCTCCGAAGACAGTCACTTCGCTCTGACAGCAT
CAAGATGTTTGTCCTCGACGAAGCTGACGAAATGCTCTCCCGTGGTTTCAAGGACCAGAT
CTACGACATATTCCAGCTTCTCCCACCAAAGATTCAGGTCGGTGTGTTCTCAGCTACGAT
GCCACCAGAGGCGCTCGAGATCACGAGGAAGTTCATGAGCAAACCGGTGAGAATCTTGGT
GACGCGTGACGAGCTAACTCTCGAAGGTATCAAGCAGTTCTACGTGAACGTGGAGAAAGA
AGAGTGGAAGCTCGAAACTCTCTGTGACCTCTACGAGACGTTAGCCATCACTCA*AGTGT
CATCTTCGTCAACACTCGTCGCAAGGTGGACTGGCTCACTCACAAAATGAGGAGCCGCGA
CCACACGGTCTCGGCCACCCACGGAGACATGGACCAGAACACGAGAGACATCATCATGAG
AGAGT

QA 2 606 2 606
DS 

RD RR3CV73TF 709 0 0
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GTGTCGGTGGTACCAGTGTTCGTGAAGATCAGCGCATTCTCCAGGCCGGTGTCCATGTCG
TCGTTGGAACTCCAGGTCGTGTCTTTGACATGCTCCGAAGACAGTCACTTCGCTCTGACA
GCATCAAGATGTTTGTCCTCGACGAAGCTGACGAAATGCTCTCCCGTGGTTTCAAGGACC
AAATCTACGACATATTCCAGCTTCTCCCACCAAAGATTCAGGTCGGTGTGTTCTCAGCTA
CGATGCCACCAGAGGCGCTCGAGATCACGAGGAAGTTCATGAGCAAACCGGTGAGAATCT
TGGTGAAGCGTGACGAGCTAACTCTCGAAGGTATCAAGCAGTTCTACGTGAACGTGGAGA
AAGAAGAGTGGAAGCTCGAAACTCTCTGTGACCTCTACGAGACGTTAGCCATCACTCAGA
GTGTCATCTTCGTCAACACTCGTCGCAAGGTGGACTGGCTCACTGACAAAATGAGGAGCC
GCGACCACACGGTCTCGGCCACCCACGGAGACATGGACCAGAACACGAGAGACATCATCA
TGAGAGAGTTCAGGTCTGGTTCTTCCCGTGTTCTCATCACGACCGATCTCTTGGCTCGTG
GTATCGATGTGCAGCAAGTCTCTCTGGTCATCAACTTCGAC
TCCCACTC

QA 1 701 1 701
DS 

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TGGTCATCAACTTCGACCTCCCGACTCAGCCGGAGAACTACCTTCACCGTATCGGAAGAA
GTGGAAGGTTTGGGAGGAAGGGTGTGGCGATCAACTTCGTGACTCGTGACGATGAGAGAA
TGCTTTTTGATATTCAGAAATTTTACAATGTGGTCGTTGAGGAGCTTCCCTCAAACGTCG
CCGACCTGCTTTGAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAAAAAACCCCCGTTGTTCGCCCCCGGA
GAAGAAGTAAAAGGTTACTTGTTTCGCAAGCTTCTTGTTTTGATTTTTGACCCATCTTT
TTTTGTT

QA 1 359 1 359
DS 

RD RR3A883TF 767 0 0
G
CCAGCTTCTCCCACCGAAGATCCAGGTCGGTGTGTCCTCAGCTACGATGCCACCAGAGGC
TCTCGAGATCACGAGGAAGTTCATGAGCAAACCGGTGAGAATCTTGGTGAAGCGTGACGA
GCTAACTCTCGAAGGTATCG*GCAGTTCTACGTGAACGTGTAGAAAGAAGAGTGGAAGCT
CGAAACTCTCTGCGACCTCTACGAGACGTTAGCCATCACTCAGAGTGTCATCTTCGTCAA
CACTCGTCGCAAGGTGGACTGGCTAACCGACAAAATGAGGAGCCGTGACCACACGGTCTC
AGCGACTCACGGAGACATGGACCAGAACACGAGAGACATCATCATGAGAGAGTTCAGGTC
TGGTTCTTCCCGTGTTCTCATCACGACCGATCTCTTGGCTCGTGGTATCGATGTGCAGCA
AGTCTCTCTGGTCATCAACTTCGACCTCCCGACTCAGCCGGAGAACTACCTTCACCGTAT
CGGAAGAAGTGGAAGGTTTGGGAGGAAGGGTGTGGCGATCAACTTCGTGACTCGTGACGA
TGAGAGAATGCTTTTTGATATTCAGAAATTCTACAATGTGGTCGTTGAGGAGCTTCCCTC
AAACGTCGCCGACCTGCTTTGAAGAAGAAGAAGAAGAACAGAAAAAACCACCGTTGTTCG
CCGCCGGAGAAGAAGTAAAAGGTTACTTGTTTCGCAAGCTTCTTGTTTTGATTTTTGACC
CATCTTTCTCTGTTTCTCTCTTGCTCATCGACACCTCTTTCTCGTT

QA 2 767 2 767
DS 



CO CL660Contig3 574 2 2 U
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AGACATGGACCAGAACACGAGAGACATCATCATGAGAGAGTTCAGGTCTGGTTCTTCCCG
TGTTCTCATCACGACCGATCTCTTGGCTCGTGGTATCGATGTGCAGCAAGTCTCTCTGGT
CATCAACTTCGACCTCCCGACTCAGCCGGAGAACTACCTTCACCGTATCGGGAGAAGTGG
AAGGTTTGGGAGGAAAGGTGTGGCGATTAACTTCGTGACTCGTGACGATGAGAGAATGCT
TTTTGATATTCAGAAATTCTATAATGTGGTCGTTGAGGAGCTTCCCTCAAACGTCGCCGA
CCTGCTTTGAAGAAGAAGAAGAACCACCGTTGTTCGCCGCCGGAGAAGAAGAAGTAAAAA
GGTTACTTGTTTCGCAGGCTTCTTGTTTTGATTTTTGACTCATCTTTCTCTGTTTCTCTC
TTTGCTCATCGACACCTCTTTCTCATTTTCGAACATATATGTCTCATCTGACCATGTTTC
TTCTTAAATCTCATGCAATATTTATTTTTACTTC


BQ
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AF RR3FX12JQ C 1
AF RR3FX12TF U 1
BS 1 573 RR3FX12TF
BS 574 574 RR3FX12JQ

RD RR3FX12JQ 574 0 0
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AGACATGGACCAGAACACGAGAGACATCATCATGAGAGAGTTCAGGTCTGGTTCTTCCCG
TGTTCTCATCACGACCGATCTCTTGGCTCGTGGTATCGATGTGCAGCAAGTCTCTCTGGT
CATCAACTTCGACCTCCCGACTCAGCCGGAGAACTACCTTCACCGTATCGGGAGAAGTGG
AAGGTTTGGGAGGAAAGGTGTGGCGATTAACTTCGTGACTCGTGACGATGAGAGAATGCT
TTTTGATATTCAGAAATTCTATAATGTGGTCGTTGAGGAGCTTCCCTCAAACGTCGCCGA
CCTGCTTTGAAGAAGAAGAAGAACCACCGTTGTTCGCCGCCGGAGAAGAAGAAGTAAAAA
GGTTACTTGTTTCGCAGGCTTCTTGTTTTGATTTTTGACTCATCTTTCTCTGTTTCTCTC
TTTGCTCATCGACACCTCTTTCTCATTTTCGAACATATATGTCTCATCTGACCATGTTTC
TTCTTAAATCTCATGCAATATTTATTTTTACTTC

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3FX12TF 574 0 0
GGTGGACTGGCTAACTGACAAAATGAGGAGCCGTGACCACACTGTCTCAGCGACTCACGG
AGACATGGACCAGAACACGAGAGACATCATCATGAGAGAGTTCAGGTCTGGTTCTTCCCG
TGTTCTCATCACGACCGATCTCTTGGCTCGTGGTATCGATGTGCAGCAAGTCTCTCTGGT
CATCAACTTCGACCTCCCGACTCAGCCGGAGAACTACCTTCACCGTATCGGGAGAAGTGG
AAGGTTTGGGAGGAAAGGTGTGGCGATTAACTTCGTGACTCGTGACGATGAGAGAATGCT
TTTTGATATTCAGAAATTCTATAATGTGGTCGTTGAGGAGCTTCCCTCAAACGTCGCCGA
CCTGCTTTGAAGAAGAAGAAGAACCACCGTTGTTCGCCGCCGGAGAAGAAGAAGTAAAAA
GGTTACTTGTTTCGCAGGCTTCTTGTTTTGATTTTTGACTCATCTTTCTCTGTTTCTCTC
TTTGCTCATCGACACCTCTTTCTCATTTTCGAACATATATGTCTCATCTGACCATGTTTC
TTCTTAAATCTCATGCAATATTTATTTTTACTT
C

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 6

CO CL661Contig1 981 6 26 U
TTTTTAACAAGATCAGGATAACAAAAGGGATGCATAGTCTTCTTCACCTTCTTCTCATCG
CCACCGTTACGATCTCGATCCCTGTTGTTTTCGCCGAGAATGATTCCATATACGACGTCC
TTCGAGCACACGCCTTACCGATGGGGCTATTACCAAAGGGCGTAGAGGAGTTCGACGTCG
ACGTGAAGACCGGACAGTTCTCGGTTTGGTTAAACCGATCTTGCAAGGCCAAGTACGAGA
GCGAGATACATTACGAAGCCAACATCACGGGGACGATAGGCTACGGAAGCATCGGTGGTT
TATCGGGTATATCGGCGCAGGATCTCTTCCTGTGGTTTCCGGTTAAAGGGATCCGTGTGG
ACATACCTAGCTCCGGCGTTATATACTTCGATGTCGGAGTTGTTCGCAAGCGGTACTCCA
TGTCTTTGTTCGAGACTCCGAAAGATTGTGTTGCTGTTGAGAAGGAAGCTGAGCTGTTTC
GTCGGGATAATAAGATTCAGTCATCTATGTTGCAATTCTACGAAGTAGATCAAAGTGTTG
GAAGAGGCATTGTGTAGCCAAAAAGAGTCGATGGCTGTTGTAATGAAGATGTGTTTACAT
TATACAAGTTGGAAACTTTTAGCTGCTCATGGATTTTTTGAAGACACACACACACCTT*C
CATTTGAGGTCAGATACTCCTTTCTTCCCAAGTTGCTTTCATTACTCTGTTTGAAGTGAA
AATGA*GAGAGAGCCATGTGAGCAAGTTAGATGGGAAGAACAAGTGTTGGTGGGTTTTGT
TTGAGATGTCCAGATTCATCACAGGTGACTGAATGTTTTTGTGAATTTTTGCTTTTATGT
TTTGCACTGTCATGCATCTCTATTCTCCCTGTAATATAATATACTTATAATCTATTGTAT
GATATGCATGTCCATTTTGTAATCATATTCTTTTATCCCAATAAGATTTTGTATAGTTTG
CAATACATTTCTTTTCCGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 15 15 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3D994TF U 1
AF RR3AN81TF U 5
AF RR3EK60TF U 62
AF RR3AN81JQ C 139
AF RR3EK60JQ C 143
AF RR3D994JQ C 393
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BS 972 978 RR3AN81JQ
BS 979 981 RR3D994JQ

RD RR3D994TF 650 0 0
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CCACCGTTACGATCTCGATCCCTGTTGTTTTCGCCGAGAATGATTCGATATACGACGTCC
TTCGAGCACACGCCTTACCGATGGGGCTATTACCAAAGGGCGTAAAGGAGTTCGACGTCG
ACGTGAAGACCGGACAGTTCTCGGTTTGGTTAAACCGATCTTGCAAGGCCAAGTACGAGA
GCGAGATACATTACGAAGCCAACATCACGGGGACGATAGGCTACGGAAGCATCGGTGGTT
TATCGGGTATATCGGCGCAGGATCTCTTTCTGTGGTTTCCGGTTAAAGGGATCCGTGTGG
ACATACCTAGCTCCGGCGTTATATACTTCGATGTCGGAGTTGTTCGCAAGCGGTACTCCA
TGTCTTTGTTCGAGACTCCGAAAGATTGTGTTGCTGTTGAGAAGGAAGCTGAGTTGTTTC
GTGGGGATAATAAGATTCAGTCATCTATGTTGCAATTCTATGAAGTAGATCAAAGTGTTG
GAAGAGGCATTGTGTAGCCAAAAAGAGTCGATGGCTGTTGTAATGAAGATGTGTTTACAT
TATACAAGTTCGAAACTTTTAGCTGCTCATGGGTTTTT*GAAGACACACA

QA 1 650 1 650
DS 

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AACAAGT
ATCAGGATAACAAAAGGGATGCATAGTCTTCTTCACCTTCTTCTCATCGCCACCGTTACG
ATCTCGATCCCTGTTGTTTTCGCCGAGAATGATTCCATATACGACGTCCTTCGAGCACAC
GCCTTACCGATGGGGCTATTACCAAAGGGCGTAGAGGAGTTCGACGTCGACGTGAAGACC
GGACAGTTCTCGGTTTGGTTAAACCGATCTTGCAAGGCCAAGTACGAGAGCGAGATACAT
TACGAAGCCAACATCACGGGGACGATAGGCTACGGAAGCATCGGTGGTTTATCGGGTATA
TCGGCGCAGGATCTCTTCCTGTGGTTTCCGGTTAAAGGGATCCGTGTGGACATACCTAGC
TCCGGCGTTATATACTTCGATGTCGGAGTTGTTCGCAAGCGGTACTCCATGTCTTTGTTC
GAGACTCCGAAAGATTGTGTTGCTGTTGAGAAGGAAGCTGAGCTGTTTCGTCGGGATAAT
AAGATTCAGTCATCTATGTTGCAATTCTACGAAGTAGATCAAAGTGTTGGAAGAGGCATT
GTGTAGCCAAAAAGAGTCGATGGCTGTTGTAATGAAGATGTGTTTACATTATACAAGTTG
GAAAC

QA 8 612 8 612
DS 

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G
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CGAGCACACGCCTTACCGATGGGGCTATTACCAAAGGGCGTAGAGGAGTTCGACGTCGAC
GTGAAGACCGGACAGTTCTCGGTTTGGTTAAACCGATCTTGCAAGGCCAAGTACGAGAGC
GAGATACATTACGAAGCCAACATCACGGGGACGATAGGCTACGGAAGCATCGGTGGTTTA
TCGGGTATATCGGCGCAGGATCTCTTCCTGTGGTTTCCGGTTAAAGGGATCCGTGTGGAC
ATACCTAGCTCCGGCGTTATATACTTCGATGTCGGAGTTGTTCGCAAGCGGTACTCCATG
TCTTTGTTCGAGACTCCGAAAGATTGTGTTGCTGTTGAGAAGGAAGCTGAGCTGTTTCGT
CGAGATAATAAGATTCAGTCATCTATGTTGCAATTCTACGAAGTAGATCAAAGTGTTGGA
AGAGGCATTGTGTAGCCAAAAAGAGTCGATGGCTGTTGTAATGAAGATGTGTTTACATTA
TACAAGTTGGAAACTTTTAGCTGCTCATGGATTTTTTGAAGACACACACACACCTTTCCA
TTTGAGGTCAGATACTCCTTTCTTCCCAAGTTGCTTTCATTACTCTGTTTGAAGTGAAAA
TGA*GAGAGAGCCATGTGAGCAAGTTAGATGGGAAGAACAAGTGTTGGTGGGTTTTGTTT
GAGATGTCCAGATTCATCAC

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DS 

RD RR3AN81JQ 840 0 0
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TCTCGGTTTGGTTAAACCGATCTTGCAAGGCCAAGTACGAGAGCGAGATACATTACGAAG
CCAACATCACGGGGACGATAGGCTACGGAAGCATCGGTGGTTTATCGGGTATATCGGCGC
AGGATCTCTTCCTGTGGTTTCCGGTTAAAGGGATCCGTGTGGACATACCTAGCTCCGGCG
TTATATACTTCGATGTCGGAGTTGTTCGCAAGCGGTACTCCATGTCTTTGTTCGAGACTC
CGAAAGATTGTGTTGCTGTTGAGAAGGAAGCTGAGCTGTTTCGTCGGGATAATAAGATTC
AGTCATCTATGTTGCAATTTTACGAAGTAGATCAAAGTGTTGGAAGAGGCATTGTGTAGC
CAAAAAGAGTCGATGGCTGTTGTAATGAAGATGTGTTTACATTATACAAGTTGGAAACTT
TTAGCTGCTCATGGATTTTTTGAAGACACACACACACCTT*CCATTTGAGGTCAGATACT
CCTTTCTTCCCAAGTTGCTTTCATTACTCTGTTTGAAGTGAAAATGA*GAGAGAGTCATG
TGAGCAAGTTAGATGGGAAGAACAAGTGTTGGTGGGTTTTGTTTGAGATGTCCAGATTCA
TCACAGGTGACTGAATGTTTTTGTGAATTTTTGCTTTTATGTTTTGCACTGTCATGCATC
TCTATTCTCCCTGTAATATAATATACTTATAATCTATTGTATGATATGCATGTCCATTTT
GTAATCATATTCTTTTATCCCAATAAGATTTTGTATAGTTTGCAATACATTTGTTTTCCG

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR3EK60JQ 819 0 0
ATGGGCTA
TACCAAAGGGCGTAGAG*AGTTCGACGTCGACGTGAAGACCGGACAGTTCTCGGTTTGGT
TAAACCGATCTTGCAAGGCCAAGTACGAGAGCGAGATACATTACGAAGCCAACATCACGG
GGACGATAGGCTACGGAAGCATCGGTGGTTTATCGGGTATATCGGCGCAGGATCTCTTCC
TGTGGTTTCCGGTTAAAGGGATCCGTGTGGACATACCTAGCTCCGGCGTTATATACTTCG
ATGTCGGAGTTGTTCGCAAGCGGTACTCCATGTCTTTGTTCGAGACTCCGAAAGATTGTG
TTGCTGTTGAGAAGGAAGCTGAGCTGTTTCGTCGAGATAATAAGATTCAGTCATCTATGT
TGCAATTCTACGAAGTAGATCAAAGTGTTGGAAGAGGCATTGTGTAGCCAAAAAGAGTCG
ATGGCTGTTGTAATGAAGATGTGTTTACATTATACAAGTTGGAAACTTTTAGCTGCTCAT
GGATTTTTTGAAGACACACACACACCTT*CCATTTGAGGTCAGATACTCCTTTCTTCCCA
AGTTGCTTTCATTACTCTGTTTGAAGTGAAAATGA*GAGAGAGCCATGTGAGCAAGTTAG
ATGGGAAGAACAAGTGTTGGTGGGTTTTGTTTGAGATGTCCAGATTCATCACAGGTGACT
GAATGTTTTTGTGAATTTTTGCTTTTATGTTTTGCACTGTCATGCATCTCTATTCTCCCT
GTAATATAATATACTTATAATCTATTGTATGATATGCATGTCCATTTTGTAATCATATTC
TTTTATCCCAATAAGATTTTGTATAGTTTGC

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DS 

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GCTGTTGAGAAGGAAGCTGAGTTGTTTCGTGGGGATAATAAGATTCAGTCATCTATGTTG
CAATTCTATGAAGTAGATCAAAGTGTTGGAAGAGGCATTGTGTAGCCAAAAAGAGTCGAT
GGCTGTTGTAATGAAGATGTGTTTACATTATACAAGTTCGAAACTTTTAGCTGCTCATGG
GTTTTTTGAAGACACACAC****CTT*CCATTTGAGGTCAGATACTCCTTTCTTCCCAAG
TTGCTTTCATCACTCTGTTTGAAGTGAAAATGAAGAGAGAGTCATGTGAGCAAGTTAGAT
GGGAAGAACAAGTGTTGGTGGGTTTTGTTTGAGATGTCCAGATTCATCACAGGTGACTGA
ATGTATTTGTGAATTTTTGCTTTTATGTTTTGCACTGTCATGCATCTCTATTCTCCCTGT
AATATAATATACTTATAATCTATTGTATGATATGCATGTCCATTTTGTAATCATATTCTT
TTATCCCAATAAGATTTTGTATAGTTTGCAATACATTTCTTTTCCGAAT

QA 1 589 1 589
DS 



AS 2 6

CO CL662Contig1 1121 3 5 U
GGAAAAATGACAAAGCTGTTGCCATCGCCGTTTAGCTCATTACTCGCCATCGTTTTCATC
TCCCTAATCTCCATCGTCCACTGTTGCTCCCCTTCAGACCAGACCGCTCTCAATGCTTTC
AAGTCGTCACTGAGCGAACCAAACCTCGGAATCTTCAACACCTGGTCCGAAAACACTGAC
TGCTGCAAGGCATGGTACGGTATCAGCTGCGATCCGGATTCGGGTCGGGTCACTGATATC
TCTCTCCGCGGCGAATCTGAAGACGCGATTTTCCAAAAGGCTGGCCGGTCCGGTTACATG
ACCGGTTCGATAGACCCGGCGGTTTGCGATTTAACCGCGCTGAGTTCACTCGTGCTTGCC
GACTGGAAAGGAATCTCCGGCGAGATTCCGCCGTGCATAACCTCCTTAGCTTCTCTACGT
GTCGTCGACCTCGCCGGAAACAGGATCACCGGAGAGATTCCGACGGAAATCGGTAAACTC
ACCAAACTCGCCGTTCTGAACCTCGCGGAGAATCGGATGTCCGGCGAGATACCTCCGTCG
CTGACGTCACTCGCCGAGCTGAAGCATCTTGAGCTGACGGAAAACGGAATCTCCGGCGTG
ATTCCGGCGGATTTTGGATCGTTGAAGATGTTGAGCAGGGCGTTGCTGGGACGTAACGAA
CTCACCGGGTCGATTCCCGGGTCGATCTCGGGTATGAAACGGTTAGCGGATCTGGATCTA
TCCAGGAACCATATCGAGGGTCCGATACCTGAGTGGATGGGTAAAATGAATGTACTCTCT
GTTTTGAATCTCGATAGCAACTCGTTAACCGGTCCAATCCCCGGTTCAATTCTTAGCAGT
TCCGGTTTTGGAGTTTTGAATTTGAGCCGGAATGCGTTGGAAGGATCCATACCCGACGTA
TTCGGATCCACAACTTATTTCATGTCGCTTGATTTGTCACACAATAATCTATCGGGTCGG
ATCCCGGATTCGCTCTCTTCAGCTAAGTTCGTGGGTCATCTAGATATCAGCCATAACAGG
CTTTGTGGGCCTATTCCAATGGGCTCTCCTTTTGATCACCTTGAGGCGTCGTCGTTTAGT
GACAACCAGTGTTTGTGCGGTGGCCCTTTGATGAAGACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AF21TF U 1
AF RR3A108TF U 71
AF RR3B280TF U 367
BS 1 639 RR3AF21TF
BS 640 640 RR3A108TF
BS 641 745 RR3AF21TF
BS 746 866 RR3A108TF
BS 867 1121 RR3B280TF

RD RR3AF21TF 745 0 0
GGAAAAATGACAAAGCTGTTGCCATCGCCGTTTAGCTCATTACTCGCCATCGTTTTCATC
TCCCTAATCTCCATCGTCCACTGTTGCTCCCCTTCAGACCAGACCGCTCTCAATGCTTTC
AAGTCGTCACTGAGCGAACCAAACCTCGGAATCTTCAACACCTGGTCCGAAAACACTGAC
TGCTGCAAGGCATGGTACGGTATCAGCTGCGATCCGGATTCGGGTCGGGTCACTGATATC
TCTCTCCGCGGCGAATCTGAAGACGCGATTTTCCAAAAGGCTGGCCGGTCCGGTTACATG
ACCGGTTCGATAGACCCGGCGGTTTGCGATTTAACCGCGCTGAGTTCACTCGTGCTTGCC
GACTGGAAAGGAATCTCCGGCGAGATTCCGCCGTGCATAACCTCCTTAGCTTCTCTACGT
GTCGTCGACCTCGCCGGAAACAGGATCACCGGAGAGATTCCGACGGAAATCGGTAAACTC
ACCAAACTCGCCGTTCTGAACCTCGCGGAGAATCGGATGTCCGGCGAGATACCTCCGTCG
CTGACGTCACTCGCCGAGCTGAAGCATCTTGAGCTGACGGAAAACGGAATCTCCGGCGTG
ATTCCGGCGGATTTTGGATCGTTGAAGATGTTGAGCAGG*CGTTGCTGGGACGTAACGAA
CTCACCGGGTCGATTCCCGGGTCGATCTCGGGTATGAAACGGTTAGCGGATCTGGATCTA
TCCAGGAACCATATCGAGGGTCCGA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3A108TF 807 0 0
GG
ATCGTCCACTGTTGCTCCCCTTCAGACCAGACCGCTCTCAATGCTTTCAAGTCGTCACTG
AGCGAACCAA*CCTCGGAATCTTCAACACCTGGTCCGAAAACACTGACTGCTGCAAGGCA
TGGTACGGTATCAGTTGCGATCCGGATTCGGGTCGGGTCACTGATATCTCTCTCCGCGGC
GAATCTGAAGACGCGATTTTCCAAAAGGCTGGCCGGTCCGGTTACATGACCGGTTCGATA
GACCCGGCGGTTTGCGATTTAACCGCGCTGAGTTCACTCGTGCTTGCCGACTGGAAAGGA
ATCTCCGGCGAGATTCCGCCGTGCATAACCTCCTTAGCTTCTCTACGTGTCGTCGACCTC
GCCGGAAACAGGATCACCGGAGAGATTCCGACGGAAATCGGTAAACTCACCAAACTCGCC
GTTCTGAACCTCGCGGAGAATCGGATGTCCGGCGAGATACCTCCGTCGCTGACGTCACTC
GCCGAGCTGAAGCATCTTGAGCTGACGGAAAACGGAATCTCCGGCGTGATTCCGGCGGAT
TTTGGATCGTTGAAGATGTTGAGCAGGGCGTTGCTGGGACGTAACGAACTCACCGGGTCG
ATTCCCGGGTCGATCTCGGGTATGAAACGGTTAGCGGATCTGGATCTATCCAGGAACCAT
ATCGAGGGTCCGATACCTGAGTGGATGGGTAAAATGAATGTACTCTCTGTTTTGAATCTC
GATAGCAACTCGTTAACCGGTCCAATCCCCGGTTCAATTCTTAGCAGTTCCGGTTTTGGA
GTTTTGAATTTGAG
CCGGATGCGTT

QA 3 796 3 796
DS 

RD RR3B280TF 755 0 0
G
AAGGAATCTCCGGCGAGATTCCGCCGTGCATAACCTCCTTAGCTTCTCTACGTGTCGTCG
ACCTCGCCGGAAACAGTATCACCGGAGAGATTCCGACGGAAATCGGTAAACTCACCAAAC
TCGCCGTTCTGAACCTCGCGGAGAATCGGATGTCCGGCGAGATACCTCCGTCGCTGACGT
CACTCGCCGAGCTGAAGTAT*TTGAGCTGACGGAAAACGGAATCTCCGGCGTGATTCCGG
CGGATTTTGGATCGTTGAAGATGTTGAGCAGGGCGTTGCTGGGACGTAACGAACTCACCG
GGTCGATTCCCGGGTCGATCTCGGGTATGAAACGGTTAGCGGATCTGGATCTATCCAGGA
ACCATATCGAGGGTCCGATACCTGAGTGGATGGGTAAAATGAATGTACTCTCTGTTTTGA
ATCTCGATAGCAACTCGTTAACCGGTCCAATCCCCGGTTCAATTCTTAGCAGTTCCGGTT
TTGGAGTTTTGAATTTGAGCCGGAATGCGTTGGAAGGATCCATACCCGACGTATTCGGAT
CCACAACTTATTTCATGTCGCTTGATTTGTCACACAATAATCTATCGGGTCGGATCCCGG
ATTCGCTCTCTTCAGCTAAGTTCGTGGGTCATCTAGATATCAGCCATAACAGGCTTTGTG
GGCCTATTCCAATGGGCTCTCCTTTTGATCACCTTGAGGCGTCGTCGTTTAGTGACAACC
AGTGTTTGTGCGGTGGCCCTTTGATGAAGACATG

QA 2 755 2 755
DS 



CO CL662Contig2 856 3 10 U
GACCTCGCCGAGAATCGGATGTCCGGCGAGTTACCTCCGTCGCTGACGTCACTCACCGAG
CTGAAGCATCTCGAGCTGACGGAAAACGGAATCTCCGGCGTGATTCCGGCGGATTTCGGA
TCGTTGAAGATGTTGAGCAGGGCGTTGCTGGGACGTAACGAACTCACCGGGTCGGTTCCC
GGGTCGATCTCGGGTATGAAACGGTTAGCGGATCTGGATCTATCCAGGAACCATATCGAG
GGTCCGATACCTGAGTGGATGGGTAACATGAAGGTGCTCTCTGTTTTGAATCTCGATAGC
AACTCGTTAACCGGTACAATCCCCGGTTCGATTCTTATCAGTTCCGGTTTTGGAGTTTTG
AATTTGAGTCGAAATGCGTTGGAGGGAACCATACCGGATGTTTTCGGATCCACAACCTAT
TTCATGTCGCTTGATTTGTCACACAATAATCTGTCGGGTCGGATCCCGGATTCGCTCTCT
TCAGCTAAGTTTGTGGGCCATCTCGATATCAGCCATAACAGGCTATGTGGGCCTATTCCA
ATGGGCTCTCCTTTTGATCACCTTGAGGCGTCGTCGTTTAGTGACAACCAGTGTTTGTGC
GGTGGCCCTTTGATGAAGACATGTTAAGTACTAATAAAAAGGAAGTCTCATATTGCTCTT
GTTCGTATCCAGTTTGTTTATATTCTTCGCTTGCTTTCCTTTTCTTGAGATTATAAGCTC
TATATAGCTAATCTGTTCTGCTAGTAACGAATGGCTACACCGATCCAAATCTGTTCCTGG
TGTATGGGTATGGTAGAGCATGTATAATGTATAAGCAATGTTATAGATATAAAATGTTTT
AGAAATATGTCTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H048TF U 1
AF RR3FV88JQ C 232
AF RR3FV88TF U 232
BS 1 286 RR3H048TF
BS 287 287 RR3FV88TF
BS 288 337 RR3H048TF
BS 338 338 RR3FV88TF
BS 339 345 RR3H048TF
BS 346 346 RR3FV88TF
BS 347 439 RR3H048TF
BS 440 440 RR3FV88TF
BS 441 635 RR3H048TF
BS 636 856 RR3FV88TF

RD RR3H048TF 635 0 0
GACCTCGCCGAGAATCGGATGTCCGGCGAGTTACCTCCGTCGCTGACGTCACTCACCGAG
CTGAAGCATCTCGAGCTGACGGAAAACGGAATCTCCGGCGTGATTCCGGCGGATTTCGGA
TCGTTGAAGATGTTGAGCAGGGCGTTGCTGGGACGTAACGAACTCACCGGGTCGGTTCCC
GGGTCGATCTCGGGTATGAAACGGTTAGCGGATCTGGATCTATCCAGGAACCATATCGAG
GGTCCGATACCTGAGTGGATGGGTAACATGAAGGTGCTCTCTGTTTCGAATCTCGATAGC
AACTCGTTAACCGGTACAATCCCCGGTTCGATTCTTAGCAGTTCCTGTTTTGGAGTTTTG
AATTTGAGTCGAAATGCGTTGGAGGGAACCATACCGGATGTTTTCGGATCCACAACCTAT
TTCATGTCGCTTGATTTGTTACACAATAATCTGTCGGGTCGGATCCCGGATTCGCTCTCT
TCAGCTAAGTTTGTGGGCCATCTCGATATCAGCCATAACAGGCTATGTGGGCCTATTCCA
ATGGGCTCTCCTTTTGATCACCTTGAGGCGTCGTCGTTTAGTGACAACCAGTGTTTGTGC
GGTGGCCCTTTGATGAAGACATGTTAAGTACTAAT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3FV88JQ 625 0 0
G
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TCGATAGCAACTCGTTAACCGGTACAATCCCCGGTTCGATTCTTATCAGTTCCGGTTTTG
GAGTTTTGAATTTGAGTCGAAATGCGTTGGAGGGAACCATACCGGATGTTTTCGGATCCA
CAACCTATTTCATGTCGCTTGATTTGTCACACAATAATCTGTCGGGTCGGATCCCGGATT
CGCTCTCTTCAGCTAAGTTTGTGGGCCATCTCGATATCAGCCATAACAGGCTATGTGGGC
CTATTCCAATGGGCTCTCCTTTTGATCACCTTGAGGCGTCGTCGTTTAGTGACAACCAGT
GTTTGTGCGGTGGCCCTTTGATGAAGACATGTTAAGTACTAATAAAAAGGAAGTCTCATA
TTGCTCTTGTTCGTATCCAGTTTGTTTATATTCTTCGCTTGCTTTCCTTTTCTTGAGATT
ATAAGCTCTATATAGCTAATCTGTTCTGCTAGTAACGAATGGCTACACCGATCCAAATCT
GTTCCTGGTGTATGGGTATGGTAGAGCATGTATAATGTATAAGCAATGTTATAGATATAA
AATGTTTTAGAAATATGTCTTTTG

QA 2 625 2 625
DS 

RD RR3FV88TF 625 0 0
G
ATATCGAGGGTCCGATACCTGAGTGGATGGGTAACATGAAGGTGCTCTCTGTTTTGAATC
TCGATAGCAACTCGTTAACCGGTACAATCCCCGGTTCGATTCTTATCAGTTCCGGTTTTG
GAGTTTTGAATTTGAGTCGAAATGCGTTGGAGGGAACCATACCGGATGTTTTCGGATCCA
CAACCTATTTCATGTCGCTTGATTTGTCACACAATAATCTGTCGGGTCGGATCCCGGATT
CGCTCTCTTCAGCTAAGTTTGTGGGCCATCTCGATATCAGCCATAACAGGCTATGTGGGC
CTATTCCAATGGGCTCTCCTTTTGATCACCTTGAGGCGTCGTCGTTTAGTGACAACCAGT
GTTTGTGCGGTGGCCCTTTGATGAAGACATGTTAAGTACTAATAAAAAGGAAGTCTCATA
TTGCTCTTGTTCGTATCCAGTTTGTTTATATTCTTCGCTTGCTTTCCTTTTCTTGAGATT
ATAAGCTCTATATAGCTAATCTGTTCTGCTAGTAACGAATGGCTACACCGATCCAAATCT
GTTCCTGGTGTATGGGTATGGTAGAGCATGTATAATGTATAAGCAATGTTATAGATATAA
AATGTTTTAGAAATATGTCTTTTG

QA 2 625 2 625
DS 



AS 2 8

CO CL663Contig1 904 6 2 U
GCTCTCTCAAATTGCTTCTTGATTAATAATAAGGGGATGATATGAGTAGTTGAAAGATAA
AAATCATTAACACACAAAATAAAACTGATTAATGAGAACTAACTGTATTTATTCTTAACT
TTTCTTTTAATAGAACTCACTTAACACCTCACTGCACTCGTCTCCAGGGGCGGACGTAGA
ACATTATTGAGACAGTGCACATTGTATTTTCTCATGATGTTTAATTTTTGAGTTGAGAGC
CTTTCACAAAGTCAATGTAAACTAGGGAAGAAAAAAAAAA*GAGATCGGGGCACGTGCCC
CCCGTAA*GTCTCTACGTGCAACCGCCTTTGCTCGTCTCACAATCATCCGTAGAAATAAT
CATGTAAGGAATACGGGTCATTACGTAGAGGACGTCATTCTCTTTTTCAAAGGGATTTAT
TTCGCCTTTTTTGAATCTCTCTCTACAATCGTTAAATTCCTTATTTGCCATCCCCAAATC
ATCTGAAGACAAATCAAGATCCTTCTCTTTGAGGTAATTCAAACCTGAGGTTAGCCACTC
ATAGCCATCTTGGTAATGGTTAAGACAAACTTCCAACTTCTTTTTAATAAGCCTACTTTT
ATATCTCTTCTCTTTTATAAACTTCTCCACAATTCTTTTCATGTTTGTTATGCTCGATAT
CGCGTTATTCGTACCTACCACGGCCAATTCAATCTTATTTCTCACTTTCTTGGTCTCTGG
ATTCTCTTTAAGAGATGTGATGCAAAGCTTAAGGACATCTTCTGAATCCACCACGCTAGG
AATGATTGATATACGCTTGCAATTTCTTTGAATCAGAGAATCTGCCTCTTTGTTGGCCGT
GAAACCACTGAAGAGAAGAACGAACACAACGAGGTAAGTCGATAACATTGTGTATTTGTT
TTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 

AF RR3BE49JQ U 35
AF RR3BY43JQ U 246
AF RR3DH14JQ U 1
AF RR3BY43TF C 317
AF RR3BE49TF C 193
AF RR3DH14TF C 245
BS 1 746 RR3DH14JQ
BS 747 904 RR3BE49TF

RD RR3BE49JQ 124 0 0
GGATGATATGAGTAGTTGAAAGATAAAAATCATTAACACACAAAATAAAACTGATTAATG
AGAACTAACTGTATTTATTCTTAACTTTTCTTTTAATAGAACTCACTTAACACCTCACTG
CACT

QA 1 124 1 124
DS 

RD RR3BY43JQ 103 0 0
TTT
AAGTCAATGTAAACTAGGGAAGAAAAAAAAAA**AGATCGGGGCACGTGCCCCCCGTAA*
GTCTCTACGTGCAACCGCCTTTGCTCGTCTCACAATCATC

QA 4 103 4 103
DS 

RD RR3DH14JQ 746 0 0
GCTCTCTCAAATTGCTTCTTGATTAATAATAAGGGGATGATATGAGTAGTTGAAAGATAA
AAATCATTAACACACAAAATAAAACTGATTAATGAGAACTAACTGTATTTATTCTTAACT
TTTCTTTTAATAGAACTCACTTAACACCTCACTGCACTCGTCTCCAGGGGCGGACGTAGA
ACATTATTGAGACAGTGCACATTGTATTTTCTCATGATGTTTAATTTTTGAGTTGAGAGC
CTTTCACAAAGTCAATGTAAACTAGGGAAGAAAAAAAAAA*GAGATCGGGGCACGTGCCC
CCCGTAA*GTCTCTACGTGCAACCGCCTTTGCTCGTCTCACAATCATCCGTAGAAATAAT
CATGTAAGGAATACGGGTCATTACGTAGAGGACGTCATTCTCTTTTTCAAAGGGATTTAT
TTCGCCTTTTTTGAATCTCTCTCTACAATCGTTAAATTCCTTATTTGCCATCCCCAAATC
ATCTGAAGACAAATCAAGATCCTTCTCTTTGAGGTAATTCAAACCTGAGGTTAGCCACTC
ATAGCCATCTTGGTAATGGTTAAGACAAACTTCCAACTTCTTTTTAATAAGCCTACTTTT
ATATCTCTTCTCTTTTATAAACTTCTCCACAATTCTTTTCATGTTTGTTATGCTCGATAT
CGCGTTATTCGTACCTACCACGGCCAATTCAATCTTATTTCTCACTTTCTTGGTCTCTGG
ATTCTCTTTAAGAGATGTGATGCAAA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3BY43TF 441 0 0
GTGCAACCGCCTTTGCTCGTCTCACAATCATCCATAGAAATAATCATGTAAGGAATACGG
GTCATTACGTAGAGGACGTCATTCTCTTTTTCAAAGGGATTTATTTCGCCTTTTTTGAAT
CTCTCTTTACAATCGTTAAATTCATTATTTGCCATCCCCAAATCATCTGAAGACAAATCA
AGATCCTTCTCTTTGAGGTAATTCAAACCTGAGGTTAGCCACTCATAGCCATCTTGGTAA
TGGTTAAGACAAACTTCCAACTTCTTTTTAATAAGCCTACTTTTATATCTCTTCTCTTTT
ATAAACTTCTCCACAATTCTTTTCATGTTTGTTATGTTCGATATCGCGTTATTCGTACCT
ACCACGGCCAATTCAATCTTATTTCTCACTTTCTTGGTCTCTGGATTCTCTTTAAGAGAT
GTGATGCAAAGCTTAAGGA
CA

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR3BE49TF 712 0 0
CAGT
GCACATTGTATTTTCTCATGATGTTTAATTTTTGAGTTGAGAGCCTTTCACAAAGTCAAT
GTAAACTAGGGAAGAAAAAAAAAAAGAGATCGGGGCACGTGCCCCCCGTAA*GTCTCTAC
GTGCAACCGCCTTTGCTCGTCTCACAATCATCCATAGAAATAATCATGTAAGGAATACGG
GTCATTACGTAGAGGACGTCATTCTCTTTTTCAAAGGGATTTATTTCGCCTTTTTTGAAT
CTCTCTCTACAATCGTTAAATTCCTTATTTGCCATCCCCAAATCATCTGAAGACAAATCA
AGATCCTTCTCTTTGAGGTAATTCAAACCTGAGGTTAGCCACTCATAGCCATCTTGGTAA
TGGTTAAGACAAACTTCCAACTTCTTTTTAATAAGCCTACTTTTATATCTCTTCTCTTTT
ATAAACTTCTCCACAATTCTTTTCATGTTTGTTATGTTCGATATCGCGTTATTCGTACCT
ACCACGGCCAATTCAATCTTATTTCTCACTTTCTTGGTCTCTGGATTCTCTTTAAGAGAT
GTGATGCAAAGCTTAAGGACATCTTCTGAATCCACCACGCTAGGAATGATTGATATACGC
TTGCAATTTCTTTGAATCAGAGAATCTGCCTCTTTGTTGGCCGTGAAACCACTGAAGAGA
AGAACGAACACAACGAGGTAAGTCGATAACATTGTGTATTTGTTTTCC

QA 5 712 5 712
DS 

RD RR3DH14TF 659 0 0
CACAAAGTCAATGTAAACTAGGGAAGAAAAAAAAAA*GAGATCGGGGCACGTGCCCCCCG
TAAAGTCTCTACGTGCAACCGCCTTTGCTCGTCTCACAATCATCCGTAGAAATAATCATG
TAAGGAATACGGGTCATTACGTAGAGGACGTCATTCTCTTTTTCAAAGGGATTTATTTCG
CCTTTTTTGAATCTCTCTCTACAATCGTTAAATTCCTTATTTGCCATCCCCAAATCATCT
GAAGACAAATCAAGATCCTTCTCTTTGAGGTAATTCAAACCTGAGGTTAGCCACTCATAG
CCATCTTGGTAATGGTTAAGACAAACTTCCAACTTCTTTTTAATAAGCCTACTTTTATAT
CTCTTCTCTTTTATAAACTTCTCCACAATTCTTTTCATGTTTGTTATGCTCGATATCGCG
TTATTCGTACCTACCACGGCCAATTCAATCTTATTTCTCACTTTCTTGGTCTCTGGATTC
TCTTTAAGAGATGTGATGCAAAGCTTAAGGACATCTTCTGAATCCACCACGCTAGGAATG
ATTGATATACGCTTGCAATTTCTTTGAATCAGAGAATCTGCCTCTTTGTTGGCCGTGAAA
CCACTGAAGAGAAGAACGAACACAACGAGGTAAGTCGATAACATTGTGTATTTGTTT
CC

QA 1 657 1 657
DS 



CO CL663Contig2 815 2 2 U
GGGTTCAAACAAATACACAATGTTATCGACTTACCTCGTTGTATTCTTTCTTCTCTTCAG
TGGTTTCAAGGCCAATAAAGAGGCAGATTCTCTGATTCAAAGAAATTGCAAGCGTATATC
AGTCATTCCAAGCGTGATGGATTCAGAAAATATCCTTAAGCTTTGCATCACATCTCTTAA
AGAGAATCCAGAGACCAAGAAAGTGAGAAATAAGATTGAATTGGTCGTGGTAGGTACGAA
TAACGCGATGTCTAACATAACAAACATGAAAAGAACTGTGGAGAAGTTTATAAAAGAGAA
GAGATATAAGAGTAGGCTTATTAAAAAGAAGTTGGAGGTTTGTCTTAAACATTACCAAGA
TGGCTATGAGTGGCTAACCTCAGGTTTGAATTACGTCAAAGAGAAGGATCTTGAGTTGGC
TTCAGATGATTTGGGGATGGCAAATAAGGCAGTAACCGATTGCGGAGAGAGATTCAGAAA
AGGCGAAATAAATCCCTTTGAAAAAGAGAATATCGTCCTCTACGTAATGCCCAATATTCC
TTACATGATTAGTGCGATGGATGATTGTGAGACGAGCAAAGGCGGTTGCACGTAGAGACT
TACGGGGGGCACGTGCCCCGATCTCTGTTTTATTTTCCTTTCCTAGTTTACATTGACTTT
GTGAAAGGCTCTCAATTCAAAAGTTAAACATCATGAGAAAATACAATGTGCCCTGACTCA
ATAATGTTCTACGTCCGCCCCTGGAGACGAGTGCAGTGAGGTGTTAAGTGAGTTCTATTA
AAAGAAAAGTTAAGAATAAATACAGTTAGTTCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H627TF U 1
AF RR3H627JQ C 143
BS 1 594 RR3H627TF
BS 595 815 RR3H627JQ

RD RR3H627TF 594 0 0
GGGTTCAAACAAATACACAATGTTATCGACTTACCTCGTTGTATTCTTTCTTCTCTTCAG
TGGTTTCAAGGCCAATAAAGAGGCAGATTCTCTGATTCAAAGAAATTGCAAGCGTATATC
AGTCATTCCAAGCGTGATGGATTCAGAAAATATCCTTAAGCTTTGCATCACATCTCTTAA
AGAGAATCCAGAGACCAAGAAAGTGAGAAATAAGATTGAATTGGTCGTGGTAGGTACGAA
TAACGCGATGTCTAACATAACAAACATGAAAAGAACTGTGGAGAAGTTTATAAAAGAGAA
GAGATATAAGAGTAGGCTTATTAAAAAGAAGTTGGAGGTTTGTCTTAAACATTACCAAGA
TGGCTATGAGTGGCTAACCTCAGGTTTGAATTACGTCAAAGAGAAGGATCTTGAGTTGGC
TTCAGATGATTTGGGGATGGCAAATAAGGCAGTAACCGATTGCGGAGAGAGATTCAGAAA
AGGCGAAATAAATCCCTTTGAAAAAGAGAATATCGTCCTCTACGTAATGCCCAATATTCC
TTACATGATTAGTGCGATGGATGATTGTGAGACGAGCAAAGGCGGTTGCACGTA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3H627JQ 673 0 0
TCAGAAAATATCCTTAAGCTTTGCATCACATCTCTTAAAGAGAATCCAGAGACCAAGAAA
GTGAGAAATAAGATTGAATTGGTCGTGGTAGGTACGAATAACGCGATGTCTAACATAACA
AACATGAAAAGAACTGTGGAGAAGTTTATAAAAGAGAAGAGATATAAGAGTAGGCTTATT
AAAAAGAAGTTGGAGGTTTGTCTTAAACATTACCAAGATGGCTATGAGTGGCTAACCTCA
GGTTTGAATTACGTCAAAGAGAAGGATCTTGAGTTGGCTTCAGATGATTTGGGGATGGCA
AATAAGGCAGTAACCGATTGCGGAGAGAGATTCAGAAAAGGCGAAATAAATCCCTTTGAA
AAAGAGAATATCGTCCTCTACGTAATGCCCAATATTCCTTACATGATTAGTGCGATGGAT
GATTGTGAGACGAGCAAAGGCGGTTGCACGTAGAGACTTACGGGGGGCACGTGCCCCGAT
CTCTGTTTTATTTTCCTTTCCTAGTTTACATTGACTTTGTGAAAGGCTCTCAATTCAAAA
GTTAAACATCATGAGAAAATACAATGTGCCCTGACTCAATAATGTTCTACGTCCGCCCCT
GGAGACGAGTGCAGTGAGGTGTTAAGTGAGTTCTATTAAAAGAAAAGTTAAGAATAAATA
CAGTTAGTTCCCT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 8

CO CL664Contig1 735 8 11 U
AGGGGGGTAAAGAGATTGAAGAACACGACTTACACGACAAAACGAGACAAGAATCCAAGA
GAGCACACGACGTTAATTAGAAAAAATGTCCATATTCTTCCTGTCACTCTTTCTTTTTGC
CACTTCTTTGTATGTTTCCTGCACAAACCTAACAGCTTACGATGTTGTCCAAAAATACAA
GTTACCACGAGGAATACTACCAGAAGGTGTCATTGACTACGACCTAAACCACAAAACTGG
CTTTTTCAAAGTCTATTTCAACAACACGTGTCGGTTCCCAATCGAGGGATACAAGGTCAA
GTACCAACCTATTGTCTCTGGCTTCATAAAAAACGGACGGATCAGTAGACTGATGGGCGT
AAGCGTCAAATTGCTTTACTTCTGGCTCAGCATCGGGGAGGTGACTAGTGACGGCCAGGA
ACTCAAACTCTCAGTTGGTGCTGCTTCGGAAGAATTCTCGGTGCATCATTTCGACAGGAG
CCCACAGTGTGGTTGTGGGTTTTATTGTCGTGAGCTCAAATTTTCCTTCTAAAGCTAATG
GGCCTCCAAGTTGTTATGAATAAAATAAATAAACAACCACTTTACCTAATAGATTAGACT
AAAACTCGAGGGTTTGTGGTGCTATGGATTGGTGACTGAATAAATTGCAGTACTAAAACT
TTATCCATGTCAAACTGATGCAAAATTTCGAGCTTTTTACATATTTTATTAGATCAATAC
TATTAATTCTTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 
50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 5 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY29TF U 1
AF RR3BI45JQ C 30
AF RR3DY29JQ C 1
AF RR3F133JQ C 21
AF RR3F133TF U 21
AF RR3BI45TF U 7
AF RR3DM38TF U 22
AF RR3DM38JQ C 22
BS 1 8 RR3DY29JQ
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BS 196 196 RR3BI45TF
BS 197 365 RR3DY29TF
BS 366 366 RR3BI45TF
BS 367 384 RR3DY29TF
BS 385 636 RR3BI45TF
BS 637 637 RR3DM38TF
BS 638 653 RR3BI45TF
BS 654 657 RR3DM38TF
BS 658 735 RR3DM38JQ

RD RR3DY29TF 384 0 0
AGGGGGGT
AAAGAGATTGAAGAACACGACTTACACGACAAAACGAGACAAGAATCCAAGAGAGCACAC
GACGTTAATTAGAAAAAATGTCCATATTCTTCCTGTCACTCTTTCTTTTTGCCACTTCTT
TGTATGTTTCCTGCACAAACCTAACAGCTTACGATGTTGTCCAAAAATACAAGTTACCAC
GAGGAATTCTACCAGAAGGTGTCATTGACTACGACCTAAACCACAAAACTGGCTTTTTCA
AAGTCTATTTCAACAACACGTGTCGGTTCCCAATCGAGGGATACAAGGTCAAGTACCAAC
CTATTGTCTCTGGCTTCATAAAAAACGGACGGATCAGTAGACTGATGGGCGTAAGCG*CA
AATTGCTTTACTTCTG

QA 9 384 9 384
DS 

RD RR3BI45JQ 418 0 0
TTACACGACAAAACGAGACAAGAATCCAAGAGAGCACACGACGTTAATTAGAAAAAATGT
CCATATTCTTCCTGTCACTCTTTCTTTTTGCCACTTCTTTGTATGTTTCCTGCACAAACC
TAACAGCTTACGATGTTGTCCAAAAATACAAGTTACCACGAGGAATACTACCAGAAGGTG
TCATTGATTACGACCTAAACCACAAAACTGGCTTTTTCAAAGTTTATTTCAACAACACGT
GTCGGTTCCCAATCGAGGGATACAAGGTCAAGTACCAACCTATTGTTTCTGGCTTCATAA
AAAACGGACGGATCAGTAGACTGATGGGGGTAAGCGTCAAATTGCTTTACTTCTGGCTCA
GCATCGGGGAGGTGACTAGTGACGGCCAGGAACTCAAACTTTCAGTTGGTGCTGCTTC

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR3DY29JQ 587 0 0
AGGGGGGTAAAGAGATTGAAGAACACGACTTACACGACAAAACGAGACAAGAATCCAAGA
GAGCACACGACGTTAATTAGAAAAAATGTCCATATTCTTCCTGTCACTCTTTCTTTTTGC
CACTTCTTTGTATGTTTCCTGCACAAACCTAACAGCTTACGATGTTGTCCAAAAATACAA
GTTACCACGAGGAATTTTACCAGAAGGTGTCATTGACTACGACCTAAACCACAAAACTGG
CTTTTTCAAAGTCTATTTCAACAACACGTGTCGGTTCCCAATCGAGGGATACAAGGTCAA
GTACCAACCTATTGTCTCTGGCTTCATAAAAAACGGACGGATCAGTAGACTGATGGGCGT
AAGCGTCAAATTGCTTTACTTCTGGCTCAGCATCGGGGAGGTGACTAGTGACGGCCAGGA
ACTCGAACTCTCAGTTGGTGCCGCTTCGGAAGAATTCTCGGTGCATCATTTCGACAGGAG
CCCACAGTGTGGTTGTGGGTTTTATTGTCGTGAGCTCAAATTTTCCTTCTAAAGCTAATG
GGCCTCCAAGTTGTTATGAATAAAATAAATAAACAACCACTTTACCT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3F133JQ 567 0 0
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AAAAAATGTCCATATTCTTCCTGTCACTCTTTCTTTTTGCCACTTCTTTGTATGTTTCCT
GCACAAACCTAACAGCTTACGATGTTGTCCAAAAATACAAGTTACCACGAGGAATACTAC
CAGAAGGTGTCATTGACTACGACCTAAACCACAAAACTGGCTTTTTCAAAGTCTATTTCA
ACAACACGTGTCGGTTCCCAATCGAGGGATACAAGGTCAAGTACCAACCTATTGTCTCTG
GCTTCATAAAAAACGGACGGATCAGTAGACTGATGGGCGTAAGCGTCAAATTGCTTTACT
TCTGGCTCAGCATCGGGGAGGTGACTAGTGACGGCCAGGAACTCAAACTCTCAGTTGGTG
CTGCTTCGGAAGAATTCTCGGTGCATCATTTCGACAGGAGCCCACAATGTGGTTGTGGGT
TTTATTGTCGTGAGCTCAAATTTTCCTTCTAAAGCTAATGGGCCCCCAAGTTGTTATGAA
TAAAATAAATAAACAACCACTTTACCT

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3F133TF 567 0 0
GAACACGACTTACACGACAAAACGAGACAAGAATCCAAGAGAGCACACGACGTTAATTAG
AAAAAATGTCCATATTCTTCCTGTCACTCTTTCTTTTTGCCACTTCTTTGTATGTTTCCT
GCACAAACCTAACAGCTTACGATGTTGTCCAAAAATACAAGTTACCACGAGGAATACTAC
CAGAAGGTGTCATTGACTACGACCTAAACCACAAAACTGGCTTTTTCAAAGTCTATTTCA
ACAACACGTGTCGGTTCCCAATCGAGGGATACAAGGTCAAGTACCAACCTATTGTCTCTG
GCTTCATAAAAAACGGACGGATCAGTAGACTGATGGGCGTAAGCGTCAAATTGCTTTACT
TCTGGCTCAGCATCGGGGAGGTGACTAGTGACGGCCAGGAACTCAAACTCTCAGTTGGTG
CTGCTTCGGAAGAATTCTCGGTGCATCATTTCGACAGGAGCCCACAATGTGGTTGTGGGT
TTTATTGTCGTGAGCTCAAATTTTCCTTCTAAAGCTAATGGGCCCCCAAGTTGTTATGAA
TAAAATAAATAAACAACCACTTTACCT

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3BI45TF 647 0 0
GG
AAAGAGATTGAAGAACACGACTTACACGACAAAACGAGACAAGAATCCAAGAGAGCACAC
GACGTTAATTAGAAAAAATGTCCATATTCTTCCTGTCACTCTTTCTTTTTGCCACTTCTT
TGTATGTTTCCTGCACAAACCTAACAGCTTACGATGTTGTCCAAAAATACAAGTTACCAC
GAGGAATACTACCAGAAGGTGTCATTGACTACGACCTAAACCACAAAACTGGCTTTTTCA
AAGTCTATTTCAACAACACGTGTCGGTTCCCAATCGAGGGATACAAGGTCAAGTACCAAC
CTATTGTCTCTGGCTTCATAAAAAACGGACGGATCAGTAGACTGATGGGCGTAAGCGTCA
AATTGCTTTACTTCTGGCTCAGCATCGGGGAGGTGACTAGTGACGGCCAGGAACTCAAAC
TCTCAGTTGGTGCTGCTTCGGAAGAATTCTCGGTGCATCATTTCGACAGGAGCCCACAGT
GTGGTTGTGGGTTTTATTGTCGTGAGCTCAAATTTTCCTTCTAAAGCTAATGGGCCTCCA
AGTTGTTATGAATAAAATAAATAAACAACCACTTTACCTAATAGATTAGACTAAAACTCG
AGGGTTTGTGGTGCTATGGATTGGTGACCGAATAAATTGCAGTAC

QA 3 647 3 647
DS 

RD RR3DM38TF 655 0 0
GAAC
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AACCTAACAGCTTACGATGTTGTCCAAAAATACAAGTTACCACGAGGAATACTACCAGAA
GGTGTCATTGACTACGACCTAAACCACAAAACTGGCTTTTTCAAAGTCTATTTCAACAAC
ACGTGTCGGTTCCCAGTCGAGGGATACAAGGTCAAGTACCAACCTATTGTCTCTGGCTTC
ATAAAAAACGGACGGATCAGTAGACTGATGGGCGTAAGCGTCAAATTGCTTTACTTCTGG
CTCAGCATCGGGGAGGTGACTAGTGACG*CCAGGAACTCGAACTCTCAGTTGGTGCTGCT
TCGGAAGAATTCTCGGTGCATCATTTCGACAGGAGCCCACAGTGTGGTTGTGGGTTTTAT
TGTCGTGAGCTCAA*TTTTCCTTCTAAAGCTAATGGGCCTCCAAGTTGTTATGA*TAAAA
TAAATAA*CAACCACTTTACCTAATAGAT*AGACTAAAACTCGAGGGTTTGTG*TGCTAT
GGATTG*TGACTGAA*AAATTGCAGTACTAAA
CTTTATCATGTCAACTGAT

QA 5 636 5 636
DS 

RD RR3DM38JQ 714 0 0
GAAC
CGACTTACACGACAAAACGAGACAAGAATCCAAGAGAGCACACGACGTTAATTAGAAAAA
ATGTCCATATTCTTCCTGTCACTCTTTCTTTTTGCCACTTCTTTGTATGTTTCCTGCACA
AACCTAACAGCTTACGATGTTGTCCAAAAATACAAGTTACCACGAGGAATACTACCAGAA
GGTGTCATTGACTACGACCTAAACCACAAAACTGGCTTTTTCAAAGTCTATTTCAACAAC
ACGTGTCGGTTCCCAGTCGAGGGATACAAGGTCAAGTACCAACCTATTGTCTCTGGCTTC
ATAAAAAACGGACGGATCAGTAGACTGATGGGCGTAAGCGTCAAATTGCTTTACTTCTGG
CTCAGCATCGGGGAGGTGACTAGTGACG*CCAGGAACTCGAACTCTCAGTTGGTGCTGCT
TCGGAAGAATTCTCGGTGCATCATTTCGACAGGAGCCCACAGTGTGGTTGTGGGTTTTAT
TGTCGTGAGCTCAAATTTTCCTTCTAAAGCTAATGGGCCTCCAAGTTGTTATGAATAAAA
TAAATAAACAACCACTTTACCTAATAGATTAGACTAAAACTCGAGGGTTTGTGGTGCTAT
GGATTGGTGACTGAATAAATTGCAGTACTAAAACTTTATCCATGTCAAACTGATGCAAAA
TTTCGAGCTTTTTACATATTTTATTAGATCAATACTATTAATTCTTAAGC

QA 5 714 5 714
DS 



AS 1 6

CO CL665Contig1 923 6 8 U
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GTGCGATCTCTGAGATTCCCGCGAACCAAATCTCGTAATTTCAATCGCCCCCTGCTCTAG
GAAGCTCGATCTTCACCTCTGACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCAGATAGATAAATCGGGA
AAGTTGGAAATGGTACTGGTTCTGGCATTAGGGGATCTACATGTACCCCATAGAGCGGCT
GATCTGCCTCCAAAGTTCAAATCGATGCTTGTTCCTGGCAAGATTCAACACATCATCTGC
ACTGGCAATCTCTGCATCAAAGAAATCCATGACTACTTGAAGACTATATGCCCTGATTTG
CATATAGTTCGTGGGGAGTTTGATGAAGATGCACGATACCCTGAGACCAAAACCTTGACT
ATCGGCCAGTTCAAGCTTGGACTCTGCCACGGCCACCAGGTAATCCCATGGGGTGATCTA
GAATCACTCGCCATGCTTCAGAGACAACTCGACGTGGACATACTTGTAACAGGCCACACC
CACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTCGTGATCAACCCTGGCTCTGCCACT
GGAGCTTATAGTAGCATAAACCAAGATGTTAACCCGAGCTTTGTTCTTATGGATATCGAT
GGTCTTCGAGTTGTGGTCTATGTCTATGAGCTCATCGACGGAGAGGTTAAAGTCGACAAG
ATCGATTTCAAGAAGACCTCCACTTCCAACTCTGCTCCTTAGCGTTTTT*AACAACCTGA
ACTCCCTGTTTTGTATGTTTTTCGTTTGGAATCACTCGTGAAGTTTGGAACGTTCTTGTG
AAAATAATTTTTAAAGATTTGGAAATTGGACCACTGATAACAATGTTTTGCAAATCTCTT
GAAGTTGATCGACTTTTTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BQ45TF U 1
AF RR3BQ45JQ C 255
AF RR3BI19TF U 48
AF RR3B404TF U 27
AF RR3BI19JQ C 48
AF RR3B404JQ C 316
BS 1 160 RR3BQ45TF
BS 161 162 RR3B404TF
BS 163 582 RR3BQ45TF
BS 583 583 RR3B404TF
BS 584 687 RR3BQ45TF
BS 688 852 RR3B404TF
BS 853 861 RR3BI19JQ
BS 862 923 RR3B404JQ

RD RR3BQ45TF 687 0 0
GTCAAACAAACAGAAGAGGAGCGAGCGAGCGATCATACAGAAGGAGAAAGGATCTTCGTT
GTGCGATCTCTGAGATTCCCGCGAACCAAATCTCGTAATTTCAATCGCCCCCTGCTCTAG
GAAGCTCGATCTTCACCTCTGACCTCTCTCTCTCTCTCTC**CAGATAGATAAATCGGGA
AAGTTGGAAATGGTACTGGTTCTGGCATTAGGGGATCTACATGTACCCCATAGAGCGGCT
GATCTGCCTCCAAAGTTCAAATCGATGCTTGTTCCTGGCAAGATTCAACACATCATCTGC
ACTGGCAATCTCTGCATCAAAGAAATCCATGACTACTTGAAGACTATATGCCCTGATTTG
CATATAGTTCGTGGGGAGTTTGATGAAGATGCACGATACCCTGAGACCAAAACCTTGACT
ATCGGCCAGTTCAAGCTTGGACTCTGCCACGGCCACCAGGTAATCCCATGGGGTGATCTA
GAATCACTCGCCATGCTTCAGAGACAACTCGACGTGGACATACTTGTAACAGGCCACACC
CACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTCGTGATCGACCCTGGCTCTGCCACT
GGAGCTTATAGTAGCATAAACCAAGATGTTAACCCGAGCTTTGTTCTTATGGATATCGAT
GGTCTTCGAGTTGTGGTCTATGTCTAT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3BQ45JQ 580 0 0
GTTCAAATCGATGCTTGTTCCTGGCAAGATTCAACACATCATCTGCACTGGCAATCTCTG
CATCAAAGAAATCCATGACTACTTGAAGACTATATGCCCTGATTTGCATATAGTTCGTGG
GGAGTTTGATGAAGATGCACGATACCCTGAGACCAAAACCTTGACTATCGGCCAGTTCAA
GCTTGGACTCTGCCACGGCCACCAGGTAATCCCATGGGGTGATCTAGAATCACTCGCCAT
GCTTCAGAGACAACTCGACGTGGACATACTTGTAACAGGCCACACCCACCAGTTCACTGC
CTACAAACACGAGGGAGGAGTCGTGATCGACCCTGGCTCTGCCACTGGAGCTTATAGTAG
CATAAACCAAGATGTTAACCCGAGCTTTGTTCTTATGGATATCGATGGTCTTCGAGTTGT
GGTCTATGTCTATGAGCTCATCGACGGAGAGGTTAAAGTCGACAAGATCGATTTCAAGAA
GACCTCCACTTCCAACTCTGCTCCTTAGCGTTTTTTAACAACCTGAACTCCCTGTTTTAT
ATGTTTTTCGTTTGGAATCACTCGTGAAGTTTGGAACGTT

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3BI19TF 790 0 0
AAGGATCTTCGTTGTGCGATCTCTGAGATTCCCGCGAACCAAATCTCGTAATTTCAATCG
CCCCCTGCTCTAGGAAGCTCGATCTTCACCTCTGACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCAGAT
AGATAAATCGGGAAAGTTGGAAATGGTACTGGTTCTGGCATTAGGGGATCTACATGTACC
CCATAGAGCGGCTGATCTGCCTCCAAAGTTCAAATCGATGCTTGTTCCTGGCAAGATTCA
ACACATCATCTGCACTGGCAATCTCTGCATCAAAGAAATCCATGACTACTTGAAGACTAT
ATGCCCTGATTTGCATATAGTTCGTGGGGAGTTTGATGAAGATGCACGATACCCTGAGAC
CAAAACCTTGACTATCGGCCAGTTCAAGCTTGGACTCTGCCACGGCCACCAGGTAATCCC
ATGGGGTGATCTAGAATCACTCGCCATGCTTCAGAGACAACTCGACGTGGACATACTTGT
AACAGGCCACACCCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTCGTGATCAACCC
TGGCTCTGCCACTGGAGCTTATAGTAGCATAAACCAAGATGTTAACCCGAGCTTTGTTCT
TATGGATATCGATGGTCTTCGAGTTGTGGTCTATGTCTATGAGCTCATCGACGGAGAGGT
TAAAGTCGACAAGATCGATTTCAAGAAGACCTCCACTTCCAACTCTGCTCCTTAGCGTTT
TT*AACAACCTGAACTCCCTGTTTTGTATGTTTTTCGTTTGGAATCACTCGTGA*GTTTG
GAACGTTCT
G

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3B404TF 826 0 0
GAGCGATCATACAGAAGGAGAAAGGATCTTCGTTGTGCGATCTCTGAGATTCCCGCGAAC
CAAATCTCGTAATTTCAATCGCCCCCTGCTCTAGGAAGCTCGATCTTCACCTCTGACCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCCAGATAGATAAATCGGGAAAGTTGGAAATGGTACTGGTTCTGGC
ATTAGGGGATCTACATGTACCCCATAGAGCGGCTGATCTGCCTCCAAAGTTCAAATCGAT
GCTTGTTCCTGGCAAGATTCAACACATCATCTGCACTGGCAATCTCTGCATCAAAGAAAT
CCATGACTACTTGAAGACTATATGCCCTGATTTGCATATAGTTCGTGGGGAGTTTGATGA
AGATGCACGATACCCTGAGACCAAAACCTTGACTATCGGCCAGTTCAAGCTTGGACTCTG
CCACGGCCACCAGGTAATCCCATGGGGTGATCTAGAATCACTCGCCATGCTTCAGAGACA
ACTCGACGTGGACATACTTGTAACAGGCCACACCCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGA
GGGAGGAGTCGTGATCAACCCTGGCTCTGCCACTGGAGCTTATAGTAGCATAAACCAAGA
TGTTAACCCGAGCTTTGTTCTTATGGATATCGATGGTCTTCGAGTTGTGGTCTATGTCTA
TGAGCTCATCGACGGAGAGGTTAAAGTCGACAAGATCGATTTCAAGAAGACCTCCACTTC
CAACTCTGCTCCTTAGCGTTTTT*AACAACCTGAACTCCCTGTTTTGTATGTTTTTCGTT
TGGAATCACTCGTGAAGTTTGGAACGTTCTTGTGAAAATAATTTTT

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR3BI19JQ 814 0 0
AAGGATCTTCGTTGTGCGATCTCTGAGATTCCCGCGAACCAAATCTCGTAATTTCAATCG
CCCCCTGCTCTAGGAAGCTCGATCTTCACCTCTGACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCAGAT
AGATAAATCGGGAAAGTTGGAAATGGTACTGGTTCTGGCATTAGGGGATCTACATGTACC
CCATAGAGCGGCTGATCTGCCTCCAAAGTTCAAATCGATGCTTGTTCCTGGCAAGATTCA
ACACATCATCTGCACTGGCAATCTTTGCATCAAAGAAATCCATGACTACTTGAAGACTAT
ATGCCCTGATTTGCATATAGTTCGTGGGGAGTTTGATGAAGATGCACGATACCCTGAGAC
CAAAACCTTGACTATCGGCCAGTTCAAGCTTGGACTCTGCCACGGCCACCAGGTAATCCC
ATGGGGTGATCTAGAATCACTCGCCATGCTTCAGAGACAACTCGACGTGGACATACTTGT
AACAGGCCACACCCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGAGTCGTGATCAACCC
TGGCTCTGCCACTGGAGCTTATAGTAGCATAAACCAAGATGTTAACCCGAGCTTTGTTCT
TATGGATATCGATGGTCTTCGAGTTGTGGTCTATGTCTATGAGCTCATCGACGGAGAGGT
TAAAGTCGACAAGATCGATTTCAAGAAGACCTCCACTTCCAACTCTGCTCCTTAGCGTTT
TT*AACAACCTGAACTCCCTGTTTTGTATGTTTTTCGTTTGGAATCACTCGTGAAGTTTG
GAACGTTCTTGTGAAAATAATTTTTAAAGATTTG

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR3B404JQ 608 0 0
ATCAAAGAAATCCATGACTACTTGAAGACTATATGCCCTGATTTGCATATAGTTCGTGGG
GAGTTTGATGAAGATGCACGATACCCTGAGACCAAAACCTTGACTATCGGCCAGTTCAAG
CTTGGACTCTGCCACGGCCACCAGGTAATCCCATGGGGTGATCTAGAATCACTCGCCATG
CTTCAGAGACAACTCGACGTGGACATACTTGTAACAGGCCACACCCACCAGTTCACTGCC
TACAAACACGAGGGAGGAGTCGTGATCAACCCTGGCTTTGCCACTGGAGCTTATAGTAGC
ATAAACCAAGATGTTAACCCGAGCTTTGTTTTTATGGATATCGATGGTTTTCGAGTTGTG
GTCTATGTCTATGAGCTCATCGACGGAGAGGTTAAAGTCGACAAGATCGATTTCAAGAAG
ACCTCCACTTCCAACTTTGCTCCTTAGCGTTTTT*AACAACCTGAACTCCCTGTTTTGTA
TGTTTTTCGTTTGGAATCACTCGTGAAGTTTGGAACGTTCTTGTGAAAATAATTTTTAAA
GATTTGGAAATTGGACCACTGATAACAATGTTTTGCAAATCTCTTGAAGTTGATCGACTT
TTTTTGTT

QA 1 608 1 608
DS 



AS 2 7

CO CL666Contig1 767 3 5 U
CATAGAATGAAAGTCACACAAAAACAACAATAAATTCATTACAAGTCTTATAGAAATAAA
TGCAAGTTTGATCAAATTGTTTGAAGAGTTTCTTCACTCTTTGTGAATAATATTACATCT
CAGGGACTGGATTCGTCTCTAGGACTGTGGTCTTGTCCATTGGTCCCATTGCCGTTTTCC
TGACCCTTCTTCTCAGGCATTGGGCTCTTTTCATTGGGACTTGAGTTATGGTCTCTGTCT
TTGAGTGGAGGTGAGTTAAGAACCGTTGGTTCAGGGCTCCTGCTTCTCGCAGCTGGTTCA
GGAGTTCGCTTCTTTTCTGTCCTAACCGGAGATCTTGAGCGACTGTAGCTTGGGCTTCTG
CTTCTGCTGCGGTTTCTTCTACTACGACGAGGAGGAGGTGACCGAGACCTAACTGGTGAT
CTCGAGTAACTTTGGTCCCTCTTGAGCTTCTTGGGACTGTTCTTGCAGTTCCTCTCAATG
TGACCACTATCACCACATCGATAACATTTGTTCTTCCAATCACCAGCAGTGCAATCTCTA
GCCCAGTGTCCATCAAGACCACAGTTGAAGCAACGCCCACTTCCTGGGGGAGGAGGTCCT
CCTCTGCTTGAAGATATCTCTCGAGAACCATAACCAGAACCAGAACCACGTGGTGTCCCT
TTAGCAAATTCAACAACGATGCGGCTTCCGTCAACGTCTCTTCCATCTAAGCGGTACCTT
GCATCACCAGCATCTCGGGGATCGCTAAAATCGACAAAGGCAAAGTC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BY88JQ U 1
AF RR3BY88TF C 1
AF RR3AO24JQ U 1
BS 1 15 RR3AO24JQ
BS 16 16 RR3BY88JQ
BS 17 290 RR3AO24JQ
BS 291 291 RR3BY88JQ
BS 292 767 RR3AO24JQ

RD RR3BY88JQ 302 0 0
CATAGAATGAAAGTCACACAAAAACAACAATAAATTCATTACAAGTCTTATAGAAATAAA
TGCAAGTTTGATCAAATTGTTTGAAGAGTTTCTTCACTCTTTGTGAATAATATTACATCT
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TGACCCTTCTTCTCAGGCATTGGGCTCTTTTCATTGGGACTTGAGTTATGGTCTCTGTCT
TTGAGTGGAGGTGAGTTAAGAACCGTTGGTTCAGGGCTCCTGCTTCTCGCAGCTGGTTCA
G
C

QA 1 301 1 301
DS 

RD RR3BY88TF 302 0 0
CATAGAATGAAAGTCACACAAAAACAACAATAAATTCATTACAAGTCTTATAGAAATAAA
TGCAAGTTTGATCAAATTGTTTGAAGAGTTTCTTCACTCTTTGTGAATAATATTACATCT
CAGGGACTGGATTCGTCTCTAGGACTGTGGTCTTGTCCATTGGTCCCATTGCCGTTTTCC
TGACCCTTCTTCTCAGGCATTGGGCTCTTTTCATTGGGACTTGAGTTATGGTCTCTGTCT
TTGAGTGGAGGTGAGTTAAGAACCGTTGGTTCAGGGCTCCTGCTTCTCGCAGCTGGTTCA
G
C

QA 1 301 1 301
DS 

RD RR3AO24JQ 767 0 0
CATAGAATGAAAGTCGCACAAAAACAACAATAAATTCATTACAAGTCTTATAGAAATAAA
TGCAAGTTTGATCAAATTGTTTGAAGAGTTTCTTCACTCTTTGTGAATAATATTACATCT
CAGGGACTGGATTCGTCTCTAGGACTGTGGTCTTGTCCATTGGTCCCATTGCCGTTTTCC
TGACCCTTCTTCTCAGGCATTGGGCTCTTTTCATTGGGACTTGAGTTATGGTCTCTGTCT
TTGAGTGGAGGTGAGTTAAGAACCGTTGGTTCAGGGCTCCTGCTTCTCGCTGCTGGTTCA
GGAGTTCGCTTCTTTTCTGTCCTAACCGGAGATCTTGAGCGACTGTAGCTTGGGCTTCTG
CTTCTGCTGCGGTTTCTTCTACTACGACGAGGAGGAGGTGACCGAGACCTAACTGGTGAT
CTCGAGTAACTTTGGTCCCTCTTGAGCTTCTTGGGACTGTTCTTGCAGTTCCTCTCAATG
TGACCACTATCACCACATCGATAACATTTGTTCTTCCAATCACCAGCAGTGCAATCTCTA
GCCCAGTGTCCATCAAGACCACAGTTGAAGCAACGCCCACTTCCTGGGGGAGGAGGTCCT
CCTCTGCTTGAAGATATCTCTCGAGAACCATAACCAGAACCAGAACCACGTGGTGTCCCT
TTAGCAAATTCAACAACGATGCGGCTTCCGTCAACGTCTCTTCCATCTAAGCGGTACCTT
GCATCACCAGCATCTCGGGGATCGCTAAAATCGACAAAGGCAAAGTC

QA 1 767 1 767
DS 



CO CL666Contig2 1272 4 14 U
GGAACCCAACCCAGAAGAAACCCTAGCTAGCTCCGGCTGCCGCCTATCGGCACCGGAGGC
GTCCCCTTTTCCCTTTTATCTCTTTTCTTCTTTGCTCTCTACCACCTCTCTCTAACCCAA
GTCGATATGCTCGGCTCTCTGTGTTTGTTGAAATCTCTCTCTTGAGTTTTCTGTAGAAGT
TGATGGAGGAAGGTTTTGGCTCTCTATGGAGAGACGGCGAGACTCACGGCGGATGGCGGT
GGTGAGGGTCGGCTTTTAGGGCTGAAGTTTCGGCCAGATCTGATTTTCTAATTTTTGAGA
TCTGTTCCGGAATCTTCAAGATGACGGCGTGTGGTGGGAGTAGACGGCTCCTTCTACCCG
GATCTATCTCCCTCGGTGGCGGTGAGAAGGCTGGAGGAGTGGTGTGAAAGGACGGTGAAG
AGAGGCTTGTCTTCTAGTTTTCAGAGACAACGTGCGGCGAAGATTCTCAACAATGGAGTT
ATCAACCGGAGAAGAGAACTTTGGTGGCGAAGCGCGGCGGAGCTGGTACTTCCCAGCATC
GGCATGGCCGGTGATACTAGCAACGCTCCTCTTGCAGCCGTGACTCAGTTCTCCTGTCTA
GTTAACGTTGTCAAGGCCTGTTTTTCATTCCGAACCAGGTGCTCGGGTTTTGGTTTAGGT
TCAAGATGGTGACTGCCGGAGGATGTGGGAAGCAACTAGGTATGCACCAGTTTGGTGGTG
AACGATGGTACACGAACCGAATTCAGAATCTCAGGCGACTATCTGTTGGTATTTTATTAA
GGACTGGTTGAGTCTTATTGTCCACTGTGTTCGTTAACTTTCCTTGTTCCTTTCTTTCAT
TACGGGCATTTCCCGGTTCGTGGCTAAGGAGCGGATTCTAAACCTCGACGGCTACGGGTT
CTCACCAGATTTGCGCTGTAAGGCGATGAGATGTTGGGCCGGAACTACCATTCTAATCTT
TAGGAGCCCAATGTCATGGGGGAGATTTGTAATCTAGTCGTAACCTTGTTATAGTCAAGT
GTTTTAGAATTGTCGTCTCGTTTGGTTTAAGTAGGGGTCAAGAGACGGTTCTTCTTGGGT
CGTGGGAAGAACTCGTTTTCTGTGGTGAAAAATACACCGATGAATTAGATTGGGTAGTCT
AGGATCCAAACCAGTTTCGACTCCAGTGTTCCTAGGCGATACTAGATCTCGTCGGTTGTA
TGTTGGGTTTAAAATCTCTTGAGGTTGTAATCCTGTATTCACATTTGGCTAATGAAAAGT
TGATGTTGAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3F509TF U 1
AF RR3FX42TF U 42
AF RR3FX42JQ C 571
AF RR3F509JQ C 624
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BS 734 877 RR3FX42JQ
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BS 954 1272 RR3FX42JQ

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TGATGGAGGAAGGTTTTGGCTCTCTATGGAGAGACGGCGAGACTCACGGCGGATGGCGGT
GGTGAGGGTCGGCTTTTAGGGCTGAAGTTTCGGCCAGATCTGATTTTCTAATTTTTGAGA
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GATCTATCTCCCTCGGTGGCGGTGAGAAGGCTGGAGGAGTGGTGTGAAAGGACGGTGAAG
AGAGGCTTGTCTTCTAGTTTTCAGAGACAACGTGCGGCGAAGATTCTCAACAATGGAGTT
ATCAACCGGAGAAGAGAACTTTGGTGGCGAAGCGCGGCGGAGCTGGTACTTCCCAGCATC
GGCATGGCCGGTGATACTAGCAACGCTCCTCTTGCAGCCGTGACTCTGTTCTCCTGTCTA
GTTAACGTTGTCAAGGCCTGTTTTTCATTCCGAACCAGGTGCTCGGGTTTTGGTTTAG*T
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AACGATGGTACAC

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DS 

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CCACCTCTCTCTAACCCAAGTCGATATGCTCGGCTCTCTGTGTTTGTTGAAATCTCTCTC
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GATTTTCTAATTTTTGAGATCTGTTCCGGAATCTTCAAGATGACGGCGTGTGGTGGGAGT
AGACGGCTCCTTCTACCCGGATCTATCTCCCTCGGTGGCGGTGAGAAGGCTGGAGGAGTG
GTGTGAAAGGACGGTGAAGAGAGGCTTGTCTTCTAGTTTTCAGAGACAACGTGCGGCGAA
GATTCTCAACAATGGAGTTATCAACCGGAGAAGAGAACTTTGGTGGC*AAGCGCGGCGGA
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ATGCACCAGTTTGGTGGTGA*CGATGGTACAC

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DS 

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CGAACCAGGTGCTCGGGTTTTGGTTTAGGTTCAAGATGGTGACTGCCGGAGGATGTGGGA
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GCGGATTTTAAACCTCGACGGCTACGGGTTCTCACCAGATTTGCGCTGTAAGGCGATGAG
ATGTTGGGCCGGAACTACCATTTTAATCTTTAGGAGCCCAATGTCATGGGGGAGATTTGT
AATCTAGTCGTAACCTTGTTATAGTCAAGTGTTTTAGAATTGTCGTCTCGTTTGGTTTAA
GTAGGGGTCAAGAGACGGTTCTTCTTGGGTCGTGGGAAGAACTCGTTTTCTGTGGTGAAA
AATACACCGATGAATTAGATTGGGTAGTCTAGGATCCAAACCAGTTTCGACTCCAGTGTT
CCTAGGCGATACTAGATCTCGTCGGTTGTATGTTGGGTTTAAAATCTCTTGAGGTTGTAA
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DS 

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TTCATTCCGAACCAGGTGCTCGGGTTTTGGTTTAGGTTCAAGATGGTGACTGCCGGAGGA
TGTGGGAAGCAACTAGGTATGCACCAGTTTGGTGGTGAACGATGGTACACGAACCGAATT
CAGAATCTCAGGCGACTATCTGTTGGTATTTTATTAAGGACTGGT*GAGTCTTATTGTCC
ACTGTGTTCGTTAACTTTCCTTGTTCCTTTCTTTCATTACGGGCATTTCCCGGTTCGTGG
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CGATGAGATGTTGGGCCGGAACTACCATTCTAATCTTTAGGAGCCCAATGTCATGGGGGA
GATTTGTAATCTAGTCGTAACCTTGTTATAGTCAAGTGTTTTAGAATTGTCGTCTCGTTT
GGTTTAAGTAGGGGTCAAGAGACGGTTCTTCTTGGGTCGTGGGAAGAACTCGTTTTCTGT
GGTGAAAAATACACCGATGAATTAGATTGGGTAGTCTAGGATCCAAACCAGTTTCGACTC
CAGTGTTCCTAGGCGATACTGGATCTCGTCGGTTGTATGTTGGGTTTAAAATCTCTTGAG
GTTGTAATCCTGTATTCACATTTGGCTAATGAAAAGTTGATGTTGAGTT

QA 1 649 1 649
DS 



AS 2 8

CO CL667Contig1 1065 4 24 U
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GGCTTAACTTTCGAACAGAAAATGGGTGTATTCCCTGGGTTTGGTAGCTGGATCAACCAG
AACAGTCAACAGCCTCTTAAAGCAGAGGCCAAGAGATCTGAAAATGTGGACTCAGAGGAA
GACGATTTTAAATATCCTGATAAGATCTATTTTGATCAAAATGACGAGCAGAAGCAACTA
GATCTTTGGCATGAAACAGAGAAGAAGCATCCATGGCATAATGCATCTCCTAAGATCAAG
GTGACACATGAAAATGGTTTTTACCATATGAACATAGAAATGACCGTAGGGCTGCATCCA
GAATTGCTCTACGGCTTTTTGATTGATCCAGGAAGTGGTACATTTCACGATTTGCTTAAA
CGGCGCCAACTTATGGAAAACAAATCAAGAAAGGTTTTGTTTGAGAAAGGTCCGAGGCAA
TTGATGAGGGTGGAAAAATCTGTGGCTTGTAATGTATTTGGGGTGTATTTCCCTATCTCT
ATGAATCTAATCATCGATGAAAACAGAAAAGATCTTATGACGCAATATAAGAAAGAGAAA
GTACGATTTATGAAAGCATTCGAGGGTAACTTAAAAGTGGAGCCTATATTTGTAGATAAA
AAACGTTTATGCAAAAAGAAGATACCAATGACTCGAGAAGAGTATAAAAAATGTAGTGGT
GGCCAAGGAAAGATTGCGTCAAAACTGACAATAGACCAATACTATAAGCCATATCCTCCT
TTTAATCTACCGCCGCTTTCTTGGTTCATCCGTGGGATGACCATCAAAACCTCCAAAATT
CTGCTTGCACGGATTCAGGACACGTCTATTGCAATGAGAACGGCTATACAATTTCCAAAG
GAGACAGCAAGTAACAAACATGAAAAACACTAGAGCCTCAATGAATACACAAATACTCTT
AAAAGTTAATAATATTCTCAAAAGTATAAGAATACAATCAACAAAACAAAATATGTAAAT
CTGTTTATTAAGAAAATACATAATAATAAAATTCAAATTCAGTTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3BM89TF U 1
AF RR3BW15TF U 49
AF RR3BW15JQ C 325
AF RR3BM89JQ C 376
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BS 752 778 RR3BM89TF
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BS 829 829 RR3BW15JQ
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RD RR3BM89TF 781 0 0
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GGCTTAACTTTCGAACAGAAAATGGGTGTATTCCCTGGGTTTGGTAGCTGGATCAATCAG
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GACGATTTTAAATATCCTGATAAGATCTATTTTGATCAAAATGACGAGCAGAAGCAACTA
GATCTTTGGCATGAAACAGAGAAGAAGCATCCATGGCATAATGCATCTCCTAAGATCAAG
GTGACACATGAAAATGGTTTTTACCATATGAACATAGAAATGACCGTAGGGCTGCATCCA
GAATTGCTCTACGGCTTTTTGATTGATCCAGGAAGTGGTACATTTCACGATTTGCTTAAA
CGGCGCCAACTTATGGAAAACAAATCAAGAAAGGTTTTGTTTGAGAAAGGTCCGAGGCAA
TTGATGAGGGTGGAAAAATCTGTGGCTTGTAATGTATTTGGGGTGTATTTCCCTATCTCT
ATGAATCTAATCATCGATGAAAACAGAAAAGATCTTATGACGCAATATAAGAAAGAGAAA
GTACGATTTATGAAAGCATTCGAGGGTAACTTAAAAGTGGAGCCTATATTTGTAGATAAA
GAACGTTTATGCAAAA*GAAGATACCAATGACTCGAGAAGAGTATAAAAA*TGTAGTGGT
GGCCAAGGAAAGATTGCGTCAAA*CTGACA*TAGACCAATACTATAAGCCATATCCTC
TTT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3BW15TF 805 0 0
GGGC
TTTCGTGAGGCTTAACTTTCGAACAGAAAATGGGTGTATTCCCTGGGTTTGGTAGCTGGA
TCAACCAGAACAGTCAACAGCCTCTTAAAGCAGAGGCCAAGAGATCTGAAAATGTGGACT
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AGCAACTAGATCTTTGGCATGAAACAGAGAAGAAGCATCCATGGCATAATGCATCTCCTA
AGATCAAGGTGACACATGAAAATGGTTTTTACCATATGAACATAGAAATGACCGTAGGGC
TGCATCCAGAATTGCTCTACGGCTTTTTGATTGATCCAGGAAGTGGTACATTTCACGATT
TGCTTAAACGGCGCCAACTTATGGAAAACAAATCAAGAAAGGTTTTGTTTGAGAAAGGTC
CGAGGCAATTGATGAGGGTGGAAAAATCTGTGGCTTGTAATGTATTTGGGGTGTATTTCC
CTATCTCTATGAATCTAATCATCGATGAAAACAGAAAAGATCTTATGACGCAATATAAGA
AAGAGAAAGTACGATTTATGAAAGCATTCGAGGGTAACTTAAAAGTGGAGCCTATATTTG
TAGATAAAAAACGTTTATGCAAAAAGAAGATACCAATGACTCGAGAAGAGTATAAAAAAT
GTAGTGGTGGCCAAAGAAAGATTGCGTCAAAACTGACAATAGAC*AATACTATAAGCCAT
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CCAAA*TTCTGCTTGCACGGA

QA 5 805 5 805
DS 

RD RR3BW15JQ 741 0 0
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GATCCAGGAAGTGGTACATTTCACGATTTGCTTAAACGGCGCCAACTTATGGAAAACAAA
TCAAGAAAGGTTTTGTTTGAGAAAGGTCCGAGGCAATTGATGAGGGTGGAAAAATCTGTG
GCTTGTAATGTATTTGGGGTGTATTTCCCTATCTCTATGAATCTAATCATCGATGAAAAC
AGAAAAGATCTTATGACGCAATATAAGAAAGAGAAAGTACGATTTATGAAAGCATTCGAG
GGTAACTTAAAAGTGGAGCCTATATTTGTAGATAAAAAACGTTTATGCAAAAAGAAGATA
CCAATGACTCGAGAAGAGTATAAAAAATGTAGTGGTGGCCAAGGAAAGATTGCGTCAAAA
CTGACAATAGACCAATACTATAAGCCATATCCTCCTTTTAATCTACCGCCGCTTTCTTGG
TTCATCCGTGGGATGACCATCAAAACCTCCAAAATTCTGCTTGCACGGATTCAGGACACG
TCTATTGCAATGAGAACGGCTATACAATTTCCAAAGGAGACAGCAAGTAACAAACATGAA
AAACACTAGAGCCTCAATGAATACACAAATACTCTTAAAAGTTAATAATATTCTCAAAAG
TATAAGAATACAATCAACAAAACAAAATATGTAAATCTGTTTATTAAGAAAATACATAAT
AATAAAATTCAAATTCAGT
GC

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DS 

RD RR3BM89JQ 690 0 0
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GAAAACAAATCAAGAAAGGTTTTGTTTGAGAAAGGTCCGAGGCAATTGATGAGGGTGGAA
AAATCTGTGGCTTGTAATGTATTTGGGGTGTATTTCCCTATCTCTATGAATCTAATCATC
GATGAAAACAGAAAAGATCTTATGACGCAATATAAGAAAGAGAAAGTACGATTTATGAAA
GCATTCGAGGGTAACTTAAAAGTGGAGCCTATATTTGTAGATAAAGAACGTTTATGCAAA
AAGAAGATACCAATGACTCGAGAAGAGTATAAAAAATGTAGTGGTGGCCAAGGAAAGATT
GCGTCAAAACTGACAATAGACCAATACTATAAGCCATATCCTCCTTTTAATCAACCGCCG
CTTTCTTGGTTCATCCGTGGGATGACCATCAAAACCTCCAAAATTCTGCTTGCACGGATT
CAGGACACGTCTATTGCAATGAGAACGGCTATACAATTTCCAAAGGAGACAGCAAGTAAC
AAACATGAAAAACACTAGAGCCTCAATGAATACACAAATACTCTTAAAAGTTAATAATAT
TCTCAAAAGTATAAGAATACAATCAACAAAACAAAATATGTAAATCTGTTTATTAAGAAA
ATACATAATAATAAAATTCAAATTCAGTTT

QA 1 690 1 690
DS 



CO CL667Contig2 1041 4 7 U
AATACTAAACGTCATTTACTCTTGCTCCTATTAGTTTTCGTGAGGCTAAACTATCGAATA
GAAGATGGGTGTATTCCCTGGGTTTGGTGGCTGGATCAATAAGAACAGTCAACCTCAAGC
GCCTCTTAAGGCCGAGGCCAAGAGTTCTAAAAATATCGATTCAGAGAAAGACGATTTTAA
ATATCCTGATAAGGCCTATCATGATTTAAATGAGGAGCAGAAGCAATTAGATCTTTGGCA
TGAAGCAGAGATGAAGCATCCATGGCATAATGCATCTCCTAAGATCAAGGTGACACATGA
AAATGGTTTTTACCATATGAACATAGAATTGACCGTAGGGCTGGCTCCAGAAGTGCTCTA
CAGCTTTTTGATTGAACCAGGAAGTGGTACATTTCATGATTTGCGCAAACGGCGCCAACT
TACGGAAAACAAATCAAGAAAGGTTTTGTTTGAGAAAGGTCCGAGGCAAATGACGAGGGT
GGGAAAATCTGTGGCTTGTAATGTATTTGGGGTGTATATACCTATCTCGATGAATCTAGT
CATCGATGAAAACAGAAAAGATTTTATGACACAATATAAGAAAGAGAAAGTGAGATTTAT
GAAAGCATTCGAGGGTAACTTAAAAGTGGACCCTATATTTGTAGATAAAGAACGTTTATG
CAAAAAGAAGATACCAATGACTCGAGAAGAGTATAAAAAATGTAGTGGTGGCCAAGGAAA
GGTTGCGTCAAAACTGGCAATAGACCAATACTATAAGCCATATCCTCCTTTTAATCTACC
GCCGCTTTCTTGGTTCATCCGTGGGATGACCATCAAAACCTCCAAAGCTCTGCTTGCACT
GGTTCAGGACACGTCTATTGCAATGCGAACGGCTACACATATGCCAGAGGAGACAGCAAG
TAACAAACATGAAAAACACTAGAGCCTCAATGAACATACACAAACACATGTTTTATAAGT
TAATAATATTCTCAAAAGTATAAGAATACAATCAATCAAACAAAATATGTAAATCATATA
AATATATATATTTTACCGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3GH24TF U 1
AF RR3EL82TF U 127
AF RR3EL82JQ C 365
AF RR3GH24JQ C 371
BS 1 700 RR3GH24TF
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BS 856 1041 RR3EL82JQ

RD RR3GH24TF 700 0 0
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GAAGATGGGTGTATTCCCTGGGTTTGGTGGCTGGATCAATAAGAACAGTCAACCTCAAGC
GCCTCTTAAGGCCGAGGCCAAGAGTTCTAAAAATATCGATTCAGAGAAAGACGATTTTAA
ATATCCTGATAAGGCCTATCATGATTTAAATGAGGAGCAGAAGCAATTAGATCTTTGGCA
TGAAGCAGAGATGAAGCATCCATGGCATAATGCATCTCCTAAGATCAAGGTGACACATGA
AAATGGTTTTTACCATATGAACATAGAATTGACCGTAGGGCTGGCTCCAGAAGTGCTCTA
CAGCTTTTTGATTGAACCAGGAAGTGGTACATTTCATGATTTGCGCAAACGGCGCCAACT
TACGGAAAACAAATCAAGAAAGGTTTTGTTTGAGAAAGGTCCGAGGCAAATGACGAGGGT
GGGAAAATCTGTGGCTTGTAATGTATTTGGGGTGTATATACCTATCTCGATGAATCTAGT
CATCGATGAAAACAGAAAAGATTTTATGACACAATATAAGAAAGAGAAAGTGAGATTTAT
GAAAGCATTCGAGGGTAACTTAAAAGTGGACCCTATATTTGTAGATAAAGAACGTTTATG
CAAAAAGAAGATACCAATGACTCGAGAAGAGTATAAAAAA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3EL82TF 641 0 0
GGAGGCC
GAGGCCAAGAGTTCTAAAAATATCGATTCAGAGAAAGACGATTTTAAATATCCTGATAAG
GCCTATCATGATTTAAATGAGGAGCAGAAGCAATTAGATCTTTGGCATGAAGCAGAGATG
AAGCATCCATGGCATAATGCATCTCCTAAGATCAAGGTGACACATGAAAATGGTTTTTAC
CATATGAACATAGAATTGACCGTAGGGCTGGCTCCAGAAGTGCTCTACAGCTTTTTGATT
GAACCAGGAAGTGGTACATTTCATGATTTGCGCAAACGGCGCCAACTTATGGAAAACAAA
TCAAGAAAGGTTTTGTTTGAGAAAGGTCCGAGGCAAATGACGAGGGTGGGAAAATCTGTG
GCTTGTAATGTATTTGGGGTGTATATACCTATCTCGATGAATCTAGTCATCGATGAAAAC
AGAAAAGATTTTATGACACAATATAAGAAAGAGAAAGTGAGATTTATGAAAGCATTCGAG
GGTAACTTAAAAGTGGACCCTATATTTGTAGATAAAGAACGTTTATGCAAAAAGAAGATA
CCAATGACTCGAGAAGAGTATAAAAAATGTAGTGGTGGCCAAGGAAAGGTTGCGTCAAAA
CTGGCAATAGACCAATACTATAAGCCATATCCTC

QA 8 641 8 641
DS 

RD RR3EL82JQ 677 0 0
TTTTTGATTGAACCAGGAAGTGGTACATTTCATGATTTGCGCAAACGGCGCCAACTTATG
GAAAACAAATCAAGAAAGGTTTTGTTTGAGAAAGGTCCGAGGCAAATGACGAGGGTGGGA
AAATCTGTGGCTTGTAATGTATTTGGGGTGTATATACCTATCTCGATGAATCTAGTCATC
GATGAAAACAGAAAAGATTTTATGACACAATATAAGAAAGAGAAAGTGAGATTTATGAAA
GCATTCGAGGGTAACTTAAAAGTGGACCCTATATTTGTAGATAAAGAACGTTTATGCAAA
AAGAAGATACCAATGACTCGAGAAGAGTATAAAAAATGTAGTGGTGGCCAAGGAAAGGTT
GCGTCAAAACTGGCAATAGACCAATACTATAAGCCATATCCTCCTTTTAATCTACCGCCG
CTTTCTTGGTTCATCCGTGGGATGACCATCAAAACCTCCAAAGCTTTGCTTGCACTGGTT
CAGGACACGTTTATTGCAATGCGAACGGCTACACATATGCCAGAGGAGACAGCAAGTAAC
AAACATGAAAAACACTAGAGCCTCAATGAACATACACAAACACATGTTTTATAAGTTAAT
AATATTCTCAAAAGTATAAGAATACAATCAATCAAACAAAATATGTAAATCATATAAATA
TATATATTTTACCGTAT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3GH24JQ 669 0 0
ATTGAACCAGGAAGTGGTACATTTCATGATTTGCGCAAACGGCGCCAACTTACGGAAAAC
AAATCAAGAAAGGTTTTGTTTGAGAAAGGTCCGAGGCAAATGACGAGGGTGGGAAAATCT
GTGGCTTGTAATGTATTTGGGGTGTATATACCTATCTCGATGAATCTAGTCATCGATGAA
AACAGAAAAGATTTTATGACACAATATAAGAAAGAGAAAGTGAGATTTATGAAAGCATTC
GAGGGTAACTTAAAAGTGGACCCTATATTTGTAGATAAAGAACGTTTATGCAAAAAGAAG
ATACCAATGACTCGAGAAGAGTATAAAAAATGTAGTGGTGGCCAAGGAAAGGTTGCGTCA
AAACTGACAATAGACCAATACTATAAGCCATATCCTCCTTTTAATCTACCGCCGCTTTCT
TGGTTCATCCGTGGGATGACCATCAAAACCTCCAAAGCTCTGCTTGCACTGGTTCAGGAC
ACGTCTATTGCAATGCGAACGGCTACACATATGCCAGAGGAGACAGCAAGTAACAAACAT
GAAAAACACTAGAGCCTCAATGAACATACACAAACACATGTTTTATAAGTTAATAATATT
CTCAAAAGTATAAGAATACAATCAATCAAACAAAATATGTAAATCATATAAATATATATA
TTTTACCG
C

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 7

CO CL668Contig1 590 7 7 U
ATCATAATCTCAATTTTGATAGAGTGTAAATAACAAA*TCTCTGGAAAGATAAATATCTC
AGCTAAGTTTCACTACAACAAAAACATTGGTTTCATCCAGATCAACCGGAGAGACAAAGT
AAGATATTCTTGTTTCTTGCAGGCAAAGAAAATCTAAGAGTCGGCGATGGTGACTTCGAC
CTCAACACCAGGTTCAATGGTGATGGAAGTGATTTGCTTGACCACATCGGGAGAGCTGAA
GAGATCAATCACTCGCTTGTGCACCCTAAGTTCGAATCTGTCCCATGTGTTTGTTCCTTC
ACCACAAGGAGCTTTTCGGGTGGTGATCTTAAGAACCTTGGTGGGCATTCTCACTGGTCC
CTTGGTTCTGAGTCTCTTGTCCTTTGCTCCACGAACCAAATCAGCACACACCTTTTCTAG
GTTCTTCACATTCTTTGAGGAGAGAGTAATCCTGATCTTATGAATTTGCTCGAGTGGCTC
TTCTAGACCAGCCTTCGTGGGCTTCATTGCTGCATAAGCCATGTTTTCAACCTCTTT*CT
TTATTCTTCTGCTCCTAACGACGACGGCGAGGAAGGAAGGAAGGAAGTCC


BQ
30 35 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 5 45 45 30 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 30 30 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 

AF RR3AP70JQ U 1
AF RR3EJ41JQ U 3
AF RR3EJ41TF C -1
AF RR3AP70TF C 1
AF RR3AW14JQ U 1
AF RR3DC79TF C 1
AF RR3DC79JQ U 1
BS 1 157 RR3AP70JQ
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DS 

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ATTCTTCTGCTCCTAACGACGACGGCGAGGAAGGAAGGAAGGAAGT
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RD RR3EJ41TF 595 0 0
TTT
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TATTCTTCTGCTCCTAACGACGACGGCGAGGAAGGAAGGAAGGAAGT
AACCC

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DS 

RD RR3AP70TF 590 0 0
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ATG
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DS 

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AAGATATTCTTGTTTCTTGCAGGCAAAGAAAATCTAAAAGTCGGCGATGGTGACTTCGAC
CTCAACACCAGGTTCAATGGTGATGGAAGTGATTTGCTTGACCACATCGGGAGAGCTGAA
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TTATTCTTCTGCTCCTAACGACGACGGCGAGGAAGGAAGGAAGGAAGTCC

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 8

CO CL669Contig1 593 8 4 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 15 40 40 40 25 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 

AF RR3EC81TF U 17
AF RR3EC81JQ C 120
AF RR3AQ53JQ C 1
AF RR3AZ42TF U 205
AF RR3AZ42JQ C 105
AF RR3AQ53TF U 1
AF RR3CT71JQB C 6
AF RR3CR61TF U 4
BS 1 11 RR3AQ53JQ
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TTTTTTTGTTTTTCCACATAAGGTCTTTATAATGACCATTGAGTTTGCAAAAGTTGTAGT
C

QA 1 421 1 421
DS 

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TTAATAGAAAACACACACTTTAGTTT

QA 4 389 4 389
DS 

RD RR3AZ42JQ 489 0 0
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CTTTAGTTT

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RD RR3AQ53TF 593 0 0
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QA 12 593 12 593
DS 

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GGAAAG
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ACGCTACAGGTTGTCCCAATGCCGGAAATTTAGTTACGGTGTGTGCAGATTTGTTGAATG
GAGTGGTCAAGGTTTTTCTGCCAGCAGGAACCGAATGTTGCACACTTCTCAAAGGCATTG
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CGGGTATTCCATGCCTCTAAAACAATATGTTTTATATATTTCTTGAAAACTTTTATGTGT
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TCCACATAAGGTCTTTATAATGACCATCGAGTTTGCAAAAGTTGTAGTCACGTACTTCTT
TGTCGTACTTTATCAATTAATAGAAA
CACGACTTTATGTTC

QA 7 572 7 572
DS 

RD RR3CR61TF 589 0 0
GGACAAAC
ACAAATCCCACAAACAAACAATCTTTCTCTAAAA**GTTAACATTTTCTCCTCTTCAAGA
TGGCTTCCAAAACTCTTGCCACTGTTCTCCTCTTCAACATCATCTGCTTCACTGCAGTTA
ACGCTACAGGTTGTCCCAATGCCGTAAATTTAGTTACGGTGTGTGCAGATTTGTTGAATG
GAGTGGTCAAGGTTTCTCTGCCAGCAGGAACCGAATGTTGCACACTTCTCAAAGGCATTG
TGGACGCAAATGCAGCAGTTTGTCTTTGTACCGCTGTTAAAGCTAATATCGGAAGCCTTC
TTCCCTTGTTGAACATTCCCCTAGCTGTCAGCCTTACACTCAATGCTTGTGGTGTTCCAT
CGGGTATTCCATGCCTCTAAAACAACATGTTTTATATATTTCTTGAAAACTTTTATGTGT
TTTTGTTTTCAGGAAAATGAGTTATGTTCTATGTTGTT**TAAGTTTTTTTTTT*GTTTT
TCCACATAAGGTCTTTATAATGACCATTGAGTTTGCAAAAGTTGTAGTCACGTACTTCTT
TGTCGTACTTTATCAATTAATAGAAAACACACACTTTAGTT

QA 9 589 9 589
DS 



AS 3 8

CO CL670Contig1 779 2 4 U
GCTTTGAATCGTAATATGATTTTAAAACAAACTTAATCGAGATCTTCCATAGGTTACATA
AGTAAAACTTCTGTTGAAAAATACACATACAACAAAACGAGAAACTCTCTCAGATACAAA
TACAATCAGGCTTTAGGAGTTTCCCGTATGTGACGAGAAGGGGTCATGCTGCTCTATGGA
AGAACTCAATAGCTTCGTTGTACTGATCCATGACAACGTTGTGGAGGAGATGAACAGGTT
CAAGGTGGTTCGCGTAGCCACCCAAAATGTCACGAGTCAAAGGAGGAGTATCCTCGTCTT
TTGACCAAGCGTGTTGAGCCACGGAAAGACCGCTTAGACAGTAACATGTGTGGTAGAAGT
CACGGGGTTTCCTCAGCTTATCTCTGAATCCACCTTCAGCAACCTTAGAGCACAAGAGCA
CATATCTTTGCAAGCCGAGGCTATCAAAAACAGGTTGAATTCTTCTGTTAATGTAGGTTG
ATGTACGATGGACTTGGTGACCATTCCCTGAATCTTCATCACTGTCCTCATCAGAGTCAT
CTTCATCACTGTCTTCAGGATCATCTTCATCATGAGCATGTTCCTCGTGATCTTCATCTG
TCTCTTGTGACATATGTGATGATCTATGAGGTGCCAGATCCTGGGACGAAAAAAATCGCT
GTAGTAGAACGCAAGGGGCTGCCTGCCAAAAAGTGTAGCAACCATCAACCAATTTGTTCG
TCCTACCTTGGAATCCCATTTCTACTCCTTGTCGATAAACAACCCAATTCATTAATGAA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D104JQ U 1
AF RR3FO73JQ U 1
BS 1 397 RR3D104JQ
BS 398 398 RR3FO73JQ
BS 399 565 RR3D104JQ
BS 566 779 RR3FO73JQ

RD RR3D104JQ 566 0 0
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TTGACCAAGCGTGTTGAGCCACGGAAAGACCGCTTAGACAGTAACATGTGTGGTAGAAGT
CACGGGGTTTCCTCAGCTTATCTCTGAATCCACCTTCGGCAACCTTAGAGCACAAGAGCA
CATATCTTTGCAAGCCGAGGCTATCAAAAACAGGTTGAATTCTTCTGTTAATGTAGGTTG
ATGTACGATGGACTTGGTGACCATTCCCTGAATCTTCATCACTGTCCTCATCAGAGTCAT
CTTCATCACTGTCTTCAGGATCATC
T

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3FO73JQ 779 0 0
GCT
TTGAATCGTAATATGATTTTAAAACAAACTTAATCGAGATCTTCCATAGGTTACATAAGT
AAAACTTCTGTTGAAAAATACACATACAACAAAACGAGAAACTCTCTCAGATACAAATAC
AATCAGGCTTTAGGAGTTTCCCGTATGTGACGAGAAGGGGTCATGCTGCTCTATGGAAGA
ACTCAATAGCTTCGTTGTACTGATCCATGACAACGTTGTGGAGGAGATGAACAGGTTCAA
GGTGGTTCGCGTAGCCACCCAAAATGTCACGAGTCAAAGGAGGAGTATCCTCGTCTTTTG
ACCAAGCGTGTTGAGCCACGGAAAGACCGCTTAGACAGTAACATGTGTGGTAGAAGTCAC
GGGGTTTCCTCAGCTTATCTCTGAATCCACCTTCAGCAACCTTAGAGCACAAGAGCACAT
ATCTTTGCAAGCCGAGGCTATCAAAAACAGGTTGAATTCTTCTGTTAATGTAGGTTGATG
TATGATGGACTTGGTGACCATTCCCTGAATCTTCATCACTGTCCTCATCAGAGTCATCTT
CATCACTGTCTTCAGGATCATCTTCATCATGAGCATGTTCCTCGTGATCTTCATCTGTCT
CTTGTGACATATGTGATGATCTATGAGGTGCCAGATCCTGGGACGAAAAAAATCGCTGTA
GTAGAACGCAAGGGGCTGCCTGCCAAAAAGTGTAGCAACCATCAACCAATTTGTTCGTCC
TACCTTGGAATCCCATTTCTACTCCTTGTCGATAAACAACCCAATTCATTAATGAA

QA 4 779 4 779
DS 



CO CL670Contig2 1644 4 11 U
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GAGTCAACTCAATCGGAGACGGAGAGAAAAAGATTCGAGCATCCAATCACAGCGGGAAAG
GCGGTGGAGTAATGGAAGAGCTTCCGAGCATAACCGTGAGTCAGCGCGAGCAGTTTCTGG
TGGAGAACGATGTGTTTGGGATGTACAGTTACTTTGACACCAGTGACATCGCTTCTCAGA
AATTCATGGTGGAGATTCAGCGAGACAAGCAGCTGGATTATCTGATAAATGGCTTAAGGC
AGCTAAGCTCGTCGTTTTCGTCCTTAGATGCTAATCGACCATGGGTTTGCTACTGGATCA
TTCATTCAATTGCTTTGCTTGGGGAGTCTCTGGATGATGAATTAGAAAACAACACCATCG
ACTTTCTTGGACGTTGCCAGGGTTCTGATGGTGGATATGGTGGTGGTCCTGGCCAACTTC
CACATCTTGCAACAAGTTATGCTGCAGTGAATACACTTGTTACTTTAGGAGGTGACAAAG
CCTTTTCTTCAATTAACAGAGAACAAATGGCTTGTTTCTTAAGACGAATGAAGGATACAA
ATGGAGGCTTCAGGATGCACAATATGGGAGAAATAGATGTGCGAGCGTGCTACACTGCGA
TTTCGATTGCAAGCATCCTGAACATTGTGGACGATGAACTCACCCGAGGCTTAGGAGATT
ACATCTTAAGTTGCCAAACTTATGAAGGTGGCATTGGAGGGGAACCTGGCTCCGAAGCTC
ATGGTGGGTACACCTACTGTGGGTTGGCTACTATGATTTTGATCAATGAAGTCGACCGCT
TGAATTTGGATTCATTAATGAATTGGGTTGTACATCGACAAGGAGTAGAAATGGATTCCA
AGGTAGGACGAACAAATTGGTCGATGGTTGCTACACTTTTTGGCAGGCAGCCCCTTGTGT
TCTACTACAGCGATTTTTTTCATTCCGGGATCTGGTACGTCATGGGTCATCACATATGTC
ACAAGATACAGATGAAGATCACGAGGAACATGCTCATGATGAAGATGATCCCGAAGACAG
TGATGAAGATGATTCTGATGAGGACAGCGATGAAGATTCAGGGAATGGTCACCAAGTCCA
TCATACATCAACCTACATTAACAGAAGAGTTCAACCTGTTTTTGATAGCCTCGGCTTGCA
AAGATATGTGCTCTTGTGCTCTAAGGTTCCTGAAGGTGGATTCAGAGATAAGCTGAGGAA
ACCCCGTGACTTCTACCACACATGTTACTGTCTAAGCGGTCTTTCCGTGGCTCAACACGC
TTGGTCAAAAGACGAGGACACTCCTCCTTTGACTCGTGACATTTTGGGTGGCTACGCGAA
CCACCTTGAACCTGTTCATCTCCTCCACAACGTTGTCATGGATCAGTACAACGAAGCTAT
CGAGTTCTTCCATAGAGCAGCATGACCTCTTCTCGTCACATACGGGAAATTCCTAAAGCC
TGATTGTATTTGTATCTGAGAGAGTTTCTCGTTTTGTTGTATGTGTATTTTTCAACAGAA
GTTTTACTAATATAACCTATGGGAAGAGTGCGATTAAGTTTGTTTTAAAATCATACTACG
ATTCAATGATTTCGATGATTGTTG


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO73TF U 1
AF RR3D104TF U 1
AF RR3E537TF U 295
AF RR3E537JQ C 819
BS 1 64 RR3D104TF
BS 65 65 RR3FO73TF
BS 66 607 RR3D104TF
BS 608 608 RR3E537TF
BS 609 623 RR3D104TF
BS 624 624 RR3E537TF
BS 625 643 RR3D104TF
BS 644 644 RR3E537TF
BS 645 697 RR3D104TF
BS 698 872 RR3E537TF
BS 873 1644 RR3E537JQ

RD RR3FO73TF 610 0 0
GGT
GGTCAAACGTGAGCACAGTAGCAACAACTTTTGTGCGTTAGGGTTCCGATTTGACTAGAG
TCAACTCAATCGGAGACGGAGAGAAAAAGATTCGAGCATCCAATCACAGCGGGAAAGGCG
GTGGAGTAATGGAAGAGCTTCCGAGCATAACCGTGAGTCAGCGCGAGCAGTTTCTGGTGG
AGAACGATGTGTTTGGGATGTACAGTTACTTTGACACCAGTGACATCGCTTCTCAGAAAT
TCATGGTGGAGATTCAGCGAGACAAGCAGCTGGATTATCTGATGAATGGCTTAAGGCAGC
TAAGCTCGTCGTTTTCGTCCTTAGATGCTAATCGACCATGGGTTTGCTACTGGATCATTC
ATTCAATTGCTTTGCTTGGGGAGTCTCTGGATGATGAATTAGAAAACAACACCATCGACT
TTCTTGGACGTTGCCAGGGTTCTGATGGTGGATA*GGTGGTGGTCCTGGCCAACTTCCAC
ATCTTGCAACAAGTTATGCTGCAGTGAATACACTTGTTACTTTAGGAGGTGACAAAGCCT
TTTCTTCAATTAACAGAGAACAAATGGCTTGTTTCTTAAGACGAATGAAGGATACAAATG
GAGG
TTT

QA 4 607 4 607
DS 

RD RR3D104TF 700 0 0
GGAGGTCAAACGTGAGCACAGTAGCAACAACTTTTGTGCGTTAGGGTTCCGATTTGACTA
GAGT*AACTCAATCGGAGACGGAGAGAAAAAGATTCGAGCATCCAATCACAGCGGGAAAG
GCGGTGGAGTAATGGAAGAGCTTCCGAGCATAACCGTGAGTCAGCGCGAGCAGTTTCTGG
TGGAGAACGATGTGTTTGGGATGTACAGTTACTTTGACACCAGTGACATCGCTTCTCAGA
AATTCATGGTGGAGATTCAGCGAGACAAGCAGCTGGATTATCTGATAAATGGCTTAAGGC
AGCTAAGCTCGTCGTTTTCGTCCTTAGATGCTAATCGACCATGGGTTTGCTACTGGATCA
TTCATTCAATTGCTTTGCTTGGGGAGTCTCTGGATGATGAATTAGAAAACAACACCATCG
ACTTTCTTGGACGTTGCCAGGGTTCTGATGGTGGATATGGTGGTGGTCCTGGCCAACTTC
CACATCTTGCAACAAGTTATGCTGCAGTGAATACACTTGTTACTTTAGGAGGTGACAAAG
CCTTTTCTTCAATTAACAGAGAACAAATGGCTTGTTTCTTAAGACGAATGAAGGATACAA
ATGGAGGTTTCAGGATGCACAATGTGGGAGAAATAGATGTGCGGGCGTGCTACACTGCGA
TTTCGATTGCAAGCATCCTGAACATTGTGGACGATGA
CTC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3E537TF 582 0 0
G
AAGGCAGTTAAGCTCGTCGTTTTCGTCCTTAGATGCTAATCGACCATGGGTTTGCTACTG
GATCATTCATTCAATTGCTTTGCTTGGGGAGTCTTTGGATGATGAGTTAGAAAACAATAC
CATCGACTTTCTTGGACGTTGCCAGGGTTCTGATGGTGGATATGGTGGTGGTCCTGGACA
ACTGCCACATCTTGCAACAAGTTATGCTGCAGTGAATACACTTGTTACTTTAGGAGGTGA
TAAAGCCTTTTCTTCAATTAACAGAGAACAAATGGCTTGTTTCTTAAGAAGAATGAAGGA
TACAAATGGAGGCTTCAGGATGCACAATATGGGAGAAATAGATGTGCGAGCGTGCTACAC
TGTGATTTCGATTGCAAGCATCCTGAACATTGTGGACGATGAACTCACCCGAGGCTTAGG
AGATTACATCTTAAGTTGCCAAACTTATGAAGGTGGCATTGGAGGGGAACCTGGCTCCGA
AGCTCATGGTGGGTACACCTACTGTGGGTTGGCTACTATGATTTTGATCAATGAAGTCGA
CCGCTTGAATTTGGATTCATTAATGAATTGGGTTGTA
CATC

QA 2 578 2 578
DS 

RD RR3E537JQ 826 0 0
TTG
ATCAATGAAGTCGACCGCTTGAATTTGGATTCATTAATGAATTGGGTTGTACATCGACAA
GGAGTAGAAATGGATTCCAAGGTAGGACGAACAAATTGGTCGATGGTTGCTACACTTTTT
GGCAGGCAGCCCCTTGTGTTCTACTACAGCGATTTTTTTCATTCCGGGATCTGGTACGTC
ATGGGTCATCACATATGTCACAAGATACAGATGAAGATCACGAGGAACATGCTCATGATG
AAGATGATCCCGAAGACAGTGATGAAGATGATTCTGATGAGGACAGCGATGAAGATTCAG
GGAATGGTCACCAAGTCCATCATACATCAACCTACATTAACAGAAGAGTTCAACCTGTTT
TTGATAGCCTCGGCTTGCAAAGATATGTGCTCTTGTGCTCTAAGGTTCCTGAAGGTGGAT
TCAGAGATAAGCTGAGGAAACCCCGTGACTTCTACCACACATGTTACTGTCTAAGCGGTC
TTTCCGTGGCTCAACACGCTTGGTCAAAAGACGAGGACACTCCTCCTTTGACTCGTGACA
TTTTGGGTGGCTACGCGAACCACCTTGAACCTGTTCATCTCCTCCACAACGTTGTCATGG
ATCAGTACAACGAAGCTATCGAGTTCTTCCATAGAGCAGCATGACCTCTTCTCGTCACAT
ACGGGAAATTCCTAAAGCCTGATTGTATTTGTATCTGAGAGAGTTTCTCGTTTTGTTGTA
TGTGTATTTTTCAACAGAAGTTTTACTAATATAACCTATGGGAAGAGTGCGATTAAGTTT
GTTTTAAAATCATACTACGATTCAATGATTTCGATGATTGTTG

QA 4 826 4 826
DS 



CO CL670Contig3 966 2 8 U
GATCCTGAACATTTTGGATGATGAACTCACCCGAGGCTTAGGAGATTACATCTTGAGTTG
CCAAACTTATGAAGGTGGCATTGGAGGGGAACCTGGCTCTGAAGCTCATGGTGGGTACAC
CTACTGTGGGTTGGCTACTATGATTTTAATCAGTGAAGTCGACCGCTTGAATTTGGATTC
ATTAACGAATTGGGTTGTATATCGACAAGGAGTAGAAATGGGATTCCAAGGCAGGACGAA
CAAATTGGTCGATGGTTGCTACACCTTTTGGCAGGCAGCCCCTTGTGTTCTACTACAGCG
ATTTTTTTCAGCTCAGGATCTGGTACCTCATGGATCATCACATATGTCACAAGGGACAGA
TGAAGATCACGAGGGACATGCTCATGATGATGATCCTGAAGACAGTGATGAAGATGATTC
TGATAACGATAGCGATGAAGATTCAGGGAATGGTCACCAAGTTCATACATCTACCTACTA
CATTAACAGGAAAATTCAACCTGTTTTTAATAGTCTCGGCTTGCAAAGATATGTGCTCTT
GTGCTCTAAGGATGCTAATGGTGGATTCAGAGATAAGCTGAGGAAACCCCGTGACTTCTA
CCACACATGTTACTGTCTAAGCGGTCTTTCCGTGGCTCAACACGCTTGGTCAAAAGACGA
GGACACTCCTCCTTTGACTCGTGACATTTTGGGTGGCTACGCGAACCACCTTGAACCTGT
TCACCTCCTACACAACGTTGTCATGATCGGTACAACGAAGCTATCGAGTTCTTCCATAGA
GCAGCATGACCCCTTCTCGTCACATACGGGAAACTCCTAAAGCCTGATTGTATTTGTATT
GAGAGAGTTTCTCGTTCTGTTGTATGTGTGTGTTTTCAGCAGAAGTTTTACTAATATAAC
CTATGGAAGAGTACGATTAAGTTTGTTTTAAAATAATATTACGATTCAATGATATCGATG
ATTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3D277TF U 1
AF RR3D277JQ C 418
BS 1 724 RR3D277TF
BS 725 725 RR3D277JQ
BS 726 754 RR3D277TF
BS 755 755 RR3D277JQ
BS 756 792 RR3D277TF
BS 793 793 RR3D277JQ
BS 794 806 RR3D277TF
BS 807 966 RR3D277JQ

RD RR3D277TF 806 0 0
GATCCTGAACATTTTGGATGATGAACTCACCCGAGGCTTAGGAGATTACATCTTGAGTTG
CCAAACTTATGAAGGTGGCATTGGAGGGGAACCTGGCTCTGAAGCTCATGGTGGGTACAC
CTACTGTGGGTTGGCTACTATGATTTTAATCAGTGAAGTCGACCGCTTGAATTTGGATTC
ATTAACGAATTGGGTTGTATATCGACAAGGAGTAGAAATGGGATTCCAAGGCAGGACGAA
CAAATTGGTCGATGGTTGCTACACCTTTTGGCAGGCAGCCCCTTGTGTTCTACTACAGCG
ATTTTTTTCAGCTCAGGATCTGGTACCTCATGGATCATCACATATGTCACAAGGGACAGA
TGAAGATCACGAGGGACATGCTCATGATGATGATCCTGAAGACAGTGATGAAGATGATTC
TGATAACGATAGCGATGAAGATTCAGGGAATGGTCACCAAGTTCATACATCTACCTACTA
CATTAACAGGAAAATTCAACCTGTTTTTAATAGTCTCGGCTTGCAAAGATATGTGCTCTT
GTGCTCTAAGGATGCTAATGGTGGATTCAGAGATAAGCTGAGGAAACCCCGTGACTTCTA
CCACACATGTTACTGTCTAAGCGGTCTTTCCGTGGCTCAACACGCTTGGTCAAAAGACGA
GGACACTCCTCCTTTGACTCGTGACATTTTGGGTGGCTACGCGAACCACCTTGAACCTGT
TCAC*TCCTACACAACGTTGTCATGATCGGTACA*CGAAGCTATCGAGTTCTTCCATAGA
GCAGCATGACCC*TTCTCGTCACATA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3D277JQ 549 0 0
TTCTGATAACGATAGC
GATGAAGATTCAGGGAATGGTCACCAAGTTCATACATCTACCTACTACATTAACAGGAAA
ATTCAACCTGTTTTTAATAGTCTCGGCTTGCAAAGATATGTGCTCTTGTGCTCTAAGGAT
GCTAATGGTGGATTCAGAGATAAGCTGAGGAAACCCCGTGACTTTTACCACACATGTTAC
TGTTTAAGCGGTCTTTCCGTGGCTCAACACGCTTGGTCAAAAGACGAGGACACTCCTCCT
TTGACTCGTGACATTTTGGGTGGCTACGCGAACCACCTTGAACCTGTTCACCTCCTACAC
AACGTTGTCATGATCGGTACAACGAAGCTATCGAGTTTTTCCATAGAGCAGCATGACCCC
TTCTCGTCACATACGGGAAACTCCTAAAGCCTGATTGTATTTGTATTGAGAGAGTTTCTC
GTTCTGTTGTATGTGTGTGTTTTCAGCAGAAGTTTTACTAATATAACCTATGGAAGAGTA
CGATTAAGTTTGTTTTAAAATAATATTACGATTCAATGATATCGATGATTGTT

QA 17 549 17 549
DS 



AS 2 6

CO CL671Contig1 980 4 5 U
GTGATTCAAAGGCTGAGGCTCCAAGGAAAAAGGTGAATAAGACAAATGTACCTCTGTCAG
AATTGGTATACGGCGCCTTGCAATCGGTGGAGGTCCAAAAGGCTGTGGAGAAAGAGTATG
AGATGGCTCTCCAAGACAGAGTTATGGAGGAGACCAAGGACCGGAAGAATGCTGTTGAGT
CCTATGTTTATGATATGCGAAACAAACTGAGTGACAAATACCATGAGTACATGACCGAGT
CAGAGCGAGAAGCCTTCCTGGCAAGGCTGCAGGAAGTGGAGGACTGGTTGTATGAAGATG
GAGAAGATGAGACTAAAGGTGTCTACGTTGCAAAGCTCGAAGAGCTCAAGAAGGTGGGCG
ACCCAGTTGAATTGAGGTACAAGGAGTCACAGGAGAGAGGGACAGTCATTGGACACCTTG
GTCACTGTGTTAACAGCTACAGAGAGGCAGCTGTCTCTAATGATTCCAAGTTTGACCACA
TTGAACTAGAAGAGAAGCAAAAGGTATTGAACGAGTGTGTGGAAGCAGAAGCATGGATGA
GGGAGAAGCAGCAGCAGCAGCAGGCACTTCCCAAGTACGCAACACCAGCTTTCTTGTCAG
CTGATGTTACTAGGAAGGCTGAGGCATTGGACAAGTTCTGCAGGCCTATAATGACCAAAC
CAAAGCCGGTTGCTAAACCGGAAGCTCCACCAGCCAAGGCGGCTGATGAGGAGAAGAGTG
AGCCACAGCCAGAATCAGCGTCTGGTGAAGAACCAATGGAGACTGAGAAGCCCACCGAAG
ATAGTGCCTAAGAGATGATGGTTGGTGGTCTGTGTATCGATTTTGTTTCTACTTTTTTTC
TTGGTTCTTGTTTTTCCCCAAAAGAATCTATATTCAAACTCTTTTCAGGAAGTACTGTAT
TTTCTTTATAAACTATTTTTCGTGTGTGAGATGAGGATCTGTTCCTACTTGTTACATGTT
CTCAACAAAGCAAGTGTCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3DJ51TF U 1
AF RR3DJ51JQ C 258
AF RR3BB57JQ C 267
AF RR3BB57TF U 267
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RD RR3DJ51TF 609 0 0
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CCTATGTTTATGATATGCGAAACAAACTGAGTGACAAATACCATGAGTACATGACCGAGT
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GAGAAGATGAGACTAAAGGTGTCTACGTTGCAAAGCTCGAAGAGCTCAAGAAGGTGGGCG
ACCCAGTTGAATTGAGGTACAAGGAGTCACAGGAGAGAGGGACAGTCATTGGACACCTTG
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TTGAACTAGAAGAGAAGCAAAAGGTATTGAACGAGTGTGTGGAAGCAGAAGCATGGATGA
GGGAGAAGCAGCAGCAGCAGCACGCACTTCCCAAGTACGCAACACCAGCTTTCTTGTCAG
CTGATGTTA

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DS 

RD RR3DJ51JQ 672 0 0
CTGGCAAGGCTG
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AACGAGTGTGTGGAAGCAGAAGCATGGATGAGGGAGAAGCAGCAGCAGCAGCAGGCACTT
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GACAAGTTCTGCAGGCCTATAATGACCAAACCAAAGCCGGTTGCTAAACCGGAAGCTCCA
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GAACCAATGGAGACTGAGAAGCCCACCGAAGATAGTGCCTAAGAGATGATGGTTGGTGGT
CTGTGTATCGATTTTGTTTTTACTTTTTTTCTTGGTTCTTGTTTTTCCCCAAAAGAATCT
ATATTCAAACTCTTTTCAGGAAGTACTGTATTTTCTTTATAAACTATTTTTCGTGTGTGA

QA 13 672 13 672
DS 

RD RR3BB57JQ 714 0 0
G
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TGAACGAGTGTGTGGAAGCAGAAGCATGGATGAGGGAGAAGCAGCAGCAGCAGGAGGCAC
TTCCCAAGTACGCAACACCAGCTTTCTTGTCAGCTGATGTTACTAGGAAGGCTGAGGCAT
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CACCAGCCAAGGCGGCTGATGAGGAGAAGAGTGAGCCACAGCCAGAATCAGCGTCTGGTG
AAGAACCAATGGAGACTGAGAAGCCCACCGAAGATAGTGCCTAAGAGATGATGGTTGGTG
GTCTGTGTATCGATTTTGTTTCTACTTTTTTTCTTGGTTCTTGTTTTTCCCCAAAAGAAT
CTATATTCAAACTCTTTTCAGGAAGTACTGTATTTTCTTTATAAACTATTTTTCGTGTGT
GAGATGAGGATCTGTTCCTACTTGTTACATGTTCTCAACAAAGCAAGTGTCGT

QA 2 714 2 714
DS 

RD RR3BB57TF 712 0 0
G
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TTGCAAAGCTCGAAGAGCTCAAGAAGGTGGGCGACCCAGTTGAATTGAGGTACAAGGAGT
CACAGGAGAGAGGGACAGTCATTGGACACCTTGGTCACTGTGTTAACAGCTACAGAGAGG
CAGCTGTCTCTAATGATTCCAAGTTTGACCACATTGAACTAGAAGAGAAGCAAAAGGTAT
TGAACGAGTGTGTGGAAGCAGAAGCATGGATGAGGGAGAAGCAGCAGCAGCAGGAGGCAC
TTCCCAAGTACGCAACACCAGCTTTCTTGTCAGCTGATGTTACTAGGAAGGCTGAGGCAT
TGGACAAGTTCTGCAGGCCTATAATGACCAAACCAAAGCCGGTTGCTAAACCGGAAGCTC
CACCAGCCAAGGCGGCTGATGAGGAGAAGAGTGAGCCACAGCCAGAATCAGCGTCTGGTG
AAGAACCAATGGAGACTGAGAAGCCCACCGAAGATAGTGCCTAAGAGATGATGGTTGGTG
GTCTGTGTATCGATTTTGTTTCTACTTTTTTTCTTGGTTCTTGTTTTTCCCCAAAAGAAT
CTATATTCAAACTCTTTTCAGGAAGTACTGTATTTTCTTTATAAACTATTTTTCGTGTGT
GAGATGAGGATCTGTTCCTACTTGTTACATGTTCTCAACAAAGCAAGTGTC

QA 2 712 2 712
DS 



CO CL671Contig2 543 2 2 U
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CATTGAACTAGAAGAGAAGCAAAAGGTGTTGAACGAGTGTGTGGAAGCAGAAGCGTGGAT
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AGCTGACGTTACAAAGAAGGCTGAGGCACTGGACAAGTTCTGCAGGCCTATAATGACCAA
ACCAAAGCCGGTTGCTAAACCGGAAGCACCACCAGCTAAGGCGGCTGATGAGGAGAAGAG
TGAGCCACAGCCAGAGCAGGCCTCTGGTGAAGAACCAATGGAGACTGAGAAGCCTACCGA
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CCTCAAAAGAATCTTATATTGAAACTCTTTTCTTTTCGGTTACAGTTTTCAGGAAGTATT
ATTTTCTCTCTGTGTTTTCTTTATAAACTATTTATCGTGTGTGAGATGAGTATTTGTTCT
ACT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 

AF RR3ER21JQ C 1
AF RR3ER21TF U 1
BS 1 1 RR3ER21JQ
BS 2 543 RR3ER21TF

RD RR3ER21JQ 543 0 0
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TGAGCCACAGCCAGAGCAGGCCTCTGGTGAAGAACCAATGGAGACTGAGAAGCCTACCGA
AGATAGTGCCTAAGAGATGATGGTGCTGTGTATCGATTTTGTTTTTAATTTCTTGTTTTC
CCTCAAAAGAATCTTATATTGAAACTCTTTTCTTTTCGGTTACAGTTTTCAGGAAGTATT
ATTTTCTCTCTGTGTTTTCTTTATAAACTATTTATCGTGTGTGAGATGAGTATTTGTTTT
ACT

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR3ER21TF 543 0 0
G
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AGGGAGAAGCAGCAGCAGCAGGAGGCGCTTCCCAAGTACGCAACACCAGCTTTCTTGTCA
GCTGACGTTACAAAGAAGGCTGAGGCACTGGACAAGTTCTGCAGGCCTATAATGACCAAA
CCAAAGCCGGTTGCTAAACCGGAAGCACCACCAGCTAAGGCGGCTGATGAGGAGAAGAGT
GAGCCACAGCCAGAGCAGGCCTCTGGTGAAGAACCAATGGAGACTGAGAAGCCTACCGAA
GATAGTGCCTAAGAGATGATGGTGCTGTGTATCGATTTTGTTTTTAATTTCTTGTTTTCC
CTCAAAAGAATCTTATATTGAAACTCTTTTCTTTTCGGTTACAGTTTTCAGGAAGTATTA
TTTTCTCTCTGTGTTTTCTTTATAAACTATTTATCGTGTGTGAGATGAGTATTTGTTCTA
CT

QA 2 543 2 543
DS 



AS 1 8

CO CL672Contig1 1046 8 34 U
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TTACGCTCGCAAACTCCAAACATGGCGAGAGGTTTGAAGAAACATTTGAAGAGGCTCAAT
GCCCCTCACCATTGGAGCCTTGACAAACTCGGTGGTGCTTTTGCCCCCAAGCCATCTTCT
GGACCCCACAAGTCGAGGGAGTGCCTTCCCCTGGTTCTTATCATCAGGAACAGGTTGAAG
TATGCTCTTACCTACCGTGAAGTCATCTCCATCTTGATGCAAAGGCATATCCAAGTTGAT
GGCAAAGTCAGGACTGACAAGACCTACCCTGCTGGTTTCATGGATGTTGTCTCTATCCCC
AAGACTAACGAGAACTTCCGTCTCCTCTATGATACCAAGGGACGTTTCCGTCTCCACTCC
CTCAGGGACGAGGAAGCCAAGTTTAAGCTGTGCAAAGTCCGAACTATCCAGTTAGGACAG
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AAGTTTGATGTCGGCAATGTTGTGATGGTGACTGGAGGAAGAAACAGAGGGCGTGTTGGT
GTGATTAAGAACCGTGAGAAGCACAAGGGAAGCTTTGAGACTATCCACATCCAAGACTCT
ACAGGACATGAGTTTGCAACTAGGTTGGGAAACGTCTTCACCCTCGGCAAAGGAACTAAG
CCATGGGTTTCTCTTCCTAAGGGAAAAGGTATTAAGTTGACCATCATCGAGGAAGCCAGG
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TTTTGAGACGTGTTATTTTATATTGAGTTTTAAAATACATTATCTAGCAAAACATGTTAC
ACAGCTGTGGTAACTGTCCAATTCAC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 0 35 10 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 15 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 10 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 5 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G735TF U 2
AF RR3EW65TF U 1
AF RR3D252TF U 27
AF RR3D252JQ C 114
AF RR3CE81TF U 189
AF RR3CE81JQ C 213
AF RR3G735JQ C 512
AF RR3EW65JQ C 414
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BS 53 101 RR3EW65TF
BS 102 102 RR3G735TF
BS 103 149 RR3EW65TF
BS 150 150 RR3G735TF
BS 151 212 RR3EW65TF
BS 213 213 RR3G735TF
BS 214 464 RR3EW65TF
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BS 685 688 RR3D252TF
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BS 690 724 RR3D252TF
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BS 726 737 RR3D252TF
BS 738 861 RR3CE81TF
BS 862 862 RR3D252JQ
BS 863 905 RR3CE81TF
BS 906 906 RR3D252JQ
BS 907 939 RR3CE81TF
BS 940 949 RR3D252JQ
BS 950 958 RR3CE81JQ
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BS 960 966 RR3CE81JQ
BS 967 1046 RR3EW65JQ

RD RR3G735TF 526 0 0
GG
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CGCTCGCAAACTCCAAACATGGCGAGAGGTTTGAAGAAACATTTGAAGAGGCTCAATGCC
CCTCACCATTGGAGCCTTGACAAACTCGGTGGTGCTTTTGCCCCCAAGCCATCTTCTGGA
CCCCACAAGTCGAGGGAGTGCCTTCCCCTGGTTCTTATCATCAGGAACAGGTTGAAGTAT
GCTCTTACCTACCGTGAAGTCATCTTCATCTTGATGCAAAGGCATATCCAAGTTGATGGC
AAAGTCAGGACTGACAAGACCTACCCTGCTGGTTTCATGGATGTTGTCTCTATCCCCAAG
ACTAACGAGAACTTCCGTCTCCTCTATGATACCAAGGGACGTTTCCGTCTCCACTCCCTC
AGGGACGAGGAAGCCAAGTTTAAGCTGTGCAAAGTCCGAACTATCCAGTTAGGACAGAAG
GGCATTCCCTACCTGAACACATACGATGGTCGCACCATCCGTTA

QA 3 526 3 526
DS 

RD RR3EW65TF 652 0 0
GGCCTCTCACAACTTCACCAGTCGTTCGGAGCTAAACGAAAGAAGTGGTCTTCATCGGAG
TTACGCTCGCAAACTCCAAACATGGCGAGAGGTTTGAAGAAGCATTTGAAGAGGCTCAAT
GCCCCTCACCATTGGAGCCTTGACAAACTTGGTGGTGCTTTTGCCCCCAAGCCATCTTCT
GGACCCCACAAGTCGAGGGAGTGCCTTCCCCTCGTTCTTATCATCAGGAACAGGTTGAAG
TATGCTCTTACCTACCGTGAAGTCATCTCCATCTTGATGCAAAGGCATATCCAAGTTGAT
GGCAAAGTCAGGACTGACAAGACCTACCCTGCTGGTTTCATGGATGTTGTCTCTATCCCC
AAGACTAACGAGAACTTCCGTCTCCTCTATGATACCAAGGGACGTTTCCGTCTCCACTCC
CTCAGGGACGAGGAAGCCAAGTTTAAGCTGTGCAAAGTCCGAACCATCCAGTTAGGACAG
AAGGGCATTCCTTACCTGAACACATACGATGGTCGCACCATCCGTTACCCTGACCCACTC
ATCAAGCCTAATGACACCATCAAGCTCGACCTGGAGGAGAACAAGGTTGTGGACTTCATC
AAGTTTGATGTCAGCAATGTTGTGATGGTGACTGGAGGA*GAAACAGAGGGC

QA 1 652 1 652
DS 

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GGGAGCTAAACTGG
AGAAGTGGTCTGCATCGGAGTTACGCTCGCAAACTCCAAACATGGCGAGAGGTTTGAAGA
AACATTTGAAGAGGCTCAATGCCCCTCACCATTGGAGCCTTGACAAACTCGGTGGTGCTT
TTGCCCCCAAGCCATCTTCTGGACCCCACAAGTCGAGGGAGTGCCTTCCC*TGGTTCTTA
TCATCAGGAACAGGTTGAAGTATGCTCTTACCTACCGTGAAGTCATCTCCATCTTGATGC
AAAGGCATATCCAAGTTGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACCTACCCTGCTGGTTTCA
TGGATGTTGTCTCTATCCCCAAGACTAACGAGAACTTCCGTCTCCTCTATGATACCAAGG
GACGTTTCCGTCTCCACTCCCTCAGGGACGAGGAAGCCAAGTTTAAGCTGTGCAAAGTCC
GAACTATCCAGTTAGGACAGAAGGGCATTCCCTACCTGAACACATACGATGGTCGCATCA
TCCGTTACCCTGACCCACTCATCAAGCCTAATGACACCATCAAGCTCGACCTGGAGGAGA
ACAAGGTTGTGGACTTCATCAAGTTTGATGTCGGCAATGTTGTGATGGTGACCGGAGGAA
GAAACAGAGGGCGTGTTTGTGTGATTAAGAACCGTGAGAAGCATAAGG*AAGCTTTGAGA
CTATCCACATCCAAGACTCTACAG*ACATGAGTTTGC

QA 15 711 15 711
DS 

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GGCTC
ATGCCCCTCACCATTGGAGC**TGACAAACTCGGTGGTGCTTTG**CCCCAAGCCATCTT
CTG*ACCCCACAAGTCGAGGGAGTGC*TTCCC*TGGTTCTTATCATCAGGAACAGGTTGA
AGTATGCTCTTACCTACCGTGAAGTCATCTCCATCTTGATGCAAAGGCATATCCAAGTTG
ATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACCTACCCTGCTGGTTTCATGGATGTTGTCTCTATCC
CCAAGACTAACGAGAACTTCCGTCTCCTCTATGATACCAAGGGACGTTTCCGTCTCCACT
CCCTCAGGGACGAGGAAGCCAAGTTTAAGCTGTGCAAAGTCCGAACTATCCAGTTAGGAC
AGAAGGGCATTCCCTACCTGAACACATACGATGGTCGCATCATCCGTTACCCTGACCCAC
TCATCAAGCCTAATGACACCATCAAGCTCGACCTGGAGGAGAACAAGGTTGTGGACTTCA
TCAAGTTTGATGTCGGCAATGTTGTGATGGTGACCGGAGGAAGAAACAGAGGGCGTGTTT
GTGTGATTAAGAACCGTGAGAAGCATAAGGGAAGCTTTGAGACTATCCACATCCAAGACT
CTACAGGACATGAGTTTGCAACTAGGTTGGGAAACGTCTTCACCCTCGGCAAAGGAACTA
AGCCATGGGTTTCTCTTCCTAAGGGTAAAGGTATTAAGTTGACCATCATCGAGGAAGCCA
GGAAGAGGCTCGCTGGCCAACAGGCTGCTTAATTTTGTTGTGTTTTCAGTGCTTTATTGT
GTCGTTTTAGATGACTTTTGTTTCGTTAGACTCACTTTGCATCTTTTGGTT
CGCTATTCGGTTTCC

QA 6 836 6 836
DS 

RD RR3CE81TF 751 0 0
G
AAGTCGAGGGAGTGCCTTCCCCTCGTTCTTATCATCAGGAACAGGTTGAAGTATGCTCTT
ACCTACCGTGAAGTCATCTCCATCTTGATGCAAAGGCACATCCAAGTCGATGGCAAAGTC
AGGACTGACAAGACCTACCCTGCTGGTTTCATGGATGTTGTCTCTATCCCCAAGACTAAC
GAGAACTTCCGTCTCCTCTATGATACCAAGGGACGTTTCCGTCTCCACTCCCTCAGGGAC
GAG*AAGCCAAGTTTAAGCTGTGCAAAGTCAGGACTATCCAGTTAGGACAGAAGGGCATT
CCTTACCTGAACACATACGATGGTCGCACCATCCGTTACCCTTACCCACTCATCAAGCCT
AATGACACCATCAAGCTCGACTTGGAGGAGAACAAGGTTGTGGACTTCATCAAGTTTGAT
GTCGGCAATGTTGTGATGGTGACTGGAGGAAGAAACAGAGGGCGGGTTGGTGTGATTAAG
AACCGTGAGAAGCACAAGGGAAGCTTTGAGACTATCCACATCCAAGACTCTACAGGACAT
GAGTTTGCAACTAGGTTGGGAAACGTCTTCACCCTCGGCAAAGGAACTAAGCCATGGGTT
TCTCTTCCTAAGGGAAAAGGTATTAAGTTGACCATCATCGAGGAAGCCAGGAAGAGGCTC
GCTGGCCAACAG*CTGCTTAATTTTGTTGTGTTTTCAGTGCTTTATTGTGTCGTTT*AGA
TGACTTTTGTTTCCTTAGACTCACTTTGCA

QA 2 751 2 751
DS 

RD RR3CE81JQ 772 0 0
TCGTT
TTATCATCAGGAACAGGTTGAAGTATGCTCTTACCTACCGTGAAGTCATCTCCATCTTGA
TGCAAAGGCACATCCAAGTCGATGGCAAAGTCAGGACTGACAAGACCTACCCTGCTGGTT
TCATGGATGTTGTCTCTATCCCCAAGACTAACGAGAACTTCCGTCTCCTCTATGATACCA
AGGGACGTTTCCGTCTCCACTCCCTCAGGGACGAG*AAGCCAAGTTTAAGCTGTGCAAAG
TCAGGACTATCCAGTTAGGACAGAAGGGCATTCCTTACCTGAACACATACGATGGTCGCA
CCATCCGTTACCCTTACCCACTCATCAAGCCTAATGACACCATCAAGCTCGACTTGGAGG
AGAACAAGGTTGTGGACTTCATCAAGTTTGATGTCGGCAATGTTGTGATGGTGACTGGAG
GAAGAAACAGAGGGCGGGTTGGTGTGATTAAGAACCGTGAGAAGCACAAGGGAAGCTTTG
AGACTATCCACATCCAAGACTCTACAGGACATGAGTTTGCAACTAGGTTGGGAAACGTCT
TCACCCTCGGCAAAGGAACTAAGCCATGGGTTTCTCTTCCTAAGGGAAAAGGTATTAAGT
TGACCATCATCGAGGAAGCCAGGAAGAGGCTCGCTGGCCAACAGGCTGCTTAATTTTGTT
GTGTTTTCAGTGCTTTATTGTGTCGTTTTAGATGACTTTTGTTTCCTTAGACTCACTTTG
CATCTTTTGGTTTCGCTACTCAGTTTTGA
AACTTGTGTTATTTTATC

QA 6 754 6 754
DS 

RD RR3G735JQ 470 0 0
GTCGCACCATCCGTTACCCTGACCCACTCATCAAGCCTAATGACACCATCAAGCTCGACC
TGGAGGAGAACAAGGTTGTGGACTTCATCAAGTTTGATGTCGGCAATGTTGTGATGGTGA
CCGGAGGAAGAAACAGAGGGCGTGTTGGTGTGATTAAGAACCGTGAGAAGCATAAGGGAA
GCTTTGAGACTATCCACATCCAAGACTTTACAGGACATGAGTTTGCAAATAGGTTGGGAA
ACGTTTTCACCCTTTGCAAAGGAAATAAGCCATGGGTTTTTTTTCCTAAGGGTAAAGGTA
TTAAGTTGACCATCATCGAGGAAGCCAGGAAGAGGCTCGCTGGCCAACAGGCTGCTTAAT
TTTGTTGTGTTTTCAGTGCTTTATTGTGTCGTTTTAGATGACTTTTGTTTCGTTAGACTC
ACTTTGCATTTTTTGGTT*CGCTATTCGGTTTTGA
AACTTGTGTTTTTTT

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR3EW65JQ 633 0 0
CCACTCCCTCAGGGACGAGGAAGCCAAGTTTAAGCTGTGCAAAGTCCGAACCATCCAGTT
AGGACAGAAGGGCATTCCTTACCTGAACACATACGATGGTCGCACCATCCGTTACCCTGA
CCCACTCATCAAGCCTAATGACACCATCAAGCTCGACCTGGAGGAGAACAAGGTTGTGGA
CTTCATCAAGTTTGATGTCGGCAATGTTGTGATGGTGACTGGAGGAAGAAACAGAGGGCG
TGTTGGTGTGATTAAGAACCGTGAGAAGCACAAGGGAAGCTTTGAGACTATCCATATCCA
GGACTCTACAGGACATGAGTTTGCAACTAGGTTGGGAAACGTCTTCACCCTCGGCAAAGG
AATTAAGCCATGGGTTTTTCTTCCTAAGGGTAAAGGTATTAAGTTGACCATCATCGAGGA
AGCCAGGAAGAGGCTCGCTGGCCAACAGGCTGCTTAATTTTGTTGTGTTTTCAGTGCTTT
ATTGTGTCATTTTAGATGACTTTTGTTTCCTTAGACTCACTTTGCATCTTTTGGTTTCGC
TACTCGGTTTTGAGACGTGTTATTTTATATTGAGTTTTAAAATACATTATCTAGCAAAAC
ATGTTACACAGCTGTGGTAACTGTCCAATTCAC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 8

CO CL673Contig1 812 8 5 U
GGAAAACCTCACTCGCCGATCTATCTCAACAGTGTCGGAACGAGATAGAGAGAAAGACAA
TGGCGGCGACGCTTATGAACAGAGCAATCTCCAGAACCGAAACAACCGGTGCTTTCAGAC
TCTCGCTCAACCTCCTGAGAAACTTCTCAGCTGCTCCGGCGGCGGCGGCGGCATCTCCGT
CATCTGAAAACCCTAGCTCCGATCCGATTAAACCTAAACGAAGGAAGAAGAAGAACCTAA
TCGAGGTCGCTCAGTTTTTACATAACTGGGGAATCGGATACCATATGGCTAAAGCTCACT
GGAACGGAGTCTCTTATGAGATCACTAAGATCAATCTCTACAAGGATGGTAGGCATGGCA
AAGCGTGGGGTATTGTTCACAAAGATGGGCTGCGAGCTGCGGAAGCTCCTAAGAAGATAA
GCGGAGTTCACAAACGCTGCTGGAAGTATATCCCTAACCTGTCCAAGACCACACTTGCAA
CAACGAACTCTACACCCGCCGCTGAAGTTCAAACTGATTGATCTGTTTGCTTCCATTGTT
TGTTTGGGTACTTCTTCTCAGGATATATCTGTTTGCAGTTTGTTTACCTTTTGGAAGATA
CAACTCTTTGTTACTTGATGAGTCACTTTTGAATTCCGTGGTAGCTTTGTAGGAAAAGAA
CACATAAAGAGTTTGGATGATGATTGGCTTTTCGATCCATCTTTTAAAGACTTAATACGC
TTCTTGACATGGATTGTGATTGGCTTTTTGTGTGAACTTGTGTTGTAGGAGATCTTCTGG
TTTTAAACATCTAATAAAATACATCATTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3G384TF U 21
AF RR3E148TF U 1
AF RR3EV68TF U 32
AF RR3FL93TF U 33
AF RR3G384JQ C 38
AF RR3FL93JQ C 65
AF RR3E148JQ C 99
AF RR3EV68JQ C 100
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GG
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AGCAATCTCCAGAACCGAAACAACCGGTGCTTTCAGACTCTCGCTCAACCTCCTGAGAAA
CTTCTCAGCTGCTCCGGCGGCGGCGGCGGCATCTCCGTCATCTGAAAACCCTAGCTCCGA
TCCGATTAAACCTAAACGAAGGAAGAAGAAGAACCTAATCGAGGTCGCTCAGTTTTTACA
TAACTGGGGAATCGGATACCATATGGCTAAAGCTCACTGGAACGGAGTCTCTTATGAGAT
CACTAAGATCAATCTCTACAAGGATGGTAGGCATGGCAAAGCGTGGGGTATTGTTCACAA
AGATGGGCTGCGAGCTGCGGAAGCTCCTAAGAAGATAAGCGGAGTTCACAAACGCTGCTG
GAAGTATATCCCTAACCTGTCCAAGACCACACTTGCAACAACGAACTCTACACCCGCCGC
TGAAGTTCAAACTGATTGATCTGTTTGCTTCCATTGTTTGTTTGGGTACTTCTTCTCAGG
ATATATCTGTTTGCAGTTTGTTTACCTTTTGGAAGATACAACTCTTTGTTACTTGATGAG
TCACTTTTGAATTCCGTGGTAGCTTTGTAGGAAA

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DS 

RD RR3E148TF 734 0 0
GGAAAACCTCACTCGCCGATCTATCTCAACAGTGTCGGAACGAGATAGAGAGAAAGACAA
TGGCGGCGACGCTTATGAACAGAGCAATCTCCAGAACCGAAACAACCGGTGCTTTCAGAC
TCTCGCTCAACCTCCTGAGAAACTTCTCAGCTGCTCCGGCGGCGGCGGCGGCATCTCCGT
CATCTGAAAACCCTAGCTCCGATCCGATTAAACCTAAACGAAGGAAGAAGAAGAACCTAA
TCGAGGTCGCTCAGTTTTTACATAACTGGGGAATCGGATACCATATGGCTAAAGCTCACT
GGAACGGAGTCTCTTATGAGATCACTAAGATCAATCTCTACAAGGATGGTAGGCATGGCA
AAGCGTGGGGTATTGTTCACAAAGATGGGCTGCGAGCTGCGGAAGCTCCTAAGAAGATAA
GCGGAGTTCACAAACGCTGCTGGAAGTATATCCCTAACCTGTCCAAGACCACACTTGCAA
CAACGAACTCTACACCCGCCGCTGAAGTTCAAACTGATTGATCTGTTTGCTTCCATTGTT
TGTTTGGGTACTTCTTCTCAGGATATATCTGTTTGCAGTTTGTTTACCTTTTGGAAGATA
CAACTCTTTGTTACTTGATGAGTCACTTTTGAATTCCGTGGTAGCTTTGTAGGAAAAGAA
CACATAAAGAGTTTGGATGATGATTGGCTTTTCGATCCATCTTTTAAAGACTTAATACGC
TTCTTGACATGGAT

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DS 

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GG
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GAACCGAAACAACCGGTGCTTTCAGACTCTCGCTCAACCTCCTGAGAAACTTCTCAGCTG
CTCCGGCGGCGGCGGCGGCATCTCCGTCATCTGAAAACCCTAGCTCCGATCCGATTAAAC
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TCGGATACCGTATGGCTAAAGCTCACTGGAACGGAGTCTCTTATGAGATCACTAAGATCA
ATCTCTACAAGGATGGTAGGCATGGCAAGGCGTGGGGTATTGTTCACAAAGATGGGCTGC
GAGCTGCGGAAGCTCCTAAGAAGATAAGCGGAGTTCACAAACGCTGCTGGAAGTATATCC
CTAACCTGTCCAAGACCACACTTGCAACAACGAACTCTACACCCGCCGCTGAAGTTCAAA
CTGATTGATCTGTTTGCTTCCATTGTTTGTTTGGGTACTTCTTCTCAGGATATATCTGTT
TGCAGTTTGTTTACCTTTTGGAAGATACAACTCTTTGTTACTTGATGAGTCACTTTTGAA
TTCCGAGGTAGCTTTGTAGGAAAAGAACACATAAAGAGTTTGGATGATGATTGGCTTTTC
GATCCATCTTTTAAAGACTTAATACGCTTCTTGACATGGATTGTGATTGGCTTTT
GTGT

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DS 

RD RR3FL93TF 717 0 0
G
GTCGGAACGAGATAGAGAGAAAGACAATGGCGGCGACGCTTATGAACAGAGCAATCTCCA
GAACCGAAACAACCGGTGCTTTCAGACTCTCTCTCAACCTCCTGAGAAACTTCTCAGCTG
CTCCGGCGGCGGCGGCGGCATCTCCGTCATCTGAAAACCCTAGCTCCGATCCGATTAAAC
CTAAACGAAGGAAGAAGAAGAACCTAATCGAGGTCGCTCAGTTTTTACATAACTGGGGAA
TCGGATACCATATGGCTAAAGCTCACTGGAACGGAGTCTCTTATGAGATCACTAAGATCA
ATCTCTACAAGGATGGTAGGCATGGCAAAGCGTGGGGTATTGTTCACAAAGATGGGCTGC
GAGCTGCGGAAGCTCCTAAGAAGATAGGCGGAGTTCACAAACGCTGCTGGAAGTATATCC
CTAACCTGTCCAAGACCACACTTGCAACAACGAACTCTACACCCGCCGCTGAAGTTCAAA
CTGATTGATCTGTTTGCTTCCATTGTTTGTTTGGGTACTTCTTCTCAGGATATATCTGTT
TGCAGTTTGTTTACCTTTTGGAAGATACAACTCTTTGTTACTTGATGAGTCACTTTTGAA
TTCCGTGGTAGCTTTGTAGGAAAAGAACACATAAAGAGTTTGGATGATGAT*GGCTTTTC
GATCCATCTTTTAAAGACTTAATACGCTTCTTGACATGGATTGTGATTGGCTTTTT

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DS 

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GGCGGCGGCGGCGGCATCTCCGTCATCTGAAAACCCTAGCTCCGATCCGATTAAACCTAA
ACGAAGGAAGAAGAAGAACCTAATCGAGGTCGCTCAGTTTTTACATAACTGGGGAATCGG
ATACCATATGGCTAAAGCTCACTGGAACGGAGTCTCTTATGAGATCACTAAGATCAATCT
CTACAAGGATGGTAGGCATGGCAAAGCGTGGGGTATTGTTCACAAAGATGGGCTGCGAGC
TGCGGAAGCTCCTAAGAAGATAAGCGGAGTTCACAAACGCTGCTGGAAGTATATCCCTAA
CCTGTCCAAGACCACACTTGCAACAACGAACTCTACACCCGCCGCTGAAGTTCAAACTGA
TTGATCTGTTTGCTTCCATTGTTTGTTTGGGTACTTCTTCTCAGGATATATCTGTTTGCA
GTTTGTTTACCTTTTGGAAGATACAACTCTTTGTTACTTGATGAGTCACTTTTGAATTCC
GTGGTAGCTTTGTAGGAAAAGAACACATAAAGAGTTTGGATGATGATTGGCTTTTCGATC
CATCTTTTAAAGACTTAATACGCTTCTTGACATGGATTGTGATTGGCTTTTTGTGTGAAC
TTGTGTTGTAGGAGATCTTCTGGTTTTAAACATCTAATAAAATACATCATTTAC
G

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DS 

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TCTCAACCTCCTGAGAAACTTCTCAGCTGCTCCGGCGGCGGCGGCGGCATCTCCGTCATC
TGAAAACCCTAGCTCCGATCCGATTAAACCTAAACGAAGGAAGAAGAAGAACCTAATCGA
GGTCGCTCAGTTTTTACATAACTGGGGAATCGGATACCATATGGCTAAAGCTCACTGGAA
CGGAGTCTCTTATGAGATCACTAAGATCAATCTCTACAAGGATGGTAGGCATGGCAAAGC
GTGGGGTATTGTTCACAAAGATGGGCTGCGAGCTGCGGAAGCTCCTAAGAAGATAGGCGG
AGTTCACAAACGCTGCTGGAAGTATATCCCTAACCTGTCCAAGACCACACTTGCAACAAC
GAACTCTACACCCGCCGCTGAAGTTCAAACTGATTGATCTGTTTGCTTCCATTGTTTGTT
TGGGTACTTCTTCTCAGGATATATCTGTTTGCAGTTTGTTTACCTTTTGGAAGATACAAC
TCTTTGTTACTTGATGAGTCACTTTTGAATTCCGTGGTAGCTTTGTAGGAAAAGAACACA
TAAAGAGTTTGGATGATGATTGGCTTTTCGATCCATCTTTTAAAGACTTAATACGCTTCT
TGACATGGATTGTGATTGGCTTTTTGTGTGAACTTGTGTTGTAGGAGATCTTCTGGTTTT
AAACATCTAATAAAATACATCATTTAC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3E148JQ 714 0 0
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GCGGCGGCGGCGGCATCTCCGTCATCTGAAAACCCTAGCTCCGATCCGATTAAACCTAAA
CGAAGGAAGAAGAAGAACCTAATCGAGGTCGCTCAGTTTTTACATAACTGGGGAATCGGA
TACCATATGGCTAAAGCTCACTGGAACGGAGTCTCTTATGAGATCACTAAGATCAATCTC
TACAAGGATGGTAGGCATGGCAAAGCGTGGGGTATTGTTCACAAAGATGGGCTGCGAGCT
GCGGAAGCTCCTAAGAAGATAAGCGGAGTTCACAAACGCTGCTGGAAGTATATCCCTAAC
CTGTCCAAGACCACACTTGCAACAACGAACTCTACACCCGCCGCTGAAGTTCAAACTGAT
TGATCTGTTTGCTTCCATTGTTTGTTTGGGTACTTCTTCTCAGGATATATCTGTTTGCAG
TTTGTTTACCTTTTGGAAGATACAACTCTTTGTTACTTGATGAGTCACTTTTGAATTCCG
TGGTAGCTTTGTAGGAAAAGAACACATAAAGAGTTTGGATGATGATTGGCTTTTCGATCC
ATCTTTTAAAGACTTAATACGCTTCTTGACATGGATTGTGATTGGCTTTTTGTGTGAACT
TGTGTTGTAGGAGATCTTCTGGTTTTAAACATCTAATAAAATACATCATTTACG

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3EV68JQ 712 0 0
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CGGCGGCGGCGGCATCTCCGTCATCTGAAAACCCTAGCTCCGATCCGATTAAACCTAAAC
GAAGGAAGAAGAAGAACCTAATCGAGGTCGCTCAGTTTTTACATAACTGGGGAATCGGAT
ACCGTATGGCTAAAGCTCACTGGAACGGAGTCTCTTATGAGATCACTAAGATCAATCTCT
ACAAGGATGGTAGGCATGGCAAGGCGTGGGGTATTGTTCACAAAGATGGGCTGCGAGCTG
CGGAAGCTCCTAAGAAGATAAGCGGAGTTCACAAACGCTGCTGGAAGTATATCCCTAACC
TGTCCAAGACCACACTTGCAACAACGAACTCTACACCCGCCGCTGAAGTTCAAACTGATT
GATCTGTTTGCTTCCATTGTTTGTTTGGGTACTTCTTCTCAGGATATATCTGTTTGCAGT
TTGTTTACCTTTTGGAAGATACAACTCTTTGTTACTTGATGAGTCACTTTTGAATTCCGA
GGTAGCTTTGTAGGAAAAGAACACATAAAGAGTTTGGATGATGATTGGCTTTTCGATCCA
TCTTTTAAAGACTTAATACGCTTCTTGACATGGATTGTGATTGGCTTTTTGTGTGAACTT
GTGTTGTAGGAGATCTTCTGGTTTTAAACATCTAATAAAATACATCATTTAC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 2 8

CO CL674Contig1 1175 2 2 U
GGACTCGCACTCACTCTGCAACTTCGAGATCAAAGCTAATACCTTAAAGCTTTTTTTGCT
TTCCCGAGAAGAATGGCGGCACCATCACCACTCTACAATCAGCTTAAGGATGCTGAACCA
TTCTTCTTGTTGGCTGGGCCTAATGTGATCGAATCCGAGGAGCATATTCTTCAAATGGCA
AAACACATCAAACACATTGCCACAAAAGTTGGGTTGCCACTGGTTTTCAAGTCGAGTTTT
GATAAAGCTAACAGAACTTCTTCTAAGTCCTTCCGAGGTCCTGGCATTGCTGAGGGTCTC
AAGATTCTTGAGAAGGTGAAAGTAGCATATGACTTACCAATTGTAACTGATGTTCATGAG
GCGTATCAGTGTGAAGAAGTTGGCAAGGTTGCTGATATAATTCAGATACCAGCATTCTTA
TGTCGCCAGACAGATCTTCTGGTTGCGGCAGCCCAAACTGGAAAAATTATCAATATTAAG
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GGGAACCCGAATGTTATGGTTTGTGAAAGAGGAACCATGTTTGGATACAATGATTTGATA
GTAGATCCACGAAACTTTGAATGGATGAGGGAAGCTAATTGTCCTGTTGTTGCTGATATA
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GGCCTTCGGGAGTTAATACCCTGCATTGCCAGAACAGCTGTAGCCGTTGGCGTCGATGGA
ATTTTCATGGAGGTTCATGATGATCCTCTAAGTGCTCCAGTTGATGGTCCAACTCAGTGG
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GGAAAGCACCGGTTCCAGATCGATCCCACACCTTACCGCGACTAGGATTGGTCTCCTCCT
CGGACATATGGATCCACGGAAAATTCTGGAGACCTCATTGCGGTTGCGAACTCTCCGTAA
AGGATATCTATCATTCTACTTGAGCAAAGAATGTTATTTATTTTTGATTTCTCCAAACTT
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ATAACTATAATGAAGCCTGTTTACATTCGATAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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BS 683 1175 RR3B329JQ

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AAGATTCTTGAGAAGGTGAAAGTAGCATATGACTTACCAATTGTAACTGATGTTCATGAG
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AAGTTGGAAGGTGGTGGTGTTGCTAGTGGAGGCCTTCGGGAGTTAATACCCTGCATTGCC
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TAGGC

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DS 



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TACCACTGGTTTTCAAGTCAAGTTTTGATAAGGCTAACAGAACTTCTTCTAAGTCCTTCC
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TACCAATTGTAACTGATGTTCATGAGGCGTATCAGTGTGAAGAAGTTGGCAAGGTTGCTG
ATATAATTCAGATACCAGCATTCTTATGTCGCCAGACAGATCTTCTGGTTGCGGCAGCCC
AAACTGGAAAAATAATCAATATTAAGAAAGGACAGTTCTGTGCTTCTTCTGTCATGGAAA
ATTCAGCTGAGAAGATCAGGCTAGCTGGGAATCCGAATGTGATGGTTTGTGAAAGGGGAA
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TCATCACGATTGCTAGGGTCACAAAAGGAAAGCAGCGGTTCCAGATCGATCTCACACCTT
ACCGCGACTAGGATTGGTCTCCTCCTCGGACATATGGGTCCACGGCAAATCCTGGAAAGG
TTGCAACCTCTCCGTAAAGGATACCTATCATCTACTTGAGCAAAGAATGTTATTTATTTT
TGATTTCTCCAAACTTTGAACATATATATAAGTTTTTATTCAAAATTTCCTCAATTTAAG
AGTGTTCAAACATATAATAACTATAATGAAGTCTGTTTACATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GU88TF U 25
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ATTCAGCTGAGAAGAT

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GG
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GATAAGGCTAACAGAACTTCTTCTAAGTCCTTCCGAGGTCCTGGCATGGCTGAGGGTCTC
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GTAGATCCACGAAACTTTGAATGGATGAGGGAAGCTAATTGTCCTGTTGTTGCTGATATA
GCCCATGCGCTCCAACAACCT

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GG
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TTCCCGAGAAGAATGGCGGCAACATCACCACTCTACAATCAGCTTAAGGATGCTGAACCA
TTCTTCTTGTTGGCTGGTCCAAATGTGATCGAATCCGAGGAACATATTCTTCGAATGGCA
AAACACATCAAACACATTGCCACAAAAGTTGGGTTACCACTGGTTTTCAAGTCAAGTTTT
GATAAGGCTAACAGAACTTCTTCTAATTCCTTCCGAGGTCCTGGCATGGCTGAGGGTCTC
AAGATTCTTGAGAAGGTGAAAGTAGCATATGACTTACCAATTGTAACTGATGTTCATGAG
GCGTATCAGTGTGAAGAAGTTGGCAAGGTTGCTGATATAATTCAGATACCAGCATTCTTA
TGTCGCCAGACAGATCTTCTGGTTGCGGCAGCCCAAACTGGAAAAATAATCAATATTAAG
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GTAGATCCACGAAACTTTGAATGGATGAGGGAAGCTAATTGTCCTGTTGTTGCTGATATA
ACCCATGCGCTCCAACAACCT

QA 3 683 3 683
DS 

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GGAGGTTCATGATGTTCCTCTAAGTGCTCCAGTTGATGGTCCAACTCAATGGCCTTTGCG
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GCGGTTCCAGATCG
TTCT

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DS 

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TGGTGCCGATGGAATTTTCATGGAGGTTCATGATGATCCTCTAAGTGCTCCAGTTGATGT
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TGGGGTCACAAAAGGAAAGCAGCGGTTCCAGATCGATCTCACACCTTACCGCGACTAGGA
TTGGTCTCCTCCTCGGACATATGGGTCCACGGCAAATCCTGGAAAGGTTGCAACCTCTCC
GTAAAGGATACCTATCATCTACTTGAGCAAAGAATGTTATTTATTTTTGATTTCTCCAAA
CTTTGAACATATATATAAGTTTTTATTCAAAATTTCCTCAATTTAAGAGTGTTCAAACAT
ATAATAACTATAATGAAGTCTGTTTACATCC

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DS 

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ATAA
CCCATGCGCTCCAACAACCTGCAGGCAAAAAGTTGGAAGGTGGTGGTGTCGCTAGTGGAG
GCCTTCGGGAGTTAATACCCTGCATTGCTAGAACAGCTGTAGCAGTTGGTGTCGATGGAA
TTTTCATGGAGGTTCATGATGATCCTCTAAGTGCTCCAGTTGATGGTCCAACTCAATGGC
CTTTGCGTCATCTAGAAGAACTCTTAGAGGAGCTCATCACGATTGCTAGGGTCACAAAAG
GAAAGCAGCGGTTCCAGATCGATCTCACACCTTACCGCGACTAGGATTGGTCTCCTCCTC
GGACATATGGGTCCACGGCAAATCCTGGAAAGGTTGCAACCTCTCCGTAAAGGATACCTA
TCATCTACTTGAGCAAAGAATGTTATTTATTTTTGATTTCTCCAAACTTTGAACATATAT
ATAAGTTTTTATTCAAAATTTCCTCAATTTAAGAGTGTTCAAACATATAATAACTATAAT
GAAGTCTGTTTACAT
TC

QA 5 499 5 499
DS 



AS 1 6

CO CL675Contig1 946 6 15 U
GGACTTTTCTCTCCCGCTCTTTTACAACTCACATTGCATATCCTTTCTCTATATATTACT
TCACCTAAACCACTATTCACAACACAAACACACACATAACCATGGCCTCTTCAGGAGCCT
TCCCTTTGCTCACATTGTCTATGGTTTTAGTTCATTTCTCTTTAGCTCAATCTCCCATGA
TGGCTCCTTCTGGCTCCATGTCCATGCCGCCAATGCCTAGCGGCGGCTCTCCAATGCCAA
TGATGACTCCACCACCTATGCCAATGATGACTCCCCCACCTATGCCTATGGCTCCACCGC
CTATGCCTATTGCTCCTCCACCTATGGCTATGGCACCACCACCTATGTCCATGGCAACAC
CACCTATGTCCATGACTCCATCTTCAAGCCCAATGAGCCCACCAACTCCTATGGCCCCAA
GTCCAGAAACAATCCCTGATATGGCTTCACCACCTATGATGCCAGGAATGGATTCTTCTC
CTTCTCCGGGACCTATGCCACCCGCAACGTCCTCGCCAGATTCCGGAGCATTCAATGTAA
GAAACGACGTCGTAGCACTTTCGTTCCTTATTGCAGCTCATTTGCTTCTCGTTTGAGATT
ATTATCAAACTGGTCAACATCGTGTTCGTGTAATTTACTTTCATTATTTTTCGAGCCATT
AGTTTTCGTCGGTTTATCATATTTGAGTTTGTGTTTGATATGTACGGTTCAGACATTTGT
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AATTTTTCACAGACAAATTATCAGTAACGCAATATAATCAATATATCTCTCGTTGTTAAT
GAATGATATCAATGTATATGGTTCACAAGAAAAGGAAAAACGAGAGATAAGTGTTTATAT
ATGTAACACACTGGAGGTAACTATTTGTAGCAAATAAAATACGTTA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 
35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA71TF U 79
AF RR3C175TF U 1
AF RR3C175JQ C 1
AF RR3G084TF U 79
AF RR3GN26TF U 95
AF RR3EA71JQ C 647
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BS 109 123 RR3EA71TF
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ATTTGAGTTTGTGTTTGATA

QA 3 622 3 622
DS 

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CTTCTCCGGGACCTATGCCACCCGCAACGTCCTCGCCAGATTCCGGAGCATTCAATGTAA
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AGTTTTCGTCGGTT*ATCATATTTGAGTTTGTGTTTGATATG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3C175JQ 737 0 0
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TCCCTTTGCTCACATTGTCTATGGTTTTAGTTCATTTCTCTTTAGCTCAATCTCCCATGA
TGGCTCCTTCTGGCTCCATGTCCATGCTGCCAATGCCTAGCGGCGGCTCTCCAATGCCAA
TGATGACTCCACCACCTATGCCAATGATGACTCCCCCACCTATGCCTATGGCTCCACCGC
CTATGCCTATTGCTCCTCCACCTATGGCTATGGCACCACCACCTATGTCCATGGCAACAC
CACCTATGTCCATGACTCCATCTTCAAGCCCAATGAGCCCACCAACTCCTATGGCCCCAA
GTCCAGAAACAATCCCTGATATGGCTTCACCACCTATGATGCCAGGAATGGATTTTTCTC
CTTTTCCGGGACCTATGCCACCCGCAACGTCCTCGCCAGATTCCGGAGCATTCAATGTAA
GAAACGACGTCGTAGCACTTTCGTTCCTTATTGCAGCTCATTTGCTTCTCGTTTGAGATT
ATTATCAAACTGGTCAACATCGTGTTCGTGTAATTTACTTTCATTATTTTTCGAGCCATT
AGTTTTCGTCGGTTTATCATATTTGAGTTTGTGTTTGATATGTACGGTTCAGACATTTGT
TTTTAATAAGTTTTATC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3G084TF 694 0 0
GG
AACACAAACACACACATAACCATGGCCACTTCAGGAGCCTTCCTTTTGCTCACATTGTCT
ATGGTTTTAGTTCATTTCTCTTTAGCTCAATCTCCCATGATGGCTCCTTCTGGCTCCATG
TCCATGCCGCCAATGCCTAGCGGCGGCTCTCCAATGCCAATGATGCCTCCACCACCTATG
CCAATGATGACTCCCCCACCTATGCCTATGGCTCCACCGCCTATGCCTATGGCTCCTCCA
CCTATGGCTATGGCACCACCACCTATGTCCATGGCAACACCACCTATGTCCATGACTCCA
TCTTCAAGCCCAATGAGCCCACCAACTCCTATGGCCCCAAGTCCAGAAACAATCCCTGAT
ATGGCTTCACCACCTATGATGCCAGGAATGGATTCTTCTCCTTCTCCGGGACCTATGCCA
CCCGCAACGTCCTCGCCAGATTCCGGAGCATTCAATGTAAGAAACGACGTCGTAGCACTT
TCGTTCCTTATTGCAGCTCATTTGCTTCTCGTTTGAGATTATTATCGAACTGGTCAACAT
CGTGTTCGTGTAATTTACTTTCATTATTTTTCGAGCCATTAGTTTTCGTCGGTTTATCAT
ATTTGAGTTTGTGTTTGATATGTACGGTTCAGACATTTGTTTTTAATAAGTTTTATCATT
GACTCTAGTTGATGTATGTGATGTAAATTCAT

QA 3 694 3 694
DS 

RD RR3GN26TF 684 0 0
CATAACCATGGCCTCTTCAGGAGCCTTCCTTTTGCTCACATTGTCTATGGTTTTAGTTCA
TTTCTCTTTAGCTCAATCTCCCATAATGGCTCCTTCTGGCTCCATGTCCATGCCGCCAAT
GCCTAGCGGCGGCTCTCCAATGCCAATGATGACTCCACCACCTATGCCAATGATGACCCC
CCCACCTATTCCTATGGCTCCACCGCCTATGCCTATTGCTCCTCCACCTATGGCTATGGC
ACCACCACCTATGTCCATGGCAACACCACCTATGTCCATGACTCCATCTTCAAGCCCAAT
GAGCCCACCAACTCCTATGGCCCCAAGTCCAGAAACAATCCCTGATATGGCTTCACCACC
TATGATGCCAGGAATGGATTCTTCTCCTTCTCCGGGACCTATGCCACCCGCAACGTCCTC
GCCAGATTCCGGAGCATTCAATGTAAGAAACGACGTCGTAGCGCTTTCGTTCCTTATTGC
AGCTCATTTGCTTCTCGTTTGAGATTATTATCAAACTGGTC******GTGTTCGTGTAAT
TTACTTTCATTATTTTTCGAGCCATTAGTTTTCGTCGGTTTATCATATTTGAGTTTGTGT
TTGATATGTACGGTTCGGACATTTGTTTTTAATAAGTTTTATCATTGACTCTAGTTGATG
TATGTGATGTAAATTCAT
TTTTAT

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DS 

RD RR3EA71JQ 300 0 0
TTTTTGAG
GCCATTAGTTTTGGTCGGTTTATCATATTTGAGTTTGTGTTTGATATGTACGGTTCAGAC
ATTTGTTTTTAATAAGTTTTATCATTGACTTTAGTTGATGTATGTGATGTAAATTCATTT
TTATCCAATTTTTCACAGACAAATTATCAGTAACGCAATATAATCAATATATCTCTCGTT
GTTAATGAATGATATCAATGTATATGGTTCACAAGAAAAGGAAAAACGAGAGATAAGTGT
TTATATATGTAACACACTGGAGGTAACTATTTGTAGCAAATAAAATACGTTA

QA 9 300 9 300
DS 



AS 1 8

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CTATATTGAAACATAGTTATACACAAACCCATCAATCAATGGTGGTCTTATTATTACGTG
GGGTTTTAATGTAATAAACATGACAATGGGTTTTAGGTTCTTCAGTTATATTAATCCAAA
GCTTATGTGAGCTTATTATTCTTCATCTGCTTCTTTTCTCTCCATTCCTTTATGCTACTT
TCTACCTTGGCATTGACACGAGCTTGAAAACCTGGATATGGCTCGTACCCGAAAACCATT
TGAAGAATCTCAAGCAACACAAAGAAAGGAGCCATGAGAAAAGCTTGGGCTAGATTGTCT
AAAAGCGCAGGTGCTCGTTTCTCGAATAATCCATGTCCAAGAAACTGCCCGGTCCAACAT
AACAGCTGAGATGCTAACCCAACCTTTACGGCAAGAGAAGGTCCTAACCGAACAGCGAGG
ACACTGGACCCAACCCAGCAA*GCGAAACACATGAGAGCCGCAACGAACCCGGATTTCTT
ATCCAAACAGATGTAGAACAGAGCATAAGCCACCGTGACGGCGAACCCGACGTCTAACCT
CAGAACGCCGTCGAGGGTCATCGACTGAGGAAACCCTAATTGAGAAAGGTCGTAAATTGG
GGAGGCTGGGTAGAGGAGAAGCAAGGCTGTGAAGACGATGGGCCATACGAAGATGATGTG
GATCGCGATGTTGATTGGGTTGCTGTGGTATGCGCCGTAGAAGGCGAAGTGCTTCTCCAG
ATCGAGCAATCCCATCTTTA*AGAGAGAGAGAGAGAGGATGATAATGTGTTGAGGGAAGA
GTTGGTGTAGGGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E704JQ U 56
AF RR3DY52JQ U 1
AF RR3DY52TF C 48
AF RR3CO79TF C 84
AF RR3AM73JQ U 93
AF RR3E704TF C 324
AF RR3CO79JQ U 93
AF RR3AM73TF C 93
BS 1 330 RR3DY52JQ
BS 331 331 RR3AM73JQ
BS 332 429 RR3DY52JQ
BS 430 430 RR3AM73JQ
BS 431 579 RR3DY52JQ
BS 580 580 RR3AM73JQ
BS 581 704 RR3DY52JQ
BS 705 817 RR3AM73JQ
BS 818 828 RR3CO79JQ
BS 829 855 RR3AM73TF

RD RR3E704JQ 272 0 0
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ACGTGGGGTTTTAATGTAATAAACATGACAATGGGTTTTAGGTTCTTCAGTTATATTAAT
CCAAAGCTTATGTGAGCTTATTATTCTTCATCTGCTTCTTTTCTCTCCATTCCTTTATGC
TACTTTCTACCTTGGCATTGACACGAGCTTGAAAACCTGGATATGGCTCGTACCCGAAAA
CCATTTGAAGAATCTCAAGCAACACAAA
AAAA

QA 1 268 1 268
DS 

RD RR3DY52JQ 705 0 0
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CTATATTGAAACATAGTTATACACAAACCCATCAATCAATGGTGGTCTTATTATTACGTG
GGGTTTTAATGTAATAAACATGACAATGGGTTTTAGGTTCTTCAGTTATATTAATCCAAA
GCTTATGTGAGCTTATTATTCTTCATCTGCTTCTTTTCTCTCCATTCCTTTATGCTACTT
TCTACCTTGGCATTGACACGAGCTTGAAAACCTGGATATGGCTCGTACCCGAAAACCATT
TGAAGAATCTCAAGCAACACAAAGAAAGGAACCATGAGAAAAGCTTGGGCTAGATTGTCT
AAAAGCGCAGGTGCTCGTTTCTCGAATAATCCATGTCCAAGAAACTGCCCGGTCCAACAT
AACAGCTGAAATGCTAACCCAACCTTTACGGCAAGAGAAGGTCCTAACCGAACAGCGAGG
ACACTGGACCCAACCCAGCAA*GCGAAACACATGAGAGCCGCAACGAACCCGGATTTCTT
ATCCAAACAGATGTAGAACAGAGCATAAGCCACCGTGACTGCGAACCCGACGTCTAACCT
CAGAACGCCGTCGAGGGTCATCGACTGAGGAAACCCTAATTGAGAAAGGTCGTAAATTGG
GGAGGCTGGGTAGAGGAGAAGCAAGGCTGTGAAGACGATGGGCC
C

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DS 

RD RR3DY52TF 658 0 0
TTTTTTTTGTCAACTATATTGAAACATAGTTATACACAAACCCATCAATCAATGGTGGTC
TTATTATTACGTGGGGTTTTAATGTAATAAACATGACAATGGGTTTTAGGTTCTTCAGTT
ATATTAATCCAAAGCTTATGTGAGCTTATTATTCTTCATCTGCTTCTTTTCTCTCCATTC
CTTTATGCTACTTTCTACCTTGGCATTGACACGAGCTTGAAAACCTGGATATGGCTCGTA
CCCGAAAACCATTTGAAGAATCTCAAGCAACACAAAGAAAGGAACCATGAGAAAAGCTTG
GGCTAGATTGTCTAAAAGCGCAGGTGCTCGTTTCTCGAATAATCCATGTCCAAGAAACTG
CCCGGTCCAACATAACAGCTGAGATGCTAACCCAACCTTTACGGCAAGAGAAGGTCCTAA
CCGAACAGCGAGGACACTGGACCCAACCCAGCAA*GCGAAACACATGAGAGCCGCAACGA
ACCCGGATTTCTTATCCAAACAGATGTAGAACAGAGCATAAGCCACCGTGACTGCGAACC
CGACGTCTAACCTCAGAACGCCGTCGAGGGTCATCGACTGAGGAAACCCTAATTGAGAAA
GGTCGTAAATTGGGGAGGCTGGGTAGAGGAGAAGCAAGGCTGTGAAGACGATGGGCC
C

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DS 

RD RR3CO79TF 749 0 0
TTTTTTTT
TCAATCAATGGTGGTCTTACTATTACGTGGGGTTTTAATGTAATAAACATGACAATGGGT
TTTAGGTTCTTCAGTTATATTAATCCAAAGCTTATGTGAGCTTATTATTCTTCATCTGCT
TCTTTTCTCTCCATTCCTTTATGCTACTTTCTACCTTGGCATTGACACGAGCTTGAAAAC
CTGGATATGGCTCGTACCCGAAAACCATTTGAAGAATCTCAAGCAACACAAAGAAAGGAG
CCATGAGAAAAGCTTGGGCTAGATTGTCTAAAAGCGCAGGTGCTCGTTTCTCGAATAATC
CATGTCCAAGAAACTGCCCGGTCCAACATAACAGCTGAGATGCTAACCCAACCTTTACGG
CAAGAGAAGGTCCTAACCGAACAGCGAGGACACTGGACCCAACCCAGCAAAGCGAAACAC
ATGAGAGCCGCAACGAACCCGGATTTCTTATCCAAACAGATGTAGAACAGAGCATAAGCC
ACCGTGACGGCGAACCCGACGTCTAACCTCAGAACGCCGTCGAGGGTCATCGACTGAGGA
AACCCTAATTGAGAAAGGTCGTAAATTGGGGAGGCTGGGTAGAGGAGAAGCAAGGCTGTG
AAGACGATGGGCCATACGAAGATGATGTGGATCGCGATGTTGATTGGGTTGCTGTGGTAT
GCGCCGTAGAAGGCGAAGTGCTTCTCCAGATCGAGCAATCCCATGGTGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGGATGATAATGT
TTCC

QA 9 745 9 745
DS 

RD RR3AM73JQ 725 0 0
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TTAGGTTCTTCAGTTATATTAATCCAAAGCTTATGTGAGCTTATTATTCTTCGTCTGCTT
CTTTTCTCTCCATTCCTTTATGCTACTTTCTACCTTGGCATTGACACGAGCTTGAAAACC
TGGATATGGCTCGTACCCGAAAACCATTTGAAGAATCTCAAGCAACACAAAGAAAGGAGC
CATGAGAAAAGCTTGGGCTAGATTGTCTAAAAGCGCAGGTGCTCGTTTCTCGAATAATCC
ATGTCCAAGAAACTGCCCGGTCAAACATAACAGCTGAGATGCTAACCCAACCTTTACTGC
AAGAGAAGGTCCTAACCGAACAGCGAGGACACTGGACCCAACCCAGCAA*GCGAAACACA
TGAGAGCCGCGACGAACCCGGATTTCTTATCCAAACAGATGTAGAACAGAGCATAAGCCA
CCGTGACGACGAACCCGACGTCTAACCTCAGAACGCCGTCGAGGGTCATCGACTGAGGAA
ACCCTAATTGAGAAAGGTCGTAAATTGGGGAGGCTGGGTAGAGGAGAAGCAAGGCTGTGA
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CGCCGTAGAAGGCGAAGTGCTTCTCCAGATCGAGCAATCCCATCTTTA*AGAGAGAGAGA
GAGAG

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DS 

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GAATAATCCATGTCCAAGAAACTGCCCGGTCCAACATAACAGCTGAGATGCTAACCCAAC
CTTTACGGCAAGAGAAGGTCCTAACCGAACAGCGAGGACACTGGACCCAACCCAGCAA*G
CGAAACACATGAGAGCCGCGACGAACCCGGATTTCTTATCCAAACAGATGTAGAACAGAG
CATAAGCCACCGTGACGACGAACCCGACGTCTAACCTCAGAACGCCGTCGAGGGTCATCG
ACTGAGGAAACCCTAATTGAGAAAGGTCGTAAATTGGGGAGGCTGGGTAGAGGAGAAGCA
AGGCTGTGAAGACGATGGGCCATACGAAGATGATGTGGATCGCGATGTTGATTGGGTTGC
TGTGGTATGCGCCGTATAAGGCGAAGTGCTTCTCCAGATCGAGCAATCCCATCTTTA*AG
AGAGGGAGAGAGAGGATGATAATGT
GTTCC

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DS 

RD RR3CO79JQ 741 0 0
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TTAGGTTCTTCAGTTATATTAATCCAAAGCTTATGTGAGCTTATTATTCTTCATCTGCTT
CTTTTCTCTCCATTCCTTTATGCTACTTTCTACCTTGGCATTGACACGAGCTTGAAAACC
TGGATATGGCTCGTACCCGAAAACCATTTGAAGAATCTCAAGCAACACAAAGAAAGGAGC
CATGAGAAAAGCTTGGGCTAGATTGTCTAAAAGCGCAGGTGCTCGTTTCTCGAATAATCC
ATGTCCAAGAAACTGCCCGGTCCAACATAACAGCTGAGATGCTAACCCAACCTTTACGGC
AAGAGAAGGTCCTAACCGAACAGCGAGGACACTGGACCCAACCCAGCAA*GCGAAACACA
TGAGAGCCGCAACGAACCCGGATTTCTTATCCAAACAGATGTAGAACAGAGCATAAGCCA
CCGTGACGGCGAACCCGACGTCTAACCTCAGAACGCCGTCGAGGGTCATCGACTGAGGAA
ACCCTAATTGAGAAAGGTCGTAAATTGGGGAGGCTGGGTAGAGGAGAAGCAAGGCTGTGA
AGACGATGGGCCATACGAAGATGATGTGGATCGCGATGTTGATTGGGTTGCTGTGGTATG
CGCCGTAGAAGGCGAAGTGCTTCTCCAGATCGAGCAATCCCATGGTGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGGATGATAATGT
GTTCC

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DS 

RD RR3AM73TF 763 0 0
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TTAGGTTCTTCAGTTATATTAATCCAAAGCTTATGTGAGCTTATTATTCTTCGTCTGCTT
CTTTTCTCTCCATTCCTTTATGCTACTTTCTACCTTGGCATTGACACGAGCTTGAAAACC
TGGATATGGCTCGTACCCGAAAACCATTTGAAGAATCTCAAGCAACACAAAGAAAGGAGC
CATGAGAAAAGCTTGGGCTAGATTGTCTAAAAGCGCAGGTGCTCGTTTCTCGAATAATCC
ATGTCCAAGAAACTGCCCGGTCAAACATAACAGCTGAGATGCTAACCCAACCTTTACTGC
AAGAGAAGGTCCTAACCGAACAGCGAGGACACTGGACCCAACCCAGCAA*GCGAAACACA
TGAGAGCCGCGACGAACCCGGATTTCTTATCCAAACAGATGTAGAACAGAGCATAAGCCA
CCGTGACGACGAACCCGACGTCTAACCTCAGAACGCCGTCGAGGGTCATCGACTGAGGAA
ACCCTAATTGAGAAAGGTCGTAAATTGGGGAGGCTGGGTAGAGGAGAAGCAAGGCTGTGA
AGACGATGGGCCATACGAAGATGATGTGGATCGCGATGTTGATTGGGTTGCTGTGGTATG
CGCCGTAGAAGGCGAAGTGCTTCTCCAGATCGAGCAATCCCATCTTTA*AGAGAGAGAGA
GAGAGGATGATAATGTGTTGAGGGAAGAGTTGGTGTAGGGGCC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 2 6

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GAATGTAAGAATGACACATTCCAAAGATGGAGAAGGAGTGCTCTCTGTTCAGAAGTCACT
GTGGCGTCCTACAGAGTTCGAGGCAATTACATCGGCAATAGTCTAAGAGGTGAAGGAAAC
GAAGAAGAATGTGTTTTTTATATTTTATTATAGTTGTATGATTAAAGTTGTTTCTTTTAT
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CAAGACAATTATCTCAAAACTGTAAACTTATGAGTTTTTGGTTCGGTCCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AB66JQ C 1
AF RR3AB66TF U 1
BS 1 410 RR3AB66TF

RD RR3AB66JQ 410 0 0
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GTGGCGTCCTACAGAGTTCGAGGCAATTACATCGGCAATAGTTTAAGAGGTGAAGGAAAC
GAAGAAGAATGTGTTTTTTATATTTTATTATAGTTGTATGATTAAAGTTGTTTTTTTTAT
GATCACATTGATTAGTCCAATACTTGTATCCTTTTCCTTTGCATTGACAAAAATTGTATG
CAAGACAATTATTTCAAAACTGTAAACTTATGAGTTTTTGGTTCGGTCCG

QA 1 410 1 410
DS 

RD RR3AB66TF 410 0 0
GGCGATCAAGACCGATGATGTGAAGGTGGACAGGATTCTTAGACCACAAGGAACTTTTAT
AGTAAGGGATGACATGGAAACAATAGGAGAAATAGAGAAGATGGTGAAGTCGATGAAATG
GAATGTAAGAATGACACATTCCAAAGATGGAGAAGGAGTGCTCTCTGTTCAGAAGTCACT
GTGGCGTCCTACAGAGTTCGAGGCAATTACATCGGCAATAGTCTAAGAGGTGAAGGAAAC
GAAGAAGAATGTGTTTTTTATATTTTATTATAGTTGTATGATTAAAGTTGTTTCTTTTAT
GATCACATTGATTAGTCCAATACTTGTATCCTTTTCCTTTGCATTGACAAAAATTGTATG
CAAGACAATTATCTCAAAACTGTAAACTTATGAGTTTTTGGTTCGGTCCG

QA 1 410 1 410
DS 



CO CL677Contig2 708 4 5 U
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ATACAATTTTCGTAAATGCAAAATATTGGACTAATAATACAAGTAAACAATCAACGTGTG
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CAGATGTAATGGTCTCGACCTCTGTAGGACGCCACCATGACTTCTGAACAGAGAGCACCC
CTTCACCATCTTTGGATTGTGTCAGTTTTACATTCCATTGCAGAGATTTCACCATCTTCT
CAATTTCCCCAATTGTTTCCATGTCATCTCTTACTATAAACGTTCCTTGTGGTCTAAGAA
TCCTGTCCACTTCAGCCATTACCGACACCAAGTTGCACCTCTTCTTCAGTGAAGAGAAAA
GATGATCAGCATGAAGGAGGTCGTAAGTTCGAGGGTAAGTGCTGAATGATTCACACCAGT
CATGGTAGATTCCAAACAAACCACGTTCGTATATGATTGGAAGCGTATCTGGTGAGTCGA
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AGACAGCTCTCATGTCCATCACGTTTCTCACATAAGACCAATCGATTCCCATACCGTTGA
GGTATGACTTTGAAACAATAGTCTTCCAACGTTCATGGTCTGCTGTGC


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3A558TF C 4
AF RR3DL40TF C 1
AF RR3DL40JQ U 2
AF RR3A558JQ U 82
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BS 286 707 RR3DL40JQ
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RD RR3A558TF 643 0 0
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ATAAAAGCAACATCTTACTCAATAAACTATTTTAAACCTCTCCTGCCTTTGCTATTGCAG
ATGTAATGGTCTCGACCTCTGTAGGACGCCACCATGACTTCTGAACAGAGAGCACCCCTT
CACCATCTTTGGATTGTGTCAGTTTTACATTCCATTGCAGAGATTTCACCATCTTCTCAA
TTTCCCCAATTGTTTCCATGTCATCTCTTACTATAAACGTTCCTTGTGGTCTAAGAATCC
TGTCCACTTCAGCCATTACCGACACCAAGTTGCACCTCTTCTTCAGTGAAGAGAAAAGAT
GATCAGCATGAAGGAGGTCGTAAGTTCGAGGGTAAGTGCTGAATGATTCACACCAGTCAT
GGTAGATTCCAAACAAACCACGTTCGTATATGATTGGAAGCGTATCTGGTGAGTCGATAG
GAACTACATTCATCACCCAAAGTTTCAGATCCTTCAATGCAGCAGCAAAACCTCCATAGA
CAGCTCTCATGTCCATCACGTTTCTCACATAAGACCGATCGAT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3DL40TF 708 0 0
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ATACAATTTTCGTAAATGCAAAATATTGGACTAATAATACAAGTAAACAATCAACGTGTG
ATCATAAAAGCAACATCTTACTCAATAAACTATTTTAAACCTCTCCTGCCTTTGCTATTG
CAGATGTAATGGTCTCGACCTCTGTAGGACGCCACCATGACTTCTGAACAGAGAGCACCC
CTTCACCATCTTTGGATTGTGTCAGTTTTACATTCCATTGCAGAGATTTCACCATCTTCT
CAATTTCCCCAATTGTTTCCATGTCATCTCTTACTATAAACGTTCCTTGTGGTCTAAGAA
TCCTGTCCACTTCAGCCATTACCGACACCAAGTTGCACCTCTTCTTCAGTGAAGAGAAAA
GATGATCAGCATGAAGGAGGTCGTAAGTTCGAGGGTAAGTGCTGAATGATTCACACCAGT
CATGGTAGATTCCAAACAAACCACGTTCGTATATGATTGGAAGCGTATCTGGTGAGTCGA
TAGGAACTACATTCATCACCCAAAGTTTCAGATCCTTCAATGCAGCAGCAAAACCTCCAT
AGACAGCTCTCATGTCCATCACGTTTCTCACATAAGACCAATCGATTCCCATACCGTTGA
GGTATGACTTTGAAACAATAGTCTTCCAACGTTCATGGTCTGCTGTG
C

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3DL40JQ 707 0 0
AG
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CAATTTTCGTAAATGCAAAATATTGGACTAATAATACAAGTAAACAATCAACGTGTGATC
ATAAAAGCAACATCTTACTCAATAAACTATTTTAAACCTCTCCTGCCTTTGCTATTGCAG
ATGTAATGGTCTCGACCTCTGTAGGACGCCACCATGACTTCTGAACAGAGAGCACCCCTT
CACCATCTTTGGATTGTGTCAGTTTTACATTCCATTGCAGAAATTTCACCATCTTCTCAA
TTTCCCCAATTGTTTCCATGTCATCTCTTACTATAAACGTTCCTTGTGGTCTAAGAATCC
TGTCCACTTCAGCCATTACCGACACCAAGTTGCACCTCTTCTTCAGTGAAGAGAAAAGAT
GATCAGCATGAAGGAGGTCGTAAGTTCGAGGGTAAGTGCTGAATGATTCACACCAGTCAT
GGTAGATTCCAAACAAACCACGTTCGTATATGATTGGAAGCGTATCTGGTGAGTCGATAG
GAACTACATTCATCACCCAAAGTTTCAGATCCTTCAATGCAGCAGCAAAACCTCCATAGA
CAGCTCTCATGTCCATCACGTTTCTCACATAAGACCAATCGATTCCCATACCGTTGAGGT
ATGACTTTGAAACAATAGTCTTCCAACGTTCATGGTCTGCTGTG
C

QA 3 706 3 706
DS 

RD RR3A558JQ 627 0 0
AATATTGGACTAATAATACAAGTAAACAATCAACGTGGGATCATAAAAGCAACATCTTAC
TCAATAAACTATTTTAAACCTCTCCTGCCTTTGCTATTGCAGATGTAATGGTCTCGACCT
CTGTAGGACGCCACCATGACTTCTGAACAGAGAGCACCCCTTCACCATCTTTGGATTGTG
TCAGTTTTACATTCCATTGCAGAGATTTCACCATCTTCTCAATTTCCCCAATTGTTTCCA
TGTCATCTCTTACTATAAACGTTCCTTGTGGTCTAAGAATCCTGTCCACTTCAGCCATTA
CCGACACCAAGTTGCACCTCTTCTTCAGTGAAGAGAAAAGATGATCAGCATGAAGGAGGT
CGTAAGTTCGAGGGTAAGTGCTGAATGATTCACACCAGTCATGGTAGATTCCAAACAAAC
CACGTTCGTATATGATTGGAAGCGTATCTGGTGAGTCGATAGGAACTACATTCATCACCC
AAAGTTTCAGATCCTTCAATGCAGCAGCAAAACCTCCATAGACAGCTCTCATGTCCATCA
CGTTTCTCACATAAGACCAATCGATTCCCATACCGTTGAGGTATGACTTTGAAACAATAG
TCTTCCAACGTTCATGGTCTGCTGTGC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 6

CO CL678Contig1 1031 6 19 U
CTTAGAAGTTTAGAGATTGAATAAAAGAGCAAAGCAATAGAAACATAAGAATAGGAAAAG
CCAATTTAGAAGGAATCAAGACATGTTGGAGGATAAAAC*AAAAAAAAAATTACAGAAGC
ACCCAAGCTGACGACATCTTAGTTTTTTTTTT*CACTTAAAACTTCAATTTTTATAAATT
TTCTTATTAGCTTCCACAGCATGCAGACTTCTGTGTGGCCTGCGCGGCTCCAGCTGACTG
GTCAGTCTGGCTTATCCTGATCGTCGCAGGCTCAGCCTTGGAGTCAGTGTCAGAAAGCCT
CTGCTTTATGTCCCTCCCTATGGAGAAGAAAACTTCTTCCACGTTTAGGTTTGTCTTAGC
ACTAGTTTCAAAGAACTTAATCCCGTACTCATCAGCGAGAGCCTGACCCTTTGCTGTAGG
AACCGCCCTCTTGCTTTCGTCCATGTCAGCCTTGTTCCCTACCAAGATCTTGTTAACATT
ATCTGAAGCATGCTGTTCAATATTACGAATCCAGTTCCTAATGTTGTTGAAGGAGGACTC
GTCGGTGACATCATAGACCAGCAAAATGCCCATTGCCCCACGGTAATAAGCGGTGGTGAT
AGTGCGAAAGCGTTCTTGACCAGCAGTGTCCCAAATCTGGAGCTTGATACGTTTGCCATC
AAGCTCAATGGTTCTGATCTTAAAGTCAATGCCAATGGTGGTGATGAAGCTAGTGGTGAA
GGAGCCATCAGAGAAACGTAGAAGCAGACAACTTTTACCCACACCGCTATCTCCAATCAA
AAGAAGCTTGATGAGATAGTCGTAATCAGCTCTCGCCCTAGCAGGCGGAGCAGCCATCGA
GGATGATTCGGATGAAAGGAAACAGAGAAGAAACCGATGTAATCGGAGCTAAAATGCGCC
ACTCCCCGATTTAGATTCCCTCTTTTTTCCCCCGCTTCTTCTTCGTCTTCTTCGCTGTGC
ACGATAGGATATACCGCGCGCACGTTAGCACTAGGAAACGATGAGGACTTGCACCGAGGG
AACGACTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 0 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 
35 35 0 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT60JQ U 68
AF RR3G923JQ U 23
AF RR3AX81JQ U 1
AF RR3BN86JQ U 68
AF RR3BN86TF C 175
AF RR3FT60TF C 327
BS 1 152 RR3AX81JQ
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BS 154 292 RR3AX81JQ
BS 293 293 RR3BN86JQ
BS 294 528 RR3AX81JQ
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BS 530 642 RR3AX81JQ
BS 643 643 RR3BN86JQ
BS 644 732 RR3AX81JQ
BS 733 733 RR3BN86JQ
BS 734 756 RR3AX81JQ
BS 757 757 RR3BN86JQ
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BS 777 825 RR3BN86TF
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BS 841 880 RR3BN86TF
BS 881 1031 RR3FT60TF

RD RR3FT60JQ 265 0 0
AA
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GCTTCCACAGCATGCAGACTTCTGTGTGGCCTGCGCGGCTCCAGCTGACTGGTCAGTCTG
GCTTATCCTGATAGTCGCAGGCTCAGCCTTGGAGTCAGTGTCAGAAAGCCTCTGCTTTAT
GTCCCTCCCTATGGAGAAAAAAA

QA 3 265 3 265
DS 

RD RR3G923JQ 695 0 0
AAAAGAGCAAAGCAATAGAAACATAAGAATAGGAAAAGCCAATTTAGAAGGAATCAAGAC
ATGTTGGAGGATAAAAC*AAAAAAAAAATTACAGAAGCACCCAAGCTGACGACATCTTAG
TTTTTTTTTT*CACTTAAAACTTCAATTTTTATAAATTTTCTTATTAGCTTCCACAGCAT
GCAGACTTCTGTGTGGCCTGCGCGGCTCCAGCTGACTGGTCAGTCTGGCTTATCCTGATC
GTCGCAGGCTCAGCCTTGGAGTCAGTGTCAAAAAGCCTCTGCTTTATGTCCCTCCCTATG
GAGAAGAAAACTTCTTCCACGTTTAGGTTTGTCTTAGCACTAGTTTCAAAGAACTTAATC
CCGTACTCATCAGCGAGAGCCTGACCCTTTGCTGTAGGAACCGCCCTCTTGCTTTCGTCC
ATGTCAGCCTTGTTCCCTACCAAGATCTTGTTAACATTATCTGAAGCATGCTGTTCAATA
TTACGAATCCAGTTCCTAATGTTGTTAAAGGAGGACTCGTCGGTGACATCATAGACCAGC
AAAATGCCCATTGCCCCACGGTAATAAGCGGTGGTGATAGTGCGAAAGCGTTCTTGACCA
GCAGTGTCCCAAATCTGGAGTTTGATACGTGTGCCATCAAGCTCAATGGTTCTGATCTTA
AAGTCAATGCCAATGGTGGTGATGAAGCTAGTGGT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3AX81JQ 776 0 0
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CCAATTTAGAAGGAATCAAGACATGTTGGAGGATAAAAC*AAAAAAAAAATTACAGAAGC
ACCCAAGCTGACGACATCTTAGTTTTTTTTTTTCACTTAAAACTTCAATTTTTATAAATT
TTCTTATTAGCTTCCACAGCATGCAGACTTCTGTGTGGCCTGCGCGGCTCCAGCTGACTG
GTCAGTCTGGCTTATCCTGATCGTCGCAGGCTCAGCCTTGGAGTCAGTGTCAAAAAGCCT
CTGCTTTATGTCCCTCCCTATGGAGAAGAAAACTTCTTCCACGTTTAGGTTTGTCTTAGC
ACTAGTTTCAAAGAACTTAATCCCGTACTCATCAGCGAGAGCCTGACCCTTTGCTGTAGG
AACCGCCCTCTTGCTTTCGTCCATGTCAGCCTTGTTCCCTACCAAGATCTTGTTAACATT
ATCTGAAGCATGCTGTTCAATATTACGAATCCAGTTCCTAATGTTGTTAAAGGAGGACTC
GTCGGTGACATCATAGACCAGCAAAATGCCCATTGCCCCACGGTAATAAGCGGTGGTGAT
AGTGCGAAAGCGTTCTTGACCAGCAGTGTCCCAAATCTGGAGTTTGATACGTTTGCCATC
AAGCTCAATGGTTCTGATCTTAAAGTCAATGCCAATGGTGGTGATGAAGCTAGTGGTGAA
GGAGCCATCAGAAAAACGTAGAAGCAGACAACTTTTGCCCACACCGCTATCTCCAA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3BN86JQ 708 0 0
AG
AAGGAATCAAGACATGTTGGAGGATAAAACCAAAAAAAAAATTACAGAAGCACCCAAGCT
GACGACATCTTAGTTTTTTTTTT*CACTTAAAACTTCAATTTTTATAGTTTTTCTTATTA
GCTTCCACAGCATGCAGACTTCTGTGTGGCCTGCGCGGCTCCAGCTGCCTGGTCATTTTG
GCTTATCCTGATCGTCGCAGGCTCAGCCTTGGAGTCAGTGTCAGAAAGCCTCTGCTTTAT
GTCCCTCCCTATGGAGAAGAAAACTTCTTCCACGTTTAGGTTTGTCTTAGCACTAGTTTC
AAAGAACTTAATCCCGTACTCATCAGCGAGAGCCTGACCCTTTGCTGTAGGAATCGCCCT
CTTGCTTTCGTCCATGTCAGCCTTGTTCCCTACCAAGATCTTGTTAACATTATCTGAAGC
ATGCTGTTCAATATTACGAATCCAGTTCCTAATGTTGTTGAAGGAGGACTCGTCGGTGAC
ATCATAGACCAGCAAAATGCCCATTGCCCCACGGTAATAAGCGGTGGTGATGGTGCGAAA
GCGTTCTTGACCAGCAGTGTCCCAAATCTGGAGCTTGATACGTTTGCCATCAAGCTCAAT
GGTTCTGATCTTAAAGTCAATGCCAATGGTGGTGATGAAGCTGGTGGTGAAGGAGCCATC
AGAGAAACGTAGAAGCAGACAACTTTTACCCACACCGCTATCTCCA

QA 3 708 3 708
DS 

RD RR3BN86TF 708 0 0
ATAG
TTTTCTTATTAGCTTCCACAGCATGCAGACTTCTGTGTGGC*TGCGCGGCTCCAGCTGCC
TGGTCATTTTGGCTTATCCTGATCGTCGCAGGCTCAGC*TTGGAGTCAGTGTCAGAAAGC
CTCTGCTTTATGTCCCTCCCTATGGAGAAGAAAACTTCTTCCACGTTTAGGTTTGTCTTA
GCACTAGTTTCAAAGAACTTAATCCCGTACTCATCAGCGAGAGCCTGACCCTTTGCTGTA
GGAATCGCCCTCTTGCTTTCGTCCATGTCAGCCTTGTTCCCTACCAAGATCTTGTTAACA
TTATCTGAAGCATGCTGTTCAATATTACGAATCCAGTTCCTAATGTTGTTGAAGGAGGAC
TCGTCGGTGACATCATAGACCAGCAAAATGCCCATTGCCCCACGGTAATAAGCGGTGGTG
ATGGTGCGAAAGCGTTCTTGACCAGCAGTGTCCCAAATCTGGAGCTTGATACGTTTGCCA
TCAAGCTCAATGGTTCTGATCTTAAAGTCAATGCCAATGGTGGTGATGAAGCTGGTGGTG
AAGGAGCCATCAGAGAAACGTAGAAGCAGACAACTTTTACCCACACCGCTATCTCCAATC
AAAAGAAGCTTGATGAGATAGTCGTAATCAGCTCTCGCCCTAGCAGGTGGAGCAGCCATC
GCGGATGATTCGGATGAAAGGAAACAGAGAAGAAACCGATGT
CC

QA 5 706 5 706
DS 

RD RR3FT60TF 705 0 0
AAGAAAAC
TCTTCCACGTTTAGGTTTGTCTTAGCACTAGTTTCAAAGAACTTAATCCCGTACTCATCA
GCGAGAGCGTGACCCTCTGCTGTAGGAACCGCCCTCTTGCTTTCGTCCATGTCAGCCTTG
TTCCCTACCAAGATCTTGTTAACATTATCTGAAGCATGCTGTTCAATATTACGAATCCAG
TTCCTAATGTTGTTGAAGGAGGACTCGTCGGTGACATCATAGACCAACAAAATGCCCATT
GCCCCACGGTAATAAGCGGTGGTGATAGTGCGAAAGCGTTCTTGACCAGCAGTGTCCCAA
ATCTGGAGCTTGATACGTTTGCCATCAAGCTCAATGGTTCTGATCTTAAAGTCAATGCCA
ATGGTGGTGATGAAGCTAGTGGTGAAGGAGCCATCAGAGAAACGTAGAAGCAGACAACTT
TTACCCACACCGCTATCTCCGATCAAAAGAAGCTTGATGAGATAGTCGTAATCAGCTCTG
GCCCTAGCAGGCGGAGCAGCCATCGAGGATGATTCGGATGAAAGGAAACAGAGAAGAAAC
CGATGTAATCGGAGCTAAAATGCGCCACTCCCCGATTTAGATTCCCTCTTTTTTCCCCCG
CTTCTTCTTCGTCTTCTTCGCTGTGCACGATAGGATATACCGCGCGCACGTTAGCACTAG
GAAACGATGAGGACTTGCACCGAGGGAACGACTCTCC

QA 9 705 9 705
DS 



AS 3 8

CO CL679Contig1 691 3 12 U
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TCAAGAAATGCTCTACTTAGATACCTTAGAATCAGTTTCACGCCTGCTCTCCGAAGCTCC
AGCATCGCTTCTGATCGAGGCGTAGCTCCCTTGTACGTTATTCTTGGTCGTCGTTTCTCC
GAGGAAGTCAGAGGATCGTTCCTCGACAAATCCGAAGTCACAGATCGTGTTGTCTCTGTT
GTCAAAAATTTCCAGAAAGTGGAGCCTTCTAAGGTGACACCAAAGGCACACTTCCAGAAT
GATCTAGGGTTGGATAGTTTGGACACAGTGGAGGTGGTTATGGCACTCGAAGAAGAGTTT
GGATTCGAGATACCTGATAACGAAGCAGATAAGATACAGTCCATCGATCTTGCTGTTGAG
TTTATTGCTTCCCACCCCCAGGCAAAATGAGCCGTCTATGAAAATCAAACGTGTTTCTTT
GCTAGAGTGAGACATTTTCAGCTTTTTTTT*CTCATGTTTGTTAATGCATCTATAATTAA
TTGGAGTCTATTGTATGG*TAGTAGATCACAATATTGCATATGGAGACTTGTCTTCCTTA
TTACCATCAAACAATACTCCATCCATTTCAATGTATAAGATGTTTCTGAATTTTCTTCAT
TTTATTTGATGTTTCTATGCAAAATTTTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3FK75TF U 196
AF RR3CM55JQ C 1
AF RR3CM55TF U 1
BS 1 195 RR3CM55TF
BS 196 260 RR3FK75TF
BS 261 261 RR3CM55TF
BS 262 483 RR3FK75TF
BS 484 484 RR3CM55TF
BS 485 510 RR3FK75TF
BS 511 511 RR3CM55TF
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BS 560 630 RR3FK75TF
BS 631 690 RR3CM55TF
BS 691 691 RR3CM55JQ

RD RR3FK75TF 441 0 0
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AAAGTAGAGCCTTCTAAGGTGACACCAAAGGCACACTTCCAGAATGATCTAGGGTTGGAT
AGTTTGGACACAGTGGAGGTGGTTATGGCACTCGAAGAAGAGTTTGGATTCGAGATACCT
GATAACGAAGCAGATAAGATACAGTCCATCGATCTTGCTGTTGAGTTTATTGCTTCCCAC
CCCCAGGCAAAATGAGCCGTCTATGAAAATCAAACGTGTTTCTTTGCTTGAGTGAGACAT
TTTCAGCTTTTTTTTTCTCATGTTTGTTAATGCATCTATAATTAATTGGAGTCTATTGTA
TGGGTAGTAGATCACAATATTGCATATGGAGACTTGTCTTCCTTATTACCATCAAACAAT
ACTCCATCCATTTCA
TGTATA

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR3CM55JQ 691 0 0
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GAGGAAGTCAGAGGATCGTTCCTCGACAAATCCGAAGTCACAGATCGTGTTGTCTCTGTT
GTCAAAAATTTCCAGAAAGTGGAGCCTTCTAAGGTGACACCAAAGGCACACTTCCAGAAT
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TTTATTGCTTCCCACCCCCAGGCAAAATGAGCCGTCTATGAAAATCAAACGTGTTTCTTT
GCTAGAGTGAGACATTTTCAGCTTTTTTTT*CTCATGTTTGTTAATGCATCTATAATTAA
TTGGAGTCTATTGTATGG*TAGTAGATCACAATATTGCATATGGAGACTTGTCTTCCTTA
TTACCATCAAACAATACTCCATCCATTTCAATGTATAAGATGTTTCTGAATTTTCTTCAT
TTTATTTGATGTTTCTATGCAAAATTTTTTT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3CM55TF 690 0 0
GGAAAAGACGAGAGAAAGAGAAGAAGGTTCTAGGGTTTATTTCTATAGCAAGAAATGGCG
TCAAGAAATGCTCTACTTAGATACCTTAGAATCAGTTTCACGCCTGCTCTCCGAAGCTCC
AGCATCGCTTCTGATCGAGGCGTAGCTCCCTTGTACGTTATTCTTGGTCGTCGTTTCTCC
GAGGAAGTCAGAGGATCGTTCCTCGACAAATCCGAAGTCACAGATCGTGTTGTCTCTGTT
GTCAAAAATTTCCAGAAAGTGGAGCCTTCTAAGGTGACACCAAAGGCACACTTCCAGAAT
GATCTAGGGTTGGATAGTTTGGACACAGTGGAGGTGGTTATGGCACTCGAAGAAGAGTTT
GGATTCGAGATACCTGATAACGAAGCAGATAAGATACAGTCCATCGATCTTGCTGTTGAG
TTTATTGCTTCCCACCCCCAGGCAAAATGAGCCGTCTATGAAAATCAAACGTGTTTCTTT
GCTAGAGTGAGACATTTTCAGCTTTTTTTT*CTCATGTTTGTTAATGCATCTATAATTAA
TTGGAGTCTATTGTATGG*TAGTAGATCACAATATTGCATATGGAGACTTGTCTTCCTTA
TTACCATCAAACAATACTCCATCCATTTCAATGTATAAGATGTTTCTGAATTTTCTTCAT
TTTATTTGATGTTTCTATGCAAAATTTTTT

QA 1 690 1 690
DS 



CO CL679Contig2 663 2 1 U
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AACTGAAAATGTCTCACTCAAGCGAAGAAACATGTTTGATTTTCCTAGGCGGCTCATTTT
GCCTGGGGGTGGGAAGCAATAAACTCAACAGCAAGATCGATGGACTGTATCTTATCTGCT
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TCCAAACTATCCAACCCTAGATCATTCTGGAAGTGTGCCTTTGGTGTCACCTTAGAAGGC
TCTACTTTCTGGAAATTTTTGACAACAGAGACAACACGATCTGTGACTTCGGATTTGTCG
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CTAAGGTATCGAAGTAGAGCATTTCTCGACGCCATTTCTCTTGCTAATAGAAATAAACCC
TCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 

AF RR3CV21JQB U 1
AF RR3CV87JQB U 1
BS 1 663 RR3CV21JQB

RD RR3CV21JQB 663 0 0
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AACTGAAAATGTCTCACTCAAGCGAAGAAACATGTTTGATTTTCCTAGGCGGCTCATTTT
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TCTACTTTCTGGAAATTTTTGACAACAGAGACAACACGATCTGTGACTTCGGATTTGTCG
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TCC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3CV87JQB 663 0 0
TTGCATAGAAACATCAAATGAAATGAAGAAAATTCAGAGACATCTTATACATTGAAATGG
ATGGGAGTATTGTTTGATGGTAATAAGGAAGACAAGTCTCCATATGCAATATTGTGATCT
ACTACCATACAATAGACAACTTAATTATAGATGCATTAACAAACATGAGAAAAAGAAAGA
AACTGAAAATGTCTCACTCAAGCGAAGAAACATGTTTGATTTTCCTAGGCGGCTCATTTT
GCCTGGGGGTGGGAAGCAATAAACTCAACAGCAAGATCGATGGACTGTATCTTATCTGCT
TCGTTATCAGGTATCTCGAATCCAAACTCTTCTTCGAGTGCCATAACCACCTCCACTGTG
TCCAAACTATCCAACCCTAGATCATTCTGGAAGTGTGCCTTTGGTGTCACCTTAGAAGGC
TCTACTTTCTGGAAATTTTTGACAACAGAGACAACACGATCTGTGACTTCGGATTTGTCG
AGGAACGACCCTCTGACTTCCTCGGAGAAACGACGACCAAGAATAACGTACAAGGGAGCT
ACGCCTCGATGATGAGAAGCGATGCTGGAGCTTCGGAGAGTAGGAGGCGTGACACTGATT
CTAAGGTATCGAAGTAGAGCATTTCTCGACGCCATTTCTCTTGCTAATAGAAATAAACCC
T
CC

QA 1 661 1 661
DS 



CO CL679Contig3 663 3 4 U
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CTCCGAGGAAGTCAGAGGATCGTTCCTCGACAAATCCGAAGTCACAGATCGTGTTGTCTC
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GTTTGGATTCGAGATACCTGATAACGAAGCAGATAAGATACAGTCCGTCGATCTCGCTGT
TGAGTTTATTGCTTCCCACCCCCAGGCAAAATGAGCAGCCTAGGAAAATCAAACATGTTT
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CTTTATTCCTTATGCATCAAACTTGGAGTCTACCGTAGTAGATCACAATATTGCATATGG
AGACTTGTCTTCCTTATTACCATCAAACAATACTCCATCCATTTCAATGTATAAGGTGTT
TCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 

AF RR3DN28TF U 1
AF RR3DN28JQ C 1
AF RR3GG43TF U 30
BS 1 365 RR3DN28TF
BS 366 402 RR3GG43TF
BS 403 403 RR3DN28JQ
BS 404 663 RR3GG43TF

RD RR3DN28TF 365 0 0
GGAAAAGAGGAGAGAAAGAGAAGAAGGTTCTAGGGTTTATTTCTATTAGCAAGAAATGGC
GTCGAGAAATGCTCTACTTCGATACCTTAGAATCAGTGTCACGCCTCCTACTCTCCGAAG
CTCCAGCATCGCTTCTCATCGAGGCGTAGCTCCCTTGTACTTTATTCTTGGTCGTCGTTT
CTCCGAGGAAGTCAGAGGATCGTTCCTCGACAAATCCGAAGTCACAGATCGTGTTGTCTC
TGTTGTCAAAAATTTTCAGAAAGTAGAGCCTTCTAAGGTGACACCAAAGGCACACTTCCA
GAATGATCTAGGGTTGGATAGTTTGGACACAGTGGAGGTGGTTATGGCACTCGAAGAAGA
GTTTG

QA 1 365 1 365
DS 

RD RR3DN28JQ 663 0 0
GGAAAAGAGGAGAGAAAGAGAAGAAGGTTCTAGGGTTTATTTCTATTAGCAAGAAATGGC
GTCGAGAAATGCTCTACTTCGATACCTTAGAATCAGTGTCACGCCTCCTACTCTCCGAAG
CTCCAGCATCGCTTCTCATCGAGGCGTAGCTCCCTTGTACTTTATTCTTGGTCGTCGTTT
CTCCGAGGAAGTCAGAGGATCGTTCCTCGACAAATCCGAAGTCACAGATCGTGTTGTCTC
TGTTGTCAAAAATTTTCAGAAAGTAGAGCCTTTTAAGGTGACACCAAAGGCACACTTCCA
GAATGATCTAGGGTTGGATAGTTTGGACACAGTGGAGGTGGTTATGGCACTCGAAGAAGA
GTTTGGATTCGAGATACCTGATAACGAAGCAGATAAGATACAGTCCGTCGATCTCGCTGT
TGAGTTTATTGCTTCCCACCCCCAGGCAAAATGAGCAGCCTAGGAAAATCAAACATGTTT
CTTTGCTAGAGTGAGACATTTTCAGTTTGTTTTTTTCATGTTTGTTAATGCATCTAGAAA
CTTTATTCCTTATGCATCAAACTTGGAGTCTACCGTAGTAGATCACAATATTGCATATGG
AGACTTGTCTTCCTTATTACCATCAAACAATACTCCATCCATTTCAATGTATAAGGTGTT
TCT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3GG43TF 634 0 0
GG
AGGGTTTATTTCTATTAGCAAGAAATGGCGTCGAGAAATGCTCTACTTCGATACCTTAGA
ATCAGTGTCACGCCTCCTACTCTCCGAAGCTCCAGCATCGCTTCTCATCGAGGCGTAGCT
CCCTTGTACTTTATCCTTGGTCGTCGTTTCTCCGAGGAAGTCAGAGGATCGTTCCTCGAC
AAATCCGAAGTCACAGATCGTGTTGTCTCTGTTGTCAAAAATTTTCAGAAAGTAGAGCCT
TCTAAGGTGACACCAAAGGCACACTTCCAGAATGATCTAGGGTTGGATAGTTTGGACACA
GTGGAGGTGGTTATGGCACTCGAAGAAGAGTTTGGATTCGAGATACCTGATAACGAAGCA
GATAAGATACATTCCGTCGATCTCGCTGTTGAGTTTATTGCTTCCCACCCCCAGGCAAAA
TGAGCAGCCTAGGAAAATCAAACATGTTTCTTTGCTAGAGTGAGACATTTTCAGTTTGTT
TTTCTCATGTTTGTTAATGCATCTAGAAACTTTATTCCTTATGCATCAAACTTGGAGTCT
ACCGTAGTAGATCACAATATTGCATATGGAGACTTGTCTTCCTTATTACCATCAAACAAT
ACTCCATCCATTTCAATGTATAAGGTGTTTCT

QA 3 634 3 634
DS 



AS 2 8

CO CL680Contig1 779 2 5 U
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CAAGTCTTTGTTTATTCAAAGACTAAAAAGGTAGAAAAGAGGAGAGTTTTTAAAAAGCTT
CAGGTCATCGGTCAATGGTCCTCTTGGTCCTGGCCAACCTACTCCTTCTCGTCCACTTTG
TCTCAGGAGATGATGGAGAAGCCGCTCCTTCAGCTGGAGGGAGCTCACAAGGAAGCGCCA
TAGCACTGCTGGTGAAGGCATTGAGCAGTAGGGAACCAGGTGAGTACTAGACGGAGAACA
AGAACGTTGCTATAAATGTTGAGGAAGTTTATCAACCCGTTAGCAACCACCAATCCAGCA
ACTGAATCTCCAGGCAGAACCGCTGCAAAACCGTGATTAGCCATCGCAAAACTCACCCTT
GTAGTAGTGTTTCTCAAACGAACCCCGTCGCAAAGACCGCGAAACTCGGAGGACAAGCGA
ACCGCTTCCTGGAACAGAGGGTTCCTATAGGCGAGTGAATGGAAGAAGCCTGAGAATTTC
TCAGTAGCAGAGGCCAGAGAACGATGGAGGTCTTGAATCAACTTGACGGAGTCTGAAACT
GGTGGTAGAAGTAGCAAATTGGGTTTGTTCGGACGCAGGAGTGGAGTTTTTTGCGTAAAT
GCAGAGGATAGAGATACAAAAAAGTTCGGTATCGGTCCTGACGGAGACGATTTGACGCTT
CTTTTGGTAGCTGGTTCGTTCGCACTCGCCTCCTCCATTGCAGGTTGCAGAGGTCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3ES09JQ U 38
AF RR3ES09TF C 1
BS 1 37 RR3ES09TF
BS 38 126 RR3ES09JQ
BS 127 127 RR3ES09TF
BS 128 196 RR3ES09JQ
BS 197 779 RR3ES09TF

RD RR3ES09JQ 159 0 0
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AGAGGAGAGTTTTTAAAAAGCTTCAGGTCCTCGGTCAATGGTCCTCTTGGTCCTGGCCAA
CCTACTCCTTCTCGTCCACTTTGTCTCAGGAGATGATGG

QA 1 159 1 159
DS 

RD RR3ES09TF 779 0 0
CAAAGATTAATATTGCATGAAACTGTGCAAAGTCTTACAGAGTTGTGTATATAAGAGACA
CAAGTCTTTGTTTATTCAAAGACTAAAAAGGTAGAAAAGAGGAGAGTTTTTAGAAAGCTT
CAGGTCATCGGTCAATGGTCCTCTTGGTCCTGGCCAACCTACTCCTTCTCGTCCACTTTG
TCTCAGGAGATGATGGAGAAGCCGCTCCTTCAGCTGGAGGGAGCTCACAAGGAAGCGCCA
TAGCACTGCTGGTGAAGGCATTGAGCAGTAGGGAACCAGGTGAGTACTAGACGGAGAACA
AGAACGTTGCTATAAATGTTGAGGAAGTTTATCAACCCGTTAGCAACCACCAATCCAGCA
ACTGAATCTCCAGGCAGAACCGCTGCAAAACCGTGATTAGCCATCGCAAAACTCACCCTT
GTAGTAGTGTTTCTCAAACGAACCCCGTCGCAAAGACCGCGAAACTCGGAGGACAAGCGA
ACCGCTTCCTGGAACAGAGGGTTCCTATAGGCGAGTGAATGGAAGAAGCCTGAGAATTTC
TCAGTAGCAGAGGCCAGAGAACGATGGAGGTCTTGAATCAACTTGACGGAGTCTGAAACT
GGTGGTAGAAGTAGCAAATTGGGTTTGTTCGGACGCAGGAGTGGAGTTTTTTGCGTAAAT
GCAGAGGATAGAGATACAAAAAAGTTCGGTATCGGTCCTGACGGAGACGATTTGACGCTT
CTTTTGGTAGCTGGTTCGTTCGCACTCGCCTCCTCCATTGCAGGTTGCAGAGGTCGTCC

QA 1 779 1 779
DS 



CO CL680Contig2 920 6 7 U
GGAATTTGAACGTCAGAGACCTCTGCAGCCTGCAATGGAGGAGGCGAGTGCGAACGAACC
AGCTACCAAAAGAAGCGTCAAATCGTCTCCGTCAGGACCGATACCGAACTTTTTTGTATC
TCTATCCTCTGCATTTACGCAAAAAACTCCACTCCTGCGTCCGAACAAACCCAATTTGCT
ACTTCTACCACCTGTTTCAGACTCCGTCAAGTTGATTCAAGACCTCCATCGTT*CTCTGG
CCTCTGCTACTGAGAAATTCTCAGGCTTCTTCCATTCACTCGCCTATAGGAACCCTCTGT
TCCAGGAAGCGGTTCGCTTGTCCTCCGAGTTTCGCGGTCTTTGCGACGAGGTTCGTTTGA
GAAACACTACTACAAGGGTGAGTTTTGCGATGGCTAATCACGGTTTTGCAGCGGTTCTGC
CTGGAGATTCAGTTGCTGGATTGGTTGTTGCTAACGGGTTGATAAACTTCCTCAACATTT
ATAGCAACGTTCTTGTTCTCCGTCTAGTACTCACCTGGTTCCCTACTGCTCCTCCTGTCA
TTGTCAGCCCCCTCAGCACTTTATGCGATCCATACTTGAACTTATTCAGAGGAGTCATAC
CGCCTCTCGGAGGATTGGATCTGTCTCCCATTTTGGCCTTCCTTGTGCTCAATGCCTTCA
CCAGCAGTGCTATGGCGCTTCCTTGTGAGCTCCCTCCAGCTGAAGGAGCGGCTTCTCCAT
CATCTCCTGAGACAAAGTGGACGAGAAGGAGAAGGTTGGCCAGGACCAAGAGGACCATAG
ACCGATGACCTGAAGCTTTCTAAAAACTCTCCTCTTTTCTACCTTTTTAGTCTTTGAATA
AACAAAGACTTGTGTCTCTTATATACACAACTCTGTAAGACTTTGCACAATTTCAATGCA
ATATTAATCTTTGTTCTTCG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3FY01TF U 1
AF RR3FI79TF U 2
AF RR3GE55TF U 12
AF RR3FI79JQ C 132
AF RR3GE55JQ C 346
AF RR3FY01JQ C 231
BS 1 319 RR3FY01TF
BS 320 320 RR3FI79TF
BS 321 433 RR3FY01TF
BS 434 434 RR3FI79TF
BS 435 483 RR3FY01TF
BS 484 635 RR3FI79TF
BS 636 920 RR3FI79JQ

RD RR3FY01TF 483 0 0
GGAATTTGAACGTCAGAGACCTCTGCAGCCTGCAATGGAGGAGGCGAGTGCGAACGAACC
AGCTACCAAAAGAAGCGTCAAATCGTCTCCGTCAGGACCGATACCGAACTTTTTTGTATC
TCTATCCTCTGCATTTACGCAAAAAACTCCACTCCTGCGTCCGAACAAACCCAATTTGCT
ACTTCTACCACCTGTTTCAGACTCCGTCAAGTTGATTCAAGACCTCCATCGTT*CTCTGG
CCTCTGCTACTGAGAAATTCTCAGGCTTCTTCCATTCACTCGCCTATAGGAACCCTCTGT
TCCAGGAAGCGGTTCGCTTTTCCTCCGAGTTTCGCGGTCTTTGCGACGAGGTTCGTTTGA
GAAACACTACTACAAGGGTGAGTTTTGCGATGGCTAATCACGGTTTTGCAGCGGTTCTGC
CTGGAGATTCAGTCGCTGGATTGGTTGTTGCTAACGGGTTGATAAACTTCCTCAACATTT
ATA

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR3FI79TF 638 0 0
GGAA
TTGAACGTCAGAGACCTCTGCAGCCTGCAATGGAGGAGACGAGTGCGAACGAACCAGCTA
CCAAAAGAAGCGTCAAATCGTCTCCGTCAGGACCGATACCGAACTTTTTTGTATCTCTAT
CCTCTGCATTTACGCAAAAAACTCCACTCCTGCGTCCGAACAAACCCAATTTGCTACTTC
TACCACCTGTTTCAGACTCCGTCAAGTTGATTCAAGACCTCCATCGTT*CTCTGGCCTCT
GCTACTGAGAAATTCTCAGGCTTCTTCCATTCACTCGCCTATAGGAACCCTCTGTTCCAG
GAAGCGGTTCGCTTGTCCTCCGAGTTTCGCGGTCTTTGCGACGAGGTTCGTTTGAGAAAC
ACTACTACAAGGGTGAGTTTTGCGATGGCTAATCACGGTTTTGCAGCGGTTCTGCCTGGA
GATTCAGTTGCTGGATTGGTTGTTGCTAACGGGTTGATAAACTTCCCCAACATTTATAGC
AACGTTCTTGTTCTCCGTCTAGTACTCACCTGGTTCCCTACTGCTCCTCCTGTCATTGTC
AGCCCCCTCAGCACTTTATGCGATCCATACTTGAACTTATTCAGAGGAGTCATACCGCCT
CTCGGAGGATTGGATCTGTCTCCCATTTTG
GCCT

QA 5 634 5 634
DS 

RD RR3GE55TF 597 0 0
GGGTAC
GACCTCTGCAACCTGCAATGGAGGAGGCGAGTGCGAACGAACCAGCTACCAAAAGAAGCG
TCAAATCGTCTCCGTCAGGACCGATACCGAACTTTTTTGTATCTCTATCCTCTGCATTTA
CGCAAAAAACTCCACTCCTGCGTCCGAACAAACCCAATTTGCTACTTCTACCACCAGTTT
CAGACTCCGTCAAGTTGATTCAAGACCTCCATCGTTTCTCTGGCCTCTGCTACTGAGAAA
TTCTCAGGCTTCTTCCATTCACTCGCCTATAGGAACCCTCTGTTCCAGGAAGCGGTTCGC
TTGTCCTCCGAGTTTCGCGGTCTTTGCGACGAGGTTCGTTTGAGAAACACTACTACAAGG
GTGAGTTTTGCGATGGCTAATCACGGTTTTGCAGCGGTTCTGCCTGGAGATTCAGTTGCT
GGATTGGTGGTTGCTAACGGGTTGATAAACTTCCTCAACATTTATAGCAACGTT**TGTT
CTCCGTCTAGTACTCACCTGGTTCCCCACTGCTCCTCCTGTCATTGTCAGCCCCCTCAGC
ACTTTATGCGATCCATACTTGAACTTATTCAGAGGAGTCGTACCGCCTCTC

QA 7 597 7 597
DS 

RD RR3FI79JQ 789 0 0
TGCATTACGC
AAAAACTCCACTCCTGCGTCCGAACAAACCCAATTTGCTACTTCTACC*CCTGTTTCAGA
CTCCGTCAAGTTGATTCAAGACCTCCATCGTT*CTCTGGCCTCTGCTACTGAGAAATTCT
CAGGCTTCTTCCATTCACTCGCCTATAGGAACCCTCTGTTCCAGGAAGCGGTTCGCTTGT
CCTCCGAGTTTCGCGGTCTTTGCGACGAGGTTCGTTTGAGAAACACTACTACAAGGGTGA
GTTTTGCGATGGCTAATCACGGTTTTGCAGCGGTTCTGCCTGGAGATTCAGTTGCTGGAT
TGGTTGTTGCTAACGGGTTGATAAACTTCCCCAACATTTATAGCAACGTTCTTGTTCTCC
GTCTAGTACTCACCTGGTTCCCTACTGCTCCTCCTGTCATTGTCAGCCCCCTCAGCACTT
TATGCGATCCATACTTGAACTTATTCAGAGGAGTCATACCGCCTCTCGGAGGATTGGATC
TGTCTCCCATTTTGGCCTTCCTTGTGCTCAATGCCTTCACCAGCAGTGCTATGGCGCTTC
CTTGTGAGCTCCCTCCAGCTGAAGGAGCGGCTTCTCCATCATCTCCTGAGACAAAGTGGA
CGAGAAGGAGAAGGTTGGCCAGGACCAAGAGGACCATAGACCGATGACCTGAAGCTTTCT
AAAAACTCTCCTCTTTTCTACCTTTTTAGTCTTTGAATAAACAAAGACTTGTGTCTCTTA
TATACACAACTCTGTAAGACTTTGCACAATTTCAATGCAATATTAATCTTTGTTCTTCG

QA 11 789 11 789
DS 

RD RR3GE55JQ 574 0 0
ACGAGGTTCGTTTGAGAAACACTACTACAAGGGTGAGTTTTGCGATGGCTAATCACGGTT
TTGCAGCGGTTCTGCCTGGAGATTCAGTTGCTGGATTGGTGGTTGCTAACGGGTTGATAA
ACTTCCTCAACATTTATAGCAACGTT**TGTTCTCCGTCTAGTACTCACCTGGTTCCCCA
CTGCTCCTCCTGTCATTGTCAGCCCCCTCAGCACTTTATGCGATCCATACTTGAACTTAT
TCAGAGGAGTCGTACCGCCTCTCGGAGGATTGGATCTGTCTCCCATTTTGGCCTTCCTTG
TGCTCAATGCCTTCACCAGCAGTGCTATGGCGCTTCCTTGTGAGCTCCCTCCAGCTGAAG
GAGCGGCTTCTCCATCATCTCCTGAGACAAAGTGGACGAGAAGGAGTAGGTTGGCCAGGA
CCAAGAGGACCATTGACCGATGACCTGAAGCTTTCTAAAAACTCTCCTCTTTTCTACCTT
TTTAGTCTTTGAATAAACAAAGACTTGTGTCTCTTATATACACAACTCTGTAAGACTTTG
CACAGTTTCAATGCAATATTAATCTTTG
TTCTTC

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DS 

RD RR3FY01JQ 689 0 0
GTT*CTCTGGCCTCTGCTACTGAGAAATTCTCAGGCTTCTTCCATTCACTCGCCTATAGG
AACCCTCTGTTCCAGGAAGCGGTTCGCTTTTCCTCCGAGTTTCGCGGTCTTTGCGACGAG
GTTCGTTTGAGAAACACTACTACAAGGGTGAGTTTTGCGATGGCTAATCACGGTTTTGCA
GCGGTTCTGCCTGGAGATTCAGTCGCTGGATTGGTTGTTGCTAACGGGTTGATAAACTTC
CTCAACATTTATAGCAACGTTCTTGTTCTCCGTCTAGTACTCACCTGGTTCCCTACTGC*
CCTCCTGTCATTGTCAGCCCCCTCAGCACTTTATGCGATCCATACTTGAACTTATTCAGA
GGAGTCATACCGCCTCTCGGAGGATTGGATCTGTCTCCCATTTTGTCCTTCCTTGTGCTC
AATGCCTTCACCAGCAGTGCTATGGCGCTTCCTTGTGAGCTCCCTCCAGCTGAAGGAGCG
GCTTCTCCATCATCTCCTGAGACAAAGTGGACGAGAAGGAGAAGGTTGGCCAGGACCAAG
AGGACCATAGACCGATGACCTGAAGCTTTCTAAAAACTCTCCTCTCTTCTACCTTTTTAG
TCTTTGAATAAACAAAGACTTGTGTCTCTTATATACACAACTCTGTAAGACTTTGCACAA
TTTCAATGCAATATTAATCTTTGTTCTTC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 2 7

CO CL681Contig1 1184 2 12 U
GGGGCTCTTTGGCGGTGCTGGTGTTGGCAAAACTGTCCTCATTATGGAGTTGATTAACAA
TGTCGCCAAAGCTCATGGTGGTTTCTCCGTGTTTGCTGGTGTGGGAGAAAGAACTCGTGA
AGGCAATGACTTATACAGAGAAATGATTGAGAGTGGTGTTATCAAGCTAGGCGAGAAGCA
GTCTGAGAGCAAATGTGCTCTTGTGTATGGACAAATGAACGAGCCCCCGGGTGCTCGTGC
TCGTGTTGGACTTACTGGTTTGACCGTTGCCGAGTATTTCCGTGATGCTGAAGGCCAAGA
TGTGTTGCTTTTCATTGACAACATTTTCCGTTTCACTCAGGCTAATTCTGAAGTGTCTGC
TCTGCTTGGTCGTATCCCATCTGCTGTGGGTTACCAACCTACTCTTGCTTCAGATCTTGG
TGCTCTTCAAGAGCGAATCACAACCACAAAGAAAGGTTCTATCACCTCAGTGCAAGCCAT
CTATGTCCCTGCTGATGATTTGACAGATCCTGCTCCTGCCACAACCTTCGCTCACTTGGA
TGCCACAACCGTGCTTTCCAGACAGATTTCTGAGCTTGGTATCTATCCTGCTGTGGATCC
TCTGGACTCAACATCCCGTATGCTCTCGCCACACATTCTGGGTGAGGAGCACTACAACAC
GGCTCGTGGTGTACAGAAAGTGCTACAGAACTACAAGAACTTGCAAGATATCATTGCCAT
TTTGGGAATGGATGAGCTAAGTGAAGATGACAAGCTGACTGTTGCTCGTGCACGTAAGAT
CCAGAGATTCTTGAGTCAGCCGTTCCATGTTGCTGAAATCTTCACCGGTGCCCCTGGCAA
ATACGTTGACCTTAAGGAAAACATCAACAGTTTCCAGGGTTTGCTCGATGGTAAGTACGA
TGATCTTCCTGAACAATCGTTTTACATGGTTGGTGGCATCGACGAGGTTGTTGCAAAAGC
AGAGAAGATCTCCAAGGAGGCAGCAGCTTAAGCGTTCATCTTTAATTATTCGGATGCTTT
ATACGTATCTTTTTTTTGTTGACAATAACGAAAACAAAAGACAAAAGTAATGCTTTAGGC
TGAACTGATAAAGCATCACGATTTCCATCATTGTGAGTGTGAGAGATGGTATGGAGAAAT
CAGATTTTTTGAATTGGAATAAATATTACAAAGTGTTGATGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C191TF U 1
AF RR3FM91TF U 603
BS 1 605 RR3C191TF
BS 606 606 RR3FM91TF
BS 607 656 RR3C191TF
BS 657 657 RR3FM91TF
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BS 673 673 RR3FM91TF
BS 674 722 RR3C191TF
BS 723 723 RR3FM91TF
BS 724 752 RR3C191TF
BS 753 753 RR3FM91TF
BS 754 781 RR3C191TF
BS 782 1184 RR3FM91TF

RD RR3C191TF 783 0 0
GGGGCTCTTTGGCGGTGCTGGTGTTGGCAAAACTGTCCTCATTATGGAGTTGATTAACAA
TGTCGCCAAAGCTCATGGTGGTTTCTCCGTGTTTGCTGGTGTGGGAGAAAGAACTCGTGA
AGGCAATGACTTATACAGAGAAATGATTGAGAGTGGTGTTATCAAGCTAGGCGAGAAGCA
GTCTGAGAGCAAATGTGCTCTTGTGTATGGACAAATGAACGAGCCCCCGGGTGCTCGTGC
TCGTGTTGGACTTACTGGTTTGACCGTTGCCGAGTATTTCCGTGATGCTGAAGGCCAAGA
TGTGTTGCTTTTCATTGACAACATTTTCCGTTTCACTCAGGCTAATTCTGAAGTGTCTGC
TCTGCTTGGTCGTATCCCATCTGCTGTGGGTTACCAACCTACTCTTGCTTCAGATCTTGG
TGCTCTTCAAGAGCGAATCACAACCACAAAGAAAGGTTCTATCACCTCAGTGCAAGCCAT
CTATGTCCCTGCTGATGATTTGACAGATCCTGCTCCTGCCACAACCTTCGCTCACTTGGA
TGCCACAACCGTGCTTTCCAGACAGATTTCTGAGCTTGGTATCTATCCTGCTGTGGATCC
TCTGGGCTCAACATCCCGTATGCTCTCGCCACACATTCTGGGTGAGGAGCACTACA*CAC
GGCTCGTGGTGTGCAGAAAGTGCTACAGAACTACAAGAACTTGCAAGATATCATTGCCAT
TT*GGGAATGGATGAGCTAAGTGAAGATGACA*GCTGACTGTTGCTCGTGCACGTAAGAT
C
AG

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3FM91TF 582 0 0
G
GGACTCAACATCCCGTATGCTCTCGCCACACATTCTGGGTGAGGAGCACTACAACACGGC
TCGTGGTGTACAGAAAGTGCTACAGAACTACAAGAACTTGCAAGATATCATTGCCATTTT
GGGAATGGATGAGCTAAGTGAAGATGACAAGCTGACTGTTGCTCGTGCACGTAAGATCCA
GAGATTCTTGAGTCAGCCGTTCCATGTTGCTGAAATCTTCACCGGTGCCCCTGGCAAATA
CGTTGACCTTAAGGAAAACATCAACAGTTTCCAGGGTTTGCTCGATGGTAAGTACGATGA
TCTTCCTGAACAATCGTTTTACATGGTTGGTGGCATCGACGAGGTTGTTGCAAAAGCAGA
GAAGATCTCCAAGGAGGCAGCAGCTTAAGCGTTCATCTTTAATTATTCGGATGCTTTATA
CGTATCTTTTTTTTGTTGACAATAACGAAAACAAAAGACAAAAGTAATGCTTTAGGCTGA
ACTGATAAAGCATCACGATTTCCATCATTGTGAGTGTGAGAGATGGTATGGAGAAATCAG
ATTTTTTGAATTGGAATAAATATTACAAAGTGTTGATGTTT

QA 2 582 2 582
DS 



CO CL681Contig2 847 5 3 U
GCAAGACTTTAAACTTTTATTTCAAAAGTAGAGCAAAAGAACCAAAAATTTTGAGTTACA
GAGAATGAATATGTTCAGCATCAATCTTGCAGCTCTCACACTCAGAGATTGGAGTTGCAA
TGCATTAGCAACTCATCCTAAAGCATTGCTTTTGTTTTCTGTTTTCGTTATTGTCAACAA
AAAAGAAGAAGAGACGTATTAAGCATCTGATACAACAAGTCCTTAAGCTGCTGCCTCCTT
GGAGATCTTCTCTGCTTTAGCAACCACCTCGTCGATGCCACCAACCATGTAAAACGATTG
TTCAGGAAGATCATCGTACTTACCATCCAGCAAACCCTGGAAACTGTTGATGTTTTCCTT
AAGGTCAACGTATTTGCCAGGGGCGCCAGTGAAGATCTCAGCAACATGGAACGGCTGACT
CAAGAATCTCTGGATCTTACGTGCACGGGCAACAGTCAGCTTGTCATCTTCACTTAGCTC
ATCCATTCCCAAAATGGCAATGATATCTTGCAAGTTCTTGTAGTTCTGTAGCACTTTCTG
TACACCACGAGCCGTGTTGTAGTGCTCCTCACCCAGAATGTGTGGCGAGAGCATACGGGA
TGTTGAGTCCAGAGGGTCCACAGCAGGATAGATACCAAGCTCAGATATCTGTCTGGAAAG
CACGGTTGTGGCATCCAAGTGAGCAAAAGTGGTGGCAGGAGCAGGATCTGTCAAATCATC
AGCAGGGACATAGATGGCTTGCACTGAGGTGATGGAACCTTTCTTTGTGGTTGTGATTCG
CTCTTGAAGAGCACCAAGATCGGAGGCAAGGGTTGGCTGGTAACCCACAGCAGATGGGAT
ACGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E562JQ U 1
AF RR3E562TF C 11
AF RR3E427JQ U 40
AF RR3GX83JQ U 23
AF RR3GX83TF C 186
BS 1 624 RR3E562JQ
BS 625 776 RR3GX83JQ
BS 777 847 RR3GX83TF

RD RR3E562JQ 624 0 0
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GAGAATGAATATGTTCAGCATCAATCTTGCAGCTCTCACACTCAGAGATTGGAGTTGCAA
TGCATTAGCAACTCATCCTAAAGCATTGCTTTTGTTTTCTGTTTTCGTTATTGTCAACAA
AAAAGAAGAAGAGACGTATTAAGCATCTGATACAACAAGTCCTTAAGCTGCTGCCTCCTT
GGAGATCTTCTCTGCTTTAGCAACCACCTCGTCGATGCCACCAACCATGTAAAACGATTG
TTCAGGAAGATCATCGTACTTACCATCCAGCAAACCCTGGAAACTGTTGATGTTTTCCTT
AAGGTCAACGTATTTGCCAGGGGCGCCAGTGAAGATCTCAGCAACATGGAACGGCTGACT
CAAGAATCTCTGGATCTTACGTGCACGGGCAACAGTCAGCTTGTCATCTTCACTTAGCTC
ATCCATTCCCAAAATGGCAATGATATCTTGCAAGTTCTTGTAGTTCTGTAGCACTTTCTG
TACACCACGAGCCGTGTTGTAGTGCTCCTCACCCAGAATGTGTGGCGAGAGCATACGGGA
TGTTGAGTCCAGAGGGTCCACAGC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3E562TF 654 0 0
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ATGTTCAGCATCAATCTTGCAGCTCTCACACTCAGAGATTGGAGTTGCAATGCATTAGCA
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GAGACGTATTAAGCATCTGATACAACAAGTCCTTAAGCTGCTGCCTCCTTGGAGATCTTC
TCTGCTTTAGCAACCACCTCGTCGATGCCACCAACCATGTAAAACGATTGTTCAGGAAGA
TCATCGTACTTACCATCCAGCAAACCCTGGAAACTGTTGATGTTTTCCTTAAGGTCAACG
TATTTGCCAGGGGCGCCAGTGAAGATCTCAGCAACATGGAACGGCTGACTCAAGAATCTC
TGGATCTTACGTGCACGGGCAACAGTCAGCTTGTCATCTTCACTTAGCTCATCCATTCCC
AAAATGGCAATGATATCTTGCAAGTTCTTGTAGTTCTGTAGCACTTTCTGTACACCACGA
GCCGTGTTGTAGTGCTCCTCACCCAGAATGTGTGGCGAGAGCATACGGGATGTTGAGTCC
AGAGGGTCCACAGCAGGATAGATACCAAGCTCAGATATCTGTCTGGAAAGCAC
C

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3E427JQ 680 0 0
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TGTTTTCGTTATTGTCAACAAAAAAGAAGAAGAGACGTATTAAGCATCTGATACAACAAG
TCCTTAAGCTGCTGCCTCCTTGGAGATCTTCTCTGCTTTAGCAACCACCTCGTCGATGCC
ACCAACCATGTAAAACGATTGTTCAGGAAGATCATCGTACTTACCATCCAGCAAACCCTG
GAAACTGTTGATGTTTTCCTTAAGGTCGACGTATTTGCCAGGGGCGCCAGTGAAGATCTC
AGCAACATGGAACGGCTGACTCAAGAATCTCTGGATCTTACGTGCACGGGCAACAGTCAG
CTTGTCATCTTCACTTAGCTCATCCATTCCCAAAATGGCAATGATATCTTGCAAGTTCTT
GTAGTTCTGTAGCACTTTCTGTACACCACGAGCCGTGTTGTAGTGCTCCTCACCCAGAAT
GTGTGGCGAGAGCATACGGGATGTTGAGTCCAGAGGGTCCACAGCAGGATAGATACCAAG
CTCAGATATCTGTCTGGAAAGCACGGTTGTGGCATCCAAGTGAGCAAAAGTGGTGGCAGG
AGCAGGATCTGTCAAA
CCAT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3GX83JQ 754 0 0
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AATCTTGCAGCTCTCACACTCAGAGATTGGAGTTGCAATGCATTAGCAACTCATCCTAAA
GCATTGCTTTTGTTTTCTGTTTTCGTTATTGTCAACAAAAAAGAAGAAGAGACGTATTAA
GCATCTGATACAACAAGTCCTTA*GCTGCTGCCTCCTTGGAGATCTTCTCTGCTTTAGCA
ACCACCTCGTCGATGCCACCAACCATGTAAAACGATTGTTCAGGAAGATCATCGTACTTA
CCATCCAGCAAACCCTGGAAACTGTTGATGTTTTCCTTAAGGTCAACGTATTTGCCAGGG
GCGCCAGTGAAGATCTCAGCAACATGGAACGGCTGACTCAAGAATCTCTGGATCTTACGT
GCACGGGCAACAGTCAGCTTGTCATCTTCACTTAGCTCATCCATTCCCAAAATGGCAATG
ATATCTTGCAAGTTCTTGTAGTTCTGTAGCACTTTCTGTACACCACGAGCCGTGTTGTAG
TGCTCCTCACCCAGAATGTGTGGCGAGAGCATACGGGGTGTTGAGTCCAGAGGGTCCACA
GCAGGATAGATACCAAGCTCAGATATCTGTCTGGAAAGCACGGTTGTGGCATCCAAGTGA
GCAAAAGTGGTGGCAGGAGCAGGATCTGTCAAATCATCAGCAGGGACATAGATGGCTTGC
ACTGAGGTGATGGAACCTTTCTTTGTGGTTGTGA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3GX83TF 662 0 0
AAGAAGAGACGTATTAAGCATCTGATACAACAAGTCTTTA*GCTGCTGCCTCCTTGGAGA
TCTTCTCTGCTTTAGCAACCACCTCGTCGATGCCACCAACCATGTAAAACGATTGTTCAG
GAAGATCATCGTACTTACCATCCAGCAAACCCTGGAAACTGTTGATGTTTTCCTTAAGGT
CAACGTATTTGCCAGGGGCGCCAGTGAAGATCTCAGCAACATGGAACGGCTGACTCAAGA
ATCTCTGGATCTTACGTGCACGGGCAACAGTCAGCTTGTCATCTTCACTTAGCTCATCCA
TTCCCAAAATGGCAATGATATCTTGCAAGTTCTTGTAGTTCTGTAGCACTTTCTGTACAC
CACGAGCCGTGTTGTAGTGCTCCTCACCCAGAATGTGTGGCGAGAGCATACGGGGTGTTG
AGTCCAGAGGGTCCACAGCAGGATAGATACCAAGCTCAGATATCTGTCTGGAAAGCACGG
TTGTGGCATCCAAGTGAGCAAAAGTGGTGGCAGGAGCAGGATCTGTCAAATCATCAGCAG
GGACATAGATGGCTTGCACTGAGGTGATGGAACCTTTCTTTGTGGTTGTGATTCGCTCTT
GAAGAGCACCAAGATCGGAGGCAAGGGTTGGCTGGTAACCCACAGCAGATGGGATACGTC
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 2 7

CO CL682Contig1 728 3 4 U
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GCCGACGGCTACAGCACAGGAACCGGCCTCGCCGCAGAGATCATTGGTACTTTTGTTCTT
GTCTACACCGTCTTCTCCGCCACTGACCCTAAACGCAGTGCCAGAGACTCCCACGTTCCA
GTGTTGGCGCCACTTCCAATTGGATTTGCGGTGTTCACGGTGCACTTGGCTACCATTCCC
ATCACCGGAACTGGTATTAACCCGGCAAGGAGTTTCGGAGCAGCCGTTATCTTCAACGAG
AGCAAGCCCTGGGATGACCACTGGATATTTTGGGTGGGACCATTTATTGGAGCTGCGATT
GCTGCATTCTACCACCAGTTCGTTCTGAGGGCTTCAGGTTCCAAGTCTCTTGGATCTTTC
AGAAGTGCTGCAAACGTCTAAATAATCACTCATCTCCACCGTAGCAGATTCTGAAATAAT
AAAGATGATAAATCTTTTTTCTCTATGTACAAAATTATCCAAATCAGTTCCAGTCTGTTA
TTTTCTTAAATGTGTGTTTTCTACTTGCTCTTTTTCGTTGAGTGTAATTGTTCTTATATT
AGGCCAATGCCAAGTTTATCAAGTGACTGGAATTGAAAATAAAAAAAGGTTATGGTTGAG
TTTGCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D086JQ C 1
AF RR3AX45TF U 424
AF RR3D540TF U 163
BS 1 162 RR3D086JQ
BS 163 277 RR3D540TF
BS 278 278 RR3D086JQ
BS 279 728 RR3D540TF

RD RR3D086JQ 724 0 0
TTGGTTAGAGCCATATTGTACATGGTAGCTCAGTGTTTGGGTGCGATATGTGGAGTTGGG
TTCGTCAAAGCCTTCCAAAGCTCTTACTACGTCCGTTACGGCGGTGGAGCCAACTCTCTA
GCCGACGGCTACAGCACAGGAACCGGCCTCGCCGCAGAGATCATTGGTACTTTTGTTCTT
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GTGTTGGCGCCACTTCCAATTGGATTTGCGGTGTTCACGGTGCACTTGGCTACCATTCCC
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AGAAGTGCTGCAAACGTCTAAATAATCACTCATCTCCACCGTAGCAGATTTTGAAATAAT
AAAGATGATAAATCTTTTTTCTCTATGTACAAAATTATCCAAATCAGTTCCAGTCTGTTA
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AGGCCAATGCCAAGTTTATCAAGTGACTGGAATTGAAAATAAAAAAAGGTTATGGTTG
AGTTTG

QA 1 718 1 718
DS 

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DS 

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AGAGACTCCCACGTTCCAGTGTTGGCGCCACTTCCAATTGGATTTGCGGTGTTCATGGTG
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GCCGTTATCTTCAACGAGAGCAAGCCCTGGGATGACCACTGGATATTTTGGGTGGGACCA
TTTATTGGAGCTGCGATTGCTGCATTCTACCACCAGTTCGTTCTGAGGGCTTCAGGTTCC
AAGTCTCTTGGATCTTTCAGAAGTGCTGCAAACGTCTAAATAATCACTCATCTCCACCGT
AGCAGATTCTGAAATAATAAAGATGATAAATCTTTTTTCTCTATGTACAAAATTATCCAA
ATCAGTTCCAGTCTGTTATTTTCTTAAATGTGTGTTTTCTACTTGCTCTTTTTCGTTGAG
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AAAAAGGTTATGGTTGAGTTTGCGTT

QA 1 566 1 566
DS 



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TTCCGGAGAAGGTTTTCAGACAAGAGACTATCAAGATCCACCCCCGGCGCCTCTATTTGA
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TCTCCTCTTCTTGTACATCACCGTTTTGACAGTCATCGGTTACAAGATTGAGACCGATAG
TACTGCCGGCGGCGTTGACTGCGGTGGAGTTGGTATCCTAGGTATCGCTTGGGCTTTTGG
TGGCATGATCTTCATCCTTGTTTACTGCACAGCCGGTATCTCTGGTGGTCACATTAACCC
GGCAGTGACATTTGGGCTACTCTTGGCACGTAAAGTGTCGTTGGTTAGAGCCATATTGTA
CATGGTGGCTCAGAGTTTGGGTGCGATATGTGGAGTTGGGTTCGTCAAAGCCTTCCAAAG
CGCTTACTACGTCCGTTACGGCGGTGGAGCCAACTCTCTAGCCGACGGCTACAGCACAGG
AACAGGCCTAGCTGCAGAGATCATTGGTACTTTCGTTCTTGTCTACACCGTCTTCTCCGC
CACTGACCCTAAACGCAGTGCCAGAGACTCCCACGTTCCGGTGTTGGCGCCACTTCCAAT
TGGATTTGCGGTGTTCATGGTGCACTTGGCTACCATTCCCATCACCGGAACTGGTATTAA
CCCGGCAAGGAGTTTCGGAGCAGCCGTCATCTTCAACGAGAGCAAGCCATGGGATGACCA
CTGGATATTTTGGGTGGGACCATTTATTGGAGCTGCGATTGCTGCATTCTACCATCAGTT
CGTTCTGAGGGCTTCAGGTTCCAAGTCACTCGGATCTTTCAGAAGTGCTGCAAACGTCTA
AATAATCTCTCATCTCCACCATAGCAGATTCTGAAATAATAAAGATGATAAATCTTTTTT
TCTTATGTACAAAATTATCCAAATCAGTTTCAGTTTGTTATCTTCTTATTTGTGTTTTCT
ATTTGCTCTTTTGTGCATCTTCGTTGAGTGTAATTGTTCTTATATTAGGCCAATGCCAAG
TTTGGAATTGAAAAATCAGTGAGGTTATGGTTGAGTTTGGGTTTTCATGTATAAACCCAC
ATTTCTTTTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D086TF U 1
AF RR3AV60TF U 32
AF RR3AV60JQ C 418
AF RR3CI69TF U 1023
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TCTCCTCTTCTTGTACATCACCGTTTTGACAGTCATCGGTTACAAGATTGAGACCGATAG
TACTGCCGGCGGCGTTGACTGCGGTGGAGTTGGTATCCTAGGTATCGCTTGGGCTTTTGG
TGGCATGATCTTCATCCTTGTTTACTGCACCGCCGGTATCTCTGGTGGTCACATTAACCC
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AACCGGCCTCGCCGCAGAGATCATTGGTACTTTTGTTCTTGTCTACACCGTCTTCTCCGC
CACTGACCCTAAACGCAGTGCCAGAGACTCCCACGTTCCAGTGTTGGCGCCACT

QA 1 714 1 714
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GG
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CATCGGTTACAAGATTGAGACCGATAGTACTGCCGGCGGCGTTGACTGCGGTGGAGTTGG
TATCCTAGGTATCGCTTGGGCTTTTGGTGGCATGATCTTCATCCTTGTTTACTGCACAGC
CGGTATCTCTGGTGGTCACATTAACCCGGCAGTGACATTTGGGCTACTCTTGGCACGTAA
AGTGTCGTTGGTTAGAGCCATATTGTACATGGTGGCTCAGAGTTTGGGTGCGATATGTGG
AGTTGGGTTCGTCAAAGCCTTCCAAAGCGCTTACTACGTCCGTTACGGCGGTGGAGCCAA
CTCTCTAGCCGACGGCTACAGCACAGGAACAGGCCTAGCTGCAGAGATCATTGGTACTTT
CGTTCTTGTCTACACCGTCTTCTCCGCCACTGACCCTAAACGCAGTGCCAGAGACTCCCA
CGTTCCGGTGTTGGCGCCACTTCCAATTGGATTTGCGGTGTTCATGGTGCACTTGGCTAC
CATTCCCATCACCGGAACTGGTATTAA

QA 3 749 3 749
DS 

RD RR3AV60JQ 733 0 0
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GTACATGGTGGCTCAGAGTTTGGGTGCGATATGTGGAGTTGGGTTCGTCAAAGCCTTCCA
AAGCGCTTACTACGTCCGTTACGGCGGTGGAGCCAACTCTCTAGCCGACGGCTACAGCAC
AGGAACAGGCCTAGCTGCAGAGATCATTGGTACTTTCGTTCTTGTCTACACCGTCTTCTC
CGCCACTGACCCTAAACGCAGTGCCAGAGACTCCCACGTTCCGGTGTTGGCGCCACTTCC
AATTGGATTTGCGGTGTTCATGGTGCACTTGGCTACCATTCCCATCACCGGAACTGGTAT
TAACCCGGCAAGGAGTTTCGGAGCAGCCGTCATCTTCAACGAGAGCAAGCCATGGGATGA
CCACTGGATATTTTGGGTGGGACCATTTATTGGAGCTGCGATTGCTGCATTCTACCATCA
GTTCGTTCTGAGGGCTTCAGGTTCCAAGTCACTCGGATCTTTCAGAAGTGCTGCAAACGT
CTAAATAATCTCTCATCTCCACCATAGCAGATTCTGAAATAATAAAGATGATAAATCTTT
TTTTCTTATGTACAAAATTATCCAAATCAGTTTCAGTTTGTTATCTTCTTATTTGTGTTT
TCTATTTGCTCTTTTGTGCATCTTCGTTGAGTGTAATTGTTCTTATATTAGGCCAATGCC
AAGTTT
GGAATTG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3CI69TF 190 0 0
G
TATGTACAAAATTATCCAAATCAGTTTCAGTTTGTTATCTTCTTATTTGTGTTTTCTATT
TGCTCTTTTGTGCATCTTCGTTGAGTGTAATTGTTCTTATATTAGGCCAATGCCAAGTTT
GGAATTGAAAAATCAGTGAGGTTATGGTTGAGTTTGGGTTTTCATGTATAAACCCACATT
TCTTTTGGT

QA 2 190 2 190
DS 



AS 1 5

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AAAACACTGGCGCAAATTGTTTCTGCAAAAAAGTTACATAAACTAAAAGGTAACAACAAC
AC*ACGGTCTTCTTCAATGGGCAAAAAGGATGACACGCTATTATCCCAAAGTTTATGAAC
CAAACCGTACACTT****AAAATCACTTCTTAAGCCAAGGGAATACGTCTGGTGATGAAG
GAAGCCTCGCCGTTAAAACCTCAACACCTGTCTCCGTTACCAAGAGGGTATGCTCAAACT
GAGCACTGCGTTTCCCATCTGCAGTAACTGCGGTCCATCCATCAGGCCATGTTCGATCCC
GCCACGACCCTGCGTTGATCATTGGCTCGATTGTGAAAGTCTGACCTGCTTTCATCACTC
CAACTGCTTTGTTTCTTGCATAGTGTGGAATGTTAGGAGCGCAATGGAAAAGATCCCCAA
TTCCATGACCACAATAGGATCTCACCACTGATAACCCAGACATCGTAGCATGACGGTTGA
CTATCTCTCCTATTTCACGGAATCTAACTCCAGGTTTAACAATTGCTATGGCTTTCTCAA
GGCACTCATATGTGCACTTAACCAGTTGACGTGATGCTTCGTCAACATTTCCAACAAAGT
ATGTCTCATTAAGGTCACCATGGCAACCTTTATAACAGACTGTTACATCAACATTCACTA
TATCCCCATCTTCTAGTTTCCTAGCATCCGGAATTCCATGACAAATAACTTCATTAACAG
ATGTGCAGCAAGATTTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3D196JQ U 10
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C

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AC*ACGGTCTTCTTCAATGGGCAAAAAGGATGACACGCTATTATCCCAAAGTTTATGAAC
CAAACCGTACACTT****AAAATC
C

QA 1 204 1 204
DS 

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AC*ACGGTCTTCTTCAATGGGCAAAAAGGATGACACGCTATTATCCCAAAGTTTATGAAC
CAAACCGTACACTT****AAAATCACTTCTTAAGCCAAGGAAATACGTCTGGTGATGAAG
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ATGTGCAGCAAGATTTT

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G
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CTT****AAAATCACTTCTTAAGCCAAGGGAATACGTCTGGTGATGAAGGAAGCCTCGCC
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CAAG

QA 2 778 2 778
DS 



AS 1 8

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GACTG


BQ
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40 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 15 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 25 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

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TGATAT

QA 1 726 1 726
DS 

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GTGTTGAACTTCTGGCCAAGCATGTTCGGAGCAAGAGTGATCATGGCGTTAGAGGAAAAA
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CTTAAGATCCTTGGTCGAGTGTCTCAGATCATAAAGGTCCATGAGTC**TCTATGGT*AT
TGATATATCA*TATTTCTAGCTTT**AATAAA*TAATGATGTGA*TCATAACGAGTGAGT
GTA

QA 1 783 1 783
DS 

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CTTCTGGCCAAGCATGTTCGGAGCAAGAGTGATCATGGCGTTAGAGGAAAAAGAGATCAA
ATTCGAGTACAAGGAAGAAGATGTATTTGGTGACAAGACCGATTTATTGCTCCAATCCAA
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CA*TATTTCTAGCTTT*AAATAAA*TAATGATGTGAATCATAACGAGTGAGTGTA
TGGACG

QA 1 775 1 775
DS 

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TGGCGTTAGAGGAAAAAGAGATCAAATTCGAGTACAAGGAAGAAGATGTATTTGGTGACA
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ACGGTAAACCGGTATGCGAGTCCAATATCATACTCGAATATATCGACGAGGTCTGGAATG
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AATCATAACGAGTGAGTGTAATGGACCGATTTTCATTCGTGGTGCTCGTATGAAAAATAA
TGTGTTTTTTGTTGCTAAGTTTGAAAAGAAAAATGTTATGTTTGCT

QA 1 826 1 826
DS 

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TCTACTACCTTCTGATCCTTTTGAGAAGGCAAAGTGTAGATTTTGGGCTGATTTAATTGA
TAAAAAGGTTTTTGACGCAGGAAGAAGAACATGGACGAAGAAAGGCAAAGAACAAGAAGA
AGCAAAACGAGAGTTTATAGAGACATTGAAAGTATTAGAAACAGAGCTTGGGGAAAAGGT
TTACTTCGGAGGAAACGAAACTGTTTCAGTGGTCGACTTGGTCCTCATCTCTTATTACCC
TTGGTTCCACACGTGGGAGACAATAGGTGAATTTAGCCTGGAGGACCATATTCCCAAGCT
AATGGATTGGGTCCGTAGATGTTTAGCCCGACCAGCTATCTCAAAATCTCTACCCGACCG
GCTTAAGATCCTTGGTCGAGTGTCTCAGATCATAAAGGTCCATGAGTTCTTCTATGGTTA
TTGATACATCAATATTTCTAGCTTTTAAATAAAATAATGATGTGAATCATAACGAATGAG
TGTGGTGGACCGACTTTCATTCGTGGTGGTCGTATGAAAAATAATGTGTTTTTTGTTGCT
AAGTTTGAAAAGAAAAATGTTATGTTTGCTATTTTAATTGAAATAAGTTTATTGTT

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3CE70JQ 844 0 0
TGTTGAACTTCTGGCCAAGCATGTTCGGAGCAAGAGTGATCATGGCGTTAGAGGAAAAAG
AGATCAAATTCGAGTACAAGGAAGAAGATGTATTTGGTGACAAGACCGATTTATTGCTCC
AATCCAACCCGGTTCACAAGAAAATTCCGGTACTCATCCACAACGGTAAACCGGTATGCG
AGTCCAATATCATACTCGAATATATCGACGAGGTCTGGAATGACGACAAGACTCTTCGTC
TACTACCTTCTGATCCTTTTGAGAAGGCAAAGTGTAGGTTTTGGGCTGATTTAATTGATA
AAAAGGTTTTTGACGCAGGAAGAAGAACATGGACGAAGAAAGGCAAAGAACAAGAAGAAG
CAAAACGAGAGTTTATAGAGACATTGAAAGTATTAGAAACGGAGCTTGGGGAAAAGATTT
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GGTTCCACACTTGGGAGACAATAGGTGAATTTAGCCTGGAGGACCATACTCCCAAGCTAA
TGGATTGGGTCCGTAGATGTTTAGCCCGACCAGCTATCTCAAAATCTCTACCCGACCGGC
TTAAGATCCTTGGTCGAGTGTCTCAGATCATAAAGGTCCATGAGTGCTTCTATGGTTATT
GATATATCAATATTTCTAGCTTTTAAATAAAATAATGATGTGAATCATAACGAGTGAGTG
TAATGGACCGATTTTCATTCGTGGTGCTCGTATGAAAAATAATGTGTTTTTTGTTGCTAA
GTTTGAAAAGAAAAATGTTATGTTTGCTATTTTAATTGAAATAAGTTTATTGTTCTTCGG
ACTG

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 8

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GACCATCCGTTAATCGCCGACGGAGAAATCGTGGCCGTCTAAATTAGGCGAAGAAGATCC
GATTCCGATTTCTAGAAGAATCTTTAAGAGATGGGGAAGAAGAGAAAAGCTACAGCGACG
AGCCTCGATGAGGTAGATCGGACTGTTTACGCCTCGTTTCGAACCGCCGCGAACTCGTTA
TCTCAGCTTTATACTCAGTCCATGAACCACCAGAAATTATCTTTCCAAGCCGGTGAACGC
CATGGTCTCGAAAAATTGTACCAATGGATATGGAGACAACAAGAAGGAGGGTCAAGAGTG
ACGTCTATGGATATAATTAATTACATTCAGAACGAGCTAGAGTGCTGCACAGAGGAGCCC
CCAATTTCCCC*AAGAGCGCCGCCAACACAACCGGCAATGAATGCCGGGCTCATGGCCTC
TTCAGGCACGTCTTGCCCAACAGCTGTTCCAGTGGTTCGGTCTGAGCAATGCGAAAACCA
GGTGAAGAACTCGGTTTTCTCAAACGCCCTTTCAAGCCCCATACGCCGTAGCCTTCAAAA
CTACCAAATTCCGCAGGGAGGCTACATATCTGGCGCAACCAGAAGCAGTGAACTGAACAG
GGGATCTAACTCTCCAGGCTCTTTTGATTCCTCAATGGACATGCATGCAGACTAATAACT
ATGATGTAATACACTCTCGTTTGATGATGTTTGCTTTTATACAAAACTGGTTTTATTCTT
CATAATGTATCAATTGGTTCTTATCTGATGGGTTGCTGTTATTTTGGTTAGGGTGTCACA
TGTAAATCATTGCGTCTGTGATTTTTATCACTCTTTCAACTCTTTACTGTTAATGTTTCG
AACTACTCGAAGATCATCTATCAAATCGCTCTTACC


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 35 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CCAATTTCCCC*AAGAGCGCCGCCAACACAACCGGCAATGAATGCCGGGCTCATGGCCTC
TTCAGGCACGTCTTGCCCAACAGCTGTTCCAGTGGTTCGGTCTGAGCAATGCGAAAACCA
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ATTTTGG

QA 1 820 1 820
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DS 

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TACAAAACTGGTTTTATTCTTCATAATGTATCAATTGGTTCTTATCTGATGGTTTGCTGT
T

QA 1 721 1 721
DS 

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TCTCAGCTTTATACTCAGTCCATGAACCACCAGAAATTATCTTTCCAAGCCGGTGAACGC
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GGGATCTAACTCTCCAGGCTCTTTTGATTCCTCAATGGACATGCATGCAGACTAATAACT
ATGATGTAATACACTCTCGTTTGATGATGTTTGCTTTTATACAAAACTGGTTTTATTCTT
CATAATGTATCAATTGGTTCTTATCTGA

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3BF58JQ 807 0 0
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GATTCCGATTTCTAGAAGAATCTTTAAGAGATGGGGAAGAAGAGAGAAGCTACAGCGACG
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TCTCAGCTTTATACTCAGTCCATGAACCACCAGAAATTATCTTTCCAAGCCGGTGAACGC
CATGGTCTCGAAAAATTGTACCAATGGATATGGAGACAACAAGAAGGAGGGTCAAGAGTG
ACGTCTATGGATATAATTAATTACATTCAGAACGAGCTAGAGTGCTGCACAGAGGAGCCC
CCAATTTCCCCCAAGAGCGCCGCCAACACAACCGGCAATGAATGCCGGGCTCATGGCCTC
TTCAGGCACGTCTTGCCCAACAGCTGTTCCAGTGGTTCGGTTTGAGCAATGCGAAAACCA
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GGGATCTAACTCTCCAGGCTCTTTTGATTCCTCAATGGACATGCATGCAGACTAATAACT
ATGATGTAATACACTCTCGTTTGATGATGTTTGCTTTTATACAAAACTGGTTTTATTCTT
CATAATGTATCAATTGGTTCTTATCTG

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3AU55JQ 792 0 0
TTAAGAGATGGGGAAGAAGAGAAAAGCTACAGCGACGAGCCTCGATGAGGTAGATCGGAC
TGTTTACGCCTCGTTTCGAACCGCCGCGAACTCGTTATCTCAGCTTTATACTCAGTCCAT
GAACCACCAGAAATTATCTTTCCAAGCCGGTGAACGCCATGGTCTCGAAAAATTGTACCA
ATGGATATGGAGACAACAAGAAGGAGGGTCAAGAGTGACGTCTATGGATATAATTAATTA
CATTCAGAACGAGCTAGAGTGCTGCACAGAGGAGCCCCCAATTTCCCC*AAGAGCGCCGC
CAACACAACCGGCAATGAATGCCGGGCTCATGGCCTCTTCAGGCACGTCTTGCCCAACAG
CTGTTCCAGTGGTTCGGTTTGAGCAATGCGAAAACCAGGTGAAGAACTCGGTTTTTTCAA
ACGCCCTTTCAAGCCCCATACGCCGTAGCCTTCAAAACTACCAAATTCCGCAGGGAGGCT
ACATATCTGGCGCAACCAGAAGCAGTGAACTGAACAGGGGATCTAACTCTCCAGGCTCTT
TTGATTCCTCAATGGACATGCATGCAGACTAATAACTATGATGTAATACACTCTCGTTTG
ATGATGTTTGCTTTTATACAAAACTGGTTTTATTCTTCATAATGTATCAATTGGTTCTTA
TTTGATGGGTTGCTGTTATTTTGGTTAGGGTGTCACATGTAAATCATTGCGTCTGTGATT
TTTATCACTCTTTCAACTCTTTACTGTTAATGTTTCGAACTACTCGAAGATCATCTATCA
AATCG
TTCCTAT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3AK23JQ 747 0 0
GAGGTAGATCGGACTGTTTACGCCTCGTTTCGAACCGCCGCGAACTCGTTATCTCAGCTT
TATACTCAGTCCATGAACCACCAGAAATTATCTTTCCAAGCCGGTGAACGCCATGGTCTC
GAAAAATTGTACCAATGGATATGGAGACAACAAGAAGGAGGGTCAAGAGTGACGTCTATG
GATATAATTAATTACATTCAGAACGAGCTAGAGTGCTGCACAGAGGAGCCCCCAATTTCC
CC*AAGAGCGCCGCCAACACAACCGGCAATGAATGCCGGGCTCATGGCCTCTTCAGGCAC
GTCTTGCCCAACAGCTGTTCCAGTGGTTCGGTCTGAGCAATGCGAAAACCAGGTGAAGAA
CTCGGTTTTCTCAAACGCCCTTTCAAGCCCCATACGCCGTAGCCTTCAAAACTACCAAAT
TCCGTAGGGAGGCTACATATCTGGCGCAACCAGAAGCAGTGAACTGAACAGGGGATCTAA
CTCTCCAGGCTCTTTTGATTCCTCAATGGACATGCATGCAGACTAATAACTATGATGTAA
TACACTCTCGTTTGATGATGTTTGCTTTTATACAAAACTGGTTTTATTCTTCATAATGTA
TCAATTGGTTCTTATCTGATGGGTTGCTGTTATTTTGGTTAGGGTGTCACATGTAAATCA
TTGCGTCTGTGATTTTTATCACTCTTTCAACTCTTTAC*GTTAATGTTTCGAACTACTCG
AAGATCATCTATCAAATCGCTCTTACC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 2 8

CO CL686Contig1 833 4 2 U
GCAAGGACAACGTATATGAATAAGCAAACCTTGTGTACATTAACTTGAGTTTCTACAACC
ATTTTGTACATTAGCAAATGGATAATCTGTAATTACACAATGAAGAGGGAAATGATAATG
AGAAGATACAGGGAGATTAACTATTACAAATCGAAATAGGAATATCTGCGCATTGGTACT
AGTATTAACAAATGCAAAGAGGGATTAGGGTTTTTTAAGCACTGAATCCACGGTGAAAAG
AGCTCCAAGGACCAGGTGGGATTGAGGTACAAGCCTGTGAAGCTGCCTCTTCCATTTGCT
CCATTTGGATCCCTGCGTTGCAAATGTTTGCAAAGGACCTCATGTGCTTGATACCGTACT
GTGACAGCGACCCACAGTGTCTCTCAAAAGCTCTCACCATGTTTTTAAGGCAACTCCAGT
CATCGGCGAGTGGTTGTCCAGCAGGACGTACTTTGTTTAGCACTTCAAAACCTTCTGAGA
TGCCAAACAAGAGTTTGCCGACGAGCTTCACACTGTTGTCAACATGAAGTCTGTGAGACA
TGGCTTCAAGGACTTGTTTCTGAGCTTCTGTTTTTCTGGTGGAACCTTCTGGTGCCTTTC
GGTACTTATCCCAGAAATGGACAAGATCTGCATCACGCTGGTTTGTAACTCTTGAAGGTG
GTGGCGTCAGTGAATTAACATCCACAAAGGTGAAGTTGTCATTGGCAGGGTTCGTTCCCA
TGTAAAGGTCGAGCTTATTCTTGTTAAGTCCTACATCGCCGTACTGCATGACATGAGAAC
CATAACTCGACCCAGAACCTACAGTCCTCCTTTTCACAAGTTCATATTGTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G623JQ U 16
AF RR3D451JQ U 1
AF RR3D451TF C 35
AF RR3A307JQ U 53
BS 1 698 RR3D451JQ
BS 699 833 RR3A307JQ

RD RR3G623JQ 579 0 0
ATG
AATAAGCAAACCTTGTGTACATTAACTTGAGTTTCTACAACCATTTTGTACATTAGCAAA
TGGATAATCTGTAATTACACAATGAAGAGGGAAATGATAATGAGAAGATACAGGGAGATT
AACCATTACAAATCGAAATAGGAATATCTGCGCATTGGTACTAGTATTAACAAATGCAAA
GAGGGATTAGGGTTTTTTAAGCACTGGATCCACGGTGAAAAGAGCTCCAAGGACCAGGTG
GGATTGAGGTACAAGCCTGTGAAGCTGCCTCTTCCATTTGCTCCATTTGGATCCCTGCGT
TGCAAATGTTTGCAAAGGACCTCATGTGCTTGATACCGTACTGTGACAGCGACCCACAGT
GTCTCTCAAAAGCTCTCACCATGTTTTTAAGGCAACTCCAGTCATCGGCGAGTGGTTGTC
CAGCAGGACGTACTTTGTTTAGCACTTCAAAACCTTCTGAGATGCCAAACAAGAGTTTAC
CGACGAGCTTCACACTGTTGTCAACATGAAGTCTGTGAGGCATGGCTTCAAGGACTTGTT
TCTGAGCTTCTGTTTTTCTGGTGGAACCTTCTGGTG

QA 4 579 4 579
DS 

RD RR3D451JQ 698 0 0
GCAAGGACAACGTATATGAATAAGCAAACCTTGTGTACATTAACTTGAGTTTCTACAACC
ATTTTGTACATTAGCAAATGGATAATCTGTAATTACACAATGAAGAGGGAAATGATAATG
AGAAGATACAGGGAGATTAACTATTACAAATCGAAATAGGAATATCTGCGCATTGGTACT
AGTATTAACAAATGCAAAGAGGGATTAGGGTTTTTTAAGCACTGAATCCACGGTGAAAAG
AGCTCCAAGGACCAGGTGGGATTGAGGTACAAGCCTGTGAAGCTGCCTCTTCCATTTGCT
CCATTTGGATCCCTGCGTTGCAAATGTTTGCAAAGGACCTCATGTGCTTGATACCGTACT
GTGACAGCGACCCACAGTGTCTCTCAAAAGCTCTCACCATGTTTTTAAGGCAACTCCAGT
CATCGGCGAGTGGTTGTCCAGCAGGACGTACTTTGTTTAGCACTTCAAAACCTTCTGAGA
TGCCAAACAAGAGTTTGCCGACGAGCTTCACACTGTTGTCAACATGAAGTCTGTGAGACA
TGGCTTCAAGGACTTGTTTCTGAGCTTCTGTTTTTCTGGTGGAACCTTCTGGTGCCTTTC
GGTACTTATCCCAGAAATGGACAAGATCTGCATCACGCTGGTTTGTAACTCTTGAAGGTG
GTGGCGTCAGTGAATTAACATCCACAAAGGTGAAGTTG

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3D451TF 685 0 0
TGTACA
TAACTTGAGTTTCTACAACCATTTTGTACAT*AGCAAATGGATAATCTGTAATTACACAA
TGAAGAGGGAAATGATAATGAGAAGATACAGGGAGATTAACTATTACAAATCGAAATAGG
AATATCTGCGCATTGGTACTAGTATTAACAAATGCAAAGAGGGATTAGGGTTTTTTAAGC
ACTGAATCCACGGTGAAGAGAGCTCCAAGGACCAGGTGGGATTGAGGTACAAGCCTGTGA
AGCTGCCTCTTCCATTTGCTCCATTTGGATCCCTGCGTTGCAGATGTTTGCAAAGGACCT
CATGTGCTTGATACCGTACTGTGACAGCGACCCACAGTGTCTCTCAAAAGCTCTCACCAT
GTTTTTAAGGCAACTCCAGTCATCGGCGAGTGGTTGTCCAGCAGGACGTACTTTGTTTAG
CACTTCAGAACCTTCTGAGATGCCAAACAAGAGTTTGCCGACGAGCTTCACACTGTTGTC
AACATGAAGTCTGTGAGACATGGCTTCAAGGACTTGTTTCTGAGCTTCTGTTTTTCTGGT
GGAACCTTCTGGTGCCTTTCGGTACTTATCCCAGAAATGGACAAGATCTGCATCACGCTG
GTTTGTAACTCTTGAAGGTGGTGGCGTCAGTGAATTAACATCCACAAAGGTGAAGTTGTC
ATTGGCAGGGTTCGTTCCC

QA 7 685 7 685
DS 

RD RR3A307JQ 781 0 0
CTACAACCATTTTGTACATTAGCAAATGGATAATCTGTAATTACACAATGAAAAGGGAAA
TGATAATGAGAAAATACAGGGAGATTAACCATTACAAATCGAAATAGGAATATCTGCGCA
TTGGTACTAGTATTAACAAATGCAAAGAGGGATTAGGGTTTTTTAAGCACTGAATCCACG
GTGAAAAGAGCTCCAAGGACCAGGTGGGATTGAGGTACAAGCCTGTGAAGCTGCCTCTTC
CATTTGCTCCATTTGGATCCCCGCGTTGCAAATGTTTGCAAAGGACCTCATGTGCTTGAT
ACCGTACTGTGACAGCGACCCACAGTGTCTCTCAAAAGCTCTCACCATGTTTTTAAGGCA
ACTCCAGTCATCGGCGAGTGGTTGTCCAGCAGGACGTACTTTGTTTAGCACTTCAAAACC
TTCTGAGATGCCAAACAAGAGTTTGCCGACGAGCTTCACACTGTTGTCAACATGAAGTCT
GTGAGACATGGCTTCAAGGACTTGTTTCTGAGCTTCTGTTTTTCTGGTGGAACCTTCTGG
TGCCTTTCGGTACTTATCCCAAAAATGGACAAGATCTGCATCACGCTGGTTTGTAACTCT
TGAAGGTGGTGGCGTCAGTGAATTAGCATCCACAAAGGTGAAGTTGTCATTGGCAGGGTT
CGTTCCCATGTAAAGGTCGAGCTTATTCTTGTTAAGTCCTACATCGCCGTACTGCATGAC
ATGAGAACCATAACTCGACCCAGAACCTACAGTCCTCCTTTTCACAAGTTCATATTGTTG
G

QA 1 781 1 781
DS 



CO CL686Contig2 1639 4 8 U
GGGCGTCACCAAACGCCTACCCAACCATGCCACCTGTCCCCGTCGCTGTTCTCCTGCTCT
CCTTGATCGCCGTCTCCGCCGCAAGGCAAAACCCCGACGACGACGTCGTCAAACTCCCCT
CGCAAGCTTCTAGGTTCTTCCGCCCAAACAACGACGACGATTCTTCATCGTCCGGCACTA
GGTGGGCTGTTCTAGTCCGGATCGAGTGGTTACTGGAACTACAGGCATCAGGCGGATGTT
TGCCATGCTTATCAACTTCTGAGGAAAGGAGGATTGAAAGAGGAGAATATAGTGGTGTTC
ATGTATGATGATATTGCTGATAACGAAGAGAATCCGAGGAAAGGGATCATTATCAACAGT
CCTCATGGAAGTGATGTCTATCAAGGAGTTCCCAAGGATTACACTGGAGATGATGTTACT
GCTGATAATCTGTTTGCTGTGATTCTTGGAGACAAGAGTTCTGTTAAAGGAGGGAGTGGG
AAGGTTGTGGATAGTGGTCCAAATGATCATATCTTTATATTCTATAGTGACCATGGTGGT
CCTGGAGTTCTTGGGATGCCGACTTCTCCTTACTTATATGCTGATGATTTGAATGATGTC
TTGAAGAAAAAACATGCTTCCGGAACCTACAAAAGTTTGGTGTTTTATCTCGAAGCTTGT
GAGTCTGGAAGTATCTTTGAAGGGCTTCTTGAAGAGGGTTTAAACATCTACGCCACAACT
GCATCGAACGCAGTAGAAAGCAGTTGGGGTACCTATTGCCCCGGAGAGGAGCCTAGCCCT
CCACCTGAGTATGAAACTTGCTTAGGTGACTTATACAGTGTTGCCTGGATGGAAGACAGT
GGCGTGCACAATCTACAAACCGAGACTCTGCGCCAACAATATGAACTTGTGAAAAGGAGG
ACTGTAGGTTCTGGGTCGAGTTATGGTTCTCATGTCATGCAGTACGGCGATGTAGGACTT
AACAAGAATAAGCTCGACCTTTACATGGGAACGAACCCTGCCAATGACAACTTCACCTTT
GTGGATGCTAATTCACTGACGCCACCACCTTCAAGAGTTACAAACCAGCGTGATGCAGAT
CTTGTCCATTTCTGGGATAAGTACCGAAAGGCACCAGAAGGTTCCACCAGAAAAACAGAA
GCTCAGAAACAAGTCCTTGAAGCCATGTCTCACAGACTTCATGTTGACAACAGTGTGAAG
CTCGTCGGCAAACTCTTGTTTGGCATCTCAGAAGGTTCTGAAGTGCTAAACAAAAACATG
GTGAGAGCTTTTGAGAGACACTGTGGGTCGCTGTCACAGTACGGTATCAAGCACATGAGG
TCCTTTGCAAACATCTGCAACGCAGGGATCCAAATGGAGCAAATGGAAGAGGCAGCTTCA
CAGGCTTGTACCTCAATCCCACCTGGTCCTTGGAGCTCTCTTCACCGTGGATTCAGTGCT
TAAAAAACCCTAATCCCTCTTTGCATTTGTTAATACTAGTACCAATGCGCAGATATTCCT
ATTTCGATTTGTAATGGTTAATCTCCCTGTATCTTCTCATTATCATTTCCCTCTTCATTG
TGTAATTACAGATTATCCATTTGCTAATGTACAAAATGGTTGTAGAAACTCAAGTTAATG
TACACAAGGTTTGCTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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G
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G
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TACAGTGTTGCCTGGATGGAAGACAGTGGCGTGTACAATCTACAAACCGAGACTCTGCGC
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AACCCTGCCAATGACAACTTCACCTTTGTGGATGCTAATTCACTGACGCCACCACCTTCA
AGAGTTACAAACCAGCGTGATGCAGATCTTGTCCATTTCTGGGATAAGTACCGAAAGGCA
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TACTAGTACCAATGCGCAGATATTCCTATTTCGATTTGTAATGGTTAATCTCCCTGTATC
TTCTCAT

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CCTGCCAATGACAACTTCACCTTTGTGGATGCTAATTCACTGACGCCACCACCTTCAAGA
GTTACAAACCAGCGTGATGCAGATCTTGTCCATTTCTGGGATAAGTACCGAAAGGCACCA
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TCTCTTCACCGTGGATTCAGTGCTTAAAAAACCCTAATCCCTCTTTGCATTTGTTAATAC
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TCATTATCATTTCCCTCTTCATTGTGTAATTACAGATTATCCATTTGCTAATGTACAAAA
TGGTTGTAGAAACTCAAGTTAATGTACACAAGGTTTGCTTATT

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 7

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CGACATATTGAGCACGTACATTTTGTTATACTTCAAAAACGCAGTTTGCCAAAATACAGA
AACCAAAAGAACCATTATAAAGATGAGAAACTTAGGCAGTAAAAAGATACGATCTGATTC
GTGTTTCCGGTAAAGAGATTAAACAAAGGTTTACTTAAGCAAGACAAATGGTAAACGTCA
TGTCATCAATCTGTCTTTTTAGAAGAAGCTCTCGACTTGGCGCAGTAGTCAAACAAGCTC
CC*ATCGAAGCATCTCCTAACAGCTTCTTTAGATAAGTAGCCATTCTCGTCTTTAGCCAG
TAAGTATAGTACTCCCCACTCCATTTTACTCGCTGCCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTT
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CATGTCCTGGTGCTTGTGTCCCCTTGTCCCGTTAACATTTTCCATGTCAGGTGCAACCAT
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GGCCGTCACCGGAGCCTTTGAAGCCACTGTCGCCATCGACTCTGATCCTGCATCTGTCGC
CATCTCTCTCGTTCTGTC


BQ
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35 35 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

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BS 847 918 RR3FO68TF

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AACCAAAAGAACCATTATAAAGATGAGAAACTTAGGCAGTAAAAAGATACGATCTGATTC
GTGTTTCCGGTAAAGAGATTAAACAAAGGTTTACTTAAGCAAGACAAATGGTAAACGTCA
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GGCTCGAGGCACATATGGTTTTGGTAGACGGTCATCGAGATCAG

QA 1 824 1 824
DS 

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AACCATTATAAAGATGAGAAACTTAGGCAGTAAAAAGATACGATCTGATTCGTGTTTCCG
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CTCAGTCATTTGCCACAGCTCGTAGCGGGTTAGCTTATCAGGCACAGTACGTGCGTACTT
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GTGCTTGTGTCCCCTTGTCCCGTTAACATTTTCCATGTCAG*TGCAACCATGGCTCGAGG
CACA*ATGGTTTTGGTAGACAGTCA

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR3GI68JQ 797 0 0
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ACGATATGATTCGGGTTTCCGGTAAAGAGATTAAACAAAGGTTTACTTAAGCAAGAAAAA
TGGTAAACGTCATGTCATCAATCTGTCTTTTTAGAAGAAGCTCTCGACTTGGCGCAGTAG
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GTCTTTAGCCAGTAAGTATAGTACCCCCCACTCCATTTTACTCGCTGCCCAGCCAAAGAA
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AG*TGCAACCATGGCTCGAGGAACATATGGTTTTGGGAGACGATCATCGAGATCAGTCCG
GACCCTCCTCTCGGC
GT

QA 1 795 1 795
DS 

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AT
GGCAGTAAAAAGATACGATCTGATTCGTGTTTCCGGTAAAGAGATTAAACAAAGGTTTAC
TTAAGCAAGACAAATGGTAAACGTCATGTCATCAATCTGTCTTTTTAGAAGAAGCTCTCG
ACTTGGCGCAGTAGTCAAACAAGCTCCC*ATCGAAGCATCTCCTAACAGCTTCTTTAGAT
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GCCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTTGCGGTTAGCCTCAGTCATTTGCCACAGCTCGTAA
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GGAATATACCTTCCTTCAGTGTCGTAAGTGGAAGTGTCGCTTCCATGTTTGGCTCTATGG
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CTCATGGTGACATGCACGATGAATGTCAGAAAGAAACTAAAGATCACGTTGAAACCAAGT
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TCGAGATCAGTCCGGACCCTCCTCTCGGCCGT

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DS 

RD RR3FO68TF 710 0 0
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CTCGCTGCCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTTGCGGTTAGCCTCAGTCATTTGCCACAGC
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CCGTTAACATTTTCCATGTCAGGTGCAACCATGGCTCGAGGCACA*ATGGTTTTGGTAGA
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GTCGCCATCGACTCTGATCCTGCATCTGTCGCCATCTCTCTCGTTCTGTC

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DS 

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CGCTGCCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTTGCGGTTAGCCTCAGTCATTTGCCACAGCTC
GTAACGGGTTAGCTTATCAGGCACAGTACGTGCGTACTTACTAAACATGTTCTCGAGATT
TGCTGGAATATACCTTCCTTCAGTGTCGTAAGTGGAAGTGTCGCTTCCATGTTTGGCTCT
ATGGATGTTCTTGATGTAAATCGGGAAGGAAAAAGAAGGTATCCAACTAGGCGATGTGGC
GTAACTCATGGTGACATGCACGATGAATGTCAGAAAGAAACTAAAGATCACGTTGAAACC
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AA*GAAGGCAACGTGCTGCTGAAGAACAGGCATGTCCTGGTGCTTGTGTCCCCTTGTCCC
GTTAACATTTTCCATGTCAGGTGCAACCATGGCTCGAGGCACATATGGTTTTGGTAGACG
GTCATCGAGATCAGTCCGGACCCTCCTCTCGGCCGTCACCGGAGCCTTTGAAGCCACTGT
CGCCATCGACTCTGATCCTGCATCTGTCACCATCTCTCTCGTTCT
CC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3GI68TF 657 0 0
CAGCTTCTTTAGATAAGTAGCCATTCTCGTCTTTAGCCAGTAAGTATAGTACCCCCCACT
CCATTTTACTCGCTGCCCAGCCAAAGAAATCGAATGCGTTGCGGTTAGCCTCAGTCATTT
GCCACAGCTCGTAACGGGTTAGCTTATCAGGCACGGTACGTGCGTACTTACTAAACATGT
TCTCAAGATTTGCTGGAATATACCTTCCTTCAGTGTCGTAAGTGGAAGTGTCGCTTCCAT
GTTTGGCTCTATGGATGTTCTTGATGTAAATCGGGAAGGAAAAAGAAGGTATCCAACTAG
GCGATGTGGCGTAACTCATGGTAACATGCACGATGAATGTCAGAAAGAAACTAAAGATCA
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CATCTTGGTCAAAGAAGGCAACGTGCTGCTGAAGAACAGACATGTCCTGGTGCTTGTGTC
CCCTTGTCCCGTTAACATTTTCCATGTCAGGTGCAACCATGGCTCGAGGAACATATGGTT
TTGGGAGACGATCATCGAGATCAGTCCGGACCCTCCTCTCGGCCGTCACCGGAGCCTTTG
AAGCCACTGTCGCCATCGTCTCTGATCCTGCATCTGTCGCCATCTCTCTCGTTCT
CC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 7

CO CL688Contig1 1127 7 17 U
TTTGGAAACGATAAATCTTAAGTCTTATTCGAAAATTATTTTTATACATTTGATTAAAAG
AAACGAAATGTACACATCGTCATTGTCATCATACATTAACATCGTCATTGCGTATTCACA
TTTGGTGTCCAGATGGGATGAACATTAATATCCCTCACCACCTCTATTATTTTATTCACA
TGCATTTTAGACATTTAACGCCATCTGTGCAATCCCAACCACTAAACGTTAAAATATCCA
ACGGCCACGATTGGCACGTCACGCACCGACGGCTGTGATTGAAGCCATACCTTCAAGCTC
ACTCTTGCTCCGTCTGATCCTCTCACCGCCGTCATCACATCCGCTCGTAGCCGTCGCCCA
AATATCCGGCACCGATGCAGCTATATCAGTTACACTCTCCACTGCATAATCCGCATCTTT
AGTCTTTTCTGATCTTCCCACCAGGATTGTGCGAAGCCCCACAGATTTACCCGCGGTGAT
ATTGTGGACATTATCATCCAAAAACACCGCCCGGCGAGGGTCAACGTTGGCGATACGAAT
GCATACATCCATCGCGGTCAACGAAGGCTTGAGCACGACGGGATGCTCATCGGGTCGGGT
TGTTGGCCCGAATAAATTCGGGTTCATTGTCTCGAAACATATTATCTCTTCGAAACAATC
TTCTAAACCCAATCTCTCAAGAACCTTCATCGCATGGCTCCTGTCTGAGTTCGTGAAAAT
GATTTTTCTCTGTTTGATTTTGTTCAGAAGGTTTCTTAGTTTGCTGTTAGGTTGGATCGA
ACCATACGGCAACCTTCCGTGCACGACACTGTGATATTCATCAGGATGAACATCGTGACC
TAATGCCCTGAGACCAGCGAGAGTACTTCCATAAGTCTTGAAGAGTTCAACTCTTAGGCT
TGAAGCTTTACTTTCAGAGAATCCAAACTTCTCCATTAGAAAATCGTCAATGTTTTTCTT
GACGGCCGGAGCTATTCCCGTTTTCAGAGGGTATAATGTGTCATCCAAATCGAAAATGAG
GCAGTTGATCGGGGAGGAAGCCATTACAAGAAAATAAAGTAAGCAAAAATACTGTTTTCA
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BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AS28JQ U 4
AF RR3DR53JQ U 4
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AF RR3AT11JQ U 54
AF RR3AS28TF C 315
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BS 1 271 RR3C287JQ
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BS 273 374 RR3C287JQ
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BS 415 415 RR3AS28JQ
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BS 1047 1078 RR3AS28TF
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RD RR3AS28JQ 568 0 0
GG
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CATCCATCGCGGTCAACGAAGGCTTG

QA 3 568 3 568
DS 

RD RR3DR53JQ 629 0 0
GA
AAACGATAAATCTTAAGTCTTATTCGAAAATTATTTTTATACATTTGATTAAAAGAAACG
AAATGTACACATCGTCATTGTCATCATACATTAACATCGTCATTGCGTATTCACATTTGG
TGTCCAGATGGGATGAACATTAATATCCCTCACCACCTCTATTATTTTATTCACATGCAT
TTTAGACATTTAACGCCATCTGTGCAATCCCAACCACTAAACGTTAAAATATCCAACGGC
CACGATTGGCACGTCACGCACCGACGGCTGTGATTGAAGCCATACCTTCAAGCTCACTCT
TGCTCCGTCTGATCCTCTCACCGCCGTCATCACATCCGCTCGTAGCCGTCGCCCAAATAT
CCGGCACCGCTGCAGCTATATCAGTTACACTCTCCACTGCATAATCCGCATCTTTAGTCT
TTTCTGATCTTCCCACCAGGATTGTGTGAAGCCCCACAGATTTACCCGCGGTGATATTGT
GGACATTATCATCCAAAAACACCGCCCGGCGAGGGTCAACGTCGGCGATACGAATGCATA
CATCCATCGCGGTCAACGAAGGCTTGAGCACGACGGGATGCTCATCGGGTCGGGTTGTTG
GCCCGAATAAATTTGGGTTCATTGTCT

QA 3 629 3 629
DS 

RD RR3C287JQ 696 0 0
TTTGGAAACGATAAATCTTAAGTCTTATTCGAAAATTATTTTTATACATTTGATTAAAAG
AAACGAAATGTACACATCGTCATTGTCATCATACATTAACATCGTCATTGCGTATTCACA
TTTGGTGTCCAGATGGGATGAACATTAATATCCCTCACCACCTCTATTATTTTATTCACA
TGCATTTTAGACATTTAACGCCATCTGTGCAATCCCAACCACTAAACGTTAAAATATCCA
ACGGCCACGATTGGCACGTCACGCACCGACG*CTGTGATTGAAGCCATACCTTCAAGCTC
ACTCTTGCTCCGTCTGATCCTCTCACCGCCGTCATCACATCCGCTCGTAGCCGTCGCCCA
AATATCCGGCACCGCTGCAGCTATATCAGTTACACTCTCCACTGCATAATCCGCGTCTTT
AGTCTTTTCTGATCTTCCCACCAGGGTTGTGCGAAGCCCCACAGATTTACCCGCGGTGAT
ATTGTGGACATTATCATCCAAAAACACCGCCCGGCGAGGGTCAACGTTGGCGATACGAAT
GCATACATCCATCGCGGTCGACGAAGGCTTGAGCACGACGGGATGCTCATCGGGTCGGGT
TGTTGGCCCGAATAAATTCGGGTTCATTGTCTCGAAACATATTATCTCTTCGAAACAATC
TTCTAAACCCAATCTCTCAAGAACCTTCATCGCATG

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3AT11JQ 767 0 0
TTAAAAGAAACGAAATGTACACATCGTCATTGTCATCATACATTAACATCGTCATTGCGT
ATTCACATTTGGTGTCCAGATGGGATGAACATTAATATCCCTCACCACCTCTATTATTTT
ATTCACATGCATTTTAGACATTTAACGCCATCTGTGCAATCCC**CCACTAAACGTTAAA
ATATCCAACGGCCACGATTGGCACGTCACGCACCGACGGCTGTGATTGAAGCCATACCTT
CAAGCTCACTCTTGCTCCGTCTGATCC*CTCACCGCCGTCATCACATCCGCTCGTAGCCG
TCGCCCAAATATCCGGCACCGCTGCAGCTATATCAGTTACACTCTCCACTGCATAATCCG
CATCTTTAGTCTTTTCTGATCTTCCCACCAGGATTGTGCGAAGCCCCACAGATTTACCCG
CGGTGATATTGTGGACATTATCATCCAAAAACACCGCCCGGCGAGGGTCAACGTTGGCGA
TACGAATGCATACATCCATCGCGGTCAACGAAGGCTTGAGCACGACGGGATGCTCATCGG
GTCGGGTTGTTGGCCCGAATAAATTCGGGTTCATTGTCTCGAAACATATTATCTCTTCGA
AACAATCTTCTAAACCCAATCTCTCAAGAACCTTCATCGCATGGCTCCTGTCTGAGTTCG
TGAAAATGATTTTTCTCTGTTTGATTTTGTTCAGAAGGTTTCTTAGTTTGCTGTTAGGTT
GGATCGAACCATACGGCAACCTTCCGTGCACGACACTGTGATATTCA

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3AS28TF 813 0 0
TGATCCTCTCACCGC*GTCATCACATCCGCTCGTAGCCGTCGCCCAAATATCCGGCACCG
ATGCAGCTATATCAGTTACACTCTCCACTGCATAATCCGCATCTTTAGTCTTTTCTGATC
TTCCCACCAGGATTGTGCGAAGCCCCACAGATTTACCCGCGGTGATATTGTGGACATTAT
CATCCAAAAACACCGCCCGGCGAGGGTCAACGTTGGCGATACGAATGCATACATCCATCG
CGGTCAACGAAGGCTTGAGCACGACGGGATGCTCATCGGGTCGGGTTGTTGGCCCGAATA
AATTCGGGTTCATTGTCTCGAAACATATTATCTCTTCGAAACAATCTTCTAAACCCAATC
TCTCAAGAACCTTCATCGCATGGCTCCTGTCTGAGTTCGTGAAAATGATTTTTCTCTGTT
TGATTTTGTTCAGAAGGTTTCTTAGTTTGCTGTTAGGTTGGATCGAACCATACGGCAACC
TTCCGTGCACGACACTGTGATATTCATCAGGATGAACATCGTGACCTAATGCCCTGAGAC
CAGCGAGAGTACTTCCATAAGTCTTGAAGAGTTCAACTCTTAGGCTTGAAGCTTTACTTT
CAGAGAATCCAAACTTCTCCATTAGAAAATCGTCAATGTTTTTCTTGACGGCCGGAGCTA
TTCCCGTTTTCAGAGGGTATAATGTGTCATCCAAATCGAAAATGAGGCAGTTGATCGGGG
AGGAAGCCATTGCAAGAAAATAAAGTAAGCAAAAATACTGTTTTTAATATTTGAGAAAAT
GGAGTAAATAACAAAACAAAGAGGAAGAGGCCC

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR3AT11TF 439 0 0
ATT
GCATGGCTCCTGTCTGAGTTCGTGAAAATGATTTTTCTCTGTTTGATTTTGTTCAGAAGG
TTTCTTAGTTTGCTGTTAGGTTGGATCGAACCATACGGCAACCTTCCGTGCACGACACTG
TGATATTCATCAGGATGAACATCGTGACCTAATGCCCTGAGACCAGCGAGAGTACTTCCA
TAAGTCTTGAAGAGTTCAACTCTTAGGCTTGAAGCTTTACTTTCAGAGAATCCAAACTTC
TCCATTAGAAAATCGTCAATGTTTTTCTTGACGGCCGGAGCTATTCCCGTTTTCAGAGGG
TATAATGTGTCATCCAAATCGAAAATGAGGCAGTTGATCGGGGAGGAAGCCATTACAAGA
AAATAAAGTAAGCAAAAATACTGTTTTCAATATTTGAGAAAATGGAGTAAATAACAAAAC
AAAGAGGAAGAGGCCC

QA 4 439 4 439
DS 

RD RR3DR53TF 610 0 0
GGGTCAACGTCGGCGATACGAATGCATACATCCATCGCGGTCAACGAAGGCTTGAGCACG
ACGGGATGCTCATCGGGTCGGGTTGTTGGCCCGAATAAATTTGGGTTCATTGTCTCGAAA
CATATTATCTCTTCGAAACAATCTTCTAAACCCAATCTCTCAAGAACCTTCATCGCATGG
CTCCTGTCTGAGTTCGTGAAAATGATTTTTCTCTGTTTGATTTTGTTCAGAAGGTTTCTT
AGTTTGCTGTTAGGTTGGATCGAACCATACGGAAACCTTCCGTGCACGACACTGTGATAT
TCATCAGGATGAACATCGTGACCTAATGCCCTGAGACCAGCGAGAGTACTTCCATAAGTC
TTGAAGAGTTCAACTCTTAGGCTTGAAGCTTTACTTTCAGAGAATCCAAACTTCTCCATT
AGAAAATCGTCAATGTTTTTCTTGACGGCCGGAGCTATTCCAGTTTTCAGAGGGTATAAT
GTGTCATCCAAATCGAAAATGAGGCAGTTGATCGGGGAGGAAGCCATTACAAGAAAATAA
AGTAAGCAAAAATACTGTTTTCAATATTTGAGAAAATGGAGTAAATAACAAAACAAAGAG
GAAGAGGCCC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 6

CO CL689Contig1 745 6 8 U
TTTTTTTTCTCACAAAACTCATCTTCTCTCTCAATTCCTTAATCTCTCCACGGAGACATC
TAAAACAAAGATCAATCTCTCGTCACTTTTTTCACCGCCAGATCTCAACTTCGTCTCCAT
CATAGCTCGTCGTTCTTACAGCCCTGCGTGTGTTTTTATTTACAGCTCGTCGTTCTCGTC
ACCTTTTTCTCTCGCACTCTCTGTCTCTCTCTCCTAGAGTTCTGATTCTGGTTTTGTTTT
TGTGTTCTTAGTTAAATAACTAGTGCTCTTTTTTTGCCAGATTTACTTTTCCAATCTCAA
TCTAACATGTCTGATTCAAATGTTTTT*CGCTTGAGATTCTTGTGATTTGTTAATAAATT
ATGAATGATTTTCTGTAGATTTAAGAAACGAAGAAGAAGATAGCTTGAGAGAGACAGCCT
CAGAACCATGGCAGAAGAAAAAGCGACGAACATACGGCGATGGACAAACGCGGGGCTCGA
GCATGAGAAACTCTGATGCAAGGAGGAGGATGGAGAGGAAGGTGACAGGCGGCGTAGATT
AGATTAGATTAGGTTTAGGCTTAGGTTTTGGTTCATTAGGTTTGGTTTAGTTAGGTTTTG
GTTTAATATGTTGCAATGTAAACCGGGTAGTGCTTTTTTAGATTTTGTTTTTAAACCCGG
TTTGTATGTAAACCGGTTTAATTTGTAAACCAAAAATATTTGTAATCTGTGGTTTAATTT
ATAAACTGAAATCAGTTGTATACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H923TF U 1
AF RR3AQ82TF U 9
AF RR3DI70JQ C 10
AF RR3H923JQ C 95
AF RR3DI70TF U 10
AF RR3EZ31JQ C 91
BS 1 246 RR3H923TF
BS 247 247 RR3AQ82TF
BS 248 479 RR3H923TF
BS 480 480 RR3AQ82TF
BS 481 546 RR3H923TF
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BS 673 730 RR3DI70TF
BS 731 745 RR3EZ31JQ

RD RR3H923TF 546 0 0
TTTTTTTTCTCACAAAACTCATCTTCTCTCTCAATTCCTTAATCTCTCCACGGAGACATC
TAAAACAAAGATCAATCTCTCGTCACTTTTTTCACCGCCAGATCTCAACTTCGTCTCCAT
CATAGCTCGTCGTTCTTACAGCCCTGCGTGTGTTTTTATTTACAGCTCGTCGTTCTCGTC
ACCTTTTTCTCTCGCACTCTCTGTCTCTCTCTCCTAGAGTTCTGATTCTGGTTTTGTTTT
TGTGTTTTTAGTTAAATAACTAGTGCTCTTTTTTTGCCAGATTTACTTTTCCAATCTCAA
TCTAACATGTCTGATTCAAATGTTTTT*CGCTTGAGATTCTTGTGATTTGTTAATAAATT
ATGAATGATTTTCTGTAGATTTAAGAAACGAAGAAGAAGATAGCTTGAGAGAGACAGCCT
CAGAACCATGGCAGAAGAAAAAGCGACGAACATACGGCGATGGACAAACGCGGGGCTCGG
GCATGAGAAACTCTGATGCAAGGAGGAGGATGGAGAGGAAGGTGACAGGCGGCGTAGATT
AGATTA

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3AQ82TF 664 0 0
CTC
ACAAAACTCATCTTCTCTCTCAATTCCTTAATCTCTCCACGGAGACATCTAAAACAAAGA
TCAATCTCTCGTCACTTTTTTCACCGCCAGATCTCAACTTCGTCTCCATCATAGCTCGTC
GCTCTTACAGCCCTGCGTGTGTTTTTATTTACAGCTCGTCGTTCTCGTCACCTTTTTCTC
TCGCACTCTCTGTCTCTCTCTCCTAGAGTTCTGATTCTGGTTTTGTTTTTGTGTTCTTAG
TTAAATAACTAGTGCTCTTTTTTTGCCAGATTTACTTTTCCAATCTCAATCTAACATGTC
TGATTCAAATGTTTTT*CGCTTGAGATTCTTGTGATTTGTTAATAAATTATGAATGATTT
TCTGTAGATTTAAGAAACGAAGAAGAAGATAGCTTGAGAGAGACAGCCTCAGAACCATGG
CAGAAGAAAAAGCGACGAACATACGGCGATGGACAAACGCGGGGCTCGAGCATGAGAAAC
TCTGATGCAAGGAGGAGGATGGAGAGGAAGGTGACAGGCGGCGTAGATTAGATTAGATTA
GGTTTAGGCTTAGGTTTTGGTTCATTAGGTTTGGTTTAGTTAGGTTTTGGTTTAATATGT
TGCAATGTAAACCGGGTAGTGCTTTTTTAGATTTTGTTTTTAAACCCGGTTTGTATGTAA
A

QA 4 664 4 664
DS 

RD RR3DI70JQ 712 0 0
GG
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TCAATCTCTCGTCACTTTTTTCACCGCCAGATCTCAACTTCGTCTCCATCATAGCTCGTC
GTTCTTACAGCCCTGCGTGTGTTTTTATTTACAGCTCGTCGTTCTCGTCACCTTTTTCTC
TCGCACTCTCTGTCTCTCTCTCCTAGAGTTCTGATTCTGGTTTTGTTTTTGTGTTCTTAG
TTAAATAACTAGTGCTCTTTTTTTGCCAGATTTACTTTTCCAATCTCAATCTAACATGTC
TGATTCAAATGTTTTT*CGCTTGAGATTCTTGTGATTTGTTAATAAATTATGAATGATTT
TCTGTAGATTTAAGAAACGAAGAAGAAGATAGCTTGAGAGAGACAGCCTCAGAACCATGG
CAGAAGAAAAAGCGACGAACATACGGCGATGGACAAACGCGGGGCTCGAGCATGAGAAAC
TCTGATGCAAGGAGGAGGATGGAGAGGAAGGTGACAGGCGGCGTAGATTAGATTAGATTA
GGTTTAGGCTTAGGTTTTGGTTCATTAGGTTTGGTTTAGTTAGGTTTTGGTTTAATATGT
TGCAATGTAAACCGGGTAGTGCTTTTTTAGATTTTGTTTTTAAACCCGGTTTGTATGTAA
ACCGGTTTAATTTGTAAACCAAAAATATTTGTAATCTGTGGTTTAATTTA

QA 3 712 3 712
DS 

RD RR3H923JQ 627 0 0
CCGCCAGATCTCAACTTCGTCTCCATCATAGCTCGTCGTTCTTACAGCCCTGCGTGTGTT
TTTATTTACAGCTCGTCGTTCTCGTCACCTTTTTCTCTCGCACTCTCTGTCTCTCTCTCC
TAGAGTTCTGATTCTGGTTTTGTTTTTGTGTTTTTAGTTAAATAACTAGTGCTCTTTTTT
TGCCAGATTTACTTTTCCAATCTCAATCTAACATGTCTGATTCAAATGTTTTT*CGCTTG
AGATTCTTGTGATTTGTTAATAAATTATGAATGATTTTCTGTAGATTTAAGAAACGAAGA
AGAAGATAGCTTGAGAGAGACAGCCTCAGAACCATGGCAGAAGAAAAAGCGACGAACATA
CGGCGATGGACAAACGCGGGGCTCGGGCATGAGAAACTCTGATGCAAGGAGGAGGATGGA
GAGGAAGGTGACAGGCGGCGTAGATTAGATTAGATTAGGTTTAGGCTTAGGTTTTGGTTC
ATTAGGTTTGGTTTAGTTAGGTTTTGGTTTAATATGTTGCAATGTAAACCGGGTAGTGCT
TTTTTAGATTTTGTTTTTAAACCCGGTTTGTATGTAAACCGGTTTAATTTGTAAACCAAA
AATATTTGTAATCTGTGGTTTAATTTA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3DI70TF 729 0 0
GG
ACAAAACTCATCTTCTCTCTCAATTCCTTAATCTCTCCACGGAGACATCTAAAACAAAGA
TCAATCTCTCGTCACTTTTTTCACCGCCAGATCTCAACTTCGTCTCCATCATAGCTCGTC
GTTCTTACAGCCCTGCGTGTGTTTTTATTTACAGCTCGTCGTTCTCGTCACCTTTTTCTC
TCGCACTCTCTGTCTCTCTCTCCTAGAGTTCTGATTCTGGTTTTGTTTTTGTGTTCTTAG
TTAAATAACTAGTGCTCTTTTTTTGCCAGATTTACTTTTCCAATCTCAATCTAACATGTC
TGATTCAAATGTTTTT*CGCTTGAGATTCTTGTGATTTGTTAATAAATTATGAATGATTT
TCTGTAGATTTAAGAAACGAAGAAGAAGATAGCTTGAGAGAGACAGCCTCAGAACCATGG
CAGAAGAAAAAGCGACGAACATACGGCGATGGACAAACGCGGGGCTCGAGCATGAGAAAC
TCTGATGCAAGGAGGAGGATGGAGAGGAAGGTGACAGGCGGCGTAGATTAGATTAGATTA
GGTTTAGGCTTAGGTTTTGGTTCATTAGGTTTGGTTTAGTTAGGTTTTGGTTTAATATGT
TGCAATGTAAACCGGGTAGTGCTTTTTTAGATTTTGTTTTTAAACCCGGTTTGTATGTAA
ACCGGTTTAATTTGTAAACCAAAAATATTTGTAATCTGTGGTTTAATTTATAAACTGAA
TCAGTTGC

QA 3 721 3 721
DS 

RD RR3EZ31JQ 655 0 0
TTCACCGCCAGATCTCAACTTCGTCTCCATCATAGCTCGTCGTTCTTACAGCCCTGCGTG
TGTTTTTATTTACAGCTCGTCGTTCTCGTCACCTTTTTCTCTCGCACTCTCTGTCTCTCT
CTCCTAGTGTTCTGATTCTGGTTTTGTTTTTGTGTTCTTAGTTAAATAACTCGTGCTCTT
TTTTTGCCAGATTTACTTTTCCAATCTCAATCTAACATGTTTGATTCAAATGTTTTTTCG
CTTGAGATTCTTGTGATTTGCTTAAAAATTATTTATGATTTTCTGTAGATTTAAGAAACG
AAGAAGAAGATATCTTGAGAGAGACAGCCTCAGAACCATGGCAGAAGAAAAAGCGACGAA
CATACGGCGATGGACAAACGCGGGGCTCGAGCATGAGAAACTTTGATGCAAGGAGGAGGA
TGGAGAGGAAGGTGACAGGCGGCGTGGATTAGATTAGATTAGGTTTAGGCTTAGGTTTTG
GTTCATTAGGTTTGGTTTAGTTAGGTTTTGGTTTAATATGTTGCAATGTAAACCGGGTAC
TGCTTTTTTAGATTTTGTTTTTAAACCCGGTTTGTATGTAAACCGGTTTAATTTGTAAAC
TGAAAATATTTGTAATCTGTGGTTTAATTTATAAACTGAAATCAGTTGTATACCG

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 7

CO CL690Contig1 1004 7 10 U
GGGAATCTCTTCTTGATTCCAATACATTCTCTACCTTCCTGTAATCCAAGCTCTGTAGGG
GAAATGGCCACTGTCACTACTCAAGCCTCGGCCTCGATCTTCAGACCATGCACTTCAAAG
CCAAGATTCCTCACCGGTTCTTCCGGTAGGTTGAACCGAGAATTGTCGTTTAAGTCAATC
GGCTCAAAGACGTCCTCGTTCAAGGTTGAAGCTAAGAAAGGAGAATGGTTGCCCGGTTTG
GCATCTCCTGGTTATCTCAACGGCAGTCTTGCCGGTGATAATGGGTTTGACCCATTGGGA
CTGGCAGAGGATCCAGAGAACTTGAAGTGGTTCATCCAGGCTGAGCTTGTCAACGGACGG
TGGGCCATGCTCGGCGTCGCAGGGATGCTTTTGCCTGAAGTTTTCACCAAGATCGGAATC
ATCAACGTTCCTGAGTGGTACGATGCCGGGAAAGAGCAGTATTTTGCATCATCATCGACA
TTGTTCGTGATCGAGTTCATATTGTTTCATTACGTTGAGATCAGACGGTGGCAGGACATT
AAGAACCCAGGGAGTGTGAACCAAGACCCTATCTTCAAGCAATACAGCTTGCCTCCAAAT
GAAGTTGGTTACCCCGGAGGAATCTTTAACCCTCTTAACTTCGCTCCTACGCTCGAGGCT
AAGGAGAAAGAGCTTGCAAATGGGAGGTTGGCGATGTTGGCATTCTTAGGGTTCGTGATT
CAACACAATGTGACTGGAAAGGGACCATTTGAGAACCTGTTGCAGCACTTGTCCGACCCA
TGGCACAACACTATTGTCCAAACCTTCAGCGGATGATTTAAGACGGACCTATGAATTTAA
TACATCTCTATCTTATGCTACCTTAATATCTCTGTGTGTTTTGCATCTTAGAGTTCTTGG
TTTGTGAGCATGAAACAATATGGTATTGCTGTAGCTCCATGAACTAATTTAAAAATCTTC
AGTGTACAAAAGAACCAAGTTCATCAAGATTGTGCTACTCTTTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO62TF U 2
AF RR3EZ57TF U 55
AF RR3GA72TF U 1
AF RR3GA17TF U 2
AF RR3GA17JQ C 656
AF RR3DO62JQ C 105
AF RR3EZ57JQ C 274
BS 1 404 RR3GA72TF
BS 405 405 RR3DO62TF
BS 406 712 RR3GA72TF
BS 713 713 RR3DO62JQ
BS 714 726 RR3GA72TF
BS 727 742 RR3GA17TF
BS 743 843 RR3DO62JQ
BS 844 844 RR3EZ57JQ
BS 845 965 RR3DO62JQ
BS 966 1004 RR3EZ57JQ

RD RR3DO62TF 522 0 0
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AAATGGCCACTGTCACTACTCAAGCCTCGGCCTCGATCTTCAGACCATGCACTTCAAAGC
CAAGATTCCTCACCGGTTCTTCCGGTAGGTTGAACCGAGAATTGTCGTTTAAGTCAATCG
GCTCAAAGACGTCCTCGTTCAAGGTTGAAGCTAAGAAAGGAGAATGGTTGCCCGGTTTGG
CATCTCCTGGTTATCTCAACGGCAGTCTTGCCGGTGATAATGGGTTTGACCCATTGGGAC
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TGGCCATGCTCGGCGTCGCAGGGATGCTTTTGCCTGAAGTTTTCACCAAGATCGGAATCA
TCAACGTTCCTGAGTGGTACGATGCCGGGAAAGAGCAGTATTTTGCATCATCATCGACAT
TGTTCGTGATCGAGTTCATATTGTTTCATTACGTTGAGATCA

QA 1 522 1 522
DS 

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GG
AGGGGAAATGGCCACTGTCACTACTCAAGCCTCGGCCTCGATCTTCAGACCATGCACTTC
AAAGCCAAGATTCCTCACCGGTTCTTCCGGTAGGTTGAACCGAGAATTGTCGTTTAAGTC
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TTTGGCATCTCCTGGTTATCTCAACGGCAGTCTTGCCGGTGATAATGGGTTTGACCCATT
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ACGGTGGGCCATGCTCGGCGTCGCAGGGATGCTTTTGCCTGAAGTTTTCACCAAGATCGG
AATCATCAACGTTCCTGAGTGGTACGATGCCGGGAAAGAGCAGTATTTTGCATCATCATC
GACATTGTTCGTGATCGAGTTCATATTGTTTCATTACGTTGAGATCAGACGGTGGCAGGA
CATTAAGAACCCAGGGAGTGTGAACCAAGACCCTATCTTCAAGCAATACAGCTTGCCTCC
AAATGAAGT
GGGTACCCC

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DS 

RD RR3GA72TF 726 0 0
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GAAATGGCCACTGTCACTACTCAAGCCTCGGCCTCGATCTTCAGACCATGCACTTCAAAG
CCAAGATTCCTCACCGGTTCTTCCGGTAGGTTGAACCGAGAATTGTCGTTTAAGTCAATC
GGCTCAAAGACGTCCTCGTTCAAGGTTGAAGCTAAGAAAGGAGAATGGTTGCCCGGTTTG
GCATCTCCTGGTTATCTCAACGGCAGTCTTGCCGGTGATAATGGGTTTGACCCATTGGGA
CTGGCAGAGGATCCAGAGAACTTGAAGTGGTTCATCCAGGCTGAGCTTGTCAACGGACGG
TGGGCCATGCTCGGCGTCGCAGGGATGCTTTTGCCTGAAGTTTT*ACCAAGATCGGAATC
ATCAACGTTCCTGAGTGGTACGATGCCGGGAAAGAGCAGTATTTTGCATCATCATCGACA
TTGTTCGTGATCGAGTTCATATTGTTTCATTACGTTGAGATCAGACGGTGGCAGGACATT
AAGAACCCAGGGAGTGTGAACCAAGACCCTATCTTCAAGCAATACAGCTTGCCTCCAAAT
GAAGTTGGTTACCCCGGAGGAATCTTTAACCCTCTTAACTTCGCTCCTACGCTCGAGGCT
AAGGAGAAAGAGCTTGCAAATGGGAGGTTGGCGATGTTGGCATTCTTAGGGT*CGTGATT
CAACAC

QA 1 726 1 726
DS 

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AAATGGCCACTGTCACTACTCAAGCCTCGGCCTCGATCTTCAGACCATGCACTTCAAAGC
CAAGATTCCTCACCGGTTCTTCCGGTAGGTTGAACCGAGAATTGTCGTTTAAGTCAATCG
GCTCAAAGACGTCCTCGTTCAAGGTTGAAGCTAAGAAAGGAGAATGGTTGCCCGGTTTGG
CATCTCCTGGTTATCTCAACGGCAGTCTTGCCGGTGATAATGGGTTTGACCCATTGGGAC
TGGCAGAGGATCCAGAGAACTTGAAGTGGTTCATCCAGGCTGAGCTTGTCAACGGACGGT
GGGCCATGCTCGGCGTCGCAGGGATGCTTTTGCCTGAAGTTTTCACCAAGATCGGAATCA
TCAACGTTCCTGAGTGGTACGATGCCGGGAAAGAGCAGTATTTTGCATCATCATCGACAT
TGTTCGTGATCGAGTTCATATTGTTTCATTACGTTGAGATCAGACGGTGGCAGGACATTA
AGAACCCAGGGAGTGTGAACCAAGACCCTATCTTCAAGCAATACAGCTTGCCTCCAAATG
AAGTTGGTTACCCCGGAGGAATCTTTAACCCTCTTAACTTCGCTCCTACGCTCGAGGCTA
AAGAGAAAGAGCTTGCAAATGGGAGGTTGGCGATGTTGGCATTCTTAGGGT*CGTGATTC
A*CACAATGTGACTGGAAAGG

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DS 

RD RR3GA17JQ 187 0 0
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TGATTCAACACAATGTGACTGGAAAGGGACCATTTGAGAACCTGTTGCAGCACTTTTCCG
ACCCATGGCACAACACTATTGTCCAAACCTTCAGGGGATGATTTAAGACGGACCTATGAA
TTTAATA

QA 1 187 1 187
DS 

RD RR3DO62JQ 864 0 0
ACCATGCACT*CAAAGCCAAGAT*CCTCACCGGT*CTTCCGGTAGGT*GAACCGAGAATT
GTCGTTTAAGTCAATCGGCTCAAAGACGTCCTCGTTCAAGGT*GAAGCTAAGAAAGGAGA
ATGGTTGCCCGGTTTGGCATCTCCTGGTTATCTCAACGGCAGTCTTGCCGGTGATAATGG
GTTTGACCCATTGGGACTGGCAGAGGATCCAGAGAACTTGAAGTGGTTCATCCAGGCTGA
GCTTGTCAACGGACGGTTGGCCATGCTCGGCGTCGCAGGGATGCTTTTGCCTGAAGTTTT
CACCAAGATCGGAATCATCAACGTTCCTGAGTGGTACGATGCCGGGAAAGAGCAGTATTT
TGCATCATCATCGACATTGTTCGTGATCGAGTTCATATTGTTTCATTACGTTGAGATCAG
ACGGTGGCAGGACATTAAGAACCCAGGGAGTGTGAACCAAGACCCTATCTTCAAGCAATA
CAGCTTGCCTCCAAATGAAGTTGGTTACCCCGGAGGAATCTTTAACCCTCTTAACTTCGC
TCCTACGCTCGAGGCTAAGGAGAAAGAGCTTGCAAATGGGAGGTTGGCGATGTTGGCATT
CTTAGGGTTCGTGATTCAACACAATGTGACTGGAAAGGGACCATTTGAGAACCTGTTGCA
GCACTTGTCCGACCCATGGCACAACACTATTGTCCAAACCTTCAGCGGATGATTTAAGAC
GGACCTATGAATTTAATACGTCTCTATCTTATGCTACCTTAATATCTCTGTGTGTTTTGC
ATCTTAGAGTTCTTGGTTTGTGAGCATGAAACAATATGGTATTGCTGTAGCTCCATGAAC
TAATTTAAAAATCTTCAGTGT
ACG

QA 1 861 1 861
DS 

RD RR3EZ57JQ 731 0 0
GGTGATAATGGGTTTGACCCATTGGGACTGGCAGAGGATCCAGAGAACTTGAAGTGGTTC
ATCCAGGCTGAGCTTGTCAACGGACGGTGGGCCATGCTCGGCGTCGCAGGGATGCTTTTG
CCTGAAGTTTTCACCAAGATCGGAATCATCAACGTTCCTGAGTGGTACGATGCCGGGAAA
GAGCAGTATTTTGCATCATCATCGACATTGTTCGTGATCGAGTTCATATTGTTTCATTAC
GTTGAGATCAGACGGTGGCAGGACATTAAGAACCCAGGGAGTGTGAACCAAGACCCTATC
TTCAAGCAATACAGCTTGCCTCCAAATGAAGTTGGTTACCCCGGAGGAATCTTTAACCCT
CTTAACTTCGCTCCTACGCTCGAGGCTAAGGAGAAAGAGTCTGCAAATGGGAGGTTGGCG
ATGTTGGCATTCTTAGGGTTCGTGATTCAACACAATGTGACTGGAAAGGGACCATTTGAG
AACCTGTTGCAGCACTTGTCCGACCCATGGCACAACACTATTGTCCAAACCTTCAGCGGA
TGATTTAAGACGGACCTATGAATTTAATACATCTCTATCTTATGCTATCTTAATATCTCT
GTGTGTTTTGCATCTTAGAGTTCTTGGTTTGTGAGCATGAAACAATATGGTATTGCTGTA
GCTCCATGAACTAATTTAAAAATCTTCAGTGTACAAAAGAACCAAGTTCATCAAGATTGT
GCTACTCTTTT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

CO CL691Contig1 1324 4 4 U
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GAAGCTACTTGAGATGCTCTGCTGGCAACGTGGCTCCTTCGCAGCTTCTTTCCTTTGCTA
AATCACAGGTTGATTACATTCTTGGAGATAACCCAAGAGCTACTAGCTATATGGTTGGTT
ACGGTAACAATTTCCCTCAGAGAGTCCACCACCGTGGCTCCTCCATCGTCTCTTACAAGG
TTGACCGCTCTTTTGTCACCTGCCGTGGTGGTTACGCCACCTGGTTCAGCCGCAAAGGCA
GTGATCCCAACCTCCTCACTGGTGCTATTGTCGGCGGTCCTGATGCTTACGACAATTTCG
CTGACAGGAGAGACAACTATGAGCAGACTGAGCCTGCTACTTACAACAATGCACCACTTC
TTGGTGTTCTTGCTCGTCTCAGCAGTGGTCATTCTGGTTATAGCCAGCTTCTTCCAGTGG
TTCCAGCTCCTGTTGTTGTTCGAAGACCAATGCCTATTCCTAAACCGAGAGTGACTTCCC
CGGTCCGAGCATCTGGTCCAGTGGCTATAGTTCAGAAGATGACAGGTACGTGGGTGTCAA
AGGGAAGGACTTACTACAGATACTCAACAACTGTGATTAACAAATCACCTAGACCTCTGA
AAAGTCTCAACCTTTCGATCAAGAATCTCTACGGACCAATCTGGGGACTCTCTAGATCAG
GAAACTCGTTCGGTTTACCTTCCTGGATGCACTCATTGCAATCCGGAAAGTCCCTAGAGT
TCGTCTACATTCACTCCACATCTCCCGCAAACGTCGCGGTTTCAAGCTACACTTTGGCTT
GACCAGACAACAACTACTTCAAAAGGAATCACAGTGTGTATAGGTCGTGAGAAGAAGAAA
GTGTTGGTTTTTCACTCTGTTTCGTCAAGAAGGTTTAAAGGTTTGGTCTTTTTATTTTCA
TTTTGCTTTTTCGGGTGAATATAAAAGGGTTGAAGAAAGGTGTGAAGAAAGGTGTGAAGA
GAGTGAATGACTCTTCAGAAAATTTAGAAGAAGAGTGGAAGTGCTCATCCTCTTTCTACT
CCCAAGTTCAATGCTTTTTAAAAATTTATATACATAGTGAGAGAGAGGAAGATACAAAGG
AGTGTTTTGTGAGATCTTCCTTTCTCTTAGAAAAAGGGTCGTGTGAGATTTTTCAAGGAT
TGTTTTTCATTCCTTGTACCTCAAGAAAACATGTGTATGCCTTTGTCCTTGTGTTTTTAT
CTTTCTAGGTGATCAAGTTGTAAAACTCAACAACAGTCCTTAATGAAATGTGATTTGGTT
ATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 

AF RR3GO29TF U 1
AF RR3A784TF U 344
AF RR3A784JQ C 524
AF RR3GO29JQ C 653
BS 1 545 RR3GO29TF
BS 546 1135 RR3A784TF
BS 1136 1323 RR3A784JQ
BS 1324 1324 RR3GO29JQ

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GAAGCTACTTGAGATGCTCTGCTGGCAACGTGGCTCCTTCGCAGCTTCTTTCCTTTGCTA
AATCACAGGTTGATTACATTCTTGGAGATAACCCAAGAGCTACTAGCTATATGGTTGGTT
ACGGTAACAATTTCCCTCAGAGAGTCCACCACCGTGGCTCCTCCATCGTCTCTTACAAGG
TTGACCGCTCTTTTGTCACCTGCCGTGGTGGTTACGCCACCTGGTTCAGCCGCAAAGGCA
GTGATCCCAACCTCCTCACTGGTGCTATTGTCGGCGGTCCTGATGCTTACGACAATTTCG
CTGACAGGAGAGACAACTATGAGCAGACTGAGCCTGCTACTTACAACAATGCACCACTTC
TTGGTGTTCTTGCTCGTCTCAGCAGTGGTCATTCTGGTTATAGCCAGCTTCTTCCAGTGG
TTCCAGCTCCTGTTGTTGTTCGAAGACCAATGCCTATTCCTAAACCGAGAGTGACTTCCC
CGGTC

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3A784TF 792 0 0
G
GCTTACGACAATTTCGCTGACAGGAGAGACAACTATGAGCAGACTGAGCCTGCTACTTAC
AACAATGCACCACTTCTTGGTGTTCTTGCTCGTCTCAGCAGTGGTCATTCTGGTTATAGC
CAGCTTCTTCCAGTGGTTCCAGCTCCTGTTGTTGTTCGAAGACCAATGCCTATTCCTAAA
CCGAGAGTGACTTCCCCGGTCCGAGCATCTGGTCCAGTGGCTATAGTTCAGAAGATGACA
GGTACGTGGGTGTCAAAGGGAAGGACTTACTACAGATACTCAACAACTGTGATTAACAAA
TCACCTAGACCTCTGAAAAGTCTCAACCTTTCGATCAAGAATCTCTACGGACCAATCTGG
GGACTCTCTAGATCAGGAAACTCGTTCGGTTTACCTTCCTGGATGCACTCATTGCAATCC
GGAAAGTCCCTAGAGTTCGTCTACATTCACTCCACATCTCCCGCAAACGTCGCGGTTTCA
AGCTACACTTTGGCTTGACCAGACAACAACTACTTCAAAAGGAATCACAGTGTGTATAGG
TCGTGAGAAGAAGAAAGTGTTGGTTTTTCACTCTGTTTCGTCAAGAAGGTTTAAAGGTTT
GGTCTTTTTATTTTCATTTTGCTTTTTCGGGTGAATATAAAAGGGTTGAAGAAAGGTGTG
AAGAAAGGTGTGAAGAGAGTGAATGACTCTTCAGAAAATTTAGAAGAAGAGTGGAAGTGC
TCATCCTCTTTCTACTCCCAAGTTCAATGCTTTTTAAAAATTTATATACATAGTGAGAGA
GAGGAAGATAC

QA 2 792 2 792
DS 

RD RR3A784JQ 800 0 0
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AGGTACGTGGGTGTCAAAGGGAAGGACTTACTACAGATACTCAACAACTGTGATTAACAA
ATCACCTAGACCTCTGAAAAGTCTCAACCTTTCGATCAAGAATCTCTACGGACCAATCTG
GGGACTCTCTAGATCAGGAAACTCGTTCGGTTTACCTTCCTGGATGCACTCATTGCAATC
CGGAAAGTCCCTAGAGTTCGTCTACATTCACTCCACATCTCCCGCAAACGTCGCGGTTTC
AAGCTACACTTTGGCTTGACCAGACAACAACTACTTCAAAAGGAATCACAGTGTGTATAG
GTCGTGAGAAGAAGAAAGTGTTGGTTTTTCACTCTGTTTCGTCAAGAAGGTTTAAAGGTT
TGGTCTTTTTATTTTCATTTTGCTTTTTCGGGTGAATATAAAAGGGTTGAAGAAAGGTGT
GAAGAAAGGTGTGAAGAGAGTGAATGACTCTTCAGAAAATTTAGAAGAAGAGTGGAAGTG
CTCATCCTCTTTCTACTCCCAAGTTCAATGCTTTTTAAAAATTTATATACATAGTGAGAG
AGAGGAAGATACAAAGGAGTGTTTTGTGAGATCTTCCTTTCTCTTAGAAAAAGGGTCGTG
TGAGATTTTTCAAGGATTGTTTTTCATTCCTTGTACCTCAAGAAAACATGTGTATGCCTT
TGTCCTTGTGTTTTTATCTTTCTAGGTGATCAAGTTGTAAAACTCAACAACAGTCCTTAA
TGAAATGTGATTTGGTTATC

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3GO29JQ 672 0 0
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TAGATCAGGAAACTCGTTCGGTTTACCTTCCTGGATGCACTCATTGCAATCCGGAAAGTC
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TTTGGCTTGACCAGACAACAACTGCTTCAAAAGGAATCACAGTGTGTATAGGTCGTGAGA
AGAAGAAAGTGTTGGTTTTTCACTCTGTTTCGTCAAGAAGGTTTAAAGGTTTGGTCTTTT
TATTTTCATTCTGCTTTTTCGGGTGAATATAAAAGGGTTGAAGAAAGGTGTGAAGAAAGG
TGTGAAGGGAGTGAATGACTCTTCAGAAAATTTAGAAGAAGAGTGGAAGTGCTCATCCTC
TTTCTACTCCCAAGTTCAATGCTTTTTAAAAATTTATATACATAGTGAGAGAGAGGAAGA
TACAAAGGAGTGTTTTGTGAGATCTTCCTTTCTCTTAGAAAAAGGGTCGTGTGAGATTTT
TCAAGGATTGTTTTTCATTCCTTGTACCTCAAGAAAACATGTGTATGCCTTTGTCCTTGT
GTTTTTATCTTTCTAGGTGATCAAGTTGTAAAACTCAACAACAGTCCTTAATGAAATGTG
ATTTGGTTATCG

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 8

CO CL692Contig1 713 8 34 U
GGACATTTAATATCTGCAACGATGACTGGCCGTGACGTTCTTTTCCTCTCCGTCCTCCTC
ATCATCGCCAACGTCTCCTTCATCTCATCAGCCGACGATGAACCAGATTGTGTCTACACG
TTCTACCTCCGAACCGGATCCATTTGGAAAGCCGGCACCGAGTCGATCATAAGCGCTAGG
ATCTACGACAAGTATGGAGACTACATCGGGATCCGAAATCTAGAGGCATGGGGTGGGTTA
ATGGGACCAGGTTACAACTACTTCGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAGCG
CCGTGTCTTCCGAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTTACCTCCGACGGCTCTGGCGACCAC
CATGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTTCACGCTACGTGCTCT
CAGCAAAGCTTCGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGTCACCGTATGAGCTCACT
GCTGTAAGGAATAACTGTCCGGTGTCGCTTAGGGAGAGTGTCGGTCGGGTCGGGTCTGAG
ATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTATGAAGCAATGAATGAATGGATGTTGAGTGTCTT
GGAGACTTGTTCTATGTCGTCTTGTGAACGTGTGATGCCAATAAAGAAAAATGATTCGAT
CGAATAAACATTCAGTTTTTTGGTTCTGTAAGAAGTAATCAGTTATCTTTGAT


BQ
30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EK27TF U 1
AF RR3E570TF U 1
AF RR3BA65JQ C 1
AF RR3BA65TF U 1
AF RR3BA58JQ C -1
AF RR3BA58TF U 230
AF RR3FQ14TF U 23
AF RR3E570JQ C 149
BS 1 27 RR3EK27TF
BS 28 28 RR3E570TF
BS 29 30 RR3EK27TF
BS 31 31 RR3E570TF
BS 32 36 RR3EK27TF
BS 37 37 RR3E570TF
BS 38 57 RR3EK27TF
BS 58 58 RR3E570TF
BS 59 84 RR3EK27TF
BS 85 85 RR3E570TF
BS 86 218 RR3EK27TF
BS 219 219 RR3E570TF
BS 220 233 RR3EK27TF
BS 234 234 RR3E570TF
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BS 403 403 RR3E570TF
BS 404 464 RR3EK27TF
BS 465 465 RR3E570TF
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RD RR3EK27TF 640 0 0
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ATGGGACCAGGTTACAACTACTTCGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAGCG
CCGTGTCTTCCGAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTTACCTCCGACGGCTCGGGCGACCAC
CATGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAATTCACGCTACGTGCTCT
CAGCAAAGCTTCGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGTCGCCGTATGAGCTCACT
GCTGTAAGGAATAACTGCCCGGTATCGCTTAGAGAGAGTGTCTGTCGGGTCGGGTCTGAG
ATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTATGAAGCAATGAATGAATGGATGTTGTGTGTCTT
GGAGACTTGTTCTATGTCGTCTTGTGAACGTGTGATGCCA

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3E570TF 644 0 0
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ATCATCGCCAACGTCTCCTTCATCTCATCATCCGACGATGAACCAGATTGTGTCTACACG
TTCTACCTCCGAACCGGATCCATTTGGAAAGCCGGCACCGAGTCGATCATAAGCGCTAGG
ATCTACGACAAGTATGGAGACTACATCGGGATCCGAAATCTAGAGGCATGGGGTGGGTTA
ATGGGACCAGGTTACAACTACTTCGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAGCG
CCGTGTCTTCCGAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTTACCTCCGACGGCTCTGGCGACCAC
CATGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTTCACGCTACGTGCTCT
CAGCAAAGCTTCGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGTCACCGTATGAGCTCACT
GCTGTAAGGAATAACTGTCCGGTGTCGCTTACGGAGAGTGTCGGTCGGGTCGGGTCTGAG
ATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTGTGAAGCAATGAATGAATGGATGTTGAGTGTCTT
GGAGACTTGTTCTATGTCGTCTTGTGAACGTGTGATGCCA
TAAG

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3BA65JQ 686 0 0
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ATCATCGCCAACGTCTCCTTCATCTCATCAGCCGACGATGAACCAGATTGTGTCTACACG
TTCTACCTCCGAACCGGATCCATTTGGAAAGCCGGCACCGAGTCGATCATAAGCGCTAGG
ATCTACGACAAGTATGGAGACTACATCGGGATCCGAAATCTAGAGGCATGGGGTGGGTTA
ATGGGACCAGGTTACAACTACTTCGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAGCG
CCGTGTCTTCCGAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTTACCTCCGACGGCTCTGGCGACCAC
CATGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTTCACGCTACGTGCTCT
CAGCAAAGCTTCGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGTCACCGTATGAGCTCACT
GCTGTAAGGAATAACTGTCCGGTGTCGCTTAGGGAGAGTGTCGGTCGGGTCGGGTCTGAG
ATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTATGAAGCAATGAATGAATGGATGTTGAGTGTCTT
GGAGACTTGTTCTATGTCGTCTTGTGAACGTGTGATGCCAATAAAGAAAAATGATTCGAT
CGAATAAACATTCAGTTTTTTG
TTTC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3BA65TF 686 0 0
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ATCATCGCCAACGTCTCCTTCATCTCATCAGCCGACGATGAACCAGATTGTGTCTACACG
TTCTACCTCCGAACCGGATCCATTTGGAAAGCCGGCACCGAGTCGATCATAAGCGCTAGG
ATCTACGACAAGTATGGAGACTACATCGGGATCCGAAATCTAGAGGCATGGGGTGGGTTA
ATGGGACCAGGTTACAACTACTTCGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAGCG
CCGTGTCTTCCGAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTTACCTCCGACGGCTCTGGCGACCAC
CATGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTTCACGCTACGTGCTCT
CAGCAAAGCTTCGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGTCACCGTATGAGCTCACT
GCTGTAAGGAATAACTGTCCGGTGTCGCTTAGGGAGAGTGTCGGTCGGGTCGGGTCTGAG
ATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTATGAAGCAATGAATGAATGGATGTTGAGTGTCTT
GGAGACTTGTTCTATGTCGTCTTGTGAACGTGTGATGCCAATAAAGAAAAATGATTCGAT
CGAATAAACATTCAGTTTTTTG
TTTC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3BA58JQ 695 0 0
GGAT
ACATTTAATATCTGCAACGATGACTGGCCGTGACGTTCTTTTCCTCTCCGTCCTCCTCAT
CATCGCCAACGTCTCCTTCATCTCATCAGCCGACGATGAACCAGATTGTGTCTACACGTT
CTACCTCCGAACCGGATCCATTTGGAAAGCCGGCACCGAGTCGATCATAAGCGCTAGGAT
CTACGACAAGTATGGAGACTACATCGGGATCCGAAATCTAGAGGCATGGGGTGGGTTAAT
GGGACCAGGTTACAACTACTTCGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAGCGCC
GTGTCTTCCGAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTTACCTCCGACGGCTCTGGCGACCACCA
TGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTTCACGCTACGTGCTCTCA
GCAAAGCTTCGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGTCACCGTATGAGCTCACTGC
TGTAAGGAATAACTGTCCGGTGTCGCTTAGGGAGAGTGTCGGTCGGGTCGGGTCTGAGAT
CCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTATGAAGCAATGAATGAATGGATGTTGAGTGTCTTGG
AGACTTGTTCTATGTCGTCTTGTGAACGTGTGATGCCAATAAAGAAAAATGATTCGATCG
AATAAACATTCAGTTTTTTGGTTCTGTAA
GG

QA 5 693 5 693
DS 

RD RR3BA58TF 464 0 0
GGGGTGGGTTAATGGGACCAGGTTACAACTACTTCGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCA
GTGGTAGAGCGCCGTGTCTTCCGAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTTACCTCCGACGGCT
CTGGCGACCACCATGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTTCACG
CTACGTGCTCTCAGCAAAGCTTCGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACTGATACGTCACCGT
ATGAGCTCACTGCTGTAAGGAATAACTGTCCGGTGTCGCTTAGGGAGAGTGTCGGTCGGG
TCGGGTCTGAGATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTATGAAGCAATGAATGAATGGATG
TTGAGTGTCTTGGAGACTTGTTCTATGTCGTCTTGTGAACGTGTGATGCCAATAAAGAAA
AATGATTCGATCGAATAAACATTCAGTTTTTTGGTTCTGTAA
AG

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR3FQ14TF 691 0 0
TGACTGGCCGTGACGTTCTTTTCCTCTCCGTCCTCCTCATCATCGCCAACGTCTCCTTCA
TCTCATCAGCCGACGATGAACCAGATTGTGTCTACACGTTCTACCTCCGAACCGGATCCA
TTTGGAAAGCCGGCACCGAGTCGATCATAAGCGCTAGGATCTACGACAAGTATGGAGACT
ACATCGGGATCCGAAATCTAGAGGCATGGGGTGGGTTAATGGGACCAGGTTACAACTACT
TCGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAGCGCCGTGTCTTCCGAGCCCAGTCT
GTTCGTTGAATCTTACCTCCGACGGCTCTGGCGACCACCATGGTTGGTATGTTAACTACG
TGGAGGTCACGACGGCAGGAGTTCACGCTACGTGCTCTCAGCAAAGCTTCGAAGTTGAGC
AATGGCTTGCGACTGATACGTCACCGTATGAGCTCACTGCTGTAAGGAATAACTGTCCGG
TGTCGCTTAGGGAGAGTGTCGGTCGGGTCGGGTCTGAGATCCGGAAGACTCTCTCTTGGA
TCGTATGAAGCAATGAATGAATGGATGTTGAGTGTCTTGGAGACTTGTTCTATGTCGTCT
TGTGAACGTGTGATGCCAATAAAGAAAA*TGATTCGATCGAATAAACATTCAGTTTTTTG
GTTCTGTAAGAAGTAATCAGTTATCTTTGAT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3E570JQ 565 0 0
AAGCCGGCACCGAGTCGATCATAAGCGCTAGGATCTACGACAAGTATGGAGACTACATCG
GGATCCGAAATCTAGAGGCATGGGGTGGGTTAATGGGACCAGGTTACAACTACTTCGAGA
GGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGTAGAGCGCCGTGTCTTCCGAGCCCAGTCTGTTCGT
TGAATCTTACCTCCGACGGCTCTGGCGACCACCATGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGG
TCACGACGGCAGGAGTTCACGCTACGTGCTCTCAGCAAAGCTTCGAAGTTGAGCAATGGC
TTGCGACTGATACGTCACCGTATGAGCTCACTGCTGTAAGGAATAACTGTCCGGTGTCGC
TTAGGGAGAGTGTCGGTCGGGTCGGGTCTGAGATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTGT
GAAGCAATGAATGAATGGATGTTGAGTGTCTTGGAGACTTGTTCTATGTCGTCTTGTGAA
CGTGTGATGCCAATAAAGAAAAATGATTCGATCGAATAAACATTCAGTTTTTTGGTTCTG
TAAGAAGTAATCAGTTGTCTTTGAT

QA 1 565 1 565
DS 



AS 2 4

CO CL693Contig1 1114 2 6 U
GGATTTTATAGCTCTTCAATAAACCAAACAAACTCATAGCCAGCCAAGGCAGAGCCGAAG
AGATTTTGCGATTGAAAGAACGATTTGATCAATCTCGATAGAAGAGGAAGATGTCGACTC
TTTCAGCTGCCAGGGCAGATAACTTTTACTACCCACCAGAATGGACACCGGATCAAGGTT
CCTTGAACAAGTTTCAAGGACAGCATCCTCTCAGAGAGAGGGCCAGGAAACTAGGCGAAG
GGATTTTGATCATAAGGTTCGAGATGCCCTATAATATATGGTGTGGTGGCTGCAATTCTA
TGATTGCCAAGGGTGTTCGATTCAATGCAGAGAAGAAGCAAGTTGGGAACTATTACTCTA
CAAAGATATGGAGCTTTGCGATGAAAGCACCGTGCTGCAAACAAGAGATAGTTATTCAGA
CAGATCCTCAGAACTGCGAGTATGTAATTACTTTGATTTGCAGAAGAAGAAAGCAGCAGA
ACCGCTTTTGGTCCGTCTCCAGCGAGTCTCAGATGCAAGACACGCAGATGACTACTCCCT
GAACAAAGCTCTCCGTGCACAAATTAGGGGGCACAGGAAACGTGTAGCTGAAGAAGAGGC
TGCTTCAAGGAAACTAGGGTTGGGGATAAGGCTTCTTCCGAAGAGGGAAGAAGATGTTGC
AGCTGCATCAAACGTGAAGTTCAAGAGCAAGTTTGATAAGAATCGAAAGGATAAACGAGC
TCTGATCCATGCGTCTTCCATATTTCCGGAGTCATCTTACTCGATGTCATCATCATCAAG
CAAGAAAAGGTTGGAGCTAGAAGCAAAGAGAAGGAAAATATGTGCAGCGTCTGCGTCTAG
TCTGTTGAGCGGGGGATTCAAAGCTTCATCATTGTCTAAAACCCCATCATCAGCAAGCAA
GTCCAAGAGTTCAATAGTTTCTGTAAGGAAGATGTAGTTTTGAAACTGTGCTTGAATCCT
TAAGAAGTTATAAGGAAAAGAATAAAGTCGACTCATTACAATAGTGGCGATCGTAAATTT
GATCCTGGCTTTTGATATACTGTTCTTTTCTATATATGTTCAAGCTTCGAACGTACCAAA
TGTTAACTTTGTGTAGATAAAGTATATTGTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER26TF U 1
AF RR3ER26JQ C 309
BS 1 598 RR3ER26TF
BS 599 599 RR3ER26JQ
BS 600 609 RR3ER26TF
BS 610 610 RR3ER26JQ
BS 611 626 RR3ER26TF
BS 627 1114 RR3ER26JQ

RD RR3ER26TF 626 0 0
GGATTTTATAGCTCTTCAATAAACCAAACAAACTCATAGCCAGCCAAGGCAGAGCCGAAG
AGATTTTGCGATTGAAAGAACGATTTGATCAATCTCGATAGAAGAGGAAGATGTCGACTC
TTTCAGCTGCCAGGGCAGATAACTTTTACTACCCACCAGAATGGACACCGGATCAAGGTT
CCTTGAACAAGTTTCAAGGACAGCATCCTCTCAGAGAGAGGGCCAGGAAACTAGGCGAAG
GGATTTTGATCATAAGGTTCGAGATGCCCTATAATATATGGTGTGGTGGCTGCAATTCTA
TGATTGCCAAGGGTGTTCGATTCAATGCAGAGAAGAAGCAAGTTGGGAACTATTACTCTA
CAAAGATATGGAGCTTTGCGATGAAAGCACCGTGCTGCAAACAAGAGATAGTTATTCAGA
CAGATCCTCAGAACTGCGAGTATGTAATTACTTTGATTTGCAGAAGAAGAAAGCAGCAGA
ACCGCTTTTGGTCCGTCTCCAGCGAGTCTCAGATGCAAGACACGCAGATGACTACTCCCT
GAACAAAGCTCTCCGTGCACAAATTAGGGGGCACAGGAAACGTGTAGCTGAAGAAGAG*C
TGCTTCAAG*AAACTAGGGTTGGGGA

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3ER26JQ 806 0 0
AAGGGTGTTCGATTCAATGCAGAGAAGAAGCAAGTTGGGAACTATTACTCTACAAAGATA
TGGAGCTTTGCGATGAAAGCACCGTGCTGCAAACAAGAGATAGTTATTCAGACAGATCCT
CAGAACTGCGAGTATGTAATTACTTTGATTTGCAGAAGAAGAAAGCAGCAGAACCGCTTT
TGGTCCGTCTCCAGCGAGTCTCAGATGCAAGACACGCAGATGACTACTCCCTGAACAAAG
CTCTCCGTGCACAAATTAGGGGGCACAGGAAACGTGTAGCTGAAGAAGAGGCTGCTTCAA
GGAAACTAGGGTTGGGGATAAGGCTTCTTCCGAAGAGGGAAGAAGATGTTGCAGCTGCAT
CAAACGTGAAGTTCAAGAGCAAGTTTGATAAGAATCGAAAGGATAAACGAGCTCTGATCC
ATGCGTCTTCCATATTTCCGGAGTCATCTTACTCGATGTCATCATCATCAAGCAAGAAAA
GGTTGGAGCTAGAAGCAAAGAGAAGGAAAATATGTGCAGCGTCTGCGTCTAGTCTGTTGA
GCGGGGGATTCAAAGCTTCATCATTGTCTAAAACCCCATCATCAGCAAGCAAGTCCAAGA
GTTCAATAGTTTCTGTAAGGAAGATGTAGTTTTGAAACTGTGCTTGAATCCTTAAGAAGT
TATAAGGAAAAGAATAAAGTCGACTCATTACAATAGTGGCGATCGTAAATTTGATCCTGG
CTTTTGATATACTGTTCTTTTCTATATATGTTCAAGCTTCGAACGTACCAAATGTTAACT
TTGTGTAGATAAAGTATATTGTTGGC

QA 1 806 1 806
DS 



CO CL693Contig2 543 2 1 U
ATCTCGATAGAAGAGGAAGATGTCGACTCTTTCTGCTGCCAGGGCAGATAACTTTTACTA
CCCACCAGAATGGACACCGGATCAAGGTTCCTTGAACAAGTTTCAAGGACAGCATCCTCT
CAGAGAGAGGGCGAGGAAACTAGGCGAGGGGATTTTGATCATAAGGTTCGAGATGCCCTA
TAATATATGGTGTGGTGGCTGCAATTCTATGATTGCCAAGGGTGTTCGATTCAATGCAGA
GAAGAAGCAAGTTGGGAACTATTATTCTACAAAGATATGGAGCTTTGCGATGAAAGCACC
ATGCTGCAAACAAGAGATAGTCATTCAGACAGATCCTCAGAACTGCGAGTATGTAATTAC
AAGTGGTGCTCAGAAGAAGGTTGAGGAATATGACGTAGAAGAAGAAGAAAGCAGCAGAAC
CGCTTTTGGTTCGTCTCCAGCGAGTCTCAGATGCAAGGCATGCAGATGACTACTCCCTAA
ACAAAGCTCTCCGTGCACAAATTAGGGGGCACAGGAAACGTGTAGCTGAAGAAGAGGCTG
CTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3CE29TF U 28
AF RR3HB53TF U 1
BS 1 543 RR3HB53TF

RD RR3CE29TF 304 0 0
TCTTTCTGCTGCCAGGGCAGATAACTTTTACTACCCACCAGAATGGACACCGGATCAAGG
TTCCTTGAACAAGTTTCAAGGACAGCATCCTCTCAGAGAGAGGGCGAGGAAACTAGGCGA
GGGGATTTTGATCATAAGGTTCGAGATGCCCTATAATATATGGTGTGGTGGCTGCAATTC
TATGATTGCCAAGGGTGTTCGATTCAATGCAGAGAAGAAGCAAGTTGGGAACTATTATTC
TACAAAGATATGGAGCTTTGCGATGAAAGCACCATGCTGCAAACAAGAGATAGTCATTCA
GACA

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR3HB53TF 543 0 0
ATCTCGATAGAAGAGGAAGATGTCGACTCTTTCTGCTGCCAGGGCAGATAACTTTTACTA
CCCACCAGAATGGACACCGGATCAAGGTTCCTTGAACAAGTTTCAAGGACAGCATCCTCT
CAGAGAGAGGGCGAGGAAACTAGGCGAGGGGATTTTGATCATAAGGTTCGAGATGCCCTA
TAATATATGGTGTGGTGGCTGCAATTCTATGATTGCCAAGGGTGTTCGATTCAATGCAGA
GAAGAAGCAAGTTGGGAACTATTATTCTACAAAGATATGGAGCTTTGCGATGAAAGCACC
ATGCTGCAAACAAGAGATAGTCATTCAGACAGATCCTCAGAACTGCGAGTATGTAATTAC
AAGTGGTGCTCAGAAGAAGGTTGAGGAATATGACGTAGAAGAAGAAGAAAGCAGCAGAAC
CGCTTTTGGTTCGTCTCCAGCGAGTCTCAGATGCAAGGCATGCAGATGACTACTCCCTAA
ACAAAGCTCTCCGTGCACAAATTAGGGGGCACAGGAAACGTGTAGCTGAAGAAGAGGCTG
CTT

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 3

CO CL694Contig1 730 3 2 U
CTCAGCATTAGACCATATGATTAAAGTTACATAGAGAACTATGGATACAAAAAGAAACAA
TTCAAGATTTAGGGCATGTGCATTTTTTATAATAGAAAAAGAAGAAAATGTACTCATTGT
AATGAAATACAAACAGAAGATGATTAGATATGATAACATGATCACTCAAGTTGACCATAC
CACACCCCTTGGATCTTCACATCCTTTGGTACCTTGGCACCTAGGTCAGTATCCGAGGGC
TGAAGACTCTCGAACACTCCGATCACTTCTCCAGTCTCTGGTTTGCTCTTTGTCACTTTG
AGAGTGATCTCTCCCACCGAAGCTGCCGTGTTCTTCACGTTCTCCCTTGAAAGCTCCTCT
TCGTCTCCTCTGCCTCCAGCTGGCAATGCAACGGCGTTGTCATATCCTGTGGATCCACCA
CGGCCCTTTGGGTCCAAGAAGGAGGAGCCACGGTATGAAGGGACTAAGAATTTGCCAGTG
AAGTTGTCTGGTTTGCCAGAGGCGTCAAGCTGCTTGACTGTGAAGAGGAAGGGCACACGC
TCGCCTCCTGGAAGCTGGACAGTGACTGCAGCGTAGTCGATGCCGTCTTCTTCCTTGAAG
TTGACGCTTCCGTCAGAAGAAACCTCGAAGGGGCCTTCGATTTCGTCAAGGGTGTAAGTG
AGACGGATCATGAGCTTGGTGTTCTGGAAATCGGGAGGAGCATTCTTGCTAACACTCTCA
GCCTTGACGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E695JQ U 44
AF RR3H419JQ U 1
AF RR3H419TF C 1
BS 1 686 RR3H419JQ
BS 687 730 RR3H419TF

RD RR3E695JQ 271 0 0
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AAAAATGTACTCATTGTAATGAAATACAAACAGAAAATGATTAAATATGATAACATGATC
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GGTCAGTATCCGAGGGCTGAAAACTCTCGAACACTCCGATCACTTCTCCAGTCTCTGGTT
TGCTCTTTGTCACTTTGAAAGTGATCTCTCC

QA 1 271 1 271
DS 

RD RR3H419JQ 686 0 0
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TTCAAGATTTAGGGCATGTGCATTTTTTATAATAGAAAAAGAAGAAAATGTACTCATTGT
AATGAAATACAAACAGAAGATGATTAGATATGATAACATGATCACTCAAGTTGACCATAC
CACACCCCTTGGATCTTCACATCCTTTGGTACCTTGGCACCTAGGTCAGTATCCGAGGGC
TGAAGACTCTCGAACACTCCGATCACTTCTCCAGTCTCTGGTTTGCTCTTTGTCACTTTG
AGAGTGATCTCTCCCACCGAAGCTGCCGTGTTCTTCACGTTCTCCCTTGAAAGCTCCTCT
TCGTCTCCTCTGCCTCCAGCTGGCAATGCAACGGCGTTGTCATATCCTGTGGATCCACCA
CGGCCCTTTGGGTCCAAGAAGGAGGAGCCACGGTATGAAGGGACTAAGAATTTGCCAGTG
AAGTTGTCTGGTTTGCCAGAGGCGTCAAGCTGCTTGACTGTGAAGAGGAAGGGCACACGC
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AGACGGATCATGAGCTTGGTGTTCTG

QA 1 686 1 686
DS 

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CTCAGCATTAGACCATATGATTAAAGTTACATAGAGAACTATGGATACAAAAAGAAACAA
TTCAAGATTTAGGGCATGTGCATTTTTTATAATAGAAAAAGAAGAAAATGTACTCATTGT
AATGAAATACAAACAGAAGATGATTAGATATGATAACATGATCACTCAAGTTGACCATAC
CACACCCCTTGGATCTTCACATCCTTTGGTACCTTGGCACCTAGGTCAGTATCCGAGGGC
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TCGTCTCCTCTGCCTCCAGCTGGCAATGCAACGGCGTTGTCATATCCTGTGGATCCACCA
CGGCCCTTTGGGTCCAAGAAGGAGGAGCCACGGTATGAAGGGACTAAGAATTTGCCAGTG
AAGTTGTCTGGTTTGCCAGAGGCGTCAAGCTGCTTGACTGTGAAGAGGAAGGGCACACGC
TCGCCTCCTGGAAGCTGGACAGTGACTGCAGCGTAGTCGATGCCGTCTTCTTCCTTGAAG
TTGACGCTTCCGTCAGAAGAAACCTCGAAGGGGCCTTCGATTTCGTCAAGGGTGTAAGTG
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GCCTTGACGC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 8

CO CL695Contig1 806 8 18 U
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TTTCCTTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAA*GGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGA
ACAAGGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTC
GGCTCTAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCTGCCTT
GAAGGGTGATGTTAAAGAGAACGGACACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGCAATGGAAA
CAATGAAGACGGTGATAGTGGTGATGATAATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGA
AGGTGGTGATGCAGAAGAAGTAAAGGAGACAAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGTGA
GAATGGTGAAGCTGGAGATGGTGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACAGTGA
TGATGATGATGACAATGGGAACAATGATGATGATGATGAGGAAGAGGAGGATGAAGATGG
TGGTGAAGAAGATGAAGAAGAGGTGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGA
CGAAGAGGCGCTACAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACC**GCTTTGA
TCTTCTAACATTTTAGATTCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCCGAAGAGA
ATCTTAAGGCATCACCAGCTTCTTTAGCTTTCCACTGTAATCTCTGTTGTTCCATGAATC
AAAAAGACCTTTGTTTACTCTGTACC


BQ
10 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 
50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BN92TF U 1
AF RR3CL94TF U 26
AF RR3GV32TF U 2
AF RR3GT18TF U 1
AF RR3AW58JQ C 1
AF RR3BN92JQ C 2
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AF RR3AW58TF U 7
BS 1 1 RR3AW58JQ
BS 2 432 RR3BN92TF
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BS 540 594 RR3BN92TF
BS 595 600 RR3GV32TF
BS 601 601 RR3GT18TF
BS 602 651 RR3GV32TF
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BS 654 712 RR3GV32TF
BS 713 713 RR3GT18TF
BS 714 751 RR3GV32TF
BS 752 765 RR3GT18TF
BS 766 784 RR3AW58TF
BS 785 785 RR3AW58JQ
BS 786 800 RR3AW58TF
BS 801 806 RR3AW58JQ

RD RR3BN92TF 594 0 0
G
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AATGAAGACGGTGATAGTGGTGATGATAATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGAA
GGTGGTGATGCAGAAGAAGTAAAGGAGACAAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGTGAG
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GATGATGATGACAATGGGAACAATGATGATGATGATGAGGAAGAGGAGGATGAAGATTGT
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QA 2 594 2 594
DS 

RD RR3CL94TF 660 0 0
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ACAAAAA*GGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGAACAGGGTTTGAGGATGTCCTTAGTG
CTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTCGGCTCTAACGGCTACTGTGCTTTCC
TCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCCGCCTTGAAGGGTGATGTTAAAGAGAACGGA
CACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGCAATGGAAACAATGAAGACGGTGATAGTGGTGAT
GATAATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGAAGGTGGTGATGCAGAAGAAGTAAAG
GAGACAAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGTGAGAATGGTGAAGCTGGAGATGGTGAT
GATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACAGTGATGATGATGATGACAATGGGAACAAT
GATGATGATGATGAGGAAGAGGAGGATGAAGATGGTGGTGAAGAAGATGAAGAAGAGGTG
GAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGACGAAGAGGCGCTACAGCCACCAAAG
AAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACC**GCTTTGATCTTCTAACATTTTAGATTCAAAAA

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3GV32TF 750 0 0
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TTCCTTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAAAGGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGAA
CAAGGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTCG
GCTCTAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCTGCCTTG
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CTTCTAACATTTTAGATTCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCTGAAGAGAA
TCTTAAGGCATCACCAGCTTCTTTAGCTTT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3GT18TF 765 0 0
G
GACACAAATCTCAAAACACTCTTTCATTCATGAACAGAGCTTATCTCTTCTAGTCTCTCT
TTCCTTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAA*GGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGAA
CAAGGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTCG
GCTCTAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCTGCCTTG
AAGGGTGATGTTAAAGAGAACGGACACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGCAATGGAAAC
AATGAAGACGGTGATAGTGGTGATGATAATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGAA
GGTGGTGATGCAGAAGAAGTAAAGGAGACAAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGTGAG
AATGGTGAAGCTGGAGATGGTGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACAGTGAT
GATGATGATGGCAATGGGAACAATGATGATGATGATGAGGAAGAGGAGGATGAAGATGGT
GGTGAAGAAGATGAAGAAGAGGTGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGAC
GAAGAGGCGCTACAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACC**GTTTTGAT
CTTCTAACATTTTAGATTCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGTTTTCTACCCGAAGAGAA
TCTTAAAGTATCACCAGCTTCTTTAGCTTTCCACTGTAATCTCT

QA 2 765 2 765
DS 

RD RR3AW58JQ 806 0 0
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GAAGGGTGATGTTAAAGAGAACGGACACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGCAATGGAAA
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AGGTGGTGATGCAGAAGAAGTAAAGGAGACAAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGTGA
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TGGTGAAGAAGATGAAGAAGAGGTGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGA
CGAAGAGGCGCTACAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACC**GCTTTGA
TCTTCTAACATTTTAGATTCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCCGAAGAGA
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AAAAAGACCTTTGTTTACTCTGTACC

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DS 

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AATGAAGACGGTGATAGTGGTGATGATAATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGAA
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AATGGTGAAGCCGGAGATGGTGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACAGTGAT
GATGATGATGACAATGGGAACAATGATGATGATGATGAGGAAGAGGAGGATGAAGATTGT
GGTGAAGAAGATGAAGAAGAGGTGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGAC
GAAGAGGCGCTACAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACC**GCTTTGAT
CTTCTAACATTTTAGATTCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCCGAAGAGAA
TCTTAAGGCATCACCAGCTTCTTTAGCTTTCCACTGTAATCTCTGTTGTTCCATGAATCA
AAAAGACCTTTGTTTACTC
TGT

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3CL94JQ 801 0 0
GACACAAATCTCAAAACACTCTTTCATTCATGAACAGAGCTTATCTCTTCTAGTCTCTCT
TTCCTTTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAA*GGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGAA
CAGGGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTCG
GCTCTAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCCGCCTTG
AAGGGTGATGTTAAAGAGAACGGACACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGCAATGGAAAC
AATGAAGACGGTGATAGTGGTGATGATAATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGAA
GGTGGTGATGCAGAAGAAGTAAAGGAGACAAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGTGAG
AATGGTGAAGCTGGAGATGGTGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACAGTGAT
GATGATGATGACAATGGGAACAATGATGATGATGATGAGGAAGAGGAGGATGAAGATGGT
GGTGAAGAAGATGAAGAAGAGGTGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGAC
GAAGAGGCGCTACAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACC**GCTTTGAT
CTTCTAACATTTTAGATTCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCCGAAGAGAA
TCTTAAGGCATCACCAGCTTCTTTAGCTTTCCACTGTAATCTCTGTTGTTCCATGAATCA
AAAAGACCTTTGTTTACTC
AG

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3AW58TF 800 0 0
AAATCTCAAAACACTCTTTCATTCATGAACAGAGCTAATCTCTTCTAGTCTCTCTTTCCT
TTTTCTTCCGAGCTAGCTAACAAAAA*GGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGAACAAGG
TTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTCGGCTCT
AACGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCCAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCTGCCTTGAAGGG
TGATGTTAAAGAGAACGGACACGAGGTTGTTGATGCAGAGGAAGGCAATGGAAACAATGA
AGACGGTGATAGTGGTGATGATAATGATGATGGAGGGGAAGGGGAAGAGGAAGAAGGTGG
TGATGCAGAAGAAGTAAAGGAGACAAAGAAAGGATCTGCAAGTGGTCCTGGTGAGAATGG
TGAAGCTGGAGATGGTGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACAGTGATGATGA
TGATGACAATGGGAACAATGATGATGATGATGAGGAAGAGGAGGATGAAGATGGTGGTGA
AGAAGATGAAGAAGAGGTGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGACGAAGA
GGCGCTACAGCCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACC**GCTTTGATCTTCT
AACATTTTAGATTCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCCGAAGAGAATCTTA
AGGCATCACCAGCTTCTTTAGCTTTCCACTGTAATCTCTGTTGTTCCATGAATCAAAA*G
ACCTTTGTTTACTC
TGTACC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 2 6

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CTATACAGTCCATGGAAGTTCAAAGCATAGTAAAAGACTTGCATGAGAAGACATTTATTA
GTTCTTGTACTTCATGGTTTCTTTCTCGAACCCAATTGTTGGGAACTGTTTAGCAAATTC
CTCAACTTCATGGCGCAGCTTGGTAATCTCTGATTGAATGGTTGAAGAAGCTTCCATTGC
TGACACAAAGTCTTTCAGCTTGGTTCCTTGAGCTTCAGATTTGACTTTGAGAGCCAACTT
TACAGCTTTGTCAAAGTATTCAGCAACTTTAGCAAAGTCTTCCTCAACAAAGCCTCTGGA
AGTGAGTGCAGGTGTACCCATTCTGATTCCACCAGGAACCATAGCAGAAACATCTCCAGG
AACAGTGTTTTTGTTTGATGCAATGTGAACAGCTTCCAACACTTTCTCAACTCTAGATCC
ATCAATTCCCTTGGGCTTCAGATTCACTAGAACCAGATGGTTGTCAGTTCCACCAGAAAC
AAGCTCATACCCTTTCTCCATCAGAGTCTGAGCAAACTTTGCAGAGTTACTCAAGACTTG
CTCTTGATATGCTTTGTACTCTGAAGTAGTTGCCTGTTTTAAAGCAACAGCTAGTCCTGT
AATAGTGTGGTTGTGTGGACCACCTTGAAGACCAGGGAAGACAGCTTGGTTGATCTTGTC
TTCAAAATCATACAAAATCTCTTTCCCTTGTTTGTTAACTTCCTTAACACCCTTTCTGTA
GAAAATCATGGCTCCACGGGGTCCACGAAGTGACTTGTGAGTTGTAGTGGTTACAACATC
TGCATAGTCGAAAGGTGAAGGGA


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV66JQ U 1
AF RR3DH21JQ U 5
AF RR3B408JQ U 1
AF RR3F143JQ U 1
BS 1 35 RR3B408JQ
BS 36 36 RR3GV66JQ
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BS 625 625 RR3GV66JQ
BS 626 863 RR3B408JQ

RD RR3GV66JQ 741 0 0
GCATA
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AATCATACAAAA
TCTC

QA 6 737 6 737
DS 

RD RR3DH21JQ 777 0 0
C
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CATTCCATGGAAGTTCAAAGCATAGTAAAAGACTTGCATGAGAAGACATTTATTAGTTCT
TGTACTTCATGGTTTCTTTCTCGAACCCAATTGTTGGGAACTGTTTAGCAAATTCCTCAA
CTTCATGGCGCAGCTTGCCAATCTCTGATTGAATGGTTGAAGAAGCTTCCATTGCTGACA
CAAAGTCTTTCAGCTTGGTTCCTTGAGCTTCAGATTTGACTTTGAGAGCCAACTTCACAG
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GTGCAGGTGTACCCATTCTGATTCCACCAGGAACCATGGCAGAAACATCTCCAGGAACAG
TGTTTTTGTTTGATGCAATGTGAACAGCTTCCAACACTTTCTCAACTCTAGATCCATCAA
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CATACCCCTTCTCCATCAGATTCTGAGCAAACTTTGCAGAGTTACTCAAGACTTGCTCTT
GGTATGCTTTGTACTCTGAAGTAGTTGCCTGTTTTAAAGCAACAGCTAGTCCTGTAATAG
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AATCATACAAAACCTCTTTCCCTTGTTTGTTAACTTCCTTAACACCCTTTCTGTAG

QA 2 777 2 777
DS 

RD RR3B408JQ 863 0 0
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CTATACAGTCCATGGAAGTTCAAAGCATAGTAAAAGACTTGCATGAGAAGACATTTATTA
GTTCTTGTACTTCATGGTTTCTTTCTCGAACCCAATTGTTGGGAACTGTTTAGCAAATTC
CTCAACTTCATGGCGCAGCTTGGTAATCTCTGATTGAATGGTTGAAGAAGCTTCCATTGC
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AAGCTCATACCCTTTCTCCATCAGAGTCTGAGCAAACTTTGCAGAGTTACTCAAGACTTG
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AATAGTGTGGTTGTGTGGACCACCTTGAAGACCAGGGAAGACAGCTTGGTTGATCTTGTC
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GAAAATCATGGCTCCACGGGGTCCACGAAGTGACTTGTGAGTTGTAGTGGTTACAACATC
TGCATAGTCGAAAGGTGAAGGGA

QA 1 863 1 863
DS 

RD RR3F143JQ 847 0 0
ACATA
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CAGTCCATGGAAGTTCAAAGCATAGTAAAAGACTTGCATGAGAAGACATTTATTAGTTCT
TGTACTTCATGGTTTCTTTCTCGAACCCAATTGTTGGGAACTGTTTAGCAAATTCCTCAA
CTTCATGGCGCAGCTTGGTAATCTCTGATTGAATGGTTGAAGAAGCTTCCATTGCTGACA
CAAAGTCTTTCAGCTTGGTTCCTTGAGCTTCAGATTTGACTTTGAGAGCCAACTTTACGG
CTTTGTCAAAGTATTCAGCAACTTTAGCAAAGTCTTCCTCAACAAAGCCTCTGGAAGTGA
GTGCAGGTGTACCCATTCTGATTCCACCAGGAACCATAGCAGAAACATCTCCAGGAACAG
TGTTTTTGTTTGATGCAATGTGAACAGCTTCCAACACTTTCTCAACTCTAGATCCATCAA
TTCCCTTGGGCTTCAGATTCACTAGAACCAGATGGTTGTCAGTTCCACCAGAAACAAGCT
CATACCCTTTCTCCATCAGAGTCTGAGCAAACTTTGCAGAGTTACTCAAGACTTGCTCTT
GATATGCTTTGTACTCTGAAGTAGTTGCCTGTTTTAAAGCAACAGCTAGTCCTGTAATAG
TGTGGTTGTGTGGACCACCTTGAAGACCAGGGAAGACAGCTTGGTTGATCTTGTCTTCAA
A*TCATACAAAATCTCTTTCCCTTGTTTGTTA*CTTCCTTAACACCCTTTCTGTAGAAA*
TCATGGCTCCACGGGT**CACGAAGTGACTTGTGAGTTGTAGTGGTTACA*CATCTGCAT
A
G

QA 6 846 6 846
DS 



CO CL696Contig2 1329 2 4 U
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TCTATACATTACATGGAAGTTCAAAGCATGTGATGATAATAATAAAGAGAAAACTTGTTT
GTAGGATAATAAAGACATATTCAGTTCTTGTACTTCATGGTTTCTTTCTCAAACCCAATA
GTTGGGAACTGCTTAGCGAACTCCTCCACGTCGTGGCGCAGCTTGGCTATCTCTGATTGG
ATGCCTGAAGACGATTCCATTGCTGACACAAAATCTTTCAGCTTCGTTCCTTGAGCTTCA
GATTTGACTTTGAGAGCCAGATTCACAGCTTTGTCAAAGTATTCAGCTACTTTGGCAAAG
TCTTCCTCAACAAAACCTCTGGAAGTGAGAGCAGGTGTACCCATTCTGATTCCACCGGGA
ACCATGGCAGAAACATCTCCAGGAACAGTGTTTTTGTTGGATGCAATGTGAACAGCTTCC
AACACTTTCTCAACTCTAGATCCATCAATTCCTTTGGGCTTCAGGTTCACTAGAACCAGA
TGGTTGTCAGTTCCACCAGAAACAAGTTCATAACCTCTCTCCACCAGAGTCTGAGCAAAC
TTTGCAGAGTTACTCAGGACTTGCTCTTGGTACGCTTTGTACTCTGAAGTAGTTGCCTGT
TTTAAAGCAACAGCTAGTCCTGTAACAGTGTGGTTGTGTGGACCACCTTGAAGACCAGGG
AAGACAGCTTGATTGATCTTGTCTTCAAAATCATACAAAACCTCTTTCCCTTGTTTGTTA
ACTTCCTTAACACCCTTTCTGTAGAAAATCATGAGGCTTTAGCAATGCAGTGTAGACATG
GAAGTTAGCAGGAGATCCAGACAGAGGTTGAACATTCACTCCCCACTTTTCAGGGTCTAA
CCGGAAAGCTTCAAGAGCACGCTTTTGGCATAAAGTTTCAGCCATGTCTATGTACTCGTT
TCCTCCATAGTATCTAGCGCCAGGGTACCCTTCACTGTACTTGTTAGTCATCACAGAGCC
AACAGCTTGCATCACCGAGACAGATGTGAAATTCTCAGATGGAATGAGTTCAAGTCCCTT
CCATTGTCTAGCTTTCTCAAGCTCAATGATGTCAGCAATCTCAGGATCAACCTCCTCCAA
TGATGCGTTAAGCTGTTTTGGCCAAGTGACACGAGATCTCTCCTTGTCATCCACAGCTTC
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GACTGAAGAAGAAAGTCTTCGAAGAGCCATGGCCATCGCCATTTTTACTAGACCTCTCTC
TCTCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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GGCCATCGCCATTTTTACTAGACCTCTCTCTCTCTCTCC

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AAGATTAAAACCTTAAAAAATTGCATGCACTTGCGGCCGTATATCCTCACAAGTCAAGGG
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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB89TF U 1
AF RR3DV73TF U 1
AF RR3C045TF U 4
AF RR3CB89JQ C 627
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AF RR3EU82TF U 945
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BS 626 767 RR3DV73TF
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ATATTTTCCCGATCAAGAAAATTCGATGATTTAAGAGTAACTTCTTTCTTGGAAGGTGTT
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GCAACGGAGAAAAAACGGCGGTTGAGTGTAACGCAAGTGAAAGCGTTAGAAAAGAATTTC
GAGATTGATAACAAGTTAGAGCCTG

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DS 

RD RR3DV73TF 813 0 0
GGAT
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TTTCCCGATCAAGAAAATTCGATGATTTAAGAGTAACTTTTTTCTTGGAAGGTGTTAGAT
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G
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CTTTATCCGGTTTCTTACCAATTTGCCACTCTACATCAGACAAACAACTAAGTCCACGAC
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CGGAGAAAAAACGGCGGTTGAGTGTAACGCAAGTGAAAGCGTTAGAAAAGAATTTCGAGA
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TTCA
A

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DS 

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ACATTGATCAAGGGGAATGAAGCGAGCAGAT

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DS 

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C

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DS 

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G
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AAGCGAGCAGATAAAAAGATTAAAACCTTAAAAAATTGCATGCACTTGCGGCCGTATATC
CTCACAAGTCAAGGGTTTAAGAGATTATG
C

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DS 

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TGGAAGAGCATGAAGATCTTTTTAGTGGAGAGGAAGCTTGCAAGTTGTTTTGCGGATAAT
GAGCAGTGGTTTTGCTCCGGTCAGTGGAGTTCCTAAAGCTAAAAGACATGTTGCTGCGGA
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TAATTACTTGGATTAATTGCGTTGAATGTAGTAATAAAAA

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DS 



AS 1 7

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 15 35 35 35 10 35 10 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 0 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AC01JQ U 267
AF RR3AZ34JQ U 1
AF RR3AE96JQ U 21
AF RR3H538JQ U 2
AF RR3AZ34TF C 265
AF RR3AE96TF C 381
AF RR3BT63TF C 417
BS 1 139 RR3AZ34JQ
BS 140 140 RR3H538JQ
BS 141 378 RR3AZ34JQ
BS 379 379 RR3H538JQ
BS 380 447 RR3AZ34JQ
BS 448 448 RR3H538JQ
BS 449 766 RR3AZ34JQ
BS 767 770 RR3H538JQ
BS 771 771 RR3AZ34TF
BS 772 786 RR3H538JQ
BS 787 1047 RR3AZ34TF
BS 1048 1066 RR3BT63TF

RD RR3AC01JQ 343 0 0
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CGGCTTCAGCTTGGCTGTGGCCGCTTAAACCGATCAAACCAGAGCCAAAACCGACACCGT
TCTTGGCGAAACTACCGATCAAACCGCCTCTGACAGGGATACCGATTTGCTTCACGGAAG
AGAACTTCATGCTGCACTCAGTGATCACCTTGACGAAACCATTAATGGCACCCTTCAACT
TAATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCTGTCCCCTTGGCTTATCTTAGCGTTAGCATTGT
ACTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCCATTTTCTCCTCAAGCTT

QA 1 343 1 343
DS 

RD RR3AZ34JQ 766 0 0
CAAAAATATCTGATATTTTTATTAATGGTTTACAAATAGAGATAAAATATCACATGGCGT
TTCCCTCCTTCATATTAGTAGTACACAAAATAAATGTAGTAAAGATAAACTCATGGCTCT
CCTTCATATGTTGTTGTTCGTAAGCATAAATTGCGCCTTTGCTCAGTTTAAGTGTATCTT
GCTAGGGTGGACCCGTGATTTGAACTCACCATCTCCTCTGAACTTTCCCTTACCCGCCGC
ATCGTATTTAACGAATCCTCCGAAGTCAAAGAACCCCCCGAACAATCTTCTGCCTCCAGC
ATGACCTTGAATTCCAACCTTAGCTTCGGCTTCAGCTTGGCTGTGGCCGCTAAAACCGAT
CAAACCAGAGCCAAAACCTACACCGTTCTTGGCGAAACTACCGATCAAACCGCCTCTGAC
AGGGATACCGATTTGCTTCACGGAAGAAAACTTCATGCTGCACTCAGTGATCACCTTGAC
GAAACCATTAATGGCACCCTTCAACTTAATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCTGTCCCC
TTGGCTTATCTTAGCGTTAGCATTGTACTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCGATTTTCTC
CTCAAGCTTAAAAAAAACATCCAGCCATACCGTTGTAGCTCTTCTCTAGCTTAGCCGCGA
GCTCACCTTGAATACCAATAGCTGCTTCAGCCGCAAACACGGCCTTGGTTATCATGGCGT
ATTTGGTGTAAACCACGCGAAACACATTCCTGGCCCCTGCGACCTT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3AE96JQ 746 0 0
ATTAATGGTTTACAAATAGAGATAAAATATCACATGGCGTTTCCCTCCTTCATATTAGTA
GTACACAAAATAAATGTAGTAAAGATAAACTCATGGCTCTCCTTCATATGTTGTTGTTCA
TAAGCATAAATTGCGCCTTTGCTCAGTTTAAGTGTATCTTGCTAGGGTGGACCCGTGATT
TGAACTCACCATCTCCTCTGAACTTTCCCTTACCCGCCGCATCGTATTTAACGAATCCTC
CGAAGTCAAAGAACCCCCCGAACAATCTTCTGCCTCCAGCATGACCTTGAATTCCAACCT
TAGCTTCGGCTTCAGCTTGGCTGTGGCCGCTAAAACCGATCAAACCAGAGCCAAAACCGA
CACCGTTCTTGGCGAAACTACCGATCAA*CCGCCTCTGACAGGGATACCGATTTGCTTCA
CGGAAGAGAACTTCATGCTGCACTCAGTGATCACCTTGACGAAACCATTAATGGCACCCT
TCAACTTAATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCTGTCCCCTTGGCTTATCTTAGCGTTAG
CATTGTACTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCGATATTCTCCTCAAGCTTAAAAAAA*CAT
CCAGCCATACCGTTGTAGCTCTTCTCTAGCTTAGCCGCGAGCTCACCTTGAATACCAATA
GCTGCTTCAGCCGCAAACACGGCCTTGGTTATCATGGCGTATTTGGTGTAAACCACGCGA
AACACATTCCTGGCCCCTGCGACCTT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3H538JQ 785 0 0
GG
AAATATCTGATATTTTTATTAATGGTTTACAAATAGAGATAAAATATCACATGGCGTTTC
CCTCCTTCATATTAGTAGTACACAAAATAAATGTAGTAAAGATAAACTCATGGCTCTCCT
TCATATGTTGTTGTTCATAAGCATAAATTGCGCCTTTGCTCAGTTTAAGTGTATCTTGCT
AGGGTGGACCCGTGATTTGAACTCACCATCTCCTCTGAACTTTCCCTTACCCGCCGCATC
GTATTTAACGAATCCTCCGAAGTCAAAGAACCCACCGAACAATCTTCTGCCTCCGGGATG
ACCTTGAATTCCAACCTTAGCTTCGGCTTCAGCTTGGCTGTGGCCGCTTAAACCGATCAA
ACCAGAGCCAAAACCGACACCGTTCTTGGCGAAACTACCGATCAAACCGCCTCTGACAGG
GATACCGATTTGCTTCACGGAAGAGAACTTCATGCTGCACTCAGTGATCACCTTGACGAA
ACCATTAATGGCACCCTTCAACTTAATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCTGTCCCCTTG
GCTTATCTTAGCGTTAGCATTGTACTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCCATTTTCTCCTC
AAGCTTAAAAAAAACATCCAGCCATACCGTTGTAGCTCTTCTCTAGCTTAGCCGCGAGCT
CACCTTGAATACCAATAGCTGCTTCAGCCGCAAACACGGCCTTGGTTATCATGGCGTATT
TGGTGTAAACCACGCGAAACACATTCCTGGCCCCTGCGACCTTGAAG*CTGCGAGCTGGT
TGC

QA 3 785 3 785
DS 

RD RR3AZ34TF 790 0 0
GTCAAAGAACCCCCCGAACAATCT*CTGC*TCCAGCATGACCTTGAATTCCAACTTTAGC
TTCGGCTTCAGCTTGGCTGTGGCCGCTAAAACCGATCAAACCAGAGCCAAAAC*TACACC
GTTCTTGGCGAAACTACCGATCAAACCGCCTCTGACAGGGATACCGATTTGCTTCACGGA
AGAGAACTTCATGCTGCACTCAGTGATCACCTTGACGAAACCATTAATGGCACCCTTCAA
CTTAATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCTGTCCCCTTGGCTTATCTTAGCGTTAGCATT
GTACTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCGATTTTCTCCTCAAGCTTAAAAAAAACATCCAG
CCATACCGTTGTAGCTCTTCTCTAGCTTAGCCGCGAGCTCACCTTGAATACCAATAGCTG
CTTCAGCCGCAAACACGGCCTTGGTTATCATGGCGTATTTGGTGTAAACCACGCGAAACA
CATTCCTGGCCCCTGCGACCTTGAAGGCTGCGAGCTGGTTGCTGAAGGTTTGGCATATGG
AGAACAAAGTGTTGAACTGAACGCTGTTTGGTGCGGATTTAGCCTTTTGCTCGATGAACT
TGGAGATTTCGAGGGAAGGGAAGGTTTGGACTCCCCCCAAAGTAGGTGGACATATGTTCT
TTTGTGTTTTCTTAGGCTTAGGTGGGTGTGCCGAGACGGATGAGGCGATGACTAGAACTA
AGGCTAAAGATAACAACAGAGAAGTCCTTGCCATGGTTGTATTGATGGCAAGGTGAAGAC
TAA
AATAGAT

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3AE96TF 674 0 0
CACCGTTCTTGGCGAAACTACCGATCAA*CCGCCTCTGACAGGGATACCGATTTGCTTCA
CGGAAGAGAACTTCATGCTGCACTCAGTGATCACCTTGACGAAACCATTAATGGCACCCT
TCAACTTAATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCTGTCCCCTTGGCTTATCTTAGCGTTAG
CATTGTACTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCGATATTCTCCTCAAGCTTAAAAAAA*CAT
CCAGCCATACCGTTGTAGCTCTTCTCTAGCTTAGCCGCGAGCTCACCTTGAATACCAATA
GCTGCTTCAGCCGCAAACACGGCCTTGGTTATCATGGCGTATTTGGTGTAAACCACGCGA
AACACATTCCTGGCCCCTGCGACCTTGAAGGCTGCGAGCTGGTTGCTGAAGGTTTGGCAT
ATGGAGAACAAAGTGTTGAACTGAACGCTGTTTGGTGCGGATTTAGCCTTTTGCTCGATG
AACTTGGAGATTTCGAGGGAAGGGAAGGTTTGGACTCCCCCCAAAGTAGGTGGACATATG
TTCTTTTGTGTTTTCTTAGGCTTAGGTGGGTGTGCCGAGACGGATGAGGCGATGACTAGA
ACTAAGGCTAAAGATAACAACAGAGAAGTCCTTGCCATGGTTGTATTGATGGCAAGGTGA
AGACTAA
AATAGAT

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3BT63TF 650 0 0
TGACAGGGATACCGATTTGCTTCACGGAAGAGAACTTCATGCTGCACTCAGTGATCACCT
TGACGAAACCATTAATGGCACCCTTCAACTTAATCAAACATTCGTCCATCTTGTCCCTGT
CCCCTTGGCTTATCTTAGCGTTAGCATTGTACTTGTACTTGGCCGAGATCTCGGCGATTT
TCTCCTCAAGCTTAAAAAAA*CATCCAGCCATACCGTTGTAGCTCTTCTCTAGCTTAGCC
GCGAGCTCACCTTGAATACCAATAGCTGCTTCAGCCGCAAACACGGCCTTGGTTATCATG
GCGTATTTGGTGTAAACCACGCGAAACACATTCCTGGCCCCTGCGACCTTGAAGGCTGCG
AGCTGGTTGCTGAAGGTTTGGCATATGGAGAACAAAGTGTTGAACTGAACGCTGTTTGGT
GCGGATTTAGCCTTTTGCTCGATGAACTTGGAGATTTCGAGGGAAGGGAAGGTTTGGACT
CCCCCCAAAGTAGGTGGACATATGTTCTTTTGTGTTTTCTTAGGCTTAGGTGGGTGTGCC
GAGACGGATGAGGCGATGACTAGAACTAAGGCTAAAGATAACAACAGAGAAGTCCTTGCC
ATGGTTGTATTGATGGCAAGGTGAAGACTAAAATAGATAAAAAAGAAAAA

QA 1 650 1 650
DS 



AS 2 8

CO CL699Contig1 590 6 3 U
GGAGATTATAGCAGAGCAGATCTGATTGAGAAGAAAAAAGAAGAAGGAGAGGCATGACAA
TGATCAGATGCATCTCGATGGCAGCGATCCTCGTGGCACTAGTTGCATCCATCTCCATGG
TTTCAGCATCTCCTGAAGCAGAGTTTGTTAAGAAGACCATCTCTTCCCACAAGATCGTCA
TCTTCTCCAAATCCTACTGCCCGTACTGCAGGAGAGCAAAGTCTGTGTTCAGTGAGCTGA
ATCAGGTTCCTCATGTTGTTGAGCTTGACGAAAGAGAAGATGGGGGGAGTATCCAGAGTG
CACTTGGAGAGATTGTTGGAAGGCGAACAGTACCACAGGTTTTCATTAACGGAAAGCACA
TCGGAGGATCAGATGATACCGTAGACGCGCATGAGAGCGGGGAACTGGCCAAGCTTCTTG
GCGTTTCCGGAAACACAAGAGCTGAACTCTAGGCTGAACTATAGTTCAAATAACTGATAA
ACCTCTGTGTCTGTGATATTATCAGTTGTTCGAAAATTTGTAATGGGGTTTCTGAAGATT
TTATAACAGCTTGACAAGGCCTTGTTAAAACATCTATTATCAATTACTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D243TF U 1
AF RR3GE48JQ C 183
AF RR3FJ35JQ C 183
AF RR3GE48TF U 1
AF RR3FJ35TF U 6
AF RR3D243JQ C 193
BS 1 260 RR3D243TF
BS 261 261 RR3GE48TF
BS 262 590 RR3D243TF

RD RR3D243TF 590 0 0
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TGATCAGATGCATCTCGATGGCAGCGATCCTCGTGGCACTAGTTGCATCCATCTCCATGG
TTTCAGCATCTCCTGAAGCAGAGTTTGTTAAGAAGACCATCTCTTCCCACAAGATCGTCA
TCTTCTCCAAATCCTACTGCCCGTACTGCAGGAGAGCAAAGTCTGTGTTCAGTGAGCTGA
ATCAGGTTCCTCATGTTGTTTAGCTTGACGAAAGAGAAGATGGGGGGAGTATCCAGAGTG
CACTTGGAGAGATTGTTGGAAGGCGAACAGTACCACAGGTTTTCATTAACGGAAAGCACA
TCGGAGGATCAGATGATACCGTAGACGCGCATGAGAGCGGGGAACTGGCCAAGCTTCTTG
GCGTTTCCGGAAACACAAGAGCTGAACTCTAGGCTGAACTATAGTTCAAATAACTGATAA
ACCTCTGTGTCTGTGATATTATCAGTTGTTCGAAAATTTGTAATGGGGTTTCTGAAGATT
TTATAACAGCTTGACAAGGCCTTGTTAAAACATCTATTATCAATTACTGC

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3GE48JQ 384 0 0
TTT
TCCAAATCCTACTGCCCGTACTGCAGGAGAGCAAAGTCTGTGTTCAGTGAGCTGAATCAG
GTTCCTCATGTTGTTGAGCTTGACGAAAGAGAAAATGGGGGGAGTATCCAGAGTGCACTT
GGAGAGATTGTTGGAAGGCGAACAGTACCACAGGTTTTCATTAACGGAAAGCACATCGGA
GGATCAGATGATACCGTAGACGCGCATGAGAGCGGGGAACTGGCCAAGCTTCTTGGCGTT
TCCGGAAACACAAGAGCTGAACTCTAGGCTGAACTATAGTTCAAATAACTGATAAACCTC
TGTGTCTGTGATATTATCAGTTGTTCGAAAATTTGTAATGGGGTTTTTGAAGATTTTATA
ACAGCTTGACAAGGCCTTGTT

QA 4 384 4 384
DS 

RD RR3FJ35JQ 392 0 0
TTT
TCCAAATCCTACTGCCCGTACTGCAGGAGAGCAAAGTCTGTGTTCAGTGAGCTGAATCAG
GTTCCTCATGTTGTTGAGCTTGACGAAAGAGAAGATGGGGGGAGTATCCAGAGTGCACTT
GGAGAGATTGTTGGAAGGCGAACAGTACCACAGGTTTTCATTAACGGAAAGCACATCGGA
GGATCAGATGATACCGTAGACGCGCATGAGAGCGGGGAACTGGCCAAGCTTCTTGGCGTT
TCCGGAAACACAAGAGCTGAACTTTAGGCTGAACTATAGTTCAAATAACTGATAAACCTC
TGTGTCTGTGATATTATCAGTTGTTCGAAAATTTGTAATGGGGTTTCTGAAGATTTTATA
ACAGCTTGACAAGGCCTTGTTAAAACA
CC

QA 4 390 4 390
DS 

RD RR3GE48TF 566 0 0
GGAGATT
ATAGCAGAGCAGATCTGATTGAGAAGAAAAAAGAAGAAGGAGAGGCGTGACAATGATCAG
ATGCATCTCGATGGCAGCGATCCTCGTGGCACTAGTTGCATCCATCTCCATGGTTTCAGC
ATCTCCTGAAGCAGAGTTTGTTAAGAAGACCATCTCTTCCCACAAGATCGTCATCTTCTC
CAAATCCTACTGCCCGTACTGCAGGAGAGCAAAGTCTGTGTTCAGTGAGCTGAATCAGGT
TCCTCATGTTGTTGAGCTTGACGAAAGAGAAAATGGGGGGAGTATCCAGAGTGCACTTGG
AGAGATTGTTGGAAGGCGAACAGTACCACAGGTTTTCATTAACGGAAAGCACATCGGAGG
ATCAGATGATACCGTAGACGCGCATGAGAGCGGGGAACTGGCCAAGCTTCTTGGCGTTTC
CGGAAACACAAGAGCTGAACTCTAGGCTGAACTATAGTTCAAATAACTGATAAACCTCTG
TGTCTGTGATATTATCAGTTGTTCGAAAATTTGTAATGGGGTTTCTGAAGATTTTATAAC
AGCTTGACAAGGCCTTGTT

QA 8 566 8 566
DS 

RD RR3FJ35TF 569 0 0
GG
ATAGCAGAGCAGATCTGATTGAGAAGAAAAAAGAAGAAGGAGAGGCATGACAATGATCAG
ATGCATCTCGATGGCAGCGATCCTCGTGGCACTAGTTGCATCCATCTCCATGGTTTCAGC
ATCTCCTGAAGCAGAGTTTGTTAAGAAGACCATCTCTTCCCACAAGATCGTCATCTTCTC
CAAATCCTACTGCCCGTACTGCAGGAGAGCAAAGTCTGTGTTCAGTGAGCTGAATCAGGT
TCCTCATGTTGTTGAGCTTGACGAAAGAGAAGATGGGGGGAGTATCCAGAGTGCACTTGG
AGAGATTGTTGGAAGGCGAACAGTACCACAGGTTTTCATTAACGGAAAGCACATCGGAGG
ATCAGATGATACCGTAGACGCGCATGAGAGCGGGGAACTGGCCAAGCTTCTTGGCGTTTC
CGGAAACACAAGAGCTGAACTCTAGGCTGAACTATAGTTCAAATAACTGATAAACCTCTG
TGTCTGTGATATTATCAGTTGTTCGAAAATTTGTAATGGGGTTTCTGAAGATTTTATAAC
AGCTTGACAAGGCCTTGTTAAAACA
CC

QA 3 567 3 567
DS 

RD RR3D243JQ 398 0 0
CCTACTGCCCGTACTGCAGGAGAGCAAAGTCTGTGTTCAGTGAGCTGAATCAGGTTCCTC
ATGTTGTTTAGCTTGACGAAAGAGAAGATGGGGGGAGTATCCAGAGTGCACTTGGAGAGA
TTGTTGGAAGGCGAACAGTACCACAGGTTTTCATTAACGGAAAGCACATCGGAGGATCAG
ATGATACCGTAGACGCGCATGAGAGCGGGGAACTGGCCAAGCTTCTTGGCGTTTCCGGAA
ACACAAGAGCTGAACTCTAGGCTGAACTATAGTTCAAATAACTGATAAACCTCTGTGTCT
GTGATATTATCAGTTGTTCGAAAATTTGTAATGGGGTTTCTGAAGATTTTATAACAGCTT
GACAAGGCCTTGTTAAAACATCTATTATCAATTACTGC

QA 1 398 1 398
DS 



CO CL699Contig2 588 2 1 U
GGAGATTATAGCAGAGCAGATCTGAGTGAGAAGAAGAAAAGAGGCATGACAATGATCAGA
TCCATCTCGATGGCAGCGCTCCTCGTGGCACTAGTTGCATCCATCTCCATGGTTTCAGCA
TCTCCTGAAGCAGAGTTTGTTAAGAAGACCATCTCTTCCCACAAGATCGTCATCTTCTCC
AAATCCTACTGCCCGTATTGCAGGAGAGCAAAGTCTGTGTTCAGTGAGCTGAATCAGGTT
CCTCATGTTGTTGAGCTTGACGAAAGAGAAGATGGGGGGAGTATCCAGAGTGCACTTGGA
GAGATTGTTGGAAGGCGAACAGTGCCACAGGTTTTCATTAACGGAAAGCACATCGGAGGA
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GGAAACACAAGAGCTGAACTCTAGGCTGAAATATAGTTCAAATAACTGATAAAACTCTCT
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EO40JQ C 1
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RD RR3EO40TF 588 0 0
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QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 7

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW05JQ U 1
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GG
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CGTTGATAGTGTAATGTGGAACCCCAGTGATATTCTGCGAATACTTCTCCAGCTCTTCTT
TTACCTCTGTGGTTCCATTGTTGGGCTCTGAGAGGAATACTTCTGCTCCGTCTATGCCAA
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AACCAAGACACAACTCTTCAACAAGGCTATGTTGTTTATCCGGCGCTTGTTTCCCCACAT
AATGTATGAGTCTATGACTATCCAGAGTGTTGCCTGTGAGACCGGATGTGTCATACTCTA
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CGATGAGCTTTTT
GAAAAGTT

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ATAAAACTCTTTCTTGTTCACACCTTCTTTGGGTGCAGATGCATCGAGGAAAAAAGGATG
CCATCGAATCTCAAAGCTGTATTGATCTTTAGATGCATCAATGGCTTTGTCAAGATTCTT
CTTCCCCACAAAGCACCATGGGCACACCGTATCCGAGCTTATATCAATTTCGATGAGCTT
TTTTGAAAAGTTTCTGCTTGCAGACTCGGCCATTGGAGGTTCTTTTT****TTT**GGCT
GGAAACGATTGGAGGAAGATGATTGTGATCGTCTAT
CC

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DS 

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AAAGTGG
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GTGTTT*AAGAAGAAGCTGCTTCAAACGCACTCTGGA*TGTCTCAGGCGGTTGTGCACCG
CTCAGTTTCACCTTCGCGTTGATAGTGTAATGTGGAACCCCAGTGATATTCTGCGAATAC
TTCTCCAGCTCTTCTTTTACCTCTGTGGTTCCATTATTGGGCTCTGAGAGGAATACTTCT
GCTCCGTCTATGCCAAGCTTTTTAGCCGTCTCAGCCAGAAACTCCCTGTCCCCTATATAC
TTTCCCTGTGTGAAGTAACCAAGACACAACTCTTCAACAAGGCTATGTTGTTTATCCGGA
GCTTGTTTCCCCGCATAATGTATGAGTCTATGACTATCCAGAGTGTTGCCTGTGAGACCG
GATGTGTCACACTCTAACCCAATACCTTTGAAGATCCCAAACATTCTTCTGAACATTGCT
TCAACCCTGCTTCCAAACTTTTGTCTATAAAACTCTTTCTTGTTCACACCTTCTTTGGGT
GCAGATGCATCGAGGAAAAAAGGATGCCATCGAATCTCAAAGTTGTATTGATCTTTAGAT
GCATCAATGGCTTTGTCAAGATTCTTCTTCCCCACAAAGCACCATGGGCACACCGTAACC
GAGCTTATATCAATTTCGATGAGCTTTTTTGAAAAGTTTCTGCTCGCAGACTCGGCCATT
GGAGGTTTTTTTTTTTTTTT**GGCTGGAAACGATTGGAGGAAGATGATTGTGATCGTCT
AT
GGGCC

QA 8 789 8 789
DS 

RD RR3FB92TF 747 0 0
TTCACTGTTTGTG
TTTAAGAAGAAGCTGCTTCAAACGCACTCTGGA*TGTCACAGGCGGTTGTGCACCGCTCA
GTTTCAC*TTCGCGTTGATAGTGTAATGTGGAACCCCAGTGATATTCTGCGAATACTTCT
CCAGCTCTTCTTTTACCTCTGTGGTTCCATTATTGGGCTCTGAGAGGAATACTTCTGCTC
CGTCTATGCCAAGCTTTTTAGCCGTCTCAGCCAGAAACTCCCTGTCCCCTATATACTTTC
CCTGTGTGAAGTAACCAAGACACAACTCTTCAACAAGGCTATGTTGTTTATCCGGAGCTT
GTTTCCCCGCATAATGTATGAGTCTATGACTATCCAGAGTGTTGCCTGTGAGACCGGATG
TGTCATACTCTAACCCAATACCTTTGAAGATCTCAGACATTCTTCTGAACATTGCTTCAA
CTCTGCTTCCAAACTTTTGTCTATAAAACTCTTTCTTGTTCACACCTCCTTTGGGTGCAG
ATGCATCGAGGAAAAAAGGATGCCATCGAATCTCAAAGTTGTATTGATCTTTAGATGCAT
CAATGGCTTTGTCAAGATTCTTCTTCCCCACAAAGCACCATGGGCACACCGTATCCGAGC
TTATATCAATTTCGATGAGCTTTTTTGAAAAGTTTCTGCTCGCAGACTCGGCCATTGGAG
GTTTTTTTTTTTTTTTTTGGCTGCAAACGATTGGAGGAAGATGATTGTGATCGTCTATGG
GAGAAACAACTCCC

QA 14 747 14 747
DS 



AS 1 8

CO CL701Contig1 854 8 8 U
GGAGGTGCTGAGAGAGAAAGATAGGGAGAGAAGAAATCAACGCAGGCATGGTAGGCGCAG
CAGCATCAGCGAACCTCGCGAGCCTGAGATCGACAACGACGTCTCTGTTTACAAATCGGC
CATTCTCTTTGTCCATGTTAAGCGGAATCAGAAGCTCTCTCGTATTAAGGACATGTCTGA
AGCCCACACCTCTCCGATTCGCGACGTCGTGGCCAACACCTTCACACCACGTTTCTTCCG
TTAGGGCCATGTCATCGTCATCATCGTCTCCATCTCCCTCGCTAGAGGAGACGGTTAGAA
GGACAGTAGCAGAAAACCCTGTGGTTGTCTACTCCAAATCCTGGTGCTCATACTCGTCGG
AAGTGAAGTCGTTGTTCAATGGGCTTCAAGTTAAGCCACTCGTTATTGAACTTGATCAAC
TTGGTGCACAAGGGTCGCAGCTGCAGAATGTCTTGGAGAAACTCACTGGACAATACACTG
TTCCTAATGTTTTCATCGGAGGCAAGCACATTGGTGGCTGCTCAGATACGTTGCAGCTGT
ACAACAAAGGAGAGCTGGAGCCAATGTTAGCTGAGGCCAATGCCAAAACCGGTCAGACCT
AGAGATGAGAACTGGTTGGAGATTTGTTTACGTTTCCGTTTTTGTTTAATCAGAACCTCT
GAATTAAAATTCTTCAAGTCGAGATGATTTGCTGTCTACGTAGAGATTTCATAAGAACCC
TCTTATGCGTCTTTCCATGGAAGTAAAATAAATAAACAGGCAGACTGGTTTCTCTTACTA
AACC*GGGAGTTTGGTGGAGTCACTTGCTTGAAATTTGCAATCAATTTTTGGTCGGGTAA
TGCACATGGTTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 50 50 20 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3EB35TF U 8
AF RR3EO11TF U 8
AF RR3AQ20JQ C 232
AF RR3AQ20TF U 232
AF RR3EB35JQ C 357
AF RR3AC21TF U 1
AF RR3EO11JQ C 126
AF RR3AC21JQ C 270
BS 1 463 RR3AC21TF
BS 464 464 RR3EB35TF
BS 465 609 RR3AC21TF
BS 610 610 RR3AQ20TF
BS 611 784 RR3AC21TF
BS 785 785 RR3EO11JQ
BS 786 832 RR3AC21TF
BS 833 854 RR3EO11JQ

RD RR3EB35TF 462 0 0
GG
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CGAACCTCGCGAGCCTGAGATCGACAACGACGTCTCTGTTTACAAATCGGCCATTCTCTT
TGTCCATGTTAAGCGGAATCAGAAGCTCTCTCGTATTAAGGACATGTCTGAAGCCCACAC
CTCTCCGATTCGCGACGTCGTGGCCAACACCTTCACACCACGTTTCTTCCGTTAGGGCCA
TGTCATCGTCATCATCGTCTCCATCTCCCTCTCTAGAGGAGACGGTTAGAAGGACAGTAG
CAGAAAACCCTGTGGTTGTCTACTCCAAATCCTGGTGCTCATACTCGTCGGAAGTGAAGT
CGTTGTTCAATGGGCTTCAAGTTAAGCCACTCGTTATTGAACTTGATCAACTTGGTGCAC
AAGGGTCGCAGCTGCAGAATGTCTTGGAGAAACTCACTGG

QA 3 462 3 462
DS 

RD RR3EO11TF 644 0 0
GG
GAGAGAGAAAGATAGGGAGAGAAGAAATCAACGCAGGCATGGTAGGCGCAGCAGCATCAG
CGAACCTCGCGAGCCTGAGATCGACAACGACGTCTCTGTTTACAAATCGGCCATTCTCTT
TGTCCATGTTAAGCGGAATCAGAAGCTCTCTCGTATTAAGGACATGTCTGAAGCCCACAC
CTCTCCGATTCGCGACGTCGTGGCCAACACCTTCACACCACGTTTCTTCCGTTAGGGCCA
TGTCATCGTCATCATCGTCTCCATCTCCCTCGCTAGAGGAGACGGTTAGAAGGACAGTAG
CACAAAACCCTGTGGTTGTCTACTCCAAATCCTGGTGCTCATACTCGTCAGAAGTGAAGT
CGTTGTTCAATGGGCTTCAAGTTAAGCCACTCGTTATTGAACTTGATCAACTTGGTGCAC
AAGGGTCGCAGCTGCAGAATGTCTTGGAGAAACTCACTGGACAATACACTGTTCCTAATG
TTTTCATCGGAGGCAAGCACATTGGTGGCTGCTCAGATACGTTGCAGCTGTACAACAAAG
GAGAGCTGGAGCCAATGTTAGTTGAGGCCAATGCCAAAACCGGTCAGACCTAGAGATGAG
AACTGGTTGGAGATTTGTTTACGTTTCCGTTTTTGTTTAATC

QA 3 644 3 644
DS 

RD RR3AQ20JQ 457 0 0
G
TTCTTCCGTTAGGGCCATGTCATCGTCATCATCGTCTCCATCTCCCTCGCTAGAGGAGAC
GGTTAGAAGGACAGTAGCA*AAAACCCTGTGGTTGTCTACTCCAAATCCTGGTGCTCGTA
CTCGTCGGAAGTGAAGTCGTTGTTCAATGGGCTTCAAGTTAAGCCACT*GTTATTGAACT
TGATCAACTTGGTGCGCAAGGGTCGCAGCTGCAGAATGTCTTGGAGAAACTCACTGGACA
ATACACTGTTCCTAATGTTTTCATCGGAGGCAAGCACATTGGTGGCTGCTCAGATACGTT
GCAGCTGTACAACAAAGGAGAGCTGGAGCCAATGTTAGCTGAGGCCAATGCCAAAACCGG
TCAGACCTAGAGATGAGAACTGGTTGGAGATTTGTTTACGTTTCCGTTTTTGTTTAATCA
GAACCTCTGAATTAAAATTCTTCAAGTCGAGATGAT

QA 2 457 2 457
DS 

RD RR3AQ20TF 493 0 0
G
TTCTTCCGTTAGGGCCATGTCATCGTCATCATCGTCTCCATCTCCCTCGCTAGAGGAGAC
GGTTAGAAGGACAGTAGCA*AAAACCCTGTGGTTGTCTACTCCAAATCCTGGTGCTCGTA
CTCGTCGGAAGTGAAGTCGTTGTTCAATGGGCTTCAAGTTAAGCCACT*GTTATTGAACT
TGATCAACTTGGTGCGCAAGGGTCGCAGCTGCAGAATGTCTTGGAGAAACTCACTGGACA
ATACACTGTTCCTAATGTTTTCATCGGAGGCAAGCACATTGGTGGCTGCTCAGATACGTT
GCAGCTGTACAACAAAGGAGAGCTGGAGCCAATGTTAGCTGAGGCCAATGCCAAAACCGG
TCAGACCTAGAGATGAGAACTGGTTGGAGATTTGTTTACGTTTCCGTTTTTGTTTAATCA
GAACCTCTGAATTAAAATTCTTCAAGTCGAGATGATTTGCTGTCTACGTAGAGATTTCAT
AAGAACCC
CCCT

QA 2 489 2 489
DS 

RD RR3EB35JQ 374 0 0
TCGGAAGTGAAGTCGTTGTTCAATGGGCTTCAAGTTAAGCCACTCGTTATTGAACTTGAT
CAACTTGGTGCACAAGGGTCGCAGCTGCAGAATGTCTTGGAGAAACTCACTGGACAATAC
ACTGTTCCTAATGTTTTCATCGGAGGCGAGCACATTGGTGGCTGCTCAGATACGTTGCAG
CTGTACAACAAAGGAGAGCTGGAGCCAATGTTAGCTGAGGCCAATGCCAAAACCGGTCAG
ACCTAGAGATGAGAACTGGTTGGAGATTTGTTTACGTTTCCGTTTTTGTTTAATCAGAAC
CTCTGAATTAAAATTCTTCAAGTCGAGATGATTTGCTGTCTACGTAGAGATTTCATAAGA
ACCCTCTTATGCGT

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR3AC21TF 832 0 0
GGAGGTGCTGAGAGAGAAAGATAGGGAGAGAAGAAATCAACGCAGGCATGGTAGGCGCAG
CAGCATCAGCGAACCTCGCGAGCCTGAGATCGACAACGACGTCTCTGTTTACAAATCGGC
CATTCTCTTTGTCCATGTTAAGCGGAATCAGAAGCTCTCTCGTATTAAGGACATGTCTGA
AGCCCACACCTCTCCGATTCGCGACGTCGTGGCCAACACCTTCACACCACGTTTCTTCCG
TTAGGGCCATGTCATCGTCATCATCGTCTCCATCTCCCTCGCTAGAGGAGACGGTTAGAA
GGACAGTAGCAGAAAACCCTGTGGTTGTCTACTCCAAATCCTGGTGCTCATACTCGTCGG
AAGTGAAGTCGTTGTTCAATGGGCTTCAAGTTAAGCCACTCGTTATTGAACTTGATCAAC
TTGGTGCACAAGGGTCGCAGCTGCAGAATGTCTTGGAGAAACTAACTGGACAATACACTG
TTCCTAATGTTTTCATCGGAGGCAAGCACATTGGTGGCTGCTCAGATACGTTGCAGCTGT
ACAACAAAGGAGAGCTGGAGCCAATGTTAGCTGAGGCCAATGCCAAAACCGGTCAGACCT
AGAGATGAGGACTGGTTGGAGATTTGTTTACGTTTCCGTTTTTGTTTAATCAGAACCTCT
GAATTAAAATTCTTCAAGTCGAGATGATTTGCTGTCTACGTAGAGATTTCATAAGAACCC
TCTTATGCGTCTTTCCATGGAAGTAAAATAAATAAACAGGCAGACTGGTTTCTCTTACTA
AACCCGGGAGTTTGGTGGAGTCACTTGCTTGAAATTTGCAATCAATTTTTGG

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR3EO11JQ 729 0 0
TCTTTGTCCATGTTAAGCGGAATCAGAAGCTCTCTCGTATTAAGGACATGTCTGAAGCCC
ACACCTCTCCGATTCGCGACGTCGTGGCCAACACCTTCACACCACGTTTCTTCCGTTAGG
GCCATGTCATCGTCATCATCGTCTCCATCTCCCTCGCTAGAGGAGACGGTTAGAAGGACA
GTAGCAGAAAACCCTGTGGTTGTCTACTCCAAATCCTGGTGCTCATACTCGTCAGAAGTG
AAGTCGTTGTTCAATGGGCTTCAAGTTAAGCCACTCGTTATTGAACTTGATCAACTTGGT
GCACAAGGGTCGCAGCTGCAGAATGTCTTGGAGAAACTCACTGGACAATACACTGTTCCT
AATGTTTTCATCGGAGGCAAGCACATTGGTGGCTGCTCAGATACGTTGCAGCTGTACAAC
AAAGGAGAGCTGGAGCCAATGTTAGTTGAGGCCAATGCCAAAACCGGTCAGACCTAGAGA
TGAGAACTGGTTGGAGATTTGTTTACGTTTCCGTTTTTGTTTAATCAGAACCTCTGAATT
AAAATTCTTCAAGTCGAGATGATTTGCTGTCTACGTAGAGATTTCATAAGAACCCTCTTA
TGCGTCTTTCCATGGAAGTAAAATAAATAAACAGGCAGACTGGTTTCTCTTACTAAACC*
GGGAGTTTGGTGGAGTCACTTGCTTGAAATTTGCAATCAATTTTTGGTCGGGTAATGCAC
ATGGTTTGA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3AC21JQ 585 0 0
CCATCTCCCTCGCTAGAGGAGACGGTTAGAAGGACAGTAGCAGAAAACCCTGTGGTTGTC
TACTCCAAATCCTGGTGCTCATACTCGTCGGAAGTGAAGTCGTTGTTCAATGGGCTTCAA
GTTAAGCCACTCGTTATTGAACTTGATCAACTTGGTGCACAAGGGTCGCAGCTGCAGAAT
GTCTTGGAGAAACTAACTGGACAATACACTGTTCCTAATGTTTTCATCGGAGGCAAGCAC
ATTGGTGGCTGCTCAGATACGTTGCAGCTGTACAACAAAGGAGAGCTGGAGCCAATGTTA
GCTGAGGCCAATGCCAAAACCGGTCAGACCTAGAGATGAGGACTGGTTGGAGATTTGTTT
ACGTTTCCGTTTTTGTTTAATCAGAACCTTTGAATTAAAATTCTTCAAGTCGAGATGATT
TGCTGTTTACGTAGAGATTTCATAAGAACCCTCTTATGCGTCTTTCCATGGAAGTAAAAT
AAATAAACAGGCAGACTGGTTTCTCTTACTAAACC*GGGAGTTTGGTGGAGTCACTTGCT
TGAAATTTGCAATCAATTTTTGGTCGGGTAATGCACATGGTTTGA

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 4

CO CL702Contig1 1363 4 9 U
CACAAAAAAAACGTTTGGGGTTAGGTCCAAAATAATTTTACACAAGTACTTTAAGCGAAC
CGAGTGATACATGATAATAGTTCTGCAGTATTTCGTGGAGCTGGTTTCAGGCTTTGAAGC
TATCTCGTTAGAGATTACAATATTGTTAACTAAACATGTTTAAGAGAAGGAGTGCTCACC
AGCTTGATGATGGTTCTCAGCATGATAACAAGGTTAGAGAATTGAGATCTGGGATAGGAC
CGCTCTCTGGACATAGTTCAGTGTTCTGCTCTGATGCTTCTTTGAGGAGGTATTTGGCTG
CTCGTAACTGGAATGTGGAGAAAGCCAAGAAAATGCTTGAGGAGACTCTTAAGTGGAGAT
CAACATACAAACCTCAAGAGATCCGTTGGAATCAAGTAGCACATGAAGGTGAGACCGGTA
AAGTTTCAAGAGCTGGTTTTCATGATAGGCAAGGTAGAGTAGTGCTTATAATGAGACCAG
CATTACAGAACTCAACATCAGCAGAAGGCAATATCAAGCATTTGGTCTATCTTCTTGAAA
ATGCCATCCTCAATCTTCCCAAGGGACAAAAACAAATGTCTTGGCTCATCGATTTCACTG
GTTGGTCTATGGCTGCTAATGTCCCTATGAAAACAACACGAGAGATTGTCTACATTCTAC
AGAACCATTACCCTGAGAGACTCGGTATCGCCTTTCTCTACAATCCACCAAGACTCTTCC
AAGCAGTCTATAAGGCTGTTAAATACTTCTTGGACCCATGTACAGCTCAAAAGGTCAAAT
TTGTGTACCCTAAGGACAAAACAAGTGATGAACTGATGACATCACATTTTGATATTGGGA
ATCTTCCCAAGGAGTTTGGAGGAGAAGCAACACTAGAGTATGATCATGAGGAGTTCTCAA
AACAAATGTGTGAAGATGATGTCAAAACAGCAAAGTTCTGGGGATTTGAGGAGAAACAGT
ATCCGAAACCAAACGGTTTCTCTCCAGCCGATGTTGTTCCTGAGCCAGCCACTTCTATTG
CATCAGCAGCTAGCTGAGTTATATATATACCCTTACACAGAAACAAGAAGAGATGAATAG
TAAAAGTTTATTCTCGTCCAAGAGCCAATAAAAATGTCTTGTTTACTTAGATAATTAATA
AGGTTCCAAGTCTTTGCTTAGTGAGCCAAAATCTTTTCTTAAAATGTTATAATTAACAGA
GACGTTCCTTGTCATGAATGTTGTATGTGTGAGAATATTGATACCATGTGTAACTGTTTT
GTGTTTAGTAATTGAAGCTAGCAGAGTAATCCTTTTATTTATGATGATTATTTTTCAAGT
TCAGTCATGGGTGATTATGAAATATTGCTCTTAAGTCTTAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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AF RR3ES34TF U 1
AF RR3FB80JQ C 566
AF RR3BJ29JQ C 803
AF RR3BJ29TF U 803
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RD RR3ES34TF 729 0 0
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AGAATCATTACCCTGAGAGACTCGGTATCGCCTTTCTCTACAATCCACCAAGACTCTTCC
AAGCAGTCT

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DS 

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AACAGCAAAGTTCTGGGGATTTGAGGAGAAACAGTATCCGAAACCAAACGGTTTCTCTCC
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C

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GG
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TTGCTCTTAAGTCTTAACT

QA 3 561 3 561
DS 



AS 1 8

CO CL703Contig1 800 8 6 U
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GAAAAGCAAAAAGCTCTCTCTCAAGCTTTACCTATGAACTCAATGTCAAAGAGAAGAACC
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AAATTTTCTGAATGAGACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC11JQ U 39
AF RR3DD71JQ U 1
AF RR3DD71TF C 10
AF RR3FQ36TF C 317
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AAGCATAGCAGGAACTCCATCAGAACCAATGATTCCCTGGTCCCAACCTTTGATCACCTC
ACCAACACCTATACGGAAAGTTAGAGGTTTTCCCCGATTATAGCTACTATCAAAGACTTT
CCCATTCTCCAACTTCCCCACATAATGTGCCTTGATTAGCTGCCCTTTAACAGCTGCAGG
GCCATATCCAACTACCTTATCACAGAAGGCAAGACCAGAAGGAGAC

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR3DD71JQ 633 0 0
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ATTCACTTGATTACAAATAGAGTATATTTTTAAAGAAGATGGTGGCTCAGCAAAGACAAA
GAAAAGCAAAAAGCTCTCTCTCAAGCTTTACCTATGAACTCAATGTCAAAGAGAAGAACC
GAAGCTGGTGGAATGAGACATGAGCCTCCTTTGCAACCTGCCCCTCGATCACCATACGCG
AGTTCTGGAGGAATCTTTAATGTCCGTTTACCTCCAGTAAGCATAGCAGGAACTCCATCA
GAGCCAATGATTCCCTGGTCCCAACCTTTGATCACCTCACCAACACCTATACGGAAAGTT
AGAGGTTTTCCCCGATTATAGCTACTATCAAAGACTTTCCCATTCTCCAACTTCCCCACA
TAATGTGCCTTGATTAGCTGCCCTTTAACAGCTGCAGGGCCATATCCAACTACCTTATCA
CAGAAGGCAAGACCAGAAGGAGACACAGAGAATTCACAAGAACTTGTTTCGGCAAATGCT
GAAACGTTATCAACAAGACCAATACAGACACCAAAACCAATAATTGCTTCTCTTCTACCA
CAAGAAGCTGGTTGAACAAAACTTAATTCGTGA

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3DD71TF 766 0 0
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ATTACAAATAGAGTATATTTT*AAAGAAGATGGTGGCTCAGCAAAGACAAAGAAAAGCAA
AAAGCTCTCTCTCAAGCTTTACCTATGAACTCAATGTCAAAGAGAAGAACCGAAGCTGGT
GGAATGAGACATGAGCCTCCTTTGCAACCTGCCCCTCGATCACCATACGCGAGTTCTGGA
GGAATCTTTAATGTCCGTTTACCTCCAGTAAGCATAGCAGGAACTCCATCAGAGCCAATG
ATTCCCTGGTCCCAACCTTTGATCACCTCACCAACACCTATACGGAAAGTTAGAGGTTTT
CCCCGATTATAGCTACTATCAAAGACTTTCCCATTCTCCAACTTCCCCACATAATGTGCC
TTGATTAGCTGCCCTTTAACAGCTGCAGGGCCATATCCAACTACCTTATCACAGAAGGCA
AGACCAGAAGGAGACACAGAGAATTCACAAGAACTTGTTTCGGCAAATGCTGAAACGTTA
TCAACAAGACCAATACAGACACCAAAACCAATAATTGCTTCTCTTCTACCACAAGAAGCT
GGTTGAACAAAACTTAATTCGTGATCAGAAACCTTTTGTTTGCTTCTCAAATTAATGGCA
TCTGCTTTGGTTAAACTACTGCTCACAAAACTTCTGCCTTTTCTTTGCTCACTTGGTGGA
GAACAAGTGCCAACAGAAAATCCTAAGGAGGTCATTTCTTCTCT
CC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3FQ36TF 459 0 0
GGTCCCAACCTTTGATCACCTCACCAACACCTATACGGAAAGTTAGAGGTTTTCCCCGAT
TATAGTTACTATCAAAGACTTTCCCATTCTCCAACTTCCCCACATAATGTGCCTTGATTA
GCTGCCCTTTAACAGCTGCAGGGCCATATCCAACTACCTTATCACAGAAGGCAAGACCAG
AAGGAGACACAGAGAATTCACAAGAACTTGTTTCGGCAAATGCTGAAACGTTATCAACAA
GACCAATACAGACACCAAAACCAATAATTGCTTCTCTTCTACCACAAGAAGCTGGTTGAA
CAAAACTTAATTCGTGATCAGAAACCTTTTGTTTGCTTCTCAAGTTAATGGCATCTGCTT
TGGTTAAGCTACTGCTCACAAAACTTCTGCCTTTTCTTTGCTCACTTGGTGGAGAACAAG
TGCCAACAGAAAATCCTAAGGAGGTCATTTCTTCTCT
CC

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR3D895JQ 715 0 0
ATATGAACGAACAAGTTTGAAAAAGAGCCAGAAAATATTCACTTGATTACAAATAGAGTA
TATTTTTAAAGAAGATGGTGGCTCAGCAAAGACAAAGAAAAGCAAAAAGCTCTCTCTCAA
GCTTTACCTATGAACTCAATGTCAAAGAGAAGAACCGAAGCTGGTGGAATGAGACATGAG
CCTCCTTTGCAACCTGCCCCTCGATCACCATACGCGAGTTCTGGAGGAATCTTTAATGTC
CGTTTACCTCCAGTAAGCATAGCAGGAACTCCATCAGAGCCAATGATTCCCTGGTCCCAA
CCTTTGATCACCTCACCAACACCTATACGGAAAGTTAGAGGTTTTCCCCGATTATAGCTA
CTATCAAAGACTTTCCCATTCTCCAACTTCCCCACATAATGTGCCTTGATTAGCTGCCCT
TTAACAGCTGCAGGGCCATATCCAACTACCTTATCACAGAAGGCAAGACCAGAAGGAGAC
ACAGAGAATTCACAAGAACTTGTTTCGGCAAATGCTGAAACGTTATCAACAAGACCAATA
CAGACACCAAAACCAATAATTGCTTCTCTTCTACCACAAGAAGCTGGTTGAACAAAACTT
AATTCGTGATCAGAAACCTTTTGTTTGCTTCTCAAGTTAATGGCATCTGCTTTGGTTAAG
CTACTGCTCACAGAACTTCTGCCTTTTCTTTGCTCACTTGGTGGAGAACAAGTGC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3FQ36JQ 725 0 0
GAGCCAGAAAATATTCACTTGATTACAAATAGAGTATATTTTTAAAGAAGATGGTGGCTC
AGCAAAGACAAAGAAAAGCAAAAAGCTCTCTCTCAAGCTTTACCTATGAACTCAATGTCA
AAGAGAAGAACCGAAGCTGGTGGAATGAGACATGAGCCTCCTTTGCAACCTGCCCCTCGA
TCACCATACGCGAGTTCTGGAGGAATCTTTAATGTCCGTTTACCTCCAGTAAGCATAGCA
GGAACTCCATCAGAGCCAATGATTCCCTGGTCCCAACCTTTGATCACCTCACCAACACCT
ATACGGAAAGTTAGAGGTTTTCCCCGATTATAGCTACTATCAAAGACTTTCCCATTCTCC
AACTTCCCCACATAATGTGCCTTGATTAGCTGCCCTTTAACAGCTGCAGGGCCATATCCA
ACTACCTTATCACAGAAGGCAAGACCAGAAGGAGACACAGAGAATTCACAAGAACTTGTT
TCGGCAAATGCTGAAACGTTATCAACAAGACCAATACAGACACCAAAACCAATAATTGCT
TCTCTTCTACCACAAGAAGCTGGTTGAACAAAACTTAATTCGTGATCAGAAACCTTTTGT
TTGCTTCTCAAGTTAATGGCATCTGCTTTGGTTAAGCTACTGCTCACAAAACTTCTGCCT
TTTCTTTGCTCACTTGGTGGAGAACAAGTGCCAACAGAAAATCCTAAGGAGGTCATTTCT
TCTCT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3DC11TF 585 0 0
GAATGAGACATGAGCCTCCTTTGCAACCTGCCCCTCGATCACCATACGCGAGTTCTGGAG
GAATCTTTAATGTCCGTTTACCTCCAGTAAGCATAGCAGGAACTCCATCAGAGCCAATGA
TTCCCTGGTCCCAACCTTTGATCACCTCACCAACACCTATACGGAAAGTTAGAGGTTTTC
CCCGATTATAGCTACTATCAAAGACTTTCCCATTCTCCAACTTCCCCACATAATGTGCCT
TGATTAGCTGCCCTTTAACAGCTGCAGGGCCATATCCAACTACCTTATCACAGAAGGCAA
GACCAGAAGGAGACACAGAGAATTCACAAGAACTTGTTTCGGCAAATGCTGAAACGTTAT
CAACAAGACCAATACAGACACCAAAACCAATAATTGCTTCTCTTCTACCACAAGAAGCTG
GTTGAACAAAACTTAATTCGTGATCAGAAACCTTTTGTTTGCTTCTCAAATTAATGGCAT
CTGCTTTGGTTAAACTACTGCTCACAAAACTTCTGCCTTTTCTTTGCTCACTTGGTGGAG
AACAAGTGCCAACAGAAAATCCTAAGGAGGTCATTTCTTCTCT
CC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3D895TF 698 0 0
TGGCTCAGCAAAGACAAAGAAAAGCAAAAAGCTCTCTCTCAAGCTTTAC*TATGAACTCA
ATGTCAAAGAGAAGAACCGAAGCTGGTGGAATGAGACATGAGCCTCCTTTGCAACCTGCC
CCTCGATCACCATACGCGAGTTCTGGAGGAATCTTTAATGTCCGTTTACCTCCAGTAAGC
ATAGCAGGAACTCCATCAGAGCCAATGATTCCCTGGTCCCAACCTTTGATCACCTCACCA
ACACCTATACGGAAAGTTAGAGGTTTTCCCCGATTATAGCTACTATCAAAGACTTTCCCA
TTCTCCAACTTCCCCACATAATGTGCCTTGATTAGCTGCCCTTTAACAGCTGCAGGGCCA
TATCCAACTACCTTATCACAGAAGGCAAGACCAGAAGGAGACACAGAGAATTCACAAGAA
CTTGTTTCGGCAAATGCTGAAACGTTATCAACAAGACCAATACAGACACCAAAACCAATA
ATTGCTTCTCTTCTACCACAAGAAGCTGGTTGAACAAAACTTAATTCGTGATCAGAAACC
TTTTGTTTGCTTCTCAAGTTAATGGCATCTGCTTTGGTTAAGCTACTGCTCACAGAACTT
CTGCCTTTTCTTTGCTCACTTGGTGGAGAACAAGTGCCAACAGAAAATCCTAAGGAGGTC
ATTTCTTCTCTATCCAGAAAATTTTCTGAATGAGACCC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 2 7

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CTCATCAAAAATTTGTGTACATGCATATATAAATAGGGTAATTATCAAATAATTATTTGT
TTTATACATCAATGAGAGGCAAATGTAACTCATTCCTCGAAGTTCCAGACCAGGGATGAG
CGTACTGCATTTCTAGCATACAGTAGGATTAGCAGAACCAATACAATCGAAGCAGTCAGA
TTGCAGAGTAACTGCCTTTTGCTCTTAGCTTCCTTTACCACGTTTCCAGTTGCCTCTTTG
TACTTCTCGAACCATTTGGCTCCAACTCTGTCCTTCTCCTCGTCCTTGGAGCTCAAAGTT
CCTTTAGGCTCACCAACTAATCCCTCTTTGTCACTCTTTACTTCCCCTGCTTTTTGCTCT
GCATCATTATGTTTCAGCTGATCGTTTGGCTTAAAACCTTGGCTTTGTTTTGCCTCATGT
TGATCATGGGGTTTTGTGACCACCGGTGGTTTGACCGGTGATGGTGGTGGCTTAGTCTGA
GGGGTTTCTGTCTTGACTTTGGGATGTCTGATGTAAAGTTTGTAATCTTTGAACATAGCT
GAAACAGAGTCAATATCGACGGTCAGAGGAACGGGTATCTCCTGGTGGAAACGAATCCAT
TTGTTACCACCAGTTGGACGTTCTCCCGTTAGTCTTAGCTTCCTTGTTGAGGTTACCGCC
ACCTTAACCTGTTCTTTCTTGAATCCTGGGAGATCAGCGACAAGGACCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH71JQ U 1
AF RR3G790JQ U 1
BS 1 99 RR3FH71JQ
BS 100 100 RR3G790JQ
BS 101 425 RR3FH71JQ
BS 426 426 RR3G790JQ
BS 427 709 RR3FH71JQ

RD RR3FH71JQ 709 0 0
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GCATCATTATGTTTCAGCTGATCGTTTGGCTTAAAACCTTGGCTTTGTTTTGCCTCATGT
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GGGGTTTCTGTCTTGACTTTGGGATGTCTGATGTAAAGTTTGTAATCTTTGAACATAGCT
GAAACAGAGTCAATATCGACGGTCAGAGGAACGGGTATCTCCTGGTGGAAACGAATCCAT
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QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3G790JQ 700 0 0
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TTTATACATCAATGAGAGGCAAATGTAACTCATTCCTCGAAGTTCCAGACCAGGGATGAG
CGTACTGCATTTCTAGCATACAGTAGGATTAGCAGAACCAATACAATCGAAGCAGTCAGA
TTGCAGAGTAACTGCCTTTTGCTCTTAGCTTCCTTTACCACGTTTCCAGTTGCCTCTTTG
TACTTCTCGAACCATTTGGCTCCAACTCTGTCCTTCTCCTCGTCCTTGGAGCTCAAAGTT
CCTTTAGGCTCACCAACTAATCCCTCTTTGTCACTCTTTACTTCCCCTGCTTTTTGCTCT
GCATCATTATGTTTCAGCTGATCGTTTGGCTTAAAACCTTGGCTTTGTTTTGCCTCATGT
TGATCATGGGGTTTTGTGACCACCGGTGGTTTGACCGGTGATGGTGGTGGCTTAGTCTGA
GGGGTTTCTGTCTTGACTTTGGGATGTCTGATGTAGAGTTTGTAATCTTTGAACATAGCT
GAAACAGAGTCAATATCGACGGTCAGAGGAACGGGTATCTCCTGGTGGAAACGAATCCAT
TTGTTACCACCAGTTGGACGTTCTCCCGTTAGTCTTAGCTTCCTTGTTGAGGTTACCGCC
ACCTTAACCTGTTCTTTCTTGAATCCTGGGAGATCAGCGA

QA 1 700 1 700
DS 



CO CL704Contig2 910 5 15 U
GGACAAAACAAAACATTACTTATAAACCAAAGAAAAACAGAGCAACTACAAAGAAAAAAG
AGAGTGAAAGAGAGAATGGCTAACTTTGGAACAGAACGAGTTTACCAAGAATTCGAGCCT
GCAACTAGATGGACCTCTGAACCAGACGCCGAGGTCCTTGTCGCTGATCTCCCAGGATTC
AAGAAAGAACAGGTTAAGGTGGCGGTAACCTCAACAAGGAAGCTAAGACTAACGGGAGAA
CGTCCAACTGGTGGAAACAAATGGATTCGTTTCCACCAGGAGATACCCGTTCCTCTGACC
GTCGATATTGACTCTGTTTCAGCTATGTTCAAAGATTACAAACTCTACATCAGACATCCC
AAAGTCAAGACAGAAACCCCTCAAACTAAGCCACCACCATCACCGGTCAAACCACCGGTG
GTCACAAAACCCCATGATCAACATGAGGCAAAACAAAGCCAAGGTTCTAAGCCAAACGAT
CAGCTGAAACATAATGATGAAGAGCAAAAAGCAGGGGAAGTAAAGAGTGACAAAGAGGGA
TTAGTTGGTGAGCCTAAAGGAACTTTGAGCTCCAAGGACGAGGAGAAGGACAGAGTTGGA
GCCAAATGGTTTGAGAAGTACAAAGAGGCAACTGGAAGCGTGGTAAAGGAAGCTAAAAGC
AAAAGGCAGTTACTCTGCAATTTGACTGCTTCGATTGTATTGGTTCTGCTAATCCTACTG
TATGCTAGAAATGCAGTACGCTCATCCCTGGTCTGGAACTCCGAGGAATGAGTCACATTT
GCCTCTCATTGATGTATAAGATTGCTTATGCACAGAAAAACAAATAAATATTCGATAATT
ACCCTATTTATATATATTCATGTACACAAATTTGTGATGAGAAAAATGAAAGAAAAAAAC
TCCATTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 0 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G790TF U 1
AF RR3FH71TF U 16
AF RR3AE72TF U 3
AF RR3AJ86TF U 2
AF RR3AJ86JQ C 139
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AGAGTTAA*GAGAGAATGGCTAACTTTGGAACAGAACGAGTTTACCAAGAATTCGAGCCT
GCAACTAGATGGACCTCTGAACCAGACGCCGAGGTCCTTGTCGCTGATCTCCCAGGATTC
AAGAAAGAACAGGTTAAGGTGGCGGTAACCTCAACAAGGAAGCTAAGACTAACGGGAGAA
CGTCCAACTGGTGGTAACAAATGGATTCGTTTCCACCAGGAGATACCCGTTCCTCTGACC
GTCGATATTGACTCTGTTTCAGCTATGTTCAAAGATTACAAACTCTACATCAGACATCCC
AAAGTCAAGACAGAAACCCCTCAGACTAAGCCACCACCATCACCGGTCAAACCACCGGTG
GTCACAAAACCCCATGATCAACATGAGGCAAAACAAAGCCAAGGTTCTAAGCCAAACGAT
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TTAGTTGGTGAGCCTAAA

QA 1 558 1 558
DS 

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GG
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GGCTAACTTTGGAACAGAACGAGTTTACCAAGAATTCGAGCCTGCAACTAGATGGACCTC
TGAACCAGACGCCGAGGTCCTTGTCGCTGATCTCCCAGGATTCAAGAAAGAACAGGTTAA
GGTGGCGGTAACCTCAACAAGGAAGCTAAGACTAACGGGAGAACGTCCAACTGGTGGTAA
CAAATGGATTCGTTTCCACCAGGAGATACCCGTTCCTCTGACCGTCGATATTGACTCTGT
TTCAGCTATGTTCAAAGATTACAAACTCTACATCAGACATCCCAAAGTCAAGACAGAAAC
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DS 

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GGAAA
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AAGAGAGAATGGCTAACTTTGGAACAGAACGAGTTTACCAAGAATTCGAGCCTGCAACTA
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AACAGGTTAAGGTGGCGGTAACCTCAACAAGGAAGCTAAGACTAACGGGAGAACGTCCAA
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ATTGATGTATAAA
C

QA 6 798 6 798
DS 

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ACAAAACATTACTTATAAACCAAAGAAAAACAGAGCAACTACAAAGAAAAAAGAGAGTGA
A**AGAGAATGGCTAACTTTGGAACAGAACGTGTTTACCAAGAATTCGAGCCCGCAACTA
GATGGACCTCTGAACCAGACGCCGAGGTCCTTGTCGCTGATCTCCCAGGATTCAAGAAAG
AACAGGTTAAGGTGGCTGTAACCTCAACAAGGAAGCTAAGACTAACGGGAGAACGTCCAA
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GAAATGCAGTACGCTCATCCCTGGTCTGGAACTCCGAGGAATGAGTCACATTTGCCTCTC
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TTATATATATTCATGT

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DS 

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GTGGCTGTAACCTCAACAAGGAAGCTAAGACTAACGGGAGAACGTCCAACTGGTGGAAAC
AAATGGATTCGTTTCCACCGGGAGATACCCGTTCCTCTGACCGTTGATATTGACTCTGTT
TCAGCTATGTTCAAAGATTACAAACTCTACATCAGACATCCCAAAGTCAAGACAGAAACC
CCTCAAACTAAGCCACCACCATCACCGGTCAAACCACCGGTGGTCACAAAACCCCATGAT
CAACATGAGGCAAAACAAAGCCAAGGT***AAGCCAAACGATCAGCTGAAACATAATGAT
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GGAACTTTGAGCTCCAAGGACGAGGAGAAGGACAGAGTTGGAGCCAAATGGTTTGAGAAG
TACAAAGAGGCAACTGGAAGCGTGGTAAAGGAAGCTAAAAGCAAAAGGCAGTTACTCTGC
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AGATTGCTTATGCACAGAAAAACAAATAAATATTCGATAATTACCCTATTTATATATATT
CATGTACACAAATTTGTGATGAGAAAAATGAAAGAAAAAAACTCCATTTTAC

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DS 



AS 1 5

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AGAGAGCCAAAGCTTGACTGCTATTGATAGATATGGTATTTTGGATGATTCTTTTGCACT
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TGCAGCAGATGCAAATTTAGAACTGATGTCTGGGATTAAACAATTTTTCATCGGCGTTTT
CCAGCTTGCTGCTGGGAAACTTGGTTGGGACCCAAAACAAGGGGAGAGCCATCTAGATGC
TATGCTGAGAGGGGAAGTCTTAACTGCACTTGCTACGTTTGGGCATGATGAGACACTAAA
GGAGGGAGTTAGAAGATTTGATGCATTCTTAGCTGATAGGAACACTACGCTTCTGCCTCC
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AATCTTAGGTTCTTTGGCATGTTGCCCAGACCCCACTATAGTTCAAGATGTTCTTAACTT
TGTATTGTCTGATGAGGTCCGGAATCAAGATGCAGTTTATGGACTTTCCGGTGTAAGTTG
GGAA*GGACGTGAAGTAGCATGGAAATGGCTACAGGAGAAGTGGGTCTTCATTGAGAAGA
CATGGGGTTCTGGATTTCTCCTAACACGCTTCATAAGTGCAGTTGTATCTCCGTTTGCGT
CGTTTGAGAAGGCGAAAGAAGTGCAGGAGTATTTCTTAACGAGATCAAAGCCTTCAATGG
CAAGAACCTTGAAGCAGAGCATTGAAAAGGTTCATATCAATGCTAATTGGGTGGAGAGTA
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CACTTTTTCGTTCTGTTTTATCTCCTGAATAAACCAAAGTATCTGTGACCATGCAAACCT
TTGTTGTTTTCTCCGCTTCTCAACACAGAATTTGAAGTTTATTTTTTAGACTTTGACTTT
GTCATCAATAAAGTTTCCTTTTCAGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW52TF U 1
AF RR3E854TF U 125
AF RR3E957TF U 390
AF RR3BW52JQ C 630
AF RR3E854JQ C 678
BS 1 639 RR3BW52TF
BS 640 640 RR3E854TF
BS 641 673 RR3BW52TF
BS 674 674 RR3E854TF
BS 675 684 RR3BW52TF
BS 685 685 RR3E854TF
BS 686 704 RR3BW52TF
BS 705 742 RR3E854TF
BS 743 748 RR3E957TF
BS 749 749 RR3BW52JQ
BS 750 757 RR3E957TF
BS 758 758 RR3BW52JQ
BS 759 771 RR3E957TF
BS 772 772 RR3BW52JQ
BS 773 815 RR3E957TF
BS 816 816 RR3BW52JQ
BS 817 904 RR3E957TF
BS 905 905 RR3BW52JQ
BS 906 915 RR3E957TF
BS 916 916 RR3BW52JQ
BS 917 945 RR3E957TF
BS 946 947 RR3BW52JQ
BS 948 1000 RR3E957TF
BS 1001 1231 RR3BW52JQ
BS 1232 1232 RR3E854JQ
BS 1233 1348 RR3BW52JQ

RD RR3BW52TF 710 0 0
GTTCTTGTCAAGCGGTTCTCCTGGGGAAGGACAATGGATTGTGCCAGTAACCCTGTGCTG
TGGTCCATATGACGTGCGCAAAAACTTCTTGTTGGAATCCAAATCTGGAGCATATGATAT
AAAGGAGTTATTGGGCTGTTCCGTTGGTGATGGCTCTTGGATAAAAATCAATGTCGATCA
GGCTGGGTTCTATAGGGTGAAATATGATGACAGCCTCGCGGCTGGACTCAGGAAGGCAAC
AGAGAGCCAAAGCTTGACTGCTATTGATAGATATGGTATTTTGGATGATTCTTTTGCACT
GTCTATGGCTCGTCAGCAGTCTCTGGCCTCTTTGCTCACTTTGATTAGTGCTTACAAAAA
GGAATCTGACTACACCGTGCTGTCAAACCTCATTGTTATAAGCTACAAAGTTGTGAAGAT
TGCAGCAGATGCAAATTTAGAACTGATGTCTGGGATTAAACAATTTTTCATCGGCGTTTT
CCAGCTTGCTGCTGGGAAACTTGGTTGGGACCCAAAACAAGGGGAGAGCCATCTAGATGC
TATGCTGAGAGGGGAAGTCTTAACTGCACTTGCTACGTTTGGGCATGATGAGACACTAAA
GGAGGGAGTTAGAAGATTTGATGCATTCTTAGCTGATAG*AACACTACGCTTCTGCCTCC
TGACCTCAGAAGG*CTGCTTATGT*GCTGTAATGCAGAGAGCCA
CAGTCA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3E854TF 630 0 0
GAGTTATTGGGCTGTTCCGTTGGTGATGGCTCTTGGATAAAAATCAATGTCGATCAGGCT
GGGTTCTATAGGGTGAAATATGATGACAGCCTCGCGGCTGGACTCAGGAAGGCAACAGAG
AGCCAAAGCTTGACTGCTATTGATAGATATGGTATTTTGGATGATTCTTTTGCACTGTCT
ATGGCTCGTCAGCAGTCTCTGGCCTCTTTGCTCACTTTGATTAGTGCTTACAAAAAGGAA
TCTGACTACACCGTGCTGTCAAACCTCATTGTTATAAGCTACAAAGTTGTGAAGATTGCA
GCAGATGCAAATTTAGAACTGATGTCTGGGATTAAACAATTTTTCATCGGCGTTTTCCAG
CTTGCTGCTGGGAAACTTGGTTGGGACCCAAAACAAGGGGAGAGCCATCTAGGTGCTATG
CTGAGAGGGGAAGTCTTAACTGCACTTGCTACGTTTGGGCATGATGAGACACTAAAGGAG
GGAGTTAGAAGATTTGATGCATTCTTAGCTGATAGGAACACTACGCTTCTGCCTCCTGAC
CTCAGAAGGGCTGCTTATGTTGCTGTAATGCAGAGAGCCAACAAGTCAGACAAATCTGGT
TACGAGTCTCTGCTTAAG
TGTATAGGGAAC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3E957TF 611 0 0
G
CATTGTTATAAGCTACAAAGTTGTGAAGATCGCAGCAGATGCAAATTTAGAACTGATGTC
TGGGATTAAACAATTTTTCATCGGCGTTTTCCAGCTTGCTGCTGGGAAACTTGGTTGGGA
CCCAAAACAAGGAGAGAGCCATCTAGATGCTATGCTGAGAGGGGAAGTCTTAACTGCACT
TGCTACGTTTGGGCATGATGAGACACTAAAGGAAGCAATTAGAAGATTTGATGCATTCTT
AGCTGATAGGAACACTACGCTTCTTCCTCCTGACCTCAGAAGGGCTGCTTATGTTGCTGT
AATGCAGAGAGCCAACAAGTCAGACAAATCTGGTTACGAGTCTCTGCTTAAGGTGTATGG
GGAAACATACCTGAGCCAGGAAAAAACTCGAATCTTAGGTTCTTTGGCATGTTGCCCAGA
CCCCAGTATAGTTCAAGATGTTCTTAACTTTGTATTGTCTGATGAGGTCCGGAATCAAGA
TGCAGTTTATGGACTTTCCGGTGTAAGTTGGGAAAGGACGTGAAGCAGCATGGAAATGGC
TACAGGAGAAGTGGGAGTTCATTGAGAAGACATGGGGTTCTGGATTTCTCCTAACACGCT
TCATAAGTGC

QA 2 611 2 611
DS 

RD RR3BW52JQ 719 0 0
TAGCTGATAGGAACACTACGCTTCTGCCTCCTGACCTCAGAAGGGCTGCTTATGT*GCTG
TAATGCAGAGAGCCAACAAGTCAGACAAATCTGGTTACGAGTCTCTGCTTAAGGTGTATA
GGGAAACAGACCTGAGCCAGGAGAAAACTCGAATCTTAGGTTCTTTGGCATGTTGCCCAG
ACCCCACTATAGTTCAAGATGTTCTTAACTTTGTATTGTCTGATGAGGTCCGGAATCAAG
ATGCAGTTTATGGACTTTCCGGTGTAAGTTGGGAA*GGACGTGAAGTAGCATGGAAATGG
CTACAGGAGAAGTGGGTCTTCATTGAGAAGACATGGGGTTCTGGATTTCTCCTAACACGC
TTCATGAGTGCAGTTGTATCTCCGTTTGCGTCGTTTGAGAAGGCGAAAGAAGTGCAGGAG
TATTTCTTAACGAGATCAAAGCCTTCAATGGCAAGAACCTTGAAGCAGAGCATTGAAAAG
GTTCATATCAATGCTAATTGGGTGGAGAGTATCAAAAAGGAAGACAATCTCACACACCTC
GTTGCTCAGCTCTCTTCAAACTAAAGTCTCGCACTTTTTCGTTCTGTTTTATCTCCTGAA
TAGACCAAAGTATCTGTGACCATGCAAACCTTTGTTGTTTTCTCCGCTTCTCAACACAGA
ATTTGAAGTTTATTTTTTAGACTTTGACTTTGTCATCAATAAAGTTTCCTTTTCAGATG

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3E854JQ 668 0 0
CTTATGT
TGCTGTAATGCAGAGAGCCAACAAGTCAGACAAATCTGGTTACGAGTCTCTGCTTAAGGT
GTATAGGGAAACAGACCTGAGCCAGGAGAAGACTCGAATCTTAGGTTCTTTGGCATGTTG
CCCAGACCCCACTATAGTTCAAGATGTTCTTAACTTTGTATTGTCTGATGAGGTCCGGAA
TCAAGATGCAGTTTATGGACTTTCCGGTGTAAGTTGGGAA*GGACGTGAAGTAGCATGGA
AATGGCTACAGGAGAAGTGGGTCTTCATTGAGAAGACATGGGGTTCTGGATTTCTCCTAA
CACGCTTCATAAGTGCAGTTGTATCTCCGTTTGCGTCGTTTGAGAAGGCGAAAGAAGTGC
AGGAGTATTTCTTAACGAGATCAAAGCCTTCAATGGCAAGAACCTTGAAGCAGAGCATTG
AAGAGGTTCATATCAATGCTAATTGGGTGGAGAGTATCAAAAAGGAAGACAATCTCACAC
ACCTCGTTGCTCAGCTCTCTTCAAACTAAAGTCTCGCACTTTTTCGTTCTGTTTTATCTC
CTGAATAAACCAAAGTATCTGTGACCATGCAAACCTTTGTTGTTTTCTCCGCTTCTCAAC
ACAGAATTTGAAGTTTATTTTTTAGACTTTGACTTTGTCATCAATAAAGTTTCCTTTT
CAG

QA 8 665 8 665
DS 



AS 3 7

CO CL706Contig1 795 2 9 U
GCATGGCTATCACTTGGCGCCATGAAACTGATCACTCGAATCTTAGATCCCAACCCCATG
ACTCGTGTAACACTACAAGAGGTCTTCGAAGATGAATGGTTCAAGAAAGATTACAAGCCT
CCAGTGTTTGAGGAGAACGATGATTCAAACATGGACGATGTTGATGCTGTTTTCAAGGAC
TCCGAGGAACATCATGTAACCGAGAAAAAGGAAGAGCAGCCAGCTGCAATCAATGCATTT
GAGATCATTTCAATGTCAAGGGGGCTTAACTTGGAAAACCTGATTGATCCAGAACAGGAA
TTTAAGAGAGAAACAAGGATAACTCTGAGAGGAGGCGCGAACGAAATCATCGACAAGATA
GAAGAAGCTGCAAAGCCTCTTGGTTTTGATGTGCAAAAGAAGAACTACAAGATGAGGCTT
GAGAATGTGAAGGCTGGGAGAAAAGGGAATCTCAATGTGGCAACAGAGATATTCCAAGTA
GCGCCAAGTCTTCATATGGTTCAAGTCTCGAAATCAAAAGGGGACACTCTCGAATTCCAC
AAGTTTTATAAGAAGCTATCTAATTCTCTGGAGAATGTAGTCTGGACGAACAACGAAGCG
AAGAAAGCTGGAAATTGATGTATTATGAATGTTTGATCTTTTGGGACAACCTGTTGCTTT
GTTTATGAGCTTCTGTTTTTTTTTTTGGTGATCCGGCTACTTTTGTAAGGATGATTTGAG
GTGGTGTTGGTTTGTGTAAGGTGTATATATGAACTGACAATATCACTTATAAAGTCACAT
CGTTGCTTGTTGGTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK20TF U 1
AF RR3CK20JQ C 1
BS 1 1 RR3CK20JQ
BS 2 685 RR3CK20TF
BS 686 686 RR3CK20JQ
BS 687 707 RR3CK20TF
BS 708 708 RR3CK20JQ
BS 709 709 RR3CK20TF
BS 710 710 RR3CK20JQ
BS 711 734 RR3CK20TF
BS 735 795 RR3CK20JQ

RD RR3CK20TF 734 0 0
G
CATGGCTATCACTTGGCGCCATGAAACTGATCACTCGAATCTTAGATCCCAACCCCATGA
CTCGTGTAACACTACAAGAGGTCTTCGAAGATGAATGGTTCAAGAAAGATTACAAGCCTC
CAGTGTTTGAGGAGAACGATGATTCAAACATGGACGATGTTGATGCTGTTTTCAAGGACT
CCGAGGAACATCATGTAACCGAGAAAAAGGAAGAGCAGCCAGCTGCAATCAATGCATTTG
AGATCATTTCAATGTCAAGGGGGCTTAACTTGGAAAACCTGATTGATCCAGAACAGGAAT
TTAAGAGAGAAACAAGGATAACTCTGAGAGGAGGCGCGAACGAAATCATCGACAAGATAG
AAGAAGCTGCAAAGCCTCTTGGTTTTGATGTGCAAAAGAAGAACTACAAGATGAGGCTTG
AGAATGTGAAGGCTGGGAGAAAAGGGAATCTCAATGTGGCAACAGAGATATTCCAAGTAG
CGCCAAGTCTTCATATGGTTCAAGTCTCGAAATCAAAAGGGGACACTCTCGAATTCCACA
AGTTTTATAAGAAGCTATCTAATTCTCTGGAGAATGTAGTCTGGACGAACAACGAAGCGA
AGAAAGCTGGAAATTGATGTATTATGAATGTTTGATCTTTTGGGACAACCTGTTGCTTTG
TTTATGAGCTTCTGTTTTTTTTTT*GGTGATCCGGCTACTTTTGTACG*ATGATTTGAGG
TGGTGTTGGTTTG

QA 2 734 2 734
DS 

RD RR3CK20JQ 795 0 0
GCATGGCTATCACTTGGCGCCATGAAACTGATCACTCGAATCTTAGATCCCAACCCCATG
ACTCGTGTAACACTACAAGAGGTCTTCGAAGATGAATGGTTCAAGAAAGATTACAAGCCT
CCAGTGTTTGAGGAGAACGATGATTCAAACATGGACGATGTTGATGCTGTTTTCAAGGAC
TCCGAGGAACATCATGTAACCGAGAAAAAGGAAGAGCAGCCAGCTGCAATCAATGCATTT
GAGATCATTTCAATGTCAAGGGGGCTTAACTTGGAAAACCTGATTGATCCAGAACAGGAA
TTTAAGAGAGAAACAAGGATAACTTTGAGAGGAGGCGCGAACGAAATCATCGACAAGATA
GAAGAAGCTGCAAAGCCTCTTGGTTTTGATGTGCAAAAGAAGAACTACAAGATGAGGCTT
GAGAATGTGAAGGCTGGGAGAAAAGGGAATCTCAATGTGGCAACAGAGATATTCCAAGTA
GCGCCAAGTCTTCATATGGTTCAAGTCTCGAAATCAAAAGGGGACACTCTCGAATTCCAC
AAGTTTTATAAGAAGCTATCTAATTCTCTGGAGAATGTAGTCTGGACGAACAACGAAGCG
AAGAAAGCTGGAAATTGATGTATTATGAATGTTTGATCTTTTGGGACAACCTGTTGCTTT
GTTTATGAGCTTCTGTTTTTTTTTTTGGTGATCCGGCTACTTTTGTAAGGATGATTTGAG
GTGGTGTTGGTTTGTGTAAGGTGTATATATGAACTGACAATATCACTTATAAAGTCACAT
CGTTGCTTGTTGGTT

QA 1 795 1 795
DS 



CO CL706Contig2 879 2 2 U
GGATATTATAAATTTATATATATGGTGATATATTATCTGTCTATCTCTCAATGTCTTGGT
TCTTCTTGACTCATTAAATCCTCTCTTGATTCTTCAGCTTCAGTTTTGCTTCTTTCATTC
TAAGCTTGTGTTGATTTTGGAGTGATCTTTGTTTTGGAGGTTCCTTAGCATTTGGTGGAA
CCTTCTAAATCTGTTGATTTGGTGGAAAATGAATCGGAGGCAGCAAGTTAAGCGTAGAGT
AGGCAAGTATGAAGTGGGAAGAACAATTGGGGAAGGCACTTTTGCTAAAGTCAAGTTTGC
AAGAAACTCTGAAACTGGCGAACCTGTTGCCCTCAAGATTCTTGATAAAGAGAAAGTCCT
CAAGCATAAGATGTCTGAACAGATCAGAAGAGAGATAGCTACTATGAAGTTGATTAAGCA
TCCCAATGTTGTTCAATTGTATGAGGTGATGGCAAGCAAGACAAAGATATTTATCATCTT
GGAGTATGTTACAGGAGGAGAGCTCTTTGATAAGATTGTGAATGATGGGAGGATGAAAGA
AGATGAGGCTCGTAGATATTTTCAACAGCTTGTGCATGCTGTGGACTACTGTCATAGCAG
AGGTGTTTACCATAGAGATCTCAAGCCTGAAAATTTGCTATTGGATGCTTACGGAAACCT
CAAGATCTCAGATTTTGGATTAAGTGCTTTGTCTCAGCAGACATGTGGTCATGTGGTGTT
ATACTCTATGTCCTGCTTGCAGTTACTTGCCTTTTGATGATTCTAATCTAATGAATCTTT
ATAAGAAAATTTCATCTGGTGAATTCGACTGTCCTCCATGGCTATCACTTGGCGCCATGA
ACTGATCACTCGAAATCTTAGATCCTACCCCATGACTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GV81TF U 107
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TCTTCTTGACTCATTAAATCCTCTCTTGATTCTTCAGCTTCAGTTTTGCTTCTTTCATTC
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GGAGTATGTTACAGGAGGAGAGCTCTTTGATAAGATTGTGAATGATGGGAGGATGAAAGA
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AGGTGTTTACCATAG

QA 1 615 1 615
DS 

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G
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AAGTCAAGTTTGCAAGAAACTCTGAAACTGGCGAACCTGTTGCCCTCAAGATTCTTGATA
AAGAGAAAGTCCTCAAGCATAAGATGTCTGAACAGATCAGAAGAGAGATAGCTACTATGA
AGTTGATTAAGCATCCCAATGTTGTTCAATTGTATGAGGTGATGGCAAGCAAGACAAAGA
TATTTATCATCTTGGAGTATGTTACAGGAGGAGAGCTCTTTGATAAGATTGTGAATGATG
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CTTACGGAAACCTCAAGATCTCAGATTTTGGATTAAGTGCTTTGTCTCAGCAGACATGTG
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QA 2 773 2 773
DS 



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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV81JQ U 1
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AF RR3G945JQ U 2
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RD RR3GV81JQ 714 0 0
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GGTTACATGATGTTCCTCGGAGTCCTTGAAAACAGCATCAACATCGTCCATGTTTGAATC
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QA 1 714 1 714
DS 

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TTCGCTTCGTTGTTCGTCCAGACTACATTCTCCAGAGAATTAGATAGCTTCTTATAAAAC
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GCTACTTGGAATATCTCTGTTGCCACATTGAGATTCCCTTTTCTCCCAGCCTTCACATTC
TCAAGCCTCATCTTGTAGTTCTTCTTTTGCACATCAAAACCAAGAGGCTTTGCAGCTTCT
TCTATCTTGTCGATGATTTCGTTCGCGTCTCCTCTCAGAGTTATCCTTGTTTCTCTCTTA
AATTCCTGTTCTGGATCAATCAGGTTTTCCAAGTTAAGCCCCCTTGACATTGAAATGATC
TCAAATGCATTGATTGCAGCTGGCTGCTCTTCCTTTTTCTCGGTTACATGATGTTCCTCG
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GGAGGCTTGTAATCTTTCTTGAACCATTCATCTTCGAAGACCTCTTGTAGTGTTACACGA
GTCATGGGGTTAGGAT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3G945JQ 799 0 0
G
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AGCTCATAAACAAAGCAAGTAACAGGTTGCCCCAAAAGATCAAACATTCATTCATACATT
ATCAATTTCCAGCTTTCTTCGCTTCGTTGTTCGTCCAGACTACATTCTCCAGAGAATTAG
ATAGCTTCTTATAAAACTTGTGGAATTCGAGAGTGTCCCCTTTTGATTTCGAGACTTGAA
CCATATGAAGACTTGGCGCTACTTGGAATATCTCTGTTGCCACATTGAGATTCCCTTTTC
TCCCAGCCTTCACATTCTCAAGCCTCATCTTGTAGTTCTTCTTTTGCACATCAAAACCAA
GAGGCTTTGCAGCTTCTTCTATCTTGTCGATGATTTCGTTCGCGTCTCCTCTCAGAGTTA
TCCTTGTTTCTCTCTTAAATTCCTGTTCTGGATCAATCAGGTTTTCCAAGTTAAGCCCCC
TTGACATTGAAATGATCTCAAATGCATTGATTGCAGCTGGCTGCTCTTCCTTTTTCTCGG
TTACATGATGTTCCTCGGAGTCCTTGAAAACAGCATCAACATCGTCCATGTTTGAATCAT
CGTTCTCCTCAAACACTGGAGGCTTGTAATCTTTCTTGAACCATTCATCTTCGAAGACCT
CTTGTAGTATTACACGAGTCATGGGGTTAGGATCTAAGATTCGAGTGATCAGTTTCATGG
CGCCAAGTGATAGCCATG

QA 2 799 2 799
DS 



AS 1 8

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ATGGTTACAGTGGAAGGCTTAAATTTCTGGAGAGGTTTGCGTATGTGAACACCACCATCT
ACCCACTCACCTCCGTCCCTCTTCTCTTGCATTGTACGTTGCCCGCCGTTTGTCTCTTCA
CCAACCAGTTCATCATTCCTCAGATTAGCAACATTGCAAGTATATGGTTTCTATCTCTCT
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AAGCTTCGGACGAGGACGGAGACTTCGCGGAGCTCTACATGTTCAAATGGACGACGCTTC
TGATTCCGCCGACGACGCTGCTCATTGTAAACCTCGTGGGAGTTGTTGCGGGTTTCTCGT
ACGCCATCAACAGTGGATACCAGTCATGGGGACCGCTCTTTGGTAAGCTGTTCTTCGCCT
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TTAGGATCGATCCTTTCACTAAAAGAGTCACTGGCCCGGACATTCTGGAATGTGGGATCA
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TAAACAGTATTTTTGTTAATGTGATGAAGAAGCAAGCCAGTGGATGATATAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 30 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 30 45 45 45 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 5 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TGCTGAGGTGGGCTCTAGGTTCAGTTGAGATTCTCTTTAGTCGGCATTGTCCTATATGGT
ATGGTTACAGTGGAAGGCTTAAATTTCTGGAGAGGTTTGCGTATGTGAACACCACCATCT
ACCCACTCACCTCCGTCCCTCTTCTCTTGCATTGTACGTTGCCCGCCGTTTGTCTCTTCA
CCAACCAGTTCATCATTCCTCAGATTAGCAACATTGCAAGTATATGGTTTCTATCTCTCT
TTCTGTCTATTTTCGCCACGGGTATACTGGAAATGAGGTGGAGTGGCGTAGGCATAGACG
AATGGTGGAGAAACGAGCAGTTCTGGGTCATCGGTGGAGTATCAGCTCACTTATTCGCCG
TGTTTCAAGGTCTTCTCAAAGTCCTT

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G
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CCAAAGCTTGCGGCTTTCAAGGGGTCAGCTCCTATCAATCTTACAGACCGTCTGAACCAA
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GTGTTTCAAGGTCTTCTCAAAGTCCTTGCTGGTATCGACACAAACTTCACAGTCACGTCA
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TACGCCATCAACAGTGGATACCAGTCATGGGGACCGCTCTTTGTTAAGCTGTTCTTCGCC
T

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G
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TATATGGTTTCTATCTCTCTTTCTGTCTATTTTCGCCACGGGTATACTGGAAATGAGGTG
GAGTGGCGTAGGCATAGACGAATGGTGGAGAAACGAGCAGTTCTGGGTCATCGGTGGAGT
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AGTTGTTGCGGGTTTCTCGTACGCCATCAACAGTGGATACCAGTCATGGGGACCGCTCTT
TGGTAAGCTGTTCTTCGCCTTTTGGGTGATTGTTCACTTGTACCCTTTCCTCAAGGGTTT
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GATCTTCTCCTTGTTGTGGGTTAGGATCGATCCTTTCACTAAAAGAGTCACTGGCCCGGA
CATTCTGGAATGTGGGATCAACTGTTGAGAAGTGTGAGCAATAATATGCTTTTGGGGTTA
AAAACACACATAATTATAAAGTTTATATATTTATTGTTTTATTTGTCTTGTGTATCGTCT
GTTGTGTCG

QA 2 730 2 730
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TTGTCTTGTGTATCGTCTGTTGTGTCGTGGTGTAAGATTAAACAGTATTTTTGTTAATGT
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AAGAAGCAAGCC

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TGGGGACCGCTCTTTGGTAAGCTGTTTTTCGCCTTTTGGGGGATTGTTCACTTGTACCCT
TTCCTCAAGGGTTTGATGGGGAGACAGAACCGGACTCCTACTATTGTTGTGGTCTGGTCT
GTTCTCTTGGCTTCGATCTTCTCCTTGTTGTGGGTTAGGATCGATCCTTTCACTAAAAGA
GTCACTGGCCCGGACATTTTGGAATGTGGGATCAACTGTTGAGAAGTGTGAGCAATAATA
TGCTTTTGGGGTTAAAAACACACATAATTATAAAGTTTATATATTTATTGTTTTATTTGT
CTTGTGTATCGTCTGTTGTGTCGTGGTGTAAGATTAAACAGTATTTTTGTTAATGTGATG
AAGAAGCAAGCCAGTGGATG

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 7

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ATTTCATCAAGCATAACTGCTTTCCCAGTTATCCGGTTGCAACCAGGAACCAGATCCTGA
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TTTGCATCATCCTTATTGTCTATTACGTTCTTGCTGCTTCCAGCTTCGTCCTGCTTGCTT
CTCTTGGATCCAACAATCTCTCCTGAAACCTTAGAATTGAAAGCTGTAAGAGAGGAGGAA
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GAGTTTGGTTTCGCTGTCTGAACTCGATGATCCGAATCTGGATCCAGCAATGAGCTCTTG
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ATTCTTTCATTCTCCATCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DA19JQ U 67
AF RR3DA19TF C 67
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AF RR3GT33JQ U 1
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C

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TACAATAACAAACACCTTCTCTTAATCATGGCTCAAGTTTCATCTGTAGTGTTGGCTCAG
AACAACTGTTGTTGTTATTGCTCTGTTGCTGGAAATCTCCAAACCCCATCTGAACAACGC
TTTGCAGATCATTTTCCCAGAATCCTTGTGTCTCAGCTTGAACAAATCCATCGCTGGAAG
GGAAATGTGTGTCTGAGAATCTAGGCATGTTCTTGGCAAGAGAATAGTATCC
C

QA 1 352 1 352
DS 

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GAGAGATACAATAACAAACACCTTCTCTTAATCATGGCTCAAGTTTCATCTGTAGTGTTG
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ATGGAATTCTTTGCTCTGAGCAAGCCATTGCGTAAAGAGACTGCGTTAATGACTCTCCCG
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TCTTAATCATG*CTCAAGTTTCATCTGTAGTGTTGGCTCAGAACAACTGTTGTTGTTATT
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C

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CGACTTGTCTCTGCAAGGACTGCACATAGTTGATGATTTCATCAAGCATAACTGCTTTCC
CAGTTATCCGGTTGCAATCAGGAACCAGATCCTGAAGCAAAGTCATCCTCTCGCTGATCT
TCTCTCTTCTTGCTCTTTCAGCGAGGCTGTGGCTATCTGTAGCCTGACCCCTTCTAGCCC
TAACATGAATGTAATCTTTGGGGGGCTCAGGAGGCTTTGCATCATCCTTATTGTCTATTA
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AAACCTTAGAATTGAAAGCTGTAAGAGAGGAGGAAGCAGGAGAGTCCTTGCCATTACCTC
CAGAAACAGAAACAGGGATCGACTTTCTCTTCCTGGAGTTTGGTTTCGCTGTCTGAACTC
GATGATCCGAATCTGGATCCAGCAATGAGCTCTTGTTGCTGTCTTGTCCTGTTAGCTGAT
CGGATCCGAACTGACCCCCCGGATAAGGAGGGAAGCGGATCCCAGGTGAGATGTGGGAGA
TCTGTTGAGGAGGGTTGTTGCAGAATCTGCCGAGGAGATCGCCGATGGTTCCTTCGTTGC
CAAAGGGATCGCTCTGACCCAAAGGTAAGTACTTTATTCTTTCATTCTCCATCCC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 3

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TAACAATACTGTATAACCTTCCCTCTTCCACAAGTATCAGAAATTCATCGGAATCTACAA
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TTTCGAATAATCAAAACAAATCACGAATAATAAAATGGAATACATATATGGAACATAAAC
AAATAGAACAGATGAAGTGTGAGATGTAGAAGAAGCATCTCTCATCAACTTTTTTAAGCA
AGGTTGATCGTGAAAGAGACATAAGGATGTGTCTCGGAGTCACCGGCTAAACCAGCCATG
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AGAATGGAGCGTACTTTCTTCTCGCTTTTAACAGCCGGAGATAAGACACATGCCAAGAAC
GCCGGAGGTAAACCATATCTCATTATGCTCTCAGCGAATATACGCACAGCACAGAAATGC
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AAACTTTCCTGATCATGAACCAGCTTCTCTAGCTCTTGTTTACGAGTCTCTTGTGCTTCA
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TTTTGGGAATACTTTGGAACAACTGCAAGGAGAGTCTCGAGATGTTCCGATGCGACAATA
TCTTCTGGCTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D213JQ U 44
AF RR3D571JQ U 1
AF RR3GG77JQ U 366
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CGGCTAAACCAGCCATGGCTCCTGCATCCTCCTCGCTTTTCCAGTATAAACTGTTAGTAG
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CATTATCCTCAA

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TAACAATACTGTATAACCTTCCCTCTTCCACAAGTATCAGAAATTCATCGGAATCTACAA
GACTCCGGCCAAAATAAAACTACAGTCACATGTCTCTCTAGAGTGCCACCTTTACTTTTA
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GCCGGAGGTAAACCATATCTCATTATGCTCTCAGCGAATATACGCACAGCACAGAAATGC
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TTCTT

QA 1 785 1 785
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TTCCTGATCATGAACCAGCTTCTCTAGCTCTTGGTTACGAGTCTCTTGTGCTTCAACGCT
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CGATGACCTAGGAACCACAAAGTCGGTCAATGTCTCATAGCATGCTAGCCAGTCTTTTTG
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TGGCTTAA

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 3

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AAATTCGGCTCTGGTGGCTTGTTCTTTATCTCTCTCAATCTCTCTCTGAAAAAAAATACA
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TCAAGATCTTCTTCATTACCAAACCAAACTCTATCCCCAGGAACAGACCCTTGTGGTGGA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F803JQ U 1
AF RR3BT55JQ U 84
AF RR3F803TF C 282
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RD RR3F803JQ 748 0 0
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AAAGTAGTAACTCGAGGCCAGGAGCTTC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3BT55JQ 667 0 0
CTTTATCTCTCTCAATC
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CCGTCGTCGCCGCCGTGCAGAAAGTAGTAACTCGAGGCCAGGAGCTTCGA

QA 18 667 18 667
DS 

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GCAGAGATTCCAAGAGATCGAGAAACTGCCACTACCGTAGTCGTTGTTTTCAATGAAGAG
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ATCGTCGCCGCCATTGATTTAGTTTAGCTAAGATCTCTCTCTCTCTCTGTTCAGTGTTCT

QA 8 667 8 667
DS 



AS 1 7

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GAGTTTAATAATACAAGAAACATTAGTCAAAGATTTGGAGTTCTTTAATAGCCATAAGAC
ATCATTATCTTAAATACCATCTTCACTGATGCTTGCAAGTCCATACTAAAAAAAAAAACT
GTTTCTCTGCTCCACCAGAATACAAACCTTAACTTTTTTCCCAGGCTTACGTTCTCATGA
AGCTCTCTACTTACTCTGAGGGAATTTGGCCTCGTAAGTCTCTGTAGTCATGTAAGTAGC
TGTAATCATCTTCCCGGCAAACCATCTTCCATGGAGAGCACGTTGCGCTCCCATTGCTGC
TTGTGCATTCTCAAATCTCAAGTAGACAAAACCCATGCTGTTCTTGTCAACAAAGATATG
ATTCAGTTTTCCGAACTTGGAGCATTCATCTCGAACATCTTCCTCGATGTCCTCGTCAAA
ATTAACTTCAGTCTCTGGGGATGGATCAAACATGTTTTTAAGCAGTAGACATTCGCTGGG
GACACCAACTGGGTCGACAACAGCTGGAACATTTACACCGAGCCCTGCGAGTCCAGCAAC
AGCAGGGAAACCCCCTTGTACAAGAGGAGCCACAAGCGGAGAGACCGTTGAAGTTGCACC
GAGAATAGATGGAACTGCAGTAAGGCCAGTGCTTGATGCAGTTCCAGTGCGATCGAGCTT
CATCATGAGTGCAGCCCGCGATTGTGCATTCAGAGACAGGCCCGCCCCATCATCATCATC
CAGATCACCGGTGTTTTGCGCTTGTCCAGCGTCTGGGACTTCAGTTTGATCTGTTACAGC
TGACACCTTGATTGCACGACCTGCAATCTCCAACTGCCCATTCAGATTAACAGCATTCCT
AGCATCCTCCAGGCGAGCAAACTGAACAAAACCAAATCCTTTGCAATGGCCAGTTTCGTC
ACGAGGTACTTGTACCAGCTCAACACTCCCAAATGATTCAAAAACCTTTCGCAGATCATC
TTCTGACATGTTAATATGCAGGTTACCAACATAAAGGCGTCTAGCTCCACCAGAATAGGG
ACCCAGCATCCCTCCTGCTCCAGCGGCAGCAGTTGTTGACTGAACAAGATTCTTCTCAGC
TTCAGATGGTTTTACCATAACAGGCTGACCAAGAAGAGGCTGTCCAGATAGAGCAATAGC
CATAGGGACTGACATTGTTTCATAAAACTCCACATACCCGATTCCTCTTGAACGCCTGGA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR3GE43TF C 30
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AF RR3GE43JQ U 30
AF RR3E575JQ U 1
AF RR3CQ68JQ U 34
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AF RR3CQ68TF C 1344
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GGAAA
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TTTTTCCCAGGCTTACGTTCTCATGAAGCTCTCTACTTACTCTGAGGGAATTTGGCCTCG
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ATGCTGTTCTTGTCAACAAAGATATGATTCAGTTTTCCGAACTTGGAGCATTCATCTCGA
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QA 6 570 6 570
DS 

RD RR3AT26JQ 575 0 0
G
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AATAGCCATAAGACATCATTATCTTAAATACCATCTTCACTGATGCTTGCAAGTCCATAC
TAAAAAAAAAAACTGTTTCTCTGCTCCACCAGAACACAAACCTTAACTTTTTTCCCAGGC
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AGACATTCGCTGGGGACACCAACTGGGTCGACAACAGCTGGAACATTTACACCGAGCCCT
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DS 

RD RR3GE43JQ 591 0 0
GGAAA
GCAACCAACATACAAAATACAATACCGAGTTTAATAATACAAGAAACATTAGTCAAAGAT
TTGGAGTTCTTTAATAGCCATAAGACATCATTATCTTAAATACCATCTTCACTGATGCTT
GCAAGTCCATACTAAAAAAAAAA*CTGTTTCTCTGCTCCACCAGAATACAAACCTTAACT
TTTTTCCCAGGCTTACGTTCTCATGAAGCTCTCTACTTACTCTGAGGGAATTTGGCCTCG
TAAGTCTCTGTAGTCATGTAAGTAGCTGTAATCATCTTCCCGGCAAACCATCTTCCATGG
AGAGCACGTTGCGCTCCCATTGCTGCTTGTGCATTCTCAAATCTCAAGTAGACAAAACCC
ATGCTGTTCTTGTCAACAAAGATATGATTCAGTTTTCCGAACTTGGAGCATTCATCTCGA
ACATCTTCCTCGATGTCCTCGTCAAAATTAACTTCAGTCTCTGGGGATGGATCAAACATG
TTTTTAAGCAGTAGACATTCGCTGGGGACACCAACTGGGTCGACAACAGCTGGAACATTT
ACACCGAGCCCTGCGAGTCCAGCAACAGCAGGGAAACCCCCTTGTA

QA 6 591 6 591
DS 

RD RR3E575JQ 731 0 0
GAACTTAAAGAAAGGTTCTCAACAACGAAAGAAAGCAACCAACATACAAAATACAATACC
GAGTTTAATAATACAAGAAACATTAGTCAAAGATTTGGAGTTCTTTAATAGCCATAAGAC
ATCATTATCTTAAATACCATCTTCACTGATGCTTGCAAGTCCATACTAAAAAAAAAAACT
GTTTCTCTGCTCCACCAGAATACAAACCTTAACTTTTTTCCCAGGCTTACGTTCTCATGA
AGCTCTCTACTTACTCTGAGGGAATTTGGCCTCGTAAGTCTCTGTAGTCATGTAAGTAGC
TGTAATCATCTTCCCGGCAAACCATCTTCCATGGAGAGCACGTTGCGCTCCCATTGCTGC
TTGTGCATTCTCAAATCTCAAGTAGACAAAACCCATGCTGTTCTTGTCAACAAAGATATG
ATTCGGTTTTCCGAACTTGGAGCATTCATCTCGAACATCTTCCTCGATGTCCTCGTCAAA
ATTAACTTCAGTCTCTGTGGATGGATCAAACATGTTTTTAAGCAGTAGACATTCGCTGGG
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AGCAGGGAAACCCCCTTGTACAAGAGGAGCCACAAGCGGAGAGACCGTTGAAGTTGCACC
GAGAATAGATGGAACTGCAGTAAGGCCAGTGCTTGATGCAGTTCCAGTGCGATCGAGCTT
CATCATGAGTG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3CQ68JQ 806 0 0
G
GCAACCAACATACAAAATACAATACCGAGTTTAATAATACAAGAAACATTAGTCAAAGAT
TTGGAGTTCTTTAATAGCCATAAGACATCATTATCTTAAATACCATCTTCACTGATGCTT
GCAAGTCCATACTAAAAAAAAAAACTGTTTCTCTGCTCCACCAGAATACAAACCTTAACT
TTTTTTCCAGGCTTACGTTCTCATGAAGCTCTCTACTTACTCTGAGGGAATTTGGCCTCG
TAAGTCTCTGTAGTCATGTAAGTAGCTGTAATCATCTTCCCGGCAAACCATCTTCCATGG
AGAGCACGTTGCGCTCCCATTGCTGCTTGTGCATTCTCAAATCTCAAGTAGACAAAACCC
ATGCTGTTCTTGTCAACAAAGATATGATTCGGTTTTCCGAACTTGGAGCATTCATCTCGA
ACATCTTCCTCGATGTCCTCGTCAAAATTAACTTCAGTCTCTGTGGATGGATCAAACATG
TTTTTAAGCAGTAGACATTCGCTGGGGACACCAACTGGATCGACAACAGCTGGAACATTT
ACACCGAGCCCTGCGAGTCCAGCAACAGCAGGGAAACCCCCTTGTACAAGAGGAGCCACA
AGCGGAGAGACCGTTGAAGTTGCACCGAGAATAGATGGAACTGCAGTAAGGCCAGTGCTT
GATGCAGTTCCAGTGCGATCGAGCTTCATCATGAGTGCAGCCCGCGATTGTGCATTCAGA
GACAGGCCCGCCCCATCATCATCATCCAGATCACCGGTGTTTTGCGCTTGTCCAGCGTCT
GGGACTTCAGTTTGATCTGT
ACAGC

QA 2 801 2 801
DS 

RD RR3E575TF 737 0 0
ACTGCAGTAAGGCCAGTGCTTGATGCAGTTCCAGTGCGATCGAGCTTCATCATGAGTGCA
GCCCGCGATTGTGCATTCAGAGACAGGCCCGCCCCATCATCATCATCCAGATCACCGGTG
TTTTGCGCTTGTCCAGCGTCTGGGACTTCAGTTTGATCTGTTACAGCTGACACCTTGATT
GCACGACCTGCAATCTCCAACTGCCCATTCAGATTAACAGCATTCCTAGCATCCTCCAGG
CGAGCAAACTGAACAAAACCAAATCCTTTGCAATGGCCAGTTTCGTCACGAGGTACTTGT
ACCAGCTCAACACTCCCAAATGATTCAAAAACCTTTCGCAGATCATCTTCTGACATGTTA
ATATGCAGGTTACCAACATAAAGGCGTCTAGCTCCACCAGAATAGGGACCCAGCATCCCT
CCTGCTCCAGCGGCAGCAGTTGTTGACTGAACAAGATTCTTCTCAGCTTCAGATGGTTTT
ACCATAACAGGCTGACCAAGAAGAGGCTGTCCAGATAGAGCAATAGCCATAGGGACTGAC
ATTGTTTCATAAAACTCCACATACCCGATTCCTCTTGAACGCCTGGAAATTCGATCCATA
ATTATCCGCACATCTCGTACCTTTCCAGCTCTGGAAAAGAATTCATAAACATCCCTTTCA
GTTGCCCTCAAAGCAATCTGATAGGCAAAAACTGTTCTCTGGTCTCTTTCAGGATCAGCC
TCAGGCTCTACTTTATC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3CQ68TF 694 0 0
AAGCAATCTGATAGGCAAAAACTGTTCTCTGGTCTCTTTCAGGATCAGCCTCAGGCTCTA
CTTTATCCTCTTTTTATCTTTGTGGCGTCTGCGATCTCTATCACGGTCCTTGGTGTCTCT
TTCCTTAGTTTCTATTTCCCGGCTCTTTTCTCTTTCCTGACTCCGACGTCTCTCTGACCT
ACTTCTGCTTCGACGTGATCGATCTCTGTCTCGATCTTTTTCATGGCCACGCACTTTACT
GTCACGATCCTTGTCTTTGCCCCCTTCTCTCTCTTTCCCATTTCTTTCTTCTTTATCTCT
ATCCTTCTCGCGATCTCTACCACCTCTCTCTCTGTCTCTGTGGTCCCGGCTACTTCTATG
CCTATCCCTCTCTCTGTCTCTAGATCGTGAACGGTGGTGCGACCTCGACCGCTTAGAACG
GCGACCATCATCGTCTTCATCAGTCCTATGCCTTGAGCTTCTACTCCGCTCTTTCACTTC
AGATTTGAGTTTCTCATCACCACCACCATTTCCAACTTCGTTCTCCAGCTGAGGATTCTC
AACTGTCTTCTCTAAGTAGTCATACTCATCAAAGTCCATTACTTCAAAACCAATGCCAAG
AATCTCTGGTAACGAAGCTTGAAGAAGGGAGAGAAAACGACGAACTTGGGAGAAGCTCGA
AGCTGCTCTCAATCTAGAAATCTCCCGCTCGCTC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 6

CO CL712Contig1 826 6 4 U
GAAGCTTGCTGTGAACTTGATCCCTTTCCCCAGGCTCCACTTCTTCATGGTGGGTTTCGC
TCCGTTGACGTCAAGAGGTTCGCAACAGTACAGTGCGTTGAGTGTCCCTGAACTGACCCA
GCAGATGTGGGATGCAAAGAACATGATGTGCGCTGCTGACCCTCGTCACGGACGTTACCT
AACCGCATCCGCTGTGTTCCGTGGGAAGCTGAGCACTAAGGAGGTGGATGAGCAGATGAT
GAACATTCAGAACAAGAACTCGTCCTACTTTGTGGAGTGGATCCCGAACAATGTTAAGTC
CAGCGTCTGTGATATTGCGCCGACGGTTTTGAAAATGGCCTCGACTTTCATCGGGAACTC
GACTTCGATCCAGGAGATGTTTAGGCGTGTGAGCGAACAGTTCACTGCTATGTTCAGGAG
AAAGGCTTTCCTTCATTGGTACACGGGAGAAGGAATGGACGAGATGGAGTTCACGGAAGC
AGAGAGTAACATGAACGATCTTGTTGCAGAGTATCAGCAGTACCAGGATGCTACGGCCGA
CGGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTCGGTC
AATGGCTTCCTCTGACTCATAAGCTGTGAAAGTTGCAGTCTGTTTCTTCTTGTTTCTATG
TTTCTTCTTTAAATATATCTCTCCTTTTTTCCAGTTTATGTTTGCTTTGTTCTTTCACTC
GTTCTGGATTGTTAAACGTTTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTGTCAAGTGAAAAAAAAA
TATTATTGCTTTTGTTCTGTTAAGTGTGGTGTGACACCCTTCATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3HB74JQ C 1
AF RR3FN77JQ C 542
AF RR3FN77TF U 542
AF RR3DL25JQ C 542
AF RR3GK51TF U 542
AF RR3DL25TF U 542
BS 1 541 RR3HB74JQ
BS 542 778 RR3FN77TF
BS 779 801 RR3GK51TF
BS 802 826 RR3DL25TF

RD RR3HB74JQ 771 0 0
GAAGCTTGCTGTGAACTTGATCCCTTTCCCCAGGCTCCACTTCTTCATGGTGGGTTTCGC
TCCGTTGACGTCAAGAGGTTCGCAACAGTACAGTGCGTTGAGTGTCCCTGAACTGACCCA
GCAGATGTGGGATGCAAAGAACATGATGTGCGCTGCTGACCCTCGTCACGGACGTTACCT
AACCGCATCCGCTGTGTTCCGTGGGAAGCTGAGCACTAAGGAGGTGGATGAGCAGATGAT
GAACATTCAGAACAAGAACTCGTCCTACTTTGTGGAGTGGATCCCGAACAATGTTAAGTC
CAGCGTCTGTGATATTGCGCCGACGGTTTTGAAAATGGCCTCGACTTTCATCGGGAACTC
GACTTCGATCCAGGAGATGTTTAGGCGTGTGAGCGAACAGTTCACTGCTATGTTCAGGAG
AAAGGCTTTCCTTCATTGGTACACGGGAGAAGGAATGGACGAGATGGAGTTCACGGAAGC
AGAGAGTAACATGAACGATCTTGTTGCAGAGTATCAGCAGTACCAGGATGCTACGGCCGA
CGGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTCGGTC
AATGGCTTCCTCTGACTCATAAGCTGTGAAAGTTGCAGTCTGTTTCTTCTTGTTTCTATG
TTTCTTCTTTAAATATATCTCTCCTTTTTTCCAGTTTATGTTTGCTTTGTTCTTTCACTC
GTTCTGGATTGTTAAACGTTTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTGTCAAG
CG

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3FN77JQ 248 0 0
GGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTCGGTCA
ATGGCTTCCTTTGACTCATAAGCTGTGAAAGTTGCAGTCTGTTTCTTCTTGTTTCTATGT
TTCTTCTTTAAATATATCTCTCCTTTTTTCCAGTTTATGTTTGCTTTGTTCTTTCACTCG
TTCTGGATTGTTAAACGTTTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTGTCAAGTGAAAAAAA
TATTATTGCTG

QA 1 237 1 237
DS 

RD RR3FN77TF 248 0 0
GGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTCGGTCA
ATGGCTTCCTCTGACTCATAAGCTGTGAAAGTTGCAGTCTGTTTCTTCTTGTTTCTATGT
TTCTTCTTTAAATATATCTCTCCTTTTTTCCAGTTTATGTTTGCTTTGTTCTTTCACTCG
TTCTGGATTGTTAAACGTTTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTGTCAAGTGAAAAAAA
TATTATTGCTG

QA 1 237 1 237
DS 

RD RR3DL25JQ 285 0 0
GGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTCGGTCA
ATGGCTTCCTCTGACTCATAAGCTGTGAAAGTTGCAGTCTGTTTCTTCTTGTTTCTATGT
TTCTTCTTTAAATATATCTCTCCTTTTTTCCAGTTTATGTTTGCTTTGTTCTTTCACTCG
TTCTGGATTGTTAAACGTTTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTGTCAAGTGAAAAAAAAAT
ATTATTGCTTTTGTTCTGTTAAGTGTGGTGTGACACCCTTCATGT

QA 1 285 1 285
DS 

RD RR3GK51TF 260 0 0
GGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTCGGTCA
ATGGCTTCCTCTGACTCATAAGCTGTGAAAGTTGCAGTCTGTTTCTTCTTGTTTCTATGT
TTCTTCTTTAAATATATCTCTCCTTTTTTCCAGTTTATGTTTGCTTTGTTCTTTCACTCG
TTCTGGATTGTTAAACGTTTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTGTCAAGTGAAAAAAAAAT
ATTATTGCTTTTGTTCTGTT

QA 1 260 1 260
DS 

RD RR3DL25TF 285 0 0
GGTGAAGAGGAGTATGAAGAGGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTCGGTCA
ATGGCTTCCTCTGACTCATAAGCTGTGAAAGTTGCAGTCTGTTTCTTCTTGTTTCTATGT
TTCTTCTTTAAATATATCTCTCCTTTTTTCCAGTTTATGTTTGCTTTGTTCTTTCACTCG
TTCTGGATTGTTAAACGTTTGCGTGCATTGGTTTATTGTTTTGTCAAGTGAAAAAAAAAT
ATTATTGCTTTTGTTCTGTTAAGTGTGGTGTGACACCCTTCATGT

QA 1 285 1 285
DS 



AS 1 7

CO CL713Contig1 731 7 11 U
GGGGAGGAAAAGGAAGAGAAAAGAAAAGACCCACACACCGTAGACTACTCCATCGTCTCT
GAAACTAATCTGATTCAGCCATGGCTAATGCAGCGTCTGGAATGGCAGTCCATGATGAAT
GCAAGCTCAAGTTTCTTGAACTCAAGGCCAAGAGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGA
TCGAGGAGCAGCAGAAGCAAGTGATTGTGGAGAAACTCGGCGAACCTGGTCAATCACACG
ATGACTTTGCAGCAAGTCTTCCAGCTGATGAGTGCAGATACGCCATCTTCGACTTTGATT
TCGTCACTGCTGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCGTCGCATGGTCTCCGGACA
CAGCGAGAGTGAGAAGCAAGATGATCTATGCGAGCTCTAAGGACAGGTTCAAGAGAGAGC
TAGATGGGATTCAAGTAGAGCTTCAAGCAACCGATCCGACTGAGATGGATCTCGACATTT
TCAAAAGCCGAGCCAATTGAGGAACGGTTCTGTATCAAAACTTTGTTTCTTCTATTACCA
GAGTGATATGCTTTATCCCTAAAGTTTGCTGTGACGGCACCAACCAAAACAGCTTCATTT
TATCTGTCTTTGTCTTGAGTGTCTTTTTTTTT*CTTTTGGTTCTTACAGTGTCTTGCTTA
GAACTTAAGAGAATTGGCTTGTGCTCTTTTACAGTTGTGTAAGATTACACCCTACTGGAA
CATTGTGCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D842TF U 198
AF RR3D793TF U 1
AF RR3A995TF U 18
AF RR3GI45JQ C 31
AF RR3D842JQ C 113
AF RR3GI45TF U 31
AF RR3D793JQ C 87
BS 1 104 RR3D793TF
BS 105 105 RR3A995TF
BS 106 133 RR3D793TF
BS 134 134 RR3A995TF
BS 135 514 RR3D793TF
BS 515 515 RR3D842TF
BS 516 621 RR3D793TF
BS 622 622 RR3A995TF
BS 623 691 RR3D793TF
BS 692 722 RR3GI45TF
BS 723 731 RR3D793JQ

RD RR3D842TF 396 0 0
CG
AGTGATTGTGGAGAAACTCGGCGAACCTGGTCAATCACACGATGACTTTGCAGCAAGTCT
TCCAGCTGATGAGTGCAGATACGCCATCTTCGACTTTGATTTCGTCACTGCTGAGAACTG
CCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATCGCATGGTCTCCGGACACAGCGAGAGTG*GAAGCAA
GATGATCTATGCGAGCTCTAAGGACAGGTTCAAGAGAGAGCTAGATGGGATTCAAGTAGA
GCTTCAAGCAACCGATCCGACTGAGATGGATCTCGACATTTTCAAAAGCCGAGCCAATTG
AGGAACGGTTCTGTATCAAAACTTTGTTTCTTCTATTACCAGAGTGATATGCTTTATCCC
TAAAGTTTGCTGTGACGGCACCAACCAAAACAGC

QA 3 396 3 396
DS 

RD RR3D793TF 691 0 0
GGGGAGGAAAAGGAAGAGAAAAGAAAAGACCCACACACCGTAGACTACTCCATCGTCTCT
GAAACTAATCTGATTCAGCCATGGCTAATGCAGCGTCTGGAATGACAGTCCATGATGAAT
GCAAGCTCAAGTTCCTTGAACTCAAGGCCAAGAGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGA
TCGAGGAGCAGCAGAAGCAAGTGATTGTGGAGAAACTCGGCGAACCTGGTCAATCACACG
ATGACTTTGCAGCAAGTCTTCCAGCTGATGAGTGCAGATACGCCATCTTCGACTTTGATT
TCGTCACTGCTGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCGTCGCATGGTCTCCGGACA
CAGCGAGAGTGAGAAGCAAGATGATCTATGCGAGCTCTAAGGACAGGTTCAAGAGAGAGC
TAGATGGGATTCAAGTAGAGCTTCAAGCAACCGATCCGACTGAGATGGATCTCGACATTT
TCAAAAGCCGAGCCAATTGAGGAACGGTTCTGTACCAAAACTTTGTTTCTTCTATTACCA
GAGTGATATGCTTTATCCCTAAAGTTTGCTGTGACGGCACCAACCAAAACAGCTTCATTT
TATCTGTCTTTGTCTTGAGTGCCTTTTTTTTT*CTTTTGGTTCTTACAGTGTCTTGCTTA
GAACTTAAGAGAATTGGCTTGTGCTCTTTTA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3A995TF 647 0 0
G
AAAAGAAAAGACTCACACACCGTAGACTACTCCATCGTCTCTGAAACTAATCTGATTCAG
CCATGGCTAATGCAGCGTCTGGAATGGCAGTCCATGATGAATGCAAGCTCAAGTTTCTTG
AACTCAAGGCCAAGAGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAGC
AAGTGATTGTGGAGAAACTCGGCGAACCTGGCCAATCACACGATGACTTTGCAGCAAGTC
TTCCAGCTGATGAGCGCAGATACGCCATCTTCGACTTTGATTTCGTCACTGCTGAGAACT
GCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCGTCGCATGGTCTCCGGACACAGCGAGAGTGAGAAGCA
AGATGATCTATGCGAGCTCTAAGGACAGGTTCAAGAGAGAGCTAGATGGGATTCAAGTAG
AGCTTCAAGCAACCGATCCGACTGAGATGGATCTCGACATTTTCAAAAGCCGAGCCAATT
GAGGAACGGTTCTGTATCAAAACTTTGTTTCTTCTATTACCAGAGTGATATGCTTTATCC
CTAAAGTTTGCTGTGACGGCACCAACCAAAACAGCTTCATTTTATCTGTCTTTGTCTTGA
GTGTCTTTTTTTT**CTTTTGGTTCTTACAGTGTCTTGCTTAGAAC

QA 2 647 2 647
DS 

RD RR3GI45JQ 688 0 0
GG
ACACACCGTAGACTACTCCATCGTCTCTGAAACTAATCTGATTCAGCCATGGCTAATGCA
GCGTCTGGAATGGCAGTCCATGATGAATGCAAGCTCAAGTTTCTTGAACTCAAGGCCAAG
AGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAGCAAGTGATTGTGGAG
AAACTCGGCGAACCTGGTCAATCACACGATGGCTTTGCAGCAAGTCTTCCAGCTGATGAG
TGCAGATACGCCATCTTCGACTTTGATTTCGTCACTGCTGAGAACTGCCAGAAGAGCAAG
ATTTTTTTCGTCGCATGGTCTCCGGACACAGCGAGAGTGAGAAGCAAGATGATCTATGCG
AGCTCTAAGGACAGGTTCAAGAGAGAGCTAGATGGGATTCAAGTAGAGCTTCAAGCAACC
GATCCGACTGAGATGGATCTCGACATTTTCAAAAGCCGAGCCAATTGAGGAACGGTTCTG
TATCAAAACTTTGTTTCTTCTATTACCAGAGTGATATGCTTTATCCCTAAAGTTTGCTGT
GACGGCACCAACCAAAACAGCTTCATTTTATCTGTCTTTGTCTTGAGTGTCTTTTTTTTT
*CTTTTGGTTCTTACAGTGTCTTGCTTAGAACTTAAGAGAATTGGCTTGTGCTCTTTTAC
AGTTGTGTAAGATTACACCCTACTGG

QA 3 688 3 688
DS 

RD RR3D842JQ 577 0 0
TGATGAATGCAAGCTCAAGTTTCTTGAACTCAAGGCCAAGAGGACTTACCGTTTCATCGT
TTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAGCGAGTGATTGTGGAGAAACTCGGCGAACCTGGTCA
ATCACACGATGACTTTGCAGCAAGTCTTCCAGCTGATGAGTGCAGATACGCCATCTTGGA
CTTTGATTTCGTCACTGGTGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTTTTCGTCGCATGGTC
TCCGGACACAGCGAGAGTG*GAAGCAAGATGATTTATGCGAGCTCTAAGGACAGGTTCAA
GAGAGAGCTAGATGGGATTCAAGTAGAGCTTCAAGCAACCGATCCGACTGAGATGGATCT
CGACATTTTCAAAAGCCGAGCCAATTGAGGAACGGTTCTGTATCAAAACTTTGTTTCTTC
TATTACCAGAGTGATATGCTTTATCCCTAAAGTTTGCTGTGACGGCACCAACCAAAACAG
CTTCATTTTATCTGTCTTTGTCTTGAGTGTCTTTTTTTTTTCTTTTGGTTCTTACAGTGT
CTTGCTTAGAACTTAAGAGAATTGGCTTGTGCTCTTT

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3GI45TF 698 0 0
GG
ACACACCGTAGACTACTCCATCGTCTCTGAAACTAATCTGATTCAGCCATGGCTAATGCA
GCGTCTGGAATGGCAGTCCATGATGAATGCAAGCTCAAGTTTCTTGAACTCAAGGCCAAG
AGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAGCAAGTGATTGTGGAG
AAACTCGGCGAACCTGGTCAATCACACGATGGCTTTGCAGCAAGTCTTCCAGCTGATGAG
TGCAGATACGCCATCTTCGACTTTGATTTCGTCACTGCTGAGAACTGCCAGAAGAGCAAG
ATTTTCTTCGTCGCATGGTCTCCGGACACAGCGAGAGTGAGAAGCAAGATGATCTATGCG
AGCTCTAAGGACAGGTTCAAGAGAGAGCTAGATGGGATTCAAGTAGAGCTTCAAGCAACC
GATCCGACTGAGATGGATCTCGACATTTTCAAAAGCCGAGCCAATTGAGGAACGGTTCTG
TATCAAAACTTTGTTTCTTCTATTACCAGAGTGATATGCTTTATCCCTAAAGTTTGCTGT
GACGGCACCAACCAAAACAGCTTCATTTTATCTGTCTTTGTCTTGAGTGTCTTTTTTTTT
*CTTTTGGTTCTTACAGTGTCTTGCTTAGAACTTAAGAGAATTGGCTTGTGCTCTTTTAC
AGTTGTGTAAGATTACACCCTACTGGAACA
AAAAAA

QA 3 692 3 692
DS 

RD RR3D793JQ 645 0 0
AATGCAGCGTCTGGAATGACAGTCCATGATGAATGCAAGCTCAAGTTCCTTGAACTCAAG
GCCAAGAGGACTTACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAGCAAGTGATT
GTGGAGAAACTCGGCGAACCTGGTCAATCACACGATGACTTTGCAGCAAGTCTTCCAGCT
GATGAGTGCAGATACGCCATCTTCGACTTTGATTTCGTCACTGCTGAGAACTGCCAGAAG
AGCAAGATTTTTTTCGTCGCATGGTCTCCGGACACAGCGAGAGTGAGAAGCAAGATGATC
TATGCGAGCTCTAAGGACAGGTTCAAGAGAGAGCTAGATGGGATTCAAGTAGAGCTTCAA
GCAACCGATCCGACTGAGATGGATCTCGACATTTTCAAAAGCCGAGCCAATTGAGGAACG
GTTCTGTACCAAAACTTTGTTTCTTCTATTACCAGAGTGATATGCTTTATCCCTAAAGTT
TGCTGTGACGGCACCAACCAAAACAGCTTCATTTTATCTGTCTTTGTCTTGAGTGCCTTT
TTTTTT*CTTTTGGTTCTTACAGTGTCTTGCTTAGAACTTAAGAGAATTGGCTTGTGCTC
TTTTACAGTTGTGTAAGATTACACCCTACTGGAACATTGTGCCCC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 8

CO CL714Contig1 861 8 11 U
GAAGCATTTATCTTACTGTAAATCATCGGTGGATGTTTACATTATTATGATGACTCCGAA
CAGAGCACAAACACGACATAAACTGAAAGGGTAAAAAAGAAACAGACAGAACAGAAAATA
GATTATTACATCTACTCGATACCAAGTCTTTTCTTTAGCTCAGGAATGTACTTGGTGATC
TTCTCTGAATCAGGAAGAGACTTAGCCACACTCTCTCTTTTCAGACACCTTTCAGCCCAA
GCAATCAGCTTTGGACACTCTGCTTCAATGCTGAAGTTGGCAAGTTTCTCATATGCATCA
AACCAGCTATAGAATCCAATGAAGGCTATATCCACAAAACCGAACGTTTCGCCTCCAAAG
TAAGTCTTGTCTCCAAGCTCTGACTCTAGCGTCTTGAGCACCTCGACGAGCTCCTTCTTC
CCTGCCTCTTGCTCCTCGCCTTTCCCTGCCCAGATCAACCTTGTGGGACCAGGCACCTTT
TTGTCGATAAAATCTGCCCAAAACTTGGCCTGAGCTCTTTGGTAAGGATCAGAAGGAAGG
AGTTGGTTTTCACCGGGCCACGTCTCGTCGATGTACTCAACCACAATGAGAGATTCACAT
ACCGGTTTACCATTGTGGATGAGAACCGGGATTTTCTTATGAACCGGGTTCATCTCGATG
AGAATCTGGCTTTTGTTGAATAGATCTTGTTCTCTATAGTTGAATTTGATGTTTTTCTCT
TCCAGAGCAATCCTTGCCCTCATACCGAACATACTCAGCCAGTAATCGAGAAGAATCACT
TCGTCCGCCATTTGATGCTCTTGATAATGAAGCTCACTTAGATATTTTATTTTATTTGTT
TTGTGCCTTGCAATTGTACCC


BQ
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
40 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3HA02JQ U 13
AF RR3CS84JQB U 13
AF RR3HA02TF C 13
AF RR3C540JQ U 1
AF RR3EW91JQ U 1
AF RR3BG45TF C 628
AF RR3EW91TF C 138
AF RR3BG45JQ U 182
BS 1 392 RR3C540JQ
BS 393 393 RR3EW91JQ
BS 394 426 RR3C540JQ
BS 427 427 RR3EW91JQ
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BS 486 486 RR3EW91JQ
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QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3CS84JQB 613 0 0
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ACGACATAAACTGAAAGGGTAAAAAAGAAACAGACAGAACAGAAAATAGATTATTACATC
TACTCGATACCAAGTCTTTT*TTTAGCTCAGGAATGTACTTGGTGATCTTCTCTGAATCA
GGAAGAAACTTAGCCACACTCTCTCTTTTCAGACACCTTTCAGCCCAAGCAATCAGCTTT
GGACACTCTGCTTCAATGCTGAAGTTGGCAAGTTTCTCATATGCATCAAACCAGCTATAG
AATCCAATGAAGGCTATATCCACAAAATCGAACGTTTCGCCTCCAAAGTAAGTCTTGTCT
CCAAGCTCGGACTCTAGCGTCTTGAGCACCTCGATGAACTCCTTCTTCCCTGCCTCTTGC
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TTGTGGATGAGAA

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3HA02TF 610 0 0
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ACGACATAAACTGAAAGGGTAAAAAAGAAACAGACAGAACAGAAAATAGATTATTACATC
TACTCGATACCAAGTCTTTTCTTTAGCTCAGGAATGTACTTGGTGATATTCTCTGAATCA
GGAAGAGACTTAGCCACACTCTCTCTTTTCAGACACCTTTCAGCCCAAGCAATCAGCTTT
GGACACTCTGCTTCAATGCTGAAGTTGGCAAGTTTCTCATATGCATCAAACCAGCTATAG
AATCCAATGAAGGCTATATCCACAAAACCGAACGTTTCGCCTCCAAAGTAAGTCTTGTCT
CCAAGCTCTGACTCTAGCGTCTTGAGCACCTCGACGAGCTCCTTCTTCCCTGCCTCTTGC
TCCTCGCCTTTCCCTGCCCAGATCAACCTTGTGGGACCAGGCACCTTTTTGTCGATAAAA
TCTGCCCAAAACTTGGCCTGAGCTCTTTGGTAAGGATCAGAAGGAAGGAGTTGGTTTTCA
CCGGGACACGTCTCGTCGATGTACTCAACCACAATGAGAGATTCACATACCGGTTTACCA
TTGTGGATG
C

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3C540JQ 762 0 0
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AACCAGCTATAGAATCCAATGAAGGCTATATCCACAAAACCGAACGTTTCGCCTCCAAAG
TAAGTCTTGTCTCCAAGCTCTGACTCTAGCGTGTTGAGCACCTCGACGAGCTCCTTCTTC
CCTGCCCCTTGCTCCTCGCCTTTCCCTGCCCAGATCAACCTTGTGGGACCAGGCACCTTT
TTGTCAATAAAATCTGCCCAAAACTTGGCCTGAGCTCTTTGGTAAGGATCAGAAGGAAGG
AGTTGGTTTTCACCGGGCCACGTCTCGTCGATGTACTCAACCACAATGAGAGATTCACAT
ACCGGTTTACCATTGTGGATGAGAACCGGGATTTTCTTATGAACCGGGTTCATCTCGATG
AGAATCTGGCTTTTGTTGAATAGATCTTGTTCTCTATAGTTGAATTTGATGTTTTTCTCT
TCCAGAGCAATCCTTGCCCCCATACCGAACATACTCAGCCAG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3EW91JQ 780 0 0
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CAGAGCACAAACACGACATAAACTGAAAGGGTAAAAAAGAAACAGACAGAACAGAAAATA
GATTATTACATCTACTCGATACCAAGTCTTTTCTTTAGCTCAGGAATGTACTTGGTGATC
TTCTCTGAATCAGGAAGAGACTTAGCCACACTCTCTCTTTTCAGACACCTTTCGGCCCAA
GCAATCAGCTTTGGACACTCTGCTTCAATGCTGAAGTTGGCAAGTTTCTCATATGCATCA
AACCAGCTATAGAATCCTATGAAGGCTATATCCACAAAACCGAACGTTTCGCCTCCAAAG
TAAGTCTTGTCTCCAAGCTCTGACTCTAGCGTCTTGAGCACCTCGACGAGCTCCTTCTTC
CCTGCCTCTTGCTCCTCGCCTTTCCCTGCCCAGATCAACCTTGTGGGACCAGGCACCTTT
TTGTCGATAAAATCTGCCCAAAACTTGGCCTGAGCTCTTTGGTAAGGATCAGAAGGAAGG
AGTTGGTTTTCACCGGGCCACGTCTCGTCGATGTACTCAACCACAATGAGAGATTCACAT
ACCGGTTTACCATTGTGGATGAGAACCGGGATTTTCCTATGAACCGGGTTCATCTCGATG
AGAATCTGGCTTTTGTTGAATAGATCTTGTTCTCTATAGTTGAATTTGATGTTTTTCTCT
TCCAGAGCAATCCTTGCCCTCATACCGAACATACTCAGCCAGTAATCGAGAAGAATCACT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3BG45TF 119 0 0
GGGATTTTCTTATGAACCGGGTTCATCTCGATGAGAATCTGGCTTTTGTTGAATAGATCT
TGTTCTCTATAGTTGAATTTGATGTTTTTCTCTTCCAGAGCAATCCTTGCCCTCATACC

QA 1 119 1 119
DS 

RD RR3EW91TF 724 0 0
GATACCAAGTCTTTTCTTTAGCTCAGGAATGTACTTGGTGATCT*CTCTGAATCAGGAAG
AGACTTAGCCACACTCTCTCTTTTCAGACACCTTTCGGCCCAAGCAATCAGCTTTGGACA
CTCTGCTTCAATGCTGAAGTTGGCAAGTTTCTCATATGCATCAAACCAGCTATAGAATCC
TATGAAGGCTATATCCACAAAACCGAACGTTTCGCCTCCAAAGTAAGTCTTGTCTCCAAG
CTCTGACTCTAGCGTCTTGAGCACCTCGACGAGCTCCTTCTTCCCTGCCTCTTGCTCCTC
GCCTTTCCCTGCCCAGATCAACCTTGTGGGACCAGGCACCTTTTTGTCGATAAAATCTGC
CCAAAACTTGGCCTGAGCTCTTTGGTAAGGATCAGAAGGAAGGAGTTGGTTTTCACCGGG
CCACGTCTCGTCGATGTACTCAACCACAATGAGAGATTCACATACCGGTTTACCATTGTG
GATGAGAACCGGGATTTTCCTATGAACCGGGTTCATCTCGATGAGAATCTGGCTTTTGTT
GAATAGATCTTGTTCTCTATAGTTGAATTTGATGTTTTTCTCTTCCAGAGCAATCCTTGC
CCTCATACCGAACATACTCAGCCAGTAATCGAGAAGAATCACTTCGTCCGCCATTTGATG
CTCTTGATAATGAAGCTCACTTAGATATTTTATTTTATTTGTTTTGTGCCTTGCAATTGT
A
TCC

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3BG45JQ 680 0 0
TCTCTGAATCAGGAAGAGACTTAGCCACACTCTCTCTTTTCAGACACCTTTCAGCCCAAG
CAATCAGCTTTGGACACTCTGCTTCAATGCTGAAGTTGGCAAGTTTCTCATATGCATCAA
ACCAGCTATAGAATCCAATGAAGGCTATATCCACAAAACCGAACGTTTCGCCTCCAAAGT
AAGTCTTGTCTCCAAGCTCTGACTCTAGCGTCTTGAGCACCTCGACGAGCTCCTTCTTCC
CTGCCTCTTGCTCCTCGCCTTTCCCTGCCCAGATCAACCTTGTGGGACCAGGCACCTTTT
TGTCGATAAAATCTGCCCAAAACTTGGCCTGAGCTCTTTGGTAAGGATCAGAAGGAAGGA
GTTGGTTTTCACCGGGCCACGTCTCGCCGATGTACTCAACCACAATGAGAGATTCACATA
CCGGTTTACCATTGTGGATGAGAACCGGGATTTTCTTATGAACCGGGTTCATCTCGATGA
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CGTCCGCCATTTGATGCTCTTGATAATGAAGCTCACTTAGATATTTTATTTTATTTGTTT
TGTGCCTTGCAATTGTACCC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 2 7

CO CL715Contig1 1211 5 7 U
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TAAGTTTTTGAGTTTGATACAGCAATGGTAAGACATTTTTAAAAATGCAGAGAAACAAAA
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CTTCACCTCATTCACTTTCTAACTGATGATGAACTCGATGATAAAGAGTGAATCTGGGAT
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GAAGTCACCAAACCGATTAATCCCTTTACGCTCACCAAGTGCCTTTAACAAAGCAGTTCC
AATGGCAAGAGCTATATCTTCATTAGTGTGATGATCATCGATGTGAACATCACCAGTAGC
TCTAACGTGCACATCAAACAAGCCATGTGAAGCAAGTTGATCTAACATATGGTCAAGGAA
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ATTCGTCTCCTTTGTCACTCTCTTCACTTCTCCTATTCGAGCTGATTCGATTAAGGAGGA
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GACGATCGACGGTTTCTGAGAGGGCGAAACAATAAATCGGAGGTTAGGTCGTACAAGCTG
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GACCACTTTGTATGTTTTTCTTGTTCGAATCCCCAAACGGCGACGCTCCAGCTCTCCATG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX55JQ U 28
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AF RR3BV53JQ U 42
AF RR3AU18TF C 311
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RD RR3GX55JQ 789 0 0
C
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CCAGTGCC

QA 2 789 2 789
DS 

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AA

QA 1 891 1 891
DS 

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ATCTTCTAAAGTGTGTGATCTTCACCTCATTCACTTTCTAACTGATGATGAACTCGATGA
TAAAGAGTGAATCTGGGATGATAAAGAGCGAATCTGGGAGCTTTTCTTCTGATTACTTAG
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ATTCTCCGTTGCTTGTCTTAAAGCCCTGGCAAAGGCTTTAAAGGTGGCCTCTATTATGTG
ATGAGAGTTCTCGCCAGCAAGCTGACGGATGTGAAGTGTCATACCGG*AAGTATTCACCA
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CCTTTAACAAAGCAGTTCCAACGGCAAGAGCTATATCTTCATTAGTGTGATGATCATCGA
TGTGAACATCACCAGTAGCTCTAACGTGCACATCAAACAAGCCATGTGAAGCAAGTTGAT
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AGTTTATCTTCACTGATACATTCGTCTCCTTTGTCATTCTCTTCACTTCTCCTATTCGAG
CTGAT

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR3AU18TF 873 0 0
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TATGTTTTTCTTGTTCGAATCCCCAAACGGC
CC

QA 1 871 1 871
DS 

RD RR3B456TF 841 0 0
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GTGTCGTAGTTTCCAACTCTCTGAGTTGGAATCTCCAAATTGTAACCAAGATATGGTCTG
CCAGACAAGTCCAGGGAAACATGTATGAGCGCTTCATCTAGAGGAGCTGTGAAGTCACCA
AACCGATTAATCCCTTTACGCTCACCAAGTGCCTTTAACAAAGCAGTTCCAATGGCAAGA
GCTATATCTTCATTAGTGTGATGATCATCGATGTGAACATCACCAGTAGCTCTAACGTGC
ACATCAAACAAGCCATGTGAAGCAAGTTGA**TAACATATGGTCAAGGAAAGGGATTCCA
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TTTGTCACTCTCTTCACTTCTCCTATTCGAGCTGATTCGATTAAGGAGGAAGAAG***GA
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TGAGATTGAGATTGAGACTCCATCCGCAAAAATCGGGGAAGTGAAAGGGGGACGATCGAC
GGTTTCTGAGAGGGCGAAACAATAAATCGGAGGTTAGGTCGTACAAGCTGAGCGGAAGAT
TGAGTAAACATGGCGGATGCAGACGACAGCGGAAAGAACAAGAGAAAGGCGACCACTTTG
TATGTTTTTCTTGTTCGAATCCCCAAACGGCGACGCTCCAGCTCTCCATGAGCCACCAAT
T

QA 1 841 1 841
DS 



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TTGTTCTTTCCGCTGTCGTCTGCATCCGCCATGTTTACTCAATCTTCCGCTCAGCTTGTA
CGACCTAACCTCCGATTTATTGTTTCGCCCTCTCAGAAACCGTCGATCGTCCCCCTTTCA
CTTCCCCGATTTTTGCGGATGGAGTCTCAATCTCAATCTCAGCCTCGCCAATCTATCTCC
TGCGCTTCTTCACCAAGCAATAATAACCTTTCCCAGGCAACTCCTTCTTCTTCCTCCTTA
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AAGATAAACTTGGATGGCACTGGAATTGCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGAC
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TTGTTAAAGGCACTTGGTGAGCGTAAAGGGATTAATCGGTTTGGTGACTTCACAGCTCCT
CTAGATGAAGCGCTCATACATGTTTCCCTGGACTTGTCTGGTAGACCATATCTTGGTTAC
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TTCCAGTCTTTGGTGAATACTTCCGGTATGACACTTCACATCCGTCAGCTTGCTGGCGAA
AACTCTCATCACATAATAGAGGCCACCTTTAAAGCCTTTGCCAGGGCTTTAAGACAAGCA
ACGGAGAATGATCCTCGCCGTGGTGGGACCATACCAAGTTCAAAAGGAGTCTTGTCGAGG
TCCTGAGAGCTGAGTAATCAGAAGAAAAGCTCCCAGATTCACTCTTTATCATCGAGTTCA
TCATCAGTTAGAAAGTGAATGAGGTGAAGATCACACACTTTATAAGATGATGCCTTCATC
TTTATAATTAATCTGTTGATCAAAGAGTGTTTTGTTTCTCTGCATTTTGAAAAATTTCTT
ACCATTGCTGTGTCAAACTCAAAAACTTACTGCAACTTCAAAGGACTGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN06TF U 1
AF RR3DN06JQ C 419
BS 1 546 RR3DN06TF
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RD RR3DN06TF 546 0 0
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AAGATAAACTTGGATGGCACTGGAATTGCAGATAGCTCCACTGGAATCCCTTTCCTTGAC
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TTGTTA

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3DN06JQ 713 0 0
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CTTTGTTAAAGGCACTTGGTGAGCGTAAAGGGATTAATCGGTTTGGTGACTTCACAGCTC
CTCTAGATGAAGCGCTCATACATGTTTCCCTGGACTTGTCTGGTAGACCATATCTTGGTT
ACAATTTGGAGATTCCAACTCAGAGAGTTGGAAACTATGACACTCAGTTGGTGGAGCACT
TTTTCCAGTCTTTGGTGAATACTTCCGGTATGACACTTCACATCCGTCAGCTTGCTGGCG
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TTACCATTGCTGTGTCAAACTCAAAAACTTACTGCAACTTCAAAGGACTGAGC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 8

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AGCCCACTATCTCACCTCAACTATGTATGGAATGATTAATACATCAAGTGCACAACAAAC
ACCAAAAAGGTTAAATAAATGGTCTTGTTAATCG


BQ
10 10 10 10 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
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10 15 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ25TF U 1
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AF RR3D518TF U 2
AF RR3BO33TF U 4
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AF RR3B904JQ C 4
AF RR3BY29JQ C 63
AF RR3D518JQ C 63
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RD RR3BZ25TF 693 0 0
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AGCAATGCCGCTTCTTGCAGCTGTATTCATAGAGAATCATAAGGTAAGAATGGCGGTGGT
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GACAAGTGTGTTCAAGTCAAGCGTTAGGGTGGTCATTGGTGG*CTGGATGGCTATGGCTC
TTACCTTTGGTCTTACCAAGTTCATTGGTTCCG

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DS 

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GGA
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ATCGTGGCCACCCTGGCATTGTTGGTGTTTGGAGTGACCGGTGCGGTTCTGGGAAAGACA
AGTGTGTTCAAGTCAAGCGTTAGGGTGGTCATTGGTGG*CTGGATGGCTATGGCTCTTAC
CTTTGGTCTTACCAAGTTCATTGGTTCCGAAGCCATGCAAATCTAGACACTCTTTCG*CG
ATCATCTTGTTT*CATGCATCTCA*TTAATAATGTTTGTTGTGTT*GTATCATATAAGCC
CACTATCTCACCTCA*CTATGTATGGA
T

QA 4 810 4 810
DS 

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GGA
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GAGCTTTCAGAAAGAAGCAGCCCAAAACAACAAAGAATCAGTCCAAGAGCAGAGAAGGAG
GAAGTGGACTACATGCAGAGAGCTCAGTGGCTAAGAGCTGCCTTGCTCGGAGCCAACGAT
GGTCTGGTCACAGTCGCGTCGCTCATGATGGGTGTTGGTTCTATCAAAGAAGACGTTAAA
GCAATGTTGCTTGTTGGTTTTGCCGGCCTTGTAGCAGGTGCGTGCAGTATGGCCATTGGA
GAGTTTGTGTCTGTCTGCACACAAAGGGATATTGAAACTGCTCAGATGAAGAGAGCTATT
GAGACTAAGACATCACTATCAACAATCGACGAACAAGATGAGGAGGAGAAGAAAGAGCGG
CTACCAAATCCAGGACAAGCAGCGTTGGCATCAGCGTTAGCATTTTCAGTGGGAGCAGCA
ATGCCGCTTCTTGCAGCTGTATTCATAGAGAATCATAAGGTAAGAATGGCGGTGGTAGCG
ATCGTGGCCACCCTGGCATTGTTGGTGTTTGGAGTGACCGGTGCGGTTCTGGGAAAGACA
AGTGTGTTCAAGTCAAGCGTTAGGGTGGCCATTGGTGG*CTGGATGGCTATGGCTCTTAC
CTTTGGTCTTACCAAGTTCATTGGTTCCGAAGCCATGCAA*TCTAGACACTCTTTCG*TG
ATCATCTTGTTTTCATGCATCTCA*TTAATAATGTTTGTTGTGTTTGTATCATATAAGCC
CACTATCTC

QA 4 792 4 792
DS 

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G
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GAGCTTTCAGAAAGAAGCAGCCCAAAACAACAAAGAATCAGTCCAAGAGCAGAGAAGGAG
GAAGTGGACTACATGCAGAGAGCTCAGTGGCTAAGAGCTGCCTTGCTCGGAGCCAACGAT
GGTCTGGTCACAGTCGCGTCGCTCATGATGGGTGTTGGTTCTATCAAAGAAGACGTTAAA
GCAATGTTGCTTGTTGGTTTTGCCGGCCTTGTAGCAGGTGCGTGCAGTATGGCCATTGGA
GAGTTTGCGTCTGTCTGCACACAAAGGGATATTGAAACTGCTCAGATGAAGAGAGCTATT
GAGACTAAGACATCACTATCAGCAATCGACGAACAAGATGAGGAGGAGAAGAAAGAGCGG
CTACCAAATCCAGGACAAGCAGCGTTGGCATCAGCGTTAGCATTTTCAGTGGGAGCAGCG
ATGCCGCTTCTTGCAGCTGTATTCATAGAGAATCATAAGGTAAGAATGGCGGTGGTAGCG
ATCGTGGCCACCCTGGCATTGTTGGTGTTTGGAATGACCGGTGCGGTTCTGGGAAAGACA
AGTGTGCTCAAGTCAAGCGTTAGGGTGGTCATTGGTGG*CTGGATGGCTATGGCTCTTAC
CTTTGGTCTTACCAAGTTCATTGGTTCCGAAGCCATGCAA*TCTAGACACTCTTTCG*TG
ATCGTCTTGTTTTCATGCATCTCA*TTAATAATGTTTGTTGTGTTTGTATCATATA*GCC
CACTATCTCACCTCA*CTATGTATGGA
TGA

QA 2 808 2 808
DS 

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GG
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AGCTTTCAGAAAGAAGCAGCCCAAAACAACAAAGAATCAGTCCAAGAGCAGAGAAGGAGG
AAGTGGACTACATGCAGAGAGCTCAGTGGCTAAGAGCTGCCTTGCTCGGAGCCAACGATG
GTCTGGTCACAGTCGCGTCGCTCGTGATGGGTGTTGGTTCTATCAAAGAAGACGTTAAAG
CAATGTTGCTTGTTGGTTTTGCCGGCCTTGTAGCAGGTGCGTGTAGTATGGCCATTGGAG
AGTTTGTGTCTGTCTGCACACAAAGGGATATTGAAACTGCTCAGATGAAGAGAGCTATTG
AGACTAAGACATCACTATCAGCAATCGACGAACAAGATGAGGAGGAGAAGAAAGAGCGGC
TACCAAATCCAGGACAAGCAGCGTTGGCATCAGCGTTAGCATTTTCAGTGGGAGCAGCAA
TGCCGCTTCTTGCAGCTGTATTCATAGAGAATCATAAGGTAAGAATGGCGGTGGTAGCGA
TCGTGGCCACCCTGGCATTATTGGTGTTTGGAGTGACCGGTGCGGTTCTGGGAAAGACAA
GTGTGTTCAAGTCAAGCGTTAGGGTGGTCATTGGTGGGCTGGATGGCTATGGCTCTTACC
TTTGGTCTTACCAAGTTCATTGGTTCCGAAGCCATGCAAATCTAGACACTCTTTCGGTGA
TCATCTTGTTTTCATGCATCTCAATTAATAATGTTTGTTGTGTTTGTATCATATAAGCCC
ACTATCTCACCTCAACTATGTATGGAATGATTAATACATCAAGTGCA

QA 3 829 3 829
DS 

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GG
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AGCTTTCAGAAAGAAGCAGCCCAAAACAACAAAGAATCAGTCCAAGAGCAGAGAAGGAGG
AAGTGGACTACATGCAGAGAGCTCAGTGGCTAAGAGCTGCCTTGCTCGGAGCCAACGATG
GTCTGGTCACAGTCGCGTCGCTCGTGATGGGTGTTGGTTCTATCAAAGAAGACGTTAAAG
CAATGTTGCTTGTTGGTTTTGCCGGCCTTGTAGCAGGTGCGTGTAGTATGGCCATTGGAG
AGTTTGTGTCTGTCTGCACACAAAGGGATATTGAAACTGCTCAGATGAAGAGAGCTATTG
AGACTAAGACATCACTATCAGCAATCGACGAACAAGATGAGGAGGAGAAGAAAGAGCGGC
TACCAAATCCAGGACAAGCAGCGTTGGCATCAGCGTTAGCATTTTCAGTGGGAGCAGCAA
TGCCGCTTCTTGCAGCTGTATTCATAGAGAATCATAAGGTAAGAATGGCGGTGGTAGCGA
TCGTGGCCACCCTGGCATTATTGGTGTTTGGAGTGACCGGTGCGGTTCTGGGAAAGACAA
GTGTGTTCAAGTCAAGCGTTAGGGTGGTCATTGGTGG*CTGGATGGCTATGGCTCTTACC
TTTGGTCTTACCAAGTTCATTGGTTCCGAAGCCATGCAAATCTAGACACTCTTTCGGTGA
TCATCTTGTTTTCATGCATCTCAATTAATAATGTTTGTTGTGTTTGTATCATATAAGCCC
ACTATCTCACCTCAACTATGTATGGAATGATTAATACATCAAGTGCACAACAAACACC

QA 3 840 3 840
DS 

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ATGGCCTGGTCACAGTCGCGTCGCTCATGATGGGTGTTGGTTCTATCAAAGAAGACGTTA
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CAATGCCGCTTCTTGCAGCTGTATTCATAGAGAATCATAAGGTAAGAATGGCGGTGGTAG
CGATCGTGGCCACCCTGGCATTGTTGGTGTTTGGAGTGACCGGTGCGGTTCTGGGAAAGA
CAAGTGTGTTCAAGTCAAGCGTTAGGGTGGTCATTGGTGG*CTGGATGGCTATGGCTCTT
ACCTTTGGTCTTACCAAGTTCATTGGTTCCGAAGCCATGCAAATCTAGACACTCTTTCGG
CGATCATCTTGTTTTCATGCATCTCAATTAATAATGTTTGTTGTGTTTGTATCATATAAG
CCCACTATCTCACCTCAACTATGTATGGAATGATTAATACATCAAGTGCACAACAAACAC
CAAAAAGGTTAAATAAATGGTCTTG
CT

QA 1 805 1 805
DS 

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AGGAAGTGGACTACATGCAGAGAGCTCAGTGGCTAAGAGCTGCCTTGCTCGGAGCCAACG
ATGGTCTGGTCACAGTCGCGTCGCTCATGATGGGTGTTGGTTCTATCAAAGAAGACGTTA
AAGCAATGTTGCTTGTTGGTTTTGCCGGCCTTGTAGCAGGTGCGTGCAGTATGGCCATTG
GAGAGTTTGTGTCTGTCTGCACACAAAGGGATATTGAAACTGCTCAGATGAAGAGAGCTA
TTGAGACTAAGACATCACTATCAACAATCGACGAACAAGATGAGGAGGAGAAGAAAGAGC
GGCTACCAAATCCAGGACAAGCAGCGTTGGCATCAGCGTTAGCATTTTCAGTGGGAGCAG
CAATGCCGCTTCTTGCAGCTGTATTCATAGAGAATCATAAGGTAAGAATGGCGGTGGTAG
CGATCGTGGCCACCCTGGCATTGTTGGTGTTTGGAGTGACCGGTGCGGTTCTGGGAAAGA
CAAGTGTGTTCAAGTCAAGCGTTAGGGTGGCCATTGGTGG*CTGGATGGCTATGGCTCTT
ACCTTTGGTCTTACCAAGTTCATTGGTTCCGAAGCCATGCAAATCTAGACACTCTTTCGG
TGATCATCTTGTTTTCATGCATCTCAATTAATAATGTTTGTTGTGTTTGTATCATATAAG
CCCACTATCTCACCTCAACTATGTATGGAATGATTAATACATCAAGTGCACAACAAACAC
CAAAAAGGTTAAATAAATGGTCTTGTTAATCG

QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 7

CO CL717Contig1 1026 7 9 U
GGACATTTCCCCAGGTATCCTCTC***AGTTTCACTTCCGGCTTTTATTCATTCATCACT
CTCTCTCTCTGAACCAACAACAAAGAA******ATGAGCTCCCAAATCTGCAGATCTGCT
TCGAAAGCAGCAAGGTCTCTTCTCTCTTCAGCTAAGAATGCTCGTTTCTTCTCTGAAGGA
CGAGCCGTTGGTGCAGCAGCAGCGGTTACCGCATCTGGAAAGATGCCTCTCTATGCATCT
AACTTTGGAAGATCATCAGGTTCTGGTGTCGCCTCAAAGACTTGGATCACTGGACTCTTG
GCTCTTCCTGCTGCAGCCTTCATGGTTCAAGATCAAGAGGTTTTTGCTGCTGAGATGGAA
CGCACTTTCATTGCTATCAAGCCTGATGGAGTGCAGAGAGGACTGATATCAGAGATCATT
TCTCGATTCGAACGCAAGGGCTTCAAGCTTGTTGGTATCAAGGTCGTTGTTCCTTCCAAG
GATTTCGCACAGAAGCATTACCATGATCTCAAGGAAAGACCTTTCTTCAATGGCTTGTGT
GACTTCCTTAGCTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGA
TACGGGCGTAAACTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGAAATCTGAGCCTGGGACAATCCGT
GGAGATCTTGCCGTTGTTGTTGGGAGGAACATAATCCATGGAAGTGATGGACCAGAGACT
GCAAAGGATGAGATCAATCTGTGGTTTAAGCCTCAAGAACTTGTCTCTTACACCAACAAC
GCTGAGAAGTGGATCTATGGCGACAACTAAATTCCTCTTTTTCTCTTCTTTTGACATCCA
ATAAAATTGTTCTTGTTCCTTACCCCCAAACAATAAAAACAAAAGACATTACAGATACAA
ACACATTCCGGGTTTTGTATTTTCCCTGGTGAACTCAGTTATCAGAGCAGAAGTAATAAT
AAGTATGAGAATGAGATTATTGGATACTGAAATTTTTGTTTATTTTGAATGGAAGATGCA
GATTCT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 10 40 40 40 25 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EC32TF U 1
AF RR3G901TF U 1
AF RR3C234TF U 3
AF RR3CN39TF U 35
AF RR3C234JQ C 431
AF RR3G901JQ C 228
AF RR3CN39JQ C 341
BS 1 268 RR3EC32TF
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BS 270 285 RR3EC32TF
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BS 287 301 RR3EC32TF
BS 302 774 RR3G901TF
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BS 776 987 RR3G901JQ
BS 988 1026 RR3CN39JQ

RD RR3EC32TF 308 0 0
GGACATTTCCCCAGGTATCCTCTC***AGTTTCACTTCCGGCTTTTATTCATTCATCACT
CTCTCTCTCTGAACCAACAACAAAGAA******ATGAGCTCCCAAATCTGCAGATCTGCT
TCGAAAGCAGCAAGGTCTCTTCTCTCTTCAGCTAAGAATGCTCGTTTCTTCTCTGAAGGA
CGAGCCGTTGGTGCAGCAGCAGCGGTTACCGCATCTGGAAAGATGCCTCTCTATGCATCT
AACTTTGGAAGATCATCAGGTTCTGGTG*CGCCTCAAAGACTTGG*TCACTGGACTCTTG
G
TCTTCCT

QA 1 301 1 301
DS 

RD RR3G901TF 774 0 0
GGAC
ATTTCCCCAGGTATCCTCTC***AGTTTCACTTCCGGCTTTTATTCATTCATCACTCTCT
CTCTCTGAACCAACAACAAAGAA******ATGAGCTCCCAAATCTGCAGATCTGCTTCGA
AAGCAGCAAGGTCTCTTCTCTCTTCAGCTAAGAATGCTCGTTTCTTCTCTGAAGGACGAG
CCGTTGGTGCAGCAGCAGCGGTTACCGCATCTGGAAAGATGCCTCTCTATGCATCTAACT
TTGGAAGATCATCAGGTTCTGGTGTCGCCTCAAAGACTTGGATCACTGGACTCTTGGCTC
TTCCTGCTGCAGCCTTCATGGTTCAAGATCAAGAGGTTTTTGCTGCTGAGATGGAACGCA
CTTTCATTGCTATCAAGCCTGATGGAGTGCAGAGAGGACTGATATCAGAGATCATTTCTC
GATTCGAACGCAAGGGCTTCAAGCTTGTTGGTATCAAGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGATT
TCGCACAGAAGCATTACCATGATCTCAAGGAAAGACCTTTCTTCAATGGCTTGTGTGACT
TCCTTAGCTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGATACG
GGCGTAAACTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGAAATCTGAGCCTGGGACAATCCGTGGAG
ATCTTGCCGTTGTTGTTGGGAGGAACATAATCCATGGAAGTGATGGACCAGAGACTGCAA
AGGATGAGATCAATCTGTGGTTTAAGCCTCAAGAACTTGTCTCTTACACC

QA 5 774 5 774
DS 

RD RR3C234TF 768 0 0
GG
ATTTCCCCAGGTATCCTCTCATCAGTTTCACTCCCGGCTTTTATTCATTCATCACTCTCT
CTTTCAGAACCAACAAGAAAGAAGAAAAAATGAGCTCCCAAATCTGCAGATCTGCTTCGA
AAGCAGCAAGGTCTCTTCTCTCTTCAGCTAAGAATGCTCGTTTCTTCTCTGAAGGACGAG
CCGTTGGTGCAGCAGCAGCGGTTACCGCATCTGGAAAGATGCCTCTCTATGCATCTAGCT
TTGGAAGATCATCAGGTTCGGGTGCCGCCTCAAAGAGTTGGATCACTGGACTCTTGGCTC
TTCCTGCTGCAGCCTTCATGGTTCAAGATCAGGAGGTTTTTGCTGCTGAGATGGAACGCA
CTTTCATTGCTATCAAGCCTGATGGAGTGCAGCGAGGACTGATATCAGAGATCATTTCTC
GATTCGAACGCAAGGGATTCAAGCTTGTTGGTATCAAGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGATT
TCGCACAGAAGCATTACCATGATCTCAAGGAAAGACCTTTCTTCAATGGCTTGTGTGACT
TCCTTAGCTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGATACG
GGCGTAAACTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGAAATCTGAGCCTGGGACAATCCGTGGAG
ATCTTGCCGTTGTTGTTGGGAGGAACATAATCCATGGAAGTGATGGACCAGAGACTGCGA
AG*ATGAGATCAATCTGTGGTTTAAGCCTCAAGAACTTGTCTCTTA

QA 3 768 3 768
DS 

RD RR3CN39TF 750 0 0
GGT
CCGGCTTTTATTCATTCATCACTCTCTCTCTCTGAACCAACAACAAAGAA******ATGA
GCTCCCAAATCTGCAGATCTGCTTCGAAAGCAGCAAGGTCTCTTCTCTCTTCAGCTAAGA
ATGCTCGTTTCTTCTCTGAAGGACGAGCCGTTGGTGCAGCAGCAGCGGTTACCGCATCTG
GAAAGATGCCTCTCTATGCATCTAACTTTGGAAGATCATCAGGTTCTGGTGTCGCCTCAA
AGACTTGGATCACTGGACTCTTGGCTCTTCCTGCTGCAGCCTTCATGGTTCAAGATCAAG
AGGTTTTTGCTGCTGAGATGGAACGCACTTTCATTGCTATCAAGCCTGATGGAGTGCAGA
GAGGACTGATATCAGAGATCATTTCTCGATTCGAACGCAAGGGCTTCAAGCTTGTTGGTA
TCAAGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGATTTCGCACAGAAGCATTACCATGATCTCAAGGAAA
GACCTTTCTTCAATGGCTTGTGTGACTTCCTTAGCTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTAT
GGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGATACGGGCGTAAACTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGA
AATCTGAGCCTGGGACA*TCCGTGGAGATCTTGCCGTTGTTGTTGGGAGGAACATA*TCC
ATGGAAGTGATGGACCAGAGACTGCAAAGG*TGAGATCAATCTGTGGTTTA*GCCTCA*G
AACTTGTCTCTTACACCA
CACGCTGAG

QA 4 741 4 741
DS 

RD RR3C234JQ 345 0 0
AACGCAAGGGATTCAAGCTTGTTGGTATCAAGGTCGTTGTTCCTTCCAAGGATTTCGCAC
AGAAGCATTACCATGATTTCAAGGAAAGACCTTTTTTCAATGGCTTGTGTGACTTCCTTA
GCTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGAAGGTGTGATCAGATACGGGGGTA
AACTGATTGGAGCCCCCGATCCTCAGAAATTTGAGCCTGGGACAATCCGTGGAGATCTTG
CCGTTGTTGTTGGGAGGAACATAATCCATGGAAGTGATGGACCAGAGACTGGGAAGGATG
AGATCAATTTGTGGTTTAAGCCTCAAGAACTTGT
TTTTTACCCCA

QA 1 334 1 334
DS 

RD RR3G901JQ 762 0 0
TCTCTATGCATCTAACTTTGGAAGATCATCAGGTTCTGGTGTCGCCTCAAAGACTTGGAT
CACTGGACTCTTGGCTCTTCCTGCTGCAGCCTTCATGGTTCAAGATCAAGAGGTTTTTGC
TGCTGAGATGGAACGCACTTTCATTGCTATCAAGCCTGATGGAGTGCAGAGAGGACTGAT
ATCAGAGATCATTTCTCGATTCGAACGCAAGGGCTTCAAGCTTGTTGGTATCAAGGTCGT
TGTTCCTTCCAAGGATTTCGCACAGAAGCATTACCATGATCTCAAGGAAAGACCTTTCTT
CAATGGCTTGTGTGACTTCCTTAGCTCTGGTCCTGTTATTGCCATGGTATGGGAAGGAGA
AGGTGTGATCAGATACGGGCGTAAACTGATTGGAGCCACCGATCCTCAGAAATTTGAGCC
TGGGACAATCCGTGGAGATCTTGCCGTTGTTGTTGGGAGGAACATAATCCATGGAAGTGA
TGGACCAGAGACTGCAAAGGATGAGATCAATCTGTGGTTTAAGCCTCAAGAACTTGTCTC
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CG

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3CN39JQ 686 0 0
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GACTGATATCAGAGATCATTTCTCGATTCGAACGCAAGGGCTTCAAGCTTGTTGGTATCA
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QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 8

CO CL718Contig1 1266 8 9 U
CCTGACTTTTTTAATTGTTTTTAATATTGCCTGGCAATTGAGAGCATAGTTTAACTACCA
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CCGTTAGCTGAAGGGATCTCATATGCTTGGATGTGCGCATTGGCTACGTCCTTTACATTA
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GCAGCACTCGTGTTCAGAGTTGGCTGCAAGAGAGGACCGATCACCATCGCCGGGTTGATG
GTAACAATGTCCAAGCCTTTCTCTTTAGCGAATTTCCAAGCAGCATCTTCGGCCAAGGTC
TTGGAGAGAACATACCACATCTTTGAAGTCTTGCAAATCTCGGGATCAGAGAACCAAGTT
TCATCGACGGTCACATCAGGTGTGCGTGGTTTTTCATTGTAAGCAACGGCTGCCATGGAG
GAGGTAACAACAACCCGTTTGACAGAAGATGCTTTTGTGCACGAGTTCAAAACGTTAAGT
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GGGGAAGCAGTGTGGAAAACACCTTGGCATCCATCAACAGCAGAGTCGAACGATCCTTGT
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TGTTGTGTCTTTTTCGGATCACTGGGGTCACGGACGGATGCCTTGACGGTGTAGCCACGG
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GTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3H445JQ U 1
AF RR3H445TF C 237
AF RR3AT51JQ U 103
AF RR3BT79JQ U 75
AF RR3H063JQ U 235
AF RR3AT51TF C 526
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AF RR3BT79TF C 544
BS 1 427 RR3H445JQ
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BS 429 557 RR3H445JQ
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BS 559 787 RR3H445JQ
BS 788 861 RR3BT79JQ
BS 862 913 RR3H063JQ
BS 914 1260 RR3AT51TF
BS 1261 1266 RR3BT79TF

RD RR3H445JQ 787 0 0
CCTGACTTTTTTAATTGTTTTTAATATTGCCTGGCAATTGAGAGCATAGTTTAACTACCA
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AACATGATGATGGTGAAAGCTCATGTCATAAACTGAAACAAATGCTTAATTTATTAAAAG
TTTTGATGGAACCATTCCAACAACAAAGTACGATGTTTTGAATCCTGTTTGGTTCAAATG
CATTCTCAGACATTTATGAAACCTCTCTCCTTCAAGGACTCGACTGTCTCCTTGATGCTA
ACTTCCAAGGGTATGTAGTCTATGCCAAGGCTCTTTATTTTCTCTTTGGAAACTTGATAA
GTCGGAACATACGGATTCTCATCCGCACAACTTTCAGGGAGTTGTACATTTGGGTAAAGC
TGACGCAAAATGTTCACAATCTCAGAGTGGTGAAGGACTCTCTCTACCATACAGTAACGT
CCGTTAGCTGAAGGGATCTCATATGCTTGGATGTGCGCATTGGCTACGTCCTTTACATTA
ACCCATCCAAAAGTTGAATTGGAGAATGTCTTGGCACCATTTATAAAGTTTAATATAGCA
GCAGCACTCGTGTTCAGAGTTGGCTGCAAGAGAGGACCGATCACCATCGCCGGGTTGATG
GTAACAATGTCCAAGCCTTTCTCTTTAGCGAATTTCCAAGCAGCATCTTCGGCCAAGGTC
TTGGAGAGAACATACCACATCTTTGAAGTCTTGCAAATCTCGGGATCAGAGAACCAAGTT
TCATCGA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3H445TF 604 0 0
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GCTAACTTCCAAGGGTATGTAGTCTATGCCAAGGCTCTTTATTTTCTCTTTGGAAACTTG
ATAAGTCGGAACATACGGATTCTCATCCGCACAACTTTCAGGGAGTTGTACATTTGGGTA
AAGCTGACGCAGAATGTTCACAATCTCAGAGTGGTGAAGGACTCTCTCTACCATACAGTA
ACGTCCGTTAGCTGAAGGGATCTCATATGCTTGGATGTGCGCATTGGCTACGTCCTTTAC
ATTAACCCATCCAAAAGTTGAATTGGAGAATGTCTTGGCACCATTTATAAAGTTTAATAT
AGCAGCAGCACTCGTGTTCAGAGTTGGCTGCAAGAGAGGACCGATCACCATCGCCGGGTT
GATGGTAACAATGTCCAAGCCTTTCTCTTTAGCGAATTTCCAAGCAGCATCTTCGGCCAA
GGTCTTGGAGAGAACATACCACATCTTTGAAGTCTTGCAAATCTCGGGATCAGAGAACCA
AGTTTCATCGACGGTCACATCAGGTGTGCGTGGTTTTTCATTGTAAGCAACGGCTGCCAT
GGAG

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3AT51JQ 688 0 0
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TGCTTAATTTATTAAAAGTTTTGATGGAACCATTCCAACAACAAAGTACGATGTTTTGAA
TCCTGTTTGGTTCAAATGCATTCTCAGACATTTATGAAACCTCTCTCCTTCAAGGACTCG
ACTGTCTCCTTGATGATAACTTCCAAGGGTATGTAGTCTATGCCAAGGCTCTTTATTTTC
TCTTTGGAAACTTGATAAGTCGGAACATACGGATTCTCATCCGCACAACTTTCAGGGAGT
TGTACATTTGGGTAAAGCTGACGCAGAATGTTCACAATCTCAGAGTGGTGAAGGACTCTC
TCTACCATACAGTAACGTCCGTTAGCTGAAGGGATCTCATATGCTTGGATGTGCGCATTG
GCTACGTCCTTTACATTAACCCATCCAAAAGTTGAGTTGGAGAATGTCTCGGCACCATTT
ATAAAGTTTAATATAGCAGCAGCACTCGTGTTCAGAGTTGGCTGCAAGAGAGGACCGATC
ACCATCGCCGGGTTGATGGTAACAATGTCCAAGCCTTTCTCTTTAGCGAATTTCCAAGCA
GCATCTTCGGCCAAGGTCTTGAAGAGAACATACCACATCTTTGAAGTCTTGCAAATCTCG
GGATCAGAGAACCAAGTTTCATCGACGG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3BT79JQ 787 0 0
AACTAAAAGTTCCAAGTTTTTTTCATGATAAAACAATCATAACGAAAACATGATGATGGT
GAAAGCTCATGTCATAAACTGAAACAAATGCTTAATTTATTAAAAGTTTTGATGGAACCA
TTCCAACAACAAAGTACGATGTTTTGAATCCTGTTTGGTTCAAATGCATTCTCAGACATT
TATGAAACCTCTCTCCTTCAAGGACTCGACTGTCTCCTTGATGCTAACTTCCAAGGGTAT
GTAGTCTATGCCAAGGCTCTTTATTTTCTCTTTGGAAACTTGATAAGTCGGAACATACGG
ATTCTCATCCGCACAACTTTCAGGGAGTTGTACATTTGGGTAAAGCTGACGCAGAATGTT
CACAATCTCAGAGTGGTGAAGGACTCTCTCTACCATACAGTAACGTCCGTTAGCTGAAGG
GATCTCATATGCTTGGATGTGCGCATTGGCTACGTCCTTTACATTAACCCATCCAAAAGT
TGAGTTGGAGAATGTCTTGGCACCATTTATAAAGTTTAATATAGCAGCAGCACTCGTGTT
CAGAGTTGGCTGCAAGAGAGGACCGATCACCATCGCCGGGTTGATGGTAACAATGTCCAA
GCCTTTCTCTTTAGCGAATTTCCAAGCAGCATCTTCGGCCAAGGTCTTGGAGAGAACATA
CCACATCTTTGAAGTCTTGCAAATCTCGGGATCAGAGAACCAAGTTTCATCGACGGTCAC
ATCAGGTGTGCGTGGTTTTTCATTGTAAGCAACGGCTGCCATGGAGGAGGTAACAACAAC
CCGTTTG

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3H063JQ 679 0 0
CAAATGCATTCTCAGACATTTATGAAACCTCTCTCCTTCAAGGACTCGACTGTCTCCTTG
ATGCTAACTTCCAAGGGTATGTAGTCTATGTCAAGGCTCTTTATTTTCTCTTTGGAAACT
TGATAAGTCGGAACATACGGATTCTCATCCGCACAACTTTCAGGGAGTTGTACATTTGGG
TAAAGCTGACGCAGAATGTTCACAATCTCAGAGTGGTGAAGGACTCTCTCTACCATACAG
TAACGTCCGTTAGCTGAAGGGATCTCATATGCTTGGATGTGCGCATTGGCTACGTCCTTT
ACATTAACCCATCCAAAAGTTGAGTTGGAGAATGTCTTGGCACCATTTATAAAGTTTAAT
ATAGCAGAAGCACTCGTGTTCAGAGTTGGCTGCAAGAGAGGACCGATCACCATCGCCGGG
TTGATGGTAACAATGTCCAAGCCTTTCTCTTTAGCGAATTTCCAAGCAGCATCTTCGGCC
AAGGTCTTGGAGAGAACATACCACATCTTTGAAGTCTTGCAAATCTCGGGATCAGAGAAC
CAAGTTTCATCGACGGTCACATCAGGTGTGCGTGGTTTTTCATTGTAAGCAACGGCTGCC
ATGGAGGAGGTAACAACAACCCGTTTGACAGAAGATGCTTTTGTGCACGAGTTCAAAACG
TTAAGTGTTCCCTTGACAG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3AT51TF 735 0 0
ACGTCCTTTACATTAACCCATCCAAAAGTTGAGTTGGAGAATGTCTCGGCACCATTTATA
AAGTTTAATATAGCAGCAGCACTCGTGTTCAGAGTTGGCTGCAAGAGAGGACCGATCACC
ATCGCCGGGTTGATGGTAACAATGTCCAAGCCTTTCTCTTTAGCGAATTTCCAAGCAGCA
TCTTCGGCCAAGGTCTTGAAGAGAACATACCACATCTTTGAAGTCTTGCAAATCTCGGGA
TCAGAGAACCAAGTTTCATCGACGGTCACATCAGGTGTGCGTGGTTTTTCATTGTAAGCA
ACGGCTGCCATGGAGGAGGTAACAACAACCCGTTTGACAGAAGATGCTTTTGTGCACGAG
TTCAAAACGTTAAGTGTTCCCTTGACAGCAGGTTCAATAAGTTCAGCCTGCGGGTCTTTG
ACATCATGATAAAACGGGGAAGCAGTGTGGAAAACACCTTGGCATCCATCAACAGCAGAG
TCGAACGATCCTTGTTCCAAAAGATCTGCTTTGAACAAGTGAAGTCTCTCCTTCGCACCT
TCCAACGAAACCAAGTGTTGTGTCTTTTTCGGATCACTGGGGTCACGGACGGATGCCTTG
ACGGTGTAGCCACGGCTAAGGAGGAACTTGACAATCCAAGAAGCGATGTAACCGGACGCT
CCTGTTACACACACCACTTTACCTTCACCACTCTTTGCCATTTTTT*CTCTTTAGATTTG
CGTGTGCGTGTGTGT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3H063TF 714 0 0
AAAAGTTGAGT*GGAGAATGTCT*GGCACCATTTATAAAGTTTAATATAGCAGAAGCACT
CGTGTTCAGAGTTGGCTGCAAGAGAGGACCGATCACCATCGCCGGGTTGATGGTAACAAT
GTCCAAGCCTTTCTCTTTAGCGAATTTCCAAGCAGCATCTTCGGCCAAGGTCTTGGAGAG
AACATACCACATCTTTGAAGTCTTGCAAATCTCGGGATCAGAGAACCAAGTTTCATCGAC
GGTCACATCAGGTGTGCGTGGTTTTTCATTGTAAGCAACGGCTGCCATGGAGGAGGTAAC
AACAACCCGTTTGACAGAAGATGCTTTTGTGCACGAGTTCAAAACGTTAAGTGTTCCCTT
GACAGCAGGTTCAATAAGTTCAGCCCGCGGGTCTTTGACATCATGATAAAACGGGGAAGC
AGTGTGGAAAACACCTTGGCATCCATCAACAGCAGAGTCGAACGATCCTTGTTCCAAAAG
ATCTGCTTTGAACAAGTGAAGTCTCTCCTTCGCACCTTCCAACGAAACCAAGTGTTGTGT
CTTTTTCGGATCACTGGGGTCACGGACGGATGCCTTGACGGTGTAGCCACGGCTAAGGAG
GAACTTGACAATCCAAGAAGCGATGTAACCGGACGCTCCTGTTACACACACCACTTTACC
TTCACCACTCTTTGCCATTTTTTTCTCTTTAGATTTGCGTGTGCGTGTGTGT
CC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3BT79TF 723 0 0
CATCCAAAAGTTGAGTTGGAGAATGTCTTGGCACCATTTATAAAGTTTAATATAGCAGCA
GCACTCGTGTTCAGAGTTGGCTGCAAGAGAGGACCGATCACCATCGCCGGGT*GATGGTA
ACAATGTCCAAGCCTTTCTCTTTAGCGAATTTCCAAGCAGCATCTTCGGCCAAGGTCTTG
GAGAGAACATACCACATCTTTGAAGTCTTGCAAATCTCGGGATCAGAGAACCAAGTTTCA
TCGACGGTCACATCAGGTGTGCGTGGTTTTTCATTGTAAGCAACGGCTGCCATGGAGGAG
GTAACAACAACCCGTTTGACAGAAGATGCCTTTGTGCACGAGTTCAAAACGTTAAGCGTT
CCCTTGACAGCAGGTTCAATAAGTTCAGCCTGCGGGTCTTTGACATCATGATAAAACGGG
GAAGCAGTGTGGAAAACACCTTGGCATCCATCAACAGCAGAGTCGAACGATCCTTGTTCC
AAAAGATCTGCTTTGAACAAGTGAAGTCTCTCCTTCGCACCTTCCAACGAAACCAAGTGT
TGTGTCTTTTTCGGATCACTGGGGTCACGGACGGATGCCTTGACGGTGTAGCCACGGCTA
AGGAGGAACTTGACAATCCAAGAAGCGATGTAACCGGACGCTCCTGTTACACACACCACT
TTACCTTCACCACTCTTTGCCATTTTTT*CTCTTTAGATTTGCGTGTGCGTGTGTGTGTG
TCC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 2 8

CO CL719Contig1 784 2 2 U
GTCATCATGTAACAGTTCAAGTTGAATAGAGTAAATATACATATAAGTAACCGAGTAATC
TCTAAAAAAAACTCTTACACAACATAAAGAACTGACACATTACAAGATACAAACAAAGAA
CAAATAGTTTCTTTTATTTATTGAACTTATATATATATAATGGTTATCAAACAGATTTGA
GTTTGAGGCGATCCATGCGAGCTCTAATGTAGTTGAGATGTTCATCTTCAGGAGGGATAC
ATTTCTTGATGACATCAACGTCCAAAAGATTCTTAACCCATCTGTGAATCTCTGGGAACA
TCTCTATAGTAACAATCTTGACTCCAACCACCTCTTCTGTTCTCATCAGCCAAAACGCCA
CCAAAGTTGCAACGATGTCCACGAACCCTAACCTTTCCCCACCGAAAAAATCTTTCCCGA
CAAGCTCTTTCTCCAACAACTTCAATAAATCTCTAGTCGCTTCCACAGCCGCGTCTTTTT
CTTCTCCAACCTTCCCCACCACTTTCATAGCCGTTACATAGATCTGTTCATCGACGAATC
TTCCCCAAAACCGAGCCGTAGCTCTGTCGTACGGATCTTGAGGCAGGATGGGATTGTTCT
GCCATGTATCATCGATGTACTCAAGGATCACGAGTGATTCTGAGACTGGTTTACCGTTAT
GGAGAAGAACCGGAATCTTCTTGTGAACCGGGTTTGATTGGAGTAGCAGGGGGCTCTTGT
TGGCGATATCTTGCTCAGAGAACTCGTATGGTACGCCTTTGAGGGTGAGAGCTATCTCGA
CACG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3AP02JQ U 1
AF RR3B137JQ U 2
BS 1 704 RR3AP02JQ
BS 705 784 RR3B137JQ

RD RR3AP02JQ 704 0 0
GTCATCATGTAACAGTTCAAGTTGAATAGAGTAAATATACATATAAGTAACCGAGTAATC
TCTAAAAAAAACTCTTACACAACATAAAGAACTGACACATTACAAGATACAAACAAAGAA
CAAATAGTTTCTTTTATTTATTGAACTTATATATATATAATGGTTATCAAACAGATTTGA
GTTTGAGGCGATCCATGCGAGCTCTAATGTAGTTGAGATGTTCATCTTCAGGAGGGATAC
ATTTCTTGATGACATCAACGTCCAAAAGATTCTTAACCCATCTGTGAATCTCTGGGAACA
TCTCTATAGTAACAATCTTGACTCCAACCACCTCTTCTGTTCTCATCAGCCAAAACGCCA
CCAAAGTTGCAACGATGTCCACGAACCCTAACCTTTCCCCACCGAAAAAATCTTTCCCGA
CAAGCTCTTTCTCCAACAACTTCAATAAATCTCTAGTCGCTTCCACAGCCGCGTCTTTTT
CTTCTCCAACCTTCCCCACCACTTTCATAGCCGTTACATAGATCTGTTCATCGACGAATC
TTCCCCAAAACCGAGCCGTAGCTCTGTCGTACGGATCTTGAGGCAGGATGGGATTGTTCT
GCCATGTATCATCGATGTACTCAAGGATCACGAGTGATTCTGAGACTGGTTTACCGTTAT
GGAGAAGAACCGGAATCTTCTTGTGAACCGGGTTTGATTGGAGT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3B137JQ 783 0 0
C
CATCATGTAACAGTTCAAGTTGAATAGAGTAAATATACATATAAGTAACCGAGTAATCTC
TAAAAAAAACTCTTACACAACATAAAGAACTGACACATTACAAGATACAAACAAAGAACA
AATAGTTTCTTTTATTTATTGAACTTATATATATATAATGGTTATCAAACAGATTTGAGT
TTGAGGCGATCCATGCGAGCTCTAATGTAGTTGAGATGTTCATCTTCAGGAGGGATACAT
TTCTTGATGACATCAACGTCCAAAAGATTCTTAACCCATCTGTGAATCTCTGGGAACATC
TCTATAGTAACAATCTTGACTCCAACCACCTCTTCTGTTCTCATCAGCCAAAACGCCACC
AAAGTTGCAACGATGTCCACGAACCCTAACCTTTCCCCACCGAAAAAATCTTTCCCGACA
AGCTCTTTCTCCAACAACTTCAATAAATCTCTAGTCGCTTCCACAGCCGCGTCTTTTTCT
TCTCCAACCTTCCCCACCACTTTCATAGCCGTTACATAGATCTGTTCATCGACGAATCTT
CCCCAAAACCGAGCCGTAGCTCTGTCGTACGGATCTTGAGGCAGGATGGGATTGTTCTGC
CATGTATCATCGATGTACTCAAGGATCACGAGTGATTCTGAGATTGGTTTACCGTTATGG
AGAAGAACCGGAATCTTCTTGTGAACCGGGTTTGATTGGAGTAGCAGGGGGCTCTTGTTG
GCGATATCTTGCTCAGAGAACTCGTATGGTACGCCTTTGAGGGTGAGAGCTATCTCGACA
CG

QA 2 783 2 783
DS 



CO CL719Contig2 860 6 15 U
GGGGGGGGAAGCAAACTAACAGTGAGCTAAAAAAAAAGAGACGATGGCGGAGAGATCAGA
GGAAGTGAAGCTACTGGGGATGTGGGCGAGTCCTTTCAGCCGCAGGGTCGAGATAGCTCT
CACCCTCAAAGGCGTACCATACGAGTTCTCTGAGCAAGATATCGCCAACAAGAGCCCCCT
GCTACTCCAATCAAACCCGGTTCACAAGAAGATTCCGGTTCTTCTCCATAACGGTAAACC
AATCTCAGAATCGCTCGTGATCCTTGAGTATATCGATGATACATGGCAGAATAATCCCAT
CCTGCCTCAAGATCCATACGACAGAGCTACGGCTCGGTTTTGGGGAAGATTCGTCGATGA
ACAGATCTATGTAACGGCGATGAAAGTGGTGGGGAAGGTTGGAGAAGAAAAAGACGCGGC
GGTGGAATCGACTAGAGATTTATTGAAGTTGCTGGAGAAAGAGCTTGTCGGGAAAGATTT
TCTCGGTGGGGAAAGGTTAGGGTTCGTGGACATAGTTGCAACTTTGGTGGCGTTTTGGCT
GATGAGAACGGAAGAGGTGGTTGGAGTCAAGATTGTTACTATAGAGATGTTCCCAGAGAT
TCACAGATGGGTTAAGAATCTTTTGGACGTTGATGTCATCAAGAAATGTATCCCTCCTGA
AGATGAACATCTCAACTACATTAGAGCTCGCATGGATCGCCTCAAACTCAAATCTGTTTG
ATAACCACT*TATATATATAAGTTCAGTAAATCAAATAATCTCTTTGTTATTGTTTAAAT
CTTGTTATATGTGTTGAAATAACATTGTCAGTTCTTGTTATGTTGTGTAAGAGTTTTCAT
AAATATAAGTTCAATAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
15 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BN84TF U 1
AF RR3B137TF U 4
AF RR3AP02TF U 5
AF RR3AC22TF U 5
AF RR3AC22JQ C 126
AF RR3BN84JQ C 140
BS 1 102 RR3BN84TF
BS 103 103 RR3B137TF
BS 104 241 RR3BN84TF
BS 242 242 RR3B137TF
BS 243 560 RR3BN84TF
BS 561 727 RR3B137TF
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BS 731 746 RR3B137TF
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BS 830 854 RR3AC22JQ
BS 855 860 RR3BN84JQ

RD RR3BN84TF 560 0 0
GGGGGGGGAAGCAAACTAACAGTGAGCTAAAAAAAAAGAGACGATGGCGGAGAGATCAGA
GGAAGTGAAGCTACTGGGGATGTGGGCGAGTCCTTTCAGCCGTAGGGTCGAGATAGCTCT
CACCCTCAAAGGCGTACCATACGAGTTCTCTGAGCAAGATATCGCCAACAAGAGCCCCCT
GCTACTCCAATCAAACCCGGTTCACAAGAAGATTCCGGTTCTTCTCCATAACGGTAAACC
AGTCTCAGAATCGCTCGTGATCCTTGAGTATATCGATGATACATGGCAGAATAATCCCAT
CCTGCCTCAAGATCCATACGACAGAGCTACGGCTCGGTTTTGGGGAAGATTCGTCGATGA
ACAGATCTATGTAACGGCGATGAAAGTGGTGGGGAAGGTTGGAGAAGAAAAAGACGCGGC
GGTGGAATCGACTAGAGATTTATTGAAGTTGCTGGAGAAAGAGCTTGTCGGGAAAGATTT
TCTCGGTGGGGAAAGGTTAGGGTTCGTGGACATAGTTGCAACTTTGGTGGCGTTTTGGCT
GATGAGAACGGAAGAGGTGG

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3B137TF 749 0 0
GGAA
GAAGCAAACTAACAGTGAGCTAAAAAAAA*GAGACGATGGCGGAGAGATCAGAGGAAGTG
AAGCTACTGGGGATGTGGGCGAGTCCTTTCAGCCGCCGTGTCGAGATAGCTCTCACCCTC
AAAGGCGTACCATACGAGTTCTCTGAGCAAGATATCGCCAACAAGAGCCCCCTGCTACTC
CAATCAAACCCGGTTCACAAGAAGATTCCGGTTCTTCTCCATAACGGTAAACCAATCTCA
GAATCACTCGTGATCCTTGAGTACATCGATGATACATGGCAGAACAATCCCATCCTGCCT
CAAGATCCGTACGACAGAGCTACGGCTCGGTTTTGGGGAAGATTCGTCGATGAACAGATC
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GCGACTAGAGATTTATTGAAGTTGTTGGAGAAAGAGCTTGTCGGGAAAGATTTTTTCGGT
GGGGAAAGGTTAGGGTTCGTGGACATCGTTGCAACTTTGGTGGCGTTTTGGCTGATGAGA
ACAGAAGAGGTGGTTGGAGTCAAGATTGTTACTATAGAGATGTTCCCAGAGATTCACAGA
TGGGTTAAGAATCTTTTGGACGTTGATGTCATCAAGAAATGTATCCCTCCTGAAGATGAA
CATCTCAACTACATTAGAGCTCGCATGGATCGCCTCAAACTCAAATCTGTTTGATAACCA
TTATATATATATAAGTTCAATAAAT

QA 5 749 5 749
DS 

RD RR3AP02TF 753 0 0
GGA
GAAGCAAACTAACAGTGAGCTAAAAAAAA*GAGACGATGGCGGAGAGATCAGAGGAAGTG
AAGCTACTGGGGATGTGGGCGAGTCCTTTCAGCCGCCGTGTCGAGATAGCTCTCACCCTC
AAAGGCGTACCATACGAGTTCTCTGAGCAAGATATCGCCAACAAGAGCCCCCTGCTACTC
CAATCAAACCCGGTTCACAAGAAGATTCCGGTTCTTCTCCATAACGGTAAACCAGTCTCA
GAATCACTCGTGATCCTTGAGTACATCGATGATACATGGCAGAACAATCCCATCCTGCCT
CAAGATCCGTACGACAGAGCTACGGCTCGGTTTTGGGGAAGATTCGTCGATGAACAGATC
TATGTAACGGCTATGAAAGTGGTGGGGAAGGTTGGAGAAGAAAAAGACGCGGCTGTGGAA
GCGACTAGAGATTTATTGAAGTTGTTGGAGAAAGAGCTTGTCGGGAAAGATTTTTTCGGT
GGGGAAAGGTTAGGGTTCGTGGACATCGTTGCAACTTTGGTGGCGTTTTGGCTGATGAGA
ACAGAAGAGGTGGTTGGAGTCAAGATTGTTACTATAGAGATGTTCCCAGAGATTCACAGA
TGGGTTAAGAATCTTTTGGACGTTGATGTCATCAAGAAATGTATCCCTCCTGAAGATGAA
CATCTCAACTACATTAGAGCTCGCATGGATCGCCTCAAACTCAAATCTGTTTGATAACCA
TTATATATATATAAGTTCAATAAAT
AAAAG

QA 4 748 4 748
DS 

RD RR3AC22TF 825 0 0
GGA
GAAGCAAACTAACAGTGAGCTAAAAAAAAAGAGACGATGGCGGAGAGATCAGAGGAAGTG
AAGCTACTGGGGATGTGGGCGAGTCCTTTCAGCCGTAGGGTCGAGATAGCTCTCACCCTC
AAAGGCGTACCATACGAGTTCTCTGAGCAAGATATCGCCAACAAGAGCCCCCTGCTACTC
CAATCAAACCCGGTTCACAAGAAGATTCCGGTTCTTCTCCATAACGGTAAACCAATCTCA
GAATCGCTCGTGATCCTTGAGTATATCGATGATACATGGCAGAATAATCCCATCCTGCCT
CAAGATCCATACGACAGAGCTACGGCTCGGTTTTGGGGAAGATTCGTCGATGAACAGATC
TATGTAACGGCGATGAAAGTGGTGGGGAAGGTTGGAGAAGAAAAAGACGCGGCGGTGGAA
TCGACTAGAGATTTATTGAAGTTGCTGGAGAAAGAGCTTGTCGGGAAAGATTTTCTCGGT
GGGGAAAGGTTAGGGTTCGTGGACATAGTTGCAACTTTGGTGGCGTTTTGGCTGATGGGA
ACGGAAGAGGTGGTTGGAGTCAAGATTGTTACTATAGAGATGTTCCCAGAGATTCACATA
TGGGTTAAGAATCTTTTGGACGTTGATGTCATCAAGAAATGTATCCCTCCTGAAGATGAA
CATCTCAACTACATTAGAGCTCGCATGGATCGCCTCAAACTCAAATCTGTTTGATAACCA
CT*TATATATATAAGTTCAGTAAATCAAATAATCTCTTTGTTATTGTTTAAATCTTGTTA
TATGTGTTGAAATAACATTGTCAGTTCTTGTTATGTTGTGTA

QA 4 825 4 825
DS 

RD RR3AC22JQ 730 0 0
TCAAAGGCGTACCATACGAGTTCTCTGAGCAAGATATCGCCAACAAGAGCCCCCTGCTAC
TCCAATCAAACCCGGTTCACAAGAAGATTCCGGTTCTTCTCCATAACGGTAAACCAATCT
CAGAATCGCTCGTGATCCTTGAGTATATCGATGATACATGGCAGAATAATCCCATCCTGC
CTCAAGATCCATACGACAGAGCTACGGCTCGGTTTTGGGGAAGATTCGTCGATGAACAGA
TCTATGTAACGGCGATGAAAGTGGTGGGGAAGGTTGGAGAAGAAAAAGACGCGGCGGTGG
AATCGACTAGAGATTTATTGAAGTTGCTGGAGAAAGAGCTTGTCGGGAAAGATTTTCTCG
GTGGGGAAAGGTTAGGGTTCGTGGACATAGTTGCAACTTTGGTGGCGTTTTGGCTGATGG
GAACGGAAGAGGTGGTTGGAGTCAAGATTGTTACTATAGAGATGTTCCCAGAGATTCACA
TATGGGTTAAGAATCTTTTGGACGTTGATGTCATCAAGAAATGTATCCCTCCTGAAGATG
AACATCTCAACTACATTAGAGCTCGCATGGATCGCCTCAAACTCAAATCTGTTTGATAAC
CACT*TATATATATAAGTTCAGTAAATCAAATAATCTCTTTGTTATTGTTTAAATCTTGT
TATATGTGTTGAAATAACATTGTCAGTTCTTGTTATGTTGTGTAAGAGTTTTCATAAATA
TAAGTTCAA
C

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3BN84JQ 721 0 0
TACGAGTTCTCTGAGCAAGATATCGCCAACAAGAGCCCCCTGCTACTCCAATCAAACCCG
GTTCACAAGAAGATTCCGGTTCTTCTCCATAACGGTAAACCAGTCTCAGAATCGCTCGTG
ATCCTTGAGTATATCGATGATACATGGCAGAATAATCCCATCCTGCCTCAAGATCCATAC
GACAGAGCTACGGCTCGGTTTTGGGGAAGATTCGTCGATGAACAGATCTATGTAACGGCG
ATGAAAGTGGTGGGGAAGGTTGGAGAAGAAAAAGACGCGGCGGTGGAATCGACTAGAGAT
TTATTGAAGTTGCTGGAGAAAGAGCTTGTCGGGAAAGATTTTCTCGGTGGGGAAAGGTTA
GGGTTCGTGGACATAGTTGCAACTTTGGTGGCGTTTTGGCTGATGAGAACGGAAGAGGTG
GTTGGAGTCAAGATTGTTACTATAGAGATGTTCCCAGAGATTCACAGATGGGTTAAGAAT
CTTTTGGACGTTGATGTCATCAAGAAATGTATCCCTCCTGAAGATGAACATCTCAACTAC
ATTAGAGCTCGCATGGATCGCCTCAAACTCAAATCTGTTTGATAACCACT*TATATATAT
AAGTTCAGTAAATCAAATAATCTCTTTGTTATTGTTTAAATCTTGTTATATGTGTTGAAA
TAACATTGTCAGTTCTTGTTATGTTGTGTAAGAGTTTTCATAAATATAAGTTCAATAAAT
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 2 7

CO CL720Contig1 815 2 16 U
GGACATCCTCACAAAAAGAAAAAAAAAACCCTAACCTCTCGTAGCAATGGCGATTGCAAC
ATCGATGAGTTTGAATCTAATCGGAGCATTCAAAGGCTTATCCCTCTCTTCAACCTCGTC
CTTCCTCAGAGGCGATTTGATTCTAAACCCTAAAACCTCCTTCACTGTTGTGACTCTCCC
TTTGGAAAAACTCCAAGCTCCGATTCCATTGACGATTGAATCCGCGCACAAGAAAGGAGC
TGGGAGTACTAAGAACGGTCGTGATTCTCCGGGACAAAGACTCGGCGTCAAGATTTACGG
TGACCAAGTCGCTAAACCAGGCGCCATCATCGTTCGTCAACGTGGCACTAAGTTCCATGC
TGGAAAGAACGTTGGGATTGGTAAAGATCATACCATCTTCTCTTTAATCGATGGACTAGT
CAAGTTCGAGAAGTTTGGCCCTGACAGGAAGAAGATTAGTGTGTACCCAAGAGAAGTTGT
GCCAGAGAATCCCAACAGTTACAGAGCAAGAAAGAGAGAAGCTTTTAGAGTGCAAAGGGA
GAAGAAGAAGGCCAGACGCGAGAACTACACTTACACGCTTCCTACCCCTCAGCTTGTGCT
TGCATCTGCTGCGATCGATGAGGAGGAAACCAATACCGATTGCTGAAAATCATATGTGAA
TCTGTCTTTGTCCTCTCGTTATGTTTAGTCTTTTTTTATGATCATTTTCCCTTTGCTAAT
TTACAAAGAGGCTTTGTTTCAATGGTCCAGGAGTTGTTGTATGTGTCCAACTCAAAACCT
CGCTTTTGTCAAATTGAGTTCACGCCTTCGGATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL36TF U 1
AF RR3D352JQ C 140
BS 1 279 RR3EL36TF
BS 280 280 RR3D352JQ
BS 281 315 RR3EL36TF
BS 316 316 RR3D352JQ
BS 317 318 RR3EL36TF
BS 319 319 RR3D352JQ
BS 320 414 RR3EL36TF
BS 415 416 RR3D352JQ
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BS 469 469 RR3D352JQ
BS 470 613 RR3EL36TF
BS 614 614 RR3D352JQ
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BS 622 622 RR3D352JQ
BS 623 647 RR3EL36TF
BS 648 815 RR3D352JQ

RD RR3EL36TF 659 0 0
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ATCGATGAGTTTGAATCTAATCGGAGCATTCAAAGGCTTATCCCTCTCTTCAACCTCGTC
CTTCCTCAGAGGCGATTTGATTCTAAACCCTAAAACCTCCTTCACTGTTGTGACTCTCCC
TTTGGAAAAACTCCAAGCTCCGATTCCATTGACGATTGAATCCGCGCACAAGAAAGGAGC
TGGGAGTACTAAGAACGGTCGTGATTCTCCGGGACAAAGGCTCGGCGTCAAGATTTACGG
TGACCAAGTCGCTAAGCCCGGCGCCATCATCGTTCGTCAACGTGGCACTAAGTTCCATGC
TGGAAAGAACGTTGGGATTGGTAAAGATCATACCATCTTCTCTTTAATCGATGGGTTAGT
CAAGTTCGAGAAGTTTGGCCCTGACAGGAAGAAGATTAGTGTGTACCCTAGAGAAGTTGT
GCCAGAGAATCCCAACAGTTACAGAGCAAGAAAGAGAGAAGCTTTTAGAGTGCAAAGGGA
GAAGAAGAAGGCCAGACGCGAGAACTACACTTACACGCTTCCTACCCCTCAGCTTGTGCT
TGCATCTGCTGCGGTCGATGATGAGGAAACCAATACCGATTGCTGAA
ATTCATATGTGA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3D352JQ 676 0 0
ATTCTAAACCCTAAAACCTCCTTCACTGT***GACTCTCCCTTTGGAAAAACTCCAAGCT
CCGATTCCATTGACGATTGAATCCGCGCACAAGAAAGGAGCTGGGAGTACTAAGAACGGT
CGTGATTCTCCGGGACAAAGACTCGGCGTCAAGATTTACGGTGACCAAGTCGCTAAACCA
GGGGCCATCATCGTTCGTCAACGTGGCACTAAGTTCCATGCTGGAAAGAACGTTGGGATT
GGTAAAGATCATACCATCTTCTCTTTAATCGATGGACTAGTCAAGTTCGAGAAGTT*GGT
CCTGACAGGAAGAAGATTAGTGTGTACCCAAGGGAAGTTGTGCCAGAGAATCCCAACAGT
TACAGAGCAAGAAAGAGGGAAGCTTTTAGAGTGCAAAGGGAGAAGAAGAAGGCC*GACGC
GAGAACTACACTTACACTCTTCCTACCCCTCAGCTTGTGCTTGCATCTGCTGCGATCGAT
GAGGAGGAAACCAATCCCGATTGCTGAAAATCATATGTGAATCTGTCTTTGTCCTCTCGT
TATGTTTAGTCTTTTTTTATGATCATTTTCCCTTTGCTAATTTACAAAGAGGCTTTGTTT
CAATGGTCCAGGAGTTGTTGTATGTGTCCAACTCAAAACCTCGCTTTTGTCAAATTGAGT
TCACGCCTTCGGATCT

QA 1 676 1 676
DS 



CO CL720Contig2 869 5 5 U
CACTCGTGGTGACTCGGGTAGGATAAAATCCGAAGGCTTGAACTCAATTTGACAAAAGTG
ACGTTTGAGTTGGACACACACAACAACTCTTGGACCTTTGAAACAAAGCCTCTTTGTAAA
TTAGCAAAGGGAAAATGATCTTAAACAAAGACTAAACAAACGTAAAGAGAGGACAAAGAC
AGATTCACATTTGATATTCAGCAATCGGGATTGGTTTCCTCCTCATCGATCGCAGCAGAT
GCAAGCACAAGCTGAGGGGTAGGAAGTGTGTAAGTGTAGTTCTCACGTCTCGCCTTCTTC
TTCTCCCTTTGCACTCTAAAAGCTTCCCTCTTTCTTGCTCTGTAACTGTTGGGATTCTCT
GGCACAACTTCCCTTGGGTACACACTAATCTTCTTCCTGTCAGGACCAAACTTCTCGAAC
TTGACTAATCCATCGATTAAAGAGAAGATGGTATGATCTTTACCAATCCCAACGTTCTTT
CCAGCATGGAACTTAGTGCCACGTTGACGAACGATGATGGCCCCTGGTTTAGCGACTTGG
TCACCGTAAATCTTGACGCCGAGTCTTTGACCAGGAGAATCACGACCGTTCTTAGTACTT
CCGGCTCCTTTCTTGTGCGCCGATTCAATCGTCAGTGGAATTGGAGGTTGGAGTTTTTCC
AAAGGGAGAGTCACAGTGAAGGAGGTTTTAGGGTTTAGAATCAAATCGCCTCTGAGGAAG
GACGAGGTTGAAGAGAGGGATAAGCCTTTGAATGCTCCGATTAGATTCAAACTCATCGAT
GTTGCAATCGCCATTGATAAGAGAAGCTAGGGTTTTTTTTTTTTTTATGAAGAAGATAAC
TGAATAAACCTCTTTGCCTCGGCTCCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH52JQ U 1
AF RR3A090JQ U 100
AF RR3BQ36JQ U 146
AF RR3BQ36TF C 216
AF RR3D352TF C 224
BS 1 630 RR3GH52JQ
BS 631 631 RR3A090JQ
BS 632 726 RR3GH52JQ
BS 727 826 RR3A090JQ
BS 827 869 RR3D352TF

RD RR3GH52JQ 726 0 0
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ACGTTTGAGTTGGACACACACAACAACTCTTGGACCTTTGAAACAAAGCCTCTTTGTAAA
TTAGCAAAGGGAAAATGATCTTAAACAAAGACTAAACAAACGTAAAGAGAGGACAAAGAC
AGATTCACATTTGATATTCAGCAATCGGGATTGGTTTCCTCCTCATCGATCGCAGCAGAT
GCAAGCACAAGCTGAGGGGTAGGAAGTGTGTAAGTGTAGTTCTCACGTCTCGCCTTCTTC
TTCTCCCTTTGCACTCTAAAAGCTTCCCTCTTTCTTGCTCTGTAACTGTTGGGATTCTCT
GGCACAACTTCCCTTGGGTACACACTAATCTTCTTCCTGTCAGGACCAAACTTCTCGAAC
TTGACTAATCCATCGATTAAAGAGAAGATGGTATGATCTTTACCAATCCCAACGTTCTTT
CCAGCATGGAACTTAGTGCCACGTTGACGAACGATGATGGCCCCTGGTTTAGCGACTTGG
TCACCGTAAATCTTGACGCCGAGTCTTTGACCAGGAGAATCACGACCGTTCTTAGTACTT
CCGGCTCCTTTCTTGTGCGCCGATTCAATCCTCAGTGGAATTGGAGGTTGGAGTTTTTCC
AAAGGGAGAGTCACAGTGAAGGAGGTTTTAGGGTTTAGAATCAAATCGCCTCTGAGGAAG
GACGAG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3A090JQ 729 0 0
GG
AACAAAGCCTCTTTGTAAATTAGCAAAGGGAAAATGATCTTAAACAAAGACTAAACAAAC
GTAAAGAGAGGACAAAGACAGATTCACATTTGATATTCAGCAATCGGGATTGGTTTCCTC
CTCATCGATCGCAGCAGATGCAAGCACAAGCTGAGGGGTAGGAAGTGTGTAAGTGTAGTT
CTCACGTCTCGCCTTCTTCTTCTCCCTTTGCACTCTAAAAGCTTCCCTCTTTCTTGCTCT
GTAACTGTTGGGATTCTCTGGCACAACTTCCCTTGGGTACACACTAATCTTCTTCCTGTC
AGGACCAAACTTCTCGAACTTGACTAATCCATCGATTAAAGAGAAGATGGTATGATCTTT
ACCAATCCCAACGTTCTTTCCAGCATGGAACTTAGTGCCACGTTGACGAACGATGATGGC
CCCTGGTTTAGCGACTTGGTCACCGTAAATCTTGACGCCGAGTCTTTGACCAGGAGAATC
ACGACCGTTCTTAGTACTTCCGGCTCCTTTCTTGTGCGCCGATTCAATCGTCAGTGGAAT
CGGAGGTTGGAGTTTTTCCAAAGGGAGAGTCACAGTGAAGGAGGTTTTAGGGTTTAGAAT
CAAATCGCCTCTGAGGAAGGACGAGGTTGAAGAGAGGGATAAGCCTTTGAATGCTCCGAT
TAGATTCAAACTCATCGATGTTGCAATCGCCATTGATAAGAGAAGCTAGGGTTTTTTTTT
TTTTT
GT

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR3BQ36JQ 686 0 0
CAAAGACTAAACAAACGTAAAGAGAGGACAAAGACAGATTCACATTTGATATTCAGCAAT
CGGGATTGGTTTCCTCCTCATCGATCGCAGCAGATGCAAGCACAAGCTGAGGGGTAGGAA
GTGTGTAAGTGTAGTTCTCACGTCTCGCCTTCTTCTTCTCCCTTTGCACTCTAAAAGCTT
CCCTCTTTCTTGCTCTGTAACTGTTGGGATTCTCTGGCACAACTTCCCTTGGGTACACAC
TAATCTTCTTCCTGTCAGGACCAAACTTCTCGAACTTGACTAATCCATCGATTAAAGAGA
AGATGGTATGATCTTTACCAATCCCAACGTTCTTTCCGGCATGGAACTTAGTGCCACGTT
GACGAACGATGATGGCCCCTGGTTTAGCGACTTGGTCACCGTAAATCTTGACGCCGGGTC
TTTGACCAGGAGAATCACGACCGTTCTTAGTACTTCCGGCTCCTTTCTTGTGCGCCGATT
CAATCGTCAGTGGAATTGGAGGTTGGAGTTTTTCCAAAGGGAGAGTCACAGTGAAGGAGG
TTTTAGGGTTTAGAATCAAATCGCCTCTGAGGAAGGACGAGGTTGAAGAGAGGGATAAGC
CTTTGAATGCTCCGATTAGATTCAAACTCATCGATGTTGCAATCGCCATTGATAAGAGAA
GCTAGGGTTTTTTTTTTTTTT
TTGTG

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3BQ36TF 623 0 0
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GTAGTTCTCACGTCTCGCCTTCTTCTTCTCCCTTTGCACTCTAAAAGCTTCCCTCTTTCT
TGCTCTGTAACTGTTGGGATTCTCTGGCACAACTTCCCTTGGGTACACACTAATCTTCTT
CCTGTCAGGACCAAACTTCTCGAACTTGACTAATCCATCGATTAAAGAGAAGATGGTATG
ATCTTTACCAATCCCAACGTTCTTTCCGGCATGGAACTTAGTGCCACGTTGACGAACGAT
GATGGCCCCTGGTTTAGCGACTTGGTCACCGTAAATCTTGACGCCGGGTCTTTGACCAGG
AGAATCACGACCGTTCTTAGTACTTCCGGCTCCTTTCTTGTGCGCCGATTCAATCGTCAG
TGGAATTGGAGGTTGGAGTTTTTCCAAAGGGAGAGTCACAGTGAAGGAGGTTTTAGGGTT
TAGAATCAAATCGCCTCTGAGGAAGGACGAGGTTGAAGAGAGGGATAAGCCTTTGAATGC
TCCGATTAGATTCAAACTCATCGATGTTGCAATCGCCATTGATAAGAGAAGCTAGGGTTT
TTTTTTTTTTT
TTGTGAGGATCC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3D352TF 646 0 0
CATCGATCGCAGCAGATGCAAGCACAAGCTGAGGGGTAGGAAGAGTGTAAGTGTAGTTCT
CGCGTCG*GCCTTCTTCTTCTCCCTTTGCACTCTAAAAGCTTCCCTCTTTCTTGCTCTGT
AACTGTTGGGATTCTCTGGCACAACTTCCCTTGGGTACACACTAATCTTCTTCCTGTCAG
GACCAA*CTTCTCGAACTTGACTAGTCCATCGATTAAAGAGAAGATGGTATGATCTTTAC
CAATCCCAACGTTCTTTCCAGCATGGAACTTAGTGCCACGTTGACGAACGATGATGGCCC
CTGGTTTAGCGACTTGGTCACCGTAAATCTTGACGCCGAGTCTTTGTCCCGGAGAATCAC
GACCGTTCTTAGTACTCCCAGCTCCTTTCTTGTGCGCGGATTCAATCGTCAATGGAATCG
GAGCTTGGAGTTTTTCCAAAGGGAGAGTCACAGTGAAGGAGGTTTTAGGGTTTAGAATCA
AATCGCCTCTGAGGAAGGACGAGGTTGAAGAGAGGGATAAGCCTTTGAATGCTCCGATTA
GATTCAAACTCATCGATGTTGCAATCGCCATTGCTAAGAGAAGCTAGGGTTTTTTTTGTG
AGGATGAAGAAGATAACTGAATAAACCTCTTTGCCTCGGCTCCTTC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 3

CO CL721Contig1 897 3 16 U
GGATCACCTAAAAAGCTAAAAACTGAATCTCTCTGTTCGAATTCAAATAACGAGGCTCCT
CCATTCGACAGATCTCGCCGGCGTTTTCACAATGGATAATCCTATTCAAGAGATTCTGGA
GAAGCAGCTTCTGACGGTGGCGAAAGCCATGGAGGACAAGCTCGACGAGGAGATCGCGTC
GCTGGAAAAGCCCGACGAGGACGATCTGGAGGTTTTGAGGGAGAGGAGGCTGCAGCAGAT
GAAGAGAATGGCGGAGAAAAAGAAACGTTGGATGAGCCATGGACACGGAGAGTACACCGA
GATCCCATCGGAGAAAGACTTCTTCGCCGCCGTCAAGGCCAGCGAACGCGTCGTCTGCCA
TTTCTACCGCGAGAATTGGCCTTGCAAAGTGATGGATAAGCACTTGGGTATATTGGCAAA
GCAGCACATTGAGACACGTTTTGTGAAGATCCAAGCTGAGAAAAGTCCCTTCTTGGCTGA
GAGGCTCAAGATTGTAGTTCTTCCAACTCTTGCACTCATCAAGAACACTAAAGTGGATGA
TTATGTGGTTGGGTTCAATGAGCTGGGAGGGAAAGACGATTTCAGCACTGAGGATCTGGA
AGAGAGATTAGCTAGAGCTCAAGTCATCCGTTACGAGGGAGAATCATCTCATAAACCAAA
GGCTACCACACAAACCAGGAGGAGCGTCAGGCAGAGTGCTCGTTCAGATTCTGACTCTGA
ATAAATCCCAAGTTTTTTTTTTAACAAAGGTTGTCGTCGATATCTTCAGCCTTTTCTTGC
GTGTCCCAGACACTTGTGTGTCTGCTATTATATACGCCCTTGTTCGTGAGTTGTATTGAA
CGCATTAAGTTGTGATCTGTAATTTGATGCTATGGATTTTGACCTTTCCCTAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ36TF U 1
AF RR3E770TF U 231
AF RR3E770JQ C 475
BS 1 495 RR3EZ36TF
BS 496 496 RR3E770TF
BS 497 501 RR3EZ36TF
BS 502 502 RR3E770TF
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BS 506 588 RR3EZ36TF
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BS 590 629 RR3EZ36TF
BS 630 631 RR3E770TF
BS 632 661 RR3EZ36TF
BS 662 662 RR3E770TF
BS 663 666 RR3EZ36TF
BS 667 667 RR3E770TF
BS 668 674 RR3EZ36TF
BS 675 897 RR3E770TF

RD RR3EZ36TF 674 0 0
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CCATTCGACAGATCTCGCCGGCGTTTTCACAATGGATAATCCTATTCAAGAGATTCTGGA
GAAGCAGCTTCTGACGGTGGCGAAAGCCATGGAGGACAAGCTCGACGAGGAGATCGCGTC
GCTGGAAAAGCCCGACGAGGACGATCTGGAGGTTTTGAGGGAGAGGAGGCTGCAGCAGAT
GAAGAGAATGGCGGAGAAAAAGAAACGTTGGATGAGCCATGGACACGGAGAGTACACCGA
GATCCCATCGGAGAAAGACTTCTTCGCCGCCGTCAAGGCCAGCGAACGCGTCGTCTGCCA
TTTCTACCGCGAGAATTGGCCTTGCAAAGTGATGGATAAGCACTTGGGTATATTGGCAAA
GCAGCACATTGAGACACGTTTTGTGAAGATCCAAGCTGAGAAAAGTCCCTTCTTGGCTGA
GAGGCTCAAGATTGTCGTTCTCCCCACTCTTGCACTCATCAAGAACACTAAAGTGGATGA
TTATGTGGTTGGGTTCAATGAGCTGGGAGGGAAAGACGATTTCAGCACAGAGGATCTGGA
AGAGAGATTAGCTAGAGCTCAAGTCATCCACTACGAGGGAGAATCATCTCATAAACCAAA
GTCTACTACACAAA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3E770TF 667 0 0
G
GCAGCAGATGAAGAGAATGGCGGAGAAAAAGAAACGTTGGATGATCCATGGACATGGAGA
GTACACCGAGATCCCATCGGAGAAAGACTTCTTCGCCGCCGTCAAGGCCAGCGAACGCGT
CGTCTGCCATTTCTACCGCGAGAATTGGCCTTGCAAAGTGATGGATAAGCACTTGGGTAT
ATTGGCAAAGCAGCACATTGAGACACGTTTTGTGAAGATCCAAGCTGAGAAAAGTCCCTT
CTTGGCTGAGAGGCTCAAGATTGTAGTTCTTCCAACTCTTGCACTCATCAAGAACACTAA
AGTGGATGATTATGTGGTTGGGTTCAATGAGCTGGGAGGGAAAGACGATTTCAGCACTGA
GGATCTGGAAGAGAGATTAGCTAGAGCTCAAGTCATCCGTTACGAGGGAGAATCATCTCA
TAAACCAAAGGCTACCACACAAACCAGGAGGAGCGTCAGGCAGAGTGCTCGTTCAGATTC
TGACTCTGAATAAATCCCAAGTTTTTTTTTTAACAAAGGTTGTCGTCGATATCTTCAGCC
TTTTCTTGCGTGTCCCAGACACTTGTGTGTCTGCTATTATATACGCCCTTGTTCGTGAGT
TGTATTGAACGCATTAAGTTGTGATCTGTAATTTGATGCTATGGATTTTGACCTTTCCCT
AAAAAA

QA 2 667 2 667
DS 

RD RR3E770JQ 417 0 0
GGCTGAGAGGCTCAAGATTGTAGTTCTTCCAACTCTTGCACTCATCAAGAACACTAAAGT
GGATGATTATGTGGTTGGGTTCAATGAGCTGGGAGGGAAAGACGATTTCAGCACTGAGGA
TCTGGAAGAGAGATTAGCTAGAGCTCAAGTCATCCGTTACGAGGGAGAATCATCTCATAA
ACCAAAGGCTACCACACAAACCAGGAGGAGCGTCAGGCAGAGTGCTCGTTCAGATTCTGA
CTCTGAATAAATCCCAAGTTTTTTTTTTAACAAAGGTTGTCGTCGATATCTTCAGCCTTT
TCTTGCGTGTCCCAGACACTTGTGTGTCTGCTATTATATACGCCCTTGTTCGTGAGTTGT
ATTGAACGCATTAAGTTGTGATCTGTAATTTGATGCTATGGATTTTGACCTTTCCCT

QA 1 417 1 417
DS 



AS 2 7

CO CL722Contig1 1261 3 4 U
ACTAGACTTGTATCATGCATTGTTTATTTTGATTGTCCTTCAGCAGTTCAAAACACACAA
AACATTTTATTACAGACAATACGCAGCTCTTATTATTGAGTAAAGATGATCTAAAGACGT
CTGAGTACGTGTGTTTGCGCATGTTGTAACACTTGTAACACACGGAGACAGGAACATAAC
CAGAAGAAAAACTCTCTTTTGCTCTTGTTTCCAAGTTTTCAGTCCAGAATCTTAGCTTTC
CTGTAGCTCTCCACCGAATCCACAAGTGTTTCCTCCAACGGCCTGAAAGTCCAACCCAAC
TTCTGCAGTTTCTCCGAACTCATCGTAGTCCTTTCTTCCACTTCTACGTAGCTCTTAGGG
TAGTTGTAATTAGGGTAAAGACTCTTGAGCTTCTCAACCACGTCCTTTTCTTTAGCCTTG
TGGGCAGTGCATATGTATCTTCCTTCAGCTTCTGGTTTCTCATAAACCAAAAGTAACGCT
TGAGCCACATCACGCACATCTACAATAAGTCTCACTTGGTTCTCCCGTGACTCAAAACCC
TCTTTAAGAAGCTTGGCAAGAGCAAGGGTACTAGCGTTTACTGTGTGCTGCTGCAGTACA
GGACCAAAGACCATGGTAGGGCAAATGCTGACGAGATCAATCCCGGTTCGTTTTGCGAAT
TCGAAAGCTTCACTTTCTGCTTGTGTCTTTGACGCACAATACCAATTCTCAGTTCTTTTG
CAAAACTCCAGGTCAGACCAACACGACTCATCTATGACTCGATCCTTTGACCAATTAGGG
TTCATCATAAGCGCAGCTGCAGAGGAAACGTACACAACACGCTTAACGTTCGCTTCCACG
CACGCCTTAAGCACATTCAACGTCCCATCCACAGCTGGTGCCATCACTTCCACCTCAGGA
TTTGGGACTGAAGATGATGGAACAGGACTTGCGACATGGAAGACGCCAACGCAACCTGCA
ATAGCAGATTGAAGAGAGCCGTAGTCCAGCAAATCAGCCTTGACGAGCTTGAGATTTTCA
CCGGCTTTCTCCAGCTTCTTCAAATGAGAATACTTTTCGTTATCAGGGTCTCTGACAGTG
CCGTGAACGAAGTAATCCTTAGAGAGAAGGAGATCAACGACCCATGAAGCAAGAAACCCT
CCGGCACCGGTAACGCAAACCTTTCCTTTCGTCACCACCGACATTTTTTTCGATCTTCGA
GAGAATCGAGATGCTTCTTCTTCTTCTTACCTTGTCTGAACGAGTGCCAGGTGTGTACTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3CU93JQB U 17
AF RR3FV67JQ U 1
AF RR3FV67TF C 456
BS 1 188 RR3FV67JQ
BS 189 189 RR3CU93JQB
BS 190 774 RR3FV67JQ
BS 775 1261 RR3FV67TF

RD RR3CU93JQB 643 0 0
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CAATACGCAGCTCTTATTATTGAGTAAAGATGATCTAAAGACGTCTGAGTACGTGTGTTT
GCGCATGTTGTAACACTTGTAACACACGGAGACAGGAACATAACCAGAAGAAAAACTCTC
TTTTGCTCTTGTTTCCAAGTTTTCAGTCCAGAATCTTAGCTTTCCTGTAGCTCTCCACCG
AATCCACAAGTGTTTCCTCCAACGGCCTGAAAGTCCAACCCAACTTCTGCAGTTTCTCCG
AACTCATCGTAGTCCTTTCTTCCACTTCTACGTAGCTCTTAGGGTAGTTGTAATTAGGGT
AAAGACTCTTGAGCTTCTCAACCACGTCCTTTTCTTTAGCCTTGTGGGCAGTGCATATGT
ATCTTCCTTCAGCTTCTGGTTTCTCATAAACCAAAAGTAACGCTTGGGCCACATCACGCA
CATCTACAATAAGTCTCACTTGGTTCTCCCGTGACTCAAAACCCTCTTTAAGAAGCTTGG
CAAGAGCAAGGGTACTAGCGTTTACTGTGTGCTGCTGCAGTACAGGACCAAAGACCATGG
TAGGGCAAATGCTGACGAGATCAATCCCGGTTCGTTTTGCGAA

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3FV67JQ 774 0 0
ACTAGACTTGTATCATGCATTGTTTATTTTGATTGTCCTTCAGCAGTTCAAAACACACAA
AACATTTTATTACAGACAATACGCAGCTCTTATTATTGAGTAAAGATGATCTAAAGACGT
CTGAGTACGTGTGTTTGCGCATGTTGTAACACTTGTAACACACGGAGACAGGAACATAAC
CAGAAGAAGAACTCTCTTTTGCTCTTGTTTCCAAGTTTTCAGTCCAGAATCTTAGCTTTC
CTGTAGCTCTCCACCGAATCCACAAGTGTTTCCTCCAACGGCCTGAAAGTCCAACCCAAC
TTCTGCAGTTTCTCCGAACTCATCGTAGTCCTTTCTTCCACTTCTACGTAGCTCTTAGGG
TAGTTGTAATTAGGGTAAAGACTCTTGAGCTTCTCAACCACGTCCTTTTCTTTAGCCTTG
TGGGCAGTGCATATGTATCTTCCTTCAGCTTCTGGTTTCTCATAAACCAAAAGTAACGCT
TGAGCCACATCACGCACATCTACAATAAGTCTCACTTGGTTCTCCCGTGACTCAAAACCC
TCTTTAAGAAGCTTGGCAAGAGCAAGGGTACTAGCGTTTACTGTGTGCTGCTGCAGTACA
GGACCAAAGACCATGGTAGGGCAAATGCTGACGAGATCAATCCCGGTTCGTTTTGCGAAT
TCGAAAGCTTCACTTTCTGCTTGTGTCTTTGACGCACAATACCAATTCTCAGTTCTTTTG
CAAAACTCCAGGTCAGACCAACACGACTCATCTATGACTCGATCCTTTGACCAA

QA 1 774 1 774
DS 

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TGTTCTCAT
AACCAAAAGTAACGCT*GAGCCACATCACGCACATCTACAATAAGTCTCACTTGGT*CTC
CCGTGACTCAAA*CCCTCTTTAAGAAGCTTGGCAAGAGCAAGGGTACTAGCGTTTACTGT
GTGCTGCTGCAGTACAGGACCAAAGACCATGGTAGGGCAAATGCTGACGAGATCAATCCC
GGTTCGTTTTGCGAATTCGAAAGCTTCACTTTCTGCTTGTGTCTTTGACGCACAATACCA
ATTCTCAGTTCTTTTGCAAAACTCCAGGTCAGACCAACACGACTCATCTATGACTCGATC
CTTTGACCAATTAGGGTTCATCATAAGCGCAGCTGCAGAGGAAACGTACACAACACGCTT
AACGTTCGCTTCCACGCACGCCTTAAGCACATTCAACGTCCCATCCACAGCTGGTGCCAT
CACTTCCACCTCAGGATTTGGGACTGAAGATGATGGAACAGGACTTGCGACATGGAAGAC
GCCAACGCAACCTGCAATAGCAGATTGAAGAGAGCCGTAGTCCAGCAAATCAGCCTTGAC
GAGCTTGAGATTTTCACCGGCTTTCTCCAGCTTCTTCAAATGAGAATACTTTTCGTTATC
AGGGTCTCTGACAGTGCCGTGAACGAAGTAATCCTTAGAGAGAAGGAGATCAACGACCCA
TGAAGCAAGAAACCCTCCGGCACCGGTAACGCAAACCTTTCCTTTCGTCACCACCGACAT
TTTTTTCGATCTTCGAGAGAATCGAGATGCTTCTTCTTCTTCTTACCTTGTCTGAACGAG
TGCCAGGTGTGTACTCC

QA 10 806 10 806
DS 



CO CL722Contig2 1261 4 6 U
GGACACACACCTGGCACTCGTTCAGACAAGGTAGAAGAGAAGAAGCATTTCGATTCTCGA
AGATCGAAAAAAAAATGTCGGTGGTGGCGAAAGGAAAGGTTTGCGTTACCGGTGCCGGAG
GGTTTCTTGCTTCATGGGTCGTTGATCTCCTTCTCTCTAAGGATTACTTCGTTCACGGCA
CTGTCAGAGACCCTGATAACGAAAAGTATTCTCATTTGAAGAAGCTGGAGAAAGCCGGTG
ACAATCTCAAGCTCGTCAAGGCTGATTTGCTGGACTACGCCTCTCTTCAATCTGCTATTG
CAGGTTGCATCGGCGTCTTCCATGTCGCAAGTCCTGTTCCATCATCTTCAGTCCCAAATC
CTGAGGTGGAAGTGATGGCACCAGCTGTGGATGGGACGTTGAATGTGCTTAAGGCGTGCG
TGGAAGCGAACGTTAAGCGTGTTGTGTACGTTTCCTCTGCAGCTGCGCTTATGATGAACC
CTAATTGGTCTAAGGATCGAGTCATAGATGAGTCTTGTTGGTCTGACCTGGAGTTTTGCA
AAAGAACTGAGAATTGGTATTGTGCGTCTAAGACACAAGCAGAAAGTGAAGCTTTCGAGT
TCGCAAAACGAACCGGGATTGATCTCGTCAGCATTTGCCCTACCATGGTATTTGGTCCTG
TACTGCAGCAGCACACAGTGAACGCTAGTACCCTTGCTCTTGTCAAGCTTCTTAAAGAGG
GTTTTGAGTCACGGGAGAACCAAGTGAGACTTATTGTAGATGTGCGTGATGTGGCTCAAG
CGTTACTTTTGGTTTATGAGAAACCAGAAGCTGAAGGAAGGTACATATGTACTGCCCACA
AGGCTAAAGAAAAGGATGTGGTTGAGAAGCTCAAGAGTCTTTACCCTAATTACAACTACC
CTAAGAGCTTCGTCGAAGTGGAAGAAAGGACTACGATGAGTTCGGAGAAACTGCAGAAGT
TGGGTTGGACTTTCAGGCCGTTGGAGGAAACACTTGTGGATTCGGTGGAGAGCTACAGGA
AAGCTAAGATTCTGGACTGAAAACTTGGAAACAAGAGCAAAGAAGAGTTCTTCTTCTGGT
TATGTTCCTGGCTCCGTGTGTTACAAGTGTTACAACATGCGCAAACATACATACTCAGAC
GTTTCTAGATCACCTTTACTCGATAATAAGAGCTGCGTATTGTCTCTAATAAAATGTTTT
GTGTGTTTGAACTGCTGAAGGACAATCAAAGTAAACCATGCATGATACAAGTCTAGTTAT
G


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3G874TF U 1
AF RR3EG94TF U 9
AF RR3CF86TF U 31
AF RR3G874JQ C 460
BS 1 32 RR3G874TF
BS 33 33 RR3EG94TF
BS 34 715 RR3G874TF
BS 716 716 RR3EG94TF
BS 717 778 RR3G874TF
BS 779 1261 RR3G874JQ

RD RR3G874TF 780 0 0
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AGATCGAAAAAAAAATGTCGGTGGTGGCGAAAGGAAAGGTTTGCGTTACCGGTGCCGGAG
GGTTTCTTGCTTCATGGGTCGTTGATCTCCTTCTCTCTAAGGATTACTTCGTTCACGGCA
CTGTCAGAGACCCTGATAACGAAAAGTATTCTCATTTGAAGAAGCTGGAGAAAGCCGGTG
ACAATCTCAAGCTCGTCAAGGCTGATTTGCTGGACTACGCCTCTCTTCAATCTGCTATTG
CAGGTTGCATCGGCGTCTTCCATGTCGCAAGTCCTGTTCCATCATCTTCAGTCCCAAATC
CTGAGGTGGAAGTGATGGCACCAGCTGTGGATGGGACGTTGAATGTGCTTAAGGCGTGCG
TGGAAGCGAACGTTAAGCGTGTTGTGTACGTTTCCTCTGCAGCTGCGCTTATGATGAACC
CTAATTGGTCTAAGGATCGAGTCATAGATGAGTCTTGTTGGTCTGACCTGGAGTTTTGCA
AAAGAACTGAGAATTGGTATTGTGCGTCTAAGACACAAGCAGAAAGTGAAGCTTTCGAGT
TCGCAAAACGAACCGGGATTGATCTCGTCAGCATTTGCCCTACCATGGTATTTGGTCCTG
TACTGCAGCAGCACACAGTGAACGCTAGTACCCTTGCTCTTGTCAAGCTTCTTAA*GAGG
GTTTTGAGTCACGGGAGAACCAAGTGAGACTTATTGTAGATGTGCGTGATGTGGCTCA
GC

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3EG94TF 730 0 0
GG
CTGGCACTCGTTCAGACAAGGTAGAAGAGAAGAAGCATTTCGATTCTCGAAGATCGAAAA
AAAA*TGTCGGTGGTGGCGAAAGGAAAGGTTTGCGTTACCGGTGCCGGAGGGTTTCTTGC
TTCATGGGTCGTTGATCTCCTTCTCTCTAAGGATTACTTCGTTCACGGCACTGTCAGAGA
CCCTGATAACGAAAAGTATTCTCATTTGAAGAAGCTGGAGAAAGCCGGTGACAATCTCAA
GCTCGTCAAGGCTGATTTGCTGGACTACGCCTCTCTTCAATCTGCTATTGCAGGTTGCAT
CGGCGTCTTCCATGTCGCAAGTCCTGTTCTATCATCTTCAGTCCCAAATCCTGAGGTGGA
AGTGATGGCA***GCTGTGGATGGGGCGTTGAATGTGCTTAAGGCGTGCGTGGAAGCGAA
CGTTAAGCGTGTTGTGTACGTTTCCTCTGCAGCTGCGCTTATGATGAACCCTAATTGGTC
TAAGGATCGAGTCATAGATGAGTCTTGTTGGTCTGACCTGGAGTTTTGCAAAAGAACTGA
GAATTGGTATTGTGCGTCTAAGACACAAGCAGAAAGTGAAGCTTTCGAGTTCGCAAAACG
AACCGGGATTGATCTCGTCAGCATCTGCCCTACCATGGTATTTGGTCCTGTACTGCAGCA
GCACACAGTGAACGCTAGTACCCTTGCTCTTGCCAAGCTTCTTAAAGAGGGTTTTGAGTC
AAGGGAGA

QA 3 730 3 730
DS 

RD RR3CF86TF 699 0 0
GGAGAAG
AGAAGAAGCATTTCGATTCTCGAAGATCGAAAAAAAAATGTCGGTGGTGGCGAAAGGAAA
GGTTTGCGTTACCGGTGCCGGAGGGTTTCTTGCTTCATGGGTCGTTGATCTCCTTCTCTC
TAAGGATTACTTCGTTCACGGCACTGTCAGAGACCCTGATAACGAAAAGTATTCTCATTT
GAAGAAGCTGGAGAAAGCCGGTGACAATCTCAAGCTCGTCAAGGCTGATTTGCTGGACTA
CGCCTCTCTTCAATCTGCTATTGCAGGTTGCATCGGCGTCTTCCATGTCGCAAGCCCTGT
TCCATCATCTTCAGTCCCAAATCCTGAGGTGGAAGTGATGGCACCAGCTGTGGATGGGAC
GTTGAATGTGCTTAAGGCGTGCGTGGAAGCGAACGTTAAGCGTGTTGTGTACGTTTCCTC
TGCAGCTGCGCTTATGATGAACCCTAATTGGTCTAAGGATCGAGTCATAGATGAGTCTTG
TTGGTCTGACCTGGAGTTTTGCAAAAGAACTGAGAATTGGTATTGTGCGTCTAAGACACA
AGCAGAAAGTGAAGCTTTCGAGTTCGCAAAACGAACCGGGATTGATCTCGTCAGCATTTG
CCCTACCATGGTATTTGGTCCTGTACTGCAGCAGCACACAGTGAACGCTAGTACCCTTGC
TCTTGCCAAGCTTCTTAAAGAGGGTTTTGAGT

QA 8 699 8 699
DS 

RD RR3G874JQ 802 0 0
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GGTCTGACCTGGAGTTTTGCAAAAGAACTGAGAATTGGTATTGTGCGTCTAAGACACAAG
CAGAAAGTGAAGCTTTCGAGTTCGCAAAACGAACCGGGATTGATCTCGTCAGCATTTGCC
CTACCATGGTATTTGGTCCTGTACTGCAGCAGCACACAGTGAACGCTAGTACCCTTGCTC
TTGTCAAGCTTCTTAAAGAGGGTTTTGAGTCACGGGAGAACCAAGTGAGACTTATTGTAG
ATGTGCGTGATGTGGCTCAAGCGTTACTTTTGGTTTATGAGAAACCAGAAGCTGAAGGAA
GGTACATATGTACTGCCCACAAGGCTAAAGAAAAGGATGTGGTTGAGAAGCTCAAGAGTC
TTTACCCTAATTACAACTACCCTAAGAGCTTCGTCGAAGTGGAAGAAAGGACTACGATGA
GTTCGGAGAAACTGCAGAAGTTGGGTTGGACTTTCAGGCCGTTGGAGGAAACACTTGTGG
ATTCGGTGGAGAGCTACAGGAAAGCTAAGATTCTGGACTGAAAACTTGGAAACAAGAGCA
AAGAAGAGTTCTTCTTCTGGTTATGTTCCTGGCTCCGTGTGTTACAAGTGTTACAACATG
CGCAAACATACATACTCAGACGTTTCTAGATCACCTTTACTCGATAATAAGAGCTGCGTA
TTGTCTCTAATAAAATGTTTTGTGTGTTTGAACTGCTGAAGGACAATCAAAGTAAACCAT
GCATGATACAAGTCTAGTTATG

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 8

CO CL723Contig1 603 8 6 U
CTTAATGAAATTCGAGCTTTGTGTTGCTTTTTTATATTATATAAATCTTGCGAGATTACA
AATTATATAACCTGCTTGAGTCTCAAAGACGGTATTCATATCATAACACCAAATTGACCG
AAACAAATGATTTTTATGTAATATAAGGACATGATGGAGCTCAGTTTCAGTTGTCGTAAG
TACGACACTCGTTAGTCTCGGGATTGTCTTTGCAGTATTCCTCCAAAGGGTCGGAGTCTT
TCTTCTTGTCTCTAGCGTGGCTAGCTGCTGCGCTAAGCTCTTCGACCTCGTCCCAAGCAG
CTACACACTCTCCGCTCGCAGGGTCGCCAGCACAAGTCTCCTCTGCGTCCTTGATGCTCT
TCTCCACTTTGTCCGATATCACTCCTTCTGGCGTTGCTTTAACCGGCCTAACTGCCACCA
TCCGGTTCGTTGTTCTTGAACAAAGATTCCAAGGATTGTTCAAACGGACCGGACATGCGA
GACGAACTGATCGAGCCTCGCTGGTGATGACGGCTCGTTGGGTTCCAAAGTTAAGACTAG
TAGCAGCTATAGTTGCCATAGTTGGATGAAGCAGAGGCTTTGAATGTTTTGTTTTTTAGA
TCC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3B389JQ U 1
AF RR3CK12JQ U 34
AF RR3CK12TF C 34
AF RR3GU83JQ U 34
AF RR3GU83TF C 34
AF RR3B389TF C 1
AF RR3AO58TF C 4
AF RR3AO58JQ U 4
BS 1 193 RR3B389JQ
BS 194 194 RR3CK12JQ
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BS 358 597 RR3B389JQ
BS 598 603 RR3AO58JQ

RD RR3B389JQ 599 0 0
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AATTATATAACCTGCTTGAGTCTCAAAGACGGTATTCATATCATAACACCAAATTGACCG
AAACAAATGATTTTTATGTAATATAAGGACATGATGGAGCTCAGTTTCAGTTGTCGTAAG
TACGACACTCGTTGGTCTCGGGATTGTCTTTGCAGTATTCCTCCAAAGGGTCGGAGTCTT
TCTTCTTGTCTCTAGCGTGGCTAGCTGCTGCGCTAAGCTCTTCGACCTCGTCCCAAGCAG
CTACACACTCTCCGCTCGCAGGGTCGCCAGCACAAGTCTCCTCTGCGTCCTTGATGTTCT
TCTCCACTTTGTCCGATATCACTCCTTCTGGCGTTGCTTTAACCGGCCTAACTGCCACCA
TCCGGTTCGTTGTTCTTGAACAAAGATTCCAAGGATTGTTCAAACGGACCGGACATGCGA
GACGAACTGATCGAGCCTCGCTGGTGATGACGGCTCGTTGGGTTCCAAAGTTAAGACTAG
TAGCAGCTATAGTTGCCATAGTTGGATGAAGCAGAGGCTTTGAATGTTTTGTTTTTT
CC

QA 1 597 1 597
DS 

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AGTATTCCTCCAAAGGGTCGGAGTCTTTCTTCTTGTCTCTAGCGTGGCTAGCTGCTGCGC
TAAGCTCTTCGACCTCGTCCCAAGCAGCTACACACTCTCCGCTCGCAGGGTCGCCAGCAC
AAGTCTCCTCTGCGTCCTTGATGCTCTTCTCCACTTTGTCCGATATCACTCCTTCTGGCG
TTGCTTTAACCGGCCTAACTGCCACCATCCGGTTCGTTGTTCTTGAACAAAGATTCCAAG
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CTCGTTGGGTTCCAAAGTTAAGACTAGTAGCAGCTATAGTTGCCATAGTTGGATGAAGCA
GAGGCTTTGAATGTTTTGTTTTT
CC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3CK12TF 565 0 0
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ATGGAGCTCAGTTTCAGTTGTCGTAAGTACGACACTCGTTAGTCTCGGGATTGTCTTTGC
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TAAGCTCTTCGACCTCGTCCCAAGCAGCTACACACTCTCCGCTCGCAGGGTCGCCAGCAC
AAGTCTCCTCTGCGTCCTTGATGCTCTTCTCCACTTTGTCCGATATCACTCCTTCTGGCG
TTGCTTTAACCGGCCTAACTGCCACCATCCGGTTCGTTGTTCTTGAACAAAGATTCCAAG
GATTGTTCAAACGGACCGGACATGCGAGACGAACTGATCGAGCCTCGCTGGTGATGACGG
CTCGTTGGGTTCCAAAGTTAAGACTAGTAGCAGCTATAGTTGCCATAGTTGGATGAAGCA
GAGGCTTTGAATGTTTTGTTTTT
CC

QA 1 563 1 563
DS 

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TAAGCTCTTCGACCTCGTCCCAAGCAGCTACACACTCTCCGCTCGCAGGGTCGCCAGCAC
AAGTCTCCTCTGCGTCCTTGATGCTCTTCTCCACTTTGTCCGATATCACTCCTTCTGGCG
TTGCTTTAACCGGCCTAACTGCCACCATCCGGTTCGTTGTTCTTGAACAAAGATTCCAAG
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CTCGTTGGGTTCCAAAGTTAAGACTAGTAGCAGCTATAGTTGCCATAGTTGGATGAAGCA
GAGGCTTTGAATGTTTTGTTTTT
AGATCC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3GU83TF 569 0 0
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ATTCATATCATAACACCAAATTGACCGAAACAAATGATTTTTATGTAATATAAGGACATG
ATGGAGCTCAGTTTCAGTTGTCGTAAGTACGACACTCGTTAGTCTCGGGATTGTCTTTGC
AGTATTCCTCCAAAGGGTCGGAGTCTTTCTTCTTGTCTCTAGCGTGGCTAGCTGCTGCGC
TAAGCTCTTCGACCTCGTCCCAAGCAGCTACACACTCTCCGCTCGCAGGGTCGCCAGCAC
AAGTCTCCTCTGCGTCCTTGATGCTCTTCTCCACTTTGTCCGATATCACTCCTTCTGGCG
TTGCTTTAACCGGCCTAACTGCCACCATCCGGTTCGTTGTTCTTGAACAAAGATTCCAAG
GATTGTTCAAACGGACCGGACATGCGAGACGAACTGATCGAGCCTCGCTGGTGATGACGG
CTCGTTGGGTTCCAAAGTTAAGACTAGTAGCAGCTATAGTTGCCATAGTTGGATGAAGCA
GAGGCTTTGAATGTTTTGTTTTT
AGATCC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3B389TF 599 0 0
CTTAA
TGAAATTCGAGCTTTGTGTTGCTTTTTTATATTATATAAATCTTGCGAGATTACAAATTA
TATAACCTGCTTGAGTCTCAAAGACGGTATTCATATCATAACACCAAATTGACCGAAACA
AATGATTTTTATGTAATATAAGGACATGATGGAGCTCAGTTTCAGTTGTCGTAAGTACGA
CACTCGTTGGTCTCGGGATTGTCTTTGCAGTATTCCTCCAAAGGGTCGGAGTCTTTCTTC
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CACTCTCCGCTCGCAGGGTCGCCAGCACAAGTCTCCTCTGCGTCCTTGATGTTCTTCTCC
ACTTTGTCCGATATCACTCCTTCTGGCGTTGCTTTAACCGGCCTAACTGCCACCATCCGG
TTCGTTGTTCTTGAACAAAGATTCCAAGGATTGTTCAAACGGACCGGACATGCGAGACGA
ACTGATCGAGCCTCGCTGGTGATGACGGCTCGTTGGGTTCCAAAGTTAAGACTAGTAGCA
GCTATAGTTGCCATAGTTGGATGAAGCAGAGGCTTTGAATGTTTTGTTTTTT
CC

QA 6 597 6 597
DS 

RD RR3AO58TF 600 0 0
AG
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CACTCGTTAGTCTCGGGATTGTCTTTGCAGTATTCCTCCAAAGGGTCGGAGTCTTTCTTC
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CACTCTCCGCTCGCGGGGTCGCCAGCACAAGTCTCCTCTGCGTCCTTGATGCTCTTCTCC
ACTTTATCCGATATCACTCCTTCTGGCGTTGCTCTAACCGGCCTAACTGCCACCATCCGG
TTCGTTGTTCTTGAACCAAGATTCCACGGATTGTTCAAACGGACCGGACCTGCGAGACGA
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GCTATAGTTGCCATAGTTGGATGAAGCAGAGGCTTTGAATGTTTTGTTTTTT
AGATCC

QA 3 594 3 594
DS 

RD RR3AO58JQ 600 0 0
AG
TGAAATTCGAGCTTTGTGTTGCTTTTTTATATTATATAAATCTTGCGAGATTACAAATTA
TATAACCTGCTTGAGTCTCAAAGACGGTATTCATATCATAACACCAAATTGACCGAAACA
AATGATTTTTATGTAATATAAGGACATGATGGAGCTCAGTTTCAGTTGTCGTAAGTACGA
CACTCGTTAGTCTCGGGATTGTCTTTGCAGTATTCCTCCAAAGGGTCGGAGTCTTTCTTC
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CACTCTCCGCTCGCGGGGTCGCCAGCACAAGTCTCCTCTGCGTCCTTGATGCTCTTCTCC
ACTTTATCCGATATCACTCCTTCTGGCGTTGCTCTAACCGGCCTAACTGCCACCATCCGG
TTCGTTGTTCTTGAACCAAGATTCCACGGATTGTTCAAACGGACCGGACCTGCGAGACGA
ACCGATCGAGCCTCGCTGGCGATGACGGCTCGTTGGGTTCCAAAGTTAAGACTAGTAGCA
GCTATAGTTGCCATAGTTGGATGAAGCAGAGGCTTTGAATGTTTTGTTTTTTAGATCC

QA 3 600 3 600
DS 



AS 2 8

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AAAAAGATGGGTGATAAGATAAACCATAGAAACCCGTTGATGCAAAACAAGAAGAGTACA
TCTTCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAATGTG
AGAGAAAAGGACACAACTATGTCTGAGCTCACTGTCTGTCTTCTCATGGACCGTTTTGTT
CCATGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTTTATA
TATCCAGAGTTATATGTATATAGATGTTGTATATGCAGTCCATGATCTTAAATTTCCATG
TAAATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCTATAATTTGTTTTATTATTTTTTTTTGAA
TGAATGTAAAATTTTATTCAATCAAAACCTTTTTTACAACT


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CK10TF U 2
AF RR3AH82JQ C 1
AF RR3AH82TF U 1
BS 1 1 RR3AH82JQ
BS 2 191 RR3CK10TF
BS 192 192 RR3AH82TF
BS 193 392 RR3CK10TF
BS 393 461 RR3AH82TF

RD RR3CK10TF 391 0 0
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AAAAGATGGGTGATAAGATAAACCATAGAAACCCGTTGATGCAAAACAAGAAGAGTACAT
CTTCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAATGTGA
GAGAAAAGGATACAACTATGTCTGAGCTCACTGTCTGTCTTCTCATGGACCGTTTTGTTC
CATGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTTTATAT
ATCCAGAGTTATATGTATATAGATGTTGTATATGCAGTCCATGATCTTAAATTTCCATGT
AAATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCT

QA 1 391 1 391
DS 

RD RR3AH82JQ 461 0 0
GGGATACTGGAATCAACAAGAAGAATGGCAAAAGCTATGGAGCTCTGGGTTGGAGAGATG
AAAAAGATGGGTGATAAGATAAACCATAGAAACCCGTTGATGCAAAACAAGAAGAGTACA
TCTTCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAATGTG
AGAGAAAAGGACACAACTATGTCTGAGCTCACTGTCTGTCTTCTCATGGACCGTTTTGTT
CCATGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTTTATA
TATCCAGAGTTATATGTATATAGATGTTGTATATGCAGTCCATGATCTTAAATTTCCATG
TAAATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCTATAATTTGTTTTATTATTTTTTTTTGAA
TGAATGTAAAATTTTATTCAATCAAAACCTTTTTTACAACT

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR3AH82TF 461 0 0
G
GGATACTGGAATCAACAAGAAGAATGGCAAAAGCTATGGAGCTCTGGGTTGGAGAGATGA
AAAAGATGGGTGATAAGATAAACCATAGAAACCCGTTGATGCAAAACAAGAAGAGTACAT
CTTCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAATGTGA
GAGAAAAGGACACAACTATGTCTGAGCTCACTGTCTGTCTTCTCATGGACCGTTTTGTTC
CATGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTTTATAT
ATCCAGAGTTATATGTATATAGATGTTGTATATGCAGTCCATGATCTTAAATTTCCATGT
AAATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCTATAATTTGTTTTATTATTTTTTTTTGAAT
GAATGTAAAATTTTATTCAATCAAAACCTTTTTTACAACT

QA 2 461 2 461
DS 



CO CL724Contig2 611 5 10 U
GGATTGGATGCTGTCCAAGTGTAAACCCCACCACCACCAAGATGTCCACTTTTTCTCTCT
TCTTGATCAAGAACGTACAATTATATGAAAACTCACCAAACTTGCTATGATTTTCTATGT
AAAAATACTAAAAAGTCCCCTCTTTTCATTATCTACATAAAGCTCAAAGCGTCTCTCTCT
TAATTGGATACTGGGATCAACAAGAAGAATGGCAAAAGCTATGGAGCTCTGGGTTGGAGA
GATGAAAAAGATGGGTGAGAAGATAAACCATAGAAACTCGTTGATGCAAAACAAGAAGAG
TACATCTTCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAA
TGTGAGAGAGAAGGATACAACTATATCTGAGCTCACTGTCTGTCTTCTCATGGACCGTTT
TGTTCCATGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTT
TATATATCCAGAGTTATATGTATATATATAT**GTATATAGATGCTGTATATGCAGTCCA
TGATCTTAAATTTCCATGTAAATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCTATAATTTGTT
TTATTAGAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3FW92TF U 1
AF RR3GY90JQ C 186
AF RR3GY90TF U 186
AF RR3C824JQ C 187
AF RR3C824TF U 187
BS 1 185 RR3FW92TF
BS 186 187 RR3GY90TF
BS 188 409 RR3FW92TF
BS 410 410 RR3GY90TF
BS 411 511 RR3FW92TF
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BS 514 590 RR3FW92TF
BS 591 602 RR3GY90TF
BS 603 606 RR3C824TF
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RD RR3FW92TF 590 0 0
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TCTTGATCAAGAACGTACAATTATATGAAAACTCACCAAACTTGCTATGATTTTCTATGT
AAAAATACTAAAAAGTCCCCTCTTTTCATTATCTACATAAAGCTCAAAGCGTCTCTCTCT
TAATTTCATACTGGGATCAACAAGAAGAATGGCAAAAGCTATGGAGCTCTGGGTTGGAGA
GATGAAAAAGATGGGTGAGAAGATAAACCATAGAAACTCGTTGATGCAAAACAAGAAGAG
TACATCTTCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAA
TGTGAGAGAGAAGGATACAACTATATCTGAGCTCACTGTCTGTCTTCTCGTGGACCGTTT
TGTTCCATGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTT
TATATATCCAGAGTTATATGTATATATATATATGTATATAGATGCTGTATATGCAGTCCA
TGATCTTAAATTTCCATGTAAATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCT

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3GY90JQ 417 0 0
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AAAAGATGGGTGAGAAGATAAACCATAGAAACTCGTTGATGCAAAACAAGAAGAGTACAT
CTTCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAATGTGA
GAGAGAAGGATACAACTATATCTGAGCTCACTGTCTGTCTTCTCATGGACCGTTTTGTTC
CATGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTTTATAT
ATCCAGAGTTATATGTATATATAT****GTATATAGATGCTGTATATGCAGTCCATGATC
TTAAATTTCCATGTAAATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCTATAATTTGTTTT

QA 1 417 1 417
DS 

RD RR3GY90TF 417 0 0
GGATACTGGGATCAACAAGAAGAATGGCAAAAGCTATGGAGCTCTGGGTTGGAGAGATGA
AAAAGATGGGTGAGAAGATAAACCATAGAAACTCGTTGATGCAAAACAAGAAGAGTACAT
CTTCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAATGTGA
GAGAGAAGGATACAACTATATCTGAGCTCACTGTCTGTCTTCTCATGGACCGTTTTGTTC
CATGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTTTATAT
ATCCAGAGTTATATGTATATATAT****GTATATAGATGCTGTATATGCAGTCCATGATC
TTAAATTTCCATGTAAATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCTATAATTTGTTTT

QA 1 417 1 417
DS 

RD RR3C824JQ 425 0 0
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AAAGATGGGTGAGAAGATAAACCATAGAAACTCGTTGATGCAAAACAAGAAGAGTACATC
TTCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAATGTGAG
AGAGAAGGATACAACTATATCTGAGCTCACTGTCTGTCTTCTCATGGACCGTTTTGTTCC
ATGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTTTATATA
TCCAGAGTTATATGTATATATATAT**GTATATAGATGCTGTATATGCAGTCCATGATCT
TAAATTTCCATGTAAATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCTATAATTTGTTTTATTA
GAGCG

QA 1 425 1 425
DS 

RD RR3C824TF 425 0 0
GATACTGGGATCAACAAGAAGAATGGCAAAAGCTATGGAGCTCTGGGTTGGAGAGATGAA
AAAGATGGGTGAGAAGATAAACCATAGAAACTCGTTGATGCAAAACAAGAAGAGTACATC
TTCTATTGTGTCCAAACAACAACAAGGAGAAGAAGAAAGAGGAGTTGCTCAAAATGTGAG
AGAGAAGGATACAACTATATCTGAGCTCACTGTCTGTCTTCTCATGGACCGTTTTGTTCC
ATGGTGATCCTCCAATATAGTATTTTTTAGATCTCCCCTTTGTTGATGTTTGTTTATATA
TCCAGAGTTATATGTATATATATAT**GTATATAGATGCTGTATATGCAGTCCATGATCT
TAAATTTCCATGTAAATCTATGAGGGTAATGTGTTTTGAGGGCTATAATTTGTTTTATTA
GAGCG

QA 1 420 1 420
DS 



AS 2 7

CO CL725Contig1 960 2 2 U
CAATCGCATAAAACTTATAGAGAGAGAGAGAAAGATGTCGGCAGAGGAAGAAACCGTTCC
AACCAACGTCGAAGAGACGGTGACTGCACCGGCGGCGAGTGAGAAGAAAGCGAAGAAGAC
GAAGGAAGCTAAAGCTCCGAAGAAGAAGCCTGCAGCGAAAGCTCCAAGGAAGAGATCTTC
TTCATCTCACCCTACCTACGAAGAGATGATTAAAGACGCGATCACGACGTTGAAGGAGAG
AACCGGATCTAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTCATAGAGGAGAAGCAGAAGACGCTTCC
TCCGACGTTCAGGAAGCTTCTCCTCGTCAATCTCAAAAGACTCGTCGCTTCCGGGAAGCT
CGTCAAAGTCAAAGGCTCCTTCAAGCTCCCCTCCTCCGCTGCTAAATCAACCGCCGTTGC
TGCTCCTGCTCCTAAACCGGCTCCGGTTAAGAAGAAGAAGGCGACCGTAGCTAAACCGAA
GGCTGCTAAACCGGCTGCGAAAGGATCCAAGAAGACCAAAGCTGCTGTAGCTGTGAAGCC
CAAGGCTAAAGTCGCCGCTGCTAAACCTAAACCGAAGACGAAGACAGTGGCTGCTGTGTC
CAAGACTAAAGCTGTTGCTGCTGCTGCTAAGCCTAAGGCTAAAGAGAGCCCTGCTAAAGC
GGCGAGGACTTCGACTAGAACTTCTCCAGGGAAGAAGGCTGCTCCTGCTGCTGTTAAGAA
AGCAGCGGCTGTAACTAAGAAGGCTCCGGCTAAGAGCGTGAAGGCGAAGGCTGTGAAGTT
TCCGGCGAAGAGGGTTTCAACGAGGAAGGTGAAGAAGTGAAAGAAGATTGGGGTTTAGGT
TAGTGAATTGGGGGAGATTGAATGAATGAATACATGGGCTGTAATGGTGGTTAGAGCTTT
TCTTAGGGTGTAGTCTTTGTATAACTTGAATCATATCCTTTGAAGAAGCTTTTTGCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TTCATCTCACCCTACCTACGAAGAGATGATTAAAGACGCGATCACGACGTTGAAGGAGAG
AACCGGATCTAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTCATAGAGGAGAAGCAGAAGACGCTTCC
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TGCTGCTGTTAAGAAAGCAGCGGCTGTAACTAAGAAGGCTCCGGCTAAGAGCGTGAAGGC
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AAGCTTTTTGCTTTT

QA 1 555 1 555
DS 



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AACACATGTATTCATTCATTCATTCATTCAATCTCCCCAATTCACTACCCCCTAAACCCC
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TTGGAGGAAGCGTCTTCTGCTTCTCCTCTATGAACTTCTGAATCGCGTATTGGCTAGATC
CGGTTCTCTCCTTCAACGTCGTGATCGCGTCTTTAATCATCTCTTCGTAGGTTGGGTGAG
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TGGTTGGAACGGTTGCTTCCTCTGCCGACATCTCTTTCTCTCTCTCTTTATCTTTCTTTG
AAGAAGTTTTATGCGATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3FY43JQ U 1
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AF RR3BU06TF C 368
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CGGCTTTCTTAGCAGGAGGAGCAGCCTTCTTCTTCCCTGGAGAAGTTCTAGTCGAAGTCC
TCGCCGCTTTAGCAGGTCTCTCTTTAGCCTTAGGCTTAGCAGCAGCAGCAACAGCTTTAG
TCTTGGACACAGCAGCCACTGTCTTCGTCTTCGGTTTAGGTTTAGCAGCGACTACTTTAG
CCGCCTTGGGCTTCACAGCTACAGCAGCTTTGGTCTTCTTGGATCCTTTCGCCGCCGGTT
T

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DS 

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AAA
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AAAAAACCAAAAACAAAAATAAAAAGCAAAAAGCTTCTTCAAAGGATATGATTCAAATTA
TACAAAAACTACCCCTAAAAAAAGCTCTCTAACCACCATTACAACACATGTATTCATTCA
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TCACCTTCCTTGTTGAAACCCTCTTCCCCGGAAACTTTACAGCCTTCCCCTTCCCGCTCT
TAGCCGGAGCCTTGGCCTTTGCCTTCTTAATTACAGCCGCGGCGGCTTTCTTAACAGGAG
GAGCAGCCTTCTTCTTCCCTGGAAAAGTTCTAGTCAAAGTCCTCCCCGCTTTAACAGGTC
TCTCTTTAGCCTTAGGCTTAACAGCAGCAGCAACAGCTTTAGTCTTGGACACAGCAGCCA
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QA 4 586 4 586
DS 

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GATTCAAATTATACAAAGACTACCCCTAAGAGAAGCTCTCTAACCACCATTACAACACAT
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AAGCGTCTTCT

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GGGCTTCACAGCTACAGCAGCTTTGGTCTTCTTGGATCCTTTCGCCGCCGGTTTAGCAGC
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AAGCGTCTTCTGCTTCTCCTCTATGAACTTCTGAATCGCGTATTGGCTAGATCCGGTTCT
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AGATCTCTTCCTTGGAGCTTTCGCTGCAGGCTTCTTCTTCGGAGCTTTAGCTTCCTTC**
*TTCTTCGCTTTCTTCTCACTCGCAGCCGGTGCAGTCACCGTCTCTTCGACGTTGGTTGG
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TTTATGCGATTG

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DS 

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GGTTGGGTGAGAAGAAGAAGATCTCTTCCTTGGAGCTTTCGCTGCAGGCTTCTTCTTCGG
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CTCTTCGACGTTGGTTGGAACGGTTGCTTCCTCTGCCGACATCTCTTTCTCTCTCTCTTT
ATCTTTCTTTGAAGAAGTTTTATGCGATTG

QA 1 630 1 630
DS 



AS 2 6

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GTGCCTGGGTAGGCAGATTGTTGCACACAGAAGCCTACAAACGCCAACAACGCAAGCCTC
CCGTTCTTGATCTCTTTAACTTTTAACTCCTCGAACTTCTTTGGGTCTTTGGAGTATCCA
AAAGGGTCAAATGCACCTCCCGGGTACTTCTTTTTCTCAGGTTCTTTCTCCATACTCCTC
TGGTGCTCAACAAATGCAATAGCTAAAAACTCTATAGCCAAGATTGTGGGCAAAGTACCC
CATGGGACCGGGTTCCCCAAGTAAGTGGCTTGTCCTCCAGGTACTGCTGCCCATTCTTGA
GCCTTAACCCAGTTTCCATATCCTAAAGCCTCTGGTACCAAAATCCCTGGAACAGCGAGC
ATTGCCCATCTACAGTGTATGAGCTCTGATTCTTTGTACCTCTCAAGGTTCTCCGGAACC
TCTCCAAGCCCGAGTGGGTCAAACCCAAAGTCACCAGGAGCAGAACCGTCGAGGTAAGCT
GGTCGTGGCTCGCCGGGCATCCAGTGAGCAGCCATTCTGACACGGCCAACATTCCCGGCG
TTGGGGAGAGCAACTCCAGCAGAGACGAATTTAGATTTTGAAGAAGAAAGAAGAGAAGGG
TAGACGGCGGCGATACCGCAGCTCATGAGCGAGTTCGACGCCATTGTTGTCTCTCTCTAT
CTCCCTTTCTGTTTACCACAAAGAAGAAAGATGTGAACGAGAGAGAGAGGTGTTTTGGAT
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 

AF RR3BQ94JQ U 46
AF RR3ER35JQ U 1
AF RR3ER35TF C 400
AF RR3BQ94TF C 167
BS 1 76 RR3ER35JQ
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BS 184 255 RR3ER35JQ
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BS 463 586 RR3ER35JQ
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BS 799 962 RR3BQ94TF

RD RR3BQ94JQ 218 0 0
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TGATACACATAAAAGCTCATAGGATATATTACTATCTTTTTTCTTACAAGTCACTAGTTG
AAAGGGATAACAACATCGCCAATGTTTTTGTGCCATGGATCCGCCAAGTGAGTAGCCAGG
TTCTCCAATGGTCCTGTGCCTGGGTAGGCAGATTGTTG

QA 1 218 1 218
DS 

RD RR3ER35JQ 586 0 0
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GACAAAACATAGGTTTTACAATCTGTCTTTCACTACACAAAGTTTTGATACACATAAAAG
CTCATAGGATATATTACTATCTTTTTTCTTACAAGTCACTAGTTGAAAGGGATAACAACA
TCCCCAATGTTTTTGTGCCATGGATCCGCCAAGTGAGTAGCCAGGTTCTCCAATGGTCCT
GTGCCTGGGTAGGCAAATTGTTGCACACAGAAGCCTACAAACGCCAACAACGCAAGCCTC
CCGTTCTTGATCTCTTTAACTTTTAACTCCTCGAACTTCTTTGGGTCTTTGGAGTATCCA
AAAGGGTCAAATGCACCTCCCGGGTACTTCTTTTTCTCAGGTTCTTTCTCCATACTCCTC
TGGTGCTCAACAAATGCAATAGCTAAAAACTCTATAGCCAAAATTGTGGGCAAAGTACCC
CATGGGACCGGGTTCCCCAAGTAAGTGGCTTGTCCTCCAGGTACTGCTGCCCATTCTTGA
GCCTTAACCCAGTTTCCATATCCTAAAGCCTCTGGTACCAAAATCC

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3ER35TF 563 0 0
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AAGATTGTGGGCAAAGTACCCCATGGGACCGGGTTCCCCAAGTAAGTGGCTTGTCCTCCA
GGTACTGCTGCCCATTCTTGAGCCTTAACCCAGTTTCCATATCCTAAAGCCTTTGGTACC
AAAATCCCTGGAACAGCGAGCATTGCCCATCTACAGTGTATGAGCTCTGATTCTTTGTAC
CTCTCAAGGTTCTCCGGAACCTCTCCAAGCCCGAGTGGGTCAAACCCAAAGTCACCAGGA
GCAGAACCGTCGAGGTAAGCTGGTCGTGGCTCGCCGGGCATCCAGTGAGCAGCCATTCTG
ACACGGCCAACATTCCCGGCGTTGGGGAGAGCAACTCCAGCAGAGACGAATTTAGATTTT
GAAGAAGAAAGAAGAGAAGGGTAGACGGCGGCGATACCGCAGCTCATGAGCGAGTTCGAC
GCCATTGTTGTCTCTCTCTATCTCCCTTTCTGTTTACCACAAAGAAGAAAGATGTGAACG
AGAGAGAGAGGTGTTTTGGAT
CC

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3BQ94TF 796 0 0
AAAGGGAT
ACAACATCGCCAATGTTTT*GTGCCATGGATCCGCCAAGTGAGTAGCCAGGT*CTCCAAT
GGTC*TGTGCCTGGGTAGGCAGATTGTTGCACACAGAAGCCTACAAACGCCAACAACGCA
AGCCTCCCGTTCTTGATCTCTTTAACTTTTAACTCCTCGAACTTCTTTGGGTCTTTGGAG
TATCCAAGAGGGTCAAATGCACCTCCCGGGTACTTCTTTTTCTCAGGTTCTTTCTCCATA
CTCCTCTGGTGCTCAACAAATGCAATAGCTAAAAACTCTATAGCCAAGATTGTGGGCAAA
GTACCCCATGGGACCGGGTTCCCCAAGTAAGTGGCTTGTCCTCCAGGTACTGCTGCCCAT
TCTTGAGCCTTAACCCAGTTTCCATATCCTAAAGCCTCTGGTACCAAAATCCCTGGAACA
GCGAGCATTGCCCATCTACAGTGTATGAGTTCTGATTCTTTGTACCTCTCAAGGTTCTCC
GGAACCTCTCCAAGTCCGAGTGGGTCAAACCCAAAGTCACCAGGAGCAGAACCGTCGAGG
TAAGCTGGTCGTGGCTCGCCGGGCATCCAGTGAGCAGCCATTCTGACACGGCCAACATTC
CCGGCGTTGGGGAGAGCAACTCCGGCAGAGACGAATTTAGATTTTGAAGAAGAAAGAAGA
GAAGGGTAGACGGCGGCGATACCGCAGCTCATGAGCGAGTTCGACGCCATTGTTGTCTCT
CTCTATCTCCCTTTCTGTTTACCACAAAGAAGAAAGATGTGAACGAGAGAGAGAGGTGTT
TTGGATCC

QA 9 796 9 796
DS 



CO CL726Contig2 560 2 2 U
GGATCCAAAACACCTCTCTCTCTCGTTCACATCTTTCTTCTTTGTGGTAAACAGAAAGGG
AGATAGAGAGAGACAACAATGGCGTCGAACTCGCTCATGAGCTGCGGTATCGCCGCCGTC
TACCCTTCTCTTCTTTCTTCTTCAAAATCTAAATTCGTCTCTGCCGGAGTTGCTCTCCCC
AACGCCGGGAATGTTGGCCGTGTCAGAATGGCTGCTTACTGGATGCCCGGCGAGCCACGA
CCAGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCTGGTGACTTTGGGTTTGACCCACTCGGACTTGGA
GAGGTTCCGGAGAACCTTGAGAGGTACAAAGAATCAGAGCTCATACACTGTAGATGGGCA
ATGCTCGCTGTTCCAGGGATTTTGGTACCCAGGCACAGGACCATTGGAGAACCTGGCTTC
TCACTTGGCGGATCCATGGCACAAAAACATTGGCGATGTTGTTATCCCTTTCAACTAGTG
ACTTGTAAGAAAAAAGATAGTAATATATCCTATGAGCTTTTATGTGTATCAAAACTCTGT
GTAGTGAAAGACAGATTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GD93TF U 1
AF RR3GD93JQ C 164
BS 1 559 RR3GD93TF
BS 560 560 RR3GD93JQ

RD RR3GD93TF 560 0 0
GGATCCAAAACACCTCTCTCTCTCGTTCACATCTTTCTTCTTTGTGGTAAACAGAAAGGG
AGATAGAGAGAGACAACAATGGCGTCGAACTCGCTCATGAGCTGCGGTATCGCCGCCGTC
TACCCTTCTCTTCTTTCTTCTTCAAAATCTAAATTCGTCTCTGCCGGAGTTGCTCTCCCC
AACGCCGGGAATGTTGGCCGTGTCAGAATGGCTGCTTACTGGATGCCCGGCGAGCCACGA
CCAGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCTGGTGACTTTGGGTTTGACCCACTCGGACTTGGA
GAGGTTCCGGAGAACCTTGAGAGGTACAAAGAATCAGAGCTCATACACTGTAGATGGGCA
ATGCTCGCTGTTCCAGGGATTTTGGTACCCAGGCACAGGACCATTGGAGAACCTGGCTTC
TCACTTGGCGGATCCATGGCACAAAAACATTGGCGATGTTGTTATCCCTTTCAACTAGTG
ACTTGTAAGAAAAAAGATAGTAATATATCCTATGAGCTTTTATGTGTATCAAAACTCTGT
GTAGTGAAAGACAGATTGT
G

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3GD93JQ 397 0 0
CCGGAGTTGCTCTCCCCAACGCCGGGAATGTTGGCCGTGTCAGAATGGCTGCTTACTGGA
TGCCCGGCGAGCCACGACCAGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCTGGTGACTTTGGGTTTG
ACCCACTCGGACTTGGAGAGGTTCCGGAGAACCTTGAGAGGTACAAAGAATCAGAGCTCA
TACACTGTAGATGGGCAATGCTCGCTGTTCCAGGGATTTTGGTACCCAGGCACAGGACCA
TTGGAGAACCTGGCTTCTCACTTGGCGGATCCATGGCACAAAAACATTGGCGATGTTGTT
ATCCCTTTCAACTAGTGACTTGTAAGAAAAAAGATAGTAATATATCCTATGAGCTTTTAT
GTGTATCAAAACTCTGTGTAGTGAAAGACAGATTGTG

QA 1 397 1 397
DS 



AS 2 6

CO CL727Contig1 736 2 5 U
GACCACAAAATCTTTCAAGACTTTCTTATAAGAACTATCCTCGTCTTGGTCACACAGGCT
GACTTATTGTTACAATGAAATTTCGTCTCTCTATATATATATTTTTCTTATCAAGTTTTT
ATATCAGAGTTGGTCCAGTCTTCAGCTTCCTCCTCGCCTTGTGTTTCATCTACTAGGTCA
GCCTCTTCAGTATGGTCGGGACCTGCTGCATCTGAGGAGTTGTTAGCCGCCGTCTCTGTG
ATGTTCACAGGTGGCTGATTCTCCATCAAACCAAAAAGTGCTAGCTTTGGTGACCACTCA
AGGACATCATCAATGATGTTTGACATCCTCCTTTGGTACCTAGCCCGAGCAGCCTCGTCA
GGGGCATGGCGCCTGAGCAGCATGACAACAACAACAGCCACAACCGTGTAGAAAAGCCGA
GATGTCCACTTGGGTGGTTCTTCCTCGTCTTTCTTTGGCCAGAAGCGGAACAGCTCCTTC
AACGTGGCTTCCTCTGCAAGAATGTTGGGGAAGAACCAGACACGCTTTCCAAGAAGAATC
CACATAGCACCGAACGCAACTGCTCTCACGAAAAGCAAGGAGAGAATCATCAAAAGAATG
CCAGCACATGAGTAGAGAACAATGAGTTTGCAACGGTGTGGGTAAACAGGAAACAAACAG
ATTGCAAGAGTCAATACAGGCCAGAAGAAAGACAAAAGCGTTTGCCAGAGTGGATGCCTT
TTCTCAAACGTCCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CAGCCTCTTCAGTATGGTCGGGACCTGCTGCATCTGAGGAGTTGTTAGCCGCCGTCTCTG
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GCCTCTTCAGTATGGTCGGGACCTGCTGCATCTGAGGAGTTGTTAGCCGCCGTCTCTGTG
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GATGTCCACTTGGGTGGTTCTTCCTCGTCTTTCTTTGGCCAGAAGCGGAACAGCTCCTTC
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CACATAGCACCGAACGCAACTGCTCTCACGAAAAGCAAGGAGAGAATCATCAAAAGAATG
CCAGCACATGAGTAGAGAACAATGAGTTTGCAACGGTGTGGGTAAACAGGAAACAAACAG
ATTGCAAGAGTCAATACAGGCCAGAAGAAAGACAAAAGCGTTTGCCAGAGTGGATGCCTT
TTCTCAAACGTCCATG

QA 1 736 1 736
DS 



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GAAGAGGCCGGTCGGAGCCGAGAAGAAAAGGGTTAAACGATCATCCGGATCCGCATCCAC
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GTTTCAGTTGTTTGCTGAGAAAGTTAGAGACCACAAGGGGTTGGAATCGAGATGGGCGGT
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TCCCGGGAAGAAAAA*GCTCTCTACTTGGCCTGCTCATCTTCAGATCTTCCGTGATGATC
AAGCTTTCTCTGAAACTGATGCGTTTTTTGCATGGACGTTTGAGAAAAGGCATCCACTCT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EH71TF U 1
AF RR3EZ45TF U 2
AF RR3DL89TF U 287
AF RR3A051JQ C 421
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GAAGAGGCCGGTCGGAGCCGAGAAGAAAAGGGTTAAACGATCATCCGGATCCGCATCCAC
CGCCGCTAGAGATTCCGCTTCTGATGCTCCACCCAGGAAGAAAGGAGTGAAGAAGGAT*T
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TCCCGGGAAGAAAAA*GCTCTCTACTTGGCCTGCTCATCTTCAGATCTTCCGTGATGATC
AAGCTTTCTCTGAAACTGATGCGTTTTTTGCATGGACGTCTGAGAAAAGGCATCCACTCT
GGCAAACGCTTTTGTCTTTCTTCTGGCCTGTATTGACTCTTGCAATCTGTTTGTTTCCTG
TTTACCCACACCGTTGCAAACTCATTGTTCTCTACTCATGTGCTGGCATTCTTTTGATGA
TTCTC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3EZ45TF 726 0 0
GGGGAAGAC
AAAAAGCGAAAAAACTTTCCGTTTCGTCTCGGAAGAAGAGAGAGAGAGATGAAGAGGCCG
GTCGGAGCCGAGAAGAAAAGGGTTAAACGATCATCCGGATCCGCATCCACCGCCGCTAGA
GATTCCGCTTCTGATGCTCCACCTAGGAAGAAAGGAGTGAAGAAGGATGTGTTTCAGTTG
TTTGCTGAGAAAGTTAGAGACCACAAGGGGTTGGAATCGAGATGGGCGGTTATGGAGCAA
GCACGTGTCGAGTACTTCAGAGGCAAAGATTTCGTGGGCTTCGTCAAGAACCACCCCGAG
TGTAAAGAGGTTCTCGAAGAAGATAAAGACCTCGACACTGAAGATATCGCCAATGTGTTG
TTGGAGAAGAACCTCTTGGTCCGCTGTGATCGTGTTACTAAAACCCTTCGTCCCGGGAAG
AAAAA*GCTCTCTACTTGGCCTGCTCATCTTCAGATCTTCCGTGATGATCAAGCTTTCTC
TGAAACTGATGCGTTTTTTGCATGGACGTTTGAGAAAAGGCATCCACTCTGGCAAACGCT
TTCGTCTTTCTTCTGGCCTGTATTGACTCTTGCAATCTGTTTGTTTCCTGTTTACCCACA
CCGTTGCAAACTCATTGTTCTCTACTCATGTGCTGGCATTCTTTTGATGATTCTCTCCTT
GCTTTTCGTGAGAGCAGTTGCGTTCGGTGCTATGTGGATTCTTCT*GGAAAGCGTGT

QA 10 726 10 726
DS 

RD RR3DL89TF 616 0 0
G
GCTTCGTCAAGAACCACCCCGAGTGTAAAGAGGTTCTCGAAGAAGATAAAGACCTCGACA
CTGAAGATATCGCCAATGTTTTGTTGGAGAAGAACCTCTTGGTCCGCTGTGATCGTGTTA
CTAAAACCCTTCGTCCCGGGAAGAAAAA*GCTCTCTACTTGGCCCGCTCATCTTCAGATC
TTCCGTGATGATCAAGCTTTCTCTGAAACTGATGCGTTTTTTGCATGGACGTTTGAGAAA
AGGCATCCACTCTGGCAAACGCTTTTGTCTTTCTTCTGGCCTGTATTGACTCTTGCAATC
TGTTTGTTTCCTGTTTACCCACACCGTTGCAAACTCATTGTTCTCTACTCATGTGCTGGC
ATTCTTTTGATGATTCTCTCCTTGCTTTTCGTGAGAGCAGTTGCGTTCGGTGCTATGTGG
ATTCTTCTTGGAAAGCGTGTCTGGTTCTTCCCCAACATTCTTGCAGAGGAAGCCACGTTG
AAGGAGCTGTTCCGCTTCTGGCCAAAGAAAGACGAGGAAGAACCACCCAAGTGGACATCT
CGGCTTTTCTACACGTTGTGGCTGTTGTTGTTGTCATGCTGCTCAG*CGCCATGCCCCTG
ACGAGGCTGCTCGGG

QA 2 616 2 616
DS 

RD RR3A051JQ 829 0 0
TCCCGGGAAGAAAAAAGCTCTCTACTTGGCCTGCTCATCTTCAGATCTTCCGTGATGATC
AAGCTTTCTCTGAAACTGATGCGTTTTTTGCATGGACGTTTGAGAAACGGCATCCACTCT
GGCAAACGCTTTTGTCTTTCTTCTGGCCTGTATTGACTCTTGCAATCTGTTTGTTTCCTG
TTTACCCACACCGTTGCAAACTCATTGTTCTCTACTCATGTGCTGGCATTCTTTTGATGA
TTCTCTCCTTGCTTTTCGTGAGAGCAGTTGCGTTCGGTGCTATGTGGATTCTTCTTGGAA
AGCGTGTCTGGTTCTTCCCCAACATTCTTGCGGAGGAAGCCACCTTGAAGGAGCTGTTCC
GTTTCTGGCCAAAGAAAGACGAGGAAGAACCACCCAAGTGGACATTTCGGCTTTTCTACA
CGGTGTGGCTGTTGTTGTTGTCATGCTGCTCAGGCGCCATGCCCCTGATGAGGCTGCTCG
GGCCAGGTACCAAAGAAGGATGTCAAACATCATTGATGATGTCCTTGAGTGGTCACCAAA
GCTAGCGCTCTCTGGTTTGATGGAGAATCAGCCACCTGTGAACATCACAGAGGCGGCTAA
CAACTCCTCAGATGCAGCAGGTCCCGACCATACTGAAGAGGCTGACCTAGTAGACGAAAC
ACAAGGCGAGGAGGAAGCTGAAGACTGGACCAACTCTGATATAAAAATTTGATTAAAAAT
ATATATAGAGAAACGGACATTTCATTGTAACAATAAGTCAGGTCAGCCTGTGTGACCAAG
ACGAGGATAGTTCTTTATAAGGAAGTCTTGAAAGATTTTGTGGTATTCC

QA 1 829 1 829
DS 



AS 2 7

CO CL728Contig1 729 2 4 U
TTTTTTCCCAGATTTCCAACTTTCTACGTGACGATGGCGCTTCGTGCTACAACTCAAGCG
ACTGCTCGTATCGCGACGAATCTGGGACGTGTAGCTCGGCCTTTCTCAACTGACGCGGTG
GTGGAGTCTGATTACAAGCGGGGCGAGATCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCAGAGGAGCAT
CTTGCACGAAAGGTGATAATATACTCACCAGCAAGAACAGCGACACAGCAAGGATCTGGA
AAACTTGGAAAATGGAAGATCAATTTCGTCTCCACCCTCAAGTGGGAGAATCCATTGATG
GGGTGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCCAATGTTGGCGACTCCGCTCTTGGTTTCGAT
TCTGAGGAAGCTGCTAAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGGAG
CCTAAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTCTTACTCTGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAG
CCTCAACCACAGAACTGATCATTTCATCATCTTCTTCCATTTCTCGACCAAAAGGAGACA
CTTCGCTTTGAAGGCTCTCGTTTTTATTCGTTATTTTAGCATCTGTGAGCGTTTTCACTG
AACTATATCCATGGTTGGATTTTACTTTTACTTTTTTCTATTTTCCCTTATTACTATACA
ATAATATGATGATGATGACAAACCCCCCTCCTTGGGTATTTCATCAAGCTTTTATGGTTA
ATTTTACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D728TF U 1
AF RR3D728JQ C 162
BS 1 660 RR3D728TF
BS 661 663 RR3D728JQ
BS 664 681 RR3D728TF
BS 682 729 RR3D728JQ

RD RR3D728TF 694 0 0
TTTTTTCCCAGATTTCCAACTTTCTACGTGACGATGGCGCTTCGTGCTACAACTCAAGCG
ACTGCTCGTATCGCGACGAATCTGGGACGTGTAGCTCGGCCTTTCTCAACTGACGCGGTG
GTGGAGTCTGATTACAAGCGGGGCGAGATCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCAGAGGAGCAT
CTTGCACGAAAGGTGATAATATACTCACCAGCAAGAACAGCGACACAGCAAGGATCTGGA
AAACTTGGAAAATGGAAGATCAATTTCGTCTCCACCCTCAAGTGGGAGAATCCATTGATG
GGGTGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCCAATGTTGGCGACTCCGCTCTTGGTTTCGAT
TCTGAGGAAGCTGCTAAGTCTTTTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGGAG
CCTAAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTCTTACTCTGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAG
CCTCAACCACAGAACTGATCATTTCATCATCTTCTTCCATTTCTCGACCAAAAGGAGACA
CTTCGCTTTGAAGGCTCTCGTTTTTATTCGTTATTTTAGCATCTGTGAGCGTTTTCACTG
AACTATATCCATGGTTGGATTTTACTTTTACTTTTTTCTATTTTCCCTTATTACTATACA
**TATATGATGATGATGACAA
CACACCTCCTTGG

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3D728JQ 568 0 0
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GGATTATGTGGTCAAGGAGCCTAAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTCTTATTCTGACAA
CTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCACAGAACTGATCATTTCATCATCTTCTTCCATT
TCTCGACCAAAAGGAGACACTTCGCTTTGAAGGCTCTCGTTTTTATTCGTTATTTTAGCA
TCTGTGAGCGTTTTCACTGAACTATATCCATGGTTGGATTTTACTTTTACTTTTTTTTAT
TTTCCCTTATTACTATACAATAATATGATGATGATGACAAACCCCCCTCCTTGGGTATTT
CATCAAGCTTTTATGGTTAATTTTACTT

QA 1 568 1 568
DS 



CO CL728Contig2 1273 5 4 U
GGAGGACAGGAGAGGAAAAACTTAAAAGCTCCAAAGAGATTTTTTTTCCCAGATTTCCAA
CTTTCTACGTGACGATGGCGCTTCGTGCTACTACTCAAGCGACTGCTGTATCGCGGCGAA
TCTCGGACGTGTAGCTCGGCCTTTCTCAAGTGACGCGGTGGTGGAGTCGGATTACAAGCG
CGGTGAGATCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCAGAGGAGCATCTTGCAAAAGGTGATAATAT
ACTCACCAGCTAGAACAGCGACGCAGCAAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGATCA
ATTTCGTCTCCACCCTCAAGTGGGAGAATCCATTGATGGGATGGACTTCTACAGGTGACC
CTTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGGAAGCTGCTAAGTCTT
TTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGGAGCCCAAAACACCGTTGTTGAAGG
CTAAGTCTTACTCTGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCACAGAACTGATCAG
TGCATCATCTTCGTCCATCTCTCGACCAAAAGGAGACACTTCGCTTTGAAGGCTCTCATT
TTTATTCGTTATTTTAGCATCTGTGAGCTTTTTCACTGAACTATATCCATGGTTGGATTT
TTACTTTTATTTTTTTCTATTTTCCCTTATTACTACTACACAATAATATGATGATGATGA
TGATGATGACAAACACACCTCCTTGGGTATTTCATCAAGCTTTTATGGTTAATTTTACTT
GATCTACCTCTCAATAGTTTTTATTGTGTAAATGGTAGAGAAAGTGACGTCGTCATAGTC
GAGTAAATAATCCATAAAATACAAAAGTTTAAAAGACAAATACGAAAAGAAAGAAGATTA
ACAGCAGATTGTTGAACGGATACACATGTCTTTTTCATCGCATGCAAAGGAAAAGGAATC
GTTGAACTGATATATTCACCGATCAGAAACAAGCATCCAAGAGACAGAAACAGCAGAGCG
CAGCCAAACATCCTTCGAGCATACCAGCTTGTTGCTTCTACTGCGGAGCTTGAGAGTATT
GAGGTGGAGGATAACCTTGAGCAGGGTATCCCTGACCATATCCCGGCGGTGGATAACCGG
CGGCAGGATAGCCAGCCGGAGGATAACCGTCCTTAGGAGGATACCCTTGGGGAGGAGGAG
CACCGACAGGATGTTGTTCTTGATTATACATCTTTTGAATTCTTCTAGCTTTTTTTTTTC
TTCTTTCTCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO01TF U 1
AF RR3DO01JQ C 69
AF RR3G518JQ U 725
AF RR3G518TF C 725
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CGGTGAGATCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCAGAGGAGCATCTTGCAAAAGGTGATAATAT
ACTCACCAGCTAGAACAGCGACGCAGCAAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGATCA
ATTTCGTCTCCACCCTCAAGTGGGAGAATCCATTGATGGGATGGACTTCTACAGGTGACC
CTTATGCCAATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGGAAGCTGCTAAGTCTT
TTGCTCAGCGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGGAGCCCAAAACACCGTTGTTGAAGG
CTAAGTCTTACTCTGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCACAGAACTGATCAG
TGCATCATCTTCGTCCATCTCTCGACCAAAAGGAGACACTTCGCTTTGAAGGCTCTCATT
TTTATTCGTTATTTTAGCATCTGTGAGCTTTTTCACTGAACTATATCCATGGTTGGATTT
T
TACT

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DS 

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TCGGTAGTGTCTCCGGAATCCCAGAGGAGCATCTTGCAAAAGGTGATAATATACTCACCA
GCTAGAACAGCGACGCAGCAAGGATCTGGAAAACTTGGGAAATGGAAGATCAATTTCGTC
TCCACCCTCAAGTGGGAGAATCCATTGATGGGATGGACTTCTACAGGTGACCCTTATGCC
AATGTTGGTGACTCCGCTCTTGGTTTCGATTCTGAGGAAGCTGCTAAGTCTTTTGCTCAG
CGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGGAGCCCAAAACACCGTTGTTGAAGGCTAAGTCT
TACTCTGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAGCCTCAACCACAGAACTGATCAGTGCATCAT
CTTCGTCCATCTCTCGACCAAAAGGAGACACTTCGCTTTGAAGGCTCTCATTTTTATTCG
TTATTTTAGCATCTGTGAGCTTTTTCACTGAACTATATCCATGGTTGGATTTTTACTTTT
ATTTTTTTCTATTTTCCCTTATTACTACTACACAATAATATGATGATGATGATGATGATG
ACAAACACACCTCCTTGGGTATTTCATCAAGCTTTTAAGGTTAATTTTACTTGATCT

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TCTCTCCC

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DS 

RD RR3G518TF 546 0 0
GG
TGACAAACACACCTCCTTGGGTATTTCATCAAGCTTTTATGGTTAATTTTACTTGATCTA
CCTCTCAATAGTTTTTATTGTGTAAATGGTAGAGAAAGTGACGTCGTCATAGTCGAGTAA
ATAATCCATAAAATACAAAAGTTTAAAAGACAAATACGAAAAGAAAGAAGATTAACAGCA
GATTGTTGAACGGATACACATGTCTTTTTCATCGCATGCAAAGGAAAAGGAATCGTTGAA
CTGATATATTCACCGATCAGAAACAAGCATCCAAGAGACAGAAACAGCAGAGCGCAGCCA
AACATCCTTCGAGCATACCAGCTTGTTGCTTCTACTGCGGAGCTTGAGAGTATTGAGGTG
GAGGATAACCTTGAGCAGGGTATCCCTGACCATATCCCGGCGGTGGATAACCGGCGGCAG
GATAGCCAGCCGGAGGATAACCGTCCTTAGGAGGATACCCTTGGGGAGGAGGAGCACCGA
CAGGATGTTGTTCTTGATTATACATCTTTTGAATTCTTCTAGCTTTTTTTTTTCTT
TCTCTCCC

QA 3 538 3 538
DS 

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CAAAAAA
AATAGTTTTTATTGTGTAAATGGTAGAGAAAGTGACGTCGTCATAGTCGAGTAAATAATC
CATAAAATACAAAAGTTTAAAAGACAAATACGAAAAGAAAGAAGATTAACAGCAGATTGT
TGAACG*ATCCACATGTCTTTTTCATTGCATGCAAAGCAAAAGAAATCGTTGAACTGATA
TATTCACCGATCAGAAACAAGCATCCAAGAGACAGCAACAGCAGAGCGCAGCCAAACATC
CTTCGAGCATACCAGCTTGTTGCTTTTGCTGCGGAGCTTGAGAGTATTGAGGCGGAGGAT
AACCTTGAGCAGGGTATCCCTGACCATATCCCGGCGGTGGATAACCGGCGGCAGGATAGC
TAGCTGGAGGATAACCGTCCTTAGGAGGATACCCTTGGGGAGGAGGAGCACCGACAGGAT
GTTGTTCTTGACTATACATCTTTTGAGTTCTTCTAGCTTTTTTTTTTCTTCTTTCTCTTT
C

QA 8 488 8 488
DS 



AS 1 8

CO CL729Contig1 954 8 18 U
TTTTTTGTAACAATGGCTATCAACAGAATCGCTATTGGAACGCCAGGAGAAGCTAGCCAT
CCAGATGCGATCAGAGCGGCTTTGGCGGAGTTTTTCTCCATGGTTATATTCGTTTTTGCG
GGTCAAGGTTCCGGTATGGCTTACGGAAAGCTAACAGGAGATGGTCCAGCTACACCTTCC
GGTTTAGTGGCCGCGTCTTTGTCTCATGCATTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCAGTCGGT
GCAAACATTTCAGGCGGCCATGTAAACCCTGCGGTTACATTCGGAGCTTTCGTGGGTGGA
AACATAACGTTGTTAAGAGCTATACTTTACTGGATCGCTCAATTACTCGGAGCAGTCGTA
GCTTGCTTGTTGCTCAAGGTAAGCACTGGTGGGATGGAAACAACAGCGTTTTCTCTTTCC
CATGGAGTTGAGCCGTGGAACGCAGTGGTTTTCGAGATTGTGATGACGTTTGGGTTAGTG
TACACCGTTTACGCTACTGCCGTAGATCCCAAGAAAGGTGATATAGGAATCATTGCTCCA
TTGGCAATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATATTCTGGTTGGTGGTGCTTTCGACGGTGCG
TCGATGAACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGCTGTGGTGAGCTGGACTTGGACGAACCAT
TGGGTCTATTGGTTCGGTCCATTTATTGGTGCAGCAATCGCAGCTATTGTTTATGACACT
ATCTTTATGGCTAGCAGTGGAAATGAACCACTTCTTTCTAATGACTTTTAAGTTAGGGCT
TTTTCTTGTTTCTTGTTTGGAGAACAAGAAAACTGCTATTGTATATCCTACTATAGTACC
CGAGGGTACTTTGAGAGAGGTTGATTTTTTTCATTATCTCTAAT*********GCTAAGA
TGCTACTTTTACTGCTTTTTGTGTTTTGAATAATTAACATATAAATCTTGAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 10 25 0 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO21TF U 1
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BS 949 954 RR3CK08JQ

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TTTTTT
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GTGGCCGCGTCTTTGTCTCATGCATTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCAGTCGGTGCAAAC
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GTTTACGCTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGGTGATATAGGAATCATTGCTCCATTGGCA
ATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATATTCTGGTTGGTGGTGCTTT

QA 7 590 7 590
DS 

RD RR3CK08TF 652 0 0
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CCAGATGCGATCAGAGCGGCTTTGGCGGAGTTTTTCTCCATGGTTATATTCGTTTTTGCG
GGTCAAGGTTCCGGTATGGCTTACGGAAAGCTAACAGGAGATGGTCCAGCTACACCTTCC
GGTTTAGTGGCCGCGTCTTTGTCTCATGCATTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCAGTCGGT
GCAAACGTTTCAGGCGGCCATGTAAACCCTGCGGTTACATTCGGAGCTTTCGTGGGTGGA
AACATAACGTTGTTAAGAGCTATACTTTACTGGATCGCTCAATTACTCGGAGCGGTCGTA
GCTTGCTTGTTGCTCAAGGTAAGCACTGGTGGGATGGAAACAGCAGCGTTTTCTCTTTCC
CATGGAGTTGAGCCGTGGAACGCAGTGGTTTTCGAGATTGTGATGACGTTTGGGTTAGTG
TACACCGTTTACGCTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGGTGATATAGGAATCATTGCTCCA
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TCGATGAACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGCTGTGGTGAGCTGGACTTGGA

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DS 

RD RR3BD25TF 644 0 0
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GCGATCAGAGCGGCTTTGGCGGAGTTTTTCTCCATGGTTATATTCGTTTTTGCGGGTCAA
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GTGGCCGCGTCTTTGTCTCATGCACTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCAGTCGGTGCAAAC
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TTGTTGCTCAAGGTAAGCACTGGTGGGATGGAAACAACAGCGTTTTCTCTTTCCCATGGA
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GTTTACGCTACTGCCGTAGATCCCAAGAAAGGTGATATAGGAATCATTGCTCCATTGGCA
ATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATATTCTGGTTGGTGGTGCTTTCGACGGCGCGTCGATG
AACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGCTGTGGTGAGCTGGACTTG

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DS 

RD RR3AG14TF 680 0 0
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GCGATCAGAGCGGCTTTGGCGGAGTTTTTCTCCATGGTTATATTCGTTTTTGCGGGTCAA
GGTTCCGGTATGGCTTACGGAAAGCTAACAGGAGATGGTCCAGCTACACCTTCCGGTTTA
GTGGCCGCGTCTTTGTCTCATGCATTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCAGTCGGTGCAAAC
ATTTCAGGCGTCCATGTAAACCCTGCGGTTACATTCGGAGCTTTCGTGGGTGGAAACATA
ACGTTGTTAAGAGCTATACTTTACTGGATCGCTCAATTACTTGGAGCAGTCGTAGCTTGC
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GTTGAGCCGTGGAACGCAGTGGTTTTCGAGATTGTGATGACGTTTGGGTTAGTGTACACC
GTTTACGCTACTGCCGTAGATCCCAAGAAAGGTGATATAGGAATCATTGCTCCATTGGCA
ATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATATTCTGGTCGGTGGTGCTTTCGACGGTGCGTCGATG
AACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGCTGTGGTGAGCTGGACTTGGACGAACCATTGGGTC
TATTGGTTCGGTCCATTTAT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3BD25JQ 576 0 0
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GAAACAACAGCGTTTTCTCTTTCCCATGGAGTTGAGCCGTGGAACGCAGTGGTTTTCGAG
ATTGGGATGACGTTTGGGTTAGTGTACACCGTTTACGCTACTGCCGTAGATCCCAAGAAA
GGTGATATAGGAATCATTGCTCCATTGGCAATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATATTCTG
GTTGGTGGTGCTTTCGACGGCGCGTCGATGAACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGCTGTG
GTGAGCTGGACTTGGACGAACCATTGGGTCTATTGGTTCGGTCCATTTATTGGTGCAGCA
ATCGCAGCTATTGTTTATGACACTATCTTTATGGCTAGCAGTGGAAATGAACCACTTCTT
TTTAATGACTTTTAAGTTAGGGCTTTTTCTTGTTTCTTGTTTGGAGAACAAGAAAACTGC
TATTGTATATCCTACTATAGTACCCGAGGGTACTTTGAGTGAGGTTGATTTTTTTCATTA
TCTCTAAT*********G
CTAAGATGCTACTTTTAC

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR3EO21JQ 587 0 0
GAGCTTTCGTGGGTGGAAACATAACGTTGTTAAGAGCTATACTTTACTGGATCGCTCAAT
TACTCGGAGCGGTCGTAGCTTGCTTGTTGCTCAAGGTAAGCACTGGTGGGATGGAAACAG
CAGCGTTTTTTCTTTCCCATGGAGTTGAGCCGTGGAACGCAGTGGTTTTCGAGATTGTGA
TGACGTTTGGGTTAGTGTACACCGTTTACGCTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGGTGATA
TAGGAATCATTGCTCCATTGGCAATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATATTTTGGTTGGTG
GTGCTTTCGACGGTGCGTCGATGAACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGCTGTGGTGAGCT
GGACTTGGACGAACCATTGGGTCTATTGGTTCGGTCCATTTATTGGTGCAGCAATCGCAG
CTATTGTTTATGACACTATCTTTATGGCTAGCAGTGGAAATGAACCACTTCTTTTTAATG
ACTTTTAAGTTAGGGCTTTTTCTTGTTTCTTGTTTGGAGAACAAGAAAACTGCTATTGTA
TATCCTACTATAGTACCCGAGGGTACTTTGAGAGAGGTTGTTTTTTT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3AG14JQ 833 0 0
GCGGGTCAAGGTTCCGGTATGGCTTACGGAAAGCTAACAGGAGATGGTCCAGCTACACCT
TCCGGTTTAGTGGCCGCGTCTTTGTCTCATGCATTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCAGTC
GGTGCAAACATTTCAGGCGTCCATGTAAACCCTGCGGTTACATTCGGAGCTTTCGTGGGT
GGAAACATAACGTTGTTAAGAGCTATACTTTACTGGATCGCTCAATTACTTGGAGCAGTC
GTAGCTTGCTTGTTGCTCAAGGTAAGCACTGGTGGGATGGAAACAACAGCGTTTTCTCTT
TCCCATGGAGTTGAGCCGTGGAACGCAGTGGTTTTCGAGATTGTGATGACGTTTGGGTTA
GTGTACACCGTTTACGCTACTGCCGTAGATCCCAAGAAAGGTGATATAGGAATCATTGCT
CCATTGGCAATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATATTCTGGTCGGTGGTGCTTTCGACGGT
GCGTCGATGAACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGCTGTGGTGAGCTGGACTTGGACGAAC
CATTGGGTCTATTGGTTCGGTCCATTTATTGGTGCAGCAATCGCAGCTATTGTTTATGAC
ACTATCTTTATGGCTAGCAGTGGAAATGAACCACTTCTTTCTAATGACTTCTAAGTTAGG
GCTTTTTCTTGTTTCTTGTTTGGAGAACAAGAAAACTGCTATTGTATATCCTACTATAGT
ACCCGAGGGTACTTTGAGTGAGGTTGATTTTTTTCATTATCTCTAAT*********GCTA
AGATGCTACTTTTACTGCTTTTTGTGTTTTGAATAATTAACGTATAAATCT
AG

QA 1 831 1 831
DS 

RD RR3CK08JQ 775 0 0
CGGTTTAGTGGCCGCGTCTTTGTCTCATGCATTTGCATTGTTCGTGGCGGTTTCAGTCGG
TGCAAACGTTTCAGGCGGCCATGTAAACCCTGCGGTTACATTCGGAGCTTTCGTGGGTGG
AAACATAACGTTGTTAAGAGCTATACTTTACTGGATCGCTCAATTACTCGGAGCGGTCGT
AGCTTGCTTGTTGCTCAAGGTAAGCACTGGTGGGATGGAAACAGCAGCGTTTTCTCTTTC
CCATGGAGTTGAGCCGTGGAACGCAGTGGTTTTCGAGATTGTGATGACGTTTGGGTTAGT
GTACACCGTTTACGCTACTGCCGTGGATCCCAAGAAAGGTGATATAGGAATCATTGCTCC
ATTGGCAATTGGGTTGATAGTTGGAGCTAATATTCTGGTTGGTGGTGCTTTCGACGGTGC
GTCGATGAACCCGGCGGTTTCATTTGGTCCGGCTGTGGTGAGCTGGACTTGGACGAACCA
TTGGGTCTATTGGTTCGGTCCATTTATTGGTGCAGCAATCGCAGCTATTGTTTATGACAC
TATCTTTATGGCTAGCAGTGGAAATGAACCACTTCTTTCTAATGACTTTTAAGTTAGGGC
TTTTTCTTGTTTCTTGTTTGGAGAACAAGAAAACTGCTATTGTATATCCTACTATAGTAC
CCGAGGGTACTTTGAGAGAGGTCGTTTTTTTTCATTCTCTCTAATGTTTCATGTGCTAAG
ATGCTACTTTTACTGCTTTTTGTGTTTTGAATAATTAACATATAAATCTTGAAAA

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 7

CO CL730Contig1 824 7 18 U
GGAAGAAGCGAAGCTTCACAGCTGTATAATCTCTCAAGTCACCTCATCTCATGTGACCAC
CTGCTGCTACTCTCTTACTCTTATTACTCGCTGCCTCTGCCTCATCTCTAGCATGGCCAT
GGCAGCTCCGTCTCTTAACCTCCTCCTCCTTACCATTGTCTCTCTTCTCTTCATTTCACT
CCCGAGATCTGAATCTCTCCCCGAAAACCCTTCCATGGTTCTCCTAGGCGACGGACTCGA
ATGGGCGACCTCTCACGGCGACGCATTCGACTTTGAAAGCTTTGAAGATGCAGAAGAGGA
AGATGACGACGTCGGTGTTGCTGTTGCAGATCGACGGTCATTGTACTGGAAGAGGAGGAG
ATACTACATCTCGTACGGTGCATTGTCAGCGAACAGAGTCCCGTGTCCTCCAAGATCTGG
AAGATCTTACTACACTCACAACTGCTTCAGAGCTAGAGGTCCAGTTCATCCCTACACTCG
AGGCTGCTCCTCCATCACTCGTTGCCGGAGGTAGAAACAAAACATCTGCTCTGCTTTTGT
CCGTCCCCTGGTATTTTCGTAATATTGTTGTAAACCGTGATTTAATTACGTTCCTAAAAC
TTAATTAAGACATAGGATTATTATTATTATTACAGTGCTATTTCAACGTATCAAACATTA
TGGTGATTACTGAGGTCACGTGGTTTTTGGGTTTGTAATTTCGCCTACTGAACTTGTGTT
TTTTGTCGGTTGGTTTTAAATTATTATTTTTGTACTACTGTTTATGAACTTAAAGTCACA
TGTATTTGGATTTTTCTATGTATGATAATGTTCCCAACCTTTCC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU95TF U 57
AF RR3D443TF U 1
AF RR3FC36TF U 16
AF RR3GG15TF U 1
AF RR3GG15JQ C 2
AF RR3D443JQ C 148
AF RR3FC36JQ C 240
BS 1 43 RR3D443TF
BS 44 44 RR3GG15TF
BS 45 615 RR3D443TF
BS 616 616 RR3GG15TF
BS 617 654 RR3D443TF
BS 655 655 RR3GG15TF
BS 656 674 RR3D443TF
BS 675 675 RR3GG15TF
BS 676 687 RR3D443TF
BS 688 688 RR3GG15TF
BS 689 700 RR3D443TF
BS 701 730 RR3GG15TF
BS 731 731 RR3GG15JQ
BS 732 732 RR3GG15TF
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BS 761 789 RR3GG15JQ
BS 790 824 RR3FC36JQ

RD RR3FU95TF 172 0 0
GG
ACCTGCTGCTACTCTCTTACTCTTATTACTCGCTGCCTCTGCCTCATCTCTAGCATGGCC
ATGGCAGCTCCGTCTCTTAACCTCCTCCTCCTTACCATTGTCTCTCTTCTCTTCATTTCA
CTCCCGAGATCTGAATCTCTCCCCGAAAACCCTTCCATGGTTCTCCTAGG

QA 3 172 3 172
DS 

RD RR3D443TF 719 0 0
GGAAGAAGCGAAGCTTCACAGCTGTATAATCTCTCAAGTCACCCCATCTCATGTGACCAC
CTGCTGCTACTCTCTTACTCTTATTACTCGCTGCCTCTGCCTCATCTCTAGCATGGCCAT
GGCAGCTCCGTCTCTTAACCTCCTCCTCCTTACCATTGTCTCTCTTCTCTTCATTTCACT
CCCGAGATCTGAATCTCTCCCCGAAAACCCTTCCATGGTTCTCCTAGGCGACGGACTCGA
ATGGGCGACCTCTCACGGCGACGCATTCGACTTTGAAAGCTTTGAAGATGCAGAAGAGGA
AGATGACGACGTCGGTGTTGCTGTTGCAGATCGACGGTCATTGTACTGGAAGAGGAGGAG
ATACTACATCTCGTACGGTGCATTGTCAGCGAACAGAGTCCCGTGTCCTCCAAGATCTGG
AAGATCTTACTACACTCACAACTGCTTCAGAGCTAGAGGTCCAGTTCATCCCTACACTCG
AGGCTGCTCCTCCATCACTCGTTGCCGGAGGTAGAAACAAAACATCTGCTCTGCTTTTGT
CCGTCCCCTGGTATTTTCGTAATATTGTTGTAAACCGTGATTTAATTACGTTCCTAAAAC
TTAATTAAGACATAG*ATTATTATTATTATTACAGTGCTATTTCAACGTATCAAGCATTA
TGGTGATTACTGAG*TCACGTGGTTTT*GGGTTTGTAATT
CGCTACTGACTGTGTTTTT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3FC36TF 683 0 0
GG
ACAGCTGTATAATCTCTCAAGTCACCTCATCTCATGTGACCACCTGCTGCTACTCTCTTA
CTCTTATTACTCGCTGCCTCTGCCTCATCTCTAGCATGGCCATGGCAGCTCCGTCTCTTA
ACCTCCTCCTCCTTACCATTGTCTCTCTTCTCTTCATTTCACTCCCGAGATCTGAATCTC
TCCCCGAAAACCCTTCCATGGTTCTCCTAGGCGACGGACTCGAATGGGCGACCTCTCACG
GCGACGCATTCGACTTTGAAAGCTTTGAAGATGCAGAAGAGGAAGATGACGACGTCGGTG
TTGCTGTTGCAGATCGACGGTCATTGTACTGGAAGAGGAGGAGATACTACATCTCGTACG
GTGCATTGTCAGCGAACAGAGTCCCGTGTCCTCCAAGATCTGGAAGATCTTACTACACTC
ACAACTGCTTCAGAGCTAGAGGTCCAGTTCATCCCTACACTCGAGGCTGCTCCTCCATCA
CTCGTTGCCGGAGGTAGAAACAAAACATCTGCTCTGCTTTTGTCCGTCCCCCGGTATTTT
CGTAATATTGTTGTAAACCGTGATTTAATTACGTTCCTAAAACTTAATTAAGACATAGGA
TTATTATTATTATTACAGTGCTATTTCAACGTATCAAACATTATGGTGATTACTGAGG*C
ACGTGGTTTTTGGGTTTGTAA

QA 3 683 3 683
DS 

RD RR3GG15TF 760 0 0
G
GAAGAAGCGAAGCTTCACAGCTGTATAATCTCTCAAGTCACCTCATCTCATGTGACCACC
TGCTGCTACTCTCTTACTCTTATTACTCGCTGCCTCTGCCTCATCTCTAGCATGGCCATG
GCAGCTCCGTCTCTTAACCTCCTCCTCCTTACCATTGTCTCTCTTCTCTTCATTTCACTC
CCGAGATCTGAATCTCTCCCCGAAAACCCTTCCATGGTTCTCCTAGGCGACGGACTCGAA
TGGGCGACCTCTCACGGCGACGCATTCGACTTTGAAAGCTTTGAAGATGCAGAAGAGGAA
GATGACGACGTCGGTGTTGCTGTTGCAGATCGACGGTCATTGTACTGGAAGAGGAGGAGA
TACTACATCTCGTACGGTGCATTGTCAGCGAACAGAGTCCCGTGTCCTCCAAGATCTGGA
AGATCTTACTACACTCACAACTGCTTCAGAGCTAGAGGTCCAGTTCATCCCTACACTCGA
GGCTGCTCCTCCATCACTCGTTGCCGGAGGTAGAAACAAAACATCTGCTCTGCTTTTGTC
CGTCCCCTGGTATTTTCGTAATATTGTTGTAAACCGTGATTTAATTACGTTCCTAAAACT
TAATTAAGACATAGGATTATTATTATTATTACAGTGCTATTTCAACGTATCAAACATTAT
GGTGATTACTGAGGTCACGTGGTTTTTGGGTTTGTAATTTCGCCTACTGAACTTGTGTTT
TTTGTCGGTGG**TTTAAATTATTATTTTTGTACTACTG

QA 2 760 2 760
DS 

RD RR3GG15JQ 791 0 0
GAAGAAGCGAAGCTTCACAGCTGTATA*TCTCTCAAGTCACCTCATCTCATGTGACCACC
TGCTGCTACTCTCTTACTCTTATTACTCGCTGCCTCTGCCTCATCTCTAGCATGGCCATG
GCAGCTCCGTCTCTTAACCTCCTCCTCCTTACCATTGTCTCTCTTCTCTTCATTTCACTC
CCGAGATCTGAATCTCTCCCCGAAAACCCTTCCATGGTTCTCCTAGGCGACGGACTCGAA
TGGGCGACCTCTCACGGCGACGCATTCGACTTTGAAAGCTTTGAAGATGCAGAAGAGGAA
GATGACGACGTCGGTGTTGCTGTTGCAGATCGACGGTCATTGTACTGGAAGAGGAGGAGA
TACTACATCTCGTACGGTGCATTGTCAGCGAACAGAGTCCCGTGTCCTCCAAGATCTGGA
AGATCTTACTACACTCACAACTGCTTCAGAGCTAGAGGTCCAGTTCATCCCTACACTCGA
GGCTGCTCCTCCATCACTCGTTGCCGGAGGTAGAAACAAAACATCTGCTCTGCTTTTGTC
CGTCCCCTGGTATTTTCGTAATATTGTTGTAAACCGTGATTTAATTACGTTCCTAAAACT
TAATTAAGACATAGGATTATTATTATTATTACAGTGCTATTTCAACGTATCAAACATTAT
GGTGATTACTGAGGTCACGTGGTTTTTGGGTTTGTAATTTCGCCTACTGAACTTGTGTTT
TTTGTCGGTTGGTTTTAAATTATTATTTTTGTACTACTGTTTATGAACTTAAAGTCACAT
GTATTTGG
ATT

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3D443JQ 642 0 0
CCTTACCATTGTCTCTCTTCTCTTCATTTCACTCCCGAGATCTGAATCTCTCCCCGAAAA
CCCTTCCATGGTTCTCCTAGGCGACGGACTCGAATGGGCGACCTCTCACGGCGACGCATT
CGACTTTGAAAGCTTTGAAGATGCAGAAGAGGAAGATGACGACGTCGGTGTTGCTGTTGC
AGATCGACGGTCATTGTACTGGAAGAGGAGGAGATACTACATCTCGTACGGTGCATTGTC
AGCGAACAGAGTCCCGTGTCCTCCAAGATCTGGAAGATCTTACTACACTCACAACTGCTT
CAGAGCTAGAGGTCCAGTTCATCCCTACACTCGAGGCTGCTCCTCCATCACTCGTTGCCG
GAGGTAGAAACAAAACATCTGCTCTGCTTTTGTCCGTCCCCTGGTATTTTCGTAATATTG
TTGTAAACCGTGATTTAATTACGTTCCTAAAACTTAATTAAGACATAGGATTATTATTAT
TATTACAGTGCTATTTCAACGTATCAAGCATTATGGTGATTACTGAGGTCACGTGGTTTT
TGGGTTTGTAATTTCGCCTACTGAACTTGTGTTTTTTGTCGGTTGGTTTTAAATTATTAT
TTTTGTACTACTGTTTATGAACTTAAAGTCACATGTATTTGG

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3FC36JQ 585 0 0
AATGGGCGACCTCTCACGGCGACGCATTCGACTTTGAAAGCTTTGAAGATGCAGAAGAGG
AAGATGACGACGTCGGTGTTGCTGTTGCAGATCGACGGTCATTGTACTGGAAGAGGAGGA
GATACTACATCTCGTACGGTGCATTGTCAGCGAACAGAGTCCCGTGTCCTCCAAGATCTG
GAAGATCTTACTACACTCACAACTGCTTCAGAGCTAGAGGTCCAGTTCATCCCTACACTC
GAGGCTGCTCCTCCATCACTCGTTGCCGGAGGTAGAAACAAAACATCTGCTCTGCTTTTG
TCCGTCCCCCGGTATTTTCGTAATATTGTTGTAAACCGTGATTTAATTACGTTCCTAAAA
CTTAATTAAGACATAGGATTATTATTATTATTACAGTGCTATTTCAACGTATCAAACATT
ATGGTGATTACTGAGGTCACGTGGTTTTTGGGTTTGTAATTTCGCCTACTGAACTTGTGT
TTTTTGTCGGTTGGTTTTAAATTATTATTTTTGTACTACTGTTTATGAACTTAAAGTCAC
ATGTATTTGGATTTTTCTATGTATGATAATGTTCCCAACCTTTCC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 3 8

CO CL731Contig1 820 2 22 U
TACTGTATAGAACACATCACTGCGTGCAACAATACAGAGTAAAAAAAGAAAAACAGAGTT
ACTTGCGATCAAGAACCCAAACGGCTGGATAAAAAACAGACCCAAACCATATCTTTCCAT
CTTCTCTCTCATAAGCCTAACTCACATATTTAATCGTCTTCCCTTCTTTGTCCTCAAGTA
TCTCAAGGATCTCTCCCGTCTCCCCGGAGATTTTCACGGCCATTCCATTCGGTTTGAATT
CGTTCAGCACAGCAATCAACAACTCCAAATTCACTGTCTTCTCAACCAGCTTCCCGAGCC
ATTTGTTCCCCATCACCAATCGCCCCGCTAGAGATTTCTTGGAGTGTATCCCAATCCAAA
AGTCTCCACTTGGTGACAGCCGGATGTTGTCAGGGTATCCAGGGACCCTCGTAAAGATGT
CACGGGTCCCGGCTTTAGGACCTTTTATCCAATATCGATGAACAAAACCCGTGGCCGACT
CGCAAACGATTAGAAAAGACCGGTCTTTGTTTAGAGCCAAACCGTTATTACAACGTAAAT
TGTCCATCACAACTTTGGCCTCCTTCGTCTTCTTATCATATCTGATCACTCTTCCCGACC
GCTCGCCATTCGCAGCCACGAAAAATACCTCCCTGAAATGATACTTGTCACTACTATCAT
TGAAATAGAAGACATCTTCCTCTTCGTCAAGATCCCCTTGGTTTGCAAACATAACTTTGC
GACCTTCGGCTCGTCCACAACCAACTCGGCCAATCCTCCCTGAGTCCAACCTTCATGAGC
CCTAGTAACATCGCATATGTATAGATCTCCTGTTTTCTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BZ38JQ U 1
AF RR3CF71JQ U 1
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BS 252 499 RR3BZ38JQ
BS 500 500 RR3CF71JQ
BS 501 752 RR3BZ38JQ
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BS 754 768 RR3BZ38JQ
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BS 810 815 RR3BZ38JQ
BS 816 820 RR3CF71JQ

RD RR3BZ38JQ 815 0 0
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GCTCGCCATTCGCAGCCACGAAAAATACCTCCCTGAAATGATACTTGTCACTACTATCAT
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GACCTTCGGCTCGTCCACAACCAACTCGGCCA*TCCTCCCTGAGTCCA*CCTTCATGAGC
CCTAGTAACATCGCATATGTATAGATCTTCTGTTT

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR3CF71JQ 820 0 0
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CTTCTCTCTCATAAGCCTAACTCACATATTTAATCGTCTTCCCTTCTTTGTCCTCAAGTA
TCTCAAGGATCTCTCCCGTCTCCCCGGAGATTTTCACGGCCATTCCATTCGGTTTGAATT
CGTTCAGCACAGCAATCAACAACTCCAAATTCACTGTCTTCTCAACCAGCTTCCCGAGCC
ATTTGTTCCCCATCACCAATCGCCCCGCTAGAGATTTCTTGGAGTGTATGCCAATCCAAA
AGTCTCCACTTGGTGACAGCCGGATGTTGTCAGGGTATCCAGGGACCCTCGTAAAGATGT
CACGGGTCCCGGCTTTAGGACCTTTTATCCAATATCGATGAACAAAACCCGTGGCCGACT
CGCAAACGATTAGAAAAGACCGGTCTTTGTTTAGAGCCAAACCGTTATTACAACGTAGAT
TGTCCATCACAACTTTGGCCTCCTTCGTCTTCTTGTCATATCTGATCACTCTTCCCGACC
GCTCGCCATTGGCAGCCACGAAAAATACCTCCCTGAAATGATACTTGTCACTACTATCAT
TGAAGTAGAAGACATCTTCCTCTTCGTCAAGATCCCCTTGGTTTGCAAACATAACTTTGC
GACCTTCGGCTCGTCCACAACCAACTCGGCCAATCCTCCCTGAGTCCAACCTTCATGAGC
CCTAGTACCATCGCATATGTATAGATCTCCTGTTTTCTTC

QA 1 820 1 820
DS 



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GAAAATCCCAACTTGGGTTGCCGCTGCGGCTATCATTGCCATCTTGGCTGTGGTTTCATA
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CGATGGTTACCTAGGGCTCATGAAGGTTGGACCTCAGGGAGGATTGGCCGAGTTGGTTGT
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AGATGTCTTCTACTTCAATGATAGTAGTGACAAGTATCATTTCAGGGAGGTATTTTTCGT
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TTCTATCGTTTGCGAGTCGGCCACGGGTTTGTTCATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CF71TF U 25
AF RR3BZ38TF U 1
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RD RR3CF71TF 634 0 0
TT
TTTTCTTCTGAAACGAGGCAATGCCGACTAGTCAGAAAATCCCAACTTGGGTTGCCGCTG
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GAGTGATCAGATATGACAAGAAGACGAAG
AGG

QA 3 631 3 631
DS 

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GAAAATCCCAACTTGGGTTGCCGCTGCGGCTATCATTGCCATCTTGGCTGTGGTTTCATA
TCAGACTCTATTTGTGGCGGACAATGTAGAGGGCACCAAAATGGTTTTGCCATTTGCTAA
GACCATTCCAATTCCTGTTGCTGGACCAGAGAGCATCGAGTTCGACCCACAAGGAGAAGG
TCCTTATGCTGCCGTCGTGGACGGTCGTATTCTCAAGTGGCGAGGCGATGACCTAGGCTG
GGTTGAGTTTGCCCACACATCTCCTCACAGAGGGAATTGTTCAAGCCGTGAAGTAGTGCC
TACTTGTGGAAGACCATTGGGACTTAGTTTTGAGAAGAAAACAGAAGATCTATACATATG
CGATGGTTACCTAGGGCTCATGAAGGTTGGACCTCAGGGAGGATTGGCCGAGTTGGTTGT
GGACGAGGCCGAAGGTCGCAAAGTTATGTTTGCAAACCAAGGGGATCTTGACGAAGAGGA
AGATGTCTTCTATTTCAATGATAGTAGTGACAAGTATCATTTCAGGGAGGTATTTTTCGT
GGCTGCGAATGGCGAGCGGTCGGGAAGAGTGATCAGATATGATAAGAAGACGAAGAGCCA
AAGTTGTGATGGACAATCTACGTTGTAATAACGGTTTGGCTCTAAACAAAGACCGATCTT
TTCTATCGTTTGCGAGTCGGCCACGGGTTTGTTCATCG

QA 1 758 1 758
DS 



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TTTTTCTTCTGAAAAGAAAAAACATTTTTTTCTGAAACGAGGCAATGCCGACTAGTCAGA
AAATCCCAACTTGGGTTGCCGCTGCGGCTATCATTGCCATCTTGGCTGTGGTTTCATATC
AGACTCTATTTGGTCCGGACAATGTAGAGGGCACCAAAATGGTTTTGCCATTTGCTAAGA
CCATTCCAATTCCTGTTGCTGGACCAGAGAGCATCGAGTTCGACCCACAAGGAGAAGGTC
CTTATGCTGCCGTCGTGGACGGTCGTATTCTCAAGTGGCGAGGCGATGACCTAGGCTGGG
TTGAGTTTGCCCACACATCTCCCCACAGAGGGAACTGTTCAAGCCGTGAAGTAGTGCCTA
CTTGTGGAAGACCATTGGGACTTACTTTTGAGAAGAAAACGGGAGATCTATACATATGCG
ATGGTTACCTAGGGCTCATGAAGGTTGGACCTCAGGGAGGATTAGCCGAGTTGGTTGTGG
ACGAGGTCGAAGGTCGCAAAGTTATGTTTGCAAACCAAGGGGATCTTGACGAAGAGGAAG
ATGTCTTCTATTTCAATGATAGTAGTGACAAATATCATTTCAAGGAGGTATTTTTCGTTG
CTGCCAATGGCGAGCGGTCGGGAAGAGTGATCAGATATGACAAGAAGACGAAGGAGGCCA
AAGTTGTTATGGACAATCTACGTTGTAATAACGGTTTGGCTCTAAACAAAGACCGGTCTT
TTCTAATCGTTTGCGAGTCGGCCACGGGTTTTGTTCATCGATATTGGATAAAAGGTCCTA
AAGCGGGGACCCGTGACATCTTTACGAGGGTCCCTGGATACCCTGACAACATCCGGCTGT
CACCAAGTGGAGACTTTTGGATTGGGATACACTCCAAGAAATCTCTAGCGGGGCGATTGG
TGATGGGGAACAAATGGCTCGGGAAGTTGGTTGAGAAGACAGTGAATTTGAACTTGTTGA
TTGCTGTGCTGAACGAATTCATGCCGCATGGAATGGCCGTGAAAATCTCCGGGGAGACGG
GAGAGATCCTTGAGATACTTGAGGATAAAAAAGGACAGACGATGAAATATGTGAGTGAGG
CTTATGAGAGAGAAGATGGAAAGATATGGTTTGGGTCTGTTTTTTATCCAGCCGTTTGGG
TTCTTGATCGCAAGTAACTCTATTTTCTTTTAACTATGTATGGTTGCAACCAGTGATGTG
TTCTATACAGTA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3D376TF U 1
AF RR3DL45TF U 274
AF RR3DL45JQ C 385
AF RR3D376JQ C 495
BS 1 653 RR3D376TF
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BS 771 1036 RR3DL45JQ
BS 1037 1038 RR3D376JQ
BS 1039 1212 RR3DL45JQ

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AAATCCCAACTTGGGTTGCCGCTGCGGCTATCATTGCCATCTTGGCTGTGGTTTCATATC
AGACTCTATTTGGTCCGGACAATGTAGAGGGCACCAAAATGGTTTTGCCATTTGCTAAGA
CCATTCCAATTCCTGTTGCTGGACCAGAGAGCATCGAGTTCGACCCACAAGGAGAAGGTC
CTTATGCTGCCGTCGTGGACGGTCGTATTCTCAAGTGGCGAGGCGATGACCTAGGCTGGG
TTGAGTTTGCCCACACATCTCCCCACAGAGGGAACTGTTCAAGCCGTGAAGTAGTGCCTA
CTTGTGGAAGACCATTGGGACTTACTTTTGAGAAGAAAACGGGAGATCTATACATATGCG
ATGGTTACCTAGGGCTCATGAAGGTTGGACCTCAGGGAGGATTAGCCGAGTTGGTTGTGG
ACGAGGTCGAAGGTCGCAAAGTTATGTTTGCAAACCAAGGGGATCTTGACGAAGAGGAAG
ATGTCTTCTATTTCAATGATAGTAGTGACAAATATCATTTCAAGGAGGTATTTTTCGTTG
CTGCCAATGGCGAGCGGTCGGGAAGAGTGATCAGATATGACAAGAAGACGAAG
A

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3DL45TF 497 0 0
G
GTGGCGAGGCGATGACCTAGGCTGGGTTGAGTTTGCCCACACATCTCCCCACAGAGGGAA
CTGTTCAAGCCGTGAAGTAGTGCCTACTTGTGGAAGACCATTGGGACTTACTTTTGAGAA
GAAAACGGGAGATCTATACATATGCGATGGTTACCTAGGGCTCATGAAGGTTGGACCTCA
GGGAGGATTAGCCGAGTTGGTTGTGGACGAGGTCGAAGGTCGCAAAGTTATGTTTGCAAA
CCAAGGGGATCTTGGCGAAGAGGAAGATGTCTTCTATTTCAATGATAGTAGTGACAAATA
TCATTTCAAGGAGGTATTTTTCGTTGCTGCCAATGGCGAGCGGTCGGGAAGAGTGATCAG
ATATGACAAGAAGACGAAGGAGGCCAAAGTTGTTATGGACAATCTACGTTGTAATAACGG
TTTGGCTCTAAACAAAGACCGGTCTTTTCTAATCGTTTGCGAGTCGGCCACGGGTTTTGT
TCATCGATATTGGATA

QA 2 497 2 497
DS 

RD RR3DL45JQ 828 0 0
C
TTTTGAGAAGAAAACGGGAGATCTATACATATGCGATGGTTAC*TAGGGCTCATGAAGGT
TGGACCTCAGGGAGGATTAGCCGAGTTGGTTGTGGACGAGGTCGAAGGTCGCAAAGTTAT
GTTTGCAAACCAAGGGGATCTTGGCGAAGAGGAAGATGTCTTCTATTTCAATGATAGTAG
TGACAAATATCATTTCAATGAGGTATTTTTCGTTGCTGCCAATGGCGAGCGGTCGGGAAG
AGTGATCAGATATGACAAGAAGACGAAGGAGGCCAAAGTTGTTATGGACAATCTACGTTG
TAATAACGGTTTGGCTCTAAACAAAGACCGGTCTTTTCTAATCGTTTGCGAGTCGGCCAC
GGGTTTTGTTCATCGATATTGGATAAAAGGTCCTAAAGCGGGGACCCGTGACATCTTTAC
GAGGGTCCCTGGATACCCTGACAACATCCGGCTGTCACCAAGTGGAGACTTTTGGATTGG
GATACACTCCAAGAAATCTCTAGCGGGGCGATTGGTGATGGGGAACAAATGGCTCGGGAA
GTTGGTTGAGAAGACAGTGAATTTGAACTTGTTGATTGCTGTGCTGAACGAATTCATGCC
GCATGGAATGGCCGTGAAAATCTCCGGGGAGACGGGAGAGATCCTTGAGAT**TTGAGGA
TAAAAAAGGACAGACGATGAAATATGTGAGTGAGGCTTATGAGAGAGAAGATGGAAAGAT
ATGGTTTGGGTCTGTTTTTTATCCAGCCGTTTGGGTTCTTGATCGCAAGTAACTCTATTT
TCTTTTAACTATGTATGGTTGCAACCAGTGATGTGTTCTATACAGTA

QA 2 828 2 828
DS 

RD RR3D376JQ 718 0 0
CGCAAAGTTATGTTTGCAAACCAAGGGGATCTTGACGAAGAGGAAGATGTCTTCTATTTC
AATGATAGTAGTGACAAATATCATTTCAAGGAGGTATTTTTCGTTGCTGCCAATGGCGAG
CGGTCGGGAAGAGTGATCAGATATGACAAGAAGACGAAGGAGGCCAAAGTTGTTATGGAC
AATCTACGTTGTAATAACGGTTTGGCTCTAAACAAAGACCGGTCTTTTCTAATCGTTTGC
GAGTCGGCCACGGGTTTTGTTCATCGATATTGGATAAAAGGTCCTAAAGCGGGGACCCGT
GACATCTTTACGAGGGTCCCTGGATACCCTGACAACATCCGGCTGTCACCAAGTGGAGAC
TTTTGGATTGGGATACACTCCAAGAAATCTCTAGCGGGGCGATTGGTGATGGGGAACAAA
TGGCTCGGGAAGTTGGTTGAGAAGACAGTGAATTTGAACTTGTTGATTGCTGTGCTGAAC
GAATTCATGCCGCATGGAATTGCCGTGAAAATCTCCGGGGAGACGGGAGAGATCCTTGAG
ATACTTGAGGATAAAAAAGGACAGACGATGAAATATGTGAGTGAGGCTTATGAGAGAGAA
GATGGAAAGATATGGTTTGGGTCTGTTTTTTATCCAGCCGTTTGGGTTCTTGATCGCAAG
TAACTCTATTTTCTTTTAACTATGTATGGTTGCAACCAGTGATGTGTTCTATACAGTA

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 7

CO CL732Contig1 847 7 4 U
GCAATGAACACTTTTATCTTTTTATTTTAATTAGAACACTTTAATCATTATTTTGGAAGT
CTTATTATCCTCCTCTCATCTATACCCAAAAAAGAAGAAAAAAAAAA**CACTTTTCCGA
CAATGGTTGCAAAAGCCAAAGTCAGAGTAGTGGATATCTACATTCATTTGATTGCAGACA
CCATGAGAGATGGCGTAATCCTCGAGCAAACTCGAGAGACTAAGCAAACCCTAATCAAGA
CTGAAGCTCCTGAGATGGAGAAGAAGAAAATAGGCTATTGTTACTTCTCTCCAAGCTGCC
AACTGAAATAGAGTCACTATCCTCGATGTCAAGCATCGCAAGGCTCAAGTGTAGTTCTTT
GTTTGAATTTGGGTAAACCTCGTCGTCGAAACAGTCATCATCTTCTTCTACTTTCTTCAC
CCATTTCTCTACTTCATCTTCTCCTTTTAGCAGCTTGAGTATCTCTCTGATATTGGGACG
ATGAGTAGCTGCTCTTGTAAGACAATATTTAGCAGCAAGAACCATTTTCTGAAACTGAGC
CTCATCGAGATTCCCTGAAATGTTCGGATCCAAGAGCTCTTTTGCAGCACCTTTTTCTAT
AACCGGTTTTGCCCACATGACCAAACTCTCCTGTCCTCTTGGGCTATCAGAAGAAATAGT
AGTTCTTCCTGATATGAGTTCAAGCAAAACTACTCCAAAGGCATCAACATCAACTTTGTC
GCTGACCTTTCCGTACATGAAGTATTCAGGAGCTAGGTATCCAAACGTGCCCACCACGTC
TCTTTGTATTGTGTATATACAAGACTTGGATCCCCACATCGAGAGTCCGAAATCCGAAAG
CTGAGGT


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3EN82JQ U 339
AF RR3EJ33JQ U 2
AF RR3A279JQ U 1
AF RR3A279TF C 1
AF RR3DC82TF C 25
AF RR3DC82JQ U 1
AF RR3EN82TF C 411
BS 1 262 RR3A279JQ
BS 263 263 RR3DC82JQ
BS 264 705 RR3A279JQ
BS 706 847 RR3EN82TF

RD RR3EN82JQ 230 0 0
CAAGGCTCAAGTGCAATTCTTTGTTTGAATTTGGGTAAACCTCGTCGTCGAAACAGTCAT
CATCTTCTTCTACTTTCTTCACCCATTTCTCTACTTCATCTTCTCCTTTTAGCAGCTTGA
GTGTCTCTCTGATATTGGGACGATGAGTAGCTGCTCTTGTAAGACAATATTTAGCAGCAA
GAACCATTTTCTGAAACTGAGCCTCATCGATATTCCCTGAAATGTTCGGA

QA 1 230 1 230
DS 

RD RR3EJ33JQ 658 0 0
CG
ATGAACACTTTTATCTTTTTATTTTAATTAGAACACTTTAATCATTATTTTGGAAGTCTT
ATTATCCTCCTCTCATCTATACCCAAAAAAGAAGAAAAAAAAAAAACACTTTTCCGACAA
TGGTTGCAAAAGCCAAAGTCAGAGTAGTGGATATCTACATTCATTTGATTGCAGACACCA
TGAGAGATGGCGTAATCCTCGAGCAAACTCGAGAGACTAAGCAAACCCTAATCAAGACTG
AAGCTCCTGAGATGGAGAAAAAGAAAATAGGCTATTGTTACTTCTCTCCAAGCTGCCAAC
TGAAATAGAGTCACTATCCTCGATGTCAAGCATCGCAAGGCTCAAGTGTAGTTCTTTGTT
TGAATTTGGGTAAACCTCGTCGTCGGAACAGTCATCATCTTCTTCTACTTTCTTCACCCA
TTTCTCTACTTCATCTTCTCCTTTTAGCAGCTTGAGTATCTCTCTGATATTGGGACGATG
AGTAGCTGCTCTTGTAAGACAATATTTAGCAGCAAGAACCATTTTCTGAAACTGAGCCTC
ATCGAGATTCCCTGAAATGTTCGGATCCAAGAGCTCTTTTGCAGCACCTTTTTCTATAAC
CGGTTTTGCCCACATGACCAAACTCTCCTGTCCTCTTGGGCTATCAGAAGAAATAG

QA 3 658 3 658
DS 

RD RR3A279JQ 705 0 0
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CTTATTATCCTCCTCTCATCTATACCCAAAAAAGAAGAAAAAAAAAA**CACTTTTCCGA
CAATGGTTGCAAAAGCCAAAGTCAGAGTAGTGGATATCTACATTCATTTGATTGCAGACA
CCATGAGAGATGGCGTAATCCTCGAGCAAACTCGAGAGACTAAGCAAACCCTAATCAAGA
CTGAAGCTCCTGAGATGGAGAAAAAGAAAATAGGCTATTGTTACTTCTCTCCAAGCTGCC
AACTGAAATAGAGTCACTATCCTCGATGTCAAGCATCGCAAGGCTCAAGTGTAGTTCTTT
GTTTGAATTTGGGTAAACCTCGTCGTCGAAACAGTCATCATCTTCTTCTACTTTCTTCAC
CCATTTCTCTACTTCATCTTCTCCTTTTAGCAGCTTGAGTATCTCTCTGATATTGGGACG
ATGAGTAGCTGCTCTTGTAAGACAATATTTAGCAGCAAGAACCATTTTCTGAAACTGAGC
CTCATCGAGATTCCCTGAAATGTTCGGATCCAAGAGCTCTTTTGCAGCACCTTTTTCTAT
AACCGGTTTTGCCCACATGACCAAACTCTCCTGTCCTCTTGGGCTATCAGAAGAAATAGT
AGTTCTTCCTGATATGAGTTCAAGCAAAACTACTCCAAAGGCATC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3A279TF 705 0 0
GCA
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ATTATCCTCCTCTCATCTATACCCAAAAAAGAAGAAAAAAAAAA**CACTTTTCCGACAA
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TGAGAGATGGCGTAATCCTCGAGCAAACTCGAGAGACTAAGCAAACCCTAATCAAGACTG
AAGCTCCTGAGATGGAGAAGAAGAAAATAGGCTATTGTTACTTCTCTCCAAGCTGCCAAC
TGAAATAGAGTCACTATCCTCGATGTCAAGCATCGCAAGGCTCAAGTGTAGTTCTTTGTT
TGAATTTGGGTAAACCTCGTCGTCGAAACAGTCATCATCTTCTTCTACTTTCTTCACCCA
TTTCTCTACTTCATCTTCTCCTTTTAGCAGCTTGAGTATCTCTCTGATATTGGGACGATG
AGTAGCTGCTCTTGTAAGACAATATTTAGCAGCAAGAACCATTTTCTGAAACTGAGCCTC
ATCGAGATTCCCTGAAATGTTCGGATCCAAGAGCTCTTTTGCAGCACCTTTTTCTATAAC
CGGTTTTGCCCACATGACCAAACTCTCCTGTCCTCTTGGGCTATCAGAAGAAATAGTAGT
TCTTCCTGATATGAGTTCAAGCAAAACTACTCCAAAGGCATC

QA 4 705 4 705
DS 

RD RR3DC82TF 681 0 0
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CCCAAAAAAGAAGAAAAAAAAAA**CACTTTTCCGACAATGGTTGCAAAAGCCAAAGTCA
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AGCAAACTCGAGAGACTAAGCAAACCCTAATCAAGACTGAAGCTCCTGAGATGGAGAAGA
AGAAAATAGGCTATTGTTACTTCTCTCCAAGCTGCCAACTGAAATAGAGTCACTATCCTC
GATGTCAAGCATCGCAAGGCTCAAGTGTAGTTCTTTGTTTGAATTTGGGTAAACCTCGTC
GTCGAAACAGTCATCATCTTCTTCTACTTTCTTCACCCATTTCTCTACTTCATCTTCTCC
TTTTAGCAGCTTGAGTATCTCTCTGATATTGGGACGATGAGTAGCTGCTCTTGTAAGACA
ATATTTAGCAGCAAGAACCATTTTCTGAAACTGAGCCTCATCGAGATTCCCTGAAATGTT
CGGATCCAAGAGCTCTTTTGCAGCACCTTTTTCTATAACCGGTTTTGCCCACATGACCAA
ACTCTCCTGTCCTCTTGGGCTATCAGAAGAAATAGTAGTTCTTCCTGATATGAGTTCAAG
CAAAACTACTCCAAAGGCATC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3DC82JQ 705 0 0
GCA
ATGAACACTTTTATCTTTTTATTTTAATTAGAACACTTTAATCATTATTTTGGAAGTCTT
ATTATCCTCCTCTCATCTATACCCAAAAAAGAAGAAAAAAAAAA**CACTTTTCCGACAA
TGGTTGCAAAAGCCAAAGTCAGAGTAGTGGATATCTACATTCATTTGATTGCAGACACCA
TGAGAGATGGCGTAATCCTCGAGCAAACTCGAGAGACTAAGCAAACCCTAATCAAGACTG
AAGCTCCTGAGATGGAGAAGAAGAAAATAGGCTATTGTTACTTCTCTCCAAGCTGCCAAC
TGAAATAGAGTCACTATCCTCGATGTCAAGCATCGCAAGGCTCAAGTGTAGTTCTTTGTT
TGAATTTGGGTAAACCTCGTCGTCGAAACAGTCATCATCTTCTTCTACTTTCTTCACCCA
TTTCTCTACTTCATCTTCTCCTTTTAGCAGCTTGAGTATCTCTCTGATATTGGGACGATG
AGTAGCTGCTCTTGTAAGACAATATTTAGCAGCAAGAACCATTTTCTGAAACTGAGCCTC
ATCGAGATTCCCTGAAATGTTCGGATCCAAGAGCTCTTTTGCAGCACCTTTTTCTATAAC
CGGTTTTGCCCACATGACCAAACTCTCCTGTCCTCTTGGGCTATCAGAAGAAATAGTAGT
TCTTCCTGATATGAGTTCAAGCAAAACTACTCCAAAGGCATC

QA 4 705 4 705
DS 

RD RR3EN82TF 437 0 0
CTTTCTTCACCCATTTCTCTACTTCATCTTCTCCTTTTAGCAGCTTGAGTGTCTCTCTGA
TATTGGGACGATGAGTAGCTGCTCTTGTAAGACAATATTTAGCAGCAAGAACCATTTTCT
GAAACTGAGCCTCATCGATATTCCCTGAAATGTTCGGATCCAAGAGCTCTTTTGCAGCAC
CTTTTTCTATAACCGGTTTTGCCCACATGACCAAACTCTCCTGTCCTCTTGGGCTATCAG
AAGAAATAGTAGTTCTTCCTGATATGAGTTCAAGCAAAACTACTCCAAAGGCATAAACAT
CAACTTTGTCGCTGACCTTTCCGTACATGAAGTATTCAGGAGCTAGGTATCCAAACGTGC
CCACCACGTCTCTTTGTATTGTGTATATACAAGACTTGGATCCCCACATCGAGAGTCCGA
AATCCGAAAGCTGAGGT

QA 1 437 1 437
DS 



AS 2 8

CO CL733Contig1 1077 3 10 U
GCAAGGTTATGAGGGATCCTAGTGGTGCTAGCAAAGGATCAGGGTTTGTTGCCTTCTCTG
CTGCTAGTGAAGCTTCTAGAGTGCTGAATGAAATGAATGGTAAAATGGTTAGTGGCAAAC
CGTTGTATGTTGCTCTAGCACAAAGGAAGGAAGAAAGAAGGGCTAAGCTGCAGGCACAGT
TTTCTCAGATGAGACCTGCTTTTATCCCCGGTATGGGTCCTCGTATGCCAATGTTCCCAG
GCGGTGCTCCAGGTCTTGGACAACCGATGTTTTATGGTCAAGGACCTCCACAAATGATCC
CTCACCAGACTGGATTTGGATATCAGCCTCAGATGGTTCCTGGCATGAGGCCAGGCTATT
TCGGCCCGATGATGCAGCCAGGTCAGCAAGGGCCACGACCAGGTGGAAGACGGTCAGGTG
ATGGACCTATGCGCCACCAGCCTCAGCAACCAATGCCATATATGCAGCCACATATGATGG
CAGGAGGACGTGGACACCGTTACCCTCGTGGTAGAAACATGCAAGACGGTCCAATGCCTG
GAGGAATGGTTCCATTTCCTTATGACATTAATGG*AGTGCCTCTTATGCCTGCTGGTGCA
TTGG*CTTCTTCCCTTGCTCAAGCCTCACCTGCTCACCAAAGAACTATCC*TGGGTGAGA
CTCTGTACCCATTAGTGAACAAGATAGAGCACGAGAATGCTGCCAAAGTGACGGGTATGC
TTTTGGAGATGGATCAGACAGAAGTGTTGCATCTGATAGAGTCACCAGAGGCTCTAAATG
CTAAAGTTTCAGAGGCGTTGGATGTGTTGAGAAACGTGAATCAGCCTAGTGAAGGCAAGA
GTGGTAGCCCAAGTGATATGATGGCTTCACTTTCGATTAATGATCACTTGTGAGAAGCTT
TTGTCTTTGAGTACTGCTTTGAACTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTGATTGACAAAATT
TTTGCGGAATGGTTGTTTTCTGTTTTGACTTGAATTGATGCTTTTTTGGTTGGATAATCT
TTTTTTTTGCTATTGCAATTACAACTTTGCGACTGGTAAAAAGGCTTTTTATTATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BB64TF U 1
AF RR3ES56JQ C 513
AF RR3ES56TF U 513
BS 1 574 RR3BB64TF
BS 575 575 RR3ES56TF
BS 576 604 RR3BB64TF
BS 605 605 RR3ES56TF
BS 606 650 RR3BB64TF
BS 651 651 RR3ES56TF
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BS 658 726 RR3BB64TF
BS 727 1077 RR3ES56TF

RD RR3BB64TF 731 0 0
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CTGCTAGTGAAGCTTCTAGAGTGCTGAATGAAATGAATGGTAAAATGGTTAGTGGCAAAC
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TTTCTCAGATGAGACCTGCTTTTATCCCCGGTATGGGTCCTCGTATGCCAATGTTCCCAG
GCGGTGCTCCAGGTCTTGGACAACCGATGTTTTATGGTCAAGGACCTCCACAAATGATCC
CTCACCAGACTGGATTTGGATATCAGCCTCAGATGGTTCCTGGCATGAGGCCAGGCTATT
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CAGGAGGACGTGGACACCGTTACCCTCGTGGTAGAAACATGCAAGACGGTCCAATGCCTG
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TTGGGCTTCTTCCCTTGCTCAAGCCTCACCTGCTCACCAAAGAACTATCCCTGGGTTAGA
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TTTTGG
GAGAT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3ES56JQ 565 0 0
G
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G*AGTGCCTCTTATGCCTGCTGGTGCATTGG*CTTCTTCCCTTGCTCAAGCCTCACCTGC
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TGGTAAAAAGGCTTTTTATTATTC

QA 2 565 2 565
DS 

RD RR3ES56TF 565 0 0
G
GAAACATGCAAGACGGTCCAATGCCTGGAGGAATGGTTCCATTTCCTTATGACATTAATG
G*AGTGCCTCTTATGCCTGCTGGTGCATTGG*CTTCTTCCCTTGCTCAAGCCTCACCTGC
TCACCAAAGAACTATCC*TGGGTGAGACTCTGTACCCATTAGTGAACAAGATAGAGCACG
AGAATGCTGCCAAAGTGACGGGTATGCTTTTGGAGATGGATCAGACAGAAGTGTTGCATC
TGATAGAGTCACCAGAGGCTCTAAATGCTAAAGTTTCAGAGGCGTTGGATGTGTTGAGAA
ACGTGAATCAGCCTAGTGAAGGCAAGAGTGGTAGCCCAAGTGATATGATGGCTTCACTTT
CGATTAATGATCACTTGTGAGAAGCTTTTGTCTTTGAGTACTGCTTTGAACTCTCTTTCT
CTCTCTCTCTCTCTGATTGACAAAATTTTTGCGGAATGGTTGTTTTCTGTTTTGACTTGA
ATTGATGCTTTTTTGGTTGGATAATCTTTTTTTTTGCTATTGCAATTACAACTTTGCGAC
TGGTAAAAAGGCTTTTTATTATTC

QA 2 565 2 565
DS 



CO CL733Contig2 958 5 25 U
ACCAGTCGCAAAGTTGTAATTGCAATAGCAAAAAAAAAAAATTATCCAACCAAAAAAGCA
TCAATTCAAGTCAAAACAGAAAACAACCATTCCGCAAAAATTTTGTCAATCAAAGAGAAA
GAGAGAGAAAGAGAGTTCAAAGCAGTACTCAAAGACAAAAGCTTCTCACAAGTGATCATT
AATAGAAAGTGAAGCCATCATATCACTTGGGCTACCACTCTTGCCTTCACTAGGCTGATT
CACGTTTCTCAACACATCCAACGCCTCTGAAACTTTAGCATTTAGAGCCTCTGGTGACTC
TATCAGATGCAACACTTCTGTCTGATCCATCTCCAAAAGCATACCCGTCACTTTGGCAGC
ATTCTCGTGCTCTATCTTGTTCACTAATGGGTACAGAGTCTCACCCAGGATAGTTCTTTG
GTGAGCAGGTGAGGCTTGAGCAAGGGAAGAAGCCAATGCACCAGCAGGCATAAGAGGCAC
TCCATTAATGTCATAAGGAAATGGAACCATTCCTCCAGGCATTGGACCGTCTTGCATGTT
TCTACCACGAGGGTAACGGTGTCCACGTCCTCCTGCCATCATCTGTGGCTGCATATATGG
CATTGGTTGCTGAGGCTGGTGGCGCATAGGTCCATCACCTGACCGTCTTCCACCTGGTCG
TGGCCCTTGCTGACCTGGCTGCATCATCGGGCCGAAATAGCCTGGCCTCATGCCAGGAAC
CATCTGAGGCTGATATCCAAATCCAGCCTGGTGAGGGATCATTTGTGGAGGTCCTTGACC
ATAAAACATCGGTTGTCCAAGACCTGGAGCACCACCTGGGAACATTGGCATACGAGGACC
CATACCGGGGATAAAAGCAGGTCTCATCTGAGAAAACTGTGTCTGAAGCTTAGCCCTTCT
TTCTTCCTTCCTTTGTGCAAGAGCAACATACAACGGTTTGCCACTAACCATTTTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 5 20 0 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE24JQ U 1
AF RR3DF62JQ U 40
AF RR3BB64JQ U 27
AF RR3EE24TF C 230
AF RR3DF62TF C 174
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RD RR3EE24JQ 615 0 0
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TCAATTCAAGTCAAAACAAAAAACAACCATTCCGCAAAAATTTTGTCAATCAAAAAAAAA
GAGAGAGAAAGAGAGTTCAAAGCAGTACTCAAAGACAAAAGCTTCTCACAAGTGATCATT
AATCGAAAGTGAAGCCATCATATCACTTGGGCTACCACTCTTGCCTTCACTAGGCTGATT
CACGTTTCTCAACACATCCAACGCCTCTGAAACTTTAGCATTTAAAGCCTCTGGTGACTC
TATCAAATGCAACACTTCTGTCTGATCCATCTCCAAAAGCATACCCGTCACTTTGGCAGC
ATTCTCGTGCTCTATCTTGTTCACTAATGGGTACAGAGTCTCACCCAGGATAGTTCTTTG
GTGAGCAGGTGAGGCTTGGGCAAGGGAAAAAGCCAATGCACCAGCAGGCATAAAAGGCAC
TCCATTAATGTCATAAGGAAATGGAACCATTCCTCCAGGCATTGGACCGTCTTGCATGTT
TCTACCACGAGGGTAACGGTGTCCACGTCCTCCTGCCATCATCTGTGGCTGCATATATGG
CATTGGTTGCTGAGG

QA 1 615 1 615
DS 

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GATC
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TGTCAATCAAAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGTTCAAAGCAGTACTCAAAGACAAAGGCT
TCTCACAAGTGATCATTAATAGAAAGTGAAGCCATCATATCACTTGGGCTACCACTCTTG
CCTTCACCAGGCTGATTCACGTTTCTCAACACATCCAACGCCTCTGAAACTTTAGCATTT
AAAGCCTCTGGTGACTCTATCAAATGCAGCACTTCTGTCTGATCCATCTCCAGAAGCATC
CCCGTCACTTTGGCAGCATTCTCGTGCTCTATCTTGTTCACTAATGGGTACAGAGTCTCA
CCCAAAATTGTTCTTTGGTGAGCAGGTGAGGCTTGAGCAAGGGAAGAAGCCAATGCACCA
GCGGGCATAATAGGCACTCCGTTAATGTCATAAGGAAATGGAACCATTCCTCCTGGCATT
GGACCGTCTGGCATGTTTCTACCACGAGGGTAACGGTGTCCACGTCCTCCTGCCATCACC
TGTGGCTGCATATATGGCATTGGTTGCTGAGGCTGGTGGCGCATGGGTCCATCACCTGAC
CGTCTTCCACCTGGTCGTGGCCCTTGCTGACCTGGCTGCA

QA 5 644 5 644
DS 

RD RR3BB64JQ 825 0 0
AGCA
AAAAAAAAAGATTATCCAACCAAAAAAGCATCAATTCAAGTCAAAACAGAAAACAACCAT
TCCGAAAAAATTTTGTCAATCAGAGAGA**GAGAGAGAAAGAGAGTTCAAAGCAGTACTC
AAAGACAAAAGCTTCTCACAAGTGATCATTAATCGAAAGTGAAGCCATCATATCACTTGG
GCTACCACTCTTGCCTTCACTAGGCTGATTCACGTTTCTCAACACATCCAACGCCTCTGA
AACTTTAGCATTTAGAGCCTCTGGTGACTCTATCAGATGCAACACTTCTGTCTGATCCAT
CTCCAAAAGCATACCCGTCACTTTGGCAGCATTCTCGTGCTCTATCTTGTTCACTAATGG
GTACAGAGTCTAACCCAGGATAGTTCTTTGGTGAGCAGGTGAGGCTTGAGCAAGGGAAGA
AGCCAATGCACCAGCAGGCATAAGAGGCACTCCATTAATGTCATAAGGAAATGGAACCAT
TCCTCCAGGCATTGGACCGTCTTGCATGTTTCTACCACGAGGGTAACGGTGTCCACGTCC
TCCTGCCATCATATGTGGCTGCATATATGGCATTGGTTGCTGAGGCTGGTGGCGCATAGG
TCCATCACCTGACCGTCTTCCACCTGGTCGTGGCCCTTGCTGACCTGGCTGCATCATCGG
GCCGAAATAGCCTGGCCTCATGCCAGGAACCATCTGAGGCTGATATCCAAATCCAGTCTG
GTGAGGGATCATTTGTGGAGGTCCTTGACCATAAAACATCGGTTGTCCAAGACCTGGAGC
ACCGCCTGGGAACATTGGCATACGAGGACCCATACCGGGGA

QA 5 825 5 825
DS 

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TCTGGTGACTCTATCAGATGCAACACTTCTGTCTGATCCATCTCCAAAAGCATACCCGTC
ACTTTGGCAGCATTCTCGTGCTCTATCTTGTTCACTAATGGGTACAGAGTCTCACCCAGG
ATAGTTCTTTGGTGAGCAGGTGAGGCTTGGGCAAGGGAAGAAGCCAATGCACCAGCAGGC
ATAAGAGGCACTCCATTAATGTCATAAGGAAATGGAACCATTCCTCCAGGCATTGGACCG
TCTTGCATGTTTCTACCACGAGGGTAACGGTGTCCACGTCCTCCTGCCATCATCTGTGGC
TGCATATATGGCATTGGTTGCTGAGGCTGGTGGCGCATAGGTCCATTACCTGACCGTCTT
CCACCTGGTCGTGGCCCTTGCTGACCTGGCTGCACCATCGGGCCGAAATAGCCTGGCCTC
ATGCCAAGAACCATCTGAGGCTGATATCCAAATCCAGCCTGGTGAGGGATCATTTGTGGA
GGTCCTTGACCATAAAACATCGGTTGTCCAAGACCTGGAGCACCACCTGGGAACATTGGC
ATACGAGGACCCATACCGGGGATAAAAGCAGGTCTCATCTGAGAAAACT
C

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3DF62TF 785 0 0
TGATCA
TAATAGAAAGTGAAGCCATCATATCACTTGG*CTACCACTCTG**CTTCACCAGGCTGAT
TCACGTTTCTCAACACATCCAACGCCTCTGAAACTTTAGCATTTAGAGC*TCTGGTGACT
CTATCAGATGCAGCACTTCTGTCTGATCCATCTCCAGAAGCATCCCCGTCACTTTGGCAG
CATTCTCGTGCTCTATCTTGTTCACTAATGGGTACAGAGTCTCACCCAGAATTGTTCTTT
GGTGAGCAGGTGAGGCTTGAGCAAGGGAAGAAGCCAATGCACCAGCGGGCATAATAGGCA
CTCCGTTAATGTCATAAGGAAATGGAACCATTCCTCCTGGCATTGGACCGTCTGGCATGT
TTCTACCACGAGGGTAACGGTGTCCACGTCCTCCTGCCATCACCTGTGGCTGCATATATG
GCATTGGTTGCTGAGGCTGGTGGCGCATGGGTCCATCACCTGACCGTCTTCCACCTGGTC
GTGGCCCTTGCTGACCTGGCTGCATCATCGGCCCAAAATAGCCTGGCCTCATGCCAGGAA
CCATCTGGGGCTGATATCCATATCCAGCCTGGTGAGGGATCATTTGTGGAGGTCCTTGAC
CGTAAAACATCGGTTGTCCAAGACCTGGACCACCACCTGGGAACATTGGCATACGAGGAC
CCATACCGGGGATAAAAGCAGGTCTCATCTGAGAAAACTGTGTCTGAAGCTTAGCCCTTC
TTTCTTCCTTCCTTTGTGCAAGAGCAACATACAACGGTTTGCCACTAACCATTTTACCC

QA 7 785 7 785
DS 



AS 1 6

CO CL734Contig1 1246 6 14 U
TTTATTTTCCATATTATCAGCTACATTTTTATTTTATGAAACCAGTTTTAGCCATGTAGT
AAACTGTGCCATGCATCTATTGCTTTTCACATGACTACATCTTCTTCTCCTTAACGAGAG
TCATCATGGTCTATTAAATTTCCATGATCCATTATCTTATTTATTTAATCCATATTTAAA
GGTATAACTCTTGTGGCAGCTCTCGGCGAAGCTAGTGCTTCCACTGGAGTCTTCATAACA
CAAAGCAATCCAGGAATCTCGCTCATGTCAATACTCTCCGGAGGAATAGGAGAACTCCAC
GAGAAGCATTGCAACAAGTTCCCCATCACCAACGCCATCAAGTTCATGCTGAGCTGTGCA
GCTGGACACACTCTCCTCCCGGAGCCAAACGGAAGAACCCTGAAGTCTCGACCCTTGACA
TCAGTGTCCTCTACTAGGAACCGCTCCGGTCTGAACTCCAAAGGGTTTATCCAGTTCACT
GGATCCCTTCCTATCTCCTTCACGTGGACATAAACCGTGGTTCCTTTAGGAACCTTATAC
CCACCTAACCACACCGTTTCGCTTGCTTTGTGTGGAAGCATTGTTGGTGTTGACGGGTGA
AGTCTCAGTGCTTCTTTCACCACACACTGCAGATATGGAAGTTTTGGGATGTCTGCTTCA
GTCATTAGCCTTTCTGATCCGACCACGGCGTCAAGCTCCTGCTGCGCTTTTTCTTGCACG
GCAGGGCATCTGATCATCTCTGCCATAGCCCATTCCAGGACAACAGCTGTTGTGTCTGAG
CCTGCGGTGAACATGTTCCAGATCAATCCGTGAACCGTCTCTTCACTCAGCTCTTTCTTC
TCTTTCAACACTAACAGTTTCCTGACAAACCCCTCGTGATCCTCAACAGCTACATCTTCC
TCCACCATTATAGCTCCTCTAAACCACTTTGTTCTCCTATCCATGTGCGCCAAGAAGTCC
TTGTCGTTAACGAGCCACTTCGAAACCCATTTGAGCCACCAGATGACATCTAACAAGCTC
CCCGAGCCGCTAAGAAAATGTTCTTTGTGAACAATCTCTTTGAACTCTTTACCTTCCTCG
GCGCTGAACTGTTTCCCGATCATTAACTTTGAGAGTGTGTTCAAAACAACAGCAGCTAGA
TACTTCCTCACGACCACTGGCTTTCTAGTCTGATCGTCTGTTGAATCTATCATCACGTCC
TTGTAAACCGACTCGACCATGGACCTTGCCTCCATCTATCGCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB51JQ U 1
AF RR3GJ33JQ U 36
AF RR3GJ33TF C 36
AF RR3CZ75JQ U 207
AF RR3CH55JQ U 56
AF RR3HB51TF C 550
BS 1 417 RR3HB51JQ
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BS 520 520 RR3GJ33JQ
BS 521 527 RR3HB51JQ
BS 528 581 RR3GJ33JQ
BS 582 847 RR3CH55JQ
BS 848 848 RR3HB51TF
BS 849 868 RR3CH55JQ
BS 869 869 RR3HB51TF
BS 870 885 RR3CH55JQ
BS 886 886 RR3HB51TF
BS 887 896 RR3CH55JQ
BS 897 1246 RR3HB51TF

RD RR3HB51JQ 527 0 0
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AAACTGTGCCATGCATCTATTGCTTTTCACATGACTACATCTTCTTCTCCTTAACGAGAG
TCATCATGGTCTATTAAATTTCCATGATCCATTATCTTATTTATTTAATCCATATTTAAA
GGTATAACTCTTGTGGCAGCTCTCGGCGAAGCTAGTGCTTCCACTGGAGTCTTCATAACA
CAAAGCAATCCAGGAATCTCGCTCATGTCAATACTCTCCGGAGGAATAGGAGAACTCCAC
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TCAGTGTCCTCTACTAGGAACCGCTCCGGTCTGAACTCCAAAGGGTTTATCCAGTTCACT
GGATCCCTTCCTATCTCCTTCACGTGGACATAAACCGTGATTCCTTT

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR3GJ33JQ 547 0 0
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TACATCTTCTTCTCCTTAACGAGAGTCATCATGGTCTATTAAATTTCCATGATCCATTAT
CTTATTTATTTAATCCATATTTAAAGGTATAACTCTTGTGGCAGCTCTCGGCGAAGCTAG
TGCTTCCACTGGAGTCTTCATAACACAAAGCAATCCAGGAATCTCGCTCATGTCAATACT
CTCCGGAGGAATAGGAGAACTCCACGAGAAGCATTGCAACAAGTTCCCCATCACCAACGC
CATCAAGTTCATGCTGAGCTGTGCAGCTGGACACACTCTCCTCCCGGAGCCAAACGGAAG
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CTCCAAAGGGTTTATCCAGTTCACTGGATCCCTTCCTATCTCCTTCACGTGGACATAAAC
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AAGCAT
C

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3GJ33TF 547 0 0
ATGAAACCAGTTTTAGCCATGTAGTAAACTGTGCCATGCATCTATTGCTTTTCACATGAC
TACATCTTCTTCTCCTTAACGAGAGTCATCATGGTCTATTAAATTTCCATGATCCATTAT
CTTATTTATTTAATCCATATTTAAAGGTATAACTCTTGTGGCAGCTCTCGGCGAAGCTAG
TGCTTCCACTGGAGTCTTCATAACACAAAGCAATCCAGGAATCTCGCTCATGTCAATACT
CTCCGGAGGAATAGGAGAACTCCACGAGAAGCATTGCAACAAGTTCCCCATCACCAACGC
CATCAAGTTCATGCTGAGCTGTGCAGCTGGACACACTCTCCTCCCGGAGCCAAACGGAAG
AACCCTGAAGTCTCGACCCTTGACATCAGTGTCCTCTACTAGGAACCGCTCCGGTCTGAA
CTCCAAAGGGTTTATCCAGTTCACTGGATCCCTTCCTATCTCCTTCACGTGGACATAAAC
CGTGGTTCCTTTAGGAACCTTATACCCACCTAACCACACCGTTTCGCTTGCTTTGTGTGG
AAGCAT
C

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3CZ75JQ 452 0 0
CGAAGCTAGTGCTTCCACTGGAGTCTTCATAACACAAAGCAATCCGGGAATCTCGCTCAT
GTCAATACTCTCCGGAGGAATAGGAGAACTCCACGAGAAGCATTGCAACAAGTTCCCCAT
CACCAACGCCATCAAGTTCATGCTGAGCTGTGCAGCTGGACACACTCTCCTCCCGGAGCC
AAACGGAAGAACCCTGAAGTCTCGACCCTTGACATCAGTGTCCTCTACTAGGAACCGCTC
CGGTCTGAACTCCAAAGAGTTTATCCAGTTCACTGGATCCCTTCCTATCTCCTTCACGTG
GACATAAACCGTGGTTCCTTTAGGAACCTTATACCCACCTAACCACACTGTTTCGCTTGC
TTTGTGTGGAAGCATTGTTGGTGTTGACGGGTGAAGTCTCAGTGCTTCTTTCACCACACA
CTGCAGATATGGAAGTTTTGGGATGTCTGCTT

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR3CH55JQ 841 0 0
GTAGTAAACTGTGCCATGCATCTATTGCTTTTCACATGACTACATCTTCTTCTCCTTAAC
GAGAGTCATCATGGTCTATTAAATTTCCATGATCCATTATCTTATTTATTTAATCCATAT
TTAAAGGTATAACTCTTGTGGCAGCTCTCGGCGAAGCTAGTGCTTCCACTGGAGTCTTCG
TAACACAAAGCAATCCAGGAATCTCGCTCATGTCAATACTCTCCGGAGGAATAGGAGAAC
TCCACGAGAAGCATTGCAACAAGTTCCCCATCACCAACGCCATCAAGTTCATGCTGAGCT
GTGCAGCTGGACACACTCTCCTCCCGGAGCCAAACGGAAGAACCCTGAAGTCTCGACCCT
TGACATCAGTGTCCTCTACTAGGAACCGCTCCGGTCTGAACTCCAAAGGGTTTATCCAGT
TCACTGGATCCCTTCCTATCTCCTTCACGTGGACATAAACCGTGGTTCCTTTAGGAACCT
TATACCCACCTAGCCACACCGTTTCGCTTGCTTTGTGTGGAAGCATTGTTGGTGTTGACG
GGTGAAGTCTCAGTGCTTCTTTCACCACACACTGCAGATATGGAAGTTTTGGGATGTCTG
CTTCAGTCATTAGCCTTTCTGATCCGACCACGGCGTCAAGCTCCTGCTGCGCTTTTTCTT
GCACGGCAGGGCATCTGATCATCTCTGCCATAGCCCATTCCAGGACAACAGCTGTTGTGT
CTGAGCCTGCGGTGAACATGTTCCAGATCAATCCGTGAACCGTCTCTTCACTCAGCTCTT
TCTTCTCTTTCA*CACTAACAGTTTCCTGACAA*CCCCTCGTGATCCTCA*CAGCTACAT
C

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR3HB51TF 697 0 0
CCACAC
GTTTCGCTTGCTTTGTGTGGAAGCATTGTTGGTGTTGACGGGCGAAGTCTCAGTGCTTCT
TTCACCACACACTGCAGATATGGAAGTTTTGGGATGTCTGCTTCAGTCATTAGCCTTTCT
GATCCGACCACGGCGTCAAGCTCCTGCTGCGCTTTTTCTTGCACGGCAGGGCATCTGATC
ATCTCTGCCATAGCCCATTCCAGGACAACAGCTGTTGTGTCTGAGCCTGCGGTGAACATG
TTCCAGATCAATCCGTGAACCGTCTCTTCACTCAGCTCTTTCTTCTCTTTCAACACTAAC
AGTTTCCTGACAAACCCCTCGTGATCCTCAACAGCTACATCTTCCTCCACCATTATAGCT
CCTCTAAACCACTTTGTTCTCCTATCCATGTGCGCCAAGAAGTCCTTGTCGTTAACGAGC
CACTTCGAAACCCATTTGAGCCACCAGATGACATCTAACAAGCTCCCCGAGCCGCTAAGA
AAATGTTCTTTGTGAACAATCTCTTTGAACTCTTTACCTTCCTCGGCGCTGAACTGTTTC
CCGATCATTAACTTTGAGAGTGTGTTCAAAACAACAGCAGCTAGATACTTCCTCACGACC
ACTGGCTTTCTAGTCTGATCGTCTGTTGAATCTATCATCACGTCCTTGTAAACCGACTCG
ACCATGGACCTTGCCTCCATCTATCGCAACC

QA 7 697 7 697
DS 



AS 1 5

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GCTGTAACCACCTGCACCACGGCCAAATCCAGGCCTACCACCACTTCCTTGGAAAGAAGG
CTGGTAATCAGCAGGAGCTCCACCCTTTTCACCTCCAGCATCACCACCACGTGGCCCTGC
ACGGTAGCCATCACGGTCACCATATCTTGGACGGTCTCCCTCAAAACGAGGTGGTCCTCT
TGGTCGATCACCAGGTGGGCCACCAAAAGGACGGCCAATGGGCTTAGCAGACTTCTTCAA
GGTCGCAGGAACAACATCAAACGGAAGGTTAAGATAAGTTCTCAAAAACTCAATGCCTTC
GTTGGTCAAAAACCAATAATAATGCATCCATGCGAACGTCTCCCTAACGTACTCCTTGGA
CTTGAAACTCTGCATGAGCTTAATCACTTGCAAGTTCGGCACTGACTCAATCAACGGATG
CTTTGCGAGGTTGAAATCCTTCCTCGCAAACAACACTCCTTCTTTGAAGAGGTACTTGCA
GATCTCTCTGCGGTTGGTCTCTGAGATAATCATCGTCTTGTTGGTAAGAGCTTTCGCTGC
AACGAGGAACAGAGCTTCTTTGTTTTTTTTGGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3D029JQ U 15
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AF RR3E650JQ U 32
AF RR3E650TF C 113
AF RR3D261TF C 196
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AAGCACAGCTCTTTCAGGGTAAACCGGAACCAAATGGAGCTGCAGCGCTGTAACCACCTG
CACCACGGCCAAATCCAGGCCTACCACCACTTCCTTGGAAAAAAGGCTGGTAATCAGCAG
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CAT

QA 1 423 1 423
DS 

RD RR3D261JQ 618 0 0
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ATAGATTCCGGATTTGGATTACAAAAACAAAACTAAAGCCAAAACTGAAAACTGTCTTTC
AATTGCTTAAGGATAAGCACAGCTCTTTCAGGGTAAACCGGAACCAGATGGAGCTGCAGC
GCTGTAACCACCTGCACCACGGCCAAATCCAGGCCTACCACCACTTCCTTGGAAAGAAGG
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GGTCGCAGGAACAACATCAAACGGAAGGTTAAGATAAGTTCTCAAAAACTCAATGCCTTC
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CTTGAAACTCTGCATGAGCTTAATCACTTGCAAGTTTGGCACTGACTCAATCAACGGATG
CTTTGCGAGGTTGAAATC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3E650JQ 609 0 0
AAACCA
AAAGTCAAAAAAATAGATAGATTATAGATTCCGGATTTGGATTACAAAAACAAAACTAAA
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CCACCACTTCCTTGGAAAGAAGGCTGGTAATCAGCAGGAGCTCCACCCTTTTCACCTCCA
GCATCACCACCACGTGGCCCTGCACGGTAGCCATCACGGTCACCATATCTTGGACGGTCT
CCCTCAAAACGAGGTGGTCCTCTTGGTCGATCACCAGGTGGGCCACCAAAAGGACGGCCA
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GTTCTCAAAAACTCAATGCCTTCGTTGGTCAAAAACCAATAATAATGCATCCATGCGAAC
GTCTCCCTAACGTACTCCTTGGACTTGAAACTCTGCATGAGCTTAATCACTTGCAAGTTC
GGCACTGACTCAATCAACGGATGCTTTGCGAGGTTGAAATCCTTCCTCGCAAACAACACT
CCT

QA 7 609 7 609
DS 

RD RR3E650TF 644 0 0
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TCCTTGGACTTGAAACTCTGCATGAGCTTAATCACTTGCAAGTTCGGCACTGACTCAATC
AACGGATGCTTTGCGAGGTTGAAATCCTTCCTCGCAAACAACACTCCTTCTTTGAAGAGG
TACTTGCAGATCTCTCTGCGGTTGGTCTCTGAGATAATCATCGTCTTGTTGGTAAGAGCT
TTCGCTGCAACGAGGAACAGAGCTTCTTTGTTTTTTTTGGTCCC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3D261TF 557 0 0
ACCACGGCCAAATCCAGGCCTACCACCACTTCCTTGGAAAGAAGGCTGGTAATCAGCAGG
AGCTCCACCCTTTTCACCTCCAGCATCACCACCACGTGGCCCTGCACGGTAGCCATCACG
GTCACCATATCTTGGACGGTCTCCCTCAAAACGAGGTGGTCCTCTTGGTCGATCACCAGG
TGGGCCACCAAAAGGACGGCCAATGGGCTTAGAAGACTTCTTCAAGGTCGCAGGAACAAC
ATCAGACGGAAGGTTAAGATAAGTTCTCAAAAACTCAATGCCTTCGTTGGTCAAAAACCA
ATAATAATGCATCCATGCGAACGTCTCCCTAACGTACTCCTTGGACTTGAAACTCTGCAT
GAGCTTAATCACTTGCAAGTTTGGCACTGACTCAATCAACGGATGCTTTGCGAGGTTGAA
ATCCTTCTTCGCAAACAATACTCCTTCTTTGAAGAGGTACTTGCAGATCTCTCTGCGGTT
GGTCTCTGAGATAATCATCGTCTTGTTGGTAAGAGCTTTCGCTGCAACGAGGAACAGAGC
TTCTTTGTTTTTTTTGG

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 8

CO CL736Contig1 950 8 14 U
GGAAAAGCAAGCAAGAAGAAGACAGAGCTTTATCACAAGAAAGACCAAA*CTGTGAACTT
ATTGTCTGAAAAAAAAAAAACAAATGGGAAGCGAAGGAGGATCAATAGTGAGGAAACCAA
GGTTTCTATGTCTCCATGGGTTCCGTACGAGCGGAGAGATAATGAAGATACAGCTTCACA
GGTGGCCTAAAGCTGTCATCGACAGACTCGATCTCGTGTTCCTAGACGCACCATTTCCTT
GTCAAGGCAAATCTGATGTCGACGGAATCTTCGATCCTCCTTATTACGAGTGGTTCCAAT
TCAACAAGGAGTTCACTGAGTATGAGAATTTTGAGAACTGTTTAGAGTATTTGGAAGATC
GTATGATCAAGCTTGGTCCCTTTGATGGTCTCATTGGCTTCTCTCAGGGGGGAATGTTGT
CTGGGGGCTTACCAGGACTGCAAGCTAAGGGACTTGCACTCCAGAAAGTGCCAAAGATCA
AGTTTATCATCATTATTGGAGGAGCTATGTTTAGATCTACCGAGGTTGTGGAGGATGCTT
ATTCGCCTTCCATTGATACTCCCTCCCTACACTTTCTAGGAGAGACTGATTTCTTGAAAC
CTTACGGAATCAAGCTGATAGAGTCGTTCAAGAATCCGGTGGTAGTCCATCATCCAAAAG
GCCACACGGTCCCCAGGCTTGATGAGAAGAGCTTGGTGAAAGTCACGGCGTTCCTCGAGA
CCATAGAGAACCTGGTGATGATGGAGGATGAAGACAAGGGTGATGAAGAAATCAATTGTA
CGCCAATATAGAACTTATCTTATACTGCTATAAGATATAACGAATAATTCTTTATGAAAT
AATTCTTTAGAAAATAATCCGTAAAATGACTGTAAATGATTGTTAAAAGTCATTATTACC
ACACACACACAATAATAATATATATAGACATTTCATTCATTCGTGGTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 5 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 5 30 5 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 10 10 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GGTGGCCTAAAGCTGTCATCGACAGACTCT*TCTCGTGTTCCTAGACGCACCATTTCCTT
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ATTCGCCTTCCATTGATACTCCCTCCCTACACTTTCTAGGAGAGACTGATTTCTTGAAAC
CTTACGGAATCAAGCTGATAGAGTCGTTCAAGAATCCGGTGGTAGTCCATCATCCAAAAG
CCA

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GG
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G
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AAAAAAAAAAAACAAATGGGAAGCGAAGGAGGATCAATAGTGAGGAAACCAAGGTTTCTA
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ATCATTATTGGAGGAGCTATGTTTAGATCTACCGAGGTTGTGGAGGATGCTTATTCGCCT
TCCATTGATACTCCCTCCCTACACTTTCTAGGAGAGACTGATTTCTTGAAACCTTACGGA
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GAAAAAAAA***CAAATGGGAAGCCAAGGAGGAACGATAGCGAGGAAACCAAGGTTTCTA
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AAAGCTGTTATCGACAGACTCGATCTCGTGTTCCTAGACGCACCATTTCCTTGTCAAGGC
AAATCTGATGTCGACGGAATCTTCGATCCTCCTTATTACGAGTGGTTCCAATTCAACAAG
GAGTTCACTGAGTATGAGAATTTTGAGAACTGTTTAGAGTATTTGGAAGATCGTATGATC
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TTACCAGGACTGCAAGCTAAGGGACTTGCACTCCAGAAAGTGCCAAAGATCAAGTTTATC
ATCATTATTGGAGGAGCTATGTTTAGATCTACCGAGGTTGTGGAGGATGCTTATTCGCCT
TCCATTGATACTCCCTCCCTACACTTTCTAGGAGAGACTGATTTCTTGAAACCTTACGGA
ATCAAGCTGATAGAGTCGTTCAAGAATCCGGTGGTAGTCCATCATCCCAAAGGCCACACG
GTCCCCAGGCTTGATGAGAAGAGCTTGGTGAAAGTCACGGCGTTCCTCGAGACCATAGAG
AACCTGGTGATGATGGAGGATGAAGACAAGA*TGGTGAAGAAATCAATTGTACGCCAATA
TAGAACTTATCTTATACTGCTATAAGATATA

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DS 

RD RR3G401JQ 728 0 0
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TTAGATCTACCGAGGTTGTGGAGGATGCTTATTCGCCTTCCATTGATACTCCCTCCCTAC
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GCTTGGTGAAAGTCACGGCGTTCCTCGAGACCATAGAGAACCTGGTGATGATGGAGGATG
AAGACAAGGGTGATGAAGAAATCAATTGTACGCCAATATAGAACTTATCTTATACTGCTA
TAAGATATAACGAATAATTCTTTATGAAATAATTCTTTAGAAAATAATCCGTAAAATGAC
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TTTCAT
CT

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DS 

RD RR3AB50JQ 694 0 0
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TCCCTTTGATGGTCTCATTGGCTTCTCTCAGGGGGGAATGTTGTCTGGGGGCTTACCAGG
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TACTCCCTCCCTACACTTTCTAGGAGAGACTGATTTCTTGAAACCTTACGGAATCAAGCT
GATAGAGTCGTTCAAGAATCCGGTGGTAGTCCATCATCCAAAAGGCCACACGGTCCCCAG
GCTTGATGAGAAGGGCTTGGTGAAAGTCACGGCGTTCCTCGAGACCATAGAGAACCTGGT
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ATCTTATACTGCTATAAGATATAACGAATAATTCTTTATGAAATAATTCTTTAGAAAATA
ATCCGTAAAATGACTGTAAATGATTGTTAAAAGTCATTATTACCACACACACACAATAAT
AATATATATAGACATTTCATTCATTCGTGGTGGG

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DS 

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GGGAATGTTGTCTGGGGGCTTACCAGGACTGCAAGCTAAGGGACTTGCACTCCAGAAAGT
GCCAAAGATCAAGTTTATCATCATTATTGGAGGAGCTATGTTTAGATCTACCGAGGTTGT
GGAGGATGCTTATTCGCCTTCCATTGATACTCCCTCCCTACACTTTCTAGGAGAGACTGA
TTTCTTGAAACCTTACGGAATCAAGCTGATAGAGTCGTTCAAGAATCCGGTGGTAGTCCA
TCATCCAAAAGGCCACACGGTCCCCAGGCTTGATGAGAAGAGCTTGGTGAAAGTCACGGC
GTTCCTCGAGACCATAGAGAACCTGGTGATGATGGAGGATGAAGACAAGGGTGATGAAGA
AATCAATTGTACGCCATTATA**ACTTATCTTATACTGCTATAAGATATAACGAATAATT
CTTTATGAAATAATTCTTTAGAAAATAATCCGTAAAATGACTGTAAATGATTGTTAAAAG
TCATTATTACCACACACACACAATAATAATATATATAGACATTTCAT
TC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 3 7

CO CL737Contig1 1200 3 4 U
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TAATAATCTTTTCAAAATGGGAAAGAAAAAAAGAAGGCTGAAAGAAATCCTGCGGAAATC
GCTCTCTTGGTTGAGAATGTGATGGCTGAGCTTGAGGTCACTGCTGAAGAAGATGCAGAT
CTTAACAGACAGGGGAAGCCTGCTATCAACAAGCTTAAGAAACTTTCCCTTCTTACCAAT
GTTCTTGGAAAGAAGCAGCTTCAAACAGAATTCTTGGATCATGGAGTTTTAACTCTGCTG
AAGAATTGGCTTGAGCCTCTTCCTGATGGAAGCTTGCCAAATATAAACATTCGTGCAGCT
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ACTTCAAACAGAAGACTTGCTAAGGACTTGGTTGATAAATGGTCTCGTCCAATTTTCAAC
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GACTTAGATATTCGGCAACGAAAATCTGGTCTGACTTCGGGTCAGAGTTCGAGGGGAGAT
TCGTACAGGAACATGACCATGAGACCAGAAGCAACTCCAATGGACTTTGTGATTCGTCCT
CAGTCCAAGATTGACCCAGATGAGGTCAGAGCCCGTGCTAAACAGGTTTCTCAGGACCAG
CGCCGAGTGAAGATGAACAAGAAACTGCAGCAGCTAAAAGGACCAAAGAAGAAGCGTTTG
CAAGCCACCACGGTGAGCGTGGAAGGTCGGGGTATGACCAAGTACCTGTAGAGAGGTTGC
AACCAAGCAATGGAGCGGCGTTGGAAGGAACTAGGCTCTTCTATCTTGTAATCTTCAACT
TTGCTGGATCATTGTTTGAAGTTAAAGACTCAAGGCATTGGGGGTATTACTTATATGCTC
TCTACCATAAACTATTTGTTTCGAGTCTCTAATGTAATGGGAAGTGAAACAAACACTAAG
TTCCTCTTTGAGAGCACAATATACTTTACCATAAAATCAATTTTCAGTCCCTTACACAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CO37TF U 1
AF RR3B302JQ C 561
AF RR3B302TF U 561
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BS 600 600 RR3B302TF
BS 601 663 RR3CO37TF
BS 664 1200 RR3B302TF

RD RR3CO37TF 663 0 0
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CTTAACAGACAGGGGAAGCCTGCTATCAACAAGCTTAAGAAACTTTCCCTTCTTACCAAT
GTTCTTGGAAAGAAGCAGCTTCAAACAGAATTCTTGGATCATGGAGTTTTAACTCTGCTG
AAGAATTGGCTTGAGCCTCTTCCTGATGGAAGCTTGCCAAATATAAACATTCGTGCAGCT
ATTCTGAGGGTTCTTACTGATTTTCCAATTGACCTGGAGCAGTATGATCGGAGGGAGCAA
TTGAAAAAGAGTGGGCTTGGAAAGGTCATTATGTTCTTATCAAAGTCCGACGAGGAGACT
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GAC

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DS 

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G
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DS 

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G
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GAAGGTCGGGGTATGACCAAGTACCTGTAGAGAGGTTGCAACCAAGCAATGGAGCGGCGT
TGGAAGGAACTAGGCTCTTCTATCTTGTAATCTTCAACTTTGCTGGATCATTGTTTGAAG
TTAAAGACTCAAGGCATTGGGGGTATTACTTATATGCTCTCTACCATAAACTATTTGTTT
CGAGTCTCTAATGTAATGGGAAGTGAAACAAACACTAAGTTCCTCTTTGAGAGCACAATA
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QA 2 640 2 640
DS 



CO CL737Contig2 702 2 2 U
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BQ
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AF RR3FA33TF U 1
AF RR3FA33JQ C 1
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TCAATGTTCCTGAGCTTATTGATGAGGATGTGGAGGATGCTGTGTTTGATGTGTACATGG
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QA 1 623 1 623
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TAGCCGATGATATAGGAGACTGGGAAGGTGAAGGTTCACAAACGCCTCTTTACGACGACA
ACGATAAAGTGAAACCAAGGAAACGGTTGGTGAAGAAAGGGTCTAGTGATAGGCAGACTA
TCAATGTTCCTGAGCTTATTGATGAGGATGTGGAGGATGCTGTGTTTGATGTGTACATGG
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AGGAGAAAGAGAGAAGTAGCGGTGGCGGTGGGAAGGAGAAGAGGTATAAGCTCCCAAGCC
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GTGTGGATCCTTCTGAGAGGTATGGAGGTGATGGGGGAGACCGCTCTCCAACTCACTATC
CTCAGGCAGAGGAGGGAGAGGATGATGATGAGGTCAATAACC

QA 1 702 1 702
DS 



CO CL737Contig3 638 2 2 U
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AGCGGCGTTGGAAGGAACTGGGCTCTTCTATCTTGTAATCTTCAACTTTGATTGGATCGT
TGTTTGAAGTTAAAGACTTAAAAGGCATTGGGGGTATACTTATATGCTTTTTACTATAAA
CTATTTGCTTTGAGCTCTAATGTAATGGTAAAGTGAAACGCTCCTCTTTGAGAGCACAAG
CTACTCTTACCATCAAATCAATTTTCAGTACCTTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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ACCTTACAC

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DS 



AS 2 8

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3B049JQ C 1
AF RR3B049TF U 1
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TGAGTTTAAAC

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DS 

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TCTATTCTACTTTAAGATTCCAGAACTATGTGTTTAAACTTTTTTTTCTCAATGAGTCTT
TGAGTTTA
AAC

QA 1 668 1 668
DS 



CO CL738Contig2 715 6 8 U
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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3EO16JQ U 53
AF RR3EO16TF C 53
AF RR3DL56JQ U 1
AF RR3DI74JQ U 13
AF RR3DL56TF C 52
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G
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CTCAATGTAGTTC
C

QA 2 314 2 314
DS 

RD RR3EO16TF 315 0 0
G
GGTCAAAACTAAACTCAAAGACTCATTGAGAAAAAAAGTTTAAAACACATAGTTTTGGAA
TCTTAAGTAGAATAGAAGAGAACATTAGAGTTCTTTGAAATTCAACTACCAAAAAGGCTC
TTATAACATCAAAATCAATTTCAAAAGCATTGTTTAAGATCTTGGCTTCTCCTTCTTCTC
CTTGAAGAGGGCCAAGAGTGAGACACCAGAAACCTTGACGACCTTGAACCTAACTCCGGG
AATATCTCCCACAGCATGACCTTTACGCCCAAATCCAGCAATCAACACCTCGTCATTTTC
CTCAATGTAGTTC
C

QA 2 314 2 314
DS 

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ATCAAAATCAATTTCAAAAGCATTGTTTAAGATCTTGGCTTCTCCTTCTTCTCCTTGAAG
AGGGCCAAGAGTGAGACACCAGAAACCTTGACGACCTTGAACCTAACTCCGGGAATATCT
CCCACAGCATGACCTTTACGCCCAAATCCAGCAATCAACACCTCGTCATTTTCCTCAATG
TAGTTCAAGCAACCATCGTTGGGGACAAAAGCGGCAATCTTCTTGCCGTTCTTGATAAGC
TGAACTCTAGCACACTTACGGATAGCAGAATTAGGCTGCTTAGCCTCAATACCGATTTTC
TCAAGAACGATGCCCTTGGCGTGGGAAGAACCAGTGAAAGGCTTCTTCCATTCATTCCCC
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QA 1 584 1 584
DS 

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G
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AACATTAGAGTTCTTTGAAATTCAACTACCAAAAAGGCTCTTATAACATCAAAATCAATT
TCAAAAGCATTGTTTAAGATCTTGGCTTCTCCTTCTTCTCCTTGAAGAGGGCCAAGAGTG
AGACACCAGAAACCTTGACGACCTTGAACCTAACTCCGGGAATATCTCCCACAGCATGAC
CTTTACGCCCAAATCCAGCAATCAACACCTCGTCATTTTCCTCAATGTAGTTCAAGCAAC
CATCGTTGGGGACAAAAGCGGCAATCTTCTTGCCGTTCTTGATAAGCTGAACTCTAGCAC
ACTTACGGATAGCAGAGTTAGGCTGCTTAGCCTCAATACCGATTTTCTCAAGAACGATGC
CCTTGGCGTGGGAAGAACCAGCGAAAGGCTTCTTCCATTCATTCCCCTGATGTGACTTCT
TGTACTGCTTGTCAGCCCACCTCTGATTGATCCGGAGTCTTTTGAGCTTGCGCCCTGCTC
CCATACCCCTTGTCTTACCCATGTTTCTAGATGGAGGTGATGATGATCAACAGCAAAAGC
AAAGAGGTGATATGTTTTTTAAAGCGGCTGTGAAAACCCTCC

QA 2 703 2 703
DS 

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AA
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CTTGAAGAGGGCCAAGAGTGAGACACCAGAAACCTTGACGACCTTGAACCTAACTCCGGG
AATATCTCCCACAGCATGACCTTTACGCCCAAATCCAGCAATCAACACCTCGTCATTTTC
CTCAATGTAGTTCAAGCAACCATCGTTGGGGACAAAAGCGGCAATCTTCTTGCCGTTCTT
GATAAGCTGAACTCTAGCACACTTACGGATAGCAGAGTTAGGCTGCTTAGCCTCAATACC
GATTTTCTCAAGAACGATGCCCTTGGCGTGGGAAGAACCAGTGAAAGGCTTCTTCCATTC
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TTTGAGCTTGCGCCCTGCTCCCATACCCCTTGTCTTACCCATGTTTCTAGATGGAGGTGA
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CC

QA 3 664 3 664
DS 

RD RR3DI74TF 662 0 0
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TCTTAAGTAGAATAGAAGAGAACATTAGAGTTCTTTGAAATTCAACTACCAAAAAGGCTC
TTATAACATCAAAATCAATTTCAAAAGCATTGTTTAAGATCTTGGCTTCTCCTTCTTCTC
CTTGAAGAGGGCCAAGAGTGAGACACCAGAAACCTTGACGACCTTGAACCTAACTCCGGG
AATATCTCCCACAGCATGACCTTTACGCCCAAATCCAGCAATCAACACCTCGTCATTTTC
CTCAATGTAGTTCAAGCAACCATCGTTGGGGACAAAAGCGGCAATCTTCTTGCCGTTCTT
GATAAGCTGAACTCTAGCACACTTACGGATAGCAGAGTTAGGCTGCTTAGCCTCAATACC
GATTTTCTCAAGAACGATGCCCTTGGCGTGGGAAGAACCAGCGAAAGGCTTCTTCCATTC
ATTCCCCTGATGTGACTTCTTGTACTGCTTGTCAGCCCACCTCTGATTGATCCGGAGTCT
TTTGAGCTTGCGCCCTGCTCCCATACCCCTTGTCTTACCCATGTTTCTAGATGGAGGTGA
TGATGATCAACAGCAAAAGCAAAGAGGTGATATGTTTTTTAAAGCGGCTGTGAAAACCCT
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 2 7

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CTTTGTTGCAGATAATGTGCTTGACGAGATTACTTTTGGTTGGCCAAGGCAAAAGGGTAG
TTTGCAGTTAAAGGAGCATCTGACTTCGAACCTCCAGAGAGCATTTAATTGGGTTGGGTT
AGACAGCATCCCACTTGATAAAGACCCCCAGTTACTTAGTGGAGGCTACAAGCGTCGGCT
TGCACTAGCTATTCAACTGGTGCAAACTCCTGATTTATTGATTCTGGATGAGCCCCTCGC
TGGTCTTGATTGGAAAGCACGCGCAGATGTTGCGAAGCTCTTGAAGCACCTAAAGAAGGA
ACTGACTTTACTTGTTGTAAGTCATGACTTAAGAGAGTTAGCAACCTTGGTCGACCAGTC
ATGGAGAATGGAATCAGGTGGTGTTCTTGTTGCAGAGCGTCCACCAGTTTAGTTCGATAT
TTTTAACTGCCGAAGGTCCCTACCAGGTTCGGCTCGGATACTTCTGATTCTTCTGGTATT
CTTGCAAAAAAGTGATATACGCTTTTACCCAGGCATAATAAATAATGACATGTTGCGGTT
ATGAGTTGAGAGAGATATAGTGTCTCTCTTATGAGATCAAAACGTATCACTGGATTATAG
TCAACGTTGATAAGAATGTTTTCTCGCCATTTTAGTTTGCCAAACTATGGAATGGATATG
AAATATCTTGCTGCAATTTTTAAACACGGTAAATACTTATTGTTACGTAAAAGGGCGTAA
CGAACATTCCCACCAAGTCTTGAACACATTTTACATAATCACACCACACGATTCACACAT
GCATGAAATAACATAAAACACTTGCACTTTTTAATTTGCGTTTTTCTTCTCATCCCTTTT
TACAGCTCCAACACCAAGTCTGCAAAGCAATTTTGGATTATTATCTGGTTCAATCACAAG
CAGAAAACTAGTGCATGCCTAAATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AY35TF U 1
AF RR3FD21JQ U 397
BS 1 523 RR3AY35TF
BS 524 524 RR3FD21JQ
BS 525 580 RR3AY35TF
BS 581 581 RR3FD21JQ
BS 582 687 RR3AY35TF
BS 688 986 RR3FD21JQ

RD RR3AY35TF 687 0 0
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CTTTGTTGCAGATAATGTGCTTGACGAGATTACTTTTGGTTGGCCAAGGCAAAAGGGTAG
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AGACAGCATCCCACTTGATAAAGACCCCCAGTTACTTAGTGGAGGCTACAAGCGTCGGCT
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TGGTCTTGATTGGAAAGCACGCGCAGATGTTGCGAAGCTCTTGAAGCACCTAAAGAAGGA
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TCAACGTTGATAAGAATGTTTTCTCGC

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3FD21JQ 590 0 0
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GCGTCCACCAGTTTAGTTCGATATTTTTAACTGCCGAAGGTCCCTACCAGGTTCGGCTCG
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AATAAATAATGACATGTTGCGGTTATGAGTTGAGAGAGATATAGTGTCTCTCTTATGAGA
TCAAAACGTATCACTGGATTATAGTCAACGTTGATAAGAATGTTTTCTCGCCATTTTAGT
TTGCCAAACTATGGAATGGATATGAAATATCTTGCTGCAATTTTTAAACACGGTAAATAC
TTATTGTTACGTAAAAGGGCGTAACGAACATTCCCACCAAGTCTTGAACACATTTTACAT
AATCACACCACACGATTCACACATGCATGAAATAACATAAAACACTTGCACTTTTTAATT
TGCGTTTTTCTTCTCATCCCTTTTTACAGCTCCAACACCAAGTCTGCAAAGCAATTTTGG
ATTATTATCTGGTTCAATCACAAGCAGAAAACTAGTGCATGCCTAAATGC

QA 1 590 1 590
DS 



CO CL739Contig2 1088 5 5 U
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GATCTTTATTCGAAAAGACAATTTTTTTTTTGATACATTGGCATTTAGGCATGCACTAGT
TTTCTGCTTGTGATTGAACCAGATAATAATCCAAAATTGCTTTGCAGACTTGGTGTCGGA
GCTGGTAGGGACCTTCGGCAGTTAAAAATATCGAACTAAACTGGTGGACGCTCCGCAACA
AGAACACCACCTGATTCCATTCTCCATGACTGGTCGACCAAGGTTGCTAACTCTCTTAAG
TCATGACTTACAACAAGTAAAGTCAGTTCCTTCTTTAGGTGCTTCAAGAGCTTCGCAACA
TCTGCGCGTGCTTTCCAATCAAGACCAGCGAGGGGCTCATCCAGAATCAATAAATCAGGA
GTTTGCACCAGTTGAATAGCTAGTGCAAGCCGACGCTTGTAGCCTCCACTAAGTAACTGG
GGGTCTTTATCAAGTGGGATGCTGTCTAACCCAACCCAATTAAATGCTCTCTGGAGGTTC
GAAGTCAGATGCTCCTTTAACTGCAAACTACCCTTTTGCCTTGGCCAACCAAAAGTAATC
TCGTCAAGCACATTATCTGCAACAAAGAATCTCTCTGGAAACTGGAAAACAATGCCGACT
TTCTCAGTGGGCAACAACTCAGGATCCGCCTTTAGCTGGCCATCATCCCCATATCTTTGG
ATACAAATGGAACATGACGTAGGTTTGTTCAGCCCAGCAAGAAGCTGCAAAAGCGTAGTT
TTGCCGCTCCCACTCTTGCCAAAAATCAATCCAAAGCTCTTCTCACGGAGAGAAAGATTA
ACACCATTCAAAATATTCAACTCTGTTCCAGGAGGACGGTAGCATATATCCCTAACCTCG
ATGCATGAATAATCGCAAGAGATGATAGCCCTAGGCTTCGTCGTCCTCCGAAATCTCAAC
GCTTGCTTCCAACCAATTACGGACGCTGGTGGTTCACCGATGCGGAAGATGGGCGCGGAG
CTAGAAACCGTCGAAAGTAGCATGGTTTCCACTGTTTAAGCTCCGCTGCGATCGGAAAAT
ATTGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3G528JQ U 1
AF RR3AY35JQ U 555
AF RR3AX15JQ U 47
AF RR3AX15TF C 334
AF RR3G528TF C 347
BS 1 90 RR3G528JQ
BS 91 91 RR3AX15JQ
BS 92 672 RR3G528JQ
BS 673 733 RR3AX15JQ
BS 734 1088 RR3AX15TF

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GATCTTTATTCGAAAAGACAATTTTTTTTT*GATACATTGGCATTTAGGCATGCACTAGT
TTTCTGCTTGTGATTGAACCAGATAATAATCCAAAATTGCTTTGCAGACTTGGTGTCGGA
GCTGGTAGGGACCTTCGGCAGTTAAAAATATCGAACTAAACTGGTGGACGCTCCGCAACA
AGAACACCACCTGATTCCATTCTCCATGACTGGTCGACCAAGGTTGCTAACTCTCTTAAG
TCATGACTTACAACAAGTAAAGTCAGTTCCTTCTTTAGGTGCTTCAAGAGCTTCGCAACA
TCTGCGCGTGCTTTCCAATCAAGACCAGCGAGGGGCTCATCCAGAATCAATAAATCAGGA
GTTTGCACCAGTTGAATAGCTAGTGCAAGCCGACGCTTGTAGCCTCCACTAAGTAACTGG
GGGTCTTTATCAAGTGGGATGCTGTCTAACCCAACCCAATTAAATGCTCTCTGGAGGTTC
GAAGTCAGATGCTCCTTTAACTGCAAACTACCCTTTTGCCTTGGCCAACCAAAAGTAATC
TCGTCAAGCACATTATCTGCAACAAAGAATCTCTCTGGAAACTGGAAAACAATGCCGACT
TTCTCAGTGGGC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3AY35JQ 133 0 0
CTTTAACTGCAAACTACCCTTTTGCCTTGGCCAACCAAAAGTAATCTCGTCAAGCACATT
ATCTGCAACAAAGAATCTCTCTGGAAACTGGAAAACAATGCCGACTTTCTCAGTGGGCAA
CAACTCAGGATCC

QA 1 133 1 133
DS 

RD RR3AX15JQ 691 0 0
AAAAAAGTATGTAGGATCTTTATTCGAAAAGACAATTTTTTTTTTGATACATTGGCATTT
AGGCATGCACTAGTTTTCTGCTTGTGATTGAACCAGATAATAATCCAAAATTGCTTTGCA
GACTTGGTGTTGGAGCTGGTAGGGACCTTCGGCAGTTAAAAATATCGAACTAAACTGGTG
GACGCTCTGCAACAAGAACACCACCTGATTCCATTCTCCATGACTGGTCGACCAAGGTTG
CTAACTCTCTTAAGTCATGACTTACAACAAGTAAAGTCAGTTCCTTCTTTAGGTGCTTCA
AGAGCTTCGCAACATCTGCGCGTGCTTTCCAATCAAGACCAGCGAGGGGCTCATCCAGAA
TCAATAAATCAGGAGTTTGCACCAGTTGAATAGCTAGTGCAAGCCGACGCTTGTAGCCTC
CACTAAGTAACTGGGGGTCTTTATCAAGTGGGATGCTGTCTAACCCAACCCAATTAAATG
CTCTCTGGAGGTTCGAAGTCAGATGCTCCTTTAACTGCAAACTACCCTTTTGCCTTGGCC
AACCAAAAGTAATCTCGTCAAGCACATTATCTGCAACAAAGAATCTCTCTGGAAACTGGA
AAACAATGCCGACTTTCTCAGTGGGCAACAACTCAGGATCCGCCTTTAGCTGGCCATCAT
CCCCATATCTTTGGATACAAATGGAAC
ATGA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3AX15TF 755 0 0
TTTAGGTGCTTCAAGAGCTTCGCAACATCTGCGCGTGCTTTCCAATCAAGACCAGCGAGG
GGCTCATCCAGAATCAATAAATCAGGAGTTTGCACCAGTTGAATAGCTAGTGCAAGCCGA
CGCTTGTAGCCTCCACTAAGTAACTGGGGGTCTTTATCAAGTGGGATGCTGTCTAACCCA
ACCCAATTAAATGCTCTCTGGAGGTTCGAAGTCAGATGCTCCTTTAACTGCAAACTACCC
TTTTGCCTTGGCCAACCAAAAGTAATCTCGTCAAGCACATTATCTGCAACAAAGAATCTC
TCTGGAAACTGGAAAACAATGCCGACTTTCTCAGTGGGCAACAACTCAGGATCCGCCTTT
AGCTGGCCATCATCCCCATATCTTTGGATACAAATGGAACATGACGTAGGTTTGTTCAGC
CCAGCAAGAAGCTGCAAAAGCGTAGTTTTGCCGCTCCCACTCTTGCCAAAAATCAATCCA
AAGCTCTTCTCACGGAGAGAAAGATTAACACCATTCAAAATATTCAACTCTGTTCCAGGA
GGACGGTAGCATATATCCCTAACCTCGATGCATGAATAATCGCAAGAGATGATAGCCCTA
GGCTTCGTCGTCCTCCGAAATCTCAACGCTTGCTTCCAACCAATTACGGACGCTGGTGGT
TCACCGATGCGGAAGATGGGCGCGGAGCTAGAAACCGTCGAAAGTAGCATGGTTTCCACT
GTTTAAGCTCCGCTGCGATCGGAAAATATTGGCCC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3G528TF 739 0 0
AGAGCTTCGCAACATCTGCGCGTGCTTTCCAATCAAGACCAGCGAGGGGCTCATCCAGAA
TCAATAAATCAGGAGTTTGCACCAGTTGAATAGCTAGTGCAAGCCGACGCTTGTAGCCTC
CACTAAGTAACTGGGGGTCTTTATCAAGTGGGATGCTGTCTAACCCAACCCAATTAAATG
CTCTCTGGAGGTTCGAAGTCAGATGCTCCTTTAACTGCAAACTACCCTTTTGCCTTGGCC
AACCAAAAGTAATCTCGTCAAGCACATTATCTGCAACAAAGAATCTCTCTGGAAACTGGA
AAACAATGCCGACTTTCTCAGTGGGCAACAACTCAGGATCCGCCTTTAGCTGGCCATCAT
CCCCATATCTTTGGATACAAATGGAACCTGACGTAGGTTTGTTCAGCCCAGCAAGAAGCT
GCAAAAGCGTAGTTTTGCCGCTCCCACTCTTGCCAAAAATCAATCCAAAGCTCTTCTCAC
GGAGAGAAAGATTAACACCATTCAAAATATTCAACTCTGTTCCAGGAGGACGGTAGCATA
TATCCCTAACCTCGATGCATGAATAATCGCAAGAGATGATAGCCCTAGGCTTCGTCGTCC
TCCGAAATCTCAACGCTTGCTTCCAACCAATTACGGACGCTGGTGGTTCACCGATGCGGA
AGATGGGCGCGGAGCTAGAAACCGTCGAAAGTAGCATGGTTTCCACTGTTTAAGCTCCGC
TGCGATCGGAAAATATT
CC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 3 6

CO CL740Contig1 881 2 4 U
GCAAGTTGTTCTCGACTCGCCTCAATATTCCCAAGCTTATACGTGCATGTGATGAGCAAC
AGCATTGGCAGGAACTTACCTATCTTTACATTCAGTATGATGAGTTTGACAACGCTGCAA
CCACTGTCATGAACCATTCTCCTGAAGCATGGGAGCACATGCAGTTCAAAGACATTGTCG
CCAAGGTTGCGAATGTCGAGCTTTACTACAAGGCCGTTCACTTCTACTTGCAAGAGCACC
CTGATATAATCAACGATCTTCTCAATGTGCTTGCTCTGCGGTTAGACCACACACGTGTCG
TTGATATTATGCGAAAGGCTGGTCAGTTGCGCCTTATTAAGCCGTACATGGTTGCAGTTC
AGAGCAACAATGTTTCTGCTGTAAATGAAGCTCTGAATGAGATATACGTAGAGGAAGAAG
ACTATGACAGGTTGCGCGAGTCTACTGATTTGCATGACAGCTTTGACCAGATAGGCCTCG
CTCAGAAGATTGAGAAACACGAGCTCGTGGAAATGAGACGTGTAGCTGCGTATATCTACA
AGAAAGCTGGTAGATGGAAGCAATCAATTGCTTTGTCGAAGAAAGATAACATGTACAAGG
ACTGTATGGAAACTGCTTCACAATCCGGCGACCATGACCTTGCAGAACAGCTTCTGGTTT
ACTTCATTGAACAGGGGAAAAAGGAATGCTTTGCCACATGTCTATTTGTGTGTTATGACT
TAATCCGACCAGATGTTGCTCTAGAACTTGCTTGGATCAACAACATGATTGACTTCGCCT
TCCCGTATCTCCTCCAGTTTATCCGAGAATACTCTGGCAAAGTGGATGAACTGATCAAGG
ATAAGATAGAGGCACAGAAAGAAGTGAAGCCAAAGAGCAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AA79TF U 1
AF RR3GI72TF U 231
BS 1 243 RR3AA79TF
BS 244 244 RR3GI72TF
BS 245 774 RR3AA79TF
BS 775 881 RR3GI72TF

RD RR3AA79TF 774 0 0
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AGCATTGGCAGGAACTTACCTATCTTTACATTCAGTATGATGAGTTTGACAACGCTGCAA
CCACTGTCATGAACCATTCTCCTGAAGCATGGGAGCACATGCAGTTCAAAGACATTGTCG
CCAAGGTTGCGAATGTCGAGCTTTACTACAAGGCCGTTCACTTCTACTTGCAAGAGCACC
CTGGTATAATCAACGATCTTCTCAATGTGCTTGCTCTGCGGTTAGACCACACACGTGTCG
TTGATATTATGCGAAAGGCTGGTCAGTTGCGCCTTATTAAGCCGTACATGGTTGCAGTTC
AGAGCAACAATGTTTCTGCTGTAAATGAAGCTCTGAATGAGATATACGTAGAGGAAGAAG
ACTATGACAGGTTGCGCGAGTCTACTGATTTGCATGACAGCTTTGACCAGATAGGCCTCG
CTCAGAAGATTGAGAAACACGAGCTCGTGGAAATGAGACGTGTAGCTGCGTATATCTACA
AGAAAGCTGGTAGATGGAAGCAATCAATTGCTTTGTCGAAGAAAGATAACATGTACAAGG
ACTGTATGGAAACTGCTTCACAATCCGGCGACCATGACCTTGCAGAACAGCTTCTGGTTT
ACTTCATTGAACAGGGGAAAAAGGAATGCTTTGCCACATGTCTATTTGTGTGTTATGACT
TAATCCGACCAGATGTTGCTCTAGAACTTGCTTGGATCAACAACATGATTGACT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3GI72TF 651 0 0
G
AAGAGCACCCTGATATAATCAACGATCTTCTCAATGTGCTTGCTCTGCGGTTAGACCACA
CACGTGTCGTTGATATTATGCGAAAGGCTGGTCAGTTGCGCCTTATTAAGCCGTACATGG
TTGCAGTTCAGAGCAACAATGTTTCTGCTGTAAATGAAGCTCTGAATGAGATATACGTAG
AGGAAGAAGACTATGACAGGTTGCGCGAGTCTACTGATTTGCATGACAGCTTTGACCAGA
TAGGCCTCGCTCAGAAGATTGAGAAACACGAGCTCGTGGAAATGAGACGTGTAGCTGCGT
ATATCTACAAGAAAGCTGGTAGATGGAAGCAATCAATTGCTTTGTCGAAGAAAGATAACA
TGTACAAGGACTGTATGGAAACTGCTTCACAATCCGGCGACCATGACCTTGCAGAACAGC
TTCTGGTTTACTTCATTGAACAGGGGAAAAAGGAATGCTTTGCCACATGTCTATTTGTGT
GTTATGACTTAATCCGACCAGATGTTGCTCTAGAACTTGCTTGGATCAACAACATGATTG
ACTTCGCCTTCCCGTATCTCCTCCAGTTTATCCGAGAATACTCTGGCAAAGTGGATGAAC
TGATCAAGGATAAGATAGAGGCACAGAAAGAAGTGAAGCCAAAGAGCAGA

QA 2 651 2 651
DS 



CO CL740Contig2 750 2 5 U
GTGCTTCACAATCCGGCGACCACGACCTTGCAGAACAACTTTTGGTTTACTTCATTGAAC
AGGGGAAGAAGGAATGTTTTGCCACATGTCTATTTGTGTGTTATGACTTAATCAGACCAG
ATGTTGCTTTAGAACTTGCTTGGATCAACAATATGATTGACTTTGCCTTCCCGTATCTCC
TCCAGTTTATCCGAGAGTACTCTGGCAAAGTGGACGAGCTAATAAAGGACAAGCTAGAAG
CACAGAAAGAAGTGAAGGCCAAAGAGCAGGAAGAGAAGGAGGTCATGTCCCAACAGAACA
TGTACGCCCAACTACTGCCACTGGCTCTACCTGCACCACCGATGCCAGGAATGGGAGGAG
GTCCAGGGATGGGAGGGGGTTATGGTCCACCACCACCGATGGGAGGAACGCCAGGAATGC
CTCCAATGCCACCGTATGGAATGCCTCCGATGGGCGGCTACTAAGCCTGTCGAAAGCAAA
AGTCATCCATTCAAGTTATCGAGAACTGGTAGTCGCGCGCGGAATCTCTTGTGGTGGTAT
TTGTCGGAATGTTTTCGTTGTTTGATTCTATAGGTGTATGTGTGGATAATAAACTCGTAC
TTTCGTTTGTAATATTTCTTTTGAGGGGTTTTTTAGGTGAGTCACTTTTGGTCGAGGCCA
TGTTACTATTTTTCTTTTGAGCGGAGAGAGATGTTAACTCCCAACTAGTCTACTTGTCAT
TACTTCGATGTTTCTCTCATGAGTTGTTCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G058TF U 79
AF RR3ET61TF U 1
BS 1 307 RR3ET61TF
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BS 309 408 RR3ET61TF
BS 409 409 RR3G058TF
BS 410 750 RR3ET61TF

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G
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TTGGATCAACAATATGATTGACTTTGCCTTCCCGTATCTCCTCCAGTTTATCCGAGAGTA
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CAAAGAGCAGGAAGAGAAGGAGGTCATGTCCCAACAGAACATGTACGCCCAACTACTGCC
ACTGGCTCTACCTGCACCACCGATGCCAGGAATGGGAGGAGGTCCAGGGATGGGAGGGGG
TTATGGTCCACCACCACCGATGGGAGGAACGCCAGGAATGCCTCCAATGCCACCGTATGG
AATGCCTCCGATGGGCGGCTACTAAG
CCTGT

QA 2 387 2 387
DS 

RD RR3ET61TF 750 0 0
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CTCCAATGCCACCGTATGGAATGCCTCCGATGGGCGGCTACTAAGCCTGTCGAAAGCAAA
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TTGTCGGAATGTTTTCGTTGTTTGATTCTATAGGTGTATGTGTGGATAATAAACTCGTAC
TTTCGTTTGTAATATTTCTTTTGAGGGGTTTTTTAGGTGAGTCACTTTTGGTCGAGGCCA
TGTTACTATTTTTCTTTTGAGCGGAGAGAGATGTTAACTCCCAACTAGTCTACTTGTCAT
TACTTCGATGTTTCTCTCATGAGTTGTTCT

QA 1 750 1 750
DS 



CO CL740Contig3 1256 2 2 U
GCACTCTCCTGAAGCATGGGAGCACATGCAATTCAAAGACATTGTCGCCAAGGTTGCGAA
TGTCGAGCTATACTACAAGGCCGTCCACTTCTACTTGCAAGAGCACCCTGATATCATCAA
CGATCTTCTCAATGTGCTTGCTCTGCGGTTAGATCACACACGTGTCGTTGACATTATGCG
CAAGGCTGGTCAGTTGCGTCTTATCAAGCCCTACATGGTTGCAGTTCAGAGCAACAATGT
CTCTGCTGTAAATGAAGCTCTAAATGAAATATACGTAGAAGAAGAAGACTACGACAGGTT
GCGGGAGTCTATCGATTTGCATGACAGCTTTGACCAGATAGGCCTCGCCCAGAAGATTGA
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ATGGAAGCAATCAATTGCTTTGTCGAAGAAAGATAACATGTACAAGGACTGTATGGAAAC
TGCTTCACAATCCGGCGACCATGACCTTGCGGAACAACTTTTGGTTTACTTCATTGAACA
GGGGAAGAAGGAATGTTTTGCCACATGTCTCTTTGTCTGTTATGACTTAACCCGACCAGA
TGTTGCTCTAGAACTTGCTTGGATCAACAATATGATCGACTTTGCCTTCCCGTATCTCCT
TCAGTTTATCCGAGAGTACTCTGGCAAAGTGGACGAGCTAATAAAGGACAAGCTAGAGGC
ACAGAAAGAAGTGAAGGCCAAAGAGCAGGAAGAGAAGGAGGTCATGTCCCAACAGAACAT
GTACGCCCAACTACTGCCACTGGCTCTACCTGCACCACCGATGCCAGGAATGGGAGGAGG
TCCAGGGATGGGAGGGGGTTATGGTCCACCACCACCGATGGGAGGAATGCCAGGAATGCC
TCCAATGCCACCGTATGGAATGCCTCCGATGGGCGGCTACTAAGCCTGTCGAAAGCAAAA
GCCATCCATTCAAGTTATCGAAAACTGGTAGTCGCGCGCGGAATCTCTTGTGGTGGTATT
TGTCGGAATGTTTTCGTTGTTTGATTCTATAGGTGTATGTGTGGATAATAAACTCGTACT
TTCGTTTGTAATATTTCTTTTGAGGGGTTTTTTAGGTGAGTCATTTTTGGTCGAGGCCAT
GTTACTATTTTTCTTTTGAGCGGAGAGAGATGTTAACTCCTAACTAGTCTACTTGTCATT
ACTTCGATGTTTCTCTCATGAGTTGTTCTTTCTTTTCAGCTTAATATTTTTCACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G809TF U 1
AF RR3G809JQ C 469
BS 1 714 RR3G809TF
BS 715 1256 RR3G809JQ

RD RR3G809TF 714 0 0
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CGATCTTCTCAATGTGCTTGCTCTGCGGTTAGATCACACACGTGTCGTTGACATTATGCG
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CTCTGCTGTAAATGAAGCTCTAAATGAAATATACGTAGAAGAAGAAGACTACGACAGGTT
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ATGGAAGCAATCAATTGCTTTGTCGAAGAAAGATAACATGTACAAGGACTGTATGGAAAC
TGCTTCACAATCCGGCGACCATGACCTTGCGGAACAACTTTTGGTTTACTTCATTGAACA
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TGTTGCTCTAGAACTTGCTTGGATCAACAATATGATCGACTTTGCCTTCCCGTATCTCCT
TCAGTTTATCCGAGAGTACTCTGGCAAAGTGGACGAGCTAATAAAGGACAAGCT

QA 1 714 1 714
DS 

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CTGTATGGAAACTGCTTCACAATCCGGCGACCATGACCTTGCGGAACAACTTTTGGTTTA
CTTCATTGAACAGGGGAAGAAGGAATGTTTTGCCACATGTCTCTTTGTCTGTTATGACTT
AACCCGACCAGATGTTGCTCTAGAACTTGCTTGGATCAACAATATGATCGACTTTGCCTT
CCCGTATCTCCTTCAGTTTATCCGAGAGTACTCTGGCAAAGTGGACGAGCTAATAAAGGA
CAAGCTAGAGGCACAGAAAGAAGTGAAGGCCAAAGAGCAGGAAGAGAAGGAGGTCATGTC
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AATGGGAGGAGGTCCAGGGATGGGAGGGGGTTATGGTCCACCACCACCGATGGGAGGAAT
GCCAGGAATGCCTCCAATGCCACCGTATGGAATGCCTCCGATGGGCGGCTACTAAGCCTG
TCGAAAGCAAAAGCCATCCATTCAAGTTATCGAAAACTGGTAGTCGCGCGCGGAATCTCT
TGTGGTGGTATTTGTCGGAATGTTTTCGTTGTTTGATTCTATAGGTGTATGTGTGGATAA
TAAACTCGTACTTTCGTTTGTAATATTTCTTTTGAGGGGTTTTTTAGGTGAGTCATTTTT
GGTCGAGGCCATGTTACTATTTTTCTTTTGAGCGGAGAGAGATGTTAACTCCTAACTAGT
CTACTTGTCATTACTTCGATGTTTCTCTCATGAGTTGTTCTTTCTTTTCAGCTTAATATT
TTTCACTT

QA 1 788 1 788
DS 



AS 2 7

CO CL741Contig1 1011 3 20 U
GGAGAGAGAGGAGAAAGAAGGCATGGAGACTGAGAGGGAAAGGCAGGTTTACTCGGCGAA
GCTCTCCGAGCAAACCGAACGATACGATGAGATGGTTGAGGCAATGAAGAAAGTAGCTGA
GATGGATTTGGAGCTGACCGTAGAGGAGAGAAACCTCGTATCTGTGGGATACAAGAACGT
CATTGGCGCAAGGAGAGCTTCGTGGAGGATACTATCCTCCATCGAGCAGAAGGAAGAGTC
CAAGGGGAACGAGGAGAATGTCAAGAGGATTCAGACTTACCGAAAGAGGGTTGAAGATGA
GCTTGCCAAAGTTTGTAATGACATCTTGTCTGTCATTGACAAGCACCTCATCCCTTCCTC
TACCGCTGTTGAGTCC*ACTGTCTTTTT*CTACAAAATGAAAGGAGATTACTATCGCTAT
CTGG*CTGAGTTCAGCTCTGGTGCTGAACGCAAAGAAGCTGCAGATCAGTCTCTTGAAGC
CTACAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCAGACACTGG*TTTGGCACCCACACATCCAGTTAGAC
TTGGCTTGGCTTTGAACCTTTCTGTTTTCTACTACGAGATCTTAAACTCTCCTGAAAGCG
CATGCCAATTGGCTAAGCAAGCATTTGACGATGCAATCGCTGAACTTGACAGCCTCAACG
AGGAGTCATACAAGGACAGCACTCTTATCATGCAGCTACTTAGAGACAATCTC*ACCCTG
TGGACTTCTGACCTCCCGGAGGAAGGAGAAGAGAAATCCAAAGGTGATGAGCCGAAAGAA
GAGAACTGAATCCTCTGTGTGAAGAGAAACGACCTTTGATGCATCCGAAGACAGCAAGTG
CTGTTGCTCGGAAAAATGTGTATTTTTTTTATTTTATCGTCTTTTTTATCATGTTTTTCA
GATATTTGACGTTCTACAACATACTACTACTGCATAACTTCGAATGCTTGATGTCATACA
CTTAGTTTGCTTTGTTGTTGTTGAATTGAGACCGTGCATTTTGGGTTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX70TF U 1
AF RR3B953TF U 350
AF RR3B953JQ C 195
BS 1 392 RR3FX70TF
BS 393 393 RR3B953TF
BS 394 426 RR3FX70TF
BS 427 427 RR3B953TF
BS 428 435 RR3FX70TF
BS 436 436 RR3B953TF
BS 437 442 RR3FX70TF
BS 443 443 RR3B953TF
BS 444 453 RR3FX70TF
BS 454 454 RR3B953TF
BS 455 480 RR3FX70TF
BS 481 481 RR3B953TF
BS 482 557 RR3FX70TF
BS 558 558 RR3B953TF
BS 559 665 RR3FX70TF
BS 666 666 RR3B953TF
BS 667 697 RR3FX70TF
BS 698 698 RR3B953TF
BS 699 759 RR3FX70TF
BS 760 1011 RR3B953JQ

RD RR3FX70TF 759 0 0
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GCTCTCCGAGCAAACCGAACGATACGATGAGATGGTTGAGGCAATGAAGAAAGTAGCTGA
GATGGATTTGGAGCTGACCGTAGAGGAGAGAAACCTCGTATCTGTGGGATACAAGAACGT
CATTGGCGCAAGGAGAGCTTCGTGGAGGATACTATCCTCCATCGAGCAGAAGGAAGAGTC
CAAGGGGAACGAGGAGAATGTCAAGAGGATTCAGACTTACCGAAAGAGGGTTGAAGATGA
GCTTGCCAAAGTTTGTAATGACATCTTGTCTGTCATTGACAAGCACCTCATCCCTTCCTC
TACCGCTGTTGAGTCC*ACTGTCTTTTT*CTA*AAAATGAAAGGAGATTACTATCGCTAT
CTGG*CAGAGTTCAGTTCTGGTACTGAACGCAAGGAAGCTGCAGATCAGTCTCTTGAAGC
ATACAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCAGACACTGG*TTTGGCACCCACACATCCAGTTAGAC
TTGGCTTGGCTTTGAACTTTTCTGTTTTCTACTACGAGATCTTAAACTCTCCTGAAAGCG
CATGCCAATTGGCTAAGCAAGCATTTGACGATGCAATCGCTGAACTTGACAGCCTCAACG
AGGAGCCATACAAGGACAGCACTCTTATCATGCAGCTTCTTAGAGACAATCTC*ACCCTG
TGGACTTCTGACCTCCCGGAGGAAGGAGAAGAGAAATCC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3B953TF 386 0 0
CCCTTCCTCCTAC
CCGCTGTTGAGTCCCACTGTCTTTTTTCTACAAAATGAAAGGAGATTACTATCGCTATCT
GGGCTGAGTTCAGCTCTGGTGCTGAACGCAAAGAAGCTGCAGATCAGTCTCTTGAAGCCT
ACAAGGCTGCTGTTGCTGCTGCAGACACTGGGTTTGGCACCCACACATCCAGTTAGACTT
GGCTTGGCTTTGAACCTTTCTGTTTTCTACTACGAGATCTTAAACTCTCCTGAAAGCGCA
TGCCAATTGGCTAAGCAAGCATTTGACGATGCAATCGCTGAACTTGACAGCCTCAACGAG
GAGTCATACAAG*ACAGCACTCTTATCATGCAGCTACTTAGAGACAATCTCCACCCTGTG
GACTTCTGACCTC

QA 14 386 14 386
DS 

RD RR3B953JQ 817 0 0
GAGCTTCGTGGAGGATACTATCCTCCATCGAGCAGAAGGAAGAGTCCAAGGGGAACGAGG
AGAATGTCAAGAGGATTCAGACTTACCGAAAGAGGGTTGAAGATGAGCTTGCCAAAGTTT
GTAATGACATCTTGTCTGTCATTGACAAGCACCTCATCCCTTCCTCTACCGCTGTTGAGT
CC*ACTGTCTTTTT*CTACAAAATGAAAGGAGATTACTATCGCTATCTGG*CTGAGTTCA
GCTCTGGTGCTGAACGCAAAGAAGCTGCAGATCAGTCTCTTGAAGCCTACAAGGCTGCTG
TTGCTGCTGCAGACACTGG*TTTGGCACCCACACATCCAGTTAGACTTGGCTTGGCTTTG
AACCTTTCTGTTTTTTACTACGAGATCTTAAACTCTCCTGAAAGCGCATGCCAATTGGCT
AAGCAAGCATTTGACGATGCAATCGCTGAACTTGACAGCCTCAACGAGGAGTCATACAAG
GACAGCACTCTTATCATGCAGCTACTTAGAGACAATCTC*ACCCTGTGGACTTCTGACCT
CCCGGAGGAAGGAGAAGAGAAATCCAAAGGTGATGAGCCGAAAGAAGAGAACTGAATCCT
CTGTGTGAAGAGAAACGACCTTTGATGCATCCGAAGACAGCAAGTGCTGTTGCTCGGAAA
AATGTGTATTTTTTTTATTTTATCGTCTTTTTTATCATGTTTTTCAGATATTTGACGTTC
TACAACATACTACTACTGCATAACTTCGAATGCTTGATGTCATACACTTAGTTTGCTTTG
TTGTTGTTGAATTGAGACCGTGCATTTTGGGTTTTGC

QA 1 817 1 817
DS 



CO CL741Contig2 609 4 5 U
GCGAAACCAAAAATGCATGGTCTCAATTCAACAACAACAAAGCAAACTAAGTGTATGACA
TCAAGCATTCGAAGTTATGCAGTAGTACTATGTTGTAGAACGTCAAATAACTGAAAAACA
TGATCAAGAAAGACAATAAAATAAAAAAAAATACACATTTTTCCGAGCAACGACACTTGC
TGTCTTCGGATGCATCAAAGGTCGTTTCTCTTCACACAGAGGATTCAGTTCTCTTCTTTC
GGCTCATCACCTTTGGATTTCTCTTCTCCTTCCTCCGGGAGGTCAGAAGTCCACAGGGTG
AGATTGTCTCTAAGAAGCTGCATGATAAGAGTGCTGTCCTTGTATGACTCCTCGTTGAGG
CTGTCAAGTTCAGCGATTGCATCGTCAAATGCTTGCTTAGCCAATTGGCATGCGCTTTCA
GGAGAGTTTAAGATCTCGTAGTAGAAAACAGAAAAGTTCAAAGCCAAGCCAAGTCTAACT
GGATGTGTGGGTGCCAAACCAGTGTCTGCAGCAGCAACAGCAGCCTTGTATGCTTCAAGA
GACTGATCTGCAACTTCCTTGCGTTCAGTACCAGAACTGAACTCTGCCAGATAGCGATAG
TAATCTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D385JQ U 121
AF RR3GB03JQ U 1
AF RR3FX70JQ U 5
AF RR3D385TF C 6
BS 1 487 RR3GB03JQ
BS 488 552 RR3FX70JQ
BS 553 553 RR3D385TF
BS 554 576 RR3FX70JQ
BS 577 609 RR3D385TF

RD RR3D385JQ 220 0 0
TGATCAAGAAAGACAATAAAATAAAAAAAAATACACATTTTTCCGAGCAACGACACTTGC
TGTCTTCGGATGCATCAAAGGTCGTTTCTCTTCACACAGAGGATTCAGTTCTCTTCTTTC
GGCTCATCACCTTTGGATTTCTCTTCTCCTTCCTCCGGGAGGTCAGAAGTCCACAGGGTG
AGATTGTCTCTAAGAAGCTGCATGATAAGAGTGCTGTCCT

QA 1 220 1 220
DS 

RD RR3GB03JQ 487 0 0
GCGAAACCAAAAATGCATGGTCTCAATTCAACAACAACAAAGCAAACTAAGTGTATGACA
TCAAGCATTCGAAGTTATGCAGTAGTACTATGTTGTAGAACGTCAAATAACTGAAAAACA
TGATCAAGAAAGACAATAAAATAAAAAAAAATACACATTTTTCCGAGCAACGACACTTGC
TGTCTTCGGATGCATCAAAGGTCGTTTCTCTTCACACAGAGGATTCAGTTCTCTTCTTTC
GGCTCATCACCTTTGGATTTCTCTTCTCCTTCCTCCGGGAGGTCAGAAGTCCACAGGGTG
AGATTGTCTCTAAGAAGCTGCATGATAAGAGTGCTGTCCTTGTATGACTCCTCGTTGAGG
CTGTCAAGTTCAGCGATTGCATCGTCAAATGCTTGCTTAGCCAATTGGCATGCGCTTTCA
GGAGAGTTTAAGATCTCGTAGTAGAAAACAGAAAAGTTCAAAGCCAAGCCAAGTCTAACT
GGATGTG

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR3FX70JQ 572 0 0
GACCA
AAAATGCATGGTCTCAATTCAACAACAACAAAGCAAACTAAGTGTATGACATCAAGCATT
CGAAGTTATGCAGTAGTACTATGTTGTAGAACGTCAAATAACTGAAAAACATGATCAAGA
AAGACAATAAAATAAAAAAAAATACACATTTTTCCGAGCAACGACACTTGCTGTCTTCGG
ATGCATCAAAGGTCGTTTCTCTTCACACAGAGGATTCAGTTCTCTTCTTTCGGCTCATCA
CCTTTGGATTTCTCTTCTCCTTCCTCCGGGAGGTCAGAAGTCCACAGGGTGAGATTGTCT
CTAAGAAGCTGCATGATAAGAGTGCTGTCCTTGTATGGCTCCTCGTTGAGGCTGTCAAGT
TCAGCGATTGCATCGTCAAATGCTTGCTTAGCCAATTGGCATGCGCTTTCAGGAGAGTTT
AAGATCTCGTAGTAGAAAACAGAAAAGTTCAAAGCCAAGCCAAGTCTAACTGGATGTGTG
GGTGCCAAACCAGTGTCTGCAGCAGCAACAGCAGCCTTGTATGCTTCAAGAGACTGATCT
GCAGCTTCCTTGCGTTCAGTACCAGAA

QA 6 572 6 572
DS 

RD RR3D385TF 604 0 0
ACCA
AAAATGCATGGTCTCAATTCAACAACAACAAAGCAAACTAAGTGTATGACATCAAGCATT
CGAAGTTATGCAGTAGTACTATGTTGTAGAACGTCAAATAACTGAAAAACATGATCAAGA
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AAGATCTCGTAGTAGAAAACAGAAAAGTTCAAGGCCAAGCCAAGTCTAACTGGATGTGTG
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GCAACTTCCTTGCGTTCAGTACCAGAACTGAACTCTGCCAGATAGCGATAGTAATCTCCT

QA 5 604 5 604
DS 



AS 1 7

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AATGCCATCCGTCTGGTGAGCTGTTGTTGTTCCTGAACTTTGTCGGTTTTCTTGCAAACA
AAGCCGCTGGATTTTCCCGTTTTACTTCGATCAAGTAGTTTGGGAATCGAGGGTAAAGTG
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TTTTTCAGTATCTGTTCTGTTCTCCTCTTTTTTTTAATCCTTTCC


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3AI89JQ U 1
AF RR3AI89TF C 3
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AF RR3C358TF C 112
AF RR3DX04TF C 239
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RD RR3C358JQ 677 0 0
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QA 1 677 1 677
DS 

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AC
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G
T

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CC

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DS 

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TGTTGTTGTAAATAGGAGGAGTTGGAAGAGGACCATCGATCCAAAAACCATTGTTGTCTT
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CAAAGCCGCTGGATTTTCCCGTTTCACTTCGATCAAGTAGTTTGGGAATCGAGGGTAAAG
TGCAGGTGCTGGTGAGAGTGTTAAGGTCTAGGAAGTGAGCCATTGTAGTTAACAGAGCAA
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QA 1 647 1 647
DS 



AS 3 7

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AGCTCCAAGAACTTCCTCAAAGAGTATCGAAGCGCCAAGGATGTGATGAAAACCCGCTGT
ATTTTGTTTGGGACAAGGGAATCAGCTACACAGTGATCATGCCACGGAACATACTTTTTC
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ATTGATATACTGAGCCAGATTCTTGGAGAGTATTACAAGCGAACCAGTTGCATGACGGAA
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BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3HA22JQ U 1
AF RR3BW14JQ U 1
AF RR3BW14TF C 520
BS 1 129 RR3BW14JQ
BS 130 130 RR3HA22JQ
BS 131 269 RR3BW14JQ
BS 270 270 RR3HA22JQ
BS 271 495 RR3BW14JQ
BS 496 496 RR3HA22JQ
BS 497 760 RR3BW14JQ
BS 761 1252 RR3BW14TF

RD RR3HA22JQ 630 0 0
CGGG
CTAAAGTTATGTTTCAGTACGAATGATGAATGGCGAAAAAGTAACACTTAATTCACAGCT
ATACCATTTCCCCATTCTCTTACTCCAAAGCTCAAGGGGTATGCATTAATCACAAAACTG
TAATGAATGGCCTAATCATACTTTCATTGTACCAAAAGAACTATAAATTTGGCATCAGCT
CCAAGAACTTCCTCAAAGAGTATCTAAGCGCCAAGGATGTGATGAAAACCCGCTGTATTT
TGTTTGGGACAAGGGAATCAGCTACACAGTGATCATGCCACGGAACATACTTTTTCTTGT
ATTGTGCCGCTGCAGCAAAGGCGGTTGTCGTCTATATATGTTGCCTGGACACCAATCATC
CAAGATCCAATGGTGGTATCATCAAACGCATATGTCTTCAACAATCCACTGTTTATATTG
ATATACTGAGCCAGATTCTTGGAGAGTATTACAAGCGAACCAGTTGCATGACGGAAGTAG
GATTTGTCGTCGCCAAATTTCCACCACTCAGGCTCGTACCATTGACTTCCCTCTTGAGTA
ACCACATCTCC*AGACTTCATGCACCCAATGTAAGCACCATCTTGACCACGTCGGCTTTC
AAGTAGCCCAATCAACCCCTCAAGAT

QA 5 630 5 630
DS 

RD RR3BW14JQ 760 0 0
CCGGCTAAAGTTATGTTTCAGTACGAATGATAAATGGCGAAAAAGTAACACTTAATTCAC
AGCTATACCATTTCCCCATTCTCTTACTCCAAAACTCAAGGGGTATGCACTAATCACAAA
ACTGTAATGGATGGCCTAATCATACTTTCATTGTACCAAAAGAACTATAAATTTGGCATC
AGCTCCAAGAACTTCCTCAAAGAGTATCGAAGCGCCAAGGATGTGATGAAAACCCGCTGT
ATTTTGTTTGGGACAAGGGAATCAGCTACGCAGTGATCATGCCACGGAACATACTTTTTC
TTGTATTGTGCCGCTGCAGCAAAGGCGGTTGTCGTCTATATATGTTGCCTGGACACCAAT
CATCCAAGATCCAATGGTGGTATCATCAAACGCATATGTCTTCAACAATCCACTGTTTAT
ATTGATATACTGAGCCAGATTCTTGGAGAGTATTACAAGCGAACCAGTTGCATGACGGAA
GTACGATTTGTCGTCTCCAAACTTCCACCACTCAGGCTCGTACCATTGACTTCCCTCTTG
AGTAACCACATCTCC*AGACTTCATGCACCCAATGTAAGCACTATCTTGACCACGTCGGC
TTTCAAGTAGCCCAATCAACCCCTCAAGATCTAGGTCAACGTTGTCATCAACTTTGACAT
AAAACTCTGCATCCCAGTTCTGAACAGCTGCACTGTAGAAAAATTTCACTTTCTTAGGTA
ACTCTTCTTGGGCTTCCTCGTGATTCTCAAGAATCAAAAA

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3BW14TF 733 0 0
TCGTACCATGAC
TCCCTCTTGAGTAACCACATCTCCCAGACTTCATGCACCCAATGTAAGCACTATCTTGAC
CACGTCGGCTTTCAAGTAGCCCAATCAACCCCTCAAGATCTAGGTCAACGTTGTCATCAA
CTTTGACATAAAACTCTGCATCCCAGTTCTGAACAGCTGCACTGTAGAAAAATTTCACTT
TCTTAGGTAACTCTTCTTGGGCTTCCTCGTGATTCTCAAGAATCAAAAAGTCTTTAGTTG
CAAGATTTTCTTGGTCAATTTTCCGGTCTAAACTATCACCTCGGTTAGCACTCCGACCAA
TCACAAAGCGTATGACAACTCCTCTTTCCTCAAGCTTTTTCAAAGCGTCATCTCGTGGCA
TCCAAGAACCTCTAAACTTATTGCGCTTCAAGTGGCTCCCGAAGCCTGTGTAGACTCCAA
TCACAGCAAGCAACTTCTTCCCTGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGACTCTTCTGGTTTTTAA
GATAGCCTTCACTCTTCGCCTGTGCCAACTCCATTTCAGTTTCGACGATTCTCCTCTCAA
GATCTTTGCATCCAAGAACCATCAGCTTGTCATCAACCGTAAGAGCCTTAGGCCTCAGTT
CATAATTTTTCTTAAGCACAGTGTTGAGTGCGACTCTGTGCTGCGAATCTTGCCATAACC
GGCCAGCGACGTAGAGCCAAGCTAGACAGGAGAAGAAGGCCATGATAAGAGAAGGCTTGG
C

QA 13 733 13 733
DS 



CO CL743Contig2 694 2 4 U
CGGTCTAAAGTTATGTTTCAGTACGAATGATAAATGGCGAAAAAGTAATACTTAATTCAC
AGCTATACCATCTCCCCATTCTCTTAATCCAAAGCTCAAGGGGTATGCACCAATCACAAA
ACTGTAATGAATGGCCTAATCATACTTTCATTGTACCAAAAGAACTATAAATTTGGCATC
AGCTCCAAGAACTTCCTCTCAAAGAGTATCGAAGCGCAAGGATGTGAAGAAAACGAGCTG
TATTTTGTTTGGGACAAGGGAATCAGCTACGCAGTGATCATGCCATGGAACATACTTTTT
CTTGTATTGTGCCGCTGCTGCAAAGGCGGTTGTCGTCTATATATGTTGCCTGGACACCAA
TCATCCAAGATCCAATGGTGGTATCATCAAACGCATATGTCTTCAACAATCCACTGTTTA
TATTGATATACTGAGCCAGATTCTTGGAGAGTATTACAAACGAACCAGTTGCATGACGGA
AGTACGATTTGTCGTCCCCAAATTTCCACCACTCAGGCTCGTACCATTGACTTCCCTCTT
GAGTAACCACATCTCCAGACTTCATGCACCCAATGTAAGCACCATCTTGACCACGTCGGC
TTTCAAGTAGCCCAATCAACCCCTCAAGATCTAGGTCAACGTTGTCATCAACTTTGACAT
AAAACTCTGCATCCCAGTTCTGAACAGCAGCACT


BQ
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AF RR3D311JQ U 1
AF RR3G204JQ U 326
BS 1 496 RR3D311JQ
BS 497 497 RR3G204JQ
BS 498 687 RR3D311JQ
BS 688 694 RR3G204JQ

RD RR3D311JQ 687 0 0
CGGTCTAAAGTTATGTTTCAGTACGAATGATAAATGGCGAAAAAGTAATACTTAATTCAC
AGCTATACCATCTCCCCATTCTCTTAATCCAAAGCTCAAGGGGTATGCACCAATCACAAA
ACTGTAATGAATGGCCTAATCATACTTTCATTGTACCAAAAGAACTATAAATTTGGCATC
AGCTCCAAGAACTTCCTCTCAAAGAGTATCGAAGCGCAAGGATGTGAAGAAAACGAGCTG
TATTTTGTTTGGGACAAGGGAATCAGCTACGCAGTGATCATGCCATGGAACATACTTTTT
CTTGTATTGTGCCGCTGCTGCAAAGGCGGTTGTCGTCTATATATGTTGCCTGGACACCAA
TCATCCAAGATCCAATGGTGGTATCATCAAACGCATATGTCTTCAACAATCCACTGTTTA
TATTGATATACTGAGCCAGATTCTTGGAGAGTATTACAAACGAACCAGTTGCATGACGGA
AGTACGATTTGTCGTCTCCAAATTTCCACCACTCAGGCTCGTACCATTGACTTCCCTCTT
GAGTAACCACATCTCCAGACTTCATGCACCCAATGTAAGCACCATCTTGACCACGTCGGC
TTTCAAGTAGCCCAATCAACCCCTCAAGATCTAGGTCAACGTTGTCATCAACTTTGACAT
AAAACTCTGCATCCCAGTTCTGAACAG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3G204JQ 369 0 0
GCGGTTGTCGTCTATATATGTTGCCTGGACACCAATCATCCAAGATCCAATGGTGGTATC
ATCAAACGCATATGTCTTCAACAATCCACTGTTTATATTGATATACTGAGCCAGATTCTT
GGAGAGTATTACAAGCGAACCAGTTGCATGACGGAAGTAGGATTTGTCGTCCCCAAATTT
CCACCACTCAGGCTCGTACCATTGACTTCCCTCTTGAGTAACCACATCTCCAGACTTCAT
GCACCCAATGTAAGCACCATCTTGACCACGTCGGCTTTCAAGTAGCCCAATCAACCCCTC
AAGATCTAG*TCAACGTTGTCATCAACTTTGACATAAAACTCTGCATCCCAGTTCTGAAC
AGCAGCACT

QA 1 369 1 369
DS 



CO CL743Contig3 786 2 8 U
GGAACTGAAAACGGAATCATGTCGGGATAAACCAATCTCCGACGACCACAAGAGAAACGG
TTCCTCTTCACTACAAAAAGAGAAACAAAAAATCAAATTACAAATAAGGAAACATATCAA
ACAAAACTTAATCATCTGTTACTTCTTGTTTGCTTTCCTTCCTCACTTTCTCATTTCTGA
ATCTGAATTGGTCATCTCTCTTGCCTCTGATCTCTCTCTCTCTCTGTCTTGCGGTTGATC
GAGATGGAGAGCTTACCAACGACTGTATCGTCGAAATCAGACAGGAGAGGAAGGTTTTCC
AAGTCTCAGAACAACTCCAAGCCTTCTCTTATCATGACCTTCTTCTCCGGTCTAGCTTGG
CTCTACGTCGCTGGCCGGTTATGGCAAGATTCACAGCACAGAGTCGCACTCAACACTGTG
CTTCAGAAAAATTATGAACTGAGGCCTAAGGCTCTTACGGTTGATGACAAGCTGATGGTT
CTTGGATGCAAAGATCTTGAGAGGAGAATTGTTGAAACCGAAATGGAGTTGGCACAGGCG
AAGAGTCAAGGCTACCTTAAAAACCAGAAAAGTCTTTCTTCTTCTTCAGGGAAGAAGTTG
CTTGCTGTGATTGGAGTCTACACAGGCTTTGGGAGCCACTTGAAGCGCAATAAGTTTAGA
GGTTCTTGGATGCCACGAGATGACGCTTTGAAAAAGCTTGAGGAAAGAGGAGTTGTCATA
CGCTTTGTGATTGGTCGGAGTGCTACCGAGTGACAGTTTAGACCGGAAATGACCAGAAAT
CTGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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G
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QA 2 764 2 764
DS 



AS 1 5

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G********GTTGGAAGTTGGTTC***TCTGCGTTATTTATCTACCACCTAAACTATGTT
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BQ
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AF RR3AD62TF U 1
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GATTTGGGGGTTGGAAGTTGGTTC***TCTGCGTTATTTATCTACCACCTAAACTATGTT
TTTCGATGGATACCATTACCCTGGAACCACCTTTGAGCAGAGCTACCGGTGCTATCCTGC
ATCTTTTATCGACAAGCCTCAAATTGAAAGTGGTGACAAGATTATAATGCCACCATCAGC
TCTTGACCGTCTCGCCTCTTTGCATATTGACTATCCTATGCTGTTTGAGCTTCGTAATGC
TGGAATCGAACGTGTTTCACACTGTGGAGTCCTTGAGTTCATTGCTGAAGAAGGCATGAT
TTACATGCCATATTGGATGATGCAGAGTCTGCTGCTGCAAGAAGGAGACATTGTGAGAGT
TAGAAATGTCACTCTTCCAAAAGGAACCTATGTTAAACTACAGCCGCACACTACGGACTT
CCTGGATATATCTAATCCGAAAGCCATCTTGGAGACTGCTTTGAGGAACTACTCATGCCT
AACCACTGGGGATAGCATTATGGTTCCATACAACAATAAGAAGTACTTTATAGATATA**
GTTGAAACAAAGCCTGCTAACGGAATCAGCATCATAGAAACAGACTGTGAGGTTGATTTT
GCACCTCCCCTTG

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3AD62TF 717 0 0
GGACTTT
GCTTCGGTGTTGAGTTCCATCAATTGTTCTCTCTCTCTCT**TCTCTCTCACAG******
**GTTGGAAGTTGGTTC***TCTGCGTTATTTATCTACCACCTAAACTATGTTTTTCGAT
GGATACCATTACCCTGGAACCACCTTTGAGCAGAGCTACCGGTGCTATCCTGCACCTTTT
ATCGACAAGCCTCAAATTGAAAGTGGTGACAAGATTATAATGCCACCATCAGCTCTTGAC
CGTCTCGCCTCTTTGCATATTGACTATCCTATGCTGTTTGAGCTTCGTAATGCTGGAATC
GAACGTGTTTCACACTGTGGAGTCCTTGAGTTCATTGCTGAAGAAGGCATGATTTACATG
CCATATTGGATGATGCAGAATCTGCTGCTGCAAGAAGGAGACATTGTGAGAGTTAGAAAT
GTCACTCTTCCAAAAGGAACCTATGTTAAACTACAGCCGCACACTACGGACTTCCTGGAT
ATATCTAATCCGAAAGCCATCTTGGAGACTGCTTTGAGGAACTACTCATGCCTAACCACT
GGGGATAGCATTATGGTTCCATACAACAATAAGAAGTACTTTATAGATATA**GTTGAAA
CAAAGCCTGCTAACGGAATCAGCATCATAGAAACAGACTGTGAGGTTGATTTTTCACCTC
CCCTTGATTACAAGGAGCCTGAACGTCCCAAAACAGCACCTGCTGCAGCT

QA 8 717 8 717
DS 

RD RR3G965TF 701 0 0
GG
GAGTTCCATCAATTGTTCTCTCTCTCTCTCTTCTCTCTCACAG********GTTGGAAGT
TGGTTCTTCTCTGCGTTATTTATCTACCACCTAAACTATGTTTTTCGATGGATACCATTA
CCCTGGAACCACCTTTGAGCAGAGTTACCGGTGCTATCCTGCGTCTTTTATCGACAAGCC
TCAAATTGAAAGTGGTGACAAGATTATAATGCCACCATCAGCTCTTGACCGTCTCGCCTC
TTTGCATATTGACTATCCTATGCTGTTTGAGCTTCGTAATGCTGGAATCGAACGTGTTTC
ACACTGTGGAGTCCTTGAGTTCATTGCTGAAGAAGGCGTGATTTACATGCCATATTGGAT
GATGCAGAATCTGCTGCTGCAAGAAGGAGACATTGTGAGAGTTAGAAATGTCACTCTTCC
AAAAGGAACCTATGTTAAACTACAGCCGCACACTACGAACTTCCTGGATATATCTAATCC
GAAAGCCATCTTGGAGACTGCTTTGAGGAACTACTCATGCCTAACCACTGGGGGTAGCAT
CATGGTTCCATACAACAATAAGAAGTACTTTATAGATATA**GTTGAGACAAAGCCTGCT
AATGGAATCAGCATCATAGAAACAGACTGTGAGGTTGATTTTGCACCTCCCCTTGATTAC
AAG*AGCCTGAACGTCCCAAAACAGCACCTGCTGCAGCT

QA 3 701 3 701
DS 

RD RR3AD62JQ 692 0 0
GCTTTGAGGAACTACTCATGCCTAACCACTGGGGATAGCATTATGGTTCCATACAACAAT
AAGAAGTACTTTATAGATATA**GTTGAAACAAAGCCTGCTAACGGAATCAGCATCATAG
AAACAGACTGTGAGGTTGATTTTTCACCTCCCCTTGATTACAAGGAGCCTGAACGTCCCA
AAACAGCACCTGCTGCAGCTAAGGGTCCGGCGAAAGCTGAGAAAGTTGTGCCTGAACCTG
AACCAAAGTTCAACCCTTTCACGGGATTTGGAAGACGGTTAGATGGGAGACCTCTTTCCT
ATGCGCCGCCACCTGCATTTTTTTTTTTTTTTTC***CTTTAGCTCAAAAGATAAACAGC
CTGCTGTTGCTAATGGCAATGGACAGGCATCTGTAGCAAGTAGTAGCTCAGAGAAAGCTG
CTCGACAGGCTCAAGGAAAGCTTGTGTTTGGGGGCAACGCAAACCGTGCCCCAAAAGAAG
CTCCAAAGGTTGGAGCTGGAAAAGAGACAAAACAAGAGGAAGAGGAGAAGAAAGAGGAGC
CAAAGTTCCAAGCTTTCACTGGGAAAAAGTATTCGTTGAGGGGTTGATCAAGCAACTGTT
TTTGCTCAGTTTATTTTATGATGTGTTGTGTACTATATAAGTATTCGTTGTGCTTCGAAT
CAAACAAGGAAAAACAAATAATTTAATAAAGC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3CF52JQ 674 0 0
CTGGGGATAGCATTATGGTTCCATACAACA*TAAGAAGTACTTTATATATATATAGTTGA
AACAAAGCCTACTAACGGAATCAGCATCATAGAAACAGACTGTGAGGTTGATTTTGCACC
TCCCCTTGATTACAAGGAGCCTGAACGTCCCAAAACAGCACCTGCTGCAGCTAAGGGTCC
GGCGAAAGCTGAGGAAGTTGTGCCTGAACCTGAACCAAAGTTCAACCCTTTCACGGGATC
TGGAAGACGGTTAGATGGGAGACCTCTTTCCTATGCGCCGCCACCTGCATCTTCTTCTTC
TTCTTCTTCCTCTAGCTCAAAAGATAAACAGCCTGCTGTTGCTAATGGCAATGGACAGGC
GTCTGTAGCAAGTAGTAGCTCAGAGAAAGCTGCTCGACAGGCTCAAGGAAAGCTTGTGTT
TGGGGGCAACGCAAACCGTGCCCCAAAAGAAGCTCCAAAGGTTGGAGCTGGAAAAGAGAC
AAAACAAGAGGAAGAGGAGAAGAAAGAGGAGCCAAAGTTCCAAGCTTTCACTGGGAAAAA
GTATTCGTTGAGGGGTTGATCAAGCAACTGTCTCTGCTCAGTTTATTTTATGATGTGTTG
TGTACTATATAAGTATTCGTTGTGCTTCGAATCAAACAAGGAAAAACAAATAATTTAATA
AAGCTATTGCTTAC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 6

CO CL745Contig1 652 6 3 U
GGACGTACACAACAAAACTCAAAACACACATTATCTTCATTGAGTTCTCTCATATTATAA
TCATCTCGAGAAATATGGCGATTTCAAAAGCCCTTATTGCTTCTCTTCTCATATCACTTA
TTGTTCTCCAACTCGTCCAGGCCGATGTGGAAAACTCAAACAAAAAGAAGGG*TTACGGC
AGTATAATTGATTGTGGAAGTGCTTGTGTAGCAAGGTGCAGGCTCTCAAGTAGACCTAAC
CTTTGCCACAGAGCCTGCGGGACTTGTTGCGCAAGATGCAACTGTGTGCCACCTGGTACA
TATGGAAACTATGACAAGTGTGAGTGCTACGCTACCCTCACCACCCACGGTGGTCGCCGC
AAGTGCCCTTAAGTAAATTTAACACTCTCAAATTGCTGCGGATGTTGAATTTCGATACTA
TGTCGTTTTACTTGTTAGTACTTGTTTGCATATATTTGTATGTGGATCGAATAAGTCATG
AGAACCGTACGGCGTCTTTGTGTGTGGTGCTGTTT**TATTAATTGGTCTATTTGTTGCA
AGTTTTTTGGTTTTTCATTTGTTGCGTGAAATAATCCCCTTGTATTATTTCGTTTTCTAA
ATAAAGTTATGTTGCTTTTATAAATTATTGATTGTATAATATGATTTTCCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GI56JQ C 8
AF RR3GX28TF U 1
AF RR3AP36TF U 5
AF RR3GD37TF U 5
AF RR3GX28JQ C 6
AF RR3GI56TF U 8
BS 1 172 RR3GX28TF
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RD RR3GI56JQ 567 0 0
G
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TACTTGTTAGTATTTGTTTGCATATATTTGTATGTGGATCGAATAAGTCATGAGAACCGT
ACGGCGTCTTTGTGTGTGGTGCTGTTTTTTATTAATGGGTCTATTTGTTGCAAGTTTTTT
GGTTTTTCATTTGTTGCGTGAAATAA

QA 2 567 2 567
DS 

RD RR3GX28TF 652 0 0
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TCATCTCGAGAAATATGGCGATTTCAAAAGCCCTTATTGCTTCTCTTCTCATATCACTTA
TTGTTCTCCAACTCGTCCAGGCCGATGTGGAAAACTCAAACAAAAAGAAGGGGTTACGGC
AGTATAATTGATTGTGGAAGTGCTTGTGTAGCAAGGTGCAGGCTCTCAAGTAGACCTAAC
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AAGTGCCCTTAAGTAAATTTAACACTCTCAAATTGCTGCGGATGTTGAATTTCGATACTA
TGTCGTTTTACTTGTTAGTACTTGTTTGCATATATTTGTATGTGGATCGAATAAGTCATG
AGAACCGTACGGCGTCTTTGTGTGTGGTGCTGTTT**TATTAATTGGTCTATTTGTTGCA
AGTTTTTTGGTTTTTCATTTGTTGCGTGAAATAATCCCCTTGTATTATTTCGTTTTCTAA
ATAAAGTTATGTTGCTTTTATAAATTATTGATTGTATAATATGATTTTCCGT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3AP36TF 617 0 0
GG
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T*GGTTTTTCATTTGTTGCGTGAAATAATCCCCTTGTATTATTTCGTTTTCTAAATAAAG
TTATGTTGCTTTTA
T

QA 3 616 3 616
DS 

RD RR3GD37TF 609 0 0
GG
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CGAGAAATATGGCGATTTCAAAAGCCCTTATTGCTTCTCTTCTCATATCACTTATTGTTC
TCCAACTCGTCCAGGCCGATGTGGAAAACTCAAACAAAAAGAAGGG*TTACGGCAGTATA
ATTGATTGTGGAAGTGCTTGTGTAGCAAGGCGCAGGCTCTCAAGTAGACCTAACCTTTGC
CACAGAGCCTGCGGGACTTGTTGCGCAAGATGCAACTGTGTGCCACCTGGTACATATGGA
AACTACGACAAGTGTGAGTGCTACGCTACCCTCACCACCCACGGTGGTCGCCGCAAGTGC
CCTTAAGTAAATTTAACACTCTCAAATTGCTGCGGATGTTGAATTTCGATACTATGTCGT
TTTACTTGTTAGTACTTGTTTGCATATATTTGTATGTGGATCGAATAAGTCATGAGAACC
GTACGGCGTCTTTGTGTGTGGTGCTGTTT**TATTAATTGGTCTATTTGTTGCAAGTTTT
TTGGTTTTTCATTTGTTGCGTGAAATAATCCCCTTGTATTATTTCGTTTTCTAAATAAAG
TTATGTT

QA 3 609 3 609
DS 

RD RR3GX28JQ 647 0 0
T
ACACAACAAAACTCAAAACACACATTATCTTCATTGAGTTCTCTCATATTATAATCATCT
CGAGAAATATGGCGATTTCAAAAGCCCTTATTGCTTCTCTTCTCATATCACTTATTGTTC
TCCAACTCGTCCAGGCCGATGTGGAAAACTCAAACAAAAAGAAGGG*TTACGGCAGTATA
ATTGATTGTGGAAGTGCTTGTGTAGCAAGGTGCAGGCTCTCAAGTAGACCTAACCTTTGC
CACAGAGCCTGCGGGACTTGTTGCGCAAGATGCAACTGTGTGCCACCTGGTACATATGGA
AACTATGACAAGTGTGAGTGCTACGCTACCCTCACCACCCACGGTGGTCGCCGCAAGTGC
CCTTAAGTAAATTTAACACTCTCAAATTGCTGCGGATGTTGAATTTCGATACTATGTCGT
TTTACTTGTTAGTACTTGTTTGCATATATTTGTATGTGGATCGAATAAGTCATGAGAACC
GTACGGCGTCTTTGTGTGTGGTGCTGTTT**TATTAATTGGTCTATTTGTTGCAAGTTTT
TTGGTTTTTCATTTGTTGCGTGAAATAATCCCCTTGTATTATTTCGTTTTCTAAATAAAG
TTATGTTGCTTTTATAAATTATTGATTGTATAATATGATTTTCCGT

QA 2 647 2 647
DS 

RD RR3GI56TF 616 0 0
G
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AGAAATATGGCGATTTCAAAAGCCCTTATTGCTTCTCTTCTCATATCACTTATTGTTCTC
CAACTCGTCCAGGCCGATGTGGAAAATTCAAACAAAAAGAAGGG*TTACGGCAGTAAAAT
TGATTGTGGAAGCGCTTGTGTAGCAAGGTGCAGGCTCTCGAGTAGACCTAACCTTTGCCA
CAGAGCCTGCGGGACTTGTTGCGCAAGATGCAACTGTGTGCCACCTGGTACCTATGGAAA
TTATGACAAGTGTGAGTGCTACGCTACCCTCACCACCCACGGTGGTCGCCGCAAGTGCCC
TTAAGTAAATTTAACACTCTCAAATTGCTGCGGATGTTGAATTTCGATACTATGTCGTTT
TACTTGTTAGTATTTGTTTGCATATATTTGTATGTGGATCGAATAAGTCATGAGAACCGT
ACGGCGTCTTTGTGTGTGGTGCTGTTTTTTATTAATGGGTCTATTTGTTGCAAGTTTTTT
GGTTTTTCATTTGTTGCGTGAAATAATCCCCTTGTATTATTTCGTTTTCTAAATAAAGTT
ATGTTGCTTTTA
CAA

QA 2 613 2 613
DS 



AS 1 8

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ATGGAACTTTAGGTCTCTTTTCTGGATTCTCGTCGATTCGAAGAGAGAACGTCGATCAGT
TATCTTTTCTGGTTTCCCGGAAAATTTTGTCGCCAATCGTCTCCTCCGTCGTCTTGCTTT
GCTTGATCAACCATGAATATCTTCAGATTCGCTGGCGATATGACTCACTTGATCAGTATC
TTAGTCCTTCTTCTCAAAATCTACGCCACCAAATCTTGCGCTGGAATCTCTCTCAAGACT
CAGGAGCTATACGCGCTTGTGTTCTTGACTCGTTACATGGATCTCGTCACGGACTATGTG
TCTCTCTACAACACCGTGATGAAGATCGTCTTCATTGTTAGCTCTTTGGCTATCGTTTGG
TGTATGCGTAGGCATGCGTTGGTGAGGAGGTCGTACGATAAGGATCTTGACACGTTTCGT
CATCAATACGTTGTGTTGGCATGCTTTGTTTTGGCACTTGTTCTGAATGAGAAATTCACA
TTTCAAGAGGTGTTCTGGGCCTTTTCTATATACTTGGAGGCAGTTGCTATCCTTCCCCAG
TTGGTTCTGTTACAGAGAAGTGGGAATGTGGACAATTTGACTGGACAATATGTTCTCTTT
CTTGGGGCGTATCGTGGACTATATATCATCAACTGGATCTATCGCTATTTCACAGAAGAT
CATTTCACTAGATGGATCGCTTGTGTCTCCGGTCTTGTCCAAACAGCTCTCTATGCGGAT
TTCTTCTACTACTACTACTTAAGCTGGAAAACCAACACCAAGCTTAAGCTTCCGGCTTGA
GCAGAACCAAGACAAATTTTGCAACAGTGTCAAAGTTCAGGAAGTTACAACGATGGGGGC
ACTAGAAAAACGAAAAAAAAAA*CATGGTTACGATCTAACAACGAGTTGAGTGATGCAGG
ATTGTTGTTTAAGATGTGCTTTTAGCCTTTCAGTGAACATTGTAAGTTTGTAACTCTCAC
GTTGAGGTTGAAATCAAAACTCAAGTCTTTTTGGGGGAAACAAAAAATCTGAAGAGCCAA
AACACTGTTTTTCTTTTGTAGTCTTTGTTCAAAACTGTAGCTCAGATTAGAAGAGTAAAG
TACAACAACAATGTCTTTGGAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
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45 45 30 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DB41TF U 1
AF RR3C714TF U 16
AF RR3CH01TF U 39
AF RR3A591TF U 58
AF RR3A591JQ C 390
AF RR3C714JQ C 578
AF RR3DB41JQ C 664
AF RR3CH01JQ C 403
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BS 718 727 RR3DB41TF
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BS 802 826 RR3A591TF
BS 827 932 RR3A591JQ
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BS 1058 1164 RR3CH01JQ

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TTAGTCCTTCTTCTCAAAATCTACGCCACCAAATCTTGCGCTGGAATCTCTCTCAAGACT
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TGTATGCGTAGGCATGCGTTGGTGAGGAGGTCGTACGATAAGGATCTTGACACGTTTCGT
CATCAATACGTTGTGTTGGCATGCTTTGTTTTGGCACTTGTTCTGAATGAGAAATTCACA
TTTCAAGAGGTGTTCTGGGCCTTTTCTATATACTTGGAGGCAGTTGCTATCCTTCCCCAG
TTGGTTCTGTTACAGAGAAGTGGGAATGTGGACAATTTGACTGGACAATATGTTCTCTTT
CTTGGGGCGTATCGTGGACTATATATCATCAACTGGATCTATCGCTATTTCACAGA*GAT
CATTTCA

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DS 

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CTTCAGATTCGCTGGCGATATGACTCACTTGATCAGTATCTTAGTCCTTCTTCTCAAAAT
CTACGCCACCAAATCTTGCGCTGGAATCTCTCTCAAGACTCAGGAGCTATACGCGCTTGT
GTTCTTGACTCGTTACATGGATCTCGTCACGGACTATGTGTCTCTCTACAACACCGTGAT
GAAGATCGTCTTCATTGTTAGCTCTTTGGCTATCGTTTGGTGTATGCGTAGGCATGCGTT
GGTGAGGAGGTCGTACGATAAGGATCTTGACACGTTTCGTCATCAATACGTTGTGTTGGC
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TGTGAATGTGGACAATTTGACTGGACAATATGTTCTCTTTCTTGGGGCGTATCGTGGACT
ATATATCATCAACTGGATCTATCGCTATTTCACAGAAGATCATTTCACTAGATGGATCGC
TTGTGTCTCCGGTCTTGTCCAAACAGCTCTCTATGCGGATTTCTTCTACTACTACTACT

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TGACTCACTTGATCAGTATCTC**TTCTTCTTCTCAAAATCTACGCCACCAAATCTTGCG
CTGGAATCTCTCTCAAGACTCAGGAGCTATACGCGCTTGTGTTCTTGACTCGTTACATGG
ATCTCGTCACGGACTATGTGTCTCTCTACAACACCGTGATGAAGATCGTCTTCATTGTTA
GCTCTTTGGCTATCGTTTGGTGTATGCGTAGGCATGCGTTGGTGAGGAGGTCGTACGATA
AGGATCTTGACACGTTTCGTCATCAATACGTTGTGTTGGCATGCTTTGTTTTGGCACTTG
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CTGGACAATATGTTCTCTTTCTTGGGGCGTATCGTGGACTATATATCATCAACTGGATCT
ATCGCTATTTCACAGAAGATCATTTCACTAGATGGATCGCTTGTGTCTCCG*TCTTGTCC
AAACAGCTCTCTATGCGGATTTCTTCTACTACTACTACTTA

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DS 

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GG
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TTATCTTTTCTGGTTTCCCGGAAAATTTTGTCGCCAATCGTCTCCTCCGTCGTCTTGCTT
TGCTTGATCAACCATGAATATCTTCAGATTCGCTGGCGATATGACTCACTTGATCAGTAT
CTTAGTCCTTCTTCTCAAAATCTACGCCACCAAATCTTGCGCTGGAATCTCTCTCAAGAC
TCAGGAGCTATACGCGCTTGTGTTCTTGACTCGTTACATGGATCTCGTCACGGACTATGT
GTCTCTCTACAACACCGTGATGAAGATCGTCTTCATTGTTAGCTCTTTGGCTATCGTTTG
GTGTATGCGTAGGCATGCGTTGGTGAGGAGGTCGTACGATAAGGATCTTGACACGTTTCG
TCATCAATACGTTGTGTTGGCATGCTTTGTTTTGGCACTTGTTCTGAATGAGAAATTCAC
ATTTCAAGAGGTGTTCTGGGCCTTTTCTATATACTTGGAGGCAGTTGCTATCCTTCCCCA
GTTGGTTCTGTTACAGAGAAGTGGGAATGTGGACAATTTGACTGGACAATATGTTCTCTT
TCTTGGGGCGTATCGTGGACTATATATCATCAACTGGATCTATCGCTATTTCACAGAAGA
TCATTTCACTAGATGGATCGCTTGTGTCTCCGGTCTTGTCCAAACAGCTCTCTATGCGGA
TTTCTTCTACTACTACTACTTAAGCTGGAAAACCAACACCAAGCTTA

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TTTGGCACTTGTTCTGAATGAGAAATTCACATTTCAAGAGGTGTTCTGGGCCTTTTCTAT
ATACTTGGAGGCAGTTGCTACCCTTCCCCAGTTGGTTCTGTTACAGAGAAGTGGGAATGT
GGACAATTTGACTGGACAATATGTTTTCTTTCTTGGGGCGTATCGTGGACTATATATCAT
CAACTGGATCTATCGCTATTTCACAGAAGATCATTTCACTAGATGGATCGCTTGTGTCTC
CGGTCTTGTCCAAACAGCTCTCTATGCGGATTTCTTCTACTACTACTACTTAAGCTGGAA
AACCAACACCAAGCTTAAGCTTCCGGCTTGAGCAGAACCAAGACAAATTTTGCAACAGTG
TCAAAGTTCAGGAAGTTACAACGATGGGGGCACTAGAAAAACGAAAAAAAAAA*CATGGT
TACTATCTAACAACGAGTTGAGTGATGCAGGATTGTTGTTTAAGATGTGCTTTTAGCCTT
TCAGTGAACATTGTAAGTTTGTAACTCTCACGTTGAGGTTGAAATCAAAACTCAAGTCTT
TTTGGGGG
A

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TGACTGGACAATATGTTCTCTTTCTTGGGGCGTATCGTGGACTATATATCATCAACTGGA
TCTATCGCTATTTCACAGAAGATCATTTCACTAGATGGATCGCTTGTGTCTCCGGTCTTG
TCCAAACAGCTCTCTATGCGGATTTCTTCTACTACTACTACTTAAGCTGGAAAACCAACA
CCAAGCTTAAGCTTCCGGCTTGAGCAGAACCAAGACAAATTTTGCAACAGTGTCAAAGTT
CAGGAAGTTACAACGATGGGGGCACTAGAAAAACGAAAAAAAAAA*CATGGTTACGATCT
AACAACGAGTTGAGTGATGCAGGATTGTTGTTTAAGATGTGCTTTTAGCCTTTCAGTGAA
CATTGTAAGTTTGTAACTCTCACGTTGAGGTTGAAATCAAAACTCAAGTCTTTTTGGGGG

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TTTTACTACTACTACTTAAGCTGGAAAACCAACACCAAGCTTAAGCTTCCGGCTTGAGCA
GAACCAAGACAAATTTTGCAACAGTGTCAAAGTTCAGGAAGTTACAACGATGGGGGCACT
AGAAAAACGAAAAAAAAA**CATGGTTACGATCTAACAACGAGTTGAGTGATGCAGGATT
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GTTGCTATCCTTCCCCAGTTGGTTCTGTTACAGAGAAGTGGGAATGTGGACAATTTGACT
GGACAATATGTTTTCTTTCTTGGGGCGTATCGTGGACTATATATCATCAACTGGATCTAT
CGCTATTTCACAGAAGATCATTTCACTAGATGGATCGCTTGTGTCTCCGGTCTTGTCCAA
ACAGCTCTCTATGCGGATTTCTTTTACTACTACTACTTAAGCTGGAAAACCAACACCAAG
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AGTTACAACGATGGGGGCACTAGAAAAACGAAAAAAAAAAACATGGTTACGATCTAACAA
CGAGTTGAGTGATGCAGGATTGTTGTTTAAGATGTGCTTTTAGCCTTTCAGTGAACATTG
TAAGTTTGTAACTCTCACGTTGAGGTTGAAATCAAAACTCAAGTCTTTTTGGGGGAAACA
AAAAATCTGAAGAGCCAAAACACTGTTTTTCTTTTGTAGTCTTTGTTCAAAACTGTAGCT
CAGATTAGAAGAGTAAAGTACAACAACAATGTCTTTGGAGAT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 3 7

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GATTGTTAAAGCAGCAGGACTTGAGATATCTCAACCGGCCTTACATCCAAACTCAACCGA
AGTTCACCATAGAATTACGGTCCGGTCTAGAACAAAAGTATTCCATAGACGAGTGTATGA
TAGTAGAGGCAATATGAAGTGCTCAAATGCTAGTGAAGGGCCTCCATGCACCGGGAATGG
CTCCAGTGTTTTCAAGATCTGCTTGGTTTTGCACTTGGAATCTTATACAAAATGATCTGG
TTCATGGATGGGGAATGGATATGAAACTTGGCTACTGTGCTCAGGGTGACCGTAGTAAGA
AAGTTGGGATTGTGGACAGTGAATATATCTTCCATCAAGGTATTCAAACTCTAGGTGGAA
GTGGTTATCTGACAAGAAGAACTCAGCTGGCAGTGTTGTCAATAGAATGTGGCTCTCCTG
CTTTTGATTCAAGAACAGAGATACGGAGGCAGTCAACGTGGGAGCTTCAAACTTTTAAAG
AACGATGGAACAGAGCGGTTGAGGAAGACAAGAACTGGGTAGACCGGTCTTCATCGACAA
GGAACCGCATTGGTAATAATCGGAGGTTTAAACGGAGTAGTGTGATTTCGAGTTTATTGC
AGCGGCATGCTGAAGAGACTACGAAATAAACACATACAGTGTTAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DP07TF U 1
AF RR3DP07JQ C 38
BS 1 591 RR3DP07TF
BS 592 708 RR3DP07JQ

RD RR3DP07TF 591 0 0
GGTTTTCCTTTGGGACGAAGTTCTTGGAGTTGAGAACTTCAACCCGCAAAAATACTTGAG
GATTGTTAAAGCAGCAGGACTTGAGATATCTCAACCGGCCTTACATCCAAACTCAACCGA
AGTTCACCATAGAATTACGGTCCGGTCTAGAACAAAAGTATTCCATAGACGAGTGTATGA
TAGTAGAGGCAATATGAAGTGCTCAAATGCTAGTGAAGGGCCTCCATGCACCGGGAATGG
CTCCAGTGTTTTCAAGATCTGCTTGGTTTTGCACTTGGAATCTTATACAAAATGATCTGG
TTCATGGATGGGGAATGGATATGAAACTTGGCTACTGTGCTCAGGGTGACCGTAGTAAGA
AAGTTGGGATTGTGGACAGTGAATATATCTTCCATCAAGGTATTCAAACTCTAGGTGGAA
GTGGTTATCTGACAAGAAGAACTCAGCTGGCAGTGTTGTCAATAGAATGTGGCTCTCCTG
CTTTTGATTCAAGAACAGAGATACGGAGGCAGTCAACGTGGGAGCTTCAAACTTTTAAAG
AACGATGGAACAGAGCGGTTGAGGAAGACAAGAACTGGGTAGACCGGTCTT

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3DP07JQ 671 0 0
TTCAACCCGCAAAAATACTTGAGGATTGTTAAAGCAGCAGGACTTGAGATATCTCAACCG
GCCTTACATCCAAACTCAACCGAAGTTCACCATAGAATTACGGTCCGGTCTAGAACAAAA
GTATTCCATAGACGAGTGTATGATAGTAGAGGCAATATGAAGTGCTCAAATGCTAGTGAA
GGGCCTCCATGCACCGGGAATGGCTCCAGTGTTTTCAAGATCTGCTTGGTTTTGCACTTG
GAATCTTATACAAAATGATCTGGTTCATGGATGGGGAATGGATATGAAACTTGGCTACTG
TGCTCAGGGTGACCGTAGTAAGAAAGTTGGGATTGTGGACAGTGAATATATCTTCCATCA
AGGTATTCAAACTCTAGGTGGAAGTGGTTATCTGACAAGAAGAACTCAGCTGGCAGTGTT
GTCAATAGAATGTGGCTCTCCTGCTTTTGATTCAAGAACAGAGATACGGAGGCAGTCAAC
GTGGGAGCTTCAAACTTTTAAAGAACGATGGAACAGAGCGGTTGAGGAAGACAAGAACTG
GGTAGACCGGTCTTCATCGACAAGGAACCGCATTGGTAATAATCGGAGGTTTAAACGGAG
TAGTGTGATTTCGAGTTTATTGCAGCGGCATGCTGAAGAGACTACGAAATAAACACATAC
AGTGTTAGCCC

QA 1 671 1 671
DS 



CO CL747Contig2 754 3 3 U
AACATATATTTAAAACTTCTCTATATATAAACTGATACCATTACAAACTGTATGTGTTTA
TTTAGTAGTCTCTTCACCATGCCTCTGCAGTAAACTCGAAATCACACTACTCCGTTTAAA
CCTCCGGTTATTACCAATACGGTTCCTTGTCGACGAAGACCGGTCGACCCAGTTCTTGTC
TTCCTCAACCGCTCTGTTCCATCGTTCTTTAAAAGTTTGAAGCTCCCATGTTGACTGCCT
CCGTATCTCTGTCCTTGAATCGAAAGCAGGAGAGCCGCGCCTTCTACTGACAACACTGCG
AGCTGAGTTCTTCTTGTCAGGATAACGACTTCCACCTAGAGTTTGAATGCCTTGATGGAA
GATATATTCACTGTCCACAATACCAACTTTCTTGCTACGGTCGCCCTGAGCACAGTAGCC
AAGTTTCATATCCATTCCCCATCCATGAACCAGATCATTTTGTATAAGATTCCAAGTGCA
GAACCAAGCGGATCTTGAAAACACTGGAGCCATTCCTTCAACAAATCCGGTGCACGGAGG
CCCTTCACTAGCATTTGAGCACTTCATATTGCCTCTACTATCATACACCCGTCTATGGAA
TACTTTTGTTCTAGACCGGACCGTAATTCTATGGTGAACTTCGGTTGAGTTTGGATGTAA
GGCCGGTTGAGATATCTCAAGTCCTGCTGCTTTAACTATCCTCAAGTATTTTTGCGGGTT
GAAGTTCTCAACTCCAAGATCTTCGTCCCAAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AI72JQ U 8
AF RR3AI72TF C 169
AF RR3G391JQ U 1
BS 1 261 RR3G391JQ
BS 262 262 RR3AI72JQ
BS 263 754 RR3G391JQ

RD RR3AI72JQ 711 0 0
C
TTTAAAACTTCTCTATATATAAACTGATACCATTACAAACTGTATGTGTTTATTTAGTAG
TCTCTTCACCATGCCTCTGCAGTAAACTCGAAATCACACTACTCCGTTTAAACCTCCGGT
TATTACCAATACGGTTCCTTGTCGACGAAGACCGGTCGACCCAGTTCTTGTCTTCCTCAA
CCGCTCTGTTCCATCGTTCTTTAAAAGTTTGAAGCTCCCATGTTGACTGCCTCCGTATCT
CTGTCCTTGAATCGAAAGCAGGAGAGCCGCGCCTTCTACTGACAACACTGCGAGCTGAGT
TCTTCTTGTCAGGATAACGACTTCCACCTAGAGTTTGAATGCCTTGATGGAAGATATATT
CACTGTCCACAATACCAACTTTCTTGCTACGGTCGCCCTGAGCACAGTAGCCAAGTTTCA
TATCCATTCCCCATCCATGAACCAGATCATTTTGTATAAGATTCCAAGTGCAGAACCAAG
CGGATCTTGAAAACACTGGAGCCATTCCTTCAACAAATCCGGTGCACGGAGGCCCTTCAC
TAGCATTTGAGCACTTCATATTGCCTCTACTATCATACACCCGTCTATGGAATACTTTTG
TTCTAGACCGGACCGTAATTCTATGGTGAACTTCGGTTGAGTTTGGATGTAAGGCCGGTT
GAGATATCTCAAGTCCTGCTGCTTTAACTATCCTCAAGTATTTTTGCGG
C

QA 2 710 2 710
DS 

RD RR3AI72TF 550 0 0
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TGTTGACTGCCTCCGTATCTCTGTCCTTGAATCGAAAGCAGGAGAGCCGCGCCTTCTACT
GACAACACTGCGAGCTGAGTTCTTCTTGTCAGGATAACGACTTCCACCTAGAGTTTGAAT
GCCTTGATGGAAGATATATTCACTGTCCACAATACCAACTTTCTTGCTACGGTCGCCCTG
AGCACAGTAGCCAAGTTTCATATCCATTCCCCATCCATGAACCAGATCATTTTGTATAAG
ATTCCAAGTGCAGAACCAAGCGGATCTTGAAAACACTGGAGCCATTCCTTCAACAAATCC
GGTGCACGGAGGCCCTTCACTAGCATTTGAGCACTTCATATTGCCTCTACTATCATACAC
CCGTCTATGGAATACTTTTGTTCTAGACCGGACCGTAATTCTATGGTGAACTTCGGTTGA
GTTTGGATGTAAGGCCGGTTGAGATATCTCAAGTCCTGCTGCTTTAACTATCCTCAAGTA
TTTTTGCGG
C

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR3G391JQ 754 0 0
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TTTAGTAGTCTCTTCACCATGCCTCTGCAGTAAACTCGAAATCACACTACTCCGTTTAAA
CCTCCGGTTATTACCAATACGGTTCCTTGTCGACGAAGACCGGTCGACCCAGTTCTTGTC
TTCCTCAACCGCTCTGTTCCATCGTTCTTTAAAAGTTTGAAGCTCCCATGTTGACTGCCT
CCGTATCTCTGTCCTTGAATCAAAAGCAGGAGAGCCGCGCCTTCTACTGACAACACTGCG
AGCTGAGTTCTTCTTGTCAGGATAACGACTTCCACCTAGAGTTTGAATGCCTTGATGGAA
GATATATTCACTGTCCACAATACCAACTTTCTTGCTACGGTCGCCCTGAGCACAGTAGCC
AAGTTTCATATCCATTCCCCATCCATGAACCAGATCATTTTGTATAAGATTCCAAGTGCA
GAACCAAGCGGATCTTGAAAACACTGGAGCCATTCCTTCAACAAATCCGGTGCACGGAGG
CCCTTCACTAGCATTTGAGCACTTCATATTGCCTCTACTATCATACACCCGTCTATGGAA
TACTTTTGTTCTAGACCGGACCGTAATTCTATGGTGAACTTCGGTTGAGTTTGGATGTAA
GGCCGGTTGAGATATCTCAAGTCCTGCTGCTTTAACTATCCTCAAGTATTTTTGCGGGTT
GAAGTTCTCAACTCCAAGATCTTCGTCCCAAAGG

QA 1 754 1 754
DS 



CO CL747Contig3 1141 2 12 U
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ATCATGGAAATCACTTGTTGAGAGAAGAAACAACCCTCAAGATGGGGGTAAATCATCGTG
GAAGATGAAACCGGTTATGGCTCTAATGTGTACAGTTCTTTTGATCTTTTGGTATAAGAC
CACAAATTTTCAGTATGAACAGACACAGATAGAAGAAACAGATTATCCTTTTGAGATGGC
AAAGGAATCTGAACCGGTGAGTGAGAAGTTGAAAGGCTTACCTTATGGTATCATACAGTC
CAGATCAGATTTGGAGTTAAAGCCACTCTGGTCTAGTAATACTTTGAGATCAAAGGGAGG
CAGTTGACGAACCGTAACTTATTGGCAATGCCGGTAGGACTTAAGCAAAAGGACAATGTG
GACGCTCTCGTACAGAAGTTTATTCCGGCGAATTTCACTGTGATACTATTTCATTACGAT
GGAAACATGGATCAATGGTGGGATCTGGAATGGAGCTCAAAAGCAATACACATTGTTGCA
CATAACCAAACCAAATGGTGGTTTGCGAAACGGTTTCTCCATCCTGATATCGTCTCAATT
TACGATTATGTTTTCCTTTGGGACGAAGATCTTGGAGTTGAGAACTTCAACCCGCAAAAA
TACTTGAGGATAGTTAAAGCAGCAGGACTTGAGATATCTCAACCGGCCTTACATCCAAAC
TCAACCGAAGTTCACCATAGAATTACGGTCCGGTCTAGAACAAAAGTATTCCATAGACGA
GTGTATGATAGTAGAGGCAATATGAAGTGCTCAAATGCTAGTGAAGGGCCTCCATGCACC
GGATTTGTTGAAGGAATGGCTCCAGTGTTTTCAAGATCTGCTTGGTTTTGCACTTGGAAT
CTTATACAAAATGATCTGGTTCATGGATGGGGAATGGATATGAAACTTGGCTACTGTGCT
CAGGGTGACCGTAGTAAGAAAGTTGGGATTGTGGACAGTGAATATATCTTCCATCAGGGT
ATTCAAACTCTAGGTGGAAGTGGTTATCCTGACAGAGAACTCAGCTGGCAGTGTGTCAAT
AGAGTAAGTTACTTTTACCATTCAACTCTCATTTCTTGACTGTGAACTTCAGTAGTTCAC
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3G391TF U 1
AF RR3GN67TF U 404
BS 1 426 RR3G391TF
BS 427 427 RR3GN67TF
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BS 597 597 RR3GN67TF
BS 598 739 RR3G391TF
BS 740 1141 RR3GN67TF

RD RR3G391TF 739 0 0
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ATCATGGAAATCACTTGTTGAGAGAAGAAACAACCCTCAAGATGGGGGTAAATCATCGTG
GAAGATGAAACCGGTTATGGCTCTAATGTGTACAGTTCTTTTGATCTTTTGGTATAAGAC
CACAAATTTTCAGTATGAACAGACACAGATAGAAGAAACAGATTATCCTTTTGAGATGGC
AAAGGAATCTGAACCGGTGAGTGAGAAGTTGAAAGGCTTACCTTATGGTATCATACAGTC
CAGATCAGATTTGGAGTTAAAGCCACTCTGGTCTAGTAATACTTTGAGATCAAAGGGAGG
CAGTTGACGAACCGTAACTTATTGGCAATGCCGGTAGGACTTAAGCAAAAGGACAATGTG
GACGCTGTTGTACAGAAGTTTATTCCGGCGAATTTCACTGTGATACTATTTCATTACGAT
GG**ACATGGATCAATGGTGGGATCTGGAATGGAGCTCAAAAGCCATACACATTGTTGCA
CATAACCAAACCAAATGGTGGTTTGCGAAACGGTTTCTCCATCCTGATATCGTCTCCATT
TACGATTATGTTTTCCTTTGGGACGAAGATCTTGGAGTTGAGAACTTCAACCCGCAAAAA
TACTTGAGGATAGTTAAAGCAGCAGGACTTGAGATATCTCAACCGGCCTTACATCCAAAC
TCAACCGAAGTTCACCATA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3GN67TF 738 0 0
G
GCAAAAGGACAATGTGGATGCTCTCGTACAGAAGTTTATTCCGGCGAATTTCACTGTGAT
ACTATTTCATTACGATGGAAACATGGATCAATGGTGGGATCTGGAATGGAGCTCTAAAGC
AATACATATTGTTGCACATAACCAAACCAAATGGTGGTTTGCGAAACGGTTTCTCCATCC
TGATATCGTCTCAATTTACGATTATGTTTTCCTTTGGGACGAAGATCTTGGAGTTGAGAA
CTTCAACCCGCAAAAATACTTGAGGATTGTTAAAGCAGCAGGACTTGAGATATCTCAACC
GGCCTTACATCCAAACTCAACCGAAGTTCACCATAGAATTACGGTCCGGTCTAGAACAAA
AGTATTCCATAGACGAGTGTATGATAGTAGAGGCAATATGAAGTGCTCAAATGCTAGTGA
AGGGCCTCCATGCACCGGATTTGTTGAAGGAATGGCTCCAGTGTTTTCAAGATCTGCTTG
GTTTTGCACTTGGAATCTTATACAAAATGATCTGGTTCATGGATGGGGAATGGATATGAA
ACTTGGCTACTGTGCTCAGGGTGACCGTAGTAAGAAAGTTGGGATTGTGGACAGTGAATA
TATCTTCCATCAGGGTATTCAAACTCTAGGTGGAAGTGGTTATCCTGACAGAGAACTCAG
CTGGCAGTGTGTCAATAGAGTAAGTTACTTTTACCATTCAACTCTCATTTCTTGACTGTG
AACTTCAGTAGTTCACA

QA 2 738 2 738
DS 



AS 3 6

CO CL748Contig1 1070 2 2 U
GGGAACAAAAAAATCATAATATCAATTTATTTCCTGTCATCTTGCTTTTGGAATTTTCAT
ACTATACATGGTCATTAGTGGATTAAAGAATCAATTCTTAAAGAAAGAAACTAGTGTGTC
AGTTAGGGGAAAGGTTGTATCTTGATTTTTGGTAATGGCTGAGATTTGAGGAAGAAGAAG
AAGAAGACTTTCATTTGTCCCTTTTTTATTTTGAAATTTGCGGCGGAGATGAGCGCTTCG
AGGTTCATAAAGTGTGTCACAGTCGGCGATGGTGCTGTCGGAAAAACATGTATGCTGATT
TCTTACACCAGCAACACTTTCCCTACGGACTATGTTCCAACTGTTTTCGACAACTTCAGT
GCTAATGTCGTTGTAGATGGGAACACTGTGAATCTTGGATTGTGGGATACAGCCGGTCAA
GAAGACTATAACAGGTTAAGACCATTGAGTTACCGTGGTGCAGATGTCTTCATTCTTGCT
TTCTCTCTTATTAGCAAAGCTAGCTACGAGAACATAGCCAAGAAGTGGATTCCTGAGCTC
AGGCATTATGCCCCTGGAGTTCCTATTATCCTCGTTGGAACAAAACTCGATCTTCGAGAT
GACAAGCAGTTCTTCATAGACCATCCTGGTGCAGTGCCGATTACTACAAACCAGGGAGAA
GAACTAAAGAAACTGATAGGATCTCCGGTTTACATTGAGTGTAGTTCAAAGACTCAGCAG
AACGTTAAAGCAGTCTTTGACGCAGCTATAAAAATGGTGCTTCAGCCACCGAATCAAAAG
AAGAAGAAATTGAATAAGAGTCTTTGTGTTTTATTGTGACCTCATCTTTAAAGAAAAATG
ATCAAGATTTATTGGTAGAGACAAAAAAAAAGAGTCTAGCATCAAATGCAGCCTTGGTGG
GTCATTTGAAGTGAGGCCAAGTGGGATTTTAAGTAAGAGAAAGGGATGAGTTCTTGGTGT
GTTGTTGTTGTACTTCCTCTATTAGACTAGTCTCTTAATGCTTTTTTTTAAGACTGCTGG
AAACCTTTTTGTACTTTTAACAGACGAGTTTTAATTAGTTTTATCATCGT


BQ
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AF RR3B178TF U 1
AF RR3B178JQ C 484
BS 1 749 RR3B178TF
BS 750 1070 RR3B178JQ

RD RR3B178TF 749 0 0
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ACTATACATGGTCATTAGTGGATTAAAGAATCAATTCTTAAAGAAAGAAACTAGTGTGTC
AGTTAGGGGAAAGGTTGTATCTTGATTTTTGGTAATGGCTGAGATTTGAGGAAGAAGAAG
AAGAAGACTTTCATTTGTCCCTTTTTTATTTTGAAATTTGCGGCGGAGATGAGCGCTTCG
AGGTTCATAAAGTGTGTCACAGTCGGCGATGGTGCTGTCGGAAAAACATGTATGCTGATT
TCTTACACCAGCAACACTTTCCCTACGGACTATGTTCCAACTGTTTTCGACAACTTCAGT
GCTAATGTCGTTGTAGATGGGAACACTGTGAATCTTGGATTGTGGGATACAGCCGGTCAA
GAAGACTATAACAGGTTAAGACCATTGAGTTACCGTGGTGCAGATGTCTTCATTCTTGCT
TTCTCTCTTATTAGCAAAGCTAGCTACGAGAACATAGCCAAGAAGTGGATTCCTGAGCTC
AGGCATTATGCCCCTGGAGTTCCTATTATCCTCGTTGGAACAAAACTCGATCTTCGAGAT
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GAACTAAAGAAACTGATAGGATCTCCGGTTTACATTGAGTGTAGTTCAAAGACTCAGCAG
AACGTTAAAGCAGTCTTTGACGCAGCTAT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3B178JQ 587 0 0
T
CTCTTATTAGCAAAGCTAGCTACGAGAACATAGCCAAGAAGTGGATTCCTGAGCTCAGGC
ATTATGCCCCTGGAGTTCCTATTATCCTCGTTGGAACAAAACTCGATTTTCGAGATGACA
AGCAGTTTTTCATAGACCATCCTGGTGCAGTGCCGATTACTACAAACCAGGGAGAAGAAC
TAAAGAAACTGATAGGATTTCCGGTTTACATTGAGTGTAGTTCAAAGACTCAGCAGAACG
TTAAAGCAGTTTTTGACGCAGCTATAAAAATGGTGCTTCAGCCACCGAATCAAAAGAAGA
AGAAATTGAATAAGAGTCTTTGTGTTTTATTGTGACCTCATCTTTAAAGAAAAATGATCA
AGATTTATTGGTAGAGACAAAAAAAAAGAGTCTAGCATCAAATGCAGCCTTGGTGGGTCA
TTTGAAGTGAGGCCAAGTGGGATTTTAAGTAAGAGAAAGGGATGAGTTCTTGGTGTGTTG
TTGTTGTACTTCCTCTATTAGACTAGTCTCTTAATGCTTTTTTTTAAGACTGCTGGAAAC
CTTTTTGTACTTTTAACAGACGAGTTTTAATTAGTTTTATCATCGT

QA 2 587 2 587
DS 



CO CL748Contig2 819 2 3 U
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TTAGCAAAGCTAGCTACGAGAACATAGCCAAGAAGTGGATTCCTGAGCTCAGGCATTATG
CCCCTGGAGTTCCTATTATCCTCGTTGGAACAAAACTCGATCTTCGAGATGACAAGCAGT
TCTTCGTAGACCATCCTGGTGCAGTGCCGATTACTACAAACCAGGTAGGTAACCCCAATT
ATTCTTTTCAGACACAACCAGATGAGATGTGTCGTCTTAATTGTTTTGTATGCAGGGAGA
AGAACTAAAGAAACTGATAGGATCTCCGGTTTACATTGAGTGTAGTTCAAAGACTCAGCA
GGTGGATCTCAGATGTCTGTTCGTTTATGTTTTTTTTTTGTATGTATATAACATACTGAT
AATGTTTTTTGAGTATTGGGGTTATGCAGAACGTTAAAGCAGTCTTTGACGCAGCTATAA
AAATGGTGCTTCAGCCACCGAATCAAAAGAAGAAGAAATTGAATAAGAGTCTTTGTGTTT
TATTGTGACCTCATCTTTTAAAGAAAAATGATCAAGATTTATTGGTAGAGACAAAAAGAA
AAGAGAGTCTAGCATCAAATGCAGCCTTGGTGGTCATTTGAAGTGAGGCCAAGGGGATTT
CTAAGTAAGAGAAACAGATGAGTTCTTGGTGTGTTGTTGTTCTTGTACTTTTGCTATGTA
GACTAATCTCTTAATGCTTTTTTTTTCTAAGGCTGCTGGAAACCGTTTTGTACTTTTAAC
AGAAGAGTTTTAGTTAATTTTATCATCGTAATTCTTCTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B515TF U 1
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G
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DS 

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ATTCTTTTCAGACACAACCAGATGAGATGTGTCGTCTTAATTGTTTTGTATGCAGGGAGA
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GGTGGATCTCAGATGTCTGTTCGTTTATGTTTTTTTTTTGTATGTATATAACATACTGAT
AATGTTTTTTGAGTATTGGGGTTATGCAGAACGTTAAAGCAGTCTTTGACGCAGCTATAA
AAATGGTGCTTCAGCCACCGAATCAAAAGAAGAAGAAATTGAATAAGAGTCTTTGTGTTT
TATTGTGACCTCATCTTTTAAAGAAAAATGATCAAGATTTATTGGTAGAGACAAAAAGAA
AAGAGAGTCTAGCATCAAATGCAGCCTTGGTGGTCATTTGAAGTGAGGCCAAGGGGATTT
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DS 



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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3F788JQ U 1
AF RR3DL18JQ U 50
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GCCTTATAACAACAACTAGACAGTTTGATGCTCTGAATCTTTTTTTCTCTTCTCTTCAGC
TTCGCTTGTCACCTACCAAACTTTTTCTTGTTTTTTTTTT*AAAGGTGAAATCACAAAAA
AGCGCAACGATTCTTGTTCTTTTTCTTCTTCTTTGACTTGGGGGGCTGAAGCACCACTTT
TATAGCTGCGTCAAAAACTGCTTTCACGTTCTGCTGCGTCTTTGAACTACATTCAATGTA
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ACCGGGATGGTCTATGAA
AAA

QA 1 498 1 498
DS 

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QA 1 452 1 452
DS 



AS 1 7

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ATCTCTTCTTTTAGTTTTTGGTCTTTTGTCATGATCTGAAATACGGTAGATCTTTGTTGA
TAAATCAAATCATATATGCCGA


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EL69TF U 1
AF RR3FE48TF U 1
AF RR3CK39TF U 1
AF RR3CK39JQ C 119
AF RR3H421JQ C 486
AF RR3FE48JQ C 1
AF RR3H421TF U 103
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BS 41 41 RR3EL69TF
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TAT

QA 1 543 1 543
DS 

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TATACAAAAAAGGTTCTGGTTCCGAGTCGAGCTCTTGACTAAATTAAA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3CK39TF 647 0 0
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AGCTACATCACACTGACAAGTTCGATGGTGTGCCATACGGGTTGTTTCTTGGACCGAAGG
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TATACAAAAAAGGTTCTGGTTCCGAGTCGAGCTCTTGACTAAATTAAAAACAAATTATTA
ATCTCTTCTTTTAGTTTTTGGTCTTTTGTCATGATCTGAAATAC
TGT

QA 1 644 1 644
DS 

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TCTGCTCTCTTATGGTTTCTTCAATAAAGGACTCGTCCCTGGTCTCTGCTTTGGCGCCGG
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GCGTTTCCCTGTCGGTCCTATCGCTGACGTCCCTTATCTCCGGAAGGTCGCCGCCGCTCA
CCAGCTACATCACACTGACAAGTTCGATGGTGTGCCATACGGGTTGTTTCTTGGACCGAA
GGAATTGGAAGAAGTTGGAGGAGATGAGGAGTTGGAGAAGGAGATTAGTCGGAGAACCAA
ATTATACAAAAAAGGTTCTGGTTCCGAGTCGAGCTCTTGACTAAATTAAAAACAAATTAT
TAATCTCTTCTTTTAGTTTTTGGTCTTTTGTCATGATCTGAAATACGGT

QA 1 529 1 529
DS 

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AAAAAAGGTTCTGGTTCCGAGTCGAGCTCTTGACTAAATTAAAAACAAATTATTAATCTC
TTCTTTTAGTTTTTGGTCTTTTGTCATGATCTGAAATACGGT

QA 1 162 1 162
DS 

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TTTACTACAGATTCTCTTGGCAAATGGAGGGAGGTGTGATCCCAATGTCAGAGATGTTTG
GTACATTTGCTCTCTCTGTTGGTGCTGCTGTGGGGATGGAGTTTTGGGCGAGATGGGCTC
ATAGAGCTCTCTGGCACGCTTCTCTTTGGAACATGCATGAGTCACATCATAAACCAAGAG
AAGGGCCGTTTGAGCTGAACGATGTATTTGCAATTATAAACGCTGTTCCTGCGATCGGTT
TGCTCTCTTATGGTTTCTTCAATAAAGGACTCGTCCCTGGTTTTTGCTTTGGCGCCGGAC
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GTTTCCCTGTCGGTCCTATCGCTGACGTCCCTTATTTCCGGAAGGTCGCCGCCGCTCACC
AGCTACATCACACTGACAAGTTCGATGGTGTGCCATACGGGTTGTTTCTTGGACCGAAGG
AATTGGAAGAAGTTGGAGGAGATGAGGAGTTGGAGAAGGAGATTAGTCGGAGAATCAAAT
TATACAAAAAAGGTTCTGGTTCCGAGTCGAGCTCTTGACTAAATTAAAAACAAATTATTA
ATCTCTTCCTTTAGTTTTTGGTCTTTTGTCATGATCTGAAATACGGTAGATCTTTGTTGA
TAAATCAAATCATATATGCCGA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3H421TF 580 0 0
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CACATCATAAACCAAGAGAAGGGCCGTTTGAGCTGAACGATGTATTTGCAATTATAAACG
CTGTTCCTGCGATCGGTCTGCTCTCTTATGGTTTCTTCAATAAAGGACTCGTCCCTGGTC
TCTGCTTTGGCGCCGGACTAGGAATAACGGTGTTTGGGATCGCCTACATGTTTGTCCACG
ATGGTTTGGTGCACAAGCGTTTCCCTGTCGGTCCTATCGCTGACGTCCCTTATCTCCGGA
AGGTCGCCGCCGCTCACCAGCTACATCACACTGACAAGTTCGATGGTGCGCCATACGGGT
TGTTTCTTGGACCGAAGGAATTGGAAGAAGTTGGAGGAGATGAGGAGTTGGAGAAGGAGA
TTAGTCGGAGAATCAAATTATACAAAAAAGGTTCTGGTTCCGAGTCGAGCTCTTGACTAA
ATTAAAAACAAATTATTAATCTCTTCTTTTAGTTTTTGGTCTTTTGTCATGATCTGAAAT
ACGGTAGATCTTTGTTGATAAATCAAATCATATATGCCGA

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 8

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GGAAACCAAGCCGAATCTAAAAGACAGACAAACTGGAATCATCCTCCCTCGTAACGAAAA
CGCTACCTTCTCTTCTCTTCTCTCTTCCCTTTTTCTTTTTCGGAAGAAAGATCTTCGTCG
TGTTTCCTGGAAATCAATCAATCGTCTTCGTTTAATTGTCTCTGTTATTAATAGAAAGTA
CAATAGA*GAGGGATCAGGGAGATTTTGGGGGCGTTGACACGGGTCAAACTTTTCGCAAG
CTTTTCGATACTTTCTTCGGCAATCAGGAAATGAGGGTCGTTATGCTGGGTCTGGATGCG
GCCGGCAAAACAACTATACTCTACAAGCTCCACATAGGAGAAGTTCTGTCCACTGTTCCC
ACAATCGGTTTCAATGTGGAGAAAGTCCAGTACAAGAATGTGATGTTCACAGTTTGGGAT
GTTGGTGGCCAAGAAAAGCTCAGGCCCTTGTGGAGGCATTACTTCAATAATACCGATGGA
CTTATATACGTGGTAGATTCCTTGGACCGCGAGAGAATTGGTAAAGCTAAGCAAGAGTTT
CAGGAGATCATAAAAGACCCATTCATGCTTAATAGCGTCATTCTAGTGTTTGCAAACAAA
CAAGACATGAGAGGAGCCATGTCTCCCCGAGAAGTATGTGAAGGGCTTGGCTTATTAGAT
CTCAAGAACAGGAAATGGCATATACAAGGCACATGTGCTCTTCAAGGAGATGGCCTCTAT
GAAGGCTTAGACTGGTTATCCTCTACGCTCAAAGAGGTTAGAGCAGCTGGTTTCTCATCC
GCTGGCCCCTTGTTTTAACCTACTTTTGTCCGCATATGACCAAATCAAGCTCATGGTGTC
TCTCAAGTCTCTCCACCATTATATACTTTTGTTCCATAACCAAAGTCTTCTTCTTGGCCT
CTGAAGACTTTTTGTGAAAGCCAATGTTATTATCAAACTATACTCACTGTTTGCATGATA
TGACGCTTGGGCTTCATTGTATACACTGATGAAAAAAA*TGTTTAATATGCAAAATTATC
GTTAATTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ71TF U 58
AF RR3GL24TF U 1
AF RR3AX91TF U 58
AF RR3B972TF U 101
AF RR3AX91JQ C 142
AF RR3CQ71JQ C 248
AF RR3B972JQ C 260
AF RR3GL24JQ C 269
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QA 10 602 10 602
DS 

RD RR3GL24TF 700 0 0
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CAATAGA***GGGATCAGGGAGCTTTTGGGGGCGTTGACATGGGTCAAACTTTTCGCAAG
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CTTATATACGTGGTAGATTCCTTGGACCGCGAGAGAATTGGTAAAGCTAAGCAAGAGTTT
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QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3AX91TF 813 0 0
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GATACTTTCTTCGGCAATCAGGAAATGAGGGTCGTTATGCTGGGTCTGGATGCGGCCGGC
AAAACAACTATACTCTACAAGCTCCACATAGGAGAAGTTCTGTCCACTGTTCCCACAATC
GGTTTCAATGTGGAGAAAGTCCAGTACAAGAATGTGATGTTCACAGTTTGGGATGTTGGT
GGCCAAGAAAAGCTCAGGCCCTTGTGGAGGT*TTACTTCAATAATACCGATGGACTTATA
TACGTGGTAGATTCCTTGGACCGCGAGAGAATTGGTAAAGCTAAGCAAGAGTTTCAGGAG
ATCATAAAAGACCCATTCATGCTTAATAGCGTCATTCTAGTGTTTGCAAACAAACAAGAC
ATGAGAGGAGCCATGTCTCCCCGAGAAGTATGTGAAGGGCTTGGCTTATTAGATCTCAAG
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GTCTCTCCACCATTATATACTTTT

QA 10 813 10 813
DS 

RD RR3B972TF 772 0 0
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TCTGTTATTAATAGAAAGTACAATAGAGGAGGGATCAGGGAGATTTTGGGGGCGTTGACA
TGGGTCAAACTTTTCGCAAGCTTTTCGATACTTTCTTCGGCAATCAGGAAATGAGGGTCG
TTATGCTGGGTCTGGATGCGGCCGGCAAAACAACTATACTCTACAAGCTCCACATAGGAG
AAGTTCTGTCCACTGTTCCCACAATCGGTTTCAATGTGGAGAAAGTCCAGTACAAGAATG
TGATGTTCACAGTTTGGGATGTTGGTGGCCAAGAAAAGCTCAGGCCCTTGTGGAGGCATT
ACTTCAATAATACCGATGGACTTATATACGTGGTAGATTCCTTGGACCGCGAGAGAATTG
GTAAAGCTAAGCAAGAGTTTCAGGAGATCATAAAAGACCCATTCATGCTTAATAGCGTCA
TTCTAGTTTTTGCAAACAAACAAGACATGAGAGGAGCCATGTCTCCCCGAGAAGTATGTG
AAGGGCTTGGCTTATTAGATCTCAAGAACAGGAAATGGCATATACAAGGCACATGTGCTC
TTCAAGGAGATGGTCTCTATGAAGGCTTAGACTGGTTATCCTCTACGCTCAAAGAGGTTA
GAGCAGCTGGTTTCTCATCCGCTGGCCCCTTGTTTTAACCTACTTTTGTCCGCATATGAC
CAAATCAAGCTCATGGTGTCTCTCAAGTCTCTCCACCATTATATACTTTTGT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3AX91JQ 882 0 0
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GATTTTGGGGGCGTTGACACGGGTCAAACTTTTCGCAAGCTTTTCGATACTTTCTTCGGC
AATCAGGAAATGAGGGTCGTTATGCTGGGTCTGGATGCGGCCGGCAAAACAACTATACTC
TACAAGCTCCACATAGGAGAAGTTCTGTCCACTGTTCCCACAATCGGTTTCAATGTGGAG
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AGGCCCTTGTGGAGGT*TTACTTCAATAATACCGATGGACTTATATACGTGGTAGATTCC
TTGGACCGCGAGAGAATTGGTAAAGCTAAGCAAGAGTTTCAGGAGATCATAAAAGACCCA
TTCATGCTTAATAGCGTCATTCTAGTGTTTGCAAACAAACAAGACATGAGAGGAGCCATG
TCTCCCCGAGAAGTATGTGAAGGGCTTGGCTTATTAGATCTCAAGAACAGGAAATGGCAT
ATACAAGGCACATGTGCTCTTCAAGGAGATGGCCTCTATGAAGGCTTAGACTGGTTATCC
TCTACGCTCAAAGAGGTTAGAGCAGCTGGTTTCTCATCCGCTGGCCCCTTGTTTTAACCT
ACTTTTGTCCGCATATGACCAAATCAAGCTCATGGTGTCTCTCAAGTCTCTCCACCATTA
TATACTTTTGTTCCATAACCAAAGTCTTCTTCTTGGCCTCTGAAGACTTTTTGTGAAAGC
CAATGTTATTATCAAACTATACTCACTGTTTGCATGATATGACGCTTGGGCTTCATTGTA
TACACTGATGAAAAAAA*TGTTTAATATGCAAAATTATCG
TT

QA 1 880 1 880
DS 

RD RR3CQ71JQ 775 0 0
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GTTTCAATGTGGAGAAAGTCCAGTACAAGAATGTGATGTTCACAGTTTGGGATGTTGGTG
GCCAAGAAAAGCTCAGGCCCTTGTGGAGGCATTACTTC**TAATACCGATGGACTTATAT
ACGTGGTAGATTCCTTGGACCGTGAGAGAATTGGTAAAGCTAAGCAAGAGTTTCAGGAGA
TCATAAAAGACCCATTCATGCTTAATAGCGTCATTCTAGTGTTTGCAAACAAACAAGACA
TGAGAGGAGCCATGTCTCCCCGAGAAGTATGTGAAGGGCTTGGCTTATTAGATCTCAAGA
ACAGGATATGGCATATACAAGGCACATGTGCTCTTCAAGGAGATGGCCTCTATGAAGGCT
TAGACTGGTTATCCTCTACGCTCAAAGAGGTTAGAGCAGCTGGTTTCTCATCCGCTGGCC
CCTTGTTTTAACCTACTTTTGTCCGCATATGACCAAATCAAGCTCATGGTGTCTCTCAAG
TCTCTCCACCATTATATACTTTTGTTCCATAACCAAAGTCTTCTTCTTGGCCTCTGAAGA
CTTTTTGTAAAAGCCAATGTTATTATCAAACCATACTCACTGTTTGCATGATATGACGCT
TGGGCTTCATTGTATACACTGATGAAAAAAAATGTTTAATATGCAAAATTATCG
C

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3B972JQ 772 0 0
GCAATCAGGAAATGAGGGTCGTTATGCTGGGTCTGGATGCGGCCGGCAAAACAACTATAC
TCTACAAGCTCCACATAGGAGAAGTTCTGTCCACTGTTCCCACAATCGGTTTCAATGTGG
AGAAAGTCCAGTACAAGAATGTGATGTTCACAGTTTGGGATGTTGGTGGCCAAGAAAAGC
TCAGGCCCTTGTGGAGGCATTACTTCAATAATACCGATGGACTTATATACGTGGTAGATT
CCTTGGACCGCGAGAGAATTGGTAAAGCTAAGCAAGAGTTTCAGGAGATCATAAAAGACC
CATTCATGCTTAATAGCGTCATTCTAGTTTTTGCAAACAAACAAGACATGAGAGGAGCCA
TGTCTCCCCGAGAAGTATGTGAAGGGCTTGGCTTATTAGATCTCAAGAACAGGAAATGGC
ATATACAAGGCACATGTGCTCTTCAAGGAGATGGTCTCTATGAAGGCTTAGACTGGTTAT
CCTCTACGCTCAAAGAGGTTAGAGCAGCTGGTTTCTCATCCGCTGGCCCCTTGTTTTAAC
CTACTTTTGTCCGCATATGACCAAATCAAGCTCATGGTGTCTCTCAAGTCTCTCCACCAT
TATATACTTTTGTTCCATAACCAAAGTCTTCTTCTTGGCCTCTGAAGACTTTTTGTGAAA
GCCAATGTTATTATCAAACTATACTCATTGTTTGCATGATATGACGCTTGGGCTTCATTG
TATACACTGATGAAAAAAA*TGTTTAATATGCAAAATTATCGTTAATTGTCC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3GL24JQ 755 0 0
AAATGAGGGTCGTTATGCTGGGTCTGGATGCGGCCGGCAAAACAACTATACTCTACAAGC
TCCACATAGGAGAAGTTCTTTCCACTGTTCCCACAATCGGTTTCAATGTGGAGAAAGTCC
AGTACAAGAATGTGATGTTCACAGTTTGGGATGTTGGTGGCCAAGAAAAGCTCAGGCCCT
TGTGGAGGCATTACTTCAATAATACCGATGGACTTATATACGTGGTAGATTCCTTGGACC
GCGAGAGAATTGGTAAAGCTAAGCAAGAGTTTCAGGAGATCATAAAAGACCCATTCATGC
TTAATAGCGTCATTTTAGTGTTTGCAAACAAACAAGACATGAGAGGAGCCATGTCTCCCT
GAGAAGTATGTGAAGGGCTTGGCTTATTAGATCTCAAGAACAGGAAATGGCATATACAAG
GCACATGTGCTCTTCAAGGAGATGGCCTCTATGAAGGCTTAGACTGGTTATCCTCTACGC
TCAAAGAGGTTAGAGCAGCTGGTTTTTCATCCGCTGGCCCCTTGTTTTAACCTACTTTTG
TCCGCATATGACCAAATCAAGCTCATGGTGTCTCTCAAGTCTCTCCACCATTATATACTT
TTGTTCCATAACCAAAGTTTTTTTCTTGGCCTCTGAAGACTTTTTGTGAAAGCCAATGTT
ATTATCAAACTATACTCACTGTTTGCATGATATGACGCTTGGGCTTCATTGTATACACTG
ATGAAAAAAA*TGTTTAATATGCAAAATTATCG
CG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 3 8

CO CL751Contig1 610 4 1 U
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TGCTTAGAGAGAATCTTCCAACTGTCTCCGGTTGTAGTGATCTCCGGAAGCTTCGAATCG
CAGCCATGGCCGATGAATTTGCGAAGGAAAGCGAGGTTTCCCAAAATCTACGCCGCGGCG
AAGCAGTTGCATTTCAATAAAGACGGGACTGCTATTAAGAAGCTTCAAGCTGGTGACAAC
AAACTTGCGGATCTTGTTGGAGTTACTTTAGCTCCTAAAGGCAGAAACGTTGTTCTTGAA
AGCATATATGGTTCTCCAAGAATTGTTAATGACAGTGTAACATGTGGAATTGCTTAGCTG
CTGTGATTCAAGTTAACTATCTTTCTTTTGCTCATGGTAGGAACGAGAGAAGTGTAAGGT
TTCATTCCAGGGTGTTGGGAGGACTCTAGGTGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGCAA
GGTTTGATTTTGGAGATAACTTGCGGATTTTGAAGGTTTTAGAATTTGATGTGAGCTTAG
CTGTTTTGTTTTGTGAGAAAGGTACCAATAACCCAAGTAATACATAATCCCATTGATGCA
TCTGAATTTG


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3AB43TF U 1
AF RR3BB72JQ C 1
AF RR3BB72TF U 1
AF RR3AB43JQ C 54
BS 1 610 RR3AB43TF

RD RR3AB43TF 610 0 0
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AAACTTGCGGATCTTGTTGGAGTTACTTTAGCTCCTAAAGGCAGAAACGTTGTTCTTGAA
AGCATATATGGTTCTCCAAGAATTGTTAATGACAGTGTAACATGTGGAATTGCTTAGCTG
CTGTGATTCAAGTTAACTATCTTTCTTTTGCTCATGGTAGGAACGAGAGAAGTGTAAGGT
TTCATTCCAGGGTGTTGGGAGGACTCTAGGTGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGCAA
GGTTTGATTTTGGAGATAACTTGCGGATTTTGAAGGTTTTAGAATTTGATGTGAGCTTAG
CTGTTTTGTTTTGTGAGAAAGGTACCAATAACCCAAGTAATACATAATCCCATTGATGCA
TCTGAATTTG

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3BB72JQ 610 0 0
G
CTCTTCCGCGTTCTTGCGCGTCGATGGCCTCACGGAGCTCCGGTTTCTCTGATCGGAGTT
GCTTAGAGAGAATCTTCCAACTGTCTCCGGTTGTAGTGATCTCCGGAAGCTTCGAATCGC
AGCCATGGCCGATGAATTTGCGAAGGAAAGCGAGGTTTCCCAAAATTTACGCCGCGGCGA
AGCAGTTGCATTTCAATAAAGACGGGACTGCTATTAAGAAGCTTCAAGCTGGTGACAACA
AACTTGCGGATCTTGTTGGAGTTACTTTAGCTCCTAAAGGCAGAAACGTTGTTCTTGAAA
GCATATATGGTTCTCCAAGAATTGTTAATGACAGTGTAACATGTGGAATTGCTTAGCTGC
TGTGATTCAAGTTAACTATCTTTCTTTTGCTCATGGTAGGAACGAGAGAAGTGTAAGGTT
TCATTCCAGGGTGTTGGGAGGACTCTAGGTGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGCAAG
GTTTGATTTTGGAGATAACTTGCGGATTTTGAAGGTTTTAGAATTTGATGTGAGCTTAGC
TGTTTTGTTTTGTGAGAAAGGTACCAATAACCCAAGTAATACATAATCCCATTGATGCAT
CTGAATTTG

QA 2 610 2 610
DS 

RD RR3BB72TF 610 0 0
G
CTCTTCCGCGTTCTTGCGCGTCGATGGCCTCACGGAGCTCCGGTTTCTCTGATCGGAGTT
GCTTAGAGAGAATCTTCCAACTGTCTCCGGTTGTAGTGATCTCCGGAAGCTTCGAATCGC
AGCCATGGCCGATGAATTTGCGAAGGAAAGCGAGGTTTCCCAAAATCTACGCCGCGGCGA
AGCAGTTGCATTTCAATAAAGACGGGACTGCTATTAAGAAGCTTCAAGCTGGTGACAACA
AACTTGCGGATCTTGTTGGAGTTACTTTAGCTCCTAAAGGCAGAAACGTTGTTCTTGAAA
GCATATATGGTTCTCCAAGAATTGTTAATGACAGTGTAACATGTGGAATTGCTTAGCTGC
TGTGATTCAAGTTAACTATCTTTCTTTTGCTCATGGTAGGAACGAGAGAAGTGTAAGGTT
TCATTCCAGGGTGTTGGGAGGACTCTAGGTGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGCAAG
GTTTGATTTTGGAGATAACTTGCGGATTTTGAAGGTTTTAGAATTTGATGTGAGCTTAGC
TGTTTTGTTTTGTGAGAAAGGTACCAATAACCCAAGTAATACATAATCCCATTGATGCAT
CTGAATTTG

QA 2 610 2 610
DS 

RD RR3AB43JQ 557 0 0
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CGAATCGCAGCCATGGCCGATGAATTTGCGAAGGAAAGCGAGGTTTCCCAAAATTTACGC
CGCGGCGAAGCAGTTGCATTTCAATAAAGACGGGACTGCTATTAAGAAGCTTCAAGCTGG
TGACAACAAACTTGCGGATCTTGTTGGAGTTACTTTAGCTCCTAAAGGCAGAAACGTTGT
TCTTGAAAGCATATATGGTTCTCCAAGAATTGTTAATGACAGTGTAACATGTGGAATTGC
TTAGCTGCTGTGATTCAAGTTAACTATCTTTCTTTTGCTCATGGTAGGAACGAGAGAAGT
GTAAGGTTTCATTCCAGGGTGTTGGGAGGACTCTAGGTGGTAGCAGCAACGACAGCAGCG
GAAGCAAGGTTTGATTTTGGAGATAACTTGCGGATTTTGAAGGTTTTAGAATTTGATGTG
AGCTTAGCTGTTTTGTTTTGTGAGAAAGGTACCAATAACCCAAGTAATACATAATCCCAT
TGATGCATCTGAATTTG

QA 1 557 1 557
DS 



CO CL751Contig2 651 2 3 U
CGAATTCAGATGCATCAATGGGATTATGTATTACTTGGGTTATTGGTACCTTTCTCACAA
AACAAAACAGCTAAGCTCACATCAAATTCCAAAACCTTCAAAATCCACAAGTTATCTACA
AAATCAAACCTTGCTTCCGCTGCTGTCGTTGCTGCTACCAACTAGAGTCCTCCCAACACC
CTGGAATGAAGCCTTACACTTCTCTCGTTCCTACCATGAGCAAAAGAAAAATAGTTAACT
TGAATCACAGCAGCTAAGCAATTCCACATGTTACACTGTCATTAACAATTCTTGGAAAAC
CATATATGCTTTCAAGAACAACGTTTCTGCCTGTAGGAGCTAAAGTAACTCCAACAAGAT
CCGCAAGTTTGTTGACACCAGCTTGAAGCTTCTTAATAGCAGTCCCGTCTTTATTGAAAT
GCTGCTTCCCCGTGGCGTAAATTTTGGGAAACCTCGCTTTCCTTCGCAAATTCATCGGCC
ATGGCTGCAATTCGAAGCTTCCGGAAATCACTACAACTCGCCGGAGACAGTTGGAAGATT
CTCTCTAAGCAATTCCGATCAGAGAAACCGGAGCTCCGTGAGGCCATCGACGCGCAAGAA
CGCGGAAGAGGAGGAGGAAGAAGCGGAGAGAGAAACAGGAGAGGTTGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AN20JQ U 224
AF RR3AN20TF C 1
BS 1 223 RR3AN20TF
BS 224 513 RR3AN20JQ
BS 514 651 RR3AN20TF

RD RR3AN20JQ 290 0 0
AAGAAAAATAGTTAACTTGAATCACAGCAGCTAAGCAATTCCACATGTTACACTGTCATT
AACAATTCTTGGAAAACCATATATGCTTTCAAGAACAACGTTTCTGCCTGTAGGAGCTAA
AGTAACTCCAACAAGATCCGCAAGTTTGTTGACACCAGCTTGAAGCTTCTTAATAGCAGT
CCCGTCTTTATTGAAATGCTGCTTCCCCGTGGCGTAAATTTTGGGAAACCTCGCTTTCCT
TCGCAAATTCATCGGCCATGGCTGCAATTCGAAGCTTCCGGAAATCACTA

QA 1 290 1 290
DS 

RD RR3AN20TF 651 0 0
CGAATTCAGATGCATCAATGGGATTATGTATTACTTGGGTTATTGGTACCTTTCTCACAA
AACAAAACAGCTAAGCTCACATCAAATTCCAAAACCTTCAAAATCCACAAGTTATCTACA
AAATCAAACCTTGCTTCCGCTGCTGTCGTTGCTGCTACCAACTAGAGTCCTCCCAACACC
CTGGAATGAAGCCTTACACTTCTCTCGTTCCTACCATGAGCAAAAGAAAGATAGTTAACT
TGAATCACAGCAGCTAAGCAATTCCACATGTTACACTGTCATTAACAATTCTTGGAGAAC
CATATATGCTTTCAAGAACAACGTTTCTGCCTGTAGGAGCTAAAGTAACTCCAACAAGAT
CCGCAAGTTTGTTGACACCAGCTTGAAGCTTCTTAATAGCAGTCCCGTCTTTATTGAAAT
GCTGCTTCGCCGTGGCGTAGATTTTGGGAGACCTCGCTTTCCTTCGCAAATTCATCGGCC
ATGGCTGCGATTCGAAGCTTCCGGAGATCACTACAACTCGCCGGAGACAGTTGGAAGATT
CTCTCTAAGCAATTCCGATCAGAGAAACCGGAGCTCCGTGAGGCCATCGACGCGCAAGAA
CGCGGAAGAGGAGGAGGAAGAAGCGGAGAGAGAAACAGGAGAGGTTGGTCC

QA 1 651 1 651
DS 



CO CL751Contig3 891 2 2 U
GGGTGGAACCGATGAGTTTGACACCAACCTCTCTTGTTTCTCTCTCCGCTTCTTCTTCCT
CCTCTTCCGCGTTCTTGCGCGTCGATGGCCTCACGGAGCTCCGGTTTCTCTGATCGGAGT
TGCTTAGAGAGAATCTTCCAACTGTCTCCGGTTGTAGTGATCTCCGGAAGCTTCGAATCG
CAGCCATGGCCGATGAATTTGCGAAGGAAAGCGAGGTTTCCCAAAATCTACGCCGCGGCG
AAGCAGTTGCATTTCAATAAAGACGGGACTGCTATTAAGAAGCTTCAAGCTGGTGTCAAC
AAACTTGCGGATCTTGTTGGAGTTACTTTAGCTCCTAAAGGCAGAAACGTTGTTCTTGAA
AGCATATATGGTTCTCCAAGAATTGTTAATGACAGTGTAACATGTGGAATTGCTTAGCTG
CTGTGATTCAAGTTAACTATCTTTCTTTTGCTCATGGTAGGAACGAGAGAAGTGTAAGGT
TTCATTCCAGGGTGTTGGGAGGACTCTAGGTGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGCAA
GATGTTCAAATTCATCGGCGCAAAAAAGAGTCCTTATCAATGAGCTCGCGGGTAAAAGTT
GGTGTCCCAAAAACTGAGGTTGAAATGATTGTCACGCTCTCAGCCGTTGGTCAGAAGATG
ATTATCCGCTACGAGGTTGACGAATCGCAGATACCAGTGAACCTGTACTTTGACTATTTG
CTCATGGTCCCTTTCCTCGACTTCGTCGTGATAATTATCATGTTGAAAGTGTTGCCGCGG
CAACGTAGGAATCTGACAACATAAGTAAGAAAATCACTCTCTAAAATAAGATATTGGAAC
TCACCAGAGTGGTACTGTGGTGTTTTAATATGGAAAATTGTCAAATTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EA87TF U 1
AF RR3EA87JQ C 250
BS 1 613 RR3EA87TF
BS 614 891 RR3EA87JQ

RD RR3EA87TF 613 0 0
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CCTCTTCCGCGTTCTTGCGCGTCGATGGCCTCACGGAGCTCCGGTTTCTCTGATCGGAGT
TGCTTAGAGAGAATCTTCCAACTGTCTCCGGTTGTAGTGATCTCCGGAAGCTTCGAATCG
CAGCCATGGCCGATGAATTTGCGAAGGAAAGCGAGGTTTCCCAAAATCTACGCCGCGGCG
AAGCAGTTGCATTTCAATAAAGACGGGACTGCTATTAAGAAGCTTCAAGCTGGTGTCAAC
AAACTTGCGGATCTTGTTGGAGTTACTTTAGCTCCTAAAGGCAGAAACGTTGTTCTTGAA
AGCATATATGGTTCTCCAAGAATTGTTAATGACAGTGTAACATGTGGAATTGCTTAGCTG
CTGTGATTCAAGTTAACTATCTTTCTTTTGCTCATGGTAGGAACGAGAGAAGTGTAAGGT
TTCATTCCAGGGTGTTGGGAGGACTCTAGGTGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGCAA
GATGTTCAAATTCATCGGCGCAAAAAAGAGTCCTTATCAATGAGCTCGCGGGTAAAAGTT
GGTGTCCCAAAAA

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3EA87JQ 642 0 0
CATTTCAATAAAGACGGGACTGCTATTAAGAAGCTTCAAGCTGGTGTCAACAAACTTGCG
GATCTTGTTGGAGTTACTTTAGCTCCTAAAGGCAGAAACGTTGTTCTTGAAAGCATATAT
GGTTCTCCAAGAATTGTTAATGACAGTGTAACATGTGGAATTGCTTAGCTGCTGTGATTC
AAGTTAACTATCTTTCTTTTGCTCATGGTAGGAACGAGAGAAGTGTAAGGTTTCATTCCA
GGGTGTTGGGAGGACTCTAGGTGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGCAAGATGTTCAA
ATTCATCGGCGCAAAAAAGAGTCCTTATCAATGAGCTCGCGGGTAAAAGTTGGTGTCCCA
AAAACTGAGGTTGAAATGATTGTCACGCTCTCAGCCGTTGGTCAGAAGATGATTATCCGC
TACGAGGTTGACGAATCGCAGATACCAGTGAACCTGTACTTTGACTATTTGCTCATGGTC
CCTTTCCTCGACTTCGTCGTGATAATTATCATGTTGAAAGTGTTGCCGCGGCAACGTAGG
AATCTGACAACATAAGTAAGAAAATCACTCTCTAAAATAAGATATTGGAACTCACCAGAG
TGGTACTGTGGTGTTTTAATATGGAAAATTGTCAAATTTATC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 2 7

CO CL752Contig1 1021 2 2 U
GGACGAAGCAAAAGAAAACAAAAAAAAGGCGATATGGATTCGTTCTCGTCCTTCTTCGAT
TCACAACCAGGTAGCAGAAGCTGGAGCTATGATTCTCTCAAGAACCTCCATCAGATCTCT
CCCTCCGTCCAGAATCACCTCAAGCGGGTTTATCTCACTCTGTGCTGTGCCCTAGTTGCG
TCTGCCTTTGGAGCTTACCTCCACGTGCTGTGGAACATCGGTGGCATTCTCACAACCATT
GCATGCTGTGGAAGCATGATCTGGCTCCTCTCCTGCCCTCCTCATGAACAACAAAAGAGG
CTCTCGCTTCTGTTTCCGTCTGCCGTTCTTGAAGGTGCTTCTGTTGGCCCCTTGATCAAA
GTGGCTGTTGATTTTGATCCAAGCATCCTTATCACTGCGTTCGTCGGAACTGCGATAGCG
TTTGTCTGTTTCTCAGGAGCGGCGATGCTGGCAAGGCGCAGAGAGTATCTCTACCTCGGA
GGCCTTCTCTCATCTGGCTTGTCTATGCTGATGTGGCTTCAGTTTGCCTCTTCCATCTTT
GGTGGTTCTGCCTCTATCTTTAAGTTCGAGCTCTACTTTGGACTCTTGATCTTTGTGGGG
TACATGGTGGTGGACACACAAGAGATTATAGAGAACGCACATCTAGGGGACATGGACTAT
GTGAAACATGCGTTGACCCTTTTCACCGATTTTGTTGCTGTGTTTGTTCGTATTCTCATC
ATAATGCTGAAGAACTCGGCAGATAAAGAGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGAAACTGA
GAGACTTAAAAATCGAATAAGAGTTGGGGTGTTACAAACACATGTGAAAGCTTTGGTGTT
TTTATGATATGACGTACTTTGGTTTGCGTATTCCTCATATTGCACAAGATTGTAAATGGA
TCAACTAGTTTTCGTTTTCATCTTTACTCTCGTTCACTTAACTAATCTTCAAGGTTTTTC
CTCTACTGTTTAAATCACTTGAAGATGAGGATTAGCAGGGTAATAATGAAGTATTAGAAC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3AJ09TF U 1
AF RR3AJ09JQ C 215
BS 1 729 RR3AJ09TF
BS 730 1021 RR3AJ09JQ

RD RR3AJ09TF 729 0 0
GGACGAAGCAAAAGAAAACAAAAAAAAGGCGATATGGATTCGTTCTCGTCCTTCTTCGAT
TCACAACCAGGTAGCAGAAGCTGGAGCTATGATTCTCTCAAGAACCTCCATCAGATCTCT
CCCTCCGTCCAGAATCACCTCAAGCGGGTTTATCTCACTCTGTGCTGTGCCCTAGTTGCG
TCTGCCTTTGGAGCTTACCTCCACGTGCTGTGGAACATCGGTGGCATTCTCACAACCATT
GCATGCTGTGGAAGCATGATCTGGCTCCTCTCCTGCCCTCCTCATGAACAACAAAAGAGG
CTCTCGCTTCTGTTTCCGTCTGCCGTTCTTGAAGGTGCTTCTGTTGGCCCCTTGATCAAA
GTGGCTGTTGATTTTGATCCAAGCATCCTTATCACTGCGTTCGTCGGAACTGCGATAGCG
TTTGTCTGTTTCTCAGGAGCGGCGATGCTGGCAAGGCGCAGAGAGTATCTCTACCTCGGA
GGCCTTCTCTCATCTGGCTTGTCTATGCTGATGTGGCTTCAGTTTGCCTCTTCCATCTTT
GGTGGTTCTGCCTCTATCTTTAAGTTCGAGCTCTACTTTGGACTCTTGATCTTTGTGGGG
TACATGGTGGTGGACACACAAGAGATTATAGAGAACGCACATCTAGGGGACATGGACTAT
GTGAAACATGCGTTGACCCTTTTCACCGATTTTGTTGCTGTGTTTGTTCGTATTCTCATC
ATAATGCTG

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3AJ09JQ 807 0 0
ACATCGGTGGCATTCTCACAACCATTGCATGCTGTGGAAGCATGATCTGGCTCCTCTCCT
GCCCTCCTCATGAACAACAAAAGAGGCTCTCGCTTCTGTTTCCGTCTGCCGTTCTTGAAG
GTGCTTCTGTTGGCCCCTTGATCAAAGTGGCTGTTGATTTTGATCCAAGCATCCTTATCA
CTGCGTTCGTCGGAACTGCGATAGCGTTTGTCTGTTTCTCAGGAGCGGCGATGCTGGCAA
GGCGCAGAGAGTATCTCTACCTCGGAGGCCTTCTCTCATCTGGCTTGTCTATGCTGATGT
GGCTTCAGTTTGCCTCTTCCATCTTTGGTGGTTCTGCCTCTATCTTTAAGTTCGAGCTCT
ACTTTGGACTCTTGATCTTTGTGGGGTACATGGTGGTGGACACACAAGAGATTATAGAGA
AGGCACATCTAGGGGACATGGACTATGTGAAACATGCGTTGACCCTTTTCACCGATTTTG
TTGCTGTGTTTGTTCGTATTCTCATCATAATGCTGAAGAACTCGGCAGATAAAGAGGAGA
AGAAGAAGAAGAAGAGGAGAAACTGAGAGACTTAAAAATCGAATAAGAGTTGGGGTGTTA
CAAACACATGTGAAAGCTTTGGTGTTTTTATGATATGACGTACTTTGGTTTGCGTATTCC
TCATATTGCACAAGATTGTAAATGGATCAACTAGTTTTCGTTTTCATCTTTACTCTCGTT
CACTTAACTAATCTTCAAGGTTTTTCCTCTACTGTTTAAATCACTTGAAGATGAGGATTA
GCAGGGTAATAATGAAGTATTAGAACC

QA 1 807 1 807
DS 



CO CL752Contig2 1032 5 5 U
AGAGGAAAAACCTTGAACATTAGTTAAGTGAACGAGAGTAAAGATAACAACGAAAACTAG
TTGATCCATTTACAATCTTGTGCAATAAGAGGAATACGCAAACCAAAGTACGTCCTAACA
CGTAATAACACCAAAGATTTAATGTGTTTGTAACACCCCAACTCTTATTAGACTTCCTTG
TCA**CTTTTAAGTCTCTCAGTTTCTCCTCTTCTTCTTCTTCTCCT***CTTTATCTGCC
GAGTTCTTCAGCATTATGATGAGAATACGGACAAACACAGCAACAAAATCGGTGAAGAGG
GTCAACGCATGTTTCACATAGTCCATGTCTCCGAGGTGAGCTTTCTCAATAATCTCTTGG
GTGTCCACCACCATGTATCCCACAAAGATCAAGAGTCCAAAGTATAGCTCGAACTTAAAG
ATAGAGGCAGAGCCACCAAAGATCGAAGAGGCAAACTGAAGCCACATCAGCATAGACAAG
CCAGATGAGAGAAGGCCTCCGAGGTAGAGATACTCTCTGCGCCTTGCCAGCATCGCCGCT
CCTGAGAAACAGACAAACGCTATCGCAGTTCCGACGAACGCAGTGATAAGGATGCTTGGG
TCGAAATCAACAGCCACTTTGATCAAGGGGCCAACAGAAGCACCTTCAAGAACGGCAGAC
AGGAACAGAAGCGAGAGCCTCTTTTGTTGTTCATGAGGAGGGCAGGAGAGGAGCCAGATC
ATGCTTCCACAGCATGCAATGGTTGTGAGAAGACCACCGATGTTCCAGAGCACGTGGAGG
TAAGCTCCAAAGGCAGACGCAACAAGAGCACAGCACAAAGTGAGATAAACCCGCTTGAGG
TGATTCTGGACGGAGGGAGAGATCTGATGGAGGTTCTTGAGAGAATCATAGCTCCAGCTT
CTGCTACCTGGTTGTGAATCGAAGAAGGACGAGAACGAATCCATATCGCCTTTTTTGTTT
TCTTTTGCTTCGTGGGAGAGAGAATCAATTGTAAGCGTCGATATCGTTAACGAAGAGATA
TTATCTGAAAAA


BQ
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AA
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CC

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DS 



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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DZ94JQ U 1
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AF RR3GQ05TF C 178
AF RR3DZ94TF C 572
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AGATTTTTGAGTTTTGTTCTCACACACACAGAAGATACATAAATAAAAACAAAAGACGCA
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ATTCAAGCCTCGAAGGTCATGGATTCTGCTTCTTTCCTTGTGGCATCGAATAGTACGGTC
GACAGGTACCTCTCTCCGAAACTTGGGAACACCGCCACAAAAAGCTTCCCGGCGTTTTCT
GGCCTCTTTGCAAGTTTGATTGCTGCGGCAGCTGCTGCACCTGATGATATTCCCACAAGA
AGACCTTCTTTACGAGCAAGAAGCCTTGCCATATCGATGGATTCATCACTTGAAACTTGA
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TGAATCTTGTGAGGGCCTGGCTTTCCACCGGATAGAATTGCGCTTTCAACTGGCTCCACT
CCATACAGCTTAACGTTGGGGTTCTGTTCCCTGAGATACTTCCCTGCACCTGTTATGGTA
CCACCAGTACCAATCCCAGAGACAAAGCCATCTATTTTTCCACCGGTGCCTTTCCAAATC

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CTGAAAGCTATTCAAGCCTCGAAGGTCATGGATTCTGCTTCTTTCCTTGTGGCATCGAAT
AGTACGGTCGACAGGTACCTCTCTCCGAAACTTGGGAACACCGCCACAAAAAGCTTCCCG
GCGTTTTCTGGCCTCTTTGCAAGTTTGATTGCTGCGGCAGCTGCTGCACCTGATGATATT
CCCACAAAAAGACCTTCTTTACGAGCAAGAAGCCTTGCCATATCGATGGATTCATCACTT
GAAACTTGAACAACTTCATCTATAAAATTAACCTCCAATACACCTGGTATAAAACCAGCA
CCTATCCCTTGAATCTTGTGAGGGCCTGGCTTTCCACCGGATAGAATTGCGCTTTCAACT
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GTTATGGTACCACCAGTACCAATCCCAGAGACAAAGCCATCTATTTTTCCACCGGTGCCT
TTCCAAATCTCAGGTCCAGTTGTCTCATAGTGGATCTTTGGGT

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CA
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TTAAAACAAAAGACGCATTGAAACTGAAGATGAACAATTCTCTTTAGGAAGAAACTGTAA
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TTGCAGCTCTGAGAGCTATTCAAGCCTCGAAGGTCATGGATTCTGCTTCTTTCCTTGTGG
CATCGAATAGTACGGTCGATAGGTACCTCTCTCCGAAACTTGGGAACACCGCCACAAAAA
GCTTCCCGGCGTTTTCTGGCCTCTTTGCAAGTTTGATTGCTGCGGCAGCTGCTGCACCTG
ATGATATTCCCACAAGAAGACCTTCTTTACGAGCAAGAAGCCTTGCCATATCGATGGATT
CATCACTTGAAACTTGAACAACTTCATCTATAAAATTAACCTCCAATACACCTGGTATAA
AACCAGCACCTATCCCTTGAATCTTGTGAGGGCCTGGCTTTCCACCGGATAGAATTGCGC
TTTCAACTGGCTCCACTCCATACAGCTTAACGTTGGGGTTCTGTTCCTTGAGATACTTCC
CTGCACCTGTTATGGTACCACCAGTACCAATCCCAGAGACAAAGCCATCGATTTTTCCAC
CGGTGCCTTTCCAAATCTCAGGTCCAGTTGTCTCATAGTGGATCTTTGGGTTAGCAGGGT
TCTCAAACTGTTGGAGCGTGTAACCATTGGGTGTTTTGGCCAAAATCTC
CT

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DS 

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GCTATTCAAGTCTCGAAGGTCATGGATTCTGCTTCTTTCCTTGTGGCATCGAATAGTACG
GTCGACAGGTACCTCTCTCCGAAACTTGGGAACACCGCCACAAAAAGCTTCCCGGCGTTT
TCTGGCCTCTTTGCAAGTTTGATTGCTGCGGCAGATGCTGCACCTGATGATATTCCCACA
AGAAGACCTTCTTTACGAGCAAGAAGCCTTGCCATATCGATGGATTCATCACTTGAAACT
TGAACAACTTCATCTATAAGATTAACCTCCAATACACCTGGTATAAAACCAGCACCTATC
CCTTGAATCTTGTGAGGGCCTGGCTTTCCACCGGATAGAATTGCGCTTTCAACTGGCTCC
ACTCCATACAGCTTAACGTTGGGGTTCTGTTCCTTGAGATACTTCCCTGCACCTGTTATG
GTGCCACCAGTACCAATCCCAGAGACAAAGCCATCTATTTTTCCACCGGTGCCTTTCCAA
ATCTCAGGTCCAGTTGTCTCATAGTGGATCTTTGGGTTAGCAGGGTTCTCAAACTGTTGG
AGCATGTAACCATTGGGTGTTTTAGCCAAAATCTCTTCAGCCTTTGCGATAGC
C

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DS 

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TGAGATACTTCCCTGCACCTGTTATGGTACCACCAGTACCAATCCCAGAGACAAAGCCAT
CTATTTTTCCACCGGTGCCTTTCCAAATCTCAGGTCCAGTTGTCTCATAGTGGATCTTTG
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CTTCAGCCTTTGCGATAGCGCCTTTCATACCCTTGGCCGGGTCAGTTAAAACCAACTCAA
CACCAAAAGCTAAGAGGATGATTCTTCTCTCAACGCTCATTGAAGCTGGCATGGTAATAA
TAAGCTTGTAGCCCTTGGCAGCCGCCGTGAACGCTAACCCAACTCCAGTGTTTCCACTTG
TTGGCTCAATCAACACACTCTCTCCTGGTTTAATCAGACCCTTTTTCTCTGCATCAGAGA
TCATGCTAAAACCAATCCTGTCTTTAACGCTGGAGCAGGGCTCCATCATCTCAAGCTTAG
CAGCAACACGACCAACACATCCTTCAGCAACACTGTTCAGATACACCAACGGAGTGTTCC
CAATCAATTCGGTCACATCATTAGCAATACGGGAGGCCC

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DS 



AS 2 7

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TGTGGTACTTCTTGAACGTGATTTTCAACATCCTTAACAAGAAGATCTATAATTACTTCC
CCTATCCCTATTTTGTTTCGGCTGTTCACTTGTTCGTTGGTGTTGTCTACTGCTTAATTA
GCTGGTCCGTGGGCCTTCCTAAACGTGCCCCAATTGACTCGAACCTCCTTAAGGTTTTGA
TACCAGTTGCAGTCTGTCACGCCATAGGCCATATCACTAGCAACGTTTCCTTCGCAGCAG
TCGCTGTCTCCTTCACTCACACCATCAAAGCGCTGGAGCCATTCTTCAATGCATCTGCTT
CTCAGTTCCTTCTTGGACAATCAATCCCCATAACACTATGGTTGTCTTTAGCTCCTGTTG
TACTCGGAGTTGCAATGGCTTCTCTAACTGAGTTATCATTCAACTGGCTTGGTTTCATCA
GCGCGATGATATCAAACATCTCTTTCACTTACCGAAGCATCTTCTCCAAGAAAGCCATGA
CTGATATGGACAGTACTAATGTGTACGCTTACATCTCCATCATTGCTCTCATCGTCTGCA
TTCCTCCTGCCATCATCGTTGAAGGGCCTCAGCTGTTGAAACACGGTTTCAGCGACGCGA
TTGCTAAAGTTGGAATGACTAAATTCGTCACTGATCTCTTTTGGGTTGGAATGTTTTACC
ATCTCTACAATCAGTTGGCTACTAATACCTTGGAGAGGGTTGCACCATTGACTCATGCTG
TTGGAAACGTTTTGAAACGTGTGTTTGTGATCGGGTTCTCCATCGTTATCTTCGGAAACA
AGATATCGACGCAGACAGGTATCGGAACTGGAATAGCCATTGCTGGTGTTGCACTCTACT
CTATCATTAAGGCCAAGATCGAAGAAGATAAAAAGAAAGGAAAGACGGCGTAGAGAGCGG
CGGTCAAAGGTTGCATAAACAATTCTTCCGGTGGATAATATATTTATATAATAAAAAGAA
CCAAAATGCAATAGTATGTTGTATGGTACAATCAACCATTGTTTTCGAGTTTCTTTTCTC
TCTTTCTTTTAAATAAAATACTATATTGTTTTTCTCCCTCTTTTGTTTCCAATGGAGAAC
ATTGTTACCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG38TF U 1
AF RR3FF79TF U 58
AF RR3FF79JQ C 526
AF RR3CG38JQ C 419
BS 1 74 RR3CG38TF
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RD RR3CG38TF 621 0 0
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CCTATCCCTATTTTGTTTCGGCTGTTCACTTGTTCGTTGGTGTTGTCTACTGCTTAATTA
GCTGGTCCGTGGGCCTTCCTAAACGTGCCCCAATTGACTCGAACCTCCTTAAGGTTTTGA
TACCAGTTGCAGTCTGTCACGCCATAGGCCATATCACTAGCAACGTTTCCTTCGCAGCAG
TCGCTGTCTCCTTCACTCACACCATCAAAGCGCTGGAGCCATTCTTCAATGCATCTGCTT
CTCAGTTCCTTCTTGGACAATCAATCCCCATAACACTATGGTTGTCTTTAGCTCCTGTTG
TACTCGGAGTTGCAATGGCTTCTCTAACTGAGTTATCATTCAACTGGCTTGGTTTCATCA
GCGCGATGATATCAAACATCTCTTTCACTTACCGAAGCATCTTCTCCAAGAAAGCCATGA
CTGATATGGACAGTACTAATGTGTACGCTTACATCTCCATCATTGCTCTCATCGTCTGCA
TTCCTCCTGCCATCATCGTTG

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3FF79TF 741 0 0
G
CATGTGGTACTTCTTGAACGTGATTTTCAACATCCTTAACAAGAAGATCTATAATTACTT
CCCCTATCCCTATTTTGTTTCGGCTGTTCACTTGTTCGTTGGTGTTGTCTACTGCTTAAT
TAGCTGGTCCGTGGGCCTTCCTAAACGTGCCCCAATTGACTCGAACCTCCTTAAGGTTTT
GATACCAGTTGCAGTCTGTCACGCCATAGGCCATATCACTAGCGACGTTTCCTTCGCAGC
AGTCGCTGTCTCCTTCACTCACACCATCAAAGCGCTGGAGCCATTCTTCAATGCATCTGC
TTCTCAGTTCCTTCTTGGACAATCAATCCCCATAACACTATGGTTGTCTTTAGCTCCTGT
TGTACTCGGAGTTGCAATGGCTTCTCTAACTGAGTTATCATTCAACTGGCTTGGTTTCAT
CAGCGCGATGATATCAAACATCTCTTTCACTTACCGAAGCATCTTCTCCAAGCAAGCCAT
GACTGATATGGACAGTACTAATGTGTACGCTTACATCTCCATCATTGCTCTCATCGTCTG
CATTCCTCCTGCCATCATCGTTGAAGGGCCTCAGCTGTTGAAACACGGTTTCAGCGACGC
GATTGCTAAAGTTGGAATGACTAAATTCGTCACTGATCTCTTTTGGGTTGGAATGTTTTA
CCATCTCTACAATCAGTTGGCTACTAATACCTTGGAGAGGGTTGCACCATTGACTCATGC
TGTTGGAAACGTTTTGAAAC

QA 2 741 2 741
DS 

RD RR3FF79JQ 587 0 0
CCAAGCAAGCCATGACTGATATGGACAGTACTAATGTGTACGCTTACATCTCCATCATTG
CTCTCATCGTCTGCATTCCTCCTGCCATCATCGTTGAAGGGCCTCAGCTGTTGAAACACG
GTTTCAGGGACGCGATTGCTAAAGTTGGAATGACTAAATTCGTCACTGATCTCTTTTGGG
TTGGAATGTTTTACCATCTTTACAATCAGTTGGCTACTAATACCTTGGAGAGGGTTGCAC
CATTGACTCATGCTGTTGGAAACGTTTTGAAACGTGTGTTTGTGATCGGGTTTTCCATCG
TTATTTTCGGAAACAAGATATCGACGCAGACAGGTATCGGAACTGGAATAGCCATTGCTG
GTGTTGCACTTTACTCTATCATTAAGGCCAAGATCGAAGAAGATAAAAAGAAAGGAAAGA
CGGCGTAGAGAGCGGCGGTCAAAGGTTGCATAAACAATTTTTCCGGTGGATAATATATTT
ATATAATAAAAAGAACCAAAATGCAATAGTATGTTGTATGGTACAATCAACCATTGTTTT
CGAGTTTTTTTTCTCTCTTTCTTTTAAATAAAATACTATATTGTTTT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3CG38JQ 734 0 0
TGTACTCGGAGTTGCAATGGCTTCTCTAACTGAGTTATCATTCAACTGGCTTGGTTTCAT
CAGCGCGATGATATCAAACATCTCTTTCACTTACCGAAGCATCTTCTCCAAGAAAGCCAT
GACTGATATGGACAGTACTAATGTGTACGCTTACATCTCCATCATTGCTCTCATCGTCTG
CATTCCTCCTGCCATCATCGTTGAAGGGCCTCAGCTGTTGAAACACGGTTTCAGCGACGC
GATTGCTAAAGTTGGAATGACTAAATTCGTCTCTGATCTCTTTTGGGTTGGAATGTTTTA
CCATCTCTACAATCAGTTGGCTACTAATACCTTGGAGAGGGTTGCACCATTGACTCATGC
TGTTGGAAACGTTTTGAAACGTGTGTTTGTGATCGGGTTCTCCATCGTTATCTTCGGAAA
CAAGATATCGACGCAGACAGGTATCGGAACTGGAATAGCCATTGCTGGTGTTGCACTCTA
CTCTATCATTAAGGCCAAGATCGAAGAAGATAAAAAGAAAGGAAAGACGGCGTAGAGAGC
GGCGGTCAAAGGTTGCATAAACAATTCTTCCGGTGGATAATATATTTATATAATAAAAAG
AACCAAAATGCAATAGTATGTTGTATGGTACAATCAACCATTGTTTTCGAGTTTCTT**C
TCTCTTTCTTTTAAATAAAATACTATATTGTTTTTCTCCCTCTTTTGTTTCCAATGGAGA
ACATTGTTACCATT

QA 1 734 1 734
DS 



CO CL754Contig2 781 3 12 U
CGTAATTAAGCTTTTTATCTGTCAAGATGATAGCAATGTAAAAAAAATGGTAACAATGTT
CTCCATTGGAAACAATAAGAGGCAGAAAAAAACAATATAGTATATTATTTAAAAGAAAGA
GAGAAGAAAAACTCGAAAACAATGGTTGATTGTACCATACAACATACTATTGCATTTTGG
TCTTTTTATTATATAAATATATTATCCACCGGAAGAATTGTTTATGCAACCGTTGACCGC
CGCTTTCTACGCCGTCTTTCCTTTCTTTTTATCTTCTTCGATCTTGGCCTTAATGATAGA
GTAGAGTGCAACACCAGCAATGGCTATTCCAGTTCCGATACCTGTCTGGGTCGATATTTT
GTTTCCGAAGATAACGATGGAGAACCCGATCACAAACACACGTTTCAAAACGTTTCCAAC
AGCATGAGTCAATGGTGCAACCCTCTCCAAGGTATTAGTAGCCAACTGATTGTAGAGATG
GTAAAACATTCCAACCCAGAAGAGATCAGAGATGAATTTAGTCATTCCAACTTTAGCAAT
CGCGTCGCTGAAACCGTGTTTCAACAGCTGAGGCCCTTCAACAATGATGGCAGGAGGAAT
GCAGACGATGAGAGCAATGATGGAGATGTAAGCGTACACATTAGTACTGTCCATATCAGT
CATGGATTTCTTGGAGAAGATGCTTCGGTAAGTAAAAGAGATGTTTGAGATCATCGCACT
GATGAATCCAAGCCAGTTGAATGACAACTCAGTTAGCGAAGCCATTGCAACTCCGAGTAC
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3H008JQ U 1
AF RR3H008TF C 137
AF RR3BD63JQ U 21
BS 1 113 RR3H008JQ
BS 114 114 RR3BD63JQ
BS 115 498 RR3H008JQ
BS 499 499 RR3BD63JQ
BS 500 501 RR3H008JQ
BS 502 582 RR3BD63JQ
BS 583 583 RR3H008TF
BS 584 665 RR3BD63JQ
BS 666 666 RR3H008TF
BS 667 693 RR3BD63JQ
BS 694 694 RR3H008TF
BS 695 781 RR3BD63JQ

RD RR3H008JQ 501 0 0
CGTAATTAAGCTTTTTATCTGTCAAGATGATAGCAATGTAAAAAAAATGGTAACAATGTT
CTCCATTGGAAACAATAAGAGGCAGAAAAAAACAATATAGTATATTATTTAAACGAAAGA
GAGAAGAAAAACTCGAAAACAATGGTTGATTGTACCATACAACATACTATTGCATTTTGG
TCTTTTTATTATATAAATATATTATCCACCGGAAGAATTGTTTATGCAACCGTTGACCGC
CGCTTTCTACGCCGTCTTTCCTTTCTTTTTATCTTCTTCGATCTTGGCCTTAATGATAGA
GTAGAGTGCAACACCAGCAATGGCTATTCCAGTTCCGATACCTGTCTGGGTCGATATTTT
GTTTCCGAAGATAACGATGGAGAACCCGATCACAAACACACGTTTCAAAACGTTTCCAAC
AGCATGAGTCAATGGTGCAACCCTCTCCAAGGTATTAGTAGCCAACTGATTGTAGAGATG
GTAAAACATTCCAACCCAAAA

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR3H008TF 637 0 0
AACA
AATGGTTGATTGTACCATACAACATACTATTGCATTTTGGTCTTTTTATTATATAAATAT
ATTATCCACCGGAAGAATTGTTTATGCAACCGTTGACCGCCGCTTTCTACGCCGTCTTTC
CTTTCTTTTTATCTTCTTCGATCTTGGCCTTAATGATAGAGTAGAGTGCAACACCAGCAA
TGGCTATTCCAGTTCCGATACCTGTCTGGGTCGATATTTTGTTTCCGAAGATAACGATGG
AGAACCCGATCACAAACACACGTTTCAAAACGTTTCCAACAGCATGAGTCAATGGTGCAA
CCCTCTCCAAGGTATTAGTAGCCAACTGATTGTAGAGATGGTAAAACATTCCAACCCAGA
AGAGATCAGAGATGAATTTAGTCATTCCAACTTTAGCAATCGCGTCGCTGAAACCGTGTT
TCAACAGCTGAGGCCCTTCAACAATGATGGCAGGAGGAATGCAGACGATGAGAGCAATGA
TGGAGATGTAAGCGTACACATTAGTACTGTCCATATCAGTCGTGGATTTCTTGGAGAAGA
TGCTTCGGTAAGTAAAAGAGATGTTTGAGATCATGGCACTGATGAATCCAAGCCAGTTGA
ATGATAACTCAGTTAGCGAAGCCATTGCAACTC

QA 5 637 5 637
DS 

RD RR3BD63JQ 761 0 0
GTCAAGATGATAGCAATGTAGAAGAAATGGTAACAATGTTCTCCATTGGAAACAATAAGA
GGCAGAAAAAAACAATATAGTATATTATTTAAAAGAAAGAGAGAAGAAAAACTCGAAAAC
AATGGTTGATTGTACCATACAACATACTATTGCATTTTGGTCTTTTTATTATATAAATAT
ATTATCCACCGGAAGAATTGTTTATGCAACCGTTGACCGCCGCTTTCTACGCCGTCTTTC
CTTTCTTTTTATCTTCTTCGATCTTGACCTTAATGATAGAGTAGAGTGCAACACCAGCAA
TGGCTATTCCAGTTCCGATACCTGTCTGTGTCGATATCTTGTTTCCGAAGATAACGATGG
AGAACCCGATCACAAACACACGTTTCAAAACGTTTCCAACAGCATGAGTCAATGGTGCAA
CTCTCTCCAAGGTATTAGTAGCCAACTGATTGTAGAGATGGTAAAACATTCCAACCCAGA
AGAGATCAGAGATGAATTTAGTCATTCCAACTTTAGCAATCGCGTCGCTGAAACCGTGTT
TCAACAGCTGAGGCCCTTCAACGATGATGGCAGGAGGAATGCAGACGATGAGAGCAATGA
TGGAGATGTAAGCGTACACATTAGTACTGTCCATATCAGTCATGGCTTTCTTGGAGAAGA
TGCTTCGGTAAGTGAAAGAGATGTTTGAGATCATCGCACTGATGAATCCAAGCCAGTTGA
ATGACAACTCAGTTAGCGAAGCCATTGCAACTCCGAGTACA

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 8

CO CL755Contig1 713 8 3 U
TTTTTTTCTGCCCCTGACCTGTATACTGAGCTTCATCTCCTCCAATGGCTTCTTTGTCAG
CAACTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGA
GGAAACCCTCGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTC
GTCTTCAAATCAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAA
AGGAACAGTTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTC
TTGGCGCCGATTCTCTTGACACAGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACA
TAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGA
TTGAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGG
CTTTCTTTTCCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTT
TATTTTTCTTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTG
GTACGTTGAGATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATATAAACGTGATCTGTGTCG
CTACTACCACATGAATTTAGCTTTTCTATTCAATATGACATGGCTTTGTTAGT


BQ
30 30 30 30 30 35 35 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DF31JQ C 1
AF RR3DF31TF U 1
AF RR3BI22JQ C 8
AF RR3C281TF U 1
AF RR3GK23TF U 1
AF RR3GK23JQ C 6
AF RR3BI22TF U 8
AF RR3DJ19TF U 8
BS 1 74 RR3C281TF
BS 75 75 RR3DF31TF
BS 76 713 RR3C281TF

RD RR3DF31JQ 643 0 0
TTTTTTTCTGCCCCTGACCTGTATACTGAGCTTCATCTCCTCCAATGGCTTCTTTGTCAG
CAACTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGA
GGAAACCCTCGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTC
GTCTTCAAATCAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAA
AGGAACAGTTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTTTCTGCTC
TTGGCGCCGATTCTCTTGACACAGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACA
TAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGTGGCTGATTTGA
TTGAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGG
CTTTCTTTTCCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTT
TATTTTTCTTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGA**AAACTTTTGTTG
GTACGTTGAGATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATAT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3DF31TF 643 0 0
TTTTTTTCTGCCCCTGACCTGTATACTGAGCTTCATCTCCTCCAATGGCTTCTTTGTCAG
CAACTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGA
GGAAACCCTCGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTC
GTCTTCAAATCAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAA
AGGAACAGTTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTC
TTGGCGCCGATTCTCTTGACACAGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACA
TAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGTGGCTGATTTGA
TTGAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGG
CTTTCTTTTCCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTT
TATTTTTCTTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGA**AAACTTTTGTTG
GTACGTTGAGATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATAT

QA 1 643 1 643
DS 

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TCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGAGGAAACC
CTCGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTCGTCTTCA
AATCAGTTGCGCTGCAAGACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAAGGAACA
GTTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTTGGCGC
CGATTCTCTTGACACAGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGT
GGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGA
TCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGGCTTTCTT
TTCCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTTTATTTTT
CTTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTGGTACGTT
GAGATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATATAAACG

QA 1 641 1 641
DS 

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CAACTTCTCTAAGCCTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGA
GGAAACCCTCGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTC
GTCTTCAAATCAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAA
AGGAACAGTTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTC
TTGGCGCCGATTCTCTTGACACAGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACA
TAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGA
TTGAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGG
CTTTCTTTTCCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTT
TATTTTTCTTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTG
GTACGTTGAGATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATATAAACGTGATCTGTGTCG
CTACTACCACATGAATTTAGCTTTTCTATTCAATATGACATGGCTTTGTTAGT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3GK23TF 670 0 0
TTTTTTTCTGCCCCTGACCTGTATACTGAGCTTCATCTCCTCCAATGGCTTCTTTGTCAG
CAACTTCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGA
GGAAACCCTCGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTC
GTCTTCAAATT*GTCGCGCTGCAAGACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAA
AGGAACAGTTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTC
TTGGCGCCGATTCTCTTGACACAGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACA
TAAGTGTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGA
TTGAGGATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGG
CTTTCTTTTCCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTT
TATTTTTCTTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTG
GTACGTTGAGATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATATAAACGTGATCT*TGTCG
CTAC
TACCAC

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DS 

RD RR3GK23JQ 663 0 0
TTCTGCCCCTGACCTGTATACTGAGCTTCATCTCCTCCAATGGCTTCTTTGTCAGCAACT
TCTCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGAGGAAA
CCCTCGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTCGTCTT
CAAATT*GTCGCGCTGCAAGACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAAGGAA
CAGTTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTTGGC
GCCGATTCTCTTGACACAGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGT
GTGGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAG
GATCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGGCTTTC
TTTTCCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTTTATTT
TTCTTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTGGTACG
TTGAGATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATATAAACGTGATCT*TGTCGCTAC
TACC

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DS 

RD RR3BI22TF 658 0 0
CTGCCCCTGACCTGTATACTGAGCTTCATCTCCTCCAATGGCTTCTTTGTCAGCAACTTC
TCTAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGAGGAAACC
CTCGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTCGTCTTCA
AATCAGTTGCGCTGCAAGACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAAGGAACA
GTTGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTTGGCGC
CGATTCTCTTGACACAGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGT
GGAGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGA
TCTTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGGCTTTCTT
TTCCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTTTATTTTT
CTTCTTCTGGAAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTGGTACGTT
GAGATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATATAAACGTGATCTGTGTCGCTAC
C

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3DJ19TF 657 0 0
GG
GCCCCTGACCTGTATACTGAGCTTCATCTCCTCCAATGGCTTCTTTGTCAGCAACTTCTC
TAAGCTTCAAAGCTCCCTCCATACAATCGACCAGAATCTCCCAGGTGTTGAGGAAACCCT
CGAGTTTTCAGTCTATCTCATTTGGTCGTTTCCAGTCTTCAAAGAGCCTTCGTCTTCAAA
TCAGTTGCGCTGCAAAACCAGAGACAGTGCAGAAAGTGAGTGACATTGTAAAGGAACAGT
TGGCTTTGTCTGCTGACACTGCGCTCACTGCTGAGTCCAAGTTCTCTGCTCTTGGCGCCG
ATTCTCTTGACACAGTGGAGATAGTGATGGCATTGGAGGAAAAGTTTAACATAAGTGTGG
AGGAAGCTGATGCTCAGAACATTACGACGATTCAAGAGGCGGCTGATTTGATTGAGGATC
TTGTTCAGAAGAAACCTGCGGCCTAAACTCCCCCGGTTTAACGCAAACCGGCTTTCTTTT
CCTTTAGACCTTTCTTGGTTTCGGAGCATTTAATTAGACCGTATGTCATTTTATTTTTCT
TCTTCTG*AAGTTAAGATCATTGGATGTTGACTATGAGAAAACTTTTGTTGGTACGTTGA
GATTGATTTGATTGGTCTTTGATGACGAATATATAAACGTGATCTGTGTCGCTAC

QA 3 657 3 657
DS 



AS 2 8

CO CL756Contig1 958 3 5 U
GCCAGAAACAGCTTTATGTTAATAAAGAAAAAAAAACTGATTGTTTCTTTAACATATGGG
GAAGAAAAACAACACATCTTTCGATTGTGTCTGTAAAAGGAGTCAAGTAAAAAAGATACT
CTGGTACATTTTAAACTTATGAGGCAGAATAAGTTCTTAAGAGCTAAAGACAAAAAGCTT
TTAGACACGAGACATGCCGAGTTTGCGTTCAAACAAGCGACGCAGGAGATAGACTTGGAG
GACACTTGCACCAATCAATGCAAACGACTCGAACAAAGCTTTGTGTACTGCTCTTTTGCT
CATGTTCTCATTCACAATGGCTTGACGATCGGTCTGAGCCTCTAACCAATGCTGTTCAAA
CTGGATGTTGTAAAGAGCCTCCTCTAACTTTGATATTTGCTCCATCAAGGGAGTGAAATG
CTCGTCCTTTGCGTGCTGGTCGTAGTAAGCAAAGTGCCCAAGCTGGACATCGAAGTCAAT
GGTTTCATGATAAGGAGACTTGTTTGTGAAACAGAAACGGTAAACTCCTTTCTTCTGGAC
AACAAAGTCGTGCTTGGCACTGATCTGTTCCCTGAAGTCATGAATTTGTTCCCCTGTTGG
GCCATGTATCACAAGATCTACACCATCCTCGTTAAAATGCCATTGAGAATCAGACTTGAT
AACGACGAAAGAGACGTGAAGCGTGTCGCCTTCGTATTCAGCCTTGTGGGAGAAGCATTC
TTCTCTGTCTATCACGAATCTGATACCTAACGCTGCCTGGAAGCTCCACACGAGCCCTAG
TAATAGGATCGTAGCCTTCGAATTCATTTTCAAAATCTGAGAATTGAGCGAACAGAACAA
TGAACCTACTCGATGAGTGTCTCAAGGGAAAAAAAAAGTTAGGGAGATTGATCGGAGAAG
AAGAGCGAATTCGTTCAGATTCGGACAGGATGGAGAGGGCCCTTTGACTGAGGGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DR73JQ U 1
AF RR3BX86JQ U 31
AF RR3DR73TF C 242
BS 1 175 RR3DR73JQ
BS 176 176 RR3BX86JQ
BS 177 746 RR3DR73JQ
BS 747 782 RR3BX86JQ
BS 783 958 RR3DR73TF

RD RR3DR73JQ 746 0 0
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GAAGAAAAACAACACATCTTTCGATTGTGTCTGTAAAAGGAGTCAAGTAAAAAAGATACT
CTGGTACATTTTAAACTTATGAGGCAGAATAAGTTCTTAAGAGCTAAAGACAAAA*GCTT
TTAGACACGAGACATGCCGAGTTTGCGTTCAAACAAGCGACGCAGGAGATAGACTTGGAG
GACACTTGCACCAATCAATGCAAACGACTCGAACAAAGCTTTGTGTACTGCTCTTTTGCT
CATGTTCTCATTCACAATGGCTTGACGATCGGTCTGAGCCTCTAACCAATGCTGTTCAAA
CTGGATGTTGTAAAGAGCCTCCTCTAACTTTGATATTTGCTCCATCAAGGGAGTGAAATG
CTCGTCCTTTGCGTGCTGGTCGTAGTAAGCAAAGTGCCCAAGCTGGACATCGAAGTCAAT
GGTTTCATGATAAGGAGACTTGTTTGTGAAACAGAAACGGTAAACTCCTTTCTTCTGGAC
AACAAAGTCGTGCTTGGCACTGATCTGTTCCCTGAAGTCATGAATTTGTTCCCCTGTTGG
GCCATGTATCACAAGATCTACACCATCCTCGTTAAAATGCCATTGAGAATCAGACTTGAT
AACGACGAAAGAGACGTGAAGCGTGTCGCCTTCGTATTCAGCCTTGTGGGAGAAGCATTC
TTCTCTGTCTATCACGAATCTGATAC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3BX86JQ 752 0 0
G
AAAAACTGATTGTTTCTTTAACATATGGG*AAGAAAACCAACACATCTTTCGATTGTGTC
TGTAAAAGGAGTCAAGTAAAAAAGATTCTCTGGTACATTTTAAACTTATGAGGCAGAATA
AGTTCTTAAGAGCTAAAGACAAAAAGCTTTTAGACACGAGACATGCCGAGTTTGCGTTCA
AACAAGCGACGCAGGAGATAGACTTGGAGGACACTTGCACCAATCAATGCAAACGACTCG
AACAAAGCTTTGTGTACTGCTCTTTTGCTCATGTTCTCATTCACAATGGCTTGACGATCG
GTCTGAGCCTCTAACCAATGCTGTTCAAACTGGATGTTGTAAAGAGCCTCCTCTAACTTT
GATATTTGCTCCATCAAGGGAGTGAAATGCTCGTCCTTTGCGTGCTGGTCGTAGTAGGCA
AAGTGGCCAAGCTGGACATCGAAGTCAATGGTTTCGTGATAAGGAGACTTGTTTGTGAAA
CAGAAACGGTAAACCCCTTTCTTCTGGACAACGAAGTCGTGCTTGGCACTGATCTGTTCC
CTAAAGTCATGAATTTGTTCTACTGTTGGGCCATGTATCACAAGATCTACACCATCCTCG
TTAAAATGCCATTGAGAATCAGACTTGATGACGACGAAAGAGACGTGGAGCGTGTCGCCT
TCGTATTCAGCCTTGTGGGAGAAGCATTCTTCTCTGTCTATCACGAATCTGATACCTAAC
GCTGCCTGGAAGCTCCACACGAGCCCTAGTA

QA 2 752 2 752
DS 

RD RR3DR73TF 717 0 0
ACACTTGCACCAATCAATGCAAACGACTCGAACAAAGCTTTGTGTACTGCTCTTTTGCTC
ATGTTCTCATTCACAATGGCTTGACGATCGGTCTGAGCCTCTAACCAATGCTGTTCAAAC
TGGATGTTGTAAAGAGCCTCCTCTAACTTTGATATTTGCTCCATCAAGGGAGTGAAATGC
TCGTCCTTTGCGTGCTGGTCGTAGTAAGCAAAGTGCCCAAGCTGGACATCGAAGTCAATG
GTTTCATGATAAGGAGACTTGTTTGTGAAACAGAAACGGTAAACTCCTTTCTTCTGGACA
ACAAAGTCGTGCTTGGCACTGATCTGTTCCCTGAAGTCATGAATTTGTTCCCCTGTTGGG
CCATGTATCACAAGATCTACACCATCCTCGTTAAAATGCCATTGAGAATCAGACTTGATA
ACGACGAAAGAGACGTGAAGCGTGTCGCCTTCGTATTCAGCCTTGTGGGAGAAGCATTCT
TCTCTGTCTATCACGAATCTGATACCTAACGCTGCCTGGAAGCTCCACACGAGCCCTAGT
AATAGGATCGTAGCCTTCGAATTCATTTTCAAAATCTGAGAATTGAGCGAACAGAACAAT
GAACCTACTCGATGAGTGTCTCAAGGGAAAAAAAAAGTTAGGGAGATTGATCGGAGAAGA
AGAGCGAATTCGTTCAGATTCGGACAGGATGGAGAGGGCCCTTTGACTGAGGGGCCC

QA 1 717 1 717
DS 



CO CL756Contig2 961 5 9 U
GGGCATCTCAGTCAAAACAAGATCCATCTTGTCCGATTCTGGACGAACTCGCTCTTCTTC
TCCGATCAATCTCACATTTTTTTTT***CTTGACACTCATCGAGCATATCACTCCTCAAT
TCTCAGACTCGGAAGATGAGCTTTAAGGCTACGATCCTATTACTAGGGCTCGTGTGGAGC
TTCCAGGCAGCGTTAGGTATCAGATTCGTGATAGACAGAGAAGAATGCTTCTCCCACAAG
GCTGAATACGAAGGCGACACGCTCCACGTCTCTTTCGTCGTCATCAAGTCTGATTCTCAA
TGGCATTTTAACGAGGATGGTGTAGATCTTGTGATACATGGCCCAACAGGAGAACAAATT
CATGACTTTAGGGAACAGA*TCAGTGCCAAGCACGACTTCGTTGTCCAGAAGAAAGGGG*
TTTACCGTTTCTGTTTCACAAACAAGTCTCCTTATCACGAAACCATTGACTTCGATGTCC
AGCTTGGCCACTTTGCCTACTACGACCAGCACGCAAAGGACGAGCATTTCACTCCCTTGA
TGGAGCAAATATCAAAGTTAGAGGAGGCTCTTTACAACATCCAGTTTGAACAGCATTGGT
TAGAGGCTCAGACCGATCGTCAAGCCATTGTGAATGAGAACATGAGCAAAAGAGCAGTAC
ACAAAGCTTTGTTCGAGTCGTTTGCATTGATTGGTGCAAGTGTCCTCCAAGTCTATTCCT
GCGTCGCTTGTTTGAACGCAAACTCGGCATGTCTCGTGTCTAAAAGCTTTTTGTCTTTAG
CTCTTAAGAACTTATTCTGCCTCATAAGTTTAAAATGTACCAGAGAATCTTTTTTACTTG
ACTCCTTTTACAGACACAATCGAAAGATGTGTTGGTTTCTTCCCATATGTTAAAGAAACA
ATCAGTTTTTCTTTTCTTTATTAACATAAAGCTGTTTCTGACAAGCTAGGGCTTTCGTTG
A


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BQ79JQ C 125
AF RR3FD86TF U 1
AF RR3BX86TF U 37
AF RR3BQ79TF U 3
AF RR3H071TF U 455
BS 1 85 RR3FD86TF
BS 86 88 RR3BX86TF
BS 89 403 RR3FD86TF
BS 404 404 RR3BX86TF
BS 405 647 RR3FD86TF
BS 648 650 RR3BQ79TF
BS 651 651 RR3H071TF
BS 652 693 RR3BQ79TF
BS 694 961 RR3H071TF

RD RR3BQ79JQ 407 0 0
AGACTCGGAAGATGAGCTTTAAGGCTACGATCCTATTACTAGGGCTCGTGTGGAGCTTCC
AGGCAGCGTTAGGTATCAGATTCGTGATAGACAGAGAAGAATGCTTCTCCCACAAGGCTG
AATACGAAGGCGACACGCTCCACGTCTCTTTCGTCGTCATCAAGTCTGATTCTCAATGGC
ATTTTAACGAGGATGGTGTAGATCTTGTGATACATGGCCCAACAGGAGAACAAATTCATG
ACTTTAGGGAACAGAATCAGTGCCAAGCACGACTTCGTTGTCCAGAAGAAAGGGGGTTTA
CCGTTTCTGTTTCACAAACAAGTCTCCTTATCACGAAACCATTGACTTCGATGTCCAGCT
TGGCCACTTTGCCTACTACGACCAGCACTCAAAGGACGAGCATTTCA

QA 1 407 1 407
DS 

RD RR3FD86TF 647 0 0
GGGCATCTCAGTCAAAACAAGATCCATCTTGTCCGATTCTGGACGAACTCGCTCTTCTTC
TCCGATCAATCTCACATTTTTTTTTTTTCTTGACACTCATCGAGCATATCACTCCTCAAT
TCTCAGACTCGGAAGATGAGCTTTAAGGCTACGATCCTATTACTAGGGCTCGTGTGGAGC
TTCCAGGCAGCGTTAGGTATCAGATTCGTGATAGACAGAGAAGAATGCTTCTCCCACAAG
GCTGAATACGAAGGCGACACGCTCCACGTCTCTTTCGTCGTCATCAAGTCTGATTCTCAA
TGGCATTTTAACGAGGATGGTGTAGATCTTGTGATACATGGCCCAACAGGAGAACAAATT
CATGACTTTAGGGAACAGA*TCAGTGCCAAGCACGACTTCGTTTTCCAGAAGAAAGGGG*
TTTACCGTTTCTGTTTCACAAACAAGTCTCCTTATCACGAAACCATTGACTTCGATGTCC
AGCTTGGCCACTTTGCCTACTACGACCAGCACGCAAAGGACGAGCATTTCACTCCCTTGA
TGGAGCAAATATCAAAGTTAGAGGAGGCTCTTTACAACATCCAGTTTGAACAGCATTGGT
TAGAGGCTCAGACCGATCGTCAAGCCATTGTGAATGAGAACATGAGC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3BX86TF 600 0 0
GG
CTGGACGAACTCGCTCTTCTTCTCCGATCAATCTCACATTTTTTTTC***CTTGACACTC
ATCGAGCATATCACTCCTCAATTCTCAGACTCGGAAGATGAGCTTTAAGGCTACGATCCT
ATTACTAGGGCTCGTGTGGAGCTTCCAGGCAGCGTTAGGTATCAGATTCGTGATAGACAG
AGAAGAATGCTTCTCCCACAAGGCTGAATACGAAGGCGACACGCTCCACGTCTCTTTCGT
CGTCATCAAGTCTGATTCTCAATGGCATTTTAACGAGGATGGTGTAGATCTTGTGATACA
TGGCCCAACAGTAGAACAAATTCATGACTTTAGGGAACAGA*TCAGTGCCAAGCACGACT
TCGTTGTCCAGAAGAAAGGGG*TTTACCGTTTCTGTTTCACAAACAAGTCTCCTTATCAC
GAAACCATTGACTTCGATGTCCAGCTTGGCCACTTTGCCTACTACGACCAGCACGCAAAG
GACGAGCATTTCACTCCCTTGATGGAGCAAATATCAAAGTTAGAGGAGGCTCTTTACAAC
ATCCAGTTTGAACAGCATTGGTTAGAGGCTCAGACCGATCGTCAAGCCATTGTGAATG

QA 3 600 3 600
DS 

RD RR3BQ79TF 691 0 0
GG
ATCTCAGTCAAAACAAGATCCATCTTGTCCGATTCTGGACGAACTCGCTCTTCTTCTCCG
ATCAATCTCACATTTTTTTTT***CTTGACACTCATCGAGCATATCACTCCTCAATTCTC
AGACTCGGAAGATGAGCTTTAAGGCTACGATCCTATTACTAGGGCTCGTGTGGAGCTTCC
AGGCAGCGTTAGGTATCAGATTCGTGATAGACAGAGAAGAATGCTTCTCCCACAAGGCTG
AATACGAAGGCGACACGCTCCACGTCTCTTTCGTCGTCATCAAGTCTGATTCTCAATGGC
ATTTTAACGAGGATGGTGTAGATCTTGTGATACATGGCCCAACAGGAGAACAAATTCATG
ACTTTAGGGAACAGA*TCAGTGCCAAGCACGACTTCGTTGTCCAGAAGAAAGGGG*TTTA
CCGTTTCTGTTTCACAAACAAGTCTCCTTATCACGAAACCATTGACTTCGATGTCCAGCT
TGGCCACTTTGCCTACTACGACCAGCACTCAAAGGACGAGCATTTCACTCCCTTGATGGA
GCAAATATCAAAGTTAGAGGAG*CTCTTTACAACATCCAGTTTGAACAGCATTGGTTAGA
G*CTCAGACCGATCGTCAAGCCATTGTGAATGAGAACATGAGCAAA*GAGCAGTACACAA
AGCTTTGTTCGAGTCGTTTGCATTGATTG

QA 3 691 3 691
DS 

RD RR3H071TF 507 0 0
G
CACGAAACCATTGACTTCGATGTCCAGCTTGGCCACTTTGCCTACTACGACCAGCACGCA
AAGGACGAGCATTTCACTCCCTTGATGGAGCAAATATCAAAGTTAGAGGAGGCTCTTTAC
AACATCCAGTTTGAACAGCATTGGTTAGAGGCTCAGACCGATCGTCAAGCCATTGTGAAT
GATAACATGAGCAAAAGAGCAGTACACAAAGCTTTGTTCGAGTCGTTTGCATTGATTGGT
GCAAGTGTCCTCCAAGTCTATTCCTGCGTCGCTTGTTTGAACGCAAACTCGGCATGTCTC
GTGTCTAAAAGCTTTTTGTCTTTAGCTCTTAAGAACTTATTCTGCCTCATAAGTTTAAAA
TGTACCAGAGAATCTTTTTTACTTGACTCCTTTTACAGACACAATCGAAAGATGTGTTGG
TTTCTTCCCATATGTTAAAGAAACAATCAGTTTTTCTTTTCTTTATTAACATAAAGCTGT
TTCTGACAAGCTAGGGCTTTCGTTGA

QA 2 507 2 507
DS 



AS 1 8

CO CL757Contig1 916 8 13 U
GGACAGATATCACTGGCGTGTGCTCTCCTCACTTGCCTTGAAACTAGAGCTTCAATCCCA
AAAAAAAGATGGCTGCTTCAGCTGCTGTAACCGCAAACTACGTCCTCAAGCCACCTCCAT
ACCCTCTGGATGCTTTGGAGCCGCATATGAGCAAGCAAACTCTAGAATTTCACTGGGGAA
AACACCACAGGGCTTACGTGGACAACCTCAAGAAACAGGTTCTTGGATCCGAGCTTGAAG
GCAAGCCCTTAGAGCATATCATCCAAAACAGTTACAACAATGGCGACCTCCTCCCTCCTT
TCAACAACGCTGCTCAGGCGTGGAACCACGAGTTTTTCTGGGAATCAATGAAACCAGGGG
GTGGAGGAAAGCCATCAGGAGAGCTTCTTGCTCTGCTTGAAAGAGATTTCACTTCTTATG
AGAAGTTTTATGATGAGTTCAATGCTGCTGCTGCCACTCAGTTTGGAGCTGGCTGGGCCT
GGCTTGCTTACGCAGATAACAAACTCAAAGTGGTGAAAACTCCAAATGCTGTGAACCCCC
TTGTGCTCGGCTCTTTCCCATTGCTCACCATTGATGTCTGGGAGCATGCATACTATCTAG
ACTTCCAGAACCGGAGACCCGATTACATAAAGACATTCATGAACAATCTTGTGTCTTGGG
AGGCTGTTAGTTCCAGACTTGAGGCTGCCAAGGCTGCTTCTGCTTAAGCAGAGTCATCAG
ACATACTCGGACCAAAACTCTGACTTCAGTTATGTGCGTTATGCATTACTGAAGTTTCTT
AATAAAATTTGGTCGTGGTTATAAGGACACTGCTCTCTTGTTGTATGGTCCTCATCGAGT
CTTTCATCTTATTTCTTGTTTACTGAGATTTGAATCATCGTGTAATAAAGAACTACCATG
TTTTCTTCTTTGTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 25 40 40 40 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BG01TF U 20
AF RR3DN39TF U 18
AF RR3DN11TF U 33
AF RR3F891TF U 1
AF RR3A559TF U 20
AF RR3BG01JQ C 96
AF RR3DN11JQ C 333
AF RR3DN39JQ C 161
BS 1 476 RR3F891TF
BS 477 477 RR3DN39TF
BS 478 683 RR3F891TF
BS 684 684 RR3DN39TF
BS 685 691 RR3F891TF
BS 692 692 RR3BG01JQ
BS 693 732 RR3F891TF
BS 733 733 RR3A559TF
BS 734 771 RR3F891TF
BS 772 805 RR3A559TF
BS 806 806 RR3BG01JQ
BS 807 862 RR3A559TF
BS 863 916 RR3BG01JQ

RD RR3BG01TF 534 0 0
GG
GCTCTCCTCACTTGCCTTGAAACTAGAGCTTCAATCCCAAAAAAAAGATGGCTGCTTCAG
CTGCTGTAACCGCAAACTACGTCCTCAAGCCACCTCCATACCCTCTGGATGCTTTGGAGC
CGCATATGAGCAAGCAAACTCTAGAATTTCACTGGGGAAAACACCACAGGGCTTACGTGG
ACAACCTCAAGAAACAGGTTCTTGGATCCGAGCTTGAAGGCAAGCCCTTAGAGCATATCA
TCCAAAACAGTTACAACAATGGCGACCTCCTCCCTCCTTTCAACAACGCTGCTCAGGCGT
GGAACCACGAGTTTTTCTGGGAATCAATGAGACCAGGGGGTGGAGGAAAGCCATCAGGAG
AGCTTCTTGCTCTGCTTGAAAGAGATTTCACTTCTTATGAGAAGTTTTATGATGAGTTCA
ATGCTGCTGCTGCCACTCAGTTTGGAGCTGGCTGGGCCTGGCTTGCTTACGCAAATAACA
AACTCAAAGTGGTGAAAACTCCAAATGCTGTGAACCCCCTTGTGCTCGGCTC

QA 3 534 3 534
DS 

RD RR3DN39TF 670 0 0
GGGT
GCTCTCCTCACTTGCCTTGAAACTAGAGCTTCAATCCCAAAAAAAAGATGGCTGCTTCAG
CTGCTGTAACCGCAAACTACGTCCTCAAGCCACCTCCATACCCTCTGGATGCTTTGGAGC
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GG
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GG
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A

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DS 

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CTGCTTGAAAGAGATTTCACTTCTTATGAGAAGTTTTATGATGAGTTCAATGCTGCTGCT
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CTCTCTTGTTGTATGGTCCTCATCGAGTCTTTCATCTTATTTCTTGTTTACTGAGATTTG
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CTC

QA 1 575 1 575
DS 

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TCC
AGAATTTCACTGGGGAAAACACCACAGGGCTTACGTGGACAACCTCAAGAAACAGGTTCT
TGGATCCGAGCTTGAAGGCAAGCCCTTAGAGCATATCATCCAAAACAGTTACAACGATGG
CGACCTCCTCCCTCCTTTCAACAACGCTGCTCAGGCGTGGAACCACGAGTTTTTCTGGGA
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TGGAGCTGGCTGGGCCTGGCTTGCTTACGCAGATAACAAACTCAAAGTGGTGAAAACTCC
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TATGGTCCTCATCGAGTCTTTCATCTTATTTCTTGTTTACTGAGATTTGAATCATCGTGT
AATAAAGAACTACCATGTTTTCTT

QA 4 747 4 747
DS 



AS 1 7

CO CL758Contig1 1058 7 7 U
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TGATAAGGATTTTACTCATAAACAACAAAATGTAAATTTCTTCACCATACATAA*GAGAG
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GATGGCTTCACCCACTTCTTTCTTCCGGGCAACACAGTGAGTGTACAACCCGAAGCTTCA
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TCTCCCGTACCAAGAATCTTAAGAGGGAGTTTCCTTTCCCTTCCTGAAGGATTAATCAAA
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BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
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35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BD94JQ U 4
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CT
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RD RR3BD94TF 575 0 0
CT
GTAACATTTCGTTGGAGATTGAAAAATAATGTAATACAGCTTTACAAAAAATTTCTGATA
AGGATTTTACTCATAAACAACAAAATGTAAATTTCTTCACCATACATAA*GAGAGAAAAG
GAATTGTAGATTTTAGCATAGACAAAAGCTAAAGTTATATCTGCAGCTTTACAACATTGA
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CTCCTTTGCCGATGTGGAGAAAGCACGAGCTTTGAAGGTGAGCTTCACGCTTAGTTCTCC
CGTACCAAGAATCTTAAGAGGGAGTTTCCTTTCCCTTCCTGAAGGATTAATCAAACCCTT
TTGCTTCAATGTCTCCAGTGACACTTCATCTCCATCTTCAAACCCAGCTATTTCAATGTC
TTTGAGATTCACTGGCACGTACTTAGGTAACCC

QA 3 575 3 575
DS 

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C

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DS 

RD RR3EJ83TF 586 0 0
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TGATGTGGAGAAAGCACGAGCTTTGAAGGTGAGCTTCACGCTTAGTTCTCCCGTACCAAG
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C

QA 1 585 1 585
DS 

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TGATAAGGATTTTACTCATAAACAACAAAATGTAAATTTCTTCACCATACATAA*GAGAG
AAAAGGAATTGTAGATTTTAGCATAGACAAAAGCTAAAGTTATATCTGCAGCTTTACAAC
ATTGAAGAGCTTGAAAATGAACAAGTTCAAGCCGAAGCTGCAGGTTCTGAAGCTGCTTCA
GCTGCAGCAGCCCTCTTCTTAGCAAAGTATTCATCTGCTCGTGCTTGGTTCTTAGCAACC
GATGGCTTCACCCACTTCTTTCTTCCGGGCAACACAGTGAGTGTACAACCCGAAGCTTCA
AGCTTCTCCTTTGCTGATGTGGAGAAAGCACGAGCTTTGAAGGTGAGCTTCACGCTTAGT
TCTCCCGTACCAAGAATCTTAAGAGGGAGTTTCCTTTCCCTTCCTGAAGGATTAATCAAA
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ATGTCTTTGAGATTCACTGGCACGTACTTAGGTAACCCTGCACGCATACCTCCAGCGATT
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C
GTAACATTTTGTTGGAGATTGAAAAATAATGTAATACAGTTTTACAAAAACTTTCTGATA
AGGATTTTACTCATAAACAACAAAATGTAAATTTCTTCACCATACATAAAGAGAGAAAAG
GAATTGTAGATTTTAGCATAGACAAAAGCTAAACTTATATCTGCAGCTTTACAACATTGA
AGAGCTTGAAAATGAACAAGTTCAAGCCGAAGCTGCAGGTTCTGAAGCTGCTTCAGCTGC
AGCAGCTCTCTTCTTAGCAAAGTATTCATCTGCTCGTGCTTGGTTCTTAGCGACCGATGG
CTTCACCCATTTCTTTCTTCCGGGCAACACAGTGAGTGTACAACCCGAAGCTTAAAGCTT
CTCCTTTGCCGATGTCGAGAAAGCACGAGCTTTGAAGGTGAGCTCCAAGCTTAGTTCTCC
CGTACCAAGAATCTTAAGAGGGAGTTTCCTTTCCCTTCCAGAAGGATTGATCAAACCCTT
TTGCTTCAAAGTCTCCAGTGACACTTCATCTCCATCTTCAAATCCAGCTGTTTCAATGTC
TTTGAGATTCACTGGCACGTACTTAGGTAACCCTGCACGCATACCTCCGGCGATTCCTCT
GAGTTTCGGAAGACGGCGATAGAGAGCGGTTTGACCTCCTTCAAAGCCTCTCATGATCCC
AGGACCAGACCGTGACTTCTGTCCCCTCATCCCGAACCCGCAGCTCGCTCCTTGTCCCGC
GGAGATACCTCTACCCTTTCTCTTCGCCCTCTTT

QA 2 755 2 755
DS 

RD RR3DP02TF 736 0 0
C
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GAAAGCACGAGCTTTGAAGGTGAGCTCCAAGCTTAGTTCTCCCGTACCAAGAATCTTAAG
AGGGAGTTTCCTTTCC*TTCCAGAAGGATTGATCAAACCCTTTTGCTTCAAAGTCTCCAG
TGACACTTCATCTCCATCTTCAAATCCAGCTGTTTCAATGTCTTTGAGATTCACTGGCAC
GTACTTAGGTAACCCTGCACGCATACCTCCGGCGATTCCTCTGAGTTTCGGAAGACGGCG
ATAGAGAGCGGTTTGACCTCCTTCAAAGCCTCTCATGATCCCAGGACCAGACCGTGACTT
CTGTCCCCTCATCCCGAACCCGCAGCTCGCTCCTTGTCCCGCGGAGATACCTCTACCCTT
TCTCTTCGCCCTCTTTCTCGAACCGGGTTGTGGTACGAGGTTATTCAGACGGAACCTCTC
CGAGCTCACTGCTGCTTCCGGAGAGGTCGCCGCCGTTTGGTTCATCACAACGAGAGGTCT
CGCGATTCGCTGCTGTTGTTGTTTTCCAATTCCACGATTGTGGTGGAGTTTCAGAGAGAG
GATCTGGTGAGATGGGTTTGCTCCTAAGACGCTTACATTGCCCTTGAACGAAGTGGTAGG
GAACGAGAGGCGGGAGGTGAGAGAGTTTGATGAGATGGTGAGAGGAACAGCCATGGAGGA
AGGCATCAACAACAG

QA 2 736 2 736
DS 



AS 1 8

CO CL759Contig1 1232 8 8 U
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TGGAGATGGAGAAATACAAGCCAGCGATTACGTTGGTGCTGCTGCAATTTACAGTGGCAG
GAGTTGCACTCTTCACCAAAGCTGCTTTCATGGATGGACTCAGTCCCGCCGTTTTCGTCG
TTTACCGTCAAGCCATCGCTACGCTCTTCATCTGTCCCATCTCTTTCTTCTTTACTTGGA
GGAAAGCAAGCAAACCTTCTCTTGGAGTGAGAGGCTTTTGGTGGGTGGCTTTCACAGCTG
TTGTTGGTGTGACTGTGAATCAGAACGCTTATTTTGCAGGGATTGACTTATCTTCTTCAT
CCATGGCTTCTGCCACGACCAATCTTGTTCCTGCCGTCACCTTCATCATCTCCATCATTG
TTGGATTTGAGAGGATAAAGAGAAGTTTGAAAAGTGTTGCAAAAGTAATAGGAACATGTG
TGTGTGTGGGAGGAGCCATGGCAATGACTTTT*CTAAAAGGACCTAAACTGCTCAACACC
CTGCTGAAACAAGACAACAACACTTGGTTACTAGGCTGCTTCTTTCTTCTCATTAGCACC
TTCGCTTGGTCCTTCTGGTTGATCCTTCAGGTTAACATTGCCGTTCATTGTCCTGATCAC
TTGTACACTACCTCCTGGACTTGTTTCATGGCTACCATAGCCTCTTTCCTCATGGCTCTC
GCCTTAGGCAACACAGACTTGAATTCTTGGAAGCTTGATTCCTCATTGAAGCTCTCATGC
TGTGTGTACTCTGGACTCCAGTTGGCTGTGTTTTTCTTTCTACAAGCTTGGTGCGTGTCG
CAGAAAGGACCTCTTTTTTCTGCTCTCTTTAACCCTCTTTCTACGGTCATAGTCACTTTC
TTTGGTGCTTTGTATTTAAAAGAGAAGACGTACCTCGGAAGCTTGCTAGGCGCTTTGGCT
ATCATCCTTGGACTCTACATTGTTCTCTGGGGGAAATCCGAGGACTATCAAGAAGAAGCA
ACAGACCTGAAGTTGCAAGATGAACATACTAATCTCTCCCAAGTTTTGACTAGTGATAAG
GCGTTTCGGAGTTCCGAGCTCTTAGAACCTCTCCTCATGTAACTTCTATTACAAGTCAGT
TTCTAGATGACAACAATAAAACCGCAAAATGAAATGGATCGACGATCTGTTTCTCTAGGA
GAACTATATGTTATACATACTTGCAATGAGCT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3EM66TF U 1
AF RR3GU42TF U 1
AF RR3GZ47TF U 1
AF RR3AZ66TF U 1
AF RR3GU42JQ C 1058
AF RR3GZ47JQ C 617
AF RR3AZ66JQ C 413
AF RR3EM66JQ C 562
BS 1 182 RR3AZ66TF
BS 183 183 RR3EM66TF
BS 184 369 RR3AZ66TF
BS 370 370 RR3EM66TF
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BS 580 580 RR3EM66TF
BS 581 725 RR3AZ66TF
BS 726 1232 RR3AZ66JQ

RD RR3EM66TF 612 0 0
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TTGTTGGTGTGGCTGTGAATCAGAACGCTTATTTTGCAGGGATTGACTTACCTTCTTCAT
CCATGGCTTCTGCCACGACCAATCTTGCTCCTGCCGTCACCTTCATCATCTCCATCATCG
TTGGATTTGAGAGGATAAAGAGAAGTTTGAAAAGTGTTGCAAAAGTAATAGGAACATGTG
TGTGTG**GGAGGAGCCATGGCAATGACTTTTTCTAAAAGGACCTAAACTGCTCAACACC
CTGCTGAAACAAGACAACAACACTTGGTTACTAGGCTGCTTCTTTCTTCTCATTAGCACC
TTCGCTTGGTCC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3GU42TF 626 0 0
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TGGAGATGGAGAAATACAAGCCAGCGATTACGTTGGTGCTGCTGCAATTTACAGTGGCAG
GAGTTGCACTCTTCACCAAAGCTGCTTTCATGGATGGACTCAGTCCCGCCGTTTTCGTCG
TTTACCGTCAAGCCATCGCTACGCTCTTCATCTGTCCCATCTCTTTCTTCTTTACTTGGA
GGAAAGCAAGCAAACCTTCTCTTGGAGTGAGAGGCTTTTGGTGGGTGGCTTTCACAGCTG
TTGTTGGTGTGACTGTGAATCAGAACGCTTATTTTGCAGGGATTGACTTATCTTCTTCAT
CCATGGCTTCTGCCACGACCAATCTTGTTCCTGCCGTCACCTTCATCATCTCCATCATTG
TTGGATTTGAGAGGATAAAGAGAAGTTTGAAAAGTGTTGCAAAAGTAATAGGAACATGTG
TGTGTGTGGGAGGAGCCATGGCAATGACTTTT*CTAAAAGGACCTAAACTGCTCAACACC
CTGCTGAAACAAGACAACAACACTTGGTTACTAGGCTGCTTCTTTCTTCTCATTAGCACC
TTCGCTTGGTCCTTCTGGTTGATCCT

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3GZ47TF 626 0 0
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GAGTTGCACTCTTCACCAAAGCTGCTTTCATGGATGGACTCAGTCCCGCCGTTTTCGTCG
TTTACCGTCTAGCCATCGCTACGCTCTTCATCTGTCCCATCTCTTTCTTCTTTACTTGGA
GGAAAGCAAGCAAACCTTCTCTTGGAGTGAGAGGCTTTTGGTGGGTGGCTTTCACAGCTG
TTGTTGGTGTGACTGTGAATCAGAACGCTTATTTTGCAGGGATTGACTTATCTTCTTCAT
CCATGGCTTCTGCCACGACCAATCTTGTTCCTGCCGTCACCTTCATCATCTCCATCATTG
TTGGATTTGAGAGGATAAAGAGAAGTTTGAAAAGTGTTGCAAAAGTAATAGGAACATGTG
TGTGTGTGGGAGGAGCCATGGCAATGACTTTT*CTAAAAGGACCTAAACTGCTCAACTCC
CTGCTGAAACAAGACAACAACACTTGGTTACTAGGCTGCTTCTTTCTTCTCATTAGCACC
TTCGCTTGGTCCTTCTGGTTGATCCT

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3AZ66TF 725 0 0
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TGGAGATGGAGAAATACAAGCCAGCGATTACGTTGGTGCTGCTGCAATTTACAGTGGCAG
GAGTTGCACTCTTCACCAAAGCTGCTTTCATGGATGGACTCAGTCCCGCCGTTTTCGTCG
TT*ACCGTCAAGCCATCGCTACGCTCTTCATCTGTCCCATCTCTTTCTTCTTTACTTGGA
GGAAAGCAAGCAAACCTTCTCTTGGAGTGAGAGGCTTTTGGTGGGTGGCTTTCACAGCTG
TTGTTGGTGTGACTGTGAATCAGAACGCTTATTTTGCAGGGATTGACTTATCTTCTTCAT
CCATGGCTTTTGCCACGACCAATCTTGTTCCTGCCGTCACCTTCATCATCTCCATCATTG
TTGGATTTGAGAGGATAAAGAGAAGTTTGAAAAGTGTTGCAAAAGTAATAGGAACATGTG
TGTGTGTGGGAGGAGCCATGGCAATGACTTTT*CTAAAAGGACCTAAACTGCTCAACACC
CTGCTGAAACAAGACAACAACACTTGGTTACTAGGCTGCCTCTTTCTTCTCATTAGCACC
TTCGCTTGGTCCTTCTGGTTGATCCTTCAGGTTAACATTGCCGTTCATTGTCCTGATCAC
TTGTACACTACCTCCTGGACTTGTTTCATGGCTACCATAGCCTCTTTCCTCATGGCTCTC
GCCTT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3GU42JQ 134 0 0
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TGTAACTTTTATTACAAGTCAGTTTTTAGATGACAACAATAAAACCGCAAAATGAAATGG
ATCGACGAT
CTGTT

QA 1 129 1 129
DS 

RD RR3GZ47JQ 570 0 0
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GGACTTGTTTCATGGCTACCATAGCCTCTTTCCTCATGGCTCTCCCCTTAGGCAACACAG
ACTTGAATTCTTGGAAGCTTGATTCCTCATTGAAGCTCTCATGCTGTGTGTACTCTGGAC
TCCAGTTGGCTGTGTTTTTCTTTTTACAAGCTTGGTGCGTGTCGCAGAAAGGACCTTTTT
TTTTTGCTCTCTTTAACCCTCTTTTTACGGTCATAGTCACTTTCTTTGGTGCTTTGTATT
TAAAAGAGAAGACGTACCTCGGAAGCTTGCTAGGCGCTTTGGCTATCATCCTTGGACTCT
ACATTGTTCTCTGGGGGAAATCCGAGGACTATCAAGAAGAAGCAACATACCTGAAGTTGC
AAGATGAACATACTAATCTCTCCCAAGTTTTGACTAGTGATAAGGCGTTTCGGAGTTCCG
AGCTCTTAGAACCTCTCCTCATGTAACTTTTATTACAAGTCAGTTTTTAGATGACAACAA
TAAAACCGCAAAATGAAATGGATCGACGAT

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3AZ66JQ 820 0 0
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AACATGTGTGTGTGTGGGAGGAGCCATGGCAATGACTTTT*CTAAAAGGACCTAAACTGC
TCAACACCCTGCTGAAACAAGACAACAACACTTGGTTACTAGGCTGCCTCTTTCTTCTCA
TTAGCACCTTCGCTTGGTCCTTCTGGTTGATCCTTCAGGTTAACATTGCCGTTCATTGTC
CTGATCACTTGTACACTACCTCCTGGACTTGTTTCATGGCTACCATAGCCTCTTTCCTCA
TGGCTCTCGCCTTAGGCAACACAGACTTGAATTCTTGGAAGCTTGATTCCTCATTGAAGC
TCTCATGCTGTGTGTACTCTGGACTCCAGTTGGCTGTGTTTTTCTTTCTACAAGCTTGGT
GCGTGTCGCAGAAAGGACCTCTTTTTTCTGCTCTCTTTAACCCTCTTTCTACGGTCATAG
TCACTTTCTTTGGTGCTTTGTATTTAAAAGAGAAGACGTACCTCGGAAGCTTGCTAGGCG
CTTTGGCTATCATCCTTGGACTCTACATTGTTCTCTGGGGGAAATCCGAGGACTATCAAG
AAGAAGCAACAGACCTGAAGTTGCAAGATGAACATACTAATCTCTCCCAAGTTTTGACTA
GTGATAAGGCGTTTCGGAGTTCCGAGCTCTTAGAACCTCTCCTCATGTAACTTCTATTAC
AAGTCAGTTTCTAGATGACAACAATAAAACCGCAAAATGAAATGGATCGACGATCTGTTT
CTCTAGGAGAACTATATGTTATACATACTTGCAATGAGCT

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3EM66JQ 671 0 0
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ATCCTTCAGGTTAACATTGCCGTTCATTGTCCTGATCACTTGTACACTACCTCCTGGACT
TGTTTCATGGCTACCATAGCCTCTTTCCTCATGGCTCTCGCCTTAGGCAACACAGACTTG
AATTCTTGGAAGCTTGATTCCTCATTGAAGCTCTCATGCTGTGTGTACTCTGGACTCCAG
TTGGCTGTGTTTTTCTTTCTACAAGCTTGGTGCGTGTCGCAGAAAGGACCTCTTTTCTCT
GCTCTCTTTAACCCTCTTTCTACGGTCATAGTCACTTTCTTTGGTGCTTTGTATTTAAAA
GAGAAGACGTACCTCGGAAGCTTGCTAGGCGCTTTGGCTATCATCCTTGGACTCTACATT
GTTCTCTGGGGGAAATCCGAGGACTATCAAGAAGAAGCAACAGACCTGAAGTTGCAAGAT
GAACATACTAATCTCTCCCAAGTTTTGACTAGTGATAAGGCGTTTCGGAGTTCCGAGCTC
TTAGAACCTCTCCTCATGTAACTTCTATTACAAGTCAGTTTCTAGATGACAACAATAAAA
CCGCAAAATGAAATGGATCGACGATCTGTTTCTCTAGGAGAACTATATGTTATACATACT
TGCAATGAGCT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 2 7

CO CL760Contig1 636 3 9 U
ACACACACTATAGAGTTATATTTTATAACACAAACCATTCAGACAAACGAACAATTGCAA
TGCCCTCCTCCACATTATTCTTAACATGTTACGAACCTGAGAAGGGATAAAAGTATAATA
CAATCATAATACAGGTGGTACCATTGTAGAGATCATTATTTACACAAATGCAAAGAAACG
TTTATGGAATGAGTGTGTGTCTAAATCCATACATTTTAGACAGTTCAGAAAGTCTGCAAA
GATCCGTGCGAATAATACACAGCAGTTGTGTTCCGGCAACCATCTTTTTTTTTTT****A
ACATTCAAGAGTCAGCCGACCCGGGCTGCCTTTGAACCATTTCCTCTGCCGCTGGACACG
CGCGTAAGAGTGTGCAGACGTCATTTTTAACAAGGAAATCGTTTGCATTAACCAGGATCA
GAGGTCCATACTCGAACACCAACTTCTTGCACTTCTTCTCGTAGTTCTTGAATGATTTGC
ATCCCTTGAGAAGTAGCTCAACTATATCCAACTGAGTGTCAGGATCTTGGAGTTTGATGA
GAATATCTGAAACAGTCTTGTGGCATACAGCGCAGCTATCCTGACGGGCTTCTTCCACAA
GAGCTGCCACTTTGTCACAAAGATTCATCCTCTTGC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3DY09TF C 1
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C

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TCTTGCACTTCTTCTCGTAGTTCTTGAATGATTTGCATCCCTTGAGAAGTAGCTCAACTA
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TCATCCTCTT

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ACAGTTCAAAAAGTCTGCAAAGATCCGTGCGAATAATACACAGCAGTTGTGTTCCGGCAA
CCATCTTTTTTTTTTT****AACATTCAAGAGTCAGCCGACCCGGGCTGACTCTGAACCA
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CGTTTGCATTAACCAGGATCAGAGGTCCATACTCGAACACCAACTTCTTGCACTTCTTCT
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CAGGATCTTGGAGTTTGATGAAAATATCTGAAACAGTCTTGTGGCATACAGCGCAGCTAT
CCTGACGGGCTTCTTCCACAAGAGCTGCCACTTTGTCACAAAGATTCATCCTCTTGC

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DS 



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TTATTAACATTCAAGAATCAGCCGACCCGGGCTGCCTTTTAACCATTTCCTCTGCCGCTG
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ATTTGCATCCCTTGAGAAGTAGCTCAACTATATCCAACTGAGTGTCAGGATCTTGGAGTT
TGATGAGAATATCTGAAACAGTCTTGTGGCATACAGCGCAGCTATCCTGACGGGCTTCTT
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GCGCAAAACCGCGCATATGGGAGCACCGCTCATGAAGGTCCTCGATAACCTGTGCTTGTG
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TCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3EI86JQ U 1
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TTT
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CCC

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GTTCCAGCTTTTGGTCCCATTTGATTCCTATTTCTAAGAACAATAGAGCAACTTAATGAA
TCGCAGGCTCTGGCTTGGAGGAGAAGAAGAAGGTATCAATCACAAGCAGATCCGTTCGAA
TTGGTCGTTTGCGTATGAATGTTGGTAGGTCAAATAATTGGCGAGAGGTTTTCTCAAACC
ACAAGCAATCATTCATCCGTCC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 3 8

CO CL761Contig1 914 4 8 U
GGTTTGATATTTCGCAAGATGCGAGATTTACGGCCTTATATATAATTTAATAAATAAACA
TAAAACACCAAACTTACATAAGATTTTGAAATCATAGTTTTTAAAAAGAAGAGAAATCCA
ACGAGTAAAGATGCCAAAGTTTCTAGAGTCGAGTCGACCGCAGTCGTATTAAGTATGACT
TAAAATGATAATTAAAGCACAAAACCTCACACTTAAATACTAGTTATAGTTGTAAAGTGT
CCATCAAGTTTCTAGAGTCGGCCGCAATCGTATTTAGTATGACGAATCTGATGACGTCCA
AACAACAGCACCAACAACACAATAAACATGAGCCTGACGACCGTTGACTGCGTTTGTAGC
GACCGTCCCGTCAAATACGTCTGCGTCGAAAGCGCGACTAACCTCATCCTACGTTCATTC
ACATACTCATCGATAGCTTCTCCAATGCTTTTCACCGAACAACCCTTTAACGAGTCCCCA
TGGTCCGGACCCATTTTCCTAGCTAGACATCTAGCAAGAACAACCGAATCCTCAAGCGCA
GCCGAGCCGCCTTGTCCGAGGAACGGACCCATCACGTGCATTGCATCGCCAGCTACAGTC
ACGGCCCCACGACGGAATTTCCCGAACATGATTTCCAACGGCGAACGGTACCTTAAATGC
GTCAACGTTAATGCCTCCACATCGCTTCTTTTCACCATTTCTTTCCAGTCTTCAGATAAC
TTATCGACCCATTTTAGAGTCACCTTTGCGATCGATTCTTGATCCTTAACCTTGTATTGG
CTGTCTTGCATATGCACTACGAACCAAAAGGACTTGGTTGTCGCTCAAAGGAAGTCTTCC
GACTAGGACGTTTCCTGTTTTCATCCTTAGAAGCTCATGTGGAAATCCGTGGCCGTTTGG
GTAATTAGTGAACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B755JQ U 1
AF RR3BX34JQ U 1
AF RR3BU19JQ U 76
AF RR3B755TF C 89
BS 1 649 RR3B755JQ
BS 650 751 RR3BX34JQ
BS 752 808 RR3BU19JQ
BS 809 809 RR3B755TF
BS 810 876 RR3BU19JQ
BS 877 877 RR3B755TF
BS 878 900 RR3BU19JQ
BS 901 914 RR3B755TF

RD RR3B755JQ 649 0 0
GGTTTGATATTTCGCAAGATGCGAGATTTACGGCCTTATATATAATTTAATAAATAAACA
TAAAACACCAAACTTACATAAGATTTTGAAATCATAGTTTTTAAAAAGAAGAGAAATCCA
ACGAGTAAAGATGCCAAAGTTTCTAGAGTCGAGTCGACCGCAGTCGTATTAAGTATGACT
TAAAATGATAATTAAAGCACAAAACCTCACACTTAAATACTAGTTATAGTTGTAAAGTGT
CCATCAAGTTTCTAGAGTCGGCCGCAATCGTATTTAGTATGACGAATCTGATGACGTCCA
AACAACAGCACCAACAACACAATAAACATGAGCCTGACGACCGTTGACTGCGTTTGTAGC
GACCGTCCCGTCAAATACGTCTGCGTCGAAAGCGCGACTAACCTCATCCTACGTTCATTC
ACATACTCATCGATAGCTTCTCCAATGCTTTTCACCGAACAACCCTTTAACGAGTCCCCA
TGGTCCGGACCCATTTTCCTAGCTAGACATCTAGCAAGAACAACCGAATCCTCAAGCGCA
GCCGAGCCGCCTTGTCCGAGGAACGGACCCATCACGTGCATTGCATCGCCAGCTACAGTC
ACGGCCCCACGACGGAATTTCCCGAACATGATTTCCAACGGCGAACGGT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3BX34JQ 751 0 0
GGTTTGATATTTCGCAAGATGCGAGATTTACGGCCTTATATATAATTTAATAAATAAACA
TAAAACACCAAACTTACATAAGATTTTGAAATCATAGTTTTTAAAAAGAAGAGAAATCCA
ACGAGTAAAGATGCCAAAGTTTCTAGAGTCGAGTCGACCGCAGTCGTATTAAGTACGACT
TAAAATGATAATTAAAGCACAAAACCTCACACTTAAATACTAGTTATAGTTGTAAAGTGT
CCATCAAGTTTCTAGAGTCGGCCGCAATCGTATTTAGTATGACGAATCTGATGACGTCCA
AACAACAGCACCAACAACACAATAAACATGAGCCTGACGACCGTTGACTGCGTTTGTAGC
GACCGTCCCGTCAAATACGTCTGCGTCGAAAGCGCGACTAACCTCATCCTACGTTCATTC
ACATACTCATCGATAGCTTCTCCAATGCTTTTCACCGAACAACCCTTTAACGAGTCTCCA
TGGTCCGGACCCATTTTCCTAGCTAGACATCTAGCAAGAACAACCGAATCCTCAAGCGCA
GCCGAGCCGCCTTGTCCGAGGAACGGACCCATCACGTGCATTGCATCACCAGCTACAGTC
ACGGTCCCACGACGGAATTTCCCGAACATGATTTCCAACGGCGAACGGTACCTTAAATGC
GTCAACGTTAATGCCTCCACATCGCTTCTTTTCACCATTTCTTTCCAGTCTTCAGATAAC
TTATCGACCCATTTTAGAGTCACCTTTGCGA

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3BU19JQ 825 0 0
G
CATAAGATTTTGAAATCATAGTTTTTAAAAAGAAGAGAAATCCAACGAGTAAAGATGCCA
AAGTTTCTAGAGTCGAGTCGACCGCAGTCGTATTGAGTATGACTTAAAATGATAATTAAA
GCACAAAACCTCACACTTAAATACTAGTTATAGTTGTAAAGTGTCAATCAAGTTTCTAGA
GTCGGCCGCAATCGTATTTAGTATGACGAATCTGATGACGTCCAAACAACAGCACCAACA
ACACAATAAACATGAGCCTGACGACCGTTGACTGCGTTTGTAGCGACCGTCCCGTCAAAT
ACGTCTGCGTCGAAAGCGCGACTAACCTCATCCTACGTTCATTCACATACTCATCGATAG
CTTCTCCAATGCTTTTCACCGAACAACCCTTTAACGAGTCTCCATGGTCCGGACCCATTT
TCCTAGTTAGACATCTAGCAAGAACAACCGAATCCTCAAGCGCAGCCGAGCCGCCTTGTC
CGAGGAACGGACCCATCACGTGCATTGCATCGCCAGCTACAGTCACGGTCCCACGACGGA
ATTTCCCGAACATGATTTCCAACGGCGAACGGTACCTTAAATGCGTCAACGTTAATGCCT
CCACATCGCTTCTTTTCACCATTTCTTTCCAGTCTTCAGATAACTTATCGACCCATTTTA
GAGTCACCTTTGCGATCGATTCTTGATCCTTAACCTTGTATTGGCTGTCTTGCATATGCA
CTACGAACCAAAGGGACTTGGTTGTCGCTCAAAGGAAGTCTTCCGACTAGGACGTTTCCT
GTTTTCATCCTTAGAAGCTCGTGTGGAAATCCGTGGCCGTTTGG

QA 2 825 2 825
DS 

RD RR3B755TF 826 0 0
AAATCATAGTTTT*AAAAAGAAGAGAAATCCAACGAGTAAAGATGCCAAAGTTTCTAGAG
TCGAGTCGACCGCAGTCGTATTAAGTATGACTTAAAATGATAATTAAAGCACAAAACCTC
ACACTTAAATACTAGTTATAGTTGTAAAGTGTCCATCAAGTTTCTAGAGTCGGCCGCAAT
CGTATTTAGTATGACGAATCTGATGACGTCCAAACAACAGCACCAACAACACAATAAACA
TGAGCCTGACGACCGTTGACTGCGTTTGTAGCGACCGTCCCGTCAAATACGTCTGCGTCG
AAAGCGCGACTAACCTCATCCTACGTTCATTCACATACTCATCGATAGCTTCTCCAATGC
TTTTCACCGAACAACCCTTTAACGAGTCCCCATGGTCCGGACCCATTTTCCTAGCTAGAC
ATCTAGCAAGAACAACCGAATCCTCAAGCGCAGCCGAGCCGCCTTGTCCGAGGAACGGAC
CCATCACGTGCATTGCATCGCCAGCTACAGTCACGGCCCCACGACGGAATTTCCCGAACA
TGATTTCCAACGGCGAACGGTACCTTAAATGCGTCAACGTTAATGCCTCCACATCGCTTC
TTTTCACCATTTCTTTCCAGTCTTCAGATAACTTATCGACCCATTTTAGAGTCACCTTTG
CGATCGATTCTTGATCCTTAACCTTGTATTGGCTGTCTTGCATATGCACTACGAACCAAA
AG*ACTTGGTTGTCGCTCAAAGGAAGTCTTCCGACTAGGACGTTTCCTGTTTTCATCCTT
AGAAGCTCATGTGGAAATCCGTGGCCGTTTGGGTAATTAGTGAACC

QA 1 826 1 826
DS 



CO CL761Contig2 697 2 8 U
GGAGACAAGTATAAACAAGTACATAAAGTAAACTCCAGATCTAAAAATCTCAGGTGTTAA
ACTGAAAGAACTATGGAAGAAATCGGAATAGTTATCGTCGGAGGCGGCATCGCTGGTCTA
GCCACTTCCCTTGCTCTTCACAGAAAAGGAATGAAGAGTGTTGTGTTGGAGAGAGCTGAG
AGAGTGAGGTCGGAAGGAGCTGGAATTGGAACTCTTACTAATGGTTGGAGAGCTCTTGAT
CAGCTTGGCGTCTCTGATCGTCTTCGTCTCACTTCTAATCTTATTCATAAAGCACGGACC
ATGTTGATTGAGGATGGGAAGAAAAAAACGAGAATTCGTCTTAAACATCAAAGACGAAGC
TCGTTGTATCAGAAGGAACGATCTGGTTGAGGCCTTAGCCGATGCTCTCCCTGATGGAAC
CATCCGATTCAATTCCCAAATTGTTTCGATCCAAGAGGACGAAACTACGCCGTTTCCAAT
CGTTCACTTATCCAATGGAAATACGATCAAAGCCAAGATCTTGATTGGATGCGATGGTGC
AAATTCTATCGTCAGTGGTTATCTGCGGTTAGGCCCTAAGAAAGCATTTGCTTGTCTTGC
GGTGAGAGGGTTCACTAATTACCCAAACGGCCACGGATTTCCACATGAGCTTCTAAGATG
AAACAGGAAACGTCCTAGTCGGAGACTTCCTTTGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BU19TF U 1
AF RR3BX34TF U 5
BS 1 327 RR3BU19TF
BS 328 328 RR3BX34TF
BS 329 469 RR3BU19TF
BS 470 470 RR3BX34TF
BS 471 514 RR3BU19TF
BS 515 515 RR3BX34TF
BS 516 568 RR3BU19TF
BS 569 697 RR3BX34TF

RD RR3BU19TF 568 0 0
GGAGACAAGTATAAACAAGTACATAAAGTAAACTCCAGATCTAAAAATCTCAGGTGTTAA
ACTGAAAGAACTATGGAAGAAATCGGAATAGTTATCGTCGGAGGCGGCATCGCTGGTCTA
GCCACTTCCCTTGCTCTTCACAGAAAAGGAATGAAGAGTGTTGTGTTGGAGAGAGCTGAG
AGAGTGAGGTCGGAAGGAGCTGGAATTGGAACTCTTACTAATGGTTGGAGAGCTCTTGAT
CAGCTTGGCGTCTCTGATCGTCTTCGTCTCACTTCTAATCTTATTCATAAAGCACGGACC
ATGTTGATTGAGGATGGGAAGAAAAAA*CGAGAATTCGTCTTAAACATCAAAGACGAAGC
TCGTTGTATCAGAAGGAACGATCTGGTTGAGGCCTTAGCCGATGCTCTCCCTGATGGAAC
CATCCGATTCAATTCCCAAATTGTTTCGATCCAAGAGGACGAAACTACGTCGTTTCCAAT
CGTTCACTTATCCAATGGAAATACGATCAAAGCCCAGATCTTGATTGGATGCGATGGTGC
AAATTCTATCGTCAGTGGTTATCTGCGG

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3BX34TF 693 0 0
GG
AAGTATAAACAAGTACATAAAGTAAACTCCAGATCTAAAAATCTCAGGTGTTAAACTGAA
AGAACTATGGAAGAAATCGGAATAGTTATCGTCGGAGGCGGCATCGCTGGTCTAGCCACT
TCCCTTGCTCTTCACAGAAAAGGAATGAAGAGTGTTGTGTTGGAGAGAGCTGAGAGAGTG
AGGTCGGAAGGAGCTGGAATTGGAACTCTTACTAATGTTTGGAGAGCTCTTGATCAGCTT
GGCGTCTCTGATCGTCTTCGTCTCACTTCTAATCTTATTCATAAAGCACGGACCATGTTG
ATTGAGGATGGGAAGAAAAAAACGAGAATTCGTCTTAAACATCAAAGACGAAGCTCGTTG
TATCAGAAGGAACGATCTGGTTGAGGCCTTAGCCGATGCTCTCCCTGATGGAACCATCCG
ATTCAATTCCCAAATTGTTTCGATCCAAGAGGACGAAACTACGCCGTTTCCAATCGTTCA
CTTATCCAATGGAAATACGATCAAAGCCAAGATCTTGATTGGATGCGATGGTGCATATTC
TATCGTCAGTGGTTATCTGCGGTTAGGCCCTAAGAAAGCATTTGCTTGTCTTGCGGTGAG
AGGGTTCACTAATTACCCAAACGGCCACGGATTTCCACATGAGCTTCTAAGATGAAACAG
GAAACGTCCTAGTCGGAGACTTCCTTTGAGC

QA 3 693 3 693
DS 



CO CL761Contig3 1185 2 10 U
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GATGGGAAGAAAAAACGAGAATTCGTCTTAAACATCAAAGACGAAGCTCGTTGTATCAGA
AGGAACGAATTGGTTGAGGCCTTAGCCGATGCTCTCCCTGATGGAACCATCCGGTTCAGT
TCCCAAATTGTTTCGATCCAAGAGGACGAAACTACGTCGTTTCCAATCGTTCACTTATCC
AATGGAAATACGATCAAAGCCAAGGTCTTGATTGGATGCGATGGTGCAAATTCTGTCGTC
AGTGATTATCTGCGGTTAGGCCCTAAAAAGGCGTTTGCCTGTCGTGCGGTGAGAGGGTTC
ACTAATTACCCAAACGGCCACGGATTTCCAAATGAGCTTCTAAGGATGAAAACAGGAAAC
GTCCTAGTCGGAAGACTTCCTTTGAGCGACAACCAAGTCTTTTGGTTTGTAGTGCATATG
CAAGACAGCCAATACAAGGTTAAGGATCAAGCATCGATCGCAAAGGTGACTCTAAAATGG
GTCGATAAGTTATCTGAAGACTGGAAAGAAATGGTGAAAAGATGCCATGTGGAGTCATTA
ACATTGACACACTTAAGGTACCGTTCGCCGTTGGAAATCATGTTCGGGAAATTTAGACGT
GGGACCGTGACTGTAGCTGGCGATGCAATGCACGTGATGGGTCCATTCCTCGGACAAGGC
GGCTCGGCCGCGCTAGAGGATTCGGTTGTTCTTGCTAGATGTCTAGCTAGGAAAATGGGT
CCCGACCATGGAGACTCGTTAAAGGATTGTTCGATGAAAAGCATTGGAGAAGCTATTGAT
GAGTATGTGAATGAACGTAGGATGAGACTAGTCGCGCTTTCGACGCAGACGTATTTGACG
GGACGGTCGCTACAAACGCAGTCAACGGTCGTCAGGCTCATGTTTATTGTGTTGTTGGTG
CTGTTGTTTGGGCGTCATCAGATTCGTCATACTAAATACGATTGCGGCCGACTCTAGAAA
CTTGATGGACACTCGTAACTAGTCTTCTATTCTAGTGTGAGGTTTTGTGCTTTAATTATC
GTTCTAAGTCATACTAAATACGACTGCGGTCGACTCTAGAAACTTTGTCATCTTATTCGT
TGGATTTCTCTTCTTTTTAAAATCTATAATTTCAAAATCTTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CD09TF U 1
AF RR3CD09JQ C 428
BS 1 718 RR3CD09TF
BS 719 719 RR3CD09JQ
BS 720 744 RR3CD09TF
BS 745 745 RR3CD09JQ
BS 746 774 RR3CD09TF
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BS 788 819 RR3CD09TF
BS 820 1185 RR3CD09JQ

RD RR3CD09TF 824 0 0
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GATGGGAAGAAAAAACGAGAATTCGTCTTAAACATCAAAGACGAAGCTCGTTGTATCAGA
AGGAACGAATTGGTTGAGGCCTTAGCCGATGCTCTCCCTGATGGAACCATCCGGTTCAGT
TCCCAAATTGTTTCGATCCAAGAGGACGAAACTACGTCGTTTCCAATCGTTCACTTATCC
AATGGAAATACGATCAAAGCCAAGGTCTTGATTGGATGCGATGGTGCAAATTCTGTCGTC
AGTGATTATCTGCGGTTAGGCCCTAAAAAGGCGTTTGCCTGTCGTGCGGTGAGAGGGTTC
ACTAATTACCCAAACGGCCACGGATTTCCAAATGAGCTTCTAAGGATGAAAACAGGAAAC
GTCCTAGTCGGAAGACTTCCTTTGAGCGACAACCAAGTCTTTTGGTTTGTAGTGCATATG
CAAGACAGCCAATACAAGGTTAAGGATCAAGCATCGATCGCAAAGGTGACTCTAAAATGG
GTCGATAAGTTATCTGAAGACTGGAAAGAAATGGTGAAAAGATGCCATGTGGAGTCATTA
ACATTGACACACTTAAGGTACCGTTCGCCGTTGGAAATCATGTTCGGGAAATTTAGACGT
GGGACCGTGACTGTAGCTGGCGATGCAATGCACGTGATGGGTCCATTCCTCGGACAAG*C
GGCTCGGCCGCGCTAGAGGATTCG*TTGTTCTTGCTAGATGTCTAGCTAGGAAA*TGGGT
CCCGAC*ATGGAGACTCGTTAAAGGATTGTTCGATGAAA
GCATG

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR3CD09JQ 758 0 0
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GCCAATACAAGGTTAAGGATCAAGCATCGATCGCAAAGGTGACTCTAAAATGGGTCGATA
AGTTATCTGAAGACTGGAAAGAAATGGTGAAAAGATGCCATGTGGAGTCATTAACATTGA
CACACTTAAGGTACCGTTCGCCGTTGGAAATCATGTTCGGGAAATTTAGACGTGGGACCG
TGACTGTAGCTGGCGATGCAATGCACGTGATGGGTCCATTCCTCGGACAAGGCGGCTCGG
CCGCGCTAGAGGATTCGGTTGTTCTTGCTAGATGTCTAGCTAGGAAAATGGGTCCCGACC
ATGGAGACTCGTTAAAGGATTGTTCGATGAAAAGCATTGGAGAAGCTATTGATGAGTATG
TGAATGAACGTAGGATGAGACTAGTCGCGCTTTCGACGCAGACGTATTTGACGGGACGGT
CGCTACAAACGCAGTCAACGGTCGTCAGGCTCATGTTTATTGTGTTGTTGGTGCTGTTGT
TTGGGCGTCATCAGATTCGTCATACTAAATACGATTGCGGCCGACTCTAGAAACTTGATG
GACACTCGTAACTAGTCTTCTATTCTAGTGTGAGGTTTTGTGCTTTAATTATCGTTCTAA
GTCATACTAAATACGACTGCGGTCGACTCTAGAAACTTTGTCATCTTATTCGTTGGATTT
CTCTTCTTTTTAAAATCTATAATTTCAAAATCTTATGC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 4

CO CL762Contig1 1044 4 37 U
GTATGGTTCATCTTCAAAGACGATCCTTTCATAGTATTTTATTTTTCTTCTTATTTTGTA
AAAAAGAAAACAAATGAACAATTTTTAAAGGAAAAAAGAAAACAGAGAGAGATTGGTTTC
CAAAAGATTAGAAAGACATTGGAGGAGGTTCTCTTAACTCAAGGCTTGAGAGCGAGAGCA
AACCCAACCTTAGCACTCTTCTCGATGGCCTTAGAGTCAACCTCTCCAGAGATGGTGATG
AACGACTTCGGAAGCCACTCGTGTTGGATCAGAGCGTTGGCTATACCAGCATTGTTCACG
CGTGTCTTAACCGTGGTCAATGGGTCAAGAGCGTGCTGAGCACCCACGGTTATCGTGTTC
ACTTGGCTCTTCAAGCTGTGGCTAACCTCGGCTCCAACCACTGTGTTCTTCAACGGGTTC
ACAATGTGGTAGTACGATGCATTCAATCTCTCACCTTTGTCACTCAGAGTAAGAGAAGCA
ATCAAATCATCCTTGGTGAAGCTCACACCAGCATTGAAATGTTTGAAGTTGCCAGATTCC
GTGTCAAAGGACACATCGGTACCAAGAGCCAACACACTGGTTCCAATCACAACGGAGAAA
TTGACAACGGGGCTAGCTGTCAGTCCAACGCTGGTACAGATACCTGCATGGGGATGCAGA
TACTGGAGCTCAACCTTGGCAGATTTCTGATCAGGCACCTTGGCGCTAAGGATTGCCTTC
AATCCAGGGGTAGCCTCATCATAGGTGACAGTGGTAAGGATAGAAGAATCAGAGGCAACT
TTGATATCAGCAGTTAAGTTCTTGTTCTTGATTTGGGTAAGTACATCACCCACAAACAAA
TCTCCCTTGTTTGTTCCAGTTGTTGTAATTGCAACACCGGTTGAAGAGTAAGTGGTGATA
CTGAGCTTCTGGTCTCCTTGGTAGTCCTTGTACAAAAGATCTCTGGCCTTTTTGCCGATC
TCGGTGTAGAGTCCTGGACCTTTACCCATGATTGTCTCTTTGAAGAAGTTGTGATGAAGA
ATGGAGCAGAGAAGAGAGCTGTCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 5 25 25 25 25 25 10 25 5 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3G514JQ U 1
AF RR3BS77JQ U 146
AF RR3BS77TF C 327
AF RR3DS39TF C 327
BS 1 182 RR3G514JQ
BS 183 183 RR3BS77JQ
BS 184 188 RR3G514JQ
BS 189 189 RR3BS77JQ
BS 190 308 RR3G514JQ
BS 309 309 RR3BS77JQ
BS 310 405 RR3G514JQ
BS 406 406 RR3BS77JQ
BS 407 447 RR3G514JQ
BS 448 448 RR3BS77JQ
BS 449 455 RR3G514JQ
BS 456 456 RR3BS77JQ
BS 457 461 RR3G514JQ
BS 462 463 RR3BS77JQ
BS 464 509 RR3G514JQ
BS 510 510 RR3BS77JQ
BS 511 512 RR3G514JQ
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BS 540 540 RR3BS77JQ
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BS 593 599 RR3G514JQ
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BS 601 635 RR3G514JQ
BS 636 636 RR3BS77JQ
BS 637 713 RR3G514JQ
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BS 770 770 RR3BS77TF
BS 771 777 RR3BS77JQ
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BS 779 830 RR3BS77JQ
BS 831 1032 RR3BS77TF
BS 1033 1033 RR3DS39TF
BS 1034 1042 RR3BS77TF
BS 1043 1044 RR3DS39TF

RD RR3G514JQ 769 0 0
GTATGGTTCATCTTCAAAGACGATCCTTTCATAGTATTTTATTTTTCTTCTTATTTTGTA
AAAAAGAAAACAAATGAACAATTTTTAAAGGAAAAAAGAAAACAGAGAGAGATTGGTTTC
CAAAAGATTAGAAAGACATTGGAGGAGGTTCTCTTAACTCAAGGCTTGAGAGCGAGAGCA
AATCCAACTTTAGCACTCTTCTCGATGGCCTTAGAGTCAACCTCTCCAGAGATGGTGATG
AACGACTTCGGAAGCCACTCGTGTTGGATCAGAGCGTTGGCTATACCAGCATTGTTCACG
CGTGTCTTCACCGTGGTCAATGGGTCAAGAGCGTGCTGAGCACCCACGGTTATCGTGTTC
ACTTGGCTCTTCAAGCTGTGGCTAACCTCGGCTCCAACCACTGTGCTCTTCAACGGGTTC
ACAATGTGGTAGTACGATGCATTCAATTTCTCACCCTTGTCGTTCAGAGTAAGAGAAGCA
ATCAAATCATCCTTGGTGAAGCTCACACCGGCGTTGAAATGTTTGAAGTTGCCAGATTCT
GTGTCAAAGGACACATCGGTACCAAGAGCCAACACACTGGTTCCAATCACACCGGAGAAG
TTGACAACGGGGCTAGCTGTCAGTCCAACGCTGGTGCAGATACCTGCATGGGGATGCAGA
TACTGGAGCTCAACCTTGGCAGATTTCTGATCAGGCACCTTGGCGCTAAGGATAGCCTTC
AATCCAGGGGTAGCCTCATCATAGGTGACAGTGGTAAGGATAGAAGAAT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3BS77JQ 686 0 0
AAAAAACAGTGG
CTCAAGGCTTGAGAGCGAGAGCAAACCCAACCTTTGCACTCTTCTCGATGGCCTTAGAGT
CAACCTCTCCAGAGATGGTGATGAACGACTTCGGACGCCACTCGTGTTGGATCAGCGCGT
TGGCTATACCAGCATTGTTCACGCGTGTCTTAACCGTGGTCAATGGGTCAAGAGCGTGCT
GAGCACCCACGGTTATCGTGTTCACTTGGCTCTTCAAGCTGTGGCTAACCTCGGCTCCAA
CCACTGTGTTCTTCAACGGGTTCACAATGTGGTAGTACGATGCATTCAATCTCTCACCTT
TGTCACTCAAAGTAAGAAAAGCAATCAAATCATCCTTGGTGAAGCTCACACCAGCATTGA
AATGTTTGAAGTTGCCAGATTCCGTGTCAAAGGACACATCGGTACCAAGAGCCAACACAC
TGGTTCCAATCACAACGGAGAAATTGACAACGGGGCTAGC*GTCAGTCCAACGCTGGTAC
AGATACCTGCATGGGGATGCAGATACTGGAGCTCAACCTTGGCAGATTTCTGATCAGGCA
CCTTGGCGCTAAGGATTGCCTTCAATCCAGGGGTAGCCTCATCATAG*TGACAGTGGTAA
GGATAGAAGATC*AGAGGCA*CTTTGATATCAGCAGTTAAGTTCTTGTTCTTGATTTGGG
TAAGTACATCACC
A

QA 13 685 13 685
DS 

RD RR3BS77TF 717 0 0
AAGAGCGTGCTGAGCACCCACGGTTATCGTGT*CACTTGGCTCTTCAAGCTGTGGCTAAC
*TCGGCTCCAACCACTGTGTTCTTCAACGGGTTCACAATGTGGTAGTACGATGCATTCAA
TCTCTCACCTTTGTCACTCAGAGTAAGAGAAGCAATCAAATCATCCTTGGTGAAGCTCAC
ACCAGCATTGAAATGTTTGAAGTTGCCAGATTCCGTGTCAAAGGACACATCGGTACCAAG
AGCCAACACACTGGTTCCAATCACAACGGAGAAATTGACAACGGGGCTAGC*GTCAGTCC
AACGCTGGTACAGATACCTGCATGGGGATGCAGATACTGGAGCTCAACCTTGGCAGATTT
CTGATCAGGCACCTTGGCGCTAAGGATTGCCTTCAATCCAGGGGTAGCCTCATCATAGGT
GACAGTGGTAAGGATAGAAGAATCAGAGGCAACTTTGATATCAGCAGTTAAGTTCTTGTT
CTTGATTTGGGTAAGTACATCACCCACAAACAAATCTCCCTTGTTTGTTCCAGTTGTTGT
AATTGCAACACCGGTTGAAGAGTAAGTGGTGATACTGAGCTTCTGGTCTCCTTGGTAGTC
CTTGTACAAAAGATCTCTGGCCTTTTTGCCGATCTCGGTGTAGAGTCCTGGACCTTTACC
CATGATTGTCTCTTTGAAGAAGTTGTGATGAAGAATGGAGCAGAGACGAGAGCTGT
C

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3DS39TF 718 0 0
AAGAGCGTGCTGAGCACCCACGGTTATCGTGTTCACTTGGCTCTTCAAGCTGTGGCTAAC
*TCGGCTCCAACCACTGTGTTCTTCAACGGGTTCACAATGTGGTAGTACGATGCATTCAA
TCTCTCACCTTTGTCATTCAGAGTAAGGGAAGCAATCAAATCATCCTTGGTGAAGCTCAC
ACCAGCATTGAAATGTTTGAAGTTGCCAGATTCCGTGTCAAAGGAGACATCGGTACCAAG
AGCCAACACACTGGTTCCAATCACACCGGAGAAGTTGACAACGGGGCTAGCTGTCAGTCC
AACGCTGGTGCAGATACCTGCATGGGGATGCAGATACTGGAGCTCAACCTTGGCAGATTT
CTGATCAGGCACCTTGGCGCTAACGATTGCCTTCAATCCAGGGGTAGCCTCATCATAGGT
GACAGTGGTAAGGATAGAAGAATCAGAGGTAACCTTGATATCAGCAGTTAAGTTCTTGTT
CTTGATTTGGGTAAGTACATCACCCACAAACAAATCTCCCTTGTTTGTTCCAGTTGTTGT
GATTGCAACACCGGTTGAAGAGTAAGTGGTGATGCTGAGCTTCTGGTCTCCTTGGTAGTC
CTTGTACAAAAGATCTCTGGCCTTTTTGCCGATCTCGGTGTAGAGTCCTGGACCTTTACC
CATGATTGTCTCTTTGAAGATGTTGTGATGAAGAATG*AGCAGAGAAGAGAGCTGTCC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 2 8

CO CL763Contig1 718 4 8 U
CAAACACATAGTTGTATAACCATAGTGTATAGTTCCATCATACAACATGTCTCTCAATGT
TTTTTTTTTTTTGGAACTTTAACATGTCTCTCAATGTTACCAGACATAAACTCTTTTAAC
ACATCAACAGCACCTGTTCAGGATAAAAAAGGATCAGCTTCAAGAGCACATAGCTCTCTC
CACAACCTCCTGCAACTCACCACTCTGAAACGCCTCGAGAGTGATATAACAGCCCCCGAA
AAACTCGCCGCCGATGTAAAGCTGAGGAAACGTCGGCCAACTCGAGTACTCTTTAAGCCC
TTGCCTCACCATCTCGTTCTCGAGAATGTTCACGTCTTCGAAAGGAACGTTCAGACTCTT
CAGGATCTGCACCACCGTGTTCGAGAATCCGCACATCGGGAAATCCCTCGTCCCTTTCAT
GAACAGCACCACTTTCTCCGATTTCACCAGCTTCTCCAGCGTGTCTCTCAGCTGCGGCGT
GAGCGACGCCGACGAAGAAGCGGAGCATCGGAACTTCGCGGCGTGGGGAGATGGTTTGAG
TTTGAGATTGGAGCGGACGGCGAGTGATGAGGAGACGAATCTGAGAGATTGAGGCTTGTT
GATAATTGAGGATGAGATGAAGACGACGCCGGGAGGTGTCAAGGTCGGCGTTTTGACAGA
TCGGAGAGCCATTTTTTTTTATTTTTCTTTCTGGAGATTGGAAGTGGTTAAGTGTGTC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3ET37JQ U 1
AF RR3ET37TF C 3
AF RR3B561JQ U 73
AF RR3B561TF C 73
BS 1 102 RR3ET37JQ
BS 103 103 RR3B561JQ
BS 104 129 RR3ET37JQ
BS 130 130 RR3B561JQ
BS 131 143 RR3ET37JQ
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BS 145 150 RR3ET37JQ
BS 151 718 RR3B561JQ

RD RR3ET37JQ 150 0 0
CAAACACATAGTTGTATAACCATAGTGTATAGTTCCATCATACAACATGTCTCTCAATGT
TTTTTTTTTTTTGGAACTTTAACATGTCTCTCAATGTTACCAAACATAAACTCTTTTAAC
ACATCAACACCACCTGTTCAGGAAAAAAAA

QA 1 150 1 150
DS 

RD RR3ET37TF 694 0 0
G
ACACATAGTTGTATAACCATAGTGTATAGTTCCATCATACAACATGTCTCTCAATGTTTT
TTTTTTTT*GGAACTTTAACATGTCTCTCAATGTTACCAGACATAAACTCTTTTAACACA
TCAACAGCACCTGTTCAGGATAAAAAAGGATCAGCTTCAAGAGCACATAGCTCTCTCCAC
AACCTCCTGCAACTCACCACTCTGAAACGCCTCGAGAGTGATATCACAGCCCCCGAAAAA
CTCGCCGCCGATGTAAAGCTGAGGAAACGTCGGCCAACTCGAGTACTCTTTAAGCCCTTG
CCTCACCATCTCGTTCTCGAGAATGTTCACGTCTTCGAAAGGAACGTTCAGACTCTTCAG
GATCTGCACCACCGTGTTCGAGAATCCGCACATCGGGAAATCCCTCGTCCCTTTCATGAA
CAGCACCACTTTCTCCGATTTCACCAGCTTCTCCAGCGTGTCTCTCAGCTGCGGCGTGAG
CGACGCCGACGAAGAAGCGGAGCATCGGAACTTCGCGGCGTGGGGAGATGGTTTGAGTTT
GAGATTGGAGCGGACGGCGAGTGATGAGGAGACGAATCTGAGAGATTGAGGCTTGTTGAT
AATTGAGGATGAGATGAAGACGACGCCGGGAGGTGTCAAGGTCGGCGTTTTGACAGATCG
GAGAGCCATTTTTTTTTATTTTTCTTTCTGGCC

QA 2 694 2 694
DS 

RD RR3B561JQ 646 0 0
GGAACTTTAACATGTCTCTCAATGTTACCAGACATAAACTCTTTTAACACATCAACAGCA
CCTGTTCAGGATAAAAAAGGATCAGCTTCAAGAGCACATAGCTCTCTCCACAACCTCCTG
CAACTCACCACTCTGAAACGCCTCGAGAGTGATATAACAGCCCCCGAAAAACTCGCCGCC
GATGTAAAGCTGAGGAAACGTCGGCCAACTCGAGTACTCTTTAAGCCCTTGCCTCACCAT
CTCGTTCTCGAGAATGTTCACGTCTTCGAAAGGAACGTTCAGACTCTTCAGGATCTGCAC
CACCGTGTTCGAGAATCCGCACATCGGGAAATCCCTCGTCCCTTTCATGAACAGCACCAC
TTTCTCCGATTTCACCAGCTTCTCCAGCGTGTCTCTCAGCTGCGGCGTGAGCGACGCCGA
CGAAGAAGCGGAGCATCGGAACTTCGCGGCGTGGGGAGATGGTTTGAGTTTGAGATTGGA
GCGGACGGCGAGTGATGAGGAGACGAATCTGAGAGATTGAGGCTTGTTGATAATTGAGGA
TGAGATGAAGACGACGCCGGGAGGTGTCAAGGTCGGCGTTTTGACAGATCGGAGAGCCAT
TTTTTTTTATTTTTCTTTCTGGAGATTGGAAGTGGTTAAGTGTGTC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3B561TF 646 0 0
GGAACTTTAACATGTCTCTCAATGTTACCAGACATAAACTCTTTTAACACATCAACAGCA
CCTGTTCAGGATAAAAAAGGATCAGCTTCAAGAGCACATAGCTCTCTCCACAACCTCCTG
CAACTCACCACTCTGAAACGCCTCGAGAGTGATATAACAGCCCCCGAAAAACTCGCCGCC
GATGTAAAGCTGAGGAAACGTCGGCCAACTCGAGTACTCTTTAAGCCCTTGCCTCACCAT
CTCGTTCTCGAGAATGTTCACGTCTTCGAAAGGAACGTTCAGACTCTTCAGGATCTGCAC
CACCGTGTTCGAGAATCCGCACATCGGGAAATCCCTCGTCCCTTTCATGAACAGCACCAC
TTTCTCCGATTTCACCAGCTTCTCCAGCGTGTCTCTCAGCTGCGGCGTGAGCGACGCCGA
CGAAGAAGCGGAGCATCGGAACTTCGCGGCGTGGGGAGATGGTTTGAGTTTGAGATTGGA
GCGGACGGCGAGTGATGAGGAGACGAATCTGAGAGATTGAGGCTTGTTGATAATTGAGGA
TGAGATGAAGACGACGCCGGGAGGTGTCAAGGTCGGCGTTTTGACAGATCGGAGAGCCAT
TTTTTTTTATTTTTCTTTCTGGAGATTGGAAGTGGTTAAGTGTGTC

QA 1 646 1 646
DS 



CO CL763Contig2 719 4 4 U
CAAAAAAAAAGGATCTTAATCAATAAGGAGACTCTAAGACAGTAAAATACGGATTTTTTT
TTTCGACACATAGTTCCATCATACAACATGTCTCACAATGTTATACATGTCTCACAATGT
TATCAGACATAGACTCTTTTAACACATCAACAGCACCTTCGCTCAGGATTAAAAAGATCA
GCTTCAAGAGCACATAGCTCTTTCGACAACCTCCTGCAACTCACCACTCTGAAACGCCTC
GAGAGTGATATCGCAGCCACCGAAAAACTCGCCGCCGATGTAAAGCTGAGGAAACGTCGG
CCAGCTGGAGTACTCTTTAAGCCCTTGCCTCACCATCTCGTTTTCAAGAATATTCACGTC
TTCGAAAGGAACGTTCATAGTCTTCAGGATCTGCACCACCGTGTTCGAGAACCCGCACAT
CGGGAAATCCCTCGTCCCTTTCATGAACAGCACCACTTTCTCCGATTTCACCAGCTTCTC
CAGCGTGTCTCTCAGCTGCGGCGTGAGCGACGCCGACGAAGAAGCGGAGCATCGGAACTT
CGCGGCGTGGGGAGATGGTTTGAGTTTGAGATTGGAGCGGACGGCGAGTGATGAGGAGAC
GAATCTGAGAGATTGAGGCTTGTTGATAATTGAGGATGAGATGAAGACGATGCCGGGAGG
TGTCAAGGTCGGCGTTTTGACAGATCGGAGAGCCATTTTTTTTATTTTTCTTTCGGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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DS 



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BQ
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AF RR3HB77TF C 479
AF RR3EK15TF C 475
AF RR3AK88TF C 475
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BS 871 1164 RR3D809TF
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GC
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AATGTGCTGGAGATCCTCAGGACATTACATATTTAGCCACACTTATGTCTACAAATCCAA
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ATCACAGCATTAGAATTGATCACATGACTTTCAGAGCATCCAGTCTGGGATGTAACCTGG
CTGTGCCTGAGCTTGTGTTGTTGCAGTTATCTGCTCCGAGCATACTGGATTGTCATACCC
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ATGCACGTAGGAAGCATTATGTTCGTTACCTTCCCATCCTCCTTCACCCATATGATGACT
TCTCACACCAATCATATCATCCAGCTTCATAGCCAAAGCTCTATTGGTTTCAAGCAACAT
TTGCTCTTTGTTTTGAAGATCAGA

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GG
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ATATAGCAAGGTTACCCCAAAATACACAAATGTACTGGAGATCCTCAGGACATTACATAT
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GCTCCGAGCATACTGGATTGTCATACCCCATCTACAGAGTAGGATTGCATTCAAGAGGCT
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CCCATCCTCCTTCACCCATATGATGACTTCTCACACCAATCATATCAACCAGCTTCATAG
CCAAAGCTCTATTGGTTTCAAGCAACATTTGCTCTTTGTTTTGAAGATCAGA

QA 3 534 3 534
DS 

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ATACACAAATGTACTGGAGATCCTCAGGACATTACATATTTAGCCACACTTATGTCTACA
AATCCAAGTCTTAATTGTGTCAATAAATTTATATATAAAAAACAGGGTCTTTTTGCTGGA
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AACCTGGCTGTGCCTGAGCTTGTGTTGTTGCAGTTATCTGCTCCGAGCATACTGGATTGT
CATACCCCATCTGCAGAGTAGGATTGCATTCAAGAGGCTGGAATAGTCCTTGAGACTGAG
CTTGATGATGCACGTAGGAAGCATTATGTTCGTTACCTTCCCATCCTCCTTCACCCATAT
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AATTCAAAGGTCCTAAATCCTCACCAAGAAGATTTCTTTGTTGACGCTGAAGGCCCTCAT
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TGTTGATTTCA

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DS 

RD RR3D809JQ 786 0 0
G
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AGGACATTACATATTTAGCCACACTTATGTCTACAAATCCAAGTCTTAATTGTGTCAATA
AATTTATATATAAAAAACAGGGTCTTTTTGCTGGAGAGGTTGATCACAGCATTAGAATTG
ATCACATGACTTTCAGAGCATCCAGTCTGGGATGTAACCTGACTGTGCCTGAGCTTGTGT
TGTTGCAGTTATCTGCTCCGAGCATACTGGATTGTCATACCCCATCTGCAGAGTAGGATT
GCATTCAAGAGGCTGGAATAGTCCTTGAGACTGAGCTTGATGATGCACGTAGGAAGCATT
ATGTTCGTTACCTTCCCATCCTCCTTCACCCATATGATGACTTCTCACACCAATCATATC
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TCTGTAGCTGTTCTCAAGTTCTTTGGCAGGTTTGTTGTTGATTTCAATAGAACCGTAACT
GCATTTCTGGTACCGTTCTAGTGTCTTGATCATGTTTGGGGGAGCTGCAAAACTCATAGA
GCTTG

QA 2 786 2 786
DS 

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TCA
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TTTCAAGCAACATTTGCTCTTTGTTTTGAAGATCAGAGAGCTGGTCAAGCATGTACTGTG
TCTTGATGGAGCGGACTTGCTTGAGAGAGCCATCTAGTTGACGCTCAATCTGCTCTAATT
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CCCCTTCCCATTTTTTTTTTGTTCCTCTACAGTTTCCTCTTGTATATATATGGGTATGTA
AATGCTTATCTATATACAGACACACAAAAATTCTGATATCTGGTCTTTTTATAGTTCTTT
ATGGTCGTCTTGAGAAAGGAAATATGCCCT
CC

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DS 

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GTTGTTGATTTCAATAGAACCGTAACTGCATTTCTGGTACCGTTCTAGTGTCTTGATCAT
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TCTTCC

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DS 

RD RR3EK15TF 783 0 0
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TCTTGATGGAGCGGACTTGCTTGAGAGAGCCATCTAGTTGACGCTCAATCTGCTCTAATT
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GTTTGTTGTTGATTTCAATAGAACCGTAACTGCATTTCTGGTACCGTTCTAGTGTCTTGA
TCATGTTTGGGG*AGCTGCAAAACTCATAGAGCTTGCCACGGTTGGAGAAGATGATGAGA
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CGCTTTGCAAAAGTTACTTGTCTGTTGATCTTGTTCTCTATCCTCTTCAGCTCCACTCTT
CCCCTTCCCATTTTTTTTTTGTTCCTCTACAGTTTCCTCTTGTATATATATGGGTATGTA
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TGTTTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTATGTTTTGGAAGTGTGTGGAGGTTGTGAATC
T
CC

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DS 

RD RR3AK88TF 802 0 0
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TTTCAAGCAACATTTGCTCTTTGTTTTGAAGATCAGAGAGCTGGTCAAGCATGTACTGTG
TCTTGATGGAGCGGACTTGCTTGAGAGAGCCATCTAGTTGACGCTCAATCTGCTCTAATT
CCTTTGAATTCAAGGGTCCTAAATCCTCACCAAGAAGATTTCTTTGTTGACGCTGAAGGC
CCTCATATCTACCCTTTAGCTTCAGATACTCTCTGTAGCTGTTCTCAAGTTCTTTGGCAG
GTTTGTTGTTGATTTCAATAGAACCGTAACTGCATTTCTGGTACCGTTCTAGTGTCTTGA
TCATGTTTGGGG*AGCTGCAAAACTCATAGAGCTTGCCACGGTTGGAGAAGATAATGAGA
GCAACCTCAGCATCGCAAAGAACAGACAGTTCATAAGCTTTCTTCAACAAACCATTCCTA
CGCTTTGCAAAAGTTACTTGTCTGTTGATCTTGTTCTCTATCCTCTTCAGCTCCACTCTT
CCCCTTCCCATTTTTTTTTTGTTCCTCTACAGTTTCCTCTTGTATATATATGGGTATGTA
AATGCTTATCTATATACAGACACACAAAAATTCTGATATCTGGTCTTTTTATAGTTCTTT
ATGGTCGTCTTGAGAAAGGAAATATGCCCTAATTTCAAGAACAAGGTACCATAGGGTTCT
TGTTCATCTCTCTCTCTCTCTCTCT**TTATGTTTTGGAAGTGTGTGGAGGTTGTGAATC
TAGTTGAGATTTTTTTCTATCC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 2 8

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CCATTTGATGAGAATAGAGTTGTTCTGAATCCGTGCAAAGATGCAGATGGATTTGTGAAT
GCAAGCTTGATTAAGGCGTCTTCGTCTGAGAGAGTTTCTGAGTTTATTGCTACGCAAGGT
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ATTGTGATGCTCACTCGCTTGGTTGATAACTACAAGACTGTTAAATGCGGTGACTACTTT
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AAGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ09TF U 1
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AF RR3GN46TF U 538
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CGCGTTAAATCCCGCCGCCGATCGATCATGGCTACCGCAAACTCTACTTCAGCCTCGACT
CGTTTCGATTTCTCATCCGCTGATTCGCCCCCTCCCAAGCTCTCTCTCTCCCCCGATCAG
CTCAGCTACTGCCACCAAGCTCTCAGGATTCTCAAAGAAAAGATCTCAGATCCTGACTCC
ATCTCTCGGGAGTTCGCGAATCTGCAGGCTAATAGGATGAGAGCGTCGGATATGCTAATA
AACGCTACAGTGGCTATGAACAATGTCAATTTCGATAAGAACAGATACACCGACGTTTTG
CCATTTGATGAGAATAGAGTTGTTCTGAATCCGTGCAAAGATGCAGATGGATTTGTGAAT
GCAAGCTTGATTAAGGCGTCTTCGTCTGAGAGAGTTTCTGAGTTTATTGCTACGCAAGGT
CCTCTACAACGCACGACGGATGACTTCTGGGAGATGGTGGTTCAACAGCACTGTCCCGTC
ATTGTGATGCTCACTCGCTTGGTTGATAACTACAAGACTGTTAAATGCGGTGACTACTTT
CCAGCCGAAGATAATAAGCCCAGAAA*TTTGGCAACGTATCTGTTGTGATCAAATGGGTA
AAGACTACTGATACTTCACTGTTGTTGCGGAATTTTGAGGT
AACACA

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DS 

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AAAAAAAAAAAACCTAAGAAAGAAAGGGTCGATTCTCTCCGCCTCACACGACGGGCAATC
TCACTTCTTCCTGCCGCCGCGTTAAATCCCGCCGCCGATCGATCATGGCTACCGCAAACT
CTACTTCAGCCTCGACTCGTTTCGATTTCTCATCCGCTGATTCGCCTCCTCCCAAGCTCT
CTCTCTCCCCCGATCAGCTCAGCTACTGCCACCAAGCTCTCAGGATTCTCAAAGAAAAGA
TCTCAGATCCTGACTCCATCTCTCGGGAGTTCGCGAATCTGCAGGCTAATAGGATGAGAG
CGTCGGATATGCTAATAAACGCTACAGTGGCTATGAACAATGCCAATTTCGATAAGAACA
GATACACCGACGTTTTGCCATTTGATGAGAATAGAGTTGTTCTGAATCCGTGCAAAGATG
CAGATGGATTTGTGAATGCAAGCTTGATTAAGGCGTCTTCGTCTGAGAGAGTTTCTGAGT
TTATTGCTACGCAAGGTCCTCTACAACGCACGACGGATGACTTCTGGGAGATGGTGGTTC
AACAGCACTGTCCCGTCATTGTGATGCTCACTCGCTTGGTTGATAACTACA*GACTGTTA
AATGCGGTGACTACTTTCCAGCCGA*GATA*TAAGCCCAGAAA*TTTGGCAACGTATCTG
TTGTGATCAA*TGGGTAA*GACTACTGATACTTCACTGT
GTGCGGA

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DS 

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GTCATTTTGATGCTCACTCGCTTGGTTGATAACTACAAGACTGTTAAATGCGGTGACTAC
TTTCCAGCCGAAGATAATAAGCCCAGAAAATTTGGCAACGTATCTGTTGTGATCAAATGG
GTAAAGACTACTGATACTTCACTGTTGTTGCGGAATTTTGAGGTTAACCACAAGGAGAGA
GAGGATCAGCAGCCGTTGTCCGTTTTGCACATTCAGTATCCGGATTGGCCTGACCATGGA
GTTCCCAAAGATACCGTGGCTACCCGTGAAATTCTGAAAAGACTGTATCAAGTACCGCCT
AGTCTCGGCCCAATCATTGTTCACTGCAGTGCAGGGATAGGAAGAACCGGAACATACTGT
GCGATACATAACACAATCCAGAGGATTCTTGTTGTCGATATGTCTGCCTTGGATCTTGCT
AAAACTGTGACAACATTCCGCAGACAACGCATTGGCATGGTTCAAACCATGGATCAATAC
TTGTTTTGCTACAAGGCCATTGTTGATGAACTAGAAGATCTAACCGCGGGGCCAAATGCT
TGAACGAGTTCATAAAGGCTGAGTGATACATTGTCGTGTGGTCTTCTCTTCTGCATAAGT
AAAAAGACAGGAGAATTCTTTAAGGCACACGTTAAGCTTAGCTGATTGTGAAGAAACCAG
TGTGGTTGTGAAAAA

QA 1 735 1 735
DS 

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AATGCGGTGACTACTTTCCAGCCGAAGATAATAAGCCCAGAAAATTTGGCAACGTATCTG
TTGTGATCAAATGGGTAAAGACTACTGATACTTCACTGTTGTTGCGGAATTTTGAGGTTA
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GGCCTGACCATGGAGTTCCCAAAGATACCGTGGCTACCCGTGAAATTTTGAAAAGACTGT
ATCAAGTACCGCCTAGTCTCGGCCCAATCATTGTTCACTGCAGTGCAGGGATAGGAAGAA
CCGGAACATACTGTGCGATACATAACACAATCCAGAGGATTCTTGTTGTCGATATGTCTG
CCTTGGATCTTGCTAAAACTGTGACAACATTCCGCAGACAACGCATTGGCATGGTTCAAA
CCATGGATCAATACTTGTTTTGCTACAAGGCCATTGTTGATGAACTAGAAGATCTAACCG
CGGGGCCAAATGCTTGAACGAGTTCATAAAGGCTGAGTGATACATTGTCGTGTGGTCTTC
TCTTCTGCATAAGTAAAAAGACAGGAGAATTCTTTAAGGCACACGTTAAGCTTAGCTGAT
TGTGAAGAAACCAGTGTGGTTGTGAAAAAA*GTCAAGACTTAATTCAATTTCTGTAAAAT
TTGCGTATTGGTGATTAATTTTCAGAACTATTGCTATG

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DS 

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GCCGAAGATAATAAGCCCAGAAAATTTGGCAACGTATCTGTTGTGATCAAATGGGTAAAG
ACTACTGATACTTCACTGTTGTTGCGGAATTTTGAGGTTAACCACAAGGAGAGAGAGGAT
CAGCAGCCGTTGTCCGTTTTGCACATTCAGTATCCGGATTGGCCTGACCATGGAGTTCCC
AAAGATACCGTGGCTACCCGTGAAATTCTGAAAAGACTGCATCAAGTACCGCCTAGTCTC
GGCCCAATCATTGTTCACTGCAGTGCAGGGATAGGAAGAACCGGAACATACTGTGCGATA
CATAACACAATCCAGAGGATTCTTGTTGGCGATATGTCTGCCTTGGATCTTGCTAAAACT
GTGACAACATTCCGCAGACAACGCATTGGCATGGTTCAAACCATGGATCAATACTTGTTT
TGCTACAAGGCCATTGTTGATGAACTAGAAGATCTAACCGCGGGGCCAAATGCTTGAACG
AGTTCATAAAGGCTGAGTGATACATTGTCGTGTGGTCTTCTCTTCTGCATAAGTAAAAAG
ACAGGAGAATTCTTTAAGGCACACGTTAAGCTTAGCTGATTGTGGAGAAACCAGTGTGGT
TGTGAAAAAAAGTCAAGACTTAATTCAATTTCTGTAAAATTTGCGTATTGGTGATTAATT
TTCAGAACTATTGCTATGAAAATGCGTGGTAACGAAGCAAATGAATTCAGATGC
C

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DS 

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CAAGGAGAGAGAGGATCAGCAGCCGTTGTCCGTTTTGCACATTCAGTATCCGGATTGGCC
TGACCATGGAGTTCCCAAAGATACCGTGGCTACCCGTGAAATTCTGAAAAGACTGTATCA
AGTACCGCCTAGTCTCGGCCCAATCATTGTTCACTGCAGTGCAGGGATAGGAAGAACCGG
AACATACTGTGCGATACATAACACAATCCAGAGGATTCTTGTTGGCGATATGTCTGCCTT
GGATCTTGCTAAAACTGTGACAACATTCCGCAGACAACGCATTGGCATGGTTCAAACCAT
GGATCAATACTTGTTTTGCTACAAGGCCATTGTTGATGAACTAGAAGATCTAACCGCGGG
GCCAAATGCTTGAACGAGTTCATAAAGGCTGAGTGATACATTGTCGTGTGGTCTTCTCTT
CTGCATAAGTAAAAAGACAGGAGAATTCTTTAAGGCACACGTTAAGCTTAGCTGATTGTG
GAGAAACCAGTGTGGTTGTGAAAAAAAGTCAAGACTTAATTCAATTTCTGTAAAATTTGC
GTATTGGTGATTAATTTTCAGAACTATTGCTATGAAAATGCGTGGTAACGAAGCAAATGA
ATTCAGATGCTAAAAGAAA

QA 1 739 1 739
DS 



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CGGGCAATCTCACTTCTTCCTGCCGCCGCGTTAAATCCCGCCGCCGATCGATCATGGCTA
CCGCAAACTCTACTTCCGCCTCGAGTCGTTGTTTCGATTTTTCCTCCTCCGCTGATTCGC
CTCCTCCCAAGCTCTCTCTCTCCCCCGATCAGCTCAGCTACTGCCACCAAGCTCTCAAGA
TTCTCCGTGAGAAGATCTCAGATCCTGAATCCATCTCTCGGGAGTTCGCGAATCTGCAGG
CTAATAGGATGAGAGCGTCGGATATGCTACTAAACGCTACAGTGGCTATGAACAATGTCA
ATTTCGATAAGAACAGATACACCGACGTTTTGCCATTTGATGAGAATAGAGTTGTTCTGA
ATCCGTGCAAAGATGCAGATGGATATGTGAATGCAAGCTTGATTAAGGCGTCTTCGTCTG
AGAGTGTTTCTGAGTTTATTGCTACGCAAGGTCCTCTGCAACGCACGACGGATGACTTCT
GGGAGATGGTGGTTCAACAGCACTGTCCCGTCATAGTGATGCTCACTCGCTTGGTTGATA
ACTACAAGACTGTTAAATGCGGTGACTACTTTCCAGCCGAAGATAATAAGCCCAGAAAAT
TTGGCAACGTATCTGTTGTGATCAAATGGGTAAAGACTACTGATACTTCATTGTTGTTGC
GGAATTTTGAGGTTAACTACAAGGAGACGGAGGGTCAACAGCCCCTGTCCGTTTTGCACA
TTCAGTATCCGGAGTGGCCTGATCATGGAGTTCCCAAAGATACCGTGGCTACCCGTGAAA
TTCTGATAAGACTGTATCAAGTACCGCCTAGTCTCGGTCCAATCATTGTTCACTGCAGTG
CAGGGATAGGAAGAACAGGAACATACTGTGCGATACATAACACAATCCAGAGGATTCTTG
TTGGCGATATGTCTTCCTTGGATCTTGCTAAAACTGTGACAACATTCCGCAGACAGCGCA
TTGGCATGGTTCAAACCATGGATCAATACCTCTTTTGCTACAAGGCCATTGTTGATGAAC
TAGAAGATCTAACCGCGGGGACAAATGCTGGAACGAGTTCATAAAGGCTGAGTGATACAT
TGTCGTGTGGTCTTCTCTCCTGCATAAGTAAAAAGACAGGAGAATTTTTAGCTTAGCCTG
ATTGTGGAGAAACCAGTGTGGTTGTGAAAAAAAAAGTCAAGACTTTTCAATTTCTGTAAA
ATTTGCGTATTGGTGATTAATTTTCAGAACTATTGCTATGAAAATGCGTGGTAACTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G433TF U 1
AF RR3G433JQ C 632
BS 1 725 RR3G433TF
BS 726 1320 RR3G433JQ

RD RR3G433TF 725 0 0
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CGGGCAATCTCACTTCTTCCTGCCGCCGCGTTAAATCCCGCCGCCGATCGATCATGGCTA
CCGCAAACTCTACTTCCGCCTCGAGTCGTTGTTTCGATTTTTCCTCCTCCGCTGATTCGC
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TTCTCCGTGAGAAGATCTCAGATCCTGAATCCATCTCTCGGGAGTTCGCGAATCTGCAGG
CTAATAGGATGAGAGCGTCGGATATGCTACTAAACGCTACAGTGGCTATGAACAATGTCA
ATTTCGATAAGAACAGATACACCGACGTTTTGCCATTTGATGAGAATAGAGTTGTTCTGA
ATCCGTGCAAAGATGCAGATGGATATGTGAATGCAAGCTTGATTAAGGCGTCTTCGTCTG
AGAGTGTTTCTGAGTTTATTGCTACGCAAGGTCCTCTGCAACGCACGACGGATGACTTCT
GGGAGATGGTGGTTCAACAGCACTGTCCCGTCATAGTGATGCTCACTCGCTTGGTTGATA
ACTACAAGACTGTTAAATGCGGTGACTACTTTCCAGCCGAAGATAATAAGCCCAGAAAAT
TTGGCAACGTATCTGTTGTGATCAAATGGGTAAAGACTACTGATACTTCATTGTTGTTGC
GGAAT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3G433JQ 689 0 0
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AAAGACTACTGATACTTCATTGTTGTTGCGGAATTTTGAGGTTAACTACAAGGAGACGGA
GGGTCAACAGCCCCTGTCCGTTTTGCACATTCAGTATCCGGAGTGGCCTGATCATGGAGT
TCCCAAAGATACCGTGGCTACCCGTGAAATTCTGATAAGACTGTATCAAGTACCGCCTAG
TCTCGGTCCAATCATTGTTCACTGCAGTGCAGGGATAGGAAGAACAGGAACATACTGTGC
GATACATAACACAATCCAGAGGATTCTTGTTGGCGATATGTCTTCCTTGGATCTTGCTAA
AACTGTGACAACATTCCGCAGACAGCGCATTGGCATGGTTCAAACCATGGATCAATACCT
CTTTTGCTACAAGGCCATTGTTGATGAACTAGAAGATCTAACCGCGGGGACAAATGCTGG
AACGAGTTCATAAAGGCTGAGTGATACATTGTCGTGTGGTCTTCTCTCCTGCATAAGTAA
AAAGACAGGAGAATTTTTAGCTTAGCCTGATTGTGGAGAAACCAGTGTGGTTGTGAAAAA
AAAAGTCAAGACTTTTCAATTTCTGTAAAATTTGCGTATTGGTGATTAATTTTCAGAACT
ATTGCTATGAAAATGCGTGGTAACTAAGC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 8

CO CL766Contig1 643 8 23 U
GAGAGGATAACTTTGATAGATTCAAAATGGGACATGAAAACTTTGATGAATAAAGGGAGA
TACATTGTTGTTGG*GGGTTTATATAAGAATGGATAACAAACAACAAACAGACTTCTTCA
CCATTTCCAGAAAACATTGGAACCACACTTGTACTTGTCTTTGCCTTCGCATTCCAACGC
CAAATCTTCAGAGATAAATGGGACTTTCTTTTGCTTGGCGAGATCTTGGCAACCAGTGAA
ATTCTCAGGGAACTTGCAGCTTCCGAATTGGACAGTGAATGCTCTCGCAAAGTTTGCTCC
ACTTGTTGCCAATCTCTTCTTATCGTTCAGTTCTTTGTTGGCCTTGCTCTTCTCGAGATA
CTCATCGAAGACGCTAGCATTAGCAGAAGCAGACACAGCAGCAGAGGAGAAGAGTGTAGC
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CACTTTCTGGTTTAGCTCTACTGAGCCAGCACCAGAGATTGCGTAGCTGCAGGTGAGAAC
ACTTGAGTTCATGGCTGCCATTAAGAGTTTTTTTGATTGGTCC


BQ
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50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 
50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3HA46JQ U 1
AF RR3HA46TF C 1
AF RR3AJ69JQ U 2
AF RR3DJ78JQ U 29
AF RR3DJ78TF C 29
AF RR3AJ69TF C 2
AF RR3H460JQ U 36
AF RR3H460TF C 36
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BS 197 267 RR3HA46JQ
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TCGTTG

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GA
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G
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DS 

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QA 1 596 1 596
DS 

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G
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TCTCAGGGAACTTGCAGCTTCCGAATTGGACAGTGAATGCTCTCGCAAAGTTTGCTCCAC
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CATCGAAGACGCTAGCATTAGCAGAAGCAGACACAGCAGCAGAGGAGAAGAGTGTAGCCG
CTAAGAACACCATGGCTGATCTTCTTCCATTAGACCCATCAACATCATCACCACCAGCTC
GTTGAGCTTTGATCACAGGAAACGTCTGTTTCTTCTGACCAAACCCGACTGATGAACTCA
CTTTCTGGTTTAGCTCTACTGAGCCAGCACCAGAGATTGCGTAGCTGCAGGTGAGAACAC
TTGAGTTCATGGCTGCCATTAA

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GG
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CAAACAACAAACAGACTTCTTCACCATTTCCAGAAAACATTGGAACCACACTTGTACTTG
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TGACCAAACCCGACTGATGAACTCACTTTCTGGTTTAGCTCTACTGAGCCAGCACCAGAG
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TGGTCC

QA 3 608 3 608
DS 



AS 1 3

CO CL767Contig1 799 3 3 U
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CGAAGCTTCTTGGCTCTCTCTTCTCTTGTTAACGCGCTTATCTCATCTGCGATCTCTCGT
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TGCTTCGATTCGTTAAAGATCAGTTTGTTGAATTCCAGGAATCAACGATAGGTGCAGCTT
TCTTCTCTCAAACATTGGCTGTCAATGATGCAACTGTCAAGTTTGAGATTTGGGATACTG
CTGGTCAGGAACGTTACCATAGCTTGGCTCCTATGTACTACCGGGGTGCTGCTGCTGCCA
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AACTTCAGGCACAAGGTAACCCTAATATGGTGATGGCTCTTGCTGGAAACAAAGCTGATT
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GTCACTGTAGAAAGAACAT


BQ
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20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ10TF U 34
AF RR3F475TF U 1
AF RR3CN43TF U 1
BS 1 62 RR3CN43TF
BS 63 63 RR3GQ10TF
BS 64 799 RR3CN43TF

RD RR3GQ10TF 633 0 0
GG
GAGAGAGGAATCGGTTGTGTGTTGTCGAAGCTTCTTGGCTCTCTCTTCTCTTGTTAACGC
GCTTATCTCATCTGCGATCTCTCGTTGATCAGAGGATTTCCAGAGCTTCAGAGATCAACA
ATCATGGCCACCGCTGGAGGAAACAAGAACATCAACGCCAAATTGGTATTGCTTGGGGAT
GTTGGAGCTGGAAAATCAAGTCTTGTGCTTCGATTCGTTAAAGATCAGTTTGTTGAATTC
CAGGAATCAACGATAGGTGCAGCTTTCTTCTCTCAAACATTGGCTGTCAATGATGCAACT
GTCAAGTTTGAGATTTGGGATACTGCTAGTCAGGAACGTTACCATAGCTTGGCTCCTATG
TACTACCGGGGTGCTGCTGCTGCCATTATTGTCTTTGACATTACTAATCAAGCCTCATTT
GAGAGGGCTAAGAAATGGGTTCAGGAACTTCAGGCACAAGGTAACCCTAATATGGTGATG
GCTCTTGCTGGAAACAAAGCTGATTTATTAGATGCAAGGAAAGTGTCTGCCGAGGAGGCA
GAGACGTACGCACAAGAGAACAGCCTTTTCTTCATGGAAACCTCAGCTAAGACTGCAACA
AATGTCAAAGACATCTTCTACGAAATCGCAA

QA 3 633 3 633
DS 

RD RR3F475TF 664 0 0
TTTTTTTGCTATCGTCGTCAAGAGCCCGAGAGAGAGAGAGAGTAATCGGTTGTGTGTTGT
CGAAGCTTCTTGGCTCTCTCTTCTCTTGTTAACGCGCTTATCTCATCTGCGATCTCTCGT
TGATCAGAGGATTTCCAGAGCTTCAGAGATCAACAATCATGGCCACCGCTGGAGGAAACA
AGAACATCAACGCCAAATTGGTATTGCTTGGGGATGTTGGAGCTGGAAAATCAAGTCTTG
TGCTTCGATTCGTTAAAGATCAGTTTGTTGAATTCCAGGAATCAACGATAGGTGCAGCTT
TCTTCTCTCAAACATTGGCTGTCAATGATGCAACTGTCAAGTTTGAGATTTGGGATACTG
CTGGTCAGGAACGTTACCATAGCTTGGCTCCTATGTACTACCGGGGTGCTGCTGCTGCCA
TTATTGTCTTTTACATTACTAATCAAGCCTCATTTGAGAGGGCTAAGAAATGGGTTCAGG
AACTTCAGGCACAAGGTAACCCTAATATGGTGATGGCTCTTGCTGGAAACAAAGCTGATT
TATTAGATGCAAGGAAAGTGTCTGCCGAGGAGGCAGAGACGTACGCACAAGAGAACAGCC
TTTTCTTCATGGAAACCTCAGCTAAGACTGCAACAAATGTCAAAGACATCTTCTACGAAA
TCGC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3CN43TF 799 0 0
TTTTTTTGCTATCGTCGTCAAGAGCCCGAGAGAGAGAGAGAGGAATCGGTTGTGTGTTGT
CGGAGCTTCTTGGCTCTCTCTTCTCTTGTTAACGCGCTTATCTCATCTGCGATCTCTCGT
TGATCAGAGGATTTCCAGAGCTTCAGAGATCAACAATCATGGCCACCGCTGGAGGAAACA
AGAACATCAACGCCAAATTGGTATTGCTTGGGGATGTTGGAGCTGGAAAATCAAGTCTTG
TGCTTCGATTCGTTAAAGATCAGTTTGTTGAATTCCAGGAATCAACGATAGGTGCAGCTT
TCTTCTCTCAAACATTGGCTGTCAATGATGCAACTGTCAAGTTTGAGATTTGGGATACTG
CTGGTCAGGAACGTTACCATAGCTTGGCTCCTATGTACTACCGGGGTGCTGCTGCTGCCA
TTATTGTCTTTGACATTACTAATCAAGCCTCATTTGAGAGGGCTAAGAAATGGGTTCAGG
AACTTCAGGCACAAGGTAACCCTAATATGGTGATGGCTCTTGCTGGAAACAAAGCTGATT
TATTAGATGCAAGGAAAGTGTCTGCCGAGGAGGCAGAGACGTACGCACAAGAGAACAGCC
TTTTCTTCATGGAAACCTCAGCTAAGACTGCAACAAATGTCAAAGACATCTTCTACGAAA
TCGCAAAAAGGCTACCACGCGTACAGCCAGCAGAAACCCAGCAGAATGGTCTCCCAATCG
GGCCAGCAGCTACTGCAGTGAGTAGTTCATCATGTGTGCTTAGGAGCTCTCTCTCTGGTA
GTCACTGTAGAAAGAACAT

QA 1 799 1 799
DS 



AS 2 6

CO CL768Contig1 489 2 10 U
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GTAACCACCCAAATAAATAATAAAAAGCAAAGCAAAACGAAGGTCAGAATCACGAAAACA
AAACACAAAGGAAGCAAATCTGTTAAAAAAAAAGAAGAATCTCACTTAGCCATCATAACT
TTGACGAACTCATCATAGTTGATCTGGCCATCACCATCGACGCCAGCCTCACGGACCATC
TCAACAACTTCCTCGTCAGTGAGCTTCTCACCGAGGTTAGTCATGACGTGGCGGAGCTCA
GCGGCGGAGATGAAACCGTTCTGGTCCTTGTCGAAGACCCTGAAGGCTTCCTTGAGCTCT
TCCTCGGAGTCAGTGTCTTTCATCTTGCGGGCCATGAGGTTCAAGAACTCGGGGAAATCA
ATCGTTCCGTTGCCGTCCGCGTCAACCTCGTTGATCATGTCCTGGAGCTCGGATTCTGTC
GGGTTCTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ94JQ U 1
AF RR3B834TF C 51
BS 1 222 RR3CZ94JQ
BS 223 223 RR3B834TF
BS 224 243 RR3CZ94JQ
BS 244 244 RR3B834TF
BS 245 437 RR3CZ94JQ
BS 438 438 RR3B834TF
BS 439 472 RR3CZ94JQ
BS 473 473 RR3B834TF
BS 474 478 RR3CZ94JQ
BS 479 489 RR3B834TF

RD RR3CZ94JQ 478 0 0
GTAAAGATCTCAGCGAGGCACGTTAGGAAAGGTCTCAAACAAAGAAAAAAACGAATCAGA
GTAACCACCCAAATAAATAATAAAAAGCAAAGCAAAACGAAGGTCAGAATCACGAAAACA
AAACACAAAGGAAGCAAATCTGTTAAAAAAAAAGAAGAATCTCACTTAGCCATCATAACT
TTGACGAACTCATCATAGTTGATCTGGCCATCACCATCGACGTCAGCCTCACGGACCATC
TCATCAACTTCCTCGTCAGTGAGCTTCTCACCGAGGTTAGTCATGACGTGGCGGAGCTCA
GCGGCGGAGATGAAACCGTTCTGGTCCTTGTCGAAGACCCTGAAGGCTTCCTTGAGCTCT
TCCTCGGAGTCAGTGTCTTTCATCTTGCGGGCCATGAGGTTCAAGAACTCGGGGAAATCA
ATCGTTCCGTTGCCGTCGGCGTCAACCTCGTTGATCATGTCCTGGAGCTCGGCTTCTG

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3B834TF 439 0 0
ACGAATCAGAGTAACCACCCAAATAAATAATAAAAAGCAAAGCAAAACGAAGGTCAGAAT
CACGAAAACAAAACACAAAGGAAGCAAATCTGTTAAAAAAAAAGAAGAATCTCACTTAGC
CATCATAACTTTGACGAACTCATCATAGTTGATCTGGCCATCACCATCGACGCCAGCCTC
ACGGACCATCTCAACAACTTCCTCGTCAGTGAGCTTCTCACCGAGGTTAGTCATGACGTG
GCGGAGCTCAGCGGCGGAGATGAAACCGTTCTGGTCCTTGTCGAAGACCCTGAAGGCTTC
CTTGAGCTCTTCCTCGGAGTCAGTGTCTTTCATCTTGCGGGCCATGAGGTTCAAGAACTC
GGGGAAATCAATCGTTCCGTTGCCGTCCGCGTCAACCTCGTTGATCATGTCCTGGAGCTC
GGATTCTGTCGGGTTCTGA

QA 1 439 1 439
DS 



CO CL768Contig2 634 4 13 U
GGTATCAAACAAACAAAAAAAACGAATCAGAGTAACCACCCAAATAAATAATAAAAAGCA
AAAGCAAAACGAAGGTCAGAATCAAGAAAAAACAAAACACAAAGGAAGCAAATCTGTAAA
AAAAAAAAGAAGAATCTCACTTAGCCATCATAACTTTGACGAACTCATCATAGTTGATCT
GGCCATCACCATCGACGTCAGCCTCACGGACCATCTCATCAACTTCCTCGTCAGTGAGCT
TCTCACCGAGATTAGTCATGACGTGGCGGAGCTCAGCGGCGGAGATGAAACCGTTCTGGT
CCTTGTCGAAGACCCTGAAGGCTTCCTTGAGCTCTTCCTCGGAGTCAGTGTCTTTCATCT
TGCGGGACATGAGGTTCAAGAACTCGGGGAAATCAATCGTTCCGTTGCCGTCCGCGTCAA
CCTCGTTGATCATGTCCTGGAGCTCGGCTTCGGTCGGGTTCTGACCAAGCGATCTCATGA
CAGTGCCCAGCTCCTTTGTCGTGATGCAGCCATCTCCGTCCTTGTCGAAAAGGCTGAAGG
CTTCCCTAAACTCGGAGATCTGGTCATCGGTTAGCTGATCTGCCATTTTTCTTTCTTTTG
TTGGTTGTTTGTTTCTTCTTCTTCGATTCCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3D247JQ U 1
AF RR3D247TF C 2
AF RR3C524JQ U 36
AF RR3C524TF C 36
BS 1 277 RR3D247JQ
BS 278 278 RR3C524JQ
BS 279 280 RR3D247JQ
BS 281 281 RR3C524JQ
BS 282 366 RR3D247JQ
BS 367 367 RR3C524JQ
BS 368 412 RR3D247JQ
BS 413 413 RR3C524JQ
BS 414 499 RR3D247JQ
BS 500 500 RR3C524JQ
BS 501 545 RR3D247JQ
BS 546 546 RR3C524JQ
BS 547 634 RR3D247JQ

RD RR3D247JQ 634 0 0
GGTATCAAACAAACAAAAAAAACGAATCAGAGTAACCACCCAAATAAATAATAAAAAGCA
AAAGCAAAACGAAGGTCAGAATCAAGAAAAAACAAAACACAAAGGAAGCAAATCTGTAAA
AAAAAAAAGAAGAATCTCACTTAGCCATCATAACTTTGACGAACTCATCATAGTTGATCT
GGCCATCACCATCGACGTCAGCCTCACGGACCATCTCATCAACTTCCTCGTCAGTGAGCT
TCTCACCGAGATTAGTCATGACGTGGCGGAGCTCAGCTGCTGAGATGAAACCGTTCTGGT
CCTTGTCGAAGACCCTGAAGGCTTCCTTGAGCTCTTCCTCGGAGTCAGTGTCTTTCATCT
TGCGGGCCATGAGGTTCAAGAACTCGGGGAAATCAATCGTTCCGTTGCCGTCGGCGTCAA
CCTCGTTGATCATGTCCTGGAGCTCGGCTTCGGTCGGGTTCTGACCAAGCGATCTCATGA
CAGTGCCCAGCTCCTTTGTGGTGATGCAGCCATCTCCGTCCTTGTCGAAAAGGCTGAAGG
CTTCCTTAAACTCGGAGATCTGGTCATCGGTTAGCTGATCTGCCATTTTTCTTTCTTTTG
TTGGTTGTTTGTTTCTTCTTCTTCGATTCCCTCC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3D247TF 633 0 0
GTATCAAACAAACA
AAAAAAACGAATCAGAGTAACCACCCAAATAAATAATAAAAAGCAAAAGCAAAACGAAGG
TCAGAATCAAGAAAAAACAAAACACAAAGGAAGCAAATCTGTAAAAAAAAAAAGAAGAAT
CTCACTTAGCCATCATAACTTTGACGAACTCATCATAGTTGATCTGGCCATCACCATCGA
CGTCAGCCTCACGGACCATCTCATCAACTTCCTCGTCAGTGAGCTTCTCACCGAGATTAG
TCATGACGTGGCGGAGCTCAGCTGCTGAGATGAAACCGTTCTGGTCCTTGTCGAAGACCC
TGAAGGCTTCCTTGAGCTCTTCCTCGGAGTCAGTGTCTTTCATCTTGCGGGCCATGAGGT
TCAAGAACTCGGGGAAATCAATCGTTCCGTTGCCGTCGGCGTCAACCTCGTTGATCATGT
CCTGGAGCTCGGCTTCGGTCGGGTTCTGACCAAGCGATCTCATGACAGTGCCCAGCTCCT
TTGTGGTGATGCAGCCATCTCCGTCCTTGTCGAAAAGGCTGAAGGCTTCCTTAAACTCGG
AGATCTGGTCATCGGTTAGCTGATCTGCCATTTTTCTTTCTTTTGTTGGTTGTTTGTTTC
TTCTTCTTCGATTCCCTCC

QA 15 633 15 633
DS 

RD RR3C524JQ 599 0 0
CCACCCAAATAAATAATAAAAAGCAAA*GCAAAACGAAGGTCAGAATCACGAAAA**CAA
AACACAAAGGAAGCAAATCTGTTAAAAAAAAAAGAAGAATCTCACTTAGCCATCATAACT
TTGACGAACTCATCATAGTTGATCTGGCCATCACCATCGGCGTCAGCCTCACGGACCATC
TCATCAACTTCCTCGTCAGTGAGCTTCTCACCGAGGTTAGTCATGACGTGGCGGAGCTCA
GCGGCGGAGATGAAACCGTTCTGGTCCTTGTCGAAGACCCTGAAGGCTTCCTTGAGCTCT
TCCTCGGAGTCAGTGTCTTTCATCTTGCGGGACATGAGGTTCAAGAACTCGGGGAAATCA
ATCGTTCCGTTGCCGTCCGCGTCAACCTCGTTGATCATGTCCTGGAGCTCGGCTTCTGTC
GGGTTCTGACCAAGCGATCTCATGACAGTGCCCAGCTCCTTTGTCGTGATGCAGCCATCT
CCGTCCTTGTCGAAAAGGCTGAAGGCTTCCCTAAACTCGGAGATCTGGTCATCGGTTAGC
TGATCTGCCATTTTTCTTTCTTTTGTTGGTTGTTTGTTTCTTCTTCTTCGATTCCCTCC

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR3C524TF 599 0 0
CCACCCAAATAAATAATAAAAAGCAAA*GCAAAACGAAGGTCAGAATCACGAAAA**CAA
AACACAAAGGAAGCAAATCTGTTAAAAAAAAAAGAAGAATCTCACTTAGCCATCATAACT
TTGACGAACTCATCATAGTTGATCTGGCCATCACCATCGGCGTCAGCCTCACGGACCATC
TCATCAACTTCCTCGTCAGTGAGCTTCTCACCGAGGTTAGTCATGACGTGGCGGAGCTCA
GCGGCGGAGATGAAACCGTTCTGGTCCTTGTCGAAGACCCTGAAGGCTTCCTTGAGCTCT
TCCTCGGAGTCAGTGTCTTTCATCTTGCGGGACATGAGGTTCAAGAACTCGGGGAAATCA
ATCGTTCCGTTGCCGTCCGCGTCAACCTCGTTGATCATGTCCTGGAGCTCGGCTTCTGTC
GGGTTCTGACCAAGCGATCTCATGACAGTGCCCAGCTCCTTTGTCGTGATGCAGCCATCT
CCGTCCTTGTCGAAAAGGCTGAAGGCTTCCCTAAACTCGGAGATCTGGTCATCGGTTAGC
TGATCTGCCATTTTTCTTTCTTTTGTTGGTTGTTTGTTTCTTCTTCTTCGATTCCCTCC

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 6

CO CL769Contig1 1361 6 7 U
CTACATCGAAGATGATTTTATTATTGAAACAAAATACAAAAAGCTCAGAGTATAGACCCA
GTATAGACTGTCTCGATCTTAAATAGAAATACACCATCACTATTTAAATAAACTCCGGCG
ACTTTAAAAACCAACTGAATAATCACCGGGAAATGAGAGAAAACAAAACAGGGAAGCAAG
GAAGATAGATAATAGGTTAAGCTAATAACCAAAACTGCAGTGGTGGCTGCTCAAGCTTTA
GTGGCTGGGTTAAGCTCATCCCAAGCTTCAATCCAAGTCACCATAGCATCAGCAAGCTTG
TCAAAGTAAGGATCAATGGCGCTAAGCTTCTCCTTCACCATCTTGGACAGCTCAATGTAG
CACTGTTGAACCGTCACTGCTTCTTTCGAGAGCTTTGAACTCTGGAAGAAAGGAATGATA
TCCTCCTGCCAGAAGATTCCCTTGTATTCCTTCTTCAGGTTCACAAATGGGTTGCTTGCC
TTGCTGTGGTAAATGTAAGGTAGACCCGTCTTCACTCCCAATCCCAAATGATCACAGATC
ACCTTGACACACCATCCAGCCCACATATCGTCGTAGCGACCAATAGGCTGACCATCACCC
ATGAGACCAAAGTACATAGCCGGACCAATGAGGTCACGGTCAAAGGCCAAGTTCATGCCA
CACATTGGGAAAAGTGTTCCCTTTGGGATGGTCATGACAGCATCCACATACCTTGTGTTC
CTTTCCTTGGGCTTAACGAGTTGGGTAGGAGCATCGTAATCAGGGATGTTGAGCCAGAGA
CCGTGAGAAACAGCAGTGGAAACACCCTCACGGAGACTGAAAGGGTATCCACGGACGAAG
TCAGCACCTTCACGGTATGGGTCGTACAAGGTGTTGAAGAAAAGTGGAGAGGATGGGCAG
AGAAGGTTCTTGATGTGTTGCTCAAGTGCGTTCACTGCTTTTCCAGATGGATCCTTAGCA
ACGAAGCAATCGTCGTCAATGGTGAAGATATACTTCTTCTTAGACACCATGTAGCCGAAG
CAGCGACAAGCAGAGTCCTTGAAGGAGATGCATGAAGCTTTGGGGCCGAGGATACGGTTA
ATGTCGTTCCTGTTGTAGAGCTCGTAATCGAACCCTTCAGGGACAGCAATGGTCTTGGAA
GGATCTCCGTCCTGGACGATGATCAGATGGTAAGGCTGGAGAAAAGGCCTCCACATCTCG
AGGAAATCGAGGTTACGGATCGTCGGGATCACGATGTCGAGCTCATCTCTCAGCAGCGCG
GCGTGGTTCAATGGGATTCCTACGGTATTGGCCGGTTCAACCAGGATTGAGAGAGAGAGA
GGTTTGAGATCGGCTTTACGTTTGAAAACTGAGATATCCCT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3EV35JQ U 2
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G
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AAGTAAGGATCAATGGCGCTAAGCTTCTCCTTCACCATCTTGGACAGCTCAATGTAGTAC
TGTTGAACCGTCACTGCTTCTTTCGAGAGCTTTGAACTCCGGAAGAAAGGAATGATATCC
TCCTGCCAGAAGATTCCCTTGTATTCCTTCTTCAGGTTCACAAATGGGTTGCTTGCCTTG
CTGTGGTAAATGTAAGGTAGACCCGTCTTCACTCCCAATCCCAAATGATCACAGATCACC
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CTTTCCTTGGGCTTAACGAGTTGGGTAGGAGCATCGTAATCAGGGATGTTGAGCCAGAGA
C

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TGGGATGGTCATGACAGCATCCACATACCTTGTGTTCCTTTCCTTGGGCTTAACGAGTTG
GGTAGGAGCATCGTAATCAGGGATGTTGAGCCAGAGACCGTGAGAAACAGCAGTGGAAAC
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GAAAACTGAGATATCCCT

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DS 

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AAGTCAGCACCTTCACGGTATGGGTCGTACAAGGTGTCGAAGAAAAGTGGAGAGGATGGG
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AAGCAGCGACAAGCAGAGTCCTTGAAGGAGATGCATGAAGCTTTGGGGCCGAGGATACGG
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TCGAGGAAATCGAGGTTACGGATCGTCGGGATCACGATGTCGAGCTCATCTCTCAGCAGC
GCGGCGTGGTTCAATGGGATTCCTACGGTATTGGCCGGTTCAACCAGGATTGAGAGAGAG
AGAGGTTTGAGATCGGCTTTACGTTTGAAAACTGAGATATC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 8

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CAACATATAATTGATTAAAGCGCTAAGACTAGAACAAACAATAGCTTTCAGTTCTACAAC
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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 30 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3G696JQ U 1
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AF RR3GE90TF C 153
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AGTGGTGAAACTAAAAACATTAACCTCACATGCTCACACCAACCATCTTAAGATAACTAA
TGAAAGTTCAAAATTTACAATGCACCATCAGGATAAAGAGTTGAATCCAATTCATTGAGA
TTAAACCAAAGAAAGATTTTAATATGTCTAGTAGCCATCCAAAATCTCATCTTCCTCTTC
TTTACCTTCAGCCTCCTTGTTTTCACCTTCATTCTCCTCAGCCTCATCAGTTTGCTTTTT
CTCATCAGCATCATCAACATCAGTAGCTTCCTTCTCCTCATCCACTTCTTCCTCATCAGC
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ATAGACTTTCTTCTCTTCCTCATCCAAAGACTTCCACTTTTCACCACCCTGTTTTGCAAC

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CTCA
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AGAGTTGAATCCAATTCATTGAGATTAAACCAAAGAAAGATTTTAATATGTCTAGTAGTC
ATCCAAAATCTCATCTTCCTCTTCTTTACCTTCAGCCTCTTTGTTTTCACCTTCATTCTC
CTCAGCCTCATCAGTTTGCTTTTTCTCATCAGCATCATCAACATCAGTAGCTTCCTTCTC
CTCATCCACTTCTTCCTCATCAGCATCGTTGCTGCTCTCAAGTGACTTGTTATACTCTGC
CTTTAGTTCAGCAGCTTTATCCAAATAGACTTTCTTCTCTTCCTCATCCAAAGACTTCCA
CTTTTCACCACCCTGTTTTGCAACATCCTTAACGCCAGCGTCAGGATTCTCTTCTTTGAA
AGTTTTGCGGAAATCAGCCATGAAGATGAAGAAGGCAGTAAGAGGTCGCTTGGGCTTGTT
AGAGGAAGAAGAAGAGCTCTTCTTCTTATTCTCATCCTTGGCCTTCCTTACTCTCTTTGC
CTTTGGTTCATCAGATGTTGACTTCTTCCTCTCAGCAGGTTTCTTCTTAGCCTCGGTTTG
AGTCTCAACAACTTGAGCTTCGAGATTGACTCGAATCTTGGCGTC

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DS 

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CTCA
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AGAGTTGAATCCAATTCATTGAGATTAAACCAAAGAAAGATTTTAATATGTCTAGTAGTC
ATCCAAAATCTCATCTTCCTCTTCTTTACCTTCAGCCTCTTTGTTTTCACCTTCATTCTC
CTCAGCCTCATCAGTTTGCTTTTTCTCATCAGCATCATCAACATCAGTAGCTTCCTTCTC
CTCATCCACTTCTTCCTCATCAGCATCGTTGCTGCTCTCAAGTGACTTGTTATACTCTGC
CTTTAGTTCAGCAGCTTTATCCAAATAGACTTTCTTCTCTTCCTCATCCAAAGACTTCCA
CTTTTCACCACCCTGTTTTGCAACATCCTTAACGCCAGCGTCAGGATTCTCTTCTTTGAA
AGTTTTGCGGAAATCAGCCATGAAGATGAAGAAGGCAGTAAGAGGTCGCTTGGGCTTGTT
AGAGGAAGAAGAAGAGCTCTTCTTCTTATTCTCATCCTTGGCCTTCCTTACTCTCTTTGC
CTTTGGTTCATCAGATGTTGACTTCTTCCTCTCAGCAGGTTTCTTCTTAGCCTCGGTTTG
AGTCTCAACAACTTGAGCTTCGAGATTGACTCGAATCTTGGCGTC

QA 5 649 5 649
DS 

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GGC
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GAGATTAAACCAAAGAAAGATTTTAATATGTCTAGTAGTCATCCAAAATCCCATCTTCCT
CTTCTTTACCTTCAGCCTATTTGTTTTCACCTTCATTCTCCTCAGCCTCATCAGTTTGCT
TTTTCTCATCAGCATCATCAACATCAGTAGCTTCCTTCTCCTCATCCACTTCTTCCTCAT
CAGCATCGTTGCTGCTCTCAAGTGACTTGTTATACTCTGCCTTTAGTTCAGCAGCTTTAT
CCAAATAGACTTTCTTCTCTTCCTCATCCAAAGACTTCCACTTTTCACCACCCTGTTTTG
CAACATCCTTAACGCCAGCGTCAGGATTCTCTTCTTTGAAAGTTTTGCGGAAATCAGCCA
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TCTTCTTATTCTCATCCTTGGCCTTCCTTACTCTCTTTGCCTTTGGTTCATCAGATGTTG
ACTTCTTCCTCTCAGCAGGTTTCTTCTTAGCCTCGGTTTGTGTCTCAACAACTTGAGCTT
CGAGATTGACTCGAATCTTGGCGTCGAGGCTACAATTATGCATACTGATAAGCGCAACCG
CTACGTTCTTGTTGCATCCTTCGCATC

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DS 

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CAACAGTGGTGAAACTAAAAACATTAACCTCACATGCTCAC***AACCATCTTAAGATAA
CTAATGAAAGTTCAAAATTTACAATGCACCATCAGGATAAAGAGTTGAATCCAATTCATT
GAGATTAAACCAAAGAAAGATTTTAATATGTCTAGTAGTCATCCAAAATCTCATCTTCCT
CTTCTTTACCTTCAGCCTCTTTGTTTTCACCTTCATTCTCCTCAGCCTCATCAGTTTGCT
TTTTCTCATCAGCATCATCAACATCAGTAGCTTCCTTCTCCTCATCCACTTCTTCCTCAT
CAGCATCGTTGCTGCTCTCAAGTGACTTGTTATACTCTGCCTTTAGTTCAGCAGCTTTAT
CCAAATAGACTTTCTTCTCTTCCTCATCCAAAGACTTCCACTTTTCACCACCCTGTTTTG
CAACATCCTTAACGCCAGCGTCAGGATTCTCTTCTTTGAAAGTTTTGCGGAAATCAGCCA
TGAAGATGAAGAAGGCAGTAAGAGGTCGCTTGGGCTTGTTAGAGGAGGAAGAAGAGCTCT
TCTTCTTATTCTCATCCTTGGCCTTCCTTACTCTCTTTGCCTTTGGTTCATCAGATGTTG
ACTTCTTCCTCTCAGCAGGTTTCTTCTTAGCCTCGGTTTGTGTCTCAACAACTTGAGCTT
CGAGATTGACTCGAATCTTGGCGTCGAGGCTACAATTATGCATACTGATAAGCGCAACCG
CTACGTTCTTGTTGCATCCTTCGCATCGA*CGAAG*CGCTGCCGTCTTTAGCGCG

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TCAGCATCATCAACATCAGTAGCTTCCTTCTCCTCATCCACTTCTTCCTCATCAGCATCG
TTGCTGCTCTCAAGTGACTTGTTATACTCTGCCTTTAGTTCAGCAGCTTTATCCAAATAG
ACTTTCTTCTCTTCCTCATCCAAAGACTTCCACTTTTCACCACCCTGTTTTGCAACATCC
TTAACGCCAGCGTCAGGATTCTCTTCTTTGAAAGTTTTGCGGAAATCAGCCATGAAGATG
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ACTCGAATCTTGGCGTCGAGGCTACAATTATGCATACTGATAAGCGCAACCGCTACGTTC
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CATCATCAACATCAGTAGCTTCCTTCTCCTCATCCACTTCTTCCTCATCAGCATCGTTGC
TGCTCTCAAGTGACTTGTTATACTCTGCCTTTAGTTCAGCAGCTTTATCCAAATAGACTT
TCTCCTCTTCCTCATCCAAAGACTTCCACTTTTCACCACCCTGTTTTGCAACATCCTTAA
CGCCAGCGTCAGGATTCTCTTCTTTGAAAGTTTTGCGGAAATCAGCCATGAAGATGAAGA
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CATCCTTGGCCTTCCTTACTCTCTTTGCCTTTGGTTCATCAGATGTTGACTTCTTCCTCT
CAGCAGGTTTCTTCTTAGCCTCGGTTTGTGTCTCAACAACTTGAGCTTCGAGATTGACTC
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TGCATCCTTCGCATCGAACGAAGGCGCTGCCGTCTTTAGCGCGAAGTAAGGTGTTGATGT
TGTTGTTAGCGGTGGTTTCGGGTTTGGTTTCAGTATCCACTCTCTTCCTCGCCTTGGGCG
CAGTTGATTTCGAACCACCACCGGCCATCTCTTTCGTTTTTCTAGATCGGAAGGAGAGAA
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AGCTTTATCCAAATAGACTTTCTTCTCTTCCTCATCCAAAGACTTCCACTTTTCACCACC
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GCGAAGTAAGGTGTTGATGTTGTTGTTAGCGGTGGTTTCGGGTTTGGTTTCAGCATCCAC
TCTCTTCCTCGCCTTGGGCGCAGTTGATTTCGAACCACCACCGGCCATCTCTTTCGTTTT
TCTAGATCGGAAGGAGAGAATGTAATCTTTTTTTTTTCTTTTGAGATCGAATCGAT
CC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 8

CO CL771Contig1 941 8 10 U
GGATATCAAACATAAAAGTCAGCAAAACAAAGGCATATTCCTCTTCTCTTCATAAGCCTT
AATTTCTAAATATTCAGATTCAAAGATCTCCATGGCTATCCACAAGATCTTCTTCGCTTC
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TGACCTGGAGAAAGGTGCACTTGAGGTCACCGCTACACCCAGCCGAGAAGGCGTTTTGGA
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CTTTGCGTAATTGGGAAGTTGAGCAAAACCGCGTTGACTTTGAATTTATCTTTTTCTTTT
ATCCGCTGCTTTTGTTTTGATGCTTACCTCTTCTTCCTTTGTACTTCTAATAATTTCAAG
ATCAATGTGGTTAATAGGAACATGTGTGGTGTTTGATAATATACTTTGTATTTGCGAAAT
TGCAAGGAGATGAAACAATAAATGTTTGACGTGTGAGCCTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C110TF U 1
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AF RR3GS74TF U 1
AF RR3GS74JQ C 127
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BS 749 766 RR3D616TF
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CTTTGCGTAA

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TGCCGGAATTAACAAGTTGAGCATTACATGGAAGCTAAGCTCGACAGCTACAAAAGAGGC
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ATCTTTTCTTTATCCG

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CCGCGTTG

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TGAATTTACGACCATCAAAGTAAAGCTATGCTACGCTCCGGTAAGCCAAGTTGACCGACC
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AAA

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DS 

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CCACACAAGATCATTACCAGGCCCTATGATAAATCCCCTCAATCATTTGAATATACCCTA
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CTTCTAATAATTTCAAGATCAATGTGGTTAATAGGAACATGTGTGGTGTTTGATAATATA
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QA 1 718 1 718
DS 



AS 2 8

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DB07JQ U 35
AF RR3CP74JQ U 1
AF RR3DB07TF C 1
AF RR3EV56JQ U 72
AF RR3FK53JQ U 113
BS 1 221 RR3CP74JQ
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BS 718 723 RR3EV56JQ
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RD RR3DB07JQ 434 0 0
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QA 1 434 1 434
DS 

RD RR3CP74JQ 717 0 0
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QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3DB07TF 678 0 0
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TAAATTTTATTAAATGAAAGCCTCTTTTTTGGCTTAGTTAATGTGCGGTGGTAGAGACGG
CGGCAGTAACGGTGGAGACAAGGCTGTCAACGCCACAAATGTTACAGCCTTTGCAGATCT
TGTAGAAACCCTTCTCACCCCAAGTCTCACCCCACGAGTTCTTGATGATCCAGTAAGGCT
TCTCCTTGAACCTAGCCGGAGCATAACCAGCGGAGCCATAACCGACCAACAAGACACCGT
GGTTGAGCCTCCTGGTGCAAATGTAAGGGCAGGAGACTCCGCCAATGTAAGTCTGCATAT
AGGCAGCGTTGATGGCAACAGCAAGAGGTCCGTTTTGAACAAGGTTGGCAGCAATCTGGT
CTTCGTCGATGGAGATGACACTGAAGTTGGAGACAGAGGCAACGATCTTGGACTTGTCTA
ACTTGCAGATGGAGCCGTCCTCGCCGGTGTAAGGATAGTCATCTTCTCTCATGAGGCCTC
CGGATTTGAGGGTGTATTCAAAAGCGCTGTTCATGAGGCCACCATTGCAACCAGAGTCGC
ATGAACCGGCCTCATCT
C

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3EV56JQ 652 0 0
GAGAGTCTAAGTCAAAGAGTGCTCGCTCACACAAATCACCAGAGTGAATTAAATTTTATT
AAATGAAAGCCTCTTTTTTGGCTTAGTTAATGTGCGGTGGTAGAGACGGCGGCAGTAACG
GTGGAGACAAGACTGTCAACGCCACAAATGTTACGGCCTTTGCAGATCTTGTAAAAACCC
TTCTCACCCCAAGTCTCACCCCACGAGTTCTTGATGATCCAGTAAGGCTTCTCCTTGAAC
CTAGCCGGAGCATAACCAGCGGAGCCATAACCGACCAACAAGACACCGTGGTTGAGCCTC
CTGGTGCAAATGTAAGGGCAGGAGACTCCGCCAATGTAAGTCTGCATATAGGCAGCGTTG
ATGGCAACAGCAAGAGGTCCGTTTTGAACAAGGTTGGCAGCAATCTGGTCTTCGTCGATG
GAGATGACACTGAAGTTGGAGACAGAGGCAACGATCTTGGACTTGTCTAACTTGCAGATG
GAGCCGTCCTCGCCGGTGTAAGGATAGTCATCTTCTCTCATGAGGCCTCCGGATTTGAGG
GTGTATTCAAAAGCGCTGTCCATGAGGCCACCATTGCAACCAGAGTCGCATGAACCGGCC
TCATCTGGGTCACACTCATGATCACAGTCAACGAGCTGTTGTTCGCTAAGGC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3FK53JQ 626 0 0
GG
GTGAATTAAATTTTATTAAATGAAAGCCTCTTTTTTGGCTTAGTTAATGTGCGGTGGTAG
AGACGGCGGCAGTAACGGTGGAGACAAGACTGTCAACGCCACAAATGTTACGGCCTTTGC
AGATCTTGTAGAAACCCTTCTCACCCCAAGTCTCACCCCACGAGTTCTTGATGATCCAGT
AAGGCTTCTCCTTGAACCTAGCCGGAGCATAACCAGCGGAGCCATAACCGACCAACAAGA
CACCGTGGTTGAGCCTCCTGGTGCAAATGTAAGGGCAGGAGACTCCGCCAATGTAAGTCT
GCATATAGGCAGCGTTGATGGCAACAGCAAGAGGTCCGTTTTGAA**AGGTTGGCAGCAA
TCTGGTCTTCGTCGATGGAGATGACACTGAAGTTGGAGACAGAGGCAACGATCTTGGACT
TGTCTAACTTGCAGATGGAGCCGTCCTCGCCGGTGTAAGGATAGTCATCTTCTCTCATGA
GGCCTCCGGATTTGAGGGTGTATTCAAAAGCGCTGTTCATGAGGCCACCATTGCAACCAG
AGTCGCATGAACCGGCCTCATCTGGGTCACACTCATGATCACAGTCAACGAGCTGTTGTT
CGCTAAGGCTGAAGAGTTTGCCGG

QA 3 626 3 626
DS 



CO CL772Contig2 718 3 3 U
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CTCCTCTTCTCCGTCTCCCTCTCTGTCTCTTCTTCATCGTCCGACGGCGATGATGCCGTG
ATCCGGCAGGTGGTTGATGGAGGAGCCGAGCCGCATGTTTTAACTTCCGAGCATCACTTT
TCTGTGTTCAAGAGCAAGTTCGGAAAGGTGTACGGTACGAGGGAGGAGCATGACTACAGG
TTCTCCGTATTCAAAGCGAATCAGAGGAGAGCGAGGCGTCACCAGAAGATGGATCCCTCT
GCTCGTCACGGCGTTACACAGTTCTCGGATCTGACTCGATCAGAGTTCAAGAAGAAGCAT
CTCGGTGTCAGAGGAGGGTTCAAGCTCCCCAAAGACGCCAACAAGGCTCCCATTCTCCCT
ACCGAGAATCTCCCTCAGGATTTTGATTGGAGAGATCACGGAGCCGTCACCCCCGTCAAA
AACCAGGGATCATGCGGGTCTTGCTGGAGTTTCAGCGCCACCGGAGCTCTTGAAGGTGCT
AACTTCCTCTCTACCGGCAAACTCCTCAGCCTTAGCGAACAACAGCTCGTTGACTGTGAT
CATGAGTGTGACCCAGATGAGGCCGGTTCATGCGACTCTGGTTGCAATGGTGGCCTCATG
AACAGCGCTTTTGAATACACCCTCAAATCCGAGCCTCATGAGAGAGATGACTATCCTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3EV56TF U 1
AF RR3CP74TF U 20
AF RR3FK53TF U 1
BS 1 660 RR3EV56TF
BS 661 661 RR3CP74TF
BS 662 718 RR3EV56TF

RD RR3EV56TF 718 0 0
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CTCCTCTTCTCCGTCTCCCTCTCTGTCTCTTCTTCATCGTCCGACGGCGATGATGCCGTG
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TCTGTGTTCAAGAGCAAGTTCGGAAAGGTGTACGGTACGAGGGAGGAGCATGACTACAGG
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CTCGGTGTCAGAGGAGGGTTCAAGCTCCCCAAAGACGCCAACAAGGCTCCCATTCTCCCT
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AACCAGGGATCATGCGGGTCTTGCTGGAGTTTCAGCGCCACCGGAGCTCTTGAAGGTGCT
AACTTCCTCTCTACCGGCAAACTCCTCAGCCTTAGCGAACAACAGCTCGTTGACTGTGAT
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GACAGCGCTTTTGAATACACCCTCAAATCCGAGCCTCATGAGAGAGATGACTATCCTT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3CP74TF 663 0 0
G
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GGCCGGTTCATGCGACTCTGGTTGCAATGGTGGCCTCATGAACGGCGCTTTTGAATACAC
CC

QA 2 663 2 663
DS 

RD RR3FK53TF 718 0 0
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ATCCGGCAGGTGGTTGATGGAGGAGCCGAGCCGCATGTTTTAACTTCCGAGCATCACTTT
TCTGTGTTCAAGAGCAAGTTCGGAAAGGTGTACGGTACGAGGGAGGAGCATGACTACAGG
TTCTCCGTATTCAAAGCGAATCAGAGGGGAGCGAGGCGTCACCAGAAGATGGATCCCTCT
GCTCGTCACGGCGTTACACAGTTCTCGGATCTGACTCGATCAGAGTTCAAGAAGAAGCAT
CTCGGTGTCAGAGGAGGGTTCAAGCTCCCCAAAGACGCCAACAAGGCTCCCATTCTCCCT
ACCGAGAATCTCCCTCAGGATTTTGATTGGAGAGATCACGGAGCCGTCACCCCCGTCAAA
AACCAGGAATCATGCGGGTCTTGCTGGAGTTTCAGCGCCACCGGAGCTCTTGAAGGTGCT
AACTTCCTCTCTACCGGCAAACTCCTCAGCCTTAGCGAACAACAGCTCGTTGACTGTGAT
CATGAGTGTGACCCAGATGAGGCCGGTTCATGCGACTCTGGTTGCAATGGTGGCCTCATG
AACAGCGCTTTTGAATACACCCTCAAATCCGAGCCTCATGAGAGAGATGACTATCCTT

QA 1 718 1 718
DS 



AS 2 8

CO CL773Contig1 717 2 1 U
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TAACGAGGAGGCCAAACTGCTCTTGGAGCAGGCTTTGATGGATGCTAACAGGGAGAGAGA
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CTCAGATGATAACATGTCTGAGATGAGTGATTCGGAGCTGTGCTGCATTTGCTTTGAGCA
AGCATGCACGATTGAAGTCAAAGACTGTGGTCACCAAATGTGTGCGCAATGCACTCTTGC
ACTGTGCTGTCACAACAAACCGAACCCAACTACTTCAACCGTGACTCCACCGGTCTGTCC
ATTCTGTAGAAGTGTTATCTCACGGTTAGTAATCAGAACAACAACAACGAGGAGACTAGC
AAGAGCCAGAGCCAAGACGAAGTTGTTGATCGTGAGGCAGGTGATGTCAGCTCTTCAAAA
CTCAGAAAGCATAGAAAATCGGTAAACCTTGGAGAAGAGAGCAGCAGTTTCATGGGACTA
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AGAAAAGAAGAAGTGAGTTTATGTAATGAAATCAATGATTTGTTGTTTCTTTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GU13TF U 1
AF RR3GU13JQ C 44
BS 1 717 RR3GU13TF

RD RR3GU13TF 717 0 0
GAACCCCTCTTCTGCTGAGCCTCTTGTCTGGCCATCCCCGTTGAAGTTCATCAGCGAGCT
TAACGAGGAGGCCAAACTGCTCTTGGAGCAGGCTTTGATGGATGCTAACAGGGAGAGAGA
GAAAACCATCCTCAAGGGAACTGCTTTCTCTTTACCGTCACCATCTTATTCCGACACAGC
CTCAGATGATAACATGTCTGAGATGAGTGATTCGGAGCTGTGCTGCATTTGCTTTGAGCA
AGCATGCACGATTGAAGTCAAAGACTGTGGTCACCAAATGTGTGCGCAATGCACTCTTGC
ACTGTGCTGTCACAACAAACCGAACCCAACTACTTCAACCGTGACTCCACCGGTCTGTCC
ATTCTGTAGAAGTGTTATCTCACGGTTAGTAATCAGAACAACAACAACGAGGAGACTAGC
AAGAGCCAGAGCCAAGACGAAGTTGTTGATCGTGAGGCAGGTGATGTCAGCTCTTCAAAA
CTCAGAAAGCATAGAAAATCGGTAAACCTTGGAGAAGAGAGCAGCAGTTTCATGGGACTA
TCAAGCATTGGATCGTTCGGGAAGATAACCGGCCGTGGCTCGGGAAGGATCGCAGCCGAC
AACGAGCTGATGGACAAACCGATTCTGTGAGAATGTAATGAAATCAAATGATTGAAATAA
AGAAAAGAAGAAGTGAGTTTATGTAATGAAATCAATGATTTGTTGTTTCTTTTGATC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3GU13JQ 674 0 0
AAGTTCATCAGCGAGCTTAACGAGGAGGCCAAACTGCTCTTGGAGCAGGCTTTGATGGAT
GCTAACAGGGAGAGAGAGAAAACCATCCTCAAGGGAACTGCTTTCTCTTTACCGTCACCA
TCTTATTCCGACACAGCCTCAGATGATAACATGTCTGAGATGAGTGATTCGGAGCTGTGC
TGCATTTGCTTTGAGCAAGCATGCACGATTGAAGTCAAAGACTGTGGTCACCAAATGTGT
GCGCAATGCACTCTTGCACTGTGCTGTCACAACAAACCGAACCCAACTACTTCAACCGTG
ACTCCACCGGTCTGTCCATTCTGTAGAAGTGTTATCTCACGGTTAGTAATCAGAACAACA
ACAACGAGGAGACTAGCAAGAGCCAGAGCCAAGACGAAGTTGTTGATCGTGAGGCAGGTG
ATGTCAGCTCTTCAAAACTCAGAAAGCATAGAAAATCGGTAAACCTTGGAGAAGAGAGCA
GCAGTTTCATGGGACTATCAAGCATTGGATCGTTCGGGAAGATAACCGGCCGTGGCTCGG
GAAGGATCGCAGCCGACAACGAGCTGATGGACAAACCGATTCTGTGAGAATGTAATGAAA
TCAAATGATTGAAATAAGGAAAAGAAGAAGTGAGTTTATGTAATGAAATCAATGATTTGT
TGTTTCTTTTGATC

QA 1 674 1 674
DS 



CO CL773Contig2 1188 6 18 U
GCACTACGCAGCGTACTACGGACATGCTGATTGTCTTCTAACCATTCTCTCTGCTGCTCA
GTCCAGCCCCGTTGCTGTTCATTGGGGATATGCGAGATTTGTGAATACTAGAGATGACAA
AGGAGCAACAGCCTTGCATCTAGCTGCTAGGCAGAGACGTCCTGATTGTGTTAATGTTCT
CTTGGACAGTGGCTCTCTTGTTTGTGCTTCCACTAGCCTTTACGGCTCTCCAGGGAGCAC
ACCTCTTCATTTGGCTGCAAGAAGCGGATCTATCGATTGCGTCAGAAAGTTACTTGCTTG
GGGTGCTGATCGTCTTCAGAGAGACGCTTCTGGGAGGATACCATATGTGGTTGCGATGAA
ACACAAGCACGGAGCATGTGGGGCGTTGCT*AACCCCTCTTCTGCTGAGCCTCTTGTCTG
GCCATCCCCTTTAAAGTTCATCAGCGAGCTTAACGAGGAGGCGAAACTTCTCTTGGAGCA
GGCTCTGATGGATGCTAACAGGGAGAGAGAGAAAACCATCCTCAAGGGAACTGCTTTCTC
TTTACCGTCACCATCTTACTCCGACACTGCCTCGGATGATAACATGTCTGAGATGAGTGA
TTCGGAGCTGTGCTGCATTTGCTTTGAGCAAGCATGCACGATTGAAGTCAAAGACTGTGG
TCACCAAATGTGTGCACAATGCACTCTTGCACTGTGCTGTCACAACAAACCGAACCCAAC
TACTTCAACCGTGACTCCACCGGTCTGTCCATTCTGTAGAAGTGTTATCTCACGGTTAGT
AATCGCCCAGAACAACAACAACAACGACATCGACAATAGCAAGAGCCAGAGCCAGGGCTA
AGACGAAGTTGCTGATCGTGAGGCAGGTGATGTCAGCTCTTCAAAACTCAGAAAGCATAG
AAAATCGGTAAACCTTGGAGAAGAGAGCAGCAGTTTCATGGGACTATCAAGCATTGGATC
GTTCGGGAAGATAACCGGCCGTGGCTCGGGAAGGATCGCAGCCGACAACGAGCTGATGGA
CAAACCGATTCTGTGAGAATGTAAT*GAAATCAAATGATTGAAATAAGGAAAAGAAGAAG
TGAGTTTATGTAATGAAATCAATGATTTGTTGTTTCTTTTGATCAATTTGAAAAATGGTT
TGTTGTCATTATTTGGTTACTTGTTGATATGAAATGGAAACCCTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 5 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H270TF U 1
AF RR3C636TF U 60
AF RR3CM85TF U 257
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BS 751 765 RR3H270TF
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BS 767 776 RR3H270TF
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BS 779 862 RR3CM85TF
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GCCATCCCCTTTAAAGTTCATCAGCGAGCTTAACGAGGAGGCGAAACTTCTCTTGGAGCA
GGCTCTGATGGATGCTAACAGGGAGAGAGAGAAAACCATCCTCAAGGGAACTGCTTTCTC
TTTACCGTCACCATCTTACTCCGACACTGCCTCGGATGATAACATGTCTGAGATGAGTGA
TTCGGAGCTGTGCTGCATTTGCTTTGAGCAAGCATGCACGATTGAAGTCAAAGACTGTGG
TCACCAAATGTGTGCACAATGCACTCTTGCACTGTGCTGTCACA**CAACCGAACCCAAC
TACTTCA*CCGTGACTCC*CCGGTCTGTC*ATTCTGTAGAAGTGT*ATCTCACGGT
AGTA

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DS 

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TCTTGGGCAGTGGCTCTCTTGTTTGTGCTTCCACTAGCCTTTACGGCTCTCCAGGGAGCA
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GGGGTGCTGATCGTCTTCAGAGAGACGCTTCTGGGAGGATACCATATGTGGTTGCGATGA
AACACAAGCACGGAGCATGTGGGGCGTTGCTTAACCCCTCTTCTGCTGAACCTCTTGTCT
GGCCATCCCCTCTAAAGTTCATCAGCGAGCTTAACGAGGAGGCGAAACTTCTCTTGGAGC
AGGCTCTGATGGATGCTAACAGGGAGAGAGAGAAAACCATCCTCAAGGGAACTGCTTTCT
CTTTACCGTCACCATCTTACTCCGACACTGCCTCGGATGATAACATGTCTGAGATGAGTG
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TTCATCAGCGAGCTTAACGAGGAGGCGAAACTTCTCTTGGAGCAGGCTCTGATGGATGCT
AACAGGGAGAGAGAGAAAACCATCCTCAAGGGAACTGCTTTCTCTTTACCGTCACCATCT
TACTCCGACACAGCCTCAGATGATAACATGTCTGAGATGAGTGATTCGGAGATGTGTTGC
ATTTGCTTTGAGCAAGCATGCACGATTGAAGTCAAAGACTGTGGTCACCAAATGTGTGCA
CAATGCACTCTTGCACTGTGTTGTCACAACAAACCGAACCCAACTACTTCAACCGTGACT
CCACCGGTCTGTCCGTTCTGTAGAAGTGTTATCTCACGGTTAGTAATCGCCCAGAACAAC
AACAACAACGACATCGACAATAGCAAGAGCCAGAGCCAGGGCTAAGACGAAGTTGCTGAT
CGTGAG

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DS 

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AAGCACGGAGCATGTGGGGCGTTGCT*AACCCCTCTTCTGCTGAGC*TCTTGTCTGGCCA
TCCCCTTTAAAGTTCATCAGCGAGCTTAACGAGGAGGCGAAACTTCTCTTGGAGCAGGCT
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CCGTCACCATCTTACTCCGACACTGCCTCGGATGATAACATGTCTGAGATGAGTGATTCG
GAGCTGTGCTGCATTTGCTTTGAGCAAGCATGCACGATTGAAGTCAAAGACTGTGGTCAC
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TCAACCGTGACTCCACCGGTCTGTCCATTCTGTAGAAGTGTTATCTCACGGTTAGTAATC
GCCCAGAACAACAACAACAACGAC***GACAGTAGCAAGAGCCAGAGCCAGGGCCAAGAC
GAAGTTGTTGATCGTGAGGCAGGTGATGTCAGCTCTTCAAAACTCAGAAAGCATAGAAAA
TCGGTAAACCTTGGAGAAGAGAGCAGCAGTTTCATGGGACTATCAAGCATTGGATCGTTC
GGGAAGATAACCGGCCGTGGCTCGGGAAGGATCGCAGCCGACAACGAGCTGATGGACAAA
CCGATTCTGTGAGAATGTAAT*GAAATCAAATGATTGAAATAAGGAAAAGAAGAAGTGAG
TTTATGTAATGAGATCAATGATTTGTTGTTTCTTTTGATCAATTTGAAAA
ATGTTTTGTTGCC

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DS 

RD RR3CM85JQ 756 0 0
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TGCTAACAGGGAGAGAGAGAAAACCATCCTCAAGGGAACTGCTTTCTCTTTACCGTCACC
ATCTTACTCCGACACAGCCTCAGATGATAACATGTCTGAGATGAGTGATTCGGAGATGTG
TTGCATTTGCTTTGAGCAAGCATGCACGATTGAAGTCAAAGACTGTGGTCACCAAATGTG
TGCACAATGCACTCTTGCACTGTGTTGTCACAACAAACCGAACCCAACTACTTCAACCGT
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CAACAACAACAACGACATCGACAATAGCAAGAGCCAGAGCCAGGGCTAAGACGAAGTTGC
TGATCGTGAGGCAGGTGATGTCAGCTCTTCAAAACTCAGAAAGCATAGAAAATCGGTAAA
CCTTGGAGAAGAGAGCAGCAGTTTCATGGGACTATCAAGCATTGGATCGTTCGGGAAGAT
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ACGAAATCAATGATTTGTTGTTTCTTTTGATCAATTTGAAAA*TGGTTTGTTGTCATTAT
TTGGTTACTTGTTGATATGAAATGGAAACCCTCACC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3C636JQ 616 0 0
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GAGTGATTCGGAGCTGTGCTGCATTTGCTTTGAGCAAGCATGCACGATTGAAGTCAAAGA
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GTTAGTAATCGCCCAGAACAACAACAACAACGAC***GACAGTAGCAAGAGCCAGAGCCA
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TGGATCGTTCGGGAAGATAACCGGCCGTGGCTCGGGAAGGATCGCAGCCGACAACGAGCT
GATGGACAAACCGATTCTGTGAGAATGTAAT*GAAATCAAATGATTGAAATAAGGAAAAG
AAGAAGTGAGTTTATGTAATGAAATCAATGATTTGTTGTTTCTTTTGATCAATTTGAAAA
ATGTTTTGTTG
TCATT

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 6

CO CL774Contig1 1254 6 10 U
GGCTTAACAAAATGCTTTGTTTCCACTAGTGTATATTACACCATATAGTATAGTACATCT
ATTTTCTGCCTTTTCAGGGTTGTAAAATTTCTTATTTTACCGATGCAAATAATCGATATA
ACATAACTAATATCATGTCTATGAAAATTTGTTCATCACTTTCATCCCTGGCAAGGTGCA
TATCTTTCCCCAGTACTTATTCGTGAAAATATCAAGACTTTAACTTTAAAAATTCTGCTA
TTCGAATTTATGATAAAGCGATTTTAAAACACTATTTGATGTGTTGTTTTACGAAGACGT
TACAACCGACGGATACCTGGGTTTTGTGTATTTCAAAAACCTCGGATATCACCCGCCCGC
GTTTGAAGATCTTCCGCCACTTTCTTAGTTGTCTCAACAGTGAACCGGCGAAAGTACAAA
GACAGCAGAGGCAGATTCCAAGGAAAAGAAAGCCTAAAACTCTGGTCCACTTTAATCTTG
GACGCAATCAATCCTTTTCCACCACTACATTTTCTGTATTCTTCAATACTCTTCGGCTTC
TTGTGCTTGCACAAGCGTTCTGCATCAACATATATTGGCTCCACTGTGTAGTCAACCCTG
AACGTTTCCATGTAGTCCATTCCTTTTCTACTTTTCCAGTTATATGCAGAAAGTTCTTCT
GGCTTTTCGAGGACATATAGACGTATTGGGATAGTTCCTGAAAAGAAAAGGAAGTTCCAT
GACAACTCTTTATCAACCTCCAGGATCGGCCTATCCCCTAGACCTCTCTCTGATGTAACT
TTTCTTGATATGGCTTTCAGAAGTGGGCGGCCATTGATTTCTCTAGAGTATGTTTTGTTG
TCATGATTAGTTAAAAAGTCGTAAGCTGCTTGAGGTGGCAATCCTAATGTAAATTCCATT
TCCATACTGGAAGAGCTATCAGTATTATGGTCTGTATGCACCTTCACCGTAGGAGAAGGT
TCATTATATTGTTTCTTCTTATTTGCATCTCTCCACAGTTTTAATTGCTCCCTCGTCTCA
TCTCTCTCATCATGAGTTTTTGTCTCTCTCACAGGCTTGGATTTAACATTTTCAGATTCT
TTAGGCTGTTGAGTGTTCTGACTGATCCAGCCACCAAACTCAGGAAATATACCCATTTAC
ACACTGAAAATTTAGGCCCCAAAGTGATATGACGATCGAAAGAGTGCCTGACATATAGAT
ACGAGACGGGACAAATCATGTATTTTATATACTATATGGTTTCAGGGACCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3BK96JQ U 1
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CTTTCAGA

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GACGGATACCTGGGTTTTGTGTATTTCAAAAACCTCGGATACCACCCGCCCGCGTTTGAA
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TCAATCCTTTTCCACCACTACATTTTCTGTATTCTTCAATACTCTTCGGCTTCTTGTGCT
TGCACAAGCGTTCTGCATCAACATATATTGGCTCCACTGTGTAGTCAACCCTGAACGTTT
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TTTTATATACTATATGGTTTCAGGGACCTT

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TACTATATGGTTTCAGGGACCTTCC

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DS 



AS 3 6

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH49TF U 2
AF RR3AB10TF U 1
BS 1 332 RR3AB10TF
BS 333 333 RR3FH49TF
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RD RR3FH49TF 645 0 0
G
AACCATTTGTTATTGTTGGGCGTTTGTTTATCTCGCTCACCTAAATTTGCAACCAAATTT
TTTTTTTGTTCTGATCAATATTGAACAGATAACTAAGAAACCCATATTTTTTTTCTTCTT
CGAAAGATCTGAATATTTTATTTTCTGAAATTTCGTTGAAGAAACTTTTAGATTAGAGGA
AGAAATTTCATTTGATCTGCACGTTTCTGATTTGAGAAGAAAAAAAGGAACAACAATGAG
TTCTGAGCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACTGAGCCAAAGCTCTGCGACAACGG
ATGCGGTTTCTTCGGGTCACCTTCCAACATGAACCTCTGTTCCAAATGTTACAGAAGTCT
CCGAGCCGAGGAAGATCAAACCGCTGTAGCAAAAGCTGCTGTCAAGAACTCACTTAAGCT
TCCATCTTGCAGTCTCATTATCACACCAGAGCAAAAGCAGCCTCTTGAAACCAAACCAGT
CTCTGTTGTTTTATCGACTGAGCCGTCTTCAGTTCCTGTAGCCACGGGACAGGAGGAGGT
AGAGCCGTCGAAACCTGCACGGACAAACAGGTGTTTCAGCTGTAACAAGAAGGTTGGGGT
TATGGGGTTTAAGTGCAAATGCGGCAGCACGTTTTGCGGGAGCC

QA 2 645 2 645
DS 

RD RR3AB10TF 691 0 0
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TTTTTTTTTGTTCTGATCAATATTGAACAGATAACTAAGAAACCCATATTTTTTTTCTTC
TTCGAAAGATCTGAATATTTTATTTTCTGAAATTTCGTTGAAGAAACTTTTAGATTAGAG
GAAGAAATTTCATTTGATCTGCACGTTTCTGATTTGAGAAGAAAAAAAGGAACAACAATG
AGCTCTGAGCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACTGAGCCAAAGCTCTGCGACAAC
GGATGCGGTTTCTTCGGGTCACCTTCCAACATTAACCTCTGTTCCAAATGTTACAGAAGT
CTCCGAGCCGAGGAAGATCAAACCGCTGTAGCAAAAGCTGCTGTCAAGAACTCACTTAAG
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GTTATGGGGTTTAAGTGCAAATGCGGCAGCACGTTTTGCGGGAGCCATAGGTACCCGGAG
AAGCACGAGTGTAGCTTCGATTTCAAAGAAG

QA 1 691 1 691
DS 



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AGAGGAAGAAATTTCAATTGATCTGCACGTTTCTGAATTTAGAAGAAGAAAAAAAGGAAC
AACAATGAGCTCTGAGCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACAGAGCCAAAGCTCTG
CGACAACGGATGCGGTTTCTTCGGGTCACCTTCCAACATGAACCTCTGTTCCAAATGTTA
CAGAAGTCTCCGAGCCGAGGAAGATCAAACCGCTGTAGCAAAAGCTGCTGTCAAGAACTC
ACTTAAGCTTCCATCTTGCAGTCTCATTATCACACCAGAGCAAAAGCAGCCTCTTGAAAC
CAAACCAGTCTCTGTTGTTGTAACGACGGAGCCGTCTTCAGTTCCTGTAGCCACGGGACA
GGAGGAGGTAGAGCCGTCGAAACCTGCACGGACAAACAGGTGTTTCAGCTGTAACAAGAA
GGTTGGGGTTATGGGGTTTAAGTGCAAATGCGGCAGCACGTTTTGCGGGAGCCATAGGTA
CCCGGAGAAGCACGAGTGTAGCTTCGATTTCAAAGAAGTTGGACGTGATGCAATCCCAAA
GGCCAATCCTGTGATCAAGGCGGATAAAGTCGAAAGGATATGAAAAAAAAAATAGCAAAC
CTTTTCTTTTTATTAAGTAATTTGGGGTTTCTATCTTGTCTGCACTTGATCAGCTTCTTC
TTTGGATGTTGATGTGATGTGATCATGTTGGGTTTCTATGAATCAAAATGAAAATTGCTG
CT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3AD53TF U 1
AF RR3AB10JQ C 134
BS 1 207 RR3AD53TF
BS 208 208 RR3AB10JQ
BS 209 347 RR3AD53TF
BS 348 348 RR3AB10JQ
BS 349 391 RR3AD53TF
BS 392 392 RR3AB10JQ
BS 393 447 RR3AD53TF
BS 448 448 RR3AB10JQ
BS 449 453 RR3AD53TF
BS 454 454 RR3AB10JQ
BS 455 741 RR3AD53TF
BS 742 742 RR3AB10JQ
BS 743 761 RR3AD53TF
BS 762 782 RR3AB10JQ

RD RR3AD53TF 777 0 0
CTTCTTCGAAAGATCTGAATATTTTATTTTCTGAAATTTCGTTGAAGAAACTTTGATATT
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CTTTTCTTTTTATTAAGTAATTTGGGGTTTCTATCTTGTCTGCACTTGATCAGCTTCTTC
TTTGGATGTTGATGTGATGTGTTCATGTTGGGTTTCTATGA
TCAAATGAAATTGCTG

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3AB10JQ 649 0 0
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TCTTGCAGTCTCATTATCACACCAGAGCAAAAGCAGCCTCTTGAAACCAAACCAGTTTCT
GTTGTTTTATCGACTGAGCCGTCTTCAGTTCCTGTAGCCACGGGACAGGAGGAGGTAGAG
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GTGATGTGATCATGTTGGGTTTCTATGAATCAAAATGAAAATTGCTGCT

QA 1 649 1 649
DS 



CO CL775Contig3 757 2 2 U
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AAAAAAAGATTTTCTGATCAATATTGAACAGAAAACTAAGAAACCCATTTTTTTTCTTCT
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TTCCATCTTGCAGTCTCATTATCACACCAGAGCAAAAGCAGCCTCTTGAAACCAAACCAG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B056TF U 1
AF RR3B056JQ C 280
BS 1 730 RR3B056TF
BS 731 757 RR3B056JQ

RD RR3B056TF 730 0 0
GGAATCAACCATTTGTTATTGTTGAGTGTTTGTTTATCTCGCTCACCTAAATTTGCAACG
AAAAAAAGATTTTCTGATCAATATTGAACAGAAAACTAAGAAACCCATTTTTTTTCTTCT
TCGAAGGATCTGAATATTTTATTTTCTGAAATTTCGTTGAAGAAACTTTGAGATTAGAGG
AACAAATTTCAATTGATCTGCACGTTTCTGATTTGAGAAGAAAAAAAGGAACAACAATGA
GCTCTGAGCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACTGAGCCAAAGCTCTGCGACAACG
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TTCCATCTTGCAGTCTCATTATCACACCAGAGCAAAAGCAGCCTCTTGAAACCAAACCAG
TCTCTGTTGTTTTAACGACTGAGCCGTCGTCTTCAGTTCCTGTAGCCACGGGACAGGAGG
AGGTAGAGCCGTCGAAACCTGCACGGACGAATAGGTGTTTCAACTGTAACAAGAAGGTTG
GGGTTATGGGGTTTAAGTGCAAATGCGGCAGCACGTTTTGCGGGAGCCATAGGTACCCGG
AGAAGCACGAGTGTAGCTTCGATTTCAAAGAAGTTGGACGTGATGCAATCTCAAAGGCTA
ATCCTGTGAT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3B056JQ 478 0 0
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GTTCCAAATGTTACAGAAGTCTCCGAGCCGAGGAAGATCAAACCGCTGTAGCAAAAGCTG
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CTGTAGCCACGGGACAGGAGGAGGTAGAGCCGTCGAAACCTGCACGGACGAATAGGTGTT
TCAACTGTAACAAGAAGGTTGGGGTTATGGGGTTTAAGTGCAAATGCGGCAGCACGTTTT
GCGGGAGCCATAGGTACCCGGAGAAGCACGAGTGTAGCTTCGATTTCAAAGAAGTTGGAC
GTGATGCAATCTCAAAGGCTAATCCTGTGATCAAGGCGGATAAAGTCGAAAGGATATG

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 8

CO CL776Contig1 1171 8 14 U
GGATGACATTCAGATTGGGGAGACTATTGCTGATAAAGTACATGGGAAGCCTCTGCCTAC
AATCAAAGTAGAAGAGCCAACTGTGAAAATGTCCTTCTCTGTCAACACCTCTCCTTTCTC
TGGTCGTGAGGGAAAGTATGTAACGAGCAGGAACTTGCGAGATCGTTTAAACCGTGAACT
TGAAAGAAATCTAGCTATGAAAGTGTAAGATGGTGAGACAGCTGACACGTTCATCATCAG
TGGACGCGGTACATTACACATTACCATCCTGATTGAAAACATGAGAAGAGAGGGATATGA
ATTTATGGTTGGACCCCCTAAAGTTATCAACAAAAGGGTTAACGACAAATTGCTGGAGCC
ATATGAGGTAGCAACTGTTGAAGTACCAGAGAATCACATGGGGCCTGTTGTTGAACTTCT
TGGCAAAAGGCGTGGACAGATGTTTGATATGCAGGGTGTTGGGTCGGAAGGAACAGTGTT
TCTGCGGTACAAAATCCCAACACGTGGACTTCTTGGATTGAGGAATGCAATTTTGACAGC
TTCTCGTGGGACAGCTATCCTCAACACCGTATTCGACAGTTATGGACCTTGGGCTGGAGA
TATTAGCACCCGTGATCTTGGTTCGCTGGTTGCCTTTGAAGATGGAACATCAACATCGTA
TGCTCTAGCAAGTGCACAAGAGAGAGGGCAAATGTTTGTAGCTGCAGGTGTGGATGTATA
CAAAGGTCAGATTGTTGGGATCCACCAGAGACCTGGGGACTTGGGACTTAACATCTGCAA
GAAGAAGGCAGCGACAAACATACGCTCCAACAAAGATGTTACAGTGGTTCTTGACACTCC
CTTGACTTATAGTCTGGACGACTGCATTGAATACATTGAAGAGGATGAACTTGTGGAAGT
TACGCCTCTTAGTATTAGGATGTGCAAGAATCCTAAAATGGCCAAGAAGGGCAGGTAAAA
AAGAAAAACACCATTTTGCAGCTGGGTTTGGAGGAAACTGAAAAGCTTTTTTCCATTAAA
AGATGAAATCTAGTTTCTGATGATTTTTATATAGGGCTTGTTTGATTCTTATACATAAAT
CTTGAATTCTTATGAGGGGGTTGAGTCCTCGGATGTAATCAAACTAATGCTTTTTGGAAA
ACCCCTTATATCCATCCCATTTGGACTACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 10 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3CT76TF U 1
AF RR3A674JQ C 736
AF RR3DS73TF U 339
AF RR3DS73JQ C 464
AF RR3A868JQ C 520
AF RR3DY22TF U 891
AF RR3A674TF U 736
AF RR3A868TF U 520
BS 1 413 RR3CT76TF
BS 414 414 RR3DS73TF
BS 415 703 RR3CT76TF
BS 704 1047 RR3DS73TF
BS 1048 1048 RR3DY22TF
BS 1049 1054 RR3DS73TF
BS 1055 1055 RR3DY22TF
BS 1056 1099 RR3DS73TF
BS 1100 1100 RR3DY22TF
BS 1101 1117 RR3DS73TF
BS 1118 1118 RR3DY22TF
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BS 1141 1167 RR3DY22TF
BS 1168 1171 RR3A868JQ

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TGAAAGAAATCTAGCTATGAAAGTGTAAGATGGTGAGACAGCTGACACGTTCATCATCAG
TGGACGCGGTACATTACACATTACCATCCTGATTGAAAACATGAGAAGAGAGGGATATGA
ATTTATGGTTGGACCCCCTAAAGTTATCAACAAAAGGGTTAACGACAAATTGCTGGAGCC
ATATGAGGTAGCAACTGTTGAAGTACCAGAGAATCACATGGGGCCTGTTGTTGGACTTCT
TGGCAAAAGGCGTGGACAGATGTTTGATATGCAGGGTGTTGGGTCGGAAGGAACAGTGTT
TCTGCGGTACAAAATCCCAACACGTGGACTTCTTGGATTGAGGAATGCAATTTTGACAGC
TTCTCGTGGGACAGCTATCCTCAACACCGTATTCGACAGTTATGGACCTTGGGCTGGAGA
TATTAGCACCCGTGATCTTGGTTCGCTGGTTGCCTTTGAAGATGGAACATCAACATCGTA
TGCTCTAGCAAGTGCACAAGAGAGAGGGCAAATGTTTGTAGCT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3A674JQ 280 0 0
G
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AACATACGCTCCAACAAAGATGTTACAGTGGTTCTTGACACTCCCTTGACTTATAGTTTG
GACGACTGCATTGAATACATTGAAGAGGATGAACTTGTGGAAGTTACGCCTTTTAGTATT
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TGCAGCTGGGTTTGGAGGAAACTGAAAAGCTTTTTTCCA

QA 2 280 2 280
DS 

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G
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GGGGCCTGTTGTTGAACTTCTTGGCAAAAGGCGTGGACAGATGTTTGATATGCAGGGTGT
TGGGTCGGAAGGAACAGTGTTTCTGCGGTACAAAATCCCAACACGTGGACTTCTTGGATT
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TTATGGACCTTGGGCTGGAGATATTAGCACCCGTGATCTTGGTTCGCTGGTTGCCTTTGA
AGATGGAACATCAACATCGTATGCTCTAGCAAGTGCACAAGAGAGAGGGCAAATGTTTGT
AGCTGCAGGTGTGGATGTATACAAAGGTCAGATTGTTGGGATCCACCAGAGACCTGGGGA
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TACAGTGGTTCTTGACACTCCCTTGACTTATAGTCTGGACGACTGCATTGAATACATTGA
AGAGGATGAACTTGTGGAAGTTACGCCTCTTAGTATTAGGATGTGCAAGAATCCTAAAAT
GGCCAAGAAGGGCAGGTAAAAAAGAAAAACACCATTTTGCAGCTGGGTTTGGAGGAAACT
GAAAAGCTTTTTTCCATTAAAAGATGAAATCTAGTTTCTGATGATTTT*ATATAGAGCTT
GTTTGATTCTTATACATAAATCTTGAATTCTTATGAGGGG*TTGAGTCCTCGGATGTA*T
CAAACTAATGCTTTTTGGAAA
CCCCTT

QA 2 802 2 802
DS 

RD RR3DS73JQ 694 0 0
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AATGCAATTTTGACAGCTTCTCGTGGGACAGCTATCCTCAACACCGTATTCGACAGTTAT
GGACCTTGGGCTGGAGATATTAGCACCCGTGATCTTGGTTCGCTGGTTGCCTTTGAAGAT
GGAACATCAACATCGTATGCTCTAGCAAGTGCACAAGAGAGAGGGCAAATGTTTGTAGCT
GCAGGTGTGGATGTATACAAAGGTCAGATTGTTGGGATCCACCAGAGACCTGGGGACTTG
GGACTTAACATCTGCAAGAAGAAGGCAGCGACAAACATACGCTCCAACAAAGATGTTACA
GTGGTTCTTGACACTCCCTTGACTTATAGTCTGGACGACTGCATTGAATACATTGAAGAG
GATGAACTTGTGGAAGTTACGCCTCTTAGTATTAGGATGTGCAAGAATCCTAAAATGGCC
AAGAAGGGCAGGTAAAAAAGAAAAACACCATTTTGCAGCTGGGTTTGGAGGAAACTGAAA
AGCTTTTTTCCATTAAAAGATGAAATCTAGTTTCTGATGATTTTTATATAGAGCTTGTTT
GATTCTTATACATAAATCTTGAATTCTTATGAGGGGGTTGAGTCCTCGGATGTAATCAAA
CTAATGCTTTTTGGAAAACCCCTTATATCCATCC

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DS 

RD RR3A868JQ 652 0 0
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TTATGGACCTTGGGCTGGAGATATTAGCACCCGTGATCTTGGTTCGCTGGTTGCCTTTGA
AGATGGAACATCAACATCGTATGCTCTAGCAAGTGCACAAGAGAGAGGGCAAATGTTTGT
AGCTGCAGGTGTGGATGTATACAAAGGTCAGATTGTTGGGATCCACCAGAGACCTGGGGA
CTTGGGACTTAACATCTGCAAGAAGAAGGCAGCGACAAACATACGCTCCAACAAAGATGT
TACAGTGGTTCTTGACACTCCCTTGACTTATAGTCTGGACGACTGCATTGAATACATTGA
AGAGGATGAACTTGTGGAAGTTACGCCTCTTAGTATTAGGATGTGCAAGAATCCTAAAAT
GGCCAAGAAGGGCAGGTAAAAAAGAAAAACACCATTTTGCAGCTGGGTTTGGAGGAAACT
GAAAAGCTTTTTTCCATTAAAAGATGAAATCTAGTTTCTGATGATTTTTATATAGGGCTT
GTTTGATTCTTATACATAAATCTTGAATTCTTATGAGGGGGTTGAGTCCTCGGATGTAAT
CAAACTAATGCTTTTTGGAAAACCCCTTATATCCATCCCATTTGGACTACTT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3DY22TF 279 0 0
G
TGTGGAAGTTACGCCTCTTAGTATTAGGATGTGCAATAATCCTAAAATGGCCAAGAAGGG
CAGGTAAAAAAGAAAAACACCATTTTGCAACTGGGTTTGGAGGAAACTGAAAAGCTTTTT
TCCATTAAAAGATGAAATCTAGTTTCTGATGATTTTTATATAGGGCTTGTTTGATTCTTA
TACATAAATCTTGAATTCTTATGAGGGGGTTGAGTCCTCGGATGTAATCAAACTAATGCT
TTTTGGAAAACCCCTTATATCCATCCCATTTGGACT
AA

QA 2 277 2 277
DS 

RD RR3A674TF 432 0 0
G
GGGATCCACCAGAGACCTGGGGACTTGGGACTTAACATCTGCAAGAAGAAGGCAGCGACA
AACATACGCTCCAACAAAGATGTTACAGTGGTTCTTGACACTCCCTTGACTTATAGTCTG
GACGACTGCATTGAATACATTGAAGAGGATGAACTTGTGGAAGTTACGCCTCTTAGTATT
AGGATGTGCAAGAATCCTAAAATGGCCAAGAAGGGCAGGTAAAAAAGAAAAACACCATTT
TGCAGCTGGGTTTGGAGGAAACTGAAAAGCTTTTTTCCATTAAAAGATGAAATCTAGTTT
CTGATGATTTTTATATAGGACTTGTTTGATTCTTATACATAAATCTTGAATTCTTATGAG
GGGGTTGAGTCCTCGGATGTAATCAAACTAATGCTTTTTGGAAAACCCCTTATATCCATC
CCATTTGGACT

QA 2 432 2 432
DS 

RD RR3A868TF 652 0 0
GAGGAATGCAATTTTGACAGCTTCTCGTGGGACAGCTATCCTCAACACCGTATTCGACAG
TTATGGACCTTGGGCTGGAGATATTAGCACCCGTGATCTTGGTTCGCTGGTTGCCTTTGA
AGATGGAACATCAACATCGTATGCTCTAGCAAGTGCACAAGAGAGAGGGCAAATGTTTGT
AGCTGCAGGTGTGGATGTATACAAAGGTCAGATTGTTGGGATCCACCAGAGACCTGGGGA
CTTGGGACTTAACATCTGCAAGAAGAAGGCAGCGACAAACATACGCTCCAACAAAGATGT
TACAGTGGTTCTTGACACTCCCTTGACTTATAGTCTGGACGACTGCATTGAATACATTGA
AGAGGATGAACTTGTGGAAGTTACGCCTCTTAGTATTAGGATGTGCAAGAATCCTAAAAT
GGCCAAGAAGGGCAGGTAAAAAAGAAAAACACCATTTTGCAGCTGGGTTTGGAGGAAACT
GAAAAGCTTTTTTCCATTAAAAGATGAAATCTAGTTTCTGATGATTTTTATATAGGGCTT
GTTTGATTCTTATACATAAATCTTGAATTCTTATGAGGGGGTTGAGTCCTCGGATGTAAT
CAAACTAATGCTTTTTGGAAAACCCCTTATATCCATCCCATTTGGACT
ACTT

QA 1 648 1 648
DS 



AS 2 8

CO CL777Contig1 658 4 2 U
TGAACAAAAACACCTTTATTATTTCATCAATAAAACATGTAACGGATTACAAACAATAGA
TAATAGTTTCTCTCTCAAAAGAAAAACAATAGATGGTAGTAGAATAAAACAAGAAATTTT
GAAATTACGCGAAATTTTGAAACAAGAATCGTATTTTAGTGATAATTTAGAACATTGATT
CAAAAACGTGCTATCTCTAAGCACATTGGAAACCAGATGGAACCTTCGTACCACACTGGT
TAAAGAGAACACTCAGTGAAATAGGAACACGAAGATTAATGCCAAGGACATTAGCCTTCA
AAGCGGTGCAGAGACAGACCCCAGCATCGAGATTAACTAGACCTTTGATAAGGGCGCAAC
ATTCGGTCTTTTCTGGTAGAGAAATCTTAACCAAATTCAACACGTTGGCGCATACCTTGA
GTTTAAGAGCATCTTTGCAACTGGGTTTGGTGTAAGGAGACGACGGTGCGGGTTTCTTGT
TGTGGCTTTTGGGCGGTGGTGGTGAACAAGGGGCCGTAGAGCTAACCAAAGTGAAGAAGA
TGACATTCAAAACAAGGAGAAGAGCAATCTTAGAGTAAGCCATTGATGAAAGAGTAAAGT
TTTAAGAGTTTTCTCTTAGAAAGTTATCTCTCTTTATCAAGCTTGTGATGTTGTGCCC


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3D876JQ U 2
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AF RR3B718JQ U 2
AF RR3B718TF C 2
BS 1 1 RR3D876TF
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AATAGTTTCTCTCTCAAAAAAAAAACAATAAATGGTAGTAGAATAAAACAAGAAATTTTG
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AAAAACGTGCTATCTCTAAGCACATTGGAAACCAAATGGAACCTTCGTACCACACTGGTT
AAAGAGAA

QA 1 248 1 248
DS 

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TAATAGTTTCTCTCTCAAAAGAAAAACAATAGATGGTAGTAGAATAAAACAAGAAATTTT
GAAATTACGCGAAATTTTGAAACAAGAATCGTATTTTAGTGATAATTTAGAACATTGATT
CAAAAACGTGCTATCTCTAAGCACATTGGAAACCAGATGGAACCTTCGTACCACACTGGT
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DS 

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AATAGTTTCTCTCTCAAAAGAAAAACAATAGATGGTAGTAGAATAAAACAAGAAATTTTG
AAATTACGCGAAATTTTGAAACAAGAATCGTATTTTAGTGATAATTTAGAACATTGATTC
AAAAACGTGCTATCTCTAAGCACATTGGAAACCAGATGGAACCTTCGTACCACACTGGTT
AAAGAGAACACTCAGTGAAATAGGAACACGAAGATTAATGCCAAGGACATTAGCCTTCAA
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TTCGGTCTTTTCTGGTAGAGAAATCTTAACCAAATTCAACACGTTGGCGCATACCTTGAG
TTTAAGAGCATCTTTGCAACTGGGTTTGGTGTAAGGAGACGACGGTGCGGGTTTCTTGTT
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GACATTCAAAACAAGGAGAAGAGCAATCTTAGAGTAAGCCATTGATGAAAGAGTAAAGTT
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DS 

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AATAGTTTCTCTCTCAAAAGAAAAACAATAGATGGTAGTAGAATAAAACAAGAAATTTTG
AAATTACGCGAAATTTTGAAACAAGAATCGTATTTTAGTGATAATTTAGAACATTGATTC
AAAAACGTGCTATCTCTAAGCACATTGGAAACCAGATGGAACCTTCGTACCACACTGGTT
AAAGAGAACACTCAGTGAAATAGGAACACGAAGATTAATGCCAAGGACATTAGCCTTCAA
AGCGGTGCAGAGACAGACCCCAGCATCGAGATTAACTAGACCTTTGATAAGGGCGCAACA
TTCGGTCTTTTCTGGTAGAGAAATCTTAACCAAATTCAACACGTTGGCGCATACCTTGAG
TTTAAGAGCATCTTTGCAACTGGGTTTGGTGTAAGGAGACGACGGTGCGGGTTTCTTGTT
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GACATTCAAAACAAGGAGAAGAGCAATCTTAGAGTAAGCCATTGATGAAAGAGTAAAGTT
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GCCC

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DS 



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GATGTTCTAAATTATCACTAAAATACGATTCTTGTTTCAAAATTTCGCGTAATTTCAGAA
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BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3D984JQ C 1
AF RR3GJ85JQ C 140
AF RR3GJ85TF U 1
AF RR3D984TF U 1
BS 1 2 RR3D984JQ
BS 3 644 RR3GJ85TF
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CTTCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCTTGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAACAA
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GATGTTCTAAATTATCACTAAAATACGATTCTTGTTTCAAAATTTCGCGTAATTTCAGAA
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QA 1 652 1 652
DS 

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AATCTTCGTGTTCCTATTTCACTGAGTGTTCTCTTTAACCAGTGTGGTACGAAGGTTCCA
TCTGGTTTCCAATGTGCTTAGAGATAGCACGTTTTTGAATTGATGTTCTAAATTATCACT
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ATCTATTGTTTTTCTTTTGAGAAAGAAACTATTATCTATTGTTTGTAATCCGTTACATGT
TTTATTGATGAAATAATAAAGGTATTTTTGTTC

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DS 

RD RR3GJ85TF 644 0 0
GG
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TCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCTTGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAACAAGA
AACCCGCACCGTCGTCTCCTTACACTAAACCCAGTTGCAAAGATGCTCTTAAACTCAAGG
TATGCGCCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGATTTCTCTACCAGAAAAGACCGAATGTTGCG
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TGTTCTAAATTATCACTAAAATACGATTCTTGTTTCAAAATTTCGCGTAATTTCAGAATT
TCTTGTTTTATTCTGCCATCTATTGTTTTTCTTTTGAGAAAGAAACTATTATCTATTGTT
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DS 

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GG
ACAACATCACAAGCTTGATAAAGAGAGATAACTTTCTAAGAGAAAACTCTTAAAACTTTA
CTGTTTCATCAATGGCTTACTCTAAAATTGCTCTTCTCCTTGTTTTGAATGTCATATTCT
TCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCTTGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAACAAGA
AACCCGCACCGTCGTCTCCTTACACTAAACCCAGTTGCAAAGATGCTCTTAAACTCAAGG
TATGCGCCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGATTTCTCTACCAGAAAAGACCGAATGTTGCG
CCCTTATCAAAGGTCTAGTTAATCTCGATGCTGGGGTCTGTCTCTGCACCGCTTTGAAGG
CTAATGTCCTTGGCATTAATCTTCGTGTTCCTATTTCACTGAGTGTTCTCTTTAACCAGT
GTGGTACGAAGGTTCCATCTGGTTTCCAATGTGCTTAGAGATAGCACGTTTTTGAATTGA
TGTTCTAAATTATCACTAAAATACGATTCTTGTTTCAAAATTTCGCGTAATTTCAGAATT
TCTTGTTTTATTCTGCCATCTATTGTTTTTCTTTTGAGAAAGAAACTATTATCTATTGTT
TGTAATCCGTTACATGTTTTATTGATGAAATAATAAAGGTATTTTTGTTC

QA 3 652 3 652
DS 



AS 3 8

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CAGATTTTTTGTCTTAACATCATACACATCGTTAAACAACTCTGTCAATGGTTGTTTCTC
CCACTTCTCCGCCGCCTGAATCGCTTGTAGAAGCAGTTTTCTTGTGCTAGATCTCAGCTT
GGATTCATCTTCCTCGCTCCACCATCCATTATCCTCCACCCATTTCTTGAACCTATTCAC
AGGGTTTCTCGACATTTTCCAGTACTGGATTTCATCAGCTTCCCTGTACTTAGTTGAATC
GTCTGATGTAGAATGATGCCCTACTCTATATGTCATCGCCTCGATGAGGACAGGTCTTTG
TACTGAGGTAACACGACGTCTTCTGAACTGAGAGCGGCGGCTGATGCGATGTTGATGGCT
TCTTCTCCTACGGAAGTGAGATAGAAAGAGATTCTTCCTTGACGTTGAGCTTCGTAGAAG
ATGTGGTCCATCACCTGAAGCGTCGCCATCTGTTCGTACATTCTAATCGCGAGTTTCTCG
CTCACCGGAACATAATCGATGTTGGAGATGGTGCTTCCATGTTCGTTAAGAACTCGATAG
CATGGAATTCTCCGAGAAGATGATCCCGGTATGAATTTCATCTCAGATGTGTAACCGACT
TTGCCGCCCGGAAAATCCAATTCCTGGGCATCATCCTCATGATCACTCTGTTGAACCAAA
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GCAAACCAGATCGCCATGTATGCAAAAGAAAAAGTACAAGAAGAAGCGAAGAAAATGATG
AAGATAGCAATCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E350JQ U 1
AF RR3ER45JQ U 1
AF RR3ER45TF C 396
BS 1 125 RR3E350JQ
BS 126 126 RR3ER45JQ
BS 127 493 RR3E350JQ
BS 494 676 RR3ER45JQ
BS 677 1153 RR3ER45TF

RD RR3E350JQ 493 0 0
GGGACAAATCATGAAATCTTATTAAATGACGAAAATACATTTCTCAAAGGTCCGTTATTT
TGATTATAACGATATAAATAGCCTTGGATGAGAAGTATATATGTACATGCTACATGAACA
TGATACAGGAGAATTGAGATCTTCAACTTCACAGTTCCTCTAGATTCAGATATGAAAACC
AAGAGGATAATCTTGAGGTTGTTTCTCTACTAATTCCTTTAAACCAAGTTCTTGCTCCTC
CAGATTTTTTGTCTTAACATCATACACATCGTTAAACAACTCTGTCAATGGTTGTTTCTC
CCACTTCTCCGCCGCCTGAATCGCTTGTAGAAGCAGTTTTCTTGTGCTAGATCTCAGCTT
GGATTCATCTTCCTCGCTCCACCATCCATTATCCTCCACCCATTTCTTGAACCTATTCAC
AGGGTTTCTCGACATTTTCCAGTACTGGATTTCATCAGCTTCCCTGTACTTAGTTGAATC
GTCTGATGTAGAA

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR3ER45JQ 676 0 0
A
GGACAAATCATGAAATCTTATTAAATGACGAAAATACATTTCTCAAAGGTCCGTTATTTT
GATTATAATGATATAAATAGCCTTGGATGAGAAGTATATATGTACATGCTACATGAACAT
GATAAAGGAGAATTGAGATCTTCAACTTCACAGTTCCTCTAGATTCAGATATGAAAACCA
AGAGGATAATCTTGAGGTTGTTTCTCTACTAATTCCTTTAAACCAAGTTCTTGCTCCTCC
AGATTTTTTGTCTTAACATCATACACATCGTTAAACAACTCTGTCAATGGTTGTTTCTCC
CACTTCTCCGCCGCCTGAATCGCTTGTAGAAGCTGTTTTCTTGTGCTAGATCTCAGCTTG
GATTCATCTTCCTCGCTCCACCATCCATTATCCTCCACCCATTTCTTGAACCTATTCACA
GGGTTTCTCGACATTTTCCAGTACTGGATTTCATCAGCTTCCCTGTACTTAGTTGAATCG
TCTGATGTAGAATGATGCCCTACTCTATATGTCATCGCCTCGATGAGGACAGGTCTTTGT
ACTGAGGTAACACGACGTCTTCTGAACTGAGAGCGGCGGCTGATGCGATGTTGATGGCTT
CTTCTCCTACGGAAGTGAGATAGAAAGAGATTCTTCCTTGACGTTGAGCTTCGTAGAAGA
TGTGGTCCATCACCT

QA 2 676 2 676
DS 

RD RR3ER45TF 758 0 0
CCACCCATTTCTTGAAC*TAT*CACAGGGTT*CTCGACATTT*CCAGTACTGGATTTCAT
CAGCTTCC*TGTACTTAGTTGAATCGTCTGATGTAGAATGATGCCCTACTCTATATGTCA
TCGCCTCGATGAGGACAGGTCTTTGTACTGAGGTAACACGACGTCTTCTGAACTGAGAGC
GGCGGCTGATGCGATGTTGATGGCTTCTTCTCCTACGGAAGTGAGATAGAAAGAGATTCT
TCCTTGACGTTGAGCTTCGTAGAAGATGTGGTCCATCACCTGAAGCGTCGCCATCTGTTC
GTACATTCTAATCGCGAGTTTCTCGCTCACCGGAACATAATCGATGTTGGAGATGGTGCT
TCCATGTTCGTTAAGAACTCGATAGCATGGAATTCTCCGAGAAGATGATCCCGGTATGAA
TTTCATCTCAGATGTGTAACCGACTTTGCCGCCCGGAAAATCCAATTCCTGGGCATCATC
CTCATGATCACTCTGTTGAACCAAATCAGGCTGTGTCTCCACTGCCGTAGACTCGTGACG
GAAGCTAGTGAAGGGATTCAAAAACACCCTCGAAGATAACTGATAATTTGTAAAAACAGG
ACGAGGAGAAGTGTAGTTGCGCTTGATGAGAATCGCCGACAAACCCAGGTTCTGTCTCAA
GCTAGAAACGAGGTTTCTGGATCTAGCAAACCAGATCGCCATGTATGCAAAAGAAAAAGT
ACAAGAAGAAGCGAAGAAAATGATGAAGATAGCAATCC

QA 1 758 1 758
DS 



CO CL778Contig2 744 2 5 U
CGCGGCGGTGATGGAAGCTCCGGTGGTGTTTATATGTCGGAACAACGGTTGGGCTATCAG
CACTCATATCTCAGAACAATTCAGAAGTGATGGAATTGTTGTGAAAGGTCAAGCTTACGG
AATCCGAAGCATCCGAGTGGATGGTAACGATGCTCTTGCGGTTTACAGCGCGGTACGCTC
AGCCAGAGAGATGGCTGTTACAGAACAAAGACCTGTCCTCATCGAGGCGATGACATATAG
AGTAGGGCATCATTCTACATCAGACGATTCAACTAAGTACAGGGAAGCTGATGAAATCCA
GTACTGGAAAATGTCGAGAAACCCTGTGAATAGGTTCAAGAAATGGGTGGAGGATAATGG
ATGGTGGAGCGAGGAAGATGAATCCAAGCTGAGATCTAGCACAAGAAAACAGCTTCTACA
AGCGATTCAGGCGGCGGAGAAGTGGGAGAAACAACCATTGACAGAGTTGTTTAACGATGT
GCATGATGTTAAGACAAAAAATCTGGAGGAGCAAGAACTTGGTTTAAAGGAATTAGTAGA
GAAACAACCTCAAGATTATCCTCTTGGTTTTCATATCTGAATCTAGAGGAACTGTGAAGT
TGAAGATCTCAATTCTCCTGTATCATGTTCATGTAGCATGTACATATATACTTCTCATCC
AAGGCTATTTATATCGTTATAATCAAAATAACGGACCTTTGAGAAATGTATTTTCGTCAT
TTAATAAGATTTCATGAATTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
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AF RR3GB19JQ C 1
AF RR3AQ89TF U 57
BS 1 57 RR3GB19JQ
BS 58 481 RR3AQ89TF
BS 482 482 RR3GB19JQ
BS 483 735 RR3AQ89TF
BS 736 744 RR3GB19JQ

RD RR3GB19JQ 744 0 0
CGCGGCGGTGATGGAAGCTCCGGTGGTGTTTATATGTCGGAACAACGGTTGGGCTATCAG
CACTCATATCTCAGAACAATTCAGAAGTGATGGAATTGTTGTGAAAGGTCAAGCTTACGG
AATCCGAAGCATCTGAGTGGATGGTAACGATGCTCTTGCGGTTTACAGCGCGGTACGCTC
AGCCAGAGAGATGGCTGTTACAGAACAAAGACCTGTCTTCATCGAGGCGATGACATATAG
AGTAGGGCATCATTCTACATCAGACGATTCAACTAAGTACAGGGAAGCTGATGAAATCCA
GTGCTGGAAAATGTCGAGAAACCCTGTGAATAGGTTCAAGAAATGGGTGGAGGATAATGG
ATGGTGGAGCGAGGAAGATGAATCCAAGCTGAGATCTAGCACAAGAAAACAGCTTTTACA
AGCGATTCAGGCGGCGGAGAAGTGGGAGAAACAACCATTGACAGAGTTGTTTAACGATGT
GCATGATGTTAAGACAAAAAATCTGGAGGAGCAAGAACTTGGTTTAAAGGAATTAGTAGA
GAAACAACCTCAAGATTATCCTCTTGGTTTTCATATCTGAATCTAGAGGAACTGTGAAGT
TGAAGATCTCAATTCTCCTGTATCATGTTCATGTAGCATGTACATATATACTTTTCATCC
AAGGCTATTTATATCGTTATAATCAAAATAACGGACCTTTGAGAAATGTATTTTCGTCAT
TTAATAAGATTTCATGAATTGTCC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3AQ89TF 679 0 0
G
CAGCACTCATATCTCAGAACAATTCAGAAGTGATGGAATTGTTGTGAAAGGTCAAGCTTA
CGGAATCCGAAGCATCCGAGTGGATGGTAACGATGCTCTTGCGGTTTACAGCGCGGTACG
CTCAGCCAGAGAGATGGCTGTTACAGAACAAAGACCTGTCCTCATCGAGGCGATGACATA
TAGAGTAGGGCATCATTCTACATCAGACGATTCAACTAAGTACAGGGAAGCTGATGAAAT
CCAGTACTGGAAAATGTCGAGAAACCCTGTGAATAGGTTCAAGAAATGGGTGGAGGATAA
TGGATGGTGGAGCGAGGAAGATGAATCCAAGCTGAGATCTAGCACAAGAAAACAGCTTCT
ACAAGCGATTCAGGCGGCGGAGAAGTGGGAGAAACAACCATTGACAGAGTTGTTTAACGA
TGTGTATGATGTTAAGACAAAAAATCTGGAGGAGCAAGAACTTGGTTTAAAGGAATTAGT
AGAGAAACAACCTCAAGATTATCCTCTTGGTTTTCATATCTGAATCTAGAGGAACTGTGA
AGTTGAAGATCTCAATTCTCCTGTATCATGTTCATGTAGCATGTACATATATACTTCTCA
TCCAAGGCTATTTATATCGTTATAATCAAAATAACGGACCTTTGAGAAATGTATTTTCGT
CATTTAATAAGATTTCAT

QA 2 679 2 679
DS 



CO CL778Contig3 1618 3 5 U
GGATTGCTATCTTCATCATTTTCTTCGCTTCTTCTTGTACTTTTTCTTTTGCATACACGG
CGATCTGGTTTGCTAGATCCAGAAACCTCGTTTCTAGCTTGAGACAGAACCTGGGTTTGT
CGGCGATTCTCATCAAGCGCAACTACACTTCTCCTCGTCCTGTTTTTACAAATTATCAGT
TATCTTCGAGGGTGTTTTTGAATCCCTTCACTAGCTTCCGTCACGAGTCTACGGCAGTGG
AGACACAGCCTGATTTGGTTCAACAGAGTGATCATGAGGATGATGCCCAGGAATTGGATT
TTCCGGGCGGCAAAGTCGGTTACACATCTGAGATGAAATTCATACCGGGATCATCTTCTC
GGAGAATTCCATGCTATCGAGTTCTTAACGAACATGGAAGCATCATCTCCAACAGCGATT
ATGTTCCGGTGAGCGAGAAACTCGCGATTAGAATGTACGAACAGATGGCGACGCTTCAGG
TGACGGACCACATCTTCTACGAAGCTCAACGTCAAGGAAGAATCTCTTTCTATCTCACTT
CCGTAGGAGAAGAAGCCATCAACATCGCATCAGCCGCCGCTCTCAGTTCAGAAGACGTCG
TGTTACCTCAGTACAGAGAGCCTGGAGTGCTTCTATGGCGTGGCTTCACGTTAGAGGAGT
TTGCGAATCAGTGCTTTGGTAACAAAGCTGATTACGGAAAAGGCAGACAGATGCCTATCC
ATTACGGATCTAACCAACACAACTACTTCACTGTCTCATCTCCAATCGCCACACAGCTTC
CTCAAGCTGCCGGAGTTGGTTATGCGCTGAAGATGGAGAAGAAGAACGCTTGTGCAGTAA
CACTCATTGGAGACGGTGGCACAAGCGAGGGAGATTTTCACGCCGGGTTGAATTTCGCGG
CGGTGATGGAAGCTCCGGTGGTGTTTATATGCCGGAACAACGGTTGGGCTATCAGCACTC
ATATCTCAGAACAATTCAGAAGTGATGGAATTGTTGTGAAAGGTCAAGCTTACGGAATCC
GAAGCATCCGAGTGGATGGTAACGATGCTCTTGCGGTTTACAGCGCGGTACGCTCAGCTA
GAGAGATGGCTGTTACAGAACAAAGACCTGTCCTCATCGAGATGATGACATATAGAGTAG
GACATCATTCCACATCAGATGATTCAACAAAGTACAGGGAAGCCGATGAAATCCAGTACT
GGAAAATGTCGAGAAACCCTGTGAATAGGTTCAAGAAATGGGTGGAGGATAATGGATGGT
GGAGCGAGGAAGATGAATCCAAGCTAAGATCTAGCACAAGAAAACAGCTTCTACAAGCGA
TTCAGGCGGCGGAGAAGTGGGAGAAACAACCACTGACAGAGTTATTTAACGATGTGTATG
ATGTTAAGACAAAAAATCTCGAGGAGCAAGAACTTGGTTTAAAGGAATTAGTAGAGAAAC
AACCTCAAGACTATCCTCTTGGTTTTCATATCTGAATCTAGAGCAACTGTGAAGTTGAAG
ATCTCATTCTCATGTATGACGATGAATCATGTACATACATATATACTTCTCATCAAAGGC
TATTTATGTTATAATAAAATTACGACCTTTGAGAAATGTATTTTCGTCATTTAATAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DS83TF U 824
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TATCTTCGAGGGTGTTTTTGAATCCCTTCACTAGCTTCCGTCACGAGTCTACGGCAGTGG
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TTCCGGGCGGCAAAGTCGGTTACACATCTGAGATGAAATTCATACCGGGATCATCTTCTC
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ATGTTCCGGTGAGCGAGAAACTCGCGATTAGAATGTACGAACAGATGGCGACGCTTCAGG
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TGTTACCTCAGTACAGAGAGCCTGGAGTGCTTCTATGGCGTGGCTTCACGTTAGAGGAGT
TTGCGAATCAGTGCTTTGGTAACAAAGCTGAT

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GG
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TAACGAACATGGAAGCATCATCTCCAACAGCGATTATGTTCCGGTGAGCGAGAAACTCGC
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TCAACGTCAAGTAAGAATCTCTTTCTATCTCACTTCCGTAGGAGAAGAAGCCATCAACAT
CGCATCAGCCGCCGCTCTCAGTTCAGAAGACGTCGTGTTACCTCAGTACAGAGAGCCTGG
AGTGCTTCTATGGCGTGGCTTCACGTTAGAGGAGTTTGCGAATCAGTGCTTTGGTAACAA
AGCTGATTACGGAAAAGGCAGACAGATGCCTATCCATTACGGATCTAACCAACACAACTA
CTTCACTGTCTCATCTCCAATCGCCACACAGCTTCCTCAAGCTGCCGGAGTTGGTTATGC
GCTGAAGATGGAGAAGAAGAACGCTTGTGCAGTAACACTCATTGGAGACGGTGGCACAAG
CGAGGGAGATTTTCACGCCGGGTTGAATTTCGCGGCGGTGATGGAAGCTCCGGTGGTGTT
TATATGTCGGAACAACGGTTGGGCTATCAGCACTCATATCTCAGAACAATTCAGAAGTGA
TGGAATTGTTGTGAAAG
TCAAGCT

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DS 

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CGGGTTGAATTTCGCGGCGGTTATGGAAGCTCCGGTGGTGTTTATATGCCGGAACAACGG
TTGGGCTATCAGCACTCATATCTCAGAACAATTCAGAAGTGATGGAATTGTTGTGAAAGG
TCAAGCTTACGGAATCCGAAGCATCCGAGTGGATGGTAACGATGCTCTTGCGGTTTACAG
CGCGGTACGCTCAGCTAGAGAGATGGCTGTTACAGAACAAAGACCTGTCCTCATCGAGAT
GATGACATATAGAGTAGGACATCATTCCACATCAGATGATTCAACAAAGTACAGGGAAGC
CGATGAAATCCAGTACTGGAAAATGTCGAGAAACCCTGTGAATAGGTTCAAGAAATGGGT
GGAGGATAATGGATGGTGGAGCGAGGAAGATGAATCCAAGCTAAGATCTAGCACAAGAAA
ACAGCTTCTACAAGCGATTCAGGCGGCGGAGAAGTGGGAGAAACAACCACTGACAGAGTT
ATTTAACGATGTGTATGATGTTAAGACAAAAAATCTCGAGGAGCAAGAACTTGGTTTAAA
GGAATTAGTAGAGAAACAACCTCAAGACTATCCTCTTGGTTTTCATATCTGAATCTAGAG
CAACTGTGAAGTTGAAGATCTCATTCTCATGTATGACGATGAATCATGTACATACATATA
TACTTCTCATCAAAGGCTATTTATGTTATAATAAAATTACGACCTTTGAGAAATGTATTT
TCGTCATTTAATAAG

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 5

CO CL779Contig1 876 5 20 U
GGGGACCAATGAGCTTGAAGATGAGCTAAAACATAGAGAGAGAGAGAGGACAAGTTGGAA
AGCGATCAAGAAGGAAGAATGAGCGAAGGGTCAAGCGGAGAAGTGAAGAATAGGAGGGTA
ATGGAAGAGAAATCGGAAGAGAGAGGGGTGGCGAAAGGAAGATCGTGCAAAGGATACCTT
TACTACTCTTCAACTCTCAAATCCAAGGATAAGAATCCTCGCTGCGTCGGCATCCCTCGT
ACTCTCCGTCAAGTTCCTGATTACGTTGTAGGACAATCTGAAGCTGAAGCTCCTAAAGAA
GGGCGCACCTTAGCTGATTTTTACTACGGATGTTTGGGTTATTCCGTTTACATGACTGAC
AAAGACTCCTCTACTGCCATGAAGCAACAGACCAAGACCCAACTTCC*GTTTGTCTCGGC
CTTGAGATACTAGCAGATAGAAGAGCTGCTTCATCAAGCAACACTTCATCTATTCCTGCC
CGCGCTCAAAACAGAAATGATTCTCGGGAGTTGCCTCAGCACCAGAACCATAGACCAACT
TCAATCCCAAAACCAACCCCAACCCCAACCCCAGCTACTGCTACAAACACTGAAAACGGC
TTCATAACGAGGTTCACAAGAAATGCAAACCTGGTAGCAGCAGGGGTGATGAAGAACCTG
AAGAGAGTGGGTAATTATGTCAAAGAGCATTTGGACGACTCCTTGGATGATCATCGAAAG
CGGCCTAAATAAATAAAATCTCTGTGGTGAGAAATCAAAAAAAAAAAGAAAAACAGAAAA
ACACATGTGACAGTCAACAAGATATGAATGATTCGACACTTTTTGAAAACTCCTTTTGGA
TTCTCATAATAATAATAAAAAAAAATGGATGTATTG


BQ
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30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3DZ93TF U 2
AF RR3EQ72TF U 62
AF RR3GY16TF U 1
AF RR3DZ93JQ C 215
AF RR3EQ72JQ C 579
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BS 657 732 RR3GY16TF
BS 733 876 RR3DZ93JQ

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GCGATCAAGGAGGAAGAATGAGCGAAGGGTCAAGCGGAGAAGTGAAGAATAGGAGGGTAA
TGGAAGAGAAATCGGAAGAGAGAGGGGTGGCGAAAGGAAGATCGTGCAAAGGATACCTTT
ACTACTCTTCAACTCTCAAATCCAAGGATAAGAATCCTCGCTGCGTCGGCATCCCTCGTA
CTCTCCGTCAAGTTCCTGATTACGTTGTAGGACAATCTGAAGCTGAAGCTCCTAAAGAAG
GGCGCACCTTAGCTGATTTTTACTACGGATGTTTGGGTTATTCCGTTTACATGACTGACA
AAGACTCCTCTACTGCCATGAAGCAACAGACCAAGACCCAACTTCC*GTTTGTCTCGGCC
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GCGCTCAAAACAGAAATGATTCTCGGGAGTTGCCTCAGCACCAGAACCATAGACCAACTT
CAAT

QA 1 544 1 544
DS 

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GG
GATCAAGAAGGAAGAATGAGCGAAGGGTCAAGCGGAGAAGTGAAGAATAGGAGGGTAATG
GAAGAGAAATCGGAAGAGAGAGGGGTGGCGAAAGGAAGATCGTGCAAAG*ATACCTTTAC
TACTCTTCAACTCTCAAATCCAAGGATAAGAATCCTCGCTGCGTCGGCATCCCTCGTACT
CTCCGTCAAGTTCCTGATTACGTTGTAGGACAATCTGAAGCTGAAGCTTCTAAAGAAGGG
CGCACCTTAGCTGATTTTTACTACGGATGTTTGGGTTATTCCGTTTACATGACTGACAAA
GACTCCTCTACTGCCATGAAGCAACAGACCAAGACCCAACTTCCCGTTTGTCTCGGCCTT
GAGATACTAGCAGATAGAAGAGCTGCTTCATCAAGCAACACTTCATCTATTCCTGCCCGC
GCTCAAAACAGAAATGATTCTCGGGAGTTGCCTCAGCACCAGAACCATAGACCAACTTCA
ATCCCAAAACCAACCCCAACCCCAACCCCAGCTACTGCTACAAACACT

QA 3 530 3 530
DS 

RD RR3GY16TF 748 0 0
GGGGACCAATGAGCTTGAAGATGAGCTAAAACATAGAGAGAGAGAG**GACAAGTTGGAA
AGCGATCAAGAAGGAAGAATGAGCGAAGGGTCAAGCGGAGAAGTGAAGAATAGGAGGGTA
ATGGAAGAGAAATCGGAAGAGAGAGGGGTGGCGAAAGGAAGATCGTGCAAAGGATACCTT
TACTACTCTTCAACTCTCAAATCCAAGGATAAGAATCCTCGCTGCGTCGGCATCCCTCGT
ACTCTCCGTCAAGTTCCTGATTGCGTTGTAGGACAATCTGAAGCTGAAGCTTCTAAAGAA
GGGCGCACCTTAGCTGATTTTTACTACGGATGTTTGGGTTATTCCGTTTACATGACGGAC
AAAGACTCC**TACTGCCATGAAGCAACAGACCAAGACCCAACTTCCCGTTTGTCTCGGC
CTTGAGATACTAGCAGATAGAAGAGCGGCTTCATCAAGCAACACTTCATCTATTCCTGCC
CGCGCTCAAAACAGAAATGATTCTCGGGAGTT*CCTCAGCACCAGAACCATAGACCAACT
TCAATCCCAAAACCAACCCCAACCCCAACCCCAGCTACTGCTACAAACACTGAAAACGGC
TTCATAACGAGGTTCACAAGAAATGCAAACCTGGTAGCAGCAGGGGTGATGAAGA*CCTG
AAGAGAGTGGGTAATTATGTCAAAGAGCATTTGGACGACTCCTTGGATGATCATCGAAAG
CGGCCTAAATAA
TAAAACTCTGTGGTGG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3DZ93JQ 662 0 0
ATCCTCGCTGCGTCGGCATCCCTCGTACTCTCCGTCAAGTTCCTGATTACGTTGTAGGAC
AATCTGAAGCTGAAGCTCCTAAAGAAGGGCGCACCTTAGCTGATTTTTACTACGGATGTT
TGGGTTATTCCGTTTACATGACTGACAAAGACTCCTTTACTGCCATGAAGCAACAGACCA
AGACCCAACTTCC*GTTTGTTTCGGCCTTGAGATACTAGCAGATAGAAGAGCTGCTTCAT
CAAGCAACACTTCATCTATTCCTGCCCGCGCTCAAAACAGAAATGATTCTCGGGAGTTGC
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CTACTGCTACAAACACTGAAAACGGCTTCATAACGAGGTTCACAAGAAATGCAAACCTGG
TAGCAGCAGGGGTGATGAAGAACCTGAAGAGAGTGGGTAATTATGTCAAAGAGCATTTGG
ACGACTCCTTGGATGATCATCGAAAGCGGCCTAAATAAATAAAATCTCTGTGGTGAGAAA
TCAAAAAAAAAAAGAAAAACAGAAAAACACATGTGACAGTCAACAAGATATGAATGATTC
GACACTTTTTGAAAACTCCTTTTGGATTCTCATAATAATAATAAAAAAAAATGGATGTAT
TG

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3EQ72JQ 298 0 0
TGCT
ACAAACACTGAAAACGGCTTCATAACGAGGTTCACAAGAAATGCAAACCTGGTAGCAGCA
GGGGTGATGAAGAACCTGAAGAGAGTGGGTAATTATGTCAAAGAGCATTTGGACGACTCC
TTGGATGATCATTGAAAGCGGCCTAAATAAATAAAATTTTTGTGGTGGGAAATCAAAAAA
AAAA*GAAAAACAGAAAAACACATGTGACAGTCAACAAGATATGAATGATTTGACACTTT
TTGAAAACTCCTTTTGGATTTTCATAATAATAATAAAAAAAAATGGATGTAT
CG

QA 5 296 5 296
DS 



AS 1 8

CO CL780Contig1 1738 8 17 U
GGTTCCTGCTTCTTGTTACAACTAAGCAGAGCAACATTCTAGAAGATCTGGATACCCTCA
GGATGCTCTCCAAACTCGTGCCTGAGTATTCCATGTCTTTAGATGAAGAAGGGATTGGCA
GGGCTGCCTTTGAGCTGATATTTGCTTTTGATGAAGTCATTTCTCTTGGGCACAAGGAAA
GTGTGACAGTTGCACAGGTGAAGCAGTACTGTGAAATGGAAAGTCACGAGGAGAAGTTGC
ATAAACTGGTAATGCAGAGCAAAATCAATGACACCAAAGACGTGATGAAGCGTAAGGCTA
ATGAGATTGACAAAAGCAAGATCGAAAAGACTAGAGGTGGTGATAAGGGATTTTCGTCTA
TGAGTTCACTGGGAGGCAGACTTGACAGTAGTTTCAGTGACATGAGCATATCTCATGGTT
CTGGCGGTGGTGGTTTTGGAAGTGGTCCAGCGTTTGGCATGATGTCAGATGTTGAGCCTA
TCAATACCAAGGCGAAAGATCGATCAAGGTCTTCCGTTACTGCTGCTCCTAAGAGTTCTG
GCATGAAACTTGGCAAGTCGGGAAAGAATCAGTTAATGGAGTCCCTTAAAGCCGAAGGTG
AAGACATCATTGAGGATGTTAAGCCTACTGGCCAAACCAGACCAGCTGTTGCAGCTCCAA
CTGATCCTTTCACATTAACTGTTGAAGAGAAGCTCAATGTCGCATTGAGACGAGATGGTG
GAATCAGTAGCTTTGACATGCAGGGAACCCTGTCGCTTCAAATTCTTAACCAAGAAGATG
GGTTTGTCCAAGTTCAGATTGAAACCGGTGGAAATCCTGAAATTCTTTTCAAGACACATC
CCAACATCAACAGGGAACTCTTTAATAGCGAGAGTATACTAGGGCTGAAGAGACCTGATC
AGCCATTTCCCACTGGTCAAGGTGGAGATGGTGTTGGTCTTCTGAGGTGGAGAATGCAAA
GAGCAGATGAGTCGATGGTGCCACTAACAATCAACTGCTGGCCTTCAGTGTCTGGAAACG
AGACATATGTGAGCATCGAGTATGAAGCCTCGTCCATGTTTGATCTGACTAATGTTATCA
TCTCGGTTCCTCTTCCTGCTCTGAGAGATGCTCCAATTGTTAAACAATGCGATGGGGACT
GGAGGTACGACTCAAGAAATTCTGTTGTTGAATGGTCTATACTTCTCATTGACAACTCCA
ACCGCAGTGGGTCAATGGAGTTTGTTGTGCCACCAGTTGATTCGTCGGTGTTCTTCCCTA
TCTCTGTTCAGTTTGCAGCCACCACTACATACAGTGGCTTGAAGGTGAACGGAATGATTC
CTCTCAGAGGTGGTGGTGGTGCGACTCCAAAGTTTGTGCAGAGGACGCAGCTGATAACAC
AGAATTACCAAGTCGTATGAGAAGGCTGTTCGAGTTGCTCCGTTTGGAACCGCTGTTTCT
TTTAGTTTATTGCTGCTTCTCTACTATCTCTGGTCTGGGAATAAAATCTTAAATCTTCTG
GGATTTTACTAGTTTCTTTATCGGACTTACTTCTAAGACACATTCTTATCATTGTTTCTT
TTTTTTTTTACTTGTTTGCTTTGTTTTGCCCCCACAATGTACTCATTTGATGAGCCTTCA
CTTATAGGGTTTATGTGTGGATCATATTATTTTTGTTATTGTTGTTCTTGCATGTGAAGT
TATAAGCGAAAACGGTGATTTTAATCAACTAAATTGGTAATCAATCATCCACTTACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CM41TF U 1
AF RR3GH12TF U 120
AF RR3H241TF U 641
AF RR3GS78TF U 794
AF RR3H241JQ C 999
AF RR3CM41JQ C 943
AF RR3GH12JQ C 996
AF RR3GS78JQ C 1098
BS 1 322 RR3CM41TF
BS 323 323 RR3GH12TF
BS 324 739 RR3CM41TF
BS 740 847 RR3GH12TF
BS 848 1238 RR3H241TF
BS 1239 1239 RR3GS78TF
BS 1240 1292 RR3H241TF
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BS 1294 1300 RR3H241TF
BS 1301 1471 RR3GS78TF
BS 1472 1472 RR3CM41JQ
BS 1473 1480 RR3GS78TF
BS 1481 1512 RR3CM41JQ
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BS 1533 1533 RR3GH12JQ
BS 1534 1738 RR3CM41JQ

RD RR3CM41TF 739 0 0
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GGATGCTCTCCAAACTCGTGCCTGAGTATTCCATGTCTTTAGATGAAGAAGGGATTGGCA
GGGCTGCCTTTGAGCTGATATTTGCTTTTGATGAAGTCATTTCTCTTGGGCACAAGGAAA
GTGTGACAGTTGCACAGGTGAAGCAGTACTGTGAAATGGAAAGTCACGAGGAGAAGTTGC
ATAAACTGGTAATGCAGAGCAAAATCAATGACACCAAAGACGTGATGAAGCGTAAGGCTA
ATGAGATTGACAAAAGCAAGATTGAAAAGACTAGAGGTGGTGATAAGGGATTTTCGTCTA
TGAGTTCACTGGGAGGCAGACTTGACAGTAGTTTCAGTGACATGAGCATATCTCATGGTT
CTGGCGGTGGTGGTTTTGGAAGTGGTCCAGCGTTTGGCATGATGTCAGATGTTGAGCCTA
TCAATACCAAGGCGAAAGATCGATCAAGGTCTTCCGTTACTGCTGCTCCTAAGAGTTCTG
GCATGAAACTTGGCAAGTCGGGAAAGAATCAGTTAATGGAGTCCCTTAAAGCCGAAGGTG
AAGACATCATTGAGGATGTTAAGCCTACTGGCCAAACCAGACCAGCTGTTGCAGCTCCAA
CTGATCCTTTCACATTAACTGTTGAAGAGAAGCTCAATGTCGCATTGAGACGAGATGGTG
GAATCAGTAGCTTTGACAT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3GH12TF 728 0 0
G
GGGCTGCCTTTGAGCTGATATTTGCTTTTGATGAAGTCATTTCTCTTGGGCACAAGGAAA
GTGTGACAGTTGCACAGGTGAAGCAGTACTGTGAAATGGAAAGTCACGAGGAGAAGTTGC
ATAAACTGGTAATGCAGAGCAAAATCAATGACACCAAAGACGTGATGAAGCGTAAGGCTA
ATGAGATTGACAAAAGCAAGATCGAAAAGACTAGAGGTGGTGATAAGGGATTTTCGTCTA
TGAGTTCACTGGGAGGCAGACTTGACAGTAGTTTCAGTGACATGAGCATATCTCATGGTT
CTGGCGGTGGTGGTTTTGGAAGTGGTCCAGCGTTTGGCATGATGTCAGATGTTGAGCCTA
TCAATACCAAGGCGAAAGATCGATCAAGGTCTTCCGTTACTGCTGTTCCTAAGAGTTCTG
GCATGAAACTTGGCAAGTCGGGAAAGAATCAGTTAATGGAGTCCCTTAAAGCCGAAGGTG
AAGACATCATTGAGGATGTTAAGCCTACTGGCCAAACCAGACCAGCTGTTGCAGCTCCAA
CTGATCCTTTCACATTAACTGTTGAAGAGAAGCTCAATGTCGCATTGAGACGAGATGGTG
GAATCAGTAGCTTTGACATGCAGGGAACCCTGTCGCTTCAAATTCTTAACCAAGAAGATG
GGTTTGTCCAAGTTCAGATTGAAACCGGTGGAAATCCTGAAATTCTTTTCAAGACACATC
CCAACAT

QA 2 728 2 728
DS 

RD RR3H241TF 660 0 0
GG
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CATTGAGACGAGATGGTGGAATCAGTAGCTTTGACATGCAGGGAACCCTGTCGCTTCAAA
TTCTTAACCAAGAAGATGGGTTTGTCCAAGTTCAGATTGAAACCGGTGGAAATCCTGAAA
TTCTTTTCAAGACACATCCCAACATCAACAGGGAACTCTTTAATAGCGAGAGTATACTAG
GGCTGAAGAGACCTGATCAGCCATTTCCCACTGGTCAAGGTGGAGATGGTGTTGGTCTTC
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CTTCAGTGTCTGGAAACGAGACATATGTGAGCATCGAGTATGAAGCCTCGTCCATGTTTG
ATCTGACTAATGTTATCATCTCGGTTCCTCTTCCTGCTCTGAGAGATGCTCCAATTGTTA
AACAATGCGATGGGGACTGGAGGTACGACTCAAGAAATTCTGTTGTTGAATGGTCTATAC
TTCTCATTGACAACTCCAACCGCAGTGGGTCAATGGAGTTTGTTGTGCCACCAGTTTATT
CGTCGGTGTTCTTCCCTATCTCTGTTCAGTTTGCAGCCACCACTACATACTGTGGCTT

QA 3 660 3 660
DS 

RD RR3GS78TF 691 0 0
G
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GAACTCTTTAATAGCGAGAGTATACTAGGGCTGAAGAGACCTGATCAGCCATTTCCCACT
GGTCAAGGTGGAGATGGTTTTGGTCTTCTGAGGTGGAGAATGCAAAGAGCAGATGAGTCG
ATGGTGCCACTAACAATCAACTGCTGGCCTTCAGTGTCTGGAAACGAGACATATGTGAGC
ATCGAGTATGAAGCCTCGTCCATGTTTGATCTGACTAATGTTATCATCTCGGTTCCTCTT
CCTGCTCTGAGAGATGCACCAATCGTTAAACAATGCGATGGGGACTGGAGGTACGACTCA
AGAAATTCTGTTGTGGAATGGTCTATACTTCTTATTGACAACTCCAACCGCAGTGGGTCA
ATGGAGTTTGTTGTGCCACCAGTTGATTCGTCGGTGTTCTTCCCTATCTCTGTTCAGTTT
GCAGCCACCACTACATACAGTGGCTTGAAGGTGAACGGAATGATTCCTCTCAGAGGTGGT
GGTGGTGCGACTCCAAAGTTTGTGCAGAGGACGCAGCTGATAACACAGAATTACCAAGTC
GTATGAGAAGGCTGTTCGAGTTGCTCCGTTTGGAACCGCTGTTTCTTTTAGTTTATTGCT
GCTTCTCTACTATCTCTTGTCTGGGA
TAAA

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DS 

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TTTGATCTGACTAATGTTATCATCTCGGTTCCTCTTCCTGCTCTGAGAGATGCTCCAATT
GTTAAACAATGCGATGGGGACTGGAGGTACGACTCAAGAAATTCTGTTGTTGAATGGTCT
ATACTTCTCATTGACAACTCCAACCGCAGTGGGTCAATGGAGTTTGTTGTGCCACCAGTT
TATTCGTCGGTGTTCTTCCCTATCTCTGTTCAGTTTGCAGCCACCACTACATACTGTGGC
TTTAAGGTGAACGGAATGATTCCTCTCAGAGGTGGTGGTGGTGCGACTCCAAAGTTTGTG
CAGAGGACGCAGCTGATAACACAGAATTACCAAGTCGTATGAGAAGGCTGTTCGAGTTGC
TCCGTTTGGAACCGCTGTTTCTTTTAGTTTATTGCTGCTTCTCTACTGTCTCTGGTCTGG
GAATAAAATCTTAAATCTTCTGGTATTTTACTAGTTTCTTTATCGGACTTACTTTTAAGA
CACATTCTTATCATTGTTTCTTTTTTTTTT*ACTTGTTTGCTTTGTTTTGCCCCCACAAT
GTACTCATTTGATGAGCCTTCACTTATAGGGTTTATGTGTGGATCATATTATTTTTGTT

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DS 

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CTTCAGTGTCTGGAAACGAGACATATGTGAGCATCGAGTATGAAGCCTCGTCCATGTTTG
ATCTGACTAATGTTATCATCTCGGTTCCTCTTCCTGCTCTGAGAGATGCTCCAATTGTTA
AACAATGCGATGGGGACTGGAGGTACGACTCAAGAAATTCTGTTGTTGAATG*TCTATAC
TTCTCATTGACAACTCCAACCGCAGTGGGTCAATGGAGTTTGTTGTGCCACCAGTTGATT
CGTCGGTGTTCTTCCCTATCTCTGTTCAGTTTGCAGCCACCACTACATACAGTGGCTTGA
AGGTGAACGGAATGATTCCTCTCAGAGGTGGTGGTGGTGCGACTCCAAAGTTTGTGCAGA
GGACGCAGCTGATAACACAGAATTACCAAGTCGTATGAGAAGGCTGTTCGAGTTGCTCCG
TTTGGAACCGCTGTTTCTTTTAGTTTATTGCTACTTCTCTACTGTCTCTGGTCTGGGAAT
AAAATCTTAAATCTTCTGGGATTTTACTAGCTTCTTTATCGGACTTACTTTTAAGACACA
TTCTTATCATTGTTTCTTTTTTTTTTTACTTGTTTGCTTTGTTTTGCCCCCACAATGTAC
TCATTTGATGAGCCTTCACTTATAGGGTTTATGTGTGGATCATATTATTTTTGTTATTGT
TGTTCTTGCATGTGAAGTTATAAGCGAAAACGGTGATTTTAATCAACTAAATTGGTAATC
AATCATCCACTTACGC

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3GH12JQ 727 0 0
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ATGTTTGATCTGACTAATGTTATCATCTCGGTTCCTCTTCCTGCTCTGAGAGATGCTCCA
ATTGTTAAACAATGCGATGGGGACTGGAGGTACGACTCAAGAAATTCTGTTGTTGAATGG
TCTATACTTCTCATTGACAACTCCAACCGCAGTGGGTCAATGGAGTTTGTTGTGCCACCA
GTTGATTCGTCGGTGTTCTTCCCTATCTCTGTTCAGTTTGCAGCCACCACTACATACAGT
GGCTTGAAGGTGAACGGAATGATTCCTCTCAGAGGTGGTGGTGGTGCGACTCCAAAGTTT
GTGCGGAGGACGCAGCTGATAACACAGAATTACCAAGTCGTATGAGAAGGCTGTTCGAGT
TGCTCCGTTTGGAACCGCTGTTTCTTTTAGTTTATTGCTGCTTCTCTACTGTCTCTGGTC
TGGGAATAAAATCTTAAATCTTCTGGGATTTTACTAGTTTCTTTATCGGACTTACTTCTA
AGACACATTCTTATCATTGTTTCTTTTTTTTTTTACTTGTTTGCTTTGTTTTGCCCCCAC
AATGTACTCATTTGATGAGCCTTCACTTATAGGGTTTATGTGTGGATCATATTATTTTTG
TTATTGTTGTTCTTGCATGTGAAGTTATAAGCGAAAACGGTGATTTTAATCAACTAAATT
GGTAA
CC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3GS78JQ 610 0 0
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AATTCTGTTGTGGAATGGTCTATACTTCTTATTGACAACTCCAACCGCAGTGGGTCAATG
GAGTTTGTTGTGCCACCAGTTGATTCGTCGGTGTTCTTCCCTATCTCTGTTCAGTTTGCA
GCCACCACTACATACAGTGGCTTGAAGGTGAACGGAATGATTCCTCTCAGAGGTGGTGGT
GGTGCGACTCCAAAGTTTGTGCAGAGGACGCAGCTGATAACACAGAATTACCAAGTCGTA
TGAGAAGGCTGTTCGAGTTGCTCCGTTTGGAACCGCTGTTTCTTTTAGTTTATTGCTGCT
TCTCTACTATCTCTTGTCTGGGAATAAAATCTTAAATCTTCTGGGATTTTACTAGTTTCT
TTATCGGACTTACTTCTAAGACACATTCTTATCATTGTTTCTTTTTTTTTTGACTTGTTT
GCTTTGTTTTGCCCCCACAATGTACTCATTTGATGAGCCTTCACTTATAGGGTTTATGTG
TGGATCATACTATTTTTGTTGTTGTTGTTCTTGCATGTGAAGTTATTAGCGAAAACGGTG
ATTTTAA
ATC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 6

CO CL781Contig1 942 6 14 U
GGAAACATCAACCAGAACCATCCAAGAATATTTCTCTGGTTTAGAATTTTTAAATTTATT
TCACAACACAACCATGAAGAAGATCGACTTAGGGAACCACCGCGAGGTGGCTCAGCCGGA
CTGCATCAAAGCTCTCATTGTCGAATTCATCACCACCTTCTTCTTTGTTTTCGCCGGCGT
CGGATCCGCCATGGCCACCGACAGCTTAATCGGAAACACGTTAGTGGGACTTTTAGCGGT
CGCGGTGGCTCATGCATTTGTGGTGGCGGTAATGATATCTGCTGGACATATCTCTGGTGG
CCACCTCAACCCCGCTGTTACCATCGGCCTACTTTTCGGAGGTCACATCAGCGTCTTCCG
CGCGTTCCTCTACTGGATTGATCAGCTGTTGGCCTCCTCCGCAGCCTGCTTCCTCCTAAG
TTACCTCACCGGAGGAATGGGAACTCCGGTTCACACTTTGGCAAGTGGAATCAGTTACAC
TCAGGGGATCATATGGGAGATCATCTTGACATTCTCCCTTCTCTTCACTGTCTACGCCAC
GATGGTGGATCCCAAGAAAGGCTCCCTTGATGGGCTAGGCCCACTTCTCACCGGATTCGT
CGTCGGAGCCAACATCCTTGCCGGTGGCGCCTTCTCTGGTGCCTCAATGAACCCGGCTAG
ATCCTTTGGACCTGCTTTGGTCTCTGGGAACTGGACTGACCATTGGGTATATTGGGTTGG
ACCGTTGATCGGTGGTGGACTTGCTGGATTCATCTACGAGAACGTCCTCATTGACCGTTC
AGATGTCCCACTCGCCGACGACGAGCAGCCATTCCTAAATTGAATGCTTGATTAAATACT
ATGCACGTTACAAATCTATCAAGCTCATTATTGTATCTTCTTCTTGGTACACTTCAAGAT
GTATCTCTTGTAATCTTAAATTTTATCAAGTTCCATTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT67TF U 2
AF RR3C377TF U 1
AF RR3FS02TF U 2
AF RR3H358TF U 8
AF RR3FS02JQ C 213
AF RR3FT67JQ C 411
BS 1 203 RR3C377TF
BS 204 204 RR3FS02TF
BS 205 605 RR3C377TF
BS 606 606 RR3FS02TF
BS 607 655 RR3C377TF
BS 656 656 RR3FS02TF
BS 657 696 RR3C377TF
BS 697 700 RR3FS02TF
BS 701 701 RR3FS02JQ
BS 702 749 RR3FS02TF
BS 750 750 RR3FS02JQ
BS 751 762 RR3FS02TF
BS 763 936 RR3FS02JQ
BS 937 942 RR3FT67JQ

RD RR3FT67TF 624 0 0
GGAACATC
AACCAGAACCATCCAAGAATATTTCTCTGGTTTAGAATTTTTAAATTTATTTCACAACAC
AACCATGAAGAAGATC*ACTTAGGGAACCACCGCGAGGTGGCTCAGCCGGACTGCATCAA
AGCTCTCATTGTCGAATTCATCACCACCTTCTTCTTTGTTTTCGCCGGCGTCGGATCCGC
CATGGCCACCGACAGCTTAATCGGAAACACGTTAGTGGGACTTTTAGCGGTCGCGGTGGC
TCATGCATTTGTGGTGGCGGTAATGATATCTGCTGGACATATCTCTGGTGGCCACCTCAA
CCCCGCTGTTACCATCGGCCTACTTTTCGGAGGTCACATCAGCGTCTTCCGCGCGTTCCT
CTACTGGATTGATCAGCTGTTGGCCTCCTCCGCAGCCTGCTTCCTCCTAAGTTACCTAAC
CGGAGGAATGGGAACTCCGGTTCACACTTTGGCAAGTGGAATCAGTTACACTCAGGGGAT
CATATGGGAGATCATCTTGACATTCTCCCTTCTCTTCACTGTCTACGCCACGATGGTGGA
TCCCAAGAAAGG*TCCCTTGATGGGCTAGGCCCACTTCTCACCGGATTCGTCGTCGGAGC
CA*CATCCTTGCCGGT

QA 9 624 9 624
DS 

RD RR3C377TF 696 0 0
GGAAACATCAACCAGAACCATCCAAGAATATTTCTCTGGTTTAGAATTTTTAAATTTATT
TCACAACACAACCATGAAGAAGATCGACTTAGGGAACCACCGCGAGGTGGCTCAGCCGGA
CTGCATCAAAGCTCTCATTGTCGAATTCATCACCACCTTCTTCTTTGTTTTCGCCGGCGT
CGGATCCGCCATGGCCACCGACATCTTAATCGGAAACACGTTAGTGGGACTTTTAGCGGT
CGCGGTGGCTCATGCATTTGTGGTGGCGGTAATGATATCTGCTGGACATATCTCTGGTGG
CCACCTCAACCCCGCTGTTACCATCGGCCTACTTTTCGGAGGTCACATCAGCGTCTTCCG
CGCGTTCCTCTACTGGATTGATCAGCTGTTGGCCTCCTCCGCAGCCTGCTTCCTCCTAAG
TTACCTCACCGGAGGAATGGGAACTCCGGTTCACACTTTGGCAAGTGGAATCAGTTACAC
TCAGGGGATCATATGGGAGATCATCTTGACATTCTCCCTTCTCTTCACTGTCTACGCCAC
GATGGTGGATCCCAAGAAAGGCTCCCTTGATGGGCTAGGCCCACTTCTCACCGGATTCGT
CGTCG*AGCCAACATCCTTGCCGGTGGCGCCTTCTCTGGTGCCTCAATGAACCCG*CTAG
ATCCTTTGGACCTGCTTTGGTCTCTGGGAACTGGAC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3FS02TF 761 0 0
GGAACATC
AACCAGAACCATCCAAGAATATTTCTCTGGTTTAGAATTTTTAAATTTATTTCACAACAC
AACCATGAAGAAGATCGACTTAGGGAACCACCGCGAGGTGGCTCAGCCGGACTGCATCAA
AGCTCTCATTGTCGAATTCATCACCACCTTCTTCTTTGTTTCCGCCGGCGTCGGATCCGC
CATGGCCACCGACAGCTTAATCGGAAACACGTTAGTGGGACTTTTAGCGGTCGCGGTGGC
TCATGCATTTGTGGTGGCGGTAATGATATCTGCTGGACATATCTCTGGTGGCCACCTCAA
CCCCGCTGTTACCATCGGCCTACTTTTCGGAGGTCACATCAGCGTCTTCCGCGCGTTCCT
CTACTGGATTGATCAGCTGTTGGCCTCCTCCGCAGCCTGCTTCCTCCTAAGTTACCTCAC
CGGAGGAATGGGAACTCCGGTTCACACTTTGGCAAGTGGAATCAGTTACACTCAGGGGAT
CATATGGGAGATCATCTTGACATTCTCCCTTCTCTTCACTGTCTACGCCACGATGGTGGA
TCCCAAGAAAGGCTCCCTTGATGGGCTAGGCCCACTTCTCACCGGATTCGTCGTCGGAGC
CAACATCCTTGCCGGTGGCGCCTTCTCTGGTGCCTCAATGAACCCGGCTAGATCCTTTGG
ACCTGCTTTGGTCTCTGGGAACTGGACTGAC*ATTGGGTATATTGGGTTGGACCGTTGAT
CGGTGGTGGACTTGCTGGAT*CATCTACGAGAA

QA 9 761 9 761
DS 

RD RR3H358TF 720 0 0
GG
AACCAGAACCATCCAAGAATATTTCTCTGGTTAAGAATTTTTAAATTT***TCACAGCAC
AACCATGAAGAAGATCGATTTAGGGAACCACCGCGAGGTGGCTCAGCCGGACTGCATCAA
AGCTCTCATTGTGGAATTCATCACCACCTTCTTCTTTGTTTTCGCCGGAGTCGGATCCGC
CATGGCCACTGACAGCTTAATCGGAAACACGTTAGTGGGACTTTTAGCGGTCGCGGTGGC
TCATGCATTTGTGGTGGCGGTAATGATATCTGCTGGACATATCTCTGGTGGCCACCTCAA
CCCCGCTGTTACCATCGGCCTACTTTTCGGAGGTCACATCAACGTCTTCCGTGCATTCCT
CTACTGGATTGATCAGCTGTTGGCCTCCTCCGCAGCCTGCTTCCTCCTAAGTTACCTCAC
CGGAGGAATGGGAACTCCGGTTCACACTTTGGCAAGTGGAATAAGTTACACTCAGGGGAT
CATATGGGAGATCATCTTGACATTCTCACTTCTCTTCACTGTCTACGCCACGATGGTGGA
TCCCAAGAAAGGCTCCCTTGATGGGCTAGGCCCACTTCTCACTGGATTTGTCGTCGGAGC
CAACATCCTTGCCGGTGGCGCCTTCTCTGGTGCCTCAATGAACCCGGCCAGATCCTTTGG
ACCTGCTTTGGTCTCTGGGAACTGGACTGAC*ATTGGGTATATTGGGTTGGACC
TTTG

QA 3 716 3 716
DS 

RD RR3FS02JQ 725 0 0
GAAACACGTTAGTGGGACTTTTAGCGGTCGCGGTGGCTCATGCATTTGTGGTGGCGGTAA
TGATATCTGCTGGACATATCTCTGGTGGCCACCTCAACCCCGCTGTTACCATCGGCCTAC
TTTTCGGAGGTCACATCAGCGTCTTCCGCGCGTTCCTCTACTGGATTGATCAGCTGTTGG
CCTCCTCCGCAGCCTGCTTCCTCCTAAGTTACCTCACCGGAGGAATGGGAACTCCGGTTC
ACACTTTGGCAAGTGGAATCAGTTACACTCAGGGGATCATATGGGAGATCATCTTGACAT
TCTCCCTTCTCTTCACTGTTTACGCCACGATGGTGGATCCCAAGAAAGGCTCCCTTGATG
GGCTAGGCCCACTTCTCACCGGATTCGTCGTCGGAGCCAACATCCTTGCCGGTGGCGCCT
TCTCTGGTGCCTCAATGAACCCGGCTAGATCCTTTGGACCTGCTTTGGTCTCTGGGAACT
GGACTGACCATTGGGTATATTGGGTTGGACCGTTGATCGGTGGTGGACTTGCTGGATTCA
TCTACGAGAACGTCCTCATTGACCGTTCAGATGTCCCACTCGCCGACGACGAGCAGCCAT
TCCTAAATTGAATGCTTGATTAAATACTATGCACGTTACAAATCTATCAAGCTCATTATT
GTATCTTCTTCTTGGTACACTTCAAGATGTATCTCTTGTAATCTTAAATTTTATCAAGTT
CCAT
T

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3FT67JQ 532 0 0
TCCTCTTAAGTTACCTAACCGGAGGAATGGGAACTCCGGTTCACACTTTGGCAAGTGGAA
TCAGTTACACTCAGGGGATCATATGGGAGATCATCTTGACATTCTCCCTTTTTTTCACTG
TTTACGCCACGATGGTGGATCCCAAGAAAGGCTCCCTTGATGGGCTAGGCCCACTTCTCA
CCGGATTCGTCGTCGGAGCCAACATCCTTGCCGGTGGCGCCTTTTCTGGTGCCTCAATGA
ACCCGGCTAGATCCTTTGGACCTGCTTTGGTCTCTGGGAACTGGACTGACCATTGGGTAT
ATTGGGTTGGACCGTTGATCGGTGGTGGACTTGCTGGATTCATCTACGAGAACGTCCTCA
TTGACCGTTCAGATGTCCCACTCGCCGACGACGAGCAGCCATTCCTAAATTGAATGCTTG
ATTAAATACTATGCACGTTACAAATCTATCAAGCTCATTATTGTATCTTCTTCTTGGTAC
ACTTCAAGATGTATCTCTTGTAATCTTAAATTTTATCAAGTTCCATTTATCC

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 7

CO CL782Contig1 865 7 3 U
CGGGGACCAACTCTATAGCTAAGATCCACCTCACAGTTTAATAGCCTTTATTTCATACTT
TCTCCTGTATTTCATTCAAACACCAAAGTTTTAGAAATGGCAACAGCATCGGTTAACATG
CAGTCAGTCTTCGCCGGTGGGTTGGCCACTCGCAAGATCAACACAAACAAGCTCTTCTTC
GCCGGAAGCCTCCCAAATATCAAGAGGAATTATCCGGTTGGAGTGAGGTGCATGGCTGAG
GGAGAACCCATGAAGGATGAGTCTGCACCTTCCACCTCCGCTGCTCAGCCTTTGTCTAGT
TCATCACCTCCTCCACCTCCTCCACGTCCTACTAAACCAAAGGTGAGCACGAAGTTTAGC
GACTTGCTAGCGTTTAGCGGTCCAGCACCAGAAAGAATAAACGGGCGTCTAGCGATGGTT
GGGTTCGTGGCAGCCTTGGCGGTTGAACTTTCCAAGGGTGAAAACGTTTTGGCTCAGATC
TCTGACGGTGGCGTCTCGTGGTTCCTCGGTACGACTGCGATCTTGACGCTTGCGTCTCTT
GTACCCCTTTTCAAGGGTATCACCGCCGAGTCTAAGTCCAAAGGTTTCATGACGTCCGAC
GCTGAGCTTTGGAACGGACGTTTCGCGATGCTTGGTTTGGTCGCGTTGGCGTTTACTGAG
TTTGTCAAGGGTGGGACCCTTGTCTGAGAAAAGGAACTTTCTTATTGGAGGGGGGAATGT
TATATTACAGTTTTACCCCTGAATTCTGTGAAGTAATCTTGTTTGATTAGTGTGGTTAAG
CCTACGGTGTGTTTCTTTACATATGTATTAGTCACATGAGACTTTGGGTTACAACACTAT
ATCAGTAAAATCAGCGAGTTTCTCC


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 20 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E737TF U 4
AF RR3CO27TF U 1
AF RR3GE35TF U 4
AF RR3H625TF U 4
AF RR3CO27JQ C 78
AF RR3GE35JQ C 501
AF RR3E737JQ C 221
BS 1 688 RR3CO27TF
BS 689 690 RR3H625TF
BS 691 865 RR3CO27JQ

RD RR3E737TF 447 0 0
GGACCAACTCTATAGCTAAGATCCACCTCACAGTTTAATAGCCTTTATTTCATACTTTCT
CCTGTATTTCATTCAAACACCAAAGTTTTAGAAATGGCAACAGCATCGGTTAACATGCAG
TCAGTCTTCGCCGGTGGGTTGGCCACTCGCAAGATCAACACAAACAAGCTCTTCTTCGCT
GGAAGCCTCCCAAATATCAAGAGGAATTATCCGGTTGGAGTGAGGTGCATGGCTGAGGGA
GAACCCATGAAGGATGAGTCTGCACCTTCCACCTCCGCTGCTCAGCCTTTGTCTAGTTCA
TCACCTCCTCCACCTCCTCCACGTCCTACTAAACCAAAGGTGAGCACGAAGTTTAGCGAC
TTGCTAGCGTTTAGCGGTCCAGCACCAGAAAGAATAAACGGGCGTCTAGCGATGGTTGGG
TTCGTGGCAGCCTTGGCGGTTGAACTT

QA 1 447 1 447
DS 

RD RR3CO27TF 688 0 0
CGGGGACCAACTCTATAGCTAAGATCCACCTCACAGTTTAATAGCCTTTATTTCATACTT
TCTCCTGTATTTCATTCAAACACCAAAGTTTTAGAAATGGCAACAGCATCGGTTAACATG
CAGTCAGTCTTCGCCGGTGGGTTGGCCACTCGCAAGATCAACACAAACAAGCTCTTCTTC
GCCGGAAGCCTCCCAAATATCAAGAGGAATTATCCGGTTGGAGTGAGGTGCATGGCTGAG
GGAGAACCCATGAAGGATGAGTCTGCACCTTCCACCTCCGCTGCTCAGCCTTTGTCTAGT
TCATCACCTCCTCCACCTCCTCCACGTCCTACTAAACCAAAGGTGAGCACGAAGTTTAGC
GACTTGCTAGCGTTTAGCGGTCCAGCACCAGAAAGAATAAACGGGCGTCTAGCGATGGTT
GGGTTCGTGGCAGCCTTGGCGGTTGAACTTTCCAAGGGTGAAAACGTTTTGGCTCAGATC
TCTGACGGTGGCGTCTCGTGGTTCCTCGGTACGACTGCGATCTTGACGCTTGCGTCTCTT
GTACCCCTTTTCAAGGGTATCACCGCCGAGTCTAAGTCCAAAGGTTTCATGACGTCCGAC
GCTGAGCTTTGGAACGGACGTTTCGCGATGCTTGGTTTGGTCGCGTTGGCGTTTACTGAG
TTTGTCAAGGGTGGGACCCTTGTCTGAG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3GE35TF 685 0 0
GGACCAACTCTATAGCTAAGATCCACCTCACAGTTTAATAGCCTTTATTTCATACTTTCT
CCTGTATTTCATTCAAACACCAAAGTTTTAGAAATGGCAACAGCATCGGTTAACATGCAG
TCAGTCTTCGCCGGTGGGTTGGCCACTCGCAAGATCAACACAAACAAGCTCTTCTTCGCC
GGAAGCCTCCCAAATATCAAGAGGAATTATCCGGTTGGAGTGAGGTGCATGGCTG*GGGA
GAACCCATGAAGCATGAGTCTGCACCTTCCACCTCCGCTGCTCAGCCTTTGTCTAGTTCA
TCACCTCCTCCACCTCCTCCACGTCCTACTAAACCAAAGGTGAGCACGAAGTTTAGCGAC
TTGCTAGCGTTTAGCGGTCCAGCACCAGAAAGAATAAACGGGCGTCTAGCGATGGTTGGG
TTCGTGGCAGCCTTGGCGGTTGAACTTTCCAAGGGTGAAAACGTTTTGGCTCAGATCTCT
GACGGTGGCGTCTCGTGGTTCCTCGGTACGACTGCGATCTTGACGCTTGCGTCTCTTGTA
CCCCTTTTCAAGGGTATCACCGCCGAGTCTAAGTCCAAAGGTTTCATGACGTCCGACGCT
GAGCTTTGGAACGGACGTTTCGCGATGCTTGGTTTGGTCGCGTTGGCGTTTACTGAGTTT
GTCAAGGGTGGGACCCTTGTCTGAG

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3H625TF 689 0 0
GGACCAACTCTACATCTAAGATCCACCTCACAGTT*AATAGCCTTTATTTCATACTTTCT
CCTGTATTTCATTCAAACACCAAAGTTTTAGAAATGGCAACAGCATCGGTTAACATGCAG
TCAGTCTTCGCCAGTGGGTTGGCCACTCGCAAGATCAACACAAACAAGCTCTTCTTCGCC
GCAAACTTCCCAAATCTCAAGAGGAATTATCCGGTTGGAGTGAGGTGCATGGCTGAGGGA
GAACCCATGAAAGATGAGTCTGCACCTTCCACCTCCGCTGCTCAGCCTTTGTCTAGTTCA
TCACCTCCTCCACCTCCTCCACGTCCTACTAAACCAAAGGTGAGCACGAAGTTTAGCGAC
TTGCTAGCATTTAGCGGTCCAGCACCAGAAAGAATAAACGGGCGTTTAGCGATGGTTGGG
TTCGTGGCGGCCTTGGCGGTTGAACTTTCCAAGGGTGAAAACGTTTTGGCTCAGATCTCT
GACGGTGGCGTCTCGTGGTTCCTCGGTACGACTGCGATCTTGACACTTGCGTCCCTTGTA
CCCCTTTTCAAAGGTATCACCGCCGAGTCTAAGTCCAAAGGTTTCATGACGTCCGACGCT
GAGCTCTGGAACGGGCGTTTCGCGATGCTTGGTTTGGTCGCGTTGGT*TTTACCGAGTTT
GTCAAGGGTGGGACCCTTGTCTGAGAA
TG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3CO27JQ 788 0 0
AAACACCAAAGTTTTAGAAATGGCAACAGCATCGGTTAACATGCAGTCAGTCTTCGCCGG
TGGGTTGGCCACTCGCAAGATCAACACAAACAAGCTCTTCTTCGCCGGAAGCCTCCCAAA
TATCAAGAGGAATTATCCGGTTGGAGTGAGGTGCATGGCTGAGGGAGAACCCATGAAGGA
TGAGTCTGCACCTTCCACCTCCGCTGCTCAGCCTTTGTCTAGTTCATCACCTCCTCCACC
TCCTCCACGTCCTACTAAACCAAAGGTGAGCACGAAGTTTAGCGACTTGCTAGCGTTTAG
CGGTCCAGCACCAGAAAGAATAAACGGGCGTCTAGCGATGGTTGGGTTCGTGGCAGCCTT
GGCGGTTGAACTTTCCAAGGGTGAAAACGTTTTGGCTCAGATCTCTGACGGTGGCGTCTC
GTGGTTCCTCGGTACGACTGCGATCTTGACGCTTGCGTCTCTTGTACCCCTTTTCAAGGG
TATCACCGCCGAGTCTAAGTCCAAAGGTTTCATGACGTCCGACGCTGAGCTTTGGAACGG
ACGTTTCGCGATGCTTGGTTTGGTCGCGTTGGCGTTTACTGAGTTTGTCAAGGGTGGGAC
CCTTGTCTGAGAAAAGGAACTTTCTTATTGGAGGGGGGAATGTTATATTACAGTTTTACC
CCTGAATTCTGTGAAGTAATCTTGTTTGATTAGTGTGGTTAAGCCTACGGTGTGTTTCTT
TACATATGTATTAGTCACATGAGACTTTGGGTTACAACACTATATCAGTAAAATCAGCGA
GTTTCTCC

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3GE35JQ 370 0 0
GTTCCTCGGTACGACTGCGATCTTGACGCTTGCGTCTCTTGTACCCCTTTTCAAGGGTAT
CACCGCCGAGTCTAAGTCCAAAGGTTTCATGACGTCCGACGCTGAGCTTTGGAACGGACG
TTTCGCGATGCTTGGTTTGGTCGCGTTGGCGTTTACTGAGTTTGTCAAGGGTGGGACCCT
TGTCTGAGAAAAGGAACTTTCTTATTGGAGGGGGGAATGTTATATTACAGTTTTACCCCT
GAATTCTGTGAAGTAATCTTGTTTGATTAGTGTGGTTAAGCCTACGGTGTGTTTCTTTAC
ATATGTATTAGTCACATGAGACTTTGGGTTACAACACTATATCAGTAAAATC
GGCGAGTTTCTCTAAAGC

QA 1 352 1 352
DS 

RD RR3E737JQ 645 0 0
GAGTGAGGTGCATGGCTGAGGGAGAACCCATGAAGGATGAGTCTGCACCTTCCACCTCCG
CTGCTCAGCCTTTGTCTAGTTCATCACCTCCTCCACCTCCTCCACGTCCTACTAAACCAA
AGGTGAGCACGAAGTTTAGCGACTTGCTAGCGTTTAGCGGTCCAGCACCAGAAAGAATAA
ACGGGCGTCTAGCGATGGTTGGGTTCGTGGCAGCCTTGGCGGTTGAACTTTCCAAGGGTG
AAAACGTTTTGGCTCAGATCTCTGACGGTGGCGTCTCGTGGTTCCTCGGTACGACTGCGA
TCTTGACGCTTGCGTCTCTTGTACCCCTTTTCAAGGGTATCACCGCCGAGTCTAAGTCCA
AAGGTTTCATGACGTCCGACGCTGAGCTTTGGAACGGACGTTTCGCGATGCTTGGTTTGG
TCGCGTTGGCGTTTACTGAGTTTGTCAAGGGTGGGACCCTTGTCTGAGAAAAGGAACTTT
CTTATTGGAGGGGGGAATGTTATATTACAGTTTTACCCCTGAATTCTGTGAAGTAATCTT
GTTTGATTAGTGTGGTTAAGCCTACGGTGTGTTTCTTTACATATGTATTAGTCACATGAG
ACTTTGGGTTACAACACTATATCAGTAAAATCAG
CGAGTTTCTCT

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 6

CO CL783Contig1 748 6 4 U
GGGGATATTATTTACATTTTGAGGTGACAGAAGAATCTCAGGAACAGAACTTATCGTGTG
GTTCTTGTTTTTCTCTCCACAATGGCTGCTTTGACCTGTACTTCTTGTCCGCCGATTCAT
CTCCGGTCAGAGATGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATG
TTCTCTGTGTTACCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCT
TCGAAGAATTCTAAATTACGACAACGAGGAGGGGTCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCT
ACTACAGGGATTCCATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCTGAT
GAGCCTGTTGTTGTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATTGATCCT
ATTGTCAGTGAACTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACG
GACGAGTCTCCTGCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATACCAACCATCATGATC
TTTGTTAAGGGCGAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCGGTGTCTAAAACCACATTAGCA
ACAAGCTTTGATAAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTTTTATTTCT
TTATATGTATTTGGACTTAACGTATACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAATG
ATGATAATAAATATAATGTTGTTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR3E822TF U 68
AF RR3CL13TF U 44
AF RR3B153TF U 1
AF RR3CA08TF U 28
AF RR3CL13JQ C 44
AF RR3CA08JQ C 68
BS 1 47 RR3B153TF
BS 48 48 RR3CA08TF
BS 49 746 RR3B153TF
BS 747 748 RR3CA08JQ

RD RR3E822TF 586 0 0
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CAGAGATGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTG
TGTTACCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCTTCGAAAA
ATTCTAAATTACGACAACGAGGAGGGGTCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAG
GGATTCCATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCTGATGAGCCTG
TTGTTGTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATTGATCCTATTGTCA
GTGAACTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACGGACGAGT
CTCCTGCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATACCAACCATCATGATCTTTGTTA
AGGGCGAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCGGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCT
TTGATAAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTTT

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3CL13TF 669 0 0
GGAGA
ACTTATCGTGTGGTTCTTGCTTTTCTCTCCACAATGGCTGCTTTGACCTGTACTTCTTGT
CCGCCGATTCATCTCCGGTCAGAGATGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCT
ACTCGACATATGTTCTCTGTGTTACCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTA
TCATCGGTCTCTTCGAAGAATTCTAAATTACGACAACGAGGAGGGGTCATCATCTGTGAA
GCTCAGGAAGCTACTACAGGGATTCCATTGGTGAACGATT*AACATGGGAGTCTCTTGTA
CTCAAGGCTGATGAGCCTGTTGTTGTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAA
ATGATTGATCCTATTGTCAGTGAACTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTC
AAACTAAACACGGACGAGTCTCCTGCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATACCA
ACCATCATGATCTTTGTTAAGGGCGAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCGGTGTCTAAA
ACCACATTAGCAACAAGCTTTGATAAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTC
TCTTTTATTTCTTTATATGTATTTGGACTTAACGTATACTCTTCACTGTTCATCATCTAG
ACAT

QA 6 669 6 669
DS 

RD RR3B153TF 746 0 0
GGGGATATTATTTACATTTTGAGGTGACAGAAGAATCTCAGGAACAGGACTTATCGTGTG
GTTCTTGTTTTTCTCTCCACAATGGCTGCTTTGACCTGTACTTCTTGTCCGCCGATTCAT
CTCCGGTCAGAGATGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATG
TTCTCTGTGTTACCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCT
TCGAAGAATTCTAAATTACGACAACGAGGAGGGGTCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCT
ACTACAGGGATTCCATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCTGAT
GAGCCTGTTGTTGTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATTGATCCT
ATTGTCAGTGAACTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACG
GACGAGTCTCCTGCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATACCAACCATCATGATC
TTTGTTAAGGGCGAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCGGTGTCTAAAACCACATTAGCA
ACAAGCTTTGATAAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTTTTATTTCT
TTATATGTATTTGGACTTAACGTATACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAATG
ATGATAATAAATATAATGTTGTTTTC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3CA08TF 721 0 0
CAGAAGAATCTCAGGAACAGAACTTATCGTGTGGTTCTTGTTTTTCTCTCCACAATGGCT
GCTTTGACCTGTACTTCTTGTCCGCCGATTCATCTCCGGTCAGAGATGAGGATCGCATCC
TCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTGTGTTACCGGAATCGGGAGGG
CTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCTTCGAAGAATTCTAAATTACGACAACGA
GGAGGGGTCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAGGGATTCCATTGGTGAACGAT
TCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCTGATGAGCCTGTTGTTGTGGACTTTTGGGCA
CCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATTGATCCTATTGTCAGTGAACTAGCACAGCAGTAC
ACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACGGACGAGTCTCCTGCAACCCCGGGAAAG
TACGGTGTTAGAAGCATACCAACCATCATGATCTTTGTTAAGGGCGAGAAGAAGGATACG
ATCATCGGCGCGGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCTTTGATAAATTCTTGCAGTGA
AGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTTTTATTTCTTTATATGTATTTGGACTTAACGTATAC
TCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAATGATGATAATAAATATAATGTTGTTTTC
CC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3CL13JQ 705 0 0
GGAGA
ACTTATCGTGTGGTTCTTGCTTTTCTCTCCACAATGGCTGCTTTGACCTGTACTTCTTGT
CCGCCGATTCATCTCCGGTCAGAGATGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCT
ACTCGACATATGTTCTCTGTGTTACCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTA
TCATCGGTCTCTTCGAAGAATTCTAAATTACGACAACGAGGAGGGGTCATCATCTGTGAA
GCTCAGGAAGCTACTACAGGGATTCCATTGGTGAACGATT*AACATGGGAGTCTCTTGTA
CTCAAGGCTGATGAGCCTGTTGTTGTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAA
ATGATTGATCCTATTGTCAGTGAACTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTC
AAACTAAACACGGACGAGTCTCCTGCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATACCA
ACCATCATGATCTTTGTTAAGGGCGAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCGGTGTCTAAA
ACCACATTAGCAACAAGCTTTGATAAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTC
TCTTTTATTTCTTTATATGTATTTGGACTTAACGTATACTCTTCACTGTTCATCATCTAG
ACATGTATAATGATGATAATAAATATAATGTTGTTTTC
TC

QA 6 703 6 703
DS 

RD RR3CA08JQ 681 0 0
TTTTTCTCTCCACAATGGCTGCTTTGACCTGTACTTCTTGTCCGCCGATTCATCTCCGGT
CAGAGATGAGGATCGCATCCTCTAAGAAGGTTTCACTCTCTACTCGACATATGTTCTCTG
TGTTACCGGAATCGGGAGGGCTGAGGACTCGCGTCTCATTATCATCGGTCTCTTCGAAGA
ATTCTAAATTACGACAACGAGGAGGGGTCATCATCTGTGAAGCTCAGGAAGCTACTACAG
GGATTCCATTGGTGAACGATTCAACATGGGAGTCTCTTGTACTCAAGGCTGATGAGCCTG
TTGTTGTGGACTTTTGGGCACCATGGTGTGGACCCTGCAAAATGATTGATCCTATTGTCA
GTGAACTAGCACAGCAGTACACAGGGAAGATGAAGTTCTTCAAACTAAACACGGACGAGT
CTCCTGCAACCCCGGGAAAGTACGGTGTTAGAAGCATACCAACCATCATGATCTTTGTTA
AGGGCGAGAAGAAGGATACGATCATCGGCGCGGTGTCTAAAACCACATTAGCAACAAGCT
TTGATAAATTCTTGCAGTGAAGCATGTGATGTGGATCTCTCTCTTTTATTTCTTTATATG
TATTTGGACTTAACGTATACTCTTCACTGTTCATCATCTAGACATGTATAATGATGATAA
TAAATATAATGTTGTTTTCCC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 7

CO CL784Contig1 739 7 10 U
GGAGGCAGATCAATAGAATTTAAAGAGGAAAAAGCAAAATAAAAAATAAGAGAAAAAGAA
AAGTCTCTCTTTTTCTTTTCTCTCCCAGATTCTCTCTCTCCTCCTGCGGATCATATTTTT
TTCTTTTTCTTTCACTTTCCTTTGGTTTTCTCGGCGGCTTCATTCGAATCGTTTTTTCCT
TTTTTTTTCTCTCTCTAGGGGGGTAAAGCTTCCTCCTTTCTGTAGACAGACGCCATGTCG
GACAAAGGACGTCCCTTACCCAAGTTTGGAGAATGGGATGTGAATGATCCAGCATCAGCA
GAAGGTTTCACAGTCATATTCAACAAAGCTAGGGATGAGAAGAAGACCGGTGGCAAGCCA
GGATCGCCTGGTAAATCCACTGACGGTAATGCTAAATCCGGAGGAGGAGATCCTAGTAAA
CCCCAGCCTAAAAAATGGCTCTGCTGCATGCAGTCTCCAGCAGTGGACTCTTGACGGACA
CCAAGATTGGATTTGCTTGCTGCCAAGTAAAAAAAGAAGAAGAAGGTTACATTGCTTAGA
CATGTAAAGCAATGTTCTTCTTTTTTATGTTTTATTGTCTTTCTTGAAAGTATCCACACA
ACAAAAAAAAGTTCCTAAGATGATTTGGAGCCCCCTTTTTAGTATTCACGATTATGACTT
TCCTTCTTCTTCTTTTGGAGTCGTTTGTTATTCTAAAAATGCTGTAAAATCGTGTTGCCA
CTTTTATTGGAAAACCAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 

AF RR3EJ01TF U 70
AF RR3AA87TF U 84
AF RR3H626TF U 1
AF RR3H626JQ C 70
AF RR3EJ01JQ C 124
AF RR3BI61JQ C 189
AF RR3BI61TF U 189
BS 1 425 RR3H626TF
BS 426 426 RR3AA87TF
BS 427 520 RR3H626TF
BS 521 523 RR3AA87TF
BS 524 570 RR3H626TF
BS 571 571 RR3AA87TF
BS 572 698 RR3H626TF
BS 699 699 RR3BI61TF
BS 700 733 RR3H626TF
BS 734 739 RR3BI61TF

RD RR3EJ01TF 160 0 0
TTTTTCTTTTCTCTCCCAGATTCTCTCTCTCCTCCTGCGGATCATATTTTTTTCTTTTTC
TTTCACTTTCCTTTGGTTTTCTCGGCGGCTTCATTCGAATCGTTTTTTCCTTTTTTTTTC
TCTCTCTAGGGGGGTAAAGCTTCCTCCTTTCTGTAGACAG

QA 1 160 1 160
DS 

RD RR3AA87TF 611 0 0
GGG
AGATTCTCTCTCTCCTCCTGCGGATCATATTTTTTTCTTTTTCTTTCACTTTCCTTTGGT
TTTCTCGGCGGCTTCATTCGAATCGTTTTTTCCTTTTTTTT*CTCTCTCTAGGGGGGTAA
AGCTTCCTCCTTTCTGTAGACAGACGCCATGTCGGACAAAGGACGTCCCTTACCCAGGTT
TGGAGAATGGGATGTGAATGATCCAGCATCAGCAGAAGGTTTCACAGTCATATTCAACAA
AGCTAGGGATGAGAAGAAGACCGGTGGCAAGCCAGGATCGCCTGGTAAATCCACTGACGG
TAATGCTAAATCCGGAGGAGGAGATCCTAGTAAACCCCAGCCTAAAAAATGGCTCTGCTG
CATGCAGTCTCCAGCAGTGGACTCTTGACGGACACCAAGATTGGATTTGCTTGCTGCCAA
GTAAAAAAAGAAGAAGAAGGTTACATTGCTTAGACATGTAAAGCAATGTTCTTCTTTTTT
ATGTTTTATTGTCTTTCTTGAAAGTATCCACACAACAAAAAAAAGTTCCTAATATGATTT
GGAGCCCCCTTTTTAGTATTCACGATTATGACTTTCCTTCTTCTTCTTTTGGAGTCGTTT
GTTATTCT

QA 4 611 4 611
DS 

RD RR3H626TF 738 0 0
GGAGGCAGATCAATAGAATTTAAAGAGGAAAAAGCAAAATAAAAAATAAGAGAAAAAGAA
AAGTCTCTCTTTTTCTTTTCTCTCCCAGATTCTCTCTCTCCTCCTGCGGATCATATTTTT
TTCTTTTTCTTTCACTTTCCTTTGGTTTTCTCGGCGGCTTCATTCGAATCGTTTTTTCCT
TTTTTTTTCTCTCTCTAGGGGGGTAAAGCTTCCTCCTTTCTGTAGACAGACGCCATGTCG
GACAAAGGACGTCCCTTACCCAAGTTTGGAGAATGGGATGTGAATGATCCAGCATCAGCA
GAAGGTTTCACAGTCATATTCAACAAAGCTAGGGATGAGAAGAAGACCGGTGGCAAGCCA
GGATCGCCTGGTAAATCCACTGACGGTAATGCTAAATCCGGAGGAGGAGATCCTAGTAAA
CCCCACCCTAAAAAATGGCTCTGCTGCATGCAGTCTCCAGCAGTGGACTCTTGACGGACA
CCAAGATTGGATTTGCTTGCTGCCAAGTAAAAAAAGAAGA***AGGTTACATTGCTTAGA
CATGTAAAGCAATGTTCTTCTTTTTTATGTCTTATTGTCTTTCTTGAAAGTATCCACACA
ACAAAAAAAAGTTCCTAAGATGATTTGGAGCCCCCTTTTTAGTATTCACGATTATGACTT
TCCTTCTTCTTCTTTTGGAGTCGTTTGTTATTCTAAAA*TGCTGTAAAATCGTGTTGCCA
CTTTTATTGGAAA
CCAGG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3H626JQ 670 0 0
TTTTTCTTTTCTCTCCCAGATTCTCTCTCTCCTCCTGCGGATCATATTTTTTTCTTTTTC
TTTCACTTTCCTTTGGTTTTCTCGGCGGCTTCATTCGAATCGTTTTTTCCTTTTTTTTTC
TCTCTCTAGGGGGGTAAAGCTTCCTCCTTTCTGTAGACAGACGCCATGTCGGACAAAGGA
CGTCCCTTACCCAAGTTTGGAGAATGGGATGTGAATGATCCAGCATCAGCAGAAGGTTTC
ACAGTCATATTCAACAAAGCTAGGGATGAGAAGAAGACCGGTGGCAAGCCAGGATCGCCT
GGTAAATCCACTGACGGTAATGCTAAATCCGGAGGAGGAGATCCTAGTAAACCCCCCCCT
AAAAAATGGCTCTGCTGCATGCAGTCTCCAGCAGTGGACTCTTGACGGACACCAAGATTG
GATTTGCTTGCTGCCAAGTAAAAAAAGAAGA***AGGTTACATTGCTTAGACATGTAAAG
CAATGTTCTTCTTTTTTATGTCTTATTGTCTTTCTTGAAAGTATCCACACAACAAAAAAA
AGTTCCTAAGATGATTTGGAGCCCCCTTTTTAGTATTCACGATTATGACTTTCCTTCTTC
TTCTTTTGGAGTCGTTTGTTATTCTAAAAATGCTGTAAAATCGTGTTGCCACTTTTATTG
GAAAACCAGG

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3EJ01JQ 616 0 0
TTTTTCTTTCACTTTCCTTTGGTTTTCTCGGCGGCTTCATTCGAATCGTTTTTTCCTTTT
TTTTTCTCTCTCTAGGGGGGTAAAGCTTCCTCCTTTCTGTAGACAGACGCCATGTCGGAC
AAAGGACGTCCCTTACCCAAGTTTGGAGAATGGGATGTGAATGATCCAGCATCAGCAGAA
GGTTTCACAGTCATATTCAACAAAGCTAGGGATGAGAAGAAGACCGGTGGCAAGCCAGGA
TCGCCTGGTAAATCCACTGACGGTAATGCTAAATCCGGAGGAGGAGATCCTAGTAAACCC
CAGCCTAAAAAATGGCTCTGCTGCATGCAGTCTCCAGCAGTGGACTCTTGACGGACACCA
AGATTGGATTTGCTTGCTGCCAAGTAAAAAAAGAAGAAGAAGGTTACATTGCTTAGACAT
GTAAAGCAATGTTCTTCTTTTTTATGTTTTATTGTCTTTCTTGAAAGTATCCACACAACA
AAAAAAAGTTCCTAATATGATTTGGAGCCCCCTTTTTAGTATTCACGATTATGACTTTCC
TTCTTCTTCTTTTGGAGTCGTTTGTTATTCTAAAAATGCTGTAAAATCGTGTTGCCACTT
TTATTGGAAAACCAGG

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3BI61JQ 551 0 0
CTCTCTCTAGGGGGGTAAAGCTTCCTCCTTTCTGTAGACAGACGCCATGTCGGACAAAGG
ACGTCCCTTACCCAAGTTTGGAGAATGGGATGTGAATGATCCAGCATCAGCAGAAGGTTT
CACAGTCATATTCAACAAAGCTAGGGATGAGAAGAAGACCGGTGGCAAGCCAGGATCGCC
TGGTAAATCCACTGACGGTAATGCTAAATCCGGAGGAGGAGATCCTAGTAAACCCCAGCC
TAAAAAATGGCTTTGCTGCATGCAGTCTCCAGCAGTGGACTCTTGACGGACACCAAGATT
GGATTTGCTTGCTGCCAAGTAAAAAAAGAAGAAGAAGGTTACATTGCTTAGACATGTAAA
GCAATGTTCTTCTTTTTTATGTTTTATTGCCTTTCTTGAAAGTATCCACACAACAAAAAA
AAGTTCCTAAGATGATTTGGAGCCCCCTTTTTAGTATTCACGATTATGACTTTCCTTCTT
CTTCTTTTGGAGTCGTTTGTTATTCTAAAAATGCTGTAAAATCGTGTTGCCACTTTTATT
GGAAAACCAGG

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3BI61TF 551 0 0
CTCTCTCTAGGGGGGTAAAGCTTCCTCCTTTCTGTAGACAGACGCCATGTCGGACAAAGG
ACGTCCCTTACCCAAGTTTGGAGAATGGGATGTGAATGATCCAGCATCAGCAGAAGGTTT
CACAGTCATATTCAACAAAGCTAGGGATGAGAAGAAGACCGGTGGCAAGCCAGGATCGCC
TGGTAAATCCACTGACGGTAATGCTAAATCCGGAGGAGGAGATCCTAGTAAACCCCAGCC
TAAAAAATGGCTCTGCTGCATGCAGTCTCCAGCAGTGGACTCTTGACGGACACCAAGATT
GGATTTGCTTGCTGCCAAGTAAAAAAAGAAGAAGAAGGTTACATTGCTTAGACATGTAAA
GCAATGTTCTTCTTTTTTATGTTTTATTGCCTTTCTTGAAAGTATCCACACAACAAAAAA
AAGTTCCTAAGATGATTTGGAGCCCCCTTTTTAGTATTCACGATTATGACTTTCCTTCTT
CTTCTTTTGGAGTCGTTTGTTATTCTAAAAATGCTGTAAAATCGTGTTGCCACTTTTATT
GGAAAACCAGG

QA 1 551 1 551
DS 



AS 1 6

CO CL785Contig1 626 6 9 U
CCTTGAGTTTCAGAACATGGTAACTTTATTAGAACCGAGTGAATGAGTTTTTACATAAAG
TTTGTAGAAAATCAGAAAATAGAACAATGGACTCCTGACGTCTTTTTTCTACTTGGTGAC
GGTGAAGCTTGCACGGAAGTTTGATATCATAACAGGGCACTCGCCCTTCTCATCGTACTC
TGTGAACTCCTCTCCGCTCGACAAATCAATCTCATCAAACTTGGTTCCAGATTCAGCTTC
AGCTTTCCAAAATCCACCGAACCCGAAATCAATGGGTTCATAGCCTCGACAGTCAAACAC
CATAAGAGGGGCATGCTCTCCAGCCTCAGAATCTTCAAGAGTTAAAGGACGACCTTTTCC
AGGGATCATTGTCACATTCCCTTCCCTTCCACAGAACTTGCACTTCTGAACAAGATGACA
AGTACCCCTACCTCCAGGTGGAGTAAAAGTCTCGTTCAAAGTCACACATGTTTCTTTCTG
AGTCACCTCTCCACATTGTTCGCATTTCAACTTGAAGAGGTAAGGGAAGTTGGGATCATC
GCAGCCACCGGAGGGTTGGAGATTCGTGAGATTCTCGAGATCAGCTGTGATCTTAAGCAC
ATAGTTCACCATCTTCTTAAGAATCC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3FJ03JQ U 1
AF RR3FJ03TF C 1
AF RR3BC27JQ U 5
AF RR3BC27TF C 5
AF RR3AT39JQ U 10
AF RR3AT39TF C 10
BS 1 154 RR3FJ03JQ
BS 155 155 RR3BC27JQ
BS 156 320 RR3FJ03JQ
BS 321 321 RR3BC27JQ
BS 322 516 RR3FJ03JQ
BS 517 517 RR3BC27JQ
BS 518 604 RR3FJ03JQ
BS 605 622 RR3BC27JQ
BS 623 626 RR3AT39JQ

RD RR3FJ03JQ 604 0 0
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TTTGTAGAAAATCAGAAAATAGAACAATGGACTCCTGACGTCTTTTTTCTACTTGGTGAC
GGTGAAGCTTGCACGGAAGTTTGATATCATAACAAGGCACTCGCCCTTCTCATCGTACTC
TGTGAACTCCTCTCCGCTCGACAAATCAATCTCATCAAACTTGGTTCCAGATTCAGCTTC
AGCTTTCCAAAATCCACCGAACCCGAAATCAATGGGTTCATAGCCTCGACAGTCAAACAC
CATAAGAGGGGCATGCTCTCAAGCCTCAGAATCTTCAAGAGTTAAAGGACGACCTTTTCC
AGGGATCATTGTCACATTCCCTTCCCTTCCACAGAACTTGCACTTCTGAACAAGATGACA
AGTACCCCTACCTCCAGGTGGAGTAAAAGTCTCGTTCAAAGTCACACATGTTTCTTTCTG
AGTCACCTCTCCACATTGTTCGCATTTCAACTTGAAAAGGTAAGGGAAGTTGGGATCATC
GCAGCCACCGGAGGGTTGGAGATTCGTGAGATTCTCGAGATCAGCTGTGATCTTAAGCAC
ATAG

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3FJ03TF 604 0 0
CCTT
GAGTTTCAGAACATGGTAACTTTATTAGAACCGAGTGAATGAGTTTTTACATAAAGTTTG
TAGAAAATCAGAAAATAGAACAATGGACTCCTGACGTCTTTTTTCTACTTGGTGACGGTG
AAGCTTGCACGGAAGTTTGATATCATAACAAGGCACTCGCCCTTCTCATCGTACTCTGTG
AACTCCTCTCCGCTCGACAAATCAATCTCATCAAACTTGGTTCCAGATTCAGCTTCAGCT
TTCCAAAATCCACCGAACCCGAAATCAATGGGTTCATAGCCTCGACAGTCAAACACCATA
AGAGGGGCATGCTCTCAAGCCTCAGAATCTTCAAGAGTTAAAGGACGACCTTTTCCAGGG
ATCATTGTCACATTCCCTTCCCTTCCACAGAACTTGCACTTCTGAACAAGATGACAAGTA
CCCCTACCTCCAGGTGGAGTAAAAGTCTCGTTCAAAGTCACACATGTTTCTTTCTGAGTC
ACCTCTCCACATTGTTCGCATTTCAACTTGAAGAGGTAAGGGAAGTTGGGATCATCGCAG
CCACCGGAGGGTTGGAGATTCGTGAGATTCTCGAGATCAGCTGTGATCTTAAGCACATAG

QA 5 604 5 604
DS 

RD RR3BC27JQ 622 0 0
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TAGAAAATCAGAAAATAGAACAATGGACTCCTGACGTCTTTTTTCTACTTGGTGACGGTG
AAGCTTGCACGGAAGTTTGATATCATAACAGGGCACTCGCCCTTCTCATCGTACTCTGTG
AACTCCTCTCCGCTCGACAAATTAATCTCATCAAGCTTGGTTCCAGATTCAGCTTCAGCT
TCCCAAAATCCACCGAACCCGAAATCAATGGGTTCATAGCCTCGACAGTCAAACACCATA
AGAGGGGCATGCTCTCCAGCCTCAGAATCTTCAAGAGTTAAAGGACGACCTTTTCCAGGG
ATCATTGTCACATTCCCTTCCCTTCCACAGAACTTGCACTTCTGAACAAGATGACAAGTA
CCCCTACCTCCAGGTGGAGTAAAAGTCTCGTTCAAAGTCACACATGTTTCTTTCTGAGTC
ACCTCTCCACATTGTTCGCATTTCAACTTGAAGAGGTAAGGGAAGTTGGGATCATCGCAG
CCACCGGAGGGTTGGAGATTCGTGAGATTCTCGAGATCAGCTGTGATCTTAAGCACATAG
TTCACCATCTTCTTAAGA
GTCC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3BC27TF 622 0 0
GAGTTTCAGAACATGGTAACTTTATTAGAACCGAGTGAATGAGTTTTTACATAAAGTTTG
TAGAAAATCAGAAAATAGAACAATGGACTCCTGACGTCTTTTTTCTACTTGGTGACGGTG
AAGCTTGCACGGAAGTTTGATATCATAACAGGGCACTCGCCCTTCTCATCGTACTCTGTG
AACTCCTCTCCGCTCGACAAATTAATCTCATCAAGCTTGGTTCCAGATTCAGCTTCAGCT
TCCCAAAATCCACCGAACCCGAAATCAATGGGTTCATAGCCTCGACAGTCAAACACCATA
AGAGGGGCATGCTCTCCAGCCTCAGAATCTTCAAGAGTTAAAGGACGACCTTTTCCAGGG
ATCATTGTCACATTCCCTTCCCTTCCACAGAACTTGCACTTCTGAACAAGATGACAAGTA
CCCCTACCTCCAGGTGGAGTAAAAGTCTCGTTCAAAGTCACACATGTTTCTTTCTGAGTC
ACCTCTCCACATTGTTCGCATTTCAACTTGAAGAGGTAAGGGAAGTTGGGATCATCGCAG
CCACCGGAGGGTTGGAGATTCGTGAGATTCTCGAGATCAGCTGTGATCTTAAGCACATAG
TTCACCATCTTCTTAAGA
GTCC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3AT39JQ 617 0 0
CCG
GAACATGGTAACTTTATTAGAACCGAGTGAATGAGTTTTTACATAAAGTTTGTAGAAAAT
CAGAAAATAGAACAATGGACTCCTGACGTCTTTTTTCTACTTGGTGACGGTGAAGCTTGC
ACGGAAGTTTGATATCATAACAGGGCACTCGCCCTTCTCATCGTACTCTGTGAACTCCTC
TCCACTCGACAAATCAATCTCATCAAACTTGGTTCCAGATTCAGCTTCAGCTTTCCAAAA
TCCACCAAATCCGAAATCGATGGGTTCATAGCCTCGACAGTCAAACACCATAAGAGGGGC
ATGCCCTCCACCCTCAGAATCTTCAAGAGTTAAAGGACGACCTTTTCCAGGAATCATTGT
CACATTCCCTTCCCTTCCACAGAACTTGCACTTCTGAACAAGATGACAAGTACCCCTACC
TCCAGGAGGAGTAAAAGTCTCATTCATAGTCACACACGTTTCTTTCTGAGTCACCTCTCC
GCATTGTTCGCATTTCAACTTGAAGAGGTAAGGGAAGTTGGGATCATCGCAGCCACCGGA
GGGTTGGAGATTCGTGAGATTCTCGAGATCAGCTGTGATCTTAAGCACATAGTTCACCAT
CTTCTTAAGAATCC

QA 4 617 4 617
DS 

RD RR3AT39TF 617 0 0
CCG
GAACATGGTAACTTTATTAGAACCGAGTGAATGAGTTTTTACATAAAGTTTGTAGAAAAT
CAGAAAATAGAACAATGGACTCCTGACGTCTTTTTTCTACTTGGTGACGGTGAAGCTTGC
ACGGAAGTTTGATATCATAACAGGGCACTCGCCCTTCTCATCGTACTCTGTGAACTCCTC
TCCACTCGACAAATCAATCTCATCAAACTTGGTTCCAGATTCAGCTTCAGCTTTCCAAAA
TCCACCAAATCCGAAATCGATGGGTTCATAGCCTCGACAGTCAAACACCATAAGAGGGGC
ATGCCCTCCACCCTCAGAATCTTCAAGAGTTAAAGGACGACCTTTTCCAGGAATCATTGT
CACATTCCCTTCCCTTCCACAGAACTTGCACTTCTGAACAAGATGACAAGTACCCCTACC
TCCAGGAGGAGTAAAAGTCTCATTCATAGTCACACACGTTTCTTTCTGAGTCACCTCTCC
GCATTGTTCGCATTTCAACTTGAAGAGGTAAGGGAAGTTGGGATCATCGCAGCCACCGGA
GGGTTGGAGATTCGTGAGATTCTCGAGATCAGCTGTGATCTTAAGCACATAGTTCACCAT
CTTCTTAAGA
ATCC

QA 4 613 4 613
DS 



AS 1 7

CO CL786Contig1 835 7 10 U
GGACCCAATTTGCCCCTCTCATTTCAGCTTTCTGTCTTTTCATCAAAACTATTCTCTCTC
AAATCTTCCCTTTAGCTCCGTCTCTCGTCTCTGTCGGCACGATCAGAGCTCAGATCTCAA
AACTCAAAATCGAATCAAATCCACAATCCCGATCGAACATGACTCTTGGCTCTGGTGGAT
CGAGTGTCGTCGTACCGAGAAACTTCAGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAG
GTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGACGATGGTGATGACATCTACATGCGCT
CTTGGACTGGCACTATCATCGGTCCTCACAAC***ACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATC
AGTTGAAGCTCTTTTGCGACAAAGATTACCCGGAGAAACCCCCAACTGTCCGGTTCCATT
CACGTGTCAACATGACTTGTGTCAACCATGAAACAGGAGTGGTGGATCCAAAGAAGTTCG
GACTTCTTGCGAACTGGCAAAGGGAGTACACGATGGAGAATATACTGATACAACTGAAGA
AAGAAATGGCTGCGTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCT
AGTAGCTTCTGGAATCTTGGTTCTTGTTTGCTGAAAAAATCTTTGCCCCTTCCTATTACT
AACGTATGTATCTGGGGGCAGTCCATTGTCGTTCGTTCTCAAGCT*****TTTTATTTTC
TTCTGAATTTATGATAAAAAATGGTA**TGTGGATGGTGATGATGTTGATGTTGTTCGAT
TAATCATCTCAAGTTTATCCTTTGTGTGCAAATTATCAAAAACAGCGTCTTCGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY51TF U 146
AF RR3AA73TF U 1
AF RR3AP78TF U 24
AF RR3AP78JQ C 82
AF RR3AA73JQ C 96
AF RR3CE49TF U 110
AF RR3GY51JQ C 146
BS 1 325 RR3AA73TF
BS 326 326 RR3AP78TF
BS 327 540 RR3AA73TF
BS 541 541 RR3AP78TF
BS 542 689 RR3AA73TF
BS 690 690 RR3AP78TF
BS 691 789 RR3AA73TF
BS 790 799 RR3AP78TF
BS 800 802 RR3CE49TF
BS 803 835 RR3AA73JQ

RD RR3GY51TF 596 0 0
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TTACCCGGAGAAACCCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTCAACATGACTTGCGTCAA
CCATGAAACAGGAGTGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGACTTCTTGCGAACTGTCAAAGGGA
GTACACGATGGAGAATATACTGATACAACTGAAGAAAGAAATGGCTGTGTCGCATAACCG
TAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTCTGGAATCTTGGTTCTT
GTTTGCTGAAAAAATCTTCGCCCCTTCCTATTACTAACGTATGTATCTGGGGGCAGTCCA
TTGTCGTTCGTTCTCAAGCT*****TTTTATTTTCTTCTGAATTTATGATAAAAAA

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3AA73TF 789 0 0
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AAATCTTCCCTTTAGCTCCGTCTCTCGTCTCTGTCGGCACGATCAGAGCTCAGATCTCAA
AACTCAAAATCGAATCAAATCCACAATCCCGATCGAACATGACTCTTGGCTCTGGTGGAT
CGAGTGTCGTCGTACCGAGAAACTTCAGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAG
GTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGACGATGGTGATGACATCTACATGCGCT
CTTGGACTGGCACTATCATCGGTCCGCACAAC***ACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATC
AGTTGAAGCTCTTTTGCGACAAAGATTACCCGGAGAAACCCCCAACTGTCCGGTTCCATT
CACGTGTCAACATGACTTGTGTCAACCATGAAACAGGAGTGGTGGATCCAAAGAAGTTCG
GACTTCTTGCGAACTGGCAAAGGGAGTACACGATGGAGAATATACTGATACAACTGAAGA
GAGAAATGGCTGCGTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCT
AGTAGCTTCTGGAATCTTGGTTCTTGTTTGCTGAAAAAATCTTTGCCCCTTCCTATTACT
AACGTATGTATCTGGGGGCAGTCCATTGTTGTTCGTTCTCAAGCT*****TTTTATTTTC
TTCTGAATTTATGATAAAAAATGGTA**TGTGGATGGTGATGATGTTGATGTTGTTCGAT
TAATCATCT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3AP78TF 776 0 0
GG
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ATCCCGATCGAACATGACTCTTGGCTCTGGTGGATCGAGTGTCGTCGTACCGAGAAACTT
CAGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGTTA
TGGAATGGACGATGGTGATGACATCTACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATCATCGGTCC
TCACAAC***ACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGCGACAAAGA
TTACCCGGAGAAACCCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTCAACATGACTTGTGTCAA
CCATGAAACAGGAGTGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGACTTCTTGCGAACTGGCAAAGGGA
GTACACGATGGAGAATATACTGATACAACTGAAGAAAGAAATGGCTGCGTCGCATAACCG
TAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTCTGGAATCTTGGTTCTT
GTTTGCTGAAAAAATCTTTGCCCCTTCCTATTACTAACGTATGTATCTGGGGGCAGTCCA
TTGTCGTTCGTTCTCAAGCT*****TTTTATTTTCTTCTGAATTTATGATAAAAAATGGT
A**TGTGGATGGTGATGATGTTGATGTTGTTCGATTAATCATCTCAAGTTTATC

QA 3 776 3 776
DS 

RD RR3AP78JQ 718 0 0
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CACAATCCCGATCGAACATGACTCTTGGCTCTGGTGGATCGAGTGTCGTCGTACCGAGAA
ACTTCAGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTTA
GTTATGGAATGGACGATGGTGATGACATCTACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATCATCG
GTCCTCACAAC***ACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGCGACA
AAGATTACCCGGAGAAACCCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTCAACATGACTTGTG
TCAACCATGAAACAGGAGTGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGACTTCTTGCGAACTGGCAAA
GGGAGTACACGATGGAGAATATACTGATACAACTGAAGAAAGAAATGGCTGCGTCGCATA
ACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTCTGGAATCTTGGT
TCTTGTTTGCTGAAAAAATCTTTGCCCCTTCCTATTACTAACGTATGTATCTGGGGGCAG
TCCATTGTCGTTCGTTCTCAAGCT*****TTTTATTTTCTTCTGAATTTATGATAAAAAA
TGGTA**TGTGGATGGTGATGATGTTGATGTTGTTCGATTAATCATCTCAAGTTTATC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3AA73JQ 740 0 0
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AACATGACTCTTGGCTCTGGTGGATCGAGTGTCGTCGTACCGAGAAACTTCAGGTTGCTG
GAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGAC
GATGGTGATGACATCTACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATCATCGGTCCGCACAAC***
ACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGCGACAAAGATTACCCGGAG
AAACCCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTCAACATGACTTGTGTCAACCATGAAACA
GGAGTGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGACTTCTTGCGAACTGGCAAAGGGAGTACACGATG
GAGAATATACTGATACAACTGAAGAGAGAAATGGCTGCGTCGCATAACCGTAAGCTTGTT
CAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTCTGGAATCTTGGTTCTTGTTTGCTGAA
AAAATCTTTGCCCCTTCCTATTACTAACGTATGTATCTGGGGGCAGTCCATTGTTGTTCG
TTCTCAAGCT*****TTTTATTTTCTTCTGAATTTATGATAAAAAATGGTA**TGTGGAT
GGTGATGATGTTGATGTTGTTCGATTAATCATCTCAAGTTTATCCTTTGTGTGCAAATTA
TCAAAAACAGCGTCTTCGCC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3CE49TF 698 0 0
GG
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CTGGTGGATCGAGTGTCGTAGTACCGAGAAACTTCAGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTG
GGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTATGGAATGGACGATGGTGACTACATCT
ACATGCGCTCTTGGACTGGCACTATCATCGGTCCTCACAAC***ACTGTTCATGAAGGTA
GGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGCGACAAAGATTACCCGGAGAAACCCCCAACTGTTC
GGTTCCATTCACTTGCCAACATGACTTGTGTCAACCATGAAACAGGAGTGGTGGATCCAA
AGAAGTTCGGACTTCTTGCGAACTGGCAAAGGGAGTACACGATGGAGAATATACTGATAC
AACTGAAGAAAGAAATGGCTGCGTCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCA
CTTGCTTCTAGTAGCTTCTGGAATCTTGGTTCTTGTTTGCTGAAAAAATCTTTGCCACTT
C*TATTACTAACGTATGTATCTGGGGGCAGTCCATTGT****CGTTCTCAAGCTTTTTTT
TTTATTTTCTTCCGAATTTATGATAAAAAATGGTCTCTGTGGATGGTGATGATGTTGATG
TTGTTCGATTAATCATCTCAACTTTATCCTT
TGTGT

QA 3 693 3 693
DS 

RD RR3GY51JQ 657 0 0
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CAGGTTGCTGGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAGGTATTGGAGATGGAACTGTTAGCTA
TGGAATGGACGATGGTGATGACATCTACATGCGCCCTTGGACTGGCACTATCATCGGTCC
TCACAACGTAACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGTTGAAGCTCTTTTGCGACAAAGA
TTACCCGGAGAAACCCCCAACTGTCCGGTTCCATTCACGTGTCAACATGACTTGCGTCAA
CCATGAAACAGGAGTGGTGGATCCAAAGAAGTTCGGACTTCTTGCGAACTGTCAAAGGGA
GTACACGATGGAGAATATACTGATACAACTGAAGAAAGAAATGGCTGTGTCGCATAACCG
TAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGCTTCTGGAATCTTGGTTCTT
GTTTGCTGAAAAAATCTTCGCCCCTTCCTATTACTAACGTATGTATCTGGGGGCAGTCCA
TTGTCGTTCGTTCTCAAGCT*****TTTTATTTTCTTCTGAATTTATGATAAAAAATGGT
A**TGTGGATGGTGATGATGTTGATGTTGTTCGATTAATCATCTCAAGTTTATCCTT

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 7

CO CL787Contig1 770 7 16 U
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GAACTGGAGTCACAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCGA
CTCAATTCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGG
GTGGTTGATTTGTTGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACTCTACAAAAGGTG
AAATCTAAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGACAATCTAACAAATAAACAA
GAAGCTAAAGCGCATGCCAATGACATTTCAACTTATTGCGGAAGATTGCTGGAGGAAACG
GAAGATGAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGGAGATGCGCGCAAG
GTTCTGTGTCAAACTTTAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAACAGATTCAGAAGAT
GAGGACGCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGG*AAAATCTCTATCAC
TTCTTTTACCAACAAGGTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCATTTGTAGCTTAGA
CACCTTTTTCAGCTTTTATGTTCCATCGATAATACAAAAAAAAAA*TAACCCTGAATTTT
TCTGAATATTTACATATCTATGCCACTGTAATGAAACTCTGTCGTTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3EM05TF U 1
AF RR3BP89TF U 6
AF RR3EM05JQ C 2
AF RR3BH27TF U 5
AF RR3BP89JQ C 88
AF RR3B939JQ C 7
AF RR3B939TF U 7
BS 1 342 RR3EM05TF
BS 343 343 RR3BP89TF
BS 344 465 RR3EM05TF
BS 466 466 RR3BP89TF
BS 467 498 RR3EM05TF
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BS 551 551 RR3BH27TF
BS 552 697 RR3BP89TF
BS 698 705 RR3BH27TF
BS 706 706 RR3B939TF
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BS 736 736 RR3B939TF
BS 737 768 RR3BH27TF
BS 769 770 RR3B939JQ

RD RR3EM05TF 498 0 0
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GAAGATGAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTATGAGATGCGCGCAAG
GTTCTGTGTCAAACTTTA

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR3BP89TF 692 0 0
G
GGAAGAAATCGAAGGATGGCGAAGCTGGTGTTCTTCACCGTAGTTGTTATCACCATTTGC
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TCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGGGTGGTT
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AAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGACAATCTAACAAATAAACAAGAAGCT
AAAGTGCATGCCAATGACATTTCAACTTATTGCGGAAGATTGCTGGAGGAAACGGAAGAT
GAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGGAGATGCGCGCAAGGTTCTG
TGTCAAACTTTAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAACGGATTCAGAAGATGAGGAC
GCCG*TGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGG*AAAATCTCTATCACTTCTTT
TACCAACAAGGTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCATTTGTAGCTTAGACACCTT
TTTCAGCTTTTATGTTCCATCGATAATACAA

QA 2 692 2 692
DS 

RD RR3EM05JQ 747 0 0
GGCGA
GGAAGAAATCGAAGGATGGCGAAGCTGGTGTTCTTCACCGTAGTTGTTATCACCATTTGC
TCCTTTGGAGTCTCCGTTGATGACAAATGTGCTGCTTGCAACGCCGTCGCGGAGGAACTG
GAGTCACAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCGACTCAAT
TCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGGGTGGTT
GATTTGTTGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACTCTACAAAAGGTGAAATCT
AAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGACAATCTAACAAATAAACAAGAAGCT
AAAGCGCATGCCAATGACATTTCAACTTATTGCGGAAGATTGCTGGAGGAAACGGAAGAT
GAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGGAGATGCGCGCAAGGTTCTG
TGTCAAACTTTAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAACAGATTCAGAAGATGAGGAC
GCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGG*AAAATCTCTATCACTTCTTT
TACCAACAAGGTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCATTTGTAGCTTAGACACCTT
TTTCAGCTTTTATGTTCCATCGATAATACAAAAAAAAAA*TAACCCTGAATTTTTCTGAA
TATTTACATATCTATGCCAC
GG

QA 6 745 6 745
DS 

RD RR3BH27TF 764 0 0
GG
GGAAGAAATCGAAGGATGGCGAAGCTGGTGTTCTTCACCGTAGTTGTTATCACCATTTGC
TCCTTTGGAGTCTCCGTTGATGACAAATGTGCTGCTTGCAACGCCGTCGCGGAGGAACTG
GAGTCACAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCGACTCAAT
TCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGGGTGGTT
GATTTGTTGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACTCTACAAAAGGTGAAATCT
AAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGACAATCTAACAAATAAGCAAGAAGCT
AAAGCGCATGCCAATGACATTTCAACTTATT*CGGAAGATTGCTGGAGGAAACGGAAGAT
GAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGGAGATGCGCGCAAGGTTCTG
TGTCAAACTTTAAGTAATCACTGCAGCAAATCAAGTGAAACAGATTCAGAAGATGAGGAC
GCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGG*AAAATCTCTATCACTTCTTT
TACCAACAAGGTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCATTTGTAGCTTAGACACCTT
TTTCAGCTTTTATGTTCCATCGATAATACAAAAAAAAAAATAACCCTGAATTTTTCTGAA
TATTTACATGTCTATGCCACTGTAATGAAACTCTGTCGTTTA

QA 3 764 3 764
DS 

RD RR3BP89JQ 662 0 0
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AAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCGACTCAATTCTAAAGGCCAGCGTGAAGGA
AAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGGGTGGTTGATTTGTTGGACGGGCTGTGT
GATAGAATGCAGGACTATACTCTACAAAAGGTGAAATCTAAAAATAGTGAATGGGTCAAA
GTTGAAAGTTTTGACAATCTAACAAATAAACAAGAAGCTAAAGTGCATGCCAATGACATT
TCAACTTATTGCGGAAGATTGCTGGAGGAAACGGAAGATGAGCTTGCTGAGGTAATAAAG
AATGGATCGTTAAAAGTAGGAGATGCGCGCAAGGTTCTGTGTCAAACTTTAAGTAATCAC
TGCAGCAAATCAAGTGAAACGGATTCAGAAGATGAGGACGCCG*TGACGATGCAGATGAA
TTATAGCTCATTCCGGGG*AAAATCTCTATCACTTCTTTTACCAACAAGGTCCCACTACA
AAGACATTTTTTACGACTCATTTGTAGCTTAGACACCTTTTTCAGCTTTTATGTTCCATC
GATAATACAAAAAAAAAAATAACCCTGAATTTTTCTGAATATTTACATATCTATGCCACT
AC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3B939JQ 764 0 0
GGAAGAAATCGAAGGATGGCGAAGCTGGTGTTCTTCACCGTAGTTGTTATCACCATTTGC
TCCTTTGGAGTCTCCGTTGATGACAAATGTGCTGCTTGCAACGCCGTCGCGGAGGAACTG
GAGTCACAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCGACTCAAT
TCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGGGTGGTT
GATTTGTTGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACTCTACAAAAGGTGAAATCT
AAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGGCAATCTAACAAATAAACAAGAAGCT
GAAGCGCATGCCAATGACATTTCAACTTATTGCGGAAGATTGCTGGAGGAAACGGAAGAT
GAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGGAGATGCGCGCAAGGTTCTG
TGTCAAACTTTAAGTAATCACCGCAGCAAATCAAGTGAAACAGATTCAGAAGATGAGGAC
GCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGG*AAAATCTCTATCACTTCTTT
TACCAACAAGGTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCATTTGTAGCTTATACCCCTT
TTTCAGCTTTTATGTTCCATTGATAATACAAAAAAAAA**TAACCCTGAATTTTTCTGAA
TATTTACATATCCATGCCACTGTAATGAAACTCTGTCGTTTAGC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3B939TF 764 0 0
GGAAGAAATCGAAGGATGGCGAAGCTGGTGTTCTTCACCGTAGTTGTTATCACCATTTGC
TCCTTTGGAGTCTCCGTTGATGACAAATGTGCTGCTTGCAACGCCGTCGCGGAGGAACTG
GAGTCACAGCTTTTGAAGGAAAAACCACGAAACCATCTTGATTTGAGAAACCGACTCAAT
TCTAAAGGCCAGCGTGAAGGAAAGGTTATTGATTATAGAATGAGTGACCTGAGGGTGGTT
GATTTGTTGGACGGGCTGTGTGATAGAATGCAGGACTATACTCTACAAAAGGTGAAATCT
AAAAATAGTGAATGGGTCAAAGTTGAAAGTTTTGGCAATCTAACAAATAAACAAGAAGCT
GAAGCGCATGCCAATGACATTTCAACTTATTGCGGAAGATTGCTGGAGGAAACGGAAGAT
GAGCTTGCTGAGGTAATAAAGAATGGATCGTTAAAAGTAGGAGATGCGCGCAAGGTTCTG
TGTCAAACTTTAAGTAATCACCGCAGCAAATCAAGTGAAACAGATTCAGAAGATGAGGAC
GCCGATGACGATGCAGATGAATTATAGCTCATTCCGGGGGAAAATCTCTATCACTTCTTT
TACCAACAAGGTCCCACTACAAAGACATTTTTTACGACTCATTTGTAGCTTATACCCCTT
TTTCAGCTTTTATGTTCCATTGATAATACAAAAAAAAA**TAACCCTGAATTTTTCTGAA
TATTTACATATCCATGCCACTGTAATGAAACTCTGTCGTTTA
GC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 7

CO CL788Contig1 878 7 18 U
TTTTTTACTTGAAAGGAAAGCTCTTTGAAACGCCGCTCCGTCTTCTTCGTCGTTCTGTGC
TTCCCATCTCTTCTTCTCTCTTTACCCTCTATAAAACATTTAATCGAGATATGGGTCTAA
CGGAAGAAGAAATCAAAAGACTTTACAGGATCCAGAAGACGTTGATGCAGATGCTCAAGG
ACCGTGGCTACTTCATCGCCGACTCTGAGATCACCATGAGCTTATCGCAGTTCGTTAGGA
AGTACGGAGACAACATGAAAAGAGAAGATCTTGTTACTCTCAAAGCTAAGCGAAACGACA
GCAGTGACCAGCTCTATATCTTCTTCCCTGATGAGGCGAAAGTTGGGGTTAAGACGATGA
AGGTGTACACAAACAGGATGAAGTCAGAGAATGTTTACAGAGCTATCTTGGTGGTGCAGC
AGAACTTGACTCCTTTTGCTCGAACTTGCATCAGTGAGATCTCTTCTAAGTTTCATTTGG
AAGTCTTCCAGGAGGCGGAAATGCTAGTGAACATTAAAGAACATGTTCTTGTTCCGGAGC
ACCAAGTTCTAACCACTGAGGAGAAGAAAACTCTTCTTGAGAGATACACTGTCAAGGAGA
CACAGCTTCCAAGGATCCAAGTGACTGATCCAATCGCAAGATACTTTGGGCTAAAACGTG
GACAAGTTGTGAAGATCATACGTCCGAGTGAAACTGCTGGGCGTTATGTTACCTACCGTT
ATGTTGTATAAGCAAAAA*GCTTTTGTTGTGCGAGTGGAAACGCTTAGAGTTGTTGAGTA
CCAAA*TTGTTGACGATATTGTTTGTTAAGTGTACGAATTAAAAAAACCTTACAACGACA
TTTTACTATCACTCTATAATGGGCAAGATGGCTTTGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE59TF U 1
AF RR3B462TF U 8
AF RR3FC46TF U 8
AF RR3CA60TF U 12
AF RR3EE59JQ C 95
AF RR3B462JQ C 46
AF RR3FC46JQ C 129
BS 1 62 RR3EE59TF
BS 63 63 RR3B462TF
BS 64 258 RR3EE59TF
BS 259 259 RR3B462TF
BS 260 323 RR3EE59TF
BS 324 324 RR3B462TF
BS 325 335 RR3EE59TF
BS 336 336 RR3B462TF
BS 337 562 RR3EE59TF
BS 563 563 RR3B462TF
BS 564 655 RR3EE59TF
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BS 657 692 RR3EE59TF
BS 693 693 RR3B462TF
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BS 734 785 RR3CA60TF
BS 786 878 RR3B462JQ

RD RR3EE59TF 713 0 0
TTTTTTACTTGAAAGGAAAGCTCTTTGAAACGCCGCTCCGTCTTCTTCGTCGTTCTGTGC
TTGCCATCTCTTCTTCTCTCTTTACCCTCTATAAAACATTTAATCGAGATATGGGTCTAA
CGGAAGAAGAAATCAAAAGACTTTACAGGATCCAGAAGACGTTGATGCAGATGCTCAAGG
ACCGTGGCTACTTCATCGCCGACTCTGAGATCACCATGAGCTTATCGCAGTTCGTTAGGA
AGTACGGAGACAACATGACAAGAGAAGATCTTGTTACTCTCAAAGCTAAGCGAAACGACA
GCAGTGACCAGCTCTATATCTTCCTCCCTGATGAGTCGAAAGTTGGGGTTAAGACGATGA
AGGTGTACACAAACAGGATGAAGTCAGAGAATGTTTACAGAGCTATCTTGGTGGTGCAGC
AGAACTTGACTCCTTTTGCTCGAACTTGCATCAGTGAGATCTCTTCTAAGTTTCATTTGG
AAGTCTTCCAGGAGGCGGAAATGCTAGTGAACATTAAAGAACATGTTCTTGTTCCGGAGC
ACCAAGTTCTAACCACTGAGGATAAGAAAACTCTTCTTGAGAGATACACTGTCAAGGAGA
CACAGCTTCCAAGGATCCAAGTGACTGATCCAATCGCAAGATACTTTGGGCTAAA*CGTG
GACAAGTTGTGAAGATCATACGTCCGAGTGAA*CTGCTGGGCGT
ATGTACCTA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3B462TF 726 0 0
ACTTGA
AGGAAAGCTCTTTGAAACGCCGCTCCGTCTTCTTCGTCGTTCTGTGCTTCCCATCTCTTC
TTCTCTCTTTACCCTCTATAAA*CATTTAATCGAGATATGGGTCTAACGGAAGAAGAAAT
CAAAAGACTTTACAGGATCCAGAAGACGTTGATGCAGATGCTCAAGGACCGTGGCTACTT
CATCGCCGACTCTGAGATCACCATGAGCTTATCGCAGTTCGTTAGGAAGTACGGAGACAA
CATGAAAAGAGAAGATTTTGTTACTCTCAAAGCTAAGCGAAACGACAGCAGTGACCAGCT
CTATATCTTCTTCCCTGATGAGGCGAAAGTTGGGGTTAAGACGATGAAGTTGTACACAAA
CAGGATGAAGTCAGAGAATGTTTACAGAGCTATCTTGGTGGTGCAGCAGAACTTGACTCC
TTTTGCTCGAACTTGCATCAGTGAGATCTCTTCTAAGTTTCATTTGGAAGTCTTCCAGGA
GGCGGAAATGCTAGTGAACATTAAAGAACATGTTCTTGTTCCGGAGCACCAAGTTCTAAC
CACTGAGGAGAAGAAAACTCTTCTTGAGAGATACACTGTCAAGGAGACACAGCTTCCAAG
GATCCAAGTGACTGATCCAATCGCAAGATACTTTGGGCTAAAACGTGGACAAGTTGTGAA
GATCATACGTCCGAGTGAAACTGCTGGGCGTTATGTTACCTACCGTTATGTTGTATAAGC

QA 7 726 7 726
DS 

RD RR3FC46TF 716 0 0
GTGGAA
AGGAAAGCTCTTTGAAACGCCGCTCCGTCTTCTTCGTCGTTCTGTGCTTCCCATCTCTTC
TTCTCTCTTTACCCTCTATAAA*CATTTAATCGAGATATGGGTCTAACGGAAGAAGAAAT
CAAAAGACTTTACAGGATCCAGAAGACGTTGATGCAGATGCTCAAGGACCGTGGCTACTT
CATCGCCGACTCTGAGATCACCATGAGCTTATCGCAGTTCGTTAGGAAGTACGGAGACAA
CATGAAAAGAGAAGATCTTGTTACTCTCAAAGCTAAGCGAAACGACAGCAGTGACCAGCT
CTATATCTTCTTCCCTGATGAGGCGAAAGTTGGGGTTAAGACGATGAAGGTGTACACAAA
CAGGATGAAGTCAGAGAATGTTTACAGAGCTATCTTGGTGGTGCAGCAGAACTTGACTCC
TTTTGCTCGAACTTGCATCAGTGAGATCTCTTCTAAGTTTCATTTGGAAGTCTTCCAGGA
GGCGGAAATGCTAGTGAACATTAAAGAACATGTTCTTGTTCCGGAGCACCAAGTTCTAAC
CACTGAGGAGAAGAAAACTCTTCTTGAGAGATACACTGTCAAGGAGACACAGCTTCCAAG
GATCCAAGTGACTGATCCAATCGCAAGATACTTTGGGCTAAAACGTGGACAAGTTGTGAA
GATCATACGTCCGAGTGAA*CTGCTGGGCGTTATGTTACCTACCGTTATG

QA 7 716 7 716
DS 

RD RR3CA60TF 781 0 0
GG
AGGAAAGCTCTTTGAAACGCCGCTCCGTCTTCTTCGTCGTTCTGTGCTTGCCATCTCTTC
TTCTCTCTTTACCCTCTATAAAACATTTAATCGAGATATGGGTCTAACGGAAGAAGAAAT
CAAAAGACTTTACAGGATCCAGAAGACGTTGATGCAGATGCTCAAGGACCGTGGCTACTT
CATCGCCGACT*TGAGATCACCATGAGCTTATCGCAGTTCGTTAGGAAGTACGGAGACAA
CATGAAAAGAGAAGATCTTGTTACTCTCAAAGCTAAGCGAAACGACAGCAGTGACCAGCT
CTATATCTTCTTCCCTGATGAGGCGAAAGTTGGGGTTAAGACGATGAAGGTGTACACAAA
CAGGATGAAGTCAGAGAATGTTTACAGAGCTATCTTGGTGGTGCAGCAGAACTTGACTCC
TTTTGCTCGAACTTGCATCAGTGAGATCTCTTCTAAGTTTCATTTGGAAGTCTTCCAGGA
GGCGGAAATGCTAGTGAACATTAAAGAACATGTTCTTGTTCCGGAGCACCAAGTTCTAAC
CACTGAGGAGAAGAAAACTCTTCTTGAGAGATACACTGTCAAGGAGACACAGCTTCCAAG
GATCCAAGTGACTGATCCAATCGCAAGATACTTTGGGCTAAAACGTGGACAAGTTGTGAA
GATCATACGTCCGAGTGAAACTGCTGGGCGTTATGTTACCTACCGTTATGTTGTATAAGC
AAAAA*GCTTTTGTTGTGCGAGTGGAAACGCTTAGAGTTGTTGAGTACCAAA
TTGTTGA

QA 3 774 3 774
DS 

RD RR3EE59JQ 745 0 0
AACATTTAATCGAGATATGGGTCTAACGGAAGAAGAAATCAAAAGACTTTACAGGATCCA
GAAGACGTTGATGCAGATGCTCAAGGACCGTGGCTACTTCATCGCCGACTCTGAGATCAC
CATGAGCTTATCGCAGTTCGTTAGGAAGTACGGAGACAACATGACAAGAGAAGATCTTGT
TACTCTCAAAGCTAAGCGAAACGACAGCAGTGACCAGCTCTATATCTTCCTCCCTGATGA
GTCGAAAGTTGGGGTTAAGACGATGAAGGTGTACACAAACAGGATGAAGTCAGAGAATGT
TTACAGAGCTATCTTGGTGGTGCAGCAGAACTTGACTCCTTTTGCTCGAACTTGCATCAG
TGAGATCTCTTCTAAGTTTCATTTGGAAGTCTTCCAGGAGGCGGAAATGCTAGTGAACAT
TAAAGAACATGTTCTTGTTCCGGAGCACCAAGTTCTAACCACTGAGGATAAGAAAACTCT
TCTTGAGAGATACACTGTCAAGGAGACACAGCTTCCAAGGATCCAAGTGACTGATCCAAT
CGCAAGATACTTTGGGCTAAAACGTGGACAAGTTGTGAAGATCATACGTCCGAGTGAAAC
TGCTGGGCGTTATGTTACCTACCGTTATGTTGTATAAGCAAAAAAGCTTTTGTTGTGCGA
GTGGAAACGCTTAGAGTTGTTGAGTACCAAAATTGTTGACAATGTTGTTTGTTAAATGTA
CGAATTAAAAAACCCTTACAACGAC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3B462JQ 833 0 0
TTCGTCGTTCTGTGCTTCCCATCTCTTCTTCTCTCTTTACCCTCTATAAA*CATTTAATC
GAGATATGGGTCTAACGGAAGAAGAAATCAAAAGACTTTACAGGATCCAGAAGACGTTGA
TGCAGATGCTCAAGGACCGTGGCTACTTCATCGCCGACTCTGAGATCACCATGAGCTTAT
CGCAGTTCGTTAGGAAGTACGGAGACAACATGAAAAGAGAAGATTTTGTTACTCTCAAAG
CTAAGCGAAACGACAGCAGTGACCAGCTCTATATCTTCTTCCCTGATGAGGCGAAAGTTG
GGGTTAAGACGATGAAGTTGTACACAAACAGGATGAAGTCAGAGAATGTTTACAGAGCTA
TCTTGGTGGTGCAGCAGAACTTGACTCCTTTTGCTCGAACTTGCATCAGTGAGATCTCTT
CTAAGTTTCATTTGGAAGTCTTCCAGGAGGCGGAAATGCTAGTGAACATTAAAGAACATG
TTCTTGTTCCGGAGCACCAAGTTCTAACCACTGAGGAGAAGAAAACTCTTCTTGAGAGAT
ACACTGTCAAGGAGACACAGCTTCCAAGGATCCAAGTGACTGATCCAATCGCAAGATACT
TTGGGCTAAAACGTGGACAAGTTGTGAAGATCATACGTCCGAGTGAAACTGCTGGGCGTT
ATGTTACCTACCGTTATGTTGTATAAGCAAAAA*GGTTTTGTTGTGCGACTGGAAACGCT
TAGGGTTGCTGTGTACCAAA*TTGTTGACGATATTGTTTGTTAAGTGTACGAATTAAAAA
AACCTTACAACGACATTTTACTATCACTCTATAATGGGCAAGATGGCTTTGCG

QA 1 833 1 833
DS 

RD RR3FC46JQ 722 0 0
GAAATCAAAAGACTTTACAGGATCCAGAAGACGTTGATGCAGATGCTCAAGGACCGTGGC
TACTTCATCGCCGACTCTGAGATCACCATGAGCTTATCGCAGTTCGTTAGGAAGTACGGA
GACAACATGAAAAGAGAAGATCTTGTTACTCTCAAAGCTAAGCGAAACGACAGCAGTGAC
CAGCTCTATATCTTCTTCCCTGATGAGGCGAAAGTTGGGGTTAAGACGATGAAGGTGTAC
ACAAACAGGATGAAGTCAGAGAATGTTTACAGAGCTATCTTGGTGGTGCAGCAGAACTTG
ACTCCTTTTGCTCGAACTTGCATCAGTGAGATCTCTTCTAAGTTTCATTTGGAAGTCTTC
CAGGAGGCGGAAATGCTAGTGAACATTAAAGAACATGTTCTTGTTCCGGAGCACCAAGTT
CTAACCACTGAGGAGAAGAAAACTCTTCTTGAGAGATACACTGTCAAGGAGACACAGCTT
CCAAGGATCCAAGTGACTGATCCAATCGCAAGATACTTTGGGCTAAAACGTGGACAAGTT
GTGAAGATCATACGTCCGAGTGAAACTGCTGGGCGTTATGTTACCTACCGTTATGTTGTA
TAAGCAAAAA*GGTTTTGTTGTGCGACTGGAAACGCTTAGAGTTGCTGTGTACCAAA*TT
GTTGACGATATTGTTTGTTAAGTGTACGAATTAAAAAAACCTTACAACGACATTTTACTA
CC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 2 8

CO CL789Contig1 714 2 5 U
CATTATTTATTTGTTTCTTTGTTTCATCTCAAGGAACCCAACGAAGAGTGAACAAGATCA
CCCTAGGAGACAATAAAGATCCCAAAAGAAAGAACATAAACTTAAGAAGAACAAAACCAA
TTTTTATAGTATGGATCGATCGAGGGTAGTGACACTATTGGTTCTTCAAGGGTCAAAATG
AACTGTTTTTTTTTTTCATTTTTTTTTCAAGCAGCGTCCACTTTGTCCTTTGCGGTATTA
TCTCCTCCTTCGAGCTGGCTCAAGTTTCCTTTCTCCTTGATAAGCTGAATATGATGATGC
TTGCAATAAAGCTTCCCCTCGTGAGCTATGAAATTCCAAGGACTTATCGTGCATCCACCA
TGTGTACACTTGAAGCAGCTCTTGTGGTACAATGTCCCATTCACCGACACCTTCTCAATT
GGATACACGGTTTTGTCACAACCAACGCATTTTTCTCGTGTTCCACCAAACATATTAAAC
ACTTTGGTACCAGCTGGTCTCTCTCCCTCCAAAGGTCTATCCGGTTTTCCGATCTTTGGT
GTCCCCTCGAAGCTCTTCTCAAGACTTCCAGTTCTCTTGAAGTTCTGATCAAAATGTGGT
CTGCAGTAGAGAACTCCCTCAAAAGAGTTATAGTTGCTAAGCTTGAGGGTTCCTTTGCAA
TGGTGACAACGGAAACAGGCTTTATGGTAAACCCGGTTATCTGCGGTTAGCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H589JQ U 104
AF RR3BQ95JQ U 1
BS 1 128 RR3BQ95JQ
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BS 337 337 RR3H589JQ
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RD RR3H589JQ 412 0 0
G
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TTCAAGGGTCAAAATGAACTGTTTTTTTTTTTCATTTTTTTTTCAGGCAGCGTCCACTTT
GTCCTTTGCGGTATTATCTCCTCCTTCGAGCTGGCTCAAGTTTCCTTTCTCCTTGATAAG
CTGAATATGATGATGCTTGCAATAAAGCTTCCCCTCGTGAGCTATGTAATTCCAAGGACT
TATCGTGCATCCACCATGTGTACACTTGAAGCAGCTCTTGTGGTACAATGTCCCATTCAC
CGACACCTTCTCAATTGGATACACGGTTTTGTCACAACCAACGCATTTTTCTCGTGTTCC
ACCAAACATATTAGACACTTTGGTACCAGCTGGTCTCTCTCCCTCCAAAGG

QA 2 412 2 412
DS 

RD RR3BQ95JQ 714 0 0
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CCCTAGGAGACAATAAAGATCCCAAAAGAAAGAACATAAACTTAAGAAGAACAAAACCAA
TTTTTATATTATGGATCGATCGAGGGTAGTGACACTATTGGTTCTTCAAGGGTCAAAATG
AACTGTTTTTTTTTTTCATTTTTTTTTCAAGCAGCGTCCACTTTGTCCTTTGCGGTATTA
TCTCCTCCTTCGAGCTGGCTCAAGTTTCCTTTCTCCTTGATAAGCTGAATATGATGATGC
TTGCAATAAAGCTTCCCCTCGTGAGCTATGAAATTCGAAGGACTTATCGTGCATCCACCA
TGTGTACACTTGAAGCAGCTCTTGTGGTACAATGTCCCATTCACCGACACCTTCTCAATT
GGATACACGGTTTTGTCACAACCAACGCATTTTTCTCGTGTTCCACCAAACATATTAAAC
ACTTTGGTACCAGCTGGTCTCTCTCCCTCCAAAGGTCTATCCGGTTTTCCGATCTTTGGT
GTCCCCTCGAAGCTCTTCTCAAGACTTCCAGTTCTCTTGAAGTTCTGATCAAAATGTGGT
CTGCAGTAGAGAACTCCCTCAAAAGAGTTATAGTTGCTAAGCTTGAGGGTTCCTTTGCAA
TGGTGACAACGGAAACAGGCTTTATGGTAAACCCGGTTATCTGCGGTTAGCTTG

QA 1 714 1 714
DS 



CO CL789Contig2 872 6 34 U
AGGGAAAGCAACAATAATTGACAAGTCTCTTTCCTTCATCTTTATCTCTTATCAAGAACA
TTGAGCTCTGTTCTTCTTCTTCTGACTCTTGGTCTGATCTCTTACAAGAAACAGCACAAA
AATGGCGTTCGCAGGAACAACA****CAGAAATGCATGGCCTGTGACAAAACCGTTTATC
TCGTCGACAAGCTAACCGCAGATAACCGGGTCTACCACAAAGCCTGTTTCCGTTGTCACC
ATTGCAAAGGAACTCTCAAGCTTAGCAACTATAACTCTTTCGAGGGAGTTCTCTACTGCA
GACCACATTTTGATCAGAACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAGAGCTTCGAGGGGA
CACCAAAGATCGGAAAACCGGACAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCAGCTGGTACCAAAG
TGTCTAATATGTTTGGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGTTGTGACAAAACCGTGTATC
CAATTGAGAAGGTGTCGGTGAACGGGACATTGTACCACAAGAGCTGCTTCAAGTGTACAC
ATGGAGGATGCACGATAAGTCCTTCGAATTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCA
AGCATCATCATATTCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAACTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGAG
ATAATACCGCTAAGGACAAAGTGGACGCTGCTTGAAAAGAAAAAGAGAAACAGTTCATTT
TGACCCTTGAAGAACCAATAGTGTCACTACCCTCGATCGATCCATAACATATAAATTGGT
TTTGTTCTTCTTAAGTTTATGTTCTTTCTTTTGGGATCTTTGTTGTCTCCTATGGTGATC
TTGTTCACTCTTCGTTGGCTTCTTGAGATGAA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BQ95TF U 4
AF RR3H589TF U 1
AF RR3GY72JQ C 497
AF RR3GY72TF U 497
AF RR3DX62TF U 82
AF RR3E666TF U 104
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BS 843 872 RR3DX62TF

RD RR3BQ95TF 627 0 0
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AGCTCTGTTCTTCTTCTTCTGACTCTTGGTCTGATCTCTTACAAGAAAGAGCACAAAAAT
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TCGACAAGCTAACCGCAGATAACCGGGTTTACCATAAAGCCTGTTTCCGTTGTCACCATT
GCAAAGGAACCCTCAAGCTTAGCAACTATAACTCTTTTGAGGGAGTTCTCTACTGCAGAC
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CTAATATGTTTGGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGTTGTGACAAAACCGTGTATCCAA
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GTGGATGCACGATAAGTCCTTCGAATTTCATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGC
ATCATCATATTCAGCTTATCAAGGAGA

QA 1 627 1 627
DS 

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TTGAGCTCTGTTCTTCTTCTTCTGACTCTTGGTCTGATCTCTTACAAGAAAGAGCACAAA
AATGGCGTTCGCAGGAACAACC****CAGAAATGCATGGCCTGTGACAAAACCGTTTATC
TCGTCGACAAGCTAACCGCAGATAACCGGGTTTACCATAAAGCCTGTTTCCGTTGTCACC
ATTGCAAAGGAACTCTCAAGCTTAGCAACTATAACTCTTTTGAGGGAGTTCTTTACTGCA
GACCACATTTTGATCAGAACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAGAGCTTCGAGGGGA
CACCAAAGATCGGAAAACCGGATAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCAGCTGGTACCAAAG
TGTCTAATATGTTTGGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGTTGTGACAAAACCGTGTATC
CAATTGAGAAGGTGTCGGTGAATGGGACATTGTACCACAAGAGCTGCTTCAAGTGTACAC
ATGGTGGATGCACGATAAGTCCTTCGAATTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCA
AGCATCATCATATTCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAACTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGAG
ATAATACCGCAAAGGACAAAGTGGACGCTGCCTGAAAA
AAAATGAAAAA

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3GY72JQ 335 0 0
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GCTTATCAAGGAGAAAGGAAACTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGAGATAATACCGCTAAGGA
CAAAGTGGACGCTGCTTGAAAAGAAAAAGAGAAACAGTTCATTTTGACCCTTGAAGAACC
AATAGTGTCACTACCCTCGATCGATCCATAACATATAAATTGGTTTTGTTCTTCTTAAGT
TTATGTTCTTTCTTTTGGGATCTTTGTTGTCTCC
C

QA 1 334 1 334
DS 

RD RR3GY72TF 335 0 0
GGTGAACGGGACATTGTACCACGAGAGCTGCTTCAAGTGTACACATGGAGGATGCACGAT
AAGTCCTTCGAATTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGCATCATCATATTCA
GCTTATCAAGGAGAAAGGAAACTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGAGATAATACCGCTAAGGA
CAAAGTGGACGCTGCTTGAAAAGAAAAAGAGAAACAGTTCATTTTGACCCTTGAAGAACC
AATAGTGTCACTACCCTCGATCGATCCATAACATATAAATTGGTTTTGTTCTTCTTAAGT
TTATGTTCTTTCTTTTGGGATCTTTGTTGTCTCC
C

QA 1 334 1 334
DS 

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GG
GACTCTTGGTCTGATCTCTTACAAGAAACAGCACAAAAATGGCGTTCGCAGGAACAACA*
***CAGAAATGCATGGCCTGTGACAAAACCGTTTATCTCGTCGACAAGTTAACCGCAGAT
AACCGGGTCTACCACAAAGCTTGTTTCCGTTGTCACCATTGCAAAGGAACTCTCAAGCTT
AGCAACTATAACTCTTTCGAGGGAGTTCTCTACTGCAGACCACATTTTGATCAGAACTTC
AAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAGAGCTTCGAGGGGACACCAAAGATCGGAAAACCGGAC
GGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCAGCTGGTACCAAAGTGTCTAATATGTTTGGTGGAACA
CGAGAAAAATGCGTTGGTTGTGACAAAACCGTGTATCCAATTGAGAAGGTGTCGGTGAAC
GGGACATTGTACCACAAGAGCTGCTTCAAGTGTACACATGGAGGATGCACGATAAGTCCT
TCGAATTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGCATCATCATATTCAGCTTATC
AAGGAGAAAGGAAACTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGAGATAATACCGCTAAGGACAAAGTG
GACTCTGCTTGAAAAGAAAAAGAGAAACAGTTCATTTTGACCCTTGAAGAACCAATAGTG
TCACTACCCTCGATCGATCCATAACATATAAATTGGTTTTGT*CTTCTTAAGTT*ATGTT
CTTTCTTT*GGGATCTTTGT*GTCTCCTATGGTGATCT*GTTCACTCTTCGTTGGCTTCT
TGAGATGAA

QA 3 791 3 791
DS 

RD RR3E666TF 766 0 0
GG
AAGAAACAGCACAAAAATGGCGTTCGCAGGAACAACACGCACAGAAATGCATGGCCTGTG
ACAAAACCGTTTATCTCGTCGACAAGTTAACCGCAGATAACCGGGTCTACCACAAAGCTT
GTTTCCGTTGTCACCATTGCAAAGGAACTCTCAAGCTTAGCAACTATAACTCTTTCGAGG
GAGTTCTCTACTGCAGACCACATTTTGATCAGAACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGA
AGAGCTTCGAGGGGACACCAAAGATCGGAAAACCGGACAGACCTTTGGAGGGAGAGAGAC
CAGCTGGTACCAAAGTGTCTAATATGTTTGGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGTTGTG
ACAAAACCGTGTATCCAATTGAGAAGGTGTCGGTGAACGGGACATTGTACCACAAGAGCT
GCTTCAAGTGTACACATGGAGGATGCACGATAAGTCCTTCGAATTACATAGCTCACGAGG
GGAAGCTTTATTGCAAGCGTCATCATATTCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAACTTGAGCC
AGCTCGAAGGAGGAGATAATACCGCTAAGGACAAAGTGGACGCTGCTTGAAAAGAAAAAG
AGAAACAGTTCATTTTGACCCTTGAAGAACCAATAGTGTCACTACCCTCGATCGATCCAT
AACATATAAATTGGTTTTGTTCTTCTTAAGTT*ATGTTCTTTCTTTTGGGATCTTTGTTG
TCTCCTATGGTGATCTTGTTCACTCTTCGTTGG
GTTTCTTGAGA

QA 3 755 3 755
DS 



AS 2 8

CO CL790Contig1 664 4 5 U
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AAGAGGGAATAGCATCTGAAATCTCATTTCGCTGATTTTAGTTAGATTCAATATGCTTCT
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CAACAACCTTCCTTGCATTGCCCTCTGAATCGATCTTGCAAAGACCAGCCCATTCACCGA
GGGTTTTGGCACTTGGAACAGTAAGCAAGTTGATGTTGTGATCAGCGCATAGAGCTTTGA
CAAGCTTGACGTAATCAGGCTGGTTGCAGTCTTCAGCCAAGACACAGAGCTGAGCAACAC
GCTTCTCGATAAGCTTGGCGCTTTCATGGAGACCACGGGTCACACCTCCGTGAGCACGGG
CCTTCCTTAGAGTCAGCTCCAATGCAGTCAACAGATCCATGTCCTCTGGAATTGCAGCTG
GCTCAGCAGCCGGAGGAACAACAACAGCAGGAGCAGCTTCTTCCCCAGACATGGCGAATT
TTGGAAGATAAGCAAAAGTCCTTTTTGAATCTTAGAGACTTAAGAGAGACTACGACCACG
ACCC


BQ
10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 

AF RR3C814JQ U 1
AF RR3C814TF C 1
AF RR3B312JQ U 3
AF RR3B312TF C 3
BS 1 209 RR3C814JQ
BS 210 210 RR3B312JQ
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BS 595 595 RR3B312JQ
BS 596 664 RR3C814JQ

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ACCC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3C814TF 664 0 0
GG
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CC

QA 3 664 3 664
DS 

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CC

QA 1 662 1 662
DS 

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ACGATGTTGAGTGCAGTTGTCTCCTCAACGTAATCCTTGACAACAAGGCACGAGCATCCA
ACAACCTTCCTTGCATTGCCCTCTGAATCGATCTTGCAAAGACCAGCCCATTCACCGAGG
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CC

QA 1 662 1 662
DS 



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CACTCGTAAGAAGTTTTTTTGTTCTGCTCCC


BQ
20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 0 0 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC03JQ C 1
AF RR3FC03TF U 1
AF RR3CH20TF U -5
AF RR3CH20JQ C -5
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RD RR3FC03JQ 656 0 0
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AGAAGCGTGTTGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGACTGCAACCAGCCTGATTACGTCA
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CCTCTTGTTTTTTTTTTTGTTTTTTTAATTCTTGTTTAGTGGACGTGTCTTGACTTGAGA
TATGTTTGGGACAAC***TTTTTGATGTTATCTTAGCTCATATTTAAAACTCGAC
C

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DS 

RD RR3FC03TF 656 0 0
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TTCCAAAATTCACCATGTCTGGGGAAGAAGCTGCTCCTGCTGTTGTTGTTCCTCCGGCTG
CTGAGCCAGCTGCAATTCCAGAGGACATGGATCTGTTGACTGCATTGGAGCTGACTCTAA
GGAAAGCCCGTGCTCACGGCGGTGTGACCCGTGGTCTCCATGAAAGCGCCAAGCTTATCG
AGAAGCGTGTTGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGACTGCAACCAGCCTGATTACGTCA
AGCTTGTCAAAGCTCTATGCGCTGATCACAACATCAACTTGCTTACTGTTCCAAGTGCTA
AAACCCTCGGTGAATGGGCTGGTCTTTGCAAGATCGATTCAGAGGGCAATGCAAGGAAGG
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CCTCTTGTTTTTTTTTTTGTTTTTTTAATTCTTGTTTAGTGGACGTGTCTTGACTTGAGA
TATGTTTGGGACAAC***TTTTTGATGTTATCTTAGCTCATATTTAAAACTCGAC
C

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3CH20TF 661 0 0
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GTCGGATGCTCGTGCCTTGTAGTCAAGGATTACGGTGAGGAGACAACTGCACTCAACATC
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TGTT*GGGACAACAACTTTTTGATGTTATCT*AGCTCATATTTAAAACTCGAC

QA 9 661 9 661
DS 

RD RR3CH20JQ 697 0 0
GGGTCCTC
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CCAAAATTCACCATGTCTGGGGAAGAAGCTGCTCCTGCTGTTGTTGTTCCTCCGGCTGCT
GAGCCAGCTGCAATTCCAGAGGACATGGATCTGTTGACTGCATTGGAGCTGACTCTAAGG
AAAGCCCGTGCTCACGGCGGTGTGACCCGTGGTCTCCATGAAAGCGCCAAGCTTATCGAG
AAGCGTGTTGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGACTGCAACCAGCCTGATTACGTCAAG
CTTGTCAAAGCTCTATGCGCTGATCACAACATCAACTTGCTTACTGTTCCAAGTGCTAAA
ACCCTCGGTGAATGGGCTGGTCTTTGCAAGATCGATTCAGAGGGCAATGCAAGGAAGGTT
GTCGGATGCTCGTGCCTTGTAGTCAAGGATTACGGTGAGGAGACAACTGCACTCAACATC
GTTAAGAAGCATATTGAATCTAACTAAAATCAGCAAAGTCAGATTTCAGATGCTATTTCC
TCTTGTTTTCTTT***GTTATTTTAATTCTCGTTTAGTGAACATGTCTTGACTTAAGATA
TGTTTGGGACAACAACTTTTTGATGTTATCT*AGCTCATATTTAAAACTCGACCAATTCA
CTCGTAAGAAGTTTTTTTGTTCTGCTCCC

QA 9 697 9 697
DS 



AS 1 4

CO CL791Contig1 884 4 10 U
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AGAAGAAGAGAAAAATGGAGATATCAACAACATCCCAGTTGTGCTCACGGGTTAAGTGCT
CAATCTCTTCATCACCACTCTCCTGCTTAAATGGTAAGAGGAACCAAGACGGAACTGTTT
CAGTCAATTGCTTGAAAGAGATCAAACAGTTCAGTAACATTAGCTTCATTGCCAAGAAGA
AACACAGAAGCCATGCACCGGTGGTGAGGACAACAACAACACGCGCCTCCGCCTCCGTGG
ATGGGAATCAACCCCCAGCTTCTGCCACCAAACGAGAACGGTGGCTTCTCCAACCAGTTG
GAGATGGAGACACAAGACACATTGGTTACAAAGTGGAAATGCCTGCTCCTTTCGAGATCT
CTTCCGGTCAAGTTACCATCGGACGGCTACCTGAAAAGGCTGACGTTGTGATTCCCGTGG
CCACCGTCTCGGGAGTACATGCGACAATTGATACACAAAGAGACAACCTTCTTGTAACGG
ATATGAACAGTACAAACGGTACATTCATCGAAGACAAACGTCTGATCCCTGGTGTTGCTG
CTCCTGCCTTTCCCGGAACCCGAATCACCTTTGGAGATACGAATCTAGCAATTTTCCGTG
TTTTCAAGCTCCAAGATAGTCAAGAAGAAAATGAACCCTCCGAGAAACCAGCCACTGAGT
AACCAACCAAACCCCAAACCTGTTGGGTTGTTCTACAACCATTGTTGAGCTATATAACTC
TATATAAACAATATTTTTATATATCTATCTTATTAAAGCTGAAGTACAAATTCGGTGTGT
TTGGATACTTGGATAAGAATATTAAAAATATTTGGTGTGTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3F833TF U 16
AF RR3GV91TF U 1
AF RR3GV91JQ C 147
AF RR3ES25JQ C 195
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AG

QA 11 672 11 672
DS 

RD RR3GV91TF 727 0 0
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ATGGGAATCAACCCCCAGCTTCTGCCACCAAACGAGAACGGTGGCTTCTCCAACCAGTTG
GAGATGGAGACACAAGACACATTGGTTACAAAGTGGAAATGCCTGCTCCTTTCGAGATCT
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AACCAAC

QA 1 727 1 727
DS 

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ATTGATACACAAAGAGACAACCTTCTTGTAACGGATATGAACAGTACAAACGGTACATTC
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ACCTTTGGAGATACGAATCTAGCAATTTTCCGTGTTTTCAAGCTCCAAGATAGTCAAGAA
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AATATTTGGTGTGTTTAG

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3ES25JQ 690 0 0
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GCACCGGTGGTGAGGACAACAACAACACGCGCCTCCGCCTCCGTGGATGGGAATCAACCC
CCAGCTTCTGCCACCAAACGAGAACGGTGGCTTCTCCAACCAGTTGGAGATGGAGACACA
AGACACATTGGTTACAAAGTGGAAATGCCTGCTCCTTTCGAGATCTCTTCCGGTCAAGTT
ACCATCGGACGGCTACCTGAAAAGGCTGACGTTGTGATTCCCGTGGCCACCGTCTCGGGA
GTACATGCGACAATTGATACACA**GAGACAACCTTCTTGTAACGGATATGAACAGTACA
AACGGTACATTCATCGAATACAAACGTCTGATCCCTGGTGTTGCTGCTCCTGCCTTTCCC
GGAACCCGAATCACCTTTGGAGATACGAATCTAGCAATTTTCCGTGTTTTCAGGCTCCAA
GATAGTCAAGAAGAAAATGAACCCTCCGAGAAACCAGCCACTGAGTAACCAACCAAACCC
CAAACCTGTTGGGTTGTTCTACAACCATTGTTGAGCTATATAACTCTATATAAACAATAT
TTTTATATATCTATCTTATTAAAGCTGAAGTACAAATTCGGTGTGTTTGGATACTTGGAT
AAGAATATTAAAAATATTTGGTGTGTTTAG

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 8

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TCCGTCATGGCGCCCCAACGATCATCCAGCTCCACTGGATCGGTGAAAACAGGGATGACG
ATGACGGAGAAGATTCTCGCAAAGGCGGCGGAGAAATCACAAGTGGTCCCTGGTGATAAC
ATCTGGGTTAACGTTGATGTTCTCATGACTCATGATGTCTGTGGCCCTGGCGCTTTCGGT
ATCTTCAAGCGAGAGTTCGGTGAAAAAGCCAAGGTTTGGGACCCGGAGAAGATTGTTGTG
ATTCCTGACCATTACATTTTCACTACTGATCAGCGTGCCAACCGCAACGTCGACATTATG
AGGGAGCATTGCAGGGAACAGAACATCAAGTATTTCTATGATATCACCGACCTTGGAGAC
TTTCGGGCTAATCCTGACTACAAAGGTGTCTGCCATGTGGCGCTTGCACAAGAAGGTCAT
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GGTCAGTTTGCTACAGGGATTGGAAACACCGATGCAGGATTTGTGCTAGGCACTGGCAAA
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CTGCAGGCGAAGGATCTGATTTTACAAATCATTGGTGAAATATCTGCTGCTGGTGCAACT
TACAAGACGATGGAGTTCAGTGGCACAACTATTGAAAGTCTGACTATGGAAGAAAGAATG
ACATTGTGCAACATGGTTGTGGAAGCTGGGGGAAAGAATGGTGTTATCCCTCCTGATGCG
ACGACATTTAACTACGTTGAGAACAGGACATCTGTACCCTTTGAAGCCGTATATAGTGAT
GAAAATGCAAGCTTTGCTGCAGATTATCGATTTGACGTGTCAAAGCTGGAGCCTGTGGTG
GCTAAGCCTCATTCTCCTGACAACCGGGCTCTAGCAAGAGAATGCAAAGATGTGAAAA*T
TGACAGAGTATACATTGGTTCTTGTACTGGTGGGAAGACTGAGGATTTTATGGCTGCAGC
TAAACTTCTCCATACAGCAGGAAAGCAA*GTCAAAGTCCCAACTTTCCTTGTCCCCGCTA
CCCAGAAGGTGTGGATGGATGTGTATGCCCTCCCTGTGCCTGGAACAGGTGGAAAAACGT
GTGCACAGATATTCGAAGAAGCTGGCTGCGACACACCAACTAGTCCTAGTTGTGGTGCCT
GCCTTGGTGGCCCAGCAGATACCTATGCTCGCTTGAATGAACCTCAAGTGTGTGTCTCGA
CAACAAACAGAAACTTTCCTGGTCGGATGGGACACAAAGAAGGGCAGATTTACTTGGCTT
CGCCTTACACCGCTGCAGCCTCGGCTCTGACCGGTCATGTCACCGACCCAAGAGAGTTCT
TGCAGTAAGATAGCTTTGTCCAAAAACAAACCTAAATGCTGAATCAAGAGAG**CTAAAA
CGATGAGCATTGTGAACTATATGTATGTATTTTCGTACTTTGCTGTTGAACTTCTTAGTT
TCAAACATTGTTAAACTTTTGATGTTTTGAGTTTGAAATAATAAAGAGATTGAGAGAGAC
TTAGTCAACGCTCATAATCTAATTTGATTGCAATGGTTTATATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A780TF U 16
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BS 699 709 RR3CD48TF
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BS 734 745 RR3CD48TF
BS 746 1183 RR3AR41TF
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BS 1743 1786 RR3AR41JQ

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CCTTTCCTTTGCAAATCCTCACAGGCGAAGGATTTAGGGTTCC*AAAACCGTCGCAGATA
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CAACGATCATCCAGCTCCACTGGATCGGTGAAAACAGGGATGACGATGACGGAGAAGATT
CTCGCAAAGGCGGCGGAGAAATCACAAGTGGTCCCTGGTGATAACATCTGGGTTAACGTT
GATGTTCTCATGACTCATGATGTCTGTGGCCCTGGCGCTTTCGGTATCTTCAAGCGAGAG
TTCGGTGAAAAAGCCAAGGTTTGGGACCCGGAGAAGATTGTTGTGATTCCTGACCATTAC
ATTTTCACTACTGATCAGCGTGCCAACCGCAACGTCGACATTATGAGGGAGCATTGCAGG
GAACAGAACATCAAGTATTTCTATGATATCACCGACCTTGGAGACTTTCGGGCTAATCCT
GACTACAAAGGTGTCTGCCATGTGGCGCTTGCACAAGAAGGTCATTGCAGACCAGGAGAG
GTTTTGTTGGGAACAGACTCCCACACATGTACTGCTGGAGCCTTTGGTCAGTTTGCTACA
GGGATTGGAAACACCGAT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3CD48TF 745 0 0
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TCCGTCATGGCGCCCCAACGATCATCCAGCTCCACTGGATCGGTGAAAACAGGGATGACG
ATGACGGAGAAGATTCTCGCAAAGGCGGCGGAGAAATCACAAGTGGTCCCTGGTGATAAC
ATCTGGGTTAACGTTGATGTTCTCATGACTCATGATGTCTGTGGCCCTGGCGCTTTCGGT
ATCTTCAAGCGAGAGTTCGGTGAAAAAGCCAAGGTTTGGGACCCGGAGAAGATTGTTGTG
ATTCCTGACCATTACATTTTCACTACTGATCAGCGTGCCAACCGCAACGTCGACATTATG
AGGGAGCATTGCAGGGAACAGAACATCAAGTATTTCTATGATATCACCGACCTTGGAGAC
TTTCGGGCTAATCCTGACTACAAAGGTGTCTGCCATGTGGCGCTTGCACAAGAAGGTCAT
TGCAGACCAGGAGAGGTTTTGTTGGGAACAGACTCCCACACATGTACTGCTGGAGCCTTT
GGTCAGTTTGCTACAGGGATTGGAAACACCGATGCAG*ATTTGTGCTAG*CACTGGCAAA
*TCCTCCTTAAG*TTCCACCAACAA

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DS 

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TTCTATGATATCACCGACCTTGGAGACTTTCGGGCTAATCCTGACTACAAAGGTGTCTGC
CATGTTGCGCTTGCACAAGAAGGTCATTGCAGGCCAGGAGAGGTTTTGTTGGGAACAGAC
TCCCACACATGTACTGCTGGAGCCTTTGGTCAGTTTGCTACAGGGATTGGAAACACCGAT
GCAGGATTTGTGCTAGGCACTGGCAAAATCCTCCTTAAGGTTCCACCAACAATGAGGTTT
ATCTTGGATGGTGAAATGCCCAGTTATCTGCAGGCGAAGGATCTGATTTTACAAATCATT
GGTGAAATATCTGCTGCTGGTGCAACTTACAAGACGATGGAGTTCAGTGGCACAACTATT
GAAAGTCTGACTATGGAAGAAAGAATGACATTGTGCAACATGGTTGTGGAAGCTGGGGGA
AAGAATGGTGTTATCCCTCCTGATGCGACGACATTTAACTACGTTGAGAACAGGACATCT
GTACCCTTTGAAGCCGTATATAGTGATGAAAATGCAAGCTTTGCTGCAGATTATCGATTT
GACGTGTCAAAGCTGGAGCCTGTGGTGGCTAAGCCTCATTCTCCTGACAACCGGGCTCTA
GCAAGAGAATGCAAAGATGTGAAAA*TTGACAGAGTATACATTGGTTCTTGTACTGGTGG
GAAGACTGAG*ATTTTATGGCTGCAG

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DS 

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G
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TTATCGATTTGACGTGTCAAAGCTGGAGCCTGTGGTGGCTAAGCCTCATTCTCCTGACAA
CCGGGCTCTAGCAAGAGAATGCAAAGATGTGAAAA*TTGACAGAGTATACATTGGTTCTT
GTACTGGTGGGAAGACTGAGGATTTTATGGCTGCAGCTAAACTTCTCCATACAGCAGGAA
AGCAA*GTCAAAGTCCCAACTTTCCTTGTCCCCGCTACCCAGAAGGTGTGGATGGATGTG
TATGCCCTCCCTGTGCCTGGAACAGGTGGAAAAACGTGTGCACAGATATTCGAAGAAGCT
GGCTGCGACACACCAACTAGTCCTAGTTGTGGTGCCTGCCTTGGTGGCCCAGCAGATACC
TATGCTCGCTTGAATGAACCTCAAGTGTGTGTCTCGACAACAAACAGAAACTTTCCTGGT
CGGATGGGACACAAAGAAGGGCAGATTTACTTGGCTTCGCCTTACACCGCTGCAGCCTCG
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AAACAAACCTAAATGCTGAATCAAGAGAG**CTAAAACGATGAGCATTGTGAACTATATG
TATGTATTTTCGTACTTTGCTGTTGAACTTCTTAGTTTCAAACATTGTTA

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RD RR3A780JQ 602 0 0
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GACACACCAACTAGTCCTAGTTGTGGTGCCTGCCTTGGTGGCCCAGCAGATACCCATGCT
CGCTTGAATGAACCTCGAGCGTGTGTCTCGACAACAAACAGAAACTTTCCTGGTCGGATG
GGACACAAAGAAGGGCAGATTTACTTGGCTTCGCCTTACACCGCTGCAGCCTCGGCTCTG
ACCGGTCATGTCACCGACCCAAGAGAGTTCTTGCAGTAAGATAGCTTTGTCCAAAAACAA
ACCTAAATGCTGAATCAAGAGAGAGCTAAAACGATGAGCATTGTGAACTATATGTATGTA
TTTTCGTACTTTGCTGTTGAACTTCTTAGTTTCAAACATTGTTAAACTTTTGATGTTTTG
AG

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3GD20JQ 731 0 0
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GTGAAAA*TTGACAGAGTATACATTGGTTCTTGTACTGGTGGGAAGACTGAGGATTTTAT
GGCTGCAGCTAAACTTCTCCATACAGCAGGAAAGCAA*GTCAAAGTCCCAACTTTCCTTG
TCCCCGCTACCCAGAAGGTGTGGATGGATGTGTATGCCCTCCCTGTGCCTGGAACAGGTG
GAAAAACGTGTGCACAGATATTCGAAGAAGCTGGCTGCGACACACCAACTAGTCCTAGTT
GTGGTGCCTGCCTTGGTGGCCCAGCAGATACCTATGCTCGCTTGAATGAACCTCAAGTGT
GTGTCTCGACAACAAACAGAAACTTTCCTGGTCGGATGGGACACAAAGAAGGGCAGATTT
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GAGAGTTCTTGCAGTAAGATAGCTTTGTCCAAAAACAAACCTAAATGCTGAATCAAGAGA
G**CTAAAACGATGAGCATTGTGAACTATATGTATGTATTTTCGTACTTTGCTGTTGAAC
TTCTTAGTTTCAAACATTGTTAAACTTTTGATGTTTTGAGTTTGAAATAATAAAGAGATT
GAGAGAGACTT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3CD48JQ 714 0 0
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TCTCCTGACAACCGGGCTCTAGCAAGAGAATGCAAAGATGTGAAAA*TTGACAGAGTATA
CATTGGTTCTTGTACTGGTGGGAAGACTGAGGATTTTATGGCTGCAGCTAAACTTCTCCA
TGCAGCAGGAAAGCAA*GTCAAAGTCCCAACTTTCCTTGTCCCCGCTACCCAGAAGGTGT
GGATGGATGTGTATGCCCTCCCTGTTCCTGGAGCAGGTGGAAAGACGTGTGCACAGATAT
TCGAAGAAGCTGGCTGCGACACACCAACTAGTCCTAGTTGTGGTGCCTGCCTTGGTGGCC
CAGCAGATACCTATGCTCGCTTGAATGAACCTCAAGTGTGTGTCTCGACAACAAACAGAA
ACTTTCCTGGTCGGATGGGACACAAAGAAGGGCAGATTTACTTGGCTTCGCCTTACACCG
CTGCAGCCTCGGCTCTGACCGGTCATGTCACCGACCCAAGAGAGTTCTTGCAGTAAGATA
GCTTTGTCCAAAAACAAACCTAAATGCTGAATCAAGAGAGAGCTAAAACGATGAGCATTG
TGAACTATATGTATGTATTTTCGTACTTTGCTGTTGAACTTCTTAGTTTCAAACATTGTT
AAACTTTTGATGTTTTGAGTTTGAAATAATAAAGAGATTGAGAGAGACTT
AGTC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3AR41JQ 729 0 0
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GAGAATGCAAAGATGTGAAAA*TTGACAGAGTATACATTGGTTCTTGTACTGGTGGGAAG
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CCCAACTTTCCTTGTCCCCGCTACCCAGAAGGTGTGGATGGATGTGTATGCCCTCCCTGT
GCCTGGAACAGGTGGAAAAACGTGTGTACAGATATTCGAAGAAGCTGGCTGCGACACACC
AACTAGTCCTAGTTGTGGTGCCTGCCTTGGTGGCCCAGCAGATACCTATGCTCGCTTGAA
TGAACCTCAAGTGTGTGTCTCGACAACAAACAGAAACTTTCCTGGTCGGATGGGACACAA
AGAAGGGCAGATTTACTTGGCTTCGCCTTACACCGCTGCAGCCTCGGCTCTGACCGGTCA
TGTCACCGACCCAAGAGAGTTCTTGCAGTAAGATAGCTTTGTCCAAAAACAAACCTAAAT
GCTGAATCAAGAGAG**CTAAAACGATGAGCATTGTGAACTATATGTATGTATTTTCGTA
CTTTGCTGTTGAACTTCTTAGTTTCAAACATTGTTAAACTTTTGATGTTTTGAGTTTGAA
ATAATAAAGAGATTGAGAGAGACTTAGTCAACGCTCATAATCTAATTTGATTGCAATGGT
TTATATATT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 6

CO CL793Contig1 848 6 10 U
GGGAAAAAGTAGTTAAACGAAGAAGCATCGAGATACAGCAATGATCCTTGTTTCGGTTAG
TTCCTCTTCATCATCTCCGATCGCCGCCGTATTCTCCGTCGCGCTTCTTCTGTTCTACTT
CTCTGAAGATACTCTTGGAGCGCCTTGTCCGATCAATGGGTTGCCAATCGTGAGGAATGT
AAGTGAACTTCCTCAGGATAACTATGGAAGGCCAGGCCTTTCTCACATTACTGTTACTGG
CTCTGTTTTGCACGGAATGAAAGAGGTTGAGATATGGCTTCAAACATTTGCTCCAGGTTC
AGGGACACCCATTCACAGGCACTCTTGTGAAGAGGTTTTCGTTGTTCTTAAGGGCAGAGG
TACTCTCTATCTCGCTGAAACACATGGTAGTTTCCCTGGGAGACCTGTTGAGTTCCCAAT
CTTTGCCGACAGTACTATTCATATTCCCATCAATGATGCTCATCAGGTCAAGAACACTGG
TCATGAGGACCTGCAGGTGTTGGTTATTATATCCCGGCCGCCAATTAAAGTGTTCACATA
CGATGACTGGTTTATGCCACACACTGCTGCGAGGTTAAAGTTCCCTTACTTTTGGGATGA
GCAATGCTTCCAAGAATCACAGAAAGACGAGCTTTAAAGTAAATGAATGTTCACTCTTTT
CAAACTCTTAAGTGAAGTGAGTCTTCTTGGTTTTGAAAATATGTAACAGAGCTACATCTT
AATTCCAATTTACCTACACTTGTTAGCTTGCAGAACAGTTAATGTGATCTATATTTATGT
TTGTTAACATACATTCCGACATTTGATCTTTATACTTGTTCCTGTATTAATGCCATAACA
TTTAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DB46TF U 1
AF RR3E565TF U 25
AF RR3E577TF U 25
AF RR3E577JQ C 25
AF RR3E565JQ C 152
AF RR3DB46JQ C 143
BS 1 228 RR3DB46TF
BS 229 229 RR3E565TF
BS 230 427 RR3DB46TF
BS 428 428 RR3E565TF
BS 429 716 RR3DB46TF
BS 717 727 RR3E577TF
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BS 729 751 RR3E577TF
BS 752 784 RR3E577JQ
BS 785 848 RR3DB46JQ

RD RR3DB46TF 716 0 0
GGGAAAAAGTAGTTAAACGAAGAAGCATCGAGATACAGCAATGATCCTTGTTTCGGTTAG
TTCCTCTTCATCATCTCCGATCGCCGCCGTATTCTCCGTCGCGCTTCTTCTGTTCTACTT
CTCTGAAGATACTCTTGGAGCGCCTTGTCCGATCAATGGGTTGCCAATCGTGAGGAATGT
AAGTGAACTTCCTCAGGATAACTATGGAAGGCCAGGCCTTTCTCACATGACTGTTACTGG
CTCTGTTTTGCACGGAATGAAAGAGGTTGAGATATGGCTTCAAACATTTGCTCCAGGTTC
AGGGACACCCATTCACAGGCACTCTTGTGAAGAGGTTTTCGTTGTTCTTAAGGGCAGAGG
TACTCTCTATCTCGCTGAAACACATGGTAGTTTCCCTGGGAGACCTGTTGAGTTCCCAAT
CTTTGCCAACAGTACTATTCATATTCCCATCAATGATGCTCATCAGGTCAAGAACACTGG
TCATGAGGACCTGCAGGTGTTGGTTATTATATCCCGGCCGCCAATTAAAGTGTTCACATA
CGATGACTGGTTTATGCCACACACTGCTGCGAGGTTAAAGTTCCCTTACTTTTGGGATGA
GCAATGCTTCCAAGAATCACAGAAAGACGAGCTTTAAAGTAAATGAATGTTCACTCTTTT
CAAACTCTTAAGTGAAGTGAGTCTTCTTGGTTTTGAAAATATGTAACAGAGCTACA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3E565TF 670 0 0
GG
ATCGAGATACAGCAATGATCCTTGTTTCGGTTAGTTCCTCTTCATCATCTCCGATCGCCG
CCGTATTCTCCGTCGCGCTTCTTCTGTTCTACTTCTCTGAAGATACTCTTGGAGCGCCTT
GTCCGATCAATGGGTTGCCAATCGTGAGGAATGTAAGTGAACTTCCTCAGGATAACTATG
GAAGGCCAGGCCTTTCTCACATTACTGTTACTGGCTCTGTTTTGCACGGAATGAAAGAGG
TTGAGATATGGCTTCAAACATTTGCTCCAGGTTCAGGGACACCCATTCACAGGCACTCTT
GTGAAGAGGTTTTCGTTGTTCTTAAGGGCAGAGGTACTCTCTATCTCGCTGAAACACATG
GTAGTTTCCCTGGGAGACCTGTTGAGTTCCCAATCTTTGCCGACAGTACTATTCATATTC
CCATCAATGATGCTCATCAGGTCAAGAACACTGGTCATGAGGACCTGCAGGTGTTGGTTA
TTATATCCCGGCCGCCAATTAAAGTGTTCACATACGATGACTGGTTTATGCCACACACTG
CTGCGAGGTTAAAGTTCCCTTACTTTTGGGATGAGCAATGCTTCCAAGAATCACAGAAAG
ACGAGCTTTAAAGTAAATGAATGTTCACTCTTTTCAA*CTCTTAAGTGAAGTGAGTCTTC
TTGGTTTT

QA 3 670 3 670
DS 

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GG
ATCGAGATACAGCAATGATCCTTGTTTCGGTTAGTTCCTCTTCATCATCTCCGATCGCCG
CCGTATTCTCCGTCGCGCTTCTTCTGTTCTACTTCTCTGAAGATACTCTTGGAGCGCCTT
GTCCGATCAATGGGTTGCCAATCGTGAGGAATGTAAGTGAACTTCCTCAGGATAACTATG
GAAGGCCAGGCCTTTCTCACATTACTGTTACTGGCTCTGTTTTGCACGGAATGAAAGAGG
TTGAGATATGGCTTCAAACATTTGCTCCAGGTTCAGGGACACCCATTCACAGGCACTCTT
GTGAAGAGGTTTTCGTTGTTCTTAAGGGCAGAGGTACTCTCTATCTCGCTGAAACACATG
GTAGTTTCCCTGGGAGACCTGTTGAGTTCCCAATCTTTGCCGACAGTACTATTCATATTC
CCATCAATGATGCTCATCAGGTCAAGAACACTGGTCATGAGGACCTGCAGGTGTTGGTTA
TTATATCCCGGCCGCCAATTAAAGTGTTCACATACGATGACTGGTTTATGCCACACACTG
CTGCGAGGTTAAAGTTCCCTTACTTTTGGGATGAGCAATGCTTCCAAGAATCACAGAAAG
ACGAGCTTTAAAGTAAATGAATGTTCACTCTTTTCAAACTCTTAAGTGAAGTGAGTCTTC
TTGGTTTTGAAAATATGTAACAGAGCTACATCTTAATTCCA*TTTACCTACACTTGTTAG
CTTGC

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR3E577JQ 761 0 0
GG
ATCGAGATACAGCAATGATCCTTGTTTCGGTTAGTTCCTCTTCATCATCTCCGATCGCCG
CCGTATTCTCCGTCGCGCTTCTTCTGTTCTACTTCTCTGAAGATACTCTTGGAGCGCCTT
GTCCGATCAATGGGTTGCCAATCGTGAGGAATGTAAGTGAACTTCCTCAGGATAACTATG
GAAGGCCAGGCCTTTCTCACATTACTGTTACTGGCTCTGTTTTGCACGGAATGAAAGAGG
TTGAGATATGGCTTCAAACATTTGCTCCAGGTTCAGGGACACCCATTCACAGGCACTCTT
GTGAAGAGGTTTTCGTTGTTCTTAAGGGCAGAGGTACTCTCTATCTCGCTGAAACACATG
GTAGTTTCCCTGGGAGACCTGTTGAGTTCCCAATCTTTGCCGACAGTACTATTCATATTC
CCATCAATGATGCTCATCAGGTCAAGAACACTGGTCATGAGGACCTGCAGGTGTTGGTTA
TTATATCCCGGCCGCCAATTAAAGTGTTCACATACGATGACTGGTTTATGCCACACACTG
CTGCGAGGTTAAAGTTCCCTTACTTTTGGGATGAGCAATGCTTCCAAGAATCACAGAAAG
ACGAGCTTTAAAGTAAATGAATGTTCACTCTTTTCAAACTCTTAAGTGAAGTGAGTCTTC
TTGGTTTTGAAAATATGTAACAGAGCTACATCTTAATTCCAATTTACCTACACTTGTTAG
CTTGCAGAACAGTTAATGTGATCTATATTTATGTTTGT
C

QA 3 760 3 760
DS 

RD RR3E565JQ 634 0 0
ATCAATGGGTTGCCAATCGTGAGGAATGTAAGTGAACTTCCTCAGGATAACTATGGAAGG
CCAGGCCTTTCTCACATTACTGTTACTGGCTCTGTTTTGCACGGAATGAAAGAGGTTGAG
ATATGGCTTCAAACATTTGCTCCAGGTTCAGGGACACCCATTCACAGGCACTCTTGTGAA
GAGGTTTTCGTTGTTCTTAAGGGCAGAGGTACTCTCTATCTCGCTGAAACACATGGTAGT
TTCCCTGGGAGACCTGTTGAGTTCCCAATCTTTGCCGACAGTACTATTCATATTCCCATC
AATGATGCTCATCAGGTCAAGAACACTGGTCATGAGGACCTGCAGGTGTTGGTTATTATA
TCCCGGCCGCCAATTAAAGTGTTCACATACGATGACTGGTTTATGCCACACACTGCTGCG
AGGTTAAAGTTCCCTTACTTTTGGGATGAGCAATGCTTCCAAGAATCACAGAAAGACGAG
CTTTAAAGTAAATGAATGTTCACTCTTTTCAAACTCTTAAGTGAAGTGAGTCTTCTTGGT
TTTGAAAATATGTAACAGAGCTACATCTTAATTCCAATTTACCTACACTTGTTAGCTTGC
AGAACAGTTAATGTGATCTATATTTATGTTTGT
C

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3DB46JQ 706 0 0
CCTTGTCCGATCAATGGGTTGCCAATCGTGAGGAATGTAAGTGAACTTCCTCAGGATAAC
TATGGAAGGCCAGGCCTTTCTCACATGACTGTTACTGGCTCTGTTTTGCACGGAATGAAA
GAGGTTGAGATATGGCTTCAAACATTTGCTCCAGGTTCAGGGACACCCATTCACAGGCAC
TCTTGTGAAGAGGTTTTCGTTGTTCTTAAGGGCAGAGGTACTCTCTATCTCGCTGAAACA
CATGGTAGTTTCCCTGGGAGACCTGTTGAGTTCCCAATCTTTGCCAACAGTACTATTCAT
ATTCCCATCAATGATGCTCATCAGGTCAAGAACACTGGTCATGAGGACCTGCAGGTGTTG
GTTATTATATCCCGGCCGCCAATTAAAGTGTTCACATACGATGACTGGTTTATGCCACAC
ACTGCTGCGAGGTTAAAGTTCCCTTACTTTTGGGATGAGCAATGCTTCCAAGAATCACAG
AAAGACGAGCTTTAAAGTAAATGAATGTTCACTCTTTTCAAACTCTTAAGTGAAGTGAGT
CTTCTTGGTTTTGAAAATATGTAACAGAGCTACATCTTAATTCCAATTTACCTACACTTG
TTAGTTTGCAGAACAGTTAATGTGATCTATATTTATGTTTGTTAACATACATTCCGACAT
TTGATCTTTATACTTGTTCCTGTATTAATGCCATAACATTTAGACC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 8

CO CL794Contig1 1738 8 21 U
GGATCATAGTAGGAGATTCATATCACAAATATCCTTATTAATATTTTGCCTCCATAGTCC
CACACTCTCTGCTTTTGGCACCCCCAAACAAATAAAGTTTGACAAATCATAAAAGAATAA
ATAAAACAACAAAAGTTACAATGTACAACTTCACACAACATTTGGTAACATCACAACATT
ACTAAGTGGTCAGAGTATCAGGGAGAGCCATGGAATGAGCTCCAATGATCTTACCACCAA
CATCCGGGAAACTGTCATAATCTGGAAGCGAGCTCACTTTACCATCAGAGTCTACTTGCA
ATGGATACTTAATCAAGTGACCTTGCAGCTCCGAGAATTCAGAATCTATGAACTTCTTCC
AGTTCCCTTCAGCGATTTCGTTAACGTTCCTGACACATTCAAGATCACCAGGCTCCACAA
ACTCATCTCCTGTTTTGCCTAAATGCCCTGCCCATAGTGACATCCTGTATCCATACACCT
GGCCACGTGGGTGTTTTCCCTTGCTAGTCCATGTATGATGAGGTTGATATGCACCCATGG
CTATCTCTGTATCTTTCGTGCCGGCCATAAATCTTTGGTTGATGTTAGCAAATCCCATTA
GTACATACTCATCATCTACTATCATCCCCTTTGCGTGCACGTAAATCATGAAACGCTGGA
ACTTATAAGAATCCGATATCGCACTGCCATTGGTGGCTGGCATATCATCTGGAAACGGCT
CTCGTTTACCAAGGCAGTAAAAGTTAAGGTAATCGAGAGGGTGAGCATCTGACTCCACCG
CTTTCAGTTCTCTTGCTATGACATCATACATCATCTGCATAGTTTGGCTCTGCCAATATA
GAATCTCTTGGACAGGTCCAGACTTTGAATCACCTTCAGGCCACAATGGTATGACCACAT
ACACAGCAAACCTTTCTTTAGCTCTGATTTTACTAACAATCTTTAGTGCCAACTCCATTG
GAATAAGATTATCAGCTCCTGCATCTTTATAATTAGGCCAAGCATAAGAAGAACCAAGAA
AATACTGATTCTCTATGTATATGAAATGCTGAGCAGATCTGATTGTCTGTATGTATGCCG
TCTGTATACTCTTATCTACTACAAGACGCTTGGCACTTTCCAGATTCTGCAGCTTAGCCT
CGTCTTCATAATACGGAAACCCTTTCAAGGAACCTGAGTCAATAGAACGGAACACCTGAA
CATGCCAGTTCTCAGGATCGTCTTCTTCGGAAACATACACAACCGGATCATCCTCAGGAA
CCATATTAGTACCATCCTTGAGATACTTGAACACCGGACTCACTATCCACGATATGCGTC
CTATCTTGATCAAAGCATCGTCTTGCCAGTGAGTTTTCCCCTTTAACCTCAAGCTGAACT
CCTTCCACCGCGTCGCCTTTCTCCACCGCTGCTCAAAGTTCATGAGAACGTCGTACGCCG
CAGGTCCGTCTAGCCTACAGTGCAGATCGTACCAAGGTTGTCTTGGAGCCTTGGTATTAA
CTGGGAATGTAGGATTGTGGAAATCATCCTTAAAGACAGTGTCAAGATCATGTAATATCC
GATGCTCAGGCGTGTCGTAGCGACCGTCGCAAAGATCGATACCTCCGATAAAGGCCGTGA
CTTTGCGGTTGTTACCAGCGGCTTGAGTGTCCACAAGCACACACTTCTGATGGTGCGTGA
AGAGAGTGCCAACAACCTGTTGTTTGAACAAGCCAAGCTTACTACTAGCGTACCGAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR17JQ U 19
AF RR3G027JQ U 1
AF RR3G027TF C 1
AF RR3EL45JQ U 19
AF RR3AE21JQ U 26
AF RR3EL45TF C 635
AF RR3GR17TF C 1257
AF RR3AE21TF C 983
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BS 336 404 RR3G027JQ
BS 405 405 RR3EL45JQ
BS 406 491 RR3G027JQ
BS 492 492 RR3EL45JQ
BS 493 532 RR3G027JQ
BS 533 569 RR3EL45JQ
BS 570 570 RR3AE21JQ
BS 571 590 RR3EL45JQ
BS 591 591 RR3AE21JQ
BS 592 666 RR3EL45JQ
BS 667 909 RR3AE21JQ
BS 910 910 RR3EL45TF
BS 911 927 RR3AE21JQ
BS 928 1014 RR3EL45TF
BS 1015 1015 RR3AE21TF
BS 1016 1352 RR3EL45TF
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RD RR3GR17JQ 380 0 0
CG
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CCCCCAAACAAATAAAGTTTGACAAATCATAAAAGAATAAATAAAACAACAAAAGTTACA
ATGTACAACTTCACACAACATTTGGTAACATCACAACATTACTAAGTGGTCAGAGTATCA
GGGAGAGCCATGGAATGAGCTCCAATGATCTTACCACCAACATCCGGGAAACTGTCATAA
TCTGGAAGCGAGCTCACTTTACCATCAGAGTCTACTTGCAATGGATACTTAATCAAGTGA
CCTTGCAGCTCCGAGAATTCAAAATCTATGAACTTCTTCCAGTTCCCTTCAGCGATTTCG
TTAACGTTCCTGACACAT

QA 3 380 3 380
DS 

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ATAAAACAACAAAAGTTACAATGTACAACTTCACACAACATTTGGTAACATCACAACATT
ACTAAGTGGTCAGAGTATCAGGGAGAGCCATGGAATGAGCTCCAATGATCTTACCACCAA
CATCCGGGAAACTGTCATAATCTGGAAGCGAGCTCACTTTACCATCAGAGTCTACTTGCA
ATGGATACTTAATCAAGTGACCTTGCAGCTCCGAAAATTCAGAATCTATGAACTTCTTCC
AGTTCCCTTCAGCGATTTCGTTAACGTTCCTGACACATTCAAGAACACCAGGCTCCACAA
ACTCATCTCCTGTTTTGCCTAAATGCCCTGCCCATAGTGACATCCTGTATCCATACACCT
GGCCACGTGGGGGTTTTCCCTTGCTAGTCCATGTATGATGAGGTTGATATGC

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DS 

RD RR3G027TF 532 0 0
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CACACTCTCTGCTTTTGGCACCCCCAAACAAATAAAGTTTGACAAATCATAAAAGAATAA
ATAAAACAACAAAAGTTACAATGTACAACTTCACACAACATTTGGTAACATCACAACATT
ACTAAGTGGTCAGAGTATCAGGGAGAGCCATGGAATGAGCTCCAATGATCTTACCACCAA
CATCCGGGAAACTGTCATAATCTGGAAGCGAGCTCACTTTACCATCAGAGTCTACTTGCA
ATGGATACTTAATCAAGTGACCTTGCAGCTCCGAGAATTCAGAATCTATGAACTTCTTCC
AGTTCCCTTCAGCGATTTCGTTAACGTTCCTGACACATTCAAGATCACCAGGCTCCACAA
ACTCATCTCCTGTTTTGCCTAAATGCCCTGCCCATAGTGACATCCTGTATCCATACACCT
GGCCACGTGGGTGTTTTCCCTTGCTAGTCCATGTATGATGAGGTTGATATGC

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR3EL45JQ 648 0 0
CA
TATCACAAATATCCTTATTAATATTTTGCCTCCATAGTCCCACACTCTCTGCTTTTGGCA
CCCCCAAACAAATAAAGTTCGACAAATCATAAAAGAATAAATAAAACAACAAAAGTTACA
ATGTACAACTTCACACAACATTTGGTAACATCACAACATTACTAAGTGGTCAGAGTATCA
GGGAGAGCCATGGAATGAGCTCCAATGATCTTACCACCAACATCCGGGAAACTGTCATAA
TCTGGAAGCGAGCTCACTTTACCATCAGCGTCTACTTGCAATGGATACTTAATCAAGTGA
CCTTGCAGCTCCGAGAATTCAGAATCTATGAACTTCTTCCAGTTCCCTTCAGCGATTTCG
TTAACATTCCTGACACATTCAAGATCACCAGGCTCCACAAACTCATCTCCTGTTTTGCCT
AAATGCTCTGCCCATAGTGACATCCTGTATCCATACACCTGGCCACGTGGGTGTTTTCCC
TTGCTAGTCCATGTATGATGAGGTTGATATGCACCCATGGCTATCTCTGTATCTTTCGTG
CCGGCCATAGATCTTTGGTTGATGTTAGCAGATCCCATTAGTACATACTCATCATCTACT
ATCATCCCCTTTGCGTGCACGTAAATCATGAAACGCTGGAACTTAT

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DS 

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AAACAAATAAAGTTTGACAAATCATAAAAGAATAAATAAAACAACAAAAGTTACAATGTA
CAACTTCACACAACATTTGGTAACATCACAACATTACTAAGTGGTCAGAGTATCAGGGAG
AGCCATGGAATGAGCTCCAATGATCTTACCACCAACATCCGGGAAACTGTCATAATCTGG
AAGCGAGCTCACTTTACCATCAAAGTCTACTTGCAATGGATACTTAATCAAGTGACCTTG
CAGCTCCGAGAATTCAAAATCTATGAACTTCTTCCAGTTCCCTTCAGCGATTTCGTTAAC
GTTCCTGACACATTCAAGATCACCAGGCTCCACAAACTCATCTCCTGTTTTGCCTAAATG
CTCTGCCCATAGTGACATCCTGTATCCATACACCTGGCCACGTGGGTGTTTTCCCTTGCT
AGTCCATGTATGATGAGGTTGATATGCACTCATGGCTATCTCTGTATCTTTCGTGCCGGC
CATAAATCTTTGGTTGATGTTAGCAAATCCCATTAGTACATACTCATCATCTACTATCAT
CCCCTTTGCGTGCACGTAAATCATGAAACGCTGGAACTTATAAGAATCCGATATCGCACT
GCCATTGGTGGCTGGCATATCATCTGGAAACGGCTCTCGTTTACCAAGGCAGTAAAAGTT
AAGGTAATCGAGAGGGTGAGCATCTGACTCCACCGCTTTCAGTTCTCTTGCTATGACATC
ATACATCATCTGCATAGTTTGGCTCTGCCAATATAGAATCTCTTGGACAGGTCCAGACTT
TGAATCACCTTCAGGCCACAATGGTATGACCACATACACAGCAA*CCTTTCTTTAGCTCT
GA

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DS 

RD RR3EL45TF 719 0 0
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GGCTGGCATATCATCTGGAAACGGCTCTCGTTTACCAAGGCAGTAAAAGTTAAGGTAATC
GAGAGGGTGAGCATCTGACTCCACCGCTTTCAGTTCTCTTGCTATGACATCATACATCAT
CTGCATAGTTTGGCTCTGCCAATATAGAATCTCTTGGACAGGTCCAGACTTTGGATCACC
TTCAGGCCACAATGGTATGACCACATACACAGCAAACCTTTCTTTAGCTCTGATTTTACT
AACAATCTTTAGTGCCAACTCCATTGGAATAAGATTATCAGCTCCTGCATCTTTATAATT
AGGCCAAGCATAAGAAGAACTAAGAAAATACTGATTCTCTATGTATATGAAATGCTGAGC
AGATCTGATTGTCTGTATGTATGCCGTCTGTATACTCTTATCTACTACAAGACGCTTGGC
ACTTTCCAGATTCTGCAGCTTAGCCTCGTCTTCATAATACGGAAACCCTTTCAAGGAACC
TGAGTCAATAGAACGGAACACCTGAACATGCCAGTTCTCAGGATCGTCTTCTTCGGAAAC
ATACACAACCGGATCATCCTCAGGAACCATATTAGTACCATCCTTGAGATACTTGAACAC
CGGACTCACTATCCACGATATGCGTCCTATCTTGATCAAAGCATCGTCTTGCCAGTGA
C

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DS 

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CGTCCTATCTTGATCAAAGCATCGTCTTGCCAGTGAGTTTTCCCCTTTACCCTCAAGCTG
AACTCCTTCCACCGCGTCGCCTTTCTCCACCGCTGCTCAAAGTTCATGAGAACGTCGTAC
GCCGCAGGTCCGTCTAGCCTACAGTGCAGATCGTGCCGAGGTTGTCTTGGAGCCTTGGTA
TTAACTGGGAATGTAGGATTGTGGAAATCATCCTTAAAGACAGTGTCAAGATCATGTAAT
ATCCGATGCTCAGGCGTGTCG**GCGACCGTCGCAAAGATCGATACCTCCGATAAAGGCC
GTGACTTTGCGGT
C

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DS 

RD RR3AE21TF 756 0 0
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GAAATGCTGAGCAGATCTGATTGTCTGTATGTATGCCGTCTGTATACTCTTATCTACTAC
AAGACGCTTGGCACTTTCCAGATTCTGCAGCTTAGCCTCGTCTTCATAATACGGAAACCC
TTTCAAGGAACCTGAGTCAATAGAACGGAACACCTGAACATGCCAGTTCTCAGGATCGTC
TTCTTCGGAAAC***CACAACCGGATCATCCTCAGGAACCATATTAGTACCATCCTTGAG
ATACTTGAACACCGGACTCACTATCCACGATATGCGTCCTATCTTGATCAAAGCATCGTC
TTGCCAGTGAGTTTTCCCCTTTAACCTCAAGCTGAACTCCTTCCACCGCGTCGCCTTTCT
CCACCGCTGCTCAAAGTTCATGAGAACGTCGTACGCCGCAGGTCCGTCTAGCCTACAGTG
CAGATCGTACCAAGGTTGTCTTGGAGCCTTGGTATTAACTGGGAATGTAGGATTGTGGAA
ATCATCCTTAAAGACAGTGTCAAGATCATGTAATATCCGATGCTCAGGCGTGTCGTAGCG
ACCGTCGCAAAGATCGATACCTCCGATAGAGGCCGTGACTTTGCGGTTGTTACCAGCGGC
TTGAGTGTCCACAAGCACACACTTCTGATGGTGCGTGAAGAGAGTGCCAACAACCTGTTG
TTTGAACAAGCCAAGCTTACTACTAGCGTACCGAGC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 2 5

CO CL795Contig1 779 2 13 U
GGACCTCGTGCCAGCCAGCCACTCTCATTCCCCACAAAGATTTTAGCGAAAATGACGACG
AAGAGCTACCCAACTGTTAGCGAAGATTACCAGAAGGCTATCGAGAAGTGCAAGAGGAAG
CTTAGAGGCTTGATCGCTGAGAAGAACTGTGCACCTATCATGGTCCGCCTCGCATGGCAC
TCTGCTGGAACGTTTGATTGTGCATCAAGGACCGGTGGTCCTTTCGGAACGATGAGGTTT
GATGCCGAGCAAGGCCACGGAGCTAACAGTGGTATCCACATTGCTCTCAGGCTGTTGGAG
CCTATCAGAGAGCAGTTCCCTACCATCTCTTTCGCTGATTTCCATCAGCTTGCTGGTGTG
GTGGCTGTCGAAGTCACCGGTGGACCTGAGATCCCTTTCCACCCTGGAAGAGAGGACAAG
CCGCAGCCACCACCAGAGGGACGTCTCCCTGATGCTACAAAGGGATGTGACCACTTGAGG
CAGGTGTTTATGAAGCAGATGGGTTTATCTGACATTGATATCGTCGCTTTATCTGGTGCC
CACACTCTGGGAAGATGCCACAAGGATAGGTCTGGTTTCGAAGGTGCTTGGACTTCAAAC
CCTCTTATTTTCGACAACTCTTACTTCAAGGAGCTCTTGAGCGGTGAGAAGGAAGGTCTT
CTTCAGCTTGTCTCCGACAAGCTCTGTTGGATGATCCTGTGTTCCGTCCTCTTGTTGAGA
AATACGCTGCTGATGAAGAAGCGTTTTTCGCTGGTTACGCTGAGGCACACTTGAAGCTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BP47TF U 1
AF RR3A548TF U 1
BS 1 50 RR3A548TF
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BS 52 212 RR3A548TF
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BS 495 495 RR3BP47TF
BS 496 779 RR3A548TF

RD RR3BP47TF 648 0 0
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AAGAGCTACCCAACTGTTAGCGAAGATTACCAGAAGGCTATCGAGAAGTGCAAGAGGAAG
CTTAGAGGCTTGATCGCTGAGAAGAACTGTGCACCTATCATGGTCCGCCTCGCATGGCAC
TCTGCTGGAACGTTTGATTGTGCATCGAGGACCGGTGGTCCTTTCGGAACGATGAGGTTT
GATGCTGAGCAAGGCCATGGAGCTAACAGTGGTATCCACATTGCTCTCAGGCTGTTGGAG
CCTATCAGAGAGCAGTTCCCTACCATCTCTTTCGCTGATTTCCATCAGCTTGCTGGTGTT
GTGGCTGTCGAAGTCACCGGTGGACCTGAGATCCCTTTCCACCCTGGAAGAGAGGACAAG
CCGCAGCCACCACCAGAGGGACGTCTCCCTGATGCTACAAAGGGATGTGACCATTTGAGG
CAGGTGTTTATGAAGCAGATGGGTTTATCTGACGTTGATATCGTCGCTTTATCTGGTGCC
CACACTCTGGGAAGATGCCACAAGGATAGGTCTGGTTTCGAAGGTGCTTGGACTTCGAAC
CCTCTTATTTTCGACAACTCTTACTTCAAGGAGCTCTTGAGCGGTGAG

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3A548TF 779 0 0
GGACCTCGTGCCAGCCAGCCACTCTCATTCCCCACAAAGATTTTAGCGAAGATGACGACG
AAGAGCTACCCAACTGTTAGCGAAGATTACCAGAAGGCTATCGAGAAGTGCAAGAGGAAG
CTTAGAGGCTTGATCGCTGAGAAGAACTGTGCACCTATCATGGTCCGCCTCGCATGGCAC
TCTGCTGGAACGTTTGATTGTGCATCAAGGACTGGTGGTCCTTTCGGAACGATGAGGTTT
GATGCCGAGCAAGGTCACGGAGCTAACAGTGGTATCCACATTGCTCTCAGGCTGTTGGAG
CCTATCAGAGAGCAGTTCCCTACCATCTCTTTCGCTGATTTCCATCAGCTTGCTGGTGTG
GTGGCTGTTGAAGTCACCGGTGGTCCTGAGATCCCTTTCCACCCTGGAAGAGAGGACAAG
CCGCAGCCACCACCAGAGGGACGTCTCCCTGATGCTACAAAGGGATGTGACCACTTGAGG
CAGGTGTTTATGAATCAGATGGGTTTATCTGACATTGATATCGTCGCTTTATCTGGTGCC
CACACTCTGGGAAGATGCCACAAGGATAGGTCTGGTTTCGAAGGTGCTTGGACTTCAAAC
CCTCTTATTTTCGACAACTCTTACTTCAAGGAGCTCTTGAGCGGTGAGAAGGAAGGTCTT
CTTCAGCTTGTCTCCGACAAGCTCTGTTGGATGATCCTGTGTTCCGTCCTCTTGTTGAGA
AATACGCTGCTGATGAAGAAGCGTTTTTCGCTGGTTACGCTGAGGCACACTTGAAGCTT

QA 1 779 1 779
DS 



CO CL795Contig2 1038 3 12 U
AATAGTGAAGAGTTATTAATTTATTAAAATGTCTGAGAATAGCAAAAGAGCAACATAACT
GCGACAAACTCACAATACCACCCAAAAAAAAAAAGCTACGCAGATCCGTCGAGAGTACAT
TAAGCAAATCAAATGACAAAAGTTCAAACGGAATGCAAAACCCTCCACCAACCCAAAAGC
AGCCATGAATGTCGAGGGGGATCACACAAGGAATGACGCAGCTTACGCATCAGCAAACCC
GAGCTCAGAAAGCTTCAAGTGGGCCTCAGCGTAATCAGCGAAAAATGCTTCCTCGTCAGC
AGCATATTTCTCAACAAGAGGACGGAACACGGGATCGTCCAATAGCGCCTTGTCAGAAGG
GAGCTGAAGAAGACCTTCCTTCTCACCGCTCAAAAGTTCCTTGAAGTAAGAGTTGTCGAA
GATGAGAGGGTTTGAAGTCCAAGCACCTTCGAAGCCAGACCTATCCTTGTGGCATCTTCC
CAGAGTGTGGGCACCAGACAAAGCGACGATGTCCTGGTCAGTTAAACCCATCTGCTTTAA
GAAGACCTGCCTCAAGTGGTCACAGCCCTTGGTGGCATCAGGGAGACGTCCCTCTGGAGG
TGGCTGGGGCTTGTCCTCTCTTCCAGGGTGGAAAGGAATTTCAGGTCCACCAGTGACTTC
AACGGCCACAACACCAGCAAGCTGATGGAAATCAGCATGGGAGATGGTAGGGAACTGCTC
CCTGATAGGCTCCAACAGCCTAAGAGCAATGTGGAGACCATTGTTGGCTCCATGAGCTAG
CTCATCGTCAAACCTCATTGTTCCGAAGGGACCACCAGTCCTCGAGGCGCAATCGAATGT
TCCAGCAGAGTGCCATGCGAGGCGGACCATGATGGGTGCACAGTTCTTCTCAGCGATCAA
ACCTCTGAGCTTCCTCTTGCACTTCTCAATCTCCTTCTGGTACTCTTCGCTAACAGCTGG
GTAGTTCTTCGCCATCTTCGCTTAAATCTTTTTCGAAAGAAGATAAGAAAATCTGGGAAA
ATGAGGAGTGGATGGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY85JQ U 34
AF RR3AA52JQ U 1
AF RR3AA52TF C 354
BS 1 37 RR3AA52JQ
BS 38 38 RR3EY85JQ
BS 39 90 RR3AA52JQ
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BS 206 822 RR3AA52JQ
BS 823 1038 RR3AA52TF

RD RR3EY85JQ 300 0 0
TGAG
AATAGCAAAAGAGCAACATAACTGCGACAAACTCACAATACCACCCAAAAAAAAAAAGCT
ACGCAGATCCGTCGAGAGTACATTAAGCAAATCAAATGACAAAAGTTCAAACGGAATGCA
AAACCCTCCACCAACCCAAAAGCAGCCATGAATGTCGGGGGGGATCACACAAGGAATGAC
GCAGCTTACGCATCAGCAAACCCGAGCTCAGAAAGCTTCAAGTGGGCCTCAGCGTAATCA
GCGAAAAATGCTTCCTCGTCAGCAGCGTATTTCTCAACAAGAGGACGG
GAAACGGG

QA 5 292 5 292
DS 

RD RR3AA52JQ 822 0 0
AATAGTGAAGAGTTATTAATTTATTAAAATGTCTGAGCATAGCAAAAGAGCAACATAACT
GCGACAAACTCACAATACCACCCAAAAAAACAA*GCTACGCAGATCCGTCGAGAGTACAT
TAAGCAAATCAAATGACAAAAGTTCAAACGGAATGCAAAACCCTCCACCAACCCAAAAGC
AGCCATGAGTGTCGAGGGGGATCATACAAGGAATGACGCAGCTTACGCATCAGCAAACCC
GAGCTCAGAAAGCTTCAAGTGGGCCTCAGCGTAATCAGCGAAAAATGCTTCCTCGTCAGC
AGCATATTTCTCAACAAGAGGACGGAACACGGGATCGTCCAATAGCGCCTTGTCAGAAGG
GAGCTGAAGAAGACCTTCCTTCTCACCGCTCAAAAGTTCCTTGAAGTAAGAGTTGTCGAA
GATGAGAGGGTTTGAAGTCCAAGCACCTTCGAAGCCAGACCTATCCTTGTGGCATCTTCC
CAGAGTGTGGGCACCAGACAAAGCGACGATGTCCTGGTCAGTTAAACCCATCTGCTTTAA
GAAGACCTGCCTCAAGTGGTCACAGCCCTTGGTGGCATCAGGGAGACGTCCCTCTGGAGG
TGGCTGGGGCTTGTCCTCTCTTCCAGGGTGGAAAGGAATTTCAGGTCCACCAGTGACTTC
AACGGCCACAACACCAGCAAGCTGATGGAAATCAGCATGGGAGATGGTAGGGAACTGCTC
CCTGATAGGCTCCAACAGCCTAAGAGCAATGTGGAGACCATTGTTGGCTCCATGAGCTAG
CTCATCGTCAAACCTCATTGTTCCGAAGGGACCACCAGTCCT

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR3AA52TF 685 0 0
CA
GAAGGGAGCTGAAGAAGACCTTCCTTCTCACCGCTCAAAAGTTCCTTGAAGTAAGAGTTG
TCGAAGATGAGAGGGTTTGAAGTCCAAGCACCTTTGAAGCCAGACCTATCCTTGTGGCAT
CTTCCCAGAGTGTGGGCACCAGACAAAGTGACGATGTCCTGGTCAGTTAAACCCATCTGC
TTTAAGAAGACCTGCCTCAAGTGGTCACAGCCCTTGGTGGCATCAGGGAGACGTCCCTCT
GGAGGTGGCTGGGGCTTGTCCTCTCTTCCAGGGTGGAAAGGAATTTCAGGTCCACCAGTG
ACTTCAACGGCCACAACACCAGCAAGCTGATGGAAATCAGCATGGGAGATGGTAGGGAAC
TGCTCCCTGATAGGCTCCAACAGCCTAAGAGCAATGTGGAGACCATTGTTGGCTCCATGA
GCTAGCTCATCGTCAAACCTCATTGTTCCGAAGGGACCACCAGTCCTCGAGGCGCAATCG
AATGTTCCAGCAGAGTGCCATGCGAGGCGGACCATGATGGGTGCACAGTTCTTCTCAGCG
ATCAAACCTCTGAGCTTCCTCTTGCACTTCTCAATCTCCTTCTGGTACTCTTCGCTAACA
GCTGGGTAGTTCTTCGCCATCTTCGCTTAAATCTTTTTCGAAAGAAGATAAGAAAATCTG
GGAAAATGAGGAGTGGATGGGCC

QA 3 685 3 685
DS 



AS 1 7

CO CL796Contig1 1110 7 38 U
AGGGTCCCTGATTCGTGGAAGTTTAAAGAGATCTTTGCTACTGGTGTTGTTCTTGGAACA
TACATGGCTCTCATTACCGTCCTTTTCTTCTGGCTTGCTCATGACACTGACTTCTTCCCG
GAGAAATTTGGAGTAAGATCACTAAAAGGCCAACCAGAGGAGTTAATAGCAGTTTTGTAT
TTGCAAGTCAGTATAATAAGTCAAGCACTAATCTTTGTGACACGATCAAGGAGCTGGTCC
TTTGTGGAACGACCTGGATTCCTTCTTCTTATTGCATTCCTTATTGCTCAACTGGCTGCA
ACCTTAATAGCTGCTTACGCACATTGGGAATTTGCGAGAATCAAAGGGTGCGGATGGGGA
TGGTGTGGAGTCATCTGGATTTACAGTATCATCACATACATTCCTCTTGACGTCCTCAAG
TTCATCACCCGCTACATCCTCACTGGCAAAGCTTGGAATAACATGATCGAGAACAGGACT
GCATTCACAACCAAGAAAGACTATGGAAGGGGAGAAAGAGAGGCCCAATGGGCTCTAGCT
CAACGTACACTCCATGGACTTAAACCCCCGGAGTCAATGTTTGAAGACAAGGCAACCTTC
ACCGAGCTCTCTGAGATCGCTGAACAGGCTAAGAAACGTGCTGAAGTCGCAAGGCTAAGA
GAAGTGCACACTCTCAAAGGCCACGTGGAGTCTGTCGTAAAGCTTAAGGGCCTTGACATT
GATAATCTCAACCAGCACTACACCGTCTAAGCCAAACTACAATGATATTTTAAGCACAGA
CGTATGACGATGATTTGATCAATAAAGTTAGAGAAAATGGCTTTATAAAGATTAAAGATA
AAGAAGGAGGTTCCGATTTGGAATATTCTTCGGTTTTGATTTCATTTCTCTTGGTTAAGA
AATGATATCAATAGTGAAATTCTTCTTAGCTTAAGGATAAAAAAAA*GAAGCTGATGACA
GGATGGACGAGTGAGAGAATAAAGAAACGAGACGCATTGAGAGTTATGTAATAAATTATT
ATTCTATTTTTTTT*CTACTTCTTGTTTTTTT*GTTATGCATTTGTTCTGTTCTTTTTTT
ATAATAATATATTGAGGTTGATGGTGCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 10 40 40 40 45 45 45 15 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 25 25 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 

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G
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AAGGGGAGAAAGAGAGGCCCAATGGGCTCTAGCTCAACGTACACTCCATGGACTTAAACC
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TAAAGTAGAGAAAT

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G
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DS 

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TCATCACATACATTCCTCTTGACGTCCTCAAGTTCATCACCCGCTACATCCTCACTGGCA
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GAGACGCATTGAGAGTTATGTAATAAATTATTATTCTATTTTTTTT*CTACTTCTTGTTT
TTTTTGTTATGCATTTGTTCTGTTCTTTTTTTATAATAATATATTGAGGTTGATGGTGCT
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QA 1 782 1 782
DS 



AS 2 8

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BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EI40JQ U 2
AF RR3E178JQ U 1
AF RR3EV93JQ U 1
AF RR3GY21JQ U 104
AF RR3GY21TF C 104
AF RR3E178TF C 188
BS 1 44 RR3E178JQ
BS 45 46 RR3EV93JQ
BS 47 102 RR3E178JQ
BS 103 103 RR3EV93JQ
BS 104 398 RR3E178JQ
BS 399 399 RR3EV93JQ
BS 400 516 RR3E178JQ
BS 517 521 RR3EV93JQ
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BS 523 615 RR3EV93JQ
BS 616 631 RR3GY21TF
BS 632 989 RR3E178TF

RD RR3EI40JQ 459 0 0
G
CAAATTTCACATTTTTATTAAACACACACACACACACACACA**AACACATACATGGTAA
AAGCAGACTTTGGGTGGCCTTATTTATTATTATTTTTTTTTGAACAACCAAAAAAAAGAT
GGGCTTATTTTATATTTTTATGTAATCAAAGAAAAAGGATTTAAATGGCAAGCCTGTAAT
TGGCGATAATGGACTCGGATCTGATGAAACTAAACACCAGCTCTTTAGTGGAACTCGGCG
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AGTCCATAAAGTCCAAGAAGCTTTCCTCCATTTTCACCTTTGAGTTCGAAGTCTTTGCCC
TTTTTCTCACCAAATAATGGAGAGGTAAATCCCTTAGAGGTTGTGAAGTACAATGATGTG
ATAAGCGTTGTATCATATTTGAAAATATGATTGTAGCT

QA 2 459 2 459
DS 

RD RR3E178JQ 516 0 0
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AAAAGCAGACTTTGGGTGGCCTTATTTATTATTATTTTTTTT*GAACAACCAAAAAAAAG
ATGGGCTTATTTTATATTTTTATGTAATCAAAGAAAAAGGATTTAAATGGCAAGCCTGTA
ATTGGCGATAATGGACTCGGATCTGATGAAACTAAACACCAGCTCTTTAGTGGAACTCGG
CGATCTTTTAACCAGAACCAGTCTCGAAGTGAGCCCCAATGGCATCGATGGCAGTACCAT
CACGTCCATAAAGTCCAAGAAGCTTTCCTCCATTTTCACCTTTGAGTTCGAAGTCTTTGC
CCTTTTTCTCACCAAATAATGGAGAGGTAAATCCCTTAAAGGTTGTGAAGTACAATGATG
TGATAAGCGTTGTATCATATTTGAAAATATGATTGTAGCTTCCACCAACAGCCACAATAT
TGTCTTCCGGATAGTTCACCGAGAACTCTTTTAGAA

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR3EV93JQ 621 0 0
AA
CAAATTTCACATTTTTATTAAACACACACACACACACACACA**AACACATACATGGTAA
AAGCAGACTTTGGGTGGCCTTATTTATTATTTTTTTTTTTTGAACAACCAAAAAAAAGAT
GGGCTTATTTTATATTTTTATGTAATCAAAGAAAAAGGATTTAAATGGCAAGCCTGTAAT
TGGCGATAATGGACTCGGATCTGATGAAACTAAACACCAGCTCTTTAGTGAAACTCGGCG
ATCTTTTAACCAGAACCAGTCTCGAAGTGAGCCCCAATGGCATCGATGGCAGTACCATCA
CGTCCATAAAGTCCAAGAAGCTTTCCTCCATTTTCACCTTTGAGTTCGAAGTCTTTGCCC
TTTTTCTCACCAAATAATGGAGAGGTAAATCCCTTAGAGGTTGTGAAGTACAATGATGTG
ATAAGCGTTGTATCATATTTGAAAATATGATTGTAGCTTCCACCAACAGACACAATATTG
TCTTCCGGATAGTTCACCGAGAACTCTTTTAGAATCCCGTTAAACGTCCCATGTTCACGG
ACTATGACGTTTCCATCCTTTTGGTATTCGATCTTGATATAAGTTACACTGACCTCATCT
GCTCCAACGGTTA
ACTTTT

QA 3 615 3 615
DS 

RD RR3GY21JQ 512 0 0
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TCTTTAGTGGAACTCGGCGATCTTTTAACCAAAACCAGTCTCGAAGTGAGCCCCAATGGC
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ACCAACAGCCACAATATTGTCTTCCGGATAGTTCACCGAGAACTCTTTTAAAATCCCGCT
AAACGTCCCATGTTCACGGACTATGACGTTTCCATCCTTTTGGTATTCGATCTTGATATA
AGTTACACTGACCTCATCTGCTCCAACGGTTA

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR3GY21TF 529 0 0
GAACAACCAAAAGAAAGATGGGCTTATTTTATATTTTTATGTAATCAAAGAAAAAGGATT
TAAATGGCAAGCCTGTAATTGGCGATAATGGACTCGGATCTGATGAAACTAAACACCAGC
TCTTTAGTGGAACTCGGCGATCTTTTAACCAGAACCAGTCTCGAAGTGAGCCCCAATGGC
ATCGATGGCAGTACCATCACGTCCATAAAGTCCAAGAAGCTTTCCTCCATTTTCACCTTT
GAGTTCGAAGTCTTTGCCCTTTTTCTCACCAAATAATGGAGAGGTAAATCCCTTAGAGGT
TGTGAAGTACAATGATGTGATAAGCGTTGTATCATATTTGAAAATATGATTGTAGCTTCC
ACCAACAGCCACAATATTGTCTTCCGGATAGTTCACCGAGAACTCTTTTAGAATCCCGCT
AAACGTCCCATGTTCACGGACTATGACGTTTCCATCCTTTTGGTATTCGATCTTGATATA
AGTTACACTGACCTCATCTGCTCCAACGGTTAACTTTTTCACACCATC
C

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR3E178TF 802 0 0
GATAAT
GACTCGGATCTGATGAAACTAAACACCAGCTCTTTAGTG*AACTCGGCGATCTTT*AACC
AGAACCAGTCTCGAAGTGAGCCCCAATGGCATCGATGGCAGTACCATCACGTCCATAAAG
TCCAAGAAGCTTTCCTCCATTTTCACCTTTGAGTTCGAAGTCTTTGCCCTTTTTCTCACC
AAATAATGGAGAGGTAAATCCCTTAGAGGTTGTGAAGTACAATGATGTGATAAGCGTTGT
ATCATATTTGAAAATATGATTGTAGCTTCCACCAACAGCCACAATATTGTCTTCCGGATA
GTTCACCGAGAACTCTTTTAGAATCCCGTTAAACGTCCCACGTTCACGGACTATGACGTT
TCCATCCTTTTGGTATTCGATCTTGATATAAGTTACACTGACCTCATCTGCTCCAACGGT
TAACTTTTTCACACCATCGAAAACACCATCGTCGAATGTGTTTCCCTTGTTACCACCAAG
CGGTCCGAAGTGAGCCCCAATGGCATCGATGGCAGTACCACCACGTCATAAAATCCACGA
AGCTTTTCTCCATTTTCACCTTTGAGCTCGAACTCGTTTCCCTTGGCCACACCAAATAGT
GGGGAGGTATAACCCTTGGAGGTTGTGAAGTACAAAGATGTAATAAGCGTTGTATCATAG
GTGAAAATATGATTGTAGCTTCCACCAACGGCTACAATAGTGTCTTCTGGATAGTTCACC
GAAAACTCTTTTAGCTCCCCCCGGTTTGTCCCATGTTCACGGACTTCAACTTTTCCATTG
TCTTCGTATTCGATCC

QA 7 802 7 802
DS 



CO CL797Contig2 780 2 15 U
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TGGGACCAGTGGGTAACTACTTGGGAAATGCATTCGACGATGGTGTTTTCGATGGTGTAA
AGAAAATAATTGTCTCAGTACAGGGAAGTCCTTATAACTGTATAACAATGATCAAGATCG
AATATGAAAAGGACGGGAAACTTGAATCCCGTCAACATGGAACGGTTCTTGGGGAACTAA
AAGAGTTTGTAGTGGATCATCCGAATGAATATATAACATCTGTTGGTGGGAGCTATGATA
TTGTTCAAACATACTATCATACACTCCTGATCAAATCGCTAATCTTTAAAACCAACACTG
GAAGAGCATCTCCAGTACTCGGTGGGACAACAGAATCTGGACAACCAGCTGGGACAGAAT
TCACCTTGGAGGGTCAATATGGAGAAAAGTTTCTTGGGTTCTTTGGACGTTCTGGTCAAG
CTCTTGATGCCATTGGAGCTTACTTGGGACCTCTGGGTGGTAACAAGGGAAACAAATTCG
ATGATGGTATTCTCGATGGTGTGAAAAAAGTAACTGTTGCGGCAGATCAGTATAGTGTAA
CTTATATCAAGATCGAATACGAAGACAATGGAAAAGTTGAAGTCCGTGAACATGGGACAA
ACCGGGGGGAGCTAAAAGAGTTTTCGTGAACTATCCAGAAGACACTATTGTAGCCGTTGG
TGGAAGCTACAATCATATTTTCACCTATGATACAACGCTTATTACATCTTTGTACTCACA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3EI40TF U 1
AF RR3EV93TF U 1
BS 1 34 RR3EI40TF
BS 35 35 RR3EV93TF
BS 36 676 RR3EI40TF
BS 677 677 RR3EV93TF
BS 678 689 RR3EI40TF
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BS 691 699 RR3EI40TF
BS 700 700 RR3EV93TF
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BS 733 744 RR3EI40TF
BS 745 745 RR3EV93TF
BS 746 754 RR3EI40TF
BS 755 755 RR3EV93TF
BS 756 780 RR3EI40TF

RD RR3EI40TF 780 0 0
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ACCGGGGGGAGCTAAA*GAGTTTTCGTGA*CTATCCAGA*GACACTATTGTAGCCGTTGG
TGGAAGCTACA*TCATATTTTCAC*TATGATACA*CGCTTATTACATCTTTGTACTCACA

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3EV93TF 779 0 0
GGACTCTCATCTTGCCATTTAGTTGTGCAAAGCTAAGAAAGAAAATAATGGCCAAAAGGG
TGGGACCAGTGGGTAACTACTTGGGAAATGCATTCGACGATGGTGTTTTCGATGGTGTAA
AGAAAATAATTGTCTCAGTACAGGGAAGTCCTTATAACTGTATAACAATGATCAAGATCG
AATATGAAAAGGACGGGAAACTTGAATCCCGTCAACATGGAACGGTTCTTGGGGAACTAA
AGGAGTTTGTAGTGGATCATCCGAATGAATATATAACATCTGTTGGTGGGAGCTATGATA
TTGTTCAAACATACTATCATACACTCCTGATCAAATCGCTAATCTTTAAAACCAACACTG
GAAGAGCATCTCCAGTACTCGGTGGGACAACAGAATCTGGACAACCAGCTGGGACAGAAT
TCACCTTGGAGGGTCAATATGGAGAAAAGTTTCTTGGGTTCTTTGGACGTTCTGGTCAAG
CTCTTGATGCCATTGGAGCTTACTTGGGACCTCTGGGTGGTAACAAGGGAAACAAATTCG
ATGATGGTATTCTCGATGGTGTGAAAAAAGTAACTGTTGCGGCAGATCAGTATAGTGTAA
CTTATATCAAGATCGAATACGAAGACAATGGAAAAGTTGAAGTCCGTGAACATGGGACAA
ACCGGGGGGAGCTAAAAGAGTTTTCGTGAACTATCCAGAAGACACTATTGTAGCCGTTGG
TGGAAGCTACAATCATATTTTCACCTATGATACAACGCTTATTACATCTTTGTACT
CAC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 8

CO CL798Contig1 1310 8 18 U
GGAAAGCACATAAAGAGTACACTATTCAAACACACAAAACTCCAAAAGAAACACAAAGAT
GGCTTCAACATCAACACTTCTAATGAAAACAATCTTCCTCGTGCTCATCTTTGTCTCTTT
CACAATCTCTCCGGCAACTTCAACAGCACCGGAAGACTGCGGAAGCGAGTCAGCTAACCC
GTGCGTCAACAAGGCTAAAGCATTGCCTCTCAAAGTCATAGCAATTATAGTAATTTTAGT
AGCAAGCATGATTGGCGTTGGAGCTCCTCTCTTTAGCCGGAACGTACCCTTCCTTCAACC
TGATGGGAACATTTTCACTATTGTTAAGTGTTTCGCCTCAGGGATTATCCTAGGAACCGG
TTTTATGCACGTTTTGCCAGATTCTTTCGAGATGTTGTCATCACAGTGTCTTAAAGAGAA
CCCATGGCATAAATTTCCATTCTCCGGATTTCTTGCTATGTTGTCTGGTTTAATCACTTT
AGTCATTGATTCCATGGCTACGAGCATCTATACTAGCAAGAACGCTGTTGGGATCGTACC
ACATGGGCATGGTCACGGCCCTGGAAATGATGTTACCTTGCCAACAAAAGATGGCGATTC
TGCACAACTCTTGCGGTATCGAGTCATTGCTATGGTATTGGAACTTGGAATCATAGTTCA
CTCTGTGGTCATTGG*ACTATCTCTAGGAGCAACAAGTGATACTTGCACCATTAAA*GGG
CTAATTGCAGCTCTTTGCTTTCATCAAATGTTCGAAGGCATGGG*TCTTGGTGGTTGCAT
TCTCCAGGCCGAGTATACAAACTTGAAAAAGTTTCTTATGGCATTCTTTTTTGCGATAAC
AACGCCATTCGGAATAGCGTTAGGGATTGCCCTTTCGACAATTTACAGAGACAAGAGCCC
CAGTGCATTAGTCACTGTGGGATTGCTCAATGCATGCTCAGCTGGATTGCTCATCTACAT
GGCGCTCGTAGACCTTCTAGCGGCCGAGTTCATGGGACCAAAGCTTCAAGGTAGCCTCAA
AATGCAGATCAAGTGTTTCATTGCGGCTCTTCTAGGGTGTGGTGGCATGTCGATCATCGC
CAAATGGGCTTAACCAACTCCCGGATAGCACTGCGGAACTGAAGTCATGTAGGGATTTTG
TTGTCGAACGATTACAAGATTCTTACGTGGTATCTATCATATTTAGTGTTTTTCATATGT
ATGTAATTGTGATTGGTGCTACGACTACGAGTCTTTCCTTTCGTTTGGAGGAAGTAGTTC
TTGTCGTATAATGTTTTCGCATCTCATTTAAATAAATAAGACTCTTTTTC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 30 40 40 25 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3G576TF U 10
AF RR3GU69TF U 1
AF RR3GH86TF U 2
AF RR3CN03TF U 170
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AF RR3D843TF U 1090
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AF RR3GU69JQ C 581
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BS 250 253 RR3GH86TF
BS 254 519 RR3GU69TF
BS 520 520 RR3GH86TF
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BS 705 716 RR3GU69TF
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BS 901 1090 RR3CN03JQ
BS 1091 1310 RR3D843TF

RD RR3G576TF 704 0 0
GG
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CAACACTTCTAATGAAAACAATCTTCCTCGTGCTCATCTTTGTCTCTTTCACAATCTCTC
CGGCAACTTCAACAGCACCGGAAGACTGCGGAAGCGAGTCAGCTAACCCGTGCGTCAACA
AGGCTAAAGCATTGCCTCTCAAAGTCATAGCAATTATAGTAATTTTAGTAGCAAGCATGA
TTGGCGTTGGAGCTCCTCTCTTTAGCCGGAACGTACCCTTCCTTCAACCTGATGGGAACA
TTTTCACTATTGTTAAGTGTTTCGCCTCAGGGATTATC*TAGGAACCGGTTTTATGCACG
TTTTGCCAGATTCTTTCGAGATGTTGTCATCACAGTGTCTTAAAGAGAACCCATGGCATA
AATTTCCATTCTCCGGATTTCTTGCTATGTTGTCTGGTTTAATCACTTTAGTCATTGATT
CCATGGCTACGAGCATCTATACTAGCAAGAACGCTGTTGGGATCGTACCACATGGGCATG
GTCACGGCCCTGGAAATGATGTTACCTTGCCAACAAAAGATGGCGATTCTGCACAACTCT
TGCGGTATCGAGTCATTGCTATGGTATTGGAACTTGGAATCATAGTTCACTCTGTGGTCA
TTGG*ACTATCTCTAG*AGCAACAAGTGATACTTGCACCATT

QA 3 704 3 704
DS 

RD RR3GU69TF 776 0 0
GGAAAGCACATAAAGAGTACACTATTCAAACACACAAAACTCCAAAAGAAACACAAAGAT
GGCTTCAACATCAACACTTCTAATGAAAACAATCTTCCTCGTGCTCATCTTTGTCTCTTT
CACAATCTCTCCGGCAACTTCAACAGCACCGGAAGACTGCGGAAGCGAGTCAGCTAACCC
GTGCGTCAACAAGGCTAAAGCATTGCCTCTCAAAGTCATAGCAATTATAGTAATTTTAGT
AGCAAGCAT***CGGCGTTGGAGCTCCTCTCTTTAGCCGGAACGTACCCTTCCTTCAACC
TGATGGGAACATTTTCACTATTGTTAAGTGTTTCGCCTCAGGGATTATCCTAGGAACCGG
TTTTATGCACGTTTTGCCAGATTCTTTCGAGATGTTGTCATCACAGTGTCTTAAAGAGAA
CCCATGGCATAAATTTCCATTCTCCGGATTTCTTGCTATGTTGTCTGGTTTAATCACTTT
AGTCATTGATTCCATGGCTACGAGCATCTATACTAGCAATAACGCTGTTGGGATCGTACC
ACATGGGCATGGTCACGGCCCTGGAAATGATGTTACCTTGCCAACAAAAGATGGCGATTC
TGCACAACTCTTGCGGTATCGAGTCATTGCTATGGTATTGGAACTTGGAATCATAGTTCA
CTCTGTGGTCATTGG*ACTATCTCTAGGAGCAACAAGTGATACCTGCACCATTAAAAGGG
CTAATTGCAGCTCTTTGCTTTCATCAAATGTTCGAAGGCATGGGGTCTTGGTGGTT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3GH86TF 739 0 0
GG
AAGCACATAAAGAGTACACTATTCAAACCCACAAAACTCCAAAAGAAACACAAAGATGGC
TTCAACATCAACACTTCTAATGAAAACAATCTTCCTCGTGCTCATCTTTGTCTCTTTCAC
AATCTCTCCGGCAACTTCAGCATCACCGGAAGACTGCGGAAGCGAGTCAGCTAACCCGTG
CGTCGACAAGGCTAAAGCATTGCCTCTCAAAGTCATAGCAATTATAGTAATTTTAGTAGC
AAGCATGATTGGCGTTGGAGCTCCTCTCTTTAGCCGGAACGTACCCTTCCTTCAACCTGA
TGGGAACATTTTCACTATTGTTAAGTGTTTCGCCTCAGGGATTATCCTAGGAACCGGTTT
TATGCACGTTTTGCCAGATTCTTTCGAGATGTTGTCATCACAGTGTCTTAAAGAGAACCC
ATGGCATAAATTTCCATTCTCCGGATTTCTTGCTATGTTGTCTGGTTTAATCACTTTAGT
CATTGATTCCATGGCTACGAGCATCTATACTAGCAAGAACGCTGTTGGGATCGTACCACA
TGGGCATGGTCACGGCCCTGGAAATGATGTTACCTTGCCAACAAAAGATGGCGATTCTGC
ACAACTCTTGCGGTATCGAGTCATTGCTATGGTATTGGAACTTGGAATCATAGTTCACTC
TGTGGTCATTGGGACTATCTCTAGGAGCAACAAGTGATACTTGCACCATAAA***GGCTA
ATTGCAGCTCTTTGCTT

QA 3 739 3 739
DS 

RD RR3CN03TF 735 0 0
G
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TAATTTTAGTAGCAAGCATGATTGGCGTTGGAGCTCCTCTCTTTAGCCGGAACGTACCCT
TCCTTCAACCTGATGGGAACATTTTCACTATTGTTAAGTGTTTCGCCTCAGGGATTATCC
TAGGAACCGGTTTTATGCACGTTTTGCCAGATTCTTTCGAGATGTTGTCATCACAGTGTC
TTAAAGAGAACCCATGGCATAAATTTCCATTCTCCGGATTTCTTGCTATGTTGTCTGGTT
TAATCACTTTAGTCATTGATTCCATGGCTACGAGCATCTATACTAGCAAGAACGCTGTTG
GGATCGTACCACATGGGCATGGTCACGGCCCTGGAAATGATGTTACCTTGCCAACAAAAG
ATGGCGATTCTGCACAACTCTTGCGGTATCGAGTCATTGCTATGGTATTGGAACTTGGAA
TCATAGTTCACTCTGTGGTCATTGG*GCTATCTCTAGGAGCAACAAGTGATACTTGCACC
ATTAAA*GGGCTAATTGCAGCTCTTTGCTTTCATCAAATGTTCGAAGGCATGGG*TCTTG
GTGGTTGCATTCTCCAGGCCGAGTATACAAACTTGAAAA*GTTTCTTATGGCATTCTTTT
TTGCGATAACAACGCCATTCGGAATAGCGTTAGGGATTGCCCTTTCGACA*TTTACAGAG
ACAAGAGCCC
AGTG

QA 2 731 2 731
DS 

RD RR3CN03JQ 851 0 0
TATGTGTCTGTTT
ATCACTTTAGTCATTGATTCCATGGCTACGAGCATCTATACTAGCAAGAACGCTGTTGGG
ATCGTACCACATGGGCATGGTCACGGCCCTGGAAATGATGTTACCTTGCCAACAAAAGAT
GGCGATTCTGCACAACTCTTGCGGTATCGAGTCATTGCTATGGTATTGGAACTTGGAATC
ATAGTTCACTCTGTGGTCATTGG*GCTATCTCTAGGAGCAACAAGTGATACTTGCACCAT
TAAA*GGGCTAATTGCAGCTCTTTGCTTTCATCAAATGTTCGAAGGCATGGG*TCTTGGT
GGTTGCATTCTCCAGGCCGAGTATACAAACTTGAAAAAGTTTCTTATGGCATTCTTTTTT
GCGATAACAACGCCATTCGGAATAGCGTTAGGGATTGCCCTTTCGACAATTTACAGAGAC
AAGAGCCCCAGTGCATTAGTCACTGTGGGATTGCTCAATGCATGCTCAGCTGGATTGCTC
ATCTACATGGCGCTCGTAGACCTTCTAGCGGCCGAGTTCATGGGACCAAAGCTTCAAGGT
AGCCTCAAAATGCAGATCAAGTGTTTCATTGCGGCTCTTCTAGGGTGTGGTGGCATGTCG
ATCATCGCCAAATGGGCTTAACCAACTCCCGGATAGCGCTGCGGAACTGAAGTCATGTAG
GGATTTTGTTGTCGAACGATTACAAGATTCTTACGTGGTATCTATCATATTTAGTGTTTT
TCATATGTATGTAATTGTGATTGGTGCTACGACTACGAGTCTTTCCTTTCGTTTGGAGGA
AGTAGTTTTTGTCGTATAATGTTTTCGCATCTCATTTAAATAAATAAGACTCTTTTTC

QA 14 851 14 851
DS 

RD RR3D843TF 221 0 0
G
TAACCAACTCCCGGATAGCACTGCGGAACTGAAGTCATGTAGGGATTTTGTTGTCGAACG
ATTACAAGATTCTTACGTGGTATCTATCATATTTAGTGTTTTTCATATGTATGTAATTGT
GATTGGTGCTACGACTACGAGTCTTTCCTTTCGTTTGGAGGAAGTAGTTCTTGTCGTATA
ATGTTTTCGCATCTCATTTAAATAAATAAGACTCTTTTTC

QA 2 221 2 221
DS 

RD RR3G576JQ 727 0 0
ACAAAAGATGGCGATTCTGCACAACTCTTGCGGTATCGAGTCATTGCTATGGTATTGGAA
CTTGGAATCATAGTTCACTCTGTGGTCATTGG*ACTATCTCTAGGAGCAACAAGTGATAC
TTGCACCATTAAA*GGGCTAATTGCAGCTCTCTGCTTTCATCAAATGTTCGAAGGCATGG
G*TCTTGGTGGTTGCATTCTCCAGGCCGAGTATACAAACTTGAAAAAGTTTCTTATGGCA
TTCTTTTTTGCGATAACAACGCCATTCGGAATAGCGTTAGGGATTGCCCTTTCGACAATT
TACAGAGACAATAGCCCCAGTGCATTAGTCACTGTGGGATTGCTCAATGCATGCTCAGCT
GGATTGCTCATCTACATGGCGCTCGTAGACCTTCTAGCGGCCGAGTTCATGGGACCAAAG
CTTCAAGGTAGCCTCAAAATGCAGATCAAGTGTTTCATTGCGGCTCTTCTAGGGTGTGGT
GGCATGTCGATCATCGCCAAATGGGCTTAACCAACTCCCGGATAGCACTGCGGAACTGAA
GTCATGTAGGGATTTTGTTGTCGAACGATTACAAGATTCTTACGTGGTACCTATCATATT
TAGTGTTTTTCATATGTATGTAATTGTGATTGGTGCTACGACTACGAGTCTTTCCTTTCG
TTTGGAGGAAGTAGTTCTTGTCGTATAATGTTTTCGCATCTCATTTAAATAAATAAGACT
CTTTTTC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3GU69JQ 730 0 0
CCAACAAAAGATGGCGATTCTGCACAACTCTTGCGGTATCGAGTCATTGCTATGGTATTG
GAACTTGGAATCATAGTTCACTCTGTGGTCATTGG*ACTATCTCTAGGAGCAACAAGTGA
TACCTGCACCATTAAA*GGGCTAATTGCAGCTCTTTGCTTTCATCAAATGTTCGAAGGCA
TGGG*TCTTGGTGGTTGCATTCTCCAGGCCGAGTATACAAACTTGAAAAAGTTTCTTATG
GCATTCTTTTTTGCGATAACAACGCCATTCGGAATAGCGTTAGGGATTGCCCTTTCGACA
ATTTACAGAGACAATAGCCCCAGTGCATTAGTCACTGTGGGATTGCTCAATGCATGCTCA
GCTGGATTGCTCATCTACATGGCGCTCGTAGACCTTCTAGCGGCCGAGTTCATGGGACCA
AAGCTTCAAGGTAGCCTCAAAATGCAGATCAAGTGTTTCATTGCGGCTCTTCTAGGGTGT
GGTGGCATGTCGATCATCGCCAAATGGGCTTAACCAACTCCCGGATAGCACTGCGGAACT
GAAGTCATGTAGGGATTTTGTTGTCGAACGATTACAAGATTCTTACGTGGTATCTATCAT
ATTTAGTGTTTTTCATATGTATGTAATTGTGATTGGTGCTACGACTACGAGTCTTTCCTT
TCGTTTGGAGGAAGTAGTTTTTGTCGTATAATGTTTTCGCATCTCATTTAAATAAATAAG
ACTCTTTTTC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 8

CO CL799Contig1 794 8 5 U
AACTCAAAATAATTCATTGATATGGGACCGACACTTTTATTATATCACATGGAAAATACT
GTGACATACGATTCGATGTGTGTTTTAAGTTTAACATATGGAAAAGTAGTTGATACGTGC
TTAAACAAACCCACTTTTTTATCATTTGAAGCTTTATTAGAAATTGCAAACCCAGAAAAC
AGAGCATCATCCAAACAAACCCCCTTCTATCATAGCATTTACTTTATAGGGATATATAAA
TGCTAATAAGAGGCAGCGATCATCATTTTGGAGAACTCGTGGAAAGAGAGAACACCATCG
CCATCAAGATCGGCTTCTCGCACCATATGCTCCGCCTCTTCCGCCGTTATCTTCATCCCC
ATGTCTTTCATTCCTTCTCCCAACTCAAGTGCAGATATGACACCGTCTCCGTCTCTGTCG
AACACTCTAAACACTTCTATCAACTCATCCGATCCCGCTTCCTGAGAGGTGTTTTGAGCC
ATTATATACAAGAAATCATCAAAGGTGATGCCTCCGTTGCCAAAGATATCGACATGGCTC
ATCATCTCTTGAAGTTGTTCCTCGTTTGGATTCTTCCCCATCGACTTCATCACCTTCGTT
AGTTTCTCCTTTGTGATGAACCCATCGGAGTCTTTGTCGATAAGACAGAAGGCTTCGTAA
AACTCTTGGATCTGCTCATCGGTGAAAGCATCCGCCATCTTCGTCGATCACAAAGAAAAG
TCAAACCTTTTCTTGATGATTTATCTTTTCTCTTGGTTTGGTTTGTGAAGGAAGATGATG
GGGAAGAAAGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 40 40 40 40 40 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 10 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 15 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EI59JQ U 1
AF RR3EN46JQ U 19
AF RR3C774TF C 139
AF RR3C774JQ U 141
AF RR3EN46TF C 150
AF RR3DW64TF C 137
AF RR3BY50JQ U 141
AF RR3BY50TF C 141
BS 1 646 RR3EI59JQ
BS 647 750 RR3EN46JQ
BS 751 751 RR3BY50JQ
BS 752 768 RR3EN46JQ
BS 769 794 RR3BY50JQ

RD RR3EI59JQ 646 0 0
AACTCAAAATAATTCATTGATATGGGACCGACACTTTTATTATATCACATGGAAAATACT
GTGACATACGATTCGATGTGTGTTTTAAGTTTAACATATGGAAAAGTAGTTGATACGTGC
TTAAACAAACCCACTTTTTTATCATTTGAAGCTTTATTAGAAATTGCAAACCCAGAAAAC
AGAGCATCATCCAAACAAACCCCCTTCTATCATAGCATTTACTTTATAGGGATATATAAA
TGCTAATAAGAGGCAGCGATCATCATTTTGGAGAACTCGTGGAAAGAGAGAACACCATCG
CCATCAAGATCGGCTTCTCGCACCATATGCTCCGCCTCTTCCGCCGTTATCTTCATCCCC
ATGTCTTTCATTCCTTCTCCCAACTCAAGTGCAGATATGACACCGTCTCCGTCTCTGTCG
AACACTCTAAACACTTCTATCAACTCATCCGATCCCGCTTCCTGAGAGGTGTTTTGAGCC
ATTATATACAAGAAATCATCAAAGGTGATGCCTCCGTTGCCAAAGATATCGACATGGCTC
ATCATCTCTTGAAGTTGTTCCTCGTTTGGATTCTTCCCCATCGACTTCATCACCTTCGTT
AGTTTCTCCTTTGTGATGAACCCATCGGAGTCTTTGTCGATAAGAC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3EN46JQ 750 0 0
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TGTGTTTTAAGTTTAACATATGGAAAAGTAGTTGATGCGTGCTTAAACAAACCCACTTTT
TTATCATTTGAAGCTTTATTAGAAATTGCAAACCCAGAAAACAGAGCATCATCCAAACAA
ACCCCCTTCTATCATAGCATTTACTTTATAGGGATATATAAATGCTAATAAGAGGCAGCG
ATCATCATTTTGGAGAACTCGTGGAAAGAGAGAACACCATCGCCATCAAGATCGGCTTCT
CGCACCATATGCTCCGCCTCTTCCGCCGTTATCTTCATCCCCATGTCTTTCATTCCTTCT
CCCAACTCAAGTGCAGATATGACACCGTCTCCGTCTCTGTCGAACACTCTAAACACTTCT
ATCAACTCATCCGATCCCGCTTCCTGAGAGGTGTTTTGAGCCATTATATACAAGAAATCA
TCAAAGGTGATGCCTCCGTTGCCAAAGATATCGACATGGCTCATCATCTCTTGAAGTTGT
TCCTCGTTTGGATTCTTCCCCATCGACTTCATCACCTTCGTTAGTTTCTCCTTTGTGATG
AACCCATCGGAGTCTTTGTCGATAAGACAGAAGGCTTCGTAAAACTCTTGGATCTGCTCA
TCGGTGAAAGCATCCGCCATCTTCGTCGATCACAAAGAAAAGTCAAACCTTTTCTTGATG
ATTTATCTTTTCCCTTGGTTTGGTTTGTGA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3C774TF 643 0 0
TT
ATCATTTGAAGCTTTATTAGAAATTGCAAACCCAGAAAACAGAGCATCATCCAAACAAAC
CCCCTTCTATCATAGCATTTACTTTATAGGGATATATAAATGCTAATAAGAGGCAGCGAT
CATCATTTTGGAGAACTCGTGGAAAGAGAGAACACCATCGCCATCAAGATCGGCTTCTCG
CACCATATGCTCCGCCTCTTCCGCCGTTATCTTCATCCCCATGTCTTTCATTCCTTCTCC
CAACTCAAGTGCAGATATGACACCGTCTCCGTCTCTGTCGAACACTCTAAACACTTCTAT
CAACTCATCCGATCCCGCTTCCTGAGAGGTGTTTTGAGCCATTATATACAAGAAATCATC
AAAGGTGATGCCTCCGTTGCCAAAGATATCGACATGGCTCATCATCTCTTGAAGTTGTTC
CTCGTTTGGATTCTTCCCCATCGACTTCATCACCTTCGTTAGTTTCTCCTTTGTGATGAA
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TTATCTTTTCTCTCGGTTTGGTTTGTGAAGGAAGATGAT
CC

QA 3 641 3 641
DS 

RD RR3C774JQ 641 0 0
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CCCCTTCTATCATAGCATTTACTTTATAGGGATATATAAATGCTAATAAGAGGCAGCGAT
CATCATTTTGGAGAACTCGTGGAAAGAGAGAACACCATCGCCATCAAGATCGGCTTCTCG
CACCATATGCTCCGCCTCTTCCGCCGTTATCTTCATCCCCATGTCTTTCATTCCTTCTCC
CAACTCAAGTGCAGATATGACACCGTCTCCGTCTCTGTCGAACACTCTAAACACTTCTAT
CAACTCATCCGATCCCGCTTCCTGAGAGGTGTTTTGAGCCATTATATACAAGAAATCATC
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GGTGAAAGCATCCGCCATCTTCGTCGATCACAAAGAAAAGTCAAACCTTTTCTTGATGAT
TTATCTTTTCTCTCGGTTTGGTTTGTGAAGGAAGATGAT
CC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3EN46TF 632 0 0
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TCATAGCATTTACTTTATAGGGATATATAAATGCTAATAAGAGGCAGCGATCATCATTTT
GGAGAACTCGTGGAAAGAGAGAACACCATCGCCATCAAGATCGGCTTCTCGCACCATATG
CTCCGCCTCTTCCGCCGTTATCTTCATCCCCATGTCTTTCATTCCTTCTCCCAACTCAAG
TGCAGATATGACACCGTCTCCGTCTCTGTCGAACACTCTAAACACTTCTATCAACTCATC
CGATCCCGCTTCCTGAGAGGTGTTTTGAGCCATTATATACAAGAAATCATCAAAGGTGAT
GCCTCCGTTGCCAAAGATATCGACATGGCTCATCATCTCTTGAAGTTGTTCCTCGTTTGG
ATTCTTCCCCATCGACTTCATCACCTTCGTTAGTTTCTCCTTTGTGATGAACCCATCGGA
GTCTTTGTCGATAAGACAGAAGGCTTCGTAAAACTCTTGGATCTGCTCATCGGTGAAAGC
ATCCGCCATCTTCGTCGATCACAAAGAAAAGTCAAACCTTTTCTTGATGATTTATCTTTT
CCCTTGGTTTGGTTTGTGAAGGAAGATGATG
C

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3DW64TF 648 0 0
TTTTTATCA
TTGAAGCTTTATTAGAAATTGCAAACTCAGAAAACAGAGCATCATCCAAACAAACCCCCT
TATATCATAGCATTTACTTTATAGGGATATATAAATGCTAATAAGAGGCAGCGATCATCA
TTTTGGAGAACTCGTGGAAAGAGAGAACACCATCGCCATCAAGATCGGCTTCTCGCACCA
TATGCTCCGCCTCTTCCGCCGTTATCTTCATCCCCATGTCTTTCATTCCTTCTCCCAACT
CAAGTGCAGATATGACACCGTCTCCGTCTCTGTCGAACACTCTAAACACTTCAATCAACT
CATCCGATCCCGCTTCCTGAGAGGTGTTTTGAGCCATTATATACAAGAAATCATCAAAGG
TGATGCCTCCGTTGCCAAAGATATCGACATGGCTCATCATCTCTTGAAGTTGTTCCTCAT
TTGGATTCTTCCCCATCGACTTCATCACCTTCGTTAGTTTCTCCTTTGTGATGAACCCAT
CAGAGTCTTTGTCGATGAGACAGAAGGCTTCGTAAAACTCTTGGATCTGCTCATCGGTGA
AAGCATCCGCCATCTTCGTCGATCACAAAGAAAAGTCAAACCTTTTCTTGATGATTTATC
TTTTCTCTTGGTTTGATTTGTGAAGGAAGATGATG
GGCC

QA 10 644 10 644
DS 

RD RR3BY50JQ 654 0 0
ATCATTTGAAGCTTTATTAGAAATTGCAAACTCAGAAAACAGAGCATCATCCAAACAAAC
CCCCTTATATCATAGCATTTACTTTATAGGGATATATAAATGCTAATAAGAGGCAGCGAT
CATCATTTTGGAGAACTCGTGGAAAGAGAGAACACCATCGCCATCAAGATCGGCTTCTCG
CACCATATGCTCCGCCTCTTCCGCCGTTATCTTCATCCCCATGTCTTTCATTCCTTCTCC
CAACTCAAGTGCAGATATGACACCGTCTCCGTCTCTGTCGAACACTCTAAACACTTCAAT
CAACTCATCCGATCCCGCTTCCTGAGAGGTGTTTTGAGCCATTATATACAAGAAATCATC
AAAGGTGATGCCTCCGTTGCCAAAGATATCGACATGGCTCATCATCTCTTGAAGTTGTTC
CTCATCTGGATTCTTCCCCATCGACTTCATCACCTTCGTTAGTTTCTCCTTTGTGATGAA
CCCATCAGAGTCTTTGTCGATGAGACAGAAGGCTTCGTAAAACTCTTGGATCTGCTCATC
GGTGAAAGCATCCGCCATCTTCGTCGATCACGAAGAAAAGTCAAACCTTTTCTTGATGAT
TTATCTTTTCTCTTGGTTTGGTTTGTGAAGGAAGATGATGGGGAAGAAAGAGCC

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DS 

RD RR3BY50TF 654 0 0
ATCATTTGAAGCTTTATTAGAAATTGCAAACTCAGAAAACAGAGCATCATCCAAACAAAC
CCCCTTATATCATAGCATTTACTTTATAGGGATATATAAATGCTAATAAGAGGCAGCGAT
CATCATTTTGGAGAACTCGTGGAAAGAGAGAACACCATCGCCATCAAGATCGGCTTCTCG
CACCATATGCTCCGCCTCTTCCGCCGTTATCTTCATCCCCATGTCTTTCATTCCTTCTCC
CAACTCAAGTGCAGATATGACACCGTCTCCGTCTCTGTCGAACACTCTAAACACTTCAAT
CAACTCATCCGATCCCGCTTCCTGAGAGGTGTTTTGAGCCATTATATACAAGAAATCATC
AAAGGTGATGCCTCCGTTGCCAAAGATATCGACATGGCTCATCATCTCTTGAAGTTGTTC
CTCATCTGGATTCTTCCCCATCGACTTCATCACCTTCGTTAGTTTCTCCTTTGTGATGAA
CCCATCAGAGTCTTTGTCGATGAGACAGAAGGCTTCGTAAAACTCTTGGATCTGCTCATC
GGTGAAAGCATCCGCCATCTTCGTCGATCACGAAGAAAAGTCAAACCTTTTCTTGATGAT
TTATCTTTTCTCTTGGTTTGGTTTGTGAAGGAAGATGATGGGGAAGAAAGAGCC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 8

CO CL800Contig1 521 8 8 U
GGGATTCACAAAATATCTTATCTGCAATCTCTTGTTTTCATGCCCAACGAAGAAGCTTTC
TTCTCCCCACACTTTCTTTTCCATTCAGAAGATCTCAATCACAAATGGAAACAGTTGAGA
CCACTAGGTTCATCACCGAGGTGGCTCCTGCTAAGTTGATATCAGCGACGACGAGAGAAC
CATTCAAGAACATGTTGACCACAATCTTTGAGGAAGAGATGGCTTTTGACGAATTAGTCA
GAGCCACCGCAGAGAGGGTCTCCTCTTCTTGTCCAGCTCTATCCTCCTGGTCTCTTGGTC
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ATTTTATTCTCTCTTTTTTTAATAAGACGAAAGACCAATGAAATCATATGTTTCTTGGCC
AAATCGTCCATCAACTTTTCCAATGAGAACCTATTTGTAATCTCTCAGCATTAAGAGTTG
TTTGTTCAAATTTCCATCTACTGGTTGAATCTTTCGGCTCC


BQ
10 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 
45 30 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 45 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DD09TF U 1
AF RR3AW25JQ C 2
AF RR3FQ06TF U 2
AF RR3AW25TF U 2
AF RR3GM84TF U 2
AF RR3B579JQ C 6
AF RR3B579TF U 6
AF RR3GM84JQ C 63
BS 1 143 RR3DD09TF
BS 144 144 RR3FQ06TF
BS 145 266 RR3DD09TF
BS 267 268 RR3FQ06TF
BS 269 289 RR3DD09TF
BS 290 290 RR3FQ06TF
BS 291 492 RR3DD09TF
BS 493 521 RR3GM84TF

RD RR3DD09TF 495 0 0
GGGATTCACAAAATATCTTATCTGCAATCTCTTGTTTTCATGCCCAACGAAGAAGCTTTC
TTCTCCCCACACTTTCTTTTCCATTCAGAAGATCTCAATCACAAATGGAAACAGTTGAGA
CCACTAGGTTCATCACCGAGGTGTCTCCTGCTAAGTTGATATCAGCGACGACGAGAGAAC
CATTCAAGAACATGTTGACCACAATCTTTGAGGAAGAGATGGCTTTTGACGAATTAGTCA
GAGCCACCGCAGAGAGGGTCTCCTCT**TTGTCCAGCTCTATCCTCCTGCTCTCTTGGTC
ACTACGCCAAGACCAACAGTCTCTCTGCTTCTTAGACCATTTAAACGACCCTAAAACTGC
ATTTTATTCTCTCTTTTTTTAATAAGACGAAAGACCAATGAAATCATATGTTTCTTGGCC
AAATCGTCCATCAACTTTTCCAATGAGAACCTATTTGTAATCTCTCAGCATTAAGAGTTG
TTTGTTCAAATT
TTC

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR3AW25JQ 486 0 0
GGATTCACAAAATATCTTATCTGCAATCTCTTGTTTTCATGCCCAACGAAGAAGCTTTCT
TCTCCCCACACTTTCTTTTCCAT*CAGAAGATCTCAATCACAAATGGAAACAGTTGAGAC
CACTAGGTTCATCACCGAGGTGGCTCCTGCTAAGTTGATATCAGCGACGACGAGAGAACC
ATTCAAGAACATGTTGACCACAATCTTTGAGGAAGAGATGGCTTTTGACGAATTAGTCAG
AGCCACCGCAGAGAGGGTCTCCTCTTCTTGTCCAGCTCTATCCTCCTGGTCTCTTGGTCA
CTACGCCAAGACCAACAGTCTCTCTGCTTCTTAGACCATTTAAACGACCCTAAAACTGCA
TTTTATTCTCTCTTTTTTTAATAAGACGAAAGACCAATGAAATCATATGTTTCTTGGCCA
AATCGTCCATCAACTTTTCCAATGAGAACCTATTTGTAATCTCTCAGCATTAAGAGTTGT
TTGTTC

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR3FQ06TF 485 0 0
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CCCCCCCACACTTTCTTTTCCATTCAGAAGATCTCAATCACAAATGGAAACAGTTGAGAC
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AGCCACCGCAGAGAGGGTCTCCTCTTCTTGTCCAGCTCTATCCTCCTGGTCTCTTGGTCA
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AATCGTCCATCAACTTTTCCAATGAGAACCTATTTGTAATCTCTCAGCATTAAGAGTTGT
TTGTT

QA 1 485 1 485
DS 

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TCTCCCCACACTTTCTTTTCCAT*CAGAAGATCTCAATCACAAATGGAAACAGTTGAGAC
CACTAGGTTCATCACCGAGGTGGCTCCTGCTAAGTTGATATCAGCGACGACGAGAGAACC
ATTCAAGAACATGTTGACCACAATCTTTGAGGAAGAGATGGCTTTTGACGAATTAGTCAG
AGCCACCGCAGAGAGGGTCTCCTCTTCTTGTCCAGCTCTATCCTCCTGGTCTCTTGGTCA
CTACGCCAAGACCAACAGTCTCTCTGCTTCTTAGACCATTTAAACGACCCTAAAACTGCA
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AATCGTCCATCAACTTTTCCAATGAGAACCTATTTGTAATCTCTCAGCATTAAGAGTTGT
TTGTTC

QA 1 486 1 486
DS 

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GGATTCACAAAATATCTTATCTGCAATCTCTTGTTTTCATGCCCAACGAAGAAGCTCTCT
TCTCCCCACACTTTCTTTTCCATTCAGAAGATCTCAATCACAAATGGAAACAGTTGAGAC
CACTAGGTTCATCACCGAGGTGGCTCCTGCTAAGTTGATATCAGCGACGACGAGAGAACC
ATTCAAGAACATGTTGACCACAATCTTTGAGGAAGAGATGGCTTTTGACGAATTAGTCAG
AGCCACCGCAGAGAGGGTCTCCTCTTCTTGTCCAGCTCTATCCTCCTGGTCTCTTGGTCA
CTACGCCAAGACCAACAGTCTCTCTGCTTCTTAGACCATTTAAACGACCCTAAAACTGCA
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AATCGTCCATCAACTTTTCCAATGAGAACCTATTTGTAATCTCTCAGCATTAAGAGTTGT
TTGTTCAAATTTCCATCTACTGGTTGAATCTTTCGGCTCC

QA 1 520 1 520
DS 

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GG
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CACACTTTTTTTTCCATTCAGAAGATCTCAATCACAAATGGAAACAGTTGAGACCACTAG
GTTCATCACCGAGGTGGCTCCTGCTAAGTTGATATCAGCGACGACGAGAGAACCATTCAA
GAACATGTTGACCACAATCTTTGAGGAAGAGATGGCTTTTGACGAATTAGTCAGAGCCAC
CGCAGAGAGGGTCTCCTCTTCTTGTCCAGCTCTATCCTCCTGGTCTCTTGGTCACTACGC
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TCTCTCTTTTTTTAATAAGACGAAAGACCAATGAAATCATATGTTTCTTGACCAAATCGT
CCATCAACTTTTCCAATGAGAACCTATTTGTAATCTCTCAGCATTAAGAGTTGTTTGTTC
AAATT

QA 3 487 3 487
DS 

RD RR3B579TF 487 0 0
GG
ACAAAATATCTTATCTGCAATCTCTTGTTTTCATGCCCAACGAAGAAGCTTTCTTCTCCC
CACACTTTCTTTTCCATTCAGAAGATCTCAATCACAAATGGAAACAGTTGAGACCACTAG
GTTCATCACCGAGGTGGCTCCTGCTAAGTTGATATCAGCGACGACGAGAGAACCATTCAA
GAACATGTTGACCACAATCTTTGAGGAAGAGATGGCTTTTGACGAATTAGTCAGAGCCAC
CGCAGAGAGGGTCTCCTCTTCTTGTCCAGCTCTATCCTCCTGGTCTCTTGGTCACTACGC
CAAGACCAACAGTCTCTCTGCTTCTTAGACCATTTAAACGACCCTAAAACTGCATTTTAT
TCTCTCTTTTTTTAATAAGACGAAAGACCAATGAAATCATATGTTTCTTGACCAAATCGT
CCATCAACTTTTCCAATGAGAACCTATTTGTAATCTCTCAGCATTAAGAGTTGTTTGTTC
AAATT

QA 3 487 3 487
DS 

RD RR3GM84JQ 459 0 0
CTCCCCACACTTTCTTTTCCATTCAGAAGATCTCAATCACAAATGGAAACAGTTGAGACC
ACTAGGTTCATCACCGAGGTGGCTCCTGCTAAGTTGATATCAGCGACGACGAGAGAACCA
TTCAAGAACATGTTGACCACAATCTTTGAGGAAGAGATGGCTTTTGACGAATTAGTCAGA
GCCACCGCAGAGAGGGTCTCCTCTTCTTGTCCAGCTCTATCCTCCTGGTCTCTTGGTCAC
TACGCCAAGACCAACAGTCTTTCTGCTTCTTAGACCATTTAAACGACCCTAAAACTGCAT
TTTATTCTCTCTTTTTTTAATAAGACGAAAGACCAATGAAATCATATGTTTCTTGGCCAA
ATCGTCCATCAACTTTTCCAATGAGAACCTATTTGTAATCTCTCAGCATTAAGAGTTGTT
TGTTCAAATTTCCATCTACTGGTTGAATCTTTCGGCTCC

QA 1 459 1 459
DS 



AS 1 7

CO CL801Contig1 1706 7 22 U
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GACGGTTCCAAAGATTATCATCATCTACAGAGAGAAACTCAAAAAGATTGAAGAAGATGC
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TCGTTGATGTGGTAGTGGTTTCGGACCGTGAAACTGGTGTATCGAAGGGGTTTGGTTTCG
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GTGGATTCGGACGTGGTGGCTATAACTTTGTTCGTTAACTTGGTATCTAGGAATGCAATT
CCACCGAGATTGATTAGTCTGCTTGTTTGAATTTTCTCTTTCACAGAGAAGAGACCAATA
TTTTTGTTATAACGTTCACTGAAGCTTTGAATAAACAGATGAAACAGCTATAAACAAATG
TATCGGTTCAGTGGAATTTCACACTTCAAAAGAGAATACAAAATTTGAGATATGAATAAT
GAGTTAAGATCAATGGTGGAACTGATCAATTTTGGTCCAAGGAGTTTATGAGAGGTTCAA
AACTGAAGATAAGCCAATCTGCTTGTGCTGCAACAGCTTCACGAAGCTGAACTCCAGCAT
AGTATATGAACAAGTCCGCCCCACCAGGTTGACGTGCTTCGAGATCAGTAGCTCCGTCTC
CAATCATGGCCATAGTCTTGTAGAGACGACCCTTT*CGTATTTGCTGCACTGCCTTGGCT
TTGCCTCCACTTCTTGAAGTAGGTTCCTTGTCATCAAAGCCCACAAACTCACCGGATTTT
CCAAATAGAAGATTGTTGGCAAAGATGTTCTCCCGAGGGATGCCAAGAATCGACGCTACA
GGATTGATCATCTGTCGAAAGCCTCCAGATATCAAATAGACATCAATTTTATTGGCTCTG
AGCTTCTTGACCAAATCTTCAATGCCAGGGGATAGCCTCGGGGGTGTCTTTTGGAGATAT
TCATCAACTTTGGAAAGACAAGGCTTGAACAAAGAAAGTCTTGCGGCTAAAGCTTCTTCA
AATGGAACAGATCCACCCATTGCTCTAGCAGTCCATTCAGCAACAGCCTTTCCAGCTCCA
CAGAACTCAGCAAGTTCATCAATACCTTCATCCACACAAACCGTGCTATCCACATCGAAG
CACACAGCTTCAACATTTCTCCAAATATCGAGAACCTCTTTAGAAGGAAAAGTGTTGCCT
TCATGCCCCAAAGCTGATAGCTCCTGCGGCTGAACAGAAGCAGTCACTGGACGGAGCAAT
CTGGGATGATGGTTCATGATCGAGACACTGCCTCTTCTACAATGATATCTCGCAGAAAAA
GATGAGAGCTTTCTACAGGGAACTTGAACAGGAATAATCCTTGAAGTAATGAACGCTTCC
ATTAAACTTGAAGCGAAAGGAGGAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AACAGACGAATGATCAGGAACTTGATGGGCGAATAATTGGAGTGAACCCGGCTGATTCAG
GAGGCGGTGGAGGTGGTTTTGGAAGAAGGGG

QA 1 211 1 211
DS 

RD RR3D384TF 708 0 0
GGGTTGAGCTTAGAACTGAAAGACTTTGGGGGAGGTTTTTGCACTAGACGGCGAGCGAGC
GACGGTTCCAAAGATTATCATCATCTACAGAGAGAAACTCAAAAAGATTGAAGAAGATGC
ATTACATGGGTTTGTTTAGTAAAGCTGGAAACATATTCAGGCAGCCTAGAGCTATGCAAG
CCACCAACGCTATGTTACAGGGCAATCTTTCTTTGACTCCATCCAAACTCTTTGTTGGAG
GTCTCTCACCAACTACTGATGTAGATATCTTGAAACAAGTTTTTGGCAAATTTGGCAAAA
TCGTTGATGTGGTAGTGGTTTCGGACCGTGAAACTGGTGTATCGAAGGGGTTTGGTTTCG
TAACATATGATTCCATCGATGCTGCTAATAAGGCAATGCAACAGATGAATGATCAGGAAC
TTGATGGGCGA*TAATTGGAGTGAACCCGGCTGATTCAGGAGGCGGTGGAGGTGGTTTTG
GAAGAAGGGGAGGCTATGGTGGTGGCCTTGGTGGATTTGGTCGAGGTGGGTTTGGACGTG
GTGGATTCGGACGTGGTGGCTATAACTTTGTTCGTTAACTTGGTATCTAGGAATGCAATT
CCACCGAGATTGATTAGTCTGCTTGTTTGAATTTTCTCTTTCACAGAGAAGAGACCAATA
TTTTTGTTATAACGTTCACTGAAGCTTTGAATAAACAGATGAAACAGC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3D384JQ 597 0 0
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CTTTGACTCCATCCAAACTCTTTGTTGGAGGTCTCTCACCAACTACTGATGTAGATATCT
TGAAACAAGTTTTTGGCAAATTTGGCAAAATCGTTGATGTGGTAGTGGTTTCGGACCGTG
AAACTGGTGTATCGAAGGGGTTTGGTTTCGTAACATATGATTCCATCGATGCTGCTAATA
AGGCAATGCAACAGATGAATGATCAGGAACTTGATGGGCGA*TAATTGGAGTGAACCCGG
CTGATTCAGGAGGCGGTGGAGGTGGTTTTGGAAGAAGGGGAGGCTATGGTGGTGGCCTTG
GTGGATTTGGTCGAGGTGGGTTTGGACGTGGTGGATTCGGACGTGGTGGCTATAACTTTG
TTCGTTAACTTGGTATCTAGGAATGCAATTCCACCGAGATTGATTAGTCTGCTTGTTTGA
ATTTTCTCTTTCACAGAGAAGAGACCAATATTTTTGTTATAACGTTCACTGAAGCTTTGA
ATAAACAGATGAAACAGCTATAAACAAATGTATCGGTTCAGTGGAATTTCACACTTC

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3A376JQ 787 0 0
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GGAATACAAAATTTGAGATATGAATAATGAGTTAAAATCAATGGTGGAACTAATCAATTT
TGGTCCAAGGAGTTTATGAAAGGTTCAAAACTGAAAATAAGCCAATCTGCTTGTGCTGCA
ACAGCTTCACGAAGCTGAACTCCAGCATAGTATATGAACAAGTCCGCCCCACCAGGTTGA
CGTGCTTCGAGATCAGTAGCTCCGTCTCCAATCATGGCCATAGTCTTGTAAAGACGACCC
TTT*CGTATTTGCTGCACTGCCTTGGCTTTGCCTCCACTTCTTGAAGTAGGTTCCTTGTC
ATCAAAGCCCACAAACTCACCGGATTTTCCAAATAAAAAATTGTTGGCAAAGATGTTCTC
CCGAGGGATGCCAAGAATCGACGCTACAGGATTGATCATCTGTCGAAAGCCTCCAGATAT
CAAATAGACATCAATTTTATTGGCTCTGAGCTTCTTGACCAAATCTTCAATGCCAGGGGA
TAGCCTCGGGGGTGTCTTTTGGAAATATTCATCAACTTTGGAAAGACAAGGCTTGAACAA
AGAAAGTCTTGCGGCTAAAGCTTCTTCAAATGGAACAGATCCACCCATTGCTCTAGCAGT
CCATTCAGCAACAGCCTTTCCAGCTCCACAGAACTCAGCAAGTTCATCAATACCTTCATC
CACACAAACCGTGCTATCCACATCGAAGCACACAGCTTCAACATTTCTCCAAATATCGAG
AACCTCT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3CI18JQ 788 0 0
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AGAATACAAAATTTGAGATATGAATAATGAGTTAAGATCAATGGTGGAACTGATCAATTT
TGGTCCAAGGAGTTTATGAGAGGTTCAAAACTGAAGATAAGCCAATCTGCTTGTGCTGCA
ACAGCTTCACGAAGCTGAACTCCAGCATAGTATATGAACAAGTCCGCCCAACCAGGTTGA
CGTGCTTCGAGATCAGTAGCTCCGTCTCCAATCATGGCCATAGTCTTGTAGAGACGACCC
TTT*CGTATTTGCTGCACTGCCTTGGCTTTGCCTCCACTTCTTGAAGTAGGTTCCTTGTC
ATCAAAGCCCACAAACTCACCGGATTTTCCAAATAGAAGATTGTTGGCAAAGATGTTCTC
CCGAGGGATGCCAAGAATCGACGCTACAGGATTGATCATCTGTCGAAAGCCTCCAGATAT
CAAATAGACATCAATTTTATTGGCTCTGAGCTTCTTGACCAACTCTTCAATGCCAGGGGA
TAGCCTCGGGGGTGTCTTTTGGAGATATTCATCAACTTTGGACAGACAAGGCTTGAACAA
AGAAAGTCTTGCGGCTAAAGCTTCTTCAAATGGAACAGATCCACCCATTGCTCTAGCAGT
CCATTCAGCAACAGCCTTTCCAGCTCCACAGAACTCAGCAAGTTCATCAATACCTTCATC
CACACAAACCGTGCTATCCACATCGAAGCACACAGCTTCAACATTTCTCCAAATATCGAG
AACCTCTT

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3D462JQ 790 0 0
AAACAGATGAAACAGCTATAAACAAATGTATCGGTTCAGTGGAATTTCACACTTCAAAAG
AGAATACAAAATTTGAGATATGAATAATGAGTTAAGATCAATGGTGGAACTGATCAATTT
TGGTCCAAGGAGTTTATGAGAGGTTCAAAGCTGAAGATAAGCCAATCTGCTTGTGCTGCA
ACAGCTTCACGAAGCTGAAATCCAGCATAGTATATGAACAAGTCCGCCCCACCAGGTTGA
CGTGCTTCGAGATCAGTAGCTCCGTCTCCAATCATGGCCATAGTCTTGTAGAGACGACCC
TTT*CGTATTTGCTGCACTGCCTTGGCTTTGTCTCCACTTCTTGAAGTAGGTTCCTTGTC
ATCAAAGCCCACAAACTCACCGGATTTTCCAAATAGAAGATTGTTGGCAAAGATGTTCTC
CCGAGGGATGCCAAGAATCGACGCTACAGGATTGATCATCTGTCGAAAGCCTCCAGATAT
CAAATAGACATCAATTTTATTGGCTCTGAGCTTCTTGACCAACTCTTCAATGCCAGGGGA
TAGCCTCGGGGGTGTCTTTTGGAGATATTCATCAACTTTGGAAAGACAAGGCTTGAACAA
AGAAAGTCTTGCGGCTAAAGCTTCTTCAAATGGAACAGATCCACCCATTGCTCTAGCAGT
CCATTCAGCAACAGCCTTTCCAGCTCCACAGAACTCAGCAAGTTCATCAATACCTTCATC
CACACAAACCGTGCTATCCACATCGAAGCACACAGCTTCAACATTTCTCCAAATATCGAG
AACCTCTT
TA

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3A376TF 874 0 0
AGAG
TCAAAACTGAAGATAAGCCAATCTGCTTGTGCTGCAACAGCTTCACGAAGCTGAACTCCA
GCATAGTATATGAACAAGTCCGCCCCACCAGGTTGACGTGCTTCGAGATCAGTAGCTC*G
TCTCCAATCATGGCCATAGTCTTGTAGAGACGACCCTTTTCGTATTTGCTGCACTGCTTT
GGCTTTGCCTCCACTTCTTGAAGTAGGTTCCTTGTCATCAAAGCCCACAAACTCACCGGA
TTTTCCAAATAGAAGATTGTTGGCAAAGATGTTCTCCCGAGGGATGCCAAGAATCGACGC
TACAGGATTGATCATCTGTCGAAAGCCTCCAGATATCAAATAGACATCAATTTTATTGGC
TCTGAGCTTCTTGACCAAATCTTCAATGCCAGGGGATAGCCTCGGGGGTGTCTTTTGGAG
ATATTCATCAACTTTGGAAAGACAAGGCTTGAACAAAGAAAGTCTTGCGGCTAAAGCTTC
TTCAAATGGAACAGATCCACCCATTGCTCTAGCAGTCCATTCAGCAACAGCCTTTCCAGC
TCCACAGAACTCAGCAAGTTCATCAATACCTTCATCCACACAAACCGTGCTATCCACATC
GAAGCACACAGCTTCAACATTTCTCCAAATATCGAGAACCTCTTTAGAAGGAAAAGTGTT
GCCTTCATGCCCCAAAGCTGATAGCTCCTGCGGCTGAACAGAAGCAGTCACTGGACGGAG
CAATCTGGGATGATGGTTCATGATCGAGACACTGCCTCTTCTACAATGATATCTCGCAGA
AAAAGATGAGAGCTTTCTACAGGGAACTTGAACAGGAATAATCCTTGAAGTAATGAACGC
TTCCATTAAACTTGAAGCGAAAGGAGGAGC

QA 5 874 5 874
DS 



AS 1 8

CO CL802Contig1 531 8 9 U
GGGAATCATCAAACTAGTAAACGTAAAATTCAAAAAAAAACAAGAATAAACGTATTTGTA
TCGTAAGAATATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCAT
CCTAATTGCTTTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGCGATGCATCTAA
AGCAAGTTGCAAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGT
CTCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTG
CGGCAAGCCATTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAATATGAATAAA
TATTCTATTTAATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAACA*CTGGAG
CTGTCCTTAGAAAGGAATTTTGAAAGCA*TTAGCTTATAACATCATTTTTGTAAACTTTG
TAAGGCATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGGATTATTGGTGAAAAAAA


BQ
40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 5 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM77JQ C 1
AF RR3DM77TF U 1
AF RR3AE14TF U 2
AF RR3GG65JQ C 1
AF RR3GG65TF U 1
AF RR3HB57JQ C 1
AF RR3HB57TF U 1
AF RR3DO44TF U 8
BS 1 157 RR3DM77TF
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BS 159 445 RR3DM77TF
BS 446 446 RR3GG65TF
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BS 449 472 RR3DM77TF
BS 473 514 RR3GG65TF
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RD RR3DM77JQ 472 0 0
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TCGTAAGAATATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATTTTTTGCATCAT
CCTAATTGCTTTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATTGACAAGCGAGCGATGCATTTAA
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CTCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTG
CGGCAAGCCATTACAAGTTTTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAATATGAATAAA
TATTTTATTTAATACCTAATATTTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAACA*CTGGAG
CTGTCCTTAGAAAGGAATTTTGAAAACC*TTAGCTTATAACATCATTTTTGT

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3DM77TF 472 0 0
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TCGTAAGAATATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCAT
CCTAATTGCTTTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATTGACAAGCGAGCGATGCATCTAA
AGCAAGTTGCAAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGT
CTCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTG
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CTGTCCTTAGAAAGGAATTTTGAAAACC*TTAGCTTATAACATCATTTTTGT

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3AE14TF 471 0 0
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CGTAAGAATATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATC
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TCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTGC
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ATTCTATTTAATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAACA*CTGGAGC
TGTCCTTAGAAAGGAATTTTGAAAGCA*TTAGCTTATAACATCATTTTTGT

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR3GG65JQ 512 0 0
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TCGTAAGAATATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCAT
CCTAATTGCTTTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGCGATGCATCTAA
AGCAAGTTGCAAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGT
CTCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTG
CGGCAAGCCATTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAATATGAATAAA
TATTCTATTTAATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAACAACTGGAG
CTGTCCTTAGAAAGGAATTTTGAAAGCTATTAGCTTATAACATCATTTTTGTAAACTTTG
TAAGGCATATTTTTAATAATATTATTTTGTAT

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR3GG65TF 517 0 0
GGGAATCATCAAACTAGTAAACGTAAAATTCAAAAAAAA*CAAGAATAAACGTATTTGTA
TCGTAAGAATATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCAT
CCTAATTGCTTTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGCGATGCATCTAA
AGCAAGTTGCAAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGT
CTCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTG
CGGCAAGCCATTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAATATGAATAAA
TATTCTATTTAATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAACA*CTGGAG
CTGTCCTTAGAAAGGAATTTTGAAAGCA*TTAGCTTATAACATCATTTTTGTAAACTTTG
TAAGGCATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGG
ATT

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3HB57JQ 514 0 0
GGGAATCATCAAACTAGTAAACGTAAAATTCAAAAAAAAACAAGAATAAACGTATTTGTA
TCGTAAGAATATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCAT
CCTAATTGCTTTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGCGATGCATCTAA
AGCAAGTTGCAAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGT
CTCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTG
CGGCAAGCCATTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAATATGAATAAA
TATTCTATTTAATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAACA*CTGGAG
CTGTCCTTAGAAAGGAATTTTGAAAGCA*TTAGCTTATAACATCATTTTTGTAAACTTTG
TAAGGCATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGG

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3HB57TF 514 0 0
GGGAATCATCAAACTAGTAAACGTAAAATTCAAAAAAAAACAAGAATAAACGTATTTGTA
TCGTAAGAATATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCAT
CCTAATTGCTTTGTTTCCTCTACATAAATTTGTTGATGGACAAGCGAGCGATGCATCTAA
AGCAAGTTGCAAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGT
CTCCCAAGCTGGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTG
CGGCAAGCCATTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAATATGAATAAA
TATTCTATTTAATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAACA*CTGGAG
CTGTCCTTAGAAAGGAATTTTGAAAGCA*TTAGCTTATAACATCATTTTTGTAAACTTTG
TAAGGCATATTTTTAATAATATTATTTTGTATGG

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3DO44TF 524 0 0
GGA
AAACTAGTAAACGTAAAATTCAAAAAAAAACAAGAATAAGCGTATTTGTATCGTAAGAAT
ATAAAAAGGAAAAAAATGTCATCATCCAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCCTAATTGCT
TTGTTTCCTCTACAT***TTTGTTGATGGACAAGCGAGCGATGCATCTAAAGCAAGTTGC
AAGCAAATCCAATGCGATAAAGTAGATAAAAAATTGTGTTCTTGTTGTGTCTCCCAAGCT
GGAACTCAGAACAGGTGTTACAAGAACGAGGCAGAATGTGCCCAGAGGTGCGGCAAGCCA
TTACAAGTTCTAAAACCTACAAAAGGCTAGAATTAAAAAATATGAATAAATATTCTATTT
AATACCTAATATCTATTTTTTGTTTTTTGTTGTATGAATAACA*CTGGAGCTGTCCTTAG
AAAGGAATTTTGAAAGCA*TTAGCTTATAACATCATTTTTGTAAACTTTGTAAGGCATAT
TTTTAATAATATTATTTTGTATGGATTATTGGTGAAAAAAA

QA 4 524 4 524
DS 



AS 1 5

CO CL803Contig1 1051 5 8 U
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ACAGGCAACTAGAACCCATTCAAGGTAACTTATATGAATAAGGAACAAGGACACATCCAT
TGCTACAAAGGAAAATTCTAAATCCTCCATGATAATAGTACTGTAAGCTTGCCATAGCCT
CTGAACGAAATTTATCGTTGTTGCCCTCGGCCCACCGAACGATAACATCAACCTCTACAA
CACCGAGAGCACACCTCTCCAAGCCAACGAAACCAGACTTTAAAACCCGGCAAGATAGTT
CCACTTTAGGACCACATATTCTTCCGGATACGGCGGCGACACAACTTCATTGCGCTCAAG
CTACGCCTTAATAAAGCCTTACAAAGAACACTCCAATCTCAAAGATATGGAGATCAACGA
GGTCAAACCCGTCAACGACCACTGACCACACAACAAGAGATCAGCAGTTACAGACAGGAA
AGCGTTCACATCATCATCAAGAACCCAAAAA*CACTACAAGCTTATGACCAAAAACCACC
AGAGAATCCACTAATTTCCTGAGAGGGATAACAACCAAAAGACTATCTAAACTTCATGAA
AACACATAACTAGTAATAAAACCCGATCTACTTGCTGA*TAAAAAGCCGGAACAGAGCCA
CAACCGTTAGAGACGAGATCCACAAGACTTGCTTAACCACCACACCCAAACGACCTGATT
CAAACGAAGAATCGAGGACGATTGTTTCACGCGCTTCACGCGCCTACACGAAACGAACCG
TAAGGTTAAACGAAGGCGGATAGATCTGAGCCTTTAGGATAGGAAGCCATTGGTAGGGTT
GAGATAGTCACTGCTGCATCAACGCCTCTTCAGATCTGGGACTCACACACATACATCGAA
GCGAAGCTTAAAAGATGGACCGTTGCTTCATCATACAACAAGGAGACCGAGAACCTTACA
AAGAAACAAAACACAAGGACAGGCTCAACGCCGTGGCTCGAGAGCCAACGGACGTTGGCC
GAACAGAAACCACCGACTGACTTTTTCTTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GF29JQ U 1
AF RR3A529JQ U 59
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ACC

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CGT
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CGAGAGCACACCTCTCCAAGCCAACGAAACCAGACTTTAAAACCCGGCAAGATAGT*CCA
CTTTAGGACCACATATTCTTCCGGATACGGCGGCGACACAACTTCATTGCGCTCAAGCTA
CGCCTTAATAAAGCCTTACAAAGAACACTCCAATCTCAAAGATATGGAGATCAACGAGGT
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CCGTTAGAGACGAGATCCACAAGACTTGCTTAACCACCACACAAAAACGACCTGATTCAA
ACGAAGAATCGAGGACGATTGTTTCACGCGCTTCACGCGCCTACACGAAACGAGCCGTA*
GGTTAAACGGAGGCGGATAGATCTGAGCC
CTT

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G
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ACACCGAGAGCACACCTCTCCAAGCCAACGAAACCAGACTTTAAAACCCGGCAAGATAGT
TCCACTTTAGGACCACATATTCTTCCGGATACGGCGGCGACACAACTTCATTGCGCTCAA
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AAACACATAACTAGTAATAAAACCCGATCTACTTGCTGA*TAAAAAGCCGGAACAGAGCC
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TCAAACGAAGAATCGAGGACGATTGTTTCACGCGCTTCACGCGCCTACACGAAACGAGCC
GTAAGGTTAAACGGAG*CGGATAGATCTGA

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DS 

RD RR3A367TF 669 0 0
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CCGATCTACTTGCTGA*TAAAAAGCCGGAACAGAGCCACAACCGTTAGAGACGAGATCCA
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CGCCTCTTCAGATCTGGGACTCACACACATACATCGAAGCGAAGCTTAAAAGATGGACCG
TTGCTTCATCATACAACAAGGAGACCGAGAACCTTACAAAGAAACAAAACACAAGGACAG
GCTCAACGCCGTGGCTCGAGAGCCAACGGACGTTGGCCGAACAGAAACCACCGACTGACT
TTTTCTTCC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 6

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GATTAACTCCCATCTCTATCTCTCTCTCCCCCTTTCTCGTTCAAAAGATGCAAGCTTTGT
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GAAGGATGACACTTTTTGTGACCAGACATGTGGATGTGTTTCTGTGTATATTGCCATAAG
GTTGCATTCTCGATTTATAATTTATTTTCTTCTTGCATATGTATCTGAATCTAATTCTTA
ATAATAATA


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E519TF U 1
AF RR3E605TF U 510
AF RR3AS89TF U 549
AF RR3AS89JQ C 550
AF RR3E519JQ C 828
AF RR3E605JQ C 715
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DS 

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GAGAGAAAATTTGCATCGAACCTTTTGGCTTTATATAAGAATATAAGAGGGGTAGTCACT
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GGCGGTATCCATGCTTTGGCACAGGAGTATGGACAAGGTATGGCCAAGCAAGGGATGGAT
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GTTGGGTCTTCTTCTTATGGTTCATCTGCACGGTCAATGGCTGAGGTAGAGGGAGTTCCA
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ATAATCCTTCTCATTGCAA

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DS 

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GTA
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ATGTACATGCCTTTGACGAAGGACACGCTCCTATATTCAAACGTTAAGCTCGATTAAGAC
ATAAAATAAAGCTTCAAAACGTCAAGTGGACACCGATAAATTTTCACGTTGATCGTTTTC
AT

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DS 

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GT
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ATAAGAGGGGTAGTCACTCTTCATGAGGATTTAGCTCATGTTATTGAGAGACCTGCTGAG
TTAACGGTTGGACGCTTTGGCGGTATCCATGCTTTGGCACAGGAGTATGGACAAGGTATG
GCCAAGCAAGGGATGGATGTACTGCTTGCCACACTATCAAAGCTATTCGATCTGTTGGAG
ACATCTCACAAAGGCCAAATTGTTGGAGTATTTCTCCTTGATGAGAGAGTAAATCAAGAA
ACCGCTAATCTCCTAAGCGTTGGGTCTTCTTCTTATGGTTCATCTGCACGGTCAATGGCT
GAGGTAGAGGGAGTTCCAAGTGCAGCCATTATCGCTCAAGTTATACTTGTTAGGCTGACG
CTTGCATGGTTAACTGGAATAATCCTTCTCATTGCAACTATCCTTGGGGTGTACTTCCTT
ATGTACATGCCTTTGACGAAGGACACGCTCCTATATTCAAACGTTAAGCTCGATTAAGAC
ATAAAATAAAGCTTCAAAACGTCAAGTGGACACCGATAAATTTTCACGTTGATCGTTTTC
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CTTTTTGTGACCAGACATGTGGATGTGTTTCTGTGTATATTGCCATAAGGTTGCATTCTC
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GAATGTTTTAAGAGAAGGATGACACTTTTTGTGACCAGACATGTGGATGTGTTTCTGTGT
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AATCTAATTCTTAATAATAATA

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DS 

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TATTCGATCTGTTGGAGACATCTCACAAAGGCCAAATTGTTGGAGTATTTCTCCTTGATG
AGAGAGTAAATCAAGAAACCGCTAATCTCCTAAGCGTTGGGTCTTCTTCTTATGGTTCAT
CTGCACGGTCAATGGCTGAGGTAGAGGGAGTTCCAAGTGCAGCCATTATCGCTCAAGTTA
TACTTGTTAGGCTGACGCTTGCATGGTTAACTGGAATAATCCTTCTCATTGCAACTATCC
TTGGGGTGTACTTCCTTATGTACATGCCTTTGACGAAGGACACGCTCCTATATTCAAACG
TTAAGCTCGATTAAGACATAAAATAAAGCTTCAAAACGTCAAGTGGACACCGATAAATTT
TCACGTTGATCGTTTTCATCTTTTTGTGTGTATCATCAAAGCCAGTCTTATTTGAATGTT
TTAAGAGAAGGATGACACTTTTTGTGACCAGACATGTGGATGTGTTTCTGTGTATATTGC
CATAAGGTTGCATTCTCGATTTATAATTTATTTTCTTCTTGCATATGTATCTGAATCTAA
TTCTTAATAATAATA

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 7

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AGGACAAGAAACCGGTGAGGCCATCAAGTAGCCGAGCCGGTGGAATCCGCACTCTGTCCG
ATCTCAATCGAAGGTCTGGTCCTGACTCCGACAGTGATTCCGACAGTCCTCAGGAATACT
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CTTCGAGTTCCACGAGCTTTACCGGAACTGGGAGATTGCTTTCAGGAGAGAGTGTTTCAG
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CAATAGCTCCAGATGCC***GCCGCCATTCCCATCCAAACCAACCAAACCGGTTTAGCAG
CACCATCACCAGTTCCAAGTCTTACAATAGATGAAACCCTTCCGATCACATCGATCCAGA
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CAATGGGGTTCCCACCTGCGCCTTTGACTGATCCCACTCAGACCATTGAACAAGCTGGTC
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CTTAATTTATCGAAAATAATTATTTCATGTT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA38TF U 59
AF RR3AN87TF U 22
AF RR3CT60TF U 20
AF RR3BW19TF U 1
AF RR3BG57TF U 50
AF RR3BW19JQ C 404
AF RR3GA38JQ C 1070
BS 1 169 RR3BW19TF
BS 170 170 RR3CT60TF
BS 171 184 RR3BW19TF
BS 185 185 RR3CT60TF
BS 186 187 RR3BW19TF
BS 188 188 RR3CT60TF
BS 189 203 RR3BW19TF
BS 204 204 RR3CT60TF
BS 205 355 RR3BW19TF
BS 356 356 RR3CT60TF
BS 357 358 RR3BW19TF
BS 359 360 RR3CT60TF
BS 361 365 RR3BW19TF
BS 366 366 RR3CT60TF
BS 367 433 RR3BW19TF
BS 434 434 RR3CT60TF
BS 435 746 RR3BW19TF
BS 747 747 RR3CT60TF
BS 748 755 RR3BW19TF
BS 756 756 RR3CT60TF
BS 757 781 RR3BW19TF
BS 782 782 RR3BG57TF
BS 783 796 RR3BW19TF
BS 797 837 RR3BG57TF
BS 838 838 RR3BW19JQ
BS 839 849 RR3BG57TF
BS 850 850 RR3BW19JQ
BS 851 876 RR3BG57TF
BS 877 1093 RR3BW19JQ
BS 1094 1094 RR3GA38JQ
BS 1095 1121 RR3BW19JQ
BS 1122 1122 RR3GA38JQ
BS 1123 1161 RR3BW19JQ
BS 1162 1162 RR3GA38JQ
BS 1163 1163 RR3BW19JQ
BS 1164 1171 RR3GA38JQ

RD RR3GA38TF 636 0 0
CAAGGACAAGAAACCGGTGAGGCCATCAAGTAGCCGAGCCGGTGGAATCCGCACTCTGTC
CGATCTCAATCGAAGGTCTGGTCCTGACTCCGACAGTGATTCCGACAGTCCTCAGGAATA
CTACACAGGCGGTGAGAAAAGTGGTATGCTTGTTCAAGATCCTTCGAAGAAAGACGATGT
TGATGAGATATTCAATCAAGCCAGACAACTAGGAGCCGTGGAAGGACCTCTCGAGACTCC
TTCTTCGAGTTCCACGAGCTTTACCGGAACTGGGAGATTGCTTTCAGGAGAGAGTGTTTC
AGCTGGTACTCAACAGCCTGAGCCTGTGGTTCACACCATTGTTTTTTGGGCTAATGGATT
CACCATTGATGATGGTCCTTTGAGGAAGTTGGATGATCCAGAGAACGCTTCTTTTCTCGA
GAGCATTCGAAAGTCTGAGTGCCCGAAAGAGCTTGAGCCTGCAGATAGAAGAGCCCCTGT
TCACGTCAATCTGATGCGGAGGGAAGAGAAATGTCCAGAACGAGAGAAGCGCAAGGTTTC
ATTCCAGGGTGTTGGGAGGACTCTAGGCGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGTGGCTC
ATCAATAGCTCCAGATGCCGC
TGCCGCCATTCTCAT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3AN87TF 673 0 0
GG
CTCTAAAAGTCGTTTCCCTAGAAAAAAATGTCATCCAAGGACAAGAAACCGGTGAGGCCA
TCAAGTAGCCGAGCCGGTGGAATCCGCACTCTGTCCGATCTCAATCGAAGGTCTGGTCCT
GACTCCGACAGTGATTCCGACAGTCCTCAGGAATACTACACTGGCGGTGAGAAAAGTGGT
ATGCTTGTTCAAGATCCTTCGAAGAAAGACGATGTTGATGAGATATTCAATCAAGCCAGA
CAACTAGGAGCCGTGGAAGGACCTCTCGAGACTCCTTCTTCGAGTTCCACGAGCTTTACC
GGAACTGGGAGATTGCTTTCAGGAGAGAGTGTTTCAGCTGGTACTCAACAGCCTGAGCCT
GTGGTTCACACCATTGTTTTTTGGGCTAATGGATTCACCATTGATGATGGTCCTTTGAGG
AAGTTGGATGATCCAGAGAACGCTTCTTTTCTCGAGAGCATTCGAAAGTCTGAGTGCCCG
AAAGAGCTTGAGCCTGCAGATAGAAGAGCCCCTGTTCACGTCAATCTGATGCGGAGGGAA
GAGAAATGTCCAGAACGAGAGAAGCGCAAGGTTTCATTTCAGGGTGTTGGGGGGACTCTA
GGCGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGTGGCTCATCAATAGCTCCAGATGCCGC
TGCCGCCATTCCCAT

QA 3 658 3 658
DS 

RD RR3CT60TF 746 0 0
GGCT
CTCTAAAAGTCGTTTCCCTAGAAAAAAATGTCATCCAAGGACAAGAAACCGGTGAGGCCA
TCAAGTAGCCGAGCCGGTGGAATCCGCACTCTGTCCGATCTCAATCGAAGGTCTGGTCCT
GACTCCGACAGTGATTCCGACAGTCCTCAGGAATACTACACAGGCGGTGAGAAAAGTGGT
ATGCTTGTTCAAGATCCTTCGAAGAAAGACGATGTTGATGAGATATTCAATCAAGCCAGA
CAACTAGGAGCCGTGGAAGGACCTCTCGAGACTCCTTCTTCGAGTTCCACGAGCTTTACC
GGAACTGGGAGATTGCTTTCAGGAGAGAGTGTTTCAGCTGGTACTCAACAGCCTGAGCCT
GTGGTTCACACCATTGTTTTTTGGGCTAATGGATTCACCATTGATGATGGTTCTTTGAGG
AAGTTGGATGATCCAGAGAACGCTTCTTTTCTCGAGAGCATTCGAAAGTCTGAGTGCCCG
AAAGAGCTTGAGCCTGCAGATAGAAGAGCCCCTGTTCACGTCAATCTGATGCGGAGGGAA
GAGAAATGTCCAGAACGAGAGAAGCGCAAGGTTTCATTCCAGGGTGTTGGGAGGACTCTG
GGCGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGTGGCTCATCAATAGCTCCAGATGCCGCTGCC
GCCATTCCCATCCAAACCAACCAAACCGGTTTAGCAGCACCATCACCAACTCCAAGTCTT
GTAATAGATGAAACCCTTCCGA

QA 5 746 5 746
DS 

RD RR3BW19TF 796 0 0
GGGATACCTCAAACTCTGTCTCTCTCTAAAAGTCGTTTCCCTAGAAAAAAATGTCATCCA
AGGACAAGAAACCGGTGAGGCCATCAAGTAGCCGAGCCGGTGGAATCCGCACTCTGTCCG
ATCTCAATCGAAGGTCTGGTCCTGACTCCGACAGTGATTCCGACAGTCCACAGGAATACT
ACACCGGTGGTGAGAAAAGTGGTGTGCTTGTTCAAGATCCTTCGAAGAAAGACGATGTTG
ATGAGATATTCAATCAAGCCAGACAACTAGGAGCCGTGGAAGGACCTCTCGAGACTCCTT
CTTCGAGTTCCACGAGCTTTACCGGAACTGGGAGATTGCTTTCAGGAGAGAGTGTCTCGT
CTGGTTCTCAACAGCCTGAGCCTGTGGTTCACACCATTGTTTTTTGGGCTAATGGATTCA
CCATTGATGATGGCCCTTTGAGGAAGTTGGATGATCCAGAGAACGCTTCTTTTCTCGAGA
GCATTCGAAAGTCTGAGTGCCCGAAAGAGCTTGAGCCTGCAGATAGAAGAGCCCCTGTTC
ATGTTAATCTGATGCGAAGGGAAGAGAAATGTCCAGAACGAGAGAAGCGTAAGGTTTCAT
TCCAGGGTGTTGGGAGGACTCTAGGCGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGAAGTGGCTCAT
CAATAGCTCCAGATGCC***GCCGCCATTCCCATCCAAACCAACCAAACCGGTTTAGCAG
CACCATCACCAGTTCCAAGTCTTACA*TAGATGAA*CCCTTCCGATCACATCGATCCAGA
T*AGACTAACGGATGG

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3BG57TF 827 0 0
G
ATGTCGTCCAAGGACAAGAAACCGGTGAGGCCATCAAGTAGCCGAGCCGGTGGGATCCGC
ACTCTGTCCGATCTCAATCGAAGGTCTGGTCCTGACTCCGACAGTGATTCCGACAGTCCA
CAGGAATACTACACCGGTGGTGAGAAAAGTGGTATGCTTGTTCAAGATCCTTCGAAGAAA
GACGATGTTGATGAGATATTCAATCAAGCCAGACAACTAGGAGCCGTGGAAGGACCTCTC
GAGACTCCTTCTTCGAGTTCCACGAGCTTTACCGGAACTGGGAGATTGCTTTCAGGAGAG
AGTGTCTCGTCTGGTTCTCAACAGCCTGAGCCTGTGGTTCACACCATTGTTTTTTGGGCT
AATGGATTCACCATTGATGGTGGTCCTTTGAGGAAGTTGGATGATCCAGAGAACGCTTCT
TTTCTCGAGAGCATTCGAAAGTCTGAGTGCCCGAAAGAGCTTGAGCCTGCAGATAGAAGA
GCCCCTGTTCATGTTAATCTGATGCGAAGGGAAGAGAAATGTCCAGAACGAGAGAAGCGT
AAGGTTTCATTCCAGGGTGTTGGGAGGACTCTAGGCGGTAGCAGCAACGACAGCAGCGGA
AGTGGCTCATCAATAGCTCCAGATGCC***GCCGCCATTCCCATCCAAACCAACCAAACC
GGTTTAGCAGCACCATCACCAGTTCCAAGTCTTACAATAGATGAAACCCTTCCGATCACA
TCGATCCAGATTAGACTAACGGATGGGACCAGGCTTGTGGGCAAGTTCAATCTTCATCAC
ACTGTCA*CGACATTCGAG*TTTCATCGACTCTTCTCGACCTGGAG

QA 2 827 2 827
DS 

RD RR3BW19JQ 767 0 0
TTGGGCTAATGGATTCACCATTGATGATGGCCCTTTGAGGAAGTTGGATGATCCAGAGAA
CGCTTCTTTTCTCGAGAGCATTCGAAAGTCTGAGTGCCCGAAAGAGCTTGAGCCTGCAGA
TAGAAGAGCCCCTGTTCATGTTAATCTGATGCGAAGGGAAGAGAAATGTCCAGAACGAGA
GAAGCGTAAGGTTTCATTCCAGGGTGTTGGGAGGACTCTAGGCGGTAGCAGCAACGACAG
CAGCGGAAGTGGCTCATCAATAGCTCCAGATGCC***GCCGCCATTCCCATCCAAACCAA
CCAAACCGGTTTAGCAGCACCATCACCAGTTCCAAGTCTTACAATAGATGAAACCCTTCC
GATCACATCGATCCAGATTAGACTAACGGATGGGACCAGGCTTGTGGGCAAGTTCAATCT
TCATCACACTGTCAACGACATTCGAGGTTTCATCGACTCTTCTCGACCTGGAGCTCCGGT
TAACTACCAGCTTCAGACAATGGGGTTCCCACCTGCGCCTTTGACTGATCCCACTCAGAC
CATTGAACAAGCTGGTCTCGCCAACTCTGTTGTTCTTCAGAAGTTCTAGAAGGTTTCTTG
TCTTTCTATATGGATTATGATCAGAGCTTCATAACTGTTATTGTAACCATAGAAAATGGT
TGGCATGTCTGTAAGTTACTTATACGCAGCCTAAATGATCTCTCATGTGGGAAGAAAATA
CTTGTGTTATAGATTTTCTTAATTTATCGAAAATAATTTT
TCATGTT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3GA38JQ 102 0 0
GTCTGTAAGTTACTTATACGCAGCATAAATGATCTCTCATGTGGGAAGAAAAGACTTGTG
TTATAGATTTTCTTAATTTATCGAAAATAATTATTTCATGTT

QA 1 102 1 102
DS 



AS 3 7

CO CL806Contig1 476 2 13 U
GTTCATCATATCATATGAGCCGAGGGAAAAAAAAAGAGAGTACATATGGGTAGCTTACAG
AGGAAGATAGTATATGATTAAGCGGCCACTGGAGTTTTGAGGGCTTCGAGGATCTTGTCA
TCTAATTCAAACTTCATATCCTTCTTGTCTCTGCCAATCTTAACATACTCTTCAAATCTC
TCCTTGAAATCTTCAGGGAAATTCGTTTTACTTTCCCACCCTAATATATCCTTTGCTGCT
CTTGGTTCCCCGTAAAAATGCATGTTTCTGAACGGAAAAGCCTTCTTGGCGTCAACCCCA
ATGGCTTTAGGGTCGTAATGCACGATCTCAACGGTTTTGCCAGCAGCAGCAGCACAGAGC
TTGGCCATACCGTCAAGAGTAACGGCTCTGTCACTAACGCAGTTGAAAATGTTGCAGGAG
GCAGCCTCAGGGTTGGACACAGCTGAAGTGAGCATGGAAAACAAGTCTCTGACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G612JQ U 111
AF RR3FX17JQ U 1
BS 1 137 RR3FX17JQ
BS 138 138 RR3G612JQ
BS 139 187 RR3FX17JQ
BS 188 188 RR3G612JQ
BS 189 197 RR3FX17JQ
BS 198 198 RR3G612JQ
BS 199 199 RR3FX17JQ
BS 200 200 RR3G612JQ
BS 201 249 RR3FX17JQ
BS 250 250 RR3G612JQ
BS 251 272 RR3FX17JQ
BS 273 273 RR3G612JQ
BS 274 476 RR3FX17JQ

RD RR3G612JQ 222 0 0
A
ATCTTGTCATCTAATTCAAACTTCATATCCTTCTTGTCTCTGCCAATCTTAACATACTCT
TCAAATCTCTCCTTGAAATCTTCAGGGAAATTCGTTTTACTTTCCCACCCTAATTTATCC
TTTGCTGCTCTTGGTTCCCCGTAAAAATGCATGTTTCTGAACGGAAAAGCCTTCTTGGCG
TCAACCCCAATGGCTTTAGGGTCGTAATGCACGATCTCAAC

QA 2 222 2 222
DS 

RD RR3FX17JQ 476 0 0
GTTCATCATATCATATGAGCCGAGGGAAAAAAAAAGAGAGTACATATGGGTAGCTTACAG
AGGAAGATAGTATATGATTAAGCGGCCACTGGAGTTTTGAGGGCTTCGAGGATCTTGTCA
TCTAATTCAAACTTCATCTCCTTCTTGTCTCTGCCAATCTTAACATACTCTTCAAATCTC
TCCTTGAGATCTTCAGGTAGATTCGTTTTACTTTCCCACCCTAATATATCCTTTGCTGCT
CTTGGTTCCGCGTAAAAATGCATGTTTCTGAATGGAAAAGCCTTCTTGGCGTCAACCCCA
ATGGCTTTAGGGTCGTAATGCACGATCTCAACGGTTTTGCCAGCAGCAGCAGCACAGAGC
TTGGCCATACCGTCAAGAGTAACGGCTCTGTCACTAACGCAGTTGAAAATGTTGCAGGAG
GCAGCCTCAGGGTTGGACACAGCTGAAGTGAGCATGGAAAACAAGTCTCTGACATG

QA 1 476 1 476
DS 



CO CL806Contig2 1020 3 18 U
GGATTTAAATGGTCTTTTTAGCTGAAATCATGTTCATCATCTCATATGAACCGAGGGAAA
AAAAAGAGAGTACATATGGGGGTAGCTTACAGAGGAAGATAGTATATATGATTAAGCGGC
GACTGGAGTTTTGAGGGATTCGAGTATCTTGTCATCAAATTCAAACTTCATCTCCTTCTT
GTCTCTGCCAATCTTAACATACTCCTCATATCTCTCCTTGAGATCTTCTGGTAGATTCGT
TTTACTTTCCCACCCTAATATATCCTTTGCCGCTCTTGGTTCCGCGTAAAAATGCATGTT
TCGGAATGGAAAAGCCTTCTTGGCGCCAACCCCAATGGCTTTAGGGTCGTAATGCACGAT
CTCAACGGTTTTGCCAGCAGCAGCGGCACAGAGCTTGGCCATACCGTCAAGAGTGACGGC
TCTGTCACTAACGCAGTTGAAAATGTTGCAGGAGGCAGCCTCAGGGTTGGACACAGCTGA
AGTGAGCATGGAAGACAAGTCTCTCACATGAGATATGTTGGTTAGCTGCAATCCTGATCC
TGGGATTGGCACCGGTCTATCCCTCACAATACTGTCGAAGAACCATTCTTCGCAGTCTTT
GTTGTTGCCAGAGCCGATCATGTACTGTGGTCGAAAGGAGGCCCAGTTGGCAAAAGTTTC
AGCTAAGTACTTCTCAACTCCAACGTGACCTGCGTCGGCTTTCACTGCGTCCCCTTCAAC
GTGAGGAGGTTCTTCGGTGGACTTGTAGATCCCTGCGCTGCTTATGAACAAGAACTGCTT
CACGCCTGAGCTTTTAGCCCAATCCACCACTGGCCTGACAGTATCCAAGTCCTTGCCATT
GTTGTCAAGAACAACGTCGAATGTTTCACCTCCGACCACAGTCGCAACATCGGCCGGGTT
TCCCCACACCGTCTTTCCTCCGCCGCTTACAATTTCGGAGAAACGGCTGAAGGGAGGTTT
CTTCATTTTGTCAGAAGATTCTTCTCCGACAGTCATGATGGTGACGGTGTGGCCGGCGGA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI92JQ U 2
AF RR3H916JQ U 1
AF RR3G612TF C 464
BS 1 156 RR3H916JQ
BS 157 157 RR3GI92JQ
BS 158 206 RR3H916JQ
BS 207 207 RR3GI92JQ
BS 208 288 RR3H916JQ
BS 289 289 RR3GI92JQ
BS 290 325 RR3H916JQ
BS 326 326 RR3GI92JQ
BS 327 441 RR3H916JQ
BS 442 442 RR3GI92JQ
BS 443 507 RR3H916JQ
BS 508 508 RR3G612TF
BS 509 552 RR3H916JQ
BS 553 553 RR3G612TF
BS 554 570 RR3H916JQ
BS 571 571 RR3G612TF
BS 572 794 RR3H916JQ
BS 795 1020 RR3G612TF

RD RR3GI92JQ 446 0 0
A
ATTTAAATGGTCTTTTTAGCTGAAATCATGTTCATCATCTCATATGAACCGAGGGAAAAA
AAAGAGAGTACATATGGGGGTAGCTTACAGAGGAAGATAGTATATATGATTAAGCGGCGA
CTGGAGTTTTGAGGGCTTCGAGTATCTTGTCATCAAATTCAAACTTCATCTCCTTCTTGT
CTCTGCCAATCTTAACATACTCCTCATATCTCTCCTTGAGATCTTCTGGTAGATTCGTTT
TACTTTCCCACCCTAATATATCCTTTGCTGCTCTTGGTTCCGCGTAAAAATGCATGTTTC
GGAATGGAAAAGCCTTCTTGGCGCCAACCCCAATGGCTTTAGGGTCGTAATGCACGATCT
CAACGGTTTTGCCAGCAGCAGCGGCACAGAGCTTGGCCATACCGTCAAGAGTGACGGTTC
TGTCACTAACGCAGTTGAAAATGTT

QA 2 446 2 446
DS 

RD RR3H916JQ 796 0 0
GGATTTAAATGGTCTTTTTAGCTGAAATCATGTTCATCATCTCATATGAACCGAGGGAAA
AAAAAGAGAGTACATATGGGGGTAGCTTACAGAGGAAGATAGTATATATGATTAAGCGGC
GACTGGAGTTTTGAGGGATTCGAGTATCTTGTCATCTAATTCAAACTTCATCTCCTTCTT
GTCTCTGCCAATCTTAACATACTCCTTATATCTCTCCTTGAGATCTTCTGGTAGATTCGT
TTTACTTTCCCACCCTAATATATCCTTTGCCGCTCTTGGTTCCGCGTAGAAATGCATGTT
TCGGAATGGAAAAGCCTTCTTGGCGTCAACCCCAATGGCTTTAGGGTCGTAATGCACGAT
CTCAACGGTTTTGCCAGCAGCAGCGGCACAGAGCTTGGCCATACCGTCAAGAGTGACGGC
TCTGTCACTAACGCAGTTGAAGATGTTGCAGGAGGCAGCCTCAGGGTTGGACACAGCTGA
AGTGAGCATGGAAGACAAGTCTCTCACGTGAGATATGTTGGTTAGCTGCAATCCTGATCC
TGGGATTGGCACTGGTCTATCCCTCACAATCCTGTCGAAGAACCATTCTTCGCAGTCTTT
GTTGTTGCCAGAGCCGATCATGTACTGTGGTCGAAAGGAGGCCCAGTTGGCAAAAGTTTC
AGCTAAGTACTTCTCAACTCCAACGTGACCTGCGTCGGCTTTCACTGCGTCCCCTTCAAC
GTGAGGAGGTTCTTCGGTGGACTTGTAGATCCCTGCGCTGCTTATGAACAAGAACTGCTT
CACGCCTGAGCTTT
AG

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3G612TF 557 0 0
GGGTTGGACACAGCTGAAGTGAGCATGGAAGACAAGTCTCTGACATGAGATATGTTGGTT
AGCTGCAATCCTGATCCTGGGATTGGCACCGGTCTATCCCTCACAATACTGTCGAAGAAC
CATTCTTCGCAGTCTTTGTTGTTGCCAGAGCCGATCATGTACTGTGGTCGAAAGGAGGCC
CAGTTGGCAAAGGTTTCAGCTAAGTACTTCTCCACTCCAACGTGACCTGCTTCGGCTTTC
ACTGCGTCCCCTTCAACGTGAGGAGGTTGTTCGGTGGACTTGTAGATCCCTGCGCTGCTT
ATGAACAAGAACTGCTTCACGCCTGAGCTTTTAGCCCAATCCACCACTGGCCTGACAGTA
TCCAAGTCCTTGCCATTGTTGTCAAGAACAACGTCGAATGTTTCACCTCCGACCACAGTC
GCAACATCGGCCGGGTTTCCCCACACCGTCTTTCCTCCGCCGCTTACAATTTCGGAGAAA
CGGCTGAAGGGAGGTTTCTTCATTTTGTCAGAAGATTCTTCTCCGACAGTCATGATGGTG
ACGGTGTGGCCGGCGGA

QA 1 557 1 557
DS 



CO CL806Contig3 734 2 15 U
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TTTTCTCATCCAAAACAGCTATTCCCATCAATAATCTAACCCTCATCCCGACGTCTCTCC
AGCGCTTCTCTCTTCCCTCATCATCTTCTTCCTTTTCCTCTCTCTCTTCTTCTTCTTCTG
CTTCTCTCTTCACCACACACTCTCTGAAGAGTTCTCGAAGATCATCTCCTCAGGGATTCA
CCGTGAAGGCTGAGAAGAAGAATGTGCTTATAGTCAACACCAACAGCGGTGGTCACGCCG
TCATTGGCTTTTACTTTGCCAAAGAGCTTCTCTCCGCCGGCCACGCCGTCACCATTATGA
CTGTCGGAGAAGAATCTTCTGACAAAATGAAGAAAACTCCCTTCAGCCGTTTCTCCGAAA
TTGTAAGCGGCGGAGGAAAGACGGTGTGGGGAAACCCAGCCGATGTAGCGACTGTGGTCG
GAGGTGAAACATTCGACGTTGTTCTTGACAACAATGGCAAGGACTTGGATACTGTCAGGC
CAGTGGTGGATTGGGCTAAAAGCTCAGGCGTGAAGCAGTTCTTGTTCATAAGCAGCGCAG
GGATCTACAAGTCCACCGAACAACCTCCTCACGTTGAAGGGGACGCAGTGAAAGCCGACG
CACGTCACGTTGGAGTTGAGAAGTACTTAGCTGAAACTTTTGCCAACTGGGCCTCCTTTC
GACCACAGTACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI92TF U 21
AF RR3H916TF U 1
BS 1 46 RR3H916TF
BS 47 47 RR3GI92TF
BS 48 173 RR3H916TF
BS 174 179 RR3GI92TF
BS 180 415 RR3H916TF
BS 416 416 RR3GI92TF
BS 417 459 RR3H916TF
BS 460 460 RR3GI92TF
BS 461 471 RR3H916TF
BS 472 472 RR3GI92TF
BS 473 490 RR3H916TF
BS 491 491 RR3GI92TF
BS 492 620 RR3H916TF
BS 621 621 RR3GI92TF
BS 622 734 RR3H916TF

RD RR3GI92TF 639 0 0
GAGGGAACAAGCATGGCAGCTTTATCATCATCCTCTCTGTTTTTCTCATCCAAAACAGCT
ATTCCCATCAATAATCTAACCCTCATCCCGACGTCTCTCCAGCGCTTCTCTCTTCCCTCA
TCATCTTCTTCCTTTTCCTCTCTCTCTTCTTCTTCTTCTGCTTCTCTCTTCACCACACAC
TCTCTGAAGAGTTCTCGAAGATCATCTCCTCAGGGATTCACCGTGAAGGCTGAGAAGAAG
AATGTGCTTATAGTCAACACCAACAGCGGTGGTCACGCCGTCATTGGCTTTTACTTTGCC
AAAGAGCTTCTCTCCGCCGGCCACGCCGTCACCATTATGACTGTCGGAGAAGAATCTTCT
GACAAAATGAAGAAAACTCCCTTCAGCCGTTTCTCCGAAATTGTAAGCGGCGGAGGAAAG
ACGGTGTGGGGAAACCCAGCCGATGTTGCGACTGTGGTCGGAGGTGAAACATTCGACGTT
GTTCTTGACAACAATGGCAAGGACTTGGATACTGTCAGGCCAGTGGTGGATTGGGCTAAA
AGCTCAGGCGTGAAGCAGTTCTTGTTCATAAGCAGTGCAGGGATCTACAAGTCCACCGAA
CAACCTCCTCACGTTGAAGGG*ACGCAGTGAAAGCCGAC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3H916TF 734 0 0
GGAGAGCAGAGCAGAGCAGTGAGGGAACAAGCATGGCAGCTTTATCGTCATCCTCTCTGT
TTTTCTCATCCAAAACAGCTATTCCCATCAATAATCTAACCCTCATCCCGACGTCTCTCC
AGCGCTTCTCTCTTCCCTCATCATCTTCTTCCTTTTCCTCTCTCTCTTCTTCT******G
CTTCTCTCTTCACCACACACTCTCTGAAGAGTTCTCGAAGATCATCTCCTCAGGGATTCA
CCGTGAAGGCTGAGAAGAAGAATGTGCTTATAGTCAACACCAACAGCGGTGGTCACGCCG
TCATTGGCTTTTACTTTGCCAAAGAGCTTCTCTCCGCCGGCCACGCCGTCACCATTATGA
CTGTCGGAGAAGAATCTTCTGACAAAATGAAGAAAACTCCCTTCAGCCGTTTCTCTGAAA
TTGTAAGCGGCGGAGGAAAGACGGTGTGGGGAAACCCAGTCGATGTAGCGATTGTGGTCG
GAGGTGAAACGTTCGACGTTGTTCTTGACAACAATGGCAAGGACTTGGATACTGTCAGGC
CAGTGGTGGATTGGGCTAAAAGCTCAGGCGTGAAGCAGTTCTTGTTCATAAGCAGCGCAG
GGATCTACAAGTCCACCGAAGAACCTCCTCACGTTGAAGGGGACGCAGTGAAAGCCGACG
CACGTCACGTTGGAGTTGAGAAGTACTTAGCTGAAACTTTTGCCAACTGGGCCTCCTTTC
GACCACAGTACATG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 4

CO CL807Contig1 1098 4 21 U
GGGGGAAAGATGGAGATGTTGCTCTCTTCTTTGGACTGTCAGGGACCGGGAAGACGACGC
TGTCTACTGATCACAACAGATATCTGATTGGAGATGATGAGCATTGTTGGACTGAGACTG
GAGTCTCGAACATTGAGGGTGGATGCTATGCTAAGTGCGTTGATCTTTCAAGAGAGAAGG
AGCCTGATATCTGGAACGCCATCAAGTTTGGAACAGTTTTAGAAAATGTTGTGTTTGATG
AGCACACTAGAGAAGTGGACTATTCTGATAAATCCGTTACAGAGAACACACGTGCTGCAT
ACCCGATTGAGTTCATTCCAAATGCGAAAATACCATGTGTTGGTCCACACCCTAAGAACG
TGATACTTCTGGCTTGTGATGCCTTTGGTGTTCACCCACCTGTGAGCAAGCTGAATCTGG
CGCAGACCATGTACCACTTCATCAGTGGTTACACTGCTCTGGTTGCTGGGACAGAGGACG
GGATCAAGGAGCCAACAGCAACATTCTCAGCATGCTTTGGTGCAGCTTTCATAATGTTGC
ATCCTACAAAGTATGCAGCTATGCTAGCCGAGAAGATGAAGACACAAGGTGCTACCGGAT
GGCTCGTTAACACTGGCTGGTCTGGTGGCAGCTATGGTGTTGGAAACAGGATCAAACTTG
CATATACTAGGAAGATCATTGATGCAATCCATTCAGGTAGCCTTTTGAAGGCCAACTACA
AGAAAACCGATATCTTTGGGTTTGAAATCCCAACTGAGATCGAAGGGATACCATCTGAGA
TCTTGGATCCTGTCAACTCGTGGTCTGATAAGAAAGCACATAAGGAGACTCTGTTGAAGC
TGGGAGGTTTGTTCAAGAAGAACTTTGAGACGTTTGCTAGCCACAAGATTGGTGTGGATG
GTAAGCTCACAGAGGAGATTCTCGCTGCTGGTCCTATCTTTTAAGAGATATGATGTTGTC
GAAACCAAAAAAAAAAAAAGATATATTATCAAGAATAAAGGACTCTGTGTGTGTGTTTGT
TGAGAGAGTACTTTGATATGAAGTGGTCTCGAGAACTTCCAAACGTGGTTGATATATGAA
ATATGACCTTATGATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 0 0 0 0 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC22TF U 1
AF RR3CQ90TF U 73
AF RR3FX36TF U 378
AF RR3DC22JQ C 338
BS 1 169 RR3DC22TF
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BS 674 688 RR3DC22TF
BS 689 910 RR3FX36TF
BS 911 911 RR3DC22JQ
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BS 976 1033 RR3FX36TF
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BS 1035 1041 RR3FX36TF
BS 1042 1098 RR3DC22JQ

RD RR3DC22TF 688 0 0
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AGCCTGATATCTGGAACGCCATCAAGTTTGGAACAGTTTTAGAAAATGTTGTGTTTGATG
AGTACACTAGAGAAGTGGACTATTCTGATAAATCCGTTACAGAGAACACACGTGCTGCAT
ACCCGATTGAGTTCATTCCAAATGCGAAAATACCTTGTGTTGGTCCACACCCTAAGAACG
TGATACTTCTGGCTTGTGATGCCTTTGGTGTTCACCCACCTGTGAGCAAGCTGAATCTGG
CGCAGACCATGTACCACTTCATCAGTGGTTACACTGCTCTGGTTGCTGGGACAGAGGACG
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GGCTCGTTAACACTGGCTGGTCTGGTGGCAGCTATGGTGTTGGAAACAGGATCAAACTTG
CATATACTAGGA*GATCATTGATGCAAT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3CQ90TF 594 0 0
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GGAACGCCATCAAGTTTGGAACAGTTTTAGAAAATGTTGTGTTTGATGAGCACACTAGAG
AAGTGGACTATTCTGATAAATCCGTTACAGAGAACACACGTGCTGCATACCCGATTGAGT
TCATTCCAAATG*GAAAATACCATGTGTTGGTCCACACCCTAAGAACGTGATACTTCTGG
CCTGTGATGCCTTTGGTGTTCTCCCACCTGTGAGCAAGCTGAACTTGGCGCAAACCATGT
ACCACTTCATTAGTGGTTACACTGCTCTGGTTGCTGGGACAGAGGATGGGATCAAGGAGC
CAACAGCAACATTCTCAGCATGCTTTGGTGCAGCGTTCATAATGTTGCATCCTACAAAGT
ATGCAGCTATGCTAGCCGAGAAGATGAAGTCACAAG*TGCTACCGGATGGCTCGTTAACA
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QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3FX36TF 664 0 0
GG
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AACATTCTCAGCATGCTTTGGTGCAGCGTTCATAATGCTGCATCCTACAAAGTATGCAGC
TATGCTAGCCGAAAAGATGAAGTCACAAGGTGCTACCAGATGGCTCGTTAACACTGGCTA
GTCTGGTGGCAGCTATGGTGTTGGAAACAGGATCAAGCTGGCATATACTAGGAAGATCAT
TGATGCAATCCATTCAGGTAGCCTTTTGAAGGCCAACTACAAGAAAACCGATATCTTTGG
GTTTGAAATCCCAACTGAGATCGAAGGGATACCATCTGAGATCTTGGATCCTGTCAACTC
GTGGTCTGATAAGAAAGCACATAAGGAGACTCTGTTGAAGCTGGGAGGTTTGTTCAAGAA
GAACTTTGAGACGTTTGCTAGCCACAAGATTGGTGTGGATGGTAAGCTCACGGAGGAGAT
TCTCGCTGCTGGTCCTATCTTTTAAGAGATGTGATGTTGTCGAAACCAAAAAAAACAAAA
GATATATTATCAAGAATAAAGGACTCTGTGTGTGTGTTTGTTGAGAGAGTACTT*GATAT
GA

QA 3 664 3 664
DS 

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TCTGGTTGCTGGGACAGAGGACGGGATCAAGGAGCCAACAGCAACATTCTCAGCATGCTT
TGGTGCAGCTTTCATAATGTTGCATCCTACAAAGTATGCAGCTATGCTAGCCGAGAAGAT
GAAGACACAAGGTGCTACCGGATGGCTCGTTAACACTGGCTGGTCTGGTGGCAGCTATGG
TGTTGGAAACAGGATCAAACTTGCATATACTAGGAAGATCATTGATGCAATCCATTCAGG
TAGCCTTTTGAAGGCGAACTACAAGAAAACCGATATCTTTGGGTTTGAAATCCCAACTGA
GATCGAAGGGATACCATCTGAGATCTTGGATCCTGTCAACTCGTGGTCTGATAAGAAAGC
ACATAAGGAGACTCTGTTGAAGCTGGGAGGTTTGTTCAAGAAGAACTTTGAGACGTTTGC
TAGCCACAAGATTGGTGTGGATGGTAAGCTCACAGAGGAGATTCTCGCTGCTGGTCCTAT
CTTTTAAGAGATATGATGTTGTCGA*****AAAAACAAAAGATATATATTATCAAGAATA
AATGACTCTGTGTGTGTGTTTGTTGAGAGAGTACTTTGATATGAAGTGGTCTCGAGAACT
TCCAAACGTGGTTGATATATGAAATATGACCTTATGATTTC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 3 8

CO CL808Contig1 682 3 3 U
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GAGATACCAAACTTTCCTTTAATGGCATCACACTTCCCCATCTCCTATGATCCTTCTTTC
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ATGGCATCAGGAAAGACACCTGGACTGACTCAGGAAGCTAATCACTTCACTACTTATGAG
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GCTCAAGCTCCAAAGTTTCTGGTGATTGCTTGTGCAGACTCTAGGGTCTGTCCTTCTGCC
GTCCTCGGATTTCAACCTGGTGAAGCATTCACTGTTCGTAACATTGCTAATTTAGTACCT
CCATACGAGTCTGGACCTACTGAAACAAAAGCTGCTCTCCAGTTCTCTGTGAATACTCTT
GAAGTGGAGAACATCTTAGTTGTTGGTCATAGCCGCTGTGGAGGAATTCAAGCTTTAATG
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB52TF U 1
AF RR3C333TF U 1
AF RR3CM53TF U 1
BS 1 318 RR3C333TF
BS 319 319 RR3CM53TF
BS 320 682 RR3C333TF

RD RR3FB52TF 663 0 0
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ATGGCATCAGGAAAGACACCTGGACTGACTCAGGAAGCTAATCACTTCACTACTTATGAG
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GCTCAAGCTCCAAAGTTTCTGGTGATTGCTTGTGCAGACTCTAGGGTCTGTCCTTCTGCC
GTCCTCGGATTTCAACCTGGTGAAGCATTCACTGTTCGTAACATTGCTAATTTAGTACCT
CCATACGAGTCTGGACCTACTGAAACAAAAGCTGCTCTCCAGTTCTCTGTGAATACTCTT
GAAGTGGAGAACATCTTAGTTGTTGGTCATAGCCGCTGTGGAGGAATTCAAGCTTTA
TGAGCA

QA 1 657 1 657
DS 

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GAGAAAGCCCAGTTGAGAATTCCCTCTTCTTTCAGAAGAAAAGCTGCCAACTTGCAAACG
ATGGCATCAGGAAAGACACCTGGACTGACTCAGGAAGCTAATCACTTCACTACTTATGAG
GCTGTAATTGATAGAGAAGACAACACTGACGTAGTATTCGACGACATGAAACAGCGGTTC
CTCGCCTTCAAGAAGCTTAGATACATGGATAACTTAGAGAACTTCAAGAAACTAGCAGAT
GCTCAAGCTCCAAAGTTTCTGGTGATTGCTTGTGCAGACTCTAGGGTCTGTCCTTCTGCC
GTCCTCGGATTTCAACCTGGTGAAGCATTCACTGTTCGTAACATTGCTAATTTAGTACCT
CCATACGAGTCTGGACCTACTGAAACAAAAGCTGCTCTCCAGTTCTCTGTGAATACTCTT
GAAGTGGAGAACATCTTAGTTGTTGGTCATAGCCGCTGTGGAGGAATTCAAGCTTTAATG
AGCATGGAAGATGAAGGAGACT

QA 1 682 1 682
DS 

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TTTTTTTTTCTCTCTCTCTCTTTGAGATGAATGCTCTCGAGATGCTTGTACGGCATATTC
GAGATACCAAACTTTCCTTTAATGGCATCACACTTCCCCATCTCCTATGATCCTTCTTTC
TCCACGTCTCTCCATACCCAACAATTGATCTTTCGCTCCAGTGAAAAAGTAAAGGACTTT
GAGAAAGCCCAGTTGAGAATTCCCTCTTCTTTCAGAAGAAAAGCTGCCAACTTGCAAACG
ATGGCATCAGGAAAGACACCTGGACTGACTCAGGAAGCTAATCACTTCACTACTTATGAG
GCTGTAATTGATAGAGAAAACAACACTGACGTAGTATTCGACGACATGAAACAGCGGTTC
CTCGCCTTCAAGAAGCTTAGATACATGGATAACTTAGAGAACTTCAAGAAACTAGCAGAT
GCTCAAGCTCCAAAGTTTCTGGTGATTGCTTGTGCAGACTCTAGGGTCTGTCCTTCTGCC
GTCCTCGGATTTCAACCTGGTGAAGCATTCACTGTTCGTAACATTGCTAATTTAGTACCT
CCATACGAGTCTGGACCTACTGAAACAAAAGCTGCTCTCCAGTTCTCTGTGAATACTCTT
GAAGTGGAGAACATCTTAGTTGTTGGTCATAGCCGCTGTGGAGGAATTCAAGCTTTAATG
AGCATGGAAGA

QA 1 671 1 671
DS 



CO CL808Contig2 842 3 10 U
GGAAGAACACAAAACCATTTGATAAAACAAACTCAAGTCTTTGAAGAGTTAGAATAATGA
TATTTTGTCAACACACAACTGCAAGAAGGCAGTCACTGATGATTCTCAAAATTATGAAAA
GACAATCCTAATTAAGATTGAGATGGTTAATAGTCACTCATCACCAAACTGATCGGTTTT
TAACAGCAATCCCACTGCTTTCCTTCTTGCTGCCTCTGCTTCCTTCATAATCGACGGTCC
ATTTCTCAAATGTACAGTTTACAAAGTCATAGTAGCCACCATGGAGTGACAGTGATCCAT
TCCGCACTTTCTCTTCTATCCATGGATAACCAAGCAGTCTTTCTAATGAATGATTAATCG
ACGTCTTTTCACAGTGCTGACACTGATGATCAAAATGGAGGTTTGAAGCAACAGCTTTTG
TGCTCTCCTTTGCCTTTTTCCCCACAATCACCCAGTTATGTATGAAACTTCTGGAGTCTC
CTTCATCTTCCATGCTCATTAAAGCTTGAATTCCTCCACAGCGGCTATGACCAACAACTA
AGATGTTCTCCACTTCAAGAGTATTCACAGAGAACTGGAGAGCAGCTTTTGTTTCAGTAG
GTCCAGACTCGTATGGAGGTACTAAATTAGCAATGTTACGAACAGTGAATGCTTCACCAG
GTTGAAATCCGAGGACGGCAGAAGGACAGACCCTAGAGTCTGCACAAGCAATCACCAGAA
ACTTTGGAGCTTGAGCATCTGCTAGTTTCTTGAAGTTCTCTAAGTTATCCATGTATCTAA
GCTTCTTGAAGCGAGGAACCGCTGTTTCATGTCGTCGAATACGACGTCAGTGTTGTTTTC
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 

AF RR3CM53JQ U 1
AF RR3C333JQ U 38
AF RR3FR34JQ U 21
BS 1 116 RR3CM53JQ
BS 117 117 RR3C333JQ
BS 118 789 RR3CM53JQ
BS 790 790 RR3FR34JQ
BS 791 818 RR3CM53JQ
BS 819 819 RR3FR34JQ
BS 820 822 RR3CM53JQ
BS 823 823 RR3FR34JQ
BS 824 838 RR3CM53JQ
BS 839 842 RR3FR34JQ

RD RR3CM53JQ 838 0 0
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TATTTTGTCAACACACAACTGCAAGAAGGCAGTCACTGATGATTCTCAAAATTATGGAAA
GACAATCCTAATTAAGATTGAGATGGTTAATAGTCACTCATCACCAAACTGATCGGTTTT
TAACAGCAATCCCACTGCTTTCCTTCTTGCTGCCTCTGCTTCCTTCATAATCGACGGTCC
ATTTCTCAAATGTACAGTTTACAAAGTCATAGTAGCCACCATGGAGTGACAGTGATCCAT
TCCGCACTTTCTCTTCTATCCATGGATAACCAAGCAGTCTTTCTAATGAATGATTAATCG
ACGTCTTTTCACAGTGCTGACACTGATGATCAAAATGGAGGTTTGAAGCAACAGCTTTTG
TGCTCTCCTTTGCCTTTTTCCCCACAATCACCCAGTTATGTATGAAACTTCTGGAGTCTC
CTTCATCTTCCATGCTCATTAAAGCTTGAATTCCTCCACAGCGGCTATGACCAACAACTA
AGATGTTCTCCACTTCAAGAGTATTCACAGAGAACTGGAGAGCAGCTTTTGTTTCAGTAG
GTCCAGACTCGTATGGAGGTACTAAATTAGCAATGTTACGAACAGTGAATGCTTCACCAG
GTTGAAATCCGAGGACGGCAGAAGGACAGACCCTAGAGTCTGCACAAGCAATCACCAGAA
ACTTTGGAGCTTGAGCATCTGCTAGTTTCTTGAAGTTCTCTAAGTTATCCATGTATCTAA
GCTTCTTGACGCGAGGAACCGCTGTTTCATGTCGTCGA*TACTACGTCAGTGTTGTTT

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR3C333JQ 749 0 0
C
CTTTGAAGAGTTAGAATAATGATATTTTGTCAACACACAACTGCAAGAAGGCAGTCACTG
ATGATTCTCAAAATTATGAAAAGACTATCCTAATTAAGATTGAGATGGTTAATAGTCACT
CATCACCAAACTGATCGGTTTTTAACAGCAATCCCACTGCTTTCCTTCTTGCTGCCTCTG
CTTCCTTCATAATCGACGGTCCATTTCTCAAATGTACAGTTTACAAAGTCATAGTAGCCA
CCATGGAGTGACAGTGATCCATTCCGCACTTTCTCTTCTATCCATGGATAACCAAGCAGT
CTTTCTAATGAATGATTAATCGACGTCTTTTCACAGTGCTGACACTGATGATCAAAATGG
AGGTTTGAAGCAACAGCTTTTGTGCTCTCCTTTGCCTTTTTCCCCACAATCACCCAGTTA
TGTATGAAACTTCTGGAGTCTCCTTCATCTTCCATGCTCATTAAAGCTTGAATTCCTCCA
CAGCGGCTATGACCAACAACTAAGATGTTCTCCACTTCAAGAGTATTCACAGAGAACTGG
AGAGCAGCTTTTGTTTCAGTAGGTCCAGACTCGTATGGAGGTACTAAATTAGCAATGTTA
CGAACAGTGAATGCTTCACCAGGTTGAAATCCGAGGACGGCAGAAGGACAGACCCTAGAG
TCTGCACAAGCAATCACCAGAAACTTTGGAGCTTGAGCATCTGCTAGTTTCTTGAAGTTC
TCTAAGTTATCCATGTATCTAAGCTTCT

QA 2 749 2 749
DS 

RD RR3FR34JQ 822 0 0
GATAAAACAAACTCAAGTCTTTGAAGAGTTAGAATAATGATATTTTGTCAACACACAACT
GCAAGAAGGCAGTCACCGATGATTCTCAAAACTATGAAAAGACAATCCTAATGAAGATTG
AGATGGTTACTAGTCACTCATCACCAAACTGATCGGTTTTTAACAGCAATCCCACTGCCT
TCCTTCTTGCCGCCTCTGCTTCCTTCATAATCAACGGTCCATTTCTCAAATGTACAGTTT
ACAAAGTCATAGTATCCACCATGGAGTGACAGTGATCCATTCCGCACTTTCTCTTCTATC
CATGGATAACCAAGCAGTCTTTCTAATGAATGATTAATCGACGTCTTTTCACAATGTTGA
CACTGATGATCAAAATGGAGGTTCGAAGCAACAGCTTTTGTACTCTCCTTTGCCTTTTTC
CCCACAATCACCCAGTTATGTATGAAACTTCTGGAGTCTCCTTCATCTTCCATGCTCATT
AAAGCTTGAATTCCTCCACAACGGCTATGACCAACAACTAAGATGTCCTCCACTTCAAGA
GTATTCACAGAGAACTGGAGAGCAGCTTTTGTTTCAGTAGGTCCAGACTCGTATGGAGGT
ACTAAATTAGCAATGTTACGAACAGTGAATGCTTCACCAGGTTGAAATCCGAGGACGGCA
GAAGGACAGACCCTAGAGTCTGCACAAGCAATCACCAGAAACTTTGGAGCTTGAGCATCT
GCTAGTTTCTTGAAGTGCTCTAAGTTATCCATGTAATTAAGCTTCTTGAAGCGAGGA*CC
GCTGTTTCATGTCGTCGAATACGTCGTCAGTGTTGTTTTCTC

QA 1 822 1 822
DS 



CO CL808Contig3 710 2 8 U
CTCTCTCTTTGAGATGAATGCTCTCGAGATGCTTGTACCATATTCGAAATACCAAACTTT
CCTTTAATGGCATCACACTTCCCCATCTCCTATGATCCTTCTTCCTCCACGTCTCTCCAT
ACCCAACAATTGATCTTCCGCTCCAGTGAAAAAGTAAAGGACTTTGAGAAAGCCCAGTTG
AGAATTCCCTCTTCTTTCAGAAAAGCTGCAAACTTGCAAACGATGGCATCAGGAAAGACA
CCTGGACTGACTCAGGAAGCTAATGACTTCACTAGTTACGAAGCTGTAATTAATGGAGAA
AACAACACTGACGACGTATTCGACGACATGAAACAGCGGTTCCTCGCCTTCAAGAAGCTT
AATTACATGGATAACTTAGAGCACTTCAAGAAACTAGCAGATGCTCAAGCTCCAAAGGCA
ACAGTTTCTGGTGATTGCTTGTGCAGACTCTAGGGTCTGTCCTTCTGCCGTCCTCGGATT
TCAACCTGGTGAAGCATTCACTGTTCGTAACATTGCTAATTTAGTACCTCCATACGAGTC
TGGACCTACTGAAACAAAAGCTGCTCTCCAGTTCTCTGTGAATACTCTTGAAGTGGAGAA
CATCTTAGTTGTTGGTCATAGCCGTTGTGGAGGAATTCAAGCTTTAATGAGCATGGAAGA
TGAAGTAGACTCCAGAAGTTTCATACATAACTGGGTGATTGTGGGGAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 
0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FR34TF U 1
AF RR3FV08TF U 102
BS 1 417 RR3FR34TF
BS 418 424 RR3FV08TF
BS 425 598 RR3FR34TF
BS 599 599 RR3FV08TF
BS 600 665 RR3FR34TF
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BS 692 710 RR3FV08TF

RD RR3FR34TF 691 0 0
CTCTCTCTTTGAGATGAATGCTCTCGAGATGCTTGTACCATATTCGAAATACCAAACTTT
CCTTTAATGGCATCACACTTCCCCATCTCCTATGATCCTTCTTCCTCCACGTCTCTCCAT
ACCCAACAATTGATCTTCCGCTCCAGTGAAAAAGTAAAGGACTTTGAGAAAGCCCAGTTG
AGAATTCCCTCTTCTTTCAGAAAAGCTGCAAACTTGCAAACGATGGCATCAGGAAAGACA
CCTGGACTGACTCAGGAAGCTAATGACTTCACTAGTTACGAAGCTGTAATTAATGGAGAA
AACAACACTGACGACGTATTCGACGACATGAAACAGCGGTTCCTCGCCTTCAAGAAGCTT
AATTACATGGATAACTTAGAGCACTTCAAGAAACTAGCAGATGCTCAAGCTCCAAAG***
****TTTCTGGTGATTGCTTGTGCAGACTCTAGGGTCTGTCCTTCTGCCGTCCTCGGATT
TCAACCTGGTGAAGCATTCACTGTTCGTAACATTGCTAATTTAGTACCTCCATACGAGTC
TGGACCTACTGAAACAAAAGCTGCTCTCCAGTTCTCTGTGAATACTCTTGAAGTGGAGGA
CATCTTAGTTGTTGGTCATAGCCGTTGTGGAGGAATTCAAGCTTTAATGAGCATGGAAGA
TGAAG*AGACTCCAGAAGTTTCATACATAAC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3FV08TF 609 0 0
GGC
CTCCACGTCTCTCCATACCCAACAATTGATCTTCCGCTCCAGTGAAAAAGTAAAGGACTT
TGAGAAAGCCCAGTTGAGAATTCCCTCTTCTTTCAGAAAAGCTGCAAACTTGCAAACGAT
GGCATCAGGAAAGACACCTGGACTGACTCAGGAAGCTAATGACTTCACTAGTTACGAAGC
TGTAATTAATGGAGAAAACAACACTGACGACGTATTCGACGACATGAAACAGCGGTTCCT
CGCCTTCAAGAAGCTTAATTACATGGATAACTTAGAGCACTTCAAGAAACTAGCAGATGC
TCAAGCTCCAAAGGCAACAGTTTCTGGTGATTGCTTGTGCAGACTCTAGGGTCTGTCCTT
CTGCCGTCCTCGGATTTCAACCTGGTGAAGCATTCACTGTTCGTAACATTGCTAATTTAG
TACCTCCATACGAGTCTGGACCTACTGAAACAAAAGCTGCTCTCCAGTTCTCTGTGAATA
CTCTTGAAGTGGAGAACATCTTAGTTGTTGGTCATAGCCGTTGTGGAGGAATTCAAGCTT
TAATGAGCATGGAAGATGAAGTAGACTCCAGAAGTTTCATACATAACTGGGTGATTGTGG
GGAAAA

QA 4 609 4 609
DS 



AS 1 7

CO CL809Contig1 823 7 10 U
GGACACAATTATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCAATCTCTTTCGAGTGAGCTA
GTATTGTTTTCAGTGGAGGAAGAATCAGATTCAGAGGCCAAATCAACACTTCGAGAGAGA
ATGGGATCTGGAGCTGGAAGTTTCATCAAAGTTCTTTTGAGAAACTTCGATGTTCTCGCT
GGGCCTGTTGTTAGTCTCGTTTATCCACTACATGCTTCAGTGAAAGCAATTGAAACTCAA
TCTCACGCTGATGACAAACAATGGCTCACTTACTGGGTTCTTTACTCCTTACTCACACTC
TTCGAGCTCACATTCGCCAAACTCATCGAATGGGTACCGATATGGTCATACGCCAAGCTG
ATCTTGACTTGCTGGCTTGTGATTCCTTACTTCAGCGGCGCTGCTTATGTCTACGAACAC
TTTGTGAGACCTCTGTATGTTAACCCTCAGAGCATTAACATTTGGTATGTGCCTAAGAAG
ATGGATTTCTTCAGAAAGCCAGATGATGTGTTGACAGCTGCTGAGAAGTACATTGCTGAG
AATGGTCCTGATGCTTTCGAGAAGATCTTGAGCCGAGCTGATAAATCAAAAAGATTTAAA
GAGCATGAGACCATGTATGGTGAGGAGTATCTGTATGAAGGGAACTTCAAAAGCTATTAA
CTTTAGAGTGTCTGTGAAGCAAGCAAGTTCATTTCTTTGATGTTTGTTTGTTTTGCTGCT
TCTCGTTGTATGTGGGATCTCTGTGGTGT**AAAAAAACAAGTGCTAATAATGGAATCAT
ATCACAATGTTGTGAGATTAGACAACATGAGGTTTGTTCTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3A747TF U 1
AF RR3HB29TF U 4
AF RR3BC85JQ C 255
AF RR3A747JQ C 14
AF RR3DQ51JQ C 172
AF RR3H444TF U 73
AF RR3BC85TF U 341
BS 1 426 RR3A747TF
BS 427 427 RR3HB29TF
BS 428 603 RR3A747TF
BS 604 604 RR3HB29TF
BS 605 749 RR3A747TF
BS 750 757 RR3HB29TF
BS 758 811 RR3H444TF
BS 812 812 RR3BC85TF
BS 813 821 RR3H444TF
BS 822 823 RR3BC85TF

RD RR3A747TF 749 0 0
GGACACAATTATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCAATCTCTTTCGAGTGAGCTA
GTATTGTTTTCAGTGGAGGAAGAATCAGATTCAGAGGCCAAATCAACACTTCGAGAGAGA
ATGGGATCTGGAGCTGGAAGTTTCATCAAAGTTCTTTTGAGAAACTTCGATGTTCTCGCT
GGGCCTGTTGTTAGTCTCGTTTATCCACTACATGCTTCAGTGAAAGCAATTGAAACTCAA
TCTCACGCTGATGACAAACAATGGCTCACTTACTGGGTTCTTTACTCCTTACTCACACTC
TTCGAGCTCACATTCGCCAAACTCATCGAATGGGTACCGATATGGTCATACGCCAAGCTG
ATCTTGACTTGCTGGCTTGTGATTCCTTACTTCAGCGGCGCTGCTTATGTCTACGAACAC
TTTGTGGGACCTCTGTATGTTAACCCTCAGAGCATTAACATTTGGTATGTGCCTAAGAAG
ATGGATTTCTTCAGAAAGCCAGATGATGTGTTGACAGCTGCTGAGAAGTACATTGCTGAG
AATGGTCCTGATGCTTTCGAGAAGATCTTGAGCCGAGCTGATAAATCAAAAAGATTTAAA
GAGTATGAGACCATGTATGGTGAGGAGTATCTGTATGAAGGGAACTTCAAAAGCTATTAA
CTTTAGAGTGTCTGTGAAGCAAGCAAGTTCATTTCTTTGATGTTTGTTTGTTTTGCTGCT
TCTCGTTGTATGTGGGATCTCTGTGGTGT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3HB29TF 754 0 0
GGCACAATTAT
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCAATCTCTTTCGAGTGAGCTAGTATTGTTTTCAGT
GGAGGAAGAATCAGATTCAGAGGCCAAATCAACACTTCGAGAGAGAATGGGATCTGGAGC
TGGAAGTTTCATCAAAGTTCTTTTGAGAAACTTCGATGTTCTCGCTGGGCCTGTTGTTAG
TCTCGTTTATCCACTACATGCTTCAGTGAAAGCAATTGAAACTCAATCTCACGCTGATGA
CAAACAATGGCTCACTTACTGGGTTCTTTACTCCTTACTCACACTCTTCGAGCTCACATT
CGCCAAACTCATCGAATGGGTACCGATATGGTCATACGCCAAGCTGATCTTGACTTGCTG
GCCTGTGATTCCTTACTTCAGCGGCGCTGCTTATGTCTACGAACACTTTGTGAGACCTCT
GTATGTTATCCCTCAGAGCATTAACATTTGGTATGTGCCTAAGAAGATGGATTTCTTCAG
AAAGCCAGATGATGTGTTGACAGCTGCTGAGAAGTACATTGCTGAGAATGGTCCTGATGC
TTTCGAGAAGATCTTGAGCCGAGCTGATAAATCAAAAAGATTTAAAGAGCATGAGACCAT
GTATGGTGAGGAGTATCTGTATGAAGGGAACTTCAAAAGCTAT*AACTTTAGAGTGTCTG
TGAAGCAAGCAAGTTCATTTCTTTGATGTTTGTTTGTTT*GCTGCTTCTCGT*GTATGTG
GGATCTCTGTGGTGT**AAAAAA

QA 12 754 12 754
DS 

RD RR3BC85JQ 495 0 0
CAAACAATGGCTCACTTACTGGGTTCTTTACTCCTTACTCACACTCTTCGAGCTCACATT
CGCCAAACTCATCGAATGGGTACCGATATGGTCATACGCCAAGCTGATCTTGACTTGCTG
GCTTGTGATTCCTTACTTCAGCGGCGCTGCTTATGTCTACGAACACTTTGTGAGACCTCT
GTATGTTAACCCTCAGAGCATTAACATTTGGTATGTGCCTAAGAAGATGGATTTCTTCAG
AAAGCCAGATGATGTGTTGACAGCTGCTGAGAAGTACATTGCTGAGAATGGTCCTGATGC
TTTCGAGAAGATCTTGAGCCGAGCTGATAAATCAAAAAGATTTAAAGAGCATGAGACCAT
GTATGGTGAGGAGTATCTGTATGAAGGGAACTTCAAAAGCTATTAACTTTAGAGTGTCTG
TGAAGCAAGCAAGTTCATTTCTTTGATGTTTTTTTGTTTTGCTGCTTCTCGTTGTATGTG
GGATCTCTGTGGTGT

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3A747JQ 790 0 0
C
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCAATCTCTTTCGAGTGAGCTAGTATTGTTTTCAGT
GGAGGAAGAATCAGATTCAGAGGCCAAATCAACACTTCGAGAGAGAATGGGATCTGGAGC
TGGAAGTTTCATCAAAGTTCTTTTGAGAAACTTCGATGTTCTCGCTGGGCCTGTTGTTAG
TCTCGTTTATCCACTACATGCTTCAGTGAAAGCAATTGAAACTCAATCTCACGCTGATGA
CAAACAATGGCTCACTTACTGGGTTCTTTACTCCTTACTCACACTCTTCGAGCTCACATT
CGCCAAACTCATCGAATGGGTACCGATATGGTCATACGCCAAGCTGATCTTGACTTGCTG
GCTTGTGATTCCTTACTTCAGCGGCGCTGCTTATGTCTACGAACACTTTGTGGGACCTCT
GTATGTTAACCCTCAGAGCATTAACATTTGGTATGTGCCTAAGAAGATGGATTTCTTCAG
AAAGCCAGATGATGTGTTGACAGCTGCTGAGAAGTACATTGCTGAGAATGGTCCTGATGC
TTTCGAGAAGATCTTGAGCCGAGCTGATAAATCAAAAAGATTTAAAGAGTATGAGACCAT
GTATGGTGAGGAGTATCTGTATGAAGGGAACTTCAAAAGCTATTAACTTTAGAGTGTCTG
TGAAGCAAGCAAGTTCATTTCTTTGATGTTTGTTTGTTTTGCTGCTTCTCGTTGTATGTG
GGATCTCTGTGGTGT**AAAAAAACAAGTGCTAATAATGGAATCATATCACAATGTTGTG
AGATTAG
GC

QA 2 788 2 788
DS 

RD RR3DQ51JQ 632 0 0
GTTCTTGCTGGGCCTGTTGTTAGTCTCGTTTATCCACTACATGCTTCAGTAAGAGCAATT
GAAACTCAGTCTCACGCTGATGACAAACAATGGCTCACTTACTGGGTTCTCTACTCCTTA
CTCACACTCTTCGAGCTCACATTCGCCAAACTCATTGAATGGGTACCGATATGGTCATAC
GCCAAGCTGATCTTGACTTGCTGGCTTGTGATTCCTTACTTCAGCGGCGCTGCTTATGTA
TACGAACACTTTGTGAGACCTCTATATGTTAACCCTCAGAGCATTAACATTTGGTATGTG
CCTAAGAAGATGGATTTTTTCAGAAAGCCAGATGATGTTTTGACAGCTGCTGAGAAGTAC
ATTGCTGAGAATGGTCCTGATGCTTTCGAGAAGATCTTGAGCCGAGCTGATAAATCAAGA
AGATTTAAGGAGCATGAGACCATGCATGGTGAGGAGTATCTGTATGAAGGGAACTTCAAA
AGCTATTAACTTTAGAGTGTGTGTGAAGCAAGCAAGTTCATTTCTTTGATGTTTGTTTGT
TTTGCTGCTTCCCGTTGTATGTGGGATCTCTGTGGTGTGTAAAAAAAGAAGTGCTAATAA
TGGAATCATATCACAATGTTGTGAGATTAG
AC

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3H444TF 749 0 0
GG
GGAGGAAGAATCAGATTCAGAGGCCAAATCAACACTTCGAGAGAGAATGGGATCTGGAGC
TGGAAGTTTCATCAAAGTTCTTTTGAGAAACTTCGATGTTCTCGCTGGGCCTGTTGTTAG
TCTCGTTTATCCACTACATGCTTCAGTGAAAGCAATTGAAACTCAATCTCACGCTGATGA
CAAACAATGGCTCACTTACTGGGTTCTTTACTCCTTACTCACACTCTTCGAGCTCACATT
CGCCAAACTCATCGAATGGGTACCGATATGGTCATACGCCAAGCTGATCTTGACTTGCTG
GCTTGTGATTCCTTACTTCAGCGGCGCTGCTTATGTCTACGAACACTTTGTGAGACCT*T
GTATGTTAACCCTCAGAGCATTAACATTTGGTATGTGCCTAAGAAGATGGATTTCTTCAG
AAAGCCAGATGATGTGTTGACAGCTTCTGAGAAGTACATTGCTGAGAATGGTCCTGATGC
TTTCGAGAAGATCTTGAGCCGAGCTGATAAATCAAAAAGATTTAAAGAGCATGAGACCAT
GTATGGTGAGGAGTATCTGTATGAAGGGAACTTCAAAAGCTATTAACTTTAGAGTGTCTG
TGAAGCAAGCAAGTTCATTTCTTTGATGTTTGTTTGTTTTGCTGCTTCTCGTTGTATGTG
GGATCTCTGTGGTGT***AAAAAACAAGTGCTAATAATGGAATCATATCACAATGTTGTG
AGATTAGACAACATGAG*TTTGTTCTT

QA 3 749 3 749
DS 

RD RR3BC85TF 483 0 0
TATGGTCATACGCCAAGCTGATCTTGACTTGCTGGCTTGTGATTCCTTACTTCAGCGGCG
CTGCTTATGTCTACGAACACTTTGTGAGACCTCTGTATGTTAACCCTCAGAGCATTAACA
TTTGGTATGTGCCTAACAAGATGGATTTCTTCAGAAAGCCAGATGATGTGTTGACAGCTG
CTGAGAAGTACATTGCTGAGAATGGTCCTGATGCTTTCGAGAAGATCTTGAGCCGAGCTG
ATAAATCAAAAAGATTTAAAGAGCATGAGACCATGTATGGTGAGGAGTATCTGTATGAAG
GGAACTTCAAAAGCTATTAACTTTAGAGTGTCTGTGAAGCAAGCAAGTTCATTTCTTTGA
TGTTTGTTTGTTTTGCTGCTTCTCGTTGTATGTGGGATCTCTGTGGTGT**AAAAAAACA
AGTGCTAATAATGGAATCATATCACAATGTTGTGAGATTAGACAACATGAGGTTTGTTCT
TAA

QA 1 483 1 483
DS 



AS 2 8

CO CL810Contig1 631 2 1 U
GGGAACACACTACAAGCAGAGCTCAAAAGAGAGAGAAATGATGGGTTTCCCGAAGATTGT
AACTCCACCGGCGTCGCAGCCGGCGAAAAGATCCCGGCGTCAACGTCGGGTAATGGCGAA
CGGAGATGGGTTTCCGGTGTTTCTTCCGAAGGAGGTAAAGGACATAAAAGATCCTTTCGC
AAGAGCTCTGGCTCAAAGGATAGTGCGGATTCCTGTTCTTCTTCAGATGGGAAACTTCAA
AGGCTGCGTAATGAGCAGCTGTATCAAACCAATTGTTCAACAACACGACAAAAGTCCCGT
TGTTCTTCTGCATTGTTTCGACAGTTCATGTCTTGAATGGAGACGTACTTATCCTCTGCT
TGAACAAGCTTCTCTTGAGACTTGGGCTATTGATGTTCTTGGTTGGGGCTTCTCCGATCT
TGAGAAACTTCCACCATGTGATGCAGCATCCAAGCGGCATCATCTATTTTGAGCTTTGGA
AGATGCAATGGTCGATTTTATGATTAGCGGTGGCTATAACGTTGCGTCACATATCAAACA
CATCAACCACAAGACGCTCGTCGTATGCAGTGAAAATGATCAGATTGTTAGCAACCAACT
CTCAGTTAAACTGTTGTGTGAGCTACCAAAT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY54TF U 2
AF RR3EO81TF U 1
BS 1 631 RR3EO81TF

RD RR3GY54TF 131 0 0
GGAACACACTACAAGCAGAGCTCAAAAGAGAGAGAAATGATGGGTTTCCCGAAGATTGTA
ACTCCACCGGCGTCGCAGCCGGCGAAAAGATCCCGGCGTCAACGTCTGGTAATGGCGAAC
GGAGATGGGTT

QA 1 131 1 131
DS 

RD RR3EO81TF 631 0 0
GGGAACACACTACAAGCAGAGCTCAAAAGAGAGAGAAATGATGGGTTTCCCGAAGATTGT
AACTCCACCGGCGTCGCAGCCGGCGAAAAGATCCCGGCGTCAACGTCGGGTAATGGCGAA
CGGAGATGGGTTTCCGGTGTTTCTTCCGAAGGAGGTAAAGGACATAAAAGATCCTTTCGC
AAGAGCTCTGGCTCAAAGGATAGTGCGGATTCCTGTTCTTCTTCAGATGGGAAACTTCAA
AGGCTGCGTAATGAGCAGCTGTATCAAACCAATTGTTCAACAACACGACAAAAGTCCCGT
TGTTCTTCTGCATTGTTTCGACAGTTCATGTCTTGAATGGAGACGTACTTATCCTCTGCT
TGAACAAGCTTCTCTTGAGACTTGGGCTATTGATGTTCTTGGTTGGGGCTTCTCCGATCT
TGAGAAACTTCCACCATGTGATGCAGCATCCAAGCGGCATCATCTATTTTGAGCTTTGGA
AGATGCAATGGTCGATTTTATGATTAGCGGTGGCTATAACGTTGCGTCACATATCAAACA
CATCAACCACAAGACGCTCGTCGTATGCAGTGAAAATGATCAGATTGTTAGCAACCAACT
CTCAGTTAAACTGTTGTGTGAGCTACCAAAT

QA 1 631 1 631
DS 



CO CL810Contig2 1219 6 14 U
GGGAACACACTACAAGCAGAGCTCAAAAGAGAGAGAAATGATGGGTTTCCCGAAGATTGT
AACTCCACCGGCGTCGCAGCCGGCGAAAAGATCCCGGCGTCAACGTCGGGTAATGGCGAA
CGGAGATGGGTTTCCGGTGTTTCTTCCGAAGGAGGTAAAGGACATAAAAGATCCATTCGC
AAGAGCTCTGGCTCAAAGGATAGTGCGGATTCCTGTTCTTCTTCAGATGGGAAACTTCAA
AGGCTGCGTAATGAGCAGCTGTATCAAACCAATTGTTCAACAACACGACAAAAGTCCCGT
TGTTCTTCTGCATTGTTTCGACAGTTCATGTCTTGAATGGAGACGTACTTATCCTCTGCT
TGAACAAGCTTCTCTTGAGACTTGGGCTATTGATGTTCTTGGTTGGGGCTTCTCCGATCT
TGAGAAACTTCCACCATGTGATGCAGCATCCAAGCGGCATCATCTATTTGAGCTTTGGAA
AACATATATCAAACGACCAATGATTTTAGTTGGACCAAGCTTAGGAGCAACAGTAGCAGT
TGATTTCACTGCTACGTACCCTGAAGCAGTTGATAAATTGGTTCTCATTAATGCCAATGC
GTACTCGGAAGGAACCGGTGCGCTTAAAGACTTACCAAAGTCACTTGCTTACGCTGGGGT
TAAGTTGTTGAAGTCATTCCCTCTTCGCCTTTCGGCGAACGTATTAGCCTTTTCATCGCC
CTTGTCAGAGAACATAGATTGGACTAATATTGGCCGGTTGCATTGTCAAATGCCGTGGTG
GGAAGATGCAATGGTCGATTTTATGATTAGCGGTGGCTATAACGTTGCGTCACATATCAA
ACACATCAACCACAAGACGCTCGTCGTATGCAGTGAAAATGATCAGATTGTTAGCAACCA
ACTCTCAGTTAAACTGTTGTGTGAGCTACCAAATGCGGTTTTCCGGGAAGTACCAGATTC
CGGTCATCTTCCACATGTTGAGAACCCTACACAGTTTGTGAAGCTGATATCGAATTTCGC
TAGTGGAAAGATCAACTGATTCTGTTTATACTGTTACGATTTTCTTTAAGCTCATCTTGT
GGCTACACAGAGCAAAGAGTTGTAACGTTATTTTTTATGAAACATAATATAAAAGTTAGT
CTAGCTTAGGCTTGGGATGTCTATAGAAACATCTGTGTTTGTTATTTTCGTAAGCTATTG
AACAGAGTATTAATTATTG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3C238TF U 350
AF RR3EY54TF U 1
AF RR3F893TF U 1
AF RR3GY54JQ C 564
AF RR3EY54JQ C 391
AF RR3F893JQ C 567
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BS 365 698 RR3EY54TF
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BS 802 802 RR3GY54JQ
BS 803 1219 RR3EY54JQ

RD RR3C238TF 171 0 0
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QA 1 171 1 171
DS 

RD RR3EY54TF 783 0 0
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AAGAGCTCTGGCTCAAAGGATAGTGCGGATTCCTGTTCTTCTTCAGATGGGAAACTTCAA
AGGCTGCGTAATGAGCAGCTGTATCAAACCAATTGTTCAACAACACGACAAAAGTCCCGT
TGTTCTTCTGCATTGTTTCGACAGTTCATGTCTTGAATGGAGACGTACTTATCCTCTGCT
TGAGCAAGCTTCTCTTGAGACTTGGGCTATTGATGTTCTTGGTTGGGGCTTCTCCGATCT
TGAGAAACTTCCACCATGTGATGCAGCATCCAAGCGGCATCATCTATTTGAGCTTTGGAA
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TGATTTCACTGCTACGTACCCTGAAGCAGTTGATAAATTGGTTCTCATTAATGCCAATGC
GTACTCGGAAGGAACCGGTGCGCTTAAAGACTTACCAAAGTCACTTGCTTACGCTGGGGT
TAAGTTGTTGAAGTCATTCCCTCTTCGCCTTTCGGCGA*CGTATTAGCCTTTTCATCGCC
CTTGTCAGAGAACATAGATTGGACTA*TATTGGCCGGT*GCATTGTCAA
TGCGTGGTGGGGAG

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3F893TF 753 0 0
G
GGAACACACTACAAGCAGAGCTCAAAAGAGAGAGAAATGATGGGTTTCCCGAAGATTGTA
ACTCCACCGGCGTCGCAGCCGGCGAAAAGATCCCGGCGTCAACGTCGGGTAATGGCGAAC
GGAGATGGGTTTCCGGTGTTTCTTCCGAAGGAGGTAAAGGACATAAAAGATCCATTCGCA
AGAGCTCTGGCTCAAAGGATAGTGCGGATTCCTGTTCTTCTTCAGATGGGAAACTTCAAA
GGCTGCGTAATGAGCAGCTGTATCAAACCAATTGTTCAACAACACGACAAAAGTCCCGTT
GTTCTTCTGCATTGTTTCGACAGTTCATGTCTTGAATGGAGACGTACTTATCCTCTGCTT
GAACAAGCTTCTCTTGAGACTTGGGCTATTGATGTTCTTGGTTGGGGCTTCTCCGATCTT
GAGAAACTTCCACCATGTGATGCAGCATCCAAGCGGCATCATCTATTTGAGCTTTGGAAA
ACATATATCAAACGACCAATGATTTTAGTTGGACCAAGCTTAGGAGCAACAGTAGCAGTT
GATTTCACTGCTACGTACCCTGAAGCAGTTGATAAATTGGTTCTCATTAATGCCAATGCG
TACTCGGAAGGAACCGGTGCGCTTAAAGACTTACCAAAGTCACTTGCTTACGCTGGGGTT
AAGTTGTTGAAGTCATTCCCTCTTCGCCTTTCGGTGAACGTATTAGCCTTTTCATCGCCC
TTGTCAGAGAACATAGAT*GGACTAATATTGG

QA 2 753 2 753
DS 

RD RR3GY54JQ 584 0 0
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TTAAAGACTTACCAAAGTCACTTGCTTACGCTGGGGTTAAGTTGTTGAAGTCATTCCCTC
TTCGCCTTTCGGCGAACGTATTAGCCTTTTCATCGCCCTTGTCAGAGAACAAAGATTGGA
CTAATATTGGCCGGTTGCATTGTCAAATGCCGTGGTGGGAAGATGCAATGGTCGATTTTA
TGATTAGCGGTGGCTATAACGTTGCGTCACATATCAAACACATCAACCACAAGACGCTCG
TCGTATGCAGTGAAAATGATCAGATTGTTAGCAACCAACTCTCAGTTAAACTGTTGTGTG
AGCTACCAAATGCGGTTTTCCGGGAAGTACCAGATTCCGGTCATCTTCCACATGTTGAGA
ACCCTACACAGTCTGTGAAGCTGATATCGAATTTCGCTAGTGGAAAGATCAACTGATTCT
GTTTATACTGTTACGATTTTCTTTAAGCTCATCTTGTGGCTACACAGAGCAAAGAGTTGT
AACGTTATTTTTTATGAAACATAATATAAAAGTTAGTCTAGCT
C

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3EY54JQ 829 0 0
ATTGATGTCTTGGTT
GGGCTTCTCCGATCT*GAGAAAC*TCCACCATGTGATGCAGCATCCAAGCGGCATCATCT
ATTTGAGCTTTGGAAAACATATATCAAACGACCAATGATTTTAGTTGGACCAAGCTTAGG
AGCAACAGTAGCAGTTGATTTCACTGCTACGTACCCTGAAGCAGTTGATAAATTGGTTCT
CATTAATGCCAATGCGTACTCGGAAGGAACCGGTGCGCTTAAAGACTTACCAAAGTCACT
TGCTTACGCTGGGGTTAAGTTGTTGAAGTCATTCCCTCTTCGCCTTTCGGCGAACGTATT
AGCCTTTTCATCGCCCTTGTCAGAGAACATAGATTGGACTAATATTGGCCGGTTGCATTG
TCAAATGCCGTGGTGGGAAGATACAATGGTCGATTT*ATGATTAGCGGTGGCTATAACGT
TGCGTCACATATCAAACACATCAACCACAAGACGCTCGTCGTATGCAGTGAAAATGATCA
GATTGTTAGCAACCAACTCTCAGTTAAACTGTTGTGTGAGCTACCAAATGCGGTTTTCCG
GGAAGTACCAGATTCCGGTCATCTTCCACATGTTGAGAACCCTACACAGTTTGTGAAGCT
GATATCGAATTTCGCTAGTGGAAAGATCAACTGATTCTGTTTATACTGTTACGATTTTCT
TTAAGCTCATCTTGTGGCTACACAGAGCAAAGAGTTGTAACGTTATTTTTTATGAAACAT
AATATAAAAGTTAGTCTAGCTTAGGCTTGGGATGTCTATAGAAACATCTGTGTTTGTTAT
TTTCGTAAGCTATTGAACAGAGTATTAATTATTG

QA 16 829 16 829
DS 

RD RR3F893JQ 652 0 0
CAGTTGATAAATTGGTTCTCATTAATGCCAATGCGTACTCGGAAGGAACCGGTGCGCTTA
AAGACTTACCAAAGTCACTTGCTTACGCTGGGGTTAAGTTGTTGAAGTCATTCCCTCTTC
GCCTTTCGGTGAACGTATTAGCCTTTTCATCGCCCTTGTCAGAGAACATAGATTGGACTA
ATATTGGCCGGTTGCATTGTCAAATGCCGTGGTGGGAAGATGCAATGGTCGATTTTATGA
TTAGCGGTGGCTATAACGTTGCGTCACATATCAAACACATCAACCACAAGACGCTCGTCG
TATGCAGTGAAAATGATCAGATT**TAGCAACCAACTTTCAGTTAAACTGTTGTGTGAGC
TACCAAATGCGGTTTTCCGGGAAGTACCAGATTCCGGTCATCTTCCACATGTTGAGAACC
CTACACAGTTTGTGAAGCTGATATCGTATTTCGCTAGTGGAAAGATCAACTGATTCTGTT
TATACTGTTACGATTTTCTTTAAGCTCATCTTGTGGCTACACAGAGCAAAGAGTTGTAAC
GTTATTTTTTATGAAACATAATATAAAAGTTAGTCTAGCTTAGGCTTGGGATGTCTATAG
AAACATCTGTGTTTGTTATTTTCGTAAGCTATTGAACAGAGTATTAATTATT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 7

CO CL811Contig1 1338 7 23 U
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AACAAAGAAAGTTAAAACCTTTCATGTCAGATTATACTAAGCGAGTGCAAATGGAGAAAT
A*****AAAAAAAGAAATAACAAAAACTGCCTTCTCCATGGTTCCATAAGCAGCAGTGGA
CACTGCCTGCGCTGAGAGCGGTTTTGTCTTTAAAACGACACATGTTGCTTCCAGGAACAA
AATTTTAACTGATGAAGCTTTTTAAGAAAGATAAACCAGCGGTTGATTCACTACTTCCCG
TGAGTAAATTTAGCTTTGAAAGTGTTTTGGAGTCGTTCGCGGGATTTGGCTTGAGCAGCC
AACGCAACATCATCAAGAAACCCCTTTTGTGGGAATTCTTCAGGTACAAGACTCCAATAG
ATCTCAAACTGCTGATCTGCTTCCTCCTTCTTATCCATCAAGCTATACACTATTCCCTGG
CAAAGGTATGGTCGAAAATCTCGAGGGTTATCATTCACCATCTCTTGAAATATCTTTAGA
CTTTCTTCAAATTGACCCTTGACAATATGCATTTGGCCGATCAAGACTTGAATGTTTCTC
TCCTCGGTCACTCGGTTTCCTTGTCGAGCAACTTCCATAGCTTCATTCAGCATATCAAAG
ACAGAAGAGTCGTCATGAGACTTGTGCATTACCATAGCTAGACCGTGCAAAGCTCTGATG
AGAAGAGGGTTATCTTTGAGAATATTCTTAAACAATCTCTTGGCTTTGCTCAACTGTCCC
ATCGTCTCGTAGCAAAGCGCCTCGAGAAGCTTCCACTCAACCTCACGAGGCTCTAACTTG
ATCAGCTTCTCGACGTACTTGACAGCGTCTTCTGTCTCCCCTCTCCTCATCTTCTTATAC
AAAACAGCCTTCATCGCCTCCATGTTCTCCGGCTCTCTTTCCAGAACCTTCTCGAACATT
TCTTCTTCCTCCGATTGAGAGCTCGCGGTCGTAGTGGGCAGCGCTAAAGCAGGTTTGGAA
GAACAGAACCCTACGAGGACAAACGATCCGACGAGAAAAACCACGGCTTTTCTCGCTAGA
GTCTGGAGGAAACCCTTGGAAGAAGGAGGAGGAGGAGACGGCGAGGAGCGTACGAGAGGG
AGGTGTGAAGAGGGAGAAGCGAAATTGAGGGATTGGGAGAGTTTGGGAGCGAAAGGTCGA
GACTTTGTCCACGGAGATGGAAACCCGTTTGGATTAGGGAAGTGGGTCGGAGTAAAAGTC
TGAGCTTTTTCCCGGCGACGGTGGAATTTAGCCGGAGAAGAGAGGGCATATACTCCGATT
GAACTCATTTCTCTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 10 10 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 10 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 0 40 25 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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A*****AAAAAAAGAAATAACAAAAACTGCCTTCTCCATGGTTCCATAAGCAGCAGTGGA
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AACGCAACATCATCAAGAAACCCCTTTTGTGGGAATTCTTCAGGTACAAGACTCCAATAG
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CTTTCTTCAAATTGACCCTTGACAATATGCATTTGGCCGATCAAGACTTGAATGTTTCTC
TCCTCGGTCACTCGGTTTCCTTGTCTAGCAACTTCCATAGCTTCATTCAGCATATCAAAG
ACAGAAGAGTCGTCATGAGACTTGTGCATTACCATAGCTAGACCGTGCAAAGCTCTGATA
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ATCGTCTCGTAGCAAAGCGCTT

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DS 

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C
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CAGATTATACTAAGCGAGTGCAAATGGAGAAATA*****AAAAAAAGAAATAACAAAAAC
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CTTTAAAACGACACATGTTGCTTCCAGGAACAAAATTTTAACTGATGAAGCTTTTTAAGA
AAGATAAACCAGCGGTTGATTCACTACTTCCCGTGAGTAAATTTAGCTTTGAAAGTGTTT
TGGAGTCGTTCGCGGGATTTGGCTTGAGCAGCCAACGCAACATCATCAAGAAACCCCTTT
TGGGGGAATTCTTCAGGTACAAGACTCCAATAGATCTCAAACTGCTGATCTGCTTCCTCC
TTCTTATCCATCAAGCTATACACTATTCCCTGGCAAAGGTATGGTCGAAAATCTCGAGGG
TTATCATTCACCATCTCTTGAAATATCTTTAGACTTTCTTCAAATTGACCCTTGACAATA
TGCATTTGGCCGATCAAGACTTGAATGTTTCTCTCCTCGGTCACTCGGTTTCCTTGTCTA
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TTAAACAATCTCTTGGCTTTGCTCAACTGTCCCATCGTCTCGTAGCAAAGCGCTTCGAGA
AGCTTCCACTCAACTTCACGAGGCTCTA*CTTAATCAGCTTCTC*ACGTACTTGACAGCG
TCT*CTGTCTCCTCTCTC
ATCTCTA

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CTTTTTAAGAAAGATAAACCAGCGGTTGATTCACTACTTCCCGTGAGTAAATTTAGCTTT
GAAAGTGTTTTGGAGTCGTTCTCGGGATTTGGCTTGAGCAGCCAACGCAACATCATCAAG
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ATCTCGAGGGTTATCATTCACCATCTCTTGAAATATCTTTAGACTTTCTTCAAATTGACC
CTTGACAATATGAATTTGGCCGATCAAGACTTGAATGTTTCTCTCCTCGGTCACTCGGTT
TCCTTGTCGAGCAACTTCCATAGCTTCATTCAGCATATCAAAGACAGAAGAGTCGTCATG
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CTTGACAGCGTCTTCTGTCTTCCCTCTCCTCATCTTCTTATACAAAACAGCCTTCATCGC
CTCCATGTTC

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TTTTGTGGGAATTCTTCAGGTACAAGACTCCAATAGATCTCAAACTGCTGATCTGCTTCC
TCCTTCTTATCCATCAAGCTATACACTATTCCCTGGCAAAGGTATGGTCGAAAATCTCGA
GGGTTATCATTCACCATCTCTTGAAATATCTTTAGACTTTCTTCAAATTGACCCTTGACA
ATATGCATTTGGCCGATCAAGACTTGAATGTTTCTCTCCTCGGTCACTCGGTTTCCTTGT
CTAGCAACTTCCATAGCTTCATTCAGCATATCAAAGACAGAAGAGTCGTCATGAGACTTG
TGCATTACCATAGCTAGACCGTGCAAAGCTCTGATAAGAAGAGGGTTATCTTTGAGAATA
TTCTTAAACAATCTCTTGGCTTTGCTCAACTGTCCCATCGTCTCGTAGCAAAGCGCTTCG
AGAAGCTTCCACTCAACTTCACGAGGCTCTAACTTAATCAGCTTCTCCACGTACTTGACA
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TTCTCCGGCTCGCTTTCCAGAACCTTCTC
CAACC

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DS 

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T
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TTTGAAAGTGTTTTAGAGTCGTTCTCGGGATTTGGCTTGAGCAGCCAACGCAACATCATC
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ATCTGCTTCCTCTTTTCTATCCATTAAGCTATACACTATTCCCTGGCAAAGGTAAGGTCT
AAAATCTCGAGGGTTATCATTCACCATCTCTTGAAATATCTTTAGACTTTCTTCAAATTG
ACCCTTGACAATATGCATTTGGCCGATCAAGACTTGAATGTTTCTCTCCTCGGTCACTCG
GTTTCCTTGTCGAGCAACTTCCATAGCTTCATTCAGCATATCAAAGACAGAAGAGTCGTC
ATGAGACTTGTGCATTACCATAGCTAGACCGTGCAAAGCTCTGATGAGAAGAGGGTTATC
TTTGAGAATATTCTTAAACAATCTCTTGGCTTTGCTCAACTGTCCCATCGTCTCGTAGCA
AAGCGCCTCGAGAAGCTTCCACTCAACCTCACGAGGCTCTAACTTGATCAGCTTCTCGAC
GTACTTGACAGCGTCTTCTGTCTCCCCTCTCCTCATCTTCTTATACAAAACAGCCTTCAT
CGCCTCCATGTTCTCCGGCTCTCTTTCCAGAACCTTCTCGAACATTTCTTCTTCCTCCGA
TTGAGAGCTCGCGGT
CGTAGTGGGCAGCGC

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TTGTGCATTACCATAGCTAGACCGTGCAAAGCTCTGATGAGAAGAGGGTTATCTTTGAGA
ATATTCTTAAACAATCTCTTGGCTTTGCTCAACTGTCCCATCGTCTCGTAGCAAAGCGCC
TCGAGAAGCTTCCACTCAACCTCACGAGGCTCTAACTTGATCAGCTTCTCGACGTACTTG
ACAGCGTCTTCTGTCTCCCCTCTCCTCATCTTCTTATACAAAACAGCCTTCATCGCCTCC
ATGTTCTCCGGCTCTCTTTCCAGAACCTTCTCGAACATTTCTTCTTCCTCCGATTGAGAG
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DS 

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TATTCTTAAACAATCTCTTGGCTTTGCTCAACTGTCCCATCGTCTCGTAGCAAAGCGCCT
CGAGAAGCTTCCACTCAACCTCACGAGGCTCTAACTTGATCAGCTTCTCGACGTACTTGA
CAGCGTCTTCTGTCTTCCCTCTCCTCATCTTCTTATACAAAACAGCCTTCATCGCCTCCA
TGTTCTCCGGCTCTCTTTCCAGAACCTTCTCGAACATTTCTTCTTCCTCCGATTGAGAGC
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ACGATCCGACGAGAAAAACCACGGCTTTTCTCGCTAGAGTCTGGAGGAAACCCTTGGAAG
AAGGAGGAGGAGGAGACGGCGAGGAGCGTACGAGAGGGAGGTGTGAAGAGGGAGAAGCGA
AATTGAGGGATTGGGAGAGTTTGGGAGCGAAAGGTCGAGACTTTGTCCACGGAGATGGAA
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CTGTCC

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DS 



AS 2 8

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AAGCATAAGAAAAACTTACGCGTTTAGAAAAGGAGCATAGTGTTACGATTCAACAAAACA
ACTTATAGAAAAAACATGCTCAGCAAAATCTTTTTAACTTCCAAAAGAAGAACATATTCT
GGAAAAAGCTTAAGCTTGACGGTTTCTTTGCTTGGCACCGGACTTGGCAACCCTAATGCT
TTTGCTGATGACACTGAGTCTTGCAAGAGCGAATTTCTTCAAGTCTGGCCTGTAGTAGTT
GTCAACCACCTGGTTAGCAACAGCCTTGGACATCCTGGGGAATTCCTTCTTCAGGATAGA
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ACCTTGTTCCTTGTCAGCTGGCTGGATGGTCACTGTCTT**TGTTTGCAAGACCAGAGTG
CTTGTAGGAGTTAAGGTTGCAGAGATTGTTCTTCTCTTTGCTGAACTGAACCTTAGCGTT
GCCTCTTCCGAACTGTTTGACCAAGAAACAGTTGTTGGTCTTAACGATCTCCCAGATCAA
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TGAGAGCAAGACCCGGGTTTAATGGTGGCGCCGGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI31JQ U 300
AF RR3BI31TF C 1
AF RR3ES04JQ U 67
BS 1 67 RR3BI31TF
BS 68 79 RR3ES04JQ
BS 80 80 RR3BI31TF
BS 81 267 RR3ES04JQ
BS 268 268 RR3BI31TF
BS 269 299 RR3ES04JQ
BS 300 358 RR3BI31JQ
BS 359 359 RR3ES04JQ
BS 360 370 RR3BI31JQ
BS 371 371 RR3ES04JQ
BS 372 372 RR3BI31JQ
BS 373 373 RR3ES04JQ
BS 374 404 RR3BI31JQ
BS 405 405 RR3ES04JQ
BS 406 407 RR3BI31JQ
BS 408 408 RR3ES04JQ
BS 409 470 RR3BI31JQ
BS 471 471 RR3ES04JQ
BS 472 475 RR3BI31JQ
BS 476 476 RR3ES04JQ
BS 477 501 RR3BI31JQ
BS 502 502 RR3ES04JQ
BS 503 503 RR3BI31JQ
BS 504 504 RR3ES04JQ
BS 505 561 RR3BI31JQ
BS 562 624 RR3ES04JQ
BS 625 625 RR3BI31TF
BS 626 637 RR3ES04JQ
BS 638 638 RR3BI31TF
BS 639 656 RR3ES04JQ
BS 657 657 RR3BI31TF
BS 658 674 RR3ES04JQ
BS 675 675 RR3BI31TF
BS 676 698 RR3ES04JQ

RD RR3BI31JQ 263 0 0
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CACCTTGTTCCTTGTCAGCTGGCTGGATGGTCACTGTCTT**TGTTTGCAAAACCAAAGT
GCTTGTAGGAGTTAAGGTTGCAAAAATTGTTCTTCTCTTTGCTGAACTGAACCTTAGCGT
TGCCTCTTCCGAACTGTTTGAC
C

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DS 

RD RR3BI31TF 694 0 0
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ACTTATAGAAAAAACATGTTCAGCAAAATCTTTTTAACTTCCAAAAGAAGAACATATTCT
GGAAAAAGCTTAAGCTTGACGGTTTCTTTGCTTGGCACCGGACTTGGCAACCCTAATGCT
TTTGCTGATGACACTGAGTCTTGCAAGAGCGAATTTCTTCAAGTCTGGCCTGTAGTAGTT
GTCAACCACCTGGTTAGCAACAGCCTTGGACATCCTGGGGAATTCCTTCTTCAGGATAGA
CTTGTTGACAGAGACCTTAGGCTTGTTCTGCTTCTTGGTCTTGGTGGTGGCGAGGACAAC
ACCTTGTTCCTTGTCAGCTGGCTGGATGGTCACTGTCTT**TGTTTGCAAGACCAGAGTG
CTTGTAGGAGTTAAGGTTGCAGAGATTGTTCTTCTCTTTGCTGAACTGAACCTTAGCGTT
GCCTCTTCCGAACTGTTTGACCAAGAAACAGTTGTTGGTCTTAACGATCTCCCAGATCAA
TTGTCCTGGAACTGTCGCCATTTCCAAACCGTGAAATGTCGCGGAGAGAGACAGAGATAG
TGAGAGCAAGACTCGGGTTTAATGGTGGCGCC
CC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3ES04JQ 632 0 0
G
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GAAAAAACATGCTCAGCAAAATCTTTTTAACTTCCAAAAGAAGAACATATTCTGGAAAAA
GCTTAAGCTTGACGGTTTCTTTGCTTGGCACCGGACTTGGCAACCCTAATGCTTTTGCTG
ATGACACTGAGTCTTGCAAGTGCGAATTTCTTCAAGTCTGGCCTGTAGTAGTTGTCAACC
ACCTGGTTAGCAACAGCCTTGGACATCCTGGGGAATTCCTTCTTCAGGATAGACTTGTTG
ACAGAGACTTTAGGCTTGTTCTGCTTCTTGGTCTTGGTGGTGGCGAGGACAACACCTTGT
TCCTTGTCAGTTGGCTGGATTGTCACTGTCTTCTTGTTTGCAAGACCAGAGTGCTTGTAG
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CCGAACTGTTTGACCAAGAAACAGTTGTTGGTCTTAACGATCTCCCAGATCAATTGTCCT
GGAACTGTCGCCATTTCTAAACCGTGAAATTTCGCGGAGAGAGACAGAGGTAGTGAGAGC
AAGACCCTGGTTTAATGGTGGCGCCGGAGCC

QA 2 632 2 632
DS 



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CCATAAGCATAAGAAAAACTTACTCCTTCTGAAAAGGAGCATAGTGTTATGATTCAACAA
AACAACTTATAGATAAAAACATGTTCAGCAAAATCTTCAACTTCCAAAAGAAGAACATAT
TCTGGAAAAAGCTTAAGCTTGACGGTTTCTTTGCTTGGCACCGGACTTGGCAACCCTAAT
GCTTTTGCTGATGACACTGAGTCTAGCAAGAGCAAATTTCTTCAAGTCTGGCCTGTAGTA
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AACACCTTGTTCCTTGTCAGCTGGCTGGATGGTCACTGTCTTCTTGTTTGCAAGACCAGA
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GTTGCCTCGTCCGAACTGTTTGACAAAGAAACAGTTGTTGGTCTTAACGATCTCCCAGAT
CAATTGTCCTGGAACTGTCGCCATTTCCAAACCGTGAAATGTCGCGGAGAGAGAGAGAGA
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BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3GG84JQ U 1
AF RR3GG84TF C 1
AF RR3EI58JQ U 12
AF RR3GI95TF C 32
AF RR3GI95JQ U 37
BS 1 409 RR3GG84JQ
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BS 696 699 RR3GI95JQ

RD RR3GG84JQ 545 0 0
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CCATAAGCATAAGAAAAACTTACTCCTTCTGAAAAGGAGCATAGTGTTATGATTCAACAA
AACAACTTATAGATAAAAACATGTTCAGCAAAATCTTCAACTTCCAAAAGAAGAACATAT
TCTGGAAAAAGCTTAAGCTTGACGGTTTCTTTGCTTGGCACCGGACTTGGCAACCCTAAT
GCTTTTGCTGATGACACTGAGTCTAGCAAGAGCAAATTTCTTCAAGTCTGGCCTGTAGTA
GTTGTCAACCACCTGGTTAGCAACAGCCTTGGACATCCTGGGGAATTCCTTCTTCAGGAT
AGACTTGTTTACAGACACCTTAGGCTTGTTCTGCTTCTTGGTCTTGGTG*TGGCGAGGAC
AACACCTTGTTCCTTGTCAGCTGGCTGGATGGTCACTGTCTTCTTGTTTGCAAGACCAGA
GTGCTTGTAGGAGTTAAGGTTGCAGAGATTGTTCTTCTCTTTGCTGAACTGAACCTTAGC
GTTGC

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DS 

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AATA
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AAGCATAAGAAAAACTTACTCCTTCTGAAAAGGAGCATAGTGTTATGATTCAACAAAACA
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TTGCTGATGACACTGAGTCTAGCAAGAGCAAATTTCTTCAAGTCTGGCCTGTAGTAGTTG
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TTGTTTACAGACACCTTAGGCTTGTTCTGCTTCTTGGTCTTGGTG*TGGCGAGGACAACA
CCTTGTTCCTTGTCAGCTGGCTGGATGGTCACTGTCTTCTTGTTTGCAAGACCAGAGTGC
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TGTCCTGGAACTGTCGCCATTTCCAAACCGTGAAATGTCGCGGAGAGAGAGAGAGATAGT
GAGAGCTAGAGTCGGGTTTAGTGGTGGCGCC
C

QA 5 695 5 695
DS 

RD RR3EI58JQ 686 0 0
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TGACACTGAGTCTAGCAAGAGCAAATTTCTTCAAGTCTGGCCTGTAGTAGTTGTCAACCA
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CAGACACCTTAGGCTTGTTCTGCTTCTTGGTCTTGGTGGTGGCGAGGACAACACCTTGTT
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AGTTAAGGTTGCAGAGATTGTTCTTCTCTTTGCTGAACTGAACCTTAGCGTTGCCTCGTC
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AGAGTCGGGTTTAGTGGTGGCGCC
CC

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DS 

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TTTTT
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CTTGGTCTTGGTGGTGGCGAGGACAACACCTTGTTCCTTGTCAGCTGGCTGGATGGTCAC
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GGCC

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DS 

RD RR3GI95JQ 663 0 0
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GAGCATAGTGTTATGATTCAACAAAACAACTTATAGATAAAAACATGTTCAGCAAAATCT
TCAACTTCCAAAAGAAGAACATATTCTGGAAAAAGCTTAAGCTTGACGGTTTCTTTGCTT
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CTTGGTCTTGGTGGTGGCGAGGACAACACCTTGTTCCTTGTCAGCTGGCTGGATGGTCAC
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AAATGTCGCGGAGAGAGAGAGAGATAGTGAGAGCTAGAGTCGGGTTTAGTGGTGGCGCCG
GCC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 6

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TTTTCTTGTAGTAAAAGGTCGCAAACTGAGAAGGCCATCCGAACTAGAGACATTCCGCAG
TATAAAAGAAAGATGACACCAAGCTTGTGAATGGGAAAAGCTTCTCAGATTCTCTAATCG
TACACACCGAGAAGAACACTATAAAGCAGAGCGAGCAACCGGAATGGAATGGATTACCCA
AAGAAACAGAAGAAGGTGAATCAGCCGACGCTGCGAGATCCGTCTGTGTGTATGTATATA
ACCAGTTGAGAGCCCTCTGCCTAGCATTCTAATGCATAAGTCTGCACCTCGGCCAAGTTC
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ATCCTAAGCTTCCCCTCCTTTGTACCATAAACAAGACCTCCTCCAGGAGAAGGATGGAAG
CAAGCGACATTAACTTCATCCTCTGCGCTTGGAAGTATTCTCACCAATTCCATATCTGAA
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CATGGCGAAAAATGAGCTCCCATTTCACTGCAAAGAACAGCGTGATGTATTGCTAATCGG
CACTTGTCGGACCTTAGTATTGCACATGGGTCTTTGA


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B521JQ U 2
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AF RR3FD44TF C 2
AF RR3C152JQ U 1
AF RR3B521TF C 23
AF RR3B452JQ U 67
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TTTCTTGTAGTAAAAGGTCGCAAACTGAGAAGGCCATCCGAACTAAAGACATTCCGCAGT
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ACACACCGAGAAGAACACTATAAAGCAAAACGAGCAACCGGAATGGAATGGATTACCCAA
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TTTCTTGTAGTAAAAGGTCGCAAACTGAGAAGGCCATCCGAACTAGAGACATTCCGCAGT
ATAAAAGAAAGATGACACCAAGCTTGTGAATGGGAAAAGCTTCTCAGATTCTCTAATCGT
ACACACCGAGAAGAACACTATAAAGCAGAGCGAGCAACCGGAATGGAATGGATTACCCAA
AGAAACAGAAGAAGGTGAATCAGCCGACGCTGCGAGATCCGTCTGTGTGTATGTATATAA
CCAGTTGAGAGCCCTCTGCCTAGCATTCTAATGCATAAGTCTGCACCTCGGCCAAGTTCT
CCTCAGGTGAGCTGTTTGGTGCAGTGAGGTTGGAAGCAGCAGCTGTGTTGTACCGGAAGA
TCCTAAGCTTCCCCTCCTTTGTACCATAAACAAGACCTCCTCCAGGAGAAGGATGGAAGC
AAGCGACATTAACTTCATCCTCTGCGCTTGGAAGTATTCTCACCAATTCCATATCTGAAA
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TCCTCAAAAGAGAACCATGACGCCGACCATATGCAAGCAATATGTGCTCGGAG
C

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DS 

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TTTCTTGTAGTAAAAGGTCGCAAACTGAGAAGGCCATCCGAACTAGAGACATTCCGCAGT
ATAAAAGAAAGATGACACCAAGCTTGTGAATGGGAAAAGCTTCTCAGATTCTCTAATCGT
ACACACCGAGAAGAACACTATAAAGCAGAGCGAGCAACCGGAATGGAATGGATTACCCAA
AGAAACAGAAGAAGGTGAATCAGCCGACGCTGCGAGATCCGTCTGTGTGTATGTATATAA
CCAGTTGAGAGCCCTCTGCCTAGCATTCTAATGCATAAGTCTGCACCTCGGCCAAGTTCT
CCTCAGGTGAGCTGTTTGGTGCAGTGAGGTTGGAAGCAGCAGCTGTGTTGTACCGGAAGA
TCCTAAGCTTCCCCTCCTTTGTACCATAAACAAGACCTCCTCCAGGAGAAGGATGGAAGC
AAGCGACATTAACTTCATCCTCTGCGCTTGGAAGTATTCTCACCAATTCCATATCTGAAA
CTCTGTAAATCTCCAACACTGTGAAAAAATGTGATGTTGTTTCTCCATCACTCACAATGC
TCCTCAAAAGAGAACCATGACGCCGACCATATGCAAGCAATATGTGCTCGGAG
C

QA 1 653 1 653
DS 

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TTTTCTTGTAGTAAAAGGTCGCAAACTGAGAAGGCCATCCGAACTAGAGACATTCCGCAG
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TACACACCGA*AAGAACACTATAAAGCAGAGCGAGCAACCGGAATGGAATGGATTACCCA
AAGAAACAGAAGAAGGTGAATCAGCCGACGCTGCGAGATCCGTCTGTGTGTATGTATATA
ACCAGTTGAGAGCCCTCTGCCTAGCATTCTAATGCATAAGTCTGCACCTCGGCCAAGTTC
TCCTCAGGTGAGCTGTTTGGTGCAGTGAGGTTGGAAGCAGCAGCTGTGTTGTACCGGAAG
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CAAGCGACATTAACTTCATCCTCTGCGCTTGGAAGTATTCTCACCAATTCCATATCTGAA
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CTCCTCAAAAGAGAACCATGACGCCGACCATATGCAAGCAATATGTGCTCGGAGTTTGGA
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CCAAATGTTTCCTTTTCGAGAGA*TACACACGAAGTTCATACATGACTTGATGTGCTGTG
ACAGGATGCCGAGTAG*AGAAGTTGCAAGG

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DS 

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GCTTGTGAATGGGAAAAGCTTCTCAGATTCTCTAATCGTACACACCGAGAAGAACACTAT
AAAGCAGAGCGAGCAACCGGAATGGAATGGATTACCCAAAGAAACAGAAGAAGGTGAATC
AGCCGACGCTGCGAGATCCGTCTGTGTGTATGTATATAACCAGTTGAGAGCCCTCTGCCT
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CTGCGCTTGGAAGTATTCTCACCAATTCCATATCTGAAACTCTGTAAATCTCCAACACTG
TGAAAAAATGTGATGTTGTTTCTCCATCACTCACAATGCTCCTCAAAAGAGAACCATGAC
GCCGACCATATGCAAGCAATATGTGTTCGGAGTTTGGAGAGAACTGGATAGAGGTCAAGC
AATGTGCAGCCCTAATTGCCCGTGACACAAGTACTGAACCAAATGTTTCCTTTTCGAGAG
AATACACACGAAGTTCATACATGACTTGATGTGCTGTGACAGGATGCCGAGTAGGAGAAG
TTGCAAGGCCTGAATCTTGTTGGACCAGAGTCTGC
C

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DS 

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C
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CGAGAAGAACACTATAAAGCAAAGCGAGCAACCGGAATGGAATGGATTACCCAAAGAAAC
AGAAGAAGGTGAATCAGCCGACGCTGCGAGATCCGTCTGTGTGTATGTATATAACCAGTT
GAGAGCCCTCTGCCTAGCATTCTAATGCATAAGTCTGCACCTCGGCCAAGTTCTCCTCAG
GTGAGCTGTTTGGTGCAGTGAGGTTGGAAGCAGCAGCTGTGTTGTACCGGAAGATCCTAA
GCTTCCC*TCCTTTGTACCATAAACAAGACCTCCTCCAGGAGAAGGATGGAAGCAAGCGA
CATTAACTTCATCCTCTGCGCTTGGAAGTATTCTCACCAATTCCATATCTGAAACTCTGT
AAATCTCCAACACTGTGAAAAAATGTGATGTTGTTTCTCCATCACTCACAATGCTCCTCA
AAAGAGAACCATGACGCCGACCATATGCAAGCAATATGTGCTCGGAGTTTGGAGAGAACT
GGATAGAGGTCAAGCAATGTGCAGCCCTAATTGCCCGTGACACAAGTACTGAACCAAATG
TTTCCTTTTTGAGAGAATACACACGAAGTTCATGCATGACTTGATGTGCTGTGACAGGAT
GCCGAGTAGGAGAAGTTGCAAGGCCTGAATCTTGTTGGACCAGAGTCTGCAAACCAGGAT
CTGCCTCAGCATGAGGAATAACACATGCTACACAGGCTGCTAAATATCTCCCACATGGCG
AAAAATGAGCTCCCATTTCACTGCAAAGAACAGCGTGATGTATTGCTAATCGGCACTTGT
CGGACCTTAGTATTGCACATGGGTCTTTGA

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DS 



AS 1 6

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TGAGTTTGGTCCAACATACAAAGAAGAAAGTCTACTTTCAACAACCAAACTGGGCAAACA
CTTGCACGCATTACTAAATTCAAGTTTTTAAAAACAGACATCATCATTCTTCAACCAAAA
ACTCTGCAAGCTTTCACCATATCCAGGCCTCCGAATGATAATCCATGGCTCATAACAAAC
GGAAATGGCACCCTAATAGACCTCTGCCTTGCCATACCCTCGGGGTCACAGCTAAATCTA
GTTTCGCACCTCGCCTTATAACTCCAACAGAAACAGCTTGTCCCTGGCTAGCTTGAGCTT
CAGCGGCAAGCCTTTGCAACAGGTTGTCACCACCTCCC*ACGTTGCCAAATTTCACAACC
TGATCTCCAAGCTGTAACCCATCCTCTGCTGCTGGAGATGACTCGGTTATCTCATCAACC
ATGGCAAAGGGAATACTAGTGACCACATCCACATCCATAGCACGGGAAGTGACACTGATG
CCAGATGTCTGCATGGAGGCAGATAAAGAAGTCACTTCACCTGACAAGCTTCTTTCTTCT
GGACCTGAATCTTTGGAAATTGAAGCTCTTGACGTAGTAGGCCTCACTGAATGAAGAATC
TGAATGTTCACATCGATCTTGTCCGTTATCTCGCTGTGTTCATTCCGTAACTCAGCAAGA
CGACGGCGCTGAGCTCTAACCGCCGGAATGTCAATATCTCCCCGAGGGAATCCCTCCGAG
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TTCGCGCCACCCATCTCTTCCGATTGATCTGATCTTTCCACCC


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C047JQ U 24
AF RR3F468JQ U 36
AF RR3AY90JQ U 1
AF RR3BS30JQ U 36
AF RR3AY90TF C 264
AF RR3F468TF C 318
BS 1 510 RR3AY90JQ
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BS 512 769 RR3AY90JQ
BS 770 770 RR3F468JQ
BS 771 843 RR3AY90JQ
BS 844 844 RR3BS30JQ
BS 845 890 RR3AY90JQ
BS 891 891 RR3BS30JQ
BS 892 924 RR3AY90JQ
BS 925 943 RR3AY90TF

RD RR3C047JQ 746 0 0
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AAGAAAGTCTACTTTCAACAACCAAACTGGGCAAACACTTGCACGCATTACTAAATTCAA
GTTTTTAAAAACAGACATCATCATTCTTCAACCAAAAACTCTGCAAGCTTTCACCATATC
CAGGCCTCCAAATGATAATCCATGGCTCATAACAAACGGAAATGGCACCCTAATAGACCT
CTGCCTTGCCCTACCCTCGGGGTCACAGCTAAATCTAGTTTCGCACCTTGCCTTATAACT
CCAACAGAAACAGCTTGTCCCTGGCTAGCTTGAGCTTCAGCGGAAAGCCTTTGCAACAGG
TTGTCACCACCTTCC*ACGTTGCCAAATTTCACAACCTGATCTCCAAGCTGTAACCCATC
CTCTGCTGCTGGAGATGACTCGGTTATCTCATCAACCATGGCAAAGGGAATACTAGTGAC
CACATCCACATCCATGGCACGGGAAGTAACACTGATTCCAGATGTATCCATGGAGGCAGA
TAAGGAAGTCACTTCACCTGACAAGCTTCTTTCTTCTGGACCTGAATCTTTGGTAGATGA
AGCTCTGGACGTAGTAGGCCTCACTGAATGAAGAATCTGAATGTTCACATCGATCTTGTC
CGTTATCTCGCTGTGTTCATTCCGTAACTCAGCAAGACGACGGCGCTGAGCTCTAACCGC
CGGAATGTCAATATCTCCCCGAGGGA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3F468JQ 756 0 0
A
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TTCAACAACCAAACTGGGCAAACACTTGCACGCATTACTAAATTCAAGTTTTTAAAAACA
GACATCATCATTCTTCAACCAAAAACTCTGCAAGCTTTCACCATATCCAGGCCTCCGAAT
GATAATCCATGGCTCACAACAAACGGAAATGGCACCCTAATAGACCTCTGCCTTGCCATA
CCCTCGGGGTCACAGCTAAATCTAGTTTCGCACCTTGCCTTATAACTCCAACAGAAACAG
CTTGTCCCTGGCTAGCTTGAGCTTCAGCGGCAAGCCTTTGCAACAGGTTGTCACCACCTC
CC*ACGTTGCCAAATTTCACAACCTGATCTCCAAGCTGTAACCCATCCTCTGCTGCTGGA
GATGACTCGGTTATCTCATCAACCATGGCAAAGGGGATACTAGTGACCACATCCACATCC
ATAGCACGGGAAGTGACACTGATGCCAGATGTCTGCATGGAGGCAGATAAAGAAGTCACT
TCACCTGACAAGCTTCTTTCTTCTGGACCTGAATCTTTGGAAATTGAAGCTCTTGACGTA
GTAGGCCTCACTGAATGAAGAATCTGAATGTTCACATCGATCTTGTCCGTTATCTCGCTG
TGTTCATTCCGTAACTCAGCAAGACGACG*CGCTGAGCTCTAACCGCCGGAATGTCAATA
TCTCCCCGAGGGAATCCCTCCGAGTCGACGAGATT

QA 2 756 2 756
DS 

RD RR3AY90JQ 932 0 0
GAAAGAAATAAGGCCTTTCAGTTGTCGTATCAGCTACAAGCCAAACGATGTTTCTTTTTC
TGAGTTTGGTCCAACATACAAAGAAGAAAGTCTACTTTCAACAACCAAACTGGGCAAACA
CTTGCACGCATTACTAAATTCAAGTTTTTAAAAACAGACATCATCATTCTTCAACCAAAA
ACTCTGCAAGCTTTCACCATATCCAGGCCTCCGAATGATAATCCATGGCTCATAACAAAC
GGAAATGGCACCCTAATAGACCTCTGCCTTGCCATACCCTCGGGGTCACAGCTAAATCTA
GTTTCGCACCTCGCCTTATAACTCCAACAGAAACAGCTTGTCCCTGGCTAGCTTGAGCTT
CAGCGGCAAGCCTTTGCAACAGGTTGTCACCACCTCCC*ACGTTGCCAAATTTCACAACC
TGATCTCCAAGCTGTAACCCATCCTCTGCTGCTGGAGATGACTCGGTTATCTCATCAACC
ATGGCAAAGGGAATACTAGTGACCACATCCGCATCCATAGCACGGGAAGTGACACTGATG
CCAGATGTCTGCATGGAGGCAGATAAAGAAGTCACTTCACCTGACAAGCTTCTTTCTTCT
GGACCTGAATCTTTGGAAATTGAAGCTCTTGACGTAGTAGGCCTCACTGAATGAAGAATC
TGAATGTTCACATCGATCTTGTCCGTTATCTCGCTGTGTTCATTCCGTAACTCAGCAAGA
CGACGGCGCTGAGCTCTAACCGCCGGAATGTCAATATCTCCCCGAGGGAGTCCCTCCGAG
TCGACGAGATTGCCGGAGAGACCAGGACCACCGGGATTGCATAGACGTTCTACGATCGAG
TTCGTTTCAGTCCCCATGGCCGTTCTCTTATCCATCAGAGCCATCGTCTC*GCTTTCAGA
TTCGCGCCACCCATCTCTTCCGAT
GATCTGAT

QA 1 924 1 924
DS 

RD RR3BS30JQ 877 0 0
C
CAAGCCAAACGATGTTTCTTTTTCTGAGTTTGGTCCAACATACAAAGAAGAAAGTCTACT
TTCAACAACCAAACTGGGCAAACACTTACACGCATTACTAAATTCAAGTTTTTAAAAACA
GACATCATCATTCTTCAACCAAAAACTCTGCAAGCTTTCACCATATCCAGGCCTCCGAAT
GATAATCCATGGCTCATAACAAACGGAAATGGCACCCTAATAGACCTCTGCCTTGCCGTA
CCCTCGGGGTCACAGCTAAATCTAGTTTCGCACCTTGCCTTATAACTCCAACAGAAACAG
CTTGTCCCTGGCTAGCTTGAGCTTCAGCGGCAAGCCTTTGCAACAGGTTGTCACCACCTC
CC*ACGTTGCCAAATTTCACAACCTGATCTCCAAGCTGTAACCCATCCTCTGCTGCTGGA
GATGACTCGGTTATCTCATCAACCATGGCAAAGGGAATACTAGTGACCACATCCACATCC
ATAGCACGGGAAGTGACACTGATGCCAGATGTCTGCATGGAGGCAGATAAAGAAGTCACT
TCACCTGACAAGCTTCTTTCTTCTGGACCTGAATCTTTGGAAATTGAAGCTCTTGACGTA
GTAGGCCTCACTGAATGAAGAATCTGAATGTTCACATCGATCTTGTCCGTTATCTCGCTG
TGTTCATTCCGTAACTCAGCAAGACGACGGCGCTGAGCTCTAACCGCCGGAATGTCAATA
TCTCCCCGAGGGAATCCCCCCGAGTCGACGAGATTGCCGGAGAGACCAGGACCACCGGGA
TTGCATAGACGTTCTACGATCGAGTTCATTTCAGTCTCCATGGCCGTTCTCT*ATCCATC
AGAGCCATCGTCTCCGCTTTCAGAT
CGCGCACCATC

QA 2 866 2 866
DS 

RD RR3AY90TF 680 0 0
CTGCCTTGCCATACCCTCGGGGTCACAGCTAAATCTAGTTTCGCACCTCGCCTTATAACT
CCAACAGAAACAGCTTGTCCCTGGCTAGCTTGAGCTTCAGCGGCAAGCCTTTGCAACAGG
TTGTCACCACCTCCCCACGTTGCCAAATTTCACAACCTGATCTCCAAGCTGTAACCCATC
CTCTGCTGCTGGAGATGACTCGGTTATCTCATCAACCATGGCAAAGGGAATACTAGTGAC
CACATCCGCATCCATAGCACGGGAAGTGACACTGATGCCAGATGTCTGCATGGAGGCAGA
TAAAGAAGTCACTTCACCTGACAAGCTTCTTTCTTCTGGACCTGAATCTTTGGAAATTGA
AGCTCTTGACGTAGTAGGCCTCACTGAATGAAGAATCTGAATGTTCACATCGATCTTGTC
CGTTATCTCGCTGTGTTCATTCCGTAACTCAGCAAGACGACGGCGCTGAGCTCTAACCGC
CGGAATGTCAATATCTCCCCGAGGGAGTCCCTCCGAGTCGACGAGATTGCCGGAGAGACC
AGGACCACCGGGATTGCATAGACGTTCTACGATCGAGTTCGTTTCAGTCCCCATGGCCGT
TCTCTTATCCATCAGAGCCATCGTCTCCGCTTTCAGATTCGCGCCACCCATCTCTTCCGA
TTGATCTGATCTTTCCACCC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3F468TF 622 0 0
ATAACTCCAACAGAAACAGCTTGTCCCTGGCTAGCTTGAGCTTCAGCGGCAAGCCTTTGC
AACAGGTTGTCACCACCTCCC*ACGTTGCCAAATTTCACAACCTGATCTCCAAGCTGTAA
CCCATCCTCTGCTGCTGGAGATGACTCGGTTATCTCATCAACCATGGCAAAGGGGATACT
AGTGACCACATCCACATCCATAGCACGGGAAGTGACACTGATGCCAGATGTCTGCATGGA
GGCAGATAAAGAAGTCACTTCACCTGACAAGCTTCTTTCTTCTGGACCTGAATCTTTGGA
AATTGAAGCTCTTGACGTAGTAGGCCTCACTGAATGAAGAATCTGAATGTTCACATCGAT
CTTGTCCGTTATCTCGCTGTGTTCATTCCGTAACTCAGCAAGACGACGGCGCTGAGCTCT
AACCGCCGGAATGTCAATATCTCCCCGAGGGAATCCCTCCGAGTCGACGAGATTGCCGGA
GAGACCAGGACCACCGGGATTGCATAGACGTTCTACGATCGAGTTCATTTCAGTCTCCAT
GGCCGTTCTCTTATCCATCAGAGCCATCGTCTCCGCTTTCAGATTCGCGCCACCCATCTC
TTCCGAT
TGATCTGATCTTTCC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 8

CO CL815Contig1 701 8 26 U
TTTTGGATCAAAGATAGTATTTTCACACTGAAGAAGGTACATTGTTGAAAACAGAGACAT
TGTATAATAATAATCACATTACAGAAAAACTCCAGAAAGAAAGAAAGTTTATTATTTTTA
TGAAAGAATCTATTCGGTCCCTGCGATCTTCTTCTTCAAGGAATCAATATCCTCAGCCAA
CTCCTTTCTGCTTGACTTGAAGAGAAGGTATCTGTAGACAAACCATCCTGTGTACCCGAG
ACCGACAAGCTCCATAGCTTTAGGAAGCAGAGGAACAGAGTTGATGGCACCAACAAGAAT
GGAAGATAACCAAACAGCTACAATGGCTCCTCCTCCATAGATAACCACGGTTGTTTTGTT
CTCAAGACCATCCCACTTTTCCTTCAAGTCTGTAAAGAGTTCGTTGGTGTCAATGGACGT
TGAGGTCTCGTCTGATGAAGAAGCTCTCGTCTTCATCAATTCAACCTTCTGTAAACCGGT
CCCTGAAACTAGCTTCAGGGGAACAGTGAAAGAAGATCGGCCTAAAGAGCGAGGAGGCAG
CGGAGGAAGGTAAGGAACGGCGGATAAGCGAGCGGAGACGGCGGGGACACGTGGAATCAT
CACTGCCACAGAGGACGAAGCTGCTACTGTCATCGCCATCGAACTGGTTCTTCTTCCTCT
TCTTCTGCAACTACTCTCGTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 20 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 15 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ89JQ U 6
AF RR3GR06JQ U 5
AF RR3H882TF C 22
AF RR3H882JQ U 24
AF RR3GR06TF C 1
AF RR3E905JQ U 5
AF RR3E905TF C 145
AF RR3EQ89TF C 51
BS 1 7 RR3GR06TF
BS 8 28 RR3GR06JQ
BS 29 29 RR3E905JQ
BS 30 55 RR3GR06JQ
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BS 664 701 RR3GR06TF

RD RR3EQ89JQ 436 0 0
GC
TCAAAGATAGTATTTTCACACTGAAGAAGGTACATTGTTGAAAACAGAGACATTGTATAA
TAATAATCACATTACAGAAA**CTCCAGAAAGAAAGAAAGTTTATTATTTTTATGAAAGA
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CCATCCCACTTTTCCTTCAAGTCTGTAAAGAGTTCGTTGGTGTCAATGGACGTTGAGGTC
TCGTCTGATGAAGA

QA 3 436 3 436
DS 

RD RR3GR06JQ 497 0 0
GGA
TCAAAGATAGTATTTTCACACCGAAGAAGGTACATTGTTGAAAACAGAAACATTGTATAA
TAA***TCACATTACAGAAAAACTCCAGAAAGAAAGAAAGTTTATTATTTTTATGAAAGA
ATCTATTCGGTCCCTGCGATCTTTTTCTTCAAGGAATCAATATCCTCAGCCAACTCCTTT
CTGCTTGACTTGAAGAGAAGGTATCTGTAGACAAACCATCCTGTGTACCCGAGACCGACA
AGCTCCATAACTTTAGGAAGCAGAGGAACAGAGTTGATGGCACCAACAAGAATGGAAGAT
AACCAAACAGCTACAATGGCTCCTCCTCCATAGATAACCACAGTTGTTTTGTTCTCAAGA
CCATCCCACTTTTCCTTCAAGTCTGTAAAGAGTTCGTCGGTGTCAATGGACGTTGAGGTC
TCGTCTGATGAAAAAGCTCTCGTCTTCGTCAATTCAACCTTCTGCAAACCGTTCCCTGAA
ACTAGCTTCAGGGG

QA 4 497 4 497
DS 

RD RR3H882TF 612 0 0
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CAGAAAAACTCCAGAAAGAAAGAAAGTTTATTATTTTTATGAAAGAATCTATTCGGTCCC
TGCGATCTTCTTCTTCAAGGAATCAATATCCTCAGCCAACTCCTTTCTGCTTGACTTGAA
GAGAAGGTATCTGTAGACAAACCATCCTGTGTACCCGAGACCGACAAGCTCCATAGCTTT
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AATGGCTCCTCCTCCATAGATAACCACGGTTGTTTTGTTCTCAAGACCATCCCACTTTTC
CTTCAAGTCTGTAAAGAGTTCGTTGGTGTCAATGGACGTTGAGGTCTCGTCTGATGAAGA
AGCTCTCGTCTTCATCAATTCAACCTTCTGTAAACCGGTCCCTGAAACTAGCTTCAGGGG
AACAGTGAAAGAAGATCGGCCTAAAGAGCGAGGAGGCAGCGGAGGAAGGTAAGGAACGGC
GGATAAGCGAGCGGAGACGGCGGGGACACGTGGAATCATCACTGCCACAGAGGACGAAGC
TGCTACTGTCAT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3H882JQ 586 0 0
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GAAAAACTCCAGAAAGAAAGAAAGTTTATTATTTTTATGAAAGAATCTATTCGGTCCCTG
CGATCTTCTTCTTCAAGGAATCAATATCCTCAGCCAACTCCTTTCTGCTTGACTTGAAGA
GAAGGTATCTGTAGACAAACCATCCTGTGTACCCGAGACCGACAAGCTCCATAGCTTTAG
GAAGCAGAGGAACAGAGTTGATGGCACCAACAAGAATGGAAGATAACCAAACAGCTACAA
TGGCTCCTCCTCCATAGATAACCACGGTTGTTTTGTTCTCAAGACCATCCCACTTTTCCT
TCAAGTCTGTAAAGAGTTCGTTGGTGTCAATGGACGTTGAGGTCTCGTCTGATGAAGAAG
CTCTCGTCTTCATCAATTCAACCTTCTGTAAACCGGTCCCTGAAACTAGCTTCAGGGGAA
CAGTGAAAGAAGATCGGCCTAAAGAGCGAGGAGGCAGCGGAGGAAGGTAAGGAACGGCGG
ATAAGCGAGCGGAGACGGCGGGGACACGTGGAATCATCACTGCCAC

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3GR06TF 701 0 0
TTTTGGATCAAAGATAGTATTT*CACACCGAAGAAGGTACATTGTTGAAAACAGAAACAT
TGTATAATAA***TCACATTACAGAAAAACTCCAGAAAGAAAGAAAGTTTATTATTTTTA
TGAAAGAATCTATTCGGTCCCTGCGATCTTTTTCTTCAAGGAATCAATATCCTCAGCCAA
CTCCTTTCTGCTTGACTTGAAGAGAAGGTATCTGTAGACAAACCATCCTGTGTACCCGAG
ACCGACAAGCTCCATAACTTTAGGAAGCAGAGGAACAGAGTTGATGGCACCAACAAGAAT
GGAAGATAACCAAACAGCTACAATGGCTCCTCCTCCATAGATAACCACAGTTGTTTTGTT
CTCAAGACCATCCCACTTTTCCTTCAAGTCTGTAAAGAGTTCGTCGGTGTCAATGGACGT
TGAGGTCTCGTCTGATGAAGAAGCTCTCGTCTTCGTCAATTCAACCTTCTGCAAACCGTT
CCCTGAAACTAGCTTCAGGGGAACAGCGAAAGAAGATCGGCCTAAAGAGCGAGGAGGCAG
CGGGGGAAGGTAAGGCACGGCGGAGAAGCGGGAGGAGACGGCGGGGACACGTGGAATCAT
CACTGCCACAGAGGACGAAGCTGCTACTGTCATCGCCATCGAACTGGTTTTTCTTCTTCT
TCTTCTGCAACTACTCTCGTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3E905JQ 672 0 0
GGA
TCAAAGATAGTATTTTCACACTGAAGAAGGTACATTGTTGAAAACAGAGACATTGTATAA
TAATAATCACATTACAGAAAAACTCCAGAAAGAAAGAAAGTTTATTATTTTTATGAAAGA
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CTGCTTGACTTGAAGAGAAGGTATCTGTAGACAAACCATCCTGTGTACCCGAGACCGACA
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AACCAAACAGCTACAATGGCTCCTCCTCCATAGATAACCACGGTTGCTTTGTTCTGAAGA
CCATCCCACTTTTCCTTCAAGTCTGTAAAGAGTTCGTTGGTGTCAATGGACGTTGAGGTC
TCGTCTGATGAAGAAGCTCTCGTCTTCATCAATTCAACCTTCTGTAAACCGGTCCCTGAA
ACTAGCTTCAGGGGAACAGTGAAAGAAGATCGGCCTAAAGAGCGAGGAGGCAGCGGAGGA
AGGTAAGGAACGGCGGATAAGCGAGCGGAGACGGCGGGGACACGTGGAATCATCACTGCC
ACAGAGGACGAAGCTGCTACTGTCATCGCCATCGAACTGGTTCTTCTTCCTCTTCT
GCTACTACTCTCC

QA 4 659 4 659
DS 

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AAGGTATCTGTAGACAAACCATCCTGTGTACCCGAGACCGACAAGCTCCATAGCTTTAGG
AAGCAGAGGAACAGAGTTGATGGCACCAACAAGAATGGAAGATAACCAAACAGCTACAAT
GGCTCCTCCTCCATAGATAACCACGGTTGCTTTGTTCTGAAGACCATCCCACTTTTCCTT
CAAGTCTGTAAAGAGTTCGTTGGTGTCAATGGACGTTGAGGTCTCGTCTGATGAAGAAGC
TCTCGTCTTCATCAATTCAACCTTCTGTAAACCGGTCCCTGAAACTAGCTTCAGGGGAAC
AGTGAAAGAAGATCGGCCTAAAGAGCGAGGAGGCAGCGGAGGAAGGTAAGGAACGGCGGA
TAAGCGAGCGGAGACGGCGGGGACACGTGGAATCATCACTGCCACAGAGGACGAAGCTGC
TACTGTCATCGCCATCGAACTGGTTCTTCTTCCTCTTCT
GCTACTACTCTCC

QA 1 519 1 519
DS 

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ATTATTTTTATGAAAGAATCTATTCGGTCCCTGCGATCTTCTTCTTCAATGAATCAATAT
CCTCAGCCAACTCCTTTCTGCTTGACTTGAAGAGAAGGTATCTGTAGACAAACCATCCTG
TGTACCCGAGACCGACAAGCTCCATAGCTTTAGGAAGCAGAGGAACAGAGTTGATGGCAC
CAACAAGAATGGAAGATAACCAAACAGCTACAATGGCTCCTCCTCCATAGATAACCACGG
TTGTTTTGTTCTCAAGACCATCCCACTTTTCCTTCAAGTCTGTAAAGAGTTCGTTGGTGT
CAATGGACGTTGAGGTCTCGTCTGATGAAGAAGCTCTCGTCTTCATCAATTCAACCTTCT
GTAAACCGGTCCCTGAAACTAGCTTCAGGGGAACAGTGAAAGAAGATCGGCCTAAAGAGC
GAGGAGGCAGCGGAGGAAGGTAAGGAACGGCGGATAAGCGAGCGGAGACGGCGGGGACAC
GTGGAATCATCACTGCCACAGAGGACGAAGCTGCTACTGTCATCGCCATCGAACTGGTTC
TTCTTCTTCTTCT
TTCC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 7

CO CL816Contig1 1083 7 10 U
GGAGAACATCACAACTCAACAAACGTGTGACAAAACATACAAACAGCTCTCGTGATGGCC
GCCACTTCAACAGCCGCTGCTGCTTCTCCTATCATGGGTACTCGGGTGGTTTCCGACATC
AACTCCGGTTCAGGCCGGTTCACAGCCCGGTTTAGATTCGGGACCAAGAAAGCAGCCGCT
CCCAAGAAGGCTAAGACGGTTTTCTCAGACCGGCCTCTGTGGTTCCCGGGCGCGAAATCC
CCCGAGTATCTGGACGGTTCGCTGGTCGGAGACTACGGCTTCGACCCTTTCGGTTTAGGT
AAACCGGCTGAGTATCTCCAGTTCGATCTCGACTCTCTGGACCAGAACTTAGCCAAGAAC
ATAGCCGGAGACGTGATCGGGACACGTACGGAGGCCGTTGACCCCAAGTCGACGCCGTTT
CAGCCTTACAGCGAGGTATTTGGGATCCAGAGGTTCAGAGAGTGTGAGCTGATCCATGGG
AGATGGGCTATGCTTGCAACTCTCGGTGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCACCGGTGTTACT
TGGCAAGACGCTGGAAAGGTAGAGCTAGTGGATGGATCGTCCTATTTAGGACAGCCACTA
CCGTTCTCGATCTCGACACTGATTTGGATCGAAGTGTTGGTGATTGGTTACATCGAGTTC
CAAAGAAACGCTGAGCTGGACTCGGAGAAGCGTTTGTATCCAGGAGGCAAGTTTTTCGAC
CCGCTGGGTCTAGCTTCTGACCCGGAGAAGAAGGCTCAGCTTCAGTTGGCTGAGATCAAA
CACGCTCGTTTAGCCATGGTTGCCTTCTTGGGATTTGCGGTTCAGGCGGCTGCAACGGGT
AAAGGACCGCTCAACAACTGGGCGACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACACCACCATCATC
GACACCTTCTCGTCCTCTTGATCTGGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTAATGTAATGAT
GTAATGATGTCCATCTTTAAGACAAGTTTGTATAACTATAAACAAACTTCTTGAAAGGTT
TAGTGCTGAAATCTTCGAGTGTCAGTGGATTAATGATTATGAGCCGTAACCTCATTTTCA
CCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3EZ48TF U 24
AF RR3BZ81TF U 1
AF RR3BS44TF U 249
AF RR3AN33JQ C 424
AF RR3C940JQ C 521
AF RR3FA46TF U 409
AF RR3BZ81JQ C 307
BS 1 87 RR3BZ81TF
BS 88 88 RR3EZ48TF
BS 89 651 RR3BZ81TF
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BS 653 694 RR3BZ81TF
BS 695 824 RR3BS44TF
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BS 1046 1068 RR3FA46TF
BS 1069 1083 RR3BZ81JQ

RD RR3EZ48TF 513 0 0
G
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TCTCCTATCATGGGTACTCGGGTGGTTTCCGGCATCAACTCCGGTTCAGGCCGGTTCACA
GCCCGGTTTGGATTCGGGACCAAGAAAGCAGCCGCTCCCAAGAAGGCTAAGACGGTTTTC
TCAGACCGGCCTCTGTGGTTCCCGGGCGCGAAATCCCCCGAGTATCTGGACGGTTCGCTG
GTCGTAGACTACGGCTTCGACCCTTTCGGTTTAGGTAAACCGGCTGAGTATCTCCAGTTC
GATCTCGACTCTCTGGACCAGAACTTAGCCAAGAACATAGCCGGAGACGTGATCGGGACA
CGTACGGAGGCCGTTGACCCCAAGTCGACGCCGTTTCAGCCTTACAGCGAGGTATTTGGG
ATCCAGAGGTTCAGAGAGTGTGAGCTGATCCATGGGAGATGGGCTATGCTTGCAACTCTC
GGTGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCACCGGTGT

QA 2 513 2 513
DS 

RD RR3BZ81TF 699 0 0
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GCCACTTCAACAGCCGCTGCTGCTTCTTCTATCATGGGTACTCGGGTGGTTTCCGACATC
AACTCCGGTTCAGGCCGGTTCACAGCCCGGTTTAGATTCGGGACCAAGAAAGCAGCCGCT
CCCAAGAAGGCTAAGACGGTTTTCTCAGACCGGCCTCTGTGGTTCCCGGGCGCGAAATCC
CCCGAGTATCTGGACGGTTCGCTGGTCGGAGACTACGGCTTCGACCCTTTCGGTTTAGGT
AAACCGGCTGAGTATCTCCAGTTCGATCTCGACTCTCTGGACCAGAACTTAGCCAAGAAC
ATAGCCGGAGACGTGATCGGGACACGTACGGAGGCCGTTGACCCCAAGTCGACGCCGTTT
CAGCCTTACAGCGAGGTATTTGGGATCCAGAGGTTCAGAGAGTGTGAGCTGATCCATGGG
AGATGGGCTATGCTTGCAACTCTCGGTGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCACCGGTGTTACT
TGGCAAGACGCTGGAAAGGTAGAGCTAGTGGATGGATCGTCCTATTTAGGACAGCCACTA
CCGTTCTCGATCTCGACACTGATTTGGATCGAAGTGTTGGTGATTGGTTACGTCGAGTTC
CAAAGAAACGCTGAGCTGGACTCGGAGAAGCGTT
GTATC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3BS44TF 576 0 0
G
CTGGACGGTTCGCTGGTCGGAGACTACGGCTTCGACCCTTTCGGTTTAGGTAAACCGGCT
GAGTATCTCCAGTTCGATCTCGACTCTCTGGACCAGAACTTAGCCAAGAACATAGCCGGA
GACGTGATCGGGACACGTACGGAGGCCGTTGACCCCAAGTCGACGCCGTTTCAGCCTTAC
AGCGAGGTATTTGGGATCCAGAGGTTCAGAGAGTGTGAGCTGATCCATGGGAGATGGGCT
ATGCTTGCAACTCTCGGTGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCACCGGTGTTACTTGGCAAGAC
GCTGGAAAGGTAGAGCTAGTGGATGGATCGTCCTATTTAGGACAGCCACTACCGTTCTCG
ATCTCGACACTGATTTGGATCGAAGTGTTGGTGATTGGTTACATCGAGTTCCAAAGAAAC
GCTGAGCTGGACTCGGAGAAGCGTTTGTATCCAGGAGGCAAGTTTTTCGACCCGCTGGGT
CTAGCTTCTGACCCGGAGAAGAAGGCTCAGCTTCAGTTGGCTGAGATCAAACACGCTCGT
TTAGCCATGGTTGCCTTCTTGGGATTTGCGGTTCA

QA 2 576 2 576
DS 

RD RR3AN33JQ 590 0 0
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TGGGCTATGCTTGCAACTCTCGGTGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCACCGGTGTTACTTGG
CAAGACGCTGGAAAGGTAGAGCTAGTGGATGGATCGTCCTATTTAGGACAGCCACTACCG
TTCTCGATCTCGACACTGATTTGGATCGAAGTGTTGGTGATTGGTTACATCGAGTTCCAA
AGAAACGCTGAGCTGGACTCGGAGAAGCGTTTGTATCCAGGAGGCAAGTTTTTCGACTCG
CTGGGTCTAGCTTCTGACCCGGAGAAGAAGGCTCAGCTTCAGTTGGCTGAGATCAAACAC
GCTCGTTTAGCCATGGTTGCCTTCTTGGGATTTGCGGTTCAGGCGGCTGCAACGGGTAAA
GGACCGCTCAACAACTGGGCGACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACACCACCATCATCGAC
ACCTTCTCGTCCTCTTGATCTGGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTAATGTAATGATGTA
ATGATGTCCATCTTTAAGACAAGTTTGTATAACTATAAACAAACTTCT
CC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3C940JQ 553 0 0
AATGGCTCACCGGTGTTACTTGGCAAGACGCTGGAAAGGTAGAGCTAGTGGATGGATCGT
CCTATTTAGGACAGCCACTACCGTTCTCGATCTCGACACTGATTTGGATCGAAGTGTTGG
TGATTGGTTACATCGAGTTCCAAAGAAACGCTGAGCTGGACTCGGAGAAGCGTTTGTATC
CAGGAGGCAAGTTTTTCGACCCGCTGGGTCTAGCTTCTGACCCGGAGAAGAAGGCTCAGC
TTCAGTTGGCTGAGATCAAACACGCTCGTTTAGCCATGGTTGCCTTCTTGGGATTTGCGG
TTCAGGCGGCTGCAACGGGTAAAGGACCGCTCAACAACTGGGCGACTCACCTTAGTGACC
CGCTTCACACCACCATCATCGACACCTTTTCGTCCTCTTGATCTGGTTGCTTTAGCTTTT
TATTGGTGTAATGTAATGATGTAATGATGTCCATCTTTAAGACAAGTTTGTATAACTATA
AACAAACTTCTTGAAAGGTTTAGTGCTGAAATCTTCGAGTGTCAGTGGATTAATGATTAT
GAGCCGTA
ACCCC

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3FA46TF 662 0 0
G
CGACGCCGTTTCAGCCTTACAGCGAGGTATTTGGGATCCAGAGGTTCAGAGAGTGTGAGC
TGATCCATGGGAGATGGGCTATGCTTGCAACTCTCGGTGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCA
CCGGTGTTACTTGGCAAGACGCTGGAAAGGTAGAGCTAGTGGATGGATCGTCCTATTTAG
GACAGCCACTACCGTTCTCGATCTCGACACTGATTTGGATCGAAGTGTTGGTGATTGGTT
ACATCGAGTTCCAAAGAAACGCTGAGCTGGACTCGGAGAAGCGTTTGTATCCAGGAGGCA
AGTTTTTCGACCCGCTGGGTCTAGCTTCTGACCCGGAGAAGAAGGCTCAGCTTCAGTTGG
CTGAGATCAAACACGCTCGTTTAGCCATGGTTGCCTTCTTGGGATTTGCGGTTCAGGCGG
CTGCAACGGGTAAAGGACCGCTCAACAACTGGGCGACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACA
CCACCATCATCGACACCTTCTCGTCCTCTTGATCTGGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGT
AATGTAATGATGTAATGATGTCCATCTTTAAGACAAGTTTGTATAACTATAAACAAACTT
CTTGAAAGGTTTAGTGCTGAAATCTTCGAGTGTCATTGGATTAATGATTATGAGCCGTA
AC

QA 2 660 2 660
DS 

RD RR3BZ81JQ 777 0 0
GCTGAGTATCTCCAGTTCGATCTCGACTCTCTGGACCAGAACTTAGCCAAGAACATAGCC
GGAGACGTGATCGGGACACGTACGGAGGCCGTTGACCCCAAGTCGACGCCGTTTCAGCCT
TACAGCGAGGTATTTGGGATCCAGAGGTTCAGAGAGTGTGAGCTGATCCATGGGAGATGG
GCTATGCTTGCAACTCTCGGTGCTCTCTCCGTCGAATGGCTCACCGGTGTTACTTGGCAA
GACGCTGGAAAGGTAGAGCTAGTGGATGGATCGTCCTATTTAGGACAGCCACTACCGTTC
TCGATCTCGACACTGATTTGGATCGAAGTGTTGGTGATTGGTTACGTCGAGTTCCAAAGA
AACGCTGAGCTGGACTCGGAGAAGCGTTTGTATCCAGGAGGCAAGTTTTTCGACCCGCTG
GGTCTAGCTTCTGACCCGGAGAAGAAGGCTCAGCTTCAGTTGGCTGAGATCAAACACGCT
CGTTTAGCCATGGTTGCCTTCTTGGGATTTGCGGTTCAGGCGGCTGCAACGGGTAAAGGA
CCGCTCAACAACTGGGCGACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACACCACCATCATCGACACC
TTCTCGTCCTCTTGATCTGGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTAATGTAATGATGTAATG
ATGTCCATCTTTAAGACAAGTTTGTATAACTATAAACAAACTTCTTGAAAGGTTTAGTGC
TGAAATCTTCGAGTGTCAGTGGATTAATGATTATGAGCCGTAACCTCATTTTCACCG

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 8

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GGAGGATAACTTGAAACAAGAAAACGGCGTCGGTTAGACCGACGGAGGAGGAACCATGTC
GTCGTCTCTTCTTCTCTCTGGCTCTACAGTATCTTCTCCCCTCATCGCTCCATCAAAGCT
CTCATCAAAGCTTTCTCTCTTACGGAATCAAAATCAATCACTGTCACTACCTCGGAGAAC
CTTCAAAGCCCCTAGGTGCTCCTCCTCCTCCGCTGATTCTCCCTACGGAGGCAACGTCCC
CACGTTCCCTCGGACCAGAGTCTGGGACCCGTACAAGCGCCTAGGGATCAGCCCCTACGC
TTCCGAGGAAGAGATCTGGGCCTCTCGCAACTTCCTCTTGGAGCAGTACGCTGACCACGA
GAGGAGCCGAGAGTCTATAGAGGGAGCATTCGAGAAGCTTCTCATGTCTAGTTTCGTGGC
GAGGAAGAAGACTAAGATCAACCTCAAGACGAGGCTGAAGAAGAGAGTCGAGGAGTCTCC
TCCGTGGCTCAAGGCTCTTTTCGATTTCGTTGAGATGCCTCCGATGGATACTGTGTTTAG
AAGGCTCTTCCTTTTTGCCTTCATGGGTGGTTGGAGTATCATGAACTCAGCTGAAGGCGG
TCCTGCCTTTCAG*TGGCGGTGTCGTTGGCTGCTTGCATATATTTCCTGAATGAGAAGAC
TAAGAGCTTAGGGAGAGCTTTCTTGATCGGGATTGGTGCATTAATGGCCGGGTGGTTCTG
CGGTTCGCTAGTCATTCCCATGATACCGACGGCTCTCATTAACCCGACATGGACACTGGA
GCTCCTAACGTCACTGGTTGCTTATGTCTTTTTGTTTCTTTCTTGTACTTTCCTCAAGTA
GTTTGCATTTTTTTAGTCCAGACATTGTGTTGCTTTCTTGTACTTGTTCTTACCCGGAAA
TTGGAGTTGAGTTTCACAACATTGGTTGGCTAAGTATGGGATCAAACCAAATTGGATA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3D977TF U 1
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TAA
AGCT

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GAGTTGAGTTTCACA
GC

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ACCTCAAGACGAGGCTGAAGAAGAGAGTCGAGGAGTCTCCTCCGTGGCTCAAGGCTCTTT
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DS 



AS 2 7

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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3EZ87JQ U 13
AF RR3GV01JQ U 1
AF RR3EU85JQ U 6
AF RR3B733JQ U 7
AF RR3B733TF C 7
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BS 341 560 RR3EU85JQ
BS 561 681 RR3B733JQ

RD RR3EZ87JQ 197 0 0
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GTGTCTAATTGCCCCATTGTTTAATGGACCAAGGAAGCAAGTAACACAAGCCAGATTCCA
AAAAGAATATACAATATGAAAGTAAGCATTATCTATCATCCCCATAGTTCAAAGGGGGAG
ACGGGACAAATGAATTT

QA 1 197 1 197
DS 

RD RR3GV01JQ 340 0 0
GACATAAACTGAAGGATGCTGTTTAACATTTCAAAATCAAAAGCTATTTGTTCTCCAATA
CACTCTCTATCGGTGTCTAATTGCACCATTGTTTAATGAACCAAGGAAGCAAGTAACACA
AACCAAATTCCAAAAAGAATATACAATATGAAAGTAAGCATTCTCTATCATCACCATAGT
TCAAAGGGGGAGACGGGACAAATGAATTTTTGCTTTTGTAAACGACACAGATCAAGCAGA
ACTACAACACGTGCTGGTCTTAGCGGGAACCTCCTGTCCAGGACCTGGGATGACAATCTT
CTTACCAGCCAACGAACCAGGGTTATTAGACTCACCAGCA

QA 1 340 1 340
DS 

RD RR3EU85JQ 570 0 0
AAACC
GAAGGATGGTGTTTAACATTTCAAAATCAAAAGCTATTTGTTCTCCAATACACTCTCTAT
CGGTGTCTAATTGCACCATTGTTTAATGAACCAAGGAAGCAAGCAACACAAGCCAGATTC
CAAAAAGAATACACAATATGAAAGTAAGCATTCTCTATCATCACCATAGTTCAAAGGGGG
AGACGGGACAAATGAATTTTTGCTTTTGTAAACGACACAGATCAAGCAGAACTACAACAC
GTGCTGGTCTTAGCGGGAACCTCCTGTCCAGGACCTGGGATGACAATCTTCTTACCAGCC
AACGAACCAGGGTTATTCGACTCACCAGCAGATGAGAGACTCTTCTTGTTAACAGTGTTG
AAGATCTCTGTCATGAGAGTGTTGAAGGAGTTTTCGACATTGGTTGCGTTCAAAGCAGAG
GTCTCGAGGAAGAAAAGACCTTCCTTCTCAGCAAACTCTTTAGCGTCTTCGGTGGGAATC
GCTCTCTGATCTTCGAGATCAGACTTGTTACCAATGAGGATGATGACAATGTTCTTATCA
GCATGAGCTC
TGAGCTCTTCAAGCC

QA 6 555 6 555
DS 

RD RR3B733JQ 675 0 0
AACT
GAAGGATGCTGTTTAACATTTCAAAATCAAAAGCTATTTGTTCTCCAATACACTCTCTAT
CGGTGTCTAATTGCACCATTGTTTAATGAACCAAGGAAGCAAGTAACACAAACCAGATTC
CAAAAAGAATATACAATATGAAAGTAAGCATTCTCTATCATCACCATAGTTCAAAGGGGG
AGACGGGACAAATGAATTTTTGCTTTTGTAAACGACACAGATCAAGCAGAACTACAACAC
GTGCTGGTCTTAGCGGGAACCTCCTGTCCAGGACCTGGGATGACAATCTTCTTACCAGCC
AACGAACCAGGGTTATTAGACTCACCAGCAGATGAGAGACTCTTCTTGTTAACAGTGTTG
AAGATCTCTGTCATGAGAGTGTTGAAGGAGTTTTCGACATTGGTTGCGTTCAAAGCAGAG
GTCTCGAGGAAGAAAAGACCTTCCTTCTCAGCAAACTCTTTAGCGTCTTCGGTGGGAATC
GCTCTCTGATCTTCGAGATCAGACTTGTTACCAATGAGGATGATGACAATGTTCTTATCA
GCATGAGCTCGCAATTCTTCAAGCCAACGAGGGATGTGGTCAAAGGTCTCACGCTTGGTA
ATATCATAAACAAGCATCGCACCAACTGCTCCTCTGTAGTATGCGATCGTAACCGCTCTG
TATCTTTCTTC

QA 5 675 5 675
DS 

RD RR3B733TF 675 0 0
AACT
GAAGGATGCTGTTTAACATTTCAAAATCAAAAGCTATTTGTTCTCCAATACACTCTCTAT
CGGTGTCTAATTGCACCATTGTTTAATGAACCAAGGAAGCAAGTAACACAAACCAGATTC
CAAAAAGAATATACAATATGAAAGTAAGCATTCTCTATCATCACCATAGTTCAAAGGGGG
AGACGGGACAAATGAATTTTTGCTTTTGTAAACGACACAGATCAAGCAGAACTACAACAC
GTGCTGGTCTTAGCGGGAACCTCCTGTCCAGGACCTGGGATGACAATCTTCTTACCAGCC
AACGAACCAGGGTTATTAGACTCACCAGCAGATGAGAGACTCTTCTTGTTAACAGTGTTG
AAGATCTCTGTCATGAGAGTGTTGAAGGAGTTTTCGACATTGGTTGCGTTCAAAGCAGAG
GTCTCGAGGAAGAAAAGACCTTCCTTCTCAGCAAACTCTTTAGCGTCTTCGGTGGGAATC
GCTCTCTGATCTTCGAGATCAGACTTGTTACCAATGAGGATGATGACAATGTTCTTATCA
GCATGAGCTCGCAATTCTTCAAGCCAACGAGGGATGTGGTCAAAGGTCTCACGCTTGGTA
ATATCATAAACAAGCATCGCACCAACTGCTCCTCTGTAGTATGCGATCGTAACCGCTCTG
TATCTTTCTT
C

QA 5 674 5 674
DS 



CO CL818Contig2 710 2 10 U
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GCCGCCTCTAGGACGAAGAAGAAAATGGCCGGAGGAGGCGGATACGGCGGCGCATCGGGA
AAAGTGGATTACGTGTTCAAGGTAGTTCTGATCGGAGATTCAGCAGTTGGGAAATCACAG
CTGCTAGCTCGATTCGCAAGAGACGAGTTCAGCTTGGACTCCAAAGCCACCATCGGTGTC
GAGTTTCAGACTCGTACGCTCCTCATTGAAGAGAAGAGCGTCAAGGCTCAGATCTGGGAT
ACCGCCGGCCAAGAAAGATACAGAGCGGTTACGAGCGCATACTACAGAGGAGCAGTTGGT
GCGATGCTTGTTTATGATATTACCAAGCGTGAGACCTTTGACCACATCCCTCGTTGGCTT
GAAGAACTCAGAGCTCATGCTGATAAGAACATTGTCATCATCCTCATTGGTAACAAGTCT
GATCTCGAAGATCAGAGAGCGATTCCCACCGAAGACGCTAAAGAGTTTGCTGAGAAGGAA
GGTCTTTTCTTCCTCGAGACCTCTGCTTTGAACGCAACCAATGTCGAAAACTCCTTCAAC
ACTCTCATGACAGAGATCTTCAACACTGTTAACAAGAAGAGTCTCTCATCTGCTGGTGAG
TCGAATAACCCTGGTTCGTTGGCTGGTAAGAAGATTGTCATCCCAGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 0 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV01TF U 1
AF RR3EU85TF U 19
BS 1 49 RR3GV01TF
BS 50 50 RR3EU85TF
BS 51 426 RR3GV01TF
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BS 474 635 RR3GV01TF
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RD RR3GV01TF 635 0 0
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GAGTTTCAGACTCGTACGCTCCTCATTGAAGAGAAGAGCGTCAAGGCTCAGATCTGGGAT
ACCGCCGGCCAAGAAAGATACAGAGCGGTTACGAGCGCATACTACAGAGGAGCAGTTGGT
GCGATGCTTGTTTATGATATTACCAAGCGTGAGACCTTTGACCACATCCCTCGTTGGCTT
GAAGAATTGCGAGCTCATGCTGATAAGAACATTGTCATCATCCTCATTGGTAGCAAGTCT
GATCTCGAAGATCAGAGAGCGATTCCCACCGAAGACGCTAAAGAGTTTGCTGAGAAGGAA
GGTCTTTTCTTCCTCGAGACCTCTGCTTTGAACGCAACCAATGTCGAAAACTCCTTCAAC
ACTCTCATGACAGAGATCTTCAACACTGTTAACAA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3EU85TF 692 0 0
GGAT
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAACTTTGAAAAGA*ATTCGCCGCCTCTAGGACGAAGAAGA
AAATGGCCGGAGGAGGCGGATACGGCGGCGCATCGGGAAAAGTGGATTACGTGTTCAAGG
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ACGAGTTCAGCTTGGACTCCAAAGCCACCATCGGTGTCGAGTTTCAGACTCGTACGCTCC
TCATTGAAGAGAAGAGCGTCAAGGCTCAGATCTGGGATACCGCCGGCCAAGAAAGATACA
GAGCGGTTACGAGCGCATACTACAGAGGAGCAGTTGGTGCGATGCTTGTTTATGATATTA
CTAAGCGTGATACCTTTGACCACATCCCTCGTTGGCTTGAAGAGCTCAGAGCTCATGCTG
ATAAGAACATTGTCATCATCCTCATTGGTAACAAGTCTGATCTCGAAGATCAGAGAGCGA
TTCCCACCGAAGACGCTAAAGAGTTTGCTGAGAAGGAAGGTCTTTTCTTCCTCGAGACCT
CTGCTTTGAACGCAACCAATGTCGAAAACTCCTTCAACACTCTCATGACAGAGATCTTCA
ACACTGTTAACAAGAAGAGTCTCTCATCTGCTGGTGAGTCGAATAACCCTGGTTCGTTGG
CTGGTAAGAAGATTGTCATCCCAGGTCC

QA 5 692 5 692
DS 



AS 2 8

CO CL819Contig1 681 4 13 U
ATGATCAAAACTATGAGAGAAATTATAAACCAATAGTTTTTTTTTTTTGAAATGTAACAT
ACACATTTTGCTCATAGAATAGTCCCCAACCTCATTGCTTCTTAACGAACTGTAAACCGT
TCTGGTCAGAATACCTCTCCATAAACCTCATGAACCTGTCCCATTCTTTCGGCGTCCTCA
TCACATGCTTCGCCACAATGCCTTCCGGTTTCCCGTTCACGAATCTAGCGTTCACATACG
TCGACTGAACCACACCTTCCTCATCAATCATGTACAAACCCGTTATCTCACCGACCTCAC
CGCTCGAGTCGAAAACCGATGGTTGGTCGAAAGAGAATAGTGCCATTCCGTTAGATCCGT
CTCTTGACCGAGTCAGCTTGACGTCAGGAATCGTCAGCTCGTCCGTCCCTTGGATGAACT
GGAGCGCCGGTTTGACCATCATGGTGATTGGGAGGAGGCTCCTAGGTCTTAGAGTTGTTA
GAGACGGTGGATGGAGTCGAGAGAGGGAAATTGGAGAGCCAGTGAAGGAGGAGGGCGTGA
TGGGATGAGCAGAGCATGAAGACATGACAATGCCTGAGGTGCGTGAAACATGCCGAGGAG
ATTGAGTGACAGAAGTTAAAGACCCTATCGAACGAACACAAGCCATTGTTTCGTGCTTAT
CGGTGTGCGCGAGGAAACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B684JQ U 131
AF RR3B684TF C 1
AF RR3D110JQ U 49
AF RR3D110TF C 122
BS 1 48 RR3B684TF
BS 49 130 RR3D110JQ
BS 131 191 RR3B684JQ
BS 192 192 RR3D110JQ
BS 193 249 RR3B684JQ
BS 250 250 RR3D110JQ
BS 251 325 RR3B684JQ
BS 326 334 RR3D110JQ
BS 335 335 RR3B684TF
BS 336 471 RR3D110JQ
BS 472 472 RR3B684TF
BS 473 670 RR3D110JQ
BS 671 681 RR3B684TF

RD RR3B684JQ 195 0 0
ATACCTCTCCATAAACCTCATGAACCTGTCCCATTCTTTCGGCGTCCTCATCACATGCTT
CCCCACAATGCCTTCCGGTTTCCCGTTCACGAATCTAGCGTTCACATACGTCGACTGAAT
CACACCTTCCTCATCAATCATGTACAAACCCGTTATCTCACCGACCTCACCGCTCGAGTC
GAAAACCGATGGTTG

QA 1 195 1 195
DS 

RD RR3B684TF 681 0 0
ATGATCAAAACTATGAGAGAAATTATAAACCAATAGTTTTTTTTTTTTGAAATGTAACAT
ACACATTTTGCTCATAGAATAGTCCCCAACCTCATTGCTTCTTAACGAACTGTAAACCGT
TCTGGTCAGAATACCTCTCCATAAACCTCATGAACCTGTCCCATTCTTTCGGCGTCCTCA
TCACATGCTTCGCCACAATGCCTTCCGGTTTCCCGTTCACGAATCTAGCGTTCACATACG
TCGACTGAATCACACCTTCCTCATCAATCATGTACAAACCCGTTATCTCACCGACCTCAC
CGCTCGAGTCGAAAACCGATGGTTGGTCGAAAGAGAATAGTGCCATTCCGTTAGATCCGT
CTCTTGACCGAGTCAGCTTGACGTCAGGAATCGTCAGCTCGTCCGTCCCTTGGATGAACT
GGAGCGCCGGTTTGACCATCATGGTGATTGGGAGGAGGCTCCTAGGTCTTAGAGTTGTTA
GAGACGGTGGATGGAGTCGAGAGAGGGAAATTGGAGAGCCAGTGAAGGAGGAGGGCGTGA
TGGGATGAGCAGAGCATGAAGACATGACAATGCCTGAGGTGCGTGAAACATGCCGAGGAG
ATTGAGTGACAGAAGTTAAAGACCCTATCGAACGAACACAAGCCATTGTTTCGTGCTTAT
CGGTGTGCGCGAGGAAACTCC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3D110JQ 624 0 0
GAAATGTAACATACACATTTTGCTCATAGAATAGTCCCCAACCTCATTGCTTCTTAACGA
ACTGTAAACCGTTCTGGTCAGAATACCTCTCCATAAACCTCATGAACCTGTCCCATTCTT
TCGGCGTCCTCATCACATGCTTCGCCACAATGC*TTCCGGTTTCCCGTTCACGAATCTAG
CGTTCACATCCGTCGACTGAACCACACCTTCCTCATCAATCATGTACAAACCCGTTATCT
CACCGACCTCACCGCTCGAGTCGAAAACCGATGGTTGGTCGAAAGAAAATAGTGCCATTC
CGTTAGATCCGTCTCTTGACCGAGTCAGCTTGACGTCAGGAATCGTCAGCTCGTCCGTCC
CTTGGATGAACTGGAGCGCCGGTTTGACCATCATGGTGATTGGGAGGAGGCTCCTAGGTC
TTAAAGTTGTTAGAGACGGTGGATGGAGTCGAGAGAGGGAAATTGGAGAGCCAGTGAAGG
AGGAGGGCGTGATGGGATGAGCAGAGCATGAAGACATGACAATGCCTGAGGTGCGTGAAA
CATGCCGAGGAGATTGAGTGACAGAAGTTAAAGACCCTATCGAACGAACACAAGCCATTG
TTTCGTGCTTATCGGTGTGCGC
CC

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3D110TF 551 0 0
CTGGTCAGAATACCTCTCCATAAACCTCATGAACCTGTCCCATTCTTTCGGCGTCCTCAT
CACATGCTTCGCCACAATGC*TTCCGGTTTCCCGTTCACGAATCTAGCGTTCACATCCGT
CGACTGAACCACACCTTCCTCATCAATCATGTACAAACCCGTTATCTCACCGACCTCACC
GCTCGAGTCGAAAACCGATGGTTGGTCGAAAGAGAATAGTGCCATTCCGTTAGATCCGTC
TCTTGACCGAGTCAGCTTGACGTCAGGAATCGTCAGCTCGTCCGTCCCTTGGATGAACTG
GAGCGCCGGTTTGACCATCATGGTGATTGGGAGGAGGCTCCTAGGTCTTAGAGTTGTTAG
AGACGGTGGATGGAGTCGAGAGAGGGAAATTGGAGAGCCAGTGAAGGAGGAGGGCGTGAT
GGGATGAGCAGAGCATGAAGACATGACAATGCCTGAGGTGCGTGAAACATGCCGAGGAGA
TTGAGTGACAGAAGTTAAAGACCCTATCGAACGAACACAAGCCATTGTTTCGTGCTTATC
GGTGTGCGC
CC

QA 1 549 1 549
DS 



CO CL819Contig2 813 4 18 U
GGACCACACCAAGAAGAGAGACCCTCTCTGCTTCATCTCTTTCCTCTACTCCTCTGTCTC
TAGTTTCCTCGCGCACACCGATAAGCACGAACAATGGCCTGTGTTCGTTCGATAGGATCT
TTAACTTCTGTCACTCATTCTCCTCGGCATGTTTCACGCACCTCAGGCATTGTCATGTCT
TCGTGCTCTGCTCATCCTATCACGCCCTCCTCCTTCAATGGCTCTCCCATTTCCCTATCT
CGACTCCATCCACCATCACCAACAACTCTGAGACCAAGGACTCTCATCCCAATCACGATG
ATGGTTAAGCCGGCGCTCCAGTTCATCCAAGGTACCGATGAGCTGACGATTCCTGACGTC
AAGCTGACTCGGTCAAGGGACGGATCTAACGGGATGGCACTATTCTCTTTCGACCAGCCT
TCCGTTTTCGACTCGAGCGGTGAGGTCGGTGAGATAACGGGTTTGTACATGATTGA*GAG
GAAGGTGTGATTCAGTCGACGGATGTGAACGCTAGATTCGTGAACGGGAAACCGGAAGGC
ATTGTGGCGAAGCATGTGATGAGGACGCCGAAAGAATGGGACAGGTTCATGAGGTTTATG
GAGCGGTACTCTGACCAGAACGGTTTACAGTTCGTTAAGAAGCAATGAGGTTGTGGACTT
TTCTATGTGAGCATAATGTGTATGTTACATTTCAAAAAAA*CTATTGGTTTATAATTTCT
CTCATAGTTTTGATCTTTATTTGAGTTTTCAATTCTCCAATGGTACTTTTATTAGAATGG
TTATGCCTCGTGCTCCTCAGTTATTCTATAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BG04TF U 1
AF RR3CQ56TF U 18
AF RR3H567TF U 104
AF RR3H567JQ C 60
BS 1 29 RR3BG04TF
BS 30 30 RR3CQ56TF
BS 31 86 RR3BG04TF
BS 87 87 RR3CQ56TF
BS 88 197 RR3BG04TF
BS 198 198 RR3H567TF
BS 199 259 RR3BG04TF
BS 260 260 RR3CQ56TF
BS 261 285 RR3BG04TF
BS 286 286 RR3H567TF
BS 287 476 RR3BG04TF
BS 477 477 RR3H567TF
BS 478 565 RR3BG04TF
BS 566 566 RR3CQ56TF
BS 567 693 RR3BG04TF
BS 694 733 RR3CQ56TF
BS 734 775 RR3H567TF
BS 776 813 RR3H567JQ

RD RR3BG04TF 693 0 0
GGACCACACCAAGAAGAGAGACCCTCTCTTCTTCATCTCTTTCCTCTACTCCTCTGTCTC
TAGTTTCCTCGCGCACACCGATAAGCGCGAACAATGGCCTGTGTTCGTTCGATAGGATCT
TTAACTTCTGTCACTCATTCTCCTCGGCATGTTTCACGCACCTCAGGCATTGTCATGTCT
TCGTGCTCTGCTCATCCCATCACGCCCTCCTCCTTCAATGGCTCTCCCATTTCCCTATCT
CGACTCCATCCACCATCACTAACAACTCTGAGACCAAGGACTCTCGTCCCAATCACGATG
ATGGTTAAGCCGGCGCTCCAGTTCATCCAAGGTACCGATGAGCTGACGATTCCTGACGTC
AAGCTGACTCGGTCAAGGGACGGATCTAACGGGATGGCACTATTCTCTTTCGACCAGCCT
TCCGTTTTCGACTCGAGCGGTGAGGTCGGTGAGATAACGGGTTTGTACATGATTGATGAG
GAAGGTGTGATTCAGTCGACGGATGTGAACGCTAGATTCGTGAACGGGAAACCGGAAGGC
ATTGTGGCGAAGCATGTGATGAGGATGCCGAAAGAATGGGACAGGTTCATGAGGTTTATG
GAGCGGTACTCTGACCAGAACGGTTTACAGTTCGTTAAGAAGCAATGAGGTTGTGGACTT
TTCTATGTGAGCATAATGTGTATGTTACATTTC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3CQ56TF 716 0 0
GG
GACCCTCTCTGCTTCATCTCTTTCCTCTACTCCTCTGTCTCTAGTTTCCTCGCGCACACC
GATAAGCACGAACAATGGCCTGTGTTCGTTCGATAGGATCTTTAACTTCTGTCACTCATT
CTCCTCGGCATGTTTCACGCACCTCAGGCATTGTCATGTCTTCGTGCTCTGCTCATCCCA
TCACGCCCTCCTCCTTCAATGGCTCTCCCATTTCCCTATCTCGACTCCATCCACCATCAC
CAACAACTCTGAGACCAAGGACTCTCGTCCCAATCACGATGATGGTTAAGCCGGCGCTCC
AGTTCATCCAAGGTACCGATGAGCTGACGATTCCTGACGTCAAGCTGACTCGGTCAAGGG
ACGGATCTAACGGGATGGCACTATTCTCTTTCGACCAGCCTTCCGTTTTCGACTCGAGCG
GTGAGGTCGGTGAGATAACGGGTTTGTACATGATTGATGAGGAAGGTGTGATTCAGTCGA
CGGATGTGAACACTAGGTTCGTGAACGGGAAATCGGAAGGCATTGTGGCGAAGCATGTGA
TGAGGACGCCGAAAGAATGGGACAGGTTCATGAGGTTTATGGAGCGGTACTCTGACCAGA
ACGGTTTACAGTTCGTTAAGAAGCAATGAGGTTGTGGACTTTTCTATGTGAGCATAATGT
GTATGTTACATTTCAAAAAAA*CTATTGGTTTATAATTTCTCTCATAGTTTTGA

QA 3 716 3 716
DS 

RD RR3H567TF 672 0 0
TTCGTTCGATAGGATCTTTAACTTCTGTCACTCATTCTCCTCGGCATGTTTCACGCACCT
CAGGCATTGTCATGTCTTCGTGCTCTGCTCATCCTATCACGCCCTCCTCCTTCAATGGCT
CTCCCATTTCCCTATCTCGACTCCATCCACCATCACCAACAACTCTGAGACCAAGGACTC
TCATCCCAATCACGATGATGGTTAAGCCGGCGCTCCAGTTCATCCAAGGTACCGATGAGC
TGACGATTCCTGACGTCAAGCTGACTCGGTCAAGGGACGGATCTAACGGGATGGCACTAT
TCTCTTTCGACCAGCCTTCCGTTTTCGACTCGAGCGGTGAGGTCGGTGAGATAACGGGTT
TGTACATGATTGA*GAGGAAGGTGTGATTCAGTCGACGGATGTGAACGCTAGATTCGTGA
ACGGGAAACCGGAAGGCATTGTGGCGAAGCATGTGATGAGGACGCCGAAAGAATGGGACA
GGTTCATGAGGTTTATGGAGCGGTACTCTGACCAGAACGGTTTACAGTTCGTTAAGAAGC
AATGAGGTTGTGGACTTTTCTATGTGAGCATAATGTGTATGTTACATTTCAAAAAAA*CT
ATTGGTTTATAATTTCTCTCATAGTTTTGATCTTTATTTGAGTTTTCAATTCTCCAATGG
TACTTTTATTAG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3H567JQ 754 0 0
GG
AGTTTCCTCGCGCACACCGATAAGCACGAACAATGGCCTGTGTTCGTTCGATAGGATCTT
TAACTTCTGTCACTCATTCTCCTCGGCATGTTTCACGCACCTCAGGCATTGTCATGTCTT
CGTGCTCTGCTCATCCTATCACGCCCTCCTCCTTCAATGGCTCTCCCATTTCCCTATCTC
GACTCCATCCACCATCACCAACAACTCTGAGACCAAGGACTCTCATCCCAATCACGATGA
TGGTTAAGCCGGCGCTCCAGTTCATCCAAGGTACCGATGAGCTGACGATTCCTGACGTCA
AGCTGACTCGGTCAAGGGACGGATCTAACGGGATGGCACTATTCTCTTTCGACCAGCCTT
CCGTTTTCGACTCGAGCGGTGAGGTCGGTGAGATAACGGGTTTGTACATGATTGA*GAGG
AAGGTGTGATTCAGTCGACGGATGTGAACGCTAGATTCGTGAACGGGAAACCGGAAGGCA
TTGTGGCGAAGCATGTGATGAGGACGCCGAAAGAATGGGACAGGTTCATGAGGTTTATGG
AGCGGTACTCTGACCAGAACGGTTTACAGTTCGTTAAGAAGCAATGAGGTTGTGGACTTT
TCTATGTGAGCATAATGTGTATGTTACATTTCAAAAAAAACTATTGGTTTATAATTTCTC
TCATAGTTTTGATCTTTATTTGAGTTTTCAATTCTCCAATGGTACTTTTATTAGAATGGT
TATGCCTCGTGCTCCTCAGTTATTCTATAATC

QA 3 754 3 754
DS 



AS 1 8

CO CL820Contig1 993 8 48 U
GGGAGAAGTATGACTTGAGCTCGGTTAGGGTTATGAAATCTGGTGCTGCTCCGCTTGGTA
AGGAGATTGAAGATGCCGTCAGTGCCAAGTTTCCTAACGCCAAACTCGGACAGGGATACG
GAATGACGGAAGCAGGTCCGGTGCTAGCAATGTCGTTAGGGTTCGCAAAAGAGCCGTTTC
CGGTGAAGTCAGGAGCTTGTGGTACGGTGGTTAGAAACGCCGAGATGAAAATCATCGATC
CAGACACGGGAGACTCACTTTCCAAAAACAAACCTGGAGAGATTTGCATCCGTGGTGACC
AGATCATGAAAGGTTACCTCAACAACCCGGAGGCTACAGCAGAGACCATAGACAAAGAAG
GTTGGCTTCACACGGGAGACATCGGGTTGATCGATGACGACGACGAGCTTTTCATCGTTG
ATCGATTGAAAGAGATTATCAAGTACAAAGGTTTTCAAGTGGCTCCGGCTGAGCTAGAGT
CTCTCCTCATCGGTCATCAGGATATCACCGATGTCGCCGTCGTTGGTATGAAAGAAGAGG
CTGCTGGTGAAGTTCCCGTTGCGTTTGTTGTGAAATCCAAGGATTCAGAGTTATCAGAAG
ATGAAGTGAAACAATTTGTGGCGAAACAGGTTGTGTTTTACAAGAGAATCAACAAAGTGT
TCTTCGCTGAGTCCATACCTAAAGCTGCATCAGGGAAGATATTGAGGAAAGATTTGAGGG
CAAAACTAGCAAGTGGGTTGGTGAACTAATGAAATAAAAGCAAAATATGTTTCATTATGT
ATATACATACAAGTGTGTTTGACGAAGGAAGAAGAAGAACTCATACGGATCAACCAATGT
CTGTTTGCTCTTGTTTGTTTCTTGTTGTTATCTATGATTCATGTACTGAGCCTTTTTTTA
AATGAAAGGTGGTTTCTTTTTTTGGGTTTCATGTAACTTGTGCTGGAGAAAACTAGCAGA
CTTTTTTCATAAAATAAATTACTCTGATTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 15 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 20 50 
50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 40 40 40 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 15 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3FD65TF U 1
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AF RR3F426JQ C 407
AF RR3DI03TF U 266
AF RR3EF25JQ C 267
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AAGATAT

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DS 

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G
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G
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G
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ATGTTTCATTATGTATATACATACAAGTGTGTTTGACGAAGGAAGAAGAAGAACTCATAC
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AGAAAACTAGCAGACTTTTTTCATAAAATAAATTACTCTGATTATGC

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DS 

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G
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ACCGATGTCGCCGTCGTTGGTATGAAAGAAGAGGCTGCTGGTGAAGTTCCCGTTGCGTTT
GTTGTGAAATCCAAGGATTCAGAGTTATCAGAAGATGAAGTGAAACAATTTGTGGCGAAA
CAGGTTGTGTTTTACAAGAGAATCAACAAAGTGTTCTTCGCTGAGTCCATACCTAAAGCT
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TAATGAAATAAAAGCAAAATATGTTTCATTATGTATATACATACAAGTGTGTTTGACGAA
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CATA

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DS 

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AAAGGTTTTCAAGTGGCTCCGGCTGAGCTAGAGTCTCTCCTCATCGGTCATCAGGATATC
ACCGATGTCGCCGTCGTTGGTATGAAAGAAGAGGCTGCTGGTGAAGTCCCCGTTGCGTTT
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CCGGTTGTGTTTTACAAGAGAATCAACAAAGTGTTCTTCGCTGAGTCCATACCTAAAGCT
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TAATGAAATAAAAGCAAAATATGTTTCATTATGTATATACATACAAGTGTGTTTGACGAA
GGAAGAAGAAGAACTCATACGGATCAACCAATGTCTGTTTGCTTTTGTTTGTTTCTTGTT
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TTTCATGTAACTTGTGCTGGAGAAAACTAGCAGACTTTTTTCATAAAATAAATTACTCTG
ATTATGC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 7

CO CL821Contig1 751 7 49 U
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TAGCGTTCATGTAAATATCTATTTGCCCAAGATAGATTTGATCCACCAAACACCCTTGGT
GTCGTCAGGAGCAGTGTTGGACTCAGGTGGTGTGTCACTCTGAGGTGTCCTATGCAGCTT
GCTAACATCATACCCTTCCTCCACCGCCTTCTCCACCAGCTGCTTGTACGTCTCTTCCTC
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ATGCTGATACTCAGGATCAACATACAGCACCCAGTAATCCCCCGTGACGGGAATGACGGG
GAGGAAAGGAGGAACAAAGAACTTGACTTTAAGCTTGGCCTCGTCGCTCTTAGGATCAGC
TTTGTAAGCCGACCCTTGGATGAAACCTCTCTTGCCTCCGTCCCACGTCTCGTTCAAGAC
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CTGAAACCTGGAAGGGAAAGAAGCAATCTCGTACCAACGGCCCATGTATCTCTCCAAGTC
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TTTACGATTTAGATATTTTGAGGTTTGGTCC


BQ
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10 40 40 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 
45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3BM65JQ U 1
AF RR3E984JQ U 63
AF RR3BM65TF C 1
AF RR3ES15JQ U 1
AF RR3FL25JQ U 1
AF RR3FL25TF C 23
AF RR3ES15TF C 33
BS 1 37 RR3BM65JQ
BS 38 38 RR3ES15JQ
BS 39 52 RR3BM65JQ
BS 53 53 RR3ES15JQ
BS 54 60 RR3BM65JQ
BS 61 61 RR3ES15JQ
BS 62 68 RR3BM65JQ
BS 69 69 RR3ES15JQ
BS 70 81 RR3BM65JQ
BS 82 82 RR3ES15JQ
BS 83 134 RR3BM65JQ
BS 135 135 RR3ES15JQ
BS 136 159 RR3BM65JQ
BS 160 160 RR3ES15JQ
BS 161 203 RR3BM65JQ
BS 204 204 RR3E984JQ
BS 205 234 RR3BM65JQ
BS 235 235 RR3ES15JQ
BS 236 285 RR3BM65JQ
BS 286 286 RR3ES15JQ
BS 287 337 RR3BM65JQ
BS 338 338 RR3ES15JQ
BS 339 366 RR3BM65JQ
BS 367 367 RR3ES15JQ
BS 368 386 RR3BM65JQ
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BS 421 421 RR3ES15JQ
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BS 457 457 RR3ES15JQ
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BS 732 751 RR3FL25JQ

RD RR3BM65JQ 698 0 0
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TAGCGTTCATGTAA*TATCTATTTGCCCAAGATAGATTTAATCCACCAAACACCCTTGGT
GTCGTCAGGAGCAGTGTTGGACTAAGGTGGTGTGTCACTCTGAGGTGTCCTATGAAGCTT
GCTAACATCATACCCTTCCTCCACCGCCTTCTCCACCAGCTGCTTATACGTCTCTTCCTC
CACATGCGCCGTCCTGCTCAGTATCCAAAGATAACTCTTTGAAGGCTGTCCGATAACAGC
ATGCTGGTACTCAGGATCAACATACAACACCCAGTAATCCCCCGTGACGGGAATGACGGG
AAGGAAAGGAGGAACAAAGAACTTGACTTTAAGCTTAGCCTCGTCGCTCTTAGGATCAGC
TTTGTAAGCCGACCCTTGGATGAAACCTCTCTTGCCTCCGTCCCACGTCTCGTTTAAGAC
GTGCACCGTGCCGTCGGGGTTAAGGGTGTAGGTGGCGCGAGTGTCTGCACCGTTCTTGGG
CTGGAACCTGGAAGGGAAAGAAGCAATCTCGTACCAGCGTCCCATGTACCTCTCCAAGTC
GAGACCTTTCACAACGTTCATCTCTTTCTTCTCCGTC
C

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3E984JQ 607 0 0
G
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CGTT*ATGTAA*TATCTATTTGCCCAAGATAGATTTAATCCACCAAACACCCTTGGTGTC
GTCAGGAGCAGTGTTGGACTCAGGTGGTGTGTCACTCTGAGGTGTCCTATGAAGCTTGCT
AACATCATACCCTTCCTCCACCGCCTTCTCCACCAGCTGCTTATACGTCTCTTCCTCCAC
ATGCGCCGTCCTGCTCAGTATCCAAAGATAACTCTTTGAAGGCTGTCCGATAACAGCATG
CTGGTACTCAGGATCAACATACAACACCCAGTAATCCCCCGTGACGGGAATGACGGGAAG
GAAAGGAGGAACAAAGAACTTGACTTTAAGCTTAGCCTCGTCGCTCTTAGGATCAGCTTT
GTAAGCCGACCCTTGGATGAAACCTCTCTTGCCTCCGTCCCACGTCTCGTTCAAGACGTG
CACCGTGCCGTCGGGGTTAAGGGTATAGGTGGCGCGAGTGTCTGCACCGTTCTTGGGCTG
GAACCTGGAAGGGAAAGAAGCAATCTCGTACCAGCGTCCCATGTACCTCTCCAAGTCTAG
ACCTTT

QA 2 607 2 607
DS 

RD RR3BM65TF 698 0 0
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TAGCGTTCATGTAA*TATCTATTTGCCCAAGATAGATTTAATCCACCAAACACCCTTGGT
GTCGTCAGGAGCAGTGTTGGACTAAGGTGGTGTGTCACTCTGAGGTGTCCTATGAAGCTT
GCTAACATCATACCCTTCCTCCACCGCCTTCTCCACCAGCTGCTTATACGTCTCTTCCTC
CACATGCGCCGTCCTGCTCAGTATCCAAAGATAACTCTTTGAAGGCTGTCCGATAACAGC
ATGCTGGTACTCAGGATCAACATACAACACCCAGTAATCCCCCGTGACGGGAATGACGGG
AAGGAAAGGAGGAACAAAGAACTTGACTTTAAGCTTAGCCTCGTCGCTCTTAGGATCAGC
TTTGTAAGCCGACCCTTGGATGAAACCTCTCTTGCCTCCGTCCCACGTCTCGTTTAAGAC
GTGCACCGTGCCGTCGGGGTTAAGGGTGTAGGTGGCGCGAGTGTCTGCACCGTTCTTGGG
CTGGAACCTGGAAGGGAAAGAAGCAATCTCGTACCAGCGTCCCATGTACCTCTCCAAGTC
GAGACCTTTCACAACGTTCATCTCTTTCTTCTCCGTC
C

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3ES15JQ 731 0 0
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GTCGTCAGGAGCAGTGTTGGACTCAGGTGGTGTGTCACTCTGAGGTGTCCTATGCAGCTT
GCTAACATCATACCCTTCCTCCACCGCCTTCTCCACCAGCTGCTTGTACGTCTCTTCCTC
CACATGCGCCGTCCTGCTCAGTATCCAAAGATAACTCCTTGAAGGCTGTCCGATAACAGC
ATGCTGATACTCAGGATCAACATACAGCACCCAGTAATCCCCCGTGACGGGAATGACGGG
GAGGAAAGGAGGAACAAAGAACTTGACTTTAAGCTTGGCCTCGTCGCTCTTAGGATCAGC
TTTGTAAGCCGACCCTTGGATGAAACCTCTCTTGCCTCCGTCCCACGTCTCGTTCAAGAC
GTGAACCGTGCCGTCAGGGTTAAGGGTGTAGGTGGCGCGAGTGTCTGCACCGTTCTTGGG
CTGAAACCTGGAAGGGAAAGAAGCAATCTCGTACCAACGGCCCATGTATCTCTCCAAGTC
GAGACCTTTCACAACGTTCATCTCTTTCTTCTCCGTCATTTTTTTTTTTT*GCTTCTTGC
TTTACGATTTA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3FL25JQ 751 0 0
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GTAAACGACAGGTGTAGTATA*ATACTACACAGACAAAGGAAGTGAAACAAGTCTCCTTT
TAGCGTTCATGTAAATATCTATTTGCCCAAGATAGATTTGATCCACCAAACACCCTTGGT
GTCGTCAGGAGCAGTGTTGGACTCAGGTGGTGTGTCACTCTGAGGTGTCCTATGCAGCTT
GCTAACATCATACCCTTCCTCCACCGCCTTCTCCACCAGCTGCTTGTACGTCTCTTCCTC
CACATGCGCCGTCCTGCTCAGTATCCAAAGATAACTCCTTGAAGGCTGTCCGATAACAGC
ATGCTGATACTCAGGATCAACATACAGCACCCAGTAATCCCCCGTGACGGGAATGACGGG
GAGGAAAGGAGGAACAAAGAACTTGACTTTAAGCTTGGCCTCGTCGCTCTTAGGATCAGC
TTTGTAAGCCGACCCTTGGATGAAACCTCTCTTGCCTCCGTCCCACGTCTCGTTCAAGAC
GTGAACCGTGCCGTCAGGGTTAAGGGTGTAGGTGGCGCGAGTGTCTGCACCGTTCTTGGG
CTGAAACCTGGAAGGGAAAGAAGCAATCTCGTACCAACGGCCCATGTATCTCTCCAAGTC
GAGACCTTTCACAACGTTCATCTCTTTCTTCTCCGTCATTTTTTTTTTTTTGCTTCTTGC
TTTACGATTTAGATATTTTGAGGTTTGGTCC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3FL25TF 729 0 0
ATGTCG
AAATAAACAGAAGCAGAACGATGATTACTAAAGTAAACGACAGGTGTAGTATA*ATACTA
CACAGACAAAGGAAGTGAAACAAGTCTCCTTTTAGCGTTCATGTAAATATCTATTTGCCC
AAGATAGATTTGATCCACCAAACACCCTTGGTGTCGTCAGGAGCAGTGTTGGACTCAGGT
GGTGTGTCACTCTGAGGTGTCCTATGCAGCTTGCTAACATCATACCCTTCCTCCACCGCC
TTCTCCACCAGCTGCTTGTACGTCTCTTCCTCCACATGCGCCGTCCTGCTCAGTATCCAA
AGATAACTCCTTGAAGGCTGTCCGATAACAGCATGCTGATACTCAGGATCAACATACAGC
ACCCAGTAATCCCCCGTGACGGGAATGACGGGGAGGAAAGGAGGAACAAAGAACTTGACT
TTAAGCTTGGCCTCGTCGCTCTTAGGATCAGCTTTGTAAGCCGACCCTTGGATGAAACCT
CTCTTGCCTCCGTCCCACGTCTCGTTCAAGACGTGAACCGTGCCGTCAGGGTTAAGGGTG
TAGGTGGCGCGAGTGTCTGCACCGTTCTTGGGCTGAAACCTGGAAGGGAAAGAAGCAATC
TCGTACCAACGGCCCATGTATCTCTCCAAGTCGAGACCTTTCACAACGTTCATCTCTTTC
TTCTCCGTCATTTTTTTTTTTTTGCTTCTTGCTTTACGATTTAGATATTTTGAGGTTTGG
TCC

QA 7 729 7 729
DS 

RD RR3ES15TF 719 0 0
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GACAAAGGAAGTGAAACAAGTCTCCTTTTAGCGTTCATGTAAATATCTATTTGCCCAAGA
TAGATTTGATCCACCAAACACCCTTGGTGTCGTCAGGAGCAGTGTTGGACTCAGGTGGTG
TGTCACTCTGAGGTGTCCTATGCAGCTTGCTAACATCATACCCTTCCTCCACCGCCTTCT
CCACCAGCTGCTTGTACGTCTCTTCCTCCACATGCGCCGTCCTGCTCAGTATCCAAAGAT
AACTCCTTGAAGGCTGTCCGATAACAGCATGCTGATACTCAGGATCAACATACAGCACCC
AGTAATCCCCCGTGACGGGAATGACGGGGAGGAAAGGAGGAACAAAGAACTTGACTTTAA
GCTTGGCCTCGTCGCTCTTAGGATCAGCTTTGTAAGCCGACCCTTGGATGAAACCTCTCT
TGCCTCCGTCCCACGTCTCGTTCAAGACGTGAACCGTGCCGTCAGGGTTAAGGGTGTAGG
TGGCGCGAGTGTCTGCACCGTTCTTGGGCTGAAACCTGGAAGGGAAAGAAGCAATCTCGT
ACCAACGGCCCATGTATCTCTCCAAGTCGAGACCTTTCACAACGTTCATCTCTTTCTTCT
CCGTCATTTTTTTTTTTTTGCTTCTTGCTTTACGATTTAGATATTTTGAGGTTTGGTCC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 8

CO CL822Contig1 860 8 20 U
GGGTTCCACCTCTCTCTATCCCA*AAAAAAAAAGAAAAAAGAGATGGAGGAAGCAGCGGC
GCATCCTTACGTTCCGAGAGATCTGAAACTGCCTGGATACGTTCCCATCTCCATGTCCAT
GTCAACTATCCTCGCAGTCTACCTCGGTGCCTCTCTCTTTGTCGTCACCTTCGTCTGGTT
TCTACTCGGGAGGAAGAAAGCGCATCTTGACAGATTGCTAATGTGCTGGTGGGCTTTCAC
CGGTCTCACTCACATGGTTCTCGAGGGCTATTTCGTTTTCTCCCCCGAGTTTTTCAAGGA
CAACACCTCTTGTTACCTCGCTGAAGTTTGGAAAGAATACAGCAAAGGTGATTCTAGATA
TGCGGGGAGAGATTCTGCAGTTATAGCTGTTGAAGGCATCACTGCTGTTATTGAAGGCCC
TGCTTCTCTTCTTGCTGTGTATGCTATTGCTAAGGGGAAGTCGTACAGCTACGTGCTTCA
GCTTGCTATTTCACTAGGCCAGCTCTACGGATGTCTTGTCTATTTCATTACTGCTCTCTT
GGAAGGAGATAACTTTGCTACTAACTCCTTCTACTACTACTCCTACTACATTTTCGCTAA
TGGATGGTGGG*TTTTGATCCCTTTCCTCATTTCTTACCGTTGCTGGAACAAGATTTGTG
CAAGTCCCAACGGTGTGGAGACTAAGATTAAGAAGAAAACCCGTTAGAATGCAAACAAAA
AAA*CTCTTTTACAAGATTCTAGTTTTTTCATCTCTTCTTTCTGGCTTTGATGCTTTGCT
TGTTTTTCTGTTTCCTCATTACCTACCTGAGAACATCATTAGACTGTTTCTCCTTTGGCA
ATTGAATTTGGTTTCATTTT


BQ
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 25 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 25 25 25 25 40 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3CT06TF U 1
AF RR3FE29TF U 1
AF RR3FM24TF U 1
AF RR3D429TF U 1
AF RR3FC68TF U 1
AF RR3FC68JQ C 64
AF RR3FM24JQ C 414
AF RR3FE29JQ C 79
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RD RR3CT06TF 716 0 0
TT
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AAGGAGATAACTTTGCTACTAACTCTTTCTACTACTACTCCTACTACATTTTCGCTAATG
GATGGTGGGGTTTTGATCCCTTTCCTCATTTCTTACCGTTGCTGGAACAAGATTTGTGCA
AGTCCCAACGGTGTGGAGACTAAGATTA*GAAGAAA*CCCGTTAGA*TGCAA
CA

QA 3 714 3 714
DS 

RD RR3FE29TF 689 0 0
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GGAAGGAGATAACTTTGCTACTAACTCCTTCTACTACTACTCCTACTACATTTTCGCTAA
TGGATGGTGGG*TTTTGATCCCTTTCCTCATTTCTTACCGTTGCTGGAACAAGATTTGTG
CAAGTCCCAACGGTGTGGAGACTAAGATT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3FM24TF 669 0 0
GGGTTCCACCTCTCTCTATCCC**AAAAAAAAAGAAAAAAGAGATGGAGGAAGCAGCGGC
GCATCCTTACGTTCCGAGGGATCTGAAACTGCCTGGATACGTTCCCATCTCCATGTCCAT
GTCAACTATCCTCGCAGTCTACCTCGGTGCCTCTCTCTTTGTCGTCACCTTCGTCTGGTT
TCTACTCGGGAGGAAGAAAGCGCATCTTGACAGATTGCTAATGTGCTGGTGGGCTTTCAC
CGGTCTCACTCACATGGTTCTCGAGGGCTATTTCGTTTTCTCCCCCGAGTTTTTCAAGGA
CAACACCTCTTGTTACCTCGCTGAAGTTTGGAAAGAATACAGCAAAGGTGATTCTAGATA
TGCGGGGAGAGATTCTGCAGTTATAGCTGTTGAAGGCATCACTGCTGTTATTGAAGGCCC
TGCTTCTCTTCTTGCTGTGTATGCTATTGCTAAGGGGAAGTCGTACAGCTACGTACTTCA
GCTTGCTATTTCACTAGGCCAGCTCTACGGATGTCTTGTCTATTTCATTACTGCTCTCTT
GGAAGGAGATAACTTTGCTACTAACTCCTTCTACTACTACTCCTACTACATTTTCGCTAA
TGGATGGTGGG*TTTTGATCCCTTTCCTCATTTCTTACCGTTGCTGGAACAAGATTTGTG
CAAGTCCCA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3D429TF 759 0 0
GGGTTCCACCTCTCTCTATCCCA*AAAAAAAAAGAAAAAAGAGATGGAGGAAGCAGCGGC
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GTCAACTATCCTCGCAGTCTACCTCGGTGCCTCTCTCTTTGTCGTCACCTTCGTCTGGTT
TCTACTCGGGAGGAAGAAAGCGCATCTTGACAGATTGCTAATGTGCTGGTGGGCTTTCAC
CGGTCTCACTCACATGGTTCTCGAGGGCTATTTCGTTTTCTCCCCCGAGTTTTTCAAGGA
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DS 

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QA 1 782 1 782
DS 



AS 2 8

CO CL823Contig1 2030 6 14 U
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BY73TF U 1
AF RR3BY73JQ C 490
AF RR3DZ75JQ U 1260
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AF RR3DZ75TF C 1455
BS 1 650 RR3BY73TF
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BS 1475 1494 RR3B436JQ
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BS 1703 1954 RR3B436JQ
BS 1955 2030 RR3B436TF

RD RR3BY73TF 650 0 0
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ACAAAACTTAAAATGGCATTCTCCAAGAGACTCATTTTGGCGATGATTTTTACAGTTTTT
GTGATAGTTAAGCCCTCAGAAGCTGCTCTTGATGCTCATTACTATGACCGATCGTGCCCT
GCTGCCGAGAAAATCATACTTGAAACTGTTAAGAAGGCTATCTTGCATGATCCCAAAGTG
CCTGCTCGTCTCCTCAGAATGTTCTTCCACGACTGCTTCATCAGGGGGTGTGATGCGTCT
ATCCTACTAGATTCGACCAAGTCAAACCAAGCTGAGAAGGACGGCCCACCAAACATTTCG
GTACGATCATTTTACGTGATAGAAAATGCCAAGACAAAGCTTGAAGAGGTTTGTCCTCGT
ACTGTTTCTTGTGCGGACGTGATCGCCATTGCAGCTAGAGATGTGGTCACTCTGTCCGGT
GGTCCTTACTGGAGCGTACTGAAAGGGCGAAAAGATGGGAGAATGTCACGAGCAACCGAG
ACGATCAATCTCCCAGGACCAACATTCAACGTGTCTCAACTGATCCAAAGCTTTGCAGCA
AGAGGCTTGTCAGTGAAAGACATGGTTACACTCTCCCGCGGCTACACGAT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3BY73JQ 756 0 0
TGGAGCGTACTG
AAAGGGCGAAAAGATGGGAGAATGTCACGAGCAACCGAGACGATCAATCTCCCAGGACCA
ACATTCAACGTGTCTCAACTGATCCAAAGCTTTGCAGCAAGAGGCTTGTCAGTGAAAGAC
ATGGTTACACTCTCCGGCGGCTACACGATAGGATTCTCTCATTGTTCTTCTTTCGAGGCC
CGTCTTCATAACTTCAGCAAGTTCCACGATATCGATCCTTCGATGAACTTTGCATTTGCG
CAAAGTCTGAAAAAGAAATGCCCGAGATCTAGCAACCGAGGCAAGAACGCAGGGACTTTC
TTGGACTCTACGACCTCGGTTTTTGATAACGATTACTACAAGCAGATACTATCAGGAAAA
GGTGTGTTTGGATCTGATCAGGCGCTTCTAGGAGACTACCGGACTAAGTGGATCGTTGAG
ACATATGCTCGAGACCAAAAGGCCTTCTTCAGAGAGTTTGCAACTTCTATGGTGAAACTT
GGGAACTTTGGCGTCAAGGAGACAGGAGAAGTGAGAGCCAACACTCGTTTCGTCAATTAA
AAAAGTAAAAGTCTACAGAAAATATATGCAATTGAGAGCTTTCATTTCTTTAAGTTTTAT
TGCATTTATAATTCATTTATGTATTAATAGTATTATAGTTCGCTATGAGTAGCATCGTTT
GCTTTATATGTAACGTTGTTCTGCTTCAGTGAACATAAAGTTAACTGATGGTTCGAAATG
TTGAATGAAAGTAATAAATTTGTG

QA 13 756 13 756
DS 

RD RR3DZ75JQ 621 0 0
TAGAATTTGAATAATGTTTCGTTATGCAAAAACAACATCAGAACGGAACACATACTTGAC
TCCCTTGGAGACATTTCTTCCTTCGTGCAA*ATACACTTGTCTCCATGAATATGAAACAG
AGCCATACCTTCCACTGGAGCTACCTCAGCTACGATACTGTTCCTTGAACCATAAAAGAC
AGTTTCTCCACCTACTAAAGGCTCAGCTGAAGAAGAATCATTTGTCTTGCTTGAAGAACT
GCTCTTGGATTTGGATTTTGCGTTACTGTTGCCGCTTAGATATATCAACAATGTGTAACA
GGTCCGCTTCCCATCTTCAAGATCAACACTTTCATCAATGTGACGACCAAAATGCTGACC
AGCACTATACCTGTAAAATCGAATGTTTGGATTCAAACCAACAGCAACTCTCCTCCTAAT
CTTGATATCAGTAAACAAATTAGAAAGCCCGGATTGCCATAGTGTGTCAGCAAGAACAGG
ATCGTTGACAGAGATTCGATGGTTATCTCTAAAAGCTTCACCATAAGCAGGGCCTCGGCT
TCCTTGGTGAGTGAAACCTAGAGACTCTGCGATTTTAACAAAGCCCTTTGACTCATCACT
AGTGAGACAGTTCTCCACCGT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3B436JQ 790 0 0
C
TATATGTAACTTTGTTCTGCTTCAGTGAACATAAAGTTAACTGATGGTTCGAAATGTTGA
ATGAAAGTAATAAATTTGTGAAACACAAAACAGATAGAATTTGAATAATGTTTCGTTATG
CAAAAACAACATCAGAACGGAACACATACTTGACTCCCTTGGAGACATTTCTTCCTTCGT
GCGACATACACTTGTCTCCATGAATATGAAACAGAGCCATACCTTCCACTGGAGCTACCT
CAGCTACGATACTGTTCCTTGAACCATAAAAGACAGTTTCTCCACCTACTAAAGGCTCAG
CTGAAGAAAAATCATTTGTCTTGCTTGAAAAACTGCTCTTGGATTTGGATTTTGCGTTAC
TGTTGCCGCTTAAATATATCAACAATGTGTAACAGGTCCGCTTCCCATCTTCAAGATCAA
CACTTTCATCAATGTGACGACCAAAATGCTGACCAGCACTATACCTGTAAAATCGAATGT
TTGGATTCAAACCAACAGCAACTCTCCTCCTAATCTTGATATCAGTAAACAAATTAAAAA
GCCCGGATTGCCATAGTGTGTCAGCAAGAACAGGATCGTTGACAGAGATTCGATGGTTAT
CTCTAAAAGCTTCACCATAAGCAGGGCCTCGGCTTCCTTGGTGAGTGAAACCTAGAGACT
CTGCGATTTTAACAAAGCCCTTTGACTCATCACTAGTGAGACAGTTCTCCACCGTGAAGA
GATCAAGATTCTTGAGATAAGAGACACTGAGATTGGGTTTGGCTTTGATCTTCGGCCACT
TGATTGTTG

QA 2 790 2 790
DS 

RD RR3B436TF 858 0 0
TAACTTTG
TCTGCTTCAGTGAACATAAAGTTAACTGATGGTTCGAAATGTTGAATGAAAGTAATAAAT
TTGTGAAACACAAAACAGATAGAATTTGAATAATGTTTCGTTATGCAAAAACAACATCAG
AACGGAACACATACTTGACTCCCTTGGAGACATTTCTTCCTTCGTGCGACATACACTTGT
CTCCATGAATATGAAACAGAGCCATACCTTCCACTGGAGCTACCTCAGCTACGATACTGT
TCCTTGAACCATAAAAGACAGTTTCTCCACCTACTAAAGGCTCAGCTGAAGAAGAATCAT
TTGTCTTGCTTGAAGAACTGCTCTTGGATTTGGATTTTGCGTTACTGTTGCCGCTTAGAT
ATATCAACAATGTGTAACAGGTCCGCTTCCCATCTTCAAGATCAACACTTTCATCAATGT
GACGACCAAAATGCTGACCAGCACTATACCTGTAAAATCGAATGTTTGGATTCAAACCAA
CAGCAACTCTCCTCCTAATCTTGATATCAGTAAACAAATTAGAAAGCCCGGATTGCCATA
GTGTGTCAGCAAGAACAGGATCGTTGACAGAGATTCGATGGTTATCTCTAAAAGCTTCAC
CATAAGCAGGGCCTCGGCTTCCTTGGTGAGTGAAACCTAGAGACTCTGCGATTTTAACAA
AGCCCTTTGACTCATCACTAGTGAGACAGTTCTCCACCGTGAAGAGATCAAGATTCTTGA
GATAAGAGACACTGAGATTGGGTTTGGCTTTGATCTTCGGCCACTTGATTGTTGCAGACA
ATTCTCCTTTGTCTCCCATCTTCGCGATTTGGGGTTGATGTAACATCAGAGGATTTATAT
GTATGAATCC

QA 9 858 9 858
DS 

RD RR3DZ75TF 533 0 0
TAAAGGCTCAGCTGAAGAAGAATCATTTGTCTTGCTTGAAGAACTGCTCTTGGATTTGGA
TTTTGCGTTACTGTTGCCGCTTAGATATATCAACAATGTGTAACAGGTCCGCTTCCCATC
TTCAAGATCAACACTTTCATCAATGTGACGACCAAAATGCTGACCAGCACTATACCTGTA
AAATCGAATGTTTGGATTCAAACCAACAGCAACTCTCCTCCTAATCTTGATATCAGTAAA
CAAATTAGAAAGCCCGGATTGCCATAGTGTGTCAGCAAGAACAGGATCGTTGACAGAGAT
TCGATGGTTATCTCTAAAAGCTTCACCATAAGCAGGGCCTCGGCTTCCTTGGTGAGTGAA
ACCTAGAGACTCTGCGATTTTAACAAAGCCCTTTGACTCATCACTAGTGAGACAGTTCTC
CACCGTGAAGAGATCAAGATCCTTGAGATAAGAGACACTGAGATTGGGTTTGGCTTTGAT
CTTCGGCCACTTGATTGTTGCAGACAATTCTCCTTTGTCTCCCATCTTCGC
CC

QA 1 531 1 531
DS 



CO CL823Contig2 896 2 4 U
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CAAAACTTAAAATGGCATTCTCCAAGAGACTCGTTTTGGCGATGATTTTTACCGTATTTG
TGATAGTTAAGCCCTCAGAAGCTGCTCTTGATGCTCATTACTATGACCGATCGTGCCCTG
CTGCCGAGAAAATCATACTTGAAACTGTTAAGAAGGCTATCTTGCATGATCCCAAAGGGC
GAAAAGATGGGAGAATGTCACGAGCAACCGAGACGATCAATCTCCCAGGACCAACATTCA
ACGTGTCTCAACTGATCCAAAGCTTTGCAGCAAGAGGCTTGTCAGTGAAAGACATGGTTA
CACTCTCCGGCGGCCACACGATAGGATTCTCTCATTGCTCTTCTTTCGAGGCCCGTCTTC
ATAACTTCAGCAAGTTCCACGATATCGATCCTTCGATGAACTTTGCATTTGCGCAAAGCC
TGAAAAATAAATGCCCGAGATCTAACAACCGAGGCAAGAACGCAGGGACTTTCTTGGACT
CTACGACCTCGGTTTTCGATAACGATTACTACAGGCAGATACTATCAGGAAAAGGTGTGT
TTGGATCTGATCAGGCGCTTCTAGGAGACTACCGGACTAAGTGGATCGTTGAGACATATG
CTCGAGACCAAAAGGCCTTCTTCAGAGAGTTTGCAACTTCCATGGTGAAACTTGGGAACT
TTGGTGTCAAGGAGACAGGAGAAGTGAGAGCCAACACTCGTTTCGTCAATTAAAAAAGTA
AGTCTACGGAAAATATATTCAATTGAGAGCTTTCATTTCTTTAAGTTTGATTGCATTTAT
AATTCATTTATGTATTAACAGTATTATAGTTCGCTATGAGTTGCATCGTTTGCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DF87TF U 1
AF RR3DF87JQ C 186
BS 1 674 RR3DF87TF
BS 675 675 RR3DF87JQ
BS 676 761 RR3DF87TF
BS 762 896 RR3DF87JQ

RD RR3DF87TF 761 0 0
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CAAAACTTAAAATGGCATTCTCCAAGAGACTCGTTTTGGCGATGATTTTTACCGTATTTG
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GAAAAGATGGGAGAATGTCACGAGCAACCGAGACGATCAATCTCCCAGGACCAACATTCA
ACGTGTCTCAACTGATCCAAAGCTTTGCAGCAAGAGGCTTGTCAGTGAAAGACATGGTTA
CACTCTCCGGCGGCCACACGATAGGATTCTCTCATTGCTCTTCTTTCGAGGCCCGTCTTC
ATAACTTCAGCAAGTTCCACGATATCGATCCTTCGATGAACTTTGCATTTGCGCAAAGCC
TGAAAAATAAATGCCCGAGATCTAACAACCGAGGCAAGAACGCAGGGACTTTCTTGGACT
CTACGACCTCGGTTTTCGATAACGATTACTACAGGCAGATACTATCAGGAAAAGGTGTGT
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CTCGAGACCAAAAG*CCTTCTTCAGAGAGTTTGCAACTTCCATGGTGAAACTTGGGAACT
TTGGTGTCAAGGAGACAGGAGAAGTGAGAGCCAACACTCGT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3DF87JQ 711 0 0
GAGAAAATCATACTTGAAACTGTTAAGAAGGCTATCTTGCATGATCCCAAAGGGCGAAAA
GATGGGAGAATGTCACGAGCAACCGAGACGATCAATCTCCCAGGACCAACATTCAACGTG
TCTCAACTGATCCAAAGCTTTGCAGCAAGAGGCTTGTCAGTGAAAGACATGGTTACACTC
TCCGGCGGCCACACGATAGGATTCTCTCATTGCTCTTCTTTCGAGGCCCGTCTTCATAAC
TTCAGCAAGTTCCACGATATCGATCCTTCGATGAACTTTGCATTTGCGCAAAGCCTGAAA
AATAAATGCCCGAGATCTAACAACCGAGGCAAGAACGCAGGGACTTTCTTGGACTCTACG
ACCTCGGTTTTCGATAACGATTACTACAGGCAGATACTATCAGGAAAAGGTGTGTTTGGA
TCTGATCAGGCGCTTCTAGGAGACTACCGGACTAAGTGGATCGTTGAGACATATGCTCGA
GACCAAAAGGCCTTCTTCAGAGAGTTTGCAACTTCCATGGTGAAACTTGGGAACTTTGGT
GTCAAGGAGACAGGAGAAGTGAGAGCCAACACTCGTTTCGTCAATTAAAAAAGTAAGTCT
ACGGAAAATATATTCAATTGAGAGCTTTCATTTCTTTAAGTTTGATTGCATTTATAATTC
ATTTATGTATTAACAGTATTATAGTTCGCTATGAGTTGCATCGTTTGCTTT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 2 8

CO CL824Contig1 695 3 4 U
GCATAATACAAAAAGACCAGATGTACAAATGAAAGCAAATGATACACAGCAGTAATCTTA
TTCAACTTTCACCATGTTTTCGTGATTATCCGGCTGCTACCAACCAGCATACTCTCTTGT
GTAGTTTCTCTTGTTGGTTATAAAGAAAATATTAAAAAAAAAAAGAAACAAATGAAAGAT
TGATGCTCAAAGCGCCACAGCTCCTTTAAGTCATCGAGGCTTTGTTCTCCAAGGGGGTGA
AGGAGAAGTTGCCGGAAAATATGGACTCTTTATCTGTTAAAGAAAGAGAACCAACTTCTC
TCCGGACATATCTTGCCATTGCCTTTGCTGCTTTTAATTCCGTTTCATCAGGTGTTGTTG
CTCCATCATCAGAAAATATATTCCTCCATAATTTGATTTGTAGATCATTTGGTTTAGCAT
CTGGAAGTAGTGCAGCATCATAAGCAACAACGTTTCCATAGAATATTCTCTCCAATTCCT
TCATCCAAGTCAAGAAAAGCAAGTTAACCCCGGCTTTAGATACCCTGACTTCCACATTAT
GATTGTAGATCTCATAAACATATTGACCAAGATCAACACCTTCCTTTCCCTCTTGCTTCA
AGCGTCGTAATACAAGCCACATATGAAGGACAAGTAACGAATATGTTATTTTGAATGGTT
TCTCCAAGTTGAACACATCATAAATGGCAGAGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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G
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QA 2 520 2 520
DS 

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G
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TCACCATGTTTTCGTGATTATCCGGCTGCTACCAACCAGCATACTCTCTAGTGTAGTTTC
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AAAGCGCCACAGCTCCTTTAAGCCATCGAGGCTTTGTTCTCCAAGGGGGTGAAGGAGAAG
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AGTGCCGCATCATAAGCAACAACGTTTCCATAGAATATTCTCTCCAATTCCTTCATCCAT
GTCAAGAAAAGCAAGTTAACCC*GGCTTTAGATACCCTGACTTCCACATTATGATTGTAG
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AATACAAGCCACATATGAAGGACAAGTAACGAATATGTTATTTTGAATGGTTTCTCCAAG
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QA 2 688 2 688
DS 



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GGTCGAGCTGTCACTCAAATCTCAAAGCTCCCATCTTTCTCCTCAAATGGATCGCCTAAA
AATCTCTCCTTTTTCTCCCGCTGTGGCTACGCGACTGTAGCTCACGCGGATGATGCTCCC
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GATGTGTTCAACTTGGAGAAAACATTCAAAATAACATATTCCTTGCTTGTCCTTCATATG
TGGCTTGTTTTACGCCGCTTGAAGGCAGAGGGTAAGGAAGGTGTTGATCTTGGTCAATAT
GTTTATGAGATCTACAATCATAATGTGGAAGTCAGGGTATCTAAAGCCGGGGTTAACTTG
CTTCTCTTGACTTGGATGAAGGAATTGGAGAGAATATTCTATGGAAACGTTGTTGCTTAT
GATGCTGCACTACTTCCAGATGCTAAACCAAATGATCTACAAATCAAATTATGGAGGA*T
ATATTTTCTGATGATGGAGCAACAACACCTGATGAAACGGAATTAAAAGCAGCAAAGGCA
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TGTGGCGCTTTGAGCATCAATCTTTCATTTGTTTCTTTTTTTTTAATATTTTCTTTATAA
CCAACAAGAGAAACTACACAAGAGAGTATGCTGGTTGGTAGCAGCCGGATAATCACGAAA
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3G344TF U 1
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AF RR3CW02TF U 4
AF RR3D181TF U 10
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GTTTATGAGATCTACAATCATAATGTGGAAGTCAGGGTATCTAAAGCCGGGGTTAACTTG
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GATGCTGCACTACTTCCAGATGCTAAACCA

QA 1 750 1 750
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AATCTCCGGTGAACTTGGATAAGATGTTTTGGTCAAAGCCATGCTCACTGGCTCTGCCTA
AAGACTCTCCTCTCAGAATTGATGAGCCTGACTACCAAGGGGTTCGTCGTTTTATACTAA
AGATGCTTTTGTTCTACAGCAAACAGAGCACATCTATCCGTGGCGCTAACGTTATCTACA
AGCGCATCATTGCTCAGGTCGACACTC*TGCCATTTATGATGTGTTCAACTTGGAGAAAA
CATTCAAAATAACATATTCGTTACTTGTCCTTCATATGTGGCTTGTATTACGACGCTTGA
AGCAAGAGGGAAAGGAAGGTGTTGATCTTGGTCAATATGTTTATGAGATCTACAATCATA
ATGTGGAAGTCAGGGTATCTAAAGCCGGG*TTAACTTGCTTCTCTTGACATGGATGAAGG
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CTAAACCAGATGATCTACAAAT

QA 5 746 5 746
DS 

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GGGAGTAAGATCCACAGAC
ACACACACAGAGACCCAAGTCGGCGACGGAGAGGGTTTTAGAAACTCCATCAATCTCTCG
AGTGAAAGGGCTTTTGTCTCCAAATGTTTCCGAGATTAGGTCGAGCTGTCACTCAAATCT
CAAAGCTCCCATCTTTCTCCTCAAATGGATCGCCTAAAAATCTCTCCTTTTTCTCCCGCT
GTGGCTACGCGACTGTAGCTCACGCGGATGATGCTCCCTCGCCGAATGATTTCCCCAGCA
GATCTCCGGTGAACTTGGATAAGATGTTTTGGTCAAAGCCATGCTCACTTGCTCTGCCTA
AAGACTCTCCTCTCAGAATCGATGAGCCTGACTACCAAGGGGTTCGTCGTTTTATACTAA
AGATGCTTTTGTTCTACAGCAAACAGAGCACATCTATCCGTGGCGCTAACGTTATCTACA
AGCGCATCATTGCTCAAGTCGACACTCCTGCCATTTATGATGTGTTCAACTTGGAGAAAA
CATTCAAAATAACATATTCCTTGCTTGTCCTTCATATGTGGCTTGTTTTACGCCGCTTGA
AGGCAGAGGGTAAGGAAGGTGTTGATCTTGGTCAATATGTTTATGAGATCTACAATCATA
ATGTGGAAGTCAGGGTATCTAAAGCCGGGGTTAACTTGCTTCTCTTGACTTGGATGAAG*
AATTGGAGAGAATATTCTATGGAAACGTTGTTGCTTATGATGCTGCACTACTTCCAGATG
CTAAACCAA*TGATCTACAA*TCAAATTATGGAGGA*TATATTTTCTGATGATGGAGCA
CACAC

QA 20 798 20 798
DS 

RD RR3D181TF 804 0 0
GGAAGATCCACAG
ACACACACAGAGACCCAAGTCGGCGACGGAGAGGGTTTTAGAAACTCCATCAATCTCTCG
AGTAAAAGGGCTTTTGTCTCCAAATGTTTCCGAGATTAGGTCGAGCTGTCACTCAAATCT
CAAAGCTCCCATCTTTCTCCTCAAATGGATCGCCTAAAAATCTCTCCTTTTTCTCCCGCT
GTGGCTACGCGACTGTAGCTCACGCGGATGATGCTCCCTCGCCGAATGATTTCCCCAGCA
GATCTCCGGTGAACTTGGATAAGATGTTTTGGTCAAAGCCATGCTCACTTGCTCTGCCTA
AAGACTCTCCTCTCAGAATCGATGAGCCTGACTACCAAGGGGTTCGTCGTTTTATACTAA
AGATGCTTTTGTTCTACAGCAAACAGAGCACATCTATCCGTGGCGCTAACGTTATCTACA
AGCGCATCATTGCTCAAGTCGACACTCCTGCCATTTATGATGTGTTCAACTTGGAGAAAA
CATTCAAAATAACATATTCCTTGCTTGTCCTTCATATGTGGCTTGTTTTACGCCGCTTGA
AGGCAGAGGGTAAGGAAGGTGTTGATCTTGGTCAATATGTTTATGAGATCTACAATCATA
ATGTGGAAGTCAGGGTATCTAAAGCCGGGGTTAACTTGCTTCTCTTGACTTGGATGAAG*
GATTGGAGAGAATATTCTATGGAAACGTTGTTGCTTATGATGCTGCACTACTTCCAGATG
CTAAACCAAATGATCTACAAATCAAATTATGGAGGA*TATATTTTCTGATGATGGAGCA*
CAACACCTGAT

QA 14 804 14 804
DS 

RD RR3CW02JQ 682 0 0
AGCAAACAGAGCACATCTATCCGTGGCGCTAACGTTATCTACAAGCGCATCATTGCTCAA
GTCGACACTCCTGCCATTTATGATGTGTTCAACTTGGAGAAAACATTCAAAATAACATAT
TCCTTGCTTGTCCTTCATATGTGGCTTGTTTTACGCCGCTTGAAGGCAGAGGGTAAGGAA
GGTGTTGATCTTGGTCAATATGTTTATGAGATCTACAATCATAATGTGGAAGTCAGGGTA
TCTAAAGCCGGGGTTAACTTGCTTCTCTTGACTTGGATGAAGGAATTGGAGAGAATATTC
TATGGAAACGTTGTTGCTTATGATGCTGCACTACTTCCAGATGCTAAACCAAATGATCTA
CAAATCAAATTATGGAGGAATATATTTTCTGATGATGGAGCAACAACACCTGATGAAACG
GAATTAAAAGCAGCAAAGGCAATGGCAAGATATGTCCGGAGAGAAGTTGGTTCTCTTTCT
TTAACAGATAAAGAGTCCATATTCTCCGGCAACTTCTCCTTCACCCCCTTGGAGAACAAA
GCCTCGATGACTTAAAGGAGCTGTGGCGCTTTGAGCATCAATCTTTCATTTGTTTCTTTT
TTTTTAATATTTTCTTTATAACCAACAAGAGAAACTACACAAGAGAGTATGCTGGTTGGT
AGCAGCCGGATAATCACGAAAA

QA 1 682 1 682
DS 



AS 2 8

CO CL825Contig1 664 2 3 U
TTGGCAAAATAGTTTGCATTTTGGAAGTTCACAAGAGTGTTTTGTTGTAAGATAGAATCA
AAACCAGAGAAACAAGAATGTATTGTAAAAACAGAAACTACCAAAGAAACAAAAACACAA
GTCTGTTTTTATAATAGCAGAGATAGATAAAACTTAGATGATGCCGATCTTGTTAGCAAC
ATCCAAAGCATCATAGTCCGGTGTAAGCCTAACGTAAGCCTTCTTCGTTCCATCAGGCCT
GATGAGGGTGTTGACCTTCTTGGTCTGGATGTCATACATTTTCTTAACAGCATCCTTGAT
CTTCTTCTTGTCAGCACGAATGTCAACAATGAAGACAAGAGTGTTGTTGTCTTCAATCTT
CTTCATTGCAGACTCAGTGGTGAGTGGGTACTTGAGGATACCGTAATGGTCCAACTTGTT
CCTCGGAGTAGCGCTGATCCTCGGGTACTTGGGATCTCTAGCCTTGGTCAAAGTCTTTGG
CCTGTGGAAGGTGACCTTAGTCCTGATCTTCTTGTCCTTCTTCTTGAAAGCTTGGCCTGA
CTTCACTGCCTTTGCAGCCTTCAAGGCCTTGGCTTTTGGGTCAGCCTTCTTCGTCGTATC
AACTTTAGCCGGAGACATTGCTCTGAACGATTCCTTCCCGCTCAAAATCTGGGTGAGGTG
AAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3DQ53JQ U 3
AF RR3DQ53TF C 1
BS 1 7 RR3DQ53TF
BS 8 645 RR3DQ53JQ
BS 646 664 RR3DQ53TF

RD RR3DQ53JQ 643 0 0
GGCAA
AATAGTTTGCATTTTGGAAGTTCACAAGAGTGTTTTGTTGTAAGATAGAATCAAAACCAG
AGAAACAAGAATGTATTGTAAAAACAGAAACTACCAAAGAAACAAAAACACAAGTCTGTT
TTTATAATAGCAGAGATAGATAAAACTTAGATGATGCCGATCTTGTTAGCAACATCCAAA
GCATCATAGTCCGGTGTAAGCCTAACGTAAGCCTTCTTCGTTCCATCAGGCCTGATGAGG
GTGTTGACCTTCTTGGTCTGGATGTCATACATTTTCTTAACAGCATCCTTGATCTTCTTC
TTGTCAGCACGAATGTCAACAATGAAGACAAGAGTGTTGTTGTCTTCAATCTTCTTCATT
GCAGACTCAGTGGTGAGTGGGTACTTGAGGATACCGTAATGGTCCAACTTGTTCCTCGGA
GTAGCGCTGATCCTCGGGTACTTGGGATCTCTAGCCTTGGTCAAAGTCTTTGGCCTGTGG
AAGGTGACCTTAGTCCTGATCTTCTTGTCCTTCTTCTTGAAAGCTTGGCCTGACTTCACT
GCCTTTGCAGCCTTCAAGGCCTTGGCTTTTGGGTCAGCCTTCTTCGTCGTATCAACTTTA
GCCGGAGACATTGCTCTGAACGATTCCTTCCCGCTCAA

QA 6 643 6 643
DS 

RD RR3DQ53TF 664 0 0
TTGGCAAAATAGTTTGCATTTTGGAAGTTCACAAGAGTGTTTTGTTGTAAGATAGAATCA
AAACCAGAGAAACAAGAATGTATTGTAAAAACAGAAACTACCAAAGAAACAAAAACACAA
GTCTGTTTTTATAATAGCAGAGATAGATAAAACTTAGATGATGCCGATCTTGTTAGCAAC
ATCCAAAGCATCATAGTCCGGTGTAAGCCTAACGTAAGCCTTCTTCGTTCCATCAGGCCT
GATGAGGGTGTTGACCTTCTTGGTCTGGATGTCATACATTTTCTTAACAGCATCCTTGAT
CTTCTTCTTGTCAGCACGAATGTCAACAATGAAGACAAGAGTGTTGTTGTCTTCAATCTT
CTTCATTGCAGACTCAGTGGTGAGTGGGTACTTGAGGATACCGTAATGGTCCAACTTGTT
CCTCGGAGTAGCGCTGATCCTCGGGTACTTGGGATCTCTAGCCTTGGTCAAAGTCTTTGG
CCTGTGGAAGGTGACCTTAGTCCTGATCTTCTTGTCCTTCTTCTTGAAAGCTTGGCCTGA
CTTCACTGCCTTTGCAGCCTTCAAGGCCTTGGCTTTTGGGTCAGCCTTCTTCGTCGTATC
AACTTTAGCCGGAGACATTGCTCTGAACGATTCCTTCCCGCTCAAAATCTGGGTGAGGTG
AAGC

QA 1 664 1 664
DS 



CO CL825Contig2 721 6 2 U
GGGTCCGCCGCTGCAAAAGTGACCTTAGAGTTTCAGCTGCTTCACCTCACCAGATTTTGA
GCGGGAAGGAATCGTTCATAGCAATGTCTCCGGCTAAAGTTGATACGACGAAGAAGGCTG
ACCCAAAAGCCAAGGCCTTGAAGGCTGCAAAGGCGGTGAAGTCTGGCCAAGCTTTCAAGA
AGAAGGACAAGAAGATCAGGACTAAGGTCACCTTCCACAGGCCAAAGACTTTGACCAAGG
CTAGAGATCCCAAGTACCCGAGGATCAGCGCTACTCCGAGGAACAAGTTGGACCATTACG
GTATCCTCAAGTACCCACTCACCACTGAGTCTGCCATGAAGAAGATTGAAGACAACAACA
CTCTTGTCTTCATTGTTGACATTCGTGCTGACAAGAAGAAGATCAAGGATGCTGTTAAGA
AAATGTATGACATCCAGACCAAGAAGGTCAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGA
AGGCTTACGTTAGGCTTACACCGGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATCGGCA
TCATCTAAGTTTTATCTATCTCTGCTATTATAAAAACAGACTTGTGGTTGGTTTTGTTTC
TCTGGTAGTTTCTGTTTTTACAATACATTCTTGTTTCTCTGCTTTTGAATCTTACAACAA
AACACTCTTGTGAACTTACAAAATGCAAACTATTCTGTCAATGGACGATCTCTTGAATGC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR3H925TF U 1
AF RR3H925JQ C 10
AF RR3CM39JQ C 19
AF RR3CM39TF U 19
AF RR3AP59JQ C 42
AF RR3AP59TF U 42
BS 1 686 RR3H925TF
BS 687 721 RR3AP59TF

RD RR3H925TF 686 0 0
GGGTCCGCCGCTGCAAAAGTGACCTTAGAGTTTCAGCTGCTTCACCTCACCAGATTTTGA
GCGGGAAGGAATCGTTCATAGCAATGTCTCCGGCTAAAGTTGATACGACGAAGAAGGCTG
ACCCAAAAGCCAAGGCCTTGAAGGCTGCAAAGGCGGTGAAGTCTGGCCAAGCTTTCAAGA
AGAAGGACAAGAAGATCAGGACTAAGGTCACCTTCCACAGGCCAAAGACTTTGACCAAGG
CTAGAGATCCCAAGTACCCGAGGATCAGCGCTACTCCGAGGAACAAGTTGGACCATTACG
GTATCCTCAAGTACCCACTCACCACTGAGTCTGCCATGAAGAAGATTGAAGACAACAACA
CTCTTGTCTTCATTGTTGACATTCGTGCTGACAAGAAGAAGATCAAGGATGCTGTTAAGA
AAATGTATGACATCCAGACCAAGAAGGTCAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGA
AGGCTTACGTTAGGCTTACACCGGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATCGGCA
TCATCTAAGTTTTATCTATCTCTGCTATTATAAAAACAGACTTGTGGTTGGTTTTGTTTC
TCTGGTAGTTTCTGTTTTTACAATACATTCTTGTTTCTCTGCTTTTGAATCTTACAACAA
AACACTCTTGTGAACTTACAAAATGC

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3H925JQ 677 0 0
GCTGCAAAAGTGACCTTAGAGTTTCAGCTGCTTCACCTCACCAGATTTTGAGCGGGAAGG
AATCGTTCATAGCAATGTCTCCGGCTAAAGTTGATACGACGAAGAAGGCTGACCCAAAAG
CCAAGGCCTTGAAGGCTGCAAAGGCGGTGAAGTCTGGCCAAGCTTTCAAGAAGAAGGACA
AGAAGATCAGGACTAAGGTCACCTTCCACAGGCCAAAGACTTTGACCAAGGCTAGAGATC
CCAAGTACCCGAGGATCAGCGCTACTCCGAGGAACAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCA
AGTACCCACTCACCACTGAGTCTGCCATGAAGAAGATTGAAGACAACAACACTCTTGTCT
TCATTGTTGACATTCGTGCTGACAAGAAGAAGATCAAGGATGCTGTTAAGAAAATGTATG
ACATCCAGACCAAGAAGGTCAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACG
TTAGGCTTACACCGGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATCGGCATCATCTAAG
TTTTATCTATCTCTGCTATTATAAAAACAGACTTGTGGTTGGTTTTGTTTCTCTGGTAGT
TTCTGTTTTTACAATACATTCTTGTTTCTCTGCTTTTGAATCTTACAACAAAACACTCTT
GTGAACTTACAAAATGC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3CM39JQ 654 0 0
GTT
ACCTTAGAGTTTCAGCTGCTTCACCTCACCAGATTTTGAGCGGGAAGGAATCGTTCATAG
CAATGTCTCCGGCTAAAGTTGATACGACGAAGAAGGCTGACCCAAAAGCCAAGGCCTTGA
AGGCTGCAAAGGCGGTGAAGTCCGGCCAAGCTTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGA
CTAAGGTCACCTTCCACAGGCCAAAGACTTTGACCAAGGCTAGAGATCCCAAGTACCCGA
GGATCAGCGCTACTCCGAGGAACAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCA
C***TGAGTCTGCCATGAAGAAGATTGAAGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACA
TTCGTGCTGACAAGAAGAAGATCAAGGATGCTGTTAAGAAAATGTATGACATCCAGACCA
AGAAGGTCAACACCCTC*TCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACAC
CGGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATCGGCATCATCTAAGTTTTATCTATCT
CTGCTATTATAAAAACAGACTTGTGGTTGGTTTTGTTTCTCTGGTAGTTTCTGTTTTTAC
AATACATTCTTGTTTCTCTGCTTTTGAATCTTACAACAAAACACTCTTG
CG

QA 4 652 4 652
DS 

RD RR3CM39TF 654 0 0
GTT
ACCTTAGAGTTTCAGCTGCTTCACCTCACCAGATTTTGAGCGGGAAGGAATCGTTCATAG
CAATGTCTCCGGCTAAAGTTGATACGACGAAGAAGGCTGACCCAAAAGCCAAGGCCTTGA
AGGCTGCAAAGGCGGTGAAGTCCGGCCAAGCTTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGA
CTAAGGTCACCTTCCACAGGCCAAAGACTTTGACCAAGGCTAGAGATCCCAAGTACCCGA
GGATCAGCGCTACTCCGAGGAACAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCA
C***TGAGTCTGCCATGAAGAAGATTGAAGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACA
TTCGTGCTGACAAGAAGAAGATCAAGGATGCTGTTAAGAAAATGTATGACATCCAGACCA
AGAAGGTCAACACCCTC*TCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACAC
CGGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATCGGCATCATCTAAGTTTTATCTATCT
CTGCTATTATAAAAACAGACTTGTGGTTGGTTTTGTTTCTCTGGTAGTTTCTGTTTTTAC
AATACATTCTTGTTTCTCTGCTTTTGAATCTTACAACAAAACACTCTTG
CG

QA 4 652 4 652
DS 

RD RR3AP59JQ 680 0 0
GG
ACCTCACCAGATTTTGAGCGGGAAGGAATCGTTCATAGCAATGTCTCCGGCTAAAGTTGA
TACGACGAAGAAGGCTGACCCAAAAGCCAAGGCCTTGAAGGCTGCAAAGGCGGTGAAGTC
TGGCCAAGCTTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGACTAAGGTCACCTTCCATAGGCC
AAAGACTTTGACCAAGGCTAGAGATCCCAAGTACCCGAGGATCAGCGCTACTCCGAGGAA
CAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCACCACTGAGTCTGCCATGAAGAA
GATTGAAGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACATTCGTGCTGACAAGAAGAAGAT
CAAGGATGCTGTTAAGAAAATGTATGACATCCAGACCAAGAAGGTCAACACCCTCATCAG
GCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACACCGGACTATGATGCTTTGGATGT
TGCTAACAAGATCGGCATCATCTAAGTTTTATCTATCTCTGCTATTATAAAAACAGACTT
GTGGTTGGTTTTGTTTCTCTGGTAGTTTCTGTTTTTACAATACATTCTTGTTTCTCTGCT
TTTGAATCTTACAACAAAACACTCTTGTGAACTTACAAAATGCAAACTATTCTGTCAATG
GACGATCTCTTGAATGCC

QA 3 680 3 680
DS 

RD RR3AP59TF 680 0 0
GG
ACCTCACCAGATTTTGAGCGGGAAGGAATCGTTCATAGCAATGTCTCCGGCTAAAGTTGA
TACGACGAAGAAGGCTGACCCAAAAGCCAAGGCCTTGAAGGCTGCAAAGGCGGTGAAGTC
TGGCCAAGCTTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGACTAAGGTCACCTTCCATAGGCC
AAAGACTTTGACCAAGGCTAGAGATCCCAAGTACCCGAGGATCAGCGCTACTCCGAGGAA
CAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCACCACTGAGTCTGCCATGAAGAA
GATTGAAGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACATTCGTGCTGACAAGAAGAAGAT
CAAGGATGCTGTTAAGAAAATGTATGACATCCAGACCAAGAAGGTCAACACCCTCATCAG
GCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACACCGGACTATGATGCTTTGGATGT
TGCTAACAAGATCGGCATCATCTAAGTTTTATCTATCTCTGCTATTATAAAAACAGACTT
GTGGTTGGTTTTGTTTCTCTGGTAGTTTCTGTTTTTACAATACATTCTTGTTTCTCTGCT
TTTGAATCTTACAACAAAACACTCTTGTGAACTTACAAAATGCAAACTATTCTGTCAATG
GACGATCTCTTGAATGCC

QA 3 680 3 680
DS 



AS 1 8

CO CL826Contig1 1014 8 17 U
GGGTTCTCGACAATGAGGCTCTCTACGACATCTACTTCCGTACCCTCAAGCTTTCTAACC
CCTCATTTGGTGATCTTAACCATCTCATCTCGGCTACAATGAGTGGTGTTACATGCTGTC
TTCGTTTCCCCGGTCAACTCAACTCTGACCTTAGGAAGCTCGCTGTGAACCTGATCCCTT
TCCCAAGGCTCCACTTCTTCATGGTGGGTTTTGCTCCCTTGACATCGAGGGGTTCACAGC
AATACAGTGCCTTGAGTGTCCCTGAACTGACCCAGCAGATGTGGGATGCAAAGAACATGA
TGTGCGCTGCTGACCCTCGTCACGGACGTTACTTGACTGCATCAGCTGTGTTCCGTGGGA
AGCTGAGCACTAAGGAGGTCGATGAGCAGATGATGAACATCCAGAACAAGAACTCATCCT
ACTTTGTGGAATGGATCCCGAACAATGTTAAGTCCAGCGTCTGTGACATTGCACCAAAGG
GTTTGAAAATGGCGTCGACTTTCATCGGGAACTCAACTTCAATCCAGGAGATGTTCAGGC
GTGTGAGTGAACAGTTCACAACTATGTTCAGGAGAAAGGCTTTCCTTCATTGGTACACAG
GAGAAGGCATGGACGAGATGGAGTTCACGGAAGCTGAGAGTAACATGAATGATCTCGTTG
CAGAGTATCAGCAGTACCAGGATGCTACAGCCGGTGAAGAGGAGTACGAGGATGAAGAAG
AGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTCGTTCATCAATGGCTTGGTCGGATTCATAAGCTG
TGTAAGCCGCTGTTGCTGCTTCCTTCTTCCCTTTAAATCTATTTCTTTTGTTCAGTTTAT
GTGTGCTTTGTTCTTGAAACAAAAGTTCATTTT*GGGATGTTAAAAAACTTATGCGTGTA
TTGCTTTATTGTTTTTGTCACTGCAAAAA**AATATTGCTTTTGTTCTTTCAAGCTTTGT
GTTTCATTTTCGGATTATAAATCTCAAAAGTCATTCCTACACTTTTCCAAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E009TF U 1
AF RR3D534TF U 122
AF RR3DD55JQ C 287
AF RR3DD55TF U 287
AF RR3E009JQ C 222
AF RR3BA04TF U 118
AF RR3BA04JQ C 266
AF RR3D534JQ C 372
BS 1 130 RR3E009TF
BS 131 131 RR3BA04TF
BS 132 362 RR3E009TF
BS 363 363 RR3BA04TF
BS 364 447 RR3E009TF
BS 448 448 RR3BA04TF
BS 449 560 RR3E009TF
BS 561 561 RR3BA04TF
BS 562 567 RR3E009TF
BS 568 873 RR3BA04TF
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BS 875 887 RR3BA04TF
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BS 889 928 RR3BA04TF
BS 929 929 RR3DD55TF
BS 930 965 RR3BA04TF
BS 966 1014 RR3BA04JQ

RD RR3E009TF 567 0 0
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CCTCATTTGGTGATCTTAACCATCTCATCTCGGCTACAATGAGTGGTGTTACATGCTGTC
TTCGTTTCCCTGGTCAACTCAACTCTGACCTTAGGAAGCTCGCTGTGAACCTGATCCCTT
TCCCAAGGCTCCACTTCTTCATGGTGGGTTTTGCTCCCTTGACATCGAGGGGTTCACAGC
AATACAGTGCCTTGAGTGTCCCTGAACTGACCCAGCAGATGTGGGATGCAAAGAACATGA
TGTGCGCTGCTGACCCTCGTCACGGACGTTACTTGACTGCATCAGCTGTGTTCCGTGGGA
AGTTGAGCACTAAGGAGGTCGATGAGCAGATGATGAACATCCAGAACAAGAACTCATCCT
ACTTTGTGGAATGGATCCCGAACAATGCTAAGTCCAGCGTCTGTGACATTGCACCAAAGG
GTTTGAAAATGGCGTCGACTTTCATCGGGAACTCAACTTCAATCCAGGAGATGTTCAGGC
GTGTGAGTGAACAGTTCACAGCTATGT

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3D534TF 751 0 0
TCGTTTCCCCGGTCAACTCAACTCTGACCTTAGGAAGCTCGCTGTGAACCTGATCCCTTT
CCCAAGGCTCCACTTCTTCATGGTGGGTTTTGCTCCCTTGACATCGAGGGGTTCACAGCA
ATACAGTGCCTTGAGTGTCCCTGAACTGACCCAGCAGATGTGGGATGCAAAGAACATGAT
GTGCGCTGCTGACCCTCGTCACGGACGTTACTTGACTGCATCAGCTGTGTTCCGTGGGAA
GCTGAGCACTAAGGAGGTCGATGAGCAGATGATGAACATCCAGAACAAGAACTCATCCTA
CTTTGTGGAATGGATCCCGAACAATGTTAAGTCCAGCGTCTGTGACATTGCACCAAAGGG
TTTGAAAATGGTGTCGACTTTCATCGGGAACTCAACTTCAATCCAGGAGATGTTCAGGCG
TGTGAGTGAACAGTTCACAACTATGTTCAGGAGAAAGGCTTTCCTTCATTGGTACACAGG
AGAAGGCATGGACGAGATGGAGTTCACGGAAGCTGAGAGTAACATGAATGATCTCGTTGC
AGAGTATCAGCAGTACCAGGATGCTACAGCCGGTGAAGAGGAGTACGAGGATGAAGAAGA
GGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTCGTTCATCAATGGCTTGGTCGGATTCATAAGCTGT
GTAAGCCGCTGTTGCTGCTTCCTTCTTCCCTTTAAATCTATTTCTTT*GTTCAGTTTATG
TGTGCTTTGTTCTTGAA
CAAAGTTCATTTTG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3DD55JQ 661 0 0
G
GCAAAGAACATGATGTGCGCTGCTGACCCTCGTCACGGACGTTACTTGACTGCATCAGCT
GTGTTCCGTGGGAAGCTGAGCACTAAGGAGGTCGATGAGCAGATGATGAACATCCAGAAC
AAGAACTCATCCTACTTTGTGGAATGGATCCCGAACAATGTTAAGTCCA*CGTCTGTGAC
ATTGCACCAAAGGGTTTGAAAATGGCGTCGACTTTCATCGGGAACTCAACTTCAATCCAG
GAGATGTTCAGGCGTGTGAGTGAACAGTTCACAGCTATGTTCAGGAGAAAGGCTTTCCTT
CATTGGTACACAGGAGAAGGCATGGACGAGATGGAGTTCACGGAAGCTGAGAGTAACATG
AATGATCTCGTTGCAGAGTATCAGCAGTACCAGGATGCTACAGCCGGTGAAGAGGAGTAC
GAGGATGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGGTGTTCGTTCATTAATGGCTTGGTCG
GATTCATAAGCTGTGTAAGCCGCAGTTGCTGCTTCCTTCTTCCCTTTAAATCTATTTCTT
TTGTTCAGTTTATGTGTGCTTTGTTCTTGAAACAAAAGTTCATTTT*GGGATGTTAAAAA
ACTTATGCGTGTATTGCTTTATTGTTTTTGTCACTGCAAAAAAAAATATTGCTTTTGTTC

QA 2 661 2 661
DS 

RD RR3DD55TF 661 0 0
G
GCAAAGAACATGATGTGCGCTGCTGACCCTCGTCACGGACGTTACTTGACTGCATCAGCT
GTGTTCCGTGGGAAGCTGAGCACTAAGGAGGTCGATGAGCAGATGATGAACATCCAGAAC
AAGAACTCATCCTACTTTGTGGAATGGATCCCGAACAATGTTAAGTCCA*CGTCTGTGAC
ATTGCACCAAAGGGTTTGAAAATGGCGTCGACTTTCATCGGGAACTCAACTTCAATCCAG
GAGATGTTCAGGCGTGTGAGTGAACAGTTCACAGCTATGTTCAGGAGAAAGGCTTTCCTT
CATTGGTACACAGGAGAAGGCATGGACGAGATGGAGTTCACGGAAGCTGAGAGTAACATG
AATGATCTCGTTGCAGAGTATCAGCAGTACCAGGATGCTACAGCCGGTGAAGAGGAGTAC
GAGGATGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGGTGTTCGTTCATTAATGGCTTGGTCG
GATTCATAAGCTGTGTAAGCCGCAGTTGCTGCTTCCTTCTTCCCTTTAAATCTATTTCTT
TTGTTCAGTTTATGTGTGCTTTGTTCTTGAAACAAAAGTTCATTTT*GGGATGTTAAAAA
ACTTATGCGTGTATTGCTTTATTGTTTTTGTCACTGCAAAAAA*AATATTGCTTTTGTTC

QA 2 661 2 661
DS 

RD RR3E009JQ 730 0 0
ACATCGAGGGGTTCACAGCAATACAGTGCCTTGAGTGTCCCTGAACTGACCCAGCAGATG
TGGGATGCAAAGAACATGATGTGCGCTGCTGACCCTCGTCACGGACGTTACTTGACTGCA
TCAGCTGTGTTCCGTGGGAAGTTGAGCACTAAGGAGGTCGATGAGCAGATGATGAACATC
CAGAACAAGAACTCATCCTACTTTGTGGAATGGATCCCGAACAATGCTAAGTCCAGCGTC
TGTGACATTGCACCAAAGGGTTTGAAAATGGCGTCGACTTTCATCGGGAACTCAACTTCA
ATCCAGGAGATGTTCAGGCGTGTGAGTGAACAGTTCACAGCTATGTTCAGGAGAAAGGCT
TTCCTTCATTGGTACACAGGAGAAGGCATGGACGAGATGGAGTTCACGGAAGCTGAGAGT
AACATGAATGATCTCGTTGCAGAGTATCAGCAGTACCAGGATGCTACAGCCGGTGAAGAG
GAGTACGAGGATGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTCGTTCATCAATGGCT
TGGTCGGATTCATAAGCTGTGTAAGCCGCAGTTGCTGCTTCCTTCTTCCCTTTAAATCTA
TTTCTTTTGTTCAGTTTATGTGTGCTTTGTTCTTGAAACAAAAGTTCATTTT*GGGATGT
TAAAAAACTTATGCGTGTATTGCTTTATTGTTTTTGTCACTGCAAAAA**AATATTGCTT
TTGTTCTTTC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3BA04TF 848 0 0
GGCT
TCGTTTCCCCGGTCAACTCAACTCTGACCTTAGGAAGCTCGCTGTGAACCTGATCCCTTT
CCCAAGGCTCCACTTCTTCATGGTGGGTTTTGCTCCCTTGACATCGAGGGGTTCACAGCA
ATACAGTGCCTTGAGTGTCCCTGAACTGACCCAGCAGATGTGGGATGCAAAGAACATGAT
GTGCGCTGCTGACCCTCGTCACGGACGTTACTTGACTGCATCAGCTGTGTTCCGTGGGAA
GCTGAGCACTAAGGAGGTCGATGAGCAGATGATGAACATCCAGAACAAGAACTCATCCTA
CTTTGTGGAATGGATCCCGAACAATGTTAAGTCCAGCGTCTGTGACATTGCACCAAAGGG
TTTGAAAATGGTGTCGACTTTCATCGGGAACTCAACTTCAATCCAGGAGATGTTCAGGCG
TGTGAGTGAACAGTTCACAACTATGTTCAGGAGAAAGGCTTTCCTTCATTGGTACACAGG
AGAAGGCATGGACGAGATGGAGTTCACGGAAGCTGAGAGTAACATGAATGATCTCGTTGC
AGAGTATCAGCAGTACCAGGATGCTACAGCCGGTGAAGAGGAGTACGAGGATGAAGAAGA
GGAGTACGATGAGGCTTGAGATGTTCGTTCATCAATGGCTTGGTCGGATTCATAAGCTGT
GTAAGCCGCTGTTGCTGCTTCCTTCTTCCCTTTAAATCTATTTCTTTTGTTCAGTTTATG
TGTGCTTTGTTCTTGAAACAAAAGTTCATTTTTGGGATGTTAAAAA*CTTATGCGTGTAT
TGCTTTATTGTTTTTGTCACTGCAAAA***AATATTGCTTTTGTTCTTTCAAGCTTTGTG
TTTC

QA 5 848 5 848
DS 

RD RR3BA04JQ 749 0 0
ACTGACCCAGCAGATGTGGGATGCAAAGAACATGATGTGCGCTGCTGACCCTCGTCACGG
ACGTTACTTGACTGCATCAGCTGTGTTCCGTGGGAAGCTGAGCACTAAGGAGGTCGATGA
GCAGATGATGAACATCCAGAACAAGAACTCATCCTACTTTGTGGAATGGATCCCGAACAA
TGTTAAGTCCAGCGTCTGTGACATTGCACCAAAGGGTTTGAAAATGGTGTCGACTTTCAT
CGGGAACTCAACTTCAATCCAGGAGATGTTCAGGCGTGTGAGTGAACAGTTCACAACTAT
GTTCAGGAGAAAGGCTTTCCTTCATTGGTACACAGGAGAAGGCATGGACGAGATGGAGTT
CACGGAAGCTGAGAGTAACATGAATGATCTCGTTGCAGAGTATCAGCAGTACCAGGATGC
TACAGCCGGTGAAGAGGAGTACGAGGATGAAGAAGAGGAGTACGATGAGGCTTGAGATGT
TCGTTCATCAATGGCTTGGTCGGATTCATAAGCTGTGTAAGCCGCTGTTGCTGCTTCCTT
CTTCCCTTTAAATCTATTTCTTTTGTTCAGTTTATGTGTGCTTTGTTCTTGAAACAAAAG
TTCATTTT*GGGATGTTAAAAAACTTATGCGTGTATTGCTTTATTGTTTTTGTCACTGCA
AAAA**AATATTGCTTTTGTTCTTTCAAGCTTTGTGTTTCATTTTCGGATTATAAATCTC
AAAAGTCATTCCTACACTTTTCCAAAACT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3D534JQ 637 0 0
AAGGAGGTCGATGAGCAGATGATGAACATCCAGAACAAGAACTCATCCTACTTTGTGGAA
TGGATCCCGAACAATGTTAAGTCCAGCGTTTGTGACATTGCACCAAAGGGTTTGAAAATG
GTGTCGACTTTCATCGGGAACTCAACTTCAATCCAGGAGATGTTCAGGGGTGTGAGTGAA
CAGTTCACAACTATGTTCAGGAGAAAGGCTTTCCTTCATTGGTACACAGGAGAAGGCATG
GACGAGATGGAGTTCACGGAAGCTGAGAGTAACATGAATGATCTCGTTGCAGAGTATCAG
CAGTACCAGGATGCTACAGCCGGTGAAGAGGAGTACGAGGATGAAGAAGAGGAGTACGAT
GAGGCTTGAGATGTTCGTTCATCAATGGCTTGGTCGGATTCATAAGCTGTGTAAGCCGCT
GTTGCTGCTTCCTTTTTCCCTTTAAATTTATTTTTTTTGTTCAGTTTATGTGTGCTTTGT
TCTTGAAACAAAAGTTCATTTT*GGGATGTTAAAAAACTTATGCGTGTATTGCTTTATTG
TTTTTGTCACTGCAAAAA**AATATTGCTTTTGTTCTTTCAAGCTTTGTGTTTCATTTTC
GGATTATAAATCTCAAAAGTCATTCCTACACTTTTCC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 2 8

CO CL827Contig1 1061 2 2 U
GTCCTCAGCAAGTTCCGACAGCTTCTCGATAAAGTCTCTCAGGTGAAAGTGAAGCCCTTT
GATGCCGTCAAGTTAACTCTTGTACTATCAATCGCGACTCTGGCCGCGAAAAAGATTGTG
ACTTTGGCCTTCAACCCATTCTTCTGGATGTATTTCGGCTGGACGTGGCTCTTCTGGCCT
TGGTTTATCGCCTTGGGTCTCGCGGGCTACGGTGTTTACTCCTTCCGTAAGCATTGCCTC
GGCGAAGCCAACGCCTTTGAGCAGCTTGGTATCGTAACTTCACTCCTCACCTGGCTTACA
CTCGTCCCTCCTGCTTACTTCAATGGCTATCTCCAAGGCTGGCCCTTTGTCTTCTTCTTG
GCTTACCATTACTTCTTCTTCTTCAACGTAAGCGTCAGGAAACGCCTCTATGGAGACTAC
TACGCACGCACTCATGATCCCAAATGGGACGTGGAGACGCCTCTATGGTCTCGTGTTTTG
TTCGGTGTTGGCGTCGTGGTTGGACACTGGCTCGCGGCTTTCGAAGGCCCCGAGCTCCGC
CGTTTACCAGGTGGTTGGGCTAATGTAGGGATATGGGGTTTGATTGTGGTTACAATGCTT
ATGCATTATGATTCGACGCTGTATCTAGCTAGGTATTCAGAGAAAGTGGTTGTTCCGACG
GATGTTGTGCAGTTTGGTCCTTATAGATGGATCAGGCATCCGATATATGCGTTTACGATG
CTTCTTTTCGCGACGTACTGCGCCGCGCTGCGTGCGCCTTTGAGTCTGTTGTTTCTTGTG
GGGGTTTGTTTGGTTTACTACAGCAAGAAGGCGAAGCTGGAGGAAGAGTTGATGGTGGAG
AGCTTCGGTCAAAGGTATTTGGATTATGCTGGTAAGGTTAGGCACAAGTTTATTCCTTTT
GTTTACTAGTGCGTGTTAGAGGGAGAACATGTGTTGTTGTTTCTAAATTATTATCTGGTA
TCTATCAGTCAATGATGTATGAATGAAGATGAGTTGGATTGTTGTTCCATTTTTATGTGG
AAATGTTAGGCATGTGAAAAGGATATGCTGTTATGTTAAAG


BQ
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ATTCAAGAC


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20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GU91TF U 1
AF RR3CO29TF U 2
AF RR3F850TF U 25
AF RR3F850JQ C 809
AF RR3CO29JQ C 715
AF RR3GU91JQ C 859
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CTCAAAGGTCGTCCCTCTAAGGACGCCGTTGGAAGGAAACCGAAAGTTTTCGTTCAGGCA
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CAACCCTTTCCTTAGCAAGTTCCGACAGCTTCTCGATAAAGTCTCTCAGCTGAAAGTGAA
GCCCTTTGATGCCGTCAAGCTAACTCTTGTACTCTCAATCGCGACTCTGGCCGCGAAAAA
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CTGGCCTTGGTTTATCGCTCTTGGTCTCGCGGGTTACGGTCTTTACTGCTTCCGTAAGCA
TTGCCTCGGCGAAGCCAACGCCTCTGAGCAGCTTGGTATCGTAACTTCACTCTTCACCTG
GCTTACACTCGTCCCTCCTGCTTGCTTCAATGGCTATCTCCAAGCTGGCCCTTTGTCT*C
TTCTTGGCTTACCATTACTTCTTCT
CTTCAATGTAGCGT

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DS 

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T
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CAAAGGTCGTCCCTCTAAGGACGCCGTTGGAAGGAAACCGAAAGTTTTCGTTCAGGCATT
TAAACAAACACCTTAGGTGCAATTCGCTTCCTGCCTCTTCCAGAAACGCTCCGTTACTCC
GCAGCTTTGAGGCCATCAAGGGTCCGTCCAGCTTGAGATATCCTCCGTCCCCAGTGAGAA
AAGGTTTATCTTTTCTGCCCAGATGCTCGATTTCCACCTCAACCGTTCCCGATTCCGACA
ACCCTTTCCTTAGCAAGTTCCGACAGCTTCTCGATAAAGTCTCTCAGCTGAAAGTGAAAC
CCTTTGATGCCGTCAAGCTAACTCTTGTACTCTCAATCGCGACTCTGGCCGCGAAAAAGA
TTGTGACTTTGGCCTTCAACCCATTCTTCTGGATGTATTTCAGCTGGACGTGGCTCTTCT
GGCCCTGGTTTATCGCTCTTGGTCTCGCGGGTTACGGTCTTTACTGCTTCCGTAAGCATT
GCCTCGGCGAAGCCAACGCCTTTGAGCAGCTTGGTATCGTAACTTCACTCTTCACCTGGC
TTACACTCGTCCCTCCTGCTTGCTTCAATGGCTATCTCCAAGCTGGCCCTTTGTCTTCTT
CTTGGCTTACCATTACTTCTTCTTCTTCAATGTAAGCGTGAGGAA*CGCCTCTATGGAGA
CTACTACGCACGCACTCACGATCCCAAATGGGATGTGGAGACGCCTCT
G

QA 2 829 2 829
DS 

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GG
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CGTTGGAAGGAAACCGAAAGTTTTCGTTCAGGCATTTAAACAAACACCTTAGGTGCAATT
CGCTTCCTGCTTCTTCCAGGAACGCTCCGTTACTCCGCAGCTTTGAGGCCATCAAGGGTC
CGTCCAGCTTGAGGTATCCTCCGTCCCCAGTGAGAAAAGGTTTATCTTTTCTGCCCAGAT
GCTCGATTTCCACCTCAACCGTTCCCGATTCCGACAACCCTTTCCTTAGCAAGTTCCGAC
AGCTTCTCGATAAAGTCTCTCAGCTGAAAGTGAGGCCCTTTGATGCCGTCAAGTTAACTC
TTGTACTCTCAATCGCGACTCTGGCCGCGAAAAAGATTGTGACTTTGGCCTTCAACCCAT
TCTTCTGGATGTATTTCAGCTGGACGTGGCTCTTCTGGCCTTGGTTTATCGCTCTTGGTC
TCGCGGGTTACGGTCTTTACTGCTTCCGTAAGCATTGCCTCGGCGAAGCCAACGCCTTTG
AGCAGCTTGGTATCGTAACTTCACTCTTCACCTGGCTTACACTCGTCCCTCCTGCTTGCT
TCAATGGCTATCTCCAAGCTGGCCCTTTGTCTTCTTCTTGGCTTACCATTATTTCTTCTT
CTTCAATGTAAGCGTGAGGAA*CGCCTCTGTGGAGACTACTACGCACGCACTCACGATCC
CAAATGGGATGTGGAGACG

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DS 

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GACATTGGCTCGCGGCTTTCGAAGGCCCCGAGCTCCACCGTTTACCAGGTGGTTGGGCTA
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ATAGATGGATCAGGCATCCGATATACGCTTCTACGATGCTTCTTTTCTCCACGTACTGCA
CCGCGCTGCGTGCGCCGTTGAGTCTGTTGTTTCTTGTGGCGGTTTGTTTGGTTTACTACA
GCAAGAAGGCGAAGCTGGAGGAAGAGTTGATGGTGGAGAGCTTCGGTCAAAGGTATTTGG
ATTATGCTGGTAAGGTTAGGCACAACTTCATTCCTTTTGTTTACTAGTGCGTTAGAGAGG
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ATGAGTTGGATTGTTCCATTTTTATGTGGAAATGTTAGGCATGTGAAAAGGATATGCTG

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TCTCGTGTTTCGTTCGGTGTTGGCGTCGTGGTTGGACATTGGCTCGCGGCTTTCGAAGGC
CCCGAGCTCCACCGTTTGCCAGGTGGTTGGGCTAATGTAGGGATATGGGGTTTGATTGTG
GTTACAATTCTTATGCATTATGATTCGACGCTTTATCTAGCTAGATATTCAGAAAAAGTG
GTTGTTCCGACGGATGTTGTGCAGTTTGGTCCTTATAGATGGATCAGGCATCCGATATAC
GCTTTTACGATGCTTCTTTTCTCCACGTACTGCACCGCGCTGCGTGCGCCGTTGAGTCTG
TTGTTTCTTGTGGCGGTTTGTTTGGTTTACTACAGCAAGAAGGCGAAGCTGGAGGAAGAG
TTGATGGTGGAGAGCTTCGGTCAAAGGTATTTGGATTATGCTGGTAAGGTTAGGCACAAC
TTCATTCCTTTTGTTTACTAGTGCGTTAGAGAGGGAGAACATGTGTTGTTGTGTCTAAAT
TATTATCTGGTATCTATCTATCAGTCAAAGATGTATGAGTTGGATTGTTCCATTTTTATG
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TCTTAAATTCAAGAC

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DS 

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TCGACGCTTTATCTAGCTAGATATTCAGAAAAAGTGGTTGTTCCGACGGATGTTGTGCAG
TTTGGTCCTTATAGATGGATCAGGCATCCGATATACGCTTTTACGATGCTTCTTTTCTCC
ACGTACTGCACCGCGCTGCGTGCGCCGTTGAGTCTGTTGTTTCTTGTGGCGGTTTGTTTG
GTTTACTACAGCAAGAAGGCGAAGCTGGAGGAAGAGTTGATGGTGGAGAGCTTCGGTCAA
AGGTATTTGGATTATGCTGGTAAGGTTAGGCACAACTTCATTCCTTTTGTTTGCTAGTGC
GTTAGAGAGGGAGAACATGTGTTGTTGTGTCTAAATTATTATCTGGTATCTATCTATCAG
TCAAAGATGTATGAGTTGGATTGTTCCATTTTTATGTGGAAATGTTAGGCATGTGAAAAG
GATATGCTGTTATGTTATTTTGCGACTCTCCTTAAATCTTAAATTCAAGAC

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 7

CO CL828Contig1 800 7 34 U
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GGTTTTATGTGAAGTAGTCGTCGGTCAATCAGA**GAGAGAGAGACTGTTTTCACATGAA
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GCGGAACACCAATGGGAACTTGATTTTGCTGTTGTGGAACTGCTTGGTGCTCTCCCTCTT
GCAAAGCTTGGCTGGAACGGTCGCCGTCTTGATGATCTGGATGCAAGGGAACCTGACACG
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GTACTCCTTGTACATGTTGTGGTATCCAGTCCTGCTCTGGTACCTCAACCAGATTCCAAA
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AAAGAAGAAACCTAAAACCC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CR38JQ U 17
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AF RR3E623JQ U 2
AF RR3C769JQ U 11
AF RR3CR38TF C 1
AF RR3C769TF C 11
AF RR3E623TF C 133
BS 1 14 RR3CR38TF
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BS 728 793 RR3CR38TF
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RD RR3CR38JQ 164 0 0
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QA 1 164 1 164
DS 

RD RR3D432JQ 397 0 0
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GACGCAAGGGAACCTGACACGGTGTCTCGAAGCCATCTCGGTGTACATCTGTTCCACGGC
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GATGGCGAGCATCTGACCATTGCTCTTCTTCACCTTC

QA 1 397 1 397
DS 

RD RR3E623JQ 615 0 0
AATCAAGAAAAAA
AGGGACTTTGTCTAAATAAAGAAGAAACAAGAACCACAAAATCAAGACAAAGTCGAGTTC
AGTTCCATAAATACTAAAATGTTGATAAAGAAAAATATCCTTGAAAAGAAAAACAAAACA
GCAGATAACTTCCATCATCAAGATTCTCTAATCACCCAAACAAAAAGGTTTTATGTGAAG
TAGTCGTCG*TCAATCAAAAAGAGAGAGAGACTGTTTTCACATGAACAAGTTGGGCTTGG
AGGCCTTGTAGGTGGTCTTGAGCTTCCTGGTTGGTGGTCTGACCTTGCGGAACACCAATG
GGAACTTGATTTTGCTGTTGTGGAACTGCTTGGTGCTCTCCCTCTTGCAAAGTTTGGCTG
GAACGGTCGCCGTCTTGATGATCTGGATGCAAGGGAACCTGACACGGTGTCTCGAAGCCA
TCTCGGTGTACATCTGTTCCACGGCTCCGTTCAAGGTGGTGTCACGGTACTCCTTGTACA
TGTTGTGGTATCCAGTCCTGCTCTGGTACCTCAACCAGATTCCAAAGTTCTTGATGGTTG
TTGGGTTCTTCTCAAAGATCTCGTTGATGGCGAGCATCTGACCATTGCTCTTCTTCACCT
TC

QA 14 615 14 615
DS 

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GAACGGTCGCCGTCTTGATGATCTGGATGCAAGGGAACCTGACGCGGTGTCTCGACGCCA
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T
CC

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DS 



AS 1 8

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TGACTGTTTATGTCGTCGCTCTACGTGTGTGAGTGAGTGCGTGTATTTAATCTACACAAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E579TF U 1
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CTCAGCTTCGAATTGTTTTCTTCAGATCTCTCTCTCTCTCTCCTCCGTCAAGATCTGAAT
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ACCCTTTAGGCATGTTTGATAGCATTGCCGCGCTGGCAGTTGCTCAGAACATGAGGGAGC
TCTATAGGTTGG

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3BT04TF 795 0 0
GG
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CTGAATATCTCCCGGAAGCGAAAGGAAAGGGAAGAGGGATGTACGGATTCGAGGCGCTTA
CGTTCAACATCCACGGCGGATACTTGGAGGCGATCGTGAGAGGCCACCGTGCTGGTCTTC
TCACCACCGCCGATTACAACAATCTGTGCCAGTGTGAAAACCTCGACGACATCAAGATGC
ACCTCTCCTCCACCAAGTACGGCCCTTACCTCCAAAACGAACCGTCACCACTGCATACGA
CCACAATTGTGGAGAAGTGCACTCTCAAGCTTGTTGATGATTATAAGCATATGCTTTGTC
AAGCAACTGAGCCTATGTCTACCTTCTTGGAGTACATCAGATACGGCCACATGATTGACA
ATGTCGTGCTGATTGTTACCGGAACCCTCCACGAGAGAGATGTTCAAGAGCTGATCGAGA
AATGTCACCCTTTAGGCATGTTTGATAGCATTGCCACGCTGGCAGTTGCTCAGAACATGA
GGGAGCTCTATAGTTTGGTACTTGTGGATACACCTCTGGCTCCATATTTCTCTGAATGCT
TAACCTCAGAGGATTTGGATGACATGAACATTGAGATTATGAGGAACACGCTCTACAAAG
CATACCTTGAGGATTTCTACAAGTTCTGTCAGAAACTTGGTGGGGCAACAGCAGAGATA*
TGTCTGACCTTCTTGCCTTCGAAGCTGACAGAAGAGCTGTGA*CATCACCATCA*CAGCA
TTGGCACTGAGCT

QA 3 795 3 795
DS 

RD RR3DQ19TF 755 0 0
G
GGATACACCTCTGGCTCCATATTTCTCTGAATGCTTAACCTCAGAGGATTTGGATGACAT
GAACATTGAGATTATGAGGAACACGCTCTACAAAGCATACCTTGAGGATTTCTACAAGTT
CTGTCAGAAACTTGGTGGGGCAACAGCAGAGATAATGTCTGACCTTCTTGCCTTCGAAGC
TGACAGAAGAGCTGTGAACATCACCATCAACAGCATTGGCACTGAGCTTACAAGAGAAGA
CAGGAAGAAACTGTACTCTAACTTTGGTCTCCTCTATCCATATGGTCACGAGGAGCTTGC
TATCTGCGAAGACATAGATCAGGTTCGTGGTGTTATGGAGAAGTACCCTCCTTACCAAGC
GATATTCTCCAAGATGTCTTACGGAGAGAGCCAAATGCTCGACAAGGCGTTTTATGAAGA
AGAAGTCAGAAGGCTTTGCTTAGCCTTTGAGCAGCAGTTCCATTACGGGGTGTTCTTTGC
GTATATGAGGTTGAGAGAGCAGGAGATCAGGAACCTGATGTGGATATCGGAGTGTGTTGC
ACAGAACCAGAAGTCAAGGATCCACGACAGTGTTGTCTACATGTTCTGAGGTGGTCTGGT
AAAAGATGTGAAAGAACGAACCAGTGTAGTGGTTGTTGGTTTTGCTTTATATTGCTCCAG
ACTTCTTGTTTTCTGCTGTATAATCTGCGGTTTTGTTGCATTGACTGTTTATGTCGTCGC
TCTACGTGTGTGAGTGAGTGCGTGTATTTAATCT

QA 2 755 2 755
DS 

RD RR3DQ19JQ 728 0 0
AGAAACTTGGTGGGGCAACAGCAGAGATAATGTCTGACCTTCTTGCCTTCGAAGCTGACA
GAAGAGCTGTGAACATCACCATCAACAGCATTGGCACTGAGCTTACAAGAGAAGACAGGA
AGAAACTGTACTCTAACTTTGGTCTCCTCTATCCATATGGTCACGAGGAGCTTGCTATCT
GCGAAGACATAGATCAGGTTCGTGGTGTTATGGAGAAGTACCCTCCTTACCAAGCGATAT
TCTCCAAGATGTCTTACGGAGAGAGCCAAATGCTCGACAAGGCGTTTTATGAAGAAGAAG
TCAGAAGGCTTTGCTTAGCCTTTGAGCAGCAGTTCCATTACGGGGTGTTCTTTGCGTATA
TGAGGTTGAGAGAGCAGGAGATCAGGAACCTGATGTGGATATCGGAGTGTGTTGCACAGA
ACCAGAAGTCAAGGATCCACGACAGTGTTGTCTACATGTTCTGAGGTGGTCTGGTAAAAG
ATGTGAAAGAACGAACCAGTGTAGTGGTTGTTGGTTTTGCTTTATATTGCTCCAGACTTC
TTGTTTTCTGCTGTATAATCTGCGGTTTTGTTGCATTGACTGTTTATGTCGTCGCTCTAC
GTGTGTGAGTGAGTGCGTGTATTTAATCTACACAATAAGTAGAGAGTCTCTCCTATTCGT
TTGTTCGTCTTTGCCAACAATGTATTTGCTTGGTTCTGTTGCCAATAAAACTCTTGTAAT
AATATAT
C

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3D621JQ 344 0 0
G
GGAACCTGATGTGGATATCGGAGTGTGTTGCACAGAACCAGAAGTCAAGGATCCACGACA
GTGTTGTCTACATGTTCTGAGGTGGTCTGGTAAAAGATGTGAAAGAACGAACCAGTGTAG
TGGTTGTTGGTTTTGCTTTATATTGCTCCAGACTTCTTGTTTTCTGCTGTATAATCTGCG
GTTTTGTTGCATTGACTGTTTATGTCGTCGCTCTACGTGTGTGAGTGAGTGCGTGTATTT
AATCTACACAATAAGTAGAGAGTCTCTCCTATTCGTTTGTTCGTCTTTGCCAACAATGTA
TTTGCTTGGTTCTGTTGCTAATAAAACTCTTGTAATAATATAT

QA 2 344 2 344
DS 

RD RR3D621TF 344 0 0
G
GGAACCTGATGTGGATATCGGAGTGTGTTGCACAGAACCAGAAGTCAAGGATCCACGACA
GTGTTGTCTACATGTTCTGAGGTGGTCTGGTAAAAGATGTGAAAGAACGAACCAGTGTAG
TGGTTGTTGGTTTTGCTTTATATTGCTCCAGACTTCTTGTTTTCTGCTGTATAATCTGCG
GTTTTGTTGCATTGACTGTTTATGTCGTCGCTCTACGTGTGTGAGTGAGTGCGTGTATTT
AATCTACACAATAAGTAGAGAGTCTCTCCTATTCGTTTGTTCGTCTTTGCCAACAATGTA
TTTGCTTGGTTCTGTTGCTAATAAAACTCTTGTAATAATATAT

QA 2 344 2 344
DS 

RD RR3FJ10TF 407 0 0
GTGTTCTTTGCGTATATGAGGTTGAGAGAGCAGGAGATCAGGAACCTGATGTGGATATCG
GAGTGTGTTGCACAGAACCAGAAGTCAAGGATCCACGACAGTGTTGTCTACATGTTCTGA
GGTGGTCTGGTAAAAGATGTGAAAGAACGAACCAGTGTAGTGGTTGTTGGTTTTGCTTTA
TATTGCTCCAGACTTCTTGTTTTCTGCTGTATAATCTGCGGTTTTGTTGCATTGACTGTT
TATGTCGTCGCTCTACGTGTGTGAGTGAGTGCGTGTATTTAATCTACACAATAAGTAGAG
AGTCTCTCCTATTCGTTTGTTCGTCTTTGCCAACAATGTATTTGCTTGGTTCTGTTGCCA
ATAAAACTCTTGTAATAATATATCAAACTATTTTGTTTTTTCTTTTC

QA 1 407 1 407
DS 

RD RR3E579JQ 724 0 0
AAGCTGACAGAAGAGCTGTGAACATCACCATCAACAGCATTGGCACTGAGCTTACAAGAG
AAGACAGGAAGAAACTGTACTCTAACTTTGGTCTCCTCTATCCATATGGTCACGAGGAGC
TTGCTATCTGCGAAGACATAGATCAGGTTCGTGGTGTTATGGAGAAGTACCCTCCTTACC
AAGCGATATTCTCCAAGATGTCTTACGGAGAGAGCCAAATGCTCGACAAGGCGTTTTATG
AAGAAGAAGTCAGAAGGCTTTGCTTAGCCTTTGAGCAGCAGTTCCATTACGGGGTGTTCT
TTGCGTATATGAGGTTGAGAGAGCAGGAGATCAGGAACCTGATGTGGATATCGGAGTGTG
TTGCACAGAACCAGAAGTCAAGGATCCACGACAGTGTTGTCTACATGTTCTGAGGTGGTC
TGGTAAAAGATGTGAAAGAACGAACCAGCGTAGTGGTTGTTGGTTTTGCTTTATATTGCT
CCAGACTTCTTGTTTTCTGCTGTATAATCTGCGGTTTTGTTGCATTGACTGTTTATGTCG
TCGCTCTACGTGTGTGAGTGAGTGCGTGTATTTAATCTACACAATAAGTAGAGAGTCTCT
CCTATTCGTTTGTTCGTCTTTGCCAACAATGTATTTGCTTGGTTCTGTTGCCAATAAAAC
TCTTGTAATAATATATCAAACTATTTTGTTTTTTCTTTTCAATTTGAATTTATATTGTCA
CTCC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 6

CO CL830Contig1 932 6 8 U
GGAGATCGGTGAGCTTCGTGCTGCATCGTGTGCTCGTCGTCGTCGTCGAAAGAGAGAGAG
AGAGGAGAGAGACGAGAAAATGGTGAGAGAAGTGGCGGAGAGCTGTGTAGACACTATGTT
GATGGAGATGGTGGCGATGTACAGCGGCCGATTCTACGCCAACAAGCCGGAACTCGCCGC
TCGGAGGATCGAGGCCATCGGTTATCAGGTCGGCCACCAGCTCTCCGAGAGGTACACTAT
GGAAA*GACCAAGGTTCAGCGACCATCTAGAGGCAATCAAGTTTATCTGTAAAGACTTCT
GGTCTGAGGTTTTCAAGAAGCAGATTGATAATCTCAAGACTAATCACCGGGGTACTTTTG
TATTGCAAGACAACAAGTTCAGATGGCTATCTCGTGTCTCAATTGACCCTTCGTCTGAGA
AGGAAACCGAAGATCCGTCTACTCCAGGGGAAAGCAAAGCAGCACAAGCGGTGAGCATGT
ACCTGTATTTCCCATGTGGAATCATAAGAGGTGTCCTCTCCAACTTGGGGATACCTTGTG
CTGTCTCTGCAGACATATCCAGCCTTCCCACTTGCTCCTTCGTGATTCGGGTCAAGGCTT
GATTCTGGCATTAGCTTGGGAGTCCTCTCATTTTCAGATTCCAGCTCGGCTTTATGGTTT
CAACTTTCAAGGAAGATAAGAGT*CTTTGAGTCCTAAGAGATTTAACTAAAAGCCCTTCC
CCGAAGGCTTCTGTTTGCTGCGGCTTCTGCCAATTCTCACAACTTTGAATTCCCCCTTCC
CTGTAAAACAATATTTGAATGCCTAATGGGCCTATCTCATCCTAAAAAGCCTGTTAAGTA
AGCTTTTCCATTCTTAGTCACGACTTTGAATTCCGACTTTGGTATAGTTTTTGTCTTTTA
TCGAGTTGCTGCAAAGTGTGAAATTCTTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 5 35 5 
20 5 20 0 35 35 35 35 35 35 5 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F574TF U 1
AF RR3H332TF U 39
AF RR3FV39TF U 51
AF RR3FV39JQ C 138
AF RR3H332JQ C 129
AF RR3F574JQ C 216
BS 1 668 RR3F574TF
BS 669 725 RR3H332TF
BS 726 726 RR3H332JQ
BS 727 752 RR3H332TF
BS 753 753 RR3H332JQ
BS 754 769 RR3H332TF
BS 770 926 RR3H332JQ
BS 927 932 RR3F574JQ

RD RR3F574TF 668 0 0
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AGAGGAGAGAGACGAGAAAATGGTGAGAGAAGTGGCGGAGAGCTGTGTAGACACTATGTT
GATGGAGATGGTGGCGATGTACAGCGGCCGATTCTACGCCAACAAGCCGGAACTCGCCGC
TCGGAGGATCGAGGCCATCGGTTATCAGGTCGGCCACCAGCTCTCCGAGAGGTACACTAT
GGAAA*GACCAAGGTTCAGCGACCATCTAGAGGCAATCAAGTTTATCTGTAAAGACTTCT
GGTCTGAGGTTTTCAAGAAGCAGATTGATAATCTCAAGACTAATCACCGGGGTACTTTTG
TATTGCAAGACAACAAGTTCAGATGGCTATCTCGTGTCTCAATTGACCCTTCGTCTGAGA
AGGAAACCGAAGATCCGTCTACTCCAGGGGAAAGCAAAGCAGCACAAGCGGTGAGCATGT
ACCTGTATTTCCCATGTGGAATCATAAGAGGTGTCCTCTCCAACTTGGGGATACCTTGTG
CTGTCTCTGCAGACATATCCAGCCTTCCCACTTGCTCCTTCGTGATTCGGGTCAAGGCTT
GATTCTGGCATTAGCTTGGGAGTCCTCTCATTTTCAGATTCCAGCTCGGCTTTATGGTTT
CAACTTTC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3H332TF 731 0 0
GGGTCGAAAGAG
AGAGAGAGAGAGAGGAGAGAGACGAGAAAATGTTGAGAGAAGTGGCGGAGAGCTGTGTAG
ACACTATGTTGATGGAGATGGTGGCGATGTACAGCGGCCGATTCTACGCCAACAAGCCAG
AACTCGCCGCTCGGAGGATCGAGGCCATCGGTTATCAGGTCGGCCACCAGCTCTCCGAGA
GGTACACTATGGAAA*GACCAAGGTTCAGCGACCATCTAGAGGCAATCAAGTTTATCTGT
AAAGACTTCTGGTCTGAGGTTTTCAAGAAGCAGATTGATAATCTCAAGACTAATCACCGG
GGTACTTTTGTATTGCAAGACAACAAGTTCAGATGGCTATCTCGTGTCTCAATTGACCCT
TCGTCTGAGAAGGAAACCGAAGATCCGTCTACTCCAGGGGAAAGCAAAGCAGCACAAGCG
GTGAGCATGTACCTGTATTTCCCATGTGGAATCATAAGAGGTGTCCTCTCCAACTTGGGG
ATACCTTGTGCTGTCTCTGCAGACATATCCAGCCTTCCCACTTGCTCCTTCGTGATTCGG
GTCAAGGCTTGATTCTGGCATTAGCTTGGGAGTCCTCTCATTTTCAGATTCCAGCTCGGC
TTTATGGTTTCAACTTTCAAGGAAGATAAGAGT*CTTTGAGTCCTAAGAGATTTAACTAA
AAGCCCTTCCCCGAAAGCTTCTGTTTGCTGCGGCTTCTGCCA*TTCTCACAACTTTGAA

QA 13 731 13 731
DS 

RD RR3FV39TF 687 0 0
G
GAGAGAGAGAGAT*AGAGAGACGAGAAAATGGTGAGAGAAGTGGCGGAGAGCTGTGTAGA
CACTATGTTGATGGAGATGGTGGCGATGTACAGCGGCAGATTCTACGCCAACAAGCCGGA
ACTCGCCGCTCGGAGGATCGAGGCCATCGGTTATCAGGTCGGCCACCAGCTCTCCGAGAG
GTACACTATGGAAA*GACCAAGGTTCAGCGACCATCTAGAGGCAATCAAGTTTATCTGTA
AAGACTTCTGGTCTGAGGTTTTCAAGAAGCAGATTGATAATCTCAAGACTAATCACCGGG
GTACTTTTGTATTGCAAGACAACAAGTTCAGATGGCTATCTCGTGTCTCGATTGACCCTT
CGTCGGAGAAGGAAACCGAAGATCCGTCTACTCCAGGGGAAAGCAAAGCAGCACAAGCGG
TGAGCATGTACCTGTATTTCCCATGTGGAATCATAAGAGGTGTCCTCTCCAACTTGGGGA
TACCTTGTGCTGTCTCTGCAGACATATCCAGCCTTCCCACTTGCTCCTTCGTGATTCGGG
TCAAGGCTTGATTCTGGCATTAGCTTGGAAGTCCTCTCGTTTTCAGATTCCATCTCGGCT
TTATGGTTTCAACTTTCAAGGAAGATAACAGTTCTTTGAGTCCTAAGAGATTTAACTAAA
A*CCCTTCTCAG***GCTTCTTTT
GC

QA 2 685 2 685
DS 

RD RR3FV39JQ 762 0 0
TGTACAGCGGCAGATTCTACGCCAACAAGCCGGAACTCGCCGCTCGGAGGATCGAGGCCA
TCGGTTATCAGGTCGGCCACCAGCTTTCCGAGAGGTACACTATGGAAA*GACCAAGGTTC
AGCGACCATCTAGAGGCAATCAAGTTTATCTGTAAAGACTTCTGGTCTGAGGTTTTCAAG
AAGCAGATTGATAATCTCAAGACTAATCACCGGGGTACTTTTGTATTGCAAGACAACAAG
TTCAGATGGCTATCTCGTGTCTCGATTGACCCTTCGTCGGAGAAGGAAACCGAAGATCCG
TTTACTCCAGGGGAAAGCAAAGCAGCACAAGCGGTGAGCATGTACCTGTATTTCCCATGT
GGAATCATAAGAGGTGTCCTCTCCAACTTGGGGATACCTTGTGCTGTCTCTGCAGACATA
TCCAGCCTTCCCACTTGCTCCTTCGTGATTCGGGTCAAGGCTTGATTCTGGCATTAGCTT
GGAAGTCCTCTCGTTTTCAGATTCCATCTCGGCTTTATGGTTTCAACTTTCAAGGAAGAT
AACAGTTCTTTGAGTCCTAAGAGATTTAACTAAAA*CCCTTCTCA**AGGCTTCTTTTTG
CTGCGGCTTCTGCCAATTCTCACAACTTTGAATTCCCCCTTCCCTGTAAAACAATATTTG
AATGCCTAATGGCCCTATCTCATCCTAAAAAGCCTGTTAAGTAAGCTTTTCCATTCTTAG
TCACGACTTTGAATTCCGACTTTGGTATAGTTTTTGTCTTTT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3H332JQ 804 0 0
TGGTGGCGATGTACAGCGGCCGATTCTACGCCAACAAGCCAGAACTCGCCGCTCGGAGGA
TCGAGGCCATCGGTTATCAGGTCGGCCACCAGCTCTCCGAGAGGTACACTATGGAAAAGA
CCAAGGTTCAGCGACCATCTAGAGGCAATCAAGTTTATCTGTAAAGACTTCTGGTCTGAG
GTTTTCAAGAAGCAGATTGATAATCTCAAGACTAATCACCGGGGTACTTTTGTATTGCAA
GACAACAAGTTCAGATGGCTATCTCGTGTCTCAATTGACCCTTCGTCTGAGAAGGAAACC
GAAGATCCGTCTACTCCAGGGGAAAGCAAAGCAGCACAAGCGGTGAGCATGTACCTGTAT
TTCCCATGTGGAATCATAAGAGGTGTCCTCTCCAACTTGGGGATACCTTGTGCTGTCTCT
GCAGACATATCCAGCCTTCCCACTTGCTCCTTCGTGATTCGGGTCAAGGCTTGATTCTGG
CATTAGCTTGGGAGTCCTCTCATTTTCAGATTCCAGCTCGGCTTTATGGTTTCAACTTTC
AAGGAAGATAAGAGT*CTTTGAGTCCTAAGAGATTTAACTAAAAGCCCTTCCCCGAAGGC
TTCTGTTTGCTGCGGCTTCTGCCAATTCTCACAACTTTGAATTCCCCCTTCCCTGTAAAA
CAATATTTGAATGCCTAATGGGCCTATCTCATCCTAAAAAGCCTGTTAAGTAAGCTTTTC
CATTCTTAGTCACGACTTTGAATTCCGACTTTGGTATAGTTTTTGTCTTTTATCGAGTTG
CTGCAAAGTGTGAAATTC
TTTTAG

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3F574JQ 717 0 0
ACCAGCTCTCCGAGAGGTACACTATGGAAA*GACCAAGGTTCAGCGACCATCTAGAGGCA
ATCAAGTTTATCTGTAAAGACTTCTGGTCTGAGGTTTTCAAGAAGCAGATTGATAATCTC
AAGACTAATCACCGGGGTACTTTTGTATTGCAAGACAACAAGTTCAGATGGCTATCTCGT
GTCTCAATTGACCCTTCGTCTGAGAAGGAAACCGAAGATCCGTCTACTCCAGGGGAAAGC
AAAGCAGCACAAGCGGTGAGCATGTACCTGTATTTCCCATGTGGAATCATAAGAGGTGTC
CTCTCCAACTTGGGGATACCTTGTGCTGTCTCTGCAGACATATCCAGCCTTCCCACTTGC
TCCTTCGTGATTCGGGTCAAGGCTTGATTCTGGCATTAGCTTGGGAGTCCTCTCATTTTC
AGATTCCAGCTCGGCTTTATGGTTTCAACTTTCAAGGAAGATAAGAGT*CTTTGAGTCCT
AAGAGATTTAACTAAAAGCCCTTCCCCGAAGGCTTCTGTTTGCTGCGGCTTCTGCCAATT
CTCACAACTTTGAATTCCCCCTTCCCTGTAAAACAATATTTGAATGCCTAATGGGCCTAT
CTCATCCTAAAAAGCCTGTTAAGTAAGCTTTTCCATTCTTAGTCACGACTTTGAATTCCG
ACTTTGGTATAGTTTTTGTCTTTTATCGAGTTGCTGCAA*GTGTGAAATTCTTTTAG

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 8

CO CL831Contig1 1110 8 9 U
CGTAATGGATTTAATAATATTGTAACTGTAAAGAGGAAAAAAGTATTAACCAGCCCGGAT
TCATATCCCATAGGCCATAGAACAAGTGTAAGCCAATCTTTATTCGTTGTTTATAGGTTT
GGCCAATAAATTACAACATGAAAGTTCTGTATGTGAATATTGCCTCTAAGAAGAGAAGAA
ATATCTTATTCATCTGTTGGCATCTTCAGAACCATAGCCTCACCATCCAATGGCGTGTAT
TCCGGCAAACTGACGTACTTGGGACATGATTTTTTCGACGTCATGTCTTTTGAACCAACA
CAGTCCCTGGGCTTGAAATCTTTATAGAAGCATATACGTATTTCATCGATTGCATCTCTT
TTGCATACTACTTCAGGGGTGATATGAAATGCATTCTGAATGGCTGTGACAATACCTCCT
AGAGGATACTTCTCGCTGTTGGAAGCAACATAGCCAGCTTTATAAA*GGACATCCGTGAC
ATTATGCTTGAAGTAGATATTAAGCGTGGTAACGAAGTAACTATACTCATCACGAATAAC
AGGAGAAGAGCAAGTCCCATGTTTCTCCCACTCATGGCCCCAAAATGATCCTTTTCCACC
ATGGCAAGATGATGGAGAACCACAACTGAGACTGGGCCAGTACTTTTCCATGCCATCCAT
CAACGTTGAGATCTCCTTCTCATTGAAGTCGGATCTATAGCAACATGAAGGCCAGGAACC
GTCGTTATAGTCCGGCCATAGTCCATGGATGGTGAATTGAGTTGGAGTGTTCGAGCCTCT
ACAGCAAGCGTTTTTGGAGCAGCAATGGCGAGTTCCACGGCAGTAGGTTCCAGGCCACTG
GAGAGAGAGAGCGAAATAATCAAACTCTCTCTGTGAGCGATTGACTTCGACGACGTTGTC
TCCGGCAAGTCTTCCAGTCTCCGCTAGATAGGCCGAGACAGAAAGAACCGTAACCAAAAG
GACTTGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAAGAGATCTACGCAACGCCATTGACTCTATTCG
GATTGGAAACCCGACTCAGATCGGGTCACTGTAGCCTTTTCTTTATAGGTGGACGGAAAA
CGAGGGCATTGTAGTCTTTCAGATCAACCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 50 50 50 50 20 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 20 20 20 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 
50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES37JQ U 2
AF RR3B045JQ U 1
AF RR3CA58JQ U 84
AF RR3A078JQ U 19
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AF RR3ES37TF C 223
AF RR3A078TF C 223
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GC
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TCTTATTCATCTGTTGGCATCTTCAGAACCATAGCCTCACCATCCAATGGCGTGTATTCC
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GCAAGATGATGGAGAACCACAACTGAGACTGGGCCAGTACTTTTCCATGCCATCCATCAA
CGTTGAGATCTCCTTCTCATTGAAGTCGGATCTATAGCAAC

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DS 

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DS 

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G
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DS 

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TGAAAGTTCTGTATGTGAATATTGCCTC*AAGAAGAGAAGAAATATCTTATTCATCTGTT
GGCATCTTCAGAACCATAGCCTCACCATCCAATGGCGTGTATTCCGGCAAACTGACGTAC
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ATCAAACTCTCTCTGTGAGCGATTGACTTCGACGA

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DS 

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GGCTG
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CCC

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DS 

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CC

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DS 

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TAAA*GGACATCCGTGACATTATGCTTGAAGTAGATATTAAGCGTGGTAACGAAGTAACT
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TTATAGGTGGACGGAAAACGAGGGCATTGTAGTCTTTCAGATCAACCC

QA 1 888 1 888
DS 



AS 1 8

CO CL832Contig1 805 8 2 U
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TTGTTGATGATATAAGTGGTGTCCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D908JQ U 136
AF RR3D513JQ U 2
AF RR3B879JQ U 1
AF RR3D908TF C 115
AF RR3B879TF C 51
AF RR3E279JQ U 18
AF RR3E279TF C 51
AF RR3CU08JQB U 109
BS 1 797 RR3B879JQ
BS 798 805 RR3CU08JQB

RD RR3D908JQ 562 0 0
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ATAACAACTATACTCAACAGTAGCATCGCCGTTCTTGAGATTAATCCACTTTGTCCGAGC
CTCAGCGTAGCCTCTAGCAAATCGGAAAAGCCCACTTCCTCCGACAATAGGCATTTCTCT
GACCTCCGACATCGCGGTGTTCCGACCAAGAATCGTTATGGTGCTTCCGTTGTACTTCCC
TGTCTTAAAAGCAAAGTTCATCGCCATTAGAAAACCCAATTCCTTTTGGGCTGCTCCGGC
GTAAAAGC*CTTGAGCC*TGTCCCAACAGAGTTGAGTTCATCGGAACTTTCGCCGTCAAG
GCGTTGTCGATCATGGAGATGGCTCCGAAGAAGGAATTGTTTGTAACTGGTGGTTGAATC
ATGATGGAGGTTGGGTTTGGACCACTTAAGATGTCGTGCCAATAGACTTTGAAATGGGTT
AGCTTCTCTTTCTTGTGGAGACCGAGAAGCTTCCGATCTATGGTTCTGGCAAAGTTTTCT
CCGTCGTCTCCGGTGGAAGAAA

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3D513JQ 696 0 0
GT
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CAAATCCACCAGACACACACCATAAGCCAAAATGCAAAAAGAAAAGGTAAGAAAGCATAA
CATATAAAAATCTTATTAGGTCGCCAGATGAAATATATAATTACTACAAAAAAA*CATCA
ATAATGCAAGACATAACAACTATACTCAACAGTAGCATCGCCGTTCTTGAGATTAATCCA
CTTTGTCCGAGCCTCAGCGTAGCCTCTAGCAAATCGGAAAAGCCCACTTCCTCCGACAAT
AGGCATTTCTCTGACCTCCGACATCGCGGTGTTCCGACCAAGAATCGTTATGGTGCTTCC
GTTGTACTTCCCTGTCTTAAAAGCAAAGTTCATCGCCATTAGAAAACCCAATTCCTTTTG
GGCTGCTCCGGCGTAAAAGC*CTTGAGCC*TGTCCCAACAGAGTTGAGTTCATCGGAACT
TTCGCCGTCAAGGCGTTGTCGATCATGGAGATGGCTCCGAAGAAGGAATTGTTTGTAACT
GGTGGTTGAATCATGATGGAGGTTGGGTTTGGACCACTTAAGATGTCGTGCCAATAGACT
TTGAAATGGGTTAGCTTCTCTTTCTTGTGGAGACCGAGAAGCTTCCGATCTATGGTTCTG
GCAAAGTTTTCTCCGTCGTCTCCGGTGGAAGAAA

QA 3 696 3 696
DS 

RD RR3B879JQ 800 0 0
AGCATCAAAACCTCCTTGAAATAAAACTATTATAAATATTATTAGCCGACAAAACTACTA
CCACAAATCCACCAGACACACACCATAAGCCAAAATGCAAAAAGAAAAGGTAAGAAAGCA
TAACATATAAAAATCTTATTAGGTCGCCAGATGAAATATATAATTACTACAAAAAAA*CA
TCAATAATGCAAGACATAACAACTATACTCAACAGTAGCATCGCCGTTCTTGAGATTAAT
CCACTTTGTCCGAGCCTCAGCGTAGCCTCTAGCAAATCGGAAAAGCCCACTTCCTCCGAC
AATAGGCATTTCTCTGACCTCCGACATCGCGGTGTTCCGACCAAGAATCGTTATGGTGCT
TCCGTTGTACTTCCCTGTCTTAAAAGCAAAGTTCATCGCCATTAGAAAACCCAATTCCTT
TTGGGCTGCTCCGGCGTAAAAGC*CTTGAGCC*TGTCCCAACAGAGTTGAGTTCATCGGA
ACTTTCGCCGTCAAGGCGTTGTCGATCATGGAGATGGCTCCGAAGAAGGAATTGTTTGTA
ACTGGTGGTTGAATCATGATGGAGGTTGGGTTTGGACCACTTAAGATGTCGTGCCAATAG
ACTTTGAAATGGGTTAGCTTCTCTTTCTTGTGGAGACCGAGAAGCTTCCGATCTATGGTT
CTGGCAAAGTTTTCTCCGTCGTCTCCGGTGGAAGAAACGATGGCGAGGAGGACGATTTGG
ACGGCTAAGAAGAAAATGAGCTTAGC*CATGAGTTTTTCTTTGGTTTCTGTGGAGTTGGT
TTGTTGATGATATAAGT
CCC

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3D908TF 685 0 0
TTTTTT
TAACATATAAAAATCTTATTAGGTCGCCAGATGAAATATATAATTACTACAAAAAAA*CA
TCAATAATGCAAGACATAACAACTATACTCAACAGTAGCATCGCCGTTCTTGAGATTAAT
CCACTTTGTCCGAGCCTCAGCGTAGCCTCTAGCAAATCGGAAAAGCCCACTTCCTCCGAC
AATAGGCATTTCTCTGACCTCCGACATCGCGGTGTTCCGACCAAGAATCGTTATGGTGCT
TCCGTTGTACTTCCCTGTCTTAAAAGCAAAGTTCATCGCCATTAGAAAACCCAATTCCTT
TTGGGCTGCTCCGGCGTAAAAGC*CTTGAGCC*TGTCCCAACAGAGTTGAGTTCATCGGA
ACTTTCGCCGTCAAGGCGTTGTCGATCATGGAGATGGCTCCGAAGAAGGAATTGTTTGTA
ACTGGTGGTTGAATCATGATGGAGGTTGGGTTTGGACCACTTAAGATGTCGTGCCAATAG
ACTTTGAAATGGGTTAGCTTCTCTTTCTTGTGGAGACCGAGAAGCTTCCGATCTATGGTT
CTGGCAAAGTTTTCTCCGTCGTCTCCGGTGGAAGAAACGATGGCGAGGAGGACGATTTGG
ACGGCTAAGAAGAAAATGAGCTTAGC*CATGAGTTTTTCTTTGGTTTCTGTGGAGTTGGT
TTGTTGATGATATAAGT
CC

QA 7 683 7 683
DS 

RD RR3B879TF 742 0 0
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TAAGAAAGCATAACATATAAAAATCTTATTAGGTCGCCAGATGAAATATATAATTACTAC
AAAAAAA*CATCAATAATGCAAGACATAACAACTATACTCAACAGTAGCATCGCCGTTCT
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TTCCTCCGACAATAGGCATTTCTCTGACCTCCGACATCGCGGTGTTCCGACCAAGAATCG
TTATGGTGCTTCCGTTGTACTTCCCTGTCTTAAAAGCAAAGTTCATCGCCATTAGAAAAC
CCAATTCCTTTTGGGCTGCTCCGGCGTAAAAGCTCTTGAGCCCTGTCCCAACAGAGTTGA
GTTCATCGGAACTTTCGCCGTCAAGGCGTTGTCGATCATGGAGATGGCTCCGAAGAAGGA
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GTGCCAATAGACTTTGAAATGGGTTAGCTTCTCTTTCTTGTGGAGACCGAGAAGCTTCCG
ATCTATGGTTCTGGCAAAGTTTTCTCCGTCGTCTCCGGTGGAAGAAACGATGGCGAGGAG
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TG*AGTTGGTTTGTTGATGATA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3E279JQ 784 0 0
GG
AATAAAACTATTATAAATATTATTAGCCGACAAAACTACTACCACAAATCCACCAGACAC
ACACCATAAGCCAAAATGCAAAAAGAAAAGGTAAGAAAGCATAACATATAAAAATCTTAT
TAGGTCGCCAGATGAAATATATAATTACTACAAAAAAA*CATCAATAATGCAAGACATAA
CAACTATACTCAACAGTAGCATCGCCGTTCTTGAGATTAATCCACTTTGTCCGAGCCTCA
GCGTAGCCTCTAGCAAATCGGAAAAGCCCACTTCCTCCGACAATAGGCATTTCTCTGACC
TCCGACATCGCGGTGTTCCGACCAAGAATCCTTATGGTGCTTCCGTTGTACTTCCCTGTC
TTAAAAGCAAAGTTCATCGCCATTAGAAAACCCAATTCCTTTTGGGCTGCTCCGGCGTAA
AAGC*CTTGAGCC*TGTCCCAACAGAGTTGAGTTCATCGGAACTTTCGCCGTCAAGGCGT
TGTCGATCATGGAGATGACTCCGAAGAAGGAATTGTTTGTAACTGGTGGTTGAATCATGA
TGGAGGTTGGGTTTGGACCACTTAAGATGTCGTGCCAATAGACTTTGAAATGGGTTAGCT
TCTCTTTCTTGTGGAGACCGAGAAGCTTCCGATCTATGGTTCTGGCAAAGTTTTCTCCGT
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GCTTAGC*CATGAGTTTTTCTTTGGTT*CTGTGGAGTTGGTTTGTTGATGATATAAGT
GGTC

QA 3 780 3 780
DS 

RD RR3E279TF 752 0 0
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TAAGAAAGCATAACATATAAAAATCTTATTAGGTCGCCAGATGAAATATATAATTACTAC
AAAAAAAACATCAATAATGCAAGACATAACAACTATACTCAACAGTAGCATCGCCGTTCT
TGAGATTAATCCACTTTGTCCGAGCCTCAGCGTAGCCTCTAGCAAATCGGAAAAGCCCAC
TTCCTCCGACAATAGGCATTTCTCTGACCTCCGACATCGCGGTGTTCCGACCAAGAATCC
TTATGGTGCTTCCGTTGTACTTCCCTGTCTTAAAAGCAAAGTTCATCGCCATTAGAAAAC
CCAATTCCTTTTGGGCTGCTCCGGCGTAAAAGC*CTTGAGCC*TGTCCCAACAGAGTTGA
GTTCATCGGAACTTTCGCCGTCAAGGCGTTGTCGATCATGGAGATGACTCCGAAGAAGGA
ATTGTTTGTAACTGGTGGTTGAATCATGATGGAGGTTGGGTTTGGACCACTTAAGATGTC
GTGCCAATAGACTTTGAAATGGGTTAGCTTCTCTTTCTTGTGGAGACCGAGAAGCTTCCG
ATCTATGGTTCTGGCAAAGTTTTCTCCGTCGTCTCCGGTGGAAGAAACGATGGCGAGGAG
GACGATTTGGACGGCTAAGAAGAAAATGAGCTTAGC*CATGAGTTTTTCTTTGGTTTCTG
TGGAGTTGGTTTGTTGATGATATAAGT
GGTCC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3CU08JQB 697 0 0
C
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CAAAAAAA*CATCAATAATGCAAGACATAACAGCTATACTCAACAGTAGCATCGCCGTTC
TTGAGATTAATCCACTTTGTCCGAGCCTCAGCGTACCCTCTAGCAAATCGGAAAAGCCCA
CTTCCTCCGACAATAGGCATTTCTCTGACCTCCGACATCGCGGTGTTCCGACCAAGAATC
GTGATGGTGCTTCCGTTGTACTTCCCTGTCTTAAAAGCAAAGTTCATCGCCATTAAAAAA
CCCAATTCCTTTTGGGCTGCTCCGGCGTAAAAGC*CTTGGGCC*TGACCCAACAGAGTTG
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AATTGTTTGTAACTGGTGGTTGAATCATGATGGAGGTTGGGTTTGGACCACTTAAGATGT
CGTGCCAATAGACTTTGAAATGGGTTAGCTTCTCTTTCTTGTGGAGACCGAGAAGCTTCC
GATCTATGGTTCTGGCAAAGTTTTCTCCGTCGTCTCCGGTGGAAGAAACGATGGCGAGGA
GGAAGATTTGGACGGCTAAGAAGAAAATGAGCTTAGC*CATGAGTTTTTCTTTGGTTTCT
GTGGAGTTGGTTTGTTGATGATATAAGTGGTGTCCC

QA 2 697 2 697
DS 



AS 2 5

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ATTCAAATGGAGCCTCCAAAGGGATTTCTTGCTTCTTTGTTGCACTTCTTAGTGTTCCTT
CCTTATTTCACTGCATTGCTGTTTCTGGGTGTCATCAAAGGTATTGTTCTGTGCCCACTC
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TGTTTGTTATCCACTTTGAAGCTTTTGTAGCCCATGTAACTAGGGTTTTAGATTCTTATA
TATATGATGTAATGTGGTTTGATGAATGCAATCAAGGCTGCCGTTTGATGCAGCCAAACC
TTCATCTTTATTAATATCGTTTCAGAAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3AV87JQ C 1
AF RR3AV87TF U 1
BS 1 507 RR3AV87TF
BS 508 509 RR3AV87JQ

RD RR3AV87JQ 509 0 0
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CCTTATTTCACTGCATTGCTGTTTCTGGGTGTCATCAAAGGTATTGTTCTGTGCCCACTC
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TGTTTGTTATCCACTTTGAAGCTTTTGTAGCCCATGTAACTAGGGTTTTAGATTCTTATA
TATATGATGTAATGTGGTTTGATGAATGCAATCAAGGCTGCCGTTTGATGCAGCCAAACC
TTCATCTTTATTAATATCGTTTCAGAAGC

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR3AV87TF 509 0 0
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ACCCACTCTCTGCTTCCAAGACTCCATAATCAAATACCAAAATAGCTCTGAAGCTCTTTG
GAAGGCGTGTGACTGGTTCTTGAGAGATGGGTTTTTGTTAAAATTCTTGAAAGATTCAAA
ATTCAAATGGAGCCTCCAAAGGGATTTCTTGCTTCTTTGTTGCACTTCTTAGTGTTCCTT
CCTTATTTCACTGCATTGCTGTTTCTGGGTGTCATCAAAGGTATTGTTCTGTGCCCACTC
GTATGCTTCGTTGTGACTATAGGCAACTCTGCTATCTATTGAAGTCCAAAGTAAAGCCCA
TGTTTGTTATCCACTTTGAAGCTTTTGTAGCCCATGTAACTAGGGTTTTAGATTCTTATA
TATATGATGTAATGTGGTTTGATGAATGCAATCAAGGCTGCCGTTTGATGCAGCCAAACC
TTCATCTTTATTAATATCGTTTCAGAA
GC

QA 1 507 1 507
DS 



CO CL833Contig2 745 3 2 U
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TCATTTTGATCTTGGTGACAACTTAATCTCTTCTCCTTTCTTTAGTTTCTTTGTCTTTCA
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TTCAAATATTCTCATGGTATCAGAGCTTCAGTCGGTTCATGGGGCTGTTTGGTTCATCTT
CAACCTCGGCTTACACTGTCCCAGTCTAGTTAATGGATGCAAATCTCTGGAAAGCTTTCC
ATAGAAGCCAGAACCCAATCGAAGAAGAAAAAGAACGGCATCAGCAAATCAACTTGTTCT
GGGCCATCTGAATACAAGTCGAAGCCCAAAGTTTGATACAAGAGCAGTAGAAGAAGCCCT
CTTCACGACAAAGCTGAGCCTTTTCTTTCGTCTTCTCAACGGCTGAACCAATACAAGGTT
CTGTTCTTCTGGATTTTGTTCCTATCTGGCTTTCAAGGTTGAAGCTTTAATCAAGTGGAG
CAGCTCAAAACGTAGCTTTCAACCGGCCAAAGAAAAAAAAATCAAACCTTCTTCTGTCCA
TCTGTAAAGCACGAAGCTTTTGGAGTTGGTGACCAAGGTCACATGTCTGGTTAGGTTCCG
AGCCATGTCCAATAAACCAAGATCGGTGCTGCTTGAACTGAAGTTTCAAGCTTTCTCTGG
TAGCGATTGGAAGTTGTTACTGCAT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BL60JQ C 113
AF RR3BL60TF U 1
AF RR3GE74TF U 1
BS 1 568 RR3BL60TF
BS 569 745 RR3GE74TF

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DS 

RD RR3BL60TF 568 0 0
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TCATTTTGATCTTGGTGACAACTTAATCTCTTCTCCTTTCTTTAGTTTCTTTGTCTTTCA
ATAAAGCTCTCTGAGCTATTAGTCTTTCAATAAGCTCTTAGAGCACAAATCTATCTTATC
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ATAGAAGCCAGAACCCAATCGAAGAAGAAAAAGAACGGCATCAGCAAATCAACTTGTTCT
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DS 

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GG
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ATTTTGATCTTGGTGACAACTTAATCTCTTCTCCTTTCTTTAGTTTCTTTGTCTTTCAAT
AAAGCTCTCTGAGCTATTAGTCTTTCAATAAGCTCTTAGAGCACAAATCTATCTTATCTT
CAAATATTCTCATGGTATCAGAGCTTCAGTCGGTTCATGGGGCTGTTTGGTTCATCTTCA
ACCTCGGCTTACACTGTCCCAGTCTAGTTAATGGATGCAAATCTCTGGAAAGCTTTCCAT
AGAAGCCAGAGCCCAATCGAAGAAGAAAAAGAACGGCATCAGCAAATCAACTTGTTCTGG
GCCATCTGAATACAAGTCGAAGCCCAAAGTTTGATACAAGAGCAGTAGAAGAAGCCCTCT
TCACGACAAAGCTGAGCCTTTTCTTTCGTCTTCTCAACGGCTGAACCAATACAAGGTTCT
GTTCTTCTGGATTTTGTTCCTATCTGGCTTTCAAGGTTGAGGCTTTAATCAAGTGGAGCA
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TGTAAAGCACGAAGCTTTTGGAGTTGGTGACCAAGGTCACATGTCTGGTTAGGTTCCGAG
CCATGTCCAATAAACCAAGATCGGTGCTGCTTGAACTGAAGTTTCAAGCTTTCTCTGGTA
GCGATTGGAAGTTGTTACTGCAT

QA 3 745 3 745
DS 



AS 1 6

CO CL834Contig1 830 6 13 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 0 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3G937JQ U 24
AF RR3GI78JQ U 27
AF RR3CA20JQ U 1
AF RR3DO67JQ U 27
AF RR3CA20TF C 52
AF RR3GI78TF C 137
BS 1 58 RR3CA20JQ
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AAA
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QA 4 757 4 757
DS 

RD RR3GI78JQ 709 0 0
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GATGCGAATTCTCAGTACTTAATCGGTGCAAGAACATCGAGCTGGGCTCCAAGTTTCTCC
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GCCTGTGACCTCTCCTTTCTCTTGACCTCAAGCTCCTTGATGGTGTCGTAGTGGTTCCAG
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CCACCTGACAGACAAATCTCTTCGCATCGGACGACAACAACTCTCTGTCCGTTGAGCAAC
TACTTGGCGATGATGGAAGCAAGACGCCCCAACATGTGGTGCCTCGCAT

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DS 

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CCTCCCTACTCGGT*GATTCTCTCCGTCTGCTG

QA 1 813 1 813
DS 

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GATGCGAATTCTCAGTACTTAATCGGTGCAAGAACATCGAGCTGGGCTCCAAGTTTCTCC
TCTGCAACCTTCTCGGCCTTTGTCCTGAGCTTGATGAGCTGTTTCTTACGCTCATACACA
GCCTGTGACCTCTCCTTTCTCTTGACCTCAAGCTCCTTGATGGTGTCGTAGTGGTTCCAG
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TCAAAAACCTTCAAACGGGCAAGAGCAGCAGCTCCACGCTTGGTCTTGTGTGGAATCATC
CCACGAAGGGTACGCCAGAAGATCTTGGAGGGAGCCCTGAAGTGAATGGGACCGTGAGAA
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TCTGCTGCTTCTCCCTTTCCAG

QA 1 802 1 802
DS 

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CATCTTAT
GTTTACAAGCTACCAAATGCAAAACAGAAATTTCAAAGAGTAGAATCGAGACGAGTACAA
ACGCAGCAAGTATTAAACCAAAAGACAGATGCGAATTCTCAGTACTTAATCGGTGCAAGA
ACATCGAGCTGGGCTCCAAGTTTCTCCTCTGCAACCTTCTCGGCCTTTGTCCTGAGCTTG
ATGAGCTGTTTCTTACGCTCATACACAGCCTGTGACCTCTCCTTTCTCTTGACCTCAAGC
TCCTTGATGGTGTCGTAGTGGTTCCAGCCAACCTCAGAAGAAAGACGGCCCAACAAGCAG
TACTTGTGACCAGCCTGGAGCCTCAAAACCTTGAGAGCATCAGGAATGACCATTCTCTTG
ACTTTGTCGTAAGGAGGAGGGACTCCTTCAAAAACCTTCAAACGGGCAAGAGCAGCAGCT
CCACGCTTGGTCTTGTGTGGAATCATCCCACGAAGGGTACGCCAGAAGATCTTGGAGGGA
GCCCTGAAGTGAATGGGACCGTGAGAAGGCTTAGTGTTCATGCGCTTCCTGAGAAACCTC
ATGTACTTCATCTTCTGACGAACCAGTCCACCTGACAGACAAATCTCTTCGCATCGGACG
ACGACAACTCTCTGTCCGTTGAGCAACTCCTTGGCGATGATGGAAGCAAGACGCCCCAAC
ATGTGGTGCCTCGCATCGACCACCACGCGCTTCGCGCATATCCCTGAACCAGACACCATC
TCCTCCCTACTCGGTTGATTCTCTCCGTCTGCTGCTTCTCCCTTTCCAGCC

QA 9 779 9 779
DS 

RD RR3GI78TF 666 0 0
CCAAAAGACAGATGCGA*TTCTCAGTACTTAATCGGTGCAAGAACATCGAGCTGGGCTCC
AAGTTTCTCCTCTGCAACCTTCTCGGCCTTTGTCCTGAGCTTGATGAGCTGTTTCTTACG
CTCATACACAGCCTGTGACCTCTCCTTTCTCTTGACCTCAAGCTCCTTGATGGTGTCGTA
GTGGTTCCAGCCAACCTCAGAAGAAAGTCGGCCCAACAAGCAGTACTTGTGACCAGCCTG
GAGCCTCAAAACCTTGAGAGCATCAGGAATGACCATCCTCTTGACTTTGTCATAAGGAGG
AGGGACTCCTTCAAAAACCTTCAAACGGGCAAGAGCAGCAGCTCCACGCTTGGTCTTGTG
TGGAATCATCCTACGAAGGGTACGCCAGAAGATCTTGGAGGGAGCCCTGAAGTGAATGGG
ACCGTGAGAAGGCTTAGTGTTCATGCGCTTCCTGAGAAACCTCATGTACTTCATCTTCTG
ACGAACCAGTCCACCTGACAGACAAATCTCTTCGCATCGGACGACAACAACTCTCTGTCC
GTTGAGCAACTACTTGGCGATGATGGAAGCAAGACGCCCCAACATGTGGTGCCTCGCATC
GACCACGACGCGCTTCGCGCATATCCCTGAACCAGACACCATCTCCTCCCTACTCGATTG
ATTCTC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 2 8

CO CL835Contig1 689 6 5 U
TTTTTTTTTCAAAGTAACTATAATGCTTTAGGCAACGTGAATCAAAAACTGATGAAACAA
AACCGAGTTTAAAACTCAACCACTGGTACACATGTTCGAGAATCTTGAAGCAGAACAAAG
GTAAAATGGCTTCAAAGCCTTCAAGTATCAAAAATCCATTAACAAAACAAGCTTAAGAAA
ACAGTAGAGAGTCTAAGACCTAGGCTTCTCCTTCTTCTCCTTGAAAAGGGCCAAGAGTGA
GACACCAGACACCTTCACCACCTTGAACCTGACTCCGGGAATATCTCCGACGGCATGTCC
TTTACGTCCGAATCCAGCAATCAACACCTCATCGTTTTCTTCAATGTAGTTCAAGCAACC
ATCATTAGGAACGAAAGCAGCAATCTTTTTGCCGTTCTTGATCAACTGAACTCTGGCACA
TTTACGAATGGCAGAGTTAGGCTGCTTAGCCTCAATACCAATCTTCTCAAGGACGATTCC
TTTGGCGTGGGAAGAACCAGCAAAAGGCTTCTTCCACTCGTTTCCTTGGTGACTCTTCTT
GTACTGCTTGTCAGCCCACCTCTGGTTAATCCGAAGCCTCTTCAGCTTGCGCCCAGCTCC
CATACCACGTGTCTTACCCATGTTTGCGACGGCGAGAGAGAGTGAGAAGAGAGACTTGAC
TGCAAGTGCTTAAGGCGTGAGAGCTAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3B652JQ U 54
AF RR3FE51TF C 1
AF RR3B652TF C 54
AF RR3GB72JQ U 55
AF RR3GB72TF C 55
AF RR3FE51JQ U 10
BS 1 9 RR3FE51TF
BS 10 56 RR3FE51JQ
BS 57 326 RR3GB72JQ
BS 327 327 RR3FE51JQ
BS 328 689 RR3GB72JQ

RD RR3B652JQ 595 0 0
GAAACAAAACCGAGTTTAAAACTCAACCACTGGTACACATGTTCGAGAATCTTGAAGCAA
AACAAAGGTAAAATGGCTTCAAAGCCTTCAAGTATCAAAAATCCATTAACAAAACAAGCT
TAAGAAAACAGTAGAGAGTCTAAGACCTAGGCTTCTCCTTCTTCTCCTTGAAAAGGGCCA
AGAGTGAGACACCAGACACCTTCACCACCTTGAACCTGACTCCGGGAATATCTCCGACGG
CATGTCCTTTACGTCCGAATCCAGCAATCAACACCTCATCGTTTTCTTCAATGTAGTTCA
AGCAACCATCATTAGGAACGAAAGCAGCAATCTTTTTGCCGTTCTTGATCAACTGAACTC
TGGCACATTTACGAATGGCAGAGTTAGGCTGCTTAGCCTCAATACCAATCTTCTCAAGGA
CGATTCCTTTGGCGTGGGAAGAACCAGCAAAAGGCTTCTTCCACTCGTTTCCTTGGTGAC
TCTTCTTGTACTGCTTGTCAGCCCACCTCTGGTTAATCCGAAGCCTCTTCAGCTTGCGCC
CAGCTCCCATACCACGTGTCTTACCCATGTTTGCGACGGCGAGAGAGAGTGAGAA

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3FE51TF 689 0 0
TTTTTTTTTCAAAGTAACTATAATGCTTTAGGCAACGTGAATCAAAAACTGATGAAACAA
AACCGAGTTTAAAACTCAACCACTGGTACACATGTTCGAGAATCTTGAAGCAGAACAAAG
GTAAAATGGCTTCAAAGCCTTCAAGTATCAAAAATCCATTAACAAAACAAGCTTAAGAAA
ACAGTAGAGAGTCTAAGACCTAGGCTTCTCCTTCTTCTCCTTGAAAAGGGCCAAGAGTGA
GACACCAGACACCTTCACCACCTTGAACCTGACTCCGGGAATATCTCCGACGGCATGTCC
TTTACGTCCGAATCCAGCAATCAACACCTCATCGTTTTCTTCAATGTAGTTCAAGCAACC
ATCATTAGGAACGAAAGCAGCAATCTTTTTGCCGTTCTTGATCAACTGAACTCTGGCACA
TTTACGAATGGCAGAGTTAGGCTGCTTAGCCTCAATACCAATCTTCTCAAGGACGATTCC
TTTGGCGTGGGAAGAACCAGCAAAAGGCTTCTTCCACTCGTTTCCTTGGTGACTCTTCTT
GTACTGCTTGTCAGCCCACCTCTGGTTAATCCGAAGCCTCTTCAGCTTGCGCCCAGCTCC
CATACCACGTGTCTTACCCATGTTTGCGACGGCGAGAGAGAGTGAGAAGAGAGACTTGAC
TGCAAGTGCTTAAGGCGTGAGAGCTAGCC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3B652TF 627 0 0
GAAACAAAACCGAGTTTAAAACTCAACCACTGGTACACATGTTCGAGAATCTTGAAGCAG
AACAAAGGTAAAATGGCTTCAAAGCCTTCAAGTATCAAAAATCCATTAACAAAACAAGCT
TAAGAAAACAGTAGAGAGTCTAAGACCTAGGCTTCTCCTTCTTCTCCTTGAAAAGGGCCA
AGAGTGAGACACCAGACACCTTCACCACCTTGAACCTGACTCCGGGAATATCTCCGACGG
CATGTCCTTTACGTCCGAATCCAGCAATCAACACCTCATCGTTTTCTTCAATGTAGTTCA
AGCAACCATCATTAGGAACGAAAGCAGCAATCTTTTTGCCGTTCTTGATCAACTGAACTC
TGGCACATTTACGAATGGCAGAGTTAGGCTGCTTAGCCTCAATACCAATCTTCTCAAGGA
CGATTCCTTTGGCGTGGGAAGAACCAGCAAAAGGCTTCTTCCACTCGTTTCCTTGGTGAC
TCTTCTTGTACTGCTTGTCAGCCCACCTCTGGTTAATCCGAAGCCTCTTCAGCTTGCGCC
CAGCTCCCATACCACGTGTCTTACCCATGTTTGCGACGGCGAGAGAGAGTGAGAAGAGAG
ACTTGACTGCAAGTGCTTAAGGCGT
CC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3GB72JQ 635 0 0
AG
ACAAAACCGAGTTTAAAACTCAACCACTGGTACACATGTTCGAGAATCTTGAAGCAGAAC
AAAGGTAAAATGGCTTCAAAGCCTTCAAGTATCAAAAATCCATTAACAAAACAAGCTTAA
GAAAACAGTAGAGAGTCTAAGACCTAGGCTTCTCCTTCTTCTCCTTGAAAAGGGCCAAGA
GTGAGACACCAGACACCTTCACCACCTTGAACCTGACTCCGGGAATATCTCCGACGGCAT
GTCCTTTACGTCCGAATCCAGCAATCAACAACTCATCGTTTTCTTCAATGTAGTTCAAGC
AACCATCATTAGGAACGAAAGCAGCAATCTTTTTGCCGTTCTTGATCAACTGAACTCTGG
CACATTTACGAATGGCAGAGTTAGGCTGCTTAGCCTCAATACCAATCTTCTCAAGGACGA
TTCCTTTGGCGTGGGAAGAACCAGCAAAAGGCTTCTTCCACTCGTTTCCTTGGTGACTCT
TCTTGTACTGCTTGTCAGCCCACCTCTGGTTAATCCGAAGCCTCTTCAGCTTGCGCCCAG
CTCCCATACCACGTGTCTTACCCATGTTTGCGACGGCGAGAGAGAGTGAGAAGAGAGACT
TGACTGCAAGTGCTTAAGGCGTGAGAGCTAGCC

QA 3 635 3 635
DS 

RD RR3GB72TF 635 0 0
AG
ACAAAACCGAGTTTAAAACTCAACCACTGGTACACATGTTCGAGAATCTTGAAGCAGAAC
AAAGGTAAAATGGCTTCAAAGCCTTCAAGTATCAAAAATCCATTAACAAAACAAGCTTAA
GAAAACAGTAGAGAGTCTAAGACCTAGGCTTCTCCTTCTTCTCCTTGAAAAGGGCCAAGA
GTGAGACACCAGACACCTTCACCACCTTGAACCTGACTCCGGGAATATCTCCGACGGCAT
GTCCTTTACGTCCGAATCCAGCAATCAACAACTCATCGTTTTCTTCAATGTAGTTCAAGC
AACCATCATTAGGAACGAAAGCAGCAATCTTTTTGCCGTTCTTGATCAACTGAACTCTGG
CACATTTACGAATGGCAGAGTTAGGCTGCTTAGCCTCAATACCAATCTTCTCAAGGACGA
TTCCTTTGGCGTGGGAAGAACCAGCAAAAGGCTTCTTCCACTCGTTTCCTTGGTGACTCT
TCTTGTACTGCTTGTCAGCCCACCTCTGGTTAATCCGAAGCCTCTTCAGCTTGCGCCCAG
CTCCCATACCACGTGTCTTACCCATGTTTGCGACGGCGAGAGAGAGTGAGAAGAGAGACT
TGACTGCAAGTGCTTAAGGCGTGAGAGCTAGCC

QA 3 635 3 635
DS 

RD RR3FE51JQ 680 0 0
CAAAGTAACTATAATGCTTTAGGCAACGTGAATCAAAAACTGATGAAACAAAACCGAGTT
TAAAACTCAACCACTGGTACACATGTTCGAGAATCTTGAAGCAAAACAAAGGTAAAATGG
CTTCAAAGCCTTCAAGTATCAAAAATCCATTAACAAAACAAGCTTAAGAAAACAGTAGAG
AGTCTAAGACCTAGGCTTCTCCTTCTTCTCCTTGAAAAGGGCCAAGAGTGAGACACCAGA
CACCTTCACCACCTTGAACCTGACTCCGGGAATATCTCCGACGGCATGTCCTTTACGTCC
GAATCCAGCAATCAACACCTCATCGTTTTCTTCAATGTAGTTCAAGCAACCATCATTAGG
AACGAAAGCAGCAATCTTTTTGCCGTTCTTGATCAACTGAACTCTGGCACATTTACGAAT
GGCAGAGTTAGGCTGCTTAGCCTCAATACCAATCTTCTCAAGGACGATTCCTTTGGCGTG
GGAAGAACCAGCAAAAGGCTTCTTCCACTCGTTTCCTTGGTGACTCTTCTTGTACTGCTT
GTCAGCCCACCTCTGGTTAATCCGAAGCCTCTTCAGCTTGCGCCCAGCTCCCATACCACG
TGTCTTACCCATGTTTGCGACGGCGAGAGAGAGTGAGAAGAGAGACTTGACTGCAAGTGC
TTAAGGCGTGAGAGCTAGCC

QA 1 680 1 680
DS 



CO CL835Contig2 634 2 2 U
GGCTAGCTCTCACGCCTTTACGCAGTTGCAGTCAGTCTATTCTCACTCTCTCTCGCCGTC
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AACCAGAGGTGGGCTGACAAGCAGTACAAAAAGAGTCACCAGGGAAACGAGTGGAAGAAG
CCTTTTGCTGGTTCTTCCCACGCCAAAGGAATCGTCCTTGAGAAGATTGGTATTGAGGCT
AAGCAGCCTAACTCTGCCATTCGTAAATGTGCTAGAGTTCAGTTGATCAAGAACGGCAAA
AAGATTGCTGCTTTCGTTCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAAATGACGAG
GTGCTGATTGCTGGATTCGGACGTAAAGGACATGCCGTCGGAGATATTCCCGGAGTCAGG
TTCAAGGTGGTGAAGGTGTCTGGTGTCTCACTTCTTGGCCCTTTTCAAGGAGAAGAAGGA
GAAGCCTAGGTCTTAGACTCTCTACTGTTTTTTTTAAGCTTATTTTGTTAATGTATTTTT
GATACTTGAAGGCTTTGAAGCCATTTGCCTCTGTTCTGCTTCAAGATTTCGAACATGTGT
ACCAGTGGTTAAGTTTTAAACTTGGTTTTGTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ39TF U 1
AF RR3FQ39JQ C 1
BS 1 600 RR3FQ39TF
BS 601 634 RR3FQ39JQ

RD RR3FQ39TF 600 0 0
GGCTAGCTCTCACGCCTTTACGCAGTTGCAGTCAGTCTATTCTCACTCTCTCTCGCCGTC
GCAAACATGGGTAAGACACGTGGTATGGGAGCTGGGCGCAAGCTGAAAAGGCTTAGGATT
AACCAGAGGTGGGCTGACAAGCAGTACAAAAAGAGTCACCAGGGAAACGAGTGGAAGAAG
CCTTTTGCTGGTTCTTCCCACGCCAAAGGAATCGTCCTTGAGAAGATTGGTATTGAGGCT
AAGCAGCCTAACTCTGCCATTCGTAAATGTGCTAGAGTTCAGTTGATCAAGAACGGCAAA
AAGATTGCTGCTTTCGTTCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAAATGACGAG
GTGCTGATTGCTGGATTCGGACGTAAAGGACATGCCGTCGGAGATATTCCCGGAGTCAGG
TTCAAGGTGGTGAAGGTGTCTGGTGTCTCACTTCTTGGCCCTTTTCAAGGAGAAGAAGGA
GAAGCCTAGGTCTTAGACTCTCTACTGTTTTTTTTAAGCTTATTTTGTTAATGTATTTTT
GATACTTGAAGGCTTTGAAGCCATTTGCCTCTGTTCTGCTTCAAGATTTCGAACATGTGT

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3FQ39JQ 634 0 0
GGCTAGCTCTCACGCCTTTACGCAGTTGCAGTCAGTCTATTCTCACTCTCTCTCGCCGTC
GCAAACATGGGTAAGACACGTGGTATGGGAGCTGGGCGCAAGCTGAAAAGGCTTAGGATT
AACCAGAGGTGGGCTGACAAGCAGTACAAAAAGAGTCACCAGGGAAACGAGTGGAAGAAG
CCTTTTGCTGGTTCTTCCCACGCCAAAGGAATCGTCCTTGAGAAGATTGGTATTGAGGCT
AAGCAGCCTAATTCTGCCATTCGTAAATGTGCTAGAGTTCAGTTGATCAAGAACGGCAAA
AAGATTGCTGCTTTCGTTCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAAATGACGAG
GTGCTGATTGCTGGATTCGGACGTAAAGGACATGCCGTCGGAGATATTCCCGGAGTCAGG
TTCAAGGTGGTGAAGGTGTCTGGTGTCTCACT*CTTGGCCCTTTTCAAGGAGAAGAAGGA
GAAGCCTAGGTCTTAGACTCTCTACTGTTTTTTTTAAGCTTATTTTGTTAATGTATTTTT
GATACTTGAAGGCTTTGAAGCCATTTGCCTCTGTTCTGCTTCAAGATTTCGAACATGTGT
ACCAGTGGTTAAGTTTTAAACTTGGTTTTGTTCC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 7

CO CL836Contig1 1169 7 14 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

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GCTTT
TCG

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CC

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DS 



AS 2 8

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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 20 40 
40 10 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CR41TF U 1
AF RR3ET74TF U 1
AF RR3FQ15TF U 1
AF RR3BI35TF U 6
AF RR3CR41JQ C 417
AF RR3GX54JQ C 420
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BS 647 818 RR3BI35TF
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CGAACAGTCCTTACCACATGTACTGTGGGATAGTACAGAGGATCACGGACGGGAAAGCGG
GTGTCCTGTTCGAAGGAGGGAACTGGGACCGTCTGATAACGT

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DS 

RD RR3ET74TF 642 0 0
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GCCAGACACATCTATTTTCAACTCCAAACCGATCGGTTCTCCCGCCTTCAAAACAGCAAT
CAAACGTTCATCGAGTAAAAGCCATGGCTAAGTTCAACCTATGGGAAGTGATGGGAGGAA
GAGGATTATGCAACGGAGAGAAAGGTATCGAGAAGGAGCTCCAGAGGAACATAGAGGAAG
AGACATCAAAGACTGAGAACGAGACAAAGAAAGAGAGCGATGACGACGACAATAGCTTGT
CGTTTCGAGTTCCTGAAGACGGTTTCGAGAAAGAGATGATGGGTCTCACCGGAGGCTTCC
CCGGCGGCGAAAAGGGACTGAAAACGTTCATCGAACAAAACCCACCACCACCACCACCAC
CACCGCAACCGAAGA*AGGAGGCAGCGATGATGTTGTGTCCATAATTGCAACGGAGAAGA
AGTCGAGAGCTCCAGAGCTACCGCTTCTCATGCCGGGGATGATCGCTATAGTCAAGAACG
CGAACAGTCCTTACCACATGTACTGTGGGATAGTACAGAGGATCACGGACGGGAAAGCGG
GTGTCCTGTTCGAAGGAGGGAACTGGGACCGTCTGATAACGT

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DS 

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GCCAGACACATCTATTTTCAACTCCAAACCGATCGGTTCTCCCGCCTTCAAAACAGCAAT
CAAACGTTCATCGAGTAAAAGCCATGGCTAAGTTCAACCTATGGGAAGTGATGGGAGGAA
GAGGATTATGCAACGGAGAGAAAGGTATCGAGAAGGAGCTCCAGAGGAACATAGAGGAAG
ATACATCAAAGACTGAGAACGAGACAAAGAAAGAGAGCGATGACGACGACAATAGCTTGT
CGTTTCGAGTTCCTGAAGACGGTTTCGAGAAAGAGATGATGGGTCTCACCGGAGGCTTCC
CCGGCGGCGAAAAGGGACTGAAAACGTTCATCGAACAAAACCCACCACCACCACCACCAC
CACCGCAACCGAAGAGAGGAGGCAGCGATGATGTTGTGTCCATAATTGCAACGGAGAAGA
AGCCGAGAGCTCCAGAGCTACCGCTTCTCATGCCGGGGATGATCGCTATAGTCAAGAACG
CGAACAGTCCTTACCACATGTACTGTGGGATAGTACAGAGGATCACGGACGGGAAAGCGG
GTGTCCTGTTCGA*GGAGGGAACTGGGACCGTCTGATAACGTTCAG
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GTTCATCGAGTAAAAGCCATGGCTAAGTTCAACCTATGGGAAGTGATGGGAGGAAGAGGA
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TCAAAGACTGAGAACGAGACAAAGAAAGAGAGCGATGACGACGACAATAGCTTGTCGTTT
CGAGTTCCTGAAGACGGTTTCGAGAAAGAGATGATGGGTCTCACCGGAGGCTTCCCCGGC
GGCGAAAAGGGACTGAAAACGTTCATCGAACAAAACCCACCACCACCACCACCACCACCG
CAACCGAAGAGAGGAGGCAGCGATGATGTTGTGTCCATAATTGCAACGGAGAAGAAGCCG
AGAGCTCCAGAGCTACCGCTTCTCATGCCGGGGATGATCGCTATAGTCAAGAACGCGAAC
AGTCCTTACCACATGTACTGTGGGATAGTACAGAGGATCACGGACGGGAAAGCGGGTGTC
CTGTTCGAAGGAGGGAACTGGGACCGTCTGATAACGTTCAGGCTTGAAGAGCTTGAAAGG
AGAGAGAAAGGACCACCGGGTAAGAATCCAAAGTCTTGTGTTCTTGAGCCTCTTATCGAA
CAGATGCAAAACGAGGCAGCATCATAAAGTGGATCTTTCTCTAATCTCCCTACTCTTTGC
TTTCACTGTTAAAATGTGTATGTAACGTTACTT

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GCGGGTGTCCTGTTCGAAGGAGGGAACTGGGACCGTCTGATAACGTTCAGGCTTGAAGAG
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TCTAGAAAAAGCTTCAGCATGTAATATAAAAAAATTCAATAAAATTCCAAACC

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DS 

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GCGAACAGTCCTTACCACATGTACTGTGGGATAGTACAGAGGATCACGGACGGGAAAGCG
GGTGTCCTGTTCGAAGGAGGGAACTGGGACCGTCTGATAACGTTCAGGCTTGAAGAGCTT
GAAAGGAGAGAGAAAGGACCACCGGGTAAGAATCCAAAGTCTTGTGTTCTTG*GCCTCTT
ATCAAACAGATGCAAAACGAGGCAGCATCATAAAGTGGATCTTTCTCTAATCTCCCTACT
CTTTGCTTTCACTGTTAAAATGTGTATGTAACGTTACTTTCAAGGTTTCTGACTGGTTCT
AGAAAAAGCTTCAGCATGTAATAT

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DS 



CO CL837Contig2 911 2 2 U
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TTTCAACTCCAAACCGATCGGTTCTCCCGCCTTCAAAACAGCAATCAAACGTTCATCGAG
TAAAGGCCATGGCTAAGTTCAACCTATGGGAGGTGATGGGAGGACGAGGGCTATGCAACG
GAGAGAAAGGTATCGAGAAGGAGCTCCAGAGGAACATAGAGGAAGATACATCAAAGACTG
AGAAACAGACAAAGAAAGAGAGTGGAGACGATAGCTTGTCGTTTCAAGTTCCTGAAGACG
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AAACGTTCATTGAACAAAACCCACCACCACCACCACAACCGAAGAGAGGAGGCAGCGATG
ATGTTGTGTCCACAATTGCTACAGAGAAGAAGCCGAGAGCTCCAGAGCTACCGCTTCTCA
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GTCTGATAACGTTCAGGCTTGAAGAGCTTGAAAGGAGAGGGAAAGGACCACCGGGTAAGA
ATCCAAAGTCTTGTGTTCTTGAGCCTCTTATCGAACAGATGCAAAAGGAGGCAGCATCAT
AAGTTGGATCTCTTTCTCTACTCTTCTTTGCTTTCACTGTTAAAATGTGTTGTATGTAAC
GTTTACCTTCAAGGTTTCTGACTGGTTTCTAGAAAAAGCTTCAGCATGTAATATAAAAAT
CAATAAATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE10TF U 1
AF RR3EE10JQ C 332
BS 1 610 RR3EE10TF
BS 611 911 RR3EE10JQ

RD RR3EE10TF 616 0 0
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CTTCTTCGATCACTATACCAACCATTCGGGGCACCAAGTTTCTCGGCCAGACACATATAT
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TAGTGCAGAG
ATCACG

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3EE10JQ 580 0 0
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AGGCTTCCCCGGCGGAGAGAAGGGACTGAAAACGTTCATTGAACAAAACCCACCACCACC
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GAAAAAGCTTCAGCATGTAATATAAAAATCAATAAATTCC

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 8

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 35 35 
35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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QA 5 651 5 651
DS 

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CT

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GGAAAAA

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GGTGGAAGAGAGAAGGCTCCAGCTGCTTTCTGCAGGAAGGCTCTGACCTCCACAGATAGG
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GAGATGGTGAGCATGAACGAGATGGCTGAGATGGTTCTCAGCTTTGAGGAAAAGAAGCTT
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GCTGATGGAAAAGAGTAA*TTGGATGGGTTACACTACTATCAAACTTGGCCTTATTTAAT
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TCTGCTCTTTCTGTAGCAAACTTCTGATTCTTGTTTTTATTATTTTTTTAGT
TG

QA 1 772 1 772
DS 

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ATTGGATGTGTTACACTACTATCAAACTTGGCCTTATTTAATAATTTAAGGTCAGGAATT
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GG

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GTTGGGACTCAAGCACCGGTTCAGCTAGGATCACTCCGTGCTGCTGATGGAAAAGAGTAA
ATTGGATGTGTTACACTACTATCAAACTTGGCCTTATTTAATAATTTAAGGTCAGGAATT
ATGTTTTAGATATAAGGTCTTAGGTAAGCTTTCCTATGAAAAAA*GGAAAAAGCCAATAA
TAAGTGTTTTTTGGATTTGAGTATCCTTCTCTTCTTTCTTCTTCTGCTCTTTCTGTAGCA
AACTTCTGATTCTTGTTTTTATTATTTTTTTAGT
GG

QA 1 454 1 454
DS 

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ACATTGGAAGCGATGAGATGGTGAGCATGAACGAGATGGCTGAGATGGTTCTCAGCTTTG
AGGAAAAGAAGCTTCCAATTCACCACATTCCAGGACCTGAAGGTGTTCGTGGCCGTAACT
CGGACAACAATCTGATCAAAGAGAAGCTTGGTTGGGCTCCAACAATGAGATTGAAGGAGG
GGCTTAGAATAACCTACTTTTGGATAAAGGAACAGATTGAGAAAGAGAAGGCTAAAGGCA
GTGATGTGACGCTTTACGGTTCATCGAAGGTGGTTGGGACTCAAGCACCGGTTCAGCTAG
GATCACTCCGTGCTGCTGATGGAAAAGAGTAA*TTGGATGGGTTACACTACTATCAAACT
TGGCCTTATTTAATAATTTAAGGTCAGGAATTATGTTTTAGATATAAGGTCTTAGGTGAG
CTTTCCTATGAAAAAAAGGAAAAAGCCAATAATAAGTGTTTTTTGGATTTGAGTATCCTT
CTCTTCTTTCTTCTTCTGCTCTTTCTGTAGCAAACTTCTGATTCTTGTTTTTATTATTTT
TTTAGTTGAAGAAGTCGATTATACTTGTCTATTTTCTTGTGGTCCTTTCACAACATGTGC
ACCATCATTGTCAACTTGATGATGCTGGTGGTGGTACCAAAAAGTCAAGTTGCCAAGAGT
CCTGTGATATTTTCTTTCAGCTTATCAGTATC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 2 7

CO CL839Contig1 701 3 12 U
GGATATACACATCTTTCTTGATAATGTGTTCATCTATCCCTTCTCCAATGGCTATGCAGT
TAAGTTTCCTAGCTTTGTTCCTTTTCACGGCAGCTTTGGTCTCATCTTCCCTCGTGGTCT
CGGTTTCGCTCGTCGAAGGAAGAGTCTCTTGTTACGACTGCCCCAGTGATTACGATTATT
CAGGAATCATGATCACTGTTAGTTGTAGCCACTCCAAGACGCGTTTCACCGTCTCAACCG
ACAAGAAGGGCGAGTTTATGTCGGAACTTCCCTCGAGAGTCAAATCGGATTGCAAAGCGG
AGCTCCAAGGTAGCTTCAAGCAACTTTATGCTTCCAAAAGGAACATTATGTCGAAGATTG
TTAAGCTCGAAGGTGACAAATATGGTCTCTCTTCGAAGTTGATCTTCTTGAAATCATGTC
CAAGAAGCCTCAGATCTTTCAGTTCGTCCAAGACCGTTGATTTGCCTGTTCCTCCGGAGT
GGGGGCTGGCTCCCACGAGCTATTATCTTCCCTTCTTCCCCATCATCGGTATCCCATAAG
ATGCACCGTTTAAACATATATCTTTTGCGGCTCATGTGTAATATTTAATAATGTAAGTGC
AAAGACATGTATTTATCTTAGCTGTCTTGTTAAGTCCATGCCCCGAACTGAAGTTTGTGT
GTGATATTAGTGTACGAAGGTGGTTTGATGTTTTCTTAAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BE55JQ C 1
AF RR3EH52TF U 30
AF RR3BE55TF U 1
BS 1 31 RR3BE55TF
BS 32 98 RR3EH52TF
BS 99 99 RR3BE55TF
BS 100 281 RR3EH52TF
BS 282 282 RR3BE55TF
BS 283 628 RR3EH52TF
BS 629 630 RR3BE55TF
BS 631 643 RR3EH52TF
BS 644 644 RR3BE55TF
BS 645 674 RR3EH52TF
BS 675 685 RR3BE55TF
BS 686 701 RR3BE55JQ

RD RR3BE55JQ 701 0 0
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TAAGTTTCCTAGCTTTGTTCCTTTTCACGGCAGCTTTGGTCTCATCTTCCCTCGTGGTCT
CGGTTTCGCTCGTCGAAGGAAGAGTCTCTTGTTACGACTGCCCCAGTGATTACGATTATT
CAGGAATCATGATCACTGTTAGTTGTAGCCACTCCAAGACGCGTTTCACCGTCTCAACCG
ACAAGAAGGGCGAGTTTATGTCGGAACTTCCCTCGAGAGTCAAATCGGATTGCAAAGCGG
AGCTCCAAGGTAGCTTCAAGCAACTTTATGCTTCCAAAAGGAACATTATGTCGAAGATTG
TTAAGCTCGAAGGTGACAAATATGGTCTCTCTTCGAAGTTGATCTTCTTGAAATCATGTC
CAAGAAGCCTCAGATCTTTCAGTTCGTCCAAGACCGTTGATTTGCCTGTTCCTCCGGAGT
GGGGGCTGGCTCCCACGAGCTATTATCTTCCCTTCTTCCCCATCATCGGTATCCCATAAG
ATGCACCGTTTAAACATATATCTTTTGCGGCTCATGTGTAATATTTAATAATGTAAGTGC
AAAGACATGTATTTATCTTAGCTGTCTTGTTAAGTCCATGCCCCGAACTGAAGTTTGTGT
GTGATATTAGTGTACGAAGGTGGTTTGATGTTTTCTTAAAC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3EH52TF 645 0 0
GG
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AGCTTTGATCTCATCTTCCCTCGTGGTCTCGGTTTCGCTCGTCGAAGGAAGAGTCTCTTG
TTACGACTGCCCCAGTGATTACGATTATTCAGGAATCATGATCACTGTTAGTTGTAGCCA
CTCCAAGACGCGTTTCACCGTCTCAACCGACAAGAAGGGCGAGTTTATGTCGGAACTTCC
CTCGAGAGTCGAATCGGATTGCAAAGCGGAGCTCCAAGGTAGCTTCAAGCAACTTTATGC
TTCCAAAAGGAACATTATGTCGAAGATTGTTAAGCTCGAAGGTGACAAATATGGTCTCTC
TTCGAAGTTGATCTTCTTGAAATCATGTCCAAGAAGCCTCAGATCTTTCAGTTCGTCCAA
GACCGTTGATTTGCCTGTTCCTCCGGAGTGGGGGCTGGCTCCCACGAGCTATTATCTTCC
CTTCTTCCCCATCATCGGTATCCCATAAGATGCACCGTTTAAACATATATCTTTTGCGGC
TCATGTGTAATATTTAATAATGTAAGTGCAAAGACATGTATTTATCTTAGCTGTCTTTCT
AAGTCCATGCCCTGAACTGAAGTTTGTGTGTGATATTAGTGTA

QA 3 645 3 645
DS 

RD RR3BE55TF 701 0 0
GGATATACACATCTTTCTTGATAATGTGTTCATCTATCCCTTCTCCAATGGCTATGCAGT
TAAGTTTCCTAGCTTTGTTCCTTTTCACGGCAGCTTTGGTCTCATCTTCCCTCGTGGTCT
CGGTTTCGCTCGTCGAAGGAAGAGTCTCTTGTTACGACTGCCCCAGTGATTACGATTATT
CAGGAATCATGATCACTGTTAGTTGTAGCCACTCCAAGACGCGTTTCACCGTCTCAACCG
ACAAGAAGGGCGAGTTTATGTCGGAACTTCCCTCGAGAGTCAAATCGGATTGCAAAGCGG
AGCTCCAAGGTAGCTTCAAGCAACTTTATGCTTCCAAAAGGAACATTATGTCGAAGATTG
TTAAGCTCGAAGGTGACAAATATGGTCTCTCTTCGAAGTTGATCTTCTTGAAATCATGTC
CAAGAAGCCTCAGATCTTTCAGTTCGTCCAAGACCGTTGATTTGCCTGTTCCTCCGGAGT
GGGGGCTGGCTCCCACGAGCTATTATCTTCCCTTCTTCCCCATCATCGGTATCCCATAAG
ATGCACCGTTTAAACATATATCTTTTGCGGCTCATGTGTAATATTTAATAATGTAAGTGC
AAAGACATGTATTTATCTTAGCTGTCTTGTTAAGTCCATGCCCCGAACTGAAGTTTGTGT
GTGATATTAGTGTACGAAGGTGGTT
TGATGTTTTCTTAAAC

QA 1 685 1 685
DS 



CO CL839Contig2 711 4 23 U
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CTCTTGTTACGACTGTCCCAGTGATTACGATTATTCAGGAATCATGATCAGCGTTAGTTG
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GCTTCCCTCGAGAGTCAAATCGGATTGCGAAGCGGAGCTCCAAGGTAGTTTCAAGCAACT
TTATGCTTCAAAAAAGAACATTATGTCGAAGATTGTTAAGCTCGAAGGTGGCAAATATGG
TCTCTCTTCGAAGTTGATCTTCTTGAAATCATGTCCAAGAAGCCTCAGATCTTCCAGTTC
GTCCAAGACCGTTGATTTGCCTGTTCCTCCGGAGTGGGGGCTGGCTCCCACGAGCTATTA
TCTTCCCTTCTTCCCCATCATCGGTATCCCATAAGATGCACCGTTTAAACATATCTTTTG
CGGATCATGTAATATTTAATAATGTAAGTGCAAAGACATGTATTTATCTTAGCTGTCTTT
TAAGTCCATGCCTGAACTTTAAGTTTGTGTGTGATATTACTGTACGAAGGTGGTTAATGT
TTTCTTTTTATATATGAAGCATAATTTAATAGTAAATCATTTTAAAAATCT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS68TF U 5
AF RR3EW66JQ C 1
AF RR3EW66TF U 1
AF RR3DS68JQ C 113
BS 1 2 RR3EW66JQ
BS 3 8 RR3EW66TF
BS 9 15 RR3DS68TF
BS 16 16 RR3EW66TF
BS 17 60 RR3DS68TF
BS 61 61 RR3EW66TF
BS 62 65 RR3DS68TF
BS 66 66 RR3EW66TF
BS 67 139 RR3DS68TF
BS 140 141 RR3EW66TF
BS 142 244 RR3DS68TF
BS 245 245 RR3EW66TF
BS 246 309 RR3DS68TF
BS 310 310 RR3EW66TF
BS 311 358 RR3DS68TF
BS 359 359 RR3EW66TF
BS 360 468 RR3DS68TF
BS 469 469 RR3EW66TF
BS 470 644 RR3DS68TF
BS 645 649 RR3EW66TF
BS 650 650 RR3EW66JQ
BS 651 693 RR3EW66TF
BS 694 711 RR3DS68JQ

RD RR3DS68TF 640 0 0
GGAC
CTATCCCTTCTCCAATGGCTATGCAGTTAAGTTTCCTAGCTTTGTTCCTGTTTACGGTAG
CTTTGATCTCATCTTCCCTCGTGGTCTCGGTTTCGCTCGTCGAAGGAAAAGTCTCTTGTT
ACGACTGTCCC**TGATTACGATTATTCAGGAATCATGATCAGCGTTAGTTGTAGCCACT
CCAAGACGCGTTTCACCGTCTCAACCGACAAGAAGGGCGAGTTTATGTCGGAGCTTTCCT
CGAGAGTCAAATCGGATTGCGAAGCGGAGCTCCAAGGTAGTTTCAAGCAACTTTATGCTT
CCAAAAAGAACATTATGTCGAAGATTGTTAAGCTCGAAGGTGGCAAATATTGTCTCTCTT
CGAAGTTGATCTTCTTGAAATCATGTCCAAGAAGCCTCAGATCTTCCAGTTCGTCCAAGA
CCGTTGATTTGCCTGTTCCTCCGGAGTGGGGGCTGGCTCCTACGAGCTATTATCTTCCCT
TCTTCCCCATCATCGGTATCCCATAAGATGCACCGTTTAAACATATCTTTTGCGGATCAT
GTAATATTTAATAATGTAAGTGCAAAGACATGTATTTATCTTAGCTGTCTTTTAAGTCCA
TGCCTGAACTTTAAGTTTGTGTGTGATATTACTGTA

QA 5 640 5 640
DS 

RD RR3EW66JQ 693 0 0
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CACGGCAGCTTTGATCTCATCTTCCCTCGTGGTCTCGGTTTCGCTCGTCGAAGGAAAAGT
CTCTTGTTACGACTGTCCCAGTGATTACGATTATTCAGGAATCATGATCAGCGTTAGTTG
TAGCCACTCCAAGACGCGTTTCACCGTCTCAACCGACAAGAAGGGCGAGTTTATGTCGGA
GCTTCCCTCGAGAGTCAAATCGGATTGCGAAGCGGAGCTCCAAGGTAGTTTCAAGCAACT
TTATGCTTCAAAAAAGAACATTATGTCGAAGATTGTTAAGCTCGAAGGTGGCAAATATGG
TCTCTCTTCGAAGTTGATCTTCTTGAAATCATGTCCAAGAAGCCTCAGATCTTTCAGTTC
GTCCAAGACCGTTGATTTGCCTGTTCCTCCGGAGTGGGGGCTGGCTCCCACGAGCTATTA
TCTTCCCTTCTTCCCCATCATCGGTATCCCATAAGATGCACCGTTTAAACATATCTTTTG
CGGATCATGTAATATTTAATAATGTAAGTGCAAAGACATGTATTTATCTTAGCTGTCTTT
TAAGTCCATGCCTGAACTTTAAGTTTGTGTGTGATATTACTGTACGAAGGTGGTTAATGT
TTTCTTTTTATATATGAAGCATAATTTAATAGT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3EW66TF 696 0 0
GG
GTTCATCTATCCCATCTCCAATGGCTATGCAGTTAAGTTTCCTAGCTTTGTTCCTGTTCA
CGGCAGCTTTGATCTCATCTTCCCTCGTGGTCTCGGTTTCGCTCGTCGAAGGAAAAGTCT
CTTGTTACGACTGTCCCAGTGATTACGATTATTCAGGAATCATGATCAGCGTTAGTTGTA
GCCACTCCAAGACGCGTTTCACCGTCTCAACCGACAAGAAGGGCGAGTTTATGTCGGAGC
TTCCCTCGAGAGTCAAATCGGATTGCGAAGCGGAGCTCCAAGGTAGTTTCAAGCAACTTT
ATGCTTCAAAAAAGAACATTATGTCGAAGATTGTTAAGCTCGAAGGTGGCAAATATGGTC
TCTCTTCGAAGTTGATCTTCTTGAAATCATGTCCAAGAAGCCTCAGATCTTTCAGTTCGT
CCAAGACCGTTGATTTGCCTGTTCCTCCGGAGTGGGGGCTGGCTCCCACGAGCTATTATC
TTCCCTTCTTCCCCATCATCGGTATCCCATAAGATGCACCGTTTAAACATATCTTTTGCG
GATCATGTAATATTTAATAATGTAAGTGCAAAGACATGTATTTATCTTAGCTGTCTTTTA
AGTCCATGCCTGAACTTTAAGTTTGTGTGTGATATTACTGTACGAAG*TGGTTAATGTTT
TCTTTTTATATATGAAGCATAATTTAATAGT
AAA

QA 3 693 3 693
DS 

RD RR3DS68JQ 599 0 0
GGAAAAGTCTCTTGTTACGACTGTCCC**TGATTACGATTATTCAGGAATCATGATCAGC
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ATGTCGGAGCTTTCCTCGAGAGTCAAATCGGATTGGGAAGCGGAGCTCCAAGGTAGTTTC
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GTTGATGTTTTTTTTTTATATATGAAGCATAATTTAATAGTAAATCATTTTAAAAATCT

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 7

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A*CCAATGAACCACGAGCACAAAGTGGCTCGTTAGGTGTCTGGGTCGATAGGGGCACCGG
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CACTGGAAACTTTTGGAATAGAGTCCTTGGAGACATGAAGCAGCTTCTCAATCACTATCT
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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A

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A

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C

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A

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DS 



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AAGCAGGAAGACTCTTTGCAGATCCGTGGGTCGCTACAACTTTGCTATAGTATGATTCTA
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AGCCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3BX96JQ U 368
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AF RR3AL28JQ U 1
AF RR3B575JQ U 1
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DS 

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GC
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AAAATTTAAACAACATATTCAAAGAAATATTTTTTTT*GGAATTTTAAAACATCAATACA
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TTCTTGATCTGCCAAGAATCGAAGGGGGCATTGATTACGAAAAGTGGTGTTTGCATGGTC
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T

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DS 

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ATACATTTTATTCTTCAGTAGATACTGCAGGACAAGTAGGGTTGCAATTCAAGGATGGGC
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AATGAGCGTGGCATGAATCTAGGAATAATCCGCTAGTCGTCGTTGCTTGAACAGGTGCCA
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ATGCTCCGGCTG

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TTTTATTCTTCAGTAGATACTGCAGGACAAGTAGGGTTGCAATTCAAGGATGGGCAATCT
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TTGCCGACTTGTGGGCCTTGAGCACCGGACCAAGTGGCTGCACTTCCACCTTGGCAATGA
GCGTGGCA*GAATCTAGGAATAATCCGCTAGTCGTCGTTGCTTGAACAGGTGCCAACGCA
GCCAACATTTGGTCTCTATACCCCTGAACGGTTTGAAGCTGAGCGGCTGTACACTTCTTA
AGATCAAGCTTACAATCCTTCCACTCTTTGCGTTTATCAACAGAGGTTGGAGCCAAAACA
TTCTTGATCTGCCAAGAATCGAAGGCGGCATTGATTACGAAAAGTGGTGTTTGCATGGTC
TTTACAAAGTATTGCGGGAAGAAACACAGTTCTGGCTTCATACTTGAGGTACATGAAGCA
GGAAGACTCTTTGCAGATCCGTGGGTCGCTACAACTTTGCTGTAGTATGATTCTATGTAA
GATCCTCCACTGATATCCTTACCGTGGATGAAGAAACCGGCATCGGAAACACACTTGACC
TTAGCTGTTTTAGGGAGAATGGACTTGAACTGGTCGCAATGTAGAATAGAAGCCAATGCT
CCGGCTGAACAACCAGAGAGTATCGCGTTTTGAGCGTTGCTCATTCCCTTGGCCATAAGA
TCATCGATCACCGCACGCCAAACCCTAGCACCGCGGAAGAAGAGCTTGTTTGTCGGATCA
A

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CCTCCATATGAACGATCCAGTTGTTTGCTCCTGAGCCC

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DS 



AS 3 8

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GJ10JQ U 174
AF RR3B889JQ U 1
BS 1 825 RR3B889JQ

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CTTTCCCATAAGTC

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DS 

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GAAATAGTGAACAAACAGAAGACTATCTTTCTTCATCCAGCTCCCAATTTTCTTCAGAAG
CTCTCCATAGTTTTTCATATGCTCGAACATTTCGATGGAAAACACTCGATCATATGTCCC
ACCATACTCAAAAGTGCTAATATCCCCAACAATGATTTCGACATTTTTAATGCCGAGTTT
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GCAATTGCTATACTTGCGGGCAATGTACAAAGACAAAGATCCCCA

QA 1 825 1 825
DS 



CO CL842Contig2 657 2 1 U
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TACAAACCCACGGCGGAGCTGCAACTTTCTGATCTACTCCGTTTCGTCAACTCTATAAAA
GAAATGCCTATAGCGATCAATACCGAGAAGCCGAAGACGCAACACTATGAACTACCAACG
GCTTTCTTCGATCTTGTTCTTGGAAGAAACATGAAATACAGCTCATGTTATTTCCCAAAG
GATTCAAGTAGCTTAGAAGAAGCAGAGGAAGCAATATTGGCTCTATATTGCGAAAGAGCC
AAAGTGGAAGATGGACAAAGTGTTCTCGATGTCGGATGTGGCTGGGGATCTTTTGTCTTT
TGTACATTGCCCCGCAAGTATAGCAATTTGCAAGTTAACCGGGTCTTTTGTAACTCAAAG
ACACAGAAAGCATTTATTGATGACCAATGCAGGAAACTCGGCATTAAAAATGTCGAAATC
ATTGTTGGGGATATTAGCACTTTTGAGTATGGTGGGACATATGATCGAGTGTTTTCCATC
GAAATGTTCGAGCATATGAAAACTATGGAGAGCTTCTGAAGAAAATTGGGAGCTGGATGA
GAAGATAGTCTTCTGTTTGTTCACTATTTCTGCCATAAGACATTTGCTTACCACTTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GJ10TF U 6
AF RR3B889TF U 1
BS 1 657 RR3B889TF

RD RR3GJ10TF 161 0 0
TGTTGTCATAAGGCTACTAACGAGGCTGCTTCTCGCCGGTCGACTCCGTTCCGGTTACAA
ACCCACGGCGGAGCTGCAACTTTCTGATCTACTCCGTTTCGTCAACTCTATAAAAGAGAT
GCCTATAGCGATCAATACCGAGAAGCCGAAGACGCAACACT

QA 1 161 1 161
DS 

RD RR3B889TF 657 0 0
CCAGATGTTGTCATAAGGCTACTAACGAGGCTGCTTCTCGCCGGTCGACTCCGTTCCGGT
TACAAACCCACGGCGGAGCTGCAACTTTCTGATCTACTCCGTTTCGTCAACTCTATAAAA
GAAATGCCTATAGCGATCAATACCGAGAAGCCGAAGACGCAACACTATGAACTACCAACG
GCTTTCTTCGATCTTGTTCTTGGAAGAAACATGAAATACAGCTCATGTTATTTCCCAAAG
GATTCAAGTAGCTTAGAAGAAGCAGAGGAAGCAATATTGGCTCTATATTGCGAAAGAGCC
AAAGTGGAAGATGGACAAAGTGTTCTCGATGTCGGATGTGGCTGGGGATCTTTTGTCTTT
TGTACATTGCCCCGCAAGTATAGCAATTTGCAAGTTAACCGGGTCTTTTGTAACTCAAAG
ACACAGAAAGCATTTATTGATGACCAATGCAGGAAACTCGGCATTAAAAATGTCGAAATC
ATTGTTGGGGATATTAGCACTTTTGAGTATGGTGGGACATATGATCGAGTGTTTTCCATC
GAAATGTTCGAGCATATGAAAACTATGGAGAGCTTCTGAAGAAAATTGGGAGCTGGATGA
GAAGATAGTCTTCTGTTTGTTCACTATTTCTGCCATAAGACATTTGCTTACCACTTT

QA 1 657 1 657
DS 



CO CL842Contig3 689 4 3 U
GAAATATCTAGCACTCTTTATGTTGATTGAGCTGTGATTTCATCAAAGAGAACAAAAGTT
CTTAGCTTTGTTTTTCTATTTGGATTGTGAATAGCATATGAAAAACTATGGAGAGCTTCT
GAAGAAAATTGGGAGCTGGATGAAGGAAGATAGTCTTCTGTTTGTTCACTATTTCTGCCA
TAAGACATTTGCTTACCACTTTGAGGATGTGCATGACGATGACTGGATCACAAGATACTT
CTTTAGTGGAGGAACAATGCCATCGGCGAATCTTCTCCTCTATTTCCAAGACGATGTTTC
GATTGTGGATCACTGGGTCCTAAACGGGAAGCATTACGCAAGGACCAGTGAAGAGTGGCT
CAAAAGAATGGACAAGGAGATAGTTGCAATAAGGGAGATAATGGAGATGACTTATGGGAA
AGAGGAGGCAGTGAAGTGGATGGTTTACTGGAGAACCTTCTTCATGGCAGTTGCTGAGCT
TTTTGGATACAACAATGGAGAAGAGTGGATGATTTCACACTTCCTATTCAAGAAGAAATG
ATTATATCTATCGTCTGCTACTCTGCTAGTAATCAGTTTATGATTTATCTTTGAAGTTCT
GTGAGCCAAATAAAGAATGAAACATTATCCTTCTACTTTGATTGATTGTCTTCCTGGGTA
ATACAATCGTATGCTTTCGTATGAAAAAA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D145JQ C 1
AF RR3D145TF U 1
AF RR3DE94TF U 1
AF RR3CH35TF U 71
BS 1 621 RR3D145TF
BS 622 678 RR3DE94TF
BS 679 689 RR3CH35TF

RD RR3D145JQ 626 0 0
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CTTAGCTTTGTTTTTCTATTTGGATTGTGAATAGCATATGAAAAACTATGGAGAGCTTCT
GAAGAAAATTGGGAGCTGGATGAAGGAAGATAGTCTTCTGTTTGTTCACTATTTCTGCCA
TAAGACATTTGCTTACCACTTTGAGGATGTGCATGACGATGACTGGATCACAAGATACTT
CTTTAGTGGAGGAACAATGCCATCGGCGAATCTTTTCCTCTATTTCCAAGACGATGTTTC
GATTGTGGATCACTGGGTCCTAAACGGGAAGCATTACGCAAGGACCAGTGAAGAGTGGCT
CAAAAGAATGGACAAGGAGATAGTTGCAATAAGGGAGATAATGGAGATGACTTATGGGAA
AGAGGAGGCAGTGAAGTGGATGGTTTACTGGAGAACCTTCTTCATGGCAGTTGCTGAGCT
TTTTGGATACAACAATGGAGAAGAGTGGATGATTTCACACTTCCTATTCAAGAAGAAATG
ATTATATCTATCGTCTGCTACTCTGCTAGTAATCAGTTTATGATTTATCTTTGAAGTTCT
GTGAGCCAAATAAAGAATGAA
ACATT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3D145TF 624 0 0
GAAATATCTAGCACTCTTTATGTTGATTGAGCTGTGATTTCATCAAAGAGAACAAAAGTT
CTTAGCTTTGTTTTTCTATTTGGATTGTGAATAGCATATGAAAAACTATGGAGAGCTTCT
GAAGAAAATTGGGAGCTGGATGAAGGAAGATAGTCTTCTGTTTGTTCACTATTTCTGCCA
TAAGACATTTGCTTACCACTTTGAGGATGTGCATGACGATGACTGGATCACAAGATACTT
CTTTAGTGGAGGAACAATGCCATCGGCGAATCTTCTCCTCTATTTCCAAGACGATGTTTC
GATTGTGGATCACTGGGTCCTAAACGGGAAGCATTACGCAAGGACCAGTGAAGAGTGGCT
CAAAAGAATGGACAAGGAGATAGTTGCAATAAGGGAGATAATGGAGATGACTTATGGGAA
AGAGGAGGCAGTGAAGTGGATGGTTTACTGGAGAACCTTCTTCATGGCAGTTGCTGAGCT
TTTTGGATACAACAATGGAGAAGAGTGGATGATTTCACACTTCCTATTCAAGAAGAAATG
ATTATATCTATCGTCTGCTACTCTGCTAGTAATCAGTTTATGATTTATCTTTGAAGTTCT
GTGAGCCAAATAAAGAATGAA
CAT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3DE94TF 680 0 0
GAAATATCTAGCACTCTTTATGTTGATTGAGCTGTGATTTCATCAAAGAGAACAAAAGTT
CTTAGCTTTGTTTTTCTATTTGGATTGTGAATAGCATATGAAAAACTATGGAGAGCTTCT
GAAGAAAATTGGGAGCTGGATGAAGGAAGATAGTCTTCTGTTTGTTCACTATTTCTGCCA
TAAGACATTTGCTTACCACTTTGAGGATGTGCATGACGATGACTGGATCACAAGATACTT
CTTTAGTGGAGGAACAATGCCATCGGCGAATCTTCTCCTCTATTTCCAAGACGATGTTTC
GATTGTGGATCACTGGGTCCTAAACGGGAAGCATTACGCAAGGACCAGTGAAGAGTGGCT
CAAAAGAATGGACAAGGAGATAGTTGCAATAAGGGAGATAATGGAAATGACTTATGGGAA
AGAGGAGGCAGTGAAGTGGATGGTTTAC*GGAGAACCTTCTTCATGGCAGTTGCTGAGCT
TTTTGGATACAACAATGGAGAAGAGTGGATGATTTCACACTTCCTATTCAAGAAGAAATG
ATTATATCTATCGTCTGCTACTCTGCTAGTAATCAGTTTATGATTTATCTTTGAAGTTCT
GTGAGCCAAATAAAGAATGAAACATTATCCTTCTACTTTGATTGATTGTCTTCCTGGGTA
ATACAATCGTATGCTTTC
GT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3CH35TF 619 0 0
TTTTTCTATTTGGATTGTGAATAGCATATGAAAAACTATGGAGAGCTTCTGAAGAAAATT
GGGAGCTGGATGAAGGAAGATAGTCTTCTGTTTGTTCACTATTTCTGCCATAAGACATTT
GCTTACCACTTTGAGGATGTGCATGACGATGACTGGATCACAAGATACTTCTTTAGTGGA
GGAACAATGCCATCGGCGAATCTTCTCCTCTATTTCCAAGACGATGTTTCGATTGTGGAT
CACTGGGTCCTAAACGGGAAGCATTACGCAAGGACCAGTGAAGAGTGGCTCAAAAGAATG
GACAAGGAGATAGTTGCAATAAGGGAGATAATGGAAATGACTTATGGGAAAGAGGAGGCA
GTGAAGTGGATGGTTTACTGGAGAACCTTCTTCATGGCTGTTGCTGAGCTTTTTGGATAC
AACAATGGAGAAGAGTGGATGATTTCACACTTCCTATTCAAGAAGAAATGATTATATCTA
TCGTCTGCTACTCTGCTAGTAATCAGTTTATGATTTATCTTTGAAGTTCTGTGAGCCAAA
TAAAGAATGAAACATTATCCTTCTACTTTGATTGATTGTCTTCCTGGGTAATACAATCGT
ATGCTTTCGTATGAAAAAA

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 6

CO CL843Contig1 1080 6 18 U
GGAACCATATCATTCTCCTCTCAATTCACCATTGACGACGAATAGGAAGAGAGCTATGGC
GGCACCGATTGTTAACGCTGAGTACACGAAAGAGATCAACAAGGCTCGCCGTGATCTCCG
CTCCATCATCTCGAACAAGAACTGTGCTCCGATCATGCTTCGATTGGCATGGCACGATGC
TGGAACCTATGATGCACAGTCGAAGACAGGGGGACCTAATGGGTCTATAAGGAACGAAGA
GGAGTACACTCATGGTGCCAATAGTGGTTTAAAGATCGCTCTTGAAATCTGTGAGGGAGT
GAAAGCTAAACATCCTAAAATCACCTATGCGGATCTATACCAGCTTGCTGGTGTGGTAGC
AGTGGAGGTTACTGGTGGACCTGACATCAGTTTCCAACCTGGGAGAAAAGATTCAAATGT
TTGCCCTAGGGAAGGAAGACTTCCGGATGCTACAAAAAA*TTTCCAACATCTTAGAGATG
TCTTCTACCGCATGGGATTATCTGATAAGGATATTGTAGCACTCTCAGGGGCTCACACTC
TGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGGTCCGGCTTCGATGGTCCGTGGACTCAAGAGCCTCTGA
AGTTTGATAACTCATACTTCGTGGAACTGCTGAAAGGAGAATCAGAGGGCTTGTTGAAAC
TTCCATCTGACAAGACTTTGTTGGAAGACCCAGAGTTCCGTCGTTATGTTGACCTTTATG
CTAAGGATGAAGATGCGTTCTTCAGAGACTACGCGGAATCTCACAAGAAACTCTCTGAGC
TCGGTTTCAACCCCAACGCCTCGGCGGCCAAAGCTTGTTCAGACAGCACTGTTTTGGCTC
AGGGAGCATTCGGTGTTGCTATTGCGGCTGCGGTCGTTGCCTTAAGTTACTTTTACGAGA
TCCGAAAGAAGATGAAGTAAAAAGGAGCCACGAAGCAAAACGATTATCTTATCTTTTGCA
TTAAAGATACTATCAATCATCTTACAGAATGTGTAATGCATGCTACAAAGATGTTAAAAC
TCTTTAATCCACGGTCATACTATGTTTTAGTAAGAAAAGACAAACTTAATGGTTTTGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 20 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3DA61TF U 1
AF RR3HB41TF U 21
AF RR3C256TF U 42
AF RR3C782JQ C 394
AF RR3HB41JQ C 486
AF RR3DA61JQ C 507
BS 1 209 RR3DA61TF
BS 210 210 RR3HB41TF
BS 211 304 RR3DA61TF
BS 305 305 RR3HB41TF
BS 306 436 RR3DA61TF
BS 437 437 RR3HB41TF
BS 438 474 RR3DA61TF
BS 475 475 RR3HB41TF
BS 476 620 RR3DA61TF
BS 621 724 RR3HB41TF
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BS 770 908 RR3C782JQ
BS 909 909 RR3HB41JQ
BS 910 1067 RR3C782JQ
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BS 1069 1075 RR3C782JQ
BS 1076 1080 RR3DA61JQ

RD RR3DA61TF 620 0 0
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GGCACCGATTGTTAACGCTGAGTACACGAAAGAGATCAACAAGGCTCGCCGTGATCTCCG
CTCCATCATCTCGAACAAGAACTGTGCTCCGATCATGCTTCGATTGGCATGGCACGATGC
TGGAACCTATGATGCACAGTCGAAGACAGAGGGACCTAATGGGTCTATAAGGAACGAAGA
GGAGTACACTCATGGTGCCAATAGTGGTTTAAAGATCGCTCTTGAAATCTGTGAGGGAGT
GAAATCTAAACATCCTAAAATCACCTATGCGGATCTATACCAGCTTGCTGGTGTGGTAGC
AGTGGAGGTTACTGGTGGACCTGACATCAGTTTCCAACCTGGGAGAAAAGATTCAAATGT
TTGCCCTAGGGAAGGAGGACTTCCGGATGCTACAAAAAA*TTTCCAACATCTTATAGATG
TCTTCTACCGCATGGGATTATCTGATAAGGATATTGTAGCACTCTCAGGGGCTCACACTC
TGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGGTCCGGCTTCGATGGTCCGTGGACTCAAGAGCCTCTGA
AGTTTGATAACTCATACTTC

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3HB41TF 749 0 0
GG
AATTCACCATTGACGACGAATAGGAAGAGAGCTATGGCGGCACCGATTGTTAACGCTGAG
TACACGAAAGAGATCAACAAGGCTCGCCGTGATCTCCGCTCCATCATCTCGAACAAGAAC
TGTGCTCCGATCATGCTTCGATTGGCATGGCACGATGCTGGAACCTATGATGCACAGTCG
AAGACAGGGGGACCTAATGGGTCTATAAGGAACGAAGAGGAGTACACTCATGGTGCCAAT
AGTGGTTTAAAGATCGCTCTTGAAATCTGTGAGGGAGTGAAAGCTAAACATCCTAAAATC
ACCTATGCGGATCTATACCAGCTTGCTGGTGTGGTAGCAGTGGAGGTTACTGGTGGACCT
GACATCAGTTTCCAACCTGGGAGAGAAGATTCAAATGTTTGCCCTAGGGAAGGAAGACTT
CCGGATGCTACAAAAAAATTTCCAACATCTTAGAGATGTCTTCTACCGCATGGGATTATC
TGATAAGGATATTGTAGCACTCTCAGGGGCTCACACT*TGGGGAGGGCTCATCCAGAGAG
GTCCGGCTTCGATGGTCCGTGGACTCAAGAGCCTCTGAAGTTTGATAACTCATACTTCGT
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GGAAGACCCAGAGTTCCGTCGTTATGTTGACCTTTATGCTAAAGATGAAGATGCGTTCTT
CAGAGACTACGCGGAATCTCACAAGAA

QA 3 749 3 749
DS 

RD RR3C256TF 689 0 0
AG
AGGAAGAGAGCTATGGCGGCACCGATTGTTAACGCTGAGTACACGAAAGAGATCAACAAG
GCTCGCCGTGATCTCCGCTCAATCATCTCGAGCAAGAACTGTGCTCCGATCATGCTTAGA
TTAGCATGGCACGATGCTGGAACCTATGATGCACAGTCGAAGACAGGGGGACCTAATGGG
TCTATAAGGAACGAAGAGGAGTACACTCACGGTGCCAATAGTGGTTTAAAGATCGCTCTT
GAAATCTGTGAGGGAGTGAAAGCTAAACATCCTAAAATCACCTATGCGGATCTGTACCAG
CTTGCTGGTGTGGTAGCAGTAGAGGTTACTGGTGGACCTGACATCAGCTTCCAACCGGGA
AGAAAAGATTCAAATGTTTGCCCTAGGGAAGGAAGACTTCCTGATGCTACAAAAAA*TTT
CCAACATCTTAGAGATGTTTTCTACCGCATGGGATTATCTGATAAGGATATTGTAGCACT
CTCAGGGGGTCACACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGGTCCGGCTTCGATGGTCCGTG
GACTCAAGAGCCTCTGAAGTTTGATAACTCATACTTTGTGGAACTGCTGAAAGGAGAATC
AGAGGGCTTGTTGAAACTTCCATCTGACAAGACTTTGTTGGAAGACCCAGAGTTCCGTCG
TTATGTTGACCTTTATGCCAAGGATGA

QA 3 689 3 689
DS 

RD RR3C782JQ 686 0 0
G
CAACCTGGGAGAAAAGATTCAAATGTTTGCCCTAGGGAAGGAAGACTTCCGGATGCTACA
AAAAA**TTCCAACATCTTAGAGATGTCTTCTACCGCATGGGATTATCTGATAAGGATAT
TGTAGCACTCTCAGGGGCTCTCACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGGTCCGGCTTCGA
TGGTCCGTGGACTCAAGAGCCTCTGAAGTTTGATAACTCATACTTCGTGGAACTGCTGAA
AGGAGAATCAGAGGGCTTGTTGAAACTTCCATCTGACAAGACTTTGTTGGAAGACCCAGA
GTTCCGTCGTTATGTTGACCTTTATGCTAAGGATGAAGATGCGTTCTTCAGAGACTACGC
AGAATCTCACAAGAAACTCTCTGAGCTCGGTTTCAACCCCAACGCCTCGGCGGCCAAAGC
TTGTTCAGACAGCACTGTTTTGGCTCAGGGAGCATTCGGTGTTGCTATTGCGGCTGCGGT
CGTTGCCTTAAGTTACTTTTACGAGATCCGAAAGGAGATGAAGTAAAAAGGAGCCACGAA
GCAAAACGATTATCTTATCTTTTGCATTAAAGATACTATCAATCATCTTACAGAATGTGT
AATGCATGCTACAAAGATGTTAAAACTCTTTAATCCACGGTCATACTATGTTTTAGTAAG
AAAAGACAAACTTGATGGTTT
TGGC

QA 2 682 2 682
DS 

RD RR3HB41JQ 566 0 0
TACCGCATGGGATTATCTGATAAGGATATTGTAGCACTCTCAGGGGCTCACACT*TGGGG
AGGGCTCATCCAGAGAGGTCCGGCTTCGATGGTCCGTGGACTCAAGAGCCTCTGAAGTTT
GATAACTCATACTTCGTGGAACTGCTGAAAGGAGAATCAGAGGGCTTGTTGAAACTTCCA
TCTGACAAGACTTTGTTGGAAGACCCAGAGTTCCGTCGTTATGTTGACCTTTATGCTAAG
GATGAAGATGCGTTCTTCAGAGACTACGCGGAATCTCACAAGAAACTCTTTGAGCTCGGT
TTCAACCCCAACGCCTCGGCGGCCAAAGCTTGTTCAGACAGCACTGTTTTGGCTCAGGGA
GCATTCGGTGTTGCTATTGCGGCTGCGGTCGTTGCCTTAAGTTACTTTTACGAGATCCGA
AAGAAGATGAAGTAAAAAGGAGCCACGAAGCAAAACGATTATTTTATCTTTTGCATTAAA
GATACTATCAATCATCTTACAGAATGTGTAATGCATGCTACAAAGATGTTAAAACTCTTT
AATCCACGGTCATACTATGTTTTAGT

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR3DA61JQ 574 0 0
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GGCTTCGATGGTCCGTGGACTCAAGAGCCTCTGAAGTTTGATAACTCATACTTCGTGGAA
CTGCTGAAAGGAGAATCAGAGGGCTTGTTGAAACTTCCATCTGACAAGACTTTGTTGGAA
GACCCAGAGTTCCGTCGTTATGTTGACCTTTATGCTAAGGATGAAGATGCGTTCTTCAGA
GACTACGCAGAATCTCACAAGAAACTCTCTGAGCTCGGTTTCAACCCCAACGCCTCGGCG
GCCAAAGCTTGTTCAGACAGCACTGTTTTGGCTCAGGGAGCATTCGGTGTTGCTATTGCG
GCTGCGGTCGTTGCCTTAAGTTACTTTTACGAGATCCGAAAGAAGATGAAGTAAAAAGGA
GCCACGAAGCAAAACGATTATCTTATCTTTTGCATTAAAGATACTATCAATCATCTTACA
GAATGTGTAATGCATGCTACAAAGATGTTAAAACTCTTTAATCCACGGTCATACTATGTT
TTAGTAAGAAAAGACAAACTTAATGGTTTTGGTC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 8

CO CL844Contig1 492 8 2 U
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GACAAAACGTAAAAGAAAGCGAATAGACGAGAGATTATATTATCAGCAATCCATTCATTT
TATATCCCATAAATCAATTTAAGGTTCTTGTGTTTTGCCAAACACTTCTCTTGCAAATGA
AATCAGCAGCCTCTGAGAGCAGATACTTTAATCAGAAGCAAGCATCCAAAAGACAACAAC
AGCAGAGAGCAGCAAGACATCCTTCTAGACACCCAGGACCGGACTTTTGTGGATGCTGCT
GATGCGGTGGTGGAGGAGGATATTGAGGCGCATAAGGAGGAGGATAACCTTGCGGAGGAT
AGCCCTGCTGGGGTGGATAACCTTGCTGTGGTGGATAGCCTTGTGGTGGATAGCCTTGCG
GCGGATACCCCC


BQ
10 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 10 

AF RR3CN96JQ U 47
AF RR3CD77TF C 4
AF RR3E925JQ U 1
AF RR3FQ71TF C 1
AF RR3FQ71JQ U 2
AF RR3E925TF C 1
AF RR3CD77JQ U 4
AF RR3CN96TF C 370
BS 1 488 RR3E925JQ
BS 489 492 RR3CD77JQ

RD RR3CN96JQ 255 0 0
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TCTCTTGCAAATGAAATCAGCAGCCTCTGAGAGCAGATACTTTAATCAGAAGCAAGCATC
CAAAGGACAACAACA

QA 1 255 1 255
DS 

RD RR3CD77TF 469 0 0
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ATCCCATAAATCAATTTAAGGTTCTTGTGTTTTGCCAAACACTTCTCTTGCAAATGAAAT
CAGCAGCCTCTGAGAGCAGATACTTTAATCAGAAGCAAGCATCCAAAAGACAACAACAGC
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GCGGTGGTGGAGGAGGATATTGAGGCGCATAAGGAGGAGGATAACCTTGCGGAGGATAGC
CCTGCTGGGGTGGATAACCTTGCTGTGGTGGATAGCCTTGTGGTGGATA

QA 1 469 1 469
DS 

RD RR3E925JQ 488 0 0
GCTGAGGCAAAAGGAATAGTGTATTCATATCATACCAACCAATTTACATTCCCATTATCT
CAAATCCAAACCTGAGCTAGCTAGAACGTCGATAGAAACATAATTTATGAGCCCAAAGAA
GACAAAACGTAAAAGAAAGCGAATAGACGAGAGATTATATTATCAGCAATCCATTCATTT
TATATCCCATAAATCAATTTAAGGTTCTTGTGTTTTGCCAAACACTTCTCTTGCAAATGA
AATCAGCAGCCTCTGAGAGCAGATACTTTAATCAGAAGCAAGCATCCAAAAGACAACAAC
AGCAGAGAGCAGCAAGACATCCTTCTAGACACCCAGGACCGGACTTTTGTGGATGCTGCT
GATGCGGTGGTGGAGGAGGATATTGAGGCGCATAAGGAGGAGGATAACCTTGCGGAGGAT
AGCCCTGCTGGGGTGGATAACCTTGCTGTGGTGGATAGCCTTGTGGTGGATAGCCTTGCG
GCGGATAC

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR3FQ71TF 488 0 0
G
CTGAGGCAAAAGGAATAGTGTATTCATATCATACCAACCAATTTACATTCCCATTATCTC
AAATCCAAACCTGAGCTAGCTAGGACGTCGATAGAAACATAATTTATGAGCCCAAAGAAG
ACAAAACGTAAAAGAAAGCGAATAGACGAGAGATTATATTATCAGCAATCCATTCATTTT
ATATCCCATAAATCAATTTAAGGTTCTTGTGTTTTGCCAAACACTTCTCTTGCAAATGAA
ATCAGCAGCCTCTGAGAGCAGATACTTTAATCAGAAGCAAGCATCCAAAGGACAACAACA
GCAGAGAGCAGCAAGACATCCTTCTAGACACCCAGGACCGGACTTTTGTGGATGCTGCTG
ATGCGGTGGTGGAGGAGGATATTGAGGCGCATAAGGAGGAGGATAACCTTGCGGAGGATA
GCCCTGCTGGGGTGGATAACCTTGCTGTGGTGGATAGCCTTGTGGTGGATAGCCTTGCGG
CGGATAC

QA 2 488 2 488
DS 

RD RR3FQ71JQ 487 0 0
CTGAGGCAAAAGGAATAGTGTATTCATATCATACCAACCAATTTACATTCCCATTATCTC
AAATCCAAACCTGAGCTAGCTAGGACGTCGATAGAAACATAATTTATGAGCCCAAAGAAG
ACAAAACGTAAAAGAAAGCGAATAGACGAGAGATTATATTATCAGCAATCCATTCATTTT
ATATCCCATAAATCAATTTAAGGTTCTTGTGTTTTGCCAAACACTTCTCTTGCAAATGAA
ATCAGCAGCCTCTGAGAGCAGATACTTTAATCAGAAGCAAGCATCCAAAGGACAACAACA
GCAGAGAGCAGCAAGACATCCTTCTAGACACCCAGGACCGGACTTTTGTGGATGCTGCTG
ATGCGGTGGTGGAGGAGGATATTGAGGCGCATAAGGAGGAGGATAACCTTGCGGAGGATA
GCCCTGCTGGGGTGGATAACCTTGCTGTGGTGGATAGCCTTGTGGTGGATAGCCTTGCGG
CGGATAC

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR3E925TF 488 0 0
G
CTGAGGCAAAAGGAATAGTGTATTCATATCATACCAACCAATTTACATTCCCATTATCTC
AAATCCAAACCTGAGCTAGCTAGAACGTCGATAGAAACATAATTTATGAGCCCAAAGAAG
ACAAAACGTAAAAGAAAGCGAATAGACGAGAGATTATATTATCAGCAATCCATTCATTTT
ATATCCCATAAATCAATTTAAGGTTCTTGTGTTTTGCCAAACACTTCTCTTGCAAATGAA
ATCAGCAGCCTCTGAGAGCAGATACTTTAATCAGAAGCAAGCATCCAAAAGACAACAACA
GCAGAGAGCAGCAAGACATCCTTCTAGACACCCAGGACCGGACTTTTGTGGATGCTGCTG
ATGCGGTGGTGGAGGAGGATATTGAGGCGCATAAGGAGGAGGATAACCTTGCGGAGGATA
GCCCTGCTGGGGTGGATAACCTTGCTGTGGTGGATAGCCTTGTGGTGGATAGCCTTGCGG
CGGATAC

QA 2 488 2 488
DS 

RD RR3CD77JQ 489 0 0
GAGGCAAAAGGAATAGTGTATTCATATCATACCAACCAATTTACATTCCCATTATCTCAA
ATCCAAACCTGAGCTAGCTAGAACGTCGATAGAAACATAATTTATGAGCCCAAAGAAAAC
AAAACGTAAAAGAAAGCGAATAGACGAGAGATTATATTATCAGCAATCCATTCATTTTAT
ATCCCATAAATCAATTTAAGGTTCTTGTGTTTTGCCAAACACTTCTCTTGCAAATGAAAT
CAGCAGCCTCTGAGAGCAGATACTTTAATCAAAAGCAAGCATCCAAAAGACAACAACAGC
AGAAAGCAGCAAGACATCCTTCTAGACACCCAGGACCGGACTTTTGTGGATGCTGCTGAT
GCGGTGGTGGAGGAGGATATTGAGGCGCATAAGGAGGAGGATAACCTTGCGGAGGATAGC
CCTGCTGGGGTGGATAACCTTGCTGTGGTGGATAGCCTTGTGGTGGATAGCCTTGCGGCG
GATACCCCC

QA 1 489 1 489
DS 

RD RR3CN96TF 119 0 0
GTGGAGGAGGATATTGAGGCGCATAAGGAGGAGGATAACCTTGCGGAGGATAGCCCTGCT
GGGGTGGATAACCTTGCTGTGGTGGATAGCCTTGTGGTGGATAGCCTTGCGGCGGATAC

QA 1 119 1 119
DS 



AS 2 8

CO CL845Contig1 728 2 3 U
TTTTGATCAATGTGTGATCTTATTGCAGAAATATAGGAATCTAGAGAACATATTATCTCC
ATAAATGCATGCTTACAAACCAGAGAGATGAGAAGGGAGATGCGTGCTTTCTATTTCATT
TACTTCATCTTTCTGCGAATTTCATAGAAGTAGCTAAAGGCCACAACAGCAGCAGCCACC
GCGACTCCGACTGCAGTATCAGGAAGTCTTCCTTCGTTGGTGCAAGCATCTGAATCTTTT
CTGCCAGGAACAAAACTGATGTCAGGTCCACCGGTCACTTCAACCGCTACCACACCAGCA
AGCTGGTACAGGTCCGCATAACTGATCTTGGGATGCTTAGTTTTCACGTCCTCACAGAGA
TCAAGTGCTATCTTCAAACCGCTGTTGGCACCATGACTGTACTCTGCTTCGTTCCTAATA
GAGCCATTAGGTCCACCGGTCTTGGATTCAGCATCATAGGTTCCAGCATCATGCCACGCC
AAACGGAGCATGGTCGGAGCGCAGTTCTTCTTGGCTATGAGAGCACGGAGTTCACGGCGA
GCCTTGTCAATTTCCTTAAGGTACTCGGCGTCAACGATGAGTGCCGCCATTGTTGTCTTG
AGTCTTTTGTGAGAAAGAGAGAGAGACGAAGGAAGATATATAAGAAACAATATATGGTTC
AAAGGAAGATAAAAAAGTAATCAAATCTTGTTTTTTAGTTAACGTTGAAGTTTGAGCCGA
AGAGATCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F235JQ U 5
AF RR3F235TF C 1
BS 1 4 RR3F235TF
BS 5 676 RR3F235JQ
BS 677 728 RR3F235TF

RD RR3F235JQ 672 0 0
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ATGCATGCTTACAAACCAGAGAGATGAGAAGGGAGATGCGTGCTTTCTATTTCATTTACT
TCATCTTTCTGCGAATTTCATAGAAGTAGCTAAAGGCCACAACAGCAGCAGCCACCGCGA
CTCCGACTGCAGTATCAGGAAGTCTTCCTTCGTTGGTGCAAGCATCTGAATCTTTTCTGC
CAGGAACAAAACTGATGTCAGGTCCACCGGTCACTTCAACCGCTACCACACCAGCAAGCT
GGTACAGGTCCGCATAACTGATCTTGGGATGCTTAGTTTTCACGTCCTCACAGAGATCAA
GTGCTATCTTCAAACCGCTGTTGGCACCATGACTGTACTCTGCTTCGTTCCTAATAGAGC
CATTAGGTCCACCGGTCTTGGATTCAGCATCATAGGTTCCAGCATCATGCCACGCCAAAC
GGAGCATGGTCGGAGCGCAGTTCTTCTTGGCTATGAGAGCACGGAGTTCACGGCGAGCCT
TGTCAATTTCCTTAAGGTACTCGGCGTCAACGATGAGTGCCGCCATTGTTGTCTTGAGTC
TTTTGTGAGAAAGAGAGAGAGACGAAGGAAGATATATAAGAAACAATATATGGTTCAAAG
GAAGATAAAAAA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3F235TF 728 0 0
TTTTGATCAATGTGTGATCTTATTGCAGAAATATAGGAATCTAGAGAACATATTATCTCC
ATAAATGCATGCTTACAAACCAGAGAGATGAGAAGGGAGATGCGTGCTTTCTATTTCATT
TACTTCATCTTTCTGCGAATTTCATAGAAGTAGCTAAAGGCCACAACAGCAGCAGCCACC
GCGACTCCGACTGCAGTATCAGGAAGTCTTCCTTCGTTGGTGCAAGCATCTGAATCTTTT
CTGCCAGGAACAAAACTGATGTCAGGTCCACCGGTCACTTCAACCGCTACCACACCAGCA
AGCTGGTACAGGTCCGCATAACTGATCTTGGGATGCTTAGTTTTCACGTCCTCACAGAGA
TCAAGTGCTATCTTCAAACCGCTGTTGGCACCATGACTGTACTCTGCTTCGTTCCTAATA
GAGCCATTAGGTCCACCGGTCTTGGATTCAGCATCATAGGTTCCAGCATCATGCCACGCC
AAACGGAGCATGGTCGGAGCGCAGTTCTTCTTGGCTATGAGAGCACGGAGTTCACGGCGA
GCCTTGTCAATTTCCTTAAGGTACTCGGCGTCAACGATGAGTGCCGCCATTGTTGTCTTG
AGTCTTTTGTGAGAAAGAGAGAGAGACGAAGGAAGATATATAAGAAACAATATATGGTTC
AAAGGAAGATAAAAAAGTAATCAAATCTTGTTTTTTAGTTAACGTTGAAGTTTGAGCCGA
AGAGATCC

QA 1 728 1 728
DS 



CO CL845Contig2 1064 6 9 U
GGCTCAAAAGACTCAAGACTAACAATGGCGGCACTCATCGTTGACGCGGAGTACCTTAAG
GAAATTGACAAGGCTCGCCGTGAACTTCGTGCTCTCATCGCCAAGAAGAACTGCGCTCCG
ATCATGCTCCGTTTGGCGTGGCATGATGCTGGAACCTATGATGCTGAATCCAAGACCGGT
GGACCTAATGGCTCTATTAGGAACGAAGTAGAGTACAGTCATGGTGCCAACAGCGGTTTG
AAGATAGCACTTGATCTCTGTGAGGACGTGAAAACTAAGCATCCCAAGATCAGTTATGCG
GACCTGTACCAGCTTGCTGGTGTGGTAGCGGTTGAAGTGACCGGTGGACCTGACATCAGT
TTTGTTCCTGGCAGAAAAAGATTCAAATGCCTGCACCGACGAAGGAAGACTTCCTGATGC
TAATCAAGAGTTTCAAACATCTGAAAGATGTCTTTTACCGGATGGGTTTGTCTGATAAAG
ATATCGTCGCACTGTCAGGGGCACATACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGATCAGGTT
TCGATGGACCATGGACTGAAGATCCTCTAAAGTTTGATAACTCATACTTTGTGGAATTGC
TGAAAGAAGAAGAATCAGAGGGATTACTGAAACTTTCAACGGACAAATCTTTGTTGGAAG
TCCCGGAGTTCCGTCAGTATGTTGAGCTTTACGCAAAGAACGAAGATGCATTCTTCAGAG
ACTATGCAGAGACACACAAGAAACTTTCAGAACTCGGGTTCACACCAACGTCTACAGTCA
CTATGGCGATAACAGACTGCACCGCACTGGCACATACTGCAGTCGGAGTCGCGGTGGCTG
CTGCTGTTGTGGCCTTTAGCTACTTATATGAAATTCGCAGAAAGATGAAGTAAATGAAAT
AGAAAGCACGCATCTCCCTTCTCATCTCTCTGGTTTGTAAGCATGCATTTATCGAGATAA
TATGTTCTCTAGATTCCTATATTTCTGCAATAAGATCACACATTGATCAGTTCATGTCTT
TATGATCGAGGTGTTCCATCCAAATTTTGGTTCAGGTTTTCTGG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F732TF U 4
AF RR3GM39TF U 1
AF RR3GM39JQ C 196
AF RR3FD13JQ C 501
AF RR3FD13TF U 501
AF RR3F732JQ C 828
BS 1 77 RR3GM39TF
BS 78 78 RR3F732TF
BS 79 696 RR3GM39TF
BS 697 697 RR3FD13TF
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BS 1022 1064 RR3F732JQ

RD RR3F732TF 212 0 0
GG
AAAAGACTCAAGACTAACAATGGCGGCACTCATCGTTGACGCGGAGTACCTTAAGGAAAT
TGACAAGGCTCGCCGTGAACTTCGTGCTCTCATCGCCAAGAAGAACTGCGCTCCGATCAT
GCTCCGTTTGGCGTGGCATGATGCTGGAACCTATGATGCTGAATCCAAGACCGGTGGACC
TTATGGCTCTATTAGGAACGAAGCAGAGTA

QA 3 212 3 212
DS 

RD RR3GM39TF 745 0 0
GGCTCAAAAGACTCAAGACTAACAATGGCGGCACTCATCGTTGACGCGGAGTACCTTAAG
GAAATTGACAAGGCTCGTCGTGAACTTCGTGCTCTCATCGCCAAGAAGAACTGCGCTCCG
ATCATGCTCCGTTTGGCGTGGCATGATGCTGGAACCTATGATGCTGAATCCAAGACCGGT
GGACCTAATGGCTCTATTAGGAACGAAGTAGAGTACAGTCATGGTGCCAACAGCGGTTTG
AAGATAGCACTTGATCTCTGTGAGGACGTGAAAACTAAGCATCCCAAGATCAGTTATGCG
GACCTGTACCAGCTTGCTGGTGTGGTAGCGGTTGAAGTGACCGGTGGACCTGACATCAGT
TTTGTTCCTGGCAGAAAAAGATTCAAATGCCTGCACCGACGAAGGAAGACTTCCTGATGC
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ATATCGTCGCACTGTCAGGGGCACATACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGATCAGGTT
TCGATGGACCATGGACTGAAGATCCTCTAAAGTTTGATAACTCATACTTTGTGGAATTGC
TGAAAGAAGAAGAATCAGAGGGATTACTGAAACTTTCAACGGACAAATCTTTGTTGGAAG
TCCCGGAGTTCCGTCAGTATGTTGAGCTTTACGCAA*GAACGAAGATGCATTCTTCAGAG
ACTATGCAGAGTCACACAAGAA
CTT

QA 1 742 1 742
DS 

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TA
TAGGAACGAAGTAGAGTACAGTCATGGTGCCAACAGCGGTTTGAAGATAGCACTTGATCT
CTGTGAGGACGTGAAAACTAAGCATCCCAAGATCAGTTATGCGGACCTGTACCAGCTTGC
TGGTGTGGTAGCGGTTGAAGTGACCGGTGGACCTGACATCAGTTTTGTTCCTGGCAGAAA
A*GATTCAAATGCCTGCACCGACGAAGGAAGACTTCCTGATGCTAATCAAG*GTTTCAAA
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GGGGCACATACTCTGGGAAGGGCTCATCCAGAGAGATCAGGTTTCGATGGACCATGGACT
GAAGATCCTCTAAAGTTTGATAACTCATACTTTGTGGAATTGCTGAAAGAAGAAGAATCA
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TATGTTGAGCTTTACGCAAAGAACGAAGATGCATTCTTCAGAGACTATGCAGAGTCACAC
AAGAAACTTTCAGAACTCGGGTTCACACCAACGTCTACAGTCACTATGGCGATAACAGAC
TGCACCGCACTGGCACATACTGCAGTCGGAGTCGCCGTGGCTGCTGCTGTTGTGGCCTTT
AGCTACTTCTATGAAATTCGCAGAAAGATGAAGTAAATGAAATAGAAAGCACGCATCTCC
CTTCTCATCTCTCTGGTTTGTAAGCATGCATTTATCGAGATAATATGTTCTCTAGATTCC
TATATTTCTGCAATAAGATCACACATTGA
GC

QA 3 811 3 811
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GGCTTGCTGAAACTTTCAACGGACAAATCTTTGTTGGAAGTCCCGGAGTTCCGTCAGTAT
GTTGAGCTTTACGCAAAGAACGAAGATGCATTCTTCAGAGACTATGCAGAGACACACAAG
AAACTTTCAGAACTCGGGTTCACACCAACGTCTACAGTCACTATGGCGATAACAGACTGC
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TACTTATATGAAATTCGCAGAAAGATGAAGTAAATGAAATAGAAAGCACGCATCTCCCTT
CTCATCTCTCTGGTTTGTAAGCATGCATTTATCGAGATAATATGTTCTCTAGATTCCTAT
ATTTCTGCAATAAGATCACACATTGATCAGTTCATGTCTTT

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DS 

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GGCTTGCTGAAACTTTCAACGGACAAATCTTTGTTGGAAGTCCCGGAGTTCCGTCAGTAT
GTTGAGCTTTACGCAAAGAACGAAGATGCATTCTTCAGAGACTATGCAGAGACACACAAG
AAACTTTCAGAACTCGGGTTCACACCAACGTCTACAGTCACTATGGCGATAACAGACTGC
ACCGCACTGGCACATACTGCAGTCGGAGTCGCGGTGGCTGCTGCTGTTGTGGCCTTTAGC
TACTTATATGAAATTCGCAGAAAGATGAAGTAAATGAAATAGAAAGCACGCATCTCCCTT
CTCATCTCTCTGGTTTGTAAGCATGCATTTATCGAGATAATATGTTCTCTAGATTCCTAT
ATTTCTGCAATAAGATCACACATTGATCAGTTCATGTCTTT

QA 1 521 1 521
DS 

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AAGTAAATGAAATAGAAAGCACGCATCTCCCTTTTCATCTTTTTGGTTTGTAAGCATGCA
TTTATCGAGATAATATGTTCTCTAGATTCCTATATTTTTGCAATAAGATCACACATTGAT
CAGTTCGTGTCTTTATGATCGAGGTGTTCCATCCAAATTTTGGTTCAGGTTTTCTGG

QA 1 237 1 237
DS 



AS 1 8

CO CL846Contig1 1115 8 22 U
CCAATTGAAATCTCGTGTTTTCTTTTATTGGTTCCAATTGAAATCTCTTACAAACTTATC
CAAGCTTCCAAATAAATAAAGAACTTTTGAGTTTTACAACATTCTTCATCCCTTATTATA
TCATCAATCACTTTATTTCTTCTTTGGATTTTGTTGCTTTATTCCATAGAGTTTGTGAAG
CTTGAAGTGTTCTTTTGTGTGAAAAAAA*GCTTGAAAGCTTTGCTGCTAATCTCCATTTT
TTTTTCTGGCTTTCAAAAAGCTGATCTGGTTTATTCATCAAATCTTAACCATCACATCAC
CAGACCGTCATGAAGAACCAAAAGGATGAGATCACAGACACAAACGCCAAGCTAGGAATA
CTAATCGCTGAAACTCCACTTGTTGTTGAGTTGTCTTTTGCAGAAGAAGGTGGCTTAGCG
GTAGCAGCAGTAGCAGCAGCAACAAAAGGCTTAGTAGTAGAGGAAGGTGGAGACGGTGGC
TCGTCATATTCGTAATCATCATCACCAGGAGGTTGTACAGGAAGTGGTGAAGATGAAGAA
CCATGATCTTTAGGACCTTCGGGATCCATGATAGATATGTAACTACTAATATGAAGCACC
GAGATGTTATATGGATGTGTCGCAACAGAGTCTATAAGCTTAGAGTCAAGGCCGGATCCA
CGAACCGCAGATCCGAACATAATGTCACCGTTGTTCATAACGGTTGCGTTCACGAACCCT
TGCAGGCCTTTAGCTTGACCGCTTGCTTGGAAGAGAGTGGTGAGTATCACTGATTTTATG
CTTCTGAGTTTCTTGATGTCGTAGTAGTCTAGAACGATGTGGAGGCCGAGGCTTTTCTTG
TTGTCTTCGGTTGATTGGGAGGAAAACATTGTCATTGCGTCGTTGGAAAGGGCGAGGACG
GTTATGGTTTGACGGGAGTTGATGGTGGAAGCGAGTCCGGTTTGGGAGAGGAGGTTGTTG
AAAGTGGAGAACTCATTGTTCTGGTTTAAGATGTTTGTGATGTTGAATGAGTTTGATGAA
GTGTAGAGGAATGTGGAAGCAAAGAAGAAGAAGAAGAGTGTGAGTGAAGAATAAGAAGAA
GACATTGTAGTGGATTAGTTGATGAGGTTGGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 20 35 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 25 50 50 15 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR21JQ U 1
AF RR3BC61JQ U -3
AF RR3GW65JQ U 1
AF RR3CV29JQB U 3
AF RR3BC61TF C 344
AF RR3GR21TF C 348
AF RR3GW65TF C 373
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BS 1 19 RR3GW65JQ
BS 20 22 RR3GR21JQ
BS 23 25 RR3GW65JQ
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BS 134 208 RR3GW65JQ
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BS 210 405 RR3GW65JQ
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BS 814 875 RR3BC61TF
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BS 1110 1115 RR3AN12TF

RD RR3GR21JQ 530 0 0
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ATCATCATCACCAGGAGGTTGTACAGGAAGTGGTGA

QA 15 530 15 530
DS 

RD RR3BC61JQ 670 0 0
GGTTCCAATTGAAATCTC
GTGTTTTCTTTTATTGGTTCCAATTGAAATCTCTTACAAACTTATCCAAGCTTCCAAATA
AATAAAGAACTTTTGAGTTTTACAACATTCTTCATCCCTTATTATATCATCAATCACTTT
ATTTCTTCTTTGGATTTTGTTGCTTTATTCCATAGAGTTTGTGAAGCTTGAAGTGTTCTT
TTGTGTGAAAAAAA*GCTTGAAAGCTTTGCTGCTAATCTCCATTTTTTTTTCTGGCTTTC
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GAACCAAAAGGATGAGATCACAGACACAAACGCCAAGCTAGGAATACTAATCGCCGAAAC
TCCACTTGTTGTTGAGTTGTCTTTTGCAGAAGAAGGTGGCTTAGCGGTAGCAGCAGTAGC
AGCAGCAACAAAAGGCTTAGTAGTAGAGGAAGGTGGAGACGGTGGCTCGTCATATTCGTA
ATCATCATCACCAGGAGGTTGTACAGGAAGTGGTGAAGATGAAGAACCATGATCTTTAGG
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ATGTGTCGCAACAGAGTCTATAAGCTTAGAGTCAAGGCCGGATCCACGAACC

QA 19 670 19 670
DS 

RD RR3GW65JQ 808 0 0
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CAAGCTTCCAAATAAATAAAGAACTTTTGAGTTTTACAACATTCTTCATCCCTTATTATA
TCATCAATCACTCTATTTCTTCTTTGGATTTTGTTGCTTTATTCCATAGAGTTTGTGAAG
CTTGAAGTGTTCTTTTGTGTGAAAAAAAAGCTTGAAAGCTTTGCTGCTAATCTCCATTTT
TTTTTCTGGCTTTCAAAAAGCTGATCTGGTTTATTCATCAAATCTTAACCATCACATCAC
CAGACCGTCATGAAGAACCAAAAGGATGAGATCACAGACACAAACGCCAAGCTAGGAATA
CTAATCGCTGAAACTCCACTTGTTGTTGAGTTGTCTTTTGCAGAAAAAGGGGGCTTAGCG
GTAGCAGCAGTAGCAGCAGCAACAAAAGGCTTAGTAGTAGAGGAAGGTGGAGACGGTGGC
TCGTCATATTCGTAATCATCATCACCAGGAGGTTGTACAGGAAGTGGTGAAGATGAAGAA
CCATGATCTTTAGGACCTTCGGGGTCCATGATAGATATGTAACTACTAATATGAAGCACC
GAGATGTTATATGGATGTGTCGCAACAGAGTCTATAAGCTTAGAGTCGAGGCCGGATCCA
CGAACCGCAGATCCGAACATAATGTCACCGTTGTTCATAACGGTTGCGTTCACGAACCCT
TGCAGGCCTTTAGCTTGACCGCTTGCTTGGAAGAGAGTGGTGAGTATCACTGATTTTATG
CTTCTGAGTTTCTTGATGTCGTAGTAGT

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3CV29JQB 819 0 0
CCTTGCAAGTTT
GTGTTTTCTTTTATTGGTTCCAATTGAAATCTCTTACAAACTTATCCAAGCTTCCAAATA
AGTAAAGAACTTTTGAGTTTTACAACATTCTTCATCCCTTATTATATCATCAATCACTTT
ATTTCTTCTTTGGATTTTGTTGCTTTATTCCATAGAGTTTGTGAAGCTTGAAGTGTTCTT
TTGTGTGAAAAAAA*GCTTGAAAGCTTTGCTGCTAATCTCCATTTTTTTTTCTGGCTTTC
AAAAAGCTGATCTGGTTTATTCATCAAATCTTAACCATCACATCACCAGACCGTCATGAA
GAACCAAAAGGATGAGATCACAGACACAAACGCCAAGCCAGGAATACTAATCGCTGAAAC
TCCACTTGTTGTTGAGTTGTCTTTTGCAAAAAAAGGTGGCTTAGCGGTAGCAGCAGTAGC
AGCAGCAACAAAAGGCTTAGTAGTAAAGGAAGGTGGAGACGGTGGCTCGTCATATTCATA
ATCATCATCACCAGGAGGTTGTACAGGAAGTGGTGAAAATGAAAAACCATGATCTTTAGG
ACCTTCGGGATCCATGATAGATATGTAACTACTAATATGAAGCACCGAGATGTTATATGG
ATGTGTCGCAACAGAGTCTATAAGCTTAGAGTCAAGGCCGGATCCACGAACCGCAGATCC
GAACATAATGTCACCGTTGTTCATAACGGTTGCGTTCACGAACCCTTGCAGGCCTTTAGC
TTGACCGCTTGCTTGGAAGAGAGTGGTGAGTATCACTGATTTTATGCTTCTGAGTTCCTT
GATGTCGTAGTAGTCTAGA
CGATGTGG

QA 13 811 13 811
DS 

RD RR3BC61TF 772 0 0
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AAGAAGGTGGCTTAGCGGTAGCAGCAGTAGCAGCAGCAACAAAAGGCTTAGTAGTAGAGG
AAGGTGGAGACGGTGGCTCGTCATATTCGTAATCATCATCACCAGGAGGTTGTACAGGAA
GTGGTGAAGATGAAGAACCATGATCTTTAGGACCTTCGGGATCCATGATAGATATGTAAC
TACTAATATGAAGCACCGAGATGTTATATGGATGTGTCGCAACAGAGTCTATAAGCTTAG
AGTCAAGGCCGGATCCACGAACCGCAGATCCGAACATAATGTCACCGTTGTTCATAACGG
TTGCGTTCACGAACCCTTGCAGGCCTTTAGCTTGACCGCTTGCTTGGAAGAGAGTGGTGA
GTATCACTGATTTTATGCTTCTGAGTTTCTTGATGTCGTAGTAGTCTAGAACGATGTGGA
GGCCGAGGCTTTTCTTGTTGTCTTCGGTTGATTGGGAGGAAAACATTGTCATCGCGTCGT
TGGAAAGGGCGAGGACGGTTATGGTTTGACGGGAGTTGATGGTGGAAGCGAGTCCGGTTT
GGGAGAGGAGGTTGTTGAAAGTGGAGAACTCATTGTTCTGGTTTAAGATGTTTGTGATGT
TGAATGAGTTTGATGAAGTGTAGAGGAATGTGGAAGCAAAGAAGAAGAAGAAGAGTGTGA
GTGAAGAATAAGAAGAAGACATTGTAGTGGATTAGTTGATGAGGTT
GGTTCC

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3GR21TF 768 0 0
CAAGCTAGGAATACTAATCGCTGAAACTCCACTTGTTGTTGAGTTGTCTTT*GCAGAAGA
AGGTGGCTTAGCGGTAGCAGCAGTAGCAGCAGCAACAAAAGGCTTAGGAGTAGAGGAAGG
TGGAGACGGTGGCTCGTCATATTCGTAATCATCATCACCAGGAGGTTGTACAGGAAGTGG
TGAAGATGAAGAACCATGATCTTTAGGACCTTCGGGATCCATGATAGATATGTAACTACT
AATATGAAGCACCGAGATGTTATATGGATGTGTCGCAACAGAGTCTATAAGCTTAGAGTC
AAGGCCGGATCCACGAACCGCAGATCCGAACATAATGTCACCGTTGTTCATAACGGTTGC
GTTCACGAACCCTTGCAGGCCTTTAGCTTGACCGCTTGCTTGGAAGAGAGTGGTGAGTAT
CACTGATTTTATGCTTCTGAGTTTCTTGATGTCGTAGTAGTCTAGAACGATGTGGAGGCC
GAGGCTTTTCTTGTTGTCTTCGGTTGATTGGGAGGAAAACATTGTCATTGCGTCGTTGGA
AAGGGCGAGGACGGTTATGGTTTGACGGGAGTTGATGGTGGAAGCGAGTCCGGTTTGGGA
GAGGAGGTTGTTGAAAGTGGAGAACTCATTGTTCTGGTTTAAGATGTTTGTGATGTTGAA
TGAGTTTGATGAAGTGTAGAGGAATGTGGAAGCAAAGAAGAAGAAGAAGAGTGTGAGTGA
AGAATAAGAAGAAGACATTGTAGTGGATTAGTTGATGAGG
CTGGTTCC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3GW65TF 739 0 0
ACTCCACTTGTTGT*GAGT*GTCTTT*GCAGAAGAAGGTGGCTTAGCGGTAGCAGCAGTA
GCAGCAGCAACAAAAGGCTTAGTAGTAGAGGAAGGTGGAGACGGTGGCTCGTCATATTCG
TAATCATCATCACCAGGAGGTTGTACAGGAAGTGGTGAAGATGAAGAACCATGATCTTTA
GGACCTTCGGGGTCCATGATAGATATGTAACTACTAATATGAAGCACCGAGATGTTATAT
GGATGTGTCGCAACAGAGTCTATAAGCTTAGAGTCGAGGCCGGATCCACGAACCGCAGAT
CCGAACATAATGTCACCGTTGTTCATAACGGTTGCGTTCACGAACCCTTGCAGGCCTTTA
GCTTGACCGCTTGCTTGGAAGAGAGTGGTGAGTATCACTGATTTTATGCTTCTGAGTTTC
TTGATGTCGTAGTAGTCTAGAACGATGTGGAGGCCGAGGCTTTTCTTGTTGTCTTCGGTT
GATTGGGAGGAAAACATTGTCATTGCGTCGTTGGAAAGGGCGAGGACGGTTATGGTTTGA
CGGGAGTTGATGGTGGAAGCGAGTCCGGTTTGGGAGAGGAGGTTGTTGAAAGTGGAGAAC
TCATTGTTCTGGTTTAAGATGTTTGTGATGTTGAATGAGTTTGATGAAGTGTAGAGGAAT
GTGGAAGCAAAGAAGAAGAAGAAGAGTGTGAGTGAAGAATAAGAAGAAGACATTGTAGTG
GATTAGTTGATGAGG
TTCC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3AN12TF 729 0 0
TGAGTTGTCTTTTGCAGAAGAAGGTGGCTTAGCGATAGCAGCAGTAGCAGCAGCAACAAA
AGGCTTAGTAGTAGAGGAAGGTGGAGACGGTGGCTCGTCATATTCGTAATCATCATCACC
AGGAGGTTGTACAGGAAGTGGTGAAGATGAAGAACCATGATCTTTAGGACCTTCGGGATC
CATGATAGATATGTAACTACTAATATGAAGCACCGAGATGTTATATGGATGTGTCGCAAC
AGAGTCTATAAGCTTAGAGTCAAGGCCGGGTCCACGAACCGCAGATCCGAACATAATGTC
ACCGTTGTTCATAACGGTTGCGTTCACGAACCCTTGCAGGCCTTTAGCTTGACCGCTTGC
TTGGAAGAGAGTGGTGAGTATCACTGATTTTATGCTTCTGAGTTTCTTGATGTCGTAGTA
GTCTAGAACGATGTGGAGGCCGAGGCTTTTCTTGTTGTCTTCGGTTGATTGGGGGGAAAA
CATTGTCATTGCGTCGTTGGAAAGGGCGAGGACGGTTATGGTTTGACGGGAGTTGATGGT
GGAAGCGAGTCGGGTTTGGGAGAGGAGGTTGTTGAAAGTGGAGAACTCATTGTTCTGGTT
TAAGATGTTTGTGATGTTGAATGAGTTTGATGAAGTGTAGAGGAATGTGGAAGCAAAGAA
GAAGAAGAAGAGTGTGAGTGAAGAATAAGAAGAAGACATTGTAGTGGATTAGTTGATGAG
GTTGGTTCC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 2 8

CO CL847Contig1 649 2 3 U
GGAGTGGAGAAGGAAATATCCAAATCGATCCGTTTAAAAAAAGGGATTTCGAATTTTTTC
CGGAGCTATGTCGAGTGCTGCTGTGGACGCGACGGGTAACCCGATCCCTACATCTGCAGT
GTTGACTGCGTCGGCGAAGCATATAGGTTTAAGATGTATGCCTGAGAACGTTGCGTTCCT
CAAATGCAAGAAGAATGATCCTAACCCCGAGAAGTGTCTCGACAAGGGTCGTGACGTCAC
TCGCTGCGTGCTTGGCTTGCTGAAGGATCTACACCAGAAGTGCCAGAAGGAGATGGATGA
CTATGTTGGGTGTATGTATTACTACACCAACGAGTTTGATCTGTGTAGGAAAGAGCAAGA
AGCCTTCGAGAAAGTGTGCCCCCTGAAGTGAGAAGAATCACATGCTATTGTCATGTTTTT
TTTTTTTTAATTTGTAATCTCTTAATAAAGAAAAATGTTCATTTTTGAATGAGCTTTACT
CTCTACTTCTTTTTGTTTTTGTCATCACCATTTTTTTTTTCCTCTTAAATGTTTTCAAAG
ACAAGGAAATGACTTTCACTGTTTGAAGGTTCTTTAAGCAGCACAGAATGAATTTCCGGA
TAAATAATCTTTTGTTTATGAGCTTTATCAGTTGTCGCTTCAAGTGTTC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FA83TF U 1
AF RR3FA83JQ C 1
BS 1 2 RR3FA83JQ
BS 3 577 RR3FA83TF
BS 578 649 RR3FA83JQ

RD RR3FA83TF 593 0 0
GG
AGTGGAGAAGGAAATATCCAAATCGATCCGTTTAAAAAAAGGGATTTCGAATTTTTTCCG
GAGCTATGTCGAGTGCTGCTGTGGACGCGACGGGTAACCCGATCCCTACATCTGCAGTGT
TGACTGCGTCGGCGAAGCATATAGGTTTAAGATGTATGCCTGAGAACGTTGCGTTCCTCA
AATGCAAGAAGAATGATCCTAACCCCGAGAAGTGTCTCGACAAGGGTCGTGACGTCACTC
GCTGCGTGCTTGGCTTGCTGAAGGATCTACACCAGAAGTGCCAGAAGGAGATGGATGACT
ATGTTGGGTGTATGTATTACTACACCAACGAGTTTGATCTGTGTAGGAAAGAGCAAGAAG
CCTTCGAGAAAGTGTGCCCCCTGAAGTGAGAAGAATCACATGCTATTGTCATGTTTTTTT
TTTTTTAATTTGTAATCTCTTAATAAAGAAAAATGTTCATTTTTGAATGAGCTTTACTCT
CTACTTCTTTTTGTTTTTGTCATCACCATTTTTTTTTTCCTCTTAAATGTTTTCAAAGAC
AAGGAAATGACTTTCACTGTTTGAAGGTTCTTTAA
GCAGCACAGAATGAAT

QA 3 577 3 577
DS 

RD RR3FA83JQ 649 0 0
GGAGTGGAGAAGGAAATATCCAAATCGATCCGTTTAAAAAAAGGGATTTCGAATTTTTTC
CGGAGCTATGTCGAGTGCTGCTGTGGACGCGACGGGTAACCCGATCCCTACATCTGCAGT
GTTGACTGCGTCGGCGAAGCATATAGGTTTAAGATGTATGCCTGAGAACGTTGCGTTCCT
CAAATGCAAGAAGAATGATCCTAACCCCGAGAAGTGTCTCGACAAGGGTCGTGACGTCAC
TCGCTGCGTGCTTGGCTTGCTGAAGGATTTACACCAGAAGTGCCAGAAGGAGATGGATGA
CTATGTTGGGTGTATGTATTACTACACCAACGAGTTTGATCTGTGTAGGAAAGAGCAAGA
AGCCTTCGAGAAAGTGTGCCCCCTGAAGTGAGAAGAATCACATGCTATTGTCATGTTTTT
TTTTTTTTAATTTGTAATCTCTTAATAAAGAAAAATGTTCATTTTTGAATGAGCTTTACT
CTCTACTTCTTTTTGTTTTTGTCATCACCATTTTTTTTTTCCTCTTAAATGTTTTCAAAG
ACAAGGAAATGACTTTCACTGTTTGAAGGTTCTTTAAGCAGCACAGAATGAATTTCCGGA
TAAATAATCTTTTGTTTATGAGCTTTATCAGTTGTCGCTTCAAGTGTTC

QA 1 649 1 649
DS 



CO CL847Contig2 632 6 6 U
GCTCATAAACAAAGATTATTTATCCGGAAATTCATTACGTCCCGACTAAAGAACCTTCAA
ACAATGAAAGTCACTTCCATGTCTTTGAAAACATTTGAGAGGGAAAAAA*TGGTGATGAC
AACAATAAAAAAGTAGAGAGTAAAGCTCATTCAAAAATGAACATTTTTCTTTATTAAGAG
ATTACAAAGTAAAAAAAAAA*CATGAGAATAGCCTGTGATTCTTCTCACTTCAGGGGACA
CACTTTCTCGAAGGCTTCTTGCTCTTTCCTACACAGATCAAACTCGTTCGTGTAGTAATA
CATACACCCAACATAGTCATCCATCTCCTTCTGGCACTTCTGGTGTAGATCCTTCAGCAA
GCCAAGCACGCAGCGAGTGACGTCACGACCCTTGTCGAGACACTTCTCGGGGTTAGGATC
ATTCTTCTTGCATTTGAGGAACGCAACGTTCTCAGGCATACATCTTAAACCTATATGCTT
CGCCGAAGCAGTCAACACTGCCGATGTAGGGATCGGGTTACCCGTCGCGTCCACCGCACT
CGACATAGCTCCGGAAAAAATTCGAAATCCCTTTTTTTTAACGGATCGATTTGGATATTT
CCTTCTCCACTGAAGTTACAAACGCGAAATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CR77JQ U 24
AF RR3CR77TF C 24
AF RR3GM37JQ U 1
AF RR3GG51TF C 99
AF RR3GM37TF C 1
AF RR3GG51JQ U 352
BS 1 233 RR3GM37JQ
BS 234 234 RR3CR77JQ
BS 235 531 RR3GM37JQ
BS 532 532 RR3CR77JQ
BS 533 625 RR3GM37JQ
BS 626 632 RR3GG51JQ

RD RR3CR77JQ 537 0 0
CCGGAAATTCATTACGTCTCGATTAAAGAACCTTCAAACAATGAAAGTCACTTCCATGTC
TTTGAAAACATTTGAGAGGGAAAAAAATGGTGATGACAACAATAAAAAAGTAGAGAGTAA
AGCTCATTCAAAAATGAACATTTTTCTTTATTAAGAGATTACAAAGTAAAAAAAAAA*CA
TGAGAATAGCCTGTGATTCTTCTCACTTCAGGGGACACACTTTCTCGAAGGCTTCTTGCT
CTTTCCTACACAGATCAAACTCGTTCGTGTAGTAATACATACACCCAACATAGTCATCCA
TCTCCTTCTGGCACTTCTGGTGTAGATCCTTCAGCAAGCCAAGCACGCAGCGAGTGACGT
CACGACCCTTGTCGAGACACTTCTCGGGGTTAGGATCATTCTTCTTGCATTTGAGGAACG
CAACGTTCTCAGGCATACATCTTAAACCTATATGCTTCGCCGAAGCAGTCAACACTGCCG
ATGTAGGGATCGGGTTACCCGTCGCGTCCACCGCACTCGACATAGCTCCGGAAAAAA

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR3CR77TF 537 0 0
CCGGAAATTCATTACGTCTCGATTAAAGAACCTTCAAACAATGAAAGTCACTTCCATGTC
TTTGAAAACATTTGAGAGGGAAAAAAATGGTGATGACAACAATAAAAAAGTAGAGAGTAA
AGCTCATTCAAAAATGAACATTTTTCTTTATTAAGAGATTACAAAGTAAAAAAAAAA*CA
TGAGAATAGCCTGTGATTCTTCTCACTTCAGGGGACACACTTTCTCGAAGGCTTCTTGCT
CTTTCCTACACAGATCAAACTCGTTCGTGTAGTAATACATACACCCAACATAGTCATCCA
TCTCCTTCTGGCACTTCTGGTGTAGATCCTTCAGCAAGCCAAGCACGCAGCGAGTGACGT
CACGACCCTTGTCGAGACACTTCTCGGGGTTAGGATCATTCTTCTTGCATTTGAGGAACG
CAACGTTCTCAGGCATACATCTTAAACCTATATGCTTCGCCGAAGCAGTCAACACTGCCG
ATGTAGGGATCGGGTTACCCGTCGCGTCCACCGCACTCGACATAGCTCCGGAAAAAA

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR3GM37JQ 627 0 0
GCTCATAAACAAAGATTATTTATCCGGAAATTCATTACGTCCCGACTAAAGAACCTTCAA
ACAATGAAAGTCACTTCCATGTCTTTGAAAACATTTGAGAGGGAAAAAA*TGGTGATGAC
AACAATAAAAAAGTAGAGAGTAAAGCTCATTCAAAAATGAACATTTTTCTTTATTAAGAG
ATTACAAAGTAAAAAAAAAA*CATGAGAATAGCCTGTGATTCTTCTCACTTCAAGGGACA
CACTTTCTCGAAGGCTTCTTGCTCTTTCCTACACAGATCAAACTCGTTCGTGTAGTAATA
CATACACCCAACATAGTCATCCATCTCCTTCTGGCACTTCTGGTGTAGATCCTTCAGCAA
GCCAAGCACGCAGCGAGTGACGTCACGACCCTTGTCGAGACACTTCTCGGGGTTAGGATC
ATTCTTCTTGCATTTGAGGAACGCAACGTTCTCAGGCATACATCTTAAACCTATATGCTT
CGCCGAAGCAGTCAACACTGCCGATGTAGGGATCGGGTTACCCGTCGCGTCTACCGCACT
CGACATAGCTCCGGAAAAAATTCGAAATCCCTTTTTTTTAACGGATCGATTTGGATATTT
CCTTCTCCACTGAAGTTACAAACGC
CC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3GG51TF 527 0 0
GGGG
AAAAAAA*TGGTGATGACAACAATAAAAAAGTAGAGAGTAAAGCTCATTCAAAAATGAAC
ATTTTTCTTTATTAAGAGATTACAAAGTAAAAAAAAAAACATGAGAATAGCCCGTGATTC
TTCTCACTTCAGGGGACACACTTTCTCGAAGGCTTCTTGCTCTTTCCTACACAGATCAAA
CTCGTTCGTGTAGTAATACATACACCCAACATAGTCATCCATCTCCTTCTGGCACTTCTG
GTGTAGATCCTTCAGCAAGCCAAGCACGCAGCGAGTGACGTCACGACCCTTGTCGAGACA
CTTCTCGGGGTTAGGATCATTCTTCTTGCATTTGAGGAACGCAACGTTCTCAGGCATACA
TCTTAAACCTATATGCTTCGCCGAAGCAGTCAACACTGCCGATGTAGGGATCGAGTTACC
CGTCGCGTCCACCGCACTCGACATAGCTCCGGAAAA**TTCGAAATCCCTTTTTTTTAAC
GGATCGATTTGGATATTTCCTTCTCCACTGAAGTTACAAACGC

QA 5 527 5 527
DS 

RD RR3GM37TF 627 0 0
GCTCATAAACAAAGATTATTTATCCGGAAATTCATTACGTCCCGACTAAAGAACCTTCAA
ACAATGAAAGTCACTTCCATGTCTTTGAAAACATTTGAGAGGGAAAAAA*TGGTGATGAC
AACAATAAAAAAGTAGAGAGTAAAGCTCATTCAAAAATGAACATTTTTCTTTATTAAGAG
ATTACAAAGTAAAAAAAAAA*CATGAGAATAGCCTGTGATTCTTCTCACTTCAAGGGACA
CACTTTCTCGAAGGCTTCTTGCTCTTTCCTACACAGATCAAACTCGTTCGTGTAGTAATA
CATACACCCAACATAGTCATCCATCTCCTTCTGGCACTTCTGGTGTAGATCCTTCAGCAA
GCCAAGCACGCAGCGAGTGACGTCACGACCCTTGTCGAGACACTTCTCGGGGTTAGGATC
ATTCTTCTTGCATTTGAGGAACGCAACGTTCTCAGGCATACATCTTAAACCTATATGCTT
CGCCGAAGCAGTCAACACTGCCGATGTAGGGATCGGGTTACCCGTCGCGTCTACCGCACT
CGACATAGCTCCGGAAAAAATTCGAAATCCCTTTTTTTTAACGGATCGATTTGGATATTT
CCTTCTCCACTGAAGTTACAAACGC
CC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3GG51JQ 281 0 0
CTTCAGCAAGCCAAGCACGCAGCGAGTGACGTCACGACCCTTGTCGAGACACTTCTCGGG
GTTAGGATCATTCTTCTTGCATTTGAGGAACGCAACGTTCTCAGGCATACATCTTAAACC
TATATGCTTCGCCGAAGCAGTCAACACTGCCGATGTAGGGATCGAGTTACCCGTCGCGTC
CACCGCACTCGACATAGCTCCGGAAAA**TTCGAAATCCCTTTTTTTTAACGGATCGATT
TGGATATTTTCTTCTCCACTGAAGTTACAAACGCGAAATCC

QA 1 281 1 281
DS 



AS 2 7

CO CL848Contig1 855 3 7 U
GAGAAAAAAGTTTCTTTTTTTTTCTAATTTAGAAACAAAATGTTCAATAATAATTTTTAC
CGTTTTACAAAATCTTTACAACATTGAAAAGCTTGAAAATGAAAAGTTTAAGCAGAAGTA
GCTGGTTCTGAAGAAGAAGCTGCTGCTTCAGCTCTCTTCTTTGCAAAGTATTCATCGGCA
CGTGCAAGGTTCTTTGCAACTGAAGGCTTCACCCATTTCTTTCTTCCGGGGAGCACTGTG
AGTGTACAGCCTGAAGCTTCAAGCTTCTCTTTGGCTGATGTTGAGAATGCACGAGCTTTG
AAGTTGAGCTTCACGCTTAGTTCACCAGTACCAAGAATCTTAAGAGGGAGTTTCCTTTCC
CTTCCAGAAGGATTGATCAAACCCTTAAGCTTCAACGTCTCAAGTGACACTTCATCTCCA
TCTTCAAACCCAGCTGTTTCAATGTCTTTGAGATTAACTGGTACGTACTTAGGCAGTCCT
GCACGCATACCTCCGGCGATTCCTCTAAGTTTGGGGAGACGGCGATAAAGAGCGGTTTGA
CCACCTTCAAAACCTCTCATGATTCCAGGACCAGATCGTGACTTCTGACCTCTCATCCCG
AAACCACAGCTCGCTCCTTGTCCTGCAGAGATACCTCTACCTTTTCTCTTCGCCCTCTTC
CTCGAACCAGGCTGTGGTCCCAAATTATCCAGACGGAACCTCTCTGAAGCTGCTGGAGAA
GAAGAAGGAGAAGACGACGACGTTTGGTTGAACACAACAAGGGGTCCCGTTCGACGCTTG
TGGTGGAGTTTCAGAGAAAGAATCTGACGTGGGTTTGCTCCTAATAAGACGCTTACATTT
CCCTTAAATGAAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AR37JQ U 24
AF RR3AR37TF C 24
AF RR3B985JQ U 1
BS 1 108 RR3B985JQ
BS 109 109 RR3AR37JQ
BS 110 615 RR3B985JQ
BS 616 616 RR3AR37JQ
BS 617 736 RR3B985JQ
BS 737 737 RR3AR37TF
BS 738 855 RR3B985JQ

RD RR3AR37JQ 709 0 0
C
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TGAAAAGCTTGAAAATGAAAAGTTTAAGCAGAAGTAGCTGGTTCTGAAGAAGAAGCTGCT
GCTTCAGCTCTCTTCTTTGCAAAGTATTCATCGGCACGTGCAAGGTTCTTTGCAACTGAA
GGCTTCACCCATTTCTTTCTTCCGGGGAGCACTGTGAGTGTACAGCCTGAAGCTTCAAGC
TTCTCTTTGGCTGATGTTGAGAATGCACGAGCTTTGAAGTTGAGCTTCACGCTTAGTTCA
CCAGTACCAAGAATCTTAAGAGGGAGTTTCCTTTCCCTTCCAAAAGGATTGATCAAACCC
TTAAGCTTCAACGTCTCAAGTGACACTTCATCTCCATCTTCAAACCCAGCTGTTTCAATG
TCTTTGAGATTAACTGGTACGTACTTAGGCAGTCCTGCACGCATACCTCCGGCGATTCCT
CTAAGTTTGGGGAGACGGCGATAAAGAGCGGTTTGACCACCTTCAAAACCTCTCATGATT
CCAGGACCAGATCGTGACTTCTGACCTCTCATCCCGAAACCACAGCTCGCTCCTTGTCCT
GCAGAGATACCTCTACCTTTTCTCTTCGCCCTCTTCCTCGAACCAGGCTGTGGTCCCAAA
TTATCCAGACGGAACCTCTCTGAAGCTGCTGGAGAAGAAGAAGGAGAA

QA 2 709 2 709
DS 

RD RR3AR37TF 744 0 0
C
TAATTTAGAAACAAAATGTTCAATAATAATTTTTACCGTTTTACAAAATCTTTACAACAT
TGAAAAGCTTGAAAATGAAAAGTTTAAGCAGAAGTAGCTGGTTCTGAAGAAGAAGCTGCT
GCTTCAGCTCTCTTCTTTGCAAAGTATTCATCGGCACGTGCAAGGTTCTTTGCAACTGAA
GGCTTCACCCATTTCTTTCTTCCGGGGAGCACTGTGAGTGTACAGCCTGAAGCTTCAAGC
TTCTCTTTGGCTGATGTTGAGAATGCACGAGCTTTGAAGTTGAGCTTCACGCTTAGTTCA
CCAGTACCAAGAATCTTAAGAGGGAGTTTCCTTTCCCTTCCAGAAGGATTGATCAAACCC
TTAAGCTTCAACGTCTCAAGTGACACTTCATCTCCATCTTCAAACCCAGCTGTTTCAATG
TCTTTGAGATTAACTGGTACGTACTTAGGCAGTCCTGCACGCATACCTCCGGCGATTCCT
CTAAGTTTGGGGAGACGGCGATAAAGAGCGGTTTGACCACCTTCAAAACCTCTCATGATT
CCAGGACCAGATCGTGACTTCTGACCTCTCATCCCGAAACCACAGCTCGCTCCTTGTCCT
GCAGAGATACCTCTACCTTTTCTCTTCGCCCTCTTCCTCGAACCAGGCTGTGGTCCCAAA
TTATCCAGACGGAACCTCTCTGAAGCTGCTGGAGAAGAAGAAGGAGAAGACGACGACGTT
TGGTTGAACACAACAAGGGGT
CC

QA 2 742 2 742
DS 

RD RR3B985JQ 855 0 0
GAGAAAAAAGTTTCTTTTTTTTTCTAATTTAGAAACAAAATGTTCAATAATAATTTTTAC
CGTTTTACAAAATCTTTACAACATTGAAAAGCTTGAAAATGAAAAGTT*AAGCAGAAGTA
GCTGGTTCTGAAGAAGAAGCTGCTGCTTCAGCTCTCTTCTTTGCAAAGTATTCATCGGCA
CGTGCAAGGTTCTTTGCAACTGAAGGCTTCACCCATTTCTTTCTTCCGGGGAGCACTGTG
AGTGTACAGCCTGAAGCTTCAAGCTTCTCTTTGGCTGATGTTGAGAATGCACGAGCTTTG
AAGTTGAGCTTCACGCTTAGTTCACCAGTACCAAGAATCTTAAGAGGGAGTTTCCTTTCC
CTTCCAGAAGGATTGATCAAACCCTTAAGCTTCAACGTCTCAAGTGACACTTCATCTCCA
TCTTCAAACCCAGCTGTTTCAATGTCTTTGAGATTAACTGGTACGTACTTAGGCAGTCCT
GCACGCATACCTCCGGCGATTCCTCTAAGTTTGGGGAGACGGCGATAAAGAGCGGTTTGA
CCACCTTCAAAACCTCTCATGATTCCAGGACCAGATCGTGACTTCTGACCTCTCATCCCG
AAACCACAGCTCGCTTCTTGTCCTGCAGAGATACCTCTACCTTTTCTCTTCGCCCTCTTC
CTCGAACCAGGCTGTGGTCCCAAATTATCCAGACGGAACCTCTCTGAAGCTGCTGGAGAA
GAAGAAGGAGAAGACGTCGACGTTTGGTTGAACACAACAAGGGGTCCCGTTCGACGCTTG
TGGTGGAGTTTCAGAGAAAGAATCTGACGTGGGTTTGCTCCTAATAAGACGCTTACATTT
CCCTTAAATGAAGTG

QA 1 855 1 855
DS 



CO CL848Contig2 979 4 11 U
GGGTCGACCTTATCTTCTAAGCTTTTCATCTGCTGGTGTGCATCCCCCAACATGGCTGCT
CCACTCTCTATCTCAACAAATCCTCCCATCTCCCGCCAATGTCACCGCCCCTGCTTCCCT
TCCACTTCATTTAAGGGAAATGTAAGCGTCTTAGGAGCAAACCCACGTCAGATTCTTTCT
CTGAAACTCCACCACAAGCGTCGAACGCTACCCCTTGTTGTGTTCAACCAAACGTCTTCG
TCTTCTTCTTCTTCTTCCCCAGCAGCATCAGAGAGGTTCCGTCTGGATAATTTGGGACCA
CAACCTGGTTCGAGGAAGAGGGCGAAGAGGAAAGGTAGAGGTATCTCTGCAGGACAAGGA
GCGAGCTGTGGTTTTGGAATGAGAGGTCAGAAGTCACGTTCCGGTCCTGGAATCATGAGA
GGTTTTGAAGGTGGTCAAACCGCTCTTTATCGCCGTCTTCCCAAACTTCGAGGAATCGCC
GGAGGTATGCGTGCAGGATTGCCCAAGTACATACCAGTTAATCTCAAAGACATTGAAACA
GCTGGGTTTGAAGATGGAGATGAAGTGTCACTTGAGACGTTGAAGCTTAAGGGTTTGATC
AATCCTTCTGGAAGGGAAAGGAAACTCCCTCTTAAGATTCTTGGTACTGGAGAACTAAGC
GTGAAGCTCAACTTCAAAGCTCGTGCATTCTCAACATCAGCCAAAGAGAAGCTCGAAGCT
TCAGGTTGTACACTCACAGTGCTGCCCGGAAGAAAGAAATGGGTGAAGCCTTCAGTTGCA
AAGAACCTTGCACGTGCAGATGAATACTTTGCCAAGAAGATAGCTGATGCAGCAACAGCA
GCTTCTTCAGAACCAGCTACTTCTGCTTAAACATGCTCATTTTTCAATCTTTTCAATGTT
GTAAAGGTTTTGTAAAAGGGTAAAAATTATTATTGAACATTTTGTTTCTCAATTAAAGAA
AAAAAGAAGCTTTTTCCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB70TF U 1
AF RR3HB70JQ C 313
AF RR3B923TF U 273
AF RR3B923JQ C 273
BS 1 309 RR3HB70TF
BS 310 310 RR3B923TF
BS 311 344 RR3HB70TF
BS 345 345 RR3B923TF
BS 346 510 RR3HB70TF
BS 511 511 RR3B923TF
BS 512 583 RR3HB70TF
BS 584 584 RR3B923TF
BS 585 610 RR3HB70TF
BS 611 914 RR3B923TF
BS 915 979 RR3B923JQ

RD RR3HB70TF 610 0 0
GGGTCGACCTTATCTTCTAAGCTTTTCATCTGCTGGTGTGCATCCCCCAACATGGCTGCT
CCACTCTCTATCTCAACAAATCCTCCCATCTCCCGCCAATGTCACCGCCCCTGCTTCCCT
TCCACTTCATTTAAGGGAAATGTAAGCGTCTTAGGAGCAAACCCACGTCAGATTCTTTCT
CTGAAACTCCACCACAAGCGTCGAACGCTACCCCTTGTTGTGTTCAACCAAACGTCTTCG
TCTTCTTCTTCTTCTTCCCCAGCAGCATCAGAGAGGTTCCGTCTGGATAATTTGGGACCA
CAACCTGGTCCGAGGAAGAGGGCGAAGAGGAAAGGTAGAGGTATTTCTGCAGGACAAGGA
GCGAGCTGTGGTTTTGGAATGAGAGGTCAGAAGTCACGTTCCGGTCCTGGAATCATGAGA
GGTTTTGAAGGTGGTCAAACCGCTCTTTATCGCCGTCTTCCCAAACTTCGAGGAATCGCC
GGAGGTATGCGTGCAGGATTGCCCAAGTACGTACCAGTTAATCTCAAAGACATTGAAACA
GCTGGGTTTGAAGATGGAGATGAAGTGTCACTTGAGACGTTGAGGCTTAAGGGTTTGATC
AATCCTTCTG

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3HB70JQ 624 0 0
AGGAAGAGGGCGAAGAGGAAAGGTAGAGGTATCTCTGCAGGACAAGGAGCGAGCTGTGGT
TTTGGAATGAGAGGTCAGAAGTCACGTTCCGGTCCTGGAATCATGAGAGGTTTTGAAGGT
GGTCAAACCGCTCTTTATCGCCGTCTTCCCAAACTTCGAGGAATCGCCGGAGGTATGCGT
GCAGGATTGCCCAAGTACGTACCAGTTAATCTCAAAGACATTGAAACAGCTGGGTTTGAA
GATGGAGATGAAGTGTCACTTGAGACGTTGAGGCTTAAGGGTTTGATCAATCCTTCTGGA
AGGGAAAGGAAACTCCCTCTTAAGATTCTTGGTACTGGAGAACTAAGCGTGAAGCTCAAC
TTCAAAGCTCGTGCATTCTCAACATCAGCCAAAGAGAAGCTCGAAGCTTCAGGTTGTACA
CTCACAGTTCTGCCCGGAAGAAAGAAATGGGTGAAGCCTTCAGTTGCAAAGAACCTTGCA
CGTGCAGATGAATACTTTGCCAAGAAGAGAGCTGATGCAGCAACGGCAGCTTCTTCAGAA
CCAGCTACTTCTGCTTAAACATGCTCATTTTTCAATCTTTTCAATGTTGTAAAGGTTTTG
TAAAAGGGTAAAAATTATTATTGA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3B923TF 642 0 0
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AGGTAGAGGTATCTCTGCAGGACAAGGAGCGAGCTGTGGTTTTGGAATGAGAGGTCAGAA
GTCACGTTCCGGTCCTGGAATCATGAGAGGTTTTGAAGGTGGTCAAACCGCTCTTTATCG
CCGTCTTCCCAAACTTCGAGGAATCGCCGGAGGTATGCGTGCAGGATTGCCCAAGTACAT
ACCAGTTAATCTCAAAGACATTGAAACAGCTGGGTTTGAAGATGGAGATGAAGTGTCACT
TGAGACGTTGAAGCTTAAGGGTTTGATCAATCCTTCTGGAAGGGAAAGGAAACTCCCTCT
TAAGATTCTTGGTACTGGAGAACTAAGCGTGAAGCTCAACTTCAAAGCTCGTGCATTCTC
AACATCAGCCAAAGAGAAGCTCGAAGCTTCAGGTTGTACACTCACAGTGCTGCCCGGAAG
AAAGAAATGGGTGAAGCCTTCAGTTGCAAAGAACCTTGCACGTGCAGATGAATACTTTGC
CAAGAAGATAGCTGATGCAGCAACAGCAGCTTCTTCAGAACCAGCTACTTCTGCTTAAAC
ATGCTCATTTTTCAATCTTTTCAATGTTGTAAAGGTTTTGTA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3B923JQ 707 0 0
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AGGTAGAGGTATCTCTGCAGGACAAGGAGCGAGCTGTGGTTTTGGAATGAGAGGTCAGAA
GTCACGTTCCGGTCCTGGAATCATGAGAGGTTTTGAAGGTGGTCAAACCGCTCTTTATCG
CCGTCTTCCCAAACTTCGAGGAATCGCCGGAGGTATGCGTGCAGGATTGCCCAAGTACAT
ACCAGTTAATCTCAAAGACATTGAAACAGCTGGGTTTGAAGATGGAGATGAAGTGTCACT
TGAGACGTTGAAGCTTAAGGGTTTGATCAATCCTTCTGGAAGGGAAAGGAAACTCCCTCT
TAAGATTCTTGGTACTGGAGAACTAAGCGTGAAGCTCAACTTCAAAGCTCGTGCATTCTC
AACATCAGCCAAAGAGAAGCTCGAAGCTTCAGGTTGTACACTCACAGTGCTGCCCGGAAG
AAAGAAATGGGTGAAGCCTTCAGTTGCAAAGAACCTTGCACGTGCAGATGAATACTTTGC
CAAGAAGATAGCTGATGCAGCAACAGCAGCTTCTTCAGAACCAGCTACTTCTGCTTAAAC
ATGCTCATTTTTCAATCTTTTCAATGTTGTAAAGGTTTTGTAAAAGGGTAAAAATTATTA
TTGAACATTTTGTTTCTCAATTAAAGAAAAAAAGAAGCTTTTTCCCG

QA 1 707 1 707
DS 



AS 2 7

CO CL849Contig1 765 3 3 U
GGGGAAAAGAGTCATATTCGAAGAAAACATAATATATTCACCCTCTCTGCGTCTCCTTTC
AGCAGTAATCTCGTCTTGATTCAGCCATGGCTAATGCGGCGTCGGGAATGGCAGTCCATG
ATGACTGCAAGCTAAGGTTTCTGGAACTGAAGGCGAAGAGGACACACCTTTTCATTGTTT
ACAAAATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTCGAGAAGGTTGGTGAACCTATTCAAA
CCTATGAGGACTTTGCTGCTAGCCTTCCTGCTGAAGAGTGCCGATATGCCATTTATGACT
TTGATTTTGTCACTGCCGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATTGCATGGTGTC
CTGACGTGGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATATATGCGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGC
GTGAACTTGATGGAATTCAATTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACTGAGATGGATCTTG
ATGTTTTCAAAAGCCGTGTCAATTAAAAAAACAAATATCTCTCTCTCTCTC**TTTGAAT
AAGCTTCTTTGGCTCTTACAGTTTCCTGTGACTGTTATAAAAACATGACGCCCTTTATTC
TATCTATCTGGTCTTGTCTTCTGTGTCTTTGTTACCCAACAGTGTTTCATCTATTTGAAA
ATTATCTCATGTTTGTGCTGTGTGTTTGCATCATTTGTGTAAAGATGATTCGTTTGAGCG
TCCTTTGTTCGCTTTGTTACATGGTGGATAAAATGCTAAAGATAC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP57JQ C 1
AF RR3CP57TF U 1
AF RR3CS91TF U 6
BS 1 1 RR3CP57JQ
BS 2 666 RR3CP57TF
BS 667 765 RR3CS91TF

RD RR3CP57JQ 668 0 0
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GTGAACTTGATGGAATTCAATTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACTGAGATGGATCTTG
ATGTTTTCAAAAGCCGTGTCAATTAAAAAAACAAATATCTCTCTCTCTCTC**TTTGAAT
AAGCTTCTTTGGCTCTTACAGTTTCCTGTGACTGTTATAAAAACATGACGCCCTTTATTC
TATCTATCTGGTCTTGTCTTCTGTGTCTTTGTTACCCAACAGTGTTTCATCTATTTGAAA
ATTATC
CC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3CP57TF 674 0 0
G
GGGAAAAGAGTCATATTCGAAGAAAACATAATATATTCACCCTCTCTGCGTCTCCTTTCA
GCAGTAATCTCGTCTTGATTCAGCCATGGCTAATGCGGCGTCGGGAATGGCAGTCCATGA
TGACTGCAAGCTAAGGTTTCTGGAACTGAAGGCGAAGAGGACACACCTTTTCATTGTTTA
CAAAATCGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTCGAGAAGGTTGGTGAACCTATTCAAAC
CTATGAGGACTTTGCTGCTAGCCTTCCTGCTGAAGAGTGCCGATATGCCATTTATGACTT
TGATTTTGTCACTGCCGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATTGCATGGTGTCC
TGACGTGGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATATATGCGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCG
TGAACTTGATGGAATTCAATTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACTGAGATGGATCTTGA
TGTTTTCAAAAGCCGTGTCAATTAAAAAAACAAATATCTCTCTCTCTCTC**TTTGAATA
AGCTTCTTTGGCTCTTACAGTTTCCTGTGACTGTTATAAAAACATGACGCCCTTTATTCT
ATCTATCTGGTCTTGTCTTCTGTGTCTTTGTTACCCAACAGTGTTTCATCTATTTGAAAA
TTATC
CCAAAAAA

QA 2 666 2 666
DS 

RD RR3CS91TF 760 0 0
GG
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ATCTCGTCTTGATTCAGCCATGGCTAATGCGGCGTCGGGAATGGCAGTCCATGATGACTG
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CGAGGAGAAGCAGAAGCAAGTGGTTGTCGAGAAGGTTGGTGAACCTATTCAAACCTATGA
GGACTTTGCTGCTAGCCTTCCTGCTGAAGAGTGCCGATATGCCATTTATGACTTTGATTT
TGTCACTGCCGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATTGCATGGTGTCCTGACGT
GGCAAAGGTGAGAAGCAAGATGATATATGCGAGCTCCAAGGACAGGTTCAAGCGTGAACT
TGATGGAATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACTGAGATGGATCTTGATGTTTT
CAAAAGCCGTGTCAATTAAAAAAACAAATATCTCTCTCTCTCTCTCTTTGAATAAGCTTC
TTTGGCTCTTACAGTTTCCTGTGACTGTTATAAAAACATGACGCCCTTTATTCTATCTAT
CTGGTCTTGTCTTCTGTGTCTTTGTTGCCCAACAGTGTTTCATCTATTTGAAAATTATCT
CATGTTTGTGCTGTGTGTTTGCATCATTTGTGTAAAGATGATTCGTTTGAGCGTCCTTTG
TTCGCTTTGTTACATGGTGGATAAAATGCTAAAGATAC

QA 3 760 3 760
DS 



CO CL849Contig2 822 4 10 U
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CGCTCAGAGGAATTATCATTACACAAAGGATGCAAACACACAGCACAAACTTGAGATAAT
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ATTCAAAGAGAGAGAGAGAGAGATATTTGTTTTTTAATTGACACGGCTCTTGAAAACATC
GAGATCCATCTCAGTTGGATCGGTTGCTTGAAGCTCCACTTGAATTCCATCAAGTTCACG
CTTGAACCTGTCCTTGGAGCTCGCATAGATCATCTTGCTTCTCACCCTTGCTACGTCAGG
ACACCATGCAATGAAGAAAATCTTGCTCTTCTGGCAATTCTCCGCAGTGACAAAATCGAA
ATCATAAATGGCATATCGGCACTCTTCAGCAGGAAGACTAGCAGCAAAGTCCTCGTAGGT
TTGAATAGGTTCACCAACCTTCTCAACAACCACTTGCTTCTGCTTCTCCTCGATCTTGTA
AACAATGAAACGGTGTGTCCTCTTCGCCTTCAGTTCGAGAAACCTTAGCTTGCAGTAATC
ATGGACTGCCATTCCCGACGCCGCATTAGCCATGGCTGGATCAAGACGCTATCAGAGATG
ATTACTGCTGAAAGGAGACGCAGAGAGGGTGAATATATGTTTTCTTCGAATATGACTCTT
TTCCCTTTTCTTCGGCGTTATTTGGAAGCTATATAATCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FF58JQ U 1
AF RR3FF58TF C 124
AF RR3BJ16JQ U 126
AF RR3BJ16TF C 129
BS 1 406 RR3FF58JQ
BS 407 407 RR3BJ16JQ
BS 408 435 RR3FF58JQ
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BS 437 656 RR3FF58JQ
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BS 771 780 RR3FF58JQ
BS 781 822 RR3BJ16JQ

RD RR3FF58JQ 780 0 0
CCTCAATCAGTAGTATTCTTTTAGCATATTTATCCACCATGTAACAAAGCGAACAAAGGA
CGCTCAGAGGAATTATCATTACACAAAGGATGCAAACACACAGCACAAACTTGAGATAAT
TTTCAAATAGACGAAACACTGTTGGGTAACAAAGACACAGAGGACAAGACCAGATAGATA
GAATAAAGGGCGTTATGTTTTTATAACAGTAACAGGAAACTGTAAGAGCCAAAGAAGCTT
ATTCAAAGAGAGAGAGAGAGAGATATTTGTTTTTTAATTGACACGGCTCTTGAAAACATC
GAGATCCATCTCAGTTGGATCGGTTGCTTGAAGCTCCACTTGAATTCCATCAAGTTCACG
CTTGAACCTGTCCTTGGAGCTCGCATAGATCATCTTGCTTCTCACCTTTGCTACGTCAGG
ACACCATGCAATGAAAAAAATCTTGCTCTTCTGGCAATTCTCCGCAGTGACAAAATCGAA
ATCATAAATGGCATATCGGCACTCTTCAGCAGGAAGACTAGCAGCAAAGTCCTCGTAGGT
TTGAATAGGTTCACCAACCTTCTCAACAACCACTTGCTTCTGCTTCTCCTCGATCTTGTA
AACAATGAAACGGTGTGTCCTCTTCGCCTTCAGTTCGAGAAACCTTAGCTTGCAGTCATC
ATGGACTGCCATTCCCGACGCCGCATTAGCCATGGCTGGATCAAGACGCTATCAGAGATG
ATTACTGCTGAAAGGAGACGCAGAGAGGGTGAATATATGTTTTCTTCGA*TATGACTCTT

QA 1 780 1 780
DS 

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TAAAGGGCGTTATGTTTTTATAACAGTAACAGGAAACTGTAAGAGCCAAAGAAGCTTATT
CAAAGAGAGAGAGAGAGAGATATTTGTTTTTTAATTGACACGGCTCTTGAAAACATCGAG
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GAACCTGTCCTTGGAGCTCGCATAGATCATCTTGCTTCTCACCTTTGCTACGTCAGGACA
CCATGCAATGAAGAAAATCTTGCTCTTCTGGCAATTCTCCGCAGTGACAAAATCGAAATC
ATAAATGGCATATCGGCACTCTTCAGCAGGAAGACTAGCAGCAAAGTCCTCGTAGGTTTG
AATAGGTTCACCAACCTTCTCAACAACCACTTGCTTCTGCTTCTCCTCGATCTTGTAAAC
AATGAAACGGTGTGTCCTCTTCGCCTTCAGTTCGAGAAACCTTAGCTTGCAGTCATCATG
GACTGCCATTCCCGACGCCGCATTAGCCATGGCTGGATCAAGACGCTATCAGAGATGATT
ACTGCTGAAAGGAGACGCAGAGAGGGTGAATATATGTTTTCTTCGAATATGACTCTT
TCC

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DS 

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TTTG
GACGAAACACTGTTGGGTAACAAAGACACAGAGGACAAGACCAGATAGATAGAATAAAGG
GCGTTATGTTTTTATAACAGTCACAGGAAACTGTAAGAGCCAAAGAAGCTTATTCAAAGA
GAGAGAGAGAGAGATATTTGTTTTTTAATTGACACGGCTTTTGAAAACATCGAGATCCAT
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GTCCTTGGAGCTCGCATAGATCATCTTGCTTCTCACCCTTGCTACGTCAGGACACCATGC
AATGAAGAAAATCTTGCTCTTCTGGCAATTCTCCGCAGTGACAAAATCGAAATCATAAAT
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ACGGTGTGTCCTCTTCGCCTTCAGTTCGAGAAACCTTAGCTTGCAGTAATCATGGACTGC
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GAAAGGAGACGCAGAGAGGGTGAATATATGTTTTCTTCGAATATGACTCTTTTCCCTTTT
CTTCGGCGTTATTTGGAAGCTATATAATCCTCC

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DS 

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G
GACGAAACACTGTTGGGTAACAAAGACACAGAGGACAAGACCAGATAGATAGAATAAAGG
GCGTTATGTTTTTATAACAGTCACAGGAAACTGTAAGAGCCAAAGAAGCTTATTCAAAGA
GAGAGAGAGAGAGATATTTGTTTTTTAATTGACACGGCTTTTGAAAACATCGAGATCCAT
CTCAGTTGGATCGGTTGCTTGAAGCTCCACTTGAATTCCATCAAGTTCACGCTTGAACCT
GTCCTTGGAGCTCGCATAGATCATCTTGCTTCTCACCCTTGCTACGTCAGGACACCATGC
AATGAAGAAAATCTTGCTCTTCTGGCAATTCTCCGCAGTGACAAAATCGAAATCATAAAT
GGCATATCGGCACTCTTCAGCAGGAAGGCTAGCAGCAAAGTCCTCGTAGGTTTGAATAGG
TTCACCAACCTTCTCAACAACCACTTGCTTCTGCTTCTCCTCGATCTTGTAAACAATGAA
ACGGTGTGTCCTCTTCGCCTTCAGTTCGAGAAACCTTAGCTTGCAGTAATCATGGACTGC
CATTCCCGACGCCGCATTAGCCATGGCTGGATCAAGACGCTATCAGAGATGATTACTGCT
GAAAGGAGACGCAGAGAGGGTGAATATATGTTTTCTTCGAATATGACTCTTTTCCCTTTT
CTTCGGCGTTATTTGGAAGCTATATAATCCTCC

QA 2 694 2 694
DS 



AS 1 8

CO CL850Contig1 1602 8 32 U
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AGGCATGAAATAACAAAAACATTCAGGTTTCCAAGTGAGACTTGCCGGTTTTTTTTTTTT
TGAGAGAGAAATTAAAA*GCCTATTTTCACGAATTTACACAAATTGTATTCAAACAAAAC
AAAAACAAATGAAATAGTGAGTGATATGATGAAGCGTGGGATCAGATTTGGAGGATATCA
AATCAATAGGGGTTGTTCCTGTGAGGAGTTTGAGGAGCAGAGCGAGGAGGATTGAGCAGA
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CTTGCATCAACGCACTGCTTCACCTTGTCTTCACTCAGTTTAGGAGTTGCCCATGTAACG
AGACTCTGTTGTCCTCGGGGTAAGGTATGATCAACTGGTTTACGACCTGTGAGGAGCTCT
AGCAGAACAACCCCAAAACTATACACATCACTCTTTGTGCTCAATGTTCCTGTCATTGCA
TACTCTGGAGCATGATAACCGAAGGTTCCCAACACACGAGTTGAGTGAAGGCGAGCAGCC
ATGTCAGGGGCTTGGTTGGAGAGATCGAAATCAGCAATCTTAGCAACATCATCGTCAAAC
AGAAGAACATTGCTGGATTTGATGTCTCGGTGGACAACATGAGGGTTCGCCTTCTCATGC
AAGTACTCCAGTCCCCTAGCCGCACCAACCGCTATTTTAACTCTCTGGTTCCACGACAGA
ACAGGTC*AGGCTGTGCTCCTTTCACTCCTTTCCTACCATGAAGAATATCATGAAGAGAG
CCATTAGGAGCAAACTCATAAGCGAGCACACGGAGTGGGCCATCAACGCCATATCCCAAA
AGTGCAACAACATTGTCTTGTCGCAATCTCGAAACCATTGATACCTGGGCGAGAAACTCT
TGATCAGGTTGCTTACTGGAATCAAGTTTCTTAATGGCAGCAGCCTTGCCGCTTCTAAGA
ACACCGTAGAACACTCTTCCATAAGAGCCCTCACCAATCAAGGACTTTGAACCATAGTTA
TCGGTTATGTCCTTCAGCTCATCAGCTGGAATGGCCGGCACAGAGATGGGCTGCATCTGA
ATGACTGGCGTGTTCTTTGGCGGGTCTGTCCTTGCATGGTGAACTCCACCGTGACCTGCT
GCGCCGTAGACAGGCTTAGGACCAGTTTCAGCAACTCTACGAAAATCGTCACCACCACAA
CAACCAAAGCAGCTCATTACGCTCTTCTCTCACAACACAAACCACACTTTTTCCAAAACA
AAAGAGAGAGAGAGAAGACTGAGTGTGGTTGAATCTTCTTCCGATGAAAGGAGAAGAAGA
AGGGTAGGGAGGATTTTGACTACATCTTCTTATACGTATGGTTGGTGGCGAAGCTTTAGG
CTTAAGAAGGCAGAAGGCAGACTTTTCTTCCCGGCGGAAATTTCTTATTAAAGGTGTTTG
GAGCAGATGCGCACGATAGCTTACTTCTTCTTCCAAGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH77JQ U 312
AF RR3C293JQ U 1
AF RR3A344JQ U 305
AF RR3AZ54JQ U 122
AF RR3AZ54TF C 122
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BS 1 137 RR3C293JQ
BS 138 138 RR3AZ54JQ
BS 139 279 RR3C293JQ
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BS 300 307 RR3C293JQ
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RD RR3BH77JQ 151 0 0
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TACAGTAGCCAGCTTGGCAACAGCCTTGGGAGGATATTCTCCGTTTAGTCTTGCATCAAC
GCACTGCTTCACCTTGTCTTCACTCAGTTTA

QA 1 151 1 151
DS 

RD RR3C293JQ 649 0 0
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AGGCATGAAATAACAAAAACATTCAGGTTTCCAAGTGAGACTTGCCGGTTTTTTTTTTTT
TGAGAGAGAAATTAAAAAGCCTATTTTCACGAATTTACACAAATTGTATTCAAACAAAAC
AAAAACAAATGAAATAGTGAGTGATATGATGAAGCGTGGGATCAGATTTGGAGGATATCA
AATCAATAGGGGTTGTTCCTGTGAGGAGTTTGAGGAGCAAAACGAGGAGGATTGAGCAAA
GGCTGAAAAGCCTTCACCACTATGCTCATGTTTGGCCTGAAGTCTGCCTCATATTGTACA
CATAGCGCAGCTACAGCAGCCAGCTTGGCAACAGCCTTGGGAGGATATTCTCCGTTTAGT
CTTGCATCAACGCACTGCTTCACCTTGTCTTCACTAAGTTTAGGAGTTGCCCACGTAACG
AGACTCTGTTGTCCTCGGGGTAAGGTATGATCAACTGGTTTACGACCTGTGAGGAGCTCT
AGCAAAACAACCCCAAAACTATACACATCACTCTTTGTGCTCAATGTTCCTGTCATTGCA
TACTCTGGAGCATGATAACCGAAGGTTCCCAACACACGAGTTGAGTGAA

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3A344JQ 350 0 0
GAAA
AGCCTTCACCACTATGCTCATGTTTGGCCTGAAGTCTGCCTCATATTGTACACATAGCGC
AACTACAGCAGCCAGCTTGGCAACAGCCTTGGGAGGATATTCTCCGTTTAGTCTTGCATC
AACGCACTGCTTCACCTTGTCTTCACTCAGTTTAGGAGTTGCCCATGTAACGAGACTCTG
TTGTCCTCGGGGTAAGGTATGATCAACTGGTTTACGACCTGTGAGGAGCTCTAGCAAAAC
AACCCCAAAACTATACACATCACTCTTTGTGCTCAATGTTCCTGTCATTGCATACTCTGG
AGCATGATAACCGAAGGTTCCCAACACACGAGTTGAGTGAA
GGCGA

QA 5 345 5 345
DS 

RD RR3AZ54JQ 734 0 0
GAGAGAGAAATTAAAA*GCCTATTTTCACGAATTTACACAAATTGTATTCAAACAAAACA
AAAACAAATGAAATAGTGAGTGATATGATGAAGCGTGGGATCAGATTTGGAGGATATCAA
ATCAATAGGGGTTGTTCCTGTGAGGAGTTTGAGGAGCAGAGCGAGGAGGATTGAGCAGAG
GCTGAAGAGCCTTCACCACTATGCTCATGTTTGGCCTGAAGTCTGCCTCATATTGTACAC
ATAGCGCAGCTACAGCAGCCAGCTTGGCAACAGCCTTGGGAGGATATTCTCCGTTTAGTC
TTGCATCAACGCACTGCTTCACCTTGTCTTCACTCAGTTTAGGAGTTGCCCATGTAACGA
GACTCTGTTGTCCTCGGGGTAAGGTATGATCAACTGGTTTACGACCTGTGAGGAGCTCTA
GCAGAACAACCCCAAAACTATACACATCACTCTTTGTGCTCAATGTTCCTGTCATTGCAT
ACTCTGGAGCATGATAACCGAAGGTTCCCAACACACGAGTTGAGTGAAGGCGAGCAGCCA
TGTCAGGGGCTTGGTTGGAGAGATCGAAATCAGCAATCTTAGCAACATCATCGTCAAACA
GAAGAACATTGCTGGATTTGATGTCTCGGTGGACAACATGAGGGTTCGCCTTCTCATGCA
AGTACTCCAGTCCCCTAGCCGCACCAACCGCTATTTTAACTCTCTGGTTCCACGACAGAA
CAGGTC
CAGGCTGC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3AZ54TF 734 0 0
GAGAGAGAAATTAAAA*GCCTATTTTCACGAATTTACACAAATTGTATTCAAACAAAACA
AAAACAAATGAAATAGTGAGTGATATGATGAAGCGTGGGATCAGATTTGGAGGATATCAA
ATCAATAGGGGTTGTTCCTGTGAGGAGTTTGAGGAGCAGAGCGAGGAGGATTGAGCAGAG
GCTGAAGAGCCTTCACCACTATGCTCATGTTTGGCCTGAAGTCTGCCTCATATTGTACAC
ATAGCGCAGCTACAGCAGCCAGCTTGGCAACAGCCTTGGGAGGATATTCTCCGTTTAGTC
TTGCATCAACGCACTGCTTCACCTTGTCTTCACTCAGTTTAGGAGTTGCCCATGTAACGA
GACTCTGTTGTCCTCGGGGTAAGGTATGATCAACTGGTTTACGACCTGTGAGGAGCTCTA
GCAGAACAACCCCAAAACTATACACATCACTCTTTGTGCTCAATGTTCCTGTCATTGCAT
ACTCTGGAGCATGATAACCGAAGGTTCCCAACACACGAGTTGAGTGAAGGCGAGCAGCCA
TGTCAGGGGCTTGGTTGGAGAGATCGAAATCAGCAATCTTAGCAACATCATCGTCAAACA
GAAGAACATTGCTGGATTTGATGTCTCGGTGGACAACATGAGGGTTCGCCTTCTCATGCA
AGTACTCCAGTCCCCTAGCCGCACCAACCGCTATTTTAACTCTCTGGTTCCACGACAGAA
CAGGTC
CAGGCTCC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3C293TF 769 0 0
AGTGAAGGCGAGCAGCCATGTCAGGGGCTTGGTTGGAGAGATCGAAATCAGCAATCTTAG
CAACATCATCGTCAAACAGAAGAACATTGCTGGATTTGATGTCTCGGTGGACAACATGAG
GGTTCGCCTTCTCATGCAAGTACTCCAGTCCCCTAGCCGCACCAACCGCTATTTTAACTC
TCTGGTTCCACGACAGAACAGGTCCAGGCTGTGCTCCTTTCACTCCTTTCCTACCATGAA
GAATATCATGAAGAGAGCCATTAGGAGCAAACTCATAAGCGAGCACACGGAGTGGGCCAT
CAACGCAATATCCCAAAAGTGCAACAACATTGTCTTGTCGCAATCTCGAAACCATTGATA
CCTGGGCGAGAAACTCTTGATCAGGTTGCTTACTGGAATCAAGTTTCTTAATGGCAGCAG
CCTTGCCGCTTCTAAGAACACCGTAGAACACTCTTCCATAAGAGCCCTCACCAATCAAGG
ACTTTGAACCATAGTTATCGGTTATGTCCTTCAGCTCATCAGCTGGAATGGCCGTCACAG
AGATGGGCTGCATCTGAATGACTGGCGTGTTCTTTGGCGGGTCTGTCCTTGCGTGGTGAA
CTCCACCGTGACCTGCTGCGCCGTAGACAGGCTTAGGACCAGTTTCAGCAACTCTACGAA
AATCGTCACCACC*CAACAACCAAAGCAGCTCATTACGCTCTTCTCTCACAACACAAACC
ACACTTTTTCCAAAACAAAAGAGAGAGAGAGAAGACTGAGTGTGGTT
CC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3A344TF 837 0 0
TGTCTCGGTGGACAACATGAGGGTTCGC*TTCTCATGCAAGTACTCCAGTCCCCTAGCCG
CACCAACCGCTATTT*AACTCTCTGGTTCCACGACAGAACAGGTC*AGGCTGTGCTCCTT
TCACTCCTTTC*TACCATGAAGAATATCATGAAGAGAGCCATTAGGAGCAAACTCATAAG
CGAGCACACGGAGTGGGCCATCAACGCCATATCCCAAAAGTGCAACAACATTGTCTTGTC
GCAATCTCGAAACCATTGATACCTGGGCGAGAAACTCTTGATCAGGTTGCTTACTGGAAT
CAAGTTTCTTAATGGCAGCAGCCTTGCCGCTTCTAAGAACACCGTAGAACACTCTTCCAT
AAGAGCCCTCACCAATCAAGGACTTTGAACCATAGTTATCGGTTATGTCCTTCAGCTCAT
CAGCTGGAATGGCCGGCACAGAGATGGGCTGCATCTGAATGACTGGCGTGTTCTTTGGCG
GGTCTGTCCTTGCATGGTGAACTCCACCGTGACCTGCTGCGCCGTAGACAGGCTTAGGAC
CAGTTTCAGCAACTCTACGAAAATCGTCACCACCACAACAACCAAAGCAGCTCATTACGC
TCTTCTCTCACAACACAAACCACACTTTTTCCAAAACAAAAGAGAGAGAGAGAAGACTGA
GTGTGGTTGAATCTTCTTCCGATGAAAGGAGAAGAAGAAGGGTAGGGAGGATTTTGACTA
TATCTTCTTATACGTATGGTTGGTGGCGAAGCTTTAGGCTTAAGAAGGCAGAAGGCAGAC
TTTTCTTCCCGGCGGAAATTTCTTATTAAAGGTGTTTGGAGCAGATGCGCACGAT
CC

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR3BH77TF 790 0 0
CTATTTT
ACTCTCTGGTTCCACGACAGAACAGGTC*AGGCTGTGCTCCTTTCACTCCTTTCCTACCA
TGAAGAATATCATGAAGAGAGCCATTAGGAGCAAACTCATAAGCGAGCACACGGAGTGGG
CCATCAACGCCATATCCCAAAAGTGCAACAACATTGTCTTGTCGCAATCTCGAAACCATT
GATACCTGGGCGAGAAACTCTTGATCAGGTTGCTTACTGGAATCAAGTTTCTTAATGGCA
GCAGCCTTGCCGATTCTAAGAACACCGTAGAACACTCTTCCATAAGAGCCCTCACCAATC
AAGGACTTTGAACCATAGTTATCGGTTATGTCCTTCAGCTCATCAGCTGGAATGGCCGGC
ACAGAGATGGGCTGCATCTGAATGACTGGCGTGTTCTTTGGCGGGTCTGTCCTTGCATGG
TGAACTCCACCGTGACCTGCTGCGCCGTAGACAGGCTTAGGACCAGTTTCAGCAACTCTA
CGAAAATCGTCACCACCACAACAACCAAAGCAGCTCATTACGCTCTTCTCTCACAACACA
AACCACACTTTTTCCAAAACAAAAGAGAGAGAGAGAAGACTGAGTGTGGTTGAATCTTCT
TCCGATGAAAGGAGAAGAAGAAGGGTAGGGAGGATTTTGACTACATCTTCTTATACGTAT
GGTTGGTGGCGAAGCTTTAGGCTTAAGAAGGCAGAGGGCAGACTTTTCTTCCCGGCGGAA
ATTTCTTATTAAAGGTGTTTGGAGCAGATGCGCACGATAGCTTACTTCTTCTTCCAAGTT
CCC

QA 8 790 8 790
DS 



AS 1 8

CO CL851Contig1 534 8 6 U
GGCTCTCGCTTATTGCTGCCGTCGCTACTACTCTCATTTGCCGTTGTCTTGAGATTCTTG
CGAAGATGGTTCTACAAAACGACATCGATCTCCTAAACCCACCAGCAGAGCTTGAGAAGA
GGAAGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTTCAATCTCCCAACTCATTCTTCATGGATGTGAAAT
GCCAAGGCTGCTTCAACATCACTACTGTTTTCAGTCACTCGCAGACTGTTGTGGTGTGTG
GAAACTGCCAGACAGTTCTGTGCCAGCCTACAGGAGGAAAGGCTAGGCTCACCGAAGGAT
GCTCTTTCAGGAAAAAGTGAGAGATTGATTTTGAAGCTTGAAGCAATCATCAAATCACTC
AAGGCCGGTTTCTTTTTTGTTCTATGATATTATGAATCTTGCTTCTGTTTTAAAAAGCAA
CTCAGTTGGAGTTTAGAGTTAAGAAACCTTTGTTGATGTTTGGATTTTAAGGTTATTACT
ATTTTGAAGGTTCTTTGCTTGGATATTGCCACTTTGATCACAATGAAACTACTT


BQ
10 10 10 30 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 25 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 20 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 
50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CQ80JQ C 1
AF RR3GR78JQ C 2
AF RR3GR78TF U 2
AF RR3FH45JQ C 3
AF RR3FJ36JQ C 59
AF RR3FH45TF U 7
AF RR3FJ36TF U 28
AF RR3CQ80TF U 1
BS 1 3 RR3CQ80JQ
BS 4 452 RR3GR78TF
BS 453 453 RR3FH45TF
BS 454 490 RR3GR78TF
BS 491 504 RR3FH45TF
BS 505 534 RR3CQ80TF

RD RR3CQ80JQ 534 0 0
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CGAAGATGGTTCTACAAAACGACATCGATCTCCTAAACCCACCAGCAGAGCTCGAGAAGA
GGAAGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTTCAATCTCCCAACTCATTCTTCATGGATGTGAAAT
GCCAAGGCTGCTTCAACATCACTACTGTTTTCAGTCACTCGCAGACTGTTGTGGTGTGTG
GAAACTGCCAGACAGTTCTGTGCCAGCCTACAGGAGGAAAGGCTAGGCTCACCGAAGGAT
GCTCTTTCAGGAAAAAGTGAGAGATTGATTTTGAAGCTTGAAGCAACCATCAAATCACTC
AAGGCCGGTTTCTTTTTTGTTCTATGATATTATGAATCTTGCTTCTGTTTTAAAAAGCAA
CTCAGTTGGAGTTTAGAGTTAAGAAACCTTTGTTGATGTTTGGATTTTAAGGTTATTACT
ATTTTGAGGGTTCTTTGCTTGGATATTGCCACTTTGATCACAATGAAACTACTT

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR3GR78JQ 489 0 0
GG
TCTCGCTTATTGCTGCCGTCGCTACTACTCTCATTTGCCGTTGTCTTGAGATTCTTGCGA
AGATGGTTCTACAAAACGACATCGATCTCCTAAACCCACCAGCAGAGCTTGAGAAGAGGA
AGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTTCAATCTCCCAACTCATTCTTCATGGATGTGAAATGCC
AAGGCTGCTTCAACATCACTACTGTTTTCAGTCACTCGCAGACTGTTGTGGTGTGTGGAA
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CTTTCAGGAAAAAGTGAGAGATTGATTTTGAAGCTTGAAGCAATCATCAAATCACTCAAG
GCCGGTTTCTTTTTTGTTCTATGATATTATGAATCTTGCTTCTGTTTTAAAAAGCAACTC
AGTTGGAGTTTAGAGTTAAGAAACCTTTGCTGATGTTTGGATTTTAAGGTTATTACTATT
TTGAAGG

QA 3 489 3 489
DS 

RD RR3GR78TF 489 0 0
GG
TCTCGCTTATTGCTGCCGTCGCTACTACTCTCATTTGCCGTTGTCTTGAGATTCTTGCGA
AGATGGTTCTACAAAACGACATCGATCTCCTAAACCCACCAGCAGAGCTTGAGAAGAGGA
AGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTTCAATCTCCCAACTCATTCTTCATGGATGTGAAATGCC
AAGGCTGCTTCAACATCACTACTGTTTTCAGTCACTCGCAGACTGTTGTGGTGTGTGGAA
ACTGCCAGACAGTTCTGTGCCAGCCTACAGGAGGAAAGGCTAGGCTCACCGAAGGATGCT
CTTTCAGGAAAAAGTGAGAGATTGATTTTGAAGCTTGAAGCAATCATCAAATCACTCAAG
GCCGGTTTCTTTTTTGTTCTATGATATTATGAATCTTGCTTCTGTTTTAAAAAGCAACTC
AGTTGGAGTTTAGAGTTAAGAAACCTTTGCTGATGTTTGGATTTTAAGGTTATTACTATT
TTGAAGG

QA 3 489 3 489
DS 

RD RR3FH45JQ 502 0 0
GG
CTCGCTTATTGCTGCCGTCGCTACTACTCTCATTTGCCGTTGTCTTGAGATTCTTGCGAA
GATGGTTTTACAAAACGACATCGATCTCCTAAACCCACCAGCAGAGCTTGAGAAGAGGAA
GCACAAGCTCAAGCGTCTTGTTCAATCTCCCAACTCATTCTTCATGGATGTGAAATGCCA
AGGCTGCTTCAACATCACTACTGTTTTCAGTCACTCGCAGACTGTTGTGGTGTGTGGAAA
CTGCCAGACAGTTCTGTGCCAGCCTACAGGATGAAAGGCTAGGCTCACCGAAGGATGCTC
TTTCAGGAAAAAGTGAGAGATTGATTTTGAAGCTTGAAGCAATCATCAAATCACTCAAGG
CCGGTTTCTTTTTTGTTCTATGATATTATGAATCTTGCTTCTGTTTTAAAAAGCAACTCA
GTTGGAGTTTAGAGTTAAGAAACCTTTGTTGATGTTTGGATTTTAAGGTTATTACTATTT
TGAAGGTTCTTTGCTTGGAT

QA 3 502 3 502
DS 

RD RR3FJ36JQ 434 0 0
TGG
GAAGATGGTTTTACAAAAAGACATCGATTTCCTAAACCCACCAGCAGAGCTTGAGAAGAG
GAAGCACAAGCTCAAGCGTTTTGTTCAATTTCCCAACTCATTTTTCATGGATGTGAAATG
CCAAGGGTGCTTCAACATCACTACTGTTTTCAGTCACTCGCAGACTGTTGTGGTGTGTGG
AAACTGCCAGACAGTTTTGTGCCAGCCTACAGGAGGAAAGGCTAGGCTCACCGAAGGATG
CTTTTTCAGGAAAAAGTGAGAGATTGATTTTGAAGCTTGAAGCAATCATCAAATCACTCA
AGGCCGGTTTTTTTTTTGTTTTATGATATTATGAATTTTGGTTTTGTTTTAAAAAGCAAC
TCAGTTGGAGTTTAGAGTTAAGAAACCTTTGTTGATGTTTGGATTTTAAGGTTATTAATA
TTTTGAAGGTT

QA 4 434 4 434
DS 

RD RR3FH45TF 498 0 0
CGCTTATTGCTGCCGTCGCTACTACTCTCATTTGCCGTTGTCTTGAGATTCTTGCGAAGA
TGGTTCTACAAAACGACATCGATCTCCTAAACCCACCAGCAGAGCTTGAGAAGAGGAAGC
ACAAGCTCAAGCGTCTTGTTCAATCTCCCAACTCATTCTTCATGGATGTGAAATGCCAAG
GCTGCTTCAACATCACTACTGTTTTCAGTCACTCGCAGACTGTTGTGGTGTGTGGAAACT
GCCAGACAGTTCTGTGCCAGCCTACAGGATGAAAGGCTAGGCTCACCGAAGGATGCTCTT
TCAGGAAAAAGTGAGAGATTGATTTTGAAGCTTGAAGCAATCATCAAATCACTCAAGGCC
GGTTTCTTTTTTGTTCTATGATATTATGAATCTTGCTTCTGTTTTAAAAAGCAACTCAGT
TGGAGTTTAGAGTTAAGAAACCTTTGTTGATGTTTGGATTTTAAGGTTATTACTATTTTG
AAGGTTCTTTGCTTGGAT

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR3FJ36TF 465 0 0
GG
ACTCTCATTTGCCGTTGTCTTGAGATTCTTGCGAAGATGGTTCTACAAAACGACATCGAT
CTCCTAAACCCACCAGCAGAGCTTGAGAAGAGGAAGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTTCAA
TCTCCCAACTCATTCTTCATGGATGTGAAATGCCAAGGCTGCTTCAACATCACTACTGTT
TTCAGTCACTCGCAGACTGTTGTGGTGTGTGGAAACTGCCAGACAGTTCTGTGCCAGCCT
ACAGGAGGAAAGGCTAGGCTCACCGAAGGATGCTCTTTCAGGAAAAAGTGAGAGATTGAT
TTTGAAGCTTGAAGCAATCATCAAATCACTCAAGGCCGGTTTCTTTTTTGTTCTATGATA
TTATGAATCTTGGTTCTGTTTTAAAAAGCAACTCAGTTGGAGTTTAGAGTTAAGAAACCT
TTGTTGATGTTTGGATTTTAAGGTTATTACTATTTTGAAGGTT

QA 3 465 3 465
DS 

RD RR3CQ80TF 534 0 0
GGC
TCTCGCTTATTGCTGCCGTCGCTACTACTCTCATTTGCCGTTGTCTTGAGATTCTTGCGA
AGATGGTTCTACAAAACGACATCGATCTCCTAAACCCACCAGCAGAGCTCGAGAAGAGGA
AGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTTCAATCTCCCAACTCATTCTTCATGGATGTGAAATGCC
AAGGCTGCTTCAACATCACTACTGTTTTCAGTCACTCGCAGACTGTTGTGGTGTGTGGAA
ACTGCCAGACAGTTCTGTGCCAGCCTACAGGAGGAAAGGCTAGGCTCACCGAAGGATGCT
CTTTCAGGAAAAAGTGAGAGATTGATTTTGAAGCTTGAAGCAACCATCAAATCACTCAAG
GCCGGTTTCTTTTTTGTTCTATGATATTATGAATCTTGCTTCTGTTTTAAAAAGCAACTC
AGTTGGAGTTTAGAGTTAAGAAACCTTTGTTGATGTTTGGATTTTAAGGTTATTACTATT
TTGAGGGTTCTTTGCTTGGATATTGCCACTTTGATCACAATGAAACTACTT

QA 4 534 4 534
DS 



AS 1 8

CO CL852Contig1 468 8 7 U
AGGGACACACAACAAATTTTCTTGTAAAAAAA*CATAATCAATTCATTCATATTACTAAA
GATGAAAAAA*TCACTTATATTTTCATTTAATGTTTTAACTCTCCTCATCATTCTTGTAC
TAGTGGCTGGAACGATGGGGCAAGGAAATAAAAATAAAAAGGAGACATGTCCCATATATT
TAGATAACCAACAGCCTGGAAGTTGTAACAACAAGCCAGCTTGCCTAACTGCATGCAAGA
CGAAGACAAAAGGGTTAGGCATGCAACAAGTAACCACTGGGTGCGTTTCAGGAAACAAAT
GCGCATGCTATGTCCCATGTCCAAAATGATCTTAATGTCTAGTTTATTGACAACCAAATT
CATATATACCTATAATAAATTATGATGTGATTCATAGTAATAATTAAATAATTTGTGAAA
TTATGTTATTGTCAAATTATGATAACAATAAAATATGATCATTTGGAG


BQ
10 10 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 20 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 35 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 
50 50 50 50 50 0 50 0 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 20 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 50 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3CY57JQ C 1
AF RR3HB95JQ C 3
AF RR3HB95TF U 3
AF RR3CY57TF U 1
AF RR3EW79TF U 3
AF RR3A706JQ C -4
AF RR3A706TF U -4
AF RR3EW79JQ C 17
BS 1 2 RR3CY57JQ
BS 3 123 RR3HB95TF
BS 124 124 RR3CY57TF
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GATAACCAACAGCCTGGAAGTTGTAACAACAAGCCAGCTTGCCTAACTGCATGCAAGACG
AAGACAAAAGGGTTAGGCATGCAACAAGTAACCACTGGGTGCGTTTCAGGAAACAAATGC
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TATATCCCTATAATAAATTATGATGTGATTCATAGTAAT

QA 1 399 1 399
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AG
GGACACACAACAAATTTTCTTGTAAAAAAA*CATAATCAATTCATTCATATTACTAAAGA
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TATATACTTATAATAAATTATGATGTGATTCATAGTAAT

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AAGACAAAAGGGTTAGGCATGCAT*AAGTAACCACTGGGTGCGTTTCAGGAAACAAATGC
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DS 

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GGGTTCTTT
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ATGCTATATCCCATGTCCAAAATGATCTTAATGTCTAGTTTATTGACAACCAAATTCATA
TATACTTATAATAAATTATGATGTCATTCATAGTAATAATTAAATAATTTGTGAAATTAT
GTTATTGTCAAATTATGATAACAATAAAATATGAT

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DS 

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GGGTTCTTT
ACACACAACAAATTTTCTGGTAAAAAAA*CATAATCAATTCATTCATATTACTAAAGATG
AAAAAAATCACTTATATTTTCATTTAATGTTTTAACTCTCCTTATCATTCTTGTACTAGT
GGCTGGAACGATGGGGCAAGGAAATAAAAATAAAAAGGAAATATGTCCCATATATTTAGA
TAACCAACGGCCTGGAAGTTGTAACAACAAGCCAGCTTGCCTAACTGCATGCAAGACGAA
GACAAAAGGGTTAGGCATGCAACAAGTAACCACTGGGTGCGTTTCAGGAAACAAATGCGC
ATGCTATATCCCATGTCCAAAATGATCTTAATGTCTAGTTTATTGACAACCAAATTCATA
TATACTTATAATAAATTATGATGTCATTCATAGTAATAATTAAATAATTTGTGAAATTAT
GTTATTGTCAAATTATGATAACAATAAAATATGATCATTTGGAG

QA 10 473 10 473
DS 

RD RR3EW79JQ 452 0 0
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AAAAAAACATAATCAATTCATTCATATTACTAAAGATGAAAAAA*TCACTTATATTTTCA
TTTAATGTTTTAACTCTCCTCATCATTCTTGTACTAGTGGCTGGAACGATGGGGCAAGGA
AATAAAAATAAAAAGGAGACATGTCCCATATATTTAGATAACCAACAGCCTGGAAGTTGT
AACAACAAGCCAGCTTGCCTAGCTGCATGCAAGACGAAGACAAAAGGGTTAGGCATGCAT
*AAGTAACCACTGGGTGCGTTTCAGGAAACAAATGCGCATGCTATGTCCCATGTCCAAAA
TGATTTTAATGTTTAGTTTATTGACAACCAAATTCATATATCCCTATAATAAATTATGAT
GTGATTCATAGTAATAATTAAATAATTTGTGAAATTATGTTATTGTCAAATTATGATAAC
AATAAAATATGATCATTTGGAG

QA 11 452 11 452
DS 



AS 1 5

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AAAATGTTCAAAGAAGAAAACAAAACTGAGAAAACCCGGTTCGAACA*ATATATATGTTT
CAGACAATATTTCTTTAGCCAGTAATGTTCTGAGACTTGTTGAGAATGACTCCTTCATAT
TTAACTTGGAACCATTTCATGGCATCATCTTTGGTCACTCTATGCTGGATTCCAACACGA
GCCTTGCATCTTCTACGACGTGCCACACGGTAACCAGGACGCTCAAGAACAACATAGAAG
TCCATACCGTAGATTCCAGTCGACGGGTCATACTTAATACCCAAATCAATATGCTCCTGG
ATACCAAAACCAAAGCAACCAGTGTCGCTAAAGTTCCTTCTCAAGAGCTCATACTCTTTA
ACCTTGAGTCCACTCTCAAGGAGCTGCATTGCCTTGTCTCCCCTGACGGTAACGTAGCAA
GCAATCTTCTCGTTACGTCTGATACCGAAAGAACGAACAGTGTACCGTGCCTTGGAGAAA
ACAGGAGTCTGGCCACTCAATTGTTCCAACACCTTGGAGGCCCTGGTGAGACGATCTCCA
CTCTCACCGACGGAGATGTTGAGAACCAGCTTCTGCACTTTTATGTCCCTCATTGGGTTC
GATAGCTTCTTCTCCGACGCCATTTGGGATTCGGATTGTGATAAAACTCCGGCCGACGGG
AAAGATTGGAACTGAAAGAGATAACGGAGACGCCCGCCGCAAAATATATAAACCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3E402JQ U 88
AF RR3D229JQ U 49
AF RR3F555JQ U 1
AF RR3F555TF C 249
AF RR3D229TF C 49
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RD RR3E402JQ 473 0 0
GG
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DS 

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TTAACTTGGAACCATTTCATGGCATCATCTTTCGTCACTCTATGCTGGATTCCAACACGA
GCCTTGCATCTTCTACGACGTGCCACACGGTAACCAGGACGCTCAAGAACAACATAGAAG
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DS 

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CTTCTCCGACGCCATTTGGGATTCGGATTGTGATAAAACTCCGGCCGACGGGAAAGATTG
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DS 

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ATATATATGTTTCAGACAATATTTCTTTAGCCAGTAATGTTCTGAGACTTGTTGAGAATG
ACTCTTTCATATTTAACTTGGAACCATTTCATGGCATCATCTTTGGTCACTCTATGCTGG
ATTCCAACACGAGCCTTGCATCTTCTACGACGTGCCACACGGTAACCAGGACGCTCAAGA
ACAACATAGAAGTCCATACCGTAGATTCCAGTCGACGGGTCATACTTAATACCCAAATCA
ATATGCTCCTGGATACCAAAACCAAAGCAATCAGTGTCGCTAAAGTTCCTTCTCAAGAGC
TCATACTCTTTAACCTTGAGTCCACTCTCAAGGAGTTGCATTGCCTTGTCTCCCCTGACG
GTAACGTAGCAAGCAATCTTTTCGTTACGTCTGATACCGAAAGAACGAACAGTGTACCGT
GCCTTGGAGAAAACAGGAGTCTGGCCACTCAATTGTTCCAACACCTTGGAGGCTCTGGTG
AGACGATCTCCACTCTCACCGACGGAGATGTTGAGAACCAGCTTCTGCACTTTTATGTCC
CTCATTGGGTTCGATAGCTTCTTCTCCGACGCCATTTGGGATTCGGATTGTGATAAAACT
CCGACCGACGGGAAAGATTGGAACTGAAAGAGATAACGGAGACGCCCGCCGCAAAATATA
TAAACCCTCC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 7

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CAGAGGAAACCTCCTCGAGTGTGAGGATAACTGGAACTGCCAGCTCGAGAACATCACCTA
TACCGCCAAGGATGGGAAGGTATCACAGCTTGAGCATGTCTTCATCCGAGGCAGCAAAGT
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TAAAATCAAGGGAAAGAGCTCAATAGGTCTAGGCAGAGGTAGACCTTCAATGCGAGGCAG
AGGTACTGGGCGTGGGACAGGAGGAAGAGGAGGCGCACCACCTGTGAGGAGATAGATCTT
CGGCTATGAGACAATTCTATTCAGCATCCAGGAGAAGCCAGCCCATCTTCAGCTT*GTCG
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GAACTAGTTCTGTATTTTGTGGGTTACTATTGAACACCATGCTAAAGATTATATAATGTT
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GCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 

AF RR3D236TF U 1
AF RR3AA51TF U 6
AF RR3E471JQ C 43
AF RR3E471TF U 43
AF RR3C008TF U 6
AF RR3D236JQ C 153
AF RR3C008JQ C 66
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BS 82 182 RR3D236TF
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GG
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TTTTTGGTGGATCA
AC

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G
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G

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DS 

RD RR3E471TF 639 0 0
G
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CTGGGGATACCAGTGAAGCTTCTTCACGAGTCGTCGGGTCATACAGTGACGGTGGAGCTG
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CCTTCAATGCGAGGCAGAGGTACTGGGCGTGGGACAGGAGGAAGAGGAGGCGCACCACCT
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CATCTTCAGCTT*GTCGTTTATGCATCTTATGGTACTCTTTAAACTCTCCTACAAGAAGA
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AAAGATTATATAATGTTTCAAGTCTTTTTGGTGGATC
G

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DS 

RD RR3C008TF 719 0 0
GG
GCAGTGAAACAGAAAGAGGCGAAGGAGGTTCAATTAGGGTTTTGTGAATCGCAGCTTCTT
CGGAAAAAAAAAA*CAGCGAAGAGATGAGCAGGAGTCTGGGGATACCAGTGAAGCTTCTT
CACGAGTCGTCGGGTCATACAGTGACGGTGGAGCTGAAGAGCGGTGAGCTGTACAGAGGA
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AAGGATGGAAAGGTATCACAGCTTGAGCATGTCTTCATCCGAGGCAGCAAAGTCAGGTTT
ATAGTGATACCAGACATGCTGAAGAATGCTCCGATGTTCAAGCGAGTAAATGATAAAATC
AAGGGAAAGAGCTCAATAGGTCTAGGCAGAGGTAGACCTTCAATGCGAGGCAGAGGTACT
GGGCGTGGGACAGGAGGAAGAGGAGGCGCACCACCTGTGAGGAGATAGATCTTCGGCTAT
GAGACAATTCTATTCAGCATCCAGGAGAAGCCAGCCCATCTTCAGCTT*GTCGTTTATGC
ATCTTATGGTACTCTTTAAACTCTCCTACAAGAAGAGAACCAGAGAGAGAAAGGAACTAG
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TTTTTGGTGGATCATCTGATGATTGTTGTACCTTCTTTTATAACAGTTTTATTGC
GC

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ATGCTCCGATGTTCAAGCGAGTAAATGATAAAATCAAGGGAAAGAGCTCAATAGGTCTAG
GCAGAGGTAGACCTTCAATGCGAGGCAGAGGTACTGGGCGTGGGACAGGAGGAAGAGGAG
GCGCACCACCTGTGAGGAGATAGATCTTCGGCTATGAGACAATTCTACTCAGCATCCAGG
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CTACAAGAAGAGAACCAGAGAGAGAAAGGAACTAGTTCTGTATTTTGTGGGTTACTATTG
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CC

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DS 

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CTTCGGA
AAAAAAAAACAGCGAAGAGATGAGCAGGAGTCTGGGGATACCAGTGAAGCTTCTTCACGA
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GATACCAGACATGCTGAAGAATGCTCCGATGTTCAAGCGAGTAAATGATAAAATCAAGGG
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TGGGACAGGAGGAAGAGGAGGCGCACCACCTGTGAGGAGATAGATCTTCGGCTATGAGAC
AATTCTATTCAGCATCCAGGAGAAGCCAGCCCATCTTCAGCTT*GTCGTTTATGCATCTT
ATGGTACTCTTTAAACTCTCCTACAAGAAGAGAACCAGAGAGAGAAAGGAACTAGTTCTG
TATTTTGTGGGTTACTATTGAACACCATGCTAAAGATTATATAATGTTTCAAGTCTTTTT
GGTGGATCATCTGATGATTGTTGTACCTTCTTTTATAACAGTTTTATTGCGC

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DS 



AS 2 8

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CCATGAAACACTTTCTTCAAGTACCCTTTCTCTAACCCTAGATTTTCACACAATAGATCC
AACAAATCCTCAGCAAGATTCTCCAATCTCTTCCCAAATCTTTCATGGCCG


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG81JQ U 1
AF RR3AG81TF C 1
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RD RR3AG81JQ 657 0 0
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QA 1 652 1 652
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ACAATTAACCACCAGACATCTTAATTATATCAACAATAATATCAGTCTTGTAACTTATTG
ACGTATACACACACACACCACAACACACGTTTTTGTTTCTTTGCTTTCGCTCAAACTCAA
CTTTGTTTTTAGAAAGTCTCTACGGCTGCTGTTGGGTTCAATTCTGTAACTGCATTTGCA
TTCTTCATTGCCTCGAACCGTGGCTCCTTAGGCTGAAACTTGACCCCAGCATAAAGCTTC
ATGTAGTCATCAAAAACAAAACTCGGGTACTCGGTTTCTTTGCAGACAAGCGATGAAGCT
GGAGAGATCTCAGCATCGCTTCCCGGGTTGTAGAAAGATGCAATGGACATTCTGTTTCCT
TCTTGCTGAGTCACCACACGGTGCATCACACTCTTGTACCTGCCGTTGGTTATAACCTCA
AGTTGGTCACCAAGATTGATGACAATAGAGTGGTTGAGTGGAGGAACATCAATCCAGTCA
CCATCTTTAAGAAGCTGGAGACCACTAACCTTGTCATCTTGAAACAACAAGATGATGCCT
CCTGCATCAGTGTGGGCCCTTAGACCTTTGATCATCACTGGCTTAGGACAAGCTGGATAA
TTGCTCACCTTAGTCCCAAAGGTTGGACCTTTTGTTCCATGAAACACTTTCTTCAAGTAC
CCTTTCTCT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3DI78JQ 779 0 0
G
AACACACCACACTTTAAAACACCATTGACCAACAATTAACCACAAGACATCTTAATTATA
TCAACAATAA**************CTTATTGACGTATACACACAC****CACAACACACA
TTTTTGTTTCTTTGCTTTCTCTCAAACTCAACTTTGTTTTTAGAAAGTCTCTACAGCTGC
TGTTGGGTTCAATTCTGTAACTGCATTTGCATTCTTCATTGCCTCGAACCGTGGCTCCTT
AGGCTGAAACTTGACCCCAGCATAGAGCTTCATGTAGTCATCAAAAACAAAACTCGGGTA
CTCGGTTTCTTTGCAGACAAGCGATGAAGCTGGAGAGATCTCAGCATCGCTTCCCGGGTT
GTAGAAAGATGCAATGGACATTCTGTTTCCTTCTTTCTGAGTCACCACACGGTGCATCAC
ACTCTTGTACCTGCCGTTGGTTATCACCTCAAGTTGGTCACCAAGATTGATGACAATAGA
GTGGTTGAGTGGAGGAACATCAATCCAGTCACCATCTTTAAGAAGCTGGAGACCACTGAC
CTTGTCATCTTGAAACAACAAGATGATGCCTCCTGCATCAGTGTGGGCCCTAAGACCTTT
GATCATCTCTGGCTTAGGACAAGCTGGATAATTGCTCACCTTAGTCCCAAAGGTTGGACC
TTTTGTTCCATGAAACACTTTCTTCAAGTACCCTTTCTCTAATCCTAGATTTTCACACAA
TAGATCCAACAAATCCTCAGCAAGATTCTCCAATCTCTTCCCAAATCTTTCATGGCCG

QA 2 779 2 779
DS 



CO CL855Contig2 652 3 19 U
GGACTCTCACATCAAAACAATCAAACAACACACACAGCTAGCTACTTCAACCAAATACTT
TCAAAGAAGAGAGAGAGAGAGATGGACAAGAACATTAAGTTTCCAGTTGTAGACTTGTCC
AAGCTCATTGGTGAAGAGAGAGACCAAACCATGGCTTTAATCAACAATGCTTGTGAGAAT
TGGGGCTTCTTTGAGATAGTGAACCATGGTTTACCACATGATTTGATGGACAACGTCGAG
AAGATGACAAAGGAACATTACAAGAAATCAATGGAACAAAAGTTCAACGACATGCTCAAG
TCCAAAGGTTTGGAAAATCTTGAGAGAGAAGTTGAGGATGTCGATTGGGAAAGCACTTTC
TACCTTCGTCATCTCCCTCAGTCCAATCTCTACGACATTCCTGATATGTCTGATGAATAC
CGGACGGCTATGAAAGATTTCGGGAAGAGATTGGAGAATCTTGCTGAGGATTTGTTGGAT
CTATTGTGTGAAAATCTAGGGTTAGAGAAAGGGTACTTGAAGAAAGTGTTTCATGGAACA
AAAGGTCCAACCTTTGGGACTAAGGTGAGCAATTATCCAGCTTGTCCTAAGCCAGAGATG
ATCAAAGGTCTAAGGGCCCACACTGATGCAGGAGGAATCATCTTGTTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF47TF U 1
AF RR3DI78TF U 9
AF RR3GK64TF U 93
BS 1 34 RR3EF47TF
BS 35 35 RR3DI78TF
BS 36 86 RR3EF47TF
BS 87 87 RR3DI78TF
BS 88 90 RR3EF47TF
BS 91 91 RR3DI78TF
BS 92 141 RR3EF47TF
BS 142 142 RR3DI78TF
BS 143 448 RR3EF47TF
BS 449 449 RR3DI78TF
BS 450 564 RR3EF47TF
BS 565 565 RR3DI78TF
BS 566 595 RR3EF47TF
BS 596 596 RR3DI78TF
BS 597 603 RR3EF47TF
BS 604 611 RR3DI78TF
BS 612 612 RR3GK64TF
BS 613 630 RR3DI78TF
BS 631 652 RR3GK64TF

RD RR3EF47TF 603 0 0
GGACTCTCACATCAAAACAATCAAACAACACACAGAGCTAGCTACTTCAACCAAATACTT
TCAAAGAAGAGAGAGAGAGAGATGGAGAAGCACATTAAGTTTCCAGTTGTAGACTTGTCC
AAGCTCATTGGTGAAGAGAGATACCAAACCATGGCTTTAATCAACAATGCTTGTGAGAAT
TGGGGCTTCTTTGAGATAGTGAACCATGGTTTACCACATGATTTGATGGACAACGTCGAG
AAGATGACAAAGGAACATTACAAGAAATCAATGGAACAAAAGTTCAACGACATGCTCAAG
TCCAAAGGTTTGGAAAATCTTGAGAGAGAAGTTGAGGATGTCGATTGGGAAAGCACTTTC
TACCTTCGTCATCTCCCTCAGTCCAATCTCTACGACATTCCTGATATGTCTGATGAATAC
CGGACGGCTATGAAAGATTTCGGGAAGATATTGGAGAATCTTGCTGAGGATTTGTTGGAT
CTATTGTGTGAAAATCTAGGGTTAGAGAAAGGGTACTTGAAGAAAGTGTTTCATGGAACA
AAAGGTCCAACCTTTGGGACTAAG*TGAGCAATTATCCAGCTTGTCCTAAGCCAGTGATG
ATC

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3DI78TF 625 0 0
GG
ATCAAAACAATCAAACAACACACACAGCTAGCTACTTCAACCAAATACTTTCAAAGAAGA
GAGAGAGAGA**TGGACAAGAACATTAAGTTTCCAGTTGTAGACTTGTCCAAGCTCATTG
GTGAAGAGAGAGACCAAACCATGGCTTTGATCAACAATGCTTGTGAGAATTGGGGCTTCT
TTGAGATAGTGAACCATGGTTTACCACATGATTTGATGGACAACGTCGAGAAGATGACAA
AGGAGCATTACAAGAAATCAATGGAACAAAAGTTCAACGACATGCTCAAGTCCAAAGGTT
TGGAAAATCTTGAGAGAGAAGTTGAGGATGTCGATTGGGAAAGCACTTTCTACCTTCGTC
ATCTCCCTCAGTCCAATCTCTACGACATTCCTGATATGTCTGATGAATACCGGACGGCCA
TGAAAGATTTTGGGAAGAGATTGGAGAATCTTGCTGAGGATTTGTTGGATCTATTGTGTG
AAAATCTAGGATTAGAGAAAGGGTACTTGAAGAAAGTGTTTCATGGAACAAAAGGTCCAA
CCTTTGGGACTAAGGTGAGCAATTATCCAGCTTGTCCTAAGCCAGAGATGATCAAAGGTC
TTAGGGCCCACACTGATGCA
CGA

QA 3 622 3 622
DS 

RD RR3GK64TF 560 0 0
CATTAAGTTTCCAGTTGTAGACTTGTCCAAGCTCATTGGTGAAGAGAGAGACCAAACCAT
GGCTTTAATCAACAATGCTTGTGAGAATTGGGGCTTCTTTGAGATAGTGAACCATGGTTT
ACCACATGATTTGATGGACAACGTCGAGAAGATGACAAAGGAACATTACAAGAAATCAAT
GGAACAAAAGTTCAACGACATGCTCAAGTCCAAAGGTTTGGAAAATCTTGAGAGAGAAGT
TGAGGATGTCGATTGGGAAAGCACTTTCTACCTTCGTCATCTCCCTCAGTCCAATCTCTA
CGACATTCCTGATATGTCTGATGAATACCGGACGGCTATGAAAGATTTCGGGAAGAGATT
AGAGAATCTTGCTGAGGATTTGTTGGATCTATTGTGTGAAAATCTAGGGTTAGAGAAAGG
GTACTTGAAGAAAGTGTTTCATGGAACAAAAGGTCCAACCTTTGGGACTAAGGTGAGCAA
TTATCCAGCTTGTCCTAAGCCAGAGATGATCAAAGGTCTAAGGGCCCACACTGATGCAGG
AGGAATCATCTTGTTGTTTC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 2 6

CO CL856Contig1 1114 4 4 U
CTTACAGAAAAAGAAAACAATACTTTCATTAGAACAATAGGAGAA*AAAAAATGTATCAA
GAGTCCCATATCAAGTATGCTGGAAGAATGATGTCTTTTTAGATATAGACAATGATGATG
AACTCTAATGTTCTGTTCTGTTCATCTCAACTTCAAAAGTTTCTTT*ACTTCTTTTGACT
CTGTCTCTGCATCAGTTTCATCAACTGTCCTTCCCAGTCAGAAACAGCCTCCTCTCCAGT
TGAAACCTCAAATACCAATCCTGTTGGTGGGATCACGCTTAGTGCTTCAATACATATACG
TGCAGCGTCTTCCTTGCTTAAGCTACCGCTGGCTGCAGCACCCGTGATAAAGTTGAACCC
TT*GGTTCCCTCCAGGACTGTTGTCAAGCTTTGCTGTTCTTATGATTGTATAAGGGACAT
TGGAAGATATAACTGCTTTCTCATCTCCCTCAGCCAGTTTTTTCGCTTTGCTATTCATCA
TAGCTTCAATTCCACCGCTGCTTTCATAAACAGACAACTGAGACAAGAGAACTACATGTT
TTACACCTTTTAAACTCTTGACATTTGATAAGAAACCCTCAGTTGGGGATATGATTGCAC
CAACGCCTCTAAAGGCCTTCTTTAAGAAACGCTCGTCACTTGCATCTCCAGACGTCAACT
CAACATAAGCTCCAAAGGCTTCCATAGCTTTTCGTTTGTCCTTCACAAGTGCTTTGACAC
GAGTCCCTTTCACTATCAGTTGCAGTATAATCATCTGACCAACATCACTGTCTCCGTCCG
TTACAAAAACAGTGTCTTTGTTTCCATCGCCATCGCCTTCTTCTTGTTCCTCTGCTTCAT
CGTCGTCTCCACTTGAAGATCCATCCTTAGGCAAAAGGTCAGGCGCTCCATACCATTTCC
TAAGCTTAGGACCACCTTCGATGTAATCAAGAATCTGATCCACAAAGCTGATTTTCTTCT
TAGCCAAGCAACGAACAAGAGATCGTTTTCCAGGTGTAACCACAAGTCGACATTTAGCTT
CAGAGACTTGATTCGAAGAAGAGAATAGTAACGAAGGTCCTCCTTGAGTGAGGAGAGATG
AAGAAAGAGCCATGTCTGCGGTTGCAAAGATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AGACAA

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GGAA
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TCCTTGCTTAAGCTACCGCTGGCTGCAGCACCCGTGATAAAGTTGAACCCTT*GGTTCCC
TCCAG*ACTGTTGTCAAGCTTTGCTGTTCTTATGATTGTATAAGGGACATTGGAAGATAT
AACTGCTTTCTCATCTCCCTCAGCCAGTTTTTTCGCTTTGCTATTCATCATAGCTTCAAT
TCCACCGCTGCTTTCATAAACAGACAACTGAGACAAGAGAACTACATGTTTTACACCTTT
TAAACTCTTGACATTTGATAAGAAACCCTCAGTTGGGGATATGAT

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AACTCTAATGTTCTGTTCTGTTCATCTCAACTTCAAAAGTTTCTTT*AATTCTTTTGACT
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TT*GGTTCCCTCCAGGACTGTTGTCAAGCTTTGCTGTTCTTATGATTGTATAAGGGACAT
TGGAAGATATAACTGCTTTCTCATCTCCCTCAGCCAGTTTTTTCGCTTTGCTATTCATCA
TAGCTTCAATTCCACCGCTGCTTTCATAAACAGACAACTGAGACAAGAGAACTACATGTT
TTACACCTTTTAAACTCTTGACATTTGATAAGAAACCCTCAGTTGGGGATATGATTGCAC
CAACGCCTCTAAAGGCCTTCTTTAAGAAACGCTCGTCACTTGCATCTCCAGACGTCAACT
CAACATAAGCTCCAAAGGCTTCCATAGCTTTTCGTTTGTCCTTCACAAGTGCTTTGACAC
GAGTCCCTTTCACTATCAGTTGCAGTATAATCATCTGACCAACATCACTGTCTCCGTCCG
TTACAAAAACAGTGTCTTTGTTTCCATCGCCATCGCCTTCTTCTTGTTCCTCTGCTTCAT
CGTCGTCTCCACTTGAAGATCCATCC

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CTGGCTGCAGCACCCGTGATAAAGTTGAACCCTTTGGTTCCCTCCAGGACTGTTGTCAAG
CTTTGCTGTTCTTATGATTGTATAAGGGACATTGGAAGATATAACTGCTTTCTCATCTCC
CTCAGCCAGTTTTTTCGCTTTGCTATTCATCATAGCTTCAATTCCACCGCTGCTTTCATA
AACAGACAACTGAGACAAGAGAACTACATGTTTTACACCTTTTAAACTCTTGACATTTGA
TAAGAAACCCTCAGTTGGGGATATGATTGCACCAACGCCTCTAAAGGCCTTCTTTAAGAA
ACGCTCGTCACTTGCATCTCCAGACGTCAACTCAACATAAGCTCCAAAGGCTTCCATAGC
TTTTCGTTTGTCCTTCACAAGTGCTTTGACACGAGTCCCTTTCACTATCAGTTGCAGTAT
AATCATCTGACCAACATCACTGTCTCCGTCCGTTACAAAAACAGTGTCTTTGTTTCCATC
GCCATCGCCTTCTTCTTGTTCCTCTGCTTCATCGTCGTCTCCACTTGAAGATCCATCCTT
AGGCAAAAGGTCAGGCGCTCCATACCATTTCCTAAGCTTAGGACCACCTTCGATGTAATC
AAGAATCTGATCCACAAAGCTGATTTTCTTCTTAGCCAAGCAACGAACAAGAGATCGTTT
TCCAGGTGTAACCACAAGTCGACATTTAGCTTCAGAGACTTGATTCGAAGAAGAGAATAG
TAACGAAGGTCCTCCTTGAGTGAGGAGAGATGAAGAAAGAGCCATGTCTGCGGTTGCAAA
GATCCC

QA 1 846 1 846
DS 



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CTTGGCTAAGAAGAAAATCAGCTTTGTGGATCAGATTCTTGATTACATCGAAGGTGGTCC
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TTTTGTAACGGACGGAGACAGTGATGTTGGTCAGCTGATGTAGATGATTATACTGCAACT
GATAGTGAAAGGGACTCGTGTCAAAGCACTTGTGAAGGACAAACGAAAAGCTATGGAAGC
CTTTGGAGCTTATGTTGAGTTGACGTCTGGAGATGCAAGTGACGAGCGTTTCTTAAAGAA
GGCCTTTAGAGGCGTTGGTGCAATCATATCCCCAACTGTATATGCTTTTAACCTAAACCC
CCCTTCCATCAATTCCTTGAATCACCAGTTCTGCATTGATCTAAACCATATTAAGCATGA
TGCCATTGGCAGGAGGGTTTCTTATCAAATGTCAAGAGTTTAAAAGGTGTAAAACATGTA
GTTCTCTTGTCTCAGCGGTGGAATTGAAGCTATGATGAATAGCAAAGCGAAAAAACTGGC
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AAAGCTTGACAACAGTCCTGGAGGGAACCAAGGGTTCAACTTTATCACGGGTGCTGCAGC
CAGCGGTAGCTTAAGCAAGGAAGACGCTGCACGTATATGTATTGAAGCACTAAGCGTGAT
CCCACCAACAGGATTGGTATTTGAGGTTTCAACTGGAGAGGAGGCTGTTTCTGACTGGGA
AGGACAGTTGATGAAACTGATGCAGAGACAGAGTCAAAAGAAGTAAAGAAACTTTTGAAG
TTGAGATGGACAGAACAGAACATTAGAGTTCATCATCATTGTCTATATCTAAAAAGACAT
CATTCTTCCAGCATACTTGATATGGGACTCTTGATACATTTTTTTTTTCTCCTATTGTTC
TAATGAAAGTATTGTTTTCTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL39TF U 1
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TAAGCTTAGGAAATGGTATGGAGCGCCTGACCTTTTGCCTAAGGATGGATCTTCAAGTGG
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TTTTGTAACGGACGGAGACAGTGATGTTGGTCAGCTGATGTAGATGATTATACTGCAACT
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CTTTGGAGCTTATGTTGAGTTGACGTCTGGAGATGCAAGTGACGAGCGTTTCTTAAAGAA
GGCCTTTAGAGGCGTTGGTGCAATCATATCCCCAACTGTATATGCTTTTAACCTAAACCC
CCCTTCCATCAATTCCTTGAATCACCAGTTCTGCATTGATCTAAACCATATTAAGCATGA
TGCCATTGGCAGGAGGGTTTCTTATCAAATGTCAAGAGTTTAAAAG*TGTAAAACATGTA
GTTCTCTTGTCTCAGCGGTGGAATTGAAGCTATGATGA*TAGCAA*GCGAAAAA*CTGGC
TGAGG*AGATGAGAAAGCAGTTATATCTTC
TATGC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3GL39JQ 846 0 0
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TGAGTTGACGTCTGGAGATGCAAGTGACGAGCGTTTCTTAAAGAAGGCCTTTAGAGGCGT
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CTTGAATCACCAGTTCTGCATTGATCTAAACCATATTAAGCATGATGCCATTGGCAGGAG
GGTTTCTTATCAAATGTCAAGAGTTTAAAAGGTGTAAAACATGTAGTTCTCTTGTCTCAG
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CTTGATATGGGACTCTTGATACATTTTTTTTTTCTCCTATTGTTCTAATGAAAGTATTGT
TTTCTT

QA 1 846 1 846
DS 



AS 2 5

CO CL857Contig1 819 3 9 U
CACAACTTTTATAGTCCGAGCCAGTTATAATAAGTTGCAAAACAAGAAGAAAGTGATCAC
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TGAATAGTGGCGCATCTCCTAGTTTCTCCCTTCCCTTGAGCTCTGGTAACTCAATCACGC
ATGCACACTCTACTATCTCCACTCCTACTCGCTCGAGTAGTCGGATTGCAGCAGCGAGAG
TACCACCCGTGGCAATGAGGTCATCTATGACGATAGCACGCTCACCAGGCTCTACTGCAC
CTACATGCATCTCCATCGTGTCTGTTCCATACTCCAATGAATACTCCACAGATATAACTT
CCCCAGGTAGCTTCTTGGGCTTCCTCATGGGTACAAACTTGGCACCAATAGCCAAGGCAA
TAGGAGGGCCAAAAATGAAACCTCTTGCTTCAACACCTGCAACAACAGAAATGTCTTTGC
CTTTGTATCGTTCAACAAAAATATCAATAGTATCCCTAAACGCCTCCGTGTCGAGAAGAA
GCGTGGTTATGTCCTGAAACATGATCCCTGGTTTAGGGAAGTCAGGGATGACTCTAATGG
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TTTCACTCTCCCGACTCGCTGCTGCTGTAAATAAACACACACACACGCAAAGGGAATCGG
ACAGAGCACAACCAAAAGGGACGAGCTCAGATGCAACCC


BQ
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AF RR3H051JQ U 1
AF RR3F081JQ U 45
AF RR3F081TF C 218
BS 1 285 RR3H051JQ
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BS 338 597 RR3H051JQ
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BS 684 818 RR3F081JQ
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RD RR3H051JQ 683 0 0
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CATTTTCCTTTTTTTAGGGGCTTATTATTCTTGTTTAGGCAGCATCCGAGGTTACAAGAA
TGAATAGTGGCGCATCTCCTAGTTTCTCCCTTCCCTTGAGCTCTGGTAACTCAATCACGC
ATGCACACTCTACTATCTCCACTCCTACTCGCTCGAGTAGTCGGACTGCAGCAGCGAGAG
TACCACCCGTGGCAATGAGGTCATCTATGACGATAGTACGCTCACCAGGCTCTACTGCAC
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CCCCAGGTAGCTTCTTGGGCTTCCTCATGGGTACAAACTTGGCACCAATAGCCAAGGCAA
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CTTTGTATCGTTCAACAAAAATATCAATAGTATCCCTAAACGCCTCCGTGTCGAGAAAAA
GCGTGGTTATGTCCTGAAACATGATCCCTGGTTTAGGGAAGTCAGGGATGACTCTAATGG
AAGAGGCGATCTTAGGGATTCTC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3F081JQ 774 0 0
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TCCAACAAACCACCCCCATTTTCCTTTTTTTAGGGGCTTATTATTCTTGTTTAGGCAGCA
TCCGAGGTTACAAGAATGAATAGTGGCGCATCTCCTAGTTTCTCCCTTCCCTTGAGCTCT
GGTAACTCAATCACGCATGCACACTCTACTATCTCCACTCCTACTCGCTCGAGTAGTCGG
ATTGCAGCAGCGAGAGTACCACCCGTGGCAATGAGGTCATCTATGACGATAGCACGCTCA
CCAGGCTCTACTGCACCTACATGCATCTCCATCGTGTCTGTTCCATACTCCAATGAATAC
TCCACAGATATAACTTCCCCAGGTAGCTTCTTGGGCTTCCTCATGGGTACAAACTTGGCA
CCAATAGCCAAGGCAATAGGAGGGCCAAAAATGAAACCTCTTGCTTCAACACCTGCAACA
ACAGAAATGTCTTTGCCTTTGTATCGTTCAACAAAAATATCAATAGTATCCCTAAACGCC
TCCGTGTCGAGAAGAAGCGTGGTTATGTCCTGAAACATGATCCCTGGTTTAGGGAAGTCA
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CCTGCTGGTGCCATTATTTCACTCTCCCGACTCGCTGCTGCTGTAAATAAACACACACAC
ACGCAAAGGGAATCGGACAGAGCACAACCAAAAGGGACGAGCTCAGATGCAACC

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3F081TF 602 0 0
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TAGTCGGATTGCAGCAGCGAGAGTACCACCCGTGGCAATGAGGTCATCTATGACGATAGC
ACGCTCACCAGGCTCTACTGCACCTACATGCATCTCCATCGTGTCTGTTCCATACTCCAA
TGAATACTCCACAGATATAACTTCCCCAGGTAGCTTCTTGGGCTTCCTCATGGGTACAAA
CTTGGCACCAATAGCCAAGGCAATAGGAGGGCCAAAAATGAAACCTCTTGCTTCAACACC
TGCAACAACAGAAATGTCTTTGCCTTTGTATCGTTCAACAAAAATATCAATAGTATCCCT
AAACGCCTCCGTGTCGAGAAGAAGCGTGGTTATGTCCTGAAACATGATCCCTGGTTTAGG
GAAGTCAGGGATGACTCTAATGGAAGAGGCGATCTTAGGGATTCTCGGATCCTGTCCATC
TTCTTTACCTGCTGGTGCCATTATTTCACTCTCCCGACTCGCTGCTGCTGTAAATAAACA
CACACACACGCAAAGGGAATCGGACAGAGCACAACCAAAAGGGACGAGCTCAGATGCAAC
CC

QA 1 602 1 602
DS 



CO CL857Contig2 937 2 4 U
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TTTTGTCTTCCTCCACCTGTCCTTAACCACAGTCTTATCTGCCACCGTGTTCCTTCGATC
CGCCTCCCAAGCCATCGTTCTACTTCTACCACATCCCTCCGCCTCTTCAACTGCGCAGCG
AGTCGGGAGAGTGAAATAATGGCACCAGCAGGTAAAGAAGATGGACAGGATCCGAGAATC
CCTAAGATCGCCTCTTCCATTAGAGTCATCCCTGACTTCCCTAAACCAGGGATCATGTTT
CAGGACATAACCACGCTTCTTCTCGACACGGAGGCGTTTAGGGATACTATTGATATTTTT
GTTGAACGATACAAAGGCAAAGACATTTCTGTTGTTGCAGGTGTTGAAGCAAGAGGTTTC
ATTTTTGGCCCTCCTATTGCCTTGGCTATTGGTGCCAAGTTTGTACCCATGAGGAAGCCC
AAGAAGCTACCTGGGGAAGTTATATCTGTGGAGTATTCATTGGAGTATGGAACAGACACG
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ATTGCCACGGGTGGTACTCTCGCTGCTGCAATCCGACTACTCGAGCGAGTAGGAGTGGAG
ATAGTAGAGTGTGCATGCGTGATTGAGTTACCAGAGCTCAAGGGAAGAGAGAAACTAGGA
GAGGCGCCACTATTCATTTTTGTAACCTCGGATGCTGCCTAAACAAGAATAATAAAGCCC
CTAAAAAAAAAAAAAGGAAAATGGGGGTGGTTTGTTGGAGTTTATCAAAATGTGATTTTT
ATTTGTGTTCCTTTGGGATATGATGATCACTTTCTTCTTGTTTTTCAACTTTATCATAAC
TGGCTCGGACTATAAAAATTGTGGCATTCTGGATTTG


BQ
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AF RR3H051TF U 1
AF RR3F564JQ C 422
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CAGGACATAACCACGCTTCTTCTCGACACGGAGGCGTTTAGGGATACTATTGATATTTTT
GTTGAACGATACAAAGGCAAAGACATTTCTGTTGTTGCAGGTGTTGAAGCAAGAGGTTTC
ATTTTTGGCCCTCCTATTGCCTTGGCTATTGGTGCCAAGTTTGTACCCATGAGGAAGCCC
AAGAAGCTACCTGGGGAAGTTATATCTGTGGAGTATTCATTGGAGTATGGAACAGACACG
ATGGAGATGCATGTAGGTGCAGTAGAGCCTGGTGAGCGTACTATCGTCATAGATGACCTC
ATTGCCACGGGTGGTACTCTCGCTGCTGCAGTCCGACTACTCGAGCGAGTAGGAGTGGAG
ATAGTAGAGTGTGCATGCGTGATTGAGTTACC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3F564JQ 516 0 0
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TAGTAGAGTGTGCATGCGTGATTGAGTTACCAGAGCTCAAGGGAAGAGAGAAACTAGGAG
AGGCGCCACTATTCATTTTTGTAACCTCGGATGCTGCCTAAACAAGAATAATAAAGCCCC
TAAAAAAAAAAAAAGGAAAATGGGGGTGGTTTGTTGGAGTTTATCAAAATGTGATTTTTA
TTTGTGTTCCTTTGGGATATGATGATCACTTTCTTCTTGTTTTTCAACTTTATCATAACT
GGCTCGGACTATAAAAATTGTGGCATTCTGGATTTG

QA 1 516 1 516
DS 



AS 2 8

CO CL858Contig1 943 4 2 U
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GGATTTGGTTCTGTACAAATACACAATCAGTGCTCTCCTTTGTGGAGGTTGTGGAGGATA
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GCGATGGTAACCATCTTGCTTCTCTCGAACATCTTCACTAGAAGGATCATGACAATAACA
TGTCCAACTTTGGTTTTGAGCTCATCAAGTGAGCTGATCTTCATCCATTTAGGTCTCTCC
TTCATGGCAAACATTCCGAATAGAGAAGAGGCTTTGAGGGCACGGTCGGATTCAGCAGGG
ACATCAGGAGAGGAGTTGCTGATGAAGAGTCCATACAAACCCATACTAAATATTAGCATA
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TGGATGCCTTTGACACAGTTAGTCCAATAGACTTTATATGCTTCCACGACATAGACGCAC
CCATTGAGGAAGCAGAGTAGCGAACCAGCCAGAGAACCTCCTACTGCCAAGAGCGCCAGG
AACCGGAAATCAAATATGATCCTCTCGACGGTTGATTCGGTGGAGCGAAAGAAGCGAGTA
AATAGGCTGTTATCATCCACAACAACCTTATCGTGATTAGTA**AGGAGATATTTGAGTA
TAGATGTCCGTTGACAACGGGGATCGAGATAGGGCTAGGGGTCGATGATGATGACTCTGG
GGACGATGAGGCAAGAGTTGCTAACGGCAAATGGAAACGGCGCCGCGTGGGGAGCACAAC
GTGATGATTAGGCAGCGAGACCGAGACGGAGAGTCGAGTGGCGGAGACTAATGAGTAGAG
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BQ
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CC

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BQ
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DS 

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G
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QA 2 594 2 594
DS 

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G
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QA 2 594 2 594
DS 

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G
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GGTGTTTCTGCCCGGCGTGT

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TCTGCCCGGCGTGTCCTTTATATGGAAATTCGAGGTCAAGGGGCTATTCCTTTAATTCGT
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G

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DS 

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GCTCGATAGAAATAGTAGATCTAATAGAATCAACAAATGCGGTAGGTTCATTAACAATTC
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TTTTTGCCCTGGTTGATCTCTCTCTGCTGTAATAAAATTTGAAA

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 5

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TACAGCAAGGTGTAGCTTATTTATTCAAATTGCGAAGTATCATATAACAATGACATGATT
CTGCTGCCACCATAATTAGCTCACTGCTAAATAACGCAAATGAGTTTTAAGAGATAAATC
CTTTGCTTTTAAGACTCTCCACACCGTCCTTGATGATATCCTCCATGGAACTGAACTCTA
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CTCTCGGCAACTTGGGGACATTGTAATTAGGATAGAGTTCAGCTACTTTGGCAACAAAAT
CACCGTAGTGAGAGATAGCCTCAACGCACAAGTGTCTTCCTTTCGCAGATGGGTTCTCGT
AGACAAGAATATGAGCTAATGCCACATCCTTGAAATGCACCGAACCCATGAAGAAGTTCT
CGTACGTCTCTGTACACCCCTGAAGGAGGCGTAGAAGCATGAGCATGCTAGCGTTGATCG
ATGGAGGGATGACGGGACCCATGACGGTTCCTGGATTCACCACAACCACATCCAATCCCT
TCTCCTCTGCAAACTCCCAAGCTGCCTTCTCAGCAAGCGTCTTAGAAAGTGGATACCACA
ATCCATTTTGCTTGCAGAAGTCTTGATCAGCCCAAAACTCCTCGTTCTTGATCTTATCAG
CAGGCCAGTTGGGGCTTGGGGTAATCGCCGATATGGAAGACGTCACCACAACTCTCTTCA
CCCCGGCTTCTTTCGCCGCCGTTAGTACATTTAATGTCCCCTTAACCGCTGGATCAAGTA
GTTGCTTCTGAGGATCTTGGACTTCGTCGACGATACAGGGAGATGCGAGGTGGAAAACGC
CGGCACAGCCGTTGACGGCGGCGGAAACAGTGTCGTAGTTCAGTAGATCCATCTCGAACA
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GGAGGTTTTTCACGGTGGCGTGAACGGAGTAGCCGCGGAGGAGGAGCAGATGTACGAGCC
ACGATCCGATGCAGCCACTGGCGCCGGTGACACAGACTACTTCTCGTTCCGTCGACATTG
ATTAGAGATCGTTTTCTCTTCAGTTTTCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G611JQ U 1
AF RR3BK57JQ U 59
AF RR3BR18JQ U 3
AF RR3BR18TF C 371
AF RR3B311TF C 390
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CTGCTGCCACCATAATTAGCTCACTGCTAAATAACGCAAATGAGTTTTAAGAGATAAATC
CTTTGCTTTTAAGACTCTCCACACCGTCCTTGATGATATCCTCCATGGAACTGAACTCTA
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CTCTCGGCAACTTGGGGACATTGTAATTAGGATAGAGTTCAGCTACTTTGGCAACAAAAT
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ATGGAGGGATGACGGGACCCATGACGGTTCCTGGACTCACCACAACCACATCCAATCCCT
TCTCCTCTGCAAACTCCCAAGCTGCCTTCTCAGCAAGCGTCT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3BK57JQ 657 0 0
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TTCTGCTGCCACCATAATTAGCTCACTGCTAAATAACGCAAATGAGTTTTAAGAGATAAA
TCCTTTGCTTTTAAGACTCTCCACACCGTCCTTGATGATATCCTCCATGGAACTGAACTC
TAACCCCAATTCCATCAGCTTCTTCGCTGCGTTCTTAGCTCGGAGTAAACCCGGTTGAGT
CTCTCTCGGCAACTTGGGGACATTGTAATTAGGATAGAGTTCAGCTACTTTGGCAACAAA
ATCACCGTAGTGAGAGATAGCCTCAACGCACAAGTGTCTTCCTTTCGCAAATGGGTTCTC
GTAAACAAGAATATGAGCTAATGCCACATCCTTGAAATGCACCGAACCCATGAAGAAGTT
CTCGTACGTCTCTGTACACCCCTGAAGGAGGCGTAAAAGCATGAGCATGCTAGCGTTGAT
CGATGGAGGGATGACGGGACCCATGACGGTTCCTGGATTCACCACAACCACATCCAACCC
CTTCTCCTCTGCAAACTCCCAAGCTGCCTTCTCAGCAAGCGTCTTAGAAAGTGGATACCA
CAATCCATTTTGCTTGCAGAAGTCTTGATCAGCCCAACACTCCTCGTTCTTGATCTT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3BR18JQ 739 0 0
GG
TAAGAATCTCAGAGCTGATGCATCCAAAGTCAATTAAAAGTAGACGGATCTTTTAGTACA
GCAAGGGGTAGCTTATTTATTCAAATTGCGAAGTATCATATAACAATGACATGATTCTGC
TGCCACCATAATTAGCTCACTGCTAAATAACGCAAATGAGTTTTAAGAGATAAATCCTTT
GCTTTTAAGACTCTCCACACCGTCCTTGATGATATCCTCCATGGAACTGAACTCTAACCC
CAATTCCATCAGCTTCTTCGCTGCGTTCTTAGCTCGGAGTAAACCCGGTTGAGTCTCTCT
CGGCAAATTGGGGACATTGTAATTAGGATAGAGTTCAGCTACTTTGGCAACAAAATCACC
GTAGTGAGAGATAGCCTCAACGCACAAGTGTCTTCCTTTCGCAGATGGGTTCTCGTAGAC
AAGAATATGAGCTAATGCCACATCCTTGAAATGCACCGAACCCATGAAGAAGTTCTCGTA
CGCCTCTGTACACCCCTGAAGGAGGCGTAAAAGCATGAGCATGCTAGCGTTGATCGATGG
AGGGATGACGGGACCCATGACGGTTCCTGGATTCACCACAACCACATCCAATCCCTTCTC
CTCTGCAAACTCCCAAGCTGCCTTCTCAGCAAGCGTCTTAGAAAGTGGATACCACAATCC
ATTTTGCTTGCAGAAGTCTTGATCAGCCCAAAACTCCTCGTTCTTGATCTTATCAGCAGG
CCAGTTGGGGCTTGGGG

QA 3 739 3 739
DS 

RD RR3BR18TF 775 0 0
TGAGAGATAGCTC
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ACATCCTTGAAATGCAC*GAACCCATGAAGAAGTTCTCGTACGCCTCTGTACACCC*TGA
AGGAGGCGTAGAAGCATGAGCATGCTAGCGTTGATCGATGGAGGGATGACGGGACCCATG
ACGGTTCCTGGATTCACCACAACCACATCCAATCCCTTCTCCTCTGCAAACTCCCAAGCT
GCCTTCTCAGCAAGCGTCTTAGAAAGTGGATACCACAATCCATTTTGCTTGCAGAAGTCT
TGATCAGCCCAAAACTCCTCGTTCTTGATCTTATCAGCAGGCCAGTTGGGGCTTGGGGTA
ATCGCCGATATGGAAGACGTCACCACAACTCTCTTCACCCCGGCTTCTTTCGCCGCCGTT
AGTACATTTAATGTCCCCTTAACCGCTGGATCAAGTAGTTGCTTCTGAGGATCTTGGACT
TCGTCGACGATACAGGGAGATGCGAGGTGGAAAACGCCGGCACAGCCGTTGACGGCGGCG
GAAACAGTGTCGTAGTTCAGTAGATCCATCTCGAACAGATGGAGGCGCGTGGATGCACCT
TCGAGAGCTTCCAGATGTTTCGTCTCTTTCTCATCCTGGAGGTTTTTCACGGTGGCGTGA
ACGGAGTAGCCGCGGAGGAGGAGCAGATGTACGAGCCACGATCCGATGCAGCCACTGGCG
CCGGTGACACAGACTACTTCTCGTTCCGTCGACATTGATT
CC

QA 14 773 14 773
DS 

RD RR3B311TF 780 0 0
AAGTGTCTTCCTTTCGCAGATGGGTTCTCGTAGACAAGAATATGAGCTAATGCCACATCC
TTGAAATGCACCGAACCCATGAAGAAGTTCTCGTACGTCTCTGTACACCCCTGAAGGAGG
CGTAGAAGCATGAGCATGCTAGCGTTGATCGATGGAGGGATGACGGGACCCATGACGGTT
CCTGGATTCACCACAACCACATCCAATCCCTTCTCCTCTGCAAACTCCCAAGCTGCCTTC
TCAGCAAGCGTCTTAGAAAGTGGATACCACAATCCATTTTGCTTGCAGAAGTCTTGATCA
GCCCAACACTCCTCGTTCTTGATCTTATCAGCAGGCCAGTTGGGGCTTGGGGTAATCGCC
GATATGGAAGACGTCACCACAACTCTCTTCACCCCGGCTTCTTTCGCCGCCGTTAGTACA
TTTAATGTCCCCTTAACCGCTGGATCAAGTAGTTGCTTCTGAGGATCTTGGACTTCGTCG
ACGATACAGGGAGATGCGAGGTGGAAAATGCCGGCACAGCCGTTGACGGCGGCGGAAACA
GTGTCGTAGTTCAGTAGATCCATCTCGAACAGATGGAGGCGCGTGGATGCACCTTCGAGA
GCTTCCAGATGTTTCGTCTCTTTCTCATCCTGGAGGTTTTTCACGGTGGCGTGAACGGAG
TAGCCGCGGAGGAGGAGCAGATGTACGAGCCACGATCCGATGCAGCCACTGGCGCCGGTG
ACACAGACTACTTCTCGTTCCGTCGACATTGATTAGAGATCGTTTTCTCTTCAGTTTTCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 7

CO CL861Contig1 1244 7 14 U
GGTGAGGAAACGTCCACAATAATTAGTCTTGGACAATTTTTTTGTGAAAATGTATGTATA
GCCAAAAAAGAACCATACCTAAAATCGGGTCAAGTTTTAATTGTTCAAAGGGATTCTGTA
GTAATAAGATCCGCTAAGCCCTATTTGGCTACTCCGGGAGCAAAAGTTCATGGGCATTAT
AGAGAAATTCTTTACGAAGGGGATACATTAGTTACATTTATATATGAAAAATCGAGATCC
GGTGATATAACCCAAGGTCTTCCAAAAGTAGAACAGGTGTTAGAAGTCCGCTCGATTGAT
TCAATATCGCTGAACTTAGAAAAGCGGATTAAGGGTTGGAACAGGTGTATAACAAGAATT
CTTGGAATTCCTTGGGGATTCTTGATTGGTGCTGAGCTAACTATAGTGCAAAGTCGTATT
TCTTTGGTTAATAAGATTCAAAAGGTTTATCGATCCCAGGGGGTGCAGATTCATAATAGA
CATATCGAAATTATTGTACGTCAAATAACATCAAAAGTTTTGGTTTCAGAAGAGGGAATG
TCTAATGTTTTTTTACCTGGAGAATTGATTGGATTGTTACGAGCAGAACGCACGGGGCGT
GCTTTAGAAGAAGCAATCTGTTATCGAGCCGTTTTATTAGGAATAACTCGAGCATCTTTG
AATACTCAAAGTTTTATATCCGAAGCAAGTTTTCAAGAAACTGCTCGAGTTTTAGCAAAA
GCTGCTCTTCGGGGTCGTATCGATTGGTTGAAAGGCCTGAAAGAAAATGTTGTTCTAGGG
GGTGTGATCCCCGCCGGGACCGGGTTCAACAAAGGATTGGTGCATTGTTCACGGCAACAT
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TGTAGTCATTTGCTTTGGTAATTTGTTAACACTAATAAAGATAATAATGAATACAAAATA
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CGTTTTGGGTACCCCCCTTTTAAGTGTGAAAAGAAATGACAAAAAGATATTGGAACATCG
ATTTGGAAGAGATGATGAGAGCAGGAGTTCATTTTGGACATGTA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AO25TF U 1
AF RR3C694TF U 1
AF RR3AO25JQ C 51
AF RR3C694JQ C 89
AF RR3AJ29JQ C 219
AF RR3AJ29TF U 219
AF RR3EL27TF U 597
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BS 590 636 RR3AO25TF
BS 637 664 RR3C694TF
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BS 770 856 RR3AJ29TF
BS 857 1244 RR3EL27TF

RD RR3AO25TF 636 0 0
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AGAGAAATTCTTTACGAAGGGGATACATTAGTTACATTTATATATGAAAAATCGAGATCC
GGTGATATAACCCAAGGTCTTCCAAAAGTAGAACAGGTGTTAGAAGTCCGCTCGATTGAT
TCAATATCGCTGAACTTAGAAAAGCGGATTAAGGGTTGGAACAGGTGTATAACAAGAATT
CTTGGAATTCCTTGGGGATTCTTGATTGGTGCTGAGCTAACTATAGTGCAAAGTCGTATT
TCTTTGGTTAATAAGATTCAAAAGGTTTATCGATCCCAGGGGGTGCAGATTCATAATAGA
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TCTAATGTTTTTCTACCTGGAGAATTAATTGGATTGTTACGAGCAGAATGCACGGGGCGT
GCTTTAGAAGAAGCAATCTGTTATCGAGCCGTTTTA

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3C694TF 664 0 0
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GCCAAAAAAGAACCATACCTAAAATCGGGTCAAGTTTTAATTGTTCAAAGGGATTCTGTA
GTAATAAGATCCGCTAAGCCCTATTTGGCTACTCCGGGAGCAAAAGTTCATGGGCATTAT
AGAGAAATTCTTTACGAAGGGGATACATTAGTTACATTTATATATGAAAAATCGAGATCC
GGTGATATAACCCAAGGTCTTCCAAAAGTAGAACAGGTGTTAGAAGTCCGCTCGATTGAT
TTAATATCGCTGAACTTAGAAAAGCGGATTAAGGGTTGGAACAGGTGTATAACAAGAATT
CTTGGAATTCCTTGGGGATTCTTGATTGGTGCTGAGCTAACTATAGTGCAAAGTCGTATT
TCTTTGGTTAATAAGATTCAAAAGGTTTATCGATCCCAGGGGGTGCAGATTCATAATAGA
CATATCGAAATTATTGTACGTCAAATAACATCAAAAGTTTTGGTTTCAGAAGAGGGAATG
TCTAACGTTTTTTTACCTGGAGAATTGATTGGATTGTTACGTGCAGAACGCACGGGGCGT
GCTTTAGAAGAAGCAATCTGTTATCGAGCCGTTTTATTAGGAATAACTCGAGCATCTTTG
AATA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3AO25JQ 806 0 0
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GGATTCTGTAGTAATAAGATCCGCTAAGCCCTATTTGGCTACTCCGGGAGCAAAAGTTCA
TGGGCATTATAGAGAAATTCTTTACGAAGGGGATACATTAGTTACATTTATATATGAAAA
ATCGAGATCCGGTGATATAACCCAAGGTCTTCCAAAAGTAGAACAGGTGTTAGAAGTCCG
CTCGATTGATTCAATATCGCTGAACTTAGAAAAGCGGATTAAGGGTTGGAACAGGTGTAT
AACAAGAATTCTTGGAATTCCTTGGGGATTCTTGATTGGTGCTGAGCTAACTATAGTGCA
AAGTCGTATTTCTTTGGTTAATAAGATTCAAAAGGTTTATCGATCCCAGGGGGTGCAGAT
TCATAATAGACATATCGAAATTATTGTACGTCAAATAACATCAAAGGTTTTGGTTTCAGA
AGAGGGAATGTCTAATGTTTTTCTACCTGGAGAATTAATTGGATTGTTACGAGCAGAATG
CACGGGGCGTGCTTTAGAAGAAGCAATCTGTTATCGAGCCGTTTTATTAGGAATAACTCG
AGCATCTTTGAATACTCAAAGTTTTATATCCAAAGCAAGTTTTCAAGAAACTGCTCGAGT
TTTAGCAAAAGCTGCTCTTCGGGGTCGTATCGATTGGTTGAAAGGCCTGAAAGAAAATGT
TGTTCTAGGGGGTGTGATCCCCGCCGGGACCGGGTTCAACAAAGGATTGGTGCATTGTTC
ACGGCAACATACCAATATTCTTTTGG

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3C694JQ 768 0 0
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CTACTCCGGGAGCAAAAGTTCATGGGCATTATAGAGAAATTCTTTACGAAGGGGATACAT
TAGTTACATTTATATATGAAAAATCGAGATCCGGTGATATAACCCAAGGTCTTCCAAAAG
TAGAACAGGTGTTAGAAGTCCGCTCGATTGATTTAATATCGCTGAACTTAGAAAAGCGGA
TTAAGGGTTGGAACAGGTGTATAACAAGAATTCTTGGAATTCCTTGGGGATTCTTGATTG
GTGCTGAGCTAACTATAGTGCAAAGTCGTATTTCTTTGGTTAATAAGATTCAAAAGGTTT
ATCGATCCCAGGGGGTGCAGATTCATAATAGACATATCGAAATTATTGTACGTCAAATAA
CATCAAAAGTTTTGGTTTCAGAAGAGGGAATGTCTAACGTTTTTTTACCTGGAGAATTGA
TTGGATTGTTACGTGCAGAACGCACGGGGCGTGCTTTAGAAGAAGCAATCTGTTATCGAG
CCGTTTTATTAGGAATAACTCGAGCATCTTTGAATACTCAAAGTTTTATATCCGAAGCAA
GTTTTCAAGAAACTGCTCGAGTTTTAGCAAAAGCTGCTCTTCGGGGTCGTATCGATTGGT
TGAAAGGCCTGAAAGAAAATGTTGTTCTAGGGGGTGTGATCCCCGCCGGGACCGGGTTCA
ACAAAGGATTGGTGCATTGTTCACGGCAACATACCAATATTCTTTTGG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3AJ29JQ 638 0 0
G
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TTAGAAGTCCGCTCGATTGATTCAATATCGCTGAACTTAGAAAAGCGGATTAAGGGTTGG
AACAGGTGTATAACAAGAATTCTTTGAATTCCTTGGGGATTCTTGATTGGTGCTGAGCTA
ACTATAGTGCAAAGTCGTATTTCTTTGGTTATTAAGATTCAAAAGGTTTATCGATCCCAG
GGGGTGCAGATTCATAATAGACATATCGAAATTATTGTACGTCAAATAACATCAAAAGTT
TTGGTTTCAGAAGAGGGAATGTCTAATGTTTTTTTACCTGGAGAATTGATTGGATTGTTA
CGAGCAGAACGCACGGGGCGTGCTTTAGAAGAAGCAATCTGTTATCGAGCCGTTTTATTA
GGAATAACTCGAGCATCTTTGAATACTCAAAGTTTTATATCCGAAGCAAGTTTTCAAGAA
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AAAGAAAATTTTGTTCTAGGGGGTGTGATCCCCGCCGGGACCGGGTTCAACAAAGGATTG
GTGCATTGTTCACGGCAACATACCAATATTCTTTTGG

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DS 

RD RR3AJ29TF 638 0 0
G
ATATATGAAAAATCGAGATCCGGTGATATAACCCAAGGTCTTCCAAAAGTAGAACAGGTG
TTAGAAGTCCGCTCGATTGATTCAATATCGCTGAACTTAGAAAAGCGGATTAAGGGTTGG
AACAGGTGTATAACAAGAATTCTTTGAATTCCTTGGGGATTCTTGATTGGTGCTGAGCTA
ACTATAGTGCAAAGTCGTATTTCTTTGGTTATTAAGATTCAAAAGGTTTATCGATCCCAG
GGGGTGCAGATTCATAATAGACATATCGAAATTATTGTACGTCAAATAACATCAAAAGTT
TTGGTTTCAGAAGAGGGAATGTCTAATGTTTTTTTACCTGGAGAATTGATTGGATTGTTA
CGAGCAGAACGCACGGGGCGTGCTTTAGAAGAAGCAATCTGTTATCGAGCCGTTTTATTA
GGAATAACTCGAGCATCTTTGAATACTCAAAGTTTTATATCCGAAGCAAGTTTTCAAGAA
ACTGCTCGAGTTTTAGCAAAAGCTGCTCTTCGGGGTCGTATCGATTGGTTGAAAGGCCTG
AAAGAAAATTTTGTTCTAGGGGGTGTGATCCCCGCCGGGACCGGGTTCAACAAAGGATTG
GTGCATTGTTCACGGCAACATACCAATATTCTTTTGG

QA 2 638 2 638
DS 

RD RR3EL27TF 648 0 0
GG
GTGCTTTAGAAGAAGCAATCTGTTATCGAGCCGTTTTATTAGGAATAACTCGAGCATCTT
TGAATACTCAAAGTTTTATATCCAAAGCAAGTTTTCAAGAAACTGCTCGAGTTTTAGCAA
AAGCTGCTCTTCGGGGTCGTATCGATTGGTTGAAAGGCCTGAAAGAAAATGTTGTTCTAG
GGGGTGTGATCCCCGCCGGGACCGGGT*CAACAAAGGATTGGTGCATTGTTCACGGCAAC
ATACCAATATTCTTTTGGAAAAAAAAAACAAATAATTTATCTTTATTAGAGGGAGATATG
AGAGATATTTTATTTTATCACAGGGAATTTTGTGACTCTTCTATTTACAAATCTGCCTTT
TCTAGAATTGAATAATTCCTAATAGTAGATTCCTGTTTTGAATTTCATGTTTTATTGTTT
GCTGTAGTCATTTGCTTTGGTAATTTGTTAACACTAATAAAGATAATAATGAATACAAAA
TAATGGCTCGGCTCGTGCATAAACGGACAAGAGAAGGTTCCATTGGAACAACTTTTTATT
TTCGTTTTGGGTACCCCCCTTTTAAGTGTGAAAAGAAATGACAAAAAGATATTGGAACAT
CGATTTGGAAGAGATGATGAGAGCAGGAGTTCATTTTGGACATGTA

QA 3 648 3 648
DS 



AS 1 4

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TCTGTTCTGTCTTTCGTCTGGTCGGATCAGTCGAAAAAAGCTTGAAGAATTTGATACTTT
TGATTTCTAAGTCCATGGAATCTGCAAAAGAGCGTGACACCTTCGTCTACCTCGCAAAGC
TATCTGAACAAGCTGAGCGCTATGAAGAAATGGTGGAGTCGATGAAGAACCTCGCGAAGT
TGAACGTTGATCTGACGTTGGAAGAGAGGAACTTGCTCTCCGTTGGATACAAGAACGTGA
TCGGTTCAAGGAGAGCTTCGTGGAGGATCTTCTCGTCGATCGAGCAGAAAGAAGCAGTGA
AAGGGAACGATGTTAATGTAAAGAGGATCAAAGATTATATGGAGAAGGTTGAGTTAGAGC
TCACAAGTATATGCATTGACATAATGTCTGTGTTAGATGAGCATCTGATCCCATCTGCTT
CCGAGGGTGAATCAACCGTCTTCTTCAACAAGATGAAAGGTGATTATTACCGCTATCCTG
CTGAGTTTAAATCAGGAGATGAGAGGAAAGAGGCTGCTGATCAGTCTTTGAAAGCCTATG
AGATTGCTACTACTTCTGCTGAGGCTAAACTTCCTCCTACACATCCAATCAGATTGGGAT
TGGCTTTGAATTTCTCTGTCTTCTACTATGAGATCATGAACTCACCTGAAAGGGCATGTG
AGCTTGCTAAGCAGGCGTTTGATGAAGCAATCTCAGAACTTGACAGTCTGAATGAGGAAT
CTTACAAAGATAGCACTTTGATTTTGCAACTCCTTAGGGACAATTTGACCTTGTGGACTT
CCGACATCCCTGAAGAAGGAGATGATGCACATAAGACGAATGGTTCTGCTAAACACGGTG
CAGGTGAAGACGACGCAGAGTGATCTGATGATATGTGTGCACCCGCAGCAGCAGCAGTAA
TGGACAAACATGTTTCAAGAACAACTGAATGTGCGGTGAATAATAGCAAAAAACCTATAG
TTCTTATGTTTCCTGTATTTTCCTCTCTGGTTTGAGTGTATGTTTGTCTCTCAAGACACT
CTTTTCTTTTTTGTGATTTGTATTCAGTACCCTCCTCTTCACCAATTGCTCTTCTCTCTC
ACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 10 

AF RR3G764TF U 1
AF RR3BC50TF U 76
AF RR3DP09JQ C 509
AF RR3DP09TF U 509
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GG
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GACATAATGTCTGTGTTAGATGAGCATCTGATCCCATCTGCTTCCGAGGGTGAATCAACT
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GTCTTCTACTATGAGATCATGAACTCACCTGAAAGGGCATGTGAGCTTGCTAAGCAGGCG
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DS 

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G
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GAGGCTGCTGATCAGTCTTTGAAAGCCTATGAGATTGCTACTACTTCTGCTGAGGCTAAA
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CATAAGACGAATGGTTCTGCTAAACACGGTGCAGGTGAAGACGACGCAGAGTGATCTGAT
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DS 

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G
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GAGATCATGAACTCACCTGAAAGGGCATGTGAGCTTGCTAAGCAGGCGTTTGATGAAGCA
ATCTCAGAACTTGACAGTCTGAATGAGGAATCTTACAAAGATAGCACTTTGATTTTGCAA
CTCCTTAGGGACAATTTGACCTTGTGGACTTCCGACATCCCTGAAGAAGGAGATGATGCA
CATAAGACGAATGGTTCTGCTAAACACGGTGCAGGTGAAGACGACGCAGAGTGATCTGAT
GATATGTGTGCACCCGCAGCAGCAGCAGTAATGGACAAACATGTTTCAAGAACAACTGAA
TGTGCGGTGAATAATAGCAAAAAACCTATAGTTCTTATGTTTCCTGTATTTTCCTCTCTG
GTTTGAGTGTATGTTTGTCTCTCAAGACACTCTTTTCTTTTTTGTGATTTGTATTCAGTA
CCCTCCTCTTCACCAATTGCTCTTCTCTCTCACT
G

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DS 



AS 2 5

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AACCCTCAAACTCTCGACATCTCCGCCGCACTTCGCTCCTCCACTCGTAGCCCATTGTTC
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AGATCTCCTCCTTTCGCTTCTCTCACTGTCTCAGCTTCTGCTGCTTCTGGTAAGAAGGAA
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GCTAGTGGTGTTGATTACTCCTCCGTGGTGAAGACAACCATCATGCTTGCTGACTTGGGC
GACTTCAAGAAAGTGAACGAGATTTACGCCAAATACTTCCCAGCTCCTTCTCCAGCAAGA
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ACAAATAAGAGCTTATCATATCAACCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL53TF U 1
AF RR3CL33TF U 53
AF RR3G221TF U 84
BS 1 442 RR3EL53TF
BS 443 443 RR3CL33TF
BS 444 557 RR3EL53TF
BS 558 558 RR3CL33TF
BS 559 704 RR3EL53TF
BS 705 708 RR3CL33TF
BS 709 709 RR3G221TF
BS 710 747 RR3CL33TF

RD RR3EL53TF 704 0 0
GGAAAGTCTTTTCTCCTTCACCTACCATTCTTCTATCTCATTCACTCCTGCCTTTTTGTA
CCTCTCGACAGCGCCGGGGAGAGAGAGAGTGAAATGACTTGGTCGGTCTTCAGATCCATA
AACCCTCAAACTCTCGACATCTCCGCCGCACTTCGCTCCTCCACTCGTAGCCCATTGTTC
GCCGCAGGTGCAGGCTGCGCAACAACACTCGCTGGTGTTTCTCTCTTCCGAATGTCTTCG
AGATCTCCTCCTTTCGCTTCTCTCACTGTCTCAGCTTCTGCTGCTTCTGGTAAGAAGGAA
GTAGTGGCTACAGAGAAAGCACCAGCTGCTTTGGGACCATACTCTCAGGCCATCAAAGCC
AATAATCTCGTTTTCGTCTCCGGTGTTCTTGGTCTTATACCTGAGACTGGAAAGTTTGTT
TCGGACGACGTTGAAGATCAGATTGAGCAGGTCCTCAAGAACATGGGGGAGATACTGAAA
GCTAGTGGTGTTGATTACTCCTCCGTGGTGAAGACAACCATCATGCTTGCTGACTTGGGC
GACTTCAAGAAAGTGAATGAGATTTACGCCAAATACTTCCCAGCTCCTTCTCCAGCAAGA
TCCACATATCAAGTCGCAGCTTTGCCACTAAACGCCAAGATTGAGATTGAATGTATTGCA
ACACTCTAGAGCACCATCAAATCTCATCCAGGAAGGGTTTAGAT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3CL33TF 695 0 0
TTTTTGTACCTCTCGACAGCGCCGGGGAGAGAGAGAGTGAAATGACTTGGTCGGTCTTCA
GATCCATAAACCCTCAAACTCTCGACATCTCCGCCGCACTTCGCTCCTCCACTCGTAGCC
CATTGTTCGCCGCAGGTGCAGGCTGCGCAACAACACTCGTTGGTGTTTCTCTCTTCCGAA
TGTCTTCGAGATCTCCTCCGTTCGCTTCTCTCACTGTCTCAGCTTCTGCTGCTTCTGGTA
AGAAGGAAGTAGTGGCTACAGAGAAAGCACCAGCTGCTTTGGGACCATACTCTCAGGCCA
TCAAAGCCAACAATCTCGTTTTCGTCTCCGGTGTTCTTGGTCTTATACCTGAGACTGGAA
AGTTTGTTTCGGACGACGTTGAAGATCAGACTGAACAGGTCCTCAAGAACATGGGTGAGA
TACTAAAAGCTAGTGGTGTTGATTACGCCTCCGTGGTGAAGACAACCATCATGCTTGCTG
ACTTAGGCGACTTCAAGAAAGTGAACGAGATTTACGCCAAATACTTCCCAGCTCCTTCTC
CAGCAAGATCGACATATCAAGTCGCAGCTTTGCCACTAAACGCCAAGATTGAGATTGAAT
GTATTGCAGCACTCTAGAGCACCATCAAATCTCATCCAGGAAAGGTTTAGATTCGG*AAA
ATGTCAGAACAAATAAGAGCTTATCATATCAACCA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3G221TF 645 0 0
GGG
GAGTGAAATGACTTGGTCGGTCTTCAGATCCATAAACCCTCAAACTCTCGACATCTCCGC
CGCGCTTCGCTCCTCCACTCGTAGCCCATTGTTCGCCGCAGGTGCAGGCTGCGCAACAAC
ACTCGCTGGTGTTTCTCTCTTCCGAATGTCTTCGAGATCTCCTCCTTTCGCTTCTCTCAC
TGTCTCAGCTTCTGCTGCTTCTGGTAAGAAGGAAGTAGTGGCTACAGAGAAAGCACCAGC
TGCTTTGGGACCATACTCTCAGGCCATCAAAGCCAATAATCTCGTTTTCGTCTCCGGTGT
TCTTGGTCTTATACCTGATACTGGAAAGTTTGTTTCGGACGACGTTGAAGATCAGACTGA
GCAGGTCCTCAAGAACATGGGGGAGATACTGAAAGCTAGTGGTGTTGATTACTCCTCCGT
GGTGAAGACAACCATCATGCTTGCTGACTTGGGCGACTTCAAGAAAGTGAACGAGATTTA
CGCCAAATACTTCCCAGCTCCTTCTCCAGCAAGATCCACATATCAAGTCGCAGCTTTGCC
ACTAAACGCCAAGATTGAGATTGAATGTATTGCAACACTCTAGAGCACCATCAAATCTCA
TCCAGGAAGGGTTTAGATTCGGGAAAATGTCAGAACAAATAA

QA 4 645 4 645
DS 



CO CL863Contig2 860 2 2 U
TTTTTGTACCTCTCGACAGCGCCGGGGAGAGAGAGAGAGTGAAATGACTTGGTCGGTCTT
CAGATCCATAAACCCTCAAACTCTCGACATCTCAGCCGCACTTCGCTCCACTCGTAGCCC
TTTGTTCGCCGCAGGTGCAGGCTGCGCAACAACACTCGCTGGTGTTTCTCTCTTCCGAAT
GTCTTCTTCGAGATCTCCTCCTCCTTTCGCTTCTCTCAGTGTCTCAGCTTCTGCTGCTTC
TGGTAAGAAGGAAGTGGTGGCTACAGAGAAAGCACCAGCTGCTTTGGGACCATACTCTCA
GGCCATCAAAGCCAACAATATCGTTTTCGTCTCCGGTGTTCTTGGTCTTATACCTGAGAC
TGGAAAGTTTGTTTCGGACGACGTTGAAGATCATACTGAGCAGGTCCTCAAGAACATGGG
GGAGATACTGAAAGCTAGTGGTGTTGATTACTCCTCCGTGGTGAAGACAACCATCATTCT
TGCTGACTTGGGCGACTTCAAGAAAGTGAACGAGATTTACGCCAAATACTTCCCAGCTCC
TTCTCCAGCAAGATCCACATATCAAGTCGCAGCTTTGCCACTAAACGCCAAGATTGAGAT
TGAATGTATTGCAACACTCTAGAGCACCATCAAATCTCATCCAGGAAGGGTTTAGATTCG
GGAAAATGTCAGAACAAATAAAAGAGGAAACCATGGTTTAGGTGGGCTTATCATATTATC
AACCATTAGGTTGGTTGCAAAACCCCACTACCTTAATCAAGAATAAATGGTTTTATTTTA
GGACTTTCGTGTGCTGTTGACTTAATATATGTATTAAGTACAATATTTGATTAGAATTCC
TTAATGATTGAGGTTCATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU71TF U 1
AF RR3GU71JQ C 161
BS 1 263 RR3GU71TF
BS 264 860 RR3GU71JQ

RD RR3GU71TF 263 0 0
TTTTTGTACCTCTCGACAGCGCCGGGGAGAGAGAGAGAGTGAAATGACTTGGTCGGTCTT
CAGATCCATAAACCCTCAAACTCTCGACATCTCAGCCGCACTTCGCTCCACTCGTAGCCC
TTTGTTCGCCGCAGGTGCAGGCTGCGCAACAACACTCGCTGGTGTTTCTCTCTTCCGAAT
GTCTTCTTCGAGATCTCCTCCTCCTTTCGCTTCTCTCAGTGTCTCAGCTTCTGCTGCTTC
TGGTAAGAAGGAAGTGGTGGCTA

QA 1 263 1 263
DS 

RD RR3GU71JQ 700 0 0
GGTGTTTCTCTCTTCCGAATGTCTTCTTCGAGATCTCCTCCTCCTTTCGCTTCTCTCAGT
GTCTCAGCTTCTGCTGCTTCTGGTAAGAAGGAAGTGGTGGCTACAGAGAAAGCACCAGCT
GCTTTGGGACCATACTCTCAGGCCATCAAAGCCAACAATATCGTTTTCGTCTCCGGTGTT
CTTGGTCTTATACCTGAGACTGGAAAGTTTGTTTCGGACGACGTTGAAGATCATACTGAG
CAGGTCCTCAAGAACATGGGGGAGATACTGAAAGCTAGTGGTGTTGATTACTCCTCCGTG
GTGAAGACAACCATCATTCTTGCTGACTTGGGCGACTTCAAGAAAGTGAACGAGATTTAC
GCCAAATACTTCCCAGCTCCTTCTCCAGCAAGATCCACATATCAAGTCGCAGCTTTGCCA
CTAAACGCCAAGATTGAGATTGAATGTATTGCAACACTCTAGAGCACCATCAAATCTCAT
CCAGGAAGGGTTTAGATTCGGGAAAATGTCAGAACAAATAAAAGAGGAAACCATGGTTTA
GGTGGGCTTATCATATTATCAACCATTAGGTTGGTTGCAAAACCCCACTACCTTAATCAA
GAATAAATGGTTTTATTTTAGGACTTTCGTGTGCTGTTGACTTAATATATGTATTAAGTA
CAATATTTGATTAGAATTCCTTAATGATTGAGGTTCATAG

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 3

CO CL864Contig1 940 3 10 U
AATGTAAAAGGATAAAAATATAAGAGTGGTAAAATGATTTTCAACAAACACAGCAAGGTA
GAGTAAACCATGATCGCAACAAATCAATGACATCACCTGAGTAAATGCTCTCTGTTTTTT
TTTCCTCACAACTCAAAAACTCAATCCTCTGAAACATTTCAATGGGACGAAAGAGTCTTT
AAAAACCAAATCAAAGTTTTACATGAAATCGTCTTCGAGTTCTTGAAGCGATTTGTTGCT
TGAAGCAATGTCTTTGTTGGATGTCATTTTATCAGTTACCATCAGTCCCTTGTAACTCCT
CATCTCTGCTTGCCTCTCCTTCTACAGCCTCTCTATCTCTTCACGTTTCTTCTTCTCCCT
GAGATGCTGCTTCCTCTCAGTTCTTTCTGCAGCGTTCACTGCTTCTCTCTCGGCTCTCAG
ATCAGGGGTTCTCTCAACCTTTGTTTTGTTCAACCTGTTAACAATATCATTGACTCGTTT
CTCCACTCTGATAGTCCGGACCATCTTTGAATTGTGGAAACCAACTTGACCAACATCCAT
GGAGGCGGTTTTCTTCGAGTTGGACCACGGGGTGTACACAACATCGACGATGTTCACCTT
GTTGCCTTGAATGGAGTTAGCTTTCACAAGCTGAGCACAGTCCTCCAGAACACCTTCGTT
AATGTTATCAAGACCTTGGCCTTTATGAAGCCTTAAGTAAACATGAGCTGAGGACATTTT
GTCAACGTGAAACCAGACGTCTTCGGGGAAGCCGTACTTGATGAGCTCCTCGTTCTCGAA
CTTGTCAAGCCCCATGAAGATGGTGTAGTCTCCAGCATCTGGTCGTGCCTTGAAGTAGAA
CACCATCGCCTTCGATTCAGAGAGAGTCGGAGCAAACGGAATCTAGGGTTTCCCCCTCTC
TCTCTCCCCTCCTCTCTTCCCTACAAGTTGCAAACAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER19JQ U 2
AF RR3D076JQ U 1
AF RR3D076TF C 363
BS 1 36 RR3D076JQ
BS 37 37 RR3ER19JQ
BS 38 137 RR3D076JQ
BS 138 138 RR3ER19JQ
BS 139 362 RR3D076JQ
BS 363 363 RR3ER19JQ
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BS 420 420 RR3ER19JQ
BS 421 683 RR3D076JQ
BS 684 940 RR3D076TF

RD RR3ER19JQ 575 0 0
ACGTAAAAGGATA
AAAATATAAGAGTGGTAAAATGATTTTCAACAAACACAGCAAGGTAGAGTAAACCATGAT
CGCAACAAATCAATGGCATCACCTGAGTAAATGCTCTCTGTTTTTTTTTCCTCACAACTC
AAAAACTCAATCCTCTGAAACATTTCAATGGGACGAAAGAGTCTTTAAAAACCAAATCAA
AGTTTTACATGAAATCGTCTTCGAGTTCTTGAAGCGATTTGTTGCTTGAAGCAATGTCTT
TGTTGGATGTCATTTTATCAGTTACCATCAGTCCCTTGTAACTCCTCATCTCTGCTTGCC
TCTCCTTCTCCAGCCTCTCTATCTCTTCACGTTTCTTCTTCTCCCTGAGATGCTGCTTCC
TCTCAGCTCTTTCTGCAGCGTTCACTGCTTCTCTCTCGGCTCTCAGACCAGGGGTTCTCT
CAACCTTTGTTTTGTTCAACCTGTTAACAATATCATTGACTCGTTTCTCCACTCTGATAG
TCCGGACCATCTTTGAATTGTGGAAACCAACTTGACCAACATCCATGGAGGCGGTTTTCT
TCAAGTTGGACCACGGGGTGTA

QA 14 575 14 575
DS 

RD RR3D076JQ 683 0 0
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TTTCCTCACAACTCAAAGACTCAATCCTCTGAAACATTTCAATGGGACGAAAGAGTCTTT
AAAAACCAAATCAAAGTTTTACATGAAATCGTCTTCGAGTTCTTGAAGCGATTTGTTGCT
TGAAGCAATGTCTTTGTTGGATGTCATTTTATCAGTTACCATCAGTCCCTTGTAACTCCT
CATCTCTGCTTGCCTCTCCTTCTACAGCCTCTCTATCTCTTCACGTTTCTTCTTCTCCCT
GAAATGCTGCTTCCTCTCAGTTCTTTCTGCAGCGTTCACTGCTTCTCTCTCGGCTCTCAA
ATCAGGGGTTCTCTCAACCTTTGTTTTGTTCAACCTGTTAACAATATCATTGACTCGTTT
CTCCACTCTGATAGTCCGGACCATCTTTGAATTGTGGAAACCAACTTGACCAACATCCAT
GGAGGCGGTTTTCTTCGAGTTGGACCACGGGGTGTACACAACATCGACGATGTTCACCTT
GTTGCCTTGAATGGAGTTAGCTTTCACAAGCTGAGCACAGTCCTCCAGAACACCTTCGTT
AATGTTATCAAGACCTTGGCCTT

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DS 

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CAGGGGTTCTCTCAACCTTTGTTTTGTTCAACCTGTTAACAATATCATTGACTCGTTTCT
CCACTCTGATAGTCCGGACCATCTTTGAATTGTGGAAACCAACTTGACCAACATCCATGG
AGGCGGTTTTCTTCGAGTTGGACCACGGGGTGTACACAACATCGACGATGTTCACCTTGT
TGCCTTGAATGGAGTTAGCTTTCACAAGCTGAGCACAGTCCTCCAGAACACCTTCGTTAA
TGTTATCAAGACCTTGGCCTTTATGAAGCCTTAAGTAAACATGAGCTGAGGACATTTTGT
CAACGTGAAACCAGACGTCTTCGGGGAAGCCGTACTTGATGAGCTCCTCGTTCTCGAACT
TGTCAAGCCCCATGAAGATGGTGTAGTCTCCAGCATCTGGTCGTGCCTTGAAGTAGAACA
CCATCGCCTTCGATTCAGAGAGAGTCGGAGCAAACGGAATCTAGGGTTTCCCCCTCTCTC
TCTCCCCTCCTCTCTTCCCTACAAGTTGCAAACAATCC

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 5

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TAACTCAACTCATTTCTTAACCTCTTCCCCTTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCAAAACAAGT
CTTCTTCTACCGTCGTCAAACCAACCGTAGATTCAACACCATCATCACTTGCGCCGCACA
ACAAACCGCCGTGATCGGACTCGCTGCCGACTCCGGATGCGGCAAAAGTACTTTCATGCG
GAGGCTGACAAGTGTCTTCGGTGGAGCCGCCGAGCCACCGAAAGGAGGGAACCCTGACTC
CAACACACTCATCAGTGACATGACCACCGTGATCTGTCTCGATGATTACCATTCTTTGGA
CAGAACCGGTCGCAAAGAGAAAGGAGTCACTGCTTTGGACCCACGCGCCAATGACTTTGA
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TAATCACGTCACTGGACTTCTTGACGCACCTGAGCTTATTCAGCCTCCCAAGATTCTCGT
CATCGGAGGTCTTCATCCAATGTTTGATGAGAGAGTAAGAGACTTGTTGGACTTCAGTAT
CTACCTAGACATTAGCAATGAGGTCAAATTTGCTTGGAAAATCCAGAGGGACATGGCCGA
GAGAGGTCACAGTTTAGAGAGCATCAAAGCAAGTATCGAAGCACGAAAGCCCGATTTCGA
TGCATTCATCGACCCGCAAAAGCAGTACGCGGATGCGGTAATAGAAGTGCTTCCAACGCA
GTTGATTCCAGATGACAATGAAGGCAAAGTGTTGAGAGTGAGGCTGATAATGAAGGAAGG
TGTTAAGTACTTCAGCCCGGTTTACCTGTTCGATGAAGGTTCTACCATCTCGTGGATCCC
TTGTGGTCGCAAACTCACCTGCTCGTACCCTGGCATCAAGTTCAACTACCAACCTGATTC
CTACTTCGACAATGAGGTTTCGGTTGTGGAGATGGATGGGCAATTCGATAGACTTGACGA
GCTAATTTACGTGGAGAGCCATCTGAGCAACCTCTCGACCAAATTCTACGGCGAAGTGAC
TCAACAAATGCTCAAACATGCTGACTTCCCTGGTAGCAACAATGGAACTGGTCTTTTCCA
GACCATTGTTGGATTGAAGATCAGAGATCTCTATGAGCAGCTCATTGCCAACAAAGCCAC
TGCTCCTTCAGAAGCTGCAAAAGCCTAAAACAAATAGAAGCAAAACAGAACGCGTCGATA
AACCCCATTTGTTGTTTCTTCTT*CTTTCTTTCTTTCTTTAAGCTTTGTTTCCCGCGGAT
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AGCCTGTAATGTAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DR65TF U 1
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AF RR3DR65JQ C 721
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BS 1301 1394 RR3A342TF

RD RR3DR65TF 712 0 0
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TAACTCAACTCATTTCTTAACCTCTTCCCCTTCTTCCTCCTCCTCCTCCTCAAAACAAGT
CTTCTTCTACCGTCGTCAAACCAACCGTAGATTCAACACCATCATCACTTGCGCCGCACA
ACAAACCGCCGTGATCGGACTCGCTGCCGACTCCGGATGCGGCAAAAGTACTTTCATGCG
GAGGCTGACAAGTGTCTTCGGTGGAGCCGCCGAGCCACCGAAAGGAGGGAACCCTGACTC
CAACACACTCATCAGTGACATGACCACCGTGATCTGTCTCGATGATTACCATTCTTTGGA
CAGAACCGGTCGCAAAGAGAAAGGAGTCACTGCTTTGGACCCACGCGCCAATGACTTTGA
TCTCATGTATGAGCAAGTCAAAGCGCTTAAGAGTGGTATCGCCGTCGAGAAACCTATTTA
TAATCACGTCACTGGACTTCTTGACGCACCTGAGCTTATTCAGCCTCCCAAGATTCTCGT
CATCGGAGGTCTTCATCCAATGTTTGATGAGAGAGTAAGAGACTTGTTGGACTTCAGTAT
CTACCTAGACATTAGCAATGAGGTCAAATTTGCTTGGAAAATCCAGAGGGACATGGCCGA
GAGAGGTCACAGTTTAGAGAGCATCAAAGCAAGTATCGAAGCACGAAAGCCC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3H843TF 677 0 0
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GGATGCGGTAATAGAAGTGCTTCCAACGCAGTTGATTCCAGATGACAATGAAGGCAAAGT
GTTGAGAGTGAGGCTGATAATGAAGGAAGGTGTTAAGTACTTCAGCCCGGTTTACCTGTT
CGATGAAGGTTCTACCATCTCGTGGATCCCTTGTGGTCGCAAACTCACCTGCTCGTACCC
TGGCATCAAGTTCAACTACCAACCTGATTCCTACTTCGACAATGAGGTTTCGGTTGTGGA
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CTATGAGCAGCTCATTGCCAACAAAGCCACTGCTCCTTCAGAAGCTGCAAAAGCCTAAAA
CAAATAGAAGCAAA
CAG

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3BK02TF 668 0 0
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TGCTTCCAACGCAGTTGATTCCAGATGACAATGAAGGCAAAGTGTTGAGAGTGAGGCTGA
TAATGAAGGAAGGTGTTAAGTACTTCAGCCCGGTTTACCTATTCGATGAAGGTTCTACCA
TCTCGTGGATCCCTTGTGGTCGCAAACTCACCTGCTCGTACCCTGGCATCAAGTTCAACT
ACCAACCTGATTCCTACTTCGACAATGAGGTTTCGGTTGTGGAGATGGATGGGCAATTCG
ATAGACTTGACGAGCTAATATACGTGGAGAGCCATCTGAGCAACCTCTCGACCAAATTCT
ACGGTGAAGTGACTCAACAAATGCTCAAACATGCTGACTTCCCTGGTAGCAACAATGGAA
CTGGTCTTTTCCAGACCATTGTTGGATTGAAGATTAGAGATCTCTATGAGCAGCTCATTG
CCAACAAAGCCACTGCTCCTTCAGAAGCTGCTAAAGCCTAAAGCAAATATAAGCAAAACA
GAACGCGTCGATAAACCC*ATTGGTTGTTTCTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTT
CTTTCTTTCTTTCTT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3DR65JQ 651 0 0
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GTTGATTCCAGATGACAATGAAGGCAAAGTGTTGAGAGTGAGGCTGATAATGAAGGAAGG
TGTTAAGTACTTCAGCCCGGTTTACCTGTTCGATGAAGGTTCTACCATCTCGTGGATCCC
TTGTGGTCGCAAACTCACCTGCTCGTACCCTGGCATCAAGTTCAACTACCAACCTGATTC
CTACTTCGACAATGAGGTTTCGGTTGTGGAGATGGATGGGCAATTCGATAGACTTGACGA
GCTAATTTACGTGGAGAGCCATTTGAGCAACCTCTCGACCAAATTTTACGGCGAAGTGAC
TCAACAAATGCTCAAACATGCTGACTTCCCTGGTAGCAACAATGGAACTGGTCTTTTCCA
GACCATTGTCGGATTGAAGATCAGAGATCTCTATGAGCAGCTCATTGCCAACAAAGCCAC
TGCTCCTTCAGAAGCTGCAAAAGCCTAAAACAAATAGAAGCAAAACAGAACGCGTCGATA
AACCCCATTTGTTGTTTCTTCTT*CTTTCTTTCTTTCTTTAAGCTTTGTTTCCCGCGGAT
TTTCATGGTGAAAAGGACGGTGTTGCTTGTTTGTAATTTATGTGGAGATAT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3A342TF 455 0 0
GG
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AATTCGATAGACTTGACGAGCTAATTTACGTGGAGAGCCATCTGAGCAACCTCTCGACCA
AATTCTACGGCGAAGTGACTCAACAAATGCTCAAACATGCTGACTTCCCTGGTAGCAACA
ATGGAACTGGTCTTTTCCAGACCATTGTTGGATTGAAGATCAGAGATCTCTATGAGCAGC
TCATTGCCAACAAAGCCACTGCTCCTTCAGAAGCTGCAAAAGCCTAAAACAAATAGAAGC
AAAACAGAACGCGTCGATAAACCCCATTTGTTGTTTCTTCTT*CTTTCTTTCTTTCTTTA
AGCTTTGTTTCCCGCGGATTTTCATGGTGAAAAGGACGGTGTTGCTTGTTTGTAATTTAT
GTGGAGATATAAAAAGAAAAGCCTGTAATGTAG

QA 3 455 3 455
DS 



AS 0 0

AS 2 6

CO CL867Contig1 895 4 5 U
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CCACAAAATCCAAATACAGATAAGTACACAGAAGTTTAAAAAATGATTGATCACAAAAGT
TGTACACAACTTAAAAGAGAGAACATAGACTTCGGATATCACTAAAACAGAGTATGATGC
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TTCTCCAGCTGGTTTTTCGTTTGGTCCCTTTTCTTTGTTGCTCATCAACTTGTACCCGTA
AAACGCCAACACACCGCCACTAGTAAGGGTGGTCAAAAACCCCACGAACGTAGATCTCTG
AAATAGTACCAACTTCAACTCTCTCAAAAATATGATTGCCACTATGGCCATCTGTCCTTT
TAAGAACTTAGCAGATGACTCTCCAATCCTCTGAGCCTTAAGACTAGCCATGCTCAGTGC
AAAAAAAGCTCCACCAAGAATGACCCCAAACCTAATGGCAGGAATGCTCCCCGATATCAT
AAAGGAAAGGAAACCACCCACAAACAGAAGCAGACCATAAGGTATCCCAACATGAAAATC
TTGAGTCCGAGACACATCCCTCAGATCCTCAGTGGAAGAGAAAGCTTCAACAATCTCCTT
CACATCAGAAGGTGACTCCTCCGCTGCTTTCAAAATATACTCTCTCCCTTCCTCCCCAAC
CTCTTTAGCCTTAGTACCCAACTCTTCCTTGGCCTTCTCCGCTTGAATCCTAAGCTGCTC
GGAAGTATCTTTCAAAATAGTCATCGCCTTTTGCGAGTTCACATTGTACGCCTCCGACGA
CACGCTCTGAATCTTCGAGACCTGCTCCTTGACAGACGCGAGGGTCTGCTTCCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3AE71JQ U 1
AF RR3AE71TF C 284
AF RR3AD03JQ U 87
AF RR3GI80JQ U 99
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BS 763 838 RR3AD03JQ
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TCATGTTACCATTTCTC**TATCCTTCTCTTCTTACAAACCCTTCGCCTGTTTCATCTCC
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AAAGGAAAGGAAACCACCCACAAACAGAAGCAGACCATAAGGTATCCCAACATGAAAATC
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CACATCAGAAGGTGACTCCTCCGCTGCTTTCAAAATATACTCTCTCCCTTCCTCCCCAAC
CTCTTTAGCCTTAGTACCCAACTCTTCCTTGGCCTTCTCCGC
C

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DS 

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ACGAACGTAGATCTCTGAAATAGTACCAACTTCAACTCTCTCAAAAATATGATTGCCACT
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CTAGCCATGCTCAGTGCAAAAAAAGCTCCACCAAGAATGACCCCAAACCTAATGGCAGGA
ATGCTCCCCGATATCATAAAGGAAAGGAAACCACCCACAAACAGAAGCAGACCATAAGGT
ATCCCAACATGAAAATCTTGAGTCCGAGACACATCCCTCAGATCCTCAGTGGAAGAGAAA
GCTTCAACAATCTCCTTCACATCAGAAGGTGACTCCTCCGCTGCTTTCAAAATATACTCT
CTCCCTTCCTCCCCAACCTCTTTAGCCTTAGTACCCAACTCTTCCTTGGCCTTCTCCGC
C

QA 1 479 1 479
DS 

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AGACTTCGGATATCACTAAAACAGAGTATGATGCTCATGTTACCATTTCTC**TATCCTT
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CCTTTTCTTTGTTGCTCATCAACTTGTACCCGTAAAACGCCAACACACCGCCACTAGTAA
GGGTGGTCAAAAACCCCATGAACGTAAATCTCTGAAATAGTACCAACTTCAACTCTCTCA
AAAATATGATTGCCACTATGGCCATCTGTCCTTTTAAGAACTTAGCAAATGACTCTCCAA
TCCTCTGAGCCTTAAAACTAGCCATGCTCAGTGCAAAAAGAGCTCCACCAAGAATGACCC
CAAACCTAATGGCAGGAATGCTCCCCGATATCATAAAGGAAAGGAAACCACCCACAAACA
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CCTCAGTGGAAAAAAAAGCTTCAACAATCTCCTTCACATCAAAAGGTGACTCCTCCGCTG
CTTTCAAAATATACCCTCTCCCTTCCTCCCCAACCTCTTTAGCCTTAGTACCCAACTCTT
CCTTGGCCTTCTCCGCTTGAATCCTAAGCTGCTCGGAAGTATCTTTCAAAATAGTCATCG
CCTTTTGCGAGTTCACATTGTACGCCTCCGAC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3GI80JQ 797 0 0
GAAA
ATGATTGATCACAAAAGTTGTACACAACTTAAAAGAGAGAACATAGACTTCGGATATCAC
TAAAACAGCGTATGATGCTCATGTTACCATTTCTCTCTATCCTTCTCTTAT*ACAAACCC
TTCGCCTGTTTCATCTCCTTCTCCAGCTTGTTTTTCGTTTGGTCCCTTTTCTTTGTTGCT
CATCAACTTGTACCCGTAAAACGCCAACACACCACCACTAGTAAGGGTGGTCAAAAACCC
CATGAACGTAGATCTCTGAAATAGTACCAGCTTCAACTCTCTCAAAAATATGATTGCCAC
TATGGCCATCTGTCCTTTTAAGAACTTAGCAGATGACTCTCCAATCCTCTGAGCCTTAAG
ACTAGCCATGCTCAGTGCAAAAAGGGCTCCACCAAGAATGACCCCAAACCTAATGGCAGG
AATGCTCCCCGATATCATAAAGGAAAGGAAACCACCCACAAACAGAAGCAGACCATAAGG
GATCCCAACATGAAAATCTTGAGTCCGAAACACATCCCTCAGATCCTCAGTGGAAGAGAA
AGCTTCAACAATCTCCTTCACATCAGAAGGTGACTCCTCCGCTGCTTTCAAAATATACTC
TCTCCCTTCCTCCCCAACCTCTTTAGCCTTCGTTCCCAACTCTTCCTTGGCCTTCTCCGC
TTGAATCCTAAGCTGCTCGGAAGTATCTTTCAAAATAGTCATCGCCTTTTGGGAGTTCAC
ATTGTACGCCTCCGACGACACGCTCTGAATCTTCGAGACCTGCTCCTTGACAGACGCGAG
GGTCTGCTTCCAC

QA 5 797 5 797
DS 



CO CL867Contig2 1228 2 2 U
GGATTGAGAACAAGGCAGCTCCTGAATCCCTAAAGCCTTAAAACCTCTCTCTCTCTGCTC
TCTTCGCCGAGAGTACTTAATTCTTTTCACAAGGCGATGAGTATCCCAATGGGGCTGATG
TCCATCAGAACCCCTAATTCAACCTTCCTCCACAGACCTCACTCTCGCCTCCTACCACAC
GCCACGCTTCCTTCTCTCCGTTCCCAACACCTCCCCACCCGACGCCTCTCCGCTTCTCCA
TCTCTGGTTTCTTGTACCGGGCTGCGTCTCCGGTTTACCTCAGATACCAAGCTTAATCGC
TCCTTCTTCGTTGCTTCCGCTGCTTCCCACGAGGATTCGGAACCATCAGGTGTTGAGGTG
GATAAGGAGAAGAGTGTAGTAGATGGTGACGATGTTGATACATCTCAGGAGGCGTGGAAG
CAAACCCTCGCGTCTGTCAAGGAGCAGGTTTCGAAGATTCATAGCGTGTCGTCGGAGGCC
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ATTCAAGCGGAGAAGGCTAAGGAAGAGTTGGGTACTAAGGCTAAAGAGGTTGGGGAGGAA
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GAAGCTTTCTCCTCCACTGAGGATCTGAGGGATGTGTCTCGGACTCAAGATTTTCATGTT
GGGATACCTTATGGTCTGCTTCTGTTTGTGGGTGGTTTCCTTTCCTTTATGATATCGGGG
AGCATTCCTGCCATTAGGTTTGGGGTCATTCTTGGTGGAGCTCTTTTTGCACTGAGCATG
GCTAGTCTTAAGGCTCAGAGGATTGGAGAGTCATCTGCTAAGTTCTTAAAAGGACAGATG
GCCATAGTGGCAATCATATTTTTGAGAGAGTTGAAGTTGGTACTATTTCAGAGATCTACG
TTCATGGGGTTTTTGACCACCCTTACTAGTGGTGGTGTGTTGGCGTTTTACGGGTACAAG
TTGATGAGCAACAAAGAAAAAGGACCAAACAAAGAACAAGCTGGAGAAGGAGATGAAACA
GGCGAAGGGTTTGTAAGAAGAGAAGGATAGAGAAATGGTAACATGAGAGCATCATACTCT
GTTATAGTGATATCCGAACTCTTATCTTCTCTCTTTTAAAGTTGTGTACAACTTTTGTGA
TCAATCATCTTCTAAACTTCTGTGTACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG03TF U 1
AF RR3GG03JQ C 498
BS 1 579 RR3GG03TF
BS 580 1228 RR3GG03JQ

RD RR3GG03TF 583 0 0
GGATTGAGAACAAGGCAGCTCCTGAATCCCTAAAGCCTTAAAACCTCTCTCTCTCTGCTC
TCTTCGCCGAGAGTACTTAATTCTTTTCACAAGGCGATGAGTATCCCAATGGGGCTGATG
TCCATCAGAACCCCTAATTCAACCTTCCTCCACAGACCTCACTCTCGCCTCCTACCACAC
GCCACGCTTCCTTCTCTCCGTTCCCAACACCTCCCCACCCGACGCCTCTCCGCTTCTCCA
TCTCTGGTTTCTTGTACCGGGCTGCGTCTCCGGTTTACCTCAGATACCAAGCTTAATCGC
TCCTTCTTCGTTGCTTCCGCTGCTTCCCACGAGGATTCGGAACCATCAGGTGTTGAGGTG
GATAAGGAGAAGAGTGTAGTAGATGGTGACGATGTTGATACATCTCAGGAGGCGTGGAAG
CAAACCCTCGCGTCTGTCAAGGAGCAGGTTTCGAAGATTCATAGCGTGTCGTCGGAGGCC
TACAATGTGAACTCCCAAAAGGCGATGACTATTTTGAAAGATACTTCCGAGCAGCTCAGG
ATTCAAGCGGAGAAGGCTAAGGAAGAGTTGGGTACTAAG
CTAA

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3GG03JQ 731 0 0
AAAGGCGATGACTATTTTGAAAGATACTTCCGAGCAGCTCAGGATTCAAGCGGAGAAGGC
TAAGGAAGAGTTGGGTACTAAGGCTAAAGAGGTTGGGGAGGAAGGGAGAGAGTATATTTT
GAAAGCAGCGGAGGAGTCACCTTCTGATGTGAAGGAGATCGTTGAAGCTTTCTCCTCCAC
TGAGGATCTGAGGGATGTGTCTCGGACTCAAGATTTTCATGTTGGGATACCTTATGGTCT
GCTTCTGTTTGTGGGTGGTTTCCTTTCCTTTATGATATCGGGGAGCATTCCTGCCATTAG
GTTTGGGGTCATTCTTGGTGGAGCTCTTTTTGCACTGAGCATGGCTAGTCTTAAGGCTCA
GAGGATTGGAGAGTCATCTGCTAAGTTCTTAAAAGGACAGATGGCCATAGTGGCAATCAT
ATTTTTGAGAGAGTTGAAGTTGGTACTATTTCAGAGATCTACGTTCATGGGGTTTTTGAC
CACCCTTACTAGTGGTGGTGTGTTGGCGTTTTACGGGTACAAGTTGATGAGCAACAAAGA
AAAAGGACCAAACAAAGAACAAGCTGGAGAAGGAGATGAAACAGGCGAAGGGTTTGTAAG
AAGAGAAGGATAGAGAAATGGTAACATGAGAGCATCATACTCTGTTATAGTGATATCCGA
ACTCTTATCTTCTCTCTTTTAAAGTTGTGTACAACTTTTGTGATCAATCATCTTCTAAAC
TTCTGTGTACT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 7

CO CL868Contig1 925 7 23 U
GGGTAAAGACAGAAAACAAATCAGCTCAGACCTTCTCAGCCTCTAGGAAGGTTTTAGTTT
CGCCTATTCATTAACCGGAAGTCCAGAATCGGACCATACCGTCGAAGATGGCTCCGATCA
TCAGATCTAGCCCAGCTCTCGCTTTCCTCGTTTTGCAGATTAGCTTCATCTTCTTTGCTT
CCACTCTCCCACACTCTTCTGGGTCTGAGGATGGTTACACAATCACTGGCAGAGTGAAGA
TTCCACCAAGCAACGTGATTGGTCACACAGCAAAGAGCTCTAATGTCAAAGTTATACTCA
ATGGTGGACAGAGTGTTACATTTCTCAGGCCTGATGGATATTTCACTTTTCACAAAGTGC
CTGCTGGGACTCATTTGATCGAAGTATCTGCAATGGGCTACTTCTTTTCTCCGGTACGAG
TCGATGTTAGTGCACGGCACCATGGCAAAGTTCATGCAACACTAACCGAAACCAGGAGGA
GTCTTACTGAGCTGGTTTTAGAGCCATTGAGAGAAGAGCAATACTACGAGATTCGAGAGC
CTTTCTCCATGTTGTCAATGGTGAAGAGTCCGATGGGTCTCATGGTGGGATTCATGGTCG
TGGTTGTGTTCCTAATGCCCAAACTGATGGAAAACATAGATCCAGAGGAGATGAAGCAAG
CACAAGAGGAAATGAGGAGGCAAGGTGTGCCTTCGCTCTCGAGTTTGTTGCCAAGCGCCG
GGGCTAGCCGTTAAGAGTTTCTCTGTCAGCTCAATGTATCACAAAACGAGCGGAGAAAGG
GTATCCCGTTCTTGTGAGAGACACACTCACTGTAATAGATTTGTATTGTGTAATAGATCT
TCATATTTGTATTGTGTAATAGATCTTAATATTTGTGTTGTGTAATAGCTATTAAGAACA
TAAGAAAAAACGATAATTTAATGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 10 0 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ29TF U 182
AF RR3CW80TF U 1
AF RR3DW28TF U 99
AF RR3E571TF U 34
AF RR3FQ29JQ C 218
AF RR3DQ30TF U 34
AF RR3DW28JQ C 333
BS 1 93 RR3CW80TF
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BS 95 200 RR3CW80TF
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BS 767 812 RR3DQ30TF
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RD RR3FQ29TF 146 0 0
CACTCTCCCACACTCTTCTGGGTCTGAGGATGGTTACACAATCACTGGCAGAGTGAAGAT
TCCACCAAGCAACGTGATTGGTCGCACAGCAAAGAGCTCTAATGTCAAAGTTATACTCAA
TGGTGGACAGAGTGTTACATTTCTCA

QA 1 146 1 146
DS 

RD RR3CW80TF 477 0 0
GGGTAAAGACAGAAAACAAATCAGCTCAGACCTTCTCAGCCTCTAGGAAGGTTTTAGTTT
CGCCTATTCATTAACCGGAAGTCCAGAATCGGAGCATACCGTCGAAGATGGCTCCGATCA
TCAGATCTAGCCCAGCTCTCGCTTTCCTCGTTTTGCAGATTAGCTTCATCTTCTTTGCTT
CCACTCTCCCACACTCTTCTTGGTCTGAGGATGGTTACACAATCACTGGCAGAGTGAAGA
TTCCACCAAGCAACGTGATTGGTCACACAGCAAAGAGCTCTAATGTCAAAGTTATACTCA
ATGGTGGACAGAGTGTTACATTTCTCAGGCCTGATGGATATTTCACTTTTCACAAAGTGC
CTGCTGGGACTCATTTGATCGAAGTATCTGCAATGGGCTACTTCTTTTCTCCGGTACGAG
TCGATGTTAGTGCACGGCACCATGGCAAAGTTCATGCAACACTAACCGAAACCAGGA

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR3DW28TF 581 0 0
GG
GTCGAAGATGGCTCCGATCATCAGATCTAGCCCAGCTCTCGCTTTCCTCGTTTTGCAGAT
TAGCTTCATCTTCTTTGCTTCCACTCTCCCACACTCTTCTGGGTCTGAGGATGGTTACGC
AATCACTGGCAGAGTGAAGATTCCACCAAGCAACGTGATTGGTCACACAGCAAAGAGCTC
TAATGTCAAAGTTATACTCAATGGTGGACAGAGTGTTGCATTTCTCAGGTCTGATGGATA
TTTCACTTTTCACAAAGTGCCTGCTGGGACTCATTTGATCGAAGT****GCAATGGGCTA
CTTCTTTTCTCCGGTACGAGTCGATGTTAGTGCACGGCACCATGGCAAAGTTCATGCAAC
ACTAACCGAAACCAGGAGGAGTCTTACTGAGCTGGTTTTAGAGCCATTGAGAGAAGAGCA
ATACTACGAGATTCGAGAGCCTTTCTCCATGTTGTCAATGGTGAAGAGTCCGATGGGTCT
CATGGTGGGATTCATGGTCGTGGTTGTGTTCCTAATGCCCAAACTGATGGAAAACATAGA
TCCAGAGGAGATGAGGCAAGCACAAGAG
AAATGAGAGGC

QA 3 570 3 570
DS 

RD RR3E571TF 639 0 0
GG
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ATACCGTCGAAGATGGCTCCGATCATCAGATCTAGCCCAGCTCTCGCTTTCCTCGTTTTG
CAGATTAGCTTCATCTTCTTTGCTTCCACTCTCCCACACTCTTCTGGGTCTGAGGATGGT
TACACAATCACTGGCAGAGTGAAGATTCCACCAAGCAACGTGATTGGTCAGACAGCAAAG
TTCTCTAATGTCAAAGTTATACTCAATGGTGGACAGAGTGTTACATTTCTCAGGCCTGAT
GGATATTTCACTTTTCACAAAGTGCCTGCTGGGACTCATTTGATCGAAGTATCTGCAATG
GGCTACTTCTTTTCTCCGGTACGAGTCGATGTTAGTGCACGGCACCATGGCAAAGTTCAT
GCAACACTAACCGAAACCAGGAGGAGTCTTACTGAGCTGGTTTTAGAGCCATTGAGGGAA
GAGCAATACTACGAGATTCGAGAGCCTTTCTCCATGTTGTCAATGGTGAAAAGTCCGATG
GGTCTCATGGTGGGAGTCATGGTCGTGGTTGTGTCCCTAATGCCCAAACTGATGGAAAAC
ATAGATCCAGAGGAGATGAAGCAAGCACAAGAGGAA
T

QA 3 638 3 638
DS 

RD RR3FQ29JQ 520 0 0
CACAATCACTGGCAGAGTGAAGATTCCACCAAGCAACGTGATTGGTCGCACAGCAAAGAG
CTCTAATGTCAAAGTTATACTCAATGGTGGACAGAGTGTTACATTTCTCAGGCCTGATGG
ATATTTCACTTTTCACAAAGTGCCTGCTGGGACTCATTTGATCGAAGTGTTTGCAATGGG
CTACTTTTTTTTTCCGGTACGAGTCGATGTTAGTGCACGGCACCATGGCAAAGTTCATGC
AACACTAACCGAAACCAGGAGGAGTTTTACTGAGCTGGTTTTAGAGCCATTGAGAGAAGA
GCAATACTACTAGATTCGAGAGCCTTTCTCCATGTTGTCAATGGTGAAGAGTCCGATGGG
TCTCATGGTGGGATTCATGGTCGTGGTTGTGTTCCTAATGCCCAAACTGATGGAAAACAT
ATATCCAGAGGAGATGAAGCAAGCACAAGAGGAAATGAGGATGCAAGGTGTGCCTTCGCT
CTCGAGTTTGTTGCCAAGCGCCGGGGCTAGCCGTTAAGAG

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3DQ30TF 779 0 0
GG
TCAGCCTCTAGGAAGGTTTTAGTTTCGCCTATTCATTAACCGGAAGTCCAGAATCGGACC
ATACCGTCGAAGATGGCTCCGATCATCAGATCTAGCCCAGCTCTCGCTTTCCTCGTTTTG
CAGATTAGCTTCATCTTCTTTGCTTCCACTCTCCCACACTCTTCTGGGTCTGAGGATGGT
TACACAATCACTGGCAGAGTGAAGATTCCACCAAGCAACGTGATTGGTCAGACAGCAAAG
TTCTCTAATGTCAAAGTTATACTCAATGGTGGACAGAGTGTTACATTTCTCAGGCCTGAT
GGATATTTCACTTTTCACAAAGTGCCTGCTGGGACTCATTTGATCGAAGTATCTGCAATG
GGCTACTTCTTTTCTCCGGTACGAGTCGATGTTAGTGCACGGCACCATGGCAAAGTTCAT
GCAACACTAACCGAAACCAGGAGGAGTCTTACTGAGCTGGTTTTAGAGCCATTGAGGGAA
GAGCAATACTACGAGATTCGAGAGCCTTTCTCCATGTTGTCAATGGTGAAAAGTCCGATG
GGTCTCATGGTGGGAGTCATGGTCGTGGTTGTGTCCCTAATGCCCAAACTGATGGAAAAC
ATAGATCCAGAGGAGATGAAGCAAGCACAAGAGGAAATGAGGAGGCAAGGTGTGCCTTCG
CTCTCGAGTTTGTTGCCAAGCGCCGGG*CTAGCCGTTAAGAGTT*CTCTGTCAGCTCA*T
GTATCACAAA*CGAGCGGAGAAAGGGTATCCCGTTCTTGTGAGAGACACACTCACTG

QA 3 779 3 779
DS 

RD RR3DW28JQ 593 0 0
GATGGATATTTCACTTTTCACAAAGTGCCTGCTGGGACTCATTTGATCGAAGT****GCA
ATGGGCTACTTCTTTTCTCCGGTACGAGTCGATGTTAGTGCACGGCACCATGGCAAAGTT
CATGCAACACTAACCGAAACCAGGAGGAGTCTTACTGAGCTGGTTTTAGAGCCATTGAGA
GAAGAGCAATACTACGAGATTCGAGAGCCTTTCTCCATGTTGTCAATGGTGAAGAGTCCG
ATGGGTCTCATGGTGGGATTCATGGTCGTGGTTGTGTTCCTAATGCCCAAACTGATGGAA
AACATAGATCCAGAGGAGATGAGGCAAGCACAAGAGGAAATGAGGAGGCAAGGTGTGCCT
TCGCTCTCGAGTTTGTTGCCAAGCGCCGGGGCTAGCCGTTAAGAGTTTCTCTGTCAGCTC
AATGTATCACAAAACGAGCGGAGAAAGGGTATCCCGTTCTTGTGAGAGACACACTCACTG
TAATAGATTTGTATTGTGTAATAGATCTTCATATTTGTATTGTGTAATAGATCTTAATAT
TTGTGTTGTGTAATAGCTATTAAGAACATAAGAAAAAACGATAATTTAATGCT

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 4

CO CL869Contig1 988 4 3 U
GTACAACATTCCACAGAGAAAAGCCATTTACTAGCTTTCTCGATCAATTTATCAATTAAC
CCAAAATATTCAATACTTTTCAATTTGGGAAGGACAAAAAGATGACCGCAGGAAGGATTG
ACAAGAATAATAGTAGGGAAAAGATCAAATAAAAATCACGTAGGCAAAAGAGACATCATT
T*CTCCTCTTTTCTTATTTTCCTTTTTCTCAAAGAAGGAATGTGTTGGGGTGTGTTTGGT
TTGTGAGGAACGATGATCATTGTGTTTATTTGGATCTGAAACAAGCTCTCTTTGCTGCTC
GAACGATATCCTCTACCTGAGGAAGAGCCAATCTCTCAAGGTTAGCTGCGTAAGGCATTG
GAACATCAGCTCCTGCTATCCTCTCCACCGGTGCATCCAAGTATGAAAAGCTCTCCTCCA
CTACCGACGCACAGATTTCTGCACAGACTCCGTGCTGTGGGAAACCTTCTTCAACTGTTA
CCAATCTACTTGTTTTTCTCACTGACGCATTGATCGTTGCTCTGTCTAGCGGACGGATTG
ACCGCAGATTTATTACCTCAGCACTTATTCCCTCTTCTGCGAGCTTCTCAGCTGCCTTGA
GGGCAAAACCGACCATCTTAGAAAAAGTTGTTATTGTTACATCCTTTCCTTCTCGTTCAA
TCTTGGCTTTTCCTATGGGAAGACAGAAACTTGAATCAAGTGCTTCTTCTGAAATTGGAA
ATGATTCACCATATAGTAACTCGTTTTCAAGGAAGACGACAGGGTCAGGGTCTCTAATGG
CAGCTTTAAGAAGACCACGAGCATCTTCAGCTGAATATGGAGCGAGAACTTTCAAACCAG
GAACTGAGGCGTACCATGCTGCATAGCACTGAGAATGCTGAGCACCAACACCAGCAGCAG
CACCATTGGGTCCTCTAAAGACGATGGGTACATTTATCTGTCCAGCAGACATGTAATTTA
ATTTTGCAGCAGAATTTATGATATGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BT59JQ U 1
AF RR3GX27JQ U 58
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AG
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QA 1 755 1 755
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ACTGACGCATTGATCGTTGCTCTGTCTAGCGGACGGATTGACCGCAGATTTATTACCTCA
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GAAAAAGTTGTTATTGTTACATCCTTTCCTTCTCGTTCAATCTTGGCTTTTCCTATGGGA
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ATATGCCT

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 6

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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EC53TF U 1
AF RR3C023TF U 52
AF RR3C023JQ C 42
AF RR3DB13JQ C 78
AF RR3EC53JQ C 188
AF RR3DB13TF U 78
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ACCCGTTGAAATTGGCAAAACCAGAGTACTCTGAAACAATCCATCCATATCATATTTTCA
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ATTCGCAT

QA 1 703 1 703
DS 

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AATGAGCGTGCCTTGGAAGGATTACAAGACAGAGTCGTTCTCTTAAAACGACTTTCTGGC
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GATTCATCAAGGGGAATTCTCTCAGGAACCATGGACCGGTTTAAAACTGTTTTTGAGACC
AAATCAAGCAGAAGAATGCTGACACTCGTCGCAGCATTCGTGGGTTTATTTCTAGTCATT
TACTATCTTACCCGTTGAAATTGGCAAAACCAGAGTACTCTGAAACAATCCATCCATATC
ATATTTTCATGCTCTCTGTTGGCTCCTTCAATCTCTGTCAGTGTAATGAATGAATGTGAT
ATGCACCTAGTGTTACAGCGTGATCAAGTGCTTCAGATATAAATGA

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3C023JQ 648 0 0
GG
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GGG
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GTTTCCACTGAGCATAATCGAGTACATGTGGAGAGCCAAGCAACCATACAACGTCTCTGT
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CAAAAACAAAAAACTGTTTTGAGTTCCTCTCTGTTTTCACTTTGTTGGGTTAAATCTTTC
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
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10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AGTT

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GG
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TTCATCCGCCCACACTTGAGACAACTAGCTGCTTACCAGCCAATCTTACCCTTTGAGGTT
CTGTCTGCTCAATTAGGAAGAAAGCCTGAGGATATAGTCAAGCTTGATGCTAACGAGAAC
CCTTATGGTCCTCCTCCTGAGGTTTTTGAAGCGTTAGGCAACATGAAGTTCCCTTACGTC
TATCCTGATCCTCAAAGTCGTAGGCTTCGTGAAGCTCTCGCTCAAGACTCTGGTCTTGAG
TCAGAGTACATCCTTGCTGGCTGTGGCGCTGACGAGCTTATCGATTTGATCATGAGATGC
GTGTTGGATCCTGGTGAGAAGATTATAGATTGTCCTCCTACTTTCTCAATGTATGTGTTT
GATGCTGCTGTCAATGGAGCTGGTGTCATTAAAGTTCCAAGGAACCCTGATTTCAGCTTG
AATGTAGACCGCATTGCTGAAGTTGTTGAACTAGAGAAACCCAAATGCATATTCCTAACT
TCTCCCAACAAT

QA 3 734 3 734
DS 

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G
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AATGTATGTTTTTGATGCTGCTGTCAATGGAGCTGGTGTCATTAAAGTTCCAAGGAACCC
TGATTTCAGCTTGAACGTAGACCGCATTGCTGAAGTTGTTGAACTAGAGAAACCCAAATG
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GAAGATTCTAGACATGCCAATACTTGTTGTCCTAGATGAGGCTTACATAGAGTTCTCAGG
AGTTGAATCAAGGATGCAATGGGTGAAGAAGTATGAGAACCTAATCGTTCTCCGCACATT
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AATCGAGTACATGTGGAGAGCCAAGCAACCATACAACGTCTCTGTTGCAGGGGAAGTAGC
AGCATTAGCTGCACTCTCAAACGGGAAGTACTTGGAAGATGTGAGAGACGCGTTGGTACG
CGAAAGGGAGAGGCTTTTCGGGCTGTTGAAAGAAGTTCCTTTCTTGAATCCTTTCCCGAG
CCACTCGAACTTCATTCTCTGTGAGGTTACATCTGGAATGGACGCGAAGAAGCTGAAAGA
GGATTTGGCTAAGATGGGTGTGATGGTGCGTCATTACA*CAGTCAAGAGCTTAAAG*TTT
TGTCCGAGTTTCTGCTGGAAAGCCTGA*CATACTGATGCTCTCATGGATTGTCT

QA 2 775 2 775
DS 

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TCCTAACTTCTCCCAACAATCCAGATGGAAGTATCATCAGTGAAGATGATCTGTTGAAGA
TCCTAGACATGCCAATACTTGTTGTCCTAGATGAGGCTTACATAGAGTTCTCAGGAGTTG
AATCAAGGATGCAATGGGTGAAGAAGTATGAGAACCTAATCGTTCTCCGCACATTCAGCA
AACGAGCTGGTTTGGCGGGGCTTCGAGTTGGATACGGAGCGTTTCCACTGAGCATAATCG
AGTACATGTGGAGAGCCAAGCAACCATACAACGTCTCTGTCGCAGGGGAAGTAGCAGCGT
TAGCTGCACTCTCAAACGGGAAGTACTTGGAAGATGTGAGAGATGCCTTGGTACGCGAAA
GAGAGAGGCTTTTCGGGCTGTTGAAAGAAGTTCCTTTCTTGAATCCTTTCCCGAGCCACT
CGAACTTCATTCTCTGTGAGGTTACATCTGGAATGGACGCGAA**AGCTGAAAGAGGATT
TGGCTAAGATGGGTGTGATGGTACGTCATTACAACAGTCAAGAGCTTAAAGGTTTTGTCC
GAGTTTCTGCTGGAAAGCCTGAACATACTGATGCTCTCATGGATTGTCTTAAGCAATTCT
ATTGACTTCCTCATTTGTTTGGAACTCATCGAAACAAAAACAAAAACAAAAAACTGTTTT
GAGTTCCTCTCTGTTTTCACTTTGTTGGGTTAAATCTTTCAGACTTCAGTTTAATGATCT
ATTTGCAATAAG

QA 1 792 1 792
DS 

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AACTAGAGAAACCCAAATGCATATTCCTAACTTCTCCCAACAATCCAGATGGAAGTATCA
TCAGTGAAGATGATCTGTTGAAGATCCTAGACATGTCTATACTTGTTGTCCTAGATGAGG
CTTACATAGAGTTCTCAGGAGTTGAATCAAGGATGCAATGGGTGAAGAAGTATGAGAACC
TAATCGTTCTCCGCACATTCAGCAAACGAGCTGGTTTGGCGGGGCTTCGAGTTGGATACG
GAGCGTTTCCACTGAGCATAATCGAGTACATGTGGAGAGCCAAGCAACCATACAACGTCT
CTGTCGCAGGGGAAGTAGCAGTGTTAGCTGCACTCTCAAACGGGAAGTACTTGGAAGATG
TGAGAGATGCCTTGGTACGCGAAAGAGAGAGGCTTTTCGGGCTGTTGAAAGAAGTTCCTT
TCTTGAATCCTTTCCCGAGCCACTCGAACTTCATTCTCTGTGAGGTTACATCTGGAATGG
ACGCGAAGAAGCTGAAAGAGGATTTGGCTAAGATGGGTGTGATGGTACGTCATTACAACA
GTCAAGAGCTTAAAGGTTTTGTCCGAGTTTCTGCTGGAAAGCCTGAACATACTGATGCTC
TCATGGATTGTCTTAAGCAATTCTATTGACTTCCTCATTTGTTTGGAACTCATCGAAACA
AAAACAAAAACAAAAAACTGTTTTGAGTTCCTCTCTGTTTTCACTTTGTTGGGTTAAATC
TTTCAGACTTCAGTTTAATGATCTATTTGCAAT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3BN57JQ 754 0 0
GCATTGCTGAAGTTGTTGAACTAGAGAAACCCAAATGCATATTCCTAACTTCTCCCAACA
ATCCAGATGGAAGTATCATCAGTGAAGATGATCTGTTGAAGATCCTAGACATGCCAATAC
TTGTTGTCCTAGATAAGGCTTACATAGAGTTCTCAGGAGTTGAATCAAGGATGCAATGGG
TGAAGAAGTATGAGAACCTAATCGTTCTCCGCACATTCAGCAAACGAGTTGGTTTGGCGG
GGCTTCGAGTTGGATACGGAGCGTTTCCACTGAGCATAATCGAGTACATGTGGAGAGCCA
AGCAACCATACAACGTCTCTGTCGCAGGGGAAGTAGCAGCGTTAGCTGCACTCTCAAACG
GGAAGTACTTGGAAGATGTGAGAGATGCCTTGGTACGCGAAAGAGAGAGGCTTTTCGGGC
TGTTGAAAGAAGTTCCTTTCTTGAATCCTTTCCCGAGCCACTCGAACTTCATTCTCTGTG
AGGTTACATCTGGAATGGACGCGAAGAAGCTGAAAGAGGATTTGGCTAAGATGGGTGTGA
TGGTACGTCATTACAACAGTCAAGAGCTTAAAGGTTTTGTCCGAGTTTCTGCTGGAAAGC
CTGAACATACTGATGCTCTCATGGATTGTCTTAGGCAATTCTATTGACTTCCTCATTTGT
TTGGAACTCATCGAAACAAAAACAAAAACAAAAAACTGTTTTGAGTTCCTCTCTGTTTTC
ACTTTGTTGGGTTAAATCTTTCAGACTTCAGTTT

QA 1 754 1 754
DS 



AS 2 6

CO CL872Contig1 959 4 4 U
GTATGCTGATAACTAAGTCCAACAAGGTTGCAGCTCTCCGCCAAGCATTCTACCGGCAGA
ACCTTCCGAATGTCACCAACTTGCTTGCCACTGTCTTGATCTTCCTGATTGTCATCTACT
TCCAAGGCTTCCGTGTGGTTTTGCCTGTGAGATCAAAGAATGCCCGTGGACAACAGGGTT
CTTACCCAATCAAGCTGTTCTACACCTCTAACATGCCCATCATTCTCCAGTCCGCCCTTG
TCTCTAACCTTTACTTCATTTCCCAGCTTCTCTACAGGAAGTTCAGTGGAAACTTCTTTG
TGAACCTTTTGGGACAATGGAAAGAGTCTGAGTACAGTGGGCAATCTATTCCAGTTAGTG
GTCTGGCTTACCTCATCACTGCTCCAGCAAGCTTCTCTGACATGGCAGCTCATCCGTTCC
ATGCTCTGTTCTACATTGTTTTCATGCTCACTGCTTGTGCTCTTTTCTCAAAGACATGGA
TTGAGGTCTCCGGATCTTCTGCTAGGGACGTAGCTAAGCAGCTTAAGGAACAACAAATGG
TGATGCCTGGACACAGAGAGTCAAACTTGCAGAAGGAGCTGAACAGGTACATCCCAACAG
CAGCAGCTTTCGGAGGAGTGTGCATCGGTGCATTGACCGTGCTGGCCGATTTCATGGGAA
CCATTGGGTCAGGGACTGGG*ATTCTCTTGGCGGTCACGATCATATATCAGTATTTCGAG
ACGTTCGAGAAGGAGAAAGCAAGTGAACTCGGCTTCTTTGGGTTCTAAGTTTGGCCTTAA
AAGTTGTTAATCTTTGCTTAGGCAAAAGAGCAGAGAAGGCACACGCTAGCTTAGCTTCTG
TGCCCAACCTCAAAAGGGTTCTAACAAAGTTTGGGGTAGTCCTTTCTTGTTGTTTAAACA
AAATTTTCACTTGTAGTTTTTTCCTTCTTTTAAATACAATTCATGTTCTTTTTGTTGCT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3BH95TF U 1
AF RR3BG92TF U 1
AF RR3BH95JQ C 150
AF RR3BG92JQ C 167
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RD RR3BH95TF 380 0 0
G
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CTCTAACCTTTACTTCATTTCCCAGCTTCTCTACAGGAAGTTCAGTGGAAACTTCTTTGT
GAACCTTTTGGGACAATGGAAAGAGTCTGAGTACAGTGGGCAATCTATTCCAGTTAGTGG
TCTGGCTTACCTCATCACT

QA 2 380 2 380
DS 

RD RR3BG92TF 806 0 0
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ACCTTCCGAATGTCACCAACTTGCTTGCCACTGTCTTGATCTTCCTGATTGTCATCTACT
TCCAAGGCTTCCGTGTGGTTTTGCCTGTGAGATCAAAGAATGCCCGTGGACAACAGGGTT
CTTACCCAATCAAGCTGTTCTACACCTCTAACATGCCCATCATTCTCCAGTCCGCCCTTG
TCTCTAACCTTTACTTCATTTCCCAGCTTCTCTACAGGAAGTTCAGTGGAAACTTCTTTG
TGAACCTTTTGGGACAATGGAAAGAGTCTGAGTACAGTGGGCAATCTATTCCAGTTAGTG
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ATGCTCTGTTCTACATTGTTTTCATGCTCACTGCTTGTGCTCTTTTCTCAAAGACATGGA
TTGAGGTCTCCGGATCTTCTGCTAGGGACGTAGCTAAGCAGCTTAAGGAACAACAAATGG
TGATGCCTGGACACAGAGAGTCAAACTTGCAGAAGGAGCTGAACAGGTACATCCCAACAG
CAGCAGCTTTCGGAGGAGTGTGCATCGGTGCATTGACCGTGCTGGCCGATTTCATGGGAA
CCATTGGGTCAGGGACTGGGGATTCTCTTGGCGGTCACGATCATATATCAGTATTTCGAG
ACGTTCGAGAAGGAGAAAGCAAGTGAACTCGGCTTCTTTGGGTTCTAAGTTTGGCCTTAA
AAGTTGTTAATCTTTGCTTAGGCAAA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3BH95JQ 810 0 0
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AACATGCCCATCATTCTCCAGTCCGCCCTTGTCTCTAACCTTTACTTCATTTCCCAGCTT
CTCTACAGGAAGTTCAGTGGAAACTTCTTTGTGAACCTTTTGGGACAATGGAAAGAGTCT
GAGTACAGTGGGCAATCTATTCCAGTTAGTGGTCTGGCTTACCTCATCACTGCTCCAGCA
AGCTTTTCTGACATGGCAGCTCATCCGTTCCATGCTCTGTTCTACATTGTTTTCATGCTC
ACTGCTTGTGCTCTTTTCTCAAAGACATGGATTGAGGTCTCCGGATCTTCTGCTAGGGAC
GTAGCTAAGCAGCTTAAGGAACAACAAATGGTGATGCCTGGACACAGAGAGTCAAACTTG
CAGAAGGAGCTGAACAGGTACATCCCAACAGCAGCAGCTTTCGGAGGAGTGTGCATCGGT
GCATTGACCGTGCTGGCCGATTTCATGGGAACCATTGGGTCAGGGACTGGG*ATTCTCTT
GGCGGTCACGATCATATATCAGTATTTCGAGACGTTCGAGAAGGAGAAAGCAAGTGAACT
CGGCTTCTTTGGGTTCTAAGTTTGGCCTTAAAAGTTGTTAATCTTTGCTTAGGCAAAAGA
GCAGAGAAGGCACACGCTAGCTTAGCTTCTGTGCCCAACCTCAAAAGGGTTCTAACAAAG
TTTGGGGTAGTCCTTTCTTGTTGTTTAAACAAAATTTTCACTTGTAGTTTTTTCCTTCTT
TTAAATACAATTCATGTTCTTTTTGTTGCT

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3BG92JQ 793 0 0
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CCAGTCCGCCCTTGTCTCTAACCTTTACTTCATTTCCCAGCTTCTCTACAGGAAGTTCAG
TGGAAACTTCTTTGTGAACCTTTTGGGACAATGGAAAGAGTCTGAGTACAGTGGGCAATC
TATTCCAGTTAGTGGTCTGGCTTACCTCATCACTGCTCCAGCAAGCTTCTCTGACATGGC
AGCTCATCCGTTCCATGCTCTGTTCTACATTGTTTTCATGCTCACTGCTTGTGCTCTTTT
CTCAAAGACATGGATTGAGGTCTCCGGATCTTCTGCTAGGGACGTAGCTAAGCAGCTTAA
GGAACAACAAATGGTGATGCCTGGACACAGAGAGTCAAACTTGCAGAAGGAGCTGAACAG
GTACATCCCAACAGCAGCAGCTTTCGGAGGAGTGTGCATCGGTGCATTGACCGTGCTGGC
CGATTTCATGGGAACCATTGGGTCAGGGACTGGG*ATTCTCTTGGCGGTCACGATCATAT
ATCAGTATTTCGAGACGTTCGAGAAGGAGAAAGCAAGTGAACTCGGCTTCTTTGGGTTCT
AAGTTTGGCCTTAAAAGTTGTTAATCTTTGCTTAGGCAAAAGAGCAGAGAAGGCACACGC
TAGCTTAGCTTCTGTGCCCAACCTCAAAAGGGTTCTAACAAAGTTTGGGGTAGTCCTTTC
TTGTTGTTTAAACAAAATTTTCACTTGTAGTTTTTTCCTTCTTTTAAATACAATTCATGT
TCTTTTTGTTGCT

QA 1 793 1 793
DS 



CO CL872Contig2 1265 2 4 U
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CTGCCTTGACGAGCTTCTTCAGAAAGGATACGGTCTCGGCTCAGGAATCTCCCTTTTCAT
TGCCACCAACATCTGTGAGAGCATTATCTGGAAGGCGTTTATCCCAACGACCATCAACAC
TGGTCGTGGAGCGGAGTTTGAAGGTGCTGTAATTGCATTGTTCCATATGCTGATAACCAA
GTCCAACAAGGTTGCAGCTCTCCGCCAAGCATTCTACCTGCAAAACCTTCCAAATGTTAC
CAACTTGCTCGCCACAGTCTTGATCTTCCTTATTGTTATCTACTTCCAAGGGTTCCGTGT
GGTTTTGCCTGTGAGATCAAAGAATGCCCGTGGGCAACAGGGTTCTTACCCAATAAAGCT
GTTCTACACCTCTAACATGCCCATCATTCTCCAATCCGCTCTCGTCTCAAACCTTTACTT
CATCTCCCAGCTTCTCTACAGGAAGTTCAGTGGAAACTTCTTTGTAAACCTTTTGGGACA
ATGGAAAGAATCTGAGTACAGTGGGCAATCTATTCCAGTTAGTGGTCTGGCTTACCTCAT
CACAGCTCCAGCAAGTTTCTCGGACATGGCAGCTCACCCGTTCCATGCTCTGTTCTACAT
TGTCTTCATGCTCACTGCTTGTGCTCTTTTCTCAAAGACATGGATTGAGGTCTCCGGATC
TTCTGCTAGGGACGTAGCCAAGCAGCTCAAGGAACAACAAATGGTGATGCCAGGACACAG
AGAGTCAAACTTACAGAAGGAGTTGAACAGGTATATCCCAACAGCAGCAGCTTTCGGAGG
AGTGTGTATTGGTGCACTGACCGTTCTGGCTGATTTCATGGGAGCCATTGGGTCCGGGAC
TGGAATCCTCTTGGCGGTGACAATCATATATCAGTACTTTGAGACCTTTGAGAAGGAAAA
AGCAAGTGAACTCGGCTTCTTCGGGTTCTAAATTGCCCGTAAGGCCACAAACTTTGCTTA
GGGTAAAGGCAGAGTTTCAAAGCAGAGAAGGCACTTTTACTTTAGCTTCTGTGCCAGCCT
CAAAGGGTAACAGACCGTTTGAGGAGAGCACTTGGGGTAGACTTTTTTGTTGTTTAAACA
AAACTTTCACTTGTAGTTTCTCTTTTTAATATAATTTACTAGATCTTGACCCGCGCTTTG
GAAGCGCGGAATATTTTATGATGAAAAAATTCACTAATAACTTACCAAATATTTTGGTAA
TTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BN41TF U 1
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GGTTTTGCCTGTGAGATCAAAGAATGCCCGTGGGCAACAGGGTTCTTACCCAATAAAGCT
GTTCTACACCTCTAACATGCCCATCATTCTCCAATCCGCTCTCGTCTCAAACCTTTACTT
CATCTCCCAGCTTCTCTACAGGAAGTTCAGTGGAAACTTCTTTGTAAACCTTTTGGGACA
ATGGAAAGAATCTGAGTACAGTGGGCAATCTATTCCAGTTAGTGGTCTGGCTTACCTCAT
CACAGCTCCAGCAAGTTTCTCGGACATGGCAGCTCACCCGTTCCATGCTCTGTTCTACAT
TGTCTTCATGCTCACTGCTTGTGCTCTTTTCTCAA*GACATGGATTGAGGTCTCCGGATC
T
CTG

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3BN41JQ 761 0 0
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GCAATCTATTCCAGTTAGTGGTCTGGCTTACCTCATCACAGCTCCAGCAAGTTTCTCGGA
CATGGCAGCTCACCCGTTCCATGCTCTGTTCTACATTGTCTTCATGCTCACTGCTTGTGC
TCTTTTCTCAAAGACATGGATTGAGGTCTCCGGATCTTCTGCTAGGGACGTAGCCAAGCA
GCTCAAGGAACAACAAATGGTGATGCCAGGACACAGAGAGTCAAACTTACAGAAGGAGTT
GAACAGGTATATCCCAACAGCAGCAGCTTTCGGAGGAGTGTGTATTGGTGCACTGACCGT
TCTGGCTGATTTCATGGGAGCCATTGGGTCCGGGACTGGAATCCTCTTGGCGGTGACAAT
CATATATCAGTACTTTGAGACCTTTGAGAAGGAAAAAGCAAGTGAACTCGGCTTCTTCGG
GTTCTAAATTGCCCGTAAGGCCACAAACTTTGCTTAGGGTAAAGGCAGAGTTTCAAAGCA
GAGAAGGCACTTTTACTTTAGCTTCTGTGCCAGCCTCAAAGGGTAACAGACCGTTTGAGG
AGAGCACTTGGGGTAGACTTTTTTGTTGTTTAAACAAAACTTTCACTTGTAGTTTCTCTT
TTTAATATAATTTACTAGATCTTGACCCGCGCTTTGGAAGCGCGGAATATTTTATGATGA
AAAAATTCACTAATAACTTACCAAATATTTTGGTAATTTCC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 2 6

CO CL873Contig1 1227 2 2 U
AATGAACATTAATGACGTTAAGGGATCTCATGCATCCACATTTCTCACGTCTCTTATTCA
ATCTCCTATATCATAGATAGAAACCAATTCACTGAAGAGCACTTATACGACAATTTTATT
GTTTATCTTAAACTTAGAGAGGCTTCTGGCAAGTGATGATGCCAAACTTAATGACACCTT
TCTTGTACCCTTCGATCATCAATGGCATTGTCAATGCTCCTTTTATACTCTTCATACCAC
TACGAAGCAGAGACACAAGGCCCTTCCATGTTAATGCGGTTCGTATAACCGCCGGCCAGA
AAGGAGCTACATTCTCTGACCAATCTGCACACTTAATATCCTGGAGGGAGAGGGATTGAA
GCAAATCGACATAATCAGAGGTGGAGCACCAGGCCGGGAGATAAAATGTTTTGCAGATTC
TGTCCAAGAGGTTCTGTTCCCATGGCTGCAAAGCTTCTTCCCCTGGGGATAGATTTCTGT
GGCACCATGTCACTATTATTATCCTTCCTCCTGGAGCCGCCACACGTACCAATTCCTTCA
CGAACTTGGCCTTGTCAGGCATATGCTCACCGCTTTCCATTGACCACACAAGATCGAACA
TACCATCTTCAAATGGTTGCTCCAGTGCATCTGCAACCTGGAAGGAAACCTTATGAGAGA
GTGATTGAGCGGCCGCGAGACCATTGGCTCTCTTGGCTTGAACAGGACTGAGTGTGATGC
CAACGCATTCGGCACCAAATTTAGAGGCAATATATCTTGAGCTTCCTCCGATCCCACAAC
CAACATCCACTACTCTCTTTATCTTTTTCTCCTCTTCAGTAACACCAGCGAAACGTAGAG
ACTCTTCAATCATCCGGATCTGAGCTTCCCGGTGACCGGAATCTGAAGGTTGAACAGAGG
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GCCGTTGGGACTGGATGAGAAGCGACGGTGAACGGAGAGAAGACACTTTGTGCCTGGGGA
GGCTGATGAGAGAGGAGGGTGCTAGAGTCGCTTTCATTTATAATGAGAGGTTGGCAAAAC
AAGAAATGTGGCTGTGTATGGGATTCC


BQ
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AF RR3H161JQ U 1
AF RR3AQ70TF C 512
BS 1 672 RR3H161JQ
BS 673 1227 RR3AQ70TF

RD RR3H161JQ 672 0 0
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GTTTATCTTAAACTTAGAGAGGCTTCTGGCAAGTGATGATGCCAAACTTAATGACACCTT
TCTTGTACCCTTCGATCATCAATGGCATTGTCAATGCTCCTTTTATACTCTTCATACCAC
TACGAAGCAGAGACACAAGGCCCTTCCATGTTAATGCGGTTCGTATAACCGCCGGCCAGA
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GCAAATCGACATAATCAGAGGTGGAGCACCAGGCCGGGAGATAAAATGTTTTGCAGATTC
TGTCCAAGAGGTTCTGTTCCCATGGCTGCAAAGCTTCTTCCCCTGGGGATAGATTTCTGT
GGCACCATGTCACTATTATTATCCTTCCTCCTGGAGCCGCCACACGTACCAATTCCTTCA
CGAACTTGGCCTTGTCAGGCATATGCTCACCGCTTTCCATTGACCACACAAGATCGAACA
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GTGATTGAGCGG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3AQ70TF 716 0 0
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GCTTTCCATTGACCACACAAGATCGAACATACCATCTTCAAATGGTTGCTCCAGTGCATC
TGCAACCTGGAAGGAAACCTTATGAGAGAGTGATTGAGCGGCCGCGAGACCATTGGCTCT
CTTGGCTTGAACAGGACTGAGTGTGATGCCAACGCATTCGGCACCAAATTTAGAGGCAAT
ATATCTTGAGCTTCCTCCGATCCCACAACCAACATCCACTACTCTCTTTATCTTTTTCTC
CTCTTCAGTAACACCAGCGAAACGTAGAGACTCTTCAATCATCCGGATCTGAGCTTCCCG
GTGACCGGAATCTGAAGGTTGAACAGAGGAATCAGGATCGTAGAAGCCGTGATGCATATG
ATCTCCCCAAATATCCTCCCATAATCCCGACGTCTCGTTGTAGAATTCAGCTATTCCTTC
TCGCAGCGCCTCAACGGAGGAGGTAGCAGCAGCCGTCACAGCCACGCTTCCACGTGATGC
TGTCGTCGTCGTCATTAAGGCTGAGGATGGCCGTTGGGACTGGATGAGAAGCGACGGTGA
ACGGAGAGAAGACACTTTGTGCCTGGGGAGGCTGATGAGAGAGGAGGGTGCTAGAGTCGC
TTTCATTTATAATGAGAGGTTGGCAAAACAAGAAATGTGGCTGTGTATGGGATTCC

QA 1 716 1 716
DS 



CO CL873Contig2 1300 4 12 U
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CTCATTCAGTCCCAACGGCCATCCTCAGCCTTAATGACGACGATGAAGACGGCATCACGT
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GCTGAATTCTACAACGAGACGTCGGGATTATGGGAGGAGATTTGGGGAGATCATATGCAT
CACGGCTTCTACGATCCTGATTCCTCTGTTCAACTTTCAGATTCCGGTCACCGGGAAGCT
CAGATCCGGATGATTGAAGAGTCTCTACGTTTCGCTGGCGTTACTGAAGAGGAGAAAAAG
ATAAAGAGAGTAGTGGATGTTGGTTGTGGGATCGGAGGAAGCTCAAGATATATTGCCTCT
AAATTTGGTGCCGAATGCGTTGGCATCACACTCAGTCCTGTTCAAGCCAAGAGAGCCAAT
GATCTCGCGGCCGCTCAATCACTCTCTCATAAGGTTTCCTTCCAGGTTGCAGATGCACTG
GAGCAACCATTTGAAGATGGTATGTTCGATCTTGTGTGGTCAATGGAAAGCGGTGAGCAT
ATGCCTGACAAG*CCAAGTTCGTGAAGGAATTGGTACGTGTGGCGGCTCCAGGAGAAAGG
ATAATAATAGTGACATGGTGCCACAGAAATCTATCCCCAGGGGAAGAAGCTCTGCAGCCA
TGGGAACAGAACCTCTTGGACAGAATCTTCAAAACATTTTATCTCCCTCCTTTCTGGCCG
GCGGTTATACGAACCGCATTAACATGGAAGGGCCTTGTGTCTCTGCTTCGTAGTGGTATG
AAGAGTATAAAAGGGGCATTGACAATGCCATTGATGATCGAAGGGTACAAGAAAGGTGTC
ATTAAGTTTGGCATCATCACTTGCCAGAAGCCTCTCTAAGTTTAAGATAAACAATAAAAT
TGTCGTATAAGTGATCTTCAGTGAATTGGTTTCTATCTATGATATAGGAGATTGAATAAG
AGACGTGAGAAATTAATGTGGATGCATGAGATCCCTTAACGTCATTAATGTTCATTTCTT
GGCTCCGTTGTTTATTTTAGAAAAATATAATTTATCTAAGAAGATAAGACTTGAACGGTA
AACTCATATCCGTGTGGTCTGGACATGTGGTCGTGTCTGCCTTGTCTAAAAGTTATTTCC
GTGTACAATATACACACATGGAGAAAGTCGAAATTGGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H161TF U 1
AF RR3FJ40TF U 9
AF RR3AQ70JQ C 392
AF RR3EZ93JQ C 887
BS 1 479 RR3H161TF
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BS 758 1202 RR3AQ70JQ
BS 1203 1300 RR3EZ93JQ

RD RR3H161TF 684 0 0
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CTCATTCAGTCCCAACGGCCATCCTCAGCCTTAATGACGACGATGAAGACGGCATCACGT
GGAAGCGTGACTGTGACGGCTGCTGCCACCTCCTCCGTTGAGGCGCTGCGAGAAGGAATA
GCTGAATTCTACAACGAGACGTCGGGATTATGGGAGGAGATTTGGGGAGATCATATGCAT
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CAGATCCGGATGATTGAAGAGTCTCTACGTTTCGCTGGCGTTACTGAAGAGGAGAAAAAG
ATAAAGAGAGTAGTGGATGTTGGTTGTGGGATCGGAGGAAGCTCAAGATATATTGCCTCC
AAATTTGGTGCCGAATGCGTTGGCATCACACTCAGTCCTGTTCAAGCCAAGAGAGCCAAT
GATCTCGCGGCCGCTCAATCACTCTCTCATAAGGTTTCCTTCCAGGTTGCAGATGCACTG
GAGCAACCATTTGAAGATGGTATGTTCGATCTTGTGTGGTCAATGGAAAGCGGTGAGCAT
ATGCCTGACAAG*CCAAGTTCGTG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3FJ40TF 758 0 0
GG
ACATTTCCTGTTTCGCCATCCTCTCATTATAAATGAAAGCGACTCTCGCACCCTCCTCTC
TCATCAGCCTCCCCAGGCACAAATTTTCTTCTCTCCGTTCACCGTCGCTTCTCATTCAGT
CCCAACGGCCATCCTCAGCCTTAATGACGACGATGAAGACGGCATCACGTGGAAGCGTGA
CTGTGACGGCTGCTGCCACCTCCTCCGTTGAGGCGCTGCGAGAAGGAATAGCTGAATTCT
ACAACGAGACGTCGGGATTATGGGAGGAGATTTGGGGAGATCATATGCATCACGGCTTCT
ACGATCCTGATTCCTCTGTTCAACTTTCAGATTCCGGTCACCGGGAAGCTCAGATCCGGA
TGATTGAAGAGTCTCTACGTTTCGCTGGCGTTACTGAAGAGGAGAAAAAGATAAAGAGAG
TAGTGGATGTTGGTTGTGGGATCGGAGGAAGCTCAAGATATATTGCCTCTAAATTTGGTG
CCGAATGCGTTGGCATCACACTCAGTCCTGTTCAAGCCAAGAGAGCCAATGATCTCGCGG
CCGCTCAATCACTCTCTCATAAGGTTTCCTTCCAGGTTGCAGATGCACTGGAGCAACCAT
TTGAAGATGGTATGTTCGATCTTGTGTGGTCAATGGAAAGCGGTGAGCATATGCCTGACA
AG*CCAAGTTCGTGAAG*AATTGGTACGTGTGGCGGCTCCAGGAGAA**GATAATAATAG
TGACATGGTGC*ACAGAAATCTATCCC
AGGGGAGAG

QA 3 749 3 749
DS 

RD RR3AQ70JQ 813 0 0
TCGCTGGTGTTACTGAAGAGGAGAAAAAGATAAAGAGAGTAGTGGATGTTGGTTGTGGGA
TCGGAGGAAGCTCAAGATATATTGCCTCTAAATTTGGTGCCGAATGCGTTGGCATCACAC
TCAGTCCTGTTCAAGCCAAGAGAGCCAATGGTCTCGCGGCCGCTCAATCACTCTCTCATA
AGGTTTCCTTCCAGGTTGCAGATGCACTGGAGCAACCATTTGAAGATGGTATGTTCGATC
TTGTGTGGTCAATGGAAAGCGGTGAGCATATGCCTGACAAGGCCAAGTTCGTGAAGGAAT
TGGTACGTGTGGCGGCTCCAGGAGGAAGGATAATAATAGTGACATGGTGCCACAGAAATC
TATCCCCAGGGGAAGAAGCTCTGCAGCCATGGGAACAGAACCTCTTGGACAGAATCTTCA
AAACATTTTATCTCCCTCCTTTCTGGCCGGCGGTTATACGAACCGCATTAACATGGAAGG
GCCTTGTGTCTCTGCTTCGTAGTGGTATGAAGAGTATAAAAGGGGCATTGACAATGCCAT
TGATGATCGAAGGGTACAAGAAAGGTGTCATTAAGTTTGGCATCATCACTTGCCAGAAGC
CTCTCTAAGTTTAAGATAAACAATAAAATTGTCGTATAAGTGATCTTCAGTGAATTGGTT
TCTATCTATGATATAGGAGATTGAATAAGAGACGTGAGAAATTAATGTGGATGCATGAGA
TCCCTTAACGTCATTAATGTTCATTTCTTGGCTCCGTTGTTTATTTTAGAAAAATATAAT
TTATCTAAGAAGATAAGACTTGAACGGTAAA
AT

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3EZ93JQ 414 0 0
TTCGTAGTGGTATGAAGAGTATAAAAGGGGCATTGACAATGCCATTGATGATCGAAGGGT
ACAAGAAAGGTGTCATTAAGTTTGGCATCATCACTTGCCAGAAGCCTCTCTAAGTTTAAG
ATAAACAATAAAATTGTCGTATAAGTGATCTTCAGTGAATTGGTTTCTATCTATGATATA
GGAGATTGAATAAGAGACGTGAGAAATTAATGTGGATGCATGAGATCCCTTAACGTCATT
AATGTTCATTTCTTGGCTCCGTTGTTTATTTTAGAAAAATATAATTTATCTAAGAAGATA
AGACTTGAACGGTAAACTCATATCCGTGTGGTCTGGACATGTGGTCGTGTCTGCCTTGTC
TAAAAGTTATTTCCGTGTACAATATACACACATGGAGAAAGTCGAAATTGGTCT

QA 1 414 1 414
DS 



AS 1 6

CO CL874Contig1 1536 6 23 U
TTCCTAATCTTTTCCTCTCCGACAAGACATCTTCCTAAACTCAATCCGCATTTACCTGTG
GAAATCTCCGATATAAAGCCCGCGAAGATGTCGAGAGATATCGAAGATGAGATCAGAGAC
GAGAAGAATCCTCGGCCACTTGACGAAGATGATATCGCTCTCCTCAAGACTTATGGGTTA
GGGCCATACTCTGCACCGATAAAGAAAGTAGAGAAAGAAATCAAGGACCTTGCCAAGAGG
ATCAACGATCTCTGTGGTATCAAGGAGTCTGATACTGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGG
GATCTCGTCTCTGATAAACAGATGATGCAAGAGGAGCAACCTCTCCAGGTT*GCTAGATG
CACAAAGATTATTAGTCCAAACACTGAAGACGCCAAGTACGTCATTAATGTCAAACAGAT
TGCTAAGTTT*GTCGTTGGCCTTGGAGACAAAGTTTCTCCTACTGATATTGAAGAAGGCA
TGCGAGTGGGAGTTGATAGGAATAAGTACCAGATACAGATT*CCTCTACCTCCCAAAATC
GATCCTAGTGTCACCATGATGACTGTTGAAGAGAAACCTGATGTTACTTACAATGATGTT
GGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGAGAGGTCGTTGAACTGCCAATGCTTCAC
CCAGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATAGATCCTCCCAAGGGCGTTCTCTGCTACGGTCCT
CCTGGTACCGGTAAAACCCTTTGGCTAGAGCTGTTGCCAACAGAACCGATGCTTGCTTTA
TCAGAGTCATCGGCAGTGAGCTTGTTCAGAAGTATGTGGGTGAAGGAGCTAGGATGGTTC
GTGAACTGTTTCAGATGGCACGGTCCAAAAAAGCTTGCATTGTGTTCTTCGATGAAGTTG
ATGCCATTGGTGGTGCAAGATTTGATGACGGTGTAGGAGGTGACAACGAAGTCCAGCGTA
CTATGCTTGAGATTGTGAATCAGCTTGATGGGTTTGACGCTCGTGGTAACATCAAAGTTC
TTATGGCAACCAACAGGCCTGACACGCTAGACCCTGCTCTTTTACGTCCTGGACGTCTTG
ACCGTAAGGTTGAGTTTGGTTTGCCTGATCTGGAGAGCAGGACCCAGATCTTCAAGATTC
ACACAAGAACCATGAACTGCGAGAGAGACATCCGTTTTGAGCTCCTTGCTCGCCTCTGCC
CAAACTCAACTGGAGCTGATATCAGAAGTGTGTGCACTGAAGCTGGAATGTATGCAATCA
GAGCTAGGAGAAAAACTGTGACTGAGAAAGACTTTTTGGATGCAGTGAACAAAGTCATCA
AAGGTTATCAGAAGTTCAGTGCAACCCCCAAGTATATGGTCTACAACTAATAAGAAAGAC
ATGACGGTTGTTTCAATTTCTTTACATGTCCCAGACTCAGAAACTCTCTTTGTCCTTTGT
ATTTCTCCGCAGCACGTGTGTTTATTTATTCCAGTGACTTGTTTTCTTCTTTAGTGCCTG
ACATTTCTACTCTTTATGAATTTGGTAACCATTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU71TF U 245
AF RR3A066TF U 1
AF RR3F368TF U 22
AF RR3A066JQ C 555
AF RR3F368JQ C 742
AF RR3DA29TF U 752
BS 1 43 RR3A066TF
BS 44 44 RR3F368TF
BS 45 80 RR3A066TF
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BS 82 695 RR3A066TF
BS 696 700 RR3F368TF
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BS 755 795 RR3DA29TF
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BS 797 984 RR3DA29TF
BS 985 985 RR3A066JQ
BS 986 1080 RR3DA29TF
BS 1081 1081 RR3A066JQ
BS 1082 1406 RR3DA29TF
BS 1407 1407 RR3A066JQ
BS 1408 1443 RR3DA29TF
BS 1444 1444 RR3A066JQ
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BS 1486 1491 RR3DA29TF
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RD RR3FU71TF 387 0 0
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TCGTCTCTGATAAACAGATGATGCAAGAGGAGCAACCTCTCCAGGTTTGCTAGATGCACA
AAGATTATTAGTCCAAACACTGAAGACGCCAAGTACGTCATTAATGTCAAACAGATTGCT
AAGTTTTGTCGTTGGCCTTGGAGACAAAGTTTCTCCTACTGATATTGAAGAAGGCATGCG
AGTGGGAGTTGATAGGAATAAGTACCAGATACAGATTTCCTCTACCTCCCAAAATCGATC
CTAGTGTCACCATGATGACTGTTGAAGAGAAACCTGATGTTACTTACAATGATGTTGGTG
GCTGCAAGGAGCAGATTGAGA
GATGCG

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR3A066TF 695 0 0
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GAAATCTCCGATATAAAGCCTGCGAAGATGTCGAGAGATATCGAAGATGAGATCAGAGAC
GAGAAGAATCCTCGGCCACTTGACGAAGATGATATCGCTCTCCTCAAGACTTATGGGTTA
GGGCCATACTCTGCACCGATAAAGAAAGTAGAGAAAGAAATCAAGGACCTTGCCAAGAGG
ATCAACGATCTCTGTGGTATCAAGGAGTCTGATACTGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGG
GATCTCGTCTCTGATAAACAGATGATGCAAGAGGAGCAACCTCTCCAGGTT*GCTAGATG
CACAAAGATTATTAGTCCAAACACTGAAGACGCCAAGTACGTCATTAATGTCAAACAGAT
TGCTAAGTTT*GTCGTTGGCCTTGGAGACAAAGTTTCTCCTACTGATATTGAAGAAGGCA
TGCGAGTGGGAGTTGATAGGAATAAGTACCAGATACAGATT*CCTCTACCTCCCAAAATC
GATCCTAGTGTCACCATGATGACTGTTGAAGAGAAACCTGATGTTACTTACAATGATGTT
GGTGGCTGCAAGGAGCAGATTGAGAAGATGCGAGAGGTCGTTGAACTGCCAATGCTTCAC
CCAGAGAAGTTTGTGAAGCTTGGAATAGATCCTCC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3F368TF 689 0 0
GG
AAGACATCTTCCTAAACTCAATCCGCATTTACCTGTGGAAATCTCCGATATAAAGCCCGC
GAAGATGTCGAGAGATATCGAAGATGAGATCAGAGACGAGAAGAATCCTCGGCCACTTGA
CGAAGATGATATCGCTCTCCTCAAGACTTATGGGTTAGGGCCATACTCTGCACCGATAAA
GAAAGTAGAGAAAGAAATCAAGGACCTTGCCAAGAGGATCAACGATCTCTGTGGTATCAA
GGAGTCTGATACTGGTTTAGCTCCTCCCAGTCAATGGGATCTCGTCTCTGATAACCAGAT
GATGCAAGAGGAGCAACCTCTCCAGGTT*GCTAGATGCACAAAGATTATTAGTCCAAACA
CTGAAGACGCCAAGTACGTCATTAATGTCAAACAGATTGCTAAGTTT*GTCGTTGGCCTT
GGAGACAAAGTTTCTCCTACTGATATTGAAGAAGGCATGCGAGTGGGAGTTGATGGGAAT
AAGTACCAGATACAGATT*CCTCTACCTCCCAAAATCGATCCTAGTGTCACCATGATGAC
TGTTGAAGAGAAACCTGATGTTACTTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAG*AGCAGATTGA
GAAGATGCGAGAGGTCGTTGAACTGCCAATGCTTCACCCAGAGAAGTT*GTGAAGCTTGG
AATAGATCCTCCCAAGG
CGTTCTCTGC

QA 3 679 3 679
DS 

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CATGATGACTGTTGAAGAGAAAC*TGATGTTACTTACAATGATGTTGGTGGCTGCAAGGA
GCAGATTGAGAAGATGCGAGAGGTCGTTGAACTGCCAATGCTTCACCCAGAGAAGTTTGT
GAAGCTTGGAATAGATCCTCCCAAGGGCGTTCTCTGCTACGGTCCTCCTGGTACCGGTAA
AACCCTTTGGCTAGAGCTGTTGCCAACAGAACCGATGCTTGCTTTATCAGAGTCATCGGC
AGTGAGCTTGTTCAGAAGTATGTGGGTGAAGGAGCTAGGATGGTTCGTGAACTGTTTCAG
ATGGCACGGTCCAAAAAAGCTTGCATTGTGTTCTTCGATGAAGTTGATGCCATTGGTGGT
GCAAGATTTGATGACGGTGTAGGAGGTGACAACGAAGTCCAGCGTACTATGCTTGAGATT
GTGAATCAGCTTGATGGGTTTGACGCTCGTGGTAACATCAAAGTTCTTATGGCAACCAAC
AGGCCTGACACGCTAGACCCTGCTCTTTTACGTCCTGGACGTCTTGACCGTAAGGTTGAG
TTTGGTTTGCCTGATCTGGAGAGCAGGACCCAGATCTTCAAGATTCACACAAGAACCATG
AACTGCGAGAGAGACATCCGTTTTGAGCTCCTTGCTCGCCTCTGCCCAAACTCAACTGGA
GCAGATATCAGAAGTGTGTGCACTGAAGCTGGAATGTATGCAATCAGAGCTAGGAGAAAA
ACTGTGACTGAGAAAGACTTTTTGGATGCAGTGAACAAAGTCATCAAAGGTTATCAGAAG
TTCAGTGCAACCCCCAAGTATATGGTCAACAACTAATAAGAAAGACATGACGGTTGTTTC
AATTTCTTTACATGTCCCAGACTCAGAAACTCTCTTTGTCCTTTGTATTTCTCCGCAGCA
CGTGTGTTTATTTATTCCAGT

QA 1 921 1 921
DS 

RD RR3F368JQ 795 0 0
TGGCTAGAGCTGT*GCCAACAGAACCGATGCTTGCTTTATCAGAGTCATCGGCAGTGAGC
TTGT*CAGAAGTATGTGGGTGAAGGAGCTAGGATGGTTCGTGAACTGTTTCAGATGGCAC
GGTCCAAAAAAGCTTGCATTGTGTTCTTCGATGAAGTTGATGCCGTTGGTGGTGCAAGAT
TTGATGACGGTGTAGGAGGTGACAACGAAGTCCAGCGTACTATGCTTGAGATTGTGAATC
AGCTTGATGGGTTTGACGCTCGTGGTAACATCAAAGTTCTTATGGCAACCAACAGGCCTG
ACACGCTAGACCCTGCTCTTTTACGTCCTGGACGTCTTGACCGTAAGGTTGAGTTTGGTT
TGCCTGATCTGGAGAGCAGGACCCAGATCTTCAAGATTCACACAAGAACCATGAACTGCG
AGAGAGACATCCGTTTTGAGCTCCTTGCTCGCCTCTGCCCAAACTCAACTGGAGCTGATA
TCAGAAGTGTGTGCACTGAAGCTGGAATGTATGCAATCAGAGCTAGGAGAAAAACTGTGA
CTGAGAAAGACTTTTTGGATGCAGTGAACAAAGTCATCAAAGGTTATCAGAAGTTCAGTG
CAACCCCCAAGTATATGGTCTACAACTAATAAGAAAGACATGACGGTTGTTTCAATTTCT
TTACATGTCCCAGACTCAGAAACTCTCTTTGTCCTTTGTATTTCTCCGCAGCACGTGTGT
TTATTTATTCCAGTGACTTGTTTTCTTCTTTAGTGCCTGACATTTCTACTCTTTATGAAT
TTGGTAACCATTTTG

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3DA29TF 761 0 0
GGT
TGCCAACAGAACCGATGCTTGCTTTATCAGAGTCATCGGCATTGAGCTTGTTCAGAAGTA
TGTGGGTGAAGGAGCTAGGATGGTTCGTGAACTGTTTCAGATGGCACGGTCCAAAAAAGC
TTGCATTGTGTTCTTCGATGAAGTTGATGCCATTGGTGGTGCAAGATTTGATGACGGTGT
AGGAGGTGACAACGAAGTCCAGCGTACTATGCTTGAGATTGTGAATCAGCCTGATGGGTT
TGACGCTCGTGGTAACATCAAAGTTCTTATGGCAACCAACAGGCCTGACACGCTAGACCC
TGCTCTTTTACGTCCTGGACGTCTTGGCCGTAAGGTTGAGTTTGGTTTGCCTGATCTGGA
GAGCAGGACCCAGATCTTCAAGATTCACACAAGAACCATGAACTGCGAGAGAGACATCCG
TTTTGAGCTCCTTGCTCGCCTCTGCCCAAACTCAACTGGAGCTGATATCAGAAGTGTGTG
CACTGAAGCTGGAATGTATGCAATCAGAGCTAGGAGAAAAACTGTGACTGAGAAAGACTT
TTTGGATGCAGTGAACAAAGTCATCAAAGGTTATCAGAAGTTCAGTGCAACCCCCAAGTA
TATGGTCTACAACTAATAAGAAAGACATGACGGTTGTTTCAATTTCTTTACACGTCCCAG
ACTCAGAAACTCTCTTTGTCCTTTGTATT*CTCCGCAGCACGTGTGTTTATTTATTCCAG
TGACTTGTTT*CTTCTT*AGTGCCTGACATTTCTACTC

QA 4 761 4 761
DS 



AS 1 6

CO CL875Contig1 828 6 24 U
GGACGTTTAGATTACTTTTCGAGAAACTCTCTGACGCGGAAAGAGCTTCTCCGATTCGCA
TCGCCTGCGGCAAAAGAAGATATGTCGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAGAAA
CCCAGACGTCATCATGGGTTGAATCAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTTGAT
CTCTTTGACACTGATGGCTCTGGCACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATGAGG
GCGCTTGGTTTCGAGATGACGGAAGAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGACAAA
GATGGAAGTGGAGCCATAGATTACGATGAGTTTTACTATATGATGACTGCTAAGATCGGT
GAACGTGACACCAAAGAAGAGCTCACCAAGGCTTTCAAGATCATTGATCTTGACAATAAT
GGGAAGATATCTGCTGATGATATCAAACGCATGGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTCACT
GATGCTGAGATACGTGAGATGGTTGAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTTAAT
ATGGAAGAGTTCATGAGGATGATGAAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAAACATAGTTG
TTGCTGTTTGTAATGATACTGAGGAAGTCTCTGCTGCTATATATATAGTTCCTTTAACCG
AGGCATTACTATGTCCTTTACTGAAGATTACCATGTTTCGGTTTTTTT*ATCTATCTTAG
CG*AGACAAGTTTGGTCTTTTGTGTCGGTTTAAGTTTGTAGTATAAAAGAATCTCTTTGT
ATTACTTTGCATAAGTTTCTTTAATTTAAATGAGTCTCCTATGGAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 
0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 0 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D924TF U 30
AF RR3DE02TF U 12
AF RR3AA63TF U 1
AF RR3DE02JQ C 85
AF RR3A620TF U 52
AF RR3A620JQ C 475
BS 1 31 RR3AA63TF
BS 32 32 RR3DE02TF
BS 33 185 RR3AA63TF
BS 186 186 RR3DE02TF
BS 187 299 RR3AA63TF
BS 300 300 RR3DE02TF
BS 301 327 RR3AA63TF
BS 328 330 RR3DE02TF
BS 331 390 RR3AA63TF
BS 391 391 RR3DE02TF
BS 392 449 RR3AA63TF
BS 450 450 RR3DE02TF
BS 451 591 RR3AA63TF
BS 592 592 RR3DE02TF
BS 593 603 RR3AA63TF
BS 604 604 RR3DE02TF
BS 605 625 RR3AA63TF
BS 626 626 RR3DE02TF
BS 627 685 RR3AA63TF
BS 686 686 RR3DE02TF
BS 687 749 RR3AA63TF
BS 750 750 RR3DE02JQ
BS 751 779 RR3AA63TF
BS 780 828 RR3A620JQ

RD RR3D924TF 625 0 0
TCT
GACGCGGAAAGAGCTTCTCCGATTCGCATCGCCTGCGGCAAAAGAAGATATGTCGAGTCT
GTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAGAAACCCAGACGTCATCATGGGTTGAATCAGCAGAA
GAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTTGATCTCTTTGACACTGATGGCTCTGGCACCATCGA
TGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATGAGGGCGCTTGGTTTCGAGATGACGGAAGAGCAAAT
CGAGAAAATGATAGCAGATGTGGACAAAGATGGAAGTGGAGCCATAGATTACGATGAGTT
TTACTATATGATGACTGCTAAGATCGGTGAACGTGACACCAAAGAAGAGCTCACCAATGC
TTTCAAGATCATTGATCTTGACAATAATGGGAAGATATCTGCTGATGATATCAAACGCAT
GGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTCACTGATGCTGAGATTCGTGAGATGGTTGAAGAAGC
TGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTTAATATGGAAGAGTTCATGAGGATGATGAAGAGAAC
TGCTGCTTATGAGTACTAAACATAGTTGTTGCTGTT*GTAATGATACTGAGGAAGTCTCT
GCTGCTATATATATAGTTCCTT

QA 4 625 4 625
DS 

RD RR3DE02TF 720 0 0
GG
ACTTTTCGAGAA*CTCTCTGACGCGGAAAGAGCTTCTCCGATTCGCATCGCCTGCGGCAA
AAGAAGATATGTCGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAGAAACCCAGACGTCATC
ATGGGTTGAATCAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTTGATCTCTTTGACACTG
ATGGCTCTGGCACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATGAGGGCGCTTGGTTTCG
AGATGACGGAAGAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGACAAATATGGAAGTGGAG
CCATAGATTACGATGAGTTTTACTATATGATGACTGCTAAGATCGGTGAACGTGACACCA
AAGAAGAGCTCACCAAGGCTTTCAAGATCATTGATCTTGACAATAATGGGAAGATATCTG
CTGATGATATCAAACGCATGGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTCACTGATGCTGAGATTC
GTGAGATGGTTGAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTTAATATGGAAGAGTTCA
TGAGGATGATGAAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAAACATAGTTGTTGCTGTT*GTAA
TGATACTGAGGAAGTCTCTGCTGCTATATATATAGTTCCTTTAACCGAGGCATTACTATG
TCCTTTACTGAAGAT*ACCATGTTTCGGTTTTTTT*ATCTATCTTA
ACGGAGACAGTT

QA 3 708 3 708
DS 

RD RR3AA63TF 797 0 0
GGACGTTTAGATTACTTTTCGAGAAACTCTC*GACGCGGAAAGAGCTTCTCCGATTCGCA
TCGCCTGCGGCAAAAGAAGATATGTCGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAGAAA
CCCAGACGTCATCATGGGTTGAATCAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTTGAT
CTCTTCGACACTGATGGCTCTGGCACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATGAGG
GCGCTTGGTTTCGAGATGACGGAAGAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGACAAG
GATGGAAGTGGAGCCATAGATTACGATT**TTTTACTATATGATGACTGCTAAGATCGGT
GAACGTGACACCAAAGAAGAGCTCACCAAGTCTTTCAAGATCATTGATCTTGACAATAAT
GGGAAGATATCTGCTGATGATATCAAACGTATGGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTCACT
GATGCTGAGATACGTGAGATGGTTGAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTTAAT
ATGGAAGAGTTCATGAGGATGATGAAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAATCATAGTTG
TTGTTGTTTGTAATGATACTGAGGATGTCTCTGCTGCTATATATATAGTTCCTTTAACCG
AGGCATTACTATGTCCTTTACTGAATATTACCATGTTTCGGTTTTTTT*ATCTATCTTAG
CG*AGACAAGTTTGGTCTTTTGTGTCGGTCTAAGTTTGTAGTATAAAAGAATCTCTTTG
TATTACTTTGCATAAGTT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3DE02JQ 682 0 0
TCGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGGAAAGAGAAACCCAGACGTCATCATGGGTTGAAT
CAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAAGCTTTTGATCTCTTTGACACTGATGGCTCTGGC
ACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTTGCCATGAGGGCGCTTGGTTTCGAGATGACGGAA
GAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGATGTGGACAAATATGGAAGTGGAGCCATAGATTAC
GATGAGTTTTACTATATGATGACTGCTAAGATCGGTGAACGTGACACCAAAGAAGAGCTC
ACCAAGGCTTTCAAGATCATTGATCTTGACAATAATGGGAAGATATCTGCTGATGATATC
AAACGCATGGCAAAGGACTTGGGTGAAAACTTCACTGATGCTGAGATTCGTGAGATGGTT
GAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAAGTTAATATGGAAGAGTTCATGAGGATGATG
AAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAAACATAGTTGTTGCTGTT*GTAATGATACTGAGG
AAGTCTCTGCTGCTATATATATAGTTCCTTTAACCGAGGCATTACTATGTCCTTTACTGA
AGATTACCATGTTTCGGTTTTTTTTATCTATCTTAACGGAGACAAGTTTGGTCTTTTGTG
TCGGTTTAAGTT*GTAGTATAA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3A620TF 692 0 0
CGATTCGCGTCGCCTGCGGCAAAAGAAGATATGTCGAGTCTGTACAGAGGTGTATCGAGG
AAAGAGAAACCCAGACGTCATCATGGGTTGAATCAGCAGAAGAGGCAAGAGATCAAGGAA
GCTTTTGATCTCTTCGACACTGATGGCTCTGGCACCATCGATGCCAAAGAGCTTAACGTT
GCCATGAGGGCGCTTGGTTTCGAGATGACGGAAGAGCAAATCGAGAAAATGATAGCAGAT
GTGGACAAGGATGGAAGTGGAGCCATAGATTACGATGAGTTTTACTATATGATGACTGCT
AAGATCGGTGAACGTGACACCAAAGAAGAGCTCACCAAGGCTTTCAAGATCATTGATCTT
GACAATAATGGGAAGATATCTGCTGATGATATCAAACGCATGGCAAAGGACTTGGGTGAA
AACTTCACTGATGCTGAGATACGTGAGATGGTTGAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGT
GAAGTTAATATGGAAGAGTTCATGAGGATGATGAAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAA
TCATAGTTGTTGTTGTTTGTAATGATACTGAGGATGTCTCTGCTGCTATATATATAGTTC
CTTTAACCGAGGCATTACTATGTCCTTTACTGAAGATTACCATGTTTCGGTTTTTTT*AT
CTATCTTAGCG*AGACAAGTTTGGTCTTTTGT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3A620JQ 354 0 0
TTCACTGATGCTGAGATACGTGAGATGGTTGAAGAAGCTGACCGTGACCGTGATGGTGAA
GTTAATATGGAAGAGTTCATGAGGATGATGAAGAGAACTGCTGCTTATGAGTACTAATCA
TAGTTGTTGTTGTTTGTAATGATACTGAGGATGTCTCTGCTGCTATATATATAGTTCCTT
TAACCGAGGCATTACTATGTCCTTTACTGAAGATTACCATGTTTCGGTTTTTTT*ATCTA
TCTTAGCG*AGACAAGTTTGGTCTTTTGTGTCGGTTTAAGTTTGTAGTATAAAAGAATCT
CTTTGTATTACTTTGCATAAGTTTCTTTAATTTAAATGAGTCTCCTATGGAACT

QA 1 354 1 354
DS 



AS 2 5

CO CL876Contig1 528 3 8 U
GATTCCAAAGTCAAGCAATCGTATTATCAATAACCGAAAAAACATGAATCCAAACTTGAC
CGCATAGACAAACCCCGAAAAACTGTACTTTTGGGGTCTCCCAATATCAATTATACACCC
CATAGTTAACACCAAACGATACGTTTTTTGTTCTTGTTAGTCCTAAAAGTAGTACTTAAA
ACTCGCGGAGCGTCTTGTCATAAAACCCGGGTATCCAAATCAGAGTGAACCTTCTCCAGA
AAATTTTTTCTTGCCCCAGCATTTTAGTTTGTTGCTGAGAGGAGTTTTTGACACCGGAAT
GAATTTCCCCACCAAAGCAAGAGGCCAACTGATCACACCGATGGCAACACATATTAGCCA
TTGTTGCCAGTTAAGTTTTGTCGTGGAAGCGAATTTGCCGAGGAACTCAACAATGACAAC
CTGGAGGACGAAAGTTATGACTATTATTCCCATGAAGAGACGATTCTTGATAACGCCTTT
GAAGATGTTCTTCTCGTCTGGTTTTCGAGCATTGAACTCGTTGAAGGC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB11JQ U 73
AF RR3F420JQ U 1
AF RR3E784TF C 2
BS 1 121 RR3F420JQ
BS 122 122 RR3HB11JQ
BS 123 222 RR3F420JQ
BS 223 223 RR3HB11JQ
BS 224 278 RR3F420JQ
BS 279 279 RR3HB11JQ
BS 280 455 RR3F420JQ
BS 456 528 RR3E784TF

RD RR3HB11JQ 237 0 0
CCCCGAAAAACTGTACTTTTGGGGTCTCCCAATATCAATTATACACCCCATAGTTAACAC
CAAACGATACGTTTTTTGTTCTTGTTAGTCCTAAAAGTAGTACTTAAAACTCGCGGAGCG
TCTTGTCATAAAACCCGGGTATCCAAATCAGAGTGAACCTTCTCCAAAAAATTTTTTCTT
GCCCCAGCATTTTAGTTTGTTGCTGAGAGGAGTTTTTGACACCGGAATGAATTT
CCC

QA 1 234 1 234
DS 

RD RR3F420JQ 455 0 0
GATTCCAAAGTCAAGCAATCGTATTATCAATAACCGAAAAAACATGAATCCAAACTTGAC
CGCATAGACAAACCCCGAAAAACTGTACTTTTGGGGTCTCCCAATATCAATTATACACCC
CGTAGTTAACACCAAACGATACGTTTTTTGTTCTTGTTAGTCCTAAAAGTAGTACTTAAA
ACTCGCGGAGCGTCTTGTCATAAAACCCGGGTATCCAAATCAAAGTGAACCTTCTCCAGA
AAATTTTTTCTTGCCCCAGCATTTTAGTTTGTTGCTGAAAGGAGTTTTTGACACCGGAAT
GAATTTCCCCACCAAAGCAAGAGGCCAACTGATCACACCGATGGCAACACATATTAGCCA
TTGTTGCCAGTTAAGTTTTGTCGTGGAAGCGAATTTGCCGAGGAACTCAACAATGACAAC
CTGGAGGACGAAAGTTATGACTATTATTCCCATGA

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR3E784TF 527 0 0
A
TTCCAAAGTCAAGCAATCGTATTATCAATAACCGAAAAAACATGAATCCAAACTTGACCG
CATAGACAAACCCCGAAAAACTGTACTTTTGGGGTCTCCCAATATCAATTATACACCCCA
TAGTTAACACCAAACGATACGTTTTTTGTTCTTGTTAGTCCTAGAAGTAGTACTTAAAAC
TCGCGGAGCGTCTTGTCATAAAACCCGGGTATCCAAATCAGAGTGAACCTTCTCCAGAAG
ATTTTTTCTTGCCCCAGCATTTTAGTTTGTTGCTGAGAGGAGTTTTTGACACCGGAATGA
ATTTCCCCACCAGAGCAAGAGGCCAACTGATCACACCGATGGCAACACATATTAGCCATT
GTTGCCAGTTAAGTTTTGTCGTGGAAGCGAATTTGCCGAGGAACTCAACAATGATAACCT
GGAGGACGAGAGTTATGACTATTATTCCCATGAAGAGACGATTCTTGATAACGCCTTTGA
AGATGTTCTTCTCGTCTGGTTTTCGAGCATTGAACTCGTTGAAGGC

QA 2 527 2 527
DS 



CO CL876Contig2 638 2 10 U
GAGCTTCTGCTGGTACAATCGCTTAGAAGACGTGGGCATGTTGTTGCTGTGACTGGAGAT
GGGACAAATGACGCTCCCGCACTCCACGAGGCCGATATTGGTCTTGCTATGGGAATAGCA
GGAACAGAAGTTGCTAAGGAAAGTCCGGACATCATTATCTTGGATGATAACTTTGCTTCA
GTTGTCAAGGTTGTTCGCTGGGGACGATCAGTGTACGCCAACATTCAGAAATTCATCCAG
TTCCAGCTCACAGTCAATGTTGCCGCTCTTGTCATTAACGTCGTAGCTGCTATTTCAAGC
GGTGACGTTCCACTTACCGCTGTGCAGCTTCTGTGGGTTAATCTGATTATGGACACTCTC
GGAGCGTTGGCTTTAGCTACTGAACCACCTACTGATCACCTCATGGGAAGACCTCCTGTG
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CATGAAGTTCCCACACATGCCACCAGAGTGAAGAACACAATAATTTTCACGCCTTCGTGC
TCTGCCAAGCCTTCAACGAGTTCAATGCTCGAAAACCA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3F420TF U 1
AF RR3HB11TF U 25
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GGTGACGTTCCACTTACCGCTGTGCAGCTTCTGTGGGTTAATCTGATTATGGACACTCTC
GGAGCGTTGGCTTTAGCTACTGAACCACCTACTGATCACCTCATGGGAAGACCTCCTGTG
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TATCAAGTGATTGTACTGCTGGTTCTCAATTTCCGAGGCATAAGCATACTTGGCCTCGAG
CATGAAGTTCCCACACATGCCACCAGAGTGAAGAACA

QA 1 577 1 577
DS 

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CTCAATTTCCGAGGCATAAACATACTTGGCCTCGAGCATGAAGTTCCCACACATGCCACC
AGAGTGAAGAACACAATAATTTTCACGCCTTCGTGCTCTGCCAAGCCTTCAACGAGTTCA
ATGCTCGAAAACCA

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 5

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AAAATTAGAAAACTCTGCTTGGATTTATTGGAAATGAATCAATTAAAAAAAAAGAAATCA
ACATTAAAGACTCTTTTTTTGTTACAGTTTCCATTCTTCATTCTTCTTCTCCTCTTCTCG
CCTGCAGATTCTCACATCTTGTTGGCTTATTCCCTTCAAAAAAGCAACCAAGCACCAACA
CCTAAGCAAAACCCAACGCCTAGACTTTTCTTCTTAAACCTCCTTGACATAGGTCTCTCC
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CACTCTTCCCATCTCTTCAATAGGAACCCCTCTCGTCTCCGGCAACAAGAAGTAGATGAA
GATGGTCATGATCAGAACCATTCCTCCAAAGAAGTAGAAGAGACCAAACTTCATGTGGCA
AAGCATCGTCAGGAAGAATTGTCCAATGAGGAAAGTGAAGAACATGTTGACAGAAACATT
GATGGCTTGTCCCGCTGGTCTGACTTCCAATGGACAGATCTCACTTGGTACTAACCATCC
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ATCTGCTGTTGCAGGTGTCAAGGTCCCTGATCCTGTGGTTCCAAACTTCGCACCGATCAA
GCTACCAACAATGATCTGGCAAATGATCATTTGGATGCCACCTTCAAGGAAGAGGATCCT
TCTTCCGTACCTGTCAACCGCATAGATGGAGACAAGAGTAGAGACAACATTGACCACACC
GGTAATAACCGCGGAGATGAGCGAGGCATCATCTGCGAAACCGAGAGTTTTGAACAGAAC
AGGAGCGTAGAACATGATCACATTGATACCAGTGAACTGTTGGAAGAAAGGAATTATTGA
ACAGAACACAAGCGCTGGTCTGTATTTAGCTTCTTGGAAAATGTTCTTCCATGGATGCTC
CACTTTTTTAGCAGCCTCGCAAGCATCACAAAGATCTTGAAACTCCTCGTCTACGTTATC
AGCTCCACGAATCTTCTGCAACATCTCTCTAGCCTGTTCGTACTTGCCTCTCTCGAGCAT
TGAGTTTGGTGTGTCAGGCAATACAAAAGATCCGATAACCATTACAATTGCTGGAACAGC
TGCTAGACCTAAAGACACTCTCCATCCGTTTTTAGCCATTTGAGATGTTCCGTAGTTGAT
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TCTGATCTTGGCAGGAGCCATCTCTGAGAGGTAAACCGGTGTAGACTGATTAGCGAACCC
AACACCGACTCCAAGCAAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD39JQ U 61
AF RR3D315JQ U 1
AF RR3H866JQ U 57
AF RR3D315TF C 217
AF RR3FD39TF C 658
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RD RR3FD39JQ 390 0 0
AAAATTAAAAAACTCTGCTTGGATTTATTGGAAATGAATCAATTAAAAAAAAAGAAATCA
ACATTAAAGACTCTTTTTTTGTTACAGTTTCCATTCTTCATTCTTCTTCTCCTCTTCTCG
CCTGCAAATTCTCACATCTTGTTGGCTTATTCCCTTCAAAAAAGCAACCAAGCACCAACA
CCTAAGCAAAACCCAATGCCTAAACTTTTCTTCTTAAACCTCCTTGACATAGGTCTCTCC
ACTTCCTCCAATAACAGCATCATCTGGGATGTAATGTTTCCAAAACGGATGAACCTTCCA
CACCCTTCCCATCTCTTCAATAGGAACCCCTCTCGTCTCCGGCAACAAAAAGTAAATGAA
AATGGTCATGATCAAAACCATTCCTCCAAA

QA 1 390 1 390
DS 

RD RR3D315JQ 704 0 0
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AAAATTAGAAAACTCTGCTTGGATTTATTGGAAATGAATCAATTAAAAAAAAAGAAATCA
ACATTAAAGACTCTTTTTTTGTTACAGTTTCCATTATTCATTCTTCTTCTCCTCTTCTCG
CCTGCAGATTCTCACATCTTGTTGGCTTATTCCCTTGAAAAAAGCAACCAAGCACCAACA
CCTAAGCAAAACCCAACGCCTAGACTTTTCTTCTTAAACCTCCTTGACATAGGTCTCTCC
ACTTCCTCCAATAACAGCATCATCTGGGATGTAACGTTTCCAGAACGGATGAGCCTTCCA
CACTCTTCCCATCTCTTCAATAGGAACCCCTCTCGTCTCCGGCAACAAGAAGTAGATGAA
GATGGTCATGATCAGAACCATTCCTCCAAAGAAGTAGAAGAGACCAAACTTCATGTGGCA
AAGCATCGTCAGGAAGAATTGTCCAATGAGGAAAGTGAAGAACATGTTGACAGAAACATT
GATGGCTTGTCCCGCTGGTCTGACTTCCAATGGACAGATCTCACTTGGTACTAACCATCC
TAATGGACCCCATGACCATGCAAACCCTGCAACATATATG*ATATGAAAGCTAGGACCCA
ATCTGCTGTTGCAGGTGTCAAGGTCCCTGATCCTGTGGT
TCAAA

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DS 

RD RR3H866JQ 732 0 0
GATG
AAAATTAGAAAACTCTGCTTGGATTTATTGGAAATGAATCAATTAAAAAAAAAGAAATCA
ACATTAAAGACTCTTTTTTTGTTACAGTTTCCATTCTTCATTCTTCTTCTCCTCTTCTCG
CCTGCAGATTCTCACATCTTGTTGGCTTATTCCCTTCAAAAAAGCAACCAAGCACCAACA
CCTAAGCAAAACCCAATGCCTAGACTTTTCTTCTTAAACCTCCTTGACATAGGTCTCTCC
ACTTCCTCCAATAACAGCATCATCTGGGATGTAACGTTTCCAGAACGGATGAGCCTTCCA
CACCCTTCCCATCTCTTCAATAGGAACCCCTCTCGTCTCCGGCAACAAGAAGTAGATGAA
GATGGTCATGATCAGAACCATTCCTCCAAAGAAGTAGAAGAGTCCAAATTTCATGTGGCA
AAGCATCGTCAGGAAGAACTGTCCAATGAGGAACGTGAAGAACATGTTGACAGAAACATT
GATGGCTTGTCCCGCTGGTCTTACTTCCAATGGACATATCTCACTTGGTACTAACCATCC
TAATGGACCCCATGACCATGCAAACCCTGCAACATATATGCATATGAAAGCTAGGACCCA
ATCTGCTGTTGCAGGTGTCAAGGTCCCTGATCCTGTGGTTCCAAACTTCGCACCGATCAA
GCTACCAACAATGATCTGGCAAATGATCATTTGGATGCCACCTTCAAGGAAGAGGATCCT
TCTTCC
GT

QA 5 730 5 730
DS 

RD RR3D315TF 662 0 0
G
AAAAAAGCAACCAAGCACCAACAC*TAAGCAAAACCCAACGC*TAGACTTTTCTTCTTAA
ACCTCCTTGACATAGGTCTCTCCACTTCCTCCAATAACAGCATCATCTGGGATGTAACGT
TTCCAGAACGGATGAGCCTTCCACACTCTTCCCATCTCTTCAATAGGAACCCCTCTCGTC
TCCGGCAACAAGAAGTAGATGAAGATGGTCATGATCAGAACCATTCCTCCAAAGAAGTAG
AAGAGACCAAACTTCATGTGGCAAAGCATCGTCAGGAAGAATTGTCCAATGAGGAAAGTG
AAGAACATGTTGACAGAAACATTGATGGCTTGTCCCGCTGGTCTGACTTCCAATGGACAG
ATCTCACTTGGTACTAACCATCCTAATGGACCCCATGACCATGCAAACCCTGCAACATAT
ATG*ATATGAAAGCTAGGACCCAATCTGCTGTTGCAGGTGTCAAGGTCCCTGATCCTGTG
GTTCCAAACTTCGCACCGATCAAGCTACCAACAATGATCTGGCAGATGATCATTTGGATA
CCACCTTCAAGGAAGAGGATCCTTCTTCCGTACCTGTCAACCGCATAGATGGAGACAAGA
GTAGAGACAACATTGACCACACCGGTGATAACCGCGGAGATGAGCGAGGCATCATC
TGCGA

QA 2 657 2 657
DS 

RD RR3FD39TF 742 0 0
ACCCATCTGCTG
TGCAGGTGTCAAGGTCC*TGATC*TGTGGTTCCAAACTTCGCACCGATCAAGCTACCAAC
AATGATCTGGCAAATGATCATTTGGATGCCACCTTCAAGGAAGAGGATCCTTCTTCCGTA
CCTGTCAACCGCATAGATGGAGACAAGAGTAGAGACAACATTGACCACACCGGTAATAAC
CGCGGAGATGAGCGAGGCATCATCTGCGAAACCGAGAGTTTTGAACAGAACAGGAGCGTA
GAACATGATCACATTGATACCAGTGAACTGTTGGAAGAAAGGAATTATTGAACAGAACAC
AAGCGCTGGTCTGTATTTAGCTTCTTGGAAAATGTTCTTCCATGGATGCTCCACTTTTTT
AGCAGCCTCGCAAGCATCACAAAGATCTTGAAACTCCTCGTCTACGTTATCAGCTCCACG
AATCTTCTGCAACATCTCTCTAGCCTGTTCGTACTTGCCTCTCTCGAGCATTGAGTTTGG
TGTGTCAGGCAATACAAAAGATCCGATAACCATTACAATTGCTGGAACAGCTGCTAGACC
TAAAGACACTCTCCATCCGTTTTTAGCCATTTGAGATGTTCCGTAGTTGATTAGGTTTGT
TATCAAGATTCCAATAGTAATCGCCATTTGAAAACCGATGTTGAGCGCTCCTCTGATCTT
GGCAGGAGCCATCTCTGAGAGGTAAACCGGTGTAGACTGATTAGCGAACCCAACACCGAC
TCCAAGCAAC

QA 13 742 13 742
DS 



AS 1 6

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TCGGCTTCATTATTGGATACACATTAATTAGTAGTTTAATTAGTTGTAGCAACATAATAG
TTTCTTTTTATAAAGGCCATAAAAACGGCATGATGTTTTTTACTCTGTTGTTGTACATAA
CTTGTTGAAGAAGGAGAGAATCTCCTCAGAGACTTGTTTAGCCTTCTCTTGCTGGATAAA
ATGATGACCATCCTCAATTACAACAACTTCAACGTTAGGCACATGACTCTTGAACATCTC
TCCCTTCACATACCCCATCGTTTCATTTGCTCCTATATCTTTGTCTCCGGCGATAAACTT
TGTCGGAACAAGGATCTTGGAGCCTTCCCACGGCGCCAGTATCTCCCAGTTCAGATCCAT
GGCTCTGTAGTAATTCAACGGGCCAGTGAATCCAGATCTCTGAAACTTGTCTGCATAAAC
CTGAATCTCCTCTTCTGCTATCCACTCTGGAATCTTCGATGGAATCTCAAGGTCATCGAT
GATCTCTGTACCGGGAGGAGCCACCATGAAATCTGTTCTCGTCGTTAGCAAGAACTTCTT
CATAACCGTCTTGCAATCATGCTTGGCAAATGCGGCCTCAGCTCTTCCAGGTTTCTGAAA
CTGAGTGATGTATAGCCCATCTCCAAAGGTTTTGGAAAACTCCGAAGGTTTGAGGTTTGG
ATCTCTTGGAGAATATGGAACAGAGAGACTTATGAAACCTTTGACTCTGTCTGGTCTAAA
CAAGCATAGAGACCAACCTATAACTGATCCCCAGTCATGTCCAGCCACAAAAGCCTGAGC
AGTACCGTAGTGATCAAGCAAACCGATGACATCAGCAACGAGGTGGCTCACAGTGTAAGA
CTCGTGGCTCGGAAGAAACTCGGAGTCACCGTAGCCTCTGAGGTCTGGAGCGACCACGTG
GTAGCCATGGCTCGACAAGAAATCGATCTGGTGACGCCACGAGAACCATGTCTCGGGGAA
GCCATGGAGTAACAGAACCAAAGGTCCTCCTTCGTCTCCTTTCTCAGCAACGTTTAACCA
AATCCCGTTGGTCTTGATCTTCTTCTCTCTCACTAAGCTTGTTGTCATGATTCTTGATAC
TGATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C553JQ U 1
AF RR3H432JQ U 6
AF RR3C826JQ U 18
AF RR3H432TF C 494
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AF RR3G988TF C 452
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RD RR3C553JQ 702 0 0
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ATGATGACCATCCTCAATTACAACAACTTCAACGTTAGGCACATGACTCTTGAACATCTC
TCCCTTCACATACCCCATCGTTTCATTTGCTCCTATATCTTTGTCTCCGGCGATAAACTT
TGTCGGAACAAGGATCTTGGAGCCTTCCCACGGCGCCAGTATCTCCCAGTTCAGATCCAT
GGCTCTGTAGTAATTCAACGGGCCAGTGAATCCAGATCTCTGAAACTTGTCTGCATAAAC
CTGAATCTCCTCTTCTGCTATCCACTCTGGAATCTTCGATGGAATCTCAAGGTCATCGAT
GATCTCTGTACCGGGAGGAGCCACCATGAAATCTGTTCTCGTC*TCAGCAAGAACTTCTT
CATAACCGTCTTGCAATCATGCTTGGCAAATGCGGCCTCAGCTCTTCCAGGTTTCTGAAA
CTGAGTGATGTATAGCCCATCTCCAAAGGTTTTGGAAAACTC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3H432JQ 804 0 0
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TTCATTATTGGATACACATTAATTAGTAGTTTAATTAGTTGTAGCAACGTAATAGTTTCT
TTTTATAAAGGCCATAAAAACGGCATGATGTTTTTTACCCTGTTGTTGTACATAACTTGT
TGAAGAAGGAGAGAATCTCCTCAGAGACTTGTTTAGCCTTCTCTTGCCGGATAAAATGAT
GACCATCCTCAATTACAACAACTTCAACGTTAGGCACATGACTCTTGAACATCTCTCCCT
TCACATACCCCATCGTTTCATTTGCTCCTATATCTTTGTCTCCGGCGATAAACCTTGTCG
GAACAAGGATCTTGGAGCCTTCCCACGGCGCCAGTATCTCCCAGTTCAGATCCATGGCTC
TGTAGTAATTCAACGGGCCAGTGAATCCAGATCTCTGAAACTTGTCTGCATAAACCTGAA
TCTCCTCTTCTGCTATCCACTCTGGAATCTTCGATGGAATCTCAAGGTCATCGATGATCT
CTGTACCGGGAGGAGCCACCATGAAATCTGTTCTCGTCGTTAGCAAGAACTTCTTCATAA
CCGTCTTGCAATCATGCTTGGCAAATGCGGCCTCAGCTCTTCCAGGTTTCTGAAACTGAG
TGATGTATAGCCCATCTCCAAAGGTTTTGGAAAACTCCGAAGGTTTGAGGTTTGGATCTC
TTGGAGAATATGGAACAGAGAGACTTATGAAACCTTTGACTCTGTCTGGTCTAAACAAGC
ATAGAGAC*AACCTATAACTGATC

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3C826JQ 872 0 0
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TACACATTAATTAGTAGTTTAATTAGTTGTAGCAACATAATAGTTTCTTTTTATAAAGGC
CATAAAAACGGCATGATGTTTTTTACTCTGTTGTTGTACATAACTTGTTGAAGAAGGAGA
GAATCTCCTCAGAGACTTGTTTAGCCTTCTCTTGCTGGATAAAATGATGACCATCCTCAA
TTACAACAACTTCAACGTTAGGCACATGACTCTTGAACATCTCTCCCTTCACATACCCCA
TCGTTTCATTTGCCCCTATATCTTTGTCTCCGGCGATAAACTTTGTCGGAACAAGGATCT
TGGAGCCTTCCCACGGCGCCAGTATCTCCCAGTTCAAATCCATGGCTCTGTAGTAATTCA
ACGGGCCAGTGAATCCAGATCTCTGAAACTTGTCTGCATAAACCTGAATCTCCTCTTCTG
CTATCCACTCTGGAATCTTCGATGGAATCTCAAGGTCATCGATGATCTCTGTACCGGGAG
GAGCCACCATGAAATCTGTTCTCGTCGTTAGCAAGAACTTCTTCATAACCGTCTTGCAAT
CATGCTTGGCAAATGCGGCCTCAGCTCTTCCAGGTTTCTGAAACTGAGTGATGTATAGCC
CATCTCCAAAGGTTTTGGAAAACTCCGAAGGTTTGAGGTTTGGATCTCTTGGAGAATATG
GAACAGAGAGACTTATGAAACCTTTGACTCTGTCTGGTCTAAACAAGCATAGAGAC*AAC
CTATAACTGATCCCCAGTCATGTCCAGCCACAAAAGCCTGAGCAGTGCCGTAGTGATCAA
GCA**CCGATGACATCAGCA*CGAGGTGGCTC

QA 1 872 1 872
DS 

RD RR3H432TF 358 0 0
TCTGCTATCCACTCTGGAATCTTCGATGGAATCTCAAGGTCATCGATGATCTCTGTACCG
GGAGGAGCCACCATGAAATCTGTTCTCGTCGTTAGCAAGAACTTCTTCATAACCGTCTTG
CAATCATGCTTGGCAAATGCGGCCTCAGCTCTTCCAGGTTTCTGAAACTGAGTGATGTAT
AGCCCATCTCCAAAGGTTTTGGAAAACTCCGAAGGTTTGAGGTTTGGATCTCTTGGAGAA
TATGGAACAGAGAGACTTATGAAACCTTTGACTCTGTCTGGTCTAAACAAGCATAGAGAC
CAACCTATAACTGATCCCCAGTCATGTCCAGCCACAAAAGCCTGAGCAGTGCCGTAGT

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR3G988JQ 684 0 0
AGAGAATCTCCTCAGAGACTTGTTTAGCCTTCTCTTGCTGGATAAAATGATGACCATCCT
CAATTACAACAACTTCAACGTTAGGCACATGACTCTTGAACATCTCTCCCTTCACATACC
CCATCGTTTCATTTGCTCCTATATCTTTGTCTCCGGCGATAAACTTTGTCGGAACAAGGA
TCTTGGAGCCTTCCCACGGCGCCAGTATCTCCCAGTTCAGATCCATGGCTCTGTAGTAAT
TCAACGGGCCAGTGAATCCAGATCTCTGAAACTTGTCTGCATAAACCTGAATCTCCTCTT
CTGCTATCCACTCTGGAATCTTCGATGGAATCTCAAGGTCATCGATGATCTCTGTACCGG
GAGGAGC*ACCATGAAATCTGTTCTCGTCGTTAGCAAGAACTTCTTCATAACCGTCTTGC
AATCATGCTTGGCAAATGCGGCCTCAGCTCTTACAGGTTTCTGAAACTGAGTGATGTATA
GCCCATCTCCAAAGGTTTTGGAAAACTCCGAAGGTTTGAGGTTTGGATCTCTTGGAGAAT
ATGGAACAGAGAGACTTATGAAACCTTTGACTCTGTCTGGTCTAAACAAGCATAGAGACC
AACCTATAACTGATCCCCAGTCATGTCCAGCCACAAAAGCCTGAGCAGTACCGTAGTGAT
CAAGCAAACCGATGACATCAGCA
A

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3G988TF 697 0 0
CCAGATCTCTGAAACT*GTCTGCATAAACGTGAATCTCCTCTTCTGCTATCCACTCTGGA
ATCTTCGATGGAATCTCAAGGTCATCGATGATCTCTGTACCGGGAGGAGC*ACCATGAAA
TCTGTTCTCGTCGTTAGCAAGAACTTCTTCATAACCGTCTTGCAATCATGCTTGGCAAAT
GCGGCCTCAGCTCTTACAGGTTTCTGAAACTGAGTGATGTATAGCCCATCTCCAAAGGTT
TTGGAAAACTCCGAAGGTTTGAGGTTTGGATCTCTTGGAGAATATGGAACAGAGAGACTT
ATGAAACCTTTGACTCTGTCTGGTCTAAACAAGCATAGAGACCAACCTATAACTGATCCC
CAGTCATGTCCAGCCACAAAAGCCTGAGCAGTACCGTAGTGATCAAGCAAACCGATGACA
TCAGCAACGAGGTGGCTCACAGTGTAAGACTCGTGGCTCGGAAGAAACTCGGAGTCACCG
TAGCCTCTGAGGTCTGGAGCGACCACGTGGTAGCCATGGCTCGACAAGAAATCGATCTGG
TGACGCCACGAGAACCATGTCTCGGGGAAGCCATGGAGTAACAGAACCAAAGGTCCTCCT
TCGTCTCCTTTCTCAGCAACGTTTAACCAAATCCCGTTGGTCTTGATCTTCTTCTCTCTC
ACTAAGCTTGTTGTCATGATTCTTGATACTGATGTCC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 5

CO CL879Contig1 1376 5 14 U
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AACTGATAAAAGATTTCTTGTTGAAATAATAATTTACTTTTTTACATTATTGGAAGGGTT
CCCTTATTGGAATTAGTTAAAAGTTGCAACTGCAGGGAAAAATCTTTATAGCTCACCGCT
AGCTCCTTTGAAAGGAGAACTAACATGGGGGCTATAATCAACTCCAAAAGATGCTAGATC
AATAGATTTTCCTTTTTTCTCGGATGCTGTCTTAACAAGTAGACCGATACCTCGAGCCCA
TTTCACCATACCCCCTATCAGTTCCTTTCTTTGTTCAAAAGTTATCTCCTCTGAAGCACT
CTTCTTCATCTCAATCACAATTTTTCCCATTGACAACATACCGTCGACCATCCTCCAAGT
ATCCACCGATGCTCCACCGTTAGTACCATCCAATGCAGAAATAGCCCTAAAGAGTTTCTC
GGATTTTTCTGGCATCTCAACCTTGATCCCCGACTCGAAGCAGGCCATGTAGTCCGCTAC
CTTTACAAAGAGATCTTTGAACTCTGCTGTGGCAGGACACTTACTCTCCAAAGCCCCCAA
GAAAGCCGACATACCTTTGTAAGCAAAAGGCTCAAAGTCTTTGCTCATTTTTGGAAAATC
CTTCAAGTAGTGGGGCAATGAGAATGTTCCTTGTGTTTCGTAAAGAGTTCTCTCAGATGG
AGAAGACACATTGGTGTCATAGTCAATTCCAAATGATGATAAATCGATAGATTTTCCTTT
ATTCTCGGAGACCTTCTTTACGAATAGACCGATTCCTCGAGTCCATTTCACCATGGATTG
AATAATTTCTTTTCTTTGTTCAAAAGTTATTTCCTTAGAACCACTCTTCTTCATATCAAC
CAAACTCTTTCCCATTGACAATAAGCCATCCACTAGAGTCCATGTATCCTCTGATGTTCC
GCCTTTAGTTCCACTAAAATCAGACATAGCCCTGAAGAGTGTCTCAGATTTTATTGACAG
CTCAACTTGGAGATCTTTTGACCCGGGTGATGTTGAACTGTAACATGCCATGTAATCCTT
CAGCTTTACAAAAAAATCCTTAAACTCTGTGGTCTGAGGACATTTGCCTTCCAAGTCACC
CATGAAATACATCATACCTTTGTAAGCGAAAGACTCAAAATATTGGCCTACTTTGGGAAA
GTTCTTCAAGTAAAGAGGTAATGAGAATGTCCCCTGTGTTTCATAAACAGTGCTCAATGC
AATTAGTAACATTAGATATATGGCTAATGAATTTTTTGCCATTTTTTATTTTTGAAGAAG
AGAAATGAAGATGAGATTATTATCTTTTTTTTTGTGTTTTTTTTTGTTTTGGATCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX83JQ U 1
AF RR3FH47JQ U 1
AF RR3BR48JQ U 318
AF RR3BR48TF C 665
AF RR3BX83TF C 803
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BS 1042 1353 RR3BR48TF
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BS 1370 1376 RR3BX83TF

RD RR3BX83JQ 759 0 0
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AATAGATTTTCCTTTTTTCTCGGATGCTGTCTTAACAAGTAGACCGATACCTCGAGCCCA
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ATCCACCGATGCTCCACCGTTAGTACCATCCAATGCAGAAATAGCCCTAAAGAGTTTCTC
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CTTTACAAAGAGATCTTTGAACTCTGCTGTGGCAGGACACTTACTCTCCAAAGCCCCCAA
GAAAGCCGACATACCTTTGTAAGCAAAAGGCTCAAAGTCTTCGCTCATTTTTGGAAAATC
CTTCAAGTAGTGGGGCAATGAGAACGTTCCTTGTGTTTCGTAAAGAGCTCTCTCAGATGG
AGAAGACACATTGGTGTCATAGTCAATTCCAAATGATGA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3FH47JQ 741 0 0
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AACTGATAAAAGATTTCTTGTTGAAATAATAATTTACTTTTTTACATTATTGGAAGGGTT
CCCTTATTGGAATTAGTTAAAAGTTGCAACTGCAGGGAAAA*TCTTTATAGCTCACCGCT
AGCTCCTTTGAAAGGAGAACTAACATGGGGGCTATAATCAACTCCAAAAGATGCTAGATC
AATAGATTTTCCTTTTTTCTCGGATGCTGTCTTAACAAGTAGACCGATACCTCGAGCCCA
TTTCACCATACCCCCTATCAGTTCCTTTCTTTGCTCAAAAGTTATCTCCTCTGAAGCACT
CTTCTTCATCTCAATCACAATTTTTCCCATTGACAACATACCGTCGACCATCCTCCAAGT
ATCCACCGATGCTCCACCGTTAGTACCATCCAATGCAGAAATAGCCCTAAAGAGTTTCTC
GGATTTTTCTGGCATCTCAACCTTGATCCCCGACTCGAAGCAGGTCATGTAGTCCGCTAC
CTTTACAAAGAGATCTTTGAACTCTGCTGTGGCAGGACACTTACTCTCCAAAGCCCCCAA
GAAAGCCGACATACCTTTGTAAGCAAAAGGCTCAAAGTCTTTGCTCATTTTTGGAAAATC
CTTCAAGTAGTGGGGCAATGAGAATGTTCCTTGTGTTTCGTAAAGAGCTCTCTCAGATGG
AGAAGACACATTGGTGTCATA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3BR48JQ 724 0 0
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CAATTTTTCCCATTGACAACATACCGTCGACCATCCTCCAAGTATCCACCGATGCTCCAC
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CAACCTTGATCCCCGACTCGAAGCAGGCCATGTAGTCTGCTACCTTTACAAAGAGATCTT
TGAACTCTGCTGTGGCAGGACACTTACTCTCCAAAGCCCCCAAGAAAGCCGACATACCTT
TGTAAGCAAAAGGCTCAGAGTCTTTGCTCATTTTTGGAAAATCCTTCAAGTAGTGGGGCA
ATGAGAATGTTCCTTGTGTTTCGTAAAGAGTTCTCTCAGATGGAGAAGACACATTGGTGT
CATAGTCAATTCCAAATGATGATAAATCGATAGATTTTCCTTTATTCTCGGAGACCTTCT
TTACGAATAGACCGATTCCTCGAGTCCATTTCACCATGGATTGAATAATTTCTTTTCTTT
GTTCAAAAGTTATTTCCTTAGAACCACTCTTCTTCATATCAACCAAACTCTTTCCCATTG
ACAATAAGCCATCCACTAGAGTCCATGTATCCTCTGATGTTCCGCCTTTAGTTCCACTAA
AATCAGACATAGCCCTGAAGAGTGTCTCAGATTTTATTGACAGCTCAACTTGGAGATCTT
TTGA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3BR48TF 711 0 0
AAGTAGTGGGGCAATGAGAATGTTCCTTGTGTTTCGTAAAGAGTTCTCTCAGATGGAGAA
GACACATTGGTGTCATAGTCAATTCCAAATGATGATAAATCGATAGATTTTCCTTTATTC
TCGGAGACCTTCTTTACGAATAGACCGATTCCTCGAGTCCATTTCACCATGGATTGAATA
ATTTCTTTTCTTTGTTCAAAAGTTATTTCCTTAGAACCACTCTTCTTCATATCAACCAAA
CTCTTTCCCATTGACAATAAGCCATCCACTAGAGTCCATGTATCCTCTGATGTTCCGCCT
TTAGTTCCACTAAAATCAGACATAGCCCTGAAGAGTGTCTCAGATTTTATTGACAGCTCA
ACTTGGAGATCTTTTGACCCGGGTGATGTTGAACTGTAACATGCCATGTAATCCTTCAGC
TTTACAAAAAAATCCTTAAACTCTGTGGTCTGAGGACATTTGCCTTCCAAGTCACCCATG
AAATACATCATACCTTTGTAAGCGAAAGACTCAAAATATTGGCCTACTTTGGGAAAGTTC
TTCAAGTAAAGAGGTAATGAGAATGTCCCCTGTGTTTCATAAACAGTGCTCAATGCAATT
AGTAACATTAGATATATGGCTAATGAATTTTTTGCCATTTTTTATTTTTGAAGAAGAGAA
ATGAAGATGAGATTATTATCTTTTTTTTT*TGTTTTTTTTTGTTT
TGGATC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3BX83TF 574 0 0
AATAGACCGATTCCTCGAGTCCATTTCACCATGGATTGAATAATTTCTTTTCTTTGTTCA
AAAGTTATTTCCTTAGAACCACTCTTCTTCATATCAACCAAACTCTTTCCCATTGACAAT
AAGCCATCCACTAGCGTCCATGTATCCTCTGATGTTCCGCCTTTAGTTCCACTAAAATCA
GACATAGCCCTGAAGAGTGTCTCAGATTTTATTGACAGCTCAACTTGGAGATCTTTTGAC
CCGGGTGATGTTGAACTGTAACATGCCATGTAATCCTTCAGCTTTACAAAAAAATCCTTA
AACTCTGTGGTCTGAGGACATTTGCCTTCCAAGTCACCCATGAAATCCATCATACCTTTG
TAAGCGAAAGACTCAAAATCTTGGCCTACTTTGGGAAAGTTCTTCAAGTAAAGAGGTAAT
GAGAATGTCCCCTGTGTTTCATAAACAGTGCTCAATGCAATTAGTAACATTAGATATATG
GCTAATGAATTTTTTGCCATTTTTTATTTTTGAAGAAGAGAAATGAAGATGAGATTATTA
TCTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTGTTTTGGATCC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 7

CO CL880Contig1 1328 7 14 U
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AGGAGGCGGACCAACCCATCTTGCTATATTGTCTCAGCCACCAGATACCATTAACGGCTC
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CTTCAGAACTCTTCAGCGTTTCACCGCTGCAACACTAGAGCATGGTATGCGTCCTCCAGT
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GTACCGGTCTGTTGTGTTCCAAGAACCTCGCTTTGTGGAGTACTTCCGCCTTGCTACACC
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CGGCATTGAGTCTCTCCGTGCCATTCCATGGATCTTTGCTTGGACTCAAACGAGATTCCA
TCTCCCTGTGTGGCTTGGATTCGGAGGAGCCATCAGACACGTGATTGAAAAGGACGTCAA
GAACCTACACATGCTTCAGGACATGTACAAACACTGGCCTTTCTTTAGAGTCACCATTGA
TCTGATCGAGATGGTGTTTGCTAAAGGAGATCCAGGTATCGCTGCTTTGTACGATAAGCT
TCTTGTCTCAGAGGAGCTATGGCCTTTTGGTGACAGACTCAGAGCTAACTTCGAAGAAAC
CAAGAAACTCGTCCTCCAGACTGCTGGACACAAGGATCTACTTGAAGGAGACCCTTACTT
GAAACAGAGACTGAGACTTCGTAACTCTTACATCACCACACTCAATGTCTGTCAAGCTTA
CACATTGAAGAGGATCCGTGACCCGAGCTACAATGTGACTCTACGACCTCACATCTCCAA
GGAGATTGCTGAATCGAGCAAA*GAACTCATCGAGCTTAACCCGACGAGCGAGTACGCGC
CTGGACTCGAAGATACACTCATCTTGACCATGAAGGGTGTCGCTGCTGGTCTACAGAACA
CCGGTTGAGTAAAAAAAACAGAGATGAGCCTCTCTGTTTCTCCACAGTCTGCTTCTTTTT
ATCTACTGATTCGAAAATAATAAATTATGCGGTTGGTTTGTGTGTGAATCCACCGTCAAA
ATGTTGATCTTTGTGTACGATTTACTCTTTTAAGATCATGAACACATGCTCTGTTTTTTT
TTCTCGAATGTATCAAAACAGAGCAAGGGAATCTTTTCTTGTTTGTTTGTCTTTTACTTA
ACCATCCTCTTTGTCGTTACTTGTTGCTATTTGATTTCGGTTTGGTTTGTTCTAAACCGG
ATAGTAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 30 30 30 30 30 30 15 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3A426TF U 146
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GAGTGGCGTGAGTTGCTAGATGAAATGGCGGTTGTTGCAACCGAAGAGTACCGGTCTGTT
GTGTTCCAAGAACCTCGCTTTGTGGAGTATTTCCGCCTTGCTACACCGGAGCTGGAGTAT
GGGCGTATGAACATAGGAAGCAGACCTTCGAAGAGGAAACCAAGCGGCGGCATTGAGTCT
CTCCGTGCCATTCCATGGATCTTTGCTTGGACTCAAACGAGATTCCATCTCCCTGTGTGG
CTTGGATTCGGAGGAGCCATCAGACACGTGATTGAAAAGGACGTCAAGAACCTACACATG
CTTCAGGACATGTACAAACACTGGCCTTTCTTTAGAGTCACCATTGATCTGATCGAGATG
GTGTTTGCTAAAGGAGATCCAGGTATCGCTGCTTTGTACGATAAGCTTCTTGTCTCAGAG
GAGCTATGGCCTTTTGGTGACAGACTCAGAGCTAACTTCGAAGAAACCAAGAA*CTCGTC
CTCCAGACTGCTGGACACAAG
ATCTACT

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CCTCCGTGTCACGGTTCAAGGTGAAGTCATTGAGCAATCTTTTGGAGAGGAGCATCTATG
CTTCAGAACTCTTCAGCGTTTCACCGCTGCAACACTAGAGCATGGTATGCGTCCTCCAGT
TTCTCCTAAACCGGAGTGGCGTGAGTTGCTAGATGAAATGGCGGTTGTTGCAACCGAAGA
GTACCGGTCTGTTGTGTTCCAAGAACCTCGCTTTGTGGAGTACTTCCGCCTTGCTACACC
GGAGCTAGAGTATGGGCGTATGAACATCGGAAGCAGACCTTCGAAGAGGAAACCAAGCGG
CGGCATTGAGTCTCTCCGTGCCATTCCATGGATCTTTGCTTGGACTCAAACGAGATTCCA
TCTCCCTGTGTGGCTTGGATTCGGAGGAGCCATCAGACACGTGATTGAAAAGGACGTCAA
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TCTGATCGAGATGGTGTTTGCTAAAGGAGATCCAGGTATCGCTGCTTTGTACGATAAGCT
TCTTGTCTCAGAGGAGCTATGGCCTTTTGGTGACAGACTCAGAGCTAACTTCGAAGAAAC
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AAAACAGAGACTGAGACTTCGTAACTCTTACATCACCACACTCA*TGTCTGTCA*GCTTA
CACATTGA

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DS 

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GG
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TGCAACACTAGAGCATGGTATGCGTCCTCCAGTTTCTCCTAAACCGGAGTGGCGTGAGTT
GCTAGATGAAATGGCGGTTGTTGCAACCGAAGAGTACCGGTCTGTTGTGTTCCAAGAACC
TCGCTTTGTGGAGTACTTCCGCCTTGCTACACCGGAGCTAGAGTATGGGCGTATGAACAT
CGGAAGCAGACCTTCGAAGAGGAAACCAAGCGGCGGCATTGAGTCTCTCCGTGCCATTCC
ATGGATCTTTGCTTGGACTCAAACGAGATTCCATCTCCCTGTGTGGCTTGGATTCGGAGG
AGCCATCAGACACGTGATTGAAAAGGACGTCAAGAACCTACACATGCTTCAGGACATGTA
CAAACACTGGCCTTTCTTTAGAGTCACCATTGATCTGATCTAGATGGTGTTTGCTAAAGG
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TGGTGACAGACTCAGAGCTAACTTCGAAGAAACCAAGAAACTCGTCCTCCAGACTGCTGG
ACACAAGGATCTACTTGAAGGAGACCCTTACTTGAAACAGAGACTGAGACTTCGTAACTC
TTACATCACCACACTCAATGTCTGTCAAGCTTACACATTGAAGAGGATCCGTGACCCGAG
CTACAATGTGACTCTACGACCTCACATCTCCAAGGAGATTGCTGAATCGAGCAAA*GAAC
TCATCGAGCTTAACCCGACGAGCGAGTACGCGCCTGGACTCGA*GATACACTCATCT
GACC

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AGCAAAAGAACTCATCGAGCTTAACCCGACGAGCGAGTACGCGCCTGGACTCGAAGATAC
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TTAC

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ACTCAAACGAGATTCCATCTCCCTGTGTGGCTTGGATTCGGAGGAGCCATCAGACACGTG
ATTGAAAAGGACGTCAAGAACCTACACATGCTTCAGGACATGTACAAACACTGGCCTTTC
TTTAGAGTCACCATTGATCTGATCGAGATGGTGTTTGCTAAAGGAGATCCAGGTATCGCT
GCTTTGTACGATAAGCTTCTTGTTTCAGAGGAGCTATGGCCTTTTGGTGACAGACTCAGA
GCTAACTTCGAAGAAACCAAGAAACTCGTCCTCCAGACTGCTGGACACAAGGATTTACTT
GAAGGAGACCCTTACTTGAAACAGAGACTGAGACTTCGTAACTCTTACATCACCACACTC
AATGTCTGTCAAGCTTACACACTGAAGAGGACCCGTGACCCGAGCTACAATGTGACTTTA
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GACGAGCGAGTACGCGCCTGGACTCGAAGATACACTCATCTTGACCATGAAGGGTGTCGC
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G
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CTGATCGAGATGGTGTTTGCTAAAGGAGATCCAGGTATCGCTGCTTTGTACGATAAGCTT
CTTGTCTCAGAGGAGCTATGGCCTTTTGGTGACAGACTCAGAGCTAACTTCGAAGAAACC
AAGAAACTCGTCCTCCAGACTGCTGGACACAAGGATCTACTTGAAGGAGACCCTTACTTG
AAACAGAGACTGAGACTTCGTAACTCTTACATCACCACACTCAATGTCTGTCAAGCTTAC
ACATTGAAGAGGATCCGTGACCCGAGCTACAATGTGACTCTACGACCTCACATCTCCAAG
GAGATTGCTGAATCGAGCAAA*GAACTCATCGAGCTTAACCCGACGAGCGAGTACGCGCC
TGGACTCGAAGATACACTCATCTTGACCATGAAGGGTGTCGCTGCTGGTCTACAGAACAC
CGGTTGAGTAAAAAAAACAGAGATGAGCCTCTCTGTTTCTCCACAGTCTGCTTCTTTTTA
TCTACTGATTCGAAAATAATAAATTATGCGGTTGGTTTGTGTGTGAATCCACCGTCAAAA
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*CTCGAATGTATCAAAACAGAGCAAGGGAATCT

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DS 

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CACAAGGATCTACTTGAAGGAGACCCTTACTTGAAACAGAGACTGAGACTTCGTAACTCT
TACATCACCACACTCAATGTCTGTCAAGCTTACACATTGAAGAGGATCCGTGACCCGAGC
TACAATGTGACTCTACGACCTCACATCTCCAAGGAGATTGCTGAATCGAGCAAA*GAACT
CATCGAGCTTAACCCGACGAGCGAGTACGCGCCTGGACTCGAAGATACACTCATCTTGAC
CATGAAGGGTGTCGCTGCTGGTCTACAGAACACCGGTTGAGTAAAAAAAACAGAGATGAG
CCTCTCTGTTTCTCCACAGTCTGCTTCTTTTTATCTACTGATTCGAAAATAATAAATTAT
GCGGTTGGTTTGTGTGTGAATCCACCGTCAAAATGTTGATCTTTGTGTACGATTTACTCT
TTTAAGATCATGAACACATGCTCTGTTTTTTTTTCTCGAATGTATCAAAACAGAGCAAGG
GAATCTTTTCTTGTTTGTTTGTCTTTTACTTAACCATCCTCTTTGTCGTTACTTGTTGCT
ATTTGATTTCGGTTTGGTTTGTTCTAAACCGGATAGTAAG

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DS 



AS 1 6

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CCCGAGCACGAGAACAGAGACGCAGAAGAATCCGGAGCTAACGAGGATGAGGACACCGGA
GCTCAGGTCGCTCCGATCGTTAGGCTCGAGGAAGTTGCCGTCACTACCGGCGAGGAAGAC
GAAGACGCAATCCTCGATCTGAAATCGAAGCTGTATCGGTTCGACAAGGAAGCGAATCAG
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CGTCTCGTTATGAGGCAATCTAAAACTCTCAAGATCTGTGCCAATCATTTCGTTAAACAG
GGCATGTCTGTTCAGGAACACGTTGGAAACGAGAAGTCTTGTGTGTGGCACGCTCGTGAC
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TGCAAAGCATTTATGCAGAAGTTCAATGAAGTTGCTGAATCTGAAGTAGAGAAAGAAGAG
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TTAAGATGCATCAATGTTTAAGCTCCTTTGGCGAGGTATTATTAGCCTTGTTTTGATGCA
TCCATCTCGAGTCTACTAGTGTCTTGGCACTAAATATCTACATGTGTTGTCGGATCATAT
CAAGTGGTTTGGGGTTGGGTTTTGCTGAGTCGTTTTGGGTTTTATAGTTTTGAGTCGAAA
GTGTGGGTGAGTGATATGAGAGATTAAGGTTTGGTCATCAGTAAGAATACATTGAATTCA
TTGTTTTCAGCGTCTGTTATTGGTTCTTTTTGGATGGTCTTTATTTTGAGGATAGAGATG
GTTGTTTTCATGGACATGAGTCAGAAGTCTTTCATTTCTTTGCATTACAAAATTATACGC
TTTGTTGATTTTATTTTATTAATCCTTTTGTTTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
10 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AD11TF U 1
AF RR3CG10TF U 28
AF RR3B981TF U 12
AF RR3GG62TF U 23
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AF RR3GG62JQ C 449
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BS 771 1087 RR3AD11JQ
BS 1088 1177 RR3GG62JQ

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TGCAAAGCATTTATGCAGAAGTTCAATGAAGTTGCTGAATCTGAAGTAGAGAAAGAAGAG
AGCAAAGATGCATCTGACACCGCTGGTCTTCTT*GAGAAGTTGTCCGTTGA

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DS 

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TTCTGCATCCGATTTGCTTCAATTGAGAACTGCAAAGCATTTATGCAGAAGTTCAATGAA
GTTGCTGAATCTGAAGTAGAGAAAGAAGAGAGCAAAGACGCATCTGACACCGCTGGTCTT
CTT*GAGAAGTTGACCGTTGAAGAGACAAAAA

QA 4 635 4 635
DS 

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ATA
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GCTGAAGGATGAGCTTTTCTGCATCCGATTTGCTTCAATTGAGAACTGCAAAGCATTTAT
GCAGAAGTTCAATGAAGTTGCTGAATCTGAAGTAGAGAAAGAAGAGAGCAAAGATGCATC
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CTC

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AAGATCTGCGCCAATCATTTCGTTAAACAGGGCATGTCTGTTCAGGAACACGTTGGAAAC
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CTT*GAGAAGTTGTCCGTTGAAGAGACAAAAACAGAG*AGAAACCTGT**GGAGAA**GT
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GC

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DS 

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G
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ACATGTGTTGTCGGATCATATCAAGTGGTTTGGGGTTGGGTTTTGCTGAGTCGTTTTGGG
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TTTATTTTGAGGATAGAGATGGTTGTTT
CC

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DS 

RD RR3GG62JQ 729 0 0
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AAGTTGCTGAATCTGAAGTAGAGAAAGAAGAGAGCAAAGATGCATCTGACACCGCTGGTC
TTCTT*GAGAAGTTGTCCGTTGAAGAGACAAAAACAGAGGAGAAACCTGT**GGAGAA*G
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GAGAAGAAAACCGAAGAGGCTGCTCCCTCAACTTAAGATGCATCAATGTTTAAGCTCCTT
TGGCGAGGTATTATTAGCCTTGTTTTGATGCATCCATCTCGAGTCTACTAGTGTCTTGGC
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GTCGTTTTGGGTTTTATAGTTTTGAGTCGAAAGTGTGGGTGAGTGATATGAGAGATTAAG
GTTTGGTCATCAGTAAGAATACATTGAATTCATTGTTTTCAGCGTCTGTTATTGGTTCTT
TTTGGATGGTCTTTATTTTGAGGATAGAGATGGTTGTTTTCATGGACATGAGTCAGAAGT
CTTTCATTTCTTTGCATTACAAAATTATACGCTTTGTTGATTTTATTTTATTAATCCTTT
TGTTTTCTT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 7

CO CL882Contig1 1454 7 21 U
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ACTCTAATGGCCGAAACCCTTTGTGAATCCTCCGTGGACACTTCGGCTCCATTCGAGTCA
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TTAGAGAAGGAACTGATAGCGAAAGAAGGAGAAGCTTTGAAAGTGTTGAAGTCACTTGAG
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CTCTGCAAGACGACGGGAGATCTCGCGGCGATACGAGAGTCCGTCGAGTTACTCAACGAG
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TCTTCTGTTGCGGTCTTGAGACCAACGATGTCTATTGGGCAAATACTGAGCAGGAAGCTA
CTTCTTGCGGATGAGTCGGCGATGATGATGAACGGGAGAGTGTCGTTGGGTCAGATTCTT
GGGAAGACTAACAAGATCAAGGAAAAAGAAAAAAAGGTTAATGGGAAGAGGAAGAGGTTC
GGATTGGCTAAGTTGTCTGTGATGTTGAACAAAGAGTGCAAGAACAAGAAGAAGAAGATA
GCTTTGAACTTACAGTGATGAAGTGAGTGAGTGACCTATCTTAGGGATTGTTATTGTGTG
TCCAGTGTGATGTCTTATTATGTTAAGAAAATTGGGTTTCCATTGATTTTCTTTATGTAA
CTGGTTTATTGTGCTACAATAGTAAAATGTGGTGTGTGATTTGTTTTTTTTTAGGGAACC
TTTTTTTTTATAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D596TF U 1
AF RR3F861TF U 1
AF RR3AA22TF U 5
AF RR3CS89TF U 1
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GATCCGCGCTCGAGGAGAAGACGACACGAGAGAGGTTGATAAACTCTGCGGAGATCTCCA
GGGAGGTTGAGAGACTGAGTCGCGAGGCGTTGGAGT

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CCCTTTGTGAATCCTCCGTGGACACTTCGGCTCCATTCGAGTCAGTGAGAGAAGCCGCCA
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CTCAGAAGGAAGTGGAAGAAGCAGCCAATATCGTGGCGAGTGAGTTAGAGAAGGAACTGA
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GCGACACGAACGTTCTCGAAGAGCTAAACCGAGCCAAGACGAGTCTCTGCAAGACGACGG
GAGATCTCGCGGCGATACGAGAGTCCGTCGAGTTACTCAACGAGAGGCTCGAAGAGGAAA
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C
TGAG

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CTCAGAAGGAAGTGGAAGAAGCAGCCAATATCGTGGCGAGTGAGTTAGAGAAGGAACTGA
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GCGACACGAACGTTCTCGAAGAGCTAAACCGAGCCAAGACGAGTCTCTGCAAGACGACGG
GAGATCTCGCGGCGATACGAGAGTCCGTCGAGTTACTCAACGAGAGGCTCGAAGAGGAAA
GATCCGCGCTCGAGGAGAAGACGACACGAGAGAGGTTGATAAACTCTGCGGAGATCTCCA
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CCGAGATGCGTTTGGTGGCT

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AGACGGCTCAAGAGATCAGAAGCAGCAGGAGGACGATCGAGGAAGGTCTGGAGAGAGTGA
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GGGACGGGACAGCGTCTTCTGTTGCGGTCTTGAGACCAACGATGTCTATTGGGCAAATAC
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TCTTGGGAAGACTAACAAGATCAAGGAAAAAGAAAAAAAGGTTAATGGGAAGAGGAAGAG
GTTCGGATTGGCTAAGTTGTCTGTGATGTTGAACAAAGAGTGCAAGAACAAGAAGAAGAA
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GTAACTGGTTTATTGTGCTACAATAG
G

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GGCTCGTCATGTGGT*GACAAAGCTGTGTGTGAGATGGAAGAGACGAGGAGTAAGATCGA
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ACAATGGCAGTGGTCAGAACGTAGGAGGAGATCGTACAAGAACAGGAGAGAGACGGTTCT
GATGGATGTAAACGGTCTGGATATGATGATGAATGGGGACGGGACAGCGTCTTCTGTTGC
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TGAGTCGGCGATGATGATGAACGGGAGAGTGTCGTTGGGTCAGATTCTTGGGAAGACTAA
CAAGATCAAGGAAAAAGAAAAAAAGGTTAATGGGAAGAGGAAGAGGTTCGGATTGGCTAA
GTTGTCTGTGATGTTGAACAAAGAGTGCAAGAACAAGAAGAAGAAGATAGCTTTGAACTT
ACAGTGATGAAGTGAGTGAGTGACCTATCTTAGGGATTGTTATTGTGTGTCCAGTGTGAT
GTCTTATTATGTTAAGAAAATTGGGTTTCCATTGATTTTCTTTATGTAACTGGTTTATTG
TGCTACAATAGTAAAATGTGGTGTGTGATTTGTTTTTTTTTAGGGAACCTTTTTTTTTAT
AGT

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DS 



AS 2 7

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AGGAGGAGGAGTTCAACACGGGACCCCTTTCTGTTCTGATGATGAGTGTCAAGAACAACA
CTCAGGTGCTCATCAATTGCCGCAACAACAGGAAACTCCTTGGTCGTGTTAGAGCTTTTG
ACAGGCACTGCAACATGGTCCTGGAAAACGTCAGAGAAATGTGGACCGAGGTACCTAAAA
CTGGGAAAGGAAAGAAGAAAGCTCTTCCTGTTAACAGAGATCGCTTCATCAGCAAGATGT
TTCTCCGTGGTGACTCTGTCATTATCGTCCTCAGGAACCCCAAGTGAGAGAGAGAGAGAT
GTCGCTGTTTGTACTTGTTTCTTCTCGTCAAATTCTAATTGTTGCATCAACGGAGATAAT
CTTTAAGTATGAGTCTTCAATCTAGTCTTGCCCTTGTATTTTACACTTGTGTTTTCGCCT
ATCTCTTATGAGTAAGATGCAGCGTTGAGTAATGCCCTTAAACTTGAGTAATTACAAATG
TCATGTTTAACTAGACAAGTTGTATTACTGGAGTTAAAGGAATAAGTAACTTGCGGCTTG
TCTCCTTTCCAAATATACAGTAGACTGTATCATTGTACTAATCTCTATC


BQ
10 10 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G715TF U 12
AF RR3DR92JQ C 1
AF RR3DR92TF U 1
AF RR3GV79TF U 4
AF RR3GV79JQ C 154
BS 1 2 RR3DR92JQ
BS 3 12 RR3DR92TF
BS 13 233 RR3G715TF
BS 234 234 RR3DR92TF
BS 235 491 RR3G715TF
BS 492 572 RR3DR92TF
BS 573 709 RR3GV79TF

RD RR3G715TF 480 0 0
G
GACTGCTCCGAGATTTAGCTGGTTTAAGACTAATCTTCGGAGAATTTGTTGAGCTGCAAG
CGAATATGAGTAGGCCAATGGAAGAGGATACCAACCAGGGAAAGACGGAGGAGGAGGAGT
TCAACACGGGACCCCTTTCTGTTCTGATGATGAGTGTCAAGAACAACACTCAGGTGCTCA
TCAATTGCCGCAACAACAGGAAACTCCTTGGTCGTGTTAGAACTTTTGACAGGCACTGCA
ACATGGTCCTGGAAAACGTCAGAGAAATGTGGACCGAGGTACCTAAAACTGGGAAAGGAA
AGAAGAAAGCTCTTCCTGTTAACAGAGATCGCTTCATCAGCAAGATGTTTCTCCGTGGTG
ACTCTGTCATTATCGTCCTCAGGAACCCCAAGTGAGAGAGAGAGAGATGTCGCTGTTTGT
ACTTGTTTCTTCTCGTCAAATTCTAATTGTTGCATCAACGGAGATAATCTTTAAGTATG

QA 2 480 2 480
DS 

RD RR3DR92JQ 570 0 0
GGCTCGTCTCTCGACTGCTCCGAGATTTAGCTGGTTTAAGACTAATCTTCGGAGAATTTG
TTGAGCTGCAAGCGAATATGAGTAGGCCAATGGAAGAGGATACCAACCAGGGAAAGACGG
AGGAGGAGGAGTTCAACACGGGACCCCTTTCTGTTCTGATGATGAGTGTCAAGAACAACA
CTCAGGTGCTCATCAATTGCCGCAACAACAGGAAACTCCTTGGTCGTGTTAGAGCTTTTG
ACAGGCACTGCAACATGGTCCTGGAAAACGTCAGAGAAATGTGGACCGAGGTACCTAAAA
CTGGGAAAGGAAAGAAGAAAGCTCTTCCTGTTAACAGAGATCGCTTCATCAGCAAGATGT
TTCTCCGTGGTGACTCTGTCATTATCGTCCTCAGGAACCCCAAGTGAGAGAGAGAGAGAT
GTCGCTGTTTGTACTTGTTTCTTCTCTTCAAATTCTAATTGTTGCATCAACGGAGATAAT
CTTTAAGTATGAGTCTTCAATCTAGTCTTGCCCTTGTATTTTACACTTGTGTTTTCGCCT
ATCTCTTATGAGTAAGATGCAGCGTTGAGT

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3DR92TF 576 0 0
GG
CTCGTCTCTCGACTGCTCCGAGATTTAGCTGGTTTAAGACTAATCTTCGGAGAATTTGTT
GAGCTGCAAGCGAATATGAGTAGGCCAATGGAAGAGGATACCAACCAGGGAAAGACGGAG
GAGGAGGAGTTCAACACGGGACCCCTTTCTGTTCTGATGATGAGTGTCAAGAACAACACT
CAGGTGCTCATCAATTGCCGCAACAACAGGAAACTCCTTGGTCGTGTTAGAGCTTTTGAC
AGGCACTGCAACATGGTCCTGGAAAACGTCAGAGAAATGTGGACCGAGGTACCTAAAACT
GGGAAAGGAAAGAAGAAAGCTCTTCCTGTTAACAGAGATCGCTTCATCAGCAAGATGTTT
CTCCGTGGTGACTCTGTCATTATCGTCCTCAGGAACCCCAAGTGAGAGAGAGAGAGATGT
CGCTGTTTGTACTTGTTTCTTCTCTTCAAATTCTAATTGTTGCATCAACGGAGATAATCT
TTAAGTATGAGTCTTCAATCTAGTCTTGCCCTTGTATTTTACACTTGTGTTTTCGCCTAT
CTCTTATGAGTAAGATGCAGCGTTGAGTAA
AAAA

QA 3 572 3 572
DS 

RD RR3GV79TF 706 0 0
GG
GTCTCTCGACTGCTCCGAGATTTAGCTGGTTTAAGACTAATCTTCGGAGAATTTGTTGAG
CTGCAAGCGAATATGAGTAGGCCAATGGAAGAGGATACCAAC***GGAAAGACGGAGGAG
GAGGAGTTCAACACGGGACCCCTTTCTGTTCTGATGATGAGTGTCAAGAACAACACTCAG
GTGCTCATCAATTGCCGCAACAACAGGAAACTCCTTGGTCGTGTTAGAGCTTTTGATAGG
CACTGCAACATGGTCCTGGAAAACGTCAGAGAAATGTGGACCGAGGTACCTAAAACTGGG
AAAGGAAAGAAGAAAGCTCTTCCTGTTAACAGAGATCGCTTCATCAGCAAGATGTTTCTC
CGTGGTGACTCTGTCATTATCGTCCTCAGGAACCCCAAGTGAGAGAGAGAGAGATGTCGC
TGTTTGTACTTGTTTCTTCTCGTCAAATTCTAATTGTTGCATCAACGGAGATAATCTTTA
AGTATGAGTCTTCAATCTAGTCTTGCCCTTGTATTTTACACTTGTGTTTTCGCCTATCTC
TTATGAGTAAGATGCAGCGTTGAGTAATGCCCTTAAACTTGAGTAATTACAAATGTCATG
TTTAACTAGACAAGTTGTATTACTGGAGTTAAAGGAATAAGTAACTTGCGGCTTGTCTCC
TTTCCAAATATACAGTAGACTGTATCATTGTACTAATCTCTATC

QA 3 706 3 706
DS 

RD RR3GV79JQ 556 0 0
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AACTCCTTGGTCGTGTTAGAGCTTTTGATAGGCACTGCAACATGGTCCTGGAAAACGTCA
GAGAAATGTGGACCGAGGTACCTAAAACTGGGAAAGGAAAGAAGAAAGCTCTTCCTGTTA
ACAGAGATCGCTTCATCAGCAAGATGTTTCTCCGTGGTGACTCTGTCATTATCGTCCTCA
GGAACCCCAAGTGAGAGAGAGAGAGATGTCGCTGTTTGTACTTGTTTCTTCTCGTCAAAT
TCTAATTGTTGCATCAACGGAGATAATCTTTAAGTATGAGTCTTCAATCTAGTCTTGCCC
TTGTATTTTACACTTGTGTTTTCGCCTATTTCTTATGAGTAAGATGCAGCGTTGAGTAAT
GCCCTTAAACTTGAGTAATTACAAATGTCATGTTTAACTAGACAAGTTGTATTACTGGAG
TTAAAGGAATAAGTAACTTGCGGCTTGTCTCCTTTCCAAATATACAGTAGACTGTATCAT
TGTACTAATCTCTATC

QA 1 556 1 556
DS 



CO CL883Contig2 595 2 2 U
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ACCAACCAGGGAAAGACGGAGGAGGAGGAGTTCAACACGGGACCCCTTTCTGTTCTGATG
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GGTCGTGTTAGAGCTTTTGACAGGCACTGCAACATGGTCCTGGAAAACGTCAGAGAAATG
TGGACCGAGGTACCTAAAACTGGGAAAGGAAAGAAGAAAGCTCTTCCTGTTAACAGAGAT
CGCTTCATCAGCAAGATGTTTCTCCGTGGTGACTCTGTCATTATCGTCCTCAGGAACCCC
AAGTGAGAGAGAGAGAGATGTCGCTGTTTGTACTTGTTTCTTCTCGTCAAATTCTAATTG
TTGCATCAACGGAGATAATCTTTGAGTATCAGTCTTCACTCTAGTCTTGCCCTTGTATTT
TTCACTTGTGTTTTCGCCTCTCTTATGAGTAATATGCAGCGTTGAGTAATGCCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E620JQ C 1
AF RR3E620TF U 1
BS 1 594 RR3E620TF
BS 595 595 RR3E620JQ

RD RR3E620JQ 595 0 0
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ACCAACCAGGGAAAGACGGAGGAGGAGGAGTTCAACACGGGACCCCTTTCTGTTCTGATG
ATGAGTGTCAAGAACAACACTCAGGTGCTGATCAATTGCCGCAACAACAGGAAACTCCTT
GGTCGTGTTAGAGCTTTTGACAGGCACTGCAACATGGTCCTGGAAAACGTCAGAGAAATG
TGGACCGAGGTACCTAAAACTGGGAAAGGAAAGAAGAAAGCTCTTCCTGTTAACAGAGAT
CGCTTCATCAGCAAGATGTTTCTCCGTGGTGACTCTGTCATTATCGTCCTCAGGAACCCC
AAGTGAGAGAGAGAGAGATGTCGCTGTTTGTACTTGTTTCTTCTCGTCAAATTCTAATTG
TTGCATCAACGGAGATAATCTTTGAGTATCAGTCTTCACTCTAGTCTTGCCCTTGTATTT
TTCACTTGTGTTTTCGCCTCTCTTATGAGTAATATGCAGCGTTGAGTAATGCCCC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3E620TF 595 0 0
GGGTGACTCTCAACGCTCGTTCTCGTCTCTCGACTGCCCCGAGATTTAGCTGGTTTAAGA
CTAATCTTCGGAGAATTTGTTGAGCTGCAAGCGAATATGAGTAGGCCAATGGAATAGGAT
ACCAACCAGGGAAAGACGGAGGAGGAGGAGTTCAACACGGGACCCCTTTCTGTTCTGATG
ATGAGTGTCAAGAACAACACTCAGGTGCTGATCAATTGCCGCAACAACAGGAAACTCCTT
GGTCGTGTTAGAGCTTTTGACAGGCACTGCAACATGGTCCTGGAAAACGTCAGAGAAATG
TGGACCGAGGTACCTAAAACTGGGAAAGGAAAGAAGAAAGCTCTTCCTGTTAACAGAGAT
CGCTTCATCAGCAAGATGTTTCTCCGTGGTGACTCTGTCATTATCGTCCTCAGGAACCCC
AAGTGAGAGAGAGAGAGATGTCGCTGTTTGTACTTGTTTCTTCTCGTCAAATTCTAATTG
TTGCATCAACGGAGATAATCTTTGAGTATCAGTCTTCACTCTAGTCTTGCCCTTGTATTT
TTCACTTGTGTTTTCGCCTCTCTTATGAGTAATATGCAGCGTTGAGTAATGCCC
C

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 6

CO CL884Contig1 1735 6 14 U
CTCCTCTTGCGACTTGTGAGGAGTGAGGACTCCTTGATGGAGTTCCATTCTTATAAATTA
TGAATACATGATCTTGAATAAATAACTTGAACAAAAAACTGAAATGGTAAGAAAAGAGAC
TAATTATGAAAAAAGTGTTTCTCTAGAATTTGAAATGTGTGGGACTAGAGAGTTTCTGAA
TTCGGAAAAGTTCTGAATAATTTCACTCTACCGATATACATAACAAGAACAAAAAAGAAA
CAGAGAAATAACTGAAGATGAATCTAGAAAGTCTTCTTTCTAGCAACAGCTTTTCGAGGT
TCTCTCTTGGTAGAAGACGCACTGAACCCCGGAGATGAAAACCCAACCGTGGATTGGTAT
ATGTCTTTCAACCTGGGGATGCTGATGAACAGAGCAATTGCCGCAATGCCAGTAACAAGT
GGCAATATAGCTGCAGGAGTCACTTCCTGACTCTGATGATCTGCCACGATGCTGTATCGA
AGTGGACCGACATGTATTTGAGCATTTGTCTCTAAATCCACTTCGATGCTCTCTGATACT
ACTTTATGGGAGCCTAAAGGACGGTTGGATTTAAGCTGCACAAGGTGTTTACCTCTGGAT
AACCCTTTTACTTGGAAGAAGTTGGAAAGTGGTAGTGGGAAGACACTCTCTACTTTAGAT
ACATCACTGGCTGATTTGATCTCCACTAGCAGGTTCGTGTTTACTTCTTCGATCTGTTTT
CCTTCCACGTGGCATGTTAATATGGTCGTTTCTGGTTGTTCAAATACCAAAAAGTCTACC
CCGTGGATATCTTCATAACCAATCTGAAGAGAAACCGATTCTGGAGATGCACGTTCGATT
TTATTGTTGCCTGAACCATTTCTTTTCGATACTTTGATTACATATGTTGCACCTGGATGT
AACCCTCTCAGACGGTAATTTCCATCAATATCACTTGTGGTCTCCTCATAGTATCCTTTG
GAATCAGAGCATAGGCTTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTCAAAGTAACAGCGAAGGAGG
CACGACCCGGCCAGTTAAGACCAGGAGCGTATCGCCAACAGAAGAGACAAGCCGACCGGT
GCTCGCCGAAGGCGGACCGGGCGACCCATCCCAAGGTTCAACTACGAGCTTTTTAACTGC
AACAACTTAAATATACGCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGGCTGCTGGCACCAGACTTGC
CCTCCAATGGATCCTCGTTAAGGGATTTAGATTGTACTCATTCCAATTACCAGACTCAAA
GAGCCCGGTATTGTTATTTATTGTCACTACCTCCCCGTGTCAGGATTGGGTAATTTGCGC
GCCTGCTGCCTTCCTTGGATGTGGTAGCCGTTTCTCAGGCTCCCTCTCCGGAATCGAACC
CTAATTCTCCGTCACCCGTTACCACCATGGTAGGCAACTATCCTACCATCGAAAGTTGAT
AGGGCAGAAATTTGAATGATGCGTCGCCAGCACAAAGGCCATGCGATCCGTCGAGTTATC
ATGAATCATCAGAGCAACGGGCAGAGCCCGCGTCGACCTTTTATCTAATAAATGCATCCC
TTCCAGAAGTCGGGGTTTGTTGCACGTATTAGCTCTAGAATTACTACGGTTATCCGAGTA
GTAGTTACCATCAAACAAACTATAACTGATTTAATGAGCCATTCGCAGTTTCACAGTCTG
AATTCGTTCATACTTACACATGCACGGCTTAATCTTTGAGACAAGCATATGACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 15 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DT32JQ U 1
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BS 504 526 RR3DT32JQ
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TGAATACATGATCTTGAATGAATAACTTGAACAAAAAACTGAAATGGTAAGAAAAGAGAC
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TCTCTCTTGGTAGAAGACGCACTGAACCCCGGAGATGAAAACCCAACCGTGGATTGGTAT
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AACCCTTTTACTTGGAAGAAGTTGGAAAGTGGTAGTGGGAAGACACTCTCTACTTTAGAT
ACATCACTGGCTGATTTGATCTCCACTAGCAGGTTCGTGTTTACTTCTTCGATCTGCTTT
CCTTCCACGTGGCATGTTAATATGGTCGTTTCTGGTTGTTCAAATACC

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GAGACTAATTATGAAAAAAGTGTTTCTCTAGAATTTGAAATGTGTGGGACTAGAGAGTTT
CTGAATTCGGAAAAGTTCTGAATAATTTCACTCTACCGATATACATAACAAGAACAAAAA
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ATCGAAGTGGACCGACATGTATTTGAGCATTTGTCTCTAAATCCACTTCGATGCTCTCTG
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GC
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TCAACCTGGGGATGCTGATGAACAGAGCAATTGCCGCAATGCCAGTAACAAGTGGCAATA
TAGCTGCAGGAGTCACTTCCTGACTCTGATGATCTGCCACGATGCTGTATCGAAGTGGAC
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GGGAGCCTAAAGGACGGTTGGATTTAAGCTGCACAAGGTGTTTACCTCTGGATAACCCTT
TTACTTGGAAGAAGTTGGAAAGTGGTAGTGGGAAGACACTCTCTACTTTAGATACATCAC
TGGCTGATTTGATCTCCACTAGCAGGTTCGTGTTTACTTCTTCGATCTGTTTTCCTTCTA
CATGGCATGTTAATATGGTCGTTTCTGGTTGTTCAAATACC
AAAAA

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GGGACTAGAGAGTTTCTGAATTCGGAAAAGTTCTGAATAATTTCACTC*ACCGATATACA
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TAGCAACAGCTTTTCGAGGTTCTCTCTTGGTAGAAGACGCACTGAACCCCGGAGATGAAA
ACCCAACCGTGGATTGGTATATGTCTTTCAACCTGGGGATGCTGATGAACAGAGCAATTG
CCGCAATGCCAGTAACAAGTGGCAATATAGCTGCAGGAGTCACTTCCTGACTCTGATGAT
CTGCCACGATGCTGTATCGAAGTGGACCGACATGTATTTGAGCATTTGTCTCTAAATCCA
CTTCGATGCTCTCTGATACTACTTTATGGGAGCCTAAAGGACGGTTGGATTTAAGCTGCA
CAAGGTGTTTACCTCTGGATAACCCTTTTACTTGGAAGAAGTTGGAAAGTGGTAGTGGGA
AGACACTCTCTACTTTAGATACATCACTGGCTGATTTGATCTCCACTAGCAGGTTCGTGT
TTACTTCTTCGATCTGTTTTCCTTCCACGTGGCATGTTAATATGGTCGTTTCTGGTTGTT
CAAATACCAAAAAGTCTACCCCGTGGATATCTTCATAACCAATCTGAAGAGAAACCGATT
CTGGAGATGCACGTTCGATTTTATTGTTGCCTGAACCATTTCTTTT

QA 1 766 1 766
DS 

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GACACTCTCTACTTTAGATACATCACTGGCTGATTTGATCTCCACTAGCAGGTTCGTGTT
TACT*CTTCGATCTGTTTTC*TTCCACGTGGCATGTTAATATGGTCGTTTCTGGTTGTTC
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TGGAGATGCACGTTCGATTTTATTGTTGCCTGAACCATTTCTTTTCGATACTTTGATTAC
ATATGTTGCACCTGGATGTAACCCTCTCAGACGGTAATTTCCATCAATATCACTTGTGGT
CTCCTCATAGTATCCTTTGGAATCAGAGCATAGGCTTGCTTTGAGCACTCTAATTTCTTC
AAAGTAACAGCGAAGGAGGCACGACCCGGCCAGTTAAGACCAGGAGCGTATCGCCAACAG
AAGAGACAAGCCGACCGGTGCTCGCCGAAGGCGGACCGGGCGACCCATCCCAAGGTTCAA
CTACGAGCTTTTTAACTGCAACAACTTAAATATACGCTATTGGAGCTGGAATTACCGCGG
CTGCTGGCACCAGACTTGCCCTCCAATGGATCCTCGTTAAGGGATTTAGATTGTACTCAT
TCCAATTACCAGACTCAAAGAGCCCGGTATTGTTATTTATTGTCACTACCTCCCCGTGTC
AGGATTGGGTAATTTGCGCGCCTGCTGCCTTCCTTGGATGTGGTAGCCGTTTCTCAGGCT
CCCTCTCCGGAATCGAACCCTAATTCTCCGTCACCCGTTACCACCATGGTAGGCAACTAT
CCTACCATCGAAAGTTGATAGGGCAGAAATTTGAATGATGCGTCGCCAGCAC
C

QA 1 832 1 832
DS 

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CGCGCCTGCTGCCTTCCTTGGATGTGGTAGCCGTTTCTCAGGCTCCCTCTCCGGAATCGA
ACCCTAATTCTCCGTCACCCGTTACCACCATGGTAGGCCACTATCCTACCATCGAAAGTT
GATAGGGCAGAAATTTGAATGATGCGTCGCCAGCACAAAGGCCATGCGATCCGTCGAGTT
ATCATGAATCATCAGAGCAACGGGCAGAGCCCGCGTCGACCTTTTATCTAATAAATGCAT
CCCTTCCAGAAGTCGGGGTTTGTTGCACGTATTAGCTCTAGAATTACTACGGTTATCCGA
GTAGTAGTTACCATCAAACAAACTATAACTGATTTAATGAGCCATTCGCAGTTTCACAGT
CTGAATTCGTTCATACTTACACATGCACGGCTTAATCTTTGAGACAAGCATATGACTC

QA 1 418 1 418
DS 



AS 1 7

CO CL885Contig1 723 7 10 U
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GGCGTCCAAAGCCATATTCTTCTTCTTCTTCTTTGTCTCCGCCGTGTGCCTATCCTCTCT
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TTATTGCGACACTTGCCGTGTCCAATTCGTCACCCGTCTCAGCAAATTCCTCGAAGGAGC
CAAAGTGAAGCTAGAGTGCAGGAGCAGAACCAACGGAACCGTGACGTTGACAAAAGAAGC
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GACACGTATCGTTAACCCTCTCGGTTTCATGGTTCCGACACCGTCAGCTGAATGCCCCGC
CGCTTTCAAGGAGCTCGGGATCGTCCCTGACGTCATATTCTAAATATGATGACGACTTAT
CTCAGAGATCGTTATTTAACTGTCATGACCATCTCTGTTGTTTATTTTCTTATATAATAC
AAAAGTGTAATTTGATATAAAAAAATGCAAAATGCGGTAATTAAAAATAAACTATTTATC
TTT


BQ
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45 45 15 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 10 10 

AF RR3H940TF U 18
AF RR3GX10TF U 4
AF RR3E768JQ C 1
AF RR3GX10JQ C 4
AF RR3H940JQ C 100
AF RR3E768TF U 1
AF RR3BE89TF U 270
BS 1 6 RR3E768JQ
BS 7 17 RR3GX10TF
BS 18 302 RR3H940TF
BS 303 303 RR3GX10TF
BS 304 440 RR3H940TF
BS 441 642 RR3GX10TF
BS 643 684 RR3E768TF
BS 685 685 RR3BE89TF
BS 686 720 RR3E768TF
BS 721 723 RR3BE89TF

RD RR3H940TF 423 0 0
TAAAAAAATAAGACGAGAATCTTTTAACATTTTCAGACAAAATGGCGTCCAAAGCCATAT
TCTTCTTCTTCTTCTTTGTCTCCGCCGTGTGCCTATCCTCTCTCACCGGCAAGGCCGTCG
CTGACGCCGATGACTTGGACAGTTTCCAAATTCAGGGATCCGTTTATTGCGACACTTGCC
GTGTCCAATTCGTCACCCGTCTCAGCAAATTCCTCGAAGGAGCCAAAGTGAAGCTAGAGT
GCAGGAGCAGAACCAACGGAACCGTGACGTTGACAAAAGAAGCCGCGACTGACAAATCAG
GCAGCTACAAAATGGAAGTGACCGGTGACCACGAGGAGGAAGTCTGTGAGCTTGTTCTCC
TCCAGTCACCAGACAGTGGTTGCAGCGACGTGAGCCAAGATGCTTACCTACGTAACGCCG
CTA

QA 1 423 1 423
DS 

RD RR3GX10TF 639 0 0
GTG
GAGAAGAAGTGTAAAAAAATAAGACGAGAATCTTTTAACATTTTCAGACAAAATGGCGTC
CAAAGCCATATTCTTCTTCTTCTTCTTTGTCTCCGCCGTGTGCCTATCCTCTCTCACCGG
CAAGGCCGTCGCTGACGCCGATGACTTGGACAGTTTCCAAATTCAGGGATCCGTTTATTG
CGACACTTGCCGTGTCCAATTCGTCACCCGTCTCAGCAAATTCCTCGAAGGAGCCAAAGT
GAAGCTAGAGTGCAGGAGCAGAACCAACGGAACCGTGACGTTGACAAAAGAAGCCGTGAC
TGACAAATCAGGCAGCTACAAAATGGAAGTGACCGGTGACCACGAGGAGGAAGTCTGTGA
GCTTGTTCTCCTCCAGTCACCAGACAGTGGTTGCAGCGACGTGAGCCAAGATGCTTACCT
ACGTAACGCCGCTAAGGTTAGCCTGACGGCCAATGACGGTATCGTCTCTCACGAGACACG
TATCGTTAACCCTCTCGGTTTCATGGTTCCGACACCGTCAGCTGAATGCCCCGCCGCTTT
CAAGGAGCTCGGGATCGTCCCTGACGTCATATTCTAAATATGATGACGACTTATCTCAGA
GATCGTTATTTAACTGTCATGACCATCTCTGTTGTT

QA 4 639 4 639
DS 

RD RR3E768JQ 722 0 0
GGAGAAGAGAAGAAGTGTAAAAAAATAAGACGAGAATCTTTTAACATTTTCAGACAAAAT
GGCGTCCAAAGCCATATTCTTCTTCTTCTTCTTTGTCTCCGCCGTGTGCCTATCCTCTCT
CACCGGCAAGGCCGTCGCTGACGCCGATGACTTGGACAGTTTCCAAATTCAGGGATCCGT
TTATTGCGACACTTGCCGTGTCCAATTCGTCACCCGTCTCAGCAAATTCCTCGAAGGAGC
CAAAGTGAAGCTAGAGTGCAGGAGCAGAACCAACGGAACCGTGACGTTGACAAAAGAAGC
CGTGACTTACAAATCAGGCAGCTACAAAATGGAAGTGACCGGTGACCGCGAGGAGGAAGT
CTGTGAGCTTGTTCTCCTCCAGTCACCAGACAGTGGTTGCAGCGACGTGAGCCAAGATGC
TTACCTACGTAACGCCGCTAAGGTTAGCCTGACGGCCAATGACGGTATCGTCTCTCACGA
GACACGTATCGTTAACCCTCTCGGTTTCATGGTTCCGACACCGTTAGCTGAATGCCCCGC
CGCTTTCAAGGAGCTCGGGATCGTCCCTGACGTCATATTCTAAATATGATGACGACTTAT
CTCAGAGATCGTTATTTAACTGTCATGACCATCTCTGTTGTTTATTTTCTTATATAATAC
AAAAGTGTAATTTGATATAAAAAAATGCAAAATGCGGTAATTAAAAATAAACTATTTATC
TT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3GX10JQ 718 0 0
GTG
GAGAAGAAGTGTAAAAAAATAAGACGAGAATCTTTTAACATTTTCAGACAAAATGGCGTC
CAAAGCCATATTCTTCTTCTTCTTCTTTGTCTCCGCCGTGTGCCTATCCTCTCTCACCGG
CAAGGCCGTCGCTGACGCCGATGACTTGGACAGTTTCCAAATTCAGGGATCCGTTTATTG
CGACACTTGCCGTGTCCAATTCGTCACCCGTCTCAGCAAATTCCTCGAAGGAGCCAAAGT
GAAGCTAGAGTGCAGGAGCAGAACCAACGGAACCGTGACGTTGACAAAAGAAGCCGTGAC
TGACAAATCAGGCAGCTACAAAATGGAAGTGACCGGTGACCACGAGGAGGAAGTCTGTGA
GCTTGTTCTCCTCCAGTCACCAGACAGTGGTTGCAGCGACGTGAGCCAAGATGCTTACCT
ACGTAACGCCGCTAAGGTTAGCCTGACGGCCAATGACGGTATCGTCTCTCACGAGACACG
TATCGTTAACCCTCTCGGTTTCATGGTTCCGACACCGTCAGCTGAATGCCCCGCCGCTTT
CAAGGAGCTCGGGATCGTCCCTGACGTCATATTCTAAATATGATGACGACTTATCTCAGA
GATCGTTATTTAACTGTCATGACCATCTCTGTTGTTTATTTTCTTATATAATACAAAAGT
GTAATTTGATATAAAAAAATGCAAAATGCGGTAATTAAAAATAAACTATTTATC
C

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DS 

RD RR3H940JQ 577 0 0
CGCCGTGTGCCTATCCTCTCTCACCGGCAAGGCCGTCGCTGACGCCGATGACTTGGACAG
TTTCCAAATTCAGGGATCCGTTTATTGCGACACTTGCCGTGTCCAATTCGTCACCCGTTT
CAGCAAATTCCTCGAAGGAGCCAAAGTGAAGCTAGAGTGCAGGAGCAGAACCAACGGAAC
CGTGACGTTGACAAAAGAAGCCGCGACTGACAAATCAGGCAGCTACAAAATGGAAGTGAC
CGGTGACCACGAGGAGGAAGTCTGTGAGCTTGTTCTCCTCCAGTCACCAGACAGTGGTTG
CAGCGACGTGAGCCAAGATGCTTACCTACGTAACGCCGCTAAGGTTAGCCTGACGGCCAA
TGACGGTATCGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTAACCCTCTCGGTTTCATGGTTCCGAC
ACCGTCAGCTGAATGCCCCGCCGCTTTCAAGGAGCTCGGGATCGTCCCTGACGTCATATT
CTAAATATGATGACGACTTATCTCAGAGATCGTTATTTAACTGTCATGACCATCTCTGTT
GTTTATTTTCTTATATAATACAAAAGTGTAATTTGA
C

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DS 

RD RR3E768TF 722 0 0
GGAGAA
GAGAAGAAGTGTAAAAAAATAAGACGAGAATCTTTTAACATTTTCAGACAAAATGGCGTC
CAAAGCCATATTCTTCTTCTTCTTCTTTGTCTCCGCCGTGTGCCTATCCTCTCTCACCGG
CAAGGCCGTCGCTGACGCCGATGACTTGGACAGTTTCCAAATTCAGGGATCCGTTTATTG
CGACACTTGCCGTGTCCAATTCGTCACCCGTCTCAGCAAATTCCTCGAAGGAGCCAAAGT
GAAGCTAGAGTGCAGGAGCAGAACCAACGGAACCGTGACGTTGACAAAAGAAGCCGTGAC
TTACAAATCAGGCAGCTACAAAATGGAAGTGACCGGTGACCGCGAGGAGGAAGTCTGTGA
GCTTGTTCTCCTCCAGTCACCAGACAGTGGTTGCAGCGACGTGAGCCAAGATGCTTACCT
ACGTAACGCCGCTAAGGTTAGCCTGACGGCCAATGACGGTATCGTCTCTCACGAGACACG
TATCGTTAACCCTCTCGGTTTCATGGTTCCGACACCGTTAGCTGAATGCCCCGCCGCTTT
CAAGGAGCTCGGGATCGTCCCTGACGTCATATTCTAAATATGATGACGACTTATCTCAGA
GATCGTTATTTAACTGTCATGACCATCTCTGTTGTTTATTTTCTTATATAATACAAAAGT
GTAATTTGATATAAAAAA*TGCAAAATGCGGTAATTAAAAATAAACTATTTATC
TT

QA 7 720 7 720
DS 

RD RR3BE89TF 454 0 0
G
CAACGGAACCGTGACGTTGACAAAAGAAGCCGTGACTGACAAATCAGGCAGCTACAAAAT
GGAAGTGACCGGTGACCACGAGGAGGAAGTCTGTGAGCTTGTTCTCCTCCAGTCACCAGA
CAGTGGTTGCAGCGACGTGAGCCAAGATGCTTACCTACGCAACGCCGCTAAGGTTAGCCT
GACGGCCAATGACGGTATCGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTAACCCTCTCGGTTTCAT
GGTTCCGACACCGTCAGCTGAATGCCCCGCCGCTTTCAAGGAGCTCGGGATCGTCCCTGA
CGTCATATTCTAAATATGATGACGACTTATCTCAGAGATCGTTATCTAACTGTCATGACC
ATCTCTGTTGTTTATTTTCTTATATAATACAAAAGTGTAATTTGATATAAAAAAATGCAA
AATGCGGTAATTAAAAATAAACTATTTATCTTT

QA 2 454 2 454
DS 



AS 1 7

CO CL886Contig1 856 7 8 U
GGAGAAGACATTTCTCTCGTCTCGCCGCAGGAGAAAGGAAGGAAGCATCTCTGCAACTTC
TGAGGTGAAGGAATGAAGCACAACAATGTCATCCCGAATGGTCACTTCAAGAAGCACTGG
CAGAACTATGTCAAGACTTGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCG
AGGCAAAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCTCTGGACCTCTCCGTCCTGTT
GTTCACGGTCAGACCCTCAAGTACAACATGAAGGTCCGAACCGGTAAAGGCTTCACTCTT
GAAGAGCTCAAGGCTGCTGGAATCCCCAAGAAGCTGGCACCAACCATCGGTATTTCTGTT
GACCATCGCCGCAAGAACAGATCTCTCGAGGGTCTTCAATCCAATGTCCAGAGGCTGAAA
ACCTACAAGGCTAAGTTGGTTATCTTCCCGCGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGAT
TCTACTCCAGAAGAGTTGGCCAATGCCACTCAAGTCCAGGGTGACTACATGCCTATTGTC
CGTGAGAAGCCTGCAACGGAGCTTGTGAAGCTTACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCT
TATGACAAGATTCGTCTCGAGCGCACTAACAAGAGACATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAGA
GCTGCTGATGCTGAGAAAGAGGAGAAGAAGTGAGGAGATCCTTCCTCTTTATCTGCCCTT
CATCGTTTTGATCTTAATCTTTGTGTATCAGACTCTGTTTTTGTTATCCTTGAAAGATTT
TGCTGCTACTTGCTTTTGAATTTTATGGAAAAAGATCATTTCACACAAGTTTATTGTAAG
ATTAAGATATCAGTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO29TF U 1
AF RR3AA94TF U 5
AF RR3GR35TF U 4
AF RR3GR35JQ C 62
AF RR3GP11JQ C 246
AF RR3GP11TF U 246
AF RR3EO29JQ C 260
BS 1 290 RR3EO29TF
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BS 292 560 RR3EO29TF
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RD RR3EO29TF 560 0 0
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GACCATCGCCGCAAGAACAGATCTCTCGAGGGTCTTCAATCCAATGTCCAGAGGCTGAAA
ACCTACAAGGCTAAGTTGGTTATCTTCCCGCGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGAT
TCTACTCCAGAAGAGTTGGCCAATGCCACTCAAGTCCAGGGTGACTACATGCCTATTGTC
CGTGAGAAGCCTGCAACGGA

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3AA94TF 671 0 0
GG
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GAAGGAATGAAGCACAACAATGTCATCCCGAATGGTCACTTCAAGAAGCACTGGCAGAAC
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GGTCAGACCCTCAAGTACAACATGAAGGTCCGAACCGGTAAAGGCTGCACTCTTGAAGAG
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CGCCGCAAGAACAGATCTCTCGAGGGTCTTCAATCCAATGTCCAGAGGCTGAAAACCTAC
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AAGCCTGCAACGGAGCTTGTGAAGCTTACCGCTGAGGTGAAATT*TTCAAGGCTTATGAC
AAGATTCGTCTCGAGCGCACTAACAAGAGACATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAGAGCTGCT
GATGCTGAG

QA 3 671 3 671
DS 

RD RR3GR35TF 773 0 0
GGA
GACATTTCTCTCGTCTCGCCGCAGGAGAAAGGAAGGAAGCATCTCTGCAACTTCTGAGGT
GAAGGAATGAAGCACAACAATGTCATCCCGAATGGTCACTTCAAGAAGCACTGGCAGAAC
TATGTCAAGACTTGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCGAGGCAA
AAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCTCTGGACCTCTCCGTCCTGTTGTTCAC
GGTCAGACCCTCAAGTACAACATGAAGGTCCGAACCGGTAAAGGCTTCACTCTTGAAGAG
CTCAAGGCTGCTGGAATCCCCAAGAAGCTGGCACCAACCATCGGTATTTCTGTTGACCAT
CGCCGCAAGAACAGATCTCTCGAGGGTCTTCAATCCAATGTCCAGAGGCTGAAAACCTAC
AAGGCTAAGTTGGTTATCTTCCCGCGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATTCTACT
CCAGAAGAGTTGGCCAATGCCACTCAAGTCCAGGGTGACTACATGCCTATTGTCCGTGAG
AAGCCTGCAACGGAGCTTGTGAAGCTTACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCTTATGAC
AAGATTCGTCTCGAGCGCACTAACAAGAGACATGCAG*TGCTAGAGCCAAGAGAGCTGCT
GATGCTGAGAAAGAGGAGAAGAAGTGAGGAGATCCTTCCTCTTTATCTGCCCTTCATCGT
TTTGATCTTAATCTTTGTGTATCAGACTCTGTTTTTGTTATCCTTGAAAG

QA 4 773 4 773
DS 

RD RR3GR35JQ 765 0 0
GAGGTGAAGGAATGAAGCACAACAATGTCATCCCGAATGGTCACTTCAAGAAGCACTGGC
AGAACTATGTCAAGACTTGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCGA
GGCAAAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCTCTGGACCTCTCCGTCCTGTTG
TTCACGGTCAGACCCTCAAGTACAACATGAAGGTCCGAACCGGTAAAGGCTTCACTCTTG
AAGAGCTCAAGGCTGCTGGAATCCCCAAGAAGCTGGCACCAACCATCGGTATTTCTGTTG
ACCATCGCCGCAAGAACAGATCTCTCGAGGGTCTTCAATCCAATGTCCAGAGGCTGAAAA
CCTACAAGGCTAAGTTGGTTATCTTCCCGCGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATT
CTACTCCAGAAGAGTTGGCCAATGCCACTCAAGTCCAGGGTGACTACATGCCTATTGTCC
GTGAGAAGCCTGCAACGGAGCTTGTGAAGCTTACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCTT
ATGACAAGATTCGTCTCGAGCGCACTAACAAGAGACATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAGAG
CTGCTGATGCTGAGAAAGAGGAGAAGAAGTGAGGAGATCCTTCCTCTTTATCTGCCCTTC
ATCGTTTTGATCTTAATCTTTGTGTATCAGACTCTGTTTTTGTTATCCTTGAAAGATTTT
GCTGCTACTTGCTTTTGAATTTTATGGAAAAAGATCATTTCACAC

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DS 

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G
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AAGGCTAAGTTGGTTATCTTCCCGCGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATTCTACT
CCAAAAGAGTTGGCCAATGCCACTCAAGTCCAGGGTGACTACATGCCTATTGTCCGTGAG
AAGCCTGCAACGGAGCTTGTGAAGCTTACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCTTATGAC
AAGATTCGTCTCGAGCGCACTAACAAGAGACATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAGAGCTGCT
GATGCTGAGAAAGAGGAGAAGAAGTGAGGAGATCCTTCCTCTTTATCTGCCCTTCATCGT
TTTGATCTTAATCTTTGTGTATCAGACTCTGTTTTTGTTATCCTTGAAAGATTTTGCTGC
TACTTGCTTTTGAATTTTATGGAAAAAGATCATTTCACAC

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DS 

RD RR3GP11TF 581 0 0
G
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CTCAAGGCTGCTGGAATCCCCAAGAAGCTGGCACCAACCATCGGTATTTCTGTTGACCAT
CGCCACAAGAACAGATCTCTCGAGGGTCTTCAATCCAATGTCCAGAGGCTGAAAACCTAC
AAGGCTAAGTTGGTTATCTTCCCGCGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATTCTACT
CCAAAAGAGTTGGCCAATGCCACTCAAGTCCAGGGTGACTACATGCCTATTGTCCGTGAG
AAGCCTGCAACGGAGCTTGTGAAGCTTACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCTTATGAC
AAGATTCGTCTCGAGCGCACTAACAAGAGACATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAGAGCTGCT
GATGCTGAGAAAGAGGAGAAGAAGTGAGGAGATCCTTCCTCTTTATCTGCCCTTCATCGT
TTTGATCTTAATCTTTGTGTATCAGACTCTGTTTTTGTTATCCTTGAAAGATTTTGCTGC
TACTTGCTTTTGAATTTTATGGAAAAAGATCATTTCACAC

QA 2 581 2 581
DS 

RD RR3EO29JQ 597 0 0
AGTACAACATGAAGGTCCGAACCGGTAAAGGTTTCACTCTTGAAGAGCTCAAGGCTGCTG
GAATCCCCAAGAAGCTGGCACCAACCATCGGTATTTCTGTTGACCATCGCCGCAAGAACA
GATCTCTCGAGGGTCTTCAATCCAATGTCCAGAGGCTGAAAACCTACAAGGCTAAGTTGG
TTATCTTCCCGCGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATTCTACTCCAGAAGAGTTGG
CCAATGCCACTCAAGTCCAGGGTGACTACATGCCTATTGTCCGTGAGAAGCCTGCAACGG
AGCTTGTGAAGCTTACCGCTGAGATGAAATCGTTCAAGGCTTATGACAAGATTCGTCTCG
AGCGCACTAACAAGAGACATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAGAGCTGCTGATGCTGAGAAAG
AGGAGAAGAAGTGAGGAGATCCTTCCTCTTTATCTGCCCTTCATCGTTTTGATCTTAATC
TTTGTGTATCAGACTCTGTTTTTGTTATCCTTGAAAGATTTTGCTGCTACTTGCTTTTGA
ATTTTATGGAAAAAGATCATTTCACACAAGTTTATTGTAAGATTAAGATATCAGTAA

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 7

CO CL887Contig1 1006 7 21 U
GCATGGAATCATTCTCGTCCTTCTTCGATTCACAACCTGGTAGCAGAAGCTGGAGCTATG
ATTCTCTCAAGAACCTCCGTCAGATTTCCCCGGCTGTCCAGAATCACCTTAAGCGGGTTT
ATCTCACTCTGTGTTGTGCTCTTGTCGCGTCTGCGTTTGGAGCTTACCTCCACGTCCTCT
GGAACATCGGTGGTATCCTCACTACCATTGGATGCTTTGGAAGCATGATTTGGCTGCTCT
CGTCTCCTCCTTATGAACAACAAAAGAGGCTCTCGCTTCTGTTTCTGTCTGCTGTTCTTG
AAGGTGCTTCAGTTGGTCCCTTGATCAAAGTGGCAGTTGATTTTGACCCAAGCATCCTTA
TCACTGCGTTTGTGGGAACTGCGATAGCCTTTATCTGTTTCTCAGGAGCAGCGATGCTGG
CAAGACGCAGAGAGTATCTCTACCTCGGAGGACTCCTTTCATCTGGCTTGTCCATGCTTA
TGTGGCTTCAGTTCGCCTCTTCGATCTTTGGTGGCTCTGCATCTATCTTTAAGTTCGAGC
TTTACTTTGGACTCTTGATCTTTGTGGGATACATGGTGGTGGACACTCAGGATATTATAG
AGAAGGCCCACCACGGTGACATGGACTACGTGAAACATTCCTTGACCCTTTTCACCGATT
TTGTAGCTGTGTTTGTTCGTATCCTCATCATAATGCTGAAGAACTCGGCAGATAAAGAAG
AGAAAAAGAAGAAGAGGAGGAACTGAGATTCAAAGTGAGAAAGAAAGCTTAATGGAGAGT
GGGTGATAAAAGTACATGAAAGCTTTGGTGTTTTTACTTGTTTGAGACGGTTTTGCTAAA
AACACATGTTACCTTATTTGTGTATTCCTCTAAGTCGCTCCCGATTGTAAATGGATCTAG
TGGTGCTCCATTTTCGTTCATTATCTTAGTCTGTCTAAAAGAATATTAGTTGGGGATTCT
ACGTTTTTTTGTTGGTGTAGTTTCGCGTCTGGTTGCCAAGAGAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B383TF U 1
AF RR3G704TF U 79
AF RR3FZ40TF U 120
AF RR3AA43TF U 452
AF RR3AA43JQ C 739
AF RR3FZ40JQ C 266
AF RR3B383JQ C 319
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BS 937 977 RR3FZ40JQ
BS 978 1006 RR3B383JQ

RD RR3B383TF 706 0 0
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AGAAGGCCCACCACGGTGACATGGACTACGTGAAACATTCCTTGACCCTTTTCACCGATT
TTGTAGCTGTGTTTGCTCGTATCCTCATCATAATGCTGAAGAACTC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3G704TF 638 0 0
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CTCTTGTCGCGTCTGCGTTTGGAGCTTACCTCCACGTCCTCTGGAACATCGGTGGTATCC
TCACTACCATTAGATGCTTTGGAAGCATGATTTGGCTGCTCTCGTCTCCTCCTTATGAAC
AACAAAAGAGGCTCTCGCTTCTGTTTCTGTCTGCTGTTCTTGAAGGTGCTTCAGTTGGTC
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CTGCGATAGCCTTTATCTGTTTCTCAGGAGCAGCGATGCTGGCAAGACGCAGAGAGTATC
TCTACCTCGGAGGACTCCTTTCATCTGGCTTGTCCATGCTTATGTGGCTTCAGTTCGCCT
CTTCGATCTTTGGTGGCTCTGCATCTATCTTTAAGTTCGAGCTTTACTTTGGACTCTTGA
TCTTTGTGGGATACATGGTGGTGGACACTCAGGATATTATAGAGAAGGCCCACCACGGTG
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GTATCCTCATCATAATGCTGAAGAACTCGGCAGATAAA

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3FZ40TF 820 0 0
G
ATCTCACTCTGTGTTGTGCTCTTGTCGCGTCTGCGTTTGGAGCTTACCTCCACGTCCTCT
GGAACATCGGTGGTATCCTCACTACCATTGGATGCTTTGGAAGCATGATTTGGCTGCTCT
CGTCTCCTCCTTATGAACAACAAAAGAGGCTCTCGCTTCTGTTTCTGTCTGCTGTTCTTG
AAGGTGCTTCAGTTGGTCCCTTGATCAAAGTGGCAGTTGATTTTGACCCAAGCATCCTTA
TCACTGCGTTTGTGGGAACTGCGATAGCCTTTATCTGTTTCTCAGGAGCAGCGATGCTGG
CAGGACGCAGAGAGTATCTCTACCTCGGAGGACTCCTTTCATCTGGCTTGTCCATGCTTA
TGTGGCTTCAGTTCGCCTCTTCGATCTTTGGTGGCTCTGCATCTATCTTTAAGTTCGAGC
TTTACTTTGGACTCTTGATCTTTGTGGGATACATGGTGGTGGACACTCAGGATATTATAG
AGAAGGCCCACCACGGTGACATGGACTACGTGAAACATTCCTTGACCCTTTTCACCGATT
TTGTAGCTGTGTTTGTTCGTATCCTCATCATAATGCTGAAGAACTCGGCAGATAAAGAAG
AGAAAAAGAAGAAGAGGAGGAACTGAGATTCAAAGTGAGAAAGAAAGCTTAATGGAGAGT
GGGTGATAAAAGTACATGAAAGCTTTGGTGTTTTTACTTGTTTGAGACG*TTTTGCTAAA
A*CACATGTTACCTTATTTGTGTATTCCTCTA*GTCGCTCCCGATTGTAA*TGGATCTAG
TGGTGCTCCATTT*CGT*CATTATCTTAGTCTGTCT
AAA

QA 2 817 2 817
DS 

RD RR3AA43TF 485 0 0
AGG
CCTTTCATCTGGCTTGTCCATGCTTATGTGGCTTCAGTTCGCCTCTTCGATCTTTGGTGG
CTCTGCATCTATCTTTAAGTTCGAGCTTTACTTTGGACTCTTGATCTTTGTGGGATACAT
GGTGGTGGACACTCAGGATATTATAGAGAAGGCCCACCACGGTGACATGGACTACGTGAA
ACATTCCTTGACCCTTTTCACCGATTTTGTAGCTGTGTTTGTTCGTATCCTCATCATAAT
GCTGAAGAACTCGGCAGATAAAGAAGAGAAAAAGAAGAAGAGGAGGAACTGAGATTCAAA
GTGAGAAAGAAAGCTTAATGGAGAGTGGGTGATAAAAGTACATGAAAGCTTTGGTGTTTT
TACTTGTTTGAGACGGTTTTGCTAAAAACACATGTTACCTTATTTGTGTATTCCTCTAAG
TCGCTCCCGATTGTAAATGGATCTAGTGGTGCTCCATTTTCGTTCATTATCTTAGTCTGT
CT

QA 4 485 4 485
DS 

RD RR3AA43JQ 183 0 0
GGAACTGAGATTCAAAGTGAGAAAGAAAGCTTAATGGAGAGTGGGTGATAAAAGTACATG
AAAGCTTTGGTGTTTTTACTTGTTTGAGACGGTTTTGCTAAAAACACATGTTCCCTTATT
TGTGTATTCCTTTAAGTCGCTCCCGATTGTAAATGGATCTAGGGGTGCTCCATTTTCGTT
CAT

QA 1 183 1 183
DS 

RD RR3FZ40JQ 712 0 0
GAGGCTCTCGCTTCTGTTTCTGTCTGCTGTTCTTGAAGGTGCTTCAGTTGGTCCCTTGAT
CAAAGTGGCAGTTGATTTTGACCCAAGCATCCTTATCACTGCGTTTGTGGGAACTGCGAT
AGCCTTTATCTGTTTCTCAGGAGCAGCGATGCTGGCAGGACGCAGAGAGTATCTCTACCT
CGGAGGACTCCTTTCATCTGGCTTGTCCATGCTTATGTGGCTTCAGTTCGCCTCTTCGAT
CTTTGGTGGCTCTGCATCTATCTTTAAGTTCGAGCTTTACTTTGGACTCTTGATCTTTGT
GGGATACATGGTGGTGGACACTCAGGATATTATAGAGAAGGCCCACCACGGTGACATGGA
CTACGTGAAACATTCCTTGACCCTTTTCACCGATTTTGTAGCTGTGTTTGTTCGTATCCT
CATCATAATGCTGAAGAACTCGGCAGATAAAGAAGAGAAAAAGAAGAAGAGGAGGAACTG
AGATTCAAAGTGAGAAAGAAAGCTTAATGGAGAGTGGGTGATAAAAGTACATGAAAGCTT
TGGTGTTTTTACTTGTTTGAGACGGTTTTGCTAAAAACACATGTTACCTTATTTGTGTAT
TCCTCTAAGTCGCTCCCGATTGTAAATGGATCTAGTGGTGCTCCATTTTCGTTCATTATC
TTAGTCTGTCTAAAAGAATATTAGTTGGGGATTCTACGTTTTTTTGTTGGTG

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3B383JQ 688 0 0
CCTTGATCAAAGTGGCAGTTGATTTTGACCCAAGCATCCTTATCACTGCGTTTGTGGGAA
CTGCGATAGCCTTTATCTGTTTCTCAGGAGCAGCGATGCTGGCAAGACGCAGAGAGTATC
TCTACCTCGGAGGACTCCTTTCATCTGGCTTGTCCATGCTTATGTGGCTTCAGTTCGCCT
CTTCGATCTTTGGTGGCTCTGCATCTATCTTTAAGTTCGAGCTTTACTTTGGACTCTTGA
TCTTTGTGGGATACATGGTGGTGGACACTCAGGATATTATAGAGAAGGCCCACCACGGTG
ACATGGACTACGTGAAACATTCCTTGACCCTTTTCACCGATTTTGTAGCTGTGTTTGCTC
GTATCCTCATCATAATGCTGAAGAACTCGGCAGATAAAGAAGAGAAAAAGAAGAAGAGGA
GGAACTGAGATTCAAAGTGAGAAAGAAAGCTTAATGGAGAGTGGGTGATAAAAGTACATG
AAAGCTTTGGTGTTTTTACTTGTTTGAGACGGTTTTGCTAAAAACACATGTTACCTTATT
TGTGTATTCCTCTAAGTCGCTCCCGATTGTAAATGGATCTAGTGGTGCTCCATTTTCGTT
CATTATCTTAGTCTGTCTAAAAGAATATTAGTTGGGGATTCTACGTTTTTTTGTTGGTGT
AGTTTCGCGTCTGGTTGCCAAGAGAAAA

QA 1 688 1 688
DS 



AS 2 6

CO CL888Contig1 806 3 10 U
GGCTCCCCGAATCTACTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGGATCTCTATC
GCCGGTGGCTTGTGATGGCAAAGGATCAAGCAAGCCTTCTTCTTCAGAAACAGCTCAAAG
ATCTGTGCAAGAACCCGGTTGATGGTTTCTCTGCTGGTCTCGTTGATGAGAATAATGTTT
TCCAGTGGAGCGTTTCGATTATGGGTCCTCCTGACACCTTGTATGAAGGGGGTTTCTTTA
ATGCAATTATGACGTTTCCACCGGATTATCCTAATAATCCACCAACTGTCAAGTTCACCT
CCGAGGTGTGGCATCCTAATGTTTATCCTGATGGAAAAGTTTGCATATCGATTCTTCATC
CTCCTGGTAATGATCCTAATGGATACGAGCTTGCCTCTGAACGTTGGAACCCTGTTCACA
CGGTAGAGAGCATTGTGT*GAGTATCATATCGATGCTCTCGGGTCCCAATGACGAGTCAC
CGGCGAATGTGGAAGCAGCAAAAGAATGGAGAGACAACAGAGCAGAGTTTAGGAAGAAAG
TGAGTCGCTGTGTGAGAAGATCGCAAGAGATGCTATGATTCATCTCTCCTGCGTTTTTAT
GTATCTTAGAAATTAATTTCTATCCTAAGCTAAGAGAGAGAGAGAGAAGGTAAGAAGAAG
CGGCAGATGAATCTGTGTGCTCATCAAAAGCTTTTCTTTTGGTTTTGGATTTGTCTTTAA
GGTTTGGAATATTGTGGTGGAATCAAATCTAAACCACCTTTTAGGATTATATTTTTACAC
TCGTTAATGGATTCCTTTTCATATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C011TF U 13
AF RR3B372TF U 1
AF RR3C011JQ C 138
BS 1 32 RR3B372TF
BS 33 33 RR3C011TF
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BS 718 806 RR3C011JQ

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DS 

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DS 



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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F131TF U 1
AF RR3BH36TF U 13
AF RR3F131JQ C 3
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DS 

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QA 6 707 6 707
DS 

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QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

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CTCGGGGAGTCTCGGTATCTGCTTTCAGCTAATATGGGACAGAGCTCTTGGACTTGCACT
TGAGAGGCCAAAGAGTGTTACAATGGACTGGCTTGAAGCCCACTGTAAGAAAGCTATAGC
TTCATCTGCTTAAACATTACCGCGTCCTGAGGCTTCTCACGCTATTTATGCTCCGTTTTC
TTCCACACAGAAGAAAAGTTTATATTGACAGAAGAAAAACGTTGTTCGTGTAGAAATTGT
TTCTTCTGAGATTAATACTTCTCTGCACCTGAGAAACACTTGCAGTTTGCAAATTTGCAT
TCCGGAAAACTCGTGATAATAAATTAACAGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EQ90TF U 1
AF RR3EQ90JQ C 381
BS 1 731 RR3EQ90TF
BS 732 732 RR3EQ90JQ
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BS 748 1114 RR3EQ90JQ

RD RR3EQ90TF 747 0 0
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TTCAGATGCAGAGCTCCACCGATATGGACCTGAAGTCGCAGTTGCAAGAGTTGATTCCGG
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CACTGCTTGACCCGGAAGAGGGAATACGCTTTAGGGGCCACTCCATGGTTTGGCTAATCA
GGAAGTTTTGCTTTGGATCAAATCAGTTGTGGAGGAATGTGGAGAAAACATATCGAAAGA
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ACATGGTGTTCTTCGCAAAACTGATCCAAGATATGTATGCCAAAGAGAGTTTGCGTTGAA
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TGTTCTCACCGAACTCGGAAATGTGAAGAACCCATGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGG
AGTGTTGCTCA*CCATTATGGTCTAAC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3EQ90JQ 734 0 0
GGAATACGCTTTAG
GGGCCACTCCATGGTTTGGCTAATCAGGAAGTTTTGCTTTGGATCAAATCAGTTGTGGAG
GAATGTGGAGAAAACATATCGAAAGACCAGTTGAAAGAATATGTCTGGAAAACATTAAAC
AGTGGCAAGGTTGTTCCTGGATATGGACATGGTGTTCTTCGCAAAACTGATCCAAGATAT
GTATGCCAAAGAGAGTTTGCGTTGAAGCATTTGCCAGATGACCCTCTTTTCCAGCTGGTC
TCAAAGCTTTATGAAGTTGTGCCTCCTGTTCTCACCGAACTCGGAAATGTGAAGAACCCA
TGGCCAAATGTTGATGCTCACAGTGGAGTGTTGCTCAACCATTATGGTCTAACCGAAGCA
AGGTACTACACGGTGCTCTTTGGTGTCTCGGGGAGTCTCGGTATCTGCTTTCAGCTAATA
TGGGACAGAGCTCTTGGACTTGCACTTGAGAGGCCAAAGAGTGTTACAATGGACTGGCTT
GAAGCCCACTGTAAGAAAGCTATAGCTTCATCTGCTTAAACATTACCGCGTCCTGAGGCT
TCTCACGCTATTTATGCTCCGTTTTCTTCCACACAGAAGAAAAGTTTATATTGACAGAAG
AAAAACGTTGTTCGTGTAGAAATTGTTTCTTCTGAGATTAATACTTCTCTGCACCTGAGA
AACACTTGCAGTTTGCAAATTTGCATTCCGGAAAACTCGTGATAATAAATTAACAGTTTT

QA 15 734 15 734
DS 



AS 1 6

CO CL890Contig1 1085 6 36 U
GAGCTCTTAAAATGAAAACAAGTAAAAAAAACATTGAGTTCTGTTTCTCATAAAGTACAA
GAACTGAAGTGCCATAACAAGAAGAAAAATGTCAGAAATTTTCGAAATAACAAAAGAGAC
AAAGA**AACGCTAGAGCATTGCATAAAATCTTTAGAAATCGTCGTCATCTTCTTCAGCC
ATGTATTTAGCAAGCTCCTCTTCTTGCTGTTTCATCTCCCTCCTCTTCTCCTCGCTATCT
TTCTCCCTGTGCGTGTTTGGAGGGAACCTCAACGCTCTCACCGCTTCGTTGTGCATGTTC
AAACAGAAGGCAATCCTCGAGTCGAACGCGTTCTGCGGCTCGTTCGTGGAGTAGATGTCT
CCTGTTTCCTTCGACACCATATAACCCTTGTTGTGGTCGATGGTCGCGTCGATTGCTCCG
TCTCTTATGGCTTTAGCCACTATGCTTTCTGCATCTGCGACAGGGTTTGCAGAGTTCAGC
CTTAGCTTCTGGGCGACGTCTGTTAGAGAGATTCTCGAGTAGGAGATGCTGATGTTGCGC
AGCCCTGTTCTGATCACATTGTGTCGGAGTCTGACGA*TGAGGTTGTGAGTCCTGTCCTC
AGAGAATGTCTTTGCAAACTTCTCTTGAACGTTCCTGAAGAGCTCCAAGTCACCAATCCT
CACAGCATTGGTAAGTTCGAAGTATGGCCTAAGAGCCTTGTCCATTCCTTTCTGCATGAA
GATGGATCGCTCTGGAATCTCACCCAAGAGGAGTCGAACTAGAATAGCCCACTTGTTGCA
TTGGACTCGGAAGCCTAGAGCAGCAACAGGTGCTTTCCTAGCCGCCTGGAGGAGGCTCTC
TTTTGCATCAGTGTACTCGAGTTGGATGGTCCGGATTTTACCGAGGTAAAACAAGTACCT
ACAGAACTGCTGGTTAGAATGAGCCTCAAATCTTGGTGCTTTTGATCTCAGCTTCTCAGC
TTGGTCATAAAGGTTGTAGTGCAGGTAGTTGCGGAGCAACAGATTCAGAAGTGTTTCCTG
ACCCAACTCATCATGGCGCAGAGTTGCAGAATGGTGCAAAGACAAAAGAGTACCACGAAT
CTCAG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3B964JQ U 24
AF RR3B964TF C 21
AF RR3BQ16JQ U 131
AF RR3F624JQ U 57
AF RR3BH52JQ U 1
AF RR3BH52TF C 373
BS 1 107 RR3BH52JQ
BS 108 108 RR3B964JQ
BS 109 121 RR3BH52JQ
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BS 126 127 RR3B964JQ
BS 128 140 RR3BH52JQ
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BS 142 153 RR3BH52JQ
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BS 155 235 RR3BH52JQ
BS 236 237 RR3B964JQ
BS 238 256 RR3BH52JQ
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BS 373 482 RR3BH52JQ
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BS 810 810 RR3BH52TF
BS 811 914 RR3BH52JQ
BS 915 1085 RR3BH52TF

RD RR3B964JQ 686 0 0
AAG
AAAAACATTGAGTTCTGTTTCTCATAAAGTACAAGAACTGAAGTGCCATAACAAGAAGAA
AAATGTCAGAAATTTTCGAAATAACAAAAGAGACAAAGA**AACGCTAGAGCATTGCATA
AAATCTTTAGAAATCGTCGTCATCTTCTTCAGCCATGTATTTAGCAAGCTCCTCTTCTTG
CTGTTTCATCTCCCTCCTCTTCTCCTCGCTATCTTTCTCCCTGTGCGTGTTTGGAGGGAA
CCTCAACGCTCTCACCGCTTCGTTGTGCATGTTCAAACAGAAGGCAATCCTCGAGTCGAA
CGCGTTCTGCGGCTCGTTCGTGGAGTAGATGTCTCCTGTTTCCTTCGACACCATATAACC
CTTGTTGTGGTCGATGGTCGCGTCGATTGCTCCGTCTCTTATGGCTTTAGCCACTATGCT
TTCTGCATCTGCGACAGGGTTTGCAGAGTTCAGCCTTAGCTTCTGGGCGACGTCTGTTAG
AGAGATTCTCGAGTAGGAGATGCTGATGTTGCGCAGCCCTGTTCTGATCACATTGTGTCG
GAGTCTGACGA*TGAGGTTGTGAGTCCTGTCCTCAGAGAATGTCTTTGCAAACTTCTCTT
GAACGTTCCTGAAGAGCTCCAAGTCACCAATCCTCACAGCATTGGTAAGTTCGAAGTATG
GCCTAAGAGCCTCGTCCATTCC
C

QA 4 685 4 685
DS 

RD RR3B964TF 689 0 0
TATAAG
AAAAACATTGAGTTCTGTTTCTCATAAAGTACAAGAACTGAAGTGCCATAACAAGAAGAA
AAATGTCAGAAATTTTCGAAATAACAAAAGAGACAAAGA**AACGCTAGAGCATTGCATA
AAATCTTTAGAAATCGTCGTCATCTTCTTCAGCCATGTATTTAGCAAGCTCCTCTTCTTG
CTGTTTCATCTCCCTCCTCTTCTCCTCGCTATCTTTCTCCCTGTGCGTGTTTGGAGGGAA
CCTCAACGCTCTCACCGCTTCGTTGTGCATGTTCAAACAGAAGGCAATCCTCGAGTCGAA
CGCGTTCTGCGGCTCGTTCGTGGAGTAGATGTCTCCTGTTTCCTTCGACACCATATAACC
CTTGTTGTGGTCGATGGTCGCGTCGATTGCTCCGTCTCTTATGGCTTTAGCCACTATGCT
TTCTGCATCTGCGACAGGGTTTGCAGAGTTCAGCCTTAGCTTCTGGGCGACGTCTGTTAG
AGAGATTCTCGAGTAGGAGATGCTGATGTTGCGCAGCCCTGTTCTGATCACATTGTGTCG
GAGTCTGACGA*TGAGGTTGTGAGTCCTGTCCTCAGAGAATGTCTTTGCAAACTTCTCTT
GAACGTTCCTGAAGAGCTCCAAGTCACCAATCCTCACAGCATTGGTAAGTTCGAAGTATG
GCCTAAGAGCCTCGTCCATTCC
C

QA 7 688 7 688
DS 

RD RR3BQ16JQ 675 0 0
GCTAGAGCATTGCATAAAATCTTTAGAAATCGTCGTCATCTTCTTCAGCCATGTATTTAG
CAAGCTCCTCTTCTTGCTGTTTCATCTCCCTCCTCTTCTCCTCGCTCTCTTTCTCCCTGT
GCGTGTTTGGAGGGAACCTCAACGCTCTCAGCGCTTCGTTGTGCATGTTCAAACAGAAGG
CAATCCTCGAGTTGAACGCGTTCTGCGGCTCGTTCGTGGAGTAGATGTCTCCTGTTTACT
TCGACACCATATAACCCTTGTTGTGGTCGATGGTCGCGTCGATTGCTCCGTCTCTTATGG
CTTTAGCCA***TGCTTTCTGCATCTGCGACAGGGTTTGCAGAGTTCAGCCTTAGCTTCT
GGGCGACGTCTGTTAGAGAGATTCTCGAGTAGGAGATGCTGATGTTGCGCAGCCCTGTTC
TGATCACATTGTGTCGGAGTCTGACGA*TGAGGTTGCGAGTCCTGTCCTCAGAGAATGTC
TTTGCAAACTTCTCTTGAACGTTCCTGAAGAGCTCCAAGTCACCAATCCTCACAGCATTG
GTAAGTTCGAAGTATGGCCTAAGAGCCTTGTCCATTCCTTTCTGCATGAAGATGGATCGC
TCTGGAATCTCACCCAAGAGGAGTCGAACTAGAATAGCCCACTTGTTGCATTGGACTCGG
AAGCCTAGAGCAGC
A

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3F624JQ 748 0 0
ACAAGAACTGAAGTGCCATAACAAGAAGAAAAATGTCAGAAATTTTCGAAATAACAAAAG
AGACAAAGA**AACGCTAGAGCATTGCATAAAATCTTTAGAAATCGTCGTCATCTTCTTC
AGCCATGTATTTAGCAAGCTCCCCTTCTTGCTGTTTCATCTCCCTCCTCTTCTCCTCGCT
CTCCTTCTCCCTGTGCGTGTTTGGAGGGAACCTCAACGCTCTCACCGCTTCGTTGTGCAT
GTTCAAACAGAAGGCAATCCTCGAGTTGAACGCGTTCTGCGGCTCGTTCGTGGAGTAGAT
GTCTCCTGTTTCCTTCGACACCATATAACCCTTGTTGTGGTCGATGGTCGCGTCGATTGC
TCCGTCTCTTATGGCTTTAGCCACTATGCTTTCTGCATCTGCGACAGGGTTTGCAGAGTG
CAGCCTTAGCTTCTGGGCGACGTCTGTTAGAGAGATTCTAGAGTAGGAGATGCTGATGTT
GCGCAGGGTTGTTCTGATCACATTGTGTCGGAGTCTGACGA*TGAGGTTGTGAGTCCTGT
CCTCAGAGAATGTCTTTGCAAACTTCTCTTGAACGTTCCTGAAGAGCTCCAAGTCACCAA
TCCTCACAGCATTGGTAAGTTCGAAGTATGGCCTAAGAGCCTTGTCCATTCCTTTCTGCA
TGAAGATGGATCGCTCTGGAATCTCACCCAAGAGGAGTCGAACTAGAATAGCCCACTTGT
TGCATTGGACTCGGAAGCCTAGAGCAGC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3BH52JQ 929 0 0
GAGCTCTTAAAATGAAAACAAGTAAAAAAAACATTGAGTTCTGTTTCTCATAAAGTACAA
GAACTGAAGTGCCATAACAAGAAGAAAAATGTCAGAAATTTTCGAAAAAACAAAAGAGAC
AGAGAGAAACGCTAGAGCATAGCATAAAATCTT*AGAAATCGTCGTCATCTTCTTCAGCC
ATGTATTTAGCAAGCTCCTCTTCTTGCTGTTTCATCTCCCTCCTCTTCTCCTCGCGCTCT
TTCTCCCTGTGCGTGTGTGGAGGGAACCTCAACGCTCTCACCGCTTCGTTGTGCATGTTC
AAACAGAAGGCAATCCTCGAGTTGAACGCGTTCTGCGGCTCGTTCGTGGAGTAGATGTCT
CCTGTTTCCTTTGACACCATATAACCCTTGTTGTGGTCGATGGTCGCGTCGATTGCTCCG
TCTCTTATGGCTTTAGCCACTATGCTTTCTGCATCTGCGACAGGGTTTGCAGAGTTCAGC
CTCAGCTTCTGGGCCACGTCTGTTAGAGAGATTCTCGAGTAGGAGATGCTGATGTTGCGC
AGTCCTGTTCTGATCACGTTGTGTCGGAGTCTGACAA*TGAGGTTGTGAGTCCTGTCCTC
AGAGAATGTCTTTGCAAACTTCTCCTGAACGTTCCTGAAGAGCTCCAAGTCACCAATCCT
CACAGCATTGGTAAGTTCGAAGTATGGCATAAGAGCCTTGTCCATTCCTTTCTGCATGAA
GATGGATCGCTCTGGAATCTCACCCAAGAGGAGTCGAACTAGAATAGCCCACTTGTTGCA
TTGGACTCGGAAGCCTAGAGCAGCAACAG*TGCTTTCCTAGCCGCCTGGAGGAGGCTCTC
TTTTGCATCAGTGTACTCGAGTTGGATGGTCCGGATTTTACCGAGGTAAAACAAGTACCT
ACAGAACTGCTGGT
AGATGAGCCTCAAAT

QA 1 914 1 914
DS 

RD RR3BH52TF 713 0 0
GACACCATATAACCCTTGTTGTGGTCGATGGTCGCGTCGATTGCTCCGTCTCTTATGGCT
TTAGCCACTATGCTTTCTGCATCTGCGACAGGGTTTGCAGAGTTCAGCCTCAGCTTCTGG
GCCACGTCTGTTAGAGAGATTCTCGAGTAGGAGATGCTGATGTTGCGCAGTCCTGTTCTG
ATCACGTTGTGTCGGAGTCTGACAAATGAGGTTGTGAGTCCTGTCCTCAGAGAATGTCTT
TGCAAACTTCTCCTGAACGTTCCTGAAGAGCTCCAAGTCACCAATCCTCACAGCATTGGT
AAGTTCGAAGTATGGCATAAGAGCCTTGTCCATTCCTTTCTGCATGAAGATGGATCGCTC
TGGAATCTCACCCAAGAGGAGTCGAACTAGAATAGCCCACTTGTTGCATTGGACTCGGAA
GCCTAGAGCAGCAACAGGTGCTTTCCTAGCCGCCTGGAGGAGGCTCTCTTTTGCATCAGT
GTACTCGAGTTGGATGGTCCGGATTTTACCGAGGTAAAACAAGTACCTACAGAACTGCTG
GTTAGAATGAGCCTCAAATCTTGGTGCTTTTGATCTCAGCTTCTCAGCTTGGTCATAAAG
GTTGTAGTGCAGGTAGTTGCGGAGCAACAGATTCAGAAGTGTTTCCTGACCCAACTCATC
ATGGCGCAGAGTTGCAGAATGGTGCAAAGACAAAAGAGTACCACGAATCTCAG

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 6

CO CL891Contig1 765 6 9 U
CTTCGATCAGATCCAAAAAGTAAATTCGCTTTCCCTACGCTGCGCGATGTCTCTCCGCCG
TTCCATCCTCGGCCTCCACCGGCAAACCCACAACCTCTCCCTCTCAAAGTCCTCACCTTT
CTCGATAACCAACAACATCTCCTCCCCGTCCTCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGA
AATCTCCTCGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGT
CACCGATGCTTCTCTTGGCCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAG
CAACGCGTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATGGAGGA
GGTTTTGGCGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTCATGGTGATCTCTCTTGG
CTTGTTCCAGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTTTTCTTCTGAGCAAAGGA
ATCATCTTTGTGTGGGGATGACCTGTTAATGAAATAGTGAGCTTAAAAGTCGTTCCCTTT
TATCTTTCTTCTGTTATGAATAACAACATTGATGCAATCGCATAACCTTGCATGTGTTTT
CTCTTGTTTTTAAGTTTGGTCTGTTTGATTCAGTTCGTATTACTATTAAGGCTTAAGTGG
AATGAAAAGTGTGTGTGTGTTTTAAGTCCTTTACTTTCCTGGATTGGAGACAGAAAAATG
AGAATCTCTGTGAAGCTTTGAACTGAATAAAAGAGAAGTTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3C336TF U 1
AF RR3GN59TF U 1
AF RR3B327JQ C 474
AF RR3B327TF U 7
AF RR3GN59JQ C 75
AF RR3C336JQ C 83
BS 1 621 RR3C336TF
BS 622 622 RR3GN59TF
BS 623 649 RR3C336TF
BS 650 650 RR3B327TF
BS 651 667 RR3C336TF
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BS 718 765 RR3GN59JQ

RD RR3C336TF 678 0 0
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TTCCATCCTCGGCCTCCACCGGCAAACCCACAACCTCTCCCTCTCAAAGTCCTCACCTTT
CTCGATAACCAACAACATCTCCTCCCCGTCCTCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGA
AATCTCCTCGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGT
CACCGATGCTTCTCTTGGCCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAG
CAACGCGTCTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATGGAGGA
GGTTTTGGCGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTCATGGTGATCTCTCTTGG
CTTGTTCCAGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTTTTCTTCTGAGCAAAGGA
ATCATCTTTGTGTGGGGATGACCTGTTAATGAAATAGTGAGCTTAAAAGTCGTTCCCTTT
TATCTTTCTTCTGTTATGAATAACAACATTGATGCAATCGCATAACCTTGCATGTGTTTT
CTCTTGTTTTTAAGTTTGGTCCGTTTGATTCAGTTCGTATTACTATTAA*GCTTAAGTGG
AATGAAA*GTGTGTGTGT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3GN59TF 719 0 0
CTTCGATC
AGATCCAAAAAGTAAATTCGCTTTCCCTACGCTGCGCGATGTCTCTCCGCCGTTCCATCC
TCGGCCTCCACCGGCAAACCCACAACCTCTCCCTCTCAAAGTCCTCACCTTTCTCGATAA
CCAACAACATCTCCTCCCCGTCCTCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGAAATCTCCT
CGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGTCACCGATG
CTTCTCTTGGCCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAGCAACGCGT
CTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATGGAGGAGGTTTTGG
CGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTCATGGTGATCTCTCTTGGCTTGTTCC
AGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTTTTCTTCTGAGCAAAGGAATCATCTT
TGTGTGGGGATGACCTGTTAATGAAATAGTGAGCTTAAAAGTCGTTCCCTTTTATCTTTC
TTCTGTTATGAATAACAACATTGATGCAATCGCATAACCTTGCATGTGTTTTCTCTTGTT
TTTAAGTTTGGTCTGTTTGATTCAGTTCGTATTACTATTAAAGCTTAAGTGGAATGAAAA
GTGTGTGTGTGTTTTAAGTCCTTTACTTTCCTGGATTGGAGACAGAAAA
TG

QA 9 717 9 717
DS 

RD RR3B327JQ 215 0 0
CAAAGGAATCATCTTTGGGGGGGGATGCCCTGTTAATGAAATAGTGAGCTTAAAAGTCGT
TCCCTTTTATCTTTCTTCTGTTATGAATAACAACATTGATGCAATCGCATACCCTTGCAT
GTGTTTTTTCTTGTTTTTAAGTTTGGTCTGTTTGATTCAGTTCGTATTACTATTAAGGCT
TAAGTGGAATGAAAAGTGTGTGTGTGTTTTAAG
CC

QA 1 213 1 213
DS 

RD RR3B327TF 680 0 0
GG
AGATCCAAAAAGTAAATTCGCTTTCCCTACGCTGTGCGATGTCTCTCCGCCGTTCCATCC
TCGGCCTCCACCGGCAAACCCACAACCTCTCCCTCTCAAAGTCCTCACCTTTCTCGATAA
CCAACAACATCTCCTCCCCGTCCTCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGAAATCTCCT
CGATCCCATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGTCACCGATG
CTTCTCTTGGCCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAGCAACGCGT
CTCTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATGGAGGAGGTTTTGG
CGGATTACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTCATGGTGATCTCTCTTGGCTTGTTCC
AGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTTTTCTTCTGAGCAAAGGAATCATCTT
TGTGTGGGGATGACCTGTTAATGAAATAGTGAGCTTAAAAGTCGTTCCCTTTTATCTTTC
TTCTGTTATGAATAACAACATTGATGCAATCGCATAACCTTGCATGTGTTTTCTCTTGTT
TTTAAGTTTGGTCTGTTTGATTCAGTTCGTATTACTATTAAGGCTTAAGTGGAATGAAAA
GTGTGTGTGTGTTTTAAG

QA 3 680 3 680
DS 

RD RR3GN59JQ 691 0 0
TCCACCGGCAAACCCACAACCTCTCCCTCTCAAAGTCCTCACCTTTCTCGATAACCAACA
ACATCTCCTCCCCGTCCTCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGAAATCTCCTCGATCC
CATTTTCACTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGTCACCGATGCTTCTC
TTGGCCAATCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAGCAACGCGTCTCTCG
TACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATGGAGGAGGTTTTGGCGGATT
ACGTTCACCAAGAGCTGACCAGGAATCTCATGGTGATCTCTCTTGGCTTGTTCCAGATCA
TCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTTTTCTTCTGAGCAAAGGAATCATCTTTGTGTG
GGGATGACCTGTTAATGAAATAGTGAGCTTAAAAGTCGTTCCCTTTTATCTTTCTTCTGT
TATGAATAACAACATTGATGCAATCGCATAACCTTGCATGTGTTTTCTCTTGTTTTTAAG
TTTGGTCTGTTTGATTCAGTTCGTATTACTATTAAGGCTTAAGTGGAATGAAAAGTGTGT
GTGTGTTTTAAGTCCTTTACTTTCCTGGATTGGAGACAGAAAAATGAGAATCTCTGTGAA
GCTTTGAACTGAATAAAAGAGAAGTTTTCTC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3C336JQ 683 0 0
CAAACCCACAACCTCTCCCTCTCAAAGTCCTCACCTTTCTCGATAACCAACAACATCTCC
TCCCCGTCCTCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGAAATCTCCTCGATCCCATTTTCA
CTAACCCAGAAACTCAAACCGTTCTCTGGGAGTCTCGTCACCGATGCTTCTCTTGGCCAA
TCTCAATTGGGTCGTCTCCCATCTTCCAGAGGCTACAGCAACGCGTCTCTCGTACGGAAG
ATCCCTGTTCTGTTTCACATCAACGCGGGAATGGAGGAGGTTTTGGCGGATTACGTTCAC
CAAGAGCTGACCAGGAATCTCATGGTGATCTCTCTTGGCTTGTTCCAGATCATCGTTATC
AAAGATGTCGTCGTGTTTCTTTTCTTCTGAGCAAAGGAATCATCTTTGTGTGGGGATGAC
CTGTTAATGAAATAGTGAGCTTAAAAGTCGTTCCCTTTTATCTTTCTTCTGTTATGAATA
ACAACATTGATGCAATCGCATAACCTTGCATGTGTTTTTTCTTGTTTTTAAGTTTGGTCC
GTTTGATTCAGTTCGTATTACTATTAAGGCTTAAGTGGAATGAAAAGTGTGTGTGTGTTT
TAAGTCCTTTACTTTCCTGGATTGGAGACAGAAAAATGAGAATCTCTGTGAAGCTTTGAA
TTGAATAAAAGAGAAGTTTTCTC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 2 7

CO CL892Contig1 915 3 11 U
GGAGACCCCCATCTCCCTCTCGCCGCTTCTCTTCTTCTTAACATCATCTCCACATCCTCT
GCGATTCCGAAAACATGGCTCTACCAAACCAGCAAACCGTCGATTACCCTAGCTTCAAGC
TCGTCATTGTTGGTGACGGAGGCACAGGGAAAACCACTTTTGTCAAGAGACATCTTACTG
GGGAGTTTGAGAAGAAGTACGAACCTACCATTGGTGTTGAGGTTCATCCTTTGGATTTCT
TCACAAACTGTGGCAAGATCCGTTTCTATTGCTGGGATACTGCTGGTCAAGAGAAGTTCG
GTGGCCTTAGGGATGGTTACTACATCCATGGTCAATGTGCAGTAATTATGTTTGACGTCA
CCGCGCGGCTCACATACAAGAACGTTCCGACATGGCACCGTGATCTATGCAGGGTGTGTG
AGAACATCCCTATTGTTCTCTGCGGGAACAAAGTCGACGTGAAGAACAGGCAAGTCAAGG
CCAAGCAGGTGACGTTCCACAGGAAGAAGAATCTGCAGTACTACGAGATATCTGCCAAGA
GTAACTACAACTTCGAGAAGCCCTTCTTGTACCTAGCTAGGAAACTTGCTGGCGATCCTA
ACCTTCACTTTGTCGAGTCACCAGCTCTTGCTCCCCCTGAGGTTCACATCGACGTTGCCG
AGCAGCAGAAGAACGAGGCTGATCTCATTGCCGCCGCAGCTCAGCCTCTCCCCGATGATG
ATGATGACGCTTTTGAGTAAACAAAAGATGTTCCAAGATGTGTCCTGCCGTGGTTTTGCT
GATTCGCTTCTTTGTTTTGGTTTTTATTCTATGATGCGTTGATGTTACATATGGAAATCG
AGTGTTTTAGAACTAAAATTGGGGAATATTGAGATTGTTCCGTTTTGGAATAGAGCGAGT
TGTTTTTGAACCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D338TF U 1
AF RR3GI73TF U 23
AF RR3GI73JQ C 342
BS 1 626 RR3D338TF
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BS 628 640 RR3D338TF
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BS 705 733 RR3GI73TF
BS 734 915 RR3GI73JQ

RD RR3D338TF 640 0 0
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GCGATTCCGAAAACATGGCTCTACCAAACCAGCAAACCGTCGATTACCCTAGCTTCAAGC
TCGTCATTGTTGGTGACGGAGGCACAGGGAAAACCACTTTTGTCAAGAGACATCTTACTG
GGGAGTTTGAGAAGAAGTACGAACCTACCATTGGTGTTGAGGTTCATCCTTTGGATTTCT
TCACAAACTGTGGCAAGATCCGTTTCTATTGCTGGGATACTGCTGGTCAAGAGAAGTTCG
GTGGCCTTAGGGATGGTTACTACATCCATGGTCAATGTGCAGTAATTATGTTTGACGTCA
CCGCGCGGCTCACATACAAGAACGTTCCGACATGGCACCGTGATCTATGCAGGGTGTGTG
AGAACATCCCTATTGTTCTCTGCGGGAACAAAGTCGACGTGAAGAACAGGCAAGTCAAGG
CCAAGCAGGTGACGTTCCACAGGAAGAAGAATCTGCAGTACTACGAGATATCTGCCAAGA
GTAACTACAACTTCGAGAAGCCCTTCTTGTACCTAGCTAGGAAACTTGCTGGCGATCCTA
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QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3GI73TF 721 0 0
GG
GCTTCTCTTCTTCTTAACATCATCTCCACATCCTCTGCGATTCCGAAAACATGGCTCTAC
CAAACCAGCAAACCGTCGATTACCCTAGCTTCAAGCTCGTCGTTGTTGGTGACGGAGGCA
CAGGGAAAACCACTTTTGTCAAGAGACATCTTACTGGGGAGTTTGAGAAGAAGTACGAAC
CTACCATTGGTGTTGAGGTTCATCCTTTGGATTTCTTCACAAACTGTGGCAAGATCCGTT
TCTATTGCTGGGATACTGCTGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTAGGGATGGTTACTACA
TCCATGGTCAATGTGCAGTAATTATGTTTGACGTCACCGCGCGGCTCACATACAAGAACG
TTCCGACATGGCACCGTGATCTATGCAGGGTGTGTGAGAACATCCCTATTGTTCTCTGCG
GGAACAAAGTCGACGTGAAGAACAGGCAAGTCAAGGCCAAGCAGGTGACGTTCCACAGGA
AGAAGAATCTGCAGTACTACGAGATATCTGCCAAGAGTAACTACAACTTCGAGAAGCCCT
TCTTGTACCTAGCTAGGAAACTTGCTGGCGATCCTAACCTTCACTTTGTCGAGTCACCAG
CTCTTGCTCCCCCTGAG**TCACATCGACGTTGCCGAGCAGCAGAAGAACGAG*CTGATC
TCATTGCCGCCGCAGCTCA*CCTCTCCCCGATGATGATGATGACGCTTT
TGAGTAACAA

QA 3 711 3 711
DS 

RD RR3GI73JQ 574 0 0
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GATCTATGCAGGGTGTGTGAGAACATCCCTATTGTTCTCTGCGGGAACAAAGTCGACGTG
AAGAACAGGCAAGTCAAGGCCAAGCAGGTGACGTTCCACAGGAAGAAGAATCTGCAGTAC
TACGAGATATCTGCCAAGAGTAACTACAACTTCGAGAAGCCCTTCTTGTACCTAGCTAGG
AAACTTGCTGGCGATCCTAACCTTCACTTTGTCGAGTCACCAGCTCTTGCTCCCCCTGAG
GTTCACATCGACGTTGCCGAGCAGCAGAAGAACGAGGCTGATCTCATTGCCGCCGCAGCT
CAGCCTCTCCCCGATGATGATGATGACGCTTTTGAGTAAACAAAAGATGTTCCAAGATGT
GTCCTGCCGTGGTTTTGCTGATTCGCTTCTTTGTTTTGGTTTTTATTCTATGATGCGTTG
ATGTTACATATGGAAATCGAGTGTTTTAGAACTAAAATTGGGGAATATTGAGATTGTTCC
GTTTTGGAATAGAGCGAGTTGTTTTTGAACCAAA

QA 1 574 1 574
DS 



CO CL892Contig2 900 4 28 U
GGGCCGCTTCTCTTCTTCTCCACATCATCTCCACATCCTCTGCGATTCCGAAAACATGGC
TCTACCAAACCAGCAAACCGTCGATTACCCTAGCTTCAAGCTCGTCATTGTTGGTGACGG
AGGCACAGGGAAAACCACTTTTGTCAAGAGACATCTTACTGGAGAGTTTGAGAAGAAGTA
TGAACCTACCATTGGTGTGGAGGTTCATCCTTTGGATTTCTTCACAAACTGTGGCAAGAT
CCGTTTCTACTGCTGGGATACTGCTGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTAGGGATGGTTA
CTACATCCATGGTCAATGTGCAGTAATTATGTTTGACGTCACAGCGCGGCTCACATACAA
GAACGTTCCGACATGGCACCGTGATCTATGCAGGGTGTGTGAGAACATCCCTATTGTTCT
CTGCGGGAACAAAGTTGATGTCAAGAACAGGCAAGTCAAGGCCAAGCAGGTGACGTTCCA
CAGGAAGAAGAATCTGCAGTACTATGAGATATCTGCCAAGAGTAACTACAACTTCGAGAA
GCCCTTCTTGTACCTAGCTAGGAAACTTGCTGGCGACCCTAACCTCCACTTTGTTGAGTC
ACCAGCTCTTGCTCCCCCTGAGGTTCACATCGACGTTGCAGAGCAGCAGAAGAACGAGGC
TGATCTCATTGCCGCCGCTGCTCAGCCTCTCCCCGATGATGATGATGATGACGCTTTTGA
GTAAACAAAAGATGTTCCAAGATGTGTCCTGCCGTGGTTTTGCTGATTCGCTTCTTTGTT
TTGGTTTTTATTTTATGTTGCGTTGATGTTACATATGGAATGAATCGAGTGTTTTAGAAC
TAATATTGGGGAATATTGAGATTGTTCCGTTTTGGAATAGAGCGAGTTGTTTTTGAGCCG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 5 30 30 30 30 30 10 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H090TF U 1
AF RR3EB67TF U 127
AF RR3C586TF U 4
AF RR3EB67JQ C 232
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BS 641 650 RR3H090TF
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TCTACCAAACCAGCAAACCGTCGATTACCCTAGCTTCAAGCTCGTCATTGTTGGTGACGG
AGGCACAGGGAAAACCACTTTTGTCAAGAGACATCTTACTGGAGAGTTTGAGAAGAAGTA
TGAACCTACCATTGGTGTGGAGGTTCATCCTTTGGATTTCTTCACAAACTGTGGCAAGAT
CCGTTTCTACTGCTGGGATACTGCTGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTAGGGATGGTTA
CTACATCCATGGTCAATGTGCAGTAATTATGTTTGACGTCACAGCGCGGCTCACATACAA
GAACGTTCCGACATGGCACCGTGATCTATGCAGGGTGTGTGAGAACATCCCTATTGTTCT
CTGCGGGAACAAAGTCGATGTCAAGAACAGGCAAGTCAAGGCCAAGCAGGTGACCTTCCA
CAGGAAGAAGAATCTGCAGTACTATGAGATATCTGCCAAGAGTAACTACAACTTCGAGAA
GCCCTTCTTGTACCTCGCTAGGAAGCTTGCTGGCGACCCTAACCTTCACTTTGTTGAGTC
ACCAGCTCTTGCTCCCCCTGAGGT*CACATCGACGTTGCCGAGCAGCAGA*GAACGAGGC
TGATCTCATTGCCGCCGCTGCTCAGC*TCTCCC*GATGATGATGATGA***CGCTT
TGAGTAAACAAAG

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DS 

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G
GGGAAAACCACTTTTGTCAAGAGACATCTTACTGGGGAGTTTGAGAAGAAGTATGAACCT
ACCATTGGTGTGGAGGTTCATCCTTTGGATTTCTTCACAAACTGTGGCAAGATCCGTTTC
TACTGCTGGGATACTGCTGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTAGGGATGGTTACTACATC
CATGGTCAATGTGCAGTAATTATGTTTGACGTCACAGCGCGGCTCACATACAAGAACGTT
CCGACATGGCACCGTGATCTATGCAGGGTGTGTGAGAACATCCCTATTGTTCTCTGCGGG
AACAAAGTTGATGTCAAGAACAGGCAAGTCAAGGCCAAGCAGGTGACGTTCCACAGGAAG
AAGAATCTGCAGTACTATGAGATATCTGCCAAGAGTAACTACAACTTCGAGAAGCCCTTC
TTGTACCTAGCTAGGAAACTTGCTGGCGACCCTAACCTCCACTTTGTTGAGTCACCAGCT
CTTGCTCCCCCTGAGGTTCACATCGACGTTGCAGAGCAGCAGAAGAACGAGGCTGATCTC
ATTGCCGCCGCTGCTCAGCCTCTCCCCGATGATGATGATGATGACGCTTTTGAGTAAACA
AAAGATGTTCCAAGATGTGTCCTGCCGTGGTTTTGCTGATTCGCT

QA 2 646 2 646
DS 

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GG
GCTTCTCTTCTTCTCCACATCATCTCCACATCCTCTGCGATTCCGAAAACATGGCTCTAC
CAAACCAGCAAACCGTCGATTACCCTAGCTTCAAGCTCGTCATTGTTGGTGACGGAGGCA
CAGGGAAAACCACTTTTGTCAAGAGACATCTTACTGGAGAGTTTGAGAAGAATTATGAAC
CTACCATTGGTGTGGAGGTTCATCCTTTGGATTTCTTCACAAACTGTGGCAAGATCCGTT
TCTACTGCTGGGATACTGCTGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTAGGGATGGTTACTACA
TCCATGGTCAATGTGCAGTAATTATGTTTGACGTCACAGCGCGGCTCACATACAAGAACG
TTCCGGCATGGCACCGTGATCTATGCAGGGTGTGTGAGAACATCCCTATTGTTCTCTGCG
GGAACAAAGTCGATGTCAAGAACAGGCAAGTCAAGGCCAAGCAGGTGACCTTCCACAGGA
AGAAGAATCTGCAGTACTATGAGATATCTGCCAAGAGTAACTACAACTTCGAGAAGCCCT
TCTTGTACCTCGCTAGGAAGCTTGCTGGCGACCCTAACCTTCACTTTGTTGAGTCACCAG
CTCTTGCTCCCCCTGAGGTTCACATCGACGTTGCCGAGCAGCAGAAGAACGAGGCTGATC
TCATTGCCGCCGCTGCTCAGCCTCTCCCCGATGATGATGATGA***CGCTTCTGAGTAA*
*CAAAGATGTTCCAAGATGTGTCCTGCCGTGGTTTTGCTGATTCGCTTCTTTGTTT

QA 3 778 3 778
DS 

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GGATGGTTACTACATCCATGGTCAATGTGCAGTAATTATGTTTGACGTCACAGCGCGGCT
CACATACAAGAACGTTCCGACATGGCACCGTGATCTATGCAGGGTGTGTGAGAACATCCC
TATTGTTCTCTGCGGGAACAAAGTTGATGTCAAGAACAGGCAAGTCAAGGCCAAGCAGGT
GACGTTCCACAGGAAGAAGAATCTGCAGTACTATGAGATATCTGCCAAGAGTAACTACAA
CTTCGAGAAGCCCTTCTTGTACCTAGCTAGGAAACTTGCTGGCGACCCTAACCTCCACTT
TGTTGAGTCACCAGCTCTTGCTCCCCCTGAGGTTCACATCGACGTTGCAGAGCAGCAGAA
GAACGAGGCTGATCTCATTGCCGCCGCTGCTCAGCCTCTCCCCGATGATGATGATGATGA
CGCTTTTGAGTAAACAAAAGATGTTCCAAGATGTGTCCTGCCGTGGTTTTGCTGATTCGC
TTCTTTGTTTTGGTTTTTATTTTATGTTGCGTTGATGTTACATATGGAATGAATCGAGTG
TTTTAGAACTAATATTGGGGAATATTGAGATTGTTCCGTTTTGGAATAGAGCGAGTTGTT
TTTGAGCCG

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 7

CO CL893Contig1 1171 7 17 U
GGATATACGAGAATCTAAACACTTGTTTGAGGAAACAAAATGAACTTAATGTTAGATATG
AGTAGGAAAAAAACATTGGTGTTAGCAATAACTTCCATTTATTTCTTATCGACCGTAACT
GCTGGTTCATTTCCTGCGCTTTTGGCTTTTGGAGATTCAATACTTGATACCGGTAACAAC
AATTTTCTCATGACTTTTATGAGAGCAAATATCTGGCCATATGGGAGAAGCTACACTATG
AAAATCCCGACGGGAAGATTCGGAAATGGAAGAGTTTTCTCCGATATAGTTGCCGAGGGT
TTGGGGATTAAAAAAAATTTACCAGCTGCTCGTAAGCTTTTCATTGCTCCAAGCGACCTT
AAAACTGGTGTTTGTTTCGCATCAGGTGGTGCAGGAGTCGACCCTGTTACATCTAGACTA
ATGAGAGTTTTAAAGCCAAGCGACCAAATAAGTGATTACAAAAAGTACATAATGAAGCTA
AGGGTCGTAGCACCTACGCAAGCGAGTTCAATCATTGCAAATGCAGTGTATCTTGTTTCT
CAAGGAAATAATGATCTTGGAATCTCGTTTTTTATGACTCGATCTGCATTCATGCGAGGA
TATGTGACGAGTGGTGCTTACACCACTAAACTAACTAGTTGGAACAAAAATTTTATGAAA
CAAATGTATGATCAAGGAGCCAGAAAATTCGCAGTGATGGGAGTGATACCGTTTGGATGT
TTGCCTATGACAAGAATCATGGGTAGGTGTAACTTGTTCGGAAATCTATTAGCTGAAAGG
TACAACGGAAAATTGAGGAGTGGTGTTAAAACTTGGCCAAGCGAAGCCGGTTTTCGTGGT
GCAAAATTTGTCTATGTCGACATGTTCAACACTCTTATGGATGTTATAAAAAATTATAGA
AGATACGGATTTAGTAATGCCAATAATGGGTGTTGTT*GTATGCCTACAGCGATAGTACC
TTGCGTAAATCCTCATAGTCACGTCTTCTATGACTTTGTTCATCCCTCGGAGAAAGCCTA
CAAAACCATTTCCAAAAGGCTGGTCCAGGATATCAAGAGAGGCCTTGCCTAGTTTCAGTC
TTACGATCCTATATTGTTGTAATCTAAATAACCAACAACGTACCAAAATAAATTATGATA
AACAACCAACATCGTTAACTAATCAGTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GQ45TF U 3
AF RR3GF31TF U 23
AF RR3H402TF U 1
AF RR3FA07TF U 7
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BS 789 1171 RR3FA07JQ

RD RR3GQ45TF 648 0 0
GGATA
CGAGAATCTAAACACTTGTTTGAGGAAACAAAATGAACTTAATGTTAGATATGAGTAGGA
AAAAAACATTGGTGTTAGCAATAACTTCCATTTATTTCTTATCGACCGTAACTGCTGGTT
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TCATGACTTTTATGAGAGCAAATATCTGGCCATATGGGAGAAGCTACACTATGAAAATCC
CGACGGGAAGATTCGGAAATGGAAGAGTTTTCTCCGATATAGTTGCCGAGGGTTTGGGGA
TTAAAAAAAATTTACCAGCTGCTCGTAAGCTTTTCATTGCTCCAAGCGACCTTAAAACTG
GTGTTTGTTTCGCATCAGGTGGTGCAGGAGTCGACCCTGTTACATCTAGACTAATGAGAG
TTTTAAAGCCAAGCGACCAAATAAGTGATTACAAAAAGTACATAATGAAGCTAAGGGTCG
TAGCACCTACGCAAGCGAGTTCAATCATTGCAAATGCAGTGTATCTTGTTTCTCAAGGAA
ATAATGATCTTGGAATCTCGTTTTTTATGACTCGATCTGCATTCATGCGAGGATATGTGA
CGAGTGGTGCTTACACCACTAAACTAATTAGTTGGAACAAAAA

QA 6 648 6 648
DS 

RD RR3GF31TF 620 0 0
GG
GTTTGAGGAAACAAAATGAACTTAATGTTAGATATGAGTAGGAAAAAAACATTGGTGTTA
TCAATAACTTCCATTTATTTCTTATCGACCGTAACTGCTGGTTCATTTCCTGCGCTTTTG
GCTTTTGGAGATTCAATACTTGCTACCGGTAACAACAATTTTCTCATGACTTTTATGAGA
GCAAATATCTGGCCATATGGGAGAAGCTACACTATGAAAATCCCGACGGGAAGATTCGGA
AATGGAAGAGTTTTCTCCGATATAGTTGCCGAGGGTTTGGGGATTAAAAAAAATTTACCA
GCTGCTCGTAAGCTTTTCATTGCTCCAAGCGACCTTAAAACTGGTGTTTGTTTCGCATCA
GGTGGTGCAGGAGTCGACCCTGTTACATCTAGACTAATGAGAGTTTTAAAGCCAAGCGAC
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AGTTCAATCATTGCAAATGCAGTGTATCTTGTTTCTCAAGGAGATAATGATCTTGGAATC
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ACTAAACTAACTAGTTGG

QA 3 620 3 620
DS 

RD RR3H402TF 739 0 0
GGATATACGAGAATCTAAACACTTGTTTGAGGAAACAAAATGAACTTAATGTTAGATATG
AGTAGGAAAAAAACATTGGTGTTAGCAATAACTTCCATTTATTTCTTATCGACCGTAACT
GCTGGTTCATTTCCTGCGCTTTTGGCTTTTGGAGATTCAATACTTGATACCGGTAACAAC
AATTTTCTCATGACTTTTATGAGAGCAAATATCTGGCCATATGGGAGAAGCTACACTATG
AAAATCCCGACGGGAAGATTCGGAAATGGAAGAGTTTTCTCCGATATAGTTGCCGTGGGT
TTGGGGATTAAAAAAAATTTACCAGCTGCTCGTAAGCTTTTCATTGCTCCAAGCGACCTT
AAAACTGGTGTTTGTTTCGCATCAGGTGGTGCAGGAGTCGACCCTGTTACATCTAGACTA
ATGAGAGTTTTAAAGCCAAGCGACCAAATAAGTGATTACAAAAAGTACATAATGAAGCTA
AGGGTCGTAGCACCTACGCAAGCGAGTTCAATCATTGCAAATGCAGTGTATCTTGTTTCT
CAAGGAAATAATGATCTTGGAATCTCGTTTTTTATGACTCGATCTGCATTCATGCGAGGA
TATGTGACGAGTGGTGCTTACACCACTAAACTAACTAGTTGGAACAAAAATTTTATGAAA
CAAATGTATGATCAAG*AGCCAGAAAATTCGCAGTGATGGGAGTGATACCGTTTGGATGT
TTGC
TATGACAGATCATGG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3FA07TF 784 0 0
G
CGAGAATCTAAACACTTGTTTGAGGAAACAAAATGAACTTAATGTTAGATATGAGTAGGA
AAAAAACATTGGTGTTAGCAATAACTTCCATTTATTTCTTATCGACCGTAACTGCTGGTT
CATTTCCTGCGCTTTTGGCTTTTGGAGATTCAATACTTGATACCGGTAACAACAATTTTC
TCATGACTTTTATGAGAGCAAATATCTGGCCATATGGGAGAAGCTACACTATGAAAATCC
CGACGGGAAGATTCGGAAATGGAAGAGTTTTCTCCGATATAGTTGCCGAGGGTTTGGGGA
TTAAAAAAAATTTACCAGCTGCTCGTAAGCTTTTCATTGCTCCAAGCGACCTTAAAACTG
GTGTTTGTTTCGCATCAGGTGGTGCAGGAGTCGACCCTGTTACATCTAGACTAATGAGAG
TTTTAAAGCCAAGCGACCAAATAAGTGATTACAAAAAGTACATAATGAAGCTAAGGGTCG
TAGCACCTACGCAAGCGAGTTCAATCATTGCAAATGCAGTGTATCTTGTTTCTCAAGGAA
ATAATGATCTTGGAATCTCGTTTTTTATGACTCGATCTGCATTCATGCGAGGATATGTGA
CGAGCGGTGCTTACACCACTAAACTAACTAGTTGGAACAAAAATTTTATGAAACAAATGT
ATGATCAAG*AGCCAGAAAATTCGCAGTGATGGGAGTGATACCGTTTGGATGTTTGCCTA
TGACAG**ATCATGGGTAG*TGTA*CTTGTTCGGAA*TCTATTAGCTGAAAG
TACACGAAAAT

QA 2 773 2 773
DS 

RD RR3FA07JQ 787 0 0
GGTGGTGCAGGAGTCGACCCTGTTACATCTAGACTAATGAGAGTTTTAAAGCCAAGCGAC
CAAATAAGTGATTACAAAAAGTACATAATGAAGCTAAGGGTCGTAGCACCTACGCAAGCG
AGTTCAATCATTGCAAATGCAGTGTATCTTGTTTCTCAAGGAAATAATGATCTTGGAATC
TCGTTTTTTATGACTCGATCTGCATTCATGCGAGGATATGTGACGAGCGGTGCTTACACC
ACTAAACTAACTAGTTGGAACAAAAATTTTATGAAACAAATGTATGATCAAGGAGCCAGA
AAATTCGCAGTGATGGGAGTGATACCGTTTGGATGTTTGCCTATGACAAGAATCATGGGT
AGGTGTAACTTGTTCGGAAATCTATTAGCTGAAAGGTACAACGAAAAATTGAGGAGTGGT
GTTAAAACTTGGCCAAGCGAAGCCGGTTTTCGTGGTGCAAAATTTGTCTATGTCGACATG
TTCAACACTCTTATGGATGTTATAAAAAATTATAGAAGATACGGATTTAGTAATGCCAAT
AATGGGTGTTGTT*GTATGCCTACAGCGATAGTACCTTGCGTAAATCCTCATAGTCACGT
CTTCTATGACTTTGTTCATCCCTCGGAGAAAGCCTACAAAACCATTTCCAAAAGGCTGGT
CCAGGATATCAAGAGAGGCCTTGCCTAGTTTCAGTCTTACGATCCTATATTGTTGTAATC
TAAATAACCAACAACGTACCAAAATAAATTATGATAAACAACCAACATCGTTAACTAATC
AGTTTTC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3GQ45JQ 745 0 0
AG
TTTAAAGCCAAGCGACCAAATAAGTGATTACAAAAAGTACATAATGAAGCTAAGGGTCGT
AGCACCTACGCAAGCGAGTTCAATCATTGCAAATGCAGTGTATCTTGTTTCTCAAGGAAA
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ATGTCGAACATGTGGTACCAAGAACCTGGCGGGAACAGAGCTTCCACCTCTGTTTTTCCC
TGTTCGAGAACCGGTGATATCATCAG*CTGCTTCCGAGCAA*AACTGTCTGCTCGAGCCG
TAACACTCGGTGTACTCAGG*AACGAGAAGAAGA

QA 1 814 1 814
DS 

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CGTCACGAAG
TCAACGGAGCTGGGAGAGTCACGCGCTTCCCGGTCT*GGACACGACGGCTTGCGTCATGT
CGAACATGTGGTACCAAGAACCTGGCGGGAACAGAGCTTCCACCTCTGTTTTTCCCTGTT
CGAGAACCGGTGATATCATCAGGCTGCTTCCGAGCAAGAACTGTCTGCTCGAGCCGTAAC
ACTCGGTGTACTCAGGGAACGAGAAGAAGAGCGGTCTAGCGATCGGTGCACCGGTCATGT
GAGCTTCGTAGTTGAGCGTGTAGAGGTACGGAAGGATCTTGTATCTCGTACCGAGAGCGT
TACGAGCTGAGTTAGCTACTGTGTCCCACTGGTAAAGCTCTTGCCGTGGAGAGTAGTAGT
TAGCGTGATCTCTCGAGAACGGGTAGAATGCTCCCACTTCGATCCAACGGTTACAGAGTT
CCTCCGTTGGTTGTGGGTAGAATCCACAGATGTCTGCGCCGACCATAGGAACACCGAAGA
TTCCAAAGTTCAACATCGTTGAGATAGACACTTGCAAGCTCTGCCATGTTCCTTGGTTAT
CTCCGGTCCAATGAGCAGCGTATTTACCCGAACCAACGAAAGTAGACCGGGACAAAATGA
AAGGACGTTTCCCTTCGATAGAGAGTAAACCCTTGTGCGTCGCGATGGCCTCGGAGAATC
CGTAGAGACTGTGAGCGTC**ACTCTTTTACACCGTTGTAATGCAAAGCACTTGTTGCGA
TGGTCTTGAAACCGATGGGAGC

QA 11 752 11 752
DS 

RD RR3DE79TF 657 0 0
CTTCGATCCAACGGTTACAGAGTTCCTCCGTTGGTTGTGGGTAGAATCCACAGATGTCCG
CACCGACCATGGGAACACCGAAGATTCCGAAGTTCAACATCGTTGAGATAGACACTTGCA
AGCTCTGCCATGTTCCTTGGTTATCTCCGGTCCAATGAGCAGCGTATTTACCCGAACCGA
CGAAAGTAGACCGGGACAAAATGAAAGGACGTTTCCCTTCGATAGAGAGTAAACCCTTGT
GCGTCGCGATGGCCTCGGAGAATCCGTAGAGACTATGAGCGTCGTACTCTTTTACACCGT
TGTAATGCAAAGCACTTGTTGCGATGGTCTTGAAACCGATGGGAGCTTGAACTCCAGTAG
CGTTGATCTTGTAAGGAGGATCATCCCATCTCGTCTTGGTTATATTTTTGCAGTCCAAGC
AACAAATCCAACCAGGTCCTTCTCCAGTTGGACATTTCCCCTTAGGGATTGTGCACAATC
CAGAGCAAAAGTTTGAAACCTCGTTCATGTCGATCCATAGACCATCTATAGGGGCTAGGT
CATGGAAGCGGCGGATTTCTCGCCCCACCAAGCGACGGTTTTAGGGTTGAGGAAGTCAGG
AAAGTGAACCGCACCAGGCCATACTTGAGCCAAGAAAGGCTTTCCTTCATACTTGCC

QA 1 657 1 657
DS 



CO CL894Contig2 1103 2 4 U
GAGAAACAATACTTTCATTTCACTTGCAATTTTTTATTCAGACCAAAACATCTTCTAATA
GTAAAAAGACAAGACACAAACAACCTCTATTCTCAATCTCATTGATTCAAATTAATTTGC
ACCGCTAATACCCATTTTCCAGGACATGTTAAAGTCCTTACCCACTAGTATCTCAAGTCC
CTTAACTTCAACCATCACACTTTTGTTCTCTCCTTCCTCTTCCAACCCAACAACATACGT
ATGCTCCTTCGAGCTCACCTCAATCTTCGCAACCGTACTCCCATTGATCTCAACCTCAGC
AGCTTGTCCTGCTCCACTAAGTCCCAAAACACTAACTTTCTCAATCACCCATCCTTTGCT
CAACGCAAACTTCCCTTCCTTCACTTTCGACCACATCTTCACAGTCCCGTTTCCGACCGA
AGCATAGAAGTCAACGTACGTGGACTGTCCGTTACCTAGCTTCATCTCCGGAAGCTCGTC
CTCGTCTAGGTAGAGCTTACCCGTCGCGTATCCCTCAGAAGCTCCAGCAGGGAACGTGAT
AACGAGGTTAAACGGCGTCGTTCTAGCTTCTTTCGCGATCAACCCTCCTTGCTGCATCGG
TAATATAGTGTTCTGGTAAAGATGAACGTTCACGAAGTTCAATGGAGCTGGGAGAGTCAC
GCGCTTCCCGTTTTTTTGACACGACGGCTTGCGTCATGTCGAACATGTGGTACCAAGAAC
CTGGCGGGAACAGAGCTTCCACTTCGGTTTTGCCTTGTTCGAGAACCGGAGATATCATCA
AGCTGCTTCCTAGCAAGAACTGTCTGCTCGAGCCGTAACACTCGGTGTACTCAGGGAACG
AGAAGAAGAGCGGTCTAGCGATCGGTGCACCCGTCATGTGAGCTTCGTAGCTGAGCGTGT
AGAGGTAAGGAAGGATCTTGTATCTCATACCGAGAGCGTTACGAGCTGAGTTAGCTACTG
TGTCCCATTGGTAAAGCTCTTGCCGTGGAGAGTAGTAGTTAGCGTGATCTCTCGAGAACG
GGTAGAACGCTCCTACTTCGATCCAACGGTTACAGAGTTCCTCCGTTGGTTGTGGGTAGA
ATCCACAGATGTCCGCACCGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE79JQ U 1
AF RR3A759TF C 386
BS 1 676 RR3DE79JQ
BS 677 677 RR3A759TF
BS 678 742 RR3DE79JQ
BS 743 1103 RR3A759TF

RD RR3DE79JQ 751 0 0
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CTTAACTTCAACCATCACACTTTTGTTCTCTCCTTCCTCTTCCAACCCAACAACATACGT
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TAATATAGTGTTCTGGTAAAGATGAACGTTCACGAAGTTCAATGGAGCTGGGAGAGTCAC
GCGCTTCCCGTTTTTT*GACACGACGGCTTGCGTCATGTCGAACATGTGGTACCAAGAAC
CTGGCGGGAACAGAGCTTCCAC
TTCGGTTTT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3A759TF 718 0 0
TTCGACCACATCTTCACAGTCCCGTTTCCGACCGAAGCATAGAAGTCAACGTACGTGGAC
TGTCCGTTACCTAGCTTCATCTCCGGAAGCTCGTCCTCGTCTAGGTAGAGCTTACCCGTC
GCGTATCCCTCAGAAGCTCCAGCAGGGAACGTGATAACGAGGTTAAACGGCGTCGTTCTA
GCTTCTTTCGCGATCAACCCTCCTTGTTGCATCGGTAATATAGTGTTCTGGTAAAGATGA
ACGTTCACGAAGTTCAATGGAGCTGGGAGAGTCACGCGCTTCCCGTTTTTTTGACACGAC
GGCTTGCGTCATGTCGAACATGTGGTACCAAGAACCTGGCGGGAACAGAGCTTCCACTTC
GGTTTTGCCTTGTTCGAGAACCGGAGATATCATCAAGCTGCTTCCTAGCAAGAACTGTCT
GCTCGAGCCGTAACACTCGGTGTACTCAGGGAACGAGAAGAAGAGCGGTCTAGCGATCGG
TGCACCCGTCATGTGAGCTTCGTAGCTGAGCGTGTAGAGGTAAGGAAGGATCTTGTATCT
CATACCGAGAGCGTTACGAGCTGAGTTAGCTACTGTGTCCCATTGGTAAAGCTCTTGCCG
TGGAGAGTAGTAGTTAGCGTGATCTCTCGAGAACGGGTAGAACGCTCCTACTTCGATCCA
ACGGTTACAGAGTTCCTCCGTTGGTTGTGGGTAGAATCCACAGATGTCCGCACCGACC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 7

CO CL895Contig1 961 7 9 U
GGCTCTCTCTCTCCAAGTAAAATGGTGAAGGCAGGATCGATATTGACATGCGAACAAGCA
CATTGACGAAACCGATCGTTCTCCTCTCGATCGCACTTCTAAGCACCGTTCTCTTCTTCG
CATTCTTCTTCGAAGACAAGCCTTACTCATCATCATCTTCCTCTTCTTCAGACTCCATGG
CTCGACGAACATTCATCTTGTGGCTTCACGGGCTTGGAGATTCCGGACCTGCCAACGAAC
CCATCAAGACACTTTTCAAGTCTCCCGAGTTTACCAACACCAAATGGCTCTTCCCTTCCG
CTCCTCCTAATCCTGTCTCCTGCAATCATGGTATGGTGATGCCTTCTTGGTTTGACATCC
GTGAGCTTCCTCTTACCGCGGGCTCTCCGAATGATGAAAGCAGCGTGCTTGAAGCAGTTA
AGAACGTTCATGCCGTTATAGATAAGGAGATTGCAGGAGGAATCAAGCCAGAAAACGTGT
ATATCTGTGGATTTAGCCAAGGAGGGGCATTAACCTTGGCTAGTGTTCTGCTTTACCCTA
AAACTCTTGGAGGAGGTGCAGTCTTTAGTGGATGGGTTCCATTCAATTCTTCTGTCATCA
ATCAGTTTACCAAAGATGCTATAAAGACACCAATCTTGTGGTCTCATGGGATTGATGACA
AGACGGTACTATTCGAAGCTGGTCAAGCAGCTCTTCCTTTCCTTCAACAAGCTGGTGTCA
CTTGTGAATTTAAGGCATATCCAGATCTTGGACACTCGATCAGTAATAATGAGCTTCAGT
ATCTGGAGTCATGGATCAAACAAAGGATACTGAGTTCCTCCTCTTCTTCTTCTTAAATGC
TTTTGAGATCGAGTTTGTTTGTCCAACTACTTCCGTTATCTATATTTCCCAAGTAATAAT
ATGCGAAAGCCTTGAACACACTTACACAAACTTCATATGTAATTCTCAACATAGTTTAAG
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3GJ87TF U 12
AF RR3GE91TF U 48
AF RR3BA11TF U 1
AF RR3H395TF U 120
AF RR3GJ87JQ C 233
AF RR3GE91JQ C 240
AF RR3BA11JQ C 233
BS 1 510 RR3BA11TF
BS 511 511 RR3GJ87TF
BS 512 733 RR3BA11TF
BS 734 734 RR3BA11JQ
BS 735 800 RR3BA11TF
BS 801 836 RR3H395TF
BS 837 837 RR3BA11JQ
BS 838 908 RR3H395TF
BS 909 961 RR3BA11JQ

RD RR3GJ87TF 714 0 0
GGCAG
GTAAAATGGTGAAGGCAGGGTCGATATTGACATGCGAACAAGCACATTGACGAAACCGAT
CGTTCTCCTCTCGATCGCACTGTTGAGCACCGTGCTCTTCTTCGCATTCTTCTTCGACGA
CAAGCCTTACTCATCATCATCTCCCTCTTCTTCAGACTCCATGGCTCGAAGAACATTCAT
CTTGTGGCTTCACGGTCTTGGAGATTCCGGACCTGCCAACGAACCCATCAAGTCACTTTT
CAAGTCTCCCGAGTTTACCAACACCAAATGGCCCTTCCCTTCCGCTCCTCCTAATCCAGT
CTCCTGCAATCATGGTATGGTGATGCCTTCTTGGTTTGACATCCGTGAGCTTCCTCTTAC
CGCGGGCTCTCCGAATGATGAAAGCAGCGTGCTTGAAGCAGTTAAGAA*GTTCATGCCGT
TATAGATAAGGAGATTGCAGGAGGAATCAAGCCAGAAAACGTGTATATCTGTGGATTTAG
CCAAGGAGGGGCATTAACCTTGGCTAGTGTTCTGCTTTATCCAAAAACTCTTGGAGGAGG
TGCAGTTTTTAGTGGATGGGTTCCATTAAATTCTTCTGTCATCAACCAGTTTACCAAAGA
TGCTATCAAGACACCAATCTTGTGGTCTCATGGGATTGATGACAAGACTGTACTATTCGA
AGCTGGTCAAGCAGCTCTTCCTTTCCTTCAACAAGCTGGTGTCACTTGT

QA 6 714 6 714
DS 

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GG
GCGAACAAGCACATTGACGAAACCGATCGTTCTCCTCTCGATCGCACTTCTAAGCACCGT
TCTCTTCTTCGCATTCTTCTTCGAAGACAAGCCTTACTCATCATCATCTTCCTCTTCTTC
AGACTCCATGGCTCGACGAACATTCATCTTGTGGCTTCACGGGCTTGGAGATTCCGGACC
TGCCAACGAACCCATCAAGACACTTTTCAAGTCTCCCGAGTTTACCAACACCAAATGGCT
CTACCCTTCCGCTCCTCCTAATCCTGTCTCCTGCAATCATGGTATGGTGATGCCTTCTTG
GTTTGACATCCGTGAGCTTCCTCTTACCGCGGGCTCTCCGAATGATGAAAGCAGCGTGCT
TGAAGCAGTTAAGAACGTTCATGCCGTTATAGATAAGGAGATTGCAGGAGGAATCAAGCC
AGAAAACGTGTATATCTGTGGATTTAGCCAAGGAGGGGCATTAACCTTGGCTAGTGTTCT
GCTTTACCCTAAAACTCTTGGAGGAGGTGCAGTCTTTAGTGGATGGGTTCCATTCAATTC
TTCTGTCATCAATCAGTTTACCAAAGATGCTATAAAGACACCAATCTTGTGGTCTCATGG
GATTGATGACAAGACGGTACTATTCGAAGCTGGTCAAGCAGCTCTTCCTTTCCTTCAACA
AGCTGGTGTCACTTGTGAATT

QA 3 683 3 683
DS 

RD RR3BA11TF 800 0 0
GGCTCTCTCTCTCCAAGTAAAATGGTGAAGGCAGGATCGATATTGACATGCGAACAAGCA
CATTGACGAAACCGATCGTTCTCCTCTCGATCGCACTTCTAAGCACCGTTCTCTTCTTCG
CATTCTTCTTCGAAGACAAGCCTTACTCATCATCATCTTCCTCTTCTTCAGACTCCATGG
CTCGACGAACATTCATCTTGTGGCTTCACGGGCTTGGAGATTCCGGACCTGCCAACGAAC
CCATCAAGACACTTTTCAAGTCTCCCGAGTTTACCAACACCAAATGGCTCTTCCCTTCCG
CTCCTCCTAATCCTGTCTCCTGCAATCATGGTATGGTGATGCCTTCTTGGTTTGACATCC
GTGAGCTTCCTCTTACCGCGGGCTCTCCGAATGATGAAAGCAGCGTGCTTGAAGCAGTTA
AGAACGTTCATGCCGTTATAGATAAGGAGATTGCAGGAGGAATCAAGCCAGAAAACGTGT
ATATCTGTGGATTTAGCCAAGGAGGGGCATCAACCTTGGCTAGTGTTCTGCTTTACCCTA
AAACTCTTGGAGGAGGTGCAGTCTTTAGTGGATGGGTTCCATTCAATTCTTCTGTCATCA
ATCAGTTTACCAAAGATGCTATAAAGACACCAATCTTGTGGTCTCATGGGATTGATGACA
AGACGGTACTATTCGAAGCTGGTCAAGCAGCTCTTCCTTTCCTTCAACAAGCTGGTGTCA
CTTGTGAATTTAAAGCATATCCAGATCTTGGACACTCGATCAGTAATAATGAGCTTCAGT
ATCTGGAGTCATGGATCAAA

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3H395TF 789 0 0
GCATTCTTCTTCGAAGACAAGCCTTACTCATCATCATCTTCCTCTTCTTCAGACTCCATG
GCTCGACGAACATTCATCTTGTGGCTTCACGGGCTTGGAGATTCCGGACCTGCCAACGAA
CCCATCAAGACACTTTTCAAGTCTCCCGAGTTTACCAACACCAAATGGCTCTTCCCTTCC
GCTCCTCCTAATCCTGTCTCCTGCAATCATGGTATGGTGATGCCTTCTTGGTTTGACATC
CGTGAGCTTCCTCTTACCGCGGGCTCTCCGAATGATGAAAGCAGCGTGCTTGAAGCAGTT
AAGAACGTTCATGCCGTTATAGATAAGGAGATTGCAGGAGGAATCAAGCCAGAAAACGTG
TATATCTGTGGATTTAGCCAAGGAGGGGCATTAACCTTGGCTAGTGTTCTGCTTTACCCT
AAAACTCTTGGAGGAGGTGCAGTCTTTAGTGGATGGGTTCCATTCAATTCTTCTGTCATC
AATCAGTTTACCAAAGATGCTATAAAGACACCAATCTTGTGGTCTCATGGGATTGATGAC
AAGACGGTACTATTCGAAGCTGGTCAAGCAGCTCTTCCTTTCCTTCAACAAGCTGGTGTC
ACTTGTGAATTTAAAGCATATCCAGATCTTGGACACTCGATCAGTAATAATGAGCTTCAG
TATCTGGAGTCATGGATCAAACAAAGGATACTGAGTTCCTCCTCTTCTTCTTCTTAA*TG
CTTTTGAGATCGAGTTTGTTTGTCCAACTACTTCCGTTATCTATATTTCCCAAGTAATAA
TATGCGAAA

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3GJ87JQ 691 0 0
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CCCTTCCGCTCCTCCTAATCCAGTCTCCTGCAATCATGGTATGGTGATGCCTTCTTGGTT
TGACATCCGTGAGCTTCCTCTTACCGCGGGCTCTCCGAATGATGAAAGCAGCGTGCTTGA
AGCAGTTAAGAA*GTTCATGCCGTTATAGATAAGGAGATTGCAGGAGGAATCAAGCCAGA
AAACGTGTATATCTGTGGATTTAGCCAAGGAGGGGCATTAACCTTGGCTAGTGTTCTGCT
TTATCCAAAAACTCTTGGAGGAGGTGCAGTTTTTAGTGGATGGGTTCCATTAAATTCTTC
TGTCATCAACCAGTTTACCAAAGATGCTATCAAGACACCAATCTTGTGGTCTCATGGGAT
TGATGACAAGACTGTACTATTCGAAGCTGGTCAAGCAGCTCTTCCTTTCCTTCAACAAGC
TGGTGTCACTTGTGAATTTAAGGCATATCCAGATCTTGGACACTCAATCAGTAATAAGGA
GCTTCAGTATCTGGAGTCATGGATCAAACAAAGGATGCTGAGTTCCTCCTCCTCTTCTTC
TTAAATGCTTTTGAGATCGAGTTTGTTTGTCCAACTACTAAAGTTATCTATATTTCCCAA
GTAATAATATGCGAAAGCCTTGAACAC
ACTT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3GE91JQ 680 0 0
CCCATCAAGACACTTTTCAAGTCTCCCGAGTTTACCAACACCAAATGGCTCTACCCTTCC
GCTCCTCCTAATCCTGTCTCCTGCAATCATGGTATGGTGATGCCTTCTTGGTTTGACATC
CGTGAGCTTCCTCTTACCGCGGGCTCTCCGAATGATGAAAGCAGCGTGCTTGAAGCAGTT
AAGAACGTTCATGCCGTTATAGATAAGGAGATTGCAGGAGGAATCAAGCCAGAAAACGTG
TATATCTGTGGATTTAGCCAAGGAGGGGCATTAACCTTGGCTAGTGTTCTGCTTTACCCT
AAAACTCTTGGAGGAGGTGCAGTCTTTAGTGGATGGGTTCCATTCAATTCTTCTGTCATC
AATCAGTTTACCAAAGATGCTATAAAGACACCAATCTTGTGGTCTCATGGGATTGATGAC
AAGACGGTACTATTCGAAGCTGGTCAAGCAGCTCTTCCTTTCCTTCAACAAGCTGGTGTC
ACTTGTGAATTTAAGGCATATCCAGATCTTGGACGCTCGATCAGTAATAATGAGCTTCAG
TATCTGGAATCATGGATCAAACAAAGGATACTGAGTTCCTCCTCTTCTTCTTCTTAAATG
CTTTTGAGATCGAGTTTGTTTGTCCAACTACTTCCGTTATCTATATTTCCCAAGTAATAA
TATGCGAAAGCCTTGAACAC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3BA11JQ 729 0 0
CAACGAACCCATCAAGACACTTTTCAAGTCTCCCGAGTTTACCAACACCAAATGGCTCTT
CCCTTCCGCTCCTCCTAATCCTGTCTCCTGCAATCATGGTATGGTGATGCCTTCTTGGTT
TGACATCCGTGAGCTTCCTCTTACCGCGGGCTCTCCGAATGATGAAAGCAGCGTGCTTGA
AGCAGTTAAGAACGTTCATGCCGTTATAGATAAGGAGATTGCAGGAGGAATCAAGCCAGA
AAACGTGTATATCTGTGGATTTAGCCAAGGAGGGGCATCAACCTTGGCTAGTGTTCTGCT
TTACCCTAAAACTCTTGGAGGAGGTGCAGTCTTTAGTGGATGGGTTCCATTCAATTCTTC
TGTCATCAATCAGTTTACCAAAGATGCTATAAAGACACCAATCTTGTGGTCTCATGGGAT
TGATGACAAGACGGTACTATTCGAAGCTGGTCAAGCAGCTCTTCCTTTCCTTCAACAAGC
TGGTGTCACTTGTGAATTTAAGGCATATCCAGATCTTGGACACTCGATCAGTAATAATGA
GCTTCAGTATCTGGAGTCATGGATCAAACAAAGGATACTGAGTTCCTCCTCTTCTTCTTC
TTAAATGCTTTTGAGATCGAGTTTGTTTGTCCAGCTACTTCCGTTATCTATATTTCCCAA
GTAATAATATGCGAAAGCCTTGAACACACTTACACAAACTTCATATGTAATTCTCAACAT
AGTTTAAGT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 7

CO CL896Contig1 822 7 7 U
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TCCTCTTACCTTTCCTTTTTGCTCTATCCAATGCCTCTGTTCAAGACTTTTGTGTAGCCA
ACCTGAAACGTGCTGAAACCCCTGCGGGTTACCCATGCATTCGCCCCATTCACGTCAAAG
CCAAGGACTTTGTCTTTTCCGGCTTAGCCACCCCTGGGAACACTACAAACATCATCAGCG
CTGCCGTCACGCCCGGTTTCGCCGCTCAGTTCCCGGGTCTAAACGGTCTAGGCCTCTCTA
CAGCTAGACTTGACCTAGCTCCTAAAGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGTGCCT
CTGAGGTTCTTTTTGTCCTTAACGGCTACATTACCGCTGGGTTTGTCTCCTCTGCGAACT
CTGTCTACGTCCAGACACTAAAACCAGGACAGGTCATGGTTTTCCCACAAGGTCTGCTTC
ACTTCCAGATCAATGCGGGGAAATCAGCTGCTGCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTA
GTCCTGGTCTCCAGATTCTAGATTTCGCGCTTTTTGCTAACAGTCTTCCTACTGAACTCG
TCTCTGGTACTACTTTCCTTGACCCTGCTATAGTCAAGAAGCTAAAGGGTGTTCTAGGAG
GAACTGGCTAAAAGATACTTGTGCTTTCATTGACACTTTTCTCTTTGATGGGTTCTTGTC
TTCTATGTTTTGTAGTCCTTGTAATACTAATACCTGTCTACATTATTACATTGTATGTGA
GTTTCTAAATTAAGATTCTGAGTTGGTCATACCGTTTATAGC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3DR66TF U 1
AF RR3ER54TF U 2
AF RR3CV82TF U 3
AF RR3C905TF U 92
AF RR3C905JQ C 92
AF RR3DR66JQ C 127
AF RR3ER54JQ C 146
BS 1 281 RR3DR66TF
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BS 641 662 RR3CV82TF
BS 663 663 RR3C905TF
BS 664 794 RR3CV82TF
BS 795 821 RR3DR66JQ
BS 822 822 RR3ER54JQ

RD RR3DR66TF 281 0 0
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TCCTCTTACCTTTCCTTTTTGCTCTATCCAATGCCTCTGTTCAAGACTTTTGTGTAGCCA
ACCTGAAACGTGCTGAAACCCCTGCGGGTTACCCATGCATTCGCCCCATTCACGTCAAAG
CCAAGGACTTTGTCTTTTCCGGCTTAGCCACCCCTGGGAACACTACAAACATCATCAGCG
CTGCCGTCACGCCCGGTTTCGCCGCTCAGTTCCCGGGTCTA

QA 1 281 1 281
DS 

RD RR3ER54TF 639 0 0
GGA
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CGTCACGCCCGGTTTCGCCGCTCAGTTCCCGGGTCTAAACGGTCTAGGCCTCTCTACAGC
TAGACTTGACCTAGCTCCTAAAGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGTGCCTCTGA
GGTTCTTTTTGTCCTTAACGGCTACATTACCGCTGGGTTTGTCTCCTCTGCGAACTCTGT
CTACGTCCAGACACTAAAACCAGGACAGGTCATGGTTTTCCCACAAGGTCTGCTTCACTT
CCAGATCAATGCGGGGAAATCAGCTGCTGCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAGTCC
TGGTCTCCAGATTCTAGATTTCGCGCTTTTTGCTAACAGTCTTCCTACTGAACTCGTCTC
TGGTACTACTTTCCTTGACCCTGCTATAGTCAAGAA

QA 4 639 4 639
DS 

RD RR3CV82TF 798 0 0
GG
GAGAATAAAACAGAGTCAATTCTTAAACCAATAAATCAAAATGTTGCGCATTATCTTCCT
CTTACCTTTCCTTTTTGCTCTATCAAATGCCTCTGTTCAAGGCTTTTGTGTAGCCAACCT
GAAACGTGCTGAAACCCCTGCGGGTTACCCATGCATTCGCCCCATTCACGTCAAAGCCAA
GGACTTTGTCTTTTCCGGCTTAGCCACCCCTGGGAACACTACAAACATCATCAGCGCTGC
CGTCACGCCCGGTTTCGCCGCTCAGTTCCCGGGTCTAAACGGTCTAGGCCTCTCTACAGC
TAGACTTGACCTAGCTCCTAAAGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGTGCCTCTGA
GGTTCTTTTTGTCCTTAACGGCTACATTACCGCTGGGTTTGTCTCCTCTGCGAACTCTGT
CTACGTCCAGACACTAAAACCAGGACAGGTCATGGTTTTCCCACAAGGTCTGCTTCACTT
CCAGATCAATGCGGGGAAATCAGCTGCTGCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAGTCC
TGGTCTCCAGATTCTAGATTTCTCGCTTTTTGCTAACAGTCTTCCTACTGAACTCGTCTC
TGGTACTACTTTCCTTGACCCTGCTATAGTCAAGAAGCTAAAGGGTGTTCTAGGAGGA*C
TGGCTAAAAGATACTTGTGCTTTCATTGACACTTTTCTCTTTGATGGGTTCTTGTCTTCT
ATGTTTTGTAGTCCTTGTAATACTAATACCTGTCTACATTATTACATTGTATGTGAGTTT
CTAAATTAAG
ATTCTG

QA 3 792 3 792
DS 

RD RR3C905TF 703 0 0
G
GCCTCTGTTCAAGACTTTTGTGTAGCCAACCTGAAACGTGCTGAAACCCCTGCGGGTTAC
CCATGCATTCGCCCCATTCACGTCAAAGCCAAGGACTTTGTCTTTTCCGGCTTAGCCACC
CCTGGGAACACTACAAACATCATCAGCGCTGCCGTCACGCCCGGTTTCGCCGCTCAGTTC
CCGGGTCTAAACGGTCTAGGCCTCTCTACAGCTAGACTTGACCTAGCTCCTAAAGGTGTG
ATCCCAATGCATACTCACCCTGGTGCCTCTGAGGTTCTTTTTGTCCTTAACGGCTACATT
ACCGCTGGGTTTGTCTCCTCTGCGAACTCTGTCTACGTCCAGACACTAAAACCAGGACAG
GTCATGGTTTTCCCACAAGGTCTGCTTCACTTCCAGATCAATGCGGGGAAATCAGCTGCT
GCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAGTCCTGGTCTCCAGATTCTAGATTTCGCGCTT
TTTGCTAACAGTCTTCCTACTGAACTCGTCTCTGGTACTACTTTCCTTGACCCTGCTATA
GTCAAGAAGCTAAAGGGTGTTCTAGGAGGAACTGGCTAAAAGATACTTGTGCTTTCATTG
ACACTTTTCTCTTTGATGGGTTCTTGTCTTCTATGTTTTGTAGTCCTTGTAATACTAATA
CCTGTCTACATTATTACATTGTATGTGAGTTTCTAAATTAAG

QA 2 703 2 703
DS 

RD RR3C905JQ 700 0 0
G
GCCTCTGTTCAAGACTTTTGTGTAGCCAACCTGAAACGTGCTGAAACCCCTGCGGGTTAC
CCATGCATTCGCCCCATTCACGTCAAAGCCAAGGACTTTGTCTTTTCCGGCTTAGCCACC
CCTGGGAACACTACAAACATCATCAGCGCTGCCGTCACGCCCGGTTTCGCCGCTCAGTTC
CCGGGTCTAAACGGTCTAGGCCTCTCTACAGCTAGACTTGACCTAGCTCCTAAAGGTGTG
ATCCCAATGCATACTCACCCTGGTGCCTTTGAGGTTCTTTTTGTCCTTAACGGCTACATT
ACCGCTGGGTTTGTCTCCTCTGCGAACTCTGTCTACGTCCAGACACTAAAACCAGGACAG
GTCATGGTTTTCCCACAAGGTCTGCTTCACTTCCAGATCAATGCGGGGAAATCAGCTGCT
GCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAGTCCTGGTCTCCAGATTCTAGATTTCGCGCTT
TTTGCTAACAGTCTTCCTACTGAACTCGTCTCTGGTACTACTTTCCTTGACCCTGCTATA
GTCAAGAAGCTAAAGGGTGTTCTAGGAGGAACTGGCTAAAAGATACTTGTGCTTTCATTG
ACACTTTTCTCTTTGATGGGTTCTTGTCTTCTATGTTTTGTAGTCCTTGTAATACTAATA
CCTGTCTACATTATTACATTGTATGTGAGTTTCTAAATT

QA 2 700 2 700
DS 

RD RR3DR66JQ 695 0 0
AACGTGCTGAAACCC*TGCGGGTTACCCATGCATTCGCCCCATTCACGTCAAAGCCAAGG
ACTTTGTCTTTTCCGGCTTAGCCACCCCTGGGAACACTACAAACATCATCAGCGCTGCCG
TCACGCCCGGTTTCGCCGCTCAGTTCCCGGGTCTAAACGGTCTAGGCCTCTCTACAGCTA
GACTTGACCTAGCTCCTAAAGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGTGCCTCTGAGG
TTCTTTTTGTCCTTAACGGCTACATTACCGCTGGGTTTGTCTCCTCTGCGAACTCTGTCT
ACGTCCAGACACTAAAACCAGGACAGGTCATGGTTTTCCCACAAGGTCTGCTTCACTTCC
AGATCAATGCGGGGAAATCAGCTGCTGCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAGTCCTG
GTCTCCAGATTCTAGATTTCGCGCTTTTTGCTAACAGTCTTCCTACTGAACTCGTCTCTG
GTACTACTTTCCTTGACCCTGCTATAGTCAAGAAGCTAAAGGGTGTTCTAGGAGGAACTG
GCTAAAAGATACTTGTGCTTTCATTGACACTTTTCTCTTTGATGGGTTCTTGTCTTCTAT
GTTTTGTAGTCCTTGTAATACTAATACCTGTCTACATTATTACATTGTATGTGAGTTTCT
AAATTAAGATTCTGAGTTGGTCATACCGTTTATAG

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3ER54JQ 677 0 0
GGGTTACCCATGCATTCCCCCCATTCACGTCAAAGCCAAGGACTTTGTCTTTTCCGGCTT
AGCCACCCCTGGGAACACTACAAACATCATCAGCGCTGCCGTCACGCCCGGTTTCGCCGC
TCAGTTCCCGGGTCTAAACGGTCTAGGCCTCTCTACAGCTAGACTTGACCTAGCTCCTAA
AGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGTGCCTCTGAGGTTCTTTTTGTCCTTAACGG
CTACATTACCGCTGGGTTTGTCTCTTCTGCGAACTCTGTCTACGTCCAGACACTAAAACC
AGGACAGGTCATGGTTTTCCCACAAGGTCTGCTTCACTTCCAGATCAATGCGGGGAAATC
AGCTGCTGCAGCCTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAGTCCTGGTCTCCAGATTCTAGATTT
CGCGCTTTTTGCTAACAGTCTTCCTACTGAACTCGTCTCTGGTACTACTTTCCTTGACCC
TGCTATAGTCAAGAAGCTAAAGGGTGTTCTAGGAGGAACTGGCTAAAAGATACTTGTGCT
TTCATTGACACTTTTCTCTTTGATGGGTTCTTGTCTTCTATGTTTTGTAGTCCTTGTAAT
ACTAATACCTGTCTACATTATTACATTGTATGTGAGTTTCTAAATTAAGATTCTGAGTTG
GTCATACCGTTTATAGC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 7

CO CL897Contig1 701 7 17 U
GGATTCTAAAAACAAACATCTTCTCATTTTTCATTTTATCTAATTCGGATCACCGATCTC
AAAGCTTTCGGTTCGTTTTATCTAAAGTTGTAGCCATGTCTCAGACCGTTGTCCTCAAAG
TTGGTATGTCATGCCAAGGTTGCGTTGGTGCCGTCAATAGAGTCCTAGGCAAAATGGAAG
GCGTTGAGTCATTTGACATTGATATCAAGGAACAAAAGGTGACAGTGAAAGGAAAAGTTG
AGCCTGAGGCAGTTTTTCAAACAGTTTCTAAGACTGGAAAGAAGACTTCTTACTGGCCCG
TGGAGGCTGAGGTTGAGCCTAAGGACGAGACTGAGACAAGACCTGAAGGTGAGACTAAGA
CTGAGGGTAAGGTTGATGCTGAGGTACCGGAGGTTAAGGTTGATGCTAAGGTCGAGCCTA
AGGCTGATGTTGAACCGAAACACGCAGAAACGGAGACTAAGACCGAGGGTAAGGTTGATG
ATGAGATACTTGATGCCAAGGTTGATACTAAGGTCGATGCTAAGGCTGATGTTGAACCGA
AACTCGTTGAAGCCGAGACTAAGCCACCACAAGTTTAAGTACCAAAGAAATATTGTAATG
ATGATTTTAATCCATATTTGCAATGCTTCTTATTATCCTATGTTTATCTGTTGTTGTAAG
AACTAAAAAATGTATCCGATTTACTAAAAAATGTTTTCTCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3DJ48TF U 1
AF RR3FN20TF U 1
AF RR3CA46JQ C 27
AF RR3DJ48JQ C 84
AF RR3CD62JQ C 27
AF RR3CD62TF U 27
AF RR3CA46TF U 27
BS 1 29 RR3DJ48TF
BS 30 30 RR3CD62TF
BS 31 339 RR3DJ48TF
BS 340 340 RR3CD62TF
BS 341 439 RR3DJ48TF
BS 440 440 RR3CD62TF
BS 441 506 RR3DJ48TF
BS 507 507 RR3CD62TF
BS 508 512 RR3DJ48TF
BS 513 513 RR3FN20TF
BS 514 642 RR3DJ48TF
BS 643 655 RR3FN20TF
BS 656 669 RR3CD62TF
BS 670 670 RR3CA46TF
BS 671 690 RR3CD62TF
BS 691 691 RR3CA46TF
BS 692 701 RR3CD62TF

RD RR3DJ48TF 642 0 0
GGATTCTAAAAACAAACATCTTCTCATTTCTCATTTTATCTAATTCGGATCACCGATCTC
AAAGCTTTCGGTTCGTTTTATCTAAAGTTGTAGCCATGTCTCAGACCGTTGTCCTCAAAG
TTGGTATGTCATGCCAAGGTTGCGTTGGTGCCGTCAATAGAGTCCTAGGCAAAATGGAAG
GCGTTGAGTCATTTGACATTGATATCAAGGAACAAAAGGTGACAGTGAAAGGAAAAGTTG
AGCCTGAGGCAGTTTTTCAAACAGTTTCTAAGACTGGAAAGAAGACTTCTTACTGGCCCG
TGGAGGCTGAGGTTGAGCCTAAGGACGAGACTGAGACAAAACCTGAAGGTGAGACTAAGA
CTGAGGGTAAGGTTGATGCTGAGGTACCGGAGGTTAAGGTTGATGCTAAGGTCGAGCCTA
AGGCTGATGTTGAACCGAAGCACGCAGAAACGGAGACTAAGACCGAGGGTAAGGTTGATG
ATGAGATACTTGATGCCAAGGTTGATCCTAAGATCGATGCTAAGGCTGATGTTGAACCGA
AACTCGTTGAAGCCGAGACTAAGCCACCACAAGTTTAAGTACCAAAGAAATATTGTAATG
ATGATTTTAATCCATATTTGCAATGCTTCTTATTATCCTATG

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3FN20TF 657 0 0
GGATTCTAAAAACAAACATCTTCTCATTTCTCATTTTATCTAATTCGGATCACCGATCTC
AAAGCTTTCGGTTCGTTTTATCTAAAGTTGTAGCCATGTCTCAGACCGTTGTCCTCAAAG
TTGGTATGTCATGCCAAGGTTGCGTTGGTGCCGTCAATAGAGTCCTAGGCAAAATGTAAG
GCGTTGAGTCATTTGACATTGATATCAAGGAACAAAAGGTGACAGTGAAAGGAAAAGTTG
AGCCTGAGGCAGTTTTTCAAACAGTTTCTAAGACTGGAAAGAAGACTTCTTACTGGCCCG
TGGAGGCTGAGGTTGAGCCTAAGGACGAGACTGAGACAAAACCTGAAGGTGAGACTAAGA
CTGAGGGTAAGGTTGATGCTGAGGTACCGGAGGTTAAGGTTGATGCTAAGGTCGAGCCTA
AGGCTGATGTTGAACCGAAGCACGCAGAAACGGAGACTAAGACCGAGGGTAAGGTTTATG
ATGAGATACTTGATGCCAAGGTTGATCCTAAGGTCGATGCTAAGGCTGATGTTGAACCGA
AACTCGTTGAAGCCGAGACTAAGCCACCACAAGTTTAAGTACCAAAGAAATATTGTAATG
ATGATTTTAATCCATATTTGCAATGCTTCTTATTATCCTATGTTTATCTGTTGTT
TT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3CA46JQ 675 0 0
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GTTGTAGCCATGTCTCAGACCGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGCCAAGGTTGCGTT
GGTGCCGTCAATAGAGTCCTAGGCAAAATGGAAGGCGTTGAGTCATTTGACATTGATATC
AAGGAACAAAAGGTGACAGTGAAAGGAAAAGTTGAGCCTGAGGCAGTTTTTCAAACAGTT
TCTAAGACTGGAAAGAAGACTTCTTACTGGCCCGTGGAGGCTGAGGTTGAGCCTAAGGAC
GAGACTGAGACAAGACCTGAAGGTGAGACTAAGACTGAGGGTAAGGTTGATGCTGAGGTA
CCGGAGGTTAAGGTTGATGCTAAGGTCGAGCCTAAGGCTGATGTTGAACCGAAACACGCA
GAAACGGAGACTAAGACCGAGGGTAAGGTTGATGATGAGATACTTGATGCCAAGGTTGAT
ACTAAGGTCGATGCTAAGGCTGATGTTGAACCGAAACTCGTTGAAGCCGAGACTAAGCCA
CCACAAGTTTAAGTACCAAAGAAATATTGTAATGATGATTTTAATCCATATTTGCAATGC
TTCTTATTATCCTATGTTTATCTGTTGTTGTAAGAACTAAAAAATGTATCCGATTTACTA
AAAAATGTTTTCTCT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3DJ48JQ 587 0 0
AAAGTTGTAGCCATGTCTCAGACCGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGCCAAGGTTGC
GTTGGTGCCGTCAATAGAGTCCTAGGCAAAATGGAAGGCGTTGAGTCATTTGACATTGAT
ATCAAGGAACAAAAGGTGACAGTGAAAGGAAAAGTTGAGCCTGAGGCAGTTTTTCAAACA
GTTTTTAAGACTGGAAAGAAGACTTTTTACTGGCCCGTGGAGGCTGAGGTTGAGCCTAAG
GACGAGACTGAGACAAAACCTGAAGGTGAGACTAAGACTGAGGGTAAGGTTGATGCTGAG
GTACCGGAGGTTAAGGTTGATGCTAAGGTCGAGCCTAAGGCTGATGTTGAACCGAAGCAC
GCAGAAACGGAGACTAAGACCGAGGGTAAGGTTGATGATGAGATACTTGATGCCAAGGTT
GATCCTAAGATCGATGCTAAGGCTGATGTTGAACCGAAACTCGTTGAAGCCGAGATTAAG
CCACCACAAGTTTAAGTACCAAAGAAATATTGTAATGATGATTTTAATCCATATTTGCAA
TGCTTTTTATTATCCTATGTTTATCTGTTGTTTTAAGAATTAAAAAA

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3CD62JQ 675 0 0
TTTTTCATTTTATCTAATTCGGATCACCGATCTCAAAGCTTTCGGTTCGTTTTATCTAAA
GTTGTAGCCATGTCTCAGACCGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGCCAAGGTTGCGTT
GGTGCCGTCAATAGAGTCCTAGGCAAAATGGAAGGCGTTGAGTCATTTGACATTGATATC
AAGGAACAAAAGGTGACAGTGAAAGGAAAAGTTGAGCCTGAGGCAGTTTTTCAAACAGTT
TCTAAGACTGGAAAGAAGACTTCTTACTGGCCCGTGGAGGCTGAGGTTGAGCCTAAGGAC
GAGACTGAGACAAGACCTGAAGGTGAGACTAAGACTGAGGGTAAGGTTGATGTTGAGGTA
CCGGAGGTTAAGGTTGATGCTAAGGTCGAGCCTAAGGCTGATGTTGAACCGAAACACGCA
GAAACGGAGACTAAGACCGAGGGTAAGGTTGATGATGAGATACTTGATGCCAAGGTTGAT
ACTAAGGTCGATGCTAAGGCTGATGTTGAACCGAAACTCGTTGAAGCCGAGACTAAGCCA
CCACAAGTTTAAGTACCAAAGAAATATTGTAATGATGATTTTAATCCATATTTGCAATGC
TTCTTATTATCCTATGTTTATCTGTTGTTGTAAGAACTAAAAAATGTATCCGATTTACTA
AAAAATGTTTTCTCT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3CD62TF 675 0 0
TTTTTCATTTTATCTAATTCGGATCACCGATCTCAAAGCTTTCGGTTCGTTTTATCTAAA
GTTGTAGCCATGTCTCAGACCGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGCCAAGGTTGCGTT
GGTGCCGTCAATAGAGTCCTAGGCAAAATGGAAGGCGTTGAGTCATTTGACATTGATATC
AAGGAACAAAAGGTGACAGTGAAAGGAAAAGTTGAGCCTGAGGCAGTTTTTCAAACAGTT
TCTAAGACTGGAAAGAAGACTTCTTACTGGCCCGTGGAGGCTGAGGTTGAGCCTAAGGAC
GAGACTGAGACAAGACCTGAAGGTGAGACTAAGACTGAGGGTAAGGTTGATGTTGAGGTA
CCGGAGGTTAAGGTTGATGCTAAGGTCGAGCCTAAGGCTGATGTTGAACCGAAACACGCA
GAAACGGAGACTAAGACCGAGGGTAAGGTTGATGATGAGATACTTGATGCCAAGGTTGAT
ACTAAGGTCGATGCTAAGGCTGATGTTGAACCGAAACTCGTTGAAGCCGAGACTAAGCCA
CCACAAGTTTAAGTACCAAAGAAATATTGTAATGATGATTTTAATCCATATTTGCAATGC
TTCTTATTATCCTATGTTTATCTGTTGTTGTAAGAACTAAAAA*TGTATCCGATTTACTA
AAAA*TGTTTTCTCT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3CA46TF 675 0 0
TTTTTCATTTTATCTAATTCGGATCACCGATCTCAAAGCATTCGGTTCGTTTTATCTAAA
GTTGTAGCCATGTCTCAGACCGTTGTCCTCAAAGTTGGTATGTCATGCCAAGGTTGCGTT
GGTGCCGTCAATAGAGTCCTAGGCAAAATGGAAGGCGTTGAGTCATTTGACATTGATATC
AAGGAACAAAAGGTGACAGTGAAAGGAAAAGTTGAGCCTGAGGCAGTTTTTCAAACAGTT
TCTAAGACTGGAAAGAAGACTTCTTACTGGCCCGTGGAGGCTGAGGTTGAGCCTAAGGAC
GAGACTGAGACAAGACCTGAAGGTGAGACTAAGACTGAGGGTAAGGTTGATGCTGAGGTA
CCGGAGGTTAAGGTTGATGCTAAGGTCGAGCCTAAGGCTGATGTTGAACCGAAACACGCA
GAAACGGAGACTAAGACCGAGGGTAAGGTTGATGATGAGATACTTGATGCCAAGGTTGAT
ACTAAGGTCGATGCTAAGGCTGATGTTGAACCGAAACTCGTTGAAGCCGAGACTAAGCCA
CCACAAGTTTAAGTACCAAAGAAATATTGTAATGATGATTTTAATCCATATTTGCAATGC
TTCTTATTATCCTATGTTTATCTGTTGTTGTAAGAACTAAAAAATGTATCCGATTTACTA
AAAAATGTTTTCTCT

QA 1 675 1 675
DS 



AS 2 6

CO CL898Contig1 769 3 1 U
ACACTGAATATAACTCTCTTCTTTTTTTTTTCTCTACTAATACAACAAATAAAGGGAACA
TAAATATCAGATTGTGGATACAGCTTAAAGAGGGAGAGAGAGAGAAGCAGATTATAGAGT
TGTGTTTGTGCTACAATTAAGAGGGGGTTCTTTGAGGAAAAATCACAAACCGAGCCAAGG
ACACTGCTTCCTCGCATGCTCAGGTACTAACTTCGCTACAATCTCCACCGCCACACCTTT
CAGCTCGTGAGGCTTGAAGTTGAAAAGTGGTGGAAGGAAACGTCCGTTAGGCAGACGAGC
ATTTGGGTCTCTTAGCTCATCAAAGAATGGGTGGACCAATATGTCCAGAGCGGCAGATCT
TAGATTGGGAGAGTATTGAAGAAGTCTTGAGACCAAATCAACAGCCTCCGGAGGCATGCG
TTTGTGGAATATCTTGTGCCATGGATGAGCTTTAATCTGAGGGAACTTGAATTCAGTGTA
GTTAGGGTTCATGCACTTGATTTCTTCCCTAGTAGGCGTTCCCAAAACCTTGATAATCTC
CACAAGTTGATCAACACCACTCTCACCAGGGAACAATGGCTGTCCAAGCAAGAGCTCAGC
AAGAACACATCCTGCAGACCAGACATCAATTGCTGTTGTGTACTCGGTTGCTCCAAAAAT
AAGCTCAGGTGCTCTGTAATACCTCGAGCAAATGTATGAGATGTTTGGTTCCCCTTTCAC
CAATACTTTCGCACTTCCAAAATCACATAGCTTCACTTGATGAGTGTGT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C644TF C 140
AF RR3C644JQ U 1
AF RR3DK78JQ U 1
BS 1 769 RR3C644JQ

RD RR3C644TF 430 0 0
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ATATGTCCAGAGCGGCAGATCTTAGATTGGGAGAGTATTGAAGAAGTCTTGAGACCAAAT
CAACAGCCTCCGGAGGCATGCGTTTGTGGAATATCTTGTGCCATGGATGAGCTTTAATCT
GAGGGAACTTGAATTCAGTGTAGTTAGGGTTCATGCACTTGATTTCTTCCCTAGTAGGCG
TTCCCAAAACCTTGATAATCTCCACAAGTTGATCAACACCACTCTCACCAG

QA 20 430 20 430
DS 

RD RR3C644JQ 769 0 0
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GTTAGGGTTCATGCACTTGATTTCTTCCCTAGTAGGCGTTCCCAAAACCTTGATAATCTC
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QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3DK78JQ 732 0 0
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TAAATATCAGATTGTGGATACAGCTTAAAGAGGGAGAGAGAGAGAAGCAGATTATAGAGT
TGTGTTTGTGCTACAATTAAGAGGGGGTTCTTTGAGGAAAAATCACAAACCGAGCCAAGG
ACACTGCTTCCTCGCATGCTCAGGTACTAACTTCGCTACAATCTCCACCGCCACACCTTT
CAGCTCGTGAGGCTTGAAGTTGAAAAGTGGTGGAAGGAAACGTCCGTTAGGCAGACGAGC
ATTTGGGTCTCTTAGCTCATCAAAGAATGGGTGGACCAATATGTCCAGAGCGGCAGATCT
TAGATTGGGAGAGTATTGAAGAAGTCTTGAGACCAAATCAACAGCCTCCGGAGGCATGCG
TTTGTGGAATATCTTGTGCCATGGATGAGCTTTAATCTGAGGGAACTTGAATTCAGTGTA
GTTAGGGTTCATGCACTTGATTTCTTCCCTAGTAGGCGTTCCCAAAACCTTGATAATCTC
CACAAGTTGATCAACACCACTCTCACCAGGGAACAATGGCTGTCCAAGCAAGAGCTCAGC
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AAGCTCAGGTGCTCTGTAATACCTCGAGCAAATGTATGAGATGTTTGGTTCCCCTTTCAC
CAATACTTT
CGC

QA 1 729 1 729
DS 



CO CL898Contig2 789 3 10 U
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TGGGTGGACCAATGTGTCCACAGCGGCGGATCTTAGATTGGGAGAGTATTGAAGAAGTCT
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CCTAGTAGGCGTTCCCAAAACCTTGATAATCTCTACAAGTTGATCAACACCACTCTCACC
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GCAAATGTATGAGATGTTTGGTTCTCCTTTCACCAATACTTTGGCACTTCCAAAATCACA
TAGCTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3DH30JQ U 1
AF RR3FI89TF C 14
AF RR3FI89JQ U 34
BS 1 216 RR3DH30JQ
BS 217 217 RR3FI89JQ
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BS 396 396 RR3FI89JQ
BS 397 467 RR3DH30JQ
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BS 469 648 RR3DH30JQ
BS 649 701 RR3FI89JQ
BS 702 702 RR3FI89TF
BS 703 789 RR3FI89JQ

RD RR3DH30JQ 648 0 0
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TTTTTCTCTACTAATACAACAAATAAAGGGAACATACATATCAGATTGTGGATACAACTA
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ATCTTTTGAGGAAAATCACAAACCGAGCCAAGGACACTGCTTCCTCGCATGCTCAGGTAC
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TGGTGGAAGGAAACGTCCGTTAGGCAGACGAGCATTTGGATCTCTTAGCTCATCAAAGAA
TGGGTGGACCAATGTGTCCACAGCGGCGGATCTTAAATTGGGAGAGTATTGAAGAAGTCT
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AGCTTTGATCTGAGGGAACTTGAATTCAGTGTAGTTAGGGTTCATGCACTTGATTTCTTC
CCTAGTAGGCGTTCCCAAAACCTTGATAATCTCTACAAGTTGATCAACACCACTCTCACC
AGGGAACAATGGCTGTCCAAGCAAGAGCTCAGCAAGAACACATCCTGC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3FI89TF 776 0 0
TTTTTTC
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AAATAAAGG*AACATACATATCAGATTGTGGATACAACTAGAGAGGGAGAGAGAGAGAAG
CAGATTATAGAGTTGTGTTTGTGCTACAATTAAGGGGGGGATCTTTTGAGGAAAATCACA
AACCGAGCCAAGGACAATGCTTCCTCGCATGCTCAGGTACTAACTTCGCTACAATCTCCA
CCGCCACACCTTTCAGCTCGTGAGGCTTGAAGTTGAAAAGTGGTGGAAGGAAACGTCCGT
TAGGCAGACGAGCATTTGGATCTCTTAGCTCATCAAAGAATGGGTGGACCAATGTGTCCA
CAGCGGCGGATCTTAGATTGGGAGAGTATTGAAGAAGTCTTGAGACCAAATCAACAGCCT
CCGGAGGCATGCGTTTGTGGAATATCTTGTGCCATGGATGAGCTTTGATCTGAGGGAACT
TGAATTCAGTGTAGTTAGGGTTCATGCACTTGATTTCTTCCCTAGTAGGCGTTCCCAAAA
CCTTGATAATCTCTACAAGTTGATCAACACCACTCTCACCAGGGAACAATGGCTGTCCAA
GCAAGAGCTCAGCAAGAACACATCCTGCAGACCAGACATCAATTGCTGTTGTGTACTCGG
TTGCTCCAAAAATAAGCTCAGGTGCTCTGTAATACCTCGAGCAAATGTATGAGATGTTTG
GTTCTCCTTTCACCAATACTTTGGCACTTCCAAAATCACATAGCT
CACC

QA 8 772 8 772
DS 

RD RR3FI89JQ 756 0 0
TT
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ACATATCAGATTGTGGATACAACTAGAGAGGGAGAGAGAGAGAAGCAGATTATAGAGTTG
TGTTTGTGCTACAATTAAGGGGGGGATCTTTTGAGGAAAATCACAAACCGAGCCAAGGAC
AATGCTTCCTCGCATGCTCAGGTACTAACTTCGCTACAATCTCCACCGCCACACCTTTCA
GCTCGTGAGGCTTGAAGTTGAAAAGTGGTGGAAGGAAACGTCCGTTAGGCAGACGAGCAT
TTGGATCTCTTAGCTCATCAAAGAATGGGTGGACCAATGTGTCCACAGCGGCGGATCTTA
GATTGGGAGAGTATTGAAGAAGTCTTGAGACCAAATCAACAGCCTCCGGAGGCATGCGTT
TGTGGAATATCTTGTGCCATGGATGAGCTTTGATCTGAGGGAACTTGAATTCAGTGTAGT
TAGGGTTCATGCACTTGATTTCTTCCCTAGTAGGCGTTCCCAAAACCTTGATAATCTCTA
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GAACACATCCTGCAGACCAGACATCAATTGCTGTTGTGTACTCGGTTGCTCCAAAAATAA
GCTCAG*TGCTCTGTAATACCTCGAGCAAATGTATGAGATGTTTGGTTCTCCTTTCACCA
ATACTTTGGCACTTCCAAAATCACATAGCTCACC

QA 3 756 3 756
DS 



AS 2 6

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AGCCCTGACTCGAAAATGCTGGAAGAAACCTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER65TF U 1
AF RR3D367TF U 5
BS 1 192 RR3ER65TF
BS 193 193 RR3D367TF
BS 194 258 RR3ER65TF
BS 259 274 RR3D367TF

RD RR3ER65TF 265 0 0
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TCTAGGAATGTTATCTACATCAAGAGGCAATTAGGCACTCACCTCTCTCAAGGATCATAC
AAGTTCCGAACTCACAGTCTTTCTTCACGTGTATCTGTCTCTAATAGCCAACCTTGTAGT
TGGTCGGTATTG*TTAATCGATCAACTGGTCCTAAAGGAAAGCTCGAAGCTTCTTTCTTG
AGCCCTGACTCGAAAATGT
TGGAAA

QA 1 259 1 259
DS 

RD RR3D367TF 270 0 0
GACTGCCTTCCTCTGTGT
AGGTGATGATGAGTTGTTATTCTCCAATCACAACATGTTCTAGGAATGTTATCTACATCA
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DS 



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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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G

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DS 



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BQ
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45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3EC09TF U 1
AF RR3AI14JQ C 188
AF RR3FM06TF U 1
AF RR3BF31TF U 7
AF RR3AI14TF U 7
AF RR3FM06JQ C 48
AF RR3EC09JQ C 121
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BS 386 386 RR3FM06TF
BS 387 628 RR3EC09TF
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BS 650 650 RR3AI14TF
BS 651 708 RR3FM06TF
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BS 710 777 RR3FM06TF
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TTTTCCAGCTGCGTTTCGCGGCTGTCGTGGCATCCGCCGCCGTATTGATCTTCCTTGTAT
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TACAGGCTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCG
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GCGCGAGGAAGAGTATGAGGAAACGCGATGTGATGGCGATGAACATGTTTTTAACTGCGG
CTGTGTCTGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTCAGGTTAATACGG
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TGATTAGATGATAAACTAACAAACATTTGTTACTTTCTCCAAAAAATACTAATTAATTTC
TTCTAAATGAAAAAAGAGAACAAAAAAA

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TGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTCAGGTTAATACGGTTCAAAA
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TATTTCGGGGAGCTGTTTGTTGATCATCATTCG

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T

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CTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCGGTAACC
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AACTATATTTAT

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DS 

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AAGTCGCGGAGGCATCGCGTATGATGAACATATGCTCTCACACTCCGTATCCATCTCTGT
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CTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCAGTAACC
AAGAGATCACGACATGTTATGAAACGCTTACCGATGCGCTTTATAATTTGGCAAGCGCGA
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ATTCAGCGGTTGATTTGAGGAAAACTGGCAGCAATTGCTTGACGTTGTCTACATTGATTA
GATGATAAACTAACAAACATTTGTTACTTTCTCCAAAAAATACTAATTAATTTCTTCTAA
ATGAAAAAAGAGAACAAAAAAA*TCGAACTAATGAAAAACAGGGTTTTTCTTTGTTGTTT
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AATTATATTTATCTTATGTAATTAATTGCTA

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DS 

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ACGTTATCTACATTGATTAGATGATAAACCAACAAACATTTGTTATTTTCTCCAAAAA*T
ACTAATTAATTTCTTCAAAATAAAAAAAGAGAACAAAAAAAATTGAACTAATGAAAAACG
GGTTTTTTCTTTGTTGTTTTTATTTCGGGGAGCTGTTTGTTGATCATCATTCGTCGTGTA
AACGCCACTGGGTATAATTAACTATATTTATCTTATGTAATTAATTGCTATTAGATTATT
TTTTCTTGTG*TAATTTCAATGATATGATAACTTT
CCG

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DS 

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TACAGGCTTTGGAGGCTAAGACAAGACTAGCTCTAACTGAAGCGGCCAGGTACAAAAGCG
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GCGCGAGGAAGAGTATGAGGAAACGCGATGTGATGGCGATGAACATGTTTTTAACTGCGG
CTGTGTCTGATTACGGTGTATGCGTTGAAGGGTTCATTGACAAGGGTCAGGTTAATACGG
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TGATTAGATGATAAACTAACAAACATTTGTTACTTTCTCCAAAAAATACTAATTAATTTC
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ATTTCAATGATATGATAACTTTTCC

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DS 



AS 1 5

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CATCATCTTCACCTTTATCTCCTCTTTCCTCGACGCCTTCTTCCAGTAATACGCTCCTGC
GAGTGGACTAAGAATGGTAATGAAGAACCAATTGTTTCCAAAATCAGGCAATGTAATGGT
TAAGACAAGACCCACACTTGCTAAACTTATACATGTACAGAACGTGAGCAAAGCAGCTTG
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AAAATTCTTCCTTGTGAAGAAAGAGAGAATCTCTCCAGCAACTTGCTTTGGCTCCTTCTT
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BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GC94JQ U 1
AF RR3CG61JQ U 2
AF RR3AC46JQ U 114
AF RR3AC46TF C 281
AF RR3CG61TF C 282
BS 1 202 RR3GC94JQ
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RD RR3GC94JQ 682 0 0
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AAAATTCTTCCTTGTGAAGAAAGAGAGAATCTCTCCAGCAACTTGCTTTGGCTCCTTCTT
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GTAGCTAGCCAAAGAGTAACCA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3CG61JQ 664 0 0
GG
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CATCTTCACCTTTATCTCCTCTTTCCTCGACGCCTTCTTCCAGTAATACGCTCCTGCGAG
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GACAAGACCCACACTTGCTAAACTTATACATGTACAGAACGTGAGCAAAGCAGCTTGTCC
TCTACTCGGAACCATTGTTCCTTCAAACGTGATTGTTTCTCCACGATCAGTGATGTTAAA
ATTCTTCCTTGTGAAGAAAGAGAGAATCTCTCCAGCAACTTGCTTTGGCTCTTTCTTGAC
GATTCCTTCTCCTTCGCTAACAACGAACGTCTTCCTCACTATCTTTGATTTAACGGAGCG
TTTGATGAGAGACCAAAGACCTGGAACTGAAATAACGAACAAACCCAATGACGTGTAGTA
GC

QA 3 664 3 664
DS 

RD RR3AC46JQ 672 0 0
ATCTCTCAAAGAGACCTTTAACATAAACCATGTCTTTCTCACTAAGCTGAAGGTCCTTCC
TCATTTCTTCAACCTGTACATCATCTCCCTGAACCACAACCTCACTCAGTGTCCCACTTT
CTCCCACCATCATCTTCACCTTTATCTCCTCTTTCCTCGACGCCTTCTTCCAGTAATACG
CTCCTGCGAGTGGACTAAGAATGGTAATGAAGAACCAATTGTTTCCAAAATCAGGCAATG
TAATGGTTAAGACAAGACCCACACTTGCTAAACTTATACATGTACAGAACGTGAGCAAAG
CAGCTTGTCCTCTACTCGGAACCATTGTTCCTTCAAACGTGATCGTTTCTCCACGATCAG
TGATGTTAAAATTCTTCCTTGTGAAGAAAGAGAGAATCTCTCCAGCAACTTGCTTTGGCT
CCTTCTTGACGATTCCTTCTCCTTCGCTAACAACGAACGTCTTCCTCACTATCTTTGATT
TAACGGAGCGTTTGATGAGAGACCAAAGACCTGGAACTGAAATAACGAACAAACCCAATG
ACGTGTAGTAGCTAGCCAACGAGTAACCACCACCAGTCTCCGCCATCAACAGTAACGAAC
TAGGGCTCTGTTCCCACCATTGATGAATCTGAACCGCCGATGAAGAAACAGCAGTTAGAG
GCTCCACAACCA

QA 1 672 1 672
DS 

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TTCCAGTAATACGCTCCTGCGAGTGGACTAAGAATGGTAATGAAGAACCAATTGTTTCCA
AAATCAGGCAATGTAATGGTTAAGACAAGACCCACACTTGCTAAACTTATACATGTACAG
AACGTGAGCAAAGCAGCTTGTCCTCTACTCGGAACCATTGTTCCTTCAAACGTGATCGTT
TCTCCACGATCAGTGATGTTAAAATTCTTCCTTGTGAAGAAAGAGAGAATCTCTCCAGCA
ACTTGCTTTGGCTCCTTCTTGACGATTCCTTCTCCTTCGCTAACAACGAACGTCTTCCTC
ACTATCTTTGATTTAACGGAGCGTTTGATGAGAGACCAAAGACCTGGAACTGAAATAACG
AACAAACCCAATGACGTGTAGTAGCTAGCCAACGAGTAACCACCACCAGTCTCCGCCATC
AACAGTAACGAACTAGGGCTCTGTTCCCACCATTGATGAATCTGAACCGCCGATGAAGAA
ACAGCAGTTAGAGGCTCCACAACCATGGCGGTAACAGGGGAGACTCTGTTTCGTTTCGTC
AAACAGTCTCTTCTCCTCCGTTTGATTACTACTACATCTCTTGAAGTCATCCATGGACAA
GACAGCGACGGAGAAAACAGCTTCGTCGTCGCCATCGTCGAGAGAGTC
TGTA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3CG61TF 669 0 0
TCCAGTAATACGCTC*TGCGAGTGGAATAAGAATGGTAATGAAGAACCAATTGTTTCCAA
AATCAGGCAATGTAATGGTTAAGACAAGACCCACACTTGCTAAACTTATACATGTACAGA
ACGTGAGCAAAGCAGCTTGTCCTCTACTCGGAACCATTGTTCCTTCAAACGTGATTGTTT
CTCCACGATCAGTGATGTTAAAATTCTTCCTTGTGAAGAAAGAGAGAATCTCTCCAGCAA
CTTGCTTTGGCTCTTTCTTGACGATTCCTTCTCCTTCGCTAACAACGAACGTCTTCCTCA
CTATCTTTGATTTAACGGAGCGTTTGATGAGAGACCAAAGACCTGGAACTGAAATAACGA
ACAAACCCAATGACGTGTAGTAGCTAGCCAACGAGTAACCACCACCAGTCTCCGCCATCA
ACAGTAACGAACTAGGGCTCTGTTCCCACCATTGATGAATCTGAACCGCCGATGAAGAAA
CAGCAGTTAGAGGCTCCACAACCATGGCGGTAACAGGGGAGACTCTGTTTCGTTTCGTCA
AACAGTCTCTTCTCCTCCGTTTGATTACTACTACATCTCTTGAAGTCATCCATGGACAAG
ACAGCGACGGAGAAAACAGCTTCGTCGTCGCCATCGTCGAGAGAGTCTCTATGGCTTCAA
AGACTTTCC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 7

CO CL902Contig1 1325 7 25 U
GGCCGAAAATCTCCACTACTCCCACAAACCCAATACAAGATCTCGACTCTCTCTTCTACG
AAGGAAGGAGGATCTCCCCCATGGCTGCTACAATACCTCGAATCTCAGAAAAACTCGCAC
CCAGACCTCACCGAGTGGTACAATTCGCTCGCAGATCTGTACCAGAAGAAGCTATGGCAC
CAGCTCACCCTCAAGCTCGAGCAGTTCATCGCTCTCTCCGTCTTTCAGGCTGGAGATGCT
TTGATACAGCTTTACAACAACTTCATAACCGACTTTGAGACGAAGATCAACCTCCTGAAA
CTAGCCCACTTCGCGGTCGTTGTCTCAAGGCAGTACCCTGAGAAAGAAGCTGCGGTTAGT
TATCTCCAGGGAGTGATTGAGAAGCTTAGAGCGACTAAGGAGTCGCGGATCAGTGAGCCT
GTCAGCTATGTAGAAACGCAGATAGCTTTGTTCAAGCTTGAGCAAGGTGACCAGAAGGAG
TGCAAGAAGATACTTGACGATGTTAAAAGCTCTCTCGATAGTATGACTGATATCGATCCG
TCGGTGTATGCCAACTTCTACTGGGTGTCTTCTCAGTACCATAAGTTCCGTCAGGAGTTT
TCTGATTTCTACAAGAATGCTCTTCTTTATCTTGCGTATACTTCTGTGGAGTCGCTCTCT
GAATCGTTCAAGCTGGACTTGGCTTTTGATCTGTCGCTGTCAGCTCTACTAGGAGAGAAT
ATTTACAACTTTGGGGAACTGTTAGCCCATCCAGTTCTGAAGAGTCTGCTTGGAACAAAT
GTGGAATGGCTTTACCACATTCTACAGGCGTTCAACCACGGTGATTTGGTTCAGTACCAA
GAACTCTGCCGTGTTCACAATGCAGCCTTGAGCGCACAACCAGCATTGGTTGAGAATGAG
AAGAAGCTGTTAGAGAAGATCAACATTCTCTGCCTTATTGAGATCATTTTCAGCCGACCA
GCTGAAGATAGGACAATACCGTTGAGTGTCATTGCTGAGCGTACTAAGCTCTCAATCGAA
GATGTTGAGCACCTTCTCATGAAGAGCTTATCCGTGCACTTGATAGAGGGGATAATAGAC
CAGGTGGATGGAACGGTGCATGTGTCATGGGCGCAACCGAGGGTGCTAGGGATACCGCAG
ATCAAGTCATTGAGGGATCAGCTAGATAGCTGGGTTGATAAGGTTCACACGACCTTGTTG
TCCGTTGAGGCTGAGACACCTGATCTTGTTGCAGTTTAAAACTCTTGTTTCTTCTTTGTT
TTCCTTTTGAGCTACAAGATTGTGTATCATTTTGCTGGATACTCTTAATGCAACTTCTTT
CCCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 10 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 

AF RR3EL90TF U 1
AF RR3CE86TF U 416
AF RR3GI28TF U 1055
AF RR3GI28JQ C 1055
AF RR3BA17JQ C 541
AF RR3EL90JQ C 596
AF RR3BA17TF U 541
BS 1 475 RR3EL90TF
BS 476 476 RR3CE86TF
BS 477 623 RR3EL90TF
BS 624 710 RR3CE86TF
BS 711 711 RR3BA17TF
BS 712 746 RR3CE86TF
BS 747 747 RR3BA17TF
BS 748 878 RR3CE86TF
BS 879 879 RR3BA17TF
BS 880 1055 RR3CE86TF
BS 1056 1056 RR3GI28TF
BS 1057 1058 RR3CE86TF
BS 1059 1059 RR3GI28TF
BS 1060 1064 RR3CE86TF
BS 1065 1065 RR3GI28TF
BS 1066 1070 RR3CE86TF
BS 1071 1071 RR3GI28TF
BS 1072 1117 RR3CE86TF
BS 1118 1118 RR3GI28TF
BS 1119 1119 RR3BA17TF
BS 1120 1283 RR3GI28TF
BS 1284 1285 RR3BA17TF
BS 1286 1310 RR3GI28TF
BS 1311 1323 RR3BA17TF
BS 1324 1325 RR3BA17JQ

RD RR3EL90TF 623 0 0
GGCCGAAAATCTCCACTACTCCCACAAACCCAATACAAGATCTCGACTCTCTCTTCTACG
AAGGAAGGAGGATCTCCCCCATGGCTGCTACAATACCTCGAATCTCAGAAAAACTCGCAC
CCAGACCTCACCGAGTGGTACAATTCGCTCGCAGATCTGTACCAGAAGAAGCTATGGCAC
CAGCTCACCCTCAAGCTCGAGCAGTTCATCGCTCTCTCCGTCTTTCAGGCTGGAGATGCT
TTGATACAGCTTTACAACAACTTCATAACCGACTTTGAGACGAAGATCAACCTCCTGAAA
CTAGCCCACTTCGCGGTCGTTGTCTCAAGGCAGTACCCTGAGAAAGAAGCTGCGGTTAGT
TATCTCCAGGGAGTGATTGAGAAGCTTAGAGCGACTAAGGAGTCGCGGATCAGTGAGCCT
GTCAGCTATGTAGAAACGCAGATAGCTTTGTTCAAGCTTGAGCAAGGTGACCAGAGGGAG
TGCAAGAAGATACTTGACGATGTTAAAAGCTCTCTCGATAGTATGACTGATATCGATCCG
TCGGTGTATGCCAACTTCTACTGGGTGTCTTCTCAGTACCATAAGTTCCGTCAGGAGTTT
TCTGATTTCTACAAGAATGCTCT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3CE86TF 702 0 0
G
GCCTGTCAGCTATGTAGAAACGCAGATAGCTTTGTTCAAGCTTGAGCAAGGTGACCAGAA
GGAGTGCAAGAAGATACTTGACGATGTTAAAAGCTCTCTCGATAGTATGACTGATATCGA
TCCGTCGGTGTATGCCAACTTCTACTGGGTGTCTTCTCAGTACCATAAGTTCCGTCAGGA
GTTTTCTGATTTCTACAAGAATGCTCTTCTTTATCTTGCGTATACTTCTGTGGAGTCGCT
CTCTGAATCGTTCAAGCTGGACTTGGCTTTTGATCTGTCGCTGTCAGCTCTACTGGGAGA
GAATATTTACAACTTTGGGGAACTGTTAGCTCATCCAGTTCTGAAGAGTCTGCTTGGAAC
AAATGTGGAATGGCTTTACCACATTCTACAGGCGTTCAACCACGGTGATTTGGTTCAGTA
CCAAGAACTCTGCCGTGTTCACAATGCAGCCTTGAGCGCACAGCCAGCATTGGTTGAGAA
TGAGAAGAAGCTGTTAGAGAAGATCAACATTCTCTGCCTTATTGAGATCATTTTCAGCCG
ACCAGCTGAAGATAGGACAATACCGTTGAGTGTCATTGCTGAGCGTACTAAGCTCTCAAT
CGAAGATGTTGAGCACCTTCTCATGAAGAGCTTATCCGTCCATTTGATTGAGGG*ATAAT
AGACCAGGTGGATGGAACGGTGCATGTGTCATGGGCGCAAC

QA 2 702 2 702
DS 

RD RR3GI28TF 257 0 0
G
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ACCTAGGGTGCTAGGGATACCGCAGATCAAGTCATTGAGGGATCAGCTAGATAGCTGGGT
TGATAAGGTTCACACGACCTTGTTGTCCGTTGAGGCTGAGACACCTGATCTTGTTGCAGT
TTAAAACTCTTGTTTCTTCTTTGTTTTCCTTTTGAGCTACAAGATTGT**ATCATTTTGC
TGGATACTCTTAATG
G

QA 2 256 2 256
DS 

RD RR3GI28JQ 252 0 0
G
GCACTTGATAGAGGGGATAATAGACCAGGTGGGTGGAACGGTGCATGTGTCATGGGCGCA
ACCTAGGGTGCTAGGGATACCGCAGATCAAGTCATTGAGGGATCAGCTAGATAGCTGGGT
TGATAAGGTTCACACGACCTTGTTGTCCGTTGAGGCTGAGACCCCTGATCTTGTTGCAGT
TTAAAACTCTTGTTTCTTCTTTGTTTTCCTTTTGAGCTACAAGATTGT**ATCATTTTGC
TGGATACTCTT

QA 2 252 2 252
DS 

RD RR3BA17JQ 785 0 0
G
CGGTGTATGCCAACTTCTACTGGGTGTCTTCTCAGTACCATAAGTTCCGTCAGGAGTTTT
CTGATTTCTACAAGAATGCTCTTCTTTATCTTGCGTATACTTCTGTGGAGTCGCTCTCTG
AATCGTTCAAGCTGGACTTGGCTTTTGATCTGTCGCTGTCAGCTCTACTAGGAGAGAATA
TTTACAACTTTGGGGAACTGTTAGCCCATCCAGTTCTGAAGAGTCTGCTTGGAACAAATG
TGGAATGGCTTTACCACATTCTACAGGCGTTCAACCACGGTGATTTGGTTCAGTACCAAG
AACTCTGCCGTGTTCACAATGCAGCCTTGAGCGCACAACCAGCATTGGTTGAGAATGAGA
AGAAGCTGTTAGAGAAGATCAACATTCTCTGTCTTATTGAGATCATTTTCAGCCGACCAG
CTGAAGATAGGACCATACCGTTGAGTGTCATTGCTGAGCGTACTAAGCTCTCAATCGAAG
ATGTTGAGCACCTTCTCATGAAGAGCTTATCTGTGCACTTGATAGAGGGGATAATAGACC
AGGTGGATGGAACGGTGCATGTGTCATGGGCGCAACCGAGGGTGCTAGGGATACCGCAGA
TCAAGTCATTGAGGGATCAGTTAGATAGCTGGGTTGATAAGGTTCACACGACCTTGTTGT
CCGTTGAGGCTGAGACACCTGATCTTGTTGCAGTTTAAAACTCTTGTTTCTTCTTTGTTT
TCCTTTTGAGCTACAAGATTGTGTATCATTTTGCTGGATACTCTTAATGCAACTTCTTTC
CCTT

QA 2 785 2 785
DS 

RD RR3EL90JQ 728 0 0
AGTTTTCTGATTTCTACAAGAATGCTCTTCTTTATCTTGCGTATACTTCTGTGGAGTCGC
TCTCTGAATTGTTCAAGCTGGACTTGGCTTTCGATCTGTCGCTGTCAGCTCTACTGGGAG
AGAATATTTACAACTTTGGGGAACTGTTAGCTCATCCAGTTCTGAAGAGTCTGCTTGGAA
CAAATGTGGAATGGCTTTACCACATTCTACAGGCGTTCAACCACGGTGATTTGGTTCAGT
ACCAAGAACTCTGCCGTGTTCACAATGCAGCCTTGAGCGCACAGCCAGCATTGGTTGAGA
ATGAGAAGAAGCTGTTAGAGAAGATCAACATTTTCTGCCTTATTGAGATCATTTTCAGCC
GACCAGCTGAAGATAGGACAATACCGTTGAGTGTCATTGCTGAGCGTACTAAGCTCTCAA
TCGAAGATGTTGAGCACCTTCTCATGAAGAGCTTATCCGTCCATTTGATTGAGGGAATAA
TAGACCAGGTGGATGGAACGGTGCATGTGTCATGGGCGCAACCGAGGGTGCTAGGGATAC
CGCAGATCAAGTCATTGAGGGATCAGCTAGATAGCTGGGTTGATAAGGTTCACACGACCT
TGTTGTCCGTTGAGGCTGAGACACCTGATCTTGTTGCAGTTTAAAACTCTTGTTTCTTCT
TTGTTTTCCTTTTGAGCTACAAGATTGTGTATCATTTTGCTGGATACTCTTAATGCAACT
TCTTTCCC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3BA17TF 785 0 0
G
CGGTGTATGCCAACTTCTACTGGGTGTCTTCTCAGTACCATAAGTTCCGTCAGGAGTTTT
CTGATTTCTACAAGAATGCTCTTCTTTATCTTGCGTATACTTCTGTGGAGTCGCTCTCTG
AATCGTTCAAGCTGGACTTGGCTTTTGATCTGTCGCTGTCAGCTCTACTAGGAGAGAATA
TTTACAACTTTGGGGAACTGTTAGCCCATCCAGTTCTGAAGAGTCTGCTTGGAACAAATG
TGGAATGGCTTTACCACATTCTACAGGCGTTCAACCACGGTGATTTGGTTCAGTACCAAG
AACTCTGCCGTGTTCACAATGCAGCCTTGAGCGCACAACCAGCATTGGTTGAGAATGAGA
AGAAGCTGTTAGAGAAGATCAACATTCTCTGTCTTATTGAGATCATTTTCAGCCGACCAG
CTGAAGATAGGACCATACCGTTGAGTGTCATTGCTGAGCGTACTAAGCTCTCAATCGAAG
ATGTTGAGCACCTTCTCATGAAGAGCTTATCTGTGCACTTGATAGAGGGGATAATAGACC
AGGTGGATGGAACGGTGCATGTGTCATGGGCGCAACCGAGGGTGCTAGGGATACCGCAGA
TCAAGTCATTGAGGGATCAGTTAGATAGCTGGGTTGATAAAGTTCACACGACCTTGTTGT
CCGTTGAG*CTGAGACACCTGATCTTGTTGCAGTTTAAAACTCTTGTTTCTTCTTTGTTT
TCCTTTTGAGCTACAAGATTGTGTATCATTTTGCTGGATACTCTTAATGCAACTTCTTTC
CC
TT

QA 2 783 2 783
DS 



AS 1 7

CO CL903Contig1 1026 7 8 U
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TCAGTCCCAACTAAATCATCTAGAAAAAACCCTCTTTGAGAAAAATCATCCAAAACAATG
TACTCTTCATTGTCTGTGTCAAAACGCCTCCTTTTGATCCATGTCTTGGCCATACAACTT
CTCCTTATAAGCAGTGAATTGCATTTAAACACGACCAATGCGTATCTCAACTACAAATGC
TTGGATAGTCAAGGAAAATACAAGCGGGGAAGTAGGTACGAGGAAATTTTAATATCTAAC
ACCAAAAGGTTCTATGTGGACAGTAGCCTTAGAAGAGCTTTCACCCTTTTCGGCTCTGAT
AAATTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGTGGAGACTCCTACGGGACCAAATGCCACGACTGC
TTTGCCACTGCCCTCGCTGCGCTTATTAGGAAATGTCCATGGTATAAGGGGAGGATAATA
TGGTATGACCAATGTCTTCTCACGTTTTCGTCCAATCATTCTACTGGAATGATCGATTAC
GACAATATCTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGTTGGGAGATAAGCTCGGGTTTGCAAGT
GTATGGAATACTCTCTTGGACAATCTTACGACTTTAGCTATCAGTCGAGTTAATTACACT
GAGCCAACAGCATTGTACTCTGTGGGGGAGACACGGTTCAAGGGTGATACAATTTATGGA
ATGGTGCAGTGTACCAAAGACATAGGACCAGAAGCTTGTGAAGAGTGTTTGGTTTTTAAT
AGGTTGCATTTTCAAGATTGCCTGAATGATAAACGAGGAGCGAGATTTGTCGGTGGAAGC
TGTACTTTTAGGTTTGAGTTTTATCCTTTTATTACCAAGCCGGTTCAAAATATTTAAAGA
CCTAAATATATATATTTTTTGTTTGATTTTTTCAATCATAAGCTTATGTAACATCAAGTG
CTACTTTTTGAAAGAATAAAACAACAGAATAATGATAGGATAAGATAATTCTCTCCTATC
TAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 

AF RR3E877TF U 39
AF RR3EI35TF U 1
AF RR3A526TF U 25
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AF RR3EI35JQ C 285
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GG
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G

QA 3 363 3 363
DS 

RD RR3EI35TF 691 0 0
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GTATGGAATACTCTCTTGGACAATCTTACGACTTTAGCTATCAGTCGAGTTAATTACACT
GAGCCAACAGCATTGTACTCTGTGGGGGAGA

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DS 

RD RR3A526TF 717 0 0
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ACACGGTTCAAGGGTGATACAATTTATGGAATGGTGCAGTGTGCCAAAGAC

QA 7 717 7 717
DS 

RD RR3A567TF 750 0 0
GG
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CTTTTGATCCATGTCTTGGCCATACAACTTCTCCTTATAAGCAGTGAATTGCATTTAAAC
ACGACCAATGCGTATCTCAACTACAAATGCTTGGATAGTCAAGGAAAATACAAGCGGGGA
AGTAGGTACGAGGAAATTTTAATATCTAACACCAAAAGGTTCTATGTGGACAGTAGCCTT
AGAAGAGCTTTCACCCTTTTCGGCTCTGATAAATTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGTGGA
GACTCCTACGGGACCAAATGCCACGACTGCTTTGCCACTGCCCTCGCTGCGCTTATTAGG
AAATGTCCATGGTATAAGGGGAGGATAATATGGTATGACCAATGTCTTCTCACGTTTTCG
TCCAATCATTCTACTGGAATGATCGATTACGACAATATCTTTTGTATGTCCAACGCGAAG
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QA 3 750 3 750
DS 

RD RR3EI35JQ 742 0 0
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CCTTTTCGGCTCTGATAAATTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGTGGAGACTCCTACGGGAC
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TAAGGGGAGGATAATATGGTATGACCAATGTCTTCTCACGTTTTCGTCCAATCATTCTAC
TGGAATGATCGATTACGACAATATCTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGTTGGGAGATAA
GCTCGGGTTTGCAAGTGTATGGAATACTCTCTTGGACAATCTTACGACTTTAGCTATCAG
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TATGTAACATCAAGTGCTACTTTTTGAAAGAATAAAACAACAGAATAATGATAGGATAAG
ATAATTCTCTCCTATCTAATCC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3A567JQ 663 0 0
TAAATTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGTGGAGACTCCTACGGGACCAAATGCCACGACTG
CTTTGCCACTGCCCTCGCTGCGCTTATTAGGAAATGTCCATGGTATAAGGGGAGGATAAT
ATGGTATGACCAATGTCTTCTCACGTTTTCGTCCAATCATTCTACTGGAATGATCGATTA
CGACAATATCTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGTTGGGAGATAAGCTCGGGTTTGCAAG
TGTATGGAATACTTTCTTGGACAATCTTACGACTTTAGCTATCAGTCGAGTTAATTACAC
TGAGCCAACAGCATTGTACTCTGTGGGGGAGACACGGTTCAAGGGTGATACAATTTATGG
AATGGTGCAGTGTACCAAAGACATAGGACCAGAAGCTTGTGAAGAGTGTTTGGTTTTTAA
TAGGTTGCATTTTCAAGATTGCCTGAATGATAAACGAGGAGCGAGATTTGTCGGTGGAAG
CTGTACTTTTAGGTTTGAGTTTTATCCTTTTATTACCAAGCCGGTTCAAAATATTTAAAG
ACCTAAATATATATATTTTTTGTTTGATTTTTTCAATCATAAGCTTATGTAACATCAAGT
GCTACTTTTTGAAAGAATAAAACAACAGAATAATGATAGGATGAGATAATTCTCTCCTAT
CTA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3E877JQ 691 0 0
GAAGAGCTTTCACCCTTTTCGGCTCTGATAAATTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGTGGAG
ACTCCTACGGGACCAAATGCCACGACTGCTTTGCCACTGCCCTCGCTGCGCTTATTAGGA
AATGTCCATGGTATAAGGGGAGGATAATATGGTATGACCAATGTCTTCTCACGTTTTCGT
CCAATCATTCTACTGGAATGATCGATTACGACAATATCTTTTGTATGTCCAACGCGAAGA
AGTTGGGAGATAAGCTCGGGTTTGCAAGTGTATGGAATACTCTCTTGGGCAATCTTACGA
CTTTAGCTATCAGTCGAGTTAATTACACTGAGCCAACAGCATTGTACTCTGTGGGGGAGA
CACGGTTCAAGGGTGATACAATTTATGGAATGGTGCAGTGTACCAAAGACATAGGACCAG
AAGCTTGTGAAGAGTGTTTGGTTTTTAATAGGTTGCATTTTCAAGATTGCCTGAATGATA
AACGAGGAGCGAGATTTGTCGGTGGAAGCTGTACTTTTAGGTTTGAGTTTTATCCTTTTA
TTACCAAGCCGGTTCAAAATATTTAAAGACCTAAATATATATATTTTTTGTTTGATTTTT
TCAATCATAAGCTTATGTAACATCAAGTGCTACTTTTTGAAAGAATAAAACAACAGAATA
ATGATAGGATAAGATAATTCTCTCCTATCTA

QA 1 691 1 691
DS 



AS 2 5

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TCTCCAAGAGGGAGCTTTGATTTGAATCTGAATTTTGATCAAAAGTTGGGTTTCCTGATA
ACAAGCCTAATCTTCGTGGTCGTTGGGATAATTGCTTCTCTGTGCGTTCGAATCTGCTTC
GCTAGAGGTCCCTCCACAAATCTGCTTCACTTCACCTTGGTCATTACTGCCACGGTCTGC
TGCTGGATGATGTGGGCGATTGTATACATTGCACAGATGAATCCTCTGATTGTCCCAATC
CTAAGCGAAACAGAGTAGCATCCTCTCACTCAAACTCACTCAGGCTATGCGCAAAGTGAG
TGGTAATACCGGGTTGCTTGCCTTCTTCTGCTTTCGATTCTTGTGTATCTTCAATCTTTT
AAATGGGTTTGTAATTCTGTTTCCTAGTGTGTGAACAAAATCCATAAACTTTTTGCCTCT
GTATTATTGGAAATTTCCATGTATTCTATTCCCAAAACAAGCTGAGATGCTCAAAACAAT
GTATTTGTTGTTGAAATAATGTCTTTGAGAGGGACGAGGTTTTATCCGTCCTTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3AZ27TF U 1
AF RR3AZ27JQ C 171
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RD RR3AZ27TF 598 0 0
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AAATGGGTTTGTAATTCTGTTTCCTAGTGTGTGAACAAAATCCATAAACTTTTTGCCTCT
GTATTATTGGAAATTTCCATGTATTCTATTCCCAAAACAAGCTGAGATGCTCAAAACAAT
GTATTTGTTGTTGAAATAATGTCTTTGAGAGGGACGAGGTTTTATCCGTCCTTTTA
CC

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3AZ27JQ 428 0 0
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TGTCCCAATCCTAAGCGAAACAGAGTAGCATCCTCTCACTCAAACTCACTCAGGCTATGC
GCAAAGTGAGTGGTAATACCGGGTTGCTTGCCTTCTTCTGCTTTCGATTCTTGTGTATCT
TCAATCTTTTAAATGGGTTTGTAATTCTGTTTCCTAGTGTGTGAACAAAATCCATAAACT
TTTTGCCTCTGTATTATTGGAAATTTCCATGTATTCTATTCCCAAAACAAGCTGAGATGC
TCAAAACAATGTATTTGTTGTTGAAATAATGTCTTTGAGAGGGACGAGGTTTTATCCGTC
CTTTTACC

QA 1 428 1 428
DS 



CO CL904Contig2 644 3 6 U
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TTCCTGATAACAAGCCTAATCTTCGTGGTCGTTGGGATAATTGCTTCTCTTTGTGTTCGA
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CTTTTTGCCTCTGTATTATTTAAAATTCCATGTATTCTATTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E725TF U 1
AF RR3BQ60JQ C 130
AF RR3BQ60TF U 130
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BS 424 424 RR3BQ60TF
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BS 481 624 RR3E725TF
BS 625 644 RR3BQ60TF

RD RR3E725TF 625 0 0
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GTCGCAATCCTAAGCGAAACAGAGTAGCATCCTCTCACTCAAACTCACTCAGACTATGCG
CAAAAGTGAGTAGTAATACCGGGTTGCTTACCTTCCTTCTTCTGTTTTCGATTCTTGTGT
ATCTTCAATCTTTTAAATGGTTTGTATTTCTGTTTCCTAGTGTGTGAACAAATCCATAAA
CTTTTTGCCTCTGTATTATTTAAA
T

QA 1 624 1 624
DS 

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QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3BQ60TF 515 0 0
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GCTAGAGGTCCCTCCACAAATCTGCTTCACTTCACCTTGGTCATTACTGCCACGGTCTGC
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TCTGTATTATTTAAAATTCCATGTATTCTATTCCC

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 6

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AAA*CTCTCACGACCGTTGTTTTACTTTTGTAAGGATTCTTGAATCAGAATCATTCTTGC
CTTTTGCATATTATATTTACTCTTCACCTTTTAATTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 15 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EC93JQ C 243
AF RR3G143TF U 1
AF RR3F218TF U 27
AF RR3EC93TF U 1
AF RR3EX83TF U 125
AF RR3EX83JQ C 125
BS 1 203 RR3EC93TF
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BS 757 758 RR3EX83TF
BS 759 775 RR3EC93TF
BS 776 776 RR3EX83TF
BS 777 794 RR3EC93TF
BS 795 877 RR3EX83JQ

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TCTTCTTCCCTTATCCCTCGCCATTTCAGTTCCGAATCAGTTGAGACCGTTGG***GAAG
AAGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATCGCAACTGGTCATGAAAAGGAGGAGCTTCAAGCT
GAACTTGAGGGGAGGAGGCTGCTCGACATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAG
GAATTTCCTGCTATCGTGAAGTTTTACTATGACAAGCGTATTGTGGGATGCCCTGGTGGT
GAAGGGGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTTTGGCTGGAGAAAGGAAGGTTTTTTGAA
TGCCCGGTTTGCACTCAGTACTTTGAGCTGGAAGTGGTTGGTCCAGGTGGGCCTCCTGAT
GGTCACGGTGATGAAGACGATGAGCACCACCGCTGATTCCGGCTTTTCCCTTGGGGGTGA
GTTTTGCTTTTTGTTTTTAGTATTTTTTGACTGGAATAAAAA*A

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR3G143TF 703 0 0
GGGTCCCAGAGGTCAACAGAGAAAAAGAGCATCGGTGAGAAGAGATTCGAGATTCGCTAA
TCCTTGGAGTTGGAGGGGTGACCTGAGATTCACGACACAAACACACAATCATAATCATGT
GGATAAGAATCGCCTCCTCTGGTCTCAAAACCCTAGCTTCCGATGTCGCCGCCGCTTCTC
CTCGCCGATCTATAGCCACCACCGTGAGACCCGTTGGCTTCTACCGATCAGCCAATCCCG
CTTCTTCTTCCCTTATCCCTCGCCATTTCAGTTCCGAATCAGTTGAGACCGTTGG***GA
AGAAGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATCGCAACTGGTCATGAAAAGGAGGAGCTTCAAG
CTGAACTTGAGGGGAGGAGGCTGCTCGACATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTA
AGGAATCTCCTGCTATCGTGAAGTCTTACTATGACAAGCGTATTGTGGGATGCCCTGGTG
GTGAAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTCTGGCTGGAGAAAGGAAAGTCTTTTG
AATGCCCGGTCTGTACTCAGTACTTTGAGCTGGAAGTGGTTGGTCCAGGTGGGCCTCCTG
ATGGTCACGGTGATGAAGACGATGAGCACCACCACTGATTCCCGCTTCTCCCTTGCGGCT
GAGTTTTGCTTTTTGTTTTTAGTATTTTTTGACTGGA
TAAAAA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3F218TF 736 0 0
GG
GCATCGGTGAGAAGAGATTCGAGATTCGCTAATCCTTGGAGTTGGAGGGGTGACCTGAGA
TTCACGACACAAACACACAATCATCATCATGTGGAGAAGAATCGTCTCCTCTGGTCTCAA
AACCCTAGCTTCCGATGTCGCCGCCGCTTCTCCTCGCCGATCTATAGCCACCACCGTGAG
ACCCGTTGGCTTCTACCGATCAGCCAATCCCGCTTCTTCTTCCCTTATCCCTCGCCATTT
CAGCTCCGAATCAGTTGAGACCGTTGTTGCGAAGAAGAGGGTGGAGGATGTTATGCCCAT
CGCAACTGGTCATGAAAAGGAGGAGCTTCAAGCTGAACTTGAGGGGAGGAGGCTGCTCGA
CATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGGAATCTCCTGCTATCGTGAAGTCTTA
CTATGACAAGCGTATTGTGGGATGCCCTGGTGGTGAAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGT
GTGGTTCTGGCTGGAGAAAGGAAAGTCTTTTGAATGCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGA
GCTGGAAGTGGTTGGTCCAGGTGGGCCTCCTGATGGTCACGGTGATGAAGACGATGAGCA
CCACCACTGATTCCGGCTTCTCCCTTGCGGCTGAGTTTTGCTTTTTGTTTTTAGTATTTT
T*GACTGGAATAAAAA*CATATTGCTGCTGGTGAA*CACAGTTGAA*TTGTTTTTGATCT
CTTGGGA
CAGCACT

QA 3 729 3 729
DS 

RD RR3EC93TF 807 0 0
GGGTCCCAGAGGTCAACAGAGAAAAAGAGCATCGGTGAGAAGAGATTCGAGATTCGCTAA
TCCTTGGAGTTGGAGGGGTGACCTGAGATTCACGACACAAACACACAATCATAATCATGT
GGAGAAGAATCGTCTCCTCTGGTCTCAAAACCCTAGCTTCCGATGTCGCCGCCGCTTCTC
CTCGCCGATCTATAGCCACCACC**GAGACCCGCTGGCTTCTACCGATCAGTCAATCTCG
CTTCTTCTTCCCTTATCCCTCGCCATTTCAGTTCCGAATCAGTTGAGACCGTTGG***GA
AGAAGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATCGCAACTGGTCATGAAAAGGAGGAGCTTCAAG
CTGAACTTGAGGGGAGGAGGCTGCTCGACATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTA
AGGAATCTCCTGCTATCGTGAAGTCTTACTATGACAAGCGTATTGTGGGATGCCCTGGTG
GTGAAGGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTCTGGCTGGAGAAAGGAAGGTCTTTTG
AATGCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAGCTGGAAGTGGTTGGTCCAGGTGGGCCTCCTG
ATGGTCACGGTGATGAAGACGATGAGCACCACCGCTGATTCCGGCTTCTCCCTTGCGGCT
GAGTTTTGCTTTTTGTTTTTAGTATTTTTTGACTGGAATAAAAA*CATATTGCTGCTGGT
GAA*CACAGTTGAA*TTGTTTT*GATCCCTTGGACA**GCACTTCGTTATCGGAA*TGCC
AAA*CTCTCACGAC
GTTGTTTACTTTT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3EX83TF 684 0 0
G
AGAATCGTCTCCTCTGGTCTCAAAACCCTAGCTTCCGATGTCGCCGCCGCTTCTCCTCGC
CGATCTATAGCCACCACCGTGAGACCCGTTGGCTTCTACCGATCAGCCAATCCCGCTTCT
TCTTCCCTTATCCCTCGCCATTTCAGTTCCGAATCAGTTGAGACCGTTGG***GAAGAAG
AAGGTGGAGGATGTTATGCCCATCGCAACTGGTCATGAAAAG*AGGAGCTTCAAGCTGAA
CTTGAGGGGAGGAGGCTGCTCGACATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGGAA
TCTCCTGCTATCGTGAAGTCTTACTATGACAAGCGTATTGTGGGATGCCCTGGTGGTGAA
GGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTCTGGCTGGAGAAAGGAAAGTCTTTTGAATGC
CCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAGCTGGAAGTGGTTGGTCCAGGTGGGCCTCCTGATGGT
CACGGTGATGAAGACGATGAGCACCACCACTGATTCCTGCTTCTCCCTTGCGGCTGAGTT
TTGCTTTTTGTTTTTAGTATTTTTTGACTGGAATAAAAAACATATTGCTGCTGGTGAAAC
ACAGTTGAAATTGTTTTTGATCCCTTGGGAACAGCACTTCGTTATCGGAAATGCCAAA*C
TCTCACGAC
CGTTGTTTTACTTT

QA 2 670 2 670
DS 

RD RR3EX83JQ 753 0 0
G
AGAATCGTCTCCTCTGGTCTCAAAACCCTAGCTTCCGATGTCGCCGCCGCTTCTCCTCGC
CGATCTATAGCCACCACCGTGAGACCCGTTGGCTTCTACCGATCAGCCAATCCCGCTTCT
TCTTCCCTTATCCCTCGCCATTTCAGTTCCGAATCAGTTGAGACCGTTGG***GAAGAAG
AAGGTGGAGGATGTTATGCCCATCGCAACTGGTCATGAAAAG*AGGAGCTTCAAGCTGAA
CTTGAGGGGAGGAGGCTGCTCGACATTGACTTCCCTGAAGGTCCTTTTGGAACTAAGGAA
TCTCCTGCTATCGTGAAGTCTTACTATGACAAGCGTATTGTGGGATGCCCTGGTGGTGAA
GGCGAGGATGAGCACGACGTTGTGTGGTTCTGGCTGGAGAAAGGAAAGTCTTTTGAATGC
CCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAGCTGGAAGTGGTTGGTCCAGGTGGGCCTCCTGATGGT
CACGGTGATGAAGACGATGAGCACCACCACTGATTCCTGCTTCTCCCTTGCGGCTGAGTT
TTGCTTTTTGTTTTTAGTATTTTTTGACTGGAATAAAAAACATATTGCTGCTGGTGAAAC
ACAGTTGAAATTGTTTTTGATCCCTTGGGAACAGCACTTCGTTATCGGAAATGCCAAAAC
TCTCACGACCGTTGTTTTACTTTTGTAAGGATTCTTGAATCAGAATCATTCTTGCCTTTT
GCATATTATATTTACTCTTCACCTTTTAATTT

QA 2 753 2 753
DS 



AS 1 6

CO CL906Contig1 768 6 16 U
GACTAAACAATTTGCTCGTTAGAGAAAAAACAAAACAACAAAACAATGGCAACTCAAGCC
GCCGGAATCTTTAGCTCCGCCGTGACAACTGCCGCAACCTCCGGCGTAAGAAAACTCCAC
TTTCTCACCGCAACCCACCGTCCGAGATCCCTCTCCTTCACCAAAACCGCAATCCGCGCC
GAGAAAACAGACTCCGCGGCTCCAGCCGCCGCCGTGAAAGAAGAAGCTCCGGTGGGATTC
ACGCCGCCGCAGCTAGACCCAAACACACCGTCTCCGATCTTCGCGGGAAGCACGGGGGGT
CTTCTCCGTAAGGCCCAGGTGGAAGAGTTCTACGTCATTACATGGAACTCGCCGAAAGAA
CAGATCTTTGAGATGCCGACAGGAGGTGCAGCGATCATGAGGGAAGGTCCGAACTTGCTG
AAGCTGGCGAGGAAAGAACAGTGTTTGGCTTTGGGGACAAGGCTTAGGTCAAAGTACAAG
ATCAACTACCAGTTTTACAGGGTGTTCCCTAATGGTGAGGTGCAGTATCTTCATCCTAAA
GACGGAGTTTATCCGGAGAAGGCGAACCCGGGAAGAGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGG
TCTATTGGGAAAAATGTTAGTCCCATTGAAGTTAAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGAT
TTGTAATATGTGAAAACATAAACCATGTAAGAAAGAAAAGAAATCACGCGGAGATGACTA
TGTGATGATTATTTTTAATGGGGTTTATGTTAATAATTTTGCTTGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3GT85TF U 12
AF RR3DT86TF U 15
AF RR3C495TF U 1
AF RR3GT85JQ C 12
AF RR3C495JQ C 103
AF RR3DT86JQ C 122
BS 1 26 RR3C495TF
BS 27 27 RR3GT85TF
BS 28 43 RR3C495TF
BS 44 44 RR3GT85TF
BS 45 89 RR3C495TF
BS 90 90 RR3GT85TF
BS 91 101 RR3C495TF
BS 102 102 RR3GT85TF
BS 103 156 RR3C495TF
BS 157 157 RR3GT85TF
BS 158 579 RR3C495TF
BS 580 580 RR3GT85TF
BS 581 586 RR3C495TF
BS 587 587 RR3GT85TF
BS 588 766 RR3C495TF
BS 767 768 RR3C495JQ

RD RR3GT85TF 669 0 0
GGG
CTCGTTAGAGAAAAAACAAAACAACAAAACAATGGCAACTCAAGCCGCCGGAATCTTTAG
CTCCGCCGTGACAACTGCCGCAACCTCCGGCGTTAGAAAACTCCACTTTCTCACCACAAC
CCACCGTCCGAGATCCCTCTCCTTCACCAAAACCGCAATCCGCGCCGAGAAAACAGACTC
CGCCGCTCCAGCCGCCGCCGTGAAAGAAGAAGCTCCGGTGGGATTCACGCCGCCGCAGCT
AGACCCAAACACACCGTCTCCGATCTTCTCGGGAAGCACGGGGGGTCTTCTCCGTAAGGC
CCAGGTGGAAGAGTTCTACGTCATTACATGGAACTCGCCCAAAGAACAGATCTTTGAGAT
GCCGACAGGAGGTGCAGCGATCATGAGGGAAGGTCCGAACCTGCTGAAGCTAGCGAGGAA
AGAACAGTGTTTGGCTTTGGGGACAAGGCTTAGGTCAAAGTACAAGATCAACTACCAGTT
TTACAGGGTGTTCCCTAATGGTGAGGTGCAGTATCTTCATCCTAAAGACGGAGTTTATCC
GGAGAAGGCGAACCCGGGAAGAGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGGTCTATTGGGAAAAA
TGTTAGTCCCATTGAAGTTAAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATTTGTAATATGTGAA
AACATA

QA 4 669 4 669
DS 

RD RR3DT86TF 684 0 0
CTCGTTAGAGAATAAACAAAACAACAAAATAATGGCAACTCAAGCCGCCGGAATCTTTAG
CTCCGCCGTGACAACCGCCGCAACCTCGGGCGTAAGAAAACTCCACTTTCTCACCGCAAC
CCACCGTCCGAGATCCCTCTCCTTCACCAAAACCGCAATCCGCGCCGAGAAAACAGACTC
CGCGGCTCCAGCCGCCGCCGTGAAAGAAGAAGCTCCGGTGGGATTCACGCCGCCGCAGCT
AGACCCAAACACACCGTCTCCGATCTTCGCGGGAAGCACGGGGGGTCTTCTCCGTAAGGC
CCAGGTGGAAGAGTTCTACGTCATTACATGGAACTCTCCGAAAGAACAGATCTTTGAGAT
GCCGACAGGAGGTGCAGCGATCATGAGGGAAGGTCCGAACTTGCTGAAGCTGGCGAGGAA
AGAACAGTGTTTGGCTTTGGGGACAAGGCTTAGGTCAAAGTACAAGATCAACTACCAGTT
TTACAGGGTGTTCCCTAATGGTGAGGTGCAGTATCTTCATCCTAAAGACGGAGTTTATCC
GGAGAAGGCGAACCCGGGAAGAGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGGTCTATTGGGAAAAA
TGTTAGTCCCATTGAAGTTAAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATTTGTAATATGTGAA
AACATAAACCATGTAAGAAAGAAA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3C495TF 766 0 0
GACTAAACAATTTGCTCGTTAGAGAATAAACAAAACAACAAAATAATGGCAACTCAAGCC
GCCGGAATCTTTAGCTCCGCCGTGACAACCGCCGCAACCTCGGGCGTAAGAAAACTCCAC
TTTCTCACCGCAACCCACCGTCCGAGATCCCTCTCCCTCACCAAAACCGCAATCCGCGCC
GAGAAAACAGACTCCGCGGCTCCAGCCGCCGCCGTGAAAGAAGAAGCTCCGGTGGGATTC
ACGCCGCCGCAGCTAGACCCAAACACACCGTCTCCGATCTTCGCGGGAAGCACGGGGGGT
CTTCTCCGTAAGGCCCAGGTGGAAGAGTTCTACGTCATTACATGGAACTCGCCGAAAGAA
CAGATCTTTGAGATGCCGACAGGAGGTGCAGCGATCATGAGGGAAGGTCCGAACTTGCTG
AAGCTGGCGAGGAAAGAACAGTGTTTGGCTTTGGGGACAAGGCTTAGGTCAAAGTACAAG
ATCAACTACCAGTTTTACAGGGTGTTCCCTAATGGTGAGGTGCAGTATCTTCATCCTAAA
GACGGAGTTTATCCGGAGAAGGCGAACCCGGGAAGAGAAAGTGTTGTTCAGAATATGAGG
TCTATTGGGAAAAATGTTAGTCCCATTGAAGTTAAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGAT
TTGTAATATGTGAAAACATAAACCATGTAAGAAAGAAAAGAAATCACGCGGAGATGACTA
TGTGATGATTATTTTTAATGGGGTTTATGTTAATAATTTTGCTTGT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3GT85JQ 725 0 0
GGG
CTCGTTAGAGAAAAAACAAAACAACAAAACAATGGCAACTCAAGCCGCCGGAATCTTTAG
CTCCGCCGTGACAACTGCCGCAACCTCCGGCGTTAGAAAACTCCACTTTCTCACCACAAC
CCACCGTCCGAGATCCCTCTCCTTCACCAAAACCGCAATCCGCGCCGAGAAAACAGACTC
CGCCGCTCCAGCCGCCGCCGTGAAAGAAGAAGCTCCGGTGGGATTCACGCCGCCGCAGCT
AGACCCAAACACACCGTCTCCGATCTTCTCGGGAAGCACGGGGGGTCTTCTCCGTAAGGC
CCAGGTGGAAGAGTTCTACGTCATTACATGGAACTCGCCCAAAGAACAGATCTTTGAGAT
GCCGACAGGAGGTGCAGCGATCATGAGGGAAGGTCCGAACCTGCTGAAGCTAGCGAGGAA
AGAACAGTGTTTGGCTTTGGGGACAAGGCTTAGGTCAAAGTACAAGATCAACTACCAGTT
TTACAGGGTGTTCCCTAATGGTGAGGTGCAGTATCTTCATCCTAAAGACGGAGTTTATCC
GGAGAAGGCGAACCCGGGAAGAGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGGTCTATTGGGAAAAA
TGTTAGTCCCATTGAAGTTAAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATTTGTAATATGTGAA
AACATAAACCATGTAAGAAAGAAAAGAAATCACGTGGAGATGACTATGTGATGATAATTT
TT

QA 4 725 4 725
DS 

RD RR3C495JQ 666 0 0
GGCGTAAGAAAACTCCACTTTCTCACCGCAACCCACCGTCCGAGATCCCTCTCCCTCACC
AAAACCGCAATCCGCGCCGAGAAAACAGACTCCGCGGCTCCAGCCGCCGCCGTGAAAGAA
GAAGCTCCGGTGGGATTCACGCCGCCGCAGCTAGACCCAAACACACCGTCTCCGATCTTC
GCGGGAAGCACGGGGGGTCTTCTCCGTAAGGCCCAGGTGGAAGAGTTCTACGTCATTACA
TGGAACTCGCCGAAAGAACAGATCTTTGAGATGCCGACAGGAGGTGCAGCGATCATGAGG
GAAGGTCCGAACTTGCTGAAGCTGGCGAGGAAAGAACAGTGTTTGGCTTTGGGGACAAGG
CTTAGGTCAAAGTACAAGATCAACTACCAGTTTTACAGGGTGTTCCCTAATGGTGAGGTG
CAGTATCTTCATCCTAAAGACGGAGTTTATCCGGAGAAGGCGAACCCGGGAAGAGAAGGT
GTTGTTCAGAATATGAGGTCTATTGGGAAAAATGTTAGTCCCATTGAAGTTAAGTTTACT
GGGAAACAAAGTTATGATTTGTAATATGTGAAAACATAAACCATGTAAGAAAGAAAAGAA
ATCACGCGGAGATGACTATGTGATGATTATTTTTAATGGGGTTTATGTTAATAATTTTGC
TTGTAG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3DT86JQ 612 0 0
TTCTCACCGCAACCCACCGTCCGAGATCCCTCTCCTTCACCAAAACCGCAATCCGCGCCG
AGAAAACAGACTCCGCGGCTCCAGCCGCCGCCGTGAAAGAAGAAGCTCCGGTGGGATTCA
CGCCGCCGCAGCTAGACCCAAACACACCGTCTCCGATCTTCGCGGGAAGCACGGGGGGTC
TTCTCCGTAAGGCCCAGGTGGAAGAGTTCTACGTCATTACATGGAACTCTCCGAAAGAAC
AGATCTTTGAGATGCCGACAGGAGGTGCAGCGATCATGAGGGAAGGTCCGAACTTGCTGA
AGCTGGCGAGGAAAGAACAGTGTTTGGCTTTGGGGACAAGGCTTAGGTCAAAGTACAAGA
TCAACTACCAGTTTTACAGGGTGTTCCCTAATGGTGAGGTGCAGTATCTTCATCCTAAAG
ACGGAGTTTATCCGGAGAAGGCGAACCCGGGAAGAGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGGT
CTATTGGGAAAAATGTTAGTCCCATTGAAGTTAAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATT
TGTAATATGTGAAAACATAAACCATGTAAGAAAGAAAAGAAATCACGTGGAGATGACTAT
GTGATGAT
TATT

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 6

CO CL907Contig1 929 6 2 U
ATCGAAGAAGAAGCTTCTTGAGGCTTCTTTGAATGTTATAAAGTAATAATAATCTTTGAA
TTTCAAGAGAGTGTTGTTGTGATGATAATACAAAATGTCTTTTTCGTTGTGAACACTATA
AGAGTTCTCTCTACACATTGTTGTACGATGACAATATTCAAATCATTAGACAAGACTTAG
CTCATCTGAAGGAGAAAGCTTCTTGTTTAGCTCAGCTAGTTCTTCACCGGCGTCACAGAT
GTACGACGAAGCTTGTCTCCCTGACAACGTCGCTCCTTCCATACTATCTATGTAATCCTG
CTTTGTGTAGGAACCAGCGAGGAAGAAGTTCTTTACAGGAGTCTTCTGATCAGGTCTGAA
TGGATCTTTGCCTGGTGCTTCACGGTACAGAGACTGAGCTATTTTGACAACTGATGACCA
TGTGATTTCTAGACCACGCGACGATGGAAACAGCTCTGTGACCTGCATTGCTACTTTCTC
TATGATCTTCTCATTCGGTAATCGCATGTAGGGATCACCTGGAGTTAAAACGCATTGAAG
CAGAGAGCCTTGTCCTTCAATGTAATAATCAGCAGGCGAAGCGAGCGCAAGATCCGCAAA
GCATGAGAAATCAGCATCAGGAGTGTAGAGAAGGTTATCTAAACCAACCGCTCGTTTCAA
CTGCCTGGAAAGTTCAATGTCGTGTAACTCAGTGACCCAGCCATTGTATCTGAGCTGCAC
CGTACAGACCGGTACTCCCTCTAGTTCGTATATATCGTTGAAGAAACGAGATTCTCGCCA
TTCTTTGGGAAGTAGCCTTTTGATTCCCGGTACATCACATGCTGCAACATACACACTAGC
TTTCACAATCTTCTTGTCCGTAGCTTGGAAACGCTAGTCTGTGAAAAAGTTTCTCCATCT
GCTGATTTATCATAAAGTATCTCCTGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G333JQ U 40
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BS 1 805 RR3BE72JQ
BS 806 929 RR3G378JQ

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TTTTTCGTTGTGAACACTATAAAAGTTCTCTCTACACATTGTTGTACGATGACAATATTC
AAATCATT

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DS 

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TTCCATACTATCTATGTAATCCTGCTTTGTGTAGGAACCAGCGAGGAAGAATTCCTTTAC
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QA 1 170 1 170
DS 

RD RR3FY10JQ 478 0 0
GCTAT
AAAGTAATAATAATCTTTGAATTTCAAGAGAGTGTTGTTGTGATGATAATACAAAATGTC
TTTTTCGTTGTGAACACTATAAGAGTTCTCTCTACACATTGTTGTACGATGACAATACTC
AAATCATTAGACAAGACTTAGCTCATCTGAAGGAGAAAGTTTCTTGTTTAGCTCAGCTAG
TTCTTCACCGGCGTCACAGATGTACGACGAAGCTTGTCTCCCTGACAACGTCGCTCCTTC
CATACTATCTATGTAATCCTGCTTTGTGTAGGAACCAGCGAGGAAGAAGTTCTTTACAGG
AGTCTTCTGATCAGGTCTGAATGGATCTTTGCCTGGTGCTTCACGGTACAGAGACTGAGC
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GACCTGCATTGCTACTTTCTCTATGATCTTCTCATTCGGTAATCGCATGTAGG

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DS 

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CTGTTAT
AAAGTAATAATAATCTTTGAATTTCAAGAGAGTGTTGTTGTGATGATAATACAAAATGTC
TTTTTCGTTGTGAACACTATAAGAGTTCTCTCTACACATTGTTGTACGATGACAATATTC
AAATCATTAGACAAGACTTAGCTCATCTGAAGGAGAAAGCTTCTTGTTTAGCTCAGCTAG
TTCTTCACCGGCGTCACAGATGTACGACGAAGCTTGTCTCCCTGACAACGTCGCTCCTTC
CATACTATCTATGTAATCCTGCTTTGTGTAGGAACCAGCGAGGAAGAAGTTCTTTACAGG
AGTCTTCTGATCAGGTCTGAATGGATCTTTGCCTGGTGCTTCACGGTACAGAGACTGAGC
TATTTTGACAACTGATGACCATGTGATTTCTAGACCACGCGACGATGGAAACAGCTCTGT
GACCTGCATTGCTACTTTCTCTATGATCTTCTCATTCGGTAATCGCATGTAGGGATCACC
TGGAGTTAAAACGCATTGAAGCAGAGAGCCTTGTCCTTCAATGTAATAATCAGCAGGCGA
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TAAACCAACCGCTCGTTTCAACTGCCTGGAAAGTTCAATGTCGTGTAACTCAGTGACCCA
GCCATTGTATCTGAGCTGCACCGTA

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DS 

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AGAGTTCTCTCTACACATTGTTGTACGATGACAATATTCAAATCATTAGACAAGACTTAG
CTCATCTGAAGGAGAAAGCTTCTTGTTTAGCTCAGCTAGTTCTTCACCGGCGTCACAGAT
GTACGACGAAGCTTGTCTCCCTGACAACGTCGCTCCTTCCATACTATCTATGTAATCCTG
CTTTGTGTAGGAACCAGCGAGGAAGAAGTTCTTTACAGGAGTCTTCTGATCAGGTCTGAA
TGGATCTTTGCCTGGTGCTTCACGGTACAGAGACTGAGCTATTTTGACAACTGATGACCA
TGTGATTTCTAGACCACGCGACGATGGAAACAGCTCTGTGACCTGCATTGCTACTTTCTC
TATGATCTTCTCATTCGGTAATCGCATGTAGGGATCACCTGGAGTTAAAACGCATTGAAG
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GCATGAGAAATCAGCATCAGGAGTGTAGAGAAGGTTATCTAAACCAACCGCTCGTTTCAA
CTGCCTGGAAAGTTCAATGTCGTGTAACTCAGTGACCCAGCCATTGTATCTGAGCTGCAC
CGTACAGACCGGTACTCCCTCTAGTTCGTATATATCGTTGAAGAAACGAGATTCTCGCCA
TTCTTTGGGAAGTAGCCTTTTGATT

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DS 

RD RR3G378JQ 865 0 0
C
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CTGAAGGAGAAAGCTTCTTGTTTAGCTCAGCTAGTTCTTCACCGGCGTCACAGATGTACG
ACGAAGCTTGTCTCCCTGACAACGTCGCTCCTTCCATACTATCTATGTAATCCTGCTTTG
TGTAGGAACCAGCGAGGAAGAAGTTCTTTACAGGAGTCTTCTGATCAGGTCTGAATGGAT
CTTTGCCTGGTGCTTCACGGTACAGAGACTGAGCTATTTTGACAACTGATGACCATGTGA
TTTCTAGACCACGCGACGATGGAAACAGCTCTGTGACCTGCATTGCTACTTTCTCTATGA
TCTTCTCATTCGGTAATCGCATGTAGGGATCACCTGGAGTTAAAACGCATTGAAGCAGAG
AGCCTTGTCCTTCAATGTAATAATCAGCAGGCGAAGCGAGCGTAAGATCCGCAAAGCATG
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TGGAAAGTTCAATGTCGTGTAACTCAGTGACCCAGCCATTGTATCTGAGCTGCACCGTAC
AGACCGGTACTCCCTCTAGTTCGTATATATCGTTGAAGAAACGAGATTCTCGCCATTCTT
TGGGAAGTAGCCTTTTGATTCCCGGTACATCACATGCTGCAACATACACACTAGCTTTCA
CAATCTTCTTGTCCGTAGCTTGGAAACGCTAGTCTGTGAAAAAGTTTCTCCATCTGCTGA
TTTATCATAAAGTATCTCCTGCAC

QA 2 865 2 865
DS 



AS 1 5

CO CL908Contig1 1154 5 13 U
AATACAAATAAAAGCGATCTTAATATCATTTGACGCGTTTACAGATGTCACAAAGTTCTA
CATTAATATTTTCACAAATTTATACAAAGTCTACCCAAACCACATTACAGAAAACAGAGT
AAGCAAGATAGCAAAGATATTACAACCAACAGAAAAACTTTATTAAGAAGGTTATGTTGA
TGAATCACTATCCTTCAATAAGTCATCCATTTGCTTCACTTGATCATCACAGTCCCTTAC
TTTATGTTCTGCTGCGTCAACATCTTTCTTCTTAGCATTATTATCATTTTCAATGACATG
AACATCATACACAATCGCTTCTTGATCATCATCATCATCATCATCAATGTGCTTGTAAGT
CTCAAGTTCCTTCTCAAGAAAATGCTTTTCCCTCTCCCTTTTGAATAAAATCTCCTTGAG
AATATTCATCTCTACCTCATCATATGCAAATTTCTCCTCAATCATTCTCTCATACTGCTT
CCCTTCCATTTCAAGTGAAGCTTTATCAGCTTGTAACCTCAGAATCATAGCCATGGCTTC
ATCAGCTGCTGACGCTGAAGCCGCTCTTTCTTCCTCCAATTCCACGATTAGAGCAGATCG
AGCCAACCTCTCTTCCTCAACAGCTTCTTCAAGCAATCTCACCTTATTCATTAATTCCAA
GTTCTTATCTTTACCAACCGAACTCTTTCTCTCTTATTCTTGGTCTTGATGATGCCAAAC
GCTTGTTCTACTGGCAACGGCCATCTTCTGGATTCGGAGTATGATCTAGAATGGCAAGTC
AAAGAGAAGTTTATGGACGTTTTGGTACCCAAGCATTCCAGAAGAGGGACAAGGTAAATA
GAGTAAGAACTTGGACGCAATAAAGACCAAAGCTGATACACATAATAGACAATAAGCAAA
TGCTAATTCAAGAAAAGCAACCAAGATTCCAGTAAACGTTATCCGATAACTTTCAGGGTA
GTCCATTTTTTTTGTTTCACTCTTTCGATCAATAGCCAGATCTTTCAGGAATCTGAAATC
TCAGCGTCTGAATATGAAACCAAATCTGATGATCTGTAAAAAAAAACTCAAACTGGGAAA
AAAAGTCAAAGAAGAGAGGGACGGGAAGAAATAGCAGGAGCTATGGCTTGTGTAGCTTCG
AATAAGAGTCTTCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F321JQ U 1
AF RR3BZ74JQ U 1
AF RR3DP11JQ U 62
AF RR3GF03TF C 291
AF RR3DP11TF C 447
BS 1 57 RR3BZ74JQ
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BS 59 595 RR3BZ74JQ
BS 596 635 RR3GF03TF
BS 636 636 RR3DP11TF
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BS 638 639 RR3DP11TF
BS 640 695 RR3GF03TF
BS 696 696 RR3DP11TF
BS 697 767 RR3GF03TF
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BS 769 1033 RR3GF03TF
BS 1034 1154 RR3DP11TF

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CGTTAATACAAATAA
GATCTTAATATCATTTGATGCGTTTACAGATGTCACAAAGTTCTACATTAATATTTTCAC
AAATTTATACAAAGTCTACCCAAACCACATTACAGAAAACAGAGTAAGCAAGAGAGTAAA
GATATTACAACCAACAGAAAAACCTTATTAGGAAGGTTATGTTGATGAATCACAATCCTT
CAATAAGTCATCCATCTGCTTCACCTGATCATCACAGTCCCTTACTTTGTGTTCTGCTGC
GTCAACATCTTTCTTCTTAGCATTATTATCATTCTCAATGACATGAACATCATACACAAT
CGCTTCTTGATCATCATCATCATCATCATCAATGTGCTTGTAAGTCTCAAGTTCCTTCTC
AAGAAAATGCTTTTCCCTCTCCCTTTTGATTAAAATCTCCTTGAAAATATTCATCTCTTC
CTCATCAAATGCAAATTTCTCCTCAATCATTCTCTCATACTGCTTCCCTTCCATTTCAAG
TGAAGCTTT

QA 16 504 16 504
DS 

RD RR3BZ74JQ 595 0 0
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CATTAATATTTTCACAAATTTATACAAAGTCTACCCAAACCACATTACAGAAAACAGAGT
AAGCAAGATAGCAAAGATATTACAACCAACAGAAAAACTTTATTAAGAAGGTTATGTTGA
TGAATCACTATCCTTCAATAAGTCATCCATTTGCTTCACTTGATCATCACAGTCCCTTAC
TTTATGTTCTGCTGCGTCAACATCTTTCTTCTTAGCATTATTATCATTTTCAATGACATG
AACATCATACACAATCGCTTCTTGATCATCATCATCATCATCATCAATGTGCTTGTAAGT
CTCAAGTTCCTTCTCAAGAAAATGCTTTTCCCTCTCCCTTTTGAATAAAATCTCCTTGAG
AATATTCATCTCTACCTCATCATATGCAAATTTCTCCTCAATCATTCTCTCATACTGCTT
CCCTTCCATTTCAAGTGAAGCTTTATCAGCTTGTAACCTCAGAATCATAGCCATGGCTTC
ATCAGCTGCTGACGCTGAAGCCGCTCTTTCTTCCTCCAATTCCACGATTAGAGCA

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3DP11JQ 526 0 0
ATTAATATTTTCACAAATTTATACAAAGTCTACCCAAACCACATTACAGAAAACAGAGTA
AGCAAGATAGCAAAGATATTACAACCAACAGAAAAACTTTATTAAAAAGGTTATGTTGAT
GAATCACTATCCTTCAATAAGTCATCCATTTGCTTCACTTGATCATCACAGTCCCTTACT
TTATGTTCTGCTGCGTCAACATCTTTCTTCTTAGCATTATTATCATTTTCAATGACATGA
ACATCATACACAATCGCTTCTTGATCATCATCATCATCATCATCAATGTGCTTGTAAGTC
TCAAGTTCCTTCTCAAGAAAATGCTTTTCTCTCTCCCTTTTGAATAAAATCTCCTTGAGA
ATATTCATCTCTACCTCATCATATGCAAATTTCTCCTCAATCATTCTCTCATACTGCTTC
CCTTCCATTTCAAGTGAAGCTTTATCAGCTTGTAACCTCAGAATCATAGCCATGGCTTCA
TCAGCTGCTGACGCTGAAGCCGCTCTTTCTTCCTCCAATTCCACGA

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR3GF03TF 744 0 0
CAATGACATGAACATCATACACAATCGCTTCTTGATCATCATCATCATCATCA***ATGT
GCTTGTAAGTCTCAAGTTC*TTCTCAAGAAAATGCTTTTCCCTCTCCCTTTTGAATAAAA
TCTCCTTGAGAATATTCATCTCTACCTCATCATATGCAAATTTCTCCTCAATCATTCTCT
CATACTGCTTCCCTTCCATTTCAAGTGAAGCTTTATCAGCTTGTAACCTCAGAATCATAG
CCATGGCTTCATCAGCTGCTGACGCTGAAGCCGCTCTTTCTTCCTCCAATTCCACGATTA
GAGCAGATCGAGCCAACCTCTCTTCCTCAACAGCTTCTTCAAGCATT**CACCTTATTCA
TTAATTCCAAGTTCTTATCTTTACCAACCGAACTCTTTCTCTCTTCTTCTTGGTCTTGAT
GATGCCAAACGCTTGTTCTACTGGCAACGGCCATCTTCTGGATTCGGAGTATGATCTCGA
ATGGCAAGTCAAAGAGAAGTTTATGGACGTTTTGGTACCCAAGCATTCCAGAAGAGGGAC
AAGGTAAATAGAGTAAGAACTTGGACGCAATAAAGACCAAAGCTGATACACATAATAGAC
AATAAGCAAATGCTAATTCAAGAAAAGCAACCAAGATTCCAGTAAACGTTATCCGATAAC
TTTCAGGGTAGTCCATTTTTTTTGTTTCACTCTTTCGATCAATAGCCAGATCTTTCAGGA
ATCTGAAATCTCAGCGTCTGAAT
C

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3DP11TF 708 0 0
CAAATTTCTC*TCAATCATTCTCTCATACTGCTTCCCTTCCATTTCAAGTGAAGCTTTAT
CAGCTTGTAACCTCAGAATCATAGCCATGGCTTCATCAGCTGCTGACGCTGAAGCCGCTC
TTTCTTCCTCCAATTCCACGATTAGAGCAGATCGAGCCAACCTCTCTTCCTCAACAGCTT
CTTCAAGCAATCTCACCTTATTCATTAATTCCAAGTTCTTATCTTTACCAACCGAACTCT
TTCTCTCTTATTCTTGGTCTTGATGATGCCAAACGCTTGTTCTACTGGCAACGGCCATCT
TCTGGATTCGGAGTATGATCTAGAATGGCAAGTCAAAGAGAAGTTTATGGACGTTTTGGT
ACCCAAGCATTCCAGAAGAGGGACAAGGTAAATAGAGTAAGAACTTGGACGCAATAAAGA
CCAAAGCTGATACACATAATAGACAATAAGCAAATGCTAATTCAAGAAAAGCAACCAAGA
TTCCAGTAAACGTTATCCGATAACTTTCAGGGTAGTCCATTTTTTTTGTTTCACTCTTTC
GATCAATAGCCAGATCTTTCAGGAATCTGAAATCTCAGCGTCTGAATATGAAACCAAATC
TGATGATCTGTAAAAAAAAACTCAAACTGGGAAAAAAAGTCAAAGAAGAGAGGGACGGGA
AGAAATAGCAGGAGCTATGGCTTGTGTAGCTTCGAATAAGAGTCTTCC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 4

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AGGGGGTGTTCCGTTTCATTTCTCTTATTCTTTCTTGGTAACGAAAGGTTCGTTTCCCAA
TTCTTATCTATCAAGCACACATCATAAT*CGTCTTATTCCGATTTAAGATTTACTTTTGT
TCCGATAGATCAGATTCATTTCCTGAATCTGTATATAAAAAAATTCTTTGACAAGAGGAA
GAAATCTCCGGTTCCAACAGGAAGAATGGGTTCAGAACAGAATGATAGTACGAGCTTCAC
ACAATCATCAGAGCCGAAGCTGTGTGCAAACGGATGTGGTTTCTTCGGTTCGCCATCAAA
CATGGATCTGTGTTCGAAATGCTACAGAGACATATGCGCAGAGGAAGCTCAATCAGCTGT
TGCAAAAGCTGCTGTTGAGAAATCTTTCAAGCCTCCTACCCTCTTCGTAGCCGAGCCGGA
TGTGGCAGAGAAGGCAGTTGCCGCTGCTGCTGTTCTTGTGGTGGCCGAGCCATCTTCTTC
TGCTGCAGTTCCTGAACAGAACGAACCGTCTAAACTACCTGCGAGGCCTAACCGGTGTCT
ATGTTGCAACAAGAAGGTTGGGATACTTGGTTTCAAGTGCAAATGCGGGAGCACTTTCTG
TGGCGAACACCGGTACCCTGAGAGACATGATTGCAACTTTGATTTTAAAGAAGCTGGGCG
TGGTGAGATTGCAAAAGCCAATCCGGTTATTAAAGCTGATAAGCTTCAAAGGTTCTGAAG
ATTTGTATTGTTGGAAAAGGCCTCTATGGTGTTTGGTCTCTTTTCTTTCTTTTAACTCAA
ATTGTACTTGAACGGAATTGGGTTTCTAGTGGAATGTTTCCAAAGGGGGTAAGATGATGA
ATTTGGTTTTATAATAAAAGTGGATCTATCAAGTTTGGTTTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL90TF U 1
AF RR3DA88TF U 6
AF RR3DF07TF U 104
AF RR3DL90JQ C 33
BS 1 554 RR3DL90TF
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BS 741 772 RR3DF07TF
BS 773 885 RR3DL90JQ

RD RR3DL90TF 554 0 0
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TTCTTATCTATCAAGCACACATCATAAT*CGTCTTATTCCGATTTAAGATTTACTTTTGT
TCCGATAGATCAGATTCATTTCCTGAATCTGTATATAAAAAAATTCTTTGACAAGAGGAA
GAAATCTCCGGTTCCAACAGGAAGAATGGGTTCAGAACAGAATGATAGTACGAGCTTCAC
ACAATCATCAGAGCCGAAGCTGTGTGCAAACGGATGTGGTTTCTTCGGTTCGCCATCAAA
CATGGATCTGTGTTCGAAATGCTACAGAGACATATGCGCAGAGGAAGCTCAATCAGCTGT
TGCAAAAGCTGCTGTTGAGAAATCTTTCAAGCCTCCTACCCTCTTCGTAGCCGAGCCGGA
TGTGGCAGAGAAGGCAGTTGCCGCTGCTGCTGTTCTTGTGGTGGCCGAGCCATCTTCTTC
TGCTGCAGTTCCTGAACAGAACGAACCGTCTAAACTACCTGCGAGGCCTAACCGGTGTCT
ATGTTGCAACAAGA

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3DA88TF 709 0 0
GG
GTTCCGTTTCATTTCTCTTATTCTTTCTTGGTAACGAAAGGTTCGTTTCCCAATTCTTAT
CTATCAAGCACACATCATAATACGTCTTATTCCGATTTAAGATTTACTTTTGTTCCGATA
GATCAGATTCATTTCCTGAATCTGTATATAAAAAAATTCTTTGACAAGAGGAAGAAATCT
CCGGTTCCAACAGGAAGAATGGGTTCAGAACAGAATGATGGCACGAGCTTCACACAATCA
TCAGAGCCGAAGCTGTGTGCAAACGGATGTGGTTTCTTCGGTTCGCCATCAAACATGGAT
CTGTGTTCGAAATGCTACAGAGACATATGCGCAGAGGAAGCTCAATCAGCTGTTGCAAAA
GCTGCTGTTGAGAAATCTTTCAAGCCTCCTACCCTCTTCGTAGCCGAGCCGGATGTGGCA
GAGAAGGCAGTTGCCGCTGCTGCTGTTCTTGTGGTGGCCGAGCCATCTTCTTCTGCTGCA
GTTCCTGAACAGAACGAACCGTCTAGACTACCTGCGAGGCCTAACCGGTGTCTATGTTGC
AACAAGAAGGTTGGGATACTCGGTTTCAAGTGCAAATGCGGGAGCACTTTCTGTGGCGAA
CACCGGTACCCTGAGAGACATGATTGCAACTTTGATTTTAAAGAAGCTGGGCGTGGTGAG
ATTGCAAAAGCCAATCCG*TTATTAAAGCTGATAAGCTTCAAAG
TTC

QA 3 706 3 706
DS 

RD RR3DF07TF 672 0 0
G
TAAGATTTACTTTTGTTCCGATAGATCAGATTCATTTCCTGAATCTGTATATAAAAAAAT
TCTTTGACAAGAGGAAGAAATCTCCGGTTCCAACAGGAAGAATGGGTTCAGAACAGAATG
ATAGCACGAGCTTCACACAATCATCAGAGCCGAAGCTGTGTGCAAACGGATGTGGTTTCT
TCGGTTCGCCATCAAACATGGATCTGTGTTCGAAATGCTACAGAGACATATGCGCAGAGG
AAGCTCAATCAGCTGTTGCAAAAGCTGCTGTTGAGAAATCTTTCAAGCCTCCTACCCTCT
TCGTAGCCGAGCCGGATGTGGCAGAGAAGGCAGTTGCCGCTGCTGCTGTTCTTGTGGTGG
CCGAGCCATCTTCTTCTGCTGCAGTTCCTGAACAGAACGAACCGTCTAAACTACCTGCGA
GGCCTAACCGGTGTCTATGTTGCAACAAGAAGGTTGGGATACTTGGTTTCAAGTGCAAAT
GCGGGAGCACTTTCTGTGGCGAACACCGGTACCCTGAGAGACATGATTGCAACTTTGATT
TTAAAGAAGCTGGGCGTGGTGAGATTGCAAAAGCCAATCCGGTTATTAAAGCTGATAAGC
TTCAAAGGTTCTGAAGATTTGTATTGTTGGAAAAG*CCTCTATGGTGTTTGGTCTCTTTT
CTTTCTTT
AAC

QA 2 669 2 669
DS 

RD RR3DL90JQ 853 0 0
TCTTGGTAACGAAAGGTTCGTT*CCCAATTCTTATCTATCAAGCACACATCATAAT*CGT
CTTATTCCGATTTAAGATTTACTTTTGTTCCGATAGATCAGATTCATTTCCTGAATCTGT
ATATAAAAAAATTCTTTGACAAGAGGAAGAAATCTCCGGTTCCAACAGGAAGAATGGGTT
CAGAACAGAATGATAGTACGAGCTTCACACAATCATCAGAGCCGAAGCTGTGTGCAAACG
GATGTGGTTTCTTCGGTTCGCCATCAAACATGGATCTGTGTTCGAAATGCTACAGAGACA
TATGCGCAGAGGAAGCTCAATCAGCTGTTGCAAAAGCTGCTGTTGAGAAATCTTTCAAGC
CTCCTACCCTCTTCGTAGCCGAGCCGGATGTGGCAGAGAAGGCAGTTGCCGCTGCTGCTG
TTCTTGTGGTGGCCGAGCCATCTTCTTCTGCTGCAGTTCCTGAACAGAACGAACCGTCTA
AACTACCTGCGAGGCCTAACCGGTGTCTATGTTGCAACAAGAAGGTTGGGATACTTGGTT
TCAAGTGCAAATGCGGGAGCACTTTCTGTGGCGAACACCGGTACCCTGAGAGACATGATT
GCAACTTTGATTTTAAAGAAGCTGGGCGTGGTGAGATTGCAAAAGCCAATCCGGTTATTA
AAGCTGATAAGCTTCAAAGGTTCTGAAGATTTGTATTGTTGGAAAAGGCCTCTATGGTGT
TTGGTCTCTTTTCTTTCTTTTAACTCAAATTGTACTTGAACGGAATTGGGTTTCTAGTGG
AATGTTTCCAAAGGGGGTAAGATGATGAATTTGGTTTTATAATAAAAGTGGATCTATCAA
GTTTGGTTTCTCT

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 6

CO CL910Contig1 873 6 15 U
GGGCACCGAACCAAATAAAAGATGAAAAGCAGTTTCCTCTTCATCGTTGTTCTCTCTCTC
TCCTCAATCTTCATTCCCTCTCTGATCGCTACTTTCTGCAACGACGACGACGACATGGCC
ATGCCCGG*AGCCGTTCGCGATGTACCTTCTAACCAGAACAGTGGCGAGGTCGAGAGCCT
CGCTCGCTTCGCTGTCGATGAGCATAACAAGAAAGAGAATGCACTGCTAGAGTTTGGGAG
AGTGGTGAAGGCGAAAGAGCAAGTTGTGGCGGGAACGCTGCACCACCTGACTCTGGAGAT
CATAGAGGCTGGGAAGAAGAA*GCTTTACGAAGCTAAAGTGTGGGTGAAGCCTTGGTTGA
ACTTCAAGGAGTTACAGGAGTTCAAGCCTGCTAGTAGTGGTGATGGTGGTGCCTCTACTA
CCAATACCATCACTCCCTCCGATCTTGGCTGCAAGAAAGGTGAGCTTGAATCTGGATGGA
GGGAAGTTCCAGGAGATGATCCTGAAGTGCAGCACGTTGCTGATCACGCTGTCAAGACCA
TACAGCAGAGGTCTAACTCCTTGTTCCCTTATGAACTCCAGGAGGTTGTTCACGCTAACG
CTGAGGTCACCGGGGAGGCTGCAAAGTACAACATGCTTCTCAAGTTGAAGAGAGGAGAGA
AGGAGGAGAAGTTCAAGGTGGAGGTTCACAAGAACCATGAAGGTGTTCTTCATCTCAACC
ACATGGAGCAACACCATGACTAGTTCTCTTCTCCTCTCCTCTGCTTATGTAATATTTTGA
CTGTTTGCTTGCTTTGTAAGATATTTTAACTTCTGATGCAACTACTAAACCCTTAAAATA
ACATACCAGAAGGAATAAATTAAAAGTTAGTCC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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AF RR3DG09TF U 23
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G
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GTGGTGCCTCTACTACCAATACCATCACTCCCTCCGATCTTGGCTGCAAGAAAGGTGAGC
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TAA
ACCCTT

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CCCTTAAATACATACC

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CATGCCCGGGAGCCGTTCGCGATGTACTTTCTAACCAGAACAGTGGCGAGGTCGAGAGCC
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GAGTGGTGAAGGCGAAAGAGCAAGTTGTGGCGGGAACGCTGCACCACCTGACTCTGGAGA
TCATAGAGGCTGGGAAGAAGAA*GCTTTACGAAGCTAAAGTGTGGGTGAAGCCTTGGTTG
AACTTCAAGGAGTTACAGGAGTTCAAGCCTGCTAGTAGTGGTGATGGTGGTGCCTCTACT
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ATACAGCAGAGGTCTAACTCTTTGTTCCCTTATGAGCTTCAGGAGGTTGTTCATGCTAAC
GCTGAGGTCACCGGGGAGGCTGCAAAGTACAACATGCTTCTCAAGTTGAAGAGAGGAGAG
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CACATGGAGCAACACCATGACTAGTTCTCTTCTCCTCTCCTCTGCTTATGTAATATTTTG
ACTGTTTGCTTGCTTTGTAAGATATTTTAACTTCTGATGCAACTACTAAACCCTTAAAAT
AACATACCAGAAGGAATAAATTAAAAGTTAGTCC

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DS 



AS 1 4

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TCAGACCTCCTCCTGTCCGAACAAAATTCGAGATTTTTTTTCTCTTGTTTGAGAGTCAAG
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BQ
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AF RR3GK09TF U 1
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AF RR3CO62TF U 94
AF RR3BQ37TF U 109
BS 1 262 RR3GK09TF
BS 263 263 RR3EM83TF
BS 264 513 RR3GK09TF
BS 514 514 RR3EM83TF
BS 515 596 RR3GK09TF
BS 597 597 RR3EM83TF
BS 598 625 RR3GK09TF
BS 626 626 RR3CO62TF
BS 627 680 RR3GK09TF
BS 681 703 RR3EM83TF
BS 704 725 RR3CO62TF
BS 726 726 RR3BQ37TF
BS 727 792 RR3CO62TF
BS 793 793 RR3BQ37TF
BS 794 845 RR3CO62TF
BS 846 881 RR3BQ37TF

RD RR3GK09TF 680 0 0
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TCAGACCTCCTCCTGTCCGAACAAAATTCGAGATTTTTTTTCTCTTGTTTGAGAGTCAAG
AGAGACTAAGGAAGAAGGAGAAGAATAAGATCGGAGATATCGAAGGTTTTTGACTTTCTC
TCACAACCCAAATCAAATCAATAGTGAGAGATTA*GCTATTGGATT*GGATATGTCGAGC
TTAGCTGCTTCGTTGGTCACTGTGGTTGGCCTGAGACCGCAAAGGTCGCTTCTTTACCAG
CCCACTTCCTTTCCTTCCTCCAGAAGGAACACTCACGGTGCTGTTAAGGCCTCAGCTCGG
GTTGATAAGTTCTCAAAAACCGATATCATTGTTTCTCCATCGATTCTATCTGCCAACTTC
TCCAAATTGGGCGAGCAGGTAAAAGATGTGGAGTTAGCAGGTTGTGATTGGATTCACGTT
GATGTGATGGATGGTCGTTTTGTTCCCAACATT*CTATTGGGCCGCTAGTGGTTGACGCT
CTGCGCCCTGTTACAGATCTTCCATTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCTGATCAG
AGAGTGCCTGATTTCATCAAAGCAG*TGCAGATATAGTTAGTGTACATTGTGAGCAGTCC
TCTACCATCCATTTACACCG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3EM83TF 643 0 0
GG
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AGACTAAGGAAGAAGGAGAAGAATAAGATCGGAGATATCGAAGGTTTTTGACTTTCTCTC
ACAACCCAAATCAAATCAATAGTGAGAGATTA*GCTATTGGATT*GGATATGTCGAGCTT
AGCTGCTTCGTTGGTCACTGGGGTTGGCCTGAGACCGCAAAGGTCGCTTCTTTACCAGCC
CACTTCCTTTCCTTCCTCCAGAAGGAACACTCACGGTGCTGTTAAGGCCTCAGCTCGGGT
TGATAAGTTCTCAAAAACCGATATCATTGTTTCTCCATCGATTCTATCTGCCAACTTCTC
CAAATTGGGCGAGCAGGTAAAAGATGTGGAGTTAGCAGGTTGTGATTGGATTCACGTTGG
TGTGACGGATGGTCGTTTTGTTCCCAACATTACTATTGGGCCGCTAGTGGTTGACGCTCT
GCGCCCTGTTACAGATCTTCCATTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGAACCTGAGCAGAG
AGTGCCTGATTTCATCAAAGCAG*TGCAGATATAGTTAGTGTACATTGTGAGCAGTCCTC
TACCATCCATTTACACCGTACAGTCAACCAAATTAAAAGCT

QA 3 643 3 643
DS 

RD RR3CO62TF 753 0 0
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GAGATATCGAAGGTTTTTGACTTTCTCTCACAACCCAAATCAAATCAATAGTGAGAGATT
A*GCTATTGGATT*GGATATGTCGAGCTTAGCTGCTTCGTTGGTCACTGGGGTTGGCCTG
AGACCGCAAAGGTCGCTTCTTTACCAGCCCACTTCCTTTCCTTCCTCCAGAAGGAACACT
CACGGTGCTGTTAATGCCTCAGCTCGGGTTGATAAGTTCTCAAAAACCGATATCATTGTT
TCTCCATCGATTCTATCTGCCAACTTCTCCAAATTGGGCGAGCAGGTAAAAGATGTGGAG
TTAGCAGGTTGTGATTGGATTCACGTTGATGTGATGGATGGTCGTTTTGTTCCCAACATT
ACTATTGGGCCGCTAGTGGTTGACGCTCTGCGCCCTGTTACAGATCTTCCATTGGATGTT
CATCTTATGATAGTGGAACCTGAGCAGAGAGTGCCTGATTTCATCAAAGCAGGTGCAGAT
ATAGTTAGTGTACATTGTGAGCAGTCCTCTACCATCCATTTACACCGTACAGTCAACCAA
ATTAAAAGCTTGGGAGCTAAAGCTGGAGTTGTGCTTAATCCTGGCACTCCATTGACTGCA
ATCGAATATGTATTAGACTGTGTTGATCTGATCTTGATA*TGTCTGTGAACCCTGGGTTT
GGTGGGCAGAGCTTTATCGAAAGCCAAGTGAAG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3BQ37TF 773 0 0
GG
GAGAGTCAAGAGAGACTAAGGAAGAAGAAGAAGAA***GATCGGAGATATCGAAGGTTTT
*GACTTTCTCTCACAACCCAAATCAAATCAATAGTGAGAGATTAAGCTATTGGATTTGGA
TATGTCGAGCTTAGCTGCTTCGTTGGTCACTGGGGTTGGCCTGATACCGCAAAGGTCGCT
TCTTTACCAGCCTACTTCCTTTCCTTCCTCCAGAAGGAACACTCACGGTGCTGTTAAGGC
CTCTGCTCGGGTCGATAAGTTCTCAAAAACCGATATCATTGTTTCTCCATCGATTCTATC
TGCCAACTTCTCCAAATTGGGCGAGCAGGTAAAAGCTGTGGAGTTAGCAGGTTGTGATTG
GATTCATGTTGATGTGATGGATGGTCGTTTTGTTCCCAACATTACTATTGGACCGCTAGT
GGTCGACACTCTGCGCCCTGTTACAGATCTTCCGTTGGATGTTCATCTTATGATAGTGGA
ACCTGAGCAGAGAGTGCCTGATTTCATCAAAGCAGGTGCAGATATAGTTAGTGTACATTG
TGAGCAGTCCTCTACCATCCATTTACACCGTACAGTCAACCAAATTAAAAGCTTGGGAGC
TAAAGCTGGAGTTGTCCTTAATCCTGGCACTCCATTGACTGCAATTGAATATGTATTAGA
CTGTGTTGATCTGATCTTGATAATGTCTGTGAACCCTGGGTTTGGTGGGCAGAGCTT*AT
CGAAAGC*AAGTGAGAAAATAGCAGACTTGAGAGATGTGTGTGGAGCTGGA

QA 3 773 3 773
DS 



AS 1 7

CO CL912Contig1 966 7 10 U
GGAACTCTGTCTTAAGCCAATCTCTCTGTCTCTCCCTCTTTTTCTCTGAGCTCAGAGAGA
GAAATGGCAGCTTCAACACTAACACTTCCCTGCTTCAAACTCTACGATCAACCAACCCTC
CTCCTTCGCTGCAACAAATCATCTAACCAAACACTTCTTAGATTCAACTTGTCGCCTCCA
AAGCCTCTCTTGATCTCCTCACGTGACAACAACAGTTCTCAGCGATTCAAAGCCCTGCCG
GAGACCATTGCCGTCAAACAGGACGACACGACTGCTGATGACGACAATCCTCCTGCGACC
ATCAACACTAAGCTCTACTTCGGGAACCTGCCTTACAATGTTGACAGTGCAACACTCGCT
CAGATCATCCAAGACTTCGCTAACCCCGAGCTCGTCGAGGTTCTTTACAACAGAGACACA
GGACAGAGTCGTGGGTTCGCCTTTGTGACAATGAGCAACGTGGAAGACTGCAACGTCATC
ATCGAGAACCTTGATGGAACTGAGTATCTTGGTAGGACTTTGAAGGTGAACTTTGCAGAC
AAACCAAAACCAAACAAAGAACCTCTGTATCCAGAAACAGAGTACAAGCTGTTTGTTGGT
AACTTGTCGTGGACAGTCACTTCGGAGTCATTAGCTGGAGCGTTTCGAGAGTGCGGAGAA
GTGGTTGGTGCCAGAGTTGTGTACGATGGAGACACAGGGAAGTCGAGAGGTTATGGCTTT
GTATGTTACTCCTCCAAAGCTGAAATGGAAACCGCTCTTGAGTCGCTGGATGGGCTTGAG
CTGGAGGGTCGGGCCATTCGAGTAAACCTGGCTCAGGGGAAGAAATACTGATACCTTGAA
ATAACATTTTGAGATTTTCATCGTTAGAGATTATGTTTCAATTTGAACTAAAAAAAAATC
AATATATTTTGTATGGTTTAAGGTTTGGTAGTAACTAATATAATCAGCACCAATCCAAAT
CCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 20 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 
45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC69TF U 1
AF RR3DE21TF U 46
AF RR3GG09TF U 46
AF RR3G141TF U 92
AF RR3FC69JQ C 179
AF RR3DE21JQ C 399
AF RR3GG09JQ C 273
BS 1 262 RR3FC69TF
BS 263 264 RR3DE21TF
BS 265 698 RR3FC69TF
BS 699 699 RR3GG09TF
BS 700 721 RR3FC69TF
BS 722 771 RR3DE21TF
BS 772 779 RR3GG09TF
BS 780 817 RR3G141TF
BS 818 956 RR3FC69JQ
BS 957 966 RR3GG09JQ

RD RR3FC69TF 721 0 0
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GAAATGGCAGCTTCAACACTAACACTTCCCTGCTTCAAACTCTACGATCAACCAACCCTC
CTCCTTCGCTGCAACAAATCATCTAACCAAACACTTCTTAGATTCAACTTGTCGCCTCCA
AAGCCTCTCTTGATCTCCTCACGTGACAACAACAGTTCTCAGCGATTCAAAGCCCTGCCG
GAGACCATTGCCGTCAAACAGG**GACACGACTGCTGATGACGACAATCCTCCTGCGACC
ATCAACACTAAGCTCTACTTCGGGAACCTGCCTTACAATGTTGACAGTGCAACACTCGCT
CAGATCATCCAAGACTTCGCTAACCCCGAGCTCGTCGAGGTTCTTTACAACAGAGACACA
GGACAGAGTCGTGGGTTCGCCTTTGTGACAATGAGCAACGTGGAAGACTGCAACGTCATC
ATCGAGAACCTTGATGGAACTGAGTATCTTGGTAGGACTTTGAAGGTGAACTTTGCAGAC
AAACCAAAACCAAACAAAGAACCTCTGTATCCAGAAACAGAGTACAAGCTGTTTGTTGGT
AACTTGTCGTGGACAGTCACTTCGGAGTCATTAGCTGGAGCGTTTCGAGAGTGCGGAGAA
GTGGTTGGTGCCAGAGTTGTGTACGATGGAGACACAGG*AAGTCGAGAGGTTATGGCTTT
G

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3DE21TF 726 0 0
GG
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CTTGTCGCCTCCAAAGCCTCTCTTGATCTCCTCACGTGACAACAACAGTTCTCAGCGATT
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TCCTCCTGCGACCATCAACACTAAGCTCTACTTCGGGAACCTGCCTTACAATGTTGACAG
TGCAACACTCGCTCAGATCATCCAAGACTTCGCTAACCTCGAGCTCGTCGAGGTTCTTTA
CAACAGAGACACAGGACAGAGTCGTGGGTTCGCCTTTGTGACAATGAGCAACGTGGAAGA
CTGCAACGTCATCATCGAGAACCTTGATGGAACTGAGTATCTTGGTAGGACTTTGAAGGT
GAACTTTGCAGACAAACCAAAACCAAACAAAGAACCTCTGTATCCAGAAACAGAGTACAA
GCTGTTTGTTGGTAACTTGTCGTGGACAGTCACTTCGGAGTCATTAGCTGGAGCGTTTCG
AGAGTGCGGAGAAGTGGTTGGTGCCAGAGTTGTGTACGATGGAGACACAGG*AAGTCGAG
AGGTTATGGCTTTGTATGTTACTCCTCCAAAGCTGAAATGGAAACCGCTCTTGAGTCGCT
GGAT

QA 3 726 3 726
DS 

RD RR3GG09TF 734 0 0
GG
GAGCTCAGAGAGAGAAATGGCAGCTTCAACACTAACACTTCCCTGCTTCAAACTCTACGA
TCAACCAACCCTCCTCCTTCGCTGCAACAAATCATCTAACCAAACACTTCTTAGATTCAA
CTTGTCGCCTCCAAAGCCTCTCTTGATCTCCTCACGTGACAACAACAGTTCTCAGCGATT
CAAAGCCCTGCCGGAGACCATTGCCGTCAAACAGGACGACACGACTGCTGATGACGACAA
TCCTCCTGCGACCATCAACACTAAGCTCTACTTCGGGAACCTGCCTTACAATGTTGACAG
TGCAACACTCGCTCAGATCATCCAAGACTTCGCTAACCCCGAGCTCGTCGAGGTTCTTTA
CAACAGAGACACAGGACAGAGTCGTGGGTTCGCCTTTGTGACAATGAGCAACGTGGAAGA
CTGCAACGTCATCATCGAGAACCTTGATGGAACTGAGTATCTTGGTAGGACTTTGAAGGT
GAACTTTGCAGACAAACCAAAACCAAACAAAGAACCTCTGTATCCAGAAACAGAGTACAA
GCTGTTTGTTGGTAACTTGTCGTGGACAGTCACTTCGGAGTCATTAGCTGGAGCGTTTCG
AGAGTGCGGAGAAGTGGTTGGTGCCAGAGTTGTGTACGATGGAGACACAGGGAAGTCGAG
AGGTTATGGCCTTGTATGTTACTCCTCCAAAGCTGAAATGGAAACCGCTCTTGAGTCGCT
GGATGGGCTTGA

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR3G141TF 742 0 0
GCTTCAAACTCTACGATCAACCAACCCTCCTCCTTCGCTGCAACAAATCATCTAACCAAA
CACTTCTTAGATTCAACTTGTCGCCTCCAAAGCCTCTCTTGATCTCCTCACGTGACAACA
ATAGTTCTCAGCGATTCAGAGCCCTGCCTGAGACCATTGCCGTCAAACAGGACGACACGA
CTGCTGATGACGACAATCCTCCTGCGACCATCAACACTAAGCCCTACTTTGGGAACCTGC
CGTACAATGTTGACAGTGCAACACTCGCTCAGATCATCCAAGACTTCGCTAACCCCGAGC
TCGTCGAGGTTCTTTACAACAGAGACACAGGACAGAGTCGTGGGTTCGCCTTTGTGACAA
TGAGCAACGTCGAAGACTGCAACGTCATCATCGAGAACCTCGATGGAACTGAGTATCTTG
GTAGGACTTTGAAGGTGAACTTTGCAGACAAACCAAAACCAAACAAAGAACCTCTGTATC
CAGAAACAGAGTACAAGCTGTTTGTTGGTAACTTGTCGTGGACAGTCACTTCGGAGTCAT
TAGCTGGAGCGTTTCGGGAGTGCGGAGAAGTGGTTGGTGCTAGAGTTGTGTACGATGGAG
ACACCGGGAAGTCAAGAGGTTATGGCTTTGTATGTTACTCCTCCCAAGCTGAA*TGGAAA
CCGCTCTTGAATCGCTGGATGGGCTTGAGCTGGAGGGTCGGGCCATTCGAGTAAACCTGG
CTCAGG
AGAAATACTGATACCT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3FC69JQ 778 0 0
CCAAAG
CTCTCTTGATCTCCTCACGTGACAACAACAGTTCTCAGCGATTCAAAGCCCTGCCGGAGA
CCATTGCCGTCAAACAGG**GACACGACTGCTGATGACGACAATCCTCCTGCGACCATCA
ACACTAAGCTCTACTTCGGGAACCTGCCTTACAATGTTGACAGTGCAACACTCGCTCAGA
TCATCCAAGACTTCGCTAACCCCGAGCTCGTCGAGGTTCTTTACAACAGAGACACAGGAC
AGAGTCGTGGGTTCGCCTTTGTGACAATGAGCAACGTGGAAGACTGCAACGTCATCATCG
AGAACCTTGATGGAACTGAGTATCTTGGTAGGACTTTGAAGGTGAACTTTGCAGACAAAC
CAAAACCAAACAAAGAACCTCTGTATCCAGAAACAGAGTACAAGCTGTTTGTTGGTAACT
TGTCGTGGACAGTCACTTCGGAGTCATTAGCTGGAGCGTTTCGAGAGTGCGGAGAAGTGG
TTGGTGCCAGAGTTGTGTACGATGGAGACACAGGGAAGTCGAGAGGTTATGGCTTTGTAT
GTTACTCCTCCAAAGCTGAAATGGAAACCGCTCTTGAGTCGCTGGATGGGCTTGAGCTGG
AGGGTCGGGCCATTCGAGTAAACCTGGCTCAGGGGAAGAAATACTGATACCTTGAAATAA
CATTTTGAGATTTTCATCGTTAGAGATTATGTTTCAATTTGAACTAAAAAAAAATCAATA
TATTTTGTATGGTTTAAGGTTTGGTAGTAACTAATATAATCAGCACCAATCC

QA 7 778 7 778
DS 

RD RR3DE21JQ 519 0 0
GGTTCTTTACAACAGAGACACAGGACAGAGTCGTGGGTTCGCCTTTGTGACAATGAGCAA
CGTGGAAGACTGCAACGTCATCATCGAGAACCTTGATGGAACTGAGTATCTTGGTAGGAC
TTTGAAGGTGAACTTTGCAGACAAACCAAAACCAAACAAAGAACCTCTGTATCCAGAAAC
AGAGTACAAGCTGTTTGTTGGTAACTTGTCGTGGACAGTCACTTCGGAGTCATTAGCTGG
AGCGTTTCGAGAGTGCGGAGAAGTGGTTGGTGCCAGAGTTGTGTACGATGGAGACACAGG
GAAGTCGAGAGGTTATGGCTTTGTATGTTACTCCTCCAAAGCTGAAATGGAAACCGCTCT
TGAGTCGCTGGATGGGCTTGAGCTGGAGGGTCGGGCCATTCGAGTAAACCTGGCTCAGGG
GAAGAAATACTGATACCTTGAAATAACATTTTGAGATTTTCATCGTTAGAGATTATGTTT
CAATTTGAACTAAAAAAAA*TCAATATATTTTGTATGG
G

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR3GG09JQ 694 0 0
TGCTGATGACGACAATCCTCCTGCGACCATCAACACTAAGCTCTACTTCGGGAACCTGCC
TTACAATGTTGACAGTGCAACACTCGCTCAGATCATCCAAGACTTCGCTAACCCCGAGCT
CGTCGAGGTTCTTTACAACAGAGACACAGGACAGAGTCGTGGGTTCGCCTTTGTGACAAT
GAGCAACGTGGAAGACTGCAACGTCATCATCGAGAACCTTGATGGAACTGAGTATCTTGG
TAGGACTTTGAAGGTGAACTTTGCAGACAAACCAAAACCAAACAAAGAACCTCTGTATCC
AGAAACAGAGTACAAGCTGTTTGTTGGTAACTTGTCGTGGACAGTCACTTCGGAGTCATT
AGCTGGAGCGTTTCGAGAGTGCGGAGAAGTGGTTGGTGCCAGAGTTGTGTACGATGGAGA
CACAGGGAAGTCGAGAGGTTATGGCCTTGTATGTTACTCCTCCAAAGCTGAAATGGAAAC
CGCTCTTGAGTCGCTGGATGGGCTTGAGCTGGAGGGTCGGGCCATTCGAGTCAACCTGGC
TCAGGGGAAGAAATACTGATACCTTGAAATAACATTTTGAGATTTTCATCGTTAGAGATT
ATGTTTCAATTTGAACTAAAAAAAAATCAATATATTTTGTATGGTTTAAGGTTTGGTAGT
AACTAATATAATCAGCACCAATCCAAATCCTTCC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 2 6

CO CL913Contig1 957 3 4 U
GGGATAATGACATCTTTGCTAAAAAAAATGTACCAAGAATATTGCTTAGTGAAAAAATGT
TAAAGAAAAAAAACATAACCGAAAAAGAATTAACCGTCAATTTTCACTGCGGAACTATTT
ATTCCAAAATAGTAAAACGAAAACTCTCGGGAGGTCCTCTGCCGTGAGAGAATACGAGAG
AAAGGTTTGGGAGACTCGTTCAAGGTTTGAGAACAAGAGAGAGACCAAACCTTGGATGCT
TGTCTAAGGCCTTAGTGTCGATCTCACTCGAAACAGTCACTAGTGATTTGGGCAAAACCT
CGTGCTGAAGCAGAGCACCGAGTTTGCCATTGTTGTTCAGCTTAGCTTTCACTGTAGTCG
TACGATCAATCGCATATAGTCCACCAACCGTTATCGTGTTTTCATTGGTTGAGAACTTCC
TGTAAACCTCACCAACTGCTGCGCTTCTCTTGGATTCGTCAAGGTGGTGAAGGTAAGATG
CTTTGATCGAGTCTCCTTTGTCTCCAAGTATGATGGAAGCGCATGCATCAGGTTTGGTCA
CACTGATACCAGCGTTGTACTTGGTGAAAGTCTTGGAGGATGTGTCATATCCAGCCTCAG
CACCAAACGAGATGACTGGTGTGCCTAGAGTGGCTGTTATGTCGATCAACGGGTTCTGCT
TCAAAGCTGCAGCAGCGGTAACAGTTGCGTGGTCGTGGAAGTATTGAACCTCGAGCTTGC
CAGAGCTGTTGTCAGGGACTTTGAAGGAGGCAATGGCTTTGGTCGATGGGAGAATCTCGG
TGAATGTGACAGTAGTCAAAATAGTAGAATCAGTGTCGACTTTGACATCGAAGACAGCAT
TCTTGTACTTGTATTGGGAGGTAACATCAGCAGCATGCACTCCTCCTTTCTTCAGAGCAG
TAGACGTAAGTGCCACGCCAGAGGCTCTGTAGGTGGAGATGCTGAATTTCTGATCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F472JQ U 182
AF RR3AM78JQ U 1
AF RR3AM78TF C 182
BS 1 464 RR3AM78JQ
BS 465 465 RR3F472JQ
BS 466 745 RR3AM78JQ
BS 746 957 RR3AM78TF

RD RR3F472JQ 468 0 0
AAGGT
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CAATCGCATATAGTCCACCAACCGTTATCGTGTTTTCATTGGTTGAGAACTTTCTGTAAA
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TACCAGCGTTGTACTTGGTGAAAGTCTTGGAGGATGTGTCATATCCAGCCTCAGCACCAA
ACGAGATGACTGGTGTGCCTAGAGTGGCTGTTATGTCGATCAA

QA 6 468 6 468
DS 

RD RR3AM78JQ 745 0 0
GGGATAATGACATCTTTGCTAAAAAAAATGTACCAAGAATATTGCTTAGTGAAAAAATGT
TAAAGAAAAAAAACATAACCGAAAAAGAATTAACCGTCAATTTTCACTGCGGAACTATTT
ATTCCAAAATAGTAAAACGAAAACTCTCGGGAGGTCCTCTGCCGTGAGAGAATACGAGAG
AAAGGTTTGGGAGACTCGTTCAAGGTTTGAGAACAAGAGAGAGACCAAACCTTGGATGCT
TGTCTAAGGCCTTAGTGTCGATCTCACTCGAAACAGTCACTAGTGATTTGGGCAAAACCT
CGTGCTGAAGCAGAGCACCGAGTTTGCCATTGTTGTTCAGCTTAGCTTTCACTGTAGTCG
TACGATCAATCGCATATAGTCCACCAACCGTTATCGTGTTTTCATTGGTTGAGAACTTCC
TGTAAACCTCACCAACTGCTGCGCTTCTCTTGGATTCGTCAAGGGGGTGAAGGTAAGATG
CTTTGATCGAGTCTCCTTTGTCTCCAAGTATGATGGAAGCGCATGCATCAGGTTTGGTCA
CACTGATACCAGCGTTGTACTTGGTGAAAGTCTTGGAGGATGTGTCATATCCAGCCTCAG
CACCAAACGAGATGACTGGTGTGCCTAGAGTGGCTGTTATGTCGATCAACGGGTTCTGCT
TCAAAGCTGCAGCAGCGGTAACAGTTGCGTGGTCGTGGAAGTATTGAACCTCGAGCTTGC
CAGAGCTGTTGTCAGGGACTTTGAA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3AM78TF 776 0 0
AAGGT
TTGGGAGACTCGTTCAAGGTTTGAGAACAAGAGAGAGACCAAACTTTGGATGCTTGTCTA
AGGCTTTAGTGTCGATCTCACTCGAAACAGTCACTAGTGATTTGGGCAAAACCTCGTGCT
GAAGCAGAGCACCGAGTTTGCCATTGTTGTTCAGCTTAGCTTTCACTGTAGTCGTACGAT
CAATCGCATATAGTCCACCAACCGTTATCGTGTTTTCATTGGTTGAGAACTTCCTGTAAA
CCTCACCAACTGCTGCGCTTCTCTTGGATTCGTCAAGGTGGTGAAGGTAAGATGCTTTGA
TCGAGTCTCCTTTGTCTCCAAGTATGATGGAAGCGCATGCATCAGGTTTGGTCACACTGA
TACCAGCGTTGTACTTGGTGAAAGTCTTGGAGGATGTGTCATATCCAGCCTCAGCACCAA
ACGAGATGACTGGTGTGCCTAGAGTGGCTGTTATGTCGATCAACGGGTTCTGCTTCAAAG
CTGCAGCAGCGGTAACAGTTGCGTGGTCGTGGAAGTATTGAACCTCGAGCTTGCCAGAGC
TGTTGTCAGGGACTTTGAAGGAGGCAATGGCTTTGGTCGATGGGAGAATCTCGGTGAATG
TGACAGTAGTCAAAATAGTAGAATCAGTGTCGACTTTGACATCGAAGACAGCATTCTTGT
ACTTGTATTGGGAGGTAACATCAGCAGCATGCACTCCTCCTTTCTTCAGAGCAGTAGACG
TAAGTGCCACGCCAGAGGCTCTGTAGGTGGAGATGCTGAATTTCTGATCGC

QA 6 776 6 776
DS 



CO CL913Contig2 569 3 31 U
GTACCAAGAATATTGCTTAGTGAAAAAATGTTAAAAGAAAAAAACACATAACCGAAAAAG
AATTAACCGTCAATTTTCACTGCGGAACTATTTATTCCAAAATAGTAAAACGAAAACTCT
CGGGAGGTCCTCTGCCGTGAGAGAATACGAGAGAAAGGTTGGGAGACTCCTTCAAGGTTT
GAGAACAAGAGAAAGACCAAACCTTGGATGCTTGTCTAAGGCCTTAGTGTCGATCTCACT
CGAAACAGTCACTAGTGATTTGGGCACAACCTCGTGCTGAAGCAGAGCACCGAGTTTGCC
ATTGTTGTTAAGCTTAGCTTTCACTGTGGTCGTACGATCGATCGCATATAGCCCACCAAC
CGTTATCGTGTTTTCATTGGTAGAGAACTTCCTGTAAACCTCACCAACTGCTGCGCTTCT
CTTGGATTCGTCAAGGTGGTGAAGGTAAGATGCTTTGATCGAGTCTCCTTTGTCTCCCAG
TATGATGGAAGCGCATGCGTCTGGTTTGGTCACACTGATACCAGCGTTGTACTTGGTGAA
AGTTTTGGAGGATGTGTCGTATCCAGCTT


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG54JQ U 1
AF RR3H780JQ U 1
AF RR3H780TF C 1
BS 1 36 RR3CG54JQ
BS 37 37 RR3H780JQ
BS 38 142 RR3CG54JQ
BS 143 143 RR3H780JQ
BS 144 150 RR3CG54JQ
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BS 288 302 RR3CG54JQ
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BS 304 309 RR3CG54JQ
BS 310 310 RR3H780JQ
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BS 383 383 RR3H780JQ
BS 384 384 RR3CG54JQ
BS 385 385 RR3H780JQ
BS 386 429 RR3CG54JQ
BS 430 430 RR3H780JQ
BS 431 448 RR3CG54JQ
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BS 450 492 RR3CG54JQ
BS 493 493 RR3H780JQ
BS 494 569 RR3CG54JQ

RD RR3CG54JQ 569 0 0
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AATTAACCGTCAATTTTCACTGCGGAACTATTTATTCCAAAATAGTAAAACGAAAACTCT
CGGGAGGTCCTCTGCCGTGAGAAAATACGAAAGAAAGGTTGGGAGACTCCTTCAAGGTTT
GAAAACAAAAAAAAGACCAAACCTTGGATGCTTGTCTAAGGCCTTAGTGTCGATCTCACT
CGAAACAGTCACTAGTGATTTGGGCACAACCTCGTGCTGAAGCAAAACACCGAGTTTGCC
ATAGTTGTTCAGCTTAGCTTTCACTGTGGTCGTACGATCGATCGCATATAGCCCACCAAC
CGTTATCGTGTTTTCATTGGTAAAAAACTTCCTGTAAACCTCACCAACTGCTGCGCTTCT
CTTGGATTCCTCAAGGTGGTGAAGGTAAAATGCTTTGATCGAGTCTCCTTTGTCTCCCAG
TATGATGGAAGCCCATGCGTCTGGTTTGGTCACACTGATACCAGCGTTGTACTTGGTGAA
AGTTTTGGAGGATGTGTCGTATCCAGCTT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3H780JQ 568 0 0
GC
ACCAAGAATATTGCTTAGTGAAAAAATGTTAAAAGAAAAAAACACATAACCGAAAAAGAA
TTAACCGTCAATTTTCACTGCGGAACTATTTATTCCAAAATAGTAAAACGAAAACTCTCG
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GAACAAGAGAAAGACCAAACCTTGGATGCTTGTCTAAGGCCTTAGTGTCGATCTCACTCG
AAACAGTCACTAGTGATTTGGGCACAACCTCGTGCTGAAGCAGAGCACCGAGTTTGCCAT
TGTTGTTAAGCTTAGCTTTCACTGTGGTCGTACGATCGATCGCATATAGCCCACCAACCG
TTATCGTGTTTTCATTGGTAGAGAACTTCCTGTAAACCTCACCAACTGCTGCGCTTCTCT
TGGATTCGTCAAGGTGGTGAAGGTAAGATGCTTTGATCGAGTCTCCTTTGTCTCCCAGTA
TGATGGAAGCGCATGCGTCTGGTTTGGTCACACTGATACCAGCGTTGTACTTGGTGAAAG
TTTTGGAGGATGTGTCG
GTAAAAAAA

QA 3 559 3 559
DS 

RD RR3H780TF 566 0 0
GC
ACCAAGAATATTGCTTAGTGAAAAAATGTTAAAAGAAAAAAACACATAACCGAAAAAGAA
TTAACCGTCAATTTTCACTGCGGAACTATTTATTCCAAAATAGTAAAACGAAAACTCTCG
GGAGGTCCTCTGCCGTGAGAGAATACGAGAGAAAGGTTGGGAGACTCCTTCAAGGTTTGA
GAACAAGAGAAAGACCAAACCTTGGATGCTTGTCTAAGGCCTTAGTGTCGATCTCACTCG
AAACAGTCACTAGTGATTTGGGCACAACCTCGTGCTGAAGCAGAGCACCGAGTTTGCCAT
TGTTGTTAAGCTTAGCTTTCACTGTGGTCGTACGATCGATCGCATATAGCCCACCAACCG
TTATCGTGTTTTCATTGGTAGAGAACTTCCTGTAAACCTCACCAACTGCTGCGCTTCTCT
TGGATTCGTCAAGGTGGTGAAGGTAAGATGCTTTGATCGAGTCTCCTTTGTCTCCCAGTA
TGATGGAAGCGCATGCGTCTGGTTTGGTCACACTGATACCAGCGTTGTACTTGGTGAAAG
TTTTGGAGGATGTGTCG
GTAAAAA

QA 3 559 3 559
DS 



AS 2 5

CO CL914Contig1 1078 3 7 U
GGTACAAAAATGTCTTTGCGAGTGTTGTGAATGGGGTTTTGTAACAAATTGTGCATAATG
CAGCAGTACATGTAAATGATTAGGCTTCATTCTTTTTGTTTATTTGCCCTCAAAAGGCCA
TTAATTTAAACCACCAAAATACATTCTATATCTCAGTATCCTATACTACACATCATTACC
ATATCATCAAACCTTGATGACATATGGTATACCATCTGAATAGAATCAGCCTTCAATAAG
CTCTATCTTACCACTTTCTCTCAAACCCTCTGAGCTTGAAGTTTCTTCGTCTGTAAGTAT
TATACATGTGTTTGACTTCCCAGAAAGTCGAAGCTTCTCCTGCATCATAATATCAGGCAT
CTTGTGATTTTCTCCTCCCATAGAGTCGCACAGATGCATTAAACCC*ATATTTGCAATAT
TCTGCTTGTACTCAATACTATCTAATGTTCCACCC*ATACCACCAAACATGTTATGCATT
GCATAAAAATCATCTCCAATCTTAGCCATATCCTCTAGAGTCAAACCCACATCGTCCTGG
AGTCCCTTTAAGAGATCCTTCTGCGATTCCAGCTTATCGTCCGTCTTCTTAAGCCTCTCG
GACAAGTGCTTCTTAGCATTAGAAATAGCTTCAGAAACGGTGCTCAAATGCTTAGTCAAG
TTGGAGACAGCATCTTCCATGTTCTTCTTGTACCACATGTAGCCATAGCCTATAGCTCCT
AACGTCGCTGCGGGAACTATAAGCGGGGTGAAGTCAGCTCCTTGAGCTCCTCCATTGACA
ACAGTTATCTGACGAGACGAGGACATTTGCCGGATCTCCATAGCTAACCGTTGCATCTCA
GTAGACATGGGATCAGAATCGTCATCTGAATGATCTCCTGATCTCTCAAATCTCTTCACC
AAAGCCTGCAGCTCACCCAAAAGATCTGACATCTTCCCATTCTTCACCAGGATCGTTCCT
GTATACCCTGCTCCAGCTAGAATCAGAAGCCTTGATAACCCTATACCGGTTTGCATAGCC
ATGCTCGATTAAGTTGTCTTCTTCTGTTGAGGTCTGAAGATTTTGCTCGCCGGCGTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB31JQ U 1
AF RR3BJ68JQ U 1
AF RR3BJ68TF C 272
BS 1 250 RR3AB31JQ
BS 251 251 RR3BJ68JQ
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BS 551 742 RR3BJ68JQ
BS 743 1078 RR3BJ68TF

RD RR3AB31JQ 550 0 0
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TATACATGTGTTTGACTTCCCAGAAAGTCGAAGCTTCTCCTGCATCATAATATCAGGCAT
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TCTGCTTGTACTCAATACTATCTAATGTTCCACCC*ATACCACCAAACATGTTATGCATT
GCATAAAAATCATCTTCAATCTTAGCCATATCCTCTAGAGTCAAACCCACATCGTCCTGG
AGTCCCTTTA

QA 1 550 1 550
DS 

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GA
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GCAGTACATGTAAATGATTAGGCTTCATTCTTTTTGTTTATTTGCCCTCAAAAGGCCATT
AATTTAAACCACCAAAATACATTCTATATCTCAGTATCCTATACTACACATCATTACCAT
ATCATCAAACCTTGATGACATATGGTATACCATCTGAATAGAATCAGCCTTCAATAAGCT
CTATCTTACCACTTTCTCTCAAACCCTCTGAGCTTGAAGTTTCTTCGTCTGTAAGTATTA
TACATGTGTTTGACTTCCCAGAAAGTCGAAGCTTCTCCTGCATCATAATATCAGGCATCT
TGTGATTTTCTCCTCCCATAGAGTCGCACAGATGCATTAAACCC*ATATTTGCAATATTC
TGCTTGTACTCAATACTATCTAATGTTCCACCC*ATACCACCAAACATGTTATGCATTGC
ATAAAAATCATCTCCAATCTTAGCCATATCCTCTAGAGTCAAACCCACATCGTCCTGGAG
TCCCTTTAAGAGATCCTTCTGCGATTCCAGCTTATCGTCCGTCTTCTTAAGCCTCTCGGA
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GGAGACAGCATCTTCCATGTTCTTCTTGTACCACATGTAGCCATAGCCTATAGCTCCTAA
CGTCGCTGCGGGAACTATAA

QA 3 742 3 742
DS 

RD RR3BJ68TF 807 0 0
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AGCTTCTCGTGCATCATAATATCAGGCATCTTGTGATTTTCTCCTCCCATAGAGTCGCAC
AGATGCATTAAACCCCATATTTGCAATATTCTGCTTGTACTCAATACTATCTAATGTTCC
ACCCCATACCACCAAACATGTTATGCATTGCATAAAAATCATCTCCAATCTTAGCCATAT
CCTCTAGAGTCAAACCCACATCGTCCTGGAGTCCCTTTAAGAGATCCTTCTGCGATTCCA
GCTTATCGTCCGTCTTCTTAAGCCTCTCGGACAAGTGCTTCTTAGCATTAGAAATAGCTT
CAGAAACGGTGCTCAAATGCTTAGTCAAGTTGGAGACAGCATCTTCCATGTTCTTCTTGT
ACCACATGTAGCCATAGCCTATAGCTCCTAACGTCGCTGCGGGAACTATAAGCGGGGTGA
AGTCAGCTCCTTGAGCTCCTCCATTGACAACAGTTATCTGACGAGACGAGGACATTTGCC
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TCTTCCCATTCTTCACCAGGATCGTTCCTGTATACCCTGCTCCAGCTAGAATCAGAAGCC
TTGATAACCCTATACCGGTTTGCATAGCCATGCTCGATTAAGTTGTCTTCTTCTGTTGAG
GTCTGAAGATTTTGCTCGCCGGCGTCC

QA 1 807 1 807
DS 



CO CL914Contig2 1083 2 6 U
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TTCATTCCTTTCGTTTATTTGCCCTCAAAGGCCATTAATTTAAACCACCAAAATACATTC
TATATATCTCAGTATCCTATACTACACATCATATCATCCCATCAAACCTTGATGACATAT
GGTGTACCATCTGAATCAGCCTTCAATAAGCTCTATCTTATCACTTTCTTTCAAACCCTC
TGAGCTTGAAGTTTCTTCGTCTGTAAGTATTAGACATGTGTTTGACTTCCCAGAAAGTCG
AAGCTTCTCCTGCATCATAATATCAGGCATCTTGTGATTTTCTCCTCCCATAGAGTCGCA
CAGATGCATTAAACCCATATTCGCAATATTCTGCTTGTACTCAATACTATCTAACGTTCC
ACCCATACCACCAAACATGTTATGCATTGCATAAAAATCATCTCCAATCTTAGCCATATC
CTCTAGAGTCAAACCCACATCGTCCTGGAGTCCCTTTAAGAGATCCTTCTGCGATTCCAG
CTTATCGTCCGTCTTCTTAAGCCGCTCGGACAAGTGCTTCTTAGCATTAGAAATAGCTTC
AGAAACAGTGCTCAAATGCTTAGTCAAGTTGGAGACAGCATCTTCCATGTTCTTCTTTGT
TACACACATGATGTCAGAGAATGAAATACCCTTGTACCACATGTAGCCATAGCCTATAGC
TCCTAAAGTCGCTGCGGGAACTATAAGCGGGGTGAAGTCAGCTCCTTGAGCTCCTCCATT
GACAAAAGTAATCTGACGAGACGAGGACATTTGCCGGATCTCCATAGCTAACCGTTGCAT
CTCAGTAGACATGGGATCAGAATCGTCATCTGAATGATCTCCTGATCTCTCAAATCTCTT
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TCCTGTATACCCTGCTCCAGCTAGAATCAGAAGCCTTGATAACCCTATACCGGTTTGCAT
AGCCATGCTCGATTAAGTTGTCTTCTTCTGTTGAGGTCTGAAGATTTTGCTCGCCGGCGT
CAG


BQ
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3C705JQ U 1
AF RR3AB31TF C 314
BS 1 564 RR3C705JQ
BS 565 565 RR3AB31TF
BS 566 785 RR3C705JQ
BS 786 786 RR3AB31TF
BS 787 815 RR3C705JQ
BS 816 1083 RR3AB31TF

RD RR3C705JQ 819 0 0
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TTCATTCCTTTCGTTTATTTGCCCTCAAAGGCCATTAATTTAAACCACCAAAATACATTC
TATATATCTCAGTATCCTATACTACACATCATATCATCCCATCAAACCTTGATGACATAT
GGTGTACCATCTGAATCAGCCTTCAATAAGCTCTATCTTATCACTTTCTTTCAAACCCTC
TGAGCTTGAAGTTTCTTCGTCTGTAAGTATTAGACATGTGTTTGACTTCCCAGAAAGTCG
AAGCTTCTCCTGCATCATAATATCAGGCATCTTGTGATTTTCTCCTCCCATAGAGTCGCA
CAGATGCATTAAACCCATATTCGCAATATTCTGCTTGTACTCAATACTATCTAACGTTCC
ACCCATACCACCAAACATGTTATGCATTGCATAAAAATCATCTCCAATCTTAGCCATATC
CTCTAGAGTCAAACCCACATCGTCCTGGAGTCCCTTTAAGAGATCCTTCTGCGATTCCAG
CTTATCGTCCGTCTTCTTAAGCCGTTCGGACAAGTGCTTCTTAGCATTAGAAATAGCTTC
AGAAACAGTGCTCAAATGCTTAGTCAAGTTGGAGACAGCATCTTCCATGTTCTTCTTTGT
TACACACATGATGTCAGAGAATGAAATACCCTTGTACCACATGTAGCCATAGCCTATAGC
TCCTAAAGTCGCTGCGGGAACTATAAGCGGGGTGAAGTCAGCTCCTTGAGCTCCTCCATT
GACAACAGTAATCTGACGAGACGAGGACATTTGCC
TGAT

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR3AB31TF 770 0 0
ATCATAATATCAGGCATCTTGTGATTTTCTCCTCCCATAGAGTCGCACAGATGCATTAAA
CCCATATTTGCAATATTCTGCTTGTACTCAATACTATCTAATGTTCCACCCATACCACCA
AACATGTTATGCATTGCATAAAAATCATCTTCAATCTTAGCCATATCCTCTAGAGTCAAA
CCCACATCGTCCTGGAGTCCCTTTAAGAGATCCTTCTGCGATTCCAGCTTATCGTCCGTC
TTCTTAAGCCTCTCGGACAAGTGCTTCTTAGCATTAGAAATAGCTTCAGAAACGGTGCTC
AAATGCTTAGTCAAGTTGGAGACAGCATCTTCCATGTTCTTCTTTGTTACACACATGATG
TCAGAGAATGAAATACCCTTGTACCACATGTAGCCATAGCCTATAGCTCCTAACGTCGCT
GCGGGAACTATAAGCGGGGTGAAGTCAGCTCCTTGAGCTCCTCCATTGACAAAAGTTATC
TGACGAGACGAGGACATTTGCCGGATCTCCATAGCTAACCGTTGCATCTCAGTAGACATG
GGATCAGAATCGTCATCTGAATGATCTCCTGATCTCTCAAATCTCTTCACCAAAGCCTGC
AGCTCACCCAAAAGATCTGACATCTTCCCATTCTTCACCAGGATCGTTCCTGTATACCCT
GCTCCAGCTAGAATCAGAAGCCTTGATAACCCTATACCGGTTTGCATAGCCATGCTCGAT
TAAGTTGTCTTCTTCTGTTGAGGTCTGAAGATTTTGCTCGCCGGCGTCAG

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 7

CO CL915Contig1 608 7 13 U
CGTAAAAGAGCTCGAACTTATTATTATCAAAATGATTCGAACTCTTTCAAAGACCCAACA
TGCATTTTTTTTT*GCATTGGGCTCTTTCATTAACTGATAGAAAGATCAGTTAGTCTACC
ATATTTTTTCTTAAAAAAAA***AAGATAAAAAATGGTTCCAAGTACTCTGATTGATTAT
TTTTTAATTCTATAATTCTAATACAATACAGAAGAACTACCAAAGTGTTTCAAAGAAGGG
TTGGGTTCTCTTGACGTAGGTTTGCTTTTGGTCTAGATCAACTTAAGTTAAATATAGTCT
CTAACATCCTGATTAAAAAATCAAATATGAAACTTGCTACACCTTAAGGTTCATAGGACG
AAAAGATCACTTTTGAGTTCCTTATACTCATTCTGCCTAGCATTAAGTAGACTGGGTATT
CACCCTATCAATATCTCAAATCAATGATGGGTTCTATTAATTCCCTACCTAAATGGGGTA
CTTTAATAGGACCTAATGTCAGGCTATTGTTCTCCTCTTTTTCCTAAAAAAAAGTCATGG
AGTAAGACATCGATTTATTAATAAGATCAATCAATTGGTTTGATTGCGTGATGGACTCCT
CTGAAAAA


BQ
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 5 5 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 

AF RR3GS42JQ U 2
AF RR3C946JQ U 270
AF RR3C946TF C 270
AF RR3FT82JQ U 1
AF RR3FT82TF C 1
AF RR3GS42TF C 2
AF RR3CB43JQ U 2
BS 1 213 RR3FT82JQ
BS 214 214 RR3CB43JQ
BS 215 275 RR3FT82JQ
BS 276 276 RR3CB43JQ
BS 277 335 RR3FT82JQ
BS 336 336 RR3GS42JQ
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BS 367 367 RR3GS42JQ
BS 368 409 RR3FT82JQ
BS 410 410 RR3GS42JQ
BS 411 564 RR3FT82JQ
BS 565 565 RR3GS42JQ
BS 566 608 RR3FT82JQ

RD RR3GS42JQ 581 0 0
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GCATTTTTTTTTTGCATTGGGCTCTTTCATTAACTGATAAAAAGATCAGTTAGTCTACCA
TATTTTTTCTTAAAAAAAA***AA**TAAAAAATGGTTCCAAGTACTCTGATTGATTATT
TTTTAATTCTATAATTCTAATACAATACAAAAAAACTACCAAAGTGTTTCAAAAAAGGGT
TGGGTTCTCTTGACGTAGGTTTGCTTTTGGTCTAAATCAACTTAAGTTAAATATAGTCTC
TAACATCCTGATTAAAAAATCAAATATGAAACTTGCTACACCTTAAGGTTCATAGGACGA
AAAGATCACTTTTGAGTTCGTTATACTCATTCTGCCTAGCATTAAGTAGACTGGGTATTC
ACCCTATCAATATCTCAAATCAATGATGGGTTCTATTAATTCCCTACCTAAATGGGGTAC
TTTAATAGGACCTAATGTCAGGCTATTGTTCTCCTCTTTTTCCTAAAAAAAAGTCATGGA
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QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3C946JQ 320 0 0
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AAACTTGCTACACCTTAAGGTTCATAGGACGAAAAGATCACTTTTGAGTTCCTTATACTC
ATTCTGCCTAGCATTAAGTAGACTGGGTATTCACCCTATCAATATCTCAAATCAATGATG
GGTTCTATTAATTCCCTACCTAAATGGGGTACTTTAATAGGACCTAATGTCAGGCTATTG
TTCTCCTCTTTTTCCTAAAAAAAAGTCATGGAGTAAGACATCGATTTATTAATAAGATCA
ATCAATTGGTTTGATTGCG
C

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR3C946TF 320 0 0
GGTCTAGATCAACTTAAGTTAAATATAGTCTCTAACATCCTGATTAAAAAATCAAATATG
AAACTTGCTACACCTTAAGGTTCATAGGACGAAAAGATCACTTTTGAGTTCCTTATACTC
ATTCTGCCTAGCATTAAGTAGACTGGGTATTCACCCTATCAATATCTCAAATCAATGATG
GGTTCTATTAATTCCCTACCTAAATGGGGTACTTTAATAGGACCTAATGTCAGGCTATTG
TTCTCCTCTTTTTCCTAAAAAAAAGTCATGGAGTAAGACATCGATTTATTAATAAGATCA
ATCAATTGGTTTGATTGCG
C

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR3FT82JQ 608 0 0
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CTAACATCCTGATTAAAAAATCAAATATGAAACTTACTACACCTTAAGGTTCATAGGACG
AAAAGACCACTTTTGAGTTCCTTATACTCATTCTGCCTAGCATTAAGTAAACTGGGTATT
CACCCTATCAATATCTCAAATCAATGATGGGTTCTATTAATTCCCTACCTAAATGGGGTA
CTTTAATAGGACCTAATGTCAGGCTATTGTTCTCCTCTTTTTCCTAAAAAAAAGTCATGG
AGTAAGACATCGATTTATTAATAAAATCAATCAATTGGTTTGATTGCGTGATGGACTCCT
CTGAAAAA

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3FT82TF 608 0 0
C
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GCATTTTTTTTT*GCATTGGGCTCTTTCATTAACTGATAGAAAGATCAGTTAGTCTACCA
TATTTTTTCTTAAAAAAAA***AAGATAAGAAATGGTTCCAAGTACTCTGATTGATTATT
TTTTAATTCTATAATTCTAATACAATACAGAAGAACTACCAAAGTGTTTCAAAGAAGGGT
TGGGTTCTCTTGACGTAGGTTTGCTTTTGGTCTAGATCAACTTAAGTTAAATATAGTCTC
TAACATCCTGATTAAAAAATCAAATATGAAACTTACTACACCTTAAGGTTCATAGGACGA
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ACCCTATCAATATCTCAAATCAATGATGGGTTCTATTAATTCCCTACCTAAATGGGGTAC
TTTAATAGGACCTAATGTCAGGCTATTGTTCTCCTCTTTTTCCTAAAAAAAAGTCATGGA
GTAAGACATCGATTTATTAATAAGATCAATCAATTGGTTTGATTGCGTGATGGACTCCTC
TGAAAAA

QA 2 608 2 608
DS 

RD RR3GS42TF 607 0 0
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GCATTTTTTTTTTGCATTGGGCTCTTTCATTAACTGATAGAAAGATCAGTTAGTCTACCA
TATTTTTTCTTAAAAAAAA***GA**TAAGAAATGGTTCCAAGTACTCTGATTGATTATT
TTTTAATTCTATAATTCTAATACAATACAGAAGAACTACCAAAGTGTTTCAAAGAAGGGT
TGGGTTCTCTTGACGTAGGTTTGCTTTTGGTCTAGATCAACTTAAGTTAAATATAGTCTC
TAACATCCTGATTAAAAAATCAAATATGAAACTTGCTACACCTTAAGGTTCATAGGACGA
AAAGATCACTTTTGAGTTCGTTATACTCATTCTGCCTAGCATTAAGTAGACTGGGTATTC
ACCCTATCAATATCTCAAATCAATGATGGGTTCTATTAATTCCCTACCTAAATGGGGTAC
TTTAATAGGACCTAATGTCAGGCTATTGTTCTCCTCTTTTTCCTAAAAAAAAGTCATGGA
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TGAAAAA

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3CB43JQ 607 0 0
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GCATTTTTTTTT*GCATTGGGCTCTTTCATTAACTGATAGAAAGATCAGTTAGTCTACCA
TATTTTTTCTTAAAAAAAAAAAAAGATAAAAAATGGTTCCAAGTACTCTGATTGATTATT
TTTTAATTCTATAATTCTAATACAATACAGAAGAACTACCAAAGTGTTTCAAAGAAGGGT
TGGGTTCTCTTGACGTAGGTTTGCTTTTGGTCTAGATCAACTTAAGTTAAATATAGTCTC
TAACATCCTGATTAAAAAATCAAATATGAAACTTGCTACACCTTAAGGTTCATAGGACGA
AAAGATCACTTTTGAGTTCCTTATACTCATTCTGCCTAGCATTAAGTAGACTGGGTATTC
ACCCTATCAATATCTCAAATCAATGATGGGTTCTATTAATTCCCTACCTAAATGGGGTAC
TTTAATAGGACCTAATGTCAGGCTATTGTTCTCCTCTTTTTCCTAAAAAAAAGTCATGGA
GTAAGACATCGATTTATTAATAAGATCAATCAATTGGTTTGATTGCGTGATGGACTCCTC
TGAAAAA

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 5

CO CL916Contig1 1083 5 28 U
GGACATTCCTCACCAAACTCCAAACACACACACCCACACGTTCGCACAAACAACAATGTC
TCCTTTCAAAATATTCTTATTCACAGCTCTCCTCGCGGCGGCGTTTTCAGCCTCCACCGC
TGACTTCAACAGCGACGTCAACGTGGCTTGGGGAAACGGCCGTGGGAAGATACTCAACAA
CGGCCAGCTTCTTACTCTCACCTTAGACAAATCATCTGGTTCTGGTTTTCAATCCAAAAC
AGAGTATTTGTTCGGTAAGATTGATATGCAGATTAAGCTTGTTCCTGGTAACTCAGCAGG
CACAGTCACAACTTTCTATTTGAAATCGGAAGGAACGACATGGGATGAGATTGATTTTGA
GTTCTTGGGAAACATGAGTGGAGATCCTTATACTCTACACACCAATGTTTACACTCAAGG
TAAAGGTGATAAAGAGCAACAGTTCCATCTCTGGTTCGATCCAACAGCAAATTTCCACAC
TTACTCAATCCTCTGGAACCCTCAAAGAATCATACTAACCGTCGATAACACGCCAATTAG
AGAGTTTAAGAACTCGGAGTCTCTCGGTGTCTTGTTTCCAAAGAACAAGCCGATGAGGAT
GTACGCAAGTCTATGGAACGCAGACGATTGGGCAACTAGAGGCGGTCTGGTTAAAACGGA
TTGGTCCAAAGCTCCATTCACAGCTTCTTACAGGAACATTAAGATCGACGGGTGTGCTCA
TTCAAACGGAAGATCGTCTTGTACCACGACGAAACCAAGCTCTAATTGGTACACGCAAGA
AATGGATTCAACGAGCCAAGCTAGACTCAGATGGGTTCAGAAGAACTACATGATCTACAA
TTACTGTACGGATACTAAGAGGTTTCCACAGGGAATCCCTAGGGAATGTGCAACAAGGTC
ATAGAGGGATCATATACATTTGATCTATTTATCCTCCTCCTCCTCCTCTGCTTTCTTTCT
CTTCTATATGTATAATGCTCTCCTTCCTCTTTTGTCAATTGTGTTCGATTCTTTCGATTG
TATATCTTTGTCCAATAAAGCAAATTAAAGGTGTGCCTATATATTTATAAATGTTAAGAT
GCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3ED41TF U 1
AF RR3EE29TF U 1
AF RR3G709TF U 1
AF RR3DG45TF U 267
AF RR3DG45JQ C 390
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DS 

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CACAGTCACAACTTTCTATTTGAAATCGGAAGGAACGACCTGGGATGAGATTGATTTTGA
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T*GGTCCAAAGCTC
ATTCGCTG

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TGACTTCAACAGCGACGTCAACGTGGCTTGGGGAAACGGCCGTGGGAAGATACTCAGCAA
CGGCCAGCTTCTTACTCTCACCTTAGACAAATCATCTGGTTCTGGTTTTCAATCCAAAAC
AGAGTATTTGTTCGGTAAGATTGATATGCAGATTAAGCTTGTTCCTGGTAACTCAGCAGG
CACAGTCACAACTTTCTATTTGAAATCGGAAGGAACGACATGGGATGAGATTGATTTTGA
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TTACTCAATCCTCTGGAACCCTCAAAGAATCATACTAACCGTCGATAACACGCCAATTAG
AGAGTTTAAGAACTCGGAGTCTCTCGGTGTCTTGTTTCCAAAGAACAAGCCGATGAGGAT
GTACGCAAGTCTATGGAACGCAGACGATTGGGCAACTAGAGGCGGTCTGGTTAAAACGGA
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TTCAAA

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DS 

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G
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TTGGGCAACTAGAGGCGGTCTGGTTAAAACGGATTGGTCCAAAGCTCCATTCACAGCTTC
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ACAGGGAATCCCTAGGGAATGTGC

QA 2 625 2 625
DS 

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TCTGGTTCGATCCAACAGCAAATTTCCACACTTACTCAATCCTCTGGAACCCTCAAAGAA
TCATACTAACCGTCGATAACACGCCAATTAGAGAGTTTAAGAACTCGGAGTCTCTCGGTG
TCTTGTTTCCAAAGAACAAGCCGATGAGGATGTACGCAAGTCTATGGAACGCAGACGATT
GGGCAACTAGAGGCGGTCTGGTTAAAACGGATTGGTCCAAAGCTCCATTCACAGCTTCTT
ACAGGAACATTAAGATCGACGGGTGTGCTCATTCAAACGGAAGATCGTCTTGTACCACGA
CGAAACCAAGCTCTAATTGGTACACGCAAGAAATGGATTCAACGAGCCAAGCTAGACTCA
GATGGGTTCAGAAGAACTACATGATCTACAATTACTGTACGGATACTAAGAGGTTTCCAC
AGGGAATCCCTAGGGAATGTGCAACAAGGTCATAGAGGGATCATATACATTTGATCTATT
TATCCTCCTCCTCCTCCTCTGCTTTCTTTCTCTTCTATATGTATAATGCTCTCCTTCCTC
TTTTGTCAATTGTGTTCGATTCTTTCGATTGTATATCTTTGTCCAATAAAGCAAATTAAA
GGTGTGCCTATATATTTATAAATGTTAAGATGCC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 5

CO CL917Contig1 998 5 23 U
CACTTTCAGAGTAATCTCATCGAGCACGATACTCCATACGTTATCTCCATCGTCTCCTCC
CATTCACCGCCTCTATCTCCATCACTCTCAGATTCTCCCTTCTTCTCCCGTATCGCTCAA
GCTCCATCCCAAAACGATATCTTTACAGATACATGGAAGGACTAACGCAGAACTTGCTGC
TAGAGGGTTACCGGTTTTGAAAAAAGCTTCTTTGAAGAAGCTACCGAGCAAAGGATCTAC
CTTTCTGCTGGGGCATAGCTTGTTGATGGTCTCTGCTTATCCACAGCTGGCAGCAGCGTC
AGAGATCGTGAAGCCTGAGCCTATTTACGAAGTTGGAGAGTTGTTTGAGCTAGGGATTCA
GCTTTCTTACTTGCTGTTGCTACTGGGTTTGCTCGGAGTTGGTACTTTCTATGTCATTCG
CCAAGTACTCGTCCGCAGAGAACTTGACCTCTCTGCCAAAGAACTACAGGAACAAGTAAG
GAGCGGGGATGCAAGTGCAACAGAGCTCTTTGAGCTCGGTGCAGTGATGCTGAGACGCAA
ATTTTATCCTGCAGCCAACAAGTTCTTGCTTCAAGCCATCCAGAAATGGGACGGTGATGA
TCAAGATCTTGCTCAGGTCTACAACGCTCTGGGGG*TGAGTTATGTCCGAGAGGACAAAC
TGGACAAAGGAATCGCTCAGTTTGAGATGGCGGTGAAGATTCAGCCTGGTCATGTAACGG
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CGTTGAAGGATCGCGTTAAGCTCTATAAAGACGTTGTGGCGGTTAAGTCCAAGAAACGGT
GACGAAGAAACCAATAAACGGTGTCTCTCTCTTATGTTTATTTTGTAAGGACATTTTGTG
TTACTCTTAAACAATAAAATCACTCATCTTATTATTCG


BQ
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5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN61TF U 1
AF RR3GH08TF U 1
AF RR3FM13TF U 121
AF RR3GH08JQ C 207
AF RR3FM13JQ C 245
BS 1 26 RR3DN61TF
BS 27 27 RR3GH08TF
BS 28 51 RR3DN61TF
BS 52 52 RR3GH08TF
BS 53 169 RR3DN61TF
BS 170 170 RR3GH08TF
BS 171 326 RR3DN61TF
BS 327 429 RR3GH08TF
BS 430 430 RR3FM13TF
BS 431 635 RR3GH08TF
BS 636 636 RR3FM13TF
BS 637 669 RR3GH08TF
BS 670 670 RR3FM13TF
BS 671 700 RR3GH08TF
BS 701 701 RR3FM13TF
BS 702 710 RR3GH08TF
BS 711 711 RR3FM13TF
BS 712 718 RR3GH08TF
BS 719 758 RR3FM13TF
BS 759 759 RR3GH08JQ
BS 760 778 RR3FM13TF
BS 779 955 RR3GH08JQ
BS 956 998 RR3FM13JQ

RD RR3DN61TF 326 0 0
CACTTTCAGAGTAATCTCATCGAGCATGATACTCCATACGTTATCTCCATCTTCTCCTCC
CATTCACCGCCTCTATCTCCATCACTCTCAGATTCTCCCTTCTTCTCCCGTATCGCTCAA
GCTCCATCCCAAAACGATATCTTTACAGATACATGGAAGGACTAACGCAAAACTTGCTGC
TAGAGGGTTACCGGTTTTGAAAAAAGCTTCTTTGAAGAAGCTACCGAGCAAAGGATCTAC
CTTTCTGCTGGGGCATAGCTTGTTGATGGTCTCTGCTTATCCACAGCTGGCAGCAGCGTC
AGAGATCGTGAAGCCTGAGCCTATTT

QA 1 326 1 326
DS 

RD RR3GH08TF 718 0 0
CACT
TTCAGAGTAATCTCATCGAGCACGATACTCCATACGTTATCTCCATCGTCTCCTCCCATT
CACCGCCT*TATCTCCATCACTCTCAGATTCTCCCTTCTTCTCCCGTATCGCTCAAGCTC
CATCCCAAAACGATATCTTTACAGATACATGGAAGGACTAACGCAGAACTTGCTTCTAGA
GGGTTACCGGTTTTGAAAAAAGCTTCTTTGAAGAAGCTACCGAGCAAAGGATCTACCTTT
CTGCTGGGGCATAGCTTGTTGATGGTCTCTGCTTATCCACAGCTGGCAGCAGCGTCAGAG
ATCGTGAAGCCTGAGCCTATTTACGAAGTTGGAGAGTTGTTTGAGCTAGGGATTCAGCTT
TCTTACTTGCTGTTGCTACTGGGTTTGCTCGGAGTTGGTACTTTCTATGTCATTCGCCAA
GTACTTGTCCGCAGAGAACTTGACCTCTCTGCCAAAGAACTACAGGAACAAGTAAGGAGC
GGGGATGCAAGTGCAACAGAGCTCTTTGAGCTCGGTGCAGTGATGCTGAGACGCAAATTT
TATCCTGCAGCCAACAAGTTCTTGCTTCAAGCCATCCAGAAATGGGACGGTGATGATCAA
GATCTTGCTCAGGTCTACAACGCTCTGGGGGGTGAGTTATGTCCGAGAGGACAAACTGGA
CAAAG*AATCGCTCAGTTTGAGATGGCGGTGAAGAT*CAGCCTGGTTATGTAAC

QA 5 718 5 718
DS 

RD RR3FM13TF 666 0 0
G
CTCCATCCCAAAACGATATCTTTACAGATACATGGAAGGACTAACGCAGAACTTGCTGCT
AGAGGGTTACCGGTTTTGAAAAAAGCTTCTTTGAAGAAGCTACCGAGCAAAGGATCTACC
TTTCTGCTGGGGCATAGCTTGTTGATGGTCTCTGCTTATCCACAGCTGGCAGCAGCGTCT
GAGATCGTGAAGCCTGAGCCTATTTACGAAGTTGGAGAGTTGTTTGAGCTAGGGATTCAG
CTTTCTTACTTGCTGTTGCTACTGGGTTTGCTCGGAGTTGGTACTTTCTATGTCATTCGC
CAAGTACTCGTCCGCGGAGAACTTGACCTCTCTGCCAAAGAACTACAGGAACAAGTAAGG
AGCGGGGATGCAAGTGTAACAGAGCTCTTTGAGCTCGGTGCAGTGATGCTGAGACGCAAA
TTTTATCCTGCAGCCAACAAGTTCTTGCTTCAAGCCATCCAGAAATGGGACGGTGATGAT
CAAGATCTTGCTCAGGTCTACAACGCTCTGGGGG*TGAGTTATGTCCGAGAGGACAAACT
GGACAAAGGAATCGCTCAGTTTGAGATGGCGGTGAAGATTCAGCCTGGTCATGTAACGGC
TTGGAACAACCTTGGAGATGCTTACGAGAAGAAGAAG*AGCTGCCTTTGGCGTTGAA
GCGTTTGA

QA 2 658 2 658
DS 

RD RR3GH08JQ 749 0 0
CTTCTTTGAAGAAGCTACCGAGCAAAGGATCTACCTTTCTGCTGGGGCATAGCTTGTTGA
TGGTCTCTGCTTATCCACAGCTGGCAGCAGCGTCAGAGATCGTGAAGCCTGAGCCTATTT
ACGAAGTTGGAGAGTTGTTTGAGCTAGGGATTCAGCTTTCTTACTTGCTGTTGCTACTGG
GTTTGCTCGGAGTTGGTACTTTCTATGTCATTCGCCAAGTACTTGTCCGCAGAGAACTTG
ACCTCTCTGCCAAAGAACTACAGGAACAAGTAAGGAGCGGGGATGCAAGTGCAACAGAGC
TCTTTGAGCTCGGTGCAGTGATGCTGAGACGCAAATTTTATCCTGCAGCCAACAAGTTCT
TGCTTCAAGCCATCCAGAAATGGGACGGTGATGATCAAGATCTTGCTCAGGTCTACAACG
CTCTGGGGG*TGAGTTATGTCCGAGAGGACAAACTGGACAAAGGAATCGCTCAGTTTGAG
ATGGCGGTGAAGATTCAGCCTGGTTATGTAACGGCTTGGAACAACCTTGGAGATGCTTAC
GAGAAGAAGAAGGAGCTGCCTTTGGCGTTGAAAGCGTTTGAAGAGGTTTTGTTGTTTGAT
CCGAACAACAAGGTGGCTCGGCCTCGAAGAGATGCGTTGAAGGATCGCGTTAAGCTCTAT
AAAGACGTTGTGGCGGTTAAGTCCAAGAAACGGTGACGAAGAAACCAATAAACGGTGTCT
CTCTCTTATGTTTATTTTGTAAGGACATT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3FM13JQ 754 0 0
CTGCTGGGGCATAGCTTGTTGATGGTCTCTGCTTATCCACAGCTGGCAGCAGCGTCTGAG
ATCGTGAAGCCTGAGCCTATTTACGAAGTTGGAGAGTTGTTTGAGCTAGGGATTCAGCTT
TCTTACTTGCTGTTGCTACTGGGTTTGCTCGGAGTTGGTACTTTCTATGTCATTCGCCAA
GTACTCGTCCGCGGAGAACTTGACCTCTCTGCCAAAGAACTACAGGAACAAGTAAGGAGC
GGGGATGCAAGTGTAACAGAGCTCTTTGAGCTCGGTGCAGTGATGCTGAGACGCAAATTT
TATCCTGCAGCCAACAAGTTCTTGCTTCAAGCCATCCAGAAATGGGACGGTGATGATCAA
GATCTTGCTCAGGTCTACAACGCTCTGGGGG*TGAGTTATGTCCGAGAGGACAAACTGGA
CAAAGGAATCGCTCAGTTTGAGATGGCGGTGAAGATTCAGCCTGGTCATGTAACGGCTTG
GAACAACCTTGGAGATGCTTACGAGAAGAAGAAGGAGCTGCCTTTGGCGTTGAAAGCGTT
TGAAGAGGTTTTGTTGTTTGATCCGAACAACAAGGTGGCTCGGCCTCGAAGAGATGCGTT
GAAGGATCGCGTTAAGCTCTATAAAGACGTTGTGGCGGTTAAGTCCAAGAAACGGTGACG
AAGAAACCAATAAACGGTGTCTCTCTCTTATGTTTATTTTGTAAGGACATTTTGTGTTAC
TCTTAAACAATAAAATCACTCATCTTATTATTCG

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 7

CO CL918Contig1 513 7 13 U
GGAATTCACAAATTATTAAATCTAAATCAAAAACAGAAAAGATCAATCAGAAAAGAAAAC
ATATAAAAATGGACAGCAGCGTAAAAAGTTTTTTGTTCATTGTTATTTTGGTGATCATAT
TGATTTCTACAGAAATACAAAATGGACATGCTCACCCGTTGAATATATATTGTAAGAAAG
TACGAAGCAAGACGGCTCCACCTGACACTTGTAATAAAAAAAATGCTGATGCATTGTGCA
AAAACACTTGTTGGACAAGAGAAACTTATATCGAAGGAAAATGTCTAATACTTCCAAAGA
CTACAAATAAAGCTTGCTACTGCTACCATTTCGACGATGGATCAAAATGCCCAGGAAGCT
AATTCTGTAGACTATGATATTGTATAATTCAAAATTCTCAATCTAACTACTACTTAATAT
CAATAATAATAAGTAACAAGATCTTGATGTGCATCCGCACGAGATATCTATCAATTAATC
ATTAGTTGTATTTATATTTAAATTCATATTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E934JQ C 5
AF RR3E934TF U 5
AF RR3FS51TF U 1
AF RR3CD58JQ C 6
AF RR3CD58TF U 6
AF RR3D585JQ C 93
AF RR3D585TF U 93
BS 1 68 RR3FS51TF
BS 69 69 RR3E934TF
BS 70 141 RR3FS51TF
BS 142 142 RR3E934TF
BS 143 357 RR3FS51TF
BS 358 358 RR3E934TF
BS 359 389 RR3FS51TF
BS 390 390 RR3E934TF
BS 391 453 RR3FS51TF
BS 454 454 RR3CD58TF
BS 455 478 RR3FS51TF
BS 479 505 RR3CD58TF
BS 506 513 RR3D585TF

RD RR3E934JQ 411 0 0
GAC
ACAAATTATTAAATCTAAATCAAAAACAGAAAAGATCAATCAGAAAAGAAAACATATAAA
AATGGACAGCAGCGTAAAAAGTTTTTTGTTCATTGTTATTTTGGTGATCATATTGATTTC
TACAGAAATGCAAAATGGACATGCTCACCCGTTGAATATATATTGTAAGAAAGTACGAAG
CAAGACGGCTCCACCTGACACTTGTAATAAAAAAA*TGCTGATGCATTGTGCAAAAACAC
TTGTTGGACAAGAGAAACTTATATCGAAGGAAAATGTCTAATACTTCCAAAGACTACAAA
TAAAGCTTGCTACTGCTACCATTTCGACGATGGATCAAAATGCCCAGGAAGCTAATTCTG
TAGACTATGATATTGTATAATTCAAAATTCTCAATCTAACTACTACTT

QA 4 411 4 411
DS 

RD RR3E934TF 411 0 0
GAC
ACAAATTATTAAATCTAAATCAAAAACAGAAAAGATCAATCAGAAAAGAAAACATATAAA
AATGGACAGCAGCGTAAAAAGTTTTTTGTTCATTGTTATTTTGGTGATCATATTGATTTC
TACAGAAATGCAAAATGGACATGCTCACCCGTTGAATATATATTGTAAGAAAGTACGAAG
CAAGACGGCTCCACCTGACACTTGTAATAAAAAAA*TGCTGATGCATTGTGCAAAAACAC
TTGTTGGACAAGAGAAACTTATATCGAAGGAAAATGTCTAATACTTCCAAAGACTACAAA
TAAAGCTTGCTACTGCTACCATTTCGACGATGGATCAAAATGCCCAGGAAGCTAATTCTG
TAGACTATGATATTGTATAATTCAAAATTCTCAATCTAACTACTACTT

QA 4 411 4 411
DS 

RD RR3FS51TF 484 0 0
GGAATTCACAAATTATTAAATCTAAATCAAAAACAGAAAAGATCAATCAGAAAAGAAAAC
ATATAAAA*TGGACAGCAGCGTAAAAAGTTTTTTGTTCATTGTTATTTTGGTGATCATAT
TGATTTCTACAGAAATACAAATTGGACATGCTCACCCGTTGAATATATATTGTAAGAAAG
TACGAAGCAAGACGGCTCCACCTGACACTTGTAATAAAAAAAATGCTGATGCATTGTGCA
AAAACACTTGTTGGACAAGAGAAACTTATATCGAAGGAAAATGTCTAATACTTCCAAAGA
CTACAAATAAAGCTTGCTACTGCTACCATTTCGACGATGGATCAAAATGCCCAGGAAACT
AATTCTGTAGACTATGATATTGTATAATTTAAAATTCTCAATCTAACTACTACTTAATAT
CAATAATAATAAGTAACAAGATCTTGATGTGCAACCGCACGAGATATCTATCAATTAA
AAAAAA

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3CD58JQ 500 0 0
GG
ACAAATTATTAAATCTAAATCAAAAACAGAAAAGATCAATCAGAAAAGAAAACATATAAA
AATGGACAGCAGCGTAAAAAGTTTTTTGTTCATTGTTATTTTGGTGATCATATTGATTTC
TACAGAAATACAAAATGGACATGCTCACCCGTTGAATATATATTGTAAGAAAGTACGAAG
CAAGACGGCTCCACCTGACACTTGTAATAAAAAAAATGCTGATGCATTGTGCAAAAACAC
TTGTTGGACAAGAGAAACTTATATCGAAGGAAAATTTCTAATACTTCCAAAGACTACAAA
TAAAGCTTGCTACTGCTACCATTTCGACGATGGATCAAAATGCCCAGGAAGCTAATTCTG
TAGACTATGATATTGTATAATTCAAAATTCTCAATCTAACTACTACTTAATATCAATAAT
AATAAGTAACAAGATCTTGATGTGCATCCGCACGAGATATCTATCAATTAATCATTAGTT
GTATTTATATTTAAATTC

QA 3 500 3 500
DS 

RD RR3CD58TF 500 0 0
GG
ACAAATTATTAAATCTAAATCAAAAACAGAAAAGATCAATCAGAAAAGAAAACATATAAA
AATGGACAGCAGCGTAAAAAGTTTTTTGTTCATTGTTATTTTGGTGATCATATTGATTTC
TACAGAAATACAAAATGGACATGCTCACCCGTTGAATATATATTGTAAGAAAGTACGAAG
CAAGACGGCTCCACCTGACACTTGTAATAAAAAAAATGCTGATGCATTGTGCAAAAACAC
TTGTTGGACAAGAGAAACTTATATCGAAGGAAAATTTCTAATACTTCCAAAGACTACAAA
TAAAGCTTGCTACTGCTACCATTTCGACGATGGATCAAAATGCCCAGGAAGCTAATTCTG
TAGACTATGATATTGTATAATTCAAAATTCTCAATCTAACTACTACTTAATATCAATAAT
AATAAGTAACAAGATCTTGATGTGCATCCGCACGAGATATCTATCAATTAATCATTAGTT
GTATTTATATTTAAATTC

QA 3 500 3 500
DS 

RD RR3D585JQ 421 0 0
GG
GTTCATTGTTATTTTGGTGATCATATTGATTTCTACAGAAATACAAAATGGACATGCTCA
CCCGTAGAATATATATTGTAAGAAAGTACGAAGCAATACGGCTCCACCTGACACTTGTAA
TAAAAAAAATGCTGATGCATTGTGCAAAAACACTTGTTGGACAAGAGAAACTTATATCGA
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CGATGGATCAAAATGCCCAGGAAGCTAATTCTGTAGACTATGATATTGTATAATTCAAAA
TTCTCAATCTAACTACTACTTAATATCAATAATAATAAGTAACAAGATCTTGATGTGCAT
CCGCACGAGATATCTATCAATTAATCATTAGTTGTATTTATATTTAAATTCATATTTTT

QA 3 421 3 421
DS 

RD RR3D585TF 421 0 0
GG
GTTCATTGTTATTTTGGTGATCATATTGATTTCTACAGAAATACAAAATGGACATGCTCA
CCCGTAGAATATATATTGTAAGAAAGTACGAAGCAATACGGCTCCACCTGACACTTGTAA
TAAAAAAAATGCTGATGCATTGTGCAAAAACACTTGTTGGACAAGAGAAACTTATATCGA
AGGAAAATGTCTAATACTTCCAAAGACTACAAATAAAGCTTGCTACTGCTACCATTTCGA
CGATGGATCAAAATGCCCAGGAAGCTAATTCTGTAGACTATGATATTGTATAATTCAAAA
TTCTCAATCTAACTACTACTTAATATCAATAATAATAAGTAACAAGATCTTGATGTGCAT
CCGCACGAGATATCTATCAATTAATCATTAGTTGTATTTATATTTAAATTCATATTTTT

QA 3 421 3 421
DS 



AS 1 7

CO CL919Contig1 594 7 7 U
GGAATCAAAACTGATAGAACTTACTCTCTAATATATTTTGTATCCTTTTCTCTTCTTTGA
ATCACCAATTATGTCTCAACAATCATTCAATGCTGGACAAACCAGAGGCCATGCTCAAGA
GAAGGCTGAGCAGTGGACTGAGTCTGCCAAGCAGACCGCACAATCAGCATGTGACAAGAC
TGCAGATGCAGCACTATCAGCACGTGACAAGACTGCCAATTTGACACAATCAACACATAG
CAAGTCTGCAGATGCATCTCATTCCACCCACGCATCTGCTCAACATGGCCAGGAACAAAC
CACTGGTTTTCTCGGTCAGACCGGTGAATCTGTGAAGAACATGGCTCAGGGTGCTTTCGA
TGGTGTTAAAAACAGCCTTGGCATGAACGAGAAGAAATGAGGAGATGAGTATTCGTACTT
CTCAAATAACTATTTATATATTCATGGCTATTTCTGGTTTCTAGCAATTTTTTATTTCTC
TAAATTATGTTTGTAATAAATATATTTTTGAAAGGTTTCATGATCATAAGATATGAGATC
TATATATAATAATTTGGGGG*GGTATTACACCCCAGTTTTTATTTTAAAAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 10 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CH60JQ C 143
AF RR3CH60TF U 1
AF RR3C639TF U 190
AF RR3D946JQ C 145
AF RR3F267JQ C 51
AF RR3D946TF U 1
AF RR3F267TF U 1
BS 1 142 RR3CH60TF
BS 143 143 RR3D946TF
BS 144 559 RR3CH60TF
BS 560 560 RR3D946TF
BS 561 579 RR3CH60TF
BS 580 580 RR3D946JQ
BS 581 594 RR3CH60TF

RD RR3CH60JQ 186 0 0
C
CTGCCAAGCAGACCGCACAATCAGCATGTGACAAGACTGCAGATGCAGCACTATCAGCAC
GTGACAAGACTGCCAATTTGACACAATCAACACATAGCAAGTTTGCAGATGCATTTCATT
CCACCCACGCATTTGCTCAACATGGCCAGGAACAAACCACTGGTTTTTTCGGTCAGACCG
G
GGAA

QA 2 182 2 182
DS 

RD RR3CH60TF 594 0 0
GGAATCAAAACTGATAGAACTTACTCTCTAATATATTTTGTATCCTTTTCTCTTCTTTGA
ATCACCAATTATGTCTCAACAATCATTCAATGCTGGACAAACCAGAGGCCATGCTCAAGA
GAAGGCTGAGCAGTGGACTGAGCCTGCCAAGCAGACCGCACAATCAGCATGTGACAAGAC
TGCAGATGCAGCACTATCAGCACGTGACAAGACTGCCAATTTGACACAATCAACACATAG
CAAGTCTGCAGATGCATCTCATTCCACCCACGCATCTGCTCAACATGGCCAGGAACAAAC
CACTGGTTTTCTCGGTCAGACCGGTGAATCTGTGAAGAACATGGCTCAGGGTGCTTTCGA
TGGTGTTAAAAACAGCCTTGGCATGAACGAGAAGAAATGAGGAGATGAGTATTCGTACTT
CTCAAATAACTATTTATATATTCATGGCTATTTCTGGTTTCTAGCAATTTTTTATTTCTC
TAAATTATGTTTGTAATAAATATATTTTTGAAAGGTTTCATGATCATAAGATATGAGATC
TATATATAATAATTTGGGGT*GGTATTACACCCCAGTTTCTATTTTAAAAAAAA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3C639TF 382 0 0
G
GCACTATCAGCACGTGACAAGACTGCCAATTTGACACAATCAACACATAGCAAGTCTGCA
GATGCATCTCATTCCACCCACGCATCTGCTCAACATGGCCAGGAACAAACCACTGGTTTT
CTCGGTCAGACCGGTGAATCTGTGAAGAACATGGCTCAGGGTGCTTTCGATGGTGTTAAA
AACAGCCTTGGCATGAACGAGAAGAAATGAGGAGATGAGTATTCGTACTTCTCAAATAAC
TATTTATATATTCATGGCTATTTCTGGTTTCTAGCAATTTTTTATTTCTCTAAATTATGT
TTGTAATAAATATATTTTTGAAAGGTTTCATGATCATAAGATATGAGATCTATATATAAT
AATTTGGGGT*GGTATTACAC

QA 2 382 2 382
DS 

RD RR3D946JQ 442 0 0
TGCCAAGCAGACCGCACAATCAGCATGTGACAAGACTGCAGGTGCAGCACTATCAGCACG
TGACAAGACTGCCAATTTGACACAATCAACACATAGCAAGTTTGCAGATGCATTTCATTC
CACCCACGCATTTGCTCAACATGGCCAGGAACAAACCACTGGTTTTTTCGGTCAGACCGG
TGAATTTGTGAAGAACATGGCTCAGGGTGCTTTCGATGGTGTTAAAAACAGCCTTGGCAT
GAACGAGAAGAAATGAGGAGATGAGTATTCGTACTTTTCAAATAACTATTTATATATTCA
TGGCTATTTTTGGTTTTTAGCAATTTTT*ATTTTTTTAAATTATGTTTGTAATAAATATA
TTTTTGAAAGGTTTCATGATCATAAGATATGAGATCTATATATAATAATTTGGGGG*GGT
ATTACACCCCAGTTTTTATTTT

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR3F267JQ 536 0 0
TCTTCTTTGAATCACCAATTATGTCTCAACAATCATTCAATGCTGGACAAACCAGAGGCC
ATGCTCAAGAGAAGGCTGAGCAGTGGACTGAGTTTGCCAAGCAGACCGCACAATCAGCAT
GTGACAAGACTGCAGATGCAGCACTATCAGCACGTGACAAGACTGCCAATTTGACACAAT
CAACACATAGCAAGTTTGCAGATGCATTTCATTCCACCCACGCATTTGCTCAACATGGCC
AGGAACAAACCACTGGTTTTTTCGGTCAGACCGGTGAATCTGTGAAGAACATGGCTCAGG
GTGCTTTCGATGGTGTTAAAAACAGCCTTGGCATGAACGAGAAGAAATGAGGAGATGAGT
ATTCGTACTTTTCAAATAACTATTTATATATTCATGGCTATTTTTGGTTTTTAGCAATTT
TTTATTTTTTTAAATTATGTTTGTAATAAATATATTTTTGAAAGGTTTCATGATCATAAG
ATATGAGATCTATATATAATAATTTGGGGG*GGTATTACACCCCAGTTTTTATTTT

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR3D946TF 571 0 0
GGAATCAAAACTGATAGAACTTACTCTCTAATATATTTTGTATCCTTTTCTCTTCTTTGA
ATCATCAATTATGTCTCAACAATCATTCAATGCTGGACAAACCAGAGGCCATGCTCAAGA
GAAGGCTGAGCAGTGGACTGAGTCTGCCAAGCAGACCGCACAATCAGCATGTGACAAGAC
TGCAGGTGCAGCACTATCAGCACGTGACAAGACTGCCAATTTGACACAATCAACACATAG
CAAGTCTGCAGATGCATCTCATTCCACCCACGCATCTGCTCAACATGGCCAGGAACAAAC
CACTGGTTTTCTCGGTCAGACCGGTGAATCTGTGAAGAACATGGCTCAGGGTGCTTTCGA
TGGTGTTAAAAACAGCCTTGGCATGAACGAGAAGAAATGAGGAGATGAGTATTCGTACTT
CTCAAATAACTATTTATATATTCATGGCTATTTCTGGTTTCTAGCAATTTTT*ATTTCTC
TAAATTATGTTTGTAATAAATATATTTTTGAAAGGTTTCATGATCATAAGATATGAGATC
TATATATAATAATTTGGGGGTGGTATTACAC

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3F267TF 571 0 0
GGAATCAAAACTGATAGAACTTACTCTCTAATATATTTTGTATCCTTTTCTCTTCTTTGA
ATCACCAATTATGTCTCAACAATCATTCAATGCTGGACAAACCAGAGGCCATGCTCAAGA
GAAGGCTGAGCAGTGGACTGAGTCTGCCAAGCAGACCGCACAATCAGCATGTGACAAGAC
TGCAGATGCAGCACTATCAGCACGTGACAAGACTGCCAATTTGACACAATCAACACATAG
CAAGTCTGCAGATGCATCTCATTCCACCCACGCATCTGCTCAACATGGCCAGGAACAAAC
CACTGGTTTTCTCGGTCAGACCGGTGAATCTGTGAAGAACATGGCTCAGGGTGCTTTCGA
TGGTGTTAAAAACAGCCTTGGCATGAACGAGAAGAAATGAGGAGATGAGTATTCGTACTT
CTCAAATAACTATTTATATATTCATGGCTATTTCTGGTTTCTAGCAATTTTTTATTTCTC
TAAATTATGTTTGTAATAAATATATTTTTGAAAGGTTTCATGATCATAAGATATGAGATC
TATATATAATAATTTGGGGT*GGTATTACAC

QA 1 571 1 571
DS 



AS 2 7

CO CL920Contig1 841 3 3 U
CGAACAATAATCGCTTGTAAAGGTAAACACAATATAGATTAAAGATTGTATCATCACACC
AATCATTAAATCGTTTCAAGAAAAAAAAAGAAGAATATTTGGATGATATTGAATACTCTC
AAAGCTCTCAACTTCTGGACACTCACTCCAGGTTATTTAGTATTACTCAAAGGAATTGCT
CTCAAACCAAGAAAGAGCAAGGATTCAATAGAATTTGAAAGAAGTGACCATATAGATGGA
CATAACATGAGGTCAAAAGAATCACCAAGGTATCTCCTGGCCATCCCATGCGAAGAACTT
GCCGTTGTCTTGTTTCTTTGCATTGTTGATGATGTGCAATAGTTTCTGAACAGAGTACTC
TTTTGTGAAAAGCTTTCCTTCAGGAACATTCCTTTGGAACGGTCGAGAGAGATCGGTGTC
TACTGTGCCTGGATGCAGTAGAATGCATACCACAGGATCCTTCCTCCTACCCAACTCAAC
CGACACATTCTTTGTCAATTGGTTGAGTGCGGTTTTTGAAGCCCTGTAAGAGTGCCAACC
ACCAAGTTTGTTATCTCCAATGGATCCAACTCGGGCACTTAAATTGGCTACAACAGCAAC
TTCCCTCTCGGTTCCATTTCCTCCACCAGCCTTAAGCAGTGGCCACATATGCTTCATTAC
TAGAATTGGACCAACCGCATTAACCTCATATGCAAGCATCAATGATGCTTTTTCAACCTT
GTTCAATGTTGTTTCTGGCTGCAGTACACCAGGAATTGAAAGTATGCCAGTTGCATTTAT
AAGTAAGTTGAGAGAACCATATCTTTCTCTTACAGATTCCGCTGATTCCTCAATGGTGGT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3BY35JQ U 1
AF RR3C016JQ U 98
AF RR3BY35TF C 106
BS 1 708 RR3BY35JQ
BS 709 826 RR3C016JQ
BS 827 841 RR3BY35TF

RD RR3BY35JQ 708 0 0
CGAACAATAATCGCTTGTAAAGGTAAACACAATATAGATTAAAGATTGTATCATCACACC
AATCATTAAATCGTTTCAAGAAAAAAAAAGAAGAATATTTGGATGATATTGAATACTCTC
AAAGCTCTCAACTTCTGGACACTCACTCCAGGTTATTTAGTATTACTCAAAGGAATTGCT
CTCAAACCAAGAAAGAGCAAGGATTCAATAGAATTTGAAAGAAGTGACCATATAGATGGA
CATAACATGAGGTCAAAAGAATCACCAAGGTATCTCCTGGCCATCCCATGCGAAGAACTT
GCCGTTGTCTTGTTTCTTTGCATTGTTGATGATGTGCAATAGTTTCTGAACAGAGTACTC
TTTTGTGAAAAGCTTTCCTTCAGGAACATTCCTTTGGAACGGTCGAGAGAGATCGGTGTC
TACTGTGCCTGGATGCAGTAGAATGCATACCACAGGATCCTTCCTCCTACCCAACTCAAC
CGACACATTCTTTGTCAATTGGTTGAGTGCGGTTTTTGAAGCCCTGTAAGAGTGCCAACC
ACCAAGTTTGTTATCTCCAATGGATCCAACTCGGGCACTTAAATTGGCTACAACAGCAAC
TTCCCTCTCGGTTCCATTTCCTCCACCAGCCTTAAGCAGTGGCCACATATGCTTCATTAC
TAGAATTGGACCAACCGCATTAACCTCATATGCAAGCATCAATGATGC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3C016JQ 736 0 0
TTTGGATGATATTGAATACTCTCAAAGCTCTCAACTTCTGGACACTCACTCCAGGTTATT
TAGTATTACTCAAAGGAATTGCTCTCAAACCAAGAAAGAGCAAGGATTAAATAGAATTTG
AAAGAAGTGACCATATAGATGGACATAACATGAAGTCAAAAGAATCACCAAGGTATCTCC
TGGCCATCCCATGCGAAGAACTTGCCGTTGTCTTGTTTCTTTGCATTGTTGATGATGTGC
AATAGTTTCTGAACAGAGTACTCTTTTGTGAAAAGCTTTCCTTCAGGAACATTCCTTTGG
AACGGTCGAGAGAGATCAGTGTCTACTGTGCCTGGATGCAGTAGAATGCATACCACAGGA
TCCTTCCTCCTACCCAACTCAACCGACACATTCTTTGTCAATTGGTTGAGTGCGGTTTTT
GAAGCCCTGTAAGAGTGCCAACCACCAAGTTTGTTATCTCCAATGGATCCAACTCGGGCA
CTTAAATTGGCTACAACAGCAACTTCCCTCTCGGTTCCATTTCCTCCACCAGCCTTAAGC
AGTGGCCACATATGCTTCATTACTAGAATTGGACCAACCGCATTAACCTCATATGCAAGC
ATCAATGATGCTTTTTCAACCTTGTTCAATGTTGTTTCTGGCTGCAGTACACCAGGAATT
GAAAGTATGCCAGTTGCATTTATAAGTAAGTTGAGAGAACCATATCTTTCTCTTACAGAT
TCCGCTGAT
CCTCAAT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3BY35TF 736 0 0
ATATTGAATACTCTCAAAGCTCTCAACTTCTGGACACTCACTCCAGGTTATTTAGTATTA
CTCAAAGGAATTGCTCTCAAACCAAGAAAGAGCAAGGATTCAATAGAATTTGAAAGAAGT
GACCATATAGATGGACATAACATGAGGTCAAAAGAATCACCAAGGTATCTCCTGGCCATC
CCATGCGAAGAACTTGCCGTTGTCTTGTTTCTTTGCATTGTTGATGATGTGCAATAGTTT
CTGAACAGAGTACTCTTTTGTGAAAAGCTTTCCTTCAGGAACATTCCTTTGGAACGGTCG
AGAGAGATCGGTGTCTACTGTGCCTGGATGCAGTAGAATGCATACCACAGGATCCTTCCT
CCTACCCAACTCAACCGACACATTCTTTGTCAATTGGTTGAGTGCGGTTTTTGAAGCCCT
GTAAGAGTGCCAACCACCAAGTTTGTTATCTCCAATGGATCCAACTCGGGCACTTAAATT
GGCTACAACAGCAACTTCCCTCTCGGTTCCATTTCCTCCACCAGCCTTAAGCAGTGGCCA
CATATGCTTCATTACTAGAATTGGACCAACCGCATTAACCTCATATGCAAGCATCAATGA
TGCTTTTTCAACCTTGTTCAATGTTGTTTCTGGCTGCAGTACACCAGGAATTGAAAGTAT
GCCAGTTGCATTTATAAGTAAGTTGAGAGAACCATATCTTTCTCTTACAGATTCCGCTGA
TTCCTCAATGGTGGTT

QA 1 736 1 736
DS 



CO CL920Contig2 1179 4 40 U
TTTTTATCTTAAATCTCACACATCCGAAAGATAGCATCCAACGCCCTACTCTTTCACAAT
GAACACTCTGATGAAGACAGGTGGAGCATGGCTTGTTTCGCCGTCGTTGGCAGCTGTGAG
GAGGATGAGTGTAGCTGGTTTCGCCACGTCATCATCATCTTCTTCCGTACACAATTGGGA
AGGTGGAGTTTCCATGGTCCAAGGAGCTTCCAGAGGCATCGGCCTCGAGTTTGTAAGGCA
GTTGCTAGAGAACAGTAAGAAAGGACATGTTGTTGCCACTTGCCGGAATCCAAAAGAAGC
AACAAGTCTCATTAATCTGAAGAATAGCTTCTCTGAGAGGCTTTTCATCCAAAAGCTTGA
TGTTACAGATGAAACTACCATTGAGGAATCAGCGGAATCTGTAAGAGAAAGATATGGTTC
TCTAAATTTACTTATAAATGCAACTGGTATACTTTCAATCCCTGGTGTATTGCAGCCAGA
AACAACATTGAACAAGGTTGAAAAATCATCATTGATGCTTGCGTATGAGGTTAATGCGGT
TGGTCCAATTCTAGTAATGAAGCATATGTGGCCACTGCTTAAGGCTGGTGGAGGAAATGG
AACGGAGAGGGAAGTTGCTGTTGTAGCCAATTTAAGCGCACGAGTTGGATCAATTGGAGA
TAACAAACTTGGTGGTTGGCACTCTTACAGGGCTTCAAAAACCGCACTCAACCAATTGAC
GAAGAATGTATCGGTTGAGTTGGGTAGGAGGAAGGATCCTGTGGTATGCATTCTACTGCA
TCCAGGCACGGTAGACACTGATCTCTCTCGACCGTTCCAAAGGAATGTTCCTGAAGGAAA
GCTTTTCACAAAAGAGTACTCTGTTCAGAAACTATTGCACATCATCAAGAATGCAAAGAA
ACAAGACAACGGCAAGTTCTTCGCATGGGATGGCCAGGAGATACCTTGGTGATTCTTTTG
ACTTCTTGTTATGTCCATCTGAATGGTCACTTCTTTCAAATTCTATTGAATCCTTTGGTC
TTTCTTGGTTTGAGAGCAATTCCTTTGAGTAATACTAAATAACCTGGAGTGAGTGTCCAG
AAGTTGAGGAGCTTTGAGAGTATCCAATATCATCCAAATATTCTTCTTTTTTTTTTTTGA
AACGATTTAATGATTAGTGTGATGATACAATCTTTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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GG
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TGCTTAAGGCTGGTGGAGGAAATGGAACCGAGAGGGAAGTTGCTGTTGTAGCCAATTTAA
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GATGATACAATCTTTAACC

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DS 



AS 1 6

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CGGCCCCGTCGTCGTCAAAACCATCGGCGCCACCGTCTTCGTCGTTCTTATGTCCAGCGT
CTACAGTTTGCTGAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTCCTCAATCCTACCGA
TCAGGTCCTCGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGGTTTGTGCTATTTCT
CTCGCTCATGATTGATCGGCTACACCATTACATCAGGGAGTTGCGGTTGCTTAGGAAGAC
AATGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGCAAGAACACGAGCGGGGA
AGAAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGCAGCGTTGAAGGCAAAGATCAAGAAATTAGA
ATCTGAAAGTGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAAGCTGAAACAGAGGCTCT
GAGAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTTGAGGATAATCAGAA
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AATACTTTAATGTGTTTTGATATATAGTAGACATAATTGAGGT


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 35 35 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3A359TF U 5
AF RR3BA25TF U 10
AF RR3GV07TF U 1
AF RR3BA25JQ C 10
AF RR3A359JQ C 5
AF RR3GV07JQ C 217
BS 1 167 RR3GV07TF
BS 168 168 RR3A359TF
BS 169 361 RR3GV07TF
BS 362 362 RR3A359TF
BS 363 367 RR3GV07TF
BS 368 370 RR3A359TF
BS 371 666 RR3GV07TF
BS 667 667 RR3A359JQ
BS 668 731 RR3GV07TF
BS 732 883 RR3A359JQ

RD RR3A359TF 660 0 0
GGAAC
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GCTCCTCTACTCGGTGATCTTCGCCGAAATGGCCTTAATCCTCCTTCTCCTCTTCAAGAC
GCCTCTGCGGAAGCTAATCATCCTCACCTTCGATCGCATCAAACGCGGCCGCGGCCCCGT
CGTCGTCAAAACCATCGGCGCCACCGTCTTCGTCGTTCTTATGTCCAGCGTCTACAGTTT
GCTGAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTCCTCAATCCTACCGATCAGGTCCT
CGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGGTTTGTGCTTTTTCTCTCGCTCAT
GATTGATCGGCTACACCATTACATCAGGGAGTTGCGGTTGCTTAGGAAGACAATGGAGAC
TGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGCAAGAACACGAGCGGGGAAGAAGTTAA
AGCGCTCGGGGAAGAAATCGCAGCGTTGAAGGCAAAGATCAAGAAATTAGAATCTGAAAG
TGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAAGCTGAAACAGAGGCTCTGAGAAAATC
AGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTTGAGGATAATCAGAATCTC

QA 6 660 6 660
DS 

RD RR3BA25TF 653 0 0
ATCACGCTCTCCTGACTTCTCTCCGATCTAGGGTTTGCTCACACCGACAACGATGATCCA
GCTCCTCTACTCGGTGACCTTCGCTGAAATGGCCTTAATCCTCCTTCTCCTCTTCAAGAC
GCCTCTGCGGAAGCTAATCATCCTCACCTTCGATCGCATCAAACGCGGCCGCGGCCCCGT
CGTCGTCAAAACCATCGGCGCCACCGTCTTCGTCGTTCTTATGTCCAGCGTCTACAGTTT
GCTGAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTCCTCAATCCTACCGATCAGGTCCT
CGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGGTTTGTGCTATTTCTCTCGCTCAT
GATTGATCGGCTACACCATTACATCAGGGAGTTGCGGTTGCTTAGGAAGACAATGGAGAC
TGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGCAAGAACACGAGCGGGGAAGAAGTTAA
AGCGCTCGGGGAAGAAATCGCAGCGTTGAAGGCAAAGATCAAGAAATTAGAATCTGAGAG
TGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAAGCTGAAACAGAGGCTCTGAGAAAATC
AGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTTGAGGATAATCAGAATC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3GV07TF 731 0 0
GGATTCAACATCACGCTCTCCTGACTTCTCTCCGATCTAGGGTTTGCTCACACCGACAAC
GATGATCCAGCTCCTCTACTCGGTGATCTTCGCCGAAATGGCCTTAATCCTCCTTCTCCT
CTTCAAGACGCCTCTGCGGAAGCTAATCATCCTCACCTTCGATCGCACCAAACGCGGCCG
CGGCCCCGTCGTCGTCAAAACCATCGGCGCCACCGTCTTCGTCGTTCTTATGTCCAGCGT
CTACAGTTTGCTGAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTCCTCAATCCTACCGA
TCAGGTCCTCGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGGTTTGTGCTATTTCT
CGCGCTC***ATTGATCGGCTACACCATTACATCAGGGAGTTGCGGTTGCTTAGGAAGAC
AATGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGCAAGAACACGAGCGGGGA
AGAAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGCAGCGTTGAAGGCAAAGATCAAGAAATTAGA
ATCTGAAAGTGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAAGCTGAAACAGAGGCTCT
GAGAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTTGAGGATAATCAGAA
TCTCAG*AACCAGTTGGAGTCTATCGGCCATAGCCCAGAGGGAAAGAAGAGTATGTGAAA
CAGAGAAATAC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3BA25JQ 825 0 0
ATCACGCTCTCCTGACTTCTCTCCGATCTAGGGTTTGCTCACACCGACAACGATGATCCA
GCTCCTCTACTCGGTGACCTTCGCTGAAATGGCCTTAATCCTCCTTCTCCTCTTCAAGAC
GCCTCTGCGGAAGCTAATCATCCTCACCTTCGATCGCATCAAACGCGGCCGCGGCCCCGT
CGTCGTCAAAACCATCGGCGCCACCGTCTTCGTCGTTCTTATGTCCAGCGTCTACAGTTT
GCTGAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTCCTCAATCCTACCGATCAGGTCCT
CGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGGTTTGTGCTATTTCTCTCGCTCAT
GATTGATCGGCTACACCATTACATCAGGGAGTTGCGGTTGCTTAGGAAGACAATGGAGAC
TGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGCAAGAACACGAGCGGGGAAGAAGTTAA
AGCGCTCGGGGAAGAAATCGCAGCGTTGAAGGCAAAGATCAAGAAATTAGAATCTGAGAG
TGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAAGCTGAAACAGAGGCTCTGAGAAAATC
AGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTTGAGGATAATCAGAATCTCAGGAA
CCAGTTGGAGTCTATCGGCCATAGCCCAGAGGGAAAGAAGAGTATGTGAAACAGAGAAAT
ACAATGGTATTAATGTAATATTTTCTTTTGTAGAGCACAAAGAAACTTTAGGAAATGTGG
ATTTTCTGATCTTTGCTTTCTTACATTATGATATGTTTTCTTA
GC

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR3A359JQ 879 0 0
GGAAC
ATCACGCTCTC*TGACTTCTCTCCGATCTAGGGTTTGCTCACACCGACAACGATGATCCA
GCTCCTCTACTCGGTGATCTTCGCCGAAATGGCCTTAATCCTCCTTCTCCTCTTCAAGAC
GCCTCTGCGGAAGCTAATCATCCTCACCTTCGATCGCATCAAACGCGGCCGCGGCCCCGT
CGTCGTCAAAACCATCGGCGCCACCGTCTTCGTCGTTCTTATGTCCAGCGTCTACAGTTT
GCTGAGTATCCAACGCCGATCTGAGGATGGTGCCGTCCTCAATCCTACCGATCAGGTCCT
CGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTCTCTCATGGGGTTTGTGCTTTTTCTCTCGCTCAT
GATTGATCGGCTACACCATTACATCAGGGAGTTGCGGTTGCTTAGGAAGACAATGGAGAC
TGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGAGGATGGCAAGAACACGAGCGGGGAAGAAGTTAA
AGCGCTCGGGGAAGAAATCGCAGCGTTGAAGGCAAAGATCAAGAAATTAGAATCTGAAAG
TGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAGTGCACAAGCTGAAACAGAGGCTCTGAGAAAATC
AGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGATAGGCTGCTTGAGGATAATCAGAATCTCAGGAA
CCAGTTGGAGTCTATCGGCCATAGCCCAGAGGGAAAGAAGAGTATGTGAAACAGAGAAAT
ACAATGGTATTAATGTAATATTTTCTTTTGTAGAGCACAAAGAAACTTTAGGAAATGTGG
ATTTTCTGATCTTTGCTTTCTTACATTATGATATGTTTTCTTATCTTTGAAAATACTTTA
ATGTGTTTTGATATATAGTAGACATAATTGAGGT

QA 6 879 6 879
DS 

RD RR3GV07JQ 667 0 0
CTTCGTCGTTCTTATGTCCAGCGTCTACAGTTTGCTGAGTATCCAACGCCGATCTGAGGA
TGGTGCCGTCCTCAATCCTACCGATCAGGTCCTCGCCTCCAAGCATCTTCTCGAAGCTTC
TCTCATGGGGTTTGTGCTATTTCTCGCGCTC***ATTGATCGGCTACACCATTACATCAG
GGAGTTGCGGTTGCTTAGGAAGACAATGGAGACTGCAAAGAAACAGAACAGAAGTTTCGA
GGATGGCAAGAACACGAGCGGGGAAGAAGTTAAAGCGCTCGGGGAAGAAATCGCAGCGTT
GAAGGCAAAGATCAAGAAATTAGAATCTGAAAGTGAAAGCAAAGGCAAAGAACTGAAAAG
TGCACAAGCTGAAACAGAGGCTCTGAGAAAATCAGCTGATGGGTTTCTCATGGAGTATGA
TAGGCTGCTTGAGGATAATCAGAATCTCAGGAACCAGTTGGAGTCTATCGGCCATAGCCC
AGAGGGAAAGAAGAGTATGTGAAACAGAGAAATACAATGGTATTAATGTAATATTTTCTT
TTGTAGAGCACAAAGAAACTTTAGGAAATGTGGATTTTCTGATCTTTGCTTTCTTACATT
ATGATATGTTTTCTTATCTTTGAAAATACTTTAATGTGTTTTGATATATAGTAGACATAA
TTGAGG
C

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 7

CO CL922Contig1 564 7 4 U
GGGAATTCAATCGGAAGCAGGAAG***AATGAGCGGAGTTTCAACGGCAGCGTATTTCGC
ACGGCGAGCGGCGCAGAAGGAGAGGGTTCGAATCCTCTATCGACGCGCCCTTAAGGATAC
TCTCAATTGGGCTGTCCATCGCCACATTTTCTACCGAGACGCTTCTGATCTGCGCGAGAA
GTTCAACGCCAACCAAGATGTGGAGGATGTTGACAGAATCGACAAACTGATCGCTCATGG
TGAAGCTGAGTACGAAAAATGGCGGCACCCTGATCCTTATATCGTTCCATGGGCTCCTGG
TGGCTCCAAGTTCTGTAGAAACCCCACTCCACCTGCTGGGATTGAGATTGTGTACAACTA
TGGTCAAGAAGACAACCCATAAAACT*AATTTTCCTGTGGCTATGGTTCAGAAAATAAAT
TTTTACTTTCAAAGATGTTTCGTTTTAGCGTGACCACTCTTGTTTCAGCATGGTTTACAT
TTGTTCATCTAAAACATGTCATCATGAATCATGGAGGTCCCATGAAAACTTATTCAATAA
ACAA*CAAAAGTGTGTTCTGTCTT


BQ
30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 35 35 35 35 10 

AF RR3BU55JQ C 1
AF RR3BU55TF U 1
AF RR3CY83JQ C 1
AF RR3FO19TF U 84
AF RR3D681JQ C -4
AF RR3D681TF U -4
AF RR3CY83TF U 1
BS 1 346 RR3BU55TF
BS 347 347 RR3FO19TF
BS 348 563 RR3BU55TF
BS 564 564 RR3CY83JQ

RD RR3BU55JQ 563 0 0
GGGAATTCAATCGGAAGCAGGAAG***AATGAGCGGAGTTTCAACGGCAGCGTATTTCGC
ACGGCGAGCGGCGCAGAAGGAGAGGGTTCGAATCCTCTATCGACGCGCCCTTAAGGATAC
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TGAAGCTGAGTACGAAAAATGGCGGCACCCTGATCCTTATATCGTTCCATGGGCTCCTGG
TGGCTCCAAGTTCTGTAGAAACCCCACTCCACCTGCTGGGATTGAGGTTGTGTACAACTA
TGGTCAAGAAGACAACCCATAAAACT*AATTTTCCTGTGGCTATGGTTCAGAAAATAAAT
TTTTACTTTCAAAGATGTTTCGTTTTAGCGTGACCACTCTTGTTTCAGCATGGTTTACAT
TTGTTCATCTAAAACATGTCATCATGAATCATGGAGGTCCCATGAAAACTTATTCAATAA
ACAA*CAAAAGTGTGTTCTGTCT

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3BU55TF 563 0 0
GGGAATTCAATCGGAAGCAGGAAG***AATGAGCGGAGTTTCAACGGCAGCGTATTTCGC
ACGGCGAGCGGCGCAGAAGGAGAGGGTTCGAATCCTCTATCGACGCGCCCTTAAGGATAC
TCTCAATTGGGCTGTCCATCGCCACATTTTCTACCGAGACGCTTCTGATCTGCGCGAGAA
GTTCAACGCCAACCAAGATGTGGAGGATGTTGACAGAATCGACAAACTGATCGCTCATGG
TGAAGCTGAGTACGAAAAATGGCGGCACCCTGATCCTTATATCGTTCCATGGGCTCCTGG
TGGCTCCAAGTTCTGTAGAAACCCCACTCCACCTGCTGGGATTGAGGTTGTGTACAACTA
TGGTCAAGAAGACAACCCATAAAACT*AATTTTCCTGTGGCTATGGTTCAGAAAATAAAT
TTTTACTTTCAAAGATGTTTCGTTTTAGCGTGACCACTCTTGTTTCAGCATGGTTTACAT
TTGTTCATCTAAAACATGTCATCATGAATCATGGAGGTCCCATGAAAACTTATTCAATAA
ACAA*CAAAAGTGTGTTCTGTCT

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3CY83JQ 564 0 0
GGGAATTCAATCGGAAGCAGGAAG***AATGAGCGGAGTTTCAACGGCAGCGTATTTCGC
ACGGCGAGCGGCGCAGAAGGAGAGGGTTCGAATCCTCTATCGACGCGCCCTTAAGGATAC
TCTCAATTGGGCTGTCCATCGCCACATTTTCTACCGAGACGCTTCTGATCTGCGCGAGAA
GTTCAACGCCAACCAAGATGTGGAGGATGTTGACAGAATCGACAAACTGATCGCTCATGG
TGAAGCTGAGTACGAAAAATGGCGGCACCCTGATCCTTATATCGTTCCATGGGCTCCTGG
TGGCTCCAAGTTCTGTAGAAACCCCACTCCACCTGCTGGGATTGAGATTGTGTACAACTA
TGGTCAAGAAGACAACCCATAAAACT*AATTTTCCTGTGGCTATGGTTCAGAAAATAAAT
TTTTACTTTCAAAGATGTTTCGTTTTAGCGTGACCACTCTTGTTTCAGCATGGTTTACAT
TTGTTCATCTAAAACATGTCATCATGAATCATGGAGGTCCCATGAAAACTTATTCAATAA
ACAA*CAAAAGTGTGTTCTGTCTT

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3FO19TF 481 0 0
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ACATTTTCTACCGAGACGCTTCTGATCTGCGCGAGAAGTTCAACGTCAGCCAAGATGTGG
AGGATGTTGACAGAATCGACAAACTGATTGCTCATGGTGAAGCTGAGTACGACAAATGGC
GGCACCCTGATCCTTATATCGTTCCATGGGCTCTTGGTGGCTCCAAGTTCTGTAGAAACC
CCACTCCACCTGCTGGGATTGAGATTGTGTACAACTATGGTCAAGAAGACAACCCATAAA
ACTTAATTTTCCTGTGGCTATGGTTCAGAAAATAAATTTTTACTTTCAAAGATGTTTTGT
TTTAGCGTGACCACTCTTGTTTCAGCATGGTTTACATTTGTTCATCTAAAACATGTCATC
ATGAATCATGGATGTCCCATGAAAACTTATTCAATAAACAAACAAAAGTGTGTTCCGTCT
T

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR3D681JQ 569 0 0
GGGAGTT
GAATTCAATCGGAAGCAGGAGGAGGAATGAGCGGAGTTTCAACGGCGGCGTATTTCGCGC
GGCGAGCGGCGCAGAAGGAGAGGGTTCGAATCCTCTATCGACGCGCCCTTAAGGATACTC
TCAATTGGGCTGTTCATCGCCACATTTTCTACCGAGACGCTTCTGATCTGCGCGAGAAGT
TCAACGCCAACCAAGATGTGGAGGATGTTGACAGAATCGACAAACTGATTGCTCATGGTG
AAGCTGAGTACGACAAATGGCGGCACCCTGATCCTTATATCGTTCCATGGGCTCCTGGTG
GCTCCAAGTTCTGTAGAAACCCCACTCCACCTGCTGGGATTGAGATTGTGTACAACTATG
GTCAAGAAGACAACCCATAAAACTTAATTTTCCTGTGGCTATGGTTCAGAAAATAAATTT
TTACTTTCAAAGATGTTTTGTTTTAGCGTGACCACTCTTGTTTCAGCATGGTTTACATTT
GTTCATCTAAAACATGTCATCATGAATCATGGATGTCCCATGAAAACTTATTCAATAAAC
AAACAAAAGTGTGTTC
CGTCCT

QA 8 563 8 563
DS 

RD RR3D681TF 569 0 0
GGGAGTT
GAATTCAATCGGAAGCAGGAGGAGGAATGAGCGGAGTTTCAACGGCGGCGTATTTCGCGC
GGCGAGCGGCGCAGAAGGAGAGGGTTCGAATCCTCTATCGACGCGCCCTTAAGGATACTC
TCAATTGGGCTGTTCATCGCCACATTTTCTACCGAGACGCTTCTGATCTGCGCGAGAAGT
TCAACGCCAACCAAGATGTGGAGGATGTTGACAGAATCGACAAACTGATTGCTCATGGTG
AAGCTGAGTACGACAAATGGCGGCACCCTGATCCTTATATCGTTCCATGGGCTCCTGGTG
GCTCCAAGTTCTGTAGAAACCCCACTCCACCTGCTGGGATTGAGATTGTGTACAACTATG
GTCAAGAAGACAACCCATAAAACTTAATTTTCCTGTGGCTATGGTTCAGAAAATAAATTT
TTACTTTCAAAGATGTTTTGTTTTAGCGTGACCACTCTTGTTTCAGCATGGTTTACATTT
GTTCATCTAAAACATGTCATCATGAATCATGGATGTCCCATGAAAACTTATTCAATAAAC
AAACAAAAGTGTGTTC
CGTCCT

QA 8 563 8 563
DS 

RD RR3CY83TF 564 0 0
GGGAATTCAATCGGAAGCAGGAAG***AATGAGCGGAGTTTCAACGGCAGCGTATTTCGC
ACGGCGAGCGGCGCAGAAGGAGAGGGTTCGAATCCTCTATCGACGCGCCCTTAAGGATAC
TCTCAATTGGGCTGTCCATCGCCACATTTTCTACCGAGACGCTTCTGATCTGCGCGAGAA
GTTCAACGCCAACCAAGATGTGGAGGATGTTGACAGAATCGACAAACTGATCGCTCATGG
TGAAGCTGAGTACGAAAAATGGCGGCACCCTGATCCTTATATCGTTCCATGGGCTCCTGG
TGGCTCCAAGTTCTGTAGAAACCCCACTCCACCTGCTGGGATTGAGATTGTGTACAACTA
TGGTCAAGAAGACAACCCATAAAACT*AATTTTCCTGTGGCTATGGTTCAGAAAATAAAT
TTTTACTTTCAAAGATGTTTCGTTTTAGCGTGACCACTCTTGTTTCAGCATGGTTTACAT
TTGTTCATCTAAAACATGTCATCATGAATCATGGAGGTCCCATGAAAACTTATTCAATAA
ACAA*CAAAAGTGTGTTCTGTCT
T

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 7

CO CL923Contig1 811 7 16 U
GGATAGACTAAGACAAAAAAGAGTGGAGGAAAAGATAAGACAATGGATACACAAAGGTTA
CCAAAGAAAGAAGAGCAAGAAGAAGAAGTGGCTGATCATCAACCTTTTTCAATCTTCGAG
TCCATTAATGCTTTCTCTAAAGAGCAACACAACCATTCTATGGATGATATCGACAGCATT
TTCGGCATCAACATTGACAGTTTAGGCTGCTCTCATGAGCTCAATTGGGATTTTTGGAAA
GAAGAAGACGACGAAGAAGATGTGAAGGAAGAAGAGAAGAGTTTGAGTACTGATCAAGAA
GGCTCAAGTTCTGGTTTTTGGGATAATATGTCGACTGATTATGAAGACAGAGAGTTGGCT
CTGAAGCTGAATCTGAACCATCAAGAAGTTATTGATGCTTGGTCTGATCGCCGCCAGCAA
CCTCTGTGGACAGATACCTCAATGCTAATGGCTCCGGCCAATGCCCTATATAGTGGAGAA
GTGCCGGTGATGGACGAAGAGAGAAACACGAGAAGAGAAGCAAGTGTGTTAAGGTACAAA
GAGAAGAGACAGAGTAGGCTCTTCTCTAAGAAGATAAGGTATGAGGTCAGAAAACTCAAC
GCTGATAAACGACCTCGTTTCAAGGGTCGGTTCGTGAAAAGGGACACTTAAAAGGG*AAA
TAAATACCAGGAAGAAAAATATCTTCAATCTTCGATGTGTCTTTTTAATAGTATTATTAT
TCATATTTCACGTTTTATTTGTATTTTTATGAGATATCATTATCGACTTGTACAACTTTG
TCAAATTTGCAACGAAAATATCTCCTTCACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3ET55TF U 1
AF RR3EY56TF U 3
AF RR3DB72TF U 3
AF RR3E591TF U 8
AF RR3EY56JQ C 111
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AF RR3ET55JQ C 168
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RD RR3ET55TF 709 0 0
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CCTCTGTGGACAGATACCTCAATGCTAATGGCTCCGGCCAATGCCCTATATAGTGGAGAA
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TAAATACCAGGA*GAAAA*TATCTTCAATCTTCGATGTGTCTTTT
ATAG

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DS 

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CGACCTCGTTTCAAGGGTCGGTTCGTGAAAAGGGACACTTAAAAGGG*AAATAAATAC

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DS 

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GACGAAGAAGATGTGAAGGAAGAAGAGAAGAGTTTGAGTACTGATCAAGAAGGCTCAAGT
TCTGGTTTTTGGGATAATATGTCTACTGATTATGAAGACAGAGAGTTGGCTCTGAAGCTG
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QA 8 773 8 773
DS 

RD RR3E591TF 785 0 0
GG
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GAAGAGCAAGAAGAAGAAGTGGCTGATCATCAACCTTTTTCAATCTTCGAGTCCATTAAT
GCTTTCTCTAAAGAGCAACACAACCATTCTATGG*TGATATCGACAGCATTTTCGGCATC
AACATTGACAGTTTAGGCTGCTCTCATGAGCTCAATTGGGATTTTTGGAAAGAAGAAGAC
GACGAAGAAGATGTGAAGGAAGAAGAGAAGAGTTTGAGTACTGATCAAGAAGGCTCAAGT
TCTGGTTTTTGGGATAATATGTCGACTGATTATGAAGACAGAGAGTTGGCTCTGAAGCTG
AATCTGAACCATCAAGAAGTTATTGATGCTTGGTCTGATCGCCGCCAGCAACCTCTGTGG
ACAGATACCTCAATGCTAATGGCTCCGGCCAATGCCCTATATAGTGGAGAAGTGCCGGTG
ATGGACGAAGAGAGAAACACGAGAAGAGAAGCAAGTGTGTTAAGGTACAAAGAGAAGAGA
CAGAGTAGGCTCTTCTCTAAGAAGATAAGGTATGAGGTCAGAAAACTCAACACTGATAAA
CGACCTCGTTTCAAGGGTCGGTTCGTGAAAAGGGACACTTAAAAGGG*AAATAAATACCA
GGAAGAAAA*TATCTTCAATCTTCGATGTGTCTTTT*A*TAGTAT*ATTATTCATATTTC
ACGTTT*ATTTGTATTTT*ATGAGATATCATTATCGACTTGTACAC*TTTGTCAA
TTTGCACG

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CGACAGCATTTTCGGCATCAACATTGACAGTTTAGGCTGCTCTCATGAGCTCAATTGGGA
TTTTTGGAAAGAAGAAGACGACGAAGAAGATGTGAAGGAAGAAGAGAAGAGTTTGAGTAC
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AAGGTACAAAGAGAAGAGACAGAGTAGGCTCTTCTCTAAGAAGATAAGGTATGAGGTCAG
AAAACTCAACGCTGATAAACGACCTCGTTTCAAGGGTCGGTTCGTGAAAAGGGACACTTA
AAAGGGGAAATAAATACCAGGAAGAAAAATATCTTCAATCTTCGATGTGTCTTTTTAATA
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DS 

RD RR3E591JQ 656 0 0
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AGTTTAGGCTGCTCTCATGAGCTCAATTGGGATTTTTGGAAAGAAGAAGACGACGAAGAA
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TGGGATAATATGTCGACTGATTATGAAGACAGAGAGTTGGCTCTGAAGCTGAATCTGAAC
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TCAATGCTAATGGCTCCGGCCAATGCCCTATATAGTGGAGAAGTGCCGGTGATGGACGAA
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TTGTATTTTTATGAGATATCATTATCGACTTGTACAACTTTGTCAA
ATTTGCAACG

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GGATTTTTGGAAAGAAGAAGACGACGAAGAAGATGTGAAGGAAGAAGAGAAGAGTTTGAG
TACTGATCAAGAAGGCTCAAGTTCTGGTTTTTGGGATAATATGTCGACTGATTATGAAGA
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ATATAGTGGAGAAGTGCCGGTGATGGACGAAGAG**AAACACGAGAAGAGAAGCAAGTGT
GTTAAGGTACAAAGAGAAGAGACAGAGTAGGCTCTTCTCTAAGAAGATAAGGTATGAGGT
CAGAAAACTCAACGCTGATAAACGACCTCGTTTCAAGGGTCGGTTCGTGAAAAGGGACAC
TTAAAAGGGGAAATAAATACCAGGAAGAAAAATATCTTCAATCTTCGATGTGTCTTTTTA
ATAGTATTATTATTCATATTTCACGTTTTATTTGTATTTTTATGAGATATCATTATCGAC
TTGTACAACTTTGTCAAATTTGCAACGAAAATATCTCCTTCACG

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 7

CO CL924Contig1 665 7 4 U
GTTACTCTGCTCTTACGCATTCTTGATTAGCTATGTCACATTCACTCTCTCCTCTCTTAC
CGGCTGCTCACGCCGGCAGCATCTCCTCTCCATCACAGCCGTCACGGCCACAGACTACTC
CTCCCATCATCCTCCCAGTACAACAAACTAATCGCAGGGCAATTTTGGTGGGATTAGGCA
GTGCACTATGGAGTTGGAACGCTCTGAACGGTAAGGAGGAGGCAATGGCGGCAGCAAGAC
GGCCACCTCCACCACCAGCCGTTGAGAAGAAGGATCCGAATGTGAGTGGAGTTCAGGCTA
AGGTATTAGCGAGCAAGAAGCGTAAAGAGGCAATGAAAGCTTCCATGTCTAAGCTTAGAG
AGAGAGGCAAATCTGTTGTTGATGAAGAAAAACTATCTCCATCTTCTCCTTCTGCTCCTG
TTGTTGTTAAAGATGAACCAACTCCTCCTCCTTCTGCTGCTCCTGTTGTTGTTGAAGCTG
AACAACCTCTTTCTTCTGCTTCTGATCAATAGTATCCAAGCAAAAAGGTCTAAACCTTTC
TACTTATCTTCTCTACCAAATTTTACCCTATCATGTTAATTCACACTACTGTACTTCAAT
TTATTATTTTGGTGATTGTGTGGTATCAGATCCATCAGTAATTTATCACAGATTTGATAA
AAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3BH92JQ C 1
AF RR3BH92TF U 1
AF RR3AL89JQ C 7
AF RR3FI25JQ C 90
AF RR3FI25TF U 31
AF RR3AL89TF U 7
AF RR3H569TF U 25
BS 1 8 RR3BH92JQ
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BS 659 665 RR3H569TF

RD RR3BH92JQ 587 0 0
GTTACTCTGCTCTTACGCATTCTTGATTAGCTATGTCACATTCACTCTCTCCTCTCTTAC
CGGCTGCTCACGCCGGCAGCATCTCCTCTCCATCACAGCCGTCACGGCCACAGACTACTC
CTCCCATCATCCTCCCAGTACAACAAACTAATCGCAGGGCAATTTTGGTGGGATTAGGCA
GTGCACTATGGAGTTGGAACGCTCTGAACGGTAAGGAGGAGGCAATGGCGGCAGCAAGAC
GGCCACCTCCACCACCAGCCGTTGAGAAGAAGGATCCGAATGTGAGTGGAGTTCAGGCTA
AGGTATTAGCGAGCAAGAAGCGTAAAGAGGCAATGAAAGCTTCCATGTCTAAGCTTAGAG
AGAGAGGCAAATCTGTTGTTGATGAAGAAAAACTATCTCCATCTTCTCCTTCTGCTCCTG
TTGTTGTTAAAGATGAACCAACTCCTCCTCCTTCTGCTGCTCCTGTTGTTGTTGAAGCTG
AACAACCTCTTTCTTCTGCTTCTGATCAATAGTATCCAAGCAAAAAGGTCTAAACCTTTC
TACTTATCTTCTCTACCAAATTTTACCCTATCATGTTAATTCACAC
C

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3BH92TF 587 0 0
GTTACTCT
GCTCTTACGCATTCTTGATTAGCTATGTCACATTCACTCTCTCCTCTCTTACCGGCTGCT
CACGCCGGCAGCATCTCCTCTCCATCACAGCCGTCACGGCCACAGACTACTCCTCCCATC
ATCCTCCCAGTACAACAAACTAATCGCAGGGCAATTTTGGTGGGATTAGGCAGTGCACTA
TGGAGTTGGAACGCTCTGAACGGTAAGGAGGAGGCAATGGCGGCAGCAAGACGGCCACCT
CCACCACCAGCCGTTGAGAAGAAGGATCCGAATGTGAGTGGAGTTCAGGCTAAGGTATTA
GCGAGCAAGAAGCGTAAAGAGGCAATGAAAGCTTCCATGTCTAAGCTTAGAGAGAGAGGC
AAATCTGTTGTTGATGAAGAAAAACTATCTCCATCTTCTCCTTCTGCTCCTGTTGTTGTT
AAAGATGAACCAACTCCTCCTCCTTCTGCTGCTCCTGTTGTTGTTGAAGCTGAACAACCT
CTTTCTTCTGCTTCTGATCAATAGTATCCAAGCAAAAAGGTCTAAACCTTTCTACTTATC
TTCTCTACCAAATTTTACCCTATCATGTTAATTCACAC
C

QA 9 586 9 586
DS 

RD RR3AL89JQ 652 0 0
GG
GCTCTTACGCATTCTTGATTAGCTATGTCACATTCACTCTCTCCTCTCTTACCGGCTGCT
CACGCCGGCAGCATCTCCTCTCCATCACAGCCGTCACGGCCACAGACTACTCCTCCCATC
ATCCTCCCAGTACAACAAACTAATCGCAGGGCAATTTTGGTGGGATTAGGCAGTGCACTA
TGGAGTTGGAGCGCTCTGAACGGTAAGGAGGAGGCAATGGCGGCAGCAAGACGGCCACAT
CCACCACCAGCCGTTGAGAAGAAGGATCCGAATGTGAGTGGAGTTCAGGCTAAGGTATTA
GCGAGCAAGAAGCGTAAAGAGGCAATGAAAGCTTCCATGTCTAAGCTTAGAGAGAGAGGC
AAATCTGTTGTTGATGAAGAAAAACTATCTCCATCTTCTCCTTCTGCTCCTGTTGTTGTT
AAAGATGAACCAACTCCTCCTCCTTCTGCTGCTCCTGTTGTTGTTGAAGCTGAACAACCT
CTTTCTTCTGCTTCTGATCAATAGTATCCAAGCAAAAAGGTCTAAACCTTTCTACTTATC
TTCTCTACCAAATTTTACCCTATCATGTTAATTCACACTACTGTACTTCAATTTATTATT
TTGGTGATTGTGTGGTATCAGATCCATCAGTAATTTATCCCAGATTTGAT

QA 3 652 3 652
DS 

RD RR3FI25JQ 569 0 0
CCATCACAACCGTCACGGCCACAGACTACTCCTCCCATCATCCTCCCAGTACGACAAACT
AATCGCAGGGCAATTTTGGTGGGATTAGGCAGTGCACTATGGAGTTGGAACGCTCTGAAC
GGTAAGGAGGAGGCAATGGCGGCAGCAAGACGGCCACCTCCACCACCAGCCGTTGAGAAG
AAGGATCCGAATGTGAGTGGAGTTCAGGCTAAGGTATTAGCGAGCAAGAAGCGTAAAGAG
GCAATGAAAGCTTCCATGTTTAAGCTTAGAGAGAGAGGCAAATCTGTTGTTGATGAAGAA
AAACTATCTCCATCTTCTCCTTCTGCTCCTGTTGTTGTTAAAGATGAACCAACTCCTCCT
CCTTCTGCTGCTCCTGTTGTTGTTGAAGCTGAACAACCTCTTTTTTCTGCTTCTGATCAA
TAGTATCCAAGCAAAAAGGTCTAAACCTTTCTACTTATCTTCTCTACCAAATTTTACCCT
ATCATGTTAATTCACACTACTGTACTTCAATTTATTATTTTGGTGATTGTGTGGTATCAG
ATCCATCAGTAATTTATCACAGATTTGAT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3FI25TF 628 0 0
CTATGTCACATTCACTCTCTCCTCTCTTACCGGCTGCTCACGCCGGCAGCATCTCCTCTC
CATCACAACCGTCACGGCCACAGACTACTCCTCCCATCATCCTCCCAGTACGACAAACTA
ATCGCAGGGCAATTTTGGTGGGATTAGGCAGTGCACTATGGAGTTGGAACGCTCTGAACG
GTAAGGAGGAGGCAATGGCGGCAGCAAGACGGCCACCTCCACCACCAGCCGTTGAGAAGA
AGGATCCGAATGTGAGTGGAGTTCAGGCTAAGGTATTAGCGAGCAAGAAGCGTAAAGAGG
CAATGAAAGCTTCCATGTCTAAGCTTAGAGAGAGAGGCAAATCTGTTGTTGATGAAGAAA
AACTATCTCCATCTTCTCCTTCTGCTCCTGTTGTTGTTAAAGATGAACCAACTCCTCCTC
CTTCTGCTGCTCCTGTTGTTGTTGAAGCTGAACAACCTCTTTCTTCTGCTTCTGATCAAT
AGTATCCAAGCAAAAAGGTCTAAACCTTTCTACTTATCTTCTCTACCAAATTTTACCCTA
TCATGTTAATTCACACTACTGTACTTCAATTTATTATTTTGGTGATTGTGTGGTATCAGA
TCCATCAGTAATTTATCACAGATTTGAT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3AL89TF 652 0 0
GG
GCTCTTACGCATTCTTGATTAGCTATGTCACATTCACTCTCTCCTCTCTTACCGGCTGCT
CACGCCGGCAGCATCTCCTCTCCATCACAGCCGTCACGGCCACAGACTACTCCTCCCATC
ATCCTCCCAGTACAACAAACTAATCGCAGGGCAATTTTGGTGGGATTAGGCAGTGCACTA
TGGAGTTGGAGCGCTCTGAACGGTAAGGAGGAGGCAATGGCGGCAGCAAGACGGCCACAT
CCACCACCAGCCGTTGAGAAGAAGGATCCGAATGTGAGTGGAGTTCAGGCTAAGGTATTA
GCGAGCAAGAAGCGTAAAGAGGCAATGAAAGCTTCCATGTCTAAGCTTAGAGAGAGAGGC
AAATCTGTTGTTGATGAAGAAAAACTATCTCCATCTTCTCCTTCTGCTCCTGTTGTTGTT
AAAGATGAACCAACTCCTCCTCCTTCTGCTGCTCCTGTTGTTGTTGAAGCTGAACAACCT
CTTTCTTCTGCTTCTGATCAATAGTATCCAAGCAAAAAGGTCTAAACCTTTCTACTTATC
TTCTCTACCAAATTTTACCCTATCATGTTAATTCACACTACTGTACTTCAATTTATTATT
TTGGTGATTGTGTGGTATCAGATCCATCAGTAATTTATCCCAGATTTGAT

QA 3 652 3 652
DS 

RD RR3H569TF 641 0 0
GATTAGCTATGTCACATTCACTCTCTC*TCTCTTACCGGCTGCTCGCGCCGGCAGCATCT
CCTCTCCATCACAGCCGTCACGGCCACAGACTACTCCTCCCATCATCCTCCCAGTACAAC
AAACTAATCGCAGGGCAATTTTGGTGGGATTAGGCAGTGCACTATGGAGTTGGAACGCTC
TGAACGGTAAGGAGGAGGCAATGGCGGCAGCAAGACGGCCACCTCCACCACCAGCCGTTG
AGAAGAAGGATCCGAATGTGAGTGGAGTTCAGGCTAAGGTATTAGCGAGCAAGAAGCGTA
AAGAGGCAATGAAAGCTTCCATGTCTAAGCTTAGAGAGAGAGGCAAATCTGTTGTTGATG
AAGAAAAACTATCTCCATCTTCTCCTTCTGCTCCTGTTGTTGTTAAAGATGAACCAACTC
CTCCTCCTTCTGCTGCTCCTGTTGTTGTTGAAGCTGAACAACCTCTTTCTTCTGCTTCTG
ATCAATAGTATCCAAGCAAAAAGGTCTAAACCTTTCTACTTATCTTCTCTACCAAATTTT
ACCCTATCATGTTAATTCACACTACTGTACTTCAATTTATTATTTTGGTGATTGTGTGGT
ATCAGATCCATCAGTAATTTATCACAGATTTGATAAAAAAA

QA 1 641 1 641
DS 



AS 2 7

CO CL925Contig1 1009 5 9 U
GGGTGCTTCTAAAGCGCCATGACTGGGATCACAAGCACCATCTCGTTCAACGCCATCGTC
GCCGGAACCACCAAAACGGTGTCGCATCACCCATTTTCTGTCAAGTCTAACCTCTTCGGT
TTTCGACTCTATCTGCCTGAACTAGCATCAGTTATCACTCTCTCCCCTTACCATCGCCGT
TTCCCCGCCGCCATCACCTGCCGTTACGGTGGCGGAGGCTCTCGATTCCCAGGAGATAGG
CGTGGTAGGCAAAAAGAATCCGAGGATGACGATGCGCTTGATATCTCTGCTATCAGGTCA
GCTACTGTCAGGCTCATTGATGGGCAACAGAACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGAGGAA
GCTGTTCGAAGAGCTGAAGAAGCTGAGCTTGATCTGGTGATTCTTTCACCGGATGCAGAT
CCTCCGGTTGTCAGAATGATGGATTATAGTAAATATAGATACGAACAGCAAAAGCGAAAA
AAGGAACAGCAGAAGAAAACTACTCGCATGGACTTGAAGGAGCTTAAAATGGGTTATAAC
ATTGACCAGCATGACTATTCTGTACGCATGAGAGCAGCCCGAAAGTTTTTGCAAGATGGT
GACAAGGTTAAAGTGATTGTGAACATGAAAGGCAGGGAAAACGAGTTCAGAAATATTGCT
ATTGAGCTCCTCAGACGTTTTCAGACCGAAATAGGAGAGCTTGCGACTGAGGAAAGTAAA
AACTTCCGGGACAGAAACTTGTTTATCGTCTTGGTGCCAAACAAGGAAGTTGTTCGGAAA
GCACAAGAACCATCCCCTAAAAAGAAGAAAAAGCCAGCTGATGATGAAGTTTCAGCTGCA
GGTATAACTGCAACTTAAAATATCTGAATATATGATGCAAAATTGCTAAAGGTGTAAAGT
CACAGTGAGTTTGATAAACGTCTTTGTATAGTTTCCCTTTCTACTATGCTTCTTGCATAT
TCCCATGTATCTGTAACCATAGAAAGTATTTGAATGAAGATTTTTCCGC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3A539TF U 1
AF RR3B437TF U 1
AF RR3F307TF U 134
AF RR3A539JQ C 174
AF RR3B437JQ C 202
BS 1 694 RR3A539TF
BS 695 695 RR3B437TF
BS 696 711 RR3A539TF
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BS 713 760 RR3A539TF
BS 761 761 RR3B437TF
BS 762 762 RR3A539JQ
BS 763 763 RR3B437JQ
BS 764 1009 RR3A539JQ

RD RR3A539TF 761 0 0
GGGTGCTTCTAAAGCGCCATGACTGGGATCACAAGCACCATCTCGTTCAACGCCATCGTC
GCCGGAACCACCAAAACGGTGTCGCATCACCCATTTTCTGTCAAGTCTAACCTCTTCGGT
TTTCGACTCTATCTGCCTGAACTAGCATCAGTTATCACTCTCTCCCCTTACCATCGCCGT
TTCCCCGCCGCCATCACCTGCCGTTACGGTGGCGGAGGCTCTCGATTCCCAGGAGATAGG
CGTGGTAGGCAAAAAGAATCCGAGGATGACGATGCGCTTGATATCTCTGCTATCAGGTCA
GCTACTGTCAGGCTCATTGATGGGCAACAGAACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGAGGAA
GCTGTTCGAAGAGCTGAAGAAGCTGAGCTTGATCTGGTGATTCTTTCACCGGATGCAGAT
CCTCCGGTTGTCAGAATGATGGATTATAGTAAATATAGATACGAACAGCAAAAGCGAAAA
AAGGAACAGCAGAAGAAAACTACTCGCATGGACTTGAAGGAGCTTAAAATGGGTTATAAC
ATTGACCAGCATGACTATTCTGTACGCATGAGAGCAGCCCGAAAGTTTTTGCAAGATGGT
GACAAGGTTAAAGTGATTGTGAACATGAAAGGCAGGGAAAACGAGTTCAGAAATATTGCT
ATTGAGCTCCTCAGACGTTTTCAGACCGAAATAG*AGAGCTTGCGACTGAG*AAAGTAAA
AACTTCCGGGACAGAAACTTGTTTATCGTCTTGGTGCCAA
C

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3B437TF 761 0 0
GG
GTGCTTCTAAAGCGCCATGACTGGGATCACAAGCACCATCTCGTTCAACGCCATCGTCGC
CGGAACCACCAAAACGGTGTCGCATCACCCATTTTCTGTCAAGTCTAACCTCTTCGGTTT
TCGACTCTATCTGCCTGAACTAGCATCAGTTATCACTCTCTCCCCTTACCATCGCCGTTT
CCCCGCCGCCATCACCTGCCGTTACGGTGGCGGAGGCTCTCGATTCCCAGGAGATAGGCG
TGGTAGGCAAAAAGAGTCCGAGGATGACGATGCGCTTGATATCTCTGCTATCAGGTCAGC
TACTGTCAGGCTCATTGATGGGCAACAGAACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGAGGAAGC
TGTTCGAAGAGCTGAAGAAGCTGAGCTTGATCTGGTGATTCTTTCACCGGATGCAGATCC
TCCGGT*GTCAGAATGATGGATTATAGTAAATATAGATACGAACATCAAAAGCGAAAAAA
GGAACAGCAGAAGAAAACTACTCGCATGGACTTGAAGGAGCTTAAAATGGGTTATAACAT
TGACCAGCATGACTATTCTGTACGCATGAGAGCAGCCCGAAAGTTTTTGCAAGATGGTGA
CAAGGTTAAAGTGATTGTGAACATGAAAGGCAGGGAAAACGAGTTCAGAAATATTGCTAT
TGAGCTCCTCAGACGTTTTCAGACCGAAATAGGAGAGCTTGCGACTGAGGAAAGTAAAAA
CTTCCGGGACAGAAACTTGTTTATCGTCTTGGTGCCAAA

QA 3 761 3 761
DS 

RD RR3F307TF 628 0 0
G
GCCTGAACTAGCATCAGTTATCACTCTCTCCCCTTACCATCACCGTTTCCCCGCCGCCAT
CACCTGCCGTTACGGTGGCGGAGGCTCTCGATTCCCAGGAGATAGGCGTGGTAGGCAAAA
AGAATCCGAGGATGACGATGCGCTTGATATCTCTGCTATCAGGTCAGCTACTGTCAGGCT
CATTGATGGGCAACAGAACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGAGGAAGCTGTTCGAAGAGC
TGAAGAAGCTGAGCTTGATCTGGTGATTCTTTCACCGGATGCAGATCCTCCTGTTGTCAG
AATGATGGATTATAGTAAATATAGATACGAACAGCAAAAGCGAAAAAAGGAACAGCAGAA
GAAAACTACTCGCATGGACTTGAAGGAGCTTAAAATGGGTTATAACATTGACCAGCATGA
CTATTCTGTACGCATGAGAGCAGCCCGAAAGTTTTTGCAAGATGGTGACAAGGTTAAAGT
GATTGTGAACATGAAAGGCAGGGAAAACGAGTTCAGAAATATTGCTATTGAGCTCCTCAG
ACGTTTTCAGACCGAAATAGGAGAGCTTGCGACTGAGGAAAGTAAAAACTTCCGGGACAG
AAACTTGTTTATCGTCTTGGTGCCAAA

QA 2 628 2 628
DS 

RD RR3A539JQ 836 0 0
TCG
CCGTTTCCCCGCCGCCATCAC*TGCCGTTACGGTGGCGGAGGCTCTCGATTCCCAGGAGA
TAGGCGTGGTAGGCAAAAAGAATCCGAGGATGACGATGCGCTTGATATCTCTGCTATCAG
GTCAGCTACTGTCAGGCTCATTGATGGGCAACAGAACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGA
GGAAGCTGTTCGAAGAGCTGAAGAAGCTGAGCTTGATCTGGTGATTCTTTCACCGGATGC
AGATCCTCCGGTTGTCAGAATGATGGATTATAGTAAATATAGATACGAACAGCAAAAGCG
AAAAAAGGAACAGCAGAAGAAAACTACTCGCATGGACTTGAAGGAGCTTAAAATGGGTTA
TAACATTGACCAGCATGACTATTCTGTACGCATGAGAGCAGCCCGAAAGTTTTTGCAAGA
TGGTGACAAGGTTAAAGTGATTGTGAACATGAAAGGCAGGGAAAACGAGTTCAGAAATAT
TGCTATTGAGCTCCTCAGACGTTTTCAGACCGAAATAGGAGAGCTTGCGACTGAGGAAAG
TAAAAACTTCCGGGACAGAAACTTGTTTATCGTCTTGGTGCCAAACGAGGAAGTTGTTCG
GAAAGCACAAGAACCATCCCCTAAAAAGAAGAAAAAGCCAGCTGATGATGAAGTTTCAGC
TGCAGGTATAACTGCAACTTAAAATATCTGAATATATGATGCAAAATTGCTAAAGGTGTA
AAGTCACAGTGAGTTTGATAAACGTCTTTGTATAGTTTCCCTTTCTACTATGCTTCTTGC
ATATTCCCATGTATCTGTAACCATAGAAAGTATTTGAATGAAGATTTTTCCGC

QA 4 836 4 836
DS 

RD RR3B437JQ 808 0 0
CGTTACGGTGGCGGAGGCTCTCGATTCCCAGGAGATAGGCGTGGTAGGCAAAAAGAGTCC
GAGGATGACGATGCGCTTGATATCTCTGCTATCAGGTCAGCTACTGTCAGGCTCATTGAT
GGGCAACAGAACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGAGGAAGCTGTTCGAAGAGCTGAAGAA
GCTGAGCTTGATCTGGTGATTCTTTCACCGGATGCAGATCCTCCGGT*GTCAGAATGATG
GATTATAGTAAATATAGATACGAACATCAAAAGCGAAAAAAGGAACAGCAGAAGAAAACT
ACTCGCATGGACTTGAAGGAGCTTAAAATGGGTTATAACATTGACCAGCATGACTATTCT
GTACGCATGAGAGCAGCCCGAAAGTTTTTGCAAGATGGTGACAAGGTTAAAGTGATTGTG
AACATGAAAGGCAGGGAAAACGAGTTCAGAAATATTGCTATTGAGCTCCTCAGACGTTTT
CAGACCGAAATAGGAGAGCTTGCGACTGAGGAAAGTAAAAACTTCCGGGACAGAAACTTG
TTTATCGTCTTGGTGCCAAACAAGGAAGTTGTTCGGAAAGCACAGGAACCATCCCCTAAA
AAGAAGAAAAAGCCAGCTGATGATGAAGTTTCAGCTGCAGGTATAACTGCAACTTAAAAT
ATCTGAATATATGATGCAAAATTGCTAAAGGTGTAAAGTCACAGTGAGTTTGATAAACGT
CTTTGTATAGTTTCCCTTTCTACTATGCTTCTTGCATATTCCCATGTATCTGTAACCATA
GAAAGTATTTGAATGAAGATTTTTC
CGT

QA 1 805 1 805
DS 



CO CL925Contig2 1159 2 2 U
GGAACGATTCGGAGAGTGTGGCTGTGCTTCTAAAGCGCCATGACTGGGATCACCAGCACC
ATCTCGTTCAACGCCATCGTCGCCGGAACCACCAAAACGGTGTCGCATCACCCATTTTCT
GTTAAGTCTAACCTCTTCGGTTTTCGACTCTATCTGCCTGAACTATCATCAGTTATCACT
CTCTCCCCTTACCATCCCCGTTTCCCCGCCGCCATCACCTGCCGTTACGGTGGCGGTGGC
GGAGGAGGCTCTCGTTTCCCAGGAGATAGGCGTGGTAGGCAAAAAGAATCCGAGGATGAC
GATGCGCTTGATATCTCTGCTATTAGGTCAGCTACTGTCAGGCTCATTGATGGGCAACAG
AACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGAGGAAGCTGTTAGAAGAGCTGAAGAAGCTGAGCTT
GATCTGGTGATTCTTTCACCTGATGCAGATCCTCCGGTTGTCGGAATGATGGATTACAGT
AAGTATAGATACGAACAGCAAAAGCGGAAAAAGGAACAGCAGAAGAAAACAACTCGCATG
GACTTGAAGGAGCTTAAAATGGGTTATAACATCGACCAGCATGACTATTCTGTACGCATG
AGAGCAGCCCGGAAGTTTTTGCAAAATGGTGACAAGGTTAAAGTGATTGTGAACATGAAA
GGCAGGGAAAACGAGTTCAGAAATATTGCTATTGAACTCCTCAGACGTTTTCAGACTGAA
ATAGGAGAGCTTGCGACTGAGGAAAGTAAAAACTTTCGGGACAGAAACTTGTTTATTGTC
TTGGTGCCAAACAAGGAAGTTGTTCGGAAAGCACAAGAACCATCCCCTAAAAAGAAGAAA
AAGCCAGCTGATGATCAAGTTTCAGCTGCAGGCATAACTGCAACTTAAAGTATCTGAATA
TATGATGCACAATTGTCCCAAGGTATAATGTCACAGAGAGTTTGATAAGTGTCTTGTATA
GTTCCCTTTCTACTATGCTTCTTGCACTCCCATGTATCTGTAACCATAGAAAAGTATCTG
AACGAAGATTTTTCGTATGCCATAAGTTTTCAGCTTTTTAAGCTTATTAGTCGTATAGAT
TGTAACAAAGGAATCAGTACTTAAAAAGAATTATCAGTCGTGATGTAATGTTACATAAAT
TTATAGGATTTGTTGGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB14TF U 1
AF RR3BB14JQ C 223
BS 1 744 RR3BB14TF
BS 745 1159 RR3BB14JQ

RD RR3BB14TF 746 0 0
GGAACGATTCGGAGAGTGTGGCTGTGCTTCTAAAGCGCCATGACTGGGATCACCAGCACC
ATCTCGTTCAACGCCATCGTCGCCGGAACCACCAAAACGGTGTCGCATCACCCATTTTCT
GTTAAGTCTAACCTCTTCGGTTTTCGACTCTATCTGCCTGAACTATCATCAGTTATCACT
CTCTCCCCTTACCATCCCCGTTTCCCCGCCGCCATCACCTGCCGTTACGGTGGCGGTGGC
GGAGGAGGCTCTCGTTTCCCAGGAGATAGGCGTGGTAGGCAAAAAGAATCCGAGGATGAC
GATGCGCTTGATATCTCTGCTATTAGGTCAGCTACTGTCAGGCTCATTGATGGGCAACAG
AACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGAGGAAGCTGTTAGAAGAGCTGAAGAAGCTGAGCTT
GATCTGGTGATTCTTTCACCTGATGCAGATCCTCCGGTTGTCGGAATGATGGATTACAGT
AAGTATAGATACGAACAGCAAAAGCGGAAAAAGGAACAGCAGAAGAAAACAACTCGCATG
GACTTGAAGGAGCTTAAAATGGGTTATAACATCGACCAGCATGACTATTCTGTACGCATG
AGAGCAGCCCGGAAGTTTTTGCAAAATGGTGACAAGGTTAAAGTGATTGTGAACATGAAA
GGCAGGGAAAACGAGTTCAGAAATATTGCTATTGAACTCCTCAGACGTTTTCAGACTGAA
ATAGGAGAGCTTGCGACTGAGGAA
GT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3BB14JQ 937 0 0
CGTTACGGTGGCGGTGGCGGAGGAGGCTCTCGTTTCCCAGGAGATAGGCGTGGTAGGCAA
AAAGAATCCGAGGATGACGATGCGCTTGATATCTCTGCTATTAGGTCAGCTACTGTCAGG
CTCATTGATGGGCAACAGAACATGATTGGTATAGTTTCCAAGGAGGAAGCTGTTAGAAGA
GCTGAAGAAGCTGAGCTTGATCTGGTGATTCTTTCACCTGATGCAGATCCTCCGGTTGTC
GGAATGATGGATTACAGTAAGTATAGATACGAACAGCAAAAGCGGAAAAAGGAACAGCAG
AAGAAAACAACTCGCATGGACTTGAAGGAGCTTAAAATGGGTTATAACATCGACCAGCAT
GACTATTCTGTACGCATGAGAGCAGCCCGGAAGTTTTTGCAAAATGGTGACAAGGTTAAA
GTGATTGTGAACATGAAAGGCAGGGAAAACGAGTTCAGAAATATTGCTATTGAACTCCTC
AGACGTTTTCAGACTGAAATAGGAGAGCTTGCGACTGAGGAAAGTAAAAACTTTCGGGAC
AGAAACTTGTTTATTGTCTTGGTGCCAAACAAGGAAGTTGTTCGGAAAGCACAAGAACCA
TCCCCTAAAAAGAAGAAAAAGCCAGCTGATGATCAAGTTTCAGCTGCAGGCATAACTGCA
ACTTAAAGTATCTGAATATATGATGCACAATTGTCCCAAGGTATAATGTCACAGAGAGTT
TGATAAGTGTCTTGTATAGTTCCCTTTCTACTATGCTTCTTGCACTCCCATGTATCTGTA
ACCATAGAAAAGTATCTGAACGAAGATTTTTCGTATGCCATAAGTTTTCAGCTTTTTAAG
CTTATTAGTCGTATAGATTGTAACAAAGGAATCAGTACTTAAAAAGAATTATCAGTCGTG
ATGTAATGTTACATAAATTTATAGGATTTGTTGGTTG

QA 1 937 1 937
DS 



AS 2 7

CO CL926Contig1 721 4 7 U
GGAGAAAGAAACAATGATGACAATATATGTATACTTTTTTTTGTCTTAGATGTAGGTCGA
TTAAGGAAACTTAGGAAAAGACCACAAAATGAAAGATTTAATCCCCAGAAAACTAGAAAA
GAGAGTACCGAAAGCAATAAACAAAAAGAAAAGACAAGAGACTCCAGCTCAAAAGACCCT
TCTCACACGACTTGGTAATTCTGTGCAATCAGCTGCGTCCTCTGCACAAACTTCGGGGTC
GCACCACCACCACCTCCTCTCAGAGGAATCATTCCCATCACCTTCAAGCCACTGTATGTA
CTAGTTGCTGCAAACTGAACAGAGATGGGGAAGAACACTGATGAATCAACTGGTGGCACT
ACAAATTCCATTGACCCACTGCGGTTCGAGTTGTCGATAAGAAGTATAGACCATTCCAGA
ACTGAATTCCTTGAGTCGTACCTCCAGTCCCCATCACATTGTTTAACCATTGGTGTCTCT
CTCAAAGCAGGTAGAGGTACGGAGATTATAACATTGGTTAGATCAAACATGGACGACGCT
TCATATTCGATGCTCACATACGTCTCGTTTCCAGAGACCGAAGGCCAGCAGTTGATTGTT
AGTGGCACCATGGACTCATCTGCTCTCTGCATTCTCCATCTCAAAAGACCAACACCGTCT
CCACCTTGACCAGTGGGAAATGGCTGATCAGGTCTCTTCAGCCCTAGTATACTCTCGCTA
T


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 

AF RR3AJ67JQ U 43
AF RR3AJ67TF C 43
AF RR3G777JQ U 1
AF RR3G358JQ U 1
BS 1 166 RR3G358JQ
BS 167 167 RR3AJ67JQ
BS 168 236 RR3G358JQ
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BS 250 252 RR3AJ67JQ
BS 253 721 RR3G358JQ

RD RR3AJ67JQ 510 0 0
GTCTTAGATGTAGGTCGATTAAGGAAACTTAGGAAAAGACCACAAAATGAAAGATTTAAT
CCCCAGAAAACTAGAAAAGAGAGTACCGAAAGCAATAAACAAAAAGAAAAGACAAGAGAC
TCCAGCTCAAAAGACCCTTCTCACACGACTTGGTAATTCTGTGCAATCAGCTGCGTCCTC
TGCACAAACTTCGGGGTCGCACCACCACCACCTCCTCTCAGAGGAATCATTCCCATCACC
TTCAAGCCACTGTATGTACTAGTTGCTGCAAACTGAACAGAGATGGGGAAGAACACTGAT
GAATCAACTGGTGGCACTACAAATTCCATTGACCCACTGCGGTTCGAGTTGTCGATAAGA
AGTATAGACCATTCCAGAACTGAATTCCTTGAGTCGTACCTCCAGTCCCCATCACATTGT
TTAACCATTGGTGTCTCTCTCAAAGCAGGTAGAGGTACGGAGATTATAACATTGGTTAGA
TCAAACATGGACGACGCTTCATATTCGAT
C

QA 1 509 1 509
DS 

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GTCTTAGATGTAGGTCGATTAAGGAAACTTAGGAAAAGACCACAAAATGAAAGATTTAAT
CCCCAGAAAACTAGAAAAGAGAGTACCGAAAGCAATAAACAAAAAGAAAAGACAAGAGAC
TCCAGCTCAAAAGACCCTTCTCACACGACTTGGTAATTCTGTGCAATCAGCTGCGTCCTC
TGCACAAACTTCGGGGTCGCACCACCACCACCTCCTCTCAGAGGAATCATTCCCATCACC
TTCAAGCCACTGTATGTACTAGTTGCTGCAAACTGAACAGAGATGGGGAAGAACACTGAT
GAATCAACTGGTGGCACTACAAATTCCATTGACCCACTGCGGTTCGAGTTGTCGATAAGA
AGTATAGACCATTCCAGAACTGAATTCCTTGAGTCGTACCTCCAGTCCCCATCACATTGT
TTAACCATTGGTGTCTCTCTCAAAGCAGGTAGAGGTACGGAGATTATAACATTGGTTAGA
TCAAACATGGACGACGCTTCATATTCGAT
C

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR3G777JQ 720 0 0
GGAGAAAGAAACAATGATGACAATATATGTATACTTTTTTTTGTCTTAGATGTAGGTCGA
TTAAGGAAACTTAGGAAAAGACCACAAAATGAAAGATTTAATCCCCAGAAAACTAGAAAA
GAGAGTACCGAAAGCAATAAACAAAAAGAAAAGACAAGAGACTCCAACTCAAAAGACCCT
TCTCACACGACTTGGTAATTCTGTGCAATCAGCTGCGTCCTCTGCACAAACTTCGGAGTC
GCACCACCA***CCTCCTCTCAGAGGAATCATTCCCATCACCTTCAAGCCACTGTATGTA
CTAGTTGCTGCAAACTGAACAGAGATGGGGAAGAACACTGATGAATCAACTGGTGGCACT
ACAAATTCCATTGACCCACTGCGGTTCGAGTTGTCGATAAGAAGTATAGACCATTCCAGA
ACTGAATTCCTTGAGTCGTACCTCCAGTCCCCATCACATTGTTTAACCATTGGTGTCTCT
CTCAAAGCAGGTAGAGGTACGGAGATTATAACATTGGTTAGATCAAACATGGACGACGCT
TCATATTCGATGCTCACATACGTCTCGTTTCCAGAGACCGAAGGCCAGCAGTTGATTGTT
AGTGGCACCATGGACTCATCTGCTCTCTGCATTCTCCATCTCAAAAGACCAACACCGTCT
CCACCTTGACCAGTGGGAAATGGCTGATCAGGTCTCTTCAGCCCTAGTATACTCTCGCTA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3G358JQ 721 0 0
GGAGAAAGAAACAATGATGACAATATATGTATACTTTTTTTTGTCTTAGATGTAGGTCGA
TTAAGGAAACTTAGGAAAAGACCACAAAATGAAAGATTTAATCCCCAGAAAACTAGAAAA
GAGAGTACCGAAAGCAATAAACAAAAAGAAAAGACAAGAGACTCCAACTCAAAAGACCCT
TCTCACACGACTTGGTAATTCTGTGCAATCAGCTGCGTCCTCTGCACAAACTTCGGAGTC
GCACCACCA***CCTCCTCTCAGAGGAATCATTCCCATCACCTTCAAGCCACTGTATGTA
CTAGTTGCTGCAAACTGAACAGAGATGGGGAAGAACACTGATGAATCAACTGGTGGCACT
ACAAATTCCATTGACCCACTGCGGTTCGAGTTGTCGATAAGAAGTATAGACCATTCCAGA
ACTGAATTCCTTGAGTCGTACCTCCAGTCCCCATCACATTGTTTAACCATTGGTGTCTCT
CTCAAAGCAGGTAGAGGTACGGAGATTATAACATTGGTTAGATCAAACATGGACGACGCT
TCATATTCGATGCTCACATACGTCTCGTTTCCAGAGACCGAAGGCCAGCAGTTGATTGTT
AGTGGCACCATGGACTCATCTGCTCTCTGCATTCTCCATCTCAAAAGACCAACACCGTCT
CCACCTTGACCAGTGGGAAATGGCTGATCAGGTCTCTTCAGCCCTAGTATACTCTCGCTA
T

QA 1 721 1 721
DS 



CO CL926Contig2 754 3 3 U
GGAAGTCATATCTCTCGGGCACAAGGAGAGTGTGACCGTCGCCCAGGTGAAGCAGTACTG
TGAAATGGAAAGTCACGAGGAGAAGTTGCATAAACTGGTGATGCAGAGCAAGATCAATGA
CACTAAAGACGTGATGAAGCGTAAGGCTAATGAGATTGACAAAAGCAAGATTGATAAGAC
TAGAGGTGGTGATAAGGGAGGATTATCGTCTATGAGTTCGTTGGGATCTGGATTCAATGA
CTCGAGCATATCTCATGGTCGTGGCAGTAGTTTTGGAAGTGGTTCTATGCTTGGCATGAT
TTCAGATGTTGAACCTATCAGTACCAAGGCCAAAGATCGATCACGCTCTTCTGTTACGGC
TCCTCCTAAGAGTTCTGGCATGAAACTTGGCAAGTCTGGAAAGAACCAGTTAATGGAGTC
CCTTAAAGCCGAAGGTGAAGACATCATTGAAGATGTCAAGCCTTCTAGCCAAACCAGAAC
AGCTGTCGCACCTCCAACTGATCCTTTCACGTTAACTGTGGAGGAGAAGCTCAACGTTGC
ACTGAGACGAGACGGTGGAATCAGTAGCTTTGATATGCAGGGAACCCTGTCGCTCCAGAT
TCTTAACCAAGATGATGGATTTGTCCAAGTTCAGATTGAAACTGGTGGAAACCCTGAAAT
TCTTTTCAAGACCCATCCCAACATCAACAGAGAACTTTTTTATAGCGAGAGTATACTAGG
GCTGAAGAGACCTGATCAGCCATTTCCCACTGGT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW95TF U 436
AF RR3G358TF U 1
AF RR3G777TF U 1
BS 1 725 RR3G358TF
BS 726 726 RR3G777TF
BS 727 754 RR3G358TF

RD RR3BW95TF 136 0 0
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AACTGATCCTTTCACGTTAACTGTGGAGGAGAAGCTCAA*GTTGCACTGAGACGAGACGG
TGGAATCATTAGCTTT

QA 1 136 1 136
DS 

RD RR3G358TF 754 0 0
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TTCAGATGTTGAACCTATCAGTACCAAGGCCAAAGATCGATCACGCTCTTCTGTTACGGC
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CCTTAAAGCCGAAGGTGAAGACATCATTGAAGATGTCAAGCCTTCTAGCCAAACCAGAAC
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TCTTTTCAAGACCCATCCCAACATCAACAGAGAACTTTTTTATAGCGAGAGTATACTAGG
GCTGA*GAGACCTGATCAGCCATTTCCCACTGGT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3G777TF 739 0 0
GGAAGTCATATCTCTCGGGCACAAGGAGAGTGTGACCGTCGCCCAGGTGAAGCAGTACTG
TGAAATGGAAAGTCACGAGGAGAAGTTGCATAAACTGGTGATGCAGAGCAAGATCAATGA
CACTAAAGACGTGATGAAGCGTAAGGCTAATGAGATTGACAAAAGCAAGATTGATAAGAC
TAGAGGTGGTGATAAGGGAGGATTATCGTCTATGAGTTCGTTGGGATCTGGATTCAATGA
CTCGAGCATATCTCATGGTCGTGGCAGTAGTTTTGGAAGTGGTTCTATGCTTGGCATGAT
TTCAGATGTTGAACCTATCAGTACCAAGGCCAAAGATCGATCACGCTCTTCTGTTACGGC
TCCTCCTAAGAGTTCTGGCATGAAACTTGGCAAGTCTGGAAAGAACCAGTTAATGGAGTC
CCTTAAAGCCGAAGGTGAAGACATCATTGAAGATGTCAAGCCTTCTAGCCAAACCAGAAC
AGCTGTCGCACCTCCAACTGATCCTTTCACGTTAACTGTGGAGGAGAAGCTCAACGTTGC
ACTGAGACGAGACGGTGGAATCAGTAGCTTTGATATGCAGGGAACCCTGTCGCTCCAGAT
TCTTAACCAAGATGATGGATTTGTCCAAGTTCAGATTGAAACTGGTGGAAACCCTGAAAT
TCTTTTCAAGACCCATCCCAACATCAACAGAGAACTTTTTTATAGCGAGAGTATACTAGG
GCTGAAGAGACCTGATCAG

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 7

CO CL927Contig1 1243 7 17 U
GGACCACAAACATACATACACACCTCAAAATCTCTCAAATCAGAGCAGAAGAAGCGACCA
AGAAAACCCCTTCTTTCTTTCTCTTCAGCCATTGAAATGGCTCTTAAAGCTTCACCAGTC
GCCGGATTATTCCCTCCTCTCCGCCCCACTGCTTCCACTTCTAATCGCCCTTGTAGTACC
CTCAGGCTCAGGCCACTTCCCCTCCGAACATCCTTCTTCGGAAACTCCGGTGGAGCTTTG
AGAGTGAACGAGCTGAGACTAGCTTGTGCAAATAGGTTGAAGTGCAATGCTCATGGTCCT
ACCATGAATCTTTTTGAAAGATTTTCTAGGGTTGTCAAGTCATATGCCAATGCACTTATA
AGCTCCTTCGAAGACCCTGAGAAGATCCTCGAGCAAACTGTTATTGAAATGAATTCTGAT
TTGACCAAGATGCGTCAAGCCACTGCACAGGTTTTAGCTTCACAAAAGCAGCTGGAGAAC
AAATATAAAGCTTCAAAGCAATCTTCTGATGATTGGTACAAAAGAGCACAACTTGCTCTT
GCAAAAGGAGACGAGGATCTTGCACGTGAAGCTCTTAAACGAAGAAAGTCTTTTGCTGAC
AACGCTGCTGCCCTGAAAACTCAACTAGATCAGCAAAAAGGTGTTGTCGACAATCTTGTC
TCAAATACGAGGTTATTGGAGAGCAAGATACAAGAGGCAAAAGCAAAGAAAGATACGCTC
CTTGCACGTGCTCGCACTGCTAAGACTGCAACCAAAGTTCAAGAGATGATAGGGACAGTG
AATACAAGCGGTGCTCTCTCAGCCTTTGAGAAAATGGAGGAGAAAGTGATGGCTATGGAG
TCTGAAGCAGATGCACTTACTCAGATTGGAACAGATGAACTCGAGGGAAAGTTTCAAATG
CTTGAAACTTCATCTGTGGATGATGATCTTGCAAAGTTGAAGAATGAGTTGTCTGGAAGC
TCAAAGAAAGGAGAGCTTCCTCCAGGGAGAAGCACGGTCGCAGCAAGCACAGGATACCCA
TTCAAGGACTCGGAGATCGAGAACGAGTTAAACGAATTACGAAGGAAAGCTAACGAGTTT
TAGGCAACTGCTGTTTTTGAGTTGTGTTACTGGTTAACTTCTTTTATGTAAACTATTTTT
GTTTCTTGAAGAAAAATAACACCAAAAGCATGTGTTTAAATAAGTAAATATCCAGCTACC
TAATCTTCATTTATGACTTGGTTAAATTTGGTATGTTCATCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 10 10 10 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F968TF U 9
AF RR3GR64TF U 40
AF RR3F910TF U 14
AF RR3A246TF U 1
AF RR3F968JQ C 836
AF RR3A246JQ C 381
AF RR3GR64JQ C 478
BS 1 263 RR3A246TF
BS 264 264 RR3F968TF
BS 265 790 RR3A246TF
BS 791 791 RR3A246JQ
BS 792 813 RR3A246TF
BS 814 814 RR3A246JQ
BS 815 819 RR3A246TF
BS 820 820 RR3A246JQ
BS 821 845 RR3A246TF
BS 846 846 RR3A246JQ
BS 847 863 RR3A246TF
BS 864 1042 RR3A246JQ
BS 1043 1043 RR3GR64JQ
BS 1044 1060 RR3A246JQ
BS 1061 1061 RR3GR64JQ
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BS 1212 1243 RR3GR64JQ

RD RR3F968TF 535 0 0
GGG
ATACATACACCCCTCAAAATCTCTCAAATCAGA**AGAAGAAGCGACCAAGAAAACCCCT
*****CTCTCTCTTCCGCCATTAAAATGGCTCTTAAAGCTTCACCAGTCGCCGGATTATT
CCCTCCTCTCCGCCCCACTGCTTCCACTTCTAATCGCCCTTGTAGTACCCTCAGGCTCAG
GCCACTTCCCCTCCGAACATCCTTCTTCGGAAAATCCGGTGGAGCTTTGAGAGTGAACGA
GCTGAGACTAGCTTGTGCAAATAGGTTGAAGTGCAATGCTCATGGTCCTACCATGAATCT
TTTTGAAAGATTTTCTAGGGTTGTCAAGTCATATGCCAATGCACTTATAAGCTCCTTCGA
AGACCCTGAGAAGATCCTTGAGCAAACTGTTATTGAAATGAATTCTGATTTGACCAAGAT
GCGTCAAGCCACTGCACAGGTTTTAGCTTCACAAAAGCAGCTGGAGAACAAATATAAAGC
TTCAAAGCAATCTTCTGATGATTGGTACAAAAGAGCACAACTTGCTCTTGCA

QA 4 535 4 535
DS 

RD RR3GR64TF 653 0 0
GG
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TCTTAAAGCTTCACCAGTCGCCGGATTATTCCCTCCTCTCCGCCCCACTGCTTCCACTTC
TAATCGCCCTTGTAGTACCCTCAGGCTCAGGCCACTTCCCCTCCGAACATCCTTCTTCGG
AAACTCCGGTGGAGCTTTGAGAGTGAACGAGCTGAGACTAGCTCGTGCAAATAGGTTGAA
GTGCAATGCTCATGGTCCTACCATGAATCTTTTTGAAAGATTTTCTAGGGTTGTCAAGTC
ATATGCCAATGCACTTATAAGCTCCTTCGAAGACCCTGAGAAGATCCTCGAGCAAACTGT
TATTGAAATGAATTCTGATTTGACCAAGATGCGTCAAGCCACTGCACAGGTTTTAGCTTC
ACAAAAGCAGCTGGAGAACAAATATAAAGCTTCAAAGCAATCTTCTGATGATTGGTACAA
AAGAGCACAACTTGCTCTTGCAAAAGGAGACGAGGATCTTGCACGTGAAGCTCTTAAACG
AAGAAAGTCTTTTGCTGACAACGCTGCTGCCCTGAAAACTCAACTAGATCAGCAAAAAGG
TGTTGTCGACAATCTTGTCTCAAATACGAGGTTATTGGAGAGCAAGATACA

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR3F910TF 773 0 0
GG
ATACACACCTCTAAATCTCTCAAATCAGAGCAGAAGAAGCGAC*AAGAAAACTCCTTCTT
TCTTTCTCTTCCGCCATTGAAATGGCTCTTAAAGCTTCACCAGTCGCCGGATTATTCCCT
CCTCTCCGCCCCACTGCTTCCACTTCTAATCGCCCTTGTACTACCCTCAGGCTCAGGCCA
CTTCCTCTCCGAACATCCTTCTTCGGAAACTCCGGTG*AGCTTTGAGAGTGAACGAGTTG
AGATTAGCTTGTGCAAATAGGTTGAAGTGCAATGCTCATGGTCCTACCATGAATCTTTTC
GAAAGATTTTCTAGGGTTGTCAAGTCATATGCCAATGCACTTATAAGCTCCTTCGAAGAC
CCTGAGAAGATCCTCGAGCAAACTGTTATTGAAATGAATTCTGATTTGACTAAGATGCGT
CAAGCCACTGCACAGGTTTTAGCTTCACAAAAGCAGCTGGAGAACAAATATAAAGCTTCA
AAGCAATCTTCTGATGATTGGTACAAAAGAGCACAACTTGCTCTTGCAAAAGGAGACGAG
GATCTTGCACGTGAAGCTCTTAAACGAAGAAAGTCTTTTGCTGACAACGCTGCTGCCCTG
AAAACTCAACTAGATCAGCAAAAAGGTGTTGTCGACAATCTTGTTTCAAATACGAGGTTA
TTGGAGAGCAAGATACAAGAGGCAAAAGCAAAGAAAGATACGCTCCTTGCACGTGCTCGC
ACTGCTAAGACTGCA*CCAAAGTTCAAGAGATGATAGGGACAGTGAATACA

QA 3 773 3 773
DS 

RD RR3A246TF 863 0 0
GGACCACAAACATACATACACACCTCAAAATCTCTCAAATCAGAGCAGAAGAAGCGACCA
AGAAAACCCCTTCTTTCTTTCTCTTCAGCCATTGAAATGGCTCTTAAAGCTTCACCAGTC
GCCGGATTATTCCCTCCTCTCCGCCCCACTGCTTCCACTTCTAATCGCCCTTGTAGTACC
CTCAGGCTCAGGCCACTTCCCCTCCGAACATCCTTCTTCGGAAACTCCGGTGGAGCTTTG
AGAGTGAACGAGCTGAGACTAGCCTGTGCAAATAGGTTGAAGTGCAATGCTCATGGTCCT
ACCATGAATCTTTTTGAAAGATTTTCTAGGGTTGTCAAGTCATATGCCAATGCACTTATA
AGCTCCTTCGAAGACCCTGAGAAGATCCTCGAGCAAACTGTTATTGAAATGAATTCTGAT
TTGACCAAGATGCGTCAAGCCACTGCACAGGTTTTAGCTTCACAAAAGCAGCTGGAGAAC
AAATATAAAGCTTCAAAGCAATCTTCTGATGATTGGTACAAAAGAGCACAACTTGCTCTT
GCAAAAGGAGACGAGGATCTTGCACGTGAAGCTCTTAAACGAAGAAAGTCTTTTGCTGAC
AACGCTGCTGCCCTGAAAACTCAACTAGATCAGCAAAAAGGTGTTGTCGACAATCTTGTC
TCAAATACGAGGTTATTGGAGAGCAAGATACAAGAGGCAAAAGCAAAGAAAGATACGCTC
CTTGCACGTGCTCGCACTGCTAAGACTGCAACCAAAGTTCAAGAGATGATAGGGACAGTG
AATACAAGCG*TGCTCTCTCAGCCTTTGAGAAA*TGGAG*AGAAAGTGATGGCTATGGAG
TCTGA*GCAGATGCACTTACTCA

QA 1 863 1 863
DS 

RD RR3F968JQ 328 0 0
TGGAGTT
TGAAGCAGATGCACTTATTCAGATTGGAACAGATGAACTCGAGGGAAAGTTTCAAATGCT
TGAAACTTCATCTGTGGATGATGATCTTGCAAAGTTGAAGAATGAGTTTTTTGGAAGCTC
AAAGAAAGGAGAGCTTCCTCCAGGGAGAAGCACGGTCGCAGCAAGCCCAGGATACCCATT
CAAGGACTCGGAGATCGAGAACGAGTTAAACGAATTACGAAGGAAAGCTAACGAGTTTTA
GGCAACTGCTGTTTTTGAGTTGTGTTACTGGTTAACTTTTTTTATGTAAACTATTTTTGT
TTTTTGAAGAAAAATAAC
CCC

QA 8 325 8 325
DS 

RD RR3A246JQ 831 0 0
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CACTGCACAGGTTTTAGCTTCACAAAAGCAGCTGGAGAACAAATATAAAGCTTCAAAGCA
ATCTTCTGATGATTGGTACAAAAGAGCACAACTTGCTCTTGCAAAAGGAGACGAGGATCT
TGCACGTGAAGCTCTTAAACGAAGAAAGTCTTTTGCTGACAACGCTGCTGCCCTGAAAAC
TCAACTAGATCAGCAAAAAGGTGTTGTCGACAATCTTGTCTCAAATACGAGGTTATTGGA
GAGCAAGATACAAGAGGCAAAAGCAAAGAAAGATACGCTCCTTGCACGTGCTCGCACTGC
TAAGACTGCAACCAAAGTTCAAGAGATGATAGGGACAGTGAATACAAGCGGTGCTCTCTC
AGCCTTTGAGAAAATGGAGGAGAAAGTGATGGCTATGGAGTCTGAAGCAGATGCACTTAC
TCAGATTGGAACAGATGAACTCGAGGGAAAGTTTCAAATGCTTGAAACTTCATCTGTGGA
TGATGATCTTGCAAAGTTGAAGAATGAGTTGTCTGGAAGCTCAAAGAAAGGAGAGCTTCC
TCCAGGGAGAAGCACGGTCGCAGCAAGCACAGGATACCCATTCAAGGACTCGGAGATCGA
GAGCGAGTTAAACGAATTACTAAGGAAAGCTAACGAGTTTTAGGCAACTGCTGTTTTTGA
GTTGTGTTACTGGTTAACTTCTTTTATGTAAACTATTTTTGTTTCTTGAAGAAAAATAAC
ACCAAAAGCATGTGTTTAAATAAGTAAATATCCAGCTACCTAATCTTCATT

QA 1 831 1 831
DS 

RD RR3GR64JQ 766 0 0
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CTTGCAAAAGGAGACGAGGATCTTGCACGTGAAGCTCTTAAACGAAGAAAGTCTTTTGCT
GACAACGCTGCTGCCCTGAAAACTCAACTAGATCAGCAAAAAGGTGTTGTCGACAATCTT
GTCTCAAATACGAGGTTATTGGAGAGCAAGATACAAGAGGCAAAAGCAAAGAAAGATACG
CTCCTTGCACGTGCTCGCACTGCTAAGACTGCAACCAAAGTTCAAGAGATGATAGGGACA
GTGAATACAAGCGGTGCTCTCTCAGCCTTTGAGAAAATGGAGGAGAAAGTGATGGCTATG
GAATCTGAAGCAGATGCACTTACTCAGATTGGAACAGATGAACTCGAGGGAAAGTTTCAA
ATGCTTGAAACTTCATCTGTGGATGATGATCTTGCAAAGTTGAAGAATGAGTTGTCTGGA
AGCTCAAAGAAAGGAGAGCTTCCTCCAGGGAGAAGCACGGTCGCAGCAAGCACAGGATAC
CCATTCAAGGACTCGGAGATCGAGAACGAGTTAAACGAATTACGAAGGAAAGCTAACGAG
TTTTAGGCAACTGCTGTTTCTGAGTTGTGTTACTGGTTAACTTCTTTTATGTAAACTATT
TTTGTTTCTTGAAGAAAAATAACACCAAAAGCATGTGTTTAAATAAGTAAATATCCAGCT
ACCTAATCTTCATTTATGACTTGGTTAAATTTGGTATGTTCATCCG

QA 1 766 1 766
DS 



AS 2 7

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TCTAAGGAAAGCTCGTGCTCATGGTGGTGTTGTCCGTGGTCTCCATGAGAGCGCTAAGCT
TATCGAGAAGCGTGTTGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGATTGCAACCAGCCTGACTA
CGTCAAGCTTGTTAAGGCTCTCTGCGCCGATCACAGCATCAACTTGCTTACTGTTCCAAG
TGCCAAGACCCTCGGCGAGTGGGCTGGTCTCTGCAAGATTGACTCTGAGGGTAATGCCAG
GAAGGTTGTTGGCTGCTCATGCCTTGTAGTCAAGGACTACGGTGAGGATACAACTGCCCT
CAATATCGTCAAGAAGCACATTGAATCTAACTAAGTTTTAAGAAGCATTCTCCAATGTTT
TTCCATATCAATGCTGTTTTATCTTGGTTTTGATACTTGATATTTTAGCAGACAGCTCTC
CGAGATTTGTTTGGAACATGATCAAGTTTTGCTGTTATCTATATTCTACTCTTCCAAAGC
CCAATTTAGTTGATGTTTTCCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3C164TF U 1
AF RR3C164JQ C 324
BS 1 685 RR3C164TF
BS 686 686 RR3C164JQ

RD RR3C164TF 685 0 0
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CGTTGCTGAGCCAGCGGCCATCCCAGAGGACATGGACTTGTTGACTGCATTGGAGTTGAC
TCTAAGGAAAGCTCGTGCTCATGGTGGTGTTGTCCGTGGTCTCCATGAGAGCGCTAAGCT
TATCGAGAAGCGTGTTGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGATTGCAACCAGCCTGACTA
CGTCAAGCTTGTTAAGGCTCTCTGCGCCGATCACAGCATCAACTTGCTTACTGTTCCAAG
TGCCAAGACCCTCGGCGAGTGGGCTGGTCTCTGCAAGATTGACTCTGAGGGTAATGCCAG
GAAGGTTGTTGGCTGCTCATGCCTTGTAGTCAAGGACTACGGTGAGGATACAACTGCCCT
CAATATCGTCAAGAAGCACATTGAATCTAACTAAGTTTTAAGAAGCATTCTCCAATGTTT
TTCCATATCAATGCTGTTTTATCTTGGTTTTGATACTTGATATTTTAGCAGACAGCTCTC
CGAGATTTGTTTGGAACATGATCAAGTTTTGCTGTTATCTATATTCTACTCTTCCAAAGC
CCAATTTAGTTGATGTTTTCCTTCC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3C164JQ 363 0 0
GCGCCGATCACAGCATCAACTTGCTTACTGTTCCAAGTGCCAAGACCCTCGGCGAGTGGG
CTGGTCTCTGCAAGATTGACTCTGAGGGTAATGCCAGGAAGGTTGTTGGCTGCTCATGCC
TTGTAGTCAAGGACTACGGTGAGGATACAACTGCCCTCAATATCGTCAAGAAGCACATTG
AATCTAACTAAGTTTTAAGAAGCATTCTCCAATGTTTTTCCATATCAATGCTGTTTTATC
TTGGTTTTGATACTTGATATTTTAGCAGACAGCTCTCCGAGATTTGTTTGGAACATGATC
AAGTTTTGCTGTTATCTATATTCTACTCTTCCAAAGCCCAATTTAGTTGATGTTTTCCTT
CCC

QA 1 363 1 363
DS 



CO CL928Contig2 659 5 17 U
GGGCTTTGGAAGAGTAGAATATAGATAACAGCAAAACTTGATCATGTTCCAAACAAATCT
CAGAGAGGTGTCTGCTAAAATATCAAGTATCAAAACCAAGATAAAACAGCATTGAGATGG
AAAAACATTGGAGAATGCTTCTTAAACTTAGTTAGATTCAATGTGCTTCTTGACGATATT
GAGGGCAGTTGTATCCTCACCGTAGTCCTTGACTACAAGGCATGAGCAACCAACAACCTT
CCTGGCGTTACCCTCAGAGTCAATCTTGCAGAGACCAGCCCACTCGCCGAGGGTCTTGGC
GCTTGGAACAGTAAGCAAGTTGATGCTGTGATCAGCGCAGAGAGCCTTAACAAGCTTGAC
GTAGTCAGGCTGGTTGCAGTCTTCAGCCAAGACACAGAGCTGAGCAACACGCTTCTCAAT
AAGCTTAGCGCTCTCATGGAGACCACGGACAACCCCACCATGAGCACGAGCTTTCCTTAG
AGTCAACTCCAAGGCAGTCAACAAGTCCATGTCCTCTGGGATGGCCGCTGGCTCAGCAAC
GGGAGGAACAACAACGGGAGCAGCAGCCTCATCACCCGACATGTTGTGTCTTTAAATGCT
TTTAACTTCCGTAAAAAAA**TTTGTTGTTCTCTGAGAGATGATTGACGGCCGCAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
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CGAACTCTCTCGCCTTCGCCCTCCAGGAATCCAAATCTCGTTTAGAAATCGATTTCCCGC
CTTTGCCCAGTAGCATTTCCTCATACAAGGGTTCTTCAGACGATTTCATTGATGCCAACA
TTCAACTCGCCTTGTCTGTTGTCCGGAAGCTTCAGGAGAAAGTGGAGACTAGAGCTTGCA
TTGTTTTTCCTGATAAGCCTGAGAAACGCAGAGCTTCGCAACTCTTCAAAGCCGCGTTTG
ATTCGATCGATGGTATAAGTATCCGTTCTTTAGACGATATACCTGGCACTTCTGTCACCA
ATTTCT

QA 1 546 1 546
DS 

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G
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TTTAGAAATCGATTTCCCGCCTTTGCCCAGTAGCATTTCCTCATACAAGGGTTCTTCAGA
CGATTTCATTGATGCCAACACTCAACTCGCCTTGTCTGTTGTCCGGAAGCTTCAGGAGAA
AGTGGAGACTAGAGCTTGCATTGTTTTTCCTGATAAGCCTGAGAAACGCAGAGCTTCGCA
ACTCTTCAAAGCCGCGTTTGATTCGATCGATGGTATAAGTATCCGTTCTTTAGACGATAT
ACCTGGCACTTCTGTCACCAATTTCTTCAGGGCTATAAGGAGTACCTTGGACTTTGATTT
TGAAGATGAAAACGAAGGTAGTTGGGAGCCCAAGGAGCCACCGACCCTTTATATGTTTAT
CAATTGCAGCACTAAAGAACTCTCTGTTATAGAGCAGTTTGTGGAAAACTTTGCCACCTC
AACCCCGGCTCTTCTCTTTAATCTTGAGCTAGATACCTTACGTGCTGACCTAGGGCTACT
TGGCTTTCCCCCTAAAGATCTGCACTACCGGTTTCTTTCTCAGTTTGTTCCCGTCTTTTA
TATCCGTATCAGAGAGTATTCAAAGACAGTGGCAGTGGCACCATATGTGTTGAACTACAA
CGGAGCACTT

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DS 

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G
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GCTTGCATTGTTTTTCCTGATAGGCCTGAGAAACGCAGAGCTTCCCAACTCTTCAAAGCC
GCGTTTGATTCGATTGATGGTATAAGTATACGTTCTCTAGACGATATACCTGGCACTTCT
GTCACCAATTTCTTCAGGGCTATAAGGAGTACATTGGACTTTGATTTTGAAGATGAAAAC
GAAGGTAGTTGGGAGCCCAAGGAGCCACCGACCCTTTATATGTTTATCAATTGCAGCACT
AAAGAACTCTCTGTTATAGAGCAGTTTGTGGAAAACTTTGCCACCTCAACCCCGGCTCTT
CTCTTTAATCTTGAGCTAGATACCTTACGTGCTGACCTAGGGCTACTTGGCTTTCCCCCT
AAAGATCTGCACTACCGGTTTCTTTCTCAGTTTGTTCCCGTCTTTTATATCCGTATCAGA
GAGTATTCAAAGACAGTGGCAGTGGCACCATATGTGTTGAACTACAACGGAGCACTTTTT
CGGCAATATCCTGGGCCGTG

QA 2 561 2 561
DS 

RD RR3BN04TF 712 0 0
G
GCCAACATTCAACTCGCCTTGTCTGTTGTCCGGAAGCTTCAGGAGAAAGTGGAGACTAGA
GCTTGCATTGTTTTTCCTGATAGGCCTGAGAAACGCAGAGCTTCCCAACTCTTCAAAGCC
GCGTTTGATTCGATTGATGGTATAAGTATACGTTCTCTAGACGATATACCTGGCACTTCT
GTCACCAATTTCTTCAGGGCTATAAGGAGTACATTGGACTTTGATTTTGAAGATGAAAAC
GAAGGTAGTTGGGAGCCCAAGGAGCCACCGACCCTTTATATGTTTATCAATTGCAGCACT
AAAGAACTCTCTGTTATAGAGCAGTTTGTGGAAAACTTTGCCACCTCAACCCCGGCTCTT
CTCTTTAATCTTGAGCTAGATACCTTACGTGCTGACCTAGGGCTACTTGGCTTTCCCCCT
AAAGATCTGCACTACCGGTTTCTTTCTCAGTTTGTTCCCGTCTTTTATATCCGTATCAGA
GAGTATTCAAAGACAGTGGCAGTGGCACCATATGTGTTGAACTACAACGGAGCACTTTTT
CGGCAATATCCTGGGCCGTGGCAGGTGATGCTTAAGCAATCGGATGGTTCATTTGCATGT
GTTGCAGAAAGCCCCACTCGCTTCACCCTGGGTGAAACGAAGGAAGAGCTTTTACAGGTT
CTAGGACTACAAGAATAGAAAGGGAGCTCACTTGAGTTTCTGCGCAGGG
CT

QA 2 710 2 710
DS 

RD RR3BN04JQ 338 0 0
TGAGCTAGATACCTTACGTGCTGACCTAGGGCTACTTGGCTTTCCCCCTAAAGATTTGCA
CTACCGGTTTCTTTTTCAGTTTGTTCCCGTTTTTTATATCCGTATCAGAGAGTATTCAAA
GACAGTGGCAGTGGCACCATATGTGTTGAACTACAACGGAGCACTTTTTTGGCAATATCC
TGGGCCGTGGCAGGTGATGCTTAAGCAATCGGATGGTTCATTTGCATGTGTTGCAGAAAG
CCCCACTCGCTTCACCCTGGGTGAAACGAAGGAAGAGTTTTTACAGGTTTTAGGACTACA
AGAATAGAAAGGGAGCTCACTTGAGTTTTTGGGCAGGG

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR3DY23JQ 322 0 0
CGGTTTCTTTCTCAGTTGGTTCCCGTCTTTTATATCCGTATCAGAGAGTATTCAAAGACA
GTGGCAGTGGCACCATATGTGTTGAACTACAACGGAGCACTTTTTCGGCAATATCCTGGG
CCGTGTCAGGTGATGCTTAAGCAATTTGATGGTTCATTTGCATGTGTTGCAGAAAGCCCC
ACTCGTTTCACCCTGGGTGAAACGAAGGAAGAGCTTTTACAGGTTCTAGGACTACAAGAA
GAGAAAGGGAGCTCACTTGAGTTTTTGCGCAGGGGCTACAAGGCAGCAACTTGGTGGGAA
GAAGATGTGGATCTTGAGTTAT

QA 1 322 1 322
DS 

RD RR3E443JQ 492 0 0
CACTACCGGTTTCTTTCTCAGTTTGTTCCCGTCTTTTATATCCGTATCAGAGAGTATTCA
AAGACAGTGGCAGTGGCACCATATGTGTTGAACTACAACGGAGCACTTTTTCGGCAATAT
CCTGGGCCGTGGCAGGTGATGCTTAAGCAATCGGATGGTTCATTTGCATGTGTTGCAGAA
AGCCCCACTCGCTTCACCCTGGGTGAAACGAAGGAAGAGCTTTTACAGGTTTTAGGACTA
CAAGAATAGAAAGGGAGCTCACTTGAGTTTTTGCGCAGGGGCTACAAGGCAGCAACTTGG
TGGGAAGAAGATGTGGATCTTGAGTTATCATTTAATTGGGGTAGCTAAATTGTGGCCAAG
TCATGGATTCACCCCTTTAGTAAGTTTCACAAAATCTCCCAAGATTGCGATATTTACACC
TGTATATGTGCAACATTGATGAGAATGATAAACAATAGTTTGGAAATGTTTTATTCAGTT
TAATACCCTTTG

QA 1 492 1 492
DS 



AS 2 7

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ACAGAACCGACTTCAATGTAGTTCATAGATAATTACGGTATTTTTTTGTTTAACAGGATG
ATCTTGACATCTTATTACATGTAGTAAAACAAGCAGAAACGAGTGGTAGGGTAATACATG
AGAGTAAGAGCAGTGAGAAACACCAACT*CTCAATAGTCTCTTTACATTGTTGAATTACA
CTTCAATAGATTTTGGTCTCTTTTAATAGTAGAAGCAGTGAGAAGCTTGATTAGGCCTCC
TTGACTGCAACAGCCTCCTTGACCTCGGCGGCTTCACTGATCTTCTCCTTGAGAGGTTCT
TCCTTGGCAGGTTCCACTTCCTCTGGGACTACAAAAGCTGAGACAGGGAAA*GTCCTGGA
CAGTGTGGTTGGTGACTTGAAAGTGATCTTCTCTTTGTCATCTGTATAGATATCACTGAT
AGAGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCCTTGACTCCAGTGAGCTTCTTGATCTTGCCGGT
CTGGACCACGGCAGTGACCTCGGTTCCGTAGGAGACAAGCTTATCAATCTTTTCAAACTT
GTGGGTGATGCTCTGCTTCTGCTTCAGCCACACAACACCTGACTCTCTGTCATACCCAAC
CTCTTCAATGTCCTTCAATGGTAGTAAGCCATTAGGCATAGATATTTCATCGAGGAAACA
TTTTGTCTTCTCTCTGCATATCTCATCTCCGGTGTACATCTCTGCCTTAGCTCTCACCTC
CTCTGTGACCAAACCCATATCTGTTATGTTTTTTCTTAGTTTAAGCTTTACCTCAAAGCT
GAAGTTGTGTATTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH31TF C 1
AF RR3GH31JQ U 41
AF RR3GB75TF C 114
AF RR3BK95JQ U 20
AF RR3GB75JQ U 69
BS 1 20 RR3GH31TF
BS 21 341 RR3BK95JQ
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BS 650 681 RR3BK95JQ
BS 682 797 RR3GB75JQ

RD RR3GH31TF 502 0 0
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ATCTTGACATCTTATTACATGTAGTAAAACAAGCAGAAACGAGTGGTAGGGTAATACATG
AGAGTAAGAGCAGTGAGAAACACCAACT*CTCAATAGTCTCTTTACATTGTTGAATTACA
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TTGACTGCAACAGCCTCCTTGACCTCGGCGGCTTCACTGATCTTCTCCTTGAGAGGTTCT
TCCTTGGCAGGTTCCACTTCCTCTGGGACTACAAAAGCTGAGACAGGGAAA*GTCCTGGA
CAGTGTGGTTGGTGACTTGAAAGTGATCTTCTCTTTGTCATCTGTATAGATATCACTGAT
AGAGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCCTTGACTCCAGTGAGCTTCTTGATCTTGCCGGT
CTGGACCACGGCAGTGACCTC
C

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR3GH31JQ 462 0 0
TTTTTTTGTTTAA
CAGGATGATCTTGACATCTTATTACATGTAGTAAAACAAGCAGAAACGAGTGGTAGGGTA
ATACATGAGAGTAAGAGCAGTGAGAAACACCAACT*CTCAATAGTCTCTTTACATTGTTG
AATTACACTTCAATAGATTTTGGTCTCTTTTAATAGTAGAAGCAGTGAGAAGCTTGATTA
GGCCTCCTTGACTGCAACAGCCTCCTTGACCTCGGCGGCTTCACTGATCTTCTCCTTGAG
AGGTTCTTCCTTGGCAGGTTCCACTTCCTCTGGGACTACAAAAGCTGAGACAGGGAAA*G
TCCTGGACAGTGTGGTTGGTGACTTGAAAGTGATCTTCTCTTTGTCATCTGTATAGATAT
CACTGATAGAGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCCTTGACTCCAGTGAGCTTCTTGATCT
TGCCGGTCTGGACCACGGCAGTGACCTC
C

QA 14 461 14 461
DS 

RD RR3GB75TF 400 0 0
ATACATGAGAGTAAGAGCAGTGAGAAACACCAACTTCTCAATAGTCTCTTTACATTGTTG
AATTACACTTCAATAGATTTTGGTCTCTTTTAATAGTAGAAGCAGTGAGAAGCTTGATTA
GGCCTCCTTGACTGCAACAGCCTCCTTGACCTCGGCGGCTTCACTGATCTTCTCCTTGAG
AGGTTCTTCCTTGGCAGGTTCCACTTCCTCTGGGACTACAAAAGCTGAGACAGGGAAAAG
TCCTAGACAGTGTGGTTGGTGACTTGAAAGTGATCTTCTCTTTGTCATCTGTATAGATAT
CACTGATAGAGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGCCTTGACTCCAGTGAGCTTCTTGATCT
TGCCGGTCTGGACCACGGCAGTGACCTCGGTTCCGTAGGA

QA 1 400 1 400
DS 

RD RR3BK95JQ 662 0 0
G
GTTCATAGATAATTACGGTATTTTTTTGTTTAACAGGATGATCTTGACATCTTATTACAT
GTAGTAAAACAAGCAGAAACGAGTGGTAGGGTAATACATGAGAGTAAGAGCAGTGAGAAA
CACCAACT*CTCAATAGTCTCTTTACATTGTTGAATTACACTTCAATAGATTTTGGTCTC
TTTTAATAGTAGAAGCAGTGAGAAGCTTGATTAGGCCTCCTTGACTGCAACAGCCTCCTT
GACCTCGGCGGCTTCACTGATCTTCTCCTTGAGAGGTTCTTCCTTGGCAGGTTCCACTTC
CTCTGGGACTACAAAAGCTGAAACAGGGAAA*GTCCTGGACAGTGTGGTTGGTGACTTGA
AAGTGATCTTCTCTTTGTCATCTGTATAGATATCACTGATAGAGACCCAGATAAGAAGCT
CCTTGGCCTTGACTCCAGTGAGCTTCTTGATCTTGCCGGTCTGGACCACGGCAGTGACCT
CGGTTCCGTAGGAGACAAGCTTATCAATCTTTTCGAACTTGTGGGTGATGCTCTGCTTCT
GCTTCAGCCACACGACACCTGACTCTCTGTCATACCCAACCTCTTCAATGTCCTTCAATG
GTAGTAAGCCATTAGGCATAGATATTTCCTCGAGGAAACATTTTGTCTTCTCTCTGCATA
T

QA 2 662 2 662
DS 

RD RR3GB75JQ 729 0 0
AACAACTTATTACAT
GTAAAATAAGGAGAAACGAGTGGTAGA*TAATACATGAGAGTAAGAGCAGTGAGAAACAC
CAACT*CTCAATAGTCTCTTTACATTGTTGAATTACACTTCAATAGATTTTGGTCTCTTT
TAATAGTAGAAGCAGTGAGAAGCTTGATTAGGCCTCCTTGACTGCAACAGCCTCCTTGAC
CTCGGCGGCTTCACTGATCTTCTCCTTGAGAGGTTCTTCCTTGGCAGGTTCCACTTCCTC
TGGGACTACAAAAGCTGAGACAGGGAAA*GTCCTAGACAGTGTGGTTGGTGACTTGAAAG
TGATCTTCTCTTTGTCATCTGTATAGATATCACTGATAGAGACCCAGATAAGAAGCTCCT
TGGCCTTGACTCCAGTGAGCTTCTTGATCTTGCCGGTCTGGACCACGGCAGTGACCTCGG
TTCCGTAGGAGACAAGCTTATCGATCTTTTCAAACTTGTGGGTGTTGCTCTGTTTCTGCT
TCAGCCACACAACACCTGACTCTCTGTCATACCCAACCTCTTCAATGTCCTTCAATGGTA
GTAAGCCATTAGGCATAGATATTTCATCGAGGAAACATTTTGTCTTCTCTCTGCATATCT
CATCTCCGGTGTACATCTCTGCCTTAGCTCTCACCTCCTCTGTGACCAAACCCATATCTG
TTATGTTTTTTCTTAGTTTAAGCTTTACCTCAAAGCTGAAGTTGTGTATTGTCC

QA 16 729 16 729
DS 



CO CL930Contig2 738 2 3 U
GAATACACAACTTCAGCTTGAGGTAAAGCTTAAACTTAAAAAAAATAAACATAACAGAGA
TGGGTTTGGTCACAGAGGAGGTGAGAGCTAAGGCAGAGATGTACACCGGAGATGAGATAT
GCAGAGAGAAGACAAAATGTTTCCTCGAGGAAATATCTATGCCTAATGGCTTACTACCAT
TGAAGGACATTGAAGAGGTTGGGTATGACAGAGAGTCAGGTGTCGTGTGGCTGAAGCAGA
AACAGAGCATCACCCACAAGTTTGAAAAGATCGATAAGCTTGTCTCCTACGGAACCGAGG
TCACTGCCGTGGTCCAGACCGGCAAGATCAAGAAGCTCACTGGAGTCAAGGCCAAGGAGC
TTCTTATCTGGGTCTCTATCAGTGATATCTATACAGATGACAAAGAGAAGATCACTTTCA
AGTCACCAACCACACTGTCTAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTGTAGTCCCAGAGGAAG
TGGAACCTGCCAAGGAAGAAGCTCTCAAGGAAAAGAGCAGTGAAGCCGCCGAGGTCAAGG
AGGCTGTTGCAGTCAAGGAGGCCTAATCAAGCTCTCACTGCTTCTACAGTTAAAAGAGAC
CAAAATCTATTGAAGTGTACTTCAACAATGTAAAGAGTATTGAGAGTTGGTGTTCTTACT
GCTCTTACTCATGTATTACCTACCACTCGTTTCTGCTTGTTTTTCATGTAATAAGATGTC
AACATCATCCTGCTTGAC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H810JQ C 1
AF RR3H810TF U 1
BS 1 1 RR3H810JQ
BS 2 732 RR3H810TF
BS 733 738 RR3H810JQ

RD RR3H810JQ 738 0 0
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TGGGTTTGGTCACAGAGGAGGTGAGAGCTAAGGCAGAGATGTACACCGGAGATGAGATAT
GCAGAGAGAAGACAAAATGTTTCCTCGAGGAAATATCTATGCCTAATGGCTTACTACCAT
TGAAGGACATTGAAGAGGTTGGGTATGACAGAGAGTCAGGTGTCGTGTGGCTGAAGCAGA
AACAGAGCATCACCCACAAGTTTGAAAAGATCGATAAGCTTGTCTCCTACGGAACCGAGG
TCACTGCCGTGGTCCAGACCGGCAAGATCAAGAAGCTCACTGGAGTCAAGGCCAAGGAGC
TTCTTATCTGGGTCTCTATCAGTGATATCTATACAGATGACAAAGAGAAGATCACTTTCA
AGTCACCAACCACACTGTCTAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTGTAGTCCCAGAGGAAG
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AGGCTGTTGCAGTCAAGGAGGCCTAATCAAGCTCTCACTGCTTCTACAGTTAAAAGAGAC
CAAAATCTATTGAAGTGTACTTCAACAATGTAAAGAGTATTGAGAGTTGGTGTTCTTACT
GCTCTTACTCATGTATTACCTACCACTCGTTTCTGCTTGTTTTTCATGTAATAAGATGTC
AACATCATCCTGCTTGAC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3H810TF 738 0 0
G
AATACACAACTTCAGCTTGAGGTAAAGCTTAAACTTAAAAAAAATAAACATAACAGAGAT
GGGTTTGGTCACAGAGGAGGTGAGAGCTAAGGCAGAGATGTACACCGGAGATGAGATATG
CAGAGAGAAGACAAAATGTTTCCTCGAGGAAATATCTATGCCTAATGGCTTACTACCATT
GAAGGACATTGAAGAGGTTGGGTATGACAGAGAGTCAGGTGTCGTGTGGCTGAAGCAGAA
ACAGAGCATCACCCACAAGTTTGAAAAGATCGATAAGCTTGTCTCCTACGGAACCGAGGT
CACTGCCGTGGTCCAGACCGGCAAGATCAAGAAGCTCACTGGAGTCAAGGCCAAGGAGCT
TCTTATCTGGGTCTCTATCAGTGATATCTATACAGATGACAAAGAGAAGATCACTTTCAA
GTCACCAACCACACTGTCTAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTGTAGTCCCAGAGGAAGT
GGAACCTGCCAAGGAAGAAGCTCTCAAGGAAAAGAGCAGTGAAGCCGCCGAGGTCAAGGA
GGCTGTTGCAGTCAAGGAGGCCTAATCAAGCTCTCACTGCTTCTACAGTTAAAAGAGACC
AAAATCTATTGAAGTGTACTTCAACAATGTAAAGAGTATTGAGAGTTGGTGTTCTTACTG
CTCTTACTCATGTATTACCTACCACTCGTTTCTGCTTGTTTTTCATGTAATAAGATGTCA
ACATCATCCTG
CTTGAC

QA 2 732 2 732
DS 



AS 1 6

CO CL931Contig1 1162 6 8 U
GCCAAACCAGGATCGATTCAAGTATTTAACATCAGAACTATTTTACAAGAACTAAAACAT
GCGTACATACTTTTGAAGGATAACACAAATTTCGACATAATTCGAAATAAATACGAGGGG
AGAAAAGACAAAGAAAAGCAACAAAGTACAATCTAGTGAAACACGACTCAACAGTACAGC
ATTGATAAAATCACTAATATGAAAAAGCTGCTTAGGTTTGGATTTGGTTTGACACTTTCG
TTTCCATCTGACCCTCCAAATCACCACCACCATGAGTTTGAGGATGAACTATCATCTCAC
CCGAAACTGGAGTTGTTGCAAGCTTGACCATATCGATTGAGTGATCCTGCACCGTTTTGG
GTTTCTCCGTGTCGTCAGTTTTTGGAGCTTTGTAGTACTTGTATATGACGTAGAGAATCA
TTTGAACTGCTCCGAGAAACGCACCCATAATGTTTGGAAGTGCAACGTAGAAGTCTTTGA
TAGCAAGACCATAGAAGAGCCACGTTATGGCGCTGAGTGTAAGAAACAATGATAGAGAGA
ACGGCATAAACTCCACACTTCTTGTTCGTATCACCACTCTCATGATGCTTAAAGGAGCTG
CAAAAACGCAAACGGAAAACCCGACGCAAATCCCTCCAAGGACCTTCTCACGGTTCGATG
CTTTGGTCAAGAGCTCACAGACAAGGATAATAGCGGCAAAACCCAAGAAGTTCAAGAGCC
CAAGAACCTTCAAAGTTGAAATTCTAGCTTTCTTGTTAGCATAGGTAATAAAGAGTATGA
TGTAGATGGTTTCGATGAAGCATCCCACGGCGTTTATGGTAATCAGAAGTAAGCCTGATC
CATCTTTCTGCATAGCATAGTAAATCCATAGCGTCGCGCTAAAGAGCGCTGAGACATAGG
GAAGTGATTGAAAACCTTCTATCGATTTTTTCTCGCAGATCCTGACGAAAGTTGGAACTG
GTGCCAAGAAAACGATGAACGATATGATGTTCCCCATGATTCCAAATGTAAAAGCCAGTA
CGTTGAGAGCCATTTGATTTTTTTGTAAATGAGTTCTCGATTATTTTTCTACTTTTGGAT
GTGATTATCGAATAAATGAAGAAGGAAACAAGAGGAGATCGTCTAACTCTTGTTAGCTCT
AACTGAGTTTTCTTCGATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 15 15 35 35 35 15 35 
35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3F234JQ U 1
AF RR3FK12JQ U 76
AF RR3AG88JQ U 50
AF RR3BM52JQ U 82
AF RR3AG88TF C 311
AF RR3F234TF C 406
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BS 1112 1162 RR3AG88TF

RD RR3F234JQ 706 0 0
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GCGTACATACTTTTGAAGGATAACACAAATTTCGACATAATTCGAAATAAATACGAGGGG
AGAAAAGACAAAGAAAAGCAACAAAGTACAATCTAGTGAAACACGACTCAACAGTACAGC
ATTGATAAAATCACTAATATGAAAAAGCTGCTTAGGTTTGGATTTGGTTTGACACTTTCG
TTTCCATCTGACCCTCCAAATCACCACCACCATGAGTTTGAGGATGAACTATCATCTCAC
CCGAAACTGGAGTTGTTGCAAGCTTGACCATATCGATTGAGTGATCCTGCACCGTTTTGG
GTTTCTCCGTGTCGTCAGTTTTTGGAGCTTTGTAGTACTTGTATATGACGTAGAGAATCA
TTTGAACTGCTCCGAGAAACGCACCCATAATGTTTGGAAGTGCAACGTAGAAGTCTTTGA
TAGCAAGACCATAGAAGAGCCACGTTATGGCGCTGAGTGTAAGAAACAATGATAGAGAGA
ACGGCATAAACTCCACACTTCTTGTTCGTATCACCACTCTCATGATGCTTAAAGGAGCTG
CAAAAACGCAAACGGAAAACCCGACGCAAATCCCTCCAAGGACCTTCTCACGGTTCGATG
CTTTGGTCAAGAGCTCACAGACAAGGATAATAGCGGCAAAACCCAA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3FK12JQ 653 0 0
AAGGAT
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AAAAAGCTGCTTAGGTTTGGATTTGGTTTGACACTTTCGTTTCCATCTGACCCTCCAAAT
CACCACCACCATGAGTTTGAGGATGAACTATCATCTCACCCGAAACTGGAGTTGTTGCAA
GCTTGACCATATCGATTGAGTGATCCTGCACCGTTTTGGGTTTCTCCGTGTCGTCAGTTT
TTGGAGCTTTGTAGTACTTGTATATGACGTAGAGAATCATTTGAACTGCTCCGAGAAACG
CACCCATAATGTTTGGAAGTGCAACGTAGAAGTCTTTGATAGCAAGACCATAGAAGAGCC
ACGTTATGGCGCTGAGTGTAAGAAACAATGATAGAGAGAACGGCATAAACTCCACACTTC
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CGACGCAAATCCCTCCAAGGACCTTATCACGGTTCGATGCTTTGGTCAAGAGCTCACAGA
CAAGGATAATAGCGGCAAAACCCAAGAAGTTCAAGAGCCCAAGAACC

QA 7 653 7 653
DS 

RD RR3AG88JQ 737 0 0
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AATACGAGGGGAGAAAAGACAAAGAAAAGCAACAAAGTACAATCTAGTGAAACACGACTC
AACAGTACAGCATTGATAAAATCACTAATATGAAA**GCTGCTTAGGTTTGGATTTGGTT
TGACACTTTCGTTTCCATCTGACCCTCCAAATCACCACCACCATGAGTTTGAGGATGAAC
TATCATCTCACCCGAAACTGGAGTTGTTGCAAGCTTGACCATATCGATTGAGTGATCCTG
CACCGTTTTGGGTTTCTCCGTGTCGTCAGTTTTTGGAGCTTTGTAGTACTTGTATATGAC
GTAAAGAATCATTTGAACTGCTCCGAGAAACGCACCCATAATGTTTGGAAGTGCAACGTA
AAAGTCTTTGATAGCAAGACCATAAAAGAGCCACGTTATGGCGCTGAGTGTAAGAAACAA
TGATAGAGAGAACGGCATAAACTCCACACTTCTTGTTCGTATCACCACTCTCATGATGCT
TAAAGGAGCTGCAAAAACGCAAACGGAAAACCCGACGCAAATCCCTCCAAGGACCTTCTC
ACGGTTCGATGCTTTGGTCAAGAGCTCACAGACAAGGATAATAGCGGCAAAACCCAAGAA
GTTCAAGAGCCCAAGAACCTTCAAAGTTGAAATTCTAGCTTTCTTGTTAGCATAGGTAAT
AAAGAGTATGATGTAGA

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3BM52JQ 737 0 0
AACACAAATTTCGATATAATTCGAAATAAATACGATGGGAGAAAAGACAAAGAAAAGCAA
CAAAGTACAATCTAGTGAAACACGACTCAACAGTACAGCATTGATAAAATCACTAATATG
AAAAAGCTGCTTAGGTTTGGATTTGGTTTGACACTTTCGTTTCCATCTGAACCTCCAAAT
CACCACCACCATGAGTCTGAGGATGAACTATCATCTCACCCGAAACTGGAGTTGTTGCAA
GCTTGACCATATCGATTGAGTGATCCTGCACCGTTTTGGGTTTCTCCGTGTCGTCAGTTT
TTGGAGCTTTGTAGTACTTGTATATGACGTAAAGAATCATTTGAACTGCTCCGAGAAACG
CACCCATAATGTTTGGAAATGCAACGTAAAAGTCTTTGATAGCAAGACCATAGAAAAGCC
ACGTTATGGCGCTGAGTGTAAAAAACAATGATAGAAAGAAGGGCATAAACTCCACACTTC
TTGTTCGTATCACCACTCTCATGATGCTTAAAGGAGCTGCAAAAACGCAAACGGAAAACC
CGACACAAATCCCTCCAAGGACCTTCTCACGGTTCGATGCTTTGGTCAAGAGCTCACAGA
CAAGGATAATAGCGGCAAAACCCAAGAAGTTCAAGAGCCCAAGAACCTTCAAAGTTGAAA
TTCTAGCTTTCTTGTTAGCATAGGTAATAAAGAGTATGATGTAGATGGTTTCGATGAAGC
ATCCCACGGCGTTTATG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3AG88TF 852 0 0
AGTTGTTGCAAGCTTGACCATATCGATTGAGTGATC*TGCACCCGTTTTGGGTTCTCCGT
GTCGTCAGTTTTTGGAGCTT*GTAGTACTTGTATATGACGTAGAGAATCATTTGAACTGC
TCCGAGAAACGCACCCATAATGTTTGGAAGTGCAACGTAGAAGTCTTTGATAGCAAGACC
ATAGAAGAGCCACGTTATGGCGCTGAGTGTAAGAAACAATGATAGAGAGAACGGCATAAA
CTCCACACTTCTTGTTCGTATCACCACTCTCATGATGCTTAAAGGAGCTGCAAAAACGCA
AACGGAAAACCCGACGCAAATCCCTCCAAGGACCTTCTCACGGTTCGATGCTTTGGTCAA
GAGCTCACAGACAAGGATAATAGCGGCAAAACCCAAGAAGTTCAAGAGCCCAAGAACCTT
CAAAGTTGAAATTCTAGCTTTCTTGTTAGCATAGGTAATAAAGAGTATGATGTAGATGGT
TTCGATGAAGCATCCCACGGCGTTTATGGTAATCAGAAGTAAGCCTGATCCATCTTTCTG
CATAGCATAGTAAATCCATAGCGTCGCGCTAAAGAGCGCTGAGACATAGGGAAGTGATTG
AAAACCTTCTATCGATTTTTTCTTGCAGATCCTGACGAAAGTTGGAACTGGTGCCAAGAA
AACGATGAACGATATGATGTTCCCCATGATTCCAAATGTAAAAGCCAGTACGTTGAGAGC
CATTTGATTTTTTTGTAAATGAGTTCTCGATTATTTTTCTACTTTTGGATGTGATTATCG
AATAAATGAAGAAGGAAACAGGAGGAGATCGTCTAACTCTTGTTAGCTCTAACTGAGTTT
TCTTCGATATCC

QA 1 852 1 852
DS 

RD RR3F234TF 755 0 0
TATGACGTAGAGATCA
TTGAACTGCTCCGAGAAACGCACCCATAATGTT*GGAAGTGCAACGTAGAAGTCTT*GAT
AGCAAGACCATAGAAGAGCCACGTTATGGCGCTGAGTGTAAGAAACAATGATAGAGAGAA
CGGCATAAACTCCACACTTCTTGTTCGTATCACCACTCTCATGATGCTTAAAGGAGCTGC
AAAAACGCAAACGGAAAACCCGACGCAAATCCCTCCAAGGACCTTCTCACGGTTCGATGC
TTTGGTCAAGAGCTCACAGACAAGGATAATAGCGGCAAAACCCAAGAAGTTCAAGAGCCC
AAGAACCTTCAAAGTTGAAATTCTAGCTTTCTTGTTAGCATAGGTAATAAAGAGTATGAT
GTAGATGGTTTCGATGAAGCATCCCACGGCGTTTATGGTAATCAGAAGTAAGCCTGATCC
ATCTTTCTGCATAGCATAGTAAATCCATAGCGTCGCGCTAAAGAGCGCTGAGACATAGGG
AAGTGATTGAAAACCTTCTATCGATTTTTTCTCGCAGATCCTGACGAAAGTTGGAACTGG
TGCCAAGAAAACGATGAACGATATGATGTTCCCCATGATTCCAAATGTAAAAGCCAGTAC
GTTGAGAGCCATTTGATTTTTTTGTAAATGAGTTCTCGATTATTTTTCTACTTTTGGATG
TGATTATCGAATAAATGAAGAAGGAAACAAGAGGAGATCGTCTAACTCTTGTTAGCTCTA
ACTGAGTTTTCTTCGAT
CC

QA 17 753 17 753
DS 



AS 2 6

CO CL932Contig1 678 3 3 U
TGGGGACCCTACTGTAAAACGGCGGCAGATTCTGTACTCAGTCCTCTCCCTCAGGCAGCT
CTTCTCTTCCAGATCGAACAATGTCTCTGGTTGCAAACGAGGAGTTCCAGCACATTCTGC
GTGTGCTCAACACTAACGTCGATGGGAAGCAAAAGATCATGGTTGCCCTTACCTCCATCA
AGGGTATTGGCAGGCGTTTGGCCAACATCGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACA
AGAGGGCTGGTGAGTTGTCTGCAGCTGAGATCGACAACCTCATGACTATTGTTGCCAACC
CAAAACAGTACAAGATCCCAGACTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTACAAGGATGGAA
AGTACTCTCAAGTTGTCTCCAATACCCTTGACATGAAGCTCAGGGATGATCTTGAACGCC
TCAAGAAAATCAGGAACCACCGTGGGCTGAGACACTACTGGGGTCTCCGTGTCCGTGGTC
AACACACCAAGACAACTGGTCGCAGGGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAG
CCAGTGTTCGTTGCTGCAGCTGGATTGAACCTTTAATAAGAACCGTTTTTAAGATAATTT
GAACAATTTTGCAAAACCCTATTATGTCGTTTATCCTGCACTGTTTTTTTGTTACATTAT
AAGATAATATTTTGCTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3F723TF U 9
AF RR3DW88TF U 1
AF RR3DW88JQ C 30
BS 1 649 RR3DW88TF
BS 650 650 RR3DW88JQ
BS 651 678 RR3DW88TF

RD RR3F723TF 309 0 0
GG
ACTGTAAAACGGCGGCAGATTCTGTACTCAGTCCTCTCCCTCAGGCAGCTCTTCTCTTCC
AGATCGAACAATGTCTCTGGTTGCCAACGAGGAGTTCCAGCACATTCTGCGTGTGCTCAA
CACTAACGTCGATGGGAAGCAAAAGATCATGTTTGCCCTTACCTCCATCAAGGGTATTGG
CAGGCGTTTGGCCAACATCGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAAGAGGGCTGG
TGAGTTGTCTGCAGCTGAGATCGACAACCTCATGACTATTGTTGCCAACCCAAAACAGTA
CAAGATC

QA 3 309 3 309
DS 

RD RR3DW88TF 678 0 0
TGGGGACCCTACTGTAAAACGGCGGCAGATTCTGTACTCAGTCCTCTCCCTCAGGCAGCT
CTTCTCTTCCAGATCGAACAATGTCTCTGGTTGCAAACGAGGAGTTCCAGCACATTCTGC
GTGTGCTCAACACTAACGTCGATGGGAAGCAAAAGATCATGGTTGCCCTTACCTCCATCA
AGGGTATTGGCAGGCGTTTGGCCAACATCGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACA
AGAGGGCTGGTGAGTTGTCTGCAGCTGAGATCGACAACCTCATGACTATTGTTGCCAACC
CAAAACAGTACAAGATCCCAGACTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTACAAGGATGGAA
AGTACTCTCAAGTTGTCTCCAATACCCTTGACATGAAGCTCAGGGATGATCTTGAACGCC
TCAAGAAAATCAGGAACCACCGTGGGCTGAGACACTACTGGGGTCTCCGTGTCCGTGGTC
AACACACCAAGACAACTGGTCGCAGGGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAG
CCAGTGTTCGTTGCTGCAGCTGGATTGAACCTTTAATAAGAACCGTTTTTAAGATAATTT
GAACAATTTTGCAAAACCCTATTATGTCGTTTATCCTGCACTGTTTTTT*GTTACATTAT
AAGATAATATTTTGCTAA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3DW88JQ 647 0 0
TTCTGTACTCAGTCCTCTCCCTCAGGCAGCTCTTCTCTTCCAGATCGAACAATGTCTCTG
GTTGCAAACGAGGAGTTCCAGCACATTCTGCGTGTGCTCAACACTAACGTCGATGGGAAG
CAAAAGATCATGGTTGCCCTTACCTCCATCAAGGGTATTGGCAGGCGTTTGGCCAACATC
GTTTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAAGAGGGCTGGTGAGTTGTCTGCAGCTGAG
ATCGACAACCTCATGACTATTGTTGCCAACCCAAAACAGTACAAGATCCCAGACTGGTTC
TTGAACAGACAGAAAGACTACAAGGATGGAAAGTACTCTCAAGTTGTCTCCAATACCCTT
GACATGAAGCTCAGGGATGATCTTGAACGCCTCAAGAAAATCAGGAACCACCGTGGGCTG
AGACACTACTGGGGTCTCCGTGTCCGTGGTCAACACACCAAGACAACTGGTCGCAGGGGA
AAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGCCAGTGTTCGTTGCTGCAGCTGGATTGAA
CCTTTAATAAGAACCGTTTTTAAGATAATTTGAACAATTTTGCAAAACCCTATTATGTCG
TTTATCCTGCACTGTTTTTTTGTTACATTATAAGATAATATTTTG
CT

QA 1 645 1 645
DS 



CO CL932Contig2 713 3 2 U
GGACCAGTAACAAAATATTATCTTATAATGTAACAAAACAGCAGTGGAGGTTTCATAAAC
GACACATAATATAGTTGTGCAAAATTGTTCAAATTAACAATAGAAAAAAAAGACGGTCCT
TAACAAAGATTCAATCCAGCAGCAGCTACAAGCATTGGCTTAACGCTTCTTAGAGACACC
AACAGTCTTTCCCCTGCGACCAGTTGTCTTGGTGTGTTGACCACGGACACGGAGACCCCA
GTAGTGTCTCAGCCCACGGTGGTTCCTGATTTTCTTGAGGCGTTCAAGATCATCCCTGAG
CTTCATGTCAAGGGCATTTGAGACGACTTGAGAATACTTTCCATCCTTGTAGTCTTTCTG
TCTGTTCAAGAACCAGTCTGGGATCTTGTACTGTTTTGGGTTGGCAACAATAGTCATGAG
GTTGTCGATCTCAGCTGCAGACAACTCACCAGCCCTCTTGTTCATGTCGACATCGGCTTT
CTTGCAGACGATGTTGGCCAAACGCCTGCCAATACCCTTGATGGAGGTAAGGGCAAACAT
GATCTTTTGCTTCCCATCGACGTTAGTGTTGAGCACACGCAGAATGTGCTGGAACTCCTC
GTTTGCAACCAGAGACATTGTTCGATCTGGAAGAGAAGAGCTGCCTAAGGGAGAGGACTG
AGTACAGAATCTGCCGCCGTTTTACAGTAGGGTTTCTTCTCTTCTGTAAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F723JQ U 23
AF RR3GU35JQ U 1
AF RR3GU35TF C 123
BS 1 693 RR3GU35JQ
BS 694 713 RR3GU35TF

RD RR3F723JQ 122 0 0
TTATAATGTAACAAAACAGCGGTGGAGGTTTCATAAACGACACATAATATAGTTGTGCAA
AATTGTTCAAATTAACAATA*AAAAAAAAGACGGTCCTTAACAAAGATTCAATCCAGCAG
CA

QA 1 122 1 122
DS 

RD RR3GU35JQ 699 0 0
GGACCAGTAACAAAATATTATCTTATAATGTAACAAAACAGCAGTGGAGGTTTCATAAAC
GACACATAATATAGTTGTGCAAAATTGTTCAAATTAACAATAGAAAAAAAAGACGGTCCT
TAACAAAGATTCAATCCAGCAGCAGCTACAAGCATTGGCTTAACGCTTCTTAGAGACACC
AACAGTCTTTCCCCTGCGACCAGTTGTCTTGGTGTGTTGACCACGGACACGGAGACCCCA
GTAGTGTCTCAGCCCACGGTGGTTCCTGATTTTCTTGAGGCGTTCAAGATCATCCCTGAG
CTTCATGTCAAGGGCATTTGAGACGACTTGAGAATACTTTCCATCCTTGTAGTCTTTCTG
TCTGTTCAAGAACCAGTCTGGGATCTTGTACTGTTTTGGGTTGGCAACAATAGTCATGAG
GTTGTCGATCTCAGCTGCAGACAACTCACCAGCCCTCTTGTTCATGTCGACATCGGCTTT
CTTGCAGACGATGTTGGCCAAACGCCTGCCAATACCCTTGATGGAGGTAAGGGCAAACAT
GATCTTTTGCTTCCCATCGACGTTAGTGTTGAGCACACGCAGAATGTGCTGGAACTCCTC
GTTTGCAACCAGAGACATTGTTCGATCTGGAAGAGAAGAGCTGCCTAAGGGAGAGGACTG
AGTACAGAATCTGCCGCCGTTTTACAGTAGGGT
TTCTTC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3GU35TF 591 0 0
AC
AAAGATTCAATCCAGCAGCAGCTACAAGCATTGGCTTAACGCTTCTTAGAGACACCAACA
GTCTTTCCCCTGCGACCAGTTGTCTTGGTGTGTTGACCACGGACACGGAGACCCCAGTAG
TGTCTCAGCCCACGGTGGTTCCTGATTTTCTTGAGGCGTTCAAGATCATCCCTGAGCTTC
ATGTCAAGGGCATTTGAGACGACTTGAGAATACTTTCCATCCTTGTAGTCTTTCTGTCTG
TTCAAGAACCAGTCTGGGATCTTGTACTGTTTTGGGTTGGCAACAATAGTCATGAGGTTG
TCGATCTCAGCTGCAGACAACTCACCAGCCCTCTTGTTCATGTCGACATCGGCTTTCTTG
CAGACGATGTTGGCCAAACGCCTGCCAATACCCTTGATGGAGGTAAGGGCAAACATGATC
TTTTGCTTCCCATCGACGTTAGTGTTGAGCACACGCAGAATGTGCTGGAACTCCTCGTTT
GCAACCAGAGACATTGTTCGATCTGGAAGAGAAGAGCTGCCTAAGGGAGAGGACTGAGTA
CAGAATCTGCCGCCGTTTTACAGTAGGGTTTCTTCTCTTCTGTAAGTCC

QA 3 591 3 591
DS 



AS 1 7

CO CL933Contig1 706 7 13 U
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AGATCCTCTTCGTCAAAAGAATCGAGCAATGAAAGGAGGTAAATCAAAGGCGGATACCAA
GAGCTCTAAGCTCGCTGTGAACAAGAAGCCTGCAAAGGCAAGCAAAGCGGCGGCTAAGGA
TCCTAACAAACCAAAGAGGCCTTCCAGCGCCTTCTTCGTTTTCATGGAGGATTTCCGTCA
GACTTACAAGAAGGATCATCCCAATAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGGAAAGCTGGTGG
ACAAAAGTGGAAATCCTTGTCTGACACTGAGAAGGCTCCCTACGTTGCTAAGGCTGACAA
CCGCAAAGTTGAGTATGAGAAGAACATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGTCC
AAAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTTAATGATGAGGATGATGC
CGATGATGGGAGTGATGAGGAGGAAGATGATGACTAAGTTTAGTAGCATAATATAGGACG
CTGCAAGGATCTCAAGCATGTTCTTTCTTGTTTTCTCTTATAATGTTAACGAAGTTGTTT
TAAATGGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGCGAGTGTAATGAGA
GATTTGCAGCTCAATATTAAACCATTTAGCTTTTTTTTTTTAAAAT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 35 35 35 35 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 5 35 5 5 35 35 
5 5 35 5 0 35 5 10 10 40 10 40 40 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ55TF U 1
AF RR3CZ05JQ C 1
AF RR3B287JQ C 35
AF RR3B287TF U 35
AF RR3FQ55JQ C 69
AF RR3CZ05TF U 1
AF RR3C104TF U 543
BS 1 39 RR3FQ55TF
BS 40 40 RR3CZ05TF
BS 41 41 RR3B287TF
BS 42 65 RR3FQ55TF
BS 66 66 RR3CZ05TF
BS 67 546 RR3FQ55TF
BS 547 623 RR3B287TF
BS 624 624 RR3CZ05TF
BS 625 631 RR3B287TF
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BS 633 690 RR3B287TF
BS 691 699 RR3CZ05TF
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AAAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTTAATGATGAGGATGATGC
CGATGATGGGAGTGATGAGGAGGAAGATGATGACTAAGTTTAGTAGCATAATATAGGACG
CTGCAA

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DS 

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GAGCTCTAAGCTCGCTGTGAACAAGAAGCCTGCAAAGGCAAGCAAAGCGGCGGCTAAGGA
TCCTAACAAACCAAAGAGGCCTTCCAGCGCCTTCTTCGTTTTCATGGAGGATTTCCGTCA
GACTTACAAGAAGGATCATCTCAATAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGGAAAGCTGGTGG
ACAAAAGTGGAAATCCTTGTCTGACACTGAGAAGGCTCCCTACGTTGCTAAGGCTGACAA
CCGCAAAGTTGAGTATGAGAAGAACATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGTCC
AAAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTTAATGATGAGGATGATGC
CGATGGTGGGAGTGATGAGGAGGAAGATGATGACTAAGTTTAGTAGCATAATATAGGACG
CTGCAAGGATCTCAAGCATGTTCTTTCTTGTTTTCTCTTATAATGTTAACGAAGTTGTTT
TAAATGGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGCGAGTGTAATGAGA
GATTTGCAGCTCAATATTAAACCATTTAGCTTTTTTTTT
T

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DS 

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CTCTTATAATGTTAACGAAGTTGTTTTAAATGGTTTTTCTTTTCTTACTTATTCTACTTG
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C

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DS 

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AAGGCAAGCAAAGCGGCGGCTAAGGATCCTAACAAACCAAAGAGGCCTTCCAGCGCCTTC
TTCGTTTTCATGGAGGATTTCCGTCAGACTTACAAGAAGGATCATCCCAATAACAAATCT
GTTGCTGCTGTTGGGAAAGCTGGTGGACAAAAGTGGAAATCCTTGTCTGACACTGAGAAG
GCTCCCTACGTTGCTAAGGCTGACAACCGCAAAGTTGAGTATGAGAAGAACATGAAAGCC
TACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGTCCAAAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTG
TCTGAGGTTAATGATGAGGATGATGCCGATGATGGGAGTGATGAGGAGGAAGATGATGAC
TAAGTTTAGTAGCATAATATAGGACGCTGCAAGGATCTCAAGCATGTTCTTTCTTGTTTT
CTCTTATAATGTTAACGAAGTTGTTTTAAATGGTTTTTCTTTTCTTACTTATTCTACTTG
TAATGGAAAAAGCGAGTGTAATGAGAGATTTGCAGCTCAATATTAAACCATTTAGC
C

QA 1 656 1 656
DS 

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AGCTCGCTGTGAACAAGAAGCCTGCAAAGGCAAGCAAAGCGGCGGCTAAGGATCCTAACA
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AGAAGGATCATCCCAATAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGGAAAGCTGGTGGACAAAAGT
GGAAATCCTTGTCTGACACTGAGAAGGCTCCCTACGTTGCTAAGGCTGACAACCGCAAAG
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TTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGCGAGTGTAATGAGAGATTTGCA
GCTCAATATTAAAC

QA 1 614 1 614
DS 

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GAGCTCTAAGCTCGCTGTGAACAAGAAGCCTGCAAAGGCAAGCAAAGCGGCGGCTAAGGA
TCCTAACAAACCAAAGAGGCCTTCCAGCGCCTTCTTCGTTTTCATGGAGGATTTCCGTCA
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CCGCAAAGTTGAGTATGAGAAGAACATGAAAGCCTACAACAAGAAGCTGGAGGAAGGTCC
AAAGGAGGACGAGGAGGAATCTGACAAGTCCGTGTCTGAGGTTAATGATGAGGATGATGC
CGATGGTGGGAGTGATGAGGAGGAAGATGATGACTAAGTTTAGTAGCATAATATAGGACG
CTGCAAGGATCTCAAGCATGTTCTTTCTTGTTTTCTCTTATAATGTTAACGAAGTTGTTT
TAAATGGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGCGAGTGTAATGAGA
GATTTGCAGCTCAATATTAAACCATTTAGCTTTTTTTTT

QA 1 699 1 699
DS 

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AATGGTTTTTCTTTTCTTACTGATTCTACGTGTAATGGAAAAAGCGAGTGTAATGAGAGA
TTTGCAGCTCAATATTAAACCATTTAGCTTTTTTTTTTTAAAAT

QA 1 164 1 164
DS 



AS 3 7

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GGAACCACCCCCCGCTTCTTTGGACTTCTCTAGCTAAGCTCGCTGCCTTGTTCTTCCAAT
GGAGTCTTCTGCAGCTCTCGGATCTCTCCGTCAGACTTTTGGTTCCTCCATAAATGTTCA
CTCGCTTTGTGGTAACTGGTCTGCCTCTGCCAATTCTTGTGTGCCACGGTGGAGTTTGTG
CAACAGGAACACCAACCACACGCTTGTTGTGTTGCGTGCAGAGTCCTCTAAATCTTCCAC
AACAACTGCCAAAACTGACGAATCATGTGATGCTTCAACGGGGAAGAGTACTGTTCGACG
CACAACGTTCCCGAAAGAAGTGGAGGCACTGGTTCACGAGATGTGTGATGAGACTGAGGT
TGCTGTGCTCAAACTTAAGGTTGGAGATTTCGAGATGAACTTGAAGCGGAAGATTGGACA
GACCGCAACTCCCATTCCTGTTCCTGATATTTCTCCATCAGTAGCTCCTCCAATTCCTTC
TGAGCCCATGAACAAATCAGTTTCTGCTGCTGCTGCTAGCCCATCCAAAGCAAAACCTGT
CTCTGAAAAAGTGTCTCCATTTATTAATGCTGCATACCGAAAATCATCAAAGTTGGCTGC
TTTGGATGCATCTGGATCCAACAACTATGTCCTAGTCACATCACCTTCAGTGGGCAAGTT
TCAGAGAAGCAGAACTGTAAAGGGAAAGAAACAAGGTCCTAGCTGCAAAGAGGGTGATGC
AATAAAGGAAGGGCAAGTGATTGGATACGTACATCAGTTGGGAAAAGAACTTCCAGTAAC
GTCTGATGTAGCTGGTGAAGTTCTCAAGCTTCTTTCAGATGATGGAGACTCTATAGGGTA
TGGGGAGCCTCTGGTTGCGGTCTTGCCATCGTTCCATGATATCAACATCCAGTGATGATG
TCAGGGCCCAGTTCCACGATAAATTAATAGCATCTTCATATGGAGACTGTACTCTTCTTC
ATCTTTCCTTTTTATGGAGTTTGAGATTCTATTTTGATCTTCATCTTGATCACATAATTT
GTGTGGAGATTTAATTCCTGAACATGTGACACGCAGCTATATTGTTTTTGTCACGCTTTG
GATTTTTGGTTCGTCTTAATATGGGATCATCTATTTTTCTGCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D903TF U 1
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GGAGTCTTCTGCAGCTCTCGGATCTCTCCGTCAGACTTTTGGTTCCTCCATAAATGTTCA
CTCGCTTTGTGGTAACTGGTCTGCCTCTGCCAATTCTTGTGTGCCACGGTGGAGTTTGTG
CAACAGGAACACCAACCACACGCTTGTTGTGTTGCGTGCAGAGTCCTCTAAATCTTCCAC
AACAACTGCCAAAACTGACGAATCATGTGATGCTTCAACGGGGAAGAGTACTGTTCGACG
CACAACGTTCCCGAAAGAAGTGGAGGCACTGGTTCACGAGATGTGTGATGAGACTGAGGT
TGCTGTGCTCAAACTTAAGGTTGGAGATTTCGAGATGAACTTGAAGCGGAAGATTGGACA
GACCGCAACTCCCATTCCTGTTCCTGATATTTCTCCATCAGTAGCTCCTCCAATTCCTTC
TGAGCCCATGAACAAATCAGTTTCTGCTGCTGCTGCTAGCCCATCCAAAGCAAAACCTGT
CTCTGAAAAAGTGTCTCCATTTATTAATGCTGCATACCGAAAATCATCAAAGTTGGCTGC
TTTGGATGCATCTGGATCCAACAACTATGTCCTAGTCACATCACCTTCAGTGGGCAAGTT
TCAGAGAAGCAGAACTGTAAAGGGAA
GAAACA

QA 1 686 1 686
DS 

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CCACAACAACTGCC
AAACTGACGAATCATGTGATGCT*CAACGGG*AAGAGTACTGT*CGACGCACAACGTTCC
CGAAAGAAGTGGAGGCACTGGTTCACGAGATGTGTGATGAGACTGAGGTTGCTGTGCTCA
AACTTAAGGTTGGAGATTTCGAGATGAACTTGAAGCGGAAGATTGGACAGACCGCAACTC
CCATTCCTGTTCCTGATATTTCTCCATCAGTAGCTCCTCCAATTCCTTCTGAGCCCATGA
ACAAATCAGTTTCTGCTGCTGCTGCTAGCCCATCCAAAGCAAAACCTGTCTCTGAAAAAG
TGTCTCCATTTATTAATGCTGCATACCGAAAATCATCAAAGTTGGCTGCTTTGGATGCAT
CTGGATCCAACAACTATGTCCTAGTCACATCACCTTCAGTGGGCAAGTTTCAGAGAAGCA
GAACTGTAAAGGGAAAGAAACAAGGTCCTAGCTGCAAAGAGGGTGATGCAATAAAGGAAG
GGCAAGTGATTGGATACGTACATCAGTTGGGAAAAGAACTTCCAGTAACGTCTGATGTAG
CTGGTGAAGTTCTCAAGCTTCTTTCAGATGATGGAGACTCTATAGGGTATGGGGAGCCTC
TGGTTGCGGTCTTGCCATCGTTCCATGATATCAACATCCAGTGATGATGTCAGGGCCCAG
TTCCACGATAAATTAATAGCATCTTCATATGGAGACTGTACTCTTCTTCATCTTTCCTTT
TTATGGAGTTTGAGATTCTATTTTGATCTTCATCTTGATCACATAATTTGTGTGGAGATT
TAATTCCTGAACATGTGACACGCAGCTATATTGTTTTTGTCACGCTTTGGATTTTTGGTT
CGTCTTAATATGGGATCATCTATTTTTCTGCACC

QA 15 888 15 888
DS 



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CAATATAGCTGCATGTCACATGTTCAGGAATTAAATCTCCACACAAATCGTGTGATCAAA
GATGAAGATCAAAATAGATTCTCAAACTCCATATAAGGAAAGATGAAGAAGAGTACAGTC
TCCATATGAAGATGCTATTAATTTATTGCGGAACTGGGACCTAACATCATCACTGGATGT
TGATATCATGGAACGATGGCAAGACCGCAACCAGAGGCTCCCCATACCCTATAGAGTCTC
CATCATCTGAAAGAAGCTTGAGAACTTCACCAGCTACATCAGACGTTACTGGAAGTTCTT
TTCCCAACTGATGTACGTATCCAATCACTTGCCCTCCCTTTATTGCATCACCCTCTTTGC
AGCTAGGACCTTGTTTCTTTCCCTTTACAGTTCTGCTTCTCTGAAACTTGCCCACTGAAG
GTGATGTGACTAGGACATAGTTGTTGGATCCAGACGCATCCAAAGCAGCCAACTTTGATG
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ATGGGCTAGCAGCAGCAGCAGAAACTGATTTGTTCATGGGCTCAGAAGGAATCGGAGGAG
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TAAGTTCATCTCGAAATCTCCAACCTTGAGTTTGAGCACAGCAACCTCAGTCTCATCACA
CATCTAGTGACCAGTGCCTCACTTTTTCGGGACGTTGTGCGTCGACAGTACTCTTCCCGT
GAGCATCACATGA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F223JQ U 1
AF RR3DZ52JQ U 2
BS 1 72 RR3F223JQ
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BS 74 395 RR3F223JQ
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BS 516 677 RR3F223JQ
BS 678 853 RR3DZ52JQ

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TGATATCATGGAACGATGGCAAGACCGCAACCAGAGGCTCCCCATACCCTATAGAGTCTC
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CTACTGATGGAGAAATA

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DS 

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A
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ATATAGCTGCATGTCACATGTTCAGGAATTAAATCTCCACACAAATCGTGTGATCAAAGA
TGAAGATCAAAATAGATTCTCAAACTCCATATAAGGAAAGATGAAGAAGAGTACAGTCTC
CATATGAAGATGCTATTAATTTATTGCGGAACTGGGACCTAACATCATCACTGGATGTTG
ATATCATGGAACGATGGCAAGACCGCAACCAGAGGCTCCCCATACCCTATAGAGTCTCCA
TCATCTGAAAGAAGCTTGAGAACTTCACCAGCTACATCAGACGTTACTGGAAGTTCTTTT
CCCAACTGATGTACGTATCCAATCACTTGCCCTCCCTTTATTGCATCACCCTCTTTGCAG
CTAGGACCTTGTTTCTTTCCCTTTACAGTTCTGCTTCTCTGAAACTTGCCCACTGAAGGT
GATGTGACTAGGACATAGTTGTTGGATCCAGACGCATCCAAAGCAGCCAACTTTGATGAT
TTTCGGTATGCAGCATTAATAAATGGAGACACTTTTTCAGAGGCAGGTTTTGCTTTGGAT
GGGCTAGCAGCAGCAGCAGAAACTGGTTTGTTCATGGGCTCAGAAGGAATCGGAGGAGCT
ACTGATGGAGAAATATCAGCACAGGAATGGGAGTTGCGGTCTGTCCAATCTTCCGCTTTA
AGTTCATCTCGAAATCTCCAACCTTGAGTTTGAGCACAGCAACCTCAGTCTCATCACACA
TCTAGTGACCAGTGCCTCACTTTTTCGGGACGTTGTGCGTCGACAGTACTCTTCCCGTGA
GCATCACATGA

QA 2 852 2 852
DS 



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GGACTTCTCTAGCTAGCTCGCTGCCTTGTTCTTCCAATGGAGTCTTCTGCAGCTCTCGGA
TCTCTCCCTCAGACTTTTGGTTCCTCCATAAATGTTCACTCGCTTTCTGGTAACTGGTCT
GCCTCTGGTAATTCTTGTGCGCCACGGTGGAGTTTGTTCAACAGGAACACCAAGTACACG
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TGTGATGCTTCAACGGGGAAGGGTACTGTTCGACGCACAACGTTCCCGAAAGAAGTGGAG
GCACTGGTTCACGAGATGTGTGATGAGACTGAGGTTGCTGTGCTCAAACTCAAGGTTGGA
GATTTCGAGATGAACTTAAAGCGGAAGATTGGACAGACCGCAACTCCCATTCCTGTGCCT
GATATTTCTCCATCAGTAGCTCCTCCGATTCCTTCTGAGCCCATGAACAAATCAGTTTCT
GCTGCTGCTGCTAGCCCATCCAAAGCAAAACCTGCCTCTGAAAAAGTGTCTCCATTTATT
AATGCTGCATACCGAAAATCATCAAAGTTGGCTGCTTTGGATGCATCTGGATCCAACAAC
TATGTCCTAGTCACATCACCTTCAGTGGGCAAGTTTCAGAGAAGCAGAACTGTAAAGGGA
AAAACAAGGTCCTAGCTACAAAGATGGTGATGCAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DZ52TF U 25
AF RR3F223TF U 1
AF RR3A389TF U 69
BS 1 702 RR3F223TF
BS 703 703 RR3A389TF
BS 704 708 RR3F223TF
BS 709 709 RR3A389TF
BS 710 721 RR3F223TF
BS 722 757 RR3A389TF

RD RR3DZ52TF 673 0 0
GG
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GG
CAGTTTCAG

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GCCTCTGGTAATTCTTGTGCGCCACGGTGGAGTTTGTTCAACAGGAACACCAAGTACACG
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TGTGATGCTTCAACGGGGAAGGGTACTGTTCGACGCACAACGTTCCCGAAAGAAGTGGAG
GCACTGGTTCACGAGATGTGTGATGAGACTGAGGTTGCTGTGCTCAAACTCAAGGTTGGA
GATTTCGAGATGAACTTAAAGCGGAAGATTGGACAGACCGCAACTCCCATTCCTGTGCCT
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GCTGCTGCTGCTAGCCCATCCAAAGCAAAACCTGCCTCTGAAAAAGTGTCTCCATTTATT
AATGCTGCATACCGAAAATCATCAAAGTTGGCTGCTTTGGATGCATCTGGATCCAACAAC
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A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3A389TF 689 0 0
GGAGCT
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TTTTGGTTCCTCCATAAATGTTCACTCGCTTTCTGGTAACTGGTCTGCCTCTGGTAATTC
TTGTGCGCCACGGTGGAGTTTGTTCAACAGGAACACCAAGTACACGTTTGTTTTACGTGC
AGAGTCCTCTAAATCTTCCACAACAACAACCAAAACTGATGAATCATGTGATGCTTCAAC
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GATGTGTGATGAGACTGAGGTTGCTGTGCTCAAACTCAAGGTTGGAGATTTCGAGATGAA
CTTAAAGCGGAAGATTGGACAGACCGCAACTCCCATTCCTGTGCCTGATATTTCTCCATC
AGTAGCTCCTCCGATTCCTTCTGAGCCCATGAACAAATCAGTTTCTGCTGCTGCTGCTAG
CCCATCCAAAGCAAAACCTGCCTCTGAAAAAGTGTCTCCATTTATTAATGCCGCATACCG
AAAATCATCAAAGTTGGCTGCTTTGGATGCATCTGGATCCAACAACTATGTCCTAGTCAC
ATCACCTTCAGTGGGCAAGTTTCAGAGAAGCAGAACTGTAAAGGGAAAAACAAGGTCCTA
GCTACAAAGATGGTGATGCAATA

QA 7 689 7 689
DS 



AS 2 5

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GCTTGCCGATGATTTTGGCGACGGAGGAGGTAGCTTCGGAGAGAATGGAAGAGGTATCGA
CGCCGTCGAGGCTAACGTTGGTGGAGATGTTAAGGCACGGCATCTTCTTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AU94JQ U 1
AF RR3GE77JQ U 54
AF RR3AU94TF C 1
BS 1 591 RR3AU94JQ

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CGCCGTCGAGGCTAACGTTGGTGGAGATGTTAAGGCACGGCATCTTCTTTC

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3GE77JQ 511 0 0
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QA 1 511 1 511
DS 

RD RR3AU94TF 591 0 0
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AAAAAGTTCTTCTCTCTTAATGCAACTCCGACAGACAAACGTTAAGAGATAAGGAGTGTT
TACAACTGGAAATAGTTCAAAGTTGGTTGACAATGAGGGAAGCTTAAATAAATACTAATA
CCACACACGTTCATAGATTGCCAAATCACATTAACCTCTTTACTTGCCACGGAATTTAGA
AAGTCGATCCATCCCAACCAAAGAAGGATCCCTTGGTGTCGTAAAACTTGAGGAAGAAGC
GAGACTTGGGCACAGAGAGCTTAGTCTCAAGGATGGCGGAGACAGCAGCGCTGAGCTTCT
TGTTGACATCGGGATTAAGGCCACCGATGGAGACAAGTTCACCATAAGCGGCAGGGTCCT
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CGCCGTCGAGGCTAACGTTGGTGGAGATGTTAAGGCACGGCATCTTCTTTC

QA 1 591 1 591
DS 



CO CL935Contig2 569 2 2 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3BL18JQ C 1
AF RR3BL18TF U 1
BS 1 568 RR3BL18TF
BS 569 569 RR3BL18JQ

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CCTTCTTGGGTTGGAATGGATCGGCTTTCTAGATTTCGTGGCAAGTAAGAGGTTAATGTG
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QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3BL18TF 569 0 0
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CAGTGCCTATGGCATTTGGTGGCACCGAGGACCCTGCCGCTTATGGTGAACTTGTCTCCA
TCGGTGGCCTTAATCCCGATGTCAACAAGAAGCTCAGCGCTGCTGTCTCCGCCCTCTTTG
AGACTAAGCTCTCTGTTCCCAAGTCTCGTTTCTTCCTCAAGTTTTACGACACCAAGGGAT
CCTTCTTGGGTTGGAATGGATCGGCTTTCTAGATTTCGTGGCAAGTAAGAGGTTAATGTG
ATTTGCCAATCTATGAACGTGTGTGGTATTAGTATTTATTTAAGCTTCCCTCATTGTCAA
CCAACTTTGAACTATTTCCAGTTGTAAACACTCCTTATCTTAACGTTTGTCTGTCGGAGT
TGCATTAAGAGAGAAGAACTTTTTAATG
G

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 5

CO CL936Contig1 1052 5 13 U
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GTATATGTTATTACTTAAACAGACACCAGTAGTCTTTGGGCTCTTTTTTTGTTCTTTGTT
TTTCCAACTACCGACATACATATATACTTATTACATAATAATAGATGTGATATTTGATAA
AAGTGGTGAAGTGTTCTTACAAGATCCATCCCCAATTTTTTAAAAAGTTGTTTCAGTTGC
AGTTGGTGTCGTAGCTTGCAAGACCGAGTAGTTCCGGTCCCTCCAATCGCGAGTTGTTCT
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TATTGTTCGACACATCAAAGACTTTAAGGCTTGGGATTTTCGTCAGTTCTCTAGGGATTG
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AAGTAGGGATCTTCCCGGTAAGATTGTTGTTGTAAAGATCCAAGCTGATGAGACTTTTCA
ATTTTCCAAGTTCAGAAGGTATAGTTCCTTGGATGTTGTTTTTGTAGAGCTCCAGATACT
GTAAATGTTCGAGCTTCCCAAGCCCAGGGGCAAGATGTCCAGAAAGGTTTGAATTACCCA
AATCCACACGAGTGACGCGGTTGTCTTGATTACAGGTGACATGGAACCAGGTGCAAGGAG
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GAGCGTAGAGAGCATCTCCATCTGAGTTCGCATCCACCAGGTTAATCAGAACAAAGGTTA
GGGTCAGAGAAACTGCCAAGAGCTCCAGCCCACAGTTTTTTCGAAACGCCATGTGAGAGA
AATCCAAAAAAGAATTTGAGTAAATGGAACTTTTCAGATCAGACGAGAAGATTTAAATTA
GGGCTTCGTTACTCTCCCTTCCTTTACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCTGTTCAAGTTGTTGAAATCGATTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET77JQ U 13
AF RR3FK37JQ U 124
AF RR3DU29JQ U 1
AF RR3DU29TF C 138
AF RR3FK37TF C 287
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BS 857 899 RR3DU29TF
BS 900 1052 RR3FK37TF

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ACTTAAACAGACACCAGTAGTCTTTGGGCTCTTTTTTTGTTCTTTGTTTTTCCAACTACC
GACATACATATATACTTATTACATAATAATAGATGTGATATTTGATAAAAGTGGCGAAGT
GTTCTTACAAGATCCACCCCCAATTTTTTAAAAAGTTGTCTCAGTTGCAGTTGGTGTCGT
AGCTTGCAAGACCGAGTAGTTCCGGTCCCTCCAATCGCGAGTTGTTCTCAAAGTTCTCCA
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GGTTGTCATTTAGCCGGAGAAAGACCAGAGACTTCAATTTCCCCAAGGAAGTAGGGATCT
TCCCGGTAAGATTGTTGTTGTAAAGATCCAAGCTGATGAGACTTTTCAATTTTCCAAGTT
C

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DS 

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TGGTGTCGTAGCTTGCAAGACCGAGTAGTTCCGGTCCCTCCAATCGCGAGTTGTTCTCAA
AGTTCTCCAAAGGAATGTGTTCAAAAGGTCCTTCTATTGGGATAGTTCCACACAAATTAT
TGTTCGACACATCAAAAACTTTAAGGCTTGGGATTTTCGTCAGTTCTCTAGGGATTGAAC
CGGTCAATCGGTTGTCATTGAGCCGGAAAAAGACCAAAAACTTCAATTTCCCTAAGGAAG
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TTCCAAGTTCAAAAGGTATAGTTCCTTGGATGTTGTTTTTGTAGAGCTCCAGATACTGTA
AATGTTCGAGCTTCCCAAGCCCAGGGGCAAGATGTCCAGAAAGGTTTGAATTACCCAAAT
CCACACGAGTGACGCGGTTGTCTTGATTACAGGTGACATGGAACCAGGTGCAAGGAGTAA
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DS 

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GTATATGTTATTACTTAAACAGACACCAGTAGTCTTTGGGCTCTTTTTTTGTTCTTTGTT
TTTCCAACTACCGACATACATATATACTTATTACATAATAATAGATGTGATATTTGATAA
AAGTGGTGAAGTGTTCTTACAAGATCCATCCCCAATTTTTTAAAAAGTTGTTTCAGTTGC
AGTTGGTGTCGTAGCTTGCAAGACCGAGTAGTTCCGGTCCCTCCAATCGCGAGTTGTTCT
CAAAGTTCTCCAAAGGAATGTGTTCAAAAGGTCCTTCTATTGGGATAGTTCCACACAAAT
TATTGTTCGACACATCAAAGACTTTAAGGCTTGGGATTTTCGTCAGTTCTCTAGGGATTG
AACCGGTCAATCGGTTGTCATTGAGCCGGAGAAAGACCAGAGACTTCAATTTCCCCAAGG
AAGTAGGGATCTTCCCGGTAAGATTGTTGTTGTAAAGATCCAAGCTGATGAGACTTTTCA
ATTTTCCAAGTTCAGAAGGTATAGTTCCTTGGATGTTGTTTTTGTAGAGCTCCAGATACT
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AATCCACACGAGTGACGCGGTTGTCTTGATTACAGGTGACATGGAACCAGGTGCAAGGAG
TAACAGGATTCTGATCCCAGCTCTGGAGCACATGGTCTGGATCCGACAAGCTCTGTCGA*
GAGCGTAGAGAGCATCTCCATCTGAGTTCGCATCCA

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DS 

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ATACATATATACTA
TACATAATAATAGATGTGATATT*GATAAAAGTGGTGAAGTGTTCT*ACAAGATCCATCC
CCAATTTTT*AAAAAGTTGTTTCAGTTGCAGTTGGTGTCGTAGCTTGCAAGACCGAGTAG
TTCCGGTCCCTCCAATCGCGAGTTGTTCTCAAAGTTCTCCAAAGGAATGTGTTCAAAAGG
TCCTTCTATTGGGATAGTTCCACACAAATTATTGTTCGACACATCAAAGACTTTAAGGCT
TGGGATTTTCGTCAGTTCTCTAGGGATTGAACCGGTCAATCGGTTGTCATTGAGCCGGAG
AAAGACCAGAGACTTCAATTTCCCCAAGGAAGTAGGGATCTTCCCGGTAAGATTGTTGTT
GTAAAGATCCAAGCTGATGAGACTTTTCAATTTTCCAAGTTCAGAAGGTATAGTTCCTTG
GATGTTGTTTTTGTAGAGCTCCAGATACTGTAAATGTTCGAGCTTCCCAAGCTCAGGGGC
AAGATGTCCAGAAAGGTTTGAATTACCCAAATCCACACGAGTGACGCGGTTGTCTTGATT
ACAGGTGACATGGAACCAGGTGCAAGGAGTAACAGGATTCTGATCCCAGCTCTGGAGCAC
ATGGTCTGGATCCGACAAGCTCTGTCGAAGAGCGTAGAGAGCATCTCCATCTGAGTTCGC
ATCCACCAGGTTAATCAGAACAAAGGTTAGGGTCAGAGAAGCTGTCAAGAGCTCCAGCCC
ACAGTTTTTTCGAAACGCCATGTGAGAG
AAATCCAAAAAA

QA 15 762 15 762
DS 

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AATCGCGAGTG
TCTCAAAGTTCTCCAAAGGAATGTGT*CAAAAGT**CTTCTATTGGGATAGTTCCACACA
AATTATTGTTCGACACATCAAAGACTTTAAGGCTTGGGATTTTCGTCAGTTCTCTAGGGA
TTGAACCGGTCAATCGGTTGTCATTGAGCCGGAGAAAGACCAGAGACTTCAATTTCCCTA
AGGAAGTAGGGATCTTCCCGGTAAGATTGTTGTTGTAAAGATCCAAGCTGATGAGACTTT
TCAATTTTCCAAGTTCAGAAGGTATAGTTCCTTGGATGTTGTTTTTGTAGAGCTCCAGAT
ACTGTAAATGTTCGAGCTTCCCAAGCCCAGGGGCAAGATGTCCAGAAAGGTTTGAATTAC
CCAAATCCACACGAGTGACGCGGTTGTCTTGATTACAGGTGACATGGAACCAGGTGCAAG
GAGTAACAAGATTCTGATCCCAGCTCTGGAGCACATGGTCTGGATCCGACAAGCTCTGTC
GAAGAGCGTAGAGAGCATCTCCATCTGAGTTCGCATCCACCAGGTTAATCAGAACAAAGG
TTAGGGTCAGAGAAACTGCCAAGAGCTCCAGCCCACAGTTTTTTCGAAACGCCATGTGAG
AGAAATCCAAAAAAGAATTTGAGTAAATGGAACTTTTCAGATCAGACGAGAAGATTTAAA
TTAGGGCTTCGTTACTCTCCCTTCCTTTACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
TCTCTCTCTGTTCAAGTTGTTGAAATCGATTACCC

QA 12 766 12 766
DS 



AS 1 7

CO CL937Contig1 610 7 15 U
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AAGTGAAGACTGGTTTGTTCGTTGGTCTGAACAAAGGACACGTTGTCACAAGACGCGAGT
TGGCTCCTCGTCCTAACTCCCGCAAAGGGAAAACGAGCAAGAGGACGTTGTTCATCAGAT
CACTGATCAGGGAGGTAGCTGGATTTGCTCCATACGAGAAGAGAATCACTGAGCTTCTCA
AGGTTGGTAAAGACAAGAGGGCTCTTAAGGTTGCCAAGAGGAAGTTGGGTACCCACAAGA
GAGCCAAGCGAAAGAGAGAGGAGATGTCTAGTGTTCTCCGCAAAATGAGGTCTGGTGGAG
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TTTCAAGTTTTGGTTCGCTCTTGCAAATCAGCTTTATGCTCTAAAAACCATGTTGTGTTT
TCGTGTTTTGTTAGAGATATTGATCAAACGTTGCTTCACTGTGTTACCATTTATCATAAA
GCTTTTCAAACTTGCTACTTTTAACTCTGAACCATTATTCAGAAGTCTTGGTATTAGTCC
GTTAACAACC


BQ
35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AE75JQ C 1
AF RR3AE75TF U 1
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AF RR3EI47JQ C -2
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AF RR3FS36JQ C 1
AF RR3FS36TF U 1
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RD RR3AE75JQ 556 0 0
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AGGTGAAGACTGGTTTGTTCGTTGGTCTGAACAAAGGACACGTCGTCACAAGACGCGAGT
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CACTGATCAGGGAAGTAGCTGGATTTGCTCCATACGAGTAGAGAATCACTGAGCTTCTCA
AGGTTGGTAAAGACAAGAGGGCTCTTAAGGTTGCCAAGAGGAAGTTGGGTACCCACAAGA
GAGCCAAGCGAAAGAGAGAGGAGATGTCTAGTGTTCTCCGCAAAATGAGGTCTGGTGGAG
GTGCTACTACTGAGAAGAAGAAGTAAACATCTTAGTCTTCTGTGTTTTGATTGGAACTCT
TTTCAAGTTTTGGTTCGCTCTTGCAAATCAGCTTTATGCTCTAAAAACCATGTTGTGTTT
TCGTGTTTTGTTAGAGATATTGATCAAACGTTGCTTCACTGTGTTACCATTTATCATAAA
GCTTTTCAAACTTGC
G

QA 1 555 1 555
DS 

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G

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CTGATCAGGGAGGTAGCTGGATTTGCTCCATACGAGAAGAGAATCACTGAGCTTCTCAAG
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G

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GTTAACAACC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 6

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AAGGAGGATGATGCTAAAGTGAAGAGAGCGTTCCAGACACTGCTGACTTACATGGGAAAT
GTCGCCAAGAATCCAGATGAAGAGAAATTCCGAAAAATTAGACTTACCAACCAAACATTT
CAG***GAGAGGGTTGGTTCACTGAGAGGAGGCATAGAGTTCTTGGAGCTATGCGGGTTT
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GTGGCAAGTGTCATTCTTGTTTCTTCAACGATTCAACTCCCAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FD60TF U 1
AF RR3BM18TF U 179
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AF RR3E051TF U 528
AF RR3FD60JQ C 618
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BS 1123 1123 RR3FD60JQ
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AAGTCAGTGGAGGAGGCTCAGGAGCATGCTGAGATCACCTCTCACTCCAATTTCGCAGAG
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ACCGAAAGCGATTTGCATACGAAAAGGACAGGGCATACTGAGTTTGTGGATAAGACGATG
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CACTACTCTGGTAATGCCAGTCTTGAGGCTGCGGTTAATTGGGTGGTGGAGCATGAGAAG
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AAGA
GAAA

QA 1 604 1 604
DS 

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G
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GGAGACTGTGAAACCCATCAGCTTGGAAGCTCCCAAGGCCGCTATGGAGATTTACAACCC
CGATGGTTCTAGTGGTAGTGGAGATGCTGCTGAAGAGATGGTTGTTCCAGACGTTGACAA
AAACATTCTCGAGGAACTTGAAGCGATGGGCTTCCCTAAAGCTCGTGCTACTCGAGCACT
CCACTACTCTGGTAATGCCAGTCTTGAGGCTGCGGTTAATTGGGTGGTGGAGCATGAGAA
GGATCCTGACGTAGACGAAATGCCAAAGGTACCTGCTAACACTAATGCTGGACCTCCTAA
ACCTGCTCTTACGCCAGAAGAAGTCAAGATAAAAGCACAAGAACTAAGGGAACGTGCACG
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GATTGGCAAGGAACTCCTAGAAGCAAAGCGGATAGAAGAAGATAACGAAAGAAAACGTAT
AATCCTTTTGCGTAA

QA 2 556 2 556
DS 

RD RR3EI48TF 585 0 0
G
GAAATGCCAAAGGTACCTGCTAACTCTAATGCTGGACCTCCTAAACCTGCTCTTACGCCA
GAAGAAGTCAAGATAAAAGCACAAGAACTAAGGGAACGTGCACGGAAGAAGAAAGAAGAG
GAAGAAAAACGGATGGAACGTGAAAGAGAGAAGGAGCGAATTAGGATTGGCAAGGAACTC
CTAGAAGCAAAGCGGATAGAAGAAGATAACGAAAGAAAACGTATAATCCTTTTGCGTAAA
GCCGAGAAAGAAGAAGAAAGACGGGCTAGGGAAAAGATCCGTCAAAAAGTTGAAGAAGAC
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GTCGAAGAGAAATTCCGGAAAATTAGACTTACCAACCAAACATT

QA 2 585 2 585
DS 

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G
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GAACGAGCACGGAAGAAGAAAGAAGAGGAAGAAAAACGGATGGAACGTGAAAGAGAGAAG
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CTATGTGGGTTTGAGAAAATGGAAAGAGGAGAGTTTTTGTTCTTGC

QA 2 647 2 647
DS 

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AGAAGCAAAGCGGATAGAAGAAGATAACGAAAGAAAACGTATAATCCTTTTGCGTAAAGC
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CTTAATACATATAATAAGACACTCACCATGAATACGAATATTAGTGGCAAGTGTCGTTCT
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DS 

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GAAAGAAGAAGAAAGACGGGCTAGGGAAAAGATCCGTCAAAAAGTTGAAGAAGACAAGGC
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GAAGAGAGCGTTCCAGACACTGTTGACTTACATGGGAAATGTTGCCAAGAATCCAGATGA
AGAGAAATTCCGAAAAATTAGACTTACCAACCAAACATTTCAG***GAGAGGGTTGGTTC
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TTCTTATTTCTCTTTGGTAGTGTGTCAAATTATGAAACTACTAAAATTTACAGCAATCTT
AATACATATAATAAGACACTCACCATGAATATGAATATTAGTGGCAAGTGTCATTCTTGT
TTCTTCAACGATTCAACTCCCAACT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 7

CO CL939Contig1 1448 7 14 U
GGATCCCATTATCATATCATCCTTCAAAACACAAAGCTAGAGAGAAAGAAAATGTGTTCC
TCAAAATCAAAGAACATGAACCAAGAAGCCATTTCCCAAATCAATGGTCGTCCGGTTCTT
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TTCATCACTACAAGTTCAGATCCAATCTATGTGGCTTACCATGATGAAGAATGGGGAGTT
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TCCGACTGGACTTCGGTTTTGAAGAGAAGAAACACTTTTAGAGAGGCTTTCTCTGGTTTC
GAAGCAGAGCTTGTCGCAGAGTTCAGCGAGAAGAAGATACAGTCGATAGTCAACGACTAT
GGAATTGGCCTTAGCCAAGTCCTTGCAATTGTTGACAACTCTAAACAAATTCTCAAGGTT
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AGCAAAGACATGGTTCGTCGTGGGTTTAGATTCGTTGGCCCGACAGTTATACATTCGTTA
ATGCAAGCCACCGGTTTGACCAACGACCATTTGATCACTTGCCCGAGACATCTCGAGTGT
AAGGCCAAAGCTGGTCTATAGGCAAAAGAAGATCATTGTTTTGGTCACATTGGCTTTATT
TATTAGTTTTACGTAATCATAATAATATTGATGTGTTATTATTGTAGCACTATATATACC
ATGTGATATATAGATTTGAGGTCCTAACTTTAGGTGTTGTTTCTTGTACAAAAGTAGTTG
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TTTAATCTGGTTTTTGAGGATAATAGTTTGTGGGATATGGGGAATATTGTAAAGAAGAGA
GACAGAGCATGTGCATTAGTTGGGAGGCAGTGTCATCTGTTAGATTCTCAATGGACTTTT
TATACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX22TF U 6
AF RR3CE89TF U 1
AF RR3C695TF U 3
AF RR3BD19TF U 1
AF RR3GI34TF U 348
AF RR3CE89JQ C 492
AF RR3GI34JQ C 683
BS 1 510 RR3BD19TF
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RD RR3EX22TF 492 0 0
GG
ATTATCATATCATCCTTCAAAACACAAAGCTAGAGAGAAAGAAAATGTGTTCCTCAAAAT
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CTATGAAACAAGAAGAAAGAAAGAAGAAAATCTCTCATTATGGTAGAGTAAAATCTGTAA
AATCAAACGA

QA 3 492 3 492
DS 

RD RR3CE89TF 655 0 0
GGATCCC
ATTATCATATCATCCTTCAAAACACAAAGCTAGAGAGAAAGAAAATGTGTTCCTCAAAAT
CAAAGAACATGAACCAAGAAGCCATTTCCCAAATCAATGGTCGTCCGGTTCTTCAGCCAA
AATCGAACCAAGTTCCCACTTTAGACCGACGCAATTCACTCAAGAAATCCCCTCCTAAAC
CTTTGATACATCCCATTGCATCAAAGTTAGCGTCACCAAGACAAATATCCCTAAACTCTC
CACCTTTGTCTCCCAACTTAAAACCCATAAGAAAACTGGCCGGTCACGAGAAACCTAAAC
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CCTTGATGACTGTTCAGAAGCAACCTGGAAGTATAGCTGCTGCACGAAGACAAGAGGTTG
CTATGAAACAAGACGAAAGAAAGAAGAAAATCTCTCATTATGGTAGAGTAAAATCTGTAA
AATCAAACGAAAATAACTTAAATGTTGAACATGAGAAGAAGAAGAGATGCAGTTTCATCA
CTACAAGTTCAGATCCAATCTATGTGGCTTACCATGATGAAGAATGGGGAGTTCCTGTTC
ATGATGACAACCTACTGTTTGAGCTTCTGGTGTTAACCGGAGCTCAAG

QA 8 655 8 655
DS 

RD RR3C695TF 700 0 0
GGCCC
ATTATCATATCATCCTTCAAAACACAAAGCTAGAGAGAAAGAAAATGTGTTCCTCAAAAT
CAAAGGACATGAACCAAGAAGCCATTTCCCAAATCAATGGTCGTCCGGTTCTTCAGCCAA
AATCGAACCAAGTTCCCACTTTAGACCGACGCAATTCACTCAAGAAATCCCCTCCTAAAC
CTTTGATACATCCCATTGCATCAAAGTTAGCGTCACCAAGACAAATATCCCTAAACTCTC
CACCTTTGTCTCCCAACTTAAAACCCATAAGAAAACTGGCCGGTCATGGGAAACCTAAAC
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CCTTGATGACTGTTCAGAAGCAACCTGGAAGTATAGCTGCTGCACGAAGACAAGAGGTTG
CTATGAAACAAGACGAAAGAAAGAAGAAAATCTCTCATTATGGTAGAGTAAAATCTGTAA
AATCAAACGAAAATAACTTAAATGTTGAACATGAGAAGAAGAAGAGATGCAGTTTCATCA
CTACAAGTTCAGATCCAATCTATGTGGCTTACCATGATGAAGAATGGGGAGTTCCTGTTC
ATGATGACAACCTACTGTTTGAGCTTCTGGTGTTAACCGGAGCTCAAGTAGGATCCGACT
GGACTTCGGTTTTGAAGAGAAGAAACACTTTTAGA

QA 6 700 6 700
DS 

RD RR3BD19TF 827 0 0
GGATCCCATTATCATATCATCCTTCAAAACACAAAGCTAGAGAGAAAGAAAATGTGTTCC
TCAAAATCAAAGAACATGAACCAAGAAGCCATTTCCCAAATCAATGGTCGTCCGGTTCTT
CAGCCAAAATCGAACCAAGTTCCCACTTTAGACCGACGCAATTCACTCAAGAAATCCCCT
CCTAAACCTTTGATACATCCCATTGCATCAAAGTTAGCGTCACCAAGACAAATATCCCTA
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GTTAAGTCCTTGATGACTGTTCAGAAGCAACCTGGAAGTATAGCTGCTGCACGAAGACAA
GAGGTTGCTATGAAACAAGACGAAAGAAAGAAGAAAATCTCTCATTATGGTAGAGTAAAA
TCTGTAAAATCAAACGAAAATAACTTAAATTTTGAACATGAGAAGAAGAAGAGATGCAGT
TTCATCACTACAAGTTCAGATCCAATCTATGTGGCTTACCATGATGAAGAATGGGGAGTT
CCTGTTCATGATGACAACCTACTGTTTGAGCTTCTGGTGTTAACCGGAGCTCAAGTAGGA
TCCGACTGGACTTCGGTTTTGAAGAGAAGAAACACTTTTAGAGAGGCTTTCTCTGGTTTC
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GGAATTGGCCTTAGCCAAGTCCTTGCAATTGTTGACA*CTCTAAACA

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR3GI34TF 748 0 0
G
GGCTGCAGAGAGGTTAAGTCCTTGATGACTGTTCAGAAGCAACCTGGAAGTATAGCTGCT
GCACGAAGACAAGAGGTTGCTATGAAACAAGACGAAAGAAAGAAGAAAATCTCTCATTAT
GGTAGAGTAAAATCTGTAAAATCAAACGAAAATAACTTAAATGTTGAACATGAGAAGAAG
AAGAGATGCAGTTTCATCACTACAAGTTCAGATCCAATCTATGTGGCTTACCATGATGAA
GAATGGGGAGTTCCTGTTCATGATGACAACCTACTGTTTGAGCTTCTGGTGTTAACCGGA
GCTCGAGTAGGATCCGACTGGACTTCGGTTTTGAAGAGAAGAAACACTTTTAGAGAGGCT
TTCTCTGGTTTCGAAGCAGAGCTTGTCGCAGAGTTC***GAGAAGAAGATACAGTCGATA
GTCAACGACTATGGAATTGGCCTTAGCCAAGTCCTTGCAATTGTTGACAACTCTAAACAA
ATTCTCAAGGTTAAAAAAGATTTTGGATCATTCAACAAATACATCTGGGAATTCATGAAG
CACAAACCGGTTACCACAGAATACACATCTTGCCAAAAGATTCCGGTGAAGACATCAAAA
TCAGAAACCATAAGCAAAGACATGGTTCGTCGTGGGTTTAGATTCGTTGGCCCGACAGTT
ATACATTCGTTA*TGCAAGCCACCGGTT*GACCAACGACCATTTGATCACTTGCCCGAGA
CATCTCGAGTGTA*GGCCAAAGCTGGT

QA 2 748 2 748
DS 

RD RR3CE89JQ 758 0 0
AAACGAAAATAACTTAAATGTTGAACATGAGAAGAAGAAGAGATGCAGTTTCATCACTAC
AAGTTCAGATCCAATCTATGTGGCTTACCATGATGAAGAATGGGGAGTTCCTGTTCATGA
TGACAACCTACTGTTTGAGCTTCTGGTGTTAACCGGAGCTCAAGTAGGATCCGACTGGAC
TTCGGTTTTGAAGAGAGGAAACACTTTTAGAGAGGCTTTCTCTGGTTTCGAAGCAGAGCT
TGTCGCAGAGTTCAGCGAGAAGAAGATACAGTCGATAGTCAACGACTATGGAATTGGCCT
TAGCCAAGTCCTTGCAATTGTTGACAACTCTAAACAAATTCTCAAGGTTAAAAAAGATTT
TGGATCATTCAACAAATACATTTGGGAATTCATGAAGCACAAACCGGTTACCACAGAATA
CACATCTTGCCAAAAGATTCCGGTGAAGACATCAAAATCAGAAACCATAAGCAAAGACAT
GGTTCGTCGTGGGTTTAGATTCGTTGGCCCGACAGTTATACATTCGTTAATGCAAGCCGC
CGGTTTGACCAACGACCATTTGATCACTTGCCCGAGACATCTCGAGTGTAAGGCCAAAGC
TGGTCTATAGGCAAAAGAAGATCATTGTTTTGGTCACATTGGCTTTATTTATTAGTTTTA
CGTAATCATAATAATATTGATGTGTTATTATTGTAGCACTATATATACCATGTGATATAT
AGATTTGAGGTCCTAACTTTAGGTGTTGTTTCTTGT
GC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3GI34JQ 766 0 0
AGAGAAGAAACACTTTTAGAGAGGCTTTCTCTGGTTTCGAAGCAGAGCTTGTCGCAGAGT
TC***GAGAAGAAGATACAGTCGATAGTCAACGACTATGGAATTGGCCTTAGCCAAGTCC
TTGCAATTGTTGACAACTCTAAACAAATTCTCAAGGTTAAAAAAGATTTTGGATCATTCA
ACAAATACATCTGGGAATTCATGAAGCACAAACCGGTTACCACAGAATACACATCTTGCC
AAAAGATTCCGGTGAAGACATCAAAATCAGAAACCATAAGCAAAGACATGGTTCGTCGTG
GGTTTAGATTCGTTGGCCCGACAGTTATACATTCGTTAATGCAAGCCACCGGTTTGACCA
ACGACCATTTGATCACTTGCCCGAGACATCTCGAGTGTAAGGCCAAAGCTGGTCTATAGG
CAAAAGAAGATCATTGTTTTGGTCACATTGGCTTTATTTATTAGTTTTACGTAATCATAA
TAATATTGATGTGTTATTATTGTAGCACTATATATACCATGTGATATATAGATTTGAGGT
CCTAACTTTAGGTGTTGTTTCTTGTACAAAAGTAGTTGTTTGTGTGTGTGATTGTGCCTT
ATCTTTAATATATATGTGTGTGTATTTGGTTTATTTTGTTTAATCTGGTTTTTGAGGATA
ATAGTTTGTGGGATATGGGGAATATTGTAAAGAAGAGAGACAGAGCATGTGCATTAGTTG
GGAGGCAGTGTCATCTGTTAGATTCTCAATGGACTTTTTATACTTT

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 4

CO CL940Contig1 946 4 3 U
GGATCTTTCTTTAGCCTCACTGTTAACCGCATCAGCTCAAATGGAGTCGTTAGCATCGCC
GCCGTGCCTCCGCCTAACTCCGACGTCACTCCCTCATCTCCGCCCGCGTCAATCGTCTTG
TTTGTCTTCTGTAATCAAATCCAATAGCTTATCATTCTCTTCATCCGCATCCGATTCCGT
GCTAGGTTTCGCGTCACCACTCGCTGTAGAGAAGGAGCTACGCTCGTCGTTCGTTACGGA
AGCTGTTCGACATGTCACCGGGTCGCTTATGAGAGGGGAAGGTCTTCGATTCGCCATCGT
TGTTCCTCGTTTCAATGAGGTTGTGACGAAGTTGCTTTTGGAAGGAGCCATTGAGACTTT
CAAGAAGTATTCAGTTAGAGAAGAAGACATCCAAGTTATATGGGTTCCTGGCAGCTTTGA
GATTGGGGTTGTTGCACAAAACCTTGGGAAATCTGGAAACTTTGATGCTGTTTTATGTAT
TGGTGCTGTGATAAGAGGAGATACCACACATTATGATGCTGTTGCCAACTCTGCTGCATC
TGGAGTACTTTCTGCTGGCATCAATTCAGGTGTTCCATGCATATTTGGTGTACTGACATG
CGAGGACATGGATCAGGCTCTTAATCGATCTGGTGGCAAAGCTGGAAACAAGGGAGCTGA
AACTGCTTTGACGGCGCTCGAGATGGCGTCGTTATTTGAGCACCACCTGAAATAGCTGTT
CCTTTCCATGGATGAACACAATGATCATATATGAGAACTTGTTGCTTTGTCACACTTGGT
TACAATCCAATCTCCAAAACTGTACCTCAAAGATTACCAAAATCTTCTTCTTCTTTTTTT
TT***ACCTTGGTGACGCTTTTGAAAGCTTTTGGTCTGGTTATGAATCGTGTGTTGTAAT
AATAAGTTCCTCTGAATTCTTTACCAAACAAAAATATGGCTCTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G039TF U 1
AF RR3G039JQ C 154
AF RR3CC92JQ C 278
AF RR3CC92TF U 284
BS 1 613 RR3G039TF
BS 614 925 RR3CC92TF
BS 926 946 RR3G039JQ

RD RR3G039TF 613 0 0
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GCTAGGTTTCGCGTCACCACTCGCTGTAGAGAAGGAGCTACGCTCGTCGTTCGTTACGGA
AGCTGTTCGACATGTCACCGGGTCGCTTATGAGAGGGGAAGGTCTTCGATTCGCCATCGT
TGTTCCTCGTTTCAATGAGGTTGTGACGAAGTTGCTTTTGGAAGGAGCCATTGAGACTTT
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GATTGGGGTTGTTGCACAAAACCTTGGGAAATCTGGAAACTTTGATGCTGTTTTATGTAT
TGGTGCTGTGATAAGAGGAGATACCACACATTATGATGCTGTTGCCAACTCTGCTGCATC
TGGAGTACTTTCTGCTGGCATCAATTCAGGTGTTCCATGCATATTTGGTGTACTGACATG
CGAGGACATGGAT

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3G039JQ 793 0 0
TCATCTC
TCATCCGCATCCGATTCCGTGCTAGGTTTCGCGTCACCACTCGCTGTAGAGAAGGAGCTA
CGCTCGTCGTTCGTTACGGAAGCTGTTCGACATGTCACCGGGTCGCTTATGAGAGGGGAA
GGTCTTCGATTCGCCATCGTTGTTCCTCGTTTCAATGAGGTTGTGACGAAGTTGCTTTTG
GAAGGAGCCATTGAGACTTTCAAGAAGTATTCAGTTAGAGAAGAAGACATCCAAGTTATA
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GTTGCCAACTCTGCTGCATCTGGAGTACTTTCTGCTGGCATCAATTCAGGTGTTCCATGC
ATATTTGGTGTACTGACATGCGAGGACATGGATCAGGCTCTTAATCGATCTGGTGGCAAA
GCTGGAAACAAGGGAGCTGAAACTGCTTTGACGGCGCTCGAGATGGCGTCGTTATTTGAG
CACCACCTGAAATAGCTGTTCCTTTCCATGGATGAACACAATGATCATATATGAGAACTT
GTTGCTTTGTCACACTTGGTTACAATCCAATCTCCAAAACTGTACCTCAAAGATTACCAA
AATCTTCTTCTTCTTTTTTTTTTTTACCTTGGTGACGCTTTTGAAAGCTTTTGGTCTGGT
TATGAATCGTGTGTTGTAATAATAAGTTCCTCTGAATTCTTTACCAAACAAAAATATGGC
TCTCAT

QA 8 793 8 793
DS 

RD RR3CC92JQ 648 0 0
GAAGGTCTTCGATTCGCCATCGTTGTTGCTCGTTTCAATGAGGTTGTGACGAAGTTGCTT
TTGGAAGGAGCCATTGAGACTTTCAAGAAGTATTCAGTTAGAGAAGAAGACATCCAAGTT
ATATGGGTTCCTGGCAGCTTTGAGATTGGGGTTGTTGCACAAAACCTTGGGAAATCTGGA
AACTTTGATGCTGTTTTATGTATTGGTGCTGTGATAAGAGGAGATACCACACATTATGAT
GCTGTTGCCAACTCTGCTGCATCTGGAGTACTTTCTGCTGGCATCAATTCAGGTGTTCCA
TGCATATTTGGTGTACTGACATGCGAGGACATGGATCAGGCTCTTAATCGATCTGGTGGC
AAAGCTGGAAACAAGGGAGCTGAAACTGCTTTGACGGCGCTCGAGATGGCGTCGTTATTT
GAGCACCACCTGAAATAGCTGTTCCTTTCCATGGATGAACACAATGATCATATATGAGAA
CTTGTTGCTTTGTCACACTTGGTTACAATCCAATCTCCAAAACTGTACCTCAAAGATTAC
CAAAATCTTCTTCTTCTTTTTTTTT***ACCTTGGTGACGCTTTTGAAAGCTTTTGGTCT
GGTTATGAATCGTGTGTTGTAATAATAAGTTCCTCTGAATTCTTTACC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3CC92TF 642 0 0
CTTCGATTCGCCATCGTTGTTGCTCGTTTCAATGAGGTTGTGACGAAGTTGCTTTTGGAA
GGAGCCATTGAGACTTTCAAGAAGTATTCAGTTAGAGAAGAAGACATCCAAGTTATATGG
GTTCCTGGCAGCTTTGAGATTGGGGTTGTTGCACAAAACCTTGGGAAATCTGGAAACTTT
GATGCTGTTTTATGTATTGGTGCTGTGATAAGAGGAGATACCACACATTATGATGCTGTT
GCCAACTCTGCTGCATCTGGAGTACTTTCTGCTGGCATCAATTCAGGTGTTCCATGCATA
TTTGGTGTACTGACATGCGAGGACATGGATCAGGCTCTTAATCGATCTGGTGGCAAAGCT
GGAAACAAGGGAGCTGAAACTGCTTTGACGGCGCTCGAGATGGCGTCGTTATTTGAGCAC
CACCTGAAATAGCTGTTCCTTTCCATGGATGAACACAATGATCATATATGAGAACTTGTT
GCTTTGTCACACTTGGTTACAATCCAATCTCCAAAACTGTACCTCAAAGATTACCAAAAT
CTTCTTCTTCTTTTTTTTT***ACCTTGGTGACGCTTTTGAAAGCTTTTGGTCTGGTTAT
GAATCGTGTGTTGTAATAATAAGTTCCTCTGAATTCTTTACC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 2 6

CO CL941Contig1 816 3 3 U
GGTGAGAAAAGACCCTTTTTATAGATTTTGTTGGCAAAACATTACCCTCATAAAATTTTA
CATCAGAAAAGTTTAGCAAAAGCATGAATAAGCCAAATGGTTCTTCTTTGAGATGTATGG
AGAGATGTAATCAGTAGAAAGACCAGACGTTCCTGAGATCTCAGCTGGAACTAGAACTTG
AGGCTTCCCTAAAGCTATCCTTTTCCCAACCGTATTAGCGTAAAACAAACCAGGAATGGC
TGGCACAAACACATCACTCCTTGAACTTATGTAGAAGTCAATAACATTTTCATACTCTGA
GTTCTCTAACTCAAGGTACTTAGACTTCTTCTCTGCAGGCATTATCGCCTCCTTAGTAAA
CGTTTTAGGGAAGATGTCCTTAAGAATATTGAGGCTGCTATCCCATCTAGGCTGAGTCAG
GTATATAGTTGTGTCACCATCAAATCCAAGCTTCCTCAAGAACACTGCGATCTCTTGCGC
GTTGTAACATGTTTTGGATCCTCCTGCACCTGTCTCATGGCAGTTTTTCTTCTCAAGTAT
CTCAACTCTCAAGTCTATGGCTATGAACCGTCCACCAGAACTCTTGCTCTTCAGCCTCTG
AACCATCGACTCCACCAGCTCATTCACTCCAGGTTGCAACCCCAAGGAGCCAAACATCGC
CAGACAAGAGACAGGGTCGGTCTCACCATCCAGAGAAGACTTCCTAAAGTTCACGAAGGG
AAGTAGGTTGTAACTCTGATGTTGCCTTTTGATTTGAAGATGGGGTTGATATGTTCCTTG
ATGTAGTCTTCCGCAACTCTGGTGGGAACCTTAACA


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3AB61JQ U 4
AF RR3AB61TF C 4
AF RR3B471JQ U 1
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BS 327 327 RR3AB61JQ
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GG
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C

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DS 

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GG
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GAAAAGTTTAGCAAAAGCATGAATAAGCCAAATGGTTCTTCTTTGAGATGTATGGAGAGA
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TCCCTAAAGCTATCCTTTTCCCAACCGTATTAGCGTAAAACAAACCAGGAATGGCTGGCA
CAAACACATCACTCCTTGAACTTATGTAGAAGTCAATAACATTTTCATACTCTGAGTTCT
CTAACTCAAGGTACTTAGACTTCTTCTCTGCAGGCATTATCGCCTCCTTAGTAAACGTTT
TAGGGAAGATGTCCTTAAGAATATTGAGGCTGCTATCCCATCTAGGCTGAGTCAGGTATA
TAGTTGTGTCACCATCAAATCCAAGCTTCCTCAAGAACACTGCGATCTCTTGCGCGTTGT
AACATGTTTTGGATCCTCCTGCACCTGTCTCATGGCAGTT
C

QA 3 522 3 522
DS 

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AGGCTTCCCTAAAGCTATCCTTTTCCCAACCGTATTAGCGTAAAACAAACCAGGAATGGC
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CTCAACTCTCAAGTCTATGGCTATGAACCGTCCACCAGAACTCTTGCTCTTCAGCCTCTG
AACCATCGACTCCACCAGCTCATTCACTCCAGGTTGCAACCCCAAGGAGCCAAACATCGC
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AAGTAGGTTGTAACTCTGATGTTGCCTTTTGATTTGAAGATGGGGTTGATATGTTCCTTG
ATGTAGTCTTCCGCAACTCTGGTGGGAACCTTAACA

QA 1 816 1 816
DS 



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TCTTGTCTCTTTTTTTCTATCTCTTTTGTCTTCTAAAACCATCCCCTAATCTCTCCTCAA
TCGAAGGAGAGTGTAAGAAGAACCACAATGGGTGTGGATTTGAGACAAGTGGTGGCTGGA
ATCCTCACCATTACCATGTTCGTCATGCTCGGACAAATGCTTCACAGAGATTACTTTGAT
GCTCAGGTTCAAGGGGATGCACATGATATTGAGTTCCATGGATCAAAAGTATCTCTGGAA
GATGGACTTGTTAGATCCAGGGAAGGGAATCATGGGCCTTGGATGGAAGATAGCCATGAT
CTTAAACCTTGTTGGTCAATATCTGAATCTGATGAAGCTGTATCTTCAAAAGGCAACATC
AGAGTTACAACCTACTTCCCTTCCTTGGAGTTGCAACCTGGAGTGAATGAACTGGTGGAG
TCGATGGTTCAGAGGCTGAAGAGCAAGAGCTCTGGTGGACGCTTCATAGCCATAGACTTG
AGAGTTGAGATACTTGAGAAGAAAAACTGCCATGAGACAGGTGCAGGGGGGTCCAAAACA
TGTTACAACGCGCAAGAGATCGCAGTGTTCTTGAGGAAGCTTGGATTTGATGGTGACACA
ACTATATACCTGACTCAGCCTAGATGGGATAGCAGCCTCAATATTCTTAAGGACATCTTC
CCTAAAACGTTTACTAAGGAGGCGATAATGCCTGCAGAGAAGAAGTCTAAGTACCTTGAG
TTAGAGAACTCAGAGTATGAAAACGTTATTGACTTCTACATAAGTTCAAGGAGTGATGTG
TTTGTGCCAGCCATTCCTGGTTTGTTTTACGCTAATACGGTTGGGAAAAGGATAGCTTTA
GGGAAGCCTCAAGTTCTAGTTCCAGCTGAGATCTCAGGAACGTCTGGTCTTTCTACTGAT
TACATCTCTCCATACATCTCAAAGAAGAACCATTTGGCTTATTCATGCTTTTGCTAAACT
TTTCTGATGTAAAATTTTATGAGCGTAATGTTTTGCCAACAAAATCTATAAAAAGGGTCT
TTTCACACCAAGTGTAAGCCAATTAGTTTGATACCAATTTTATTTTTAGTGAAAAAAAA


BQ
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AF RR3BK83TF U 1
AF RR3BK83JQ C 374
AF RR3GA44TF U 444
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BS 1085 1085 RR3BK83JQ
BS 1086 1139 RR3GA44TF

RD RR3BK83TF 707 0 0
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TCTTGTCTCTTTTTTTCTATCTCTTTTGTCTTCTAAAACCATCCCCTAATCTCTCCTCAA
TCGAAGGAGAGTGTAAGAAGAACCACAATGGGTGTGGATTTGAGACAAGTGGTGGCTGGA
ATCCTCACCATTACCATGTTCGTCATGCTCGGACAAATGCTTCACAGAGATTACTTTGAT
GCTCAGGTTCAAGGGGATGCACATGATATTGAGTTCCATGGATCAAAAGTATCTCTGGAA
GATGGACTTGTTAGATCCAGGGAAGGGAATCATGGGCCTTGGATGGAAGATAGCCATGAT
CTTAAACCTTGTTGGTCAATATCTGAATCTGATGAAGCTGTATCTTCAAAAGGCAACATC
AGAGTTACAACCTACTTCCCTTCCTTGGAGTTGCAACCTGGAGTGAATGAACTGGTGGAG
TCGATGGTTCAGAGGCTGAAGAGCAAGAGCTCTGGTGGACGCTTCATAGCCATAGACTTG
AGAGTTGAGATACTTGAGAAGAAAAACTGCCATGAGACAGGTGCAGGGGGGTCCAAAACA
TGTTACAACGCGCAAGAGATCGCAGTGTTCTTGAGGAAGCTTGGATTTGATGGTGACACA
ACTATATACCTGACTCAGCCTAGATGGGATAGCAGCCTCAATATTCT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3BK83JQ 757 0 0
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ACTTCCCTTCCTTGGAGTTGCAACCTGGAGTGAATGAACTGGTGGAGTCGATGGTTCAGA
GGCTGAAGAGCAAGAGCTCTGGTGGACGCTTCATAGCCATAGACTTGAGAGTTGAGATAC
TTGAGAAGAAAAACTGCCATGAGACAGGTGCAGGGGGGTCCAAAACATGTTACAACGCGC
AAGAGATCGCAGTGTTCTTGAGGAAGCTTGGATTTGATGGTGACACAACTATATACCTGA
CTCAGCCTAGATGGGATAGCAGCCTCAATATTCTTAAGGACATCTTCCCTAAAACGTTTA
CTAAGGAGGCGATAATGCCTGCAGAGAAGAAGTCTAAGTACCTTGAGTTAGAGAACTCAG
AGTATGAAAACGTTATTGACTTCTACATAAGTTCAAGGAGTGATGTGTTTGTGCCAGCCA
TTCCTGGTTTGTTTTACGCTAATACGGTTGGGAAAAGGATAGCTTTAGGGAAGCCTCAAG
TTCTAGTTCCAGCTGAGATCTCAGGAACGTCTGGTCTTTCTACTGATTACATCTCTCCAT
ACATCTCAAAGAAGAACCATTTGGCTTATTCATGCTTTTGCTAAACTTTTCTGATGTAAA
ATTTTATGAGCGTGATGTTTTGCCAACAAAATCTATAAAAAGGGTCTTTTCACACCAAGT
GTAAGCCAATTAGTTTGATACCAATTTTATTTTTAGT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3GA44TF 696 0 0
CTTGGAGTTGCAACCTAGAGTGAATGAGCTGGTGGAGTCGATGGTTCAGAGGCTGAAGAG
CAAGAGTTCTGGTGGACGGCTCATAGCCATAGACTTGAGAGTTGAGATACTTGAGAAGAA
AAACTGCCATGAGACAGGTGCAGGAGGATCCAAAACATGTTACAACGCGCAAGAGATCGC
AGTGTTCTTGAGGAAGCTTGGATTTGATGGTGACACAACTATATACCTGACTCAGCCTAG
ATGGGATAGCAGCCTCAATATTCTTAAGGACATCTTCCCTAAAACGTTTACTAAGGAGGC
GATAATGCCTGCAGAGAAGAAGTCTAAGTACCTTGAGTTAGAGAACTCAGAGTATGAAAA
TGTTATTGACTTCTACATAAGTTCAAGGAGTGATGTGTTTGTGCCAGCCATTCCTGGTTT
GTTTTACGCTAATACGGTTGGGAAAAGGATAGCTTTAGGGAAGCCTCAAGTTCTAGTTCC
AGCTGAGATCTTAGGAACGTCTGGTCTTTCTACTGATTACATCTCTCCATACATCTCAAA
GAAGAACCATTTGGCTTATTCATGCTTTTGCTAAACTTTTCTGATGTAAAATTTTATGAG
GGTAATGTTTTGCCAACAAAATCTATAAAAAGGGTCTTTTCTCACCAAGTGTAAGCCAAT
TAGTTTGATACCAATTTTATTTTTAGTGAAAAAAAA

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 7

CO CL942Contig1 967 7 9 U
GCCCAACTGATTATATTATAGATAGTGGATTGACACAAGACCAATGAACGAAGGTATGTT
CGTGGTTAGCTAAACCGGCAAACGACATGATGTTTCCGGAACTTTAAGCCCACAAAGGGG
AGGCAAAAGCCAAAACAGAATAAAAGGCAAACTTTTACAATCAAACTTTAAACTAAGTAA
CTAGATCCCAAACCACTAGAAGCCACATCTCAAGAGAGCAGAAAAACCTAAAGGATAGAG
AGCCTATGAAAGCTGCTTGACGTGAATGCCCGCGGCCAAACCACCGTACAACCACTTCCT
CCTAGAACAACGAGGATACACCTCAGTAAACAAGTAACCAAAGCTTCACAGACCGGCAAG
GAAGAATCACTCAAAGATTCTGTCACACTTCGGATACGGCTGAGTCGAAAACGACTGCTT
AAACGCTAAGATATGAAGCCACCACACACACAGATCTCCACGAAATCTGCTCAATCTACT
AGGAGCGAAGCCCACCCAAACCAGAGAACAATGAACATAGGCCACAAACGGCATGGCAAA
GATACGGCTTAGACGGAACCCACAGCGAACTCTTCGCATTTAGACAACCTCTGAATCTGA
GAGAACCACACAAGTAGCCTAGGAGATATGCATAAAAGATAAAACTCAACAGATCTAAAA
AGAGAATCAAAGATAAAAGCTTTGGACGAAAATCCACACCGCAAATCAATAGATCCGGAA
CTTTTATGAAAAGAATCTACATCAGATCTGAAATTTTCAGAAGATTAGGAAAAGGCATCT
CCTTAGAAAAATGAATCACAGTCACAAACCGAATTACAACTAGGCAAATAAGAAAGAGCA
CGAAAGATTTGGACCGGCACAGACGCTGAAAAAGCCGCCACGCACCGGTCGACGGAACTC
AAGCACAGGTGAAAAGGAAGAACGACGAAGGCGGTAGAGAGAAAACCCTTTTTTTTTATT
TTCTCCC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 0 15 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3E212JQ U 2
AF RR3G111JQ U 2
AF RR3EP21TF C 306
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ATTTTCC

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TATTTTCTCCC

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DS 



AS 2 6

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG75JQ U 1
AF RR3GJ23JQ U 42
AF RR3GJ23TF C 130
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BS 316 316 RR3GJ23JQ
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BS 482 509 RR3EG75JQ
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BS 802 861 RR3GJ23TF

RD RR3EG75JQ 601 0 0
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GTATACAATGAAACCATATTTTCCCAAGTGATAAACCTTCTCCCAAGTAAGCATTTCAAC
TACACCTCTCTCACTCTCTGTTTAATAGGTTTCCAAACTCTGAAAACTTGTCCAAAGATC
ATATCTTTAGTTCTCATTGAAGTGAATGCCACCAAGTTTCCAAACAACATAAGTGGTAGC
AAACATCACAGTGCTTATGAACACAAACGAAAAAGCAATCACCAGTATATCTGCGCTTCC
AGGTAGATCAAAGGTAAGCCCTTTCTTGGGCATACCTCTCTTGCTATCATCAAGCATGTT
GGTCGGTGCTTCGGGTAGACCCGGTTTCCTATTCGATTTCTTGTCACTCTCCTTGAGCAC
CTCCAGGATCTGGCTCCCCATTTTGGGTTTCGATGGTTTCGGCGTCGCTTCCGTGTATCG
ACTAAGGACACGAGCTGCTCTTAGCCTCTATCTTGCTGTCAACGGCGCTCTTTTCGCGGA
ACCGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTTGGTTCAACGGGTTTGCTTGAAGAATCTGAAGAGGG
A

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DS 

RD RR3GJ23JQ 773 0 0
GTGTATTAT
TAACTAGACAGTATACAATGAAACCATATTTTCCCAAGTGATAAACCTTCCCCCAAGTAA
GCATTTCAACTACACCTCTCTCACTCTCTGTTTAATAGGTTTCCAAACTCTGAAAACTTC
TCCAAAGATCATATCTTTAGTTCTCATTGAAGTGAATGCCACCAAGTTTCCAAACAACAT
AAGTGGTAGCAAACATCACAGTGCTTATGAACACAAACGAAAAAGCAATCACCAGTATAT
CTGCGCTTCCAGGTAGATCAAAGGTGAGCCCTTTCTTGGGCATACCTCTCTTGCTATCAT
CAAGCATGTTGGTCGGTGCTTCGGGTAGACCCGGTTTCCTATTCGATTTCTTGTCACTCT
CCTTGAGCACCTCCAGTATCTGGCTCCCCATTTTGGGTTTCGATGGTTTCGGCGTCGCTT
CCGTGTATCGGCTAAGGACACGAGCTGCTCTTAGCCTCTCTCTTGCTGTCAACGGCGCTC
TTTTCGCGGAACCGTTGTTGTTGTTGTTGGTGCTTGGTTCAACGGGTTTGGTTGAAGAAT
CCGAAGAGGGAGGAGGAGGAGGGTCGTTGACAGATGTTGTTGCGATGGAATCGTCGTTTG
ACTTCAGACAAGATGAAACCAATCTACTTTTGCTTGAAAGTAACGGACTTGGAGATGTGT
GGAGCGTTAAAGGTGAAGGCTTTAATGTTGTGAATTGAGTTAAAATCTTACAACGGGATG
TGATCTGTTATGAAGCGGAGAACTGAAGCCG
CGTTGACAGCAAC

QA 10 760 10 760
DS 

RD RR3GJ23TF 732 0 0
CTCACTCTCTGTTTAATAGGTTTCCAAACTCTGAAAACTTCTCCAAAGATCATATCTTTA
GTTCTCATTGAAGTGAATGCCACCAAGTTTCCAAACAACATAAGTGGTAGCAAACATCAC
AGTGCTTATGAACACAAACGAAAAAGCAATCACCAGTATATCTGCGCTTCCAGGTAGATC
AAAGGTGAGCCCTTTCTTGGGCATACCTCTCTTGCTATCATCAAGCATGTTGGTCGGTGC
TTCGGGTAGACCCGGTTTCCTATTCGATTTCTTGTCACTCTCCTTGAGCACCTCCAGTAT
CTGGCTCCCCATTTTGGGTTTCGATGGTTTCGGCGTCGCTTCCGTGTATCGGCTAAGGAC
ACGAGCTGCTCTTAGCCTCTCTCTTGCTGTCAACGGCGCTCTTTTCGCGGAACCGTTGTT
GTTGTTGTTGGTGCTTGGTTCAACGGGTTTGGTTGAAGAATCCGAAGAGGGAGGAGGAGG
AGGGTCGTTGACAGATGTTGTTGCGATGGAATCGTCGTTTGACTTCAGACAAGATGAAAC
CAATCTACTTTTGCTTGAAAGTAACGGACTTGGAGATGTGTGGAGCGTTAAAGGTGAAGG
CTTTAATGTTGTGAATTGAGTTAAAATCTTACAACGGGATGTGATCTGTTATGAAGCGGA
GAACTGAAGCCGGCGTTGACAGCAACGGCCATTTTGAATAGAGATGAACGTGTCTTTAAG
AGCTATGCATCC

QA 1 732 1 732
DS 



CO CL943Contig2 782 3 3 U
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TCAATTCACAACGTTAAAGCCTTCACCTTTAACGCTCCACACATCTCCAAGTCCGTTACT
TTCAAGCAAAAGTAGATTGGTTTCATCTTGTCTGAAGTCAAACGAAGATTCCATCGCAAC
AACATCGCTCAACGACCCTCCTCCCTCTTCGGATTCTTCAACGAAACCCGTTGAACCAAG
CACCAACAGCAACAGCAACGGTTCCGCGAAAAGAGCGCCGTTGACAGCAAGAGAGAGGCT
AAGAGCAGCTCGCGTGCTCAGCCGATACACGGAAGCTACGCCGAAACCATCGAAACCCAA
AATGGGGAGCCAGATCTTGGAGGTGCTCAAGGAGAGTGACAAGAAATCGAACAGGAAACC
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AGGGCTTACCTTTGATCTACCGGGAAGCGCAGATATACTGGTGATTGCTTTTTCGTTTGT
GTTCATAAGCACTGTGATGTTTGCTACCACTTATGTTGTCTGGAAACTTGGTGGCATTCA
CTTCAATGAAAACTGAAGATAAGATATTTGGACAAGTTTCTAGAGTTTGGAAACTTATTA
AACAGAGAGTGAGAGAGTTGTAGTTGAAATGTATACTTTGGGGGAATGTTTATCACTTGG
CAAAGATGGTTTGATTGTATACTGTGTAGTTAGTAGTACACATAATTTGTTTTCACATAA
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3GX24JQ C 1
AF RR3GX24TF U 1
AF RR3GD77TF U 39
BS 1 6 RR3GX24JQ
BS 7 634 RR3GX24TF
BS 635 782 RR3GD77TF

RD RR3GX24JQ 633 0 0
GAACGCCGGCTTCATTTCTCCGCTTCATAACAGATCCCATCCCGTTGTAAGATTCTCAAC
TCAATTCACAACGTTAAAGCCTTCACCTTTAACGCTCCACACATCTCCAAGTCCGTTACT
TTCAAGCAAAAGTAGATTGGTTTCATCTTGTCTGAAGTCAAACGAAGATTCCATCGCAAC
AACATCGCTCAACGACCCTCCTCCCTCTTCGGATTCTTCAACGAAACCCGTTGAACCAAG
CACCAACAGCAACAGCAACGGTTCCGCGAAAAGAGCGCCGTTGACAGCAAGAGAGAGGCT
AAGAGCAGCTCGCGTGCTCAGCCGATACACGGAAGCTACGCCGAAACCATCGAAACCCAA
AATGGGGAGCCAGATCTTGGAGGTGCTCAAGGAGAGTGACAAGAAATCGAACAGGAAACC
GGGTCTACCCGAAGCACCGACCAACATGCTTGATGATAGCAAGAGAGGTATGCCCAAGAA
AGGGCTTACCTTTGATCTACCGGGAAGCGCAGATATACTGGTGATTGCTTTTTCGTTTGT
GTTCATAAGCACTGTGATGTTTGCTACCACTTATGTTGTCTGGAAACTTGGTGGCATTCA
CTTCAATGAAAACTGAAGATAAGATATTTGGAC

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3GX24TF 636 0 0
GAACGC
CGGCTTCATTTCTCCGCTTCATAACAGATCCCATCCCGTTGTAAGATTCTCAACTCAATT
CACAACGTTAAAGCCTTCACCTTTAACGCTCCACACATCTCCAAGTCCGTTACTTTCAAG
CAAAAGTAGATTGGTTTCATCTTGTCTGAAGTCAAACGAAGATTCCATCGCAACAACATC
GCTCAACGACCCTCCTCCCTCTTCGGATTCTTCAACGAAACCCGTTGAACCAAGCACCAA
CAGCAACAGCAACGGTTCCGCGAAAAGAGCGCCGTTGACAGCAAGAGAGAGGCTAAGAGC
AGCTCGCGTGCTCAGCCGATACACGGAAGCTACGCCGAAACCATCGAAACCCAAAATGGG
GAGCCAGATCTTGGAGGTGCTCAAGGAGAGTGACAAGAAATCGAACAGGAAACCGGGTCT
ACCCGAAGCACCGACCAACATGCTTGATGATAGCAAGAGAGGTATGCCCAAGAAAGGGCT
TACCTTTGATCTACCGGGAAGCGCAGATATACTGGTGATTGCTTTTTCGTTTGTGTTCAT
AAGCACTGTGATGTTTGCTACCACTTATGTTGTCTGGAAACTTGGTGGCATTCACTTCAA
TGAAAACTGAAGATAAGATATTTGGACA
AA

QA 7 634 7 634
DS 

RD RR3GD77TF 744 0 0
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ACACATCTCCAAGTCCGTTACTTTCAAGCAAAAGTAGATTGGTTTCATCTTGTCTGAAGT
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CAACGAAACCCGTTGAACCAAGCACCAACAGCAACAGCAACGGTTCCGCGAAAAGAGCGC
CGTTGACAGCAAGAGAGAGGCTAAGAGCAGCTCGCGTGCTCAGCCGATACACGGAAGCGA
CGCCGAAACCATCGAAACCCAAAATGGGGAGCCAGATCTTGGAGGTGCTCAAGGAGAGTG
ACAAGAAATCGAACAGGAAACCGGGTCTACCCGAAGCACCGACCAACATGCTTGATGATA
GCAAGAGAGGTATGCCCAAGAAAGGGCTTACCTTTGATCTACCGGGAAGCGCAGATATAC
TGGTGATTGCTTTTTCGTTTGTGTTCATAAGCACTGTGATGTTTGCTACCACTTATGTTG
TCTGGAAACTTGGTGGCATTCACTTCAATGAAAACTGAAGATAAGATATTTGGACAAGTT
TCTAGAGTTTGGAAACTTATTAAACAGAGAGTGAGAGAGTTGTAGTTGAAATGTATACTT
TGGGGGAATGTTTATCACTTGGCAAAGATGGTTTGATTGTATACTGTGTAGTTAGTAGTA
CACATAATTTGTTTTCACATAATC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 2 6

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AGGCATAATTATTAGGAATTAAATTGCAGTAAAATGATTGACAGAAAAAGAAAAGCATCC
AAGTTTTCACTACTAGGTTATGCTGCATAACTTCAAGCATAACAAAAAGGAAATTTTTGT
TTTTGGTGGGGGACTGAACATAATCTACGAATCAGTGGCCGTTTCCAAGTTTCCATCATT
AGATTGGTCTTCTACCGATTGACTGAGGAAGTTCCCAAGCAGCCTTTGATCCAACACCAT
GTTAGGTACCTTGTCCCCAAAAAACATTTTGGTGTTACGTGCAATGGCATCGATGAACTT
AAGCTCGAGAAATTCAGGAGTGAGCTTCAACTTGTTTACTTAAGCTTATTTCAGTACACG
GTAGTAATCTGCATCGGCAAGACTCTTTTGACGATCAAAATACATCTGATTCTCGATGTC
AGCTTCTCTCCGTGCACTGTCTTTCTCAGTCAGCTTCTGCTCCATCAAAATCTTACTAAC
ATTGGCATTCTTCTCAGCTTCACTAATGGCCATTATCTTCTTTGTCTCTGCCTCTTTCTC
AGCAACTCTTTGTTTCTCAATAGCAATCAAGACCTTAGTGCGTTCTTCTTCCATCTGCTC
AAAGTTGCGCCTTACACTCTCTGGAATTTTAGGCTTAGTGACACGCACACTAATGATCTC
GATTCCTGGAGCGTAACGTGTGCAATCAGCCTGAAGAGCATCTTTCATTTGCTCGTCAAT
CTGGTCAAAGATGTCAATGTAGACTTGCTGAAGGGAATGAGAGCTGCAGAACTGGTTGAT
CTCGTGGTGAATCTTGTCGTAAATCCATGTGTTATCATAGTCGACACCGTAGTTGAGCAA
AGTGTCATAGACATAATCCTTACGCAGACGATTAACAACTTCAATTTTCTCAAAGGTAAT
CATGACACCTCCTTTGGTACCACATGGTATATCCTTCACTTGATCAGTTTGGAGAGTAAC
TTGAACAGGCTCGTAGTTGGTAATGAAAGGCAGCTTCAAATGAAAACCAGGCTCTGTAAT
GCTGTTGAGAAGAGCACCACCTCTCCAATACGCTCCAACGTGTCCTTCAGGGACTTGGTG
GACCAACGATGAAGGGGACATGACCAAAGCGGCGATAGCGATGAAAATACCGAACACGAC
GAAAATAGAAGTCACGTCGCCGCCGGGTTGTCCAACCGGAGGACGTGGACCGGTTTCAGT
TCTCCGCTGTTGAGGATCCATGGCGAAATTTTGCTTAGACCTGGGGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AGTGTCATA

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GGGACC

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DS 



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AAGCGTCCAGTTTTTCACTACTAAGCAATAACACAAGGAAGTTTTTGTTTTAGGTGGGGG
GACTGAACATGTTCTATGAATCAGTGGCCGTCTCCAAGTTTCCATCATTAGATTTGTCTT
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TGTCCCCGAAAAACATTTTGGTGTTACGTGCAATGGCATCGATGAACTTAAGTTCGAGAA
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CATCGGCGAGACTCTTTTGACGATCAAGATACATCTGATTCTCGATGTCAGCTTCTCTCC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G382JQ U 1
AF RR3CO17JQ U 2
AF RR3BW71TF C 621
BS 1 30 RR3G382JQ
BS 31 31 RR3CO17JQ
BS 32 94 RR3G382JQ
BS 95 95 RR3CO17JQ
BS 96 643 RR3G382JQ
BS 644 844 RR3CO17JQ
BS 845 845 RR3BW71TF
BS 846 863 RR3CO17JQ
BS 864 1304 RR3BW71TF

RD RR3G382JQ 643 0 0
GGACCAAAAAAAACATGTTTATTAAGAGATTAAGTTGCAGTAAAATGATCACCACAAGAG
AAGCGTCCAGTTTTTCACTACTAAGCAATAACACGAGGAAGTTTTTGTTTTAGGTGGGGG
GACTGAACATGTTCTATGAATCAGTGGCCGTCTCCAAGTTTCCATCATTAGATTTGTCTT
CTACCGATTGGCTGAGGAAGTTCCCAAGTAGCCTTTGATCCAACACCATGTTAGGTACCT
TGTCCCCGAAAAACATTTTGGTGTTACGTGCAATGGCATCGATGAACTTAAGTTCGAGAA
ATTCAGGAGTGAGCTTCAACTTGTTTGCTTCAGCTTCTTTCAGTACACGGTAGTAATCTG
CATCGGCGAGACTCTTTTGACGATCAAGATACATCTGATTCTCGATGTCAGCTTCTCTCC
GTGCACTGTCTTTCTCAGTCAGCTTCTGCTCCATCAGAATCTTACTAACATTGGCATTCT
TCTCGGCTTCACTAATGGCCATTATCTTCTTTGTCTCTGCTTCTTTCTCAGCAACTCTTT
GTTTCTCAATAGCAATCAAGACCTTAGTGCGTTCTTCTTCCATCTGCTCAAAGTTGCGCC
TTACACCCTCTGGAATTTTAGGCTTAGTGACACGCACACTAAT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3CO17JQ 862 0 0
GACCAAAAAAAACATGTTTATTAAGAGATCAAGTTGCAGTAAAATGATCACCACAAGAGA
AGCGTCCAGTTTTTCACTACTAAGCAATAACACAAGGAAGTTTTTGTTTTAGGTGGGGGG
ACTGAACATGTTCTATGAATCAGTGGCCGTTTCCAAGTTTCCATCATTAGATTTGTCTTC
TACCGATTGGCTGAGGAAGTTCCCAAGTAGCCTTTGATCCAACACCATGTTAGGTACCTT
GTCCCCGAAGAACATTTTGGTGTTACGTGCAATGGCATCGATGAACTTAAGTTCGAGAAA
TTCAGGAGTGAGCTTCAACTTGTTTGCTTCAGCTTCTTTCAGTATACGGTAGTAATCTGC
ATCGGCGAGACTCTTTTGACGATCAAGATACATCTGATTCTCGATGTCAGCTTCTCTCCG
TGCACTGTCTTTCTCAGTCAGCTTCTGCTCCATCAGAATCTTACTAACATTGGCATTCTT
CTCGGCTTCACTAATGGCCATTATCTTCTTTGTCTCTGCTTCTTTCTCAGCAACTCTTTG
TTTCTCA*TAGCAATCAAGACCTTAGTGCGTTCTTCTTCCATCTGCTCAAAGTTGCGCCT
TACACTCTCTGGAATTTTAGGCTTAGTGACACGCACACTAATGATCTCGATTCCTGGAGC
ATAACGTGTGCAATCAGCCTGAAGAGCATCTTTCATCCGTTCATCAATCTGGTCAAAGAT
GTCAATGTAGACTTGCTGAAGGGAATGAGAGCTGCAGAACTGGTTGATCTCGTGGTGAAT
CTTGCCGTAAATCCATGTGTTATCATAGTCGACACCGTAGTTGAGCAAAGTGTCATAGAC
ATA*TCCTTACGCAGACGATTA

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR3BW71TF 684 0 0
GGCTTAGTGACACGCACACTAATGATCTCGATTCCTGGAGCATAACGTGTGCAATCAGCC
TGAAGAGCATCTTTCATCCGTTCATCAATCTGGTCAAAGATGTCAATGTAGACTTGCTGA
AGGGGATGAGAGCTGCAGAACTGGTTGATCTCGTGGTGAATCTTGTCGTAAATCCATGTG
TTATCATAGTCGACACCGTAGTTGAGCAAAGTGTCGTAGACATAATCCTTACGCAGACGA
TTAACAACTTCAATTTTTTCAAAGGTAATCATGACACCTCCTTTGGTACCACATGGTATA
TCCTTCACTTGGTCAGTTTGGAGAGTAACTTGAACAGGCTCGTAGTTGGTAATGAAAGGC
AGCTTCAAATGAAAACCAGGCTCTGTAATGCTGTTGAGAAGAGCACCACCTCTCCAATAA
GCTCCAACGTGGCCTTCGGGAACTTGGTGCACCAACGATGAAGGGGACATGACCTGCAAA
GCGGCGATAGCGATGAAAACGCCGAACACGACGAAAATCGAAGTCACGTCGCCGCCGGGT
TGTCCAACCGGAGGACGCGGACCGGTTTCAGTTCTCCGCTGTTGAGGATCCATCGCGAAG
TTTTGCTTGACCGGTGAGGCTTTCTTTTTCTGGGAAACTTGGAGAGGAGTTTTTCAATGA
GGAAGATGGTTTAACTCTGTGTCC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 2 7

CO CL945Contig1 576 3 2 U
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TGGGACAGTGTCAAGCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGGCCATT
GCCGTCAAGCTGCTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGA
TCGCCGACAAGTATGTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATAT
CGACCTTGTGGCCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACCCCATTGGTTT
CAACACCAATTGTGACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTAT
GAACGAATAATCAAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTT
TCTATTATATGACTTGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAA*TAAGTA
ATAACGATAAGGAGCCCTCTCTCTCTTTTCCGGCGC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BY34JQ C 1
AF RR3BY34TF U 1
AF RR3CS64TF U 1
BS 1 555 RR3BY34TF
BS 556 576 RR3CS64TF

RD RR3BY34JQ 566 0 0
GGAAAAACAATCGAATTCAAAAACAATTAAAACAAAAATGGCGTTTGCTTCAAAGATCAT
CACATGCCTCCTCATCCTTGCGATTTACATTGCCACTCCAACAGAGTCGCACATAACGTG
TGGGACAGTGTCAAGCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGGCCATT
GCCGTCAAGCTGCTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGA
TCGCCGACAAGTATGTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATAT
TGACCTTGTGGCCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACCCCATTGGTTT
CAACACCAATTGTGACAGTATTTTGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTAT
GAACGAATAATCAAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTTTGCTGCTATTT
TTTATTATATGACTTGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAA*TAAGTA
ATAACGATAAGGAGC
CCTCTCTCACG

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3BY34TF 564 0 0
GGAAAAACAATCGAATTCAAAAACAATTAAAACAAAAATGGCGTTTGCTTCAAAGATCAT
CACATGCCTCCTCATCCTTGCGATCTACATTGCCACTCCAACAGAGTCGCACATAACGTG
TGGGACAGTGTCAAGCACAATGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGGCCATT
GCCGTCAAGCTGCTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGA
TCGCCGACAAGTATGTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATAT
CGACCTTGTGGCCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACCCCATTGGTTT
CAACACCAATTGTGACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTAT
GAACGAATAATCAAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTT
TCTATTATATGACTTGAGTTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAA*TAAGTA
ATAACGATAAGGAGC
CCTCTCTCA

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3CS64TF 576 0 0
GGAAAAACAATCAAATTCAAAAACAATTAAAACAAAAATGGCGTTTGCTTCAAAGATCAT
CACATGCCTCCTCATCCTTGCGATCTACATTGCCACTCCAACAGAGTCGCACATAACGTG
TGGGACAGTGTCAGGCACAGTGGCACAGTGCATCAGCTACTTGACCAACGGTGGTCCATT
GCCGTCAAGCTGCTGTGTGGCAGTCAAATCATTGAACCAAATGGCTCAGACCACACCGGA
TCGCCGACAAGTATGTGAGTGCCTTAAATCAGCCGGTAAGGAAATTAAAGGCCTCAATAT
CGACCTTGTGGCCACACTCCCTACCACTTGTGGTGTTTCACTTTCATACCCCATTGGTTT
CAACACCAATTGTGACAGTATTTCGATTTGATTGCCGTGTGAAGGAGGCTAGAGATGTAC
GGACGAATAATCAAAGTTGGCCAGCCTTTAACCTAAATAATAATGATTCTGCTGCTATTT
TCTATTATATGACTTGAGCTTCTTATTATGTAACCATCCATTTCATATGGTAAATAAGTA
ATAACGATAAGGAGCCCTCTCTCTCTTTTCCGGCGC

QA 1 576 1 576
DS 



CO CL945Contig2 652 4 4 U
CTCATGCAACCTCTTGATCATATTACATGTAATAGAAAGACAAAGTGTTATTCCTGATGG
TACTTTACGTGTACATACATACATCAAAGCGCCGAAAAAGAGAGGGAGAGCTCCTTATCG
TTATTACTTATTACCATATGAAATGGATGATTACATAGTAAGAAACTCAAGTCATAAAAT
AGAAAATAGCAGCAGAATAATTATTATTTAGGTTAAAGGCTGGCCAACTTTGATTATTCG
TTCGTACATCTCTAGCCTCCTTCACACGGATATACTGTCACAATTGGTGTTGAAAACAAT
GGGATATGAAAGTGAAACACCACAAGTGGTAGGGAGTGTGGCCACAAGGTCGATATTGAG
GCCTTTAATTTCCTTACCGGCTGATTTAAGGCACTCACATACTTGTCGGCGATCCGGTGT
GGTCTGAGCCATTTGGTTCAAAGATTTGACTGCCACACAGCAGCTTGACGGCAATGGACC
ACCGTTGGTCAAGTAGCTGATGCACTGTGCCATTGTGCTTGACACTGTCCCACACGTTAT
GTGCGACTCTGTTGGAGCGGCAGTGTAGATCGCAAGGACAAGGAGGCATGTGATGATCTT
TGAAGCAAACGCCATTTTTGTTTTAATTGTTTTTGAATTTGATTGTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 

AF RR3DF72JQ U 1
AF RR3B266JQ U 31
AF RR3DF72TF C 58
AF RR3B266TF C 31
BS 1 295 RR3DF72JQ
BS 296 296 RR3B266JQ
BS 297 461 RR3DF72JQ
BS 462 652 RR3B266JQ

RD RR3DF72JQ 461 0 0
CTCATGCAACCTCTTGATCATATTACATGTAATAGAAAGACAAAGTGTTATTCCTGATGG
TACTTTACGTGTACATACATACATCAAAGCGCCGAAAAAGAGAGGGAGAGCTCCTTATCG
TTATTACTTATTACCATATGAAATGGATGATTACATAGTAAGAAACTCAAGTCATAAAAT
AGAAAATAGCAGCAGAATAATTATTATTTAGGTTAAAGGCTGGCCAACTTTGATTATTCG
TTCGTACATCTCTAGCCTCCTTCACACGGATATACTGTCACAATTGGTGTTGAAACCAAT
GGGATATGAAAGTGAAACACCACAAGTGGTAGGGAGTGTGGCCACAAGGTCGATATTGAG
GCCTTTAATTTCCTTACCGGCTGATTTAAGGCACTCACATACTTGTCGGCGATCCGGTGT
GGTCTGAGCCATTTGGTTCAAAGATTTGACTGCCACACAGC

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR3B266JQ 622 0 0
AATAGAAAGACAAAGTGTTATTCCTGATGGTACTTTACGTGTACATACATACATCAAAGC
GCCGAAAAAGAGAGGGAGAGCTCCTTATCGTTATTACTTATTACCATATGAAATGGATGA
TTACATAGTAAGAAACTCAAGTCATAAAATAGAAAATAGCAGCAGAATAATTATTATTTA
GGTTAAAGGCTGGCCAACTTTGATTATTCGTTCGTACATCTCTAGCCTCCTTCACACGGA
TATACTGTCACAATTGGTGTTGAAAACAATGGGATATGAAAGTGAAACACCACAAGTGGT
AGGGAGTGTGGCCACAAGGTCGATATTGAGGCCTTTAATTTCCTTACCGGCTGATTTAAG
GCACTCACATACTTGTCGGCGATCCGGTGTGGTCTGAGCCATTTGGTTCAATGATTTGAC
TGCCACACAGCAGCTTGACGGCAATGGACCACCGTTGGTCAAGTAGCTGATGCACTGTGC
CATTGTGCTTGACACTGTCCCACACGTTATGTGCGACTCTGTTGGAGCGGCAGTGTAGAT
CGCAAGGACAAGGAGGCATGTGATGATCTTTGAAGCAAACGCCATTTTTGTTTTAATTGT
TTTTGAATTTGATTGTTTTTCC

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3DF72TF 595 0 0
TGGTACTTTACGTGTACATACATACATCAAAGCGCCGAAAAAGAGAGGGAGAGCTCCTTA
TCGTTATTACTTATTACCATATGAAATGGATGATTACATAGTAAGAAACTCAAGTCATAA
AATAGAAAATAGCAGCAGAATAATTATTATTTAGGTTAAAGGCTGGCCAACTTTGATTAT
TCGTTCGTACATCTCTAGCCTCCTTCACACGGATATACTGTCACAATTGGTGTTGAAACC
AATGGGATATGAAAGTGAAACACCACAAGTGGTAGGGAGTGTGGCCACAAGGTCGATATT
GAGGCCTTTAATTTCCTTACCGGCTGATTTAAGGCACTCACATACTTGTCGGCGATCCGG
TGTGGTCTGAGCCATTTGGTTCAAAGATTTGACTGCCACACAGCAGCTTGACGGCAATGG
ACCACCGTTGGTCAAGTAGCTGATGCACTGTGCCATTGTGCTTGACACTGTCCCACACGT
TATGTGCGACTCTGTTGGAGAGGCAGTGTAGATCGCAAGGACAAGGAGGCATGTGATGAT
CTTTGAAGCAAACGCCATTTTTGTTTTAATTGTTTTTGAATTTGATTGTTCTTCC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3B266TF 622 0 0
AATAGAAAGACAAAGTGTTATTCCTGATGGTACTTTACGTGTACATACATACATCAAAGC
GCCGAAAAAGAGAGGGAGAGCTCCTTATCGTTATTACTTATTACCATATGAAATGGATGA
TTACATAGTAAGAAACTCAAGTCATAAAATAGAAAATAGCAGCAGAATAATTATTATTTA
GGTTAAAGGCTGGCCAACTTTGATTATTCGTTCGTACATCTCTAGCCTCCTTCACACGGA
TATACTGTCACAATTGGTGTTGAAAACAATGGGATATGAAAGTGAAACACCACAAGTGGT
AGGGAGTGTGGCCACAAGGTCGATATTGAGGCCTTTAATTTCCTTACCGGCTGATTTAAG
GCACTCACATACTTGTCGGCGATCCGGTGTGGTCTGAGCCATTTGGTTCAATGATTTGAC
TGCCACACAGCAGCTTGACGGCAATGGACCACCGTTGGTCAAGTAGCTGATGCACTGTGC
CATTGTGCTTGACACTGTCCCACACGTTATGTGCGACTCTGTTGGAGCGGCAGTGTAGAT
CGCAAGGACAAGGAGGCATGTGATGATCTTTGAAGCAAACGCCATTTTTGTTTTAATTGT
TTTTGAATTTGATTGTTTTTCC

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 7

CO CL946Contig1 826 7 24 U
GGAAGCTCAAAAAACCAATGGCTTCCACACTTCTTGTTCCTCAACTTCTCTCTTCGCCTA
CGTATCTCAAAAGAACCTATACCTTCAACACTCGTCGAACAGTGAAGTGCTCTTCAAACC
CAGAACCAAAAGATCAGTTCCTCGAGCTCACACCTTCACCCGACTCAATCAACACCACGA
GCGCCGAGAAGTTCCCCATCGAGAAACGTCGAAGATCCGAGATCATACGCGACAGGAAAC
AAAGAGGGATCGAGAAGCCAGAGCCACCGAACTTCGAGATTGGCTGGAAGAGAACGAAAG
AGATAAACTTGGAGAAACCAAAAGGGTACGTGATAATGGACTTCTTGGAGAAGTTCGAAG
GGTTGATGGCGAGAGAGTTCGGTTCCAAGGAGCTTTTGGCTAAAGCTGGTGAGATAGTCG
CGGAGAGAGCTAGAGAAGAAGCTGAGGTTCTGAGAGACGAAGGTGAGGTTGAAGAGAGGA
TGGTGACTGAGCTTTTTAGGGTTTTGAAGCTGATGGAGATGGATTTGGCTATGGTTAAAG
CTTCGGTTAAGGAAGAGACTCTTAGTGAGAGGATTGAACAAGCTAGAGCTAGATGTAGAC
AAGCTATTCTTGTTGCTAATTCTTTTTAAGACCTACCCAATCTGTAAAAGATCTTAACTT
GTTTGGTTTTGTAATAATCACAAAGATTCATACTCTTTCTTGTTCTGTCTGAATTGTTTA
TAGTTTCTTCATCGGTAAAAGATCTTTAACTTGTTTGGTTCTGTAATAACGAAGGTTCAT
GCTTTTGTTTTTGTTTTCTATACCATTTGGTTTTCAAACCAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 15 45 5 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES67TF U 15
AF RR3DF10TF U 1
AF RR3DF10JQ C 64
AF RR3H213TF U 88
AF RR3ES67JQ C 79
AF RR3DC67JQ C 97
AF RR3DC67TF U 97
BS 1 259 RR3DF10TF
BS 260 260 RR3ES67TF
BS 261 283 RR3DF10TF
BS 284 284 RR3ES67TF
BS 285 430 RR3DF10TF
BS 431 431 RR3ES67TF
BS 432 433 RR3DF10TF
BS 434 434 RR3ES67TF
BS 435 457 RR3DF10TF
BS 458 458 RR3ES67TF
BS 459 460 RR3DF10TF
BS 461 461 RR3ES67TF
BS 462 466 RR3DF10TF
BS 467 467 RR3ES67TF
BS 468 509 RR3DF10TF
BS 510 510 RR3ES67TF
BS 511 644 RR3DF10TF
BS 645 645 RR3ES67TF
BS 646 685 RR3DF10TF
BS 686 687 RR3DC67TF
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BS 776 826 RR3DC67TF

RD RR3ES67TF 641 0 0
GG
AATGGCTTCCACACTTCTTGTTCCTCAACTTCTCTCTTCGCCTACGTATCTCAAAAGAAC
CTATACCTTCAACACTCGTCGAACAGTGAAGTGCTCTTCAAACCCAGAACCAAAAGATCA
GTTCCTCGAGCTCACACCTTCACCCGACTCAATCAACACCACGAGCGCCGAGAAGCTCCC
CATCGAGAAACGTCGAAGATCCGAGATCATACGCGACAGGAAACAAAGAGGGATCGAGAA
GCCAGAGCCACCGAACTTCGAGATTGGCTGGAAGAGAACGAAAGAGATAAACTTGGAGAA
ACCAAAAGGGTACGTGGTAATGGACTTCTTGGAGAAGTTCGAAGGGTTGACGGCGAGAGA
GTTCGGTTCCAAGGAGCTTTTGGCTAAAGCTGGTGAGATAGTCGCGGAGAGAGCTAGAGA
AGAAGCTGAGGTTCTGAGAGACGAAGGTGAGGTTGAAGAGAGGATGGTGACTGAGCTTTT
TAGGGTTTTGAAGCTGATGGAGATGGATTTGGCTATGGTTAAAGCTTCGGTTAAGGAAGA
GACTCTTAGTGAGAGGATTGAACAAGCTAGAGCTAGATGTAGACAAGCTATTCTTGTTGC
TAATTCTTTTTAAGACCTACCCAATCTGTAAA
GATCTTA

QA 3 634 3 634
DS 

RD RR3DF10TF 695 0 0
GGAAGCTCAAAAAACCAATGGCTTCCACACTTCTTGTTCCTCAACTTCTCTCTTCGCCTA
CGTATCTCAAAAGAACCTATACCTTCAACACTCGTCGAACAGTGAAGTGCTCTTCAAACC
CAGAACCAAAAGATCAGTTCCTCGAGCTCACACCTTCACCCGACTCAATCAACACCACGA
GCGCCGAGAAGTTCCCCATCGAGAAACGTCGAAGATCCGAGATCATACGCGACAGGAAAC
AAAGAGGGATCGAGAAGCCGGAGCCACCGAACTTCGAGATTGGGTGGAAGAGAACGAAAG
AGATAAACTTGGAGAAACCAAAAGGGTACGTGATAATGGACTTCTTGGAGAAGTTCGAAG
GGTTGATGGCGAGAGAGTTCGGTTCCAAGGAGCTTTTGGCTAAAGCTGGTGAGATAGTCG
CGGAGAGAGCGAGGGAAGAAGCTGAGGTTCTGAGAGATGACGGTGAAGTTGAAGAGAGGA
TGGTGACTGAGCTTTTTAGGGTTTTGAAGTTGATGGAGATGGATTTGGCTATGGTTAAAG
CTTCGGTTAAGGAAGAGACTCTTAGTGAGAGGATTGAACAAGCTAGAGCTAGATGTAGAC
AAGCTATTCTTGTTGCTAATTCTTTTTAAGACCTACCCAATCTGCAAAAGATCTTAACTT
GTTTGGTTTTGTAATAATCACAAAG
TATCATACCC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3DF10JQ 632 0 0
ATCTCAAAAGAACCTATACCTTCAACACTCGTCGAACAGTGAAGTGCTCTTCAAACCCAG
AACCAAAAGATCAGTTCCTCGAGCTCACACCTTCACCCGACTCAATCAACACCACGAGCG
CCGAGAAGTTCCCCATCGAGAAACGTCGAAGATCCGAGATCATACGCGACAGGAAACAAA
GAGGGATCGAGAAGCCGGAGCCACCGAACTTCGAGATTGGGTGGAAGAGAACGAAAGAGA
TAAACTTGGAGAAACCAAAAGGGTACGTGATAATGGACTTCTTGGAGAAGTTCGAAGGGT
TGATGGCGAGAGAGTTCGGTTCCAAGGAGCTTTTGGCTAAAGCTGGTGAGATAGTCGCGG
AGAGAGCGAGGGAAGAAGCTGAGGTTCTGAGAGATGACGGTGAAGTTGAAGAGAGGATGG
TGACTGAGCTTTTTAGGGTTTTGAAGTTGATGGAGATGGATTTGGCTATGGTTAAAGCTT
CGGTTAAGGAAGAGACTCTTAGTGAGAGGATTGAACAAGCTAGAGCTAGATGTAGACAAG
CTATTCTTGTTGCTAATTCTTTTTAAGACCTACCCAATCTGCAAAAGATCTTAACTTGTT
TGGTTTTGTAATAATCACAAAG
TATCATACCC

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3H213TF 617 0 0
AGG
CTCGTCGAACAGTGAAGTGCTCTTCAAACCCAGAACCAAAAGATCAGTTCCTCGAGCTCA
CACCTTCACCCGACTCAATCAACACCACGAGCGCCGAGAAGTTCCCCATCGAGAAACGTC
GAAGATCCGAGATCATACGCGACAGGAAACAAAGAGGGATCGAGAAGCCGGAGCCACCGA
ACTTCGAGATTGGGTGGAAGAGAACGAAAGAGATAAACTTGGAGAAACCAAAAGGGTACG
TGATAATGGACTTCTTGGAGAAGTTCGAAGGGTTGATGGCGAGAGAGTTCGGTTCCAAGG
AGCTTTTGGCTAAAGCTGGTGAGATAGTCGCGGAGAGAGCGAGGGAAGAAGCTGAGGTTC
TGAGAGATGACGGTGAAGTTGAAGAGAGGATGGTGACTGAGCTTTTTAGGGTTTTGAAGT
TGATGGAGATGGATTTGGCTATGGTTAAAGCTTCGGTTAAGGAAGAGACTCTTAGTGAGA
GGATTGAACAAGCTAGAGCTAGATGTAGACAAGCTATTCTTGTTGCTAATTCTTTTTAAG
ACCTACCCAATCTGTAAAAGATCTTAACTTGTTTGGTTTTGTAATAATCACAAAGTATCA
TACTCTT
AAAAAAA

QA 4 610 4 610
DS 

RD RR3ES67JQ 675 0 0
ATACCTTCAACACTCGTCGAACAGTGAAGTGCTCTTCAAACCCAGAACCAAAAGATCAGT
TCCTCGAGCTCACACCTTCACCCGACTCAATCAACACCACGAGCGCCGAGAAGCTCCCCA
TCGAGAAACGTCGAAGATCCGAGATCATACGCGACAGGAAACAAAGAGGGATCGAGAAGC
CAGAGCCACCGAACTTCGAGATTGGCTGGAAGAGAACGAAAGAGATAAACTTGGAGAAAC
CAAAAGGGTACGTGGTAATGGACTTCTTGGAGAAGTTCGAAGGGTTGACGGCGAGAGAGT
TCGGTTCCAAGGAGCTTTTGGCTAAAGCTGGTGAGATAGTCGCGGAGAGAGCTAGAGAAG
AAGCTGAGGTTCTGAGAGACGAAGGTGAGGTTGAAGAGAGGATGGTGACTGAGCTTTTTA
GGGTTTTGAAGCTGATGGAGATGGATTTGGCTATGGTTAAAGCTTCGGTTAAGGAAGAGA
CTCTTAGTGAGAGGATTGAACAAGCTAGAGCTAGATGTAGACAAGCTATTCTTGTTGCTA
ATTCTTTTTAAGACCTACCCAATCTGTAAAAGATCTTAACTTGTTTGGTTTTGTAATGAT
CACAAAGATTCATACTCTTTCTTGTTCTGTCTGAATTGTTTATAGTTTCTTCATCGGTAA
AAGATCTTTAACTTG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3DC67JQ 711 0 0
GAACAGTGAAGTGCTCTTCAAACCCAGAACCAAAAGATCAGTTCCTCGAGCTCACACCTT
CACCCGACTCAATCAACACCACGAGCGCCGAGAAGTTCCCCATCGAGAAACGTCGAAGAT
CCGAGATCATACGCGACAGGAAACAAAGAGGGATCGAGAAGCCAGAGCCACCGAACTTCG
AGATTGGCTGGAAGAGAACGAAAGAGATAAACTTGGAGAAACCAAAAGGGTACGTGATAA
TGGACTTCTTGGAGAAGTTCGAAGGGTTGATGGCGAGAGAGTTCGGTTCCAAGGAGCTTT
TGGCTAAAGCTGGTGAGATAGTCGCGGAGAGAGCTAGAGAAGAAGCTGAGGTTCTGAGAG
ACAAAGGTGAGGTTGAAGAGAGGATGGTGACTGAGCTTTTTAGGGTTTTGAAGCTGATGG
AGATGGATTTGGCTATGGTTAAAGCTTCGGTTAAGGAAGAGACTCTTAGTGAGAGGATTG
AACAAGCTAGAGCTAGATGTAGACAAGCTATTCTTGTTGCTAATTCTTTTTAAGACCTAC
CCAATCTGTAAAAGATCTTAACTTGTTTGGTTTTGTAATAATCACAAAGATTCATACTCT
TTCTTGTTCTGTCTGAATTGTTTATAGTTTCTTCATCGGTAAAAGATCTTTAACTTGTTT
GGTTCTGTAATAACGAAGGTTCATGCTTTTGTTTTT
TGTTTTCTAATACCA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3DC67TF 730 0 0
GAACAGTGAAGTGCTCTTCAAACCCAGAACCAAAAGATCAGTTCCTCGAGCTCACACCTT
CACCCGACTCAATCAACACCACGAGCGCCGAGAAGTTCCCCATCGAGAAACGTCGAAGAT
CCGAGATCATACGCGACAGGAAACAAAGAGGGATCGAGAAGCCAGAGCCACCGAACTTCG
AGATTGGCTGGAAGAGAACGAAAGAGATAAACTTGGAGAAACCAAAAGGGTACGTGATAA
TGGACTTCTTGGAGAAGTTCGAAGGGTTGATGGCGAGAGAGTTCGGTTCCAAGGAGCTTT
TGGCTAAAGCTGGTGAGATAGTCGCGGAGAGAGCTAGAGAAGAAGCTGAGGTTCTGAGAG
ACAAAGGTGAGGTTGAAGAGAGGATGGTGACTGAGCTTTTTAGGGTTTTGAAGCTGATGG
AGATGGATTTGGCTATGGTTAAAGCTTCGGTTAAGGAAGAGACTCTTAGTGAGAGGATTG
AACAAGCTAGAGCTAGATGTAGACAAGCTATTCTTGTTGCTAATTCTTTTTAAGACCTAC
CCAATCTGTAAAAGATCTTAACTTGTTTGGTTTTGTAATAATCACAAAGATTCATACTCT
TTCTTGTTCTGTCTGAATTGTTTATAGTTTCTTCATCGGTAAAAGATCTTTAACTTGTTT
GGTTCTGTAATAACGAAG*TTCATGCTTTTGTTTTTGTTTTCTATACCATTTGGTTTTCA
AACCAAAAAA

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 5

CO CL947Contig1 976 5 8 U
GGAGATTCTCGAGCTCTCTTAGGACAAAGTCTTGTTGTGTCTTTGATATCAAAACTTGTC
CTTCTTCGCAGATTTCTTATTTGAAGCAGAAGGATGAAGAGAATATTCGGTGCGAAGAAC
AACAAAGAGCCTCCTCCCTCCATCCAGGATGCCTCCGATCGGATCAATAAAAGAGGAGAA
TCGGTGGAAGATAAGGTTAAGAGGCTGGACGCTGAGCTCTGCAAATACAAAGACCAGATC
AAGAGGACCAGACCTGGTCCCGCTCAGGAAGCTATCAAAGCTCGTGCTATGCGAGTTCTC
AAGCAAAAGAAAATGTATGAAGGACAACGTGACATGCTGTACAATCAGACTTTCAACCTT
GATCAAGTTTCTTTTGCTGCTGAAGGCCTCAAAGATGCTCAACAAACTATGACAGCGTTG
AAATCTGCTAACAAGGAGTTGAAAGGAATGATGAAAACCGTCAAGATTCAAGATATTGAT
AATTTACGAGATGAGATGATGGACTTGATGGATGTGAGCTCTGAAATTCAAGATTCACTT
GGTAGGAGCTACAATGTTCCTGATGACATTGATGAAGATGACCTCATGGGGGAGCTGGAT
GCTCTTGAAGCTGACATGGGAAACGAGACTGAAGCAGACGGTGTGCCTTCCTATCTCCAA
CCCGATACTGAACCTGATCTCGATGAGGGACTTGACTTGCCTCCACCACCGACGGGGAGG
ACACAAACAACAGGAGCTCAGCCTGGACGAGCTCAGGCTGAGGATGAATGGGGTTTACCT
GCTGTACCACGTGCATCACTTCGGGGTTAAACCAAACGTTTTCACACACTTGCGTTTGTC
TGCATTCAAAGATTCATCTCCAAGCGATTTCACTTGTGAAAGTCTACTAACATTTTTATA
ATTCCCTTTCTCAATGTAATCATACATTCATCAGATTGATAGCTTCTAGAATCAAATGGA
CTGATCTTTCCATGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H816TF U 1
AF RR3AX13TF U 26
AF RR3DJ86TF U 26
AF RR3AX13JQ C 157
AF RR3DJ86JQ C 763
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GCTCTTGAAGCTGACATGGGAAACGAGACTGAAGCAG

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DS 

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GCCTCAAAGATGCTCAACAAACTATGACAGCGTTGAAATCTGCTAACAAGGAGTTGAAAG
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TGGACGCTGAGCTCTGCAAATACAAAGACCAGATCAAGAGGACCAGACCTGGTCCCGCTC
AGGAAGCTATCAAAGCTCGTGCTATGCGAGTTCTCAAGCAAAAGAAAATGTATGAAGGAC
AACGTGACATGCTGTACAATCAGACTTTCAACCTTGATCAAGTTTCTTTTGCTGCTGAAG
GCCTCAAAGATGCTCAACAAACTATGACAGCGTTGAAATCTGCTAACAAGGAGTTGAAAG
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TGATGGATGTGAGCTCTGAAATTCAAGATTCACTTGGTAGGAGCTACAATGTTCCTGATG
ACATTGATGAAGATGACCTCATGGGGGAGCTGGATGCTCTTGAAGCTGACATGGGAAACG
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AGGGACTTGACTTGCCTCCACCACC

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DS 

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GCTCAACAAACTATGACAGCGTTGAAATCTGCTAACAAGGAGTTGAAAGGAATGATGAAA
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AGCTCTGAAATTCAAGATTCACTTGGTAGGAGCTACAATGTTCCTGATGACATTGATGAA
GATGACCTCATGGGGGAGCTGGATGCTCTTGAAGCTGACATGGGAAACGAGACTGAAGCA
GACGGTGTGCCTTCCTATCTCCAACCCGATACTGAACCTGATCTCGATGAGGGACTTGAC
TTGCCTCCACCACCGACGGGGAGGACACAAACAACAGGAGCTCAGCCTGGACGAGCTCAG
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CGTTTTCACACACTTGTGTTTGTCTGCATTCAAAGATTCATCTCCAAGCGATTTCACTTG
TGAAAGTCTACTAACATTTTTATAATTCCCTTTCTCAATGTAATCATACATTCA
GC

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DS 

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CACACACTTGCGTTTGTCTGCATTCAAAGATTCATCTCCAAGCGATTTCACTTGTGAAAG
TCTACTAACATTTTTATAATTCCCTTTCTCAATGTAATCATACATTCATCAGATTGATAG
CTTCTAGAATCAAATGGACTGATCTTTCCATGGC

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DS 



AS 1 4

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TTAAACTTATATTTAGAATGAGAGAATTAAAGCAAACAAAGTAATAGAGAAAAACAATTG
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GTAATACGCCATTTGTCTAGATGACATAAAAGGAGAGGAAGCAACAGGTTTCTTCTTAGT
CTTCTTCTCCACTTTGGTTTCAGACCGAAGCCAATTCTCAACCACAGAGAGCAAATTCGG
TGACGTTTCTAAATCCTTGATCTCCTTCAGTTTAGCAGAGAGCTTCAGCTCTCCTCCATG
GATATAGGCCAAATGACTAGCCCATGTCTCTAGTCCGTCGAAAATATGCGTTGCGTATAC
AATTGTAGCTCCTCTCTGTTCACATTCTTCTTTGAAGAATTCCAACAAGTCCATCCTAGC
AACAACGTCGAGGTCAACAGTGACCTCATCCAGTAACAGTACCTTGAATGGAAGTAAAAG
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AAGGTTGATATCAAGAAGATCAATCAGTTTCTCTCTTCTCTCAGGATCAATCCCTTCAAC
TCCGAATACCATATGCTCTGCTGAGAAATCACCCTGGAGAGGAATCTCACCAGCAGAACC
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TCCTGCTAGAATCTTCAACAATGTCGTCTTCCCAGATCCATTAGCACCAACCAAGAGGCA
ACGAGATCCGGCGGGGAGATCGAGGCTGAAATCGAAGAATATAGC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER43JQ U 11
AF RR3AF37JQ U 6
AF RR3DS26JQ U 1
AF RR3ER43TF C 319
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RD RR3ER43JQ 671 0 0
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AAATCCTTGATCTCCTTCAGTTTAGCAGAAAGCTTCAGCTCTCCTCCATGGATATAGGCC
AAATGACTAGCCCATGTCTCTAGTCCGTCGAAAATATGCGTTGCGTATACAATTGTAGCT
CCTCTCTGTTCACATTCTTCTTTGAAGAATTCCAACAAGTCCATCCTAGCAACAACGTCG
AGGTCAACAGTGACCTCATCCAGTAACAGTACCTTGAATGGAAGTAAAAGACCCATGCAT
ATTTGCACACGACGCCTCTGCCCATCAGAAACCTTGTGCATACGCCGCTTAAGGTTGATA
TCAAGAAGATCAATCAGTTTCTCTCTTCTCTCAGGATCAATCCCTTCAACTCCGAATACC
ATATGCTCTGC

QA 1 671 1 671
DS 

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GCGAA
GGCGTGTATTATCTGATTTATATCCAAACCTAAGTCTGTTACATCTTAGTTTAAACTTAT
ATTTAGAATGAGAGAATTAAAGCAAACAAAGTAATAGAGAAAAACAATTGCAAATGTGAA
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ATTTGTCTAGATGACATAAAAGGAGAGGAAGCAACAGGTTTCTTCTTAGTCTTCTTCTCC
ACTTTGGTTTCAGACCGAAGCCAATTCTCAACCACAGAGAGCAAATTCGGTGACGTTTCT
AAATCCTTGATCTCCTTCAGTTTAGCAGAGAGCTTCAGCTCTCCTCCATGGATATAGGCC
AAATGACTAGCCTATGTCTCTAGTCCGTCGAAAATATGCGTTGCGTATACAATTGTAGCT
CCTCTCTGTTCACATTCTTCTTTGAAGAATTCCAACAAGTCCATCCTAGCAACAACGTCG
AGGTCAACAGTGACCTCATCCAGTAACAGTACCTTGAATGGAAGTAAAAGACCCATGCAT
ATTTGCACACGACGCCTCTGCCCATCAGAAACCTTGTGCATACGCCACTTAAGGTTGATA
TCAAGAAGATCAATCAGTTTCTCTCTTCTCTCAGGATCAATCCCTTCAACTCCGAATACC
ATATGCTCTGCTGAGAAATCACCCTGGAGAGGAATCTCACCAGCAGAACCAGCGGTTTTG
CTCCAAGAGCCTCCAAGGTAAGACAAGTCACCACTACAGAC

QA 6 766 6 766
DS 

RD RR3DS26JQ 809 0 0
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TTAAACTTATATTTAGAATGAGAGAATTAAAGCAAACAAAGTAATAGAGAAAAACAATTG
CAAATGTGAAAAACTCTTATTCTTACTGATGATCTCTCAAAAGATGTTGAGATTTCATCG
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CTTCTTCTCCACTTTGGTTTCAGACCGAAGCCAATTCTCAACCACAGAGAGCAAATTCGG
TGACGTTTCTAAATCCTTGATCTCCTTCAGTTTAGCAGAGAGCTTCAGCTCTCCTCCATG
GATATAGGCCAAATGACTAGCCCATGTCTCTAGTCCGTCGAAAATATGCGTTGCGTATAC
AATTGTAGCTCCTCTCTGTTCACATTCTTCTTTGAAGAATTCCAACAAGTCCATCCTAGC
AACAACGTCGAGGTCAATAGTGACCTCATCCAGTAACAGTACCTTGAATGGAAGTAAAAG
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AAGGTTGATATCAAGAAGATCAATCAGTTTCTCTCTTCTCTCAGGATCAATCCCTTCAAC
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AGCGGTTTTGCTCCAAGAGCCTCCA*GGTAAGACGAGTCACCACTACAGACAAG*TCTGT
GTCGTGAAA*GCAGAGCGAT
CAGACTGCA

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3ER43TF 627 0 0
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AGCCCATGTCTCTAGTCCGTCGAAAATATGCGTTGCGTATACAATTGTAGCTCCTCTCTG
TTCACATTCTTCTTTGAAGAATTCCAACAAGTCCATCCTAGCAACAACGTCGAGGTCAAC
AGTGACCTCATCCAGTAACAGTACCTTGAATGGAAGTAAAAGACCCATGCATATTTGCAC
ACGACGCCTCTGCCCATCAGAAACCTTGTGCATACGCCGCTTAAGGTTGATATCAAGAAG
ATCAATCAGTTTCTCTCTTCTCTCAGGATCAATCCCTTCAACTCCGAATACCATATGCTC
TGCTGAGAAATCACCCTGGAGAGGAATCTCACCAGCAGAACCAGCGGTTTTGCTCCAAGA
GCCTCCAAGGTAAGACAAGTCACCACTACAGACAAGGTCTGTGTCGTGAAAAGCAGAGCG
ATTCAGGACCTGCACAATGTTCTTCCCTCCAACCATATGCTTTCCTGCTAGAATCTTCAA
CAATGTCGTCTTCCCAGATCCATTAGCACCAACCAAGAGGCAACGAGATCCGGCGGGGAG
ATCGAGGCTGAAATCGAAGAATATAGC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 7

CO CL949Contig1 1207 7 8 U
AGGGGACGCCATCGTCACTCTCCCCTGCTCTGCTCCGTATACTGCAACAGCTTTTCCCCC
TAAAGAAACAATCAATCATCATGGTTAAAGGTCCAGGACTCTACACCGAAATCGGCAAAA
AGGCCAGAGATCTTCTGTACAAGGACTACCAAGGAGACCAGAAACTCAGCATCACCACTT
ACTCTTCCACCGGTGTTGCAA*TCACTACCACTGGAACAAACAAGGGAGATTTGTTTGTG
GGGGATGTATCTACCCAAGTCAAGAACAAGAACTTCACTGCTGATATCAAAGTCGCCACT
GACTCTTCTCTGCTGACCACTTTCACCTATGATGAGGCCACCCCTGGTTTGAAGGCAATC
GTCAGCGCCAAGGTGCCTGATCAGAAATCTGGCAAGGTTGAGCTCCAGTATCTGCACGAC
TATGCTGGTATCTGCACCAGTGTTGGTTTGACAGCTAGCCCCATTGTCAATTTCTCCGGT
GTGGTTGGAAACAACGTCTTGGCTCTTGGTACCGATGTTTCCTTCAACACCCAGTCTGGG
GATTTCAAGCATTTCAATGCTGGTTTCAGTTTCACCAAGGACGATTTGATTGCTTCTCTT
ACTCTGAATGACAAGGGTGACAAACTGAATGCGTCGTACTACCACACCGTGAACCCGTCG
AGCAACACAGTGGTTGGAGCTGAGGTTACACACAGCTTCACTACCCAAAAGAACGCCATA
ACCGTTGGTGCTCAGCATGCTCTTGACCCATTGACCACAGTGAAGGCACGTGTGAACAAT
GATGGTTTAGCCAACGCTTTGATCCAACACCAGTGGCGTCCAAAGTCGTTCATCACCATT
TCTGGAGAGGTTGACTCTAGGGCCATCGAGAAGAGTGCCAAGGTTGGGTTTGCTCTCGCT
CTCAAGCCTTGAGAAGAATCAAGCATCCAAATGAGGACCTTGAGGAGGGGGTAGCTTAGT
TTTTTCATCTCCTTGGTTTTCTAATCTTTTGGACTAATCTCTCTGCCTGGTTTTGCTTTA
AAATCTTTCATTTGTTTTCTGTTTTCTTTGAATCGGTGTTGGGATTTGTAGCAAAAAAAA
AAAACTATTAAAAGGATCGTCTTGAAGAACATTTCGAATCTCTTTCCTAATTATTGTTTC
AATGCTCTGCTAAAACTATGTTCCACTCGATTTGGTTATCTGAGAGATTCTATACGGGTC
TGCTTCG


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3FA62TF U 4
AF RR3EZ46TF U 4
AF RR3GQ95TF U 4
AF RR3GU26TF U 1
AF RR3FA62JQ C 627
AF RR3GU26JQ C 403
AF RR3EZ46JQ C 392
BS 1 66 RR3GU26TF
BS 67 67 RR3EZ46TF
BS 68 338 RR3GU26TF
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BS 341 674 RR3GU26TF
BS 675 675 RR3GQ95TF
BS 676 782 RR3GU26TF
BS 783 1207 RR3EZ46JQ

RD RR3FA62TF 570 0 0
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QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3EZ46TF 618 0 0
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CCAGAGATCTTCTGTACAAGGACTACCAAGGAGACCAGAAACTCAGCATCACCACTTACT
CTTCCACCGGTGTTGCAA*TCACTACCACTGGAACAAACAAGGGAGATTTGTTTGTGGGG
GATGTATCTACCCAAGTCAAGAACAAGAACTTCACTGCTGATATCAAAGTCGCCACTGAC
TCTTCTCTGCTGACCACTTTCACCTATGATGAGGCCACCCCTGGTTTGAAGGCAATCGTC
AGCGCCAAGGTGCCTGATCAGAAATCTGGCAAGGTTGAGCTCCAGTATCTGCACGACTAT
GCTGGTATCTGCACCAGTGTTGGTTTGACAGCTAGCCCCATTGTCAATTTCTCCGGTGTG
GTTGGAAACAACGTCTTGGCTCTTGGTACCGATGTTTCCTTCAACACCCAGTCTGGGGAT
TTCAAGCATTTCAATGCTGGTTTCAGTTTCACCAAAGACGATTTGATTGCTTCTCTTACT
CTGAATGACAAGGGTGAC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3GQ95TF 756 0 0
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AGAAACAATCAATCATCATGGTTAAAGGTCCAGGACTCTACACCGAAATCGGCAAAAAGG
CCAGAGATCTTCTGTACAAGGACTACCAAGGAGAGCAGAAACTCAGCATCACCACTTACT
CTTCCACCGGTGTTGCAAATCACTACCACTGGAACAAACAAGGGAGATTTGTTTGTGGGG
GATGTATCTACCCAAGTCAAGAACAAGAACTTCACTGCTGATATCAAAGTCGCCACTGAC
TCTTCTCTGCTGACCACTTTCACCTATGATGAGGCCACCCCTGGTTTGAAGGCAATCGTC
AGCGCCAAGTTGCCTGATCAGAAATCTGGCAAGGTTGAGCTCCAGTATCTGCACGACTAT
GCTGGTATCTGCACCAGTGTTGGTTTGACAGCTAGCCCCATTGTCAATTTCTCCGGTGTG
GTTGAGAACAACGTCTTGGCTCTTGGTACCGATGTTTCCTTCAACACCCAGTCCGGCGAT
TTCAAGCATTTCAATGCTGGTTTCAGTTTCACCAAGGACGATTTGATTGCTTCTCTTACT
CTGAATGACAAGGGTGACAAACTGAATGCGTCGTACTACCACACCGTGAACCCGTCGAGC
AACACAGTGGTTGGAGCTGAGGTTACACACAGCTTCACTACCCAAAAGAACGCCATAACC
GTTGGTGCTCAGCATGCTCTTGACC*ATTGACCACA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3GU26TF 782 0 0
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TAAAGAGACAATCAATCATCATGGTTAAAGGTCCAGGACTCTACACCGAAATCGGCAAAA
AGGCCAGAGATCTTCTGTACAAGGACTACCAAGGAGACCAGAAACTCAGCATCACCACTT
ACTCTTCCACCGGTGTTGCAA*TCACTACCACTGGAACAAACAAGGGAGATTTGTTTGTG
GGGGATGTATCTACCCAAGTCAAGAACAAGAACTTCACTGCTGATATCAAAGTCGCCACT
GACTCTTCTCTGCTGACCACTTTCACCTATGATGAGGC**CCCCTGGTTTGAAGGCAATC
GTCAGCGCCAAGGTGCCTGATCAGAAATCTGGCAAGGTTGAGCTCCAGTATCTGCACGAC
TATGCTGGTATCTGCACCAGTGTTGGTTTGACAGCTAGCCCCATTGTCAATTTCTCCGGT
GTGGTTGGAAACAACGTCTTGGCTCTTGGTACCGATGTTTCCTTCAACACCCAGTCTGGG
GATTTCAAGCATTTCAATGCTGGTTTCAGTTTCACCAAGGACGATTTGATTGCTTCTCTT
ACTCTGAATGACAAGGGTGACAAACTGAATGCGTCGTACTACCACACCGTGAACCCGTCG
AGCAACACAGTGGTCGGAGCTGAGGTTACACACAGCTTCACTACCCAAAAGAACGCCATA
ACCGTTGGTGCTCAGCATGCTCTTGACCCATTGACCACAGTGAAGGCACGTGTGAACAAT
GA

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3FA62JQ 478 0 0
GAATGCGTCGTACTACCACACCGTGAACCCGTCGAGCAACACAGTGGTTGGAGCTGAGGT
TACACACAGCTTCACTACCCAAAAGAACGCCATAACCGTTGGTGCTCAGCATGCTCTTGA
CCCATTGACCACAGTGAAGGCACGTGTGAACAATGATGGTTTAGCCAACGCTTTGATCCA
ACACCAGTGGCGTCCAAAGTCGTTCATCACCATTTCTGGAGAGGTTGACTCTAGGGCCAT
CGAGAAGAGTGCCAAGGTTGGGTTTGCTCTCGCTCTCAAGCCTTGAGAAGAATCAAGCAT
CCAAATGAGGACCTTGAGGAGGGGGTAGCTTAGTTTTTTCATCTCCTTGGTTTTCTAATC
TTTTGGACTAATCTTTCTGCCTGGTTTTGCTTTAAAATCTTTCATTTGTTTTCTGTTTTC
TTTGAATCGGTGTTGGGATTTGTAGCAAAAAAAAAAA*CTATTAAAAGGATCGTCTTG

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3GU26JQ 767 0 0
CTCCAGTATCTGCACGACTATGCTGGTATCTGCACCAGTGTTGGTTTGACAGCTAGCCCC
ATTGTCAATTTCTCCGGTGTGGTTGGAAACAACGTCTTGGCTCTTGGTACCGATGTTTCC
TTCAACACCCAGTCTGGGGATTTCAAGCATTTCAATGCTGGTTTCAGTTTCACCAAGGAC
GATTTGATTGCTTCTCTTACTCTGAATGACAAGGGTGACAAACTGAATGCGTCGTACTAC
CACACCGTGAACCCGTCGAGCAACACAGTGGTCGGAGCTGAGGTTACACACAGCTTCACT
ACCCAAAAGAACGCCATAACCGTTGGTGCTCAGCATGCTCTTGACCCATTGACCACAGTG
AAGGCACGTGTGAACAATGATGGTTTAGCCAACGCTTTGATCCAACACCAGTGGCGTCCA
AAGTCGTTCATCACCATTTCTGGAGAGGTTGACTCTAGGGCCATCGAGAAGAGTGCCAAG
GTTGGGTTTGCTCTCGCTCTCAAGCCTTGAGAAGAATCAAGCATCCAAATGAGGACCTTG
AGGAGGGGGTAGCTTAGTTTTTTCATCTCCTTGGTTTTCTAATCTTTTGGACTAATCTCT
CTGCCTGGTTTTGCTTTAAAATCTTTCATTTGTTTTCTGTTTTCTTTGAATCGGTGTTGG
GATTTGTAGCAAAAAAAAAAAACTATTAAAAGGATCGTCTTGAAGAACATTTCGAATCTC
TTTCCTAATTATTGTTTCAATGCTCTGCTAAAACTATGTTCCACTCG

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3EZ46JQ 816 0 0
GGCAAGG
TGAGCTCCAGTATCTGCACGACTATGCTG*TATCTGCACCAGTGTTGGTTTGACAGCTAG
CCCCATTGTCAATTTCTCCGGTGTGGTTGGAAACAACGTCTTGGCTCTTGGTACCGATGT
TTCCTTCAACACCCAGTCTGGGGATTTCAAGCATTTCAATGCTGGTTTCAGTTTCACCAA
GGACGATTTGATTGCTTCTCTTACTCTGAATGACAAGGGTGACAAACTGAATGCGTCGTA
CTACCACACCGTGAACCCGTCGAGCAACACAGTGGTTGGAGCTGAGGTTACACACAGCTT
CACTACCCAAAAGAACGCCATAACCGTTGGTGCTCAGCATGCTCTTGACCCATTGACCAC
AGTGAAGGCACGTGTGAACAATGATGGTTTAGCCAACGCTTTGATCCAACACCAGTGGCG
TCCAAAGTCGTTCATCACCATTTCTGGAGAGGTTGACTCTAGGGCCATCGAGAAGAGTGC
CAAGGTTGGGTTTGCTCTCGCTCTCAAGCCTTGAGAAGAATCAAGCATCCAAATGAGGAC
CTTGAGGAGGGGGTAGCTTAGTTTTTTCATCTCCTTGGTTTTCTAATCTTTTGGACTAAT
CTCTCTGCCTGGTTTTGCTTTAAAATCTTTCATTTGTTTTCTGTTTTCTTTGAATCGGTG
TTGGGATTTGTAGCAAAAAAAAAAAACTATTAAAAGGATCGTCTTGAAGAACATTTCGAA
TCTCTTTCCTAATTATTGTTTCAATGCTCTGCTAAAACTATGTTCCACTCGATTTGGTTA
TCTGAGAGATTCTATACGGGTCTGCTTCG

QA 8 816 8 816
DS 



AS 2 4

CO CL950Contig1 834 2 2 U
GGGTCAGAACTCTTGGGTTGGTAAAGGTGGTGCCTTCACCGGCGAAATCAGCGTGGAACA
GCTCAAAGACATTGGCTGCAAGTGGGTCATTCTTGGCCATTCCGAAAGGAGGCATGTCAT
CGGAGAAAAGGATGAGTTTATCGGGAAGAAAGCTGCTTACGCGTTGAGTGAGGGTCTTGG
AGTAATAGCTTGTATCGGGGAGAAGCTTGAAGAGAGGGAAGCTGGCAAGGCTTTTGATGT
TTGCTGCGACCAATTAAAGGCCTTTGCTGATGCGGTGCCTAGCTGGGACAAGGTAGTGGT
TGCATACGAGCCAGTATGGGCGATTGGAACTGGCAAAGTTGCATCTCCTCAGCAAGCACA
GGAAGTCCATGTAGCTGTCCGTGATTGGCTCAAGAAGAATGTCTCTGAAGAAGTTGCTTC
CAAAACAAGGATCATATACGGAGGTTCTGTCAATGGAGGCAACTGTGCTGAGCTTGCCAA
AGAAGAAGACATTGATGGTTTTCTTGTCGGCGGTGCCTCCTTGAAGGGACCTGAGTTGCG
ACCATTGTGAACTCAGTCACGTCAAAGAAAGTTGCTGCTTGATTGACAACTTTCCGCACG
TCTCCATGGAACGAATGAGATGATGAAATAAAAGGGGAGGTTTGGGGAGCTTGTTGTTTT
TGTGTTCTTAGTTGTTCTTGAACTAATAATGAAAAAAAACAAAAATTGATTCATGAGTTC
TGGTTTTGAACGAAGTTTAGTTTTCGGCGAGAAAATGGGTCTTTGGTTTAAGATCTTTCT
TGTAACTTATAAAGTGATTACACTATTTACTTGTGAATTCAAGAGTCCTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AI26TF U 1
AF RR3AI26JQ C 123
BS 1 751 RR3AI26TF
BS 752 834 RR3AI26JQ

RD RR3AI26TF 751 0 0
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GCTCAAAGACATTGGCTGCAAGTGGGTCATTCTTGGCCATTCCGAAAGGAGGCATGTCAT
CGGAGAAAAGGATGAGTTTATCGGGAAGAAAGCTGCTTACGCGTTGAGTGAGGGTCTTGG
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TTGCTGCGACCAATTAAAGGCCTTTGCTGATGCGGTGCCTAGCTGGGACAAGGTAGTGGT
TGCATACGAGCCAGTATGGGCGATTGGAACTGGCAAAGTTGCATCTCCTCAGCAAGCACA
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CAAAACAAGGATCATATACGGAGGTTCTGTCAATGGAGGCAACTGTGCTGAGCTTGCCAA
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ACCATTGTGAACTCAGTCACGTCAAAGAAAGTTGCTGCTTGATTGACAACTTTCCGCACG
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TGTGTTCTTAGTTGTTCTTGAACTAATAATGAAAAAAAACAAAAATTGATTCATGAGTTC
TGGTTTTGAACGAAGTTTAGTTTTCGGCGAG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3AI26JQ 712 0 0
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TAATAGCTTGTATCGGGGAGAAGCTTGAAGAGAGGGAAGCTGGCAAGGCTTTTGATGTTT
GCTGCGACCAATTAAAGGCCTTTGCTGATGCGGTGCCTAGCTGGGACAAGGTAGTGGTTG
CATACGAGCCAGTATGGGCGATTGGAACTGGCAAAGTTGCATCTCCTCAGCAAGCACAGG
AAGTCCATGTAGCTGTCCGTGATTGGCTCAAGAAGAATGTTTCTGAAGAAGTTGCTTCCA
AAACAAGGATCATATACGGAGGTTCTGTCAATGGAGGCAACTGTGCTGAGCTTGCCAAAG
AAGAAGACATTGATGGTTTTCTTGTCGGCGGTGCCTCCTTGAAGGGACCTGAGTTGCGAC
CATTGTGAACTCAGTCACGTCAAAGAAAGTTGCTGCTTGATTGACAACTTTCCGCACGTC
TCCATGGAACGAATGAGATGATGAAATAAAAGGGGAGGTTTGGG*AGCTTGTTGTTTTTG
TGTTTTTAGTTGTTCTTGAACTAATAATGAAAAAAAACAAAAATTGATTCATGAGTTCTG
GTTTTGAAGGAAGTTTAGTTTTCGGCGAGAAAATGGGTCTTTGGTTTAAGATCTTTCTTG
TAACTTATAAAGTGATTACACTATTTACTTGTGAATTCAAGAGTCCTTTTCC

QA 1 712 1 712
DS 



CO CL950Contig2 202 2 3 U
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TTGTTCTTGAACTAATAATGAAAAAAACAAAAATTGATTCATGAGCTCTGGTTTGAAGGA
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GTGATTACACTTTTTACTTGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3EO91JQ C 1
AF RR3EO91TF U 1
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GTGATTACACTTTTTACTTGCG

QA 1 202 1 202
DS 

RD RR3EO91TF 202 0 0
GGTAATACAATAAAAAAGA
AAAAAGGGAGGTTGGCGAGCTTGTTGTTGTTGTGTTCTTAGTTGTTCTTGAACTAATAAT
GAAAAAAACAAAAATTGATTCATGAGCTCTGGTTTGAAGGAAGTTTAGTTTTCGGCGAGA
TAAAGGGTCTTTGGTTTAAGATCTTTCTTGTAACTTATAAAGTGATTACACTTTTTACTT
G
CG

QA 20 200 20 200
DS 



AS 1 7

CO CL951Contig1 592 7 12 U
CGTTCAAAGATCAGTTTATTCATATAACATCCCCCTCCTTTTGATAAAACAGCAGATAAC
AAGTATGAGATCATTAAAAAAAA*GGCAGAATGCCATAAGCATCCCCCTGATTCAACATG
ATAGATTAGGGGGTAGAGTAGCAAATCATCGTCTTAAACAAACATAAAAGATAGATAAAT
TTTCAGGAAAGTTACTTCTTTAAGCTCCCCCTGATTCCAGGTTTAGGTTTGGACTCGGCT
ACAGGAGCTAAAACAGCATGGAGATTCACGAGCTTGGATTCTTCATAAGGGATCTTCGGA
TGCTTCGACTCGTGATGGATCTGCATGGTCTTGAGATCCGGAGCTGTGATTTTGCAGTGA
GGACACTCGAACTTAGCGTGACCACCTTTCTCTTTCCCGGTCCGATCGGCTATTCCCGCC
TTTCCTCCGCCTCTGTTGGTCAACGCAGCATCGATCTTGGCTTGAATCTCCTTAGCTGTA
TGCTTCTTTGGCTTCGCCTTACCAGTCATCTTCGGTGGTGGTGGCGGCGGCGACTAAGGG
AGAAGCCCTAGCCCTAACCTTAGTTGTGTTCCACTTCTGACCAAGACAACCC


BQ
10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 10 

AF RR3AY09JQ U 1
AF RR3AY09TF C 1
AF RR3CO76JQ U 1
AF RR3C112JQ U 5
AF RR3GE46JQ U 43
AF RR3GE46TF C 43
AF RR3C112TF C 5
BS 1 54 RR3AY09JQ
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BS 85 283 RR3AY09JQ
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BS 285 495 RR3AY09JQ
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BS 564 591 RR3AY09JQ
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RD RR3AY09JQ 591 0 0
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AAGTATGAGATCATTAAAAAAAAAGGCAGAATGCCATAAGCATCCCCCTGATTCAACATG
ATAGATTAGGGGGTAGAGTAGCAAATCATCGTCTTAAACAAACATAAAAGATAGATAAAT
TTTCAGGAAAGTTACTTCTTTAAGCTCCCCCTGATTCCAGGTTTAGGTTTGGACTCGGCT
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TGCTTCGACTCGTGATGGATCTGCATGGTCTTGAGATCCGGAGCTGTGATTTTGCAGTGA
GGACACTCGAACTTAGCGTGACCACCTTTCTCTTTCCCGGTCCGATCGGCTATTCCCGCC
TTTCCTCCGCCTCTGTTGGTCAACGCAGCATCGATCTTGGCTTGAATCTCCTTAGCTGTA
TGCTTCTTTGGCTTCCCCTTACCAGTCATCTTCGGTGGTGGTGGCGGCGGCGACTAAGGG
AGAAGCCCTAGCCCTAACCTTAATTGTGTTCCACTTCTGACCAAGACAACC

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3AY09TF 591 0 0
CGTT
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ATTAGGGGGTAGAGTAGCAAATCATCGTCTTAAACAAACATAAAAGATAGATAAATTTTC
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GAGCTAAAACAGCATGGAGATTCACGAGCTTGGATTCTTTATAAGGGATCTTCGGATGCT
TCGACTCGTGATGGATCTGCATGGTCTTGAGATCCGGAGCTGTGATTTTGCAGTGAGGAC
ACTCGAACTTAGCGTGACCACCTTTCTCTTTCCCGGTCCGATCGGCTATTCCCGCCTTTC
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TCTTTGGCTTCGCCTTACCAGTCATCTTCGGTGGTGGTGGCGGCGGCGACTAAGGGAGAA
GCCCTAGCCCTAACCTTAATTGTGTTCCACTTCTGACCAAGACAACC

QA 5 591 5 591
DS 

RD RR3CO76JQ 591 0 0
CGTT
CAAAGATCAGTTTATTCATATAACATCCCCCTCCTTTTGATAAAACAGCAGATAACAAGT
ATGAGATCATTAAAAAAAAAGGCAGAATGCCATAAGCATCCCCCTGATTCAACATGATAG
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GAGCTAAAACAGCATGGAGATTCACGAGCTTGGATTCTTTATAAGGGATCTTCGGATGCT
TCGACTCGTGATGGATCTGCATGGTCTTGAGATCCGGAGCTGTGATTTTGCAGTGAGGAC
ACTCGAACTTAGCGTGACCACCTTTCTCTTTCCCGGTCCGATCGGCTATTCCCGCCTTTC
CTCCGCCTCTGTTGGTCAACGCAGCATCGATCTTGGCTTGAATCTCCTTAGCTGTATGCT
TCTTTGGCTTCGCCTTACCAGTCATCTTCGGTGGTGGTGGCGGCGGCGACTAAGGGAGAA
GCCCTAGCCCTAACCTTAATTGTGTTCCACTTCTGACCAAGACAACC

QA 5 591 5 591
DS 

RD RR3C112JQ 588 0 0
CAAAGATCAGTTTATTCATATAACATCCCCCTCCTTTTGATAAAACAGCAGATAACAAGT
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AGGAAAGTTACTTCTTTAAGCTCCCCCTGATTCCAGGTTTAGGTTTGGACTCGGCTACAG
GAGCTAAAACAGCATGGAGATTCACGAGCTTGGATTCTTCATAAGGGATCTTCGGATGCT
TCGACTCGTGATGGATCTGCATGGTCTTGAGATCCGGAGCTGTGATTTTGCAGTGAGGAC
ACTCGAACTTAGCGTGACCACCTTTCTCTTTCCCGGTCCGATCGGCTATTCCCGCCTTTC
CTCCGCCTCTGTTGGTCAACGCAGCATCGATCTTGGCTTGAATCTCCTTAGCTGTATGCT
TCTTTGGCTTCGCCTTACCAGTCATCTTCGGTGGTGGTGGCGGCGGCGACTAAGGGAGAA
GCCCTAGCCCTAACCTTAGTTGTGTTCCACTTCTGACCAAGACAACCC

QA 1 588 1 588
DS 

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GC
TAAAACAGCAGATAACAAGTATGAGATCATTAAAAAAAA*GGCAGAATGCCATAGGCATC
CCCCTGATTCAACATGATAGATTAGGGGGTAGAGTAGCAAATCATCGTCTTAAACAAACA
TAAAAGATAGATAAATTTTCAGGAAAGTTACTTCTTTAAGCTCCCCCTGATTCCAGGTTT
AGGTTTGGACTCGGCTACAGGAGCTAAAACAGCATGGAGATTCACGAGCTTGGATTCTCC
ATAAGGGATCTTCGGATGCTTCGACTCGTGATGGATCTGCATGGTCTTGAGATCCGGAGC
TGTGATTTTGCAGTGAGGACACTCGAACTTAGCGTGACCACCTTTCTCTTTCCCGGTCCG
ATCGGCTATTCCCGCCTTTCCTCCGCCTCTGTTGGTCAACGCAGCATCGATCTTGGCTTG
AATCTCCTTAGCTGTATGCTTCTTTGGCTTCGCCTTACCAGTCATCTTCGGTGGTGGTGG
CGGCGGCGACTAAGGGAGAAGCCCTAGCCCTAACCTTAGTTGTGTTCCACTTCTGACCAA
G
CC

QA 3 543 3 543
DS 

RD RR3GE46TF 545 0 0
GC
TAAAACAGCAGATAACAAGTATGAGATCATTAAAAAAAA*GGCAGAATGCCATAGGCATC
CCCCTGATTCAACATGATAGATTAGGGGGTAGAGTAGCAAATCATCGTCTTAAACAAACA
TAAAAGATAGATAAATTTTCAGGAAAGTTACTTCTTTAAGCTCCCCCTGATTCCAGGTTT
AGGTTTGGACTCGGCTACAGGAGCTAAAACAGCATGGAGATTCACGAGCTTGGATTCTCC
ATAAGGGATCTTCGGATGCTTCGACTCGTGATGGATCTGCATGGTCTTGAGATCCGGAGC
TGTGATTTTGCAGTGAGGACACTCGAACTTAGCGTGACCACCTTTCTCTTTCCCGGTCCG
ATCGGCTATTCCCGCCTTTCCTCCGCCTCTGTTGGTCAACGCAGCATCGATCTTGGCTTG
AATCTCCTTAGCTGTATGCTTCTTTGGCTTCGCCTTACCAGTCATCTTCGGTGGTGGTGG
CGGCGGCGACTAAGGGAGAAGCCCTAGCCCTAACCTTAGTTGTGTTCCACTTCTGACCAA
G
CC

QA 3 543 3 543
DS 

RD RR3C112TF 588 0 0
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ATGAGATCATTAAAAAAAA*GGCAGAATGCCATAAGCATCCCCCTGATTCAACATGATAG
ATTAGGGGGTAGAGTAGCAAATCATCGTCTTAAACAAACATAAAAGATAGATAAATTTTC
AGGAAAGTTACTTCTTTAAGCTCCCCCTGATTCCAGGTTTAGGTTTGGACTCGGCTACAG
GAGCTAAAACAGCATGGAGATTCACGAGCTTGGATTCTTCATAAGGGATCTTCGGATGCT
TCGACTCGTGATGGATCTGCATGGTCTTGAGATCCGGAGCTGTGATTTTGCAGTGAGGAC
ACTCGAACTTAGCGTGACCACCTTTCTCTTTCCCGGTCCGATCGGCTATTCCCGCCTTTC
CTCCGCCTCTGTTGGTCAACGCAGCATCGATCTTGGCTTGAATCTCCTTAGCTGTATGCT
TCTTTGGCTTCGCCTTACCAGTCATCTTCGGTGGTGGTGGCGGCGGCGACTAAGGGAGAA
GCCCTAGCCCTAACCTTAGTTGTGTTCCACTTCTGACCAAGACAACC
C

QA 1 587 1 587
DS 



AS 2 6

CO CL952Contig1 768 3 7 U
ATGACCAAAAGCCTCTTCCAGCTCCGGCACAGGATCAAGCCTCCCCGGGGAAACCGAAGG
ATCCTTCACAATCTGTCGAATCTCTGACTTTTCACCAAATAAACTATACTTTAAAAACGC
AACAACGATCCCACCCACAAAACTCCTCATCTCACTCTTTTTGCGTTTTCCGTTCTTACA
CATACAACCTGCCATAAACCCGACAAAACCAGGCAAATTATCGTCCAACATATCCATATG
TCCGTAATCCGCAGCCACGAAATGTCCCTTCGTAGGCTTACACTCATTAAAAAACTCCAC
ATGGTTCACTTCCGCTGGTGCGCATGGGGGCATCAACATGTTACTCTTCGGTCCGAGACC
CGTACCGATCACAGCAACCGGTATGTCCAGGTCGAACGATTCCGGTTTGTAAGTTAAGAT
TTCCGGCTCGGTTCTCATGCATTTGCTGACTCCTGCAACTGGATCTATTCCTACAAGAGC
TGAAAACTTGATGGATGGGTCTAGTGTTGCGAAGATAGAATCCATGGAAGAATAAGACGA
CGGGGTAAGTTCCGGCGACGGTTGGGGAGGTGATTATTACAGGCTTTGGAGGTGCGGTCA
AATCGTTTGCCAATGGATCTGCGGGGATCACGGTTGTTGGAAGGCTGCCTTTCTCAAACT
CCAAAGGAGTTGCCGCCGAGTAAAACGTTTCATTCTCCTCCTTCCCCGCCATTTGCATTA
TATTGGGAAAAGAGTGTGTTAAGACGTATGATTTATTGAAATGTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A776JQ U 1
AF RR3B734JQ U 226
AF RR3A776TF C 60
BS 1 132 RR3A776JQ
BS 133 133 RR3A776TF
BS 134 250 RR3A776JQ
BS 251 335 RR3B734JQ
BS 336 336 RR3A776TF
BS 337 392 RR3B734JQ
BS 393 768 RR3A776TF

RD RR3A776JQ 250 0 0
ATGACCAAAAGCCTCTTCCAGCTCCGGCACAGGATCAAGCCTCCCCGGGGAAACCGAAGG
ATCCTTCACAATCTGTCGAATCTCTGACTTTTCACCAAATAAACTATACTTTAAAAACGC
AACAACGATCCCCCCCACAAAACTCCTCATCTCACTCTTTTTGCGTTTTCCGTTCTTACA
CATACAACCTGCCATAAACCCGACAAAACCAGGCAAATTATCGTCCAACATATCCATATG
TCCGTAATCC

QA 1 250 1 250
DS 

RD RR3B734JQ 167 0 0
CAACATATCCATATGTCCGTAATCCGCAGCCACGAAATGTCCCTTCGTAGGCTTACACTC
ATTAAAAAACTCCACATGGTTCACTTCCGCTGGTGCGCATGGGGGCATCAGCATGTTACT
CTTCGGTCCGAGACCCGTACCGATCACAGCAACCGGTATGTCCAGGT

QA 1 167 1 167
DS 

RD RR3A776TF 709 0 0
GGATCTT
CACAATCTGTCGAATCTCTGACTTTTCACCAAATAAACTATACTTTAAAAACGCAACAAC
GATCCCACCCACAAAACTCCTCATCTCACTCTTTTTGCGTTTTCCGTTCTTACACATACA
ACCTGCCATAAACCCGACAAAACCAGGCAAATTATCGTCCAACATATCCATATGTCCGTA
ATCCGCAGCCACGAAATGTCCCTTCGTAGGCTTACACTCATTATAAAACTCCACATGGTT
CACTTCCGCTGGTGCGCATGGTGGCATCAACATGTTACTCTTCGGTCCGAGACCCGTACC
GATCACAGCAACCGGTATGTCCAGGTCGAACGATTCCGGTTTGTAAGTTAAGATTTCCGG
CTCGGTTCTCATGCATTTGCTGACTCCTGCAACTGGATCTATTCCTACAAGAGCTGAAAA
CTTGATGGATGGGTCTAGTGTTGCGAAGATAGAATCCATGGAAGAATAAGACGACGGGGT
AAGTTCCGGCGACGGTTGGGGAGGTGATTATTACAGGCTTTGGAGGTGCGGTCAAATCGT
TTGCCAATGGATCTGCGGGGATCACGGTTGTTGGAAGGCTGCCTTTCTCAAACTCCAAAG
GAGTTGCCGCCGAGTAAAACGTTTCATTCTCCTCCTTCCCCGCCATTTGCATTATATTGG
GAAAAGAGTGTGTTAAGACGTATGATTTATTGAAATGTTTTC

QA 8 709 8 709
DS 



CO CL952Contig2 1093 3 5 U
GGATAAATATTCAATAAGTTTATTAAAAATAGCGAAACATGCAATAAGTTTATTACGAGT
TTGGAGCCTCTCCGAGGATACCAATACGTTACATAGCCACAAATCTAGACGAGATGACCA
GAAGCCTCTTCCAGCTCCGGCAAAGGATCAAGCCTCGCCGGGGAAACCGAAGGATCCTCC
ACAATCTGTCGAATCTCTGACTTTTCACCAAATAAACTATACTTTAAAAACGCAACCACG
ATCCCACCCACAAAACTCCTCATCTCACTCTTTTTGCGTTTCCCGTTCTTACACATACAA
CCCGCCATAAACCCGACAAAACCAGGCAAATTATCGTCCAACATATCCATATGTCCGTAA
TCCGCAGCCACGAAATGTCCCTTCGTAGGCTTACACTCATTATAAAACTCCACATGGTTC
ACTTCCGCTGGTGCGCATGGTGGCATCAGCATGTTACTCTTCGGTCCGAGACCCGTACCG
ATCACTGCAACCGGTATGTCCAGGTCGAACGATTCCGGTTTGTAAGTTAAGATTTCCGGC
TTGGTTCTCATGCATTTGCTGACTCCTGCAACTGGATCTATTCCTACAAGAGCTGAAAAC
TTGATGGATGGGTCTAGTGTTGTGGCATGGCCTAACGCAACCGCAAACGCGGTTTTACCA
CCGCGGCTATGGCCCACGAGTGCGGTGTACTTGCCATTAGCGTTTACCGGATTTGGGAGG
TGAGCTTTGAGGTTTTTTGAGATCCAGTTTATCACTTTTCCAGCATCGTCCACTTCCACT
TGCCCTCCTGGCGGCAGAATCTTGCACAGCTGTGGAGCTACAACAATGTAGCCATGAGAA
GCTATGTGGGTAATAACATCAGAGTAGAAGTAGTTACGAAGATAGAATCCATGGAAGAAT
AAGACGACGGGGTAAGTTCCGGCGACGGTTGGGGAGGTGATTATTACAGGCTTTGGAGGT
GCGGTCAAATCGTTTGCCAATGGACCTGCGGGGATCACGGTTGTTGGAAGGCTGCCTTTC
TCAAACTCCAAAGGAGTTGCCGCCGAGTAAAACGTTTCATTCTCCTCCTTCCCCGCCATT
TGTATTATATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H488JQ U 1
AF RR3GG82JQ U 12
AF RR3FF34TF C 360
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TTGGAGCCTCTCCGAGGATACCAATACGTTACATAGCCACAAATCTAGACGAGATGACCA
GAAGCCTCTTCCAGCTCCGGCAAAGGATCAAGCCTCGCCGGGGAAACCGAAGGATCCTTC
ACAATCTGTCGAATCTCTGACTTTTCACCAAATAAACTATACTTTAAAAACGCAACCACG
ATCCCACCCACAAAACTCCTCATCTCACTCTTTTTGCGTTTCCCGTTCTTACACATACAA
CCCGCCATAAACCCGACAAAACCAGGCAAATTATCGTCCAACATATCCATATGTCCGTAA
TCCGCAGCCACGAAATGTCCCTTCGTAGGCTTACACTCATTATAAAACTCCACATGGTTC
ACTTCCGCTGGTGCGCATGGTGGCATCAGCATGTTACTCTTCGGTCCGAGACCCGTACCG
ATCACTGCAACCGGTATGTCCAGGTCGAACGATTCCGGTTTGTAAGTTAAGATTTCCGGC
TTGGTTCTCATGCATTTGCTGACTCCTGCAACTGGATCTATTCCTACAAGAGCTGAAAAC
TTGATGGATGGGTCTAGTGTTGTGGCATGGCCTAACGCAACCGCAAACGCGGTTTTACCA
CCGCGGCTATGGCCCACGAGTGCGGTGTACTTGCCATTAGCGTTTACCGGATTTGGGAGG
TGAGCTTTGAG

QA 1 731 1 731
DS 

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CCGAGGATACCAATACGTTACATAGCCACAAATCTAGACGAGATGACCAGAAGCCTCTTC
CAGCTCCGGCAAAGGATCAAGCCTCGCCGGGGAAACCGAAGGATCCTCCACAATCTGTCG
AATCTCTGACTTTTCACCAAATAAACTATACTTTAAAAACGCAACCACGATCCCACCCAC
AAAACTCCTCATCTCACTCTTTTTGCGTTTCCCGTTCTTACACATACAACCCGCCATAAA
CCCGACAAAACCAGGCAAATTATCGTCCAACATATCCATATGTCCGTAATCCGCAGCCAC
GAAATGTCCCTTCGTAGGCTTACACTCATTATAAAACTCCACATGGTTCACTTCCGCTGG
TGCGCATGGTGGCATCAGCATGTTACTCTTCGGTCCGAGACCCGTACCGATCACTGCAAC
CGGTATGTCCAGGTCGAACGATTCCGGTTTGTAAGTTAAGATTTCCGGCTTGGTTCTCAT
GCATTTGCTGACTCCTGCAACTGGATCTATTCCTACAAGAGCTGAAAACTTGATGGATGG
GTCTAGTGTTGTGGCATGGCCTAACGCAACCGCAAACGCGGTTTTACCACCGCGGCTATG
GCCCACGAGTGCGGTGTACTTGCCATTAGCGTTTACCGGATTTGGGAGGTGAGCTTTGAG
GTTTTTTGAGA

QA 1 731 1 731
DS 

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ATCCGCAGCCACGAAATGTCCCTTCGTAGGCTTACACTCATTATAAAACTCCACATGGT*
CACTTCCGCTGGTGCGCATCGTGGCATCAGCATGTTACTCTTCGGTCCGAGACCCGTACC
GATCACAGCAACCGGTATGTCCAGGTCGAACGATTCCGGTTTGTAAGTTAAGATTTCCGG
CTCGGTTCTCATGCATTTGCTGACTCCTGCAACTGGATCTATTCCTACAAGAGCTGAAAA
CTTGATGGATGGGTCTAGTGTTGCGGCATGGCCTAACGCAACCGCAAACGCGGTTTTACC
ACCGCGGCTATGGCCCACGAGTGCGGTGTACTTGCCATCAGCGTTTACCGGATTTGGGAG
GTGAGCTTTGAGGTTTTTTGAGATCCAGTTTATCACTTTTCCAGCATCGTCCACTTCCAC
TTGCCCTCCTGGCGGCAGAATCTTGCACAGCTGTGGAGCTACAACAATGTAGCCATGAGA
AGCTATGTGGGTAATAACATCAGAGTAGAAGTAGTTACGAAGATAGAATCCATGGAAGAA
TAAGACGACGGGGTAAGTTCCGGCGACGGTTGGGGAGGTGATTATTACAGGCTTTGGAGG
TGCGGTCAAATCGTTTGCCAATGGACCTGCGGGGATCACGGTTGTTGGAAGGCTGCCTTT
CTCAAACTCCAAAGGAGTTGCCGCCGAGTAAAACGTTTCATTCTCCTCCTTCCCCGCCAT
TTGTATTATATTCC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 5

CO CL953Contig1 1591 5 8 U
GATGGAGATGTTGTTATAGCAGCAATCACAAGTTGCACAAACACCTCAAACCCTAGTGTT
ATGCTTGGCGCTGCCTTGGTTGCCAAAAAGGCCTGCGAACTAGGACTGGAGGTTAAGCCA
TGGATTAAAACTAGTCTTGCTCCTGGCTCTGGAGTTGTAACAAAGTACTTGGCCAAGAGT
GGCTTGCAGAAGTACTTGAATCAGCTTGGATTCAGTATAGTTGGTTATGGGTGCACCACA
TGCATCGGAAACTCTGGGGACATTCATGAAGCTGCGGCTTCAGCAATAGTTGATAATGAC
TTGGTGGCATCCGCTGTGTTGTCTGGGAACAGAAACTTTGAGGGACGTGTTCATCCGTTA
ACAAGAGCGAATTATCTAGCTTCCCCTCCTCTTGTTGTGGCCTATGCACTAGCTGGCACT
GTTGACATTGATTTCGAGACGGAGCCCATTGGAACTGGGAAAGACGGCAAACAGATTTTT
TTCAGGGACATCTGGCCCTCTAACAAAGAAGTTGCCGAGGTTGTGCAAGCCAGTGTCCTT
CCTGACATGTTCAAAGCTACATATGAAGCAATCACCAAAGGGAACTCCATGTGGAATGAG
TTATCCGTCGCGTCAGGCACACTCTACGAGTGGGATCCAAAATCAACTTACATTCACGAG
CCACCTTATTTCAAGGGCATGACCATGTCTCCACCCGGTCCACATGGCGTGAAAGACGCG
TACTGTTTGCTCAATTTCGGAGACAGTATCACCACTGATCACATCTCACCAGCTGGTAGC
ATCCACAAAGACAGTCCTGCGGCTAAGTACTTGATGGAGCGAGGGGTGGATAGAAGAGAC
TTCAACTCTTACGGGAGTCGCCGTGGTAATGATGAGATAATGGCGAGAGGCACTTTCGCC
AATATCCGTATTGTCAACAAACACTTGAAAGGAGAAGTTGGTCCCAAAACAGTTCACATT
CCCAGTGGAGAGAAGCTTTCTGTCTTCGATGCTGCCATGAAATACAGGAACGAGGGACGT
GACACGGTCATTTTGGCTGGTGCTGAGTATGGAAGTGGAAGTTCCCGTGATTGGGCTGCC
AAGGGTCCAATGCTTCTGGGAGTGAAAGCTGTGATCTCAAAGAGCTTTGAGAGGATTCAC
CGAAGCAATCTGGTGGGAATGGGAATCATTCCATTGTGCTTCAAGACAGGAGAAGATGCG
GAGACTCTAGGGTTAACAGGCGAGGAGCTTTACACCATTGAGCTCCCAAGCAATGTCAGT
GAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACGGTTATCACAAACAATGGCAAATCTTTTACATGT
ACACTCCGATTCGACACAGAGGTGGAGTTGGCTTATTTCAATCACGGAGGTATATTGCAA
TACGTAATCAGGAATCTGATCAAACAGTAATAAATCTGGTAAGCCACGAGGGACTTCATG
CCAATGTGAACTTTGCTTACTTTTTCTCTCAGTCTTATGTTTGTACTTCATCTTTTGCTT
CTTGCTAGTCAGTCACTTGAAACCATTGTCACTATCAAGTCGTTTTCTTCTTCTTAAATT
TGAAATAAAAAGAAGCACTCTTTTGTTTTCC


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CR39TF U 1
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RD RR3CR39TF 613 0 0
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GGCTTGCAGAAGTACTTGAATCAGCTTGGATTCAGTATAGTTGGTTATGGGTGCACCACA
TGCATCGGAAACTCTGGGGACATTCATGAAGCTGCGGCTTCAGCAATAGTTGATAATGAC
TTGGTGGCATCCGCTGTGTTGTCTGGGAACAGAAACTTTGAGGGACGTGTTCATCCGTTA
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GTTGACATTGATTTCGAGACGGAGCCCATTGGAACTGGGAAAGACGGCAAACAGATTTTT
TTCAGGGACATCTGGCCCTCTAACAAAGAAGTTGCCGAGGTTGTGCAAGCCAGTGTCCTT
CCTGACATGTTCAAAGCTACATATGAAGCAATCACCAAAGGGAACTCCATGTGGAATGAG
TTATCCGTCGCGT

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3G734TF 735 0 0
GGGACGTGTTCATCCGTTAACAAGAGCGAATTATCTAGCTTCCCCTCCTCTTGTTGTGGC
CTATGCACTAGCTGGCACTGTTGACATTGATTTCGAGACGGAGCCCATTGGAACTGGGAA
AGACGGCAAACAGATTTTTTTCAGGGACATCTGGCCCTCTAACAAAGAAGTTGCCGAGGT
TGTGCAAGCCAGTGTCCTTCCTGACATGTTCAAAGCTACATATGAAGCAATCACCAAAGG
GAACTCCATGTGGAATGAGTTATCCGTCGCGTCAGGCACACTCTACGAGTGGGATCCAAA
ATCAACTTACATTCACGAGCCACCTTATTTCAAGGGCATGACCATGTCTCCACCCGGTCC
ACATGGCGTGAAAGACGCGTACTGTTTGCTCAATTTCGGAGACAGTATCACCACTGATCA
CATCTCACCAGCTGGTAGCATCCACAAAGACAGTCCTGCGGCTAAGTACTTGATGT*GCG
AGGGGTGGATAGAAGAGACTTCAACTCTTACGGGAGTCGCCGTGGTAATGATGAGATAAT
GGCGAGAGGCACTTTCGCCAATATCCGTATTGTCAACAAACACTTGAAAGGAGAAGTTGG
TCCCAAAACAGTTCACATTCCCAGTGGAGAGAAGCTTTCTGTCTTCGATGCTGCCATGAA
ATACAG*AACGAGGGACGTGACACGGTCATTTTGGCTGGTGCTGAGTATGGAAGTGGAAG
TTCCCGTGATTGGGC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3CW26JQ 591 0 0
GGCTAAGTACTTGATGGAGCGAGGGGTGGATAGAAGAGACTTCAACTCTTACGGGAGTCG
CCGTGGTAACGATGAGATAATGGCGAGAGGCACTTTCGCCAATATCCGTATTGTCAACAA
ACACTTGAAAGGAGAAGTTGGTCCCAAAACAGTTCACATTCCCAGTGGAGAGAAGCTTTC
TGTCTTCGATGCTGCCATGAAATACAGGAACGAGGGACGTGACACAGTCATTTTGGCTGG
TGCTGAGTATGGAAGTGGAAGTTCCCGTGATTGGGCTGCTAAGGGTCCAATGCTTCTGGG
AGTGAAAGCTGTGATCTCAA*GAGCTTTGAGAGGATTCACCGAAGCAATCTGGTGGGAAT
GGGAATCATTCCATTGTGCTTCAAGACAGGAGA*GATGCGTAGACTCTAGGCTTAACAGG
CGAGGAGCTTTACACCATTGAGCTCCCAAGCAATGTCAGTGAGATCAAACCAGGACAAGA
TGTAACGGTTATCACAAACAATGGTAAATCTTTCACATGTACACTCCGATTCGACACAGA
GGTGGAGTTGGCTTATTTCAATCACGGAGGTATATTGCAATACGTAATCAG

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3AG16TF 800 0 0
G
GTTTGCTCAATTTCGGAGACAGTATCACCACTGATCACATCTCACCAGCTGGTAGCATCC
ACAAAGACAGTCCTGCGGCTAAGTACTTGATGGAGCGAGGGGTGGATAGAAGAGACTTCA
ACTCTTACGGGAGTCGCCGTGGTAATGATGAGATAATGGCGAGAGGCACTTTCGCCAATA
TCCGTATTGTCAACAAACACTTGAAAGGAGAAGTTGGTCCCAAAACAGTTCACATTCCCA
GTGGAGAGAAGCTTTCTGTCTTCGATGCTGCCATGAAATACAGGAACGAGGGACGTGACA
CGGTCATTTTGGCTGGTGCTGAGTATGGAAGTGGAAGTTCCCGTGATTGGGCTGCCAAGG
GTCCAATGCTTCTGGGAGTGAAAGCTGTGATCTCAAAGAGCTTTGAGAGGATTCACCGAA
GCAATCTGGTGGGAATGGGAATCATTCCATTGTGCTTCAAGACAGGAGAAGATGCGGAGA
CTCTAGGGTTAACAGGCGAGGAGCTTTACACCATTGAGCTCCCAAGCAATGTCAGTGAGA
TCAAACCAGGACAAGATGTAACGGTTATCACAAACAATGGCAAATCTTTTACATGTACAC
TCCGATTCGACACAGAGGTGGAGTTGGCTTATTTCAATCACGGAGGTATATTGCAATACG
TAATCAGGAATCTGATCAAACAGTAATAAATCTGGTAAGCCACGAGGGACTTCATGCCAA
TGTGAACTTTGCTTACTTTTTCTCTCAGTCTTATGTTTGTACTTCATCTTTTGCTTCTTG
CTAGTCAGTCACTTGAAAC

QA 2 800 2 800
DS 

RD RR3CR39JQ 806 0 0
CAAAGACAGTC*TGCGGCTAAGTACTTGATGGAGCGAGGGGTGGATAGAAGAGCTTTCAA
CTCTTACGGGAGTCGCCGTGGTAATGATGAGATAATGGCGAGAGGCACTTTCGCCAATAT
CCGTATTGTCAACAAACACTTGAAAGGAGAAGTTGGTCCCAAAACAGTTCACATTCCCAG
TGGAGAGAAGCTTTCTGTCTTCGATGCTGCCATGAAATACAGGAACGAGGGACGTGACAC
GGTCATTTTGGCTGGTGCTGAGTATGGAAGTGGAAGTTCCCGTGATTGGGCTGCCAAGGG
TCCAATGCTTCTGGGAGTGAAAGCTGTGATCTCAAAGAGCTTTGATAGGATTCACCGAAG
CAATCTGGTGGGAATGGGAATCATTCCATTGTGCTTCAAGACAGGAGAAGATGCGGAGAC
TCTAGGGTTAACAGGCGAGGAGCTTTACACCATTGAGCTCCCAAGCAATGTCAGTGAGAT
CAAACCAGGACAAGATGTAACGGTTATCACAAACAATGGCAAATCTTTTACATGTACACT
CCGATTCGACACAGAGGTGGAGTTGGCTTATTTCAATCACGGAGGTATATTGCAATACGT
AATCAGGAATCTGATCAAACAGTAATAAATCTGGTAAGCCACGAGGGACTTCATGTCAAT
GTGAACTTTGCTTACTTTTTCTCTCAGTCTTATGTTTGTACTTCATCTTTTGCTTCTTGC
TAGTCAGTCACTTGAAACCATTGTCACTATCAAGTCGTTTTCTTCTTCTTAAATTTGAAA
TAAAAAGAAGCACTCTTTTGTTTTCC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 7

CO CL954Contig1 1020 7 18 U
GGAACCGTGTTCTTCTCCACCTTGTCTCTTCCACATTCCATTATCTCCTTCTCTCTCTCT
AGAGCAACAATGGCTACGGCTGCTTCTTCCTTTACAATCGCATCATCCTTCTCCGAACCA
CGGACTCAGATCCGTTCCTCGAAGCGCTCGAGCCTCCCACTATATCAATTCTCCATCCCG
TATAAGGCCAATTCACGGAGCAGGAGACTCGTCGTGAGCTCCGTTTCAGCGCCCAACGTT
GAGCTCCGTACCGGACCCGATGATCTCATTTCATCTCTCCTCTCTAAGGTTGCGAACAGT
GATGGAGGTGTGACGCTTAGCCCGGAGGAACACAAGGAGGTGGCACAAGTGGCTGGAGAG
CTTCAAAAGTACTGTGTGAGCGAGCCTGTTAAGTGTCCTCTCATCTTCGGAGATTGGGAT
GTGGTGTACTGTTCTGTACCGACATCTCCAGGTGGAGGCTACAGAAGCGTGATAGGCCGC
CTCTTCTTCAGAACCAATGAGATGATCCAAGGCATTGATTCTCCTGATATCGTCAGGAAC
AGAGTTTCCTTTACTGCTTTGGGTTTTCTTGACGGAGACGTCTCCTTGACAGGGAAGCTG
AAAGTGTTGGACAGTGAGTGGGTTCAGGTGATATTCGAGCCTCCGGAACTCAAGGTTGGT
TCTCTGGAGTTTAAATATGGGTTTGAAAGTGAAGTGAAGCTTAGGATCACATACGTTGAT
GAGAAACTTAGGTTGGGATTAGGCTCTAGAGGATCGTTGTTCGTCTTTAGGAGGCGCCAA
TAATACATTTTATATACTTCCATGTCTGTTCTCTGCCTCGCCCATTTGTTTTTTTCCCGT
TCTGCATCGGTCAATGCAATTCACTACAGAGAAGAAGAAGAAACAACACATTTGTACCTG
CGAGAGTGTGTAACGGTGTAGTATAAGAAACATGTGTTATTGAACTTTCTTGTAATGTAA
ACTTCGTTCCAAAAGTTGTCGAGTTGTTATACCTACATGTTATCAAGTTATGTTCAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 35 35 35 35 35 35 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS41TF U 1
AF RR3FO57TF U 24
AF RR3DZ48TF U 49
AF RR3C353TF U 33
AF RR3C353JQ C 76
AF RR3FS41JQ C 295
AF RR3FO57JQ C 482
BS 1 78 RR3FS41TF
BS 79 79 RR3FO57TF
BS 80 213 RR3FS41TF
BS 214 214 RR3FO57TF
BS 215 217 RR3FS41TF
BS 218 218 RR3FO57TF
BS 219 252 RR3FS41TF
BS 253 253 RR3FO57TF
BS 254 639 RR3FS41TF
BS 640 653 RR3FO57TF
BS 654 654 RR3DZ48TF
BS 655 704 RR3FO57TF
BS 705 705 RR3C353JQ
BS 706 728 RR3FO57TF
BS 729 795 RR3C353JQ
BS 796 810 RR3FS41JQ
BS 811 811 RR3FO57JQ
BS 812 1020 RR3FS41JQ

RD RR3FS41TF 639 0 0
GGAACCGTGTTCTTCTCCACCTTGTCTCTTCCACATTCCATTATCTCCTTCTCTCTCTCT
AGAGCAACAATGGCTACGTCTGCTTCTTCCTTTACAATCGCATCATCCTTCTCCGAACCA
CGGACTCAGATCCGTTCCTCGAAGCGCTCGAGCCTCCCACTATATCAATTCTCCATCCCG
TATAAGGCCAATTCACGGAGCAGGAGACTCGTCTTGAACTCCGTTTCAGCGCCCAACGTT
GAGCTCCGTACCCGACCCGATGATCTCATTTCATCTCTCCTCTCTAAGGTTGCGAACAGT
GATGGAGGTGTGACGCTTAGCCCGGAGGAACACAAGGAGGTGGCACAAGTGGCTGGAGAG
CTTCAAAAGTACTGTGTGAGCGAGCCTGTTAAGTGTCCTCTCATCTTCGGAGATTGGGAT
GTGGTGTACTGTTCTGTACCGACATCTCCAGGTGGAGGCTACAGAAGCGTGATAGGCCGC
CTCTTCTTCAGAACCAATGAGATGATCCAAGGCATTGATTCTCCTGATATCGTCAGGAAC
AGAGTTTCCTTTACTGCTTTGGGTTTTCTTGACGGAGACGTCTCCTTGACAGGGAAGCTG
AAAGTGTTGGACAGTGAGTGGGTTCAGGTGATATTCGAG

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3FO57TF 705 0 0
GG
CTCTTCCACATTCCATTATCTCCTTCTCTCTCTCTAGAGCAACAATGGCTACGGCTGCTT
CTTCCTTTACAATCGCATCATCCTTCTCCGAACCACGGACTCAGATCCGTTCCTCGAAGC
GCTCGAGCCTCCCACTATATCAATTCTCCATCCCGTATAAGGCCAATTCACGGAGCAGGG
GACTCGTCGTGAGCTCCGTTTCAGCGCCCAACGTTGAGCTCCGTACCGGACCCGATGATC
TCATTTCATCTCTCCTCTCTAAGGTTGCGAACAGTGATGGAGGTGTGACGCTTAGCCCGG
AGGAACACAAGGAGGTGGCACAAGTGGTTGGAGAGCTTCAAAAGTACTGTGTGAGCGAGC
CTGTTAAGTGTCCTCTCATCTTCGGAGATTGGGATGTGGTGTACTGTTCTGTACCGACAT
CTCCAGGTGGAGGCTACAGAAGCGTGATAGGCCGCCTCTTCTTCAGAACCAATGAGATGA
TCCAAGGCATTGATTCTCCTGATATCGTCAGGAACAGAGTTTCCTTTACTGCTTTGGGTT
TTCTTGACGGAGACGTCTCCTTGACAGGGAAGCTGAAAGTGTTGGACAGTGAGTGGGTTC
AGGTGATATTCGAGCCTCCGGAACTCAAAGTTGGTTCTCTGGAGTTTAAATATGGGTTTG
AAAGTGAAGTGAAGCTTAG*ATCACATACGTTGATGAGAAACT

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR3DZ48TF 679 0 0
GG
CTCTCTCTCTAGAGCAACAATGGCTACGGCTGCTTCTTCCTTTACAATCGCATCATCCTT
CTCCGAACCACGGACTCAGATCCGTTCCTCGAAGCGCTCGAGCCTCCCACTATATCAATT
CTCCATCCCGTATAAGGCCAATTCACGGAGCAGGAGACTCGTCGTGAGCTCCGTTTCAGC
GCCCAACGTTGAGCTCCGTACCGGACCCGATGATCTCATTTCATCTCTCCTCTCTAAGGT
TGCGAACAGTGATGGAGGTGTGACGCTTAGCCCGGAGGAACACAAGGAGGTGGCACAAGT
GGCTGGAGAGCTTCAAAAGTACTGTGTGAGCGAGCCTGTTAAGTGTCCTCTCATCTTCGG
AGATTGGGATGTGGTGTACTGTTCTGTACCGACATCTCCAGGTGGAGGCTACAGAAGCGT
GATAGGCCGCCTCTTCTTCAGAACCAATGAGATGATCCAAGGCATTGATTCTCCTGATAT
CGTCAGGAACAGAGTTTCCTTTACTGCTTTGGGTTTTCTTGACGGAGACGTCTCCTTGAC
AGGGAAGCTGAAAGTGTTGGACAGTGAGTGGGTTCAGGTGATATTCGAGCCTCCGGAACT
CAAGGTTGGTTCTCTGGAGTTTAAATATGGGTTTGAAAGTGAAGTGAAGCTTAG*ATCAC
ATACGTTGATGAGAAAC

QA 3 679 3 679
DS 

RD RR3C353TF 689 0 0
GG
ATTCCATTATCTCCTTCTCTCTCTCTAGAGCAACAATGGCTACGGCTGCTTCTTCCTTTA
CAATCGCATCATCCTTCTCCGAACCACGGACTCAGATCCGTTCCTCGAAGCGCTCGAGCC
TCCCACTATATCAATTCTCCATCCCGTATAAGGCCAATTCACGGAGCAGGAGACTCGTCG
TGAGCTCCTTTTCAGCGCCCAACGTTGAGCTCCGTACCGGACCCGATGATCTCATTTCAT
CTCTCCTCTCTAAGGTTGCGAACAGTGATGGAGGTGTGACGCTTAGCCCGGAGGAACACA
AGGAGGTGGCACAAGTGGCTGGAGAGCTTCAAAAGTACTGTGTGAGCGAGCCTGTTAAGT
GTCCTCTCATCTTCGGAGATTGGGATGTGGTGTACTGTTCTGTACCGACATCTCCAGGTG
GAGGCTACAGAAGCGTGATAGGCCGCCTCTTCTTCAGAACCAATGAGATGATCCAAGGCA
TTGATTCTCCTGATATCGTCAGGAACAGAGTTTCCTTTACTGCTTTGGGTTTTCTTGACG
GAGACGTCTCCTTGACAGGGAAGCTGAAAGTGTTGGACAGTGAGTGGGTTCAGGTGATAT
TCGAGCCTCCGGAACTCAAAGTTGGTTCTCTGGAGTTTAAATATGGGTTTGAAAGTGAAG
TGAAGCTTAG*ATCACATACGTTGATG

QA 3 689 3 689
DS 

RD RR3C353JQ 720 0 0
ACGGCTGCTTCTTCCTTTACAATCGCATCATCCTTCTCCGAACCACGGACTCAGATCCGT
TCCTCGAAGCGCTCGAGCCTCCCACTATATCAATTCTCCATCCCGTATAAGGCCAATTCA
CGGAGCAGGAGACTCGTCGTGAGCTCCTTTTCAGCGCCCAACGTTGAGCTCCGTACCGGA
CCCGATGATCTCATTTCATCTCTCCTCTCTAAGGTTGCGAACAGTGATGGAGGTGTGACG
CTTAGCCCGGAGGAACACAAGGAGGTGGCACAAGTGGCTGGAGAGCTTCAAAAGTACTGT
GTGAGCGAGCCTGTTAAGTGTCCTCTCATCTTCGGAGATTGGGATGTGGTGTACTGTTCT
GTACCGACATCTCCAGGTGGAGGCTACAGAAGCGTGATAGGCCGCCTCTTCTTCAGAACC
AATGAGATGATCCAAGGCATTGATTCTCCTGATATCGTCAGGAACAGAGTTTCCTTTACT
GCTTTGGGTTTTCTTGACGGAGACGTCTCCTTGACAGGGAAGCTGAAAGTGTTGGACAGT
GAGTGGGTTCAGGTGATATTCGAGCCTCCGGAACTCAAGGTTGGTTCTCTGGAGTTTAAA
TATGGGTTTGAAAGTGAAGTGAAGCTTAGGATCACATACGTTGATGAGAAACTTAGGTTG
GGATTAGGCTCTAGAGGATCGTTGTTCGTCTTTAGGAGGCGCCAATAATACATTTTATAT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3FS41JQ 726 0 0
AACAGTGATGGAGGTGTGACGCTTAGCCCGGAGGAACACAAGGAGGTGGCACAAGTGGCT
GGAGAGCTTCAAAAGTACTGTGTGAGCGAGCCTGTTAAGTGTCCTCTCATCTTCGGAGAT
TGGGATGTGGTGTACTGTTCTGTACCGACATCTCCAGGTGGAGGCTACAGAAGCGTGATA
GGCCGCCTCTTCTTCAGAACCAATGAGATGATCCAAGGCATTGATTCTCCTGATATCGTC
AGGAACAGAGTTTCCTTTACTGCTTTGGGTTTTCTTGACGGAGACGTCTCCTTGACAGGG
AAGCTGAAAGTGTTGGACAGTGAGTGGGTTCAGGTGATATTCGAGCCTCCGGAACTCAAG
GTTGGTTCTCTGGAGTTTAAATATGGGTTTGAAAGTGAAGTGAAGCTTAGGATCACATAC
GTTGATGAGAAACTTAGGTTGGGATTAGGCTCTAGAGGATCGTTGTTCGTCTTTAGGAGG
CGCCAATAATACATTTTATATACTTCCATGTCTGTTTTCTGCCTCGCCCATTTGTTTTTT
TCCCGTTCTGCATCGGTCAATGCAATTCACTACAGAGAAGAAGAAGAAACAACACATTTG
TACCTGCGAGAGTGTGTAACGGTGTAGTATAAGAAACATGTGTTATTGAACTTTCTTGTA
ATGTAAACTTCGTTCCAAAAGTTGTCGAGTTGTTATACCTACATGTTATCAAGTTATGTT
CAAACC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3FO57JQ 512 0 0
TCTTCTTCAGAACCAATGAGATGATCCAAGGCATTGATTCTCCTGATATCGTCAGGAACA
GAGTTTCCTTTACTGCTTTGGGTTTTCTTGACGGAGACGTCTCCTTGACAGGGAAGCTGA
AAGTGTTGGACAGTGAGTGGGTTCAGGTGATATTCGAGCCTCCGGAACTCAAGGTTGGTT
TTCTGGAGTTTAAATATGGGTTTGAAAGTGAAGTGAAGCTTAGGATCACATACGTTGATG
AGAAACTTAGGTTGGGATTAGGCTCTAGAGGATCGTTGTTCGTCTTTAGGAGGCGCCAAT
AATACATTTTATATACTTCCATGTCTGTTCTCTGCCTCGCCCATTTGTTTTTT*CCCGTT
CTGCATCGGTCAATGCAATTCACTACAGAGAAGAAGAAGAAACAACACATTTGTACCTGC
GAGAGTGTGTAACGGTGTAGTATAAGAAACATGTGTTATTGAACTTTCTTGTAATGTAAA
CTTCGTTCCAAAAGTTGTCGAGTTGTTATACC

QA 1 512 1 512
DS 



AS 2 7

CO CL955Contig1 1144 3 14 U
TTCTTCCTCCTAGCCCATGATTCAGATGAATTCAATCGGTGGGAGGCAGGTCAAGTTCTG
GCAAGGAAGCTCATGCTGAACTTAGTTTCTGATTTCCAACAAAACAAACCATTGGTTCTA
AACCCAAAATTCATTCAGGGTCTCGGAAGCGTGCTTTCTGACTTGAGCTTGGACAAGGAA
TTTATCGCCAAGGCAATAACATTGCCTGGGGAGGGAGAGATTATGGACATGATGGCCGTG
GCGGATCCTGATGCTGTTCATGCTGTTAGAAAGTTTGTTAGAAAGCAGCTTGCATCTAAA
CTTAAAACTGAGCTTCTAAAGATAGTTGATAACAATAGGAGCACAGAGGCTTATGTCTTT
GACCACCCCAACATGGCTAGGCGTGCTTTGAAGAACACGGCTCTAGCTTATCTTGCATCT
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TTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
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10 10 10 10 

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AF RR3H249TF U 338
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AATACAAGTCGGCCACCAATTTGACAGACCAAATTGCTGCTTTGGCAGCTCTTGCACAAA
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ACTCACTCATTGGAGGGTTCTGCGGTTCGCCAGTGAATTTCCATGCAAAAGATGGATCAG
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GTCTC*AACGAAATGATGTTTTCTTTA

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DS 



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BQ
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AF RR3CX96TF U 1
AF RR3EH23TF U 10
AF RR3CX96JQ C 11
AF RR3EH23JQ C 267
BS 1 703 RR3CX96TF
BS 704 729 RR3EH23TF
BS 730 730 RR3CX96JQ
BS 731 766 RR3EH23TF
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RD RR3CX96TF 703 0 0
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TGCATCTCTTGAGGATCCAGCATACGTGGAACTTGCATTGGGTGAATACAAGTCGGCCAC
CAATTTGACAGACCAAATTGCTGCTTTGGCAGCTCTTGCACAAAAGCCGGGTAAAACCCG
TGACGAGGCTCTTGCTGACTTCTATAACAAGTGGCAGGGCGATTACTTGGTCGTTAATAA
ATGGTTCCTCCTTCAAGCATCCTCCGACATTCCCGGCAATGTGGAGAATGTCAAGAAGCT
TTTGGATCACCCAGCTTTTGATCTGCGCAATCCAAACAAGGTTTACTCGCTCATTGGAGG
GTTCTGCGGTTCGCCAGTGAATTTCCATGCAAAAGATGGATCAGGTTACAAGTTCTTGGG
TGACATTGTTGTCCAGTTAGACAAAATCAATCCTCAGGTTGCTTCTCGTATGGTATCTGC
GTTTTCGAGGTGGAAGCGCTACGATGAAACCCGACAAGCTCTGGCCAAGGCACAGTTGGA
GATGATAACGTCAGCTAATGGGTTATCTGAAAATGTATTTGAGATTGCCTCTAAGAGCTT
GGCTACTTGAGAGACCACATCAAGAATCAATTCTACTCGTTGCTCCGGATTATCATGTTA
TGAGCTTTTTACATTCAACGCATGCACTTTTATAATAAACTGA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3EH23TF 767 0 0
G
CACCCAAACATGGCTAGGCGTGCTTTGAAGAACACGGCTCTAGCTTATCTTGCATCTCTT
GAGGATCCAGCATACGTGGAACTTGCATTGGGTGAATACAAGTCGGCCACCAATTTGACA
GACCAAATTGCTGCTTTGGCAGCTCTTGCACAAAAGCCGGGTAAAACCCGTGACGAGGTT
CTTGCTGACTTCTATAACAAGTGGCAGGGCGATTACTTGGTCGTTAATAAATGGTTCCTC
CTTCAAGCATCCTCCGACATTCCCGGCAATGTGGAGAATGTCAAGAAGCTTTTGGATCAC
CCAGCTTTTGATCTGCGCAATCCAAACAAGGTTTACTCGCTCATTGGAGGGTTCTGCGGT
TCGCCAGTGAATTTCCATGCAAAAGATGGATCAGGTTACAAGTTCTTGGGTGACATTGTT
GTCCAGTTAGACAAAATCAATCCTCAGGTTGCTTCTCGTATGGTATCTGCGTTTTCGAGG
TGGAAGCGCTACGATGAAACCCGACAAGCTCTGGCCAAGGCACAGTTGGAGATGATAATG
TCAGCTAATGGGTTATCTGAAAATGTATTTGAGATTGCCTCTAAGAGCTTGGCTACTTGA
GAGACCACATCAAGAATCAATTCTACTCGTTGCTCCGGATTATCATGTTATGAGCTTTTT
ACATTCAACGCATGCACTTTTATAATAAACTGATCCTGAACGTCACATGTTTTTCTTTT*
ATGTTATGAACTTTGTCTCCAACGAAATGATGTTTT
TCTTTTATAT

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR3CX96JQ 792 0 0
CACCCAAACATGGCTAGGCGTGCTTTGAAGAACACGGCTCTAGCTTATCTTGCATCTCTT
GAGGATCCAGCATACGTGGAACTTGCATTGGGTGAATACAAGTCGGCCACCAATTTGACA
GACCAAATTGCTGCTTTGGCAGCTCTTGCACAAAAGCCGGGTAAAACCCGTGACGAGGCT
CTTGCTGACTTCTATAACAAGTGGCAGGGCGATTACTTGGTCGTTAATAAATGGTTCCTC
CTTCAAGCATCCTCCGACATTCCCGGCAATGTGGAGAATGTCAAGAAGCTTTTGGATCAC
CCAGCTTTTGATCTGCGCAATCCAAACAAGGTTTACTCGCTCATTGGAGGGTTCTGCGGT
TCGCCAGTGAATTTCCATGCAAAAGATGGATCAGGTTACAAGTTCTTGGGTGACATTGTT
GTCCAGTTAGACAAAATCAATCCTCAGGTTGCTTCTCGTATGGTATCTGCGTTTTCGAGG
TGGAAGCGCTACGATGAAACCCGACAAGCTCTGGCCAAGGCACAGTTGGAGATGATAACG
TCAGCTAATGGGTTATCTGAAAATGTATTTGAGATTGCCTCTAAGAGCTTGGCTACTTGA
GAGACCACATCAAGAATCAATTCTACTCGTTGCTCCGGATTATCATGTTATGAGCTTTTT
ACATTCAACGCATGCACTTTTATAATAAACTGATCCTGAACGTCACATGTTTTTCTTTTT
ATGTTATGAACTTTGTCTCCAACGAAATGATGTTTTTCTTTTATATCAAGTTGAAAGAAT
GAACATTCACAC

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3EH23JQ 536 0 0
ACATTCCCGGCAATGTGGAGAATGTCAAGAAGCTTTTGGATCACCCAGCTTTTGATCTGC
GCAATCCAAACAAGGTTTACTCGCTCATTGGAGGGTTCTGCGGTTCGCCAGTGAATTTCC
ATGCAAAAGATGGATCAGGTTACAAGTTCTTGGGTGACATTGTTGTCCAGTTAGACAAAA
TCAATCCTCAGGTTGCTTCTCGTATGGTATCTGCGTTTTCGAGGTGGAAGCGCTACGATG
AAACCCGACAAGCTCTGGCCAAGGCACAGTTGGAGATGATAATGTCAGCTAATGGGTTAT
CTGAAAATGTATTTGAGATTGCCTCTAAGAGCTTGGCTACTTGAGAGACCACATCAAGAA
TCAATTCTACTCGTTGCTCCGGATTATCATGTTATGAGCTTTTTACATTCAACGCATGCA
CTTTTATAATAAACTGATCCTGAACGTCACATGTTTTTCTTTTTATGTTATGAACTTTGT
CTCCAACGAAATGATGTTTTTCTTTTATATCAATTTGAAAGAATGAACATTCAC
CC

QA 1 534 1 534
DS 



AS 2 7

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AGCAAATGCTCTCAAGCTTTCTTCTTCTGTCTCCAAGTCTCAGCTCTCTCCATCTTTCTC
CATCTTTAGATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAGGGATTAAAGTATGCGAATTCACATGAGTG
GGTTAAACATGAAGGCTCTGTTGCCACCATTGGCATCACTGACCATGCTCAGGACCATTT
AGGTGAAGTGGTGTTTGTGGAACTACCAGAGGAAAATGGTTCAGTGAGCAAAGAAAAAAG
CTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTGAAGGCGACGAGTGAGATCTTATCTCCTATCTCAGGTGA
AGTCATTGAGGTTAACAAGAAGCTAACAGAAGCACCAGGCTTGATTAACTCGAGCCCATA
TGAAGATGGATGGATGATCAAAGTGAAGCCAAGCAACCCATCTGAGTTAGAATCTTTAAT
GGGTTCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAGGAGGAAGATGCCGCTCACTAGGAGAGCTT
CTCTCTACTTCTATGTTCCAAATGTCCTTGTAAAAAAAACTTATAAAAATCTTATCAGTT
CTCATGCATATTCTCATAAGCCATAACCAACACACCAATGAATGTATGGTTCGTTGGTTT
CTAATATCACAAGAATATTTTTATACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET13TF U 1
AF RR3ET13JQ C 103
BS 1 664 RR3ET13TF
BS 665 689 RR3ET13JQ

RD RR3ET13TF 664 0 0
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CATCTTTAGATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAGGGATTAAAGTATGCGAATTCACATGAGTG
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CTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTGAAGGCGACGAGTGAGATCTTATCTCCTATCTCAGGTGA
AGTCATTGAGGTTAACAAGAAGCTAACAGAAGCACCAGGCTTGATTAACTCGAGCCCATA
TGAAGATGGATGGATGATCAAAGTGAAGCCAAGCAACCCATCTGAGTTAGAATCTTTAAT
GGGTTCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAGGAGGAAGATGCCGCTCACTAGGAGAGCTT
CTCTCTACTTCTATGTTCCAAATGTCCTTGTAAAAAAAACTTATAAAAATCTTATCAGTT
CTCATGCATATTCTCATAAGCCATAACCAACACACCAATGAATGTATGGTTCGTTGGTTT
CTAA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3ET13JQ 587 0 0
GCTC
TCTCCATCTTTCTCCATCTTTAGATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAGGGATTAAAGTATGCG
AATTCACATGAGTGGGTTAAACATGAAGGCTCTGTTGCCACCATTGGCATCACTGACCAT
GCTCAGGACCATTTAGGTGAAGTGGTGTTTGTGGAACTACCAGAGGAAAATGGTTCAGTG
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CCTATCTCAGGTGAAGTCATTGAGGTTAACAAGAAGCTAACAGAAGCACCAGGCTTGATT
AACTCGAGCCCATATGAAGATGGATGGATGATCAAAGTGAAGCCAAGCAACCCATCTGAG
TTAGAATCTTTAATGGGTTCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAGGAGGAAGATGCCGCT
CACTAGGAGAGCTTCTCTCTACTTCTATGTTCCAAATGTCCTTGTAAAAAAAACTTATAA
AAATCTTATCAGTTCTCATGCATATTCTCATAAGCCATAACCAACACACCAATGAATGTA
TGGTTCGTTGGTTTCTAATATCACAAGAATATTTTTATACACC

QA 5 587 5 587
DS 



CO CL956Contig2 703 5 25 U
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AGAGAAGCAAAGAAACAAAAACAAAAATGTGGGCTTCGTCTACAGCAAATGCTCTCAAGC
TTTCTTCTTCTGTCTCCAAGTCTCAGCTATCTCCATATTTCTCCATCTCTAGATGCTTCT
CCTCAGTGTTGGAGGGATTAAAGTATGCGAATTCACATGAGTGGGTTAAACATGAAGGCT
CTGTTGCCACAATTGGCATCACTGACCATGCTCAGGACCACTTAGGTGAAGTGGTGTTTG
TGGAACTACCAGAGGAAAATGGTTCGGTGAGCAAAGAGAAAAGCTTTGGAGCAGTGGAGA
GTGTGAAGGCGACGAGTGAGATCTTATCTCCTATCTCAGGTGAAGTCATTGAGGTTAACA
AGAAGCTAACAGAAGCACCAGGCTTGATTAACTCAAGCCCCTATGAAGATGGATGGATGA
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CCAAGTTCTGCGAGGAGGAAGATGCCGCTCACTAGGATGGTTTCTCTCTACTTGTATGTT
CCAAATGTCCTTATTAATAAAAAAACTCACAAAAAAACTCATAAAAATATGTATGGTTCG
TTGGTTTTTAATATCCCAAACATATTCTTCTTTGTTAACATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 10 25 10 10 10 25 10 25 25 25 10 10 5 
35 5 35 35 35 35 5 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 5 0 35 35 35 35 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FI86TF U 1
AF RR3BR59JQ C 51
AF RR3BR59TF U 51
AF RR3GW17JQ C 38
AF RR3GW17TF U 38
BS 1 40 RR3FI86TF
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BS 55 57 RR3FI86TF
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RD RR3FI86TF 624 0 0
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AGAGAAGCAAAGAAACAAAAACAAAAATGTGGGCTTCGTCTACAGCAAATGCTCTCAAGC
TTTCTTCTTCTGTCTCCAAGTCTCAGCTATCTCCATATTTCTCCATCTCTAGATGCTTCT
CCTCAGTGTTGGAGGGATTAAAGTATGCGAATTCACATGAGTGGGTTAAACATGAAGGCT
CTGTTGCCACAATTGGCATCACTGACCATGCTCAGGACCACTTAGGTGAAGTGGTGTTTG
TGGAACTACCAGAGGAAAATGGTTCGGTGAGCAAAGAGAAAAGCTTTGGAGCAGTGGAGA
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AGAAGCTAACAGAAGCACCAGGCTTGATTAACTCAAGCCCCTATGAAGATGGATGGATGA
TCAAAGTGAAACCA*GCAACCCATCTGAGTTAGAATCTTTAATGGGTTCAAAGGAATACA
CCAATTTCTGCGAGGAGGAAGATGCCGCTCACTAGGATGGTTTCTCTCTACTTGTATGTT
CCAAATGTCCTTATTAAAAAAA
AA

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3BR59JQ 598 0 0
GGACAGAGC
AAGAGAAGCAATGAAACAAAAACAAAAATGTGGGCTTCGTCTACAGCAAATACTCTCAAG
CTTTCTTCTTCTGTCTCCAAGTTTCAGCTATCTCCATATTTCTCCATCTCTAGATGCTTC
TCCTCAGTGTTGGAGGGATTAAAGTATGCGAATTCACATGAGTGGGTTAAACATGAAGGC
TCTGTTGCCACAATTGGCATCACTGACCATGCTCAGGACCACTTAGGTGAAGTGGTGTTT
GTGGAACTACCAGAGGAAAATGGTTCGGTGAGCAAAGAGAAAAGCTTTGGAGCAGTGGAG
AGTGTGAAGGCGACGAGTGAGATCTTATCTCCTATCTCAGGTGAAGTCATTGAGGTTAAC
AAGAAGCTAACAGAAGCACCAGGCTTGATTAACTCAAGCCCCTATGAAGATGGATGGATG
ATCAAAGTGAAACCAAGCAACCCATCTGAGTTAGAATCTTTAATGGGTTCAAAGGAATAC
ACCAAGTTCTGCGAGGAGGAAGATGCCGCTCACTAGGATGGTTTCTCTCTACTTGTATGT
TCCAAATGTCCTTATTAA*AAAAAAACTTATAAAA
GTATATTCAGTTCC

QA 10 584 10 584
DS 

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GGACAGAGC
AAGAGAAGCAATGAAACAAAAACAAAAATGTGGGCTTCGTCTACAGCAAATACTCTCAAG
CTTTCTTCTTCTGTCTCCAAGTCTCAGCTATCTCCATATTTCTCCATCTCTAGATGCTTC
TCCTCAGTGTTGGAGGGATTAAAGTATGCGAATTCACATGAGTGGGTTAAACATGAAGGC
TCTGTTGCCACAATTGGCATCACTGACCATGCTCAGGACCACTTAGGTGAAGTGGTGTTT
GTGGAACTACCAGAGGAAAATGGTTCGGTGAGCAAAGAGAAAAGCTTTGGAGCAGTGGAG
AGTGTGAAGGCGACGAGTGAGATCTTATCTCCTATCTCAGGTGAAGTCATTGAGGTTAAC
AAGAAGCTAACAGAAGCACCAGGCTTGATTAACTCAAGCCCCTATGAAGATGGATGGATG
ATCAAAGTGAAACCAAGCAACCCATCTGAGTTAGAATCTTTAATGGGTTCAAAGGAATAC
ACCAAGTTCTGCGAGGAGGAAGATGCCGCTCACTAGGATGGTTTCTCTCTACTTGTATGT
TCCAAATGTCCTTATTAA*AAAAAAACTTATAAAA
GTATATTCAGTTCC

QA 10 584 10 584
DS 

RD RR3GW17JQ 666 0 0
GGAAAACACAGAGCAAGAGAAGCAAAGAAACAAAGAAACAAAAACAAAAATGTGGGCTTC
GTCTACAGCAAATGCTCTCAAGCTTTCTTCTTCTGTCTCCAAGTCTCAGCTATCTCCATA
TTTCTCCATCTCTAGATACTTCTCCTCAGTGTTGGAGGGATTAAAGTATGCGAATTCACA
TGAGTGGGTTAAACATGAAGGCTCTGTTGCCACCATTGGCATCACTGACCATGCTCAGGA
CCATTTAGGTGAAGTGGTGTTTGTGGAACTACCAGAGGAAAATGGTTCAGTGAGCAAAGA
AAAAAGCTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTGAAGGCGACGAGTGATATCTTATCTCCTATCTC
AGGTGAAGTCATTGAGGTTAACAAGAAGCTAACAGAAGCACCAGGCTTGATTAACTCAAG
CCCCTATGAAGATGGATGGATGATAAAAGTGAAGCCAAGCAACCCATCTGAGTTAGAATC
TTTAATGGGTTCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAGGAAGAAGATGCCGCTCACTAGGA
GGGTTTCTCTCTACTTGTATGTTCCAAATGTCCTTTTTTTTAAAAAAACTCACAAAAAAA
CTCATAAAAATATGTATGGTTCGTTGGTTTTTAATATCCCAAACATATTCTTCTTTGTTA
ACATAT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3GW17TF 666 0 0
GGAAAACACAGAGCAAGAGAAGCAAAGAAACAAAGAAACAAAAACAAAAATGTGGGCTTC
GTCTACAGCAAATGCTCTCAAGCTTTCTTCTTCTGTCTCCAAGTCTCAGCTATCTCCATA
TTTCTCCATCTCTAGATACTTCTCCTCAGTGTTGGAGGGATTAAAGTATGCGAATTCACA
TGAGTGGGTTAAACATGAAGGCTCTGTTGCCACCATTGGCATCACTGACCATGCTCAGGA
CCATTTAGGTGAAGTGGTGTTTGTGGAACTACCAGAGGAAAATGGTTCAGTGAGCAAAGA
AAAAAGCTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTGAAGGCGACGAGTGATATCTTATCTCCTATCTC
AGGTGAAGTCATTGAGGTTAACAAGAAGCTAACAGAAGCACCAGGCTTGATTAACTCAAG
CCCCTATGAAGATGGATGGATGATAAAAGTGAAGCCAAGCAACCCATCTGAGTTAGAATC
TTTAATGGGTTCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAGGAAGAAGATGCCGCTCACTAGGA
GGGTTTCTCTCTACTTGTATGTTCCAAATGTCCTTTTTTTTAAAAAAACTCACAAAAAAA
CTCATAAAAATATGTATGGTTCGTTGGTTTTTAATATCCCAAACATATTCTTCTTTGTTA
ACATAT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 2 7

CO CL957Contig1 805 2 3 U
GGATCGAGAAATGGACCGGTTCAAGGAGCGACCAAGGTACGACGACGGCGAAGAGTCTCC
TCCACCTGACTCAGACGGCGGAGACGAAAATGAAGGGACACCGGAGCCTTTCGCCGGAGC
TAAAATCAGGAGGAAAGCGTCTCGTTACAGAGAGCACCGTGGCGACTATCTCCACGTCTC
CACCCGTCCTAGCCTGATGAAGATTCTCGAGAAACAAGGTGACACGTCGATACGGTTCGC
GGACAAGGTGTTGAAGTTCACAGGCTCCGGGAAGATGAAGAGGAGAATCTTCATCCTGAC
GGACTTTGCGATCTACCTGATCGATCCCGAGAGCGGGGCGATGACGCGGAGGATAGGTTT
GGCTGCGGTGGAGAAGGTGTGTCTGAGCAAGCTGAGTGATAACTTCTTCGCTGTGATTAT
CCCGACGGAGTATGATCTGCTCATGGCCTGCACTCGAAAGACTGAGCTTGTTCAGGTTAT
GGTTGATGTGACTAAGAGTGCTTCTGATTATGAGCTTGAAGTGCTTCTCTCCAACAGGTT
TGAGTACAATGCTTCTGCTTCGTTAGTGAAGGAAGTTTTCGTTTGAGGAAGCTGAAGGGG
GTATCAAGACCAGTTTTAAGTGGAAGTGACTGCATCTCAACTTTGGAGGGAGCACTCTAG
AATTGTGAATGGATTCTTTCGTTTTGGCTACTTAAAAGCTCAACTCAGAGCGGTAATGTT
GTTTATTATTATTCTGTTTAATCTTGTTTTTCCTCAGACATGAATTGTGTAACTTTTTTT
TTATACTGACAAGTGTATTTTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BI14TF U 1
AF RR3BI14JQ C 297
BS 1 781 RR3BI14TF
BS 782 782 RR3BI14JQ
BS 783 805 RR3BI14TF

RD RR3BI14TF 805 0 0
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TAAAATCAGGAGGAAAGCGTCTCGTTACAGAGAGCACCGTGGCGACTATCTCCACGTCTC
CACCCGTCCTAGCCTGATGAAGATTCTCGAGAAACAAGGTGACACGTCGATACGGTTCGC
GGACAAGGTGTTGAAGTTCACAGGCTCCGGGAAGATGAAGAGGAGAATCTTCATCCTGAC
GGACTTTGCGATCTACCTGATCGATCCCGAGAGCGGGGCGATGACGCGGAGGATAGGTTT
GGCTGCGGTGGAGAAGGTGTGTCTGAGCAAGCTGAGTGATAACTTCTTCGCTGTGATTAT
CCCGACGGAGTATGATCTGCTCATGGCCTGCACTCGAAAGACTGAGCTTGTTCAGGTTAT
GGTTGATGTGACTAAGAGTGCTTCTGATTATGAGCTTGAAGTGCTTCTCTCCAACAGGTT
TGAGTACAATGCTTCTGCTTCGTTAGTGAAGGAAGTTTTCGTTTGAGGAAGCTGAAGGGG
GTATCAAGACCAGTTTTAAGTGGAAGTGACTGCATCTCAACTTTGGAGGGAGCACTCTAG
AATTGTGAATGGATTCTTTCGTTTTGGCTACTTAAAAGCTCAACTCAGAGCGGTAATGTT
GTTTATTATTATTCTGTTTAATCTTGTTTTTCCTCAGACATGAATTGTGTAACTTTTTTT
T*ATACTGACAAGTGTATTTTCTAC

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR3BI14JQ 509 0 0
TGACGGACTTTGCGATCTACCTGATCGATCCCGAGAGCGGGGCGATGACGCGGAGGATAG
GTTTGGCTGCGGTGGAGAAGGTGTGTCTGAGCAAGCTGAGTGATAACTTCTTCGCTGTGA
TTATCCCGACGGAGTATGATCTGCTCATGGCCTGCACTCGAAAGACTGAGCTTGTTCAGG
TTATGGTTGATGTGACTAAGAGTGCTTCTGATTATGAGCTTGAAGTGCTTCTCTCCAACA
GGTTTGAGTACAATGCTTCTGCTTCGTTAGTGAAGGAAGTTTTCGTTTGAGGAAGCTGAA
GGGGGTATCAAGACCAGTTTTAAGTGGAAGTGACTGCATCTCAACTTTGGAGGGAGCACT
CTAGAATTGTGAATGGATTCTTTCGTTTTGGCTACTTAAAAGCTCAACTCAGAGCGGTAA
TGTTGTTTATTATTATTCTGTTTAATCTTGTTTTTCCTCAGACATGAATTGTGTAACTTT
TTTTTTATACTGACAAGTGTATTTTCTAC

QA 1 509 1 509
DS 



CO CL957Contig2 823 5 10 U
GGTAGAAAATACACTTGTCAATATAAAAAAAAGGGTTACACAATTCATGTCTGAGGAAAA
ACAAGATTAAACAGAATAATAATA***AACAACATTACCGCTCTGAGTAGAGCTTTTTAG
TAGCCAAAACGAAAGTTTATGAACAGCGAGGAAAGGTGAGGTGCAGCCACTTCCACTTAA
AACTGGTCTTGATACCCCCTTCAGCTTCCTCAAATGAAACTTCCTTCACTAACGAGGCAG
AAGCATTGTACTCAAACCTGCTGGAGAGAAGCACTTCAAGCTCATAGTCAGAAGCACTCT
TAGTCACATCAACCATGACCTGAACAAGCTCAGTCTTGCGAGTGCTGGCCATGAGCAGAT
CATACTCCGTCGGGATAATCACAGCGAAGAAGTTATCGCTCAGCTTGCTCAGACACACCT
TCTCCACCGCAGCCAAACCTATCCTCCGCGTCATCGCCTCGCTCTCGGGATCGATCAGGT
AGATCGCGAAGTCCGTCAGGATGAAGATTCGCCTCTTCATCTTCCCCGTCCCTGTGAACT
TCAACACCTTATCCGCGAATCGTATCGACGTGTCACCTTGTTTCTCGAGAATCTTCATCA
GGCTAGGACGAGTGGAGACGTGGAGATAGTCGCCACGGTGCTCTCTGTAACGAGACGCTT
TCCTCCTGATTTTAGCTCCGGCGAAAGGCTCCGGTGTCCCTCCATCTTCGTCTCCGCCGT
CAGAGTCAGGTGGAGGAGACTCTTCGCCGTCGTCGTACCTTGGTCGCTCCTTGAACCGGT
CCATTTCTCGATGAATTGGAATCGGTTTGATTTTCTCAGATCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GP77JQ U 297
AF RR3GH88JQ U 2
AF RR3E394JQ U 1
AF RR3E394TF C 45
AF RR3GH88TF C 114
BS 1 166 RR3E394JQ
BS 167 167 RR3GH88JQ
BS 168 260 RR3E394JQ
BS 261 261 RR3GH88JQ
BS 262 681 RR3E394JQ
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BS 730 730 RR3E394TF
BS 731 792 RR3E394JQ
BS 793 823 RR3E394TF

RD RR3GP77JQ 301 0 0
CTCTTAGTCACATCAACCATAACCTGAACAAGCTCAGTCTTGCGAGTGCTGGCCATGAGC
AGATCATACTCCGTGGGGATAATCACCGCGAAGAAGTTATCGCTAAGCTTGCTCAGACAC
ACTTTCTCCACCGCAGCCAAACCTATCCTCCGCGTCATCGCCTCGCTCTCGGGATCGATC
AGGTAGATCGCGAAGTCCGTCAGGATGAAGATTCGCCTTTTCATCTTCCCCGACCCTGTG
AACTTCAACACCTTATCCGCGAATCGTACCGACGTGTCACCTTGTTTCTCGAGAATCTTC
A

QA 1 301 1 301
DS 

RD RR3GH88JQ 698 0 0
GC
AGAAAATACACTTGTCAATATAAAAAAAAGGGTTACACAATTCATGTCTGAGGAAAAACA
AGATTAAACAGAATAATAATAATAAACAACATTACCGCTCTGAGTAGAGCTTTTTAGTAG
CCAAAACGAAAGTTTATGAACAGCGAGGAAAGGTGAGGTGCAGCCACTTCCACTTAAAAC
TGGTCTTGATACCCCCTTCAGCTTCCTCAAATGAAACTTCCTTCACTAACGAGGCAGAAG
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CCGCCGTCAGAGTCAGGTGGAGGAGACTCTTCGCCGTCGTCGTACCTTGGTCGCTCCTTG
AACCGGTCCATTTCTCGA

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 6

CO CL958Contig1 1920 6 36 U
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AF RR3BL82TF U 1
AF RR3B026TF U 56
AF RR3BL82JQ C 368
AF RR3GC39JQ U 1037
AF RR3BT19JQ U 1060
AF RR3BT19TF C 1358
BS 1 66 RR3BL82TF
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BS 68 71 RR3BL82TF
BS 72 72 RR3B026TF
BS 73 132 RR3BL82TF
BS 133 133 RR3B026TF
BS 134 162 RR3BL82TF
BS 163 163 RR3B026TF
BS 164 367 RR3BL82TF
BS 368 368 RR3B026TF
BS 369 370 RR3BL82TF
BS 371 371 RR3B026TF
BS 372 667 RR3BL82TF
BS 668 668 RR3B026TF
BS 669 685 RR3BL82TF
BS 686 686 RR3B026TF
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BS 735 801 RR3BL82TF
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BS 1037 1252 RR3GC39JQ
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BS 1626 1656 RR3GC39JQ
BS 1657 1657 RR3BT19JQ
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BS 1742 1742 RR3BT19JQ
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BS 1745 1745 RR3BT19JQ
BS 1746 1820 RR3GC39JQ
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BS 1822 1829 RR3GC39JQ
BS 1830 1830 RR3BT19TF
BS 1831 1848 RR3GC39JQ
BS 1849 1920 RR3BT19TF

RD RR3BL82TF 801 0 0
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TTCAGAGGCGATAAGATGAACGACCTAATGACCAAATCGTTCACAAGCTACGTCGACCTA
AAAAAAATCAGCGATGAAGGATGATCTCGAATCAGGACCAGATCCCGATCTCGAGATGGC
GAACAACAACACGGACGAGAACCTCTCCTCTTTCCTCGAAGAAGCCGAGAAAGTGAAAGC
AGAGATGTCTCTGATCACCGAAACGCTCTCCCGGATCTCGCAGTACAACGACGAGAGCAG
ATCCGCGCACAAGGCGGACTCCGTGAAGTCCCTCCGCGACAAAATCTCCAACGAGATCGT
CTCCGGCTTACGAAAAGCGAAGTCGATCAAGGCCACGCTGGAGGAGATGGACAGAGCGAA
CCGGGAGATTAAACGGTTATCCGGAACTCCGGTTTACAGGAGCAGAGTGGCGGTTACGAA
CGGTTTGAGGAAGAAGCTGAGAGAATCGATGATGGAGCTTCAGGCGCTGAGGCAGAGGAT
GATGAGCGAGTACAAAGAGACAGTTGAGAGACGGTACTTCACCGTTACAGGCGAGAGACC
AGACGAAGCTATGATCGAGAAGATTATAACGGACGGAGGTGAAGAGTTTCTCGCACGTGC
GGTTCAG*AGCACGGGAGAGGGAAG*TGTTGGAGACTGTGGTTGAGATTCAAGACAGGTA
TGATGCGGCGAAG*AGATAGAGAAGAGCTTGTTAGAGCTACACCAAGTGTTTCTAGATAT
GGCTGTGATGGTCGAGGCGCA

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3B026TF 728 0 0
G
GAGTTTCAGAAGCGAAAAGATGAACGACCTAATGACCAAATCGTTCACAAGCTACGTCGA
CC*AAAAAAAATTAGCAATGAAGGATGATCTCGAATCAGGACCAGACCCCGATCTCGAGA
TGGCGAACAACACCACGGACGAGAGCCTCTCCTCTTTCCTCGAAGAAGCCGAGAAAGTGA
AAGCGGAGATGTCTCTGATCACCGAGACGCTCTCCCGGATCTCGCAGTACAACGACGAGA
GCAGATCCGCGCACAAGGCGGACTCCGTGAAGTCTCTCCGCGACAAGATCTCCAACGAGA
TCGTCTCCGGTCTAAGGAAAGCGAAATCGATCAAGGCCACGCTCGAGGAGATGGACAGAG
CGAACCGGGAGATTAAACGGTTATCCGGAACTCCGGTTTACAGGAGCAGAGTGGCGGTTA
CGAACGGTTTGAGGAAGAAGCTGAGAGAATCGATGATGGAGTTCCAGGCGCTGAGGCAGA
GGATGATGAGCGAGTACAAAGAGACAGTTGAGAGACGGTACTTCACCGTTACTGGTGAGA
GACCAGACGAAGCTATGATCGAGAAGATTATAACCGACGGAGGTGAAGAGTTTCTCGCAC
GTGCGGTTCAGGAGCACGGGAGAGGGAAGGTGTTGGAGACTGTGGTTGAGATTCAAGACA
GGTATGATGCGGCGAAGGAGATAGAGAAGAGCTTGTTAGAGCTACACCAAGTGTTTCTAG
ACATGGC

QA 2 728 2 728
DS 

RD RR3BL82JQ 728 0 0
TTACGA
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CGGTTATCCGGAACTCCGGTTTACAGGAGCAGAGTGGCGGTTACGAACGGTTTGAGGAAG
AAGCTGAGAGAATCGATGATGGAGCTTCAGGCGCTGAGGCAGAGGATGATGAGCGAGTAC
AAAGAGACAGTTGAGAGACGGTACTTCACCGTTACAGGCGAGAGACCAGACGAAGCTATG
ATCGAGAAGATTATAACGGACGGAGGTGAAGAGTTTCTCGCACGTGCGGTTCAGGAGCAC
GGGAGAGGGAAGGTGTTGGAGACTGTGGTTGAGATTCAAGACAGGTATGATGCGGCGAAG
GAGATAGAGAAGAGCTTGTTAGAGCTACACCAAGTGTTTCTAGATATGGCTGTGATGGTC
GAGGCGCAAGGCGAACAGATGGATGAGATCGAGCATCACGTGATGAACGCGAGCCATTAC
GTGAAGGATGGTGCTAAGGAGTTGAATACCGCGAAGAAGCATCAGAGAAGCAGTAGGAAA
TGGATGTGCATTGGTATCATTGTCCTGCTCATCATCATTCTCATCGTCATCATCCCCATC
ATCACCAGTTTCACCTCTTCTTGATGAGAGACATTTGTGTTTACTTATTACCCACTAAAG
GATGTCTTAATCCTTGTGTTTTTGTTGTGTAATAATCCAATGAATGTGTTTTTACAGAGA
TG

QA 7 728 7 728
DS 

RD RR3GC39JQ 812 0 0
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ATTTTGTCTTATAACAACAATCTACCTGAACTTTCTGATTGGTAAAGCTTTTCCGAATAA
CTTCTCAACCTCGTTAGCTTCCATTTTGAGCTCATCCAAAAGCCCCATCTCCTCTCTACT
CAACCCTCTCAAGAAATTCTCCTCGTCTTGCTTTAGTTCCTCGAACCCTTCGGCTAATCT
CTGGAACAGTGTCATCTCAGTCTTACCCACTTTCTCCACTTCCTTCTCTACCTCCTCCTC
TATCTCTTCCACCTCTTTCACGATGATCTTCTCCCCTTCCTCCACCGTCTTCTCGAGTCT
CTCCACCAGAGGAGGCTCCGGACCGCAGGTGTTATCAGTTTTTATGAATGTGCTGAAGTC
TCTGCCTATGGTTTTAGCTGCTTTCTCGAGCTCCGGTACAATGCTGTTGGGTAAAGAAGC
AGCTCTCGTGTACACAACCGCACCGCCGTATCCATCCCACGCATCGTTCCTCCCACGGTA
GTACACGAAGATGTAGTCTTCAGGTTTGTTCTCTATCTTTGATGACAGTATATACCAGTC
GTCTTGATAGTGGAGGTACTAGTTGTCATGATTGTAGAAAACAGCAGGCTGGTTAGGATC
TTGGACGAACTTCTGCACGGTTGACCTAGTGAAGAAACCACTGTCCGGGGTCTTTATCCT
CCATGAGATGTTTCCGACGAGTTTGCCATCTTCTGTGTGGAACTCATGGAGCTGGCAGTC
GAAG*CATCAAAG*TGGGATTCAAGCCGCTCG

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3BT19JQ 757 0 0
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ACCTGAACTTTCTGATTGGTAAAGCTTTTCCGAATAACTTCTCAACCTCGTTAGCTTCCA
TTTTGAGCTCATCCAAAAGCTCCATCTCCTCTCTACTCAACCCTCTCAAGAAATTCTCCT
CGTCTTGCTTTAGCTCCTCGAACCCTTCGGCTAATCTCTGGAACAGTGTCGTCTCAGTCT
TACCCACTTTCTCCACTTCCTTCTCTACCTCCTCCTCTATCTCTTCCACCTCTTTCACGA
TGATCTTCTCCCCTTCCTCCACCGTCTTCTCGAGTCTCTCCACCAGAGGAGGCTCCGGAC
CGCAGGTGTTATCAGTTTTTATGAATGTGCTGAAGTCTCTGCCTATGGTTTTAGCTGCTT
TCTCGAGCTCCGGTACAATGCTGTTGGGTAAAGAAGCAGCTCTCGTGTACACAACCGCAC
CGCCGTATCCATCCCACGCATCGTTCCTCCCACGGTAGTACACGAAGATGTAGTCTTCAG
GTTTGTTCTCTATCTTTGATGACAGCATATACCAGTCGTCTTGATAGTGGAGGTACTCGT
TGTCATGATTGTAGAAAACAGCAGGCTGGTTAGGATCTTGGACGAACTTCTGCACGGTTG
ACCTAGTGAAGAAACCACTGTCTGGTGTCTTTATCCTCCATGAGATGTTTCCGACGAGTT
TGCCATCTTCTGTGTGGAACTCATGGAGCTGGCAGTC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3BT19TF 563 0 0
ATGATCT
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GTGTTATCAGTTTTTATGAATGTGCTGAAGTCTCTGCCTATGGTTTTAGCTGCTTTCTCG
AGCTCCGGTACAATGCTGTTGGGTAAAGAAGCAGCTCTCGTGTACACAACCGCACCGCCG
TATCCATCCCACGCATCGTTCCTCCCACGGTAGTACACGAAGATGTAGTCTTCAGGTTTG
TTCTCTATCTTTGATGACAGCATATACCAGTCGTCTTGATAGTGGAGGTACTCGTTGTCA
TGATTGTAGAAAACAGCAGGCTGGTTAGGATCTTGGACGAACTTCTGCACGGTTGACCTA
GTGAAGAAACCACTGTCTGGTGTCTTTATCCTCCATGAGATGTTTCCGACGAGTTTGCCA
TCTTCTGTGTGGAACTCATGGAGCTGGCAGTCGAAGGCATCAAAGGTGGGATTCAAGCCG
CTCGTGATGTACCACTTGCCGTCGAAGTCGTTGATGTTGAAACTCTTGACGAGGACAGAA
GGGTCAGGGGCTGGAC

QA 8 563 8 563
DS 



AS 1 6

CO CL959Contig1 1619 6 17 U
GGGCGGAATGGCTCTCCTCTCAGACGTGTTTCTCTAGGGTTTTACTGCTTTAAAGCTTTT
GCCTTTCTGTTTGATACTATCGATATGGATGGAGCTGCTTCTTCTTCTGATCGTCTCTTC
ACTAGCTTCCCTCTTATGGAAACAGCAGATTGGTTCCAGGAGTCGTCTTTAGGTTCAGAT
GCAAGTGAAGTAGTCCCTAGGAAGTACCATGATAAGGCTTCTCTTCAGAACCAGTATGGA
CATGTACCTTCTGGTGCATATACTGCTCCATCTTCTCATGGAATCGAAAGAAGGCCTAAT
ATGAACGTTGGAAACGTGCTAAATGGTGGAGACCCGTGGGGTTACTTCCCACCAAACCAT
CTTTCTGGTGGCTACCATGATCAGAGTTTTGGTTATGGCCACAACAGCAACTCAAATACC
TTTTCACATCTCATGAATCCACATAGTTCACAAGAAGCACTGAGTTTTGACCAGTTTGGA
TACAATGATCATTTGTATTCAAACCAAGGATTGTATGGAGTATACGGGAACGTAATCGAC
TCTGGCCATGCTTACGGAACGTTTGGTTATGATTCCTGGAAACTCGGGAGAGGATGGTAT
CCTGTTGATGGTTATAGAAAGACCAGAAGCTTCAACTACGGTCGTGGCTACAGTGAAGAG
AAAGCAGATAGGCTTAACGAGCTTTGTCGAGGACCAAGAAGCAATGACGTTAAAAATCCA
CAAGGTCTCAAGATGAAGCAAGACGTAGCAGTGGTAGCAGATCTCCAGCGCTACAACGGG
GAAAATTTCCCTGAAACGTTTGCGAAAGCGAAGTTCTTTGTGATCAAGTCATACAGCGAA
GATGATGTTCACAACAGTATAAAGTATGGCGTGTGGTCGAGCACACCAACTGGCAACAAG
AAGTTGAACGCTGCATATTACGAGAGTTCTTCTCAAGAATGTCCTGTGTATCTTCTGTTC
TCGGTGAATGCAAGTGGGCAATTTGTTGGTATTGCAGAGATGATAGGTCCTGTTGATTTC
AACAAGACGGTGGAGTATTGGCAACAAGATAAATGGATTGGTTGCTTCCCTGTGAAGTGG
CATATCATCAAAGACGTACCGAACAGTCTCTTGAGACACATAACGCTTGCTAATAACGAG
AACAAGCCTGTCACTAATAGCAGAGACACTCAAGAGGTGAATGTGGAAGATGGAACCAGA
ATCATAAAGATATACAAGGAGTATATGAGCAAGACATGTATACTTGATGATTTCGAGTTT
TATGAGACCAGACAAAAGATGATCAGAGATAAGAAGATCAAGCAAAAGAAACCGGCACAC
ACTTCTTTTTAAACCTTGCTTCATTTAAAAACCTTTCAACATTAACCTGATGATGTTGTT
GATTCTTTTTTTTT**GTTTTAAGCAGGTCCTTGATGGAGCTTCTGTTGAAACGATTCAC
TAAAAGACTTTTTAGTTAAAGAACACTTAGTTTGGATTGTGTTTATTTTCTTCAGGCTCT
GGATTCCTGAGAACCTTAATATATATAGCTTCTCTATGCTTTTTCCAAACTTATTAACAT
TGTGTGTTTTGTTCCTTGTATAAAGGACGCACCATCTGATAAAAACCAAAACTCAACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ88TF U 1
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CCTGTTGATGGTTATAGAAAGACCAGAAGCTTCAACTACGGTCGTGGCTACAGTGAAGAG
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TCCACAAGTCTCAGAT

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GGGTTACTTCCCACCAAACCATCTTTCTGGTGGCTACCATGATCAGAGTTTTGGTTATGG
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AGATCTCCAGCGCTACAACGGGGAAAATTTCCCTGAAACGTTTGCGAAAGCGAAGTTCTT
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G
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ATAAAGTATGGCGTGTGGTCGAGCACACCAACTGGCAACAAGAAGTTGAACGCTGCATAT
TACGAGAGTTCTTCTCAAGAATGTCCTGTGTATCTTCTGTTCTCGGTGAATGCAAGTGGG
CAATTTGTTGGTATTGCAGAGATGATAGGTCCTGTTGATTTCAACAAGACGGTGGAGTAT
TGGCAACAAGATAAATGGATTGGTTGCTTCCCTGTGAAGTGGCATATCATCAAAGACGTA
CCGAACAGTCTCTTGAGACACATAACGCTTGCTAATAACGAGAACAAGCCTGTCACTAAT
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AAGAACACTTAGTTTGGATTGTGTTTATTTTCTTCAGGCTCTGGATTCCTGAGAACCTTA
ATATATATAGCTTCTCT
AC

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DS 

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TGAATGCAAGTGGGCAATTTGTTGGTATTGCAGAGATGATAGGTCCTGTTGATTTCAACA
AGACGGTGGAGTATTGGCAACAAGATAAATGGATTGGTTGCTTCCCTGTGAAGTGGCATA
TCATCAAAGACGTACCAAACAGTCTCTTGAGACACATAACGCTTGCTAATAACGAGAACA
AGCCTGTCACTAATAGCAGAGACACTCAAGAGGTGAATGTGGAAGATGGAACCAGAATCA
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AGACCAGACAAAAGATGATCAGAGATAAGAAGATCAAGCAAAAGAAACCGGCACACACTT
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CTTTTTTTTTTTGTTTTAAGCAGGTCCTTGATGGAGCTTCTGTTGAAACGATTCACTAAA
AGACTTTTTAGTTAAAGAACACTTAGTTTGGATTGTGTTTATTTTCTTCAGGCTCTGGAT
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TGTTTTGTTCCTTGTATAAAGGACGCACCATCTGATAAAAACCAAAACTCAACGC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 7

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CCTATTGAGTTCAAGAGACCCTACCAAAACCACCAGCACCAAGCAACAAGCTAGAAAGCC
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GAAAGATGCTAACACCACACAAGAGTTTGAATCCAAAGAGTCTCGCCCTATACTGTGAGA
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AAATCCGCCGATAGCAGCTCACCACCACCACCGAGGCAGACGACCAAGACCCC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B192JQ U 1
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AF RR3AF64JQ U 1
AF RR3CQ53JQ U 1
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C

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C

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CCTCCTCCACCGGACCTGCCTCCTCTACTCCTCCTTATCAAACCTCACAAGCACCAAACT
CCTATTGAGTTCAAGAGACCCTACCAAAACCACCAGCACCAAGCAACAAGCTAGAAAGCC
GCTCTTATTCGGAGAGGCAAAAGATGATAAGCCCGCCACAACTACCGAAACCTGCACAAT
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CAC

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G
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TACAACACAACAACAAATAACAGAATGAAAAACACGACTACTATACCTAATGCCAAAGCC
GGATTGAAAGGCAGATGGACTCCAATGAACTACTAAGAGTGTGCGACACGCGTTGCGGAA
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CCCAAGCTCGCCTCCACAAGATTCACCTACCACTGAAATCCGACGATGGGCATCAAGCAC
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GTTTGAATCCAAAGAGTCTCGCCCTATACTGTGAGAGAAGCAACTCCGCCACCGAGAGAT
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GGAGACTGTCAAAACACTATACAAGAAAGCTCCAACTTACTAGCTTCGTAAGAACGCCAC
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DS 

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DS 

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TCCTATTGAGTTCAAGAGACCCTACCAAAACCACCAGCACCAAGCAACAAGCTAGAAAGC
CGCTCTTATTCGGAGAGGCAAAAGATGATAAGCCCGCCACAACTACCGAAACCTGCACAA
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AGAAGCAACTCCGCCACCGAGAGATTAGACCAGGTCGACAACACCATGACCATCACCCTC
GCACGAGGGACAACCACCGAGAACCGGAGACTGTCAAAACACTATGCAAGAAAGCTCCAA
CTTACTAGCTTCGTAAGAACGCCACATCGAACTCCGACAAGCAAGGAGAGCTCAGACCTT
GTCATAGGATTGACGGCATCGCCTTCTAGCCACAAGAACAAACCGCAACCACCTACAATG
AAAATCC
C

QA 1 727 1 727
DS 



AS 2 7

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ATGAAAGAGAAATATCCAGTTGTAAATATATTGAAACGTATCTATGAAGGAAGGTGTCTA
CAACTTCACATTACAGATCCCATTGATGCAACAAGAAAACACGATAATGTTGTTGATACA
GAAATTACAAGTTTCTTTACTTCCGCCGATCACTCGCAGTACATTCTTAATGTCTAGACG
ACACAGCAAAAAAAGGAAGTTACAAGTTTTATGATGGAAACGAGACCATTTACGCCTCTG
CTCTCTGCTTCTGTCAGAACAAGAAGATGATCAAACTGAACATTGTGAGTTTGTAGGTTT
TGTTGCTTATCTTTCACCTCTCTTTTTTTTGATTAAGCACATCCAAAGAACTGCTCTATA
GACTGCGAGGTGAACACGTTGGGAGCCGTTCGCTCTGGTTTCGATGCAGACACGTGAAGC
TGGTATTTGATGAACCGAGCTAATTGTGTGCTGATCTCTGGGTTTGTATCAATATGCCAG
TCAGGTTCTATTTGTCTAACAAAGGATGTTCTTCCGATCTCTGTACTACAAAACAGGACC
TTATCTTTGACCAAACCACCAGAGGTGAAAACACCTGCAGTCTCTAAAGCCTGTAGAACT
CTGGCTTCACTTTCGTCGTCAAGAACTCTTTCCATGAGGTATAAATCAGAATACTTTGTA
ATCTCTAGGAGAACTTCCAGAACCGATGACCTCACTGTTGCTGGTTTTTGGAGTTCTTCT
GGACTTGATTCCTCAAGAATGACTCCAAGAAGACGGCATGTTACCTTCCTTCCTTCACTA
AGCTTCTGCCTAACAATCTGCCCCAGCGTAGTTTGACAGGCTGAAAGAAGTGATCAACAA
CATCTTGCACTCCGTTATCCTCATGAGGCAAAGAAACATCTGACTGAGCAGAGCAGCACT
AGAGGAGGAGGATTCAGCTGACTGCAGCATCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3EB27JQ U 1
AF RR3A326JQ U 1
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T

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GAAATTACAAGTTTCTTTACTTCCGCCGATCACTCGCAGTACATTCTTAATGTCTAGACG
ACACAGCAAAAAAAGGAAGTTACAAGTTTTATGATGGAAACGAGACCATTTACGCCTCTG
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ATCTCTAGGAGAACTTCCAGAACCGATGACCTCACTGTTGCTGGTTTTTGGAGTTCTTCT
GGACTTGATTCCTCAAGAATGACTCCAAGAAGACGGCATGTTACCTTCCTTCCTTCACTA
AGCTTCTGCCTAACAATCTGCCCCAGCGTAGTTTGACAGGCTGAAAGAAGTGATCAACAA
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AGAGGAGGAGGATTCAGCTGACTGCAGCATCC

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DS 



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TCTAGTGCTGCTGCTGCTGCTCAGTCAGATGTTTCTTTGCCTCATGAGGATAACGGAGTG
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AAACTTGTAATTTCTGTATCAACAACATTATCGTGTTTTCTTGTTACATCAATGGGATCT
GTAATGTGAAGTTTTCGACACCTTCCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GG
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CAAA
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C

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AAACCTACAAACTCACAATGTTCAATTTGATCATCTTCTTGTTCTGACAGAAGCAGAGAG
CAGAGGCGTAAATGGTCTCGTTTCCATCATAAAACTTGTAACTTTCCTTTTTTTTGTTGT
GTTGTTGTCTGGACATTAACAATGTACTGCCAGCGTTATCCGGCGGAAGTAAAAAACTTG
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DS 



AS 1 5

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TTGACCAGCCTCAAGTTCCACTGAGGTGATCATAACATATCATATCATACCATCCCATGG
TGTTGTCTGTTGGTCTCCCATTCTCTTGTATCCTACAGTCTTGTTTCTTTCTCTTTGGTA
CCATCAGTTTCTTTGTGTTGTAACACCATGTGTAAACATATTCGTCTTTTGTAAGAAATG
ACAATATCAGTGGCCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FG47TF U 16
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AGCACCGGAGGTTGCAGGACTGGTACA

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3FG47TF 608 0 0
GGG
AGAAGAGAAAAAGTTTAAGCAAAAAAAA**TGGCAGCACAAGCGCTTGTGTCTTCTTCAC
TTACCTCCTCTGTTCAGACAGCTAGACAGATATTCGGCACAAAACCAGCTGTGTCCGTAT
CACAGAGGAAGTTGGTTGTTAAGGCTGCCTCAACTCCACCTGCCAAGCAAGGAGCAAACA
GGCAATTGTGGTTTGCATCATCACAGAGTCTCTCTTACTTGGATGGCAGCTTACCTGGCG
ACTTTGGATTTGACCCGCTTGGTCTTTCAGACCCAGAGGGTACTGGAGGGTTCATCGAGC
CGAGATGGCTAGCCTACGGAGAGATCATCAACGGGCGGTTTGCTATGTTGGGTGCAGCTG
GAGCTATTGCACCTGAGATTCTAGGAAAGGCCGGTCTGATTCCAGCAGACACTGCTCTTC
CCTGGTTCCAGACCGGTGCGATTCCACCTGCAGGGACGTACAGCTACTGGGCAGACCCTT
ACACACTCTTTGTTCTCGAGATGGCTTTGATGGGTTTTGCTGAGCACAGGAGGTTGCAGG
ACTGGTACAACCCAGGATCTATGGGTAAACAATACTTCTTGGGTCTAGAGAAAGGTTTCG
CCGGT

QA 4 608 4 608
DS 

RD RR3B693TF 797 0 0
GGATCGTCTCTTGGTGACAGAAGAGAAAAAGTTTAAGCAAAAAAAAAATGGCAGCACAAG
CGCTTGTGTCTTCTTCACTTATCTCCTCTGTTCAGACAGCTAGACGGATATTCGGCACAA
AACCAGCTGTGTCCGTATCACAGAGGAAGTTGGTTGTTAAGGCTGCCTCAACTCCACCTG
CCAAGCAAGGAGCAAACAGGCAATTGTGGTTTGCATCGTCACAGAGCCTCTCTTACTTGG
ATGGCAGCTTACCTGGCGACTTTGGATTTGACCCGCTTGGTCTTTCAGACCCAGAGGGTA
CTGGAGGGTTCATCGAGCCGAGATGGCTAGCCTACGGAGAGATCATCAACGGGCGGTTTG
CTATGTTGGGCGCAGCTGGAGCTATTGCACCTGAGATTCTAGGAAAGGCCGGTCTGATTC
CAGCGGACACTGCTCTTCCCTGGTTCCAGACCGGTGTGACTCCACCTGCAGGGACGTACA
GCTACTGGGCAGACCCTTACACACTCTTTGTTCTCGAGATGGCTTTGATGGGTTTTGCTG
AGCACCGGAGGTTGCAGGACTGGTACAACCCAGGATCTATGGGTAAACAATACTTCTTGG
GTCTAGAGAAAGGTTTCGCCGGTTCAGGTAACCCGGCTTACCCCGGTGGACCTTTCTTCA
ACCCTCTAGGGTTTGGAAAAGACGAGAAGTCGATGAAGGAGTTGAAACTCAAAGGAGGTC
AAGAACGGTAGACTGGCAATGCTCGCCATCCTTGGCTATTTTATCCAGGGACTAGTGACC
GGTGTGGGACCTTACCA

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3B693JQ 806 0 0
CTTACTTGGATGGCAGCTTACCTGGCGACTTTGGATTTGACCCGCTTGGTCTTTCAGACC
CAGAGGGTACTGGAGGGTTCATCGAGCCGAGATGGCTAGCCTACGGAGAGATCATCAACG
GGCGGTTTGCTATGTTGGGCGCAGCTGGAGCTATTGCACCTGAGATTCTAGGAAAGGCCG
GTCTGATTCCAGCGGACACTGCTCTTCCCTGGTTCCAGACCGGTGTGACTCCACCTGCAG
GGACGTACAGCTACTGGGCAGACCCTTACACACTCTTTGTTCTCGAGATGGCTTTGATGG
GTTTTGCTGAGCCCCGGAGGTTGCAGGACTGGTACAACCCAGGATCTATGGGTAAACAAT
ACTTCTTGGGTCTAGAGAAAGGTTTCGCCGGTTCAGGTAACCCGGCTTACCCCGGTGGAC
CTTTCTTCAACCCTCTAGGGTTTGGAAAAGACGAGAAGTCGATGAAGGAGTTGAAACTCA
A*GGAGGTCAAGAACGGTAGACTGGCAATGCTCGCCATCCTTGGCTATTTTATCCAGGGA
CTAGTGACCGGTGTGGGACCTTACCAGAACCTTCTTGATCATTTGGCGGATCCCGTCAAC
AACAATGTCTTGACCAGCCTCAAGTTCCACTGAGGTGATC*****ATATCATATCATACC
ATCCCATGGTGTTGTCTGTTGGTCTCCCATTCTCTTGTATCCTACAGTCTTGTTTCTTTC
TCTTTGGTACCATCAGTTTCTTTGTGTTGTAACACCATGTGTAAACATATTCGTCTTTTG
TAAGAAATGACA
ATATCAGTGGCCAG

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3FG47JQ 619 0 0
TTCCAGCAGACACTGTTCTTCCCTGGTTCCAGACCGGTGCGATTCCACCTGCAGGGACGT
ACAGTTACTGGGCAGACCCTTACACACTCTTTGTTCTCGAGATGGCTTTGATGGGTTTTG
CTGAGCACAGGAGGTTGCAGGACTGGTACAACCCAGGATCTATGGGTAAACAATACTTCT
TGGGTCTAGAGAAAGGTTTCGCCGGTTCAGGTAACCCGGCTTACCCCGGTGGACCTTTCT
TCAACCCTCTAGGGTTTGGAAAAGACGAGAAGTCGATGAAGGAGTTGAAACTCAA*GGAG
GTCAAGAACGGTAGACTGGCAATGCTCGCCATCCTTGGCTATTTTATCCAGGGACTAGTG
ACCGGTGTGGGACCTTACCAGAACCTTCTTGATCATTTGGCGGATCCCGTCAACAACAAT
GTCTTGACCAGCCTCAAGTTTCACTGAGGTGATCATAACATATCATATCATACCATCCCA
TGGTGTTGTCTGTTGGTCTCCCATTCTCTTGTATCCTACAGTCTTGTTTCTTTCTCTTTG
GTACCATCAGTTTCTTTGTGTTGTAACACCATGTGTAAACATATTCGTCTTTTGTAAGAA
ATGACAATATCAGTGGCCC

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 7

CO CL963Contig1 1191 7 10 U
GGGAGTTGATGCGGGCAAGAATATCCTTTCTCTCTCCTCCAACTTTTCTCCTTCGAAGAC
CAGAACGCCTCCTGCTGTAGCTCCGACGTTGGTAACGCGTGCGAGCGCGTGAAGACGTCG
GAGGCGTCCGACTTTAGCATATCTCCATCTTTTCTTTGCTGCTACTCGATCCCCACCTTC
TCTTCCGATATGCTTGCGTTCTCTGGATTTAGGGTTTTGCTATGGTGACCGCTCCGCTCG
CGGTGAGGATCTCCGGTGGTGTCTCCTCCTCTTCTGGTATCGTGGCGAGGTTGTAGAGGT
GATGATTCGTAGTGGTGGTCGGATTTTAGAGTTTTGTGAGGATATCGTTTTCTCGTTTGA
TTTCCTTAGTTTGTTTCGATGTTGGGGAGCAAGGTTTAGAAACAGTTTCTACCCTCTGTT
TTTTCTCTGGTATAAGCAGTAGCGGCCATTGAAGAGGGGTGCGTGAGGTTTAGCTACGGA
TGTGGCTTGGCGTCTTGCTCGGGAGGGGG*AGGGTTGCCTCTGTTCATTGGAGTCAACTC
CCGTGGATGTTGATACTTGATGGTCAGAGTCTTTTGCAACCTCGACCTTTGGTTTGAGAG
GATCAGAAGGAGTTATTTGGTTATGGAAGCGTCTGCTTCATTGTTCGATTGCCGCCTATT
TGATCGTGATAAGTTCTGGACTTGGAGTGGTTTTTATCCAGTTACCGGCTGTGAATAAGA
CGTGTTCGGGAAGCTGTTATAGGTTTCGCCGTGGGGTAATAGTACGTATAAGGCGAGTAG
AGAACCCATTCAAGGTCCAATGGCGAGACTTAGTTGGGATTGAAGGGTGTGTTCAGCGAC
GGTTAAGGATTCTAACCTCTCTCGGTTCAGTTTATGTTATGTTTTGGTGATGTTCGTGTA
CTTCTAGGCTCTCTCCTTGGTCTTCTTATCTGGTGCTATTTGTGGATGAGTTCCCGTTAG
GTAAGCTCGTCTTTGAGTGAAAGGTTGAGCACTCCTCCTCTCCTGAAGTTTCTATCTTCT
ATTCTGCTTCTCGACGTTTTTATTTGTCTTTGTTAGCTTTAAAAGTTTGTGTTATGTCTG
TTTCATGGCTCCGGGTGGTATATGTTACCTCGCCGGCTCTTGGCTCTGTTTAGGGTACGC
AAATCCGATGTGTAAAATGTTGTTGGATCTAATATTAATCTACCAGATGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3CI43TF U 1
AF RR3AU38TF U 11
AF RR3AW42TF U 81
AF RR3A752TF U 54
AF RR3AU38JQ C 638
AF RR3CI43JQ C 323
AF RR3AW42JQ C 425
BS 1 53 RR3CI43TF
BS 54 54 RR3AU38TF
BS 55 714 RR3CI43TF
BS 715 715 RR3AU38TF
BS 716 729 RR3CI43TF
BS 730 758 RR3AU38TF
BS 759 772 RR3A752TF
BS 773 773 RR3CI43JQ
BS 774 783 RR3A752TF
BS 784 1191 RR3CI43JQ

RD RR3CI43TF 741 0 0
GGGAGTTGATGCGGGCAAGAATATCCTTTCTCTCTCCTCCAACTTTTCTCCTTTGAAGAC
CAGAACGCCTCCTGCTGTAGCTCCGACGTTGGTAACGCGTGCGAGCGCGTGAAGACGTCG
GAGGCGTCCGACTTTAGCATATCTCCATCTTTTCTTTGCTGCTACTCGATCCCCACCTTC
TCTTCCGATATGCTTGCGTTCTCTGGATTTAGGGTTTTGCTATGGTGACCGCTCCGCTCG
CGGTGAGGATCTCCGGTGGTGTCTCCTCCTCTTCTGGTATCGTGGCGAGGTTGTAGAGGT
GATGATTCGTAGTGGTGGTCGGATTTTAGAGTTTTGTGAGGATATCGTTTTCTCGTTTGA
TTTCCTTAGTTTGTTTCGATGTTGGGGAGCAAGGTTTAGAAACAGTTTCTACCCTCTGTT
TTTTCTCTGGTATAAGCAGTAGCGGCCATTGAAGAGGGGTGCGTGAGGTTTAGCTACGGA
TGTGGCTTGGCGTCTTGCTCGGGAGGGGG*AGGGTTGCCTCTGTTCATTGGAGTCAACTC
CCGTGGATGTTGATACTTGATGGTCAGAGTCTTTTGCAACCTCGACCTTTGGTTTGAGAG
GATCAGAAGGAGTTATTTGGTTATGGAAGCGTCTGCTTCATTGTTCGATTGCCGCCTATT
TGATCGTGATAAGTTCTGGACTTGGAGTGGTTTTTATCCAGTTACCGGCTGTGA*TAAGA
CGTGTTCGG
AGCTGTTATAGT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3AU38TF 748 0 0
GG
GGGCAAGAATATCCTTTCTCTCTCCTCCAACTTTTCTCCTTCGAAGACCAGAACGCCTCC
TGCTGTAGCTCCGACGTTGGTAACGCGTGCGAGCGCGTGAAGACGTCGGAGGCGTCCGAC
TTTAGCATATCTCCATCTTTTCTTTGCTGCTACTCGATCCCCACCTTCTCTTCCGATATG
CTTGCGTTCTCTGGATTTAGGGTTTTGCTATGGTGACCGCTCCGCTCGCGGTGAGGATCT
CCGGTGGTGTCTCCTCCTCTTCTGGTATCGTGGCGAGGTTGTAGAGGTGATGATTCGTAG
TGGTGGTCGGATTTTAGAGTTTTGTGAGGATATCGTTTTCTCGTTTGATTTCCTTAGTTT
GTTTCGATGTTGGGGAGCAAGGTTTAGAAACAGTTTCTACCCTCTGTTTTTTCTCTGGTA
TAAGCAGTAGCGGCCATTGAAGAGGGGTGCGTGAGGTTTAGCTACGGATGTGGCTTGGCG
TCTTGCTCGGGAGGGGG*AGGGTTGCCTCTGTTCATTGGAGTCAACTCCCGTGGATGTTG
ATACTTGATGGTCAGAGTCTTTTGCAACCTCGACCTTTGGTTTGAGAGGATCAGAAGGAG
TTATTTGGTTATGGAAGCGTCTGCTTCATTGTTCGATTGCCGCCTATTTGATCGTGATAA
GTTCTGGACTTGGAGTGGTTTTTATCCAGTTACCGGCTGTGAATAAGACGTGTTCGGGAA
GCTGTTATAGGTTTCGCCGTGGGGTA

QA 3 748 3 748
DS 

RD RR3AW42TF 658 0 0
CTCCGACGTTGGTAACGCGTGCGAGCGCGTGAAGACGTCGGAGGCGTCCGACTTTAGCAT
ATCTCCATCTTTTCTTTGCTGCTACTCGATCCCCACCTTCTCTTCCGATATGCTTGCGTT
CTCTGGATTTAGGGTTTTGCTATGTTGACCGCTCCGCTCGCGGTGAGGATCTCCGGTGGT
GTCTCCTCCTCTTCTGGTATCGTGGCGAGGTTGTAGAGGTGATGATTCGTAGTGGTGGTC
GGATTTTAGAGTTTTGTGAGGATATCGTTTTCTCGTCTGATTTCCTTAGTTTGTTTCGAT
GTTGGGGAGCAAGGTTTAGAAACAGTTTCTACCCTCTGTTTTTTCTCTGGTATAAGCAGT
AGCGGCCATTGAAGAGGGGTGCGTGAGGTTTAGCTACGGATGTGTCTTGGCGTCTTGCTC
GGGAGGGGG*AGGGTTGCCTCTGTTCATTGGAGTCAACTCCCGTGGATGTTGATACTTGA
TGGTCAGAGTCTTTTGCAACCTCGACCTTTGGTTTGAGAGGATCAGAAGGAGTTATTTGG
TTATGGAAGCGTCTGCTTCATTGTTCGATTGCCGCCTATTTGATCGTGATAAGTTCTGGA
CTTGGAGTGGTTTTTATCCAGTTACCGGCTGTGAATAAGACGTGTTCGGGAAGCTGTT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3A752TF 736 0 0
C
GAAGACCAGAACGCCTCCTGCTGTAGCTCCGACGTTGGTAACGCGTGCGAGCGCGTGAAG
ACGTCGGAGGCGTCCGACTTTAGCATATCTCCATCTTCTCTTTGCTGCTACTCGATCCCC
ACCTTCTCTTCCGATATGCTTGCGTTCTCTGGATTTAGGGTTTTGCTATGGTGACCGCTC
CGCTCGCGGTGAGGATCTCCGGTGGTGTCTCCTCCTCTTCTGGTATCGTGGCGAGGTTGT
AGAGGTGATGATTCGTAGTGGTGGTCGGATTTTAGAGTTTTGTGAGGATATCGTTTTCTC
GTTTGATTTCCTTAGTTTGTTTCGATGTTGGGGAGCAAGGTTTAGAAACAGTTTCTACCC
TCTGTTTTTTCTCTGGTATAAGCAGTAGCGGCCATTGAAGAGGGGTGCGTGAGGTTTAGC
TACGGATGTGGCTTGGCGTCTTGTTCGGGAGGGGGGAGGGTTGCCTCTGTTCATTGGAGT
CAACTCCCGTGGATGTTGATACTTGATGGTCAGAGTCTTTTGCAACCTCGACCTTTGGTT
TGAGAGGATCAGAAGGAGTTATTTGGTTATGGAAGCGTCTGCTTCATTGTTCGATTGCCG
CCTATTTGATCGTGATAAGTTCTGGACTTGGAGTGGTTTTTATCCAGTTACCGGCTGTGA
ATAAGACGTGTTCGGGAAGCTGTTATAGGTTTCGCCGTGGGGTAATAGTACGTATAAG*C
GAGTAGAGA
CCCATT

QA 2 730 2 730
DS 

RD RR3AU38JQ 380 0 0
TCATTGTTCGATTGCCGCCTATTTGATCGTGATAAGTTCTGGACTTGGAGTGGTTTTTAT
CCAGTTACCGGCTGTGAATAAGACGTGTTCGGGAAGCTGTTATAGGTTTCGCCGTGGGGT
AATAGTACGTATAAGGCGAGTAGAGAACCCATTCAAGGTCCAATGGCGAGACTTAGTTGG
GATTGAAGGGTGTGTTCAGCGACGGTTAAGGATTCTAACCTCTCTCGGTTCAGTTTATGT
TATGTTTTGGTGATGTTCGTGTACTTCTAGGCTCTCTCCTTGGTCTTTTTATCTGGTGCT
ATTTGTGGATGAGTTCCCGTTAGGTAAGCTCGTCTTTGAGTGAAAGGTTGAGCACTCCTC
CTCTCCTGAAGTTTCTATCT

QA 1 380 1 380
DS 

RD RR3CI43JQ 869 0 0
GGATTTAGAG
TTTGTGAGGATATCGTTTTCTCGTTTGATT*CCTTAGTTTGTTTCGATGTTGGGGAGCAA
GGTTTAGAAACAGTTTCTACCCTCTGTTTTTTCTCTGGTATAAGCAGTAGCGGCCATTGA
AGAGGGGTGCGTGAGGTTTAGCTACGGATGTGGCTTGGCGTCTTGCTCGGGAGGGGG*AG
GGTTGCCTCTGTTCATTGGAGTCAACTCCCGTGGATGTTGATACTTGATGGTCAGAGTCT
TTTGCAACCTCGACCTTTGGTTTGAGAGGATCAGAAGGAGTTATTTGGTTATGGAAGCGT
CTGCTTCATTGTTCGATTGCCGCCTATTTGATCGTGATAAGTTCTGGACTTGGAGTGGTT
TTTATCCAGTTACCGGCTGTGAATAAGACGTGTTCGGGAAGCTGTTATAGGTTTCGCCGT
GGGGTAATAGTACGTATAAGGCGAGTAGAGAACCCATTCAAGGTCCAATGGCGAGACTTA
GTTGGGATTGAAGGGTGTGTTCAGCGACGGTTAAGGATTCTAACCTCTCTCGGTTCAGTT
TATGTTATGTTTTGGTGATGTTCGTGTACTTCTAGGCTCTCTCCTTGGTCTTCTTATCTG
GTGCTATTTGTGGATGAGTTCCCGTTAGGTAAGCTCGTCTTTGAGTGAAAGGTTGAGCAC
TCCTCCTCTCCTGAAGTTTCTATCTTCTATTCTGCTTCTCGACGTTTTTATTTGTCTTTG
TTAGCTTTAAAAGTTTGTGTTATGTCTGTTTCATGGCTCCGGGTGGTATATGTTACCTCG
CCGGCTCTTGGCTCTGTTTAGGGTACGCAAATCCGATGTGTAAAATGTTGTTGGATCTAA
TATTAATCTACCAGATGAC

QA 11 869 11 869
DS 

RD RR3AW42JQ 767 0 0
CTCTGGTATAAGCAGTAGCGGCCATTGAAGAGGGGTGCGTGAGGTTTAGCTACGGATGTG
TCTTGGCGTCTTGCTCGGGAGGGGG*AGGGTTGCCTCTGTTCATTGGAGTCAACTCCCGT
GGATGTTGATACTTGATGGTCAGAGTCTTTTGCAACCTCGACCTTTGGTTTGAGAGGATC
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CGTGATAAGTTCTGGACTTGGAGTGGTTTTTATCCAGTTACCGGCTGTGAATAAGACGTG
TTCGGGAAGCTGTTATAGGTTTCGCCGTGGGGTAATAGTACGTATAAGGCGAGTAGAGAA
CCCATTCAAGGTCCAATGGCGAGACTTAGTTGGGATTGAAGGGTGTGTTCAGCGACGGTT
AAGGATTCTAACCTCTCTCGGTTCAGTTTATGTTATGTTTTGGTGATGTTCGTGTACTTC
TAGGCTCTCTCCTTGGTCTTCTTATCTGGTGCTATTTGTGGATGAGTTCCCGTTAGGTAA
GCTCGTCTTTGAGTGAAAGGTTGAGCACTCCTCCTCTCCTGAAGTTTCTATCTTCTATTC
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ATGGCTCCGGGTGGTATATGTTACCTCGCCGGCTCTTGGCTCTGTTTAGGGTATGCAAAT
CCGATGTGTAAAATGTTGTTGGATCTAATATTAATCTACCAGATGAC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 2 5

CO CL964Contig1 1190 2 6 U
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GAATCTCTGAGTCTTCCTCTTGTAGACAGACATGGATGCTGTTTCACCTCTCAGAGCTGT
GTGTGGAAGCGTTGCTCAATACTCCGGGACTAGAATCGATCACGGGCTTTTTGGGTTTTG
TTCATTTTCTCAGGAAAACAAATCAAAATCCAAACTTTCACCTGTTATGAGCCTAGATTT
GAAGGAACATCCCATGTCTTCAAACCAAACACTCACCGCCTTGTCTTCTTCTTCCTATGT
TGTTCCTACAAAGACATCATCAATTGGTATGAGTAGAGGGATGAGATGGTGGGAGAAGTC
AACGAAAGTCAATATGTTAGAGATTCACTCTGCTAATCATCTCGTTGACTCTTTGCTTAA
CGCTGGTGATAGATTAGTTGTTCTTGATTTCTACTCTCCTGGTTGTGGTGGCTGCAAATC
TCTCCACCCAAAGATCTGTCAATTGGCTGAATCAAACCCAAACGTGATGTTTCTCAAAGT
GAATCAAGAAGAGCTTAGAACAATGTGTCATGGCCTTAACGTCCATGTGCTTCCTTTCTT
TAAGTTCTATAGAGGAGCAGAGGGTAAACTGTGTAGTTTCAGCTGCACCATCGCCACCAT
TAATAAGTTCAAGAAAGCTTTGGACAAGCACGGTAGCGAGAGGTGCAGCCTTGGACCAGC
GAAAGGTTTAGACAGTAAGGAGCTCATGGCTTTAGCATCTGTAGGGGAATTGAAAATGAA
TCTGGATTCCTTAACAGTTCATCAAGATGTGTTGTTGTCCTCATCATCAGCTAGCAGCTT
CTGTTATGAGACAGAGCAACAGCATCAGAAGATGGTGGTATAAAGAGATGGGTCTTTTCC
ATCAGGGCTCTTATTGGTTTGTAGATATGATTATTGGTTAGTATCATTGTGTTTTTGCTT
AGAGTCTATGGTTAGTTATATAGTTTACTAGTAGCCTAGTAACAATGCCTTATAACTTCA
AAACATTGAATTCCAGGCTTTGTTTCAAATATTTTTTCTTCAAATTTACATAATTATCTC
AACTTGTTGTTTTCAATCTAGATCTTGGATCTTAACTATACATCAAGAGCACAATTCATT
GTTGTTATATGATGAAAGAAAGTCTTAATGTTGAAATATACAATCAGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EE65TF U 1
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QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3EE65JQ 756 0 0
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TGGTTTGTAGATATGATTATTGGTTAGTATCATTGTGTTTTTGCTTAGAGTCTATGGTTA
GTTATATAGTTTACTAGTAGCCTAGTAACAATGCCTTATAACTTCAAAACATTGAATTCC
AGGCTTTGTTTCAAATATTTTTTCTTCAAATTTACATAATTATCTCAACTTGTTGTTTTC
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QA 1 756 1 756
DS 



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CAAAATTGAAACTTTCGCCAGTTATGAGCCTAGATTTGAAGGAACATCCCATGGCTTCAA
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CAGAGGGTAAACTGTGTAGTTTCAGCTGCACCATCGCCACCATTAATAAGTTCAAGAAAG
CTTTGGACAAGCACGGTAGCGAGAGGTGCAGCCTCGGGCCAGCGAAAGGTTTAGACAGTA
AGGAGCTCATGGCTTTAGCGTCTGTAGGGGAACTTAAAATGAATCTGGACGCCTTGACAA
TTCATCAAGATGTGTTGTCGTCGTCATCATCAGTTAGCAGCTTCTGTTATGAAACAGAGC
AACAACATCAGAAGATGGTGGTATAAAGAGATGGGTCTTTTCCATCAGGGCTCTTATTGA
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TGGTCTTCAAATTTACATAACTATCCC


BQ
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25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3FJ79TF U 46
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CTTTG

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GG
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GGTGCTCAATACTCCGGGACTAGAATCGATCACGGGCTTTCTGGGTTTTGTTCATTTTCG
CAGGAAAACAAATCAAAATTGAAACTTTCGCCAGTTATGAGCCTAGATTTGAAGGAACAT
CCCATGGCTTCAAACCAAACACTCACCTCCTTGTCTTCTTCTTCTTCTTCCTATGTTGTT
CCTACAAAGACATCATCAATTGGTATGAGTAGAGGGATGAGATGGTGGGAGAAGTCAACG
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CATCTCGTTGACTCTTTGCTTAACGCTGGTGATAGATTAGTTGTTCTTGATTTCTACTCT
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CCAAACGTGATGTTTCTCAAAGTGAATCAAGAAGAGCTTAGAACAATGTGTCATGGCCTT
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CTATCCC

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DS 



AS 1 6

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AGAAATGATCATCTTATGAACTTATGATATTTCTTGATAGTTTGCTGCTATAATATGAGT
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CTTTGGTTGCTCTATCCCATTTATCTTGCTCACGACGCGTAGGTGCCAGCTTCCATTTAG
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TTAAGACGGATTTAGAAGGCGAAGCAAGCTCTTTGCTTAAGTCAACATCCATACTGTCAA
GACTCATAACTCTATTAAAGCTCAGAAACCCAGATGACTCTTCCTTAGAGGGAGATGGGT
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A


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
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15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CTTTTGAGTAGAAATGGAGATGGCTTCTTCTATGGCTTGAAGGAATGTAGCAATTTTGTA
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CTCTGGGGTGTATGAAATATAAGCAGAGACTAAACCTACACC*ACCAATGCCAACTGTGA
GAAGCTGTAGCTTATCCTTCAGCTTGTAATATTGTTCCC
C

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3GY19TF 640 0 0
GAGAAAAAAATTATTGAGACAGAGGTATATCAATGATTAACTTGTTTTTATACAGTTCAT
AGAAATGATCATCTTATGAACTTATGATATTTCTTGATAGTTTGCTGCTATAATATGAGT
TTATTAGTATGAATACATTTCCTTACAACATCTGACTTTGACCTACTCACCGGCCTTTGA
CCACATAACAATCTAACTTGTTTATATAGACACGGAAGCTGGGTGGCTTTAGACATCGGT
CTTTTGAGTAGAAATGGAGATGGCTTCTTCTATGGCTTGAAGGAATGTAGCAATTTTGTA
AGTAAAGAACCCAACCAACATTGGTATCAACTCCAAGTGCATGAATCCATACTCAGGAAC
AAGTATTGCGTTCCATCTATTGAATATCATAACCAACACAACGGGGACAAGTAAGCGTGG
CTGCCCAGATGCACCTTTCATAACTCCTCTGGCCCCATCTGCCATGGCATCTACAGTGTT
ACCAAGCATTCTCATATATGCTAACGAACCCATCAAGCCAGCACCAAAACTAAGTGTAAT
CTCTGGGGTGTATGAAATATAAGCAGAGACTAAACCTACACC*ACCAATGCCAACTGTGA
GAAGCTGTAGCTTATCCTTCAGCTTGTAATATTGTTCCC
C

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3CY32JQ 730 0 0
GT
CAATGATTAACTTGTTTTTATACAGTTCATAGAAATGATCATCTTATGAACTTATGATAT
TTCTTGATAGTTTGCTGCTATAATATGAGTTTATTAGTATGAATACATTTCCTTACAACA
TCTGACTTTGACCTACTCACCGGCCTTTGACCACATAACAATCTAACTTGTTTATATAGA
CACGGAAGCTGGGTGGCTTTAGACATCGGTCTTTTGAGTAGAGATGGAGATGGCTTCTTC
TATGGCTTGAAAGAATGTAGCAATTTTGTAAGTAAAGAACCCAACCAACATTGGTATCAA
CTCCAAGTGCATGAATCCATACTCAGGAACAAGTATTGCGTTCCATCTATTGAATATCAT
AACCAACACAACGGGGACAAGTAAGCGTGGCTGCCCAGATGCACCTTTCATAACTCCTCT
GGCCCCATCTGCCATGGCATCTACAGTGTTACCAAGCATTCTCATATATGCTAACGAACC
CATCAAGCCAGCACCAAAACTAAGTGTAATCTCTGGGGTGTATGGAATATAAGCAGAAAC
TAAACCTACACC*ACCAATGCCAACTGTGAGAAGCTGTAGCTTATCCTTCAGCTTGTAAT
ATTGTTCCCTGGATTCAGCAGCCAACACTTGGGGGTCACCACGTGGCCGCCTCAGGTCCC
TTAACATCACATCACTGCCACCAGTTGCAGCCTTGGTTGCTCTATCCCATTTATCCTGCT
CACGACGC

QA 3 730 3 730
DS 

RD RR3B817JQ 793 0 0
CAATGATTAACTTGTTTTTATACAGTTCATAAAAATGATCATCTTATGAACTTATGATAT
TTCTTGATAGTTTGCTGCTATAAT**GAGTTTATTAGTATGAATACATTTCCTTACAACA
TCTGACTTTGACCTACTCACCGGCCTTTGACCACATAACAATCTAACTTGTTTATATAGA
CACGGAAGCTGGGTGGCTTTAGACATCGGTCTTTTGAGTAAAAATGGAGATGGCTTCTTC
TATGGCTTGAAAGAATGTAGCAATTTTGTAAGTAAAGAACCCAACCAACATTGGTATCAA
CTCCAAGTGCATGAATCCATACTCCGGAACAAGTATTGCGTTCCATCTATTGAATATCAT
AACCAACACAACGGGGACAAGTAAGCGTGGCTGTCCAGATGCACCTTTCATTACTCCTCT
GGCTCCATCTGCCATGGCATCTACAGTGTTACCCAGCATTCTCATGTATGCTAACGAACC
CATCAAGCCAGCACCAAAACTAAGTGTAATCTCTGGGGTGTATGAAATATAAGCAGAAAC
TAAACCTACACC*ACCAATGCCAACTGTGAGAAGCTGTAGCTTATCCTTCAGCTTGTAAT
ATTGTTCCCTGGATTCAGCAGCCAACACTTGGGGATCACCACGTGGCCGCCTCAGGTCCC
TTAAAATCACATCACTGCCACCAGTTGCGGCTTTGGTTGCTCTATCCCATTTATCTTGCT
CACGACGCGTAGGTGCCAGCTTCCATTTAGGAGACACTCTAGCTTTACTCACCTGCCTAT
TGGCT
ACGGATTT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3B817TF 859 0 0
GGCTGTCCAGATGCAC*TTTCATTACTC*TCTGGCTCCATCTGCCATGGCATCTACAGTG
TTACCCAGCATTCTCATGTATGCTAACGAACCCATCAAGCCAGCACCAAAACTAAGTGTA
ATCTCTGGGGTGTATGAAATATAAGCAGAGACTAAACCTACACCCACCAATGCCAACTGT
GAGAAGCTGTAGCTTATCCTTCAGCTTGTAATATTGTTCCCTGGATTCAGCAGCCAACAC
TTGGGGATCACCACGTGGCCGCCTCAGGTCCCTTAAAATCACATCACTGCCACCAGTTGC
GGCTTTGGTTGCTCTATCCCATTTATCTTGCTCACGACGCGTAGGTGCCAGCTTCCATTT
AGGAGACACTCTAGCTTTACTCACCTGCCTATTGGCTACGGATTTGGAGGCTTCAAGATC
TCTTAAGACGGATTTAGAAGGCGAAGCAAGCTCTTTGCTTAAGTCAACATCCATACTGTC
AAGACTCATAACTCTATTAAAGCTCAGAAACCCAGATGACTCTTCCTTAGAGGGAGATGG
GTCAAGAGTAGCATCATCAGGGGAATCGAACAGCTTCTTCATCTGATCCATGAAGTCTCT
GTTCCAGATCAAGTCCTTGGAGGTAATGGGGTCTTCTTTCTCTCCTCCCCAGTACTTTCG
GAGCTTCGTGGTGGTCGGAGGACCACCGTACTCTCCGGGAGCGACGCCGGTGGACCATTT
CTCTGGTTTCTTGTTTGGTAGAATGATTTTGGTTGGGAGAGGACTGCGTGAAGGATCCTG
AGGAATCGGCGGAGCTGTGGATGTTGCTGAGATGTAGGTACGGAT*GCCATGGATGAGGT
TCTTGTGGAGGTTATGA
CC

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR3BL91TF 807 0 0
AAGCCAGCACCAAA*CTAAGTGTA*TCTCTGGGGTGTATG*AATA*AAGCAGAGACTAAA
C*TACACC*ACCAATGCCAACTGTGAGAAGCTGTAGCTTATCAT*CAGCTTGTAATATTG
TTCCCTGGATTCAGCAGCCAACACTTGGGGATCACCACGTGGCCGC*TCAGGTCCCTTAA
AATCGCATCACTGCCACCAGTTGCGGCTTTGGTTGCTCTATCCCATTTATCTTGCTCACG
ACGCGTAGGTGCCAGCTTCCATTTAGGAGACACTCTAGCTTTACTCATCTGCCTATTGGC
TACGGATTTGGAGGCTTCAAGATCTCTTAAGACGGATTTAGAAGGCGAAGCAAGCTCTTT
GCTTAAGTCAACATCCATACTGTCAAGACTCATAACTCTATTAAAGCTCAGAAACCCAGA
TGACTCTTCCTTAGAGGGAGATGGGTCAAGAGTAGCATCATCAGGGGAATCGAACAGCTT
CTTCATCTGATCCATGAAGTCTCTGTTCCAGATCAAGTCCTTGGAGGTAATGGGGTCTTC
TTTCTCTCCTCCCCAGTACTTTCGGAGCTTCGTGGTGGTCGGAGGACCACCGTACTCTCC
GGGAGCGACGCCGGTGGACCATTTCTCTGGTTTCTTGTTTGGTAGAATGATTTTGGTTGG
GAGAGGACTGCGTGAAGGATCCTGAGGAATCGGCGGAGTTGTGGATGTTGCTGAGATGTA
GGTACGGATCGCCATGGATGAGGTTCTTGTGGAGGTTATGACACGCTTCGGGTTTGGTGG
TGACGAAGAATGTATAGTGAGTGATTA

QA 1 807 1 807
DS 



AS 2 6

CO CL966Contig1 771 2 8 U
GGACCGCGACCCGAAAGAACAAAAAAAAACAAAAAAATGGCTAGCCGAAAAAGTCTGATT
AACGTCCACCGGATCATCCGCTCCACCGCGATGGTTAGCCGGAGATCCGTCACTCCTGCC
ACCGCAACACGAGCCCATCCCGTTTTCCGAAATCGAGTTGATTTGGGGGCGAGGTTCTTC
TCCGGGAACACGCCGAGTCCACAAAACTTTGATATTGATCTCTCTAACGAAGAGAAGAAG
AGGATAACGGTCAACAGATTGTTGTATAGGAGCAAGCAACGTGGTTTTCTTGAACTTGAT
CTGGTTTTGGGTAACTGGGTTGAGGAGAATGTTGATTCCATGGACGAAACCACTGTCAAA
TCCCTAATTCATGTCCTCGATTTGGAGAACCCTGATCTGTGGAAATGGCTAACTGCTCAG
GAACAGCCTCCGGAGATAGCGAGCTCAAATCCGGTATTCTTGGCGTTGCACAAGAAAGTC
ATGACGAATCTGAACAAGCATGCAGCACCAGAGACGCGTGCAGCAGCTGGACAGCCCTGG
GTCAAAGGTTGGAATGATTTCAAGAGAGGCCGTGACGCTCCCATCTCAGGGAACCAGTGA
AAGAAAAAACTCACACTCTTCCTTACAAAAGTAACAGACTGCAAAAACACGTTTATATAA
AAGCATTTTATAAAAATAAAATAATGCGTGGCAGGCCGTGAAGAAGGCCGGAGCTATAAA
TGTGTCTCGGTAGTGACACGATGAGATAGATAAATACAGTCTTGTTTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BQ52TF U 1
AF RR3AM09JQ C 27
BS 1 569 RR3BQ52TF
BS 570 570 RR3AM09JQ
BS 571 608 RR3BQ52TF
BS 609 609 RR3AM09JQ
BS 610 675 RR3BQ52TF
BS 676 676 RR3AM09JQ
BS 677 694 RR3BQ52TF
BS 695 771 RR3AM09JQ

RD RR3BQ52TF 701 0 0
GGACCGCGACCCGAAAGAACAAAAAAAAACAAAAAAATGGCTAGCCGAAAAAGTCTGATT
AACGTCCACCGGATCATCCGCTCCACCGCGATGGTTAGCCGGAGATCCGTCACTCCTGCC
ACCGCAACACGAGCCCATCCCGTTTTCCGAAATCGAGTTGATTTGGGGGCGAGGTTCTTC
TCCGGGAACACGCCGAGTCCACAAAACTTTGATATTGATCTCTCTAACGAAGAGAAGAAG
AGGATAACGGTCAACAGATTGTTGTATAGGAGCAAGCAACGTGGTTTTCTTGAACTTGAT
CTGGTTTTGGGTAACTGGGTTGAGGAGAATGTTGATTCCATGGACGAAACCACTGTCAAA
TCCCTAATTCATGTCCTCGATTTGGAGAACCCTGATCTGTGGAAATGGCTAACTGCTCAG
GAACAGCCTCCGGAGATAGCGAGCTCAAATCCGGTATTCTTGGCGTTGCACAAGAAAGTC
ATGACGAATCTGAACAAGCATGCAGCACCAGAGACGCGTGCAGCAGCTGGACAGCCCTGG
GTCAAAGGTTGGAATGATTTCAAGAGAGGTCGTGACGCTCCCATCTCAGGGAACCAGTGA
AAGAAAAA*CTCACACTCTTCCTTACAAAAGTAACAGACTGCAAAAACACGTTTATATAA
AAGCATTTTATAAAA*TAAAATAATGCGTGGCAG
CCGTGAA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3AM09JQ 745 0 0
AAACAAAAAAATGGCTAGCCGAAAAAGTCTGATTAACGTCCACCGGATCATCCGCTCCAC
CGCGATGGTTAGCCGGAGATCCGTCACTCCTGCCACCGCAACACGAGCCCATCCCGTTTT
CCGAAATCGAGTTGATTTGGGGGCGAGGTTCTTCTCCGGGAACACGCCGAGTCCACAAAA
CTTTGATATTGATCTCTCTAACGAAGAGAAGAAGAGGATAACGGTCAACA**TTGTTGTA
TAGGAGCAAGCAACGTGGTTTTCTTGAACTTGATCTGGTTTTGGGTAACTGGGTTGAGGA
GAATGTTGATTCCATGGACGAAACTACTGTCAAATCCCTAATTCATGTCCTCGATTTGGA
GAACCCTGATCTGTGGAAATGGCTAACTGCTCAGGAACAGCCTCCGGAGATAGTGAGCTC
AAATCCGGTATTCTTGGCGTTGCACAAGAAAGTCATGACGAATCTGAACAAGCATGCAGC
ACCAGAGACGCGTGCAGCAGCTGGACAGCCCTGGGTCAAAGGTTGGGATGATTTCAAGAG
AGGCCGTGACGCTCCCATCTCAGGGAACCAGTGAAAGAAAAAACTCACACTCTTCCTTAC
AAAAGTAACAGACTGCAAAAACACGTTTATATAAAAGCATTTTATAAAAATAAAATAATG
TGTGGCAGGCCGTGAAGAAGGCCGGAGCTATAAATGTGTCTCGGTAGTGACACGATGAGA
TAGATAAATACAGTCTTGTTTGTGC

QA 1 745 1 745
DS 



CO CL966Contig2 862 4 6 U
GAGTTGAGCCAGAGGCAAAAGGACTTATTGCCTGAAATAAAAACACATCAATTTCAACAA
ACACAAAACTAAACATATCAAGAACGTCCACAAACAAGACTGTATTTATCTATCTCATCG
TGTCACTACCGAGACACATTTATAGCTCCGGCCTTCTTCATGGCCTGCCACACATTATTA
TATTTTTATAAGATACATTTATATAAGCCTGTCTTTGCAGTTTGTGACTTCTGTAAGGAA
GAGACTGTGTTTTTTCTTTCACTGGTTTCCTGAGATGGGAGCGTCACGGCCTCTCTTGAA
ATCATCCCAACCTTTGACCCAGGGCTGTCCAGCTGCTGCACGCGTCTCTGGTGCTGCATG
CTTGTTCAGATTCGTCATGACTTTCTTGTGCAACGCCAAGAATACCGGATTTGAGCTCAC
TATCTCCGGAGGCTGTTCCTGAGCAGTTAGCCATTTCCACAGATCAGGGTTCTCCAAATC
GAGGACATGAATTAGGGATTTGACAGTGGTTTCGTCCATGGAATCAACATTCTCCTCAAC
CCAGTTACCCAAAACCAGATCAAGTTCAAGAAAACCACGTTGCTTGCTCCTATACAACAA
TCTGTTGACCGTTATCCTCTTCTTCTCTTCGTTAGAGAGATCAATATCAAAGTTTTGTGG
ACTCGGCGTGTTCCCGGAGAAGAACCTCGCCCCCAAATCAACTCGATTTCGGAAAATGGG
ATGGGCTCGTGTTGCGGCGGCAGGAGTG*ACGGATCTCCGGCTAACCATCGCGGTGGAGC
GGATGATCCGGTGGACGTTAATCAGACTTTTTCGGCTAGCCATTTTTTTGTTTTTTTTTT
TGTTCTTTCGGGTCGCGGTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 25 10 25 10 25 25 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DA23JQ U 55
AF RR3BZ51JQ U 30
AF RR3F320JQ U 1
AF RR3DA23TF C 188
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BS 155 797 RR3F320JQ
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RD RR3DA23JQ 560 0 0
CG
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ATCGTGTCACTACCGAGACACATTTATAGCTCCGGCCTTCTTCATGGCCTGCCACACATT
ATTATATTTTTATAAGATACATTTATATAAGCCTGTCTTTGCAGTTTGTGACTTCTGTAA
GGAAGAGACTGTGTTTTTTCTTTCACTGGTTTCCTGAGATGGGAGCGTCACGGCCTCTCT
TGAAATCATCCCAACCTTTGACCCAGGGCTGTCCAGCTGCTGCACGCGTCTCTGGTGCTG
CATGCTTGTTCAGATTCGTCATGACTTTCTTGTGCAACGCCAAGAATACCGGATTTGAGC
TCACTATCTCCGGAGGCTGTTCCTGAGCAGTTAGCCATTTCCACAGATCAGGGTTCTCCA
AATCGAGGACATGAATTAGGGATTTGACAGTGGTTTCGTCCATGGAATCAACATTCTCCT
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ACAATCTGTTGACCGTTA

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DS 

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ACAAACAAGACTGTATTTATCTATCTCATCGTGTCACTACCGAGACACATTTACAGCTCC
GGCCTTCTTCATGGCCTGCCACACATTATTATATTTTTATAAGATACATTTATATAAGCC
TGTCTTTGCAGTTTGTGACTTCTGTAAGGAAGAAACTGTGTTTTTTCTTTCACTGGTTTC
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GCAACGCCAAGAATACCGGATTTGAGCTCACTATCTCCGGAGGCTGTTCCTGAGCAGTTA
GCCATTTCCACAGATCAGGGTTCTCCAAATCGAGGACATGAATTAGGGATTTGACAGTGG
TTTCGTCCATGGAATCAACATTCTCCTCAACCCAGTTACCCAAAACCCGATCAAGTTCAA
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CGTTAGAGAGATCAATATCAAAGTTTTGTGGACTCGGCGTGTTCCCGGAGAAGAACCTCG
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ACGTTAATCAGACTTT

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DS 

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ACACAAAACTAAACATATCAAGAACGTCCACAAACAAGACTGTAGTTATCTATCTCATCG
TGTCACTACCGAGACACATTTATAGCTCCGGCCCTCTTCATGGCCTGCCACACATTATTA
TATTTTTATAAGATACATTTATATAAGCCTGTCTTTGCAGTTTGTGACTTCTGTAAGGAA
GAGACTGTGTTTTTTCTTTCACTGGTTTCCTGAGATGGGAGCGTCACGGCCTCTCTTGAA
ATCATCCCAACCTTTGACCCAGGGCTGTCCAGCTGCTGCACGCGTCTCTGGTGCTGCATG
CTTGTTCAGATTCGTCATGACTTTCTTGTGCAACGCCAAGAATACCGGATTTGAGCTCAC
TATCTCCGGAGGCTGTTCCTGAGCAGTTAGCCATTTCCACAGATCAGGGTTCTCCAAATC
GAGGACATGAATTAGGGATTTGACAGTGGTTTCGTCCATGGAATCAACATTCTCCTCAAC
CCAGTTACCCAAAACCAGATCAAGTTCAAGAAAACCACGTTGCTTGCTCCTATACAACAA
TCTGTTGACCGTTATCCTCTTCTTCTCTTCGTTAGAGAGATCAATATCAAAGTTTTGTGG
ACTCGGCGTGTTCCCGGAGAAGAACCTCGCCCCCAAATCAACTCGATTTCGGAAAATGGG
ATGGGCTCGTGTTGCGGCGGCAGGAGTG*ACGGATCTCCGGCTAACCATCGCGGTGGAGC
GGATGATCCGGTGGACG

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3DA23TF 675 0 0
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CAACCTTTGACCCAGGGCTGTCCAGCTGCTGCACGCGTCTCTGGTGCTGCATGCTTGTTC
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GGAGGCTGTTCCTGAGCAGTTAGCCATTTCCACAGATCAGGGTTCTCCAAATCGAGGACA
TGAATTAGGGATTTGACAGTGGTTTCGTCCATGGAATCAACATTCTCCTCAACCCAGTTA
CCCAAAACCAGATCAAGTTCAAGAAAACCACGTTGCTTGCTCCTATACAACAATCTGTTG
ACCGTTATCCTCTTCTTCTCTTCGTTAGAGAGATCAATATCAAAGTTTTGTGGACTCGGC
GTGTTCCCGGAGAAGAACCTCGCCGCCAAATCAACTCGATTTCGGAAAATGGGATGGGCT
CGTGTTGCGGCGGCAGGAGTG*ACGGATCTCCGGCTAACCATCGCGGTGGAGCGGATGAT
CCGGTGGACGTTAATCAGACTTTTTCGGCTAGCCATTTTTTTGTTTTTTTTTTTGTTCTT
TCGGGTCGCGGTGCC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 7

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CCAAAACCGAGTAGCGATTCTCTCTTCTCACTTATCGCCCGTCATGGCTTCAGAGAAAGA
GGCTGCTTTAGCCGCCACTCCTTCCGATGATTCCCCCACCATATTTGACAAGATCATCAG
TAAAGAAATTCCATCCACCGTTGTTTTTGAGGATGACAAGGTCTTGGCTTTTAGGGACAT
AACTCCCCAGGGTCCTGTTCACATCCTCCTCATTCCAAAAGTGAGGGATGGCTTAACTGG
CCTCTCTAAGGCTGAGGAGAGGCACATCGACATCTTGGGCCGCCTTCTGTACACTGCCAA
GCTTGTAGCAAAACAAGAAGGCCTAGATGAGGGTTTCAGAATTGTGATCAATGATGGTCC
TCAAGGCTGTCAGTCGGTGTATCACATTCATGTTCATCTCATCGGAGGACGCCAAATGAA
CTGGCCTCCTGGCTAAAAAGATATCATCATCTACTAGTGATTCTTGTCCTGGTTATAAGA
GGAACCCTACCCTGAGTT*GCTATTGTCTTCTTCTGTCTTTATGAATAAAA*GGCTTGGG
ACATAACTTTTTATGATTGAAATCTAAACCTTAGTCTATGGTATGAAGAGAATATTCGAC
TGTTCTCTTTTGTAGAATCCTCTTTTTTATTGTTGACTTTGTAAAACATTTCAATGGTAA
AAAAGCTTTGAATAATGAGCCAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 
40 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX06TF U 1
AF RR3EC14TF U 20
AF RR3AG72JQ C 548
AF RR3AG72TF U 548
AF RR3EC14JQ C 392
AF RR3GT45JQ C 60
AF RR3GT45TF U 60
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TAAAGAAATTCCGTCCACCGTTGTTTATGAGGATGACAAGGTCTTGGCTTTTAGGGACAT
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GCTTGTAGCAAAACAAGAAGGCCTAGATGAGGGTTTCAGAATTGTGATCAATGATGGTCC
TCAAGGCTGTCAATCGGTGTATCACATTCATGTTCATCTCATTGGAGGACGCCAAATGAA
CTGGCCTCCTGGCTAAAAAGATCAAATCATCTACTAGTGATTCTTGTCCTGGTTATAAGA
GGAACCCTACCCTGAGTTTGCTATTGTCTTCTTCTGTCTTTATGAATAAAAAGGCTTGGG
ACATAACTTTTTATGATTGAAATCTAAACCTTGGTCTATGGTATGAAGAGAATATTCGAC
TGTTCTCTTTTGT*GGATCCTCTTTTTTATTGTTGACTTTGTAAA*CATTTCAATGGTAA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3EC14TF 731 0 0
GGGAC
GGTATAAAGAAATTT*AGGGTTCACATGAACCAACACGAAAACCGAGTAGCGATTCTCTC
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CGATGATTCCCCCACCATATTTGACAAGATCATCAGTAAAGAAATTCCATCCACCGTTGT
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CCTCCTCATTCCAAAAGTGAGGGATGGCTTAACTGGCCTCTCTAAGGCTGAGGAGAGGCA
CATCGACATCTTGGGCCGCCTTCTATACACTGCCAAGCTTGTAGCAAAACAAGAAGGCCT
AGATGAGGGTTTCAGAATTGTGATCAATGATGGTCCTCAAGGCTGTCAGTCGGTGTATCA
CATTCATGTTCATCTCATCGGAGGACGCCGAATGAACTGGCCTCCTGGCTAAAAAGATAT
CATCATCTACTAGTGATTCTTGTCCTGGTTATAAGAGGAACCCTACCCTGAGTT*GCTAT
TGTCTTCTTCTGTCTTTATGAATAAAA*GGCTTGGGACATAACTTTTTATGATTGAAATC
TAAACCTTAGTCTATGGTATGAAGAGAATATTCGACTGTTCTCTTTTGTAGAATCCTCTT
TTTTATTGTTGACTTTGTAAA*CATTTCAATGGTAAAAA*GCTTTGAATAATGAGCCAAA
AAAAAA

QA 6 731 6 731
DS 

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G
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TTTTATGATTGAAATCTAAACCTTAGTCTATGGTATGAAGAGAATATTCGACTGTTCTCT
TTTGTAGAATCCTCTTTTTTATTGTTGACTTTGTAAAACATTTCAATGGTAAAAAAGCTT
TGAAT

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DS 

RD RR3AG72TF 186 0 0
G
ACCCTGAGTT*GCTATTGTCTTCTTCTGTCTTTATGAATAAAA*GGCTTGGGACATAACT
TTTTATGATTGAAATCTAAACCTTAGTCTATGGTATGAAGAGAATATTCGACTGTTCTCT
TTTGTAGAATCCTCTTTTTTATTGTTGACTTTGTAAAACATTTCAATGGTAAAAAAGCTT
TGAAT

QA 2 186 2 186
DS 

RD RR3EC14JQ 351 0 0
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GTTCATCTCATCGGAGGACGCCGAATGAACTGGCCTCCTGGCTAAAAAGATATCATCATC
TACTAGTGATTCTTGTCCTGGTTATAAGAGGAACCCTACCCTGAGTT*GCTATTGTCTTC
TTCTGTCTTTATGAATAAAA*GGCTTGGGACATAACTTTTTATGATTGAAATCTAAACCT
TAGTCTATGGTATGAAGAGAATATTCGACTGTTCTCTTTTGTAGAATCCTCTTTTTTATT
GTTGACTTTGTAAAACATTTCAATGGTAAAAAAGCTTTGAATAA
ATGAGCC

QA 1 344 1 344
DS 

RD RR3GT45JQ 665 0 0
GGGAAA
ACCGAGTAGCGATTCTCTCTTCTCACTTATCGCCCGTCATGGCTTCAGAGAAAGAGGCTG
CTTTAGCCGCCACTCCTTCCGATGATTCCCCCACCATATTTGACAAGATCATCAGTAAAG
AAATTCCATCCACCGTTGTTTTTGAGGATGACAAGGTCTTGGCTTTTAGGGACATAACTC
CCCAGGGTCCTGTTCACATCCTCCTCATTCCAAAAGTGAGGGATGGCTTAACTGGCCTCT
CTAAGGCTGAGGAGAGGCACATCGACATCTTGGGCCGCCTTCTGTACACTGCCAAGCTTG
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GCTGTCAGTCGGTGTATCACATTCATGTTCATCTCATCGGAGGACGCCAAATGAACTGGC
CTCCTGGCTAAAAAGATATCATCATCTACTAGTGATTCTTGTCCTGGTTATAAGAGGAAC
CCTACCCTGAGTT*GCTATTGTCTTCTTCTGTCTTTATGAATAAAA*GGCTTGGGACATA
ACTTTTTATGATTGAAATCTAAACCTTAGTCTATGGTATGAAGAGAATATTCGACTGTTC
TCTTTTGTAGAATCCTCTTTTTTATTGTTGACTTTGTAAAACATTTCAATGGTAAAAAA

QA 7 665 7 665
DS 

RD RR3GT45TF 665 0 0
GGGAAA
ACCGAGTAGCGATTCTCTCTTCTCACTTATCGCCCGTCATGGCTTCAGAGAAAGAGGCTG
CTTTAGCCGCCACTCCTTCCGATGATTCCCCCACCATATTTGACAAGATCATCAGTAAAG
AAATTCCATCCACCGTTGTTTTTGAGGATGACAAGGTCTTGGCTTTTAGGGACATAACTC
CCCAGGGTCCTGTTCACATCCTCCTCATTCCAAAAGTGAGGGATGGCTTAACTGGCCTCT
CTAAGGCTGAGGAGAGGCACATCGACATCTTGGGCCGCCTTCTGTACACTGCCAAGCTTG
TAGCAAAACAAGAAGGCCTAGATGAGGGTTTCAGAATTGTGATCAATGATGGTCCTCAAG
GCTGTCAGTCGGTGTATCACATTCATGTTCATCTCATCGGAGGACGCCAAATGAACTGGC
CTCCTGGCTAAAAAGATATCATCATCTACTAGTGATTCTTGTCCTGGTTATAAGAGGAAC
CCTACCCTGAGTT*GCTATTGTCTTCTTCTGTCTTTATGAATAAAA*GGCTTGGGACATA
ACTTTTTATGATTGAAATCTAAACCTTAGTCTATGGTATGAAGAGAATATTCGACTGTTC
TCTTTTGTAGAATCCTCTTTTTTATTGTTGACTTTGTAAAACATTTCAATGGTAAAAAA

QA 7 665 7 665
DS 



AS 1 5

CO CL968Contig1 1388 5 3 U
GCTCCAAGACAAATAAGGGAATTGTAGTACCCTTTTTATTATATTTTCCGTAGATTAGAA
AAACATACTAATACATATCACGCAATTTATTCGACGGCACGAACATAGTTACCAAGCATT
ACAGCTAGGATACCATATTCGTAGGCTCACATACATAACGAAAGATTCAGCACAATTATA
TTTCAATAATAAGCTGATAAATCGAGGTTATCACGAGATGACCGTCGACGACGAGTAGAT
AGGTTGTTGGGTTCCCAAAACTCAAGCATGTTCTCCTTAGCCGGATAAACGATTAGCTCA
CGTATGGTCATTGGTTGGACCACGTTAGTATTGGCTCCATAGAAAATATGAGCGATTTCT
TCCTGAGCTTTCTCAGTGTTGTGACGTCCGTCAAAGAAGAAGTAAGATCTTTGGTACTCA
CACAGCTTCGAGTGCACGTTAGCCATTCCACAACCATACGCGTTGTGAGTCCCTACCCCG
CAGCACGATGTGTTGGTAACATAAAACCGGAAGGCAGTATGCCTTATTGTCCTGCGGAGA
ACAGCATTGTAGAAATCTAAGACGGTGAACTGAAAACCGCCGTTGGGTTTTTTAGCAAAC
TCGTTCAACATCGGACCGATCTTCTCGTTGTGTTGTTTGGCCAAATTGTTGAGTGGCTCG
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AATTTGTTCGTGACGGAAGTGACAAAAGCTTGTTGAGCAGAACCATCCGCAGTGGGATTG
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GGTGGTCC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A486JQ U 18
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AF RR3AF46JQ U 1
AF RR3AF46TF C 97
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GTACAAA
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CATATTCGTAGGCTCACATACATAACGAAAGATTCAGCACAATTATATTTCAATAATAAG
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GACCGATCTTCTCGTTGTGTTGTTTGGCCAAATTGTTGAGTGGCTCGTAACAGTCGTTGC
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ACAGCATTGTAGAAATCTAAGACGGTGAACTGAAAACCGCCGTTGGGTTTTTTAGCAAAC
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AGCGTTGGAACTGCGAATTTACTAGCTCCCAAGGAGTATAACAAGTTGATGTCGGTCTTT
AATTTGTTCGTGACGGAAGTGACAAAAGCTTGT

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DS 

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TTAGCCGGATAAACGATTAGCTCACGTATGGTCATTGGTTGGACCACGTTAGTATTGGCT
CCATAGAAAATATGAGCGATTTCTTCCTGAGCTTTCTCAGTGTTGTGACGTCCGTCAAAG
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TACGCGTTGTGAGTCCCTACCCCGCAGCACGATGTGTTGGTAACATAAAACCGGAAGGCA
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AATTTGTTCACTTGTTGAGTCAGTGTC
C

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ATCGGTAAGCAACCCAATGGTGCTAGCGTTGGAACTGCGAATTTACTAGCTCCCAAGGAG
TATAACAAGTTGATGTCGGTCTTTAATTTGTTCGTGACGGAAGTGACAAAAGCTTGTTGA
GCAGAACCATCCGCAGTGGGATTGGCCTTGATGAAGTTCAAATAATCTTCTGTCCCGATA
TATATCATAAACAATGATTGCTCGATGTAGTCGTCGGACCAAGTTGATATCATACTTCTG
AATTTGTTCACTTGTTGAGTCAGTGTCATACTTTCCGCAGGAGCCCCAAGAATAGAAGCG
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TTTTTGGTTAGAAACGCTTTGTTTCCAACGTCGTAGTAAGAGTCCCCAAAAGTGAACAGT
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ACCAATAGTGCTCCCATGACACTCACAAAACTAAACTTGCCTGCTATCTCCAAGATATCA
AGTATTCGAGGTAGAGAGTGAAGTGGTGGTCC

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DS 



AS 1 5

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CAACGATGGTATATATATCTTCAACCTTGGGAAGACATGGGAGAAGTTGCAGATGGCTGC
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ACACACTCCTGGTACTTTCACCAATCAGATGCAGACTTCCTTCAGTGAGCCTAGGTTGCT
CATTCTTACTGACCCTAGGACTGACCATCAGCCAATCAAAGAAGGTGCTTTGGGAAACAT
CCCAATCATTGCTTTCTGTGACACTGACTCTCCCATGAGATTTGTCGACATTGGGATCCC
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TCTTCAGATGCGTGGAACCATCCGTCCTGCACAAAAGTGGGATGTCATGGTGGACCTGTT
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TCAAGAGTTATAGCTTCTTGTTTTCTTTTCAAATTGTTTCTCATTAAGACGCTTTAGATA
TCAATTTTGTGGCTTTTCTGGTTGCTTTGAATTGAATTTCAACTTAATTATCTTTAATGG
C


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3FG22TF U 217
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AF RR3GA45TF U 1
AF RR3BD27TF U 63
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TATTGTTCAGTCTGCTAGACCTTATGGACAGAGAGCTGTTCTCAAGTTTGCTCAGTACAC
TGGTGCCAACGCCATTGCTGGAAGACACACTCCTGGTACTTTCACCAATCAGATGCAGAC
TTCCTTCAGTGAGCCTAGGTTGCTCATTCTTACTGACCCTAGGACTGACCATCAGCCAAT
CAA
GGGA

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GG
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ACCTCGGTACCAAAAACTGCAATTACCAAATGGAGCGTTACGTCTTCAAGCGTCGCAACG
ATGGTATATATATCTTCAACCTTGGGAAGACATGGGAGAAGTTGCAGATGGCTGCTAGGG
TTATTGTTGGTATTGAGAACCCACAAGACATTATTGTTCAGTCTGCTAGACCTTATGGAC
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CTCCTGGTACTTTCACCAATCAGATGCAGACTTCCTTCAGTGAGCCTAGGTTGCTCATTC
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DS 

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GGCGAGTAACGTACAGCTCTCCCAGAAGGAATCTGACATCAAAATGATGTGTGCCGCTGA
GGTTCACCTCGGTACCAAAAACTGCAATTACCAAATGGAGCGTTACGTCTTCAAGCGTCG
CAACGATGGTATATATATCTTCAACCTTGGGAAGACATGGGAGAAGTTGCAGATGGCTGC
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TGGACAGAGAGCTGTTCTCAAGTTTGCTCAGTACACTGGTGCTAACGCCATTGCTGGAAG
ACACACTCCTGGTACTTTCACCAATCAGATGCAGACTTCCTTCAGTGAGCCTAGGTTGCT
CATTCTTACTGACCCTAGGACTGACCATCAGCCAATCAAAGAAGGTGCTTTGGGAAACAT
CCCAATCATTGCTTTCTGTGACACTGACTCTCCCATGAGATTTGTCGACATTGGGATCCC
TGCTAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTCTTTTCTGGCTTCTTGCTCGCATGGT
TCTTCAGATGCGTGGAACCATCCGTCCTGCACAAAAGTGGGATGTCATGGTGGACCTGTT
CTTTTACAGAGAGCCCGAAGAG*CTAAGCAACCTGA
GACGAGA

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DS 

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T
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TCACCTCGGTACCAAAAACTGCAATTACCAAATGGAGCGTTACGTCTTCAAGCGTCGCAA
CGATGGTATATATATCTTCAACCTTGGGAAGACATGGGAGAAGTTGCAGATGGCTGCTAG
GGTTATTGTTGCTATTGAGAACCCACAAGACATTATTGTTCAGTCTGCTAGACCTTATGG
ACAGAGAGCTGTTCTCAAGTTTGCTCAGTACACTGGTGCTAACGCCATTGCTGGAAGACA
CACTCCTGGTACTTTCACCAATCAGATGCAGACTTCCTTCAGTGAGCCTAGGTTGCTCAT
TCTTACTGACCCTAGGACTGACCATCAGCCAATCAAAGAAGGTGCTTTGGGAAACATCCC
AATCATTGCTTTCTGTGACACTGACTCTCCCATGAGATTTGTCGACATTGGGATCCCTGC
TAACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTCTTTTCTGGCTTCTTGCTCGCATGGTTCT
TCAGATGCGTGGAACCATCCGTCCTGCACAAAAGTGGGATGTCATGGTGGACCTGTTCTT
TTACAGAGAGCCCGAAGAGGCTAAGCAACCTGAAGACGAAGAAGCTGCACCTCTTGCAGA
TTTTGGACTCCCTGCACCTGAATATGGAGCTGCCGGTGGAGAATGGACCACTGCTCAGAT
TCCTGATGCTTCTT

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DS 

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CAGAGAGCTGTTCTCAAGTTTGCTCAGTACACTGGTGCTAACGCCATTGCTGGAAGACAC
ACTCCTGGTACTTTCACCAATCAGATGCAGACTTCCTTCAGTGAGCCTAGGTTGCTCATT
CTTACTGACCCTAGGACTGACCATCAGCCAATCAAAGAAGGTGCTTTGGGAAACATCCCA
ATCATTGCTTTCTGTGACACTGACTCTCCCATGAGATTTGTCGACATTGGGATCCCTGCT
AACAACAAGGGAAAGCACAGCATTGGTTGTCTTTTCTGGCTTCTTGCTCGCATGGTTCTT
CAGATGCGTGAAACCATCCGTCCTGCACAAAAGTGGGATGTCATGGTGGACCTGTTCTTT
TACAGAGAGCCCGAAGAGGCTAAGCAACCTGAAGACGAAGAAGCTGCACCTCTTGCAGAT
TTTGGACTCCCTGCACCTGAATATGGAGCTGCCGGTGGAGAATGGACCACTGCTCAGATT
CCTGATGCTTCTTGGACAGGAGATGCTCAGCAGCCAATCAGTGCTGCTCCTGCAGCTGGT
TCTTGGAATGATGCCAGTGCTGCTCCAGGTGCAGATGGATGGGACACAGCTGTGCCACCC
CCAGCAGCAGCTCCAGCTGCTGGTTGGGATTAAATTTTTTTGGTCATGTTTGAGATTCAA
GAGTTATAGCTTCTTGTTTTCTTTTCAAATTGTTTCTCATTAAGACGCTTTAGATATCAA
TTTTGTGGCTTTTCTGGTTGCTTTGAATTGAATTTCAACTTAATTATCTTTAATGGC

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 7

CO CL970Contig1 1118 7 14 U
GGGATCGCTCGCTCTCTCTTTCGCACACACATTGATCCGTCGCTCGCTCATCGTTTGCCG
TTTCAGATTCGAGGAGAATGAACCAAATCGAGAACATGGCGACGCAGCAGCCTGGGCATG
GGGGGGCGGTGGAGAAAGCTTTTGTGCTATGGGACATAGGCAACTGTCCGATTCCAGATG
GTCACGATCCTCTTATGGTAGTTGGGAAAATACTAATGGCGGTGGAAAAGTCAGGCCACG
TCCGCCGCAATGGTCAGATCTCTATCACTGCAATCGGCAGCGAACTAACAAAGATCCCTG
GTGAAGACGTTATGAGGAGACTCTCTTCGTGTGCAATATCTCTTAAGCATTCCCACCTCT
ATACAAATGATTTGGATGAGTGGGCCAATGCGAATCCTGCTCCGTGCACTATGATGATCA
TAGATGATCAGGAGCGAATAGGATGGATGGCTTCTCAACTTTCCGATCTTGAAAATGCTG
GATACAGAATTCTTCTTGCATATCGTTACCCAGCCACCACACCCTTACCACGTCCCTTTT
CTGCCCATTGGAATTGGGATGCCTTAGTCTTTGATGAACAGGAGCTAACAACAACAATGA
GGCTTGTTTTTAGTCAGGGCAAGTACAATGATGGATACCCCTGGGCTTGCGAAGATTGCT
TTGTTGCTGTCAAAAGCTTTGAAGATTTCACCGCCCATCTCAAGAGTGTAGAACATGAGT
TTGGCGTGTGGGACACTTATGCTTCTAAAACGGGTCTTGATCGTACTATCCGTGCAAACT
TGCCCTTGGGTCAATCATCAGAGGAGATGGACAGGCTGCTTCTCGAAGACATGGAATGGC
GTCTTATGAAAAGGATGGAGCATAGCCACGGCTTTCGTGGTCGTCAAATCAGACTTAACC
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GAAGAGGGCGTTTCGTTTTCATATGCATGGTTTAATAATGTAATAAATAAAATTACTGTG
TTACCTCTTGTTCGTCCGGATTCTTTTGCTTAAAGTTTAAACTTCGCAATTCTGTCAAGT
TTTAAGTATGTATGCTCATCTTTTAGATACTTGGTCTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD34TF U 1
AF RR3EG93TF U 2
AF RR3BD18TF U 5
AF RR3GB18TF U 9
AF RR3GB18JQ C 255
AF RR3FD34JQ C 280
AF RR3BD18JQ C 304
BS 1 128 RR3FD34TF
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BS 130 319 RR3FD34TF
BS 320 320 RR3EG93TF
BS 321 591 RR3FD34TF
BS 592 592 RR3EG93TF
BS 593 595 RR3FD34TF
BS 596 596 RR3EG93TF
BS 597 687 RR3FD34TF
BS 688 688 RR3BD18TF
BS 689 745 RR3FD34TF
BS 746 758 RR3BD18TF
BS 759 1066 RR3GB18JQ
BS 1067 1118 RR3BD18JQ

RD RR3FD34TF 745 0 0
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TTTCAGATTCGAGGAGAATGAACCAAATCGAGAACATGGCGACGCAGCAGCCTGGGCATG
GGGGGGCGTTGGAGAAAGCTTTTGTGCTATGGGACATAGGCAACTGTCCGATTCCAGATG
GTCACGATCCTCTTATGGTAGTTGGGAAAATACTAATGGCGGTGGAAAAGTCAGGCCACG
TCCGCCGCAATGGTCAGATCTCTATCACTGCAATCGGCAGCGAACTAACAAAGATCCCTG
GTGAAGACGTTATGAGGAGGCTCTCTTCGTGTGCAATATCTCTTAAGCATTCCCACCTCT
ATACAAATGATTTGGATGAGTGGGCCAATGCGAATCCTGCTCCGTGCACTATGATGATCA
TAGATGATCAGGAGCGAATAGGATGGATGGCTTCTCAACTTTCCGATCTTGAAAATGCTG
GATACAGAATTCTTCTTGCATATCGTTACCCAGCCACCACACCCTTACCACGTCCCTTTT
CTGCCCATTGGAATTGGGATGCCTTAGTCTTTGATGAACAGGAGCTAACAATAACGATGA
GGCTTGTTTTTAGTCAGGGCAAGTACAATGATGGATACCCCTGGGCTTGCGAAGATTGCT
TTGTTGCTGTCAAAAGCTTTGAAGATT*CACCGCCCATCTCAAGAGTGTAGAACATGAGT
TTGGCGTGTGGGACACTTATGCTTC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3EG93TF 744 0 0
GGATCGC
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TCGAGGAGAATGAACCAAATCGAGAACATGGCGACGCAGCAGCCTGGGCATGGGGGGGCG
GTGGAGAAAGCTTTTGTGCTATGGGACATAGGCAACTGTCCGATTCCAGATGGTCACGAT
CCTCTTATGGTAGTTGGGAAAATACTAATGGCGGTGGAAAAGTCAGGCCACGTCCGCCGC
AATGGTCAGATCTCTATCACTGCAATCGGCAGCGAACTAACAAAGATCCCTGGTGAAGAC
GTTATGAGGAGACTCTCTTCGTGTGCAATATCTCTTAAGCATTCCCACCTCTATACAAAT
GATTTGGATGAGTGGGCCAATGCGAATCCTGCTCCGTTCACTATGATGATCATAGATGAT
CAGGAGCGAATATGATGGATGGCTTCTCAACTTTCCGATCTTGAAAATGCTGGATACAGA
ATTCTTCTTGCATATCGTTACCCAGCCACCACACCCTTACCACGTCCCTTTTCTGCCCAT
TGGAATTGGGATGCCTTAGTCTTTGATGAACAGGAGCTAACAACAACAATGAGGCTTGTT
TTTAGTCAGGGCAAGTACAATGATGGATACCCCTGGGCTTGCGAAGATTGCTTTGTTGCT
GTCAAA*GCTTTGAAGATT*CACCGCCCATCTCGAGAGTGTAGAACATGAGTTTGGCGTG
TGGGACACTTATGCTTC

QA 8 744 8 744
DS 

RD RR3BD18TF 754 0 0
GGGC
TCGCTCTCTCTTTCGCACACACATTGATCCGTCGCTCGCTCATCGTTTGCCGTTTCAGAT
TCGAGGAGAATGAACCAAATCGAGAACATGGCGACGCAGCAGCCTGGGCATGGGGGGGCG
GTGGAGAAAGCTTTTGTGCTATGGGACATAGGCAACTGTCCGATTCCAGATGGTCACGAT
CCTCTTATGGTAGTTGGGAAAATACTAATGGCGGTGGAAAAGTCAGGCCACGTCCGCCGC
AATGGTCAGATCTCTATCACTGCAATCGGCAGCGAACTAACAAAGATCCCTGGTGAAGAC
GTTATGAGGAGACTCTCTTCGTGTGCAATATCTCTTAAGCATTCCCACCTCTATACAAAT
GATTTGGATGAGTGGGCCAATGCGAATCCTGCTCCGTGCACTATGATGATCATAGATGAT
CAGGAGCGAATAGGATGGATGGCTTCTCAACTTTCCGATCTTGAAAATGCTGGATACAGA
ATTCTTCTTGCATATCGTTACCCAGCCACCACACCCTTACCACGTCCCTTTTCTGCCCAT
TGGAATTGGGATGCCTTAGTCTTTGATGGACAGGAGCTAACAACAACAATGAGGCTTGTT
TTTAGTCAGGGCAAGTACAATGATGGATACCCCTGGGCTTGCGAAGATTGCTTTGTTGCT
GTCAAAAGCTTTGAAGATTTCACCGCCCATCTCAAGAGTGTAGAACATGAGTTTGGCGTG
TGGGACACCTATGCTTCTAAAACGGGTCTT

QA 5 754 5 754
DS 

RD RR3GB18TF 739 0 0
TCGCTCTCTCTTTCGCACACACATTGATCCGTCGCTCGCTCATCGTTTGCCGTTTCAGAT
TCGAGGAGAATGAACCAAATCGAGAACATGGCGACGCAGCAGCCTGGGCATGGGGGGGCG
GTGGAGAAAGCTTTTGTGCTATGGGACATAGGCAACTGTCCGATTCCAGATGGTCACGAT
CCTCTTATGGTAGTTGGGAAAATACTAATGGCGGTGGAAAAGTCAGGCCACGTCCGCCGC
AATGGTCAGATCTCTATCACTGCAATCGGCAGCGAACTAACAAAGATCCCTGGTGAAGAC
GTTATGAGGAGACTCTCTTCGTGTGCAATATCTCTTAAGCATTCCCACCTCTACACAAAT
GATTTGGATGAGTGGGCCAATGCGAATCCTGCTCCGTGCACTATGATGATCATAGATGAT
CAGGAGCGAATAGGATGGATGGCTTCTCAACTTTCCGATCTTGAAAATGCTGGATACAGA
ATTCTTCTTGCATATCGTTACCCAGCCACCACACCCTTACCACGTCCCTTTTCTGCCCAT
TGGAATTGTGATGCCTTAGTCTTTGATGAACAGGAGCTAACAACAACAATGAGGCTTGTT
TTTAGTCACGGCAAGTACAATGATGGATACCCCTGGGCTTGCGAAGATTGCTTTGTTGCT
GTCAAA*GCTTTGAAGATTTCACCGCCCATCTC*AGAGTGTAGAACATGGGTTTGGCGTG
TGGGACACTTATGCTTCTA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3GB18JQ 812 0 0
CAGATCTCTATCACTGCAATCGGCAGCGAACTAACAAAGATCCCTGGTGAAGACGTTATG
AGGAGACTCTCTTCGTGTGCAATATCTCTTAAGCATTCCCACCTCTACACAAATGATTTG
GATGAGTGGGCCAATGCGAATCCTGCTCCGTGCACTATGATGATCATAGATGATCAGGAG
CGAATAGGATGGATGGCTTCTCAACTTTCCGATCTTGAAAATGCTGGATACAGAATTCTT
CTTGCATATCGTTACCCAGCCACCACACCCTTACCACGTCCCTTTTCTGCCCATTGGAAT
TGTGATGCCTTAGTCTTTGATGAACAGGAGCTAACAACAACAATGAGGCTTGTTTTTAGT
CAGGGCAAGTACAATGATGGATACCCCTGGGCTTGCGAAGATTGCTTTGTTGCTGTCAAA
AGCTTTGAAGATTTCACCGCCCATCTCAAGAGTGTAGAACATGGGTTTGGCGTGTGGGAC
ACTTATGCTTCTAAAACGGGTCTTGATCGTACTATCCGTGCAAACTTGCCCTTGGGTCAA
TCATCAGAGGAGATGGACAGGCTGCTTCTCGAAGACATGGAATGGCGTCTTATGAAAAGG
ATGGAGCATAGCCACGGCTTTCGTGGTCGTCAAATCAGACTTAACCCAACGCGGTCCAAG
TATTGAAAGGAACATTTGAAGAAGGATAAGCTGGGAGAAGAAGCGAGAAGAGGGCGTTTC
GTTTTCATATGCATGGTTTAATAATGTAATAAATAAAATTACTGTGTTACCTCTTGTTCG
TCCGGATTCTTTTGCTTAAAGTTTAAACTTCG

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3FD34JQ 779 0 0
GCGAACTAACAAAGATCCCTGGTGAAGACGTTATGAGGAGGCTCTCTTCGTGTGCAATAT
CTCTTAAGCATTCCCACCTCTATACAAATGATTTGGATGAGTGGGCCAATGCGAATCCTG
CTCCGTGCACTATGATGATCATAGATGATCAGGAGCGAATAGGATGGATGGCTTCTCAAC
TTTCCGATCTTGAAAATGCTGGATACAGAATTCTTCTTGCATATCGTTACCCAGCCACCA
CACCCTTACCACGTCCCTTTTCTGCCCATTGGAATTGGGATGCCTTAGTCTTTGATGAAC
AGGAGCTAACAATAACGATGAGGCTTGTTTTTAGTCAGGGCAAGTACAATGATGGATACC
CCTGGGCTTGCGAAGATTGCTTTGTTGCTGTCAAAAGCTTTGAAGATTTCACCGCCCATC
TCAAGAGTGTAGAACATGAGTTTGGCGTGTGGGACACTTATGCTTCTAAAACGGGTCTTG
ATCGTACTATCCGTGCAAACTTGCCCTTGGGTCAATCATCGGAGGAGATGGACAGGCTGC
TTCTCGAAGACATGGAATGGCGTCTTATGAAAAGGATGGAGCATAGCCACGGCTTTCGTG
GTCGTCAAATCAGACTTAACCCAACGCGGTCCAAGTATTGAAAGGAACATTTGAAGAAGG
ATAAGCTGGGAGAAGAAGCGAGAAGAGGGCGTTTCGTTTTCATATGCATGGTTTAATAAT
GTAATAAATAAAATTACTGTGTTACCTCTTGTTCGTCCGGATTCTTTTGCTTAAAGTTT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3BD18JQ 815 0 0
AAGACGTTATGAGGAGACTCTCTTCGTGTGCAATATCTCTTAAGCATTCCCACCTCTATA
CAAATGATTTGGATGAGTGGGCCAATGCGAATCCTGCTCCGTGCACTATGATGATCATAG
ATGATCAGGAGCGAATAGGATGGATGGCTTCTCAACTTTCCGATCTTGAAAATGCTGGAT
ACAGAATTCTTCTTGCATATCGTTACCCAGCCACCACACCCTTACCACGTCCCTTTTCTG
CCCATTGGAATTGGGATGCCTTAGTCTTTGATGGACAGGAGCTAACAACAACAATGAGGC
TTGTTTTTAGTCAGGGCAAGTACAATGATGGATACCCCTGGGCTTGCGAAGATTGCTTTG
TTGCTGTCAAAAGCTTTGAAGATTTCACCGCCCATCTCAAGAGTGTAGAACATGAGTTTG
GCGTGTGGGACACCTATGCTTTTAAAACGGGTCTTGATCGTACGATCCGTGCAAACTTGC
CCTTGGGTCAATCATCAGAGGAGATGGACAGGCTGCTTCTCGAAGACATGGAATGGCGTC
TTATGAAAAGGATGGAGCATAGCCACGGCTTTCGTGGTCGTCAAATCAGACTTAACCCAA
CGCGGTCCAAGTATTGAAAGGAACATTTGAAGAAGGATAAGCTGGGAGAAGAAGCGAGAA
GAGGGCGTTTCGTTTTCATATGCATGGTTTAATAATGTAATAAATAAAATTACTGTGTTA
CCTCTTGTTCGTCCGGATTCTTTTGCTTAAAGTTTAAACTTCGCAATTCTGTCAAGTTTT
AAGTATGTATGCTCATCTTTTAGATACTTGGTCTC

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 7

CO CL971Contig1 567 7 8 U
GGAAAACACCAACAACAAAAGATAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTAGC
CTTGTTCCTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGT
TGGAGATCTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTG
CTGCAACGGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGT
CTGCCGTTGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAA
TGCTCAGTCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCAC
CAATTGCGACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGA
ACTAAATAAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTT
GTGATGTATCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTT
CTATGATATGAGACCAAACTAATTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CV60TF U 206
AF RR3EI32JQ C 1
AF RR3ER75JQ C 23
AF RR3ER75TF U 23
AF RR3CA89JQ C 6
AF RR3CA89TF U 6
AF RR3EI32TF U 1
BS 1 7 RR3EI32JQ
BS 8 22 RR3CA89TF
BS 23 74 RR3ER75TF
BS 75 75 RR3CA89TF
BS 76 112 RR3ER75TF
BS 113 113 RR3CA89TF
BS 114 542 RR3ER75TF
BS 543 567 RR3EI32TF

RD RR3CV60TF 184 0 0
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GGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTCAGTCTCTGCCTGCTAAATGT
GGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATTGCGACAGTATCAACTGAGAG
AAGC

QA 1 184 1 184
DS 

RD RR3EI32JQ 567 0 0
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CTGCAACGGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGT
CTGCCGTTGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAA
TGCTCAGTCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGGATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCAC
CAATTGCGACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGA
ACTAAATAAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTT
GTGATGTATCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTT
CTATGATATGAGACCAAACTAATTATC

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3ER75JQ 521 0 0
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TCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCAACGGTATCAGAACGCTC
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ATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTCAGTCTCTGCCTGCTAAA
TGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATTGCGACAGTATCAACTGA
GAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAAATAAGAAGTCATTAATA
AATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGATGTATCGTCACTCCTATG
TTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCT
G

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3ER75TF 527 0 0
TAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTAGCCTTGTTCCTAGTTCCTGCTTTT
CACCATGGTGAAGCAGCCGTGTCTTGCAACCCAGTGGTTGGAGATCTCTACCCTTGCCTC
TCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCAACGGTATCAGAACGCTC
AACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCCGTTGCATCAAGAATGCT
ATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTCAGTCTCTGCCTGCTAAA
TGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATTGCGACAGTATCAACTGA
GAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAAATAAGAAGTCATTAATA
AATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGATGTATCGTCACTCCTATG
TTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCT
GAAAAAA

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3CA89JQ 537 0 0
GG
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CTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCAAC
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TCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATTGC
GACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAAAT
AAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGATGT
ATCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCT

QA 3 537 3 537
DS 

RD RR3CA89TF 537 0 0
GG
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CTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGTTGGAGAT
CTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCAAC
GGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCCGT
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TCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGAATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATTGC
GACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAAAT
AAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGATGT
ATCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCT

QA 3 537 3 537
DS 

RD RR3EI32TF 567 0 0
GGAAAAC
ACCAACAACAAAAGATAAACAACAGAAAGTAACATGAGATCTATCTTACTAGCCTTGTTC
CTAGTTCTTGCTTTTCACCATGGTGAAGCAGCCGTGTCTTGCAACGCAGTGGTTGGAGAT
CTCTACCCTTGCCTCTCCTACGTTGTGCAAGGCGGAAACGTCCCAACGAACTGCTGCAAC
GGTATCAGAACGCTCAACAGTCAGGCCCAAACCCCTGTGGACCGTCAGGGCGTCTGCCGT
TGCATCAAGAATGCTATCGGAGGAGTCTCTTTCTCTTCTAACAACCTCAACAATGCTCAG
TCTCTGCCTGCTAAATGTGGTGTGGATCTCCCTTACAGTATCAGCCCTTCCACCAATTGC
GACAGTATCAACTGAGAGAAGCAGACAAGGAAGCTACTACTATTACTACAAGAACTAAAT
AAGAAGTCATTAATAAATTAGAACGTATGGTTTGCTACTAGCTACGTTAATTTGTGATGT
ATCGTCACTCCTATGTTTTTTGAAAGTTATAATAAATTATCAACATGCATTTTCTATGAT
ATGAGACCAAACTAATTATC

QA 8 567 8 567
DS 



AS 2 5

CO CL972Contig1 747 3 8 U
GGGAAGCCCATTATCATCGTCAATGGCTAAAGCCAGCACCACTCTGTTTGCTGTCACCTC
CTCTGTTTCGACTCGTTTCTCTCTTCTCCCTCCTTCTATATCTCTTAAACTCTCAGCTCC
AAGCGCGAGACTCGCCGTGCCAATGGCTGCTATGGCCACCACTGCTAAAAAGGTGGCTCC
TGCTGTGATCGTGGGTGGCGGGAGAGTCGGACAAGCGTTGCAGGAAATGGGTAGTGGCGA
TGATGTATTGGTGAAGAGAGGAGAACCCGTTCCGGTTGATTTCGAAGGACCAATATTGGT
TTGTACTAGAAATGATGATCTCGATGCTGTTCTTGAAGCTACTCCTCAGTCTAGATGGAA
AGATTTGGTGTTTTTCCAAAATGGAATGATGGAGCCGTGGTTCGAGAGCAAAGGTTTGGG
TGATGCAGACCAAGTGTTGGCCTATTTTGCCGTGTCAAAGCTCGGTGAGCCTCCTGTGGA
TGGGATAACTGACACTAACCCAGAAGGTTTAACTGCTGCTTATGGCAAATGGGCTTCGGA
TGTAGCTGCAAGACTGCAATCTGGTGGCCTCTCTTGCAAGGTACTTGACAAAGAAGCTTT
TGAGAAGCAAATGCTGGAGAAACTCATATGGATTTGTGCGTTTATGCTTGTTGGAGCTCG
TCATCCAGGTGCTAGTGTTGGCATGGTGGAGAAAGA*TACAGAGATGAAGTGGCGAGACT
CATCCAAGACTCGCAGCAGCTGCTGCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C686TF U 1
AF RR3DF64TF U 1
AF RR3H316TF U 84
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BS 56 56 RR3DF64TF
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RD RR3C686TF 724 0 0
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TCATCCAGGTGCTAGTGTTGGCATGGTGGAGAAAGAATACAGAGATGAAGTGGCGAGACT
CATC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3DF64TF 747 0 0
GGGAAGCCCATTATCATCGTCAATGGCTAAAGCCAGCACCACTCTGTTTGCTGTCACCTC
CTCTGTTTCGACTCGTTTCTCTCTTCTCCCTCCTTCTATATCTCTTAAACTCTCAGCTCC
AAGCGCGAGACTCGCCGTGCCAATGGCTGCTATGGCCACCACTGCTAAAAAGGTGGCTCC
TGCTGTGATCGTGGGTGGCGGGAGAGTCGGACAAGCGTTGCAGGAAATGGGTAGTGGCGA
TGATGTATTGGTGAAGAGAGGAGAACCCGTTCCGGTTGATTTCGAAGGACCAATATTGGT
TTGTACTAGAAATGATGATCTCGATGCTGTTCTTGAAGCTACTCCTCAGTCTAGATGGAA
AGATTTGGTGTTTTTCCAAAATGGAATGATGGAGCCGTGGTTCGAGAGCAAAGGTTTGGG
TGATGCAGACCAAGTGTTGGCCTATTTTGCCGTGTCAAAGCTCGGTGAGCCTCCTGTGGA
TGGGATAACTGACACTAACCCAGAAGGTTTAACTGCTGCTTATGGCAAATGGGCTTCGGA
TGTAGCTGCAAGACTGCAATCTGGTGGCCTCTCTTGCAAGGTACTTGACAAAGAAGCTTT
TGAGAAGCAAATGCTGGAGAAACTCATATGGATTTGTGCGTTTATGCTTGTTGGAGCTCG
TCATCCAGGTGCTAGTGTTGGCATGGTGGAGAAAGA*TACAGAGATGAAGTGGCGAGACT
CATCCAAGACTCGCAGCAGCTGCTGCT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3H316TF 640 0 0
TTCTCCCTCCTTCTAT
ATCTCTTAAACTCTCAGCTCCAAGCGCGAGACTCGCCGTGCCAATGGCTGCTATGGCCAC
CACTGCTAAAAAGGTGGCTCCTGCTGTGATCGTGGGTGGCGGGAGAGTCGGACAAGCGTT
GCAGGAAATGGGTAGTGGCGATGATGTATTGGTGAAGAGAGGAGAACCCGTTCCGGTTGA
TTTCGAAGGACCAATATTGGTTTGTACTAGAAATGATGATCTCGATGCTGTTCTTGAAGC
TACTCCTCAGTCTAGATGGAAAGATTTGGTGTTTTTCCAAAATGGAATGATGGAGCCGTG
GTTCGAGAGCAAAGGTTTGGGTGATGCAGACCAAGTGTTGGCCTATTTTGCCGTGTCAAA
GCTCGGTGAGCCTCCTGTGGATGGGATAACTGACACTAACCCAGAAGGTTTAACTGCTGC
TTATGGCAAATGGGCTTCGGATGTAGCTGCAAGACTGCAATCTGGTGGCCTCTCTTGCAA
GGTACTTGACAAAGAAGCTTTTGAGAAGCAAATGCTGGAGAAACTCATATGGATTTGTGC
GTTTATGCTTGTTGGAGCTCGTCATCCACGTGCTAGTGTTGGCATGGTGGAGAAAGA*TA
CAGAGATGAAGTGGCGAGACTCAT

QA 17 640 17 640
DS 



CO CL972Contig2 1019 2 12 U
CCAAATAAAAGTCGGGACTTTTTCTTTTACAGAATATCAAGCGTTTTACCGTTACTTGGC
TTCTCATACACGTGTACAAATCTACTAAAGGGTGTCACGTACCGTCAAGGCTCTATATCA
CTTTTAGCTCTCTCAGCCATTCGGTGTGGAGTGGACAAGGATCAGGTTTCCCTTCTGCAA
TCGCCTTCTCTGAGAGCGAATAAAACCAACCATTCCTCCATTTAAATTCTTTAACAGCGG
TTGGGAAATGAGCAACGGCGCGGGAATAAGCACACAGTCTCTCCACCATGTTGTCTTCAA
AGGTTAGTCCTTTTTCTGCAGCAGCAGCTGCTGCAAGTTCTTGGATGAGTCTCGCCACTT
CATCTCTGTATTCTTTCTCCACCATGCCAACACTAGCACCTGGATGACGAGCTCCAACAA
GCATAAACGCACAAATCCAAATGAGTTTCTCCAGCATTTGCTTCTCAAAAGCTTCTTTGT
CAAGTACCTTGCAAGAGAGGCCACCAGATTGCAGTCTTGCAGCTACATCCGAAGCCCATT
TGCCATAAGCAGCAGTTAAACCTTCTGGGTTAGTGTCAGTTATCCCATCCACAGGAGGCT
CACCGAGCTTTGACACAGCAAAATAAGCCAACACTGGGTCTGCATCACCCAAACCTTTGC
TCTCGAACCACGGCTCCATCATTCCATTTTGGAAAAACACCAAATCTTTCCATCTAGACT
GAGGAGTAGCTTCAAGAACAGCATCAAGATCATCATTTCTAGTACAAACCAATATAGGTC
CTTCGAAATCAACCGGGACTGGTTCTCCTCTCTTCACCAATACATCATCGCCACTACCCA
TTTCCTGCAACGCTTGTCCGACTCTCCCGCCACCCACGATCACAGCAGGAGCCACCTTTT
AGCAGTGGCAGTGGCAATAGCCATTGTTGGCACGGCGAGTCTCGCGCTTGGAGGTGAGAG
TTTAAGAGATTCAGAACGACGGAGAAGAGAGAAACGAGTCGAAGAAACAGAGGAGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H316JQ U 1
AF RR3BF42TF C 225
BS 1 334 RR3H316JQ
BS 335 335 RR3BF42TF
BS 336 439 RR3H316JQ
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BS 637 734 RR3H316JQ
BS 735 1019 RR3BF42TF

RD RR3H316JQ 734 0 0
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TTCTCATACACGTGTACAAATCTACTAAAGGGTGTCACGTACCGTCAAGGCTCTATATCA
CTTTTAGCTCTCTCAGCCATTCGGTGTGGAGTGGACAAGGATCAGGTTTCCCTTCTGCAA
TCGCCTTCTCTGAGAGCGAATAAAACCAACCATTCCTCCATTTAAATTCTTTAACAGCGG
TTGGGAAATGAGCAACGGCGCGGGAATAAGCACACAGTCTCTCCACCATGTTGTCTTCAA
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GCATAAACGCACAAATCCATATGAGTTTCTCCAGCATTTGCTTCTCAAAAGCTTCTTTGT
CAAGTACCTTGCAAGAGAGGCCACCAGATTGCAGTCTTGCAGCTACATCCGAAGCCCATT
TGCCATAAGCAGCAGTTAAACCTTCTGGGTTAGTGTCAGTTATCCCATCCACAGGAGGCT
CACCGAGCTTTGACACGGCAAAATAGGCCAACACTTGGTCTGCATCACCCAAACCTTTGC
TCTCGAACCACGGCTCCATCATTCCATTTTGGAAAAACACCAAATCTTTCCATCTAGACT
GAGGAGTAGCTTCA

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3BF42TF 795 0 0
AATTCTTTAACAGCGGTTGGGAAATGAGCAACGGCGCGGGAATAAGCACACAGTCTCTCC
ACCATGTTGTCTTCAAAGGTTAGTCCTTTTTCTGCAGCAGCAGCTGCTGCAAGTTCTTGG
ATGAGTCTCGCCACTTCATCTCTGTATTCTTTCTCCACCATGCCCACACTAGCACCTGGA
TGACGAGCTCCAACAAGCATAAACGCACAAATCCAAATGAGTTTCTCCAGCATTTGCTTC
TGAAAAGCTTCTTTGTCAAGTACCTTGCAAGAGAGGCCACCAGATTGCAGTCTTGCAGCT
ACATCCGAAGCCCATTTGCCATAAGCAGCGGTTAGACCTTCTGGGTTAGTGTCAGTTATC
CCATCCACAGGAGGCTCACCGAGCTTTGACACAGCAAAATAAGCCAAGACTGGGTCTGCA
TCACCCAAACCTTTGCTCTCGAACCACGGCTCCATCATTCCATTTTGGAAAAACACCAAA
TCTTTCCATCTAGACTGAGGAGTAGCTTGAAGAACAGCATCAAGATCATCATTTCTAGTA
CAAACCAATATAGGTCCTTCGAAATCAACCGGGACTGGTTCTCCTCTCTTCACCAATACA
TCATCGCCACTACCCATTTCCTGCAACGCTTGTCCGACTCTCCCGCCACCCACGATCACA
GCAGGAGCCACCTTTTAGCAGTGGCAGTGGCAATAGCCATTGTTGGCACGGCGAGTCTCG
CGCTTGGAGGTGAGAGTTTAAGAGATTCAGAACGACGGAGAAGAGAGAAACGAGTCGAAG
AAACAGAGGAGGTCC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 4

CO CL973Contig1 1089 4 19 U
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GAGGAAATGGAGTCAGGGCTAAGCGAGATCGGAAGCACGAAGATGTTCGATGGGTTCAAC
AAAAGATACAAACACTACAGTGAGACACTTGGCTGTTCCATGACTTTCTCCATCTACTTC
CCTCCTTCTTCTTCATCTTCCCGTAGATTCCCTGTGCTTTACTGGCTCTCTGGACTCACC
TGCACAGACGAGAACTTCATCATCAAGTCAGGGGCTCAGCGTGCTGCTTCTAATCGCGGC
ATTGCTCTTGTTGTTCCAGATACTTCTCCAAGAGGATTGAATATTGAAGGGGAGGCAGAC
AGTTATGACTTTGGTGTAGGAGCTGGGTTTTACCTGAATGCTACTCAGGAGAAGTGGAAG
AACTGGCGTATGTATGACTATATTGTCTCAGAGTTGCCCAAACTCCTGAGTGACAACTTT
TCACAGCTTGACACAACAATGGCATCTATCTCTGGACACTCCATGGGTGGACATGGAGCT
CTTACTATTTACCTGAAGAACCTAGACAAGTATAAGTCTGTGTCAGCATTTGCACCAATT
GCCAATCCCATAAACTGCCAGTGGGGACAGAAAGCATTCACCAATTATCTAGGTGACAAC
AAGGCTGCTTGGGAGGAATATGATGCCACTTGTCTTATTTCAAAGTTCAACAATCTGTCT
GCCACAATTCTTATTGATCAGGGAGAAAACGACCAGTTCTTCCCTGATCAGTTATTGCCA
AACAATTTTGAAGAGGCATGCAAGAAAGTGAATGCGCCGCTCTTACTGCGTCTGCACCCA
GGATACGACCACTCCTACTACTTTATTGCCACTTTCATCGAAGACCACATCACTCACCAT
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TGTGGTGTGTGTTGGCTACGATAATAAAAGATTCCATCTTCAGTTGGACCATTATAAGAG
TCGAACATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH87TF U 1
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AATGCTGCTTGGGAGGA*TATGATGCCACTTGTCTTATTTCAAAGTTCAACA*TCTGTCT
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AT

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DS 

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TGACAACTTTTCACAGCTTTACACAACAATGGCATCTATCTCTGGACACTCCATGGGTGG
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TGCACCAATTGCCAATCCCATAAACTGCCAGTGGGGACAGAA*GCATTCACCAATTATCT
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CAATCTGTCTGCCACAATTCTTATTGA

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DS 

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TCA
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CATTGCTCTTGTTGTTCCAGATACTTCTCCAAGAGGATTGAATATTGAAGGGGAGGCAGA
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TCTTACTATTTACCTGAAGAACCTAGACAAGTATAAGTCTGTGTCAGCATTTGCACCAAT
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CG

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DS 

RD RR3EH87JQ 620 0 0
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TTGCACCAATTGCCAATCCCATAAACTGCCAGTGGGGACAGAAAGCATTCACCAATTATC
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ACAATCTGTCTGCCACAATTCTTATTGATCAGGGAGAAAACGACCAGTTCTTCCCTGATC
AGTTATTGCCAAACAATTTTGAAGAGGCATGCAAGAAAGTGAATGCGCCGCTCTTACTGC
GTCTGCACCCAGGATACGACCACTCCTACTACTTTATTGCCACTTTCATCGAAGACCACA
TCACTCACCATTCTCAAGCTCTTAAGCTGTAGCTCGCTCCAGTTACTCGGTGCATCATGG
CCTTTGTCCAAATATTAGTATCAATAAAAGGAAGTGGACTTGTGATGTTTTGTGTTCAAT
AACTGTTTTGGTGTGGTGTGTGTTGGCTACGATAATAAAAGATTCCATCTTCAGTTGGAC
CATTATAAGAGTCGAACATC

QA 1 620 1 620
DS 



AS 2 5

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TAGAAGAAAGCTTCGCATTCAGAGTTCTGAACCAAAAAAAAAACACAAAAAGTGTACGAA
TCCCGTCTAAACAAAATGGAAGAGACAGAGGGAACTTCTCAGTCCCTTAAAATCCACGCC
TTGGACGCTCCTCCGCTACATTTACTCTGATCGCTCTACCCTCCATGTTCTGTCCGTCAA
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GTGAACGACCTGTCTCACGGTCATAAACCACTTTAGCTTCCACAACTTTGCCATGCTCGC
TGAAAACTTGTTCTAGACGACCACTGTCCACATCCCACGGTAGGTTTCCAACATACACTC
TGAATGCAGGTTCGTATACCCGAGGC**GCGTTCTGGACGTGATCCTTTGGGAGCTGCCT
TGTTTACTGTCAAAAGCCTCCCGTTCAAATCATAACGGTTAAACTTCTCAACAGCTGTCT
CAGCTTCTTCAACCGTACTCATTGTCACAAACCCAAACCCACGACTCTGGTCGGTTTCCC
TGTTGTATATAACCTCAGCGATTTCAACAGTACCGGCTTGCTCAAAGAGCATAGCCAAGG
CCTGGCTATCAACGTCGTAAGCCAAGTTTCCGACGAAGAGCTTCGCTTCTTCCGGTGGCT
CCTGGAAGTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCGCTCACGTCTCCTTCCCCTTCAGAAAACG
TCGCTTCTTCTGGGTCGCTCTCCTCGACGGCGACCGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3C707JQ U 1
AF RR3A817JQ U 37
AF RR3C707TF C 127
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BS 806 819 RR3C707TF

RD RR3C707JQ 764 0 0
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GAGCAGCGACGGCATCATTGAGTTCAGTCTCATTAGACATTGTAACAAAACCAAATCCAC
GTGAACGACCTGTCTCACGGTCATAAACCACTTTAGCTTCCACAACTTTGCCATGCTCGC
TGAAAACTTGTTCTAGACGACCACTGTCCACATCCCACGGTAGGTTTCCAACATACACTC
TGAATGCAGGTTCGTATACCCGAGGC**GCGTTCTGGACGTGATCCTTTGGGAGCTGCCT
TGTTTACTGTCAAAAGCCTCCCGTTCAAATCATAACGGTTAAACTTCTCAACAGCTGTCT
CAGCTTCTTCAACCGTACTCATTGTCACAAACCCAAACCCACGACTCTGGTCGGTTTCCC
TGTTGTATATAACCTCAGCGATTTCAACAGTACCGGCTTGCTCAAAGAGCATAGCCAAGG
CCTGGCTATCAACGTCGTAAGCCAAGTTTCCGACGAAGAGCTTCGCTTCTTCCGGTGGCT
CCTGGAAGTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCGCTCACGTCTCCT

QA 1 764 1 764
DS 

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AAAAA**CACAAAAAGTGTACGAATCCCGTCTAAACAAAATGGAAGAGACAGAGGGAACT
TCTCAGTCCCTTAAAATCCACGCCTTGGACGCTCCTCCGCTACATTTACTCTGATCGCTC
TACCCTCCATGTTCTGTCCGTCAAGAGCAGCGACGGCATCATTGAGTTCAGTCTCATTAG
ACATTGTAACAAAACCAAATCCACGTGAACGACCTGTCTCACGGTCATAAACCACTTTAG
CTTCCACAACTTTGCCATGCTCGCTGAAAACTTGTTCTAGACGACCACTGTCCACATCCC
ACGGTAGGTTTCCAACATACACTCTGAATGCAGGTTCGTATACCCGAGGTTGGCGTTCTG
GACGTGATCCTTTGGGAGCTGCCTCGTTTACTGTCAAAAGCCTTCCGTTCAAATCATAAC
GGTTAAACTTCTCAACAGCTGTCTCAGCTTCTTCAACCGTACTCATTGTCACAAACCCAA
ACCCACGACTCTGGTCGGTTTCCCTGTTGTATATAACCTCAGCGATTTCAACAGTACCGG
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AGAGCTTCGCTTCTTCCGGTGGCTCCTGGAAGTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCGCTCA
CGTCTCCTTCCCCTTCAGAAAACGTCGCTTCTTCTGGGTCGCTCTCCTC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3C707TF 693 0 0
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GCTCCTCCGCTACATTTACTCTGATCGCTCTACCCTCCATGTTCTGTCCGTCAAGAGCAG
CGACGGCATCATTGAGTTCAGTCTCATTAGACATTGTAACAAAACCAAATCCACGTGAAC
GACCTGTCTCACGGTCATAAACCACTTTAGCTTCCACAACTTTGCCATGCTCGCTGAAAA
CTTGTTCTAGACGACCACTGTCCACATCCCACGGTAGGTTTCCAACATACACTCTGAATG
CAGGTTCGTATACCCGAGGC**GCGTTCTGGACGTGATCCTTTGGGAGCTGCCTTGTTTA
CTGTCAAAAGCCTCCCGTTCAAATCATAACGGTTAAACTTCTCAACAGCTGTCTCAGCTT
CTTCAACCGTACTCATTGTCACAAACCCAAACCCACGACTCTGGTCGGTTTCCCTGTTGT
ATATAACCTCAGCGATTTCAACAGTACCGGCTTGCTCAAAGAGCATAGCCAAGGCCTGGC
TATCAACGTCGTAAGCCAAGTTTCCGACGAAGAGCTTCGCTTCTTCCGGTGGCTCCTGGA
AGTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCGCTCACGTCTCCTTCCCCTTCAGAAAACGTCGCTT
CTTCTGGGTCGCTCTCCTCGACGGCGACCGATC

QA 1 693 1 693
DS 



CO CL974Contig2 1188 2 2 U
TTTTTTTGGTCTTGCTGTCTGGCCCTCCTTATCCCTATCTTTCGCGCACCGTTCTAAACC
CTCCCCTTCCTTCCCAGCGCTTCCTTCTCTTCTCTCACAATCCTCGCTATGGCTTCTTCA
ATGGTAACCTCAAGCTTGAGGCCATTAGCCATGTCAGAATCCTCCTCCTCGACTATCTTC
TCCCACCCTTCATTCTCCACTATCCACTCCTCCAAAACCCGCTGCTCCTTCCTCGCCAAA
GGCACTAACCTCTCCCGCTTCTCCCTCTCTCTTAAATCCAAAACCCATCTAAAGAAGTCA
CCTTTCGTTACCTTAGTCGCCGAGACTTCGGATTGGTCCGGGGAAGAAGATGGGAGCTCA
TCATCGGTCGCCGTCGAGGAGAGCGACCCAGAAGAAGCCACGTTTTCCGAAGAGGAAGGA
GACGTGAGCGAAGGAGGAGGAGGAGGAGGCGACTTCCAGGAGCCACCGGAAGAAGCGAAA
CTCTTCGTCGGAAACTTGGCTTACGACGTTGATAGCCAGGCCTTGGCTATGCTCTTTGAG
CAAGCCGGTACTGTTGAAATCGCCGAGGTTATATACAATAGAGAAACCGACCAGAGCCGT
GGGTTTGGATTTGTGACAATGAGTACAGTTGAAGAAGCTGAGACAGCTGTTGAGAAGTTT
AACCGTTATGATTTGAACGGAAGGCTTTTGACAGTAAACAAGGCAGCTCCCAAAGGATCA
CGTCCAGAACGCCAACCTCGGGTATACGAACCTGCATTCAGAGTGTACGTTGGAAACCTA
CCGTGGGATGTGGACAGTGGTCGTCTAGAACAAGTTTTCAGCGAGCATGGCAAAGTTGTG
GAAGCTAAAGTGGTTTATGACCGTGAGACAGGTCGTTCACGTGGATTTGGTTTTGTGACA
ATGTCTAATGAGACTGAACTCAATGATGCCGTCGCTGCTCTTGACGGACAGAACATGGAG
GGTAGAGCTATCAGAGTAAATGTAGCGGAGGAGCGTCCAAGGCGTGGATTTTGAAGGGAC
TGAGAAGTTCTCTCCTGTGCCCTCTCTGTCTCTTGCATTTTGTCTAGAAGGGATTCATCA
CACTTTTGGTGATTTTTTTTTGTCAGAACTCTGAATGCGAAGCTTCTTCTAAATTCTAAT
GTAATTTGTATCATCATTTCTCTTTGACGGTCTATCTAAATTTGTGTC


BQ
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AF RR3EM72TF U 1
AF RR3EM72JQ C 470
BS 1 678 RR3EM72TF
BS 679 1188 RR3EM72JQ

RD RR3EM72TF 678 0 0
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CTCCCCTTCCTTCCCAGCGCTTCCTTCTCTTCTCTCACAATCCTCGCTATGGCTTCTTCA
ATGGTAACCTCAAGCTTGAGGCCATTAGCCATGTCAGAATCCTCCTCCTCGACTATCTTC
TCCCACCCTTCATTCTCCACTATCCACTCCTCCAAAACCCGCTGCTCCTTCCTCGCCAAA
GGCACTAACCTCTCCCGCTTCTCCCTCTCTCTTAAATCCAAAACCCATCTAAAGAAGTCA
CCTTTCGTTACCTTAGTCGCCGAGACTTCGGATTGGTCCGGGGAAGAAGATGGGAGCTCA
TCATCGGTCGCCGTCGAGGAGAGCGACCCAGAAGAAGCCACGTTTTCCGAAGAGGAAGGA
GACGTGAGCGAAGGAGGAGGAGGAGGAGGCGACTTCCAGGAGCCACCGGAAGAAGCGAAA
CTCTTCGTCGGAAACTTGGCTTACGACGTTGATAGCCAGGCCTTGGCTATGCTCTTTGAG
CAAGCCGGTACTGTTGAAATCGCCGAGGTTATATACAATAGAGAAACCGACCAGAGCCGT
GGGTTTGGATTTGTGACAATGAGTACAGTTGAAGAAGCTGAGACAGCTGTTGAGAAGTTT
AACCGTTATGATTTGAAC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3EM72JQ 719 0 0
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ACCAGAGCCGTGGGTTTGGATTTGTGACAATGAGTACAGTTGAAGAAGCTGAGACAGCTG
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CCAAAGGATCACGTCCAGAACGCCAACCTCGGGTATACGAACCTGCATTCAGAGTGTACG
TTGGAAACCTACCGTGGGATGTGGACAGTGGTCGTCTAGAACAAGTTTTCAGCGAGCATG
GCAAAGTTGTGGAAGCTAAAGTGGTTTATGACCGTGAGACAGGTCGTTCACGTGGATTTG
GTTTTGTGACAATGTCTAATGAGACTGAACTCAATGATGCCGTCGCTGCTCTTGACGGAC
AGAACATGGAGGGTAGAGCTATCAGAGTAAATGTAGCGGAGGAGCGTCCAAGGCGTGGAT
TTTGAAGGGACTGAGAAGTTCTCTCCTGTGCCCTCTCTGTCTCTTGCATTTTGTCTAGAA
GGGATTCATCACACTTTTGGTGATTTTTTTTTGTCAGAACTCTGAATGCGAAGCTTCTTC
TAAATTCTAATGTAATTTGTATCATCATTTCTCTTTGACGGTCTATCTAAATTTGTGTC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 4

CO CL975Contig1 1659 4 5 U
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TTATACACAGATTCTGAATCTCTTCTCCTCCGTCCAAGTTTTGAATTATCTCTCTCCCTC
TCTATCCTTCTCCCTCGAGCTTCCGTAGCTTCGATCCTCTCGCATTTTACGTTTTACGTT
ATGCAGTACGAATAAGATAATCGTAGATCGTGATTGAAAGCGAGAGAGAGAGCAAAAAAA
AAAAATTAGGAGAGGGGAAGATGAGCGAGGGGCAGAAGTTCTAGCTGGGAACAATCGGCG
CTTTGAGTTTATCCGTTGTGTCGTCCGTGTCGATCGTGATCTGCAACAAGGCGCTTATTA
GCACCCTTGGCTTCACCTTCGCGACTACTTTGACAAGTTGGCATCTTTTGGTCACGTTTT
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CTGTGATGGGTTTTGGGATATTGAATGGGATCTCCATTGGACTATTGAACCTCAGCCTGG
GCTTTAATTCTGTTGGTTTTTACCAGATGACGAAACTAGCAATTATCCCTTGTACTGTTC
TCTTGGAAACCCTCTTCTTCAGGAAAAAGTTCAGTCGAAAAATTCAGTTTTCGTTAACCA
TCCTTCTCCTTGGTGTTGGGATTGCAACCGTCACAGATCTTCAGCTTAATATGCTGGGTT
CTGTCTTGTCTCTGCTGGCTGTTATCACAACTTGTGTTGCTCAAATTATGACAAATACCA
TCCAGAAGAAGTTCAAAGTTTCATCCACGCAACTTCTTTATCAGTCTTGCCCTTATCAAG
CAATGACACTTTTCGTCACTGGTCCATTTTTAGATGGGCTCCTAACCAACCAGAATGTGT
TTGCTTTCAAGTACACTTCTCAAGTTGTGTTTTTCATCGTCCTATCCTGCCTCATATCAG
TCTCTGTAAACTTCAGCACTTTTCTAGTAATTGGGAAAACGTCTCCGGTCACATATCAGG
TGCTGGGACATCTGAAAACATGCCTGGTTCTAGCATTTGGATACGTGTTGCTTAAGGACC
CATTCAACTGGCGCAACATTCTTGGTATTATGGTGGCTGTGATTGGAATGGTTGTTTATT
CCTATTTCTGCTCGGTTGAGACTCAGCAGAAGGCAAGTGAATCATCAACCCAATTGCCTC
AGATGAAAGAGAGCGAGAAGGATCCGCTAATAGCAGTTGAAAATGGAAGCGGAGTGTTAT
CAGATGGTGGTGGTGTGCAAAAGACGGCGGCTCCTGTATGGAACTCAAATAAAGATTTTC
AAGCCTAAAGCTGTGAACGTGTTGCTATATTTCTTTTTGTATCAGAGAGATCTTTCAGAA
GGAAGAAAGAAAAACTTTTCAAATTTCCTTTTGTTTGTTTGTTTCTCCTTTTAAAATCGC
TTGGTAGGGGAAGTAGGGGAGACTGAAAAATCAACAGCTTTCCCACACTGTAATGGAAAA
TGGAAGAAAGTAGGGACTAGGGAGGGAAGGGAAACACAGCTTTGATTTGATGAGATCCTT
AGCAGTCTATTTTCAGTGTTACAACTGTACTCTAAAGTTGAGGCTATGTTCATACATACT
GGACACATGTATTTGATTTTCAGGCTCCTTGATTTGTAT


BQ
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AF RR3G652TF U 488
AF RR3CC45JQ C 951
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ATGCAGTACGAATAAGATAATCGTAGATCGTGATTGAAAGCGAGAGAGAGAGCAAAAAAA
AAAAATTAGGAGAGGGGAAGATGAGCGAGGGGCAGAAGTTCTAGCTGGGAACAATCGGCG
CTTTGAGTTTATCCGTTGTGTCGTCCGTGTCGATCGTGATCTGCAACAAGGCGCTTATTA
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TA

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DS 

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GGGT
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GTTGGTTTTTACCAGATGACGAAACTAGCAATTATCCCTTGTACTGTTCTCTTGGAAACC
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CTGCTGGCTGTTATCACAACTTGTGTTGCTCAAATTATGACAAATACCATCCAGAAGAAG
TTCAAAGTTTCATCCACGCAACTTCTTTATCAGTCTTGCCCTTATCAAGCAATGACACTT
TTCGTCACTGGTCCATTTTTAGATGGGCTCCTAACCAACCAGAATGTGTTTGCTTTCAAG
TACACTTCTCAAGTTGTGTTTTTCATCGTCCTATCCTGCCTCATATCAGTCTCTGTAAAC
TTCAGCACTTTTCTAGTAATTGGGAAAACGTCTCCGGTCACATATCAGGTGCTGGGACAT
CTGAAAACATGCCTGGTTCTAGCATTTGGATACGTGTTGCTTAAGGACCCATTCAACTGG
CGCAACATTCTTGGTATTATGGTGGCTGTGATTGGAATGGTTGTTTATTCCTATTTCTGC
TCGGTTGAGACTCAGCA

QA 5 681 5 681
DS 

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CTC
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TATCAGGTGCTGGGACATCTGAAAACATGCCTGGTTCTAGCATTTGGATACGTGTTGCTG
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TTCAGAAGGAAGAAAGAAAAACTTTTCAAATTTCCTTTTGTTTGTTTGTTTCTCCTTTTA
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TGGAAAATGGAAGAAAGTAGGGACTAGGGAGGGAAGGGAAACACAGCTTTGATTTGATGA
GATCCTTAGCAGTTTATTTTCAGTGTTACAACTGTACTCTAAAGTTGAGGCTATGTTCAT
ACATACTGGACACATGTATTTGATTTTCAGGCTCCTTGATTTGTAT

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DS 

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A
ATTGGGAAAACGTCTCCGGTCACATATCAGGTGCTGGGACATCTGAAAACATGCCTGGTT
CTAGCATTTGGATACGTGTTGCTTAAGGACCCATTCAACTGGCGCAACATTCTTGGTATT
ATGGTGGCTGTGATTGGAATGGTTGTTTATTCCTATTTCTGCTCGGTTGAGACTCAGCAG
AAGGCAAGTGAATCATCAACCCAATTGCCTCAGATGAAAGAGAGCGAGAAGGATCCGCTA
ATAGCAGTTGAAAATGGAAGCGGAGTGTTATCAGATGGTGGTGGTGTGCAAAAGACGGCG
GCTCCTGTATGGAACTCAAATAAAGATTTTCAAGCCTAAAGCTGTGAACGTGTTGCTATA
TTTCTTTTTGTATCAGAGAGATCTTTCAGAAGGAAGAAAGAAAAACTTTTCAAATTTCCT
TTTGTTTGTTTGTTTCTCCTTTTAAAATCGCTTGGTAGGGGAAGTAGGGGAGACTGAAAA
ATCAACAGCTTTCCCACACTGTAATGGAAAATGGAAGAAAGTAGGGACTAGGGAGGGAAG
GGAAACACAGCTTTGATTTGATGAGATCCTTAGCAGTCTATTTTCAGTGTTACAACTGTA
CTCTAAAGTTGAGGCTATGTTCATACATACTGGACAC

QA 2 638 2 638
DS 



AS 1 4

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CGGTTGAAGTTTCTGGAGGAAGGGGTAGGCCATCAACCATTGTTGACAAGGATGAAGGTC
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GCACAGTTACAGCTGGAAATGCCTCTAGCATAAGTGATGGTGCAGCTGCTATTGTCCTAG
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TAAATGGAGGAGCCGTCTCCTTAGGACATCCTCTAGGCTGCAGTGGAGCGCGTATTCTAA
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CCAGGTTGTTGAACTATATAGAGCGTACCTACTATCATTCTACCAACTTGCACTTCAAGT
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TTATTTAGTTATTATATGAACTACGTTTCTGTTTCCGTACTTTGTGACCTCAGTTCTCAG
TTATGAACCGATTTATTTTAATTAATGAATTTGATCAAAAGGTGTAACAATACATTTGTA
ACGTAGATGTATGAAAGG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3F741TF U 1
AF RR3EY14TF U 169
AF RR3EY14JQ C 169
AF RR3F741JQ C 264
BS 1 395 RR3F741TF
BS 396 396 RR3EY14TF
BS 397 512 RR3F741TF
BS 513 849 RR3EY14TF
BS 850 918 RR3EY14JQ

RD RR3F741TF 512 0 0
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TTGCAGTTGTAGCACTTGCAAATCAAAAGCTACTTGGGATTAGTCCGGAGAAGGTGAATG
TAAATGGAGGAGCCGTCTCCTTAGGACATCCT

QA 1 512 1 512
DS 

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AGTTCTCAGTTATGAACC
GATTTATTTTAAT

QA 4 681 4 681
DS 

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GGT
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TTGTCCTAGTGAGTGGAGAGAAGGCGCTTCAGCTAGGACTTCAAGTACTTGCAAAAGTTA
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QA 4 750 4 750
DS 

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AATGAATTTGATCAAAAGGTGTAACAATACATTTGTAACGTAGATGTATGAAAGG

QA 1 655 1 655
DS 



AS 2 7

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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 30 20 20 

AF RR3B212JQ C 1
AF RR3GB30JQ C 2
AF RR3GB30TF U 2
AF RR3BP51TF U 1
AF RR3B212TF U 1
BS 1 1 RR3BP51TF
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RD RR3B212JQ 627 0 0
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QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3GB30JQ 626 0 0
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TTTTTTTGTTTGATTCTACTATTATCTGTTGTTTGTAATCCGTTACATGTTTTATTGATG
AAATAATTAAGGTGTTTTCGTTTA
GG

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3GB30TF 626 0 0
GACACAACATCACAAGCTTGATAAAAAAAAATAACTTTCTAAGAGAAAAATCTTAAAACT
TCACTCTTTCAACAATGGCTTACTCTAAGATTGTTCTTCTCCTTGTTTTGAATGTCATCT
TCTTCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCTTGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAACA
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AAATAATTAAGGTGTTTTCGTTTA
GG

QA 1 624 1 624
DS 

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GAAATAATTAAGGTGTTTTCGTTT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3B212TF 627 0 0
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AAGGTATGTGCCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTTTACCAGAAAAGGCCGAATGT
TGCACCCTTATCAAAGGTCTAGTTAATCTTGATGCCGGAGTCTGTCTCTGCACCGCTTTG
AAGGCTAATGTCCTTGGCATTAATCTTCGTGTTCCTATTTCACTGAGTGTTCTCCTTAAC
CAGTGTGGTACGAAGGTTCCATCTGGTTTCCAATGTGCTTAGAGATAGCACGTTATTAAA
TCAATGTTCTAAATTATCACTAAAATACGACTGTTGTTTCAAAATTTCGTGTAATTTCAA
TTTTTTTTGTTTGATTCTACTATTATCTGTTGTTTGTAATCCGTTACATGTTTTATTGAT
GAAATAATTAAGGTGTCTTCGTTTAAG

QA 1 627 1 627
DS 



CO CL977Contig2 616 2 1 U
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TTCTTCACTTTGGTCAGTTCTACGGCCCCTTGTTCACCACCACCGCCCAAAAGCCACAAC
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AAGGTATGTGCCAACGTGTTGAATTTGGTTAAGGTTTCTCTACCAGAAAAGGCCGAATGT
TGCGCCCTTATCAAAGGTCTAGTTAATCTTGACGCCGGAGTCTGTCTCTGCACCGCTTTG
AAGGCTAATGTCCTTGGCATTAATCTTCGTATTCCTATTTCACTGAGTGTTCTCCTTCCA
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TGATTCAACTATTATCTGTTGTTTGTAATCCGTTACATGTTTTATTGATGAAATAATTAA
GGTGTTTTCGTTTAAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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QA 1 616 1 616
DS 



AS 2 7

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QA 1 708 1 708
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AF RR3AK21JQ U 189
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BS 1 344 RR3E341JQ
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GCAGTAGGACTTGGAGAAGATGACAATCTTGTTGGACAATATGGCGTTCTGCACGAATGC
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A
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CC

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ACCACCACTATTATTACGAGTATCATGTACGCCGTCGTGACCTCAACACGCCGAGGACGC
TGCCCAACCATCGCCATTCCCTTCCTTACCAACCACAACAAACAAC
CC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 7

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TTTTTAATAATAAGATCCAC


BQ
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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AF RR3B644JQ C 2
AF RR3EN11JQ C 2
AF RR3EN11TF U 2
AF RR3B644TF U 2
AF RR3A941JQ C 2
AF RR3A941TF U 2
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TTTTAATAATAAGATCCAC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 6

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GTTTCATTTTGGGGAGAGACATCATCATAGTCATCATCCTCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR3DX10JQ U 1
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AF RR3DX10TF C 677
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AF RR3CG12TF C 701
AF RR3BD39TF C 665
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TCC

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C

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C
C

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DS 

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GGAGACACCGGTCACCAAAGCCTGTCTCAGTTGCTTCTTCTCCAGAGACAAAGGTTGTGT
CTTTTCAAGCCTGGTTCTGTTGCTTTCCACCGTTGATCTTCTTCTTCTTGTGGATGCTTC
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CATTTTGGGGAGAGACATCATCATAGTCATCATCCTC
TCC

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DS 



AS 1 5

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CATATTTATAGCAATAAAATACGATTGTTCCTTCACCAAGTAATAAGATAAATTAGTAAT
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BQ
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30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A880JQ U 354
AF RR3A880TF C 354
AF RR3DM88JQ U 1
AF RR3DO78JQ U 241
AF RR3DM88TF C 693
BS 1 371 RR3DM88JQ
BS 372 372 RR3A880JQ
BS 373 411 RR3DM88JQ
BS 412 412 RR3A880JQ
BS 413 756 RR3DM88JQ
BS 757 965 RR3DO78JQ
BS 966 1280 RR3DM88TF

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TCTACAAGAGGCG
C

QA 1 253 1 253
DS 

RD RR3A880TF 254 0 0
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TAGTAATTAAAAATATCTAGAATCTATATTATTTATAAGGGACCAGAAATACCTTGCTTA
CGTATCATTAAGAAATGCATTAACATAAATACAGCCGTAAGAAGAGGTAATACAAAAGTG
TGTAAACTATAAAAACGAGTCAAAGTGGATTGTCCAACACTAGCACTTCCGCGTAATAAT
TCTACAAGAGGCG
C

QA 1 253 1 253
DS 

RD RR3DM88JQ 756 0 0
GTCCGAATATAGAGTTTATTACTATTAAATTTTGAAGAGCACAAATACATATAAACTCAG
GAACTACAATTATACATTCCGAATCATAATAATAACAGTAAAATAAAAAATGGAGCAGAA
CAACATCAAACAGTTGAGTCTTTTTCACTTCCAGTTATTGGCAACAATGTCAGCCAAATC
AACGACTCTCTGCGAGTAACCCCATTCGTTATCATACCAAGCAATCACTTTAACCATATC
ATCTCTCATAACCATTTTCTCTTCATAGAATTCCCTTCAACTTTTTATGTCAAAAAAATA
ATACAATATTGTGGAGTTGAAGGGAAATATCCAAATACATGTCTTATTTTTTTAATAATC
CATATTTATAGTAATAAAATACGATTGTTCCTTCACCAAGTAATAAGATAAGTTAGTAAT
TAAAAATATCTAGAATCTATATTATTTATAAGGGACCAGAAATACCTTGCTTACGTATCA
TTAAGAAATGCATTAACATAAATACAGCCGTAAGAAGAGGTAATACAAAAGTGTGTAAAC
TATAAAAACGAGTCAAAGTGGATTGTCCAACACTAGCACTTCCGCGTAATAATTCTACAA
GAGGCGATCCTATTACCGGAATAGCGTCAGGTACACCTGTTACAATTTTGACTGCCCAAT
AGCCAATTTGATCCCAAGGTAAAGAATAACCTGTTACACCAAAAGATGCGGTCAATACAC
CCAGAACCACACCAGTAACCCAAGTTAATTCGCGAG

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DS 

RD RR3DO78JQ 725 0 0
ACTCCCATAAT
CCATTTTCTCTTCATAGAATTCCCTTCAACTTTTTATGTCAAAAAAATAATACAATATTG
TGGAGTTGATGGGAAATATCCAAATACATGTCTTATTTTTTTAATAATCCATATTTATAG
CAATAAAATACGATTGTTCCTTCACCAAGTAATAAGATAAATTAGTAATTAAAAATATCT
AGAATCTATATTATTTATAAGGGACCAGAAATAACTTGCTTACGTATCATTAAGAAATGC
ATTAACATAAATACGGCCGTAAGAAGAGGTAATACAAAAGTGTGTAAACTATAAAAACGA
GTCAAAGTGGATTGTCCAACACTAGCACTTCCGCGTAATAATTCTACAAGAGGCGATCCT
AT*ACCGGAATAGCGTCAGGTACACCTGTTACAATTTTGACTGCCCAATAGCCAATTTGA
TCCCAAGGTAAAGAATAACCTGTTACACCAAAAGATGCGGTCAATACACCCAGAACCACA
CCAGTAACCCAAGTTAATTCGCGAGGTTTTTTAAAACCACCGGTGAGGTATACACGAAAT
ACGTGCAGGATCATCATTAGGACCATCATACTTGCCGACCATCGATGAACTGATCGGATT
AACCAACCAAAGTTAGCTTCAGTCATTATATATTGAACAGAAGCAAAAGCCTCAGTAACA
GTTGGACGGTAATAAAAAGTCATAGCAAATCCCGTAGCTACTTGTACTAAAAAA

QA 12 725 12 725
DS 

RD RR3DM88TF 588 0 0
GTTACACCAAAAGATGCGGTCAATACACCCAGAACCACACCAGTAACCCAAGTTAATTCG
CGAGGTTTTTTAAAACCACCGGTGAGGTATACACGAAATACGTGCAGGATCATCATTAGG
ACCATCATACTTGCCGACCATCGATGAACTGATCGGATTAACCAACCAAAGTTAGCTTCA
GTCATTATATATTGAACAGAAGCAAAAGCCTCAGTAACAGTTGGACGGTAATAAAAAGTC
ATAGCAAATCCCGTAGCTACTTGTACTAAAAAACAAGTAAGGGTAATTCCTCCTAGACAA
TAAAATATGTTGACATGCGGAGGAACATATTTACTAGTTATATCGTCTGCAATCGCTTGA
ATCTCAAGACGTTCTTCGAACCAATCATAAACTTTATTGAGATAGGTAAACCAAGGTTAC
TCCCCCTCCAAGAACTGTATATGAGAATTTCATCTCGTACAGCTCAAACAAAAAAAAGAC
CCAAATACTGATTGAAACGGATATGTAATATAAAGTTTTAAACTTCTCTCTCATTCAATA
TTATTTAAAGATATGAAAGAGTCAAAATGCGAAAGCTCTTCTTTGTGC

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 7

CO CL982Contig1 865 7 29 U
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ATGGCTGAGGGACAACAAAACTCAGGTAACAGCAATGGTGAAAACATCATCCCTCCCGAA
GATGTTGCTAAGTTCCTGCCCAAAACTGTTGAAGAAGGTGGATGGGAAAAATGTTGGGAA
GACGGGGTAACACCATGGGACCAAGGAAGAGCCACACCCCTCGTTGTCCATCTTGTTGAA
TCTTCTTCTCTTCCTCTTGGTCGTGCTCTTGTCCCCGGCTGTGGCGGAGGTCACGATGTG
GTTGCGATGGCAAGTCCCGAACGTTACGTTGTTGGTTTGGATATTTCTGAAAGTGCCCTC
GAGAAAGCTGCTGAGACTTACGCCTCCTCACCGAAGGCCAAGTACTTTACGTTCGTGAAG
GAAGACTTCTTCACATGGCGTCCTAGTGAATTATTCGACCTCATCTTCGATTATGTGGTG
TTCTGTGCCATTGAGCCGGAGATGAGAGCTGCATGGGCCAAAACCATGTATGAACTCTTA
AAACCCGACGGCGAACTCATTACTCTCATGTATCCGATTACCGATCATGATGGTGGACCT
CCTTACAAAGTAGCTGTCTCTACCTACGAAGATGTTTTGGTTCCGGTAGGATTCAAGGCA
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AGGTGGAAAAAGATCAACTGATCCAAGAAAGATCTTTCTTACTCTTTACTAAGAGTCTTA
TATGCATATTCTACCAATGTATTAAGAATGTAATGAATATTCTAAATATTTGCTGATTAT
TAATAATAAACGTAATGTTTCTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 0 25 0 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 5 45 45 45 45 45 45 5 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GH14TF U 1
AF RR3EH57TF U 2
AF RR3ES94TF U 3
AF RR3E275TF U 9
AF RR3GW64JQ C 184
AF RR3E275JQ C 139
AF RR3EH57JQ C 142
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BS 22 24 RR3EH57TF
BS 25 32 RR3GH14TF
BS 33 33 RR3EH57TF
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BS 50 50 RR3EH57TF
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BS 226 226 RR3EH57TF
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BS 384 389 RR3GH14TF
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BS 391 392 RR3GH14TF
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RD RR3GH14TF 651 0 0
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TCTTCTTCTCTTCCTCTTGGTCGTGCTCTTGTCCCCGGCTGTGGCGGAGGTCACGATGTG
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CCTTACAAAGTAGCTGTCTCTACCTACGAAGATGTTTTGGTTCCGGTAGGA

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3EH57TF 639 0 0
GGACACCTT
AATATCCACAAAATAAAAAATAATTACTAGAGCTTGAGAAAAACCTTAAA*TGGCTGAGG
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TTGAGCCGGAGATGAGAGCTGCATGGGCCAAAACCATGTATGAACTCTTAAAACCCGACG
GCGAACTCATTACTCTCATGTATCCGATTACCGATCATGATGGTGGACCTCCTTACAAAG
TAGCTGTCTCTACCTACGAAGATGTTTTGG

QA 10 639 10 639
DS 

RD RR3ES94TF 717 0 0
GGACCTTT
AATATCCACAAAATAAAAAATA*TTACTAAAACTTGAGAGAAACCTTAAAATGGCTGAGG
GACAAGAAAACTCAGGTAACAGCAATGGTGAAAACATCATCCCTCCCGAAGATGTTGCTA
AGTTCCTGCCCAAAACTGTTGAAGAAGGTGGATGGGAAAAATGTTGGGAAGACGGGGTAA
CACCATGGGACCAAGGAAGAGCCACACCCCTCGTTATCCATCTTGTTGAATCTTCTTCTC
TTCCTCTTGGTCGTGCTCTTGTCCCCGGCTGTGGCGGAGGTCACGATGTGGTTGCGATGG
CAAGTCCCGAACGTTACGTTGTTGGTTTGGATATTTCTGAAAGTGCCCTCGAGAAAGCTG
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TCACATGGCGTCCTAATGAATTATTCGACCTCATCTTCGATTATGTGGTGTTCTGTGCCA
TTGAGCCGGATATGAGAGCTGCATGGGCCAAAGCCATGTATGAACTCTTAAAACCCGATG
GCGAACTCATTACTCTCATGTATCCGATTACCGATCATGATGGTGGACCTCCTTACAAAG
TAGCTGTCTCTACCTACGAAGATGTTTTGGTTCCGGTAGGATTCAAGGCAGTGTCCATTG
AGGAGAATCCATACTCCATTGCCACTCGTAAGGGTAAAGAGAAGCT
TGG

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GG
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AGTTCCTGCCCAAAACTGTTGAAGAAGGTGGATGGGAAAAATGTTGGGAAGACGGGGTAA
CACCATGGGACCAAGGAAGAGCCACACCCCTCGTTGTCCATCTTGTTGAATCTTCTTCTC
TTCCTCTTGGTCGTGCTCTTGTCCCCGGCTGTGGCGGAGGTCACGATGTGGTTGCGATGG
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CTGAGACTTACGCCTCCTCACCGAAGGCCAAGTACTTTACGTTCGTGAAGGAAGACTTCT
TCACATGGCGTCCTAGTGAATTATTCGACCTCATCTTCGATTATGTGGTGTTCTGTGCCA
TTGAGCCGGAGATGAGAGCTGCATGGGCCAAAACCATGTATGAACTCTTAAAACCCGACG
GCGAACTCATTACTCTCATGTATCCGATTACCGATCATGATGGTGGACCTCCTTACAAAG
TAGCTGTCTCTACCTACGAAGATGTTTTGGTTCCGGTAGGATTCAAGGCAGTGTCCATTG
AGGAGAATCCATACTCCATTGCCACTCGTAAGG
TA

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DS 

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TCTTCCCTTCC*CTTGGTCGTGCTCTTGTCCCCGGCTGTGGCGGAGGTCACGATGTGGTT
GCGATGGCAAGTCCCGAACGTTACGTTGTTGGTTTGGATATTTCTGAAAGTGCCCTCGAG
AAGGCTGCTGAGACTTACCGCTCCTCGCCAAAGGCCAAGTATTTTACGTTCGTGAAGGAA
GACTTCTTCACATGGCGTCCTAATGAATTATTCGACCTCATCTTCGATTATGTGGTGTTC
TGTGCCATTGAGCCGGATATGAGAGCTGCATGGGCCAAAGCCATGTATGAACTCTTAAAA
CCCGATGGCGAACTCATTACTCTCATGTATCCGATTACCGATCATGATGGTGGACCTCCT
TACAAAGTAGCTGTCTCTACCTACGAAGATGTTTTGGTTCCGGTAGGATTCAAGGCAGTG
TCCATTGAGGAGAATCCATACTCCATTGCCACTCGTAAGGGTAAAGAGAAGCTTGGTAGG
TGGAAGAAGATCAACTGATCCAAGAAAGATCTTTCTTACTCTTTACTAAGAGTCTTATAT
GCATATTCTACCCATGTATTAAGAATAAAATGAATATTCTA
CAAATTT

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DS 

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GGTCGTGCTCTTGTCCCCGGCTGTGGCGGAGGTCACGATGTGGTTGCGATGGCAAGTCCC
GAACGTTACGTTGTTGGTTTGGATATTTCTGAAAGTGCCCTCGAGAAAGCTGCTGAGACT
TACGCCTCCTCACCGAAGGCCAAGTACTTTACGTTCGTGAAGGAAGACTTCTTCACATGG
CGTCCTAGTGAATTATTCGACCTCATCTTCGATTATGTGGTGTTCTGTGCCATTGAGCCG
GAGATGAGAGCTGCATGGGCCAAAACCATGTATGAACTCTTAAAACCCGACGGCGAACTC
ATTACTCTCATGTATCCGATTACCGATCATGATGGTGGACCTCCTTACAAAGTAGCTGTC
TCTACCTACGAAGATGTTTTGGTTCCGGTAGGATTCAAGGCAGTGTCCATTGAGGAGAAT
CCATACTCCATTGCCACTCGTAAGGGTAAAGAGAAGCTCGGTAGGTGGAAAAAGATCAAC
TGATCCAAGAAAGATCTTTCTTACTCTTTACTAAGAGTCTTATATGCATATTCTACCAAT
GTATTAAGAATGTAATGAATATTCTAAATATTTGCTGATTATTAATAATAAACGTAATGT
TTCTGAT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3EH57JQ 724 0 0
AAAACTGTTGAAGAAGGTGGATGGGAAAAATGTTGGGAAGACGGGGTAACACCATGGGAC
CAAGGAAGAGCCACACCCCTCGTTGTCCATCTTGTTGAATCTTCTTCTCTTCCTCTTGGT
CGTGCTCTTGTCCCCGGCTGTGGTGGAGGTCACGATGTGGTTGCGATGGCAAGTCCCGAA
CGTTACGTTGTTGGTTTGGATATTTCTGAAAGTGCCCTCGAGAAAGCTGCTGAGACTTAC
GCCTCCTCACCGAAGGCCAAGTACTTTACGTTCGTGAAGGAAGACTTCTTCACATGGCGT
CCTAGTGAATTATTCGACCACATCTTCGATTATGTGGTGTTTTGTGCCATTGAGCCGGAG
ATGAGAGCTGCATGGGCCAAAACCATGTATGAACTTTTAAAACCCGACGGCGAACTCATT
ACTTTCATGTATCCGATTACCGATCATGATGGTGGACCTCCTTACAAAGTAGCTGTCTCT
ACCTACGAAGATGTTTTGGTTCCGGTAGGATTCAAGGCAGTGTCCATTGAGGAGAATCCA
TACTCCATTGCCACTCGTAAGGGTAAAGAGAAGCTCGGTAGGTGGAAAAAGATCAACTGA
TCCAAGAAAGATCTTTCTTACTCTTTACTAAGAGTTTTATATGCATATTCTACCAATGTA
TTAAGAATGTAATGAATATTCTAAATATTTGCTGATTATTAATAATAAACGTAATGTTTC
TGAT

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DS 



AS 1 6

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GCTTCCTCTCAAGAAAATTGCTTCAGCAGCTTCCTTTTCATCACAACATACAACAGCAAC
AAGCTCAAGTACCTGACAAGAACAACTTGAGCGGCAACATTCTCTTGCTTCTCTCTATCC
TTGTCTGCGGTATCATCTGCTCACTAGGGTTGCATTACATAATCCGTTGCGCATTTAGAC
GTTCCTCGAGTTTCATGATCTCTGATCCCATCCCAATCCCGTCCACACCACGAGGCTCAG
CAGCAAACAAAGGCATCAAGAAGAAAGTTCTCAAGATGTTCCCGGTAGTGACTTACTCAC
CTGAGATGAACTTGTCAGGGGTTGGCGAAGAGTGTGTCATTTGCTTGTCTGATTTCGTAG
CTGGAGAACAGATACGGCTGCTTCCAAAGTGTAACCATGGGTTCCACGTTCGTTGTATCG
ACAAGTGGCTTACACAACATATGACTTGTCCTAAATGTAGACACTGTCTGGTTGAGACAT
GTCAAAAGATATTAGGAGATTGCGATGAAGCTGATGAGGTTGAAGCAACACCAA*GGGAG
AGCATAGAGGTGAGAATTGATCCTGTAGAACCTGAAGCAAGAGTCAGCACTTTTAGAGAA
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TTTTTGTTTATTTTTATTTTGCCCTGAAGCTCAAAATGTAAAGAGAATATATCTTAAGCT
TTTCATGGCATCATAAGTTCATCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

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AF RR3AG32TF U 6
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CTCAAGAAAATTGCTTCAGCAGCTTCCTTTTCATCACAACATACAACAGCAACAAGCTCA
AGTACCTGACAAGAACAACTTGAGCGGCAACATTCTCTTGCTTCTCTCTATCCTTGTCTG
CGGTATCATCTGCTCACTAGGGTTGCATTACATAATCCGTTGCGCATTTAGACGTTCCTC
GAGTTTCATGATCTCTGATCCCATCCCAATCCCGTCCACACCACGAGGCTCAGCAGCAAA
CAAAGGCATCAAGAAGAAAGTTCTCAAGATGTTCCCGGTAGTGACTTACTCACCTGAGAT
GAACTTGTCAGGGGTTGGCGAAGAGTGTGTCATTTGCTTGTCTGATTTCGTAGCTGGAGA
ACAGATACGGCTGCTTCCAAAGTGTAACCATGGGTTCCACGTTCGTTGTATCGACAAGTG
GCTTACACAACATATGACTTGTCCTAAATGTAGACACTGTCTGGTTGAGACATGTCAAAA
GATATTAGGAGATTGCGATGAAGCTGATGAGGTTGAAGCAACACCAA*GGGAGAGCATAG
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ACAGAGTTTATGTCTC

QA 3 798 3 798
DS 

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CCCGGTAGTGACTTACTCACCTGAGATGAACTTGTCAGGGGTTGGCGAAGAGTGTGTCAT
TTGCTTGTCTGATTTCGTAGCTGGAGAACAGATACGGCTGCTTCCAAAGTGTAACCATGG
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ACACTGTCTGGTTGAGACATGTCAAAAGATATTAGGAGATTGCGATGAAGCTGATGAGGT
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AAGAGAATATATCTTAAGCTTTTCATGGCATCAT

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DS 

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ATCCCATCCCAATCCCGTCCACACCACGAGGCTCAGCAGCAAACAAATGCATCAAGAAGA
AAGTTCTCAAGATGTTCCCGGTAGTGACTTACTCACCTGAGATGAACTTGTCAGGGGTTG
GCGAAGAGTGTGTCATTTGCTTGTCTGATTTCGTAGCTGGAGAACAGATACGGCTGCTTC
CAAAGTGTAACCATGGGTTCCACGTTCGTTGTATCGACAAGTGGCTTACACAACATATGA
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ATGAAGCTGATGAGGTTGAAGCAACACCAA*GGGAGAGCATAGAGGTGAGAATTGATCCT
GTAGAACCTGAAGCAAGAGTCAGCACTTTTAGAGAAAGCAGCTAGAGAGTATGTGCGAAT
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AGCCAGTAGGATTCCAAAATCAAACACA*TGGAGCCTTTTTGTTTATTTTTATTTTGCCC
TGAAGCTCAAAATGTAAAGAGAATATATCTTAAGCTTTTCATGGCATCATAAGTTCATCG
G

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3G334JQ 170 0 0
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GATTCCAAAATCAAACACAATGGAGCCTTTTTGTTTATTTTTATTTTGCCCTGAAGCTCA
AAATGTAAAGAGAATATATCTTAAGCTTTTCATGGCATCATAAGTTCATC

QA 1 170 1 170
DS 



AS 1 6

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GGAAAGAAGAAACCACTCTCTTTGCAGAAACAAGACCAACTTACTCTTGAATTCTCCTCT
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GCTCTATTGCAGCAAAGCAAGAAGAAGAAAGGACCTTCTCCTATTAGCATAACCAGCATC
GTGATTTACACCTTGGCCCTGCTTTTGGTCGTCTTCGTCCTCTTCTCCGCCTACAGACGT
TGGACCCTCAGATCTGAGATCCCAACCC*ACAATGGTAGATCACTTCTTCAGGATTCAGC
AAAGACCACTAATGTCCCATGGTTTGCTACCTTAGATACGGGCAAAGGTTCAGTGACCAT
TGAACTGTTCAAAGATGCTGCTCCCAACGTTGTTGACGAATTCATCAACTTATGTCAAGA
TGGGTATTTCAAAGGTTTCTTATTCAGCAGAGTTGTGAAACATTCTGTCATTCAAGCTGG
TCACTCTGCTGAGTCCGATGCTGTCACTGATTGGGCTCTCCAAAAGAC***TAATCTTCA
TACCAGTTTAAAACAAGAAGAATTCATGGTGGGAACTCCTAAAGCTAAAAACCAGGAAGG
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TTTTGGTCGTGTTGCAAAGGGACAAGATGTGGTTCAGGAGATCGAGGAGGTTGAGACAGA
TGAACATCATCAACCAAAAGCACCGATAGAGATCATGTCCGTCACTTTGCTTCAAGACAT
GTGAAAGCTTTATTACTTCTTGTATTGAAAAAAATCTCTTGATGTATTAATGCTTTGTAA
CTTGAATTCTTTTTTTCATCACCTCATTTGCAACTTTGTGGTAACATAAGTTTTAATTTT
CTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ33TF U 1
AF RR3FC21TF U 30
AF RR3CS17TF U 6
AF RR3EZ33JQ C 214
AF RR3A265TF U 2
AF RR3A265JQ C 2
BS 1 473 RR3EZ33TF
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BS 713 723 RR3FC21TF
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BS 862 906 RR3A265JQ

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TGGACCCTCAGATCTGAGATCCCAACCC*ACAATGGTAGATCACTTCTTCAGGATTCAGC
AAAGACCACTAATGTCCCATGGTTTGCTACCTTAGATACGGGCAAAGGTTCAGTGACCAT
TGAACTGTTCAAAGATGCTGCTCCCAACGTTGTTGACGAATTCATCAACTTATGTCAAGA
TGGGTATTTCAAAGGTTTCTTATTCAGCAGAGTTGTGAAACATTCTGTCATTC

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DS 

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GG
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GACCTTCTCCTATTAGCATAACCAGCATCGTGATTTACACCTTGGCCCTGCTTTTGGTCG
TATTCGTCCTCTTCTCCGCCTACAAACGTTGGACCCTCAGATCTGAGATCCCAACCC*AC
AATGGTAGATCACTTCTTCAGGATTCAGCCAAGACTACTAATGTCCCATGGTTTGCTACC
TTAGATACGGGCAAAGGTTCAGTGACCATTGAACTCTTCAAAGATGCTGCTCCCAACGTT
GTTGACGAATTCATCAACTTATGTCAAGATGGGTATTTCAAAGGTTTCTTATTCAGCAGA
GTTGTAAAGCATTCTGTCATTCAAGCTGGTCACTCTGCTGAGTCCGATGCTGTCACAGAT
TGGGCTCTCCAAAAGACTACTAATCTTCATACCAGTTTAAAACAAGAAGAATTCATGGTG
GGAACTCCTAAAGCTAAAAACCAGGAAGGAGGGTTTCAGTTTTTCATTGTATCTTCTCAG
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GTTCAG*AGATCGAGGAGGT*GAGACAGATGA
CATCATCAC

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DS 

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GG
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GCTAACTAACAAGAAGCAGAAG******GGTAATGGCGAAGATCAAGCCGCAAGCTCTAT
TGCAGCAAAGCAAGAAGAAGAAAGGACCTTCTCCTATTAGCATAACCAGCATCGTGATTT
ACACCTTGGCCCTGCTTTTGGTCGTCTTCGTCCTCTTCTCCGCCTACAGACGTTGGACCC
TCAGATCTGAGATCCCAACCC*ACAATGGTAGATCACTTCTTCAGGATTCAGCAAAGACC
ACTAATGTCCCATGGTTTGCTACCTTAGATACGGGCAAAGGTTCAGTGACCATTGAACTG
TTCAAAGATGCTGCTCCCAACGTTGTTGACGAATTCATCAACTTATGTCAAGATGGGTAT
TTCAAAGGTTTCTTATTCAGCAGAGTTGTGAAACATTCTGTCATTCAAGCTGGTCACTCT
GCTGAGTCCGATGCTGTCACTGATTGGGCTCTCCAAAAGAC***TAATCTTCATGCCAGT
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QA 3 780 3 780
DS 

RD RR3EZ33JQ 680 0 0
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TGACGAATTCATCAACTTATGTCAAGATGGGTATTTCAAAGGTTTCTTATTCAGCAGAGT
TGTGAAACATTCTGTCATCCAAGCTGGTCACTTTGCTGAGTCCGATGCTGTCACTGATTG
GGCTCTCCAAAAGAC***TAATCTTCATACCAGTTTAAAACAAGAAGAATTCATGGTGGG
AACTCCTAAAGCTAAAAACCAGGAAGGAGGATTTCAGTTTTTCATTGTATCTTCTCAGAT
CACAGATCTGAACGAGAAATTGACAGTTTTTGGTCGTGTTGCAAAGGGACAAGATGTGGT
TCAGGAGATCGAGGAGGTTGAGACAGATGAACATCATCAACCAAAAGCACCGATAGAGAT
CATGTCCGTCACTTTGCTTCAAGACATGTGAAAGCTTTATTACTTCTTGTATTGAAAAAA
ATCTCTTGATGTATTAATGCTTTGTAACTTGAATTCTTTTTTTCATCACCTCATTTGCAA
CTTTGTGGTAAC
ATAAGTTT

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DS 

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ACACCTTGGCCCTGCTTTTGGTCGTCTTCGTCCTCTTCTCCGCCTACAGACGTTGGACCC
TCAGATCTGAGATCCCAACCC*ACAATGGTAGATCACTTCTTCAGGATTCAGCAAAGACC
ACTAATGTCCCATGGTTTGCTACCTTAGATACGGGCAAAGGTTCAGTGACCATTGAACTG
TTCAAAGATGCTGCTCCCAACGTTGTTGACGAATTCATCAACTTATGTCAAGATGGGTAT
TTCAAAGGTTTCTTATTCAGCAGAGTTGTGAAACATTCTGTCATTCAAGCTGGTCACTCT
GCTGAGTCCGATGCTGTCACTGATTGGGCTCTCCAAAAGAC***TAATCTTCATACCAGT
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CATCAACCAAAAGCACCGATAGAGATCATGTCCGTCACTTTGCTTCAAGACATGTGAAAG
CTTTATTACTTCTTGTATTGAAAAAA*TCTCTTGATGTATTAATGCTTTGTA*CTTGA*T
TCTTTTTTTCATCA

QA 7 860 7 860
DS 

RD RR3A265JQ 905 0 0
GAAAGA
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GCTAACTAACAAGAAGCAGAAG******GGTAATGGCGAAGATCAAGCCGCAAGCTCTAT
TGCAGCAAAGCAAGAAGAAGAAAGGACCTTCTCCTATTAGCATAACCAGCATCGTGATTT
ACACCTTGGCCCTGCTTTTGGTCGTCTTCGTCCTCTTCTCCGCCTACAGACGTTGGACCC
TCAGATCTGAGATCCCAACCC*ACAATGGTAGATCACTTCTTCAGGATTCAGCAAAGACC
ACTAATGTCCCATGGTTTGCTACCTTAGATACGGGCAAAGGTTCAGTGACCATTGAACTG
TTCAAAGATGCTGCTCCCAACGTTGTTGACGAATTCATCAACTTATGTCAAGATGGGTAT
TTCAAAGGTTTCTTATTCAGCAGAGTTGTGAAACATTCTGTCATTCAAGCTGGTCACTCT
GCTGAGTCCGATGCTGTCACTGATTGGGCTCTCCAAAAGAC***TAATCTTCATACCAGT
TTAAAACAAGAAGAATTCATGGTGGGAACTCCTAAAGCTAAAAACCAGGAAGGAGGATTT
CAGTTTTTCATTGTATCTTCTCAGATCACAGATCTGAACGAGAAATTGACAGTTTTTGGT
CGTGTTGCAAAGGGACAAGATGTGGTTCAGGAGATCGAGGAGGTTGAGACAGATGAACAT
CATCAACCAAAAGCACCGATAGAGATCATGTCCGTCACTTTGCTTCAAGACATGTGAAAG
CTTTATTACTTCTTGTATTGAAAAAAATCTCTTGATGTATTAATGCTTTGTAACTTGAAT
TCTTTTTTTCATCACCTCATTTGCAACTTTGTGGTAACATAAGTTTTAATTTTCTATCC

QA 7 905 7 905
DS 



AS 1 4

CO CL985Contig1 1120 4 13 U
GGACTCCCCCCCTAAAGAAAATGTCGTCTTTAGCCTATTGTCCCTCCGCCGTCGCTGTAT
CTCCCGCTTCCTCCGCCGCTACCGTTAACCCCTTATTCTCCTCCCTCAGACTCTTCAATC
CCTTTCCACCAAAATCCTTCAAACTCGTCGCCAGTTTCCTCAATCCCATCTCACTCCATC
CCAATATCCGTCGCCACCGTTTCTCCTGCGCCGCCGATACCGAAGACGAACTCCCCGTCG
CATCAGAAGACGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGTGAAACAGACGACGCAAGCCAGTG
GTGAGGAAGGGAGGCTGTACGTTGGAAACTTACCATACACAATCACTTCTTCTGAGCTCT
CCCAACTTTTCCGACAAGCTGGAACTGTCGTAGATGTTCAGATTGTGTATGACAAAGTCA
CTGACAGAAGCAGAGGGTTTGGATTCGTAACGATGGGAAGCATCGAAGAAGCTAAAGAAG
CTATTCAGATGTTCAACACCTCTCAAATTGGCGGTAGAACTGTGAAAGTGAACTTCCCGG
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GG*AGCTATGTTGACAGTCCTCACAAGCTCTATGCTGGGAACCTTGGTTGGGATCTGACC
TCACAAGGTCTGAAAGATGCATTTGCTGACCAACCTGGTGTGCTTGGTGCTAAAGTTGTG
TATGAAAGAGACAGCGGGAGGTCTCGGGGGTTTGGTTTCGTCTCTTTTGAATCTGCACAA
GACCTTCAGTCTGCCCTGAGGGCCATGAATGGCGTGGAAGTTGAAGGCAGAGAACTGAGG
CTCAATTTGGCTTCAGAGAGAGCCACCGTGTCTCGTCCTTTTGTAACACAAGTAGAGACT
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AAAAGCACAATATCTTGTTTGTATTCTACTGACTAGTGAGGCTAAAGAAGAAGATAATAT
ATGAGATAAAAGAAAATGAGATTGACTGTCATCTTTATTCAAAAATGTTTTCTTCCATTA
AATGCTTTAATGTATAATCTTTCTGTCTCATTAGAAAGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG34TF U 1
AF RR3GW73TF U 13
AF RR3EG34JQ C 376
AF RR3GW73JQ C 410
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TATGAA*GAGACAGCGGGAGGTCT

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DS 

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G
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CGCCGCTACCGTTAACCCCTTATTCTCCTCCCTCAGACTCTTCAATCCCTTTCCACCAAA
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CCACCGTTTCTCCTGCGCCGCCGATACCGAAGACGAACTCCCCGTCGCATCAGAAGACGA
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGTGAAACAGACGACGCAAGCCAGTGGTGAGGAAGGGAG
GCTGTACGTTGGAAACTTACCATACACAATCACTTCTTCTGAGCTCTCCCAACTTTTCCG
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ACACCTCTCAAATTGGCGGTAGAACTGTGAAAGTGAACTTCCCGGAGGTGCCAAGAGGCG
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DS 

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TTCTTCCATTAAATGCTTTAATGTATAATC

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DS 



AS 1 6

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CAAACGACTCATTTGCTTTGCTCTATCTTAGCCTTTCTCTTTTCGTTAACAAAGAAGACG
AGAAGAGCCACGACGGAGAAGACGCTGAAACAGACAGAGGCAATATCTAAGGATTTGTGG
CGGCCACTAATAGCCTGAACGCTGAAGAGATCGGTTGTCTTGGCCTCGTTTGTGGTCTGT
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TTTTAGGTCC


BQ
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20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 10 30 30 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX06JQ U 62
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AF RR3BJ37JQ U 54
AF RR3FF94TF C 276
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AAAA

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TGCACC

QA 1 786 1 786
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CA
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AACGACTCATTTGCTTTGCTCTATCTTAGCCTTTCTCTTTTCGTTAACAAAGAAGACGAG
AAGAGCCACGACGGAGAAGACGCTGAAACAGACAGAGGCAATATCTAAGGATTTGTGGCG
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GCGCCATGGTCGGTCCACTTGGCTGACCGGAGCGTAGCATAGCTTTACTTTAATGATCTT
AAATTCAGCCTCCTTTGTAGCCGTCGAGCTTACCTTCCATGTAATGCTCAGCTTATCAAC
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CAC
TTTCT

QA 3 785 3 785
DS 

RD RR3BJ37JQ 856 0 0
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AAACATACGCAA*TTGATAGAAATGAAAATTTAAAGTCAACGCCTTTTTGTTCAACGTCG
CAATACGCAAACGCCTCATTTGCTTTGCTCTATCTTGGCCTTCCTCTTTTCGTTCACAAA
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GGGGTCATAGGGAAATGAAGAGATCTTGTGTGGGCAGCTCTTGTCCTTGAAGAGCTCATT
ATGGGTCTTGCGCCATGGTCGGTCCACTTGGCTGACCGGAGCGTAGCATAGCTTTACTTT
AATGATCTTAAATTCAGCCTCCTTGGTAGCCGTCGAGCTTACCTTCCACGTAATGCTCAA
CCTATCAACTCCGGCAGCCAAAACGACACCTA***CAGTTCGGCTGGG*TGTAGCGGTGA
CTTCAAGTGCACCTTTCTCCAGGTCGGTGAAGAGTCTCTCTTTGGTAGCACCATGACTGG
ATTGGATCATGGAGCATATTAGAAGTGAAGCTAAGAGGAGCTTCGTGATCGCCATGGATT
CTTGAATCTGAAT
GTG

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR3FF94TF 684 0 0
TCTCTTTTCGTTAACAAAGAAGACGAGAAGAGCCACGACGGAGAAGACGCTGAAACAGAC
AGAGGCAATATCTAAGGATTTGTGGCGGCCACTAATAGCCTGAACGCTGAAGAGATCGGT
TGTCTTGGCCTCGTTTGTGGTCTGTCCAAAGGCAACTTCATGGTCCTGGGCATCAACTGC
GTAGGCACGAACGTAGTAGGTCCCTGTGGGGATGTCGCGCTCGAGGGTATAGTCGAATGA
TTGAGCGGTTTTGACAGTGGGGTCATAGGGAAATGAAGAGATCTTGTGTGGGCGGCTCTT
GTCCTTGAAGAGCTCATTATGGGTCTTGCGCCATGGTCGGTCCACTTGGCTGACCGGAGC
GTAGCATAGCTTTACTTTAATGATCTTAAATTCAGCCTCCTTTGTAGCCGTCGAGCTTAC
CTTCCATGTAATGCTCAGCTTATCAACTCCGGCAGCCAAAACGACACCTTGTCCAGTTCG
GCTGGG*TGTAGCGGTGACCTCAAGTGCACCTTTCTCCAGGTCGGTGAAGAGTCTCTCTT
TGGTAGCACCATGACTGGATTGGATCATGGAGCATATTAGAAGTGAAGCGAAGAGGAGCT
TCGTGATCGCCATGGATTCTTGAATCTGAATATGTGGAAAATAAGGCTTATGAGGAGAAG
AGGAATATGCCTTTAGTTTGCTG
A

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3BX06TF 752 0 0
TTTTTTTCAACGTCGCAATACGCAAACGACTCATTTGCTTTGCTCTATCTTAGC*TTTCT
CTTTTCGTTAACAAAGAAGACGAGAAGAGCCACGACGGAGAAGACGCTGAAACAGACAGA
GGCAATATCTAAGGATTTGTGGCGGCCACTAATAGCCTGAACGCTGAAGAGATCGGTTGT
CTTGGCCTCGTTTGTGGTCTGTCCAAAGGCAACTTCATGGTCCTGGGCATCAACTGCGTA
GGCACGAACGTAGTAGGTCCCTGTGGGGATGTCGCGCTCGAGGGTATAGTCGAATGATTG
AGCGGTTTTGACAGTGGGGTCATAGGGAAATGAAGAGATCTTGTGTGGGCAGCTCTTGTC
CTTGAAGAGCTCATTATGGGTCTTGCGCCATGGTCGGTCCACTTGGCTGACCGGAGCGTA
GCATAGCTTTACTTTAATGATCTTAAATTCAGCCTCCTTTGTAGCCGTCGAGCTTACCTT
CCATGTAATGCTCAGCTTATCAACTCCGGCAGCCAAAACGACACCTTGTCCAGTTCGGCT
GGG*TGTAGCGGTGACCTCAAGTGCACCTTTCTCCAGGTCGGTGAAGAGTCTCTCTTTGG
TAGCACCATGACTGGATTGGATCATGGAGCATATTAGAAGTGAAGCGAAGAGGAGCTTCG
TGATCGCCATGGATTCTTGAATCTGAATATGTGGAAAATAAGGCTTATGAGGAGAAGAGG
AATATGCCTTTAGTTTGCTGACTTTTAGGTCC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 7

CO CL987Contig1 854 7 17 U
GGAATAAAGAAAAGGACCCCTCCTAAACTTCCAATCTCATCTCTCCAACATCCACGGAAA
CAACCCGTCTCTCTCTCAAACCCTAATCGACGACGATGATGCTCAGGCAAGCCGCGAAGA
ACGCTCTAGGCCTTACGTCACGCCAATCGACCCCGTGGTCCGTCGGTATCTTCCGATCCT
ACCACGAGAACGTCATCGACCACTACGATAACCCCCGCAACGTCGGGTCTTTCGACAAGA
ACGATCCCAGCATCGGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCCGCGTGCGGCGATGTGATGAAGC
TGCAGATCAAGGTCGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGTTTCAAGACCTTTG
GCTGTGGCTCCGCTATCGCGTCTTCATCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGGAAAGCTA
TGGAGGAAGTTCTGACCATCAAGAACACCGAAATCGCCAAGCATCTTTCTCTCCCACCAG
TGAAGCTCCATTGCAGTATGCTAGCCGAGGACGCCATCAAGGCAGCTGTGAAAGACTACA
AGGAGAAGCGAGTGAAAACAAACGGTGCTGCAGCAGTAGCAGCAGCTGGAGAAACCGCGC
AGGCTTGATTTTCCTCTGCTGATGTTTTTATACCATGACGTGTATATGATGGTACAAACA
GGAGATGTGTAAGAGAAGACTACGTGCAACCTATGGTATAATCTCTGAAGGGTTAAGTCT
AGGAAGTATTATGAATAAACTCTGTTTGACAAATACATCTGAGATGTAAGCTGTTTGATG
TTTTGTTATGGTTTTCCTTCCTTTGTGAGATTTATTATCTATTAAAGACAAGTCAGCAAT
TATTTTTTTCTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 20 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HA30TF U 1
AF RR3DB18TF U 36
AF RR3EH75TF U 37
AF RR3HA30JQ C 271
AF RR3DB18JQ C 183
AF RR3EH75JQ C 166
AF RR3DX59TF U 207
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BS 843 854 RR3EH75JQ

RD RR3HA30TF 777 0 0
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CAACCCGTCTCTCTCTCAAACCCTAATCGACGACGATGATGCTCAGGCAAGCCGCGAAGA
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ACCACGAGAACGTCATCGACCACTACGATAACCCCCGCAACGTCGGGTCTTTCGACAAGA
ACGATCCCAGCATCGGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCCGCGTGCGGCGATGTGATGAAGC
TGCAGATCAAGGTCGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGTTTCAAGACCTTTG
GCTGTGGCTCCGCTATCGCGTCTTCATCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGGAAAGCTA
TGGAGGAAGTTCTGACCATCAAGAACACCGAAATCGCCAAGCATCTTTCTCTCCCACCAG
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AGGAGAAGCGAGTGAAAACAAACGGTGCTGCAGCAGTAGCAGCAGCTGGAGAAACCGCGC
AGGCTTGATTTTCCTCTGCTGATGTTTTTATACCATGACGTGTATATGATGGTACAAACA
GGAGATGTGTAAGAGAAGACTACGTGCAACCTATGGTATAATCTCTGAAGGGT*AAGTCT
AGGA*GTATTATGAATAAACTCTGTTTGACAA*TACATCTGAGATGTA
GCTGTTGAT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3DB18TF 774 0 0
GGC
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ATGCTCAGGCAAGCCGCGAAGAACGCTCTAGGCCTTACGTCACGCCAATCGACCCCGTGG
TCCGTCGGTATCTTCCGATCCTACCACGAGAACGTCATCGACCACTACGATAACCCCCGC
AACGTCGGGTCTTTCGACAAGAACGATCCCAGCATCGGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCC
GCGTGCGGCGATGTGATGAAGCTGCAGATCAAGGTCGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTC
GATGCTCGTTTCAAGACCTTTGGCTGTGGCTCCGCTATCGCGTCTTCATCTGTCGCCACT
GAATGGGTGAAAGGGAAAGCTATGGAGGAAGTTCTGACCATCAAGAACACCGAAATCGCC
AAGCATCTTTCTCTCCCACCAGTGAAGCTCCATTGCAGTATGCTAGCCGAGGACGCCATC
AAGGCAGCTGTGAAAGACTACAAGGAGAAGCGAGTGAAAACAAACGGTGCTGCAGCAGTA
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TAATCTCTGAAGGGT*AAGTCTAGGAAGTATTATGAATAAACTCTGTTTGACAA*TACAT
CTGAGATGTA*GCTGTTTGATGTTTTGTTATGGTTT*CCTTCCTTTGTGAG

QA 4 774 4 774
DS 

RD RR3EH75TF 756 0 0
GG
ATCTCTCCAACATCCACGGAAACAACCCGTCTCTCTCTCAAACCCTAATCGACGACGATG
ATGCTCAGGCAAGCCGCGAAGAACGCTCTAGGCCTTACGTCACGCCAATCGACCCCGTGG
TCCGTCGGTATCTTCCGATCCTACCACGAGAACGTCATCGACCACTACGATAACCCCCGC
AACGTCGGGTCTTTCGACAAGAACGATCCCAGCATCGGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCC
GCGTGCGGCGATGTGACGAAGCTGCAGATCAAGGTCGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTC
GATGCTCGTTTCAAGACCTTTGGCTGTGGCTCCGCTATCGCGTCTTCATCTGTCGCCACT
GAATGGGTGAAAGGGAAAGCTATGGAGGAAGTTCTGACCATCAAGAACACCGAAATCGCC
AAGCATCTTTCTCTCCCACCAGTGAAGCTCCATTGCAGTATGCTAGCCGAGGACGCCATC
AAGGCAGCTGTGAAAGACTACAAGGAGAAGCGAGTGAAAACAAACGGTGCTGCAGCAGTA
GCAGCAGCTGGAGAAACCGCGCAGGCTTGATTTTCCTCTGCTGATGTTTTTATACCATGA
CGTGTATATGATGGTACAAACAGGAGATGTGTAAGAGAAGACTACGTGCAACCTATGGTA
TAATCTCTGAAGGGT*AAGTCTAGGA*GTAT*ATGAATAAACTCTGTTTGACAAATACAT
CTGAGATGTAAGCTGTTTGATGTTTTGTTATGGT

QA 3 756 3 756
DS 

RD RR3HA30JQ 566 0 0
GAGCTCCCGCGTGCGGCGATGTGATGAAGCTGCAGATCAAGGTCGATGAGAAGACCGGTC
AGATCGTCGATGCTCGTTTCAAGACCTTTGGCTGTGGCTCCGCTATCGCGTCTTCATCTG
TCGCCACTGAATGGGTGAAAGGGAAAGCTATGGAGGAAGTTCTGACCATCAAGAACACCG
AAATCGCCAAGCATCTTTCTCTCCCACCAGTGAAGCTCCATTGCAGTATGCTAGCCGAGG
ACGCCATCAAGGCAGCTGTGAAAGACTACAAGGAGAAGCGAGTGAAAACAAACGGTGCTG
CAGCAGTAGCAGCAGCTGGAGAAACCGCGCAGGCTTGATTTTCCTCTGCTGATGTTTTTA
TACCATGACGTGTATATGATGGTACAAACAGGAGATGTGTAAGAGAAGACTACGTGCAAC
CTATGGTATAATCTCTGAAGGGTTAAGTCTAGGAAGTATTATGAATAAACTCTGTTTGAC
AAATACATCTGAGATGTAAGCTGTTTGATGTTTTGTTATGGTTTTCCTTCCTTTGTGAGA
TTTATTATCTATTAAAGACAAGTCA
C

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3DB18JQ 653 0 0
CACGAGAACGTCATCGACCACTACGATAACCCCCGCAACGTCGGGTCTTTCGACAAGAAC
GATCCCAGCATCGGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCCGCGTGCGGCGATGTGATGAAGCTG
CAGATCAAGGTCGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGTTTCAAGACCTTTGGC
TGTGGCTCCGCTATCGCGTCTTCATCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGGAAAGCTATG
GAGGAAGTTCTGACCATCAAGAACACCGAAATCGCCAAGCATCTTTCTCTCCCACCAGTG
AAGCTCCATTGCAGTATGCTAGCCGAGGACGCCATCAAGGCAGCTGTGAAAGACTACAAG
GAGAAGCGAGTGAAAACAAACGGTGCTGCAGCAGTAGCAGCAGCTGGAGAAACCGCGCAG
GCTTGATTTTCCTCTGCTGATGTTTTTATACCATGACGTGTATATGATGGTACAAACAGG
AGATGTGTAAGAGAAGACTACGTGCAACCTATGGTATAATCTCTGAAGGGTTAAGTCTAG
GAAGTATTATGAATAAACTCTGTTTGACAAATACATCTGAGATGTAAGCTGTTTGATGTT
TTGTTATGGTTTTCCTTCCTTTGTGAGATTTATTATCTATTAAAGACAAGTCA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3EH75JQ 689 0 0
GTATCTTCCGATCCTACCACGAGAACGTCATCGACCACTACGATAACCCCCGCAACGTCG
GGTCTTTCGACAAGAACGATCCCAGCATCGGCACGGGTCTCGTCGGAGCTCCCGCGTGCG
GCGATGTGACGAAGCTGCAGATCAAGGTCGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTC
GTTTCAAGACCTTTGGCTGTGGCTCCGCTATCGCGTCTTCATCTGTCGCCACTGAATGGG
TGAAAGGGAAAGCTATGGAGGAAGTTCTGACCATCAAGAACACCGAAATCGCCAAGCATC
TTTCTCTCCCACCAGTGAAGCTCCATTGCAGTATGCTAGCCGAGGACGCCATCAAGGCAG
CTGTGAAAGACTACAAGGAGAAGCGAGTGAAAACAAACGGTGCTGCAGCAGTAGCAGCAG
CTGGAGAAACCGCGCAGGCTTGATTTTCCTCTGCTGATGTTTTTATACCATGACGTGTAT
ATGATGGTACAAACAGGAGATGTGTAAGAGAAGACTACGTGCAACCTATGGTATAATCTC
TGAAGGGTTAAGTCTAGGAAGTATTATGAATAAACTCTGTTTGACAAATACATCTGAGAT
GTAAGCTGTTTGATGTTTTGTTATGGTTTTCCTTCCTTTGTGAGATTTATTATCTATTAA
AGACAAGTCAGCAATTATTTTTTTCTGTC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3DX59TF 643 0 0
GATAACCCCCGCAACGTCGGGTCTTTCGACAAGAACGATCCCAGCATCGGCACGGGTCTC
GTCGGAGCTCCCGCGTGCGGTGATGTGATGAAGCTGCAGATCAAGGTCGATGAGAAGACT
GGTCAGATCGTCGATGCTCGTTTCAAGACCTTTGGCTGTGGCTCCGCTATCGCGTCTTCG
TCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGGAAGTTCTGACCATCAAGAAC
ACCGAAATCGCCAAGCATCTTTCTCTCCCACCAGTGAGGCTCCATTGCAGTATGCTAGCC
GAGGACTCCATCAAGGCAGCTGTGAAAGACTACAAGGAGAAGCGAGTGAAAACAAACGGT
GCTGCAGCAGTAGCAGCAGCTGGAGAAACCGCGCAGGCTTGATTTTCCTCTGCTGATGTT
TTTATACCATGACGTGTATATGATGGTACAAACAGGAGATGTGTAAGAGAAGACTACGTG
CAACCTATGGTATAATCTCTGAAGGGTTAAGTCTAGGAA*TATTATGAATAAACTCTGTT
TGACAAATACATCTGAGATGTAAGCTTTTTGATGTTTTGTTATGGTTTTCCTTCCTTTGT
GAGATTTATTATCTATTAAAGACAAGTCAGCAATTA
AAAAAAA

QA 1 636 1 636
DS 



AS 3 7

CO CL988Contig1 1189 3 9 U
GGTTCTAACATCTTCACTCTTATTCCTTTAGAAACCAATGCATGATACTAATCATTCAAA
TTATTACTCATCGTGAACAATAAACCTTGAAACCCAAACCGCCCGAAAGCAAGCAAATAT
ACAAAACAAAAAGAAATCAATGAGCAGTGAACCTAAAGAGCATAACATGCAAGTAGCTCT
CTCCAGGGTTCACAATCTGCGACGGAAAATTCTTGTGGTTCACGGAATCTGGAAACCCTT
GCGTCTCCAGACACAACCCTGCGTACTTCTTATAAACCGCGTTCCCTTTCCCGACAACAC
TTTTCAGCAGATTACTCATGTAGAACTGAACACCTGGCTGGTTCGACCACAGCTCCATCT
TCCTCCCACTAACTCCTTCTGACACGACAGCGGTTTTCCTCAAATGCTTCCCGGCCTTTC
CCTCGATGACGTAATTGATGTCGTAGCCGCCGGGTAACTCGTGGATCCGGCCACCGATCT
CCCGCGGCTCGAGGAAGTCGTAAGGAGTTCCTTCGATTGAGGTGATTTCGCCGGTGGGGA
TGAGTTCTTCGTCGACGGGAGTTATTTTCTTGGCGAGAAGCTGGATCTTGTGGGAGAGGA
TGTCGCCGGAGTTGTGGCCGTGGAGGTTCCAGGGGAATCCTTCTTCACCGTCGAAGCTAT
GGTATTTGAAAGTGATGTGGCTAGTGGGAACATAGTTTTCGACTGACCAAATCACATCGC
TGAATCCCTTTGAACCACCATGAAGTGTGTTATGGCCTTCGTTGGCATCGGTCTTGTACA
ATTGACCATTCAGCTTGAACTTAGCACCTCCAATTCTATTAGCCACTCTTCCCACAATTG
CCCCAAAATAAGTTGTATCATTCTTGTAAGCATCAACAGTATCAAATCCAAGAACAACAT
CGCCTTGCTTTCCATGTCTGTCTGGGAGAAGAAGAGAGGTCATGACAGCACCATAGTTGG
TGAATGTAACAGACAACTTTCCTCTGGTGAGATTATAGGTTTTGATCTGTTTAGAGACAC
TATAATTTACAAAACATGACAAGAAGACCACCAAAACAGTCAGACCCACAACGTGCAAAG
ACAATTGCTTGTTCACCATTTTATTCAGATCGATCAGAATTAACGAGTGAGAGTAATGAG
AGAGAAAGAGAGAGAGAGATAGAAACTTTGGATTTTTCTCCTTGTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3B018JQ U 1
AF RR3BT77JQ U 69
AF RR3BT77TF C 576
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BS 894 1189 RR3BT77TF

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GCGTCTCCAGACACAACCCTGCGTACTTCTTATAAACCGCGTTCCCTTTCCCGACAACAC
TTTTCAGCAGATTACTCATGTAGAACTGAACACCTGGCTGGTTCGACCACAGCTCCATCT
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TGTCG

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CC
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AAGAAATCAATGAGCAGTGAACCTAAAGAGCATAACATGCAAGTAGCTCTCTCCAGGGTT
CACAATCTGCGACGGAAAATTCTTGTGGTTCACGGAATCTGGAAACCCTTGCGTCTCCAG
ACACAACCCTGCGTACTTCTTATAAACCGCGTTCCCTTTCCCGACAACACTTTTCAGCAG
ATTACTCGTGTAGAACTGAACACCTGGCTGGTTCGACCACAGCTCCATCTTCCTCCCACT
AACTCCTTCTGACACGACAGCGGTTTTCCTCAAATGCTTCCCGGCCTTTCCCTCGATGAC
GTAGTTGATGTCGTAGCCGCCGGGTAACTCGTGGATCCGGCCACCGATCTCCCGCGGCTC
GAGGAAGTCGTAAGGAGTTCCTTCGATTGAGGTGATTTCGCCGGTGGGGATGAGTTCTTC
GTCGACGGGAGTTATTTTCTTGGCGAGAAGCTGGATCTTGTGGGAGAGGATGTCGCCGGA
GTTGTGGCCGTGGAGGTTCCAGGGGAATCCTTCTTCACCGTCGAAGCTATGGTATTTGAA
AGTGATGTGGCTAGTGGGAACATAGTTTTCGACTGACCAAATCACATCGCTGAATCCCTT
TGAACCACCATGAAGTGTGTTATGGCCTTCGTTGGCATCGGTCTTGTACAATTGACCATT
CAGCTTGAACTTAGCACCTCCAATTCTATTAGCCACTCTTCC*ACAATTGCCC*AAAATA
AGTTGTATCATTCTTGTAAGCATCAACAGTATCAAATCCAAGA
CACATCGCCT

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AATCCTTCTTCACCGTCGAAGCTATGGTATTTGAAAGTGATGTGGCTAGTGGGAACATAG
TTTTCGACTGACCAAATCACATCGCTGAATCCCTTTGAACCACCATGAAGTGTGTTATGG
CCTTCGTTGGCATCGGTCTTGTACAATTGACCATTCAGCTTGAACTTAGCACCTCCAATT
CTATTAGCCACTCTTCCCACAATTGCCCCAAAATAAGTTGTATCATTCTTGTAAGCATCA
ACAGTATCAAATCCAAGAACAACATCGCCTTGCTTTCCATGTCTGTCTGGGAGAAGAAGA
GAGGTCATGACAGCACCATAGTTGGTGAATGTAACAGACAACTTTCCTCTGGTGAGATTA
TAGGTTTTGATCTGTTTAGAGACACTATAATTTACAAAACATGACAAGAAGACCACCAAA
ACAGTCAGACCCACAACGTGCAAAGACAATTGCTTGTTCACCATTTTATTCAGATCGATC
AGAATTAACGAGTGAGAGTAATGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGATAGAAACTTTGGATTT
TTCTCCTTGTACCC

QA 1 614 1 614
DS 



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GGGTACAAGGAGAAAAATCCAAAGTTTCTATCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCATTACTCT
CACTCGTTAATTCTGATCGATCTGAATAAAATGGTGAACAAGCAATTGTCTTTGCACGTT
GTGGGTCTGACTGTTTTGGTGGTCTTCTTGTCATGTTTTGTAAATTATAGTGTCTCTAAA
CAGATCAAAACCTATAAGCTCACCAGAGGAAAGTTGTCTGTTACATTCACCAACTATGGT
GCTGTCATGACCTCTCTTCTTCTCCCAGACAGACATGGAAAGCAAGGCGATGTTGTTCTT
GGATTTGATACTGTTGATGCTTACAAGAATGATACAACTTATTTTGGGGCAATTGTGGGA
AGAGTGGCTAATAGAATTGGAGGTGCTAAGTTCAAGCTGAATGGTCAATTGTACAAGACC
GATGCCAACGAAGGCCATAACACGACGGTGAAGAAGGATTCCCCGGGAACGTGACGGTGA
TGGTGACATACATGTTGATCGGAGAAAACGAACTCGCTTTGAAAATGGAGGCAAAGCCAC
TCGACAAACCCACACCGATCAACTTAGCCCTCCACACATACTGGAACCTCCACGACCACA
ACTCCGGCGACATCCTCTCCCACAAGATCCAGCTTCTCGCCAAGAAAATAACTCCCGTCG
ACGAAGAACTCATCCCCACCGGCGAAATCACCTCAATCGAAGGAACTCCTTACGACTTCC
TCGAGCCGCGGGAGATCGGTGGCCGGATCCACGAGTTACCCGGCGGCTACGACATCAACT
ACGTCATCGAGGGAAAGGCCGGGAAGCATCTGAGGAAAACCGCTGTCGTGTCAGAAGGAG
TTAGTGGGAGGAAGATGGAGCTGTGGTCGAACCAGCCAGGTGTTCAGTTCTACACGAGTA
ATCTGCTGAAAAGTGTTGTCGGGAAAGGGAACACGGTTTATAAGAAGTACGCAGGGTTGT
GTCTGGAGACGCAAGGGTTTCCAGATTCCGTGAACCACAAGAATTTTCCGTCGCAGATTG
TGAACCCTGGAGAGAGCTACTTGCATGTTATGCTCTTTAGGTTCGCTGCTCATTGATTTC
TTTTTGTTTTGTATATTTGCTTGCTTTCGGGCGGTTTGGGTTTCAAGGTTTATTGTTCAC
GACGAG


BQ
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AF RR3B018TF U 1
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GCTGTCATGACCTCTCTTCTTCTCCCAGACAGACATGGAAAGCAAGGCGATGTTGTTCTT
GGATTTGATACTGTTGATGCTTACAAGAATGATACAACTTATTTTGGGGCAATTGTGGGA
AGAGTGGCTAATAGAATTGGAGGTGCTAAGTTCAAGCTGAATGGTCAATTGTACAAGACC
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DS 

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TCTCGCCAAGAAAATAACTCCCGTCGACGAAGAACTCATCCCCACCGGCGAAATCACCTC
AATCGAAGGAACTCCTTACGACTTCCTCGAGCCGCGGGAGATCGGTGGCCGGATCCACGA
GTTACCCGGCGGCTACGACATCAACTACGTCATCGAGGGAAAGGCCGGGAAGCATCTGAG
GAAAACCGCTGTCGTGTCAGAAGGAGTTAGTGGGAGGAAGATGGAGCTGTGGTCGAACCA
GCCAGGTGTTCAGTTCTACACGAGTAATCTGCTGAAAAGTGTTGTCGGGAAAGGGAACAC
GGTTTATAAGAAGTACGCAGGGTTGTGTCTGGAGACGCAAGGGTTTCCAGATTCCGTGAA
CCACAAGAATTTTCCGTCGCAGATTGTGAACCCTGGAGAGAGCTACTTGCATGTTATGCT
CTTTAGGTTCGCTGCTCATTGATTTCTTTTTGTTTTGTATATTTGCTTGCTTTCGGGCGG
TTTGGGTTTCAAGGTTTATTGTTCACGACGAG

QA 18 709 18 709
DS 



CO CL988Contig3 1100 2 2 U
GGGTACAAGGAGAAAAATCCAAAGTTTCTATCTCTCTCTCTTTCTCTATTTCTCTCTCAT
TACTCTCACTCGTTAATTTTAATCGATCTGGAGAAAATGGTGAACAAGCAATTGTCTTTG
CACGTTGTGGGTCTGACTGTTTTGGTGGTCTTCTTGTCATGTTTTGTAAATTACAGTGTC
TCTAAACAGATCAAAACCTATAAGCTCACCAGAGGAAAGTTGTCTGTTACATTCACTAAC
TATGGCGCTGTCATGACCTCTCTTCTTCTCCCAGACAGACATGGAAAGCAAGACGATGTT
GTTCTTGGATTTGATACTGTTGATGCTTACAAGAATGATACAACTTATTTTGGGGCAATT
GTGGGAAGAGTGGCTAATAGAATTGGAGGTGCTAAGTTCAAGCTGAATGGTCAATTGTAC
AAGACCGATCCCAACGAAGGCCATAACACACTTCATGGTGGTTCAAAGGGATTCAGCGAT
GTGATTTGGTCTGTCGAAAACTACGTTCCCACTAGCCCTCCACACATACTGGAACCTCCA
CGGCCACAACTCCGGCGACATTCTCTCCCACAAAATCCAGCTTCTCGCCAAGAAAATAAC
TCCCGTCGACGAAGAACTCATCCCCACCGGCGAAATCACCTCAATCGAAGGAACTCCTTA
CGACTTCCTCGAGCCCCGCGAGATCGGTGGCCGGATCCACGAGTTACCCGGCGGCTACGA
CATCAACTACGTCATCGAGGGAAAGGCCGGGAAGCATCTGAGGAAAACCGCTGTCGTGTC
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CACGAGCAATCTGCTGAAAAGTGTTGTCGGGAAAGGGAACGCGGTTTATAAGAAGTACGC
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TTGTTCACGATGAGTAATAA


BQ
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AF RR3B290TF U 1
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BS 742 1100 RR3B290JQ

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TATGGCGCTGTCATGACCTCTCTTCTTCTCCCAGACAGACATGGAAAGCAAGACGATGTT
GTTCTTGGATTTGATACTGTTGATGCTTACAAGAATGATACAACTTATTTTGGGGCAATT
GTGGGAAGAGTGGCTAATAGAATTGGAGGTGCTAAGTTCAAGCTGAATGGTCAATTGTAC
AAGACCGATCCCAACGAAGGCCATAACACACTTCATGGTGGTTCAAAGGGATTCAGCGAT
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CGGCCACAACTCCGGCGACATTCTCTCCCACAAAATCCAGCTTCTCGCCAAGAAAATAAC
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CATCAACTACGTCATCGAGGG

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DS 

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C
AAACCTATAAGCTCACCAGAGGAAAGT*GTCTGTTACAT*CACTAACTATGGCGCTGTCA
TGACCTCTCT*CTTCTCCCAGACAGACATGGAAAGCAAGACGATGTTGTTCTTGGATTTG
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ACGAAGGCCATAACACACTTCATGGTGGTTCAAAGGGATTCAGCGATGTGATTTGGTCTG
TCGAAAACTACGTTCCCACTAGCCCTCCACACATACTGGAACCTCCACGGCCACAACTCC
GGCGACATTCTCTCCCACAAAATCCAGCTTCTCGCCAAGAAAATAACTCCCGTCGACGAA
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CCCCGCGAGATCGGTGGCCGGATCCACGAGTTACCCGGCGGCTACGACATCAACTACGTC
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GTTTTGTATATTTGCTTGCTTTCGGGCGGTTTGGGTTTCAAGGTTTATTGTTCACGATGA
GTAATAA

QA 2 908 2 908
DS 



AS 2 5

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AACCTAAGTTGGGGTTATCCGCGAAGAACTACGGTAGAGCAGTTTATGAATGTCTACGTG
GTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAGAATGTGAACTCTCAACCATTTATGCGTTGGA
GAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCTATTTATAAATCACAGGCTGAAACAGGTGAAA
TCAAAGGACATTATTTGAATGCTACTGCGGGTACATGCGAAGAAATGATGAAAAGAGCTA
TATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTAATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCA
CCGCAAATACTAGTTTGGCTCATTATTGCCGAGATAATGGCCTACTTCTTCACATCCACC
GTGCAATGCACGCTGTTATTGATAGACAGAAGAATCATGGTATGCACTTCCGTGTACTAG
CTAAAGCTTTACGTCTATCGGGTGGAGATCGTGTTCACGCGGGTACAGTAGTAGGTAAAC
TTGAAGGAGACAGGGAGTCAACTTTGGGCTTTGTTGATTTACTGCACTTCCGATATTTGG
ATTTGAGTCTGGCCTGTTTATATGGTGAGTTGTTGTGCTACGCTTAAACTGAGTTTTTAT
TAG


BQ
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10 10 10 

AF RR3C467JQ C 1
AF RR3C467TF U 1
AF RR3EN53TF U 93
BS 1 1 RR3C467JQ
BS 2 337 RR3C467TF
BS 338 723 RR3EN53TF

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TCCAAGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGACGTCCCCTATTAGGATGTACTATTA
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GTGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAGAATGTGAACTCTCAACCATTTATGCGTTGGA
GAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCTATTTATAAATCACAGGCTGAAACAGGTGAAA
TCAAAGGACATTATTTGAATGCTACTGCGGGTACATG

QA 1 337 1 337
DS 

RD RR3C467TF 337 0 0
G
AGAGGATCTGCGAATCCCTCCGGCTTATACTAAAACTTTCCAGGGACCACCTCATGGTAT
CCAAGTTGAAAGAGATAAATTGAACAAGTATGGACGTCCCCTATTAGGATGTACTATTAA
ACCTAAGTTGGGGTTATCCGCGAAGAACTACGGTAGAGCAGTTTATGAATGTCTACGTGG
TGGACTTGATTTTACCAAAGATGATGAGAATGTGAACTCTCAACCATTTATGCGTTGGAG
AGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCTATTTATAAATCACAGGCTGAAACAGGTGAAAT
CAAAGGACATTATTTGAATGCTACTGCGGGTACATG

QA 2 337 2 337
DS 

RD RR3EN53TF 631 0 0
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GTGAACTCTCAACCATTTATGCGTTGGAGAGACCGTTTCTTATTTTGTGCCGAAGCTATT
TATAAATCACAGGCTGAAACAGGTGAAATCAAAGGACATTATTTGAATGCTACTGCGGGT
ACATGCGAAGAAATGATGAAAAGAGCTATATTTGCCAGAGAATTGGGAGTTCCTATCGTA
ATGCATGACTACTTAACAGGGGGATTCACCGCAAATACTAGTTTGGCTCATTATTGCCGA
GATAATGGCCTACTTCTTCACATCCACCGTGCAATGCACGCTGTTATTGATAGACAGAAG
AATCATGGTATGCACTTCCGTGTACTAGCTAAAGCTTTACGTCTATCGGGTGGAGATCGT
GTTCACGCGGGTACAGTAGTAGGTAAACTTGAAGGAGACAGGGAGTCAACTTTGGGCTTT
GTTGATTTACTGCACTTCCGATATTTGGATTTGAGTCTGGCCTGTTTATATGGTGAGTTG
TTGTGCTACGCTTAAACTGAGTTTTTATTAG

QA 1 631 1 631
DS 



CO CL989Contig2 976 2 2 U
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ACTCGGCTCAATCTTTTTAGTAAAAAAAAGATTGAGCCGAGTTTAATTGCAATTAAACTA
ATAAAACGGACGTGAATTACTAATCTAATTTCTAGTCTTGGCCATCTAATTTATCGATGG
TTGGGAAGTTAAATGTGATCTCCTTCCATACTTCACAAGCAGCAGCTAGTTCAGGACTCC
ATTTGCAAGCCTCACGGATAATTTCATTACCCTCGACTGCAAGACCACGTCCCTCATTAC
GAGCTTGTACACATGCTTCTAGAGCTACTCGGTTAGCTACGGCACCCGGTGCATTTCCCC
AAGGGTGGCCTAAAGTTCCGCCACCAAATTGTAGTACGGAATCATCTCCAAAGATCTCAG
TCAAAGCAGGCATATGCCAAACGTGAATACCCCCTGAAGCCACAGGTAGAACACCTGGTA
GTGAGACCCAATCTTGAGTGAAAAAGATACCACGGCTTCGGTCTTTTTCAACATAATCAT
CGCGCAGTAAATCAACAAAGCCCAAAGTTGACTCCCTGTCTCCTTCAAGTTTACCTACTA
CTGTACCCGCGTGAACATGATCTCCACCCGATAGACGTAAAGCTTTAGCTAGTACACGGA
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GAAGTAGGCCATTATCTCGGCAATAATGAGCCAAACTAGTATTTGCGGTGAATCCCCCTG
TTAAGTAGTCATGCATTACGATAGGAACTCCCAATTCTCTGGCAAATATAGCTCTTTTCA
TCATTTCTTCGCATGTACCCGCAGTAGCATTCAAATAATGTCCTTTGATTTCACCTGTTT
CAGCCTGTGATTTATAAATAGCTTCGGCACAAAATAAGAAACGGTCTCTCCAACGCATAA
ATGGTTGAGAGTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D130JQ U 1
AF RR3CF06TF C 374
BS 1 717 RR3D130JQ
BS 718 976 RR3CF06TF

RD RR3D130JQ 717 0 0
CAGATTTTGTATATCTAGATTAAGTATGTATCTATCAAAAACAGTATATACACTAGATAA
ACTCGGCTCAATCTTTTTAGTAAAAAAAAGATTGAGCCGAGTTTAATTGCAATTAAACTA
ATAAAACGGACGTGAATTACTAATCTAATTTCTAGTCTTGGCCATCTAATTTATCGATGG
TTGGGAAGTTAAATGTGATCTCCTTCCATACTTCACAAGCAGCAGCTAGTTCAGGACTCC
ATTTGCAAGCCTCACGGATAATTTCATTACCCTCGACTGCAAGACCACGTCCCTCATTAC
GAGCTTGTACACATGCTTCTAGAGCTACTCGGTTAGCTACGGCACCCGGTGCATTTCCCC
AAGGGTGGCCTAAAGTTCCGCCACCAAATTGTAGTACGGAATCATCTCCAAAGATCTCAG
TCAAAGCAGGCATATGCCAAACGTGAATACCCCCTGAAGCCACAGGTAGAACACCTGGTA
GTGAGACCCAATCTTGAGTGAAAAAGATACCACGGCTTCGGTCTTTTTCAACATAATCAT
CGCGCAGTAAATCAACAAAGCCCAAAGTTGACTCCCTGTCTCCTTCAAGTTTACCTACTA
CTGTACCCGCGTGAACATGATCTCCACCCGATAGACGTAAAGCTTTAGCTAGTACACGGA
AGTGCATACCATGATTCTTCTGTCTATCAATAACAGCGTGCATTGCACGGTGGATGT

QA 1 717 1 717
DS 

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ATGCCAAACGTGAATACCCCCTGAAGCCACAGGTAGAACACCTGGTAGTGAGACCCAATC
TTGAGTGAAAAAGATACCACGGCTTCGGTCTTTTTCAACATAATCATCGCGCAGTAAATC
AACAAAGCCCAAAGTTGACTCCCTGTCTCCTTCAAGTTTACCTACTACTGTACCCGCGTG
AACATGATCTCCACCCGATAGACGTAAAGCTTTAGCTAGTACACGGAAGTGCATACCATG
ATTCTTCTGTCTATCAATAACAGCGTGCATTGCACGGTGGATGTGAAGAAGTAGGCCATT
ATCTCGGCAATAATGAGCCAAACTAGTATTTGCGGTGAATCCCCCTGTTAAGTAGTCATG
CATTACGATAGGAACTCCCAATTCTCTGGCAAATATAGCTCTTTTCATCATTTCTTCGCA
TGTACCCGCAGTAGCATTCAAATAATGTCCTTTGATTTCACCTGTTTCAGCCTGTGATTT
ATAAATAGCTTCGGCACAAAATAAGAAACGGTCTCTCCAACGCATAAATGGTTGAGAGTT
CAC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 7

CO CL990Contig1 1056 7 13 U
AATGTTTTAGTTAATTCGATGTAAATGAACCATAACTATGTAAACCTATTCCTAAAAGAT
TGACGCCAAAATAGCATATCCAAATTAAAAGAAAACCTAGCGAAGCCACAATTGCAGAAT
TTATACCTCGAGCATTCCTATTTGTTTTAATATGTAAATAAATTGCGAAGATGGTCCAAG
TAATAAATGCCCAGGTTTCTTTCGGATCCCAATTCCAATATGAACCCCACGTTTCATTAG
CCCATACAGCTCCTGAAAGAATGCCGACGGTTAAAAAGATAAATCCGAGACTAATAATAC
GAAAACTCCAATAATCTAATTGTTCAATCAATTGATACCTATAATAATTTCTAGAAAAAC
TAAAATTAATGTTTTGTTGTAGTAAAATAGAATTTCTTTCGTTTATGTAGTAAAGTACAT
CAAAAGAAAAAAATTCATTTAATAAAAATTTTATTTTCATATTATTTTTCCAAAAAGTAG
ATCCGACCTTGCGAAATGTAATGACTAGAAGAGCTATTGATAATAATGATCCGCATAACA
GAGCGCCATAGCCTAAGATCATCATACTTACGTGCATCATTAACCACTGGGACTGGAGAG
CTGGTACTAATATTGCAGACTGAGGCATGTTGTTTAAAAGGCCTGAAGTAGCAAAACCCT
GAATAAAAATAGCACTTGGCGCAGTTATTGCGTTTAAGTGATTTTTTTTTTTTTTATTAA
AATAGGAAACTATATGAATAATTGCAAAAGCCCATGAAAGAAAAATTAATGATTCATATA
AATTGCTTAATGGAAAATGTCCTGAATAAATCCAACGCGTGAATAATAATCCTGTTATAC
CAAAAAACGTAATTACGATTCCTTTATCTGATGAATCAAAAAATCCTATGATTTCATCTA
AATTAACTAATAAAGTTAAAAAATAAATTAGTAGTACAATTGAAACGACCGAAAAAGATA
TATGAGTTAATATATGCTCTAAAATTGAAAAAATCATAAAAAATTTGTTAAAAATTAATA
AATTAATACTAGGTTTTACCCGATTTTATAAAAAAA


BQ
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ74JQ U 1
AF RR3GZ74TF C 1
AF RR3EC05JQ U 1
AF RR3EC05TF C 1
AF RR3GD75JQ U 1
AF RR3FJ49JQ U 1
AF RR3GD75TF C 321
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CAAAAGAAAA

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DS 

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CAAAAGAAAA

QA 1 430 1 430
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T

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CAAAAGAAAAAA*TTCATTTAATAAAAATTTTATTTTCATATTATTTTTCCAAAAAGTAG
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CC

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TAAAATTAATGTTTTGTTGTAGTAAAATAGAATTTCTTTCGTTTATGTAGTAAAGTACAT
CAAAAGAAAAAAATTCATTTAATAAAAATTTTATTTTCATATTATTTTTCCAAAAAGTAG
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GAGCGCCATAGCCTAAGATCATCATACTTACGTGCATCATTAACCACTGGGACTGGAGAG
CTGGTACTAATATTGCAGACTGAGGCATGTTGTTTAAAAGGCCTGAAGTAGCAAAACCCT
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TTATTAAAATC

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DS 

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AATAAAAATTTTATTTTCATATTATTTTTCCAAAAAGTAGATCCGACCTTGCGAAATGTA
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ATCATACTTACGTGCATCATTAACCACTGGGACTGGAGAGCTGGTACTAATATTGCAGAC
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GCAGTTATTGCGTTTAAGTGATTTTTTTTTTTTTTATTAAAATAGGAAACTATATGAATA
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CCTTTATCTGATGAATCAAAAAATCCTATGATTTCATCTAAATTAACTAATAAAGTTAAA
AAATAAATTAGTAGTACAATTGAAACGACCGAAAAAGATATATGAGTTAATATATGCTCT
AAAATTGAAAAAATCATAAAAAATTTGTTAAAAATTAATAAATTAATACTAGGTTTTACC
CGATTTTATAAAAAAA

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 6

CO CL991Contig1 748 6 10 U
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CAGCCGTTTGAAAAAGCAACAAAGATGGTGGTGAACCCAGTATTCAACTTTCTCTTTTCT
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TACCAAGACAGGTTTATGGCTCCCCAGGTTCCTCCAAATTATGACGGTGTGAACCCCAGC
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AGCTGGGGCCATCACTAGGGCGAATGGAGTGAAAGGACGAATCTGACTGCAGCCAAATAC
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ACAAAAAAAA*GTGTTCTTGTTTGATGAACTTAATTATGATTACTAAGTAGTGATGATGC
TACTTGTGTTATATAAAAATCTTTAACT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BN44JQ C 4
AF RR3BN44TF U 4
AF RR3CS70TF U 8
AF RR3DT33TF U 1
AF RR3DT33JQ C 71
AF RR3DB57JQ C 223
BS 1 524 RR3DT33TF
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RD RR3BN44JQ 610 0 0
GGATCC
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TGCC

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DS 

RD RR3BN44TF 610 0 0
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AGGTTTATGGCTCCCCAGGTTCCTCCAAATTATGACGGTGTGAACGCCAGCCATCGCAAT
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CATCACTAGGGCGAATGGAGTGAAAGGACGAATCTGACTGCAGCCAAATACCTTACCGGT
TCCAGTTCTTAAAAAAAGTAATGATTGTATCCCAAATAATAAATAAGATGCATATATGTG
TGCC

QA 7 610 7 610
DS 

RD RR3CS70TF 646 0 0
GG
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CCTAACCACAAGCTTTCGAGGTTCGTAGGTAATGTGGCAGAGAAGGTGGTGCAGCCGTTT
GAAAAAGCAACAAAGATGGTGGTGAACCCAGTATTCAACTTTCTCTTTTCTCCTCCCAAG
CATGGAAAGAAGGGTAAGCATGGGCGGCATGAAGATGAATACTATGGCGAGCACAGGATG
CAGCACTACAGAGAGCATAGGATGCAGCACAATGGCTCGCATGGGAAAAAGTACCAAGAC
AGGTTTATGGCTCCCCAGGTTCCTCCAAATTATGACGGTGTGAACCCCAGCCATCGCAAT
GGCCGTGCAGTAGTGGAGAAGTCTTCGGAGTACTCGCGGGCCAGTAACACCAGCTGGGGC
CATCACTAGGGCGAATGGAGTGAAAGGACGAATCTGACTGCAGCCAAATACCTTACCGGT
TCCAGTTCTTAAAAAA*GTAATGATTGTATCCCAAATAATAAATAAGATGCATATATGTG
TGCCAATAACCTCTTTCAGTATATCGTACCATAATCAGACATGG

QA 3 646 3 646
DS 

RD RR3DT33TF 743 0 0
AGGGGATCCATATCATTAAAAACTAAGACAAGTATATATATAAGAAAAATGAACAGGTAC
GGCCGAAAGGACCAAAGAAACTGCAGCTACATGAGCTCTGATGACTCAGACTCAGACTGC
GAGGCTCAGCCTAACCACAAGCTTTCGAGGTTCGTAGGTAATGTGGCAGAGAAGGTGGTG
CAGCCGTTTGAAAAAGCAACAAAGATGGTGGTGAACCCAGTATTCAACTTTCTCTTTTCT
CCTCCCAAGCATGGAAAGAAGGGTAAGCATGGGCGGCATGAAGATGAATACTATGGCGAG
CACAGGAAGCAGCACTACAGAGAGCATAGGATGCAGCACAATGGCTCGCATGGGAAAAAG
TACCAAGACAGGTTTATGGCTCCCCAGGTTCCTCCAAATTATGACGGTGTGAACCCCAGC
CATCGCAATGGCCGTGCAGTAGTGGAGAAGTCTTCGGAGTACTCGCGGGCCAGTAACACC
AGCTGGGGCCATCACTAGGGCGAATGGAGTGAAAGGACGAATCTTACTGCAGCCAAATAC
CTTACCGGTTCCAGTTCTTAAAAAA*GTAATGATTGTATCCCAAATAATAAATAAGATGC
ATATATGTGTGCCAATAACCTCTTTCAGTATATCGTATCATAATCAGACATGGGACTTTG
ACAAAAAAA**GTGTTCTTGTTTGATGAACTTAATTATGATTACTAAGTAGTGATGATGC
TACTTGTGTTATATAA
GAAAAAA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3DT33JQ 664 0 0
ACCAAAGAAACTGCAGCTACATGAGCTCTGATGACTCAGACTCAGACTGCGAGGCTCAGC
CTAACCACAAGCTTTCGAGGTTCGTAGGTAATGTGGCAGAGAAGGTGGTGCAGCCGTTTG
AAAAAGCAACAAAGATGGTGGTGAACCCAGTATTCAACTTTCTCTTTTCTCCTCCCAAGC
ATGGAAAGAAGGGTAAGCATGGGCGGCATGAAGATGAATACTATGGCGAGCACAGGAAGC
AGCACTACAGAGAGCATAGGATGCAGCACAATGGCTCGCATGGGAAAAAGTACCAAGACA
GGTTTATGGCTCCCCAGGTTCCTCCAAATTATGACGGTGTGAACCCCAGCCATCGCAATG
GCCGTGCAGTAGTGGAGAAGTCTTCGGAGTACTCGCGGGCCAGTAACACCAGCTGGGGCC
ATCACTAGGGCGAATGGAGTGAAAGGACGAATCTTACTGCAGCCAAATACCTTACCGGTT
CCAGTTCTTAAAAAA*GTAATGATTGTATCCCAAATAATAAATAAGATGCATATATGTGT
GCCAATAACCTCTTTCAGTATATCGTATCATAATCAGACATGGGACTTTGACAAAAAAAA
*GTGTTCTTGTTTGATGAACTTAATTATGATTACTAAGTAGTGATGATGCTACTTGTGTT
ATAT

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3DB57JQ 526 0 0
CGGTTCCTTA
TCTTTTCTCCTCCCAAGCATGGAAAGAAGGGTAAGCATGGGCGGCATGAAGATGAATACT
ATGGCGAGCACAGGATGCAGCACTACAGAGAGCATAGGATGCAGCACAATGGCTCGCATG
GGAAAAAGTACCAAGACAGGTTTATGGCTCCCCAGGTTCCTCCAAATTATGACGGTGTGA
ACCCCAGCCATCGCAATGGCCGTGCAGTAGTGGAGAAGTCTTCGGAGTACTCGCGGGCCA
GTAACACCAGCTGGGGCCATCACTAGGGCGAATGGAGTGAAAGGACGAATCTGACTGCAG
CCAAATACCTTACCGGTTCCAGTTCTTAAAAAAAGTAATGATTGTATCCCAAATAATAAA
TAAGATGCATATATGTGTGCCAATAACCTCTTTCAGTATATCGTACCATAATCAGACATG
GGACTTTGACAAAAAAAAAGTGTTCTTGTTTGATGAACTTAATTATGATTACTAAGTAGT
GATGATGCTACTTGTGTTATATAAAAATCTTTAACT

QA 11 526 11 526
DS 



AS 2 4

CO CL992Contig1 758 2 6 U
AGGAAAATAGGACTATGTAGTAATCAAAAACCATCTAAAACACTGCGACAAAAGGCTGGA
AAGAGTTTTCATACAAACAAAAATACTACTAGCTTGTCCTTTGTTGTCATGAAACATTTG
CGTAAATTTTAAAAAACTATTCAAACACACAAACTTGACACATTACATGTAAGCAAATGT
GGTTTATGGGGAAGGAACCCTCTCATCATTCCTCACCATCTTTGTCTTCTTCGTCATCAT
CTTCATCAAAGTCACCTTCTTTCCCCTCCTCATCATCATCATCCTCATCACCATCATCAA
AATCCTCTTCATCAGCCTCATTGTTGAAGTAGGCGAAAGGGTTGGGCCATAAATCTTCCT
TGATGACATCCGCAACCTACTCGTCGTTAATCTCTACATCAAGGTCCTCCTTGTGTTGCG
CATCGTTAAACCACGTAAAGAAACTCTCTTCAGGTAATGAACGTTTGTTTCCGTTCTTCT
CCTGACCCACTCCATTTGGCAAGCCCTTGCCCTCTTTCCACCTGATAGGTGTGGCTGTGA
TTTTGGTGCACCCTTCTTCGAGGAAGGTAAAAGTCTTGGTGAGTTTCTCATCCTCAAAGT
AGGGGTTGGGATTGAAGTGAAAAGTGATGGAGTATCCAGACTTCACATCTTTAGCATCCT
CAACATCCAGAGAGCTAAGATATTTGAAAACCTTTTGGTCTTCTTCTGTCAAAAGCTCAC
CTAAAGCAGGGTGGCTCAAGAAAGCAGTGAGCCAAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FY20JQ U 1
AF RR3FA79JQ U 57
BS 1 378 RR3FY20JQ
BS 379 379 RR3FA79JQ
BS 380 459 RR3FY20JQ
BS 460 461 RR3FA79JQ
BS 462 518 RR3FY20JQ
BS 519 758 RR3FA79JQ

RD RR3FY20JQ 518 0 0
AGGAAAATAGGACTATGTAGTAATCAAAAACCATCTAAAACACTGCGACAAAAGGCTGGA
AAGAGTTTTCATACAAACAAAAATACTACTAGCTTGTCCTTTGTTGTCATGAAACATTTG
CGTAAATTTTAAAAAACTATTCAAACACACAAACTTGACACATTACATGTAAGCAAATGT
GGTTTATGGGGAAGGAACCCTCTCATCATTCCTCACCATCTTTGTCTTCTTCGTCATCAT
CTTCATCAAAGTCACCTTCTTTCCCCTCCTCATCATCATCATCCTCATCACCATCATCAA
AATCCTCTTCATCAGCCTCATTGTTGAAGTAGGCGAAAGGGTTGGGCCATAAATCTTCCT
TGATGACATCCGCAACCTGCTCGTCGTTAATCTCTACATCAAGGTCCTCCTTGTGTTGCG
CATCGTTAAACCACGTAAAGAAACTCTCTTCAGGTAATGCGCGTTTGTTTCCGTTCTTCT
CCTGACCCACTCCATTTGGCAAGCCCTTGCCCTCTTTC

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR3FA79JQ 702 0 0
C
GGAAGGAGTTTTCATACAAACAAAGATACTACTAGCTTGTCCTTTGTTGTCATGAGACAT
TTGCGTAAATTTTAAAAAACTATTCAAACACACAAACTTGACACATTACATGTAAGCAGA
TGTGGTTTATGGGGAAGGAACCCTCTCATCATTCCTCACCATCTTTGTCTTCTTCGTCAT
CATCTTCATCAGAGTCACCTTCTTTCCCCTCCTCATCATCATCATCCTCATCACCATCAT
CAAAATCCTCTTCATCAGCCTCATTGTTGAAGTAGGTGAGAGGGTTGGGCCATAAATCTT
CCTTGATGACATCCGCAACCTA***GTCGTTAATCTCTACATCAAGGTCCTCCTTGTGTT
GCGCATCGTTAAACCACGTAAAGAAACTCTCTTCAGGTAATGAACGTTTGTTTCCGTTCT
TCTCCTGACTCACTCCATTTGGCAAGCCCTTGCCCTCTTTCCACCTGATAGGTGTGGCTG
TGATTTTGGTGCACCCTTCTTCGAGGAAGGTAAAAGTCTTGGTGAGTTTCTCATCCTCAA
AGTAGGGGTTGGGATTGAAGTGAAAAGTGATGGAGTATCCAGACTTCACATCTTTAGCAT
CCTCAACATCCAGAGAGCTAAGATATTTGAAAACCTTTTGGTCTTCTTCTGTCAAAAGCT
CACCTAAAGCAGGGTGGCTCAAGAAAGCAGTGAGCCAAAAT

QA 2 702 2 702
DS 



CO CL992Contig2 705 2 8 U
GGAAAAACAATACAATCGAGAGCTCTAGGGTTTAAGCGGCTGCTCTTCGGACAGAACGAG
AGCGATAGGGAGGAGTCCATACCACTGTGATTAGGGTTTTCCTCAAAAAAAAAGGGTTTC
GAGCGAAGTGAAAATGGCGGCGGACAAGAGCAAGAAGGCGAAAATTGAAGAGGAAAACGT
CGAGCAAATCGATGAAGAGCTTGTCCTCTCGATCGAGAAGCTTCAGGAGATCCAAGACGA
CCTCGAGAAGATAAACGAAAAGGCTAGCGATGAAGTCTTGGAAGTGGAACAGAAGTACAA
CGTGATAAGGAAGCCTGTTTATGACAAGCGTAACGAGATCATCAAAGCCATCCCTGATTT
TTGGCTCACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCTTTAGGTGAGCTTTTGACAGAAGAAGACCA
AAAGGTTTTCAAATATCTTAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCTAAAGATGTGAAGTCTGG
ATACTCCATCACTTTTCACTTCAATCCCAACCCTTACTTTGAGGATGAGAAACTCACCAA
GACTTTTTACCTTCCTCGAAGAAGGGAGCACCAAAATCACAGCCACACCTATCAGGTGGA
AAGAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGAGTGAGTCACGAGAAGAACGGAAGCAAACGTGCAT
TACCTGAAGAGAGTTTCTTTACCTGGTTTAGCGATGCGCAACACA


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3HB07TF U 1
AF RR3D193TF U 3
BS 1 137 RR3HB07TF
BS 138 138 RR3D193TF
BS 139 547 RR3HB07TF
BS 548 548 RR3D193TF
BS 549 634 RR3HB07TF
BS 635 635 RR3D193TF
BS 636 704 RR3HB07TF
BS 705 705 RR3D193TF

RD RR3HB07TF 704 0 0
GGAAAAACAATACAATCGAGAGCTCTAGGGTTTAAGCGGCTGCTCTTCGGACAGAACGAG
AGCGATAGGGAGGAGTCCATACCACTGTGATTAGGGTTTTCCTCAAAAAAAAAGGGTTTC
GAGCGAAGTGAAAATGGTGGCGGACAAGAGCAAGAAGGCGAAAATTGAAGAGGAAAACGT
CGAGCAAATCGATGAAGAGCTTGTCCTCTCGATCGAGAAGCTTCAGGAGATCCAAGACGA
CCTCGAGAAGATAAACGAAAAGGCTAGCGATGAAGTCTTGGAAGTGGAACAGAAGTACAA
CGTGATAAGGAAGCCTGTTTATGACAAGCGTAACGAGATCATCAAAGCCATCCCTGATTT
TTGGCTCACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCTTTAGGTGAGCTTTTGACAGAAGAAGACCA
AAAGGTTTTCAAATATCTTAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCTAAAGATGTGAAGTCTGG
ATACTCCATCACTTTTCACTTCAATCCCAACCCTTACTTTGAGGATGAGAAACTCACCAA
GACTTTT*ACCTTCCTCGAAGAAGGGAGCACCAAAATCACAGCCACACCTATCAGGTGGA
AAGAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGAGTGAGTCA*GAGAAGAACGGAAGCAAACGTGCAT
TACCTGAAGAGAGTTTCTTTACCTGGTTTAGCGATGCGCAACAC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3D193TF 703 0 0
GG
AAACAATACAATCGAGAGCTCTAGGGTTTAAGCGGCTGCTCTTCGGACAGAACGAGAGCG
ATAGGGAGGAGTCCATACCTCTGTGATTAGGGTTTTCCTCAAAAAAAAAGGGTTTCGAGC
GAAGTGAAAATGGCGGCGGACAAGAGCAAGAAGGCGAAAATTGAAGAGGAAAACGTCGAG
CAAATCGATGAAGAGCTTGTCCTCTCGATCGAGAAGCTTCAGGAGATCCAAGACGACCTC
GAGAAGATAAACGAAAAGGCTAGCGATGAAGTCTTGGAAGTGGAACAGAAGTACAACGTG
ATAAGGAAGCCTGTTTATGACAAGCGTAACGAGATCATCAAAGCCATCCCTGATTTTTGG
CTCACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCTTTAGGTGAGCTTTTGACAGAAGAAGACCAAAAG
GTTTTCAAATATCTTAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCTAAAGATGTGAAGTCTGGATAC
TCCATCACTTTTCACTTCAATCCCAACCCTTACTTTGAGGATGAGAAACTCACCAAGACT
TTTTACCTTCCTCGAAGAAGGGAGCACCAAAATCACAGCCACACCTATCAGGTGGAAAGA
GGGCAAGGGCTTGCCAAATGGAGTGAGTCACGAGAAGAACGGAAGCAAACGTGCATTACC
TGAAGAGATTTTCTTTACCTGGTTTAGCGATGCGCAACACA

QA 3 703 3 703
DS 



AS 1 7

CO CL993Contig1 1145 7 11 U
GGATGTGCATGCCGAAAAATACACTAGGGGGAAGGACTAGAAAAGTGAAAAAGCTCTCGT
CTTTACCATTGACGCTTCGTTTACGGTGGCCGGTGGTTCTTACCTCCGCCGGTCACCCTT
CTGTTTGATTATCTGTAATTTTGATCTCTGCTACTCCTCTCTGTCTTTTATCTCTGTGAC
ATGGTCTCTTTGTTGGTGTCTCTGGAGCTTTCTCTTGTGGGAAATAGATCTGTGTTTTGG
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CGTGACAAGGTTGCGGTTGAGGCTTCACCGGTGGTGAAGAGGTTCTCCTCCCTTATCATA
TCTCGATTCCGTTTTTCCGTGACCTCTCTGTTCTTCGATCTGTGGAGACTTTCGTTTTAG
GTGGTTTAGAACAACTGTTTTCCATTGTTGTCTGGAAGTTTTATGCTATGCTCTACTATC
CTTGAAGTCCAGAGTGAATTGATGACTCTCTTTAGCTGTTTGGTCTCTATACTTGCAATT
TATCGGGTTCTTGATGTGATAGTGAATGCGTTCTGTCTATTGCTGCCGGGTTTTTATGTT
TTCGGTGGGCTTGGATGGGATTGACTTCGGTTAACTCTAGATCTTTTGAGATTAGAGTGT
TGGTTGTAGGACTGTTATCGAGGCGTAGCTTGACGCATGAAGTGTGTCGCCGCCGTAACC
AAAAGAGGACGGGAACTATGAGTGGTTCCTTCTTGTCGGGTTAGAAAGTCTGGATCTTTG
AGGGAGAGATGTGCTCTCAGTGTTCGAAGAAGTTGATGTTATCGTTCGGTGGGCCGTGGG
CGACAACGATAAGTCTCATTCAGAAGCATCTCGAGGTATCAAAAGCTTGCAAGTTTAGTG
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AAAGTTGCCCCTGTGTGGGTTCAAGTTGCCTTTTCTATAGGCTTGTGTTTCTGGGGATTT
CTTGTTTTTCTGTCAGCTTATGTAGTAAACTTTGTATTCTTCCTTTGAATGAAATTAACA
ATGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 

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AF RR3H568JQ C 434
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CTTGAAGTCCAGAGTGAATTGATGACTCTCTTTAGCTGTTTGGTCTCTATACTTGCAATT
TATCGGGTTCTTGATGTGATAGTGAATGCGTTCTGTCTATTGCTGCCGGGTTTTTATGTT
TTCG*TGGGCTTGGATGGGATTGACTTCG
T

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GGAAATAGATCTGTGTTTTGGTTGTTCTTCTACACAGCTGGAGCACTGACGAGACTATTG
CCCATGA*GTGAAGGCAGAGGGCTCGAGACTGGAGGTGGTTAGTGTGGTTTTAACCGGAT
CTGGGTCAGATCTGACGGATCCGTGACAAGGTTGCGGTTGAGGCTTCACCGGTGGTGAAG
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TTTATGCTATGCTCTACTATCCTTGAAGTCCAGAGTGAATTGATGACTCTCTTTAGCTGT
TTGGTCTCTATACTTGCAATTTATCGGGTTCTTGATGTGATAGTGAATGCGTTCTGTCTA
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GCTTTCTCTTGTGGGAAATAGATCTGTGTTTTGGTTGTTCTTCTACACAGCTGGAGCACT
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GTTTTAACCTGATCTGGGTCAGATCTGACGGATCCGTGACAAGGTTGCGGTTGAGGCTTC
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TGCGTTCTGTCTATTGCTGTCGGGTTTTTATGTTTTCGGTGGGC

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AGTTTTATGCTATGCTCTACTATCCTTGAAGTCCAGAGTGAATTGATGACTCTCTTTAGC
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CTAGATCTTTTGAGATTAGAGTGTTGGTTG

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TGAATGCGTTCTGTCTATTGCTGCCGGGTTTTTATGTTTTCGGTGGGCTTGGATGGGATT
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GCGTAGCTTGACGCATGAAGTGTGTCGCCGCCGTAACCAAAAGAGGACGGGAACTATGAG
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GAAGCATCTCGAGGTATCAAAAGCTTGCAAGTTTAGTGTGCTAACATCATGGTGGAGTTT
TTCAATTTATCTTTGGTTTAACTTCTTTGATGTTCTCAAAAGTTGCCCCTGTGTGGGTTC
AAGTTGCCTTTTCTATAGGTTTGTGTTTCTGGGGATTTCTTGTTTTTCTGTCAGCTTATG
TAGTAAACTTTGTATTCTTCCTTT

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GATGGGATTGACTTCGGTTAACTCTAGATCTTTTGAGATTAGAGTGTTGGTTGTAGGACT
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AACTATGAGTGGTTCCTTCTTGTCGGGTTAGAAAGTCTGGATCTTTGAGGGAGAGATGTG
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GTGGAGTTTTTCAATTTATCTTTGGTTTAACTTCTTTGATGTTCTCAAAATTTGCCCCTG
TGTGGGTTCAAGTTGCCTTTTCTATAGGCTTGTGTTTCTGGGGATTTCTTGTTTTTCTGT
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QA 1 712 1 712
DS 

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GTGAATTGATGACTCTCTTTAGCTGTTTGGTCTCTATACTTGCAATTTATCGGGTTCTTG
ATGTGATAGTGAATGCGTTCTGTCTATTGCTGCCGGGTTTTTATGTTTTCGGTGGGCTTG
GATGGGATTGACTTCGGTTAACTCTAGATCTTTTGGGATTAGAGTGTTGGTTGTAGGACT
GTTATCGAGGCGTAGCTTGACGCATGAAGTGTGTCGCCGCCGTAACCAAAAGAGGACGGG
AACTATGAGTGGTTCCTTCTTGTCGGGTTAGAAAGTCTGGATCTTTGAGGGAGAGATGTG
CTCTCAGTGTTCGAAGAAGTTGATGTTATCGTTCGGTGGGCCGTGGGCGACAACGATAAG
TCTCATTCAGAAGCATCTCGAGGTATCAAAAGCTTGCAAGTTTAGTGTGCTAACATCATG
GTGGAGTTTTTCAATTTATCTTTGGTTTAACTTCTTTGATGTTCTCAAAAGTTGCCCCTG
TGTGGGTTCAAGTTGCCTTTTCTATAGGCTTGTGTTTCTGGGGATTTCTTGTTTTTCTGT
CAGCTTATGTAGTAAACTTTGTATTCTTCCTTTGAATGAAATTAACAATGG
G

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DS 



AS 2 7

CO CL994Contig1 765 4 9 U
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ACACCAGAAGTAGCAAACTCATAATCAGCGAAACCACAAACACAAAGTGTTTTTTACTAC
AAATATATCAAATAAGAATACGATCTTTTGATAGCACCAAGGAGCAACAAAAGATATGCG
AGGAACTGCGGAAATGTATAAAAGCGTTTTCATATAGCAGAGTAGCTGTAGTTATCAGCA
TCATCAATGGCAGAGGGAGACTTAGCAGAAGCAGTGAGCACCACTAAGGCACCAAAGAGA
ATGGTGACAATGGCTGTGAAGTTCACAAGAAACGCTTCTGGACCGTACTTGTCAAGCTTA
GCACCACTCTCCAGGAAAGTCAGCTTCTCCAGAAACCCTAAAGCTGCGTTCCCAACCGCA
AGAATATAAACAAATAGGCCAAGAATTGCGTGCCACGGAAGCAAACCGCTTCTAAGATTC
GGTGACCCTCCTGGGAAGAAGAACACTGCGAAGCTGTACACCCACTGGAAGGCATAAAGA
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AGAATAAGGTGGATCAGCTTCTTCACTGGTTTCTCCAACGGAAGCGATTTGTAACTTATA
ATTGCTTCTCCTCCCAAGATTACAAATCCAATGAGCATCAGAACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 0 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A080JQ U 26
AF RR3A080TF C 26
AF RR3ET01JQ U 55
AF RR3G306JQ U 1
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C

QA 1 241 1 241
DS 

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GTTTTCATATAGCAGAGTAGCTGTAGTTATCAGCATCAT

QA 1 219 1 219
DS 

RD RR3ET01JQ 468 0 0
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CACTACAAATACATCAAATAAGAATATGATCTGTTGATAGCACCAAGTAGCAACAAAAGA
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TCAGCATCATCAATGGCAGAGGGAGACTTAGCAGAAGCAGTGAGCACCACTAAGGCACCA
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AGGTTTGGTGAGCCTCCTGGGAAGAAGAACACTGCGAAGCTGTACACC

QA 1 468 1 468
DS 

RD RR3G306JQ 765 0 0
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ACACCAGAAGTAGCAAACTCATAATCAGCGAAACCACAAACACAAAGTGTTTTTTACTAC
AAATATATCAAATAAGAATATGATCTTTTGATAGCACCAAGGAGCAACAAAAGATATGCG
AGGAACTGCGGAAATGTATAAAAGCGTTTTCATATAGCAGAGTAGCTGTAGTTATCAGCA
TCATCAATGGCAGAGGGAGACTTAGCAGAAGCGGTGAGCACCACTAAGGCACCAAAGAGA
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GCACCACTCTCCAGGAAAGTCAGCTTCTCCAGAAACCCTAGAGCTGCGTTCCCAACCGCA
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GGTGACCCTCCTGGGAAGAAGAACACTGCGAAGCTGTACACCCACTGGAAGGCATAAAGA
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AGAATAAGGTGGATCAGCTTCTTCACTGGTTTCTCCAACGGAAGCGATTTGTAACTTATA
ATTGCTTCTCCTCCCAAGATTACAAATCCAATGAGCATCAGAACA

QA 1 765 1 765
DS 



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AAGAACAAAAAAGGAAACAAAAGAGTTCAGTTATGGCTGTCGGGATAAACGCGATGCCGG
TGACGTTTGCGGCCCACGCGCTGGCTGTAATAGCGGCGATTATGGTGCTGGTTTGGAATA
TCAGCTACAGAGGTGGTCTGGCTTGGGAAGCTGAAAACAAGAATCTCATCTTTAACCTGC
ATCCTGTTCTGATGCTCATTGGATTTGTAATCTTGGGAGGAGAAGCAATTATAAGTTACA
AATCGCTTCCGTTGGAGAAACCAGTGAAGAAGCTGATCCACCTTATTCTCCATGCCATTG
CTCTGGCTCTTGGGATCTGGGGAATCTGTGCAGCCTTCAAGAACCACAACGAAAGTGGCA
TCCCTAACCTCTACAGCCTCCATTCTTGGATTGGTATTGGTGTCATTTCTCTTTATGCCT
TCCAGTGGGTGTACAGCTTCGCAGTGTTCTTCTTCCCAGGAGGGTCACCGAATCTGAGAA
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CCTTAGTGGTGCTCACTGCTTCTGCTAAGTCTCCCTCTGCCATTGATGATGCTGACAACT
ACAGCTACTCTGCTATATGAAAACGCTTTGTACATTTCCGCAGTTCCTCGCATATCTTTT
GTTGCTACTTGGTGCTATCAACAGATCATATTCTTATTTGATGTATTTGTAGTGAAAACA
CTTTGTGTTTGTGGTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G306TF U 1
AF RR3D045TF U 71
AF RR3BE64TF U 56
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AAGAACAAAAAAGGAAACAAAAGAGTTCAGTTATGGCTGTCGGGATAAACGCGATGCCGG
TGACGTTTGCGGCCCACGCGCTGGCTGTAATAGCGGCGATTATGGTTCTTGTTTGGAATA
TCAGCTACAGAGGTGGTCTGGCTTGGGAAGCTGAAAACAAGAATCTCATCTTTAACCTGC
ATCCTGTTCTGATGCTCATTGGATTTGTAATCTTGGGAGGAGAAGCAATTATAAGTTACA
AATCGCTTCCGTTGGAGAAACCAGTGAAGAAGCTGATCCACCTTATTCTCCATGCCATTG
CTCTGGCTCTTGGGATCTTGGGAATCTGTGCAGCCTTCAAGAACCACAACGAAAGTGGCA
TCCCTAACCTCTACAGTCTCCATTCTTGGATTGGTATTGGCGTCATTTCTCTTTATGCCT
TCCAGTGGGTGTACAGCTTCGCAGTGTTCTTCTTCCCAGGAGGGTCACCGAATCTGAGAA
GCGGTTTGCTTCCGTGGCACGCAATTCTTGGCCTATTTGTTTATATTCTTGCGGTTGGGA
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QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3D045TF 775 0 0
GG
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GGATCTGGGGAATCTGTGCAGCCTTCAAGAACCACAACGAAAGTGGCATCCCTAACCTCT
ACAGCCTCCATTCTTGGATTGGTATTGGTGTCATTTCTCTTTATGCCTTCCAGTGGGTGT
ACAGCTTCGCAGTGTTCTTCTTCCCAGGAGGCTCACCAAACCTTAGAAGCGGTTTGCTTC
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QA 3 775 3 775
DS 

RD RR3BE64TF 864 0 0
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GTTTGCGGCCCACGCGCTGGCTGTAATAGCGGCGATTATGGTGCTGGTTTGGAATATTAG
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TGTTCTGATGCTCATTGGATTTATAATCCTGGGAGGAGAAGCAATTATAAGTTACAAATC
GCTTCCCTTGGAGAAACCGGTGAAGAAGCTGATCCACCTTATCCTCCATGCCATTGCTCT
GGCTCTTGGGATCTGGGGAATCTTCGCAGCCTTCAAAAACCACAACGAAAGTGGCATCCC
TAACCTCTACAGCCTCCATTCTTGGATTGGTATTGGTGTCATTTCTCTTTATGCCTTCCA
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CGGTCCAGAAGCGTTTCTTGTGAACTTCACAGCCATTGTCACCATTCTCTTTGGTGCCTT
AGTGGTGCTCACTGCTTCTGCTAAGTCTCCCTCTGCCATTGATGATGCTGACAACTACAG
CTACTCTGCTATATGAAAACGCTTTGTACATTTCCGCAGTTCCTCGCATATCTTTTGTTG
CTACTTGGTGCTATCAACAGATCATATTCTTATTTGATGTATTTGTAGTGAAAACACTTT
GTGTTTGTGGTTTCG

QA 10 864 10 864
DS 



AS 2 7

CO CL995Contig1 830 5 6 U
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AACTGCATATCTCTCTGCCGGTGACACCCAGCTTTTCCCTGAAGATGGATCAAAATTAGA
AGACTCTATATGTTGTCCACTTGCTCCATCAACGCTCAATGCTTCTATAATCTTAGGATA
GTTCCTGTCAAGGGACTCTCCAATGCCGAGCTGTCCGTTTGTACCTCTTCCCCAAGCAAA
CACATTATTTCTTTCAGTCACAGCCAATGTATGTCTCCATCCACATGAGACTTGAACTAC
TTTCTGATCGTCGGGAAAGCGAACTTGCAAAGGAGAACACTGATCTAAGTTATCGCCCAC
TCCTACTTGCCCAAACTTATTCCAACCCCATCCATATAGTTTCCCATCAGAAGTCAATGC
CATTGTATGTCTCCAACCTCCCGAAATCTGGGAGATGACGCTGTTGCTCAGCGCTTCAAG
TTTGTGAGGAACAAGGTGATCTTCAAAGTCCCCATGTCCTAACTGTCCATATTTGCTCCA
TCCATAAGTATACAATGCTCCAGAATAGACACTGCTATTGTGTGCCGCCA


BQ
10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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GA


BQ
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10 10 

AF RR3AC63TF U 1
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DS 

RD RR3GY71TF 813 0 0
GG
AAGGGAGAGAGACTGTGATCGATGGCTGAGGAGGAGATGGTGGCTGTTGATGTTACGGCT
CCGCCTCGTACTGTTCTCATCATATCCGCCGGTGCTAGCCACTCAGTTGCTCTGCTCTCT
GGGGGCATTGTTTGCTCATGGGGTAGAGGAGAGGATGGACAGTTAGGACATGGAGATGCA
GAGGACCGACCTTCTCCCACTCAGCTAAGCGCCTTGGACGACCACCAAATCGTTTCAGCT
ACCTGTGGTGCTGACCACACTGTTGCTTATTCTGAATCACGCAAGGAGGTCTTCAGTTGG
GGATGGGGTGACTTTGGGAGATTGGGACATGGAAACTCGAGCGACTTGTTTACTCCACTG
CCTATCAAAGCATTGCAAGGTATTCGTATAAAGCAGATTGCCTGTGGGGATAGTCATTGT
TTGGCTGTGACTATGGATGGAGAGGTGCAGAGCTGGGGACGCAACCAGAATGGTCAACTT
GGTCTTGGTGATACTGAAGATTCTCTAGTGCCTCAGAAGATTCAAGCCTTTGAGAGAATA
CGAATCAAAATGGTAGCAGTTGGTGCAGAACACACTGCTGCGGTTACAGAAGATGGTGAT
CTCTACGGATGGGGATGGGGACGATATGGAAATTTGGGATTAGGTGACCGCAATGACCGC
TTGGTCCCTGAAAGGGTTACCTCTGCTAGTGGTGAGAAGATGAGCATGGTTGCTTGTGGA
TGGCGGCACACAATAGCAGCGTCTTATTCTGGAGCATTGTATACTTATGGATGGAGCAAT
ATGGACAGTTAGGACATGGGGACTTTGAAGA

QA 3 813 3 813
DS 



AS 2 7

CO CL996Contig1 762 3 7 U
GCATCAACATATCATAGTTTATATTAAGGAGCAAGATATGATTTTTCTCAACCGATATAT
AGTAATAATGATCTTAAATTATCAATGATTATGGTAATAAAAGGGTGATAAACCAAAAAA
AAAAAGCCAAAAAGATAACACTCGGGCAATAATCGTTGAGAGTTTGTGGAATCAAAGATG
CTTGTTTTTATTTGGAAGAAACCACAAAACAAAGGATGGCTCAGTGTGGATTTAGTTGAA
GTCGGGCTTCTCAGGGTATGTGCAGCCAGATCTTTGGATCACCACGTTCGACGCGTAGCA
TCCGGCCTTCACGCACTCCTCAATCGATTTCTCTTTCACCAACTGTGACATGAATCCTCC
CACAAATGCATCACCTGCACCGTTGGTGTCAACAAGCTTCTCCTTTGGGAGAAGGATGAC
AGGGTACTTCGTCACCTTTCCATTTTCAGCAACAACCACTGGGTCTGCCCCCTGTGTAAT
CACGGTGGTCCTCTTGTATGTTCCTGTGGCCTTGGGTAACTGTGAAATCTTGATGGCTAT
TTGTTCCACATCTTCGGTCTCCCAGCCAAGAACCTTGGAGAAGGTTCTTGCCTCTGTCTC
ATCGCCAAAAACAAAGTCCATGTACGGCAAGAACTTCTCCTGCGCATCTTTGAAGAATTC
ACAGATGAATGGAGCAGAGAGGTTCATTGTGAATACCTTGTTGTTAGCAGCAGCGTGCTC
AGACACCAACTGAATGGATTCGGGGGATACAGTGAGAAAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DG91JQ U 1
AF RR3G557JQ U 46
AF RR3EH82JQ U 67
BS 1 504 RR3DG91JQ
BS 505 505 RR3G557JQ
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BS 603 603 RR3EH82JQ
BS 604 700 RR3G557JQ
BS 701 762 RR3EH82JQ

RD RR3DG91JQ 572 0 0
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AGTAATAATGATCTTAAATTATCAATGATTATGGTAATAAAAGGGTGATAAACCAAAAAA
AAAAAGCCAAAAAGATAACACTCGGGCAATAATCGTTGAGAGTTTGTGGAATCAAAGATG
CTTGTTTTTATTTGGAAGAAACCACAAAACAAAGGATGGCTCAGTGTGGATTTAGTTGAA
GTCGGGCTTCTCAGGGTATGTGCAGCCAGATCTTTGGATCACCACGTTCGACGCGTAGCA
TCCGGCCTTCACGCACTCCTCAATCGATTTCTCTTTCACCAACTGTGACATGAATCCTCC
CACAAATGCATCACCTGCACCGTTGGTGTCAACAAGCTTCTCCTTTGGGAGAAGGATGAC
AGGGTACTTCGTCACCTTTCCATTTTCAGCAACAACCACTGGGTCTGCCCCCTGTGTAAT
CACGGTGGTCCTCTTGTATGTTCCCGTGGCCTTGGGTAACTGTGAAATCTTGATGGCTAT
TTGTTCCACATCTTCGGTCTCCCAGCCA
TGAA

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3G557JQ 655 0 0
G
CTCAACCGATATATAGTAATAATGATCTTAAATTATCAATGATTATGGTAATAAAAGGGT
GATAAACCAAAAAAAAA**GCCAAAAAGATAACACTCGGGCAATAATCGTTGAGAGTTTG
TGGAATCAAAGATGCTTGTTTTTATTTGGAAGAAACCACAAAACAAAGGATGGCTCAGTG
TGGATTTAGTTGAAGTCGGG*TTCTCAGGGTATGTGCAGCCAGATCTTTGGATCACCACG
TTCGACGCGTAGCATCCGGCCTTCACGCACTCCTCAATCGATTTCTCTTTCACCAACTGT
GACACGAATCCTCCCACAAATGCATCACCTGCACCGTTGGTGTCAACAAGCTTCTCCTTT
GGGAGAAGGATGACAGGGTACTTCGTCACCTTTCCATTTTCAGCAACAACCACTGGGTCT
GCCCCCTGTGTAATCACGGTGGTCCTCTTGTATGTTCCTGTGGCCTTGGGTAACTGTGAA
ATCTTGATGGCTATTTGTTCCACATCTTCGGTCTCCCAGCCAAGAACCTTGGAGAAGGTT
CTTGCCTCTGTCTCATTGCCAAAAACAAAGTCCATGTACGGCAAGAACTTCTCCTGCGCA
TCTTTGAAGAATTCACAGATGAATGGAGCAGAGAGGTTCATTGTGAATACCTTG

QA 2 655 2 655
DS 

RD RR3EH82JQ 696 0 0
AATGATCTTAAATTATCAATGATTATGGTAATAAAAGGGTGATAAACCAAAAAAAAAAAG
CCAAAAAGATAACACTCGGGCAATAATCGTTGAGAGTTTGTGGAATCAAAGATGCTTGTT
TTTATTTGGAAGAAACCACAAAACAAAGGATGGCTCAGTGTGGATTTAGTTGAAGTCGGG
CTTCTCAGGGTATGTGCAGCCAGATCTTTGGATCACCACGTTCGACGCGTAGCATCCGGC
CTTCACGCACTCCTCAATCGATTTCTCTTTCACCAACTGTGAAATGAATCCTCCCACAAA
TGCATCACCTGCACCGTTGGTGTCAACAAGCTTCTCCTTTGGGAAAAGGATGACAGGGTA
CTTCGTCACCTTTCCATTTTCAGCAACAACCACTGGGTCTGCCCCCTGTGTAATCACGGT
GGTCCTCTTGTATGTTCCTGTGGCCTTGGGTAACTGTGAAATCTTGATGGCTATTTGTTC
CACATCTTCGGTCTCCCAGCCATGAACCTTGGAGAAGGTTCTTGCCTCTGTCTCATCGCC
AAAAACAAAGTCCATGTGCGGCAAGAACTTCTCCTGCGCATCTTTGAAGAATTCACAGAT
GAATGGAGCAGAGAGGTTCATTGTGAATACCTTGTTGTTAGCAGCAGCGTGCTCAGACAC
CAACTGAATGGATTCGGGGGATACAGTGAGAAAGAA

QA 1 696 1 696
DS 



CO CL996Contig2 1130 4 10 U
GGAACACTTGCCTCCTCATCAGATCTGAATCTAAACTTCTCTTCTCAGATTCATCGAAAT
GGCCTCCTCTAACAACTACGATGGAATCCTTCTCGGAATGGGCAACCCACTCCTCGATAT
CTCTGCCGTCGTCGACGAGGCATTTCTCACCAAGTACGACGTCAAGTTGAACAATGCGAT
TCTCGCCGAGGAAAAACATTTGCCCATGTATGATGAGATGAGTAGCAAGTTCAATGTTGA
ATACATTGCCGGAGGTGCTACTCAGAACTCAATCAAAGTGGCTCAGTGGATGCTTCAAAT
TCCTGGGGCAACCAGTTACATGGGTTCCATTGGAAAGGACAAATACGGTGAGGCTATGAA
GAAGGATGCTACTGCTGCTGGTGTCAATGTTCACTACTATGAGGATGAGTCTGCACCTAC
TGGTACTTGCGGTGTCTGTGTTGTTGGTGGAGAGAGGTCGCTTATTGCTAATCTTTCTGC
TGCTAACTGCTACAAGGTTGAGCACCTTAAGAAGCCTGAAAACTGGGCTCTGGTTGAGAA
GGCCAAGTTCTACTACATTGCTGGATTCTTTCTCACTGTATCCCCCGAATCCATTCAGTT
GGTGTCTGAGCACGCTGCTGCTAACAACAAGGTATTCACAATGAACCTCTCTGCTCCATT
CATCTGTGAATTCTTCAAAGATGCGCAGGAGAAGTTCTTGCCATACATGGACTTTGTTTT
TGGTAACGAGACAGAAGCAAGAACCTTCTCCAAGGTTCATGGCTGGGAGACCGAAGTTGT
GGAACAAATAGCCATCAAGATTTCACAGTTACCAAAGGCCACAGGAACATACAAGAGGAC
CACAGTGATTACACAGGGGGCAGACCCAGTGGTTGTTGCTGAAGATGGAAAGGTGACGAA
GTACCCTGTCATCCCTCTCCCAAAGGAGAAGCTTGTTGACACCAACGGTGCAGGTGATGC
ATTTGTGGGAGGATTCATGTCACAGTTGGTGAAAGAGAAATCGATCGAGGAGTGCGTGAA
GGCCGGATGCTACGCGTCAAACGTGGTGATCCAAAGATCTGGCTGCACTTACCCTGAGAA
GCCCGACTTCAACTAAATCCACACCGAGCCATCCTTTGTTTTTGTGATAT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
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20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G557TF U 1
AF RR3EH82TF U 4
AF RR3DG91TF U 1
AF RR3DR48TF U 429
BS 1 47 RR3DG91TF
BS 48 48 RR3G557TF
BS 49 259 RR3DG91TF
BS 260 260 RR3G557TF
BS 261 688 RR3DG91TF
BS 689 689 RR3DR48TF
BS 690 702 RR3DG91TF
BS 703 703 RR3DR48TF
BS 704 720 RR3DG91TF
BS 721 1130 RR3DR48TF

RD RR3G557TF 539 0 0
GGAAC
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CCGAGGAAAAACATTTGCCCATGTATGATGAGATGAGTAGCAAGTTCAATGTTGAATACA
TTGCCGGAGGTGCTACTCAGAACTCAATCAAAGTGGCTCAGTGGATGCTTCAAATTCCTG
GGGCAACCAGTTACATGGGTTCCATTGGAAAGGACAAATACGGTGAGGCTATGAAGAAGG
ATGCTACTGCTGCTGGTGTCAATGTTCACTACTATGAGGATGAGTCTGCACCTACTGGTA
CTTGCGGTGTCTGTGTTGTTGGTGGAGAGAGGTCGCTTATTGCTAATCTTTCTGCTGCTA
ACTGCTACAAGGTTGAGCACCTTAAGAAGCCTGAAAACTGGGCTCTGGTTGAGA

QA 6 539 6 539
DS 

RD RR3EH82TF 633 0 0
GG
ACTTGCCTCCTCATCAGATCTGAATCTAAACTTCTCTTCTCAGATTCATCGAAATGGCCT
CCTCTAACAACTACGATGGAATCCTTCTCGGAATGGGCAACCCACTCCTCGATATCTCTG
CCGTCGTCGACGAGGCATTTCTCACCAAGTACGACGTCAAGTTGAACAATGCGATTCTCG
CCGAGGAAAAACATTTGCCCATGTATGATGAGATGAGTAGCAAGTTCAATGTTGAATACA
TTGCCGGAGGTGCTACTCAGAACTCAATCAAAGTGGCTCAGTGGATGCTTCAAATTCCTG
GGGCAACCAGTTACATGGGTTCCATTTGAAAGTACAAATACGGTGAGGCTATGAAGAAGG
ATGCTACTGCTGCTGGTGTCAATGTTCACTACTATGAGGATGAGTCTGCACCTACTGGTA
CTTGCGGTGTCTGTGTTGTTGGTGGAGAGAGGTCGCTTATTGCTAATCTTTCTGCTGCTA
ACTGCTACAAGGTTGAGCACCTTAAGAAGCCTGAAAACTGGGCTCTGGTTGAGAAGGCCA
AGTTCTACTACATTGCTGGATTCTTTCTCACTGTATCCCCCGAATCCATTCAGTTGGTGT
CTGAGCACGCTGCTGCTAACAACAAGGT
ATT

QA 3 630 3 630
DS 

RD RR3DG91TF 731 0 0
GGAACACTTGCCTCCTCATCAGATCTGAATCTAAACTTCTCTTCTCATATTCATCGAAAT
GGCCTCCTCTAACAACTACGATGGAATCCTTCTCGGAATGGGCAACCCACTCCTCGATAT
CTCTGCCGTCGTCGACGAGGCATTTCTCACCAAGTACGACGTCAAGTTGAACAATGCGAT
TCTCGCCGAGGAAAAACATTTGCCCATGTATGATGAGATGAGTAGCAAGTTCAATGTTGA
ATACATTGCCGGAGGTGCTGCTCAGAACTCAATCAAAGTGGCTCAGTGGATGCTTCAAAT
TCCTGGGGCAACCAGTTACATGGGTTCCATTGGAAAGGACAAATACGGTGAGGCTATGAA
GAAGGATGCTACTGCTGCTGGTGTCAATGTTCACTACTATGAGGATGAGTCTGCACCTAC
TGGTACTTGCGGTGTCTGTGTTGTTGGTGGAGAGAGGTCGCTTATTGCTAATCTTTCTGC
TGCTAACTGCTACAAGGTTGAGCACCTTAAGAAGCCTGAAAACTGGGCTCTGGTTGAGAA
GGCCAAGTTCTACTACATTGCTGGATTCTTTCTCACTGTATCCCCCGAATCCATTCAGTT
GGTGTCTGAGCACGCTGCTGCTAACAACAAGGTATTCACAATGAACCTCTCTGCTCCATT
CATCTGTGAATTCTTCAAAGATGCGCAG*AGAAGTTCTTGCCGTACATGGACTTTGTTTT
GGCAATGAGAC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3DR48TF 702 0 0
GCGGTGTCTGTGTTGTTGGTGGAGAGAGGTCGCTGATTGCTAATCTTTCTGCTGCTAACT
GCTACAAGGTTGAGCACCTTAAGAAGCCTGAAAACTGGGCATTGGTTGAGAAGGCGAAGT
TCTACTACATTGCTGGATTCTTCCTCACTGTATCCCCCGATTCCATTCAGTTGGTATCTG
AGCACGCTGCTGCTAACAACAAGGTGTTCACAATGAACCTCTCTGCTCCATTCATCTGTG
AATTCTTCAAAGATGCGCAGGAGAAGTTCTTGCCATACATGGACTTTGTTTTTGGTAACG
AGACAGAAGCAAGAACCTTCTCCAAGGTTCATGGCTGGGAGACCGAAGTTGTGGAACAAA
TAGCCATCAAGATTTCACAGTTACCAAAGGCCACAGGAACATACAAGAGGACCACAGTGA
TTACACAGGGGGCAGACCCAGTGGTTGTTGCTGAAGATGGAAAGGTGACGAAGTACCCTG
TCATCCCTCTCCCAAAGGAGAAGCTTGTTGACACCAACGGTGCAGGTGATGCATTTGTGG
GAGGATTCATGTCACAGTTGGTGAAAGAGAAATCGATCGAGGAGTGCGTGAAGGCCGGAT
GCTACGCGTCAAACGTGGTGATCCAAAGATCTGGCTGCACTTACCCTGAGAAGCCCGACT
TCAACTAAATCCACACCGAGCCATCCTTTGTTTTTGTGATAT

QA 1 702 1 702
DS 



AS 2 7

CO CL997Contig1 734 5 10 U
GGATGCTTTGCTCGTGTTCGTCGTGTACACCAAAGGTAAAGAGAGATCAAATCAAAGAGA
AGCGAATGGTTTGAGAGGTAGATAAGCAGAAGAAGGAGAGAGAGATAAAAAAATCATGAT
CCTTGCGGTGTTGTTCGCTAATTCCGTAGGGAACGTCTTGATCGAAAGGTTCAATGGAGT
GCCAGCTGAGGAACGGCTCACCTGGCGATCTTTCTTGGTTAAGTTGGGAGCAGAGAATCT
CAAAGGTGTTAAGAACGAGGAGCTTCTCGTTGCTTGCCACAAGTCGGTTTATATCGTGTA
CACAATGCTCGGGGATGTTAGCATCTTCCTTGTTGGTAAAGACGAGTACGATGAACTTGC
TTTGGCAGAAGCCATCTTTATCATAACAGGGGCTGTGAAAGACATTTGCGGGAAACCTCC
TACAGAGCGAGTGTTTCTGGACAAATACGGAAGGATTTGTCTCTGTCTTGATGAAATCGT
TTGGAACGGACTTCTCGAGAACACCGACAAAGACAGGATCAAGCGTCTCATTAGATTGAA
ACCTCCTTCTGAGTTTTGATTTCCCTCTCCAACTCCAAACCACACACCCTTGCAATATGC
TTTTTTTTCAACACTTATCAACAGAATGTCAGTTGCTGAATCGCTTCTCTCTATCAAGTA
TTGTACTGTTAACTACTGCTGTTCTTCGTTCAGACATTGAAGCAATTTAGTGTGGCGATG
TTTATTGAAATCCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BO13TF U 34
AF RR3BO13JQ C 35
AF RR3FJ24TF U 1
AF RR3FJ24JQ C 1
AF RR3EU58TF U 52
BS 1 37 RR3FJ24TF
BS 38 234 RR3BO13TF
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GGGA
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GAGAGAGATAAAAAAATCATGATCCTTGCGGTGTTGTTCGCTAATTCCGTAGGGAACGTC
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GTTAAGTTGGGAGCAGATAATCTCAAAGGTGTTAAGAACGAGGAGCTTCTCGTTGCTTGC
CACAAGTCGGTTTATATCGTGTACACAATGCTCGGGGATGTTAGCATCTTCCTTGTTGGT
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AAAGACATTTGCGGGAAACCTCCTACAGAGCGAGTGTTTCTGGACAAATACGGAAGGATT
TGTCTCTGTCTTGATGAAATCGTTTGGAACGGACTTCTCGAGAACACCGACAAAGACAGG
ATCAAGCGTCTCATTAGATTGAAACCTCCTTCTTAGTTTTGATTTCCCTCTCCAACTCCA
AACCACACACCCTTGCAATATGCTTTTTTTTCAACACTTATCAACAGAATGTCAGTTGCT
GAATCGCTTCTCTCTAACAAGTATTGTACTGTTAACTACTGCTGTTCTTCGTTCAGACAT
TGAAGCAATTTAGTGT

QA 5 680 5 680
DS 

RD RR3BO13JQ 679 0 0
GGA
AAAGAGAGATCAAATCAAAGAGAAGCGAATGGTTTGAGAGGTAGATAAGCAGAAGAAGGA
GAGAGAGATAAAAAAATCATGATCCTTGCGGTGTTGTTCGCTAATTCCGTAGGGAACGTC
TTGATCGAAAGGTTCAATGGAGTGCCAGCTGAGGAACGGCTCACCTGGCGATCTTTCTTG
GTTAAGTTGGGAGCAGATAATCTCAAAGGTGTTAAGAACGAGGAGCTTCTCGTTGCTTGC
CACAAGTCGGTTTATATCGTGTACACAATGCTCGGGGATGTTAGCATCTTCCTTGTTGGT
AAAGACGAGTACGATGAACTTGCTTTGGCAGAAGCCATCTTTATCATAACAGGGGCTGTG
AAAGACATTTGCGGGAAACCTCCTACAGAGCGAGTGTTTCTGGACAAATACGGAAGGATT
TGTCTCTGTCTTGATGAAATCGTTTGGAACGGACTTCTCGAGAACACCGACAAAGACAGG
ATCAAGCGTCTCATTAGATTGAAACCTCCTTCTTAGTTTTGATTTCCCTCTCCAACTCCA
AACCACACACCCTTGCAATATGCTTTTTTTTCAACACTTATCAACAGAATGTCAGTTGCT
GAATCGCTTCTCTCTAACAAGTATTGTACTGTTAACTACTGCTGTTCTTCGTTCAGACAT
TGAAGCAATTTAGTGT

QA 4 679 4 679
DS 

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CCTTGCGGTGTTGTTCGCTAATTCCGTAGGGAACGTCTTGATCGAAAGGTTCAATGGAGT
GCCAGCTGAGGAACGGCTCACCTGGCGATCTTTCTTGGTTAAGTTGGGAGCAGAGAATCT
CAAAGGTGTTAAGAACGAGGAGCTTCTCGTTGCTTGCCACAAGTCGGTTTATATCGTGTA
CACAATGCTCGGGGATGTTAGCATCTTCCTTGTTGGTAAAGACGAGTACGATGAACTTGC
TTTGGCAGAAGCCATCTTTATCATAACAGGGGCTGTGAAAGACATTTGCGGGAAACCTCC
TACAGAGCGAGTGTTTCTGGACAAATACGGAAGGATTTGTCTCTGTCTTGATGAAATCGT
TTGGAGCGTACTTCTCGAGAACACCGACAAAGACAGGATCAAGCGTCTCATTAGATTGAA
ACCTCCTTCTGAGTTTTGATTTCCCTCTCCAACTCCAAACCACACACCCTTGCAATATGC
TTTTTTTTCA*CACTTATCAACAGAATGTCAGTTGCTGAATCGCTTCTCTCTATCAAGTA
TTGTACTGTTAACTACTGCTGTTCTTCGTTCAGACATTGAA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3FJ24JQ 734 0 0
GGATGCTTTGCTCGTGTTCGTCGTGTACACCAAAGGTAAAGAGAGATCAAATCAAAGAGA
AGCGAATGGTTTGAGAGGTAGATAAGCAGAAGAAGGAGAGAGAGATAAAAAAATCATGAT
CCTTGCGGTGTTGTTCGCTAATTCCGTAGGGAACGTCTTGATCGAAAGGTTCAATGGAGT
GCCAGCTGAGGAACGGCTCACCTGGCGATCTTTCTTGGTTAAGTTGGGAGCAGAGAATCT
CAAAGGTGTTAAGAACGAGGAGCTTCTCGTTGCTTGCCACAAGTCGGTTTATATCGTGTA
CACAATGCTCGGGGATGTTAGCATCTTCCTTGTTGGTAAAGACGAGTACGATGAACTTGC
TTTGGCAGAAGCCATCTTTATCATAACAGGGGCTGTGAAAGACATTTGCGGGAAACCTCC
TACAGAGCGAGTGTTTCTGGACAAATACGGAAGGATTTGTCTCTGTCTTGATGAAATCGT
TTGGAGCGTACTTCTCGAGAACACCGACAAAGACAGGATCAAGCGTCTCATTAGATTGAA
ACCTCCTTCTGAGTTTTGATTTCCCTCTCCAACTCCAAACCACACACCCTTGCAATATGC
TTTTTTTTCAACACTTATCAACAGAATGTCAGTTGCTGAATCGCTTCTCTCTATCAAGTA
TTGTACTGTTAACTACTGCTGTTCTTCGTTCAGACATTGAAGCAATTTAGTGTGGCGATG
TTTATTGAAATCCT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3EU58TF 676 0 0
GG
AAAGAGAAGCGAATGGTTTGAGAGGTAGATAAGCAGAAGAAGGAGAGAGAGATAAAAAAA
TCATGATCCTTGCGGTGTTGTTCGCTAATTCCGTAGGGAACGTCTTGATCGAAAGGTTCA
ATGGAGTGCCAGCTGAGGAACGGCTCACCTGGCGATCTTTCTTGGTTAAGTTGGGAGCAG
AGAATCTCAAAGGTGTTAAGAACGAGGAGCTTCTCGTTGCTTGCCACAAGTCGGTTTATA
TCGTGTACACAATGCTCGGGGATGTTAGCATCTTCCTTGTTGGTAAAGACGAGTACGACG
AACTTGCTTTGGCAGAAGCCATCTTTATCATAACAGGGGCTGTGAAAGACATTTGCGGGA
AACCTCCTACAGAGCGAGTGTTTCTGGACAAATACGGAAGGATTTGTCTCTGTCTTGATG
AAATCGTTTGGAACGGACTTCTCGAGAACACCGACAAAGACAGGATCAAGCGTCTCATTA
GATTGAAACCTCCTTCTGAGTTTTGATTTCCCTCTCCAACTCCAAACCACACACCCTTGC
AATATGCTTTTTTTTCAACACTTATCAACAGAATGTCAGTTGCTGAATCGCTTCTCTCTA
TCAAGTATTGTACTGTTAACTACTGCTGTTCTTCGTTCAGACATTGAAGCAATTTAGTGT
GGCGATGTTTAT
CG

QA 3 674 3 674
DS 



CO CL997Contig2 470 2 2 U
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GGGATGTTAGCATCTTCCTTGTTGGTAAAGACGAGTACGATGAACTTGCTTTGGCAGAAG
CCATCTTTATCATAACAGGGGCTGTGAAAGACATATGCGGGAAACCTCCTACTGAGCGAG
TGTTTCTGGACAAATACGGAAGGATTTGCCTGTGTCTTGATGAAATCGTTTGGAACGGAC
TTCTCGAGAACACCGACAAAGACAGGATCAAGCGTCTCATTAGATTGAAGCCTCCTTCTG
AGTTTTGATTCCCCCTCCAACTCCAACTCCAAACCACACCCTTGCAATATGTTTTTTTTT
TCAACACTTATCAACAGAATGTCAGTTGCTGAATCACTTCTTTCTATCAAGTATTGTACT
GTTAACTACTGCTGTTCTTCGTTCAAACATTGAAAGCAATTTAGTGTGGC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G160JQ C 1
AF RR3G160TF U 1
BS 1 1 RR3G160JQ
BS 2 470 RR3G160TF

RD RR3G160JQ 470 0 0
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GGGATGTTAGCATCTTCCTTGTTGGTAAAGACGAGTACGATGAACTTGCTTTGGCAGAAG
CCATCTTTATCATAACAGGGGCTGTGAAAGACATATGCGGGAAACCTCCTACTGAGCGAG
TGTTTCTGGACAAATACGGAAGGATTTGCCTGTGTCTTGATGAAATCGTTTGGAACGGAC
TTCTCGAGAACACCGACAAAGACAGGATCAAGCGTCTCATTAGATTGAAGCCTCCTTCTG
AGTTTTGATTCCCCCTCCAACTCCAACTCCAAACCACACCCTTGCAATATGTTTTTTTTT
TCAACACTTATCAACAGAATGTCAGTTGCTGAATCACTTCTTTCTATCAAGTATTGTACT
GTTAACTACTGCTGTTCTTCGTTCAAACATTGAAAGCAATTTAGTGTGGC

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR3G160TF 470 0 0
G
GAACGAGGAGCTTCTCGTTGCTTGCCACAAGTCGGTTTATATCGTGTACACAATGCTAGG
GGATGTTAGCATCTTCCTTGTTGGTAAAGACGAGTACGATGAACTTGCTTTGGCAGAAGC
CATCTTTATCATAACAGGGGCTGTGAAAGACATATGCGGGAAACCTCCTACTGAGCGAGT
GTTTCTGGACAAATACGGAAGGATTTGCCTGTGTCTTGATGAAATCGTTTGGAACGGACT
TCTCGAGAACACCGACAAAGACAGGATCAAGCGTCTCATTAGATTGAAGCCTCCTTCTGA
GTTTTGATTCCCCCTCCAACTCCAACTCCAAACCACACCCTTGCAATATGTTTTTTTTTT
CAACACTTATCAACAGAATGTCAGTTGCTGAATCACTTCTTTCTATCAAGTATTGTACTG
TTAACTACTGCTGTTCTTCGTTCAAACATTGAAAGCAATTTAGTGTGGC

QA 2 470 2 470
DS 



AS 1 4

CO CL998Contig1 1042 4 44 U
CTCCAATATGTATATTGATATTAATGTGTCACAATTTCTTATAAATAAAGTTTTTGGAAG
AGGGTATGTAACCAAAATTTATTAAATCAAAAAGAGTAAAAGCTAGTAAAACCAAATAAA
AAAAAAGGTATATGGCTACATAAGCAGCTTTTTTAAGCACATGAGATCGAAACACTGCTT
GTGGAAAGGTTTACACATTCTCCTATATATACCTTTCATATCGACATATATCTTTCTGCT
GATGATACTCTGCTTCAGTAGCTACCTCCTGCTGAGACGATGCTAGGTCCTTGTCAACTT
CTTACTGATGAGATCTCTCATCTCGATCTCTCCCGGGAATCTACCTTCTTTCAATTTAGA
AAACACCAGTTCCCCGTTGCAGAGAACTTCAAAGGCCCCTGAGCTTTGAAGGTAAGACTG
GAGAAAGTTACCGAGAAGCCAAGTAGAAGCCATGGAACCAAATCTATTGGCCCTCAAGGA
GTTGAACCACGCAGGCGGCTGCGTGATTCCAATCATGGGGAAGACGCGGTCACCCGCAAC
TATCATACCGATAACTCCCATCTGAGCAACCGGTACAACCTTAGCTAGAAGGCGCTTTGG
TGCTGGTGCTGGGTAGTTGGCGAGAATCACATCCAAACCTGGAAACTCCGTCTCTAACAT
CTTATTCATGGTCACTGCTGTTCCCTTGAAAGAACAGGAGACGCAGAAGTTGATCTCAAC
GGTGTTTCCATATCCAACAGCTCCTCCTAATCCACTTTGTTTCTTCTGAGAAAAAGGGAA
ATCTAGGGTTTCGGGTGTGAATCCAGCCGGACGCTGGTGGTGGTGGTGAGGGACATGCGG
TGGTGGCGCCTGATGAGTAGGAGGTTTTGGAGGCGGAGGAGTGAATAGGTTGAACAGATC
CGAACAAAATAAGAATATCGGTAAACCCAAGAGTATCAATTGGGCTCTGTCCATTGCCAT
TTTTTTCAATCTCCGATGATCTCAACAGAGTCGAGAGGATGTAACAAAACCCGATCCAAG
TTAGACTTGTTCCGATGCTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 0 0 15 15 0 
0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH93JQ U 60
AF RR3EG81JQ U 1
AF RR3BB44TF C 337
AF RR3EI46TF C 403
BS 1 79 RR3EG81JQ
BS 80 80 RR3FH93JQ
BS 81 113 RR3EG81JQ
BS 114 114 RR3FH93JQ
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BS 665 770 RR3EG81JQ
BS 771 1042 RR3BB44TF

RD RR3FH93JQ 649 0 0
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TACTCTGCTTCAGTAGCTACCTCCTGCTGCGACGATGCTAGGTCCTTGTCAACTTCTTAC
TGATGAGATCTCTCATCTCGATCTCTCCCGGGAATCTACCTTCTTTCAATTTAAAAAACA
CCAGTTCCCCGTTGCAGAAAACTTCAAAGGCCCCTGAGCTTTGAAGGTAAGACTGGAGAA
AGTTACCGAGAAGCCAAGTAGAAGCCATGGATCCAAATCTATTGGCCCTCAAGGAGTTGA
ACCACGCAGGCGGCTGCGTGATTCCAATCATGGGGAAGACGCGGTCACCCGCAACTATCA
TACCGATAACTCCCATCTGAGCAACCGGTACAACCTTAGCTAGGAGGCGCTTTGGTGCTG
GTGCTGGGTAGTTGGCGAGAATCACATCCAAACCTGGAAACTCCGTCTCTAACATCTTCT
TCATTGTCACTGCTGTTCCCTTGAAAGAACAGGAGACGCAGAA

QA 7 649 7 649
DS 

RD RR3EG81JQ 770 0 0
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AGGGTATGTAACCAAAATT*ATTAAATCAAAAAGAGTAAAAGCTAGTAAAACCCA**AAT
GAACAAGGTATATTGCTACATAAGCAGCTTTTTTAAGCACATGAGATCGAAACACTGCTT
GTGGAAAGGTT*ACACATTCTCC*ATATATACCTTTCATATCGACATATAT*TTTCTGCT
GATGATACTCTGCTTCAGTAGCTACCTCCTGCTGAGACGATGCTAGGTCCTTGTCAACTT
CTTACTGATGAGATCTCTCATCTCGATCTCTCCCGGGAATCTACCTTCTTTCAATTTTGA
AAACACCAGTTCCCCGTTGCAGAGAACTTCAAAGGCGCCTGAGCTTTGAAGGTAAGACTG
GAGAAAGTTTCCGAGAAGCCAAGTAGAAGCCATGGAACCAAACCTATTGGCCCTCAGGGA
GTTGAACCAAGCAGGCGGCTGCGTGATTCCAATCATGGGGAAGACGCGATCACCCGCAAC
TATCATACCGATAACTCCCATCTGAGCAACCGGTACAACCTTAGCTAGGAGACGCTTTGG
TGCTGGTGCTGGGTAGTTTGCGAGAAACACATCCAAACCTGGAAACTCCGTCTCTAACAT
CTTCTTCATGGTCACTGCTGTTCCCTTGAAAGAACAGGAGACGCAGAAGTTGATCTCAAC
GGTGTTTCCATATCCAACAGCTCCTCCTAATCCACTTTGTTTCTTCTGAG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3BB44TF 706 0 0
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CCCTGAGCTTTGAAGGTAAGACTGGAGAAAGTTACCGAGAAGCCAAGTAGAAGCCATGGA
ACCAAATCTATTGGCCCTCAAGGAGTTGAACCACGCAGGCGGCTGCGTGATTCCGATCAT
GGGGAAGACGCGGTCACCTGCAACTATCATACCGATAACTCCCATCTGAGCAACCGGTAC
AACTTTAGCTAGAAGGCGCTTTGGTGCTGGTGCTGGGTAGTTGGCGAGAATCACATCCAA
ACCTGGAAACTCCGTCTCTAACATCTTATTCATGGTCACTGCTGTTCCCTTGAAAGAACA
GGAGACGCAGAAGCTGATCTCAACGGTGTTTCCATATCCAACAGCTCCTCCTAATCCACT
TTGTTTCTTCTGAGAAAAAGGGAAATCTAGGGTTTCGGGTGTGAATCCAGCCGGACGCTG
GTGGTGGTGGTGAGGGACATGCGGTGGTGGCGCCTGATGAGTAGGAGGTTTTGGAGGCGG
AGGAGTGAATAGGTTGAACAGATCCGAACAAAATAAGAATATCGGTAAACCCAAGAGTAT
CAATTGGGCTCTGTCCATTGCCATTTTTTTCAATCTCCGATGATCTCAACAGAGTCGAGA
GGATGTAACAAAACCCGATCCAAGTTAGACTTGTTCCGATGCTGCC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3EI46TF 635 0 0
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TCTATTGGCCCTCAAGGAGTTGAACCACGCAGGCGGCTGCGTGATTCCGATCATGGGGAA
GACGCGGTCACCTGCAACTATCATACCGATAACTCCCATCTGAGCAACCGGTACAACTTT
AGCTAGAAGGCGCTTTGGTGCTGGTGCTGGGTAGTTGGCGAGAATCACATCCAAACCTGG
AAACTCCGTCTGTAACATCTTATTCATGGTCACTGCTGTTCCCTTGAAAGAACAGGGGAC
GCAGAAGTTGATCTCAACGGTGTTTCCATATCCAACAGCTCCTCCTAATCCACTTTGTTT
CTTCTGAGAAAAAGGGAAATCTAGGGTTTCGGGTGTGAATCCAGCCGGACGCTGGTGGTG
GTGGTGAGGGACATGCGGTGGTGGTGCCTGATGAGTAGGAGGTTTTGGAGGCGGAGGAGT
GAATAGGTTGAACAGATCCGAACAAAATAAGAATATCGGTAAACCCAAGAGTATCAATTG
GGCTCTGTCCATTGCCATTTTTTTCAATCTCCGATGATCTCAACAGAGTCGAGAGGATGT
AACAAAACCCGATCCAAGTTAGACTTGTTCCGAT
C

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 5

CO CL999Contig1 545 5 3 U
GTCTAAGAGTCATTCTTTATTCTTCAATGTCATTTTAGAACTGTTATTAACCAAAAGGAC
AATACATAGCAAGACCACACAGCAGAATGTCATACAAGTCTTTTGTCTTTCATCAACATC
TTATTGAGATAAACCAAGAAAAAATGGCAAATTCTGAATCCCACAGCTCTTAATCTGCTG
CAAGTTTCATCATGATCGAAACAATCAGTCTCAGTGAGAAGAGGGAGCTGGTTGTTTCTG
GTGAGATGATTGAGAAGGAGCCATGAGTTTGGTATAGATCTGCTCGCCGACAAGGTAAAC
GCAGAAGGCACCAACGCCGATGCCGAGACCAGGAAGCGCGTGTCTCATTTGATTAGAAAG
CATCGGGTGCTTCCTCCACTCATCCCTTCTCCTGAAAAACTCTCCCGTAGTTCCCAACGG
TTTCGCCATTTTCTCCCTT*CTTCTTCTTCCTCGGA*TC*GATCTCCTCCACCACCCATA
GAATCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCC
CCGTC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

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AF RR3BK23JQ U 1
AF RR3BK23TF C 1
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G
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AA*TAGCAAATTCTGAATCCCACAGCTCTTAATCTGCTGCAAGTTTCATCACGATCGAAA
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TTCTTCTTCCCCTTCCTCAGATCCC

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DS 

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G
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GCAGAATGTCATACAAGTCTTTTGTCTTTCATCAACATCTTATTGAGATAAACCAAGAAA
AA*TAGCAAATTCTGAATCCCACAGCTCTTAATCTGCTGCAAGTTTCATCACGATCGAAA
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CATGAGTTTGGTATGGATCTGCTCGCCGACAAGGTAAACGCAGAAGGCGCCGACGCCGAT
GCCGAGACCAGGAAGCGCGTGTCTCATTTGATTAGAAAGCATCGGGTGCTTCCTCCACTC
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TTCTTCTTCCCCTTCCTCAGATCCC

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DS 

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TTATTGAGATAAACCAAGAAAAAATGGCAAATTCTGAATCCCACAGCTCTTAATCTGCTG
CAAGTTTCATCATGATCGAAACAATCAGTCTCAGTGAGAAGAGGGAGCTGGTTGTTTCTG
GTGAGATGATTGAGAAGGAACCATGAGTTTGGTATAGATCTGCTCGCCGACAAGGTAAAC
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TTTCGCCATTTTCTCCCTT*CTTCTTCTTCCTCGGA*TC*GATCTCCTCCACCACCCATA
GAATCAAGAAAGAGCTCTCAGTCTGTCAATCCTTACTATGTCTGGACCTGGTAAGTTTCC
CCGTC

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 5

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AAATAACCATGATTAAACCTAAACACAGAAAAAGTAAAAACAATTCTCAGCTACAACAAC
AACAAGTACAAACGTTTTGGTCATTTCAGGATCAGAAACATTTCCGGTGAACCACAGATG
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CTAGTATTGCTCCTCCTACCCAAGCCGAATACAATCCCAAATTCTCATGCATATATTCCG
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TGCCTTCGAATCCTGTCATGGAGGTTGTACCACCACAAAGCACAGTGTTCTCCAAGAGTT
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TTTTCTCGTAAGCAAGTTCGTCCTCAGCACAGTTTGCATACTGTTCCTTGAGCGTTTCAA
CATCAGACATGCTGAGATTCATGGACGGGTTGGATTTTCCAAGCTCTTGGGCGAATAGTT
TTGTAAGATCGGTTCCACCGAGCTCAAACCGTTTTGAGGCAATGTGCTGCACAGCACCTT
CAAGAACTGGGGCAATATCTATCTTCCCATGACCAATATCAACAGTGCATCCAGAGATCC
TTCCAACAGCATAAAGAGACAACACTGCTTGCTCTGACGCATAGAATCCAGACACATTGA
ACGTTTCAAACATCAACTGCACCAACTGCTCCCTAATAGCTTTAGGAGTACAAAGTGGAT
CAGTGAAGAGTATATTGCCTTCGTTTCCTTCTTCCCATCCAAGCCCAGTGTACACAACGT
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GAGTGACGTCTTCAAACACAGCGTTGGTGGGGTTATTATCAGACCCATCATCAACCATTC
GTTTCATCTGAGATGGGATTATCATTGCAGGAGACTGATCTGGAATCGCTGCTCCTGCTT
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GCTAAAGCAGAGAACAGAATCGAGTGAGAGACAGAGGAAGAGAAGCGAGAATGGCTTTCA
TAAGCAACTCACCTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU15JQ U 102
AF RR3A107JQ U 1
AF RR3A107TF C 100
AF RR3DL26JQ U 59
AF RR3DL26TF C 758
BS 1 811 RR3A107JQ
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RD RR3EU15JQ 643 0 0
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TTCCGGTGAACCACAGATGGTCCAGTCTCGTCGTAGTCAGCTTTAGTAACATGCTGATTC
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TTCTCATGCATATATTCCGGCGGTTTCACCAGCGTTGGCCTTATAGCAAATGAGCACAAG
CTTGCTTCTTTCTGAAACCTGCCTTCGAATCCTGTCATGGAGGTTGTACCACCACAAAGC
ACAGTGTTCTCCAAGAGTTGCCTATGGTTCTCAAATGATACTGTGGAGATAATCCGGACA
AGCTGTTCAACGATTCCATGCTCCTGGAGTCCCAGTATCGATGGCTGAAACAAAGCTTCG
CCAACAGAGTATCTCTCTCGCCCAATGCTTATCACCTGTCCATCAGGAAGCGTATGCTGC
TCGACCTCACAGTTTTGGGTTTTCTCGTAAGCAAGTTCGTCCTCAGCACAGTTTGCATAC
TGTTCCTTGAGCGTTTCAACATCAGACATGCTGAGATTCATGGACGGGTTGGATTTTCCA
AGCTCTTGGGCGAATAGTTTTGTAAGATCGGTTCCACCGAGCT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3A107JQ 811 0 0
AATCTCGTCCAAATCAATGTAAGCTGCTTAAAAGTAGATAGACTGAGTGGGATGTGTTCC
AAATAACCATGATTAAACCTAAACACAGAAAAAGTAAAAACAATTCTCAGCTACAACAAC
AACAAGTACAAACGTTTTGGTCATTTCAGGATCAGAAACATTTCCGGTGAACCACAGATG
GTCCAGTCTCGTCGTAGTCAGCTTTAGTAACATGCTGATTCTGCGGAAACACCACCTTGG
CTAGTATTGCTCCTCCTACCCAAGCCGAATACAATCCCAAATTCTCATGCATATATTCCG
GCGGTTTCACCAGCGTTGGCCTTATAGCAGATGAGCACAAGCTTGCTTCTTTCTGAAACC
TGCCTTCGAATCCTGTCATGGAGGTTGTACCACCACAAAGCACAGTGTTCTCCAAGAGTT
GCCTATGGTTCTCAGATGATACTGTGGAGATAATCCGGACAAGCTGTTCAACGATTCCAT
GCTCCTGGAGTCCCAGTATCGATGGTTGAAACAAAGCTTCACCAACAGAGTATCTCTCTC
GCCCAATGCTTATCACCTGTCCATCAGGAAGTGTATGCTGCTCGACCTCACAGTTTTGGG
TTTTCTCGTAAGCAAGTTCGTCCTCAGCACAGTTTGCATACTGTTCCTTGAGCGTTTCAA
CATCAGACATGCTGAGATTCATGGACGGGTTGGATTTTCCAAGCTCTTGGGCGAATAGTT
TTGTAAGATCGGTTCCACCGAGCTCAAACCGTTTTGAGGCAATGTGCTGCACAGCACCTT
CAAGAACTGGGGCAATATCTATCTTCCCATG

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3A107TF 750 0 0
AC
AATTCTCAGCTACAACAACAACAAGTACAAACGTTTTGGTCATTTCAGGATCAGAAACAT
TTCCGGTGAACCACAGATGGTCCAGTCTCGTCGTAGTCAGCTTTAGTAACATGCTGATTC
TGCGGAAACACCACCTTGGCTAGTATTGCTCCTCCTACCCAAGCCGAATACAATCCCAAA
TTCTCATGCATATATTCCGGCGGTTTCACCAGCGTTGGCCTTATAGCAGATGAGCACAAG
CTTGCTTCTTTCTGAAACCTGCCTTCGAATCCTGTCATGGAGGTTGTACCACCACAAAGC
ACAGTGTTCTCCAAGAGTTGCCTATGGTTCTCAGATGATACTGTGGAGATAATCCGGACA
AGCTGTTCAACGATTCCATGCTCCTGGAGTCCCAGTATCGATGGTTGAAACAAAGCTTCA
CCAACAGAGTATCTCTCTCGCCCAATGCTTATCACCTGTCCATCAGGAAGTGTATGCTGC
TCGACCTCACAGTTTTGGGTTTTCTCGTAAGCAAGTTCGTCCTCAGCACAGTTTGCATAC
TGTTCCTTGAGCGTTTCAACATCAGACATGCTGAGATTCATGGACGGGTTGGATTTTCCA
AGCTCTTGGGCGAATAGTTTTGTAAGATCGGTTCCACCGAGCTCAAACCGTTTTGAGGCA
ATGTGCTGCACAGCACCTTCAAGAACTGGGGCAATATCTATCTTCCCATGACCAATATCA
ACAGTGCAACCAGAGATCCTTCCAACAG

QA 3 750 3 750
DS 

RD RR3DL26JQ 875 0 0
CCAAATAACCATGATTAAACCTAAACACAGAAAAAGTAAAAACAATTCTCAGCTACAACA
ACAACAAGTACGAACGTTTTGGTCATTTCAGGATCAGAAACATTTCCGGTGAACCACAGA
TGGTCCAGTCTCGTCGTAGTCAGCTTTAGTAACATGCTGATTCTGCGGAAACACCACCTT
GGCTAGTATTGCTCCTCCTACCCAAGCCGAATACAATCCCAAATTCTCATGCATATATTC
CGGCGGTTTCACCAGCGTTGGCCTTATAGCAGATGAGCACAAGCTTGCTTCTTTCTGAAA
CCTGCCTTCGAATCCTGTCATGGAGGTTGTACCACCACAAAGCACAGTGTTCTCCAAGAG
TTGCCTATGGTTCTCAGATGATACTGTGGAGATAATCCGGACAAGCTGTTCAACGATTCC
ATGCTCCTGGAGTCCCAGTATCGATGGCTGAAACAAAGCTTCACCAACAGAGTATCTCTC
TCGCCCAATGCTTATCACCTGTCCATCAGGAAGTGTATGCTGCTCGACCTCACAGTTTTG
GGTTTTCTCGTAAGCAAGTTCGTCCTCAGCACAGTTTGCATACTGTTCCTTGAGCGTTTC
GACATCAGACATGCTGAGATTCATGGACGGGTTGGATTTTCCAAGCTCTTGGGCGAATAG
TTTTGTAAGATCGGTTCCACCGAGCTCAAACCGTTTTGAGGCAATGTGCTGCACAGCACC
TTCAAGAACTGGGGCAATATCTATCTTCCCATGACCAATATCAACAGTGCATCCAGAGAT
CCTTCCAACAGCATAAAGAGACAACACTGCTTGCTCTGACGCATAGA*TCCAGACACATT
GAACGTTTCAA*CATCAACTGCACCAACTGCTCCC

QA 1 875 1 875
DS 

RD RR3DL26TF 642 0 0
GGCAATGTGCTGCACAGCAC*TTCAAGAACTGGGGCAATATCTATCTTCCCATGACCAAT
ATCAACAGTGCATCCAGAGATC*TTCCAACAGCATAAAGAGACAACACTGCTTGCTCTGA
CGCATAGAATCCAGACACATTGAACGTTTCAAACATCAACTGCACCAACTGCTCCCTAAT
AGCTTTAGGAGTACAAAGTGGATCAGTGAAGAGTATATTGCCTTCGTTTCCTTCTTCCCA
TCCAAGCCCAGTGTACACAACGTAACGCAACAGATCCTCCATAGCGTCCCAGTCTCTGAT
GAACCCCCTTTCAATCGGATCAAGAGTGACGTCTTCAAACACAGCGTTGGTGGGGTTATT
ATCAGACCCATCATCAACCATTCGTTTCATCTGAGATGGGATTATCATTGCAGGAGACTG
ATCTGGAATCGCTGCTCCTGCTTTCAGGAGCTTCGAGCCCGCATCGACAACAAGGGCTTC
CATTTTTTCTCTCTCGCACAAATAAACCCTAAACCCCCAATTTCCAAAAATGCGAAAATT
AGTAGTAGCACTAAGTAAGAGAAGCTAAAGCAGAGAACAGAATCGAGTGAGAGACAGAGG
AAGAGAAGCGAGAATGGCTTTCATAAGCAACTCACCTTGTCC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 4

CO CL1001Contig1 1040 4 9 U
GGGAAACAGATAACATTCACACATTGACATCAAATCAAACTGATCCTCATTGATAACAAC
TTATTTAACTCAACTCATTGTTAATATCAAGAAAAAGACGCATTGATAACGTAGTTTCTT
TTATTCGTTGAGACAGGCAACATCTTTATTTGTATTCAAGATCAGGGGGAAGGAACACAA
GAAGAAGACAAACAGCACACAATCTGTACTTCTTCCTCAGGCTGCGTTTCCGGCTGTTGT
CCCGATAGTCTTGAGATCAAAGATCTCGATCCAGTAGCCATCTGGATCCTTTATGAAGGC
TAAGTTCTTCATCTTTCCATCGTTAGGTTTC*TTGACAAACTCCACTCCGAGTTGTTCAA
ATCTCTCGCATGCCTTGTGCACATCATCAACTGTAACCCCAATATGCCCAAATCCTTTAG
GTTCGGAGTTCCCATTATGATAACCTTTAAACTCGGGATCACTCTCTGTGCCCCAGTTGT
GAGTCAGCTCAATCGTTGCTGGTCGACCAAAGGTCCAAACCGTTCTCTCAGTTGGATCCG
TTGGAGCTGTTGAAGTATCCTCGTAGCCCACGAAGTACAAGCTGAATTTCATCTCAGAGA
AATCTAGCCTCTTCAGCAATGACATTCCCAGGACACGTGAGTAAAAGTCAAGACTAGCCT
TAGGGTCCTTCACTCGAAACATAGTCTGCTGCATGATATACCCTTTGGTAGCCTCATCAC
GAACCGTTGACAAGCCAGGATTGTTTGCTGGTGATTCCTTCGCTTCCGTCACCATTGAGA
ACACACGAAGCTGATCAAATCTCTTTGGCCTCAGGGCTCTGTTGCAAGGGCAATTGATGT
AAGAAAAAGGTTTAACGAAGCGGGTTAGAGACGCAAATCGAGATATAGCACTGGCTATTG
AGTACGAACCCATTTACGTTTTCCTTTGCTTTTTCAATTCGTGCCACAGAAATTATTAGA
GGAAAAAAAATATGAAAAAGGAGAGATTTTTTATTACCGATGTACGATGAACCGACCGAG
AACTGTGTCTGTGCCTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ51JQ U 281
AF RR3C458JQ U 1
AF RR3C587JQ U 31
AF RR3C587TF C 293
BS 1 108 RR3C458JQ
BS 109 109 RR3C587JQ
BS 110 331 RR3C458JQ
BS 332 332 RR3C587JQ
BS 333 377 RR3C458JQ
BS 378 378 RR3C587JQ
BS 379 598 RR3C458JQ
BS 599 803 RR3C587JQ
BS 804 1040 RR3C587TF

RD RR3GZ51JQ 214 0 0
TCT
GGATCCTTTATGAAGGCTAAGTTCTTCATCTTTCCATCCTTAGGTTTC*TTGACAAACTC
CACTCCCAGTTGTTCAAATCTCTCGCATGCCTTGTGCACATCATCAACTGTAACCCCAAT
ATGCCCAAATCCTTTAGGTTCGGAGTTCCCATTATGATAACCTTTAAACTCGGGATCACT
CTCTGTGCCCCAGTTGTGAGTCAACTCAATC

QA 4 214 4 214
DS 

RD RR3C458JQ 598 0 0
GGGAAACAGATAACATTCACACATTGACATCAAATCAAACTGATCCTCATTGATAACAAC
TTATTTAACTCAACTCATTGTTAATATCAAGAAAAAGACGCATTGATAGCGTAGTTTCTT
TTATTCGTTGAGACAGGCAACATCTTTATTTGTATTCAAGATCAGGGGGAAGGAACACAA
GAAGAAGACAAACAGCACACAATCTGTACTTCTTCCTCAGGCTGCGTTTCCGGCTGTTGT
CCCGATAGTCTTGAGATCAAAGATCTCGATCCAGTAGCCATCTGGATCCTTTATGAAGGC
TAAGTTCTTCATCTTTCCATCGTTAGGTTTCCTTGACAAACTCCACTCCGAGTTGTTCAA
ATCTCTCGCATGCCTTGGGCACATCATCAACTGTAACCCCAATATGCCCAAATCCTTTAG
GTTCGGAGTTCCCATTATGATAACCTTTAAACTCGGGATCACTCTCTGTGCCCCAGTTGT
GAGTCAGCTCAATCGTTGCTGGTCGACCAAAGGTCCAAACCGTTCTCTCAGTTGGATCCG
TTGGAGCTGTTGAAGTATCCTCGTAGCCCACGAAGTACAAGCTGAATTTCATCTCAGA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3C587JQ 780 0 0
CAAATCAAACTGATTCTCATTGATAACAACTTATTTAACTCAACTCATTGTTAATATCAA
GAAAAAGACGCATTGATAACGTAGTTTCTTTTATTCGTTGAGACAGGCAACATCTTTATT
TGTATTCAAGATCAGGTGGAAGGAACACAAGAAGAAGACAAACAGCACACAATCTGTACT
TCTTCCTCAGGCTGCGTTTCCGGCTGTTGTCCCGATAGTCTTGAGATCAAAGATCTCGAT
CCAGTAGCCATCTGGATCCTTTATGAAGGCTAAGTTCTTCATCTTTCCATCGTTAGGTTT
C*TTGACAAACTCCACTCCGAGTTGTTCAAATCTCTCGCATGCCTTGTGCACATCATCAA
CTGTAACCCCAATATGCCCAAATCCTTTAGGTTCGGAGTTCCCATTATGATAACCTTTAA
ACTCGGGATCACTCTCTGTGCCCCAGTTGTGAGTCAGCTCAATCGTTGCTGGTCGACCAA
AGGTCCAAACCGTTCTCTCAGTTGGATCCGTTGGAGCTGTTGAAGTATCCTCGTAGCCCA
CGAAGTACAAGCTGAATTTCATCTCAGAGAAATCTAGCCTCTTCAGCAATGACATTCCCA
GGACACGTGAGTAAAAGTCAAGACTAGCCTTAGGGTCCTTCACTCGAAACATAGTCTGCT
GCATGATATACCCTTTGGTAGCCTCATCACGAACCGTTGACAAGCCAGGATTGTTTGCTG
GTGATTCCTTCGCTTCCGTCACCATTGAGAACACACGAAGCTGATCAAATCTC
TTTGGCC

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3C587TF 748 0 0
ATGAAGGCTAAGTTCTTCATCTTTCCATCGTTAGGTTTC*TTGACAAACTCCACTCCGAG
TTGT*CAAATCTCTCGCATGCTTTGTGCACATCATCAACTGTAACCCCAATATGCCCAAA
TCCTTTAGGTTCGGAGTTCCCATTATGATAACCTTTAAACTCGGGATCACTCTCTGTGCC
CCAGTTGTGAGTCAGCTCAATCGTTGCTGGTCGACCAAAGGTCCAAACCGTTCTCTCAGT
TGGATCCGTTGGAGCTGTTGAAGTATCCTCGTAGCCCACGAAGTACAAGCTGAATTTCAT
CTCAGAGAAATCTAGCCTCTTCAGCAATGACATTCCCAGGACACGTGAGTAAAAGTCAAG
ACTAGCCTTAGGGTCCTTCACTCGAAACATAGTCTGCTGCATGATATACCCTTTGGTAGC
CTCATCACGAACCGTTGACAAGCCAGGATTGTTTGCTGGTGATTCCTTCGCTTCCGTCAC
CATTGAGAACACACGAAGCTGATCAAATCTCTTTGGCCTCAGGGCTCTGTTGCAAGGGCA
ATTGATGTAAGAAAAAGGTTTAACGAAGCGGGTTAGAGACGCAAATCGAGATATAGCACT
GGCTATTGAGTACGAACCCATTTACGTTTTCCTTTGCTTTTTCAATTCGTGCCACAGAAA
TTATTAGAGGAAAAAAAATATGAAAAAGGAGAGATTTTTTATTACCGATGTACGATGAAC
CGACCGAGAACTGTGTCTGTGCCTGTCC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 2 7

CO CL1002Contig1 825 5 18 U
GGGAGTCCCCACTGAAACACAACAAGAATCAATCTTTTAGGGTTTTCGTCTCCTAGCGGT
GACCGACCTCAAAGAGAAGACGAGAGATCCTCCTCCTCCTCTTTCGAATCGATTCGTTAT
TCTCTGCGTTCAGGAATCGAACTCCATTTTTTCCGATTTCAAAATCTCTTTCGAGAAAAC
GATGGGAAGAGGCAAGTTCAAAGGGAAACCTACAGGCCAGCGACGATTCTCAAGCGCAGC
TGAGATACTTGCTGGCACTTCTGCTGCGCGTCCTCGTTCGTTCAAGCAGAAAGAAGCGGA
GTACGAAGAAGATGTGGAAGAGGAGGAGTCTGAGGAGGAATCTGAAGAAGAATCCGAAGA
TGATTCTGATGTGAAGAAGAAAGGACATGAGGCTTTGATCCAAGTTGATAACCCTAACAG
AGCAAAACCAAAGACTTTGAAAGCAAGAGACCTTGATGCAAGTAAAACCACTGAACTCTC
GAGGCGTGAAAGGGAGGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATGAGCGATACATGAGATTACA
GGAGCAAGGCAAAACCGAACAAGCAAGAAAGGATTTGGATCGTTTGGCTCTGATTCGCCA
ACAGAGAGAAGAAGCTGCCAAGAAGCGTGAAGAGGAAAAAGCAGCAAGAGACGCGAAGAA
AGTCGATGCTCGCAAATGAAAGAAAACTCCTCAGATGCGTTTGTCTTTACTTTGGTCGTT
TTCGATTGGTAAACAGGAAGACCTTTTGTCTGTTTACTCAGTATTATGTGGATCTTTATA
CATTTGAAAGTTATTAGCAATCCGGTTGAGAAAGCCATAAACAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 5 5 5 5 5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK43TF U 77
AF RR3F139TF U 1
AF RR3AO90TF U 53
AF RR3AK43JQ C 102
AF RR3AO90JQ C 107
BS 1 131 RR3F139TF
BS 132 132 RR3AK43TF
BS 133 409 RR3F139TF
BS 410 410 RR3AK43TF
BS 411 639 RR3F139TF
BS 640 640 RR3AO90TF
BS 641 675 RR3F139TF
BS 676 676 RR3AO90TF
BS 677 680 RR3F139TF
BS 681 683 RR3AO90TF
BS 684 689 RR3F139TF
BS 690 690 RR3AO90TF
BS 691 701 RR3F139TF
BS 702 702 RR3AO90TF
BS 703 726 RR3F139TF
BS 727 732 RR3AO90TF
BS 733 818 RR3AK43JQ
BS 819 825 RR3AO90JQ

RD RR3AK43TF 521 0 0
GGGAAGACGAGAGA
TCCTCCTCCTCTTTCGAATCGATTCGTTATTCTCTGCGTTCAGGAATCGAACTCCATTTT
TTCCGATTTCAAAATCTCTTTCGAGAAAACGATGGGAAGAGGCAAGTTCAAAGGGAAACC
TACAGGCCAGCGACGATTCTCAAGCGCAGCTGAGATACTTGCTGGCACTTCTGCTGCGCG
TCCTCGTTCGTTCAAGCAGAAAGAAGCGGAGTACGAAGAAGATGTGGAAGAGGAGGAGTC
TGAGGAGGAATCTGAAGAAGAATCCGAAGATGATTCTGATGTGAAGAAGAAAGGACATGA
GGCTTTGATCCAAGTTGATAACCCTAACAGAGCAAAACCAAAGACTTTGAAAGCAAGAGA
CCTTGATGCAAGTAAAACCACTGAACTCTCGAGGCGTGAAAGGGAGGAGCTAGAGAAGCA
GCGAGCTCATGAGCGATACATGAGATTACAGGAGCAAGGCAAAACCGAACAAGCAAGAAA
GGATTTGGATCGTTTGGCTCTGATTCG

QA 15 521 15 521
DS 

RD RR3F139TF 734 0 0
GGGAGTCCCCACTGAAACACAACAAGAATCAATCTTTTAGGGTTTTCGTCTCCTAGCGGT
GACCGACCTCAAAGAGAAGACGAGAGATCCTCCTCCTCCTCTTTCGAATCGATTCGTTAT
TCTCTGCGTTCGGGAATCGAACTCCATTTTTTCCGATTTCAAAATCTCTTTCGAGAAAAC
GATGGGAAGAGGCAAGTTCAAAGGGAAACCTACAGGCCAGCGACGATTCTCAAGCGCAGC
TGAGATACTTGCTGGCACTTCTGCTGCGCGTCCTCGTTCGTTCAAGCAGAAAGAAGCGGA
GTACGAAGAAGATGTGGAAGAGGAGGAGTCTGAGGAGGAATCTGAAGAAGAATCCGAAGA
TGATTCTGATGTGAAGAAGAAAGGACATGAGGCTTTGATCCAAGTTGATTACCCTAACAG
AGCAAAACCAAAGACTTTGAAAGCAAGAGACCTTGATGCAAGTAAAACCACTGAACTCTC
GAGGCGTGAAAGGGAGGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATGAGCGATACATGAGATTACA
GGAGCAAGGCAAAACCGAACAAGCAAGAAAGGATTTGGATCGTTTGGCTCTGATTCGCCA
ACAGAGAGAAGAAGCTGCCAAGAAGCGTGAAGAGGAAAA*GCAGCAAGAGACGCGAAGAA
AGTCGATGCTCGCAA*TGAAG**AAACTC*TCAGATGCGTT*GTCTTTACTTTGGTCGTT
TTCGAT
GGTAACAG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3AO90TF 680 0 0
GG
AGCGGTGACCGACCTCAAAGAGAAGACGAGAGATCCTCCTCCTCCTCTTTCGAATCGATT
CGTTATTCTCTGCGTTCAGGAATCGAACTCCATTTTTTCCGATTTCAAAATCTCTTTCGA
GAAAACGATGGGAGGAGGCAAGTTCAAAGGGAAACCTACAGGCCAGCGACGATTCTCAAG
CGCAGCTGAGATACTTGCTGGCACTTCTGCTGCGCGTCCTCGTTCGTTCAAGCAGAAAGA
AGCGGAGTACGAAGAAGATGTGGAAGAGGAGGAGTCTGAGGAGGAATCTGAAGAAGAATC
CGAAGA********ATGTGAAGAAGAAAGGACATGAGGCTTTGATCCAAGTTGATAACCC
TAACAGAGCAAAACCAAAGACTTTGAAAGCAAGAGACCTTGATGCAAGTAAAACCACTGA
ACTCTCGAGGCGTGAAAGGGAGGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATGAGCGATACATGAG
ATTACAGGAGCAAGGCAAAACCGAACAAGCAAGAAAGGATTTGGATCGTTTGGCTCTGAT
TCGCCAACAGAGAGAAGAAGCTGCCAAGAAGCGTGAAGAGGAAAAAGCAGCAAGAGACGC
GAAGAAAGTCGATGCTCGCAAATGAAAGAAAACTCCTCAGATGCGTTTGTCTTTACTTTG
GTCGTTTTCGATTGGTAA

QA 3 680 3 680
DS 

RD RR3AK43JQ 721 0 0
TTTCGAATCGATTCGTTATTCTCTGCGTTCAGGAATCGAACTCCATTTTTTCCGATTTCA
AAATCTCTTTCGAGAAAACGATGGGAAGAGGCAAGTTCAAAGGGAAACCTACAGGCCAGC
GACGATTCTCAAGCGCAGCTGAGATACTTGCTGGCACTTCTGCTGCGCGTCCTCGTTCGT
TCAAGCAGAAAGAAGCGGAGTACGAAGAAGATGTGGAAGAGGAGGAGTCTGAGGAGGAAT
CTGAAGAAGAATCCGAAGATGATTCTGATGTGAAGAAGAAAGGACATGAGGCTTTGATCC
AAGTTGATAACCCTAACAGAGCAAAACCAAAGACTTTGAAAGCAAGAGACCTTGATGCAA
GTAAAACCACTGAACTCTCGAGGCGTGAAAGGGAGGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATG
AGCGATACATGAGATTACAGGAGCAAGGCAAAACCGAACAAGCAAGAAAGGATTTGGATC
GTTTGGCTCTGATTCGCCAACAGAGAGAAGAAGCTGCCAAGAAGCGTGAAGAGGAAAAAG
CAGTAAGAGACGCGAAGAAAGTCGATGCTCGCAAATGAAAGAAAACTCCTCAGATGCGTT
TGTCTTTACTTTGGTCGTTTTCGATTGGTAAACAGGAAGACCTTTTGTCTGTTTACTCAG
TATTATGTGGATCTTTATACATTTGAAAGTTATTAGCAATCCGGTTGAGAAAGCCAT
AACC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3AO90JQ 719 0 0
AATCGATTCGTTATTCTCTGCGTTCAGGAATCGAACTCCATTTTTTCCGATTTCAAAATC
TCTTTCGAGAAAACGATGGGAGGAGGCAAGTTCAAAGGGAAACCTACAGGCCAGCGACGA
TTCTCAAGCGCAGCTGAGATACTTGCTGGCACTTTTGCTGCGCGTCCTCGTTCGTTCAAG
CAGAAAGAAGCGGAGTACGAAGAAGATGTGGAAGAGGAGGAGTCTGAGGAGGAATCTGAA
GAAGAATCCGAAGA********ATGTGAAGAAGAAAGGACATGAGGCTTTGATCCAAGTT
GATAACCCTAACAGAGCAAAACCAAAGACTTTGAAAGCAAGAGACCTTGATGCAAGTAAA
ACCACTGAACTCTCGAGGCGTGAAAGGGAGGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATGAGCGA
TACATGAGATTACAGGAGCAAGGCAAAACCGAACAAGCAAGAAAGGATTTGGATCGTTTG
GCTCTGATTCGCCAACAGAGAGAAGAAGCTGCCAAGAAGCGTGAAGAGGAAAAAGCAGCA
AGAGACGCGAAGAAAGTCGATGCTCGCAAATGAAAGAAAACTCCTCAGATGCGTTTGTCT
TTACTTTGGTCGTTTTCGATTGGTAAACAGGAAGACTTTTTGTCTGTTTACTCAGTATTG
TGTGGATCTTTATACATTTGAAAGTTATTAGCAATCCGGTTGAGAAAGCCATAAACAGC

QA 1 719 1 719
DS 



CO CL1002Contig2 778 2 6 U
GGAATCTTTTAGGGTTTTCGTCCCCTAGCGGTGACCGACCTCAAAGAGAAGACGAGAGAT
CCTCCTCCTCCGATTCGTATTTTCTGCGTCAGGAATCCAACTCCCGTTTTTCCGATTTCA
AAATCTCTTTCGAGAAAACGATGGGAAGAGGCAAGTTCAAAGGGAAACCCACAGGCCAGC
GACGATTCTCAAGCGCAGCTGAGATACTTGCTGGCACTTCTGCTGCACGTCCTCGTTCAT
TCAAGCAGAAAGAAGCGGAGTACGAAGAAGATGTGGAAGAGGAGGAGTCTGAGGAGGAAT
CTGAAGAAGAATCCGAAGATGATTCTGATGTGAAGAAGAAAGGACATGAGGCTTTGATCC
AAGTTGATAACCCTAACAGAGCAAAACCAAAGACTTTGAAAGCAAGAGACCTTGATGCAA
GTAAAACCACTGAACTCTCGAGGCGTGAAAGGGAGGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATG
AGCGATACATGAGATTGCAGGAGCAAGGCAAAACCGAACAAGCAAGAAAGGATTTGGATC
GTTTGGCTCTGATTCTCCAACAGAGAGAAGAAGCTGCCAAGAAGCGTGAAGAGGAAAAAG
CAGCAAGAGATGCGAAGAAAGTCGATGCTCGCAAATGATAGAAGACTCCTCAGATGCGTT
TGTCTTTATTTTGGTCATTTTCGATTGGTAAACAGGAAGACCTTTTGTCTGTTTACTCGG
TATTGTGTGGATCTCTTATACATTTGAAAGTTATTAGCAATCCGGTTGAGAAAGCCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G738TF U 1
AF RR3G738JQ C 69
BS 1 695 RR3G738TF
BS 696 696 RR3G738JQ
BS 697 713 RR3G738TF
BS 714 714 RR3G738JQ
BS 715 748 RR3G738TF
BS 749 778 RR3G738JQ

RD RR3G738TF 748 0 0
GGAATCTTTTAGGGTTTTCGTCCCCTAGCGGTGACCGACCTCAAAGAGAAGACGAGAGAT
CCTCCTCCTCCGATTCGTATTTTCTGCGTCAGGAATCCAACTCCCGTTTTTCCGATTTCA
AAATCTCTTTCGAGAAAACGATGGGAAGAGGCAAGTTCAAAGGGAAACCCACAGGCCAGC
GACGATTCTCAAGCGCAGCTGAGATACTTGCTGGCACTTCTGCTGCACGTCCTCGTTCAT
TCAAGCAGAAAGAAGCGGAGTACGAAGAAGATGTGGAAGAGGAGGAGTCTGAGGAGGAAT
CTGAAGAAGAATCCGAAGATGATTCTGATGTGAAGAAGAAAGGACATGAGGCTTTGATCC
AAGTTGATAACCCTAACAGAGCAAAACCAAAGACTTTGAAAGCAAGAGACCTTGATGCAA
GTAAAACCACTGAACTCTCGAGGCGTGAAAGGGAGGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATG
AGCGATACATGAGATTGCAGGAGCAAGGCAAAACCGAACAAGCAAGAAAGGATTTGGATC
GTTTGGCTCTGATTCTCCAACAGAGAGAAGAAGCTGCCAAGAAGCGTGAAGAGGAAAAAG
CAGCAAGAGATGCGAAGAAAGTCGATGCTCGCAAATGATAGAAGACTCCTCAGATGCGTT
TGTCTTTATTTTGGTCATTTTCGATTGGTAAACAG*AAGACCTTTTGTCTGTT*ACTCGG
TATTGTGTGGATCTCTTATACATTTGAA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3G738JQ 710 0 0
TCCGATTCGTATTTTCTGCGTCAGGAATCCAACTCCCGTTTTTCCGATTTCAAAATCTCT
TTCGAGAAAACGATGGGAAGAGGCAAGTTCAAAGGGAAACCCACAGGCCAGCGACGATTC
TCAAGCGCAGCTGAGATACTTGCTGGCACTTCTGCTGCACGTCCTCGTTCATTCAAGCAG
AAAGAAGCGGAGTACGAAGAAGATGTGGAAGAGGAGGAGTCTGAGGAGGAATCTGAAGAA
GAATCCGAAGATGATTCTGATGTGAAGAAGAAAGGACATGAGGCTTTGATCCAAGTTGAT
AACCCTAACAGAGCAAAACCAAAGACTTTGAAAGCAAGAGACCTTGATGCAAGTAAAACC
ACTGAACTCTCGAGGCGTGAAAGGGAGGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATGAGCGATAC
ATGAGATTGCAGGAGCAAGGCAAAACCGAACAAGCAAGAAAGGATTTGGATCGTTTGGCT
CTGATTCTCCAACAGAGAGAAGAAGCTGCCAAGAAGCGTGAAGAGGAAAAAGCAGCAAGA
GATGCGAAGAAAGTCGATGCTCGCAAATGATAGAAGACTCCTCAGATGCGTTTGTCTTTA
TTTTGGTCATTTTCGATTGGTAAACAGGAAGACCTTTTGTCTGTTTACTCGGTATTGTGT
GGATCTCTTATACATTTGAAAGTTATTAGCAATCCGGTTGAGAAAGCCAT

QA 1 710 1 710
DS 



AS 2 6

CO CL1003Contig1 425 2 1 U
GCAATATAAAGTGCTTTTGCTTCTTCATTGATGTAAAACTAAAGATGCTATTTACACAAA
AGATGTAGAGGTAAAAATAAAATGCAACAAAGACAAAAGAAGAAGTCATTTAACGTGAAT
TAGCGAGAGCCCAGTTAGCCTCACTTCCTCTCCTAGGGATTGCATTGACCTTACTACAAG
CATCCACTTTGAAGTTAGCTCCACATATCACACCTTCACTGTCAATCCTCTGCATCGCCT
TCATCTTCTTCTTCGGATGTTCAAAACTCTTAAGCCCTGTCTCACTGTGAAACATACACC
CAGTAGGGAAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTTGCTTTATGATCTTCAAATCATCAG
ACATCAAAACAGACCCGTCATCCCCGGAGATTCCCCAGTAAAGACTCTCTCCTCCATCAG
AGCTC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3H430JQ U 5
AF RR3EK53JQ U 1
BS 1 425 RR3EK53JQ

RD RR3H430JQ 354 0 0
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CACTTTGAAGTTAGCTCCACATATCACACCTTCACTGTCAATCCTCTGCATCGCCTTCAT
CTTCTTCTTCGGATGTTCAAAACTCTTAAGCCCTGTCTCACTGTGAAACATACACCCAGT
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QA 1 354 1 354
DS 

RD RR3EK53JQ 425 0 0
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AGATGTAGAGGTAAAAATAAAATGCAACAAAGACAAAAGAAGAAGTCATTTAACGTGAAT
TAGCGAGAGCCCAGTTAGCCTCACTTCCTCTCCTAGGGATTGCATTGACCTTACTACAAG
CATCCACTTTGAAGTTAGCTCCACATATCACACCTTCACTGTCAATCCTCTGCATCGCCT
TCATCTTCTTCTTCGGATGTTCAAAACTCTTAAGCCCTGTCTCACTGTGAAACATACACC
CAGTAGGGAAAGGAGCAAATGACTTAGCACATCCTTGCTTTATGATCTTCAAATCATCAG
ACATCAAAACAGACCCGTCATCCCCGGAGATTCCCCAGTAAAGACTCTCTCCTCCATCAG
AGCTC

QA 1 425 1 425
DS 



CO CL1003Contig2 922 4 9 U
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GCAAAACCCCAAAACTTCCCGGAGAAACTCTCTCCGACTTCCTCTCCCTCCACAAGGACA
CCGCTTTCTCCATGAACTTCGGCGACTCCGCCGTCTTAGCTTACTCCCGCCCCAACAATT
CTCTTCACCAGAGGTTGTTCTGTGGGATAGACGGAGTCTACTGTATGTTTCTTGGGAGGT
TAAGCAATCTCTGCACGTTGAACCGGCAGTACGGACTCACGGGGAAGAACACGAACGAGG
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CTGTTTTCTCTGCTCTGAGCTCTGATGGAGGAGAGAGTCTTTACTGGGGAATCTCCGGGG
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CATTTGCTCCTTTCC*CTACTGGGTGTATGTTTCACAGTGAGACAGGGCTTAAGAGTTTT
GAACATCCGAAGAAGAAGATGAAGGCGATGCAGAGGATTGACAGTGAAGGTGTGATATGT
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GAGGCTAACTGGGCTCTCGCTAATTCACGTTAAATGACTTCTTCTTTTGTCTTTGTTGCA
TTTTATTTTTACCTCTACATCTTTTGTGTAAATAGCATCTTTAGTTTTACATCAACGAAG
AAGCAAAAGCACTTTATATTGC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 10 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK53TF U 1
AF RR3AS48TF U 4
AF RR3H430TF U 147
AF RR3GX70JQ C 228
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QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3AS48TF 700 0 0
GG
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AAAGCGTTTGTTCACCCACCAGAGGAGCTCAACAGCCCGGCGTCTCATTTCTCCAGCAAA
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TTCTCCATGAACTTCGGCGACTCCGCCGTCTTAGCTTACTCCCGCCCCAACAATTCTCTT
CACCAGAGGTTGTTCTGTGGGATAGACGGAGTCTACTGTATGTTTCTTGGGAGGTTAAGC
AATCTCTGCACGTTGAACCGGCAGTACGGACTCACGGGGAAGAACACGAACGAGGCTATG
TTTGTGATCGAAGCTTACAGAACACTCCGTGACCGTGGTCCTTACCCAGCAGATCAAGTC
CTCAGAGGTCTGGAAGGAAGCTACGCCTTTGTTGTCTACGATACTCAAACCTCCTCTGTT
TTCTCTGCTCTGAGCTCTGATGGAGGAGAGAGTCTTTACTGGGGAATCTCCGGGGATGAC
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GCTCCTTTCC*CTACTGGGTGTATGTTTCACAGTGAGACAGGGCTTAAGAGTTTTGAACA
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QA 3 700 3 700
DS 

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TCCGCCGTCTTAGCTTACTCCCGCCCCAA**ATTCTCTTCACCAGAGGTTGTTCTGTGGG
ATAGACGGAGTCTACTGTATGTTTCTTGGGAGGTTAAGCAATCTCTGCACGTTGAACCGG
CAGTACGGACTCACGGGGAAGAACACGAACGAGGCTATGTTTGTGATCGAAGCTTACAGA
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TACGCCTTTGTTGTCTACGATACTCAAACCTCCTCTGTTTTCTCTGCTCTGAGCTCTGAT
GGAGGAGAGAGTCTTTACTGGGGAATCTCCGGGGATGACGGGTCTGTTTTGATGTCTGAT
GATTTGAAGATCATAAAGCAAGGATGTGCTAAGTCATTTGCTCCTTTCC*CTACTGGGTG
TATGTTTCACAGTGAGACAGGGCTTAAGAGTTTTGAACATCCGAAGA*GAAGATGAAG
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QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3GX70JQ 695 0 0
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TACCCAGCAGATCAAGTCCTTAGAGGTCTGGAAGGAAGCTACGCCTTTGTTGTCTACGAT
ACTCAAACCTCCTCTGTTTTTTCAGCTTTGAGCTCTGATGGAGGAGAGAGTCTTTACTGG
GGAATCTCCGGGGACGACGGATCTGTTGTGATGTCTGATGATGTGAAGATCATAAAGCAA
GGATGTGCTAAGTCATTTGCTCCTTTCC*CTACTGGGTGTATGTTTCACAGTGAGACAGG
GCTTAAGAGTTTTGAACATCCGAAGAAGAAGATGAAGGCGATGCAGAGGATTGACAGTGA
AGGTGTGATATGTGGAGCTAACTTCAAAGTGGATGCTTGTAGTAAGGTCAATGCAATCCC
TAGGAGAGGAAGTGAGGCTAACTGGGCTCTCGCTAATTCACGTTAAATGACTTCTTCTTT
TGTCTTTGTTGCATTTTATTTTTACCTCTACATCTTTTGTGTAAATAGCATCTTTAGTTT
TACATCAACGAAGAAGCAAAAGCACTTTATATTGC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 2 6

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ATAAGAGAGTTTTACATTGTCTTCTACTTTCTTCTCTTCCCAAACCCAAAACCTATGTTG
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TTATTTTTAGGTAATGAGACAATGTAGTTGAAACCCTTATAGAGATAATGAAGGTAAAGT
CACTTAGAAGAATGACTTAGCCGCATCAACAACAGCTTCAACAGTGATGCCAAACTCCTT
GTAGAGTAATGGAGCTGGTGCACTAGCCCCAAACGAATTAATACCAATGGACTTCCCTTT
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TACACCAGACGGCAAGACACTCTCCTTGTACTCATCTGTTTGCTCATCAAACAGCTCCCA
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TGCAGCAATCTCTAGCTCAGATCCAGTTCCAACCAAGATCACATCGGGTTTGTTCCCTGA
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GATCTTGTACGCACCGGCTGTTTCGTTTCCATCAGCAGGACGGAACATAAGAGTGTTTGG
CATAGCACGGAAACTAGCAATATGCTCAATAGGCTGATGGGTTGGTCCATCTTCTCCAAG
ACCAATGGAGTCATGAGTCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 20 20 
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30 10 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY25JQ U 57
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AF RR3EX66JQ U 19
AF RR3BX74TF C 95
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BS 140 146 RR3GZ63JQ
BS 147 148 RR3EX66JQ
BS 149 309 RR3GZ63JQ
BS 310 310 RR3EX66JQ
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RD RR3EY25JQ 376 0 0
GG
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GTCACTTAGAAGAATGACTTAACCGCATCAAAAACAGCTTCAACAGTGATGCCAAACTCC
TTGTAGAGTAATGGAGCTGGTGCACTAGCCCCAAACGAATTAATACCAATGGACTTCCCT
TTGCCTCCAACAATCTTCCCCCATCCGAAAGTCGAAGCTGCTTCAATACTAACTCTAGCA
GATACACCAGACGG

QA 3 376 3 376
DS 

RD RR3GZ63JQ 754 0 0
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ATAAGAGAGTTTTACATTGTCTTCTACTTTCTTCTCTTCCCAAACCCAAAACCTATGTTG
ACCCGCATTACAAGAAACAAAAAAAAAAGAAAGAAGAGTCTCTTTGCGTCTTGTTGCACT
TTATTTTTAGGTAATGAGACAATGTAGTTGAAACCCTTATAGAGATAATGAAGGTAAAGT
CACTTAGAAGAATGACTTAGCCGCATCAACAACAGCTTCAACAGTGATGCCAAACTCCTT
GTAGAGTAAAGGAGCTGGTGTACTAGCCCCAAACGAATTAATACCAATGGACTTCCCTTT
GCCTCCAACAATCTTCCCCCATCCGAAAGTCGAAGCTGCTTCGATACTAACTCTAGCAGA
TACACCAGACGGCAAGACACTCTCCTTGTACTCATCTGTTTGCTCATCAAACAGCTCCCA
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TGCAGCAATCTCCAGCTCAGATCCAGTTCCAACCAAGATCACATCAGGTTTGTTCCCTGA
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CTGAGGAAGCTTTTGTCTAGACAGAGCTAAGATAGACGGTGTCTTGCGCTTGGTGACAGC
GATCTTGTACGCACCGGCTGTTTCGTTTCCATCA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3EX66JQ 788 0 0
A
GCTGAAATTCAAGCATATATAACAACAATACACAACCGATCATAAGAGAGTTTTACATTG
TCTTCTACTTTCTTCTCTTCCCAAACCCAAAACCTATGTTGACCCGCATTACAAGAAACG
AAAAAAA**GAAAGAAGAGTATCTTTGCGTCTTGTTGCACTTTATTTTTAGGTAATGAGA
CAATGTAGTTGAAACCCTTATAGAGATAATGAAGGTAAAGTCACTTAGAAGAATGACTTA
GCCGCATCAACAACAGCTTCAACAGTGATGCCAAACTCCTTGTAGAGTAATGGAGCTGGT
GCACTAGCCCCAAACGAATTAATACCAATGGACTTCCCTTTGCCTCCAACAATCTTCCCC
CATCCGAAAGTCGAAGCTGCTTCAATACTAACTCTAGCAGATACACCAGACGGCAAGACA
CTCTCCTTGTACTCATCTGTTTGCTCATCAAACAGCTCCCAGCAGACGAAAGACACAACT
CTCACGGTTTTGCCTTCTTTCCTAAGCACCTCTACAGCCAGTGCAGCAATCTCTAGCTCA
GATCCAGTTCCAACCAAGATCACATCGGGTTTGTTCCCTGACGAGTTGTCAGAGATTGTG
TACCCACCCTTCTCAACTCCTTCGATGGATGTGCCTGGAAGCTGAGGAAGCTTTTGTCTA
GACAGAGCTAAGATAGACGGTGCCTTGCGCTTGGTGACAGCGATCTTGTACGCACCGGCT
GTTTCGTTTCCATCAGCAG*ACGGAACATAAGAGTGTTTGGCATAGCACGGAAACTAGC
ATATGCTC

QA 2 780 2 780
DS 

RD RR3BX74TF 768 0 0
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CCTTATAGAGATAATGAAGGTAAAGTCACTTAGAAGAATGACTTAGCCGCATCAACAACA
GCTTCAACAGTGATGCCAAACTCCTTGTAAAGTAATGGAGCTGGTGCACTAGCCCCAAAC
GAATTAATACCAATGGACTTCCCTTTGCCTCCAACAATCTTCCCCCATCCGAAAGTCGAA
GCTGCTTCAATA***ACTCTAGCAGATACACCAGACGGCAAGACACTCTCCTTGTACTCA
TCTGTTTGCTCATCAAACAGCTCCCAGCAGACGAAAGACACAACTCTCACGGTTTTGCCT
TCTTTCCTAAGCACCTCTGCAGCCTGTGCAGCAATCTCTAGCTCAGATCCAGTTCCAACC
AAGATCACATCGGGTTTGTTCCCTGACGAGTTGTCAGAGATTGTGTACCCACCCTTCTCA
ACTCCTTCGATGGATGTGCCTGGAAGCTGAGGAAGCTTTTGTCTAGACAGAGCTAAGATA
GACGGTGTCTTGCGCTTGGTGACAGCGATCTTGTACGCACCGGCTGTTTCGTTTCCATCA
GCAGGACGGAACATAAGAGTGTTTGGCATAGCACGGAAACTAGCAATATGCTCAATAGGC
TGATGGGTTGGTCCATCTTCTCCAAGACCAATGGAGTCATGAGTCATC

QA 1 768 1 768
DS 



CO CL1004Contig2 762 2 21 U
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GGTTCGGTGTCAGAGAGCATGGAATGGGAGCCATCTGCAACGGCATTGCACTCCACAGCC
CTGGTCTTATCCCTTACTGTGCAACTTTCTTTGTCTTCACTGACTACATGAGAGGTGCGA
TGAGAATCTCAGCTTTGTCTGAAGCTGGTGTCATCTATGTGATGACTCATGACTCCATTG
GTCTTGGAGAAGATGGACCAACCCATCAGCCCATTGAGCACATGGCTAGTTTCCGTGCTA
TGCCAAACACTCTTATGTTCCGTCCTGCTGATGGAAACGAAACAGCCGGTGCGTACAAGA
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CGTCAGGGAACAAACCCGATGTGATCTTGGTTGGAACTGGATCTGAGCTAGAGATTGCTG
CACAGGCTGCAGAGGTGCTTAAGAAAGAAGGCAAAACCGTGAGAGTTGTGTCTTTCGTCT
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TATCTGCTAGAGTTAGTATCGAAGCAGCTTCGACTTTCGATGGGGGAAGATTGTTGGAGC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX66TF U 44
AF RR3GZ63TF U 1
BS 1 64 RR3GZ63TF
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RD RR3EX66TF 672 0 0
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QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3GZ63TF 762 0 0
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TGCCCAACACTCTTATGTTCCGTCCTGCTGATGGAAACGAAACAGCCGGTGCGTACAAGA
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AGCTTCCAGGCACATCCATCGAAGGAGTTGAGAAGGGTGGATACACGATCTCTGACAACT
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TATCTGCTAGAGTTAGTATCGAAGCAGCTTCGACTTTCGATGGGGGAAGATTGTTGGAGC
AAAGGGAGTCCATTGGTATTAATTCGTTTGGGGCTAGTACAC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 7

CO CL1005Contig1 1830 7 7 U
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TTTTCCATTTTTGGGTTACTAATCTAGCCCATGCAATCTGAGGTAAATTATATTGAGAAT
GACTTCGTAACCAGTTTTTCCATTGATTTATTTCGGAATTTAAAAAGGTTTTATCTTTCC
ATTCATAATGAAAGATTCCTTGTTCTTGAAAAAAATCCTTTATTTGATTCTTAACAAAAA
AGGATGTTATGTATATGTTATATTCAAAAAAAGACTTTAATTTAGAAAAGTTACTAACTT
GAATTTGTGATAATTTGTAAAATACATATGCTTGTGATAAAGAGTATAAGTCATAACTAA
AAAAATTTTTTTTTGATATGAAATTTTTTATAGTCGAAATAAAATAAATGGTATTTTTTT
TTTTTTCTCCATTTTCCTCATTCTTGTAAATATATCGATCAAGAATTTTTTTTGTTGAAT
AAACAAAAAGTTGTGTAGTAATTCTTGGAATATTAACGATACCTAGAAAAATAGTTATAG
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TTTTTTTAATGTCTGCCAACTTTTTTTTGATGACTCAATTATTTTAGAGTCATAACCCAG
TTTGTTACAACTATTAGTTAGTTTTTCTTTTTCTTTTGAAATTTTTTTTGTTTGATTTCT
GATTGTCTTTATTTTATCAATCACATTTTTTATTTTGTTTTCGCTGAGTGTAGAATTTGG
CCACTCCGTGGATTTTTTTTGAACAGATAGTTCATGAATCATCTGATTACTCATTATTAA
ATCTTTTTTAGTTTCATTTAATTCATATATTGCTCTCGGGCCAACTAATGAAATTCTATT
TTGTTTTGAAAGGTTTTTTTTTTCTTTTAGAAAAAGCAAGTTTTTTATAATCCAGTTTTT
AATTTCTTTTTCGACTTTTAGGAAAATTGTTGCTCTTTCTTTGAAAATCCTTAAAACCGG
AAAAGACTTCGTTTTGGATTTTTTGATTCTTTTTTTTAATTCTTTAAAAATAGGTTTAAA
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BQ
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A

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C

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C

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AS 1 3

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CGTCTACAAATACAGGATCAGGACTTACATGGATGCGGAGATAAGAGGCATCATGGCGCA
GTACATGCCATTGGAGAGCCAACCTACCCCAAGTGGTCCTCATATGGATATATGAGTGAA
GTTGTCAACACAAACCAAGTGTCTCTCTTTCCACGGGAAGCTTCTTCTGTGTTTCTTCCA
TGTAAATGAATCTAATAGACTTGAGAGAAGCCACACAAAAAATAATAATTTAAGTGTATC
TGCGCTTTTTGTAAGGGATGTGGATTTGAAGATGGAATCACTCTTTTGTCTGCAATTACT
CTTGCAATGTAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3E007JQ C 277
AF RR3AP93TF U 302
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BS 425 617 RR3BL03TF
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BS 619 672 RR3BL03TF
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BS 674 689 RR3BL03TF
BS 690 690 RR3AP93TF
BS 691 731 RR3BL03TF
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BS 1036 1037 RR3E007JQ
BS 1038 1094 RR3AP93TF

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TTTTCATTGTGGTATCAACAATGGAGGATGCTGGAGAGAAACCCGAGGCAGCTACACTTA
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CTGGAGCTTTT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3E007JQ 797 0 0
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TAGGGGAAGATTGTGTGAGTGCCCTACTGTTCAAGGTATTAAATTTGCTGGTGACGGTTA
CACTCACTGCAGAGCCTCTGGAGCTTTGCATTGTGGTATCAACAATGGAGGATGCTGGAG
AGAAACCCGAGGCAGCTACACTTACTCTGCTTGCGTAGATGATCATTCAAATGGTTGCAA
ATGCCCACTTGGGTTCAAGGGCGATGGAGTAAAGAGCTGTGAAGATGTGGACGAGTGCAA
AGAAAAAAAGGTTTGCCAGTGCGCAGACTGTAAATGTAAAAACACATGGGGAAGTTATGA
ATGCAGCTGCAAGAATGGTTTGCTCTACATGCGTGAACACGACACGTGTATAGGTTCAAA
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TGTTGCAGGTCTTGCTGGATATGCCGTCTACAAATACAGGATCAGGACTTACATGGATGC
GGAGATAAGAGGCATCATGGCGCAGTACATGCCATTGGAGAGCCAACCTACCCCAAGTGG
TCCTCATATGGATATATGAGTGAAGTTGTCAACACAAACCAAGTGTCTCTCTTTCCACGG
GAAGCTTCTTCTGTGTTTCTTCCATGTAAATGAATCTAATAGACTTGAGAGAAGCCACAC
AAAAAATAATAATTTAAGTGTATCTGCGCTTTTTGTAAGGGATGTGGATTTGAAGATGGA
ATCACTCTTTTGT
CTGC

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3AP93TF 793 0 0
G
GAGCTTCCAACTTAACTGCATGCCGGGATACATATAGGGGAAGATTGTGTGAGTGCCCTA
CTGTTCAAGGTATTAAATTTGCTGGTGACGGTTACACTCACTGCAGAGCCTCTGGAGCTT
TGCATTGTGGTATCAACAATGGAGGATGCTGGAGAGAAACCCGAGGCAGCTACACTTACT
CTGCTTGCGTAGATGATCATTCAAATGGTTGCAAATGCCCACTTGGGTTCAAGGGCGATG
GAGTAAAGAGCTGTGAAGATGTGGACGAGTGCAAAGAAAAAAAG*TTTGCCAGTGCGCAG
ACTGTAAATGTAAAAACACATGGGGAAGTTATGAATGCAGCTGCAAGAATGGTTTGCTCT
ACATGCGTGAACACGACACGTGTATAGGTTCAAACAAAGTTGGAACTACAAAGCTCAGCT
GGAGCTTTTTGTGGTTTCTTATAATCGGAGTGGGTGTTGCAGGTCTTGCTGGATATGCCG
TCTACAAATACAGGATCAGGACTTACATGGATGCGGAGATAAGAGGCATCATGGCGCAGT
ACATGCCATTGGAGAGCCAACCTACCCCAAGTGGTCCTCATATGGATATATGAGTGAAGT
TGTCAACACAAACCAAGTGTCTCTCTTTCCACGGGAAGCTTCTTCTGTGTTTCTTCCATG
TAAATGAATCTAATAGACTTGAGAGAAGCCACACAAAAAATAATAATTTAAGTGTATCTG
CGCTTTTTGTAAGT*ATGTGGATTTGAAGATGGAATCACTCTTTTGTCTGCAATTACTCT
TGCAATGTAAAT

QA 2 793 2 793
DS 



AS 2 6

CO CL1007Contig1 1120 4 17 U
ATATAAAACAACTCACAAAAGCTAAGAGTAATCACAGGTGGATACATAATTTATTTTTTA
AGTGTAGTTTCTGAAACCCAAAAAGAGGTAAAACGAGAAAACATACAAAGTAGTTACAGA
AAAAGAGAAAAAAAAGCGGTGGTAACTTGATCTACAAGTTAGAGTGGCCTAAACGTAGCA
GGACACGGTGCCACGAAGTGTTGAGCACCCCTCTTAGGTTCCACACCGACTCCACATTTT
CCGGCTGAACATTGGCCGCCGAATCCACCGCTTTGGCGATGACCTCGGTAGTCTGGGAGA
CATCAACGGTGGCTTCAAACAGCACCCACGCCCATTTGTCGCTGGAGTTGTGTTCAGAGA
TGTAATGCTCTCCTGGTTTCTGTGTTCTAGAAGCTTCCACCCAGCTTTTGCCTCCATCCA
TGGATATATCCACTCGCTCTATCCCGCGTCCACCTCCAGAAACCGCATATCCTTTGATGC
TTACCTTTCCAGGCTTCACCATTTGCACGTCCTCCAAAGAGCAGATTGCACTCTGAACAG
GGAAATCCATTTGCGGCCTCCTTGAGGACCAGTCGATATTGTCCCAATTAACAGAAGGTG
GGAACATTTTGTAATCTTTTTGCATGAAAAAACCCTGGCATTCTTCAGCGAGTATATTGA
TGGAATCAAGCCATTTGACCGAACGAGCACCAATCACACCGGGGACAACCAGCCTTAACG
GATATCCGTGATCCCTGTTCAGGATCTCTCCATTCATCTCATAAGCGAGGAGAACGTCGG
CGTCAGGATTTGTGGCTTGGCTAAGAGGGATTGACGCCTTATAAGGCCCACCATTCTCCT
CCTTGCAGCGATCAACACTGACAAACTCAACATGTCTGCCACCTAAAACAGTGGAGCCAG
TGAGCTTTGGGATCCCCAAAAGCTCAAGAACATCGGCCAATTTAGCCCCGCCCCAGACAG
CGTTGCCAAGGGCAGAAACATCCCATCCAACCCCTCTAACATTCCTGACTTTGCCCATGG
CAGTTCTTCTGTTACCAGCACACTGTAGAGTAGCAGTGACATTGTACTTGGGCAGGGACC
TGATATCTTTGATGAACAGCTTTGTTGGGTTATCGATCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH27JQ U 1
AF RR3AD56JQ U 12
AF RR3DJ17JQ U 33
AF RR3AD56TF C 316
BS 1 38 RR3GH27JQ
BS 39 39 RR3AD56JQ
BS 40 126 RR3GH27JQ
BS 127 127 RR3AD56JQ
BS 128 439 RR3GH27JQ
BS 440 440 RR3AD56JQ
BS 441 445 RR3GH27JQ
BS 446 446 RR3AD56JQ
BS 447 448 RR3GH27JQ
BS 449 449 RR3AD56JQ
BS 450 481 RR3GH27JQ
BS 482 482 RR3AD56JQ
BS 483 517 RR3GH27JQ
BS 518 518 RR3AD56JQ
BS 519 763 RR3GH27JQ
BS 764 782 RR3DJ17JQ
BS 783 1120 RR3AD56TF

RD RR3GH27JQ 765 0 0
ATATAAAACAACTCACAAAAGCTAAGAGTAATCACAGGGGGATACATAATTTATTTTTTA
AGTGTAGTTTCTGAAACCCAAAAAGAGGTAAAACGAGAAAACATACAAAGTAGTTACAGA
AAAAGAAAAAAAAAAGCGGTGGTAACTTGATCTACAAGTTAGAGTGGCCTAAACGTAGCA
GGACACGGTGCCACGAAGTGTTGAGCACCCCTCTTAGGTTCCACACCGACTCCACATTTT
CCGGCTGAACATTGGCCGCCGAATCCACCGCTTTGGCGATGACCTCGGTAGTCTGGGAGA
CATCAACGGTGGCTTCAAACAGCACCCACGCCCATTTGTCGCTGGAGTTGTGTTCAGAGA
TGTAATGCTCTCCTGGTTTCTGTGTTCTAGAAGCTTCCACCCAGCTTTTGCCTCCATCCA
TGGATATATCCACTCGCTCGATCCCTCGCCCACCTCCAGAAACCGCATATCCTTTGATGC
TCACCTTTCCAGGCTTCACCATTTGCACGTCCTCCAATGAGCAGATTGCACTCTGAACAG
GGAAATCCATTTGCGGCCTCCTTGAGGACCAGTCGATATTGTCCCAATTAACAGAAGGTG
GGAACATTTTGTAATCTTTTTGCATGAAAAAACCCTGGCATTCTTCAGCGAGTATATTGA
TGGAATCAAGCCATTTGACCGAACGAGCACCAATCACACCGGGGACAACCAGCCTTAACG
GATATCCGTGATCCCTGTTCAGGATCTCTCCATTCATCTCATA
AG

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3AD56JQ 752 0 0
CTCACAAAAGCTAAGAGTAATCACAGGTGGATACATAATTTATTTTTTAAGTGTAGTTTC
TGAAATCCCAAAAGAGGTAAAACGAGAAAACATACAGAGTAGTTACAGAAAAAGAGAAAA
AAAA*CGGTGGTAACTTGATCTACAAGTTAGAGTGGCCTAAACGTAGCAGGACACGGTGC
CACGAAGTGTTGAGCACCCCTCTTAGGTTCCACACCGACTCCACATTTTCCGGCTGAACA
TTGGCCGCCGAATCCACCGCTTTGGCGATGACCTCGGTACTCTGGG*GACATCAACGGGG
GCTTCAAACAGCACCCACGCCCATTTGTCGCTGGAGTTGTGTTCAGAGATGTAATGCTCT
CCTGGTTTCTGTGTTCTAGAAGCTTCCACCCAGCTTTTGCCTCCATCCATGGATATATCC
ACTCGCTCTATCCCGCGTCCACCTCCAGAAACCGCATATCCTTTGATGCTTACCTTTCCA
GGCTTCACCATTTGCACGTCCTCCAAAGAGCAGATTGCACTCTGAACAGGGAAATCCATT
TGCGGCCTCCTTGAGGACCAGTCGATATTGTCCCAATTAACAGAAGGTGGGAACATTTTG
TAATCTTTTTGCATGAAAAAACCCTGGCATTCTTCAGCGAGTATATTGATGGAATCAAGC
CATTTGACCGAACGAGCACCAATCACACCGGGGACAACCAGCCTTAACGGATATCCGTGA
TCCCTGTTCAGGATCTCTCCATTCATCTCATA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3DJ17JQ 750 0 0
CG
CAGGTGGATACATAATTTATTTTTTAAGTGTAGTTTCTGAAACCCAAAAAGAGGTAAAAC
GAGAAAACATGCAAAATAGTTACAGAAAAAGAGAAAAAAAAGCGGTGGTAACTTGATCTA
CAAGTTAGAGTGGCCTAGACGTAGCAGGACACGGTGCCACGAAGTGTTGAGCACCCCTCT
TAGGTTCCACACCGACTCCACATTTTCCGGCTGAACATTGGCCGCCGAATCCACCGCTTT
GGCGATGACCTCGGTAGTCTGGGAGACATCAACGGTGGCTTCAAACAGCACCCACGCCCA
TTTGTCGCTGGAGTTGTGTTCAGAGATGTAATGCTCTCCTGGTTTCTGTGTTCTAGAAGC
TTCCACCCAGCTTTTGCCTCCATCCATGGATATATCCACTCGCTCGATCCCTCGCCCACC
TCCAGAAACCGCATATCCTTTGATGCTCACCTTTCCAGGCTTCACCATTTGCACGTCCTC
CAATGAGCAGATTGCACTCTGAACAGGGAAATCCATTTGCGGCCTCCTTGAGGACCAGTC
GATATTGTCCCAATTAACAGAAGGTGGGAACATT**GTAATCTTTTTGCATGAAAAAACC
CTGGCATTCTTCAGCGAGTATATTGATGGAATCAAGCCATTTGACCGAACGAGCACCAAT
CACACCGGGGACAACCAGCCTTAACGGATATCCGTGATCCCTGTTCAGGATCTCTCCATT
CATCTCATAAGCGAGGAGAACGTCGGCG

QA 3 750 3 750
DS 

RD RR3AD56TF 805 0 0
CAAACAGCACCCACGCCCATTTGTCGCTGGAGTTGTGTTCAGAGATGTAATGCTCTCCTG
GTTTCTGTGTTCTAGAAGCTTCCACCCAGCTTTTGCCTCCATCCATGGATATATCCACTC
GCTCTATCCCGCGTCCACCTCCAGAAACCGCATATCCTTTGATGCTTACCTTTCCAGGCT
TCACCATTTGCACGTCCTCCAAAGAGCAGATTGCACTCTGAACAGGGAAATCCATTTGCG
GCCTCCTTGAGGACCAGTCGATATTGTCCCAATTAACAGAAGGTGGGAACATTTTGTAAT
CTTTTTGCATGAAAAAACCCTGGCATTCTTCAGCGAGTATATTGATGGAATCAAGCCATT
TGACCGAACGAGCACCAATCACACCGGGGACAACCAGCCTTAACGGATATCCGTGATCCC
TGTTCAGGATCTCTCCATTCATCTCATAAGCGAGGAGAACGTCGGCGTCAGGATTTGTGG
CTTGGCTAAGAGGGATTGACGCCTTATAAGGCCCACCATTCTCCTCCTTGCAGCGATCAA
CACTGACAAACTCAACATGTCTGCCACCTAAAACAGTGGAGCCAGTGAGCTTTGGGATCC
CCAAAAGCTCAAGAACATCGGCCAATTTAGCCCCGCCCCAGACAGCGTTGCCAAGGGCAG
AAACATCCCATCCAACCCCTCTAACATTCCTGACTTTGCCCATGGCAGTTCTTCTGTTAC
CAGCACACTGTAGAGTAGCAGTGACATTGTACTTGGGCAGGGACCTGATATCTTTGATGA
ACAGCTTTGTTGGGTTATCGATCAC

QA 1 805 1 805
DS 



CO CL1007Contig2 680 2 5 U
GGGCACCTCATTTCTCTCAGAGCTCTATCCTCCTCTCGTTCCGACTCCAAAAGAAGGTAA
GAACACTGTGATCCAAGTCACAAAGCAAAGGAAGTGTCTTGGTGGTGGGTTATCTACAAA
AAAAAAGAAGAAGATATGCCTGGGATTCGCGGACCGTCGGAATACTCACAGGAACCATGT
CGTGACCCTTGTCTCAAAGTCAACGCAAAGGAGCCCTTCAATGCTGAGCCACCTCGCTCC
GCCTTAGTTTCATCTTATGTCACTCCCGTCCATCTCTTCTACAAGCGCAATCATGGCCCC
ATTCCCATTGTTGATCACATCGATAGCTACTCTGTATCCGTCACCGGATTGATCGATAAC
CCGACAGAGCTGTTCATCAAAGATATCAAGTCCCTGCCCAAGTACAATGTCACTGCTACT
CTACAGTGTGCTGGTAACAGAAGAACTGCTATGAGCAAAGTCAGGAATGTTAGAGGGGTT
GGGATGGGGATGTTTCTGCCCTCGGCAACGCTGTCTGGGGCGGAGCCAAACTGGCTGATG
TTCTTGAGCTTTTGGGGATCCCAAAGCTCACTAGCTCCACTGTTATAGGTGGCAGACATG
TTGAGTTTGTCAGTGTTGATCGCTGCAAGGAGGAGAATGGTGGGCCTTATAAAGCGTCAA
TCCCTCTTAGCCAAGCCACA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DJ17TF U 2
AF RR3GH27TF U 1
BS 1 24 RR3GH27TF
BS 25 25 RR3DJ17TF
BS 26 584 RR3GH27TF
BS 585 585 RR3DJ17TF
BS 586 680 RR3GH27TF

RD RR3DJ17TF 623 0 0
GGCACCTCATTTCTCTCAGAGCTCTATCCTCCTCTCGTTCCGACTCCAAAAGAAGGTAAG
AACACTGTGATCCAAGTCACAAAGCAAAGGAAGTGTCTTGGTGGTGGGTTATCTACAAAA
AAAA*GAAGAAGATATGCCTGGGATTCGCGGACCGTCGGAATACTCACAGGAACCATGTC
GTGACCCTTGTCTCAAAGTCAACGCAAAGGAGCCCTTCAATGCTGAGCCACCTCGCTCCG
CCTTAGTTTCATCTTATGTCACTCCCGTCCATCTCTTCTACAAGCGCAATCATGGCCCCA
TTCCCATTGTTGATCACATCGATAGCTACTCTGTATCCGTCACCGGATTGATCGATAACC
CGACAGAGCTGTTCATCAAAGATATCAAGTCCCTGCCCAAGTACAATGTCACTGCTACTC
TACAGTGTGCTGGTAACAGAAGAACTGCTATGAGCAAAGTCAGGAATGTTAGAGGGGTTG
G*ATGGG*ATGTTTCTGCCCTCGGCAACGCTGTCTGGGGCGGAGCCAAACTGGCTGATGT
TCTTGAGCTTTTGGGGATCCCAAAGCTCACTAGCTCCACTGTTATAGGTGGCAGACATGT
TGAGTTTGTCAGTGTTGATCGCT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3GH27TF 680 0 0
GGGCACCTCATTTCTCTCAGAGCTTTATCCTCCTCTCGTTCCGACTCCAAAAGAAGGTAA
GAACACTGTGATCCAAGTCACAAAGCAAAGGAAGTGTCTTGGTGGTGGGTTATCTACAAA
AAAAAAGAAGAAGATATGCCTGGGATTCGCGGACCGTCGGAATACTCACAGGAACCATGT
CGTGACCCTTGTCTCAAAGTCAACGCAAAGGAGCCCTTCAATGCTGAGCCACCTCGCTCC
GCCTTAGTTTCATCTTATGTCACTCCCGTCCATCTCTTCTACAAGCGCAATCATGGCCCC
ATTCCCATTGTTGATCACATCGATAGCTACTCTGTATCCGTCACCGGATTGATCGATAAC
CCGACAGAGCTGTTCATCAAAGATATCAAGTCCCTGCCCAAGTACAATGTCACTGCTACT
CTACAGTGTGCTGGTAACAGAAGAACTGCTATGAGCAAAGTCAGGAATGTTAGAGGGGTT
GGGATGGGGATGTTTCTGCCCTCGGCAACGCTGTCTGGGGCGGAGCCAAACTGGCTGATG
TTCTTGAGCTTTTGGGGATCCCAAAGCTCACTAGCTCCACTGTTTTAGGTGGCAGACATG
TTGAGTTTGTCAGTGTTGATCGCTGCAAGGAGGAGAATGGTGGGCCTTATAAAGCGTCAA
TCCCTCTTAGCCAAGCCACA

QA 1 680 1 680
DS 



AS 2 7

CO CL1008Contig1 1167 4 13 U
GGAGTCCCTTTCAGAGTCAGAATGAAACGGTCCGTGGAAGAACTGAAATAGCACCAGATC
ATAGGGAGAAATTTCTACAGCGGTTACAACAAGTACAACAAGGCCATGGTAACCTCTTAA
GCATGGCTTCTCTATCCGGAGGAAACGAGAAGCAGTTTTCTTCACAACAGCAAAATCCGC
TCTTACAGCAGAGCTCTGCCATGTCTCCTCATGGTGGCTCGGGAATTCAGGCGCCAGGAT
TTAATCTTATGAGTTCTGGCTCCTTACAGCACTCGTCAAATGCCATGACTCAACAATTTG
GTCAGCAGCCTTCTGTTGCAGATGTTGATCATGCCAGAATTGACGATCAGCTGCAACAAA
ACTTACCTGAGGATTCAACTTCCATAGCAGCTTCAAAAACTATTCCTAATGAGGATGAGT
CTAAAGGTCTATTTGATAATCCGTCGGGAATGCCCAGCTACATGTTGGATCAAGTACAGG
TAACTAGGGACGGTCCTGATTTCTCTCCTGGACAACCCATACAACCTGGCCAACCTTCAA
GTAGCCACGGGGTTATTGGACGTAGAAGTAACTCTGAACTAGGAGCTATTGGTGACCCCT
CAGCTTTAGGGCCACCAATGAACGATCAGATGCACAATCTCCAGATGCTCGAAGCTGCTT
TCTATAGACTTCCTCAACCAAAAGATTCAGAACGTCCTAGACCCTATACTCCGAGGAACC
CAGCAGTCACACCTCAATCGTTTCCCCAAACACAAGCGCCAATCGTAAGCAACCCTTTGT
TCTGGGAACGTTTAGGAAGCGATGCCTTTGGAACCGAGCCTTTGTTCTTTGCATTTTACT
ATCAGCAGAACTCGTATCAGCAGTATCTAGCTGCAAAAGAGCTGAAGAAACAGTCATGGA
GATACCACAGAAAGTTTAACACATGGTTTCAGAGACATAAGGAGCCAAAGATTGCAACTG
ATGAGTATGAACAAGGAGCCTATGTTTACTTTGATTTCCAAACCCCAAAAGACGAGAATC
AAGATGGAGGATGGTGCTAAAGGATCAAAAACGAGTTCACGTTTGAATACAGTTATCTTG
AAGACGAACTCGCCGTATAGACAAGAGAGAGAGAGATACATGTTGTCTATGTATATACTC
TCGCGCATGTGTTACTTCCTGAGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DP28TF U 227
AF RR3A470TF U 1
AF RR3FX21TF U 186
AF RR3A470JQ C 447
BS 1 299 RR3A470TF
BS 300 300 RR3FX21TF
BS 301 308 RR3A470TF
BS 309 309 RR3FX21TF
BS 310 391 RR3A470TF
BS 392 392 RR3FX21TF
BS 393 449 RR3A470TF
BS 450 450 RR3FX21TF
BS 451 750 RR3A470TF
BS 751 805 RR3FX21TF
BS 806 806 RR3A470JQ
BS 807 832 RR3FX21TF
BS 833 1167 RR3A470JQ

RD RR3DP28TF 459 0 0
G
CAGGCGCCAGGATTTAATCTTATGAGTTCTGGCTCCTTACAGCACTCGTCAAATGCCATG
ACTCAACAATTTGGCCAGCAGCCTTCTGTTGCAGATGTTGATCATGCCAGAATTGACGAT
CAGCTGCAACAAAACTTACCTGAGGATTCAACTACCATAGCAGCTTCAAAAACTATTCCT
AATGAGGATGAGTCTAAAGGTCTATTTGATAATC*GTCGGGAATGCCCAGCTACATGTTG
GATCAAGTACAGGTAACTAGGGACGGCCCTGATTTCTCTCCTGGACAACCCATACAACCT
GGCCAACCTTCAAGTAGCCACGGGGTTATTGGACGTAGAAGTAACTCTGAACTAGGAGCT
ATTGGTGACCCCTCAGCTTTAGGGCCACCAATGAACGATCAGATGCACAATCTCCAGATG
CTCGAAGCTGCTTTCTATAGACTTCCTCAACCAAA
GAT

QA 2 456 2 456
DS 

RD RR3A470TF 750 0 0
GGAGTCCCTTTCAGAGTCAGAATGAAACGGTCCGTGGAAGAACTGAAATAGCACCAGATC
ATAGGGAGAAATTTCTACAGCGGTTACAACAAGTACAACAAGGCCATGGTAACCTCTTAA
GCATGGCTTCTCTATCCGGAGGAAACGAGAAGCAGTTTTCTTCACAACAGCAAAATCCGC
TCTTACAGCAGAGCTCTGCCATGTCTCCTCATGGTGGCTCGGGAATTCAGGCGCCAGGAT
TTAATCTTATGAGTTCTGGCTCCTTACAGCACTCGTCAAATGCCATGACTCAACAATTTA
GTCAGCAGTCTTCTGTTGCAGATGTTGATCATGCCAGAATTGACGATCAGCTGCAACAAA
ACTTACCTGAGGATTCAACTTCCATAGCAGCCTCAAAAACTATTCCTAATGAGGATGAGT
CTAAAGGTCTATTTGATAATCCGTCGGGA*TGCCCAGCTACATGTTGGATCAAGTACAGG
TAACTAGGGACGGTCCTGATTTCTCTCCTGGACAACCCATACAACCTGGCCAACCTTCAA
GTAGCCACGGGGTTATTGGACGTAGAAGTAACTCTGAACTAGGAGCTATTGGTGACCCCT
CAGCTTTAGGGCCACCAATGAACGATCAGATGCACAATCTCCAGATGCTCGAAGCTGCTT
TCTATAGACTTCCTCAACCAAAAGATTCAGAACGTCCTAGACCCTATACTCCGAGGAACC
CAGCAGTCACACCTCAATCGTTTCCCCAAA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3FX21TF 647 0 0
GAGCG
GAGCTCTGCCATGTCTCCTCATGGTGGCTCGGGAATTCAGGCGCCAGGATTTAATCTTAT
GAGTTCTGGCTCCTTACAGCACTCGTCAAATGCCATGACTCAACAATTTGGTCAGCAGCC
TTCTGTTGCAGATGTTGATCATGCCAGAATTGACGATCAGCTGCAACAAAACTTACCTGA
GGATTCAACTTCCATAGCAGCTTCAAAAACTATTCCTAATGAGGATGGGTCTAAAGGTCT
ATTTGATAATCCGTCGGGAATGCCTAGCTACATGTTGGATCAAGTACAGGTAACTAGGGA
CGGCCCTGATTTCTCTCCTGGACAACCCATACAACCTGGCCAACCTTCAAGTAGCCACGG
GGTTATTGGACGTAGAAGTAACTCTGAACTAGGAGCTATTGGTGACCCCTCAGCTTTAGG
GCCACCAATGAACGATCAGATGCACAATCTCCAGATGCTCGAAGCTGCTTTCTATAGACT
TCCTCAACCAAAAGATTCAGAACGGCCTAGACCCTATACTCCGAGGAACCCAGCAATCAC
ACCTCAATCATTTCCCCAAACACAAGCGCCAATCGTAAGCAACCCTTTGTTCTGGGAACG
TTTAGGAAGCGATGCTTTTGGAACCGAGCCTTTGTTCTTTGC

QA 6 647 6 647
DS 

RD RR3A470JQ 721 0 0
GGG
ATGCCCAGCTACATGTTGGATCAAGTACAGGTAACTAGGGACGGTCCTGATTTCTCTCCT
GGACAACCCATACAACCTGGCCAACCTTCAAGTAGCCACGGGGTTATTGGACGTAGAAGT
AACTCTGAACTAGGAGCTATTGGTGACCCCTCAGCTTTAGGGCCACCAATGAACGATCAG
ATGCACAATCTCCAGATGCTCGAAGCTGCTTTCTATAGACTTCCTCAACCAAAAGATTCA
GAACGTCCTAGACCCTATACTCCGAGGAACCCAGCAGTCACACCTCAATCGTTTCCCCAA
ACACAAGCGCCAATCGTAAGCAACCCTTTGTTCTGGGAACGTTTAGGAAGCGATGCCTTT
GGAACCGAGCCTTTGTTCTTTGCATTTTACTATCAGCAGAACTCGTATCAGCAGTATCTA
GCTGCAAAAGAGCTGAAGAAACAGTCATGGAGATACCACAGAAAGTTTAACACATGGTTT
CAGAGACATAAGGAGCCAAAGATTGCAACTGATGAGTATGAACAAGGAGCCTATGTTTAC
TTTGATTTCCAAACCCCAAAAGACGAGAATCAAGATGGAGGATGGTGCTAAAGGATCAAA
AACGAGTTCACGTTTGAATACAGTTATCTTGAAGACGAACTCGCCGTATAGACAAGAGAG
AGAGAGATACATGTTGTCTATGTATATACTCTCGCGCATGTGTTACTTCCTGAGTTTG

QA 4 721 4 721
DS 



CO CL1008Contig2 622 3 3 U
GCTAGTAATGGTGCATTCCTCAAATGATTACGGTTTAAGATAACAGATTACTAGAAAAAT
CTGTTTCTTTGGTTATTTAAAAGGACGTACTGAAAAGAAACGAGTACAAACTCAGGAAAT
AACCACTTGCGCGAGAGTATATACATAGACAACATGTATCTCTCTCTCGATCTCTTGTCT
ATACGGCGAGTTCATCTTCGAGATAACTGTATTCAAACGTGAACTCGTTTTTGATCCTTT
GGCACCATCCTCCCTCTTGATTCTCGTCTTTTGGGGTTTGGAAATCAAAGTAAACATAGG
CTCCTTGTTCATACTCATCAGTTGCAATCTTTGGCTCCTTATGTCTCTGAAACCATGTGT
TGAACTTTCTGTGGTATCTCCATGACTGTTTCTTCAGCTCTTTTGCAGCTAGATACTGCT
GATAC*AGTTCTGCTGATAGTAAAATGCAAAGAACAAAGGCTCGGTTCCAAAAGCATCGC
TTCCTAAACGTTCCCAGAACAAAGGGTTGCTTACGATTGGCGCTTGTGTTTGGGGAAATG
ATTGAGGTGTGATTGCTGGGTTCCTCGGAGTATAGGGTCTAGGCCGTTCTGAATCTTTTG
GTTGAGGAAGTCTATAGAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX48JQ U 50
AF RR3CX48TF C 50
AF RR3FX21JQ U 1
BS 1 425 RR3FX21JQ
BS 426 426 RR3CX48JQ
BS 427 622 RR3FX21JQ

RD RR3CX48JQ 399 0 0
C
CTAGAAAAATCTGTTTCTTTGGTTATTTAAAAGGACGTACTGAAAAGAAACGAGTACAAA
CTCAGGAAATAACCACTTGCGCGAGAGTATATACATAGACAACATGTATCTCTCTCTCGA
TCTCTTGTCTATACGGCGAGTTCATCTTCGAGATAACTGTATTCAAACGTGAACTCGTTT
TTGATCCTTTGGCACCATCCTCCCTCTTGATTCTCGTCTTTTGGGGTTTGGAAATCAAAG
TAAACATAGGCTCCTTGTTCATACTCATCAGTTGCAATCTTTGGCTCCTTATGTCTCTGA
AACCATGTGTTGAACTTTCTGTGGTATCTCCATGACTGTTTCTTCAGCTCTTTTGCAGCT
AGATACTGCTGATAC*AGTTCTGCTGATAGTAAAATGC

QA 2 399 2 399
DS 

RD RR3CX48TF 399 0 0
C
CTAGAAAAATCTGTTTCTTTGGTTATTTAAAAGGACGTACTGAAAAGAAACGAGTACAAA
CTCAGGAAATAACCACTTGCGCGAGAGTATATACATAGACAACATGTATCTCTCTCTCGA
TCTCTTGTCTATACGGCGAGTTCATCTTCGAGATAACTGTATTCAAACGTGAACTCGTTT
TTGATCCTTTGGCACCATCCTCCCTCTTGATTCTCGTCTTTTGGGGTTTGGAAATCAAAG
TAAACATAGGCTCCTTGTTCATACTCATCAGTTGCAATCTTTGGCTCCTTATGTCTCTGA
AACCATGTGTTGAACTTTCTGTGGTATCTCCATGACTGTTTCTTCAGCTCTTTTGCAGCT
AGATACTGCTGATAC*AGTTCTGCTGATAGTAAAATGC

QA 2 399 2 399
DS 

RD RR3FX21JQ 622 0 0
GCTAGTAATGGTGCATTCCTCAAATGATTACGGTTTAAGATAACAGATTACTAGAAAAAT
CTGTTTCTTTGGTTATTTAAAAGGACGTACTGAAAAGAAACGAGTACAAACTCAGGAAAT
AACCACTTGCGCGAGAGTATATACATAGACAACATGTATCTCTCTCTCGATCTCTTGTCT
ATACGGCGAGTTCATCTTCGAGATAACTGTATTCAAACGTGAACTCGTTTTTGATCCTTT
GGCACCATCCTCCCTCTTGATTCTCGTCTTTTGGGGTTTGGAAATCAAAGTAAACATAGG
CTCCTTGTTCATACTCATCAGTTGCAATCTTTGGCTCCTTATGTCTCTGAAACCATGTGT
TGAACTTTCTGTGGTATCTCCATGACTGTTTCTTCAGCTCTTTTGCAGCTAGATACTGCT
GATACGAGTTCTGCTGATAGTAAAATGCAAAGAACAAAGGCTCGGTTCCAAAAGCATCGC
TTCCTAAACGTTCCCAGAACAAAGGGTTGCTTACGATTGGCGCTTGTGTTTGGGGAAATG
ATTGAGGTGTGATTGCTGGGTTCCTCGGAGTATAGGGTCTAGGCCGTTCTGAATCTTTTG
GTTGAGGAAGTCTATAGAAAGC

QA 1 622 1 622
DS 



AS 2 7

CO CL1009Contig1 793 3 7 U
GCAAGAAAATTTAAAATTGCAAGATAATCTGTACGAGGAGTATAGATTTATTTAAACTAC
ATCATACACTTTTGTCTAAATAAAATAATAAATACAAAGATATCAATACAAAATAAAATT
TAAAACTTTCATAAAAGAAAAGATCCGCATACTTTTTATATAAATTGCTTTTTTTAAGAC
TTCAAATATTTTGGACCGGCCTCAGGGGAAATGAAAGGATAAAGCTCATACCTAAAACTA
CAGCTTTTACCCAAAACTCTGGCTCCTATTTTATTATGAAAACATCTTCTAAAATAGAAA
TTGTTTCGTTCTAAACACTTCCTACAGTTTCTTTGCGACATGTCGAAGGAGCACTCAGCC
ATTCCATATATAGTTACATTCGCCACCTTCTTCTCCTCCACCGTGTAGTACGGCGCTTTC
GGGTTAGCTTCACGAGTGGTATTTTGTATCAAATCGTCGATGAAATACCGCGGTTTTAAA
TCGTTATATAGATAGTCGTCTACTTTCTTTCTATTGGACATACAGAAATTGTTGTCGTAA
TCGATCATCCCTATAGAATCGATCGTAGAAAAATATAAAGAACATTGGTCGTACCATATT
ATTCCACCTTTATATCTTGGACATCTCTTAAAAAACTCGGGTTGGGCGGTAGCATAGCAA
GAACGGCATTTGGGCCCGTGGGTGTCTCCGCGGCATTGAAGGAACATGATTATGAAATCG
GGACCTGCACCAAGGTGCGTAGAGTTGTAACCTCTTTTAAAACTTTCAGGAGAGATTTCA
TTCCTGATACGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D281JQ U 1
AF RR3FM37JQ U 34
AF RR3F494JQ U 59
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BS 618 723 RR3FM37JQ
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RD RR3D281JQ 617 0 0
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ATTCCACCTTTATATCT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3FM37JQ 690 0 0
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ACAAAGATATCAATACAAAATAAAATTTAAAACTTTCATAAAAGAAAAGATCCGCATACT
TTTTATATAAATTGCTTTTTTTAAGACTTCAAATATTTTGGACCGGCCTCAGGGGAAATG
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TTATGAAAACATCTTCTAAAATAGAAATTGTTTCGTTCTAAACACTTCCTACAGTTTCTT
TGCGACATGTCGAAGGAGCACTCAGCCATTCCATATATAGTTACATTCGCCACCTTCTTC
TCCTCCACCGTGTAGTACGGCGCTTTCGGGTTAGCTTCACGAGTGGTATTTTGTATCAAA
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TTGGACATACAGAAATTGTTGTCGTAATCGATCATCCCTATAGAATCGATCGTAGAAAAA
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DS 

RD RR3F494JQ 735 0 0
G
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ATCGATCATCCCTATAGAATCGATCGTAGAAAAATATAAAGAACATTGGTCGTACCATAT
TATTCCACCTTTATATCTTGGACATCTCTTAAAAAACTCGGGTTGGGCGTTAGCATAGCA
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ATTCCTGATACGTT

QA 2 735 2 735
DS 



CO CL1009Contig2 800 4 5 U
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BQ
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F494TF U 2
AF RR3FM37TF U 1
AF RR3C352TF U 2
AF RR3D281TF U 3
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G
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QA 2 673 2 673
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DS 

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G
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QA 2 780 2 780
DS 

RD RR3D281TF 786 0 0
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GA
GATG

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 5

CO CL1010Contig1 521 5 6 U
GGAATCATATGGCGATACAGTCCCAACAAGTTTTGTGATCCTGAAGCCATCGGAGAGAGA
CAGAGAGATCTAATGGCGGCGATAACAACAGCGGTGATAGCAATAGCAGGAATCATACTG
GGATGGATAACGATAGAGATGGCTTGTAAGCCTTGTCTTGAGAAAGGCCGTGAAGCCATC
GACAGATCTCTCAACCCCGATTACGATCCCGACGACGAAGACGTCGATGCATCTTCCTCC
GCCGTCTCTCGCGCTCCTCTTCTCACCAATCGTCCTCCGGATATCCCCGATCCATCCGCC
GCTGATCCCTCCACCGCGATTAAGTCAGTCTGATCGGTTCGGTCCTTCGATTCTTTTTTT
GTTTGGTCTTGTATTTACCTGAATTGCTTCCATCCTTTGTGTAAACAAAACCTCTTAATA
AACGATCTCGTGTTTTGAGGCTGCTTCTATGAGTTTTTTGATTTGTGTTCTTTTGTTGTT
GTTTTGTCTTTAGCACAAAAAAAAAATAACATCATTGAGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CT66TF U 41
AF RR3DD08JQ C 12
AF RR3DD08TF U 12
AF RR3BP48JQ C 1
AF RR3BP48TF U 1
BS 1 13 RR3BP48TF
BS 14 40 RR3DD08TF
BS 41 75 RR3CT66TF
BS 76 76 RR3DD08TF
BS 77 448 RR3CT66TF
BS 449 521 RR3BP48TF

RD RR3CT66TF 408 0 0
CTGAAGCCATCGGAGAGAGACAGAGAGATCTAATGTCGGCGATAACAACAGCGGTGATAG
CAATAGCAGGAATCATACTGGGATGGATAACGATAGAGATGGCTTGTAAGCCTTGTCTTG
AGAAAGGCCGTGAAGCCATCGACAGATCTCTCAACCCCGATTACGATCCCGACGACGAAG
ACGTCGATGCATCTTCCTCCGCCGTCTCTCGCGCTCCTCTTCTCACCAATCGTCCTCCGG
ATATCCCCGATCCATCCGCCGCTGATCCCTCCACCGCGATTAAGTCAGTCTGATCGGTTC
GGTCCTTCGATTCTTTTTTTGTTTGGTCTTGTATTTACCTGAATTGCTTCCATCCTTTGT
GTAAACAAAACCTCTTAATAAACGATCTCGTGTTTTGAGGCTGCTTCT

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3DD08JQ 436 0 0
GG
GATACAGTCCCAACAAGTTTTGTGATCCTGAAGCCATCGGAGAGAGACAGAGAGATCTAA
TGGCGGCGATGACAACAGCGGTGATAGCAATAGCAGGAATCATACTGGGATGGATAACGA
TAGAGATGGCTTGTAAGCCTTGTCTTGAGAAAGGCCGTGAAGCCATCGACAGATCTCTCA
ACCCCGATTACGATCCCGACGACGAAGACGTCGATGCATCTTCCTCCGCCGTCTCTCGCG
CTCCTCTTCTCACCAATCGTCCTCCGGATATCCCCGATCCATCCGCCGCTGATCCCTCCA
CCGCGATTAAGTCAGTCCGATCGGTTCGGTCCTTCGATTCTTTTTT*GTTTGGTCTTGTA
TTTACCTGAATTGCTTCCATCCTTTGTGTAAACAAAACCTCTTAATAAACGATCTCGTGT
TTTGAGGCTGCT
CC

QA 3 434 3 434
DS 

RD RR3DD08TF 436 0 0
GG
GATACAGTCCCAACAAGTTTTGTGATCCTGAAGCCATCGGAGAGAGACAGAGAGATCTAA
TGGCGGCGATGACAACAGCGGTGATAGCAATAGCAGGAATCATACTGGGATGGATAACGA
TAGAGATGGCTTGTAAGCCTTGTCTTGAGAAAGGCCGTGAAGCCATCGACAGATCTCTCA
ACCCCGATTACGATCCCGACGACGAAGACGTCGATGCATCTTCCTCCGCCGTCTCTCGCG
CTCCTCTTCTCACCAATCGTCCTCCGGATATCCCCGATCCATCCGCCGCTGATCCCTCCA
CCGCGATTAAGTCAGTCCGATCGGTTCGGTCCTTCGATTCTTTTTT*GTTTGGTCTTGTA
TTTACCTGAATTGCTTCCATCCTTTGTGTAAACAAAACCTCTTAATAAACGATCTCGTGT
TTTGAGGCTGCT
CC

QA 3 434 3 434
DS 

RD RR3BP48JQ 496 0 0
GGAATCATATGGCGATACAGTCCCAACAAGTTTTGTGATCCTGAAGCCATCGGAGAGAGA
CAGAGAGATCTAATGGCGGCGATAACAACAGCGGTGATAGCAATAGCAGGAATCATACTG
GGATGGATAACGATAGAGATGGCTTGTAAGCCTTGTCTTGAGAAAGGCCGTGAATCCATC
GACAGATCTCTCAACCCCGATTACGATCCCGACGACGAAGACGTCGATGCATCTTCCTCC
GCCGTCTCTCGCGCTCCTCTTCTCACCAATCGTCCTCCGGATATCCCCGATCCATCCGCC
GCTGATCCCTCCACCGCGATTAAGTCAGTCTGATCGGTTCGGTCCTTCGATTCTTTTTTT
GTTTGGTCTTGTATTTACCTGAATTGCTTCCATCCTTTGTGTAAACAAAACCTCTTAATA
AACGATCCCGTGTTTTGAGGCTGCTTCTATGAGTTTTTTGATTTGTGTTCTTTTGTTGTT
GTTTTGTCTTTAGCAC

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3BP48TF 521 0 0
GGAATCATATGGCGATACAGTCCCAACAAGTTTTGTGATCCTGAAGCCATCGGAGAGAGA
CAGAGAGATCTAATGGCGGCGATAACAACAGCGGTGATAGCAATAGCAGGAATCATACTG
GGATGGATAACGATAGAGATGGCTTGTAAGCCTTGTCTTGAGAAAGGCCGTGAATCCATC
GACAGATCTCTCAACCCCGATTACGATCCCGACGACGAAGACGTCGATGCATCTTCCTCC
GCCGTCTCTCGCGCTCCTCTTCTCACCAATCGTCCTCCGGATATCCCCGATCCATCCGCC
GCTGATCCCTCCACCGCGATTAAGTCAGTCTGATCGGTTCGGTCCTTCGATTCTTTTTTT
GTTTGGTCTTGTATTTACCTGAATTGCTTCCATCCTTTGTGTAAACAAAACCTCTTAATA
AACGATCCCGTGTTTTGAGGCTGCTTCTATGAGTTTTTTGATTTGTGTTCTTTTGTTGTT
GTTTTGTCTTTAGCACAAAAAAAAAATAACATCATTGAGGC

QA 1 521 1 521
DS 



AS 2 7

CO CL1011Contig1 670 3 3 U
CTATCATCAGGATGAAGAATACTCAATCTCAATCATCTTCATCTTTCGTGAAGTTTTGCC
GGAAACTGTCACCAAAGAGGAAAGATTCATCCCCAGAGACACCACAACGGGACACTCATG
GTGATGAGGACAAGAACAGAGACTTAGAAGCTGTCTTTGCTTACATGGACGCAAACAGAG
ACGGTAGAATATCTCCACATGAGCTTCAGAAGAGTTTCATGACACTAGGAGAGGAGTTGT
CTGATGAAGAAGCCGAAGCTGCGGTTAGATTGTCTGATACAGACGGAGACGGGATGTTGG
ATTTTGATGAGTTTGCTCAGTTAATCAAAGGAGATGATGAGGAAGAGAAGAAGACTGAGC
TAAAGGAAGCTTTTAGAATGTATATAGCAGAAGGTGAAGAGTGTATTACTCCAAGAAGCT
TGAAGATGATGTTAAAGAAGCTAGGTGAGACAAGAAGCACTGATGATTGTAGAGTTATGA
TTCGTGCTTTTGATCTCAATGCTGATGGAGTTTTGAGCTTTGATGAGTTTGCTCTTATGA
TGCGTTAAAAGAGTTTACTATATAATCGCCTCCCATTGGTTATTTGTAGTCTCTCCTTTT
CATTGATGTATATATACGGCTCGTGACGCAATAAACACTATTGTTATTATATTAAAATCC
ATTTATAAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3BD10TF U 1
AF RR3BD34TF U 1
AF RR3BD71TF U 1
BS 1 372 RR3BD10TF
BS 373 669 RR3BD34TF
BS 670 670 RR3BD71TF

RD RR3BD10TF 372 0 0
CTATCATCAGGATGAAGAATACTCAATCTCAATCATCTTCATCTTTCGTGAAGTTTTGCC
GGAAACTGTCACCAAAGAGGAAAGATTCATCCCCAGAGACACCACAACGGGACACTCATG
GTGATGAGGACAAGAACAGAGACTTAGAAGCTGTCTTTGCTTACATGGACGCAAACAGAG
ACGGTAGAATATCTCCACATGAGCTTCAGAAGAGTTTCATGACACTAGGAGAGGAGTTGT
CTGATGAAGAAGCCGAAGCTGCGGTTAGATTGTCTGATACAGACGGAGACGGGATGTTGG
ATTTTGATGAGTTTGCTCAGTTAATCAAAGGAGATGATGAGGAAGAGAAGAAGACTGAGC
TAAAGGAAGCTT

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR3BD34TF 669 0 0
CTATCATCAGGATGAAGAATACTCAATCTCAATCATCTTCATCTTTCGTGAAGTTTTGCC
GGAAACTGTCACCAAAGAGGAAAGATTCATCCCCAGAGACACCACAACGGGACACTCATG
GTGATGAGGACAAGAACAGAGACTTAGAAGCTGTCTTTGCTTACATGGACGCAAACAGAG
ACGGTAGAATATCTCCACATGAGCTTCAGAAGAGTTTCATGACACTAGGAGAGGAGTTGT
CTGATGAAGAAGCCGAAGCTGCGGTTAGATTGTCTGATACAGACGGAGACGGGATGTTGG
ATTTTGATGAGTTTGCTCAGTTAATCAAAGGAGATGATGAGGAAGAGAAGAAGACTGAGC
TAAAGGAAGCTTTTAGAATGTATATAGCAGAAGGTGAAGAGTGTATTACTCCAAGAAGCT
TGAAGATGATGTTAAAGAAGCTAGGTGAGACAAGAAGCACTGATGATTGTAGAGTTATGA
TTCGTGCTTTTGATCTCAATGCTGATGGAGTTTTGAGCTTTGATGAGTTTGCTCTTATGA
TGCGTTAAAAGAGTTTACTATATAATCGCCTCCCATTGGTTATTTGTAGTCTCTCCTTTT
CATTGATGTATATATACGGCTCGTGACGCAATAAACACTATTGTTATTATATTAAAATCC
ATTTATAAA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3BD71TF 670 0 0
CTATCATCAGGATGAAGAATACTCAATCTCAATCATCTTCATCTTTCGTGAAGTTTTGCC
GGAAACTGTCACCAAAGAGGAAAGATTCATCCCCAGAGACACCACAACGGGACACTCATG
GTGATGAGGACAAGAACAGAGACTTAGAAGCTGTCTTTGCTTACATGGACGCAAACAGAG
ACGGTAGAATATCTCCACATGAGCTTCAGAAGAGTTTCATGACACTAGGAGAGGAGTTGT
CTGATGAAGAAGCCGAAGCTGCGGTTAGATTGTCTGATACAGACGGAGACGGGATGTTGG
ATTTTGATGAGTTTGCTCAGTTAATCAAAGGAGATGATGAGGAAGAGAAGAAGACTGAGC
TAAAGGAAGCTTTTAGAATGTATATAGCAGAAGGTGAAGAGTGTATTACTCCAAGAAGCT
TGAAGATGATGTTAAAGAAGCTAGGTGAGACAAGAAGCACTGATGATTGTAGAGTTATGA
TTCGTGCTTTTGATCTCAATGCTGATGGAGTTTTGAGCTTTGATGAGTTTGCTCTTATGA
TGCGTTAAAAGAGTTTACTATATAATCGCCTCCCATTGGTTATTTGTAGTCTCTCCTTTT
CATTGATGTATATATACGGCTCGTGACGCAATAAACACTATTGTTATTATATTAAAATCC
ATTTATAAAC

QA 1 670 1 670
DS 



CO CL1011Contig2 705 4 6 U
CGTATAAGAAAGGTTTATAAATGGATTTTAATCTAATAACAATCGTGTTTATTGCGTCAC
AAGACGTATATATATACATCAATGAAAAGGAGAGACTACACAAATAACAAATGGGAGGCG
AGATTATAGTGAACTCTTTAACGCATCATAAGAGCAAACTCATCAAAGCTCAAAACTCCA
TCAGCATTGAGATCAAAAGCACGTATCATAACTCTACAATCATCAGTGCTTCTTGTCTCA
CCTAGCTTCTTTAACATCATCTTCAAGCTTCTTGGAGTAATACACTCTTCACCTTCTGCT
ATATACATTCTAAAAGCTTCCTTGAGCTCAGTCTTCTTCTCTTCCTCATCATCTCCTTTG
ATTAGCTGAGCAAACTCATCAAAATCCAACATCCCGTCTCCGTCTGTATCAGACAATCTA
ACCGCAGCTTCGGCTTCTTCATCAGACAACTCCTCTCCTAGTGTCATGAAACCCTTCTGA
AGCTCATGTGGAGATATTCTACCGTCTCTGTTTGCGTCCATGTAAGCAAAGACAGCTTCT
AAGTCTCTGTTCTTGTCCTCATCACCATTAATGTCCCGTTGTGGTGTCTCTGGGGATGAA
TCTTTCCTCTTTGGTGACAGTTTCCGGCAAAACTTCACGAAAGATGAAGATGATTGAGCT
TGAGTATTCTTCATCCTGATGATAGGAAAATTATGTTTGAATGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

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AF RR3B303TF C 30
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CC

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CC

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GCC

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DS 



AS 2 7

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR53TF U 1
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GCTTTCCCCGGTTCTCATGATGTATCTTTTGGACCTTTTTTATTGAGCCTTGTTTCAGTT
TTTAGAGGTTTAGGGATTGAATGTCTCAGTGTGGTTCAAGTTTTGTTTGGTAAGTGACTG
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AGTGCTGATTGA
TTTTGGAGATTGATCACG

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DS 

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G
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TCCCCCGTGCCTTGTCAACTCTAAGCTTCGTAGCTGTGGCGCGTGGTTTCTGTTGGTCAC
CTTGTTTGCAGATCTGGAAACTGGCCAAGTAAGGCACTTTTGGCTCTCAAATCTGTAATG
AGAGGTGGGTATGTGGTAACGTTCGTAGCTTTCCCCGGTTCTCATGATGTATCTTTTGGA
CCTTTTTTATTGAGCCTTGTTTCAGTTTTTAGAGGTTTAGGGATTGAATGTCTCAGTGTG
GTTCAAGTTTTGTTTGGTAAGTGACTGTTTCAGTTGCAAATCTTTCATGTTATGGTAGTA
GCAGTGTTTTCTCGTCGATCTTGGACTAGTGCTGATTGAATTTTTGGAGATTTGATCAAC
GAGGCTTGTGTGTTTGGAAGTTGTGGTGGGCTTCTATCTAGATATACGAGGAGCACCAGA
AAGTTCGTTCCAGCCGTATCTGGGAGATGTGTAAATCGTGAAGCGGTCCTGCTTGTCGGA
ATGTAAAGTCTTGGTTATAGGTTACTAGTTGGGGATGGTGTCGTTCGGCAGGCTATAGGC
GGCAACGATAGATCCAGAGAAAGGAGACTTGGTGTCTTCAGTTGTTGAAGCGGAAGGCAT
CGTATGGCGGGCCAAGGGCAGCTGCGATGTATCCAGATCATAGCTCTCTATTCAGTGGGA
AG*TCTGTTCCACTGAGTCTTCCTTTGCCTTTGTGTAGCTGGTTTACGTTGGTTATGAGT
TAGTTGCGGTTCCTAGTTTATTTTTCATG

QA 2 810 2 810
DS 

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G
GGCACTTTTGGCTCTCAAATCTGTAATGAGAGGTGGGTATGTGGTAACGTTCGTAGCTTT
CCCCGGTTCTCATGATGTATCTTTTGGACCTTTTTTATTGAGCCTTGTTTCAGTTTTTAG
AGGTTTAGGGATTGAATGTCTCAGTGTGGTTCAAGTTTTGTTTGGTAAGTGACTGTTTCA
GTTGCAAATCTTTCATGTTATGGTAGTAGCAGTGTTTTCTCGTCGATCCTGGACTAGTGC
TGATTGAATTTTTGGAGATTTGATCAACGAGGCTTGTGTGTTTGGAAGTTGTGGTGGGCT
TCTATCTAGATATACAAGGAGCACCAGAAAGTTCGTTCCAGCCGTATCTGGGAGATGTGT
AAATCGTGAAGCGGTCCTGCTTGTCGGAATGTAAAGTCTTGGTTATAGGTTACTAGTTGG
GGATGGTGTCGTTCGGCAGGCTATAGGCGGCAACGATAGATCCAGAGAAAGGAGACTTGG
TGTCTTCAGTTGTTGAAGCGGAAGGCATCGTATGGCGGGCCAAGGGCAGCTGCGATGTAT
CCAGATCATAGCTCTCTATTCAGTGGGAAGGTCTGTTCCACTGAGTCTTCCTTTGCCTTT
GTGTAGCTGGTTTACGTTGGTTATGAGTTAGTTGCGGTTCCTAGTTTATTTTTCATGTCT
GGATATATTTGAAA
ATCACCCC

QA 2 675 2 675
DS 

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CACCAGAAAGTTCGTTCCAGCCGTATCTGGGAGATGTGTAAATCGTGAAGCGGTCCTGCT
TGTCGGAATGTAAAGTCTTGGTTATAGGTTACTAGTTGGGGATGGTGTCGTTCGGCAGGC
TATAGGCGGCAACGATAGATCCAGAGAAAGGAGACTTGGTGTCTTCAGTTGTTGAAGCGG
AAGGCATCGTATGGCGGGCCAAGGGCAGCTGCGATGTATCCAGATCATAGCTCTCTATTC
AGTGGGAAGGTCTGTTCCACTGAGTCTTCCTTTGCCTTTGTGTAGCTGGTTTACGTTGGT
TATGAGTTAGTTGCGGTTCCTAGTTTATTTTTCATGTCTGG

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR3GT74JQ 760 0 0
GGCACTTTTGGCTCTCAAATCTGTAATGAGAGGTGGGTATGTGGTAACGTTCGTAGCTTT
CCCCGGTTCTCATGATGTATCTTTTGGACCTTTTTTATTGAGCCTTGTTTCAGTTTTTAG
AGGTTTAGGGATTGAATGTCTCAGTGTGGTTCAAGTTTTGTTTGGTAAGTGACTGTTTCA
GTTGCAAATCTTTCATGTTATGGTAGTAGCAGTGTTTTCTCGTCGATCCTGGACTAGTGC
TGATTGAATTTTTGGAGATTTGATCAACGAGGCTTGTGTGTTTGGAAGTTGTGGTGGGCT
TCTATCTAGATATACAAGGAGCCCCAGAAAGTTCGTTCCAGCCGTATCTGGGAGATGTGT
AAATCGTGAAGCGGTCCTGCTTGTCGGAATGTAAAGTCTTGGTTATAGGTTACTAGTTGG
GGATGGTGTCGTTCGGCAGGCTATAGGCGGCAACGATAGATCCAGAGAAAGGAGACTTGG
TGTCTTCAGTTGTTGAAGCGGAAGGCATCGTATGGCGGGCCAAGGGCAGCTGCGATGTAT
CCAGATCATAGCTCTCTATTCAGTGGGAAGGTCTGTTCCACTGAGTCTTCCTTTGCCTTT
GTGTAGCTGGTTTACGTTGGTTATGAGTTAGTTGCGGTTCCTAGTTTATTTTTCATGTCT
GGATATATTTGAAAATCACCCCGTAATGGATTTTAGCTGCCTTTTCTTGGGCTCTTGTAT
GAAAACTTATGTTCCAACGTTGAATGAATACTATCAGTTC

QA 1 760 1 760
DS 



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AAAATACTTGCAGAATCTTGATGTCTTTGCGGTGTTGGAGATAACGCTTTCCTTTTTCGC
TCTCGTTTGATTAGGCCTCCTTGATGTCTCCCTTTATTTCTGGCGAGATGCACATGGTGT
CTCGCTTCAGCGGAGGTTCCCATTGCTTCTTCTGTCTGCGATTGTGCAAGACTTGTGTAG
ACCAAAGGCGGATCTAGAGCGGCGGCGATCCGGGTGAAAGGGGGGTCTCGGATCAGTAGC
AGTGTTTTCTCGTCGATCTTGGACTAGTGCTGATTGAATTTTTGGAGATTTGATCAACGA
GGCTTGTGTGTTTGGAAGTTGTGGTGGGCTTCTATCTAGATATACAAGGAGCACCAGAAA
GTTCGTTCCAGCCGTATCTGGGAGATGTGTAAATCGTGAAGCGGTCCTGCTTGTCGGAAT
GTAAAGTCTTGGTTATAGGTTACTAGTTGGGGATGGTGTCGTTCGACAGGCTATAGGCGG
CAACGATAGATCCAGAGAAAGGAGACTTGGTGTCTTCAGTTGTTGAAGCGGAAGGCATCG
TATGGCTGGCCAAGGGCAGCTGCGATGTATCCAGATCATAGCTCTCTATTCAGTGGGAAG
GTCTGTTCCACTGAGTCTTCCTTTGCCTTTGTGTAGCTGGTTTACGTTGGTTATGAGTTA
GTTGCGGTTCCTAGTTTATTTTTCATGTCTGGATATATTTGAAAATCACCCCGTAATGGA
TTTTAGCTGCCTTTTCTTGGGCTCTTGTATGAAAACTTATGTTCCAACGTTGAATGAATA
CTATCAGTTCAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX75TF U 64
AF RR3CX75JQ C 1
BS 1 63 RR3CX75JQ
BS 64 600 RR3CX75TF
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BS 705 794 RR3CX75JQ

RD RR3CX75TF 644 0 0
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GCTTCAGCGGAGGTTCCCATTGCTTCTTCTGTCTGCGATTGTGCAAGACTTGTGTAGACC
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GTTTTCTCGTCGATCTTGGACTAGTGCTGATTGAATTTTTGGAGATTTGATCAACGAGGC
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CGTTCCAGCCGTATCTGGGAGATGTGTAAATCGTGAAGCGGTCCTGCTTGTCGGAATGTA
AAGTCTTGGTTATAGGTTACTAGTTGGGGATGGTGTCGTTCGACAGGCTATAGGCGGCAA
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GGCTGGCCAAGGGCAGCTGCGATGTATCCAGATCATAGCTCTCTATTCAGTGGGAAG*TC
TGTTCCACTGAGTCTTCCTTTGCCTTTGTGTAGCTGGTTTACGTTGGTTATGAGTTAGTT
GCGGT*CCTAGTTTATTTTTCATGTCTGGATATATTTGAAA
TCA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3CX75JQ 794 0 0
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TCTCGTTTGATTAGGCCTCCTTGATGTCTCCCTTTATTTCTGGCGAGATGCACATGGTGT
CTCGCTTCAGCGGAGGTTCCCATTGCTTCTTCTGTCTGCGATTGTGCAAGACTTGTGTAG
ACCAAAGGCGGATCTAGAGCGGCGGCGATCCGGGTGAAAGGGGGGTCTCGGATCAGTAGC
AGTGTTTTCTCGTCGATCTTGGACTAGTGCTGATTGAATTTTTGGAGATTTGATCAACGA
GGCTTGTGTGTTTGGAAGTTGTGGTGGGCTTCTATCTAGATATACAAGGAGCACCAGAAA
GTTCGTTCCAGCCGTATCTGGGAGATGTGTAAATCGTGAAGCGGTCCTGCTTGTCGGAAT
GTAAAGTCTTGGTTATAGGTTACTAGTTGGGGATGGTGTCGTTCGACAGGCTATAGGCGG
CAACGATAGATCCAGAGAAAGGAGACTTGGTGTCTTCAGTTGTTGAAGCGGAAGGCATCG
TATGGCTGGCCAAGGGCAGCTGCGATGTATCCAGATCATAGCTCTCTATTCAGTGGGAAG
GTCTGTTCCACTGAGTCTTCCTTTGCCTTTGTGTAGCTGGTTTACGTTGGTTATGAGTTA
GTTGCGGTTCCTAGTTTATTTTTCATGTCTGGATATATTTGAAAATCACCCCGTAATGGA
TTTTAGCTGCCTTTTCTTGGGCTCTTGTATGAAAACTTATGTTCCAACGTTGAATGAATA
CTATCAGTTCAGGG

QA 1 794 1 794
DS 



AS 2 7

CO CL1013Contig1 768 3 4 U
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ATGATCATCACTCGCCAGGAGAGTAAAATGTACAACACAAACTGAAATGGTATAAAAGTA
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ATGGAGCATGCGACTGCACAGCTTCTTGAAGGCTCTTGACAGCGCTATCATAAGTCACAA
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TGTTCACTCTGCTTGTTGACGGGTTCACTGCCTTGAGCTGGTTCACCGGAAGTACCACCT
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AAGCAAGCTTGTGCGTAGAAAGATACATAACACCCATGACAGGACCAGCAGAGGTAGACA
AGTAGCAAGCATAGGTCTTGCGAAGCTGCTCATCGGGAAAGCACTCAAACGTCTGCTTGA
AGACCTTCTCATATCCACCTTCCGCAAGTATCTTGGTCCCCTGAGCGATTCGAGAAACAG
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GAGCCTTCTTGGTGGCGTCTGCTGCCATCTTCCCCCATTTCCCAAGCGTATCCTTCACAG
AGTCCATTGTATTCTTGGGGACAGGGGAAAGAGAGACGTAAGATTGAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H657JQ U 1
AF RR3FF47JQ U 1
AF RR3G605JQ U 9
BS 1 300 RR3FF47JQ
BS 301 301 RR3H657JQ
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RD RR3H657JQ 700 0 0
GTAAATAAAATAATAATTTAATCATACAAAAGTAAATGAACATAAGCAATGCTCCGTTTT
ATGATCATCACTCGCCAGGAGAGTAAAATGTACAACACAAACTGAAATGGTATAAAAGTA
CACACACACTGTTCCATACATATAAATGCACAACACTAGAGACACCGGTGGAGCCACCTC
ATGGAGCATGCGACTGCACAGCTTCTTGGAGGCTCTTCACAGCGCTATCATAAGTCACAA
ACCCCATAAACCAGAAATCGTGGTTGTCGACAGAAATCACTTGTATGTACTTCTCAGACG
TGTTCACTCTGCTTGTTGACGGGTTCACTGCCTTCAGCTGGTTCACCGGAAGTACCACCT
TGTAATAGCTCCACTTGGTCTGATCACCTTCCTTGTAGGAAAGAGGAGAGTCACTACAGA
AAGCAAGCTTGTGCGTGGAAAGATACATAACACCCATGACAGGACCAGCAGATGTAGACA
AGTAGCAAGCATAGGTCTTGCGAAGCTGCTCATCGGGAAAGCACTCAAACGTCTGCTTGA
AAACCTTCTCATATCCACCTTCCGCAAGTATCTTGGTCCCCTGAGCAATTCGAGAAACAG
CAGCATCAGCTACACTTGGGCCTGTTTTCAAGTGCTGCCAAACGTTGCCGGAGAGATCCT
GAGCCTTCTTGGTTGCGTCTGCAGCCATCTTCCCCCATTT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3FF47JQ 743 0 0
GTAAATAAAATAATAATTTAATCATACAAAAGTAAATGAACATAAGCAATGCTCCGTTTT
ATGATCATCACTCGCCAGGAGAGTAAAATGTACAACACAAACTGAAATGGTATAAAAGTA
CACACACACTGTTCCATACATATAAATGCACAACACTAGAGACACCGGTGGAACCTCCTC
ATGGAGCATGCGACTGCACAGCTTCTTGAAGGCTCTTGACAGCGCTATCATAAGTCACAA
ACCCCATAAACCAGAACTCGTGGTTGTCGACAGAAATCACTTGTATGTATTTCTCAGATG
CGTTCACTCTGCTTGTTGACGGGTTCACTGCCTTGAGCTGGTTCACCGGAAGTACCACCT
TGTAATAGCTCCACTTGGTCTGATCACCTTCCTTGTAGGAAAGAGGAGAGTCACTACAGA
AAGCAAGCTTGTGCGTAGAAAGATACATAACACCCATGACAGGACCAGCAGAGGTAGACA
AGTAGCAAGCATAGGTCTTGCGAAGCTGCTCATCGGGAAAGCACTCAAACGTCTGCTTGA
AGACCTTCTCATATCCACCTTCCGCAAGTATCTTGGTCCCCTGAGCGATTCGAGAAACAG
CAGCATCAGCTACACTTGGGCCTGTTTTCAAGTGCTGCCAAACGTTGCCGGAGAGATCCT
GAGCCTTCTTGGTGGCGTCTGCTGCCATCTTCCCCCATTTCCCAAGCGTATCCTTCACAG
AGTCCATTGTATTCTTGGGGACA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3G605JQ 760 0 0
AATAATAATTTAATCATACAAAAGTAAATGAACATAAGCAATGCTCCGTTTTATGATCAT
CACTCGCCAGGAGAGTAAAATGTACAACACAAACTGAAATGGTATAAAAGTACACACACA
CTGTTCCATACATATAAATGCACAACACTAGAGACACCGGTGGAACCTCCTCATGGAGCA
TGCGACTGCACAGCTTCTTGAAGGCTCTTGACAGCGCTATCATAAGTCACAAACTCCATA
AACCAGAACTCGTGGTTGTCGACAGAAATCACTTGTATGTATTTCTCAGATGTGTTCACT
CTGCTTGTTGACGGGTTCACTGCCTTGAGCTGGTTCACCGGAAGTGCCACCTTGTAATAG
CTCCACTTGGTCTGATCACCTTCCTTGTAGGAAAGAGGAGAGTCACTACAGAAAGCAAGC
TTGTGCGTAGAAAGATACATAACACCCATGACAGGACCAGCAGAGGTAGACAAGTAGCAA
GCATAGGTCTTGCGAAGCTGCTCATCGGGAAAGCACTCAAACGTCTGCTTGAAGACCTTC
TCATATCCACCTTCCGCAAGTATCTTGGTCCCCTGAGCGATTCGAGAAACAGCAGCATCA
GCTACACTTGGGCCTGTTTTCAAGTGCTGCCAAACGTTGCCGGAGAGATCCTGAGCCTTC
TTGGTGGCGTCTGCTGCCATCTTCCCCCATTTCCCAAGCGTATCCTTCACAGAGTCCATT
GTATTCTTGGGGACAGGGGAAAGAGAGACGTAAGATTGAA

QA 1 760 1 760
DS 



CO CL1013Contig2 769 4 18 U
GGATCGAAAGAAGAAGAAGAAGAATCAAAGGATGAGTGGGCACGAGAATCACGATGACGT
CAGCCGGATCTCTACTCCCTCCTCCGCATCATCGGATCCCAAAGCTCCTCACTCCTCTGA
CTACGCTCCTTACCCTAAGCTCGATCCCAACGACGTCACTCCTCCTCCTCCTGCTCCCAT
CTCCGGCAACGCCGCCGCCACCACCATGCCGCCTGAGTTCAATCCTTACGTCTCTCCTTC
CCCTGTCCCCAAGAATACAATGGACTCTGTGAAGGATACGCTTGGGAAATGGGGGAAGAT
GGCAGCAGACGCAACCAAGAAGGCTCAGGATCTCTCCGGCAACGTTTGGCAGCACTTGAA
AACAGGCCCAAGTGTAGCTGATGCTGCTGTTTCTCGAATCGCTCAGGGGACCAAGATACT
TGCGGAAGGTGGATATGAGAAGGTCTTCAAGCAGACGTTTGAGTGCTTTCCCGATGAGCA
GCTTCGCAAGACCTATGCTTGCTACTTGTCTACATCTGCTGGTCCTGTCATGGGTGTTAT
GTATCTTTCCACGCACAAGCTTGCTTTCTGTAGTGACTCTCCTCTTTCCTACAAGGAAGG
TGATCAGACCAAGTGGAGCTATTACAAGGTGGTACTTCCGGTGAACCAGCTCAAGGCAGT
GAACCCGTCAACAAGCAGAGTGAACACATCTGAGAAATACATACAAGTGATTTCTGTCGA
CAACCACGAGTTCTGTTTATGGGGTTTGTGACTTATGATAGCGCTGTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF47TF U 1
AF RR3H657TF U 1
AF RR3G605TF U 3
AF RR3GH17TF U 7
BS 1 52 RR3FF47TF
BS 53 53 RR3H657TF
BS 54 178 RR3FF47TF
BS 179 179 RR3H657TF
BS 180 210 RR3FF47TF
BS 211 211 RR3H657TF
BS 212 312 RR3FF47TF
BS 313 313 RR3H657TF
BS 314 513 RR3FF47TF
BS 514 514 RR3H657TF
BS 515 549 RR3FF47TF
BS 550 550 RR3H657TF
BS 551 599 RR3FF47TF
BS 600 600 RR3H657TF
BS 601 634 RR3FF47TF
BS 635 637 RR3H657TF
BS 638 729 RR3G605TF
BS 730 769 RR3GH17TF

RD RR3FF47TF 634 0 0
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CTACGCTCCTTACCCTAAGCTCGATCCCAACGACGTCACTCCTCCTCCTCCTGCTCCCGT
CTCCGGCAACGCCGCCGCCACCACCATGCCTCCTGAGTTCAATCCTTACGTCTCTCCTTC
CCCTGTCCCCAAGAATACAATGGACTCTGTGAAGGATACGCTTGGGAAATGGGGGAAGAT
GGCAGCAGACGCCACCAAGAAGGCTCAGGATCTCTCCGGCAACGTTTGGCAGCACTTGAA
AACAGGCCCAAGTGTAGCTGATGCTGCTGTTTCTCGAATCGCTCAGGGGACCAAGATACT
TGCGGAAGGTGGATATGAGAAGGTCTTCAAGCAGACGTTTGAGTGCTTTCCCGATGAGCA
GCTTCGCAAGACCTATGCTTGCTACTTGTCTACCTCTGCTGGTCCTGTCATGGGTGTTAT
GTATCTTTCTACGCACAAGCTTGCTTTCTGTAGTGACTCTCCTCTTTCCTACAAGGAAG*
TGATCAGACCAAGTGGAGCTATTACAAGGTGGTA

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3H657TF 637 0 0
GGATCGAAAG
AAGAAGAAGAAGAATCAAAGGATGAGTGGGCACGA**ATCACGATGACGTCAGCCGGATC
TCTACTCCCTCCTCCGCATCGTCGGAGCCCAAAGCTCCTCACTCCTCTGACTACGCTCCT
TACCCTAAGCTCGATCCCAACGACGTCACTCCTCCTCCTCCTGCTCCCATCTCCGGCAAC
TCCGCCGCCACCACCATGCCGCCTGAGTTCAATCCTTACGTCTCTCCTTCCCCTGTCCCC
AAGAATACAATGGACTCTGTGAAGGATACGCTTGGGAAATGGGGGAAGATGGCTGCAGAC
GCAACCAAGAAGGCTCAGGATCTCTCCGGCAACGTTTGGCAGCACTTGAAAACAGGCCCA
AGTGTAGCTGATGCTGCTGTTTCTCGAATTGCTCAGGGGACCAAGATACTTGCGGAAGGT
GGATATGAGAAGGTTTTCAAGCAGACGTTTGAGTGCTTTCCCGATGAGCAGCTTCGCAAG
ACCTATGCTTGCTACTTGTCTACATCTGCTGGTCCTGTCATGGGTGTTATGTATCTTTCC
ACGCACAAGCTTGCTTTCTGTAGTGACTCTCCTCTTTCCTACAAGGAAGGTGATCAGACC
AAGTGGAGCTATTACAAGGTGGTACTT

QA 11 637 11 637
DS 

RD RR3G605TF 729 0 0
GGGGAAAG
AAGAAGAAGAAGAATCAAAGGATGAGTGGGCACGAGAATCACGATGACGTCAGCCGGATC
TCTACTCCCTCCTCCTCATCATCGGATCCCAAAGCTCCTCACTCCTCTGACTACGCTCCT
TACCCTAAGCTCGATCCCAACGACGTCACTCCTCCTCCTCCTGCTCCCGTCTCCGGCAAC
GCCGCCGCCACCACCATGCCGCCTGAGTTCAATCCTTACGTCTCTCCTTCCCCTGTCCCC
AAGAATACAATGGACTCTGTGAAGGATACGCTTGGGAAATGGGGGAAGATGGCAGCAGAC
GCCACCAAGAAGGCTCAGGATCTCTCCGGCAACGTTTGGCAGCACTTGAAAACAGGCCCA
AGTGTAGCTGATGCTGCTGTTTCTCGAATCGCTCAGGGGACCAAGATACTTGCGGAAGGT
GGATATGAGAAGGTCTTCAAGCAGACGTTTGAGTGCTTTCCCGATGAGCAGCTTCGCAAG
ACCTATGCTTGCTACTTGTCTACCTCTGCTGGTCCTGTCATGGGTGTTATGTATCTTTCT
ACGCACAAGCTTGCTTTCTGTAGTGACTCTCCTCTTTCCTACAAGGAAGGTGATCAGACC
AAGTGGAGCTATTACAAGGTGGCACTTCCGGTGAACCAGCTCAAGGCAGTGAACCCGTCA
ACAAGCAGAGTGAACACATCTGAGAAATACATACAAGTGATTTCTGTCGACAACCACGA
GT

QA 9 727 9 727
DS 

RD RR3GH17TF 763 0 0
GGGA
AAGAAGAAGAAGAATCAAAGGATGAGTGGGCACGAGAATCACGATGACGTCAGCCGGATC
TCTACTCCCTCCTCCGCATCATCGGATCCCAAAGCTCCTCACTCCTCTGACTACGCTCCT
TACCCTAAGCTCGATCCCAACGACGTCACTCCTCCTCCTCCTGCTCCCATCTTCGGCAAC
TCCGCCGCCACCACCATGCCGCCTGAGTTCAATCCTTACGTCTCTCCTTCCCCTGTCCCC
AAGAATACAATGGACTCTGTGAAGGATACGCTTGGGAAATGGGGGAAGATGGCTGCAGAC
GCAACCAAGAAGGCTCAGGATCTCTCCGGCAACGTTTGGCAGCACTTGAAAACAGGCCCA
AGTGTAGCTGATGCTGCCGTTTCTCGAATTGCTCAGGGGACCAAGATACTTGCGGAAGGT
GGATATGAGAAGGTTTTCAAGCAGACGTTTGAGTGCTTTCCCGATGAGCAGCTTCGCAAG
ACCTATGCTTGCTACTTGTCTACATCTGCTGGTCCTGTCATGGGTGTTATGTATCTTTCC
ACGCACAAGCTTGCTTTCTGTAGTGACTCTCCTCTTTCCTACAAGGAAGGTGATCAGACC
AAGTGGAGCTATTACAAGGTGGTACTTCCGGTGAACCAGCTGAAGGCAGTGAACCCGTCA
ACAAGCAGAGTGAACACGTCTGAGAAGTACATACAAGTGATT*CTGTCGACA*CCACGAG
TTCTGTTTATGGGGTTTGTGACTTATGATAGCGCTGTGA

QA 5 763 5 763
DS 



AS 1 7

CO CL1014Contig1 1141 7 23 U
GGATAAAAACGAAGGCAAAACATGTAATAAATCGATATCATGGTTTAGCCAGAAGGCAGA
ACACACTAATAAGTATCATAATAAAGCTGTACAAGCAATAGGTCTCAAAACACCAAGATG
GGAATCATCAAACATAAAAGCAAACTCCAATAATGTGTAAATAACAAATAGAATCTCTGT
CCTAAAAACCCTCAAGGCTTATATCCATAAGTACGGCCGTAGCTGTCATCTCTCTTATTG
TTCCTCAAAGCACAGCAACCAACAGAGTAGACAATGATGAGGAAGACGAGGAAGATGATG
TTAACAACCGCAACTTTCTTCCACGCACTCTTGATATTGTCGAGGAGACCCGCTTTGCAA
GATTGACAATCGAAGCAGAGCTTGCTTGGTGCGTTGTCCCAGGTTTGGCAGTCTGGATCA
ATGTGTGTCCCGGCCGGCTTGGTCCAGTTTGTGGCGCTTACGTAAGTGAATTGGCATCTC
TCTGCGGGTTTGCAGCAACCAGACTGAAGGGCAGTCAGGTGTTCATCGTAGAACTTATTG
ACAGGTTCATTAATAAGCTTAGCTTCAAGTTTAGAACAGACTTTGCTCTCAACAAGACAA
CTCCTAATCTTCCTCCAGTTCTTGTCACTGTTCACACGTTTCTGCAACCAGTTAGAGTAA
TCTCCAAGTCTATACTCTTTATACCCTCTTCCAGAAACTTTCTCCCCTGCTCCTTTGTTA
GTGACAACAAAGGCGAAAATCGTAAAGCAGAAGACGAGGATGATCAAGAGGAGCATGACA
AGGAGATACGTCCAGAGAAGCCATGTGACTCTGCAGCACGAACCGATCAGACCGACGATC
GCTACAACCATGAGGAAAACCCCGAGAGCGATCACGGGCTTGTCAAGAAAACGCTCACAC
TCCGTTGACCCTTTTTGGCTTAGCCATATACCTCCGGCTAAGATGGGAATCGAGAGGAGG
AAGACGATGAAGTTGAGTATGCCGACGAGGTTGTTGCTGCAACGAACCATGGTTTCAAGA
AGTGGAATTTGAGATGGTTTTTGGTGGGTTTAGGGAGAAGAGAGTTATATAGAGAGGATT
GTAACGCGTGAGAGGAAGGAGAAGGTGCACAGAAGTTTCTATATTGCTTAATGATGAATC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3GF14JQ U 1
AF RR3A541JQ U 14
AF RR3EM65JQ U 26
AF RR3DW43JQ U 47
AF RR3DW43TF C 444
AF RR3EM65TF C 434
AF RR3A541TF C 289
BS 1 206 RR3GF14JQ
BS 207 207 RR3A541JQ
BS 208 341 RR3GF14JQ
BS 342 506 RR3A541JQ
BS 507 507 RR3EM65JQ
BS 508 511 RR3A541JQ
BS 512 707 RR3EM65JQ
BS 708 708 RR3DW43JQ
BS 709 710 RR3EM65JQ
BS 711 711 RR3DW43JQ
BS 712 728 RR3EM65JQ
BS 729 854 RR3DW43JQ
BS 855 856 RR3A541TF
BS 857 877 RR3DW43JQ
BS 878 1055 RR3A541TF
BS 1056 1056 RR3EM65TF
BS 1057 1109 RR3A541TF
BS 1110 1110 RR3EM65TF
BS 1111 1120 RR3A541TF
BS 1121 1121 RR3EM65TF
BS 1122 1130 RR3A541TF
BS 1131 1131 RR3EM65TF
BS 1132 1141 RR3A541TF

RD RR3GF14JQ 345 0 0
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ACACACTAATAAGTATCATAATAAAGCTGTACAAGCAATAGGTCTCAAAACACCAAGATG
GGAATCATCAAACATAAAAGCAAACTCCAATAATGTGTAAATAACAAATAGAATCTCTGT
CCTAAAAACCCTCAAGGCTTATATCCGTAAGTACGGCCGTAGCTGTCATCTCTCTTATTG
TTCCTCAAAGCACAGCAACCAACAGAGTAGACAATGATGAGGAAGACGAGGAAGATGATG
TTAACAACCGCAACTTTCTTCCACGCACTCTTGATATTGTC
CAGG

QA 1 341 1 341
DS 

RD RR3A541JQ 498 0 0
GGCAAAACATGTAATAAATCGATATCATGGTTTAGCCAGAAGGCAGAACACACTAATAAG
TATCATAATAAAGCTGTACAAGCAATAGGTCTCAAAACACCAAGATGGGAATCATCAAAC
ATAAAAGCAAACTCCAATAATGGGTAAATAACAAATAGAATCTCTGTCCTAAAAACCCTC
AAGGCTTATATCCATAAGTACGGCCGTAGCTGTCATCTCTCTTATTGTTCCTCAAAGCAC
AGCAACCAACAGAGTAGACAATGATGAGGAAGACGAGGAAGATGATGTTAACAACCGCAA
CTTTCTTCCACGCACTCTTGATATTGTCGAGGAGACCCGCTTTGCAAGATTGACAATCGA
AGCAGAGCTTGCTTGGTGCGTTGTCCCAGGTTTGGCAGTCTGGATCAATGTGTGTCCCGG
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AGCAACCAGACTGGAGGG

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR3EM65JQ 703 0 0
AATAAATCGATATCATGGTTTAGCCAGAAGGCAGAACACACTAATAAGTATCATAATAAA
GCTGTACAAGCAATAGGTCTCAAAACACCAAGATGGGAATCATCAAACATAAAAGAAAAC
TCCAATAATGTGTAAATAACAAATAGAATCTCTGTCCTAAAAACCCTCAAGGCTTATATC
CATAAGTACGGCCGTAGCTGTCATCTCTCTTATTGTTCCTCAAAGCACAGCAACCAACAG
AGTAGACAATGATGAGGAAGACGAGAAAGATGATGTTAACAACCGCAACTTTCTTCCACG
CACTCTTGATATTGTCGAGGAGACCCGCTTTGCAAGATTGGCAATCGAAGCAGAGCTTGC
TAGGTGAGTTGTCCCAGGTTTGGCAGTCTGGATCAGTGTGTGTCCCGGCCGGCTTGGTCC
AGTTTGTGGCGCTTACGTAAGTGAATTGGCATCTCTCTGCGGGTTTGCAGCAACCAGACT
GAAGGGCAGTCAGGTGTTCATCGTAGAACTTATTGACAGGTTCATTAATAAGCTTAGCTT
CAAGTTTAGAACAGACTTTGCTCTCAACAAGACAACTCCTAATCTTCCTCCAGTTCTTGT
CACTGTTCACACGTTTCTGCAACCAGTTAGAGTAATCTCCAAGTCTATACTCTTTATACC
CTCTTCCAGAAACTTTCTCCCCCGCGCCTTTGTTAGTGACAAC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3DW43JQ 834 0 0
AGCCAGAAGGCAGAACACACTAATAAGTATCATAATAAAGCTGTACAAGCAATAGGTCTC
AAAACACCAAGATGGGAATCATCAAACATAAAAGCAAACTCCAATAATGTGTAAATAACA
AATAGAATCTCTGTCCTAAAAACCCTCAAGGCTTATATCCATAAGTACGGCCGTAGCTGT
CATCTCTCTTATTGTTCCTCAAAGCACAGCAACCAACAGAGTAGACAATGATGAGGAAGA
CGAGGAAGATGATGTTAACAACCGCAACTTTCTTCCACGCACTCTTGATATTGTCGAGGA
GACCCGCTTTGCAAGATTGGCAATCGAAGCAGAGCTTGCTTGGTGCGTTGTCCCAGGTTT
GGCAGTCTGGATCAGTGTGTGTCCCGGCCGGCTTGGTCCAGTTTGTGGCGCTTACGTAAG
TGAATTGGCATCTCTCTGCGGGTTTGCAGCAACCAGACTGAAGGGCAGTCAGGGGTTCAT
CGTAGAACTTATTGACAGGTTCATTAATAAGCTTAGCTTCAAGTTTAGAACAGACTTTGC
TCTCAACAAGGCAACTCCTAATCTTCCTCCAGTTCTTGTCACTGTTCACACGTTTCTGCA
ACCAGTTAGAGTAATCTCCAAGTCTATACTCTTTATACCCTCTTCCAGAAACTTTCTCCC
CTGCTCCTTTGTTAGTGACAACAAAGGCGAAAATCGTAAAGCAGAAGACGAGGATGATCA
AGAGGAGCATGACAAGGAGATACGTCCAGAGAAGCCATGTGACTCTGCAGCACGAACCGA
TCAGACCGACGATCGCTACAACCATGAG**AAACCCCGAGAGCGATCACGG
CTT

QA 1 831 1 831
DS 

RD RR3DW43TF 593 0 0
CCAGTTTGTGGCGCTTACGTAAGTGAATTGGCATCTCTCTGCGGGTTTGCAGCAACCAGA
CTGAAGGGCAGTCAGGTGTTCATCGTAGAACTTATTGACAGGTTCATTAATAAGCTTAGC
TTCAAGTTTAGAACAGACTTTGCTCTCAACAAGACAACTCCTAATCTTCCTCCAGTTCTT
GTCACTGTTCACACGTTTCTGCAACCAGTTAGAGTAATCTCCAAGTCTATACTCTTTATA
CCCTCTTCCAGAAACTTTCTCCCCTGCTCCTTTGTTAGTGACAACAAAGGCGAAAATCGT
AAAGCAGAAGACGAGGATGATCAAGAGGAGCATGACAAGGAGATACGTCCAGAGAAGCCA
TGTGACTCTGCAGCACGAACCGATCAGACCGACGATCGCTACAACCATGAGGAAAACCCC
GAGAGCGATCACGGGCTTGTCAAGAAAACGCTCATACTCCGTTGACCCTTTTTGGCTTAG
CCATATACCTCCGGTTAAGATGGGAATCGAGAGGAGGAAGACGATGAAGTTGAGTATGCC
GACGAGGTTGTTGCTGCAACGAACCATGGTTTCAAGAAGTGGAATTTGAGAT
C

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3EM65TF 705 0 0
CG
GGCTTGGTCCAGTTTGTGGCGCTTACGTAAGTGAATTGGCATCTCTCTGCGGGTTTGCAG
CAACCAGACTGAAGGGCAGTCAGGTGTTCATCGTAGAACTTATTGACAGGTTCATTAATA
AGCTTAGCTTCAAGTTTAGAACAGACTTTGCTCTCAACAAGACAACTCCTAATCTTCCTC
CAGTTCTTGTCACTGTTCACACGTTTCTGCAACCAGTTAGAGTAATCTCCAAGTCTATAC
TCTTTATACCCTCTTCCAGAAACTTTCTCCCCCGCGCCTTTGTTAGTGACAACAAAGGCG
AAAATCGTAAAGCAGAAGACGAGGATAATCAAGAGGAGCATGACAAGGAGATATGTCCAG
AGAAGCCATGTGACTCTGCAGCACGAACCGATCAGACCGACGACCGCTACAACCATGAGG
AAAACTCCTAGAGCAATCACGGGCTTGTCCAGGAAACGCTCACACTCCGTTGACCCTTTT
TGGCTTAGCCATATACCTCCGGCTAAGATGGGGATCGAGAGGAGGAAGACGATGAAGTTG
AGTATGCCGACGAGGTTGTTGCTACAACGAACCATGGTTTCAAGAAGTGGAATTTGAGAT
GGTTTTTGG**GGTTTAGGGAGAAGAGAGTTATATAGAGAGGATTGTAACGCGTGAGAGG
AAGGAGAAGGTGCACAGAAGTTTCTATATTGCTTAATGAT
CCC

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR3A541TF 853 0 0
ACGAGGAGATGATGTTAC
ACCGCAACTTTCTTCCACGCACTCTTGATAT*GTCGAGGAGACCCGCTTTGCAAGATTGA
CAATCGAAGCAGAGCTTGCTTGGTGCGTTGTCCCAGGTTTGGCAGTCTGGATCAATGTGT
GTCCCGGCCGGCTTGGTCCAGTTTGTGGCGCTTACGTAAGTGAATTGGCATCTCTCTGCG
GGTTTGCAGCAACCAGACTGAAGGGCAGTCAGGTGTTCATCGTAGAACTTGTTGACAGGT
TCATTAATAAGCTTAGCTTCAAGTTTAGAACAGACTTTGCTCTCAACAAGGCAACTCCTA
ATCTTCCTCCAGTTCTTGTCACTGTTCACACGTTTCTGCAACCAGTTAGAGTAATCTCCA
AGTCTATACTCTTTATACCCTCTTCCAGAAACTTTCTCCCCTGCTCCTTTGTTAGTGACA
ACAAAGGCGAAAATCGTAAAGCAGAAGACGAGGATGATCAAGAGGAGCATGACAAGGAGA
TACGTCCAGAGAAGCCATGTGACTCTGCAGCACGAACCGATCAGACCGACGATCGCTACA
ACCATGAGGAAAACCCCGAGAGCGATCACGGGCTTGTCAAGAAAACGCTCACACTCCGTT
GACCCTTTTTGGCTTAGCCATATACCTCCGGCTAAGATGGGAATCGAGAGGAGGAAGACG
ATGAAGTTGAGTATGCCGACGAGGTTGTTGCTGCAACGAACCATGGTTTCAAGAAGTGGA
ATTTGAGATGGTTTTTGGTGGGTTTAGGGGGAAGAGAGTTATATAGAGAGGATTGTAACG
CGTGAGAGGAAGGAGAAGGTGCAGAGAAGTTTCTTTATTGCTTAGTGATGAATCC

QA 19 853 19 853
DS 



AS 2 7

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CTGGAAGACAACAGCAAAGATGGGAACACCAACACCGATGCTGAAAGCTGTGAAGACACC
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BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3BI69JQ U 227
AF RR3CN34JQ U 1
AF RR3DA57JQ U 1
AF RR3DA57TF C 1
AF RR3CN34TF C 1
BS 1 392 RR3CN34JQ
BS 393 393 RR3DA57JQ
BS 394 532 RR3CN34JQ

RD RR3BI69JQ 230 0 0
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GCTGTGAAGACACCGAGAGACATCTTGAGACCTTGGTACTTCATGCGGTCCAAATTGTAC
ATGTGCTTACCGTGGAGGTAGTAAGGCTCGTAATGGCCATGTCCTCCGCTCATCTTCTTT
GCTCCAGTCCAGTGGAAGCTTCTGCTCACAGATCTGGAGATTGATGATTC

QA 1 230 1 230
DS 

RD RR3CN34JQ 532 0 0
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QA 1 532 1 532
DS 

RD RR3DA57JQ 532 0 0
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QA 1 532 1 532
DS 

RD RR3DA57TF 532 0 0
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GAAGCTTCTGCTCACAGATCTGGAGATTGATGATTCGGATGAAGCTATGATCTTTGAGAC
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QA 1 532 1 532
DS 

RD RR3CN34TF 532 0 0
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CTGGAAGACAACAGCAAAGATGGGAACACCAACACCGATGCTGAAAGCTGTGAAGACACC
GAGAGACATCTTGAGACCTTGGTACTTCATGCGGTCCAAATTGTACATGTGCTTAGCGTG
GAGGTAGTAAGGCTCGTCATGCCCATGTCCTC*GCTCATCTTCTTTGCTCCAGTCGAGTG
GAAGCTTCTGCTCACAGATCTGGAGATTGATGATTCGGATGAAGCTATGATCTTTGAGAC
AGATCTGATTCCGGTGTTCAACGCCATGATCAGAGACTAATCGAGAAAAAAA

QA 1 532 1 532
DS 



CO CL1015Contig2 596 2 7 U
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CGATCTTTTATTTTGTTTTCCCGATTCAAACTCTGATAATGGCGTTGAACACAGGAATCA
GATCTGTGTCAAGGATCATAGCTTCATCCGAATCATCAATCTCCAGATCTGTGAGCAGAA
GCTTCCACTCGACTGGAGCAAAGAAGATGAGCGGAGGACATGGACATGACGAGCCATACT
ACCTCCACGCTAAGCACATGTACAATCTGGACCGCATGAAGTACCAAGGTCTCAAGATGT
CTCTTGGTGTCTTCACAGCTTTCAGCATCGGTGTTGGTGTTCCCATCTTTGCTGTTGTCT
TCCAGCAGAGGAAGACCGCTTCTGATTAAAGAGTCTTTTCTCTCTCATGGCGCTGCTCTT
GTTCCTCTTATTGAATAATTTTTAAACTTTTGCTTGTGCAAGAGAAAGTTTCTTGCTTCT
TTTGAAATCTTATATACACACAGTCTTACCGTTGTGGTAAAGTATATTTCGTTTCTGTTT
ATTCATATCATTTGTTGGCTGTTTTGACGCTGGAATAATGGAAATCTGATATTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3H032TF U 1
AF RR3H371TF U 25
BS 1 177 RR3H032TF
BS 178 178 RR3H371TF
BS 179 366 RR3H032TF
BS 367 367 RR3H371TF
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BS 385 385 RR3H371TF
BS 386 596 RR3H032TF

RD RR3H032TF 596 0 0
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CGATCTTTTATTTTGTTTTCCCGATTCAAACTCTGATAATGGCGTTGAACACAGGAATCA
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ACCTCCACGCTAAGCACATGTACAATCTGGACCGCATGAAGTACCAAGGTCTCAAGATGT
CTCTTGGTGTCTTCACAGCTTTCAGCATCGGTGTTGGTGTTCCCATCTTTGCTGTTGTCT
TCCAGCGGAGGAAGACCGCTTCTGGTTAAAGAGTCTTTTCTCTCTCATGGCGCTGCTCTT
GTTCCTCTTATTGAATAATTTTTAAACTTTTGCTTGTGCAAGAGAAAGTTTCTTGCTTCT
TTTGAAATCTTATATACACACAGTCTTACCGTTGTGGTAAAGTATATTTCGTTTCTGTTT
ATTCATATCATTTGTTGGCTGTTTTGACGCTGGAATAATGGAAATCTGATATTGAC

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3H371TF 572 0 0
GGAACAAAATCGCCGTAAAACTTGCAGAGTCGTCGTCGATCTTTTATTTTGTTTTCCCGA
TTCAAACTCTGATAATGGCGTTGAACACAGGAATCAGATCTGTGTCAAGGATCATAGCTT
CATCCGAATCATCAATCTCCAGATCTGTGAGCAGAAGCTTCCACTCGACTGGAGCAAAGA
AGATGAGCGGAGGACATGGACATGACGAGCCATACTACCTCCACGCTAAGCACATGTACA
ATCTGGACCGCATGAAGTACCAAGGTCTCAAGATGTCTCTTGGTGTCTTCACAGCTTTCA
GCATCGGTGTTGGTGTTCCCATCTTTGCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACCGCTTCTG
ATTAAAGAGTCTTTTCTCTCTCATGGCGCTGCTCTTGTTCCTCTTATTGAATAATTTTTA
AACTTTTGCTTGTGCAAGAGAAAGTTTCTTGCTTCTTTTGAAATCTTATATACACACAGT
CTTACCGTTGTGGTAAAGTATATTTCGTTTCTGTTTATTCATATCATTTGTTGGCTGTTT
TGACGCTGGAATAATGGAAATCTGATATTG
AT

QA 1 570 1 570
DS 



AS 2 6

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TGGGTGGATATATCTCCTCACAATCTGTGAAGAAGATTATTGAAATCAATCCTTATATGC
TTGGTACAATGGCTGGAGGAGCTGCTGACTGCCAATTCTGGCACAGAAATCTTGGAATTA
AGTGCCGTCTACATGAGCTGGCAAACAAGAGGAGAATCTCTGTTTCCGGAGCTTCAAAAC
TTCTCGCAAACATGCTCTACTCATACCGTGGAATGGGTCTTTCTGTCGGCACGATGATCG
CTGGATGGGAGGAAACTGGTCCTGGACTATACTATGTCGACAACGAAGGAGGAAGGCTCA
AGGGAGACAGGTTTTCAGTCGGTTCTGGTTCACCATACGCTTACGGTGTACTAGACAGCG
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ATGGATGGAAGAAACTGTCAGGAGATGACGTTGGGGAGCTACACTATCACTACTACCCTG
TGCCACCAGAAACTGCTGAACAAGTCATGGAGGAAGCAGCCGCTGAGTAATGAGATCCGT
TTTACTTCCGAATGATTCGCTCTCTTTTATGTGTGTTTTGCTTCTAGTAAGTATACTGAG
TTTTTATCTAGCTCTTAAGTTTTTGGTATTCACTATTACAAGGTTCTCCTTTTTTTATCT
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TAAAGTATGAAATAATCTGTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A741TF U 1
AF RR3A741JQ C 113
BS 1 821 RR3A741TF
BS 822 822 RR3A741JQ
BS 823 835 RR3A741TF
BS 836 864 RR3A741JQ

RD RR3A741TF 835 0 0
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AGGGAGACAGGTTTTCAGTCGGTTCTGGTTCACCATACGCTTACGGTGTACTAGACAGCG
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ATGGATGGAAGAAACTGTCAGGAGATGACGTTGGGGAGCTACACTATCACTACTACCCTG
TGCCACCAGAAACTGCTGAACAAGTCATGGAGGAAGCAGCCGCTGAGTAATGAGATCCGT
TTTACTTCCGAATGATTCGCTCTCTTTTATGTGTGTTTTGCTTCTAGTAAGTATACTGAG
TTTTTATCTAGCTCTTAAGTTTTTGGTATTCACTATTACAAGGTTCTCCTTTTTTTATCT
GCAAATACATGTTCACATTACTTTGTTCAAGCAGCTCTTTT*AACTCTCACCCTG

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR3A741JQ 752 0 0
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TGGAATTAAGTGCCGTCTACATGAGCTGGCAAACAAGAGGAGAATCTCTGTTTCCGGAGC
TTCAAAACTTCTCGCAAACATGCTCTACTCATACCGTGGAATGGGTCTTTCTGTCGGCAC
GATGATCGCTGGATGGGAGGAAACTGGTCCTGGACTATACTATGTCGACAACGAAGGAGG
AAGGCTCAAGGGAGACAGGTTTTCAGTCGGTTCTGGTTCACCATACGCTTACGGTGTACT
AGACAGCGGGTACAAATTCGATATGTCAGTTGAAGAAGCTTCCGAGTTAGCAAGGAGATC
AATCTACCATGCGACATTCCGTGATGGAGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGTGTACCACGT
GGGTCCTAATGGATGGAAGAAACTGTCAGGAGATGACGTTGGGGAGCTACACTATCACTA
CTACCCTGTGCCACCAGAAACTGCTGAACAAGTCATGGAGGAAGCAGCCGCTGAGTAATG
AGATCCGTTTTACTTCCGAATGATTCGCTCTCTTTTATGTGTGTTTTGCTTCTAGTAAGT
ATACTGAGTTTTTATCTAGCTCTTAAGTTTTTGGTATTCACTATTACAAGGTTCTCCTTT
TTTTATCTGCAAATACATGTTCACATTACTTTGTTCAAGCAGCTCTTTTTAACTCTCACC
CTGTGTTTTAAAGTATGAAATAATCTGTGATT

QA 1 752 1 752
DS 



CO CL1016Contig2 1096 4 18 U
GGGTGGCCCAGTTATATCCTTTGTGGTTTGCCCAGTGCTCAAGAAACGATCTATTCCTTC
TTCCTCGTCTTCAACTTCTTCTCGCTTAACCCTCTCTCTCAATTTGATAACTTTTCTTCA
GCAAGGGTTTTAACAATGAAGCTTGATACGAGTGGGTTCGAGACCTCCATGCCTACGATT
GGCTTCGGCTCTAGCAACGACATGCTTGACGGGTTTTCTACTGTGCCCTCATTTGATCTT
CCCCGGACCACAGATTTTGATGGGTTTCAGAAAGAAGCAGTACAGATGGTGAAGCCAGCG
AAAGGAACAACCACACTTGCTTTTATCTTCAAGGAAGGTGTCATGGTCGCTGCGGATTCT
CGTGCTAGCATGGGTGGATATATCTCCTCACAATCCGTGAAGAAGATTATTGAAATCAAT
CCTTATATGCTTGGCACAATGGCTGGAGGAGCTGCTGACTGCCAATTCTGGCACAGGAAT
CTTGGAATTAAGTGCCGTCTGCATGAGCTGGCAAACAAGAGGAGAATTTCTGTTTCGGGA
GCTCCAAAACTTCTCGCAAACATGCTCTACTCATACCGTGGAATGGG*ACTTTCCGTCGG
CACCATGATCGCTGG*ATGGGACGAAACTGG*TCCTGGACTATACTATGTGGACAACGAA
GGAGGAAGGCTCAAGGGAGACAGGTTCTCAGTCGGTTCCGGTTCACCATACGCTTACGGT
GTACTAGACAGCGGGTACAAGTTCGATATGTCAGTTGAAGAAGTTTCGGAGTTAGCAAGG
AGATCAATCTACCATGCTACATTCCGTGATGGAGCCAGTGGTGGTGTTGCTAGCGTGTAC
CACGTGGGTCCTAATGGATGGAAGAAACTGTCGGGAGATGATGTTGGGGAGCTACACTAT
CACTACTACCCCGTGCCACCAGCCATTGCGGAACAAGTCATGGAGGAAGCAGCTGCCGAG
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CTGTGGTATTCACTCTATTAAGATTCTCCCTTTTGTCTTCTTTAAACATTGCTCTCTTCG
ATCAGCTTGTTAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3GJ06TF U 65
AF RR3BH38TF U 1
AF RR3BH38JQ C 168
AF RR3GJ06JQ C 325
BS 1 98 RR3BH38TF
BS 99 100 RR3GJ06TF
BS 101 434 RR3BH38TF
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BS 436 543 RR3BH38TF
BS 544 544 RR3GJ06TF
BS 545 587 RR3BH38TF
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BS 589 615 RR3BH38TF
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BS 632 632 RR3GJ06TF
BS 633 718 RR3BH38TF
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BS 763 797 RR3BH38TF
BS 798 1096 RR3BH38JQ

RD RR3GJ06TF 604 0 0
GGGTCTTCAA
CTTCTTCTCGCTTAACCCTCTCTCTCAATTTGATAACTTTTCTTCAGCAAGGGTTTTAAC
AATGAAGCTTGATACGAGTGGGTTCGAGACCTCCATGCCTACGATTGGCTTCGGCTCTAG
CAACGACATGCTTGATGGGTTTTCTACTGTGCCCTCATTTGATCTTCCCCGGACCACAGA
TTTTGATGGGTTTCAGAAAGAAGCAGTACAGATGGTGAAGCCAGCGAAAGGAACAACCAC
ACTTGCTTTTATCTTCAAGGAAGGTGTCATGGTCGCTGCGGATTCTCGTGCTAGCATGGG
TGGATATATCTCCTCACAATCCGTGAAGAAGATTATTGAAATCAATCCTTATATGCTTGG
CACAATGGCTGGAGGAGCTGCTGACTGCCAATTCTGGCACAGGAATCTTGGAATTAAGTG
CCGTCTGCATGAGCTGGCAAACAAGAGGAGAATTTCTGTTTCGGGAGCTCCAAAACTTCT
CGCAAACATGCTCTACTCATACCGTGGAATGGG*ACTTTCCGTCG*CACCATGATCGCTG
G*ATGGGACGAAACTGG*TCCTGGACTATACTATGTGGACAACGAA
AGAGAAGC

QA 11 596 11 596
DS 

RD RR3BH38TF 800 0 0
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TTCCTCGTCTTCAACTTCTTCTCGCTTAACCCTCTCTC**AATTTGATAACTTTTCTTCA
GCAAGGGTTTTAACAATGAAGCTTGATACGAGTGGGTTCGAGACCTCCATGCCTACGATT
GGCTTCGGCTCTAGCAACGACATGCTTGACGGGTTTTCTACTGTGCCCTCATTTGATCTT
CCCCGGACCACAGATTTTGATGGGTTTCAGAAAGAAGCAGTACAGATGGTGAAGCCAGCG
AAAGGAACAACCACACTTGCTTTTATCTTCAAGGAAGGTGTCATGGTCGCTGCGGATTCT
CGTGCTAGCATGGGTGGATATATCTCCTCACAATCCGTGAAGAAGATTATTGAAATCAAT
CCTTATATGCTTGGTACAATGGCTGGAGGAGCTGCTGACTGCCAATTCTGGCACAGGAAT
CTTGGAATTAAGTGCCGTCTGCATGAGCTGGCAAACAAGAGGAGAATTTCTGTTTCGGGA
GCTTCAAAACTTCTCGCAAACATGCTCTACTCATACCGTGGAATGGGGACTTTCCGTCGG
CACCATGATCGCTGGGATGGGACGAAACTGGGTCCTGGACTATACTATGTGGACAACGAA
GGAGGAAGGCTCAAGGGAGACAGGTTCTCAGTCGGTTCCGGTTCACCATACGCTTACG*T
GTACTAGACAGCGGGTACAAGTTCGATATGTCAGTTGAAGA*GTTTCGGAGTTAGCAAGG
AGATCAATCTACCATGC
TAC

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3BH38JQ 929 0 0
CCATG
CTACGATTGGCTTCGGCTCTAGCAACGACATGCTTGACGGGTTTTCTACTGTGCCCTCAT
TTGATCTTCCCCGGACCACAGATTTTGATGGGTTTCAGAAAGAAGCAGTACAGATGGTGA
AGCCAGCGAAAGGAACAACCACACTTGCTTTTATCTTCAAGGAAGGTGTCATGGTCGCTG
CGGATTCTCGTGCTAGCATGGGTGGATATATCTCCTCACAATCCGTGAAGAAGATTATTG
AAATCAATCCTTATATGCTTGGTACAATGGCTGGAGGAGCTGCTGACTGCCAATTCTGGC
ACAGGAATCTTGGAATTAAGTGCCGTCTGCATGAGCTGGCAAACAAGAGGAGAATTTCTG
TTTCGGGAGCTTCAAAACTTCTCGCAAACATGCTCTACTCATACCGTGGAATGGG*ACTT
TCCGTCGGCACCATGATCGCTGG*ATGGGACGAAACTGG*TCCTGGACTATACTATGTGG
ACAACGAAGGAGGAAGGCTCAAGGGAGACAGGTTCTCAGTCGGTTCCGGTTCACCATACG
CTTACGGTGTACTAGACAGCGGGTACAAGTTCGATATGTCAGTTGAAGAAGTTTCGGAGT
TAGCAAGGAGATCAATCTACCATGCTACATTCCGTGATGGAGCCAGTGGTGGTGTTGCTA
GCGTGTACCACGTGGGTCCTAATGGATGGAAGAAACTGTCGGGAGATGATGTTGGGGAGC
TACACTATCACTACTACCCCGTGCCACCAGCCATTGCGGAACAAGTCATGGAGGAAGCAG
CTGCCGAGTAAAACCAAGATTCTCTTTTTTTGCTTCCAAATCATTTCACTCCATTTCTCT
AGCTTAAGCTGTGGTATTCACTCTATTAAGATTCTCCCTTTTGTCTTCTTTAAACATTGC
TCTCTTCGATCAGCTTGTTAAACT

QA 6 929 6 929
DS 

RD RR3GJ06JQ 772 0 0
TTTC
TCAAGGAAGGTGTCATGGTCGCTGCGGATTCTCGTGCTAGCATGGGTGGATATATCTCCT
CACAATCCGTGAAGAAGATTATTGAAATCAATCCTTATATGCTTGGCACAATGGCTGGAG
GAGCTGCTGACTGCCAATTCTGGCACAGGAATCTTGGAATTAAGTGCCGTCTGCATGAGC
TGGCAAACAAGAGGAGAATTTCTGTTTCGGGAGCTCCAAAACTTCTCGCAAACATGCTCT
ACTCATACCGTGGAATGGG*ACTTTCCGTCGGCACCATGATCGCTGG*ATGGGACGAAAC
TGG*TCCTGGACTATACTATGTGGACAACGAAGGAGGAAGGCTCAAGGGAGACAGGTTCT
CAGTCGGTTCCGGTTCACCATACGCTTACGGTGTACTAGACAGCGGGTACAAGTTCGATA
TGTCAGTTGAAGAAGCTTCGGAGTTAGCAAGGAGATCAATCTACCATGCTACATTCCGTG
ATGGAGCCAGTGGTGGTGTTGCTAGCGTGTACCACGTGGGTCCTAATGGATGGAAGAAAC
TGTCGGGAGATGATGTTGGGGAGCTACACTATCACTACTACCCCGTGCCACCAGCCATTG
CGGAACAAGTCATGGAGGAAGCAGCTGCCGAGTAAAACTAAGATTCTCTTTTTTTGCTTC
CAAATCATTTCACTCCATTTCTCTAGCTTAAGCTGTGGTATTCACTCTATTAAGATTCTC
CCTTTTGTCTTCTTTAAACATTGCTCTCTTCGATCAGCTTGTTAAAC
C

QA 5 771 5 771
DS 



AS 1 7

CO CL1017Contig1 946 7 27 U
GGATCATCATCATCCCCCAAAACTCCAGTTGGTGAAATGGAGGTAAGTATGTCTCTCAAC
GCGTTAACTCGGCTTCCACTGAAGAACACGGGAAGACTCGAAGAGTTCGGTTTAGCGAGA
CACTCTCTGTTCACCTCCTCGAGAACGCCATGCCAAGAGAAGGCGCAGCAGCGGAGGAGG
GTTTTAGTGGTGGAGGCGAAGGGGAAGAAAGGTATGGCAGCGCGTCAGTATCAACGTACG
CCTCCCCCTATGCCTAAGATTGAAGACGACGGAAACCCTATATTCGTTATCTTCATTCGT
ATGGCCAACGTGTATCTTTGGTATCCTCTCAGTATAATAGCTGGAGGTACAACTGCCAAG
ATCATGGTTGCTGCTAAAGACAACCTCTTGGGGAAGTATATCTATAAAGACACCATTGCT
AGAAATATTGCTGCTGTTATTTACAGAGATGAGAAGGAGATACAAAAGACAGCAATTAAG
CAGCATCGTGTCTTGCGGACAGCCACTGAGTTTCGATATGGCTACAAACTTGTTGAAAAT
GGAAATATGAGAGCTGCACTTAGTACCTCAGATGTCATCGAGCTCCCAACCCAGGACCAG
CTTAAAACAGTATTGGACAAAGTGAAAGACTTTTTTGGGGATGCAAAAGAGTCCTTCGGA
AAGATATCATCACTGAATCCTGGGACAGATGAAGAAACCGAAGGAAGAACTGATGAGAAA
GCCAAGGTCCAAGGCTGAACGATTGACACATGATGGGCTGATTCCGAATGTCTCAACCGT
CTTGATATGGAATGCAGAAGTTCACTGGATAGGACGAGATTGTCCACTACTTTGTGCACA
TTTTTCTTTATACACCCTCTGAGAGAAACAGTTTCTCCTAAATCTCTTGTAACATATAAC
TTATTGTGTCTGTAGATTTGTTGAAAGAAAGAGCTGTTTGGTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 30 30 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 25 40 15 40 40 40 40 25 40 15 40 40 40 40 15 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 20 35 35 35 20 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR3EU43TF U 1
AF RR3GB29TF U 39
AF RR3D493TF U 10
AF RR3EU43JQ C 552
AF RR3D493JQ C 153
AF RR3CF35JQ C 423
AF RR3CF35TF U 438
BS 1 280 RR3EU43TF
BS 281 281 RR3D493TF
BS 282 692 RR3EU43TF
BS 693 693 RR3GB29TF
BS 694 702 RR3EU43TF
BS 703 703 RR3CF35TF
BS 704 705 RR3EU43TF
BS 706 708 RR3GB29TF
BS 709 724 RR3EU43TF
BS 725 725 RR3GB29TF
BS 726 726 RR3EU43TF
BS 727 727 RR3CF35TF
BS 728 731 RR3EU43TF
BS 732 732 RR3GB29TF
BS 733 733 RR3EU43TF
BS 734 734 RR3CF35TF
BS 735 738 RR3EU43TF
BS 739 739 RR3CF35TF
BS 740 743 RR3EU43TF
BS 744 744 RR3CF35TF
BS 745 762 RR3EU43TF
BS 763 763 RR3GB29TF
BS 764 767 RR3EU43TF
BS 768 768 RR3CF35TF
BS 769 775 RR3EU43TF
BS 776 943 RR3CF35TF
BS 944 946 RR3D493JQ

RD RR3EU43TF 775 0 0
GGATCATCATCATCCCCCAAAACTCCAGTTGGTGAAATGGAGGTAAGTATGTCTCTCAAC
GCGTTAACTCGGCTTCCACTGAAGAACACGGGAAGACTCGAAGAGTTCGGTTTAGCGAGA
CACTCTCTGTTCACCTCCTCGAGAACGCCATGCCAAGAGAAGGCGCAGCAGCGGAGGAGG
GTTTTAGTGGTGGAGGCGAAGGGGAAGAAAGGTATGGCAGCGCGTCAGTATCAACGTACG
CCTCCCCCTATGCCTAAGATTGAAGACGACGGAAACCCTAGATTCGTTATCTTCATTCGT
ATGGCCAACGTGTATCTTTGGTATCCTCTCAGTATAATAGCTGGAGGTACAACTGCCAAG
ATCATGGTTGCTGCTAAAGACAACCTCTTGGGGAAGTATATCTATAAAGACACCATTGCT
AGAAATATTGCTGCTGTTATTTACAGAGATGAGAAGGAGATACAAAAGACAGCAATTAAG
CAGCATCGTGTCTTGCGGACAGCCACTGAGTTTCGATATGGCTACAAACTTGTTGAAAAT
GGAAATATGAGAGCTGCACTTAGTACCTCAGATGTCATCGAGCTCCCAACCCAGGACCAG
CTTAAAACAGTATTGGACAAAGTGAAAGACTTTTTTGGGGATGCAAAAGAGTCCTTCGGA
AAGATATCATCACTGAATCCTGGGACAGATGA*GAAACCGAA*GAG**ACTGATGAGAAA
GCCA*G*TCCACG*CTGA*CGAT*GACACATGATGGGCTGAT*CCGA*TGTCTCA

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3GB29TF 743 0 0
GGAGGTAAGTATGTCTCTCAACGCGTTAACTCGGCTTCCACTGAAGAACACGGGGAGACT
CGAAGAGTTCGGTTTAGCGAGACACTCTCTGTTCACCTCCTCGAGAACGCCATGCCAAGA
GAAGGCGCAGCAGCGGAGGAGGGTTTTAGTGGTGGAGGCGAAGGGGAAGAAAGGTATGGC
AGCGCGTCAGTATCAACGTACGCCTCCCCCTATGCCTAAGATTGAAGACGACGGAAACCC
TAGATTCGTTATCTTCATTCGTATGGCCAACGTGTATCTTTGGTATCCTCTCAGTATAAT
AGCTGGAGGTACAACTGCCAAGATCATGGTTGCTGCTAAAGACAACCTCTTGGGGAAGTA
TATCTATAAAGACACCATTGCTAGAAATATTGCTGCTGTTATTTACAGAGATGAGAAGGA
GATACAAAAGACAGCAATTAAGCAGCATCGTGTCTCGCGGACAGCCACTGAGTTTCGATA
TGGCTACAAACTTGTTGAAAATGGAAATATGAGAGCTGCACTTAGTACCTCAGATGTCAT
CGAGCTCCCAACCCAGGACCAGCTTAAAACAGTATTGGACAAAGTGAAAGACTTTTTTGG
GGATGCAAAAGAGTCCTTCGGAAAGATATCATCACTGAATCCTGGGACAGATGAAGAAAC
CGAAAGAAGAACTGATGAGAAAGCCAAG*TCCAAG*CTGA*CGAT*GACACATGATGGGC
TGATTCCGA
TGTCTCACCGTCTT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3D493TF 715 0 0
GG
ATCCCCCAAAACTCCAGTTGGTGAAATGGAGGTAAGTATGTCTCTCAACGCGTTAACTCG
GCTTCCACTGAAGAACACGGGAAGACTCGAAGAGTTCGGTTTAGCGAGACACTCTCTGTT
CACCTCCTCGAGAACTCCATGCCAAGAGAAGGCGCAGCAGCGGAGGAGGGTTTTAGTGGT
GGAGGCGAAGGGGAAGAAAGGTATGGCAGCGCGTCAGTATCAACGTACGCCTCCCCCTAT
GCCTAAGATTGAAGACGACGGAAACCCTATATTCGTTATCTTCATTCGTATGGCCAACGT
GTATCTTTGGTATCCTCTCAGTATAATAGCTGGAGGTACAACTGCCAAGATCATGGTTGC
TGCTAAAGACAACCTCTTGGGGAAGTATATCTATAAAGACACCATTGCTAGAAATATTGC
TGCTGTTATTTACAGAGATGAGAAGGAGATACAAAAGACAGCAATTAAGCAGCATCGTGT
CTTGCGGACAGCCACTGAGTTTCGATATGGCTACAAACTTGTTGAAAATGGAAATATGAG
AGCTGCACTTAGTACCTCAGATGTCATCGAGCTCCCAACCCAGGACCAGCTTAAAACAGT
ATTGGACAAAGTGAAAGACTTTTTTGGGGATGCAAAAGAGTCCTTCGGAAAGATATCATC
ACTGAATCCTGGGACAGATGAAGAAACCGAA*GAAGAACTGATGAGAAAGCCA

QA 3 715 3 715
DS 

RD RR3EU43JQ 304 0 0
AGCTGCACTTAGTACCTCAGATGTCATCGAGCTCCCAACCCAGGACCAGCTTAAAACAGT
ATTGGACAAAGTGAAAGACTTTTTTGGGGATGCAAAAGAGTCCTTCGGAAAGATATCATC
ACTGAATCCTGGGACAGATGAAGAAACCGAAGGAAGAACTGATGAGAAAGCCAAGGTCCA
AGGCTGAACGATTGACACATGATGGGCTGATTCCGAATGTTTCAACCGTCTTGATATGGA
ATGCAGAAGTTCACTGGATAGGACGAGATTGTCCACTACTTTGTGCACATTTTTCTTTAT
ACAC

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR3D493JQ 794 0 0
CCAAGAGAAGGCGCAGCAGCGGAGGAGGGTTTTAGTGGTGGAGGCGAAGGGGAAGAAAGG
TATGGCAGCGCGTCAGTATCAACGTACGCCTCCCCCTATGCCTAAGATTGAAGACGACGG
AAACCCTATATTCGTTATCTTCATTCGTATGGCCAACGTGTATCTTTGGTATCCTCTCAG
TATAATAGCTGGAGGTACAACTGCCAAGATCATGGTTGCTGCTAAAGACAACCTCTTGGG
GAAGTATATCTATAAAGACACCATTGCTAGAAATATTGCTGCTGTTATTTACAGAGATGA
GAAGGAGATACAAAAGACAGCAATTAAGCAGCATCGTGTCTTGCGGACAGCCACTGAGTT
TCGATATGGCTACAAACTTGTTGAAAATGGAAATATGAGAGCTGCACTTAGTACCTCAGA
TGTCATCGAGCTCCCAACCCAGGACCAGCTTAAAACAGTATTGGACAAAGTGAAAGACTT
TTTTGGGGATGCAAAAGAGTCCTTCGGAAAGATATCATCACTGAATCCTGGGACAGATGA
AGAAACCGAAGGAAGAACTGATGAGAAAGCCAAGGTCCAAGGCTGAACGATTGACACATG
ATGGGCTGATTCCGAATGTCTCAACCGTCTTGATATGGAATGCAGAAGTTCACTGGATAG
GACGAGATTGTCCACTACTTTGTGCACATTTTTCTTTATACACCCTTTGAGAGAAACAGT
TTCTCCTAAATCTCTTGTAACATATAACTTATTGTGTCTGTAGATTTGTTGAAAGAAAGA
GCTGTTTGGTTACG

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3CF35JQ 521 0 0
G
AATATTGCTGCTGTTATTTACAGAGATGAGAAGGAGATACAAAAGACAGCAATTAAGCAG
CATCGTGTCTTGCGGACAGCCACTGAGTTTCGATATGGCTACAAACTTGTTGAAAATGGA
AATATGAGAGCTGCACTTAGTACCTCAGATGTCATCGAGCTCCCAACCCAGGACCAGCTT
AAAACAGTATTGGACAAAGTGAAAGACTTTTTTGGGGATGCAAAAGAGTCCTTCGGAAAG
ATATCATCACTGAATCCTGGGACAGATGAAGAAACCGAAGGAAGAACTGATGAGAAAGCC
AAGGTCCAAGGCTGAACGATTGACACATGATGGGCTGATTCCGAATGTCTCAACCGTCTT
GATATGGAATGCAGAAGTTCACTGGATAGGACGAGATTGTCCACTACTTTGTGCACATTT
TTCTTTATACACCCTCTGAGAGAAACAGTTTCTCCTAAATCTCTTGTAACATATAACTTA
TTGTGTCTGTAGATTTGTTGAAAGAAAGAGCTGTTTGGTT

QA 2 521 2 521
DS 

RD RR3CF35TF 506 0 0
TATTTACAGAGATGAGAAGGAGATACAAAAGACAGCAATTAAGCAGCATCGTGTCTTGCG
GACAGCCACTGAGTTTCGATATGGCTACAAACTTGTTGAAAATGGAAATATGAGAGCTGC
ACTTAGTACCTCAGATGTCATCGAGCTCCCAACCCAGGACCAGCTTAAAACAGTATTGGA
CAAAGTGAAAGACTTTTTTGGGGATGCAAAAGAGTCCTTCGGAAAGATATCATCACTGAA
TCCTGGGACAGATGAAGAAACCGAAGGAAGAACTGATGAGAAAGCCAAGGTCCAAGGCTG
AACGATTGACACATGATGGGCTGATTCCGAATGTCTCAACCGTCTTGATATGGAATGCAG
AAGTTCACTGGATAGGACGAGATTGTCCACTACTTTGTGCACATTTTTCTTTATACACCC
TCTGAGAGAAACAGTTTCTCCTAAATCTCTTGTAACATATAACTTATTGTGTCTGTAGAT
TTGTTGAAAGAAAGAGCTGTTTGGTT

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 7

CO CL1018Contig1 535 7 12 U
GGGGCGTACAAACTAGAGAAATCGAGAGAGGGGCTAGGGTTTGTGATTCCATCCAAGAAA
GAGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAGAAAGTAAGGGTG
AAGTGTAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGCAGACGGGA
ACGCGAGCGGAGAAGATTCGGATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATCACATCACT
CTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAACTAGGCGAAC
CGGAGGGGTGCTAAGCAAGTGTGTGCTGAAGGAATGTTGTTGATTTGCGCACCTCCATAA
ACAACAATAAATATGTCTGTAAAATTGGGTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGT
AAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCTTCCGACTTTTGTCTACGGTAAAGT
CTCTCGGTGTTGTGCTCGATTGCTATAATTCTAAATGTTGCCCATAACTTTCTGG


BQ
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX57JQ C 1
AF RR3BQ40TF U 218
AF RR3C838JQ C 2
AF RR3AR70JQ C 2
AF RR3AR70TF U 2
AF RR3C838TF U 2
AF RR3FX57TF U 1
BS 1 1 RR3FX57JQ
BS 2 26 RR3AR70TF
BS 27 27 RR3C838TF
BS 28 31 RR3AR70TF
BS 32 32 RR3C838TF
BS 33 40 RR3AR70TF
BS 41 41 RR3C838TF
BS 42 218 RR3AR70TF
BS 219 250 RR3BQ40TF
BS 251 251 RR3AR70TF
BS 252 529 RR3BQ40TF
BS 530 535 RR3FX57JQ

RD RR3FX57JQ 535 0 0
GGGGCGTACAAACTAGAGAAATCGAGAGAGGGGCTAGGGTTTGTGATTCCATCCAAGAAA
GAGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAGAAAGTAAGGGTG
AAGTGTAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGCAGACGGGA
ACGCGAGCGGAGAAGATTCGGATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATCACATCACT
CTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAACTAGGCGAAC
CGGAGGGGTGCTAAGCAAGTGTGTGCTGAAGGAATGTTGTTGATTTGCGCACCTCCATAA
ACAACAATAAATATGTCTGTAAAATTGGGTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGT
AAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCTTCCGACTTTTGTCTACGGTAAAGT
CTCTCGGTGTTGTGCTCGATTGCTATAATTCTAAATGTTGCCCATAACTTTCTGG

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3BQ40TF 312 0 0
G
CATCTACAAGGATCACATCACTCTCAAGGACTGCGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGA
GCTCTACTACAACTAGGCGAACCGGAGGGGTGCTAAGCAAGTGTGTGCTGAAGGAATGTT
GTTGATTTGCGCACCTCCATAAACAACAATAAATATGTCTGTAAAATTGGGTAATTGGTT
TCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCTTC
CGACTTTTGTCTACGGTAAAGTCTCTCGGTGTTGTGCTCGATTGCTATAATTCTAAATGT
TGCCCATAACT

QA 2 312 2 312
DS 

RD RR3C838JQ 497 0 0
GGGCGTACAAACTAGAGAAATCGAGAGAGGGGCTAGGGTTTGTGATTCCATCCAAGAAAG
AGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAGAAAGTAAGGGTGA
AGTGTAACGAAGACGACACGATCGGTGATTTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGCAGACGGGAA
CGCGAGCGGAGAAGATTCGGATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATCACATCACTC
TCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAACTAGGCGAACC
GGAGGGGTGCTAAGCAAGTGTGTGCTGAAGGAATGTTGTTGATTTGCGCACCTCCATAAA
CAACAATAAATATGTCTGTAAAATTGGGTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTA
AAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCTTCCGACTTTTGTTTACGGTAAAGTC
TCTCGGTGTTGTGCTCG

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR3AR70JQ 505 0 0
GGGCGTACAAACTAGAGAAATCGAGTGAGGAGCTAGGGTCTGTGATTCCATCCAAGAAAG
AGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAGAAAGTAAGGGTGA
AGTGTAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGCAGACGGGAA
CGCGAGCGGAGAAGATTCGGATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATCACATCACTC
TCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAACTAGGCGAACC
GGAGGGGTGCTAAGCAAGTGTGTGCTGAAGGAATGTTGTTGATTTGCGCACCTCCATAAA
CAACAATAAATATGTCTGTAAAATTGGGTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTA
AAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCTTCCGACTTTTGTCTACGGTAAAGTC
TCTCGGTGTTGTGCTCGATTGCTAT

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR3AR70TF 505 0 0
GGGCGTACAAACTAGAGAAATCGAGTGAGGAGCTAGGGTCTGTGATTCCATCCAAGAAAG
AGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAGAAAGTAAGGGTGA
AGTGTAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGCAGACGGGAA
CGCGAGCGGAGAAGATTCGGATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATCACATCACTC
TCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAACTAGGCGAACC
GGAGGGGTGCTAAGCAAGTGTGTGCTGAAGGAATGTTGTTGATTTGCGCACCTCCATAAA
CAACAATAAATATGTCTGTAAAATTGGGTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTA
AAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCTTCCGACTTTTGTCTACGGTAAAGTC
TCTCGGTGTTGTGCTCGATTGCTAT

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR3C838TF 497 0 0
GGGCGTACAAACTAGAGAAATCGAGAGAGGGGCTAGGGTTTGTGATTCCATCCAAGAAAG
AGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAGAAAGTAAGGGTGA
AGTGTAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGCAGACGGGAA
CGCGAGCGGAGAAGATTCGGATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATCACATCACTC
TCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAACTAGGCGAACC
GGAGGGGTGCTAAGCAAGTGTGTGCTGAAGGAATGTTGTTGATTTGCGCACCTCCATAAA
CAACAATAAATATGTCTGTAAAATTGGGTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTA
AAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCTTCCGACTTTTGTCTACGGTAAAGTC
TCTCGGTGTTGTGCTCG

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR3FX57TF 535 0 0
G
GGGCGTACAAACTAGAGAAATCGAGAGAGGGGCTAGGGTTTGTGATTCCATCCAAGAAAG
AGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAGAAAGTAAGGGTGA
AGTGTAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGCAGACGGGAA
CGCGAGCGGAGAAGATTCGGATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATCACATCACTC
TCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAACTAGGCGAACC
GGAGGGGTGCTAAGCAAGTGTGTGCTGAAGGAATGTTGTTGATTTGCGCACCTCCATAAA
CAACAATAAATATGTCTGTAAAATTGGGTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTA
AAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCTTCCGACTTTTGTCTACGGTAAAGTC
TCTCGGTGTTGTGCTCGATTGCTATAATTCTAAATGTTGCCCATAACT
TTCTGG

QA 2 529 2 529
DS 



AS 1 7

CO CL1019Contig1 1637 7 7 U
CGCTTTTAAACTTGTTTTAGATATTAAGGTGCAAACTTCTTCAACTTTACAAGAAGATCC
TACTGATTAACTTCTACATTTTTGTTCTTTGCAACTTTTTCAGTCAAATTAAAAAAAAAA
TCCACGAATTAGAAAAAGTAAAAACTATTTGTTCCTTTCATATTCTTTTTCTTAAGATTT
CTAACCGATATGAGAAGAAGTTTTAAGCCTCAGAAATTCGCTTGAAGCTGAGCGAATTCC
GATAAAAATCTCAAAATTGAATGCTTAGGGCTTTGGTCATCACCAGGCCCTTTGTCCAGA
GTCTCAAGTACACCCTTCATGACTCGAGTGTAGAGCCTCTCCATCTGCGGAATGCTGTAG
TTCTCAGTACGCTCCATCAGCATTCCCTTTACAGATTCTATCTCGCTTGAGACGTCTTCG
ACTGACTTCACAGAATCTTGGGAACATTCACCACTCGCTTCTTCCCCACAAGCTTCATCA
TCATCCTCTTTTCTAGGCTGATCTTCTGCTGAACAAGGCGGCGCTGATGAGTTTGATTTG
GCTGCTGCTTCCAGAGGTGTCATTTCTACGTCTGAATCTTGGTGTTCTGGTTTCTCTGCA
GCTGAATCTGTACAGGCAGTATCAGCTGTTTTCTTAGGCTTTTTAAGACCTTCATGTTCT
CGGTCTATATTAACCTCTGGCTGCACATTTCGAAGCCGGGCACTTGCTCTAGTAACAGTC
CCACCCATCTGCACTACAGGAGCTAAACCAAGGATAGAACCACTCAGATCATCTGGTATC
TGTGCAGGACCACCTTCAGCTGCGATCTTGTCACAATATGTTAGCAGTGCAGGGTCCATC
TGCGAAAGCATCCCATGCACTACATCACGAAGCTCATAGGCTCTACTGACAATTCTCGCT
CCAGCGTAATCATTTCCATTGTAAGCCTTGGCATTTCTCACAATGAGATCAACATCTTGC
AAGAACGGTGAACATGTGAGGTACTGCCCAGCATCGACACGCTGCAGCAGAGTTGCCGTA
TCCATTGGATTTTGAATTATTGAGCGATAGTCTGGAACATCCTCATCAGTAACTGGGAAG
TGGAATGCGCTGAATCTTTTATCATATAGTATCCTATTGCAAACGTCTCTGAGACACATA
CGCAATCGTCGAAGGGCATGCTGCTCTGCTTCCACCTTGGCTTTTATTTCTGCGGGTTTT
GGACCAGTAGGTTCTTTTGGAAGCTTTGGAAGTTCTGGAAGGGGTGGTCCATCAGGTTTG
CCATTTAAGCCGGAAATGACTGAGAGAGCAGCTTCAATCAAACGGTCAAAGAACAAAGAC
CTGTCTTCGCCTGATGGTTTGTCCACAGTATAGACAGATCGATTGTCAAATACAGACTGC
TCTTCAATGTCAGATAATTCACCATAAGATGTAGCAAGTAATAATATGGGCAGGTTTGAT
GGTAGTTCTTCTAACAAAGTCAGAAATACAGCCCTTAGCTGTTCATGCGCATTTTCCCAC
CAATTATTGAACATCGGTATGTAAAGTATTGAAGGTGTTGTTCTCCTAGCTTCGCTAAAT
ATATGTACTAAAGCCTCCTCCGGGGTCTTGGCACCAGGATCCGAAAGAAGAGATGGAAGT
CCCAGAGAGTGAATAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F691JQ U 1
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AF RR3AV42JQ U 91
AF RR3DG84JQ U 152
AF RR3BJ32TF C 293
AF RR3DG84TF C 293
AF RR3AV42TF C 933
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CTAACCGATATGAGAAGAAGTTTTAAGCCTCAGAAATTCGCTTGAAGCTGAGCGAATTCC
GATAAAAATCTCAAAATTGAATGCTTAGGGCTTTGGTCATCACCAGGCCCTTTGTCCAGA
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TTCTCAGTACGCTCCATCAGCATTCCCTTTACAGATTCTATCTCGCTTGAGACGTCTTCG
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GC

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ATCCACGAATTAGAAAAAGTAAAAACTATTTGTTCCTTTCATATTCTTTTTCTTAAGATT
TCTAACCGATATGAGAAGAAGTTTTAAGCCTCAGAAATTCGCTTGAAGCTGAGCGAATTC
CGATAAAAATCTCAAAATTGAATGCTTAGGGCTTTGGTCATCACCAGGCCCTTTGTCCAG
AGTCTCAAGTACACCCTTCATGACTCGAGTGTAGAGCCTCTCCATCTGCGGAATGCTGTA
GTTCTCAGTACGCTCCATCAGCATTCCCTTTACAGATTCTATCTCGCTTGAGACGTCTTC
GACTGACTTCACAGAATCTTGGGAACATTCACCACTCGCTTCTTCCCCACAAGCTTCATC
ATCATCCTCTTTTCTAGGCTGATCTTCTGCTGAACAAGGCGGCGCTGATGAGTTTGATTT
GGCTGCTGCTTCCAGAGGTGTCATTTCTACGTCTGAATCTTGGTGTTCTGGTTTCTCTGC
AGCTGAATCTGTACAGGCAGTATCAGCTGTTTTCTTAGGCCTTTTAAGACCTTCATGTTC
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CCCACCCATCTGCACTACAGGAGCTAAACCAAGGATAGAACCACTCAGATCATCTGGTAT
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DS 

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CTTTGGTCATCACCAGGCCCTTTGTCCAGAGTCTCAAGTACACCCTTCATGACTCGAGTG
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ACAGATTCTATCTCGCTTGAGACGTCTTCGACTGACTTCACAGAATCTTGGGAACATTCA
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AGGATAGAACCACTCAGATCATCTGGTATCTGTGCAGG

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AGAAATTCGCTTGAAGCTGAGCGAATTCCGATAAAAATCTCAAAATTGAATGCTTAGGGC
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AGAGCCTCTCCATCTGCGGAATGCTGTAGTTCTCAGTACGCTCCATCAGCATTCCCTTTA
CAGATTCTATCTCGCTTGAGACGTCTTCGACTGACTTCACAGAATCTTGGGAACATTCAC
CACTCGCTTCTTCCCCACAAGCTTCATCATCATCCTCTTTTCTAGGCTGATCTTCTGCTG
AACAAGGCGGCGCTGACGAGTTTGATTTGGCTGCTGCTTCCAGAGGTGTCATTTCTACGT
CTGAATCTTGGTGTTCTGGTTTCTCTGCAGCTGAATCTGTACAGGCAGTATCAGCTGTTT
TCTTAGGCTTTTTAAGACCTTCATGTCCTCGGTCTATATTAACCTCTGGCTGCACATTTC
GAAGCCGGGCACTTGCTCTAGTAACAGTCCCACCCATCTGCACTACAGGAGCTAAACCAA
GGATAGAACCACTCAGATCATCTGGTATCTGTGCAGGACCACCTTCAGCTGCGATCTTGT
CACAATATGTTAGCAGTGCAGGGTCCATCTGCGAAAGCATCCCATGCACTACATCACGAA
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DS 

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CATGTTCTCGGTCTATATTAACCTCTGGCTGCACATTTCGAAGCCGGGCACTTGCTCTAG
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CATCTTGCAAGAACGGTGAACATGTGAGGTACTGCCCAGCATCGACACGCTGCAGCAGAG
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CGTCTTCGACTGACTTCACAGAATCTTGGGAACATTCACCACTCGCTTCTTCCCCACAAG
CTTCATCATCATCCTCTTT*CTAGGCTGATCTTCTGCTGAACAAGGCGGCGCTGACGAGT
TTGATTTGGCTGCTGCTTCCAGAGGTGTCATTTCTACGTCTGAATCTTGGTGTTCTGGTT
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CATGTCCTCGGTCTATATTAACCTCTGGCTGCACATTTCGAAGCCGGGCACTTGCTCTAG
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GGTCCATCTGCGAAAGCATCCCATGCACTACATCACGAAGCTCATAGGCTCTACTGACAA
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CATCTTGCAAGAACGGTGAACATGTGAGGTACTGCCCAGCATCGACACGCTGCAGCAGAG
TTGCCGTATCCATTGGATTTTGAATTATTGAG
CGATACC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3AV42TF 705 0 0
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ATCGACACGCTGCAGCAGAGTTGCCGTATCCATTGGATTTTGAATTATTGAGCGATAGTC
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TTCTGGAAGGGGTGGTCCATCAGGTTTGCCATTTAAGCCGGAAATGACTGAGAGAGCAGC
TTCAATCAAACGGTCAAAGAACAAAGACCTGTCTTCGCCTGATGGTTTGTCCACAGTATA
GACAGATCGATTGTCAAATACAGACTGCTCTTCAATGTCAGATAATTCACCATAAGATGT
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AGGTGTTGTTCTCCTAGCTTCGCTAAATATATGTACTAAAGCCTCCTCCGGGGTCTTGGC
ACCAGGATCCGAAAGAAGAGATGGAAGTCCCAGAGAGTGAATAGC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 7

CO CL1020Contig1 757 7 3 U
AGACCCTGATTCACTTAGTGTCTTCGTCGTTAGCTAGCTGGAGAAGTTTGAGCGGCTGCT
ACTTCGATTTCGAGTCTTTTGAGCTTTTGAAGAATGGTGAGAATCAGCGTGCTTAACGAT
GCTCTCAAGAGTATGTTCAACGCGGAGAAGAGAGGGAAGAGGCAGGTTATGATCAGGCCT
TCTTCCAAAGTCATCATCAAGTTTCTCATCGTCATGCAGAAACACGGTTACATTGGTGAG
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AACAAATGTGGTGTCATCAGCCCTCGTTTCGACGTTGGTGTTAAGGAGATTGAAAGCTGG
ACCGCTCGTCTTCTTCCTTCCCGACAGTTTGGTTACATTGTTCTTACAACCTCTGCCGGT
ATCATGGACCACGAAGAAGCAAGGAGGAAGAATGTTGGTGGCAAGGTTCTTGGATTCTTT
TACTGAAAAGCCATATCTTTGTCCTGGTTATACTTTGCTTCTCCTTTTGGTGAGATGAGG
AATTCGATTGAGCCCAGAGTCAAGAGAGGGTAGTAAGAGTTTTTGATGCGTTCGTTTTCT
TAGATAATCATTTTGTTTGTTTTGCGCCAATGTAGACAGTATGACGTGCTTATTTTGAGT
CGATCATTTTATCTTCCCTTTGCTAGACACTTGTACCCTCTTGTTTCGATGGTTAAAGCA
TCATAATCAATTTTCTAAATCAATAAACCTTTGATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BN81TF U 154
AF RR3GQ02TF U 6
AF RR3GQ02JQ C 76
AF RR3H501TF U 6
AF RR3FU12TF U 1
AF RR3BN81JQ C 62
AF RR3H501JQ C 10
BS 1 135 RR3FU12TF
BS 136 136 RR3GQ02TF
BS 137 757 RR3FU12TF

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GTTGGTGTTAAGGAGATTGAAAGCTGGACCGCTCGTCTTCTTCCTTCCCGACAGTTTGGT
TACATTGTTCTTACAACCTCTGCCGGTATCATGGAC

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DS 

RD RR3GQ02TF 620 0 0
GGGA
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GGTGTCATCAGCCCTCGTTTCGACGTTGGTGTTAAGGAGATTGAAAGCTGGACCGCTCGT
CTTCTTCCTTCCCGACAGTTTGGTTGCATTGTTCTTACAGCCTCTGCCGGTATCATGGAC
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ATTTTGTTTGTTTTGC

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DS 

RD RR3GQ02JQ 602 0 0
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TTCAACGCGGAGAAGAGAGGGAAGAGGCAGGTTATGATCAGGCCTTCTTCCAAAGTCATC
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GACCACAGGTCTGGAAAGATTGTGGTGGAGCTTAATGGAAGACTGAACAAATGTGGTGTC
ATCAGCCCTCGTTTCGACGTTGGTGTTAAGGAGATTGAAAGCTGGACCGCTCGTCTTCTT
CCTTCCCGACAGTTTGGTTGCATTGTTCTTACAGCCTCTGCCGGTATCATGGACCACGAA
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TCTTTGTCCTGGTTATACTTTGCTTCTCCTTTTGGTGAGATGAGGAATTCGATTGAGCCC
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TTTGTTTTGCGCCAATGTAGACAGTATGACGTGCTTATTTTGAGTCGATCATTTTATCTT
CC

QA 1 602 1 602
DS 

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CTGA
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AGTATGTTCAACGCGGAGAAGAGAGGGAAGAGGCAGGTTATGACCAGGCCTTCTTCCAAA
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GTTGATGACCACAGGTCTGGAAAGATTGTGGTGGAGCTTAATGGAAGACTGAACAAATGT
GGTGTCATCAGCCCTCGTTTCGACGTTGGTGTTAAGGAGATTGAAAGCTGGACCGCTCGT
CTTCTTCCTTCCCGACAGTTTGGTTACATTGTTCTTACAACCTCTGCCGGTATCATGGAC
CACGAAGAAGCAAGGAGGAAGAATGTTGGTGGCAAGGTTCTTGGATTCTTTTACTGAAAA
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GAGCCCAGAGTCAAGAGAGGGTAGTAAGAGTTTTTGATGCGTTCGTTTTCTTAGATAATC
ATTTTGTTTGTTTTGCGCCAATGTAGACAGTATGACGTGCTTATTTTGAGTCGATCATTT
TATCTTCCCTTTGCTAGACACTTGTACCCTCTTGTTTC

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DS 

RD RR3FU12TF 757 0 0
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TCTTCCAAAGTCATCATCAAGTTTCTCATCGTCATGCAGAAACACGGTTACATTGGTGAG
TTCGAGTACGTTGATGACCACAGGTCTGGAAAGATTGTGGTGGAGCTTAATGGAAGACTG
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ACCGCTCGTCTTCTTCCTTCCCGACAGTTTGGTTACATTGTTCTTACAACCTCTGCCGGT
ATCATGGACCACGAAGAAGCAAGGAGGAAGAATGTTGGTGGCAAGGTTCTTGGATTCTTT
TACTGAAAAGCCATATCTTTGTCCTGGTTATACTTTGCTTCTCCTTTTGGTGAGATGAGG
AATTCGATTGAGCCCAGAGTCAAGAGAGGGTAGTAAGAGTTTTTGATGCGTTCGTTTTCT
TAGATAATCATTTTGTTTGTTTTGCGCCAATGTAGACAGTATGACGTGCTTATTTTGAGT
CGATCATTTTATCTTCCCTTTGCTAGACACTTGTACCCTCTTGTTTCGATGGTTAAAGCA
TCATAATCAATTTTCTAAATCAATAAACCTTTGATAC

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DS 

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CTTCCAAAGTCATCATCAAGTTTCTCATCGTCATGCAGAAACACGGTTACATTGGTGAGT
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ACAAATGTGGTGTCATCAGCCCTCGTTTCGACGTTGGTGTTAAGGAGATTGAAAGCTGGA
CCGCTCGTCTTCTTCCTTCCCGACAGTTTGGTTACATTGTTCTTACAACCTCTGCCGGTA
TCATGGACCACGAAGAAGCAAGGAGGAAGAATGTTGGTGGCAAGGTTCTTGGATTCTTTT
ACTGAAAAGCCATATCTTTGTCCTGGTTATACTTTGCTTCTCCTTTTGGTGAGATGAGGA
ATTCGATTGAGCCCAGAGTCAAGAGAGGGTAGTAAGAGTTTTTGATGCGTTCTTTTTCTT
AGATAATCATTTTGTTTGTTTTGCGCCAATGTAGACAGTATGACGTGCTTATTTTGAGTC
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CATAATCAATTTTCT

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DS 

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TCGAGTCTTTTGAGCTTTTGAAGAATGGTGAGAATCAGCGTGCTTAACGATGCTCTCAAG
AGTATGTTCAACGCGGAGAAGAGAGGGAAGAGGCAGGTTATGACCAGGCCTTCTTCCAAA
GTCATCATCAAGTTTCTCATCGTCATGCAGAAACACGGTTACATTGGTGAGTTCGAGTAC
GTTGATGACCACAGGTCTGGAAAGATTGTGGTGGAGCTTAATGGAAGACTGAACAAATGT
GGTGTCATCAGCCCTCGTTTCGACGTTGGTGTTAAGGAGATTGAAAGCTGGACCGCTCGT
CTTCTTCCTTCCCGACAGTTTGGTTACATTGTTCTTACAACCTCTGCCGGTATCATGGAC
CACGAAGAAGCAAGGAGGAAGAATGTTGGTGGCAAGGTTCTTGGATTCTTTTACTGAAAA
GCCATATCTTTGTCCTGATTATACTTTGCTTCTCCTTTTGGTGAGATGAGGAATTCGATT
GAGCCCAGAGTCAAGAGAGGGTAGTAAGAGTTTTTGATGCGTTCGTTTTCTTAGATAATC
ATTTTGTTTGTTTTGCGCCAATGTAGACAGTATGACGTGCTTATTTTGAGTCGATCATTT
TATCTTCCCTTTGCTAGACACTTGTACCCTCTTGTTTCGACGGTTAAAGCATCATAATCA
ATTTTCT
AAACC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 7

CO CL1021Contig1 462 7 17 U
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ATAAACTTAGATGTTTTGTAAATTCAGCGGCCCCAGGTGCTACCAGATGCATATCTTCTC
ACATAACGCTTTGGTTTGTCGGCAGTGTGTATTGGAGCTGCAACACCAAACATTCTTTGG
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AAGACAAACCAGAACAATAAAAAATAAAGCAAATTTGGATGCCGACATTGTAACTTTTCA
CTGCAAATAAATGTTTTGTGTGTTTATTGTAGCCTGCCTTCC


BQ
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 0 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 10 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CT33JQB U 1
AF RR3F065JQ U 1
AF RR3F065TF C 1
AF RR3F221JQ U 1
AF RR3CM49JQ U 47
AF RR3CM49TF C 47
AF RR3F221TF C 1
BS 1 86 RR3CT33JQB
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BS 88 91 RR3CT33JQB
BS 92 92 RR3F065JQ
BS 93 189 RR3CT33JQB
BS 190 190 RR3F065JQ
BS 191 303 RR3CT33JQB
BS 304 304 RR3F065JQ
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BS 308 308 RR3F065JQ
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BS 340 340 RR3F221JQ
BS 341 415 RR3CT33JQB
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BS 453 454 RR3F065JQ
BS 455 462 RR3F221JQ

RD RR3CT33JQB 457 0 0
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ATAAACTTAAATGTTTTGTAAATTCAGCGGCCCCAGGTGCTACCAGATGCATATCTTCTC
ACATAACGCTTTGGTTTGTCGGCAGTGTGTATTGGAGCTGCAACACCAAACATTCTTTGG
TGTCTTAAAGCAGGTTCCTTTGGGTTTTTTTTCCAGGCTCGCACATTCATGAAGACTAGC
AAGACAAACCAGAACAATAAAAAATAAAGCAAATTTGGATGCCGACATTGTAACTATTCA
CTGCAAATAAATGTTTTGTGTGTTTATTGTAG
GATCC

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DS 

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G
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QA 2 454 2 454
DS 

RD RR3F065TF 454 0 0
G
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TGCAAATAAATGTTTTGTGTGTTTATTGTAGCC

QA 2 454 2 454
DS 

RD RR3F221JQ 462 0 0
A
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QA 2 462 2 462
DS 

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DS 

RD RR3CM49TF 408 0 0
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CAAAATATAGTAAATTTGGATTCCGACATTGTAACTCTTCACTGTAAATAAATGCTTTGT
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CAAACATTCTTTGGTGTTTTAGAGCAGGTTCCTTTGGGTTTTTTTTCCAGGCTGGCACAT
TCATGAAGACTAGCAAGACAAACCAGAACAATAAAAAATAAAGCAAATTTGGATGCCGAC
ATTGTAACTTTTCACTGCAAATAAATGTTTTGTGTGTTTATTGTAGCC

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3F221TF 462 0 0
A
GTATAATAATATTATATTAATGGTAATGATGCTAAAGGATTGGATGGACCGTAAGCGATA
TATGACTTACATTCATGAAAACTAGCAAAACAAACCAGAACAATACAAAATATAGTAAAT
TTGGAAGCCGACATTGTAACTTTTCACTGTAAATAAATGCTTTGTTTTATTGTATGAAAA
TAAACTTAGATGTTTTGTAAGTTCAGCGGCCCCAGGTGCTACCAGATGCATATCTTCTCA
CATAACGCTTTGGTTTGTCGGCAGTGGGTATTGGAGCTGCAACACCAAACATTCTTTGGT
GTTTTAGAGCAGGTTCCTTTGGGTTTTTTT*CCAGGCTGGCACATTCATGAAGACTAGCA
AGACAAACCAGAACAATAAAAAATAAAGCAAATTTGGATGCCGACATTGTAACTTTTCAC
TGCAAATAAATGTTTTGTGTGTTTATTGTAGGAT
GCCTTCC

QA 2 455 2 455
DS 



AS 2 7

CO CL1022Contig1 639 3 23 U
GGAAGCGGTGCCATCCTCACCTCAACAACACCACAACAACTATGGCTGAACCCGATCCTC
CTCCTCCTCCTCAGCTGAACTTACCTTCTTTCGTCGTCAACCTGTTCCCCTTCCTCAAAC
CTAAGTCCCCTGCTTCTTCTGCTAACGTTGCCGATGGTGGTCCTAAACCCACGGGAGGAG
ATAAGGAGACTCAGAACTCGACGGTCACTTTCCCTTACAATCCTCCCAAGAGCACTGAGC
CACTCAAGGTTGAAGCCGAGCCTAGCTCCGGGACCACTTCCAATTCCCTCGTCATTTGGC
AGGTATATGCACTTGGAGGGTTTCTTGCCCTGAAGTGGGCTTGGGCGAGATGGAATGAGA
GGAACGAGAAAAAGAAGTCAACGGATGATGATGATGATGATGATGATCAAGCTCCTCATC
CGGAAGATGATTGATTGATGATGAAGGCTTCTCATATTTGCACGAAGACAATGAAATCTT
TTACCCCCCATTTTGGTTCTGTATAGCAGCAAAAA*CACCCTTTCAGATTTTCTTATATT
CCATTGTATCTCTACTCAAGACTATTGGGTTTCTTCTACTTCTGTAATGACTACGATTCT
CCTCTCTCAACCCAGTTTTTTTTCCTCTTTTCCACGGAT


BQ
10 10 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E967JQ C 1
AF RR3DA45TF U 7
AF RR3E967TF U 1
BS 1 2 RR3E967JQ
BS 3 6 RR3E967TF
BS 7 56 RR3DA45TF
BS 57 57 RR3E967TF
BS 58 74 RR3DA45TF
BS 75 75 RR3E967TF
BS 76 127 RR3DA45TF
BS 128 128 RR3E967TF
BS 129 223 RR3DA45TF
BS 224 224 RR3E967TF
BS 225 296 RR3DA45TF
BS 297 297 RR3E967TF
BS 298 327 RR3DA45TF
BS 328 328 RR3E967TF
BS 329 359 RR3DA45TF
BS 360 361 RR3E967TF
BS 362 499 RR3DA45TF
BS 500 500 RR3E967TF
BS 501 515 RR3DA45TF
BS 516 516 RR3E967TF
BS 517 602 RR3DA45TF
BS 603 610 RR3E967TF
BS 611 639 RR3E967JQ

RD RR3E967JQ 639 0 0
GGAAGCGGTGCCATCCTCACCTCAACAACACCACAACAACTATGGCTGAACCCGATCCTC
CTCCTCCTCCTCAGCTGAACTTACCTTCTTTCGTCGTCAACCTGTTCCCCTTCCTCAAAC
CTAAGTCCCCTGCTTCTTCTGCTAACGTTGCCGATGGTGGTCCTAAACCCACGGGAGGAG
ATAAGGAGACTCAGAACTCGACGGTCACTTTCCCTTACAATCCTCCCAAGAGCACTGAGC
CACTCAAGGTTGAAGCCGAGCCTAGCTCCGGGACCACTTCCAATTCCCTCGTCATTTGGC
AGGTATATGCACTTGGAGGGTTTCTTGCCCTGAAGTGGGCTTGGGCGAGATGGAATGAGA
GGAACGAGAAAAAGAAGTCAACGGATGATGATGATGATGATGATGATCAAGCTCCTCATC
CGGAAGATGATTGATTGATGATGAAGGCTTCTCATATTTGCACGAAGACAATGAAATCTT
TTACCCCCCATTTTGGTTCTGTATAGCAGCAAAAA*CACCCTTTCAGATTTTCTTATATT
CCATTGTATCTCTACTCAAGACTATTGGGTTTCTTCTACTTCTGTAATGACTACGATTCT
CCTCTCTCAACCCAGTTTTTTTTCCTCTTTTCCACGGAT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3DA45TF 596 0 0
GGTGCCATCCTCACCTCAACAACACCACAACAACTATGGCTGAACCCGATTCTCCTCCTC
CTCCTCAGTTGAACTTACCTTCTTTCGTCGTCAACCTGTTCCCCTTCCTCAAACCTAAGT
CTCCTGCTTCTTCTGCTAACGTTGCCGATGGTGGTCCTAAACCCACGGGAGGAGATAAGG
AGACTCAGAACTCGACGGTCACTTTCCCTTACAATCCCCCCAAGAGCACTGAGCCACTCA
AGGTTGAAGCCGAGCCTAGCTCCGGGACCACTTCCAATTCCCTCGTCATTCGGCAGGTAT
ATGCACTTGGAGGGTTTCTTGTCCTGAAGTGGGCTTGGGCGAGATGGAATGAG**GAACG
AGAAAAAGAAGTCAACGGATGATGATGATGATGATGATGATCAAGCTCCTCATCCGGAAG
ATGATTGATTGATGATGAAGGCTTCTCATATTTGCACGAAGACAATGAAATCTTTTACCC
CCCATTTTGGTTCCGTATAGCAGCAAAAAACACCCTTTCAGATTTTCTTATATTCCATTG
TATCTCTACTCAAGACTATTGGGTTTCTTCTACTTCTGTAATGACTACGATTCTCC

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3E967TF 614 0 0
GG
AAGCGGTGCCATCCTCACCTCAACAACACCACAACAACTATGGCTGAACCCGATCCTCCT
CCTCCTCCTCAGCTGAACTTACCTTCTTTCGTCGTCAACCTGTTCCCCTTCCTCAAACCT
AAGTCCCCTGCTTCTTCTGCTAACGTTGCCGATGGTGGTCCTAAACCCACGGGAGGAGAT
AAGGAGACTCAGAACTCGACGGTCACTTTCCCTTACAATCCTCCCAAGAGCACTGAGCCA
CTCAAGGTTGAAGCCGAGCCTAGCTCCGGGACCACTTCCAATTCCCTCGTCATTTGGCAG
GTATATGCACTTGGAGGGTTTCTTGCCCTGAAGTGGGCTTGGGCGAGATGGAATGAGAGG
AACGAGAAAAAGAAGTCAACGGATGATGATGATGATGATGATGATCAAGCTCCTCATCCG
GAAGATGATTGATTGATGATGAAGGCTTCTCATATTTGCACGAAGACAATGAAATCTTTT
ACCCCCCATTTTGGTTCTGTATAGCAGCAAAAA*CACCCTTTCAGATTTTCTTATATTCC
ATTGTATCTCTACTCAAGACTATTGGGTTTCTTCTACTTCTGTAATGACTACGATTCTCC
TCTCTCAA
CCCA

QA 3 610 3 610
DS 



CO CL1022Contig2 671 4 2 U
GGAGGAAAAAAAACTGGATTGAGAGAGGAGAATCGTAGTCATTACAGAAGTAGAAGAAAC
TCAATAGTCTTGAGTAGAGATACAATGGAATATAAGAAAATCTGAAAGGGTGTTTTTGCT
GCTATACAGAACCAAAATGGGGGGTAAAAGATTTCATTGTCTTCGTGCAAATATGAGAAG
CCTTCATCATCAATCAATCATCTTCCGGATGAGGAACTTGATCATCATCATCATCATCAT
CCGTTGACTTCTTGTTCTCGTTCCTCTCATTCCATCTCGCCCAAGCCCACTTCAGGACAA
GAAACCCTCCAAGTGCATATACCTGCCAAATGACGAGGGAATTGGAAGTGGTCCCGGAGC
TAGGCTCGGCTTCAACCTTGAGTGGCTCAGTGCTCTTGGGAGGATTGTAAGGGAAAGTGA
CCGTCGAGTTCTGAGTCTCCTTATCTCCTCCCGTGGGTTTAGGACCACCATCGGCAACGT
TAGCAGAAGACTTAGGTTTGAGGAAGGGGAACAGGTTGACGACGAAAGAAGGTAAGTTCA
GCTGAGGAGGAGGGGGAGAATCGGGTTCAGCCATAATAGTTGTGGTCTTGTTGAGGCGAG
GATGGCACCGCTTAGGGTTCTGAATCGACTGGGGATTTTTTTTTAAGGATACGAATCTTC
TGGTGGTCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H490JQ U 1
AF RR3H490TF C 1
AF RR3H195JQ U 2
AF RR3H195TF C 28
BS 1 650 RR3H490JQ
BS 651 671 RR3H195TF

RD RR3H490JQ 652 0 0
GGAGGAAAAAAAACTGGATTGAGAGAGGAGAATCGTAGTCATTACAGAAGTAGAAGAAAC
TCAATAGTCTTGAGTAGAGATACAATGGAATATAAGAAAATCTGAAAGGGTGTTTTTGCT
GCTATACAGAACCAAAATGGGGGGTAAAAGATTTCATTGTCTTCGTGCAAATATGAGAAG
CCTTCATCATCAATCAATCATCTTCCGGATGAGGAACTTGATCATCATCATCATCATCAT
CCGTTGACTTCTTGTTCTCGTTCCTCTCATTCCATCTCGCCCAAGCCCACTTCAGGACAA
GAAACCCTCCAAGTGCATATACCTGCCAAATGACGAGGGAATTGGAAGTGGTCCCGGAGC
TAGGCTCGGCTTCAACCTTGAGTGGCTCAGTGCTCTTGGGAGGATTGTAAGGGAAAGTGA
CCGTCGAGTTCTGAGTCTCCTTATCTCCTCCCGTGGGTTTAGGACCACCATCGGCAACGT
TAGCAGAAGACTTAGGTTTGAGGAAGGGGAACAGGTTGACGACGAAAGAAGGTAAGTTCA
GCTGAGGAGGAGGGGGAGAATCGGGTTCAGCCATAATAGTTGTGGTCTTGTTGAGGCGAG
GATGGCACCGCTTAGGGTTCTGAATCGACTGGGGATTTTTTTTTAAGGAT
CC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3H490TF 652 0 0
TGGAGG
AAAAAAACTGGATTGAGAGAGGAGAATCGTAGTCATTACAGAAGTAGAAGAAACTCAATA
GTCTTGAGTAGAGATACAATGGAATATAAGAAAATCTGAAAGGGTGTTTTTGCTGCTATA
CAGAACCAAAATGGGGGGTAAAAGATTTCATTGTCTTCGTGCAAATATGAGAAGCCTTCA
TCATCAATCAATCATCTTCCGGATGAGGAACTTGATCATCATCATCATCATCATCCGTTG
ACTTCTTGTTCTCGTTCCTCTCATTCCATCTCGCCCAAGCCCACTTCAGGACAAGAAACC
CTCCAAGTGCATATACCTGCCAAATGACGAGGGAATTGGAAGTGGTCCCGGAGCTAGGCT
CGGCTTCAACCTTGAGTGGCTCAGTGCTCTTGGGAGGATTGTAAGGGAAAGTGACCGTCG
AGTTCTGAGTCTCCTTATCTCCTCCCGTGGGTTTAGGACCACCATCGGCAACGTTAGCAG
AAGACTTAGGTTTGAGGAAGGGGAACAGGTTGACGACGAAAGAAGGTAAGTTCAGCTGAG
GAGGAGGGGGAGAATCGGGTTCAGCCATAATAGTTGTGGTCTTGTTGAGGCGAGGATGGC
ACCGCTTAGGGTTCTGAATCGACTGGGGATTTTTTTTTAAGGAT
CC

QA 7 650 7 650
DS 

RD RR3H195JQ 622 0 0
GAGGA
AAAAAAACTGGATTGAGAGAGGAGAATCGTAGTCATTACAGAAGTAGAAGAAACTCAATA
GTCTTGAGTAGAGATACAATGGAATATAAGAAAATCTGAAAGGGTGTTTTTGCTGCTATA
CAGAACCAAAATGGGGGGTAAAAGATTTCATTGTCTTCGTGCAAAT**GAAAAGCCTTCA
TCATCAATCAATCATCTTCCGGATGAGGAGCTTGATCATCATCATCATCATCATCCGTTG
ACTTCTTGTTCTCGTTCCTCTCATTCCATCTCGCCCAAGCCCACTTCAGGACAAGAAACC
CTCCAAGTGCATATACCTGCCAAATGACGAGGGAATTGGAAGTGGTCCCGGAGCTAGGCT
CGGCTTCAACCTTGAGTGGCTCAGTGCTCTTGGGAGGATTGTAAGGGAAAGTGACCGTCG
AGTTCTGAGTCTCCTTATCTCCTCCCGTGGGTTTAGGACCACCATCGGCAACGTTAGCAG
AAGACTTAGGTTTGAGGAAGGGGAACAGGTTGACGACGAAAGAAGGTAAGTTCAGCTGAG
GAGGAGGGGGAGAATCGGGTTCAGCCATAATAGTTGTGGTCTTGTTGAGGCGAGGATGGC
ACCGCTTAGGGTTCTGA

QA 6 622 6 622
DS 

RD RR3H195TF 644 0 0
GAGAATCGTAGTCATTACAGAAGTAGAAGAAACTCAATAGTCTTGAGTAGAGATACAATG
GAATATAAGAAAATCTGAAAGGGTGTTTTTGCTGCTATACAGAACCAAAATGGGGGGTAA
AAGATTTCATTGTCTTCGTGCAAAT**GAGAAGCCTTCATCATCAATCAATCATCTTCCG
GATGAGGAGCTTGATCATCATCATCATCATCATCCGTTGACTTCTTGTTCTCGTTCCTCT
CATTCCATCTCGCCCAAGCCCACTTCAGGACAAGAAACCCTCCAAGTGCATATACCTGCC
AAATGACGAGGGAATTGGAAGTGGTCCCGGAGCTAGGCTCGGCTTCAACCTTGAGTGGCT
CAGTGCTCTTGGGAGGATTGTAAGGGAAAGTGACCGTCGAGTTCTGAGTCTCCTTATCTC
CTCCCGTGGGTTTAGGACCACCATCGGCAACGTTAGCAGAAGACTTAGGTTTGAGGAAGG
GGAACAGGTTGACGACGAAAGAAGGTAAGTTCAGCTGAGGAGGAGGGGGAGAATCGGGTT
CAGCCATAATAGTTGTGGTCTTGTTGAGGCGAGGATGGCACCGCTTAGGGTTCTGAATCG
ACTGGGGATTTTTTTTTAAGGATACGAATCTTCTGGTGGTCCCT

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 7

CO CL1023Contig1 807 7 7 U
ACAAATGGATAAAAGTTTTAATATTTTAGTAGTTGTTGTCCCACAAAAGTCATACATAAA
CATAATGATACAGAGATAAAATTCCCCTCAAACAGGAGAATATCTCGGACAATGGTAATT
GCATTATCTAAGAGACATAAGTAATGACACCCGCACGCTTGCTTGATCTTGTATTATACC
TCGGTTTCTTCACAACTCTCCTAGCTTCATCGCATTCTTGTTGACGGGGTTTAAGCCTGC
AGAAGCTGTGCACAATCTCTCTACAGAAAACATTGATGACCTTAGCTTGAAACACTTTTG
TCTGGTCGCAAGGATCTTTGGCTACAAAGGTGATGAAGTAAATGAATCCACTATTACTAT
ACACATTTGCTTTCTCGACCTCAACAAATTCAAACCTGGTCCCCTCTCTAGTGTTGTAAT
TCGCAATGGCTTCCTGAGCCAATCTTCTGAAAAACTGCCTATCGGTTTCTCTTATTACGT
TTGAATGTCTTTCATCGACATGGAAAGCAGCGTAGAAATCAAAAAGGCATCGGAACTTGG
AAAAATCCACGTCAAATCCCTGTGACTTCCTGATCTGTTCGTTGATGAGATCGCGTTCCT
CCTGTGGGGTGTCCTTTGGACTCGTTTTGTCCTCTTTCCCTCGCATCCTCTTCAGCAGAA
GCTTATCCTTCTTGGTCAGTTCTCCAAAGAGGTTCTTAAAGCATGCAACCACACATCGTG
GATCGAACGGATCGGTGATGATTTCGTAATCTACTCTACTCGATGAAGCCGCCATGTCTA
ACACTAATTCCGCCGAAACCAATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 20 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 15 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

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TACAAAGGTGATGAAGTAAATGAATCCACTATTACTATACACATTTGCTTTCTCGACCTC
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CATAATGATACAGAGATAAAATTCCCCTCAAACAGGAGAATATCTCGGACAATGGTAATT
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ACACATTTGCTTTCTCGACCTCAACAAATTCAAACCTGGTCCCCTCTCTAGTGTTGTAAT
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ACAGAAAACATTGATGACCTTAGCTTGAAACACTTTTGTCTGGTCGCAAGGATCTTTGGC
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ACAGAAAACATTGATGACCTTAGCTTGAAACACTTTTGTCTGGTCGCAAGGATCTTTGGC
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TTC
C

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GAGGGAGTAAG
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TCCCCTCAAACAGGAGAATATCTCGGACAATGGTAATTGCATTATCTAAGAGACATAAGT
AATGACACCCGCACGCTTGCTTGATCTTGTATTATACCTTGGTTTCTTCACAACTCTCCT
AGCTTCATCGCATTCTTGTTGACGGGGTTTAAGCCTGCAGAAGCTGTGCACAATCTCTCT
ACAGAAAACATTGATGACCTTAGCTTGAAACACTTTTGTCTGGTCGCAAGGATCTTTGGC
TACAA*GGTGATGAAGTAAATGAATCCACTATTACTGTACACATTTGCTTTCTCGACCTC
AACAAATTCAAACCTGGTCCCCTCTCTAGTGTTGTAATTCGCAATGGCTTCCTGAGCCAA
TCTTCTGAAAAACTGCCTATCGGTTTCTATTATTACGTTTGAATGTCTTTCATCGACATG
GAAAGCAGCGTAGAAATCAAAAAGGCATCGGAACTTGGAAAAATCCACGTCAAATCCCTG
TGACTTCCTGATCTGTTCGTTGATGAGATCGCGTTCCTCCTGTGGGGTGTCCTTTGGACC
CGTATCGTCCTCTTTCCCTCGCATCCTCTTCAGCAGAAGCTTATCCTTCTTGGTCAGTTC
TCCAAAGAGGTTCTTAAAGCATGCAACCACACATCGTGGATCGAACGGATCGGTGATGAT
TTC
C

QA 12 734 12 734
DS 

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TGAAACACTTTTGTCTGGTCGCAAGGATCTTTGGCTACAAAGGTGATGAAGTAAATGAAT
CCACTATTACTATACACATTTGCTTTCTCGACCTCAACAAATTCAAACCTGGTCCCCTCT
CTAGTGTTGTAATTCGCAATGGCTTCCTGAGCCAATCTT**GAAAAACTGCCTATCGGTT
TCTCTTATTACGTTTGAATGTCTTTCATCGACATGGAAAGCAGCGTAGAAATCAAAAAGG
CATCGGAACTTGGAAAAATCCACGTCAAATCCCTGTGACTTCCTGATCTGTTCGTTGATG
AGATCGCGTTCCTCCTGTGGGGTGTCCTTTGGACTCGTTTTGTCCTCTTTCCCTCGCATC
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ACCACACATCGTGGATCGAACGGATCGGTGATGATTTCGTAATCTACTCTACTCGATGAA
GCCGCCATGTCTAACATTAATTCCGCCGAAACCAATATCC

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DS 

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AGGCATCGGAACTTGGAAAAATCCACGTCAAATCCCTGTGACTTCCTGATCTGTTCGTTG
ATGAGATCGCGTTCCTCCTGTGGGGTGTCCTTTGGACTCGTTTTGTCCTCTTTCCCTCGC
ATCCTCTTCAGCAGAAGCTTATCCTTCTTGGTCAGTTCTCCAAAGAGGTTCTTAAAGCAT
GCAACCACACATCGTGGATCGAACGGATCGGTGATGATTTCGTAATCTACTCTACTCGAT
GAAGCCGCCATGTCTAACCCTAATTCCGCCGAAACCAAT
CC

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DS 



AS 1 6

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AGTACAACCAAACCCAGGTTGATAACATTGCTGAACTTGAAAGAAGACTAGAGGATGCTG
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CTGTATGGTTTGTCTTAAGTTATACTTTTAACGTTTTGAATTGAGCTGCGAGGCCATTGT
CCGTTGATTGATGTAAACTACATACATACCCTCTTGTTTACAATTCTAGCTGATGATAGA
ACAGTTTCCTAGTTTTAGTACAGTGTATGCAAACATGGTTATGTCAAAGTGCGAAAGAAG
AAGAGTAAAGAAACATGGCATTATCCATTCCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B523TF U 1
AF RR3BI84TF U 1
AF RR3DU70TF U 7
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AF RR3D877JQ C 179
AF RR3B523JQ C 153
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BS 806 933 RR3B523JQ

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GCAAAGGCAAACAAGAGGTGAGCTTAAGCGCATTTGCTTTCTTATTCTCGGAGCTCGTTC
AGTACAACCAAACCCAGGTTGATAACATTGCTGAACTTGAAAGAAGACTAGAGGATGCTG
GGTATGCAGTTGGATCTCGAGTTCTGGAGCTTCTTTGCAACCGAGAGAAGGGAAACAGAA
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TTGGAAAGGTTGCTGATTCACTTGAGAAAGGAACAGAACATGAAGATGAGTACATGATCA
GTGAAAAGGAGCTTCTCGTCAACAGGTTCATTTCGATTCCAAAAGACATGGGAACATTCA
ACTGCGGAGCGTTTGTGGCCGGCATAGTGAAGGGAGTTCTGGATAACGCAGGGTTTCCTG
CTGTAGTAACGGCTCATTTCGTACCCATTGAAGGACAACAACGTCCTCGGACTACCATTT
TGATCAAGTTTGCTGATGAGGTGCTTAAAAGAGAGGCACGGCTCAGCCAGTGAGAGAGCA
CCTTCGAGTTGCCACGCACGATCTGTTTGGCTTTATGTGAACTGCTTGTGCAAGTCTTGT
CTGTATGGTTTGTCTTAAGTTATACTTTTAACGTTTTGAATTGAGCTG

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GGAAATTTCCTC
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GAACTCGAGTTCTGGAGCTTCTTTGCAACCGAGAGAAGGGAAACAGAAGAGAGACACGGT
TACTAGGGATTCTGTCTTTCGTCCACAGCACCGTGTGGAAGGTGTTGTTTGGAAAGGTTG
CTGATTCACTTGAGAAAGGAACAGAACATGAAGATGAGTACATGATCAGTGAAAAGGAGC
TTCTCGTCAACAGGTTCATTTCGATTCCAAAAGACATGGGAACATTCAACTGCGGAGCGT
TTGTGGCCGGCATAGTGAAGGGAGTTCTGGATAACGCAGGGTTTCCTGCTGTAGTAACGG
CTCATTTCGTACCCATTGAAGGACAACAACGTCCTCGGACTACCATTTTGATCAAGTTTG
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CACGCACGATCTGTTTGGCTTTATGTGAACTGCTTGTGCAAGTCTTGTCTGTATG

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DS 

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GGAGAG
AGAGAGAGAAAGGTAGAAAGATTGTGTGTCTAGGGTTCTGAAAAGCGAAGAAGATGATCG
GAGTGGGGAAAATGAAGCAGTACTCTAATGTCCTTGACAAGCCACTCAGCAAAGGCAAAC
AAGAGGTGAGCTTAAGCGCATTTGCTTTCTTATTCCCGGAGCTCGTTCAGTACAACCAAA
CCCAGGTTGATAACATTGCTGAACTTGAAAGAAGACTAGAGGATGCTGGGTATGCAGTTG
GATCTCGAGTTCTGGAGCTTCTTTGCAACCGAGAGAAGGGAAACAGAAGAGAGACACGGT
TACTAGGGATTCTGTCTTTCGTCCACAGCACCGTGTGGAAGGTGTTGTTTGGAAAGGTTG
CTGATTCACTTGAGAAAGGAACAGAACATGAAGATGAGTACATGATCAGTGAAAAGGAGC
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TTGTGGCCGGCATAGTGAAGGGAGTTCTGGATAACGCAGGTTTTCCTGCTGTAGTAACGG
CTCATTTCGTACCCATTGAAGGACAACAACGTCCTCGGACTACCATTTTGATCAAGTTTG
CTGATGAGGTGCTTAAAAGAGAGGCACGGCTCAGCCAGTGAGAGAGCACCTTCGAGTTGC
CACGCACGATCTGTTTGGCTTTATGTGAACTGCTTGTGCAAGTCTTGTCTGTATGGTTTG
TCTTAAGTTATACTTTTAACGTTTTGAATTGAGCTGCGAGGCCATTGTCCGTTGATTGAT
GTAAACTACATAC

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DS 

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TCTTTCGTCCACAGCACCGTGTGGAAGGTGTTGTTTGGAAAGGTTGCTGATTCACTTGAG
AAAGGAACAGAACATGAAGATGAGTACATGATCAGTGAAAAGGAGCTTTTCGTCAACAGG
TTCATTTCGATTCCAAAAGACATGGGAACATTCAACTGCGGAGCGTTTGTGGCCGGCATA
GTGAAGGGAGTTTTGGATAACGCAGGTTTTCCTGCTGTAGTAACGGCTCATTTCGTACCC
ATTGAAGGACAACAACGTCCTCGGACTACCATTTTGATCAAGTTTGCTGATGAGGTGCTT
AAAAGAGAGGCACGGCTCAGCCAGTGAGAGAGCACCTTCGAGTTGCCACGCACGATCTGT
TTGGCTTTATGTGAACTGCTTGTGCAAGTCTTGTCTGTATGGTTTGTCTTAAGTTATACT
TTTAACGTTTTGAATTGAGCTGGGAGGCCATTGTCCGTTGATTGATGTAAACTACATACA
TACCCTCTTGTTTACAATTCTAGCTGATGATAGAACAGTTTCCTAG
C

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DS 

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TGGGTATGCAGTTGTATCTCGAGTTCTGGAGCTTCTTTTCAACCGAGAGAAGGGAAACAG
AAGAGAGACACAGTTACTAGGGATTCTGTCTTTCGTCCACAGCACCGTGTGGAAGGTGTT
GTTTGGAAAGGTTGCTGATTCACTTGAGAAAGGAACAGAACATGAAGATGAGTACATGAT
CAGTGAAAAGGAGCTTCTCGTCAACAGGTTCATTTCGATTCCAAAAGACATGGGAACATT
CAACTGCGGAGCGTTTGTGGCCGGCATAGTGAAGGGAGTTCTGGATAACGCAGGGTTTCC
TGCTGTAGTAACGGCTCATTTCGTACCCATTGAAGGACAACAACGTCCTCGGACTACCAT
TTTGATCAAGTTTGCTGATGAGGTGCTTAAAAGAGAGGCACGGCTCAGCCAGTGAGAGAG
CACCTTCGAGTTGCCACGCACGATCTGTTTGGCTTTATGTGAACTGCTTGTGCAAGTCTT
GTCTGTATGGTTTGTCTTAAGTTATACTTTTAACGTTTTGAATTGAGCTGCGAAGCCATT
GTCCGTTGATTGATGTAAACTACATACATACCCTCTTGTTTACAATTCTAGCTGATGATA
GAACAGTTTCCTAG
TTTT

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DS 

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GAACTTGAAAGAAGACTAGAGGATGCTGGGTATGCAGTTGGATCTCGAGTTCTGGAGCTT
CTTTGCAACCGAGAGAAGGGAAACAGAAGAGAGACACGGTTACTAGGGATTCTGTCTTTC
GTCCACAGCACCGTGTGGAAGGTGTTGTTTGGAAAGGTTGCTGATTCACTTGAGAAAGGA
ACAGAACATGAAGATGAGTACATGATCAGTGAAAAGGAGCTTCTCGTCAACAGGTTCATT
TCGATTCCAAAAGACATGGGAACATTCAACTGCGGAGCGTTTGTGGCCGGCATAGTGAAG
GGAGTTCTGGATAACGCAGGGTTTCCTGCTGTAGTAACGGCTCATTTCGTACCCATTGAA
GGACAACAACGTCCTCGGACTACCATTTTGATCAAGTTTGCTGATGAGGTGCTTAAAAGA
GAGGCACGGCTCAGCCAGTGAGAGAGCACCTTCGAGTTGCCACGCACGATCTGTTTGGCT
TTATGTGAACTGCTTGTGCAAGTCTTGTCTGTATGGTTTGTCTTAAGTTATACTTTTAAC
GTTTTGAATTGAGCTGCGAAGCCATTGTCCGTTGATTGATGTAAACTACATACATACCCT
CTTGTTTACAATTCTAGCTGATGATAGAACAGTTTCCTAGTTTTAGTACAGTGTATGCAA
ACATGGTTATGTCAAAGTGCGAAAGAAGAAGAGTAAAGAAACATGGCATTATCCATTCCC
G

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 4

CO CL1025Contig1 1160 4 6 U
GCTACGATGTCAAAGCTTTTAAGATGGAAGGCCAAACAGTTTGCATGTTTGGAATTTTTG
ATGGTCATGGTGGTTCACGTGCTGCTGAGTACCTGAAGAAACACCTCTTTAGCAATCTTA
TGACGCATCCACAATTTTTGACAGACACCAAGCTGGCATTAAGTGAGACATACAAACAAA
CTGATGTAGCATTCCTCGAGTCGGAAAAGGATACTTACAGAGATGATGGCTCCACAGCAT
CTGCTGCTGTGTTGGTGGGGAACCATTTGTATGTTGCAAATGTTGGAGACTCACGGACAA
TAGTTTCTAAAGCTGGGAAAGCGATCGCGCTATCAGATGACCATAAGCCAAATAGAAGCG
ATGAAAGAAAGAGAATTGAAAGCTCTGGCGGTGTTATCATGTGGGCAGGAACTTGGAGGG
TAGGTGGAGTACTGGCAATGTCCAGGGCCTTTGGAAACAGAATGCTGAAGCAATTCGTTA
TTGCTGAACCCGAGATTCAAGATCTAGAGATTGATCACGAGGACGAGTTTCTTGTTCTCG
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GAGGAGGAGCCTGAGGCAGCTGCCCGCAAGTTAACCGACACTGCCTTTGCTCGTGGCAGC
GCAGACAACATCACTTGCATTGTTGTTAAATTCCGTCATGATAAGACCGAATCCCAACCA
AACCCCGAGGCTGAACCAGAAGATGATATCCAAACCGAATCATCGAACCCCAATGATGAA
ACGGAAACCGAATCAAGCCCCAAACCTGAAGCGGAACCGGTTACCGAGGCTATACCGGAA
CCAAAACCGGAACCGAACCAGAGACCAAAGGTGAGAAAGCGGGTGAGTAATGTGGTCAGC
CAGCGGGAGGTAGAGAGAGATGTTTTTGGGGTCGAAATTGAGGCATGTGCAGACAGACAG
ATAAAATATTAAAATTGATTTAGTAGTTTGTGTGCTTTGTGGCTACCTGTAACGTGTGAG
GATTTTAATTATTTTTGGTTTTGTGTTACATATGGCACACCCCTGCCTGTCTGCCATAAG
GACGGCGCCGCTTTGAACCTGTCCTCGATTTTTGTCTATTCATTTCGCTCTATTCTGTTT
GGTTGGTGCTTTCTCACACC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GO52TF U 1
AF RR3FX15TF U 1
AF RR3FX15JQ C 615
AF RR3GO52JQ C 615
BS 1 558 RR3FX15TF
BS 559 559 RR3GO52TF
BS 560 699 RR3FX15TF
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BS 1061 1061 RR3GO52JQ
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RD RR3GO52TF 665 0 0
G
CTACGATGTCAAAGCTTTTAAGATGGAAGGCCAAACAGTTTGCATGTTTGGAATTTTTGA
TGGTCATGGTGGTTCACGTGCTGCTGAGTACCTGAAGAAACACCTCTTTAGCAATCTTAT
GACGCATCCACAATTTTTGACAGACACCAAGCTGGCATTAAGTGAGACATACAAACAAAC
TGATGTAGCATTCCTCGAGTCGGAAAAGGATACTTACAGAGATGATGGCTCCACAGCATC
TGCTGCTGTGTTGGTGGGGAACCATTTGTATGTTGCAAATGTTGGAGACTCACGGACAAT
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TGCTGAACCCGAGATTCAAGATCTAGAGATTGATCACGAGGACGAGTTTCTTGTTCTCGC
AAGTGACGGTTTATGGGGATGTAGTACCAAATGAGGATGCTGTATCCCTTGCTCAAAGTG
AGGAGGAGCCTGAG*CAGCTGCCCGCAAGTTAACCGACACTGCCTTT
GCTCGTGGCAGCGCAGA

QA 2 648 2 648
DS 

RD RR3FX15TF 699 0 0
GCTACGATGTCAAAGCTTTTAAGATGGAAGGCCAAACAGTTTGCATGTTTGGAATTTTTG
ATGGTCATGGTGGTTCACGTGCTGCTGAGTACCTGAAGAAACACCTCTTTAGCAATCTTA
TGACGCATCCACAATTTTTGACAGACACCAAGCTGGCATTAAGTGAGACATACAAACAAA
CTGATGTAGCATTCCTCGAGTCGGAAAAGGATACTTACAGAGATGATGGCTCCACAGCAT
CTGCTGCTGTGTTGGTGGGGAACCATTTGTATGTTGCAAATGTTGGAGACTCACGGACAA
TAGTTTCTAAAGCTGGGAAAGCGATCGCGCTATCAGATGACCATAAGCCAAATAGAAGCG
ATGAAAGAAAGAGAATTGAAAGCTCTGGCGGTGTTATCATGTGGGCAGGAACTTGGAGGG
TAGGTGGAGTACTGGCAATGTCCAGGGCCTTTGGAAACAGAATGCTGAAGCAATTCGTTA
TTGCTGAACCCGAGATTCAAGATCTAGAGATTGATCACGAGGACGAGTTTCTTGTTCTCG
CAAGTGACGGTTTATGGG*ATGTAGTACCAAATGAGGATGCTGTATCCCTTGCTCAAAGT
GAGGAGGAGCCTGAGGCAGCTGCCCGCAAGTTAACCGACACTGCCTTTGCTCGTGGCAGC
GCAGACAACATCACTTGCATTGTTGTTAAATTCCGTCAT

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3FX15JQ 546 0 0
GGCAGCTGCCCGCAAGTTAACCGACACTGCCTTTGCTCGTGGCAGCGCAGACAACATCAC
TTGCATTGTTGTTAAATTCCGTCATGATAAGACCGAATCCCAACCAAACCCCGAGGCTGA
ACCAGAAGATGATATCCAAACCGAATCATCGAACCCCAATGATGAAACGGAAACCGAATC
AAGCCCCAAACCTGAAGCGGAACCGGTTACCGAGGCTATACCGGAACCAAAACCGGAACC
GAACCAGAGACCAAAGGTGAGAAAGCGGGTGAGTAATGTGGTCAGCCAGCGGGAGGTAGA
GAGAGATGTTTTTGGGGTCGAAATTGAGGCATGTGCAGACAGACAGATAAAATATTAAAA
TTGATTTAGTAGTTTGTGTGCTTTGTGGCTACCTGTAACGTGTGAGGATTTTAATTATTT
TTGGTTTTGTGTTACATATGGCACACGCCTGCCTGTCTGCCATAAGGACGGCGCCGCTTT
GAACCTGTCCTCGATTTTTGTCTATTCATTTCGCTCTATTCTGTTTGGTTGGTGCTTTCT
CACACC

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3GO52JQ 546 0 0
GGCAGCTGCCCGCAAGTTAACCGACACTGCCTTTGCTCGTGGCAGCGCAGACAACATCAC
TTGCATTGTTGTTAAATTCCGTCATGATAAGACCGAATCCCAACCAAACCCCGAGGCTGA
ACCAGAAGATGATATCCAAACCGAATCATCGAACCCCAATGATGAAACGGAAACCGAATC
AAGCCCCAAACCTGAAGCGGAACCGGTTACCGAGGCTATACCGGAACCAAAACCGGAACC
GAACCAGAGACCAAAGGTGAGAAAGTGGGTGAGTAATGTGGTCAGCCAGCGGGAGGTAGA
GAGAGATGTTTTTGGGGTCGAAATTGAGGCATGTGCAGACAGACAGATAAAATATTAAAA
TTGATTTAGTAGTTTGTGTGCTTTGTGGCTACCTGTAACGTGTGAGGATTTTAATTATTT
TTGGTTTTGTGTTACATATGGCACACCCCTGCCTGTCTGCCATAAGGACGGCGCCGCTTT
GAACCTGTCCTCGATTTTTGTCTATTCATTTCGCTCTATTCTGTTTGGTTGGTGCTTTCT
CACACC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 4

CO CL1026Contig1 810 4 2 U
GGTGGTAAATTCTAGAAATCAAGAACTGTTAAAAAGGTAGTGCTCTGGTCACACACTAAG
AGTATATATACACTTCAATTAGAAAATGGAATTCGTTATTGTAAATGATAATTAAGTAAA
TTATCATGAAAGTGTTTTACAAAAACAAACGAGAAAATTCATGTTTCTCTTCTCATATAA
TCCCAATATGCATTTAAAGGTAAAAGAAAACTTCATCAACAAGGAACTGGAGAAGAAGAA
GAAATTGTTAGGGCTCACTGATAGATTTATCTTCCTCTCGAGAGAGCTTTCTCAGCAGTC
TCCATCTCTTCAAGAATCCTCGCCTTCCTCTTCGCCGGGATCGGAGCCGTCGGACCAAAA
CTCACATAATGTCCGGACACAGCATTCAACGCCGAGTAGATATCCCTGAAAGACGCTTTC
CCGAGAAGAGCTTTCTCCTTCCTGTACTTTGCAACCCACGAGTTCGACGCTTCTCTCAGC
TCAGCCACCGCGTCCGCCACATTCGGATCCGTCCTCTCCATCGAGAGCGTCGTCCGAACT
TTGGAGATCACCGCCGACGTATCTTTCACGTACTCTTCGTCTTCGGCGGCGGAAGCCGGC
GACGGAGCTAGAAACGGGAGCGATTGCGTTAGAAGAAGCGTCGATGCGGCGGATATTGAG
AGTACATCGCGGCGGAGGAGGTTGTGACGACGTGGAGGAGGAAGAGGAGGAGATACGGAG
GCGGTGGTGACCGGTTTATGCTGGGTTGGAACAGAACTGGGTTTGAGAAGAGTAGCTGTC
GCTGAAGCTGAGGCCATTGTCGGAACTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3AO49TF C 1
AF RR3AO49JQ U 157
AF RR3A050JQ U 81
AF RR3A050TF C 81
BS 1 81 RR3AO49TF
BS 82 810 RR3A050JQ

RD RR3AO49TF 482 0 0
GGTGGTAAATTCTAGAAATCAAGAACTGTTAAAAAGGTAGTGCTCTGGTCACACACTAAG
AGTATATATACACTTCAATTAGAAAATGGAATTCGTTATTGTAAATGATAATTAAGTAAA
TTATCATGAAAGTGTTTTACAAAAACAAACGAGAAAATTCATGTTTCTCTTCTCATATAA
TCCCAATATGCATTTAAAGGTAAAAGAAAACTTCATCAACAAGGAACTGGAGAAGAAGAA
GAAATTGTTAGGGCTCACTGATAGATTTATCTTCCTCTCGAGAGAGCTTTCTCAGCAGTC
TCCATCTCTTCAAGAATCCTCGCCTTCCTCTTCGCCGGGATCGGAGCCGTCGGACCAAAA
CTCACATAATGTCCGGACACAGCATTCAACGCCGAGTAGATATCCCTGAAAGACGCTTTC
CCGAGAAGAGCTTTCTCCTTCCTGTACTTTGCAACCCACGAGTTCGACGCTTCTCTCAGC
TC

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR3AO49JQ 326 0 0
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CAACAAGGAACTGGAGAAGAAGAAGAAATTGTTAGGGCTCACTGATAGATTTATCTTCCT
CTCCAGAGAGCTTTCTCAGCAGTCTCCATCTCTTCAAGAATCCTCGCCTTCCTCTTCGCC
GGGATCGGAGCCGTCGGACCAAAACTCACATAATGTCCGGACACAGCATTCAACGCCGAG
TAGATATCCCTGAAAGAAGCTTTCCCGAGAAGAGCTTTCTCCTTCCTGTACTTTGCAACC
CACGAGTTCGACGCTTCTCTCAGCTC

QA 1 326 1 326
DS 

RD RR3A050JQ 730 0 0
A
GAAAATGGAATTCGTTATTGTAAATGATAATTAAGTAAATTATCATGAAAGTGTTTTACA
AAAACAAACGAGAAAATTCATGTTTCTCTTCTCATATAATCCCAATATGCATTTAAAGGT
AAAAGAAAACTTCATCAACAAGGAACTGGAGAAGAAGAAGAAATTGTTAGGGCTCACTGA
TAGATTTATCTTCCTCTCGAGAGAGCTTTCTCAGCAGTCTCCATCTCTTCAAGAATCCTC
GCCTTCCTCTTCGCCGGGATCGGAGCCGTCGGACCAAAACTCACATAATGTCCGGACACA
GCATTCAACGCCGAGTAGATATCCCTGAAAGACGCTTTCCCGAGAAGAGCTTTCTCCTTC
CTGTACTTTGCAACCCACGAGTTCGACGCTTCTCTCAGCTCAGCCACCGCGTCCGCCACA
TTCGGATCCGTCCTCTCCATCGAGAGCGTCGTCCGAACTTTGGAGATCACCGCCGACGTA
TCTTTCACGTACTCTTCGTCTTCGGCGGCGGAAGCCGGCGACGGAGCTAGAAACGGGAGC
GATTGCGTTAGAAGAAGCGTCGATGCGGCGGATATTGAGAGTACATCGCGGCGGAGGAGG
TTGTGACGACGTGGAGGAGGAAGAGGAGGAGATACGGAGGCGGTGGTGACCGGTTTATGC
TGGGTTGGAACAGAACTGGGTTTGAGAAGAGTAGCTGTCGCTGAAGCTGAGGCCATTGTC
GGAACTCCC

QA 2 730 2 730
DS 

RD RR3A050TF 730 0 0
A
GAAAATGGAATTCGTTATTGTAAATGATAATTAAGTAAATTATCATGAAAGTGTTTTACA
AAAACAAACGAGAAAATTCATGTTTCTCTTCTCATATAATCCCAATATGCATTTAAAGGT
AAAAGAAAACTTCATCAACAAGGAACTGGAGAAGAAGAAGAAATTGTTAGGGCTCACTGA
TAGATTTATCTTCCTCTCGAGAGAGCTTTCTCAGCAGTCTCCATCTCTTCAAGAATCCTC
GCCTTCCTCTTCGCCGGGATCGGAGCCGTCGGACCAAAACTCACATAATGTCCGGACACA
GCATTCAACGCCGAGTAGATATCCCTGAAAGACGCTTTCCCGAGAAGAGCTTTCTCCTTC
CTGTACTTTGCAACCCACGAGTTCGACGCTTCTCTCAGCTCAGCCACCGCGTCCGCCACA
TTCGGATCCGTCCTCTCCATCGAGAGCGTCGTCCGAACTTTGGAGATCACCGCCGACGTA
TCTTTCACGTACTCTTCGTCTTCGGCGGCGGAAGCCGGCGACGGAGCTAGAAACGGGAGC
GATTGCGTTAGAAGAAGCGTCGATGCGGCGGATATTGAGAGTACATCGCGGCGGAGGAGG
TTGTGACGACGTGGAGGAGGAAGAGGAGGAGATACGGAGGCGGTGGTGACCGGTTTATGC
TGGGTTGGAACAGAACTGGGTTTGAGAAGAGTAGCTGTCGCTGAAGCTGAGGCCATTGTC
GGAAC
TCCC

QA 2 726 2 726
DS 



AS 2 6

CO CL1027Contig1 991 3 9 U
AACTCGAAAATTTATTTCATTGACTGAAAAATACAAGGGGAATAACACAAGCCAGCAGAA
CATGAATAAATTCCCGGAGACAATAGTCCTAAAGAGAGAGACATGATACTAACCAAAACA
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ATAATCAAATAATTATTCACCACCTTTCCATAGAACACGGTAACATTGAAGCTGAACTAA
GAAATAAAAGTCTTGAGCGATCCCAACCCTGAAGGGAACATCACCAAGCCAAACTAGTAC
AGCAACATAAGAAACAATCGCAAAGTCAAATCTACATCAACTCCAGCAGCTACTATCCAT
CCGAAACTTGCATGACCAAAATCCCTCACTAAACCTAAGGTACAAGGATCAAAGAACTTA
AAACGCCACTTAAGAAAACGTCAAAAAAGACTACTAGTTTTTACACGCGGACACTCGTAA
AATAGCCAAGTGACCTATAGGACAAAGACTGTCCACCTCCTCGCAAGAGAATAACTCCAC
AGTGAATACAAATCACAAAGATGAACCCAAATAACGAGCTTAGGTTGAGACAAAGAAACC
ATGACAGCAAGAACCGAACATAAGCATCAATCCCACGACTTCAAGCTAATACCGACTCGT
CACAAAAACCTTCATCCACGCTTAACGATACCAAGAGAAGGGAGCAAATCCCACCGTCAA
TCAAGTAGATCCGGATCTCCGGTTTCAAACAGAGGGAAAGAGCGGTCAGATCTGAAACCA
TGCACCTCGCTGATATCTGAGATGCTTCAAATCTACCGTTCAAACCACCAAGAGCATAAA
CCGAAGCAAAATTGCATACACAAAGATAGAATAGACGAGAAGGAAAGAAGAAGAGACCGA
CCCCGATGCTGACAGAGCCATCGAAGCCGGTCTCCAACAAGCAGGACGGCAGGTACTTGC
TCCCGGCTGTTAGTGTTTGTAATTGATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP72JQ U 1
AF RR3C165JQ U 191
AF RR3C165TF C 298
BS 1 343 RR3EP72JQ
BS 344 344 RR3C165JQ
BS 345 412 RR3EP72JQ
BS 413 413 RR3C165JQ
BS 414 500 RR3EP72JQ
BS 501 501 RR3C165JQ
BS 502 531 RR3EP72JQ
BS 532 907 RR3C165JQ
BS 908 991 RR3C165TF

RD RR3EP72JQ 531 0 0
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ATAATCAAATAATTATTCACCACCTTTCCATAGAACACGGTAACATTGAAGCTGAACTAA
GAAATAAAAGTCTTGAGCGATCCCAACCCTGAAGGGAACATCACCAAGCCAAACTAGTAC
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CCGAAACTTGCATGACCAAAATCCCTCACTAAACCTAAGGTACAAGGATCAACGAACTTA
AAACGCCACTTAAGAAAACGTCAAAAAAGACTACTAGTTTTTACACGCGGACACTCGTAA
AATAGCCAAGTGACCTATAGAACAAAGACTGTCCACCTCCTCGCAAGAGAA

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR3C165JQ 717 0 0
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TCTTGAGCGATCCCAACCCTGAAGGGAACATCACCAAGCCAAACTAGTACAGCAACATAA
GAAACAATCGCAAAGTCAAATCTACATCAACTCCAGCAGCTACTATCCATCCGAAACTTG
CATGACCAAAATCCCTCACTAAACCTAAGGTACAAGGATCAAAGAACTTAAAACGCCACT
TAAGAAAACGTCAAAAAAGACTACTAGTTTTTACACGCGGACACTCGTAAAATAGCCAAG
TGACCTATAGGACAAAGACTGTCCACCTCCTCGCAAGAGAATAACTCCACAGTGAATACA
AATCACAAAGATGAACCCAAATAACGAGCTTAGGTTGAGACAAAGAAACCATGACAGCAA
GAACCGAACATAAGCATCAATCCCACGACTTCAAGCTAATACCGACTCGTCACAAAAACC
TTCATCCACGCTTAACGATACCAAGAGAAGGGAGCAAATCCCACCGTCAATCAAGTAGAT
CCGGATCTCCGGTTTCAAACAGAGGGAAAGAGCGGTCAGATCTGAAACCATGCACCTCGC
TGATATCTGAGATGCTTCAAATCTACCGTTCAAACCACCAAGAGCATAAACCGAAGCAAA
ATTGCATACACAAAGATAGAATAGACGAGAAGGAAAGAAGAAGAGACCGACCCCGAT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3C165TF 694 0 0
TACAGCAACATAAGAAACAATCGCAAAGTCAAATCTACATCAACTCCAGCAGCTACTATC
CATCCGAAACTTGCATGACCAAAATCCCTCACTAAAC*TAAGGTACAAGGATCAAAGAAC
TTAAAACGCCACTTAAGAAAACGTCAAAAAAGACTACTAGTTTTTACACGCGGACACTCG
TAAAATAGCCAAGTGACCTATAGGACAAAGACTGTCCACCTCCTCGCAAGAGAATAACTC
CACAGTGAATACAAATCACAAAGATGAACCCAAATAACGAGCTTAGGTTGAGACAAAGAA
ACCATGACAGCAAGAACCGAACATAAGCATCAATCCCACGACTTCAAGCTAATACCGACT
CGTCACAAAAACCTTCATCCACGCTTAACGATACCAAGAGAAGGGAGCAAATCCCACCGT
CAATCAAGTAGATCCGGATCTCCGGTTTCAAACAGAGGGAAAGAGCGGTCAGATCTGAAA
CCATGCACCTCGCTGATATCTGAGATGCTTCAAATCTACCGTTCAAACCACCAAGAGCAT
AAACCGAAGCAAAATTGCATACACAAAGATAGAATAGACGAGAAGGAAAGAAGAAGAGAC
CGACCCCGATGCTGACAGAGCCATCGAAGCCGGTCTCCAACAAGCAGGACGGCAGGTACT
TGCTCCCGGCTGTTAGTGTTTGTAATTGATATCC

QA 1 694 1 694
DS 



CO CL1027Contig2 887 3 11 U
GGAGTTTAATTGTGTTAGCATTTGAGCTGTGTAGTTTTAACACCGAGGTGGTAACCTTTT
CACCCCAAAATCCATTTATATAGATATGAAGATAAGATAAGAGATATATCAATTACAAAC
ACTAACAGCCGGGAGCAAGTACCTGCCGTCCTGCTTGTTGGAGACCGGCTTCGATGGCTC
TGTCAGCATCGGGGTCGGTCTCTTCTTCTTTCCTTCTCGTCTATTCTATCTTTGTGTATG
CAATTTTGCTTCGGTTTATGCTCTTGGTGGTTTGAACGGTAGATTTGAAGCATCTCAGAT
ATCAGCGAGGTGCATGGTTTCAGATCTGACCGCTCTTTCCCTCTGTTTGAAACCGGAGAT
CCGGATCTACTTGATTGACGGTGGGATTTGCTCCCTTCTCTTGGTATCGTTAAGCGTGGA
TGAAGGTTTTTGTGACGAGTCGGTATTAGCTTGAAGTCGTGGGATTGATGCTTATGTTCG
GTTCTTGCTGTCATGGTTTCTTTGTCTCAACCTAAGCTCGTTATTTGGGTTCATCTTTGT
GATTTGTATTCACTGTGGAGGTATGTACTAGATCTTTCTTTGATCCTCTGTGGATATGGG
ATATGGTTTCTAAACGAAGCAGCTGACTTGTTCTTCAGTTATTCTCTTGCGAGGAGGTGG
ACAGTCTTTGTTCTATAGGTCACTTGGCTATTTTACGAGTGTCCGCGTGTAAAAACTAGT
AGTCTTTTTTGACGTTTTCTTAAGTGGCGTTTTAAGTTCTTTGATCCTTGTACCTTAGTT
TAGTGAGGGATTTTGGTCATGCAAGTTTCGGATGGATAGTAGCTGCTGGAGTTGATGTAG
ATTTGACTTTGCGATTGTTCTTTGTTGCTGTACTAGTTTGGCTTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H129TF U 1
AF RR3EP72TF U 106
AF RR3CG18TF U 115
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BS 680 694 RR3H129TF
BS 695 709 RR3EP72TF
BS 710 887 RR3CG18TF

RD RR3H129TF 694 0 0
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TGTCAGCATCGGGGTCGGTCTCTTCTTCTTTCCTTCTCGTCTATTCTATCTTTGTGTATG
CAATTTTGCTTCGGTTTATGCTCTTGGTGGTTTGAACGGTAGATTTGAAGCATCTCAGAT
ATCAGCGAGGTGCATGGTTTCAGATCTGACCGCTCTTTCCCTCTGTTTGAAACCGGAGAT
CCGGATCTACTTGATTGACGGTGGGATTTGCTCCCTTCTCTTGGTATCGTTAAGCGTGGA
TGAAGGTTTTTGTGACGAGTCGGTATTAGCTTGAAGTCGTGGGATTGATGCTTATGTTCG
GTTCTTGCTGTCATGGTTTCTTTGTCTCAACCTAAGCTCGTTATTTGGGTTCATCTTTGT
GATTTGTATTCACTGTGGAGATATGTACTAGATCTTTCTTTGATCCTCTGTGGATATGGG
ATATAGTTTCTAAACGAAGCAGCTGACTTGTTCTTCAGTTATTCTCTTGCGAGGAG*TGG
ACAGTCTTTGTTCTATAG*TCACTTGGCTATTTT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3EP72TF 604 0 0
GG
ATCAATTACAAACACTAACAGCCGGGAGCAAGTACCTGCCGTCCTGCTTGTTGGAGACCG
GCTTCGATGGCTCTGTCAGCATCGGGGTCGGTCTCTTCTTCTTTCCTTCTCGTCTATTCT
ATCTTTGTGTATGCAATTTTGCTTCGGTTTATGCTCTTGGTGGTTTGAACGGTAGATTTG
AAGCATCTCAGATATCAGCGAGGTGCATGGTTTCAGATCTGACCGCTCTTTCCCTCTGTT
TGAAACCGGAGATCCGGATCTACTTGATTGACGGTGGGATTTGCTCCCTTCTCTTGGTAT
CGTTAAGCGTGGATGAAGGTTTTTGTGACGAGTCGGTATTAGCTTGAAGTCGTGGGATTG
ATGCTTATGTTCGGTTCTTGCTGTCATGGTTTCTTTGTCTCAACCTAAGCTCGTTATTTG
GGTTCATCTTTGTGATTTGTATTCACTGTGGAGGTATGTACTAGATCTTTCTTTGATCCT
CTGTGGATATGGGATATGGTTTCTAAACGAAGCAGCTGACTTGTTCTTCAGTTATTCTCT
TGCGAGGAGGTGGACAGTCTTTGTTCTATAGGTCACTTGGCTATTTTACGAGTGTCCGCG
TG

QA 3 604 3 604
DS 

RD RR3CG18TF 773 0 0
GG
AAACACTAACAGCCGGGAGCAAGTACCTGCCGTCCTGCTTGTTGGAGACCGGCTTCGATG
GCTCTGTCAGCATCGGGGTCGGTCTCTTCTTCTTTCCTTCTCGTCTATTCTATCTTTGTG
TATGCAATTTTGCTTCGGTTTATGCTCTTGGTGGTTTGAACGGTAGATTTGAAGCATCTC
AGATATCAGCGAGGTGCATGGTTTCAGATCTGACCGCTCTTTCCCTCTGTTTGAAACCGG
AGATCCGGATCTACTTGATTGACGGTGGGATTTGCTCCCTTCTCTTGGTATCGTTAAGCG
TGGATGAAGGTTTTTGTGACGAGTCGGTATTAGCTTGAAGGCGTGGGATTGATGCTTATG
TTCGGTTCTTGCTGTCATGGTTTCTTTGTCTCAACCTAAGCTCGTTATTTGGGTTCATCT
TTGTGATTTGTATTCACTGTGGAGGTATGTACTAGATCTTTCTTTGATCCTCTGTGGATA
TGGGATATGGTTTCTAAACGAAGCAGCTGACTTGTTCTTCAGTTATTCTCTTGCGAGGAG
GTGGACAGTCTTTGTTCTATAGGTCACTTGGCTATTTTACGAGTGTCCGCGTGTAAAAAC
TAGTAGTCTTTTTTGACGTTTTCTTAAGTGGCGTTTTAAGTTCTTTGATCCTTGTACCTT
AGTTTAGTGAGGGATTTTGGTCATGCAAGTTTCGGATGGATAGTAGCTGCTGGAGTTGAT
GTAGATTTGACTTTGCGATTGTTCTTTGTTGCTGTACTAGTTTGGCTTGGT

QA 3 773 3 773
DS 



AS 1 7

CO CL1028Contig1 1473 7 4 U
GGGAGAAGAAGCAAAAGAAAAAAAAAAGTGTCTCCCTTTTTTTTTCTCGTAGGCGCTCAA
TTGAATGAGTTTCCGATCCACGATCTCGTCTGTGAGCTCGGAATCTCAACAAATCTGATT
CCTTCGTCATGTCGTTCTCCTTCTTCAAGCCATCAAGGCCTAAGACGCCTCAAGAGGTCG
TTAAGGCGATCAGAGACAGCCTCTTGGCTCTCGACACCAAAACCGTCGTCGAAGTTAAAG
CCCTCGAGAAGGCTTTGGAAGAAGTAGAGAAGAATTTTTCATCTCTGAGAGGAATGCTTT
CAGGAGAGGGTGAGGCAGAGCCAAATGCTGATCAAGCTGTACAGTTAGCATTAGAGTTTT
GCAAAGAAGATGTCATCTCTCTTGTTATCCATAAGCTACACCTTTTGGGATGGGAAACAA
GAAAAGATTTACTGCATTGCTGGTCTATCTTGTTGAAGCAAAAAGTTGGGGAGGCTTATT
GTTTTGTGCAGTACTTTGAAGAACATTTTGAGTTGCTTGACTCTTTGGTTGTATGCTATG
ACAACAAGGAGATTGCGCTGCATTGTGGAAGTATGCTTAGGGAATGCATTAAATTCCCAA
GTCTTGCTAAGTATATTCTAGAGTCTGCGTGCTTTGAGTTATTCTTCAAATTTGTGGAAT
TGCCAAACTTTGATGTTGCTTCTGATGCATTTTCAACATTCAAGGATCTTCTCACTAAAC
ATGACACCGTCGTCTCTGAGTTTCTCACCTCTCATTACCCTGAGTTCTTTGAAATATACG
AAAGTCTTTTGACATCATCAAACTATGTGACGAGAAGGCAATCATTGAAGCTTCTCTCGG
ATTTCTTATTGGAGCCTCCAAACTCCCACATAATGAAGAAATTCATCTTAGAAGTTCGTT
ATATGAAAGTGATTATGACACTTCTCAAGGACTCGAGCAAGAATATTCAAATCTCAGCCT
TTCATATATTCAAGATCTTTGTTGCGAATCCTAATAAGCCACAAGAAGTGAAGATCATTT
TGGCAAGAAACCACGAGAAGTTGCTTGAACTTCTTCACAACTTGTCCCCTGGTAAAGGTT
CTGAAGATGATCAATTCGAGGAGGAAAAGGAGCTGATCATCGAGGAGATTCAGAAAATGT
CTCGCCTCAAAAACCTTGAACTTTGATACATTCTTTTGCCTCCTCCTATTATCTTCCTCC
CCCCTTCCACGGTGATTCCCTGAGTCTTGTAAAACAGGTTACGGGGTGATACTCTGTATC
AGAAGTTTCAGAAACTGTGTATGAAACTGCTTGTTTTCCTAGTACACATGTAGTAATGTA
ACTTTTGATTCTCTGTGACAAATCGCTGAGCTGCTCTGATACAGACTTGACTCTTGTTAA
AAGACCATAAACACTTTGTTACCTTTAAATTTGGGTATGAATAATATTGTGCTTTTGTAT
GTAATATTTGAAATGAATCGAGTTCTTTCCGTG


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EK94TF U 4
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TCGAGAAGGCTTTGGAAGAAGTAGAGAAGAATTTTTCATCTCTGAGAGGAATGCTTTCAG
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AAGATTTACTGCATTGCTGGTCTATCTTGTTGAAGCAAAAAGTTGGGGAGGCTTATTGTT
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TTAAGGCGATCAGAGACAGCCTCTTGGCTCTCGACACCAAAACCGTCGTCGAAGTTAAAG
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GCAAAGAAGATGTCATCTCTCTTGTTATCCATAAGCTACACCTTTTGGGATGGGAAACAA
GAAAAGATTTACTGCATTGCTGGTCTATCTTGTTGAAGCAAAAAGTTGGGGAGGCTTATT
GTTTTGTGCAGTACTTTGAAGAACATTTTGAGTTGCTTGACTCTTTGGTTGTATGCTATG
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GTCTTGCTAAGTATATTCTAGAGTCTGCGTGCTTTGAGTTATTCTTCAAATTTGTGGAAT
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TTAGGGAATGCATTAAATTCCCAAGTCTTGCTAAGTATATTCTAGAGTCTGCTTGCTTTG
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ACCCTGAGTTCTT
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CAGGTTACGGGGTGATACTCTGTATCAGAAGTTTCAGAAACTGTGTATGAAACTGCTTGT
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G
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G
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GATTTCTTATTGGAGCCTCCAAACTCCCACATAATGAAGAAATTCATCTTAGAAGTTCGT
TATATGAAAGTGATTATGACACTTCTCAAGGACTCGAGCAAGAATATTCAAATCTCAGCC
TTTCATATATTCAAGATCTTTGTTGCGAATCCTAATAAGCCACAAGAAGTGAAGATCATT
TTGGCAAGAAACCACGAGAAGTTGCTTGAACTTCTTCACAACTTGTCCCCTGGTAAAGGT
TCTGAAGATGATCAATTCGAGGAGGAAAAGGAGCTGATCATCGAGGAGATTCAGAAAATG
TCTCGCCTCAAAAACCTTGAACTTTGATACATTCTTTTGCCTCCTCCTATTATCTTCCTC
CCCCCTTCCACGGTGATTCCCTGAGTCTTGTAAAACAGGTTACGGGGTGATACTCTGTAT
CAGAAGTTTCAGAAACTGTGTATGAAACTGCTTGTTTTCCTAGTACACATGTAGTAATGT
AACTTTTGATTCTCTGTGACAAATCGCTGAGCTGCTCTGATACAGACTTGACTCTTGTTA
AAAGACCATAAACACTTTGTTACCTTTAAATTTGGGTATGAATAATATTGTGCTTTTGTA
TGTAATATTTGAAATGAATCGAGTTCTTTCCGTG

QA 2 695 2 695
DS 



AS 1 7

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CGGAAAAAAACTATGGCGTCGAGAGAGCAAGTAAAGGCGTCGCACATTCTGATAAAGCAC
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AGAACTGCTTGATCTCTCCTCCATACCCTCTATCATCATGGTGTATCAAAAGTTACCAGC
TTTCTTTTTTCTCTACCAAAGATGAAGATAGAAGAATAATAACAAAAGGCTTTGCTAGTG
TGGTTTTAATTCTTGCATGGATTTGATACAAGCAAAAACATATAATAAAACAAGATATTG
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TTGTGTTATCATTCTGTGTGAAAATTTCTCAAGCCTGCTTTCTTGTAAACTGTTAAAAAA
TATACATTAATCCCAACACCTCGCTGATTTACGCCT


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK01TF U 3
AF RR3GC28JQ C 18
AF RR3GC28TF U 1
AF RR3G569TF U 3
AF RR3AL65JQ C 1
AF RR3AL65TF U 1
AF RR3CK01JQ C 72
BS 1 4 RR3AL65JQ
BS 5 22 RR3CK01TF
BS 23 23 RR3GC28TF
BS 24 286 RR3CK01TF
BS 287 287 RR3GC28TF
BS 288 330 RR3CK01TF
BS 331 415 RR3GC28TF
BS 416 416 RR3G569TF
BS 417 604 RR3GC28TF
BS 605 632 RR3G569TF
BS 633 680 RR3AL65TF
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GG
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AAAAAACTATGGCGTCGAGAGAGCAAGTAAAGGCGTCGCACATTCTGATAAAGCACCAAG
GATCTCGTAGGAAGGCGTCGTGGAAGGATCCCGAAGGAAAGATCATAATGACTACTACGA
GAGAAGCAGCCGTCGAACAGCTCAAATCGATCCGCGAAGACATCCTCTCTGGCAAAGCTA
ACTTCGAGGATGTAGCCTCTCGCGTTTCCGACTGTAGCTCCGTCAAACGCGGCGGCGATC
TAGGTCCGTTTGGGAGAGGTCAAATG

QA 3 328 3 328
DS 

RD RR3GC28JQ 587 0 0
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GTCGGGAGAGCAAGTAAAGGCGTCGCACATTCTGATAAAGCACCAAGGATCTCGTAGGAA
GGCGTCGTGGAAGGATCCCGAAGGAAAGATCATAATGACTACTACGAGAGAAGCAGCCGT
CGAACAGCTCAAATCGATCCGCGAAGACATCCTTTCTGGCAAAGCTAACTTCGAGGATGT
AGCCTCTCGCGTCTCCGACTGTAGCTCCGCCAAACGCGGCGGCGATCTAGGTCCGTTTGG
GAGAGGTCAAATGCAGAAACCGTTTGAGGAGGCAACATACGCACTCAAGGTTGGTGATAT
AAGCGAGATTGTGGATACAGACAGTGGAGTCCATATCACTAAGAGAACTGCTTGATCTCT
CCTCCATACCCTCTATCATCATGGTGTATCAAAAGTTACCAGCTTTCTTTTTTCTCTACC
AAAGATGAAGATAGAAGAATAATAACAAAAGGCTTTGCTAGTGTGGTTTTAATTCTTGCA
TGGATTTGATACAAGCAAAAACATATAATAAAACAAGATATTGTATC

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3GC28TF 604 0 0
GGGC
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AAAAAACTATGGCGTCGGGAGAGCAAGTAAAGGCGTCGCACATTCTGATAAAGCACCAAG
GATCTCGTAGGAAGGCGTCGTGGAAGGATCCCGAAGGAAAGATCATAATGACTACTACGA
GAGAAGCAGCCGTCGAACAGCTCAAATCGATCCGCGAAGACATCCTCTCTGGCAAAGCTA
ACTTCGAGGATGTAGCCTCTCGCGTCTCCGACTGTAGCTCCGCCAAACGCGGCGGCGATC
TAGGTCCGTTTGGGAGAGGTCAAATGCAGAAACCGTTTGAGGAGGCAACATACGCACTCA
AGGTTGGTGATATAAGCGAGATTGTGGATACAGACAGTGGAGTCCATATCACTAAGAGAA
CTGCTTGATCTCTCCTCCATACCCTCTATCATCATGGTGTATCAAAAGTTACCAGCTTTC
TTTTTTCTCTACCAAAGATGAAGATAGAAGAATAATAACAAAAGGCTTTGCTAGTGTGGT
TTTAATTCTTGCATGGATTTGATACAAGCAAAAACATATAATAAAACAAGATATTGTATC

QA 5 604 5 604
DS 

RD RR3G569TF 630 0 0
GG
ACACTTTAACCTCTCTTCTCTTGATAGACGATCATCACCACATCCACAACAAGCGCCGGA
AAAAAACTATGGCGTCGAGAGAGCAAGTAAAGGCGTCGCACATTCTGATAAAGCACCAAG
GATCTCGTAGGAAGGCGTCGTGGAAGGATCCCGAAGGAAAGATCATAATGACTACTACGA
GAGAAGCAGCCGTCGAACAGCTCAAATCGATCCTCGAAGACATCCTCTCTGGCAAAGCTA
ACTTCGAGGATGTAGCCTCTCGCGTTTCCGACTGTAGCTCCGCCAAACGCGGCGGCGATC
TAGGTCCGTTTGGGAGAGGTCAAATGCAGAAACCGTTTGAGGAGGCAACATACGCACTCA
AGGTTGGTGATATAAGCGAGATTGTGGATACAGACAGTGGAGTCCATATCATTAAGAGAA
CTGCTTGATCTCTCCTCCATACCCTCTATCATCATGGTGTATCAAAAGTTACCAGCTTTC
TTTTTTCTCTACCAAAGATGAAGATAGAAGAATAATAACAAAAGGCTTTGCTAGTGTGGT
TTTAATTCTTGCATGGATTTGATACAAGCAAAAACATATAATAAAACAAGATATTGTATC
ATCTCAATTTCTTATTTACAGCTTCATA

QA 3 630 3 630
DS 

RD RR3AL65JQ 680 0 0
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CGGAAAAAAACTATGGCGTCGAGAGAACAAGTAAAGGCGTCGCACATTCTGATAAAGCAC
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ACGAGAGAAGCAGCCGTCGAACAGCTCAAATCGATCCGCGAAGACATCCTCTCTGGCAAA
GCTAACTTCGAGGATGTAGCCTCTCGCGTTTCCGACTGTAGCTCCGCCAAACGCGGCGGC
GATCTAGGTCCGTTTGGGAGAGGTCAAATGCAGAAACCGTTTGAGGAGGCAACATACGCA
CTCAAGGTTGGTGATATAAGCGAGATTGTGGATACAGACAGTGGAGTCCATATCATTAAG
AGAACTGCTTGATCCCTCCTCCATACCCTCTATCATCATGGTGTATCAAAAGTTACCAGC
TTTCTTTTTTCTCTACCAAAGATGAAGATAGAAGAATAATAACAAAAGGCTTTGCTAGTG
TGGTTTTAATTCTTGCATGGATTTGATGCAAGCAAAAACATATAATAAAACAAGATATTG
TATCATCTCAATTTCTTATTTACAGCTTCATAATAGCACATCCCTGTTGCTGACTCTGAC
TTGTGTTATCATTCTGTGTG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3AL65TF 680 0 0
GGGC
ACACTTTAACCTCTCTTCTCTTGATAGACGATCATCACCACATCCACAACAAGCGCCGGA
AAAAAACTATGGCGTCGAGAGAACAAGTAAAGGCGTCGCACATTCTGATAAAGCACCAAG
GATCTCGTAGGAAGGCGTCGTGGAAGGATCCCGAAGGAAAGATCATAATGACTACTACGA
GAGAAGCAGCCGTCGAACAGCTCAAATCGATCCGCGAAGACATCCTCTCTGGCAAAGCTA
ACTTCGAGGATGTAGCCTCTCGCGTTTCCGACTGTAGCTCCGCCAAACGCGGCGGCGATC
TAGGTCCGTTTGGGAGAGGTCAAATGCAGAAACCGTTTGAGGAGGCAACATACGCACTCA
AGGTTGGTGATATAAGCGAGATTGTGGATACAGACAGTGGAGTCCATATCATTAAGAGAA
CTGCTTGATCCCTCCTCCATACCCTCTATCATCATGGTGTATCAAAAGTTACCAGCTTTC
TTTTTTCTCTACCAAAGATGAAGATAGAAGAATAATAACAAAAGGCTTTGCTAGTGTGGT
TTTAATTCTTGCATGGATTTGATGCAAGCAAAAACATATAATAAAACAAGATATTGTATC
ATCTCAATTTCTTATTTACAGCTTCATAATAGCACATCCCTGTTGCTGACTCTGACTTGT
GTTATCATTCTGTGTG

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DS 

RD RR3CK01JQ 685 0 0
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TAGGAAGGCGTCGTGGAAGGATCCCGAAGGAAAGATCATAATGACTACTACGAGAGAAGC
AGCCGTCGAACAGCTCAAATCGATCCGCGAAGACATCCTCTCTGGCAAAGCTAACTTCGA
GGATGTAGCCTCTCGCGTTTCCGACTGTAGCTCCGTCAAACGCGGCGGCGATCTAGGTCC
GTTTGGGAGAGGTCAAATGCAGAAACCGTTTGAGGAGGCAACATACGCACTCAAGGTTGG
TGATATAAGCGAGATTGTGGATACAGACAGTGGAGTCCATATCATTAAGAGAACTGCTTG
ATCTCTCCTCCATACCCTCTATCATCATGGTGTATCAAAAGTTACCAGCTTTCTTTTTTT
TCTACCAAAGATGAAGATAGAAGAATAATAACAAAAGGCTTTGCTAGTGTGGTTTTAATT
CTTGCATGGATTTGATACAAGCAAAAACATATAATAAAACAAGATATTGTATCATCTCAA
TTTCTTATTTACAGCTTCATAATAACACATCCCTGTTGCTGACTCTGACTTGTGTTATCA
TTCTGTGTGAAAATTTCTCAAGCCTGCTTTCTTGTAAACTGTTAAAAAATATACATTAAT
CCCAACACCTCGCTGATTTACGCCT

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 5

CO CL1030Contig1 1181 5 14 U
GGAGTAATAACAGAGAAACAGAACAACGCCTTAAAGAAACGACATGATGTCATTTTTCTC
CCTAAATTCTCTTCTGCTTCTTCTTCTCTCTCGTTCGTCGGTGGTTATCTCGGATGGTGA
GTCTTTCCAGAAACTTCCGGTGCCGGAAAATAGGTCAGGCCCTGAAGCTTTCGCCTTTGA
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TGAAAAAACAGGTGATCTCTACGTGGCCGATGCACCGTTGGGCCTTCATGTTGTTTCTCC
CGCCGGTGGCTTGGCCGTAAAGATCGCCGACAGTGTTGATGGAAAGCCCTTTAAATTTCT
CGATGGTCTTGACGTTGATCCAACTACTGGTGTCGTCTACTTCACTTCCTTCGGCTCACG
CTTCACCCCAATCCAAGTGTTGATTGCATTGGGATTAAAGGACGCGACTGGAAAACTCTT
CAAATACGATCCATCAACTAAGGTCGTGACCGTGTTGATGGAAGGTCTTAGTGGCTCCGC
TGGCTGTGCCGTGAGCTCGGATGGTTCGTTCGTGCTGGTCAGTCAGTTCACAAAGAGCAA
CATCAAGAGGTATTGGATCAAGGGACCTAAAGCTGGTTCTTCTGAAGACTTCACAAACTC
GGTCTCGAACCCTGACAATATCAAGAGGATTGGTTCTACTGGAAACTTCTGGGTCGCTTC
GGTAGTGAACAAGATCGTCGTGCCTACTAACCCATCAGCGGTCAAAGTCAATTCTAATGG
TGAAGTGCTTCAGACAATTCCTCTAAAAGATAAATTTGGGGATACTTTGCTTAGCGAAGT
TAACGAGTTCGATGGTAGTTTATATATTGGGACTCTCACTGGTCCTTTTGCTGGAATTCT
TAAGCTTTAAATTTGTTTAAGAGTATGGTTGGATCTTTGATTCGAAGGCCGCAAGTTGTT
TACCATATATGTGAAGTTTATATTTTTTTTTTAATTTTATTGAATGTAAAGGTCACAGTC
ATATATCATGGTCTGTTTGCCTTCTTATTAAAAATAAAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD63TF U 16
AF RR3AI24TF U 1
AF RR3A722TF U 16
AF RR3AI24JQ C 423
AF RR3E848JQ C 534
BS 1 780 RR3AI24TF
BS 781 782 RR3A722TF
BS 783 795 RR3AI24JQ
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BS 797 823 RR3AI24JQ
BS 824 824 RR3E848JQ
BS 825 843 RR3AI24JQ
BS 844 844 RR3E848JQ
BS 845 870 RR3AI24JQ
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BS 1078 1109 RR3AI24JQ
BS 1110 1181 RR3E848JQ

RD RR3GD63TF 627 0 0
AAG
CAGAACAACGCCTTAAAGAAACGACATGATGTCATTTTTCTCCCTAAATTCTCTTCTGCT
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DS 

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CCTAAATTCTCTTCTGCTTCTTCTTCTCTCTCGTTCGTCGGTGGTTATCTCGGATGGTGA
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TGGCTGTGCCGTGAGCTCGGATGGTTCGTTCGTGCTGGTCAGTCAGTTCACAAAGAGCAA
CATCAAGAGGTATTGGATCAAGGGACCTAAAGCTGGTTCTTCTGAAGACTTCACAAACTC

QA 1 780 1 780
DS 

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AAA
CAGAACAACGCCTTAAAGAAACGACATGATGTCATTTTTCTCCCTAAATTCTCTTCTGCT
TCTTCTTCTCTCTCGTTCGTCGGTGGTTATCTCGGATGGTGAGTCTTTCCAGAAACTTCC
GGTGCCGGAAAATAGGTCAGGCCCTGAAGCTTTCGCCTTTGACTCCACCGGAAAAGGATT
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TTTTGCACCGATCACAGAATCATCGAACTCTTCATGGTGCGATGGAGTAGTTGGGACGGC
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AAAGATCGCCGACAGTGTTGATGGAAAGCCCTTTAAATTTCTCGATGGTCTTGACGTTGA
TCCAACTACTGGTGTCGTCTACTTCACTTCCTTCAGCTCACGCTTCACCCCAATCCAAGT
GTTGATTGCATTGGGATTAAAGGACGCGACTGGAAAACTCTTCAAATACGATCCATCAAC
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GGATGGTTCGTTCGTGCTGGTCAGTCAGTTCACAAAGAGCAACATCAAGAGGTATTGGAT
CAAGGGACCTAAAGCTGGTTCTTCTGAAGACTTCACAAACTCGG

QA 4 767 4 767
DS 

RD RR3AI24JQ 687 0 0
CCGGTGGCTTGGCCGTAAAGATCGCCGACAGTGTTGATGGAAAGCCCTTTAAATTTCTCG
ATGGTCTTGACGTTGATCCAACTACTGGTGTCGTCTACTTCACTTCCTTCGGCTCACGCT
TCACCCCAATCCAAGTGTTGATTGCATTGGGATTAAAGGACGCGACTGGAAAACTCTTCA
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AAGTGCTTCAGACAATTCCTCTAAAAGATAAATTTGGGGATACTTTGCTTAGCGAAGTTA
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AGCTTTAAATTTGTTTAAGAGTATGGTTGGATCTTTGATTCGAAGGCCGCAAGT*GTTTA
CCATATATGTGAAGTTTATATTTTTTT

QA 1 687 1 687
DS 

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GCTCACGCTTCCCCCCAATCCAAGTGTTGATTGCATTGGGATTAAAGGACGCAACCGGAA
AACTCTTCAAATACGATCCATCAACTAAGGTCGTGACCGTGTTGATGGAAGGTCTAAGTG
GCTCCGCTGGCTGTGCCGTGAGCTCGGATGGTTCGTTCGTGCTGGTCAGTCAATTCACAA
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CTAATGGTGAAGTGCTTCAGACAATTCCTCTAAAAGATAAATTTGGGGATACTTTGCTTA
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QA 1 648 1 648
DS 



AS 3 7

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AAAAATGGAAAAAGGTTTCTCTGTCAAAGAAATGTCCGGTAATAACCATCTTTTGTCGGA
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CTTACAAGAATCCTCCGACGCCAGTGCCGGTGTAGCCGCGACGGCGTCCGTCTCTGGACT
TTCTTCTCCGGTGGATGATTCTCATGAATACAGAGAGATTTTGAAGAGTAAACTCAATCT
AGCTTGTGCTGCCGTTGTCGCCATGAAGAGAGGAGGTTTCATCAAACCTCAGGATACCTC
TGGTAGATCTGAGAATGGTGGAGGAGCCTATACATCAGACCAAGGCTCCTTAGCTTCTCC
CAAAGCTACACCAGTGATGAGCAGTACCATAACAAGTGGATCCGAGTTCTCTGGTGATGA
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GATGCTCTCTAACAGGGAATCAGCTAGAAGATCCGGAAGAAGAAGCAAGCACACCTTAGT
GAGCTAGAGACACAAGTTTCACAGCTGCGTGTAGAGAACTCAAACCTCATGAAAGGTCTC
ACTGACGTAACTCAGACATTCAATGACGCATCTGTAGAAAACAGAGTTTTGAAAGCCAAC
CTAGAGACACTACGAGCTAAAGTGAAAATGGCGGAGGAGACAGTGAAGAGAATCACAGGC
TTCAACCCAATGTTGTTACACACCATGCCTCAGGTTTCAAGTGTCTTTAATCCTTTGGAG
ACATCAAAGTCTCTGGACACAAGCTCCCAAGTAACCACACCTGAGACCCCCAGCTCAAGC
AACAACAAAAGCAAGGCCTTGGTCGGTTGCAAAATGAACAGGACAGAGTCGATGAGGAGA
GTTGCGAGTTTGGAGCATCTGCAGAAACGTATTCGCAGCGTTGGGGATAAGTAGCTTTGT
GAAGAAGACGAAGAAGAAACCCGATTTGTATAACATTATCACAAATAGAGAGAGAGAGGC
ATTGAGACAAAAGTGTTATAATTTGTTGTGTAAAGAATCGTCTGACCTAGTTTATCTCTG
AGATTAGGTCTTTCTTTTTTATGTATTTTCAAATCTCTTTTTTTCAACATCTACAAGTTT
GTATCTTGTAACTACTACAAAGTTATCAAACTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A884TF U 1
AF RR3A884JQ C 599
BS 1 751 RR3A884TF
BS 752 1235 RR3A884JQ

RD RR3A884TF 751 0 0
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AAAAATGGAAAAAGGTTTCTCTGTCAAAGAAATGTCCGGTAATAACCATCTTTTGTCGGA
GCCGGCTAAAGAATCTACGGGAATGAGTCGTAGTGAGTCAGAGTGGGCATTCCATCTCTT
CTTACAAGAATCCTCCGACGCCAGTGCCGGTGTAGCCGCGACGGCGTCCGTCTCTGGACT
TTCTTCTCCGGTGGATGATTCTCATGAATACAGAGAGATTTTGAAGAGTAAACTCAATCT
AGCTTGTGCTGCCGTTGTCGCCATGAAGAGAGGAGGTTTCATCAAACCTCAGGATACCTC
TGGTAGATCTGAGAATGGTGGAGGAGCCTATACATCAGACCAAGGCTCCTTAGCTTCTCC
CAAAGCTACACCAGTGATGAGCAGTACCATAACAAGTGGATCCGAGTTCTCTGGTGATGA
CGAAGAAGAAGCTGATGGTGAAACTAATATGAATCCTACTAACGTCAAGCGTGTCAAAAG
GATGCTCTCTAACAGGGAATCAGCTAGAAGATCCGGAAGAAGAAGCAAGCACACCTTAGT
GAGCTAGAGACACAAGTTTCACAGCTGCGTGTAGAGAACTCAAACCTCATGAAAGGTCTC
ACTGACGTAACTCAGACATTCAATGACGCATCTGTAGAAAACAGAGTTTTGAAAGCCAAC
CTAGAGACACTACGAGCTAAAGTGAAAATGG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3A884JQ 637 0 0
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GAGTTGCGAGTTTGGAGCATCTGCAGAAACGTATTCGCAGCGTTGGGGATAAGTAGCTTT
GTGAAGAAGACGAAGAAGAAACCCGATTTGTATAACATTATCACAAATAGAGAGAGAGAG
GCATTGAGACAAAAGTGTTATAATTTGTTGTGTAAAGAATCGTCTGACCTAGTTTATCTC
TGAGATTAGGTCTTTCTTTTTTATGTATTTTCAAATCTCTTTTTTTCAACATCTACAAGT
TTGTATCTTGTAACTACTACAAAGTTATCAAACTCAG

QA 1 637 1 637
DS 



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AAATGGAAAAAGGTTTCTCTGTCGAAGAAGAAATGTCCGGTAATAACCATCTTTTGTCGG
AGCCGGCTAAAGAATCTTCGGGAACGAATCGTAGTGAGTCAGAGTGGGCATTCCATCGCT
TCTTACAAGAATCCTCCGACCCCAGTGCCGGTGTAGCCGCGATGGCGTCCGTCGCTGGAC
CTTCTTCTCCGGTGGATGATTCTCTTGAATACAGAGAGATTCTGAAGAGTAAACTCAATC
TAGCTTGTGCTGCTGTTGTCGCCATGAAAAGAGGAGGTTTCATCAAACCTCAGGATACCT
CTGGTAGATCTGAGAATGGTGGAGGAGCCTATACATCAGACCAAGGCTCCTTAGCTTCTC
CCAAAGCTACACCAGTGATGAGCAGTACCATAACAAGTGGATCCGAGTTCTCTGGTGATG
ATGAAGAAGAAGCTGATGGTGAAACTAATATGAATCCTACTAACGTCAAGCGTGTCAAAA
GGATGCTCTCTAACAGGGAATCAGCTAGAAGATCCAGAAGAAGAAAGCAGGCACACCTTA
GTGAGCTAGAGACACAAGTTTCACAGCTGCGTGTAGAGAACTCAAACCTCATGAAAGGTC
TCACTGACGTAACTCAGACATTTAATGACGCATCTGTAGAAAACAGAGTTTTGAAAGCCA
ATCTAGAGACACTACGAGCTAAAGTGAAAATGGCTGAGGAGACAGTGAAGAGAATCACAG
GATTCAACCCAATGTTATTACACACCATGCCTCCGGTTTCAAGTGTCTCTAATCCTTCGG
AGACATCAAAGTCTCTGGACACAAGCTCCCAAGTAACCACACCTGAGACCCCCAGCTCAA
GCAACGACAAAAGCAAGGCCTTGGTCGGTTGCAAAATGAACAGGACAGAGTCGATGAGGA
GAGTTGCGAGTTTGGAGCATCTGCAGAAACGTATTCGCAGCGTTGGGGATAAGTAGCTTG
TGAAGAAGAAACTCGATTTGTATGACATTATCACAAATAGAGAGAGGCATTGAGACAAAA
GTGTTATATGTGTTGTGTAAAGAATTGTCTGACCTAGTTTATCTCTGAGATTAGGTCTTT
CTTTTTATCTATTTTCAATCTCTTTTTTCAACATCTACACGTTTGTATCTTGTAACTACT
ACAAAGTTATCAAACTCAAAGCTTCTTTGCT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GJ79TF U 1
AF RR3AM25TF U 1
AF RR3AM25JQ C 520
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GG
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AGCCGGCTAAAGAATCTTCGGGAACGAATCGTAGTGAGTCAGAGTGGGCATTCCATCGCT
TCTTACAAGAATCCTCCGACCCCAGTGCCGGTGTAGCCGCGATGGCGTCCGTCGCTGGAC
CTTCTTCTCCGGTGGATGATTCTCTTGAATACAGAGAGATTCTGAAGAGTAAACTCAATC
TAGCTTGTGCTGCTGTTGTCGCCATGAAAAGAGGAGGTTTCATCAAACCTCAGGATACCT
CTGGTAGATCTGAGAATGGTGGAGGAGCCTATACATCAGACCAAGGCTCCTTAGCTTCTC
CCAAAGCTACACCAGTGATGAGCAGTACCATAACAAGTGGATCCGAGTTCTCTGGTGATG
ATGAAGAAGAAGCTGATGGTGAAACTAATATGAATCCTACTAACGTCAAGCGTGTCAAAA
GGATGCTCTCTAACAGGGAATCAGCTAGAAGATCCAGAAGAAGAAAGCAGGCACACCTTA
GTGAGCTAGAGACACAAGTTTCACAGCTGCGTGTAGAGAACTCAAACCTCATGAAAGGTC
TCACTGACGTAACTCAGACATTTAATGACGCATCTGTAGAAAACAGAGTTTTGAAAGCCA
ATCTAGAGACACTACGAGCTAAAGTGAAAATGGCTGAG*AGACAGTGAAGAGAATCACAG
GATTCAACCCAATGTT
ATTACACACCATGCC

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DS 

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QA 1 712 1 712
DS 



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TGAAAGCCAATCTAGAGACACTACGAGCTAAAGTGAAAATGGCTGAGGAGACAGTGTAGA
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GAGACAAAAGTGTTATATGTGTTGTGTAAAGGATTGTCTGACCTAGTTTATCTCTGAGAT
TAGGTCTTTCTTTTATGTATTTTCAATCTCTTTTTTCAACATCTACAAGTTTGTATCTTG
TAACTACTACAAAGTTATCAAACCCAAAGCTTCA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FI92TF U 1
AF RR3FI92JQ C 549
BS 1 710 RR3FI92TF
BS 711 1294 RR3FI92JQ

RD RR3FI92TF 710 0 0
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TGTCGAAGAAGAAATGTCCGGTAATAACAATCTTTTGTCGGAGCCGGCTAAAGAATCTTC
GGGAACGAATCATAGTGAGTCAGAGTGGGCATTCCATCGCTTCTTACAAGGATCCTCCGA
CCCCAGTGCCGGTGTAGCCGCGACGGCGTCCGTCGCTGGACCTTCTTCTCCGGTGGATGA
TTCTCATGAATACAGAGAGATTCTGAAGAGTAAACTCAATCTAGCTTGTGCTGCTGTTGT
CGCCATGAAAAGAGGAGGTTTCATCAAACCTCAGGATACCTCTGGTAGATCTGAGAATGG
TGGAGGAGCCTATACATCAGACCAAGGCTCCTTAGCTTCTCCCAAAGCTACACCAGTGAT
GAGCAGTACCATAACAAGTGGATCCGAGTTCTCTGGTGATGATGAAGAAGAAGCTGATGG
TGAAACTAATATGAATCCTACTAACGTCAAGCGTGTCAAAAGGTAAAACCATCTTTTCTT
GGATTTATAATCTTTCTTGAGCATGAACATGAACATTTGTTATGTTTATCTGTTGTAACT
ACGTATACAGGATGCTCTCTAACAGGGAATCAGCTAGAAGATCCAGAAGAAGAAAGCAAG
CACACCTTAGTGAGCTAGAGACACAAGTTTCACAGCTGCGTGTAGAGAAC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3FI92JQ 746 0 0
AATCTTTCTTGAGCATGAACATGAACATTTGTTATGTTTATCTGTTGTAACTACGTATAC
AGGATGCTCTCTAACAGGGAATCAGCTAGAAGATCCAGAAGAAGAAAGCAAGCACACCTT
AGTGAGCTAGAGACACAAGTTTCACAGCTGCGTGTAGAGAACTCAAACCTCATGAAAGGT
CTCACTGACGTAACTCAGACATTTAATGACGCATCTGTAGAAAACAGAGTTTTGAAAGCC
AATCTAGAGACACTACGAGCTAAAGTGAAAATGGCTGAGGAGACAGTGTAGAGAATCACA
GGATTCAACCCAATGTTCCACACCATGCCACAGGTTTCAAGTGTCTCTAATCCTTCGGAG
ACATCAAAGTCTCTGGACACAAGCTCCCAAGTGACCACCCCTGAGACCCCCAGCTCAAGC
AGCAACAAAAACAAGGCCTTGATCGGTTGCAAAATGAACAGAACAGAGTCGATGAGGAGA
GTTGCGAGTTTGGAGCATCTGCAGAAACGTATTCGCAGCGTTGGGGATAAGTAGCTTTGT
GAAGAAGAAACTCGATTTGTATAACATTATCACAAATAGAGAGAGAGGCATTGAGACAAA
AGTGTTATATGTGTTGTGTAAAGGATTGTCTGACCTAGTTTATCTCTGAGATTAGGTCTT
TCTTTTATGTATTTTCAATCTCTTTTTTCAACATCTACAAGTTTGTATCTTGTAACTACT
ACAAAGTTATCAAACCCAAAGCTTCA

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 4

CO CL1032Contig1 1014 4 5 U
GCAGTTAAATAGTAGATAAAGAGAACCATGACCACAGATAAGACATTTGTATACCAACAT
AAAAAACAAAACAAAACATGACTAATGTCCCAAGACCAAAACCCATAAAGCAAGATTTCT
TTGTTCCAACTATATATATCCCAGTAATTAAGAATCTTTTGCTCTTCTCCCAAATAGATG
CTAGAAAATAGAAGCTGCATTCCCTCACAAAGCTCTTATAATCTACATGAAGTCAAAATC
GTCCATGGCATCATAAGGACCAGCTACTAGATCGTCATCGGCCTTATCTACAATAAGTTG
TTTCTTCTTCCCACCTGTCTTCTTTCTACCAGCAGCAGCTTCTTTCTCAGCCTTCAGCTT
TTCATTTGCTATTGCTGTAACGGATGAAGCAACATCTTTAACATCTGCTGCCTTCATGTT
GGTCACCGAAAGTCTCATGACTGCTTTGAGCAATGCGATATAGTGATAACTTTTCTCATA
TGGTCTAAGCCTATGAGAAATCATTTCAGCATATTCCAAGAAGTCACTTTCAGACTTGGG
GATGAAGGCGTCAAGTTTTTTCTCTTCACCCTTGGTTCCAAAGAGTTCAGCAGTTGCCCT
GTAGTCCGCTTCCTCAACAAGCCTCTGCATGCGGAGTTTCTCAGAGAGAGGATCTAAAGG
TTCTTCTTTTGGAACTTCAGCTGCTTTGCCCTTTTTCTCAACAGCTTTTGCTGCTTTCTT
CGGAGGAGCAGGCTTTACCGGAGCAGGTTGGTCGTCGTCATCATCATCATCCTCCCAGGA
GTCCTTAATATCATTCTCATCTACATCTTCATCATCCCAGTTACTTTTAAGCACAACTTT
TGCTGGAAGTGGTGCTATTTGTTCATCCTCCCAGTCATCCATATTTGGTTGTAGTAAAAA
AGACAAAGCTGATATCAAAATCCAACTTCAGCCAAATCCAAGGGAGGAAGATGAAGAGGA
AGATGAAGACGCGTTTTCGTTGGATCAAACAAATCTCCGCTGTGAAACGACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GO42JQ U 197
AF RR3B730JQ U 1
AF RR3G977JQ U 516
AF RR3B730TF C 134
BS 1 168 RR3B730JQ
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BS 170 642 RR3B730JQ
BS 643 652 RR3G977JQ
BS 653 1014 RR3B730TF

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GGACCAGCTACTAAATCGTCATCGGCCTTATCTACAATAAGTTGTTTCTTCTTCCCACCT
GTCTTCTTTCTACCAGCAGCAGCTTCTTTCTCAGCCTTCAGCTTTTCATTTGCTATTGCT
GTAACGGATGAAGCAACATCTTTAACATCTGCTGCCTTCATGTTGGTCACCGAAAGTCTC
ATGACTGCTTTGAGCAATGCGATATAGTGATAACTTTTCTCATATGGTCTAAGCCTATGA
AAAATCATTTCAGCATATTCCAAGAAGTCACTTTCAAACTTGGGGATGAAGG

QA 1 352 1 352
DS 

RD RR3B730JQ 642 0 0
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AAAAAACAAAACAAAACATGACTAATGTCCCAAGACCAAAACCCATAAAGCAAGATTTCT
TTGTTCCAACTATATATATCCCAGTAATTAAGAATCTTTTGCTCTTCTTCCAAATAGATG
CTAGAAAATAGAAGCTGCATTCCCTCACAAAGCTCTTATAATCTACATGAAGTCAAAATC
GTCCATGGCATCATAAGGACCAGCTACTAGATCGTCATCGGCCTTATCTACAATAAGTTG
TTTCTTCTTCCCACCTGTCTTCTTTCTACCAGCAGCAGCTTCTTTCTCAGCCTTCAGCTT
TTCATTTGCTATTGCTGTAACGGATGAAGCAACATCTTTAACATCTGCTGCCTTCATGTT
GGTCACCGAAAGTCTCATGACTGCTTTGAGCAATGCGATATAGTGATAACTTTTCTCATA
TGGTCTAAGCCTATGAGAAATCATTTCAGCATATTCCAAGAAGTCACTTTCAGACTTGGG
GATGAAGGCGTCAAGTTTTTTCTCTTCACCCTTGGTTCCAAAGAGTTCAGCAGTTGCCCT
GTAGTCCGCTTCCTCAACAAGCCTCTGCATGCGGAGTTTCTC

QA 1 642 1 642
DS 

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TTCCAAAGAGTTCAGCAGTTGCCCTGTAGTCCGCTTCCTCAACAAGCCTCTGCATGCGGA
GTTTCTCAGAGAGAGGA

QA 1 137 1 137
DS 

RD RR3B730TF 881 0 0
ATATATCCCAGTAATTAAGAATCTTT*GCTCT*CTCCCAAATAGATGCTAGAAAATAGAA
GCTGCATTCCCTCACAAAGCTCTTATAATCTACATGAAGTCAAAATCGTCCATGGCATCA
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CCTGTCTTCTTTCTACCAGCAGCAGCTTCTTTCTCAGCCTTCAGCTTTTCATTTGCTATT
GCTGTAACGGATGAAGCAACATCTTTAACATCTGCTGCCTTCATGTTGGTCACCGAAAGT
CTCATGACTGCTTTGAGCAATGCGATATAGTGATAACTTTTCTCATATGGTCTAAGCCTA
TGAGAAATCATTTCAGCATATTCCAAGAAGTCACTTTCAGACTTGGGGATGAAGGCGTCA
AGTTTTTTCTCTTCACCCTTGGTTCCAAAGAGTTCAGCAGTTGCCCTGTAGTCCGCTTCC
TCAACAAGCCTCTGCATGCGGAGTTTCTCAGAGAGAGGATCTAAAGGTTCTTCTTTTGGA
ACTTCAGCTGCTTTGCCCTTTTTCTCAACAGCTTTTGCTGCTTTCTTCGGAGGAGCAGGC
TTTACCGGAGCAGGTTGGTCGTCGTCATCATCATCATCCTCCCAGGAGTCCTTAATATCA
TTCTCATCTACATCTTCATCATCCCAGTTACTTTTAAGCACAACTTTTGCTGGAAGTGGT
GCTATTTGTTCATCCTCCCAGTCATCCATATTTGGTTGTAGTAAAAAAGACAAAGCTGAT
ATCAAAATCCAACTTCAGCCAAATCCAAGGGAGGAAGATGAAGAGGAAGATGAAGACGCG
TTTTCGTTGGATCAAACAAATCTCCGCTGTGAAACGACCCC

QA 1 881 1 881
DS 



AS 1 7

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GGACACTCGTCTCCAACTCCAGAGGAAAGCAATGTCGCTCACGATCCCAACGAACCTCGT
CCTCAACCCGAGATCCAAAAACAAGACTCTCACTCAATCCGTACCTAAATCCACCGCGAG
ATTCGTCTGCTCCACCGATAACAACAACAAGTCCATGAAGGCATTCTCCGCGGCGGTGGC
TCTCTCTTCCATCCTCCTCTCTTCCCCGATGCCAGCCGTAGCTGATATCTCGGGCCTAAC
CCCTTGCAAGGAGTCTAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAGCAGATCAAGAAGCTAGA
ATCATCTCTCAAGCTCTACGCTCCTGAGAGTGCTCCTGCTCTTGCTCTCAACGCGCAGAT
CGAGAAGACCAAACGCAGGTTCGACAACTACGGCAAGTACGTACTTCTGTGCGGTGCAGA
CGGGCTACCACACTTGATAGTGAACGGAGACCAGAGGCATTGGGGAGAGTTCATAACTCC
AGGACTTTTGTTTCTCTACATTGCGGGATGGATCGGGTGGGTT*GGGAGAAGCTACTTGA
TAGCGATTAGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATTATTGATGTACCGTTGG
CTAGTCGTCTCGTCTTCCGTGGTTTCATCTGGCCTGTTGCTGCTTACAGAGCGTTGCTCA
ATGGCGATCTCATTGCCAAGGATGTTTAAGATACAAACAAACAAAAAAATATATATATTT
GACCCTTTGTTTGCTTCGTATGTGTTTAAACTCTGGTTAACTCTTCCCTGTCAAATAATA
CGTCTCTGCAATATGGGGAACTTGTTATTTGGATTAAATATTGAAAATCCTACACTGGGA
ATGAGAAGTAGCCAAAAAAAGGTTAGAGATAAACATGGAATTACTGCCAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 10 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3CS16TF U 59
AF RR3FL29TF U 1
AF RR3FL29JQ C 167
AF RR3BO20JQ C 355
AF RR3BO20TF U 355
AF RR3DY85JQ C 355
AF RR3DY85TF U 355
BS 1 139 RR3FL29TF
BS 140 140 RR3CS16TF
BS 141 354 RR3FL29TF
BS 355 355 RR3BO20TF
BS 356 401 RR3FL29TF
BS 402 402 RR3BO20TF
BS 403 708 RR3FL29TF
BS 709 709 RR3BO20TF
BS 710 749 RR3FL29TF
BS 750 750 RR3BO20TF
BS 751 774 RR3FL29TF
BS 775 775 RR3BO20TF
BS 776 780 RR3FL29TF
BS 781 781 RR3BO20TF
BS 782 790 RR3FL29TF
BS 791 888 RR3BO20TF
BS 889 892 RR3DY85TF

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GCTCTCTCTTCCATCCTCCTCTCATCCCCGATGCCAGCCGTAGCTGATATCTCGGGCCTA
ACCCCTTGCAAGGAGTCTAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAGCAGATCAAGAAGCTA
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ATCGAGAAGACCAAACGCAGGTTCGACAACTACGGCAAGTACGGACTTCTGTGCGGTGCA
GACGGGCTACCACACTTGATAGTGAACGGAGACCAGAGGCATTGGGGAGAGTTCATAACT
CCAGGACTTTTGTTTCTCTACATTGCGGGATGGATCGGGTGGGTTTGGGAGAAGCTACTT
GATAGCGATTAGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATTATTGATGTACCGTT
GGCTAGTCGTCTCGTCTTCCGTGGTTTCATCTGGCCTGTTGCTGCTTACAGAGCGTTGCT
CAATGGCGATCTCATTGCCAAGGATGTTTAAGATACAAACAAACA

QA 1 645 1 645
DS 

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CCTCAACCCGAGATCCAAAAACAAGACTCTCACTCAATCCGTACCTAAATCCACCGCGAG
ATTCGTCTGCTCCACCGATGACAACAACAAGTCCATGAAGGCATTCTCCGCGGCGGTGGC
TCTCTCTTCCATCCTCCTCTCTTCCCCGATGCCAGCCGTAGCTGATATCTCGGGCCTAAC
CCCTTGCAAGGAGTCTAAACAGTTCGCCAAGAGGGAGAAGCAGCAGATCAAGAAGCTAGA
ATCATCTCTCAAGCTCTACGCTCCTGAGAGTGCTCCTGCTCTTGCTCTCAACGCTCAGAT
CGAGAAGACCAAACGCAGGTTCGACAACTACGGCAAGTACGGACTTCTGTGCGGTGCAGA
CGGGCTACCACACTTGATAGTGAACGGAGACCAGAGGCATTGGGGAGAGTTCATAACTCC
AGGACTTTTGTTTCTCTACATTGCGGGATGGATCGGGTGGGTT*GGGAGAAGCTACTTGA
TAGCGATTAGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATTATTGATGTACCGTTGG
CTAGTCGTCTCGTCTTCCGTGGTTTCATCTGGCCTGTTGCTGCTTACAGAGCGTTGCTCA
ATGGCGATCTCATTGCCAAGGATGTTTAAGATACAAACAAACAAAAAA*TATATATATTT
GACCCTTTGTTTGCTTCGTATGTGTTTAA*CTCTGGTTAACTCTTCCCTGTCAA*TAATA
TGTCTCTGCA
TA

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DS 

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ATCAAGAAGCTAGAATCATCTCTCAAGCTCTACGCTCCTGAGAGTGCTCCTGCTCTTGCT
CTCAACGCTCAGATCGAGAAGACCAAACGCAGGTTCGACAACTACGGCAAGTACGGACTT
TTGTGCGGTGCAGACGGGCTACCACACTTGATAGTGAACGGAGACCAGAGGCATTGGGGA
GAGTTCATAACTCCAGGACTTTTGTTTCTTTACATTGCGGGATGGATCGGGTGGGTT*GG
GAGAAGCTACTTGATAGCGATTAGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATTAT
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ATCCTACACTGGG

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ATATTTGACCCTTTGTTTGCTTCGTATGTGTTTAAACTCTGGTTAACTCTTCCCTGTCAA
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DS 

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TGCTCAATGGCGATCTCATTGCCAAGGATGTTTAAGATACAAACAAACAAAAAAATATAT
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ACTTGATAGCGATTAGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATTATTGATGTAC
CGTTGGCTAGTCGTCTCGTCTTCCGTGGTTTCATCTGGCCTGTTGCTGCTTACAGAGCGT
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ATATTTGACCCTTTGTTTGCTTCGTATGTGTTTAAACTCTGGTTAACTCTTCCCTGTCAA
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QA 1 534 1 534
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AACTCCAGGACTTTTGTTTCTCTACATTGCGGGATGGATCGGGTGGGTT*GGGAGAAGCT
ACTTGATAGCGATTAGTGATGAGAAGAAACCAGCGATGAAAGAGATCATTATTGATGTAC
CGTTGGCTAGTCGTCTCGTCTTCCGTGGTTTCATCTGGCCTGTTGCTGCTTACAGAGCGT
TGCTCAATGGCGATCTCATTGCCAAGGATGTTTAAGATACAAACAAACAAAAAAATATAT
ATATTTGACCCTTTGTTTGCTTCGTATGTGTTTAAACTCTGGTTAACTCTTCCCTGTCAA
ATAATACGTCTCTGCAATATGGGGAACTTGTTATTTGGATTAAATATTGAAAATCCTACA
CTGGGAATGAGAAGTAGCCAAAAAAAGGTTAGAGATAAACATGGAATTACTGCCAAAA

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 6

CO CL1034Contig1 1018 6 28 U
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TCTCTCTGGTTTTTTTTCTTCTTCTCCCAATCGTCATTTGTTAGGTGGCTAAAGATGAAC
GACGCAGATGTGTCCAGACAGATCCAGCAGATGGTGAGGTTTATCCGCCAGGAAGCCGAA
GAAAAGGCCAATGAGATCTCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATAGAGAAGTTGCAG
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GTCAGCGAACATGGCTTCTTCAACCATCATCACCATCAGTACAAACATCTCTTGAAGCAT
CTCATTGTTCAGTGTTTGCTTAGACTGAAAGAGCCTTCAGTGTTACTGCGTTGTCGCCAA
GAAGACCTTCACATAGTGGAATCGATGCTTGACGATGCAACTGAAGAATACTGCGAGAAA
GCAAAGGTTCATGCTCCTGAGATTATAGTTGACAAGGACATTTTCCTTCCTCCTGCTCCT
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GGGAAAATTGTGTGTGAAAACACTCTTGATGCGAGGTTGGAGGTCGCTTTCCGCAAGAAA
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TGACTCCAACTTTGAACCATGAGAGCAGGTAATGGCTCCATTATCTACCATCCATTCTTT
CTATTACCAATTTTAAACTCTGTGTTATATGTTAATGGGCCTTTGCTTTTTGTCAATGGA
CCTTGGCCTACCTTGGCCTTTGTGTGGTGATGTTATAAATAAATACTTTGTTGAATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 25 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3E122TF U 1
AF RR3CN80TF U 69
AF RR3GJ20TF U 87
AF RR3CN80JQ C 181
AF RR3BA66TF U 194
AF RR3GJ20JQ C 226
BS 1 248 RR3E122TF
BS 249 249 RR3CN80TF
BS 250 383 RR3E122TF
BS 384 384 RR3GJ20TF
BS 385 492 RR3E122TF
BS 493 493 RR3CN80TF
BS 494 518 RR3E122TF
BS 519 519 RR3CN80TF
BS 520 560 RR3E122TF
BS 561 561 RR3GJ20TF
BS 562 602 RR3E122TF
BS 603 623 RR3CN80TF
BS 624 624 RR3GJ20TF
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BS 723 723 RR3GJ20TF
BS 724 728 RR3CN80TF
BS 729 729 RR3GJ20TF
BS 730 739 RR3CN80TF
BS 740 740 RR3GJ20TF
BS 741 775 RR3CN80TF
BS 776 861 RR3GJ20TF
BS 862 867 RR3BA66TF
BS 868 868 RR3CN80JQ
BS 869 971 RR3BA66TF
BS 972 1013 RR3CN80JQ
BS 1014 1018 RR3GJ20JQ

RD RR3E122TF 602 0 0
GGAAGACAAAACCGTTTCAATACTATCTCTCTCTCATCATCATCAATCACTACTACAAGA
TCTCTCTGGTTTTTTTTCTTCTTCTCCCAATCGTCATTTGTTAGGTGGCTAAAGATGAAC
GACGCAGATGTGTCCAGACAGATCCAGCAGATGGTGAGGTTTATCCGCCAGGAAGCCGAA
GAAAAGGCCAATGAGATCTCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATAGAGAAGTTGCAG
TTGGTCGAAGCAGAGAAGAAGAAGATCAGACAGGAGTATGAGAAGAAGGAGAAGCAGGTC
GATGTCCGAAGGAAAATTGATTACTCAATGCAATTGAACGCATCGAGGATCAAAGTTCTG
CAAGCTCAAGATGACATTGTCAATGCAATGAAAGAAGAGGCTGCAAAGCAACTCCTCAAA
GTCAGCGAACATGGCTTCTTCAACCATCATCACCATCAGTACAAACATCTCTTGAAGCAT
CTCATTGTTCAGCGTTTGCTTAGACTGAAAGAGCCTTCGGTGTTACTGCGTTGTCGCCAA
GAAGACCTTCACATAGTGGAGTCGATGCTTGACGATGCAACTGAAGAATACTGCGAGAAA
GC

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3CN80TF 707 0 0
T
TTTTTTTTCTTCTTCTCCCAATCGTCATTTGTTAGGCGGCTAAAGATGAACGACGCAGAT
GTGTCCAGACAGATCCAGCAGATGGTGAGGTTTATCCGCCAGGAAGCCGAAGAAAAGGCC
AATGAGATCTCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATAGAGAAGTTGCAGTTGGTCGAG
GCAGAGAAGAAGAAGATCAGACAGGAGTATGAGAAGAAGGAGAAGCAGGTCGATGTCCGA
AGGAAAATTGATTACTCAATGCAATTGAACGCATCGAGGATCAAAGTTCTGCAAGCTCAA
GATGACATTGTCAATGCAATGAAAGAAGAGGCTGCAAAGCAACTCCTCAAAGTCAGCGAA
CATGGCTTCTTCAACCATCATCACCATCAGTACAAACATCTCTTGAAGCATCCCATTGTT
CAGTGTTTGCTTAGACTGAAAGAGCCTTCAGTGTTACTGCGTTGTCGCCAAGAAGACCTT
CACATAGTGGAGTCGATGCTTGACGATGCAACTGAAGAATACTGCGAGAAAGCAAAGGTT
CATGCTCCTGAGATCATAGTTGACAAGGAGATTTTCCTTCCTCCTGCTCCTTCCGAAGAT
GATCCTCATGCTCCTTTCTGTGCCGGAGGAGTGGTGCTGGCTTCTCGTGATGGAAAAATC
GTGTGTGAAA*CACTCTTGATGCGAGGTTGGAGGTCGCTTTCCGCA

QA 2 707 2 707
DS 

RD RR3GJ20TF 775 0 0
GGA
ATCGTCATTTGTTAGGTGGCTAGAGATGAACGACGCAGATGTGTCCAGACAGATCCAGCA
GATGGTGAGGTTTATCCGCCAGGAAGCCGAGGAAAAGGCCAACGAGATCTCCGTCTCCGC
TGAAGAAGAATTCAACAT*GAGAAGTTGCAGTTGGTCGAGGCAGAGAAGAAGAAGATTAG
ACAGGAGTATGAGAAGAAGGAGAAGCAGGTCGATGTCCGAAGGAAGATTGATTACTCAAT
GCAATTGAACGCATCGAGGATCAAAGTTCTGCAAGCTCAAGATGACATTGTCAACGCAAT
GAAAGAAGAGGCTGCAAAGCAACTCCTCAAAGTCAGCGAACATGGCTTCTTCAACCATCA
TCACCATCAGTACAAACATCTCTTGAAGCATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTAGACTGAA
AGAGCCATCAGTGTTGCTGCGTTGTCGCCAAGAAGACCTTCACATAGTGGAATCGATGCT
TGACGATGCAACTGAAGAATACTGCGA*AAAGCAAAGGTTCATGCTCCTGAGATTATAGT
TGACAAGGACATTTTCCTTCCTCCTGCTCCTTCCGAAGATGATCCTCATGCTCCTTTCTG
TGCCGGAGGAGTGGTGCTGGCTTCTCGTGATGGGAAAATTGTGTGTGAAAACACTCTTGA
TGCGAGGTTGGAGGTCGCTTTCCGCAAGAAACTCCC*TGAGATTCGAAAGGCGCTCTTTG
GCCAGGTTGGGGCAGCTTGATTGATGATGAGTGACTCCAACTTTGAACCATG

QA 4 775 4 775
DS 

RD RR3CN80JQ 833 0 0
GAAAAGGCCAATGAGATCTCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATAGAGAAGTTGCAG
TTG*TCGAGGCAGAGAAGAAGAAGATCAGACAGGAGTATGAGAAGAAGGAGAAGCAGGTC
GATGTCCGAAGGAAAATTGATTACTCAATGCAATTGAACGCATCGAGGATCAAAGTTCTG
CAAGCTCAAGATGACATTGTCAATGCAATGAAAGAAGAGGCTGCAAAGCAACTCCTCAAA
GTCAGCGAACATGGCTTCTTCAACCATCATCACCATCAGTACAAACATCTCTTGAAGCAT
CCCATTGTTCAGTGTTTGCTTAGACTGAAAGAGCCTTCAGTGTTACTGCGTTGTCGCCAA
GAAGACCTTCACATAGTGGAGTCGATGCTTGACGATGCAACTGAAGAATACTGCGAGAAA
GCAAAGGTTCATGCTCCTGAGATCATAGTTGACAAGGAGATTTTCCTTCCTCCTGCTCCT
TCCGAAGATGATCCTCATGCTCCTTTCTGTGCCGGAGGAGTGGTGCTGGCTTCTCGTGAT
GGAAAAATCGTGTGTGAAAACACTCTTGATGCGAGGTTGGAGGTCGCTTTCCGCAAGAAA
CTCCC*TGAGATTCGAAAGGCGCTCTTTGGCCAGGTTGGGGCAGCTTGATTGATGATGAG
TGACTCCAGCTTTGAACCATGAGAGCAGGTAATGGCTCCATTATCTACCATCCATTCTTT
CTATTACCAATTTTAAACTCTGTGTTATATGTTAATGGGCCTTTGCTTTTTGTCAATGGA
CCTTGGCCTACCTTGGCCTTTGTGTGGTGATGTTATAAATAAATACTTTGTTG

QA 1 833 1 833
DS 

RD RR3BA66TF 786 0 0
G
GATCTCCGTCTCCGCTGAAGAAGAATTCAACATAGAGAAGTTGCAGTTGGTCGAGGCAGA
GAAGAAGAAGATTAGACAGGAGTATGAGAAGAAGGAGAAGCAGGTCGATGTCCGAAGGAA
GATTGATTACTCAATGCAATTGAACGCATCGAGGATCAAAGTTCTGCAAGCTCAAGATGA
CATTGCCAACGCAATGAAAGAAGAGGCTGCAAAGCAACTCCTCAAAGTCAGCGAACATGG
CTTCTTCAACCATCATCACCATCAGTACAAACATCTCTTGAAGCATCTCATTGTTCAGTG
TTTGCTTAGACTGAAAGAGCCTTCAGTGTTGCTGCGTTGTCGCCAAGAAGACCTTCACAT
AGTGGAATCGATACTTGACGATGCAACTGAAGAATACTGCGAGAAAGCAAAGGTTCATGC
TCCTGAGATTATAGTTGACAAGGACATTTTCCTTCCTCCTGCTCCTTCCGAAGATGATCC
TCATGCTCCTTTCTGTGCCGGAGGAGTGGTGCTGGCTTCTCGTGATGGGAAAATTGTGTG
TGAAAACACTCTTGATGCGAGGTTGGAGGTCGCTTTCCGCAAGAAACTCCCCTGAGATTC
GAAAGGCGCTCTTTGGCCAGGTTGGGGCAGCTTGATTGATGATGAGTGACTCCAACTTTG
AACCATGAGAGCACGTAATGGCTCCATTATCTACCATCCATTCTTTCTATTACCAATTTT
AAACTCTGTGTTATATGTTAATGGGCCTTTGCTTTTTGTCAATGGACCTTGGCCTAC
TTGGCTTT

QA 2 778 2 778
DS 

RD RR3GJ20JQ 793 0 0
CAT
GAGAAGTTGCAGTTGGTCGAGGCAGAGAAGAAGAAGATTAGACAGGAGTATGAGAAGAAG
GAGAAGCAGGTCGATGTCCGAAGGAAGATTGATTACTCAATGCAATTGAACGCATCGAGG
ATCAAAGTTCTGCAAGCTCAAGATGACATTGTCAACGCAATGAAAGAAGAGGCTGCAAAG
CAACTCCTCAAAGTCAGCGAACATGGCTTCTTCAACCATCATCACCATCAGTACAAACAT
CTCTTGAAGCATCTCATTGTTCAGTGTTTGCTTAGACTGAAAGAGCCATCAGTGTTGCTG
CGTTGTCGCCAAGAAGACCTTCACATAGTGGAATCGATGCTTGACGATGCAACTGAAGAA
TACTGCGA*AAAGCAAAGGTTCATGCTCCTGAGATTATAGTTGACAAGGACATTTTCCTT
CCTCCTGCTCCTTCCGAAGATGATCCTCATGCTCCTTTCTGTGCCGGAGGAGTGGTGCTG
GCTTCTCGTGATGGGAAAATTGTGTGTGAAAACACTCTTGATGCGAGGTTGGAGGTCGCT
TTCCGCAAGAAACTCCC*TGAGATTCGAAAGGCGCTCTTTGGCCAGGTTGGGGCAGCTTG
ATTGATGATGAGTGACTCCAACTTTGAACCATGAGAGCAGGTAATGGCTCCATTATCTAC
CATCCATTCTTTCTATTACCAATTTTAAACTCTGTGTTATATGTTAATGGGCCCTTGCTT
TTTGTCAATGGACCTTGGCCTACCTTGGCCTTTGTGTGGTGATGTTATAAATAAATACTT
TGTTGAATGT

QA 4 793 4 793
DS 



AS 1 7

CO CL1035Contig1 910 7 21 U
GGGAGTCTCCTGTGGTCGTTGTCACTGGTGCCTCTAGAGGGATTGGTAAAGCTATTGCTC
TTTCCTTGGGGAAAGCCGGCTGCAAGGTGTTGGTGAACTATGCTAGGTCAGCAAAGGAGG
CTGAGGAAGTTCTAAACAGATTGAAGCATATGGTGGCCAGGCTATTACTTTTGGTGGTGA
TGTCTCGAAAGAAGCTGATGTGGAAGCCATGATGAAAACCGCTATTGATGCATGGGGAAC
CATTGATGTCGTCGTTAACAATGCAGGAATCACTCGGGATACCTTGTTGATTCGCATGAA
GAAGTCCCAGTGGGATGAAGTGATTGATTTGAATCTCACTGGAGTGTTCCTCTGTACCCA
GGCAGCAACAAAGATCATGATGAAGAAGAGAAAGGGAAGAATCATCAACATAGCGTCAGT
TGTTGGTCTCATTGGTAACATTGGTCAAGCAAACTATGCTGCTGCTAAAGCTGGAGTTAT
TGGGTTCTCCAAGACTGCCGCCAGAGAGGGTGCGAGCAGGAATATTAATGTCAATGTGGT
TTGTCCTGGATTCATTGCATCTGACATGACTGCCAAGCTTGGAGAAGACATGGAAAAGAA
AATCTTGGGAACAATCCCATTAGGACGGTATGGACAACCGGAAGATGTGGCTGGCTTGGT
AGAATTCTTGGCTCTCAGTCCTGCAGCCAGTTACATTACCGGACAGTCATTCACCATTGA
TGGAGGTATTGCCATCTAGGCATTGAGGTTTTGTTAAAATTTGCTTTTGTGTTTTGGTAA
AACAGACAAAAGTTGAGTTTATTCTGGCACTTGGTCGGATTTCTGTTCTGCGGATTCTGT
TTGGAGAGAAATCTAAAACGCATTGCCTAAACTAATAAGTTACGTAATATATATTTTTTT
CGTTTTGCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 30 45 45 30 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 25 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM55TF U 1
AF RR3FS91JQ C 293
AF RR3FS91TF U 293
AF RR3AE32JQ C 188
AF RR3AE32TF U 188
AF RR3BA62TF U 202
AF RR3DM55JQ C 49
BS 1 128 RR3DM55TF
BS 129 129 RR3DM55JQ
BS 130 192 RR3DM55TF
BS 193 193 RR3AE32TF
BS 194 293 RR3DM55TF
BS 294 294 RR3FS91TF
BS 295 303 RR3DM55TF
BS 304 304 RR3FS91TF
BS 305 309 RR3DM55TF
BS 310 310 RR3FS91TF
BS 311 343 RR3DM55TF
BS 344 820 RR3FS91TF
BS 821 821 RR3AE32TF
BS 822 856 RR3FS91TF
BS 857 857 RR3AE32TF
BS 858 867 RR3FS91TF
BS 868 868 RR3AE32TF
BS 869 870 RR3BA62TF
BS 871 871 RR3DM55JQ
BS 872 882 RR3BA62TF
BS 883 910 RR3DM55JQ

RD RR3DM55TF 355 0 0
GGGAGTCTCCTGTGGTCGTTGTCACTGGTGCCTCTAGAGGGATTGGTAAAGCTATTGCTC
TTTCCTTGGGGAAAGCCGGCTGCAAGGTGTTGGTGAACTATGCTAGGTCAGCAAAGGAGG
CTGAGGAATTTCTAAACAGATTGAAGCATATGGTGGCCAGGCTATTACTTTTGGTGGTGA
TGTCTCGAAAGAGGCTGATGTGGAAGCCATGATGAAAACCGCTATTGATGCATGGGGAAC
CATTGATGTCGTCGTTAACAATGCAGGAATCACTCGGGATACCTTGTTGATTC*CATGAA
GAA*TCCCAATGGGATGAAGTGATTGATTTGAATCTCACTGGA
TGTTCTCTGTAC

QA 1 343 1 343
DS 

RD RR3FS91JQ 576 0 0
G
GCATGAAGAAGTCCCAGTGGGATGAAGTGATTGATTTGAATCTCACTGGAGTGTTCCTCT
GTACCCAGGCAGCAACAAAGATCATGATGAAGAAGAGAAAGGGAAGAATCATCAACATAG
CGTCAGTTGTTGGTCTCATTGGTAACATTGGTCAAGCAAACTATGCTGCTGCTAAAGCTG
GAGTTATTGGGTTCTCCAAGACTGCCGCCAGAGAGGGTGCGAGCAGGAATATTAATGTCA
ATGTGGTTTGTCCTGGATTCATTGCATCTGACATGACTGCCAAGCTTGGAGAAGACATGG
AAAAGAAAATCTTGGGAACAATCCCATTAGGACGGTATGGACAACCGGAAGATGTGGCTG
GCTTGGTAGAATTCTTGGCTCTCAGTCCTGCAGCCAGTTACATTACCGGACAGTCATTCA
CCATTGATGGAGGTATTGCCATCTAGGCATTGAGGTTTTGTTAAAATTTGCTTTTGTGTT
TTGGTAAAACAGACAAAAGTTGAGTTTATTCTGGCACTTGGTCGGATCTCTGTTCTGCGG
ATTCTGTTTGGAGAGAAATCTAAGACGCATTGCC
C

QA 2 575 2 575
DS 

RD RR3FS91TF 576 0 0
G
GCATGAAGAAGTCCCAGTGGGATGAAGTGATTGATTTGAATCTCACTGGAGTGTTCCTCT
GTACCCAGGCAGCAACAAAGATCATGATGAAGAAGAGAAAGGGAAGAATCATCAACATAG
CGTCAGTTGTTGGTCTCATTGGTAACATTGGTCAAGCAAACTATGCTGCTGCTAAAGCTG
GAGTTATTGGGTTCTCCAAGACTGCCGCCAGAGAGGGTGCGAGCAGGAATATTAATGTCA
ATGTGGTTTGTCCTGGATTCATTGCATCTGACATGACTGCCAAGCTTGGAGAAGACATGG
AAAAGAAAATCTTGGGAACAATCCCATTAGGACGGTATGGACAACCGGAAGATGTGGCTG
GCTTGGTAGAATTCTTGGCTCTCAGTCCTGCAGCCAGTTACATTACCGGACAGTCATTCA
CCATTGATGGAGGTATTGCCATCTAGGCATTGAGGTTTTGTTAAAATTTGCTTTTGTGTT
TTGGTAAAACAGACAAAAGTTGAGTTTATTCTGGCACTTGGTCGGATCTCTGTTCTGCGG
ATTCTGTTTGGAGAGAAATCTAAGACGCATTGCC
C

QA 2 575 2 575
DS 

RD RR3AE32JQ 681 0 0
G
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TCGTCGTTAACAATGCAGGAATCACTCGAGATACCTTGTTGATTCGCATGAAGAAGTCCC
AGTGGGATGAAGTGATTGATTTGAATCTCACTGGAGTGTTCCTCTGTACCCAGGCAGCAA
CAAAGATCATGATGAAGAAGAGAAAGGGAAGAATCATCAACATAGCGTCAGTTGTTGGTC
TCATTGGTAACATTGGTCAAGCAAACTATGCTGCTGCTAAAGCTGGAGTTATTGGGTTCT
CCAAGACTGCCGCCAGAGAGGGTGCGAGCAGGAATATTAATGTCAATGTGGTTTGTCCTG
GATTCATTGCATCTGACATGACTGCCAAGCTTGGAGAAGACATGTAAAAGAAAATCTTGG
GAACAATCCCATTAGGACGGTATGGACAACCGGAAGATGTGGCTGGCTTGGTAGAATTCT
TGGCTCTCAGTCCTGCAGCCAGTTACATTACCGGACAGTCATTCACCATTGATGGAGGTA
TTGCCATCTAGGCATTGAGGTTTTGTTAAAATTTGCTTTTGTGTTTTGGTAAAACAGACA
AAAGTTGAGTTTATTCTGGCACTTGGTCGGATTTCTGTTCTGCGGATTCTGTTTGGAGAG
AAATCTAAAACGCATTGCCT

QA 2 681 2 681
DS 

RD RR3AE32TF 681 0 0
G
AAGAAGCTGATGTGGAAGCCATGATGAAAACCGCTATTGATGCATGGGGAACCATTGATG
TCGTCGTTAACAATGCAGGAATCACTCGAGATACCTTGTTGATTCGCATGAAGAAGTCCC
AGTGGGATGAAGTGATTGATTTGAATCTCACTGGAGTGTTCCTCTGTACCCAGGCAGCAA
CAAAGATCATGATGAAGAAGAGAAAGGGAAGAATCATCAACATAGCGTCAGTTGTTGGTC
TCATTGGTAACATTGGTCAAGCAAACTATGCTGCTGCTAAAGCTGGAGTTATTGGGTTCT
CCAAGACTGCCGCCAGAGAGGGTGCGAGCAGGAATATTAATGTCAATGTGGTTTGTCCTG
GATTCATTGCATCTGACATGACTGCCAAGCTTGGAGAAGACATGTAAAAGAAAATCTTGG
GAACAATCCCATTAGGACGGTATGGACAACCGGAAGATGTGGCTGGCTTGGTAGAATTCT
TGGCTCTCAGTCCTGCAGCCAGTTACATTACCGGACAGTCATTCACCATTGATGGAGGTA
TTGCCATCTAGGCATTGAGGTTTTGTTAAAATTTGCTTTTGTGTTTTGGTAAAACAGACA
AAAGTTGAGTTTATTCTGGCACTTGGTCGGATTTCTGTTCTGCGGATTCTGTTTGGAGAG
AAATCTAAAACGCATTGCCT

QA 2 681 2 681
DS 

RD RR3BA62TF 681 0 0
GGAAGCCATGATGAAAACCGCTATTGATGCATGGGGAACCATTGATGTGGTCGTTAACAA
TGCAGGAATCACTCGGGATACCTTGTTGATTCGCATGAAGAAGTCACAATGGGATGAAGT
GATCGATTTGAATCTCACTGGAGTGTTTCTCTGTACCCAGGCAGCAACAAAGATCATGAT
GAAGAAGAGAAAGGGAAGAATCATCAACATAGCGTCAGTTGTTGGTCTCATTGGTAACAT
TGGTCAAGCAAACTATGCTGCTGCTAAAGCTGGAGTTATTGGGTTCTCCAAGACTGCCGC
CAGAGAGGGTGCGAGCAGGAATATTAATGTCAATGTGGTTTGTCCTGGATTCATTGCATC
TGACATGACTGCCAAGCTTGGTGAAGACATGGAAAAGAAAATCTTGGGAACAATCCCATT
AGGACGGTATGGACAACCGGAAGATGTGGCTGGCTTGGTAGAATTCTTGGCTCTCAGTCC
TGCAGCCAGTTACATTACCGGACAGTCATTCACCATTGATGGAGGTATTGCCATCTAGGC
ATTGAGGTTTTGTTAAAATTTGCTTTTGTGTTTTGGTAAAACAGACAAAAGTTGAGTTTA
TTCTGGCACTTGGTCGGATTTCTGTTCTGCGGATTCTGTTTGGAGAGAAATCTAA*ACGC
ATTGCCTAA*CTAATAAGTTA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3DM55JQ 862 0 0
AAGCTATTGCTCTTTCCTTGGGGAAAGCCGGCTGCAAGGTGTTGGTGAACTATGCTAGGT
CAGCAAAGGAGGCTGAGGAAGTTCTAAACAGATTGAAGCATATGGTGGCCAGGCTATTAC
TTTTGGTGGTGATGTCTCGAAAGAGGCTGATGTGGAAGCCATGATGAAAACCGCTATTGA
TGCATGGGGAACCATTGATGTCGTCGTTAACAATGCAGGAATCACTCGGGATACCTTGTT
GATTCGCATGAAGAAGTCCCAATGGGATGAAGTGATTGATTTGAATCTCACTGGAGTGTT
TCTCTGTACTCAGGCAGCAACAAAGATCATGATGAAGAAGAGAAAGGGAAGAATCATCAA
CATAGCGTCAGTTGTTGGTCTCATTGGTAATATTGGGCAAGCAAACTATGCTGCTGCTAA
AGCTGGAGTTATTGGGTTCTCCGAGACTGCTGCCAGAGAGGGTGCGAGCAGGAATATTAA
TGTCAATGTGGTTTGCCCTGGATTCATTGCATCTGACATGACTGCCAAGCTTGGAGAAGA
CATGGAAA*GGAAATCTTGGGAACGATCCCATTAGGGCGGTATGGACAACCGGAAGATGT
GGCTGGCTTGGTAGAATTCTTGGCTCTAAGTCCTGCAGCCAGTTACATTACCGGACAGGC
ATTCACCATTGATGGAGGTATTGCCATCTAGACATTGAGGTTTTGTTAAGATTTGCTTTT
GTGTTTTGGTAAAACAGACAAAAGTTGAGTTTATTCTGGCACTTGGTCGGATTTCTGTTC
TGCGGATTCTGTTTGGAGAGAAATCTAAAACGCATTGCCTAAACTAATAAGTTACGTAAT
ATATATTTTTTTCGTTTTGCCG

QA 1 862 1 862
DS 



AS 2 7

CO CL1036Contig1 755 3 26 U
AAAACCAAATAAAAAATATTATATATCGCTTACCAGATAAACTTAACAGAAAATACCTCT
GGCAATTTCTGTTACAGTTCGCATTATTTTAGTTTAAATCTTATTCAACAC*TCCAAACA
TAAACATATGATATGAGACCGTGGAGGAAGTGATGAGTCTTCCTCATGTAGCTTTAACAA
CGGTCTTGATACTCCCGGCGTCGCCGGTTATTTTATCGTACCGGAGAAATAAATTGGCGA
TGATCAAGGCAGCCGTGATAGTAACCATCTCTTTGGCTGCACACTGTTTGTTCGACGCGC
TCGGCGTACCGGTTTGTGGACCATTAGACCAGAACAGATAATTAAGCAACTTGGACCCGG
TCTCACCTACAAACCGATCCGGTTTAAACTCCTCCGGGTCGTCAAAGATGCTAGCGTCTC
TCATCACCAGCGGCTGGTAACCGCAGAGAAGCTCTCCTTTCTTGACCTCGTAAACCGCGT
CGTGCGAGCTTATCTTGAAATCATCCCTCGCGCGCGCGTACTGCAACGGAACCGGCGGGT
TTAAACGCAGCGTTTCGTAAACCACGGACTTAACCAGCTCCATCTCGTTAACCGTCCTGA
AATTCAGAACCGAACCGGACCCGCAGACCTTCCTCACCTCGGTCCTCAGCCTCTCCTGGA
GACCGGTGGTATCTCCGGCGATTTTTCCGATCAGAGACGGTAAAAAGATGGAAAATCCCC
CGTACGCGTTGAAACCCAAGTTGAAGAGGAGGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AM05JQ U 1
AF RR3AZ75JQ U 2
AF RR3AZ75TF C 59
BS 1 106 RR3AM05JQ
BS 107 107 RR3AZ75JQ
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BS 526 526 RR3AZ75JQ
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BS 741 747 RR3AM05JQ
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RD RR3AM05JQ 747 0 0
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TGATCAAGGCAGCCGTGATAGTAACCATCTCTTTGGCTGCACACTGTTTGTTCGACGCGC
TCGGCGTACCGGTTTGTGGACCATTAGACCAGAACAGATAATTAAGCAACTTGGACCCGG
TCTCACCTACAAACCGATCCGGTTTAAACTCCTCCGGGTCGTCAAAGATGCTAGCGTCTC
TCATCACCAGCGGCTGGTAACCGCAGAGGAGCTCCCCTTTCTTGACCTCGTAAACGGCGT
CGTGCGAGCTTATCTTGAAATCATCCCTCGCGCGCGCGTACTGCAGCGGAACCGGCGGGT
TTAAACGCAGCGTTTCGTAAACCACGGACTTAACCAGCTCCATCTCGTTAACCGTCCTGA
AATTCAGAACCGAACCGGACCCGCAGACCTTCCTCACCTCGGCCCTCAGCCTCTCCTGGA
GACCGGTGGTATCTCCGGCGATTTTTCCGATCAGAGACGGTAAAAAGATGGAGAAGCCAC
CGTACGCGTTGAAACCCAAATTGAAGA

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3AZ75JQ 754 0 0
AAACCAAATGA
AAAATATTATATATCGCTTACCAGATAAACTTAACAGAAAATACCTCTGGCAATTTCTGT
TACAGTTCGCATTATTTTAGTTTAAATCTTATTCAACAC*TCCAAACATAAACATATGAT
ATGAGACCGTGGAGGAAGTGATGAGTCTTCCTCATGTAGCTTTAACAACGGTCTTGATAC
TCCCGGCGTCGCCGGTTATTTTATCGTACCGGAGAAATAAATTGGCGATGATCAAGGCAG
CCGTGATAGTAACCATCTCTTTGGCTGCACACTGTTTGTTCGACGCGCTCGGCGTACCGG
TTTGTGGACCATTAGACCAGAACAGATAATTAAGCAACTTGGACCCGGTCTCACCTACAA
ACCGATCCGGTTTAAACTCCTCCGGGTCGTCAAAGATGCTAGCGTCTCTCATCACCAGCG
GCTGGTAACCGCAGAGAAGCTCTCCTTTCTTGACCTCGTAAACCGCGTCGTGCGAGCTTA
TCTTGAAATCATCCCTCGCGCGCGCGTACTGCAACGGAACCGGCGGGTTTAAACGCAGCG
TTTCGTAAACCACGGACTTAACCAGCTCCATCTCGTTAACCGTCCTGAAATTCAGAACCG
AACCGGACCCGCAGACCTTCCTCACCTCGGTCCTCAGCCTCTCCTGGAGACCGGTGGTAT
CTCCGGCGATTTTTCCGATCAGAGACGGTAAAAAGATGGAAAATCCCCCGTACGCGTTGA
AACCCAAGTTGAAGAGGAGGTTC

QA 12 754 12 754
DS 

RD RR3AZ75TF 697 0 0
CT
GGCAATTTCTGTTACAGTTCGCATTATTTTAGTTTAAATCTTATTCAACAC*TCCAAACA
TAAACATATGATATGAGACCGTGGAGGAAGTGATGAGTCTTCCTCATGTAGCTTTAACAA
CGGTCTTGATACTCCCGGCGTCGCCGGTTATTTTATCGTACCGGAGAAATAAATTGGCGA
TGATCAAGGCAGCCGTGATAGTAACCATCTCTTTGGCTGCACACTGTTTGTTCGACGCGC
TCGGCGTACCGGTTTGTGGACCATTAGACCAGAACAGATAATTAAGCAACTTGGACCCGG
TCTCACCTACAAACCGATCCGGTTTAAACTCCTCCGGGTCGTCAAAGATGCTAGCGTCTC
TCATCACCAGCGGCTGGTAACCGCAGAGAAGCTCTCCTTTCTTGACCTCGTAAACCGCGT
CGTGCGAGCTTATCTTGAAATCATCCCTCGCGCGCGCGTACTGCAACGGAACCGGCGGGT
TTAAACGCAGCGTTTCGTAAACCACGGACTTAACCAGCTCCATCTCGTTAACCGTCCTGA
AATTCAGAACCGAACCGGACCCGCAGACCTTCCTCACCTCGGTCCTCAGCCTCTCCTGGA
GACCGGTGGTATCTCCGGCGATTTTTCCGATCAGAGACGGTAAAAAGATGGAAAATCCCC
CGTACGCGTTGAAACCCAAGTTGAAGAGGAGGTTC

QA 3 697 3 697
DS 



CO CL1036Contig2 642 4 3 U
GAAGGTCTGCGGGTCCGGTTCGGCTCTGAATTTCAGGACGGTTAACGAAATGGAGCTGGT
TAAGTCCGTGGTTTACGAAACGCTGCGTTTAAACCCGCCGGTTCCGTTGCAGTACGCGCG
CGCGAGGGATGATTTCAAGATAAGCTCGCACGACGCCGTTTACGAGGTCAAGAAAGGAGA
GCTTCTCTGTGGTTACCAGCCGCTGGTGATGAGAGACGCTAGCATCTTTGACGACCCGGA
GGAGTTTAAACCGGACCGGTTTCTAGGTGAGACCGGGTCCAAGCTGCTTAATTATCTGTT
CTGGTCTAATGGTCCACAAACCGGTACGCCGAGCGCGTCGAACAAACAGTGTGCAGCCAA
AGAGATGGTTACTATCACGGCTGCCTTGATCATCGCCAATTTATTTCTCCGGTACGATAA
AATTACCGGCGACGCCGGGAGTATCAAGACCGTTGTTAAAGCTACATGAGGGAGACTCAT
CACTTCCTCCTCCGCGGTCTCATATCATATGTTTATGTTTGGAGTGTCGAATAAGATTTA
AACTAAAATAATGCGAACTGTAACAGAAATTGCCTGAGGTATTTTTCTATTAAGTTTGTC
TGGTAAGCGATATATAATATTTTATCTCAAGTTTGGTTTTAG


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CU24TF U 1
AF RR3EU16JQ C 1
AF RR3AE78JQ C 46
AF RR3AE78TF U 46
BS 1 574 RR3CU24TF
BS 575 623 RR3AE78TF
BS 624 642 RR3AE78JQ

RD RR3CU24TF 574 0 0
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TAAGTCCGTGGTTTACGAAACGCTGCGTTTAAACCCGCCGGTTCCGTTGCAGTACGCGCG
CGCGAGGGATGATTTCAAGATAAGCTCGCACGACGCCGTTTACGAGGTCAAGAAAGGAGA
GCTTCTCTGTGGTTACCAGCCGCTGGTGATGAGAGACGCTAGCATCTTTGACGACCCGGA
GGAGTTTAAACCGGACCGGTTTCTAGGTGAGACCGGGTCCAAGCTGCTTAATTATCTGTT
CTGGTCTAATGGTCCACAAACCGGTACGCCGAGCGCGTCGAACAAACAGTGTGCAGCCAA
AGAGATGGTTACTATCACGGCTGCCTTGATCATCGCCAATTTATTTCTCCGGTACGATAA
AATTACCGGCGACGCCGGGAGTATCAAGACCGTTGTTAAAGCTACATGAGGGAGACTCAT
CACTTCCTCCTCCGCGGTCTCATATCATATGTTTATGTTTGGAGTGTCGAATAAGATTTA
AACTAAAATAATGCGAACTGTAACAGAAATTGCC

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3EU16JQ 584 0 0
GAAA
GTCTGCGGGTCCGGTTCGGTTCTGAATTTCAGGACGGTTAACGAAATGGAGCTGGTTAAG
TCCGTGGTTTACGAAACGCTGCGTTTAAACCCGCCGGTTCCGTTGCAGTACGCGCGCGCG
AGGGATGATTTCAAGATAAGCTCGCACGACGCCGTTTACGAGGTTAAGAAAGGAGAGCTT
CTCTGCGGTTACCAGCCGCTGGTGATGAGAGACGCTAGCATCTTTGACGACCCGGAGGAA
TTTAAACCGGATCGGTTTGTAGGTGAGACCGGGTCCAAGTTGCTTAATTATCTGTTCTGG
TCTAATGGTCCACAAACCGGTACACCGAGCGCGTCGAACAGACAGTGTGCAGCCAAAGAG
ATGGTTACTATCACGGCTGCCTTGATCATCGCCAATTTATTTCTCCGGTACGATAAAATT
ACCGGCGACGCCGGGAGTATCAAGACCGTTGTTAAAGCTACATGAGGGAGACTCATCACT
TCCTCCTCCACGGTCTCATATCATATGTTTATGTTTGGAGTGTCGAATAAGATTTAAACT
AAAATAATGCGAACTGTAACAGAAATTGCCTGAGGTATTT

QA 5 584 5 584
DS 

RD RR3AE78JQ 597 0 0
G
GAAATGGAGCTGGTTAAGTCCGTGGTTTACGAAACGCTGCGTTTAAACCCGCCGGTTCCG
TTGCAGTACGCGCGCGCGAGGGATGATTTCAAGATAAGCTCGCACGACGCCGTTTACGAG
GTCAAGAAAGGAGAGCTTCTCTGTGGTTACCAGCCGCTGGTGATGAGAGACGCTAGCATC
TTTGACGACCCGGAGGAGTTTAAACCGGACCGGTTTCTAGGTGAGACCGGGTCCAAGCTG
CTTAATTATCTGTTCTGGTCTAATGGTCCACAAACCGGTACGCCGAGCGCGTCGAACAAA
CAGTGTGCAGCCAAAGAGATGGTTACTATCACGGCTGCCTTGATCATCGCCAATTTATTT
TTCCGGTACGATAAAATTACCGGCGACGCCGGGAGTATCAAGACCGTTGTTAAAGCTACA
TGAGGGAGACTCATCACTTCCTCCTCCGCGGTCTCATATCATATGTTTATGTTTGGAGTG
TCGAATAAGATTTAAACTAAAATAATGCGAACTGTAACAGAAATTGCCTGAGGTATTTTT
CTATTAAGTTTGTCTGGTAAGCGATATATAATATTTTATCTCAAGTTTGGTTTTAG

QA 2 597 2 597
DS 

RD RR3AE78TF 597 0 0
G
GAAATGGAGCTGGTTAAGTCCGTGGTTTACGAAACGCTGCGTTTAAACCCGCCGGTTCCG
TTGCAGTACGCGCGCGCGAGGGATGATTTCAAGATAAGCTCGCACGACGCCGTTTACGAG
GTCAAGAAAGGAGAGCTTCTCTGTGGTTACCAGCCGCTGGTGATGAGAGACGCTAGCATC
TTTGACGACCCGGAGGAGTTTAAACCGGACCGGTTTCTAGGTGAGACCGGGTCCAAGCTG
CTTAATTATCTGTTCTGGTCTAATGGTCCACAAACCGGTACGCCGAGCGCGTCGAACAAA
CAGTGTGCAGCCAAAGAGATGGTTACTATCACGGCTGCCTTGATCATCGCCAATTTATTT
CTCCGGTACGATAAAATTACCGGCGACGCCGGGAGTATCAAGACCGTTGTTAAAGCTACA
TGAGGGAGACTCATCACTTCCTCCTCCGCGGTCTCATATCATATGTTTATGTTTGGAGTG
TCGAATAAGATTTAAACTAAAATAATGCGAACTGTAACAGAAATTGCCTGAGGTATTTTT
CTATTAAGTTTGTCTGGTAAGCGATATATAATATTTT
ATCTCAAGTTTGGTTTTAG

QA 2 578 2 578
DS 



AS 1 7

CO CL1037Contig1 1053 7 47 U
GGCTCACAGATCTCACCTTCATTCACCTGACCGGATCGAGAGAGCTCAGAGAAGAGAATC
ATCAATGGCGGAAGATCTGGTTCTCGACACGGCGATCAGAGACTGGGTTTTGATCCCTCT
CTCAGTCGTGATGGTTCTCATTGGTGTTCTCCGCTACTTCGTCTCCAAGCTCATGCGTTC
GTCTCCGACTCCCGATGCGAAGATGGTCAAAGAAGGACAAGTTGTAATTAGGGCTCGGAA
TCTCAAGGCAGGTGCCAATTTCATCCCGCCTAAGTCCTTTCGAGCTCGGAGATTCTACTT
CAGCAACGAGGAAAACGGATTGTTACATGTTCCTAAGGACCAAGCTCAAAACCCACAAGC
TCAGATGTTTTCTGATCCTAACATGGCCATGGATATGATGAAGAAAAATCTGTCAATGAT
TATACCACAGACGCTCACTTTTGCATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGATTTGTTGCAGC
CAAAATACCATTTCCGCTTACTCAGAGATTCAGGTCAATGTTACAGAACGGTATCGACTT
GAGCACTGTTGATGTTAGCTATGTGAGCAGCCGTTCATGGTACTTCTTGAACTTGTTTGG
ACTAAGAGGCTTATTCAGCCTCATTCTTGGAGATGAAAATGCAATTGATGACACGCAAAG
AATGATGCAAATGGGTGGATTTGGTTTTGATGCATCAAAGAACTTGAGCGCAGAGAAGGA
CGGTCTCGACATTATTCAACATGAATGGGCCTTACCGCGATTCGAGCACCGTGCAGAATC
CGTTTTGAGAAAACTCGTGCACTAGAAACATTCTTGCCTCTGGTCCCCCCC*****TAGT
TCTCTGCTGGTAGCTAGACTCTTCTGTGTGTCTAATGTCCTCCATTGTTTTCATAAACAT
CGTCTACCATATTTTCTTCAGTGACACCATTTGGTTTAGATCTCTACTGTTATTACATAT
AGCTGGTGGTTCCAATTTACTTTGGTCCAAAGCAGAGCTGGTTATATATTGGTGCTTATA
AGACTTGCTTTTATTTTAAAATGGATCATTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 10 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 20 20 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL91TF U 24
AF RR3G211TF U 36
AF RR3F391TF U 1
AF RR3DU42TF U 35
AF RR3F391JQ C 274
AF RR3EL91JQ C 426
AF RR3G211JQ C 276
BS 1 47 RR3F391TF
BS 48 48 RR3EL91TF
BS 49 59 RR3F391TF
BS 60 60 RR3EL91TF
BS 61 96 RR3F391TF
BS 97 97 RR3EL91TF
BS 98 168 RR3F391TF
BS 169 169 RR3EL91TF
BS 170 187 RR3F391TF
BS 188 188 RR3EL91TF
BS 189 225 RR3F391TF
BS 226 226 RR3EL91TF
BS 227 440 RR3F391TF
BS 441 441 RR3EL91TF
BS 442 516 RR3F391TF
BS 517 517 RR3EL91TF
BS 518 582 RR3F391TF
BS 583 583 RR3EL91TF
BS 584 609 RR3F391TF
BS 610 610 RR3EL91TF
BS 611 698 RR3F391TF
BS 699 699 RR3DU42TF
BS 700 718 RR3F391TF
BS 719 719 RR3F391JQ
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BS 740 769 RR3F391TF
BS 770 770 RR3F391JQ
BS 771 777 RR3DU42TF
BS 778 778 RR3F391JQ
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BS 786 786 RR3F391JQ
BS 787 792 RR3DU42TF
BS 793 793 RR3F391JQ
BS 794 808 RR3DU42TF
BS 809 830 RR3F391JQ
BS 831 831 RR3G211JQ
BS 832 860 RR3F391JQ
BS 861 861 RR3G211JQ
BS 862 928 RR3F391JQ
BS 929 929 RR3G211JQ
BS 930 938 RR3F391JQ
BS 939 939 RR3G211JQ
BS 940 979 RR3F391JQ
BS 980 980 RR3G211JQ
BS 981 1007 RR3F391JQ
BS 1008 1053 RR3G211JQ

RD RR3EL91TF 618 0 0
GATTCACCCGATCAAGTCT
AGCTCAGAGAAGAGAATCATCAATGGCGGAAGATCTGGTTCTCGACACGGCGATCAGAGA
CTGGGTTTTGATCCCTCTCTCAGTCGTTATGGTTCTCATTGGTGTTCTCCGCTACTTCGT
CTCCAAGCTCATGCGTTCGTCTCCGACTCCCGATGCGAAGATGTTCAAATAAGGACAAGT
TGTAATTAGGGCTCGGAATCTCAAGGCAGGTGCCAATTTCATCCCGCCTAAGTCCTTTCG
AGCTCGGAGATTCTACTTCAGCAACGAGGAAAACGGATTGTTACATGTTCCTAAGGACCA
AGCTCAAAACCCACAAGCTCAGATGTTTTCTGATCCTAACATGGCCATGGATATGATGAA
GAAAAATCTGTCAATAATTATACCACAGACGCTCACTTTTGCATGGGTCAACTTCTTCTT
CTCTGGATTTGTTGCAGCCAAAATACCATTTCCGCTTACTCAGAGATTCAGGTCAATGTT
ACAGAACGGTATCGACTTGAGCACTGTTGATGTTAGCTATGTGAGCAGCCGTTCATGGTA
CTTTTTGAACTTGTTTGGACTAAGAGGCTTATTCAGCCTCATTCTTGGAGACGAAAATG

QA 20 618 20 618
DS 

RD RR3G211TF 615 0 0
GGGAGAG
AGCTCGGAGAAGAGAATTATCAATGGCGGAAGATCTGGTTCTCGACACGGCGATCAGAGA
CTGGGTTTTGATCCCTCTCTCCGTAGTGATGGTTCTCATCGGTGTTCTCCGCTACTTCGT
CTCCAAGCTCATGCGTTCGTCTCCGACTCCCGATGCGAAGATGGTCAAAGAAGGACAAGT
TGTGATTAGGGCTCGGAATCTCAAGGCAGGTGCCAATTTCATCCCGCCTAAGTCCTTTCG
AGCTCGGAGATTCTACTTCAGCAACGAGGAAAGCGGATTGTTACATGTTCCTAAGGACCA
AGCTCAAAACCCACAAGCTCAGATGTTTTCTGATCCTAACATGACCATGGATATGATGAA
GAAAAATCTGTCAATGATTATACCACAGACGCTCACTTTTGCATGGGTCAACTTCTTCTT
CTCTGGATTTGTTGCAGCCAAAATACCATTTCCGCTGACTCAGAGATTCAGGTCAATGTT
ACAGAACGGTATCGACTTGAGCACTGTTGATGTTAGCTATGCGAGCAGCCGTTCATGGTA
CTTCTTGAACTTGCTCGGACTAAGAGGCTTATTCAGCCTCATTCTTGGAGATGAAAATGC
AATTGATG

QA 8 615 8 615
DS 

RD RR3F391TF 781 0 0
GGCTCACAGATCTCACCTTCATTCACCTGACCGGATCGAGAGAGCTCGGAGAAGAGAATT
ATCAATGGCGGAAGATCTGGTTCTCGACACGGCGATAAGAGACTGGGTTTTGATCCCTCT
CTCAGTCGTGATGGTTCTCATTGGTGTTCTCCGCTACTTCGTCTCCAAACTCATGCGTTC
GTCTCCGTCTCCCGATGCGAAGATGGTCAAAGAAGGACAAGTTGTGATTAGGGCTCGGAA
TCTCAAGGCAGGTGCCAATTTCATCCCGCCTAAGTCCTTTCGAGCTCGGAGATTCTACTT
CAGCAACGAGGAAAACGGATTGTTACATGTTCCTAAGGACCAAGCTCAAAACCCACAAGC
TCAGATGTTTTCTGATCCTAACATGGCCATGGATATGATGAAGAAAAATCTGTCAATGAT
TATACCACAGACGCTCACTTCTGCATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGATTTGTTGCAGC
CAAAATACCATTTCCGCTTACTCAGAGATTCAGGTCGATGTTACAGAACGGTATCGACTT
GAGCACTGTTGATGTTAGCTATGTGAGCAGCCGTTCATGGTATTTCTTGAACTTGTTTGG
ACTAAGAGGATTATTCAGCCTCATTCTTGGAGATGAAAATGCAATTGATGACACGCAAAG
AATGATGCAAATGGGTGGATTTGGTTTTGATGCATCAA*GAACTTGAGCGCAGAGAAG*A
CGGTCTCGACATTATTCA*CATGAATGGGCCTTACCGCGATTCGAGCAC
GTGCAGATCGTT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3DU42TF 778 0 0
TCAAGTCT
AGCTCAGAGAAGAGAATCATCAATGGCGGAAGATCTGGTTCTCGACACGGCGATCAGAGA
CTGGGTTTTGATCCCTCTCTCAGTCGTTATGGTTCTCATTGGTGTTCTCCGCTACTTCGT
CTCCAAGCTCATGCGTTCGTCTCCGACTCCCGATGCGAAGATGGTCAAAGAAGGACAAGT
TGTAATTAGGGCTCGGAATCTCAAGGCAGGTGCCAATTTCATCCCGCCTAAGTCCTTTCG
AGCTCGGAGATTCTACTTCAGCAACGAGGAAAACGGATTGTTACATGTTCCTAAGGACCA
AGCTCAAAACCCACAAGCTCAGATGTTTTCTGATCCTAACATGGCCATGGATATGATGAA
GAAAAATCTGTCAATGATTATACCACAGACGCTCACTTTTGCATGGGTCAACTTCTTCTT
CTCTGGATTTGTTGCAGCCAAAATACCATTTCCGCTTACTCAGAGATTCAGGTCAATGTT
ACAGAACGGTATCGACTTGAGCACTGTTGATGTTAGCTATGTGAGCAGCCGTTCATGGTA
CTTTTTGAACTTGTTTGGACTAAGAGGCTTATTCAGCCTCATTCTTGGAGACGAAAATGC
AATTGATGACACGCAAAGAATGATGCAAATGGGTGGATTTGGTTTTGATGCATCAAAGAA
CTTGAGCGCAGAGAAG*ATGGTCTCGACATATTCAA*CATGAATGGGCCTTACA*CGATT
CGAGCAC*GTGCAGA*TCCGTTT*GAGAAA*CTCGTGCACTAGAAA
ATTC

QA 9 774 9 774
DS 

RD RR3F391JQ 743 0 0
GTCCTTTCGAGCTCGGAGATTCTACTTCAGCAACGAGGAAAACGGATTGTTACATGTTCC
TAAGGACCAAGCTCAAAACCCACAAGCTCAGATGTTTTCTGATCCTAACATGGCCATGGA
TATGATGAAGAAAAATCTGTCAATGATTATACCACAGACGCTCACTTCTGCATGGGTCAA
CTTCTTCTTCTCTGGATTTGTTGCAGCCAAAATACCATTTCCGCTTACTCAGAGATTCAG
GTCGATGTTACAGAACGGTATCGACTTGAGCACTGTTGATGTTAGCTATGTGAGCAGCCG
TTCATGGTATTTCTTGAACTTGTTTGGACTAAGAGGATTATTCAGCCTCATTCTTGGAGA
TGAAAATGCAATTGATGACACGCAAAGAATGATGCAAATGGGTGGATTTGGTTTTGATGC
ATCAAAGAACTTGAGCGCAGAGAAGGACGGTCTCGACATTATTCAACATGAATGGGCCTT
ACCGCGATTCGAGCACCGTGCAGAATCCGTTTTGAGAAAACTCGTGCACTAGAAACATTC
TTGCCTCTGGTCCCCCC******TAGTTCTCTGCTGGTAGCTAGACTTTTCTGTGTGTCT
AATGTCCTCCATTGTTTTCATAAACATCGTCTACCATATTTTCTTCAGTGACACCTTTTG
GTTTAAATCTCTACTGTTATTACATATAGCTGGTGGTTCCAATTTATTTTGGTCCAAAGC
AGAGCTGGTTATAT
CTGGTGCTG

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3EL91JQ 573 0 0
CACAGACGCTCACTTTTGCATGGGTCAACTTCTTCTTCTCTGGATTTGTTGCAGCCAAAA
TACCATTTCCGCTTACTCAGAGATTCAGGTCAATGTTACAGAACGGTATCGACTTGAGCA
CTGTTGATGTTAGCTATGTGAGCAGCCGTTCATGGTACTTTTTGAACTTGTTTGGACTAA
GAGGCTTATTCAGCCTCATTCTTGGAGACGAAAATGCAATTGATGACACGCAAAGAATGA
TGCAAATGGGTGGATTTGGTTTTGATGCATCAAAGAACTTGAGCGCAGAGAAGGATGGTC
TCGACATTATTCAACATGAATGGGCCTTACCACGATTCGAGCACCGTGCAGAATCCGTTT
TGAGAAAACTCGTGCACTAGAAACATTCTTGCCTCTGGTCCCCCCCCCTCCTAGTTCTCT
GCTGGTAGCTAGACTCTTCTGTGTGTCTAATGTCCTCCATTGTTTTCATAAACATCGTCT
ACCATATTTTCTTCAGTGACACCATTTGGTTTAGATCTCTACTGTTATTACATATAGCTG
GTGGTTCCAATTTACTTTGGTCCAAAGCAGAGC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3G211JQ 778 0 0
CCTTTCGAGCTCGGAGATTCTACTTCAGCAACGAGGAAAGCGGATTGTTACATGTTCCTA
AGGACCAAGCTCAAAACCCACAAGCTCAGATGTTTTCTGATCCTAACATGACCATGGATA
TGATGAAGAAAAATCTGTCAATGATTATACCACAGACGCTCACTTTTGCATGGGTCAACT
TCTTCTTCTCTGGATTTGTTGCAGCCAAAATACCATTTCCGCTGACTCAGAGATTCAGGT
CAATGTTACAGAACGGTATCGACTTGAGCACTGTTGATGTTAGCTATGCGAGCAGCCGTT
CATGGTACTTCTTGAACTTGCTCGGACTAAGAGGCTTATTCAGCCTCATTCTTGGAGATG
AAAATGCAATTGATGACACGCAAAGAATGATGCAAATGGGTGGATTTGGTTTTGATGCAT
CAAAGAACTTGAGCGCAGAGAAGGACGGTCTCGACATTATTCAACATGAATGGGCCTTAC
CACGATTCGAGCACCGTGCAGAATCCGTTTTGAGAAAACTCGTGCACTAGAAACATTCTT
GCCTCTGGTCCCCCCC*****TAGTTCTCTGCTGGTAGCTAGACTCTTCTGTGTGTCTAA
TGTCCTCCATTGTTTTCATAAACATCGTCTACCATATTTTCTTCAGTGACACCATTTGGT
TTAGATCTCTACCGTTATTACATATAGCTGGTGGTTCCAATTTACTTTGGTCCAAAGCAG
AGCTGGTTATATATTGGTGCTTATAAGACTTGCTTTTATTTTAAAATGGATCATTAGG

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 4

CO CL1038Contig1 787 4 9 U
GTGACTGGGACAGGGCCCATGGGTTGCGTCCCGGCCGAGCTGGCTCAACGTAGCCGCAGT
GGCGAGTGTTCTACGGAACTACAACGAGCCGCATCGCTATTCAACCCACAGCTTGTTCAG
ATGATCAACGACCTCAACAATGAAGTTGGATCTTCGGCCTTCATTGCCGCTAATACTCAA
CAAATGCACATGGACTTTATCAGCGACCCACAAGCATATGGATTCGTAACGTCGAAGGTG
GCGTGTTGTGGACAAGGACCGTATAATGGGATAGGACTATGCACAGCGTTATCAAATCTC
TGCCCAAACAGAGATCTCTTCGCCTTTTGGGATCCTTTTCATCCATCAGAGAAAGCTAGT
AGAATCATTGCTCAACAAATCCTCAACGGTTCTCCCGAGTACATGCATCCCATGAACCTC
AGCACTATCCTCACCCTTGATTCCACAACTTAATCTTCCGTTCATCTCTCCAAATTCCCA
CTCTATGTTCTCTTTTAATTGTTTGATTTTCTCTTTAATTATGTATTCGACATGGCTGCT
TTAAATAGTTTCCATGAGTTATGTTGTGTGTTTTGTCTTCTTTATCAATAATTGAATCGC
CAATTGTTACTTCAGAAGTAATATCTGTTAACCGGGCTTCGTAGCCTGGTGGTAATGGAA
CCTCGGCTGAGGTGCCCGCCACCCAGCTTCGAAACCCGGCCACAGCGATTTAACATCCTT
ACTGCTGGGGCGCTGGACCCCTTCGGGGGATATTTGGGAAAGTGGCTGTCCAGACACCAG
AGATAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI24JQ C 1
AF RR3CV20TF U 21
AF RR3ES23TF U 10
AF RR3ES23JQ C 323
BS 1 9 RR3GI24JQ
BS 10 20 RR3ES23TF
BS 21 458 RR3CV20TF
BS 459 459 RR3ES23TF
BS 460 531 RR3CV20TF
BS 532 532 RR3ES23TF
BS 533 608 RR3CV20TF
BS 609 667 RR3ES23TF
BS 668 787 RR3ES23JQ

RD RR3GI24JQ 619 0 0
GTGACTGGGACAGGGCCCATGGGTTGCGTCCCGGCCGAGCTGGCTCAACGTAGCCGCAGT
GGCGAGTGTTCTACGGAACTACAACGAGCCGCATCGCTATTCAACCCACAGCTTGTTCAG
ATGATCAACGACCTCAACAATGAAGTTGGATCTTCGGCCTTCATTGCCGCTAATACTCAA
CAAATGCACATGGACTTTATCAGCGACCCACAAGCATATGGATTCGTAACGTCGAAGGTG
GCGTGTTGTGGACAAGGACCGTATAATGGGATAGGACTATGCACAGCGTTATCAAATCTC
TGCCCAAACAGAGATCTCTTCGCCTTTTGGGATCCTTTTCATCCATCAGAGAAAGCTAGT
AGAATCATTGCTCAACAAATCCTCAACGGTTCTCCCGAGTACATGCATCCCATGAACCTC
AGCACTATCCTCACCCTTGATTCCACAACTTAATCTTCTGTTCATCTCTCCAAATTCCCA
CTCTATGTTCTCTTTTAATTGTTTGATTTTCTCTTTAATTATGTATTCGACATGGCTGCT
TTAAATAGTTTCCATGAGTTATGTTGTGTGTTTTGTCTTCTTTATCAATAATTGAATCGC
CAATTGTTACTTCAGAAG
C

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3CV20TF 588 0 0
GGGTTGCGTCCCGGCCGAGCTGGCTCAACGTAGCCGCAGTGGCGAGTGTTCTACGGAACT
ACAACGAGCCGCATCGCTATTCAACCCACAGCTTGTTCAGATGATCAACGACCTCAACAA
TGAAGTTGGATCTTCGGCCTTCATTGCCGCTAATACTCAACAAATGCACATGGACTTTAT
CAGCGACCCACAAGCATATGGATTCGTAACGTCGAAGGTGGCGTGTTGTGGACAAGGACC
GTATAATGGGATAGGACTATGCACAGCGTTATCAAATCTCTGCCCAAACAGAGATCTCTT
CGCCTTTTGGGATCCTTTTCATCCATCAGAGAAAGCTAGTAGAATCATTGCTCAACAAAT
CCTCAACGGTTCTCCCGAGTACATGCATCCCATGAACCTCAGCACTATCCTCACCCTTGA
TTCCACAACTTAATCTTCTGTTCATCTCTCCAAATTCCCACTCTATGTTCTCTTTTAATT
GTTTGATTTTCTCTTTAATTATGTATTCGACGTGGCTGCTTTAAATAGTTTCCATGAGTT
ATGTTGTGTGTTTTGTCTTCTTTATCAATAATTGAATCGCCAATTGTT

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3ES23TF 658 0 0
ACAGGGCCCATGGGTTGCGTCCCGGCCGAGCTGGCTCAACGTAGCCGCAGTGGCGAGTGT
TCTACGGAACTACAACGAGCCACATCGCTATTCAACCCACAGCTTGTTCAGATGATCAAC
GACCTCAACAATGAAGTTGGATCTTCGGCCTTCATTGCCGCTAATACTCAACAAATGCAC
ATGGACTTTATCAGCGACCCACAAGCATATGGATTCGTAACGCCGAAGGTGGCGTGTTGT
GGACAAGGACCGTATAATGGGATAGGACTATGCACAGCGTTATCAAATCTCTGCCCAAAC
AGAGATCTCTTCGCCTTTTGGGATCCTTTTCATCCATCAGAGAAAGCTAGTAGAATCATT
GCTCAACAAATCCTCAACGGTTCTCCCGAGTACATGCATCCCATGAACCTCAGCACTATC
CTCACCCTTGATTCCACAACTTAATCTTCCGTTCATCTCTCCAAATTCCCACTCTATGTT
CTCTTTTAATTGTTTGATTTTCTCTTTAATTATGTATTCGACATGGCTGCTTTAAATAGT
TTCCATGAGTTATGTTGTGTGTTTTGTCTTCTTTATCAATAATTGAATCGCCAATTGTTA
CTTCAGAAGTAATATCTGTTAACCGGGCTTCGTAGCCTGGTGGTAATGGAACCTCGGC

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3ES23JQ 465 0 0
CCTTTTGGGATCCTTTTCATCCATCAGAGAAAGCTAGTAGAATCATTGCTCAACAAATCC
TCAACGGTTCTCCCGAGTACATGCATCCCATGAACCTCAGCACTATCCTCACCCTTGATT
CCACAACTTAATCTTCCGTTCATCTCTCCAAATTCCCACTCTATGTTCTCTTTTAATTGT
TTGATTTTCTCTTTAATTATGTATTCGACATGGCTGCTTTAAATAGTTTCCATGAGTTAT
GTTGTGTGTTTTGTCTTCTTTATCAATAATTGAATCGCCAATTGTTACTTCAGAAGTAAT
ATCTGTTAACCGGGCTTCGTAGCCTGGTGGTAATGGAACCTCGGCTGAGGTGCCCGCCAC
CCAGCTTCGAAACCCGGCCACAGCGATTTAACATCCTTACTGCTGGGGCGCTGGACCCCT
TCGGGGGATATTTGGGAAAGTGGCTGTCCAGACACCAGAGATAGC

QA 1 465 1 465
DS 



AS 1 7

CO CL1039Contig1 1695 7 23 U
GGGGAAAACTCCATACTTCGATACCATCGATAATAAGAGAGGAAGATGGGTTCTACGAGC
AAAGAGTACGAGTTTCTGAGTGAGATTGGTTTGACTTCTCACAACATTGGAAACTACGTT
GGTGGCAAATGGCTAGGCAACGGGCCTCTTGTCTCTACTTTGAATCCTGCTAACAATCAG
CCAATTGCTCAAGTTGTGGAAGCTTCTCTGGAAGATTACGAGATAGGTCTCAAAGCTTGC
GAGGAAGCAGCTAAGATATGGATGCAGGTTCCTGCTCCTAAGAGAGGTGATATCGTGAGA
CAAATCGGAGATGCACTAAGATCCAAACTTGACTATCTTGGCCGTCTTCTTTCTCTTGAA
ATGGGAAAGATCCTTGCCGAAGGCATTGGTGAAGTTCAGGAAGTAATTGACATGTGTGAC
TTTGCTGTTGGTCTGAGCCGACAACTCAATGGTTCAGTCATTCCTTCTGAACGCCCAAAC
CATATGATGTTGGAGATGTGGAATCCTCTTGGCATTGTCGGTGTTATCACAGCGTTTAAC
TTCCCATGTGCAGTTCTTGGTTGGAATGCTTGTATTGCACTTGTCTGTGGAAACTGTGTA
GTCTGGAAAGGTGCTCCAACTACACCGTTGATAACCATCGCAATGACCAAACTAGTGGCT
GAAGTCTTAGAGAAGAATCATTTACCCGGTGCCATTTTCACTGCCATGTGTGGTGGTGCT
GAGATCGGTGAAGCAATAGCCAAAGACACACGCATTCCTCCAGTTTCCTTTACTGGCAGC
TCCAAGGTGGGCTTAACGGTACAACAAACAGTGAGTGCTAGATCTGGCAAAACACTGCTT
GAACTGAGTGGGAACAATGCAATCATAGTCATGGACGATGCTGACATTCAGTTAGCTGCC
CGTTCCGTTCTGTTTGCTGCTGTTGGAACCGCTGGTCAACGCTGCACAACTTGCCGTCGG
CTGCTTTTGCATGAGAGTGTATATGACAAAGTACTTGAGCAACTCCTGATTTCATACAAA
CAAGTCAAGATCGGTGATCCTCTTGAGAAAGGAACATTGTTAGGACCACTACACACTCCT
GAATCAAAGAAAAACTTTGAGAAGGGGATCGAAGTCATCAAGTCCCAGGGCGGGAAAGTA
TTAACGGGAGGTAAAGCAGTTGAAGGTGAAGGAAACTTTGTGGAGCCAACGATAATAGAG
ATATCATCAGATGCTGCTGTTGTTAAAGAAGAGCTGTTTGCTCCGGTTCTATATGCTCTA
AAGTTTAAGACATTTGAAGAAGCTGTTGCGATAAACAACTCAGTTCCTCAAGGTCTAAGC
AGCTCTATATTCACTCGTAGCCCCGAGAACATCTTCAAATGGATCGGACCAATGGGAAGT
GACTGTGGGATAGTGAATGTAAACATACCGACGAATGGAGCTGAGATTGGAGGAGCTTTT
GGAGGTGAGAAAGCGACTGGTGGTGGTCGTGAAGCTGGTAGTGACTCTTGGAAGCAGTAT
ATGCGTCGTTCCACTTGCACGATCAACTATGGGAATGAGTTACCTCTAGCGCAAGGAATC
AACTTCGGTTAATCTTCCAGAGATCTACGTACCGGTTAATGTTGTATTTGAGCTGGATGT
TTCTATGTGTTGGGACTTGTAAAACATAACAACGCTAAAAATTAATAATATAAATAATAC
TCCTTCTGTATTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3AQ25TF U 1137
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ATGGGAAAGATCCTTGCCGAAGGCATTGGTGAAGTTCAGGAAGTAATTGACATGTGTGAC
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GTCTGGAAAGGTGCTCCAACTACACCGTTGATAACCATCGCAATGACCAAACTAGTGGCT
GAAGTCTTAGAGAAGA
TCATTTA

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G
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AGATGTGGAATCCTCTTGGCATTGTCGGTGTTATCACAGCGTTTAACTTCCCATGTGCAG
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CTCCAACTACACCGCTGATAACCATCGCAATGACCAAACTAGTGGCTGAAGCCTTAGAGA
AGAATCATTTACCCGGTGCCATTTTCACTGCCATGTGTGGTGGTGCTGAGATTGGTGAAG
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TAACGGTA*AACAAACAGTGAGTGCTAGATCTGGCAAAACATTGCTTGAACTGAGTGGGA
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AGAGTGTATATGACAAAGTACTTGAGCAACTCCTGATTTCATACAAACAAGTCAAGATCG
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GG
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GTGGTGCTGAGATCGGTGAAGCAATAGCCAAGGACACACGCATTCCTCCAGTTTCCTTTA
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CTCTGCTTGAACTGAGTGGGAACAATGCAATCATAGTCATGGACGATGCTGACATTCAGT
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ATC

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G
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RD RR3AQ25TF 559 0 0
G
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GAGATATCATCAGATGCTGCTGTTGTTAAAGAAGAGCTGTTTGCTCCGGTTCTATATGCT
CTAAAGTTTAAGACATTTGAAGAAGCTGTTGCGATAAACAACTCAGTTCCTCAAGGTCTA
AGCAGCTCTATATTCACTCGTAGCCCCGAGAACATCTTCAAATGGATCGGACCAATGGGA
AGTGACTGTGGGATAGTGAATGTAAACATACCGACGAATGGAGCTGAGATTGGAGGAGCT
TTTGGAGGTGAGAAAGCGACTGGTGGTGGTCGTGAAGCTGGTAGTGACTCTTGGAAGCAG
TATATGCGTCGTTCCACTTGCACGATCAACTATGGGAATGAGTTACCTCTAGCGCAAGGA
ATCAACTTCGGTTAATCTTCCAGAGATCTACGTACCGGTTAATGTTGTATTTGAGCTGGA
TGTTTCTATGTGTTGGGACTTGTAAAACATAACAACGCTAAAAATTAATAATATAAATAA
TACTCCTTCTGT
ATTTAA

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DS 



AS 1 4

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CTGTCGTAAAACTTAAACCTGCAATGCTTACCCTCCCGTTATGAATCATATAAATGTGAT
AATCTTTGGCTATGAAGCGAACTTGCTTCTCATTCAACCCCGTAAAACTAAACATCCCAA
TCTGTCTGATAATGTGACTCCAGTCACCAGGTGTGCCTCTAGCTTGTAAAGCTTCATATA
ACTGTTTTCGCATGCTAAGTATGCGGTTAGCCATTCCTTTCAGCTCAACCGTCCAGTCAT
TGTACAAATCACTATTTTTAAGAATTGTGGTAACAACGGATGCTCCATGAATAGGTGGGC
TAAGATACATAGGTCTCACAACAAGTAGCAGTTGGCTCTTTACTTTCCTAGCCACATCTT
CTGAGGTGCATACAATTGTAAGAGCGCCAATACGCTCTCCATAAAGACCCATATTTTTGG
CAAAACTTTGAGCTATCAAACATTCACCTCCATCAGCAACAAACATACGAACCGCTTGTG
CATCTGACTCAAGGTTACCACTAGCAAAACC*TGATATGCAT*ATCAAAGAAGGGTAATA
AGCTTTTAGATCTCACTACTTGCCGAATCTGTTCCCATTGCTCGAGTGTTGGATCAACTC
CAGTGGGGTTATGCGCGCAAGCTTGCAATACCACTATAGCTCCAGTCGGTGCAGTGCCAA
GATCCTCGAGCATGCCTTTGAAGTCAAGTCCTCTGGTTTTCGGATCATAGTAACGGAAAT
ATTCTACAGACAAACCCGCCAAACTGAAAATGATAGGATGGTTCCCCCACGTTGGGTTTG
AAACGAACACGACACGTTCTTGCTTGTGCTTTGCTAAAAACTCAGCTCCAACTCTCAAAG
AACCAGTACCAGACAAACACTGGATAGTAACAACTCTGTTCTCTTTCACTGCATGACTAT
CATCACCTAAGATGAGCTTGGAGCTCAATTTGTTAAACTCAGCAAGTCCATCAAGCGGAA
GATATTCCTTGTCCCGGGACAGGTCATTCGCCAACTGTTGCTCAGCTCGTCTCACAACCT
GAAGAACAAGAGGCTTTCCTTCCTCAGACCGATAGGAACCACCACTCAAATTCAACTTAA
CCGGACTAGGATCATCTCTACTCGAAAAATATACAGTGAGTATGGGATCTTCTGGAGCTG
GAACAATGTTTGAAAAACTTGAATCCATGAGAAAACGTTTGACTCAGTTGAAGTGTTGAA
GTGAATTTGGATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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CTGGAACAATGTTTGAAAAACTTGAATCCATGAGAAAACGTTTGACTCAGTTGAAGTGTT
GAAGT
CC

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DS 



AS 1 6

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CCGCACAACCGTCGCTGTCTCTCCGACTACATCTCGGTTCCTTCTCTTCCCTTTCATCAT
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CATTAAGCTTCTTCTGATTGGAGACAGTGGTGTGGGTAAAAGTTGCCTACTTCTACGTTT
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ACGCTTCCGCACTATCACCACCGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGCATTTTGCTCGTCTA
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TCGACGATGATGACTAAATAGTTATATTTCTTTTGCTCTTTAATTTAGTATATTTGACTT
CTT


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 

AF RR3D709TF U 1
AF RR3GP96TF U 31
AF RR3BS35TF U 63
AF RR3GP96JQ C 232
AF RR3BS35JQ C 132
AF RR3D709JQ C 257
BS 1 518 RR3D709TF
BS 519 519 RR3GP96TF
BS 520 675 RR3D709TF
BS 676 676 RR3GP96TF
BS 677 714 RR3D709TF
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BS 716 761 RR3D709TF
BS 762 828 RR3BS35TF
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BS 833 1022 RR3BS35JQ
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RD RR3D709TF 761 0 0
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CCGCACAACCGTCGCTGTCTCTCCGACTACATCTCGGTTCCTTCTCTTCCCTTTCATCAT
CGTCGGAATCGAATCGATGGCTGCTCCACCTGCTAGGGCCAGAGCCGATTATGATTATCT
CATTAAGCTTCTTCTGATTGGAGACAGTGGTGTGGGTAAAAGTTGCCTACTTCTACGTTT
CTCTGATGGATCCTTCACCACTAGCTTCATCACCACCATTGGCATTGACTTTAAGATAAG
AACGATTGAGCTTGATGGGAAACGTATCAAGCTCCAGATTTGGGACACTGCTGGTCAAGA
ACGCTTCCGCACTATCACCACCGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGCATTTTGCTCGTCTA
TGATGTCACAGACGAGTCTTCCTTCAACAACATTAGAAACTGGATTCGTAATATCGAACA
ACATGCTTCTGATAATGTTAACAAGATCTTGGTTGGTATCAAGGCTGACATGGATGAAAG
CAAGAGGGCTGTACCTACAGCAAAGGGTCAGGCTCTTGCTGATGAGTACGGAATCAAGTT
CTTCGAAACAAGTGCTAAGACAAACCTAAACGTGGAAGAAGTTTTCTTCTCGATAGGGAG
GGACATCAAGCAGAG*CTTTCTGACACTGACTCCAGGGCTGAGCCTGCGACGAT*AAGAT
AAGCCAGACAGACCAGGCAGCTGGTGCCGGGCAGGCCACAC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3GP96TF 704 0 0
CTAAATCGAGGAGTGGCGCATTTTAGCCGTCCGCATAACCGTCGCTTTCTCTCCGACTAC
ATCTCGGTTCCTTCTCTTCCCTTTCATCATCGTCGGAATCGAATCGATGGCTGCTCCACC
TGCTAGGGCCAGAGCCGATTATGATTATCTCATTAAGCTTCTTCTGATTGGAGACAGTGG
TGTGGGTAAAAGTTGCCTACTTCTACGTTTCTCTGATGGATCCTTCACCACTAGCTTCAT
CACCACCATTGGCATTGACTTTAAGATAAGAACGATTGAGCTTGATGGGAAACGTATCAA
GCTCCAGATTTGGGACACTGCTGGTCAAGAACGCTTCCGCACTATCACCACCGCTTATTA
CCGTGGGGCAATGGGCATTTTGCTCGTCTATGATGTCACAGACGAGTCTTCCTTCAACAA
CATTAGAAACTGGATTCGTAATATCGAACAACATGCTTCTGATAATGTTAACAAGATCTT
GGTTGGTAACAAGGCTGACATGGATGAAAGCAAGAGGGCTGTACCTACAGCAAAGGGTCA
GGCTCTTGCTGATGAGTACGGAATCAAGTTCTTCGAAACAAGTGCTAAGACAAACCTAAA
CGTGGAAGAAGTTTTCTTCTCGATAGGGAGGGACATCAAGCAGAGGCTTTCTGACACTGA
CTCCAGGGCTGAGCCTGCGACGATTAAGATAAGCCAGACAGACC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3BS35TF 766 0 0
GGAT
AACCGTCGCTGTCTCTCCGACTACATCTCGGTTCCTTCTCTTCCCTTTCATCATCGTCGG
AATCGAATCGATGGCTGCTCCACCTGCTAGGGCCAGAGCCGATTATGATTATCTCATTAA
GCTTCTTCTGATTGGAGACAGTGGTGTGGGTAAAAGTTGCCTACTTCTACGTTTCTCTGA
TGGATCCTTCACCACTAGCTTCATCACCACCATTGGCATTGACTTTAAGGTAAGAACGAT
TGAGCTTGATGGGAAACGTATCAAGCTCCAGATTTGGGACACTGCTGGTCAAGAACGCTT
CCGCACTATCACCACCGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGCATTTTGCTCGTCTATGATGT
CACAGACGAGTCTTCCTTCAACAACATTAGAAACTGGATTCTTAATATCGAACAACATGC
TTCTGATAATGTTAACAAGATCTTGGTTGGTAACAAGGCTGACATGGATGAAAGCAAGAG
GGCTGTACCTACAGCAAAGGGTCAGGCTCTTGCTGATGAGTACGGAATCAAGTTCTTCGA
AACAAGTGCTAAGACAAACCTAAACGTGGAAGAAGTTTTCTTCTCGATAGGGAGGGACAT
CAAGCAGAGGCTTTCTGACACTGACTCCAGGGCTGAGCCTGCGACGATTAAGATAAGCCA
GACAGACCAGGCAGCTGGTGCCGGGCAG*CCACACAGAAGTCTGCATGCTGTGGAACTTA
AAAGAAAGTTGTAAAATTGAAGTTTTAAGACGAGAGAGAAAA

QA 5 766 5 766
DS 

RD RR3GP96JQ 767 0 0
TCTACGTTTCTCTGATGGATCCTTCACCACTAGCTTCATCACCACCATTGGCATTGACTT
TAAGATAAGAACGATTGAGCTTGATGGGAAACGTATCAAGCTCCAGATTTGGGACACTGC
TGGTCAAGAACGCTTCCGCACTATCACCACCGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGCATTTT
GCTCGTCTATGATGTCACAGACGAGTCTTCCTTCAACAACATTAGAAACTGGATTCGTAA
TATCGAACAACATGCTTCTGATAATGTTAACAAGATCTTGGTTGGTAACAAGGCTGACAT
GGATGAAAGCAAGAGGGCTGTACCTACAGCAAAGGGTCAGGCTCTTGCTGATGAGTACGG
AATCAAGTTCTTCGAAACAAGTGCTAAGACAAACCTAAACGTGGAAGAAGTTTTCTTCTC
GATAGGGAGGGACATCAAGCAGAGGCTTTCTGACACTGACTCCAGGGCTGAGCCTGCGAC
GATTAAGATAAGCCAGACAGACCAGGCAGCTGGTGCCGGGCAGGCCACACAGAAGTCTGC
ATGCTGTGGAACTTAAAAGAAAGTTGTAAAATTGAAGTTTTAAGACGAGAGAGAAAAAAA
*CCAAGATGTCCTGTCCCTGCTGGGTGCCTTGTTTTATTCCAACATTTCTGATTCGTTCT
AAAATGCCTTTTCCTATTTGTACGAAGGTTTAATCGACATTTGTATTCTTCTTTTTATGT
TCTTATTTTTCGACGATGATGACTAAATAGTTATATTTCTTTTGC
CT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3BS35JQ 891 0 0
AATCGATGGCTGCTCCAC*TGCTAGGGCCAGAGCCGATTATGATTATCTCATTAAGCTTC
TTCTGATTGGAGACAGTGGTGTGGGTAAAAGTTGCCTACTTCTACGTTTCTCTGATGGAT
CCTTCACCACTAGCTTCATCACCACCATTGGCATTGACTTTAAGGTAAGAACGATTGAGC
TTGATGGGAAACGTATCAAGCTCCAGATTTGGGACACTGCTGGTCAAGAACGCTTCCGCA
CTATCACCACCGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGCATTTTGCTCGTCTATGATGTCACAG
ACGAGTCTTCCTTCAACAACATTAGAAACTGGATTCTTAATATCGAACAACATGCTTCTG
ATAATGTTAACAAGATCTTGGTTGGTAACAAGGCTGACATGGATGAAAGCAAGAGGGCTG
TACCTACAGCAAAGGGTCAGGCTCTTGCTGATGAGTACGGAATCAAGTTCTTCGAAACAA
GTGCTAAGACAAACCTAAACGTGGAAGAAGTTTTCTTCTCGATAGGGAGGGACATCAAGC
AGAGGCTTTCTGACACTGACTCCAGGGCTGAGCCTGCGACGATTAAGATAAGCCAGACAG
ACCAGGCAGCTGGTGCCGGGCAGGCCACACAGAAGTCTGCATGCTGTGGAACTTAAAAGA
AAGTTGTAAAATTGAAGTTTTAAGACGAGAGAGAAAAAAAACCAAGATGTCCTGTCCCTG
CTGGGTGCCTTGTTTTATTCCAACATTTCTGATTCGTTCTAAAATGCCTTTTCCTATTTG
TACGAAGGTTTAATCGACATTTGTATTCTTCTTTTTATGTTCTTATTTTTCGACGATGAT
GACTAAATAGTTATATTTCTTTTGCTCTTTAATTTAGTATATTTGACTTCT

QA 1 891 1 891
DS 

RD RR3D709JQ 767 0 0
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GGGAAACGTATCAAGCTCCAGATTTGGGACACTGCTGGTCAAGAACGCTTCCGCACTATC
ACCACCGCTTATTACCGTGGGGCAATGGGCATTTTGCTCGTCTATGATGTCACAGACGAG
TCTTCCTTCAACAACATTAGAAACTGGATTCGTAATATCGAACAACATGCTTCTGATAAT
GTTAACAAGATCTTGGTTGGTATCAAGGCTGACATGGATGAAAGCAAGAGGGCTGTACCT
ACAGCAAAGGGTCAGGCTCTTGCTGATGAGTACGGAATCAAGTTCTTCGAAACAAGTGCT
AAGACAAACCTAAACGTGGAAGAAGTTTTCTTCTCGATAGGGAGGGACATCAAGCAGAGG
CTTTCTGACACTGACTCCAGGGCTGAGCCTGCGACGATTAAGATAAGCCAGACAGACCAG
GCAGCTGGTGCCGGGCAGGCCACACAGAAGTCTGCATGCTGTGGAACTTAAAAGAAAGTT
GTAAAATTGAAGTTTTAAGACGAGAGAGAAAAAAA*CCAAGATGTCCTGTCCCTGCTGGG
TGCCTTGTTTTATTCCAACATTTCTGATTCGTTCTAAAATGCCTTTTCCTATTTGTACGA
AGGTTTAATCGACATTTGTATTCTTCTTTTTATGTTCTTATTTTTCGACGATGATGACTA
AATAGTTATATTTCTTTTGCTCTTTAATTTAGTATATTTGACTTCTT

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 7

CO CL1042Contig1 558 7 7 U
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CATTTTCAGCCATGAGACAGAGTGTTATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCA
TTTTAAATAATGTTAAAG***AGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCAT
TACCAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACA
TGAAAAA*GATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAA
TGTACCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAA
TGTCGATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGA
CATGAAATCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGT
CTTATTAATAATTTTCCAAGTTAGATTGGTTATGGTTCAAAATAAATATAAAGTTTATCT
AATAATATCCAAATTCTT


BQ
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT64TF U 41
AF RR3FT64JQ C 278
AF RR3FI62JQ C 1
AF RR3FI62TF U 1
AF RR3DH20JQ C 1
AF RR3DH20TF U 1
AF RR3G428TF U 3
BS 1 247 RR3FI62TF
BS 248 248 RR3DH20TF
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TTGTGTTCTCACATTTCTCATTTTAAATAATGTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAA
AAAGCTTTTCTGCAA*TCATTACCAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAA

QA 1 174 1 174
DS 

RD RR3FT64JQ 119 0 0
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QA 1 119 1 119
DS 

RD RR3FI62JQ 521 0 0
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TTTTAAATAATGTTAAAG***AGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCAT
TACCAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACA
TGAAAAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAA
TGTACCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAGTGTGAA
TGTCGATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGA
CATGAAATCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGT
CTTATTAATAATTTTCCAAGTTAGATTGGTTATGGTTCAAA

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR3FI62TF 521 0 0
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CATTTTCAGCCATGAGACAGAGTGTTATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCA
TTTTAAATAATGTTAAAG***AGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCAT
TACCAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACA
TGAAAAAAGATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAA
TGTACCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAGTGTGAA
TGTCGATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGA
CATGAAATCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGT
CTTATTAATAATTTTCCAAGTTAGATTGGTTATGGTTCAAA

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR3DH20JQ 542 0 0
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CATTTTCAGCCATGAGACAGAGTGTTATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCA
TTTTAAATAATGTTAAAG***AGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCAT
TACCAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACA
TGAAAAA*GATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAA
TGTACCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCACCAATGTGAA
TGTCGATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGA
CATGAAATCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGT
CTTATTGATAATTTTCCAAGTTAGATTGGTTATGGTTCAAAATAAATATAAAGTTTATCT
A
G

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3DH20TF 542 0 0
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CATTTTCAGCCATGAGACAGAGTGTTATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCA
TTTTAAATAATGTTAAAG***AGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCAT
TACCAAGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACA
TGAAAAA*GATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAA
TGTACCAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCACCAATGTGAA
TGTCGATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGA
CATGAAATCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCATGT
CTTATTGATAATTTTCCAAGTTAGATTGGTTATGGTTCAAAATAAATATAAAGTTTATCT
A
G

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3G428TF 556 0 0
GGG
GTATTTCATAGGAGTGTACAAGAAACAATAATTCCTTTTTGTAAAAGAATTTCCTCATTT
TCAGCCATGAGACAGAGTGTTATGTTAATGGTTTCTTGTGTTCTCACATTTCTCATTTTA
AATAATTTTAAAGTAGAGGTGGAAGCCGGCATGAAAAAGCTTTTCTGCAAATCATTACCA
AGCAATCATGCTGGAGCATGCGGAAAAAATGGAATTAATTTATGTGTAGAGGACATGAAA
AA*GATGAGTGTAACAAATACTGGAAAACCTGTGCCAAAAGGATGGGGAGTACAATGTAC
CAAATGTATTGATGATCCTCCCAAGCCAGGTTATATTCGCATGCATCAATGTGAATGTCG
ATATGATTGCTAAATTTTAAAATACATATATGCATAATCTCTTTACTAATAAAGACATGA
AATCAATGTAATAGAGATCTTTTTGCGTAGATCTAGCAGGAAAAACAGCTCAGGTCTTAT
TAATAATTTTCCAAGTTAGATTGGTTATGGTTCAAAATAAATATAACGTTTATCTAATAA
TATCCAAATTCTT

QA 4 556 4 556
DS 



AS 1 7

CO CL1043Contig1 1111 7 7 U
AGTTCAAGTGCGCTGTCTATGCAGTCATTTACGAGAATCAAAGAACAAACGAAGAATTCA
AGTAAATTAAAGTACAATTCCGATCACACACTTTTTACACTATTTACACAAGCAATGACC
CAATGATAGTAGTAACTAAAATAA**GTCATTCCAACACAACACAGAAACACAAACCATG
AGAAAGTGGAGAATCATCTCTGCTTTCATCGCATTAGACCCCTTTTACAACTTTCAGAGA
GCCCTCAGAACAACTTTGCTTGTTGCATGAACGCCCTTAGCAGCTATCTTCAACGCACCA
CGAGCTTGATATAACCCTCCAAAAGCAAGTCCCCATGTGGAAAACGTGTAGAACATTTTC
CCAGCATGCCATATATCCACTACCCTCCCTACCTTGCTCAGAGCACTAACTTCTTGTGCC
AGAATCTTCTGAAGCTCTTCAGGTTTGAGAATCT***TAGCTTTGGGGTTAGACATGATG
CATTTTGCTAAAAAGTGTGCAACAGCATCAACCACATGTTCCTCATTCACAACAATGTAA
TGGTCGTTATCGATAGCGCTTTTTTCCTCGACATTGCTAGGGATCATGTCGTCTGTCACC
AAAACCCACCAGCTTGGTTCTTGGTGATCAATCTCTATAAGTACTTCAACAGTCTGCACA
TCATCTCCTGTAGGCTCTTTGAAGGGAAACTGATTTTGAGTTCCGTTAGATAAAGCTTGC
CTCAGACTTTCTAATCGAGCCAAGAAATCTCTCGATGTAACCATCGATACAATCCTCGCA
TAGATGTCTTTAGGGCAATCGTGAGATAGCGCAGCGGATTCAGCGAGAGTCTCAAAGAGC
TTAAGATTCGCTTCAAGCAACGTCCTGAGACGGCGATTCTCCTGGCGAAGAGCCTCTAAT
TCTCGATCTCGTGGATCGGTGATCGGATTTGTTGACTCGTCGTGATTCTCGCCTTCGTCG
CTGTGATGGTCGTGGTGGTGGTGTTGGTGGTAGACTTCCACGGCGGTCCACGCTACGTCC
GCAACCTCCAGCACCGTCTTTGTAACCTCGATCGCGTGGTGACCCGCCATCCTGTGTTTG
ATTGATTGATGATTTTCTTCTTAGCCCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 10 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 5 40 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CV85JQB U 36
AF RR3EZ81JQ U 42
AF RR3CB26JQ U 50
AF RR3BG74JQ U 1
AF RR3EZ81TF C 395
AF RR3BG74TF C 280
AF RR3CB26TF C 280
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BS 389 899 RR3BG74JQ
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BS 901 916 RR3BG74JQ
BS 917 1102 RR3BG74TF
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RD RR3CV85JQB 769 0 0
AATCAAA
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TTTACACAAGCAATGACCCAATGTTAGTAGTAACTAAAATAAAAGTCATTCCAACACAAC
ACAGAAACACAAACCATGAGAAAGAGGAGAATCATCTCTGCTTTCATCGCAGTAGACCCC
TTTTACAACTTTCAGAGAGCCCTCAGAACAACTTTGCTTGTTGCATGAACGCCCTTAGAA
GCTATCTTCAACGCACCACGAGCTTGATATAACCCTCCGAAAGCAAGTCCCCATGTGGAA
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GCACTAACTTCTTGTGCCAGAATCTTCTGGAGCTCTTCAGGTTTGAGAATCT***TAGCT
TTGGGGTTAGACATGATGCATTTTGCTAAAAAGTGTGCAACAGCATCAACCACATGTTCC
TCATTCACAACAATGTAATGGTCGTTATCGATAGCGCTTTTTTCCTCGACATTGCTAGGG
ATCATGTCGTCTGTCACCAAAACCCACCAGCTTGGTTCTTGGTGATCAATCTCTATAAGT
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CCGTTAGATAACGCTTGCCTCAGACTTTCTAATCGAGCCAAGAAATCTCTCGATGTAACC
ATCGATACAAGCCTCGCATAGATGTCTTTAGGGCAATCGTGA

QA 8 769 8 769
DS 

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C
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TTTACACAAGCAATGACCCAATGATAGTAGTAACTAAAATAA**GTCATTCCAACACAAC
ACAGAAACACAAACCATGAGAAAGTGGAGAATCATCTCTGCTTTCATCGCATTAGACCCC
TTTTACAACTTTCAGAGAGCCCTCAGAACAACTTTGCTTGTTGCATGAACGCCCTTAGCA
GCTATCTTCAACGCACCACGAGCTTGATATAACCCTCCAAAAGCAAGTCCCCATGTGGAA
AACGTGTAGAACATTTTCCCAGCATGCCATATATCCACTACCCTCCCTACCTTGCTCAGA
GCACTAACTTCTTGTGCCAGAATCTTCTGAAGCTCTTCAGGTTTGAGAATCT***TAGCT
TTGGGGTTAGACATGATGCATTTTGCTAAAAAGTGT**AACAGCATCAACCACATGTTCC
TCATTCACAACAATGTAATGGTCGTTATCGATAGCGCTTTTTTCCTCGACATTGCTAGGG
ATCATGTCGTCTGTCACCAAAACCCACCAGCTTGGTTCTTGGTGATCAATCTCTATAAGT
ACTTCAACAGTATGCACATCATCTCCTGTAGGCTCTTTGAAGGGAAACTGATTTTGAGTT
CCGTTAGATAAAGCTTGCCTCAGACTTTCTAATCGAGCCAAGAAATCTCTCGATGTAACC
ATCGATACAATCCTCGCAT

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DS 

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C
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AGCAATGACCCAATGATAGTAGTAACTAAAATAA**GTCATTCCAACACAACACAGAAAC
ACAAACCATGAGAAAGTGGAGAATCATCTCTGCTTTCATCGCATTAAACCCCTTTTACAA
CTTTCAAAGAGCCCTCAAAACAACTTTGCTTGTTGCATGAACGCCCTTAGCAGCTATCTT
CAACGCACCACGAGCTTGATATAACCCTCCAAAAGCAAGTCCCCATGTGGAAAACGTGTA
GAACATTTTCCCAGCATGCCATATATCCACTACCCTCCCTACCTTGCTCAAAGCACTAAC
TTCTTGTGCCAAAATCTTCTGAAGCTCTTCAGGTTTGAGAATCTTATTAGCTTTGGGGTT
AGACATGATGCATTTTGCTAAAAAGTGTGCAACAGCATCAACCACATGTTCCTCATTCAC
AACAATGTAATGGTCGTTATCGATAGCGCTTTTTTCCTCGACATTGCTAGGGATCATGTC
GTCTGTCACCAAAACCCACCAGCTTGGTTCTTGGTGATCAATCTCTATAAGTACTTCAAC
AGTCTGCACATCATCTCCTGTAGGCTCTTTGAAGGGAAACTGATTTTGAGTTCCGTTAGA
TAAAGCTTGCCTCAGACTTTCTAATCGAGCCAAGAAATCTCTCGATGTAACCATCGATAC
AATCCTCGCATAGATGTCTTTAGGGCAATCGTGAGATAGCGCAGCGGATTCAGCGAGAGT
CTCAAAGAGCTTAA

QA 2 795 2 795
DS 

RD RR3BG74JQ 916 0 0
AGTTCAAGTGCGCTGTCTATGCAGTCATTTACGAGAATCAAAGAACAAACGAAGAATTCA
AGTAAATTAAAGTACAATTCCGATCACACACTTTTTACACTATTTACACAAGCAATGACC
CAATGATAGTAGTAACTAAAATAA**GTCATTCCAACACAACACAGAAACACAAACCATG
AGAAAGTGGAGAATCATCTCTGCTTTCATCGCATTAGACCCCTTTTACAACTTTCAGAGA
GCCCTCAGAACAACTTTGCTTGTTGCATGAACGCCCTTAGCAGCTATCTTCAACGCACCA
CGAGCTTGATATAACCCTCCAAAAGCAAGTCCCCATGTGGAAAACGTGTAGAACATTTTC
CCAGCATGCCATATATCCACTACCCTCTCTACCTTGCTCAGAGCACTAACTTCTTGTGCC
AGAATCTTCTGAAGCTCTTCAGGTTTGAGAATCT***TAGCTTTGGGGTTAGACATGATG
CATTTTGCTAAAAAGTGTGCAACAGCATCAACCACATGTTCCTCATTCACAACAATGTAA
TGGTCGTTATCGATAGCGCTTTTTTCCTCGACATTGCTAGGGATCATGTCGTCTGTCACC
AAAACCCACCAGCTTGGTTCTTGGTGATCAATCTCTATAAGTACTTCAACAGTCTGCACA
TCATCTCCTGTAGGCTCTTTGAAGGGAAACTGATTTTGAGTTCCGTTAGATAAAGCTTGC
CTCAGACTTTCTAATCGAGCCAAGAAATCTCTCGATGTAACCATCGATACAATCCTCGCA
TAGATGTCTTTAGGGCAATCGTGAGATAGCGCAGCGGATTCAGCGAGAGTCTCAAAGAGC
TTAAGATTCGCTTCAAGCAACGTCCTGAGACGGCGATTCTCCTGGCGAAGAGCCTCTAAA
TCTCGATCTCGTGGAT

QA 1 916 1 916
DS 

RD RR3EZ81TF 681 0 0
TGCTCAGAGCACTAACTTCTTGTGCCAGAATCTTCTGAAGCTCTTCAGGTTTGAGAATCT
***TAGCTTTGGGGTTAGACATGATGCATTTTGCTAAAAAGTGT**AACAGCATCAACCA
CATGTTCCTCATTCACAACAATGTAATGGTCGTTATCGATAGCGCTTTTTTCCTCGACAT
TGCTAGGGATCATGTCGTCTGTCACCAAAACCCACCAGCTTGGTTCTTGGTGATCAATCT
CTATAAGTACTTCAACAGTATGCACATCATCTCCTGTAGGCTCTTTGAAGGGAAACTGAT
TTTGAGTTCCGTTAGATAAAGCTTGCCTCAGACTTTCTAATCGAGCCAAGAAATCTCTCG
ATGTAACCATCGATACAATCCTCGCATAGATGTCTTTAGGGCAATCGTGAGATAGCGCAG
CGGATTCAGCGAGAGTCTCAAAGAGCTTAAGATTCGCTTCAAGCAACGTCCTGAGACGGC
GATTCTCCTGGCGAAGAGCCTCTAATTCTCGATCTCGTGGATCGGTGATCGGATTTGTTG
ACTCGTCGTGATTCTCGCCTTCGTCGCTGTGATGGTCGTGGTGGTGGTGTTGGTGGTAGA
CTTCCACGGCGGTCCACGCTACGTCCGAAACC**CAGCACCGTCTTTGTAACCTCGATCG
CGTGGTGACCCGCCATCCT
CC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3BG74TF 826 0 0
GCAGCTATCTTCAACGCACCACGAGCTTGATATA*CCCTCCAAAAGCAAGTCCCCATGTG
GAAAACGTGTAGAACATTTTCCCAGCATGCCATATATCCACTACCCTCTCTACTTTGCTC
AGAGCACTAACTTCTTGTGCCAGAATCTTCTGAAGCTCTTCAGGTTTGAGAATCT***TA
GCTTTGGGGTTAGACATGATGCATTTTGCTAAAAAGTGTGCAACAGCATCAACCACATGT
TCCTCATTCACAACAATGTAATGGTCGTTATCGATAGCGCTTTTTTCCTCGACATTGCTA
GGGATCATGTCGTCTGTCACCAAAACCCACCAGCTTGGTTCTTGGTGATCAATCTCTATA
AGTACTTCAACAGTCTGCACATCATCTCCTGTAGGCTCTTTGAAGGGAAACTGATTTTGA
GTTCCGTTAGATAAAGCTTGCCTCAGACTTTCTAATCGAGCCAAGAAATCTCTCGATGTA
ACCATCGATACAATCCTCGCATAGATGTCTTTAGGGCAATCGTGAGATAGCGCAGCGGAT
TCAGCGAGAGTCTCAAAGAGCTTAAGATTCGCTTCAAGCAACGTCCTGAGACGGCGATTC
TCCTGGCGAAGAGCCTCTAATTCTCGATCTCGTGGATCGGTGATCGGATTTGTTGACTCG
TCGTGATTCTCGCCTTCGTCGCTGTGATGGTCGTGGTGGTGGTGTTGGTGGTAGACTTCC
ACGGCGGTCCACGCTACGTCCGCAACCTCCAGCACCGTCTTTGTAACCTCGATCGCGTGG
TGACCCGCCATCCTGTGTTTGATTGATTGATGATTTTCTTCTT
CAC

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR3CB26TF 832 0 0
GCAGCTATCT*CAACGCACCACGAGCT*GATATA**CCTCCAAAAGCAAGTCCCCATGTG
GAAA*CGTGTAGAACATTT*CCCAGCATGCCATATATCCACTACCCTCCCTAC*TTGCTC
AGAGCACTAACTTCTTGTGCCAGAATCTTCTGAAGCTCTTCAGGTTTGAGAATCTTATTA
GCTTTGGGGTTAGACATGATGCATTTTGCTAAAAAGTGTGCAACAGCATCAACCACATGT
TCCTCATTCACAACAATGTAATGGTCGTTATCGATAGCGCTTTTTTCCTCGACATTGCTA
GGGATCATGTCGTCTGTCACCAAAACCCACCAGCTTGGTTCTTGGTGATCAATCTCTATA
AGTACTTCAACAGTCTGCACATCATCTCCTGTAGGCTCTTTGAAGGGAAACTGATTTTGA
GTTCCGTTAGATAAAGCTTGCCTCAGACTTTCTAATCGAGCCAAGAAATCTCTCGATGTA
ACCATCGATACAATCCTCGCATAGATGTCTTTAGGGCAATCGTGAGATAGCGCAGCGGAT
TCAGCGAGAGTCTCAAAGAGCTTAAGATTCGCTTCAAGCAACGTCCTGAGACGGCGATTC
TCCTGGCGAAGAGCCTCTAATTCTCGATCTCGTGGATCGGTGATCGGATTTGTTGACTCG
TCGTGATTCTCGCCTTCGTCGCTGTGATGGTCGTGGTGGTGGTGTTGGTGGTAGACTTCC
ACGGCGGTCCACGCTACGTCCGCAACCTCCAGCACCGTCTTTGTAACCTCGATCGCGTGG
TGACCCGCCATCCTGTGTTTGATTGATTGATGATTTTCTTCTTAGCCCTCCC

QA 1 832 1 832
DS 



AS 2 7

CO CL1044Contig1 1742 5 13 U
GGGAGTCTTGTCCTCCTCTGTCAATCTATCCTTGCCCGAACCCGAAAATCTTCAACACAG
GAGAAAGCTTAAGAGCTCCGGCGGTAGTAATGGCGGGATTGGCAATTTCACCTCCTCTCA
GTCTCACCTTCTCTTCTCGAACAAGAAACGCTAAACCCACTTCGTATCTATCTCACAATC
AAAGAAATCTTACAAGGCGTATAGTTTCTGCTCTTCCGAGTCCTTATGGTGATTCATTGA
AAGCTGGACTTTCCAGTAATGTCTCCGGCAACAAGGATCCTCGTAGCATTGATCCAAGAT
TTGGAGTGATAGAGGCGAAAAAAGGAAACCCGCCTGTAATGCCATCAGTGATGACACCTG
GAGGACCTTTAGACCTTTCTTCCGTGTTATTCCGCAACCGCATAATTTTCATAGGACAAC
CAATCAACGCACAGGTTGCTCAGCGAGTCATATCTCAGCTTGTAACCCTCGCTTCTATTG
ATGATAAATCCGACATCTTGATATACTTGAATTGTCCGGGAGGCAGCACCTACTCCGTCT
TAGCAATCTATGACTGTATGTCTTGGATAAAGCCTAAAGTTGGGACAGTAGCGTTTGGAG
TAGCAGCGAGTCAAGGAGCACTTCTTCTCGCTGGAGGTGAGAAAGGGATGCGCTATGCAA
TGCCAAACACTCGTGTCATGATACATCAACCTCAAACTGGATGCGGAGGACATGTGGAGG
ACGTGAGGAGACAGGTGAATGAAGCCATTGAAGCACGACAAAAAATTGACAGGATGTATA
CAGCATTCACTGGACAACCTCTTGAGACAGTGCAGCAGTACACCGAAAGAGATCGTTTCT
TATCCGCTTCTGAGGCGCTTGAGTTCGGGCTTATCGATGGTCTACTGGAAACAGAATACT
GAAACAGCATGCAAGACAATGCATAGATGCAAGCTTCATTGCATGTTCAAACCCTTCCCA
TTTCATTTGAATACGAACAGTTTGTGAAAACTTTTGTTCTATTCAGTTATGTAATCAAAT
CATATGCAATGGCCAATGCGTCTAATGTTTGTTTGGATAGCGATTATGTAACATTATATT
ACTGTTTTGTCAGAACAAAATGTGAACAAATTTGCAACAATGATGGTGGTGGCTGCACTG
AATTAATAACTCCTAAAATGTCTTCTTATATATGTGTACCCTCCACAAACCAAAAAACTA
ATCTCTGAAGCTCTGGTCTCTGTAACCATCCGCGCCCGGACAATCATCATCAAACCCCAT
AGTTTTGGCGCACTCCTGTAAATTTGTGGATTGCCTTGAGAAGGGAACCATATCTCATAT
ACTTCAAGGATCCCATATGTACGATCTCAGTGTATCGAAGTCTCCAAGCAGGGAAACCAA
GGTGGCTCCTCACAGGTCCATAAACCAGCATCAGATCAGGCACGTCTACGTTCTCACCAA
CAACTCTTAATGCTTCGTTCAAATGAGACTCAGTGAAAACGTTGTCCCCTTCTTCACCGT
TCTCAGGATGGTTGTTGGATTTCAAGTGTCTCTCAAGTAGTATATTGCCTGCCTTCACAA
CAGCTTCTTTATTGGCAGATGATGAAATGAACTCTATGTCAATACCCTTCCGGTCAGGTG
AAATGTCCTTTTCACCAGTCTCCTGTAATAACATTGAACCTGGCACCATTTCAAGGATCA
TATCCTTGGACTTCTTCAACAAACCTTGTGAGTCAAATAGACCAACTTGTTTCACTCCAA
TG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 

AF RR3E842TF U 25
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GGG
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TAATGGCGGGATTGGCAATTTCACCTCCTCTCAGTCTCACCTTCTCTTCTCGAACAAGAA
ACGCTAAACCCACTTCGTATCTATCTCACAATCAAAGAAATCTTACAAGGCGTATAGTTT
CTGCTCTTCCGAGTCCTTATGGTGATTCATTGAAAGCTGGACTTTCCAGTAATGTCTCCG
GCAACAAGGATCCTCGTAGCATTGATCCAAGATTTGGAGTGATAGAGGCGAAAAAAGGAA
ACCCGCCTGTAATGCCATCAGTGATGACACCTGGAGGACCTTTAGACCTTTCTTCCGTGT
TATTCCGCAACCGCATAATTTTCATAGGACAACCAATCAACGCACAGGTTGCTCAGCGAG
TCATATCTCAGCTTGTAACCCTCGCTTCTATTGATGATAAATCCGACATCTTGATATACT
TGAATTGTCCGGGAGGCAGCACCTACTCCGTCTTAGCAATCTATGACTGTATGTCTTGGA
TAAAGCCTAAAGTTGGGACAGTAGCGTTTGGAGTAGCAGCGAGTCAAGGAGCACTTCTTC
TCGCTGGAG*TGAGAAAGGGATGCGCTATGCAATGCCAAACACTCGTGTCATGATACATC
AACCTCAAACTGGATGCG
AGACATGTGGAGACG

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DS 

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GAGAAAGCTTAAGAGCTCCGGCGGTAGTAATGGCGGGATTGGCAATTTCACCTCCTCTCA
GTCTCACCTTCTCTTCTCGAACAAGAAACGCTAAACCCACTTCGTATCTATCTCACAATC
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AAGCTGGACTTTCCAGTAATGTCTCCGGCAACAAGGATCCTCGTAGCATTGATCCAAGAT
TTGGAGTGATAGAGGCGAAAAAAGGAAACCCGCCTGTAATGCCATCAGTGATGACACCTG
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CAATCAACGCACAGGTTGCTCAGCGAGTCATATCTCAGCTTGTAACCCTCGCTTCTATTG
ATGATAAATCCGACATCTTGATATACTTGAATTGTCCGGGAGGCAGCACCTACTCCGTCT
TAGCAATCTATGACTGTATGTCTTGGATAAAGCCTAAAGTTGGGACAGTAGCGTTTGGAG
TAGCAGCGAGTCAAGGAGCACTTCTTCTCGCTGGAGGTGAGAAAGGGATGCGCTATGCAA
TGCCAAACACTCGTGTCATGATACATCAACCTCAA*CTGGATGCGGAGGACATGTGGAGG
ACGTGAGGAGACAG*TGAATGAAGCCATTGAAGCACGACAAAAA

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DS 

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CCTGG
AGGACCTTTAGACCTTTCTTCCGTGTTATTCCGCAACCGCATAATTTTCATAGGACAACC
AATCAACGCACAGGTTGCTCAGCGAGTCATATCTCAGCTTGTAACCCTCGCTTCTATTGA
TGATAAATCCGACATCTTGATATACTTGAATTGTCCGGGAGGCAGCACCTACTCCGTCTT
AGCAATCTATGACTGTATGTCTTGGATAAAGCCTAAAGTTGGGACAGTAGCGTTTGGAGT
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GCCAAACACTCGTGTCATGATACATCAACCTCAAACTGGATGCGGAGGACATGTGGAGGA
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AGCATTCACTGGACAACCTCTTGAGACAGTGCAGCAGTACACCGAAAGAGATCGTTTTTT
ATCCGCTTTTGAGGCGCTTGAGTTCGGGCTTATCGATGGTTTACTGGAAACAGAATACTG
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TTCATTTGAATACGAACAGTTTGTGAAAACTTTTGTTCTATTCAGTTATGTAATCAAATC
ATATGCAATGGCCAATGCGTCTAATGTTTGTTTGGATAGCGATTATGTAACATT

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DS 

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AATCAACGCACAGGTTGCTCAGCGAGTCATATCTCAGCTTGTAACCCTCGCTTCTATTGA
TGATAAATCCGACATCTTGATATACTTGAATTGTCCGGGAGGCAGCACCTACTCCGTCTT
AGCAATCTATGACTGTATGTCTTGGATAAAGCCTAAAGTTGGGACAGTAGCGTTTGGAGT
AGCAGCGAGTCAAGGAGCACTTCTTCTCGCTGGAGGTGAGAAAGGGATGCGCTATGCAAT
GCCAAACACTCGTGTCATGATACATCAACCTCAAACTGGATGCGGAGGACATGTGGAGGA
CGTGAGGAGACAGGTGAATGAAGCCATTGAAGCACGACAAAAAATTGACAGGATGTATGC
AGCATTCACTGGACAACCTCTTGAGACAGTGCAGCAGTACACCGAAAGAGATCGTTTCTT
ATCCGCTTCTGAGGCGCTTGAGTTCGGGCTTATCGATGGTCTACTGGAAACAGAATACTG
AAACAGCATGCAAGACAATGCATAGATGCAAGCTTCATTGCATGTTCAAACCCTTCCCAT
TTCATTTGAATACGAACAGTTTGTGAAAACTTTTGTTCTATTCAGTTATGTAATCAAATC
ATATGCAATGGCCAATGCGTCTAATGTTTGTTTGGATAGCGATTATGTAACATTATATTA
CTGTTTTGTCAGAACAAAATGTGAACAAATTTGC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3BQ32JQ 688 0 0
GGATAGCGATTATGTAACATTATATTACTGTTTTGTCAGAACAAAATGTGAACAAATTTG
CAACAATGATGGTGGTGGCTGCACTGAATTAATAACTCCTAAAATGTCTTCTTATATATG
TGTACCCTCCACAAACCAAAAAACTAATCTCTGAAGCTCTGGTCTCTGTAACCATCCGCG
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TCGAAGTCTCCAAGCAGGGAAACCAAGGTGGCTCCTCACAGGTCCATAAACCAGCATCAG
ATCAGGCACGTCTACGTTCTCACCAACAACTCTTAATGCTTCGTTCAAATGAGACTCAGT
GAAAACGTTGTCCCCTTCTTCACCGTTCTCAGGATGGTTGTTGGATTTCAAGTGTCTCTC
AAGTAGTATATTGCCTGCCTTCACAACAGCTTCTTTATTGGCAGATGATGAAATGAACTC
TATGTCAATACCCTTCCGGTCAGGTGAAATGTCCTTTTCACCAGTCTCCTGTAATAACAT
TGAACCTGGCACCATTTCAAGGATCATATCCTTGGACTTCTTCAACAAACCTTGTGAGTC
AAATAGACCAACTTGTTTCACTCCAATG

QA 1 688 1 688
DS 



CO CL1044Contig2 628 2 4 U
GGCCATTGCATTTGCATATGATTTGATTAAATAACTGAATATAGTAAACAAGTAATGTTC
ATATTCAATTGAAATGGAAAGGGTTTTGAACATGCAATGAAGCTGCATCTATGCATTGTC
TTGCATGCTGTTCCAGTATTCTGTTTCCAGTAAACCATCGATAAGGCCGAACTCAAGCGC
CTCGGAAGCGGACAAGAAACGATCTCTTTCAGTGTACTGCTGCACTGTCTCAAGAGGCTG
TCCAGTGAAAGCCGCATACATCCTGTCAATTTTTTGTCGTGCTTCAATGGCTTCATTCAC
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GTCAGATTTATCGTCAATAGAAGCGAGGGTTACAAGCTGAGATATGACACGCTGAGCAAC
CTGTGCGTTGATTGGTTGTCCGATGAAG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET90JQ U 1
AF RR3FD23JQ U 8
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BS 254 433 RR3ET90JQ
BS 434 628 RR3FD23JQ

RD RR3ET90JQ 433 0 0
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ATATTCAATTGAAATGGAAAGGGTTTTGAACATGCAATGAAGCTGCATCTATGCATTGTC
TTGCATGCTGTTCCAGTATTCTGTTTCCAGTAAACCATCGATAAGGCCGAACTCAAGCGC
CTCGGAAGCGGACAAGAAACGATCTCTTTCAGTGTACTGCTGCACTGTCTCAAGAGGCTG
TCCAGTGAAAGCTGCATACATCCTGTCAATTTTTTGTCGTGCTTCAATGGCTTCATTCAC
CTGTCTCCTCACATCCTCCACATATCCTCCGCATCCAGTTTGAGGTTGATGTATCATGAC
ACGAGTGTTTGGCATTGCATAACGCATTCCTTTCTCACCTCCAGCAAGAAGAAGTGCTCC
TTGACTCGCTGCT

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR3FD23JQ 621 0 0
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ATTGAAATGGAAAGGGTTTTGAACATGCAATGAAGCTGCATCTATGCATTGTCTTGCATG
CTGTTTCAGTATTCTGTTTCCAGTAGACCATCGATAAGGCCGAACTCAAGCGCCTCGGAA
GCGGATAAGAAACGATCTCTTTCAGTGTACTGCTGCACTGTCTCAAGAGGCTGTCCAGTG
AAAGCCGCATACATCCTGTCAATTTTTTGTCGTGCTTCAATGGCTTCATTCACCTGTCTC
CTCACATCCTCCACATGTCCTCCGCATCCAGTTTGAGGTTGATGTATCATGACACGAGTG
TTTGGCATTGCATAGCGCATTCCTTTCTCACCTCCAGCAAGAAGAAGTGCTCCTTGACTC
GCTGCTACTCCAAACGCTACTGTTCCAACTTTCGGCTTTATCCAAGACATACAGTCATAG
ATTGCCAAGACCGAATAGGTGCTGCCTCCAGGACAATTCAAGTATATCAAGATGTCAGAT
TTATCGTCAATAGAAGCGAGGGTTACAAGCTGAGATATGACACGCTGAGCAACCTGTGCG
TTGATTGGTTGTCCGATGAAG

QA 1 621 1 621
DS 



AS 2 6

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ATGCTAAAACTAGACTGCTAAAAATACTTCAAAAGCAAGGATAAAAACACAAAACAGAGA
CTTGAAAACTTTGGTCTTGAATCTTCAACCTCATAGCTCATCATGAGCAGTGGCGTCTTT
CTCTGAAGTCTCCTCGCTAACTTCTGATTTGGCTTCGGTCTTAGCTTCAGTATCAGATTC
ATCTCCCTCGTCGTCCTCTGCATCATCTTCAGCATCAGTTTCCGCAGGAGGAGCGTCCTT
GGATTCCTCTTCCTCTTTCTTCTTCTCAATCTCATCGAAAGCTGCTTTCTCCGCATCCTT
GAGCTTCCCCCATGTTTCATCTGCCAACTTCTTGGCATAGTCTGGGTCATCGCAAATCAA
AACATTGTCGAACAAAGATCCTGATTTCACCTGCCACAATTCGATTCCAACATACTTCAG
CTTGGGGAAAACGTAAAGCTCTGGGTCATCCTTAAAGTCAGGGTTGTCAATCTCTGGAGC
CTCCCACTTGCCCTTGTAGTTGGGGTTCTTAATTTGCTTCGGTTTCCATTCACCCATGTA
CTCAGGGTTGGGAACGGTCGGGGCAGTCCACTCACCATCTTCTTCTTCATCCCAGTCCTC
AGGCTGCTTTGCATCGGTATCGGGGATTTCCTTTGGGATATCATCGTATCCGTCAGGTTT
CTTGTCTTCAG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3G089JQ U 121
AF RR3AH42JQ U 1
AF RR3FZ92JQ U 3
BS 1 195 RR3AH42JQ
BS 196 196 RR3FZ92JQ
BS 197 235 RR3AH42JQ
BS 236 236 RR3FZ92JQ
BS 237 731 RR3AH42JQ

RD RR3G089JQ 290 0 0
CT
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CTGAAGTCTCCTCGCTAACTCCTGATTTGGCTTCGGTGTTAGCTTCAATATCAGATTCAT
CTCCCTCATCGTCCTCTGCATCATCTTCAGCATCAGTTTCCGCAGGAGGAGCGTCCTTGG
ATTCCTCTTCCTCTTTCTTCTTCTCAATCTCATCGAAAGCTGCTTTCTCCGCATCCTTGA
GCTTCCCCCATGTTTCATCTGCCAACTTCTTGGCATAGTCTGGGTCAT

QA 3 290 3 290
DS 

RD RR3AH42JQ 731 0 0
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ATGCTAAAACTAGACTGCTAAAAATACTTCAAAAGCAAGGATAAAAACACAAAACAGAGA
CTTGAAAACTTTGGTCTTGAATCTTCAACCTCATAGCTCATCATGAGCAGTGGCGTCTTT
CTCTGAAGTCTCCTCACTAACTTCTGATTTGGCTTCGGTCTTAGCTTCAGTATCAAATTC
ATCTCCCTCGTCGTCCTCTGCATCATCTTCAGCATCAGTTTCCGCAGGAGGAGCGTCCTT
GGATTCCTCTTCCTCTTTCTTCTTCTCAATCTCATCGAAAGCTGCTTTCTCCGCATCCTT
GAGCTTCCCCCATGTTTCATCTGCCAACTTCTTGGCATAGTCTGGGTCATCGCAAATCAA
AACATTGTCGAACAAAGATCCTGATTTCACCTGCCACAATTCGATTCCAACATACTTCAG
CTTGGGGAAAACGTAAAGCTCTGGGTCATCCTTAAAGTCAGGGTTGTCAATCTCTGGAGC
CTCCCACTTGCCCTTGTAGTTGGGGTTCTTAATTTGCTTCGGTTTCCATTCACCCATGTA
CTCAGGGTTGGGAACGGTCGGGGCAGTCCACTCACCATCTTCTTCTTCATCCCAGTCCTC
AGGCTGCTTTGCATCGGTATCGGGGATTTCCTTTGGGATATCATCGTATCCGTCAGGTTT
CTTGTCTTCAG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3FZ92JQ 725 0 0
GTGCAAAATGTCATCATACGGTTTTCAGTAAAAAAAGAGCCTATGATCGTCATATCATAT
GCTAAAACTAGACTGCTAAAAATACTTCAAAAGCAAGGATAAAAACACAAAACAGAGACT
TGAAAACTTTGGTCTTGAATCTTCAACCTCATAGCTCATCATGAGCAGTGGCGTCTTTCT
CTGAAGTCTCCTCGCTAACTTCTGATTTGGCTTCGGTCTTAGCTTCAGTATCAGATTCAT
CTCCCTCGTCGTCCTCTGCATCATCTTCAGCATCAGTTTCCGCAGGAGGAGCGTCCTTGG
ATTCCTCTTCCTCTTTCTTCTTCTCAATCTCATCGAAAGCTGCTTTCTCCGCATCCTTGA
GCTTCCCCCATGTTTCATCTGCCAACTTCTTGGCATAGTCTGGGTCATCGCAGATCAAAA
CATTGTCGAACAAAGATCCTGATTTCACCTGCCACAATTCGATTCCAACATACTTCAGCT
TGGGGAAGACGTAGAGCTCTGGGTCATCCTTAAAGTCAGGGTTGTCAATCTCTGGAGCCT
CCCACTTGCCCTTGTAGTTGGGGTTCTTAATTTGCTTCGGTTTCCATTCACCCATGTACT
CAGGGTTGGGAGCGGTCGGGGCAGTCCACTCACCATCTTCTTCTTCATCCCAGTCCTCAG
GCTGCTTTGCATCGGTATCGGGGATTTCCTTTGGGATATCATCGTATCCGTCAGGTTTCT
TGTCT

QA 1 725 1 725
DS 



CO CL1045Contig2 869 3 5 U
GGGATCTCAGTGAAGAAGCTCCGATCTGAGTTTTAAGCAATGGCGAAACTAAACCTTAGC
CTCGTATCGTTGATTCTTATCGGTCTCGTCGCGATCGCTTCCGCCGCAGTTATATTCGAG
GAGCGCTTCGACGATGGATGGGAGAAGAGATGGGTTAAATCTGAGTGGAAGAAAGATGAC
AAGTCTGCTGGGGAGTGGAGCCACACTTCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAA
GGTATCCAGACCAGTGAGGACTACAGATTCTACGCCATTTCAGCTGAGTTCCCTGAGTTC
AGTAACAAGGACAAAACCTTAGTCTTCCAGTTCTCAGTCAAGCACGAGCAAAAGCTTGAC
TGTGGTGGCGGCTACATGAAGCTTCTGAGTGGGGATGTTGACCAGAAGAAGTTTGGTGGC
GACACTCCATACAGCATCATGTTTGGTCCAGATATCTGTGGCTACAGCACGAAGAAAGTG
CATGCTATCCTTACCTACAATGACGCCAACCACCTGATCAAGAAGGATGTTCCGTGTGAA
ACTGACCAGCTTACCCATGTGTACACTTTCATCCTCCGCCCAGATGCTACTTACACCATT
CTCATTGACAATGTTGAGAAGCAAACTGGTAGCCTGTACTCTGATTGGGATCTTCTACCA
CCCAAGAAGATCAAGGACCCCAGCGCCAAGAAGCCTGAGGATTGGGACGAGCAAGAGTAC
ATTTCCGACCCTGAAGACAAGAAACCTGACGGATACGATGATATCCCAAAGGAAATCCCA
GATACCGATGCAAAGCAGCCTGAGGACTGGGATGAGAAGAGATGGTGAGTGGACTGCCCC
GACCGTTCCAACCCTGAGTACATGGGTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ92TF U 1
AF RR3AH42TF U 13
AF RR3EH35TF U 117
BS 1 671 RR3FZ92TF
BS 672 779 RR3AH42TF
BS 780 780 RR3EH35TF
BS 781 804 RR3AH42TF
BS 805 869 RR3EH35TF

RD RR3FZ92TF 671 0 0
GGGATCTCAGTGAAGAAGCTCCGATCTGAGTTTTAAGCAATGGCGAAACTAAACCTTAGC
CTCGTATCGTTGATTCTTATCGGTCTCGTCGCGATCGCTTCCGCCGCAGTTATATTCGAG
GAGCGCTTCGACGATGGATGGGAGAAGAGATGGGTTAAATCTGAGTGGAAGAAAGATGAC
AAGTCTGCTGGGGAGTGGAGCCACACTTCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAA
GGTATCCAGACCAGTGAGGACTACAGATTCTACGCCATTTCAGCTGAGTTCCCTGAGTTC
AGTAACAAGGACAAAACCTTAGTCTTCCAGTTCTCAGTCAAGCACGAGCAAAAGCTTGAC
TGTGGTGGCGGCTACATGAAGCTTCTGAGTGGGGATGTTGACCAGAAGAAGTTTGGTGGC
GACACTCCATACAGCATCATGTTTGGTCCAGATATCTGTGGCTACAGCACGAAGAAAGTG
CATGCTATCCTTACCTACAATGACGCCAACCACCTGATCAAGAAGGATGTTCCGTGTGAA
ACTGACCAGCTTACCCATGTGTACACTTTCATCCTCCGCCCAGATGCTACTTACACCATT
CTCATTGACAATGTTGAGAAGCAAACTGGTAGCCTGTACTCTGATTGGGATCTTCTACCA
CCCAAGAAGAT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3AH42TF 792 0 0
AAGAAGCTCCGATCTGAGTTTTAAGCAATGGCGAAACTAAACCTTAGCCTCGTATCGTTG
ATTCTTATCGGTCTCGTCGCGATCGCTTCCGCCGCAGTTATATTCGAGGAGCGCTTCGAC
GATGGATGGGAGAAGAGATGGGTTAAATCTGAGTGGAAGAAAGATGACAAGTCTGCTGGG
GAGTGGAGCCACACTTCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGATAAAGGTATCCAGACC
AGTGAGGACTACAGATTCTACGCCATTTCAGCTGAGTTCCCTGAGTTCAGTAACAAGGAC
AAAACCTTAGTCTTCCAGTTCTCAGTCAAGCACGAGCAAAAGCTTGACTGTGGTGGCGGC
TACATGAAGCTTCTGAGTGGGGATGTTGACCAGAAGAAGTTTGGTGGCGACACTCCATAC
AGCATCATGTTTGGTCCAGATATCTGTGGCTACAGCACGAAGAAAGTGCATGCTATCCTT
ACCTACAATGACGCCAACCACCTGATCAAGAAGGATGTTCCGTGTGAAACTGACCAGCTT
ACCCATGTGTACACTTTCATCCTCCGCCCAGATGCTACTTACACCATTCTCATTGACAAT
GTTGAGAAGCAAACTGGTAGCCTGTACTCTGATTGGGATCTTCTACCACCCAAGAAGATC
AAGGACCCCAGCGCCAAGAAGCCTGAGGATTGGGACGAGCAAGAGTACATTTCCGACCCT
GAAGACAAGAAACCTGACGGATACGATGATATCCCAAAGGAAATCCCCGATACCGATGCA
AAGCAGCCTGAG

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3EH35TF 753 0 0
G
GAGGAGCGCTTTGATGATGGATGGGATAAGAGATGGGTTAAATCTGAGTGGAAGAAAGAT
GACAAGTCTGCTGGGGAGTGGAACCACACTTCTGGAAATTGGTCTGGTGATGCTAACGAT
AAAGGTATCCAGACCAGTGAGGACTATAGATTCTACGCTATTTCAGCTGAGTTCCCTGAA
TTCAGCAACAAGGACAAAACTTTAGTCTTCCAGTTCTCAGTCAAGCACGAGCAAAAGCTT
GACTGTGGTGGCGGCTACATGAAGCTTCTCAGTGGTGATGTTGACCAGAAGAAGTTTGGT
GGCGACACTCCATACAGCATCATGTTTGGTCCCGATATCTGTGGCTACAGCACGAAGAAA
GTGCATGCTATCCTTACCTACAATGACGCCAACCACCTGATCAAGAAGGATGTTCCGTGT
GAAACTGACCAGCTCACCCATGTGTACACTTTCATCCTCCGCCCAGATGCTACTTACACA
ATTCTCATTGACAATGTTGAGAAGCAAACCGGTAGCCTGTACTCTGATTGGGATCTTCTA
CCACCCAAGAAGATCAAGGACCCCAGCGCCAAGAAGCCTGAGGATTGGGACGAGCAAGAG
TACATTTCCGACCCTGAAGACAAGAAACCTGACGGATACGATGATATCCCAAAGGAAATC
CCAGATACCGATGCAAAGCAGCCTGAGGACTGGGATGAGAAGAGATGGTGAGTGGACTGC
CCCGACCGTTCCAACCCTGAGTACATGGGTGA

QA 2 753 2 753
DS 



AS 2 5

CO CL1046Contig1 1044 2 6 U
GGAACGCCGAATCTCAAATGGAAGGAGAAGATGAGCTCCGGAAGCTCAACGGCGAGGTTT
CGTCTCAACGAGACACAGTTGTAGAAGACGACGATCCGTTAGTATTGAGCTCTCAAGCAT
TGGCGGCGCTCCAGGAGTTTCTAGCCGACCAGAACAAGGCCGTCACAGTCACGCCGCCAC
CTTCCACGGTTGACGGAGGAGATAAAGTGGAGCTGGTCACTGAAGACTGGAGACTAAGCC
AGTTCTGGTACGAACCTGAAACCGCAGAGACTGTAGCCGAGGAAGTGGTCACTCTCTCCA
ACAGATTCTCGGGCTGCAGAGTCGCTTGCATCGCTTGCCCTACTCTTTACGTGTATCTCA
AGAAGAAGGATCCGAGTCTACAGGTGCAGTTGCTAGAGTACGATATGAGGTTTGAGAGAT
ATGGAAGTGAGTTCACCTTTTATGATTACAACGAACCTGAAGATTTGCCACCTCAGCTTA
AACATTGCTTCCATATAATCGTTGCAGATCCTCCCTACTTGAGTAAGGAATGTCTAGAAA
GAGTTACTCAAACGATTTCGTTTCTGGCGAGTCCAGTGGATTCTTTGTTACTTCTTCTCA
CAGGAGATGTGCAGAGAGATAGGGCGGCTGAGCTATTGGGTGTTCGTCCTTGCGTGTTTA
AGCCTCATCATTCTAGCAAACTAGGAAACGAGTTTAGACTGTTTATAAGTTATGATCCAG
GTACCAGACTAGGGGGCTTGGAAGAAGAAGACAGCTGCTAGTTGCGACTTGTAGATTCTA
CGTTGACTTGCTTGTTTCTGGTGTCTCAGTGTTTTGTGGCGGAGAAGGCTCATGTCTTCC
ATCAAGTCAACTGGTCTTGAAGTTTTCAGTTTTTTATCCTTGTTTGTTCTGTATCTTGTT
GCAACCGCCGTTTAGGTGAAAGCCTTGTTGTTGAGATACCGAAGTTTTTTTTTTATTTTG
GGTTATTGATATTTTATTGCATTACAAAAGGTTATAATGCTTTGTAACGAAGTGAAGTGA
TTCACAAAAAAATATCTTTTGCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E836TF U 1
AF RR3E395JQ C 356
BS 1 394 RR3E836TF
BS 395 395 RR3E395JQ
BS 396 554 RR3E836TF
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BS 556 717 RR3E836TF
BS 718 1044 RR3E395JQ

RD RR3E836TF 717 0 0
GGAACGCCGAATCTCAAATGGAAGGAGAAGATGAGCTCCGGAAGCTCAACGGCGAGGTTT
CGTCTCAACGAGACACAGTTGTAGAAGACGACGATCCGTTAGTATTGAGCTCTCAAGCAT
TGGCGGCGCTCCAGGAGTTTCTAGCCGACCAGAACAAGGCCGTCACAGTCACGCCGCCAC
CTTCCACGGTTGACGGAGGAGATAAAGTGGAGCTGGTCACTGAAGACTGGAGACTAAGCC
AGTTCTGGTACGAACCTGAAACCGCAGAGACTGTAGCCGAGGAAGTGGTCACTCTCTCCA
ACAGATTCTCGGGCTGCAGAGTCGCTTGCATCGCTTGCCCTACTCTTTACGTGTATCTCA
AGAAGAAGGATCCGAGTCTACAGGTGCAGTTGCTGGAGTACGATATGAGGTTTGAGAGAT
ATGGAAGTGAGTTCACCTTTTATGATTACAACGAACCTGAAGATTTGCCACCTCAGCTTA
AACATTGCTTCCATATAATCGTTGCAGATCCTCCCTACTTGAGTAAGGAATGTCTAGAAA
GAGTTACTCAAACGGTTTCGTTTCTGGCGAGTCCAGTGGATTCTTTGTTACTTCTTCTCA
CAGGAGATGTGCAGAGAGATAGGGCGGCTGAGCTATTGGGTGTTCGTCCTTGCGTGTTTA
AGCCTCATCATTCTAGCAAACTAGGAAACGAGTTTAGACTGTTTATAAGTTATGATC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3E395JQ 689 0 0
TCTCAAGAAGAAGGATCCGAGTCTACAGGTGCAGTTGCTAGAGTACGATATGAGGTTTGA
GAGATATGGAAGTGAGTTTACCTTTTATGATTACAACGAACCTGAAGATTTGCCGCTTCA
GCTTAAACATTGCTTCCATATAATCGTTGCGGATCCTCCCTACTTGAGTAAGGAATGTCT
AGAAAGAGTTACTCAAACGATTTCGTTTCTGGCGAGTCCAGTGGATTCTTTGTTACTTCT
TCTCACAGGAGATGTGCAGAGAGATCGGGCGGCTGAGCTATTGGGTGTTCGTCCTTGCGT
GTTTAAGCCTCATCATTCTAGCAAACTAGGAAACGAGTTTAGACTGTTTATAAGTTATGA
TCCAGGTACCAGACTAGGGGGCTTGGAAGAAGAAGACAGCTGCTAGTTGCGACTTGTAGA
TTCTACGTTGACTTGCTTGTTTCTGGTGTCTCAGTGTTTTGTGGCGGAGAAGGCTCATGT
CTTCCATCAAGTCAACTGGTCTTGAAGTTTTCAGTTTTTTATCCTTGTTTGTTCTGTATC
TTGTTGCAACCGCCGTTTAGGTGAAAGCCTTGTTGTTGAGATACCGAAGTTTTTTTTTTA
TTTTGGGTTATTGATATTTTATTGCATTACAAAAGGTTATAATGCTTTGTAACGAAGTGA
AGTGATTCACAAAAAAATATCTTTTGCGT

QA 1 689 1 689
DS 



CO CL1046Contig2 1084 3 9 U
GTGAATCACTTCACTTCGTTACAAAGCATTATAACCTTTTTGTAATGCAATAAAATATCA
ATAACCCAAAAAAAAAAAAACTTCGGTATCTCAACAACAAGGCTTTCACCTAAACGGCGG
TTGCAACAAGATTACAGGACAAAGAAGGATAAAAACTGAAAACTTCAAGACCAGTTGACT
TGATGAAAGACATGAGCCTTCTCCGCCACAAAACATTAAGACACCGGAAACAAGCAAGTC
AACGTAGATGGTAGATGAAAAGATGGACAACCCACAAAGTCGCAACTAGCTGCTGTCTTC
TTCTTCCAAGCCCCCTAGTCTGGTACCTGGATCATAACTTATAAACAGTCTAAACTCGTT
TCCTAGTTTGCTAGAATGATGAGGCTTAAACACGCAAGGCCGAACACCCAATAGCTCAGC
CGCCCTATCTCTCTGCACATCTCCTGTGAGAAGAAGTAACAAAGAATCCACTGGACTCGC
CAGAAACGAAATCGTTTGAGTAACTCTTTCCAGACATTCCTTACTCAAGTAGGGAGGATC
TGCAACGATTATATGGAAGCAATGTTTAAGCTGAAGCGGCAAATCTTCGGGTTCGTTGTA
ATCATAAAAGGTGAACTCACTTCCATATCTCTCAAACCTCATATCGTACTCCAGTAACTG
CACCTGTAGACTCGGATCCTTCTTCTTGAGATACACGTAAAGAGTAGGGCAAGCGATGCA
AGCGACTCTGCAGCCCGAGAATCTTTTGGAGAGAGTGACCACTTCCTCGGCTACAGTCTC
TGCGGTTTCAGGTTCGTACCAGAACTGGCTTAGTCTCCAGTCCTCCGTGACTAGCTCCAC
TTTAGCGGAATCATCTTCACCGGTGAGGGAAGAAGGCGGCGGCGTGACTGTGACGGTCTT
GTTCTGGTCGGCTAGAAACTCCTGCAGCGCCGCCAACGCTTGAGAGCTCAATACTAACGG
ATCGTCTTCTACAACTGTGTCTCGTTGAGACGAAACCTCGCCGTTTGGTCTCCGGAGCTC
ATCTTCTCCTTCCATTTGAGTTTCAGGGTTCGCGATAAAGTCGGGTGCTTTGGAAAGGAG
AGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3GZ55JQ U 1
AF RR3BN27JQ U 90
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BS 1 390 RR3GZ55JQ
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TG

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DS 

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AAGA

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TGTGACGGTCTTGTTCTGGTCGGCTAGAAACTCCTGCAGCGCCGCCAACGCTTGAGAGCT
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TCTCCGGAGCTCATCTTCTCCTTCCATTTGAGTTTCAGGGTTCGCGATAAAGTCGGGTGC
TTTGGAAAGGAGAGCC

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DS 



AS 1 6

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AAGATTCTCCCAGTCTCAGTGTGCATCTTCTTTCTTGGATTACAATTACCAAACCCAACC
CCAAGCTTATTTACATATAAATCAACGGTGTGTGTTGTTGTGTCCCTTTGTACAACTTCC
ACCGGAATAAATAGCCAAAACAAACTAACAAGGACCACAAAACCTGTAAGAATGCGAAAG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP96JQ U 1
AF RR3C434JQ U 20
AF RR3CP96TF C 158
AF RR3BN61JQ U 57
AF RR3G866TF C 377
AF RR3C434TF C 433
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TAATTGCAGAGAAAATGTCTCAGCTAATACAACAATAACAAAAAACCGTCCCAAGGGAGA
ATAGTCTACTCTCAGTTTCTCGCCTTGAAGTTTCTAGCAAAGAATCTAAACACATGGACT
AAGATTCTCCCAGTCTCAGTGTGCATCTTCTTTCTTGGATTACAATTACCAAACCCAACC
CCAAGCTTATTTACATATAAATCAACGGTGTGTGTTGTTGTGTCCCTTTGTACAACTTCC
ACCGGAATAAATAGCCAAAACAAACTAACAAGGACCACAAAACCTGTAAGAATGCGAAAG
TAACCAACCCCACTTTTTAACAGTTTCGATTGCTAGCTGCTGCCTCTGGTTTCATTTTAA
GCGCAAACCGCTTCCACCGCTAGTTTCTTCATCACATTTGGACACGGGTCTCCACCAAAC
ATCTCAGGTGCTACAGTTACAGAACACCAATTCTGCCCAACACAAAGTCTGTTGAAGGCA
TCATAGGAGTGGTGAGCGTGACAGCTTCCT

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3C434JQ 676 0 0
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TCAGCTAATACAACAATAACAAAGAACCGTCCCAAGGGAGAATAGTCTACTCTCAGTTTC
TCGCCTTGAAGTTTCTAGCAAAGAATCTAAACACATGGACTAAGATTCTCCCAGTCTCAG
TGTGCATCTTCTTTCTTGGATTACAATTACCAAACCCAACCCCAAGCTTATTTACATATA
AATCAACGGTGTGTGTTGTTGTGTCCCTTTGTACAACTTCCACCGGAATAAATAGCCAAA
ACAAACTAACAAGGACCACAAAACCTGTAAGAATGCGAAAGTAACCAACCCCACTTTTTA
ACAGTTTTGATTGCTAGCTGCTGCCTCTGGTTTCATTTTAAGCGCAAACCGCTTCCACCG
CTAGTTTCTTCATCACATTTGGACACGGGTCTCCACCAAACATCTCAGGTGCTACAGTTA
CAGAACACCAATTCTGCCCAACACAAAGTCTGTTGAAGGCATCATAGGAGTGGTGAGCGT
GACAGCTTCCTTGACGGTAACTACCACAAGTTCCTTCAGGTGTACCGAAGCTAGCAAACT
TCACCGAGGTCATCTTCTGCCCAGGCCCACATTGCAAATGCACTTTGGGATGCAGCGGTT
TGTTAACTTTCCCCGA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3CP96TF 603 0 0
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GATTACAATTACCAAACCCAACCCCAAGCTTATTTACATATAAATCAACGGTGTGTGTTG
TTGTGTCCCTTTGTACAACTTCCACCGGAATAAATAGCCAAAACAAACTAACAAGGACCA
CAAAACCTGTAAGAATGCGAAAGTAACCAACCCCACTTTTTAACAGTTTCGATTGCTAGC
TGCTGCCTCTGGTTTCATTTTAAGCGCAAACCGCTTCCACCGCTAGTTTCTTCATCACAT
TTGGACACGGGTCTCCACCAAACATCTCAGGTGCTACAGTTACAGAACACCAATTCTGCC
CAACACAAAGTCTGTTGAAGGCATCATAGGAGTGGTGAGCGTGACAGCTTCCTTGACGGT
AACTACCACAAGTTCCTTCAGGTGTACCGAAGCTAGCAAACTTCACCGAGGTCATCTTCT
GCCCAGGCCCACATTGCAAATGCACTTTGGGATGCAGCGGTTTGTTAACTTTCCCCGAAG
AACGCAACTGGTAATTCACAAGCGTTGATTGCCATTCATAGATATCTGCACAGACACTGT
CC
C

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3BN61JQ 737 0 0
GAGATAATTGCAGAGAAAATGTCTCAGCTAATACAACAATAACAAAGAACCGTCCCAAGG
GAGAATAGTCTACTCTCAGTTTCTCACCTTGAAGTTTCTAGCAAAGAATCTAAACACATG
GACTAAGATTCTCCCAGTCTCAGTGTGCATCTTCTTTCTTGGATTACAATTACCAAACCC
AACCCCAAGCTTATTTACATATAAATCAACGGTGTGTGTTGTTGTGTCCTTTTGTACAAC
TTCCACCGGAATAAATAGCCAAAACAAACTAACAAGGACCACAAAACCTGTAAGAATGCG
AAAGTAACCAGCCCCACTTTTTAACAGTTTTGATTGCTAGCTGCTGCCTCTGGTTTCATT
TTAAGCGCAAACCGCTTCCACCGCTAGTTTCTTCATCACATTTGGACACGGGTCTCCACC
AAACATCTCAGGTGCTACAGTTACAGAACACCAATTCTGCCCAACACAAAGTCTGTTGAA
GGCATCATAGGAGTGGTGAGCGTGACAGCTTCCTTGACGGTAACTACCACAAGTTCCTTC
AGGTGTACCGAAGCTAGCAAACTTCACCGAGGTCATCTTCTGCCCAGGCCCACATTGCAA
ATGCACTTTGGGATGCAGCGGTTTGTTAACTTTCCCCGAAGAACGCAACTGGTAATTCAC
AAGCGTTGATTGCCATTCATAGATATCTGCACAGACACTGTCCACCTCCCTTCTGACAAA
CGAGATTCCGTTC
GGAT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3G866TF 413 0 0
TTTAACAG
TTTGATTGCTAGCTGCTGC*TCTGATTTCATTTTAAGCGCAAACCGCTTCCACCGCTAGT
TTCTTCATCACATTTGGACACGGGTCTCCACCAAACATCTCAGGTGCTACAGTTACAGAA
CACCAATTCTGCCCAACACAAAGTCTGTTGAAGGCATCATAGGAGTGGTGAGCGCGACAG
CTTCCTTGACGGTAACTACCACAAGTTCCTTCAGGTGTACCGAAGCTAGCAAACTTCACC
GAGGTCATCTTCTGCCCAGGCCCACATTGCAAATGCACTTTGGGATGCAGCGGTTTGTTA
ACTTTCCCCGAAGAACGCAACTGGTAATTCACAAGCGTTGATTGCCATTCATAGATATCT
GCACAGACACTGTCCACCTCCCTTCTGACAAACGAGATTCCGTTC

QA 9 413 9 413
DS 

RD RR3C434TF 761 0 0
TCCACCGCTAGTTTCT*CATCACATT*GGACACGGGTCTCCACCAAACATCTCAGGTGCT
ACAGTTACAGAACACCAATTCTGCCCAACACAAAGTCTGTTGAAGGCATCATAGGAGTGG
TGAGCGTGACAGCTTCCTTGACGGTAACTACCACAAGTTCCTTCAGGTGTACCGAAGCTA
GCAAACTTCACCGAGGTCATCTTCTGCCCAGGCCCACATTGCAAATGCACTTTGGGATGC
AGCGGTTTGTTAACTTTCCCCGAAGAACGCAACTGGTAATTCACAAGCGTTGATTGCCAT
TCATAGATATCTGCACAGACACTGTCCACCTCCCTTCTGACAAACGAGATTCCGTTCGGA
TCTCCTCCCCATTCCTCAAAGACAACCAATAGATTCCCACTTGGTTTCAGCCACGACCTT
GGGACATGGTACCATCTCTGGGAAGCCTCTCCACAGTTTCTTAAGCACTTGTTCTCGTTG
AATGTTCCGGTATAAGAACACTCGCCGCAAGAACCAACTGCTTTATACGCAGGCCAGTGA
CGTCCCAGGCTCTGCCCGTTAATCCATATCTGACCTTTTCCCATGCTTCCCATGTCCACA
GCCAACGGCGAGTCGCCAGCTGGTGCAGAGAATGTCGTCTTGTACCAAGTGAGCGGCTGC
TTTTGTGCAACATATGCACCTTCTGCCCACTCAACCGATGTGCTCCCGCTGAGTGAATGA
AGACTTAGACTCTCTCCTCTGAGACCAACCTTGTAAGTCCC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 3

CO CL1048Contig1 838 3 17 U
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CCGTGAAGATAGAGGAACCAAATGGGAGTTCTCAAGCATCAAGAGAAGATCTTTGGCCAT
TCATCCCTGATCAAAGCCACAACCATTTGATGATCATTACCATAGAAGATCCAAATGTTT
AAGAAGACTCTTGGACGGGGCTAGCAACTAGGCAAGCTCTTTGTGTGTGCTCTTTTCCTT
GCTCTTGGTTTTATCCCATGAGGTTTTCCGGAGGAAGGTTTTTAACGAGGCCACAACTAG
TTTATCACATCACCTATATGCATCTCGGTCCAAGATCAAAGAAGACTCCACTCTTCTTTA
TTTCCTTATTTGAACTATAGCTTAATATCTTTATGTGAGACGCAAAGGAGCATGTTCCTT
AGTCTATTTATGTGTTTTGCAAAACCCTTTTCTTGGTACACTTGACATTTTATAAACTTT
CTTTCAAAGAAACCTAGTTCTCTCTCAAGAACTCGCCGCCTCCATTGCCTTGTGAGACCA
GCACCTCCACGGCTTGTAGGTTCCTTGTGTTGTATCACGAGCTCTCCATCTCTCGTGTGG
TGCACTTCCTCCCCCTGGCTCCATCTCTCACGGTTTCTCTTGGTTGATTAGATCAAACAA
AAGAACCACCTCTTGATCTAGATCGGCTCCTCCTCTCTTACTTGGGTCATACAGCCTTTG
TCAGCCTAGGCTTGTATCATTTCTGGTATCAGAGCTGAAGTTCCTTCAGCATCAGGTTGT
ATCTATCCTGTTACTTGTTCATCTCGATTTAGTTTATTTTGATTCATCCATTCGTTTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D445TF U 1
AF RR3FZ77TF U 2
AF RR3FZ77JQ C 70
BS 1 8 RR3D445TF
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BS 10 131 RR3D445TF
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BS 292 361 RR3D445TF
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BS 731 761 RR3FZ77TF
BS 762 838 RR3FZ77JQ

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CCGTGAAGATAGAGGAACCAAATGGGAGTTCTCAAGCATCAAGAGAAGATCTTTGGCCAT
TCATCCCTGATTAAAGCCACGACCATTTGATGATCATTACCATAGAAGATCCAAATGTTT
AAGAAGACTCTTGGACGGGGCTAGCAACTAGGCAAGCTCTTTGTGTGTGCTCTTTTCCTT
GCTCTTGGTTTTATCCCATGAGGTTTTCCGGAGGAAGGTTTTTAACGAGGTCACAACTAG
TTTATCACATCACCTATATGCATCTCGGTCCAAGATCAAAGAAGACTCCACTCTTCTTTA
TCTCCTTATTTGAACTATAGCTTAATATCTTTATGTGAGACGCAAAGGAGCATGTTCCTT
AGTCTATTTATGTGTTTTGCAAAACCCTTTTCTTGGTACACTTGATATTTTATAAACTTT
CTTTC

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR3FZ77TF 768 0 0
G
GATCTTGGACAGGTTAAACAAGCTGAGGAAGATATCAAAGATGT*ATCAAGAGAGATGCC
GTGAAGATAGAGGAACCAAATGGGAGTTCTCAAGCATCAAGAGAAGATCTTTGGCCATTC
ATCCCTGATCAAAGCCACAACCATTTGATGATCATTACCATAGAAGATCCAAATGTTTAA
GAAGACTCTTGGACGGGGCTAGCAACTAGGCAAGCTCTTTGTGTGTGCTCTTTTCCTTGC
TCTTGGTTTTATCCCATGAGGTTTTCCGGAGGAAGGTTTTTAACGAGGCCACAACTAGTT
TATCACATCACCTATATGCATCTCGGTCCAAGATCAAAGAAGACTCCACTCTTCTTTATT
TCCTTATTTGAACTATAGCTTAATATCTTTATGTGAGACGCAAAGGAGCATGTTCCTTAG
TCTATTTATGTGTTTTGCAAAACCCTTTTCTTGGTACACTTGACATTTTATAAACTTTCT
TTCAAAGAAACCTAGTTCTCTCTCAAGAACTCGCCGCCTCCATTGCCTTGTGAGACCAGC
ACCTCCACGGCTTGTAGGTTCCTTGTGTTGTATCACGAGCTCTCCATCTCTCGTGTGGTG
CACTTCCTCCCCCTGGCTCCATCTCTCACGGTTTCTCTTGGTTGATTAGATCAAACAAAA
GAACCACCTCTTGATCTAGATCGGCTCCTCCTCTCTTACTTGGGTCATACAGCCTTTGTC
AGCCTAG*CTTGTATCATTTCTGGTATCAGAGCTGAAGT
CCTTCAGC

QA 2 760 2 760
DS 

RD RR3FZ77JQ 769 0 0
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CTTGGACGGGGCTAGCAACTAGGCAAGCTCTTTGTGTGTGCTCTTTTCCTTGCTCTTGGT
TTTATCCCATGAGGTTTTCCGGAGGAAGGTTTTTAACGAGGCCACAACTAGTTTATCACA
TCACCTATATGCATCTCGGTCCAAGATCAAAGAAGACTCCACTCTTCTTTATTTCCTTAT
TTGAACTATAGCTTAATATCTTTATGTGAGACGCAAAGGAGCATGTTCCTTAGTCTATTT
ATGTGTTTTGCAAAACCCTTTTCTTGGTACACTTGACATTTTATAAACTTTCTTTCAAAG
AAACCTAGTTCTCTCTCAAGAACTCGCCGCCTCCATTGCCTTGTGAGACCAGCACCTCCA
CGGCTTGTAGGTTCCTTGTGTTGTATCACGAGCTCTCCATCTCTCGTGTGGTGCACTTCC
TCCCCCTGGCTCCATCTCTCACGGTTTCTCTTGGTTGATTAGATCAAACAAAAGAACCAC
CTCTTGATCTAGATCGGCTCCTCCTCTCTTACTTGGGTCATACAGCCTTTGTCAGCCTAG
GCTTGTATCATTTCTGGTATCAGAGCTGAAGTTCCTTCAGCATCAGGTTGTATCTATCCT
GTTACTTGTTCATCTCGATTTAGTTTATTTTGATTCATCCATTCGTTTC

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 4

CO CL1049Contig1 1070 4 13 U
GACTGATCTACTTCTCTTTCTCATCTTCTCCCTTCTCTTATCGTTTTCCTCCGGGGAGCA
ATGCGGTAGACAAGCCAACGGAGCACTCTGCCCCAACGGTCTATGCTGTGGCGAGTACGG
ATGGTGCGGCACCACCGAACTCTATTGTGATCCGTCTGCAGGTTGCCAAAGCCAGTGCAC
TCCTGCTCCCTATTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCCACAGGGAGTCTTTCGGACATCATTTC
AAGGGATCAGTACTATAAAATGCTTTTGCACACGAACGATTCTCCTGCTAAAGGTTTCTA
CACTTACGACGCCTTTATCACCGCTGCTAAGTCTTTCCCTAGTTTCGGAACCACCGGCGA
CCTTACCACAAGGAAGAGGGAGATCGCAGCCTTCTTTGGTCAGACTTCCCACCAAACCAA
CGGTGGGTGGCCGGCTGTAAAGGAACCATATACATGGGGCTACTACTACAAAGAGCAAGT
TCCCGATCCCGGAAGACCCCTCTGTGATCCTGATAGAGTCCAGTGGCCTTGCGCACCTGG
CCAATTGTACCACGGAAGAGGACCGATTATGCTATCTTGGAACTACAATTACGGACCGTG
CGGGAGAGACATAGGAGTCGACTTACTACACAACCCATCTATAGCGTCCAACGACTCAGT
GATCTCTTTCAAAACCGCCATTTGGTTCTGGATGACTCCTCAAGCTCCTAAACCATCGTG
CCACGACGTGATCACAAACCAGTGGCAGCCTTCAAACGCCGACACTGAAGCCGGAAGATT
ACCAGGTTATGGAATGACTGGGAATATCATTACTGGTGGGGAGTGTTATCCTGGCGATGA
CCCAAATCGAATTGGGTTTTATAAGAGGTATTGTGATGAAATATTTGGAGTTGATCCTGG
AAGTAATCTTGAATGTCCCAGTCAAAGGCCATTTACTCAAGGTAGTAACGTTTTCTTTGA
CGCTGCTATTTAATAAGGGATGTGTTAATGCCGCTTTGTTGTATCCAAGCAATGATAAGG
GAATATCAAACTAAATAAAACTCCTTTTATTAAGTAACGTGTTTTATACG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F189TF U 1
AF RR3C428TF U 6
AF RR3C428JQ C 366
AF RR3F189JQ C 468
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BS 739 751 RR3F189TF
BS 752 771 RR3C428TF
BS 772 876 RR3C428JQ
BS 877 878 RR3F189JQ
BS 879 1070 RR3C428JQ

RD RR3F189TF 757 0 0
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ATGGTGCGGCACCACCGAACTCTATTGTGATCCGTCTGCAGGTTGCCAAAGCCAGTGCAC
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GAGACATAGGAGTCGACTTACTACACAACCCATCTATAGCGTCCAACGACTCAGTGATCT
CTTTCAAAACCGCCATTTGGTTCTGGATGACTCCTCAAGCTCCTAAACCATCGTGCCACG
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TTT

QA 1 581 1 581
DS 



AS 2 6

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EQ16JQ C 1
AF RR3EQ16TF U 1
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DS 

RD RR3EQ16TF 335 0 0
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CGACCAAAGAATTATGTACACGTTTGTGCAAAAAATCATAAGTTATCTCAAGAACCTACA
TCAGGGATTTATTAAATCCTAAAAACCTGTGTTATTTAATACTTCCTAATAATTATTTTC
GTTTTATATGAATAAAACATTCTTATTTGGAGTCC

QA 1 335 1 335
DS 



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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BM06TF U 9
AF RR3BM06JQ C 236
AF RR3F132JQ C 1
AF RR3F132TF U 1
BS 1 8 RR3F132TF
BS 9 296 RR3BM06TF
BS 297 297 RR3F132TF
BS 298 417 RR3BM06TF
BS 418 524 RR3F132TF

RD RR3BM06TF 409 0 0
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TCATCACAGTTTGCTATATTTTGCATAATCTTGATTGCTTTATTTCCTCTTCACGAATTT
GTCGATGGCCAAGGTCTTCAAGCGGGCAATGCTGCTACAACTTGCGCACCAGAAAAATGC
CCCGACATTGGAGCCAAAGATAACACTTGCTATTGTTGTCCCTACAAAAAGAAGAAGGAG
AACACATGTTATGCGACCAAAGAATTATGTACACGTTTGTGCAAAAAA*TCATAAGTTAT
CTCAAGAACCTACATCAGGGATTTATTAAATCCTAAAAACCTGTTTTATTTAATACTTCC
TAATATTTATTTTCGTTTTAAATGAATAAAACATGCTTATTTAGAGTCC

QA 1 409 1 409
DS 

RD RR3BM06JQ 159 0 0
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A*TCATAAGTTATCTCAAGAACCTACATCAGGGATTTATTAAATCCTAAAAACCTGTTTT
ATTTAATACTTCCTAATATTTATTTT
GTTTTAAAGAATA

QA 1 146 1 146
DS 

RD RR3F132JQ 524 0 0
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ATATGTCGTCATCACAGTTTGCTATATTTTGCATAATCTTGATTGCTTTATTTCCTCTTC
ACGAATTTGTCGATGGCCAAGGTCTTCAAGCGGGCAATGCTGCTACAACTTGCGCACCAG
AAAAATGCCCCGACATTGGAGCCAAAGATAACACTTGCTATTGTTGTCCCTACAAAAAGA
AGAAGGAGAACACATGTTATGCGACCAAAGAATTATGTACACGTTTGTGCAAAAAAATCA
TAAGTTATCTCAAGAACCTACATCAGGGATTTATTAAATCCTAAAAACCTGTTTTATTTA
ATACTTCCTAATATTTATTTTCGTTTTAAATGAATAAAACATGCTTATTTAGAGTCCAGA
AAATACGATTTTATGCATATCATATTTGTGTTTAAGACTTTCATATTCTATGTAATGCAT
CTAAGTTAAACTTGTTTTTCTCATTTTCGTTTGGATTTGCTATT

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR3F132TF 524 0 0
AGGGGAACCATCAAACTATCAAGTTTAAATTCAAAAGAAGTAACAATATCACAAATAACA
ATATGTCGTCATCACAGTTTGCTATATTTTGCATAATCTTGATTGCTTTATTTCCTCTTC
ACGAATTTGTCGATGGCCAAGGTCTTCAAGCGGGCAATGCTGCTACAACTTGCGCACCAG
AAAAATGCCCCGACATTGGAGCCAAAGATAACACTTGCTATTGTTGTCCCTACAAAAAGA
AGAAGGAGAACACATGTTATGCGACCAAAGAATTATGTACACGTTTGTGCAAAAAAATCA
TAAGTTATCTCAAGAACCTACATCAGGGATTTATTAAATCCTAAAAACCTGTTTTATTTA
ATACTTCCTAATATTTATTTTCGTTTTAAATGAATAAAACATGCTTATTTAGAGTCCAGA
AAATACGATTTTATGCATATCATATTTGTGTTTAAGACTTTCATATTCTATGTAATGCAT
CTAAGTTAAACTTGTTTTTCTCATTTTCGTTTGGATTTGCTATT

QA 1 524 1 524
DS 



AS 1 7

CO CL1051Contig1 1013 7 21 U
GGACATCGTAAAGCGGCGGCTTAGGGTTATTTGCCTCTTCACCATGGACGCGTACGACAT
CCTGAGATCCGAGAGGTTAGAGTTCGAGAGTGAGGCTGCTGAGAAAGCCTTTGCCGACAG
GATCAGTGGCAAGCCCCGAGCTTTGATTTCTGTGACGGGATACAACCCTAATCTGCCTGA
GGATGATATCAAGAAGGAACTGATTGAACTCTTCAGTTCATGTGGCGACGTTACAAGGGT
TATTGTTCCCAAAGACCCTGATCATAGCCCTAATCTCGACAGACGTGCTTTAGTTATTCT
TTTCGGAGATGGGGCAGAAGAGAAGGCCTTGCAACTTAATGGAACTGACGTTGGAGGATG
GAATGCTCTTGTTAAGGTTGAATCGGATGAAGAAGATGAGGAGGCAGCACGCTATAGATC
CTCTCTGATTAACGAACTAATGAATGACCCAAAATTTTGGTATGGCGTTTCGGTTAGGGG
ATATGACACTTCCCTCCCTGTAGACCAAGTCGAGAGGGCTTTGAAGGAACATTTCTCTGA
TTGTGGGGAGATAACTCATGTTTTTGTCGATACTCTCGACAAGCTGACTAATGTCTATTT
TTCCCTACAAGAAGGAGAAGCTAGGGCGCTGGCTCTTGATGGAATTAGAATGGGAGAATT
CGAATTAGATATTTCTGGCGTACCTTCAGTCCTAAGTAACCGTCCCAATCCCTTTGGCAA
CGGTGAAATTGAAATTGGTTTGGGCTATACTGTCCCAGCTCATATGATTGAGTTTGCCAA
CAGGGACGACGACGAGATCGAGAACAAGGTCATTGCTTTCAAGAAGCAGAGGAGGCTTAT
CTAGAAATTTCTCTTTCTCTCAAGAAGCTCTATCTTTGGTGTTTAATAATAATAAATCGT
GTGAATGATAATACAATGCAACCTTGGGGCTTTCTTACTTACGTTTAATCTCAAAGCTCA
CATTATGTATGTACGATGAGCCATTTGTGCTTTCTTACTTTATGTTTAATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 
30 30 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 
30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B695TF U 1
AF RR3CT21TF U 34
AF RR3FP47TF U 21
AF RR3B067TF U 21
AF RR3CX11TF U 21
AF RR3B067JQ C 179
AF RR3FP47JQ C 429
BS 1 267 RR3B695TF
BS 268 268 RR3B067TF
BS 269 432 RR3B695TF
BS 433 433 RR3B067TF
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BS 636 636 RR3B067TF
BS 637 676 RR3B695TF
BS 677 677 RR3B067TF
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BS 770 801 RR3B067TF
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BS 847 975 RR3B067JQ
BS 976 1013 RR3FP47JQ

RD RR3B695TF 769 0 0
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CCTGAGATCCGAGAGGTTAGAGTTCGAGAGTGAGGCTGCTGAGAAAGCCTTTGCCGACAG
GATCAGTGGCAAGCCCCGAGCTTTGATTTCTGTGACGGGATACAACCCTAATCTGCCTGA
GGATGATATCAAGAAGGAACTGATTGAACTCTTCAGTTCATGTGGCGACGTTACAAGGGT
TATTGTTCCCAAAGACCCTGATCATAGTCCTAATCTCGACAGACGTGCTTTAGTTATTCT
TTTCGGAGATGGGGCAGAAGAGAAGGCCTTGCAACTTAATGGAACTGACGTTGGAGGATG
GAATGCTCTTGTTAAGGTTGAATCGGATGAAGAAGATGAGGAGGCAGCACGCTATAGATC
CTCTCTGATTAATGAACTAATGAATGACCCAAAATTTTGGTATGGCGTTTCGGTTAGGGG
ATATGACACTTCCCTCCCTGTAGACCAAGTCGAGAGGGCTTTGAAGGAACATTTCTCTGA
TTGTGGGGAGATAACTCATGTTTTTGTCGATACTCTCGACAAGCTGACTAATGTCTATTT
TTCCCTACAAGAAGGAGAAGCTAGGGCGCTGGCTCGTGATGGAATTAGAATGGGAGAATT
CGAATTAGATATTTCTAGCGTACCTTCAGTCCTAAGTAACCGTCCCAATCCCTTTGGCAA
CGGTGAAATTGAAATTGGTTTGGGCTATACTGTCCCAGCTCATATGATT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3CT21TF 736 0 0
CCTCTTCACCATGGACGCGTACGACATCCTGAGATCCGAGAGGTTAGAGTTCGAGAGTGA
GGCTGCTGAGAAAGCCTTTGCCGACAGGATCAGTGGCAAGTCCCGAGCTTTGATTTCTGT
GACGGGATACAACCCTAATCTGCCAGAGGATGATATCAAGAAGGAACTGATTGAACTCTT
CAGTTCATGTGGCGACGTTACAAGGGTTATTGTTCCCAAAGACCCTGATCATAGCCCTAA
TCTCGACAGACGTGCTTTAGTTATTCTTTTCGGAGATGGGGCAGAAGAGAAGGCCTTGCA
ACTTAATGGAACTGACGTTGGAGGATGGAATGCTCTTGTTAAGGTTGAATCGGATGAAGA
AGATGAGGAGGCAGCACGCTATAGATCCTCTCTGATTAACGAACTAATGAATTACCCAAA
ATTTTGGTATGGCGTTTCGGTTAGGGGATATGACACTTCCCTCCCTGTAGACCAAGTCGA
GAGGGCTTTGAAGGAACATTTCTCTGATTGTGGGGAGATAACTCATGTTTTTGTCGATAC
TCTCGACAAGCTGACTAATGTCTATTTTTCCCTACAAGAAGGAGAAGCTAGGGCGCTGGC
TCTTGATGGAATTAGAATGGGAGAATTCGAATTAGATATTTCTGGCGTACCTTCAGTCCT
AAGTAACCGTCCCAATCCCTTTGGCAC**GTGAAATTGAAATTGGTTTGGGCTATACTGT
CCCAGCTCATATGATT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3FP47TF 713 0 0
GG
AGGGTTATTTGCCTCTTCACCATGGACGCGTACGACATCCTGAGATCCGAGAGGTTAGAG
TTCGAGAGTGAGGCTGCTGAGAAAGCCTTTGCCGACAGGATCAGTGGCAAGCCCCGAGCT
TTGATTTCTGTGACGGGATACAACCCTAATCTGCCTGAGGATGATATCAAGAAGGAACTG
ATTGAACTCTTCAGTTCATGTGGCGACGTTACAAGGGTTATTGTTCCCAAAGACCCTGAT
CATAGCCCTAATCTCGACAGACGTGCTTTAGTTATTCTTTTCGGAGATGGGGCAGAAGAG
AAGGCCTTGCAACTTAATGGAACTGACGTTGGAGGATGGAATGCTCTTGTTAAGGTTGAA
TCGGATGAAGAAGATGAGGAGGCAGCACGCTATAGATCCTCTCTGATTAACGAACTAATG
AATGACCCAAAATTTTGGTATGGCGTTTCGGTTAGGGGATATGACACTTCCCTCCCTGTA
GACCAAGTCGAGAGGGCTTTGAAGGAACATTTCTCTGATTGTGGGGAGATAACTCATGTT
TTTGTCGATACTCTCGACAAGCTGACTAATGTCTATTTTTCCCTACAAGAAGGAGAAGCT
AGGGCGCTGGCTCTTGATGGAATTAGAATGGGAGAATTCGAATTAGATATTTCTGGCGTA
CCTTCAGTCCTAAGTAACCGTCCCAATCCCTTTGGCAACGGTGAA
TTGAAA

QA 3 707 3 707
DS 

RD RR3B067TF 781 0 0
GG
AGGGTTATTTGCCTCTTCACCATGGACGCGTACGACATCCTGAGATCCGAGAGGTTAGAG
TTCGAGAGTGAGGCTGCTGAGAAAGCCTTTGCCGACAGGATCAGTGGCAAGTCCCGAGCT
TTGATTTCTGTGACGGGATACAACCCTAATCTGCCAGAGGATGATATCAAGAAGGAACTG
ATTGAACTCTTCAGTTCATGTGGCGACGTTACAAGGGTTATTGTTCCCAAAGACCCTGAT
CATAGCCCTAATCTCGACAGACGTGCTTTAGTTATTCTTTTCGGAGATGGGGCAGAAGAG
AAGGCCTTGCAACTTAATGGAACTGACGTTGGAGGATGGAATGCTCTTGTTAAGGTTGAA
TCGGATGAAGAAGATGAGGAGGCAGCACGCTATAGATCCTCTCTGATTAACGAACTAATG
AATTACCCAAAATTTTGGTATGGCGTTTCGGTTAGGGGATATGACACTTCCCTCCCTGTA
GACCAAGTCGAGAGGGCTTTGAAGGAACATTTCTCTGATTGTGGGGAGATAACTCATGTT
TTTGTCGATACTCTCGACAAGCTGACTAATGTCTATTTTTCCCTACAAGAAGGAGAAGCT
AGGGCGCTGGCTCTTGATGGAATTAGAATGGGAGAATTCGAATTAGATATTTCTGGCGTA
CCTTCAGTCCTAAGTAACCGTCCCAATCCCTTTGGCAACGGTGAAATTGAAATTGGTTTG
GGCTATACTGTCCCAGCTCATATGATTGAGTTTGCCAACAGGGACGACGACGAGATCGA

QA 3 781 3 781
DS 

RD RR3CX11TF 837 0 0
GG
AGGGTTATTTGCCTCTTCACCATGGACGCGTACGACATCCTGAGATCCGAGAGGTTAGAG
TTCGAGAGTGAGGCTGCTGAGAAAGCCTTTGCCGACAGGATCAGTGGCAAGCCCCGAGCT
TTGATTTCTGTGACGGGATACAACCCTAATCTGCCTGAGGATGATATCAAGAAGGAACTG
ATTGAACTCTTCAGTTCATGTGGCGACGTTACAAGGGTTATTGTTCCCAAAGACCCTGAT
CATAGCCCTAATCTCGACAGACGTGCTTTAGTTATTCTTTTCGGAGATGGGGCAGAAGAG
AAGGCCTTGCAACTTAATGGAACTGACGTTGGAGGATGGAATGCTCTTGTTAAGGTTGAA
TCGGATGAAGAAGATGAGGAGGCAGCACGCTATAGATCCTCTCTGATTAACGAACTAATG
AATGACCCAAAATTTTGGTATGGCGTTTCGGTTAGGGGATATGACACTTCCCTCCCTGTA
GACCAAGTCGAGAGGGCTTTGAAGGAACATTTCTCTGATTGTGGGGAGATAACTCATGTT
TTTGTCGATACTCTCGACAAGCTGACTAATGTCTATTTTTCCCTACAAGAAGGAGAAGCT
AGGGCGCTGGCTCTTGATGGAATTAGAATGGGAGAATTCGAATTAGATATTTCTGGCGTA
CCTTCAGTCCTAAGTAACCGTCCCAATCCCTTTGGCAACGGTGAAATTGAAATTGGTTTG
GGCTATACTGTCCCAGCTCATATGATTGAGTT*GCCA*CAGG*ACGACGACGAGATCGAG
A*CA**GTCATTGCTTTCA*GAAGCAGAGGAG*CTTATCTAGAA
TTCTCTTTCTC

QA 3 826 3 826
DS 

RD RR3B067JQ 797 0 0
GAGGATGATATCAAGAAGGAACTGATTGAACTCTTCAGTTCATGTGGCGACGTTACAAGG
GTTATTGTTCCCAAAGACCCTGATCATAGCCCTAATCTCGACAGACGTGCTTTAGTTATT
CTTTTCGGAGATGGGGCAGAAGAGAAGGCCTTGCAACTTAATGGAACTGACGTTGGAGGA
TGGAATGCTCTTGTTAAGGTTGAATCGGATGAAGAAGATGAGGAGGCAGCACGCTATAGA
TCCTCTCTGATTAACGAACTAATGAATTACCCAAAATTTTGGTATGGCGTTTCGGTTAGG
GGATATGACACTTCCCTCCCTGTAGACCAAGTCGAGAGGGCTTTGAAGGAACATTTCTCT
GATTGTGGGGAGATAACTCATGTTTTTGTCGATACTCTCGACAAGCTGACTAATGTCTAT
TTTTCCCTACAAGAAGGAGAAGCTAGGGCGCTGGCTCTTGATGGAATTAGAATGGGAGAA
TTCGAATTAGATATTTCTGGCGTACCTTCAGTCCTAAGTAACCGTCCCAATCCCTTTGGC
AACGGTGAAATTGAAATTGGTTTGGGCTATACTGTCCCAGCTCATATGATTGAGTTTGCC
AACAGGGACGACGACGAGATCGAGAACAAGGTCATTGCTTTCAAGAAGCAGAGGAGGCTT
ATCTAGAAATTTCTCTTTCTCTCAAGAAGCTCTATCTTTGGTGTTTAATAATAATAAATC
GTGTGAATGATAATACAATGCAACCTTGGGGCTTTCTTACTTACGTTTAATCTCAAAGCT
CACATTATGTATGTACG

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3FP47JQ 585 0 0
TTAACGAACTAATGAATGACCCAAAATTTTGGTATGGCGTTTCGGTTAGGGGATATGACA
CTTCCCTCCCTGTAGACCAAGTCGAGAGGGCTTTGAAGGAACATTTTTCTGATTGTGGGG
AGATAACTCATGTTTTTGTCGATACTCTCGACAAGCTGACTAATGTCTATTTTTCCCTAC
AAGAAGGAGAAGCTAGGGCGCTGGCTCTTGATGGAATTAGAATGGGAGAATTCGAATTAG
ATATTTCTGGCGTACCTTCAGTCCTAAGTAACCGTCCCAATCCCTTTGGCAACGGTGAAA
TTGAAATTGGTTTGGGCTATACTGTCCCAGCTCATATGATTGAGTTTGCCAACAAGGACG
ACGACGAGATCGAGAACAAGGTCATTGCTTTCAAGAAGCAGAGGAGGCTTATCTAGAAAT
TTCTCTTTCTCTCAAGAAGCTCTATCTTTGGTGTTTAATAATAATAAATCGTGTGAATGA
TAATACAATGCAACCTTGGGGCTTTCTTACTTACGTTTAATCTCAAAGCTCACATTATGT
ATGTACGATGAGCCATTTGTGCTTTCTTACTTTATGTTTAATCCC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 2 6

CO CL1052Contig1 838 2 3 U
CGATAACAGTGGATTTTAAATGAATTTTTAAAATTCATGTTTGAATAATAGTGAATTTGT
CATTTTAATACAAATCACTTCAAACTCCTGGTTGAATACACCCCCTAAGCCTCTAATAGT
ATGTTGTACTCAGTCTTCTTTAGGACTTGATACTACATCTACTAGATACTGATTCAACTT
GTGTCCAAACGTCTTCACGGAGAATGATTCAACCACATGTCTCCTCGCTTCTCTTCCCAT
CCTACTCCCCAGCTCAGGATCCTCGATGAACTTAGCCATCGCTAAACTGAAATCTTCTGG
AGTCGGTTCACAGAGATACCCAGTTTCCCCATTCTTCACCGTCTCCACCGGACCACCGCT
GTTGCAGGCTATCACGGGTTTGTATGCAGCCATTGCTTCTAACGGAACAATACCGAAATG
TTCATCCGTTGGTGTGTAGAGGACGCACAAGCAGCTTGAGAGGAGTTCGTTTCTTTCAGC
GGTTGAACAAGATGTGATGAAGTTTACTCGATTAGAAACTCCTTCTTTCTCCGCTAAGCT
TTTGAGCTCCTCCAAGTACTCTACATTCTCTTTCAACCGCTCGTCATAACCACCAGCAAC
AGTAAGAGTAACATCATCACTCAGAGTTTCCTTACGTTTGCAAAGAATAGCAAAAGCCGA
AACAGCTAGATCGATGTTCTTCTTCCTCTCAAACCAGTTTATGGAGAGAAAATTCAACTT
ATGCGCATGAGTTCATTGAACTGATCGACATTAACTGCAGGTAAAGAACAGCAGGCGACT
TCCTCGTGCATGAAGACGCTTAACGTCTTTGCAATGTTGACGCTGTGAATTGCTGTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G176JQ U 42
AF RR3CO51JQ U 1
BS 1 695 RR3CO51JQ
BS 696 696 RR3G176JQ
BS 697 838 RR3CO51JQ

RD RR3G176JQ 668 0 0
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CCCCTAAGCCTCTAATAGTATGTTGTACTCAGTCTTCTTTAGGACTTGATACTACATCTA
CTAGATACTGATTCAACTTGTGTCCAAACGTCTTCACGGAGAATGATTCAACCACATGTC
TCCTCGCTTCTCTTCCCATCCTACTCCCCAGCTCAGGATCCTCGATGAACTTAGCCATCG
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TCTCCACCGGACCACCGCTGTTGCAGGCTGTCACGGGTTTGTATGCAGCCATTGCTTCTA
ACGGAACAATACCGAAATGTTCATCCGTTGGTGTGTAGAGGACGCACAAGCAGCTTGAGA
GGAGTTCGTTTCTTTCAGCGGTTGAACAAGATGTGATGAAGTTTACTCGATTAGAAACTC
CTTCTTTCTCCGCTAAGCTTTTGAGCTCCTCCAAGTACTCTACATTCTCTTTCAACCGCT
CGTCATAACCACCAGCAACAGTAAGAGTAACATCATCACTCAGAGTTTCCTTACGTTTGC
AGAGAATAGCAAAAGCTGAAACAGCTAGATCGATGTTCTTTTTCCTCTCAAACCAGTTTA
TGGAGAGA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3CO51JQ 838 0 0
CGATAACAGTGGATTTTAAATGAATTTTTAAAATTCATGTTTGAATAATAGTGAATTTGT
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ATGTTGTACTCAGTCTTCTTTAGGACTTGATACTACATCTACTAGATACTGATTCAACTT
GTGTCCAAACGTCTTCACGGAGAATGATTCAACCACATGTCTCCTCGCTTCTCTTCCCAT
CCTACTCCCCAGCTCAGGATCCTCGATGAACTTAGCCATCGCTAAACTGAAATCTTCTGG
AGTCGGTTCACAGAGATACCCAGTTTCCCCATTCTTCACCGTCTCCACCGGACCACCGCT
GTTGCAGGCTATCACGGGTTTGTATGCAGCCATTGCTTCTAACGGAACAATACCGAAATG
TTCATCCGTTGGTGTGTAGAGGACGCACAAGCAGCTTGAGAGGAGTTCGTTTCTTTCAGC
GGTTGAACAAGATGTGATGAAGTTTACTCGATTAGAAACTCCTTCTTTCTCCGCTAAGCT
TTTGAGCTCCTCCAAGTACTCTACATTCTCTTTCAACCGCTCGTCATAACCACCAGCAAC
AGTAAGAGTAACATCATCACTCAGAGTTTCCTTACGTTTGCAAAGAATAGCAAAAGCCGA
AACAGCTAGATCGATGTTCTTCTTCCTCTCAAACCGGTTTATGGAGAGAAAATTCAACTT
ATGCGCATGAGTTCATTGAACTGATCGACATTAACTGCAGGTAAAGAACAGCAGGCGACT
TCCTCGTGCATGAAGACGCTTAACGTCTTTGCAATGTTGACGCTGTGAATTGCTGTTA

QA 1 838 1 838
DS 



CO CL1052Contig2 751 4 27 U
GGAAACAACAAGTGTGAGCAAAGTCACAGATCAAAAATGGCGAGAAAACAAGGTTCGAAG
AAGATGAACATCGCCATCATACATCCAGATCTCGGAATAGGTGGAGCAGAGAGATTGATC
GTCGATGCGGCGGTTGAGCTCGCGTCGCAGGGTCATCAAGTCCATGTCTTCACCTCTCAC
CACGATAAATCTCGATGCTTCGAGGAAACTCTCTCTGGAATCTTTCAAGTTACGGTGTAT
GGTTCTTTCCTGCCACGTCATATATTCTACCGTCTGCACGCGGTTTGTGCGTACCTGAGG
TGCTTGTTCGTTGCTCTTTGTGTTCTCTTGGGATGGTCTTCCTTCGATGTTGTACTAGCT
GACCAGGTTTCAGTCGTTGTCCCATTGCTGAAGCTCAAAAGGTCATCAAAGGTTGTCTTC
TACTGCCATTTCCCGGATCTCTTATTAGCTAAGCATACAACTGCACTTAGGAGGATGTAT
CGGAAACCCATTGACTTTATTGAAGAACAAACCACAGGAATGGCTGATATGATCCTTGTT
AACAGCAATTTCACAGCGTCAACATTTGCAAAGACGTTTAAGCGTCTTCATGCACGAGGA
AGTCGCCCTGCTGTTCTTTACCCTGCAGTCAATGTCGATCAGTTCAATGAACCTCATGCG
CATAAGTTGAATTTCCTCTCCATAAACCGCTTTGAGAGGAAGAAGAACATCGATCTAGCT
GTTTCAGCTTTTGCTATTCTCTGCAAACGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 
25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 0 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 15 10 10 10 10 

AF RR3G176TF U 1
AF RR3CO51TF U 253
AF RR3BS47TF U 12
AF RR3G782TF U 27
BS 1 25 RR3G176TF
BS 26 26 RR3BS47TF
BS 27 43 RR3G176TF
BS 44 44 RR3BS47TF
BS 45 146 RR3G176TF
BS 147 147 RR3BS47TF
BS 148 158 RR3G176TF
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BS 160 161 RR3G176TF
BS 162 162 RR3BS47TF
BS 163 326 RR3G176TF
BS 327 327 RR3BS47TF
BS 328 422 RR3G176TF
BS 423 423 RR3BS47TF
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BS 439 439 RR3CO51TF
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BS 691 701 RR3G176TF
BS 702 702 RR3CO51TF
BS 703 751 RR3G176TF

RD RR3G176TF 751 0 0
GGAAACAACAAGTGTGAGCAAAGTCGCAGATCAAAAATGGCGACAAAACAAGGTTCGAAG
AAGATGAACATCGCCATCATACATCCAGATCTCGGAATAGGTGGAGCAGAGAGATTGATC
GTCGATGCGGCGGTTGAGCTCGCGTCACAGGGTCATCAGGTTCATGTCTTCACCTCTCAC
CACGATAAATCTCGATGCTTCGAGGAAACTCTCTCTGGAATCTTTCAAGTTACGGTGTAT
GGTTCTTTCCTGCCACGTCATATATTCTACCGTCTGCACGCGGTTTGTGCGTACCTGAGG
TGCTTGTTCGTTGCTCTTTGTGTTCTGTTGGGATGGTCTTCCTTCGATGTTGTACTAGCT
GACCAGGTTTCAGTCGTTGTCCCATTGCTGAAGCTCAAAAGGTCATCAAAGGTTGTCTTC
TATTGCCATTTCCCGGATATCTTATTAGCTAAGCATACAACTGCACTTAGGAGGATGTAT
CGGAAACCCATTGACTTTATTGAAGAACAAACCACAGGAATGGCTGATATGATCCTTGTT
AACAGCAATTTCACAGCGTCAACATTTGCAAAGACGTTTAAGCGTCTTCATGCACGAGGA
AGTCGCCCTGCTGTTCTTTACCCTGCAGTTAATGTCGATCAGTTCAATGAACCTCATGCG
CATAAGTTGAATTTTCTCTCCATAAACTGGTTTGAGAGGAA*AAGAACATCGATCTAGCT
GTTTCAGCTTTTGCTATTCTCTGCAAACGTA

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3CO51TF 495 0 0
CCACGTCATATATTCTACCGTCTGCACGCGGTTTGTGCGTACCTGAGGTGCTTGTTCGTT
GCTCTTTGTGTTCTGTTGGGATGGTCTTCCTTCGATGTTGTACTAGCTGACCAGGTTTCA
GTCGTTGTCCCATTGCTGAAGCTCAAAAGGTCATCAAAGGTTGTCTTCTATTGCCATTTC
CCGGATCTCTTATTAGCTAAGCATACAACTGCACTTAGGAGGATGTATCGGAAACCCATT
GACTTTATTGAAGAACAAACCACAGGAATGGCTGATATGATCCTTGTTAACAGCAATTTC
ACAGCGTCAACATTTGCAAAGACGTTTAAGCGTCTTCATGCACGAGGAAGTCGCCCTGCT
GTTCTTTACCCTGCAGTTAATGTCGATCAGTTCAATGAACCTCATGCGCATAAGTTGAAT
TTTCTCTCCATAAACCGGTTTGAGAGGAAGAAGAACATCGATCTAGCTGTTTC*GCTTTT
GCTATTCTTTGCAAA

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3BS47TF 736 0 0
GG
GTGAGCAAAGTCACAGATCAAAAATGGCGAGAAAACAAGGTTCGAAGAAGATGAACATCG
CCATCATACATCCAGATCTCGGAATAGGTGGAGCAGAGAGATTGATCGTCGATGCGGCGG
TTGAGCTTGCGTCGCAGGGTCATCAAGTCCATGTCTTCACCTCTCACCACGATAAATCTC
GATGCTTCGAGGAAACTCTCTCTGGCATCTTTCAAGTTACGGTGTATGGTTCTTTCCTGC
CACGTCACATCTTCTACCGTCTGCACGCGGTTTGTGCGTACCTGAGGTGCTTGTTCGTTG
CGCTTTGTGTTCTCTTGGGATGGTCTTCCTTCGATGTTGTACTAGCTGACCAGGTTTCAG
TCGTTGTCCCTTTGCTGAAACTCAAAAGGTCATCAAAGGTTGTTTTCTACTGCCATTTTC
CGGATCTCTTGTTAGCTAAGCATACGACTGCACTTAGGAGGATGTATCGGAA*CCCATTG
ACTTTATTGAAGAACAAACCACAGGAATGGCTGATATGATCCTTGTTAACAGCAACTTCA
CAGCATCAACATTTGCAAAGACGTTTAAGCGTCTTCATGCACGAGGAAGTCGCCCTGCTG
TTCTTTACCCTGCAGTCAATGTCGATCAGTTCAATGAACCTCATGCGCATAAGTTGAATT
TCCTCTCCATAAACCGCCTTGAGAGGA*GAAGAACATTGATC*AGCTGTTTCAGCTTTTG
CTATTCTCTGCAA
C

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DS 

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G
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CAGGGTCATCAAGTCCATGTCTTCACCTCTCACCACGATAAATCTCGATGCTTCGAGGAA
ACTCTCTCTGGAGTCTTTCAAGTTACGGTGTATGGTTCTTTCCTGCCACGTCATATCTTC
TACCGTCTGCACGCAGTTTGTGCGTATCTGAGGTGCTTGTTTGTTGCTCTTTGTGTTCTC
TTGGGATGGTCTTCCTTCGATGTTGTACTAGCTGACCAGGTTTCAGTCGTTGTCCCTTTG
CTGAAGCTCAAAAGGTCATCGAAGGTTGTTTTCTACTGCCATTTCCCGGATCTCTTGTTA
GCTAAGCATACAACTGCGCTTAGGAGGATGTATCGGAAACCCATTGACTTTATTGAAGAA
CTAACCACAGGAATGGCTGATATGATCCTTGTTAACAGCAATTTCACAGCGTCAACATTT
GCAAAGACGTTTAAGCGTCTTCATGCACGAGGAAGTCGCCCTGC*GTTCTTTACCCTGCA
GTCAATGTCGATCAGTTCAATGAACCTCATGCGCATAAGTTGAATTTCCTCTCCATAAAC
CGCTTTGAGAGGAAGAAGAACATTGATCTAGCTGTTTCAGCTTTTGCT

QA 2 709 2 709
DS 



AS 1 6

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GCTTGGTCTCACCGTCTTCGATCGCCAGATTGTGTTGTACAGAGACGGCGAGGGAACGCT
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CAAGATACCTCAGCTTCCTGCGAGTGCCAAGATTCCAAAGGTTGCTTGTGTGAAGACCTA
CGAGGTGAAGGATTCACAGGGAGTTGTGTGGGTTTGGATGTCTACGAAGACGCCTCCAGA
CCCGGAAAAGCTTCCTTGGTTCGAGAATTTCGCTAGACCTGGTTTCTATGACATCTCCGG
TGTTCACGAGCTACCTTACGACCACTCCATCCTTCTAGAGAATCTGATGGATCCGGCTCA
TGTCCCTATCTCTCATGACAGAACTGACTTCACTGCTAAAAGAGAAGATGCGCAGCCGCT
TGTCTTTGAGGTCACGGAGAGAACTAACCGTGGTTTCGCGGGGACTTGGGGACGGGAGAA
AGAAGGCGGAAAAGGGAGTAATTTACTCCGGTTCAGTGCTCCATGTGTTCTGCAGAACAA
CCGAGAGTTTGAGGGAAAGGACGGGGTGAAGAACTACTTTTCAGGGCTGTTTCTTTGTAG
ACCTACAGGACAAGGGAAGTCTATGCTTATAGTTAGGTTTGGTGTCACGAAAAGATCGCC
TTTGGTTCAGGTGTTACCTCTATGGTTCTGGCATCAGAATGCATGCAAGGTCTTTGAACA
GGACATGGGGTTTCTATCGTCACAAAACGAGGTTTTGATGAAGGAGAAAGTACCAACTAA
GGAGTTATATCTTAACCTAAAGTCATCAGACACGTGGGTTGCTGAATATAGAAAGTGGAT
GGACAAAGTTGGTCATGGGATGCCTTACCATTTCGGGCATAGGACAATCTCTCTCCCTAA
GGTCCCTCCTGTGGTGGAACACGCCCCTGCGGGACTCATTGCAGGTCTCTCGGCTTCTTA
CCCTGCAAAAGGTGGAGTTGGTACTATGCAGGCTCCCAATTTGGCTAACCGCTACTTCAG
ACATGTGATCCATTGTAGAAGCTGCAGCAAAGTGATCAAATCTTTTGAACTCTGGAAAAA
TATCCTCTTTGGCACAGCCGTGGCCTTGACGGCTTTGGCCATTCTGGTGGTTAGTAGGCA
GTGGAAGGCTGTACTGTTAGGTTCAGCTGCGTTGTGCTCAGCTTCAGCTTATGCTTGCTT
AAGAGCTATACAAATGAACACCAATAACTTCATTAGAACACACAGAAGACTATGAAAAAA
ATGTGTACCGGTATGGCATGTCTCTTCTTCCTACCAATTTGTATTTCTGTAAAATACTAT
TTTGCTTGTGATCATGAAGTTTATATGTTGCAAAAACTTGAGCCATTTCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 
0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B243TF U 1
AF RR3GU30TF U 487
AF RR3AA03JQ C 727
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AF RR3DQ93TF U 797
AF RR3B243JQ C 738
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BS 665 725 RR3B243TF
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BS 734 897 RR3GU30TF
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BS 1232 1476 RR3DQ93TF
BS 1477 1494 RR3B243JQ

RD RR3B243TF 725 0 0
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GCTTGGTCTCACCGTCTTCGATCGCCAGATTGTGTTGTACAGAGACGGCGAGGGAACGCT
TCGCTGTTACGAAGATCGGTGTCCACATCGGTTAGCTAAGTTGTCTGAAGGACAACTGAT
TGATGGGAGGTTGGAATGTTTGTACCATGGTTGGCAATTTGAAGGAGATGGCAAATGCGT
CAAGATACCTCAGCTTCCTGCGAGTGCCAAGATTCCAAAGGTTGCTTGTGTGAAGACCTA
CGAGGTGAAGGATTCACAGGGAGTTGTGTGGGTTTGGATGTCTACGAAGACGCCTCCAGA
CCCGGAAAAGCTTCCTTGGTTCGAGAATTTCGCTAGACCTGGTTTCTATGACATCTCCGG
TGTTCACGAGCTACCTTACGACCACTCCATCCTTCTAGAGAATCTGATGGATCCGGCTCA
TGTCCCTATCTCTCATGACAGAACTGACTTCACTGCTAAAAGAGAAGATGCGCAGCCGCT
TGTCTTTGAGGTCACGGAGAGAACTAACCGTGGTTTCGCGGGGAGTTGGGGACGGGAGAA
AGAAGGCGGGAAAGGGAGTAATTTACTCCGGTTCAGTGCTCCATGTGTTCTGCAGAACAA
CCGGGAGTTTGAGGGAAAGGACGGGGTGAAGAACTACTTTTCAGGGCTGTTTCTTTGTAG
ACCTA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3GU30TF 745 0 0
G
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GAGGTCACGGAGAGAACTAACCGTGGTTTCGCGGGGACTTGGGGACGGGAGAAAGAAGGC
GGAAAAGGGAGTAATTTACTCCGGTTCAGTGCTCCATGTGTTCTGCAGAACAACCGAGAG
TTTGAGGGAAAGGACGGGGTGAAGAACTACTTTTCAGGGCTGTTTCTTTGTAGACCTACA
GGACAGGGGAAGTCTATGCTTATAGTTAGGTTTGGTGTCACGAAAAGATCGCCTTTGGTT
CAGGTGTTACCTCTATGGTTCTGGCATCAGAATGCATGCAAGGTCTTTGAACAGGACATG
GGGTTTCTATCGTCACAAAACGAGGTTTTGATGAAGGAGAAAGTACCAACAAAGGAGTTG
TATCTTAACCTAAAGTCATCAGACACGTGGGTTGCTGAATATAGAAAGTGGATGGACAAA
GTTGGTCATGGGATGCCTTACCATTTCGGGCATAGGACAATCTCTCTCCCTAAGGTCCCT
CCTGTGGTGGAACACGCCCCTGCGGGACTCATTGCAGGTCTCTCGGCTTCTTACCCTGCA
AAAGGTGGAGTTGGTACTATGCAGGCTCCCAATTTGGCTAACCGCTACTTCAGACATGTG
ATCCATTGTAGAAGCTGCAGCGAAGTGATCAAATCTTTTGAACTCTGGAAAAATATCCTC
TTTGGCACAGCCGTGGCCTTGACG

QA 2 745 2 745
DS 

RD RR3AA03JQ 754 0 0
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TCAGGTGTTACCTCTATGGTTCTGGCATCAGAATGCATGCAAGGTCTTTGAACAGGACAT
GGGGTTTCTATCGTCACAAAACGAGGTTTTGATGAAGGAGAAAGTACCAACTAAGGAGTT
ATATCTTAACCTGAAGTCATCAGACACGTGGGTTGCTGAATATAGAAAGTGGATGGACAA
AGTTGGTCATGGGATGCCTTACCATTTCGGGCATAGGACAATCTCTCTCCCTAAGGTCCC
TCCTGTGGTGGAACACGCCCCTGCGGGACTCATTGCAGGTCTCTCGGCTTCTTATCCTGC
AAAAGGTGGAATTGGTACTATGCAGGCTCCTAATTTGGCTAACCGCTACTTCAGACATGT
GATCCATTGTAGAAGCTGCAGCAAAGTGATCAAATCTTTTGAACTCTGGAAAAATATCCT
CTTTGGCACAGCCGTGGCCTTGACGGCTTTGGCCATTCTGGTGGTTAGTAGGCAGTGGAA
GGCTGTACTGTTAGGTTCAGCTGCGTTGTGCTCAGCTTCAGCTTATGCTTGCTTAAGAGC
TATACAAATGAACACCAATAACTTCATTAGAACACACAGAAGACTATGAAAAAAATGTGT
ACCGGTATGGCATGTCTCTTCTTCCTACCAATTTGTATTTCTGTAAAATACTATTTTGCT
TGTGATCATGAAGTTTATATGTTGCAAAAA
CTCC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3GU30JQ 693 0 0
TTTGGTGTCACGAAAAGATCGCCTTTGGTTCAGGTGTTACCTCTATGGTTCTGGCATCAG
AATGCATGCAAGGTCTTTGAACAGGACATGGGGTTTCTATCGTCACAAAACGAGGTTTTG
ATGAAGGAGAAAGTACCAACAAAGGAGTTGTATCTTAACCTAAAGTCATCAGACACGTGG
GTTGCTGAATATAGAAAGTGGATGGACAAAGTTGGTCATGGGATGCCTTACCATTTCGGG
CATAGGACAATCTCTCTCCCTAAGGTCCCTCCTGTGGTGGAACACGCCCCTGCGGGACTC
ATTGCAGGTCTCTCGGCTTCTTACCCTGCAAAAGGTGGAGTTGGTACTATGCAGGCTCCC
AATTTGGCTAACCGCTACTTCAGACATGTGATCCATTGTAGAAGCTGCAGCGAAGTGATC
AAATCTTTTGAACTCTGGAAAAATATCCTCTTTGGCACAGCCGTGGCCTTGACGGCTTTG
GCCATTATGGTGGTTAGTAGGCAGTGGAAGGCTGTACTGTTAGGTTCAGCTGCGTTGTGC
TCAGCTTCAGTTTATGCTTGCTTAAGAGCTATACAAATGAACACCAATAACTTCATTAGA
ACACACAGAAGGCTATGAAAAAATT*TGTACCGGCATGGCATGTCTCTTCTTCCTACCAA
TTTGTATTTCTATAAAATACTATTTTGCTTGT
G

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3DQ93TF 680 0 0
GG
TCTATGGTTCTGGCATCAGAATGCATGCAAGGTCTTTGAACAGGACATGGGGTTTCTATC
GTCACAAAACGAGGTTTTGATGAAGGAGAAAGTACCAACTAAGGAGTTATATCTTAACCT
GAAGTCATCAGACACGTGGGTTGCTGAATATAGAAAGTGGATGGACAAAGTTGGTCATGG
GATGCCTTACCATTTCGGGCATAGGACAATCTCTCTCCCTAAGGTCCCTCCTGTGGTGGA
ACACGCCCCTGCGGGACTCATTGCAGGTCTCTCGGCTTCTTATCCTGCAAAAGGTGGAAT
TGGTACTATGCAGGCTCCTAATTTGGCTAACCGCTACTTCAGACATGTGATCCATTGTAG
AAGCTGCAGCAAAGTGATCAAATCTTTTGAACTCTGGAAAAATATCCTCTTTGGCACAGC
CGTGGCCTTGACGGCTTTGGCCATTCTGGTGGTTAGTAGGCAGTGGAAGGCTGTACTGTT
AGGTTCAGCTGCGTTGTGCTCAGCTTCAGCTTATGCTTGCTTAAGAGCTATACAAATGAA
CACCAATAACTTCATTAGAACACACAGAAGACTATGAAAAAAATGTGTACCGGTATGGCA
TGTCTCTTCTTCCTACCAATTTGTATTTCTGTAAAATACTATTTTGCTTGTGATCATGAA
GTTTATATGTTGCAAAAA

QA 3 680 3 680
DS 

RD RR3B243JQ 757 0 0
AGTCTATGCTTATAGTTAGGTTTGGTGTCACGAAAAGAACGCCTTTGGTTCAGGCGTTAC
CTCTATGGTTCTGGCATCAGAATGCATGCAAGGTCTTTGAACAGGACATGGGGTTTCTAT
CGTCACAAAACGAGGTTTTGATGAAGGAGAAAGTACCAACTAAGGAGTTATATCTTAACC
TAAAGTCATCAGACACGTGGGTTGCTGAATATAGAAAGTGGATGGACAAAGTTGGTCATG
GGATGCCTTACCATTTCGGGCATAGGACAATCTCTCTCCCGAAGGTCCCTCCTGTGGTGG
AACACGCCCCTGCGGGACTCATTGCAGGTCTTTCGGCTTCTTACCCTGCAAAAGGTGGAG
TTGGTACTATGCAGGCTCCCAATTTGGCTAACCGCTACTTCAGACATGTGATCCATTGTA
GAAGCTGCAGCAAAGTGATCAAATCTTTTGAACTCTGGAAAAATATCCTCTTTGGCACAG
CCGTGGCCTTGACGGCTTTGGCCATCATGGTGGTTAGTAGGCAGTGGAAGGCTGTACTGT
TAGGTTCAGCTGCGTTGTGCTCAGCTTCAGCTTATGCTTGCTTAAGAGCTATACAAATGA
ACACCAATAACTTCATTAGAACACACAGAAGACTATGAAAA***TGTGTACCGGCATGGC
ATGTTTCTTCTTCCTACCAATTTGTATTTCCATAAAATACTATTTTGCTTGTAATCATGA
AGTTTATATGTTGCAAAAACTTGAGCCATTTCTTCCC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL1054Contig1 1065 2 4 U
GCGAAGACATTTTGAAAAGTATGGCGAAATCACTGACTTATACATGCCTAAGGACCACAA
ATCCAAGGAACACCGAGGAATTGGGTTTATCACATTCGCTACTTCTGATTCATTGGAGGA
ACTGATGGAAGACACACATGATCTGGGAGGCACAACGGTTGCTGTTGATCGAGCAACACC
AAAGGACGACGATCATCCTAGGCCGCCACCTCCAGCAGCTAGAATGCCACGCCCACCCGT
GGCTGTTGCAGCAGGTGGGTTTGGAGCTCCAGGTGGTTACGGAGCTTACGATGCTTACAT
CTCTGCAGCTACAAGATACGCTGCTCTCGGTGCTCCTACCCTCTATGACAATGCCGCTTC
CTTCTATGGAAGAGCTGAACCAACGAGGGGAATAGGTAACAAGATCTTTGTTGGACGCCT
TCCTCAAGAAGCATCCGTTGATGATCTCCGTGACTACTTCGGTAGATTTGGCCGTATTCA
AGATGCATATATTCCAAAGGATCCAAAGAGAAGTGGACATAGAGGTTTCGGATTCGTTAC
CTTTGCTGAGAACGGTGTTGCGGATCGTGTAGCCAGGAGATCTCATGAAATATGTGGACA
AGAGGTAGCAATAGATCCAGCAACGCCTCTTGATGAAGCTGCTGGACCTAGCGGCGCTGG
TGGTGGAGGAGGTTCTTCTTCTTCTCGTCCTGAACATTTTGGTGGTTACGCTGGAGGTGG
TCCAATGCGCACTTTTGGTCGAATGTATGGAGGAGGCATGAGCTTGGACGATTGGGGATA
TGGAGTACCGAGCGCAAGACCATCAAGATCAGACTGGAGGTACCGCCCATACTAATGCCA
CCACCAGACAACAGACAAAAGACATTATCCTTTAGCTCTTGCTTTGTTGTTTTATTAATC
TTCACTCATCAAATACATTAAACTATTTTACTTGTTATTGGTGAGAACCTGCTTTGTTGT
TGTTGAAACATATAAAGAGCTTTACAAGAACAATTTGCAGTGTACATTTTGTTGTTCTTT
TTGTTCAAATTTGTGTTTTTAGAAAGAATACAAAATTCATAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN82TF U 1
AF RR3D470JQ C 283
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BS 654 1065 RR3D470JQ

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GGCTGTTGCAGCAGGTGGGTTTGGAGCTCCAGGTGGTTACGGAGCTTACGATGCTTACAT
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CTTCTATGGAAGAGCTGAACCAACGAGGGGAATAGGTAACAAGATCTTTGTTGGACGCCT
TCCTCAAGAAGCATCCGTTGATGATCTCCGTGACTACTTCGGTAGATTTGGCCGTATTCA
AGATGCATATATTCCAAAGGATCCAAAGAGAAGTGGACATAGAGGTTTCGGATTCGTTAC
CTTTGCTGAGAACGGTGTTGCGGATCGTGTAGCCAGGAGATCTCATGAAATATGTGGACA
AGAGGTAGCAATAGATTCAGCAACGCCTCTTGATGAAGCTGCTGGACCTAGCG
GC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3D470JQ 783 0 0
AGCTTACGATGCTTACATCTCTGCAGCTACAAGATACGCTGCTCTCGGTGCTCCTACCCT
CTATGACAATGCCGCTTCCTTCTATGGAAGAGCTGAACCAACGAGGGGAATAGGTAACAA
GATCTTTGTTGGACGCCTTCCTCAAGAAGCATCCGTTGATGATCTCCGTGACTACTTCGG
TAGATTTGGCCGTATTCAAGATGCATATATTCCAAAGGATCCAAAGAGAAGTGGACATAG
AGGTTTCGGATTCGTTACCTTTGCTGAGAACGGTGTTGCGGATCGTGTAGCCAGGAGATC
TCATGAAATATGTGGACAAGAGGTAGCAATAGATCCAGCAACGCCTCTTGATGAAGCTGC
TGGACCTAGCGGCGCTGGTGGTGGAGGAGGTTCTTCTTCTTCTCGTCCTGAACATTTTGG
TGGTTACGCTGGAGGTGGTCCAATGCGCACTTTTGGTCGAATGTATGGAGGAGGCATGAG
CTTGGACGATTGGGGATATGGAGTACCGAGCGCAAGACCATCAAGATCAGACTGGAGGTA
CCGCCCATACTAATGCCACCACCAGACAACAGACAAAAGACATTATCCTTTAGCTCTTGC
TTTGTTGTTTTATTAATCTTCACTCATCAAATACATTAAACTATTTTACTTGTTATTGGT
GAGAACCTGCTTTGTTGTTGTTGAAACATATAAAGAGCTTTACAAGAACAATTTGCAGTG
TACATTTTGTTGTTCTTTTTGTTCAAATTTGTGTTTTTAGAAAGAATACAAAATTCATAG
AGC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 6

CO CL1055Contig1 562 6 7 U
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ACTTCAAACAAAGAAAGGAAAACGGTCTCGGTATCAAAATACAAAATAACGAACTAGTGG
ACGAAACCACAGCTAAATCAAAGTTTTGTACTTTGCTTCATATGTTGCTCGGATACATGA
AGACTCTGACCCTCATTCCCATGGACTTAGGAGGCAAGTTGGATGTGAATTTGGCACGGA
CAACACCGCTGTTACCGTGAGGCCTGGTAACTTTGCCCCAGATGCAGCGGTAGTGGCTAC
CGTTCTTCTTGGTCTTAGCCTTGTAGATGTAAGCCATCCTCTTTCCCTTGTACCATGTCA
CCTCCTCTGTAGTGTTGACTCCTTCAATCTGAATAAGGGACGTGTTTGGGTACTGGTTGG
ACTTGGACCTTTTGTATCCCAAGATGGTTCCCCTAACGTAGAGTCTGACACGTTCTCCTT
GGCGTCCCTTGACCATTTTCTCGTCCGCTGATAAACACGCACAAGACTGCTACTGCAAAT
GAGGAAGACGGAGAAGCAATCC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D371JQ U 27
AF RR3GY23JQ U 1
AF RR3GY23TF C 1
AF RR3FO15JQ U 6
AF RR3FO15TF C 6
AF RR3D371TF C 27
BS 1 176 RR3GY23JQ
BS 177 177 RR3D371JQ
BS 178 355 RR3GY23JQ
BS 356 356 RR3D371JQ
BS 357 548 RR3GY23JQ
BS 549 553 RR3GY23TF
BS 554 562 RR3D371TF

RD RR3D371JQ 495 0 0
GG
GATATTAAAGTCGTTCAGATAATCACCAAAACACTTCAAACAAAGAAAGGAAAACGGTCT
CGGTATCAAAATACAAAATAACGAACTAGTGGACGAAACCACAGCTAAATCAAAGTTTTG
TACTTTGCTTCATATGTTGCTCGGATACATGAAGACTCTGACCCTCATTCCCATGGACTT
AGGAGGCAAGTTGGATGTGAATTAGGCACGGACAAAACCGCTGTTACCGTGAGGCCTGGT
AACTTTGCCCCAGATGCAGCGGTAGTGGCTACCGTTCTTCTTGGTCTTAGCTTTGTAGAT
ATAAGCCATCCTCTTTCCCTTGTACCATGTCACCTCCTCTGTAGTGTTGACTCCTTCAAT
CTGAATAAGGGACGTGTTTGGGTACTGGTTGGACTTGGACCTTTTGTATCCCAAGATGGT
TCCCCTAACGTAGAGTCTGACACGTTCTCCTTGGCGTCCCTTGACCATTTTCTCGTCCGC
TGATAAACACGCA

QA 3 495 3 495
DS 

RD RR3GY23JQ 548 0 0
AGTTTGGGATTAAAAACAGAATCCATGAGATATTAAAGTCGTTCAGATAATCACCAAAAC
ACTTCAAACAAAGAAAGGAAAACGGTCTCGGTATCAAAATACAAAATAACGAACTAGTGG
ACGAAACCACAGCTAAATCAAAGTTTTGTACTTTGCTTCATATGTTGCTCGGATACCTGA
AGACTCTGACCCTCATTCCCATGGACTTAGGAGGCAAGTTGGATGTGAATTTGGCACGGA
CAACACCGCTGTTACCGTGAGGCCTGGTAACTTTGCCCCAGATGCAGCGGTAGTGGCTAC
CGTTCTTCTTGGTCTTAGCCTTGTAGATGTAAGCCATCCTCTTTCCCTTGTACCACGTCA
CCTCCTCTGTAGTGTTGACTCCTTCAATCTGAATAAGGGACGTGTTTGGGTACTGGTTGG
ACTTGGACCTTTTGTATCCCAAGATGGTTCCCCTAACGTAGAGTCTGACACGTTCTCCTT
GGCGTCCCTTGACCATTTTCTCGTCCGCTGATAAACACGCACAAGACTGCTACTGCAAAT
GAGGAAGA

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3GY23TF 562 0 0
AGTTT
GGGATTAAAAACAGAATCCATGAGATATTAAAGTCGTTCAGATAATCACCAAAACACTTC
AAACAAAGAAAGGAAAACGGTCTCGGTATCAAAATACAAAATAACGAACTAGTGGACGAA
ACCACAGCTAAATCAAAGTTTTGTACTTTGCTTCATATGTTGCTCGGATACCTGAAGACT
CTGACCCTCATTCCCATGGACTTAGGAGGCAAGTTGGATGTGAATTTGGCACGGACAACA
CCGCTGTTACCGTGAGGCCTGGTAACTTTGCCCCAGATGCAGCGGTAGTGGCTACCGTTC
TTCTTGGTCTTAGCCTTGTAGATGTAAGCCATCCTCTTTCCCTTGTACCACGTCACCTCC
TCTGTAGTGTTGACTCCTTCAATCTGAATAAGGGACGTGTTTGGGTACTGGTTGGACTTG
GACCTTTTGTATCCCAAGATGGTTCCCCTAACGTAGAGTCTGACACGTTCTCCTTGGCGT
CCCTTGACCATTTTCTCGTCCGCTGATAAACACGCACAAGACTGCTACTGCAAATGAGGA
AGACGGAG
AAGCAATCC

QA 6 553 6 553
DS 

RD RR3FO15JQ 540 0 0
GGGATTAAAAACAGAATCCATGAGATATTAAAGTCGTTCAGATAATCACCAAAACACTTC
AAACAAAGAAAGGAAAACGGTCTCGGTATCAAAATACAAAATAACGAACTAGTGGACGAA
ACCACAGCTAAATCAAAGTTTTGTACTTTGCTTCATATGTTGCTCGGATACATGAAGACT
CTGACCCTCATTCCCATGGACTTAGGAGGCAAGTTGGATGTGAATTTGGCACGGACAACA
CCGCTGTTACCGTGAGGCCTGGTAACTTTGCCCCAGATGCAGCGGTAGTGGCTACCGTTC
TTCTTGGTATTAGCCTTGTAGATGTAAGCCATCCTCTTTCCCTTGTACCATGTCACCTCC
TCTGTAGTGTTGACTCCTTCAATCTGAATAAGGGACGTGTTTGGGTAATGGTTGGACTTG
GACCTTTTGTATCCCAAGATGGTTCCCCTAACGTAAAGTCTGACACGTTCTCCTTGGCGT
CCCTTGGCCATTTTCTCGTCCGCTGATAAACACGCACAAGACTGCTACTGCAAATGAGGA

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR3FO15TF 550 0 0
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AAACAAAGAAAGGAAAACGGTCTCGGTATCAAAATACAAAATAACGAACTAGTGGACGAA
ACCACAGCTAAATCAAAGTTTTGTACTTTGCTTCATATGTTGCTCGGATACATGAAGACT
CTGACCCTCATTCCCATGGACTTAGGAGGCAAGTTGGATGTGAATTTGGCACGGACAACA
CCGCTGTTACCGTGAGGCCTGGTAACTTTGCCCCAGATGCAGCGGTAGTGGCTACCGTTC
TTCTTGGTATTAGCCTTGTAGATGTAAGCCATCCTCTTTCCCTTGTACCATGTCACCTCC
TCTGTAGTGTTGACTCCTTCAATCTGAATAAGGGACGTGTTTGGGTAATGGTTGGACTTG
GACCTTTTGTATCCCAAGATGGTTCCCCTAACGTAGAGTCTGACACGTTCTCCTTGGCGT
CCCTTGGCCATTTTCTCGTCCGCTGATAAACACGCACAAGACTGCTACTGCAAATGAGGA
AGACGGAG
CC

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3D371TF 536 0 0
GG
GATATTAAAGTCGTTCAGATAATCACCAAAACACTTCAAACAAAGAAAGGAAAACGGTCT
CGGTATCAAAATACAAAATAACGAACTAGTGGACGAAACCACAGCTAAATCAAAGTTTTG
TACTTTGCTTCATATGTTGCTCGGATACATGAAGACTCTGACCCTCATTCCCATGGACTT
AGGAGGCAAGTTGGATGTGAATTAGGCACGGACAAAACCGCTGTTACCGTGAGGCCTGGT
AACTTTGCCCCAGATGCAGCGGTAGTGGCTACCGTTCTTCTTGGTCTTAGCTTTGTAGAT
ATAAGCCATCCTCTTTCCCTTGTACCATGTCACCTCCTCTGTAGTGTTGACTCCTTCAAT
CTGAATAAGGGACGTGTTTGGGTACTGGTTGGACTTGGACCTTTTGTATCCCAAGATGGT
TCCCCTAACGTAGAGTCTGACACGTTCTCCTTGGCGTCCCTTGACCATTTTCTCGTCCGC
TGATAAACACGCACAAGACTGCTACTGCAAATGAGGAAGACGGAGAAGCAATCC

QA 3 536 3 536
DS 



AS 1 7

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AGTGTTTGTGTCAACACTCTTTTTTCTACTCTCAAGTGAACCAACCAAAGAGCAAGACAG
ACAAGTTGTGTGTTTATAGAAAGTTAAAAAAAAAAAAA*GAAAGATAGTAGAAGAGGAAA
GAAGAAGAAGATTTAGGCAGCATATAGCTTGGTGAGATCTTCAGAAAACTCCTTCCTAAT
TACATCTCTTTTAAGCTTTAGTGCTGCTGTCACTAACCCTGACTCTGGCGTCCATGGAGC
CGCCAACAACTTGATCTTTGATGGTACCTCAAACTTCTCCAACCGCGACTGTTTAGCCGC
CTTAACAAGAGACGCATACACTTCTTTCACGGTTTGTTCTTTAGCACACAGCTCTTCGAA
GTTGGTGAACTCTATTCCTTGCTTTGACGCCCAACCTTCAAGCGTTTGTTGCGCAGCAAC
CACAAGAGCCACACAGTAAGAGTAAAACGGATCCGCATGAACCATTATGTTTTCAACGTA
TGGGCTTATACTGAGAGCAGCTTCCACTTTGCCCAAGGAGACATATTCCCCATGCTGAAG
TTTAACGATATCCTTCTTTCTGTCTATAATCTCAAGGCAACCATCAGGGTGAAACTGTCC
TATGTCTCCTGTGTAGAACCACCTCATCCCCTTTTCATCAACCTTGTAAACTTCTTTAGT
CTTCTCTTCATTCTTGAAATACCCAAGTGTAATATTAGAGCCACCAATTACAATTTCACC
ACGGGGCATTGGCTTATCACTGATTAAGTACCCGCCTTCCGGCCAGTCTATTAGCTTAAC
AAAGGAGCAAGGAAGTGGAGCACCCACACGCCCAACAGATGTATCATCAAACTCCGAGAA
GGTTCCCCCAGCACAAGTCTCTGTTAGTCCATATCCCTGACCGATTGGAGCCCCAACGCA
TATGTTAATGAATCTCTGAGTGTCACCAGAAAGAGGGGCTCCTCCAGAGAGCAAGTAACG
GAGTTGACCTCCCAAGACAGCACGGATTTTACCAAACACAAGCAGATCCCAGAGGAGCTT
CTCCAGTCCCCAGGCTCCAAACCAGCTTCCATTGATTGCAGATAATCTCCTAGCATATGC
AAAGTCAAACAGTTTCTTTGCCACTCCTCCCTTTGCATCAACCTTTTTGCGGACACCGTC
CCTGACACGATCAAGAATGGCTGGAACAGCTGTCATTATAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA35JQ U 1
AF RR3EB28JQ U 48
AF RR3AH75JQ U 68
AF RR3GO01JQ U 68
AF RR3GA35TF C 388
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AF RR3GO01TF C 621
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BS 1212 1242 RR3GO01TF

RD RR3GA35JQ 752 0 0
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TACATCTCTTTTAAGCTTTAGTGCTGCTGTCACTAACCCTGACTCTGGCGTCCATGGAGC
CGCCAACAACTTGATCTTTGATGGTACCTCAAACTTCTCCAACCG**ACTGTTTAGCCGC
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GTTGGTGAACTCTATTCCTTGCTTTGACGCCCAACCTTCAAGCGTTTGTTGCGCAGCAAC
CACAAGAGCCACACAGTAAGAGTAAAACGGATCCGCATGAACCATTATGTTTTCAACGTA
TGGGCTTATACTGAGAGCAGCTTCCACTTTGCCCAAGGAGACATATTCCCCATGCTGAAG
TTTAACGATATCCTTCTTTCTGTCTATAATCTCAAGGCAACCATCAGGGTGAAACTGTCC
TATGTCTCCTGTGTAGAACCACCTCATCCCCTTTTCATCAACCTTGTAAACTTCTTTAGT
CTTCTCTTCATTCTTGAAATACCCAAGTGTAA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3EB28JQ 727 0 0
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AAGAGCAAGACAGACAAGTTGTGTGTTTATAGAAAGTTAAAAAAAAAAAA**GAAAGATA
GTAGAAGAGGAAAGAAGAAGAAGATTTAGGCAGCATATAGCTTGGTGAGATCTTCAGAGA
ACTCCTTCCTAATTACATCTCTTTTAAGCTTTAGTGCTGCTGTCACTAACCCTGACTCTG
GCGTCCATGGAGCCGCCAACAACTTGATCTTTGATGGTACCTCAAACTTCTCCAACCGCG
ACTGTTTAGCCGCCTTAACAAGAGGCGCATACACTTCTTTCACGGTTTGTTCTTTAGCAC
ACAGCTCTTCGAAGTTGGTGAACTCTATTCCTTGCTTTGACGCCCAACCTTCAAGCGTTT
GTTGCGCAGCAACCACAAGAGCCACGCAGTAAGAGTAAAACGGATCCGCATGAACCATTA
TGTTTTCAACGTATGGGCTTATACTGAGAGCAGCTTCCACTTTGCCCAAGGAGACATATT
CCCCATGCTGAAGTTTAACGATATCCTTCTTTCTGTCTATAATCTCAAGGCAACCATCAG
GGTGAAACTGTCCTATGTCTCCTGTGTAGAACCACCTCATCCCCTTTTCATCAACCTTGT
AAACTTCTTTAGTCTTCTCTTCATTCTTGAAATACCCAAGTGTAATATTAGAGCCACCAA
TTACAAT

QA 1 727 1 727
DS 

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GTGTGTTTATAGAAGGTTAAAAAAAAAAAAA*GAAAGATAGTAGAAGAGGAAAGAGAAAG
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CTTTTAAGCTTTAGTGCTGCTGTCACTAACCCTGACTCTGGCGTCCATGGAGCCGCCAAC
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AGAGACGCATACACTTCTTTCACGGTTTGTTCTTTAGCACACAGCTCTTCGAAGTTGGTG
AACTCTATTCCTTGCTTTGACGCCCAACCTTCAAGCGTTTGTTGCGCAGCAACCACAAGA
GCCACACAGTAGGAGTAAAACGGATCCGCATGAACCATTATGTTTTCAACGTATGGGCTT
ATACTGAGAGCAGCTTCCACTTTGCCCAAGGAGACATATTCCCCATGCTGAAGTTTAACG
ATATCCTTCTTTCTGTCTATAATCTCAAGGCAACCATCAGGGTGAAACTGTCCTATGTCT
CCTGTGTAGAACCACCTCATCCCCTTTTCATCAACCTTGTAAACTTCTTTAGTCTTCTCT
TCATTCTTGAAATACCCAAGTGTAATATTAGAGCCACCAATTACAATTTCACCACGGGGC
ATTGGCTTATCACTGATTAAGTACCCGCCTTCCGG

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3GO01JQ 750 0 0
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GTGTGTTTATAGAAAGTTAAAAAAAAAAAAAAGAAAGATAGTAGAAGAGGAAAGAAGAAG
AAGATTTAGGCAGCATATAGCTTGGTGAGATCTTCAGAGAACTCCTTCCTAATTACATCT
CTTTTAAGCTTTAGTGCTGCTGTCACTAACCCTGACTCTGGCGTCCATGGAGCCGCCAAC
AACTTGATCTTTGATGGTACCTCAAACTTCTCCAACCGCGACTGTTTAGCCGCCTTAACA
AGAGACGCATACACTTCTTTCACGGTTTGTTCTTTAGCACACAGCTCTTCGAAGTTGGTG
AACTCTATTCCTTGCTTTGACGCCCAACCTTCAAGCGTTTGTTGCGCAGCAACCGCAAGA
GCCACACAGTAAGAGTAAAACGGATCCGCATGAACCATTATGTTTTCAACGTATGGGCTT
ATACTGAGAGCAGCTTCCACTTTGCCCAAGGAGACATATTCCCCATGCTGAAGTTTAACG
ATATCCTTCCTTCTGTCTATAATCTCAAGGCAACCATCAGGGTGAAACTGTCCTATGTCT
CCTGTGTAGAACCACCTCATCCCCTTTTCATCAACCTTGTAAACTTCTTTAGTCTTCTCT
TCATTCTTGAAATACCCAAGTGTAATATTAGAGCCACCAATTACAATTTCACCACGGGGC
ATTGGCTTATCACTGATTAAGTACCCGCCT

QA 1 750 1 750
DS 

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CGCCCAACCTTCAAGCGTTTGTTGCGCAGCAACCACAAGAGCCACACAGTAAGAGTAAAA
CGGATCCGCATGAACCATTATGTTTTCAACGTATGGGCTTATACTGAGAGCAGCTTCCAC
TTTGCCCAAGGAGACATATTCCCCATGCTGAAGTTTAACGATATCCTTCTTTCTGTCTAT
AATCTCAAGGCAACCATCAGGGTGAAACTGTCCTATGTCTCCTGTGTAGAACCACCTCAT
CCCCTTTTCATCAACCTTGTAAACTTCTTTAGTCTTCTCTTCATTCTTGAAATACCCAAG
TGTAATATTAGAGCCACCAATTACAATTTCACCACGGGGCATTGGCTTATCACTGATTAA
GTACCCGCCTTCCGGCCAGTCTATTAGCTTAACAAAGGAGCAAGGAAGTGGAGCACCCAC
ACGCCCAACAGATGTATCATCAAACTCCGAGAAGGTTCCCCCAGCACAAGTCTCTGTTAG
TCCATATCCCTGACCGATTGGAGCCCCAACGCATATGTTAATGAATCTCTGAGTGTCACC
AGAAAGAGGGGCTCCTCCAGAGAGCAAGTAACGGAGTTGACCTCCCAAGACAGCACGGAT
TTTACCAAACACAAGCAGATCCCAGAGGAGCTTCTCCAGTCCCCAGGCTCCAAACC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3AH75TF 845 0 0
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GAACTCTATTCCTTGCTTTGACGCCCA*CCTTCAAGCGTTTGTTGCGCAGCAACCACAAG
AGCCACACAGTAGGAGTAAAACGGATCCGCATGAACCATTATGTTTTCAACGTATGGGCT
TATACTGAGAGCAGCTTCCACTTTGCCCAAGGAGACATATTCCCCATGCTGAAGTTTAAC
GATATCCTTCTTTCTGTCTATAATCTCAAGGCAACCATCAGGGTGAAACTGTCCTATGTC
TCCTGTGTAGAACCACCTCATCCCCTTTTCATCAACCTTGTAAACTTCTTTAGTCTTCTC
TTCATTCTTGAAATACCCAAGTGTAATATTAGAGCCACCAATTACAATTTCACCACGGGG
CATTGGCTTATCACTGATTAAGTACCCGCCTTCCGGCCAGTCTATTAGCTTAACAAAGGA
GCAAGGAAGTGGAGCACCCACACGCCCAACAGATGTATCATCAAACTCCGAGAAGGTTCC
CCCAGCACAAGTCTCTGTTAGTCCATATCCCTGACCGATTGGAGCCCCAACGCATATGTT
AATGAATCTCTGAGTGTCACCAGAAAGAGGGGCTCCTCCAGAGAGCAAGTAACGGAGTTG
ACCTCCCAAGACAGCACGGATTTTACCAAACACAAGCAGATCCCAGAGGAGCTTCTCCAG
TCCCCAGGCTCCAAACCAGCTTCCATTGATTGCAGATAATCTCCTAGCATATGCAAAGTC
AAACAGTTTCTTTGCCACTCCTCCCTTTGCATCAACCTTTTTGCGGACACCGTCCCTGAC
ACGAT

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR3GO01TF 622 0 0
TGTCTATAATCTCAAGGCAACCATCAGGGTGAAACTGTCCTATGTCTCCTGTGTAGAACC
ACCTCATCCCCTTTTCATCAACCTTGTAAACTTCTTTAGTCTTCTCTTCATTCTTGAAAT
ACCCAAGTGTAATATTAGAGCCACCAATTACAATTTCACCACGGGGCATTGGCTTATCAC
TGATTAAGTACCCGCCTTCCGGCCAGTCTATTAGCTTAACAAAGGAGCAAGGAAGTGGAG
CACCCACACGCCCAACAGATGTATCATCAAACTCCGAGAAGGTTCCCCCAGCACAAGTCT
CTGTTAGTCCATATCCCTGACCGATTGGAGCCCCAACGCATATGTTAATGAATCTCTGAG
TGTCACCAGAAAGAGGGGCTCCTCCAGAGAGCAAGTAACGGAGTTGACCTCCCAAGACAG
CACGGATTTTACCAAACACAAGCAGATCCCAGAGGAGCTTCTCCAGTCCCCAGGCTCCAA
ACCAGCTTCCATTGATTGCAGATAATCTCCTAGCATATGCAAAGTCAAACAGTTTCTTTG
CCACTCCTCCCTTTGCATCAACCTTTTTGCGGACACCGTCCCTGACACGATCAAGAATGG
CTGGAACAGCTGTCATTATAGC

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 7

CO CL1057Contig1 986 7 15 U
GTGCAATGGTGTTATTCAATTAGGAACTCTTAAGAATATATAGACATATCAAGAGGGAAA
CTAAAGTCTTAAAAAAACAGTAGTAGTGTTGATGATACAAAAGAAAGTATGAGTTGAAAC
TAAACCTTCAAGAGCTTTCTTGATGTTGCTTGAGCCGAACATTGGTGTTCTTCAAATCCG
AAGTTGCTCCATCAACATTCGTTTCCATTTCATCCATCAATGGGACTTGCTTGTCAAGTT
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TCATATCCAGCTAAACCATTCTTCATAAGCTAAGATTCCATAATCACACTAAAACCCATA
ACATAAAACGCATAAAGATCCAAACTTTATATGACCTTAACACTCTCGAGGATATCCTAA
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ACGCATAAAGATCAAAACTTTATACGACTTTATGAAACTCAAGTGCAGCTTCTCCCTCTG
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TATTAAAGGACCCAGGGAAAAACCCTGGAAGATTCAATTGAAGGAACCACCACCACGCTT
GTGTTTCTGGTGAGTAGCAACCTCGCCTTCGTTAGGGAAAAATCCCATGAGCCGACCCGC
AGAGTTCTGGTAAGCGTACATGAAACCACCCATGAGTCCGATCAATCCTCCTGTTACCAT
CGACGGTCCCTTGATGCCTGGCTTGATCCCTGATAAGTAGCCGGACGGTTACAGAAACGC
CGGTGATGGTTGAGAAGATGTTCGAAGTTGGAAGACGAAGAAGACGAAACAAAAGAAACA
CAAAACTGTTCCCAACCATTCAGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 15 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 45 45 
45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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C

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TTGTGTTTCTGGTGA
C

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DS 

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CATTCTTCATAAGCTAAGATTCCATAATCACACTAAAACCCATAACATAAAACGCATAAA
GATCCAAACTTTATATGACCTTAACACTCTCGAGGATATCCTAAGCTAAGATTCCACAGA
TCCAAGGCTTTGCTTCCAAGTCACACTAAAACCCATAACATAAAACGCATAAAGATCAAA
ACTTTATACGACTTTATGAAACTCAAGTGCAGCTTCTCCCTCTGCAATCCAATACTTACA
CAAACCACGCTAAAACAAGCTCTTACAAGATTAGTCTAATTGCAGCAGTAAAGAACCCCC
ATTGCAATTGAAGGAACCACCACCACGCTCAGTTTTTTTT*AATTATTAAAGGACCCAGG
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GCAACCTCGCCTTCGTTAGGGAAAAATCCCATGAGCCGACCCGCAGAGTTCTGGTAAGCG
TACATGAAACCACCCATGAGTCCGATCAATCCTCTTGTTACCATCGACGGTCCCTTGATG
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GATGTTC
CC

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DS 

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TAACACTCTCGAGGATATC*TAAGCTAAGATTCCACAGATCCAAGGCTTTGCTTCCAAGT
CACACTAAAACCCATAACATAAAACGCATAAAGATCAAAACTTTATACGACTTTATGAAA
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CTTACAAGATTAGTCTAATTGCAGCAGTAAAGAACCCTCATTGCAATTGAAGGAACCACC
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TTGAAGGAACCACCACCACGCTTGTGTTTCTGGTGAGTAGCAACCTCGCCTTCGTTAGGG
AAAAATCCCATGAGCCGACCCGCAGAGTTCTGGTAAGCGTACATGAAACCACCCATGAGT
CCGATCAATCCTCCTGTTACCATCGACGGTCCCTTGATGCCTGGCTTGATCCCTGATAAG
TAGCCGGACGGTTACAGAAACGCCGGTGATGGTTGAGAAGATGTTCGAAGTTGGAAGACG
AAGAAGACGAAACAAAAGAAACACAAAACTGTTCCCAACCATTCAGATT

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 7

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TAAAATAACATATCGATAGAAAATGATACAAATCCAGCCAGTTATGATCATTGTGCAACA
GATAAGTATGCTGTATGCGAAGAAGATGTGGATTGATCATATATCAAACACACCATTAAA
TGCAAATCAGTGATAAAATGACAAGAAGTGATTATTGAAGTATCTAAAAGATTTATTCCA
AACTCCCAAACTTTGATTTTAATCTTAAGTAGTCTCTTTTGATCAAATAAGGCGTCTGCA
GAGCGTGACACCATCTCCAATGGAAATCTGAGAGACTTCGACACGAGTATCCAAAGCCAA
TTTCTTATTGAACTCTATAAGAGCCTCTCTATATTCCCTCATATGATCAGGAACTCCCTC
TTCGTCCTCAGCCACAAAACCAAACCACAAGGTGTTGTCAAACGCAATGATTCCTCCAAC
CTTCACCAATTTCAGAAGCCTCTCATGGAAGTTGGGGTAGTTTGACTTGTCAGCATCCGC
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GGCTGTGGTGAGAAGAGAGTAACCAGTGAAAACACCGAGCTCGAGAGTGTTCTTAGCGTT
CGTGATCTTTAAAAGCATCGATAGAAAAAGTCCCTCATCAACCGGAACTTCCATCTCGCT
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TGGATATGCTGACGTTTCTAAGATGTACTGTTTCAGAGCTTCGCTCTTGAGGATCCCTTT
GGAAGGTATTTCATCCGCCATATTTCAGTCTCGTGATAATGACC


BQ
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 15 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 20 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH73JQ U 1
AF RR3CC27JQ U 132
AF RR3H793JQ U 151
AF RR3DP21JQ U 50
AF RR3H793TF C 224
AF RR3DP21TF C 712
AF RR3CC27TF C 238
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BS 794 794 RR3DP21JQ
BS 795 803 RR3EH73JQ
BS 804 808 RR3DP21JQ
BS 809 809 RR3CC27JQ
BS 810 810 RR3H793TF
BS 811 910 RR3DP21JQ
BS 911 963 RR3H793TF
BS 964 964 RR3DP21TF
BS 965 997 RR3H793TF
BS 998 1004 RR3CC27TF

RD RR3EH73JQ 803 0 0
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TAAACTAACATATCGATAGAAAATGATACAAATCCAGCCAGTTATGATCATTGTGCAACA
GATAAGTATGCTGTATGCGAAGAAGATGTGGATTGATCATATATCAAACACACCATTAAA
TGCAAATCAGTGATAAAATGACAAGAAGTGATTATTGAAGTATCTAAAAGATTTATTCCA
AACTCCCAAACTTTGATTTTAATCTTAAGTAGTCTCTTTTGATCAAATAAGGCGTCTGCA
GAGCGTGACACCATCTCCAATGGAAATCTGAGAGACTTCGACACGAGTATCCAAAGCCAA
TTTCTTATTGAACTCTATAAGAGCCTCTCTATATTCCCTCATATGATCAGGAACTCCCTC
TTCGTCCTCAGCCACAAAACCAAACCACAAGGTGTTGTCAAACGCAATGATTCCTCCAAC
CTTCACCAATTTCAGAAGCCTCTCATGGAAGTTGGGGTAGTTTGACTTGTCAGCATCCGC
AAATGCGAAATCAAACTCCTGATTATCATTCACCAATTGGTCTAGGGCCGTAATACCATC
GGAATGAATGAAATTGATCTTGTGATCAACGCCTGCCTTCTTGATAAACTCTAGTCCCAC
TTCGTAGGCTTCTTTGTCAACATCTATTGCAGTAATGCGGCCATCTTTTGGCAAAGCGAG
GGCTGTGGTGAGAAGAGAGTAACTAGTGAAAACACCGAGCTCGAGAGTGTTCTTAGCGTT
CGTGATCTTTAAA*GCATCGATA

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DS 

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ACGCGAA
GAAGACGATGTGGATTGATCATATATCAAACACACCATTAAATGCAAATCAGTGATAAAA
TGACAAG***TGATTATTGAAGTATCTAAAAGATTTATTCCAAACTCCCAAACTTTGATT
TTAATCTCAAGTAGTCTCTTTTGATCAAATAAGGCGTCTGCAGAGTGTGACACCATCTCC
AATGGAAAT**GAGAGACTTCGACACGAGTATCCAAAGCCAATTTCTTATTGAACTCTAT
AAGAGCCTCTCTATATTCCCTCATATGATCAGGAACTCCCTCTTCGTCCTCAGCCACAAA
ACCAAACCACAAGGTGTTGTCAAACGCAATGATTCCTCCAACCTTCACCAATTTCAGAAG
CCTCTCATGGAAGTTGGGGTAGTTTGACTTGTCAGCATCCGCAAATGCGAAATCAAACTC
CTGATTATCATTCACCAATTGGTCTAGGGCCGTAATACCATCGGAATGAATGAAATTGAT
CTTGTGATCAACACCTGCCTTCTTGATAAACTCTAGTCCCACTTCGTAGGCTTCTTTGTC
AACATCTATTGCAGTAATGCGGCCATCTTTTGGCAAGGCGAGGGCTGTGGTTAGAAGAGA
GTAACCAGTGAAAACACCGAGCTCGAGAGTGTTCTTAGCGTTCGTGATCTTTAAAAGCAT
CGATAGAAAAA

QA 8 678 8 678
DS 

RD RR3H793JQ 645 0 0
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ATTATTGAAGTATCTAAAAGATTTATTCCAAACTCCCAAACTTTGATTTTAATCTTAAGT
AGTCTCTTTTGATCAAATAAGGCGTCTGCAGAGCGTGACACCATCTCCAATGGAAATCTG
AGAGACTTCGACACGAGTATCCAAAGCCAATTTCTTATTGAACTCTATAAGAGCCTCTCT
ATATTCCCTCATATGATCAGGAACTCCCTCTTCGTCCTCAGCCACAAAACCAAACCACAA
GGGGTTGTCAAACGCAATGATTCCTCCAACCTTCACCAATTTCAGAAGCCTCTCATGGAA
GTTGGGGTAGTTTGACTTGTCAGCATCCGCAAATGCGAAATCAAACTCCTGATTATCATT
CACCAATTGGTCTAGGGCCGTAATACCATCGGAATGAATGAAATTGATCTTGTGATCAAC
ACCTGCCTTCTTGATAAACTCTAGTCCCACTTCGTAGGCTTCTTTGTCAACATCTATTGC
AGTAATGCGGCCATCTTTTGGCAAAGCGAGGGCTGTGGTGAGAAGAGAGTAACCAGTGAA
AACACCGAGCTCGAGAGTGTTCTTAGCGTTCGTGATCTTTAAAAG

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3DP21JQ 861 0 0
AAAGTAGTTCATAAAATAACATATCGATAGAAAATGATACACATCCAGCCAGTTATGATC
ATTGTGCAACAGATGAGTATGCTGTATGCGAAGAAGATGTGGATTGATCATATATCAAAC
ACACCATTAAATGCAAATCAGTGATAAAATGACAAGAAGTGATTACTGAAGTATCTAAAA
GATTTATTCCAAACTCCCAAACTTTGATTTTAATCTTAAGTAGTCTCTTTTGATCAAATA
AGGCGTCTGCAGAGCGTGACACCATCTCCAATGGAAATCTGAGAGACTTCGACACGAGTA
TCCAAAGCCAATTTCTTATTGAACTCTATAAGAGCCTCTCTATATTCCCTCATATGATCA
GGAACTCCCTCTTCGTCCTCAGCCACAAAACCAAACCACAAGGTGTTGTCAAACGCAATG
ATTCCTCCAACCTTCACCAATTTCAGAAGCCTCTCATGGAAGTTGGGGTAGTTTGACTTG
TCAGCATCCGCAAATGCGAAATCAAACTCCTGATTATCATTCACCAATTGGTCTAGGGCC
GTAATACCATCGGAATGAATGAAATTGATCTTGTGATCAACACCTGCCTTCTTGATAAAC
TCTAGTCCCACTTCGTAGGCTTCTTTGTCAACATCTATTGCAGTAATGCGGCCATCTTTT
GGCAAAGCGAGGGCTGTGGTGAGAAGAGAGTAACCAGTGAGAACACCGAGCTCGAGAGTG
TTCTTAGCGTTCGTGATCTTTAAAAGCATCGATAGAAAAG*TCCCTCATCAACCGGAACT
TCCATCTCGCTTAAATTGCCATATTTCTGGACTGTAGCTTTACGAAGTTCCTTGAGTAGC
TCATGCTCTCTTGGATATGCT

QA 1 861 1 861
DS 

RD RR3H793TF 778 0 0
TATCTAAAGATT
TTCCAAACTCCCAAACTTTGATTT*AATCTTAAGTAGTCTCTTT*GATCAAATAAGGCGT
CTGCAGAGCGTGACACCATCTCCAATGGAA*TCTGAGAGACTTCGACACGAGTATCCAAA
GCCAATTTCTTATTGAACTCTATAAGAGCCTCTCTATATTCCCTCATATGATCAGGAACT
CCCTCTTCGTCCTCAGCCACAAAACCAAACCACAAGGTGTTGTCAAACGCAATGATTCCT
CCAACCTTCACCAATTTCAGAAGCCTCTCATGGAAGTTGGGGTAGTTTGACTTGTCAGCA
TCCGCAAATGCGAAATCAAACTCCTGATTATCATTCACCAATTGGTCTAGGGCCGTAATA
CCATCGGAATGAATGAAATTGATCTTGTGATCAACACCTGCCTTCTTGATAAACTCTAGT
CCCACTTCGTAGGCTTCTTTGTCAACATCTATTGCAGTAATGCGGCCATCTTTTGGCAAA
GCGAGGGCTGTGGTGAGAAGAGAGTAACCAGTGAAAACACCGAGCTCGAGAGTGTTCTTA
GCGTTCGTGATCTTTAAAAGCATCGATAGAAAAAGTCCCTCATCAACCGGAACTTCCATC
TCGCTTAAATTGCCATATTTCTGGACTGTAGCTTTACGAAGTTCCTTGAGTAGCTCATGC
TCTCTTGGATATGCTGACGTTTCTAAGATGTACTGTTTCAGAGCTTCGCTCTTGAGGATC
CCTTTGGAGGGTATTTCATCCGCCATATTTCAGTCTCGTGAT
AATC

QA 13 774 13 774
DS 

RD RR3DP21TF 288 0 0
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CTTAGCGTTCGTGATCTTTAAAAGCATCGATAGAAAAAGTCCCTCATCAACCGGAACTTC
CATCTCGCTTAAATTGCCATATTTCTGGACTGTAGCTTTACGAAGTTCCTTGAGTAGCTC
ATGCTCTCTTGGATATGCTGACGTTTCTAAGATGTACTGTTTCAGAGCTTCGCTCTTGAG
GATCCCTTTGGAAGGTATTTCATCCGCCATATTTCAGTCTCGTGAT
CC

QA 1 286 1 286
DS 

RD RR3CC27TF 767 0 0
CCAAACTCCCAAACTTTGATTTTA*TCTCAAGTAGTCTCTTT*GATCAAATAAGGCGTCT
GCAGAGTGTGACACCATCTCCAATGGAAAT**GAGAGACTTCGACACGAGTATCCAAAGC
CAATTTCTTATTGAACTCTATAAGAGCCTCTCTATATTCCCTCATATGATCAGGAACTCC
CTCTTCGTCCTCAGCCACAAAACCAAACCACAAGGTGTTGTCAAACGCAATGATTCCTCC
AACCTTCACCAATTTCAGAAGCCTCTCATGGAAGTTGGGGTAGTTTGACTTGTCAGCATC
CGCAAATGCGAAATCAAACTCCTGATTATCATTCACCAATTGGTCTAGGGCCGTAATACC
ATCGGAATGAATGAAATTGATCTTGTGATCAACACCTGCCTTCTTGATAAACTCTAGTCC
CACTTCGTAGGCTTCTTTGTCAACATCTATTGCAGTAATGCGGCCATCTTTTGGCAAGGC
GAGGGCTGTGGTTAGAAGAGAGTAACCAGTGAAAACACCGAGCTCGAGAGTGTTCTTAGC
GTTCGTGATCTTTAAAAGCATCGATAGAAAAAGTCCCTCATCAACCGGAACTTCCATCTC
GCTTAAGTTGCCATATTTCTGGACCGTAGCTTTACGAAGTTCCTTGAGCAGCTCATGCTC
CCTTGGATATGCTGACGTATCTAAGATGTACTGTTTAAGAGCTTCGCTCTTGAGGATCCC
TTTGGAAGGTATTTCATCCGCCATATTTCAGTCTCGTGATAATGACC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 6

CO CL1059Contig1 905 6 37 U
GGAAATCATCAAAAAAAAGCTCGAGCGTTCGTTCATCAATTAACCGGAGAAGAAGATGAA
AGGAAGCTTCTCGATCGCCCGTCAGGTTTTCCAACGCCGTTTCTCCACTCTCCGTTCGTC
GCGATCCTCCGCGTTGTTGTCTAGCTCCGCCCGATCGCTTATCGTGGCTCCGAACTCGAT
GCCGTCGCAGATCCCTAGAAACTCGTTGTTACCTGTCTCCACCTTCCTCTCGTCGTCCAT
CGAATCTAACTTCTCCACAACACTTTTCCCCAGCCGGAGAAGCCTCTGTTCATCATCAGC
TGGAGGTGGAAAGGGTGTTGTTATAGTGAAATCAGAGGAAGAGTTCAACAGTGCAATGAG
CAAAGCTGAAGGTGGATCTTCACCGTCCATCTTCTACTTCACTGCCGCCTGGTGTGGACC
ATGCAAGTTCATTGCCCCTGTGATCGTGGAGCTTAGTAAACAGTACCCTGATGTAACAAC
GTATAAGATCGACATCGATAAGGCTGGACTTTCAGACACTCTCAGCAAGCTGGGTATCAC
GGCTGTGCCAACACTGCAGTTGTTTAAAGAAGGCTCTAAAAAGGGCGAGATTGTGGGGGC
AGATGTTACGAAGCTGAAGAATCTCATGGAACAGCTCTACAAGTGATAATACCAATGCTG
CAACTTGCAAGTGTAGTTTAAGACTCTCCAGTCCAATAAAATCAGGGGAAAGTATTTGTT
CCTGCCATGTTTCACAGTGAATTAAACCTCGACTTGTTGGGGTTAGTATTGTTTTGTTGA
GACTTGAGCGCCCTATTTGGTCTTCCTTGTTTCACAGTTTTGTCCAGTGATTTAAACCGG
ATCATATATGATTTAACCAGGGAATTGAAGGTGGGAATGTATGGAAAACACCATGGTTGT
TGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3BF85TF U 1
AF RR3GW37TF U 6
AF RR3GW37JQ C 34
AF RR3FX41TF U 72
AF RR3FX41JQ C 73
AF RR3BF85JQ C 33
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BS 516 532 RR3BF85TF
BS 533 533 RR3GW37TF
BS 534 591 RR3BF85TF
BS 592 592 RR3GW37TF
BS 593 668 RR3BF85TF
BS 669 669 RR3GW37TF
BS 670 720 RR3BF85TF
BS 721 721 RR3GW37TF
BS 722 795 RR3BF85TF
BS 796 803 RR3FX41TF
BS 804 804 RR3BF85JQ
BS 805 862 RR3FX41TF
BS 863 905 RR3BF85JQ

RD RR3BF85TF 795 0 0
GGAAATCATCAAAAAAAAGCTCGAGCGTTCGTTCATCAATTAACCGGAGAAGAAGATGAA
AGGAAGCTTCTCGATCGCCCATCAGGTTTTCCAACGCCGTTTCTCCACTCTCCGTTCGTC
GCGATCCTCCGCGTTGTTGTCTAGCTCCGCCCGATCGCTTATCGTGGCTCCGAACTCGAT
GCCGTCGCAGATCCCTAGAAACTCGTTGTTACCTGCCTCCACCTTCCTCT*GT**TCCAT
CGAATCTAACTTCTCCACAACGCTTTTCCCCAGCCGGAGAAGCCTCTGCTCATCA***GC
TGCAGGTGGAAAGGGTGTTGTTATAGTGAAATCAGAGGAAGAGTTCAACAGTGCAATGAG
CAAAGCTGAAGGTGGATCTTCACCGTCCATCTTCTACTTCACTGCCGCCTGGTGTGGACC
ATGCAAGTTCATTGCCCCTGTGATCGTGGAGCTTAGTAAACAGTACCCTGATGTAACAAC
ATATAAGATCGACATTGATGAGGCTGGACTTTCAAACACTCTCAGCAAGCTGAGTATCAC
GGCTGTGCCAACACTGCAGTTGTTTAAAGAAGGCTCTAAAAAGGGCGAGATCGTGGGGGC
AGATGTTACGAAGCTGAAGAATCTCATGGAACAGCTCTACAAGTGATAATACCAATGCTG
CAACTTGCGAGTGTAGTTTAAGACTCTCCAGTCCAATAAAATCAGGGGAAAGTATTTGTT
TCTGCCATGTTTCACAGTGAATTAAACCTCGACTTGTTGGGGTTAGTATTGTTTTGTTGA
GACTTGAGCGCCCTA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3GW37TF 792 0 0
GGGATC
AAAAATAGCTCGAGCGTTCGTTCATCAATTAACCGGAGAAGAAGATGAAAGGAAGCTTCT
CGATCGCCCGTCAGGTTTTCCAACGCCGTTTCTCCACTCTCCGTTCGTCGCGATCCTCCG
CGTTGTTGTCTAGCTCCGCCCGATCGCTTATCGTGGCTCCGAACTCGATGCCGTCGCAGA
TCCCTAGAAACTCGTTGTTACCTGTCTCCACCTTCCTCTCGTCGTCCATCGAATCTAACT
TCTCCACAACACTTTTCCCCAGCCGGAGAAGCCTCTGTTCATCATCAGCTGGAGGTGGAA
AGGGTGTTGTTATAGTGAAATCAGAGGAAGAGTTCAACAGTGCAATGAGCAAAGCTGAAG
GTGGATCTTCACCGTCCATCTTCTACTTCACTGCCGCCTGGTGTGGACCATGCAAGTTCA
TTGCCCCTGTGATCGTGGAGCTTAGTAAACAGTACCCTGATGTAACAACGTATAAGATCG
ACATCGATAAGGCTGGACTTTCAGACACTCTCAGCAAGCTGGGTATCACGGCTGTGCCAA
CACTGCAGTTGTTTAAAGAAGGCTCTAAAAAGGGCGAGATTGTGGGGGCAGATGTTACGA
AGCTGAAGAATCTCATGGAACAGCTCTACAAGTGATAATACCAATGCTGCAACTTGCAAG
TGTAGTTTAAGACTCTCCAGTCCAATAAA*TCAGGG*AAAGTATTTGTTCCTGCCATGTT
TCACAGTGATT**AACCTCGACTTGTTGGGGT*AGTATTGTTT*GTTGAGACTTGAGCGC
CCTA
AT

QA 7 790 7 790
DS 

RD RR3GW37JQ 761 0 0
CATCAATTAACCGGAGAAGAAGATGAAAGGAAGCTTCTCGATCGCCCGTCAGGTTTTCCA
ACGCCGTTTCTCCACTCTCCGTTCGTCGCGATCCTCCGCGTTGTTGTCTAGCTCCGCCCG
ATCGCTTATCGTGGCTCCGAACTCGATGCCGTCGCAGATCCCTAGAAACTCGTTGTTACC
TGTCTCCACCTTCCTCTCGTCGTCCATCGAATCTAACTTCTCCACAACACTTTTCCCCAG
CCGGAGAAGCCTCTGTTCATCATCAGCTGGAGGTGGAAAGGGTGTTGTTATAGTGAAATC
AGAGGAAGAGTTCAACAGTGCAATGAGCAAAGCTGAAGGTGGATCTTCACCGTCCATCTT
CTACTTCACTGCCGCCTGGTGTGGACCATGCAAGTTCATTGCCCCTGTGATCGTGGAGCT
TAGTAAACAGTACCCTGATGTAACAACGTATAAGATCGACATCGATAAGGCTGGACTTTC
AGACACTCTCAGCAAGCTGGGTATCACGGCTGTGCCAACACTGCAGTTGTTTAAAGAAGG
CTCTAAAAAGGGCGAGATTGTGGGGGCAGATGTTACGAAGCTGAAGAATCTCATGGAACA
GCTCTACAAGTGATAATACCAATGCTGCAACTTGCAAGTGTAGTTTAAGACTCTCCAGTC
CAATAAAATCAGGGGAAAGTATTTGTTCCTGCCATGTTTCACAGTGAATTAAACCTCGAC
TTGTTGGGGTTAGTATTGTTTTGTTGAGACTTGAGCGCCCT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3FX41TF 791 0 0
G
GATCGCCCGTCAGGTTTTCCAACGCTGTTTCTCCACTCTCCGTTCGTCGCGATCCTCCGC
GTTGTTGTCTAGCTCCGCCCGATCGCTTATCGTGGCTCCGAACTCGATGCCGTCGCAGAT
CCCTAGAAACTCGTTGTTACCTGTCTCCACCTTCCTCTCGTCGTCCATCGAATCTAACTT
CTCCACAACACTTTTCCCCAGCCGGAGAAGCCTCTGTTCATCATCAGCTGGAGGTGGAAA
GGGTGTTGTTATAGTGAAATCAGAGGAAGAGTTCAACAGTGCAATGAGCAAAGCTGAAGG
TGGATCTTCACCGTCCATCTTCTACTTCACTGCCGCCTGGTGTGGACCATGCAAGTTCAT
TGCCCCTGTGATCGTGGAGCTTAGTAAACAGTACCCTGATGTAACAACGTATAAGATCGA
CATCGATAAGGCTGGACTTTCAGACACTCTCAGCAAGCTGGGTATCACGGCTGTGCCAAC
ACTGCAGTTGTTTAAAGAAGGCTCTAAAAAGGGCGAGATTGTGGGGGCAGATGTTACGAA
GCTGAAGAATCTCATGGAACAGCTCTACAAGTGATAATACCAATGCTGCAACTTGCAAGT
GTAGTTTAAGACTCTCCAGTCCAATAAAATCAGGGGAAAGTATTTGTTCCTGCCATGTTT
CACAGTGAATTAAACCTCGACTTGTTGGGGTTAGTATTGTTTTGTTGAGACTTGAGCGCC
CTATTTGGTCT*CCTTGTTTCACAGTTTTGTCCAGTGATTTAAACCGGATCATATATGAT
TTAACCAGGG

QA 2 791 2 791
DS 

RD RR3FX41JQ 790 0 0
GGATCG
CCGTCAGGTTTTCCAACGCTGTTTCTCCACTCTCCGTTCGTCGCGATCCTCCGCGTTGTT
GTCTAGCTCCGCCCGATCGCTTATCGTGGCTCCGAACTCGATGCCGTCGCAGATCCCTAG
AAACTCGTTGTTACCTGTCTCCACCTTCCTCTCGTCGTCCATCGAATCTAACTTCTCCAC
AACACTTTTCCCCAGCCGGAGAAGCCTCTGTTCATCATCAGCTGGAGGTGGAAAGGGTGT
TGTTATAGTGAAATCAGAGGAAGAGTTCAACAGTGCAATGAGCAAAGCTGAAGGTGGATC
TTCACCGTCCATCTTCTACTTCACTGCCGCCTGGTGTGGACCATGCAAGTTCATTGCCCC
TGTGATCGTGGAGCTTAGTAAACAGTACCCTGATGTAACAACGTATAAGATCGACATCGA
TAAGGCTGGACTTTCAGACACTCTCAGCAAGCTGGGTATCACGGCTGTGCCAACACTGCA
GTTGTTTAAAGAAGGCTCTAAAAAGGGCGAGATTGTGGGGGCAGATGTTACGAAGCTGAA
GAATCTCATGGAACAGCTCTACAAGTGATAATACCAATGCTGCAACTTGCAAGTGTAGTT
TAAGACTCTCCAGTCCAATAAAATCAGGGGAAAGTATTTGTTCCTGCCATGTTTCACAGT
GAATTAAACCTCGACTTGTTGGGGTTAGTATTGTTTTGTTGAGACTTGAGCGCCCTATTT
GGTCTTCCTTGTTTCACAGTTTTGTCCAGTGATTTAAACCGGATCATATATGATTTAACC
AGGG

QA 7 790 7 790
DS 

RD RR3BF85JQ 873 0 0
T
CATCAATTAACCGGAGAAGAAGATGAAAGGAAGCTTCTCGATCGCCCATCAGGTTTTCCA
ACGCCGTTTCTCCACTCTCCGTTCGTCGCGATCCTCCGCGTTGTTGTCTAGCTCCGCCCG
ATCGCTTATCGTGGCTCCGAACTCGATGCCGTCGCAGATCCCTAGAAACTCGTTGTTACC
TGCCTCCACCTTCCTCT*GT**TCCATCGAATCTAACTTCTCCACAACGCTTTTCCCCAG
CCGGAGAAGCCTCTGCTCATCA***GCTGCAGGTGGAAAGGGTGTTGTTATAGTGAAATC
AGAGGAAGAGTTCAACAGTGCAATGAGCAAAGCTGAAGGTGGATCTTCACCGTCCATCTT
CTACTTCACTGCCGCCTGGTGTGGACCATGCAAGTTCATTGCCCCTGTGATCGTGGAGCT
TAGTAAACAGTACCCTGATGTAACAACATATAAGATCGACATTGATGAGGCTGGACTTTC
AAACACTCTCAGCAAGCTGAGTATCACGGCTGTGCCAACACTGCAGTTGTTTAAAGAAGG
CTCTAAAAAGGGCGAGATCGTGGGGGCAGATGTTACGAAGCTGAAGAATCTCATGGAACA
GCTCTACAAGTGATAATACCAATGCTGCAACTTGCGAGTGTAGTTTAAGACTCTCCAGTC
CAATAAAATCAGGGGAAAGTATTTGTTTCTGCCATGTTTCACAGTGAATTAAACCTCGAC
TTGTTGGGGTTAGTATTGTTTTGTTGAGACTTGAGCGCCCTATTTGGTCTTCCTTGTTTC
ACAGTTT*GTCCAGTGATTTAAACCGGATCATATATGATTTAACCAGGGAATTGAAGGTG
GGAATGTATGGAAAACACCATGGTTGTTGAAG

QA 2 873 2 873
DS 



AS 1 7

CO CL1060Contig1 605 7 8 U
GGGTGTCGGAAGAAACAGTAAGAAGCAACAGAAAAGAAAAAAAACTCTACAGATGGCGAT
GATGTCAGCATCTTCGGTGTTTCTTTTGCCGGCCAACGTCACAGTGGCCGCTTGATCTTC
GTCGTCCAGAAACTCCGTGTCTTTCTTACCGATGAGAAACGCCGGTTCTAGGCTCGTAGT
CAGAGCAGCCGATGAGGCGGCTCCAGAACCAGCTGCGCCAGAAGGTGCTCCGGCAGCTGT
AGCGGCGCCAGCTGCAGCTCCTGCCGCGAAACCCAAGCCGCCTCCTATTGGCCCTAAGAG
AGGGACCAAGGTCAAGATTCTAAGGAAAGAATCCTACTGGTTCAAGAGCACTGGATCGGT
TGTGGCCGTTGATCAGGACCCGAAGACCCGGTACCCTGTTGTGGTCAGGTTTGCGAAAGT
GAACTACGCAAACATATCGACCAACAACTATGCATTGGACGAGATTGAAGAAGTTAAAGC
TTAAGAATGAGAGAGACCTAAAAAGAAGTGTTGTGTATTTGGTTTAATCTTCATACCGGT
CTTATCTGTTTGTAGCTTGACCAGAATCGTTATGTACCAAAATATTTTACCATTATTTCT
CTCAA


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 

AF RR3FV84TF U 34
AF RR3A103JQ C 1
AF RR3BF62JQ C 374
AF RR3BF62TF U 374
AF RR3A103TF U 1
AF RR3DY04TF U 3
AF RR3DY04JQ C 118
BS 1 4 RR3A103JQ
BS 5 210 RR3A103TF
BS 211 211 RR3DY04TF
BS 212 374 RR3A103TF
BS 375 519 RR3BF62TF
BS 520 520 RR3A103TF
BS 521 591 RR3BF62TF
BS 592 605 RR3DY04TF

RD RR3FV84TF 126 0 0
AAGAAAAAAAACTCTACAGATGGCGATGATGTCAGCATCTTCGGTGTTTCTTTTGCCGGC
CAACGTCACAGTGGCCGCTGGATCTTCGTCATCCAGAAACTCCGTGTCTTTCTTACCGAT
GAGAAA

QA 1 126 1 126
DS 

RD RR3A103JQ 591 0 0
GGGTGTCGGAAGAAACAGTAAGAAGCAACAGAAAAGAAAAAAAACTCTACAGATGGCGAT
GATGTCAGCATCTTCGGTGTTTCTTTTGCCGGCCAACGTCACAGTGGCCGCTTGATCTTC
GTCGTCCAGAAACTCCGTGTCTTTCTTACCGATGAGAAACGCCGGTTCTAGGCTCGTAGT
CAGAGCAGCCGATGAGGCGGCTCCAGAACCGGCTGCGCCAGAAGGTGCTCCGGCAGCTGT
AGCGGCGCCAGCTGCAGCTCCTGCCGCGAAACCCAAGCCGCCTCCTATTGGCCCTAAGAG
AGGGACCAAGGTCAAGATTCTAAGGAAAGAATCCTACTGGTTCAAGAGCACTGGATCGGT
TGTGGCCGTTGATCAGGACCCGAAGACCCGGTACCCTGTTGTGGTCAGGTTTGCGAAAGT
GAACTACGCAAACATATCGACCAACAACTATGCATTGGACGAGATTGAAGAAGTTAAAGC
TTAAGAATGAGAGAGACCTAAAAAGAAGTGTTGTGTATTTGGTTTAATCTTCATACCGGT
CTTATCTGTTTGTAGCTTGACCAGAATCGTTATGTACCAAAATATTTTACC

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3BF62JQ 218 0 0
G
AGGACCCGAAGACCCGGTACCCTGTTGTGGTCAGGTTTGCGAAAGTGAACTACGCAAACA
TATCGACCAACAACTATGCATTGGACGAGATTGAAGAAGTTAAAGCTTAAGAATGAGAGA
GACCTAAAAAGAAGTGTTGTGTATTCGGTTTAATCTTCATACCGGTCTTATCTGTTTGTA
GCTTGACCAGAATCGTTATGTACCAAAATATTTTACC

QA 2 218 2 218
DS 

RD RR3BF62TF 218 0 0
G
AGGACCCGAAGACCCGGTACCCTGTTGTGGTCAGGTTTGCGAAAGTGAACTACGCAAACA
TATCGACCAACAACTATGCATTGGACGAGATTGAAGAAGTTAAAGCTTAAGAATGAGAGA
GACCTAAAAAGAAGTGTTGTGTATTCGGTTTAATCTTCATACCGGTCTTATCTGTTTGTA
GCTTGACCAGAATCGTTATGTACCAAAATATTTTACC

QA 2 218 2 218
DS 

RD RR3A103TF 591 0 0
GGGT
GTCGGAAGAAACAGTAAGAAGCAACAGAAAAGAAAAAAAACTCTACAGATGGCGATGATG
TCAGCATCTTCGGTGTTTCTTTTGCCGGCCAACGTCACAGTGGCCGCTTGATCTTCGTCG
TCCAGAAACTCCGTGTCTTTCTTACCGATGAGAAACGCCGGTTCTAGGCTCGTAGTCAGA
GCAGCCGATGAGGCGGCTCCAGAACCGGCTGCGCCAGAAGGTGCTCCGGCAGCTGTAGCG
GCGCCAGCTGCAGCTCCTGCCGCGAAACCCAAGCCGCCTCCTATTGGCCCTAAGAGAGGG
ACCAAGGTCAAGATTCTAAGGAAAGAATCCTACTGGTTCAAGAGCACTGGATCGGTTGTG
GCCGTTGATCAGGACCCGAAGACCCGGTACCCTGTTGTGGTCAGGTTTGCGAAAGTGAAC
TACGCAAACATATCGACCAACAACTATGCATTGGACGAGATTGAAGAAGTTAAAGCTTAA
GAATGAGAGAGACCTAAAAAGAAGTGTTGTGTATTTGGTTTAATCTTCATACCGGTCTTA
TCTGTTTGTAGCTTGACCAGAATCGTTATGTACCAAAATATTTTACC

QA 5 591 5 591
DS 

RD RR3DY04TF 603 0 0
GG
GTCGGAAGAAACAGTAAGAAGCAACAGAAAAGAAAAAAAACTCTACAGATGGCGATGATG
TCAGCATCTTCGGTGTTTCTTTTGCCGGCCAACGTCACAGTGGCCGCTGGATCTTCGTCG
TCCAGAAACTCCGTGTCTTTCTTACCGATGAGAAACGCCGGTTCTAGGCTCGTAGTCAGA
GCAGCCGATGAGGCGGCTCCAGAACCAGCTGCGCCAGAAGGTGCTCCGGCAGCTGTAGCG
GCGCCAGCTGCAGCTCCTGCCGCGAAACCCAAGCCGCCTCCTATTGGCCCTAAGAGAGGG
ACCAAGGTCAAGATTCTAAGGAAAGAATCCTACTGGTTCAAGAGCACTGGATCGGTTGTG
GCCGTTGATCAGGACCCGAAGACCCGGTACCCTGTTGTGGTCAGGTTTGCGAAAGTGAAC
TACGCAAACATGTCGACCAACAACTATGCATTGGACGAGATTGAAGAAGTTAAAGCTTAA
GAATGAGAGAGACCTAAAAAGAAGTGTTGTGTATTTGGTTTAATCTTCATACCGGTCTTA
TCTGTTTGTAGCTTGACCAGAATCGTTATGTACCAAAATATTTTACCATTATTTCTCTCA
A

QA 3 603 3 603
DS 

RD RR3DY04JQ 488 0 0
TTCGTCGTCCAGAAACTCCGTGTCTTTCTTACCGATGAGAAACGCCGGTTCTAGGCTCGT
AGTCAGAGCAGCCGATGAGGCGGCTCCAGAACCAGCTGCGCCAGAAGGTGCTCCGGCAGC
TGTAGCGGCGCCAGCTGCAGCTCCTGCCGCGAAACCCAAGCCGCCTCCTATTGGCCCTAA
GAGAGGGACCAAGGTCAAGATTCTAAGGAAAGAATCCTACTGGTTCAAGAGCACTGGATC
GGTTGTGGCCGTTGATCAGGACCCGAAGACCCGGTACCCTGTTGTGGTCAGGTTTGCGAA
AGTGAACTACGCAAACATGTCGACCAACAACTATGCATTGGACGAGATTGAAGAAGTTAA
AGCTTAAGAATGAGAGAGACCTAAAAAGAAGTGTTGTGTATTTGGTTTAATCTTCATACC
GGTCTTATCTGTTTGTAGCTTGACCAGAATCGTTATGTACCAAAATATTTTACCATTATT
TCTCTCAA

QA 1 488 1 488
DS 



AS 1 6

CO CL1061Contig1 1143 6 8 U
CACATGACAATATGATATTTTATAAATAAATAGTTCACGAGAACACATGCTACCATGAAG
TATGAATTGAGAGAAGCTTAATAAACAAACTATAACCCTTTCTTGTATAAGCTCCTCATT
TTCAATTTTAATAATTTTAATATTTGTTTAACAAGCAGAGCCAGCTTCCACCAGCTTGCT
CAATTTATTGTTCCTCAATCTTTCTTCGTAAACTTCGCTTCCTTGCATTACACTCTCATA
CCTCGGTGGCATAGGTATCAAAGGAGACAAACTCTGGACAAGCTTGAGAGCTTCTTCTTC
TGTGTTGACGATTTGGTTGAAGCAGAAATATCGACCACATGCTGAAACATCCTCGAATGC
TCTAATATGAACATCCGCTAAGAATTTCACATCTACATATGCCAACACTCCATTCTCATA
CATTTGTGCAGCTCCTTTGAGGTAGGACATGGTGGGCCTAGGGTTATGTTGTGCAACCGA
CGGTCCGACGATAAGACCAGGATTGATAGAAACCATGTTGAGCCTACGGTCCATGGCTAG
TGCCCAAGCTGCTTTCTCGGACAACATCTTTGCCAATGCGTGCCACAGCTTCTTGCTGCG
ACAGAAGTCTTGATCACTCCAACACTTCTCATCAACATCCTTCTGAGTTCCAATGTTGTC
TCTCCAAATAGAAGCTGTTAAAGAAGAAGAGAAGACAATCTTCTCTATGCTCTCTGTTCT
TCCACATGCCTCCACCACATTGATAGCTCCTCTCACCTCCAAATCAACCTCCTTCTCATC
GTATCCTTCAGGGCTATCTAAGCAGCAGAAGACAGCGTTACATGTCTTGAGAGAGACAAG
TATGCTTTGATAGTCCAACACATCAACATCGTACACCACTAATCTCTCCTCCGTTGCTTC
CATCTCTCTGATTGTCTCTTCAATTTCACTCTCCCCGTTTCTACGAATAGCTGCGTGAAC
AGAGTATCCTCTGCTAAGCAACTTCTTGAGAATCCAGAAACCTACATAAGTAGAAGCATC
AAGAACGCAGCAGCAAGAGGGAGACTTTTCTTGATCCATTATTTTCTTGTTCTTGTTCTT
CTTCTATATTATCTGAAGCGTGTGTGTATTTATGTGTGTGGAAGAAGAGAAGGTTAGAAG
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3DO04JQ U 6
AF RR3GD72JQ U 3
AF RR3FO54JQ U 1
AF RR3BT31JQ U 0
AF RR3DO04TF C 228
AF RR3GD72TF C 493
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BS 475 486 RR3FO54JQ
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BS 488 782 RR3FO54JQ
BS 783 792 RR3BT31JQ
BS 793 877 RR3DO04TF
BS 878 1143 RR3GD72TF

RD RR3DO04JQ 726 0 0
GGC
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TAATAATTTTAATATTTGTTTAACAAGCAGAGCCAGCTTCCACCAGCTTGCTCAATTTAT
TGTTCCTCAATCTTTCTTCGTAAACTTCGCTTCCTTGCATTACACTCTCATACCTCGGTG
GCATAGGTATCAAAGGAGACAAACTCTGGACAAGCTTGAGAGCTTCTTCTTCTGTGTTGA
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CGATAAGACCAGGATTGATAGAAACCATGTTGAGCCTACGGTCCATGGCTAGTGCCCAAG
CTGCTTTCTCGGACAACATCTTTGCCAATGCGTGCCACAGCTTCTTGCTGCGACAGAAGT
CTTGATCACTCCAACACTTCTCATCAACATCCTTCTGAGTTCCAATGTTGTCTCTCCAAA
TAGAAGCTGTTAAAGAAGAAGAGAAGACAATCTTCTCTATGCTCTCTGTTCTTCCACATG
CCT

QA 4 726 4 726
DS 

RD RR3GD72JQ 756 0 0
CGTGAC
AATATGATATTTTATAAATAAATAGTTCACGAGAACACATGCTACCATGAAGTATGAATT
GAGAGAAGCTTAATAAACAAACTATAACCCTTTCTTGTATAAGCTCCTCATTTTCAATTT
TAATAATTTTAATATTTGTTTAACAAGCAGAGCCAGCTTCCACCAGCTTGCTCAATTTAT
TGTTCCTCAATCTTTCTTCGTAAACTTCGCTTCCTTGCATTACACTCTCATACCGCGGTG
GCATAGGTATCAAAGGAGACAAACTCTGGACAAGCTTGAGAGCTTCTTCTTCTGTGTTGA
CGATTTGGTTGAAGCAAAAATATCGACCACATGCTGAAACATCCTCGAATGCTCTAATAT
GAACATCCGCTAAGAATTTCACATCTACATATGCCAACACTCCATTCTCATACATTTGTG
CAGCTCCTTTGAGGTAGGACATGGTGGGCCTAGGGTTATGTTGTGCAACCGACGGTCCGA
CGATAAGACCAGGATTGATAGAAACCATGTTGAGCCTACGGTCCATGGCTAGTGCCCAAG
CTGCTTTCTCGGACAACATCTTTGCCAATGCGTGCCACAGCTTCTTGCTGCGACAGAAGT
CTTGATCACTCCAACACTTCTCATCAACATCCTTCTGAGTTCCAATGTTGTCTCTCCAAA
TAGAAGCTGTTAAAGAAGAAGAGAAGACAATCTTCTCTATACTCTCTGTTCTTCCACATG
CTTCCACCACATTGATAGCTCCTCTCACCT

QA 7 756 7 756
DS 

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TATGAATTGAGAGAAGCTTAATAAACAAACTATAACCCTTTCTTGTATAAGCTCCTCATT
TTCAATTTTAATAATTTTAATATTTGTTTAACAAGCAGAGCCAGCTTCCACCAGCTTGCT
CAATTTATTGTTCCTCAATCTTTCTTCGTAAACTTCGCTTCCTTGCATTACACTCTCATA
CCTCGGTGGCATAGGTATCAAAGGAGACAAACTCTGGACAAGCTTGAGAGCTTCTTCTTC
TGTGTTGACGATTTGGTTGAAGCAGAAATATCGACCACATGCTGAAACATCCTCGAATGC
TCTAATATGAACATCCGCTAAGAATTTCACATCTACATATGCCAACACTCCATTCTCATA
CATTTGTGCAGCTCCTTTGAGGTAGGACATGGTGGGCCTAGGGTTATGTTGTGAAACCGA
CGGTCCAACGATAAGACCAGGATTGATAGAAACCATGTTGAGCCTACGGTCCATGGCTAG
TGCCCAAGCTGCTTTCTCGGACAACATCTTTGCCAATGCGTGCCACAGCTTCTTGCTGCG
ACAGAAGTCTTGATCACTCCAACACTTCTCATCAACATCCTTCTGAGTTCCAATGTTGTC
TCTCCAAATAGAAGCTGTTAAAGAAGAAGAGAAGACAATCTTCTCTATGCTCTCTGTTCT
TCCACATGCCTCCACCACATTGATAGCTCCTCTCACCTCCAAATCAACCTCCTTCTCATC
GT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3BT31JQ 805 0 0
CCGCATGAA
AATATGATTTTTTATAAATAAATAGTTCACGAGAACACATGCTACCATGAAGTATGAATT
GAGAGAAGCTTAATATACAAACTATAACCCTTTCTTGTATAAGCTCCTCATTTTCAATTT
TAATAATTTAAATATTTGTTTAACAAGCAGAGCCAGCTTACACCAGCTTGCTCAATTTAT
TGTTCCTCAATCTTTCTTCGTAAACTTCGCTTCCTTGCATTACACTCTCATACCTCGGTG
ACATAGGTATCAAAGGAGACAAACTCTGGACAAGCTTGAGAGCTTCTTCTTCTGTGTTGA
CGATTTGGTTGAAGCAGAAATATCGACCACATGCTGAAACATCCTCGAATGCTCTAATAT
GAACATCCGCTAAGAATTTCACATCTACATATGCCAACACTCCATTCTCATACATTTGTG
CAGCTCCTTTGAGGTAGGACATGGTGGGCCTAGGGTTATGTTGTGCAACCGACGGTCCGA
CGATAAGACCAGGATTGATAGAAACCATGTTGAGCCTACGGTCCATGGCTAGTGCCCAAG
CTGCTTTCTCGGAAAACATCTTTGCCAATGCGTGCCACAGCTTCTTGCTGCGACAGAAGT
CTTGATCACTCCAACACTTCTCATCAACATCCTTCTGAGTTCCAATGTTGTCTCTCCAAA
TAGAAGCTGTTAAAGAAGAAGAGAAGACAATCTTCTCTATGCTCTCTGTTCTTCCACATG
CCTCCACCACATTGATAGCTCCTCTCACCTCCAAATCAACCTCCTTCTCATCGTATCCTT
CAGG
CTATCTAGCAGC

QA 10 793 10 793
DS 

RD RR3DO04TF 651 0 0
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GAGCTTCTTCTTCTGTGTTGACGATTTGGTTGAAGCAGAAATATCGACCACATGCTGAAA
CATCCTCGAATGCTCTAATATGAACATCCGCTAAGAATTTCACATCTACATATGCCAACA
CTCCATTCTCATACATTTGTGCAGCTCCTTTGAGGTAGGACATGGTGGGCCTAGGGTTAT
GTTGTGCAACCGACGGTCCGACGATAAGACCAGGATTGATAGAAACCATGTTGAGCCTAC
GGTCCATGGCTAGTGCCCAAGCTGCTTTCTCGGACAACATCTTTGCCAATGCGTGCCACA
GCTTCTTGCTGCGACAGAAGTCTTGATCACTCCAACACTTCTCATCAACATCCTTCTGAG
TTCCAATGTTGTCTCTCCAAATAGAAGCTGTTAAAGAAGAAGAGAAGACAATCTTCTTTA
TGCTCTCTGTTCTTCCACATGCCTCCACCACATTGATAGCTCCTCTCACCTCCAAATCAA
CCTCCTTCTCATCGTATCCTTCAGGGCTATCTAAGCAGCAGAAGACAGCGTTACATGTCT
TGAGAGAGACAAGTATGCTTTGATAGTCCAACACATCAACATCGTACACC
C

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3GD72TF 651 0 0
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ATCACTCCAACACTTCTCATCAACATCCTTCTGAGTTCCAATGTTGTCTCTCCAAATAGA
AGCTGTTAAAGAAGAAGAGAAGACAATCTTCTCTATACTCTCTGTTCTTCCACATGCTTC
CACCACATTGATAGCTCCTCTCACCTCCAAATCAACCTCCTTCTCATCGTATCCTTCAGG
GCTATCTAAGCAGCAGAAGACAGCGTTACATGTCTTGAGAGAGACAAGTATGCTTTGATA
GTCCAACACATCAACATCGTACACCACTAATCTCTCCTCCGTTGCTTCCATCTCTCTGAT
TGTCTCTTCAATTTCACTCTCCCCGTTTCTACGAATAGCTGCGTGAACAGAGTATCCTCT
GCTAAGCAACTTCTTGAGAATCCAGAAACCTACATAAGTAGAAGCATCAAGAACGCAGCA
GCAAGAGGGAGACTTTTCTTGATCCATTATTTTCTTGTTCTTGTTCTTCTTCTATATTAT
CTGAAGCGTGTGTGTATTTATGTGTGTGGAAGAAGAGAAGGTTAGAAGTCC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 5

CO CL1062Contig1 1102 5 2 U
CAGAAAGATCAATTTTGTATTTACATCAAACTAGTTTAACTAGATAGCTTCACAATTTGG
TTACTATTGTAACTAATTTTTGCTAATTTTATATTACATGAGGGTTACATCATACATATA
GCACTTAAACTTAACAAGGCCAATCATCCAATATTGCCCCACACAGCCAACTTAAACACC
AAACCAACACAGCAACCAAAATTAACAAAACACCCTTCCTCTCACGATCGTGGACGCAAG
GCTTCAAAATTCAGCCCATGAGCCACTTGACCAGCACAAGCAACCCACGGGTTAATTGGA
ACGGGTCGCTGATTGTGTTGATGGTTTGGTGATGGCCCAGCCACACGCTCACACGAAGGA
CACATGATGAGTGTAGTCGGTGGAGTCATTTGGCCATAGAACTGTGGAGACAGCTTGAGC
GTTCGAAGCTCCATAGCCTCTTTCTGAAGTCGCCTATTCTCCTCCGTTAGTTTCTCTACG
CATCGTTTCAAGTATTCACAATCCACCTCCGTTTGCTTTAATTTGGTTCTAGCTCTTCTG
TTCTGAAACCAGACTTCCACTTGTCTTGCTGTCAAGCTCAACTTCTTGGCCAAAGCTAGC
TTCTGTTTGGGATTGAGAGTGTTGTGTTCTTTGAAAGTGTCTTCAAGAAAAGCAGACTGA
TCTTTAGATAATCGGAGCTTCTTCCTCGACGTTTCACCGCCGTCTTCTTCTTCGTCGGAG
GTTCCACGCGAGTAACCTCTATCCGGAGTGATATCATCGTGGTGGTCGGAGATTCCTTCT
CTCTCACTCCTCTTCCCGCCGCTTATGGTGCTCGAGATCGTACTGTTAGGAGACGACACT
CCTGCTTCCTCCTCGCAATCCACCGTTGTTGGAATACTGTTCACGTCTATTTTGTCGAGA
TCTGATGAAGAAGCAATGTTTGGGTCCATGGAAATCTAGGGAGATTGTTGGATATGGACG
AGTTAGGATTCTGACGCAGCTGAAGAGGTGTGTGATCTTGTGAAAGTCCTAAGCTTAGGC
TCAAACCCAGATCTTCTTTTCTCATCATCATGACTTATTCTATTCTTATGAATCTAGATG
AGAACAAAGAACAGAGAGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH48JQ U 69
AF RR3G217JQ U 73
AF RR3FH48TF C 97
AF RR3D727JQ U 1
AF RR3G217TF C 322
BS 1 848 RR3D727JQ
BS 849 1102 RR3G217TF

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GTAA
CTAATTTTTGCTAATTTTATATTACACGAGGGTTACATCATACATATAGCACTTAAACTT
AACAAGGCCAATCATCCAATATTGCCCCACACAGCCAACTTAAACACCAAACCAACACAG
CAACCAAAATTAACAAAACACCCTTCCTCTCACGATCGTGGACGCAAGGCTTCAAAATTC
AGCCCATGAGCCACTTGACCAGCACAAGCAACCCACGGGTTAATTGGAACGGGTCGCTGA
TTGTGTTGATGGTTTGGTGATGGCCCAGCCACACGTTCACACGAAGGACACATGATGAGT
GTAGTCGGTGGAGTCATTTGGCCATAAAACTGTGGAGACAGCTTGAGCGTTCGAAGCTCC
ATAGCCTCTTTCTGAAGTCGCCTATTCTCCTCCGTTAGTTTCTCTACGCATCGTTTCAAG
TATTCACAATCCACCTCCGTTTGCTTTAATTTGGTTCTAGCTCTTCTGTTCTGAAACCAG
ACTTCCACTTGTCTTGCTGTCAAGCTCAACTTCTTGGCCAAAGCTAGCTTCTGTTTGGGA
TTGAGAGTGTTGTGTTCTTTGAAAGTGTCTTCAAGAAAA

QA 5 583 5 583
DS 

RD RR3G217JQ 640 0 0
CTAATTTTTGCTAATTTTATATTACATGAGGGTTACATCATACATATAGCACTTAAACTT
AACAAGGCCAATCATCCAATATTGCCCCACACAGCCAACTTAAACACCAAACCAACACAG
CAACCAAAATTAACAAAACACCCTTCCTCTTACGATCGTGGACGCAAGGCTTCAAAATTC
AGCCCATGAGCCACTTGACCAGCACAAGCAACCCACGGGTTAATTGGAACGGGTCGCTGA
TTGTGTTGATGGTTTGGTGATGGCCCAGCCACACGCTCACACGAAGGACACATGATGAGT
GTAGTCGGTGGAGTCATTTGGCCATAGAACTGTGGAGACAGCTTGAGCGTTCGAAGCTCC
ATAGCCTCTTTCTGAAGTCGCCTATTCTCCTCCGTTAGTTTCTCTACGCATCGTTTCAAG
TATTCACAATCCACCTCCGTTTGCTTTAATTTGGTTCTAGCTCTTCTGTTCTGAAACCAG
ACTTCCACTTGTCTTGCTGTCAAGCTCAACTTCTTGGCCAAAGCTAGCTTCTGTTTGGGA
TTGAGAGTGTTGTGTTCTTTGGAAGTGTCTTCAAGAAAAGCAGACTGATCTTTAGATAAT
CGGAGCTTCTTCCTCGACGTTTCACCGCCGTCTTCTTCTT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3FH48TF 677 0 0
CAC
GAGGGTTACATCATACATATAGCACTTAAACTTAACAAGGCCAATCATCCAATATTGCCC
CACACAGCCAACTTAAACACCAAACCAACACAGCAACCAAAATTAACAAAACACCCTTCC
TCTCACGATCGTGGACGCAAGGCTTCAAAATTCAGCCCATGAGCCACTTGACCAGCACAA
GCAACCCACGGGTTAATTGGAACGGGTCGCTGATTGTGTTGATGGTTTGGTGATGGCCCA
GCCACACGTTCACACGAAGGACACATGATGAGTGTAGTCGGTGGAGTCATTTGGCCATAG
AACTGTGGAGACAGCTTGAGCGTTCGAAGCTCCATAGCCTCTTTCTGAAGTCGCCTATTC
TCCTCCGTTAGTTTCTCTACGCATCGTTTCAAGTATTCACAATCCACCTCCGTTTGCTTT
AATTTGGTTCTAGCTCTTCTGTTCTGAAACCAGACTTCCACTTGTCTTGCTGTCAAGCTC
AACTTCTTGGCCAAAGCTAGCTTCTGTTTGGGATTGAGAGTGTTGTGTTCTTTGAAAGTG
TCTTCAAGAAAAGCAGACTGATCTTTAGATAATCGGAGCTTCTTCCTCGACGTTTCACCG
CCGTCTTCTTCTTCGTCGGAGGTTCCACGCGAGTAACCTCTATCCGGAGTGATATCATCG
TGGTGGTCGGAGAT

QA 4 677 4 677
DS 

RD RR3D727JQ 854 0 0
CAGAAAGATCAATTTTGTATTTACATCAAACTAGTTTAACTAGATAGCTTCACAATTTGG
TTACTATTGTAACTAATTTTTGCTAATTTTATATTACATGAGGGTTACATCATACATATA
GCACTTAAACTTAACAAGGCCAATCATCCAATATTGCCCCACACAGCCAACTTAAACACC
AAACCAACACAGCAACCAAAATTAACAAAACACCCTTCCTCTCACGATCGTGGACGCAAG
GCTTCAAAATTCAGCCCATGAGCCACTTGACCAGCACAAGCAACCCACGGGTTAATTGGA
ACGGGTCGCTGATTGTGTTGATGGTTTGGTGATGGCCCAGCCACACGCTCACACGAAGGA
CACATGATGAGTGTAGTCGGTGGAGTCATTTGGCCATAGAACTGTGGAGACAGCTTGAGC
GTTCGAAGCTCCATAGCCTCTTTCTGAAGTCGCCTATTCTCCTCCGTTAGTTTCTCTACG
CATCGTTTCAAGTATTCACAATCCACCTCCGTTTGCTTTAATTTGGTTCTAGCTCTTCTG
TTCTGAAACCAGACTTCCACTTGTCTTGCTGTCAAGCTCAACTTCTTGGCCAAAGCTAGC
TTCTGTTTGGGATTGAGAGTGTTGTGTTCTTTGAAAGTGTCTTCAAGAAAAGCAGACTGA
TCTTTAGATAATCGGAGCTTCTTCCTCGACGTTTCACCGCCGTCTTCTTCTTCGTCGGAG
GTTCCACGCGAGTAACCTCTATCCGGAGTGATATCATCGTGGTGGTCGGAGATTCCTTCT
CTCTCACTCCTCTTCCCGCCGCTTATGGTGCTCGAGATCGTACTGTTAGGAGACGACACT
CCTGCTTC
TCTCGC

QA 1 848 1 848
DS 

RD RR3G217TF 781 0 0
TGGTTTGGTGATGGCCCAGCCACACGCTCACACGAAGGACACATGATGAGTGTAGTCGGT
GGAGTCATTTGGCCATAGAACTGTGGAGACAGCTTGAGCGTTCGAAGCTCCATAGCCTCT
TTCTGAAGTCGCCTATTCTCCTCCGTTAGTTTCTCTACGCATCGTTTCAAGTATTCACAA
TCCACCTCCGTTTGCTTTAATTTGGTTCTAGCTCTTCTGTTCTGAAACCAGACTTCCACT
TGTCTTGCTGTCAAGCTCAACTTCTTGGCCAAAGCTAGCTTCTGTTTGGGATTGAGAGTG
TTGTGTTCTTTGGAAGTGTCTTCAAGAAAAGCAGACTGATCTTTAGATAATCGGAGCTTC
TTCCTCGACGTTTCACCGCCGTCTTCTTCTTCGTCGGAGGTTCCACGCGAGTAACCTCTA
TCCGGAGTGATATCATCGTGGTGGTCGGAGATTCCTTCTCTCTCACTCCTCTTCCCGCCG
CTTATGGTGCTCGAGATCGTACTGTTAGGAGACGACACTCCTGCTTCCTCCTCGCAATCC
ACCGTTGTTGGAATACTGTTCACGTCTATTTTGTCGAGATCTGATGAAGAAGCAATGTTT
GGGTCCATGGAAATCTAGGGAGATTGTTGGATATGGACGAGTTAGGATTCTGACGCAGCT
GAAGAGGTGTGTGATCTTGTGAAAGTCCTAAGCTTAGGCTCAAACCCAGATCTTCTTTTC
TCATCATCATGACTTATTCTATTCTTATGAATCTAGATGAGAACAAAGAACAGAGAGAAG
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 2 6

CO CL1063Contig1 1368 4 37 U
GATTAACTGTATCATTTATAATGAAAAGGAGTTTTACAAAGCAGAAGCTTATCTCACAGA
GAGTGTCTGTCTACTGATTACTTATTTTTGGTGTGAATGAACACAATGACAAATATTCAG
AAAACCAAACATAAACATAAACGCACATCTTCCGATACTAATGAGCGCCATTCATAGCTT
GGAGGCATCAGCTGTGATCTGATGGCTGAGAGCAACAGCGGCCTTGGAACCGTTAGGACG
GGCAAGATGCTTGCTGATGAAATCTCCAGCAGCTATAAGCTTTCCCAAATCGACGTTGGT
TTGGACCCCCAAACCGTTTAACATGTAAACCACATCTTCTGTTGCTACATTTCCTGACGC
TCCTTTTGCATATGGGCAACCCCCTAATCCAGCAACCGATGAGTCTACTATGTTTATTCC
CATTTGGAGAGAGACCAATATGTTTGCAAGAGCTTGTCCATAGGTATCGTGGAAGTGAAC
AGCCAGCTTTTCCGCTGGCACAGCTGCCATCACGGCTTCAAGCATGGGAACCACAGAACC
AGGAGTGCCGATTCCAATTGTATCACCAAGAGAAATCTCAAAGCAGCCCATGTCATAGAG
CGCTTTAACAACATGCGCTACTTTTGAAGGTGGAACCGCTCCTT*CCACTGGACACCCCA
CCGCGCAAGATACATACGCACGGACAGGAATGGAAAGCTCCTTTGCAGCGGTGGAAACAG
CACGATATCTCAAGAGACTCTCTTCGATGGAACAGTTAATATTTGATAAAGAGAATGACT
CGGAAGCCGATGCAAAGATTGCAACTTCCTTAGCACCTGCAGACACAGCTGCTTCAAAAC
CTTTAAGATTGGGAGTCAGAACAGGCAATCGAGTCGCCCCATGTAGAGTATTAACTGCAT
CCATTACATTCTTTGCATCTGCAAGCTGGGGAACCCATTTAGGAGAGGCAAAGCTAGTAG
CTTCGACAACGGGCAAACCAGCAGAAACCAATCTCCGAATGAGTTCCACCTTAACAGAAG
TGGGAACAATGTTTTTCTCGTTCTGAAGGCCATCCCTTGGACCAACTTCTACAATCTTCA
CAAACTTGGGTACTTCTCTAAGGAGCTGGTGCTGCTTGTTAAGTGAATGTGGTAAGGTGT
GAAAATGTTTGGATAGAGTGCCAGAAACTGATGAGTTGCCAAATACAAGTTGCCGTTGAG
ATACTTTCCGAGAATGCATACGGAAGCTTTTACCATCATTGCAATCTGTTACCCTCCTCT
GGATCCTGTCTATGGAGCTCAGCTCCTCCAAACTAGACATGGTGGTGGTGGTGACTGGAA
TAGACGGATGATGATGATGATGCAAGTTGTGTGTTAAACTCTTGCACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A440JQ U 1
AF RR3CT67JQB U 1
AF RR3B039JQ U 1
AF RR3B039TF C 544
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BS 199 199 RR3B039JQ
BS 200 205 RR3A440JQ
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BS 380 432 RR3A440JQ
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BS 767 767 RR3B039JQ
BS 768 804 RR3A440JQ
BS 805 858 RR3B039JQ
BS 859 1368 RR3B039TF

RD RR3A440JQ 804 0 0
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GAGTGTCTGTCTACTGATTACTTATTTTTGGTGTGAATGAACACAATGACAAATATTCAG
AAAACCAAACATAAACATAAACGCACATCTTCCGATACTAATGAGCGCCATTCATAGCTT
GGAGGCATCAGCTGTGATTTGATGGTTGAGAGCAACAGCGGCCTTGGAACCGTTAGGACG
GGCAAGATGCTTGCTGATGAAATCTCCAGCAGCTATAAGCTTTCCCAAATCCACGTTGGT
TTGGACCCCCAAACCGTTTAACATGTAAACCACATCTTCTGTGGCCACATTTCCTGACGC
TCCTTTTGCATATGGGCAGCCCCCTAATCCAGCAACCGATGAGTCTACTATGTTTATTCC
CATTTGGAGAGACACCAATATGTTTGCAAGAGCTTATCCATATGTATCGTGGAAGTGAAC
AGCCAGCTTTTCCGCTGGCACAGCTGCCATCACCGCTTCAAGCATGGGAACCACAGAACC
AGGAGTGCCGATTCCAATTGTATCACCAAGAGAAATCTCAAAGCAGCCCATGTCATAGAG
CTCTTTAACAGCATGCGCTACTTCTGAAGGTGGAACCGCTCCCT*CCACTGGACACCCCA
CCGCGCAAGATACATACGCACGGACAGGAATGGAAAGCTCCTTTGCAGCGGTGGAAACAG
CACGATATCTCAAGAGAGACTCTTCAATGGAACAGTTAATATTTGACAAAGAGAATGACT
CGGAAGCCGATGCAAAGATTGCAA

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3CT67JQB 831 0 0
GGTTAACTGTATCAT
TTATAATGAAAAGGAGTTTTACAAAGCAGAAGCTTATCTCACAGAGAGTGTCTGTCTACT
GATTACTTATTTTTGGTGTGAATGAACACAATGACAAATATTCAGAAAACCAAACATAAA
CATAAACGCACATCTTTCGATACTAATGAGCGCCATTCATAGCTTGGAGGCATCAGCTGT
GATCTGATGGCTGAAAGCAACAGCGGCTTTGGAACCGTTAGGACGGGCAAGATGCTTGCT
GATGAAATCTCCAGCAGCTATTAGCTTTCCCAAGTCGACGTTGGTTTGGACCCCCAAACC
GTTTAACATGTAAACCACATCTTCTGTTGCTACATTTCCTGACGCTCCTTTTGCATATGG
GCAACCCCCTAATCCAGCAACCGATGAGTCTACTATGTTTATTCCCATTTGGAGAGAGAC
CAATATGTTTGCAAGAGCTTGTCCGTAGGTATCGTGGAAGTGAACAGCCAGTTTTTCCGC
TGGCACAGCTGCCATCACGGCTTCAAGCATGGGAACCACAGAACCAGGAGTGCCGATTCC
AATTGTATCACCAAGAGAAATCTCAAAGCAGCCCATGTCATAGAGCTCTTTGACAACATG
CGCTACTTTTGAAGGTGGAACCGCTCCTT*CCACTGGACACCCCACCGCGCAAGATACAT
ACGCACGGACAGGAATGGAATGCTCCTTTGCAGCGGTGGAAACAGCACGATATCTCAAGA
GAGACTCTTCAATGGAACAGTTAATATTTGACAAAGAGAATGACTCGGAAGCCGATGCAA
*GATTGCA*CTTCCTTAGCACCTGCAGAGACAGCTG

QA 16 831 16 831
DS 

RD RR3B039JQ 858 0 0
CCGTAAGTATCATCA
TTATAGTGAAAAGGAGTTTTACAAAGCAGAAGCTTATCTCACAGAGAGTGTCTGTCTACT
GATTACTTATTTTTGGTGTGAATGAACACAATGACAAATATTCCGAAAACCAAACATAAA
CATAAACGCACATCTTCCGATACTAATGAGCTCCATTCATAGCTTGGAGGCATCAGCTGT
GATCCGATGGCTGAGAGCAACAGCAGCCTTGGAACCGTTAGGACGGCCAAGATGCTTGCT
GATGAAATCTCCAGCAGCTATAAGCTTTCCCAAATCGACGTTGGTTTGGACCCCCAAACC
GTTTAACATGTAAACCACATCTTCTGTTGCTACATTTCCTGGCGCTCCTCTTGCATATGG
GCAACCCCCTAATCCAGCAACTGATGAGTCTACTATGTTTATTCCCATTTGGAGAGAGAC
CAATATGTTTGAAAGAGCTTGTCCATAGGTGTCGTGGAAGTGAACAGCCAGCTTTTCCCC
TGGCACAGCTGCCATCACGGCTTCAAGCATGGGAATCACAGTACCAGGAGTGCCGATTCC
AATTGTATCACCAAGAGAAATCTCAAAGCAGCCCATGTCATAGAGCGCTTTAACAACATG
CGCTACTTTTGAAGGTGGAACCGCTCCTT*CCACTGGACACCCCACCGCGCAAGATACAT
ACGCACGGACAGGAATGGAAAGCTCCTTTGCAGCGGTGGAAACAGCACGATATCTCAAGA
GACTCTCTTCGATGGAACAGTTAATATTTGATAAAGAGAATGACTCGGAAGCCGATGCAA
AGATTGCAACTTCCTTAGCACCTGCAGACACAGCTGCTTCAAAACCTTTAAGATTGGGAG
TCA

QA 16 858 16 858
DS 

RD RR3B039TF 825 0 0
AGTGCCGATTCCAATTGTATCACCAAGAGAAATCTCAAAGCAGCCCATGTCATAGAGCGC
TTTAACAACATGCGCTACTTTTGAAGGTGGAACCGCTCCTTTCCACTGGACACCCCACCG
CGCAAGATACATACGCACGGACAGGAATGGAAAGCTCCTTTGCAGCGGTGGAAACAGCAC
GATATCTCAAGAGACTCTCTTCGATGGAACAGTTAATATTTGATAAAGAGAATGACTCGG
AAGCCGATGCAAAGATTGCAACTTCCTTAGCACCTGCAGACACAGCTGCTTCAAAACCTT
TAAGATTGGGAGTCAGAACAGGCAATCGAGTCGCCCCATGTAGAGTATTAACTGCATCCA
TTACATTCTTTGCATCTGCAAGCTGGGGAACCCATTTAGGAGAGGCAAAGCTAGTAGCTT
CGACAACGGGCAAACCAGCAGAAACCAATCTCCGAATGAGTTCCACCTTAACAGAAGTGG
GAACAATGTTTTTCTCGTTCTGAAGGCCATCCCTTGGACCAACTTCTACAATCTTCACAA
ACTTGGGTACTTCTCTAAGGAGCTGGTGCTGCTTGTTAAGTGAATGTGGTAAGGTGTGAA
AATGTTTGGATAGAGTGCCAGAAACTGATGAGTTGCCAAATACAAGTTGCCGTTGAGATA
CTTTCCGAGAATGCATACGGAAGCTTTTACCATCATTGCAATCTGTTACCCTCCTCTGGA
TCCTGTCTATGGAGCTCAGCTCCTCCAAACTAGACATGGTGGTGGTGGTGACTGGAATAG
ACGGATGATGATGATGATGCAAGTTGTGTGTTAAACTCTTGCACC

QA 1 825 1 825
DS 



CO CL1063Contig2 894 2 8 U
GGATCTACTTTAATCATATTTTATATGTAATATTCCCAGTCATCATCATCATCCGTCTAT
TACAGTCATTTTTATAACAGGAGGTTGTAGTACGGCAGATGAGATTATAGTCAAATTATT
GGGGTCGAGGGATAGTCCCAACCAGAATTAGAGGAGATTAAAGTTGCCGCTTCCTTTGAT
TTCATTCTCCGGAGGAATCAATCACTCTTTTTCTCCGAAAACAAAAGAAAAATGCAGAGG
AATGGGATGAGAAGAGCCCATTCTTTATGGTGCAAGAGTTTAACAAACAACTTGCATCAT
CATCATCATCCGTCTATTCCAGTCACCACCACCACCATGTCTAGTTTGGAGGAGCTGAGC
TCCATAGACAGGATCCAGAGGAGGGTAACAGATTGCAATGATGGTAAAAGCTTCTGTATG
CATTCTCGGAAAGTATCTCAACGACTACATGTACTTGGGACCTCATCAGTTTCTGGCACT
CTATCCAAACATTTTCACACCTTACCACATTCACTTAACAAGCAGCTCCTTAGAGAAGTA
CCCAAGTTTGTGAAGATTGTAGAAGTTGGTCCAAGGGATGGCCTTCAGAACAAGAAAAAC
ATTGTTCCCACTTCTGTTAAGGTCGAACTCATTCGGAGATTGGTTTCTGCTGGATTGCCT
GTTGTCGAAGCTACAAGCTTTTGTCTCTCCTAAATGGGTTCCCCAGCTTGCAGATGCAAA
GAATGTAATGGTTGCAGTTAATACTCTACATGGGGCGGCTCGATTGCCTGTTCTGACTCC
CAATCTTAAGTTTTGAAGCAGCTGTGTCTGCAGTGCTAAGAAGTTGCAATCTTTGCATCG
GCTTCCGAGTCATTCTCTTTGTCAAATATAACTGTTCCATTGAGAGTCTCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI79TF U 1
AF RR3A440TF U 71
BS 1 448 RR3DI79TF
BS 449 451 RR3A440TF
BS 452 521 RR3DI79TF
BS 522 524 RR3A440TF
BS 525 591 RR3DI79TF
BS 592 592 RR3A440TF
BS 593 599 RR3DI79TF
BS 600 894 RR3A440TF

RD RR3DI79TF 599 0 0
GGATCTACTTTAATCATATTTTATATGTAATATTCCCAGTCATCATCATCATCCGTCTAT
TACAGTCATTTTTATAACAGGAGGTTGTAGTACGGCAGATGAGATTATAGTCAAATTATT
GGGGTCGAGGGATAGTCCCAACCAGAATTAGAGGAGATTAAAGTTGCCGCTTCCTTTGAT
TTCATTCTCCGGAGGAATCAATCACTCTTTTTCTCCGAAAACAAAAGAAAAATGCAGAGG
AATGGGATGAGAAGAGCCCATTCTTTATGGTGCAAGAGTTTAACAAACAACTTGCATCAT
CATCATCATCCGTCTATTCCAGTCACCACCACCACCATGTCTAGTTTGGAGGAGCTGAGC
TCCATAGACAGGATCCAGAGGAGGGTAACAGATTGCAATGATGGTAAAAGCTTCTGTATG
CATTCTCGGAAAGTATCTCAACGACTAC***TACTTGGGACCTCATCAGTTTCTGGCACT
CTATCCAAACATTTTCACACCTTACCACATTCACTTAACAA***GCTCCTTAGAGAAGTA
CCCAAGTTTGTGAAGATTGTAGAAGTTGGTCCAAGGGATGGCCTTCAGAACGAGAAAAA

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR3A440TF 824 0 0
TTTATAACAGGAGGTTGTAGTACGGCAGATGAGATTATAGTCAAATTATTGGGGTCGAGG
GATAGTCCCAACCAGAATTAGAGGAGATTAAAGTTGCCGCTTCCTTTGATTTCATTCTCC
GGAGGAATCAATCACTCTTTTTCTCCGAAAACAAAAGAAAAATGCAGAGGAATGGGATGA
GAAGAGCCCATTCTTTATGGTGCAAGAGTTTAACAAACAACTTGCATCATCATCATC***
CGTCTATTCCAGTCACCACCACCACCATGTCTAGTTTGGATGAGCTGAGCTCCATAGACA
GGATCCAGAGGAGGGTAACAGATTGCAATGATGGTAAAAGCTTCTGTATGCATTCTCGGA
AAGTATCTCAACGACTACATGTACTTGGGACCTCATCAGTTTCTGGCACTCTATCCAAAC
ATTTTCACACCTTACCACATTCACTTAACAAGCAGCTCCTTAGAGAAGTACCCAAGTTTG
TGAAGATTGTAGAATTTGGTCCAAGGGATGGCCTTCAGAACAAGAAAAACATTGTTCCCA
CTTCTGTTAAGGTCGAACTCATTCGGAGATTGGTTTCTGCTGGATTGCCTGTTGTCGAAG
CTACAAGCTTTTGTCTCTCCTAAATGGGTTCCCCAGCTTGCAGATGCAAAGAATGTAATG
GTTGCAGTTAATACTCTACATGGGGCGGCTCGATTGCCTGTTCTGACTCCCAATCTTAAG
TTTTGAAGCAGCTGTGTCTGCAGTGCTAAGAAGTTGCAATCTTTGCATCGGCTTCCGAGT
CATTCTCTTTGTCAAATATAACTGTTCCATTGAGAGTCTCTCTT

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 6

CO CL1064Contig1 1091 6 16 U
GGAATCACTCTTCTTCCTCACTCTTCTTTCTCTCATTCTCAGATCTCCAAAGAAGCTAAT
TCAATCTACTCTTGTCCACGAATGCAGCTGCATTGATTGATCCGGATCTAAACGAGTTCT
GCTGTATCTTCAACTCCACCGACAAAAACAAATGGGAGAGGAGAAATCGAAGTCGAGAGG
ATGGTGCGGCTGGCTGTACCACGCGACAGAGGACAAAACTTATCTTGACTATGTCACTAA
ACATGGAAACGAGTTTGCTAGTTTTGGTAACCCGACTTGGTTTAGTTGGGACAATAAGCT
TGCGGGAACACAGGTGCTGTTATCGAGGTTACTCTTCTTTAAGAAA*GATTTGTCAGGAA
GCAAGGGACTTGGAAGTTACAGGGATACAGCTAAAGCTGTCATGTGTGGTCTTCTACCAA
AATCTCCAACAGCTACAACTAGTAGATCAAACGGTGGTCTTGTATTGGTCAGTGAGTGGA
ACGCGCTGCAACAATCCGTTTCCGCAGCATTCTTAGCCTCACTGTTCAGTGATTACATGC
TCACTTCCCGTCTCCATAAGATATCTTGCGACGGGAAGATATTCAAAGCAACAGAGCTCA
GAGACTTCGCCAAATCACAGGCTGATTACATATTGGGGAAGAATCCGATGGGAATGAGCT
TCGTGGTTGGTTATGGAGACAAGTACCCACAATATATCCATCATAGAGGCGCTTCGATAC
CTGCAGATGCAACCACAGGATGCTTAGATGGG*TTTGAGTATTTCAACTCGACCAAACCA
AACCCAAACGTAGCAAATGGTGCACTAGTAGGTGGACCTTTCTTGAACGAGACGTTCCGT
GACGCACGAGACAATGTGAGGCAGAACGAGCCAACTACTTATAACAATGCCTTACTCGTT
GGTCTCTTGTCTAGTCTTGTCACTACCTCTTCTGCTCCGCAGTCATTGAAGTGAGCCTTT
TTTGTATTAAGAAGAGCCTTGTTAAAATCACACATTCCTTCGCCTTCTTTGTTATTTTTA
CTTTATCTTCTGTATGTGTGTATGTTTTATTCACGTTGTGTATTGCTTGATATGTTGATG
GGTTGTCGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR47TF U 1
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AF RR3E003JQ C 277
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BS 209 428 RR3GR47TF
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TCAATCTACTCTTGTCCACGAATGCAGCTGCATTGATTGATCCGGATCTAAACGAGTTCT
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ATGGTGCGGCTGGCTGTACCACGCGACGGAGGACAAAACTTATCTTGACTATGTCACTAA
ACATGGAAACGAGTTTGCTAGTTTTGGTAACCCGACTTGGTTTAGTTGGGACAATAAGCT
TGCGGGAACACAGGTGCTGTTATCGAGGTTACTCTTCTTTAAGAAA*GATTTGTCAGGAA
GCAAGGGACTTGGAAGTTACAGGGATACAGCTAAAGCTGTCATGTGTGGTCTTCTACCAA
AATCTCCAGCAGCTACAACTAGTAGATCAAACGGTGGTCTTGTATTGGTCAGTGAGTGGA
ACGCACTGCAACAATCCGTTTCCGCAGCATTCTTAGCCTCACTGTTCAGTGATTACATGC
TCACTTCCCGTCTCCATAAGATATCTTGCGACGGGAAGATATTCAAAGCAACAGAGCTCA
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DS 

RD RR3EX72TF 565 0 0
G
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GGAACACAGGTGCTGTTATCGAGGTTACTCTTCTTTAAGAAA*GATTTGTCAGGAAGCAA
GGGACTTGGAAGTTACAGGGATACAGCTAAAGCTGTCATGTGTGGTCTTCTACCAAAATC
TCCAACAGCTACAACTAGTAGATCAAATGGTGGTCTTGTATTGGTCAGTGAGTGGAACGC
GCTGCAACAATCCGTTTCCGCAGCATTCTTAGCCTCACTGTTCAGTGATTACATGCTCAC
TTCCCGTCTCCATAAGATATCTTGCGACGGGAAGATATTCAAAGCAACAGAGCTCAGAGA
CTTCGCCAAATCACAGGCTGATTACATATTGGGGAAGAATCCGATGGGAATGAGCTTCGT
GGTTGGTTATGGAGACAAGTACCCACAATATATCCATCATAGAGGCGCTTCGATACCTGC
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CAAACGTAGCAAATGGTGCACTAG

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DS 

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GGGT
TGTACCACGCGACAGAGGACAAAACTTATCTTGACTATGTTACTAAGCATGGAAACGAGT
TCGCTAGTTTTGGTAACCCGACTTGGTTCAGTTGGGACAATAAGCTTGCGGGAACACAGG
TGCTGTTATCGAGGTTACTCTTCTTTAAGAAA*GATTTGTCAGGAAGCAAGGGACTTGGA
AGTTACAGGGATACAGCTAAAGCTGTCATGTGTGGTCTTCTACCAAAATCTCCAACAGCT
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TCCGTTTCCGCAGCATTCTTAGCCTCACTGTTCAGTGATTACATGCTCACTTCCCGTCTC
CATAAGATATCTTGCGACGGGAAGATATTCAAAGCAACAGAGCTCGGAGACTTCGCCAAA
TCACAGGCTGATTACATATTGGGGAAGAATCCGATGGGAATGAGCTTCGTGGTTGGTTAT
GGAGACAAGTACCCACAATATATCCATCATAGAGGCGCTTCGATACCTGCAGATGCAACC
ACAGGATGCTTAGATGGGGTTTGAGTATTTCAACTCGACCAAACCAAACCCAAACGTAGC
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QA 5 773 5 773
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CCTCACTGTTCAGTGATTACATGCTCACTTCCCGTCTCCATAAGATATCTTGCGACGGGA
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GGAAGAATCCGATGGGAATGAGCTTCGTGGTTGGTTATGGAGACAAGTACCCACAATATA
TCCATCATAGAGGCGCTTCGATACCTGCAGATGCAACCACAGGATGCTTAGATGGG*TTT
GAGTATTTCAACTCGACCAAACCAAACCCAAACGTAGCAAATGGTGCACTAGTAGGTGGA
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CCTTCGCCTTCTTTGTTATTTTTACTTTATCTTCTGT

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DS 

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ATGCTCACTTCCCGTCTCCATAAGATATCTTGCGACGGGAAGATATTCAAAGCAACAGAG
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AGCTTCGTGGTTGGTTATGGAGACAAGTACCCACAATATATCCATCATAGAGGCGCTTCG
ATACCTGCAGATGCAACCACAGGATGCTTAGATGGG*TTTGAGTATTTCAACTCGACCAA
ACCAAACCCAAACGTAGCAAATGGTGCACTAGTAGGTGGACCTTTTTTGAACGAGACGTT
CCGTGACGCACGAGACAATGTGAGGCAGAACGAGCCAACTACTTATAACAATGCCTTACT
CGTTGGTCTCTTGTCTAGTCTTGTCACTACCTCTTTTGCTCCGCAGTCATTGAAGTGAGC
CTTTTTTGTATTAAGAAGAGCCTTGTTAAAATCACACATTCCTTCGCCTTCTTTGTTATT
TTTACTTTATCTTCTGTATGTGTGTATGTTTTATTCACGTTGTGTATTGCTTG

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DS 

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AAAGCTGTCATGTGTGGTCTTCTACCAAAATCTCCAACAGCTACAACTAGTAGATCAAAC
GGTGGTCTTGTATTGGCCAGTGAGTGGAACGCGCTGCAACAATCCGTTTCCGCAGCATTC
TTAGCCTCACTGTTCAGTGATTACATGCTCACTTCCCGTCTCCATAAGATATCTTGCGAC
GGGAAGATATTCAAAGCAACAGAGCTCAGAGACTTCGCCAAATCACAGGCTGATTACATA
TTGGGGAAGAATCCGATGAGAATGAGCTTCGTGGTTGGTTATGGAGACAAGTACCCACAA
TATATCCATCATAGAGGCGCTTCGATACCTGCAGATGCAACCACAGGATACTTAGATGGG
*TTTGAGTATTTCAACTCGACCAAACCAAACCCAAACGTAGCAAATGGTGCACTAGTAGG
TGGACCTTTCTTGAACGAGACGTTCCGTGACGCGCGAGACAATGTGAGGCAGAACGAGCC
AACTACTTATAACAATGCCTTACTCGTTGGTCTCTTGTCTAGTCTTGTCACTACCTCTTC
TGCTCCGCAGTCATTGAAGTGAGCCTTTTTTGTATTAAGAAGAGCCTTGTTAAAATCACA
CATTCCTTCCCCTTCTTTGTTATTTTTACTTTATCTTCTGTATGTGTGTATGTTTTATTC
ACGTTGTGTATTGCTTGATATGTTGATGGGTTGTCGTAC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 3

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DJ74TF U 1
AF RR3DN80TF U 59
AF RR3EZ47TF U 54
BS 1 368 RR3DJ74TF
BS 369 369 RR3DN80TF
BS 370 658 RR3DJ74TF

RD RR3DJ74TF 658 0 0
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GAAGGCCAACTAGGGCTTTCTTCAATTCCTTTGTTCAGCTCTCTCTCTCTCTCT**GCAC
CATCTGAGGGCTAACATCTATCTTCGAAGGTTCGTGACGAAAATGTACAGCGGATCTAGC
GATGGCGAGAGCCACGACACATCGAATCAGAGGAGGATCCCTCCGGCTTCCTCGATGCTC
TGGGTTAGAAATCTACGGCGGTACATTGGCTCCGGCGCCGGGTTAGGATCCGAAGCTCTG
ATGGAGCTTGAGACGAAGAGAATCTTGCTCGAGATATTCAAAGACAAGCAGCAGAAAAGT
CAGGAAGCGGGCACTATACCGAGCTTCTACAAGAAGAAACCAGAAGAAGGTTCTATTAGC
CAAAGAGTCCAGAGGCTTGCTAAATACCGCTTCTTGAAGAAACAATCGGATCTTTTGTTA
AATTCTGATGATTTGGCTGCTATGTGGAATTGTTTGAGAGAAAATTGTGTCATTGATGAT
GGCACTGGTGCAGAGAAGATGAACTATGAAGACTTCTGTCACATTGCCTCTGTATGTACC
GAACAAATCGGCCCCAAATGTCGTCGTTTTTCAGCCCATCCAATTTCATGAAGTTTGA

QA 1 658 1 658
DS 

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GG
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CATCTGAGGGCTAACATCTATCTTCGAAGGTTCGTGACGAAAATGTACAGCGGATCTAGC
GATGGCGAGAGCCACGACACATCGAATCAGAGGAGGATCCCTCCGGCTTCCTCGATGCTC
TGGGTTAGAAATCTACGGCGGTACATTGGCACCGGCGCCGGGTTAGGATCCGAAGCTCTG
ATGGAGCTTGAGACGAAGATAATCTTGCTCGAGATATTCAAAGACAAGCAGCAGAAAAGT
CAGGAAGCAGGCACTATACCGAGCTTCTACAAGAAGAAACCAGAAGAAGGTTCTATTAGC
CAAAGAGTCCAGAGGCTTGCTAAATACCGCTTCTTGAAGAAACAATCGGATCTTTTGTTA
AATTCTGATGATTTGGCTGCTATGTGGAATTGTTTGAGAGAAAATTGTGTCATTGATGAT
GGCACTGGTGCAGAGAAGACGAACTATGAAGACTTCTGTCACATTGCCTCTGTATGTACC
GAACAAATCGGCCCCAAATGTC

QA 3 564 3 564
DS 

RD RR3EZ47TF 570 0 0
GGAAAGA
GAAGGCCAACTAGGGCTTTCTTCAATTCCTTTGTTCAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTGCAC
CATCTGAGGGCTAACATCTATCTTCGAAGGTTCGTGACGAAAATGTACAGCGGATCTAGC
GATGGCGAGAGCCACGACACATCGAATCAGAGGAGGATCCCTCCGGCTTCCTCGATGCTC
TGGGTTAGAAATCTACGGCGGTACATTGGCTCCGGCGCCGGGTTAGGATCCGAAGCTCTG
ATGGAGCTTGAGACGAAGAGAATCTTGCTCGAGATATTCAAAGACAAGCAGCAGAAAAGT
CAGGAAGCAGGCACTATACCGAGCTTCTACAAGAAGAAACCAGAAGAAGGTTCTATTAGC
CAAAGAGTCCAGAGGCTTGCTAAATACCGCTTCTTGAAGAAACAATCGGATCTTTTGTTA
AATTCTGATGATTTGGCTGCTATGTGGAATTGTTTGAGAGAAAATTGTGTCATTGATGAT
GGCACTGGTGCAGAGAAGATGAACTATGAAGACTTCTGTCACATTGCCTCTGTATGTACC
GAACAAATCGGCCCCAAATGTCG

QA 8 570 8 570
DS 



AS 1 7

CO CL1066Contig1 1307 7 17 U
GGTGTAATATGATTTGATCCAGATGTTGTGATATAATACATACATCTGTGGACTTAGTAT
GTTTATTTTATCTCCTGAGATTTTCTGTAATAATAACAACAACACAATCGGATTCACGCA
GAATGACGAGTATGTTTAGTAAGAATACAAACAACAACACAATCAGGTTGAGACATGACG
CAGCACAAGCTGAAGCTGATCCACCTCCGGACCGATCAGGTTCAAAACGGAGTTTCCTAC
ACTAGGAAGCTGAGAAACTGCCGTTGTTATTATAGATGATGATGATGATTTGTCAGAGAG
GTATGGCACTATATGCTTCTTCATGTCTTCATGAGATATCTGAAGATGGTTTCCAGAGAC
GTTAACGAATTTGACCTTTCCAGCTTCGTCTAGAGCTCTCAAACCGATCCAGTCCTCGGT
ATAGAGCTTGGTCTCTTGTGGTGGAAGAATGGTCTTAAAAGACCCATCAGGATAATATCC
AAACCATGAGGTCTCTTTAGGTATCAGTATCGTGTCATGGTCAAACATAATAAGTACAAG
ATTCTCCAAGCTTGAGAACCTCTCTTTATAAGTCGAGTTTTTAACTGGAAGCTCGTTGTT
TAGCTTTGGGAGAAACCTACAACCTTCCATGTAACCAGCAATGTCAGTAGGGATTTTGAG
AAAACCGCTAGGAGCCAAATGTTCCTGCATATAGTCGCTATAGATCTCTGTTTTGATCAT
ACTGTCCAACATGATACAAATCCAGGTAACACCACAGAAAGGAATGGATGCAGTGCCAGC
ATGAGGTCCCCCTATCGATACAAAACTCTTAACAGGTGGTGCATCATCGCAGAACTCAAT
GAGAGCTCGACCAATCATGTTACCCTGAGAAAGCCCCACGATGCTGTAACCATCACTCAG
CTCAGGCATACTTTTCACCTTCTCACAAACAACAGCCGTCTGATCAAGAAGAGGCATGGT
CCATGAGTCCCATGAGCCACTCCCAATCTCCAAGCAATAGCCTTGAGAAGAAGACCAATC
ACTTAATAGCTCTGTGAAATGTTTCACTCCTGAATTACTGCATTTATCCCCAATTCCATG
TAGAACTATGAAAGGAGCAGACGAAGCGACTGTAATGAAAGTCCAGATTAGGGCAATTAT
AGTAATCGATGCCTTATGAACAGCCATTTTCTTGGGCTTTTGGTGTGGGAAATCAAAAAG
ATTCGCAATCTCTCCGGTACCAGAACGATCTCCGCCGGCGAATTTAGTTTCGACGCTTAC
CGGATCGTCGCCGATATTTTTTTTTTGTTTTTTGTTCGATGAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 45 45 45 45 15 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 30 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AR09JQ U 123
AF RR3F596JQ U 1
AF RR3E838JQ U 50
AF RR3AJ47JQ U 95
AF RR3AR09TF C 458
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AF RR3AJ47TF C 620
BS 1 141 RR3F596JQ
BS 142 142 RR3E838JQ
BS 143 538 RR3F596JQ
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BS 786 811 RR3E838JQ
BS 812 898 RR3AJ47JQ
BS 899 1042 RR3AR09TF
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BS 1044 1108 RR3AR09TF
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BS 1110 1172 RR3AR09TF
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BS 1256 1307 RR3E838TF

RD RR3AR09JQ 565 0 0
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GCACAAGCTGAAGCTGATCCACCTCCGGACCGATCAGGTTCAAAACGGAGTTTCCTACAC
TAGGAAGCTGAAAAACTGCCGTTGTTATTATAAATGATGATGAT***TTGTCAAAAAGGT
ATGGCACTATATGCTTCTTCATGTCTTCATGAAATATCTGAAAATGGTTTCCAGAAACGT
TAACGAATTTGACCTTTCCAGCTTCGTCTAGAGCTCTCAAACCGATCCAGTCCTCGGTAT
AAAGCTTGGTCTCTTGTGGTGGAAAAATGGCCTTAAAAGACCCATCAGGATAATATCCAA
ACCATGAGGTCTCTTTAGGTATCAGTATCGTGTCATGGTCAAACATAATAAGTACAAAAT
TCTCCAAGCTTGAGAACCTCTCTTTATAAGTCGAGTTTTTAACTGGAAGCTCGTTGTTTA
GCTTTGGGAGAAACCTACAACCTTTCATGTAACCAGCAATGTCAGTAGGGATTTTGAGAA
AACCGCTAGGAGCCAAATGTTCCTG

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3F596JQ 786 0 0
GGTGTAATATGATTTGATCCAGATGTTGTGATATAATACATACATCTGTGGACTTAGTAT
GTTTATTTTATCTCCTGAGATTTTCTGTAATAATAACAACAACACAATCGGATTCACGCA
GAATGACGAGTATGTTTAGTAGGAATACAAACAACAACACAATCAGGTTGAGACATGACG
CAGCACAAGCTGAAGCTGATCCACCTCCGGACCGATCAGGTTCAAAACGGAGTTTCCTAC
ACTAGGAAGCTGAGAAACTGCCGTTGTTATTATAGATGATGATGATGATTTGTCAGAGAG
GTATGGCACTATATGCTTCTTCATGTCTTCATGAGATATCTGAAGATGGTTTCCAGAGAC
GTTAACGAATTTGACCTTTCCAGCTTCGTCTAGAGCTCTCAAACCGATCCAGTCCTCGGT
ATAGAGCTTGGTCTCTTGTGGTGGAAGAATGGTCTTAAAAGACCCATCAGGATAATATCC
AAACCATGAGGTCTCTTTAGGTATCAGTATCGTGTCATGGTCAAACATAATAAGTACAGG
ATTCTCCAAGCTTGAGAACCTCTCTTTATAAGTCGAGTTTTTAACTGGAAGCTCGTTGTT
TAGCTTTGGGAGAAACCTACAACCTTCCATGTAACCAGCAATGTCAGTAGGGATTTTGAG
AAAACCGCTAGGAGCCAAATGTTCCTGCATATAGTCGCTATAGATCTCTGTTTTGATCAT
ACTGTCCAACATGATACAAATCCAGGTAACACCACAGAAAGGAATGGATGCAGTGCCAGC
ATGAG
T

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3E838JQ 762 0 0
GGACTTAGTATGTTTATTTTATCTCCTGAGATTTTCTGTAATAATAACAACAACACAATC
GGATTCACGCAGAATGACGAGTATGTTTAGTAAGAATACAAACAACAACACAATCAGGTT
GAGACATGACGCAGCACAAGCTGAAGCTGATCCACCTCCGGACCGATCAGGTTCAAAACG
GAGTTTCCTACACTAGGAAGCTGAGAAACTGCCGTTGTTATTATAGATGATGATGATGAT
TTGTCAGAGAGGTATGGCACTATATGCTTCTTCATGTCTTCATGAGATATCTGAAGATGG
TTTCCAGAGACGTTAACGAATTTGACCTTTCCAGCTTCGTCTAGAGCTCTCAAACCGATC
CAGTCCTCGGTATAGAGCTTGGTCTCTTGTGGTGGAAGAATGGTCTTAAAAGACCCATCA
GGATAATATCCAAACCATGAGGTCTCTTTAGGTATCAGTATCGTGTCATGGTCAAACATA
ATAAGTACAAGATTCTCCAAGCTTGAGAACCTCTCTTTATAAGTCGAGTTTTTAACTGGA
AGCTCGTTGTTTAGCTTTGGGAGAAACCTACAACCTTCCATGTAACCAGCAATGTCAGTA
GGGATTTTGAGAAAACCGCTAGGAGCCAACTGTTCCTGCATATAGTCGCTATAGATCTCT
GTTTTGATCATACTGTCCAACATGATACAAATCCAGGTAACACCACAGAAAGGAATGGAT
GCAGTGCCAGCATGAGGTCCCCCTATCGATACAAAACTCTTA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3AJ47JQ 804 0 0
AACAACAACACAATCGGATTCACGCAGAATGACGAGTATGTTTAGTAAGAATACAAACAA
CAACACAATCAGGTTGAGACATGACGCAGCACAAGCTGAAGCTGATCCACCTCCGGACCG
ATCAGGTTCAAAACGGAGTTTCCTACACTAGGAAGCTGAGAAACTGCCGTTGTTATTATA
GATGATGATGATGATTTGTCAGAGAGGTATGGCACTATATGCTTCTTCATGTCTTCATGA
GATATCTGAAGATGGTTTCCAGAGACGTTAACGAATTTGACCTTTCCAGCTTCGTCTAGA
GCTCTCAAACCGATCCAGTCCTCGGTATAGAGCTTGGTCTCTTGTGGTGGAAGAATGGTC
TTAAAAGACCCATCAGGATAATATCCAAACCATGAGGTCTCTTTAGGTATCAGTATCGTG
TCATGGTCAAACATAATAAGTACAAGATTCTCCAAGCTTGAGAACCTCTCTTTATAAGTC
GAGTTTTTAACTGGAAGCTCGTTGTTTAGCTTTGGGAGAAACCTACAACCTTCCATGTAA
CCAGCAATGTCAGTAGGGATTTTGAGAAAACCGCTAGGAGCCAAATGTTCCTGCATATAG
TCGCTATAGATCTCTGTTTTGGTCATACTGTCCAACATGATACAAATCCAGGTAACACCA
CAGAAAGGAATGGATGCAGTGCCAGCATGAGGTCCCCCTATCGATACAAAACTCTTAACA
GGTGGTGCATCATCGCAGAACTCAATGAGAGCTCGACCAATCATGTTACCCTGAGAAAGC
CCCACGATGCTGTAACCATCACTC

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3AR09TF 728 0 0
AAAGACCCATCAGGATAATATCCAAACCATGAGGTCTCTTTAGGTATCAGTATCGTGTCA
TGGTCAAACATAATAAGTACAAGATTCTCCAAGCTTGAGAACCTCTCTTTATAAGTCGAG
TTTTTAACTGGAAGCTCGTTGTTTAGCTTTGGGAGAAACCTACAACCTTTCATGTAACCA
GCAATGTCAGTAGGGATTTTGAGAAAACCGCTAGGAGCCAAATGTTCCTGCATATAGTCG
CTATAGATCTCTGTTTTGATCATACTGTCCAACATGATACAAATCCAGGTAACACCACAG
AAAGGAATGGATGCAGTGCCAGCATGAGGTCCCCCTATCGATACAAAACTCTTAACAGGT
GGTGCATCATCGCAGAACTCAATGAGAGCTCGACCAATCATGTTACCCTGAGAAAGCCCC
ACGATGCTGTAACCATCACTCAGCTCAGGCATACTTTTCACCTTCTCACAAACAACAGCC
GTCTGATCAAGAAGAGGCATGGTCCATGAGTCCCATGAGCCACTCCCAATCTCCAAGCAA
TAGCCTTGAGAAGAAGACCAATCACTTAATAGCTCTGTGAAATGTCTCACTCCTGAATTA
CTGCATTTATCCCCAATTCCATGTAGAACTATGAAAGGAGCAGACGAAGCGGCTGTAATG
AAAGTCCAGATTAGGGCAATTATAGTAATCGATGCCTTATGAACAGCCATTTTCTAGGGC
TTTTGGT
C

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3E838TF 770 0 0
C
AGATTCTCCAAGCTTGAGAACCTCTCTTTATA*GTCGAGTTTT*AACTGGAAGCTCGTTG
TTTAGCTTTGG*AGAAAC*TACAAC*TTCCATGTAACCAGCAATGTCAGTAGGGATTTTG
AGAAAACCGCTAGGAGCCAACTGT*CCTGCATATAGTCGCTATAGATCTCTGTTTTGATC
ATACTGTCCAACATGATACAAATCCAGGTAACACCACAGAAAGGAATGGATGCAGTGCCA
GCATGAGGTCCCCCTATCGATACAAAACTCTTAACAGGTGGTGCATCATCGCAGAACTCA
ATGAGAGCTCGACCAATCATGTTACCCTGAGAAAGCCCCACGATGCTGTAACCATCACTC
AGCTCAGGCATACTTTTCACCTTCTCACAAACAACAGCCGTCTGATCAAGAAGAGGCATG
GTCCATGAGTCCCATGAGCCACTCCCAATCCCCAAGCAATAGCCTTGAGAAGAAGACCAA
TCACTTAATAGCTCTGTGAAATGTTTCACTCCTGAATTACTGCATTTATCCCCAATCCCA
TGTAGAACTATGAAAGGAGCAGACGAAGCGACTGTAATGAAAGTCCAGATTAGGGCAATT
ATGGTAATCGATGCCTTATGAACAGCCATTTTCTTGGGCTTTTGGTGTGGGAAATCAAAA
AGATTCGCAATCTCTCCGGTACCAGAACGATCTCCGCCGGCGAATTTAGTTTCGAC*CTT
ACCGGATCGTCGCCGATATTTTTTTTTTGTTTTTTGTTCGATGAGATCC

QA 2 770 2 770
DS 

RD RR3AJ47TF 683 0 0
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TGTTCCTGCATATAGTCGCTATAGATCTCTGTTTTGGTCATACTGTCCAACATGATACAA
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TTTTATATAGTTGGGGAGAGCTATGCAGGGCATTACATTCCTCAGCTGAGTCAAGCCATT
GTAAGACATAACCAAGCCTCTGGAGAAAACATTATTAATCTGAAAGGTTACATGGTAGGA
AACGGGTTGATGGATGATCTCCAAGACCAGCTCGGTCTTTTCTAGTATATTTGGACTTTG
GGTTTCATCTCCGACCAAACATACACCTTACTGAAACTTCAGTGTGGTTTGGAACCCTTT
ATTCACTCCTCTGAAGCCTGTAATAACGCTCTGGAGATAGCCTACAAG*AAATGGGTAAC
ATAGACCATTACAGTGTCT
CAC

QA 3 861 3 861
DS 

RD RR3G411TF 674 0 0
GATT
CCTCAGCTGAGTCAAGCCATTGTAAGACATAACCAAGCCTCTGGAGAAAACATTATTAAT
CTGAAAGGTTACATGGTAGGAAACGGGTTGATGGATGATCTCCAAGACCAGCTCGGTCTT
TTCCAGTATATTTGGACTTTGGGTTTCATCTCCGACCAAACATACACCTTACTGAAACTT
CAGTGTGGTTTGGAACCCTTTATTCACTCCTCTGAAGCCTGTAATAACGCTCTGGAGATA
GCCTACAAGGAAATGGGTAACATAGACCATTACAGTGTCTTCACATCGGCCTGTGTTGCA
AGTGCTTCCCAGTCAAGAATGTTGCTAAAGAGAAGAAGACCAGTGAATAGCCGTGTGAGT
GAACAGTATGATCCATGCACGGAGAAACAC**AAAAGTGTACTTCAATCTTCCAGAGGTT
CAAAAAGCCCTCCATGTCCCACCACAACTTGCACCATCCAAATGGGATACTTGCAATTAT
GTCGTGAATGAAAACTGGAACGACTGTCCTTCCTCGGTTCTAGACATTTACCACGAGCTT
ATAGCTGCTGGGATTCGTATATGGGTTTTCAGTGGAGATGCAGATGCTGTTGTACCAGTC
ACATCAACCCGGTACAGCATAGATGCTCTAAACCTTAGTACAATTAGTCCATATGGCCCT
TGGTACATAG

QA 5 674 5 674
DS 

RD RR3E631TF 599 0 0
G
ATTTGGACGTTGGGTTTCATCTCCGACCAAACATACACCTTACTGAAACTTCAGTGTGGT
TTGGAACCCTTTATTCACTCCTCTGAAGCCTGTAATAACGCTCTGGAGATAGCGTACAAG
GAAATGGGTAACATTGACCATTACAGTGTCTTCACTCCGGCATGCGTTGCGAGTGCTTCC
CAGTCAAGAATGTTGCTAAAGAGAAGAAGACCAGTGAATAGCCGTGTGAGTGAACAGTAT
GATCCATGCACGGAGAAACACTCCAAAGTGTACTTCAATCTTCCAGAGGTTCAAAAAGCC
CTCCATGTCCCACCACAACTTGCACCATCCAAATGGGATACTTGCAATCATGTCGTGAAT
GAAAACTGGAACGACTGTCCTTCCTCGGTTCTAGACATTTACCACGAGCTTATAGCTGCT
GGGATTCGTATATGGGTATTCAGTGGAGACGCAGATGCCGTTGTACCAGTCACATCAACC
CGGTACAGCATAGATGCTCTAAACCTTAGTACAATTAGTCCATATGGCCCTTGGTACATA
GACGGACAGGTGGGAGGGTGGACTCAGCAGTATGCTGGTCTAAACTTTGTCACTGTGA

QA 2 599 2 599
DS 

RD RR3B731JQ 546 0 0
AATGAAAACTGGAACGACTGTCCTTCCTCGGTTCTAGACATTTACCACGAGCTTATAGCT
GCTGGGATTCGTATATGGGTTTTCAGTGGAGATGCAGATGCTGTTGTACCAGTCACATCA
ACCCGGTACAGCATAGATGCTTTAAACCTTAGTACAATTAGTCCATATGGCCCTTGGTAC
ATAGACGGGCAGGTGGGAGGGTGGACTCAGCAGTATGCTGGTTTAAACTTTGTGACTGTG
AGAGGCGCAGGGCATGAAGTTCCTCTGCACAGACCAAAGGAGGTTCTTGCGCTTTTCAAG
GCTTTTATATCTGGAACTCCATTATTGTCCACACCGGAGAAAAACATCAGGAGCGAGATG
TCTGAACTCGTTAGTGACTCGTGATGAGTTCTGATATAATGAAGATTCTCTCCAGTCAAA
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GGTTTGGCTGGTTCTTCCTATTTTTCTCTTTGTTTGTTTGAAACATTTTTAATGTTAGGT
TCTACC

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3G411JQ 738 0 0
GTTCTAGACATTTACCACGAGCTTATAGCTGCTGGGATTCGTATATGGGTTTTCAGTGGA
GATGCAGATGCTGTTGTACCAGTCACATCAACCCGGTACAGCATAGATGCTCTAAACCTT
AGTACAATTAGTCCATATGGCCCTTGGTACATAGACGGGCAGGTGGGAGGGTGGACTCAG
CAGTATGCTGGTCTAAACTTTGTGACTGTGAGAGGCGCAGGGCATGAAGTTCCTCTGCAC
AGACCAAAGGAGGCTCTTGCGCTCTTCAAGGCTTTTATATCTGGAACTCCATTATTGTCC
ACACCGGAGAAAAACATCAGGAGCGAGATGTCTGAACTCGTTAGTGACTCGTGATGAGTT
CTGATATAATGAAGATTCTCTCCAGTCAAAACTTTCTAGTCATTGTATGAAGAAGAGAGG
GAGAGAATAAATAAGAGATTTTTATGTCTTGGTTTGGCTGGTTCTTCCTATTCTTCTCTT
TGTTTGTTTGAAACATTTTTAATGTTAGGTTCTACCATATGTACAATCCAAATTCAAGAA
AACACATTGTGTTTATGAGAAATGGAAAAGTAGGTATGAACTTGTTAAAGAGTATCACCA
TTGGCTAAATGAAGCATCAAGGGTATAAAAAACACCCCAATGACACTCTTGGCTCTGCAC
TCTTTATTCTCCTCTGTAATAAAACATAACCACTCGTCATCTTTAATATTATTCTTCAAG
ACAGTGACAAGGATGTCT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 7

CO CL1068Contig1 1228 7 17 U
GGAAACACATCTGTTGCGTTGGTCTGTGAGAAGCGGACAAACCAAAGAAAGAGAAAACAG
AGCCGGAACTGTTGTGACATATGGGTGGATTCAGAGAGTTCGTTGCTGATGAACATTATT
CATCCTCAAACCTATTCCACTCGGTGACCGCCATAGTCATCTGGCTTGGCTCCGTTCACT
TGAACGTCGCTATTGTTCTCTCTTCTCTCATTTTCCTTCCTCCTTCTCTCTCCCTCCTGG
TCTTCGGTCTGCTTTTTCTCTTAATCTTCAGCCCCATCGATGATCGTAGCAAATACGGTC
GTATGCTCGCTAGGTACATATGTAAGCACGCATGTAGTTATTTCCCCGTTACTCTCCATG
TCGAGGATTACGAATCTTTCCAGCCTACTCGTGCCTATGTTATTGGTTATGAACCACATT
CGGTGTGGCCTATTGGAGCTGTTGCACTTGCTGATCTTACTGGCTTCATGCCTCTTCCTA
ACATCAAAGTTCTCGCTAGTTCTGCTGTTTTCTACACGCCGTTTCTGAGGCAAATATGGA
CGTGGTTAGGGCTTGCTCCTGCGTCTAGGAAGAATTTCTCTTCCTATTTGGAGTCTGGTT
ATAGTTGTATCCTCGTACCTGGTGGTGTGCAAGAGACATTTCATATGAAACATGATGTTG
AGAACGTCTTCCTTTCATCGAGAAGAGGATTTGTGCGCATAGCCATGGAACATGGGACAC
CTCTGGTTCCAGTTTTCTGCTTTGGTCAGTCAAGAGTGTACAAGTGGTGGAAGCCGGATT
GGAACCTCTACCTTAAACTATCAAGAGCGATCAAGTTTACTCCCATCTGTTTCTGGGGTG
TTTTTGGATCCCCAATCCCATATCAACACCCTCTGCATGTGGTGGTTGGGAAACCAATAG
AAGTTAGAAAAACTCTGCAGCCTACTGATGAAGAGATTGCTAAGGTACATGGACAGTTTG
TGGAAGCGCTTAGGGATCTGTTTGAGAGGCACAAGGCCAGAGCAGGCTTCCCTGATCTGC
AGTTGAACATTCTTTGAAATCAACAAGTTGTCAAAAAATGGTTTTATAGTTTTATCCTCA
AATCTTTTGTTAATTTAGCACTGGCTTTTGGCTTTGGATTTACCTTATGTATGTATGTCT
TGTTTCTTATACGTCTCTGTATCAACTTTGGATTATAAAGACCCATCGACCTGAAATATT
ATTGGTAGAGCAGATGGTGGTGTTACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D990TF U 1
AF RR3CM36TF U 40
AF RR3B218TF U 37
AF RR3G524TF U 411
AF RR3CM36JQ C 504
AF RR3G524JQ C 722
AF RR3B218JQ C 399
BS 1 381 RR3D990TF
BS 382 382 RR3B218TF
BS 383 415 RR3D990TF
BS 416 416 RR3B218TF
BS 417 680 RR3D990TF
BS 681 735 RR3B218TF
BS 736 736 RR3CM36TF
BS 737 858 RR3B218TF
BS 859 859 RR3B218JQ
BS 860 882 RR3B218TF
BS 883 943 RR3B218JQ
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BS 1015 1015 RR3CM36JQ
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BS 1090 1228 RR3B218JQ

RD RR3D990TF 680 0 0
GGAAACACATCTGTTGCGTTGGTCTGTGAGAAGCGGACAAACCAAAGAAAGAGAAAACAG
AGCCGGAACTGTTGTGACATATGGGTGGATTCAGAGAGTTCGTTGCTGATGAACATTATT
CATCCTCAAACCTATTCCACTCGGTGACCGCCATAGTCATCTGGCTTGGCTCCGTTCACT
TGAACGTCGCTATTGTTCTCTCTTCTCTCATTTTCCTTCCTCCTTCTCTCTCCCTCCTGG
TCTTCGGTCTGCTTTTTCTCTTAATCTTCAGCCCCATCGATGATCGTAGCAAATACGGTC
GTATGCTCGCTAGGTACATATGTAAGCACGCATGTAGTTATTTCCCCGTTACTCTCCATG
TCGAGGATTACGAATCTTTCCGGCCTACTCGTGCCTATGTTATTGGTTATGAACCGCATT
CGGTGTGGCCTATTGGAGCTGTTGCACTTGCTGATCTTACTGGCTTCATGCCTCTTCCTA
ACATCAAAGTTCTCGCTAGTTCTGCTGTTTTCTACACGCCGTTTCTGAGGCAAATATGGA
CGTGGTTAGGGCTTGCTCCTGCGTCTAGGAAGAATTTCTCTTCCTATTTGGAGTCTGGTT
ATAGTTGTATCCTCGTACCTGGTGGTGTGCAAGAGACATTTCATATGAAACATGATGTTG
AGAACGTCTTCCTTTCATCG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3CM36TF 743 0 0
G
ACCAAAGAAAGAGAAAACAGAGCCGGAACTGTTGTGACATATGGGTGGATTCAGAGAGTT
CGTTGCTGATGAACATTATTCATCCTCAAACCTATTCCACTCGGTGACCGCCATAGTCAT
CTGGCTTGGCTCCGTTCACTTGAACGTCGCTATTGTTCTCTCTTCTCTCATTTTCCTTCC
TCCTTCTCTCTCCCTCCTGGTCTTCGGTCTGCTTTTTCTCTTAATCTTCAGCCCCATCGA
TGATCGTAGCGAATACGGTCGTATGCTCGCTAGGTACATATGTAAGCACGCATGTAGTTA
TTTCCCCGTTACTCCCCATGTCGAGGATTACGAATCTTTCCAGCCTACTCGTGCCTATGT
TATTGGTTATGAACCACATTCGGTGTGGCCTATTGGAGCTGTTGCACTTGCTGATCTTAC
TGGCTTCATGCCTCTTCCTAACATCAAAGTTCTCGCTAGTTCTGCTGTTTTCTACACGCC
GTTTCTGAGGCAAATATGGACGTGGTTAGGGCTTGCTCCTGCGTCTAGGAAGAATTTCTC
TTCCTATTTGGAGTCTGGTTATAGTTGTATCCTCGTACCTGGTGGTGTGCAAGAGACATT
TCATATGAAACATGATGTTGAGAACGTCTTCCTTTCATCGAGAAGAGGATTTGTGCGCAT
AGCCATGGAACATGGGACACCTCTGGTTCCAGTTTTCTGCTTTGGTCAGTCAAGAGTGTA
CAAGTGGTGGAAGCCGGAT
GGA

QA 2 740 2 740
DS 

RD RR3B218TF 846 0 0
GGAA
ACCAAAGAAAGAGAAAACAGAGCCGGAACTGTTGTGACATATGGGTGGATTCAGAGAGTT
CGTTGCTGATGAACATTATTCATCCTCAAACCTATTCCACTCGGTGACCGCCATAGTCAT
CTGGCTTGGCTCCGTTCACTTGAACGTCGCTATTGTTCTCTCTTCTCTCATTTTCCTTCC
TCCTTCTCTCTCCCTCCTGGTCTTCGGTCTGCTTTTTCTCTTAATCTTCAGCCCCATCGA
TGATCGTAGCAAATACGGTCGTATGCTCGCTAGGTACATATGTAAGCACGCATGTAGTTA
TTTCCCCGTTACTCTCCATGTCGAGGATTACGAATCTTTCCAGCCTACTCGTGCCTATGT
TATTGGTTATGAACCACATTCGGTGTGGCCTATTGGAGCTGTTGCACTTGCTGATCTTAC
TGGCTTCATGCCTCTTCCTAACATCAAAGTTCTCGCTAGTTCTGCTGTTTTCTACACGCC
GTTTCTGAGGCAAATATGGACGTGGTTAGGGCTTGCTCCTGCGTCTAGGAAGAATTTCTC
TTCCTATTTGGAGTCTGGTTATAGTTGTATCCTCGTACCTGGTGGTGTGCAAGAGACATT
TCATATGAAACATGATGTTGAGAACGTCTTCCTTTCATCGAGAAGAGGATTTGTGCGCAT
AGCCATGGAACATGGGACACCTCTGGTTCCAGTTTCCTGCTTTGGTCAGTCAAGAGTGTA
CAAGTGGTGGAAGCCGGATTGGAACCTCTACCTTAAACTATCAAGAGCGATCAAGTTTAC
TCCCATCTGTTTCTGGGGTGTTTTTGGATCCCCAATCC*ATATCAACACCCTCTGCATGT
GG

QA 5 846 5 846
DS 

RD RR3G524TF 448 0 0
GAACCACATTCGGTGTGGCCTATTGGAGCTGTTGCACTTGCTGATCTTACTGGCTTCATG
CCTCTTCCTAACATCAAAGTTCTCGCTAGTTCTGCTGTTTTCTACACGCCGTTTCTGAGG
CAAATATGGACGTGGTTAGGGCTTGCTCCTGCGTCTAGGAAGAATTTCTCTTCCTATTTG
GAGTCTGGTTATAGTTGTATCCTCGTACCTGGTGGTGTGCAAGAGACATTTCATATGAAA
CATGATGTTGAGAACGTCTTCCTTTCATCGAGAAGAGGATTTGTGCGCATAGCCATGGAA
CATGGGACACCTCTGGTTCCAGTTTTCTGCTTTGGTCAGTCAAGAGTGTACAAGTGGTGG
AAGCCGGATTGGAACCTCTACCTTAAACTATCAAGAGCGATCAAGTTTACTCCCATCTGT
TTCTGGGGTGTTTTTGGATCCCCAATCC

QA 1 448 1 448
DS 

RD RR3CM36JQ 677 0 0
GCTGTTTTCTACACGCCGTTTCTGAGGCAAATATGGACGTGGTTAGGGCTTGCTCCTGCG
TCTAGGAAGAATTTCTCTTCCTATTTGGAGTCTGGTTATAGTTGTATCCTCGTACCTGGT
GGTGTGCAAGAGACATTTCATATGAAACATGATGTTGAGAACGTCTTCCTTTCATCGAGA
AGAGGATTTGTGCGCATAGCCATGGAACATGGGACACCTCTGGTTCCAGTTTTCTGCTTT
GGTCAGTCAAGAGTGTACAAGTGGTGGAAGCCGGATTGGAACCTCTACCTTAAACTATCA
AGAGCGATCAAGTTTACTCCCATCTGTTTCTGGGGTGTTTTTGGATCCCCAATCCCATAT
CAACACCCTCTGCATGTGGTGGTTGGGAAACCAATAGAAGTTAGAAAAACTCTGCAGCCT
ACTGATGAAGAGATTGCTAAGGTACATGGACAGTTTGTGGAAGCGCTTAGGGATCTGTTT
GAGAGGCACAAGGCCAGAGCAGGCTTCCCTGATCTGCAGTTGAACATTCTTTGAAATCAA
CAAGTTGTCAAAAAATGGTTTTATAGTTTTATCCTCAAATCTTTTGTTAATTTAGCACTG
GCTTTTGGCTTTGGATTTACCTTATGTATGTATGTCTTGTTTCTTATACGTCTCTGTATC
AACTTTGGATTATAAAG

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3G524JQ 435 0 0
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GAACCTCTACCTTAAACTATCAAGAGCGATCAAGTTTACTCCCATCTGTTTCTGGGGTGT
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DS 

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ATCCAAGGGATATGGATTCGTGACATTCAAGGAAGCAGAGGCGGCGAGGAGGGCTTGTGT
GGACGGTACTCCGGTAATCGACGGAAGAAGAGCTACTTGCAACCTTGCCTCTCTTGGTCT
TCAAAGATCCAAACCCTCCACTCCTAACCATGGAGGAGGAAGGATTAATAATATGAGAGT
GATGATGAGCACAATGCAGACTGGTTTTGGACCACCACCCACTTTCACTCACTATCCCCA
CCTCCCTCTCAATCTCTTTGGGTACTCACCTTACTCGTCAGACTACTCCCCATTCCCTAC
GAACTTATACGGCGTGTACGGATGCAACTCAGGGGGACAATACGGACTGTATGGAAATGG
AAACGGTGGAGGCGGTGGACTAACCGCAGCTGCTGCATCAGCCGCTCCTTTTTATCCTTG
CGGTGGAGGACAAGGTGGCGTCCAATTCTCACAACCACAGCCATTTTATCACCACTTCTC
TGCTTATGACAACCCTCACCATTACTCTCCTGCCACCATTTCTCTTCAACAAGGTGTAAC
AGGCTTTCCCCTTCTTC*ACCTCTCATTCCTTACCTTTGATAGCTATCAAAGCTACCACA
ATCGTC***ATCATCAAGTCACGAGTCATCTATGGTTTATTGGATACTCTCTGGCTATCT
CTCAACACTTTTGTTTCACTCTAAA
GCCACC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3D781JQ 745 0 0
A
ACTTATACGGCGTGTACGGATGCAACTCAGGGGGACAATACGGACTGTATGGAAACGGAA
ACGGTGGAGGCGGTGGACTAACCGCAGCTGCTGCATCAGCCGCTCCTTTTTATCCGTGCG
GTGGAGGACAAGGTGGGGTCCAATTCTCACAACCACAGCCATTTTATCACCATTTCTCTG
CTTACGACAACCCTCACCATTACTCTCCTGCCACCATTTCTCTTCAACAAGGTGTAACAG
GCTTTCCCCTTCAGCCACCTCTCATTCCTTACCTTTGATAGCGATCAAAGCTATCACAAT
CGTCGTCATCATCGAGTCACGAGTCATCTATGGTTTATTGGATACTCTCTGGCTATCTCT
CAACACTTTTGTTTCACTCTAAAAGCCACCCCATTTTATGGAATTTGAGGTGGCTTTTAT
TTGCGGATTCCCAATGGGATCTCCAATTTCATATGGTGGTTATGTCGTATTGTCATCTCC
CACCTTCTTTGCAA*CTGCATCTTCACGAGATAAAAGGGTTCTCTCTAGAATAGAGTGAT
GTTGCTAATGGAGCACAA*GCATCAAAATCACTCATGTGCTAAA*CTCAAAGCTGATGCA
TGTATCAGCTTATTTTGTTATGTTGTTTTAGCCTAGGGATGGCTAATCAACAAGACAAAA
AAAA*TGTCTGTTTAGGATTTAATGTAAGAAAATCAAGCACTAAAAACCATGTGCTTTTT
GAAAGACTGAAAAAA
AATGATTGC

QA 2 736 2 736
DS 

RD RR3FQ18JQ 825 0 0
CCCCACTCCTCTCATCTC
TTGGGTACTCAC*TTACTCGTCAGACTACTCCCCCATTCCTACGGACTTATACGGCGTGT
ACGGATGCAACTCAGGGGGACAATACGGACTGTATGGAAATGGAAACGGTGGAGGCGGTG
GACTAACCGCAGCTGCTGCATCAGCCGCTCCTTTTTATCCTTGCGGTGGAGGACAAGGTG
GCGTCCAATTCTCACAACCACAGCCATTTTATCACCACTTTTCTGCTTATGACAACCCTC
ACCATTACTCTCCTGCCACCATTTTTTTTCAACAAGGTGTAACAGGCTTTCCCCTTCAGC
CACCTCTCATTCCTTACCTTTGATAGCTATCAAAGCTACCACAATCGTC***ATCATCAA
GTCACGAGTCATCTATGGTTTATTGGATACTTTCTGGCTATCTCTCAACACTTTTGTTTC
ACTTTAAAAGCCACCCCATTTTATGGAACTTGAGGTGGCTTTTATTTGCGGATTCCCAAT
GGGATCTCCAATTTCACATGGTGGTTATGTCGTATTGTCATCTCCCACCTTCTTTGCAAA
CTGCATCTTCACGAGAGAAAAGGGTTCTCTCTAGA*TAGAGTGATGTTGCTAATGGAGCA
CAAAGCATCAAAATCACTCATGTGCTAAAACTCAAAGCTGATGCATGTATCAGCTTATTT
TGTTATGTTGTTTTAGCCTAGGGATGGCTAATCAACAAGACAAAAAAAAATGTCTGCTTA
GGATTTAATGTAAGAAAATCAAGTACTAAAAACCATGTGCTTTTTGAAAGACTGAAAAAA
ATGATTGCATATTTAAGTATAAATA
CC

QA 19 823 19 823
DS 

RD RR3C109TF 758 0 0
GTGGAGGACAAGGTGGCGTCCAATTCTCACAACCACGGCCATTTTATCACCACTTCTCTG
CTTATGACAACCCTCACCATTACTCTCCTGCCACCATTTCTCTTCAACAAGGTGTAACAG
GCTTTCCCCTTCAGCCACCTCTCATTCCTTACCTTTGATAGCTATCAAAGCTACCGCAAT
CGTC***ATCATCAAGTCACGAGTCATCTATGGTTTATTGGATACTCTCTGGCTATCTCT
CAACACTTTTGTTTCACTCTAAAAGCCACCCCATTTTATGGAACTTGAGGTGGCTTTTAT
TTGCGGATTCCCAATGGGATCTCCAATTTCATATGGTGGTTATGTCGTATTGTCATCTCT
CACCTTCTTTGCAAACTGCATCTTCACGAGAGAAAAGGGTTCTCTCTAGA*TAGAGTGAT
GTTGCTAATGGAGCACAAAGCATCAAAATCACTCATGTGCTAAAACTCAAAGCTGATGCA
TGTATCAGCTTATTTTGTTATGTTGTTTTAGCCTAGGGATGGCTAATCAACAAGACAAAA
AAAA*TGTCTGCTTAGGATTTAATGTAAGAAAATCAAGTACTAAAAACCATGTGCTTTTT
GAAAGACTGAAAAAA*TGATTGCATATTTAAGTATAAATATCAGAACAACAACCCTGCAG
TAGCCTTTTAGCTGCATGATGGACATGTTAGTTGTAGCCTTAGAACTTAATTAG*CCATC
AAGTCTCTACTTCTTACC*TTGGAGGGAAGGA
TGTCTA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3C109JQ 763 0 0
TACTCTCTGGCTATCTCTCAACACTTTTGTTTCACTCTAAAAGCCACCCCATTTTATGGA
ACTTGAGGTGGCTTTTATTTGCGGATTCCCAATGGGATCTCCAATTTCATATGGTGGTTA
TGTCGTATTGTCATCTCTCACCTTCTTTGCAAACTGCATCTTCACGAGAGAAAAGGGTTC
TCTCTAGA*TAGAGTGATGTTGCTAATGGAGCACAAAGCATCAAAATCACTCATGTGCTA
AAACTCAAAGCTGATGCATGTATCAGCTTATTTTGTTATGTTGTTTTAGCCTAGGGATGG
CTAATCAACAAGACAAAAAAAA*TGTCTGCTTAGGATTTAATGTAAGAAAATCAAGTACT
AAAAACCATGTGCTTTTTGAAAGACTGAAAAAAATGATTGCATATTTAAGTATAAATATC
AGAACAACAACCCTGCAGTAGCCTTTTAGCTGCATGATGGACATGTTAGTTGTAGCCTTA
GAACTTAATTAGGCCATCAAGTCTCTACTTCTTACCCTTGGAGGGAAGGAATGTCTAAGA
TTATCCTTCTTATATAAAAAATGCATTATTCAAAGTCTTTGTTAGTTTTACAACCCCATT
CTTCAGAACAATAGTGACCACTGTACTCACATTTATTCTTGTTTTTAGCTATCTCGGTGT
ATGCTTTTCAGTCCAGTTGTACACAACCTCTTCTAGTACTGAAACCTCTAATACTGTTCG
AGTCGACCTCAAGTGACAAATTAAGAGTACATGTTGTTCTTAC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 2 4

CO CL1070Contig1 791 2 6 U
TTCTCCTCATCTCCTCCCCGCATCACCGTCGTGCTCGTCCTCACGGCGGTCAGCTTACGT
GATCCCTCGACTTCTAGGAGATGATGAGCATTGTTTCAAGTCACCATCATTGTCAACCAT
CGTCTACACACGAACAACGATGCGGTATAGGAACACTGTCTAATAAGGTTTCTTACTCCG
GTCCGTGTTTCTCTGGGAGATTGGCTTTCTCGCATAGCCTCTGCTTGAAGAGTTCTTGTA
AGGAGCAAACTGCAGGTAGGAAAAGGTTTTCAAGAATTTGCAGTGTTGTGGATGACGGCA
TGAATCCAGATAGTTCGGATGACGAGGAAAAGGAATCACTCGATGATAAATCTAAAAGGG
AAGCCAATGATATGAATCGGGCAAACCTTGAAAGAATGGTTGGGTCGGATGATTCTGCAT
TTAACGGCTTAGATCTTGCAACCCTCATCAGGCAGAAGTATGGAAGATCTTATGATGTTC
AGCTCATCAAGAAGGAGTTCATGGGGAGGAATCTTCTTGCAATGAATGTCATGTGGAAGT
ACAGAGAACAGAGGTCTTTTCCTCTAACCGAAGAAGAATACATACTTAGACTTGACGATG
TAGCCAACATGTTGAAATGCTGGGGAGCGGTCTCGCATATCCGTAACAGCCTAGCAAAGT
CCAAAGAGCGACCCACGATAGGGAAAGCTGTTAGCATTTTCATAGACATGGATTCAACAG
GTGGACGAGCAAACGAATGGATTTACAAGTGACAAAAGCGACCGGTTTACAAATCCTAAA
CCAAAGAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BE30TF U 1
AF RR3BE30JQ C 22
BS 1 720 RR3BE30TF
BS 721 721 RR3BE30JQ
BS 722 756 RR3BE30TF
BS 757 757 RR3BE30JQ
BS 758 766 RR3BE30TF
BS 767 791 RR3BE30JQ

RD RR3BE30TF 768 0 0
TTCTCCTCATCTCCTCCCCGCATCACCGTCGTGCTCGTCCTCACGGCGGTCAGCTTACGT
GATCCCTCGACTTCTAGGAGATGATGAGCATTGTTTCAAGTCACCATCATTGTCAACCAT
CGTCTACACACGAACAACGATGCGGTATAGGAACACTGTCTAATAAGGTTTCTTACTCCG
GTCCGTGTTTCTCTGGGAGATTGGCTTTCTCGCATAGCCTCTGCTTGAAGAGTTCTTGTA
AGGAGCAAACTGCAGGTAGGAAAAGGTTTTCAAGAATTTGCAGTGTTGTGGATGACGGCA
TGAATCCAGATAGTTCGGATGACGAGGAAAAGGAATCACTCGATGATAAATCTAAAAGGG
AAGCCAATGATATGAATCGGGCAAACCTTGAAAGAATGGTTGGGTCGGATGATTCTGCAT
TTAACGGCTTAGATCTTGCAACCCTCATCAGGCAGAAGTATGGAAGATCTTATGATGTTC
AGCTCATCAAGAAGGAGTTCATGGGGAGGAATCTTCTTGCAATGAATGTCATGTGGAAGT
ACAGAGAACAGAGGTCTTTTCCTCTAACCGAAGAAGAATACATACTTAGACTTGACGATG
TAGCCAACATGTTGAAATGCTGGGGAGCGGTCTCGCATATCCGTAACAGCCTAGCAAAGT
CCAAAGAGCGACCCACGATAGGGAAAGCTGTTAGCATTTTCATAGACATGGATTCAACAG
*TGGACGAGCAAACGAATGGATTTACAAGTGACAAA*GCGACCGGT
TT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3BE30JQ 770 0 0
ATCACCGTCGTGCTCGTCCTCACGGCGGTCAGCTTACGTGATCCCTCGACTTCTAGGAGA
TGATGAGCATTGTTTCAAGTCACCATCATTGTCAACCATCGTCTACACACGAACAACGAT
GCGGTATAGGAACACTGTCTAATAAGGTTTCTTACTCCGGTCCGTGTTTCTCTGGGAGAT
TGGCTTTCTCGCATAGCCTCTGCTTGAAGAGTTCTTGTAAGGAGCAAACTGCAGGTAGGA
AAAGGTTTTCAAGAATTTGCAGTGTTGTGGATGACGGCATGAATCCAGATAGTTCGGATG
ACGAGGAAAAGGAATCACTCGATGATAAATCTAAAAGGGAAGCCAATGATATGAATCGGG
CAAACCTTGAAAGAATGGTTGGGTCGGATGATTCTGCATTTAACGGCTTAGATCTTGCAA
CCCTCATCAGGCAGAAGTATGGAAGATCTTATGATGTTCAGCTCATCAAGAAGGAGTTCA
TGGGGAGGAATCTTCTTGCAATGAATGTCATGTGGAAGTACAGAGAACAGAGGTCTTTTC
CTCTAACCGAAGAAGAATACATACTTAGACTTGACGATGTAGCCAACATGTTGAAATGCT
GGGGAGCGGTCTCGCATATCCGTAACAGCCTAGCAAAGTCCAAAGAGCGACCCAGGATAG
GGAAGGCTGTTAGCATTTTCATAGACATGGATTCAACAGGTGGACGAGCAAACGAATGGA
TTTACAAGTGACAAAAGCGACCGGTTTACAAATCCTAAACCAAAGAAAGC

QA 1 770 1 770
DS 



CO CL1070Contig2 881 2 10 U
GTAGAGATTTGTGTCTACTTAAACTATACACACATGTAATACATGATTTGAGACATCAAA
TGTAGCACAAACTGCAAATAACTATCACAGAAGAGCTTTTGAAAGTGAATCTGATGACTA
TATTTTTAGATACAAAAGGTTTTTTTTTTTTTGCTTTCTTTGGTTTAGGATTTGTAAACC
GGTCGCTTTTGTTACTTGTAAATCCATTCGTTTGCTCGTCCACCTGTTGAATCCATGTCT
ATGAAAATGCTAACAGCCTTCCCTATCCTGGGTCGCTCTTTGGACTTTGCTAGGCTGTTA
CGGATATGCGAGACCGCTCCCCAGCATTTCAACATGTTTGCTACATCGTCAAGTCTTAAT
ATGTATTCTTCTTCGGTTAGAGGAAAAGACCTCTGTTCTCTGTACTTCCACATGACATTC
ATTGCAAGAAGATTCCTCCCCATGAACTCCTTCTTGACGAGCTGAACATCATAAGATCTT
CCATACTTCCGCCTGATGAGTGTTGCAAGATCTAAGCAGTTAAACGCAGAATCATCCGAC
CCAACCATTCTTTCAAGATTTGCCCGGTTCATATCGTTCGCTTCCCTTTTAGATTTATCA
TCGAGTGATTCCTTTTCCTCGTCATCCGAACTATCTGGATTCATGCCGTCATCCACAACA
CTGCAAATTCTTGAAAACCTTCTCCTACCAGTTTGCTCCTTACAAGAACTCTTCAAGCAG
AGGCTATGCGAGAAAGCCAATCTTCCGGAGAAACAAGGACCGGAGTAAGTAACCTTATTA
GAAAGTGTTCCTATACCACATCGTTGTTCGTGTGTAAACGATGGTTGGCAATGATGGTGA
TGACTTGAAACAATGCTCATCATCTAGAAGTTGAGGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C382JQ U 1
AF RR3AP66TF C 153
BS 1 176 RR3C382JQ
BS 177 177 RR3AP66TF
BS 178 221 RR3C382JQ
BS 222 222 RR3AP66TF
BS 223 489 RR3C382JQ
BS 490 490 RR3AP66TF
BS 491 517 RR3C382JQ
BS 518 518 RR3AP66TF
BS 519 805 RR3C382JQ
BS 806 881 RR3AP66TF

RD RR3C382JQ 805 0 0
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TGTAGCACAAACTGCAAATAACTATCACAGAAGAGCTTTTGAAAGTGAATCTGATGACTA
TATTTTTAGATACAAAAGGTTTTTTTTTTTTTGCTTTCTTTGGTTTAGGATTTGTAGACC
GGTCGCTTTTGTTACTTGTAAATCCATTCGTTTGCTCGTCCGCCTGTTGAATCCATGTCT
ATGAAAATGCTAACAGCCTTCCCTATCCTGGGTCGCTCTTTGGACTTTGCTAGGCTGTTA
CGGATATGCGAGACCGCTCCCCAGCATTTCAACATGTTTGCTACATCGTCAAGTCTTAAT
ATGTATTCTTCTTCGGTTAGAGGAAAAGACCTCTGTTCTCTGTACTTCCACATGACATTC
ATTGCAAGAAGATTCCTCCCCATGAACTCCTTCTTGACGAGCTGAACATCATAAGATCTT
CCATACTTCTGCCTGATGAGTGTTGCAAGATCTAAGCCGTTAAACGCAGAATCATCCGAC
CCAACCATTCTTTCAAGATTTGCCCGGTTCATATCGTTCGCTTCCCTTTTAGATTTATCA
TCGAGTGATTCCTTTTCCTCGTCATCCGAACTATCTGGATTCATGCCGTCATCCACAACA
CTGCAAATTCTTGAAAACCTTCTCCTACCAGTTTGCTCCTTACAAGAACTCTTCAAGCAG
AGGCTATGCGAGAAAGCCAATCTTCCGGAGAAACAAGGACCGGAGTAAGTAACCTTATTA
GAAAGTGTTCCTATACCACATCGTT

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR3AP66TF 729 0 0
GCTTTCTTTGGTTTAGGATTTGTAAACCGGTCGCTTTTGTTACTTGTAAATCCATTCGTT
TGCTCGTCCAC*TGTTGAATCCATGTCTATGAAAATGCTAACAGCCTTCCCTATCCTGGG
TCGCTCTTTGGACTTTGCTAGGCTGTTACGGATATGCGAGACCGCTCCCCAGCATTTCAA
CATGTTTGCTACATCGTCAAGTCTTAATATGTATTCTTCTTCGGTTAGAGGAAAAGACCT
CTGTTCTCTGTACTTCCACATGACATTCATTGCAAGAAGATTCCTCCCCATGAACTCCTT
CTTGATGAGCTGAACATCATAAGATCTTCCATACTTCCGCCTGATGAGTGTTGCAAGATC
TAAGCAGTTAAACGCAGAATCATCCGACCCAACCATTCTTTCAAGATTTGCCCGGTTCAT
ATCGTTCGCTTCCCTTTTAGATTTATCATCGAGTGATTCCTTTTCCTCGTCATCCGAACT
ATCTGGATTCATGCCGTCATCCACAACACTGCAAATTCTTGAAAACCTTCTCCTACCAGT
TTGCTCCTTACAAGAACTCTTCAAGCAGAGGCTATGCGAGAAAGCCAATCTTCCGGAGAA
ACAAGGACCGGAGTAAGTAACCTTATTAGAAAGTGTTCCTATACCACATCGTTGTTCGTG
TGTAAACGATGGTTGGCAATGATGGTGATGACTTGAAACAATGCTCATCATCTAGAAGTT
GAGGGATCC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 2 5

CO CL1071Contig1 999 3 15 U
GGACATCTACAAATAATAAAAAAAGCTTCTCTTTACTCTTTGCTTCGTCTCAAAAATCGC
ATGCAACAACAACACCATCGAAGCTCATCCCTCTTCGCGTATTAACTAGAATCAAAAACA
AGCTTCTTCTTCTTATTGGTTTGAGATGGCACCCTCTAGTGCGGTTTCAGGAGCTACTAC
TGTCTCTTCCTTCTTCACCAAAACCTCTTCAACTTCAAACCCATCTCCCAAACTCCACTC
CTCCTCTCCTCTTCTCTTTCCCCAGAAAACTGTGTTTCATGGAGTTTCGTTGGGAGATTC
GAAGAAGAGTGTATCAGAGACCTTCGCTGTATCCGACAGAAAGATCGGTGTGTTATCAAA
CGGGTCGAGAAGATTCCAAGTCAAAGCGAGGACAGCAGCTTCGAAAACCATAGAGGTTGA
AGTGGACAAGCCTTTGGGTCTGACTCTTGGACAGAAGCAAGGTGGTGGAGTTGTCATCAC
TGGTGTGGAAGGAGGTGGGAACGCAGCAAAAGCTGGACTTAAATCTGGAGATCAAGTTCT
GTACACAAGCAGCTTCTTTGGAGATGAGCTGTGGCCTGCTGATAAGTTGGGTTTTACTAA
AACCGCTATTCAGGCCAAACCTGATTCTGTCTACTTTGTTGTCAGCAGAGGTGCAGAAGT
TGATGTGAAGAAGCTAAATAAGCGTCCAGCTCCTCCTCGGTTTGGAAGAAAGTTAACCGA
GACTCAGAAGACAAGAGCTACTCACATTTGTCTTGATTGTGGATTCATATACACTTTACC
AAAACCTTTTGATGAACAGCCGGATACATACGTATGTCCTCAATGTATAGCACCAAAGAA
AAGGTTTGCGAGGTATGACGTGAACACAGGGAAGGCCATAGGAGGAGGATTGCCTCCGAT
TGGTGTTATCGTTGGCTTATTGGCCGGTCTTGGAGCTGTTGGAGCTCTGCTTGTGTATGG
TCTTCAGTGACATTTTATAGAACTTGTATAAATTGTCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3ED27TF U 1
AF RR3CV31TF U 40
AF RR3EA73JQ C 498
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BS 613 613 RR3CV31TF
BS 614 695 RR3ED27TF
BS 696 783 RR3CV31TF
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BS 796 796 RR3EA73JQ
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BS 823 823 RR3EA73JQ
BS 824 833 RR3CV31TF
BS 834 835 RR3EA73JQ
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BS 844 863 RR3CV31TF
BS 864 999 RR3EA73JQ

RD RR3ED27TF 695 0 0
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ATGCAACAACAACACCATCGAAGCTCATCCCTCTTCGCGTATTAACTAGAATCAAAAACA
AGCTTCTTCTTCTTATTGGTTTGAGATGGCACCCTCTAGTGCGGTTTCAGGAGCTACTAC
TGTCTCTTCCTTCTTCACCAAAACCTCTTCAACTTCAAACCCATCTCCCAAACTCCACTC
CTCCTCTCCTCTTCTCTTTCCCCAGAAAACTGTGTTTCATGGAGTTTCGTTGGGAGATTC
GAAGAAGAGTGTATCAGAGACCTTCGCTGTATCCGACAGAAAGATCGGTGTGTTATCAAA
CGGGTCGAGAAGATTCCAAGTCAAAGCGAGGACAGCAGCTTCGAAAACCATAGAGGTTGA
AGTGGACAAGCCTTTGGGTCTGACTCTTGGACAGAAGCAAGGTGGTGGAGTTGTCATCAC
TGGTGTGGAAGGAGGTGGGAACGCAGCAAAAGCTGGACTTAAATCTGGAGATCAAGTTCT
GTACACAAGCAGCTTCTTTGGAGATGAGCTGTGGCCTGCTGATAAGTTGGGTTTTACTAA
AACCGCTATTCACGCCAAACCTGATTCTGTCTACTTTGTTGTCAGCAGAGGTGCAGAAGT
TGATGTGAAGAAGCTAAATAAGCGTCCAGCTCCTC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3CV31TF 832 0 0
GGGCTTCG
TCTCAAAAATCGCATGCAACAACAACACCATCGAAGTTCATCCCTCTTCGCGTATTAACT
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CAGGAGCTACTACTGTCTCTTCCTTCTTCACCAAAACCTCTTCAACTTCAAACCCATCTC
CCAAACTCCACTCCTCCTCTCCTCTTCTCTTTCCCCAGAAAACTGTGTTTCATGGAGTTT
CGTTGGGAGATTCGAAGAAGAGTGTATCAGAGACCTTCGCTGTATCCGACAGAAAGATCG
GTGTGTTATCAAACGGGTCGAGAAGATTCCAAGTCAAAGCGAGGACAGCAGCTTCGAAAA
CCATAGAGGTTGAAGTGGACAAGCCTTTGGGTCTGACTCTTGGACAGAAGCAAGGTGGTG
GAGTTGTCATCACTGGTGTGGAAGGAGGTGGGAACGCAGCAAAAGCTGGACTTAAATCTG
GAGATCAAGTTCTGTACACAAGCAGCTTCTTTGGAGATGAGCTGTGGCCTGCTGATAAGT
TGGGTTTTACTAAAACCGCTATTCAGGCCAAACCTGATTCTGTCTACTTTGTTGTCAGCA
GAGGTGCAGAAGTTGATGTGAAGAAGCTAAATAAGCGTCCAGCTCCTCCTCGGTTTGGAA
GAAAGTTAACCGAGACTCAGAAGACAAGAGCTACTCACATTTGTCTTGATTGTGGATTCA
TATACACTTTACCAAA*CCTTTTGATGA*CAGCCGGATACATACGTATGTCCTCA*TGTA
TAGCAC**AAGAAA**GTTTGCGAGGTATGACGTGA
CACAGGAG

QA 9 824 9 824
DS 

RD RR3EA73JQ 502 0 0
GG
AACGCAGCAAAAGCTGGACTTAAATCTGGAGATCAAGTTCTGTACACAAGCAGCTTCTTT
GGAGATGAGCTGTGGCCTGCTGATAAGTTGGGTTTTACTAAAACCGCTATTCAGGCCAAA
CCTGATTCTGTTTACTTTGTTGTCAGCAGAGGTGCAGAAGTTGATGTGAAGAAGCTAAAT
AAGCGTCCAGCTCCTCCTCGGTTTGGAAGAAAGTTAACCGAGACTCAGAAGACAAGAGCT
ACTCACATTTGTTTTGATTGTGGATTCATATACACTTTACCAAAACCTTTTGATGAACAG
CCGGATACATACGTATGTCCTCAATGTATAGCACCAAAGAAAAGGTTTGCGAGGTATGAC
GTGAACACAGGGAAGGCCATAGGAGGAGGATTGCCTCCGATTGGTGTTATCGTTGGCTTA
TTGGCCGGTCTTGGAGCTGTTGGAGCTCTGCTTGTGTATGGTCTTCAGTGACATTTTATA
GAACTTGTATAAATTGTCTA

QA 3 502 3 502
DS 



CO CL1071Contig2 754 2 1 U
GGACTCTTTGCTTCATCTCAAAAAACGCATGCAACAACAACACCATCGAAGTCCATCCAT
CTTCACGTATTAACTAGAATCAAAACAAAGCTTCTTCTTCTTCTTGGTTTGAGATGGCAT
CCTCTGGTGCGGTTTCAGGAGCTACTACTGTCTCTTCCTTCTTCACCAAAACCTCTTCAG
TTTCAAACCCATCTCCCAAACTTCATTCCTCGTCTCCTCTTCTCTTTCCCCAGAAAACTG
TGTTTCATGGAGTTTCGTTGGGAGATTCGAAGAGGAGTGTATCAGAGACCTTCGCTGTAT
CCGACCGAAAGATCGGTGTGTTATTAAACGGGTCGAGAAGATTCCAAGTCAAAGCGAGGA
CAGCAGCTTCGAAAACCATAGAGGTTGAAGTGGACAAGCCTTTGGGTCTGACTCTTGGAC
AGAAGCAAGGTGGTGGAGTTGTCATCACTGGTGTGGAAGGAGGTGGAAACGCAGCAAAAG
CTGGGCTTAAATCTGGAGATCAAGTTCTGTACACAAGCAGCTTTTTTGGAGATGAGCTTT
GGCCTGCTGATAAGTTGGGTTTTACTAAAACCGCTATTCAGGCCAAACCTGATTCTGTCT
ACTTTGTTGTCAGCAGAGGTGCAGAAGTTGATGTGAAGAAGCTAAATAAGCGTCCAGCTC
CTCCTCGGTTTGGAAGAAAGTAACCGAGACTCAGAGGCAAGAGCTACTCACATTTGTCTT
GACTGTGGATCATATACACTTTACCAAAACCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DF60TF U 13
AF RR3FE57TF U 1
BS 1 754 RR3FE57TF

RD RR3DF60TF 565 0 0
GGA
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CCAAACTTCATTCCTCGTCTCCTCTTCTCTTTCCCCAGAAAACTGTGTTTCATGGAGTTT
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GAGATCAAGTTCTGTACACAAGCAGCTTTTTTGGAGATGAGCTTTGGCCTGCTGATAAGT
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DS 

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CTTCACGTATTAACTAGAATCAAAACAAAGCTTCTTCTTCTTCTTGGTTTGAGATGGCAT
CCTCTGGTGCGGTTTCAGGAGCTACTACTGTCTCTTCCTTCTTCACCAAAACCTCTTCAG
TTTCAAACCCATCTCCCAAACTTCATTCCTCGTCTCCTCTTCTCTTTCCCCAGAAAACTG
TGTTTCATGGAGTTTCGTTGGGAGATTCGAAGAGGAGTGTATCAGAGACCTTCGCTGTAT
CCGACCGAAAGATCGGTGTGTTATTAAACGGGTCGAGAAGATTCCAAGTCAAAGCGAGGA
CAGCAGCTTCGAAAACCATAGAGGTTGAAGTGGACAAGCCTTTGGGTCTGACTCTTGGAC
AGAAGCAAGGTGGTGGAGTTGTCATCACTGGTGTGGAAGGAGGTGGAAACGCAGCAAAAG
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ACTTTGTTGTCAGCAGAGGTGCAGAAGTTGATGTGAAGAAGCTAAATAAGCGTCCAGCTC
CTCCTCGGTTTGGAAGAAAGTAACCGAGACTCAGAGGCAAGAGCTACTCACATTTGTCTT
GACTGTGGATCATATACACTTTACCAAAACCTTT

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 7

CO CL1072Contig1 1236 7 7 U
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CGAATACGTAAAGAACGGAAAAGTCGACATCCGTGAGCATGGAGCGGCTCGTGGCGAACT
AAAAGAGTTTTCAGTGGATTATCCGAAAGATAGTATCACTGCCGTTGGTGGAACATACAA
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CGGTGTGACAAAGATACATATCGCAGTTGGTAGAGGTATTGAGCAAATCAGGTTTGATTA
TCTCAAGAATGGACAGACAAAGGAAGGACCCGCCCATGGTGTGAAGGGTGGCAGATCTTC
CATTAGAACGTTTGAGATAAGTCATCCCAACGAGTATTTACTTTCTGCGAAGGGTTGGTC
TGATTCATCCAACAAGATTGTGGGAATTAAATTCATAACCAACACAAAGACTTCAGAATG
TTATGGATTTGAAAAAGTTCCTGGAGAAGAAGGTACAGATATTTCACTTGAAGTGAAGGA
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TGTTTTTCTTAAATAATAATACGTTTTATGTTGTTTCTCAAAAAAAAAAAAAGACTGTTT
CACGTTTTCTTATGTTTGAGTGTGATTTTTGTGTTTGAGTGCGATGTTTCTGTTGTCATT
TGTGGATTTTCATAAAGTATGACTATGTTTATTTTT


BQ
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AF RR3FC23TF U 1
AF RR3DI83TF U 1
AF RR3DY54TF U 4
AF RR3DY54JQ C 302
AF RR3AR91JQ C 839
AF RR3AR91TF U 839
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DS 

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TGAAGGTGTGAAGAAAATAACTGTGGGAGCCGATGATGTAAACATAACTTATATCAAGAT
CGAATACGTAAAGAACGGAAAAGTCGACATCCGTGAGCATGGAGCGGCTCGTGGCGAACT
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DS 

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GG
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ACGTAAAGAACGGAAAAGTCGACATCCGTGAGCATGGAGCGGCTCGTGGCGAACTAAAAG
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TTTACTCTTATGATACAACGCTTATCACATCGCTGTACTTCACAACCTCTAAAGGATTTA
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AAAAGCTTATTGGATTCCATGGACGTAGCAGTAATGCTATCGATGCCATCGGAGCTTATT
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TTGACGCTCAAGGTGGCAACGGAGGCAATGAATGGGATGATGGAGGTGATCACGACGGTG
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AAG

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TTTACCTCTCCTTTATTCGGTGAGATGAAGGGAACCGAATTCGAGTTCAAAGGTGAAAAT
GGAGAAAAGCTTATTGGATTCCATGGACGTAGCAGTAATGCTATCGATGCCATCGGAGCT
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AAACTTGACGCTCAAGGTGGCAACGGAGGCAATGAATGGGATGATGGAGGTGATCACGAC
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QA 2 279 2 279
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DS 



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BQ
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BS 764 1316 RR3AD93JQ

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TACCATGTTAAAGTAGATGGGCTTCACACTTAAAATCAATTGGTGATTAGTGGAGTGGCT
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QA 1 763 1 763
DS 

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GTATGGATCGGGCTCTGATACCATGTTAAGGTAGATGGGCTTCACACTTAAAATCAATTG
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AAAAGATGAAAAAAAGAAACATGGGAAAGATGACGAAGGCCATGGAGATATGGAAGTGGA
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QA 1 794 1 794
DS 



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TCTTGTGTTCCTTCTCTGTTTCTTCATCTTTTACATCAGAATCTTCCTTCTCTTTTTTCT
TCTTTCCTTCAATTTTTTCCTCAGGCTCATCCTTCTCTTCCTGTTTCTTCTTCTTTTCTT
CCTTACCCTTGGAATCTTCTTTCGTTTTCTTCTCTTTATTCGCCTTCTTCTTACCTTCTT
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TATTTTTCTTCTTTTGTTTCTTATCTTCCTCTTCCACTTCCATATCTCCATGGCCTTCAT
CATCTTTCCCATGTTTCTTTTTTTCATCTTTTACCTTTGTCTTTTCTTTTTCCTTCTCAT
CTTTTGATTTCTCTCCACTCTTGTCTACTTCGTCCTTTATTTTAAACTTCTCAACTGACT
TGGCCTTAACTTCCATCTCCACCTCAACCTTCTCTTCCTTCTCGTTTGGATCCACTTCCT
GTGTCTTTTGTTATATGAAGCTTCTCTTTCTTCACATTTTCTTGGTTCGATGACATGGTT
CCTTCTCGTAATGTTCTTGCTGTTCTGTTTTGAGAAAGACGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GQ68JQ U 1
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GAGCTTTCT

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DS 

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CT
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CTTTTTGTTGTGATACATCCTCATCTTTCTTCTCCTTACCTTTCTTTTTCTTCTTGTGTT
CCTTCTCTGTTTCTTCATCTTTTACATCAGAATCTTCCTTCTCTTTTTTCTTCTTTCCTT
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CATGT

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TCATCTTTCTTCTCCTTATCTTTATTTTTCTTCTTTTGTTTCTTATCTTCCTCTTCCACT
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ACGA

QA 1 664 1 664
DS 



AS 2 6

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ACCTCATCTTCAATTACTGTTCCTATTCTATCTCCATCATCATCTACCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E143JQ U 1
AF RR3GN18JQ U 4
AF RR3B477JQ U 38
AF RR3E143TF C 331
BS 1 112 RR3E143JQ
BS 113 113 RR3GN18JQ
BS 114 273 RR3E143JQ
BS 274 275 RR3GN18JQ
BS 276 580 RR3E143JQ
BS 581 605 RR3GN18JQ
BS 606 606 RR3B477JQ
BS 607 741 RR3GN18JQ
BS 742 742 RR3B477JQ
BS 743 778 RR3GN18JQ
BS 779 779 RR3B477JQ
BS 780 787 RR3GN18JQ
BS 788 788 RR3B477JQ
BS 789 822 RR3GN18JQ
BS 823 843 RR3B477JQ
BS 844 1009 RR3E143TF

RD RR3E143JQ 580 0 0
AAACGTTGAACTCCTATCTACCATTGGATTTTGTTTCGAGTACAAAAGTCTCTCCTTGTG
GGAAAACTATTAATAAACATACTGTTTTTAGTTAAAACAAATTAAGTACTGACTTCTTGT
ATTTACTAACTAGCTTGAATCGCTTGAGCTGCAGGAGTATCATCATAGACCAGTTCCTCC
ACTGGATTCATCTCAAACCACGTAGCTGCATCCGCGTATCCTAGCTCAAACAACTTATCC
AACACCTCGTCCTCTGCTGGCTCCAATGCCCATGTCAATAGCTGTCTTGCGGTTGCCCTG
TTTAGAGGGTTGCAATCTGGGCTGATCCCAATACCCTTTAGTTTGAAGCTACTAGCGGAA
AACGCACAAACTCGAACTGTTTTAGCAGCAGCAGTTGGTGGCATAAACAATGTCAAACCT
CCATCAACACAAACTCGATTACGGAACAGTGTTACAGGCCTTGGTGCAAGATATCCTGGA
ATAAAGGAAGATGTAAAAACAGCATTTATAAGGTCACTTTTGGAGTCGAATTGATCCACC
AGTAAACCTCTAGGTCTCCATAACACCTGTGTGACGGCAA

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3GN18JQ 833 0 0
CGTTGAACTCCTATCTACCATTGGATTTTGTTTTGAGTACAAAAGTCTCTCCTTGTGGGA
AAACTATTAATAAACATATTGTTTTTAGTTAAAACAAATTAAGTACTGAGTTCTTGTATT
TACTAACTAGCTTGAATCGCTTGAGCTGCAGGAGTATCATCATAGACCAGTTCCTCCACT
GGATTCATCTCAAACCACGTAGCTGCATCCGCGTATCCTAGCTCAAACAACTTATCCAAG
ACCTCGTCCTCTGCTGGCTCCAATGCCCATTGCAATAGCTGTCTTGCGGTTGCCCTGTTT
AGAGGGTTGCAATCTGGGCTGATCCCAATACCCTTTAGTTTGAAGCTACTAGCGGAAAAC
GCACAAACTCGAACTGTTTTAGTAGCAGCAGTTGGTGGCATAAACAATGTCAAACCTCCA
TCAACACAAACTCGATTACGGAACATTGCTACAGGCCTTGGTGCAAGATATCCCGGAATA
AAGGAAGATGTAAAAACAGCATTTATAAGGTCACTTTTGGAGTCGAATTGATCCACAAGT
AAACCTCTAGGTCTCCATAACACCTGTGTGACGGCAACACGAACTCTGCCATTACACCTA
GTGTGAATATCATCCGGGAGTAATTTCTCCATAGACTCTCTGAGGACAGCCCCAAGGCGA
AAAGCAGTGCCATTGCGTCGACAATCATCAGCAAGAACCTTGGTAGCTTCAAGGGCTTCC
CACATAGAGGATCCTGAG*TTATCACAGCACAGACTACAGCACCAGCAGAAGCTC*TGCC
AAAG*AGTAGTGTCCTTGATGTAACCCTTCTCGATGAGA
GCTGAGCACACCAA

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR3B477JQ 806 0 0
GGGC
ACAAAAGTCTCTCCTTGTGGGAAAACTATTAATAAACATACTGTTTTTAGTTAAAACAAA
TTAAATACTGAGTTCTTGTATTTACTAACTAGCTTGAATCGCTTGAGCTGCAGGAGTATC
ATCATAGACCAGTTCCTCCACTGGATTCATCTCAGACCACGTAGCTGCATCCGCGTATCC
TAGCTCAAACAAC**ATCCAACACCTCGTCCTCTGCTGGCTCCAATGCCCATTGCAATAG
CTGTCTTGCGGTTGCCCTGTTTAGAGGGTTGCAATCTGGGCTGATCCCAATACCCTTTAG
TTTGAAGCTACTAGCGGAAAACGCACAAACCCGAACTGTTTTAGTAGCAGCAGTTGGTGG
CATAAACAATGTCAAACCTCCATCAACACAAACTCGATTACGGAACATTGTTACAGGCCT
TGGTGCAAGATATCCTGGAATAAAGGAAGATGTAAAAACAGCATTTATAAGGTCACTTTT
GGAGTCAAATTGATCCACCAGTAAACCTCTAGGTCTCCATAACACCTGTGTGACGGCAAC
ACGAACTCTGCCATTACACCTAGTATGAATATCATCCGGGAGTAATTTCTCCATAGACTC
TCTGAGTACAGCCCCAAGGCGAAAAGCAGTGCCATTGCGTCGACAATCATCAGCAAGAAC
CTTGGTAGCTTCAAGGGCTTCCCACATAGAGGATCCTGAGGTTATCACAGCACAGACTAC
AGCACCAGCAGAAGCTCCTGCCAAAGGAGTAGTGTCCTTGATGTAACCCTTCTCGATGAG
AAGCTGAGCAACACCAAGATGA

QA 5 806 5 806
DS 

RD RR3E143TF 679 0 0
ATACCCTTTAGTTTGAAGCTACTAGCGGAAAACGCACAAACTCGAACTGTTTTAGCAGCA
GCAGTTGGTGGCATAAACAATGTCAAACCTCCATCAACACAAACTCGATTACGGAACAGT
GTTACAGGCCTTGGTGCAAGATATCCTGGAATAAAGGAAGATGTAAAAACAGCATTTATA
AGGTCACTTTTGGAGTCGAATTGATCCACCAGTAAACCTCTAGGTCTCCATAACACCTGT
GTGACGGCAACACGAACTCTGCCATTACACCTAGTATGAATATCATCCGGCAGTAATTTC
TCCATAGACTCTCTGAGGAAAGCCCCAAGACGAAAAGCAGTGCCATTGCGACGACAATCA
TCAGCAAGAACCTTGGTAGCTTCAAGGGCTTCCCACATAGAGGATCCTGAGGTTATCACA
GCACAGACTACAGCACCAGCAGAAGCTCCTGCCAAAGGAGTAGTGTCCTTGATGTAACCC
TTCTCGATGAGAAGCTGAGCAACACCAAGATGATAAGGGAACAAGAGACCAGCAGCAGAG
AAGCTAGAACCAGGGCTTGTAGTAATGACCCTCCTCTCTTTCTCAGCCTCTACGTCTTTA
ACCCTTTGTTCCCATATCATCGCTGGATCCACCTCATCTTCAATTACTGTTCCTATTCTA
TCTCCATCATCATCTACCC

QA 1 679 1 679
DS 



CO CL1074Contig2 807 2 20 U
GGATATTCTGTAAAATTTGCATTTATAAGGCAACCAAATTAGCCACGAAACCTCGGTTAC
GCTCATCCTCACGACTCTCTTGTTAGCTGCGACTGCGATGATCAAATTCTCAACTTTCGA
AATTGCGAAACAATAATCAGAGTGTGACCCTTCACTCCATGACCATGGCGATCTCTCTTC
TTCCCAGACCCTTCATCTCGCTCCCTACAAGCAAAAGCTTCAACCTTTCACCCAGGGTTC
TCTCCCTTAGGCTATCATGTTCTTCGAATATTCCAGAGAAGAGATCATTCGCTGTTGCAA
CCGGTGAGAAGTTCATCGGACTCGCGTCGAGGCTTTTGAAGAGGTCCAATCAACGGACGC
CTGAGGTAGATGATGATGGAGATAGAATAGGAGGAACAGTAATCGAAGATGAGGTTGACC
CAGCGATGATATGGGAACAAAGGGTTAAAGACGTAGAGGCTGAGAAAGAGAGGAGGGTCA
TTACTACAAGCCCTGGTTTTAGCTTCTCCGCCGCTGGTCTCTTGTTCCCTTACCATCTTG
GTGTTGCTCAGCTTCTCATCGAGAAGGGTTACATCAAGGACACTACTCCTTTGGCAGGAG
CTTCTGCTGGTGCTGTAGTCTGTGCTGTGATAACCTCAGGATCCTCTATGTGGGAAGCCC
TTGAAGCTACCAAGGTTCTTGCTGATGATTGTCGACGCAATGGCACTGCTTTTCGCCTTG
GGGCTGTACTCAGAGAGTCTATGGAGAAATTACTCCCGGATGATATTCATACTATGTGTA
ATGGCAGAGTTCGTGTTGCCGTCACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN18TF U 1
AF RR3B477TF U 53
BS 1 135 RR3GN18TF
BS 136 136 RR3B477TF
BS 137 193 RR3GN18TF
BS 194 194 RR3B477TF
BS 195 196 RR3GN18TF
BS 197 197 RR3B477TF
BS 198 204 RR3GN18TF
BS 205 205 RR3B477TF
BS 206 403 RR3GN18TF
BS 404 404 RR3B477TF
BS 405 411 RR3GN18TF
BS 412 412 RR3B477TF
BS 413 508 RR3GN18TF
BS 509 509 RR3B477TF
BS 510 639 RR3GN18TF
BS 640 640 RR3B477TF
BS 641 674 RR3GN18TF
BS 675 675 RR3B477TF
BS 676 710 RR3GN18TF
BS 711 807 RR3B477TF

RD RR3GN18TF 710 0 0
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GCTCATCCTCACGACTCTCTTGTTAGCTGCGACTGCGATGATCAAATTCTCAACTTTCGA
AATTGCGAAACAATAGTCAGAGTGTGACCCTTCACTCCATGACCATGGCGATCTCTCTTC
TTCCCAGACCCTTTATTTCGCTCCGTACAAGCAAAAGCTTCAACCTTTCACCCAGGGTTC
TCTCCCTTAGGCTATCATGTTCTTCGAATATTCCAGAGAAGAGATCATTCGCTGTTGCAA
CCGGTGAGAAGTTCATCGGACTCGCGTCGAGGCTTTTGAAGAGGTCCAATCAACGGACGC
CTGAGGTAGATGATGATGGAGATAGAATAGGAGGAACAGTAATTGAAGATGTGGTTGACC
CAGCGATGATATGGGAACAAAGGGTTAAAGACGTAGAGGCTGAGAAAGAGAGGAGGGTCA
TTACTACAAGCCCTGGTTTTAGCTTCTCTGCCGCTGGTCTCTTGTTCCCTTACCATCTTG
GTGTTGCTCAGCTTCTCATCGAGAAGGGTTACATCAAGGACACTACTCCTTTGGCAGGAG
CTTCTGCTGGTGCTGTAGTCTGTGCTGTGATAACCTCAG*ATCCTCTATGTGGGAAGCCC
TTGAAGCTACCAAG*TTCTTGCTGATGATTGTCGACGCAATGGCACTGCT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3B477TF 755 0 0
GG
GGTTACGCTCATCCTCACGACTCTCTTGTTAGCTGCGACTGCGATGATCAAATTCTCAAC
TTTCGAAATTGCGAAATAATAATCAGAGTGTGACCCTTCACTCCATGACCATGGCGATCT
CTCTTCTTCCCAGACCCTTCATCTCGTTCCCTACAAGCAAAAGCTTCAACCTTTCACCCA
GGGTTCTCTCCCTTAGGCTATCATGTTCTTCGAATATTCCAGAGAAGAGATCATTCGCTG
TTGCAACCGGTGAGAAGTTCATCGGACTCGCGTCGAGGCTTTTGAAGAGGTCCAATCAAC
GGACGCCTGAGGTCGATGATGATGGAGATAGAATAGGAGGAACAGTAATCGAAGATGAGG
TTGACCCAGCGATGATATGGGAACAAAGGGTTAAAGACGTAGAGGCTGAGAAAGAGAGGA
GGGTCATTACTACAAGCCCTGGTTTTAGCTTCTCCGCCGCTGGTCTCTTGTTCCCTTATC
ATCTTGGTGTTGCTCAGCTTCTCATCGAGAAGGGTTACATCAAGGACACTACTCCTTTGG
CAGGAGCTTCTGCTGGTGCTGTAGTCTGTGCTGTGATAACCTCAGGATCCTCTATGTGGG
AAGCCCTTGAAGCTACCAAGGTTCTTGCTGATGATTGTCGACGCAATGGCACTGCTTTTC
GCCTTGGGGCTGTACTCAGAGAGTCTATGGAGAAATTACTCCCGGATGATATTCATACTA
TGTGTAATGGCAGAGTTCGTGTTGCCGTCACAC

QA 3 755 3 755
DS 



AS 1 6

CO CL1075Contig1 1287 6 6 U
AACTGAAGGTTTAATATATAATATTTTTTAAAAGGGACGAAATTTTTTGAATAGATAAAA
GTGGAAATGATAACTTTT*AGTTTAAGAAAATGAAGAGCACTTAACAGAATTACACAAAT
CACCAAAGAAGAATCAAAGACATAATCTGGGTAGGCTTAAAGACTGACTACTTCTGCCTC
TTGTAGATCTTAGCCAAGAAGGATTTGAGCACTGCTTGGATTGCTTTACTTTTGTGAGCC
TCAATCACTCCAGTCAGCTTCTCGTAGCTTTTGCTCTCATACTCCTTGAAGACTCCCTCA
AGGTCAAGCTCTTTGTAAAGCTCCTTCACTTTAGCAACGTTTGATGGGTCGGGTTTACCG
TAGTTCTCATATAATATCTCAGTTTGTTCTTTGCTGCAGCGTTCCAATGCCTTTACCACC
AACCAGGAGCATTTGAAGTCTTCTATATCCGTTCCTATCTTGCCAAGTGTCTCTGGGTCA
GCAAAACAATCCAGATAATCATCCTGCACTTGGAAGTAGATCCCCATGTCAACAAGAACA
TTCTTCACATCAATATGGTTTCCCAAGTTTTCGCCCGCCATAAGTAACGCACAAGCAACA
GGGAGATAAAATGAGTAATAAGCAGTTTTGTATTGGACAATACGCCGGTGGATTGGCAAT
GAGTACTTGGCCAAATCCTTTTCGCCTTCGAAGGTGGTGATCAGATCAATCATCTGGCCG
CAAGCTGTTTGCATCTCTACCTCATTAAAGAGATCAACGAGGTCAACATAGTAAGGCTTT
CCCCTGAAGTGCTTCTTGAGGATCCTGTGGATGTGATTGCGAAGTAAGATCCCATCGTTG
ATGGCAACCATACCAACCTGAGGAACTCTGAACCAGCAAGGTTGTCCACGTCGGGTGACA
GAGTTATCCATAATGTCATCAAGCACAAGGAAATAAGCTTGAAGCCATTCGATGCACCAA
CCAAGAGCACACGAGAGGAAAACCTCTTCCTCGGTCAAATCTTCACCTTCCTTCAAAAGC
TTGAAGCTGTCCACGACAGAGAGACCACGATTCAGCTTCCCTCCCGGTACATTGTAATCC
AACATCTTTTCGACCCAGAGACGTGATTCATCGGTGAATTCGAAGGAAGGGTCGTGGAGG
AGGTCGGATTTGAGGGTGGAGTAGACGTTGAGGAAGGTTGACTTGAGATCGGCCATTGAA
GAGGAGGATGAAAGGTGCCTACTTTGGGTACGATGATAGAGACTGGATCGCCTGAGATGT
AAATGCAGAGCCTTTATTGTGATTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

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C
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CC

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CC

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DS 



AS 2 5

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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS88TF U 5
AF RR3H201TF U 1
AF RR3H201JQ C 266
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GG
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TACGAAAGGAAGAAGAAGAAGATGGAGAGCAGACAAGCGGCGAGGATCTCAAAGATCAAT
GTCTTTGTATTGGTCGGTCTGATACTATTGAATTCAATCAATCCAATCTCCTCGCTTTCC
GTCACAGTCGAGGAAGATGAATGCGTCCAAGAGTACGTCCTCTACGAAGGAGACACCGTC
TCTGGAAACTTCGTCGTCGTCGACCATGATGTCTTCTGGGGACCGGATCATACCGGTATT
GATTTCTCGGTGACGTCACCAGCTGGGAACATTGTACAGACGTTGAAGGGGACATCAGGA
GATAAGTTTGAGTTTAAGGCACCGAGAAGTGGCATGTACAAGTTTTGTTTCCACAGCCCT
TACTCTGCTCCTGAGACTGTCTCCTTCTACATTCATGTTGGTCATATCCCTAACGAGCAT
GACTTAGCCAAAGACGAACACTTGGACCCGGTGAATGTTAAGATAGCTGAGCTGAGAGAG
TCTTTGGAGTCTGTTGTTGCTGAGCAGAAGTATCTTAAAGCACGTGACACCCGTCACCGT
CATACTAATGAGAGCACGAGAAAGCGAGTGATATTCTACACAGTAG*AGAGTACATTTTC
CTAGCAGCAGCAAGTGGTCTTCAGATTCTCTACATC*GCAAGCTCTT

QA 3 709 3 709
DS 

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AAGATCTACGAAAGGAAGAAGAAGAAGATGGAGAGCAGACAAGCGGCGAGGATCTCAAAG
ATCAATGTCTTTGTATTGGTCGGTCCGATACTATTGAATTCAATCAATCCAATCTCCTCG
CTCTCCGTCACAGTCGAGGAAGATGAATGCGTCCAAGAGTACGTCCTCTACGAAGGAGAC
ACCGTCTCTGGAAACTTCGTCGTCGTCGACCATGATGTCTTCTGGGGACCGGATCATACC
GGTATTGATTTCTCGGTGACGTCACCAGCTGGGAACATTGTACAGACGTTGAAGGGGACA
TCAGGAGATAAGTTTGAGTTTAAGGCACCGAGAAGTGGCATGTACAAGTTTTGTTTCCAC
AACCCTTACTCTGCTCCTGAGACTGTCTCCTTCTACATTCATGTTGGTCATATCCCTAAC
GAGCATGACTTAGCCAAAGACGAACACTTGGACCCGGTGAATGTTAAGATAGCTGAGCTG
AGAGAGTCTTTGGAGTCTGTTGTTGCTGAGCAGAAGTATCTTAAAGCACGTGACACCCGT
CACCGTCATACTAATGAGAGCACGAGAAAGCGAGTGATATTCTACACAGTAG*AGAGTAC
ATTTTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTCTTCAGATTCTCTACATCCGCAAGCTCTTCAGCAAG
TCTGTTGCATACA*CAGAGTTTGA*CATAATCGAAACCCCC*GACATCGTTT*GTCTCTT
TTTTTT
ATGTTTG

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3H201JQ 607 0 0
TCGACCATGATGTCTTCTGGGGACCGGATCATACCGGTATTGATTTCTCGGTGACGTCAC
CAGCTGGGAACATTGTACAGACGTTGAAGGGGACATCAGGAGATAAGTTTGAGTTTAAGG
CACCGAGAAGTGGCATGTACAAGTTTTGTTTCCACAACCCTTACTCTGCTCCTGAGACTG
TCTCCTTCTACATTCATGTTGGTCATATCCCTAACGAGCATGACTTAGCCAAAGACGAAC
ACTTGGACCCGGTGAATGTTAAGATAGCTGAGCTGAGAGAGTCTTTGGAGTCTGTTGTTG
CTGAGCAGAAGTATCTTAAAGCACGTGACACCCGTCACCGTCATACTAATGAGAGCACGA
GAAAGCGAGTGATATTCTACACAGTAGGAGAGTACATTTTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTC
TTCAGATTCTCTACATCCGCAAGCTCTTCAGCAAGTCTGTTGCATACAACAGAGTTTGAA
CATAATCGAAACCCCCCGACATCGTTTTGTCTCCTTTTTTTTTATGTTTTGAATTGGTAA
CACACCATCTTTTGAAAATGTTAGTTAATTAAGACCTTAACATTGAAAGACCCTTGTTGT
TTTTGTT

QA 1 607 1 607
DS 



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TTTTTTTAAGATCTACGAAAGGAAGGAAGAAGAAGATGGAGAGCAGACAAGCGACGAGGA
TCTCAAAGATCAATGTCTTTGTATTTGTCGGTCTGATACTATTGAATTCAATCCATCAAA
TCTCCTCGCTCTCCGTTACAGTCGAGGAAGATGAATGCGTCCAAGAGTACGTCCTCTACG
AAGGAGACACCGTCTCTGGAAACTTCGTCGTCGTCGACCATGATGTCTTCTGGGGACCGG
ATCATACCGGTATTGATTTCTCGGTGACGTCACCTGCTGGGAACGTTGTGCAGACGTTGA
AGGGGACATCAGGAGATAAGTTTGAGTTTAAGGCACCGAGAAGTGGCATGTACAAGTTTT
GTTTCCACAACCCTTACTCTGCTCCTGAGACTGTCTCCTTCTATATTCACGTTGGTCATA
TCCCTAACGAGCATGACTTAGCCAAAGACGAACATTTGGACCCGGTGAATGTTAAGATAG
CTGAGCTGAGAGAGTCTTTGGAATCTGTTGTTGCTGAGCAGAAGTATCTTAAAGCACGTG
ATACCCGTCACCGTCATACTAATGAGAGCACGAGAAAGCGAGTGATATTCTACACAGTAG
GAGAGTACATTTTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTCTTCAGATTCTCTACATCCGCAAGCTCT
TCAGCAAGTCTGTTGCATACAACAGAGTTTGAACATAATTGAACCCCCCCGACATCGTTT
TGTCTCCTTTTTTTTATGTTTTGAATTGGTAACACAATCTTTTGAAAATGTTAGTTAATT
AAGAGCCCTTAACATCGAAAGACCCCCTTTTGTTTTTGTTTTCGTTTTCCGTATCTACCT
TTTTTTCATTAACTTCAGTTTATTTATGTTTTAAAGAACTTGATATACTTACATTCTGAT
TCATTTGATCATATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H489TF U 1
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TCTCAAAGATCAATGTCTTTGTATTTGTCGGTCTGATACTATTGAATTCAATCCATCAAA
TCTCCTCGCTCTCCGTTACAGTCGAGGAAGATGAATGCGTCCAAGAGTACGTCCTCTACG
AAGGAGACACCGTCTCTGGAAACTTCGTCGTCGTCGACCATGATGTCTTCTGGGGACCGG
ATCATACCGGTATTGATTTCTCGGTGACGTCACCTGCTGGGAACGTTGTGCAGACGTTGA
AGGGGACATCAGGAGATAAGTTTGAGTTTAAGGCACCGAGAAGTGGCATGTACAAGTTTT
GTTTCCACAACCCTTACTCTGCTCCTGAGACTGTCTCCTTCTATATTCACGTTGGTCATA
TCCCTAACGAGCATGACTTAGCCAAAGACGAACATTTGGACCCGGTGAATGTTAAGATAG
CTGAGCTGAGAGAGTCTTTGGAATCTGTTGTTGCTGAGCAGAAGTATCTTAAAGCACGTG
ATACCCGTCACCGTCATACTAATGAGAGCACGAGAAAGCGAGTGATATTCTACACAGTAG
GAGAGTACATTTTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTCTTCAGATTCTCTACATCCGCAAGCTCT
TCAGCAAGTCTGTTGCATACAACAGAGTTTGAACATAATTGAACCCCCC*GACATCGTTT
TGTCTC
CTTT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3H489JQ 853 0 0
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CCTCGCTCTCCGTTACAGTCGAGGAAGATGAATGCGTCCAAGAGTACGTCCTCTACGAAG
GAGACACCGTCTCTGGAAACTTCGTCGTCGTCGACCATGATGTCTTCTGGGGACCGGATC
ATACCGGTATTGATTTCTCGGTGACGTCACCTGCTGGGAACGTTGTGCAGACGTTGAAGG
GGACATCAGGAGATAAGTTTGAGTTTAAGGCACCGAGAAGTGGCATGTACAAGTTTTGTT
TCCACAACCCTTACTCTGCTCCTGAGACTGTCTCCTTCTATATTCACGTTGGTCATATCC
CTAACGAGCATGACTTAGCCAAAGACGAACATTTGGACCCGGTGAATGTTAAGATAGCTG
AGCTGAGAGAGTCTTTGGAATCTGTTGTTGCTGAGCAGAAGTATCTTAAAGCACGTGATA
CCCGTCACCGTCATACTAATGAGAGCACGAGAAAGCGAGTGATATTCTACACAGTAGGAG
AGTACATTTTCCTAGCAGCAGCAAGTGGTCTTCAGATTCTCTACATCCGCAAGCTCTTCA
GCAAGTCTGTTGCATACAACAGAGTTTGAACATAATTGAACCCCCCCGACATCGTTTTGT
CTCCTTTTTTTTATGTTTTGAATTGGTAACACAATCTTTTGAAAATGTTAGTTAATTAAG
AGCCCTTAACATCGAAAGACCCCCTTTTGTTTTTGTTTTCGTTTTCCGTATCTACCTTTT
TTTCATTAACTTCAGTTTATTTATGTTTTAAAGAACTTGATATACTTACATTCTGATTCA
TTTGATCATATCG

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 5

CO CL1077Contig1 1115 5 19 U
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ACCGCCGATAACATGAGGTCAGAGGAGAAAGAACAATGGCAACCAGAATTGGTGCACAAG
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GTTACTCCGGCGTTTAGAAACGCAATTAGAGAACAAACCCTTTTGTGGGAAAAGGTGGTT
GTTGAACAACCCTTGAATTCTCGTCTAACCGACGATATTCTATGGTAGTTCACTTCAAAA
TCCGCGGGAAAGTTGAACACGTTGATTCTCCGAAAATGTAGTAGAGTCACCAACAAAGGG
CTTCGCCGTGTGGTTGACGCAAACCCTTTGATTAAAAAGTTGATTGTGACGGGATGCACG
GATTTGGCTCCAGAAGTAATCATTGCATGTGTTGAAAGCTTGACGAAGAACGATCATAAG
TTAGAGACACTTCACATCAATGGCGTCCCTGGATTCACTAATGACCATCTCTCAGCACTT
TCGACTTACCTTCCTCAAGAGGGAGCAATCGACCTCGAAGTGTGTCCCCAATGCGACCAA
GTCAGGATGATTCCTCCTTGCTCAAGAGAATCATGTAAACGTGAGGGAAGCAACGAACGG
GAGTGCAGGGGATGCTGGTATTGCGTCCCTAGATGCATGGAGTGTGCAGTGTGTCTCGTA
CCAGACAATGAGGCTGAAGAAGCAGCGTGTGGGGGAGAGGTTTTGTGTCTTGGATGTTGC
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ACAGGAACAAGCGCAAGTGAACCCCTCGAGTATCAATTCTAAAAACACTTGTCGTTGAAA
AGCCAAGCTTGTTACTAAGCCAATAAGAAGATGTGAACTTTCATATCTAAAAACATTTGC
TGTTCTCTGCTTTTTGTCTTTATGTTCTTTACATGAAAACCTTGGATTGTGTAAAATCCA
AAGATATTCGTTGTGTAATAAAAAAACAAGTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3B868TF U 48
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GTTACTCCGGCGTTTAGAAACGCAATTAGAGAACAAACCCTTTTGTGGGAAAAGGTGGTT
GTTGAACAACCCTTGAATTCTCGTCTAACCGACGATATTCTATGGGAGTTCACTTCAAAA
TCCGCGGGAAAGTTGAACACGTTGATTCTCCGAAAATGTAGTAGAGTCACCAACAAAGGG
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GATTTGGCTCCAGAAGTAATCATTGCATGTGTTGAAAGCTTGACGAAGAACGATCATAAG
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TCGACTTACCTTCCTCAAGAGGGAGCAATCGACCTCGAAGTGTGTCCCCAATGCGACCAA
GTCAG*ATGATTCCTCCTTGCTCAAGAGAATCATGTAAACGTGAGGGAAGCAACGAACGG
GAGTGCAGGGGATGCTGGTATTGCGT

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GG
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AATGGTTGTATTTCCCTATCTTCACTCATTGTACGAGCTCCTATCCATGTCCGGCGTTAC
TCCGGCGTTTAGAAACGCAATTAGAGAACAAACCCTTTTGTGGGAAAAGGTGGTT**TGA
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GGGAAAGTTGAACACGTTGATTCTCCGAAAATGTAGTAGAGTCACCAACAAAGGGCCTCG
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GGCTCCAGAAGTAATCATTGCATGTGTTGAAAGCTTGACGAAGAACGATCATAAGTTAGA
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GATGATTCCTCCTTGCTCA*GAGAATCATGTAAACGTGAGGGAAGCAACGAACGGGAGTG
CAGGGGATGCTGGTATTGCGTCCCTAGATGCATGGAGTGTGCTGTGTGTCTCGTAC
AGACATG

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ATCCATGCCCGGCGTTACTCCGGCGTTTAGAAACGCAATTAGAGAACAAACCCTTTTGTG
GGAAAAGGTGGTTGTTGAACAACCCTTGAATTCTCGTCTAACCGACGATATTCTATGGTA
GTTCACTTCAAAATCCGCGGGAAAGTTGAACACGTTGATTCTCCGAAAATGTAGTAGAGT
CACCAACAAAGGGCTTCGCCGTGTGGTTGACGCAAACCCTTTGATTAAAAAGTTGATTGT
GACGGGATGCACGGATTTGGCTCCAGAAGTAATCATTGCATGTGTTGAAAGCTTGACGAA
GAACGATCATAAGTTAGAGACACTTCACATCAATGGCGTCCCTGGATTCACTAATGACCA
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AAGCAACGAACGGGAGTGCAGGGGATGCTGGTATTGCGTCCCTAGATGCATGGAGTGTGC
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AATGTAGTAGAGTCACCAACAAAGGGCTTCGCCGTGTGGTTGACGCAAACCCTTTGATTA
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GTAAACGTGAGGGAAGCAACGAACGGGAGTGCAGGGGATGCTGGTATTGCGTCCCTAGAT
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GAGAGGTTTTGTGTCTTGGATGTTGCCAAGCGCTTCCAAAGTGCAGGTTCTGCAACAAAC
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AATTCTAAAAACACTTGTCGTTGAAAAGCCAAGCTTGTTACTAAGCCAATAAGAAGATGT
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C

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GGGAGAGGTTTTGTGTCTTGGATGTTGCCAAGCGCTTCCAAAGTGCAGGTTCTGCAACAA
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TCAATTCTAAAAACACTTGTCGTTGAAAAGCCAAGCTTGTTACTAAGCCAATAAGAAGAT
GTGAACTTTCATATCTAAAAACATTTGCTGTTTTCTGCTTTTTGTCTTTATGTTCTTTAC
ATGAAAACCTTGGATTGTGTAAAATCCAAAGATATTCGTTGTGTAATAAAAAAACAAGTG
TTC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 2 6

CO CL1078Contig1 854 2 6 U
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CTCTCCCGCCTCCTTCTCCTCCCTAACGATGCCATGGCGAGTAGCTTGATTGATAAGTAC
GTGAAGAGGAAAAGACTTGATCCACTTGAAGCATATGTACCACCGGTCATTCTAGCTCAG
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AGATCGGTACTCAGGTCTGGACCTGCTAGTTCCTTGCGTGTAAACATTCGAGCCGTTGCT
CAGTACGCTTCAGATGCTGGTTATTCCCAAACCGCGTCTAGTGATGTTGATCGCTGTCTC
AGAGCACTGGAAGAAACGGATTCGCTGTTTCTACGTGCGTCGAGGAAGGACCCAAACGCA
ACTGTTGAATTGATGAAGTCGCAGCTTGGTACGGCGTTAACAGCACTAGACAGCCTTTTA
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CCATTCGATGAAGACAATGTTTCATCAGACTCCGCTGAGATACAGTAGCTCCAGTCAATA
CTGTGAAACGGACTTTTACTATCCAGACGCAGTTCTGATTCCATGTATCATCCTATATTG
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TAATTCTCCCCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX08TF U 1
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BS 1 759 RR3CX08TF
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CTCTCCCGCCTCCTTCTCCTCCCTAACGATGCCATGGCGAGTAGCTTGATTGATAAGTAC
GTGAAGAGGAAAAGACTTGATCCACTTGAAGCATATGTACCACCGGTCATTCTAGCTCAG
CTTCAATTTCAAGATCTTGAGAAAATTTTGAGCGTGGACAAGCCTGAATTCGAGGCATGT
AGATCGGTACTCAGGTCTGGACCTGCTAGTTCCTTGCGTGTAAACATTCGAGCCGTTGCT
CAGTACGCTTCAGATGCTGGTTATTCCCAAACCGCGTCTAGTGATGTTGATCGCTGTCTC
AGAGCACTGGAAGAAACGGATTCGCTGTTTCTACGTGCGTCGAGGAAGGACCCAAACGCA
ACTGTTGAATTGATGAAGTCGCAGCTTGGTACGGCGTTAACAGCACTAGACAGCCTTTTA
CAAACAGTTCCTTCTGAAGTTCTTGATAAAGGGAAAGCTATGGTTGAAGTGTACAGATCA
CCATTCGATGAAGACAATGTTTCATCAGACTCCGCTGAGATACAGTAGCTCCAGTCAATA
CTGTGAAACGGACTTTTACTATCCAGACGCAGTTCTGAT*CCATGTATCATCCTATATTG
TTA*CCTGTATTGAAGTATAACATTGCTTATAGTAAA
CCTGA

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DS 

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CGCTACTGCGAGCCT
CTCCCACTTTCAAAGCACCGCGAAAGGCCAACGTGCGCATCTTCGTCACCTCTGGTATGG
AAGAAACAGAGCCGAAGAGTGATCTCCGTCTCCTTCCTCCTCTCCCGCCTCCTTCTCCTC
CCTAACGATGCCATGGCGAGTAGCTTGATTGATAAGTACGTGAAGAGGAAAAGACTTGAT
CCACTTGAAGCATATGTACCACCGGTCATTCTAGCTCAGCTTCAATTTCAAGATCTTGAG
AAAATTTTGAGCGTGGACAAGCCTGAATTCGAGGCATGTAGATCGGTACTCAGGTCTGGA
CCTGCTAGTTCCTTGCGTGTAAACATTCGAGCCGTTGCTCAGTACGCTTCAGATGCTGGT
TATTCCCAAACCGCGTCTAGTGATGTTGATCGCTGTCTCAGAGCACTGGAAGAAACGGAT
TCGCTGTTTCTACGTGCGTCGAGGAAGGACCCAAACGCAACTGTTGAATTGATGAAGTCG
CAGCTTGGTACGGCGTTAACAGCACTAGACAGCCTTTTACAAACAGTTCCTTCTGAAGTT
CTTGATAAAGGGAAAGCTATGGTTGAAGTGTACAGATCACCATTCGATGAAGACAATGTT
TCATCAGACTCCGCTGAGATACAGTAGCTCCAGTCAATACTGTGAAACGGACTTTTACTA
TCCAGACGCAGTTCTGATTCCATGTATCATCCTATATTGTTAACCTGTATTGAAGTATAA
CATTGCTTATAGTAAAACCTGAATAGGAGGCTGCTAATATAATTCTCCCCTCC

QA 16 788 16 788
DS 



CO CL1078Contig2 959 4 7 U
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CGACAGGACATAAAAATTTAGGATAAAAGATTATCAACAGCAATATGGTGAAACTTATTC
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CAACACAGGTTAACAATATAGGATGATACAGGGAGTCAGAACTGTGTCTGGCTAATAAAA
GTCCGTTTACAGTATTGACTGGAGCTGCTGTATCTCAGTGGAGTCTGATGAAACATTGTC
TTCTTCGAATGGTGATCTGTACACTTCAACCATAGCTTTCCCTTTATCAAGAACTTCAGA
AGGAACTGTTTGTAAAAGGCTGTCTAGTGCCGTTAACGCCGTACCAAGCTGCGACTTCAT
CAATTCAACAGTTGCGTTTGGGTCCTTCCTCGACGCACGTAGAAACAGCGAATCCATTTC
TTCCAGTGCTCTGAGACAGCGATCAACATCACTATACGCGGTTTGGGAATAACCAGCATC
TGAAGCGTACTGAGCAACGGCTCGAATGTTTACACGCAAGGAACTAGCAGGTCCAGACCT
GAGTACCGATCTACATGCCTCGAATTCAGGCTTCTCCACGCTCAAAATTTTCTCAAGATC
TTGAAATTGAAGCTGAGCTAGAATGACTGGTGGTACATATGCTTCAAGTGGATCAAGTCT
TTTCCTCTTGACGTACTTATCAATCAAGCTACTGGCCATGGCATCGTTAGGGAGGAGAAG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3E706JQ U 1
AF RR3AU70JQ U 149
AF RR3AU70TF C 202
AF RR3E706TF C 214
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DS 

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GC
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CGACGCACGTAGAAACAGCGAATCCATTTCTTCCAGTGCTCTGAGACAGCGATCAACATC
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TACACGCAAGGAACTAGCAGGTCCAGACCTGAGTACCGATCTACATGCCTCGAATTCAGG
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CACTCTTCGGCTCTGTT

QA 3 739 3 739
DS 

RD RR3AU70TF 758 0 0
GCCCCCTG
TTCAGGTTTTACTATAAGCAATGTTATACTTCAACACAGGTTAACAATATAGGATGATAC
AGGGAGTCAGAACTGTGTCTGGCTAATAAAAGTCCGTTTACAGTATTGACTGGAGCTGCT
GTATCTCAGTGGAGTCTGATGAAACATTGTCTTCTTCGAATGGTGATCTGTACACTTCAA
CCATAGCTTTCCCTTTATCAAGAACTTCAGAAGGAACTGTTTGTAAAAGGCTGTCTAGTG
CCGTTAACGCCGTACCTAGCTGCGACTTCATCAATTCAACAGTTGCGTTTGGGTCCTTCC
TCGACGCACGTAGAAACAGCGAATCCATTTCTTCCAGTGCTCTGAGACAGCGATCAACAT
CACTATACGCGGTTTGGGAATAACCAGCATCTGAAGCGTACTGAGCAGCGGCTCGAATGT
TTACACGCAAGGAACTAGCAGGTCCAGACCTGAGTACCGATCTACATGCCTCGAATTCAG
GCTTCTCCACGCTCAAAATTTTCTCAAGATCTTGAAATTGAAGCTGAGCTAGAATGACTG
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CGCGGTGCTTCGAAAGTGGGAGGAGGCTCG

QA 9 758 9 758
DS 

RD RR3E706TF 746 0 0
AGG
TTTACTATAAGCAATGT*ATACTTCAACACAGGT*AACAATATAGGATGATACAGGGAGT
CAGAACTGTGTCTGGCTAATAAAAGTCCGTTTACAGTATTGACTGGAGCTGCTGTATCTC
AGTGGAGTCTGATGAAACATTGTCTTCTTCGAATGGTGATCTGTACACTTCAACCATAGC
TTTCCCTTTATCAAGAACTTCAGAAGGAACTGTTTGTAAAAGGCTGTCTAGTGCTGTTAA
CGCCGTATCAAGCTGCGACTTCATCAATTCAACAGTTGCGTTTGGGTCCTTCCTCGACGC
ACGTAGAAACAGCGAATCCATTTCTTCCAGTGCTCTGAGACAGCGATCAACATCACTATA
CGCGGTTTGGGAATAACCAGCATCTGAAGCGTACTGAGCAACGGCTCGAATGTTTACACG
CAAGGAACTAGCAGGTCCAGACCTGAGTACCGATCTACATGCCTCGAATTCAGGCTTCTC
CACGCTCAAAATTTTC**AAGATCTTGAAATTGAAGCTGAGCTAGAATGACTGGTGGTAC
ATATGCTTCAAGTGGATCAAGTCTTTTCCTCTTGACGTACTTATCAATCAAGCTAATGGC
CATGGCATCGTTAGGGAGGAGAAGAAGGCGGGAGAGGAGGAAGGAGACAGAGATCACTCT
TCGGCTCTGTTTCTTCCATACCAGAGGTGACGCAGATGCGCACGTCAGCCTTTCGCGGTG
CTTCGAAAGTGGGAG
GAGGCTCG

QA 4 738 4 738
DS 



AS 1 6

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GGATAACAAAAAGAAATGGCTTCCGCATCTCTCGTCCCGACATCAAACATCTTCCATGTC
TCTCCTACATTCACAGGTTCAGTCAGAACAAGAGCTAGTAGCTTCATTGTTGCATCCTCA
CAACAACAACAACAACCGAGAAGGAGAGAGTTACTCCTGAAAACAGCGGTGGCTATTCCA
GCGATTCTGAACTTGAAGGAAGCTCCTATCTCTGATGCCCGTGAGGTGGAAGTTGGATCC
TTCTTACCACCTTCCGAGACTGACCCTTCTTTCGTCCTCTTTAAAGCCAAACCTTCTGAT
ACTCCCGCTCTCCGCGCAGGAAACGTGCAGCCGTATCAGTTTGTTCTACCACCGAACTGG
AAACAGCTACGAATAGCCAACATCTTGTCAGGCAACTACTGCCAACCGAAATGCGCAGAG
CCATGGATTGAAGTGAAGTTCGAGAACGAGAAGCAAGGCAAAGTTCAAGTAGTTGCATCT
CCTCTGATTCGTCTGACCAACAAGCCGAATGCAACTATTGAAGATCTCGGTGAGCCTGAG
AGAGTGATCGCTTCTCTTGGTCCCTTTGTCACTGGAAACTCTTATGATTCTGATGAGCTT
GTGGATACATCAGTCGAAAAGATCGGTGATCAAACGTACTATAAGTATGTGTTGGAGACG
CCGTTTGCGCTAACGGGAAGTCATAACCTTGCGAAAGCGACGGCCAAGGGGAACACGGTG
GTTCTGTTTGTGGTGAGTGCTACTGAGAAGCAATGGCAGAGCTCACAGAAGACTCTTCAA
GCCATTCTTGATTCTTTTCAGCTGTAAATTATTGTTATGACTCTTTAAAA*CTATAGAGC
AAAACGGCTTGTGTTTGAGTTGGATTAACATTTCATCCTCTTGTATCTGCCTCTAATGTT
TCAAACATGAGACATTGAATAGACCTGATGGTTATTACTTTTATTGTGTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 15 15 0 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CH66TF U 317
AF RR3EG66TF U 1
AF RR3AY50TF U 664
AF RR3AF04TF U 1
AF RR3CH66JQ C 317
AF RR3AF04JQ C 361
BS 1 702 RR3AF04TF
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BS 708 708 RR3AY50TF
BS 709 842 RR3AF04TF
BS 843 843 RR3CH66JQ
BS 844 844 RR3AF04JQ
BS 845 950 RR3CH66JQ

RD RR3CH66TF 192 0 0
G
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GTTCGAGAACGAGAAGCAAGGCAAAGTTCAAGTGGTTGCATCTCCTTTGATTCGTCTGAC
CAACAAGCCGA

QA 2 192 2 192
DS 

RD RR3EG66TF 706 0 0
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CAACAACAACAACAACCGAGAAGGAGAGAGTTACTCCTGAAAACAGCGGTGGCTATTCCA
GCGATTCTGAACTTGAAGGAAGCTCCTATCTCTGATGCCCGTGAGGTGGAAGTTGGATCC
TTCTTACCACCTTCCGAGACTGACCCTTCTTTCGTCCTCTTTAAAGCCAAACCTTCTGAT
ACTCCCGCTCTCCGCGCAGGAAACGTGCAGCCGTATCAGTTTGTTCTACCACCGAACTGG
AAACAGCTACGAATAGCCAACATCTTGTCAGGCAACTACTGCCAACCGAAATGCGCAGAG
CCATGGATTGAAGTGAAGTTCGAGAACGAGAAGCAAGGCAAAGTTCAAGTAGTTGCATCT
CCTCTGATTCGTCTGACCAACAAGCCGAATGCAACTATTGAAGATCTCGGTGAGCCTGAG
AGAGTGATCGCTTCTCTTGGTCCCTTTGTCACTGGAAACTCTTATGATTCTGATGAGCTT
GTGGATACATCAGTCGAAAAGATCGGTGATCAAACGTACTATAAGTATGTGTTGGAGACG
CCGTTTGCGCTAACGGGAAGTCATAACCTTGCGAAAGCGACG
CGAA

QA 1 702 1 702
DS 

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CTGTTTGTGGTGAGTGCTACTGAGAAGCAATGGCAGAGCTCGCAGAAGACTCTTCAAGCC
ATTCTTGATTCTTTTCAGCTGTAAATTATTGTTA

QA 1 154 1 154
DS 

RD RR3AF04TF 842 0 0
GGATAACAAAAAGAAATGGCTTCCGCATCTCTCGTCCCGACATCAAACATCTTCCATGTC
TCTCCTACATTCACAGGTTCAGTCAGAACAAGAGCTAGTAGCTTCATTGTTGCATCCTCA
CAACAACAACAACAACCGAGAAGGAGAGAGTTACTCCTGAAAACAGCGGTGGCTATTCCA
GCGATTCTGAACTTGAAGGAAGCTCCTATCTCTGATGCCCGTGAGGTGGAAGTTGGATCC
TTCTTACCACCTTCCGAGACTGACCCTTCTTTCGTCCTCTTTAAAGCCAAACCTTCTGAT
ACTCCCGCTCTCCGCGCAGGAAACGTGCAGCCGTATCAGTTTGTTCTACCACCGAACTGG
AAACAGCTACGAATAGCCAACATCTTGTCAGGCAACTACTGCCAACCGAAATGCGCAGAG
CCATGGATTGAAGTGAAGTTCGAGAACGAGAAGCAAGGCAAAGTTCAAGTAGTTGCATCT
CCTCTGATTCGTCTGACCAACAAGCCGAATGCAACTATTGAAGATCTCGGTGAGCCTGAG
AGAGTGATCGCTTCTCTTGGTCCCTTTGTCACTGGAAACTCTTATGATTCTGATGAGCTT
GTGGATACATCAGTCGAAAAGATCGGTGATCAAACGTACTATAAGTATGTGTTGGAGACG
CCGTTTGCGCTAACGGGAAGTCATAACCTTGCGAAAGCGACG**CGAAGGGAACACGGTG
GTTCTGTTTGTGGTGAGTGCTACTGAGAAGCAATGGCAGAGCTCACAGAAGACTCTTCAA
GCCATTCTTGATTCTTTTCAGCTGTAAATTATTGTTATGACTCTTTAAAA*CTATAGAGC
AA

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR3CH66JQ 634 0 0
G
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CAACAAGCCGAATGCAACTATTGAAGATCTCGGTGAGCCTGAGAGAGTGATTGCTTCTCT
TGGTCCCTTTGTCACTGGAAACTCTTATGATTTTGATGAGCTTGTAGATACATCGATCGA
AAAGATCGGTGATCAAACGTACTATAAGTATGTGTTGGAGACGCCGTTTGCGCTCACGGG
AAGTCATAACCTTGCGAAAGCGACGGCCAAGGGGAACACGGTGGTTCTGTTTGTGGTGAG
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TCATCTGTAAATTATTGTTATGACTCTTAAGAA*CTATAGAGCAAA*CGGCTTGTGTTTG
AGTTGGATTAACATTTCATCCTCTTGTATCTGCCTCTAATGTTTCAAACATGAGACATTG
AATAGACCTGATGGTTATTACTTTTATTGTGTG

QA 2 634 2 634
DS 

RD RR3AF04JQ 543 0 0
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CCATGGATTGAAGTGAAGTTCGAGAACGAGAAGCAAGGCAAAGTTCAAGTAGTTGCATCT
CCTCTGATTCGTCTGACCAACAAGCCGAATGCAACTATTGAAGATCTCGGTGAGCCTGAG
AGAGTGATCGCTTCTCTTGGTCCCTTTGTCACTGGAAACTCTTATGATTCTGATGAGCTT
GTGGATACATCAGTCGAAAAGATCGGTGATCAAACGTACTATAAGTATGTGTTGGAGACG
CCGTTTGCGCTAACGGGAAGTCATAACCTTGCGAAAGCGACGGCGAAGGGGAACACGGTG
GTTCTGTTTGTGGTGAGTGCTACTGAGAAGCAATGGCAGAGCTCACAGAAGACTCTTCAA
GCCATTCTTGATTCTTTTCAGCTGTAAATTATTGTTATGACTCTTTAAAAACTATAGAGC
AAAACGGTTTGTGTTTGAGTTGGATTAACATTTCATCCTCTTGTATCTGCCTCTAATGTT
TCA

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 6

CO CL1080Contig1 1190 6 20 U
GAGAGTCTTCCTCCCAATCGATCCCGGCGTCGTTCTTCTCGACATTGCTTTCGTCCCCGA
CGAGCCTAGCCGCGGGTTTCTACTGGGGACGAGGCATACTCTGTTAGAGACCAAAGACGG
TGGAAACACGTGGGCCCCACGATCAATCCCTTCAGCTGAAGAAGAGGATTTCAATTACAG
GTTCAATTCGATCAGCTTCAAAGGCAAAGAAGGGTGGATCATCGGCAAGCCTGCTATCTT
GCTGTACACTGCCGATGCCGGAGAGAATTGGGATCGAATCCCCCTCAGCTCTCAGCTTCC
TGGTGATATGGTGTTTATAGAGGCGACGGGAGAAAAGAGCGCAGAGATGGTTACAGATGA
AGGTGCTATCTATGTTACTTCTAACAAGGGATATAACTGGAAAGCTGCTATTCAGGAAAC
CGTCTCAGCTACTTTGAATAGGACAGTCTCCAGTGGAATCAGTGGTGCTAGTTACTACAC
GGGAACCTTCAGTGCTGTTAATCGTTCACCAGATGGAAGATATGTTGCTGTTTCCAGCCG
TGGTAACTTCTTTTTGACGTGGGAGCCTGGGCAGCCTTACTGGCAACCACACAATAGAGC
AGTTGCCAGAAGAATTCAGAACATGGGATGGAGAGCTGATGGTGGTCTTTGGCTTCTTGT
TCGAGGAGGAGGACTTTATCTTAGCAAAGGCACTGGTATTTCAGAGGACTTTGACGAAGT
TCCAGTACAAAGCCGTGGGTTTGGCATTCTAGATGTTGG*TTATCGCTCAGAGGAAGAAG
CATGGGCAGCAGGAGGGAGTGGGATTCTACTGAGAACAAGAAACGGAGGCAAGTCATGGA
ACCGTGACAAAGCTGCTGACAACATCGCAGCTAATCTGTACGCGGTCAAATTTGTGGATG
ACAAGAAAGGGTTTGTGCTTGGAAACGATGGAGTGTTGCTTCGATATGTGGGATGAAGAG
AAGGTGAATTGAGAGATTCGTTTTTTGTTTTGTTTCAGTCTTTCTTTGTAAAGCGTTTAC
TGCGTCTTGATACTGCATTACAAAGTATTGTATACATTCCCACCATGCATGAGGTATGTA
TATTTAAAGTTCTTATAAAATCTACTAGCCCGTTTATGTTTCTTGTGGGAAACCTTTGTT
TGACTGTTATTGGATTTGGGTTGAATCCTAATCAATGCTTATAGTAAATT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A665TF U 1
AF RR3D262TF U 165
AF RR3D262JQ C 426
AF RR3E693JQ C 456
AF RR3E693TF U 456
AF RR3DM85TF U 1003
BS 1 285 RR3A665TF
BS 286 286 RR3D262TF
BS 287 339 RR3A665TF
BS 340 340 RR3D262TF
BS 341 342 RR3A665TF
BS 343 343 RR3D262TF
BS 344 444 RR3A665TF
BS 445 445 RR3D262TF
BS 446 759 RR3A665TF
BS 760 760 RR3D262TF
BS 761 769 RR3A665TF
BS 770 788 RR3D262TF
BS 789 1073 RR3E693TF
BS 1074 1074 RR3DM85TF
BS 1075 1131 RR3E693TF
BS 1132 1132 RR3DM85TF
BS 1133 1164 RR3E693TF
BS 1165 1165 RR3DM85TF
BS 1166 1177 RR3E693TF
BS 1178 1190 RR3DM85TF

RD RR3A665TF 769 0 0
GAGAGTCTTCCTCCCAATCGATCCCGGCGTCGTTCTTCTCGACATTGCTTTCGTCCCCGA
CGAGCCTAGCCGCGGGTTTCTACTGGGGACGAGGCATACTCTGTTAGAGACCAAAGACGG
TGGAAACACGTGGGCCCCACGATCAATCCCTTCAGCTGAAGAAGAGGATTTCAATTACAG
GTTCAATTCGATCAGCTTCAAAGGCAAAGAAGGGTGGATCATCGGCAAGCCTGCTATCTT
GCTGTACACTGCCGATGCCGGAGAGAATTGGGATCGAATCCCCCTTAGCTCTCAGCTTCC
TGGTGATATGGTGTTTATAGAGGCGACGGGAGAAAAGAGTGCTGAGATGGTTACAGATGA
AGGTGCTATCTATGTTACTTCTAACAAGGGATATAACTGGAAAGCTGCTATTCAGGAAAC
CGTCTCAGCTACTTTGAATAGGACGGTCTCCAGTGGAATCAGTGGTGCTAGTTACTACAC
GGGAACCTTCAGTGCTGTTAATCGTTCACCAGATGGAAGATATGTTGCTGTTTCCAGCCG
TGGTAACTTCTTTTTGACGTGGGAGCCTGGGCAGCCTTACTGGCAACCACACAATAGAGC
AGTTGCCAGAAGAATTCAGAACATGGGATGGAGAGCTGATGGTGGTCTTTGGCTTCTTGT
TCGAGGAGGAGGACTTTATCTTAGCAAAGGCACTGGTATTTCAGAGGACTTTGACGAAGT
TCCAGTACAAAGCCGTGGGTTTGGCATTCTAGATGTTGGGTTATCGCTC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3D262TF 624 0 0
G
GGATTTCAATTACAGGTTCAATTCGATCAGCTTCAAAGGCAAGGAAGGGTGGATCATTGG
CAAGCCTGCTATCTTGTTGTACACTGCTGATGCCGGAGAGAATTGGGATCGAATCCCCCT
CAGCTCTCAGCTTCCTGGTGATATGGTGTTTATAGAGGCGACTGGAGAAAAGAGCGCAGA
GATGGTTACCGATGAAGGTGCTATCTATGTTACTTCTAACAAGGGATATAACTGGAAAGC
TGCTATTCAGGAAACCGTCTCAGCTACTTTGAATAGGACAGTCTCCAGTGGAATCAGTGG
TGCTAGTTACTACACGGGAACCTTCAGTGCTGTTAATCGTTCACCAGATGGAAGATATGT
TGCTGTTTCCAGCCGTGGTAACTTCTTTTTGACATGGGAACCTGGGCAGCCTTATTGGCA
ACCACACAATAGAGCAGTTGCCAGAAGAATTCAGAACATGGGATGGAGAGCTGATGGTGG
TCTTTGGCTTCTTGTTCGAGGTGGAGGACTTTATCTTAGCAAAGGCACTGGTATTTCAGA
AGACTTTGATGAAGTTCCAGTACAAAGCCGTGGGTTTGGCATTCTAGATGTTGG*TTATC
GCTCAGAGGAAGAAGCATGGGCA

QA 2 624 2 624
DS 

RD RR3D262JQ 690 0 0
CAGCTACTTTGAATAGGACAGTCTCCAGTGGAATCAGTGGTGCTAGTTACTACACGGGAA
CCTTCAGTGCTGTTAATCGTTCACCAGATGGAAGATATGTTGCTGTTTCCAGCCGTGGTA
ACTTCTTTTTGACATGGGAACCTGGGCAGCCTTATTGGCAACCACACAATAGAGCAGTTG
CCAGAAGAATTCAGAACATGGGATGGAGAGCTGATGGTGGTCTTTGGCTTCTTGTTCGAG
GTGGAGGACTTTATCTTAGCAAAGGCACTGGTATTTCAGAAGACTTTGATGAAGTTCCAG
TACAAAGCCGTGGGTTTGGCATTCTAGATGTTGG*TTATCGCTCAGAGGAAGAAGCATGG
GCAGCAGGAGGCAGTGGGATTTTACTGAGAACAAGAAACGGAGGCAAGTCATGGAACCGT
GACAAAGCTGCTGACAATATCGCAGCTAATCTGTACGCGGTCAAATTTGTGGATGACAAG
AAAGGGTTTGTGCTTGGAAACGATGGAGTGTTGCTTCGATATGTGGGATGAAGAGAAGGT
GAATTGAGAGATTCGTTTTTTGTTTTGTTTCAGTCTTTCTTTGTAAAGCGTTTACTGCGT
CTTGATACTGCATTACAAAGTATTGTATACATTCCCACCATGCACGAGGTATGTATATTT
AAAGTTCTTATAAAATCTACTAGCCCGTTT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3E693JQ 729 0 0
GAATCAGTGGTGCTAGTTACTACACGGGAACTTTCAGTGCTGTTAATCGTTCACCAGATG
GAAGATATGTTGCTGTTTCCAGCCGTGGTAACTTCTTTTTGACGTGGGAGCCTGGGCAGC
CTTACTGGCAACCACACAATAGAGCAGTTGCCAGAAGAATTCAGAACATGGGATGGAGAG
CTGATGGTGGTCTTTGGCTTCTTGTTCGAGGAGGAGGACTTTATCTTAGCAAAGGCACTG
GTATTTCAGAGGACTTTGACGAAGTTCCAGTACAAAGCCGTGGGTTTGGCATTCTAGATG
TTGG*TTATCGCTCGGAGGAAGAAGCATGGGCAGCAGGAGGGAGTGGGATTCTACTGAGA
ACAAGAAACGGAGGCAAGTCATGGAACCGTGACAAAGCTGCTGACAACATCGCAGCTAAT
CTGTACGCGGTCAAATTTGTGGATGACAAGAAAGGGTTTGTGCTTGGAAACGATGGAGTG
TTGCTTCGATATGTGGGATGAAGAGAAGGTGAATTGAGAGATTCGTTTTTTGTTTTGTTT
CAGTCTTTCTTTGTAAAGCGTTTACTGCGTCTTGATACTGCATTACAAAGTATTGTATAC
ATTCCCACCATGCATGAGGTATGTATATTTAAAGTTCTTATAAAATCTACTAGCCCGTTT
ATGTTTCTTGTGGGAAACCTTTGTTTGACTGTTATTGGATTTGGGTTGAATCCTAATCAA
TG
CTTATAG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3E693TF 722 0 0
GAATCAGTGGTGCTAGTTACTACACGGGAACCTTCAGTGCTGTTAATCGTTCACCAGATG
GAAGATATGTTGCTGTTTCCAGCCGTGGTAACTTCTTTTTGACGTGGGAGCCTGGGCAGC
CTTACTGGCAACCACACAATAGAGCAGTTGCCAGAAGAATTCAGAACATGGGATGGAGAG
CTGATGGTGGTCTTTGGCTTCTTGTTCGAGGAGGAGGACTTTATCTTAGCAAAGGCACTG
GTATTTCAGAGGACTTTGACGAAGTTCCAGTACAAAGCCGTGGGTTTGGCATTCTAGATG
TTGG*TTATCGCTCGGAGGAAGAAGCATGGGCAGCAGGAGGGAGTGGGATTCTACTGAGA
ACAAGAAACGGAGGCAAGTCATGGAACCGTGACAAAGCTGCTGACAACATCGCAGCTAAT
CTGTACGCGGTCAAATTTGTGGATGACAAGAAAGGGTTTGTGCTTGGAAACGATGGAGTG
TTGCTTCGATATGTGGGATGAAGAGAAGGTGAATTGAGAGATTCGTTTTTTGTTTTGTTT
CAGTCTTTCTTTGTAAAGCGTTTACTGCGTCTTGATACTGCATTACAAAGTATTGTATAC
ATTCCCACCATGCATGAG*TATGTATATTTAAAGTTCTTATAAAATCTACTAGCCCGTTT
ATGTTTCTTGTGGGAA*CCTTTGTTTGACTGTTATTGGATTTGGGTTGA*TCCTAATCAA
TG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3DM85TF 188 0 0
G
CTTTGTAAAGCGTTTACTGCGTCTTGATACTGCATTACAAAGTATTGTATACATTCCCAC
CATGCATGAGGTATGTATATTTAAAGTTCTTATAAAATCTACTAGCCCGTTTATGTTTCT
TGTGGGAAACCTTTGTTTGACTGTTATTGGATTTGGGTTGAATCCTAATCAATGCTTATA
GTAAATT

QA 2 188 2 188
DS 



AS 2 6

CO CL1081Contig1 623 2 12 U
GGCCCGTCTCTGAGAAGAGTGTAAAAAGGAAGCGCCTTTTTTTTTTGCCTCTGTCTTAAT
TTCACAGAGGAGACAAAACAAAAGCGATGTCGCAACTCTTATCTTCTCCTCTGATGGCGG
CAAGTTACAATCCCTTTGCTAGCCCTCGGTTTCTCTCTTCGTCTTCTTCAGTACTCGTCC
CCGGCGGCGGCGGCGGTCTCGCCGTGAAACGGCATGGACTAGCTTCGAAACCGGCGAGGA
CGGTGAATCTCTCGGTGAAGTCGCGCCAGACGGATTACTTCGAGAAGCAGAGGTTCGGTG
ACTCATCATCTTCTTCACAGAACGGTGAAGGAGGACCTGCTAGGTTTTACGTGGGTCATT
CGATATACAAAGGGAAAGCTGCGTTAACAGTGGAGCCAAGAGCACCGGAGTTTGTGTCTT
TAGACTCTGGAGCTTTCAAGTTGTCCAAAGACGGGTTTCTACTGCTTCAGTTTGCTCCTG
CAGCTGGTGTAAGGCAATACGATTGGAGCAAGAAACAGGTGTTCTCATTGTCGGTTTCAG
AAATTGGAACTCTAGTTAGCCTAGGCCCAAAGGGAGTCTTGTGAGTTCTTCCATGATCCC
AACAAGGGGAAAAGTGATGAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL03TF U 1
AF RR3EZ24TF U 47
BS 1 64 RR3DL03TF
BS 65 65 RR3EZ24TF
BS 66 92 RR3DL03TF
BS 93 93 RR3EZ24TF
BS 94 159 RR3DL03TF
BS 160 160 RR3EZ24TF
BS 161 209 RR3DL03TF
BS 210 210 RR3EZ24TF
BS 211 541 RR3DL03TF
BS 542 542 RR3EZ24TF
BS 543 561 RR3DL03TF
BS 562 623 RR3EZ24TF

RD RR3DL03TF 561 0 0
GGCCCGTCTCTGAGAAGAGTGTAAAAAGGAAGCGCCTTTTTTTTTTGCCTCTGTCTTAAT
TTCAGAGAGGAGACAAAACAAAAGCGATGTCGTAACTCTTATCTTCTCCTCTGATGGCGG
CAAGTTACAATCCCTTTGCTAGCCCTCGGTTTCTCTCTT*GTCTTCTTCAGTACTCGTCC
CCGGCGGCGGCGGCGGTCTCGCCGTGAAATGGCATGGACTAGCTTCGAAACCGGCGAGGA
CGGTGAATCTCTCGGTGAAGTCGCGCCAGACGGATTACTTCGAGAAGCAGAGGTTCGGTG
ACTCATCATCTTCTTCACAGAACGGTGAAGGAGGACCTGCTAGGTTTTACGTGGGTCATT
CGATATACAAAGGGAAAGCTGCGTTAACAGTGGAGCCAAGAGCACCGGAGTTTGTGTCTT
TAGACTCTGGAGCTTTCAAGTTGTCCAAAGACGGGTTTCTACTGCTTCAGTTTGCTCCTG
CAGCTGGTGTAAGGCAATACGATTGGAGCAAGAAACAGGTGTTCTCATTGTCGGTTTCAG
AGATTGGAACTCTAGTTAGCC

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3EZ24TF 577 0 0
GCCTCTGTCTTAATTTCACAGAGGAGACAAAACAAAAGCGATGTCGCAACTCTTATCTTC
TCCTCTGATGGCGGCAAGTTACAATCCCTTTGCTAGCCCTCGGTTTCTCTCTTCGTCTTC
TTCAGTACTCGTCCCCGGCGGCGGCGGCGGTCTCGCCGTGAAACGGCATGGACTAGCTTC
GAAACCGGCGAGGACGGTGAATCTCTCGGTGAAGTCGCGCCAGACGGATTACTTCGAGAA
GCAGAGGTTCGGTGACTCATCATCTTCTTCACAGAACGGTGAAGGAGGACCTGCTAGGTT
TTACGTGGGTCATTCGATATACAAAGGGAAAGCTGCGTTAACAGTGGAGCCAAGAGCACC
GGAGTTTGTGTCTTTAGACTCTGGAGCTTTCAAGTTGTCGAAAGACGGGTTTCTACTGCT
TCAGTTTGCTCCTGCAGCTGGTGTAAGGCAATACGATTGGAGCAAGAAACAGGTGTTCTC
ATTGTCGGTTTCAGAAATTGGAACTCTAGTTAGCCTAGGCCCAAAGGGAGTCTTGTGAGT
TCTTCCATGATCCCAACAAGGGGAAAAGTGATGAGGG

QA 1 577 1 577
DS 



CO CL1081Contig2 1071 4 5 U
TTTTTTTTATGCCTCTGTCTTAATTTCACAGAGGAGACAGAAAGCGATGTCGCAACTCTT
ATCTTCTCCTCTGATGGCTGCAAGTTACAATCCCTTAACTAGCCCTCGCTTTCTCTCTTC
ATCTTCTTCAGTACTCGTCCCCGGCGGCGGCGGCGGTCTCGCCGTGAAACGACATGGACT
AGCTTCGAAACCGGTGAGGACGGTGAATCTCTCGGTGAAGTCCCGGCAGGCGGATTACTT
CGAGAAGCAGAGGTTCGGTGACTCATCATCTTCTTCACAGAACGGTGAAGGAGGACCTGC
TAGGTTTTACGTGGGTCATTCGATATACAAAGGGAAAGCTGCGTTAACAGTGGAGCCAAG
AGCACCGGAGTTTGTGTCTTTAGACTCTGGAGCTTTCAAGTTGTCGAAAGACGGGTTTCT
ACTGCTTCAGTTTGCTCCTGCAGCTGGTGTAAGGCAATACGATTGGAGCAAGAAACAGGT
GTTCTCATTGTCGGTTTCAGAAATTGGAACTCTAGTTAGCCTAGGCCCAAGGGAGTCTTG
TGAGTTCTTCCATGATCCCAACAAGGGGAAAAGTGATGAGGGAAAGGTGAGGAAAGTGTT
GAAAGTTGAGCCTCTCCCTGATGGTTCTGGCCACTTCTTCAACCTAAGTGTTCAAAACAA
GCTTTTGAATGTTGATGAGAGCATTTACATACCAATCACTAGAGCAGAGTTTACTGTTCT
GGTCTCTGCTTTCAATTTCGTCTTGCCTTACCTTATAGGCTGGCACGCATTTGCGAACTC
CATCAAACCAGAAGAGACAAACCGTACGAACAACGCTTCACCTAACTATGGAGGAGACTA
TGAATGGAATAGATAGATGAATTTTCTAAGGGCCATAGGAGAATAATCTTATCCTTGTTT
GCGGATAGTGTTGTTGAAGAATGTTCTTTGTTCGTAGCTAGCAGAATAGACTAAAAGTAG
TGCTTTGCTTTTTTGACCAAACGTGGAAATGAAAAAACAAGATCTTTTGTGTTACGCTCC
GTTGTATTGTATCTCAAAACATCAGTTGATTTGTCTTGTCTTATTTTAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H893TF U 1
AF RR3EZ24JQ C 765
AF RR3H893JQ C 301
AF RR3C176TF U 811
BS 1 727 RR3H893TF
BS 728 811 RR3H893JQ
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BS 846 846 RR3H893JQ
BS 847 1071 RR3C176TF

RD RR3H893TF 727 0 0
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ATCTTCTCCTCTGATGGCTGCAAGTTACAATCCCTTAACTAGCCCTCGCTTTCTCTCTTC
ATCTTCTTCAGTACTCGTCCCCGGCGGCGGCGGCGGTCTCGCCGTGAAACGACATGGACT
AGCTTCGAAACCGGTGAGGACGGTGAATCTCTCGGTGAAGTCCCGGCAGGCGGATTACTT
CGAGAAGCAGAGGTTCGGTGACTCATCATCTTCTTCACAGAACGGTGAAGGAGGACCTGC
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GGTCTCT

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DS 

RD RR3EZ24JQ 140 0 0
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DS 

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ACTGCTTCAGTTTGCTCCTGCAGCTGGTGTAAGGCAATACGATTGGAGCAAGAAACAGGT
GTTCTCATTGTCGGTTTCAGAAATTGGAACTCTAGTTAGCCTAGGCCCAAGGGAGTCTTG
TGAGTTCTTCCATGATCCCAACAAGGGGAAAAGTGATGAGGGAAAGGTGAGGAAAGTGTT
GAAAGTTGAGCCTCTCCCTGATGGTTCTGGCCACTTCTTCAACCTAAGTGTTCAAAACAA
GCTTTTGAATGTTGATGAGAGCATTTACATACCAATCACTAGAGCAGAGTTTACTGTTCT
GGTCTCTGCTTTCAATTTCGTCTTGCCTTACCTTATAGGCTGGCACGCATTTGCGAACTC
CATCAAACCAGAAGAGACAAACCGTACGAACAACGCTTCACCTAACTATGGAGGAGACTA
TGAATGGAATGGATAGATGAATTTTCTAAGGGCCATAGGAGAATAATCTTATCCTTGTTT
GCGGATAGTGTTGTTGAAGAATGTTCTTTGTTCGTAGCTAGCAGAATGGACTAAAAGTAG
TGCTTTGCTTTTTTGACCAAACGTGGAAATGAAAAAACAAGATCTTTTGTG
C

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DS 

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G
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TCGTAGCTAGCAGAATAGACTAAAAGTAGTGCTTTGCTTTTTTGACCAAACGTGGAAATG
AAAAAACAAGATCTTTTGTGTTACGCTCCGTTGTATTGTATCTCAAAACATCAGTTGATT
TGTCTTGTCTTATTTTAGCT

QA 2 261 2 261
DS 



AS 1 4

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TGTGACACGTGTCAATATTAAGAGCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CZ11JQ C 1
AF RR3CZ11TF U 1
AF RR3AI73JQ C 77
AF RR3AI73TF U 77
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RD RR3CZ11JQ 631 0 0
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TCCGCTTATTCCGCTACTCCCACTAATCTTAAGATCATCGACTTGTACGTCGTTTTCGCC
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TCATTCCTATCTGGAGTCCTCTCTTGTATTGGAACGGCTGTTCTTGCTGTTTGCCTCCGG
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GATTTTGTCCTCTGCAACTTGGTCCTCCACTTGGTGATCATCAACTTCCTTGGATAGGTG
TCCATCTCCTAGTCCTATCTTAAA*TGTTGCTTTCATGTCATGGAGCTTTTAGGTGTCAC
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ACTTTTAGTCTCGAGAACATT
CTCATGCACT

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DS 

RD RR3CZ11TF 631 0 0
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TCCGCTTATTCCGCTACTCCCACTAATCTTAAGATCATCGACTTGTACGTCGTTTTCGCC
GTCTTCACTGCTCTGATCCAGGTGGCTTATATGGCTTTGGTGGGATCATTTCCCTTTAAC
TCATTCCTATCTGGAGTCCTCTCTTGTATTGGAACGGCTGTTCTTGCTGTTTGCCTCCGG
ATTCAAGTGAACAAAGAAAACAAGGAATTCAAGGATTTGGCACCTGAACGAGCGTTTGCA
GATTTTGTCCTCTGCAACTTGGTCCTCCACTTGGTGATCATCAACTTCCTTGGATAGGTG
TCCATCTCCTAGTCCTATCTTAAA*TGTTGCTTTCATGTCATGGAGCTTTTAGGTGTCAC
TTTGGTATCAAAACTGTAGTTTGAGATATTTATATTTCTGTCAGAATCAAACCTTTTTAG
ACTTTTAGTCTCGAGAACATT
CTCATGCACT

QA 1 621 1 621
DS 

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GTG
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AAGAGCC

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DS 

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GTG
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CCACTAATCTGAAGATCATCGACTTGTACGTCGTTTTCGCCGTCTTCACTGCTCTGATCC
AGGTGGCTTATATGGCTTTGGTGGGATCATTTCCCTTTAACTCATTCCTATCTGGAGTCC
TCTCTTGTATTGGAACGGCTGTTCTTGCTGTTTGCCTCCGGATTCAAGTGAACAAAGAAA
ACAAGGAATTCAAGGATTTGGCACCTGAACGAGCGTTTGCAGATTTTGTTCTCTGCAACT
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TTAAAATGTTGTTTTCATGTCATGGAGCTTTTAGGTGTCACTTTGGTATCAAAATTGTAG
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AAGAG
CC

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DS 



AS 1 7

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ATGACAGATCACAGCCATATTATTAAAAGCTTGTGGTAAAAAGGGGTTTCGTTCTAATGC
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ATTCTGTAATGCTTCCGCATAATTTCCTTCAGATTGAGCCGACATCCGTTACGGTCGTCA
TTCGCTTTAACGAATTCTCCGTTTCAGAACCGTATGTGAGATTTTCATCTCATACGGCTC
CTCCTTTAGGTGCATAATGAAAATAATAAATATATGGATATGGAAAAATTTGATGTCATT
ATGAACTAAGCGGGGCTAATGTTTTTACAAGAAATCCCTAGCCAACCTTCTTGTAAAAGA
TCTTTTCTTACTACCAAGTGGATTCATACTAGATAAAAATAAAAAAGGAAACTCTAAAAA
TTTCTTTGTTCTCAACGCCCCTAAATTTCCAGGAATTAGTCACTTCAACAGTCTTCAATG
GTTATACGGGTATCCAAAGTACGGACGAGATGGATGTTTATTGTTCCAACCATTTTAATT
AGTCCCAATCCCAAAGAAGAAGAAAGAAAAGGAATCGTTTTGAAGAAAGTTTTCGTGTTG
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AGTAGGATTGATCTGTAATACGGGAACCGTAGGTAAAAACCTTTTGCTCAATACTCGAAT
TCATAATTGAAGCATCTAAGGCTGCACTAATCGTGGATACATGACAGAAGGGATTGCTTT
TTTATATTATAAACTTCACCTTCAAAAGCGTAGATTTTTTTCAATACTCGTTTTTTTTAT
TCCAAATCGGTGAGAAATAAAAAAAAAATGATAATGATAATCAAATCGCACCATCTCTGT
AATAAGTAAATGCCTCTTTTTCTCCGGAAGTTGTCGGAATGACTCGTAATAAGATATCGG
CTACAATTGTAAAGGTTTTATCAATAAAATTTCCATTTATACGCGATCTTGGCATAGGTA
GTAATCCATTCTATAACTCTTTTTATTTCCTTTAACTTTTCTTTTGTGAGAAAATTTTCT
CACAAACAAAGGAATTTTATAGTACGAACTAACATAAAAGCGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3FH04JQ U 69
AF RR3AS59JQ U 37
AF RR3AS59TF C 37
AF RR3CT29JQB U 155
AF RR3DK72JQ U 1
AF RR3DK72TF C 57
AF RR3GU80TF C 565
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BS 49 49 RR3AS59JQ
BS 50 739 RR3DK72JQ
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BS 781 1245 RR3GU80TF

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QA 1 107 1 107
DS 

RD RR3AS59JQ 337 0 0
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TAAAAAGGGGTTTCGTTCTAATGCCCGAAAATAATATTCTAAAGCTTTGGTATGTTCCCC
ATTACTTGTGTGGATAAGGCCTATATTATAGAGTATATAACTTCGATCATAGGGGTCAAT
CTCTAGTCGCATAGCTTCATAATAATTCTGTAATGCTTCCGCATAATTTCCTTAAGATTG
AGCCGACATCCGTTACGGTCGTCATTCGCTTTAACGAATTCTCCGTTTCAGAACCGTATG
TGAGATTTTCATCTCATACGGCTCCTCCTTTAGGTGC

QA 1 337 1 337
DS 

RD RR3AS59TF 337 0 0
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TAAAAAGGGGTTTCGTTCTAATGCCCGAAAATAATATTCTAAAGCTTTGGTATGTTCCCC
ATTACTTGTGTGGATAAGGCCTATATTATAGAGTATATAACTTCGATCATAGGGGTCAAT
CTCTAGTCGCATAGCTTCATAATAATTCTGTAATGCTTCCGCATAATTTCCTTAAGATTG
AGCCGACATCCGTTACGGTCGTCATTCGCTTTAACGAATTCTCCGTTTCAGAACCGTATG
TGAGATTTTCATCTCATACGGCTCCTCCTTTAGGTGC

QA 1 337 1 337
DS 

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ATTTCTAGTCGCATAGCTTCATAATAATTCTGTAACGCTTCCGCATAATTTCCTTCAGAT
TGAGCCGACATCCGTTACGGTCGTCATTCGCTTTAACGAATTCTCCGTTTCAGAACCGTA
TGTGAGATTTTCATCTCATACGGCTCCTCCTTTAGGTGCATAGTGAAAATAATAAATATA
TGGATATGGAAAAATTTGATGTCATTATGAACTAAGCGGGGCTAATGTTTTTACAAGAAA
TCCCTAGCCAACCTTCTTGTAAAAGATCTTTTCTTACTACCAAGTGGATTCATACTAGAT
AAAAATAAAAAAGGAAACTCTAAAAATTTCTTTGTTCTCAACGCCCCTAAATTTCCAGGA
ATTAGTCACTTCAACAGTCTTCAATGGTTATACGGGTATCCAAAGTACGGACGAAATGGA
TGTTTATTGTTCCAACCATTTTAATTAGTCCCAATCCCAAAGAAGAAGAAAGAAAAGGAA
TCGTTTTGAAGAAAGTTTTCGTGTTG

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ATGACAGATCACAGCCATATTATTAAAAGCTTGTGGTAAAAAGGGGTTTCGTTCTAATGC
CCGAAAATAATATTCTAAAGCTTTGGTATGTTCCCCATTACTTGTGTGGATAAGGCCTAT
ATTATAGAGTATATAACTTCGATCATAGGGGTCAATTTCTAGTCGCATAGCTTCATAATA
ATTCTGTAATGCTTCCGCATAATTTCCTTCAGATTGAGCCGACATCCGTTACGGTCGTCA
TTCGCTTTAACGAATTCTCCGTTTCAGAACCGTATGTGAGATTTTCATCTCATACGGCTC
CTCCTTTAGGTGCATAATGAAAATAATAAATATATGGATATGGAAAAATTTGATGTCATT
ATGAACTAAGCGGGGCTAATGTTTTTACAAGAAATCCCTAGCCAACCTTCTTGTAAAAGA
TCTTTTCTTACTACCAAGTGGATTCATACTAGATAAAAATAAAAAAGGAAACTCTAAAAA
TTTCTTTGTTCTCAACGCCCCTAAATTTCCAGGAATTAGTCACTTCAACAGTCTTCAATG
GTTATACGGGTATCCAAAGTACGGACGAGATGGATGTTTATTGTTCCAACCATTTTAATT
AGTCCCAATCCCAAAGAAGAAGAAAGAAAAGGAATCGTTTTGAAGAAAGTTTTCGTGTTG
TTGATTTCTCGGCGTAGTG

QA 1 739 1 739
DS 

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ATGCCCGAAAATAATATTCTAAAGCTTTGGTATGTTCCCCATTACTTGTGTGGATAAGGC
CTATATTATAGAGTATATAACTTCGATCATAGGGGTCAATTTCTAGTCGCATAGCTTCAT
AATAATTCTGTAATGCTTCCGCATAATTTCCTTCAGATTGAGCCGACATCCGTTACGGTC
GTCATTCGCTTTAACGAATTCTCCGTTTCAGAACCGTATGTGAGATTTTCATCTCATACG
GCTCCTCCTTTAGGTGCATAATGAAAATAATAAATATATGGATATGGAAAAATTTGATGT
CATTATGAACTAAGCGGGGCTAATGTTTTTACAAGAAATCCCTAGCCAACCTTCTTGTAA
AAGATCTTTTCTTACTACCAAGTGGATTCATACTAGATAAAAATAAAAAAGGAAACTCTA
AAAATTTCTTTGTTCTCAACGCCCCTAAATTTCCAGGAATTAGTCACTTCAACAGTCTTC
AATGGTTATACGGGTATCCAAAGTACGGACGAGATGGATGTTTATTGTTCCAACCATTTT
AATTAGTCCCAATCCCAAAGAAGAAGAAAGAAAAGGAATCGTTTTGAAGAAAGTTTTCGT
GTTGTTGATTTCTCGGCGTAGTGCTTCTTCCCCTGTGCCTCCTATTCGTATATTGTATTA
GTCT
C

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3GU80TF 681 0 0
ATTTCCAGGAATTAGTCACTTCAACAGTCTTCAATGGTTATACGGGTATCCAAAGTACGG
ACGAGATGGATGTTTATTGTTCCAACCATTTTAATTAGTCCCAATCCCAAAGAAGAAGAA
AGAAAAGGAATCGTTTTGAAGAAAGTTTTCGTGTTGTTGATTTCTCGGCGTAGTGCTTCT
TCCCCTGTGCCTCCTATTCGTATATTGTATTAGTCTAGTAGGATTGATCTGTAATACGGG
AACCGTAGGTAAAAACCTTTTGCTCAATACTCGAATTCATAATTGAAGCATCTAAGGCTG
CACTAATCGTGGATACATGACAGAAGGGATTGCTTTTTTATATTATAAACTTCACCTTCA
AAAGCGTAGATTTTTTTCAATACTCGTTTTTTTTATTCCAAATCGGTGAGAAATAAAAAA
AAAATGATAATGATAATCAAATCGCACCATCTCTGTAATAAGTAAATGCCTCTTTTTCTC
CGGAAGTTGTCGGAATGACTCGTAATAAGATATCGGCTACAATTGTAAAGGTTTTATCAA
TAAAATTTCCATTTATACGCGATCTTGGCATAGGTAGTAATCCATTCTATAACTCTTTTT
ATTTCCTTTAACTTTTCTTTTGTGAGAAAATTTTCTCACAAACAAAGGAATTTTATAGTA
CGAACTAACATAAAAGCGGAC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 3

CO CL1084Contig1 724 3 6 U
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TCCGGAAATTCAATGGCGGTTTCTTCTGTAACTTCGTTCATATTACCCTCTTTCGTCAGT
CCTACCTCGTCTACCAGACAGAAGGTCTCTCTGCTTCCATCTTCTTCTTCGTCTACTCAT
GGCGGCATTGGCTCCTGCGTCCTTAGCAAACCCTCCATCTCGTTTACGAAGAAGGTCTTG
GCAGCTCCCGAGACCCTAACTCCAGAAACCCTCGAAGAACCCGCCTCTGATGACTTCTCC
GAGGTTCCGAGCTCTTCCTCAATAAGTGTAGACGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAAAAG
ATTAGGATAAAGCTTAGATCATACTGGGTGCCTCTCATTGAGGACTCATGCAAGCAGATA
CTCGACGCTGCCAGGAACACCAATGCCAAGACGATGGGTCCTGTTCCCTTGCCAACCAAG
AAGCGTATCTACTGTGTTCTCAAGTCTCCCCACGTCCACAAGGATGCAAGGTTCCATTTT
GAGATCAGGACCCACCAGCGGATGATTGATATTCTCTACCCGACTGCTCAGACCATCGAC
TCCTTGATGCAGCTGGATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTGGAAGTCAAGCTCTGAAACTTC
AATGAGGCGACGGGCCCTTGCATTGCATGAACAGACTGTTCCTGATAGAATTGGTAAACC
ATGT


BQ
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25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3FB17TF U 1
AF RR3DZ90TF U 5
AF RR3DZ90JQ C 76
BS 1 143 RR3FB17TF
BS 144 144 RR3DZ90TF
BS 145 252 RR3FB17TF
BS 253 253 RR3DZ90TF
BS 254 662 RR3FB17TF
BS 663 724 RR3DZ90JQ

RD RR3FB17TF 668 0 0
GGAAACCAAACCACATCCTTGTGAAGAAGCGTTAATAGGAGGAAGAAGAACGATTCTTTA
TCCGGAAATTCAATGGCGGTTTCTTCTGTAACTTCGTTCATATTACCCTCTTTCGTCAGT
CCTACCTCGTCTACCAGACAGAAAGTCTCTCTGCTTCCATCTTCTTCTTCGTCTACTCAT
GGCGGCATTGGCTCCTGCGTCCTTAGCAAACCCTCCATCTCGTTTACGAAGAAGGTCTTG
GCAGCTCCCGAGGCCCTAACTCCAGAAACCCTCGAAGAACCCGCCTCTGATGACTTCTCC
GAGGTTCCGAGCTCTTCCTCAATAAGTGTAGACGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAAAAG
ATTAGGATAAAGCTTAGATCATACTGGGTGCCTCTCATTGAGGACTCATGCAAGCAGATA
CTCGACGCTGCCAGGAACACCAATGCCAAGACGATGGGTCCTGTTCCCTTGCCAACCAAG
AAGCGTATCTACTGTGTTCTCAAGTCTCCCCACGTCCACAAGGATGCAAGGTTCCATTTT
GAGATCAGGACCCACCAGCGGATGATTGATATTCTCTACCCGACTGCTCAGACCATCGAC
TCCTTGATGCAGCTGGATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTGGAAGTCAAGCTCTGAAACTTC
AA
TGAGCG

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3DZ90TF 658 0 0
GGA
AAACCACATCCTTGTGAAGAAGCGTTAATAGGAGGAAGAAGAACGATTCTTTATCCGGAA
ATTCAATGGCGGTTTCTTCTGTAACTTCGTTCATATTACCCTCTTTCGTCAGTCCTACCT
CGTCTACCAGACAGAAGGTCTCTCTGCTTCCATCTTCTTCTTCGTCTACTCATGGCGGCA
TTGGCTCCTGCGTCCTTAGCAAACCCTCCATCTCGTTTACGAAGAAGGTCTTGGCAGCTC
CCGAGACCCTAACTCCAGAAACCCTCGAAGAACCCGCCTCTGATGACTTCTCCGAGGTTC
CGAGCTCTTCCTCAATAAGTGTAGACGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAAAAGATTAGGA
TAAAGCTTAGATCATACTGGGTGCCTCTCATTGAGGACTCATGCAAGCAGATACTCGACG
CTGCCAGGAACACCAATGCCAAGACGATGGGTCCTGTTCCCTTGCCAACCAAGAAGCGTA
TCTACTGTGTTCTCAAGTCTCCCCACGTCCACAAGGATGCAAGGTTCCATTTTGAGATCA
GGACCCACCAGCGGATGATTGATATTCTCTACCCGACTGCTCAGACCATCGACTCCTTGA
TGCAGCTGGATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTGGAAGTCAAGCTCTGAAACTTCAA

QA 4 658 4 658
DS 

RD RR3DZ90JQ 649 0 0
GCGGTTTCTTCTGTAACTTCGTTCATATTACCCTCTTTCGTCAGTCCTACCTCGTCTACC
AGACAGAAGGTCTCTCTGCTTCCATCTTCTTCTTCGTCTACTCATGGCGGCATTGGCTCC
TGCGTCCTTAGCAAACCCTCCATCTCGTTTACGAAGAAGGTCTTGGCAGCTCCCGAGACC
CTAACTCCAGAAACCCTCGAAGAACCCGCCTCTGATGACTTCTCCGAGGTTCCGAGCTCT
TCCTCAATAAGTGTAGACGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAAAAGATTAGGATAAAGCTT
AGATCATACTGGGTGCCTCTCATTGAGGACTCATGCAAGCAGATACTCGACGCTGCCAGG
AACACCAATGCCAAGACGATGGGTCCTGTTCCCTTGCCAACCAAGAAGCGTATCTACTGT
GTTCTCAAGTCTCCCCACGTCCACAAGGATGCAAGGTTCCATTTTGAGATCAGGACCCAC
CAGCGGATGATTGATATTCTCTACCCGACTGCTCAGACCATCGACTCCTTGATGCAGCTG
GATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTGGAAGTCAAGCTCTGAAACTTCAATGAGGCGACGGGC
CCTTGCATTGCATGAACAGACTGTTCCTGATAGAATTGGTAAACCATGT

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 6

CO CL1085Contig1 1015 6 8 U
AGGGAAAGACAGAAGTTCCTTCTACCTCCTGAAATCACGAAAACGCTAAGATGGCCGCAA
CTCCAACCGCCGCCGCTGCTTCGTCCATCATGGGTACTCGCGTGGTTCCCGATATCCACT
CCGGTTCGGGTAGAATCACAGCCAGGTTTGGGTTCGGGAAGAAGAAGGCGGCTCCCAAAA
AGACCAAGACTACCGTGACTACCGACAGGCCTCTCTGGTACCCAGGCGCCAAATCTCCCG
AGTGGCTTGACGGTTCCCTTGTTGGAGATTACGGCTTTGATCCCTTCGGTTTAGGTAAAC
CGGCAGAGTATCTCCAGTTCGATATAGATTCGCTAGACCAGAATCTGGCTAAGAACTTAG
CCGGAGACGTGATCGGAACACGCACGGAAGAGGCTGCACCCAAATCGACGCCGTTTCAGC
CGTACAGTGAGGTCTTCGGAATCCAGAGGTTCAGAGAATGCGAGCTGATTCACGGACGGT
GGGCGATGCTCGCCACTCTCGGCGCTCTCTCCGTCGAATGGCTTACCGGCGTCACTTGGC
AAGACGCCGGAAAGGTGGAGCTTGTGGATGGATCGTCCTACTTGGGGCAGCCACTACCAT
TCTCCATCTCGACGTTGATATGGATCGAGGTGTTAGTGATCGGCTACATTGAGTTCCAGC
GCAACGCCGAGCTTGACTTTGAGAAGCGTTTGTACCCTGGAGGCAAATTTTTCGACCCGC
TTGGTTTAGCGTTTGACCCTGAGAAGATGGCTCAGCTTCAGTTAGCTGAGATCAAGCACG
CACGTCTTGCCATGGTCGCCTTCTTGGGCTTCGCTGTTCAAGCAGCTGCGACTGGTAAAG
GTCCACTCAACAATTGGGCTACTCACCTCAGTGATCCGCTTCACACCACCATCATCGATA
CCTTCTCCTCTTAGAAATCATTTTCTCCTTTCTCATCATCATCTCTATCGTGTAATGTAA
CTTTGTTCTAGTAGTATAAAACAGAGCTGCTACGAGACTGAATCGCGTTTTGCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO37TF U 6
AF RR3DP85TF U 7
AF RR3FR17TF U 1
AF RR3FR17JQ C 737
AF RR3DO37JQ C 439
AF RR3ES84JQ C 512
BS 1 634 RR3FR17TF
BS 635 635 RR3DP85TF
BS 636 678 RR3FR17TF
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BS 680 700 RR3FR17TF
BS 701 972 RR3DO37JQ
BS 973 973 RR3ES84JQ
BS 974 1015 RR3DO37JQ

RD RR3DO37TF 581 0 0
GGGACAGAAGTTCCTTC
TACCTCCTGAAATCACGAAAACGCTAAGATGGCCGCAACTCCAACCGCCGCCGCTGCTTC
GTCCATCATGGGTACTCGCGTGGTTCCCGATATCCACTCCGGTTCGGGTAGAATCACAGC
CAGGTTTGGGTTCGGGAAGAAGAAGGCGGCTCCCAAAAAGACCAAGACTACCGTGACTAC
CGACAGGCCTCTCTGGTACCCAGGCGCCAAATCTCCCGAGTGGCTTGACGGTTCCCTT**
TGGAGATTACGGCTTTGATCCCTTCGGTTTAGGTAAACCGGCAGAGTATCTCCAGTTCGA
TATAGATTCGCTAGACCAGAATCTGGCTAATAACTTAGCCGGAGACGTGATCGGAACACG
CACGGAAGAGGCTGCACCCAAATCGACGCCGTTTCAGCCGTACAGTGAGGTCTTCGGAAT
CCAGAGGTTCAGAGAATGCGAGCTGATTCACGGACGGTGGGCGATGCTCGCCACTCTCGG
CGCTCTCTCCGTCGAATGGCTTACCGGCGTCACTTGGCAAGACGCCGGAAAGGTGGAGCT
TGTGGATGGATCGTCCTACTTGGG

QA 18 581 18 581
DS 

RD RR3DP85TF 633 0 0
GGAACAAGACAGAAGT
TACCTCCTGTAATCACGAAAACGCTAAGATGGCCGCAACTCCCACCGCCGCCGCTGCTTC
GTCCATCATGGGTACTGGGGTGGTTCCCGATATCCACTCCGGTTCGGGTAGAATCACAGC
CAGGTTTGGGTTCGGGAAGAAGAAGGCGGCTCCCAAAAAGACCAAGACTACCGTGACTTC
CGACAGGCCTCTCTGGTACCCAGGCGCCAAATCTCCCGAGTGGCTTGACGGTTCCCTTGT
TGGAGATTACGGCTTTGATCCTTTCGGTTTAGGTAAACCGGCCGAGTATCTCCAGTTCGA
TATAGATTCGCTAGACCAGAATCTGGCTAAGAACTTAGCCGGAGACGTGATCGGAACACG
CACCGAAGAGGCGGCCCCCAAATCGACGCCGTTTCAGCCGTACAGTGAGGTCTTCGGAAT
CCAGAGGTTCAGAGAATGCGAGCTGATCCACGGACGGTGGGCGATGCTCGCCACTCTCGG
CGCTCTCTCCGTCGAATGGCTTACCGGCGTCACCTGGCAAGACGCCGGAAAGGTGGAGCT
TGTGGATGGATCGTCCTACTTGGGGCAGCCACTACCCTTCTCCATCTCGACGTTGATATG
GATCGAGGTGTTAGTGA

QA 17 633 17 633
DS 

RD RR3FR17TF 700 0 0
AGGGAAAGACAGAAGTTCCTTCTACCTCCTGAAATCACGAAAACGCTAAGATGGCCGCAA
CTCCAACCGCCGCCGCTGCTTCGTCCATCATGGGTACTCGCGTGGTTCCCGATATCCACT
CCGGTTCGGGTAGAATCACAGCCAGGTTTGGGTTCGGGAAGAAGAAGGCGGCTCCCAAAA
AGACCAAGACTACCGTGACTACCGACAGGCCTCTCTGGTACCCAGGCGCCAAATCTCCCG
AGTGGCTTGACGGTTCCCTTGTTGGAGATTACGGCTTTGATCCCTTCGGTTTAGGTAAAC
CGGCAGAGTATCTCCAGTTCGATATAGATTCGCTAGACCAGAATCTGGCTAAGAACTTAG
CCGGAGACGTGATCGGAACACGCACGGAAGAGGCTGCACCCAAATCGACGCCGTTTCAGC
CGTACAGTGAGGTCTTCGGAATCCAGAGGTTCAGAGAATGCGAGCTGATTCACGGACGGT
GGGCGATGCTCGCCACTCTCGGCGCTCTCTCCGTCGAATGGCTTACCGGCGTCACTTGGC
AAGACGCCGGAAAGGTGGAGCTTGTGGATGGATCGTCCTACTTGGGGCAGCCACTACCAT
TCTCCATCTCGACGTTGATATGGATCGAGGTGTTGGTGATCGGCTACATTGAGTTCCAGC
GCAACGCCGAGCTTGACTCTGAGAAGCGTTTGTACCCTGG

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3FR17JQ 205 0 0
CCCTGAGAAGATGGTTCAGCTTCAGTTAGCTGAGATCAAGCACGCACGTCTTGCCATGGT
CCCCTTCTTGGGCTTCGCTGTTCAAGCAGCTGCGACTGGTAAAGGTCCACTCAACAATTG
GGCTACTCACCTCAGTGATCCGCTTCACACCACCATCATCGATACCTTCTCCTTTTAGAA
ATCATTTTCTCCTTTCTCATCATCA

QA 1 205 1 205
DS 

RD RR3DO37JQ 577 0 0
GAATCCAGAGGTTCAGAGAATGCGAGCTGATTCACGGACGGTGGGCGATGCTCGCCACTC
TCGGCGCTCTCTCCGTCGAATGGCTTACCGGCGTCACTTGGCAAGACGCCGGAAAGGTGG
AGCTTGTGGATGGATCGTCCTACTTGGGGCAGCCACTACCATTCTCCATCTCGACGTTGA
TATGGATCGAGGTGTTGGTGATCGGCTACATTGAGTTCCAGCGCAACGCCGAGCTTGACT
TTGAGAAGCGTTTGTACCCTGGAGGCAAATTTTTCGACCCGCTTGGTTTAGCGTTTGACC
CTGAGAAGATGGCTCAGCTTCAGTTAGCTGAGATCAAGCACGCACGTCTTGCCATGGTCG
CCTTCTTGGGCTTCGCTGTTCAAGCAGCTGCGACTGGTAAAGGTCCACTCAACAATTGGG
CTACTCACCTCAGTGATCCGCTTCACACCACCATCATCGATACCTTCTCCTCTTAGAAAT
CATTTTCTCCTTTCTCATCATCATCTCTATCGTGTAATGTAACTTTGTTCTAGTCGTATA
AAACAGAGCTGCTACGAGACTGAATCGCGTTTTGCCG

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3ES84JQ 489 0 0
CGTCGAATGGCTCACCGGCGTCACTTGGCAAGACGCCGGAAAGGTGGAGCTTGTGGATGG
ATCGTCCTACTTGGGGCAGCCACTACCCTTCTCCATCTCGACGTTGATATGGATCGAGGT
GTTAGTGATCGGCTACATTGAGTTCCAGCGCAGCGCCGAGCTTGACTTTGAGAAGCGTTT
GTACCCTGGAGGCAAATTTTTCGACCCGCTTGGTTTAGCGTTTGACCCTGAGAAGATGGC
TCAGCTTCAGTTAGCTGAGATCAAGCACGCACGTCTTGCCATGGTCGCCTTCTTGGGCTT
CGCTGTTCAAGCCGCTGCCACTGGTAAAGGTCCGCTCAACAATTGGGCTACTCACCTCAG
TGATCCGCTTCACACCACCATCATCGATACCTTCTCCCCTTAGAAATCATTTTCTCCTTT
CTCATCATCATCTCTATCGTGTAATGTAACTTTGTTCTAGTAGTATAAAACAGAGCTGCT
ATGAGACTG

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 7

CO CL1086Contig1 807 7 11 U
CATACATAAACTCTGCCATTACCTATTCCACAAAACAACGGTTACAAAATATACAAACAG
CGAAAATGAATAACAAAGCGATATTCCTTCTCTTCCTCTCTCTCGTTCTCCTTCCTCTCT
ACGCTTCTGCGTCGCCGTTTGTCGGTGGATGGCGTCCCCTCAGAAACGTTAGTGACCCTC
ACGTCGTAGAGATCGGCGAATTCGCGGTCTCCGAGTACAACAAGCAGAGCAAATCGGGAC
TCAAGTTCGTGTCGGTTGTTAGCGGCGACTCTCAGGTAGTTGCCGGTACAAATTACCGGC
TTATCGTGGCGGTTAATGATGGCGTAAAGATAGCCAATGCTGGTGCGAGCAAGAACTACG
AAGCGATTGTATGGGAGCAGCCTTGGTTAAAATCAAAGAATCTCACTTCTTTCAAGCCAG
CCATGAACTAATGACTGTTTCCTCTTAAGTTCTCCATATGTAATGATCTGATAAAATACA
GTAAAAAAGTTAAATAAACAAAGAAGGAATTGAATTAATCTTGATTCCTGTATTTCTTTC
TGATTTTCAAAATTTATGTTGTTGGGCGTAAACCCTAGATCTGATGCAAATGATTGAACA
AGTGGTGACAAATCCGATAATTACGCCGGCTAATCTGATGTATAGATTTTGGAGTCACGA
GACCATTGAGAGAATATATATCATTAAGAAATCAATTAAAAAAAGAGAAGAAATCTTCAA
TTATTTAATTATGTGAATTAGAATGTCAATTATTTGAAAAGAAGAAGTTACAAAGGAGGA
GACACGAGATTACCACATGTGAGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GZ83JQ C 38
AF RR3GZ83TF U 38
AF RR3FF03JQ C 26
AF RR3FF03TF U 26
AF RR3BN80TF U 35
AF RR3F731JQ U 1
AF RR3F731TF C 202
BS 1 188 RR3F731JQ
BS 189 189 RR3GZ83TF
BS 190 371 RR3F731JQ
BS 372 372 RR3GZ83TF
BS 373 425 RR3F731JQ
BS 426 426 RR3GZ83TF
BS 427 522 RR3F731JQ
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BS 524 703 RR3F731JQ
BS 704 704 RR3F731TF
BS 705 807 RR3F731JQ

RD RR3GZ83JQ 511 0 0
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ATCTTGATTCCTGTATTTCTTTCTGATTT
CC

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DS 

RD RR3GZ83TF 511 0 0
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CTCTCTCGTTCACCTTCCTCTCTACGCTTCTGCGTCGCCGTTTGTCGGTGGATGGCGTCC
CCTCAGAAACGTTAGTGACCCTCACGTCGTAGAGATCGGCGAATTCGCGGTCTCCGAGTA
CAACAAGCAGAGCAAATCGGGACTCAAGTTCGTGTCGGTTGTTAGCGGCGACTCTCAGGT
AGTTGCCGGTACAAATTACCGGCTTATCGTGGCGGTTAATGATGGCGTAAAGATAGCCAA
TGCTGGTGCGAGCAAGAACTACGAAGCGATTGTATGGGAGCAGCCTTGGTTAAAATCAAA
GAATCTCACTTCTTTCAAGCCAGCCATGAACTAATGACTGTTTCCTCTTAAGTTCTCCAT
ATGTAATGATCTGATAAAATACAGTAAAAAAGTTAAATAAACAAAGAAGGAATTGAATTA
ATCTTGATTCCTGTATTTCTTTCTGATTT
CC

QA 1 509 1 509
DS 

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GG
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GATGGCGTCCCCTCA*AAACGTTAGTGACCCTCACGTCGTAGAGATCGGCGAATTCGCGG
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TAAAATCAAAGAATCTCACTTCTTTCAAGCCAGCCATGAACTAATGACTGTTTCCTCTTA
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DS 

RD RR3FF03TF 549 0 0
GG
CCACAAAACAACGGTTACAACATATACAAACAGCGAAAATGAATAACAAAGCGATCTTCC
TTCTCTTCCTCTCTCTCGTTCTCCTTCCTCTCTACGCTTCTGCGTCGCCGTTTGTCGGTG
GATGGCGTCCCCTCA*AAACGTTAGTGACCCTCACGTCGTAGAGATCGGCGAATTCGCGG
TCTCCGAGTACAACAAGCAGAGCAAGTCGGGACTCAAGTTCGTGTCGGTTGTTAGCGGCG
ACTCTCAGGTAGTTGCCGGTACAAATTACCGGCTTATCGTGGCGGCTAATGATGGCGTAA
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TAAAATCAAAGAATCTCACTTCTTTCAAGCCAGCCATGAACTAATGACTGTTTCCTCTTA
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AATTGAATTAATCTTGATTCCTGTATTTCTTTCTGATTTTCAAAATTTATGTTGTTGGGC
GTAAACC

QA 3 549 3 549
DS 

RD RR3BN80TF 551 0 0
GG
AACGGTTACAAAATATACAAACAGCGAAAATGAATAACAAAGCGATATTCCTTCTCTTCC
TCTCTCTCGTTCTCCTTCCTCTCTACGCTTCTGCGTCGCCGTTTGTCGGTGGATGGCGTC
CCCTCAGAAACGTTAGTGACCCTCACGTCGTAGAGATCGGCGAATTCGCGGTCTCCGAGT
ACAACAAGCAGAGCAAATCGGGACTCAAGTTCGTGTCGGTTGTTAGCGGCGACTCTCAGG
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AGAATCTCACTTCTTTCAAGCCAGCCATGAACTAATGACTGTTTCCTCTTAAGTTCTCCA
TATGTAATGACCTGATAAAATACAGTAAAAAAGTTAAATAAACAAAGAAGGAATTGAATT
AATCTTGATTCCTGTATTTCTTTCTGATTTTCAAAATTTATGTTGTTGGGCGTAAACCCT
AGATCTGA
C

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DS 

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CATACATAAACTCTGCCATTACCTATTCCACAAAACAACGGTTACAAAATATACAAACAG
CGAAAATGAATAACAAAGCGATATTCCTTCTCTTCCTCTCTCTCGTTCTCCTTCCTCTCT
ACGCTTCTGCGTCGCCGTTTGTCGGTGGATGGCGTCCCCTCAGAAACGTTAGTGACCCTC
ACGTCGTAAAGATCGGCGAATTCGCGGTCTCCGAGTACAACAAGCAGAGCAAATCGGGAC
TCAAGTTCGTGTCGGTTGTTAGCGGCGACTCTCAGGTAGTTGCCGGTACAAATTACCGGC
TTATCGTGGCGGTTAATGATGGCGTAAAGATAGCCAATGCTGGTGCGAGCAAGAACTACG
AAGCGATTGTAGGGGAGCAGCCTTGGTTAAAATCAAAGAATCTCACTTCTTTCAAGCCAG
CCATGGACTAATGACTGTTTCCTCTTAAGTTCTCCATATGTAATGATCTGATAAAATACA
GTAAAAAAGTTAAATAAACAAAGAAGGAATTGAATTAATCTTAATTCCTGTATTTCTTTC
TGATTTTCAAAATTTATGTTGTTGGGCGTAAACCCTAGATCTGATGCAAATGATTGAACA
AGTGGTGACAAATCCGATAATTACGCCGGCTAATCTGATGTATAGATTTTGGAGTCACGA
GACCATTGAGAGAATATATATCATTAAGAAATCAATTAAAAAA*GAGAAGAAATCTTCAA
TTATTTAATTATGTGAATTAGAATGTCAATTATTTGAAAAGAAGAAGTTACAAAGGAGGA
GACACGAGATTACCACATGTGAGAGCC

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DS 

RD RR3F731TF 606 0 0
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GCGGCGACTCTCAGGTAGTTGCCGGTACAAATTACCGGCTTATCGTGGCGGTTAATGATG
GCGTAAAGATAGCCAATGCTGGTGCGAGCAAGAACTACGAAGCGATTGTATGGGAGCAGC
CTTGGTTAAAATCAAAGAATCTCACTTCTTTCAAGCCAGCCATGGACTAATGACTGTTTC
CTCTTAAGTTCTCCATATGTAATGATCTGATAAAATACAGTAAAAAAGTTAAATAAACAA
AGAAGGAATTGAATTAATCTTAATTCCTGTATTTCTTTCTGATTTTCAAAATTTATGTTG
TTGGGCGTAAACCCTAGATCTGATGCAAATGATTGAACAAGTGGTGACAAATCCGATAAT
TACGCCGGCTAATCTGATGTATAGATTTTGGAGTCACGAGACCATTGAGAGAATATATAT
CATTAAGAAATCAATTAAAAAAAGAGAAGAAATCTTCAATTATTTAATTATGTGAATTAG
AATGTCAATTATTTGAAAAGAAGAAGTTACAAAGGAGGAGACACGAGATTACCACATGTG
AGAGCC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 7

CO CL1087Contig1 499 7 6 U
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GGATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGGCTTTTCTGGTTTATGAAAGATAATTACCA
AGCTTTTTGGTGCCAATAGACCCGTATCCTACATTTAAATTAATATTCTCGTAGTCATCT
ATACAAAAAAACTTGCTAC


BQ
35 35 35 35 35 35 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AU56JQ C 1
AF RR3AU56TF U 1
AF RR3GT95TF U 1
AF RR3BJ06JQ C 3
AF RR3BJ06TF U 3
AF RR3B284JQ C 1
AF RR3B284TF U 1
BS 1 237 RR3AU56TF
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TCTTTCTCTCTCTCTCGCTCCACAGATTCTTCTTCTTTTCAGATCGATTTTTAAAGCTAA
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CCACAAACAGATTGATCACTTCAAAGGATCACGCCTCTGTTCAGCTTAACATTGGTCATC
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CCAAACAACAGTGAAGGGGTCTATGCTTCTGCCTCTTGTTATTTTTGTTATGTTCAATTT
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QA 1 381 1 381
DS 

RD RR3AU56TF 424 0 0
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CCAAACAACAGTGAAGGGGTCTATGCTTCTGCCTCTTGTTATTTTTGTTATGTTCAATTT
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AGC
C

QA 1 423 1 423
DS 

RD RR3GT95TF 472 0 0
TCTTTCTCTCTCTCTCGCTCCACAGATTCTTCTTCTTTTCAGATCTATTTTTAAAGCTAA
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QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3BJ06JQ 474 0 0
TCTT
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CC

QA 5 472 5 472
DS 

RD RR3BJ06TF 474 0 0
TCTT
TCTCTCTCTCGCTCCACAGATTCTTCTTCTTTTCAGATCGATTTTTAAAGCTAAGAATCA
TGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTTTACATTCCCAGGAAATGCTCGGCCACAA
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CCGATGGTATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTGCGGCTTTGTCCGTGCTC
AGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGTCGAGACCAAAC
AACAGTGAAGGGGTCTATGCTTCTGCCTCTTGTTATTTTTGTTATGTTCAATTTGGATTT
TCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGGCTTTTCTGGTTTATGAAAGATAATTACCAAGCTTT
TTGGTGCCAATAGACCCGTATCCTACATTTAAATTAATATTCTCGTAG
CC

QA 5 472 5 472
DS 

RD RR3B284JQ 499 0 0
TCTTTCCCTCTCTCTCGCTCCACAGATTCTTCTTCTTTTCAGATCGATTTTTAAAGCTAA
GAATCATGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTTTACATTCCCAGGAAATGCTCGG
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TTGATGCCGATGGTATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTGCGGCTTTGTCC
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CCAAACAACAGTGAAGGGGTCTATGCTTCTGCCTCTTGTTATTTTTGTTATGTTCAATTT
GGATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGGCTTTTCTGGTTTATGAAAGATAATTACCA
AGCTTTTTGGTGCCAATAGACCCGTATCCTACATTTAAATTAATATTCTCGTAGTCATCT
ATACAAAAAAACTTGCTAC

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR3B284TF 499 0 0
TCTTTCCCTCTCTCTCGCTCCACAGATTCTTCTTCTTTTCAGATCGATTTTTAAAGCTAA
GAATCATGCAAAACGAAGAAGGTGTTGTCACTGAGCTTTACATTCCCAGGAAATGCTCGG
CCACAAACAGATTGATCACTTCAAAGGATCATGCCTCTGTTCAGCTTAACATTGGTCATC
TTGATGCCGATGGTATCTACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTGCGGCTTTGTCC
GTGCTCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAGAAGAAGGTCGAGA
CCAAACAACAGTGAAGGGGTCTATGCTTCTGCCTCTTGTTATTTTTGTTATGTTCAATTT
GGATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGGCTTTTCTGGTTTATGAAAGATAATTACCA
AGCTTTTTGGTGCCAATAGACCCGTATCCTACATTTAAATTAATATTCTCGTAGTCATCT
ATACAAAAAAACTTGCTAC

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 6

CO CL1088Contig1 892 6 8 U
GGGATATACCAAAGATCTTTTTTTT*CATTAAAGCATTTGATAGGAGTACATCGTAAAGA
ACAACATACACGTCTATAACACGCGTTTAGAAAGTAAATACACAAAAGCCACGTGGCCAA
AAGATAAGAAGCAGGTGTGAACACAATATTCTTCACCGGAATTTTCTCTTTCTCCGTTTC
AGCTCAGCTACCGCCACCGTCTTCTTTACCATGAAGCCTTGTTTGTTCTTTAAAGTTTTG
TACTCCATCAGCTCCAATCTTCCGTCCAATCCGTCGCTAGAAAGAAAGACCCTTTTTCCT
CACCAGTTGATACAACAGGGAAGATTCAATTGACCTAAAAGATATTTTTTACCGGACCAT
CTTCGGGATGCCGGCTCTACTAAATATCTTCCAGACCAATCAGATAGATCCAACATCGCA
TCTTCCTTACCATCGAAGATACTTTACCCTTTAGCCAAACATAGGCAGGCTCCTATAAGG
ATGAGTAAAGATTGATTCTTCTAGAAAGGAGTGAGCGCATAATCAGAGAAGATAGTATCC
AACTTATAGCTAACGGGATATAACGATGTATTGCGGAAGAGGAGAACAAATCCGATTTTA
TAGTCGGATGCTTTATTACTGTCAACCAAAACAGAGATAAAACAAAGGATTGAAGAACCG
TTCTGTTTTGAGTTGAATCTAACACTGCAAAATCGCCATCGCGAAAGGGAAAATCGCCAA
AGCGAAGCCGATAATCGATCATAGATCGAAGGTATTTACATAAAACAAAAGAAAAGGATG
GTAACCGGCGACAAGAGTCACCGGCCACCGGTTTCGTCGATAATTGAAAAAGTGTTTTTA
GAGAGAAGTTGGAGAAAAATTCGGAAGAGAGAGAGAGAGTTTTGGGATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 0 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GB17JQ U 1
AF RR3EF05JQ U 8
AF RR3AI31JQ U 6
AF RR3GB17TF C 141
AF RR3AI31TF C 222
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BS 1 52 RR3GB17JQ
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BS 301 653 RR3GB17JQ
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BS 860 892 RR3AI31TF

RD RR3GB17JQ 653 0 0
GGGATATACCAAAGATCTTTTTTTT*CATTAAAGCATTTGATAGGAGTACATAGTAAAGA
ACAACATACACGTCTATAACACGCGTTTAGAAAGTAAATACACAAAAGCCACGTGGCCAA
AAGATAAGAAGCAGGTGTGAACACAATATTCTTCACCGGAATTTTCTCTTTCTCCGTTTC
AGCTCAGCTACCGCCACCGTCTTCTTTACCATGAAGCCTTGTTTGTTCTTTAAAGTTTTG
TACTCCATCAGCTCCAATCTTCCGTCCAATCCGTCGCTAGAAAGAAAGACCCTTTTTCCC
CACCAGTTGATACAACAGGGAAGATTCAATTGACCTAAAAGATATTTTTTACCGGACCAT
CTTCGGGATGCCGGCTCTACTAAATATCTTCCAGACCAATCAGATAGATCCAACATCGCA
TCTTCCTTACCATCGAAGATACTTTACCCTTTAGCCAAACATAGGCAGGCTCCTATAAGG
ATGAGTAAAGATTGATTCTTCTAGAAAGGAGTGAGCGCATAATCAGAGAAGATAGTATCC
AACTTATAGCTAACGGGATATAACGATGTATTGCGGAAGAGGAGAACAAATCCGATTTTA
TAGTCGGATGCTTTATTACTGTCAACCAAAACAGAGATAAAACAAAGGATTGA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3EF05JQ 772 0 0
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ACACGTCTATAACACGCGTTTAGAAAGTAAATACACAAAAGCCACGTGGCCAAAAGATAA
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CTACCGCCACCGTCTTCTTTACCATGAAGCCTTGTTTGTTCTTTAAAGTTTTGTACTCCA
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ATGCCGGCTCTACTAAATATCTTCCAGACCAATCAGATAGATCCAACATCGCATCTTCCT
TACCATCGAAGATACTTTACCCTTTAGCCAAACATAGGCAGGCTCCTATAAGGATGAGTA
AAGATTGATTCTTCTAGAAAGGAGTGAGCGCATAATCAGAGAAGATAGTATCCAACTTAT
AGCTAACGGGATATAACGATGTATTGCGGAAGAGGAGAACAAATCCGATTTTATAGTCGG
ATGCTTTATTACTGTCAACCAAAACAGAGATAAAACAAAGGATTGAAGAACCGTTCTGTT
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CCGATAATCGATCATAGATCGA*GGTATTTACATAAAACAAAAGAAAAGGAT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3AI31JQ 776 0 0
AT
ACCAAAGATCTTTTTTTT*CATTAAAGCATTTGATAGGAGTACATCGTAAAGAACAACAT
ACACGTCTATAACACGCGTTTAGAAAGTAAATACACAAAAGCCACGTGGCCAAAAGATAA
GAAGCAGGTGTGAACACAATATTCTTCACCAGAATTTTCTCTTTCTCCGTTTCAGCTCAG
CTACCGCCACCGTCTTCTTTACCATGAAGCCTTGTTTGTTCTTTAAAGTTTCGTACTCCA
TCAGCTCCAATCTTCCGTCCAATCCGTCGCTAGAAAGAAAGACCCTTTTTCCTCACCAGT
TGATACAACAGGGAAGCTTCAATTGACCTAAAAGATATTTTTTACCGGACCATCTTCGGG
ATGCCGGCTCTACTAAATATCTTCCAGACCAATCAGATAGATCCAACATCGCATCTTCCT
TACCATCGAAGATACTTTACCCTTTAGCCAAACATAGGCAGGCTCCTATAAGGATGAGTA
AAGATTGATTCTTCTAGAAAGGAGTGAGCGCATAATCAGAGAAGATGGTATCCAACTTAT
AGCTAACGGGATATAACGATGTATTGCGGAAGAGGAGAACAAATCCGATTTTATAGTCGG
ATGCTTTATTACTGTCAACCAAAACAGAGATAAAACAAAGGATTGAAGAACCGTTCTGTT
TTGAGTTGAATCTAACACTGCAAAATCGCCATCGCGAAAGGGAAAATCGCCAAAGCGAAG
CCGATAATCGATCATAGATCGAAGGTATTTACATAAAACAAAAGAAAAGGATGG

QA 3 776 3 776
DS 

RD RR3GB17TF 719 0 0
ACACAATATTCTTCAC**GGATTTTCTCTT*CTCCGTTTCAGCTCAGCTACCGCCACTGT
CTTCTTTACCATGAAGC*TTGTTTGTTCTTTAAAGTTTTGTACTCCATCAGCTCCAATCT
TCCGTCCAATCCGTCGCTAGAAAGAAAGACCCTTTTTCCCCACCAGTTGATACAACAGGG
AAGATTCAATTGACCTAAAAGATATTTTTTACCGGACCATCTTCGGGATGCCGGCTCTAC
TAAATATCTTCCAGACCAATCAGATAGATCCAACATCGCATCTTCCTTACCATCGAAGAT
ACTTTACCCTTTAGCCAAACATAGGCAGGCTCCTATAAGGATGAGTAAAGATTGATTCTT
CTAGAAAGGAGTGAGCGCATAATCAGAGAAGATAGTATCCAACTTATAGCTAACGGGATA
TAACGATGTATTGCGGAAGAGGAGAACAAATCCGATTTTATAGTCGGATGCTTTATTACT
GTCAACCAAAACAGAGATAAAACAAAGGATTGAAGAACCGTTCTGTTTTGAGTTGAATCT
AACACTGCAAAATCGCCATCGCGAAAGGGAAAATCGCCAAAGCGAAGCCGATAATCGATC
ATAGATCGAAGGTATTTACATAAAACAAAAGAAAAGGATGGTAACCGGCGACAAGAGTCA
CCGGCCACCGGTTTCGTCGATAATTGAAAAAGTGTTTTTAGAGAGAAGTTGGAGAAAAA

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3AI31TF 671 0 0
TTTGTTCTTTAAAGTTTCGTACTCCATCAGCTCCAATCTTCCGTCCAATCCGTCGCTAGA
AAGAAAGACCCTTTTTCCTCACCAGTTGATACAACAGGGAAGCTTCAATTGACCTAAAAG
ATATTTTTTACCGGACCATCTTCGGGATGCCGGCTCTACTAAATATCTTCCAGACCAATC
AGATAGATCCAACATCGCATCTTCCTTACCATCGAAGATACTTTACCCTTTAGCCAAACA
TAGGCAGGCTCCTATAAGGATGAGTAAAGATTGATTCTTCTAGAAAGGAGTGAGCGCATA
ATCAGAGAAGATGGTATCCAACTTATAGCTAACGGGATATAACGATGTATTGCGGAAGAG
GAGAACAAATCCGATTTTATAGTCGGATGCTTTATTACTGTCAACCAAAACAGAGATAAA
ACAAAGGATTGAAGAACCGTTCTGTTTTGAGTTGAATCTAACACTGCAAAATCGCCATCG
CGAAAGGGAAAATCGCCAAAGCGAAGCCGATAATCGATCATAGATCGAAGGTATTTACAT
AAAACAAAAGAAAAGGATGGTAACCGGCGACAAGAGTCACCGGCCACCGGTTTCGTCGAT
AATTGAAAAAGTGTTTTTAGAGAGAAGTTGGAGAAAAATTCGGAAGAGAGAGAGAGAGTT
TTGGGATATCC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3EF05TF 621 0 0
TGTACTCCATCAGCTCCAATCTTCCGTCCAATCCGTCGCTAGAAAGAAAGACCCTTTTTC
CTCACCAGTTGATACAACAGGGAAGATTCAATTGACCTAAAAGATATTTTTTACCGGACC
ATCTTCGGGATGCCGGCTCTACTAAATATCTTCCAGACCAATCAGATAGATCCAACATCG
CATCTTCCTTACCATCGAAGATACTTTACCCTTTAGCCAAACATAGGCAGGCTCCTATAA
GGATGAGTAAAGATTGATTCTTCTAGAAAGGAGTGAGCGCATAATCAGAGAAGATAGTAT
CCAACTTATAGCTAACGGGATATAACGATGTATTGCGGAAGAGGAGAACAAATCCGATTT
TATAGTCGGATGCTTTATTACTGTCAACCAAAACAGAGATAAAACAAAGGATTGAAGAAC
CGTTCTGTTTTGAGTTGAATCTAACACTGCAAAATCGCCATCGCGAAAGGGAAAATCGCC
AAAGCGAAGCCGATAATCGATCATAGATCGAAGGTATTTACATAAAACAAAAGAAAAGGA
TGGTAACCGGCGACAAGAGTCACCGGCCACCGGTTTCGTCGATAATTGAAAAAGTGTTTT
TAGAGAGAAGTTGGAGAAAAA

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 7

CO CL1089Contig1 1414 7 10 U
GGACCAACTTAAAATTCTTTCTCCCCATTCGTTATCCAAACCGCATCTCTTCCCACAACT
ATGGAAACTAATTATTCTCCATTAGGGTTTCTAATTTCACTCTTCATCGTTGTTACTTTT
CTTGCACCACAAGTCAAATCTAGGGCTTTCTACGTATTTGGTGACTCTCTCGTCGACAAT
GGAAACAACGATTACTTAGTCACCACTGCTCGTGCCGACAACTACCCATATGGTATCGAT
TACCCGACCCGTCGACCCACCGGACGTTTCTCAAATGGCCTCAACATCCCCGACATTATC
AGTGAGGCTATAGGCATGCCGTCGACTCTGCCGTACCTTAGCCCGCAGCTCACCGGAGAA
AATCTTCTCGTAGGTGCTAACTTCGCCTCCGCCGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGA
ATTCAATTTGTAAACATAATTAGAATATCTAAGCAGTTCGAATACTTCCAACAGTACCAG
CAACGAGTGAGCGCATTGATCGGACCAGAAGCTACACAACAGCTAGTTAACCAAGCTCTT
GTCTTAATCACACTCGGTGGAAACGATTTCGTTAACAACTATTATCTCATTCCTTTCTCT
GCCCGCTCTCGCCAGTTCACGTTACCGAACTACGTTGTTTATCTCATTTCCGAATACGGA
AAGATCCTTAGGAAACTCTATGAGTTGGGTGCAAGACGGGTTCTAGTAACCGGAACTGGT
GCGATGGGATGTGCACCTGCGGAACTGGCTCAGCATAGTCGAAATGGCGAATGCTATGGT
GCTCTACAAACAGCAGCCGCTTTGTTCAATCCGCAATTAGTTAATTTGATCGCATCAGTC
AATGCTGAGATCGGTCAGGACGTTTTTGTAGCGGCCAATGCCTATCAAATGAACATGGAT
TATCTAACTAATCCAGAGCAATTCGGGTTTGTGACATCAAAGGTGGCATGTTGTGGACAA
GGACCGTACAATGGCATAGGACTATGCACACCAATCTCGAACTTATGTCCAAACAGAGAT
TTATATGCGTTTTGGGATGCGTTTCATCCGACAGAGAAAGCTAATAGGATCATTGTTAAT
CAGATCCTCACTGGTTCCTCCAAGTATATGCACCCTATGAACCTCAGTACCGTCATGCTC
TTGGATTCTTCTAGAATCTAATCTAAGTGAATTTATTTCAGTTAAATGTCAAGGCATTGC
CTCCTTTTGTAGTGTGCATTGTTGATTAATAACTTTGATCAGCATAATTAAAAAACTTTT
CGTGTTGGTGATGTGGTTTGATGTTTCTGCTTGTTGTACCTTGATGATTAGCTTAGTTTA
GTCATTTTTTTCATGCATGTGTGCCAACTATCATGTAATATTTGGAGTCATTGTTATATG
GTTTTCTGTTTTACTCGAGATTATTGATTCAACT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FR82TF U 5
AF RR3GZ80TF U 1
AF RR3AB95TF U 1
AF RR3GZ80JQ C 1093
AF RR3FN90TF U 624
AF RR3FN90JQ C 729
AF RR3FR82JQ C 912
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BS 346 680 RR3AB95TF
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BS 1331 1331 RR3FN90JQ
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G
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AACTAATTATTCTCCATTAGGGTTTCTAATTTCACTCTTCATCGTTGTTACTTTTCTTGC
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GACCCGTCGACCCACCGGACGTTTCTCAAATGGCCTCAACATCCCCGACATTATCAGTGA
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AGTGAGCGCATTGATCGGACCAGAAGCTACACAACAGCTAGTTAACCAAGCTCTTGTCTT
AATCACACTCGGTGGAAACGATTTCGTTAACAACTATTATCTCATTCCTTTCTCTGCCCG
CTCTCGCCAGTTCACGTTACCGAACTACGTTGTTTATCTCATTTCCGA
ATACGGAAA

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GGACC
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ACCACAAGTCAAATCTAGGGCTTTCTACGTATTTGGTGACTCTCTCGTCGACAATGGAAA
CAACGATTACTTAGTCACCACTGCTCGTGCCGACAACTACCCATATGGTATCGATTACCC
GACCCGTCGACCCACCGGACGTTTCTCAAATGGCCTCAACATCCCCGACATTATCAGTGA
GGCTATAGGCATGCCGTCGACTCTGCCGTACCTTAGCCCGCAGCTCACCGGAGAAAATCT
TCTCGTAGGTGCTAACTTCGCCTCCGCCGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGAATTCA
ATTTGTAAACATAATTAGAATATCTAAGCAGTTCGAATACTTCCAACAGTACCAGCAACG
AGTGAGCGCATTGATCGGACCAGAAGCTACACAACAGCTAGTTAACCAAGCTCTTGTCTT
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CTCTCGCCAGTTCACGTTACCGAACTACGTTGTTTATCTCATTTCCGA
TAC

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TACCCGACCCGTCGACCCACCGGACGTTTCTCAAATGGCCTCAACATCCCCGACATTATC
AGTGAGGCTATAGGCATGCCGTCGACTCTGCCGTACCTTAGCCCTCAGCTCACCGGAGAA
AATCTTCTCGTAGGTGCTAACTTCGCCTCCGCCGGAATTGGAATCCTCAACGACACTGGA
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G
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CATCCGACAGAGAAAGCTAATAGGATCATTGTTAATCAGATCCTCACTGGTTCCTCCAAG
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TTTTACTCGAGATTATTGATTC
T

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TTGGGATGCGCTTCATCCGACAGAGAAAGCTAATAGGATCATTGTTAATCAGATCCTCAC
TGGTTCCTCCAAGTATATGCACCCTATGAACCTCAGTACCGTCATGCTCTTGGATTCTTT
TAGAATCTAATTTAAGTGAATTTATTTCAGTTAAATGTCAAGGCATTGCCCCCTTTTGTA
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CATGTATGTGTGCCAACTATCATGTAATATTTGGAGTCATTGTTATATGGTTTTCTGTTT
TACTCGAGATTATTGATTCAACT

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 5

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AACAATAATGGAGCCACTTAGCCCAGTGTCCCGGCTGTTTGTTTCGCCCGGTTTCTATGG
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TCCCGACATTGATCCATCCGACATTACAAATCCTGATCAATTTATAGAAGACTATACGTC
AAACATAGCTAATACTCCAATGGACATGTCAAAACCTTTATGGGAATTTCATGTACTGAA
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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C272TF U 10
AF RR3E087TF U 1
AF RR3C272JQ C 50
AF RR3B087TF U 7
AF RR3E087JQ C 118
BS 1 712 RR3E087TF
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BS 714 741 RR3E087TF
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BS 844 870 RR3B087TF
BS 871 956 RR3E087JQ

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GGAGT
AAAAAAAAGATC*AGAAGACATGGCGAGAGAGAAGCAAGCAGAGATAACAATAATGGAGC
CACTTAGCCCAGTGTCCCGGCTGTTTGTTTCGCCCGGTTTCTATGGCGTCATTGTCTTTA
CCTTAGGGTTTAAAACTAGATGCAACTCATCTGCCATTGTTGAAGGTATCAAGAACACAT
GGATCAAGCTTCCCCGCTTCTCTAGCAAAGTGGTAATGGACGACAAGAAAAATGGAGAAG
CGGTTTGGCTTCCTGTTAGTGTTCGAGTAGAAGATCACCTTTTTGTTCCCGACATTGATC
CATCCGACATTACAAATCCTGATCAATTTATAGAAGACTATACGTCAAACATAGCTAATA
CTCCAATGGACATGTCAAAACCTTTATGGGAATTTCATGTACTGAATATAAAGACATCAA
ACGCAGAATCTTTAGGTATAGGGAAGTTCCGTCACTCACTGGGCGATGGGATGTCTCTTA
TGTCTCTTCTGTATGCTAGTTCAAGAAAAATATCAGACCCCAATGCTCTTCCTACTACTG
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TTATGATAAGAGTCATTTTTACAACTTTTATTGAACTTTTTAAGTCCCTCCTTACACTAT
GTTTTATGCGTGATAATAAAACTCCTCTCATGGGTAAAACGGGAGA

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DS 

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AACAATAATGGAGCCACTTAGCCCAGTGTCCCGGCTGTTTGTTTCGCCCGGTTTCTATGG
CGTCATTGTCTTTACCTTAGGGTTTAAAACTAGATGCAACTCATCTGCCATTGTTGAAGG
TATCAAGAACACATGGATCAAGCTTCCCCGCTTCTCTAGCAAAGTGGTAATAGACGATAA
GAAAAATGGAGAAGCGGTTTGGCTTCCTGTTAGTGTTCGAGTAGAAGATCACGTTTTTGT
TCCCGACATTGATCCATCCGACATTACAAATCCTGATCAATTTATAGAAGACTATACGTC
AAACATAGCTAATACTCCAATGGACATGTCAAAACCTTTATGGGAATTTCATGTACTGAA
TATAAAGACATCAAACGCAGAATCTTTAGGTATAGGGAAGTTCCATCACTCACTGGGCGA
TGGGATGTCTCTTATGTCTCTTCTGTATGCTAGTTCAAGAAAAATATCAGACCCCAGTGC
TCTTCCTACTACTGCTTCTACAAGAAAACAAGTTGGTTCCAATGATAGTTGGTGGTTGGT
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CCTCCTTACACTATGTTTTATGCGTGATAATAAAACTCCTCTCATGGGTAAA*CGGGAGA
CCGAAATGGACCTAGAAAGAT*ATCCATCGGATAATAAGCTTTGA

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DS 

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GGTTTCTATGGCGTCATTGTCTTTACCTTAGGGTTTAAAACTAGATGCAACTCATCTGCC
ATTGTTGAAGGTATCAAGAACACATGGATCAAGCTTCCCCGCTTCTCTAGCAAAGTGGTA
ATGGACGACAAGAAAAATGGAGAAGCGGTTTGGCTTCCTGTTAGTGTTCGAGTAGAAGAT
CACCTTTTTGTTCCCGACATTGATCCATCCGACATTACAAATCCTGATCAATTTATAGAA
GACTATACGTCAAACATAGCTAATACTCCAATGGACATGTCAAAACCTTTATGGGAATTT
CATGTACTGAATATAAAGACATCAAACGCAGAATCTTTAGGTATAGGGAAGTTCCGTCAC
TCACTGGGCGATGGGATGTCTCTTATGTCTCTTCTGTATGCTAGTTCAAGAAAAATATCA
GACCCCAATGCTCTTCCTACTACTGCTTCTACAAGAAAACAAGTTGGTTCCAATGATAGT
TGGTGGTTGGTTGCAAGATTCTGGTTTATGATAAGAGTCATTTTTACAACTTTTATTGAA
CTTTTTAAGTCCCTCCTTACACTATGTTTTATGCGTGATAATAAAACTCCTCTCATGGGT
AAAACGGGAGACCGAAATGGACCTAGAAAGATTATCCATCGGATAATAAGCTTTGATGAT
GTCAAGTTTGTGAAGAACACAATGAAAATGGTAGATCTTTAGT

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DS 

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GGATAGTA
AAAAAAAAGATCGAGAAGACATGGCGAGAGAGAAGCAAGCAGAGATAACAATAATGGAGC
CACTTAGCCCAGTGCCCCGGCTGTTTGTTTCGCCCGGTTTCTATGGCGTCATTGTCTTTA
CCTTAGGGTTTAAAACTAGATGCAACTCATCTGCCATTGTTGAAGGTATCAAGAACACAT
GGATCAAGCTTCCCCGCTTCTCTAGCAAAGTGGTAATAGACGATAAGAAAAATGGAGAAG
CGGTTTGGCTTCCTGTTAGTGTTCGAGTAGAAGATCACGTTTTTGTTCCCGACATTGATC
CATCCGACATTACAAATCCTGATCAATTTATAGAAGACTATACGTCAAACATAGCTAATA
CTCCAATGGACATGTCAAAACCTTTATGGGAATTTCATGTACTGAATATAAAGACATCAA
ACGCAGAATCTTTAGGTATAGGGAAGTTCCATCACTCACTGGGCGATGGGATGTCTCTTA
TGTCTCTTCTGTATGCTAGTTCAAGAAAAATATCAGACCCCAGTGCTCTTCCTACTACTG
CTTCTACAAGAAAACAAGTTGGTTCCAATGATAGTTGGTGGTTGGTTGCAAGATTCTGGT
TTATGATAAGAGTCATTTTTACAACTTTTATTGAACTGTTTAAGTCCCTCCTTACACTAT
GTTTTATGCGTGATAATAAAACTCCTCTCATGGGTAAAACGGGAGACCGAAATGGACCTA
GAAAGATTATCCATCGGATAATAAGCTTTGATGATGTCAAGTTTGTGAAGAACACAATGA
AAATGGTAGATCATTAGTAAACTTTTACCAGTTCTCTTTATATTGATCTTTAGTTTCGTT
TTCTAAACAGTGTATG

QA 9 864 9 864
DS 

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TAAGAAAAATGGAGAAGCGGTTTGGCTTCCTGTTAGTGTTCGAGTAGAAGATCACGTTTT
TGTTCCCGACATTGATCCATCCGACATTACAAATCCTGATCAATTTATAGAAGACTATAC
GTCAAACATAGCTAATACTCCAATGGACATGTCAAAACCTTTATGGGAATTTCATGTACT
GAATATAAAGACATCAAACGCAGAATCTTTAGGTATAGGGAAGTTCCATCACTCACTGGG
CGATGGGATGTCTCTTATGTCTCTTCTGTATGCTAGTTCAAGAAAAATATCAGACCCCAG
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GGTTGCAAGATTCTGGTTTATGATAAGAGTCATTTTTACAACTTTTATTGAACTGTTTAA
GTCCCTCCTTACACTATGTTTTATGCGTGATAATAAAACTCCTCTCATGGGTAAAACGGG
AGACCGAAATGGACCTAGAAAGATTATCCATCGGATAATAAGCTTTGATGAAGTCAAGTT
TGTGAAGAACACAATGAAAATGGTAGATCATTAGTAAACTTTTACCAGTTCTCTTTATAT
TGATCGTTAGTTTCGTTTTCTAAACAGTGTATGTCTTCTTGTAGAAAGTGAATGATGTTT
TTCTTGGAATGACACAGGCAGGTCTCTCAAGATATTTGAGTAAAAAATATGGTAATTTC

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DS 



AS 2 7

CO CL1091Contig1 1105 4 16 U
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GAAGGATCAAAGTAATACAGAAACTGTAATCTGCATATTGCCAGTCAGATACATATCTCT
GATACTTTTGTCTTAGAACTATAGGAAAGATGAGAAACAAGAAGAAAGACCAACCTAAAA
AGTAAACAGACACCTAAAACAGGAGACAATTATAAAAAAAGCCTATGAACAAATACTCTA
TACAAACACTAGACTCGAAGAGAAACTAAGACCTGTTAAGAAAGATATTTCGACCTTGCC
CCTTGAAAAAATAAGGGAAGATTCGAAACGGTTTCATAACGAAGATGCGTTTCTTCATCT
TCTCGACTCATCGACTGTAGATGATTTATTACTGAAGATTCGATCCGAAAATGGAACAGT
TTTGGACAACAGCGGAACATCGGCGATTGAGATGAGCCATAAGCGGTCACGCAATAGCGA
TGTCTAGGCGGAGTATCCTGATGAGTTCGCTGGTAGCGTTGGTGGCTTGGAACAGAGAGA
CGCTCTTCTTCGCGGCGAAAAAGGCCGGAAGAGGGACGTCGCTAGGAGGAGGAGATGTCA
TGGTCACGGGACCGGCGTAAAACGGCACCGTCTTCGATTTGCGGGCGGGTAAACGGATCT
GACTCGGAATCATTCCCGGATCCGGTCCGATCCTACGAGTGGAGACAAGATCTGGCTTTT
CCACGACCAGATCTACTGATGTCTTCTTAGGGATCTCCTCGCCGCGCTTCAGGATTCTAA
CCTGGCCAACGTTGTTGTTGTTAGGGCTCTTCTTCGCCGCAGCGAGAGGAGGAAGCGGCG
GCGATACAGGAGGAGATGGTGAGGTTTGTTTTCGCGGCGGGCTACGGCGCGTGCGGTTCG
AAACCGGTTTTTTCTGCCTGTTGGGGCATGCGCTAGGGTTGCGAGGATGTTTCATGTGAG
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AAGGAGATGAATACATGTGTGGTCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3DF14JQ U 2
AF RR3EY59JQ U 1
AF RR3DF14TF C 362
AF RR3EY59TF C 968
BS 1 14 RR3EY59JQ
BS 15 15 RR3DF14JQ
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RD RR3DF14JQ 561 0 0
GA
AGCCAAATAAAACTTAATTTTTATTTAATATAAAGATGCAAATACTGATCTTACATCGAA
GGATCAAAGTAATACAGAAACTGTAATCTGCATATTGCCAGTCAGATACATATCTCTGAT
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AAACAGACACCTAAAACAGGAGACAATTATAAAAAAAGCCTATGAACAAATACTCTATAC
AAACACTAGACTCGAAGAGAAACTAAGACCTGTTAAGAA*GATATTTCGACCTTGCCCCT
TGAAAAAATAAGGGAAGATTCGAAACGGTTTCATAACGAAGATGCGTTTCTTCATCTTCT
CGACTCATCGACTGTAGATGATTTATTACTGAAGATTCGATCCGAAAATGGAACAGTTTT
GGACAACAGCGGAACATCGGCGATTGAGATGAGCCATAAGCGGTCACGCAATAGCGATGT
CTAGGCGGAGTATCCTGATGAGTTCGCTGGTAGCGTTGGTGGCTTGGAACAGAGAGACGC
TCTTCTTCGCGGCGAAAAA

QA 3 561 3 561
DS 

RD RR3EY59JQ 746 0 0
AAAAGCCAAATAAA*CTTAATTTTTATTTAATATAAAGATGCAAATACTGATCTTACATC
GAAGGATCAAAGTAATACAGAAACTGTAATCTGCATATTGCCAGTCAGATACATATCTCT
GATACTTTTGTCTTAGAACTATAGGAAAGATGAGAAACAAGAAGAAAGACCAACCTAAAA
AGTAAACAGACACCTAAAACAGGAGACAATTATAAAAAAAGCCTATGAACAAATACTCTA
TACAAACACTAGACTCGAAGAGAAACTAAGACCTGTTAAGAAAGATATTTCGACCTTGCC
CCTTGAAAAAATAAGGGAAGATTCGAAACGGTTTCATAACGAAGATGCGTTTCTTCATCT
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TCACCATCTCCTCCTGTATCGCCGCCGCTTCCTCCTCTCGCTGCGGCGAAGAAGAGCCCT
AACAACAACAACGTTGGCCAGGTTAGAATCCTGAAGCGCGGCGAGGAGATCCCTAAGAAG
ACATCAGCAGATCTGGTCGTGGAAAAGCCAGATCTTGTCTCCACTCGTAGGATCGGACCG
AATCCGGAAATGATTCCGAGTCAGATCCGTTTACCCGCCCGCAAATCGAAGACGGCACCG
TTTTACGCCGGTCCCGTGACCATGACATCTCCTCCTCCGAGCGATGTCCCTCTTCCGGCC
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ATCAAGATTCTCCGCCTAGACATCGCGATCGCTTGACCGCTTATGTCTCATTTCAATCTG
AGATCAATCGCGCCGATGTTTCCGCCGTTGTCCAAAACTGTTCCATTTTCGGATCGAATC
TTCAGTAATAAAATCATCTACAGTCGATGAGTCGTCGAGAAGATGAAGAAACGCATCCTC
GTTATGAAACCGTTTCGAATCTTCCCTTATTTTTTCAAGGGGCAAGGTCGAAATATCTTC
TTAACAGGTCTTAGTTTCTCTTCGAGTCTAGTGTTTGTATAGAGTACTTGTTCATAGGCT
TTTTTATAATTGTCTCCCGTTTTAGGTGTCTGTTTACTTTTTAGGTTGGTCTTTCTTCTT
GTTTCTCATCTTTCCTATAGTTCTAAGACAAAAGTATCAGAGATATGTATCTGACTGGCA
ATATGCTGATTACTGTTTCTGTATTACTTTGATCCTTCGATGTAAGATCAGTATTTCCAT
CTTTATATTAATTGAAATTAAGTTTTATTTGGCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3GP85JQ C 396
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DS 

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AATAAAATCATCTACAGTCGATGAGTCGTCGAGAAGATGAAGAAACGCATCCTCGTTATG
AAACCGTTTCGAATCTTCCCTTATTTTTTCAAGGGGCAAGGTCGAAATATCTTCTTAACA
GGTCTTAGTTTCTCTTCGAGTCTAGTGTTTGTATAGAGTACTTGTTCATAGGCTTTTTTA
TAATTGTCTCCTGTTTTAGGTGTCTGTTTACTTTTTAGGTTGGTCTTTCTTCTTGTTTCT
CATCTTTCCTATAGTTCTAAGACAAAAGTATCAGAGATATGTATCTGACTGGCAATATGC
TGATTACTGTTTCTGTATTACTTTGATCCTTCGATGTAAGATCAGTATTTCCATCTTTAT
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QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 7

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TCCTCCATATCTTAACAATTTCATAGCAAACCCTAAAACTGAGTAATAGAGAGAGCTTGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGTAGAGGGAAGATAGAGATAAAGAGGATAGAAAACGCAA
ACAACAGAGTGGTGACGTTCTCAAAGAGGAGGAATGGGTTGGTGAAGAAGGCCAAAGAGA
TCACTGTTCTTTGCGATGCAAAAGTTGCTCTCATAGTCTTTGCAAGTAATGGTAAGATGA
CTGATTATTGTTGTCCTTCCATGGATCTTGGTGCTATGCTGGACCAATACCAGAAGTTAT
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CAAGAGGAATGATGATGAGGGATCACGATGGACAATTTGGATATAGAGTCCAGCCGATTC
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BQ
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 5 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3GD12TF U 1
AF RR3A695TF U 1
AF RR3FL68TF U 1
AF RR3EO48TF U 12
AF RR3A695JQ C 139
AF RR3EO48JQ C 330
AF RR3GD12JQ C 363
BS 1 399 RR3A695TF
BS 400 400 RR3FL68TF
BS 401 684 RR3A695TF
BS 685 721 RR3FL68TF
BS 722 722 RR3EO48TF
BS 723 726 RR3FL68TF
BS 727 727 RR3A695JQ
BS 728 734 RR3FL68TF
BS 735 735 RR3A695JQ
BS 736 742 RR3FL68TF
BS 743 743 RR3A695JQ
BS 744 758 RR3FL68TF
BS 759 780 RR3EO48TF
BS 781 953 RR3A695JQ

RD RR3GD12TF 576 0 0
GGAATGTTCCTTTGAGACCAATGCTCCTCCTTTTCTTCTTCATATAAACCACATATCCTC
TCCTCCATATCTTAACAATTTCATAGCAAACCCTAAAACTGAGTAATAGAGAGAGCTTGA
GAGAGAGAGAGAGAGA**TGGGTAGAGGGAAGATAGAGATAAAGAGGATAGAAAACGCAA
ACAACAGAGTGGTGACGTTCTCAAAGAGGAGAAATGGGTTGGTGAAGAAGGCCAAAGAGA
TCACTGTTCTTTGCGATGCAAAAGTTGCTCTCATAGTCTTTGCAAGTAATGGTAAGATGA
CTGATTATTGTTGTCCTTCCATGGATCTTGGTGCTATGCTGGACCAATACCAGAAGTTAT
CTGGTAAAAAACTATGGGATGCTAAGCATGAGAACCTCAGCAATGAGATTGATAGGATCA
AGAAAGAGAATGATAACTTGCAACTTGAGCTCAGGCACTTGAAGGGGGAAGATATACAGT
CTCTCAACTTAAAAAACCTGATGGCCGTAGAGCATGCCATTGAACACGGCCTAGACAAAG
TCCGAGACCACCAGATGGAGTACCTCATGACAAAAA

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3A695TF 684 0 0
GGAATGTTCCTTTGAGACCAATGCTCCTCCTTTTCTTCTTCATATAAACCACATATCCTC
TCCTCCATATCTTAACAATTTCATAGCAAACCCTAAAACTGAGTAATAGAGAGAGCTTGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGTAGAGGGAAGATAGAGATAAAGAGGATAGAAAACGCAA
ACAACAGAGTGGTGACGTTCTCAAAGAGGAGGAATGGGTTGGTGAAGAAGGCCAAAGAGA
TCACTGTTCTTTGCGATGCAAAAGTTGCTCTCATAGTCTTTGCAAGTAATGGTAAGATGA
CTGATTATTGTTGTCCTTCCATGGATCTTGGTGCTATGCTGGACCAATACCAGAAGTTAT
CTGGCAAAAAACTATGGGATGCTAAGCATGAGAACCTCAACAATGAGATTGATAGGATCA
AGAAAGAGAATGATAACTTGCAACTTGAGCTCAGGCACTTGAAGGGGGAAGATATACAGT
CTCTCAACTTAAAAAACCTGATGGCCGTAGAGCATGCCATTGAACACGGCCTAGACAAAG
TCCGAGACCACCAGATGGAGTACCTCATGACAAAAAGGAGAAATGAGAAAATGTTGGCGG
AGGAGAATAGGCAACTCAGTTTCCAGCTGCAACAACAGGAGATGGCTATAGCTAGCAACG
CAAGAGGAATGATGATGAGGGATC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3FL68TF 758 0 0
GGAATGTTCCTTTGAGACCAATGCTCCTCCTTTTCTTCTTCATATAAACCACATATCCTC
TCCTCCATATCTTAACAATTTCATAGCAAACCCTAAAACTGAGTAATAGAGAGAGCTTGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGATGGGTAGAGGGAAGATAGAGATAAAGAGGATAGAAAACGCAA
ACAACAGAGTGGTGACGTTCTCAAAGAGGAGGAATGGGTTGGTGAAGAAGGCCAAAGAGA
TCACTGTTCTTTGCGATGCAAAAGTTGCTCTCATAGTCTTTGCAAGTAATGGTAAGATGA
CTGATTATTGTTGTCCTTCCATGGATCTTGGTGCTATGCTGGACCAATACCAGAAGTTAT
CTGGCAAAAAACTATGGGATGCTAAGCATGAGAACCTCAGCAATGAGATTGATAGGATCA
AGAAAGAGAATGATAACTTGCAACTTGAGCTCAGGCACTTGAAGGGGGAAGATATACAGT
CTCTCAACTTAAAAAACCTGATGGCCGTAGAGCATGCCATTGAACACGGCCTAGACAAAG
TCCGAGACCACCAGATGGAGTACCTCATGACAAAAAGGAGAAATGAGAAAATGTTGGCGG
AGGAGAATAGGCAACTCAGTTTCCAGCTGCAACAACAGGAGATGGCTATAGCTAGCA*CG
CAAGAGGAATGATGATGAGGGATCACGATGGACAATTTGGATATAGAGTCCAGCCGATTC
ACCCAA*TCTTCAG*AAAAGAT*ATGTCTTTGGTCATC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3EO48TF 769 0 0
GG
GAGACCAATGCTCCTCCTTTTCTTCTTCATATAAACCACATATCCTCTCCTCCATATCTT
AACAATTTCATAGCAAACCCTAAAACTGAGTAATAGAGAGAGCTTGAGAGAGAGAGAGAG
A****TGGGTAGAGGGAAGATAGAGATAAAGAGGATAGAAAACGCAAACAACAGAGTGGT
GACGTTCTCAAAGAGGAGGAATGGGTTGGTGAAGAAGGCCAAAGAGATCACTGTTCTTTG
CGATGCAAAAGTTGCTCTCATAGTCTTTGCAAGTAATGGTAAGATGACTGATTATTGTTG
TCCTTCCATGGATCTTGGTGCTATGCTGGACCAATACCAGAAGTTATCTGGCAAAAAACT
ATGGGATGCTAAGCATGAGAACCTCAGCAATGAGATTGATAGGATCAAGAAAGAGAATGA
TAACTTGCAACTTGAGCTCAGGCACTTGAAGGGGGAAGATATACAGTCTCTCAACTTAAA
AAACCTGATGGCCGTAGAGCATGCCATTGAACACGGCCTAGACAAAGTCCGAGACCACCA
GATGGAGTACCTCATGACAAAAAGGAGAAATGAGAAAATGTTGGCGGAGGAGAATAGGCA
ACTCAGTTTCCAGCTGCAACAACAGGAGATGGCTATAGCTAGCAACGCAAGAGGA*TGAT
GATGAGGGATCACGATGGACAATTTGGATATAGAGTCCAGCCGATTCAGTCAA*TCTTCA
G*AAA*GAT*ATGTCTTTGGTCATCGATTGATCATCGAGATTTGTAA

QA 3 769 3 769
DS 

RD RR3A695JQ 815 0 0
TGGGTAGAGGGAAGATAGAGATAAAGAGGATAGAAAACGCAAACAACAGAGTGGTGACGT
TCTCAAAGAGGAGGAATGGGTTGGTGAAGAAGGCCAAAGAGATCACTGTTCTTTGCGATG
CAAAAGTTGCTCTCATAGTCTTTGCAAGTAATGGTAAGATGACTGATTATTGTTGTCCTT
CCATGGATCTTGGTGCTATGCTGGACCAATACCAGAAGTTATCTGGCAAAAAACTATGGG
ATGCTAAGCATGAGAACCTCAACAATGAGATTGATAGGATCAAGAAAGAGAATGATAACT
TGCAACTTGAGCTCAGGCACTTGAAGGGGGAAGATATACAGTCTCTCAACTTAAAAAACC
TGATGGCCGTAGAGCATGCCATTGAACACGGCCTAGACAAAGTCCGAGACCACCAGATGG
AGTACCTCATGACAAAAAGGAGAAATGAGAAAATGTTGGCGGAGGAGAATAGGCAACTCA
GTTTCCAGCTGCAACAACAGGAGATGGCTATAGCTAGCAACGCAAGAGGAATGATGATGA
GGGATCACGATGGACAATTTGGATATAGAGTCCAGCCGATTCAGCCAAATCTTCAGGAAA
AGATTATGTCTTTGGTCATCGATTGATCATCGAGACTTGTAATCTCATCACCAATCTACT
ATCTATTCCCTTTGTCTTTATGAATGTGTGTGTCTCCTTTCAATCTCGAGCCGCCTATGT
ACTCCCTTTACGACACTTACTTAAGCTTATATGTGTGTTGTTTGCTTATGAAAACTCTAT
GTATGTGTTGTTTGCTTAATTAAACGTTTGAAACG

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR3EO48JQ 624 0 0
GGTGCTATGCTGGACCAATACCAGAAGTTATCTGGCAAAAAACTATGGGATGCTAAGCAT
GAGAACCTCAGCAATGAGATTGATAGGATCAAGAAAGAGAATGATAACTTGCAACTTGAG
CTCAGGCACTTGAAGGGGGAAGATATACAGTCTCTCAACTTAAAAAACCTGATGGCCGTA
GAGCATGCCATTGAACACGGCCTAGACAAAGTCCGAGACCACCAGATGGAGTACCTCATG
ACAAAAAGGAGAAATGAGAAAATGTTGGCGGAGGAGAATAGGCAACTCAGTTTCCAGCTG
CAACAACAGGAGATGGCTATAGCTAGCAACGCAAGAGGAATGATGATGAGGGATCACGAT
GGACAATTTGGATATAGAGTCCAGCCGATTCAGTCAAATCTTCAGGAAAAGATTATGTCT
TTGGTCATCGATTGATCATCGAGATTTGTAATCTCATCACCAATCTACTATCTATTCCCT
TTGTCTTTATGAATGTGTGTGTCTCCTTTCAATCTCGAGCCGCCTATGTACTCCCTTTAC
GACACTTACTTAAGCTTATATGTGTGTTGTTTGCTTATGAAAACTCTATGTATGTGTTGT
TTGCTTAATTAAACGTTTGAAAC
T

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3GD12JQ 543 0 0
GGT
AAAAAACTATGGGATGCTAAGCATGAGAACCTCAGCAATGAGATTGATAGGATCAAGAAA
GAGAATGATAACTTGCAACTTGAGCTCAGGCACTTGAAGGGGGAAGATATACAGTCTCTC
AACTTAAAAAACCTGATGGCCGTAGAGCATGCCATTGAACACGGCCTAGACAAAGTCCGA
GACCACCAGATGGAGTACCTCATGACAAAAAGGAGAAATGAGAAAATGTTGGCGGAGGAG
AATAGGCAACTCAGTTTCCAGCTGCAACAACAGGAGATGGCTATAACTAGCAACGCAAGA
GGAATGATGATGAGGGATCACGATGGACAATTTGGATATAGAGTCCAGCCGATTCAGCCA
AATCTTCAGGAAAAGATTATGTCTTTGGTCATCGATTGATCATCGAGATTTGTAATCTCA
TCACCAATCTACTATCTATTCCCCTTGTCTTTATGAATGTGTGTGTCTCCTTTCAATCTC
GAGCCGCCTATGTACTCCCTTTACGACCCTTACTTAAGCTTATATGTGTGTTGTTTGCTT

QA 4 543 4 543
DS 



AS 3 7

CO CL1093Contig1 657 2 2 U
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ACATAACAATTTTCTTTATTTTAACATATCACCAAATCTTGGGTTTTCTCAAAAGATGTT
GCATCATCAACTTCGATATTACAAGGCCAACTTAAATCCTACCAATATCCTCGTCCTCAA
ACTCAACGTAATCATCAACATTATTATCGTCATCTTCATCAAGATCACCAACAATGCCTT
CATTAAGACGGGTATTCTCAGGAAGCTCACCATAGGCCTTGAGAAGCCTGGCTTCATCAA
ACATGTACTTGAGGATGACGTCTGCTTTGTCATCTTGGTAGTCCCTCAGGCCAACAAGGA
CGATGTCACCGGCTGCGATCCAAACCTTCATGTGCATCTTACCACGGATATGGCAAAAAC
GTTTGGTGCCGTCAATGCACATGGCTTCGCATCGGCCATTGCCGAGCATGCGGAGGACTT
GAGCGTATTCTTGGCCATCTTCTTTAAAGATAAGCTCACGCTTCTCGTCATCAGCTTCGT
TCTTTCCTCTCTTCCTGTTCTTTCCTCCTTTTCCCTTGTTCTTCGGCATGGTGTCGAACT
ACGGATGGATGGACCAAATTTTAAGCTAATCACGACGATCGTCGAAGTGACTCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3AE09TF C 1
AF RR3AE09JQ U 37
BS 1 36 RR3AE09TF
BS 37 657 RR3AE09JQ

RD RR3AE09TF 657 0 0
CTAAAGAACATGCTGTAAATTATTTGGGGGAATCAAATGACAGTAATAGAGATACGAAAC
ACATAACAATTTTCTTTATTTTAACATATCACCAAATCTTGGGTTTTCTCAGAAGATGTT
GCATCATCAACTTCGATATTACAAGGCCAACTTAGATCCTACCAATATCCTCGTCCTCAA
ACTCAACGTAATCATCAACATTATTATCGTCATCTTCATCAAGATCACCAACAATGCCTT
CATTAAGACGGGTATTCTCAGGAAGCTCACCATAGGCCTTGAGAAGCCTGGCTTCATCAG
ACATGTACTTGAGGATGACGTCTGCTTTGTCATCTTGGTAGTCCCTCAGGCCAACAAGGA
CGATGTCACCGGCTGCGATCCAGACCTTCATGTGCATCTTACCACGGATATGGCAGAGAC
GTTTGGTGCCGTCAATGCACATGGCTTCGCATCGGCCATTGCCGAGCATGCGGAGGACTT
GAGCGTATTCTTGGCCATCTTCTTTAAAGATAAGCTCACGCTTCTCGTCATCAGCTTCGT
TCTTTCCTCTCTTCCTGTTCTTTCCTCCTTTTCCCTTGTTCTTCGGCATGGTGTCGAACT
ACGGATGGATGGACCAAATTTTAAGCTAATCACGACGATCGTCGAAGTGACTCAT
CC

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3AE09JQ 621 0 0
ATGACAGTAATAGAGATACGAAACACATAACAATTTTCTTTATTTTAACATATCACCAAA
TCTTGGGTTTTCTCAAAAGATGTTGCATCATCAACTTCGATATTACAAGGCCAACTTAAA
TCCTACCAATATCCTCGTCCTCAAACTCAACGTAATCATCAACATTATTATCGTCATCTT
CATCAAGATCACCAACAATGCCTTCATTAAGACGGGTATTCTCAGGAAGCTCACCATAGG
CCTTGAGAAGCCTGGCTTCATCAAACATGTACTTGAGGATGACGTCTGCTTTGTCATCTT
GGTAGTCCCTCAGGCCAACAAGGACGATGTCACCGGCTGCGATCCAAACCTTCATGTGCA
TCTTACCACGGATATGGCAAAAACGTTTGGTGCCGTCAATGCACATGGCTTCGCATCGGC
CATTGCCGAGCATGCGGAGGACTTGAGCGTATTCTTGGCCATCTTCTTTAAAGATAAGCT
CACGCTTCTCGTCATCAGCTTCGTTCTTTCCTCTCTTCCTGTTCTTTCCTCCTTTTCCCT
TGTTCTTCGGCATGGTGTCGAACTACGGATGGATGGACCAAATTTTAAGCTAATCACGAC
GATCGTCGAAGTGACTCATCC

QA 1 621 1 621
DS 



CO CL1093Contig2 737 3 1 U
AGGGGATTAAAGAAAAGAAAAGTCATCTGGCGAGAACCAGAGCAACACGCAGCTACAACG
AAACTCAAATTCCTATAAAAAGAAAGAGAGAGAGACCTTTTGAGAAAAAATGAGTCACTT
CGACGATCGTCGTGATTAGCTTAAAATTTGGTCCATCCATCCGTAGTTCGACACCATGCC
GAAGAACAAGGGAAAAGGAGGAAAGAACAGGAAGAGAGGAAAGAACGAAGCTGATGACGA
GAAGCGTGAGCTTATCTTTAAAGAAGATGGCCAAGAGTACGCTCAAGTCCTCTGCATGCT
CGGCAATGGCCGATGCGAAGCCATGTGCATTGACGGCACCAAACGTCTCTGCCATATCCG
TGGTAAGATGCACAAGAAGGTCTGGATCGCAGCCTGTGACATCGTCCTTGTTGGCCTGAG
GGACTACCAAGATGACAAAGCTGACGTCATCCTCAAGTACATGTCTGATGAAGCCAGGCT
TCTCAAGGCCTATGGTGAGCTTCCTGAGAATACCCGTCTTAATGAAGGCATTGTTGGTGA
TCTTGATGAAGATGACGATAATAATGTTGATGATTACGTTGAGTTTGAGGACGAGGATAT
TGATAGGATCTAATTTGGCCTTGTAATATCGAAGTTGGATGATGCAACATCTTCTGAGAA
ACCCAAGATTTGGTGATATGTTAAATAAAGAAATTGTATGTGTTCGTATCTCTATTACTG
TCATTTGATTCCCCAAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE82TF U 1
AF RR3EE58JQ C 385
AF RR3EE58TF U 1
BS 1 737 RR3EE58TF

RD RR3EE82TF 520 0 0
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AAACTCAAATTCCTATAAAAAGAAAGAGAGAGAGACCTTTTGAGAAAAAATGAGTCACTT
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GAAGCGTGAGCTTATCTTTAAAGAAGATGGCCAAGAGTACGCTCAAGTCCTCTGCATGCT
CGGCAATGGCCGATGCGAAGCCATGTGCATTGACGGCACCAAACGTCTCTGCCATATCCG
TGGTAAGATGCACAAGAAGGTCTGGATCGCAGCCTGTGACATCGTCCTTGTTGGCCTGAG
GGACTACCAAGATGACAAAGCTGACGTCATCCTCAAGTACATGTCTGATGAAGCCAGGCT
TCTCAAGGCCTATGGTGAGCTTCCTGAGAATACCCGTCTT

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3EE58JQ 269 0 0
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AATATCGAAGTTGGATGATGCAACATCTT

QA 1 269 1 269
DS 

RD RR3EE58TF 737 0 0
AGGGGATTAAAGAAAAGAAAAGTCATCTGGCGAGAACCAGAGCAACACGCAGCTACAACG
AAACTCAAATTCCTATAAAAAGAAAGAGAGAGAGACCTTTTGAGAAAAAATGAGTCACTT
CGACGATCGTCGTGATTAGCTTAAAATTTGGTCCATCCATCCGTAGTTCGACACCATGCC
GAAGAACAAGGGAAAAGGAGGAAAGAACAGGAAGAGAGGAAAGAACGAAGCTGATGACGA
GAAGCGTGAGCTTATCTTTAAAGAAGATGGCCAAGAGTACGCTCAAGTCCTCTGCATGCT
CGGCAATGGCCGATGCGAAGCCATGTGCATTGACGGCACCAAACGTCTCTGCCATATCCG
TGGTAAGATGCACAAGAAGGTCTGGATCGCAGCCTGTGACATCGTCCTTGTTGGCCTGAG
GGACTACCAAGATGACAAAGCTGACGTCATCCTCAAGTACATGTCTGATGAAGCCAGGCT
TCTCAAGGCCTATGGTGAGCTTCCTGAGAATACCCGTCTTAATGAAGGCATTGTTGGTGA
TCTTGATGAAGATGACGATAATAATGTTGATGATTACGTTGAGTTTGAGGACGAGGATAT
TGATAGGATCTAATTTGGCCTTGTAATATCGAAGTTGGATGATGCAACATCTTCTGAGAA
ACCCAAGATTTGGTGATATGTTAAATAAAGAAATTGTATGTGTTCGTATCTCTATTACTG
TCATTTGATTCCCCAAT

QA 1 737 1 737
DS 



CO CL1093Contig3 750 2 2 U
GGGAAATAAAGAACATGCTGTAAATTATTTGGGGGAATCAAATGACAGTAATAGAGATAC
CAAACACATAACAATTTTCTTTATTTTAACATATCACCAAATCTTGGGTTTTCTCAAAAG
ATGTTGCATCATCCAACTTCCATATTACAAGGCCAAGCAAAACAAACTTAGATCCTATCA
ATATCCTCGTCCTCAAACTCAACGTAATCATCAACATTATTATCATCATCTTCATCAAGA
TCACCAACAATGCCTTCATTAAGACGGGTATTCTCAGGAAGCTCACCATAGGCCTTGAGA
AGCCTGGCTTCATCAGACATGTACTTAAGGATGACGTCAGCTTTGTCGTCCTGGTAGTCC
CTCAGGCCAACAAGGACGATGTCACCGGCTGCGATCCAGACCTTCTTGTGCATCTTACCA
CGGATATGGCAGAGACGTTTGGTGCCGTCAATGCACATGGCTTCGCATCGGCCATTGCCG
AGCATGCGGAGGACTTGAGCGTACTCTTGGCCATCTTCTTTAAAGATAAGCTCACGCTTC
TCGTCATCAGCTTCGTTCTTTCCTCTCTTCCTGTTCTTTCCTCCTTTTCCCTTGTTCTTC
GGCATGGTGTCTGTATCGAACTACGGATGGATGGACCAAATTTTAAGCTAATCACGACGA
TCGTCGAAGCGAATCAATTTTTCTCAAAAGGTCTCTCTCTCTTTCTTTTTATAGGAATTT
GAGTTTCGTTGTAGCTGCGTGTTGCTCTCC


BQ
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AF RR3EE82JQ U 1
AF RR3CZ37TF C 8
BS 1 152 RR3EE82JQ
BS 153 750 RR3CZ37TF

RD RR3EE82JQ 157 0 0
GGGAAATAAAGAACATGCTGTAAATTATTTGGGGGAATCAAATGACAGTAATAGAGATAC
CAAACACATAACAATTTTCTTTATTTTAACATATCACCAAATCTTGGGTTTTCTCAAAAG
ATGTTGCATCATCCAACTTCCATATTACAAGG
GCAAA

QA 1 152 1 152
DS 

RD RR3CZ37TF 743 0 0
AAAGAACATGCTGTAAATTATTTGGGG*AATCAAATGACAGTAATAGAGATACGAAACAC
ATAACAATTTTCTTTATTTTAACATATCACCAAATCTTGGGTTTTCTCAGAAGATGTTGC
ATCATCCAACTTTGATATTACAAGGCCAAGCAAAACAAACTTAGATCCTATCAATATCCT
CGTCCTCAAACTCAACGTAATCATCAACATTATTATCATCATCTTCATCAAGATCACCAA
CAATGCCTTCATTAAGACGGGTATTCTCAGGAAGCTCACCATAGGCCTTGAGAAGCCTGG
CTTCATCAGACATGTACTTAAGGATGACGTCAGCTTTGTCGTCCTGGTAGTCCCTCAGGC
CAACAAGGACGATGTCACCGGCTGCGATCCAGACCTTCTTGTGCATCTTACCACGGATAT
GGCAGAGACGTTTGGTGCCGTCAATGCACATGGCTTCGCATCGGCCATTGCCGAGCATGC
GGAGGACTTGAGCGTACTCTTGGCCATCTTCTTTAAAGATAAGCTCACGCTTCTCGTCAT
CAGCTTCGTTCTTTCCTCTCTTCCTGTTCTTTCCTCCTTTTCCCTTGTTCTTCGGCATGG
TGTCTGTATCGAACTACGGATGGATGGACCAAATTTTAAGCTAATCACGACGATCGTCGA
AGCGAATCAATTTTTCTCAAAAGGTCTCTCTCTCTTTCTTTTTATAGGAATTTGAGTTTC
GTTGTAGCTGCGTGTTGCTCTCC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 4

CO CL1094Contig1 914 4 9 U
GGGAGCAAAAGTCACCGGCGGAGAAACCTCACGGAAGAATCAAGTTATGGCGGCAGCAGG
ATCGCGACGGTGGAAATGGTTAATTGGAGCTCTACTTGTGGTAGTATCACTATCATTCCC
GCATCTCTCCAGCGCTTACCGACCAGGAGATATCGTCGCGATGAGCAAGATGGGACAGTA
CCATTCCTCGAGAACGACTTGGCACGATGTGATCGGAAAGCATTGTCCGATCTTTGCCGT
TAATCGCGAGGTGCTGATTCCCATTGCGAAACCAGTTGGCTACACTGGCACAGATCCTTA
TAAGATAAAATTCCAAGTTGGAAGTGAGAAATTTCTAATACACTGGCTTTTGGTGATAAA
CCGGAAGAGTTCAGAAGTTCCAATGATCGATGTCAATTTGAGATATTCTGGAGGAGATTT
GCTTGGAGTTACAGCTCAAGTTGTCGATATGCCTCTTAGCTATTTGAATACACACCCCGA
GATCCGCAAGCAGTTCTGGGACCCTCAACACTGGCCAAAACATGTTCTTGTTAGATACAC
ATGGAAGGAACAGTCAGAGATTGATGTTTCCTCAGGATTTTATGTCCTCTTTGGCTCAGC
TCTCACATTCTCTTTCGTACTCTCCATTTACGTCTTACAATCTTCGCGAGAGAAGCTGGC
GAGGTTTGTAAGAGAGACGGTTGTGGAAAGCAGTTCGAATGTTGGAGAGTTTGGCAAGGT
TGAGTGAGAGTGTCATATAGTCCAAAGCATTTGTATGTTGCTGCTGCTATAGATGCTTGG
ACTTGGTTGGTTAAAAAAAAAACAATTCCATAAAAGGAATGAGATTTGATCGAGTTTGAA
TTAGTCCAAAGAAAAACTATGTTCTTGTCATACGTTGTTCCAAACCAAATCAATCAACAC
AAGTAACTTGTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H693TF U 1
AF RR3H782TF U 12
AF RR3GF84JQ C 234
AF RR3H693JQ C 212
BS 1 111 RR3H693TF
BS 112 112 RR3H782TF
BS 113 515 RR3H693TF
BS 516 516 RR3H782TF
BS 517 675 RR3H693TF
BS 676 679 RR3H782TF
BS 680 680 RR3H693JQ
BS 681 710 RR3H782TF
BS 711 914 RR3H693JQ

RD RR3H693TF 675 0 0
GGGAGCAAAAGTCACCGGCGGAGAAACCTCACGGAAGAATCAAGTTATGGCGGCAGCAGG
ATCGCGACGGTGGAAATGGTTAATTGGAGCTCTACTTGTGGTAGTATCACTGTCATTCCC
GCATCTCTCCAGCGCTTACCGACCAGGAGATATCGTCGCGATGAGCAAGATGGGACAGTA
CCATTCCTCGAGAACGACTTGGCACGATGTGATCGGAAAGCATTGTCCGATCTTTGCCGT
TAATCGCGAGGTGCTGATTCCCATTGCGAAACCAGTTGGCTACACTGGCACAGATCCTTA
TAAGATAAAATTCCAAGTTGGAAGTGAGAAATTTCTAATACACTGGCTTTTGGTGATAAA
CCGGAAGAGTTCAGAAGTTCCAATGATCGATGTCAATTTGAGATATTCTGGAGGAGATTT
GCTTGGAGTTACAGCTCAAGTTGTCGATATGCCTCTTAGCTATTTGAATACACACCCCGA
GATCCGCAAGCAGTTCTGGGACCCTCAACACTGGCTAAAACATGTTCTTGTTAGATACAC
ATGGAAGGAACAGTCAGAGATTGATGTTTCCTCAGGATTTTATGTCCTCTTTGGCTCAGC
TCTCACATTCTCTTTCGTACTCTCCATTTACGTCTTACAATCTTCGCGAGAGAAGCTGGC
GAGGTTTGTAAGAGA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3H782TF 699 0 0
GG
ACCGGCGGAGAAACCTCACGGAAGAATCAAGTTATGGCGGCAGCAGGATCGCGACGGTGG
AAATGGTTAATTGGAGCTCTACTTGTGGTAGTATCACTATCATTCCCGCATCTCTCCAGC
GCTTACCGACCAGGAGATATCGTCGCGATGAGCAAGATGGGACAGTACCATTCCTCGAGA
ACGACTTGGCACGATGTGATCGGAAAGCATTGTCCGATCTTTGCCGTTAATCGCGAGGTG
CTGATTCCCATTGCGAAACCAGTTGGCTACACTGGCACAGATCCTTATAAGATAAAATTC
CAAGTTGGAAGTGAGAAATTTCTAATACACTGGCTTTTGGTGATAAACCGGAAGAGTTCA
GAAGTTCCAATGATCGATGTCAATTTGAGATATTCTGGAGGAGATTTGCTTGGAGTTACA
GCTCAAGTTGTCGATATGCCTCTTAGCTATTTGAATACACACCCCGAGATCCGCAAGCAG
TTCTGGGACCCTCAACACTGGCCAAAACATGTTCTTGTTAGATACACATGGAAGGAACAG
TCAGAGATTGATGTTTCCTCAGGATTTTATGTCCTCTTTGGCTCAGCTCTCACATTCTCT
TTCGTACTCTCCATTTACGTCTTACAATCTTCGCGAGAGAAGCTGGCGAGGTTTGTAAGA
GAGACG*TTGTGGAAAGCAGTTCGAATGTTGGAGAGT

QA 3 699 3 699
DS 

RD RR3GF84JQ 614 0 0
TTGCCGTTAATCGCGAGGTGCTGATTCCCATTGCGAAACCAGTTGGCTACACTGGCACAG
ATCCTTATAAGATAAAATTCCAAGTTGGAAGTGAGAAATTTCTAATACACTGGCTTTTGG
TGATAAACCGGAAGAGTTCAGAAGTTCCAATGATCGATGTCAATTTGAGATATTCTGGAG
GAGATTTGCTTGGAGTTACAGCTCAAGTTGTCGATATGCCTCTTAGCTATTTGAATACAC
ACCCCGAGATCCGCAAGCAGTTCTGGGACCCTCAACACTGGCCAAAACATGTTCTTGTTA
GATACACATGGAAGGAACAGTCAGAGATTGATGTTTCCTCAGGATTTTATGTCCTCTTTG
GCTCAGCTCTCACATTCTCTTTCGTACTCTCCATTTACGTCTTACAATCTTCGCGAGAGA
AGCTGGCGAGGTTTGTAAGAGAGACGGTTGTGGAAAGCAGTTCGAATGTTGGAGAGTTTG
GCAAGGTTGAGTGAGAGTGTCATATAGTCCAAAGCATTTGTATGTTGCTGCTGCTATAGA
TGCTTGGACTTGGTTGGTTAAAAAAAAAACAATTCCATAAAAGGAATGAGATTTGATCGA
GTTTGAATTAGTC
C

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3H693JQ 703 0 0
ATCGGAAAGCATTGTCCGATCTTTGCCGTTAATCGCGAGGTGCTGATTCCCATTGCGAAA
CCAGTTGGCTACACTGGCACAGATCCTTATAAGATAAAATTCCAAGTTGGAAGTGAGAAA
TTTCTAATACACTGGCTTTTGGTGATAAACCGGAAGAGTTCAGAAGTTCCAATGATCGAT
GTCAATTTGAGATATTCTGGAGGAGATTTGCTTGGAGTTACAGCTCAAGTTGTCGATATG
CCTCTTAGCTATTTGAATACACACCCCGAGATCCGCAAGCAGTTCTGGGACCCTCAACAC
TGGCTAAAACATGTTCTTGTTAGATACACATGGAAGGAACAGTCAGAGATTGATGTTTCC
TCAGGATTTTATGTCCTCTTTGGCTCAGCTCTCACATTCTCTTTCGTACTCTCCATTTAC
GTCTTACAATCTTCGCGAGAGAAGCTGGCGAGGTTTGTAAGAGAGACGGTTGTGGAAAGC
AGTTCGAATGTTGGAGAGTTTGGCAAGGTTGAGTGAGAGTGTCATATAGTCCAAAGCATT
TGTATGTTGCTGCTGCTATAGATGCTTGGACTTGGTTGGTTAAAAAAAAAACAATTCCAT
AAAAGGAATGAGATTTGATCGAGTTTGAATTAGTCCAAAGAAAAACTATGTTCTTGTCAT
ACGTTGTTCCAAACCAAATCAATCAACACAAGTAACTTGTAGT

QA 1 703 1 703
DS 



AS 2 7

CO CL1095Contig1 686 2 3 U
CGAAACTAAACTAATCTCAAGTTTGATCAAGAAATTCAATAAAGATGCCTAAAGATAGGA
AGATCGGAGTCGCGATGGACTTCTCGGAGAGCAGCAAGAATGCACTGAAATGGGCATTTG
AGAACTTAGCTGATAAAGGAGACACACTTTACATCATCCACACGCTATCAACCTCTGACG
TTGACTCTCATAACTCTGCCTGGCTCGAATCCGGTTCTCCTCTCATACCGTTGGTGGAGT
TTAGGGAACCGGAGATCATGGAGAAATATGGTGTCAAGATTGATATCCCAGTTCTTGACA
TGCTTGACACTTGTTCAAGGCAGAAAGAGGTGCATGTAGTGACGAAATTATACTGGGGAG
ATGCAAGAGAGGCGCTGGTCGATGCTGTTGAAGATCTCAAACTTGATTCTATTGTCATGG
GAAGCAGAGGACTCAGTGCTCTTCGAAGGATAATAATGGGAAGCGTGAGCAGCTTCGTGA
TTCAGCATGCTCCTTGCCCTGTCACCGTTGTCAAGGATAACATCTCCCACTAAATTATGA
TGTCTTTATCTCATATGTTTTTACCAAAACCATCATCGCTGCTTATGCTTTTAATTAAAG
AATAAAGGATCCTTTTATCACGGTTGTATTTTGTTTTTCTATTCGAATTCATATGAATAC
GTTGTTACTTCATATATTTGTCAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DC74TF U 1
AF RR3DC74JQ C 1
BS 1 7 RR3DC74JQ
BS 8 592 RR3DC74TF
BS 593 686 RR3DC74JQ

RD RR3DC74TF 600 0 0
CGAAACT
AAACTAATCTCAAGTTTGATCAAGAAATTCAATAAAGATGCCTAAAGATAGGAAGATCGG
AGTCGCGATGGACTTCTCGGAGAGCAGCAAGAATGCACTGAAATGGGCATTTGAGAACTT
AGCTGATAAAGGAGACACACTTTACATCATCCACACGCTATCAACCTCTGACGTTGACTC
TCATAACTCTGCCTGGCTCGAATCCGGTTCTCCTCTCATACCGTTGGTGGAGTTTAGGGA
ACCGGAGATCATGGAGAAATATGGTGTCAAGATTGATATCCCAGTTCTTGACATGCTTGA
CACTTGTTCAAGGCAGAAAGAGGTGCATGTAGTGACGAAATTATACTGGGGAGATGCAAG
AGAGGCGCTGGTCGATGCTGTTGAAGATCTCAAACTTGATTCTATTGTCATGGGAAGCAG
AGGACTCAGTGCTCTTCGAAGGATAATAATGGGAAGCGTGAGCAGCTTCGTGATTCAGCA
TGCTCCTTGCCCTGTCACCGTTGTCAAGGATAACATCTCCCACTAAATTATGATGTCTTT
ATCTCATATGTTTTTACCAAAACCATCATCGCTGCTTATGCTTTT
AATTAAAG

QA 8 592 8 592
DS 

RD RR3DC74JQ 686 0 0
CGAAACTAAACTAATCTCAAGTTTGATCAAGAAATTCAATAAAGATGCCTAAAGATAGGA
AGATCGGAGTCGCGATGGACTTCTCGGAGAGCAGCAAGAATGCACTGAAATGGGCATTTG
AGAACTTAGCTGATAAAGGAGACACACTTTACATCATCCACACGCTATCAACCTCTGACG
TTGACTCTCATAACTCTGCCTGGCTCGAATCCGGTTCTCCTCTCATACCGTTGGTGGAGT
TTAGGGAACCGGAGATCATGGAGAAATATGGTGTCAAGATTGATATCCCAGTTCTTGACA
TGCTTGACACTTGTTCAAGGCAGAAAGAGGTGCATGTAGTGACGAAATTATACTGGGGAG
ATGCAAGAGAGGCGCTGGTCGATGCTGTTGAAGATCTCAAACTTGATTCTATTGTCATGG
GAAGCAGAGGACTCAGTGCTCTTCGAAGGATAATAATGGGAAGCGTGAGCAGCTTCGTGA
TTCAGCATGCTCCTTGCCCTGTCACCGTTGTCAAGGATAACATCTCCCACTAAATTATGA
TGTCTTTATCTCATATGTTTTTACCAAAACCATCATCGCTGCTTATGCTTTTAATTAAAG
AATAAAGGATCCTTTTATCACGGTTGTATTTTGTTTTTCTATTCGAATTCATATGAATAC
GTTGTTACTTCATATATTTGTCAAGT

QA 1 686 1 686
DS 



CO CL1095Contig2 757 5 23 U
AATAAAGGGAGCGGTTTAGATACATTCATCTCTCTCCCTTTTTAGTCCTATATAACATTC
GAAGCTACCACTCTTCATCTGACTCTAAAAACTAATCTCAAGTTTGATCAAGAAATTCAA
GAAAGATGCCTAAAGATAGGAAGATCGGAATCGCGATGGACTTCTCGGAGAGCAGCAAGA
ATGCACTGAAATGGGCATTTGAGAACTTAGCTGATAAAGGAGACACACTTTACATCATCC
ACACGTTATCAACCTCTGACGTTGACTCTCATAACTCTGCCTGGCTCCAATCCGGTTCTC
CTCTCATACCGTTGGTGGAGTTTAGGGAACCGGAGATCATGGAGAAATATGGTGTCAAGA
TTGATATCCCAGTTCTTGACATGCTTGACACTGTTTCAAGGCAGAAAGAGGTGCATGTAG
TGACGAAATTATACTGGGGAGATGCAAGAGAGGCGCTGGTCGATGCTGTTGAAGATCTCA
AACTTGATTCTATTGTCATGGGAAGCAGAGGACTCAGTGCCCTTCGAAGGATAATAATGG
G*AAGCGTGAGCAGCTTCGTGATTCAGCATGCTCCTTGCCCCGTCACCGTTGTCAAGGAT
AACGACTCTCACTAAATTATGATGTCTTTATCTCATATGTTTTTACAAAATCCATCATCG
CTGCTTATGCTTTTTAATTAAAGAATAAAAGTACCTTTTTCTCGGTTGTATTTTGTTTCG
GTATTCGAATTCATATGAATACGTTATTGCTTCGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DA70TF U 79
AF RR3GJ54TF U 7
AF RR3G011TF U 93
AF RR3GJ54JQ C 1
AF RR3G011JQ C 93
BS 1 6 RR3GJ54JQ
BS 7 88 RR3GJ54TF
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BS 117 136 RR3DA70TF
BS 137 137 RR3GJ54TF
BS 138 196 RR3DA70TF
BS 197 197 RR3GJ54TF
BS 198 287 RR3DA70TF
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BS 343 364 RR3DA70TF
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BS 651 669 RR3GJ54TF
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BS 675 745 RR3GJ54JQ
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GGATCTCTAA
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AATCGCGATGGACTTCTCGGAGAGCAGCAAGAATGCACTGAAATGGGCGTTTGAGAACTT
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TCATAACTCTGCCTGGCTCGAATCCGGTTCTCCTCTCATACCGTTGGTGGAGTTTAGGGA
ACCGGAGATCATGAAGAAATATGGTGTCAAGATTGA

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DS 

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ACCACTCTTCATCTGACTCTAAAAACTAATCTCAAGTTTGATCAAGAAATTCAAGAAAGA
TGCCTAAAGATAGGAAGATCGGAATCGCGATGGACTTCTCGGAGAGCAGCAAGAATGCAC
TGAAATGGACATTTGAGAACTTAGCTGATAAAGGAGACACACTTTACATCATCCACACGT
TATCAACCTCTGACGTTGACTCTCATAACTCTGCCTGGCTCCAATCCGGTTCTCCTCTCA
TACCGTTGGTGGAGTTTAGGGAACCGGAGATCATGGAGAAATATGGTGTCAAGATTGATA
TCCCAGTTCTTGACATGCTTGACACTGTTTCAAGGCAGAAAGAGGTGCATGTAGTGACGA
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GTGAGCAGCTTCGTGATTCAGCATGCTCCTTGCCCCGTCACCGTTGTCAAG*ATAACGAC
TCTCACTAAATTATGATGTCTTTATCTCATATGTTTTTACAAA*TCCATCATCGCTGCTT
ATG

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DS 

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G
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CGATGGACTTCTCGGAGAGCAGCAAGAATGCACTGAAATGGGCATTTGAGAACTTAGCTG
ATAAAGGAGACACACTTTACATCATCCACACGTTATCAACCTCTGACGTTGACTCTCATA
ACTCTGCCTGGCTCCAATCCGGTTCTCCTCTCATACCGTTGGTGGAGTTTAGGGAACCGG
AGATCATGGAGAAATATGGTGTCAAGATTGATATCCCAGTTCTTGACATGCTTGACACTG
TTTCAAGGCAGAAAGAGGTGCATGTAGTGACGAAATTATACTGGGGAGATGCAAGAGAGG
CGCTGGTCGATGCTGTTGAAGATCTCAAACTTGATTCTATTGTCATGGGAAGCAGAGGAC
TCAGTGCCCTTCGAAGGATAATAATGGG*AAGCGTGAGCAGCTTCGTGATTCAGCATGCT
CCTTGCCCCGTCACCGTTGTCAAGGATAACGACTCTCACTAAATTATGATGTCTTTATCT
CATATGTTTTTACAAAATCCATCATCGCTGCTTATGCTTTT
TAA

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DS 

RD RR3GJ54JQ 753 0 0
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GAAGCTACCACTCTTCATCTGACTCTAAAAACTAATCTCAAGTTTGATCAAGAAATTCAA
GAAAGATGCCTAAAGATAGGAAGATCGGAATCGCGATGGACTTCTCGGAGAGCAGCAAGA
ATGCACTGAAATGGACATTTGAGAACTTAGCTGATAAAGGAGACACACTTTACATCATCC
ACACGTTATCAACCTCTGACGTTGACTCTCATAACTCTGCCTGGCTCCAATCCGGTTCTC
CTCTCATACCGTTGGTGGAGTTTAGGGAACCGGAGATCATGGAGAAATATGGTGTCAAGA
TTGATATCCCAGTTCTTGACATGCTTGACACTGTTTCAAGGCAGAAAGAGGTGCATGTAG
TGACGAAATTATACTGGGGAGATGCAAGAGAGGCGCTGGTCGATGCTGTTGAAGATCTCA
AACTTGATTCTATTGTCATGGGAAGCAGAGGACTCAGTGCCCTTCGAAGGATAATAATGG
G*AAGCGTGAGCAGCTTCGTGATTCAGCATGCTCCTTGCCCCGTCACCGTTGTCAAGGAT
AACGACTCTCACTAAATTATGATGTCTTTATCTCATATGTTTTTACAAAATCCATCATCG
CTGCTTATGCTTTTTAATTAAAGAATAAAAGTACCTTTTTCTCGGTTGTATTTTGTTTCG
GTATTCGAATTCATATGAATACGTT
ATTGCTTC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3G011JQ 665 0 0
G
AATCTCAAGTTTGATCAAGAAATTCAAGAAAGATGCCTAAAGATAGGAAGATCGGAATCG
CGATGGACTTCTCGGAGAGCAGCAAGAATGCACTGAAATGGGCATTTGAGAACTTAGCTG
ATAAAGGAGACACACTTTACATCATCCACACGTTATCAACCTCTGACGTTGACTCTCATA
ACTCTGCCTGGCTCCAATCCGGTTCTCCTCTCATACCGTTGGTGGAGTTTAGGGAACCGG
AGATCATGGAGAAATATGGTGTCAAGATTGATATCCCAGTTCTTGACATGCTTGACACTG
TTTCAAGGCAGAAAGAGGTGCATGTAGTGACGAAATTATACTGGGGAGATGCAAGAGAGG
CGCTGGTCGATGCTGTTGAAGATCTCAAACTTGATTCTATTGTCATGGGAAGCAGAGGAC
TCAGTGCCCTTCGAAGGATAATAATGGG*AAGCGTGAGCAGCTTCGTGATTCAGCATGCT
CCTTGCCCCGTCACCGTTGTCAAGGATAACGACTCTCACTAAATTATGATGTCTTTATCT
CATATGTTTTTACAAAATCCATCATCGCTGCTTATGCTTTTTAATTAAAGAATAAAAGTA
CCTTTTTCTCGGTTGTATTTTGTTTCGGTATTCGAATTCATATGAATACGTTATTGCTTC
GTAT

QA 2 665 2 665
DS 



AS 1 6

CO CL1096Contig1 1202 6 12 U
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TTCTTCCCCAGAGCTTCACTCGACCTGCAAATACGAGATTTGCGGTTAGGAGGATCAACA
GTAGATCTCACGATTCCAAAGGGTTTCTGAAGAAGTCAACAGTAAAATGCTCCTTGGAGA
ATCCCATTGAAAGCAAGGAGACTTTGAGAAAGCATTTTGTTGCAGGGTTTGCTACCATTT
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ACATTTGTCAACTGGGAAGTGCTGCTGTGGAAGAAAACAAACCTACTCTTCCACTTGATA
ATGACCCGGAAGAGATGATGATGATGATGATGAGAGGCATGACTGCCAAGAACTTTGACC
CAGTTAGGTACTCTGGAAGATGGTTTGAAGTAGCTTCTCTTAAGCGTGGCTTTGCTGGTC
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CTATAAGGGTAGACACGTTTTGTGTTCACGGTAGCCCTGATGGGTATATAACAGGAATCA
GAGGAAAAGTTCAATGCGTTGGAGCACAAGACCTGGAGAAAACTGAGACTGACTTAGAAA
AGCAAGAGATGATTAAAGAGAAATGTTACCTTCGGTTTCCCACCATTCCTTTCATCCCCA
AGTTGCCTTATGATGTCATAGCTACAGACTATGACAACTACGCTCTTGTTTCTGGAGCCA
AAGACAGGAGCTTTGTTCAGGTATACTCAAGGACACCTAACCCGGGACCTGAGTTCATAG
CCAAGTACAAAGACTATTTGGCACAGTTTGGCTACGACCCGGAGAAAATAAAGGATACTC
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TGGAGAAAACGCTGACAAACCAGTTTCCAGATCTTGGACTAAGAAAGGCAGTCCAGTTTG
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GAAGCTTCTCTGCCCCCTCAAGAGTCTTTTGAATTGTGAATGTAGATTATTTATGCTGCT
TGTACACCTGACTGAGTGAGTGTATAGATATGAATTATTTTCTATGATAAAGTCATATGA
GC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR3DI26TF U 11
AF RR3GO78TF U 1
AF RR3GO78JQ C 766
AF RR3DI26JQ C 429
AF RR3A842JQ C 461
AF RR3A842TF U 461
BS 1 371 RR3GO78TF
BS 372 372 RR3DI26TF
BS 373 389 RR3GO78TF
BS 390 392 RR3DI26TF
BS 393 682 RR3GO78TF
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BS 758 779 RR3GO78TF
BS 780 1202 RR3A842TF

RD RR3DI26TF 682 0 0
GG
AAGAGAAGATGGCAAGTAACATCATAACTAGCCTGTCAATGACACTAGTTCTTCCCCAGA
GCTTCACTCGACCTGCAAATACGAGATTTGCGGTTAGGAGGATCAACAGTAGATCTCACG
ATTCCAAAGGGTTTCTGAAGAAGTCAACAGTAAAATGCTCCTTGGAGAATCCCATTGAAA
GCAAGGAGACTTTGAGAAAGCATTTTGTTGCAGGGTTTGCTACCATTTTGCTTCTCTCTC
AGGCAGACCAGGGT**TGCATTGGATCTCTCATCAGGTCAGGATCACAACATTTGTCAAC
TGGGAAGTGCTGCTGTGGAAGAAAACAAACCTACTCTTCCACTTGATAATGACCCGGAAG
AGATGATGATGATGATGATGAGAGGCATGACTGCCAAGAACTTTGACCCAGTTAGGTACT
CTGGAAGATGGTTTGAAGTAGCTTCTCTTAAGCGTGGCTTTGCTGGTCAAGGCCAAGAAG
ATTGCCATTGTACACAGGGAGTATACACGTTTGATATGAAGGAACCAGCTATAAGGGTAG
ACACGTTTTGTGTTCACGGTAGCCCTGATGGGTATATAACAGGAATCAGAGGAAAAGTTC
AATGCGTTGGAGCACAAGACCTGGAGAAAACTGAGACTGACTTAGAAAAGCAAGAGATGA
TTAAAGAGAAATGTTACCTT

QA 3 682 3 682
DS 

RD RR3GO78TF 779 0 0
GGGGTGGCTACCAAGAGAAGATGGCAAGTAACATCATAACTAGCCTGTCAATGACACTAG
TTCTTCCCCAGAGCTTCACTCGACCTGCAAATACGAGATTTGCGGTTAGGAGGATCAACA
GTAGATCTCACGATTCCAAAGGGTTTCTGAAGAAGTCAACAGTAAAATGCTCCTTGGAGA
ATCCCATTGAAAGCAAGGAGACTTTGAGAAAGCATTTTGTTGCAGGGTTTGCTACCATTT
TGCTTCTCTCTCAGGCAGACCAGGGTGTTGCATTGGATCTCTCATCAGGTCAGGATCACA
ACATTTGTCAACTGGGAAGTGCTGCTGTGGAAGAAAACAAACCTACTCTTCCACTTGATA
ATGACCCGGAATAGATGATGATGATGATG***AGAGGCATGACTGCCAAGAACTTTGACC
CAGTTAGGTACTCTGGAAGATGGTTTGAAGTAGCTTCTCTTAAGCGTGGCTTTGCTGGTC
AAGGCCAAGAAGATTGCCATTGTACACAGGGAGTATACACGTTTGATATGAAGGAACCAG
CTATAAGGGTAGACACGTTTTGTGTTCACGGTAGCCCTGATGGGTATATAACAGGAATCA
GAGGAAAAGTTCAATGCGTTGGAGCACAAGACCTGGAGAAAACTGAGACTGACTTAGAAA
AGCAAGAGATGATTAAAGAGAA*TGTTACCTTCG**TTCCCACCATTCCTTTCATCCCCA
AGTTGCCTTATGATGTCATAGCTACAGACTATGACA*CTACGCTCTTGTTTCTGGAGCC

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3GO78JQ 150 0 0
TTGTTTCTGGAGCCAAAGACAGGAGCTT*GTTCAGGTATACTCAAGGACACCTAACCCGG
GACCTGAGTTCATAGCCAAGTACAAAGACTATTTGGCACAGTTTGGTTACGACCCGGAGA
AAATAAAGGATACTCCACAGGACTGTGAAG

QA 1 150 1 150
DS 

RD RR3DI26JQ 755 0 0
TACTCTGGAAGATGGTTTGAAGTAGCTTCTCTTAAGCGTGGCTTTGCTGGTCAAGGCCAA
GAAGATTGCCATTGTACACAGGGAGTATACACGTTTGATATGAAGGAACCAGCTATAAGG
GTAGACACGTTTTGTGTTCACGGTAGCCCTGATGGGTATATAACAGGAATCAGAGGAAAA
GTTCAATGCGTTGGAGCACAAGACCTGGAGAAAACTGAGACTGACTTAGAAAAGCAAGAG
ATGATTAAAGAGAAATGTTACCTTCGGTTTCCCACCATTCCTTTCATCCCCAAGTTGCCT
TATGATGTCATAGCTACAGACTATGACAACTACGCTCTTGTTTCTGGAGCCAAAGACAGG
AGCTTTGTTCAGGTATACTCAAGGACACCTAACCCGGGACCTGAGTTCATAGCCAAGTAC
AAAGACTATTTGGCACAGTTTGGCTACGACCCGGAGAAAATAAAGGATACTCCACAGGAC
TGTGAAGTGATGTCTGATGGTCAGCTAGCTGCTATGATGTCCATGCCAGGTATGGAGAAA
ACGCTGACAAACCAGTTTCCAGATCTTGAACTAAGAAAGGCAGTCCAGTTTGATCCCTTC
ACAAGTGTGTTTGAAACTTTGAAGAAACTGGTCCCACTCTATTTCAAGTAGAGAAGCTTC
TCTGCCCCCTCAAGAGTCTTTTGAATTGTGAATGTAGATTATTTATGCTGCTTGTACACC
TGACTGAGTGAGTGTATAGATATGAATTATTTTCT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3A842JQ 742 0 0
G
AAGCGTGGCTTTGCTGGTCAAGGCCAAGAAGATTGCCATTGTACACAGGGAGTATACACG
TTTGATATGAAGGAACCAGCTATAAGGGTAGACACGTTTTGTGTTCACGGTAGCCCTGAT
GGGTATATAACAGGAATCAGAGGAAAAGTTCAATGCGTTGGAGCACAAGACCTGGAGAAA
ACTGAGACTGACTTAGAAAAGCAAGAGATGATTAAAGAGAAATGTTACCTTCGGTTTCCC
ACCATTCCTTTCATCCCCAAGTTGCCTTATGATGTCATAGCTACAGACTATGACAACTAC
GCTCTTGTTTCTGGAGCCAAAGACAGGAGCTTTGTTCAGGTATACTCAAGGACACCTAAC
CCGGGACCTGAGTTCATAGCCAAGTACAAAGACTATTTGGCACAGTTTGGTTACGACCCG
GAGAAAATAAAGGATACTCCACAGGACTGTGAAGTGATGTCTGATGGTCAGCTAGCTGCT
ATGATGTCCATGCCAGGTATGGAGAAAACGCTGACAAACCAGTTTCCAGATCTTGGACTA
AGAAAGGCAGTCCAGTTTGATCCCTTCACAAGTGTGTTTGAAACTTTGAAGAAACTGGTC
CCACTCTATTTCAAGTAGAGAAGCTTTTCTGCCCCCTCAAGAGTCTTTTGAATTGTGAAT
GTAGATTATTTATGCTGCTTGTACACCTGACTGAGTGAGTGTATAGATATGAATTATTTT
CTATGATAAAGTCATATGAGC

QA 2 742 2 742
DS 

RD RR3A842TF 742 0 0
G
AAGCGTGGCTTTGCTGGTCAAGGCCAAGAAGATTGCCATTGTACACAGGGAGTATACACG
TTTGATATGAAGGAACCAGCTATAAGGGTAGACACGTTTTGTGTTCACGGTAGCCCTGAT
GGGTATATAACAGGAATCAGAGGAAAAGTTCAATGCGTTGGAGCACAAGACCTGGAGAAA
ACTGAGACTGACTTAGAAAAGCAAGAGATGATTAAAGAGAAATGTTACCTTCGGTTTCCC
ACCATTCCTTTCATCCCCAAGTTGCCTTATGATGTCATAGCTACAGACTATGACAACTAC
GCTCTTGTTTCTGGAGCCAAAGACAGGAGCTTTGTTCAGGTATACTCAAGGACACCTAAC
CCGGGACCTGAGTTCATAGCCAAGTACAAAGACTATTTGGCACAGTTTGGCTACGACCCG
GAGAAAATAAAGGATACTCCACAGGACTGTGAAGTGATGTCTGATGGTCAGCTAGCTGCT
ATGATGTCCATGCCAGGTATGGAGAAAACGCTGACAAACCAGTTTCCAGATCTTGGACTA
AGAAAGGCAGTCCAGTTTGATCCCTTCACAAGTGTGTTTGAAACTTTGAAGAAACTGGTC
CCACTCTATTTCAAGTAGAGAAGCTTCTCTGCCCCCTCAAGAGTCTTTTGAATTGTGAAT
GTAGATTATTTATGCTGCTTGTACACCTGACTGAGTGAGTGTATAGATATGAATTATTTT
CTATGATAAAGTCATATGAGC

QA 2 742 2 742
DS 



AS 1 6

CO CL1097Contig1 998 6 4 U
GGGTAAAACCAAATAAACCAGTATTATTAAAACTGAACCAACTACAAACGAAAACCTGAA
ACCCAAGTACATCAGATCAGCACATAAAAGGCAAAAAGATCTGCATACAAAGATAAGATT
TTGATTATAGGTATTCAAAGCAAAAGTTTTATCACAAAGTTTGGCAGCATGGAAGAACAA
TATAACCGACCAGAGAAATATCCTTTTCTAATGGGACTGACAGGCAAATCACTCCAGCTT
AACTCCGTAGACTCATATCTAATGGGGGCTGACAAAGCAACTTGTCTTTTGGATCTTGTT
CTGACTTAGCGGAAAAGACGTGGAACAGATCGTTTAGGTACTTTGCCTTCGAGCTTAAGT
CTCCTATAAGACTCTCTGATATGGCAAGGTCTGATAGGACCTGAGTCGTTCCTTTCCCCC
ATTACAACTCTAGCTGTTTCCACTAGTTCACCAACAAACATCTTTGCGATGCCACAGTTC
ACAATTATAACTGGCATACTGATCTTCTGACTCCCTGTCACTCCCTGTAATAACTTCCTC
ATGTTTCCTTTTTGAAATGCAGATCTCCTAAAAGATTCATATCTGCTCATTTGATCCTCA
GTGAACTGCGACAAAATGACCTGCATTTTGGCCATCTTAGCGGGATCAGCAGTAGTTGGA
TACTTGGTTAGCTCAGCTTCCATATTCTCTTCCTCTTCTTCTTCATCTTCATCTTTGTTC
TTCCCTTCAGCAACAACAACAACGGAGGAGGAGGTCTTAGATTTCTTGCTCTGACGGCGA
ACACCACCCACGTCTCTCTCACTCTCCTCCGGAGCCTGGTCCATTTCAATCCGTCCCTCG
TCATCGCCTCCGCCTCCGGGTGATTCCGGCGGTGATTCGCCTTGCTCCTCCTCCTCCTCT
ATCGCTGCTTCAAATGGATCCTTCGAATGCTTCATTTTTCCTGAAACCTTTGATACTCAG
ATCCAATTTTCAAGAGGCGCAGCGCAACTGGAAGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AD74JQ U 82
AF RR3CL71JQ U 5
AF RR3CU10TF C 125
AF RR3C518JQ U 1
AF RR3CL71TF C 250
AF RR3AD74TF C 249
BS 1 584 RR3C518JQ
BS 585 585 RR3CU10TF
BS 586 802 RR3C518JQ
BS 803 998 RR3AD74TF

RD RR3AD74JQ 231 0 0
ACATAAAAGGCAAAAAGATCTGCATACAAAGATAAAATTTTGATTATAGGTATTCAAAGC
AAAAGTTTTATCACAAAGTTTGGCAGCATGGAAGAACAATATAACCGACCAGAAAAATAT
CCTTTTCTAATGGGACTGACAGGCAAATCACTCCAGCTTAACTCCGTAAACTCATATCTA
ATGGGGGCTGACAAAGCAACTTGTCTTTTGGATCTTGTTCTGACTTA
ACGG

QA 1 227 1 227
DS 

RD RR3CL71JQ 372 0 0
G
AAACCAAATAAACCAGTATTATTAAAACTGAACCAATTACAAACGAAAACCTGAAACCCA
AGTACATCAGATCAGCACATAAAAGGCAAAAAGATCTGCATACAAAGATAAGATTTTGAT
TATAGGTATTCAAAGCAAAAGTTTTATCACAAAGTTTGGCAGCATGGAAGAACAATATAA
CCGACCAGAGAAATATCCTTTTCTAATGGGACTGACAGGCAAATCACTCCAGCTTAACTC
CGTAGACTCATATCTAATGGGGGCTGACAAAGCAACTTGTCTTTTGGATCTTGTTCTGAC
TTAGCGGAAAAGACGTGGAACAGATCGTTTAGGTACTTTGCCTTCGAGCTTAAGTCTCCT
ATAAGACTCTC

QA 2 372 2 372
DS 

RD RR3CU10TF 553 0 0
TTATAGGTATTAAAAGCAAAAGTTTTATCACAAAGTTTGGCAGCATGGAAGAACAATATA
ACCGACCAGAGAAATATCCTCTTCTAATGGGACTGACAGGCAAATCACTCCAGCTTAACT
CCGTAGACTCATATCTAATGGGGGCTGACAAAGCAACTTGTCTTTTGGATCTTGTTCTGA
CTTAGCGGAAAAGACGTGGAACAGATCGTTTAGGTACTTTGCCTTCGAGCTTAAGTCTCC
TATAAGACTCTCTGATATGGCAAGGTCTGATAGGACCTGAGTCGTTCCTTTCCCCCATTA
CAACTCTAGCTGTTTCCACTAGTTCACCAACAAACATCTTTGCGATGCCACAGTTCACAA
TTATAACTGGCATACTGATCTTCTGACTCCCTGTCACTCCCTGTAATAACTTCCTCATGT
TTCCTTTTTGAAATGCAGATCTCCTAAAAGATTCATATCTGCTCATTTGATCCTCAGTGA
ACTGCGACAAAATGACCTGCATTTTGGCCATCTTAGCGGGATCAGCAGTAGTTGGATACT
TGGTTAGCTCAGC

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3C518JQ 805 0 0
GGGTAAAACCAAATAAACCAGTATTATTAAAACTGAACCAACTACAAACGAAAACCTGAA
ACCCAAGTACATCAGATCAGCACATAAAAGGCAAAAAGATCTGCATACAAAGATAAGATT
TTGATTATAGGTATTCAAAGCAAAAGTTTTATCACAAAGTTTGGCAGCATGGAAGAACAA
TATAACCGACCAGAGAAATATCCTTTTCTAATGGGACTGACAGGCAAATCACTCCAGCTT
AACTCCGTAGACTCATATCTAATGGGGGCTGACAAAGCAACTTGTCTTTTGGATCTTGTT
CTGACTTAGCGGAAAAGACGTGGAACAGATCGTTTAGGTACTTTGCCTTCGAGCTTAAGT
CTCCTATAAGACTCTCTGATATGGCAAGGTCTGATAGGACCTGAGTCGTTCCTTTCCCCC
ATTACAACTCTAGCTGTTTCCACTAGTTCACCAACAAACATCTTTGCGATGCCACAGTTC
ACAATTATAACTGGCATACTGATCTTCTGACTCCCTGTCACTCCCTGTAATAACTTCCTC
ATGTTTCCTTTTTGAAATGCAGATCTCCTAAAAGATTCATATCTACTCATTTGATCCTCA
GTGAACTGCGACAAAATGACCTGCATTTTGGCCATCTTAGCGGGATCAGCAGTAGTTGGA
TACTTGGTTAGCTCAGCTTCCATATTCTCTTCCTCTTCTTCTTCATCTTCATCTTTGTTC
TTCCCTTCAGCAACAACAACAACGGAGGAGGAGGTCTTAGATTTCTTGCTCTGACGGCGA
ACACCACCCACGTCTCTCTCAC
CCT

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3CL71TF 701 0 0
GACTCATATCTAATGGGGGCTGACAAAGCAACTTGTCTTTTGGATCTTGTTCTGACTTAG
CGGAAAAGACGTGGAACAGATCGTTTAGGTACTTTGC*TTCGAGCTTAAGTCTC*TATAA
GACTCTCTGATATGGCAAGGTCTGATAGGAC*TGAGTCGTTCCTTTCCCCCATTACAACT
CTAGCTGTTTCCACTAGTTCACCAACAAACATCTTTGCGATGCCACAGTTCACAATTATA
ACTGGCATACTGATCTTCTGACTCCCTGTCACTCCCTGTAATAACTTCCTCATGTTTCCT
TTTTGAAATGCAGATCTCCTAAAAGATTCATATCTGCTCATTTGATCCTCAGTGAACTGC
GACAAAATGACCTGCATTTTGGCCATCTTAGCGGGATCAGCAGTAGTTGGATACTTGGTT
AGCTCAGCTTCCATATTCTCTTCCTCTTCTTCTTCATCTTCATCTTTGTTCTTCCCTTCA
GCAACAACAACAACGGAGGAGGAGGTCTTAGATTTCTTGCTCTGACGGCGAACACCACCC
ACGTCTCTCTCACTCTCCTCCGGAGCCTGGTCCATTTCAATCCGTCCCTCGTCATCGCCT
CCGCCTCCGGGTGATTCCGGCGGTGATTCGTCTTGCTCCTCCTCCTCCTCTATCGCTGCT
TCAAATGGATCCTTCGAATGCTTCATTTTTCCT
TTGATACT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3AD74TF 750 0 0
AGACTCATATCTAATGGGGGCTGACAAAGCAACTTGTCTTTTGGATCTTGTTCTGACTTA
GCGGAAAAGACGTGGAACAGATCGTTTAGGTACTTTGCCTTCGAGCTTAAGTCTCCTATA
AGACTCTCTGATATGGCAAGGTCTGATAGGACCTGAGTCGTTCCTTTCCCCCATTACAAC
TCTAGCTGTTTCCACTAGTTCACCAACAAACATCTTTGCGATGCCACAGTTCACAATTAT
AACTGGCATACTGATCTTCTGACTCCCTGTCACTCCCTGTAATAACTTCCTCATGTTTCC
TTTTTGAAATGCAGATCTCCTAAAAGATTCATATCTGCTCATTTGATCCTCAGTGAACTG
CGACAAAATGACCTGCATTTTGGCCATCTTAGCGGGATCAGCAGTAGTTGGATACTTGGT
TAGCTCAGCTTCCATATTCTCTTCCTCTTCTTCTTCATCTTCATCTTTGTTCTTCCCTTC
AGCAGCAACAACAACGGAGGAGGAGGTCTTAGATTTCTTGCTCTGACGGCGAACACCACC
CACGTCTCTCTCACTCTCCTCCGGAGCCTGGTCCATTTCAATCCGTCCCTCGTCATCGCC
TCCGCCTCCGGGTGATTCCGGCGGTGATTCGCCTTGCTCCTCCTCCTCCTCTATCGCTGC
TTCAAATGGATCCTTCGAATGCTTCATTTTTCCTGAAACCTTTGATACTCAGATCCAATT
TTCAAGAGGCGCAGCGCAACTGGAAGCTCC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 6

CO CL1098Contig1 708 6 7 U
GGACCAAAGGATAACCCACCAAAAAAAATCAAGACTCCCCACCACAACATCATGGCCTCA
ATAACCTCAGCCACCGTCGCAATCCCATCGTTCACCGGCCTGAAATCCACAGTCTCCAAA
CCCTCCGCCGTCGTCAGGCTCCCCACCACAACATCACGGAACCTCACCGTGAAGTCATCT
CTAAAGGACTTCGGAGTCGCTGCCGTAGCGGCTGCAGCTTCCATCGCTTTGGCAGGAAAC
GCCATGGCCATAGACGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGTTGGCTTTCGTTCCCAAC
GAGTTCACGATAGCGAAAGGAGAGAAGATCGTGTTCAAGAACAACGCTGGATTCCCGCAC
AACGTTGTGTTCGATGAGGACGAGATCCCGAGCGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCCATG
GACGAGCAGGACCTACTCAACGCCGCTGGAGAGACGTACGAGGTTGCTTTGACTGAGCCT
GGGACTTACAGCTTCTACTGTGCCCCGCATCAGGGTGCTGGTATGGTCGGTAAAGTCACC
GTTAACTAATAAATTGTGTGTGTAAAAGCGAAAGTGTGTCTCTGATCCATGTAGAGGCTT
CTCTTTCAGTTTTACTTACATAAGGTGTTTTGTACTACTTATAAA*GGGTGTTGGAATCA
AATGGACATTGATTTGTTAATGAGAGTGCTGGTTCCATCCATGAATGG


BQ
10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ02TF U 1
AF RR3G345JQ C 1
AF RR3G345TF U 1
AF RR3B321TF U 4
AF RR3FQ02JQ C 134
AF RR3C172TF U 4
BS 1 283 RR3FQ02TF
BS 284 426 RR3G345TF
BS 427 427 RR3B321TF
BS 428 645 RR3G345TF
BS 646 646 RR3B321TF
BS 647 677 RR3G345TF
BS 678 708 RR3B321TF

RD RR3FQ02TF 290 0 0
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ATAACCTCAGCCACCGTCGCAATCCCATCGTTCACCGGCCTGAAATCCACAGTCTCCAAA
CCCTCCGCCGTCGTCAGGCTCCCCACCACAACATCACGGAACCTCACCGTGAAGTCATCT
CTAAAGGACTTCGGAGTCGCTGCCGTAGCGGCTGCAGCTTCCATCGCTTTGGCAGGAAAC
GCCATGGCCATAGACGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGT
GGCTTTC

QA 1 283 1 283
DS 

RD RR3G345JQ 677 0 0
GGACC
AAAGGATAACCCACCAAAAAAA*TCAAGACTCCCCACCACAACATCATGGCCTCAATAAC
CTCAGCCACCGTCGCAATCCCATCTTTCACCGGCCTGAAATCCACAGTCTCCAAACCCTC
CGCCGTCGTCAGGCTCCCCACCACAACATCACGGAACCTCACCGTGAAGTCATCTCTAAA
GGACTTCGGAGTCGCTGCCGTAGCGGCTGCAGCTTCCATCGCTTTGGCAGGAAACTCCAT
GGCCATAGACGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGTTGGCTTTCGTTCCCAACGAGTT
CACGATAGCGAAAGGAGAGAAGATCGTGTTCAAGAACAACGCTGGATTCCCGCACAACGT
TGTGTTCGATGAGGACGAGATCCCGAGCGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCCATGGACGA
GTAGGACCTACTCAACGCCGCTGGAGAGACGTACGAGGTTGCTTTGACTGAGCCTGGGAC
TTACAGCTTCTACTGTGCCCCGCATCAGGGTGCTGGTATGGTCGGTAAAGTCACCGTTAA
CTAATAAATTGTGTGTGTAAAAGCGAAAGTGTGTCTCTGATCCATGTAGAGGCTTCTCTT
TCAGTTTTACTTACATAAGGTGTTTTGTACTACTTATAAA*GGGTGTTGGAATCAAATGG
ACATTGATTTGT

QA 6 677 6 677
DS 

RD RR3G345TF 677 0 0
GGACC
AAAGGATAACCCACCAAAAAAA*TCAAGACTCCCCACCACAACATCATGGCCTCAATAAC
CTCAGCCACCGTCGCAATCCCATCTTTCACCGGCCTGAAATCCACAGTCTCCAAACCCTC
CGCCGTCGTCAGGCTCCCCACCACAACATCACGGAACCTCACCGTGAAGTCATCTCTAAA
GGACTTCGGAGTCGCTGCCGTAGCGGCTGCAGCTTCCATCGCTTTGGCAGGAAACTCCAT
GGCCATAGACGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGTTGGCTTTCGTTCCCAACGAGTT
CACGATAGCGAAAGGAGAGAAGATCGTGTTCAAGAACAACGCTGGATTCCCGCACAACGT
TGTGTTCGATGAGGACGAGATCCCGAGCGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCCATGGACGA
GTAGGACCTACTCAACGCCGCTGGAGAGACGTACGAGGTTGCTTTGACTGAGCCTGGGAC
TTACAGCTTCTACTGTGCCCCGCATCAGGGTGCTGGTATGGTCGGTAAAGTCACCGTTAA
CTAATAAATTGTGTGTGTAAAAGCGAAAGTGTGTCTCTGATCCATGTAGAGGCTTCTCTT
TCAGTTTTACTTACATAAGGTGTTTTGTACTACTTATAAAAGGGTGTTGGAATCAAATGG
ACATTGATTTGT

QA 6 677 6 677
DS 

RD RR3B321TF 705 0 0
GG
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CTCAGCCACCGTCGCAATCCCATCGTTCACCGGCCTGAAATCCACAGTCTCCAAACCCTC
CGCCGTCGTCAGGCTCCCCACCACAACATCACGGAACCTCACCGTGAAGTCATCTCTAAA
GGACTTCGGAGTCGCTGCCGTAGCGGCTGCAGCTTCCATCGCTTTGGCAGGAAACGCCAT
GGCCATAGACGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGTTGGCTTTCGTTCCCAACGAGTT
CACGATAGCGAAAGGAGAGAAGATCGTGTTCAAGAACAACGCTGGATTCCCGCACAACGT
TGTGTTCGATGAGGACGAGATCCCGAGCGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCCATGGACGA
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TTACAGCTTCTACTGTGCCCCGCATCAGGGTGCTGGTATGGTCGGTAAAGTCACCGTTAA
CTAATAAATTGTGTGTGTAAAAGCGAAAGTGTGTCTCTGATCCATGTAGAGGCTTCTCTT
TCAGTTTTACTTACATAAGGTGTTTTGTACTACTTATAAA*GGGTGTTGGAATCAAATGG
ACATTGATTTGTTAATGAGAGTGCTGGTTCCATCCATGAATGG

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR3FQ02JQ 545 0 0
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GAGTCGCTGCCGTAGCGGCTGCAGCTTCCATCGCTTTGGCAGGAAACGCCATGGCCATAG
ACGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGTTGGCTTTCGTTCCCAACGAGTTCACGATAG
CGAAAGGAGAGAAGATCGT*TTCAAGAACAACGCTGGATTCCCGCACAACGTTGTGTTCG
ATGAGGACGAGATCCCGAGCGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCCATGGACGAGCAGGACC
TACTCAACGCCGCTGGAGAGACGTACGAGGTTGCTTTGACTGAGCCTGGGACTTACAGCT
TTTACTGTGCCCCGCATCAGGGTGCTGGTATGGTCGGTAAAGTCACCGTTAACTAATAAA
TTGTGTGTGTAAAAGCGAAAGTGTGTCTCTGATCCATGTAGAGGCTTCTCTTTCAGTTTT
ACTTACATAAGGTGTTTTGTACTACTTATAAA*GGGTGTTGGAATCAAATGGACATTGAT
TTGTT

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3C172TF 676 0 0
GG
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CTCAGCCACCGTCGCAATCCCATCGTTCACCGGCCTGAAATCCCCAGTCTCCAAACCCTC
CGCCGTCGTCAGGCTCCCCACCACAACATCACGGTACCTCACCGTGAAGTCATCTCTAAA
GGACTTCGGAGTCGCTGCCGTAGCGGCTGCAGCTTCCATCGCTTTGGCAGGAAACGCCAT
GGCCATAGACGTTCTCTTGGGATCAGGAGATGGAGCGTTGGCTTTCGTTCCCAACGAGTT
CACGATAGCGAAAGGAGAGAAGATCGTGTTCAAGAACAACGCTGGATTCCCGCACAACGT
TGTGTTCGATGAGGACGAGATGCCGAGCGGTGTTGACGCGAGCAAGATCTCCATGGACGA
GCAGGACCTACTCAACGCCGCTGGAGAGACGTACGAGGTTGCTTTGACTGAGCCTGGGAC
TTACAGCTTCTACTGTGCCCCGCATCAGGGTGCTGGTATGGTCGGTAAAGTCACCGTTAA
CTAATAAATTGTGTGTGTAAAAGCGAAAGTGTGTCTCTGATCCGTGTAGAGGCTTCTCTT
TCAGTTTTACTTACATAAGGTGTTTTGTACTACTTATAAA*GGGTGTTGGAATCAAATGG
ACATTGATTTGTT
T

QA 3 675 3 675
DS 



AS 2 6

CO CL1099Contig1 720 2 11 U
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TCAAAATGGCGGAAGAGAAGAGCTTCAAGTACGTGATCGTCGGAGGTGGCGTCGCCGCCG
GATACGCGGCGAGAGAGTTCTCTAAGCAAGGTCTCAAGCCTGGTGAACTTACTATCATCT
CCAGGGAACCGGTGCCTCCTTATGAGCGTCCTGCACTCAGCAAAGGATATATTAATTTCC
ACAATAAAGCTTCACTTCCGGGTTTCTATGTCTGTGCTGGAAGTGGGGGAGAGAGACAGT
TCCCTCCGTGGTACAAAGAGAATGGGATTGATCTGTTTCTGGAGACAGAGATTGTCAAAG
CAGATTCTTGCTTCAAAGACTCTCGTCAGTGGCACTGGACAAGTCTTCAAGTACCAAACC
TTGATAGCTGCTACTGGTTCTTCCGTCACAAGGCTGTCAGATTTTGGGGTGGAAGGAGCA
GATGCTAAGAATATATTCTACCTAAGAGAGCTTGTAGATGCTGATGAGCTTCTGACCGCA
ATGCTCGAAAAGGAAAATGGCAAAGCTGTGGTTGTTGGTGGCGGTTACATCGGTCTTGAA
CTCAGTTCTGCTCTCAAGGTTAACAACATGGAAGTTACCATGGTTTATCCAGAGCCTTGG
TGCATGCCTCGGCTTTTCACCGCTGACATTGCTTCCTTCTATGAGGGTTACTACGCCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK07TF U 87
AF RR3A319TF U 1
BS 1 241 RR3A319TF
BS 242 242 RR3CK07TF
BS 243 365 RR3A319TF
BS 366 366 RR3CK07TF
BS 367 425 RR3A319TF
BS 426 426 RR3CK07TF
BS 427 443 RR3A319TF
BS 444 444 RR3CK07TF
BS 445 522 RR3A319TF
BS 523 523 RR3CK07TF
BS 524 720 RR3A319TF

RD RR3CK07TF 530 0 0
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TATGTCTGTGCTGGAAGTGGGGGAGAGAGACAGTTCCCTCCGTGGTACAAAGAGAATGGG
ATTGATCTGTTTCTGGAGACAGAGATTGTCAAAGCAGATTCTTGCTTCAAAGACTCTCGT
CAGTGGCACTGGACAAGTCTTCAAGTACCAAACTTTGATAGCTGCTACTGGTTCTTCCGT
CACAAGGTTGTCAGATTTTGGGGTGGAAGGAGCAGATGCTAAGAATATATTCTACCTAAG
AGAGCTTGTAGATGCTGATGAGCTTCTGACCGCAATGCTTGAAAAGGAAAATGGCAAAGC
TGTGGTTGTTGGTGGCGGTTACATCGGTCTTGAACTCAGTTCTGCTCTCA

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR3A319TF 720 0 0
GGACGTTTCTCGGATCCACAAAAACGAAAGTAACAAAAAAAAAGGACGATTTGATAGCAA
TCAAAATGGCGGAAGAGAAGAGCTTCAAGTACGTGATCGTCGGAGGTGGCGTCGCCGCCG
GATACGCGGCGAGAGAGTTCTCTAAGCAAGGTCTCAAGCCTGGTGAACTTACTATCATCT
CCAGGGAACCGGTGCCTCCTTATGAGCGTCCTGCACTCAGCAAAGGATATATTAATTTCC
AGAATAAAGCTTCACTTCCGGGTTTCTATGTCTGTGCTGGAAGTGGGGGAGAGAGACAGT
TCCCTCCGTGGTACAAAGAGAATGGGATTGATCTGTTTCTGGAGACAGAGATTGTCAAAG
CAGAT*CTTGCTTCAAAGACTCTCGTCAGTGGCACTGGACAAGTCTTCAAGTACCAAACC
TTGATCGCTGCTACTGGTTCTTCTGTCACAAGGCTGTCAGATTTTGGGGTGGAAGGAGCA
GATGCTAAGAATATATTCTACCTAAGAGAGCTTGTAGATGCTTATGAGCTTCTGACCGCA
ATGCTCGAAAAGGAAAATGGCAAAGCTGTGGTTGTTGGTGGCGGTTACATCGGTCTTGAA
CTCAGTTCTGCTCTCAAGGTTAACAACATGGAAGTTACCATGGTTTATCCAGAGCCTTGG
TGCATGCCTCGGCTTTTCACCGCTGACATTGCTTCCTTCTATGAGGGTTACTACGCCAAC

QA 1 720 1 720
DS 



CO CL1099Contig2 924 4 14 U
AAACTAATTATCATCCTTTTTTATTTCATTAAGAAAAAGAAAAAGAAAGCTAAAAGTAAC
AAAGATCAAAAGGGATTCAACAATACAATTTTGAACTAAATAGTTTCAAATTTATTTCTC
AATCAAATAAATCCCAACAAACGTAATGAGACATGAGATAAAGCCACTCAAACTCAAGAC
AGAACACACTAAAACACACAACACAAGTCAGAACGTAGAAGCAGTTCTGTTCCCTTTTTT
TTTTTGTTTTCATATGTTGCTGACGAAGGAAAGACCTTCCTTGGACAACACCTCAACGCT
CTCAACAGAAGGCTGTTCTCTCGCAGCCTTAGCAATCGCCTTGTTCTCATCAGGACTCCC
TCCTTCTAGAAACACTCCTATCAACTTCCCTTCTTTGATCCAGTAGCTCCCGAACTTCGG
TTTAGCAGATGTCGGGTCATTGTCACCAAACAACACGGTCTCTCCAACGTTATCACCGTA
GAACTGCCACGAGAGATTAAAGGCTCTAGAGTAGAAGTATGGAAGATAATCATATTCAGG
AATAGAACTTCCTTCCTCTGCAGCCTTGATCGCCTTAACGGCTTGCTCAGCAGACTTGCG
AGCATGGTCCACGTGTTCAACGCGTCTCATATCGTTGTAGAGTTTCATCGGGAAGGTGGC
TATGTCACCAACGGCGTATACATCTGGAACGCTCGTTCTGAAGAATGCATCAGTCTTGAG
TCCACCCTTGTCTTCTTCAACTTGGCCTTTGAAGAGAGATGTAATAGGTCTAGCACCAAC
ACCTACGATCACTATATCAGCTTCTAGTTTTCTTCCGTCCTTCAATAACACCTCAGTGAC
CTCTCCAGCAGAGTTAGTGGTGAAACCGGCAGCAACGGTGCCTTTGACAATGTTGATCCC
TTTGTTGGCGTAGTAACCCTCATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GE26TF C 1
AF RR3A319JQ U 93
AF RR3CK07JQ U 93
AF RR3BD66JQ U 107
BS 1 95 RR3GE26TF
BS 96 219 RR3A319JQ
BS 220 220 RR3CK07JQ
BS 221 480 RR3A319JQ
BS 481 481 RR3CK07JQ
BS 482 637 RR3A319JQ
BS 638 638 RR3CK07JQ
BS 639 717 RR3A319JQ
BS 718 718 RR3CK07JQ
BS 719 734 RR3A319JQ
BS 735 735 RR3CK07JQ
BS 736 850 RR3A319JQ
BS 851 873 RR3CK07JQ
BS 874 924 RR3BD66JQ

RD RR3GE26TF 304 0 0
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AAAGATCAAAAGGGATTCAACAATACAATTTTGAACTAAATAGTTTCAAATTTATTTCTC
AATCAAATAAATCCCAACAAACGTAATGAGACAAGAGATAAAGCCACTCAAACTCAAGAC
AGAACACACTAAAACACACAACACAAGTCAGAACGTAGAAGCAGTTCTGTTCCCTTTTTT
TTTTTGTTTTCATATGTTGCTGACGAAGGAAAGACCTTCCTTGGACAACACCTCAACGCT
CTC
C

QA 1 303 1 303
DS 

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GAA
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AGATAAAGCCACTCAAACTCAAGACAGAACACACTAAAACACACAACACAAGTCAGAACG
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DS 

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GAG
CTAAATAGTTTCAAATTTATTTCTCAATCAAATAAATCCCAACAAACGTTATGAGACATG
ACATAAAGCCACTCAAACTCAAGACAGAACACACTACAACACACAACACGAGTCAGAACG
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CTTCCTTGGACAACACCTCAACGCTCTCAACAGAAGGCTGTTCTCTCGCAGCCTTAGCAA
TCGCCTTGTTCTCATCAGGACTCCCTCCTTCTAGAAACACTCCTATCAACTTCCCTTCTT
TGATCCAGTAGCTCCCGAACTTCGGTTTAGCAGATGTCGGGTCATTGTCACCAAACAACA
CGGTCTCTCCAACGTTATCACCGTAGAACTGCCACGAGAGATTAAAGGCTCTAGAGTAGA
AGTATGGAAGATAATCATATTCAGGAATAGAACTTCCTTCCTCTGCAGCCTTGATCGCCT
TAACGGCTTGCTCAGCAGACTTGCGAGCATGGTCCACGTGTTCAACGCGTCTCATATCGT
TGTAGAGTTTCATAGGGAAGGTGGCTATGTCACCAACGGCGTATACATCTGGAACGCTCG
TTCTGAAGAATGCATCAGTCTTGAGTCCACCCTTGTCTTCTTCAACTTGGCCTTTGAAGA
GAGATGTAATAGGTCTAGCACCAACACCTACGATCACTATATCAGCTTCTAGTTTTCTTC
CGTCCTTCAATAACACCTCAGTGACCTCTCCAGCAGAGTTAGTGGTGAAACCGGCAGC

QA 4 781 4 781
DS 

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CTGTTCCCTTTTTTTTT*TGTTTTCATATGTTGCTGACGAAGGAAAGACCTTCCTTGGAC
AACACCTCAACGCTCTCAACAGAAGGCTGTTCTCTCGCAGCCTTAGCAATCGCCTTGTTC
TCATCAGGACTCCCTCCTTCTAGAAACACTCCTATCAACTTCCCTTCTTTGATCCAGTAG
CTCCCGAACTTCGGTTTAGCAGATGTCGGGTCATTGTCACCAAACAACACGGTCTCTCCA
ACGTTATCACCGTAGAACTGCCACGAGAGATTAAAGGCTCTAGAGTAGAAGTATGGAAGA
TAATCATATTCAGGAATAGAACTTCCTTCCTCTGCAGCCTTGATCGCCTTAACGGCTTGC
TCAGCAGACTTGCGAGCATGGTCCACGTGTTCAACGCGTCTCATATCGTTGTAGAGTTTC
ATCGGGAAGGTGGCTATGTCACCAACGGCGTATACATCTGGAACGCTCGTTCTGAAGAAT
GCATCAGTCTTGAGTCCACCCTTGTCTTCTTCAACTTGGCCTTTGAAGAGAGATGTAATA
GGTCTAGCACCAACACCTACGATCACTATATCAGCTTCTAGTTTTCTTCCGTCCTTCAAT
AACACCTCAGTGACCTCTCCAGCAGAGTTAGTGGTGAAACCGGCAGCAACGGTGCCTTTG
ACAATGTTGATCCCTTTGTTGGCGTAGTAACCCTCATA

QA 1 818 1 818
DS 



AS 2 6

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GATCTGAAAACGTCTTGTTCTTCCACTATAGTGGCCATGGAACTCGGATTCCTTCGGTTA
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CAGATGTTGATTTCAGAGAACTTGTTAATACTTCCCAAGGGGACGAGCTTTACCATGATC
TCAGATTCTTGCCACAGTGGTGGCCTCATTGACAAGGAGAAAGAACAAATTGGTCCCTTC
TCTGGAGTTAGATC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CC49TF U 1
AF RR3DA43TF U 1
BS 1 13 RR3CC49TF
BS 14 14 RR3DA43TF
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BS 459 493 RR3CC49TF
BS 494 494 RR3DA43TF
BS 495 509 RR3CC49TF
BS 510 614 RR3DA43TF

RD RR3CC49TF 519 0 0
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QA 1 509 1 509
DS 

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GGAGC
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GAGCTTCACGGCTGCGTCAACGATGTTTTAGCCATGAAAGAAACTCTTTTAACCCGTTTC
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GAAAACGTCTTGTTCTTCCACTATAGTGGCCATGGAACTCGGATTCCTTCGGTTAAACCT
GCTCGTCCTTTTAAACAAGACGAAGCTATAGTCCCTTGTGATTTCAATCTCATCACAGAT
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TTCTTGCCACAGTGGTGGCCTCATTGACAAGGAGAAAGAACAAATTGGTCCCTTCTCTGG
AGTTAGATC

QA 6 614 6 614
DS 



CO CL1100Contig2 1091 4 12 U
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TATTCTTCCTTTTAATTATGGAACACACACACCAT*GAAAGAGTGAAAATACACATCAAA
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CCATAGCCGGTAGCCGGAACTTTAGACCGGCGTCGCCACCAAAGAGCTCCAGTAGGTGTG
TACCAATGTCTGAAGTTGAGATTCCGGTGCGAGAACTCAAGTGGTCGAGAACCTCCTTGT
AGGGTAAGGCACGTGATGTTATTGTCGTCGTTGTCTCCATGGCCGGAGATCTAACTCCAG
AGAAGGGACCAATTTGTTCTTTCTCCTTATCAATGAGACCACCACTGTGGCAAGAATCTG
AGATCATGGTAAAGCTCGTTCCCTTGGGAAGTTGATTAACAAGTTCTCTAAAATCAACAT
CTGTGATGAGATTGAAATCACAAGGGACAATAGCTTCGTCTTGTTTAAAAGGACGAGCAG
GTTTAACCGAAGGAATCCGAGTTCCATGGCCACTATAGTGGAAGAACAAGACGTTTTCGG
ATCCGGTTTGAGCTTTATCCACCATCCTACGTAAAGCAGCCTTGATGTTGGCTCCAGTAG
GCTTTAGCTTTGAGTCTGGCTCGTCCGTTAGCACCTCCATGTCTTCTTGTTTGAATCCGA
AACGGGTTAAAAGAGCTTCTTGCATGGCTAAAACATCGTTGACGCAGCCGTGAAGCTCGT
TCTTTGTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 5 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DA43JQ U 38
AF RR3D119JQ U 52
AF RR3DH61JQ U 1
AF RR3D119TF C 329
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GC
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CCTTCCCACCGCCACTTACAACGTCAGCAGACGTTTCATCGGCCTGACACCCGCTCAACA
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CCATAGCCGGTAGCCGGAACTTTAGACCGGCGTCGCCACCAAAGAGCTCCAGTAGGTGTG
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CTGTGATGAG

QA 1 790 1 790
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GCCACTATAGTGGAAGAACAAGACGTTTTCGGATCCGGTTTGAGCTTTATCCACCATCCT
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TAAAACATCGTTGACGCAGCCGTGAAGCTCGTTCTTTGTGTTC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 7

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GTTGTTCGATCCGTACATCAAATCAAAGGTTTTTTTTTCTTGTTTTGAGCTAAGCTTAAA
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CGTCTCTACAAAGAACCCATCCCTGTTACTCAACTTGTAAGGGAAACCGCAACGGTGATG
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TATGATGACAAAGGTCCTCAGCTCTACCAGGTGGATCCGTCTGGCTCTTATTTCTCATGG
AAAGCTTCTGCCATGGGAAAGAATGTTTCAAATGCTAAGACATTTCTTGAGAAGAGGTAC
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TTCAGGGTACTAACACCTGCAGAGATCGACGATTACTTGGCTGAAGTAGAGTAAACTTTT
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TTGTCCATCTCCATTGGATTTTTAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 
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45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 25 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B975TF U 45
AF RR3A287TF U 1
AF RR3HB81TF U 107
AF RR3A610TF U 119
AF RR3HB81JQ C 421
AF RR3A287JQ C 232
AF RR3B975JQ C 186
BS 1 203 RR3A287TF
BS 204 204 RR3B975TF
BS 205 713 RR3A287TF
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BS 788 822 RR3A287TF
BS 823 1046 RR3B975JQ

RD RR3B975TF 649 0 0
GG
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GAGCTAAGCTTAAAGGTGCAATGGGAGACAGTCAGTACTCGTTTTCTCTCACTACGTTCA
GCCCATCTGGGAAGCTGGTTCAGATAGAGCATGCTCTTACAGCTGTTGGATCAGGCCAAA
CATCTTTGGGAATCAAAGCTTCAAACGGAGTTGTCATTGCAACAGAGAAGAAACTTCCTT
CCATTCTCGTTGATGAAGCCTCTGTTCAAAAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAG
TTGTTTACAGTGGTATGGGTCCTGATTTCCGAGTTCTTGTGCGAAAGAGTAGGAAGCAGG
CTGAGCAATATAACCGTCTCTACAAAGAACCCATCCCTGTTACTCAACTTGTAAGGGAAA
CCGCAACGGTGATGCAAGAGTTTACTCAATCAGGTGGTGTTAGGCCGTGTGGAGTTTCTC
TACTAGTGGCTGGGTATGATGACAAAGGTCCTCAGCTCTACCAGGTGGATCCGTCTGGCT
CTTATTTCTCATGGAAAGCTTCTGCCATGGGAAAGAATGTTTCAAATGCTAAGGCATTTC
TTGAGAAGAGGTACGCTGAAGATATGGAACTTGATGATGCCATTCAC

QA 3 649 3 649
DS 

RD RR3A287TF 822 0 0
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GTTGTTCGATCCGTACATCAAATCAAAGGTTTTTTTTTCTTGTTTTGAGCTAAGCTTAAA
GGTGCAATGGGAGACAGTCAGTACTCGTTTTCTCTCACTACGTTCAGCCCATCTGGGAAG
CTGGTTCAGATAGAGCATGCTCTCACAGCTGTTGGATCAGGCCAAACATCTTTGGGAATC
AAAGCTTCAAACGGAGTTGTCATTGCAACAGAGAAGAAACTTCCTTCCATTCTCGTTGAT
GAAGCCTCTGTTCAAAAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAGTTGTTTACAGTGGT
ATGGGTCCTGATTTCCGAGTTCTTGTGCGAAAGAGTAGGAAGCAGGCTGAGCAATATAAC
CGTCTCTACAAAGAACCCATCCCTGTTACTCAACTTGTAAGGGAAACCGCAACGGTGATG
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TATGATGACAAAGGTCCTCAGCTCTACCAGGTGGATCCGTCTGGCTCTTATTTCTCATGG
AAAGCTTCTGCCATGGGAAAGAATGTTTCAAATGCTAAGACATTTCTTGAGAAGAGGTAC
ACTGAAGATATGGAACTTGATGATGCCATTCACACTGCGATTTTAACATTGAAAGGAAGT
TTCGAGGGAGAAATCTCGAGCAAAAACATTGAGATTGGCAAGATTGGTGCTGACAAAGTT
TTCAGG*TACTAACACCTGCAGAGATCGACGATTACTTGGCT

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR3HB81TF 675 0 0
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GCCCATCTGGGAAGTTGGTTCAGATAGAGCATGCTCTTACAGCTGTTGGATCAGGCCAAA
CATCTTTGGGAATCAAAGCTTCAAACGGAGTTGTCATTGCAACAGAGAAGAAACTTCCTT
CCATTCTCGTTGATGAAGCCTCTGTTCAAAAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAG
TTGTTTACAGTGGTATGGGTCCTGATTTCCGAGTTCTTGTGCGAAAGAGTAGGAAGCAGG
CTGAGCAATATAACCGTCTCTACAAAGAACCCATCCCTGTTACTCAACTTGTAAGGGAAA
CCGCAACGGTGATGCAAGAGTTTACTCAATCAGGTGGTGTTAGGCCGTTTGGAGTTTCTC
TACTAGTGGCTGGGTATGATGACAAAGGTCCTCAGCTCTACCAGGTGGATCCGTCTGGCT
CTTATTTCTCATGGAAAGCTTCTGCCATGGGAAAGAATGTTTCAAATGCTAAGACATTTC
TTGAGAAGAGGTACACTGAAGATATGGAACTTGATGATGCCATTCACACTGCGATTTTAA
CATTGAAAGAAGGTTTCGAGGGAGAA*TCTCGAGCAAAA*CATTGAGATTGGCAAGATTG
GTGCTGACAAAGTTT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3A610TF 663 0 0
G
AGGTGCAATGGGAGACAGTCAGTACTCGTTTTCTCTCACTACGTTCAGCCCATCTGGGAA
GCTGGTTCAGATAGAGCATGCTCTTACAGCTGTTGGATCAGGCCAAACATCTTTGGGAAT
CAAAGCTTCAAACGGAGTTGTCATTGCAACAGAGAAGAAACTTCCTTCCATTCTCGTTGA
TGAAGCCTCTGTTCAAAAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAGTTGTTTACAGTGG
TATGGGTCCTGATTTCCGAGTTCTTGTGCGAAAGAGTAGGAAGCAGGCTGAGCAATATAA
CCGTCTCTACAAAGAACCCATCCCTGTTACTCAACTTGTAAGGGAAACCGCAACGGTGAT
GCAAGAGTTTACTCAATCAGGTGGTGTTAGGCCGTTTGGAGTTTCTCTACTAGTGGCTGG
GTATGATGACAAAGGTCCTCAGCTCTACCAGGTGGATCCGTCTGGCTCTTATTTCTCATG
GAAAGCTTCTGCCATGGGAAAGAATGTTTCAAATGCTAAGACATTTCTTGAGAAGAGGTA
CACTGAAGATATGGAACTTGATGATGCCATTCACACTGCGATTTTAACATTGAAGGAAGG
TTTCGAGGGAGAAATCTCGAGCAAAAACATTGAGATTGGCAAGATTGGTGCTGACAAAGT
TT

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DS 

RD RR3HB81JQ 571 0 0
CGTCTCTACAAAGAACCCATCCCTGTTACTCAACTTGTAAGGGAAACCGCAACGGTGATG
CAAGAGTTTACTCAATCAGGTGGTGTTAGGCCGTTTGGAGTTTCTCTACTAGTGGCTGGG
TATGATGACAAAGGTCCTCAGCTCTACCAGGTGGATCCGTCTGGCTCTTATTTCTCATGG
AAAGCTTCTGCCATGGGAAAGAATGTTTCAAATGCTAAGACATTTCTTGAGAAGAGGTAC
ACTGAAGATATGGAACTTGATGATGCCATTCACACTGCGATTTTAACATTGAAGGAAGGT
TTCGAGGGAGAAATCTCGAGCAAAAACATTGAGATTGGCAAGATTGGTGCTGACAAAGTT
TTCAGGGTACTAACACCTGCAGAGATCGACGATTACTTGGCTGAAGTAGAGTAAACTTTT
ACCTTCCGTCCGTGCAGCTGAGCATGATTTGAATACTAATGCTATCTTTTGTTTTCTCTG
GCTGGTTGCACAAACTTGATGGTTAATTGCTTCTGTAAAACTTTTGGAACTTGTTAAGAC
TCTAGAATTATGTTCAAAATGTCATGCACAC

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3A287JQ 745 0 0
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CTCGTTGATGAAGCCTCTGTTCAAAAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAGTTGTT
TACAGTGGTATGGGTCCTGATTTCCGAGTTCTTGTGCGAAAGAGTAGGAAGCAGGCTGAG
CAATATAACCGTCTTTACAAAGAACCCATCCCTGTTACTCAACTTGTAAGGGAAACCGCA
ACGGTGATGCAAGAGTTTACTCAATCAGGTGGTGTTAGGCCGTTTGGAGTTTCTTTACTA
GTGGCTGGGTATGATGACAAAGGTCCTCAGCTTTACCAGGTGGATCCGTTTGGCTTTTAT
TTTTCATGGAAAGCTTTTGCCATGGGAAAGAATGTTTCAAATGCTAAGACATTTCTTGAG
AAGAGGTACACTGAAGATATGGAACTTGATGATGCCATTCACACTGCGATTTTAACATTG
AAGGAAGGTTTCGAGGGAGAAATCTCGAGCAAAAACATTGAGATTGGCAAGATTGGTGCT
GACAAAGTTTTCAGGGTACTAACACCTGCAGAGATCGACGATTACTTGGCTGAAGTAGAG
TAAACTTTTACCTTCCGTCCGTGCAGCTGAGCATGATTTGAATACTAATGCTATCTTTTG
TTTTCTCTGGCTGGTTGCACAAACTTGATGGTTAATTGCTTCTGTAAAACTTTTGGAACT
TGTTAAGACTCTAGAATTATGTTC
G

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3B975JQ 861 0 0
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TTCAAACGGAGTTGTCATTGCAACAGAGAAGAAACTTCCTTCCATTCTCGTTGATGAAGC
CTCTGTTCAAAAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAGTTGTTTACAGTGGTATGGG
TCCTGATTTCCGAGTTCTTGTGCGAAAGAGTAGGAAGCAGGCTGAGCAATATAACCGTCT
CTACAAAGAACCCATCCCTGTTACTCAACTTGTAAGGGAAACCGCAACGGTGATGCAAGA
GTTTACTCAATCAGGTGGTGTTAGGCCGTGTGGAGTTTCTCTACTAGTGGCTGGGTATGA
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TTCTGCCATGGGAAAGAATGTTTCAAATGCTAAGGCATTTCTTGAGAAGAGGTACGCTGA
AGATATGGAACTTGATGATGCCATTCACACTGCGATTTTAACATTGAAGGAAGGTTTCGA
GGGAGAA*TCTCGAGCAAAAACATTGAGATTGGCAAGATTGGTGCTGACAAAGTTTTCAG
GGTACTAACACCTGCAGAGATCGACGATTACTTGGCTGAAGTAGAGTAAACTTTTACCTT
CCGTCCGTGCAGCTGAGCATGATTTGAATACTAATGCTATCTTTTGTTTTCTCTGGCTGG
TTGCACAAACTTGATGGTTAATTGCTTCTGTAAAACTTTTGGAACTTGTTAAGACTCTAG
AATTATGTTCAAAATGTCATGCACACAAATTACTTGAGCCAAAACTTTAAATATTTTGTC
CATCTCCATTGGATTTTTAAG

QA 1 861 1 861
DS 



AS 2 6

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TGCCTTTGGCTCTCTTTCTTACTCAACTCTTGGAGCTTTCAAGTGCACACTCTTTCACTC
TCTCACTCTAGAAAGAAATCAATTATTGAACCTTAATTTGCTTTTGTTGTTCTCTTATTT
TAGGTATTCGGTGACTACTAATGGAGTTTGTGCTACATATTCTCTTCTTTCTGCTATCTT
TTTAATAGCGATTCCATGTCGTATAAGCAAGCCCAGACTCTGGACAGTGTTCTTGCTTGA
CCAAGTGGTCACGTATGCGGTTCTAGCGGCTGGGGCTGTATCTGCAGAGACGGTATATTT
AGCATATAAAGGAAACTTGAACATCACTTGGAGCTCTGCTTGTGATTATTATGGAATCTT
CTGTCACAAGGCACTAGTCTCGGTTATATTAGCACTCCTTGTGTCTGTTCTTTACGTGTC
GCTCTCATTCATCTCTTCCTATAGACTCTTTAGCAGATTTGAAGCACCTAAGCAGTGAAA
GAAAGAAACACATAAGCAGGAGGAAGGTACATGTATACGAAAAACTACTTTGGGCAAAAT
GAATGTGAAAGTTGAATAAAATAGTAACTGATATTAAGGTTTTGTTTCGCTAATGTTTAT
ACCTTAGTTTTTTCTTTAACAAAATCATACATTCAAAAATGGTGATCAAAACCAAATCTG
TCATCTGACAAAACTAAACATGCATGATTATTTCCCGTTAATGCAATACAAATGGTCCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AU50JQ C 1
AF RR3AU50TF U 1
BS 1 779 RR3AU50TF

RD RR3AU50JQ 779 0 0
GGCATCAATGGCTCTAAGTATTGCGAGTCTCGTGATCATGATCAAAAACTCTATCTCCAA
TGCCTTTGGCTCTCTTTCTTACTCAACTCTTGGAGCTTTCAAGTGCACACTCTTTCACTC
TCTCACTCTAGAAAGAAATCAATTATTGAACCTTAATTTGCTTTTGTTGTTCTCTTATTT
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TTTAATAGCGATTCCATGTCGTATAAGCAAGCCCAGACTCTGGACAGTGTTCTTGCTTGA
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CTGTCACAAGGCACTAGTCTCGGTTATATTAGCACTCCTTGTGTCTGTTCTTTACGTGTC
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GAAAGAAACACATAAGCAGGAGGAAGGTACATGTATACGAAAAACTACTTTGGGCAAAAT
GAATGTGAAAGTTGAATAAAATAGTAACTGATATTAAGGTTTTGTTTCGCTAATGTTTAT
ACCTTAGTTTTTTCTTTAACAAAATCATACATTCAAAAATGGTGATCAAAACCAAATCTG
TCATCTGACAAAACTAAACATGCATGATTATTTCCCGTTAATGCAATACAAATGGTCCT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3AU50TF 779 0 0
GGCATCAATGGCTCTAAGTATTGCGAGTCTCGTGATCATGATCAAAAACTCTATCTCCAA
TGCCTTTGGCTCTCTTTCTTACTCAACTCTTGGAGCTTTCAAGTGCACACTCTTTCACTC
TCTCACTCTAGAAAGAAATCAATTATTGAACCTTAATTTGCTTTTGTTGTTCTCTTATTT
TAGGTATTCGGTGACTACTAATGGAGTTTGTGCTACATATTCTCTTCTTTCTGCTATCTT
TTTAATAGCGATTCCATGTCGTATAAGCAAGCCCAGACTCTGGACAGTGTTCTTGCTTGA
CCAAGTGGTCACGTATGCGGTTCTAGCGGCTGGGGCTGTATCTGCAGAGACGGTATATTT
AGCATATAAAGGAAACTTGAACATCACTTGGAGCTCTGCTTGTGATTATTATGGAATCTT
CTGTCACAAGGCACTAGTCTCGGTTATATTAGCACTCCTTGTGTCTGTTCTTTACGTGTC
GCTCTCATTCATCTCTTCCTATAGACTCTTTAGCAGATTTGAAGCACCTAAGCAGTGAAA
GAAAGAAACACATAAGCAGGAGGAAGGTACATGTATACGAAAAACTACTTTGGGCAAAAT
GAATGTGAAAGTTGAATAAAATAGTAACTGATATTAAGGTTTTGTTTCGCTAATGTTTAT
ACCTTAGTTTTTTCTTTAACAAAATCATACATTCAAAAATGGTGATCAAAACCAAATCTG
TCATCTGACAAAACTAAACATGCATGATTATTTCCCGTTAATGCAATACAAATGGTCCT

QA 1 779 1 779
DS 



CO CL1102Contig2 642 4 4 U
GGAAAAGAAAATGGACAAGACTGATCAAAATGTTAACCGAACGGAGAGAACTGTAGGGAC
GGTCCTGCGAGTCGCATCAATGGCTCTAAGTATTGCGAGTCTCGTGATCATGATCAAAAA
CTCTATCTCCAATGACTTTGGCTCTCTTTCTTACTCAACTCTTGGAGCTTTCAAGTATTT
GGTGACTACTAATGGAGTTTGCGCTACATATTCTCTTCTTTCTGCTATCTTTTTAATAGC
GATTCCATGTCGTATAAGCAAGCCCAGACTCTGGACAGTGTTCTTGCTTGACCAAGTGGT
CACGTATGCGGTTCTAGCGGCTGGGGCTGTATCTGCAGAGACGGTATATTTAGCATATAA
AGGAAACTTGAACATCACTTGGAGCTCTGCTTGTGATTATTATGGAACCTTCTGTCACAA
GGCACTAGTCTCGGTTATATTAGCACTCCTTGTGTCTGTTCTTTACGTGTCGCTCTCATT
CATCTCTTCCTATAGACTCTTTAGCAGATTTGAAGCACCTAAGCAGTGAAAGAAAGAAAC
ACATAAGCAGGAGGAAGGTACATGTATACGAAAAACTACTTTGGGCAAAATGAATGTGAA
AGTTGAATAAAATAGTAACTGATATTAAGGTTTTGTTTCGCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3E873TF U 1
AF RR3E873JQ C 1
AF RR3D365TF U 12
AF RR3D365JQ C 160
BS 1 3 RR3E873JQ
BS 4 424 RR3E873TF
BS 425 641 RR3D365TF
BS 642 642 RR3D365JQ

RD RR3E873TF 424 0 0
GGA
AAAGAAAATGGACAAGACTGATCAAAATGTTAACCGAACGGAGAGAACTGTAGGGACGGT
CCTGCGAGTCGCATCAATGGCTCTAAGTATTGCGAGTCTCGTGATCATGATCAAAAACTC
TATCTCCAATGACTTTGGCTCTCTTTCTTACTCAACTCTTGGAGCTTTCAAGTATTTGGT
GACTACTAATGGAGTTTGCGCTACATATTCTCTTCTTTCTGCTATCTTTTTAATAGCGAT
TCCATGTCGTATAAGCAAGCCCAGACTCTGGACAGTGTTCTTGCTTGACCAAGTGGTCAC
GTATGCGGTTCTAGCGGCTGGGGCTGTATCTGCAGAGACGGTATATTTAGCATATAAAGG
AAACTTGAACATCACTTGGAGCTCTGCTTGTGATTATTATGGAACCTTCTGTCACAAGGC
A

QA 4 424 4 424
DS 

RD RR3E873JQ 642 0 0
GGAAAAGAAAATGGACAAGACTGATCAAAATGTTAACCGAACGGAGAGAACTGTAGGGAC
GGTCCTGCGAGTCGCATCAATGGCTCTAAGTATTGCGAGTCTCGTGATCATGATCAAAAA
CTCTATCTCCAATGACTTTGGCTCTCTTTCTTACTCAACTCTTGGAGCTTTCAAGTATTT
GGTGACTACTAATGGAGTTTGCGCTACATATTCTCTTCTTTCTGCTATCTTTTTAATAGC
GATTCCATGTCGTATAAGCAAGCCCAGACTCTGGACAGTGTTCTTGCTTGACCAAGTGGT
CACGTATGCGGTTCTAGCGGCTGGGGCTGTATCTGCAGAGACGGTATATTTAGCATATAA
AGGAAACTTGAACATCACTTGGAGCTCTGCTTGTGATTATTATGGAACCTTCTGTCACAA
GGCACTAGTCTCGGTTATATTAGCACTCCTTGTGTCTGTTCTTTACGTGTCGCTCTCATT
CATCTCTTCCTATAGACTCTTTAGCAGATTTGAAGCACCTAAGCAGTGAAAGAAAGAAAC
ACATAAGCAGGAGGAAGGTACATGTATACGAAAAACTACTTTGGGCAAAATGAATGTGAA
AGTTGAATAAAATAGTAACTGATATTAAGGTTTTGTTTCGC
T

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3D365TF 631 0 0
TGGACAAGACTGATCAAAATGTTAACCGAACGGAGAGAACTGTAGGGACGGTCCTGCGAG
TCGCATCAATGGCTCTAAGTATTGCGAGTCTCGTGATCATGATCAAAAACTCTATCTCCA
ATGACTTTGGCTCTCTTTCTTACTCAACTCTTGGAGCTTTCAAGTATTTGGTGACTACTG
ATGGAGTTTGTGCTACATATTCTCTTCTTTCTGCTATCTTTTTAATAGCGATTCCATGTC
GTATAAGCAAGCCCAGACTCTGGACAGTGTTCTTGCTTGACCAAGTGGTCACGTATGCGG
TTCTAGCGGCTGGGGCTGTATCTGCAGAGACGGTATATTTAGCATATAAAGGAAACTTGA
ACATCACTTGGAGCTCTGCTTGTGATTATTATGGAATCTTCTGTCACAAGGCACTAGTCT
CGGTTATATTAGCACTCCTTGTGTCTGTTCTTTACGTGTCGCTCTCATTCATCTCTTCCT
ATAGACTCTTTAGCAGATTTGAAGCACCTAAGCAGTGAAAGAAAGAAACACATAAGCAGG
AGGAAGGTACATGTATACGAAAAACTACTTTGGGCAAAATGAATGTGAAAGTTGAATAAA
ATAGTAACTGATATTAAGGTTTTGTTTCGC
C

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3D365JQ 483 0 0
TCTG
GGAGCTTTCAAGTATTTGGTGACTACTGATGGAGTTTGTGCTACATATTCTCTTCTTTCT
GCTATCTTTTTAATAGCGATTCCATGTCGTATAAGCAAGCCCAGACTCTGGACAGTGTTC
TTGCTTGACCAAGTGGTCACGTATGCGGTTCTAGCGGCTGGGGCTGTATCTGCAGAGACG
GTATATTTAGCATATAAAGGAAACTTGAACATCACTTGGAGCTCTGCTTGTGATTATTAT
GGAATCTTCTGTCACAAGGCACTAGTCTCGGTTATATTAGCACTCCTTGTGTCTGTTCTT
TACGTGTCGCTCTCATTCATCTCTTCCTATAGACTCTTTAGCAGATTTGAAGCACCTAAG
CAGTGAAAGAAAGAAACACATAAGCAGGAGGAAGGTACATGTATACGAAAAACTACTTTG
GGCAAAATGAATGTGAAAGTTGAATAAAATAGTAACTGATATTAAGGTTTTGTTTCGCC

QA 5 483 5 483
DS 



AS 2 6

CO CL1103Contig1 590 4 5 U
GGGATCCCCAATTCGTGGATTAGGGATAACTCTTTTTTTTCTTACATATCTCTCCCTACT
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ATCAAAGGGAAGAAGGTGAAGGAGCTTCCTTCCTACATCAAATCGTCGTTTTCAACTCAG
TCCGTGAAGACGTATGTGAAGAAAGGTCTCGATAACTACAACGACAAATACATCCAGACC
AGCTCCGTCCAACCTCTCCTCCACATCTGCTTCGGAGGCATGGCCTTCTCTTACCTCGTC
GCTCTCCCTAACGAGCGTCGCCATCTCGAGCACCAGCAGCACGCCAAGGAGCACGGTGGT
CATTGATCTCCAGATGTTGGTTTCTGCGATGGTGTGACGGACTGAAGATTGCATGTCTTG
TTATTTCTTATTTTCCTGAATCTCCTTGATTGATATTATTGTTGATCAAAAGGAAAACCT
TCTTTTTTTTTCTTTTCGAAACTGAAGCTTGATGATATTGATGAATAATGAAACTGTTGT
TTCTTTTGATCGTAATATAAGCTGTGGATTCAGCATTTCGTTTTGTTCCG


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

AF RR3AV94JQ C 1
AF RR3H822JQ C 2
AF RR3H822TF U 2
AF RR3AV94TF U 1
BS 1 1 RR3AV94JQ
BS 2 499 RR3H822TF
BS 500 500 RR3AV94TF
BS 501 589 RR3H822TF
BS 590 590 RR3AV94JQ

RD RR3AV94JQ 590 0 0
GGGATCCCCAATTCGTGGATTAGGGTTAACTCTTTTTTT*CTTACATATCTCTCCCTACT
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ATCAAAGGGAAGAAGGTGAAGGAGCTTCCTTCCTACATCAAATCGTCGTTTTCAACTCAG
TCCGTGAAGACGTATGTGAAGAAAGGTCTCGATAACTACAACGACAAATACATCCAGACC
AGCTCCGTCCAACCTCTCCTCCACATCTGCTTCGGAGGCATGGCCTTCTCTTACCTCGTC
GCTCTCCCTAACGAGCGTCGCCATCTCGAGCACCAGCAGCACGCCAAGGAGCACGGTGGT
CATTGATCTCCAGATGTTGGTTTCTGCGATGGTGTGACGGACTGAAGATTGCATGTCTTG
TTATTTCTTATTTTCCTGAATCTCCTTGATTGATATTATTGTTGATCAAAAGGAAAACCT
TCTTTTTTTTTCTTTTCGAAACTGAAGCTTGATGATATTGATGAATAATGAAACTGTTGT
TTCTTTTGATCGTAATATAAGCTGTGGATTCAGCATTTCGTTTTGTTCCG

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3H822JQ 588 0 0
GGATCCCCAATTCGTGGATTAGGGATAACTCTTTTTTTTCTTACATATCTCTCCCTACTC
GTGGGCGCAAACAAACGAATTCGAGATCGAAAATGGCGATGAGGAGAGTATACAGCGAGA
TCAAAGGGAAGAAGGTGAAGGAGCTTCCTTCCTACATCAAATCGTCGTTTTCAACTCAGT
CCGTGAAGACGTATGTGAAGAAAGGTCTCGATAACTACAACGACAAATACATCCAGACCA
GCTCCGTCCAACCTCTCCTCCACATCTGCTTCGGAGGCATGGCCTTCTCTTACCTCGTCG
CTCTCCCTAACGAGCGTCGCCATCTCGAGCACCAGCAGCACGCCAAGGAGCACGGTGGTC
ATTGATCTCCAGATGTTGGTTTCTGCGATGGTGTGACGGACTGAAGATTGCATGTCTTGT
TATTTCTTATTTTCCTGAATCTCCTTGATTGATATTATTGTTGATCAAAAGGAAAACCTT
CTTTTTTTTTCTTTTCGAGACTGAAGCTTGATGATATTGATGAATAATGAAACTGTTGTT
TCTTTTGATCGTAATATAAGCTGTGGATTCAGCATTTCGTTTTGTTCC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3H822TF 588 0 0
GGATCCCCAATTCGTGGATTAGGGATAACTCTTTTTTTTCTTACATATCTCTCCCTACTC
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TCAAAGGGAAGAAGGTGAAGGAGCTTCCTTCCTACATCAAATCGTCGTTTTCAACTCAGT
CCGTGAAGACGTATGTGAAGAAAGGTCTCGATAACTACAACGACAAATACATCCAGACCA
GCTCCGTCCAACCTCTCCTCCACATCTGCTTCGGAGGCATGGCCTTCTCTTACCTCGTCG
CTCTCCCTAACGAGCGTCGCCATCTCGAGCACCAGCAGCACGCCAAGGAGCACGGTGGTC
ATTGATCTCCAGATGTTGGTTTCTGCGATGGTGTGACGGACTGAAGATTGCATGTCTTGT
TATTTCTTATTTTCCTGAATCTCCTTGATTGATATTATTGTTGATCAAAAGGAAAACCTT
CTTTTTTTTTCTTTTCGAGACTGAAGCTTGATGATATTGATGAATAATGAAACTGTTGTT
TCTTTTGATCGTAATATAAGCTGTGGATTCAGCATTTCGTTTTGTTCC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3AV94TF 590 0 0
G
GGATCCCCAATTCGTGGATTAGGGTTAACTCTTTTTTT*CTTACATATCTCTCCCTACTC
GTGGGCGCAAACAAACGAATTCGAGATCGAAAATGGCGATGAGGAGAGTATACAGCGAGA
TCAAAGGGAAGAAGGTGAAGGAGCTTCCTTCCTACATCAAATCGTCGTTTTCAACTCAGT
CCGTGAAGACGTATGTGAAGAAAGGTCTCGATAACTACAACGACAAATACATCCAGACCA
GCTCCGTCCAACCTCTCCTCCACATCTGCTTCGGAGGCATGGCCTTCTCTTACCTCGTCG
CTCTCCCTAACGAGCGTCGCCATCTCGAGCACCAGCAGCACGCCAAGGAGCACGGTGGTC
ATTGATCTCCAGATGTTGGTTTCTGCGATGGTGTGACGGACTGAAGATTGCATGTCTTGT
TATTTCTTATTTTCCTGAATCTCCTTGATTGATATTATTGTTGATCAAAAGGAAAACCTT
CTTTTTTTTTCTTTTCGAAACTGAAGCTTGATGATATTGATGAATAATGAAACTGTTGTT
TCTTTTGATCGTAATATAAGCTGTGGATTCAGCATTTCGTTTTGTTCC
G

QA 2 589 2 589
DS 



CO CL1103Contig2 561 2 1 U
GGGTGGATTAGGGTTAACTTTAATATCTCTTCTCTTCTCGTGGGCGCAAACAACGAATCA
AGATCGGAAATGGCGATGAGGAGAGTATACAGCGAGATCAAAGGGAAGAAGGTGAAGGAG
CTTCCTTCCTACATCAAATCGTCGTTTTCGACGCAGTCCGTGAAGACGTATGTGAAGAAA
GGTCTCGATAACTACAACGACAAATACATCCAGACCAGCTCCGTCCAACCTCTCCTCCAC
ATCTGCTTCGGAGGCATGGCTTTCTCTTACCTCGTCGCTCTCCCTAACGAGCGTCGCCAT
CTCGAGCACCAGCAGCATGCCAAGGAGCACGGTGGCCATTGATCTCCAGATGTTGGTTTC
TGCGATGGTGTGACGGCTGAAGATTGCATGTCTTTGTTATTTCTTATTTTCCTGAATCTC
CTGGATTGATATTATTTATTGATCTAAAGGAAAACCTTTTCTTTTTTTTTCTTTTCAAAA
CTGAAGCTTGATGATATTGATGAATAATGAAACTGTTGTTTCTTTTATCGTAATATAAGC
TGTGGATTCAGCATTTCGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EJ52TF U 1
AF RR3EJ52JQ C 84
BS 1 561 RR3EJ52TF

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ATCTGCTTCGGAGGCATGGCTTTCTCTTACCTCGTCGCTCTCCCTAACGAGCGTCGCCAT
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TGTGGATTCAGCATTTCGTTT

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3EJ52JQ 478 0 0
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GTTTTCGACGCAGTCCGTGAAGACGTATGTGAAGAAAGGTCTCGATAACTACAACGACAA
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CTCTTACCTCGTCGCTCTCCCTAACGAGCGTCGCCATCTCGAGCACCAGCAGCATGCCAA
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ATAATGAAACTGTTGTTTCTTTTATCGTAATATAAGCTGTGGATTCAGCATTTCGTTT

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 6

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CATTAGTTTTGTTGGGTCTCTTTGCAATTCTTTTCGTCATCTCAGAAGTTGCCGCGGCGT
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ACGGAGGAGGACACAATGGAGGAGGATACAACGGAGGAGGCCGAGGTGGAGGATACAACG
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GCTCAAGGTGTTGCTCATATGCCGGAGAAGCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AU77JQ C 141
AF RR3BU85TF U 5
AF RR3AU77TF U 8
AF RR3G607TF U 1
AF RR3ER12JQ C 120
AF RR3G607JQ C 192
BS 1 710 RR3G607TF
BS 711 716 RR3G607JQ

RD RR3AU77JQ 506 0 0
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GGAGGATACAACGGAGGAGGCCGAGGTGGAGGATACAACGGAGGAGGCCGAGGAGGAGGT
TACTGCCGCCACGGCTGCTGCTACAGAGGTTACCGTGGCTGCTCAAGGTGTTGCTCATAT
GCCGGAGAAGCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTCGATAACGTATAAACCCACC
ACCATATATGCAGTTATGTGTCTTTATGAGTACGAAACGTCGAAAACCATCGTGGTGTGT
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ATTATGAGAATAAAGTTTGATTAT
AC

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR3BU85TF 607 0 0
GGATC
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GTGGCCGCGGTGGCAATGGAGGCTACAACGGAGGGGGAGGTTACAACGGAGGGGGAGGAT
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GACACAATGGAGGAGGATACAACGGAGGAGGCCGAGGTGGAGGATACAACGGAGGAGGCC
GAGGAGGAGGTTACTGCCGCCACGGCTGCTGCTACAGAGGTTACCGTGGCTGCTCAAGGT
GTTGCTCATATGCCGGAGAAGCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTCGATAACGT
ATAAACCCACCACCATATATGCAGTTATGTGTCTTTATGAGTACGAAACGTCGAAAACCA
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TA

QA 6 607 6 607
DS 

RD RR3AU77TF 639 0 0
GG
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GTGGCCGCGGTGGCAATGGAGGCTACAACGGAGGGGGAGGTTACAACGGAGGGGGAGGAT
ACAATGGAGGCGGAGGATACAACGGAGGAGGACACAATGGAGGAGGATACAACGTAGGAG
GACACAATGGAGGAGGATACAACGGAGGAGGCCGAGGTGGAGGATACAACGGAGGAGGCC
GAGGAGGAGGTTACTGCCGCCACGGCTGCTGCTACAGAGGTTACCGTGGCTGCTCAAGGT
GTTGCTCATATGCCGGAGAAGCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTCGATAACGT
ATAAACCCACCACCATATATGCAGTTATGTGTCTTTATGAGTACGAAACGTCGAAAACCA
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AC

QA 3 637 3 637
DS 

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ATGGTGGTGGTGGCCGCGGTGGCAATGGAGGCTACAACGGAGGGGGAGGTTACAACGGAG
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ACGGAGGAGGACACAATGGAGGAGGATACAACGGAGGAGGCCGAGGTGGAGGATACAACG
GAGGAGGCCGAGGAGGAGGTTACTGCCGCCACGGCTGCTGCTACAGAGGTTACCGTGGCT
GCTCAAGGTGTTGCTCATATGCCGGAGAAGCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGT
CGATAACGTATAAACCCACCACCATATATGCAGTTATGTGTCTTTATGAGTACGAAACGT
CGAAAACCATCGTGGTGTGTTTGTAATGAATAATGATGTAAGTGACTTTTAGTGAAGGCC
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GTATTC

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DS 

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AACGGAGGAGGACACAATGGAGGAGGATACAACGGAGGAGGCCGAGGTGGAGGATACAAC
GGAGGAGGCCGAGGAGGAGGTTACTGCCGCCACGGCTGCTGCTACAGAGGTTACCGTGGC
TGCTCAAGGTGTTGCTCATATGCCGGAGAAGCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAG
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QA 1 588 1 588
DS 

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CTTTCGTGGCTGTCATAATAAAATCGTTTGTAGTTTATGGTATTC

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 7

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BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 10 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB15JQ C 1
AF RR3BB15TF U 1
AF RR3D692TF U 17
AF RR3CZ67JQ C 1
AF RR3CZ67TF U 1
AF RR3GZ81JQ C 64
AF RR3GZ81TF U 64
BS 1 446 RR3BB15TF
BS 447 450 RR3GZ81TF
BS 451 456 RR3GZ81JQ

RD RR3BB15JQ 446 0 0
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TCCTCGTATCAAATTTCCTCAGAGACATTCCTCTTTTGCTACTTCATCAGGTTCTGGACC
AGCGCAGGGATCCGTTGCCGGCGGCAAGAGAAACGTGACGGCGAGTTCAGATGTCCCGGC
GGCCCCGAAGAACATTGCTGATGGAGGGAAAGCATCACTCCAGCCTAAACGCACTCCTGT
CTCCGACAAGGAAATCGAATCCATAATGTTGGGAGGTTGCATCTGATGTTTGAAGATTTG
ATCATCACTTTGGGCTTCTTGTCTTTTTCGGCTGGTGAACTTTATTATATGCTATTTTAA
TGTAAAGGAAGAACTAGTAATGCAGAGAAGATGATGTGTTGTATGAATGATTCTGTTTCT
CTTTGTCAATTAAAAAA*CAAAGTCG

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3BB15TF 446 0 0
AGAACAAAGCAAAAACTTTATCAACTCAAGAATCAATAGGAAGCAGAAGATGAAGAGAAT
TCCTCGTATCAAATTTCCTCAGAGACATTCCTCTTCTGCTACTTCATCAGGTTCTGGACC
AGCGCAGGGATCCGTTGCCGGCGGCAAGAGAAACGTGACGGCGAGTTCAGATGTCCCGGC
GGCCCCGAAGAACATTGCTGATGGAGGGAAAGCATCACTCCAGCCTAAACGCACTCCTGT
CTCCGACAAGGAAATCGAATCCATAATGTTGGGAGGTTGCATCTGATGTTTGAAGATTTG
ATCATCACTTTGGGCTTCTTGTCTTTTTCGGCTGGTGAACTTTATTATATGCTATTTTAA
TGTAAAGGAAGAACTAGTAATGCAGAGAAGATGATGTGTTGTATGAATGATTCTGTTTCT
CTTTGTCAATTAAAAAA*CAAAGTCG

QA 1 446 1 446
DS 

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TTC
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CAGAGACATTCCTCTTCTGCTACTTCATCAGGTTCTGGACCAGCGCAGGGATCCGTTGCC
GGCGGCAAGAGAAACGTGACGGCGAGTTCAGATGTCCCGGCGGCCCCGAAGAACATTGCT
GATGGAGGGAAAGCATCACTCCAGCCTAAACGCACTCCTGTCTCCGACAAGGAAATCGAA
TCCATAATGTTGGGAGGTTGCATCTGATGTTTGAAGATTTGATCATCACTTTGGGCTTCT
TGTCTTTTTCGGCTGGTGAACTTTATTATATGCTATTTTAATGTAAAGGAAGAACTAATA
ATGCAGAGAAGATGATGTGTTGTATGAATGATTCTGTTTCTCTTTGTCAATTAAAAAA*C
AAAGTC
TATATT

QA 4 429 4 429
DS 

RD RR3CZ67JQ 446 0 0
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TCCTCGTATCAAATTTCCTCAGAGACATTCCTCTTCTGCTACTTCATCAGGTTCTGGACC
AGCGCAGGGATCCGTTGCCGGCGGCAAGAGAAACGTGACGGCGAGTTCAGATGTCCCGGC
GGCCCCGAAGAACATTGCTGATGGAGGGAAAGCATCACTCCAGCCTAAACGCACTCCTGT
CTCCGACAAGGAAATCGAATCCATAATGTTGGGAGGTTGCATCTGATGTTTGAAGATTTG
ATCATCACTTTGGGCTTCTTGTCTTTTTCGGCTGGTGAACTTTATTATATGCTATTTTAA
TGTAAAGGAAGAACTAGTAATGCAGAGAAGATGATGTGTTGTATGAATGATTCTGTTTCT
CTTTGTCAATTAAAAAA*CAAAGTCG

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3CZ67TF 446 0 0
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TCCTCGTATCAAATTTCCTCAGAGACATTCCTCTTCTGCTACTTCATCAGGTTCTGGACC
AGCGCAGGGATCCGTTGCCGGCGGCAAGAGAAACGTGACGGCGAGTTCAGATGTCCCGGC
GGCCCCGAAGAACATTGCTGATGGAGGGAAAGCATCACTCCAGCCTAAACGCACTCCTGT
CTCCGACAAGGAAATCGAATCCATAATGTTGGGAGGTTGCATCTGATGTTTGAAGATTTG
ATCATCACTTTGGGCTTCTTGTCTTTTTCGGCTGGTGAACTTTATTATATGCTATTTTAA
TGTAAAGGAAGAACTAGTAATGCAGAGAAGATGATGTGTTGTATGAATGATTCTGTTTCT
CTTTGTCAATTAAAAAA*CAAAGTCG

QA 1 446 1 446
DS 

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GG
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CACTTTGGGCTTCTTGTCTTTTTCGGCTGGTGAACTTTATTATATGCTATTTTAATGTAA
AGGAAGAACTAGTAATGCAGAGAAGATGATGTGTTGTATGAATGATTCTGTTTCTCTTTG
TCAATTAAAAAAACAAAGTCTATATAGTTTC

QA 3 393 3 393
DS 

RD RR3GZ81TF 393 0 0
GG
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AGGGATCCGTTGCCGGCGGCAAGAGAAACGTGACAGCGGGTTCAGATGTCCCGGCGGCCC
CGAAGAACATTGCTGATGGAGGGAAAGCATCACTCCAGCCTAAACGCACTCCTGTCTCCG
ACAAGGAAATCGAATCCATAATGTTGGGAGGTTGCATCTGATGTTTGAAGATTTGATCAT
CACTTTGGGCTTCTTGTCTTTTTCGGCTGGTGAACTTTATTATATGCTATTTTAATGTAA
AGGAAGAACTAGTAATGCAGAGAAGATGATGTGTTGTATGAATGATTCTGTTTCTCTTTG
TCAATTAAAAAAACAAAGTCTATAT
AGTTTC

QA 3 387 3 387
DS 



AS 1 5

CO CL1106Contig1 916 5 17 U
GGGAGTAAGGCTTTCCTCTGCTTCACCTTTCAGGTTCAGAGATTCGTCAACTGAGAGAAA
CTCAAGATGAGTAAGCTTCAGAGCGAGGCTCTTAGAGAAGCCATCACGACCATCAAGGGC
AAATCTGAGGAGAAGAAGCGTAACTTTACGGAGACGGTTGAGCTTCAGATTGGTCTGAAG
AACTATGACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGATCTGTCAAGCTCCCGCACATTCCT
CGCCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGAGATGCTCAGCATGTTGAGGAGGCTGAGAAG
ATGGGACTAGACTCTATGGATGTTGAGGCTTTGAAAAAGCTCAACAAGAACAAGAAGCTT
GTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCTTGGCTTCTGAGTCTGTCATCAAGCAG
ATTCCCCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAACAAAGCAGGAAAGTTCCCAACACTGGTGAGT
CACCAAGAGTCGTTGGAAGGGAAGGTGAACGAGACCAAAGCGACTGTGAAGTTCCAGTTG
AAGAAGGTTCTGTGTATGGGTGTTGCTGTCGGTAACCTTTCCATGGAAGAGAAGCAGCTC
TTCCAGAATGTTCAGATGAGCATCAACTTCCTTGTCTCGCTCTTGAAGAAGAATTGGCAA
AACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACCATGGGACCACCACAGAGAATCTTTTGAGTT
CTCGACTCCTGTCATCTTGGAACTTTTGCTTTGTGGTTTTTGTTTGCTTCAGAGATCTTG
AGTTATGGTTTTGTTTGATATTAGCAGAACTGAGGTGTTAGTTTGCTTTTTGTTAAGACA
TTATAATATGCAATGTTGGATTCTACAATATCGACTCTCCGATTCAGTTTTATCTTATCT
ATTCCGTGAATTGCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EW81TF U 5
AF RR3ER47TF U 1
AF RR3AS14TF U 5
AF RR3EW81JQ C 178
AF RR3F854JQ C 146
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BS 151 176 RR3ER47TF
BS 177 177 RR3EW81TF
BS 178 221 RR3ER47TF
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GG
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QA 3 540 3 540
DS 

RD RR3ER47TF 658 0 0
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QA 1 658 1 658
DS 

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GG
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GAGGAGAAGAAGCGTAACTTTACGGAGACGGTTGAGCTTCAGATTGGTCTGAAGAACTAT
GACCCGCAAAAGGACAAGCGTTTCAGTGGATCTGTCAAGCTCCCGCACATTCCTCGCCCT
AAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGAGATGCTCAGCATGTTGAGGAGGCTGAGAAGATGGGA
CTAGATTCTATGGATGTTGAGGCTTTGAAAAAGCTCAACAAGAACAAGAAGCTTGTTAAG
AAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCTTGGCTTCTGAGTCTGTCATCAAGCAGATTCCC
CGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAACAAAGCAGGAAAGTTCCCAACACTGGTGAGTCACCAA
GAGTCGTTGGAAGGGAAGGTGAACGAGACCAA*GCGACTGTGAAGTTCCAGTTGAAGAAG
GTTCTGTGTATGGGTGTTGCTGTCGGTAACCTTTCCATGGAAGAGAAGCAGCTCTTCCAG
AATGTTCAGATGAGCATCAACTTCCTTGTCTCGCTCTTGAAGAAGAATTGGCAAAACGTG
AGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACCATGGGACCACCACAGAGAATCTTTTGAGTTCTCGAC
TCCTGTCATCTTGGAACTTTTGCTTTGTGGTTTTTGTTTGCTTCAGAGATCTTGAGTTAT
GGTTTTGTTTGATATTAGCAGA
ACTG

QA 3 804 3 804
DS 

RD RR3EW81JQ 695 0 0
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CCTCGCCCTAAGATGAAGGTCTGCATGCTTGGAGATGCTCAGCATGTTGAGGAGGCTGAG
AAGATGGGACTAGACTCTATGGATGTTGAGGCTTTGAAAAAGCTCAACAAGAACAAGAAG
CTTGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACCATGCTTTCTTGGCTTCTGAGTCTGTCATCAAG
CAGATTCCCCGTCTTCTTGGTCCTGGTCTTAACAAAGCAGGAAAGTTCCCAACACTGGTG
AGTCACCAAGAGTCGTTGGAAGGGAAGGTGAACGAGACCAAAGCGACAGTCAAGTTCCAG
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CTCTTTCAGAATGTTCAGATGAGCATCAACTTCCTTGTCTCTCTCTTGAAGAAGAATTGG
CAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGAGCACCATGGGACCACCACAGAGAATCTTTTGA
GTTCTCCACTCCTATCATCTTGGAACTTTTGCTTTGTGGTTTTTGTTTGTTTCAGAGATC
TTGAGTTATGGTTT*GTTTGTTATTAGCAGAGCTGAGGTGTTAGTTTTCTTTTTGTTAAG
ACATTATAATATGCAATGTTGGATTTTACAATA
CC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3F854JQ 771 0 0
TTACGGAGACGGTTGAGCTTCAGATTGGTCTGAAGAACTATGACCCGCAAAAGGACAAGC
GTTTCAGTGGATCTGTCAAGCTCCCGCACATTCCTCGCCCTAAGATGAAGGTCTGCATGC
TTGGAGATGCTCAGCATGTTGAGGAGGCTGAGAAGATGGGACTAGATTCTATGGATGTTG
AGGCTTTGAAAAAGCTCAACAAGAA*AAGAAGCTTGTTAAGAAGCTTGCCAAGAAGTACC
ATGCTTTCTTGGCTTCTGAGTCTGTCATCAAGCAGATTCCCCGTCTTCTTGGTCCTGGTC
TTAACAAAGCAGGAAAGTTCCCAACACTGGTGAGTCACCAAGAGTCGTTGGAAGGGAAGG
TGAACGAGACCAAAGCGACTGTGAAGTTCCAGTTGAAGAAGGTTCTGTGTATGGGTGTTG
CTGTCGGTAACCTTTCCATGGAAGAGAAGCAGCTCTTCCAGAATGTTCAGATGAGCATCA
ACTTCCTTGTCTCGCTCTTGAAGAAGAATTGGCAAAACGTGAGGTGTTTGTACTTGAAGA
GCACCATGGGACCACCACAGAGAATCTTTTGAGTTCTCGACTCCTGTCATCTTGGAACTT
TTGCTTTGTGGTTTTTGTTTGCTTCAGAGATCTTGAGTTATGGTTTTGTTTGATATTAGC
AGAACTGAGGTGTTAGTTTGCTTTTTGTTAGGACATTATAATATGCAATGTTGGATTCTA
CAATATCGACTCTCCGATTCAGTTTTATCTTATCTATTCCGTGAATTGCGT

QA 1 771 1 771
DS 



AS 2 5

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TAACAAACACTACAAGAGCTTTCGCTGGGTGAAGGAGAGATATATAGATCTCTTTTTAAC
ACCCTTTCATCGTCTCGAGTAAACGTGTCTAAAGGCTCACGCTTTAAGAGTTTTCGAGAA
GGATTAGAAAAATGGCAGATGGGATATCGAGCTTCTGGGGTCCAGTGACTTCCACCATAG
AGTGTTGTGAGAAGAACTACGCCTACTCCTCTTACATCGCAGAGTTCTACAACACCATCT
CCAACGTCCCTGGGATCCTCTTGGCTCTCATCGGTCTCGTCAATGCCTTAAGGCAACGGT
TCGAGAAGAGGTTCAGCATCCTCCACATCTCCAACATGATCCTCGCTATCGGCAGCATGC
TCTACCACGCCACTTTGCAGCACGTGCAACAACAGAGTGATGAGACGCCGATGGTGTGGG
AGATACTTCTCTACATGTACATCCTTTACTCACCGGACTGGCATTACAGAAGCACCATGC
CCACTTTTCTCTTCCTCTACGGTGCTGCTTTCGCTGTCGTCCACGCTTTCCTCAGGTTTG
GGATCGGTTTCAAGGTCCACTACGTGGTCCTCTGCCTTCTTTGCATCCCTCGGATGTACA
AGTACTACATTCACACGGAGGACACCGCGGCTAAAAGGATTGCGAAGTGGTATGTCGCCA
CCATCCTGGTGGGGAGTGTTTGCTGGTTCTGTGACCGTGTTTTCTGCAAGAGGATATCTC
AGTGGCCTGTGAATCCTCAGGGACATGCTCTGTGGCATGTGTTCATGAGTTTCAACTCTT
ACTGTGCGAACACGTTCTTGATGTTCTGTCGGGCTCAGCAGCGTGGATGGAATCCGAAGT
TAAATACTTTCTGGGAGTTCTTCCTTACGTCAAGATCGAGAAGCCAAAGCAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3D582TF U 1
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DS 

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GT
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CTTTGCATCCCTCGGATGTACAAGTACTACATTCACACGGAGGACACCGCGGCTAAAAGG
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AGAAGCCAAAGCAGA

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DS 



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CTCCACGTTTCCAACATGATTCTCGCTATCGGCAGCATGCTCTACCATGCCACTTTGCAG
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GGTGCTGCTTTCGCTGCTGTCCACGCTTTCCTCAGGTTTGGGATCGGTTTCAAGGTCCAC
TACGTGGTCCTTTGCCTTCTCTGCATCCCTCGGATGTACAAGTACTACATTCACACCGAG
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TTGCTGGTTCTGTGACCGTGTTTTCTGCGAGAGGATATCTCAGTGGCCTGTGAACCCTCA
GGGGCATGCCCTGTGGCATGTGTTCATGAGTTTCAACTCCTACTGTGCCAACACGTTCTT
GATGTTCTGTCGAGCTCAGCAGCGTGGATGGAATCCGAAGGTGAAGTACTTTCTGGGAGT
TCTTCCTTACGTCAAGATCGAGAAGCCAAAAACTCAATGAGGGGGAAAAGAGCCCAGAAG
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TTTTTGCAAGTGAAGGTACTCTCAGAGTCTAGAATTTTTTTTGTTCTTTGTATTAGTTTT
CTTGGGGATGAATGGATGATGATCTTATG


BQ
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AF RR3DO43TF U 1
AF RR3G778TF U 137
AF RR3G778JQ C 404
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TTTCGCTGGGTGAAGGAGAGAGAGAGAATAGATCTCTTTTAACAACCTTCCCGCGCCTCG
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GCCTACTCCTCTTACATCGCAGAGTTCTACAACACCATCTCCAACGTCCCTGGGATCCTC
TTGGCTCTCATCGGTCTCGTCAACGCCTTAAGGCAACGGTTCGAGAAGAGGTTCAGCATC
CTCCACATTTCCAACATGATTCTCGCTATCGGCAGCATGCTCTACCATGCCACTTTGCAG
CACGTGCAACAGCAGAGCGATGAGACGCCGATGGTGTGGGAGATACTTCTCTACATGTAC
ATCCTTTACTCGCCGGACTGGCATTACAGAAGCACCATGCCCACTTTTCTCTTCCTCTAC
GGTGCTGCTTTCGCTGCTGTCCACGTTTTCCTCAG
TTTGGG

QA 1 635 1 635
DS 

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G
GAGAGAGAGAATAGATCTCTTTTAACAACCTTCCCGCGCCTCGATTAAACGAGTCAAAAG
TCTCACACTTTAAGAGTTTTCGAGAAGGATTAGAAAAATGACAGATATATCGAGCTTCTG
GGGTCCAGTGACTTCCACCATAGAGTGTTGTGAGAAGAACTACGCCTACTCCTCTTACAT
CGCAGAGTTCTACAACACCATCTCCAACGTCCCTGGGATCCTCTTGGCTCTCATCGGTCT
CGTCAACGCCTTAAGGCAACGGTTCGAGAAGAGGTTCAGCATCCTCCACGTTTCCAACAT
GATTCTCGCTATCGGCAGCATGCTCTACCATGCCACTTTGCAGCACGTGCAACAGCAGAG
CGATGAGACATCGATGGTGTGGGAGATACTTCTCTACATGTACATCCTTTACTCGCCGGA
CCGGCATTACAGAAGCACCATGCCCACTTTTCTCTTCCTCTACGGTGCTGCTTTCGCTGC
TGTCCACGCTTTCCTCAGGTTTGGGATCGGTTTCAAGGTCCACTACGTGGTCCTTTGCCT
TCTCTGCATCCCTCGGATGTACAAGTACTACATTCACACCGAGGATACCGCGGCTAAAAG
GATTGCCAAGTGGTATGTCGCCACGATTCTTTGTGGGGAGTGCTTGCTGGTTCTGTGACC
GTGTTTTCTGCGAGAGGATATCTCAGTGGCCTGTGAACCCTCAGGG*CATGCCCTGTGGC
ATGTGTTCATGAGTTTCAACTCCTACTGTGCCAACA

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR3G778JQ 766 0 0
AGAAGAGGTTCAGCATCCTCCACGTTTCCAACATGATTCTCGCTATCGGCAGCATGCTCT
ACCATGCCACTTTGCAGCACGTGCAACAGCAGAGCGATGAGACATCGATGGTGTGGGAGA
TACTTCTCTACATGTACATCCTTTACTCGCCGGACCGGCATTACAGAAGCACCATGCCCA
CTTTTCTCTTCCTCTACGGTGCTGCTTTCGCTGCTGTCCACGCTTTCCTCAGGTTTGGGA
TCGGTTTCAAGGTCCACTACGTGGTCCTTTGCCTTCTCTGCATCCCTCGGATGTACAAGT
ACTACATTCACACCGAGGATACCGCGGCTAAAAGGATTGCCAAGTGGTATGTCGCCACGA
TTCTT*GTGGGGAGTGCTTGCTGGTTCTGTGACCGTGTTTTCTGCGAGAGGATATCTCAG
TGGCCTGTGAACCCTCAGGGGCATGCCCTGTGGCATGTGTTCATGAGTTTCAACTCCTAC
TGTGCCAACACGTTCTTGATGTTCTGTCGAGCTCAGCAGCGTGGATGGAATCCGAAGGTG
AAGTACTTTCTGGGAGTTCTTCCTTACGTCAAGATCGAGAAGCCAAAAACTCAATGAGGG
GGAAAAGAGCCCAGAAGATCATAAATATAGTTTTTTTTGTTCATCGTTTTGTCAGAAATT
TCGACGTTGGTTTTCATTTTTTGCAAGTGAAGGTACTCTCAGAGTCTAGAATTTTTTTTG
TTCTTTGTATTAGTTTTCTTGGGGATGAATGGATGATGATCTTATG

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 7

CO CL1108Contig1 907 7 14 U
GGACTCATCTCTCTGATGAAGACCATGGAGCTTTTCTCTCTCTCATCCATCCTCCTTCTC
CTTGGGCTCTCCTTCACAAGTCCCATTCTCTCCATCTCTGATCAGCCATTATTAATCTCA
TCTGTTGTTCATGATGAAGAAGAAAGCTGCCCTTACACCGTGATTGTCACCACGAGCTGT
TTCTCTCCTGATTTGTCAAGGGATCAGATCACTCTCGCTTTGGGTGACGCCGACGGTAAC
AAGGTGGTCGCACCGAGACTAGACGAACCGTTAGGTGGTGGAGGAGGTTTCGAGAAATGT
TCATCTGACACATTCCAAGTCAAAGGTCAGTGTCTAGACACTATCTGCTCTCTCTACATC
TACCGTTCCGGTCCCGACGGTTGGATCCCAGAGACCGTGGAGATCTACGAGGAAGGTTCC
AAGTCCGTGAAATTCGATTTCAACAAAAACGTCCCTGAGAACACTTGGTACGGCCACAAC
TATTGTAACAGCACCGGTTTGCCACCACCTTCGCCGGATAAACCTCCTCCGTTTAAACCC
ACAGTCCCACCGCCCCACCCACCTCATTCTCCTCCCGACAAACCTTCTATCCCACCACCA
GCACCACCCCATGCACCACCCCATCCACCACCATCTGCTGCCTCTGGACGTGGAGGTGGT
GAGAGTTTGGTTGTTGCGTCTGCTGCGATTCTGATTGCGTTAGCGGCTGTGGTGGTTTGA
GTTTCTAGTTAAGAGTTGCTTTAATGACTAATAAATATGGTGTAGTGACTTTTGTTTTCT
GTTTGTAGTAGTTGGAGATCCTGGAGACCTTGACTAGTTAATGTATCGAGCCATGAAGTA
CTAGTAATCAATATAAATTAATGAAACATGCACCAGTGTGTTTGCATGTGATTTATAATT
ACCTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV01TF U 1
AF RR3FN54TF U 1
AF RR3CX61TF U 1
AF RR3AB29TF U 7
AF RR3AB29JQ C 65
AF RR3CX61JQ C 192
AF RR3BV01JQ C 192
BS 1 165 RR3BV01TF
BS 166 166 RR3CX61TF
BS 167 239 RR3BV01TF
BS 240 240 RR3CX61TF
BS 241 434 RR3BV01TF
BS 435 800 RR3CX61TF
BS 801 801 RR3AB29JQ
BS 802 808 RR3CX61TF
BS 809 809 RR3AB29JQ
BS 810 818 RR3CX61TF
BS 819 819 RR3AB29JQ
BS 820 831 RR3CX61TF
BS 832 852 RR3AB29JQ
BS 853 907 RR3BV01JQ

RD RR3BV01TF 434 0 0
GGACTCATCTCTCTGATGAAGACCATGGAGCTTTTCTCTCTCTCATCCATCCTCCTTCTC
CTTGGGCTCTCCTTCACAAGTCCCATTCTCTCCATCTCTGATCAGCCATTATTAATCTCA
TCTGTTGTTCATGATGAAGAAGAAAGCTGCCCTTACACCGTGATTTTCACCACGAGCTGT
TTCTCTCCTGATTTGTCAAGGGATCAGATCACTCTCGCTTTGGGTGACGCCGACGGTAAT
AAGGTGGTCGCACCGAGACTAGACGAACCGTTAGGTGGTGGAGGAGGTTTCGAGAAATGT
TCATCTGACACATTCCAAGTCAAAGGTCAGTGTCTAGACACTATCTGCTCTCTCTACATC
TACCGTTCCGGTCCCGACGGTTGGATCCCAGAGACCGTGGAGATCTACGAGGAAGGTTCC
AAGTCCGTGAAATT

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR3FN54TF 749 0 0
GGACTCAT
CTCTCTGATGAAGACCATGGAGCTTTTCTCTCTCTCATCCATCCTCCTTCTCCTTGGGCT
CTCCTTCACAAGTCCCATTCTCTCCATCTCTGATCAGCCATTATTA*TCTCATCTGTTGT
TCATGATGAAGAAGAAAGCTGCCCTTACACCGTGATTGTCACCACGAGCTGTTTCTCTCC
TGATTTGTCAAGGGATTAGATCACTCTCGCTTTGGGTGACGCCGACGGTAACAAGGTGGT
CGCACCGAGACTAGACGAACCGTTAGGTGGTGGAGGAGGTTTCGAGAAATGTTCATCTGA
CACATTCCAAGTCAAAGGTCAGTGTCTAGACACTATCTGCTCTCTCTACATCTACCGTTC
CGGTCCCGACGGTTGGATCCCAGAGACCGTGGAGATCTACGAGGAAGGTTCCAAGTCCGT
GAAATTCGATTTCAACAAAAACGTCCCTGAGAACACTTGGTACGGCCACAACTATTGTAA
CAGCACCGGTTTGCCACCACCTTCGCCGGATAAACCTCCTCCGTTTAAACCCACAGTCCC
ACCGCCCCACCCACCTCATTCTCCTCCCGACAAACCTTCTATCCCACCACCAGCACCACC
CCATGCACCACCCCATCCACCACCATCTGCTGCCTCTGGACGTGGAGGTGGTGAGAGTTT
GGTTGTTGCGTCTGCTGCGATTCTGATTGCGT*AGCGGCTGTGGTGGTTTGAGTTTCTAG
TTAAGAGTTGCTTTA
TGACTA

QA 9 743 9 743
DS 

RD RR3CX61TF 834 0 0
GGACTCAT
CTCTCTGATGAAGACCATGGAGCTTTTCTCTCTCTCATCCATCCTCCTTCTCCTTGGGCT
CTCCTTCACAAGTCCCATTCTCTCCATCTCTGATCAGCCATTATTAATCTCATCTGTTGT
TCATGATGAAGAAGAAAGCTGCCCTTACACCGTGATTGTCACCACGAGCTGTTTCTCTCC
TGATTTGTCAAGGGATCAGATCACTCTCGCTTTGGGTGACGCCGACGGTAACAAGGTGGT
CGCGCCGAGACTAGACGAACCGTTAGGTGGTGGAGGAGGTTTCGAGAAATGTTCATCTGA
CACATTCCAAGTCAAAGGTCAGTGTCTAGACACTATCTGCTCTCTCTACATCTACCGTTC
CGGTCCCGACGGTTGGATCCCAGAGACCGTGGAGATCTACGAGGAAGGTTCCAAGTCCGT
GAAATTCGATTTCAACAAAAACGTCCCTGAGAACACTTGGTACGGCCACAACTATTGTAA
CAGCACCGGTTTGCCACCACCTTCGCCGGATAAACCTCCTCCGTTTAAACCCACAGTCCC
ACCGCCCCACCCACCTCATTCTCCTCCCGACAAACCTTCTATCCCACCACCAGCACCACC
CCATGCACCACCCCATCCACCACCATCTGCTGCCTCTGGACGTGGAGGTGGTGAGAGTTT
GGTTGTTGCGTCTGCTGCGATTCTGATTGCGTTAGCGGCTGTGGTGGTTTGAGTTTCTAG
TTAAGAGTTGCTTTAATGACTAATAAATATGGTGTAGTGACTTTTGTTTTCTGTTTGTAG
TAGTTGGAGATC*TGGAGAC*TTGACTAGT*AATGTATCGAGC
ATG

QA 9 831 9 831
DS 

RD RR3AB29TF 785 0 0
GG
CTCTCTGATGAAGACCATGGAGCTTTTCTCTCTCTCATCCATCCTCCTTCTCCTTGGGCT
CTCCTTCACAAGTCCCATTCTCTCCATCTCTGATCAGCCATTATTAATCTCATCTGTTGT
TCATGATGAAGAAGAAAGCTGCCCTTACACCGTGATTGTCACCACGAGCTGTTTCTCTCC
TGATTTGTCAAGGGATCAGATCACTCTCGCTTTGGGTGACGCCGACGGTAACAAGGTGGT
CGCACCGAGACTAGACGAACCGTTAGGTGGTGGAGGAGGTTTCGAGAAATGTTCATCTGA
CACATTCCAAGTCAAAGGTCAGTGTCTAGACACTATCTGCTCTCTCTACATCTACCGTTC
CGGTCCCGACGGTTGGATCCCAGAGACCGTGGAGATCTACGAGGAAGGTTCCAAGTCCGT
GAAATTCGATTTCAACAAAAACGTCCCTGAGAACACTTGGTACGGCCACAACTATTGTAA
CAGCACCGGTTTGCCACCACCTTCGCCGGATAAACCTCCTCCGTTTAAACCCACAGTCCC
ACCGCCCCACCCACCTCATTCTCCTCCCGACAAACCTTCTATCCCACCACCAGCACCACC
CCATGCACCACCCCATCCACCACCATCTGCTGCCTCTGGACGTGGAGGTGGTGAGAGTTT
GGTTGTTGCGTCTGCTGCGATTCTGATTGCGTTAGCGGCTGTGGTGGTTTGATTTTCTAG
TTAAGAGTTGCTTTAATGACTAATAAATATGGTGTAGTGACTTTTGTTTTCTGTTTGTAG
TAG

QA 3 785 3 785
DS 

RD RR3AB29JQ 788 0 0
GGCTCTCCTTCACAAGTCCCATTCTCTCCATCTCTGATCAGCCATTATTAATCTCATCTG
TTGTTCATGATGAAGAAGAAAGCTGCCCTTACACCGTGATTGTCACCACGAGCTGTTTCT
CTCCTGATTTGTCAAGGGATCAGATCACTCTCGCTTTGGGTGACGCCGACGGTAACAAGG
TGGTCGCACCGAGACTAGACGAACCGTTAGGTGGTGGAGGAGGTTTCGAGAAATGTTCAT
CTGACACATTCCAAGTCAAAGGTCAGTGTCTAGACACTATCTGCTCTCTCTACATCTACC
GTTCCGGTCCCGACGGTTGGATCCCAGAGACCGTGGAGATCTACGAGGAAGGTTCCAAGT
CCGTGAAATTCGATTTCAACAAAAACGTCCCTGAGAACACTTGGTACGGCCACAACTATT
GTAACAGCACCGGTTTGCCACCACCTTCGCCGGATAAACCTCCTCCGTTTAAACCCACAG
TCCCACCGCCCCACCCACCTCATTCTCCTCCCGACAAACCTTCTATCCCACCACCAGCAC
CACCCCATGCACCACCCCATCCACCACCATCTGCTGCCTCTGGACGTGGAGGTGGTGAGA
GTTTGGTTGTTGCGTCTGCTGCGATTCTGATTGCGTTAGCGGCTGTGGTGGTTTGATTTT
CTAGTTAAGAGTTGCTTTAATGACTAATAAATATGGTGTAGTGACTTTTGTTTTCTGTTT
GTAGTAGTTGGAGATCCTGGAGACCTTGACTAGTTAATGTATCGAGCCATGAAGTACTAG
TAATCAAT

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3CX61JQ 709 0 0
TTTGTCAAGGGATCAGATCACTCTCGCTTTGGGTGACGCCGACGGTAACAAGGTGGTCGC
GCCGAGACTAGACGAACCGTTAGGTGGTGGAGGAGGTTTCGAGAAATGTTCATCTGACAC
ATTCCAAGTCAAAGGTCAGTGTCTAGACACTATCTGCTCTCTCTACATCTACCGTTCCGG
TCCCGACGGTTGGATCCCAGAGACCGTGGAGATCTACGAGGAAGGTTCCAAGTCCGTGAA
ATTCGATTTCAACAAAAACGTCCCTGAGAACACTTGGTACGGCCACAACTATTGTAACAG
CACCGGTTTGCCACCACCTTCGCCGGATAAACCTCCTCCGTTTAAACCCACAGTCCCACC
GCCCCACCCACCTCATTCTCCTCCCGACAAACCTTCTATCCCACCACCAGCACCACCCCA
TGCACCACCCCATCCACCACCATCTGCTGCCTCTGGACGTGGAGGTGGTGAGAGTTTGGT
TGTTGCGTCTGCTGCGATTCTGATTGCGTTAGCGGCTGTGGTGGTTTGAGTTTCTAGTTA
AGAGTTGCTTTAATGACTAATAAATATGGTGTAGTGACTTTTGTTTTCTGTTTGTAGTAG
TTGGAGATCCTGGAGACCTTGACTAGTTAATGTATCGAGCCATGAAGTACTAGTAATCAA
TATAAATTAATGAAACATGCACCAGTGTGTTTGCATGTGATTTATAATT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3BV01JQ 716 0 0
TTTGTCAAGGGATCAGATCACTCTCGCTTTGGGTGACGCCGACGGTAATAAGGTGGTCGC
ACCGAGACTAGACGAACCGTTAGGTGGTGGAGGAGGTTTCGAGAAATGTTCATCTGACAC
ATTCCAAGTCAAAGGTCAGTGTCTAGACACTATCTGCTCTCTCTACATCTACCGTTCCGG
TCCCGACGGTTGGATCCCAGAGACCGTGGAGATCTACGAGGAAGGTTCCAAGTCCGTGAA
ATTCGATTTCAACAAAAACGTCCCTGAGAACACTTGGTACGGCCACAACTATTGTAACAG
CACCGGTTTGCCACCACCTTCGCCGGATAAACCTCCTCCGTTTAAACCCACAGTCCCACC
GCCCCACCCACCTCATTCTCCTCCCGACAAACCTTCTATCCCACCACCAGCACCACCCCA
TGCACCACCCCATCCACCACCATCTGCTGCCTCTGGACGTGGAGGTGGTGAGAGTTTGGT
TGTTGCGTCTGCTGCGATTCTGATTGCGTTAGCGGCTGTGGTGGTTTGAGTTTCTAGTTA
AGAGTTGCTTTAATGACTAATAAATATGGTGTAGTGACTTTTGTTTTCTGTTTGTAGTAG
TTGGAGATCCTGGAGACCTTGACTAGTTAATGTATCGAGCCCTGAAGTACTAGTAATCAA
TATAAATTAATGAAACATGCACCAGTGTGTTTGCATGTGATTTATAATTACCTTCT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 7

CO CL1109Contig1 1051 7 15 U
CATGTATTGATGATTAAAACTTTTAGCAATCAGACATAACTTATGTTTAATATATAATTT
GAAAATAGTACTAAAACTCCGCCGCATATGTCAGCCATTACATTGCTACATATAAATAAA
AGGATATCGCTAGTTTTAAAACCGGCGAATTTATTTCAAGACAATAAAATACTGGAAAGA
GAAGAAGAATGTATAAAGCAAACTCTTCAGAGCCTTGCGGTACGAAGCTGCTGCTTGATC
AAGGGTCGAATGTATTCCTGGTACCCATCAGGAACCACCGAGTCGTTCAATGGGTCCTTC
CATGCCTCCTCATAAAGCTTCGGGTATACATTACCATCATAACGCCCCAGCACCGAGTTC
AAGTAATGGTCAGTGTAGTTGAAGGCGTCCACAAGCGCAACCGCATTAGGGCGGACCTGA
GAGTATAAGGAACGGAGCTGGTCATTGGCCAGAGAGGCTTGTTTAGGAGTGATGGAGTTG
GTTGAGAGGAAATCTCCGAGGTGTTTATGGAGGATATGGAGAGCGTAAATGTAACACAGA
TTGTCCAGCTGCTGCTTCACTCCTCTGCCTCCTATGTCTTGCTCTAGCTTAGCTATGAAC
TTGGAAACAACAATCAATTGGCAATGAGCGACTGCAGCCTCAACCAGCTCAGCCAATAGC
TCTGAAAATCCTTCTTCTTGATTCTCAAACTTGCTGAGATTTTTGGCACAAGCAACAGCC
ATTCTCAGAGCCCTTGCTTCAAAAGCTTCCACTACCGCAGCAGGGTTTAACCAATCCTCA
GCTTTTTGAACACCAGAACGACATTGCAAAAGATGTTGTGCCCGAGCCATATAAGCAGTT
GTGCCAACAGGAGCCTTTCCAGATCCCAGCTGGGACACTGTCTTCATGAGAAATCTAGCA
ACCTGTAATTGTAGCACAATGTTGTCTCCTTCATATGTACAGGCAGGAACATATACAGCA
AACAGCTCGGGGAGCCCACTGCACCACAAGTAACCATGTCCACCACATAACTTACGACAT
TCTTCTATGCCATCCGCAGTGGCTGTGGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 15 35 35 35 
30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3C438JQ U 1
AF RR3EZ52JQ U 49
AF RR3GL61JQ U 52
AF RR3H875JQ U 52
AF RR3GL61TF C 287
AF RR3C438TF C 421
AF RR3H875TF C 421
BS 1 199 RR3C438JQ
BS 200 200 RR3EZ52JQ
BS 201 448 RR3C438JQ
BS 449 449 RR3EZ52JQ
BS 450 544 RR3C438JQ
BS 545 545 RR3GL61JQ
BS 546 735 RR3C438JQ
BS 736 736 RR3EZ52JQ
BS 737 743 RR3C438JQ
BS 744 744 RR3EZ52JQ
BS 745 759 RR3C438JQ
BS 760 767 RR3EZ52JQ
BS 768 768 RR3GL61TF
BS 769 779 RR3EZ52JQ
BS 780 1051 RR3GL61TF

RD RR3C438JQ 759 0 0
CATGTATTGATGATTAAAACTTTTAGCAATCAGACATAACTTATGTTTAATATATAATTT
GAAAATAGTACTAAAACTCCGCCGCATATGTCAGCCATTACATTGCTACATATAAATAAA
AGGATATCGCTAGTTTTAAAACCGGCGAATTTATTTCAAGACAATAAAATACTGGAAAGA
GAAGAAGAATGTATAAAGCGAACTCTTCAGAGCCTTGCGGTACGAAGCTGCTGCTTGATC
AAGGGTCGAATGTATTCCTGGTACCCATCAGGAACCACCGAGTCGTTCAATGGGTCCTTC
CATGCCTCCTCATAAAGCTTCGGGTATACATTACCATCATAACGCCCCAGCACCGAGTTC
AAGTAATGGTCAGTGTAGTTGAAGGCGTCCACAAGCGCAACCGCATTAGGGCGGACCTGA
GAGTATAAGGAACGGAGCTGGTCATTGGACAGAGAGGCTTGTTTAGGAGTGATGGAGTTG
GTTGAGAGGAAATCTCCGAGGTGTTTATGGAGGATATGGAGAGCGTAAATGTAACACAGA
TTGTTCAGCTGCTGCTTCACTCCTCTGCCTCCTATGTCTTGCTCTAGCTTAGCTATGAAC
TTGGAAACAACAATCAATTGGCAATGAGCGACTGCAGCCTCAACCAGCTCAGCCAATAGC
TCTGAAAATCCTTCTTCTTGATTCTCAAACTTGCTGAGATTTTTGGCACAAGCAACAGCC
ATTCTCAGAGCCCTTACTTCAAA*GCTTCCACTACCGCA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3EZ52JQ 731 0 0
AAT
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ATAAATAAAAGGATATCGCTAGTTTTAAAACCGGCGAATTTATTTCAAGACAATAAAATA
CCGGAAAGAGAAGAAGAATGTATAAAGCAAACTCTTCAGAGCCTTGCGGTACGAAGCTGC
TGCTTGATCAAGGGTCGAATGTATTCCTGGTACCCATCAGGAACCACCGAGTCGTTCAAT
GGGTCCTTCCATGCCTCCTCATAAAGCTTCGGGTATACATTACCATCATAACGCCCCAGC
ACCGAGTTCAAGTAATGGTCAGTGTAGTTGAAGGCGTCCACAAGCGCAACCGCATTAGGA
CGGACCTGAAAGTATAAGGAACGGAGCTGGTCATTGGCCAGAAAGGCTTGTTTAGGAGTG
ATGGAGTTGGTTGAGAGGAAATCTCCGAGGTGTTTATGGAGGATATGGAGAGCGTAAATG
TAACACAGATTGTTCAGCTGCTGCTTCACTCCTCTGCCTCCTATGTCTTGCTCTAGCTTA
GCTATGAACTTGGAAACAACAATCAATTGGCAATGAGCGACTGCAGCCTCAACCAGCTCA
GCCAATAGCTCTGAAAATCCTTCTTCTTGATTCTCAAACTTGCTGAGATTTTTGGCACAA
GCAACAGCCATTCTCAGAGCCCTTGCTTCAAAAGCTTCCACTACCGCAGCAGGGTT*AAC
CAATCCTC

QA 4 731 4 731
DS 

RD RR3GL61JQ 708 0 0
ATATAATTTGAAAATAGTACTAAAACTCCGCCGCATATGTCAGCCATTACATTGCTACAT
ATAAATAAAAGGATATCGCTAGTTTTAAAACCGGCGAATTTATTTCAAGACAATAAAATA
CTGGAAAGAGAAGAAGAATGTATAAAGCAAACTCTTCAGAGCCTTGCGGTACGAAGCTGC
TGCTTGATCAAGGGTCGAATGTATTCCTGGTACCCATCAGGAACCACCGAGTCGTTCAAT
GGGTCCTTCCATGCCTCCTCATAAAGCTTCGGGTATACATTACCATCATAACGCCCCAGC
ACCGAGTTCAAGTAATGGTCAGTGTAGTTGAAGGCGTCCACAAGCGCAACCGCATTAGGG
CGGACCTGAGAGTATAAGGAACGGAGCTGGTCATTGGCCAGAGAGGCTTGTTTAGGAGTG
ATGGAGTTGGTTGAGAGGAAATCTCCGAGGTGTTTATGGAGGATATGGAGAGCGTAAATG
TAACACAGATTGTCCAGCTGCTGCTTCACTCCTCTGCCTCCTATGTCTTGCTCTAGCTTA
GCTATGAACTTGGAAACAACAATCAATTGGCAATGAGCGACTGCAGCCTCAACCAGCTCA
GCCAATAGCTCTGAAAATCCTTCTTCTTGATTCTCAAACTTGCTGAGATTTTTGGCACAA
GCAACAGCCATTCTCAGAGCCCTTGCTTCAAAAGCTTCCACTACCGCA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3H875JQ 708 0 0
ATATAATTTGAAAATAGTACTAAAACTCCGCCGCATATGTCAGCCATTACATTGCTACAT
ATAAATAAAAGGATATCGCTAGTTTTAAAACCGGCGAATTTATTTCAAGACAATAAAATA
CTGGAAAGAGAAGAAGAATGTATAAAGCAAACTCTTCAGAGCCTTGCGGTACGAAGCTGC
TGCTTGATCAAGGGTCGAATGTATTCCTGGTACCCATCAGGAACCACCGAGTCGTTCAAT
GGGTCCTTCCATGCCTCCTCATAAAGCTTCGGGTATACATTACCATCATAACGCCCCAGC
ACCGAGTTCAAGTAATGGTCAGTGTAGTTGAAGGCGTCCACAAGCGCAACCGCATTAGGG
CGGACCTGAGAGTATAAGGAACGGAGCTGGTCATTGGCCAGAGAGGCTTGTTTAGGAGTG
ATGGAGTTGGTTGAGAGGAAATCTCCGAGGTGTTTATGGAGGATATGGAGAGCGTAAATG
TAACACAGATTGTCCAGCTGCTGCTTCACTCCTCTGCCTCCTATGTCTTGCTCTAGCTTA
GCTATGAACTTGGAAACAACAATCAATTGGCAATGAGCGACTGCAGCCTCAACCAGCTCA
GCCAATAGCTCTGAAAATCCTTCTTCTTGATTCTCAAACTTGCTGAGATTTTTGGCACAA
GCAACAGCCATTCTCAGAGCCCTTGCTTCAAAAGCTTCCACTACCGCA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3GL61TF 765 0 0
TCAATGGGTC*TTCCATGCCTC*TCATAAAGCTTCGGGTATACAT*ACCATCATAACGCC
CCAGCACCGAGTTCAAGTAATGGTCAGTGTAGT*GAAGGCGTCCACAAGCGCAACCGCAT
TAGGGCGGAC*TGAGAGTATAAGGAACGGAGCTGGTCATTGGCCAGAGAGGCTTGTTTAG
GAGTGATGGAGTTGGTTGAGAGGAAATCTCCGAGGTGTTTATGGAGGATATGGAGAGCGT
AAATGTAACACAGATTGTCCAGCTGCTGCTTCACTCCTCTGCCTCCTATGTCTTGCTCTA
GCTTAGCTATGAACTTGGAAACAACAATCAATTGGCAATGAGCGACTGCAGCCTCAACCA
GCTCAGCCAATAGCTCTGAAAATCCTTCTTCTTGATTCTCAAACTTGCTGAGATTTTTGG
CACAAGCAACAGCCATTCTCAGAGCCCTTGCTTCAAAAGCTTCCACTACCGCAGCAGGGT
TTAACCAATCCTCAGCTTTTTGAACACCAGAACGACATTGCAAAAGATGTTGTGCCCGAG
CCATATAAGCAGTTGTGCCAACAGGAGCCTTTCCAGATCCCAGCTGGGACACTGTCTTCA
TGAGAAATCTAGCAACCTGTAATTGTAGCACAATGTTGTCTCCTTCATATGTACAGGCAG
GAACATATACAGCAAACAGCTCGGGGAGCCCACTGCACCACAAGTAACCATGTCCACCAC
ATAACTTACGACATTCTTCTATGCCATCCGCAGTGGCTGTGGTGC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3C438TF 627 0 0
GAGTATAAGGAACGGAGCTGGTCATTGGACAGAGAGGCTTGTTTAGGAGTGATGGAGTTG
GTTGAGAGGAAATCTCCGAGGTGTTTATGGAGGATATGGAGAGCGTAAATGTAACACAGA
TTGTTCAGCTGCTGCTTCACTCCTCTGCCTCCTATGTCTTGCTCTAGCTTAGCTATGAAC
TTGGAAACAACAATCAATTGGCAATGAGCGACTGCAGCCTCAACCAGCTCAGCCAATAGC
TCTGAAAATCCTTCTTCTTGATTCTCAAACTTGCTGAGATTTTTGGCACAAGCAACAGCC
ATTCTCAGAGCCCTTACTTCAAAAGCTTCCACTACCGCAGCAGGGTTTAACCAATCCTCA
GCTTTTTGAACACCAGAACGACATTGCAAAAGATGTTGTGCCCGAGCCATATAAGCAGTC
GTGCCAACAGGAGCCTTTCCAGATCCCAGCTGGGACACTGTCTTCATGAGAAATCTAGCA
ACCTGTAATTGTAGCACAATGTCGTCTCCTTCATATGTACAGGCAGGAACATATACAGCA
AACAGCTCGGGGAGCCCACTGCACCACAAGTAACCATGTCCACCACATAACTTACGACAT
TCTTCTATGCCATCCGCAGTGGCTGT
C

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3H875TF 631 0 0
GAGTATAAGGAACGGAGCTGGTCATTGGCCAGAGAGGCTTGTTTAGGAGTGATGGAGTTG
GTTGAGAGGAAATCTCCGAGGTGTTTATGGAGGATATGGAGAGCGTAAATGTAACACAGA
TTGTCCAGCTGCTGCTTCACTCCTCTGCCTCCTATGTCTTGCTCTAGCTTAGCTATGAAC
TTGGAAACAACAATCAATTGGCAATGAGCGACTGCAGCCTCAACCAGCTCAGCCAATAGC
TCTGAAAATCCTTCTTCTTGATTCTCAAACTTGCTGAGATTTTTGGCACAAGCAACAGCC
ATTCTCAGAGCCCTTGCTTCAAAAGCTTCCACTACCGCAGCAGGGTTTAACCAATCCTCA
GCTTTTTGAACACCAGAACGACATTGCAAAAGATGTTGTGCCCGAGCCATATAAGCAGTT
GTGCCAACAGGAGCCTTTCCAGATCCCAGCTGGGACACTGTCTTCATGAGAAATCTAGCA
ACCTGTAATTGTAGCACAATGTTGTCTCCTTCATATGTACAGGCAGGAACATATACAGCA
AACAGCTCGGGGAGCCCACTGCACCACAAGTAACCATGTCCACCACATAACTTACGACAT
TCTTCTATGCCATCCGCAGTGGCTGT
GGTGC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 6

CO CL1110Contig1 282 6 14 U
GGGCTCCGCCTCTCTTCTCATCTGAAATCTTAACACAACCCGAGGAGAGGAAGGTTTGAT
CTTCTGCGAAACCCAGCATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGA
GGAAGAGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGTTTTC*GAATCTGTTTAGACCGACA
TTTGTGAGAGTTTTGTTGGTTTTCTGTTTGAGTTTCAATGTTTTTTTCAGTCAGAACTGT
GTTTTATTACATGAAAGAATCCACTTTGGTTCTCGGTTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 10 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 15 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 

AF RR3ED70JQ C 29
AF RR3EN13TF U 1
AF RR3FV26TF U 4
AF RR3ED70TF U 29
AF RR3CG02TF U 6
AF RR3FV26JQ C 13
BS 1 158 RR3EN13TF
BS 159 159 RR3FV26TF
BS 160 160 RR3EN13TF
BS 161 161 RR3FV26TF
BS 162 164 RR3EN13TF
BS 165 165 RR3FV26TF
BS 166 238 RR3EN13TF
BS 239 239 RR3FV26TF
BS 240 257 RR3EN13TF
BS 258 258 RR3FV26TF
BS 259 262 RR3EN13TF
BS 263 263 RR3FV26TF
BS 264 279 RR3EN13TF
BS 280 282 RR3FV26JQ

RD RR3ED70JQ 135 0 0
GGG
AACACAACCCGAGGAGAGGAAGGTTTGATTTTTTGCGAAACCCAGCATGAGAGCCAAGTG
GAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAGACAGCGATTTAA
GTAGTTTT
TGAA

QA 4 131 4 131
DS 

RD RR3EN13TF 280 0 0
GGGCTCCGCCTCTCTTCTCATCTGAAATCTTAACACAACCCGAGGAGAGGAAGGTTTGAT
CTTCTGCGAAACCCAGCATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGA
GGAAGAGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGTTTCCTGAACCTGTTTAGACCGACA
TTTGTGAGAGTTTTGTTGGTTTTCTGTTTGAGTTTCAATGTTTTTTTCAGTCAGAACTAT
GTTTTATTACATGAAAGGATCCTCTTTGGTTCTCGGTTT
G

QA 1 279 1 279
DS 

RD RR3FV26TF 279 0 0
GGCC
GCCTCTCTTCTCATCTGAAATCTTAACACAACCCGAGGAGAGGAAGGTTTGATCTTCTGC
GAAACCCAGCATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGAG
ACGAAAGATGAGACAGCGATCTAAGTAGTTTTC*GAATCTGTTTAGACCGACATTTGTGA
GAGTTTTGTTGGTTTTCTGTTTGAGTTTCAATGTTTTTTTCAGTCAGAACTGTGTTTTAT
TACATGAAAGAATCCACTTTGGTTCTCGGTTT
ATT

QA 5 276 5 276
DS 

RD RR3ED70TF 251 0 0
GGG
AACACAACCCGAGGAGAGGAAGGTTTGATCTTCTGCGAAACCCAGCATGAGAGCCAAGTG
GAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATGAGACAGCGATCTAA
GTAGTTTTC*GAATCTGTTTAGACCGACATTTGTGAGAGTTTTGTTGGTTTTCTGTTTGA
GTTTCAATGTTTTTTTCAGTCAGAACTGTGTTTTATTACATGAAAGAATCCATTTTGGTT
CTCGGTTT

QA 4 251 4 251
DS 

RD RR3CG02TF 274 0 0
GGGCCTCTCTTC
TCATCTGAAATCTTAACACAACCCGAGGAGAGGAAGGTTTGATCTTCTGCGAAACCCAGC
ATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATG
AGACAGCGATCTAAGTAGTTTTC*GAATCTGTTTAGACCGACATTTGTGAGAGTTTTTTT
GGTTTTCTGTTTGAGTTTCAATGTTTTTTTCAGTCAGAACTGTGTTTTATTACATGAAAG
AATCCACTTTGGTTCTCGGTTT

QA 13 274 13 274
DS 

RD RR3FV26JQ 270 0 0
TTTTT
TCATTTGAAATTTTAACACAACCCGAGGAGAGGAAGGTTTGATCTTTTGCGAAACCCAGC
ATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGAGACGAAAGATG
AGACAGCGATTTAAGTAGTTTTT*GAATCTGTTTAGACCGACATTTGTGAGAGTTTTGTT
GGTTTTTTGTTTGAGTTTCAATGTTTTTTTCAGTCAGAACTGTGTTTTATTACATGAAAG
AATCCACTTTGGTTCTCGGTTTATT

QA 6 270 6 270
DS 



AS 2 7

CO CL1111Contig1 547 3 3 U
GATTGCATAAAAAAAAAGTCTGCGTTAAACAAACGAGAGAAATCGGGAGGGGCTAGGGTT
TGCGAATCAAGAAAGAGGGCAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGTCTGGGGAA
GAAAGTAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGC
GGCGCAGACTGGTACGAGAGCGGAGAAGATTAGAATCCAGAAGTGGTACAACATCTACAA
GGATCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTA
CAATTAAGGCGAACCGGAGGTGATAAAGCAAGTGTGAGTTGAAGGAATGTTGTTGATTTG
CACACCTCCATAAATAAAATTAAAAACAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGGGTAACTGG
TTTCTGATTATGTATTTGCTTTGGTAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCT
TCCAACTTTTGTCTACGTTAAAGTCTCTCGGTGTTGTGCACGATTGCTATAATTCTAAAT
GTTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL79JQ C 1
AF RR3AL79TF U 1
AF RR3BO77TF U 5
BS 1 6 RR3AL79JQ
BS 7 517 RR3AL79TF
BS 518 547 RR3BO77TF

RD RR3AL79JQ 519 0 0
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TGCGAATCAAGAAAGAGGGCAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGTCTGGGGAA
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GGCGCAGACTGGTACGAGAGCGGAGAAGATTAGAATCCAGAAGTGGTACAACATCTACAA
GGATCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTA
CAATTAAGGCGAACCGGAGGTGATAAAGCAAGTGTGAGTTGAAGGAATGTTGTTGATTTG
CACACCTCCATAAATAAAATTAAAAACAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGGGTAACTGG
TTTCTGATTATGTATTTGCTTTGGTAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCT
TCCAACTTTTGTCTACGTTAAAGTCTCTCGGTGTTGT
AC

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR3AL79TF 519 0 0
GATTGC
ATAAAAAAAAAGTCTGCGTTAAACAAACGAGAGAAATCGGGAGGGGCTAGGGTTTGCGAA
TCAAGAAAGAGGGCAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGTCTGGGGAAGAAAGT
AAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGCA
GACTGGTACGAGAGCGGAGAAGATTAGAATCCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATCA
CATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAATTA
AGGCGAACCGGAGGTGATAAAGCAAGTGTGAGTTGAAGGAATGTTGTTGATTTGCACACC
TCCATAAATAAAATTAAAAACAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGGGTAACTGGTTTCTG
ATTATGTATTTGCTTTGGTAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCTTCCAAC
TTTTGTCTACGTTAAAGTCTCTCGGTGTTGT
AC

QA 7 517 7 517
DS 

RD RR3BO77TF 543 0 0
GG
ATAAAAAAAAAGTCTGCGTTAAACAAACGAGAGAAATCGGGAGGGGCTAGGGTTTGCGAA
TCAAGAAAGAGGGCAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGTCTGGGGAAGAAAGT
AAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACGCGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGCA
GACTGGTACGAGAGCGGAGAAGATTAGAATCCAGAAGTGGTGCAACATCTACAAGGATCA
CATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAATTA
AGGCGAGCCGGAGGTGATAAAGCAAGTGTGAGTTGAAGGAATGTTGTTGATTTGCACACC
TCCATAAATAAAATTAAAAACAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGGGTAACTGGTTTCTG
ATTATGTATTTGCTTTGGTAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCTTCCAAC
TTTTGTCTACGGTAAAGTCTCTCGGTGTTGTGCACGATTGCTATAATTCTAAATGTTGCC
C

QA 3 543 3 543
DS 



CO CL1111Contig2 588 4 12 U
GGGCATAAAAAAAAAGTCTGCGTTAAACAAACGAGAGAAATCGAGAGGGGCTAGGGTTTG
CTAATCAAGAAAGAGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAG
AAAGTAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCG
GCGCAGACGGGTACGAGAGCGGAGAAGATTCGAATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAG
GATCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTAC
AATTGAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAGAGTAAGTGTGAGCTGAAGGAATGTTGTTGGTT
TGCACACCTCCATAAATAAAATTAAAAAACAAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGGGTAA
TTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCT
ACTCTTCCAACTTTCGTCTACGGTAAGTCTCTCGGTGTTGTGCTCGATTGCTATAATTCT
AAATGTTGCCCATATCTTTCTGGAAATACTACTTTATTTTGTTCGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E014JQ C 55
AF RR3E014TF U 35
AF RR3BT65TF U 1
AF RR3CT08TF U 25
BS 1 284 RR3BT65TF
BS 285 285 RR3CT08TF
BS 286 327 RR3BT65TF
BS 328 328 RR3E014TF
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BS 398 399 RR3CT08TF
BS 400 551 RR3BT65TF
BS 552 588 RR3CT08TF

RD RR3E014JQ 472 0 0
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GGGAAGAAAGTAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTG
GTGGCGGCGCAGACGGGTACGAGAGCGGAGAAGATTCGAATTCAGAAGTGGTACAACATC
TACAAGGATCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTT
TACTACAATTGAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAGAGTAAGTGTGAGCTGAAGGAATGTTG
TTGGTTTGCACACCTCCATAAATAAAATTAAAAAACAAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATT
GGGTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAA
TAAGCTACTCTTCCAACTTTCGTCTACGGTAAGTCTCTCGGTGTTGTGCTCG

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3E014TF 492 0 0
GGA
AAATCGAGAGGGGCTAGGGTTTGCTAATCAAGAAAGAGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGG
TGCTGAACGATCGACTGGGGAAGAAAGTAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCG
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AGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACG
GCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAATTGAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAGAGTAAGTGT
GAGCTGAAGGAATGTTGTTGGTTTGCACACCTCCATAAATAAAATTAAAAAACAAAAAAA
AGTACGTCTGTAAAATTGGGTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAA
AATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCTTCCAACTTTCGTCTACGGTAAGTCTCTCGGTG
TTGTGCTCG

QA 4 492 4 492
DS 

RD RR3BT65TF 553 0 0
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CTAATCAAGAAAGAGGGGAAAAAGATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAG
AAAGTAAGGGTGAAGTGCAACGAAGACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCG
GCGCAGACGGGTACGAGAGCGGAGAAGATTCGAATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAG
GATCACATCACTCTCAAGGACTACGAGATCCACGACGGCATGGGCCTCGAGCTCTACTAC
AATTGAGGCGAACCGGAGGGGGTGCTAAAGCAAGTGTGAGCTGAAGGAATGTTGTTGATT
TGCACACCTCCATAAATAAAATTAAAAAACAAAAAAAT*TACGTCTGTAAAATTGGGTAA
TTGGTTTCTGATTATGTATTGCTTTGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCT
ACTCTTCCAACTTTCGTCTACGGTAAGTCTCTCGGTGTTGTGCTCGATTGCTATAATTCT
AAATGTTGCCC
AT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3CT08TF 564 0 0
AAACAAACGAGAGAAATCGAGAGGGGCTAGGGTTTGCTAATCAAGAAAGAGGGGAAAAAG
ATGATAGAGGTGGTGCTGAACGATCGACTGGGGAAGAAAGTAAGGGTGAAGTGCAACGAA
GACGACACGATCGGTGATCTGAAGAAGCTGGTGGCGGCGCAGACGGGTACGAGAGCGGAG
AAGATTCGAATTCAGAAGTGGTACAACATCTACAAGGATCACATCACTCTCAAGGACTAC
GAGATCCACGACGGCATGGGTCTCGAGCTCTACTACAATTGAGGCGAACCGGAGGGGGTG
CTAAAGCAAGTGTGAGCTGAAGGAATGTTGTTGATTTGCACACCTCCATAAATAAAATTA
AAAAACAAAAAAAAGTACGTCTGTAAAATTGGGTAATTGGTTTCTGATTATGTATTGCTT
TGGTAAAAACTAAAATCAAATGTGTTGTAATAAGCTACTCTTCCAACTTTCGTCTACGGT
AAGTCTCTCGGTGTTGTGCTCGATTGCTATAATTCTAAATGTTGCCCATATCTTTCTGGA
AATACTACTTTATTTTGTTCGTTT

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 7

CO CL1112Contig1 1709 7 23 U
GGATCTCCAACCTCTCTGCGATTAACATCTCTAGATCGGAAAAACAAACCATGGCCGCAG
CCGCGATCGAGAAGCTCCCTCAGCTCAAATCCGCCACCGATGGACTTAAAGAGATGAGTG
ATAACGAGAAGAGCGGATTCATCAACCTCGTCTCTCGCTACCTGAGCGGTGAGGCTCAGC
ACATTGAGTGGAGCAAGATCCAGACTCCTACTGATGAGATCGTTGTTCCTTACGATAAAA
TGGCTAACGTCTCTGAAGATGCTTCCGAGACTAAGTATCTGTTGGACAAGCTTGTTGTGC
TAAAGCTTAATGGAGGTTTGGGAACGACTATGGGATGTACTGGTCCAAAATCGGTTATCG
AAGTTCGTGATGGTTTGACATTTCTTGACCTGATTGTTATCCAGATCGAGAATCTCAACA
ACAAGTATGGATGCAAGGTTCCCTTGGTTCTCATGAACTCATTCAATACACATGATGACA
CACAAAAGATTGTGGAGAAATACACCAACTCAAATGTCGACATTCACACTTTTAATCAGA
GCAAGTATCCTCGTGTTGTTGCTGATGAGTTTGTGCCGTGGCCTAGCAAAGGAAAGACTG
ACAAGGATGGCTGGTATCCTCCCGGTCACGGTGATGTATTCCCATCCCTCATGAACAGTG
GCAAGCTTGATGCTTTCATATCACAGGGTAAGGAGTATGTGTTCGTTGCCAACTCAGACA
ACTTGGGCGCTGTCGTCGACTTAAAAATCTTGAAGCACCTGATCCAAAACAAAAATGAGT
ATTGTATGGAGGTGACACCAAAAACCCTAGCTGATGTAAAGGGAGGAACTCTCATCTCCT
ACGAAGGAAAAGTACAGCTACTGGAGATTGCTCAGGTACCTGATGAGCATGTAAATGAAT
TCAAATCAATTGAGAAATTCAAGATTTTCAACACGAACAACCTTTGGGTTAACTTGAAAG
CCATCAAAAAGCTTGTGGAAGCTGATGCGCTTAAGATGGAGATCATCCCAAACCCGAAGG
AAGTCGATGGAGTCAAAGTTCTTCAACTGGAAACTGCAGCTGGTGCTGCGATAAGGTTTT
TTGAAAATGCAATCGGTGTGAATGTACCTCGGTCACGGTTCTTACCAGTGAAGGCAACTT
CAGACTTGCTTCTTGTTCAGTCTGATCTGTACACTCTCGTGGATGGCTTTGTCACAAGGA
ACAAAGCTAGAACAAACCCCACAAACCCAGCAATCGAACTAGGACCCGAATTCAAAAAGG
TGGCGAGCTTCCTTAGCCGGTTCAAGTCCATCCCGAGTATAGTCGAGCTGGATAGCCTTA
AGGTCTCTGGTGATGTCTGGTTTGGCTCAGGCGTTGTTCTCAAGGGCAAAGTGTCGGTGA
AGGCAAACTCCGGGACAAAACTTGAAATTCCCGATAATTCGGTGGTCAAGGATAAGGACA
TCAATGGTCCAGAGGATCTGTGAAGAAAAGTTTAAAGATCCCTGATGCAGTCTTCTTCTG
TCTTCCTCTTTCTTATTATACATGAAAACACTTTTGATGGAACTTTTTTCAAGGTAATAT
ATACCCAAGAATAACACGACAAGTGATGTTTTTTATCTTCTTTTACAGAACTATTTTCTT
CTCTTTCCCTACTTGAGTTTTTTTTT*CATTTTTTATTGTTCGGATACTCTTCTAAATAT
TATCAATGGAGATGTTAGTGAAAACATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 15 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F964TF U 1
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AF RR3DL60TF U 1003
AF RR3FD10JQ C 1316
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AAGTTCGTGATGGTTTGACATTTCTTGACCTGATTGTTATCCAGATCGAGAATCTCAACA
ACAAGTATGGATGCAAGGTTCCCTTGGTTCTCATGAACTCATTCAATACACATGATGACA
CACAAAAGATTGTGGAGAAATACACCAACTCAAATGTCGACATTCACACTTTTAATCAGA
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GCAAGCTTGATGCTTTCATATC

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G
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CAGAGCAAGTATCCTCGTGTTGTTGCTGATGAGTTTGTGCCGTGGCCTAGCAAAGGAAAG
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GACAACTTGGGCGCTGTCGTCGACTTAAAAATCTTGAAGCACCTGATCCAAAACAAAAAT
GAGTATTGTATGGAGGTGACACCAAAAACCCTAGCTGATGTAAAGGGAGGAACTCTCATC
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GAATTCAAATCAATTGAGAAATTCAAGATTTTCAACACGAACAACCTTTGGGTTAACTTG
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G
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ATCAATTGAGAAATTCAAGATTTTCAACACGAACAACCTTTGGGTTAACTTGAAAGCCAT
CAAAAAGCTTGTGGAAGTTGATGCGCTTAAGATGGAGATCATCCCAAACCCGAAGGGAGT
CGATGGAGTCAAAGTTCTTCAACTGGAAACTGCAGCTGGTGCTGCGATAAGGTTTTTTGA
AAATGCAATCGGTGTGAATGTACCTCGGTCACGGTTCTTACCAGTGAAGGCAACTTCAGA
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AGCTAGAACAAACCCCACAAACCCAGCGATCGAACTGGGACCCGAGTTCAAAAAGGTGGC
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CTCTGGTGATGTCGGCTTTGGCTC

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GAGATCATCCCAAACCCGAAGGGAGTCGATGGAGTCAAAGTTCTTCAACTGGAAACTGCA
GCTGGTGCTGCGATAAGGTTTTTTGAAAATGCAATCGGTGTGAATGTACCTCGGTCACGG
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CTGGGACCCGAGTTCAAAAAGGTGGCGAGCTTCCTTAGCCGGTTCAAGTCCATCCCGAGT
ATAGTCGAGCTGGATAGCCTTAAAGTCTCTGGTGATGTCGGCTTTGGCTCAGGCGTTGTT
CTCAAGGGCAAAGTGTCGGTGAAGGCAAACTCCGGGACAAAACTTGAAATTCCCGATAAT
GCGGTGGTCAAGGATAAGGACATCAACGGTCCAGAGGATCTGTGAAGAATAGTTTAAAGA
TCCCTGATGCAGTCTTCTTCTGTCTTCCTCTT*CTTATTATACATGAAAGCACTTTTGAT
TGAACTTTTTTCAAGGTAA
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CGAAGGAAGTCGATGGAGTCAAAGTTCTTCAACTGGAAACTGCAGCTGGTGCTGCGATAA
GGTTTTTTGAAAATGCAATCGGTGTGAATGTACCTCGGTCACGGTTCTTACCAGTGAAGG
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GCCTTAAGGTCTCTGGTGATGTCTGGTTTGGCTCAGGCGTTGCTCTCAAGGGCAAAGTGT
CGGTGAAGGCAAACTCCGGGACAAAACTTGAAATTCCCGATAATTCGGTGGTCAAGGATA
AGGACATCAATGGTCCAGAGGATCTGTGAAGAAAAGTTTAAAGATCCCTGATGCAGTCTT
CTTCTGTCTTCCTCTTTCTTATTATACATGAAAACACTTTCGATGGAACCTTTTTCAAGG
TAATATATACCCAAGAATAACACGACAAGTGATGTTTTTTATCTTCTTTTACAGAACTAT
TTTCTTCTCTTTCCCTACTTGAGTTTTTTTT**CATTTTTTATTGTTCGGATACTCTTCT
AAATATTATCAATGGAGATGTTAGTGAAAACATCG

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DS 

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G
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TGCTGCGATAAGGTTTTTTGAAAATGCAATCGGTGTGAATGTACCTCGGTCACGGTTCTT
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CGAGCTGGATAGCCTTAAGGTCTCTGGTGATGTCTGGTTTGGCTCAGGCGTTGTTCTCAA
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GGTCAAGGATAAGGACATCAATGGTCCAGAGGATCTGTGAAGAAAAGTTTAAAGATCCCT
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TTTTTTCAAGGTAAAATATACCCAAGAATAACACGACAAGTGATGTTTTTTATCTTCTTT
TACAGAACTATTTTCTTCTCTTTCCCTACTTGAGTTTTTTTTT*CATTTTTTATTGTTCG
GATACTCTTCTAAATATTATCAATGGAGATGTT

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GGTGAAGGCAAACTCCGGGACAAAACTTGAAATTCCCGATAATTCGGTGGTCAAGGATAA
GGACATCAATGGTCCAGAGGATCTGTGAAGAAAAGTTTAAAGATCCCTGATGCAGTCTTT
TTCTGTCTTCCTCTTTCTTATTATACATGAAAACACTTTCGATGGAACCTTTTTCAAGGT
AATATATACCCAAGAATAACACGACAAGTGATGTTTTTTATCTTCTTTTACAGAACTATT
TTCTTCTCTTTCCCTACTTGAGTTTTTTTTTTCATTTTTTATTGTTCGGATACTCTTCAA
AATATTATCAATGGAGATGTT

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DS 



AS 1 7

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ATCTCTCCTTATTCTACGTCCACTTGGACAATCTTAGTAACATTGGCATGTCTTTTGCTT
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GCGCGGGGGTTTCCTGTGATTGATAGAATGAAAGCCGCAGTGGAGAGGGCATGCCCGAGA
ACCGTTTCATGCGCAGATATGCTCACCATCGCAGCTCAACAATCTGTCACTTTGGCAGGA
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GCTAATGCAAATCTGCCAGCTCCATTCTTCACACTTCCACAACTTAAAGCCAGCTTTAGA
AACGTTGGCCTCGACCGTCCTTCTGATCTCGTTGCTCTCTCCGGGGGTCACACATTTGGT
AAAAATCAATGCCGGTTCATTATGGACAGATTATACAACTTCAGCAACACCGGTTTACCC
GATCCTACCCTCAACACTACTTACCTCCAAACTCTTCGTGGACTATGTCCCCGTACTGGT
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CCTAATGCTACTGACACAATCCCCTTGGTTAGAGCATATGCTGATGGCACACAAACATTC
TTCGATGCGTTTGTGGAGGCGATGAATAGGATGGGAAACATTACACCTCTTACGGGAACT
CAAGGACAGATCAGGTTGAACTGTAGGGTGGTGAATTCCAACTCTCTACTTCATGATGTT
GTTGATATCGTTGATTTTGTTAGCTCTATGTGAGAATAGTGACTCAATATGTGGCTATCA
AAAAATATATGTATTAATAAATAAAGCTCTCTCAAGGTGTTACTTGAGAATATTTTATTT
TAGATCGCCCGTTGTTGTCTCAAGCTGTACTCGGATATGACTAATTTATAACTAAAGTCG
GAAAACTAAAATATCATGGGGTTTTACTG


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
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35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A174TF U 1
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AF RR3DU25TF U 4
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AF RR3DU25JQ C 569
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GCTAATGCAAATCTGCCAGCTCCATTCTTCACACTTCCACAACTTAAAGCCAGCTTTAGA
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AAAAATCAATGCCGGTTCATTATGGACAGATTATACGACTTCAGCAACACCGGTTTACCC
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TCAATGCCGGTTCATTATGGACAGATTATAC*ACTTCAGCAACAC*GGTTTACCCGATCC
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CACTA

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GG
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TCCTTATTCTTCGTCCACTTGGACAATCTTAGTCACATTGGCATGTCTTATGCTTCGTGC
GTCTTTGTCCGATGCTCAACTTACCCCTACCTTCTACGACAGTTCATGTCCAAACGTCAC
TAACATCGTACGAGAAACCATTGTCAACGAGCTAAGATCGGACCCTCGTATCGCCGCGAG
CATCCTTCGTCTTCACTTCCACGACTGCTTTGTCAATGGTTGTGACGCATCTATCTTGTT
AGACAACACGACATCATTCCGAACAGAGAAAGATGCAGCTGGAAACGCAAACTCGGCTCG
GGGGTTTCCTGTGATTGATAGAATGAAAGCCGCAGTGGAGAGGGCATGCCCGAGAACCGT
TTCATGCGCAGATATGCTCACCATCGCAGCTCAACAATCTGTCACTTTGGCAGGAGGTCC
TTCATGGAGGGTTCCTTTGGGGAGAAGAGACAGCTTACAAGCGTTTCCGAATCTAGCTAA
TGCAAATCTGCCAGCTCCATTCTTCACACTTCCACAACTTAAAGCCAGCTTTAGAAACGT
TGGCCTCGACCGTCCTTCTGATCTCGTTGCTCTCTCCGGGGGTCACACATTTGGTAAAAA
TCAATGCCGGTTCATTATGGACAGATTATACAACTTCAGCAACACCGGTTTACCCGATCC
TACCCTCA*CACTACTTACCTCCAAACTCTTCGTGGACTATGTCCCCGTACTGGTAAC*T
AAGTGCCTTGGTGGATTT*GATCTACGTACGCCTACTGTTT
CGAAACAA

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AATGCAAATCTGCCAGCTCCATTCTTCACACTTCCACAACTTAAAGCCAGCTTTAGAAAC
GTTGGCCTCGACCGTCCTTCTGATCTCGTTGCTCTCTCCGGGGGTCACACATTTGGTAAA
AATCAATGCCGGTTCATTATGGACAGATTATACAACTTCAGCAACACCGGTTTACCCGAT
CCTACCCTCAACACTACTTACCTCCAAACTCTTCGTGGACTATGTCCCCGTACTGGTAAC
CTAAGTGCCTTGGTGGATTTTGATCTACGTACGCCTACTGTTTTCGACAATAAATACTAT
GTGAATCTCAAAGAGCAGAAAGGTCTTATTCAGAGCGACCAGGAGTTGTTCTCTGGCCCT
AATGCTACTGACACAATCCCCTTGGTTAGAGCATATGCTGATGGCACACAAACATTCTTC
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CTTTGGCAGGAGGTCCTTCATGGAGGGTTCCTTTGGGGAGAAGAGACAGCTTACAAGCGT
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TGTTCTCTAGCCCTAATGCTACTGACACAATCCCCTTGGTTAGAGCATATGCTGATGGCA
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TTACGGGAACTCAAGGACAGATCAGGTTGAACTGTAGGGTGGTGAATTCCAACTCTCTAC
TTCATGATGTTGTTGATATCGTCGATTTTGTTAGCTCTATGTGAGAATAGTGACTCAATA
TGTGGCTATCAAAAAATATATGTATTAATAAATAAAGCTCTCTCAAGGTGTTAC

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DS 

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ATGCCGGTTCATTATGGACAGATTATACAACTTCAGCAACACCGGTTTACCCGATCCTAC
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TACTGACACAATCCCCTTGGTTAGAGCATATGCTGATGGCACACAAACATTCTTCGATGC
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GATCAGGTTGAACTGTAGGGTGGTGAATTCCAACTCTCTACTTCATGATGTTGTTGATAT
CGTTGATTTTGTTAGCTCTATGTGAGAATAGTGACTCAATATGTGGCTATCAAAAAATAT
ATGTATTAATAAATAAAGCTCTCTCAAGGTGTTAC

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DS 

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GATTATACAACTTCAGCAACACCGGTTTACCCGATCCTACCCTCAACACTACTTACCTCC
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TACGTACGCCTACTGTTTTCGACAACAAATACTATGTGAATCTCAAAGAACAGAAAGGTC
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GGATGGGAAACATTACACCTCTTACGGGAACTCAAGGACAGATCAGGTTGAACTGTAGGG
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TGTGAGAATAGTGACTCAATATGTGGCTATCAAAAAATATATGTATTAATAAATAAAGCT
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ACTCGGATATGACTAATTTATAACTAAAGTCGGAAAACTAAAATATCATGGGGTTTTACT
G

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 5

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CTCACGCTTCCCATTATTATCCTTTGAAGGGCACTGAGTCCTCTGCTTCCCATGACAATA
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ATTTTCGTCACTACATGAATCTCTTTCTGCCTCGAACCAGTGTCGAGCATGTCAAGAACT
GGTACATCGATTTTGACACCGTATTTCTCCATAGTCTCTGGTTCTCTAAACTCCACCAAC
GGTATGAGAGGAGAACCGGATTTGAGCCAGAGGGAGTTACGAGGTCCAGCTTCTGAGGTT
GGTAACGCGTGAATGATGTAAAACGTGTCTCCTTTATCAGCTAAGTTGTCGATGGCCCAT
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GTCATCTTTCTTGATCAAACTTGTGATGTGTTTTTTA**ATT**TCTTCAGGTTTTTTCT
AGAGAGAGAGAGATGGTGAAGAATTGCGAGAAGATTAGCTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 0 30 30 
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35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 
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35 35 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 

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C

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DS 

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GT
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TTTTT

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GGCTTATCC

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DS 

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CC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 6

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 10 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 10 40 40 15 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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RD RR3DM08TF 685 0 0
GGGGAAAAAAAAAACAGAATGAGTATAAATGAAAGAAGGTGCGTTTTCCCTTTCTTTAAT
GCATAGTTAGGTTGACACCTTTGAAGGTGCCGCGGCGACCCAATCAATCCTAACTCTCTT
TTATTTAAAAGCTATAATCTTTCCGACAATCTTTGTCTCCCCTCTCTTCTGAGATTTTAC
GATGTCAACACCAGTAAGGAAGAGGCTTATGAGGGATTTCAGGAGGTTGCAGCAAGATCC
TCCTGCCGGTATCAGTGGTGCTCCTCATGACAACAACATCTTGCTCCGGAACGCTGTTAT
CTTCGGTTCAGATGATACACCTTGGGATGGAGGTACTTTTAAGTTGACTCTTCAATTCAC
AGAGGATTATCCAAACAAACCACCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTTCACCCAAA
CATCTATGCAGATGGGAGTATCTGTCTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGTCCTATCTA
TGATGTCGCAGCGATTCTTACATCTATCCAGTCACTCCTCTGTGATCCCAACCCAAACTC
GCCTGCGAACTCAGAAGCTGCTCGATTGTTCAGCGAGAGCAAGCGAGAGTACAACAGACG
TGTTAAAGGAGATTGTCGAACAGAGCTGGACCGCTGATTAATAAGTCACACCCCAGTTTG
TAATATTTGAAGTGGAGGAG
CCTAT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3F953TF 637 0 0
GG
ATAGTTAGGTTGACACCTTTGAAGGTGCCGCGGCGACCCAATCAATCCTAACTCTCTTTT
ATTTAAAAGCTTTAATCTTTCCGACAATCTTTGTCTCCCCTCTCTTCTGAGATTT*ACGA
TGTCAACAC*AGCGAGGAAGAGGCTTATGAGGGATTTCAGGAGGTTGCAGCAAGATCCTC
CTGCCGGTATCAGTGGTGCTCCTCATGACAACAACATCTTGCTCTGGAACGCTGTTATCT
TCGGTCCAGATGATACGCCTTGGGATGGAGGTACTTTTAAGTTGACTCTTCAATTCACAG
AGGATTATCCAAACAAACCACCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTTCACCCAAACA
TCTATGCAGATGGGAGTATCTGTCTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGTCCTATCTATG
ATGTGGCAGCGATTCTCACATCTATCCAGTCACTGCTCTGTGATCCCAACCCAAACTCGC
CTGCGAACTCAGAAGCTGCTCGCTTATTCAGCGAGAGCAAGCGAGAGTACAACAGACATG
TTAA*GGAGATTGTCGAACAGAGCTGGACCGCTGACTAATTTGTCACACCCCAGTTTGTA
ATATTTGAAGTGGAGG
CCTGTCAAATTGGTTAAAA

QA 3 618 3 618
DS 

RD RR3G246TF 634 0 0
GGG
ATAGTTAGGTTGACACCTTTGAAGGTGCCGCGGCGACCCAATCAATCCTAACTCTCTTTT
ATTTAAAAGCTTTAATCTTTCCGACAATCTTTGTCTCCCCTCTCTTCTGAGATTT*ACGA
TGTCAACACCAGCGAGGAAGAGGCTTATGAGGGATTTCAGGAGGTTGCAGCAAGATCCTC
CTGCCGGTATCAGTGGTGCTCCTCATGACAACAACATCTTGCTCTGGAACGCTGTTATCT
TCGGTCCAGATGATACGCCTTGGGATGGAGGTACTTTTAAGTTGACTCTTCAATTCACAG
AGGATTATCCAAACAAACCACCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTTCACCCAAACA
TCTATGCAGATGGGAGTATCTGTCTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGTCCTATCTATG
ATGTGGCAGCGATTCTCACATCTATCCAGTCACTGCTCTGTGATCCCAACCCAAACTCGC
CTGCGAACTCAGAAGCTGCTCGCTTATTCAGCGATAGCAAGCGAGAGTACAACAGACGTG
TTAA*GGAGATTGTCGAACAGAGCTGGACCGCTGACTAATTTGTCACACCCCAGTTTGTA
ATATTTGAAGTGGAGG
CCTGTCAAATTGGTT

QA 4 619 4 619
DS 

RD RR3FU11TF 797 0 0
GGAATGC
ATAGTTAGGTTGACACCTTTGAAGGTGCCGCGGCGACCCAATCAATCCTAACTCTCTTTT
ATTTAAAAGCTATAATCTTTCCGACAATCTTTGTCTCCCCTCTCTTCTGAGATTTTACGA
TGTCAACACCAGCAAGGAAGAGGCTTATGAGGGATTTCAGGAGGTTGCAGCAAGATCCTC
CTGCCGGTATCAGTGGTGCTCCTCATGACAACAACATCTTGCTCTGGAACGCTGTTATCT
TCGGTCCAGATGATACACCTTGGGATGGAGGTACTTTTAAGTTGACTCTTCAATTCACAG
AGGATTATCCAAACAAACCACCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTTCACCCAAACA
TCTATGCAGATGGGAGTATCTGTCTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGTCCTATCTATG
ATGTCGCAGCGATTCTTACATCTATCCAGTCACTCCTCTGTGATCCCAACCCAAACTCGC
CTGCGAACCCAGAAGCTGCTCGATTGTTCAGCGAGAGCAAGCGAGAGTACAACAGACGTG
TTAA*GGAGATTGTCGAACAGAGCTGGACCGCTGATTGATAAGTCACACCCCAGTTTGTA
ATATTTGAAGTGGAGGAG*CCTATCAAATTGGTTTAAAACAGTTTGTTTGTTACATGCCT
CCAGTTCAA*TATATGTAATTTAATTGCTGTATGAACTTATATATTGCATTTTCCTGATA
*GACAA*TCTTGCTTGCTTCTAAGTTGTGTGTGTATGTAAACTATTTTAGGA*TCTTGTC
CATGTTCA
TC

QA 8 795 8 795
DS 

RD RR3DM08JQ 767 0 0
GGTGCCGCGGCGACCCAATCAATCCTAACTCTCTTTTATTTAAAAGCTATAATCTTTCCG
ACAATCTTTGTCTCCCCTCTCTTCTGAGATTTTACGATGTCAACACCAGTAAGGAAGAGG
CTTATGAGGGATTTCAGGAGGTTGCAGCAAGATCCTCCTGCCGGTATCAGTGGTGCTCCT
CATGACAACAACATCTTGCTCCGGAACGCTGTTATCTTCGGTTCAGATGATACACCTTGG
GATGGAGGTACTTTTAAGTTGACTCTTCAATTCACAGAGGATTATCCAAACAAACCACCA
ACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCATGTTTCACCCAAACATCTATGCAGATGGGAGTATCTGT
CTTGATATCTTACAGAACCAGTGGAGTCCTATCTATGATGTCGCAGCGATTCTTACATCT
ATCCAGTCACTCCTCTGTGATCCCAACCCAAACTCGCCTGCGAACTCAGAAGCTGCTCGA
TTGTTCAGCGAGAGCAAGCGAGAGTACAACAGACGTGTTAA*GGAGATTGTCGAACAGAG
CTGGACCGCTGATTAATAAGTCACACCCCAGTTTGTAATATTTGAAGTGGAGGAGGCCTA
TCAAATTGGTTTAAAACAGTTTGTTTGTTACATGCCTCCAGTTCAAATATATGTAATTTA
ATTGCTGTATGAACTTATATATTGCATTTTCCTGATAAGACAAATCTTGCTTGCTTCTAA
GTTGTGTGTGTATGTAAACTATTTTAGGAATCTTGTCCATGTTCA
CC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3FU11JQ 756 0 0
TCCTAACTCTCTTTTATTTAAAAGCTATAATCTTTCCGACAATCTTTGTCTCCCCTCTCT
TCTGAGATTTTACGATGTCAACACCAGCAAGGAAGAGGCTTATGAGGGATTTCAGGAGGT
TGCAGCAAGATCCTCCTGCCGGTATCAGTGGTGCTCCTCATGACAACAACATCTTGTTCT
GGAACGCTGTTATCTTCGGTCCAGATGATACACCTTGGGATGGAGGTACTTTTAAGTTGA
CTCTTCAATTCACAGAGGATTATCCAAACAAACCACCAACTGTTCGTTTTGTTTCTCGCA
TGTTTCACCCAAACATCTATGCAGATGGGAGTATCTGTCTTGATATCTTACAGAACCAGT
GGAGTCCTATCTATGATGTCGCAGCGATTCTTACATCTATCCAGTCACTCCTCTGTGATC
CCAACCCAAACTCGCCTGCGAACCCAGAAGCTGCTCGATTGTTCAGCGAGAGCAAGCGAG
AGTACAACAGACGTGTTAA*GGAGATTGTCGAACAGAGCTGGACCGCTGATTGATAAGTC
ACACCCCAGTTTGTAATATTTGAAGTGGAGGAGGCCTATCAAATTGGTTTAAAACAGTTT
GTTTGTTACATGCCTCCAGTTCAAATATATGTAATTTAATTGCTGTATGAACTTATATAT
TGCATTTTCCTGATAAGACAAATCTTGCTTGCTTCTAAGTTGTGTGTGTATGTAAACTAT
TTTAGGAATCTTGTCCATGTTCATCAAGAGCACCGC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 7

CO CL1116Contig1 887 7 12 U
CACCACAGAGAAAATCAACGCTCAAAATCTCAGAGAGAGCAATGGCATCAACATTCACAA
GCTCAAGCAGTATTCTGAGCCCAACACCATTTCTT*GGCCAAACCAAAGGCTCCACGTTC
AACCCTCTTCGTGATGTTGTCTCTCTCGGAACTCCCAAATACACTATGGGCAATGATCTT
TGGTACGGACCAGACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTAC
CTCACCGGAGAGTTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCT
GAAGCCTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGA
GCACTAGGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGGGTCCGTGTGGACTTCAAGGAG
CCGGTCTGGTTCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGC
AACCCAAACCTAGTCCACGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTA
ATGGGATTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGAC
TTGTACCCAGGCGGGCAATACTTTGACCCACTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTC
GCTGAGCTCAAGGTGAAGGAGATCAAGAATGGAAGGTTGGCTATGTTCTCAATGTTTGGC
TTCTTTGTTCAAGCCATTGTTACTGGAAAGGGTCCCTTGGAGAATCTCCTTGACCATCTT
GATAACCCTGTTGCTAACAATGCTTGGGCTTTCGCAACAAAGTTTGTACCTGGAGCTTGA
TTTGATGTAATCCTTTGAAATGATATGAACATAAACCTTCTCTTGTT


BQ
25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 5 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 30 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3GO89JQ C 483
AF RR3AY17TF U 1
AF RR3GO89TF U 1
AF RR3AO80TF U 1
AF RR3BJ52TF U 1
AF RR3BJ52JQ C 7
AF RR3AY17JQ C 126
BS 1 101 RR3AO80TF
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BS 103 251 RR3AO80TF
BS 252 252 RR3AY17TF
BS 253 497 RR3AO80TF
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BS 499 672 RR3AO80TF
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BS 696 757 RR3AO80TF
BS 758 887 RR3BJ52JQ

RD RR3GO89JQ 114 0 0
CCCAAACCTAGTCCATGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTTTTGGCTTCCAAGTTATCCTAAT
GGGATTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTTTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAA

QA 1 114 1 114
DS 

RD RR3AY17TF 667 0 0
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GCTCAAGCAGTATTCTGAGCCCAACACCATTTCTTAGGCCAGACCAAAGGCTCCACGTTC
GACCCTCTTCGTGATGTTGTCTCTCTCGGAACTCCCAAATACACTATGGGCAATGATCTT
TGGTACGGACCAGACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTAC
CTCACCGGAGAGTTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCT
GAAGCCTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGA
GCACTAGGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGGATCCGTGTGGACTTCAAGGAG
CCGGTCTGGTTCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGC
AACCCAAACCTAGTCCACGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTA
ATGGGATTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGAC
TTGTACCCAGGCGGGCAATACTTTGACCCACTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTC
GCTGAGC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3GO89TF 684 0 0
CACCACAGAGAAAATCAACGCTCAAAATCTCAGAGAGAGCAATGGCATCAACATTCACAA
GCTCAAGCAGTATTCTGAGCCCAACACCATTTCTT*GGCCAGACCAAAGGCTCCACGTTC
AACCCTCTTCGTGATGTTGTCTCTCTCGGAACTCCCAAATACACTATGGGCAATGGTCTT
TGGTACGGACCAGACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTAC
CTCACCGGAGAGTTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCT
GAAGCCTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGCGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGA
GCACTAGGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGGGTCCGTGTGGACTTCAAGGAG
CCGGTCTGGTTCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGC
AACCCAAACCTAGTCCATGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTA
ATGGGATTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGAC
TTGTACCCAGGCGGGCAATACTTTGACCCACTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTC
GCTGAGCTCAAG
TGAAGAGATCAA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3AO80TF 764 0 0
CACCACAGAGAAAATCAACGCTCAAAATCTCAGAGAGAGCAATGGCATCAACATTCACAA
GCTCAAGCAGTATTCTGAGCCCAACACCATTTCTT*GGCCAGACCAAAGGCTCCACGTTC
AACCCTCTTCGTGATGTTGTCTCTCTCGGAACTCCCAAATACACTATGGGCAATGATCTT
TGGTACGGACCAGACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTAC
CTCACCGGAGAATTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCT
GAAGCCTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGA
GCACTAGGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGGGTCCGTGTGGACTTCAAGGAG
CCGGTCTGGTTCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGC
AACCCAAACCTAGTCCATGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTA
ATGGGATTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGAC
TTGTACCCAGGCGGGCAATACTTTGACCCACTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTC
GCTGAGCTCAAG*TGAAGGAGATCAAGAATGGAA*GTTGGCTATGTTCTCAATGTTTGGC
TTCTTTGTTCAAGCCATTGTTACTGGAAAGGGTCCCT
TGGAGAA

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3BJ52TF 757 0 0
CACCACAGAGAAAATCAACGCTCAAAATCTCAGAGAGAGCAATGGCATCAACATTCACAA
GCTCAAGCAGTATTCTGAGCCCAACACCATTTCTT*GGCCAAACCAAAGGCTCCACGTTC
AACCCTCTTCGTGATGTTGTCTCTCTCGGAACTCCCAAATACACTATGGGCAATGATCTT
CGGTACGGACCAGACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTAC
CTCACCGGAGAGTTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCT
GAAGCCTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGA
GCACTAGGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGTGTCCGTGTGGACTTTAAGGAG
CCGGTCTGGTTCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGC
AACCCAAACCTAGTCCACGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTA
ATGGGATTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGAC
TTGTACCCAGGCGGGCAATACTTTGACCCACTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTC
GCTGAGCTCAAGGTGAAGGAGATCAAGAATGGAAAGTTGGCTATGTTCTCAATGTTTGGC
TTCTTTGTTCAAGCCATTGTTACTGGAAAGGGTCCCT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3BJ52JQ 881 0 0
AGAGAAAATCAACGCTCAAAATCTCAGAGAGAGCAATGGCATCAACATTCACAAGCTCAA
GCAGTATTCTGAGCCCAACACCATTTCTT*GGCCAAACCAAAGGCTCCACGTTCAACCCT
CTTCGTGATGTTGTCTCTCTCGGAACTCCCAAATACACTATGGGCAATGATCTTCGGTAC
GGACCAGACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTACCTCACC
GGAGAGTTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCTGAAGCC
TTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGAGCACTA
GGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGTGTCCGTGTGGACTTTAAGGAGCCGGTC
TGGTTCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGCAACCCA
AACCTAGTCCACGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTAATGGGA
TTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGACTTGTAC
CCAGGCGGGCAATACTTTGACCCACTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTCGCTGAG
CTCAAGGTGAAGGAGATCAAGAATGGAAGGTTGGCTATGTTCTCAATGTTTGGCTTCTTT
GTTCAAGCCATTGTTACTGGAAAGGGTCCCTTGGAGAATCTCCTTGACCATCTTGATAAC
CCTGTTGCTAACAATGCTTGGGCTTTCGCAACAAAGTTTGTACCTGGAGCTTGATTTGAT
GTAATCCTTTGAAATGATATGAACATAAACCTTCTCTTGTT

QA 1 881 1 881
DS 

RD RR3AY17JQ 759 0 0
TCTTCGTGATGTTGTCTCTCTCGGAACTCCCAAATACACTATGGGCAATGATCTTTGGTA
CGGACCAGACAGAGTGAAGTACTTGGGACCATTTTCCGTCCAAACCCCGTCTTACCTCAC
CGGAGAGTTTCCCGGCGACTATGGTTGGGACACCGCCGGTTTATCCGCAGACCCTGAAGC
CTTTGCCAAGAACAGAGCTCTTGAGGTGATCCATGGGAGATGGGCAATGTTGGGAGCACT
AGGTTGCATAACCCCTGAAGTTCTTCAGAAATGGATCCGTGTGGACTTCAAGGAGCCGGT
CTGGTTCAAAGCCGGTTCACAAATCTTCTCTGAAGGAGGTTTGGACTACTTAGGCAACCC
AAACCTAGTCCACGCCCAAAGCATTTTAGCCGTTCTTGGCTTCCAAGTTATCCTAATGGG
ATTAGTTGAAGGTTTCCGCATCAACGGTCTTGATGGTGTTGGTGAAGGCAATGACTTGTA
CCCAGGCGGGCAATACTTTGACCCACTGGGTCTCGCAGATGATCCAGTTACCTTCGCTGA
GCTCAAGGTGAAGGAGATCAAGAATGGAAGGTTGGCTATGTTCTCAATGTTTGGCTTCTT
TGTTCAAGCCATTGTTACTGGAAAGGGTCCCTTGGAGAATCTCCTTGACCATCTTGATAA
CCCTGTTGCTAACAATGCTTGGGCTTTCGCAACAAAGTTTGTACCTGGAGCTTGATTTGA
TGTAATCCTTTGAAATGATATGAACATAAACCTTCTCTT

QA 1 759 1 759
DS 



AS 2 7

CO CL1117Contig1 924 3 12 U
GTAAAATCACATGTTTCTTCTTCATTCATTAGAAACACTCCAGACTAAAATCAAACTTAC
AAACAAATATTATGTGTTTCATACTATAGAACAAAATTAATAGAATGCAAAAGGCTATA*
**AGCCAGCAGAATCAAATTGTAAACCTCAATTGTTTTCTTTCCTACACAAGGCAACCTT
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 5 20 5 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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A
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G
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AC
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DS 



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BQ
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AGAAATGGGTGTGGATTTGAGGCAAGTGGTTGCTGGTATTCTCACCATTGCCATGTTTGT
GATGCTCGCACAGATGCTTCATAGAGATTACTTAGATTCTCTTCAGGAGAAAGCTCAGGG
AGATGCAAATGACATAGAATTCGAAGGATCCAGAGTATCTGTGAAAGAAAGTCTTGTTGG
AGCCTTAGAAGGGAATAAAGGACCTTGGATGGATGATAACAATGACCTTAATCCTTGTTG
GCCAACATTGTTATCCGATGAAGCGGTATCATCAAAAGGGTATGTTACATTCTCTCTAAC
GAATGGTCCTGAGTACCATATCTCCCAGATCACTGATGCTGTAATGGTGGCAAAGCATCT
TGGAGCAACACTAGTGCTTCCTGATACAAGAGGAAGCAAACCTGGTGATGAAAGGAGCTT
TGAAGACATTTATGATGCTGATAAAC

QA 1 506 1 506
DS 

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TCAACTTTGCATCCTCTGTTTTCACGATCCAGTTTTGTAAGAAAA*GTAGAAATGGGTGT
GGATTTGAGGCAAGTGGTTGCTGGTATTCTCACCATTGCCATGTTTGTGATGCTCGCACA
GATGCTTCATAGAGATTACTTAGATTCTCTTCAGGAGAAAGCTCAGGGAGATGCAAATGA
CATAGAATTCGAAGGATCCAGAGTATCTGTGAAAGAAAGTCTTGTTGGAGCCTTAGAAGG
GAATAAAGGACCTTGGATGGATGATAACAATGACCTTAATCCTTGTTGGCCAACATTGTT
ATCCGATGAAGCGGTATCATCAAAAGGGTATGTTACATTCTCTCTAACGAATGGTCCTGA
GTACCATATCTCCCAGATCACTGATGCTGTAATGGTGGCAAAGCATCTTGGAGCAACACT
AGTGCTTCCTGATATAAGAGGAAGCAAACCTGGTGATGAAAGGAGCTTTGAAGACATTTA
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TGAAGAAGTATCTCTAAGAGACATCGCCATTGTTAAAGTCCCTACAAGAGTTACAGAAGA
CTACAT

QA 1 666 1 666
DS 

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GG
GGACTTTCCTTTTCTTTCCTTCCTTCTCTCTATTTCAACTCTGTATCCTCTGTTTTCACG
ATCCAGTTTTGTACGAAAAAGTAGAAATGGGTGTGGATTTGAGGCAAGTGGTTGCTGGTA
TTCTCACCATTGCCATGTTTGTGATGCTCGCACAGATGCTTCATAGAGATTACTTAGATT
CTCTTCAGGAGAAAGCTCAGGGAGATGCAAATGACATAGAATTCGAAGGATCCAGAGTGT
CTGTGAAAGAAAGTCTTGTTGGAGCCTTAGAAGGGAATAAAGGACCTTGGATGGATGATA
ACAATGACCTTAATCCTTGTTGGCCAACATTGTTATCCGATGAAGCGGTATCATCAAAAG
GGTATGTTACATTCTCTCTAACGAATGGTCCTGAGTACCATATCTCCCAGATCACCGATG
CTGTAATGGTGGCAAAGCATCTTGGAGCAACACTAGTGCTTCCTGATATAAGAGGAAGCA
AACCTGGTGATGAAAGGAGTTTTGAAGACATTTATGATGCTGATAAACTAATCAAAAGCT
TGGCGAACGTCATCGAAGTTGTCAAACAATTGCCTGAAGAAGTATCTCTAAGAGACATCG
CCATTGTTAAAGTCTCTACAAGAGTTACAGAAGACCACATCAAAGAACACATTGAACCCA
TCTTCAAGTCCAAAG*AAACATTCGAGTGGCTACATACTTCTCTTCTGTCA*CCTGAGGA
A*TCCTCACA*GACG*TGAAACCGATCCTGTG
CTGT

QA 3 754 3 754
DS 

RD RR3BH40TF 766 0 0
CAGTTTTGTACGA
AAAAGTAGAAATGGGTGTGGATTTGAGGCAAGTGGTTGCTGGTATTCTCACCATTGCCAT
GCTTGTGATGCTCGCACAGATGCTTCATAGAGATTACTTAGATTCTCTTCAGGAGAAAGC
TCAGGGAGATGCAAATGACATAGAATTCGAAGGATCCAGAGTGTCTGTGAAAGAAAGTCT
TGTTGGAGCCTTAGAAGGGAATAAAGGACCTTGGATGGATGATAACAATGACCTTAATCC
TTGTTGGCCAACATTGTTATCCGATGAAGCGGTATCATCAAAAGGGTATGTTACATTCTC
TCTAACGAATGGTCCTGAGTACCATATCTCCCAGAACACCGATGCTGTAATGGTGGCAAA
GCATCTTGGAGCAACACTAGTGCTTCCTGATATAAGAGGAAGCAAACCTGGTGATGAAAG
GAGTTTTGAAGACATTTATGATGCTGATAAACTAATCAAAAGCTTGGCGAACGTCATCGA
AGTTGTCAAACAATTGCCTGAAGAAGTATCTCTAAGAGACATCGCCATTGTTAAAGTCCC
TACAAGAGTTACAGAAGACCACATCAAAGAACACATTGAACCCATCTTCAAGTCCAAAGG
AAACATTCGAGTGGCTACATACTTCCCTTCTGTCAACCTGAGGAAATCCTCACAAGACGG
TGAAACCGATCCTGTGGGCTTGTTTGGCAATGTTTGGTTCCTTGGAGTTGCAACCTGAGC
TCAATGCAGTAGTTGAGTCAATGATTGAGCGGT

QA 14 766 14 766
DS 



AS 1 4

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GGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAAGCAGATCTTCTCATCACGACCCTTGCAATACGAGAGGA
GAGAGAGAGATAGAGAGATAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGTCTGGAATG
GTTGATTCGAGCTCGTGGGGCGCGGCGTTGGTAAGGATCTCGCCGTACACTTTCTCCGCA
ATCGGAATCGCCATCTCGATCGGCGTTTCAGTCCTCGGTGCCGCCTGGGGAATTTACATA
ACGGGAAGTAGTTTGATCGGTGCGGCCATTGAAGCTCCTCGTATCACTTCCAAGAATCTC
ATCAGTGTTATCTTTTGTGAAGCTGTTGCTATATATGGCGTTATTGTTGCCATCATACTG
CAAACGAAGTTGGAGAGTGTTCCTTCTTCAAAGATGTATGACGCTGAGTCTCCTAGAGCT
GGATATGCAATCTTCGCATCCGGAATCATTGTTGGATTCGCCAACCTTGTCTGCGGGTTA
TGTGTAGGAATCATTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCTGATGCTCAGAACTCCACACTCTTT
GTGAAGATTCTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCCCTGGGGTTGTTTGGAGTTATTGTG
GGG*ATCATTATGTCCGCACAAGCAACATGGCCGACCAAATAGATAATAACCGGTCTGAA
ACTGTTGTGATATATATATCATGAAAGAACATGGCTTCTTGCATATCTTCATTGTTATAT
GGATACTTTCATGTCCAGAAGAAAAAAACATGTGTGAAAGAACTGAGAACCACTTTTTGG
ATCCCTGTTTATTTTAATTTTTGTATTATTTAAAACTTTGGAATAAGGCACGTCGGAGAA
CGTCATCTTCATGTTTGTATTCACGTTGGTTGTTCTCTATTTTATCAAAGACAAGAGTTT
GC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 

AF RR3C945TF U 1
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AF RR3B305JQ C 72
AF RR3GY04JQ C 190
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BS 887 887 RR3GY04JQ
BS 888 902 RR3B305JQ

RD RR3C945TF 736 0 0
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QA 1 736 1 736
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TCATGTCCAGAAGAAAAAA
CATGTGTGAAAAA

QA 11 749 11 749
DS 

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CGGCGTCTCAGTCCTCGGCGCCGCCTGGGGAATTTACATAACGGGAAGTAGTTTGATCGG
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GATCTTCGGAAGCGCTCTGGGGTTGTTTGGAGTTATTGTGGGG*ATCATTATGTCCGCAC
AAGCAACATGGCCGACCAAATAGATAATAACCGGTCTGAAACTGTTGTGATATATATATC
ATGAAAGAACATGGCTTCTTGCATATCTTCATTGTTATATGGATACTTTAATGTCCAGAA
GAAAAAAACTTGTGTGAAAGAACTGAGAACCACTTTTTGGATCCCTGTTTATTTTAATTT
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TCACGTTGGTTGTTCTTTATTTTATCGAAGACAAGAGTTTGC

QA 10 831 10 831
DS 

RD RR3GY04JQ 713 0 0
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AGTTTGATCGGTGCGGCCATTGAAGCTCCTCGTATCACTTCCGAGAATCTCATCAGTGTT
ATCTTTTGTGAAGCTGTTGCTATGTATGGCGTTATTGTTGCCATCATACTGCAAACGAAG
TTGGAGAGTGTTCCTTCTTCAAAGATGTATGACGCTGAGTCTCCTAGAGCTGGATATGCA
ATCTTCGCATCCGGAATCATTGTTGGATTCGCCAACCTTGTCTGCGGGTTATGTGTAGGA
ATCATTGGAAGCAGTTGCGCATTGTCTGATGCTCAGAACTC*ACACTCTTTGTGAAGATT
CTTGTGATTGAGATCTTCGGAAGCGCCCTGGGGTTGTTTGGAGTTATTGTGGGG*ATCAT
TATGTCCGCACAAGCAACATGGCCGACCAAATAGATAATAACCGGTCTGAAACTGTTGTG
ATATATATATCATGAAAGAACATGGCTTCTTGCATATCTTCATTGTTATATGGATACTTT
CATGTCCAGAAGAAAAAAACATGTGTGAAAGAACTGAGAACCACTTTTTGGATCCCTGTT
TATTTTA*TTTTTGTATTATTTAAAACTTTGGAATAAGGCACGTCGGAGAACGTCATCTT
CATGTTTGTATTCACGTTGGTTGTTCTCTATTT*ATCAAAGACAAGAGTTTGC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 7

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TTCTGTTTTTCTCTTGTTTTTCCTCTTTATCACGTCTGCCTCTTCACGTTCCTTCATACG
ACAATACACTGATGACTTCAACACAAATCTGCAGCAGGAGAATGGGGCAGGACCAAACCC
AAACGTCGGAGAAGCGCATTACCTACATGAACGTCAAGAGATATCATCACGTGATTATAA
AGTCTCAGTTTCAAGTATGGTGAATGGTCTAAGAGATCGTCCTCCATCGTCATACTCTCT
CAAGATGGAGTCTTTCAACAAGCTCCTCAACTCACCCAACACAGAGAGATACCAGTCTCG
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GGATAGTGGTTCAGGGTACCTTTCGCTTTACGTAGCCATAGACAACTCAACTCTCGTCGC
TGGACAGCAAGAGGTTTACGCAGATCTCAGATTTTACGTCTTCAATAACAACGAGAGGAA
ATACTTAACTATCCAAGATACCAATGTATGGCGCTTCACTGTCTTCAAAAGTATGTGGGG
ATTCTCTCAAGTCCTTCCTGTTGCTACATTCAGAGACCCTAGAAACGGATACCTCTACGA
TGGAGATCACTGCGAGTTTGG*TGTTGATGTGACCATTCCCACTACGTATCAAATTTCCG
AACTTTTCTCTATTGCTGATAAATTCTATAACCCCAAGTTCACCTATACCATTCGTGGGT
TGTCTACGCTTCTCCAAGATACTTACTACTCAGATCTCTTCTCCGTTGGAGGGAGAAATT
GGAAGATACAAGTGGATCCAAGTGGTCGTTCAACGGCACAAGGAAAAGCCTTGTCCATGT
ATCTTAACCTAGATGTGAATGAGAAGTTCAGACCCTACGAGAAGATTTATGTTCGAGCCA
AGCTTCGAGTTCTTAACCAACGTGGACTCAATAACATCGAAAGGCAACTGGATAACTGGT
ACCAGGGTCCAGCTTATGGAGGAGAATACAGCTGGGGTTACCATGAGTTTATCTCTTTCT
CTGATCCCAGAGATTCAGCAAAGGGTTTTGTTGTGAACGACGTGTTGATGGTTCAGGCTG
AATTCGAGTACATTTCTTCAACCAAGTACTTGCCTAACTAGATTTCTCTAGACAAGGAAG
TTGTACCTTCATGTTTTTTACTTTCTCATCAACCATTTTATAATACGACTCTGTTTTTGT
GTATCAAATAAAAGAATGTTTGTTGTTGTTCTC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 15 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 
45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 45 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C461TF U 1
AF RR3CS82TF U 1
AF RR3GA02TF U 1
AF RR3C290TF U 3
AF RR3A662TF U 23
AF RR3A662JQ C 391
AF RR3GA02JQ C 519
BS 1 681 RR3C461TF
BS 682 682 RR3CS82TF
BS 683 742 RR3C461TF
BS 743 743 RR3CS82TF
BS 744 759 RR3C461TF
BS 760 763 RR3CS82TF
BS 764 791 RR3C290TF
BS 792 794 RR3A662TF
BS 795 796 RR3A662JQ
BS 797 823 RR3A662TF
BS 824 1080 RR3A662JQ
BS 1081 1293 RR3GA02JQ

RD RR3C461TF 759 0 0
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TTCTGTTTTTCTCTTGTTTTTCCTCTTTATCACGTCTGCCTCTTCACGTTCCTTCATACG
ACAATACACTGATGACTTCAACACAAATCTGCAGCAGGAGAATGGGGCAGGACCAAACCC
AAACGTCGGAGAAGCGCATTACCTACATGAACGTCAAGAGATATCATCACGTGATTATAA
AGTCTCAGTTTCAAGTATGGTGAATGGTCTAAGAGATCGTCCTCCATCGTCATACTCTCT
CAAGATGGAGTCTTTCAACAAGCTCCTCAACTCACCCAACACAGAGAGATACCAGTCTCG
TCCATTTACAGTTGGTGGATACAACTGGACACTTATGGTGTACCCCAATGGGAACAAGAA
GGATAGTGGTTCAGGGTACCTTTCGCTTTACGTAGCCATAGACAACTCAACTCTCGTCGC
TGGACAGCAAGAGGTTTACGCAGATCTCAGATTTTACGTCTTCAATAACAACGAGAGGAA
ATACTTAACTATCCAAGATACCAATGTATGGCGCTTCACTGTCTTCAAAAGTATGTGGGG
ATTCTCTCAAGTCCTTCCTGTTGCTACATTCAGAGACCCTAGAAACGGATACCTCTACGA
TGGAGATCACTGCGAGTTTGGGTGTTGATGTGACCATTCCCACTACGTATCAAATTTCCG
AACTTTTCTCTATTGCTGATAA*TTCTATAACCCCAAGT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3CS82TF 767 0 0
GGAC
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GTTTTTCTCTTGTTTTTCCTCTTTATCACGTCTGCCTCTTCACGTTCCTTCATACGACAA
TACACTGATGACTTCAACACAAATCTGCAGCAGGAGAATGGGGCAGGACCAAACCCAAAC
GTCGGAGAAGCGCATTACCTACATGAACGTCAAGAGATATCATCACGTGATTATAAAGTC
TCAGTTTCAAGTATGGTGAATGGTCTAAGAGATCGTCCTCCATCGTCATACTCTCTCAAG
ATGGAGTCTTTCAACAAGCTCCTCAACTCACCCAACACAGAGAGATACCAGTCTCGTCCA
TTTACAGTTGGTGGATACAACTGGACACTTATGGTGTACCCCAATGGGAACGAGAAGGAT
AGTGGTTCAGGGTACCTTTCGCTTTACGTAGCCATAGACAACTCAACTCTCGTCGCTGGA
CAGCAAGAGGTTTACGCAGATCTCAGATTTTACGTCTTCAATAACAACGAGAGGAAATAC
TTAACTATCCAAGATACCAATGTATGGCGCTTCACTGTCTTCAAAAGTATGTGGGGATTC
TCTCAAGTCCTTCCTGTTGCTACATTCAGAGACCCTAGAAACGGATACCTCTACGATGGA
GATCACTGCGAGTTTGG*TGTTGATGTGACCATTCCCACTACGTATCAAATTTCCGAACT
TTTCTCTATTGCTGATAAATTCTATAACCCCAAGTTCAC
TATA

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DS 

RD RR3GA02TF 735 0 0
GGAC
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GTTTTTCTCTTGTTTTTCCTCTTTATCACGTCTGCCTCTTCACGTTCCTTCATACGACAA
TACACTGATGACTTCAACACAAATCTGCAGCAGGAGAATGGGGCAGGACCAAACCCAAAC
GTCGGAGAAGCGCATTACCTACATGAACGTCAAGAGATATCATCACGTGATTATAAAGTC
TCAGTTTCAAGTATGGTGAATGGTCTAAGAGATCGTCCTCCATCGTCATACTCTCTCAAG
ATGGAGTCTTTCAACAAGCTCCTCAACTCATCCAACACAGAGAGATACCAGTCTCGTCCA
TTTACAGTTGGTGGATACAACTGGACACTTATGGTGTACCCCAATGGGAACAAGAAGGAT
AGTGGTTCAGGGTACCTTTCGCTTTACGTAGCCATAGACAACTCAACTCTCGTCGCTGGA
CAGCAAGAGGTTTACGCAGATCTCAGATTTTACGTCTTCAATAACAACGAGAGGAAATAC
TTAACTATCCAAGATACCAATGTATGGCGCTTCACTGTCTTCAAAAGTATGTGGGGATTC
TCTCAAGTCCTTCCTGTTGCTACATTCAGAGACCCTAGAAACGGATACCTCTACGATGGA
GATCACTGCGAGTTTGG*TGTTGATGTGACCATTCCCACTACGTATCAAATTTCCGAACT
TTTCTCTATTG

QA 5 735 5 735
DS 

RD RR3C290TF 789 0 0
GG
ACTTCATTAACATATAAAGCCTTAAAGATGACGAATCCCCACACAAACACCGTTTCTTCT
GTTTTTCTCTTGTTTTTCCTCTTTATCACGTCTGCCTCTTCACGTTCCTTCATACGACAA
TGCACTGATGACTTCAACACAAATCTGCAGCAGGAGAATGGGGCAGGACCAAACCCAAAC
GTCGGAGAAGCGCATTGCCTACATGAACGTCAAGAGATATCATCACGTGATTATAAAGTC
TCAGTTTCAAGTATGGTGAATGGTCTAAGAGATCGTCCTCCATCGTCATACTCTCTCAAG
ATGGAGTCTTTCAACAAGCTCCTCAACTCACCCAACACAGAGAGATACCAGTCTCGTCCA
TTTACAGTTGGTGGATACAACTGGACACTTATGGTGTACCCCAATGGGAACAAGAAGGAT
AGTGGTTCAGGGTACCTTTCGCTTTACGTAGCCATAGACGACTCAACTCTCGTCGCTGGA
CAGCAAGAGGTTTACGCAGATCTCAGATTTTACGTCTTCAATAACAACGAGAGGAAATAC
TTAACTATCCAAGATACCAATGTATGGCGCTTCACTGTCTTCAAAAGTATGTGGGGATTC
TCTCAAGTCCTTCCTGTTGCTACATTCAGAGACCCTAGAAACGGATACCTCTACGATGGA
GATCACTGCGAGTTTGG*TGTTGATGTGACCATTCCCACTACGTATCAAATTTCCGAACT
TTTCTCTATTGCTGATAAATTCTATAACCCCAAGTTCACCTATACCATTCGTGGGTTGTC
TACGCTT

QA 3 789 3 789
DS 

RD RR3A662TF 807 0 0
GCCTTAAAGATGACGAATCCCCACACAAACACCGTTTCTTCTGTTTTTCTCTTGTTTTTC
CTCTTTATCACGTCTGCCTCTTCACGTTCCTTCATACGACAATACACTGATGACTTCAAC
ACAAATCTGCAGCAGGAGAATGGGGCAGGACCAAACCCAAACGTCGGAGAAGCGCATTAC
CTACATGAACGTCAAGAGATATCATCACGTGATTATAAAGTCTCAGTTTCAAGTATGGTG
AATGGTCTAAGAGATCGTCCTCCATCGTCATACTCTCTCAAGATGGAGTCTTTCAACAAG
CTCCTCAACTCACCCAACACAGAGAGATACCAGTCTCGTCCATTTACAGTTGGTGGATAC
AACTGGACACTTATGGTGTACCCCAATGGGAACAAGAAGGATAGTGGTTCAGGGTACCTT
TCGCTTTACGTAGCCATAGACAACTCAACTCTCGTCGCTGGACAGCAAGAGGTTTACGCA
GATCTCAGATTTTACGTCTTCAATAACAACGAGAGGAAATACTTAACTATCCAAGATACC
AATGTATGGCGCTTCACTGTCTTCAAAAGTATGTGGGGATTCTCTCAAGTCCTTCCTGTT
GCTACATTCAGAGACCCTAGAAACGGATACCTCTACGATGGAGATCACTGCGAGTTTGG*
TGTTGATGTGACCATTCCCGCTACGTATCAAATTTCCGAACTTTTCTCTATTGCTGATAA
ATTCTATAACCCCAAGTTCACCTATACCATTCGTGGGTTGTCTACGCTTCTC**AGATAC
TTACTACTCAGATCTCTTCTC
GTTGAG

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3A662JQ 690 0 0
CAC
TATGGTGTACCCCAATGGGAAC*AGAAGGATAGTGGTTCAGGGTAC*TTTCGCTTTACGT
AGCCATAGACAACTCAACTCTCGTCGCTGGACAGCAAGAGGTTTACGCAGATCTCAGATT
TTACGTCTTCAATAACAACGAGAGGAAATACTTAACTATCCAAGATACCAATGTATGGCG
CTTCACTGTCTTCAAAAGTATGTGGGGATTCTCTCAAGTCCTTCCTGTTGCTACATTCAG
AGACCCTAGAAACGGATACCTCTACGATGGAGATCACTGCGAGTTTGG*TGTTGATGTGA
CCATTCCCGCTACGTATCAAATTTCCGAACTTTTCTCTATTGCTGATAAATTCTATAACC
CCAAGTTCACCTATACCATTCGTGGGTTGTCTACGCTTCTCCAAGATACTTACTACTCAG
ATCTCTTCTCCGTTGGAGGGAGAAATTGGAAGATACAAGTGGATCCAAGTGGTCGTTCAA
CGGCACAAGGAAAAGCCTTGTCCATGTATCTTAACCTAGATGTGAATGAGAAGTTCAGAC
CCTACGAGAAGATTTATGTTCGAGCCAAGCTTCGAGTTCTTAACCAACGTGGACTCAATA
ACATCGAAAGGCAACTGGATAACTGGTACCAGGGTCCAGCTTATGGAGGAGAATACAGCT
GGGGTTACCATGAGTTTATCTCTTTCT

QA 4 690 4 690
DS 

RD RR3GA02JQ 775 0 0
TCTTCAATAACAACGAGAGGAAATACTTAACTATCCAAGATACCAATGTATGGCGCTTCA
CTGTCTTCAAAAGTATGTGGGGATTCTCTCAAGTCCTTCCTGTTGCTACATTCAGAGACC
CTAGAAACGGATACCTCTACGATGGAGATCACTGCGAGTTTGG*TGTTGATGTGACCATT
CCCACTACGTATCAAATTTCCGAACTTTTCTCTATTGCTGATAAATTCTATAACCCCAAG
TTCACCTATACCATTCGTGGGTTGTCTACGCTTCTCCAAGATACTTACTACTCAGATCTC
TTCTCCGTTGGAGGGAGAAATTGGAAGATACAAGTGGATCCAAGTGGTCGTTCAACGGCA
CAAGGAAAAGCCTTGTCCATGTATCTTAACCTAGATGTGAATGAGAAGTTCAGACCCTAC
GAGAAGATTTATGTTCGAGCCAAGCTTCGAGTTCTTAACCAACGTGGACTCAATAACATC
GAAAGGCAACTGGATAACTGGTACCAGGGTCCAGCTTATGGAGGAGAATACAGCTGGGGT
TACCATGAGTTTATCTCTTTCTCTGATCCCAGAGATTCAGCAAAGGGTTTTGTTGTGAAC
GACGTGTTGATGGTTCAGGCTGAATTCGAGTACATTTCTTCAACCAAGTACTTGCCTAAC
TAGATTTCTCTAGACAAGGAAGTTGTACCTTCATGTTTTTTACTTTCTCATCAACCATTT
TATAATACGACTCTGTTTTTGTGTATCAAATAAAAGAATGTTTGTTGTTGTTCTC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 2 6

CO CL1120Contig1 619 4 4 U
GGGGTTTCTCTTCCGCATCGTCGTCTCCAGCTTCTCCTCGTGTGGTTTATACTCTAAATC
TTCTGCAAACTTAGGAGTATATAAAGGATGGGAAGATGCCCGACAAGAAAGGTGAAGAAG
AGGCGATTGTCTCACAAAACAGCTCGTCGTGACAAATTCGAAGTCAAAGGCGACGATTTA
GTGTACACTGAGCTACGCAAACCAGAGACGGAGACAAAGCCTTTGGAGCTTAGCGAGGAT
TTGCCTGGAATGGGCCAGTTCTACTGCTTACACTACGATCGGTACTTCTCTAATGCGTCT
GTGCGTGATGATCATTTTAAGACCAAGAAACACAAGAAGCGTGTGAAGTTAATGAATGGA
CCTGCGCCACACTCACAACTCGATGCTGATTTGGCTGCTGGGATGGGAATGCCCGACAAT
GGTCCAAAGCTCATGGCTTCTTGAGTTCACTTTCAGTTTTTTTTCTTCTGCTCTTTCTAA
ATAGTTCACAGTTAACTGAACCTGTGGATTGTTGTTGTAAGATGCCCCTTAGTATTAAAA
CTATAAGTTCAATGCTATAAGTGTTGTAAGATGTCCCTTAGTATTAAAACTATAAGTTCA
ATGCTATAAGTTTTTTCCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

AF RR3DK76JQ C 1
AF RR3H719JQ C 57
AF RR3DK76TF U 1
AF RR3H719TF U 10
BS 1 469 RR3DK76TF
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BS 471 618 RR3DK76TF
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RD RR3DK76JQ 619 0 0
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AGGCGATTGTCTCACAAAACAGCTCGTCGTGACAAATTCGAAGTCAAAGGCGACGATTTA
GTGTACACTGAGCTACGCAAACCAGAGACGGAGACAAAGCCTTTGGAGCTTAGCGAGGAT
TTGCCTGGAATGGGCCAGTTCTACTGCTTACACTACGATCGGTACTTCTTTAATGCGTCT
GTGCGTGATGATCATTTTAAGACCAAGAAACACAAGAAGCGTGTGAAGTTAATGAATGGA
CCTGCGCCACACTCACAACTCGATGCTGATTTGGCTGCTGGGATGGGAATGCCCGACAAT
GGTCCAAAGCTCATGGCTTCTTGAGTTCACTTTCAGTTTTTTTTCTTCTTCTCTTTCTAA
ATAGTTCACAGTTAACTGAACCTGTGGATTGTTGTTGTAAGATGCCCCTTAGTATTAAAA
CTATAAGTTCAATGCTATAAGTGTTGTAAGATGTCCCTTAGTATTAAAACTATAAGTTCA
ATGCTATAAGTTTTTTCCT

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DS 

RD RR3H719JQ 563 0 0
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TTTAGTGTACACTGAGCTACGCAAACCAGAGACGGAGACAAAGCCTTTGGAGCTTAGCGA
GGATTTGCCTGGAATGGGCCAGTTCTACTGCTTACACTGCGATCGGTACTTCTCTAATGC
GTCTGTGCGTGATGATCATTTTAAGACCAAGAAACACAAGAAGCGTGTGAAGTTAATGAA
TGGACCTGCGCCACACTCACAACTCGATGCTGATTTGGCTGCTGGGATGGGAATGCCCGA
CAATGGTCCAAAGCTCATGGCTTCTTGAGTTCACTTTCAGTTTTTTTTCTTTTGCTCTTT
CTAAATAGTTCACAGTTAACTGAACCTGTGGATTGTTGTTGTAAGATGCCCCTTAGTATT
AAAACTATAAGTTCAATGCTATAAGTGTTGTAAGATGTCCCTTAGTATTAAAACTATAAG
TTCAATGCTATAAGTTTTTTCC
C

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3DK76TF 619 0 0
GGGGTTTCTCTTCCGCATCGTCGTCTCCAGCTTCTCCTCGTGTGGTTTATACTCTAAATC
TTCTGCAAACTTAGGAGTATATAAAGGATGGGAAGATGCCCGACAAGAAAGGTGAAGAAG
AGGCGATTGTCTCACAAAACAGCTCGTCGTGACAAATTCGAAGTCAAAGGCGACGATTTA
GTGTACACTGAGCTACGCAAACCAGAGACGGAGACAAAGCCTTTGGAGCTTAGCGAGGAT
TTGCCTGGAATGGGCCAGTTCTACTGCTTACACTACGATCGGTACTTCTCTAATGCGTCT
GTGCGTGATGATCATTTTAAGACCAAGAAACACAAGAAGCGTGTGAAGTTAATGAATGGA
CCTGCGCCACACTCACAACTCGATGCTGATTTGGCTGCTGGGATGGGAATGCCCGACAAT
GGTCCAAAGCTCATGGCTTCTTGAGTTCACTTTCAGTTTTTTTTCTTCTTCTCTTTCTAA
ATAGTTCACAGTTAACTGAACCTGTGGATTGTTGTTGTAAGATGCCCCTTAGTATTAAAA
CTATAAGTTCAATGCTATAAGTGTTGTAAGATGTCCCTTAGTATTAAAACTATAAGTTCA
ATGCTATAAGTTTTTTCC
T

QA 1 618 1 618
DS 

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GG
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GGGCCAGTTCTACTGCTTACACTGCGATCGGTACTTCTCTAATGCGTCTGTGCGTGATGA
TCATTTTAAGACCAAGAAACACAAGAAGCGTGTGAAGTTAATGAATGGACCTGCGCCACA
CTCACAACTCGATGCTGATTTGGCTGCTGGGATGGGAATGCCCGACAATGGTCCAAAGCT
CATGGCTTCTTGAGTTCACTTTCAGTTTTTTTTCTTCTGCTCTTTCTAAATAGTTCACAG
TTAACTGAACCTGTGGATTGTTGTTGTAAGATGCCCCTTAGTATTAAAACTATAAGTTCA
ATGCTATAAGTGTTGTAAGATGTCCCTTAGTATTAAAACTATAAGTTCAATGCTATAAGT
TTTTTCC
C

QA 3 609 3 609
DS 



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GCTTACCGAGGATTTGCCTGGAATGGGCCAGTTCTACTGCTTACACTGCGATCGGTACTT
CTCTAATGCGTCTGTGCGTGATGATCATTTTAAGACCAAGAAACACAAGAAGCGTGTGAA
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AATGCCCGACAATGGTCCAAAGCTCATGGCTTCTTGAGTTCACTTTCAGTTTTTTTTTGT
TTCTCCTTCTAAACGGTTCGCAGTTAACGGAGCCTGTGGATTGTTGTTGTAAGATGTCCC
TTAGTATTATTAACACTATTAAGTTAAATGCTATAAGTATTTTTCCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3HB62TF U 1
AF RR3HB62JQ C 235
BS 1 408 RR3HB62TF

RD RR3HB62TF 408 0 0
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GCTTACCGAGGATTTGCCTGGAATGGGCCAGTTCTACTGCTTACACTGCGATCGGTACTT
CTCTAATGCGTCTGTGCGTGATGATCATTTTAAGACCAAGAAACACAAGAAGCGTGTGAA
GTTAATGAATGGACCTGCGCCACACTCACAACTCGATGCTGATTTGGCTGCTGGGATGGG
AATGCCCGACAATGGTCCAAAGCTCATGGCTTCTTGAGTTCACTTTCAGTTTTTTTTTGT
TTCTCCTTCTAAACGGTTCGCAGTTAACGGAGCCTGTGGATTGTTGTTGTAAGATGTCCC
TTAGTATTATTAACACTATTAAGTTAAATGCTATAAGTATTTTTCCGT

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3HB62JQ 174 0 0
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TTTTGTTTCTCCTTTTAAACGGTTCGCAGTTAACGGAGCCTGTGGATTGTTGTTGTAAGA
TGTCCCTTAGTATTATTAACACTATTAAGTTAAATGCTATAAGTATTTTTCCGT

QA 1 174 1 174
DS 



AS 2 5

CO CL1121Contig1 1031 3 3 U
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TCTCATTGGTCTCTTCGACGTCTTTAGCGTTTCCAGGGGAAGGATTAGCTGTCGTGAAAC
AAGGTCTTCTCGCCGGAAGAGTTCCTGGTCTATCCGAACCCGATGACGAAGGTTGGAGAA
CATACCGTAGACCAGACGAGAAGTCAGGAGGGCATGGCGTTGGTTGGAGTCCTATTATCC
CTTACGCCTTCTCTGTTCCTCAAGATTGGAATGAGGTACCTGTGTCGATAGCTGATCTTG
GTGGCACTGAGATTGACTTGAGATTCGCTAGCCCTAAAGAAGGACGCTTGTCTGTAATTG
TCGCTCCCGTTCTTAGATTCGCTGATAACCTTGGGGACAACGTGAAGATTAAAAACATTG
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GGGAAAGTGCTAAGTTCAAACGTAGCGGAACACGAGGGTAGGCTCTATTACCAGTTCGAG
CTAGAGCCGCCTCATGTACTCATCACTGCGACAGCTGCTGGAAACCGCCTTTACTTGTTC
AGTGTCACTGGAAACGGGCTTCAATGGAAGAGATACTACAAGGATCTGAAGAAGATAGCT
ACTTCTTTCCGCGTTGTTTAGAGACATTTGCAAAAAAAAGTTTTCTTTTTGATTCATGCA
TGGGTTTCTTCTACAGGTGACTCAAATAGTTTATGGATGACCCACCAGTCTCGTACGTCA
TATATTTGTATAAAGTTGAGAATTCTGTAACTTTACAGTAAACCAAATCCAAGCAGTACA
TTAAGTCTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AR56TF U 1
AF RR3GO79TF U 146
AF RR3AR56JQ C 195
BS 1 687 RR3AR56TF
BS 688 688 RR3GO79TF
BS 689 1031 RR3AR56JQ

RD RR3AR56TF 687 0 0
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AGTCAAGAATGGAGACGGCTCTGCTACGGTTCTGCGTTAGTTTCTCCGGCCATCCCCACC
ACAAGAAAATCGCCGCTGCTCATCACAGAGTCAGTTGTGAGATTCCGGGAGGATCATCCG
AAGACGAGTGGTCTGCTAAGGTTTTGAGTAGAAGATCGGTACTTGCAACGGTTTCTGGAC
TCTCATTGGTCTCTTCGACGTCTTTAGCGTTTCCAGGGGAAGGATTAGCTGTCGTGAAAC
AAGGTCTTCTCGCCGGAAGAGTTCCTGGTCTATCCGAACCCGATGACGAAGGTTGGAGAA
CATACCGTAGACCAGACGAGAAGTCAGGAGGGCATGGCGTTGGTTGGAGTCCTATTATCC
CTTACGCCTTCTCTGTTCCTCAAGATTGGAATGAGGTACCTGTGTCGATAGCTGATCTTG
GTGGCACTGAGATTGACTTGAGATTCGCTAGCCCTAAAGAAGGACGCTTGTCTGTAATTG
TCGCTCCCGTTCTTAGATTCGCTGATAACCTTGGGGACAACGTGAAGATTAAAAACATTG
GAACACCAGCGAAGGTGATCAACGCCTTTGGACCAGAAGTTATCGGAGAAAACGTTGAAA
GGGAAAGTGCTAAGTTCAAACGTAGCG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3GO79TF 543 0 0
CA
GAGTCAGTTGTGAGATTCCGGGAGGATCATCCGAAGACGAGTGGTCTGCTAAGATTTTGA
GTAGAAGATCGGTACTTGCGACGGTTTCTGGACTCTCATTGGTCTCTTCGACGTCTTTAG
TGTTTCCAGGGGAAGGATTAGCTGTCGTGAAACAGGGTCTTCTCGCCGGGAGAGTTCCTG
GTCTATCTGAACCCGATGACGAAGGTTGGAGAACATACCGTAGACCAGACGAGAAGTCAG
GAGGGCATGGGGTTGGTTGGAGTCCTATTATCCCTTACGCCTTCTCTGTTCCTCAAGATT
GGAACGAGGTACCTGTGTCGATAGCTGATCTTGGTGGCACTGAGATTGACTTGAGATTCG
CTAGTCCTAAAGAAGGACGCTTGTCTGTAATTGTCGCTCCCGTTCTTAGATTTGCAGATA
ACCTTGGGGACAATGTGAAGATTGAAAACATTGGAACACCAGCGAAGGTGATCAACGCCT
TTGGACCAGAAGTTATCGGAGAAA*CGTTGAAAGGGAAAGTGTTAAGTTCAAACGTAGCG
G

QA 3 543 3 543
DS 

RD RR3AR56JQ 837 0 0
GCTAAGGTTTTGAGTAGAAGATCGGTACTTGCAACGGTTTCTGGACTCTCATTGGTCTCT
TCGACGTCTTTAGCGTTTCCAGGGGAAGGATTAGCTGTCGTGAAACAAGGTCTTCTCGCC
GGAAGAGTTCCTGGTCTATCCGAACCCGATGACGAAGGTTGGAGAACATACCGTAGACCA
GACGAGAAGTCAGGAGGGCATGGCGTTGGTTGGAGTCCTATTATCCCTTACGCCTTCTCT
GTTCCTCAAGATTGGAATGAGGTACCTGTGTCGATAGCTGATCTTGGTGGCACTGAGATT
GACTTGAGATTCGCTAGCCCTAAAGAAGGACGCTTGTCTGTAATTGTCGCTCCCGTTCTT
AGATTCGCTGATAACCTTGGGGACAACGTGAAGATTAAAAACATTGGAACACCAGCGAAG
GTGATCAACGCCTTTGGACCAGAAGTTATCGGAGAAAACGTTGAA*GGGAAAGTGCTAAG
TTCAAACGTAGCGGAACACGAGGGTAGGCTCTATTACCAGTTCGAGCTAGAGCCGCCTCA
TGTACTCATCACTGCGACAGCTGCTGGAAACCGCCTTTACTTGTTCAGTGTCACTGGAAA
CGGGCTTCAATGGAAGAGATACTACAAGGATCTGAAGAAGATAGCTACTTCTTTCCGCGT
TGTTTAGAGACATTTGCAAAAAAAAGTTTTCTTTTTGATTCATGCATGGGTTTCTTCTAC
AGGTGACTCAAATAGTTTATGGATGACCCACCAGTCTCGTACGTCATATATTTGTATAAA
GTTGAGAATTCTGTAACTTTACAGTAAACCAAATCCAAGCAGTACATTAAGTCTGGC

QA 1 837 1 837
DS 



CO CL1121Contig2 752 2 7 U
GCCAGACTTGTACTGCTTGGATTTGGTTTACTGTAAAGTTACAGGATTCTCAACTTTATA
CAAATATATGACGTACGAGACTGGTGGGTCATCCATAAACTATTTGAGTCAACTTGTAGA
AGAACCCCATGCATGAATCAAAAAGAAAAACTTTTTGCAAATGTCTCTAAACAACGCGGA
AGGAAGTAGCTATCTTCTTCAGATCCTTGTAGTGTCTCCTCCATTGAAGCCCGTTTCCAG
TGACACTGAACAAGTAAAGACGATTTCCAGCAGCTGTTGCAGTGATGAGAACATGAGGTG
GCTCTAGCTCGAACTGGTAATAGAGCCTACCCTCGTGTTCCGCTACGTTTGAACTTAACA
CTTTCCCTTCAACGTTTTCTCCGATAACTTCTGGTCCAAAGGCGTTGATCACCTTCGCTG
GTGTTCCAATGTTTTCAATCTTCACATTGTCCCCAAGGTTATCTGCAAATCTAAGAACGG
GAGCGACAATTACAGACAAGCGTCCTTCTTTAGGACTAGCGAATCTCAAGTCAACCTCAG
TGCCACCAAGATCAGCTATCGACACAAGTACCTCGTTCCAATCTTGAGGAACAGAGAAGG
CGTAAGGGATAATAGGACTCCAACCAACCCCATGCCCTCCTGACTTCTCGTCTGGTCTAC
GGTATGTTCTCCAACCTTCGTCATCGGGTTCAGATAGACCAGGAACTCTCCCGGCGAGAA
GACCCTGTTTCACGACAGCTAATCCTTCCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GO79JQ U 1
AF RR3E464JQ U 15
BS 1 218 RR3GO79JQ
BS 219 219 RR3E464JQ
BS 220 534 RR3GO79JQ
BS 535 535 RR3E464JQ
BS 536 566 RR3GO79JQ
BS 567 567 RR3E464JQ
BS 568 752 RR3GO79JQ

RD RR3GO79JQ 752 0 0
GCCAGACTTGTACTGCTTGGATTTGGTTTACTGTAAAGTTACAGGATTCTCAACTTTATA
CAAATATATGACGTACGAGACTGGTGGGTCATCCATAAACTATTTGAGTCAACTTGTAGA
AGAACCCCATGCATGAATCAAAAAGAAAAACTTTTTGCAAATGTCTCTAAACAACGCGGA
AGGAAGTAGCTATCTTCTTCAGATCCTTGTAGTGTCTCTTCCATTGAAGCCCGTTTCCAG
TGACACTGAACAAGTAAAGACGATTTCCAGCAGCTGTTGCAGTGATGAGAACATGAGGTG
GCTCTAGCTCGAACTGGTAATAGAGCCTACCCTCGTGTTCCGCTACGTTTGAACTTAACA
CTTTCCCTTCAACGTTTTCTCCGATAACTTCTGGTCCAAAGGCGTTGATCACCTTCGCTG
GTGTTCCAATGTTTTCAATCTTCACATTGTCCCCAAGGTTATCTGCAAATCTAAGAACGG
GAGCGACAATTACAGACAAGCGTCCTTCTTTAGGACTAGCGAATCTCAAGTCAATCTCAG
TGCCACCAAGATCAGCTATCGACACAGGTACCTCGTTCCAATCTTGAGGAACAGAGAAGG
CGTAAGGGATAATAGGACTCCAACCAACCCCATGCCCTCCTGACTTCTCGTCTGGTCTAC
GGTATGTTCTCCAACCTTCGTCATCGGGTTCAGATAGACCAGGAACTCTCCCGGCGAGAA
GACCCTGTTTCACGACAGCTAATCCTTCCCCT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3E464JQ 716 0 0
GCTTGGATTTGGTTTACTGTAAAGTTACAGGATTCTCAACTTTATACAAATATATGACGT
ACGAGACTGGTGGGTCATCCATAAACTATTTGAGTCAACTTGTAGAAGAACCCCATGCAT
GAATCAAAAAGAAAAACTTTTTGCAAATGTCTCTAAACAACGCGGAAGGAAGTAGCTATC
TTCTTCAGATCCTTGTAGTGTCTCCTCCATTGAAGCCCGTTTCCAGTGACACTGAACAAG
TAAAGACGATTTCCAGCAGCTGTTGCAGTGATGAGAACATGAGGTGGCTCTAGCTCGAAC
TGGTAATAGAGCCTACCCTCGTGTTCCGCTACGTTTGAACTTAACACTTTCCCTTCAACG
TTTTCTCCGATAACTTCTGGTCCAAAGGCGTTGATCACCTTCGCTGGTGTTCCAATGTTT
TCAATCTTCACATTGTCCCCAAGGTTATCTGCAAATCTAAGAACGGGAGCGACAATTACA
GACAAGCGTCCTTCTTTAGGACTAGCGAATCTCAAGTCAACCTCAGTGCCACCAAGATCA
GCTATCGACACAAGTACCTCGTTCCAATCTTGAGGAACAGAGAAGGCGTAAGGGATAATA
GGACTCCAACCAACCCCATGCCCTCCTGACTTCTCGTCTGGTCTACGGTATGTTCTCCAA
CCTTCGTCATCGGGTTCAGATAGACCAGGAACTCTCCCGGCGAGAAGACCCTGTTT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 6

CO CL1122Contig1 841 6 8 U
AGACATGCATAATATGGAGATATATATTTCTTATATAAAAAATATAAATAACGTTACGAT
CAAGAACACATAAAGAAGATCTATAACTTATAATTTGCTTAAAATATAATCTCGTTTAAG
AGAATACATTACATCAATGTTCATTCGACATGACAGGATTAAATCTTTTCTTCAAATTGC
CAATTTGCTCAAGACTCAACCC*AAAAGCTTTCACAAGCAACTCCTCATTGATCTCTGAC
CCAAAAACCACCGACGGTATCTTCTGAATCCCGGGGCTTTGGCTATTAAGTCCGCCTAGA
ATCGTGGCCGTAACATCTCCCACGTTCATCTGGAAATGCACAAGCCCTTTTGGGTACACC
ATCATCTCTCCTACTTCCATAACTTTAGCGTAGACTTTATTGTTAGAGTCCACAAAACCG
GAGTAAACCCGTCCTTTAACAACGTGGGCTACTTCAGTGCCTCTTGGATGATAATGTGGA
GGGTTTATAGCTCCGGGTTTGAGATCAGCCCGGACAAACGACAAGCCCAAAGTGTTAAGG
CCCGGAAAGGTTGTCGGGTTTACGGGGACCGTGGCTAGACCGGTCTCGGAGAAGTTTCCT
GCTGTTTGTAAACCGGAAAAGATGAAATCTTCGGTGGTTAGTTCGGAGGAGTTTTTGCAG
GGGAGGTTTGTGGAGAAGGGATGGTGATGAGGAGATGTGATTTGTTTTGGTATACAGAAG
TCTTGGATTGGGTCGGGGTCTGAAGCTAATGTGAAGCAGACTTTGAAACATACAAGAAGT
AAAGCTTTTATTAGAAACATAGTGTTTGCTTCCATCTTCTTACTTTGGTTTTGAGGCGTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3E995JQ U 64
AF RR3B117JQ U 16
AF RR3F336JQ U 1
AF RR3E995TF C 576
AF RR3F336TF C 254
AF RR3B117TF C 56
BS 1 178 RR3F336JQ
BS 179 179 RR3B117JQ
BS 180 198 RR3F336JQ
BS 199 199 RR3E995JQ
BS 200 234 RR3F336JQ
BS 235 235 RR3B117JQ
BS 236 674 RR3F336JQ
BS 675 841 RR3B117TF

RD RR3E995JQ 529 0 0
C
AACACATAAAGAAGATCTATAACTTATAATTTGCTTAAAATATAATCTCGTTTAAGAGAA
TACATTACATCAATGTTCATTCGACATGACAGGATTAAATCTTTTCTTCAAATTACCAAT
TTGCTCAAGACTCAACCC*AAAAGCTTTCACAAGCAACTCCTCATTGATCCCTGACCCAA
AAACCACCGACGGTATCTTCTGAATCCCGGGGCTTTGGCTATTAAGTCCGCCTAGAATCG
TGGCCATAACATCTCCCACGTTCATCTGGAAATGCACAAGCCCTTTTGGGTACACCATCA
TCTCTCCTACTTCCATAACTTTAGCGTAAACTTTATTGTTAGAGTCCACAAAACCGGAGT
AAACCCGTCCTTTAACAACGTGGGCTACTTCAGTGCCTCTTGGATGATAATGTGGAGGGT
TTATAGCTCCGGGTTTGAGATCAGCCCGGACAAACGACAAGCCCAAAGTGTTAAGGCCCG
GAAAGGTTGTCGGGTTTACGGGGACCGTGGCTAGACCGGTCTCGGAGA

QA 2 529 2 529
DS 

RD RR3B117JQ 641 0 0
GGAGATATATATTTCTTATATAAAAAATATAAATAACGTTACGATCAAGAACACATAAAG
AAGATCTATAACTTATAATTTGCTTAAAATATAATCTCGTTTAAGAAAATACATTACATC
AATGTTCATTCGACATGACAGGATTAAATCTTTTCTTCAAATTGCCAATTTGCTCAAGAC
TCAACCC*AAAAGCTTTCACAAGCAACTCCTCATTGATCTCTGACCCAAAAACCACCGAC
GGTATCTTCTGAATCCCGGGGCTTTGGCTATTAAGTCCGCCTAGAATCGTGGCCGTAACA
TCTCCCACGTTCATCTGGAAATGCACAAGCCCTTTTGGGTACACCATCATCTCTCCTACT
TCCATAACTTTAGCGTAAACTTTATTGTTAGAGTCCACAAAACCGGAGTAAACCCGTCCT
TTAACAACGAGGGCTACTTCAGTGCCTCTTGGATGATAATGTGGAGGGTTTATAGCTCCG
GGTTTGAGATCAGCCCGGACAAACGACAAGCCCAAAGTGTTAAGGCCCGGAAAGGTTGTC
GGGTTTACGGGGACCGTGGCTAGACCGGTCTCGGAGAAGTTTCCTGCTGTTTGTAAACCG
GAAAAGATGAAATCTTCGGTGGTTAGTTCGGAGGAGTTTTT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3F336JQ 674 0 0
AGACATGCATAATATGGAGATATATATTTCTTATATAAAAAATATAAATAACGTTACGAT
CAAGAACACATAAAGAAGATCTATAACTTATAATTTGCTTAAAATATAATCTCGTTTAAG
AGAATACATTACATCAATGTTCATTCGACATGACAGGATTAAATCTTTTCTTCAAATTAC
CAATTTGCTCAAGACTCAGCCC*AAAAGCTTTCACAAGCAACTCCTCATTGATCCCTGAC
CCAAAAACCACCGACGGTATCTTCTGAATCCCGGGGCTTTGGCTATTAAGTCCGCCTAGA
ATCGTGGCCGTAACATCTCCCACGTTCATCTGGAAATGCACAAGCCCTTTTGGGTACACC
ATCATCTCTCCTACTTCCATAACTTTAGCGTAGACTTTATTGTTAGAGTCCACAAAACCG
GAGTAAACCCGTCCTTTAACAACGTGGGCTACTTCAGTGCCTCTTGGATGATAATGTGGA
GGGTTTATAGCTCCGGGTTTGAGATCAGCCCGGACAAACGACAAGCCCAAAGTGTTAAGG
CCCGGAAAGGTTGTCGGGTTTACGGGGACCGTGGCTAGACCGGTCTCGGAGAAGTTTCCT
GCTGTTTGTAAACCGGAAAAGATGAAATCTTCGGTGGTTAGTTCGGAGGAGTTTTTGCAG
GGGAGGTTTGTGGA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3E995TF 253 0 0
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GGTTAGTTCGGAGGAGTTTTTGCAGGGGAGGTTCGTGGAGAAGGGATGGTGATGAGGAGA
TGTGATTTGTTTTGGTATACAGAAGTCTTGGATTGGGTCGGGGTCTGAAGCTAATGTGAA
GCAGACTTTGAAACATACAAGAAGTAAAGCTTTTATTAGAAACATAGTGTTTGCTTCCAT
CTTCTTACTTTGG

QA 1 253 1 253
DS 

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CATCTCCCACGTTCATCTGGAAATGCACAAGCCCTTTTGGGTACACCATCATCTCTCCTA
CTTCCATAACTTTAGCGTAGACTTTATTGTTAGAGTCCACAAAACCGGAGTAAACCCGTC
CTTTAACAACGTGGGCTACTTCAGTGCCTCTTGGATGATAATGTGGAGGGTTTATAGCTC
CGGGTTTGAGATCAGCCCGGACAAACGACAAGCCCAAAGTGTTAAGGCCCGGAAAGGTTG
TCGGGTTTACGGGGACCGTGGCTAGACCGGTCTCGGAGAAGTTTCCTGCTGTTTGTAAAC
CGGAAAAGATGAAATCTTCGGTGGTTAGTTCGGAGGAGTTTTTGCAGGGGAGGTTTGTGG
AGAAGGGATGGTGATGAGGAGATGTGATTTGTTTTGGTATACAGAAGTCTTGGATTGGGT
CGGGGTCTGAAGCTAATGTGAAGCAGACCTTGAAACATACAAGAAGTAAAGCTTTTATTA
GAAACATAGTGTTTGCTTCCATCTTCTTACTTTGGTTTTGAGGC
CC

QA 1 584 1 584
DS 

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TTAAGAGAATACATTACATCAATGTTCATTCGACATGACAGGATTAAATCTTTTCTTCAA
ATTGCCAATTTGCTCAAGACTCAACCCCAAAAGCTTTCACAAGCAACTCCTCATTGATCT
CTGACCCAAAAACCACCGACGGTATCTTCTGAATCCCGGGGCTTTGGCTATTAAGTCCGC
CTAGAATCGTGGCCGTAACATCTCCCACGTTCATCTGGAAATGCACAAGCCCTTTTGGGT
ACACCATCATCTCTCCTACTTCCATAACTTTAGCGTAGACTTTATTGTTAGAGTCCACAA
AACCGGAGTAAACCCGTCCTTTAACAACGAGGGCTACTTCAGTGCCTCTTGGATGATAAT
GTGGAGGGTTTATAGCTCCGGGTTTGAGATCAGCCCGGACAAACGACAAGCCCAAAGTGT
TAAGGCCCGGAAAGGTTGTCGGGTTTACGGGGACCGTGGCTAGACCGGTCTCGGAGAAGT
TTCCTGCTGTTTGTAAACCGGAAAAGATGAAATCTTCGGTGGTTAGTTCGGAGGAGTTTT
TGCAGGGGAGGTTTGTGGAGAAGGGATGGTGATGAGGAGATGTGATTTGTTTTGGTATAC
AGAAGTCTTGGATTGGGTCGGGGTCTGAAGCTAATGTGAAGCAGACTTTGAAACATACAA
GAAGTAAAGCTTTTATTAGAAACATAGTGTTTGCTTCCATCTTCTTACTTTGGTTTTGAG
GCGTCC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 6

CO CL1123Contig1 1373 6 8 U
TTTTTTCTGCTGATTACATTATACACACAACTTCTGTCTCTCTCTGGTTGCCATGGCTTC
GGCTACTTTCTCTGTGGCCAAACCTTCTCTTCAGGGCTTCTCTGAGTTCTCAGGACTTCG
AAACTCCTCTGCTCTTCCCTTCGCCAAGAAATCTTCTTCCGATGAGTTTGTTTCCTTTGT
CAGTTTCCAAACTTCTGCAATGGGAAGCAATGGTGGATACAGGAAAGGAGAGACCGAGGC
CAAGCTAAAGGTAGCCATCAATGGGTTCGGTAGGATTGGTAGGAACTTCTTGAGGTGTTG
GCATGGTCGCAAAGACTCTCCTCTTGATGTCATTGCCACCAACGACACTGGTGGTGTCAA
ACAAGCAACCCATCTCCTCAAATACGACTCCACTCTTGGAATCTTTGACGCTGACGTCAA
ACCCTCTGGAGACTCTGCTCTCTCTGTTGATGGAAAGATCATCAAGATTGTATCTGATCG
TAACCCATCTAATCTCCCCTGGGGGGAACTAGGCATTGACCTTGTCATCGAAGGAACCGG
AGTATTTGTGGACAGAGAAGGTGCTGGAAAACACATTCAAGCTGGAGCCAAGAAGGTCTT
GATTACTGCTCCTGGTAAAGGAGACATCCCAACATATGTTGTTGGTGTCAATGCTGAACT
TTACAGCCATGAAGATACCATCATCAGCAACGCCTCTTGTACTACTAACTGTCTCGCTCC
ATTCGTCAAGGTTCTTGACCAGAAGTTCGGGATCATAAAGGGTACAATGACAACTACTCA
CTCATACACCGGTGACCAGAGGCTGTTGGATGCAAGCCACCGTGATCTGAGGAGAGCAAG
AGCAGCTGCTTTGAACATCGTTCCAACATCGACAGGAGCAGCCAAGGCCGTGGCTCTAGT
GCTCCCTAACCTCAAAGGAAAACTCAACGGAATCGCATTGCGTGTGCCAACTCCCAACGT
CTCAGTGGTTGACTTGGTCGTGCAGGTCTCCAAGAAGACTTTTGCTGAGGAAGTCAACGC
TGCTTTCAGGGATGCAGCTGAGAAAGAGCTTAAAGGTATACTCGATGTCTGCGATGAGCC
TCTCGTCTCTGTTGACTTCAGGTGCTCTGATGTTTCCTCAACCATTGATTCTTCTCTCAC
AATGGTTATGGGAGATGATATGGTTAAAGTGATTGCTTGGTATGATAATGAATGGGGTTA
CTCTCAGAGAGTTGTTGATTTGGCTGACATTGTTGCCAATAACTGGAAGTGAACTAGACT
CAACTTTTGATGTCTTGGCTCCATTTTTTCTTTAATATGATTCGGAATGTAGAATTGTAG
TTCCCGAGTTTATGTATTTGTGATCTACAATTTTATAGTAATAAACTTTATTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DJ70TF U 1
AF RR3HA59TF U 1
AF RR3D488TF U 342
AF RR3FV38JQ C 623
AF RR3HA59JQ C 726
AF RR3DJ70JQ C 649
BS 1 543 RR3DJ70TF
BS 544 544 RR3HA59TF
BS 545 697 RR3DJ70TF
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RD RR3DJ70TF 715 0 0
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GGCTACTTTCTCTGTGGCCAAACCTTCTCTTCAGGGCTTCTCTGAGTTCTCAGGACTTCG
AAACTCCTCTGCTCTTCCCTTCGCCAAGAAATCTTCTTCCGATGAGTTTGTTTCCTTTGT
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CAAGCTAAAGGTAGCCATCAATGGGTTCGGTAGGATTGGTAGGAACTTCTTGAGGTGTTG
GCATGGTCGCAAAGACTCTCCTCTTGATGTCATTGCCACCAACGACACTGGTGGTGTCAA
ACAAGCAACCCATCTCCTCAAATACGACTCCACTCTTGGAATCTTTGACGCTGACGTCAA
ACCCTCTGGAGACTCTGCTCTCTCTGTTGATGGAAAGATCATCAAGATTGTATCTGATCG
TAACCCATCTAATCTCCCCTGGGGGGAACTAGGCATTGACCTTGTCATCGAAGGAACCGG
AGTGTTTGTGGACAGAGAAGGTGCTGGAAAACACATTCAAGCTGGAGCCAAGAAGGTCTT
GATTACTGCTCCTGGTAAAGGAGACATCCCAACATATGTTGTTGGTGTCAATGCTGAACT
TTACAGCCATGAAGATACCATCATCAGCAACGCCTCT*GTACTACTAACTGTCTC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3HA59TF 726 0 0
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GGCTACTTTCTCTGTGGCCAAACCTTCTCTTCAGGGCTTCTCTGAGTTCTCAGGACTTCG
AAACTCCTCTGCTCTTCCCTTCGCCAAGAAATCTTCTTCCGATGAGTTTGTTTCCTTTGT
CAGTTTCCAAACTTCTGCAATGGGAAGCAATGGTGGATACAG*AAAGGAGTGACCGAGGC
CAAGCTAAAGGTAGCCATCAATGGGTTCGGTAGGATTGGTAGGAACTTCTTGAGGTGTTG
GCATGGTCGCAAAGACTCTCCTCTTGATGTCATTGCCATCAACGACACTGGTGGTGTCAA
ACAAGCAACCCATCTCCTCAAATACGACTCCACTCTTGGAATCTTTGACGCTGACGTCAA
ACCCTCTGGAGACTCTGCTCTCTCTGTTGATGGAAAGATCATCAAGATTGTATCTGATCG
TAACCCATCTAATCTCCCCTGGGGGGAACTAGGCATTGACCTTGTCATCGAAGGAACCGG
AGTATTTGTGGACAGAGAAGGTGCTGGAAAACACATTCAAGCTGGAGCCAAGAAGGTCTT
GATTACTGCTCCTGGTAAAGGAGACATCCCAACTTATGTTGTTGGTGTTAATGCTGAACT
TTACAGCAATGAAGATACCATCATCAGCAATGCCTCTTGTACTACTAACTGTCTCGCTCC
ATTCGT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3D488TF 647 0 0
G
CGACACTGGTGGTGTCAAGCAAGCAACCCATCTCCTCAAATACGACTCCACTCTTGGAAT
CTTTGACGCTGACGTCAAACCCTCTGGAGACTCTGCTCTCTCTGTTGATGGAAAGATCAT
CAAGATTGTATCTGATCGTAACCCATCTAATCTCCCCTGGGGGGAACTAGGCATTGACCT
TGTCATCGAAGGAACCGGAGTATTTGTGGACAGAGAAGGTGCTGGAAAACACATTCAAGC
TGGAGCCAAGAAGGTCTTGATTACTGCTCCTGGTAAAGGAGACATCCCAACTTATGTTGT
TGGTGTTAATGCTGAACTTTACAGCAATGAAGATACCATCATCAGCAATGCCTCTTGTAC
TACTAACTGTCTCGCTCCATTCGTCAAGGTTCTTGACCAGAAGTTCGGGATCATAAAGGG
TACAATGACAACTACTCACTCATACACCGGTGACCAGAGGCTGTTGGATGCAAGCCACCG
TGATCTGAGGAGAGCAAGAGCAGCTGCTTTGAACATCGTTCCAACATCGACAGGAGCAGC
CAAGGCCGTGGCTCTAGTGCTCCCTAACCTCAAAGGAAAACTCAACGGAATCGCATTGCG
TGTGCCAACTCCCAACGTCTCAGTGGTTGACTTGGTCGTGCAG
TCT

QA 2 644 2 644
DS 

RD RR3FV38JQ 751 0 0
GACATCCCAACATATGTTGTTGGTGTCAATGCTGAACTTTACAGCCATGAAGATACCATC
ATCAGCAACGCCTCTTGTACTACTAACTGTCTCGCTCCATTCGTCAAGGTTCTTGACCAG
AAATTCGGGATCATAAAGGGTACAATGACAACCACTCACTCATACACCGGTGACCAGAGG
CTGTTGGATGCAAGCCACCGTGATCTGAGGAGAGCAAGAGCAGCTGCTTTGAACGTCGTT
CCAACGTCGACAGGAGCAGCCAAGGCCGTGGCTCTAGTGCTCCCCAACCTCAAAGGAAAA
CTCAACGGAATCGCATTGCGTGTGCCAACTCCCAACGTCTCAGTGGTTGACTTGGTCGTG
CAGGTCTCCAAGAAGACTTTTGCTGAGGAAGTCAACGCTGCTTTCAGGGATGCAGCTGAG
AAAGAGCTTAAAGGTATACTCGATGTCTGCGATGAGCCTCTCGTCTCTGTTGACTTCAGG
TGCTCTGATGTTTCCTCAACCATTGATTCTTCTCTCACAATGGTTATGGGAGATGATATG
GTTAAAGTGATTGCTTGGTATGATAATGAATGGGGTTACTCTCAGAGAGTTGTTGATTTG
GCTGACATTGTTGCCAATAACTGGAAGTGAACTAGACTCAACTTTTGATGTCTTGGCTCC
ATTTTTTCTTTAATATGATTCGGAATGTAGAATTGTAGTTCCCGAGTTTATGTATTTGTG
ATCTACAATTTTATAGTAATAAACTTTATTC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3HA59JQ 648 0 0
TCAAGGTTCTTGACCAGAAGTTCGGGATCATAAAGGGTACAATGACAACTACTCACTCAT
ACACCGGTGACCAGAGGCTGTTGGATGCAAGCCACCGTGATCTGAGGAGAGCAAGAGCAG
CTGCTTTGAACATCGTTCCAACATCGACAGGAGCAGCCAAGGCCGTGGCTCTAGTGCTCC
CTAACCTCAAAGGAAAACTCAACGGAATCGCATTGCGTGTGCCAACTCCCAACGTCTCAG
TGGTTGACTTGGTCGTGCAGGTCTCCAAGAGGACTTTTGCTGAGGAAGTCAACGCTGCTT
TCAGGGATGCAGCTGAGAAAGAGCTTAAAGGTATACTCGATGTCTGCGATGAGCCTCTTG
TCTCTGTTGACTTCAGGTGCTCTGATGTTTCCTCAACCATTGATTCTTCTCTCACAATGG
TTATGGGAGATGATATGGTTAAAGTGATTGCTTGGTATGATAATGAATGGGGTTACTCTC
AGAGAGTTGTTGATTTGGCTGACATTGTTGCCAATAACTGGAAGTGAACTAGACTCAACT
TTTGATGTCTTG*CTCCATTTTTTCTTTAATATGATTCGGAATGTAGAATTGTAGTTCCC
GAGTTTATGTATTTGTGATCTACAATTTTATAGTAATAAACTTTATTC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3DJ70JQ 725 0 0
C
AATGCTGAACTTTACAGCCATGAAGATACCATCATCAGCAACGCCTCTTGTACTACTAAC
TGTCTCGCTCCATTCGTCAAGGTTCTTGACCAGAAATTCGGGATCATAAAGGGTACAATG
ACAACCACTCACTCATACACCGGTGACCAGAGGCTGTTGGATGCAAGCCACCGTGATCTG
AGGAGAGCAAGAGCAGCTGCTTTGAGCATCGTTCCAACGTCGACAGGAGCAGCCAAGGCC
GTGGCTCTAGTGCTCCCCAACCTCAAAGGAAAACTCAACGGAATCGCATTGCGTGTGCCA
ACTCCCAACGTCTCAGTGGTTGACTTGGTCATGCAGGTCTCCAAGAAGACTTTTGCTGAG
GAAGTCAACGCTGCTTTCAGGGATGCAGCTGAGAAAGAGCTTAAAGGTATACTCGATGTC
TGCGATGGGCCTCTCGTCTCTGTTGACTTCAGGTGCTCTGATGTTTCCTCAACCATTGAT
TCTTCTCTCACAATTGTTATGGGAGATGATATGGTTAAAGTGATTGCTTGGTATGATAAT
GAATGGGGTTACTCTCAGAGAGTTGTTGATTTGGCTGACATTGTTGCCAATAACTGGAAG
TGAACTAGACTCAACTTTTGATGTCTTGGCTCCATTTTTTCTTTAATATGATTCGGAATG
TAGAATTGTAGTTCCCGAGTTTATGTATTTGTGATCTACAATTTTATAGTAATAAACTTT
ATTC

QA 2 725 2 725
DS 



AS 2 6

CO CL1124Contig1 846 4 5 U
GGATCGCAGCTTTCCAAAGTCCAAAAGCACAGTTTCTACCAGAAACCAACTTTGCATCTT
GCAATTGACCCAAAAATGGAGAATCTACTGGGTCTTCTGAGAATTCATGTGAAGAGAGGT
GTGAATCTCGCCATTAGAGATACCTCAAGCAGCGATCCTTACATCGTCTTTCGCTCAGGA
AAACAGAAGCTTAAAACCCGTGTAATCAAACATAGTATAAACCCGGAATGGAACGACGAT
TTAACTCTTTCTGTTACAGATCCAAACCTCACTGTTAAACTTACGGTTTACGACAAGGAC
TTGTTCTCGGCGGATGACAAGATGGGAGAAGCAGAGTTTGGCATTGCTCCATATCTTGAA
GCCATTAAACTACGCCATAAGCTTGAAGGAGGACTTCCCAACGGAACCATAATCATGAAG
GTACAACCGACCAGACAAAACTGTTTGTCTGAAGAGAGCCATATTGTGTTGAGCCAAGGG
AAGCTTGTGCAGAATATGTTCCTTAGACTCCAGCACGTGGAGCGTGGAGAGGTCGAGCTA
CAGCTCGAGTGGATCGAGGTTCCCGGTTCAAAGGGTATTTAAGGCCATCGACCCCATCCT
TAGTCCCTTGTGCATGCATACATGGTTAAGAAATTAGAACTAAGGCGTTGTTCAAAACTG
GTCAGTGAAAGGATCTCAAACTGGTCATGTAGTAAACTCTTTTGCGTTTTTCTGTTCTCA
TTTGAGTTCAAAGCGTGCAAGTCCATGAGGAATGTGGGCGTCTTAAAACAAGAATGTGTA
AAAATAATGCATTGGTTTACTTTGTAATAAATCAAATTATATTTATATTAATTGTGTTTT
AATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3B691TF U 1
AF RR3A311TF U 6
AF RR3B691JQ C 53
AF RR3A311JQ C 193
BS 1 522 RR3B691TF
BS 523 523 RR3A311TF
BS 524 760 RR3B691TF
BS 761 824 RR3B691JQ
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RD RR3B691TF 760 0 0
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GTCAGTGAAAGGATCTCAAACTGGTCATGTAGTAAACTCTTTTGCGTTTTTCTGTTCTCA
TTTGAGTTCAAAGCGTGCAAGTCCATGAGGAATGTGGGCG

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3A311TF 741 0 0
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AATGGAGAATCTACTGGGTCTTTTGAGAATTCATGTGAAGAGAGGTGTGAATCTCGCCAT
TAGAGATACCTCAAGCAGCGATCCTTACATCGTCTTTCGCTCAGGAAAACAGAAGCTTAA
AACCCGTGTAATCAAACATAGTATAAACCCGGAATGGAACGACGATTTAACTCTTTCTGT
TACAGATCCAAACCTCACTGTTAAACTTACGGTTTACGACAAGGACTTGTTCTCGGCGGA
TGATAAGATGGGAGAAGCAGAGTTTGGCATTGCTCCATATCTTGAAGCCATTAAACTACG
CCATAAGCTTGAAGGAGGACTTCCCAACGGAACCATAATCATGAAGGTACAACCGACCAG
ACAAAACTGTTTGTCTGAAGAGAGCCATATTGTGTTGAGCCAAGGGAAGCTTGTGCAGAA
TATGTTCCTTAGACTCCAGCACGTGGAGCGTGGAGAGGTCGAGCTACAGCTCGAGTGGAT
CGAGGTTCCCGGTTCAAAGGGTATTTAAGGCCATCGACCCCATCCTTAGTCCCTTGTGCA
TGCATACATGGTTAAGAAATTACAACTAAG*CGTTGTTCAAAACTGGTCAGTGAAAGGAT
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GTGCAAGTCCAT

QA 10 741 10 741
DS 

RD RR3B691JQ 772 0 0
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AGAGAGGTGTGAATCTCGCCATTAGAGATACCTCAAGCAGCGATCCTTACATCGTCTTTC
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ACAAGGACTTGTTCTCGGCGGATGACAAGATGGGAGAAGCAGAGTTTGGCATTGCTCCAT
ATCTTGAAGCCATTAAACTACGCCATAAGCTTGAAGGAGGACTTCCCAACGGAACCATAA
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GCCAAGGGAAGCTTGTGCAGAATATGTTCCTTAGACTCCAGCACGTGGAGTGTGGAGAGG
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TGTTCTCATTTGAGTTCAAAGCGTGCAAGTCCATGAGGAATGTGGGCGTCTTAAAACAAG
AATGTGTAAAAATAATGCATTGGTTTACTTTGTAATAAATCAAATTATATTT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3A311JQ 654 0 0
AAAACCCGTGTAATCAAACATAGTATAAACCCGGAATGGAACGACGATTTAACTCTTTCT
GTTACAGATCCAAACCTCACTGTTAAACTTACGGTTTACGACAAGGACTTGTTCTCGGCG
GATGATAAGATGGGAGAAGCAGAGTTTGGCATTGCTCCATATCTTGAAGCCATTAAACTA
CGCCATAAGCTTGAAGGAGGACTTCCCAACGGAACCATAATCATGAAGGTACAACCGACC
AGACAAAACTGTTTGTCTGAAGAGAGCCATATTGTGTTGAGCCAAGGGAAGCTTGTGCAG
AATATGTTCCTTAGACTCCAGCACGTGGAGCGTGGAGAGGTCGAGCTACAGCTCGAGTGG
ATCGAGGTTCCCGGTTCAAAGGGTATTTAAGGCCATCGACCCCATCCTTAGTCCCTTGTG
CATGCATACATGGTTAAGAAATTAGAACTAAGGCGTTGTTCAAAACTGGTCAGTGAAAGG
ATCTCAAACTGGTCATGTAGTAAACTCTTTTGCGTTTTTCTGTTCTCATTTGAGTTCAAA
GCGTGCAAGTCCATGAGGAATGTGGGCGTCTTAAAACAAGAATGTGTAAAAATAATGCAT
TGGTTTACTTTGTAATAAATCAAATTATATTTATATTAATTGTGTTTTAATATT

QA 1 654 1 654
DS 



CO CL1124Contig2 719 2 4 U
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CCAAAAATGGAGAATCTGCTGGGTCTTCTGAGAATTCACGTGAAGAGAGGTGTGAATCTC
GCCATTAGAGATACCTCAAGCAGCGATCCTTACATCGTCTTTCGCTCAGGAAAACAGAAG
CTTAAAACCCGTGTAATCAAACATAGTATAAACCCGGAATGGAACGACGATTTAACTCTT
TCTGTTACAGATCCAAACCTCACTGTTAAACTTACGGTTTACGACAAGGACTTGTTCTCG
GGTATGATAAGATGGGAGAAGCAGAGTTTGGCATTGCTCCATATCTTGAAGCCATTAAAC
TACGCCATAAGCTTGAAGGTGGACTTCCCAACGGAACCATAATCATGAAGGTACAACCGA
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GGATCGAGGTTCCCGGTTCAAAGGGGATATAAGGCCATCGATCCCATCCTTAGTCCGTTG
TGCATGTATACATGGTTAAGAAATTAGAACTAAGGCGTTGTTGAAACTGGTCAGTGAAAA
GGATCTCAAACTGGTTATGTAGTAAACTCTTTTGCGTTTTTTTGTTCTTATTTGAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D387TF U 1
AF RR3D387JQ C 8
BS 1 634 RR3D387TF
BS 635 635 RR3D387JQ
BS 636 701 RR3D387TF
BS 702 719 RR3D387JQ

RD RR3D387TF 706 0 0
TTTTTCAAAGTCCAAAACCACAGTTTCTACAAGAAACCAACTTTGCATCTTACAATTGAC
CCAAAAATGGAGAATCTGCTGGGTCTTCTGAGAATTCACGTGAAGAGAGGTGTGAATCTC
GCCATTAGAGATACCTCAAGCAGCGATCCTTACATCGTCTTTCGCTCAGGAAAACAGAAG
CTTAAAACCCGTGTAATCAAACATAGTATAAACCCGGAATGGAACGACGATTTAACTCTT
TCTGTTACAGATCCAAACCTCACTGTTAAACTTACGGTTTACGACAAGGACTTGTTCTCG
GGTATGATAAGATGGGAGAAGCAGAGTTTGGCATTGCTCCATATCTTGAAGCCATTAAAC
TACGCCATAAGCTTGAAGGTGGACTTCCCAACGGAACCATAATCATGAAGGTACAACCGA
CCAGACAAAACTGTTTGTCTGAAGAGAGCCATATTGTGTTGAGCCAAGGGAAGCTTGTGC
AGAATATGTTCCTTAGACTCCAGAATGTGGAGTGTGGAGAGGTCGAGCTACAGCTCGAGT
GGATCGAGGTTCCCGGTTCAAAGGGGATATAAGGCCATCGATCCCATCCTTAGTCCGTTG
TGCATGTATACATGGTTAAGAAATTAGAACTAAG*CGTTGTTGAAACTGGTCAGTGAAAA
GGATCTCAAACTGGTTATGTAGTAAACTCTTTTGCGTTTTT
TGTTC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3D387JQ 712 0 0
AAGTCCAAAACCACAGTTTCTACAAGAAACCAACTTTGCATCTTACAATTGACCCAAAAA
TGGAGAATCTGCTGGGTCTTCTGAGAATTCACGTGAAGAGAGGTGTGAATCTCGCCATTA
GAGATACCTCAAGCAGCGATCCTTACATCGTCTTTCGCTCAGGAAAACAGAAGCTTAAAA
CCCGTGTAATCAAACATAGTATAAACCCGGAATGGAACGACGATTTAACTCTTTCTGTTA
CAGATCCAAACCTCACTGTTAAACTTACGGTTTACGACAAGGACTTGTTCTCGGGTATGA
TAAGATGGGAGAAGCAGAGTTTGGCATTGCTCCATATCTTGAAGCCATTAAACTACGCCA
TAAGCTTGAAGGTGGACTTCCCAACGGAACCATAATCATGAAGGTACAACCGACCAGACA
AAACTGTTTGTCTGAAGAGAGCCATATTGTGTTGAGCCAAGGGAAGCTTGTGCAGAATAT
GTTCCTTAGACTCCAGAATGTGGAGTGTGGAGAGGTCGAGCTACAGCTCGAGTGGATCGA
GGTTCCCGGTTCAAAGGGGATATAAGGCCATCGATCCCATCCTTAGTCCGTTGTGCATGT
ATACATGGTTAAGAAATTAGAACTAAGGCGTTGTTGAAACTGGTCAGTGAAAAGGATCTC
AAACTGGTTATGTAGTAAACTCTTTTGCGTTTTTTTGTTCTTATTTGAGTTC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 5

CO CL1125Contig1 1027 5 20 U
GGAGTTGCTCGTGTGACGGAACTAAAAGCCAAGAGAGCAAAGGAGTCTGTGGATTTGCAA
ATTAGGGTAAAAATTTTGAGAATGGTGGCGGACAACAAGAGCAAGAAGGCTAAGACTGAT
GAGGAGAACGCCGAGCAAATCGACGGAGAGCTTCTCCTTTCTATCGAAAAGCTTCAGTCC
ATCCAAGACGACCTCGAGAAGATAAACGAGAAGGCTAGCGATGAAGTGTTGGAAGTGGAG
CAGAAGTACAACGGTATAAGGAAGCCTGTCTATGACAAGCGTGCCGATATCATCAAAGCC
ATCCCTGATTTCTGGCTCACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCTCTTGGTGATCTTTTGACT
GAAGAAGACCAAAAGATATTCAAATATCTAAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCCAAAGAT
GTGAAGTCTGGATACTCTATCACTTTTAACTTCAATGCCAACCCTTATTTTGAGGATGAG
AAACTAACCAAGACCTTTACCTTCCTCGACGAAGGGACAACCGAAATCACAGCCACGCCT
ATCAAGTGGAAAGAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGTGTGGAACACGAGAAGAATGGAAAC
AAACGTGCATTGCCTGAAGAGAGTTTCTTTACCTGGTTTAGCGATGGTCAACACAAGGAC
GAAGACGTTGAAGTTGAGATTCACGACGAGGTTGCGGATATCATCAAGGAAGATTTATGG
GCCAACCCTCTCACCTACTTCAACAATGAGGCTGATGAAGAGGATTTTGATGATGAAGAT
GATGAGGGGGAAGGTGATTCTGATGAAGACGATGAAGGAGAAGGCGAAGATGGTGAGGAA
TGATGGGAGAGGCTTTCCCCGGAAACCACATTTGCTTACATGTCTTCTTCTATAACAGAG
TGTGTTGAAAGTTTTTTTTTAATTTTAATCAAAATGGCTCATGACAATAACATACAAGAC
TTAGCTTTTTCATGCTTCGAGAAAAATACATTTTTAGCTATTATAATCTTTTGTTTCTAG
GAGTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 5 
5 5 5 5 5 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW33TF U 11
AF RR3CG33TF U 1
AF RR3B610TF U 76
AF RR3CW33JQ C 160
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BS 790 803 RR3B610TF
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BS 805 811 RR3B610TF
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BS 813 816 RR3B610TF
BS 817 919 RR3CW33JQ
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BS 959 985 RR3CW33JQ
BS 986 1027 RR3CG33JQ

RD RR3CW33TF 694 0 0
GG
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CTCGAGAAGATAAACGAGAAGGCTAGCGATGAAGTGTTGGAAGTGGAGCAGAAGTACAAC
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AAGATATTCAAATATCTAAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCCAAAGATGTGAAGTCTGGA
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GTTGAGATTCACGACGAGGTTGCGGATATCAT

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DS 

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GAGGAGAACGCCGAGCAAATCGACGGAGAGCTTCTCCTTTCTATCGAAAAGCTTCAGTCC
ATCCAAGACGACCTCGAGAAGATAAACGAGAAGGCTAGCGATGAAGTGTTGGAAGTGGAG
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ATCCCTGATTTCTGGCTCACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCACTTGGTGATCTTTTGACT
GAAGAAGACCAAAAGATATTCAAATATCTAAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCCAAAGAT
GTGAAGTCTGGATACTCTATCACTTTTAACTTCAATGCCAACCCTTATTTTGAGGATGAG
AAACTAACCAAGACCTTTACCTTCCTCGACGAAGGGACAACCGAAATCACAGCCACGCCT
ATCAAGTGGAAAGAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGTGTGGAACACGAGAAGAATGGAAAC
AAACGTGCATTGCCTGAAGAGAGTTTCTTTACCTGGTTTAGCGATGGTCAACACAAGGAC
GAAGACGTTGAAGTTGAGATTCACGACGAGGTTGCGGATATCATCAAGGAAGATTTATGG
GCCAACCCTCTCACCTACTTCA
CATGAGCTGA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3B610TF 741 0 0
GG
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AATCGACGGAGAGCTTCTCCTTTCTATCGAAAAGCTTCAGTCCATCCAAGACGACCTCGA
GAAGATAAACGAGAAGGCTAGCGATGAAGTGTTGGAAGTGGAGCAGAAGTACAACGGTAT
AAGGAAGCCTGTCTATGACAAGCGTTCCGATATCATCAAAGCCATCCCTGATTTCTGGCT
CACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCTCTTGGTGATCTTTTGACTGAAGAAGGCCAAAAGAT
ATTCAAATATCTAAGCTCTCTGGATGTTGAGGATGCCAAAGAT*TGAAGTCTGGATATTC
TATCACTTTTAACTTCAATGCCAACCCTTATTTTGAGGATGAGAAACTAACCAAGACCTT
TACCTTCCTCGACGAAGGGACAACCGAAATCACAGCCACGCCTATCAAGTGGAAAGAGGG
CAAGGGCTTGCCAAATGGTGTGGAACACGAGAAGAATGGAAACAAACGTGCATTGCCTGA
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TTCTGACGAAGACGGTGAA

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DS 

RD RR3CW33JQ 840 0 0
TTCTATCG
AAAGCTTCAGTCCATCCAAGACGACCTCGAGAAGATAA*CGAGAAGGCTAGCGATGAAGT
GTTGGAAGTGGAGCAGAAGTACAACGGTATAAGGAAGCCTGTCTATGACAAGCGTGCCGA
TATCATCAAAGCCATCCCTGATTTCTGGCTCACTGCTTTCTTGAGCCACCCTGCTCTTGG
TGATCTTTTGACTGAAGAAGACCAAAAGATATTCAAATATCTAAGCTCTCTGGATGTTGA
GGATGCCAAAGATGTGAAGTCTGGATACTCTATCACTTTTAACTTCAATGCCAACCCTTA
TTTTGAGGATGAGAAACTAACCAAGACCTTTACCTTCCTCGACGAAGGGACAACCGAAAT
CACAGCCACGCCTATCAAGTGGAAAGAGGGCAAGGGCTTGCCAAATGGTGTGGAACACGA
GAAGGATGGAAACAAACGTGCATTGCCTGAAGAGAGTTTCTTTACCTGTTTTAGCGATGG
TCAACACAAGGACGAAGACGTTGAAGTTGAGATTCACGACGAGGTTGCGGATATCATCAA
GGAAGATTTATGGGCCAACCCTCTCACCTACTTCAACAATGAGGCTGATGAAGAGGATTT
TGATGATGAAGATGATGAGGGGGAAGGTGATTCTGATGAAGACGATGAAGGAGAAGGCGA
AGATGGTGAGGAATGATGGGAGAGGCTTTCCCCGGAAACCACATTTGCTTACATGTCTTC
TTCTATAACAGAGTGTGTTGAAAGTTTTTTTT*AATTTTAATCAAAATGGCTCATGACAA
TAACATACAATACTTAGCTTTTTCATGCTTCGAGAAAA
ATACATTTTTAGCT

QA 9 826 9 826
DS 

RD RR3CG33JQ 814 0 0
GCTAGCGATGAAGTGTTGGAAGTGGAGCAGAAGTACAACGGTATAAGGAAGCCTGTCTAT
GACAAGCGTGCCGATATCATCAAAGCCATCCCTGATTTCTGGCTCACTGCTTTCTTGAGC
CACCCTGCACTTGGTGATCTTTTGACTGAAGAAGACCAAAAGATATTCAAATATCTAAGC
TCTCTGGATGTTGAGGATGCCAAAGATGTGAAGTCTGGATACTCTATCACTTTTAACTTC
AATGCCAACCCTTATTTTGAGGATGAGAAACTAACCAAGACCTTTACCTTCCTCGACGAA
GGGACAACCGAAATCACAGCCACGCCTATCAAGTGGAAAGAGGGCAAGGGCTTGCCAAAT
GGTGTGGAACACGAGAAGAATGGAAACAAACGTGCATTGCCTGAAGAGAGTTTCTTTACC
TGGTTTAGCGATGGTCAACACAAGGACGAAGACGTTGAAGTTGAGATTCACGACGAGGTT
GCGGATATCATCAAGGAAGATTTATGGGCCAACCCTCTCACCTACTTCAACAATGAGGCT
GATGAAGAGGATTTTGATGATGAAGATGATGAGGGGGAAGGTGATTCTGATGAAGACGAT
GAAGGAGAAGGCGAAGATGGTGAGGAATGATGGGAGAGGCTTTCCCCGGAAACCGCATTT
GCTTACATGTCTTCTTCTATAACAGAGTGTGTTGAAAGTTTTTTTTTAATTTTAATCAAA
ATGGCTCATGACAATAACATACAAGACTTAGCTTTTTCATGCTTCGAGAAAAATACATTT
TTAGCTATTATAATCTTTTGTTTCTAGGAGTACC

QA 1 814 1 814
DS 



AS 2 6

CO CL1126Contig1 864 2 20 U
GGCTAGACATTTTATCTCGTCTCGCCGCAGGAGGAACGAAGCTCTCTTCAGTAACATTCT
GAGGTGGAGAAATGAAGCACAACAATGTTATCCCGAATGGTCATTTCAAGAAGCACTGGC
AGAACTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCGA
GACAAAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTG
TGCACGGTCAGACCCTTAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATCCACCCTTG
AAGAGCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAAGTTGGCACCAACCATTGGTATCTCTGTTG
ACCATCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAAAA
CCTACAAGGCGAAGTCGGTCATCTTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATT
CTACTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTATCGTAC
GTGAGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAATGCTT
ATGACAAGATCCGTCCAGAGCGTACAAACAAGAGACATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAGGG
CTGCTGATGCTGAGAAAGAAGAGAAGAAGTGAGGGATACCTTCTTGTTTAGGTTTTATCT
TGTCGTCGTTTGCATCTCTGGATTTTTGTGTATCAGACCCTTTTTTTTTTGCTTCGTCAG
TTTTTTTTCAGTACTCTTTTCTGGATTATGGAAAAGATTATTTCACTTTTATCTCATACT
TCCTGGAAGTTTGCTTCTTTCCTG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW87TF U 1
AF RR3A283TF U 274
BS 1 295 RR3BW87TF
BS 296 296 RR3A283TF
BS 297 430 RR3BW87TF
BS 431 431 RR3A283TF
BS 432 435 RR3BW87TF
BS 436 436 RR3A283TF
BS 437 642 RR3BW87TF
BS 643 643 RR3A283TF
BS 644 679 RR3BW87TF
BS 680 680 RR3A283TF
BS 681 711 RR3BW87TF
BS 712 713 RR3A283TF
BS 714 732 RR3BW87TF
BS 733 733 RR3A283TF
BS 734 746 RR3BW87TF
BS 747 747 RR3A283TF
BS 748 759 RR3BW87TF
BS 760 760 RR3A283TF
BS 761 765 RR3BW87TF
BS 766 864 RR3A283TF

RD RR3BW87TF 765 0 0
GGCTAGACATTTTATCTCGTCTCGCCGCAGGAGGAACGAAGCTCTCTTCAGTAACATTCT
GAGGTGGAGAAATGAAGCACAACAATGTTATCCCGAATGGTCATTTCAAGAAGCACTGGC
AGAACTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCGA
GACAAAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTG
TGCACGGTCAGACCCTTAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATCCACTCTTG
AAGAGCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAAGTTGGCACCAACCATTGGTATCTCTGTTG
ACCATCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAAAA
CCTACAAGGCTAAGTTGGTCATCTTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATT
CTACTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTATCGTAC
GTGAGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAATGCTT
ATGACAAGATCCGTCCAGAGCGTACAAACAAGAGACATGCAG*TGCTAGAGCCAAGAGGG
CTGCTGATGCTGAGAAAGA*GAGAAGAAGTGAGGGATACCTTCTTGTTTAG**TTTATCT
TGTCGTCGTTTG*ATCTCTGGATTTT*GTGTATCAGACCTTTTTT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3A283TF 591 0 0
TCAGGACTGGTAAAGGATTCACCCTTGAAGAGCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAGAAGT
TGGCACCAACCATTGGTATCTCTGTTGACCATCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTC
TTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAAAACCTACAAGGCGAAGTCGGTCATCTTCCCACGTC
GTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATTCTACTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAG
TCCAGGGAGACTACATGCCTATCGTACGTGAGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGA
CCGCTGAGATGAAATCGTTCAATGCTTATGACAAGATCCGTCTAGAGCGTACAAACAAGA
GACATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAGGGCTGCTGATGCTGAGAAAGAAGAGAAGAAGTGAG
GGATACCTTCTTGTTTAGGTTTTATCTTGTCGTCGTTTTCATCTCTGGATTTTTGTGTAT
CAGACCCTTTTTTTTTTGCTTCGTCAGTTTTTTTTCAGTACTCTTTTCTGGATTATGGAA
AAGATTATTTCACTTTTATCTCATACTTCCTGGAAGTTTGCTTCTTTCCTG

QA 1 591 1 591
DS 



CO CL1126Contig2 887 4 11 U
GGGCCTAGACATTTTATCTCGTCTCGCCGCAGGAGGAAGGAAGCTCTCTTCAGTAACATT
CTGAGGTGGAGAAATGAAGCACAACAATGTTATCCCGAATGGTCATTTCAAGAAGCACTG
GCAGAACTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGC
TAGACAAAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGT
TGTGCACGGTCAGACCCTTAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATTCACTCT
TGAAGAGCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAAGTTGGCACCAACCATTGGTATCTCTGT
TGACCATCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAA
AACCTACAAGGCTAAGTTGGTCATCTTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGA
TTCTACTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTATCGT
ACGTGAGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAATGC
TTATGACAAGATCCGTCTAGAGCGTACAAACAAGAGACATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAG
GGCTGCTGATGCTGAGAAAGAAGAGAAGAAGTGAGGGGATACCTTCTTGTTTAGGTTTTA
TCTTGTCGTCGTTTGAATCTCTGGATTTTTGTGTATCAGACCTTTTTTTTTTTTTGCTTC
GTCAGTTTTTATCAGTACTTGCTTTTCTGGACTTTGGAAAAGATTATTTCACTTTTATCT
CGTACTTCCTGGAAGTTAGCTTTTTATCTACAATCGATTATATTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F309TF U 1
AF RR3AQ40TF U 5
AF RR3AQ40JQ C 5
AF RR3BW87JQ C 158
BS 1 62 RR3F309TF
BS 63 63 RR3AQ40TF
BS 64 588 RR3F309TF
BS 589 630 RR3AQ40TF
BS 631 632 RR3BW87JQ
BS 633 697 RR3AQ40JQ
BS 698 698 RR3BW87JQ
BS 699 708 RR3AQ40JQ
BS 709 709 RR3BW87JQ
BS 710 810 RR3AQ40JQ
BS 811 887 RR3BW87JQ

RD RR3F309TF 588 0 0
GGGCCTAGACATTTTATCTCGTCTCGCCGCAGGAGGAAGGAAGCTCTCTTCAGTAACATT
CTTAGGTGGAGAAATGAAGCACAACAATGTTATCCCGAATGGTCATTTCAAGAAGCACTG
GCAGAACTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGC
TAGACAAAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGT
TGTGCACGGTCAGACCCTTAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATTCACTCT
TGAAGAGCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAAGTTGGCACCAACCATTGGTATCTCTGT
TGACCATCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAA
AACCTACAAGGCTAAGTTGGTCATCTTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGA
TTCTACTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTATCGT
ACGTGAGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3AQ40TF 634 0 0
GG
AGACATTTTATCTCGTCTCGCCGCAGGAGGAAGGAAGCTCTCTTCAGTAACATTCTGAGG
TGGAGAAATGAAGCACAACAATGTTATCCCGAATGGTCATTTCAAGAAGCACTGGCAGAA
CTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCTAGACA
AAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTGTGCA
CGGTCAGACCCTTAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATTCACTCTTGAAGA
GCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAAGTTGGCACCAACCATTGGTATCTCTGTTGACCA
TCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAAAACCTA
CAAGGCTAAGTTGGTCATCTTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATTCTAC
TGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTATCGTACGTGA
GAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAATGCTTATGA
CAAGATCCGTCTAGAGCGTACAAA
AGAGACAT

QA 3 626 3 626
DS 

RD RR3AQ40JQ 806 0 0
GG
AGACATTTTATCTCGTCTCGCCGCAGGAGGAAGGAAGCTCTCTTCAGTAACATTCTGAGG
TGGAGAAATGAAGCACAACAATGTTATCCCGAATGGTCATTTCAAGAAGCACTGGCAGAA
CTATGTCAAGACATGGTTCAACCAGCCTGCCAGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCTAGACA
AAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCCACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTGTGCA
CGGTCAGACCCTTAAGTACAACATGAAGGTCAGGACTGGTAAAGGATTCACTCTTGAAGA
GCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAAGTTGGCACCAACCATTGGTATCTCTGTTGACCA
TCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTCTTCAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAAAACCTA
CAAGGCTAAGTTGGTCATCTTCCCACGTCGTGCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATTCTAC
TGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTCCAGGGAGACTACATGCCTATCGTACGTGA
GAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACCGCTGAGATGAAATCGTTCAATGCTTATGA
CAAGATCCGTCTAGAGCGTACAAA**AGAGACATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAGGGCTGC
TGATGCTGAGAAAGAAGAGAAGAAGTGAGGG*ATACCTTCTTTTTTAGGTTTTATCTTGT
CGTCGTTTGAATCTCTGGATTTTTGTGTATCAGACCTTTTTTTTTTTTTGCTTCGTCAGT
TTTTATCAGTACTTGCTTTTCTGG

QA 3 806 3 806
DS 

RD RR3BW87JQ 730 0 0
AGGAAAACCAGAAGAAGAGCTGCGAGACAAAAGAAGGCTGTGAAGATCTTCCCCCGTCCC
ACCGCTGGACCTCTCCGCCCTGTTGTGCACGGTCAGACCCTTAAGTACAACATGAAGGTC
AGGACTGGTAAAGGATCCACTCTTGAAGAGCTTAAGGCTGCTGGAATCCCAAAAAAGTTG
GCACCAACCATTGGTATCTCTGTTGACCATCGTCGCAAGAACAGATCTTTGGAGGGTCTT
CAGTCCAATGTCCAGAGGCTTAAAACCTACAAGGCTAAGTTGGTCATCTTCCCACGTCGT
GCCAGGAAGGTCAAGGCTGGTGATTCTACTGCCGAAGAGTTGGCTAATGCCACTCAAGTC
CAGGGAGACTACATGCCTATCGTACGTGAGAAGCAAGCAACTGAGCTAGTGAAGTTGACC
GCTGAGATGAAATCGTTCAATGCTTATGACAAGATCCGTCCAGAGCGTACAAACAAGAGA
CATGCAGGTGCTAGAGCCAAGAGGGCTGCTGATGCTGAGAAAGAAGAGAAGAAGTGAGGG
GATACCTTCTTGTTTAGGTTTTATCTTGTCGTCGTTTGAATCTCTGGATTTTTGTGTATC
AGACCTTTTTTTTTTTTTGCTTCGTCAGTTTTTATCAGTACTTGCTTTTCTGGACTTTGG
AAAAGATTATTTCACTTTTATCTCGTACTTCCTGGAAGTTAGCTTTTTATCTACAATCGA
TTATATTTCG

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 6

CO CL1127Contig1 1503 6 15 U
GGTCTGTAAACGGTGTCGTTAAGAAGAGACGACACATAGCGAAAACCCTAGTGTCTTTAT
TTGAGCAAAACGTCGTCTCACACTTCTTCTCACCCATTCTTTCCCTCAATAGCTCCCCCT
CCCCACCCCTCTAACCATTTCCTTAAACCCCTAGCGAGTTAACGACCTTCGAGAGATGAG
TTCTGACGATGAGAGAGACGAGAAGGAGCTGGATCTCACCTGTTCCGAAGTCGTCACCAA
GTACAAGAGCGCCGCTGAGATCGTTAACAAGGCGTTGCAGTTTGTTTTGTCTGAATGCAA
GCCAAAAGCTAAGATTGTCGATATCTGCGAGAAAGGAGACACCTTTATCAAAGAGCAAAC
AGGGAGCATGTACAAGAACGCCAAGAAGAAGATTGACCGAGGTGTGGCTTTCCCCACGTG
CGTGTCTGTGAACAACACCGTCGGTCATTTCTCGCCGCTTGCAAGTGACGAGACTGTGTT
GGAAGAGGGTGATATGCTCAAAATTGATATGGGATGCCATATTGATGGGTTCATTGCTCT
TGTTGCACACACACATGTTCTTCAAGAAGGGCCTGTTACTGGACGCAAAGCTGATGTTAT
TGCTGCTGCCAATACTGCTGCTGAAGTTGCTTTGAGGCTCGTTCGTCCTGGGAAGAAGAA
CCATGCTGTCACGGAAGCTATTCAGAAGGTGGCTGAAGCTTATGACTGCAAAATTGTGGA
AGGGGTTATTTCCCACCAGATGAAACAGAATGTGATAGATGGAAGCAAGTGTTTCCTAAG
TGTATCCACTCCAGAGACAA*GGGTTGATGATGCTGAATTTGAAGAGAATGAAGTCTATT
CCGTAGATATTGTGGCAAGCACTGGTGATGGCAAGCCGAAGCTTTTAGACGAGAAGCAAA
CAACTGTTTACAAGAAGGATGCGGATGTTAAATATCAGTTGAAGATGAAAGCCTCCAGAT
TCATATTCAGCGAGATTAAAGAAAACTTTCCCCACATGCCATTCACTGCAAGGTCACTGG
AGGAGAAAAGGGCACGTCTTGGACTTGTGGAGTGTGTGAACCATGGCCATTTGCTACCGT
ATCCTGTACTTTACGAGAAGCCTGGGGATTTTGTTGCTCAAATCAAGTTCACAGTTTTGC
TGATGCCAAATGGTTCGGATAGGATCACTTCACATACACTTCAGGAGCTTCAACCTACGA
AGACCATTGATGACAACCCTGATATCAAAGGGTGGTTAGCCTTGGCTACCAAGAAGAAGA
AGGGTGGTGGAAAGAAGAAGAAAGCCAAGAAGGCTGGAGAGAAAGGAGGGGAGACCTCAA
CGGAGGCTGAGCCAATGGAAACAAGCAGCAATGCTCAAGAATGAGAAGCAGATGTGTCCG
TCTCTTTTGTTTTCTTTTAAAGATTTTTTGGAACTTTGAGGTACTTCTTTATTTGTATGT
TTGGGGTTTCAGAGAGTCTCTGCTTAGAAGTAAAAGAAAAGAACAAAAAGTTACTTATCA
ACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 

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AF RR3AW81TF U 90
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AF RR3A975JQ C 636
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BS 797 800 RR3AW81TF
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BS 898 918 RR3A975JQ
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GGATGCCATATTGATGGGTTCATTGCTCTTGTTGCACACACACATGTTCTTCAAGAAGGG
CCTGTTACTGGACGCAAAGCTGATGTTATTGCTGCTGCCAATACTGCTGCTGAAGTTGCT
TTGAGGCTCGTTCGTCCTGGGAAGAAGAACCATGCTGTCACTGAAGCTATTCAGAAGGTG
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AAGAAGAAAGCCAAGAAGGCTGGAGAGAAAGGAGGGGAGACCTCAACGGAGGCTGAGCCA
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TGTGGCCAGCACTGGTGATGGCAAGCCGAAGCTTTTAGACGAGAAGCAAACAACTGTTTA
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ATGCCATTCACTGCAAGGTCACTGGAGGAGAAAAGGGCACTTCTTGGACTTGTG*AGTGT
GTGAACCATGGCCATTTGCTACCGTATCCTGTACTTTACGAGAAGCCTGGGGATTTTGTT
GCTCAAATCAAGTTCACAGTTTTGCTGATGCCAAATGGTTCGGATAGGATCACTTCACAT
ACACTTCAGGAGCTTCAACCTACGAAGACCATTGATGACAACCCTGATATCAAAGGGTGG
TTAGCCTTGGCTACCAAGAAGAAGAAGGGTGGTGGAAAGAAGAAGAAAGCCAAGAAGGCT
GGAGAGAAAGGAGGGGAGACCTCAACGGAGGCTGAGCCAATGGAAACAAGCAGCAATGCT
CAAGAATGAGAAGCAGATGTGTCCGTCTCTTTTGTTTTCTTTTAAAGATTTTTTGGAACT
TTGAGGTACTTCTTTATTTGTATGTTTGGGGTTTCAGAGAGTCTCTGCTTAGAAGTAAAA
GAAAAGAACAAAAAGTTACTTATCAACC

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DS 



AS 1 4

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ACAGTGAATTCGCAATGGAAGAGGATTCTCCACTCTTGGCGGTAGAACTTGACGTGGATG
AAATGGCTAAAGACCACAAGGCTTAGTAATAACAATGAAACCTTTGTATCCCCTTTGTTT
CCGTTGGTTCGAAACTCCAAATCTAGATTCCATTGGAGTGTCAGAGATGTTTGTTGGCAG
ATTGTTTGGCCATTGGTTCTAAGCTTTCATACTTGTTGAGAGTGTTTCAGAAAAGCTTCA
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BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D606TF U 1
AF RR3G922TF U 3
AF RR3G922JQ C 180
AF RR3D606JQ C 523
BS 1 394 RR3D606TF
BS 395 395 RR3G922TF
BS 396 641 RR3D606TF
BS 642 642 RR3G922TF
BS 643 665 RR3D606TF
BS 666 733 RR3G922TF
BS 734 937 RR3G922JQ
BS 938 956 RR3D606JQ

RD RR3D606TF 665 0 0
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CTGTTTAGATGGCATACATATCGAATTGGGTCAGATACATGGCTCACAAGCTGGAGTACT
CCCTCACTCTCAGCCTCAAGAATCATACTAAAGAGAAGCTAAATGACCGGGAACTAGTTG
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AAGAGATGTCCCCAACCATGGGAGCACATGACAACACACTGCTTGTCCGTAAGCTACCTG
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CAAACAAGTATCTAGTGAGAAGACTAGCAGCGTTAGAAGGATCAGAAATGGTATCAAGTG
ATGAGAAGGAGGAGCCTTTTGTTCTCGAAAAGGATCAGTGCTGGGTCGTAGCTGAAAACC
AAGAGATGAAATCTAAGGAAGCATACGATAGCCGAACATTTGGTCCGGTCTCAATGGCGG
ACATAGTAGGAAGAGCTATATATTGTCTGAGGACAGCCGTTTATCATGGTCCAGTTAGTA
ACAGT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3G922TF 731 0 0
G
GGAACGCAAACGCACTTCATCCACAAAGACAACGGCGTCGACGAGGAGGCTGAGAACACC
GACGGGCCAAAGGGTCATTTCTGATATCTTTTCGAGATCAAATCT**CTCTCTCTCTCTG
TTTAGATGGCATCCATATCGAATTGGGTCAGATACATGGCTCACAAGCTGGAGTACTCCC
TCACTCTCAGCCTCAAGAATCATACTAAAGAGAAGCTAAATGACCGGGAACTAGTTGGTG
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TTGATACAAGGTATGTTTTTGTTGGAGATGCTGTTGTGTTGAAGGACCCGAATGAAACAA
ACAAGTATCTAGTGAGAAGACTAGCAGCGTTAGAAGGATTAGAAATGGTATCAAGTGATG
AGAAGGAGGAGCCTTTTGTTCTCGAAAAGGATCAGTGCTGGGTCGTAGCTGAAAACCAAG
AGATGAAATCTAAGGAAGCATACGATAGCCGAACATTTGGTCCGGTCTCAATGGCGGACA
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TGGCTAAAGA

QA 2 731 2 731
DS 

RD RR3G922JQ 758 0 0
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GGTGTAGTCGTGAAGAATTTACTCTATGGAAGGATAACCTACTTACACTCTGGTAAAGGT
CAAGAGATGTCCCCAACCATGGGAGCACATGACAACACACTGCTTGTCCGTAAGCTACCT
GTTGTTGATACAAGGTATGTTTTTGTTGGAGATGCTGTTGTGTTGAAGGACCCGAATGAA
ACAAACAAGTATCTAGTGAGAAGACTAGCAGCGTTAGAAGGATCAGAAATGGTATCAAGT
GATGAGAAGGAGGAGCCTTTTGTTCTCGAAAAGGATCAGTGCTGGGTCGTAGCTGAAAAC
CAAGAGATGAAATCTAAGGAAGCATACGATAGCCGAACATTTGGTCCGGTCTCAATGGCG
GACATAGTAGGAAGAGCTATATATTGTCTGAGGACAGCCGTTGATCATGGTCCAGTTAGT
AACAGTGAATTCGCAATGGAAGAGGATTCTCCACTCTTGGCGGTAGAACTTGACGTGGAT
GAAATGGCTAAAGACCACAAGGCTTAGTAATAACAATGAAACCTTTGTATCCCCTTTGTT
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GATTGTTTGGCCATTGGTTCTAAGCTTTCATACTTGTTGAGAGTGTTTCAGAAAAGCTTC
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QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3D606JQ 434 0 0
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ATCATGGTCCAGTTAGTAACAGTGAATTCGCAATGGAAGAGGATTTTCCACTCTTGTCGG
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TTTGTATCCCCTTTGTTTCCGTTGGTTCGAAACTCCAAATCTAGATTCCATTGGAGTGTC
AGAGATGTTTGTTGGCAGATTGTTTGGCCATTGGTTTTAAGCTTTCATACTTGTTGAGAG
TGTTTCAGAAAAGCTTCATCAGCTTCTTACTCTATAATTAAACAGACATTAAACCAAACC
GAACCGAACATGCC

QA 1 434 1 434
DS 



AS 1 6

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ATGATGCTAAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTTTCACATTTTTGCTATATTGTTTTTTC
TTTAATAGAAAAAACTATAATATTTTTTATTGGGAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAGTTG
ACATATAATTATAAATAAAGTAAATGTTTGTTTTGG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 10 10 10 

AF RR3DO77JQ C 1
AF RR3DO77TF U 1
AF RR3GR50JQ C 1
AF RR3GR50TF U 1
AF RR3BS23JQ C 249
AF RR3C022TF U 0
BS 1 453 RR3DO77TF
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BS 455 513 RR3DO77TF
BS 514 516 RR3C022TF

RD RR3DO77JQ 515 0 0
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TCATTTCTGTCATATATGATGAAGAAAGCTCCTCAACTATCGTTTACAGTCTTAACTATC
TTCATCATTCTTGTGCTAGGAACGATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAAGATCTGTAAT
CAACGACATATCCCTTTAGCCAAAAATGGGCTGTGTGTTGAATTTGAATGCCAAGCTAAG
TGCGTTGAGAGACACGGAACTAATGGGAAGGGCACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAAAC
GATGTGACTTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAAAT
ATGATGCTAAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTTTCACATTTTTGCTATATTGTTTTTTC
TTTAATAGAAAAAACTATAATATTTTTTATTGGTAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAGTTG
ACATATAATTATAAATAAAGTAAATGTTTGTTT
CG

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3DO77TF 515 0 0
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TCATTTCTGTCATATATGATGAAGAAAGCTCCTCAACTATCGTTTACAGTCTTAACTATC
TTCATCATTCTTGTGCTAGGAACGATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAAGATCTGTAAT
CAACGACATATCCCTTTAGCCAAAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTAAG
TGCGTTGAGAGACACGGAACTAATGGGAAGGGCACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAAAC
GATGTGACTTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAAAT
ATGATGCTAAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTTTCACATTTTTGCTATATTGTTTTTTC
TTTAATAGAAAAAACTATAATATTTTTTATTGGTAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAGTTG
ACATATAATTATAAATAAAGTAAATGTTTGTTT
CG

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3GR50JQ 513 0 0
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TCATTTCTGTCATATATGATGAAGAAAGCTCCTCAACTATCGTTTACAGTCTTAACTATC
TTCATCATTCTTGTGCTAGGAACGATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAAGATCTGTAAT
CAACGACATATCCCTTTAGCCAAAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTAAG
TGCGTTGAGAGACACGGAACTAATGGGAAGGGCACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAAAC
GATGTGACTTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAAAT
ATGATGCTAAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTTTCACATTTTTGCTATATTGTTTTTTC
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ACATATAATTATAAATAAAGTAAATGTTTGTTT

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3GR50TF 513 0 0
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TCATTTCTGTCATATATGATGAAGAAAGCTCCTCAACTATCGTTTACAGTCTTAACTATC
TTCATCATTCTTGTGCTAGGAACGATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAAGATCTGTAAT
CAACGACATATCCCTTTAGCCAAAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTAAG
TGCGTTGAGAGACACGGAACTAATGGGAAGGGCACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAAAC
GATGTGACTTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAAAT
ATGATGCTAAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTTTCACATTTTTGCTATATTGTTTTTTC
TTTAATAGAAAAAACTATAATATTTTTTATTGGGAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAGTTG
ACATATAATTATAAATAAAGTAAATGTTTGTTT

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3BS23JQ 265 0 0
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TTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAAATATGATGCT
AAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTT*CACATTTTTGGTATATTGTTTTTTTTTTAATAG
AAAAAACTATAATATTTTTTATTGGGAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAGTTGACATATAA
TTTTAAATAAAGTAAATGTTT
ATTT

QA 1 261 1 261
DS 

RD RR3C022TF 517 0 0
TTTTTATTA
AAAAAAAAATAATACATCACCTTTCCTTTAAGATTATAAAACCATTATCAATTCATTTCT
GTCATATATGATGAAGAAAGCTCCTCAACTATCGTTTACAGTCTTAACTATCTTCACCAT
TCTTGTGCTAGGAACGATGGCAAATGCACAAGAAAGAAAAAAGATCTGTAATCAACGACA
TATCCCTTTAGCCAAAAATGGGCTGTGTGTTGAATCTGAATGCCAAGCTAAGTGCGTTGA
GAGACACGGAACTAATGGGAAGGGCACATGTTATGGGACAAAGGAAAAAAACGATGCGAC
TTGCTTTTGCGGAACTCCTTGTTAACGTTCTGGTTAAGTAAGGTGAATAAATATGATGCT
AAATCATGATATCTTTGAAGTTTTTTTCACATTTTTGCTATATTGTTTTTTCTTTAATAG
AAAAAACTATAATATTTTTTATTGGGAGCCTTGTAATAAAGTATTGAAGTTGACATATAA
TTATAAATAAAGTAAATGTTTGTTTTGG

QA 10 517 10 517
DS 



AS 1 5

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AAACAATGGCGGACGAACTGGTTCTTCTTGATTTTTGGCCAAGCACGTTCGGGATGAGGA
CGAAGATGGCTTTGGCTGAGAAAGGAGTGAGTTATGAGTACATCGAGACAGATCCATGGA
TTAAGACTCCTTTACTCATCGAGATGAATCCAATTCACAAGAAGATTCCGGTTCTCATCC
ACAAAGGTAAACCGATCTGTGAATCTATTATCCAGCTCGAGTACATCGATGAGGTTTGGT
CCGGTACATACCCAATGCTCCCTTCTGATCCTTACCAGAAAGCTCAAGCAAGGTTCTGGG
CAGATTTCATCGACAAAAAGCTTTACGACCCAGCATGGAAAATATGGGGAACAAAGGGAG
AAGATCAAGTTGCAGCCAAGAAAGAACTGCTTGAACATTTCAAGACACTTGAAACAGAGC
TTGGAGACAAAGCTTACTACGGTGGGGAAGTGTTTGGGTTCGTAGACATCGCGTTAATGG
GTTATTACAGCTGGTTCGTAGTTATGGAGAAGTTTGGTGAGTTTAGTTTTGAAACAGAGT
TCCCAAAGCTGACTGAGTGGACCAAGAGGTGTTTAGAGAGAGAGAGCGTGGTTAAGGCAT
TGGCTGATTCTGACAAGATTATTGAGTATGCTTATGTCCTCAGGAAGAAGTTTGGAGCCG
AGTAGATGTTTGCCTAACTTGGTCTGAACACACAAGGAAAGAAAATGGTTCGGTATCAAG
ACCGTTATGTTCTGTTCTTATGTGAAATTTGTATTTTCTCTCCTGTATTTTCTTTGTTTG
TGTACTTTCTAGCTTCCAAAAGCATGAAAATCCATAATAAATAAATGTTTGAATTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB10TF U 1
AF RR3EL57TF U 6
AF RR3GK02TF U 117
AF RR3EC04JQ C 136
AF RR3GK02JQ C 209
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AAACAATGGCGGACGAACTGGTTCTTCTTGATTTTTGGCCAAGCACGTTCGGGATGAGGA
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CCGGTACATACCCAATGCTCCCTTCTGATCCTTACCAGAAAGCTCAAGCAAGGTTCTGGG
CAGATTTCATCAACAAAAAGCTTTACGACCCAGCATGGAAAATATGGGGAACAAAGGGAG
AAGATCAAGTTGCAGCCAAGAAAGAACTGCTTGAACATTTCAAGACACTTGAAACAGAGC
TTGGAGACAAAGCTTACTACGGTGGGGAAGTGTTTGGGTTCGTAGACATCGCGTTAATGG
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TCCCAAAGCTGACTGAGTGGACCAAGAGGTGTTTAGAGAGAGAG
CGTGG

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DS 

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TTCTTTATTTTTGGCCAAGCATGTTCGGGATGAGGACGAAGATGGCTTTGGCTGAGAAAG
GAGTGAGTTATGAGTACATCGAGACAGATCCATGGATTAAGAGTCCTTTACTCATCGAGA
TGAATCCAATTCACAAGAAGATTCCGGTTCTCATCCACAAAGGTAAACCGATCTGTGAAT
CTATTATCCAGCTCGAGTACATCGATGAGGTTTGGTCCGGTACATACCCAATGCTCCCTT
CTGATCCTTACCAGAAAGCTCAAGCAAGGTTCTGGGCAGATTTCATCGACAAAAAGCTTT
ACGACCCAGCATGGAAAATATGGGGAACAAAGGGAGAAGATCAAGTTGCAGCCAAGAAAG
AACTGCTTGAACATTTCAAGACACTTGAAACAGAGCTTGGAGACAAAGCTTACTACGGTG
GGGAAGTGTTTGGGTTCGTAGACATCGCGTTAATGGGTTATTACAGCTGGTTCGTAGTTA
TGGAGAAGTTTGGTGAGTTTAGTTTTGAAACAGAGTTCCCAAAGCTGACTGAGTGGACCA
AGAGGTGTTTAGAGAGAGAGAGCGTG

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DS 

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G
GGACGAAGATGGCTTTGGCTGAGAAAGGAGTGAGTTATGAGTACATCGAGACAGATCCAT
GGATTAAGACTCCTTTACTCATCGTGATGAATCCAATTCACAAGAAGATTCCGGTTCTCA
TCCACAAAGGTAAACCGATCTGTGAATCTATTATCCAGCTCGAGTACATCGATGAGGTTT
GGTCCGGTACATACC*AATGCTCCCTTCTTATCCTTACCAGAAAGCTCAAGCAAGGTTCT
GGGCAGATTTCATCGACAAAAAGCTTTACGACCCAGCATGGAAAATATGGGGAACAAAGG
GAGAAGATCAAGTTGCAGCCAAGAAAGAACTGCTTGAACATTTCAAGACACTTGAAACAG
AGCTTGGAGACAAAGCTTACTACGGTGGGGAAGTGTTTGGGTTCGTAGACATCGCGTTAA
TGGGTTATTACAGCTGGTTCGTAGTTATGGAGAAGTTTGGTTAGTTTAGTTTTGAAACAG
AGTTCCCAAAGCTGACTGAGTGGACCAAGAGGTGTTTAGAGAGAGAGAGCGTGGTTAAGG
CATTGGCTGATTCTGACAAGATTATTGAGTATGCTTATGTCC

QA 2 583 2 583
DS 

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TCATCGAGATGAATCCCATTCACAAGAAGATTCCGGTTCTCATCCACAAAGGTAAACCGA
TCTGTGAATCTATTATCCAGCTTGAGTACATCGATGAGGTTTGGTCCGGTACATACCCAA
TGCTACCTTCTGATCCTTACCAGAAAGCTCAAGCAAGGTTCTGGGCAGATTTCATCGACA
AAAAGCTTTACGACCCAGCATGGAAAATATGGGGAACAAAGGGAGAAGATCAAGTTGCAG
CCAAGAAAGAACTGCTTGAACATTTCAAGACACTTGAAACAGAGCTTGGAGACAAAGCTT
ACTACGGTGGGGAAGTGTTTGGGTTCGTAGACATCGTGTTGATGGGTTATTACAGCTGGT
TCGTAGTTGTGGAGAAGTTTGGTGAGTTTAGTTTTGAAACAGAGTTCCCAAAGCTGACTG
AGTGGACCAAGAGGTGTTTGGAGAGAGAGAGCGTGTTTAAGGCATTGGCTGATTCTGACA
AGATTATTGAGTATGCTTATGTCCTCAGGAAGAAGTTTGGAGCCGAGTAGATGTTTGCCT
AACTTGGTCTGAACACACAAGGAAAGAAAATGGTTCGGTATCAAGACCGTTATGTTCTGT
TCTTATGTGAAATTTGTATTTTCTCTCCTGTATTTTCTTTGTTTGTGTACTTTCTAGCTT
CCAAAAGCATGAAAATCCATAATAAATAAATGTTTGAATTGG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3GK02JQ 683 0 0
TCCAATTCACAAGAAGATTCCGGTTCTCATCCACAAAGGTAAACCGATCTGTGAATCTAT
TATCCAGCTCGAGTACATCGATGAGGTTTGGTCCGGTACATACC*AATGCTCCCTTCTTA
TCCTTACCAGAAAGCTCAAGCAAGGTTCTGGGCAGATTTCATCGACAAAAAGCTTTACGA
CCCAGCATGGAAAATATGGGGAACAAAGGGAGAAGATCAAGTTGCAGCCAAGAAAGAACT
GCTTGAACATTTCAAGACACTTGAAACAGAGCTTGGAGACAAAGCTTACTACGGTGGGGA
AGTGTTTGGGTTCGTAGACATCGCGTTAATGGGTTATTACAGCTGGTTCGTAGTTATGGA
GAAGTTTGGTTAGTTTAGTTTTGAAACAGAGTTCCCAAAGCTGACTGAGTGGACCAAGAG
GTGTTTAGAGAGAGAGAGCGTGGTTAAGGCATTGGCTGATTCTGACAAGATTATTGAGTA
TGCTTATGTCCTCAGGAAGAAGTTTGGAGCCGAGTAGATGTTTGCCTAACTTGGTCTGAA
CACACA*GGAAAGAAAATGGTTCGGTATCA***CCGTTATGTTCTGTTCTTATGTGAAAT
TTGTATTTTCTCTCCTGTATTTTCTTTGTTTGTGTACTTTCTAGCTTCTAAAAGCATGAA
AATCCATAATAAATAAATGTTTG

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 5

CO CL1131Contig1 879 5 7 U
AGCTTTAACGTTTCATTGACGAGTATTATAGATTTGATAATGGACGGTTTATCTAAAGTC
AAATGGGTGATTACACCGAGTTTACATTTACGTATAAAGTATTTTTTTAATGAGACTGAT
ACATAAAGAATATGATAAAAACCGACTCACTTCTTCATGAGGAGAATAACAGTATGAGCT
GCAATGCTTCTGTTTTCTCCGAGGCTATCAACTTTCTCATGTGTTTTGGCTTTCAAGTTC
ACAACAGAAGGGTCTGCACCAAGAAGCTTGGACAGATTGGATCGGATAGTCTCCTTGTGT
GGACTTATCTTGGGTCTCTGTAGAATCAATGTGGCGTCTAGGTTTCCTATCTCGTACCCT
GCCTCGTCCATAAGTCTCACGGCTTCTTTGATGAAGACAGAGGATGCAGCTCCTTTCCAC
TTAGGATCAGAATCAGGGAAAATCTGGCCTATATCAGGAAGCCCTAACGCTCCCAAGATT
GCATCCACTACACAATGAAGCAACACATCCCCATCGGAGTGAGCTTCGCAGCCTCTATTG
TGAGGGATATCAATCCCGCCTATTATCAGAGGGTACCCTGGCTCTAACCGGTGCAGATCG
AACCCGTGACCCACTCGAAACGGAAGCGTTCTCGTTGATTTCTTCACTGGTTCGTTGACT
TCGACGGCGGAGGAAGCAGATAAAGCCGAGACTGAAGAACGTTGGGATAAAGAGAGAGAC
TTTGGCCTCCGTGGTGAGAACCCATGAATGCTGATCGTCGCCGCAGCCGCTGGGAGAATG
AAGGGCTTTTTGGTAATTTGAGAGTGAAACAAAGATGTCGAAGCAGCCATAGCCATCTCT
TGTCTGATCTTTCTCCCCAGTCAATCAGCCAGACCACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ91JQ U 69
AF RR3D529JQ U 1
AF RR3D507JQ U 30
AF RR3D529TF C 146
AF RR3D507TF C 147
BS 1 38 RR3D529JQ
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BS 40 44 RR3D529JQ
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BS 46 737 RR3D529JQ
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BS 851 879 RR3D507TF

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GG
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CAATCCCGCCTATTATCAGAGGGTACCCTGGCTCTAGCCGGTGCAGATCGAACCCGTGAC
CCACTCGAAACGGAAGCGTTCTCGTTGATTTCTTCACCGGTTCATTGACTTAGACGGCGG
AGGA

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GCATCCACTACACAATGAAGCAACACATCCCCATCGGAGTGAGCTTCGCAGCCTCTATTG
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TTTGGCCTCCGTGGTGA

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G
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CGTATAAAGTATTTTTTTAATGAGACTGATACATAAAGAATATGATAAAAACCGACTCAC
TTCTTCACGAGGAGAATAACAGTATGAGCTGCAATGCTTCTGTTTTCTCCGAGGCTATCA
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GTGGCGTCTAGGTTTCCTATCTCGTACCCTGCCTCGTCCATAAGTCTCACGGCTTCTTTG
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ATATCAGGAAGCCCTAACGCTCCCAAGATTGCATCCACTACACAATGAAGCAACACATCC
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GGGTACCCTGGCTCTAACCGGTGCAGATCGAGCCCGTGACCCACTCGAAACGGAAGCGTT
CTCGTTGATTTCTTCACTGGTTCGTTGACTTCGACGGCGGAGGAAGCAGATAAAGCCGAG
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AAAGATGTCGAAGCAGCCATAGCCATCTCTTGTCTGATCT
TTCTCC

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GCTTGGACAGATTGGATCGGATAGTCTCCTTGTGTGGACTTATCTTGGGTCTCTGTAGAA
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CTTTGATGAAGACAGAGGATGCAGCTCCTTTCCACTTAGGATCAGAATCAGGGAAAATCT
GGCCTATATCAGGAAGCCCTAACGCTCCCAAGATTGCATCCACTACACAATGAAGCAACA
CATCCCCATCGGAGTGAGCTTCGCAGCCTCTATTGTGAGGGATATCAATCCCGCCTATTA
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GCGTTCTCGTTGATTTCTTCACTGGTTCGTTGACTTCGACGGCGGAGGAAGCAGATAAAG
CCGAGACTGAAGAACGTTGGGATAAAGAGAGAGACTTTGGCCTCCGTGGTGAGAACCCAT
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GATCTCC

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DS 

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CTTGGACAGATTGGATCGGATAGTCTCCTTGTGTGGACTTATCTTGGGTCTCTGTAGAAT
CAATGTGGCGTCTAGGTTTCCTATCTCGTACCCTGCCTCGTCCATAAGTCTCACGGCTTC
TTTGATGAAGACAGAGGATGCAGCTCCTTTCCACTTAGGATCAGAATCAGGGAAAATCTG
GCCTATATCAGGAAGCCCTAACGCTCCCAAGATTGCATCCACTACACAATGAAGCAACAC
ATCCCCATCGGAGTGAGCTTCGCAGCCTCTATTGTGAGGGATATCAATCCCGCCTATTAT
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CGTTCTCGTTGATTTCTTCACTGGTTCGTTGACTTCGACGGCGGAGGAAGCAGATAAAGC
CGAGACTGAAGAACGTTGGGATAAAGAGAGAGACTTTGGCCTCCGTGGTGAGAACCCATG
AATGCTGATCGTCGCCGCAGCCGCTGGGAGAATGAAGGGCTTTTTGGTAATTTGAGAGTG
AAACAAAGATGTCGAAGCAGCCATAGCCATCTCTTGTCTGATCTTTCTCCCCAGTCAATC
AGCCAGACCACCC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 5

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GAGTTTAACAGAACCCCCAGAAGCTAAGGTCAGCAGGATACATAACATCCTCTGAAAATA
AAAGCCAGCAAAATCAAACTGATTTTCTGGAAACTAGAACGAACAACATAAGAACATGGC
TATTGTGAGAACAGAAGCAAATTCTAAATCAAACCATAAGATTCACAAGCAATATAAACA
ACCAAGGAGGAGAGGAATAATAAGAACACATCCGCAGTCAAGCTTTATTTGGTAGAATCA
AATCCGCACCTCTTTATACTGCTCTGAAGACTTATTCATGAGCCACGAGGATGAAGCGGA
GATACAAACCAGGAGATGAAGAGACATGGTTTTTAACATTCAATCTCCTAGCGACTAGAT
GCAGAGCCGAAGTTCACATATCCTTGAGAACTAGCCGGAGATCCCTTGCTAAGAAACAGA
AGATGAAGATCAAACTCAAGGATCAATCCGATGCTTACGAGAACAAGGAGACGCGCTTCC
TCCCGACCAAGGCGTAACATTACTATCAGAACCATAAGAACGCACATGCAGAGTAAGGAG
GAGCATCAGCGGTGAAAAAGAGGATGACTTTGATGCCCACAGAGCAATCAAGGGAAATCC
AAGGATCCACCGACATGAAACCCATCGGAAAAGTAGAAGAGGACAGAACCGACAAACAGC
CAGAGGGAAAGGCATGCCGAATGTCTAAACCACCAACACCGACGCTCAAAGAGAGCCTCC
AGATCTGAAGATCTAGATTTAGATTTGCTCACTATCAACAAAAAGCCAATAGACACAGAG
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GCCCACACCGCCGGCCTGAAACGCAGATCTTATGAAACTTTTACAGAGATGGAAGAGAGC
CTTTTGATGAGAGAGC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D173JQ U 1
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AF RR3FP45JQ U 1
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AF RR3DN57TF C 432
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G

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CAAGGAGGAGAGGAATAATAAGAACACATCCGCAGTCAAGCTTTATTTGGTAGAATCAAA
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ATGAAGATCAAACTCAAGGATCAATCCGATGCTTACGAGAACAAGGAGACGCGCTTCCTC
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DS 

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AGATCCCTTGCTAAGAAACAGAAGATGAAGATCAAACTCAAGGATCAATCCGATGCTTAC
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CAAAAAGCCAATAGACACAGAGAAACAGACAAGGAAAACAAGAGAAAACGAAAGAGAAAA
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CC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3DN57TF 545 0 0
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TCTAGATTTAGATTTGCTCACTATCAACAAAAAGCCAATAGACACAGAGAAACAGACAAG
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CGGCCTGAAACGCAGATCTTATGAAACTTTTACAGAGATGGAAGAGAGCCTTTTGATGAG
AGAGC

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 6

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AGGGTGAACCAGATACTATTTTCATTTTGTGTCAATAAGGCTTTAATAAGCTATAGTCCT
TCTATAGAAACTTTATTACAAAAAAAACAATTGTACATCAACGTTTTTAGTTGTGTTTTG
TTTACAG*GAAAGACTCAATCAGCTTCTTGAAGTCCATCCAAAACAACAGAACCCACCAA
CAAAACAACAGCTCCAAGAGCAAAAGCACCGCCCAAAACCGCTTGAGCAACCACCAGAGT
AGTTGAGTCATCAGGAATCAGCACCACGGCTACAATAGCAGCCGTCAGAGCCGGTAATGC
AGCCGAGGCCAAGACAGCAGGAGATGTACCGGCTAAAGTCTCAAGGAGACTGAGAAGACC
GAGCTCCTCTGCTTT*GGAGAAAACACCAAGCTTCTCAAGAGATGACAACGTGACTCCCA
AGTCTTCTGCTTTTGAGAGCAAGCCGGATTTCTCAACGTTGCTTAGTACTTTTCGCTTCT
CCAGCTTCTTGAAAACGTCGACGTTTACTTCTTCGCTCCCTTCGAAGAATAGTCCCGCTC
CGTACCATTGTTTCTTCCACTTGGCATCGTACTTGTTCACCTTTTTCTGGGGAGCCATTG
AGACGACGGAGAAGGCTGCTGGTGATTTCACGGCGGAGTATGACCGACGAAAGCGAGGGA
GAACGGGGTTGGAGAGGAACTGTGTTCTCGGGTGAGACGATATGGGAGCGTTGACAGACA
TTGGAGGAAGATCGAAGCTATGGAAAAAGGAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 15 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D742JQ U 45
AF RR3DP13JQ U 1
AF RR3AL07JQ U 58
AF RR3AL07TF C 58
AF RR3D742TF C 137
AF RR3DP13TF C 152
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AAA
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CAAAACCCCCCAACAAAAC
AAC

QA 4 142 4 142
DS 

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CAAAACGACAGCTCCAAGAGCAAAAGCACCGCCCAAAACCGCTTGAGCAACCACCAGAGT
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AGTCTTCTGCTTTTGAGAGCAAGCCGGATTTCTCAACGTTGCTTAGTACTTTTCGCTTCT
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C

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DS 

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TTGTTTACAG*GAAAGACTCAATCAGCTTCTTGAAGTCCATCCAAAACAACAGAACCCAC
CAACAAAACAACAGCTCCAAGAGCAAAAGCACCGCCCAAAACCGCTTGAGCAACCACCAG
AGTAGTTGAGTCATCAGGAATCAGCACCACGGCTACAATAGCAGCCGTCAGAGCCGGTAA
TGCAGCCGAGACCAAGACAGCAGGAGATGTACCGGCTAAAGTCTCAAGGAGACTGAGAAG
ACCGAGCTCCTCTGCTTT*GGAGAAAACACCAAGCTTCTCAAGAGATGACAACATGACTC
CCAAGTCTTCTGCTTTTGAGAGCAAGCCGGATTTCTCAACGTTGCTTAGTACTTTTCGCT
TCTCCAGCTTCTTGAAAACGTCGACGTTTACTTCTTCGCTCCCTTCGAAGAATAGTCCCG
CTCCGTACCATTGTTTCTTCCACTTGGCATCGTACTTGTTCACCTATTTCTGGGGAGCCA
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GGAGAACGG
C

QA 1 609 1 609
DS 

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GGAGAAAACACCAAGCTTCTCAAGAGATGACAACGTGACTCCCAAGTCTTCTGCTTTTGA
GAGCAAGCCGGATTTCTCAACGTTGCTTAGTACTTTTCGCTTCTCCAGCTTCTTGAAAAC
GTCGACGTTTACTTCTTCGCTCCCTTCGAAGAATAGTCCCGCTCCGTACCATTGTTTCTT
CCACTTGGCATCGTACTTGTTCACCTTTTTCTGGGGAGCCATTGAGACGACGGAGAAGGC
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GCTATGGAAAAAGGAAAAAAAA

QA 1 622 1 622
DS 

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CCCAAAACCGCTTGAGCAACCACCAGAGTAGTTGAGTCATCAGGAATCAGCACCACGGCT
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CTCAACGTTGCTTAGTACTTTTCGCTTCTCCAGCTTCTTGAAAACGTCGACGTTTACTTC
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CTTGTTCACCTTTTTCTGGGGAGCCATTGAGACGACGGAGAAGGCTGCTGGTGATTTCAC
GGCGGAGTATGACCGACGAAAGCGAGGGAGAACGGGGTTGGAGAGGAACTGTGTTCTCGG
GTGAGACGATATGGGAGCGTTGACAGACATTGGAGGAAGATCGAAGCTAT
CC

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 6

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TTTCTCTTCAAGATCCAGTAATATCACATGGCTGAGGTTATGCTACCGATGAAAATGGAG
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ATGACTGGATATGAACTCTTGAAGAAGATCAAAGAATCCTCAGCTTTCAGAGATGTGCCT
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GCTGAAGATTTCTTACTGAAGCCTGTAAAACTTTCGGATGTAAGAAGAATAAGAGATTCT
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BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 25 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3EC60TF U 5
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AF RR3F129TF U 1
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RD RR3EC60TF 550 0 0
GG
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AACGCTCCTTCCAAGTTTAAATCACCTGATCTTCTTCATGTTCTCGCCGTCGACGATAGC
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GTTGATAGTGCCACAAGAGCTTTGCAATACCTTGGACTCGACGTAAACGAGAAATCCGTC
GGTGTTAAGGATTCGAAAGTTAATTTGATTATGACGGATTACTCTATGCCCGGAATGACT
GGATATGAACTCTTGAAGAAGATCAAAGAATCCTCAGCTTTCAGAGATGTGCCTGTGGTT
GTTATGTCCTCTGAGAACATTTTGCCTCGTATTGATAGATGTCTTGAAGAAAGTGCTGAA
GATTTCTTACTGAAGCCTGTAAAACTTTCGGATGTAAGAAGAATAAGAGATTCTCTGATG
AAAGCTGA

QA 3 550 3 550
DS 

RD RR3FR67TF 703 0 0
GGAAAC
ATCATATTTTCCAAGTCATCCAACTTTGAGTATAACATTTTGCTCTCCTCTCTATTTCTC
TTCAAGACCCAGTAATATCACATGGCTGAGGTTATGCTACCGATGAAAATGGAGATGGTT
AACGCTCCTTCCAAGTTTAAATCACCTGATCTTCTTCATGTTCTCGCCGTCGACGATAGC
CACGTTGATCGGAAATTCATAGAGCGCTTGCTCAAAGTCTCTTCCTGTAAAGTTACTGTT
GTTGATAGTGCCACAAGAGCTTTGCAATACCTTGGACTCGACGTAAACGAGAAATCCGTC
GGTGTTAAGGATTTGAAAGTTAATTTGATTATGACGGATTACT**ATGCCCGGAATGACT
GGATATGAACTCTTGAAGAAGATCAAAGAATCCTCAGCTTTCAGAGATGTGCCTGTGGTT
GTTATGTCCTCTGAGAACATTTTGCCTCGTATTGATAGATGTCTTGAAGAAGGTGCTGAA
GATTTCTTACTGAAGCCTGTAAAACTTTCGGATGTAAGAAGAATAAGGGATTCTCTGATG
AAAGCTGAAGAAGATCTATCTTTCACGAAGAGTGTTAACAAGAGAGAGCTAGAAACAGAG
AATGTCTACTCTTTGGATTCATCTGTTCCCTCACAACAGCTCAAACGCACAAATATCTGA
GCTTTTCCCAAAGCAGACCCCCATGACATGGGCTTAA

QA 7 703 7 703
DS 

RD RR3F129TF 728 0 0
GGAAACATCATATTTTCCAAATCATCCAACTTTGAGTATAACATTTTGCTCTCCTCTCTA
TTTCTCTTCAAGATCCAGTAATATCACATGGCTGAGGTTATGCTACCGATGAAAATGGAG
ATGGTTAACGCTCCTTCCAAGTTTAAATCACCTGATCTTCTTCATGTTCTCGCCGTCGAC
GATAGCCACGTTGATCGGAAATTCATAGAGCGCTTGCTCAAAGTCTCTTCCTGTAAAGTT
ACTGTTGTTGATAGTGCCACAATAGCTTTGCAATACCTTGGACTCGACGTAAACGAGAAA
TCCGTCGGTGTTAAGGATTTGAAAGTTAATTTGATTATGACGGATTACTCTATGCCCGGA
ATGACTGGATATGAACTCTTGAAGAAGATCAAAGAATCCTCAGCTTTCAGAGATGTGCCT
GTGGTTGTTATGTCCTCTGAGAACATTTTGCCTCGTATTGATAGATGTCTTGAAGAAGGT
GCTGAAGATTTCTTACTGAAGCCTGTAAAACTTTCGGATGTAAGAAGAATAAGAGATTCT
CTGATGAAAGCTGAAGAAGATCTATCTTTCACGAAGAGTGTTAACAAGAGAGAGCTAGAA
ACAGAGAATGTCTACTCTTTGGATTCATCTGTTCCCTCACAACAGCTCAAACGCACAAAG
ATCTGAGCTTTTCC*AGAGCAGACCCCCATGACATGGGCTTAAAA*GGCTTAATCACCTA
TACA
TTTC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3F129JQ 771 0 0
TCTTCTTCATGTTCTCGCCGTCGACGATAGCCACGTTGATCGGAAATTCATAGAGCGCTT
GCTCAAAGTCTCTTCCTGTAAAGTTACTGTTGTTGATAGTGCCACAATAGCTTTGCAATA
CCTTGGACTCGACGTAAACGAGAAATCCGTCGGTGTTAAGGATTTGAAAGTTAATTTGAT
TATGACGGATTACTCTATGCCCGGAATGACTGGATATGAACTCTTGAAGAAGATCAAAGA
ATCCTCAGCTTTCAGAGATGTGCCTGTGGTTGTTATGTCCTCTGAGAACATTTTGCCTCG
TATTGATAGATGTCTTGAAGAAGGTGCTGAAGATTTCTTACTGAAGCCTGTAAAACTTTC
GGATGTAAGAAGAATAAGAGATTCTCTGATGAAAGCTGAAGAAGATCTATCTTTCACGAA
GAGTGTTAACAAGAGAGAGCTAGAAACAGAGAATGTCTACTCTTTGGATTCATCTGTTCC
CTCACAACAGCTCAAACGCACAAAGATTTGAGCTTTTCCCAGAGCAGACCCCCATGACAT
GGGCTTAAAAAGGCTTAATCACCTATACAATTTTCCACCCCCTTGTGTCTTCTTTTTTGC
TGAGTGAAAACTCAGTGTTGACAGAGAAACAGGGCTTATTCACATGACTGTTAGAGATGT
AAATGGTAGAGATAAACCACAAAACTATTATATTATTATTCATTAGAGATGTCATGTTTT
TTTCTTCTTACAAGAGATTGTAAGCTGGTTTTATGAAAATTGGCTAATTAT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3FR67JQ 660 0 0
TAAACGAGAAATCCGTCGGTGTTAAGGATTTGAAAGTTAATTTGATTATGACGGATTACT
**ATGCCCGGAATGACTGGATATGAACTCTTGAAGAAGATCAAAGAATCCTCAGCTTTCA
GAGATGTGCCTGTGGTTGTTATGTCCTCTGAGAACATTTTGCCTCGTATTGATAGATGTC
TTGAAGAAGGTGCTGAAGATTTTTTACTGAAGCCTGTAAAACTTTCGGATGTAAGAAGAA
TAAGGGATTTTTTGATGAAAGCTGAAGAAGATCTATCTTTCACGAAGAGTGTTAACAAGA
GAGAGCTAGAAACAGAGAATGTTTACTCTTTGGATTCATCTGTTCCCTCACAACAGCTCA
AACGCACAAATATCTGAGCTTTTCCCAAAGCAGACCCCCATGACATGGGCTTAAAAAGGC
TTAATCACCTATACAATTTTCCACCCCCTTGTGTCTTCTTTTTTGCTGAGTGAAAACTCA
GTGTTGACAGAGAAACAGGGCTTATTCACATGACTGTTAGAGATGTAAATGGTAGAGATA
AACCACAAAACTATTATATTATTATTCATTAGAGATGTCATGTTTTTTTCTTCTTACAAG
AGATTGTAAGCTGGTTTTATGAAAATTGGCTAATTATAAAAAATAATCAGAAGTTTCCTC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3EC60JQ 659 0 0
GAGAAATCCGTCGGTGTTAAGGATTCGAAAGTTAATTTGATTATGACGGATTACTCTATG
CCCGGAATGACTGGATATGAACTCTTGAAGAAGATCAAAGAATCCTCAGCTTTCAGAGAT
GTGCCTGTGGTTGTTATGTCCTCTGAGAACATTTTGCCTCGTATTGATAGATGTCTTGAA
GAAGGTGCTGAAGATTTCTTACTGAAGCCTGTAAAACTTTCGGATGTAAGAAGAATAAGA
GATTCTCTGATGAAAGCTGAAGAAGATCTATCTTTCACGAAGAGTGTTAACAAGAGAGAG
CTAGAAACAGAGAATGTCTACTCTTTGGATTCATCTGTTCCCTCACAACAGCTCAAACGC
ACAAAGATCTGAGCTTTTCCCAAAGCAGACCCCCATGACATGGGCTTAAAAAGGCTTAAT
CACCTATACAATTTTCCACCCCCTTGTGTCTTCTTTTTTGCTGAGTGAAAACTCAGTGTT
GACAGAGAAACAGGGCTTATTCACATGACTGTTAGAGATGTGAATGGTAGAGATAAACCA
CAAAACTATTATATTATTATTCATTAGAGATGTCATGTTTTTTTCTTCTTACAAGAGATT
GTAAGCTGGTTTTATGAAAATTGGCTAATTATAAAAAATAATCAGAAGTTTCCTCTAGT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 4

CO CL1135Contig1 975 4 13 U
GGATTCAAACATGAATGTCATAGAGTATAATCCGATAGTACATAAGCTGTTTATATCACA
CACATAATGAAATGCAAAGAGAGAATCACATAGATGTAAGCAAATGAAAGAAAACAAAAC
CAAAGAGGGTTTCTTAAGCAGCAGCAACTGCTTCAGTGGGCTTGGCTTCAGGAACATTCT
TTGGAGGAGTAGGAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGCAGCAGCCGCCTCTGGTGGAGGTTGAG
GAGCGAGTTTCAGGTGAGCTGGTGGGTTCTGTTTGAGCTTGAGCAATATCTGTCTCATTC
TCGCGAGATCGGTTGGCTTACCGGGCTTTGGGCCTTGAATGACAGAGATAGTTGGCTTCT
TAGGGTCTTGCTCTTTCTTCCCTCTTCTTTTCTCTATGGTTGGAACTTCCTTAGGAACTA
GCTCTGCGATTGCCTTCCAGTAGTTCTTGCCGGCTTCCGCGTAGAACTTCTCTTGTGTCT
CCATGTATAGCTTTTCCTTCTCCCTATTAGCCGCTTTGTTGTTTTCACAAGTTAGTTCCC
TCTTCTTGTGGAAATCCTCTTTGAATTGATTAGCCTCTTCAATGATTTGGTTCCGCAACT
CCTTTTCCTTCTTCTCCTTCTCCTCAAGGAGATCTGCATTGTGTCTTCTCCACTCCCTAA
GAGCATGCCCTTCATCAGATTCCATCTCCGACGGAGGTGGCAAGATGGGACCGTCGTGTC
CACCGTTGGATCCGAAGACGTCGTCTCCGTTAGTGTAAGCTCCGTAGTCGGAAGACGGCG
CAGCGAAAACATCGTCGATGGAGTCATCTACGTGGTGTGAGAAGGAGTGATGATCAGTAG
TGGTGTCGAAGGAGCCTGAGACAGGAACAGTCTCAGATGCATCGTCTCCGAGTATAACGA
AAGAATCATCGAAGACAGACATCTCTCTCGGAAACGGAGGGACGGAGAAGTAGCTTTTGG
TTTGAAGAGAGACCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN56JQ U 349
AF RR3AA40JQ U 1
AF RR3HA29JQ U 1
AF RR3HA29TF C 233
BS 1 75 RR3AA40JQ
BS 76 76 RR3HA29JQ
BS 77 165 RR3AA40JQ
BS 166 166 RR3HA29JQ
BS 167 346 RR3AA40JQ
BS 347 347 RR3HA29JQ
BS 348 450 RR3AA40JQ
BS 451 451 RR3HA29JQ
BS 452 463 RR3AA40JQ
BS 464 464 RR3HA29JQ
BS 465 672 RR3AA40JQ
BS 673 688 RR3HA29JQ
BS 689 975 RR3HA29TF

RD RR3GN56JQ 262 0 0
TAGTTGGCTTCTTAGGGTCTTGCTCTTTCTTCCCTCTTCTTTTCTCTATGGTTGGAACTT
CTTTAGGAACCAGCTCTGCGATTGCCTTCCAGTAGTTCTTGCTGGCTTCCGCGTAAAACT
TCTCTTGTGTCTCCATGTATAGCTTTTCCTTCTCCCTATTAGCTGCTTTGTTGTTTTCAC
AAGTTAGTTCCCTCTTCTTATGGAAATCCTCTTTGAATTGACTAGCCTCTTCAATGATTT
GGTTCCGTAACTCCTTTTCCTT

QA 1 262 1 262
DS 

RD RR3AA40JQ 672 0 0
GGATTCAAACATGAATGTCATAGAGTATAATCCGATAGTACATAAGCTGTTTATATCACA
CACATAATGAAATGCGAAGAGAGAATCACATAGATGTAAGCAAATGAAAGAAAACAAAAC
CAAAGAGGGTTTCTTAAGCAGCAGCAACTGCTTCAGTGGGCTTGGTTTCAGGAACATTCT
TTGGAGGAGTAGGAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGCAGCAGCCGCCTCTGGTGGAGGTTGAG
GAGCGAGTTTCAGGTGAGCTGGTGGGTTCTGTTTGAGCTTGAGCAATATCTGTCTCATTC
TCGCGAGATCGGTTGGCTTACCGGGCTTTGGGCCTTGAATGACAGAAATAGTTGGCTTCT
TAGGGTCTTGCTCTTTCTTCCCTCTTCTTTTCTCTATGGTTGGAACTTCCTTAGGAACTA
GCTCTGCGATTGCCTTCCAGTAGTTCTTGCTGGCTTCCGCGTAAAACTTCTCTTGTGTCT
CCATGTATAGCTTTTCCTTCTCCCTATTAGCCGCTTTGTTGTTTTCACAAGTTAGTTCCC
TCTTCTTGTGGAAATCCTCTTTGAATTGATTAGCCTCTTCAATGATTTGGTTCCGCAACT
CCTTTTCCTTCTTCTCCTTCTCCTCAAGGAGATCTGCATTGTGTCTTCTCCACTCCCTAA
GAGCATGCCCTT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3HA29JQ 688 0 0
GA
ATTCAAACATGAATGTCATAGAGTATAATCCGATAGTACATAAGCTGTTTATATCACACA
CATAATGAAATGCAAAGAGAGAATCACATAGATGTAAGCAAATGAAAGAAAACAAAACCA
AAGAGGGTTTCTTAAGCAGCAGCAACTGCTTCAGTGGGCTTGGCTTCAGGAACATTCTTT
GGAGGAGTAGGAGTAGTAGTAGTAGCAGCAGCAGCAGCCGCCTCTGGTGGAGGTTGAGGA
GCGAGTTTCAGGTGAGCTGGTGGGTTCTGTTTGAGCTTGAGCAATATCTGTCTCATTCTC
GCGAGATCGGTTGGCTTACCGGGCTTTGGGCCTTGAATGACAGAGATAGTTGGCTTCTTA
GGGTCTTGCTCTTTCTTCCCTCTTCTTTTCTCTATGGTTGGAACTTCCTTAGGAACTAGC
TCTGCGATTGCCTTCCAGTAGTTCTTGCCGGCTTCCGCGTAGAACTTCTCTTGTGTCTCC
ATGTATAGCTTTTCCTTCTCCCTATTAGCCGCTTTGTTGTTTTCACAAGTTAGTTCCCTC
TTCTTGTGGAAATCCTCTTTGAATTGATTAGCCTCTTCAATGATTTGGTTCCGCAACTCC
TTTTCCTTCTTCTCCTTCTCCTCAAGGAGATCTGCATTGTGTCTTCTCCACTCCCTAAGA
GCATGCCCTTCATCAGATTCCATCTC

QA 3 688 3 688
DS 

RD RR3HA29TF 743 0 0
GAGG
TGAGGAGCGAGTTTCAGGTGAGCTGGTGGGTTCTGTTTGAGCTTGAGCAATATCTGTCTC
ATTCTCGCGAGATCGGTTGGCTTACCGGGCTTTGGGC*TTGAATGACAGAGATAGTTGGC
TTCTTAGGGTCTTGCTCTTTCTTCCCTCTTCTTTTCTCTATGGTTGGAACTTCCTTAGGA
ACTAGCTCTGCGATTGCCTTCCAGTAGTTCTTGCCGGCTTCCGCGTAGAACTTCTCTTGT
GTCTCCATGTATAGCTTTTCCTTCTCCCTATTAGCCGCTTTGTTGTTTTCACAAGTTAGT
TCCCTCTTCTTGTGGAAATCCTCTTTGAATTGATTAGCCTCTTCAATGATTTGGTTCCGC
AACTCCTTTTCCTTCTTCTCCTTCTCCTCAAGGAGATCTGCATTGTGTCTTCTCCACTCC
CTAAGAGCATGCCCTTCATCAGATTCCATCTCCGACGGAGGTGGCAAGATGGGACCGTCG
TGTCCACCGTTGGATCCGAAGACGTCGTCTCCGTTAGTGTAAGCTCCGTAGTCGGAAGAC
GGCGCAGCGAAAACATCGTCGATGGAGTCATCTACGTGGTGTGAGAAGGAGTGATGATCA
GTAGTGGTGTCGAAGGAGCCTGAGACAGGAACAGTCTCAGATGCATCGTCTCCGAGTATA
ACGAAAGAATCATCGAAGACAGACATCTCTCTCGGAAACGGAGGGACGGAGAAGTAGCTT
TTGGTTTGAAGAGAGACCC

QA 5 743 5 743
DS 



AS 2 6

CO CL1136Contig1 780 3 7 U
GGACTCCCATCAAAGCAGCTATCTCTCTCCTCCACATTCCATTTTCTCACTTCTCCAAAA
AGCTCTGCACTTTCTCAAACAGAATGTTCATGGGAAGAATGGGTCTTTTGGGGATTTTCC
TGTTGGGTTTCGCTGCAATGGTGTGCTCTGTTCACGGATATGATGCAGGATGGGTCAATG
CTCATGCTACTTTCTATGGTGGAAGCGATGCTTCAGGAACAATGGGTGGAGCTTGTGGGT
ACGGTAACCTCTACAGCCAAGGATACGGGACCAACACGGCTGCACTAAGTACTGCGCTGT
TCAACAACGGTCTTAGCTGCGGCGCGTGTTTCGAGATCCGGTGCCAAAGCGACGGCGCGT
GGTGTTTACCTGGTGCGATTGTGGTTACGGCAACCAACTTCTGTCCTCCCAACAACGCTC
TGCCTAACAACGCAGGTGGCTGGTGTAACCCTCCGCTTCACCATTTCGATCTCTCTCAGC
CTATCTTCCAGCGCATTGCTCATTACAAAGCTGGTGTTGTCCCTGTTTCTTACCGAAGGG
TTCCGTGTAAGAGAAGGGGAGGCATAAGATTTACAATCAACGGCCACTCTTACTTTAACC
TTGTCTTGGTCACCAATGTTGGAGGCGCACGAGATGTTCACTCTGTTGCGGTTAAAGGTT
CGAGGACAAGTGGCAGCAAATGTCAAGGAACTGGGGTCAAACTGGCAAAGCACATCTACT
AAATGGGCAAGCATGTCCTTAAGTACGCTAGTGATGGTCGATCGTCGTCTCCACACGTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ29TF U 1
AF RR3G568TF U 1
AF RR3GA14TF U 1
BS 1 76 RR3EQ29TF
BS 77 77 RR3G568TF
BS 78 431 RR3EQ29TF
BS 432 508 RR3G568TF
BS 509 509 RR3GA14TF
BS 510 653 RR3G568TF
BS 654 780 RR3GA14TF

RD RR3EQ29TF 431 0 0
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GGTGTTTACCTGGTGCGATTGTGGTTACGGCAACCAACTTCTGTCCTCCCAACAACGCTC
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QA 1 431 1 431
DS 

RD RR3G568TF 653 0 0
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AGCTCTGTACTTTCTCAAACAGAATGTTCATGGGAAGAATGGGTCTTTTGGGGATTTTCC
TGTTGGGTTTCGCTGCAATGGTGTGCTCTGTTCACGGATATGATGCAGGATGGGTCAATG
CTCATGCTACTTTCTATGGTGGAAGCGATGCTTCAGGAACAATGGGTGGAGCTTGTGGGT
ACGGTAACCTCTACAGCCAAGGATACGGGACCAACACGGCTGCACTAAGTACTGCGCTGT
TCAACAACGGTCTTAGCTGCGGCGCGTGTTTCGAGATCCGGTGCCAAAGCGACGGCGCGT
GGTGTTTACCTGGTGCGATTGTGGTTACGGCAACCAACTTCTGTCCTCCCAACAACGCTC
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TTCCGTGTAAGAGAAGGGGAGGCATAAGATTTACAATCAACGGCCACTCTTACTTTAACC
TTGTCTTGGTCACCAATGTTGGAGGCGCACGAGATGTTCACTCTGTTGCGGTT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3GA14TF 780 0 0
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AGCTCTGCACTTTCTCAAACAGAATGTTCATGGGAAGAATGGGTCTTTTGGGGATTTTCC
TGTTGGGTTTCGCTGCAATGGTGTGCTCTGTTCACGGATATGATGCAGGATGGGTCAATG
CTCATGCTACTTTCTATGGTGGAAGCGATGCTTCAGGAACAATGGGTGGAGCTTGTGGGT
ACGGTAACCTCTACAGCCAAGGATACGGGACCAACACGGCTGCACTAAGTACTGCGCTGT
TCAACAACGGTCTTAGCTGCGGCGCGTGTTTCGAGATCCGGTGCCAAAGCGG*GGCGCGT
GGTGTTTACCTGGTGCGATTGTGGTTACGGCAACCAACTTCTGTCCTCCCAACAACGCTC
TGCCTAACAACGCAGGTGGCTGGTGTAACCCTCCGCTTCACCATTTCGATCTCTCTCAGC
CTATCTTCCAGCGCATTGCTCATTACAAAGCTGGTGTTGTCCCTGTTTCTTACCGAAGGG
TTCCGTGTAAGAGAAGGGGAGGCATAAGATTTACAATCAACGGCCACTCTTACTTTAACC
TTGTCTTGGTCACCAATGTTGGAGGCGCAGGAGATGTTCACTCTGTTGCGGTTAAAGGTT
CGAGGACAAGTGGCAGCAAATGTCAAGGAACTGGGGTCAAACTGGCAAAGCACATCTACT
AAATGGGCAAGCATGTCCTTAAGTACGCTAGTGATGGTCGATCGTCGTCTCCACACGTCG

QA 1 780 1 780
DS 



CO CL1136Contig2 736 3 7 U
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TTGGCGGGTGGTGAAATACCATCTCTGCCCTACCAACTTCTGCTTTTTAACCGGTTTAAA
CCAAAAGACAGAAGCTTTAAAAAAAGACAATAAAAAGTGATAAAACAAAGGAAACCATTG
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ACTAAAACCCTAATTTTTAAAATGACTAAAAAGCCCTTAAAATTAGCTCTTTTTCCATTT
TACCCCTCGGAAATGAAAGAAGTTTAATGGCTCTCAAAATAAAACCCTAAAAAGCCATAT
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AAGCTGACACACTTTCAACGAAACTGGCGGCCGGTGAAAGTTTGTCCGAAGGACCAACTA
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AATGCTTGCCCATTTAGTAGATTGTTGCTTTGCCAGTTTTGACCCCAGTTCCTTGACATT
TGCTGCCACCTTGTCCTCGAACCTTTAACCGCAACAGAGTGAACATCTCCTGCGCCTCCA
ACATTGGTGACCAAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ29JQ U 20
AF RR3G568JQ U 1
AF RR3GA14JQ U 19
BS 1 306 RR3G568JQ
BS 307 307 RR3GA14JQ
BS 308 371 RR3G568JQ
BS 372 372 RR3GA14JQ
BS 373 677 RR3G568JQ
BS 678 678 RR3GA14JQ
BS 679 736 RR3G568JQ

RD RR3EQ29JQ 546 0 0
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AAAAAAGACAATAAAAAGTGATAAAACAAAGGAAACCATTGGTGAAACATAGAGGACCCT
TTGCTAAAAGATGCACACACCACTCTACTCAATTGTCACTTACTAAAACCCTAATTTTTA
AAATGACTAAAAAGCCCTTAAAATTAGCTCTTTTTCCATTCTACCCCTCGGAAATGAAAG
AAGTTTAATGGCTCTCAAAATAAAACCCTAAAAAGCCATATAACCTCTTTTCTTCCTCTC
CACCCCCTGACACTACCACAAACCCTAAACTATAAAAACCGAAGCTGACACACTTTCAAC
GAAACTGGCGGCCGGTGAAAGTTTGTCCGAAGGACCAACTAGCAGGAGCGACGTTGTTGG
AGACGA

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3G568JQ 736 0 0
CACATGAAAGTTCACAATCGGTTAACACAATACTTATCAAGCTGATCATAAACAGCCTTT
TTCATTACAACTTCATAACAGAAAAAAAACACGACTCGAAAAGAAAGAAGTAAAACACAC
TTGGCGGGTGGTGAAATACCATCTCTGCCCTACCAACTTCTGCTTTTTAACCGGTTTAAA
CCAAAAGACAGAAGCTTTAAAAAAAGACAATAAAAAGTGATAAAACAAAGGAAACCATTG
GTGAAACATAGAGGACCCTTTGCTAAAAGATGCACACACCACTCTACTCAATTGTCACTT
ACTAAA*CCCTAATTTTTAAAATGACTAAAAAGCCCTTAAAATTAGCTCTTTTTCCATTT
TACCCCTCGGAGATGAAAGAAGTTTAATGGCTCTCAAAATAAAACCCTAAAAAGCCATAT
AACCTCTTTTCTTCCTCTCCACCCCCTGACACTACCACAAACCCTAAACTATAAAAACCG
AAGCTGACACACTTTCAACGAAACTGGCGGCCGGTGAAAGTTTGTCCGAAGGACCAACTA
GCAGGAGCGACGTTGTTGGAGACGACGATTCGACCATCACTAGCGGTAACCTTAAAGGAC
AATGCTTGCCCATTTAGTAGATTGTTGCTTTGCCAGTTTTGACCCCAGTTCCTTGACATT
TGCTGCCACCTTGTCCTTGAACCTTTAACCGCAACAGAGTGAACATCTCCTGCGCCTCCA
ACATTGGTGACCAAGA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3GA14JQ 706 0 0
C
GGTTAACACAATACTTATCAAGCTGATCATAAACAGCCTTTTTCATTACAACTTCATAAC
AGAAAAAAAACACGACTCGAAAAGAAAGAAGTAAAACACACTTGGCGGGTGGTGAAATAC
CATCTCTGCCCTACCAACTTCTGCTTTTTAACCGGTCTAAACCAAAAGACAGAAGCTTTA
AAAAAAGACAATAAAAAGTGATAAAACAAAGGAAACCATTGGTGAAACATAGAGGACCCT
TTGCTAAAAGATGCACACACCACTCTACTCAATTGTCACTTACTAAAACCCTAATTTTTA
AAATGACTAAAAAGCCCTTAAAATTAGCTCTTTTTCCATTTTACCCCTCGGAAATGAAAG
AAGTTTAATGGCTCTCAAAATAAAACCCTAAAAAGCCATATAACCTCTTTTCTTCCTCTC
CACCCCCTGACACTACCACAAACCCTAAACTATAAAAACCGAAGCTGACACACTTTCAAC
GAAACTGGCGGCCGGTGAAAGTTTGTCCGAAGGACCAACTAGCAGGAGCGACGTTGTTGG
AGACGACGATTCGACCATCACTAGCGGTAACCTTAA*GGACAATGCTTGCCCATTTAGTA
GATTGTTGCTTTGCCAGTTTTGACCCCAGTTCCTTGACATTTGCTGCCACCTTGTCCTCG
AACCTTTAACCGCAACAGAGTGAACATCTCCTGCGCCTCCAACAT

QA 2 706 2 706
DS 



AS 1 4

CO CL1137Contig1 920 4 12 U
GCCATACTGTAATAGATTGTGCCACGGGACGTCCTGAAGAACCCATCAAGACAGTAGATT
GGGAAGGGAAAGTGGCTCTTATACAATGTGCAAAGGCTATGGGGATTCAGAAGTACGTCT
TCTACTCAATCCATAATTGCGATAAGCACCCGGAGGTTCCTCTCATGGAGATTAAGTATT
GTACCGAGAAGTTCCTTCAGGAATCCGGTTTAAACCACATTACAATCCGGTTATGCGGTT
TCATGCAAGGTCTCATCGGTCAATATGCAGTCCCCATTCTGGAGGAAAAGTCGGTGTGGG
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TTATTGCTTTACGCAACGAGAAAGTCAACGGAAAGCTTCTAACGTTCGCTGGCCCTCGTG
CATGGACAACTCAAGAAGTAATAACATTATGTGAGAGACTTGCTGGGCAAGATGCGAATG
TCACAACGGTTCCAGTTTCTGTATTGAGAGTCACACGTCAGTTAACTAGGTTTTTTCAGT
GGACAAACGATGTTGCAGATAGATTGGCCTTCACAGAGGTCCTCTCGAGTGACACGGTCT
TCTCTGTTCCGATGACTGAGACTAATAGTCTACTAGGTGTGGATCAAAAGGATTTGGTGA
CTCTAGAGAAGTACTTGCAAGATTACTTCAGCAACATACTGAAAAAACTAAAGGATCTTA
AGGCGCAATCCAAGCAATCAGACATCTACTTCTAAGTTCTGACCTTGTAGTGTCTTAATA
AGATTCAACGCTATTAAAAACTGCATTTGCGTCCATAATGTGTCACTGAGTTTTATCGGT
TTGTTTCTCATTCAACAATGGGTTATTGTACTTTTTGTAATTAAAGAGAATTATTGTAAT
ATAAATGTAGCTTACCATAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BZ59TF U 1
AF RR3AM61TF U 1
AF RR3C977JQ C 234
AF RR3C977TF U 234
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RD RR3BZ59TF 717 0 0
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QA 1 717 1 717
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TCTACTCAATCCATAATTGCGATAAGCACCCGGAGGTTCCTCTCATGGAGATTAAGTATT
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TCATGCAAGGTCTCATCGGTCAATATGCAGTCCCCATTCTGGAGGAAAAGTCGGTGTGGG
GAACAGATGCACCAACGCGGGTGGCTTACATGGACACACAGGATATTGCTAGGCTGACAC
TTATTGCTTTGCGCAACGAGAAAGTCAACGGAAAGCTTCTAACGTTCGCTGGCCCTCGTG
CATGGACAACTCAAGAAGTAATAACATTATGTGAGAGACTTGCTGGGCAAGATGCGAATG
TCACAACGGTTCCAGTTTCTGTATTGAGAGTCACACGTCAGTTAACTAGGTTTTTTCAGT
GGACAAACGATGTTGCAGATATATTGGCCTTCACAGAGGTCCTCTCGAGTGACACGGTCT
TCTCTGTTCCGATGACTGAGACTAATAGTCTACTAGGTGTGGATCAAAAGGATTTGGTGA
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AGATTCAACGCTATT

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G
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DS 

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G
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CGAATGTCACAACGGTTCCAGTTTCTGTATTGAGAGTCACACGTCAGTTAACTAGGTTTT
TTCAGTGGACAAACGATGTTGCAGATAGATTGGCCTTCACAGAGGTCCTCTCGAGTGACA
CGGTCTTCTCTGTTCCGATGACTGAGACTAATAGTCTACTAGGTGTGGATCAAAAGGATT
TGGTGACTCTAGAGAAGTACTTGCAAGATTACTTCAGCAACATACTGAAAAAACTAAAGG
ATCTTAAGGCGCAATCCAAGCAATCAGACATCTACTTCTAAGTTCTGACCTTGTAGTGTC
TTAATAAGATTCAACGCTATTAAAAACTGCATTTGCGTCCATAATGTGTCACTGAGTTTT
ATCGGTTTGTTTCTCATTCAACAATGGGTTATTGTACTTTTTGTAATTAAAGAGAATTAT
TGTAATATAAATGTAGCTTACCATAC

QA 2 687 2 687
DS 



AS 1 6

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C


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3E596JQ U 190
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AF RR3FR89JQ U 6
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AF RR3AO46JQ U 5
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RD RR3E596JQ 295 0 0
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QA 1 295 1 295
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AAGGAGTCC

QA 1 712 1 712
DS 

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AAGCAAAGATGTGGACAACACCAAAGACTTGCTCTCCGCCACGAACAGCTGGACCAAGTG
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QA 1 657 1 657
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TGATA
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GCATATAGAGTGATCCACTGGCTGAGGCCAGAAAGAACTCAAAGCCTCCTTCCCCTTCTT
CCACCCTTTCTGCGGGTACTGTCGGTTGGGATTGGAGTCACATCCTCAATGCGACCAATT
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CAACGCTGAGCGACATCTTGAGCAGCAAGCATAGCAGCATAAGGTGAGGACTCATCTCTG
TCGGCTTTCACCTTCATCCCACCAGTGATACGAACAAGTGTTTCTCTTCCAGACAGATCA
GTGACATGGATGAAAGTGTCGTTGAAAGAAGCAAAGATGTGGACAACACCAAAGACTTGC
TCTCCGCCACGAACAGCTGGACCAAGTGTCACTGTCTCTTCCTTTGGCTCTCTTGTCTTT
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CGCCTTGAGCT
TGCTCCC

QA 6 676 6 676
DS 

RD RR3E596TF 498 0 0
TTCCACCCTTTCTGCGGGTACTGTCGGTTGGGATTGGAGTAACATCCTCAATGCGACCAA
TTTTCATGCCAGAACGGGCAAGGGCTCTGAGAGCAGACTGAGCACCAGGACCAGGGGCCT
TTGTCTTGTTACCACCTGTGGCACGAAGCTTCACATGCATGGCTGTGATTCCAAGTTCCT
TGCAACGCTGAGCGACATCTTGAGCAGCAAGCATAGCAGCATAAGGTGAGGACTCATCTC
TGTCGGCTTTCACCTTCATCCCACCAGTGATACGAACAAGTGTTTCTCTTCCAGACAGAT
CAGTGACATGGATGAAAGTGTCGTTGAAAGAAGCAAAGATGTGGACAACACCAAAGACTT
GCTCTCCGTCACGAACAGCTGGACCAAGTGTCACTGTCTCTTCCTTTGGCTCTCTTGTCT
TTCTCCTCGACACGATTTCGAACAAAAGGACGACGGGGATCTAGGGTTTCTTTGTGTGCT
TCCGCCTTGAGCT
AGCCC

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR3AO46JQ 717 0 0
A
TGAGAAATACTTCAACCAAATCTTTTGAATATTTGATGGTCATGTAACAGGAACATAAAT
GTGTAAAGATTTGAGAAAACAACAACGCATATAGTAACCAAGATCTCTTTTTCAGTCTAC
TGAACAAAACAAAACACAAAGATGAGCCCCTCGCATATAGAGTGATCCACTGGCTGAGGC
CAGAAAGAACTCAAAGCCTCCTTCCCCTTCTTCCACCCTTTCTGCGGGTACTGTCGGTTG
GGATTGGAGTCACATCCTCAATGCGACCAATTTTCATGCCAGAACGGGCAAGGGCTCTGA
GAGCAGACTGAGCACCAGGACCAGGGGTCTTGGTCTTGTTACCACCTGTGGCACGAAGCT
TCACATGCATGGATGTGATTCCGAGTTCCTTGCAACGCTGAGCGACATCTTGAGCAGCAA
GCATAGCAGCATAAGGTGAGGACTCATCTCTGTCGGCTTTCACCTTCATCCCACCAGTGA
TACGAACAAGTGTTTCTCTTCCAGACAGATCAGTGACATGGATGAAAGTGTCGTTGAAAG
AAACAAAGATGTGGACAACACCAAAGACTTGCTCTCCGTCACGAACAGCTGGACCAAGTG
TCACTGTCTCTTCCTTTGGCCCTCTTGTCTTTCTACTCGACATGATTTCGAACAAAAGGA
CGACGGGGATCTAGGGTTTCTTTGTGTGTTTCCGCCTTGAGCTTGCTAAGGAGTCC

QA 2 717 2 717
DS 



AS 1 5

CO CL1139Contig1 972 5 6 U
GGAGAGGACATGGTTAGTCCGCGAAAAGATGGCGTCTCTCTGTTCATCTCTTCCCACATA
CTCCTCTATCCCCATTTTCAGCAAGTCAAACACGCATGGATTCCGGTCGTCCTCTTCCTG
TAGACTCCGGTTACGACCGATATCTGCCTCGCACGTTCTTGCTCCATCGATCGACAGGTC
AGCGATCGTCATATCCGAAACAGTGTCGGAGGACGAGCTCTGGGCAGCAGCTAGCCTCCG
CGTGCGGACCTTCAACGAACTGAACCCTTCTTCTTACAATATCCAAGATCACAGAAGATA
CTTGGCAGAGCGCGAGTTCGAGGCGCTTAAAGAGAGAGTTTCAGGAAAGAGGGAAGGTTT
TACGCGGGTGTCCTGCGTAAATGCTACTCTTCCTTTGTCGCAACTATCAACTTCTTCTGA
GGATTTATGCTCTGCATGTAAGTATTCTGATGGGATAGAAGATAGAGTTGTGGTGGGGAG
CCTTGATCTTAACCAATGCCGTTGGCTTCCTGATGAAATCGCTGGTACAAAACCAGAGGG
GCTTAGTGTGGATTTTGCGAGGGCATACTTGAGCAACGTCTGTGTAGCAAAAGAGCTGCA
TCGTAATGGAGTTGGATACAAACTCATTGAAAAGTCCAAAGGAGTTGCTAGAGAATGGGG
AATAACGGATATGTACGTGCATGTGACGGTGGTCAATGAAGCAGCGAAGAGGTTATACAT
GAAATGTGGGTTCGTGCAAGAGAGTGCTGAGCCGGCGTGGCAAGCTCGATACCTCAACAG
GCCACAACGGCTACTCCTCTGGCTTCCCCTCCCAACTACCTCTTGATTCATGTCCAAATG
TAAATATTTTCATCTTATCAAATGTGTGTATACATGTTCTTGGCAGTCAATTATATAACT
CGAAAGTAGAATCAGACTTTTATTTCAAGGTTGTAATGTTTTCTTTCTTGTCTTAAAATC
GTTTCATTGCGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F335TF U 1
AF RR3FO21TF U 1
AF RR3DE58TF U 352
AF RR3FO21JQ C 271
AF RR3F335JQ C 271
BS 1 636 RR3F335TF
BS 637 707 RR3FO21TF
BS 708 914 RR3DE58TF
BS 915 915 RR3F335JQ
BS 916 942 RR3DE58TF
BS 943 972 RR3F335JQ

RD RR3F335TF 636 0 0
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CTCCTCTATCCCCATTTTCAGCAAGTCAAACACGCATGGATTCCGGTCGTCCTCTTCCTG
TAGACTCCGGTTACGACCGATATCTGCCTCGCACGTTCTTGCTCCATCGATCGACAGGTC
AGCGATCGTCATATCCGAAACAGTGTCGGAGGACGAGCTCTGGGCAGCAGCTAGCCTCCG
CGTGCGGACCTTCAACGAACTGAACCCTTCTTCTTACAATATCCAAGATCACAGAAGATA
CTTGGCAGAGCGCGAGTTCGAGGCGCTTAAAGAGAGAGTTTCAGGAAAGAGGGAAGGTTT
TACGCGGGTGTCCTGCGTAAATGCTACTCTTCCTTTGTCGCAACTATCAACTTCTTCTGA
GGATTTATGCTCTGCATGTAAGTATTCTGATGGGATAGAAGATAGAGTTGTGGTGGGGAG
CCTTGATCTTAACCAATGCCGTTGGCTTCCTGATGAAATCGCTGGTACAAAACCAGAGGG
GCTTAGTGTGGATTTTGCGAGGGCATACTTGAGCAACGTCTGTGTAGCAAAAGAGCTGCA
TCGTAATGGAGTTGGATACAAACTCATTGAAAAGTC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3FO21TF 707 0 0
GGAGAGGACATGGTTAGTCCGCGAAAAGATGGCGTCTCTCTGTTCATCTCTTCCCACATA
CTCCTCTATCCCCATTTTCAGCAAGTCAAACACGCATGTATTCCGGTCGTCCTCTTCCTG
TAGACTCCGGTTACGACCGATATCTGCCTCGCACGTTCTTGCTCCATCGATCGACAGGTC
AGCGATCGTCATATCCGAAACAGTGTCGGAGGACGAGCTCTGGGCAGCAGCTAGCCTCCG
CGTGCGGACCTTCAACGAACTGAACCCTTCTTCTTACAATATCCAAGATCACAGAAGATA
CTTGGCAGAGCGCGAGTTCGAGGCGCTTAAAGAGAGAGTTTCAGGAAAGAGGGAAGGTTT
TACGCGGGTGTCCTGCGTAAATGCTACTCTTCCTTTGTCGCAACTATCAACTTCTTCTGA
GGATTTATGCTCTGCATGTAAGTATTCTGATGGGATAGAAGATAGAGTTGTGGTGGGGAG
CCTTGATCTTAACCAATGCCGTTGGCTTCCTGATGAAATCGCTGGTACAAAACCAGAGGG
GCTTAGTGTGGATTTTGCGAGGGCATACTTGAGCAACGTCTGTGTAGCAAAAGAGCTGCA
TCGTAATGGAGTTGGATACAAACTCATTGAAAAGTCCAAAGGAGTTGCTAGAGAATGGGG
AATAACGGATATGTACGTGCATGTGACGGTGGTCAATGAAGCAGCGA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3DE58TF 591 0 0
GGAAGGTTTTACGCGGGTGTCCTGCGTAAACTCTACTCTTCCTTTGTCGCAACTATCAAC
TTCTTCTGAGGATTTATGCTCTGCATGTAAGTATTCTGATGGGATAGAAGATAGAGTTGT
GGTGGGGAGCCTTGATCTTAACCAATGCCGTTGGCTTCCTGATGAAATCGCTGGTACAAA
ACCAGAGGGGCTTAGTGTGGATTTTGCGAGGGCATACTTGAGCAACGTCTGTGTAGCAAA
AGAGCTGCATCATAATGGAGTTGGATACAAACTCATTGAAAAGTCCGAAGGAGTTGCTGG
AGAATGGGGAATAACGGATATGTACGTGCATGTGACGGTGGTCAATGAAGCAGCGAAGAG
GTTATACATGAAATGTGGGTTCGTGCAAGAGAGTGCTGAGCCGGCGTGGCAAGCTCGATA
CCTCAACAGGCCACAACGGCTACTCCTCTGGCTTCCCCTCCCAACTACCTCTTGATTCAT
GTCCAAATGTAAATATTTTCATCTTATCAAATGTGTGTATACATGTTCTTGGCAGTCAAT
TATATAACTCGAAAGTAGAATCATACTTTTATTTCAAGGTTGTAATGTTTT

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3FO21JQ 684 0 0
TTCTTACAATATCCAAGATCACAGAAGATACTTGGCAGAGCGCGAGTTCGAGGCGCTTAA
AGAGAGAGTTTCAGGAAAGAGGGAAGGTTTTACGCGGGTGTCCTGCGTAAATGCTACTCT
TCCTTTGTCGCAACTATCAACTTCTTCTGAGGATTTATGCTCTGCATGTAAGTATTTTGA
TGGGATAGAAGATAGAGTTGTGGTGGGGAGCCTTGATTTTAACCAATGCCGTTGGCTTCC
TGATGAAATCGCTGGTACAAAACCAGAGGGGCTTAGTGTGGATTTTGCGAGGGCATACTT
GAGCAACGTCTGTGTAGCAAAAGAGCTGCATCGTAATGGAGTTGGATACAAACTCATTGA
AAAGTCCAAAGGAGTTGCTAGAGAATGGGGAATAACGGATATGTACGTGCATGTGACGGT
GGTCAATGAAGCAGCGAAGAGGTTATACATGAAATGTGGGTTCGTGCAAGAGAGTGCTGA
GCCGGCGTGGCAAGCTCGATACCTCAACAGGCCACAACGGCTACTCCTCTGGCTTCCCCT
CCCAACTACCTCTTGATTCATGTCCAAATGTAAATATTTTCATCTTATCAAATGTGTGTA
TACATGTTCTTGGCAGTCAATTATATAACTCGAAAGTAGAATCAGACTTTTATTTCAAGG
TTGTAATGTTTTCTTTCTTGTCTT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3F335JQ 702 0 0
TTCTTACAATATCCAAGATCACAGAAGATACTTGGCAGAGCGCGAGTTCGAGGCGCTTAA
AGAGAGAGTTTCAGGAAAGAGGGAAGGTTTTACGCGGGTGTCCTGCGTAAATGCTACTCT
TCCTTTGTCGCAACTATCAACTTCTTCTGAGGATTTATGCTCTGCATGTAAGTATTCTGA
TGGGATAGAAGATAGAGTTGTGGTGGGGAGCCTTGATCTTAACCAATGCCGTTGGCTTCC
TGATGAAATCGCTGGTACAAAACCAGAGGGGCTTAGTGTGGATTTTGCGAGGGCATACTT
GAGCAACGTCTGTGTAGCAAAAGAGCTGCATCGTAATGGAGTTGGATACAAACTCATTGA
AAAGTCCAAAGGAGTTGCTAGAGAATGGGGAATAACGGATATGTACGTGCATGTGACGGT
GGTCAACGAAGCAGCGAAGAGGTTATACATGAAATGTGGGTTCGTGCAAGAGAGTGCTGA
GCCGGCGTGGCAAGCTCGATACCTCAACAGGCCACAACGGCTACTCCTCTGGCTTCCCCT
CCCAACTACCTCTTGATTCATGTCCAAATGTAAATATTTTCATCTTATCAAATGTGTGTA
TACATGTTCTTGGCAGTCAATTATATAACTCGAAAGTAGAATCAGACTTTTATTTCAAGG
TTGTAATGTTTTCTTTCTTGTCTTAAAATCGTTTCATTGCGC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 3

CO CL1140Contig1 1016 3 46 U
CTCGACAAGGCCTCAGAGGTCAAGGCCCTGTTGAAATCAGGTGAGAGGAACTATCTGCCT
TTCAAAGGCAAGTCTATGTCTATGATCTTCGCAAAGCCCTCCATGAGGACTCGTGTTTCC
TTCGAGACTGGCTTCTTCTTGCTTGGTGGACATGCCTTGTATCTTGGTCCCGATGACATC
CAGATGGGCAAGAGGGAGGAGACTCGCGACGTTGCTCGTGTTCTGTCGGGATATAATGAC
AT***TATGGCCCGTGTCTTTGCTCATCAGGACATTCTTGATTTGGCTAACTACTCTAGT
GTACCAGTTGTCAATGGTCTGACAGATCATAACCATCCTTGTCAGATTATGGCTGATGCC
CTCACAATCATTGAGCACATTGGTCAAGTTGAAGGGACAAAGGTTGTCTATGTTGGAGAT
GGGAACAATATGGTCCATTCATGGTTAGAATTGGCATCAGTTATTCCATTTCATTTTGTC
TGCGTTTGCCCAAAAGGGTTTGAGCCAGACAAAGAGAGAGTTCTAAAGGCAGAACAAGCT
GGATTAAGTAAGATAGAGATCGTACATGATGCTAAAGAAGCTGTGATAGGAGCTGATGTT
GTGTACTCAGACGTATGGGCCAGTATGGGCCAAAAAGATGAAGCTGAATACCGCCGAAAA
GCATTCCAAGGATTCCAGGTGGATGAAGCTCTTATGAAGTTGGCTGGACCAAAAGCCTAT
TTCATGCATTGTTTGCCTGTAGAAAGAGGAGTTGAGGTGACCAATGGAGTCGTGGAAGCT
CCTTATTCCATTGTCTTCCCACAGGCTGAGAATCGTATGCATGCTCAAAATGCTATAATG
CTTCATTTGCTTGGCTTTTAAACCCCTGTTTGTTATCTTTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
ACGTGTTTACTGGTGTGCCATTGACTTTGTGTTGTTGTTAACCTTAGTTTGAGGAACCTT
GATGAATAATTATGTGGATGGTGTAGCTGGGAATAAGAATGAGCTTCTTTTTATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ88TF U 162
AF RR3AX77TF U 1
AF RR3CJ88JQ C 201
BS 1 221 RR3AX77TF
BS 222 222 RR3CJ88TF
BS 223 228 RR3AX77TF
BS 229 229 RR3CJ88TF
BS 230 242 RR3AX77TF
BS 243 245 RR3CJ88TF
BS 246 296 RR3AX77TF
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BS 298 302 RR3AX77TF
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BS 306 306 RR3CJ88TF
BS 307 389 RR3AX77TF
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BS 408 408 RR3CJ88TF
BS 409 434 RR3AX77TF
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BS 436 437 RR3AX77TF
BS 438 438 RR3CJ88TF
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BS 475 476 RR3AX77TF
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BS 544 563 RR3AX77TF
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BS 740 740 RR3CJ88TF
BS 741 811 RR3AX77TF
BS 812 812 RR3CJ88JQ
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BS 831 858 RR3AX77TF
BS 859 1016 RR3CJ88JQ

RD RR3CJ88TF 636 0 0
GCTT
GGTCCCGATGACATCCAGATGGGCAAGAGGGAGGAGACTCGCGACGTTGCTCGTGTTCTG
TCGGGATATAATGACAT***TATGGCCCGTGTCTTTGCTCATCAGGACATTCTTGATTTG
GCTAACTACTCTAGTGTACCAGTTGTCAATGGTCTGACAGATCATAACCATCCTTGTCAG
ATTATGGCTGATGCCCTCACAATCATTGAGCACATTGGTCAAGTTGAAGGGACAAAGGTT
GTCTATGTTGGAGATGGGAACAATATGGTCCATTCATGGTTAGAATTGGCATCAGTTATT
CCATTTCATTTTGTCTGCGTTTGCCCAAAAGGGTTTGAGCCAGACAAAGAGAGAGTTCTA
AAGGCAGAACAAGCTGGATTAAGTAAGATAGAGATCGTACATGATGCTAAAGAAGCTGTG
ATAGGAGCTGATGTTGTGTACTCAGACGTATGGGCCAGTATGGGCCAAAAAGATGAAGCT
GAATACCGCCGAAAAGCATTCCAAGGATTCCAGGTGGATGAAGCTCTTATGAAGTTGGCT
GGACCAAAAGCCTATTTCATGCATTGTTTGCCTGTAGAAAGAGGAGTTGAGGTGACCAAT
GGAGTCGTGGAAGCTCCTTATTCCATTGTCTT

QA 5 636 5 636
DS 

RD RR3AX77TF 859 0 0
CTCGACAAGGCCTCAGAGGTCAAGGCCCTGTTGAAATCAGGTGAGAGGAACTATCTGCCT
TTCAAAGGCAAGTCTATGTCTATGATCTTCGCAAAGCCCTCCATGAGGACTCGTGTTTCC
TTCGAGACTGGCTTCTTCTTGCTTGGTGGACATGCCTTGTATCTTGGTCCCGATGACATC
CAGATGGGCAAGAGGGAGGAGACTCGCGACGTTGCTCGTGTCCTGTCGAGATATAATGAC
ATCATTATGGCCCGTGTCTTTGCTCATCAGGACATTCTTGATTTGGCTAACTACTCGAGT
GTGCCTGTTGTCAATGGTCTGACAGATCATAACCATCCTTGTCAGATTATGGCTGATGCC
CTCACAATCATTGAGCACATTGGTCAAGTCGAAGGGACAAAGGTTGTTTATGTTGGAGAT
GGGAACAATATGGTTCACTCATGGTTAGAATTGGCATCAGTTATTCCTTTCCACTTCGTC
TGCGCTTGCCCAAAAGGGTTTGAGCCAGACAAAGAGAGAGTTCTAAAGGCAGAACAAGCT
GGTTTAAGTAAGATAGAGATCGTGCATGATGCTAAAGAAGCTGTGATAGGAGCTGATGTT
GTGTACTCAGACGTATGGGCCAGTATGGGCCAAAAGGATGAAGCTGAATACCACCGAAAA
GCATTCCAAGGATTCCAGGTGGATGAAGCTCTTATGAAGTTGGCTGGACCAAAAGCCTAT
TTCATGCATTGTTTGCCTGCAGAAAGAGGAGTTGAGGTGACCAATGGAGTCGTGGAAGCT
CCTTATTCCATTGTCTTCCCACAGGCTGAGA*TCGTATGCATGCTCAAA*TGCTATAATG
CTTCATTTGCTTGGCTTT
A

QA 1 858 1 858
DS 

RD RR3CJ88JQ 816 0 0
GACTCGCGACGTTGCTCGTGTTCTGTCGGGATATAATGACAT***TATGGCCCGTGTCTT
TGCTCATCAGGACATTCTTGATTTGGCTAACTACTCTAGTGTACCAGTTGTCAATGGTCT
GACAGATCATAACCATCCTTGTCAGATTATGGCTGATGCCCTCACAATCATTGAGCACAT
TGGTCAAGTTGAAGGGACAAAGGTTGTCTATGTTGGAGATGGGAACAATATGGTCCATTC
ATGGTTAGAATTGGCATCAGTTATTCCATTTCATTTTGTCTGCGTTTGCCCAAAAGGGTT
TGAGCCAGACAAAGAGAGAGTTCTAAAGGCAGAACAAGCTGGATTAAGTAAGATAGAGAT
CGTACATGATGCTAAAGAAGCTGTGATAGGAGCTGATGTTGTGTACTCAGACGTATGGGC
CAGTATGGGCCAAAAAGATGAAGCTGAATACCGCCGAAAAGCATTCCAAGGATTCCAGGT
GGATGAAGCTCTTATGAAGTTGGCTGGACCAAAAGCCTATTTCATGCATTGTTTGCCTGT
AGAAAGAGGAGTTGAGGTGACCAATGGAGTCGTGGAAGCTCCTTATTCCATTGTCTTCCC
ACAGGCTGAGAATCGTATGCATGCTCAAAATGCTATAATGCTTCATTTGCTTGGCTTTTA
AACCCCTGTTTGTTATCTTTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACGTGTTTACTGGTGTGCCA
TTGACTTTGTGTTGTTGTTAACCTTAGTTTGAGGAACCTTGATGAATAATTATGTGGATG
GTGTAGCTGGGAATAAGAATGAGCTTCTTTTTATAT

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 6

CO CL1141Contig1 780 6 7 U
GGCCCTTATCCTTTCAGTTGATTGCAGAGAGAGAATTCACAGAGCAGCTGTAATGGCGAT
TACAATGGCAACGGCCACACCTACTGACTCCCTGAGTAGAGTTTGGAGCATGTCTTCTCT
CAGATCATCTCTTCCCTCAGCCGTAACTTGCCGTCTACCTTCCTCGTCCCCTCGCCGTCC
GGTCACTCTCCGCCTCCCCATCTCAACTCCTACATCGCTCCCATCTTTCTCCGGTCTCTC
TCCGGTCAATCCTCTCATCTCAACCGGACTCCCAGGTTGGAAAAGCTTCGAGGACGGGTT
CAAGATCATGGACGGTGGTGGTCGCGTGTACGCCATGAGACACGGGAGGAGAGTCCCGAA
GCTGAACAGGCCACCTGACCAGCGGAAGGCTCTGCTCCGCGGGCTCACGACGCAGCTGCT
GAAGCACGGGAGGATCAAGACGACTCGAGCTAGAGCAAGTGCGATGAGGAAGTTTGTGGA
TAAGATGATTACGCTCGCTAAAGATGGGTCTCTGCACAAGCGAAGGCAAGCTCTGGGGTA
CATCTACGAGAAGCAGATCGTTCACGCGCTGTTCGCTGAGGTTCCGGATAGGTACGGGGA
GAGGAATGGTGGGTACACGAGGATCATTAGAACTCTTCCTAGGCGTGGTGATAATGCTCC
TATGGCGTATATTGAGCTTGTTTAAGTGGTTGTTGCCCC*TTTTTATTGCGTAATTGCTT
GACGTTTGGTTTGTGTAATTGACGGACTTTGGTTAAATCAATGTTTGAGATGGTTCCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3BS64TF U 1
AF RR3BS64JQ C 9
AF RR3EV13JQ C 260
AF RR3CX32TF U 142
AF RR3FP15TF U 29
AF RR3EV13TF U 39
BS 1 585 RR3BS64TF
BS 586 586 RR3CX32TF
BS 587 613 RR3BS64TF
BS 614 667 RR3CX32TF
BS 668 668 RR3FP15TF
BS 669 776 RR3CX32TF
BS 777 780 RR3BS64JQ

RD RR3BS64TF 613 0 0
GGCCCTTATCCTTTCAGTTGATTGCAGAGAGAGAATTCACAGAGCAGCTGTAATGGCGAT
TACAATGGCAACGGCCACACCTACTGACTCCCTGAGTAGAGTTTGGAGCATGTCTTCTCT
CAGATCATCTCTTCCCTCAGCCGTAACTTGCCGTCTACCTTCCTCGTCCCCTCGCCGTCC
GGTCACTCTCCGCCTCCCCATCTCAACTCCTACATCGCTCCCATCTTTCTCCGGTCTCTC
TCCGGTCAATCCTCTCATCTCAACCGGACTCCCAGGTTGGAAAAGCTTCGAGGACGGGTT
CAAGATCATGGACGGTGGTGGTCGCGTGTACGCCATGAGACACGGGAGGAGAGTCCCGAA
GCTGAACAGGCCACCTGACCAGCGGAAGGCTCTGCTCCGCGGGCTCACGACGCAGCTGCT
GAAGCACGGGAGGATCAAGACGACTCGAGCTAGAGCAAGTGCGATGAGGAAGTTTGTGGA
TAAGATGATTACGCTCGCTAAAGATGGGTCTCTGCACAAGCGAAGGCAAGCTCTGGGGTA
CATCTACGAGAAGCAGATCGTTCACGCGCTGTTCGCTGAGGTTCCCGATAGGTACGGGGA
GAGGAATGGTGGG

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3BS64JQ 772 0 0
AT
CTTTCAGTTGAT*GCAGAGAGAGAATTCACAGAGCAGCTGTAATGGCGATTACAATGGCA
ACGGCCACACCTACTGACTCCCTGAGTAGAGTTTGGAGCATGTCTTCTCTCAGATCATCT
CTTCCCTCAGCCGTAACTTGCCGTCTACCTTCCTCGTCCCCTCGCCGTCCGGTCACTTTC
CGCCTCCCCATCTCAACTCCTACATCGCTCCCATCTTTCTCCGGTCTCTCTCCGGTCAAT
CCTCTCATCTCAACCGGACTCCCAGGTTGGAAAAGCTTCGAGGACGGGTTCAAGATCATG
GACGGTGGTGGTCGCGTGTACGCCATGAGACACGGGAGGAGAGTCCCGAAGCTGAACAGG
CCACCTGACCAGCGGAAGGCTCTGCTCCGCGGGCTCACGACGCAGCTGCTGAAGCACGGG
AGGATCAAGACGACTCGAGCTAGAGCAAGTGCGATGAGGAAGTTTGTGGATAAGATGATT
ACGCTCGCTAAAGATGGGTCTCTGCACAAGCGAAGGCAAGCTCTGGGGTACATCTACGAG
AAGCAGATCGTTCACGCGCTGTTCGCTGAGGTTCCGGATAGGTACGGGGAGAGGAATGGT
GGGTACACGAGGATCATTAGAACTCTTCCTAGGCGTGGTGATAATGCTCCTATGGCGTAT
ATTGAGCTTGTTTAAGTGGTTGTTGCCCC*TTTTTATTGCGTAATTGCTTGACGTTTGGT
TTGTGTAATTGACGGACTTTGGTTAAATCAATGTTTGAGATGGTTCCTCG

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR3EV13JQ 517 0 0
TCAACCGGACTCCCAGGTTGGAAAAGCTTCGAGGACGGGTTCAAGATCATGGACGGTGGT
GGTCGCGTGTACGCCATGAGACACGGGAGGAGAGTCCCGAAGCTGAACAGGCCACCTGAC
CAGCGGAAGGCTTTGCTCCGCGGGCTCACGACGCAGCTGCTGAAGCACGGGAGGATCAAG
ACGACTCGAGCTAGAGCAAGTGCGATGAGGAAGTTTGTGGATAAGATGATTACGCTCGCT
AAAGATGGGTCTCTGCACAAGCGAAGGCAAGCTTTGGGGTACATCTACGAGAAGCAGATC
GTTCACGCGCTGTTCGCTGAGGTTCCGGATAGGTACGGGGAGAGGAATGGTGGGTACACG
AGGATCATTAGAACTCTTCCTAGGCGTGGTGATAATGCTCCTATGGCGTATATTGAGCTT
GTTTAAGTGGTTGTTGCCCCCTTTTTATTGCGTAATTGCTTGACGTTTGGTTTGTGTAAT
TGACTGACTTTGGTTAAATCAATGTTTGAGATGGTTC

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR3CX32TF 636 0 0
G
GTAACTTGCCGTCTACCTTCCTCGTCCCCTCGCCGTCCGGTCACTCTCCGCCTCCCCATC
TCAACTCCTACATCGCTCCCATCTTTCTCCGGTCTCTCTCCGGTCAATCCTCTCATCTCA
ACCGGACTCCCAGGTTGGAAAAGCTTCGAGGACGGGTTCAAGATCATGGACGGTGGTGGT
CGCGTGTACGCCATGAGACACGGGAGGAGAGTCCCGAAGCTGAACAGGCCACCTGACCAG
CGGAAGGCTCTGCTCCGCGGGCTCACGACGCAGCTGCTGAAGCACGGGAGGATCAAGACG
ACTCGAGCTAGAGCAAGTGCGATGAGGAAGTTTGTGGATAAGATGATTACGCTCGCTAAA
GATGGGTCTCTGCACAAGCGAAGGCAAGCTCTGGGGTACATCTACGAGAAGCAGATCGTT
CACGCGCTGTTCGCTGAGGTTCCGGATAGGTACGGGGAGAGGAATGGTGGGTACACGAGG
ATCATTAGAACTCTTCCTAGGCGTGGTGATAATGCTCCTATGGCGCATATTGAGCTTGTT
TAAGTGGTTGTTGCCCC*TTTTTATTGCGTAATTGCTTGACGTTTGGTTTGTGTAATTGA
CGGACTTTGGTTAAATCAATGTTTGAGATGGTTC
C

QA 2 635 2 635
DS 

RD RR3FP15TF 705 0 0
GAGAGAATTCACAGAGCAGCTGTAATGGCGATTACAATGGCAACGGCCACACCTACTGAC
TCCCTGAGTAGAGTTTGGAGCATGTCTTCTCTCAGATCATCTCTTCCCTCAGCCGTAACT
TGCCGTCTACCTTCCTCGTCCCCTCGCCGTCCGGTCACTCTCCGCCTCCCCATCTCAACT
CCTACATCGCTCCCATCTTTCTCCGGTCTCTCTCCGGTCAATCCTCTCATCTCAACCGGA
CTCCCAGGTTGGAAAAGCTTCGAGGACGGGTTCAAGATCATGGACGGTGGTGGTCGCGTG
TACGCCATGAGACACGGGAGGAGAGTCCCGAAGCTGAACAGGCCACCTGACCAGCGGAAG
GCTCTGCTCCGCGGGCTCACGACGCAGCTGCTGAAGCACGGGAGGATCAAGACGACTCGA
GCTAGAGCAAGTGCGATGAGGAAGTTTGTGGATAAGATGATTACGCTCGCTAAAGATGGG
TCTCTGCACAAGCGAAGGCAAGCTCTGGGGTACATCTACGAGAAGCAGATCGTTCACGCG
CTGTTCGCTGAGGTTCCGGATAGGTACGGGGAGAGGAATGGTGGGTACACGAGGATCATT
AGAACTCTTCCTAGGCGTGGTGATAATGCTCCTATGGCGTATATTGAGCTTGTTTAAGTG
GTTGTTGCCCC*TTTTTATTGCGTAATTGCTTGACGTTTGGTTTG

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3EV13TF 738 0 0
GG
AGAGCAGCTGTAATGGCGATTACAATGGCAACGGCCACACCTACTGACTCCCTGAGTAGA
GTTTGGAGCATGTCTTCTCTCAGATCATCTCTTCCCTCAGCCGTAACTTGCCGTCTACCT
TCCTCGTCCCCTCGCCGTCCGGTCGCTCTCCGCCTCCCCATCTCAACTCCTACATCGCTC
CCATCTTTCTCCGGTCTCTCTCCGGTCAATCCTCTCATCTCAACCGGACTCCCAGGTTGG
AAAAGCTTCGAGGACGGGTTCAAGATCATGGACGGTGGTGGTCGCGTGTACGCCATGAGA
CACGGGAGGAGAGTCCCGAAGCTGAACAGGCCACCTGACCAGCGGAAGGCTCTGCTCCGC
GGGCTCACGACGCAGCTGCTGAAGCACGGGAGGATCAAGACGACTCGAGCTAGAGCAAGT
GCGATGAGGAAGTTTGTGGATAAGATGATTACGCTCGCTAAAGATGGGTCTCTGCACAAG
CGAAGGCAAGCTCTGGGGTACATCTACGAGAAGCAGATCGTTCACGCGCTGTTCGCTGAG
GTTCCGGATAGGTACGGGGAGAGGAATGGTGGGTACACGAGGATCATTAGAACTCTTCCT
AGGCGTGGTGATAATGCTCCTATGGCGTATATTGAGCTTGTTTAAGTGGTTGTTGCCCCC
TTTTTATTGCGTAATTGCTTGACGTTTGGTTTGTGTAATTGACTGACTTTGGTTAAATCA
ATGTTTGAGATGGTTC

QA 3 738 3 738
DS 



AS 1 6

CO CL1142Contig1 1071 6 28 U
GGACTCTCTGCCCAACATTCTCTCCCCCAATCTCGCTGTTACGCACT**GTGCATCCAAC
*AACAACAACAACCACCAAAGCTTTTGATCTCATCTGATCTGATAAGATGGCGAGCATCA
GCAACGAGCCGGAGCGTGAGCACAGAGACGAAGAAGAGTCCGGAGCCAACGAGGACGAAG
ACACCGGTGCTCAGGTCGCTCCCATCATCAAACTCGAAGAAGTCGCCGTCACTACCGGTG
AAGAAAACGAAGATACCATCCTCGATCTGAAATCGAAGCTGTATAGGTTCGATAAAGATG
GGAGTCAGTGGAAGGAGAGAGGAGCTGGGACTGTCAAGTTCCTGAAGCATAAGGAGACTG
GGAAGATTCGTCTCGTTATGAGGCAATCCAAAACTCTCAAGATCTGTGCTAATCATCTCG
TTACATCGGGGATGAGTGTTCAGGAACACGCTGGGAATGACAAGTCTTGTGTATGGCACG
CTCGTGATTTCTCCGATGGGGAGTTGAAGGATGAGCTTTTCTGTATCCGCTTTGCCAATG
CCGAGAACTGCAAAGCATTCATGCAAAAGTTCAAGGAAGTTGCTGAATCTGAAGAAGAGA
AAGAGGAGAGTAAAGACGCTTCTGACGCTGCTGGTCTTCTTGAGAAGTTAACAGTGGAAG
AGAAGCACACGGAGGAGGAGG***AGAAGAAGGAAGAGAAACCAGTGGAGAAGGCAGAGA
AAGCTGTTGAAGAAAAGAAAACCGAGGAGACCGTGCCCTCAGCGTAAGATGCATATGCCT
TGTACAACAAACACACAAGGCTACTTAATTTACAGCCTCATATGTTTTAAATCCATCAGA
GACTTGGCTTTCTTTTCTTTTTTTCTTGAAATTGATACATGTTTTGTCAGTGTCATCATG
TTTACTTGCTGAGTCTATATGAGATTCTGGGGTTGTTTTTGGGATTCGTTTTGTGGAAAG
AATATATCCCTTTGTTTTGATTTTACAAAATGTATGCATTGGTGTGTTTTTTTTTTCATT
GAACAAGTCGTGTTACATTACACTATCGTATTGCTGTTCTACAAAAACCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 0 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX54TF U 33
AF RR3EE36TF U 1
AF RR3B313TF U 1
AF RR3DX54JQ C 781
AF RR3EE36JQ C 284
AF RR3B313JQ C 171
BS 1 47 RR3B313TF
BS 48 49 RR3EE36TF
BS 50 52 RR3B313TF
BS 53 53 RR3EE36TF
BS 54 58 RR3B313TF
BS 59 59 RR3EE36TF
BS 60 60 RR3B313TF
BS 61 61 RR3EE36TF
BS 62 75 RR3B313TF
BS 76 76 RR3EE36TF
BS 77 89 RR3B313TF
BS 90 94 RR3EE36TF
BS 95 343 RR3B313TF
BS 344 344 RR3EE36TF
BS 345 691 RR3B313TF
BS 692 692 RR3B313JQ
BS 693 712 RR3B313TF
BS 713 713 RR3B313JQ
BS 714 795 RR3B313TF
BS 796 857 RR3B313JQ
BS 858 858 RR3DX54JQ
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BS 861 861 RR3DX54JQ
BS 862 870 RR3B313JQ
BS 871 871 RR3DX54JQ
BS 872 964 RR3B313JQ
BS 965 966 RR3DX54JQ
BS 967 1071 RR3B313JQ

RD RR3DX54TF 243 0 0
GG
GCTGTTACGCACT**GTGCATCCAAC*AACAACAACAACCACCAAAGCTTTTGATCTGAT
CTGATCTGATAAGATGGCGAGCATCAGCAACGAGCCGGAGCGTGAGCACAGAGACGAAGA
AGAGTTCGGAGCCAACGAGGACGAAGACACCGGCGCTCAGGTCGCTCCCATCATCAAACT
CGAAGAAGTCGCCGTCACCACCGGTGAAGAAAACGAAGATACCATCCTCGATCTGAAATC
G

QA 3 243 3 243
DS 

RD RR3EE36TF 637 0 0
GGCTCTCTCCCCAG
ACATTCTCTCCTCCAATCTCGCTGTTACGCACT**GTGCATCCAAC*AACAACAACAACC
ACCAAAGCTTTTGATCTCATCTGATCTGATAAGATGGCGAGCATCAGCAACGAGCCGGAG
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GTCGCTCCCATCATCAAACTCGAAGAAGTCGCCGTCACCACCGGTGAAGAAAACGAAGAT
ACCATCCTCGATCTGAAATCGAAGTTGTATAGGTTCGATAAAGATGGGAGTCAGTGGAAG
GAGAGAGGAGCTGGGACTGTTAAGTTCCTGAAGCATAAGGAGACTGGGAAGATTCGTCTC
GTTATGAGGCAATCCAAAACTCTCAAGATCTGTGCTAATCATCTCGTTACATCGGGGATG
AGTGTTCAGGAACACGCTGGGAATGACAAGTCTTGTGTATGGCACGCTCGTGATTTCTCC
GATGGGGAGTTGAGGGATGAGCTTTTCTGTATCCGCTTTGCCAATGTTGAGAACTGCAAA
GCGTTCATGCAAAAGTTCAAGGAAGTTGCTGAATCTGAAGAAGAGAAAGAGGAGAGTAAA
GACGCTTCTGA*GCTGCTGGTCT

QA 15 637 15 637
DS 

RD RR3B313TF 795 0 0
GGACTCTCTGCCCAACATTCTCTCCCCCAATCTCGCTGTTACGCACTCTGTGTATCCATC
CAACAACAACAACCAGCAAAGCTTTTGAT*****CTGATCTGATAAGATGGCGAGCATCA
GCAACGAGCCGGAGCGTGAGCACAGAGACGAAGAAGAGTCCGGAGCCAACGAGGACGAAG
ACACCGGTGCTCAGGTCGCTCCCATCATCAAACTCGAAGAAGTCGCCGTCACTACCGGTG
AAGAAAACGAAGATACCATCCTCGATCTGAAATCGAAGCTGTATAGGTTCGATAAAGATG
GGAGTCAGTGGAAGGAGAGAGGAGCTGGGACTGTCAAGTTCCTTAAGCATAAGGAGACTG
GGAAGATTCGTCTCGTTATGAGGCAATCCAAAACTCTCAAGATCTGTGCTAATCATCTCG
TTACATCGGGGATGAGTGTTCAGGAACACGCTGGGAATGACAAGTCTTGTGTATGGCACG
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CCGAGAACTGCAAAGCATTCATGCAAAAGTTCAAGGAAGTTGCTGAATCTGAAGAAGAGA
AAGAGGAGAGTAAAGACGCTTCTGACGCTGCTGGTCTTCTTGAGAAGTTAACAGTGGAAG
AGAAGCACACGGAGGAGGAGG***AGAAGAAAGAAGAGAAACCAGTGGAGAAAGCAGAGA
AAGCTGTTGAAGAAAAGAAAACCGAGGAGACCGTGCCCTCAGCGTAAGATGCATATGCCT
TGTACAACAAACACA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3DX54JQ 206 0 0
TGTACAACAAACACACAAGGCTACTTAATTTACAGCCTCATATGTTTTAAATCCATCAGA
TACTTGGCTTTCTTTTCTTTTTTTCTTGAAATTGATACATGTTTTGTCAGTGTCATCATG
TTTACTTGCTGAGTCTATATGAGGTTCTGGGGTTGTTTTTGGGATTCGTTTTGTGGAAAG
AATATATCCCTTTGTTTTG
ATTTTCC

QA 1 199 1 199
DS 

RD RR3EE36JQ 696 0 0
TAGGTTCGATAAAGATGGGAGTCAGTGGAAGGAGAGAGGAGCTGGGACTGTTAAGTTCCT
GAAGCATAAGGAGACTGGGAAGATTCGTCTCGTTATGAGGCAATCCAAAACTCTCAAGAT
CTGTGCTAATCATCTCGTTACATCGGGGATGAGTGTTCAGGAACACGCTGGGAATGACAA
GTCTTGTGTATGGCACGCTCGTGATTTCTCCGATGGGGAGTTGAGGGATGAGCTTTTCTG
TATCCGCTTTGCCAATGTTGAGAACTGCAAAGCGTTCATGCAAAAGTTCAAGGAAGTTGC
TGAATCTGAAGAAGAGAAAGAGGAGAGTAAAGACGCTTCTGAGGCTGCTGGTCTTCTTGA
GAAGTTAACAGTGGAAGAGAAGAACACGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAAGGAAGAGAAACC
AGTGGAGAAGGTAGAGAAAGCTGTTGAAGAAAAGAAAACCGAGGAGACTGTCCCCTCAGC
GTAAGATGCATATGCCTTGTACAACAAACACACAAGGCTACTTAATTTACAGCCTCATAT
GTTTTAAATCCATCAGAGACTTGGCTTTCTTTTCTTTTTTTCTTGAAATTGATACATGTT
TTGTCAGTGTCATCATGTTTACTTGCTGAGTCTATATGAGATTCTGGGGTTGTTTTTGGG
ATTCGTTTTGTGGAAAGAATAT
ATCCCTTTGTTTTG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3B313JQ 901 0 0
GAGGACGAAGACACCGGTGCTCAGGTCGCTCCCATCATCAAACTCGAAGAAGTCGCCGTC
ACTACCGGTGAAGAAAACGAAGATACCATCCTCGATCTGAAATCGAAGCTGTATAGGTTC
GATAAAGATGGGAGTCAGTGGAAGGAGAGAGGAGCTGGGACTGTCAAGTTCCTTAAGCAT
AAGGAGACTGGGAAGATTCGTCTCGTTATGAGGCAATCCAAAACTCTCAAGATCTGTGCT
AATCATCTCGTTACATCGGGGATGAGTGTTCAGGAACACGCTGGGAATGACAAGTCTTGT
GTATGGCACGCTCGTGATTTCTCCGATGGGGAGTTGAAGGATGAGCTTTTCTGTATCCGC
TTTGCCAATGCCGAGAACTGCAAAGCATTCATGCAAAAGTTCAAGGAAGTTGCTGAATCT
GAAGAAGAGAAAGAGGAGAGTAAAGACGCTTCTGACGCTGCTGGTCTTCTTGAGAAGTTA
ACAGTGGAAGAGAAGCACACGGAGGAGGAGG***AGAAGAAGGAAGAGAAACCAGTGGAG
AAGGCAGAGAAAGCTGTTGAAGAAAAGAAAACCGAGGAGACCGTGCCCTCAGCGTAAGAT
GCATATGCCTTGTACAACAAACACACAAGGCTACTTAATTTACAGCCTCATATGTTTTAA
ATCCATCAGAGACTTGGCTTTCTTTTCCTTCTTTCTTGAAGTTGATACATGTTTTGTCAG
TGTCATCATGTTTACTTGCTGAGTCTATATGAGATTCTGGGGTTGTTTTTGGGATTCGTT
TTGTGGAAAGAATA**TCCCTTTGTTTTGATTTTACAAAATGTATGCATTGGTGTGTTTT
TTTTTTCATTGAACAAGTCGTGTTACATTACACTATCGTATTGCTGTTCTACAAAAACCT
C

QA 1 901 1 901
DS 



AS 2 6

CO CL1143Contig1 981 4 6 U
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ATGCAATCATTCTATTACGAAGGCAAGGCTGTTATGTCTAACGAAGAGTTTGATAACCTA
AAAGAAGAGTTGATGTGGGAAGGAAGCAGTGTTGTCATGCTAAGTTCCGATGAACAAAGA
TTCCTTGAAGCTTCAATGGCTTATGTGTCTGGCAATCCAATCATGACTGATGAAGAATAC
GACAAGCTGAAAATGAAACTAAAGATGGATGGAAGTGAGATTGTGTGTGAGGGTCCAAGA
TGCAGTCTTCGTAGTAAAAAGGTTTACAGTGATCTTGCAGTAGATTATTTCAAAATATTC
TTGTTGAATGTACCAGCAACCGTTGTTGCTCTCGGACTGTTTTTCTCCCTTGATGACCTT
ACTGGTTTTGAAATCACTTACTTGCTCGAGCTTCCGGAACCATTCAGTTTCATTTTCACA
TGGTTTGCTGCGGTGCCTGCAATTGTGTATCTGGCGCTATCACTCACCAAGCTGATCATC
AGAGACTCCTTGATCTTGAAGGGCCCTTGTCCAAACTGTGGAACAGAGAATACATCCTTC
TTTGGAACAATACTGTCCATCTCCAATGATGGTTCCACCAACAATGTTAAATGCTCCGGA
TGTGGAACGGCGATGGTCTATGACTCAAGTACTCGTTTGATCACATTACCAGAAGGAGGC
AATGCTTAAACCATATGGGCCAAGGTTTCATTCTCAGGGAGATGTATGTGACATTGATAC
TAAATAGATGAAGAAGGTGGAAAAGTTAAGCAAAAGGGTTATTTTGTGTGCTTCTATAAT
CTTCAGATGTTTCCTTGTAGCTCTCATTGACTTGTATTGTGTGTTGTAAGTAAATGTGAG
GTGAAATCAGAGAAAGAACACTATGTGATTACTTCTTTGGGGAATTTTGCTCTCACTAGA
AAAATAAAATGAAAAAATGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3EC07TF U 1
AF RR3EC07JQ C 326
AF RR3AE68JQ C 405
AF RR3AE68TF U 405
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GACAAGCTGAAAATGAAACTAAAGATGGATGGAAGTGAGATTGTGTGTGAGGGTCCAAGA
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TGGTTTGCTGCGGTGCCTGCAATTGTGTATCTGGCGCTATCACTCACCAAGCTGATCATC
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TTTGGAACAATACTGTCCATCTCCAATGATGGTTCCACCAACAATGTTAAATGCTCCGGA
TGTGGAACGGCGATGGTCTATGACTCAAGTACTCGTTTGATCACATTACCAGAAGGAG*C
AATGCTTAAAC
ATATGGG

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DS 

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TTGCTCTCGGACTGTTTTTCTCCCTTGATGACCTTACTGGTTTTGAAATCACTTACTTGC
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TGTATCTGGCGCTATCACTCACCAAGCTGATCATCAGAGACTCCTTGATCTTGAAGGGCC
CTTGTCCAAACTGTGGAACAGAGAATACATCCTTCTTTGGAACAATACTGTCCATCTCCA
ATGATGGTTCCACCAACAATGTTAAATGCTCCGGATGTGGAACGGCGATGGTCTATGACT
CAAGTACTCGTTTGATCACATTACCAGAAGGAGGCAATGCTTAAACCATATGGGCCAAGG
TTTCATTCTCAGGGAGATGTATGTGACATTGATACTAAATAGATGAAGAAGGTGGAAAAG
TTAAGCAAAAGGGTTATTTTGTGTGCTTCTATAATCTTCAGATGTTTCCTTGTAGCTCTC
ATTGACTTGTATTGTGTGTTGTAAGTAAATGTGAGGTGAAATCAGAGAAAGAACACCATG
TGATTACT
CC

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DS 

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CTT
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CAAGCTGATCATCAGAGACTCCTTGATCTTGAAGGGCCCTTGTCCAAACTGTGGAACAGA
GAATACATCCTTCTTTGGAACAATACTGTCCATCTCCAATGATGGTTCCACCAACAATGT
TAAATGCTCCGGATGTGGAACGGCGATGGTCTATGACTCAAGTACTCGTTTGATCACATT
ACCAGAAGGAGGCAATGCTTAAACCATATGGGCCAAGGTTTCATTCTCAGGGAGATGTAT
GTGACATTGATACTAAATAGATGAAGAAGGTGGAAAAGTTAAGCAAAAGGGTTATTTTGT
GTGCTTCTATAATCTTCAGATGTTTCCTTGTAGCTCTCATTGACTTGTATTGTGTGTTGT
AAGTAAATGTGAGGTGAAATCAGAGAAAGAACACTATGTGATTACTTCTTTGGGGAATTT
TGCTCTCACTAGAAAAATAAAATGAAAAAATGGC

QA 4 577 4 577
DS 



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CAATGTTAAATGCTCCGGATGTGGAACGGCGATGGTCTATGACTCAAGTACTCGTTTGAT
CACATTACCAGAAGGAGGCAATGCTTAAACTCTATGGGGCCTAGGTTTCATTTCTCAGGG
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GG


BQ
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20 20 

AF RR3EF32JQ C 1
AF RR3EF32TF U 1
BS 1 1 RR3EF32JQ
BS 2 362 RR3EF32TF

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CAATGTTAAATGCTCCGGATGTGGAACGGCGATGGTCTATGACTCAAGTACTCGTTTGAT
CACATTACCAGAAGGAGGCAATGCTTAAACTCTATGGGGCCTAGGTTTCATTTCTCAGGG
AGATGCATGTAAAATTGATACTAATAGATGAAGGAGGTGAAAAAATTAAGCAAAAGGGTT
GTTTTGTGTGCTTCTATAATCTCCAGATGTTTCCGTGTAGCTCTCGTTGACTTGTATTGT
GTGTTGTAAGTAGATGTGAGGTGAAACCAGAGAAAGAACACCATGTGATTACTTCTTTGG
GG

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DS 

RD RR3EF32TF 362 0 0
G
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AATGTTAAATGCTCCGGATGTGGAACGGCGATGGTCTATGACTCAAGTACTCGTTTGATC
ACATTACCAGAAGGAGGCAATGCTTAAACTCTATGGGGCCTAGGTTTCATTTCTCAGGGA
GATGCATGTAAAATTGATACTAATAGATGAAGGAGGTGAAAAAATTAAGCAAAAGGGTTG
TTTTGTGTGCTTCTATAATCTCCAGATGTTTCCGTGTAGCTCTCGTTGACTTGTATTGTG
TGTTGTAAGTAGATGTGAGGTGAAACCAGAGAAAGAACACCATGTGATTACTTCTTTGGG
G

QA 2 362 2 362
DS 



AS 1 6

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CGGATTTGATGACCATCACGAGGTTCGTGCTGAATGAGCAATCAAAGTACCCAGAGTCTC
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TGATGGAGCAAGCCGGAGGTCAGGCCTTCACTGGCAAGAAAAGGGCGCTAGACCTTGTGC
CCGAGAAGATCCATGAGCGTTCTCCAATATTT*CTTGGTAGCTACGAAGATGTAGAGGAG
ATTAA*GGCTCTGTATGCTGCAGAGGACTAAGATTCTCATTCTTCTTATTTTATTACTTG
TCTCTCTCTCTTATTTCTATATCTTCTTCTATTGAGACAAACAAACGACTCATTTATACA
A*GGGAGACTTTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3BL95TF U 12
AF RR3C932TF U 9
AF RR3AE45TF U 1
AF RR3AE45JQ C 255
AF RR3BL95JQ C 412
AF RR3B881TF U 959
BS 1 802 RR3AE45TF
BS 803 959 RR3AE45JQ
BS 960 992 RR3B881TF
BS 993 993 RR3AE45JQ
BS 994 1025 RR3B881TF
BS 1026 1026 RR3AE45JQ
BS 1027 1110 RR3B881TF
BS 1111 1111 RR3AE45JQ
BS 1112 1141 RR3B881TF
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BS 1143 1155 RR3B881TF
BS 1156 1157 RR3AE45JQ

RD RR3BL95TF 139 0 0
GG
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CATCACGAGGTTCGTGCTGAATGAGCAATCAAAGTACCCAGAGTCTCGTGGTGATTTCAC
CATTTTGCTCAACAACA

QA 3 139 3 139
DS 

RD RR3C932TF 681 0 0
GGGAC
GAGAGAGAGAGGATCAAAGATGGATCACGAAGCAGATGCATACCGTACGGATTTGATGAC
CATCACGAGGTTCGTGCTGAATGAGCAATCAAAGTACCCAGAGTCTCGTGGTGATTTCAC
CATTTTGCTCAGCAACATCGTTTTGGGATGCAAATTCGTCTGCAGTGCTGTCAACAAGGC
TGGTTTGGCCAAGCTAATTGGGCTTGCTGGGGAAACAAATATCCAGGGTGAAGAGCAAAA
GAAACTCGATGTGCTCTCTAATGATGTCTTTGTCAAAGCTTTGGTTAGCAGTGGCAGAAC
TTCTGTTCTTGTCTCAGAAGAAGATGAGGAAGCAACGTTCGTGGAGTCATCCAAGCGTGG
AAAGTACTGTGTTGTTTTTGATCCACTTGATGGATCCTCAAACATCGACTGTGGTGTTTC
CATTGGAACCATCTTTGGGATTTACACAATGAGCCACAATGATGAGCCAACTACTGAAGA
TGTCTTGAAACCTGGGAATGAAATGGTTGCTGCGGGTTACTGTATGTACGGAAGCTCCTG
CATGCTTGTGTTGAGCACTGGAACTGGTGTCAATGGATTTACCCTGGACCCATCTCTAGG
AGAGTTCATATTAACTCACCCTGACATTAAGATTCCGAAAAAGGGTAACATCTATTCAGT
GAATAAAGGCAATGCT

QA 6 681 6 681
DS 

RD RR3AE45TF 802 0 0
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CGGATTTGATGACCATCACGAGGTTCGTGCTGAATGAGCAATCAAAGTACCCAGAGTCTC
GTGGTGATTTCACCATTTTGCTCAGCAACATCGTTTTGGGATGCAAATTCGTCTGCAGTG
CTGTCAACAAGGCTGGTTTGGCCAAGCTAATTGGGCTTGCTGGGGAAACAAATATCCAGG
GTGAAGAGCAAAAGAAACTCGATGTGCTCTCTAATGATGTCTTTGTCAAAGCTTTGGTTA
GCAGTGGCAGAACTTCTGTTCTTGTCTCAGAAGAAGATGAGGAAGCAACGTTCGTGGAGT
CATCCAAGCGTGGAAAGTACTGTGTTGTTTTTGATCCACTTGATGGATCCTCAAACATCG
ACTGTGGTGTTTCCATTGGAACCATCTTTGGGATTTACACAATGAGCCACAATGATGAGC
CAACTACTGAAGATGTCTTGAAACCTGGGAATGAAATGGTTGCTGCGGGTTACTGTATGT
ACGGAAGCTCCTGCATGCTTGTGTTGAGCACTGGAACTGGTGTCAATGGATTTACCCTGG
ACCCATCTCTAGGAGAGTTCATATTAACTCACCCTGACATTAAGATTCCGAAAAAGGGTA
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GTATGGTAGCTGATGTTCATCG

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3AE45JQ 903 0 0
AAACTCGATGTGCTCTCTAATGATGTCTTTGTCAAAGCTTTGGTTAGCAGTGGCAGAACT
TCTGTTCTTGTCTCAGAAGAAGATGAGGAAGCAACGTTCGTGGAGTCATCCAAGCGTGGA
AAGTACTGTGTTGTTTTTGATCCACTTGATGGATCCTCAAACATCGACTGTGGTGTTTCC
ATTGGAACCATCTTTGGGATTTACACAATGAGCCACAATGATGAGCCAACTACTGAAGAT
GTCTTGAAACCTGGGAATGAAATGGTTGCTGCGGGTTACTGTATGTACGGAAGCTCCTGC
ATGCTTGTGTTGAGCACTGGAACTGGTGTCAATGGATTTACCCTGGACCCATCTCTAGGA
GAGTTCATATTAACTCACCCTGACATTAAGATTCCGAAAAAGGGTAACATCTATTCAGTG
AATGAAGGCAATGCTCAGAACTGGGATGGTCCAACCACAAAGTATGTAGAGAAATGCAAG
TTTCCTAAAGATGGTTCTCCCGCTAAGTCTCTGAGATATGTGGGAAGTATGGTAGCTGAT
GTTCATCGCACACTGCTTTATGGAGGAATCTTCTTGTACCCGGCTGACAAGAAAAGCCCC
AATGGGAAACTGCGTGTTCTGTATGAAGTCTTCCCGATGTCGTTCTTGATGGAGCAAGCC
GGAGGTCAGGCCTTCACTGGCAAGAAAAGGGCGCTAGACCTTGTGCCCGAGAAGATCCAT
GAGCGTTCGCCAATATTT*CTTGGTAGCTACGAAGATGTAGAGGAGATTAA*GGCTCTGT
ATGCTGCAGAGGACTAAGATTCTCATTCTTCTTATTTTATTACTTGTCTCTCTCTCTTAT
TTCTATATCTTCTTCTATTGAGACAAACAAACGACTCATTTATACAA*GGGAGACTTTTT
CTC

QA 1 903 1 903
DS 

RD RR3BL95JQ 746 0 0
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ATGATGAGCCAACTACTGAAGATGTCTTGAAACCTGGGAATGAAATGGTTGCTGCGGGTT
ACTGTATGTACGGAAGCTCCTGCATGCTTGTGTTGAGCACTGGAACTGGTGTCAATGGAT
TTACCCTGGACCCATCTCTAGGAGAGTTCATATTAACTCACCCGGACATTAAGATTCCGA
AAAAGGGGAACATCTATTCGGTGAATGAAGGCAATGCTCAGAACTGGGATGGTCCAACCA
CAAAGTATGTAGAGAATTGCAAGTTTCCTAAAGATGGTTCTCCTGCCAAGTCTCTGAGAT
ATGTGGGAAGTATGGTAGCTGATGTTCATCGCACACTGCTTTATGGAGGAATCTTCTTGT
ACCCGGCTGACAAGAAAAGCCCCAATGGGAAACTGCGTGTTCTGTATGAAGTCTTCCCGA
TGTCGTTCTTGATGGAGCAAGCCGGAGGTCAGGCCTTCACTGGCAAGAAAAGGGCGCTAG
ACCTTGTGCCCGAGAAGATCCATGAGCGTTCTCCAATATTT*CTTGGTAGCTACGAAGAT
GTAGAGGAGATTAA*GGCTCTGTATGCTGCAGAGGACTAAGATTCTCATTCTTCTTATTT
TATTACTTGTCTCTCTCTCTTATTTCTATATCTTCTTCTATTGAGACAAACAAACGACTC
ATTTATACAA*GGGAGACTTTTTC
TC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3B881TF 197 0 0
C
CCCGAGAAGATCCATGAGCGTTCTCCAATATTTTCTTGGTAGCTACGAAGATGTAGAGGA
GATTAAAGGCTCTGTATGCTGCAGAGGACTAAGATTCTCATTCTTCTTATTTTATTACTT
GTCTCTCTCTCTTATTTCTATATCTTCTTCTGTTGAGACAAACAAACGACTCATTTATAC
AAAGGGAGACTTTTTC

QA 2 197 2 197
DS 



AS 2 5

CO CL1145Contig1 734 3 2 U
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TAATGAGTTTAGCTCAATGAAACTAATCATTATATAGATTCCACTTAGTTCAACGACTTT
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TTATTGGCTCTGAGCTTCTTGACTAACTCTTCAATGCCAGGGGACAGTCTCGGGGGTCTC
TCTGCGAGATATTCCTCAACTTTGGAAAGAGAAGGCTTGAACAAAGAAAGTCTTGCGGCT
AGAGCTTCTTCAAATGGAACAGATCCACCCATTGCTCTGGCAGTCCATTCAGCAACAGCC
TTTCCAGCTCCACAAAACTCAGCAAGTTCATCGATACCTTCATCCACACAAACCGTGCTA
TCCACATCGAAGCA


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DR64JQ U 1
AF RR3DR64TF C 1
AF RR3EL22JQ U 1
BS 1 354 RR3DR64JQ
BS 355 734 RR3EL22JQ

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C

QA 1 354 1 354
DS 

RD RR3DR64TF 355 0 0
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TAATGAGTTTAGCTCAATGAAACTAATCATTATATAGATTCCACTTAGTTCAACGACTTT
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TGAACTCCAGCGTAGCATATGAACAAATCTGCGCCACCAGGTTTACGTGCTTCGAGATCA
GTAGCACCATCTCCAATCATGGCCATAGTCTTGTAAAGACGACCCTTTCGTATCTGTTGC
ACTGCTTTGGCTTTGCCTCCACTTCTTGATGTAGGTTCGTTCTCATCAAAGCCC
C

QA 1 354 1 354
DS 

RD RR3EL22JQ 734 0 0
TTCAATGGAGTTTCACACATTTGAAGGAAAAAAGAAGTACAAATGTTGAGATATCATCAA
TAATGAGTTTAGCTCAATGAAACTAATCATTATATAGATTCCACTTAGTTCAACGACTTT
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TGAACTCCAGCGTAGCATATGAACAAATCTGCGCCACCAGGTTTACGTGCTTCGAGATCA
GTAGCACCATCTCCAATCATGGCCATAGTCTTGTAAAGACGACCCTTTCGTATCTGTTGC
ACTGCTTTGGCTTTGCCTCCACTTCTTGATGTAGGTTCGTTCTCATCAAAGCCCGCAAAC
TCGCCAGAATTTCCAAATAGAATATTGTTGGCGAAGATATTCTCTCGAGGAATGCCAAGA
ATCGACGCTACAGGATTGATCATTTGTCGAAAACCTCCAGATATCAAATAGACATCAATT
TTATTGGCTCTGAGCTTCTTGACTAACTCTTCAATGCCAGGGGACAGTCTCGGGGGTCTC
TCTGCGAGATATTCCTCAACTTTGGAAAGAGAAGGCTTGAACAAAGAAAGTCTTGCGGCT
AGAGCTTCTTCAAATGGAACAGATCCACCCATTGCTCTGGCAGTCCATTCAGCAACAGCC
TTTCCAGCTCCACAAAACTCAGCAAGTTCATCGATACCTTCATCCACACAAACCGTGCTA
TCCACATCGAAGCA

QA 1 734 1 734
DS 



CO CL1145Contig2 1109 2 8 U
GGATTATTCTATTCCGATCCTACGACCACCAGCAGCCGAAGACGACCGCCGGCGATTGAT
TTTTCCCGGTTTGCTCCGAGTTTGATGGAAGCATTAATTACTTCCAGGGTTGTGCCACTT
CAGGTTCCCTGTAGAAAGCTCTCATCATCACTTTCTGCTGATTTCTCTTGCCTTGAGTTT
AAAAGGTATCCTTGTACAAGTGGGCGTGTCTCCATCATGAACCATCCCAATTTGCTCCTC
CGTCCAGTGACTTCTTCTCTGCAGCCACAGGAGTTGTCAGCTTTGGGGCACGAAGGAAAC
GTTGCTCCTTCTAAAGAAATTCTCGATCTTTGGAGAGATGTTGAAGCCGTATGCTTCGAT
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GGAAAGGCTGTTGCTGAATGGACTGCCAGAGCAATGGGTGGATCTGTTCCATTTGAAGAA
GCTCTAGCCGCAAGACTTTCTTTGTTCAAGCCTTCTCTTTCCAAAATTGAGGAATATCTC
GCAAAGAGACCCCCGAGACTGTCCCCTGGCATTGAAGAGTTAGTCAAGAAGCTCAGAGCC
AATAAAATTGATGTCTATTTGATATCTGGAGGTTTTCGACAAATGATCAATCCTGTAGCG
TCGATTCTTGGCATTCCTCGAGAGAATATCTTCGCCAACAATATTCTATTTGGAAATTCT
GGCGAGTTTGCGGGCTTTGATGAGAACGAACCTACATCAAGAAGTGGAGGCAAAGCCAAA
GCAGTGCAACAGATACGCAAGGGTCGTCTTTACAAGACTATGGCCATGATTGGAGATGGT
GCTACTGATCTCGAAGCACGTAGACCTGGTGGCGCAGATTTGTTCATATGTTACGCCGAA
GTTCAGCTTCGTGAAGCTGTTGCAGCACAAGCAGACTGACTGATCTTCAATTTTGAACCT
CTCATAAACTCGTTGAACTAAGTGGAATCTATATAATGATTAGTCTCATTGGGCTAAACT
CATTATTGATATCTCAAAATTTGTACTTTTTTTTTCCTTGAATGTGTGAAACTCCATTGA
ACTAATAAATGTTTTTGGCAACTTGAGCC


BQ
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GCC

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DS 



AS 1 4

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DG04TF C 1
AF RR3E749JQ U 20
AF RR3BE29JQ U 20
AF RR3BE29TF C 498
BS 1 20 RR3DG04TF
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BS 46 46 RR3E749JQ
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BS 119 161 RR3BE29JQ
BS 162 163 RR3E749JQ
BS 164 321 RR3BE29JQ
BS 322 322 RR3E749JQ
BS 323 809 RR3BE29JQ
BS 810 1296 RR3BE29TF

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ACAAACATTTTTTTTACAAAGTTGAAGAAGAAGAAGAAAGCAGGACATAGGCATGATGAG
TGAGTAGTAGTAGTACATGATCATATGATTTTAGGAAGGAAGAAGATCTTATTGTTCTCT
CTCTGTGATTTTCTTAATTTCATTTCCTGATGAAGTCGACACCTTTCTGAATACTTCCAG
CTAGTTCTTCTTTTGCTTTCTCCAGACCAACCCTTTCGTATTCGTTCAAGGGCCCAAGCT
GAAACACTTCCTCTGCTCCTGTACGTCCAAGACGCGCTTTGGTTGCAAAGAAAGCTAACT
CTGTCACCTGTGAAGCAACAAAAGAGCACTCAATGACATTCGCATCTCCTCTTAACCCGC
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CTCCAGCTTTTGCCTCCACAACTTCAGTTCCACCATTTTGAATCCGGTTCGTGAGGTACT
CAATCTCTGATTGTGTGAAGCTGCTAGGAGGTTTAACCTGTGACAATAGTGGCAAGATTG
TGACTCCAGCGTGTCCTCCAACCACTGGTACATCA
C

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DS 

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A
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GTTGAAGAAGAAGAAGAAAGCAGGACATAGGCATGATGAGTGAGTAGTAGTAGTACATGA
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TCCAGACCAACCCTTTCGTATTCGTTCAAGGGCCCAAGCTGAAACACTTCCTCTGCTCCT
GTACGTCCAAGACGCACTTTGGTTGCAAAGAAAGCTAACTCTGTCACCTGTGAAGCAACA
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TTTGCTGCAGCATATGCCATTGAAAGTGTTGCAGATCCAGCTTCAGCTTTTGCCTCCACA
ACTTCAGTTCCACCATTTTGAATCCGGTTCGTGAGGTACTCAATCTCTGATTGTGTGAAG
CTGCTAGGAGGTTTAACGTGTGACAATAGTGGCAAGATTGTGACTCCAGCGTGTCCTCCA
ACCACTGGTACATCAACTTCTCTTGGATCAAGGCCAGGAACTTCAGTCACAAATGTATTG
GCACGAGCAACATCGAGTGTAGTAACACCAAGGAGCTTCTTAGGATCATAA

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DS 

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G
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GTTGAAGAAGAAGAAGAAAGCAGGACATAGGCATGATAAGTGAGTAGTAGTAGTACATGA
TCATATGATTTTAGGAAGGAAAGAGATCTTATTGTTCTCTCTCTGTGATTTTCTTAATTT
CATTTCCTGATGAAGTCGACACCTTTCTGAATACTTCCAGCTAGTTCTTCTTTTGCTTTC
TCCAGACCAACCCTTTCGTATTCGTTCAAGGGCCCAAGCTGAAACACTTCCTCTGCTCCT
GCACGTCCAAGACGCACTTTGGTTGCAAAGAAAGCTAACTCTGTCACCTGTGAAGCAACA
AAAGAGCACTCAATGACATTCGCATCTCCTCTTAACCCGCGAAGGCAAGCATCTGCAAAC
TTTGCTGCAGCATATGCCATTGAAAGTGTTGCAGATCCAGCTCCAGCTTTTGCCTCCACA
ACTTCAGTTCCACCATTTTGAATCCGGTTCGTGAGGTACTCAATCTCTGATTGTGTGAAG
CTGCTAGGAGGTTTAACCTGTGACAATAGTGGCAAGATTGTGACTCCAGCGTGTCCTCCA
ACCACTGGTACATCAACTTCTCTTGGATCAAGGCCAAGAACTTCAGCCACAAATGTATTG
GCACGAGCAACATCGAGTGTAGTAACACCAAGGAGCTTCTTAGGATCATAAGTCCCAGCT
TTCTTGAAAACTTCAGCAGCAATAGCAACAGTAGAGTTCACAGGGTTACTAATCAAGTTG
ACAATAGCA

QA 2 790 2 790
DS 

RD RR3BE29TF 799 0 0
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AAGCTGCTAGGAGGTTTAACCTGTGACAATAGTGGCAAGATTGTGACTCCAGCGTGTCCT
CCAACCACTGGTACATCAACTTCTCTTGGATCAAGGCCAAGAACTTCAGCCACAAATGTA
TTGGCACGAGCAACATCGAGTGTAGTAACACCAAGGAGCTTCTTAGGATCATAAGTCCCA
GCTTTCTTGAAAACTTCAGCAGCAATAGCAACAGTAGAGTTCACAGGGTTACTAATCAAG
TTGACAATAGCATTAGGACAGCATTTGGCTACTCCTTCACATAGCGTCTTAACAATCCCA
GCATTGATTTTAAAAAGATCATCACGTGTCATCCCTGGTTTCCTCGGCACACCAGCTGGT
ATGATCACAAGATCCATACCAGTTAGCGCGTCCTCAAGTTGCTTGGCTCCCAAGAATCCT
CTAACAACAGCTCCAGTGTCCATGTGGCTAACGTCAGCGGTGACTCCAGGAGCATTGACA
ACATCGTAGAGATGAAGTAAAGAGACGAGAGGGTTCATCTTCATTAACAAGGATAGAGAC
TGTCCTATTCCACCTGCAGCTCCAAGAATGGCTACTTTGAATCCTGGATTCCCACCTTTC
GCTCTGCAGTTTTCTCGTCCCACTACAGAGTTCTTGGCCTCCATCTGAGGAGTGAAAGAA
GGTTGAAGATGAGCTGATATCATAGCAATCCTCTGGTTGGCATCTCCACGAAACTCCATT
CTTGCTTCTCTTTGTTTCC

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 3

CO CL1147Contig1 1042 3 28 U
GTGGTAGACGAGAACACAATCTGTGTTGCTGCCATACTTGGTTCCACACTCAACGGTGAG
TTCGAAGACGTCAAGCGCCTTAATGACTTGCTGGTCAAGAAAAACGAAGAGACTGGCTGG
AACACTCCAATCCACGTTGACGCAGCAAGTGGAGGCTTCATAGCTCCATTTATTTACCCT
GACTTGGAATGGGACTTTAGGCTTCCTTTGGTGAAGAGTATCAATGTGAGTGGTCACAAG
TATGGGCTGGTCTATGCGGGTATTGGCTGGGTCGTGTGGAGGACACAACGGGATTTGCCT
GATGAGCTCATCTTTCATATCAACTATCTTGGTGCTGATCAACCCACTTTCACTCTCAAT
TTCTCCAAGGGATCGAGCCAAATTATTGCTCAATACTATCAGCTCATTCGTCTTGGCTTC
GAGGGCTACAAGAACGTGATGGAGAACTGCAGAGAGAACATGGTGGTTCTAAGAGAAGGG
ATAGAGAAAACAGAGCGTTTCAACATAGTCTCAAAGGAGATAGGAGTACCACTCGTTGCC
TTCTCTCTCAAGGACCACAGTTTCCACAACGAATTCGAGATCTCAGAGATGCTACGCCGT
TTCGGCTGGATCGTCCCGGCTTACACCATGCCTGCGGATGCGCAACACATCACGGTTCTC
CGTGTTGTCATAAGGGAAGATTTCTCAAGAACACTTGCGGAGAGACTTGTGGCTGATATT
GTGAAGGTGCTTCACGAGCTTGACACCTTGCCATCCAAGATATCCAAGAAGATGGGAGCA
GAGGATTTCGGAAATGTAAAAGGGAAGAAGGTGGAAAGGGACATTCTGATGGAAGTCATT
GTTGGATGGAGGAAGTTTGTGAAGGAGAGGAAGAAGATGAATGGTGTGTGTTAATCTGAA
GTGTCTTCTGTTTGTGTTTGAATGTATTAAATGTCGTTTAATAAAAGAAGAGGTATGTGA
GTGTGTGAGAACTTGGAGTTTGATGAAAGAGTTGTGTGACTGCTATCCATTCGAGACAAT
AATTGATTCTGGATTCTATTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B519TF U 1
AF RR3CK76TF U 80
AF RR3CK76JQ C 215
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RD RR3B519TF 786 0 0
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TTCGGCTGGATTGTACCGGCTTACACCATGCCTGCGGATGCGCAACACATCACGGTTCTC
CGTGTTGTCATAAGGGAAGATTTCTCAAGAACACTTGCGGAGAGACTTGTGGCTGATATT
GTGAAGGTGCTTCACGAGCTCGACACCTTGCCATCCAAGATATCCAAGAAGATGGGAGCA
G
AGGAT

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3CK76TF 702 0 0
G
TAATGACTTGCTGGTCAAGAAAAACGAAGAGACTGGCTGGAACACTCCAATCCACGTTGA
CGCAGCAAGTGGAGGCTTCATAGCTCCGTTTATTTACCCTGGCTTGGAATGGGACTTTAG
GCTTCCTTTGGTGAAGAGTATCAATGTGAGTGGTCACAAGTATGGGCTGGTCTATGCGGG
TATTGGCTGGGTCGTGTGGAGGACACAACGGGATTTGCCTGATGAGCTCATCTTTCATAT
CAACTATCTTGGTGCTGATCAACCCACTTTCACTCTCAATTTCTCCAAGGGATCGAGCCA
AATTATTGCTCAATACTATCAGCTCATTCGTCTTGGCTTCGAGGGCTACAAGAACGTGAT
GGAGAACTGCAGAGAGAACATGGTGGTTCTAAGAGAAGGGATAGAGAAAACAGAGCGTTT
CAACATAGTCTCAAAGGAGATAGGAGTACCACTCGTTGCCTTCTCTCTCAAGGACCACAG
TTTCCACAACGAATTCGAGATCTCAGAGATGCTACGCCGTTTCGGCTGGATCGTCCCGGC
TTACACCATGCCTGCGGATGCGCAACACATCACGGTTCTCCGTGTTGTCATAAGGGAAGA
TTTCTCAAGAACACTTGCGGAGAGACTTGTGGCTGATATTGTGAAG*TGCTTCACGAGCT
TGACACCTTGCCATCCAAGATATCCAAGA*GATGGGAGCAG

QA 2 702 2 702
DS 

RD RR3CK76JQ 828 0 0
AGAGTATCAATGTGAGTG*TCACAAGTATGG*CTG*TCTATGCGGGTATTGGCTGG*TCG
TGTGGAGGACACAACGGGATTTGC*TGATGAGCTCATCTTTCATATCAACTATCTTGGTG
CTGATCAACCCACTTTCACTCTCAATTTCTCCAAGGGATCGAGCCAAATTATTGCTCAAT
ACTATCAGCTCATTCGTCTTGGCTTCGAGGGCTACAAGAACGTGATGGAGAACTGCAGAG
AGAACATGGTGGTTCTAAGAGAAGGGATAGAGAAAACAGAGCGTTTCAACATAGTCTCAA
AGGAGATAGGAGTACCACTCGTTGCCTTCTCTCTCAAGGACCACAGTTTCCACAACGAAT
TCGAGATCTCAGAGATGCTACGCCGTTTCGGCTGGATCGTCCCGGCTTACACCATGCCTG
CGGATGCGCAACACATCACGGTTCTCCGTGTTGTCATAAGGGAAGATTTCTCAAGAACAC
TTGCGGAGAGACTTGTGGCTGATATTGTGAAGGTGCTTCACGAGCTTGACACCTTGCCAT
CCAAGATATCCAAGAAGATGGGAGCAGAGGATTTCGGAAATGTAAAAGGGAAGAAGGTGG
AAAGGGACATTCTGATGGAAGTCATTGTTGGATGGAGGAAGTTTGTGAAGGAGAGGAAGA
AGATGAATGGTGTGTGTTAATCTGAAGTGTCTTCTGTTTGTGTTTGAATGTATTAAATGT
CGTTTAATAAAAGAAGAGGTATGTGAGTGTGTGAGAACTTGGAGTTTGATGAAAGAGTTG
TGTGACTGCTATCCATTCGAGACAATAATTGATTCTGGATTCTATTGT

QA 1 828 1 828
DS 



AS 2 6

CO CL1148Contig1 1124 4 7 U
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AGAGCTCACAAGGAGGATGAAAAAGAAGAAGAAGGTAAAGGTGGATTCCTAGACAATGTC
AAAGGTTTCATTCACGGCATCGGCGAGAAGATACAGGGAACCGTCGGTTTCGGGAAGCCA
ACAGCTGACGTCTCAGCCATTCACATCCCCAAGATCAATCTCGAGAGAGCAGACATTGTC
GTAGACGTGCTCGTCAAGAACCCCAACCCAGTTCCCATCCCTCTCATCGACATCGACTAC
TTGATCGACAGTGACGGGAGGAAACTCGTCTCCGGACTGATCCCTGACGCTGGAACCATC
AAGGCGCATGGAGAAGAAACCGTCAAGATACCGTTGACTCTGATCTACGACGACATCAAG
AGCACTTACAACGACATTAACCCCGGGATGATCATACCTTACAGGATCAAAGTTGATCTC
ATCGTCGACGCGCCTGTCTTGGGGAGGCTCACGTTACCGTTGGAGAAGCGTGGAGAGATT
CCCATCCCGAAGAAACCTGATGTTGACATCGAGAAGATCCAGTTCCAGAAGTTTTCTTTG
GAAGAAACCGTGGCGATACTCCACGTGAGGCTTGAGAACTTGAATGATTTTGATTTGGGG
GTTAATGACTTGGACTGTGAAGTGTGGTTGGCTGATGTGAGTATTGGGAAAGCAGAGATA
TCTGACTCTGTAAAGCTTGATAAAAACGGAAGTGGGTTGATTAATGTGCCGATCACGTTC
AGGCCAAAGGACTTTGGGTCTGCGCTTTGGGATATGATACGTGGTAAAGGGACTGGGTAC
ACTATTAAAGGTAATGTGGATGTTGATACACCGTTTGGGGGTATGAAGCTTCCTATTATC
AAGGAAGGTGGTGAGACTCGTCTGAAGAAGGAAGATGATGATGATGATGATGAGGAATAA
GGAAAAGAGGTCAAGAGAATGAGGGATGAATCTCTGATGTTTAAAAATAATGTCTAAAAG
TTAAATGAAAAGACTTGTTTGTTGTGCTTTTATGGTGGATATCAGACTTTTGAACAGAGC
TGTGTGGACTTCTTATATATCATCGTGGTCCGGTTTTATTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3E123TF U 1
AF RR3BC74TF U 38
AF RR3BC74JQ C 211
AF RR3E123JQ C 463
BS 1 332 RR3E123TF
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AAAGGTTTCATTCACGGCATCGGCGAGAAGATACAGGGAACCGTCGGTTTCGGGAAGCCA
ACAGCTGACGTCTCAGCCATTCACATCCCCAAGATCAATCTCGAGAGAGCAGACATTGTC
GTAGACGTGCTCGTCAAGAACCCCAACCCAGTTCCCATCCCTCTCATCGACATCGACTAC
TTGATCGACAGTGACGGGAGGAAACTCGTCTCTGGACTGATCCCTGACGCTGGAACCATC
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AGCACTTACAACGACATTAACCCCGGGATGATCATACCTTACAGGATCAAAGTTGATCTC
ATCGTCGACGCGCCTGTCTTGGGGAGGCTCACGTTACCGTTGGAGAAGCGTGGAGAGATT
CCCATCCCGAAGAAACCTGATGTTGACATCGAGAAGATCCAGTTCCAGAAGTTTTCTTTG
GAAGAAACCGTGGCGATACTCCACGTGAGGCTTGAGAACTTGAATGATTTTGATTTGGGG
GTTAATGACTTGGACTGTGAAGTGTGGTTGGCTGATGTGAGTATTGGGAAAGCAGAGATA
TCTGACTCTGTA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3BC74TF 747 0 0
G
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AGGTGGATTCCTAGACAATGTCAAAGGTTTCATTCATGGCATCGGCGATAAGATACAGGG
AACCGTCGGTTTCGGGAAGCCAACAGCTGACGTCTCAGCCATTCACATCCCCAAGATCAA
TCTCGAGAGAGCAGACATTGTCGTAGACGTGCTCGTCAAGAACCCCAACCCAGTTCCCAT
CCCTCTCATCGACATCGACTACTTGATCGACAGTGACGGGAGGAAACTCGTCTCCGGACT
GATCCCTGACGCTGGAACCATCAAGGCGCATGGAGAAGAAACCGTCAAGATACCGTTGAC
TCTGATCTACGACGACATCAAGAGCACTTACAACGACATTAACCCCGGGATGATCATACC
TTACAGGATCAAAGTTGATCTCATCGTCGACGTGCCTGTCTTGGGGAGGCTCACGTTACC
GTTGGAGAAGCGTGGAGAGATTCCCATCCCGAAGAAACCTGATGTTGACATCGAGAAGAT
CCAGTTCCAGAAGTTTTCTTTGGAAGAAACCGTGGCGATACTCCACGTGAGGCTTGAGAA
CTTGAATGATTTTGATTTGGGGGTTAATGACTTGGACTGTGAAGTGTGGTTGGCTGATGT
GAGTATTGGGAAAGCAGAGATATCTGACTCTGTAAAGCTTGATAAAAACGGAAGTGGGTT
GATTAATGTGCCGATCACGTTCA
CGC

QA 2 744 2 744
DS 

RD RR3BC74JQ 914 0 0
AAGATCAATCTCGAGAGAGCAGACATTGTCGTAGACGTGCTCGTCAAGAACCCCAACCCA
GTTCCCATCCCTCTCATCGACATCGACTACTTGATCGACAGTGACGGGAGGAAACTCGTC
TCCGGACTGATCC*TGACGCTGGAACCATCAAGGCGCATGGAGAAGAAACCGTCAAGATA
CCGTTGACTCTGATCTACGACGACATCAAGAGCACTTACAACGACATTAACCCCGGGATG
ATCATACCTTACAGGATCAAAGTTGATCTCATCGTCGACGTGCCTGTCTTGGGGAGGCTC
ACGTTACCGTTGGAGAAGCGTGGAGAGATTCCCATCCCGAAGAAACCTGATGTTGACATC
GAGAAGATCCAGTTCCAGAAGTTTTCTTTGGAAGAAACCGTGGCGATACTCCACGTGAGG
CTTGAGAACTTGAATGATTTTGATTTGGGGGTTAATGACTTGGACTGTGAAGTGTGGTTG
GCTGATGTGAGTATTGGGAAAGCAGAGATATCTGACTCTGTAAAGCTTGATAAAAACGGA
AGTGGGTTGATTAATGTGCCGATCACGTTCAGGCCAAAGGACTTTGGGTCTGCGCTTTGG
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CCGTTTGGGGGTATGAAGCTTCCTATTATCAAGGAAGGTGGTGAGACTCGTCTGAAGAAG
GAAGATGATGATGATGATGATGAGGAATAAGGAAAAGAGGTCAAGAGAATGAGGGATGAA
TCTCTGATGTTTAAAAATAATGTCTAAAAGTTAAATGAAAAGACTTGTTTGTTGTGCTTT
TATGGTGGATATCAGACTTTTGAACAGAGCTGTGTGGACTTCTTATATATCATCGTGGTC
CGGTTTTATTGGTT

QA 1 914 1 914
DS 

RD RR3E123JQ 655 0 0
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TTCCAGAAGTTTTCTTTGGAAGAAACCGTGGCGATACTCCACGTGAGGCTTGAGAACTTG
AATGATTTTGATTTGGGGGTTAATGACTTGGACTGTGAAGTGTGGTTGGCTGATGTGAGT
ATTGGGAAAGCAGAGATATCTGACTCTGTAAAGCTTGATAAAAACGGAAGTGGGTTGATT
AATGTGCCGATCACGTTCAGGCCAAAGGACTTTGGGTCTGCGCTTTGGGATATGATACGT
GGTAAAGGGACTGGGTACACTATTAAAGGTAATGTGGATGTTGATACACCGTTTGGGGGT
ATGAAGCTTCCTATTATCAAGGAAGGTGGTGAGACTCGTCTGAAGAAGGAAGATGATGAT
GATGATGATGAGGAATAAGGAAAAGAGGTCAAGAGAATGAGGGATGAATCTCTGATGTTT
AAAAATAATGTCTAAAAGTTAAATGAAAAGACTTGTTTGTTGTGCTTTTATGGTGGATAT
CAGACTTTTGAACAGAGCTGTGTGGACTTCTTATATATCATCGTGGTCCGGTTTT

QA 1 655 1 655
DS 



CO CL1148Contig2 1168 2 4 U
GGCACCACACAACTCTTGAAAGCACTCTCTTGTCTCTCTCTTGCTCACATTCATCCAACT
CTCCGGTATGTCTACATCCGAGAACAAAGTTGAAATCGTTGACAGAGCTCACAAGGAGGA
TGAAAAAGAAGAAGAAGAAGGTAAAGGTGGATTCCTAGACAATGTCAAAGGTTTCATTCA
CGGCATCGGCGAGAAGATACAGGGAACCGTTGGTTTCGGCAAGCCAACGGCTGACGTCTC
CGCCATCCACATCCCCAAGATCAATCTCGAGAGAGCAGACATCGTCGTAGACGTGCTCGT
CAAGAACCCCAACCCAGTCCCCATCCCTCTCATCGACATCGACTACTTGATCGACAGTGA
CGGGAGGAAACTCGTCTCTGGACTGATCCCTGACGCTGGAACCATCAAGGCGCATGGAGA
AGAAACCGTCAAGATACCGTTGACTCTGATCTACGACGACATCAAGAGCACTTACAACGA
CATTAACCCCGGGATGATCATACCTTACAGGATCAAAGTTGATCTCATCGTCGACGTGCC
TGTCTTGGGGAGGCTCACGTTACCGTTGGAGAAACGTGGAGAGATCCCGATCCCGAAGAA
ACCTGATGTCGACATCGAGAAGATCGAGTTCCAGAAGTTTTCTCTGGAAGAGACCGTGGC
GATACTTCACGTGAGGCTTGAGAACTTGAATGATTTTGATTTGGGGGTTAATGACTTGGA
CTGTGAAGTGTGGTTGGCTGATGTGAGCATTGGGAAAGCTGAGATATCTGACTCTGTAAA
GCTTGATAAAAACGGGAGTGGGTTGATTAATGTGCCGATCACGTTCAAGCCAAAGGACTT
TGGGTCTGCGCTTTGGGATATGATACGTGGCAAAGGAACTGGGTACACAATTAAAGGTAA
CGTGGATGTTGATACACCGTTTGGAGGTATGAAGCTTCCTATTATCAAGGAAGGTGGTGA
GACTCGTCTGAAGAAGGAAGATGATGATGATGATGAGGAATAAGGAAAAGATGTGAAGAG
AATGAGGGCTGAATCTCTGATGTTTAAAAATAATGTGTAAAAGTTAAATGAAAGGACTTG
TTTGTTGTGCTTTATGGTGGTGGATCAGACTTTTGAACAGAGCTGTGTCTGGACTTCTTA
TAATCATCGTGGTCCGGTTTTATTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ07TF U 1
AF RR3GQ07JQ C 432
BS 1 683 RR3GQ07TF
BS 684 684 RR3GQ07JQ
BS 685 783 RR3GQ07TF
BS 784 1168 RR3GQ07JQ

RD RR3GQ07TF 783 0 0
GGCACCACACAACTCTTGAAAGCACTCTCTTGTCTCTCTCTTGCTCACATTCATCCAACT
CTCCGGTATGTCTACATCCGAGAACAAAGTTGAAATCGTTGACAGAGCTCACAAGGAGGA
TGAAAAAGAAGAAGAAGAAGGTAAAGGTGGATTCCTAGACAATGTCAAAGGTTTCATTCA
CGGCATCGGCGAGAAGATACAGGGAACCGTTGGTTTCGGCAAGCCAACGGCTGACGTCTC
CGCCATCCACATCCCCAAGATCAATCTCGAGAGAGCAGACATCGTCGTAGACGTGCTCGT
CAAGAACCCCAACCCAGTCCCCATCCCTCTCATCGACATCGACTACTTGATCGACAGTGA
CGGGAGGAAACTCGTCTCTGGACTGATCCCTGACGCTGGAACCATCAAGGCGCATGGAGA
AGAAACCGTCAAGATACCGTTGACTCTGATCTACGACGACATCAAGAGCACTTACAACGA
CATTAACCCCGGGATGATCATACCTTACAGGATCAAAGTTGATCTCATCGTCGACGTGCC
TGTCTTGGGGAGGCTCACGTTACCGTTGGAGAAACGTGGAGAGATCCCGATCCCGAAGAA
ACCTGATGTCGACATCGAGAAGATCGAGTTCCAGAAGTTTTCTCTGGAAGAGACCGTGGC
GATACTTCACGTGAGGCTTGAGA*CTTGAATGATTTTGATTTGGGGGTTAATGACTTGGA
CTGTGAAGTGTGGTTGGCTGATGTGAGCATTGGGAAAGCTGAGATATCTGACTCTGTAAA
GCT

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3GQ07JQ 737 0 0
AGATACCGTTGACTCTGATCTACGACGACATCAAGAGCACTTACAACGACATTAACCCCG
GGATGATCATACCTTACAGGATCAAAGTTGATCTCATCGTCGACGTGCCTGTCTTGGGGA
GGCTCACGTTACCGTTGGAGAAACGTGGAGAGATCCCGATCCCGAAGAAACCTGATGTCG
ACATCGAGAAGATCGAGTTCCAGAAGTTTTCTCTGGAAGAGACCGTGGCGATACTTCACG
TGAGGCTTGAGAACTTGAATGATTTTGATTTGGGGGTTAATGACTTGGACTGTGAAGTGT
GGTTGGCTGATGTGAGCATTGGGAAAGCTGAGATATCTGACTCTGTAAAGCTTGATAAAA
ACGGGAGTGGGTTGATTAATGTGCCGATCACGTTCAAGCCAAAGGACTTTGGGTCTGCGC
TTTGGGATATGATACGTGGCAAAGGAACTGGGTACACAATTAAAGGTAACGTGGATGTTG
ATACACCGTTTGGAGGTATGAAGCTTCCTATTATCAAGGAAGGTGGTGAGACTCGTCTGA
AGAAGGAAGATGATGATGATGATGAGGAATAAGGAAAAGATGTGAAGAGAATGAGGGCTG
AATCTCTGATGTTTAAAAATAATGTGTAAAAGTTAAATGAAAGGACTTGTTTGTTGTGCT
TTATGGTGGTGGATCAGACTTTTGAACAGAGCTGTGTCTGGACTTCTTATAATCATCGTG
GTCCGGTTTTATTGGTT

QA 1 737 1 737
DS 



AS 2 6

CO CL1149Contig1 866 3 6 U
GAAAGACATTTTATTGATTATAGAGTTTGAAACAACATAATAACCGTATCACAACAACAA
CTAGAAAGAGAAGAAGAGTGTGAAGTAGTTCCAAGTCTTAGTAGACACATTCTTTAGCTC
TGTGTCTTGTGCATCAAGAAGAGGTCTCAAAGAAGGCAGAGTGAAGAGCCCTCACACATT
GCTCAGCCTCTTCATCATTCACTATCAATGATATGTTCACCTTAGATGCACCCTGCGAGA
TCATCTGCACGTTCACTCCATTGCTTCTAAGTACTTTAAAAACCTTCCCTAATATGAGTG
ATGATTTCTGAACGTTTCCTATGAGAGAGATGATTGATCTGCGCTGAAGCAGTTTCACAA
CAGCAATCTTCTCTAGCTCCTCCACCACATGATCCAGCTCGTTTGCTCGCTGAACTAACT
CTCTACCCCAGAGCTTTGCTGGATCTAGTGTCAGAGATATACTAACTTCACTTGTTGCCA
CAACATCCACCGATATGCCTAAGTCTTCAAATGTGGTAAACACCTTGGCGAGGAAACCGT
ACTGGCCGAGCATACGAGTGCTCGCTATGTCCAACATGGTCACATTACGTTTCAGAACAA
TGCTTGTGAGAACGGCCTTACTCATGTCTCTTGACCTGGTGATGACAGTTCCTGGAGCAT
TGGGGTTGTACGAGTTCTTAACTCTAACGGGAATGTCACCATCTCTTGCTGGCCTCATGG
ACAGTGGATGCAACACCTGGGCACCAAAGTAAGCAAGCTCAGCTGCCTCATCGAACGTTA
AGCATGGAACAGACTGAGCTCCAGAGTATATGTTCGGATCACAAGTCAAAACTCCATCCA
CATCTTTCCAAACCTGAATCTCCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BL08JQ U 1
AF RR3A578TF C 77
AF RR3A578JQ U 136
BS 1 287 RR3BL08JQ
BS 288 288 RR3A578JQ
BS 289 780 RR3BL08JQ
BS 781 781 RR3A578JQ
BS 782 798 RR3BL08JQ
BS 799 866 RR3A578JQ

RD RR3BL08JQ 798 0 0
GAAAGACATTTTATTGATTATAGAGTTTGAAACAACATAATAACCGTATCACAACAACAA
CTAGAAAGAGAAGAAGAGTGTGAAGTAGTTCCAAGTCTTAGTAGACACATTCTTTAGCTC
TGTGTCTTGTGCATCAAGAAGAGGTCTCAAAGAAGGCAGAGTGAAGAGCCCTCACACATT
GCTCAGCCTCTTCATCATTCACTATCAATGATATGTTCACCTTAGATGCACCCTGCGAGA
TCATCTGCACGTTCACTCCATTGCTTCTAAGTACTTTAAAAACCTTCTCTAATATGAGTG
ATGATTTCTGAACGTTTCCTATGAGAGAGATGATTGATCTGCGCTGAAGCAGTTTCACAA
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CTCTACCCCAGAGCTTTGCTGGATCTAGTGTCAGAGATATACTAACTTCACTTGTTGCCA
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ACTGGCCGAGCATACGAGTGCTCGCTATGTCCAACATGGTCACATTACGTTTCAGAACAA
TGCTTGTGAGAACGGCCTTACTCATGTCTCTTGACCTGGTGATGACAGTTCCTGGAGCAT
TGGGGTTGTACGAGTTCTTAACTCTAACGGGAATGTCACCATCTCTTGCTGGCCTCATGG
ACAGTGGATGCAACACCTGGGCACCAAAGTAAGCAAGCTCAGCTGCCTCATCGAACGTTA
TGCATGGAACAGACTGAG

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3A578TF 790 0 0
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ATTCACTATCAATGATATGTTCACCTTAGATGCACC*TGCGAGATCATCTGCACGTTCAC
TCCATTGCTTCTAAGTACTTTAAAAACCTTCCCTAATATGAGTGATGATTTCTGAACGTT
TCCTATGAGAGAGATGATTGATCTGCGCTGAAGCAGTTTCACAACAGCAATCTTCTCTAG
CTCCTCCACCACATGATCCAGCTCGTTTGCTCGCTGAACTAACTCTCTACCCCAGAGCTT
TGCTGGATCTAGTGTCAGAGATATACTAACTTCACTTGTTGCCACAACATCCACCGATAT
GCCTAAGTCTTCAAATGTGGTAAACACCTTGGCGAGGAAACCGTACTGGCCGAGCATACG
AGTGCTCGCTATGTCCAACATGGTCACATTACGTTTCAGAACAATGCTTGTGAGAACGGC
CTTACTCATGTCTCTTGACCTGGTGATGACAGTTCCTGGAGCATTGGGGTTGTACGAGTT
CTTAACTCTAACGGGAATGTCACCATCTCTTGCTGGCCTCATGGACAGTGGATGCAACAC
CTGGGCACCAAAGTAAGCAAGCTCAGCTGCCTCATCGAACGTTAAGCATGGAACAGACTG
AGCTCCAGAGTATATGTTCGGATCACAAGTCAAAACTCCATCCACATCTTTCCAAACCTG
AATCTCCCTC

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3A578JQ 731 0 0
AAGAAGAGGTCTCAAAGAAGGCAGAGTGAAGAGCCCTCACACATTGCTCAGCCTCTTCAT
CATTCACTATCAATGATATGTTCACCTTAGATGCACCCTGCGAGATCATCTGCACGTTCA
CTCCATTGCTTCTAAGTACTTTAAAAACCTTCCCTAATATGAGTGATGATTTCTGAACGT
TTCCTATGAGAGAGATGATTGATCTGCGCTGAAGCAGTTTCACAACAGCAATCTTCTCTA
GCTCCTCCACCACATGATCCAGCTCGTTTGCTCGCTGAACTAACTCTCTACCCCAGAGCT
TTGCTGGATCTAGTGTCAGAGATATACTAACTTCACTTGTTGCCACAACATCCACCGATA
TGCCTAAGTCTTCAAATGTGGTAAACACCTTGGCGAGGAAACCGTACTGGCCGAGCATAC
GAGTGCTCGCTATGTCCAACATGGTCACATTACGTTTCAGAACAATGCTTGTGAGAACGG
CCTTACTCATGTCTCTTGACCTGGTGATGACAGTTCCTGGAGCATTGGGGTTGTACGAGT
TCTTAACTCTAACGGGAATGTCACCATCTCTTGCTGGCCTCATGGACAGTGGATGCAACA
CCTGGGCACCAAAGTAAGCAAGCTCAGCTGCCTCATCGAACGTTAAGCATGGAACAGACT
GAGCTCCAGAGTATATGTTCGGATCACAAGTCAAAACTCCATCCACATCTTTCCAAACCT
GAATCTCCCTC

QA 1 731 1 731
DS 



CO CL1149Contig2 762 3 10 U
GAAAGACATTTTATTGATTATAGAGTTTGAAACAACATTATAACCGTATCACAACAACAA
CAACTAGAAAGAGAAGAAGAGTGTGAAGTAGTTCCAAGTCTTAGTAGACACATTCTTTAG
CTATGTGTCTTGTGCATCAAGAAGAGGTCTCAAAGAAGGCAGAGTGAAGAGCCCTCACAC
ATTGCTCAGCCTCTTCATCATTCACTATCAATGATATGTTCACCTTAGATGCACCCTGTG
AGATCATCTGCACATTCACTCCATTGCTTCTAAGTACTTTAAAAACCTTCTCTAATATGA
GTGATGATTTCTGAACGTTTCCTATGAGAGAGATGATTGATCTGCGCTGAAGCAGCTTCA
CAACAGCAATCTTCTCTAGCTCCTCCACCACATGATCCAGCTCGTTTGCTCGCTGAACTA
ACTCTCTACCCCAGAGCTTTGCTGGATCTAGTGTCAGAAATATACTAACTTCACTTGTTG
CCACAACATCCACCGATATGCCTAAGTCTTCAAATGTGGTAAACACCTTGGCGAGGAAAC
CGTACTGGCCGAGCATACGAGTGCTCGCTATGTCCAACATGGTCACATTACGTTTCAGAA
CAATGCTTGTGAGAACAGCCTTACTCATGTCTCTGGATCTGGTGATGACAGTTCCTGGAG
CATTGGGGTTGTACGAGTTCTTAACCCTCACGGGAATGTCACCATCTCTTGCTGGCCTCA
TGGACAGTGGATGCAACACCTGGGCACCAAAGTAAGCAAGCT


BQ
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TG

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QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 4

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BQ
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AF RR3CZ63TF U 1
AF RR3CZ52TF U 1
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ATAGTGATTGTTGGTTGCTCTCTGTTTCTTTCTACTTTGGTGCTCGCCTTAACCGCAACT
AGAGGAAGCGGCTATTCAGTCTGATCAACGATCTCCCAACTCTCTTTGATGTAGTGACTG
GTAGGAAACCCATCAAAGACAACAAGCCAAGCTCGGATTCCGGAAGCAAATCCAGAAACG
GCACTAAGAGATCAATA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3CZ52TF 742 0 0
TTTTTCTCTCTCCACTTCCGAACACATCGGGTCTCAGAAAACCATTGATGCAGACCTCGA
TCTTTCTCCACTAGCTACTGATCTACACCCTTACACAAAACCGTACATACACATACATAC
TCTGTAAAAATCTTATGGCCGCCGTTTCCTCTAACCCTCGCACCGTCGAAGAGACCTTCA
AGGATTACACCGCTCGTCGCTCCGCTCTTCTCCGTGCTCTTACTAAAGATGTTGATGATT
TCTACTCTCAATGCGATCCGGAGAAGGAGAATTTGTGTTTGTATGGACATCCGAATGAGT
CATGGGAAGTGAATCTACCAGCGGAGGAAGTTCCTCCTGAGCTTCCTGAGCCTGCTCTTG
GTATCAATTTCGCTAGAGATGGTATGCAGAGGAAAGATTGGCTCTCGCTTGTTGCTGTCT
ATAGTGATTGTTGGTTGCTCTCTGTTTCTTTCTACTTTGGTGCTCGCCTTAACCGCAACG
AGAGGAAGCGGCTATTCAGTCTGATCAACGATCTCCCAACTCTCTTTGATGTAGTGACTG
GTAGGAAACCCATCAAAGACAACAAGCCAAGCTCGGATTCCGGAAGCAAATCCAGAAACG
GCACTAAGAGATCAATAGAAGGGCAGACAAAGAGTCCAACACCAAGACTGATGGAAGAGA
GCTACGAGGATGAGGATGAAGAAGAAGACGAGCATGGAGACACTCTCTGTGGTATCTGTG
GAG
CATATACACAAGATGAGTC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3CZ52JQ 799 0 0
TTCGCTAGAGATGGTATGCAGAG*AAAGATTGGCTCTCGCTTGTTGCTGTCTATAGTGAT
TGTTGGTTGCTCTCTGTTTCTTTCTACTTTGGTGCTCGCCTTAACCGCAACGAGAGGAAG
CGGCTATTCAGTCTGATCAACGATCTCCCAACTCTCTTTGATGTAGTGACTGGTAGGAAA
CCCATCAAAGACAACAAGCCAAGCTCGGATTCCGGAAGCAAATCCAGAAACGGCACTAAG
AGATCAATAGAAGGGCAGACAAAGAGTCCAACACCAAGACTGATGGAAGAGAGCTACGAG
GATGAGGATGAAGAAGAAGACGAGCATGGAGACACTTTCTGTGGTATCTGTGGAGGCAAT
TATACACAAGATGAGTTCTGGATTTGCTGTGATGTTTGTGAACGTTGGTACCACGGGAAA
TGCGTGAAGATCACTCCCGCCAAAGCAGAGAGCATCAAGCAGTATAAATGCCCACCTTGC
TGTGCAAAGAAAGGAAGACAGTGATCATGATCATCATCTCCATATCTCCCCCAGAGACTC
TGGTTCTTATGTCTTAATCGATATATTAATCAACCTTTTTCTTGTTTCTTTTAGCCTTTT
AACTTCAAAGCATACAAAAACTCTCTCTTTAGATTGCCAGAAGGGATTCCAAGAAGTTAA
GAGAGTGTAGCAACTGTTTGAGTATTATTATTCTTATAAGAAAACTAGTTTGTTCTGTCA
ATTGTGTCATGGGATTTGTATATGTAGTCAAATTTTAGACATTGCACTCTATGTTTAATG
TTCATTGATTAACTGTCCC

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3CZ63JQ 785 0 0
CTAGAGATGGTATGCAGAGGAAAGATTGGCTCTCGCTTGTTGCTGTCCATAGTGATTGTT
GGT*GCTCTCTGTTTCTTTCTACTTTGGTGCTCGCCTTAACCGCAACTAGAGGAAGCGGC
TATTCAGTCTGATCAACGATCTCCCAACTCTCTTTGATGTAGTGACTGGTAGGAAACCCA
TCAAAGACAACAAGCCAAGCTCGGATTCCGGAAGCAAATCCAGAAACGGCACTAAGAGAT
CAATAGAAGGGCAGACAAAGAGTCCAACACCAAGACTGATGGAAGAGAGCTACGAGGATG
AGGATGAAGAAGAAGACGAGCATGGAGACACTTTCTGTGGTATCTGTGGAGGCAATTATA
CACAAGATGAGTTCTGGATTTGCTGTGATGTTTGTGAACGTTGGTACCACGGGAAATGCG
TGAAGATCACTCCCGCCAAAGCAGAGAGCATCAAGCAGTATAAATGCCCACCTTGCTGTG
CAAAGAAAGGAAGACAGTGATCATGATCATCATCTCCATATCTCCCCCAGAGACTCTGGT
TCTTATGTCTTAATCGATATATTAATCAACCTTTTTCTTGTTTCTTTTAGCCTTTTAATT
TCAAAGCATACAAAAACTCTCTCTTTAGATTGCCAGAAGGGATTCCAAGAAGTTAAGAGA
GTGTAGTAACTGTTTGAGTATTATTATTCTTATAAGAAAACTAGTTTGTTCTGTCAATTG
TGTCATGGGATTTGTATATGTAGTCAAATTTTAGACATTGCACTCTATGTTTAATGTTCA
TTGAT

QA 1 785 1 785
DS 



AS 2 6

CO CL1151Contig1 878 2 4 U
GGATAAACATCATCATCATCAATCTCCACGCACACACAAATACATCGCCCAATTCTCTCG
ATCCCGACAACATGGCTCTACCTAACCAGCAAACCGTCGATTACCCTAGCTTCAAGCTCG
TTATCGTGGGTGACGGAGACACAGGAAAAACAACTTTTGTCAAGAGACATCTTACCGGAG
AGTTTGAGAAGAAGTATGAACCTACAATAGGTGTGGAGGTTCACCCTCTAGATTTCTTCA
CAAACTGTGGCAAGATCCGTTTCTACTGCTGGGACACCGCCGGTCAAGAGAAGTTCGGTG
GCCTTAGAGACGGTTACTACATCCACGGTCAATGCGCAGTGATCATGTTCGACGTGACGG
CGCGTCTCACGTACAAGAACGTCCCCACGTGGCACCGCGACCTCTGCCGTGTCTGTGAGA
ACATCCCCATCGTCCTGTGCGGGAACAAGGTGGACGTGAAAAACAGGCAGGTGAAGGCGA
AGCAGGTGACGTTCCACAGGAAGAAGAATCTTCAGTACTACGAGATATCCGCCAAGAGCA
ACTACAACTTCGAGAAGCCTTTCTTGTACTTAGCTAGGAAGCTCGCGGGCGACCAGAACC
TTCACTTCGTCGAGTCCCCGGCTCTCGCTCCCCCAGAGGTTCACATTGACTTTGCTGAGC
AGCAGAAGAACGAGGCTGATCTCATTGCAGCTGCGGCTCAGCCTCTTCCTGATGATGATG
ATGACGCTTTTGAGTGAAAAGGAAGCTGCTTCCACTGTGGGGAGAGCTGTTTGCTTTTGT
CTGATTCTCTTTTGTTTTTGGTTTCTTTCTCTGTGTGGTTGCATTGATGTTAACATTATA
AAATGATTCAAGTCTTGGTAGAGAAAACTATATTGGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI49TF U 1
AF RR3CI49JQ C 172
BS 1 638 RR3CI49TF
BS 639 639 RR3CI49JQ
BS 640 653 RR3CI49TF
BS 654 878 RR3CI49JQ

RD RR3CI49TF 653 0 0
GGATAAACATCATCATCATCAATCTCCACGCACACACAAATACATCGCCCAATTCTCTCG
ATCCCGACAACATGGCTCTACCTAACCAGCAAACCGTCGATTACCCTAGCTTCAAGCTCG
TTATCGTGGGTGACGGAGACACAGGAAAAACAACTTTTGTCAAGAGACATCTTACCGGAG
AGTTTGAGAAGAAGTATGAACCTACAATAGGTGTGGAGGTTCACCCTCTAGATTTCTTCA
CAAACTGTGGCAAGATCCGTTTCTACTGCTGGGACACCGCCGGTCAAGAGAAGTTCGGTG
GCCTTAGAGACGGTTACTACATCCACGGTCAATGCGCAGTGATCATGTTCGACGTGACGG
CGCGTCTCACGTACAAGAACGTCCCCACGTGGCACCGCGACCTCTGCCGTGTCTGTGAGA
ACATCCCCATCGTCCTGTGCGGGAACAAGGTGGACGTGAAAAACAGGCAGGTGAAGGCGA
AGCAGGTGACGTTCCACAGGAAGAAGAATCTTCAGTACTACGAGATATCCGCCAAGAGCA
ACTACAACTTCGAGAAGCCTTTCTTGTACTTAGCTAGGAAGCTCGCGGGCGACCAGAACC
TTCACTTCGTCGAGTCCCCGGCTCTCGCTCCCCCAGAG*TTCACATTGACTTT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3CI49JQ 707 0 0
TTACCGGAGAGTTTGAGAAGAAGTATGAACCTACAATAGGTGTGGAGGTTCACCCTCTAG
ATTTCTTCACAAACTGTGGCAAGATCCGTTTCTACTGCTGGGACACCGCCGGTCAAGAGA
AGTTCGGTGGCCTTAGAGACGGTTACTACATCCACGGTCAATGCGCAGTGATCATGTTCG
ACGTGACGGCGCGTCTCACGTACAAGAACGTCCCCACGTGGCACCGCGACCTCTGCCGTG
TCTGTGAGAACATCCCCATCGTCCTGTGCGGGAACAAGGTGGACGTGAAAAACAGGCAGG
TGAAGGCGAAGCAGGTGACGTTCCACAGGAAGAAGAATCTTCAGTACTACGAGATATCCG
CCAAGAGCAACTACAACTTCGAGAAGCCTTTCTTGTACTTAGCTAGGAAGCTCGCGGGCG
ACCAGAACCTTCACTTCGTCGAGTCCCCGGCTCTCGCTCCCCCAGAGGTTCACATTGACT
TTGCTGAGCAGCAGAAGAACGAGGCTGATCTCATTGCAGCTGCGGCTCAGCCTCTTCCTG
ATGATGATGATGACGCTTTTGAGTGAAAAGGAAGCTGCTTCCACTGTGGGGAGAGCTGTT
TGCTTTTGTCTGATTCTCTTTTGTTTTTGGTTTCTTTCTCTGTGTGGTTGCATTGATGTT
AACATTATAAAATGATTCAAGTCTTGGTAGAGAAAACTATATTGGGA

QA 1 707 1 707
DS 



CO CL1151Contig2 869 4 7 U
GGATATAAACATCATCATCATCTCCACGCACACACAAAATACATCGCCCAATTCTCTCGA
TCCCGACAACATGGCTCTACCTAACCAGCAAACCGTAGATTACCCTAGCTTCAAGCTCGT
CATTGTTGGTGACGGAGGCACAGGAAAAACAACTTTTGTCAAGAGACATCTTACCGGAGA
GTTTGAGAAGAAGTATGAACCTACAATTGGTGTGGAGGTTCATCCTCTAGATTTCTTCAC
AAACTGTGGCAAGATCCGTTTCTACTGCTGGGATACCGCCGGTCAAGAGAAGTTCGGTGG
CCTTAGAGATGGTTACTACATCCACGGTCAATGCGCGGTAATCATGTTCGACGTGACGGC
GCGTCTCACGTACAAGAACGTCCCCACGTGGCACCGAGACCTCTGCCGTGTCTGTGAGAA
CATCCCCATCGTACTCTGCGGGAACAAGGTGGACGTGAAGAACAGGCAGGTGAAGGCGAA
GCAGGTGACGTTCCACAGGAAGAAGAATCTTCAGTACTACGAGATATCCGCCAAGAGCAA
CTACAACTTCGAGAAGCCCTTCTTGTACTTAGCTAGGAAGCTCGCCGGAGACCAGAACCT
TCACTTTGTCGAGTCCCCCGCCCTTGCTCCCCCTGAGGTTCACATTGACTTTGCTGAGCA
GCAGAAGAACGAGGCTGATCTCATTGCAGCTGCGGCTCAGCCTCTTCCCGATGATGATGA
TGACGCTTTTGAGTAAAAAAGAAGCTGCTTCCACTATGTCTGAGAAGCTGTTTGCTTTTG
TCTCTGATTCCTCTCTTTTGTTTTTGGTTTCTTTCTCCGTGTTGTTGCATTGATGTTAAC
ATTATAAAATGATTCAAGTCTTGGTAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BO64TF U 3
AF RR3GF83TF U 1
AF RR3AN25TF U 23
AF RR3GF83JQ C 206
BS 1 137 RR3GF83TF
BS 138 139 RR3BO64TF
BS 140 160 RR3GF83TF
BS 161 161 RR3BO64TF
BS 162 668 RR3GF83TF
BS 669 805 RR3AN25TF
BS 806 869 RR3GF83JQ

RD RR3BO64TF 627 0 0
GGAAAAA
CATCATCATCATCTCCACGCACACACAAAATACATCGCCCAATTCTCTCGATCCCGACAA
CATGGCTCTACCTAACCAGCAAACCGTAGATTACCCTAGCTTCAAGTTCGTCATTGTTGG
TGACGGAGGCACAGGAAAAACAACTTTTGTCAAGAGACATCTTACCGGAGAGTTTGAGAA
GAAGTATGAACCTACAATTGGTGTGGAGGTTCATCCTCTAGATTTCTTCACAAACTGTGG
CAAGATCCGTTTCTACTGCTGGGATACCGCCGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTAGAGA
TGGTTACTACATCCACGGTCAATGCTCGGTAATCATGTTCGACGTGACGGCGCGTCTCAC
GTACAAGAACGTCCCCACGTGTCACCGAGACCTCTGCCGTGTCTGTGAGAACATCCCCAT
CGTACTCTGCGGGAACAAGGTGGACGTGAAGAACAGGCAGGTGAAGGCGAAGCAGGTGAC
GTTCCACAGGAAGAAGAATCTTCAGTACTACGAGATATCCGCCAAGAGCAACTACAACTT
CGAGAAGCCCTTCTTGTACTTAGCTAGGAAGCTCGCCGGAGACCAGAACCTTCACTTTGT
CGAGTCCCCCGCTCTTGCTC

QA 8 627 8 627
DS 

RD RR3GF83TF 668 0 0
GGATATAAACATCATCATCATCTCCACGCACACACAAAATACATCGCCCAATTCTCTCGA
TCCCGACAACATGGCTCTACCTAACCAGCAAACCGTAGATTACCCTAGCTTCAAGCTCGT
CATTGTTGGTGACGGAGT*ACAGGAAAAACAACTTTTGTCTAGAGACATCTTACCGGAGA
GTTTGAGAAGAAGTATGAACCTACAATTGGTGTGGAGGTTCATCCTCTAGATTTCTTCAC
AAACTGTGGCAAGATCCGTTTCTACTGCTGGGATACCGCCGGTCAAGAGAAGTTCGGTGG
CCTTAGAGATGGTTACTACATCCACGGTCAATGCGCGGTAATCATGTTCGACGTGACGGC
GCGTCTCACGTACAAGAACGTCCCCACGTGGCACCGAGACCTCTGCCGTGTCTGTGAGAA
CATCCCCATCGTACTCTGCGGGAACAAGGTGGACGTGAAGAACAGGCAGGTGAAGGCGAA
GCAGGTGACGTTCCACAGGAAGAAGAATCTTCAGTACTACGAGATATCCGCCAAGAGCAA
CTACAACTTCGAGAAGCCCTTCTTGTACTTAGCTAGGAAGCTCGCCGGAGACCAGAACCT
TCACTTTGTCGAGTCCCCCGCCCTTGCTCCCCCTGAGGTTCACATTGACTTTGCTGAGCA
GCAGAAGA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3AN25TF 788 0 0
TCCACGCACACACAAAATACATCGCCCAATTCTCTCGATCCCGACAACATGGCTCTACCT
AACCAGCAAACCGTAGATTACCCTAGCTTCAAGCTCGTCATTGTTGGTGACGGAGGCACA
GGAAAAACAACTTTTGTCAAGAGACATCTTACAGGAGAGTTTGAGAAGAAGTATGAACCT
ACAATTGGTGTGGAGGTTCATCCTCTAGATTTCTTCACAAACTGTGGCAAGATCCGTTTC
TACTGCTGGGATACCGCCGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTAGAGATGGTTACTACATC
CACGGTCAATGCGCGGTGATCATGTTCGACGTGACGGCGCGTCTAACGTACAAGAACGTC
CCCACGTGGCACCGAGACCTCTGCCGTGTCTGTGAGAACATCCCCATCGTACTCTGCGGG
AACAAGGTGGACGTGAAGAACAGGCAGGTGAAGGCCAAGCAGGTGACGTTCCACAGGAAG
AAGAATCTTCAGTACTACGAGATATCCGCCAAGAGCAACTACAACTTCGAGAAGCCCTTC
TTGTACTTAGCTAGGAAGCTCGCGGGAGACCAGAACCTTCACTTTGTCGAGTCCCCCGCT
CTCGCTCCCCCTGAGGTTCACATTGACTTTGCTGAGCAGCAGAAGAACGAGGCTGATCTC
ATTGCAGCTGCGGCTCAGCCTCTTCCCGATGATGATGATGACGCTTTTGAGTAAAAAAGA
AGCTGCTTCCACTATGTCTGAGAAGCTGTTTGCTTTTGTCTCTGATTCCTCTCTTTTGTT
TTT
TTGGT

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3GF83JQ 664 0 0
ATTGGTGTGGAGGTTCATCCTCTAGATTTCTTCACAAACTGTGGCAAGATCCGTTTCTAC
TGCTGGGATACCGCCGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTAGAGATGGTTACTACATCCAC
GGTCAATGCGCGGTAATCATGTTCGACGTGACGGCGCGTCTCACGTACAAGAACGTCCCC
ACGTGGCACCGAGACCTCTGCCGTGTCTGTGAGAACATCCCCATCGTACTCTGCGGGAAC
AAGGTGGACGTGAAGAACAGGCAGGTGAAGGCGAAGCAGGTGACGTTCCACAGGAAGAAG
AATCTTCAGTACTACGAGATATCCGCCAAGAGCAACTACAACTTCGAGAAGCCCTTCTTG
TACTTAGCTAGGAAGCTCGCCGGAGACCAGAACCTTCACTTTGTCGAGTCCCCCGCCCTT
GCTCCCCCTGAGGTTCACATTGACTTTGCTGAGCAGCAGAAGAACGAGGCTGATCTCATT
GCAGCTGCGGCTCAGCCTCTTCCCGATGATGATGATGACGCTTTTGAGTAAAAAAGAAGC
TGCTTCCACTATGTCTGAGAAGCTGTTTGCTTTTGTCT**GATTCGTCTCTTTTGTTTTT
GGTTTCTTTCTCCGTGTTGTTGCATTGATGTTAACATTATAAAATGATTCAAGTCTTGGT
AGAG

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 5

CO CL1152Contig1 955 5 21 U
GACCCATTACAATGTTTGTGCTTCTCATTGCTAAAACAGTTGGAGACAGCTTCAATCTGA
GTATCTATGAGATCATTCTCCATCTTAAGAGGCTTACCATTCTTGGAAGCAAATCCAGAG
CCATGGATGAGGAATCTCACTGTAGGTGAGCTTGGTGATGCTAAGCCTCCGGTGGTTACA
CTTCGTGGAGTAGAGAAAGTAGCTAATATAGTGGATGCACTAAGGAACACAACGCATAAC
GCCTTCCCGGTATTGGATGGTGATCTACAGAGCTTCATGGGTTGATCTTGAGAGCACATC
TTGTTAAAGTTTTGAAAAAGAGATGGTTCTTGAATGAGAAGAGAAGAACAGAAGACTGGG
AAGTTAAAGAAAAGTTCACAGCGGTGGAGTTGGCTGAGAGAGAAGACAATTTTGACGATG
TTGCAATCACAAGCTCAGAGATGCAAATGTATGTTGATCTTCATCCTTTGACCAACACTA
CACC*TTACACAGTGGTCCAGAGTATGTCAGTGGCTAAGGCTTTGGTGCTCTTCCGATCA
GTCGGTCTCAGACATTTGCTGATTGTTCCCAAGATTCAAGCTTCAGGAATGTCTCCTGTG
ATAGGAATCTTGACAAGGCAAGATCTAAGGGCTTATAACATTCTAGAAGCGTTTCCTCAT
TTGGATAAACACAAAAGTGGAAAGCTGCGATAAAAGAAGCTTAAGAAAAAGGGAAAAGCA
AAAAAAGCTTATTTACCTTTT*GCTTATGTTGTGAGTGATTGCATCATCTTT*GCATTAT
GTGTCTTCTTT*CTCCCATT*CTTGCTGATATTTATTCTGTCCAGTTTTGCTT*GCATTC
TTTCTTTTAAGATCCACAAACAAAAACATATACTGTTGGTTCGTGTATTTGTACTTTCTA
CCTGTAAAGCTCTATTTTTTTTACCATATATTACAAGAATAAAATCAATTCGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EM40TF U 1
AF RR3DG56JQ C 324
AF RR3EM40JQ C 171
AF RR3BI28TF U 288
AF RR3DG56TF U 324
BS 1 586 RR3EM40TF
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BS 691 710 RR3EM40TF
BS 711 716 RR3BI28TF
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BS 743 772 RR3BI28TF
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BS 774 791 RR3BI28TF
BS 792 792 RR3DG56TF
BS 793 800 RR3BI28TF
BS 801 801 RR3DG56TF
BS 802 833 RR3BI28TF
BS 834 834 RR3DG56TF
BS 835 921 RR3BI28TF
BS 922 922 RR3DG56TF
BS 923 933 RR3BI28TF
BS 934 955 RR3DG56TF

RD RR3EM40TF 710 0 0
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GTATCTATGAGATCATTCTCCATCTTAAGAGGCTTACCATTCTTGGAAGCAAATCCAGAG
CCATGGATGAGGAATCTCACTGTAGGTGAGCTTGGTGATGCTAAGCCTCCGGTGGTTACA
CTTCGTGGAGTAGAGAAAGTAGCTAATATAGTGGATGCACTAAGGAACACAACGCATAAC
GCCTTCCCGGTATTGGATGGTGATCTACAGAGCTTCATGGGTTGATCTTGAGAGCACATC
TTGTTAAAGTTTTGAAAAAGAGATGGTTCTTGAATGAGAAGAGAAGAACAGAAGACTGGG
AAGTTAAAGAAAAGTTCACAGCGGTGGAGTTGGCTGAGAGAGAAGACAATTTTGACGATG
TTGCAATCACAAGCTCAGAGATGCAAATGTATGTTGATCTTCATCCTTTGACCAACACTA
CACC*TTACACAGTGGTCCAGAGTATGTCAGTGGCTAAGGCTTTGGTGCTCTTCCGATCA
GTCGGTCTCAGACATTTGCTGATTGTTCCCAAGATTCAAGCTTCAG*AATGTCTCCTGTG
ATAGGAATCTTGACAAGGCAAGATCTAAGGGCTTATAACATTCTAGAAGCGTTTCCTCAT
TTGGATAAACACAAAAGTGGAAAGCTGCGGTAAAAGAAGCTTAAGAAAAA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3DG56JQ 531 0 0
G
GGTTCTTGAATGAGAAGAGAAGAACAGAAGACTGGGAAGTTAAAGAAAAGTTCACAGCGG
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AAATGTATGTTGATCTTCATCCTTTGACCAACACTTCCCCCTTACACAGTGGTCCAGAGT
ATGTCAGTGGCTAAGGCTTTGGTGCTTTTCCGATCAGTCGGTTTCAGACATTTGCTGATT
GTTCCCAAGATTCAAGCTTCAGGAATGTCTCCTGTGATAGGAATCTTGACAAGGCAAGAT
TTAAGGGCTTATAACATTCTAGAAGCGTTTCCTCATTTGGATAAACACAAAAGTGGAAAG
CTGCGATAAAAGAAGCTTAAGAAAAAGGGAAAAGCAAAAAAAGCTTATTTACCTTTT*GC
TTATGTTGTGAGTGATTGCATCATCTTT*GCATTATGTGTCTTCTTT*CTCCCATT*CTT
GCTGATATTTATTCTGTCCAGTTTTGCTT*GCATTCTTTCTTTTAAGATC

QA 2 531 2 531
DS 

RD RR3EM40JQ 764 0 0
GGTGGTTACACTTCGTGGAGTAGAGAAAGTAGCTAATATAGTGGATGCACTAAGGAACAC
AACGCATAACGCCTTCCCGGTATTGGATGGTGATCTACAGAGCTTCATGGGTTGATCTTG
AGAGCACATCTTGTTAAAGTTTTGAAAAAGAGATGGTTCTTGAATGAGAAGAGAAGAACA
GAAGACTGGGAAGTTAAAGAAAAGTTCACAGCGGTGGAGTTGGCTGAGAGAGAAGACAAT
TTTGACGATGTTGCAATCACAAGCTCAGAGATGCAAATGTATGTTGATCTTCATCCTTTG
ACCAACACTACACC*TTACACAGTGGTCCAGAGTATGTCAGTGGCTAAGGCTTTGGTGCT
CTTCCGATCAGTCGGTTTCAGACATTTGCTGATTGTTCCCAAGATTCAAGCTTCAGGAAT
GTCTCCTGTGATAGGAATCTTGACAAGGCAAGATCTAAGGGCTTATAACATTCTAGAAGC
GTTTCCTCATTTGGATAAACACAAAAGTGGAAAGCTGCGGTAAAAGAAGCTTAAGAAAAA
GGGAAAAGCAAAAAAAGCTTATTTACCTTTT*GCTTATGTTGTGAGTGATTGCATCATCT
TT*GCATTATGTGTCTTCTTT*CTCCCATT*CTTGCTGATATTTATTCTGTCCAGTTTTG
CTT*GCATTCTTTCTTTTAAGATCCACAAACAAAAACATATACTGTTGGTTCGTGTATTT
GTACTTTCTACCTGTAAAGCTCTATTTTTTTTACCATATATTA
C

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3BI28TF 646 0 0
TTGAGAGCACATCTTGTTAAAGTTTTGAAAAAGAGATGGTTCTTGAATGAGAAGAGAAGA
ACAGAAGACTGGGAAGTTAAAGAAAAGTTCACAGCGGTGGAGTTGGCTGAGAGAGAAGAC
AATTTTGACGATGTTGCAATCACAAGCTCAGAGATGCAAATGTATGTTGATCTTCATCCT
TTGACCAACACTACACC*TTACACAGTGGTCCAGAGTATGTCAGTGGCTAAGGCTTTGGT
GCTCTTCCGATCAGTCGGTCTCAGACATTTGCTGATTGTTCCCAAGATTCAAGCTTCAGG
AATGTCTCCTGTGATAGGAATCTTGACAAGGCAAGATCTAAGGGCTTATAACATTCTAGA
AGCGTTTCCTCATTTGGATAAACACAAAAGTGGAAAGCTGCGATAAAAGAAGCTTAAGAA
AAAGGGAAA*GCAAAAAAAGCTTATTTACCTTTTTGCTTATGTTGTGAGTGATTGCATCA
TCTTTTGCATTATGTGTCTTCTTTTCTCCCATTTCTTGCTGATATTTATTCTGTCCAGTT
TTGCTTTGCATTCTTTCTTTTAAGATCCACAAACAAAAACATATACTGTTGGTTCGTGTA
TTTGTACTTTCTACCTGTAAAGCTCTATTTTTTT*ACCATATATTA

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3DG56TF 632 0 0
G
GGTTCTTGAATGAGAAGAGAAGAACAGAAGACTGGGAAGTTAAAGAAAAGTTCACAGCGG
TGGAGTTGGCTGAGAGAGAAGGCAATTTTGACGATGTTGCAATCACAAGCTCAGAGATGC
AAATGTATGTTGATCTTCATCCTTTGACCAACACTTCACC*TTACACAGTGGTCCAGAGT
ATGTCAGTGGCTAAGGCTTTGGTGCTCTTCCGATCAGTCGGTCTCAGACATTTGCTGATT
GTTCCCAAGATTCAAGCTTCAGGAATGTCTCCTGTGATAGGAATCTTGACAAGGCAAGAT
CTAAGGGCTTATAACATTCTAGAAGCGTTTCCTCATTTGGATAAACACAAAAGTGGAAAG
CTGCGATAAAAGAAGCTTAAGAAAAAGGGAAAAGCAAAAAAAGCTTATTTACCTTTT*GC
TTATGTTGTGAGTGATTGCATCATCTTT*GCATTATGTGTCTTCTTT*CTCCCATT*CTT
GCTGATATTTATTCTGTCCAGTTTTGCTT*GCATTCTTTCTTTTAAGATCCACAAACAAA
AACATATACTGTTGGTTCGTGTATTTGTACTTTCTACCTGTAAAGCTCTATTTTTTTTAC
CATATATTACAAGAATAAAATCAATTCGAGT

QA 2 632 2 632
DS 



AS 1 5

CO CL1153Contig1 971 5 15 U
ATCATTCACAGTGAAAAATCACATTTTATAATAACGATCGATTCTCTACATCATTCAAAG
CACAGTAGCATACTTCAAAAAAGCACAAAAACACACACATTTTACACAATGCATTATCAC
AGAGATTACAAAAACCAAAGCAGAGCAGAGACTGATGAATTTCCCAAGAAGGGAAAGGTG
AGACAGAGAATGTAAATTCTTACTTGAAACAAGAAGGAAGACTTGGCCCGTGGCAAACAA
AGGCCATCGCGACGTATACAACCACTGCGAGTACAAGTATCAGTGCAATCGTAAGCTTGA
CATTTCTCCACCACATGACGCTTCTAAAACGGCGAGCTTGCTTCCTGAAACGAAAAGTGT
TCCCTTGCATATTTGCGGTTTTATCCACAAGCAACTCCAAACGCTCCCCTCTATCCAAGA
CTTTATCTATATTCTCAATCATCACGTTTCTAACCTGAGACATTTCACATTTGATTCTGC
TAACCCTGTCAGCATTGGGATCGTTAGAATAGTATTCCATCTGCTGACTCAAAACCCGTG
AAAACTCATCGTTCATGGAGTAAGCTTGAGCAGAGTGAATGGCACGGCCGTAACTTCTCA
CAAATCTCTGATGAATCTCTTCCAGAAACCCAAACGGTATACTCCTTCCGGCGGTTTCAT
CGGCCATACAGAGGGCGGTAAGACCATCGGTACGCTTGACGTGGAAGACGTACCGATCCT
GAGAGTAGGACACGTGGCTATCCACATCTTCGTCACCCGGCAGCTTCTCCAAAATCTGCT
TCGCGATTGAGCTCGCGTTGGTGGATGTTGCGCTAAACTCCGATAGCACCACCGATCCAC
GCGCCACCAACGCATATAAGATCGCCATCTATCAATTTCGACTCGCAAAATCTCAGAAGG
GTTCAACACCGACTCGCAAAATCAAAGTATCTCCAGTCCTTGGCAATTAACAATGATTTT
AGAGATAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 5 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 0 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES63JQ U 1
AF RR3EO07JQ U 152
AF RR3EO07TF C 214
AF RR3FK67JQ U 13
AF RR3ES63TF C 219
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BS 639 643 RR3ES63JQ
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BS 789 825 RR3FK67JQ
BS 826 971 RR3ES63TF

RD RR3ES63JQ 643 0 0
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CACA*TAGCATACTTCAAAAAAGCACAAAAACACACACATTTTACACAATGCATTATCAC
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AGACAGAGAATGTAAATTCTTACTTGAAACAAGAAGGAAGACTTGGCCCGTGGCAAACAA
AGGCCATCGCGACGTATACAACCACTGCGAGTACAAGTATCAGTGCAATCGTAAGCTTGA
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AAAACTCATCGTTCATGGAGTAAGCTTGAGCAGAGTGAATGGCACGGCCGTAACTTCTCA
CAAATCTCTGATGAATCTCTTCCAGAAACCCAAGCGGAATACT

QA 1 643 1 643
DS 

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TACAAGTATCAGTGCAATCGTAAGCTTGACATTTCTCCACCACATGACGCTTCTAAAACG
GCGAGCTTGCTTCCTGAAACGAAAAGTGTTCCCTTGCATATTTGCGGTTTTATCCACAAG
CAACTCCAAACGCTCCCCTCTATCCAAGACTTTATCTATATTCTCAATCATCACGTTTCT
AACCTGAAACATTTCACATTTGATTCTGCTAACCCTGTCAGCATTGGGATCGTTAGAATA
GTATTCCATCTGCTGACTCAAAACCCGTGAAAACTCATCGTTCATGGAGTAAGCTTGAGC
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AAACGGTATACTCCTTCCGGCGGTTTCATCGGCCATACAGA

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR3EO07TF 557 0 0
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CAAGTATCAGTGCAATCGTAAGCTTGACATTTCTCCACCACATGACGCTTCTAAAACGGC
GAGCTTGCTTCCTGAAACGAAAAGTGTTCCCTTGCATATTTGCGGTTTTATCCACAAGCA
ACTCCAAACGCTCCCCTCTATCCAAGACTTTATCTATATTCTCAATCATCACGTTTCTAA
CCTGAGACATTTCACATTTGATTCTGCTAACCCTGTCAGCATTGGGATCGTTAGAATAGT
ATTCCATCTGCTGACTCAAAACCCGTGAAAACTCATCGTTCATGGAGTAAGCTTGAGCAG
AATGAATGGCACGGCCGTAACTTCTCACAAATCTCTGATGAATCTCTTCCAGAAACCCAA
ACGGTATACTCCTTCCGGCGGTTTCATCGGCCATACAGAGGGCGGTAAGACCATCGGTAC
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TTCACCCGGCAGCTTCTCC

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DS 

RD RR3FK67JQ 816 0 0
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CTTCAAAAAAGCACAAAAACACACACATTTTACACAATGCATTATCACAGTGATTACAAA
AACCAAAGCAGAGCAGAGACTGATGAATTTCCCAAGAAGGGAAAGGTGAGACAGAGAATG
TAAATTCTTACTTGAAACAAGAAGGAAGACTTGGCCCGTGGCAAACAAAGGCCATCGCGA
CGTATACAACCACTGCGAGTACAAGTATCAGTGCAATCGTAAGTTTGACATTTCTCCACC
ACATGACGCTTCTAAAACGGCGAGCTTGCTTCCTGAAACGAAAAGTGTTCCCTTGCATAT
TTGCGGTTTTATCCACAAGCAACTCCAAACGCTCCCCTCTATCCAAGACTTTATCTATAT
TCTCAATCATCACGTTTCTAACCTGAGACATTTCACATTTGATTCTGCTAACCCTGTCAG
CATTGGGATCGTTAGAATAGTATTCCATCTGCTGACTCAAAACCCGTGAAAACTCATCGT
TCATGGAGTAAGCTTGAGCAGAGTGAATGGCACGGCCGTAACTTCTCACAAATCTCTGAT
GAATCTCTTCCAGAAACCCAAACGGTATACTCCTTCCGGCGGTTTCATCGGCCATACAGA
GGGCGGTAAGACCATCGGTACGCTTGACGTGGAAGACGTACCGATCCTGAGAGTAGGACA
CGTGGCTATCCACATCTTCTTCACCCGGCAGCTTCTCCAAA*TCTGCTTCGCGAT*GAGC
TCGCGTTGGTGGATGTTGCGCTAAACTCCGATA
ACA

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR3ES63TF 753 0 0
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ATCAGTGCAATCGTAAGCTTGACATTTCTCCACCACATGACGCTTCTAAAACGGCGAGCT
TGCTTCGTGAAACGAAAAGTGTTCCCTTGCATATTTGCGGTTTTATCCACAAGCAACTCC
AAACGCTCCCCTCTATCCAAGACTTTATCTATATTCTCAATCATCACGTTTCTAACCTGA
GACATTTCACATTTGATTCTGCTAACCCTGTCAGCATTGGGATCGTTAGAATAGTATTCC
ATCTGCTGACTCAAAACCCGTGAAAACTCATCGTTCATGGAGTAAGCTTGAGCAGAGTGA
ATGGCACGGCCGTAACTTCTCACAAATCTCTGATGAATCTCTTCCAGAAACCCAAGCGGA
ATACTCCTTCCGGCGGTTTCATCGGCCATACAGAGGGCGGTAAGACCATCGGTACGCTTG
ACGTGGAAGACGTACCGATCCTGAGAGTAGGACACGTGGCTATCCACGTCTTCG***CCC
GGCAGCTTCTCCAAAATCTGCTTCGCTATTGAGCTCGCGTTGGTGGATGTTGCGCTGAAC
TCCGATAGCACCACCGATCCACGCGCCACCAACGCATATAAGATCGCCATCTATCAATTT
CGACTCGCAAAATCTCAGAAGGGTTCAACACCGACTCGCAAAATCAAAGTATCTCCAGTC
CTTGGCAATTAACAATGATTTTAGAGATAGTCC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 2 6

CO CL1154Contig1 766 2 2 U
GGATTTCTAACCTATCCTGAGGAAGGAAGAAAGAAATAATGTCGAGTCGATTAGGAAGAA
GAGTGGTTCATTTCGCGAATCTTCCGATCAAGCTTCTGATGCCTACGAAGCTGACGAACA
TCCACGAGTTCGCTCTGAAAACGATACCTTCAGCGACGAAGATCGAGATCAAGCGAGTCC
TGGAGTCACTCTACGGATTCGAGGTGGAAAAGGTGAACACTTTGAACATGGACGGGAAGA
AGAAGAAGCGCGGTGGTCTCTTGATAGCCAAGGCGGACTACAAGAAGGCATACGTGACGC
TGAAAAACCCTTTGTCGATCTCCAAGGACCTGTTCCCGGTGAAGTACATCGAGGAAGATA
GGAAGAGTAAAGTGAAAGGATCTAGCTTTGTGGAGGAGGAAGATGATAAGAAGAGTCACT
GGCTTGATCAGAAGGAGAAGAGGGAGGTCGGTGGTTATGGTAATGGTAAAAGTCGTCGCG
GCGGCGGCGGTGAAAGGTCGACTTCGCCGGCGAGAGCTTCTGCTGCTGCTGCTTCCGCGG
CTAAGTTTCCATGGAGCAGCATGAGATTTGGTGGCAAGTAAGGGTTTTTTTGTTACTAGT
CCTCAGTAGGGTTTATGACCAAACTATTATTTACCTGGGGTTTGTGTTTCTTTTAGATGT
CGGATTGTTATGGATTTTGTTTCTGTTGCTTGCTTGTTGTTTCCGTCTTAAAAAGACGAG
CTTGATCGTGAATCTGAATCTTATAAGCTCTCAGAGTTTTTGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D452TF U 1
AF RR3D452JQ C 3
BS 1 377 RR3D452TF
BS 378 766 RR3D452JQ

RD RR3D452TF 377 0 0
GGATTTCTAACCTATCCTGAGGAAGGAAGAAAGAAATAATGTCGAGTCGATTAGGAAGAA
GAGTGGTTCATTTCGCGAATCTTCCGATCAAGCTTCTGATGCCTACGAAGCTGACGAACA
TCCACGAGTTCGCTCTGAAAACGATACCTTCAGCGACGAAGATCGAGATCAAGCGAGTCC
TGGAGTCACTCTACGGATTCGAGGTGGAAAAGGTGAACACTTTGAACATGGACGGGAAGA
AGAAGAAGCGCGGTGGTCTCTTGATAGCCAAGGCGGACTACAAGAAGGCATACGTGACGC
TGAAAAACCCTTTGTCGATCTCCAAGGACCTGTTCCCGGTGAAGTACATCGAGGAAGATA
GGAAGAGTAAAGTGAAA

QA 1 377 1 377
DS 

RD RR3D452JQ 764 0 0
GGATTTCTAACTAT
CTGAGGAAGGAAGAAAGAAATAATGTCGAGTCGATTAGGAAGAAGAGTGGTTCATTTCGC
GAATCTTCCGATCAAGCTTCTGATGCCTACGAAGCTGACGAACATCCACGAGTTCGCTCT
GAAAACGATACCTTCAGCGACGAAGATCGAGATCAAGCGAGTCCTGGAGTCACTCTACGG
ATTCGAGGTGGAAAAGGTGAACACTTTGAACATGGACGGGAAGAAGAAGAAGCGCGGTGG
TCTCTTGATAGCCAAGGCGGACTACAAGAAGGCATACGTGACGCTGAAAAACCCTTTGTC
GATCTCCAAGGATCTGTTCCCGGTGAAGTACATCGAGGAAGATAGGAAGAGTAAAGTGAA
AGGATCTAGCTTTGTGGAGGAGGAAGATGATAAGAAGAGTCACTGGCTTGATCAGAAGGA
GAAGAGGGAGGTCGGTGGTTATGGTAATGGTAAAAGTCGTCGCGGCGGCGGCGGTGAAAG
GTCGACTTCGCCGGCGAGAGCTTCTGCTGCTGCTGCTTCCGCGGCTAAGTTTCCATGGAG
CAGCATGAGATTTGGTGGCAAGTAAGGGTTTTTTTGTTACTAGTCCTCAGTAGGGTTTAT
GACCAAACTATTATTTACCTGGGGTTTGTGTTTCTTTTAGATGTCGGATTGTTATGGATT
TTGTTTCTGTTGCTTGCTTGTTGTTTCCGTCTTAAAAAGACGAGCTTGATCGTGAATCTG
AATCTTATAAGCTCTCAGAGTTTTTGTGTC

QA 15 764 15 764
DS 



CO CL1154Contig2 668 4 6 U
GCCAAAGACACAAAAACTCTGAGAGCTTATAAGATTCAGATTCACGAAAAGCTCGTCTTT
TAAAGACGGAAACAACAAGCAAGCAGCACAAACAAAATCCATAATAATCCGACAGCTAAA
AAGAAACACAAACCCC*AGGTAAATAATAGTTTGGTCATAAACCC*TACTGAGGACTAGT
AACAAAAAAACCCTTACTTGCCACCAAATCTCATGCTGCTCCATGGAAACTTAGCCCCGG
AAGCAGCAGCAGCAGAAGCTCTCGCCGTCGAAGTCGACCTCTCACCGCCGCCGCCGCGAC
GACTTTTACCATTACCATAGCCACCGACCTCCCTCTTCTCCTTCTGATCAAGCCAGTGAC
TCTTCTTATCATCTTCCTCCTCCACAAAGCTAGATCCTTTCACTTTACTCTTCCTATATT
CCTCGATGTACTTCACCGGGAACAGATCCTTGGAGATCGACAAAGGGTTTTTGAGCGTGA
CGTAAGCTTTCTTGTAGTCAGCCTTGGCTATCAACAGACCACCGCGCTTCTTCTTCTTCC
CGTCCATGTTCAAAGTGTTCACCTTTTCCACCTCGAATCCGTAGAGTGACTCGAGGACTC
GCTTGATCTCGATCTTCGTCGCTGAAGGTATCGTTTTCAGCGCGAACTCGTGGATGTTCG
TCAGCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3GW70JQ U 1
AF RR3GW70TF C 1
AF RR3GL45TF C 23
AF RR3GL45JQ U 7
BS 1 189 RR3GW70JQ
BS 190 190 RR3GL45JQ
BS 191 417 RR3GW70JQ
BS 418 418 RR3GL45JQ
BS 419 535 RR3GW70JQ
BS 536 668 RR3GL45JQ

RD RR3GW70JQ 535 0 0
GCCAAAGACACAAAAACTCTGAGAGCTTATAAGATTCAGATTCACGAAAAGCTCGTCTTT
TAAAGACGGAAACAACAAGCAAGCAGCACAAACAAAATCCATAATAATCCGACAGCTAAA
AAGAAACACAAACCCC*AGGTAAATAATAGTTTGGTCATAAACCC*TACTGAGGACTAGT
AACAAAAAA*CCCTTACTTGCCACCAAATCTCATGCTGCTCCATGGAAACTTAGCCCCGG
AAGCAGCAGCAGCAGAAGCTCTCGCCGTCGAAGTCGACCTCTCACCGCCGCCGCCGCGAC
GACTTTTACCATTACCATAGCCACCGACCTCCCTCTTCTCCTTCTGATCAAGCCAGTGAC
TCTTCTTATCATCTTCCTCCTCCACAAAGCTAGATCCTTTCACTTTACTCTTCCTATCTT
CCTCGATGTACTTCACCGGGAACAGATCCTTGGAGATCGACAAAGGGTTTTTGAGCGTGA
CGTAAGCTTTCTTGTAGTCAGCCTTGGCTATCAACAGACCACCGCGCTTCTTCTT

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3GW70TF 648 0 0
GCCAAA
GACACAAAAACTCTGAGAGCTTATAAGATTCAGATTCACGAAAAGCTCGTCTTTTAAAGA
CGGAAACAACAAGCAAGCAGCACAAACAAAATCCATAATAATCCGACAGCTAAAAAGAAA
CACAAACCCC*AGGTAAATAATAGTTTGGTCATAAACCC*TACTGAGGACTAGTAACAAA
AAA*CCCTTACTTGCCACCAAATCTCATGCTGCTCCATGGAAACTTAGCCCCGGAAGCAG
CAGCAGCAGAAGCTCTCGCCGTCGAAGTCGACCTCTCACCGCCGCCGCCGCGACGACTTT
TACCATTACCATAGCCACCGACCTCCCTCTTCTCCTTCTGATCAAGCCAGTGACTCTTCT
TATCATCTTCCTCCTCCACAAAGCTAGATCCTTTCACTTTACTCTTCCTATCTTCCTCGA
TGTACTTCACCGGGAACAGATCCTTGGAGATCGACAAAGGGTTTTTGAGCGTGACGTAAG
CTTTCTTGTAGTCAGCCTTGGCTATCAACAGACCACCGCGCTTCTTCTTCTTCCCGTCCA
TGTTCAAAGTGTTCACCTTTTCCACCTCGAATCCGTAGAGTGACTCGAGGACTCGCTTGA
TCTCGATCTTCGTCGCTGAAGGTATCGTTTTCAGCGCGAAC
C

QA 7 647 7 647
DS 

RD RR3GL45TF 587 0 0
GAGCTTATAAGATTCAGATTCACGAAAAGCTCGTCTTT*AAAGACGGAAACAACAAGCAA
GCAGCACAAACAAAATCCATAATTATCCGACAGCTAAAAAGAAACACAAACCCCCAGGTA
AATAATAGTTTGGTCATAAACCCCTACTGAGGACTAGTAACAAAAAAACCCTTACTTGCC
ACCAAATCTCATGCTGCTCCATGGAAACTTAGCCCCGGAAGCAGCAGCAGCAGAAGCTCT
CGCCGTCGAAGTCGACCTCTCACCGCCGCCGCCTCGACGACTTTTACCATTACCATAGCC
ACCGACCTCCCTCTTCTCCTTCTGATCAAGCCAGTGACTCTTCTTATCATCTTCCTCCTC
CACAAAGCTAGATCCTTTCACTTTACTCTTCCTATATTCCTCGATGTACTTCACCGGGAA
CAGATCCTTGGAGATCGACAAAGGGTTTTTGAGCGTGACGTAAGCTTTCTTGTAGTCAGC
CTTGGCTATCAACAGACCACCGCGCTTCTTCTTCTTCCCGTCCATGTTCAAAGTGTTCAC
CTTTTCCACCTCGAATCCGTAGAGTGACTCGAGGACTCGCTTGATCT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3GL45JQ 662 0 0
GACACAAAAACTCTGAGAGCTTATAAGATTCAGATTCACGAAAAGCTCGTCTTTTAAAGA
CGGAAACAACAAGCAAGCAGCACAAACAAAATCCATAATAATCCGACAGCTAAAAAGAAA
CACAAACCCC*AGGTAAATAATAGTTTGGTCATAAACCC*TACTGAGGACTAGTAACAAA
AAAACCCTTACTTGCCACCAAATCTCATGCTGCTCCATGGAAACTTAGCCCCGGAAGCAG
CAGCAGCAGAAGCTCTCGCCGTCGAAGTCGACCTCTCACCGCCGCCGCCTCGACGACTTT
TACCATTACCATAGCCACCGACCTCCCTCTTCTCCTTCTGATCAAGCCAGTGACTCTTCT
TATCATCTTCCTCCTCCACAAAGCTAGATCCTTTCACTTTACTCTTCCTATATTCCTCGA
TGTACTTCACCGGGAACAGATCCTTGGAGATCGACAAAGGGTTTTTGAGCGTGACGTAAG
CTTTCTTGTAGTCAGCCTTGGCTATCAACAGACCACCGCGCTTCTTCTTCTTCCCGTCCA
TGTTCAAAGTGTTCACCTTTTCCACCTCGAATCCGTAGAGTGACTCGAGGACTCGCTTGA
TCTCGATCTTCGTCGCTGAAGGTATCGTTTTCAGCGCGAACTCGTGGATGTTCGTCAGCT
TC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 2 6

CO CL1155Contig1 556 2 3 U
GGGAAAGGGCTCTCTTCTTCCTGTAAATCCGGCGAGCAGCGACACTTGACGGCGTGAGAA
GAAGATGGTAGCGGCGAAGAAGACGAAGAAGTCCCATGAGGGAATCAACAGCAGATTAGC
TCTTGTGATGAAGAGTGGAAAGTACACCCTTGGCTACAAATCAGTTCTCAAGTCCCTTCG
CAGCTCCAAAGGTAAGTTGATTCTTATCTCGAGCAACTGCCCTCCGTTGAGGAGATCAGA
AATCGAGTACTACGCTATGCTTGCTAAAGTGGGCGTTCATCACTACAACGGGAACAATGT
CGATTTGGGAACTGCTTGCGGGAAGTACTTCCGTGTCTCTTGCCTCAGCATCGTTGATCC
AGGTGACTCCGACATCATCAAGTCGCTTCCCGGAGACCAGTGATTGTTGATTTTGTTATG
AGTTTGCCATGTTTTGTCTGCTTTTTATGGAATGTGTTCTGGAAAGACATCATGTTTGGT
TTCTGAACTCCTTATGCTTAATTACACTTTCGTCTCTCGGATACATTTTGCATGAATGAA
AGACTTATTTTAGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3CJ44JQ C 1
AF RR3CJ44TF U 1
BS 1 15 RR3CJ44JQ
BS 16 555 RR3CJ44TF
BS 556 556 RR3CJ44JQ

RD RR3CJ44JQ 556 0 0
GGGAAAGGGCTCTCTTCTTCCTGTAAATCCGGCGAGCAGCGACACTTGACGGCGTGAGAA
GAAGATGGTAGCGGCGAAGAAGACGAAGAAGTCCCATGAGGGAATCAACAGCAGATTAGC
TCTTGTGATGAAGAGTGGAAAGTACACCCTTGGCTACAAATCAGTTCTCAAGTCCCTTCG
CAGCTCCAAAGGTAAGTTGATTCTTATCTCGAGCAACTGCCCTCCGTTGAGGAGATCAGA
AATCGAGTACTACGCTATGCTTGCTAAAGTGGGCGTTCATCACTACAACGGGAACAATGT
CGATTTGGGAACTGCTTGCGGGAAGTACTTCCGTGTCTCTTGCCTCAGCATCGTTGATCC
AGGTGACTCCGACATCATCAAGTCGCTTCCCGGAGACCAGTGATTGTTGATTTTGTTATG
AGTTTGCCATGTTTTGTCTGCTTTTTATGGAATGTGTTCTGGAAAGACATCATGTTTGGT
TTCTGAACTCCTTATGCTTAATTACACTTTCGTCTCTCGGATACATTTTGCATGAATGAA
AGACTTATTTTAGGTT

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3CJ44TF 556 0 0
GGGAAAGGGCTCTCT
TCTTCCTGTAAATCCGGCGAGCAGCGACACTTGACGGCGTGAGAAGAAGATGGTAGCGGC
GAAGAAGACGAAGAAGTCCCATGAGGGAATCAACAGCAGATTAGCTCTTGTGATGAAGAG
TGGAAAGTACACCCTTGGCTACAAATCAGTTCTCAAGTCCCTTCGCAGCTCCAAAGGTAA
GTTGATTCTTATCTCGAGCAACTGCCCTCCGTTGAGGAGATCAGAAATCGAGTACTACGC
TATGCTTGCTAAAGTGGGCGTTCATCACTACAACGGGAACAATGTCGATTTGGGAACTGC
TTGCGGGAAGTACTTCCGTGTCTCTTGCCTCAGCATCGTTGATCCAGGTGACTCCGACAT
CATCAAGTCGCTTCCCGGAGACCAGTGATTGTTGATTTTGTTATGAGTTTGCCATGTTTT
GTCTGCTTTTTATGGAATGTGTTCTGGAAAGACATCATGTTTGGTTTCTGAACTCCTTAT
GCTTAATTACACTTTCGTCTCTCGGATACATTTTGCATGAATGAAAGACTTATTTTAGGT
T

QA 16 555 16 555
DS 



CO CL1155Contig2 591 4 15 U
GGGTCTCTTCTATTTAACTTATCATTTTGCGCCGCTCACCCCCGAAAGGGCTCCTCTTCC
TGTAAATCCGGCGAGCAGCGACACTTGACGGCGTTGAGAAGAAGATGGTAGCGGCGAAGA
AGACGAAGAAGTCCCATGAGGGAATCAACAGCAGATTAGCTCTTGTGATGAAGAGTGGAA
AGTACACCCTTGGCTACAAATCAGTTCTCAAGTCCCTTCGCAGCTCCAAAGGCAAGTTGA
TTCTTATCTCGAGCAACTGCCCTCCGTTGAGGAGATCAGAGATCGAGTATTACGCTATGC
TTGCTAAAGTCGGCGTTCATCACTACAACGGGAACAATGTCGATTTGGGAACTGCTTGCG
GGAAGTATTTCCGGGTTTCTTGCCTCAGCATCGTTGACCCAGGTGACTCCGACATCATCA
AGTCGCTTCCTGGAGACCAGTGATTTGTTATGAGTTTGCCATGTTTTGTCTGCTTTTTTT
ATGGAATGTGTTCTGGAAAGACATCATGTTTTGTTTCTGAACTCCTTATGCTTAATTACA
CTTTCGTCTCTCGGATCCATTTTGCATGAATGGAAAGACTTATTTTAGGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 0 0 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3EC42TF U 1
AF RR3DG55JQ C 52
AF RR3EC42JQ C 171
AF RR3DG55TF U 37
BS 1 52 RR3EC42TF
BS 53 53 RR3DG55JQ
BS 54 72 RR3EC42TF
BS 73 73 RR3DG55TF
BS 74 86 RR3EC42TF
BS 87 87 RR3DG55TF
BS 88 102 RR3EC42TF
BS 103 105 RR3DG55TF
BS 106 403 RR3EC42TF
BS 404 404 RR3DG55TF
BS 405 479 RR3EC42TF
BS 480 480 RR3DG55TF
BS 481 584 RR3EC42TF
BS 585 590 RR3DG55TF
BS 591 591 RR3DG55JQ

RD RR3EC42TF 584 0 0
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TGTAAATCCGGCTAGCAGCGACACTTCACGGCGTTGAGAAGA***TGGTAGCGGCGAAGA
AGACGAAGAAGTCCCATGAGGGAATCAACAGCAGATTAGCTCTTGTGATGAAGAGTGGAA
AGTACACCCTTGGCTACAAATCAGTTCTCAAGTCCCTTCGCAGCTCCAAAGGCAAGTTGA
TTCTTATCTCGAGCAACTGCCCTCCGTTGAGGAGATCAGAGATCGAGTATTACGCTATGC
TTGCTAAAGTCGGCGTTCATCACTACAACGGGAACAATGTCGATTTGGGAACTGCTTGCG
GGAAGTATTTCCGGGTTTCTTGCCTCAGCATCGTTGACCCAGG*GACTCCGACATCATCA
AGTCGCTTCCTGGAGACCAGTGATTTGTTATGAGTTTGCCATGTTTTGTCTGCTTTTTT*
ATGGAATGTGTTCTGGAAAGACATCATGTTTTGTTTCTGAACTCCTTATGCTTAATTACA
CTTTCGTCTCTCGGATCCATTTTGCATGAATGGAAAGACTTATT

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3DG55JQ 540 0 0
TCTTCTTCCTGTAAATCCGGCGAGCAGCGACACTTGACGGCGTTGAGAAGAAGATGGTAG
CGGCGAAGAAGACGAAGAAGTCCCATGAGGGAATCAACAGCAGATTAGCTCTTGTGATGA
AGAGTGGAAAGTACACCCTTGGCTACAAATCAGTTCTCAAGTCCCTTCGCAGCTCCAAAG
GTAAGTTGATTCTTATCTCGAGCAACTGCCCTCCGTTGAGGAGATCAGAGATCGAGTATT
ACGCTATGCTTGCTAAAGTGGGCGTTCATCACTACAACGGGAACAATGTCGATTTGGGAA
CTGCTTGCGGGAAGTATTTCCGGGTTTCTTGCCTCAGCATCGTTGACCCAGGTGACTCCG
ACATCATCAAGTCGCTTCCTGGAGACCAGTGATTTGTTATGAGTTTGCCATGTTTTGTTT
GCTTTTTTTATGGAATGTGTTCTGGAAAGACATCATGTTTTGTTTTTGAACTCCTTATGC
TTAATTACACTTTCGTCTCTCGGATCCATTTTGCATGAATGGAAAGACTTATTTTAGGTG

QA 1 540 1 540
DS 

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GGCAAGTTGATTTTTATCTCGAGCAACTGCCCTCCGTTGAGGAGATCAGAGATCGAGTAT
TACGCTATGCTTGCTAAAGTCGGCGTTCATCACTACAACGGGAACAATGTCGATTTGGGA
ACTGCTTGCGGGAAGTATTTCCGGGTTTTTTGCCTCAGCATCGTTGACCCAGG*GATTCC
GACATCATCAAGTCGCTTCCTGGAGACCAGTGATTTGTTATGAGTTTGCCATGTTTTTTT
TGCTTTTTT*ATGGAATGTGTTTTGGAAAGACATCATGTTTTGTTTTTGAACTCCTTATG
CTTAATTACACTT

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR3DG55TF 555 0 0
ACCCCGAAAGGGCTCTCT
TCTTCCTGTAAATCCGGCGAGCAGCGACACTTGACGGCGTTGAGAAGAAGATGGTAGCGG
CGAAGAAGACGAAGAAGTCCCATGAGGGAATCAACAGCAGATTAGCTCTTGTGATGAAGA
GTGGAAAGTACACCCTTGGCTACAAATCAGTTCTCAAGTCCCTTCGCAGCTCCAAAGGTA
AGTTGATTCTTATCTCGAGCAACTGCCCTCCGTTGAGGAGATCAGAGATCGAGTATTACG
CTATGCTTGCTAAAGTGGGCGTTCATCACTACAACGGGAACAATGTCGATTTGGGAACTG
CTTGCGGGAAGTATTTCCGGGTTTCTTGCCTCAGCATCGTTGACCCAGGTGACTCCGACA
TCATCAAGTCGCTTCCTGGAGACCAGTGATTTGTTATGAGTTTGCCATGTTTTGTCTGCT
TTTTTTATGGAATGTGTTCTGGAAAGACATCATGTTTTGTTTCTGAACTCCTTATGCTTA
ATTACACTTTCGTCTCTCGGATCCATTTTGCATGAATGGAAAGACTTATTTTAGGT
G

QA 19 554 19 554
DS 



AS 1 3

CO CL1156Contig1 1337 3 7 U
GGGTAGTCAGTCAATACTAGCGAAGCGGAGGAAATCCGAGGAAGAAGGAAGGAAGGAAGG
ATGAAGAAGATATCGGTGGTTCTCATGGGCTGTGGAGGCGTTGGCCGACAACTTCTGCAA
CACATTGCCTCTTTCCGATCCCTCCACGCCAAAATGGGAGTTCATATACGGGTGATTGGA
GTCAGTGACAGTAAATCCTTACTTGTTCCAGTGGATGTGGTCAAAGAGGAACTTGATGAT
GATCTCTTGTCAGTAATTTGCCGTATCAAATCGGCTGGTTCTCCGTTATCCACGCTTGGT
GCTTTAGGAAAAGGTGAATATCGTGTGCTCAATGGTTCTGAGTCAACAAGGGAGACGGAA
CAAATTGCACAACTTCTGGGCAAATCTACAGGCTTATGTTGTGGATTGCTCAGCCAGCAG
TGAAACGGTTGAGATATTGATGAAGGCAGTTGATTTTGGTTGCTGTGTTGTCCTAGCTAA
TAAGAAGCCTCTTACTTCCACACTGGAACATTATGACAAATTGGTTTTGGATCCTCGACG
TATCCGCCATGAATCCACTGTTGGTGCTGGGCTTCCTGTCATTGCATCCATGAACCGCAT
AATTTCATCCGGAGATCCTGTTCATAGCATTGTCGGTAGCTTGAGCGGTACCTTGGGATA
TGTAATGAGTGAGCTTGAAGATGGAAGGCCTCTAAGCCAAGTTGTTCGAGCTGCTAAGAC
GCTGGGGTATACTGAACCAGATCCACGGGATGACCTTAGTGGCATGGATGTTGCTAGAAA
GGGTTTGATTCTTGCTCGACTTCTTGGTAAGAGGATAATTATGGATAGCATTAAGATAGA
GAGCTTGTACCCTGAAGAGATGAGACCTGGAGTCATGACTGTGGATGATTTCCTCGAAAA
TGGAATAGCAAAACTTGATCAGAGCATTGAGGAGAGAGTTAAAAGAGCTTCATCAAACGG
GCGTGTGCTTCGTTATGTTTGTGTGATTGAGGGCTCAAGCGTTCAAGTTGGCATTCGAGA
AGTTCCAAAAGATTCTCCATTAGGACGACTAAGAGGCAGTGACAATATAGTAGAGATACG
TAGCCGTTGCTACAAGGAGCAGCCTTTGGTGATTCAAGGTGCTGGAGCCGGGAACGACAC
AACTGCAGCCGGTGTTCTTGCAGACATCATCGACATGCAGGATCTTTTTCCTTGAGAGAG
CATGTGATCTGGTCATCATATCACAGTAATAATAAACCTAATTTTCAAAGGATTTGTTTT
TTATTCATCACAAAAGATAGTCTTTGCCAACGAGATCATGGCCTCTCCTTAGACTGCAAT
AAAAAAAAGCTTTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL90TF U 1
AF RR3AT13TF U 501
AF RR3AL90JQ C 522
BS 1 685 RR3AL90TF
BS 686 793 RR3AT13TF
BS 794 794 RR3AL90JQ
BS 795 961 RR3AT13TF
BS 962 962 RR3AL90JQ
BS 963 1176 RR3AT13TF
BS 1177 1337 RR3AL90JQ

RD RR3AL90TF 685 0 0
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ATGAAGAAGATATCGGTGGTTCTCATGGGCTGTGGAGGCGTTGGCCGACAACTTCTGCAA
CACATTGCCTCTTTCCGATCCCTCCACGCCAAAATGGGAGTTCATATACGGGTGATTGGA
GTCAGTGACAGTAAATCCTTACTTGTTCCAGTGGATGTGGTCAAAGAGGAACTTGATGAT
GATCTCTTGTCAGTAATTTGCCGTATCAAATCGGCTGGTTCTCCGTTATCCACGCTTGGT
GCTTTAGGAAAAGGTGAATATCGTGTGCTCAATGGTTCTGAGTCAACAAGGGAGACGGAA
CAAATTGCACAACTTCTGGGCAAATCTACAGGCTTATGTTGTGGATTGCTCAGCCAGCAG
TGAAACGGTTGAGATATTGATGAAGGCAGTTGATTTTGGTTGCTGTGTTGTCCTAGCTAA
TAAGAAGCCTCTTACTTCCACACTGGAACATTATGACAAATTGGTTTTGGATCCTCGACG
TATCCGCCATGAATCCACTGTTGGTGCTGGGCTTCCTGTCATTGCATCCATGAACCGCAT
AATTTCATCCGGAGATCCTGTTCATAGCATTGTCGGTAGCTTGAGCGGTACCTTGGGATA
TGTAATGAGTGAGCTTGAAGATGGA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3AT13TF 676 0 0
G
ACTGGAACATTATGACAAATTGGTTTTGGATCGTCGACGTATCCGCCATGAATCCACTGT
TGGTGCTGGGCTTCCTGTCATTGCATCCATGAACCGCATAATTTCATCCGGAGATCCTGT
T*ATAGCATTGTCGGTAGTTTGAGCGGTACCTTGGGATATGTAATGAGTGAGCTTGAAGA
TGGAAGGCCTCTAAGCCAAGTTGTTCGAGCTGCTAAGACGCTGGGGTATACTGAACCAGA
TCCACGGGATGACCTTAGTGGCATGGATGTTGCTAGAAAGGGTTTGATTCTTTCTCGACT
TCTTGGTAAGAGGATAATTATGGATAGCATTAAGATAGAGAGCTTGTACCCTGAAGAGAT
GAGACCTGGAGTCATGACTGTGGATGATTTCCTCGAAAATGGAATAGCAAAACTTGATCA
GAGCATTGAGGAGAGAGTTAAAAGAGCTTCATCAAACGGGTGTGTGCTTCGTTATGTTTG
TGTGATTGAGGGCTCAAGCGTTCAAGTTGGCATTCGAGAAGTTCCAAAAGATTCTCCATT
AGGACGACTAAGAGGCAGTGACAATATAGTAGAGATACGTAGCCGTTGCTACAAGGAGCA
GCCTTTGGTGATTCAAGGTGCTGGAGCCGGGAACGACACAACTGCAGCCGGTGTTCTTGC
AGACATCATCGACAT

QA 2 676 2 676
DS 

RD RR3AL90JQ 816 0 0
TGGTTTTGGATCCTCGACGTATCCGCCATGAATCCACTGTTGGTGCTGGGCTTCCTGTCA
TTGCATCCATGAACCGCATAATTTCATCCGGAGATCCTGTTCATAGCATTGTCGGTAGCT
TGAGCGGTACCTTGGGATATGTAATGAGTGAGCTTGAAGATGGAAGGCCTCTAAGCCAAG
TTGTTCGAGCTGCTAAGACGCTGGGGTATACTGAACCAGATCCACGGGATGACCTTAGTG
GCATGGATGTTGCTAGAAAGGGTTTGATTCTTGCTCGACTTCTTGGTAAGAGGATAATTA
TGGATAGCATTAAGATAGAGAGCTTGTACCCTGAAGAGATGAGACCTGGAGTGATGACTG
TGGGTGATTTCCTCGAAAATGGAATAGCAAAACTTGATCAGAGCATTGAGGAGAGAGTTA
AAAGAGCTTCATCAAACGGGCGTGTGCTTCGTTATGTTTGTGTGATTGAGGGCTCAAGCG
TTCAAGTTGGCATTCGAGAAGTTCCAAAAGATTCTCCATTAGGACGACTAAGAGGCAGTG
ACAATATAGTAGAGATACGTAGCCGTTGCTACAAGGAGCAGCCTTTGGTGATTCAAGGTG
CTGGAGCCGGGAACGACACAACTGCAGCCGGTGTTCTTGCAGACATCATCGACATGCAGG
ATCTTTTTCCTTGAGAGAGCATGTGATCTGGTCATCATATCACAGTAATAATAAACCTAA
TTTTCAAAGGATTTGTTTTTTATTCATCACAAAAGATAGTCTTTGCCAACGAGATCATGG
CCTCTCCTTAGACTGCAATAAAAAAAAGCTTTTCTT

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 6

CO CL1157Contig1 902 6 4 U
TTCGTGAGCAGGTCCTCATTTTATAGACACGTGAAAGACTTATAGAACATCACTTGACGA
TTGTAATAGACTTATATATTCGATTATGTAGTCGTGTCTTTTATGTGATATAAAGTATAT
GTAGATAGCGACGTTATTCATATGTAATTATAAGCGAAGGCTCCTACTGTCCACATTACG
AGACTGGATTTATCGGCCAGAGTGCATCTCACGTGGCTCCCACGACGGAGTTTTCGTGCT
AAGAAACTCGGAAACAACTGCCTCTTCCAATATCTTAAAAGCTTCTTCACTACTCACCGA
CCTCGGGGTCTTGTACTGACTCACAGAAGAGCCTCGAGACAGGAACAAATTCATTAGCTC
GTCGAAAGCGCCACGCCTAACAACCTTAATCTCAAGGGGTCCAATGGTACCATCATTCTT
ACGTAACTTTCTGTACACAGAGTTGAGAGACTTCTCAATGGTGAAGCAGCATTCTTCCAA
GACATGACGGTGGGGCTCGACTTTCGCGTCCTTGAGTTTCCTCCCGAGTTCCCAATAGAT
CACGTAGTGACCTGGAAACGTGGAGGAGTCCACACGGCTAGTGAAATCGATGAGCATGAG
GTCATGTGGCTCGAGCAAGTGCGTCGCGCTCGTCACGGCCTTGTGCAAATCTTCTTCGTA
CGTCTTATCAATGTCCATGCTCAGAACAACTTTTTGTCTTCCTACAAAATAAAATTGTGG
GGCATTGTTGTAGAAACCAGTTACTCTCAGAACATCCCCCAAGCGGTACCTATACAAACC
AGAGAATGTTGTGATAATAAGTTCATAATCATGTCCAATTTTAACATCGGCAAGATCAAC
GACTACAGGGTTCTTTGTGGGATTGTGACCAGTTTCTTGATGGTCTTCCCCGGCCGAATG
GC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3BB87JQ U 56
AF RR3BB87TF C 56
AF RR3GQ60TF C 1
AF RR3GQ60JQ U 3
AF RR3GB04JQ U 59
AF RR3GB04TF C 190
BS 1 2 RR3GQ60TF
BS 3 702 RR3GQ60JQ
BS 703 729 RR3GB04JQ
BS 730 902 RR3GB04TF

RD RR3BB87JQ 471 0 0
GC
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TATGTAGATAGCGACGTTATTCATATGTAATTATAAGCGAAGGCTCCTACTGTCCACATT
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GCTAAGAAACTCGGAAACAACTGCCTCTTCCAATATCTTAAAAGCTTCTTCACTACTCAC
CGACCTCGGGGTCTTGTACTGACTCACAGAAGAGCCTCGAGACAGGAACAAATTCATTAG
CTCGTCGAAAGCGCCACGCCTAACAACCTTAATCTCAAGGGGTCCAATGGTACCATCATT
CTTACGTAACTTTCTGTACACAGAGTTGAGAGACTTCTCAATGGTGAAGCAGTATTCTTC
CAAGACATGACGGTGGGGCTCGACTTTCGCGTCCTTGAGTTTCCTCCC
C

QA 3 470 3 470
DS 

RD RR3BB87TF 471 0 0
GC
CGATTGTAATAGACTTATATATTCGATTATGTAGTCGTGTCTTTTATGTGATATAAAGTA
TATGTAGATAGCGACGTTATTCATATGTAATTATAAGCGAAGGCTCCTACTGTCCACATT
ACGAGACTGGATTTATCGGCCAGAGCGCATCTCACGTGGCTCCCACGACGGAGTTTTCGT
GCTAAGAAACTCGGAAACAACTGCCTCTTCCAATATCTTAAAAGCTTCTTCACTACTCAC
CGACCTCGGGGTCTTGTACTGACTCACAGAAGAGCCTCGAGACAGGAACAAATTCATTAG
CTCGTCGAAAGCGCCACGCCTAACAACCTTAATCTCAAGGGGTCCAATGGTACCATCATT
CTTACGTAACTTTCTGTACACAGAGTTGAGAGACTTCTCAATGGTGAAGCAGTATTCTTC
CAAGACATGACGGTGGGGCTCGACTTTCGCGTCCTTGAGTTTCCTCCC
C

QA 3 470 3 470
DS 

RD RR3GQ60TF 702 0 0
TTCGTGAGCAGGTCCTCATTTTATAGACACGTGAAAGACTTATAGAACATCACTTGACGA
TTGTAATAGACTTATATATTCGATTATGTAGTCGTGTCTTTTATGTGATATAAAGTATAT
GTAGATAGCGACGTTATTCATATGTAATTATAAGCGAAGGCTCCTACTGTCCACATTACG
AGACTGGATTTATCGGCCAGAGTGCATCTCACGTGGCTCCCACGACGGAGTTTTCGTGCT
AAGAAACTCGGAAACAACTGCCTCTTCCAATATCTTAAAAGCTTCTTCACTACTCACCGA
CCTCGGGGTCTTGTACTGACTCACAGAAGAGCCTCGAGACAGGAACAAATTCATTAGCTC
GTCGAAAGCGCCACGCCTAACAACCTTAATCTCAAGGGGTCCAATGGTACCATCATTCTT
ACGTAACTTTCTGTACACAGAGTTGAGAGACTTCTCAATGGTGAAGCAGCATTCTTCCAA
GACATGACGGTGGGGCTCGACTTTCGCGTCCTTGAGTTTCCTCCCGAGTTCCCAATAGAT
CACGTAGTGACCTGGAAACGTGGAGGAGTCCACACGGCTAGTGAAATCGATGAGCATGAG
GTCATGTGGCTCGAGCAAGTGCGTCGCGCTCGTCACGGCCTTGTGCAAATCTTCTTCGTA
CGTCTTATCAATGTCCATGCTCAGAACAACTTTTTGTCTTCC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3GQ60JQ 700 0 0
CGTGAGCAGGTCCTCATTTTATAGACACGTGAAAGACTTATAGAACATCACTTGACGATT
GTAATAGACTTATATATTCGATTATGTAGTCGTGTCTTTTATGTGATATAAAGTATATGT
AGATAGCGACGTTATTCATATGTAATTATAAGCGAAGGCTCCTACTGTCCACATTACGAG
ACTGGATTTATCGGCCAGAGTGCATCTCACGTGGCTCCCACGACGGAGTTTTCGTGCTAA
GAAACTCGGAAACAACTGCCTCTTCCAATATCTTAAAAGCTTCTTCACTACTCACCGACC
TCGGGGTCTTGTACTGACTCACAGAAGAGCCTCGAGACAGGAACAAATTCATTAGCTCGT
CGAAAGCGCCACGCCTAACAACCTTAATCTCAAGGGGTCCAATGGTACCATCATTCTTAC
GTAACTTTCTGTACACAGAGTTGAGAGACTTCTCAATGGTGAAGCAGCATTCTTCCAAGA
CATGACGGTGGGGCTCGACTTTCGCGTCCTTGAGTTTCCTCCCGAGTTCCCAATAGATCA
CGTAGTGACCTGGAAACGTGGAGGAGTCCACACGGCTAGTGAAATCGATGAGCATGAGGT
CATGTGGCTCGAGCAAGTGCGTCGCGCTCGTCACGGCCTTGTGCAAATCTTCTTCGTACG
TCTTATCAATGTCCATGCTCAGAACAACTTTTTGTCTTCC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3GB04JQ 678 0 0
GATTGTAATAGACTTATATATTCGATTATGTAGTCGTGTCTTTTATGTGATATAAAGTAT
ATGTAGATAGCGACGTTATTCATATGTAATTATAAGCGAAGGCTCCTACTGTCCACATTA
CGAGACTGGATTTATCGGCCAGAGTGCATCTCACGTGGCTCCCACGACGGAGTTTTCGTG
CTAAGAAACTCGGAAACAACTGCCTCTTCCAATATCTTAAAAGCTTCTTCACTACTCACC
GACCTCGGGGTCTTGTACTGACTCACAGAAGAGCCTCGAGACAGGAACAAATTCATTAGC
TCGTCGAAAGCGTCACGCCTAACAACCTTAATCTCAAGGGGTCCAATGGTACCATCATTC
TTACGTAACTTTCTGTACACAGAGTTGAGAGACTTCTCAATGGTGAAGCAGCATTCTTCC
AAGACATGACGGTGGGGCTCGACCTTCGCGTCCTTGAGTTTCCTCCCGAGTTCCCAATAG
ATCACGTAGTGACCTGGAAACGTGGAGGAGTCCACACGGCTAGTGAAATCGATGAGCATG
AGGTCATGTGGCTCGAGCAAGTGCGTCGCGCTTGTCACGGCCTTGTGCAAATCTTCTTCG
TACGTCTTATCAATGTCCATGCTCAGAACAACTTTTTGTCTTCCTACAAAATAAAATTGT
GGGGCATTGTT
TGTAGAA

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3GB04TF 713 0 0
TTATCGGCCAGAGTGCATCTCACGTGGCTCCCACGACGGAGTTTTCGTGCTAAGAAACTC
GGAAACAACTGCCTCTTCCAATATCTTAAAAGCTTCTTCACTACTCACCGACCTCGGGGT
CTTGTACTGACTCACAGAAGAGCCTCGAGACAGGAACAAATTCATTAGCTCGTCGAAAGC
GTCACGCCTAACAACCTTAATCTCAAGGGGTCCAATGGTACCATCATTCTTACGTAACTT
TCTGTACACAGAGTTGAGAGACTTCTCAATGGTGAAGCAGCATTCTTCCAAGACATGACG
GTGGGGCTCGACCTTCGCGTCCTTGAGTTTCCTCCCGAGTTCCCAATAGATCACGTAGTG
ACCTGGAAACGTGGAGGAGTCCACACGGCTAGTGAAATCGATGAGCATGAGGTCATGTGG
CTCGAGCAAGTGCGTCGCGCTTGTCACGGCCTTGTGCAAATCTTCTTCGTACGTCTTATC
AATGTCCATGCTCAGAACAACTTTTTGTCTTCCTACAAAATAAAATTGTGGGGCATTGTT
GTAGAAACCAGTTACTCTCAGAACATCCCCCAAGCGGTACCTATACAAACCAGAGAATGT
TGTGATAATAAGTTCATAATCATGTCCAATTTTAACATCGGCAAGATCAACGACTACAGG
GTTCTTTGTGGGATTGTGACCAGTTTCTTGATGGTCTTCCCCGGCCGAATGGC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 6

CO CL1158Contig1 878 6 6 U
GGATCATTCATCAACCAAACTCACCAACAAGAACAATAACAATAAGCAAGAACAAGAGAA
GGATTCTGCCTTGGATATTACACAAAAGCATATAGAGAAAGAAATCTTGATTTTGAAAAA
CAATGGCGTACGAGAAAGTCAATGAGAT*AACCTTAAGGACACAGAGCTTCGTCTTGGAT
TACCTGGAACAGAGCAAGTTAAGGAAGAACAAGAGGTTTCTTGTGTTAGAAGCATCAAGC
GTCAATATCAAAGCGATAACGAGGAAGAATCAACACCTCCTACGAAAACTCAAATCGTTG
GTTGGCCTCCGGTGAGATCTTACCGTAAGAACAACAACAGTGTGAGCTATGTGAAAGTGA
GTATGGACGGAGCTCCATACCTACGTAAAATCGATCTCAAAACATATAAAAACTATCCAG
AGCTTCTCAGGGAGTTAGAGAACATGTTCAAGATCACAATAGGTGAATACAACGAAAGAG
AAGGGTACAGAGGATCTGAAGTTGTACCAACGTACGAGGATAAAGATGGAGACTGGATGT
TGGTTGGTGATGTTCCATGGGATATGTTCTCTTCCTCTTGTAAGAGACTCAGAATCATGA
AAGGACCTGATGCTCTCGCTTTAGACTCTGGCTTATGATGAATACCACACCAAACACAAA
ACTATTCAGGGTTTTGTTCAATGAGTTAGATCCATTTCCACGTGATTTTATCTTTTCATT
TTTATTTGTTTTTTTGTTTTTAGATTTAGAATTTGATGTAAAGATACATGAAATTTATGT
ATAATACGGATACATACACAATATAGATGCATATGTAGCAATGTTCTTGACGAATACAGT
TTTGAAATTTATAATAATATCCAAAATAATTTACAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

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AF RR3DT16TF U 46
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AF RR3DT16JQ C 310
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AAGGACCTGATGCTCTCGCTTTAGACTCTGGCTTATGATGAATACCACACCAAACACAAA
CTAT

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DS 

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AGCTTCGTCTTGGATTACCTGGAACAGAGCAAGTTAAGGAAGAACAAGAGGTTTCTTGTG
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GCTATGTGAAAGTGAGTATGGACGGAGCTCCATACCTACGTAAAATCGATATCAAAACAT
ATAAAAACTACCCAGAGCTTCTCAGGGAGTTAGAGAACATGTTCAAGTTCACAATAGGTG
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GTT

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ACCTACGTAAAATCGATCTCAAAACATATAAAAACTATCCAGAGCTTCTCAGGGAGTTAG
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CTTTAGACTCTGGCTTATGATGAATACCACACCAAACACAAAACTATTCAGGGTTTTGTT
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DS 

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GAGCTCCATACCTACGTAAAATCGATATCAAAACATATAAAAACTACCCAGAGCTTCTCA
GGGAGTTAGAGAACATGTTCAAGTTCACAATAGGTGAATACAACGAAAGAGAAGGGTACG
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TTTTTTGTTTTTAGACTTGGAATTTGATGTAAAGATACATGAAATTTATGTATAATACGG
ATACATACAC

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DS 

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TTT
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AAGTGAGTATGGACGGAGCTCCATACCTACGTAAAATCGATCTCAAAACATATAAAAACT
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TTCATTTTTATTTGTTTTTTTGTTTTTAGATTTAGAATTTGATGTAAAGATACATGAAAT
TTATGTATAATACGGATACATACACAATATAGATGCATATGTAGCAATGTTCTTGACGAA
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DS 

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TGGCCTCCGGTGAGATCTTACCGTAAGAACAACAACAGTGTGAGCTATGTGAAAGTGAGT
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CTTTTCAGGGAGTTAGAGAACATGTTCAAGATCACAATAGGT****ACAACGAAAGAGAA
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GTTGGTGATGTTCCATGGGATATGTTCTTTTCCTCTTGTAAGAGACTCAGAATCATGAAA
GGACCTGATGCTCTCGCTTTAGACTCTGGCTTATGATGAATACCACACCAAACACAAAAC
TATTCAGGGTTTTGTTCAATGAGTTAGATCCATTTCCACGTGATTTTATCTTTTCATTTT
TATTTGTTTTTT*GTTTTTAGATTTAGAATTTGATGTAAAGATACATGAAATTTATGTAT
AATACGGATACATACACAATATAGATGCATATGTAGCAATGTTCTTGACGAATACAGTTT
TGAAATTTATAATAATATCCAAAATAATTTACAATG

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 6

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CACTTTTCTTCCAATCATCAAGGAGATTCTCTTCTTCGATTAATCCAATTAGATCAAAAC
CCACGAAAAGATCATCATCTTCCTTTCCAGGATTCCGCTGTGTTTCTCCGGCTCCTTTAC
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ATGATTGGGGGAAGGTGTCCGCGGTGCTATTCGATATGGACGGTGTGCTTTGCAACAGCG
AGGATCTCTCGAGACGAGCCGCAGTGGATGTCTTCACCGAGATGGGAGTTGAAGTCACCG
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ATCTCGATAAGTACGCGAAGCCAGAGTCTGGAATTGGATTTCCTGGAGCACTTGAGCTTG
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CTGCTCAAGCTGCAAACATGAGATGCATAGCTGTGAAAACTACTTTATCTGAAGCAGTTC
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CTTCGTTTCTGGTGTATTTATTTCTCCATTGTACTTTTTCAAAAATTTCTTGAATAAAGG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3F516TF U 1
AF RR3DC89TF U 11
AF RR3F486TF U 11
AF RR3F486JQ C 322
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AGATATT

QA 1 693 1 693
DS 

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GCCCACAAGCGAGTGTATTGTTATT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3F486TF 714 0 0
CAAAATAATGGCTTTGAAACTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTC***GCCTTCACTTTTCTT
CCAATCATCAAGGAGATTCTCTTCTTCGATTAATCCAATTAGATCAAAACCCACGAAAAG
ATCATCATCTTCCTTTCCAGGATTCCGCTGTGTTTCTCCGGCTCCTTTACCGTCGTCCTG
GAAAGTGAGTGTTGCTGCGGAGAGCCCTCCGGCGACGACGACGGAGGCGGATGATTGGGG
GAAGGTGTCCGCGGTGCTATTCGATATGGACGGTGTGCTTTGCAACAGCGAGGATCTCTC
GAGACGAGCCGCAGTGGATGTCTTCACCGAGATGGGAGTTGAAGTCACCGTAGATGACTT
CGTCCCTTTCATGGGAACAGGTGAAGCTAAGTTCTTAGGAGGTGTTGCTTCTGTGAAAGG
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AAACCTTGCAGCCGCTGGTTTGTCTTTGTCCATGTTTGATGCAATTGTATCAGCAGACGC
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TGATCCGAGACGATATCGGAAACATATCAATCAATGACATTCTCACTGGTGGCTCTGATT
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TTCTCCATTGTACTTTTTCAAAAATTTCTTGAATAAAGGGCTTTCGTTGTAATGAGATTA
CGTTTGGCATATTGAATCAAATGTTTAGCACTC
C

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DS 

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AGCCGCTGGTTTGTCTTTGTCCATGTTTGATGCAATTGTATCAGCAGACGCATTTGAGAA
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ATTTCTCCATTGTACTTTTTCAAAAATTTCTTGAATAAAGGGCTTTCGTTG
G

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GCAGACGCATTTGAGAACTTGAAACCAGCTCCAGATATTTTCTTGGCTGCTTCCAAGATC
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GCTCAAGCTGCAAACATGAGATGCATAGCTGTGAAAACTACTTTATCTGAAGCAGTTCTT
AAGGATGCTGGTCCGTCAATGATCCGAGACGATATCGGAAACATATCAATCAATGACATT
CTCACTGGTGGCTCTGATTCTACCAGTATGTAGTCTCCAAGCAATTCGTTGCAAAACACT
TCGTTTCTGGTGTATTTATTTCTCCATTGTACCTTTTCAAAAATTTCTTGAATAAAGGGC
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DS 



AS 1 6

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CCGGTACATACAAACAGAACAAGTGCCTATCCGGCTGTGGCCAGCCTACACAGAGATACT
ACCACGTGCCGAGATCATGGTTAAAGCCGAGCCAAAACCTGTTGGTCGTATTCGACGAGC
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AAGTCTCTGAGTACCATCCGAATATCAAGAACTGGCAACTGGAAAGCTATGGTAAAGAAG
GACAAACGTTTCATAGACCAAAGGTTCATTTGAAGTGTAGTCCTGGTCAGGCCATTTCAG
CTATCAAGTTCGCAAGCTTTGGCACTCCTTTAGGGAAATGTGGGAGTTACCAACAAGGAG
AGTGTCATGCAGCTGCTTCATACGCTATCTTAGAGAGGAAGTGTGTAGGAAAAGCGAGGT
GTGCAGTGACGATATCAAACAGTAACTTCGGGAAAGATCCGTGTCCGAATGTGTTGAAAC
GGTTGACTGTTGAAGCAGTTTGTTCTCATGAGACATCTGTAACCAGTTGGAGACCTTGAA
GACAACTATTGTTCTACAAAATGTATAACCAAACTATACAGAGAGAGAGGAAAAATAAGT
AAGCTGAGTTAAAATCTGTGTCTGTGTGTGTTAGTTTTGAACAGAAGAACTTTGTGGTTT
AGAGTAGTTTGAGTTAGGTAAGAGAGGAGAGTCTATAGAGTTGTGATGAGTCTTGGGCAA
TTCCGGGTCTTGTCAAAAACGTTTCTGCCCACCGGTTTACCTACGACCATTTTAACCGGT
TATGGAGACTGGAATTGTTGGGTATGAATGAAGTCTGGTTTAATGTTTGGTTTTGATTTG
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TTCAATTTTTTGTTTTTGTTTTGGTAAAACATTTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E669TF U 1
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*ACAAACGTTTCATAGACC

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3AL53TF 829 0 0
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AGATAGGGGTGAACGGTGAGAGCATTGGGAGATACTGGACGGCTTTTGCAACCGGTGACT
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GTCCGAGTGTGTTGAAACGGTTGACTGTTGAAGCAGTTTGTTCTCATGAGACATCTGTAA
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QA 1 829 1 829
DS 

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G
GGAAAATATGGGGAAAGGTCAGATATGGGTGAACGGTGAGAGCATTGGGAGATACTGGAC
GGCTTTTGCAACCGGTGACTGTGATCACTGTAGCTACACCGGTACATACAAACAGAACAA
GTGCCTATCCGGCTGTGGCCAGCCTACACAGAGATACTACCACGTGCCGAGATCATGGTT
AAAACCGAGCCAAAACCTGTTGGTCGTATTCGAGGAGCTTGGGGGAAACCCATCAGCTGT
TTCTCTGGTTAAAAGATCAGTATCTGGAGTCTGTGCTGAAGTCTCTGAGTACCATCCGAA
TATCAAGAACTGGCAACTGGAAAGCTATGGTAAAGAAGGACAAACGTTTCATAGACCAAA
GGTTCATTTGAAGTGTAGTCCTGGTCAGGCCATTTCAGCTATCAAGTTCGCAAGCTTTGG
CACTCCTTTAGGGAAATGTGGGAGTTACCAACAAGGAGAGTGTCATGCAGCTGCTTCATA
CGCTATCTTAGAGAGGAAGTGTGTAGGAAAAGCGAGGTGTGCAGTGACGATATCAAACAG
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TGTGTGTGTTAGTTTTGAAC

QA 2 741 2 741
DS 

RD RR3G185JQ 667 0 0
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CTTTAGGGAAATGTGGGAGTTACCAACAAGGAGAGTGTCATGCAGCTGCTTCATACGCTA
TCTTAGAGAGGAAGTGTGTAGGAAAAGCGAGGTGTGCAGTGACGATATCAAACAGTAACT
TCGGGAAAGATCCGTGTCCGAATGTGTTGAAACGGTTGACTGTTGAAGCAGTT*GTTCTC
ATGAGACATCTGTAACCAGTTGGAGCCCTTGAAGACAACTATTGTTCTACAAAATGTATA
ACCAAACTATACAGAGAGAGAGGAAAAATAAGTAAGCTGAGTTAAAATCTGTGTCTGTGT
GTGTTAGTTTTGAACAGAAGAACTTTGTGGTTTAGAGTAGTTTGAGTTTGGTAAGAGAGG
AGAGTCTATAGAGTTGTGATGAGTCTTGGGCAATTCCGGGTCTTGTCAAAAACGTTTCTG
CCCACCGGTTTACCTACGACCATTTTAACCGGTTATGGAGACTGGAATTGTTGGGTATGA
ATGAAGTCTGGTTGAATGTTTGGTTTTGATTTGTCTCTGTAATCAACGATGAATGTTACG
AGTTT
CC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3E669JQ 628 0 0
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TGCAGCTGCTTCATACGCTATCTTAGAGAGGAAGTGTGTAGGAAAAGCGAGGTGTGCAGT
GACGATATCAAACAGTAACTTCGGGAAAGATCCGTGTCCGAATGTGTTGAAACGGTTGAC
TGTTGAAGTAGTTTGTTCTCATGAGACATCTGTAACCAGTTGGAGACCTTGAAGACAACT
ATTGTTCTACAAAATGTATAACCAAACTATACAGAGAGAGAGGAAAAATAAGTAAGCTGA
GTTAAAATCTGTGTCTGTGTGTGTTAGTTTTGAACAGAAGAACTTTGTGGTTTAGAGTAG
TTTGAGTTAGGTAAGAGAGGAGAGTCTATAGAGTTGTGATGAGTCTTGGGCAATTCCGGG
TCTTGTCAAAAACGTTTCTGCCCACCGGTTTACCTACGACCATTTTAACCGGTTATGGAG
ACTGGAATTGTTGGGTATGAATGAAGTCTGGTTTAATGTTTGGTTTTGATTTGTCTCTGT
AATCAACGATGAATGTTACGAGTTT
TCC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3AL53JQ 673 0 0
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CCTTTAGGGAAATGTGGGAGTTACCAACAAGGAGAGTGTCATGCAGCTGCTTCATACGCT
ATCTTAGAGAGGAAGTGTGTAGGAAAAGCGAGGTGTGCAGTGACGATATCAAACAGTAAC
TTCGGGAAAGATCCGTGTCCGAGTGTGTTGAAACGGTTGACTGTTGAAGCAGTTTGTTCT
CATGAGACATCTGTAACCAGTTGGAGACCTTGAAGACAACTATTGTTCTACAAAATGTAT
AACCAAACTATACAGAGAGAGAGGAAAAATAAGTAAGCTGAGTTAAAATCTGTGTCTGTG
TGTGTTAGTTTTGAACAGAAGAACTTTGTGGTTTAGAGTAGTTTGAGTTAGGTAAGAGAG
GAGAGTCTATAGAGTTGTGATGAGTCTTGGGCAATTCCGGGTCTTGTCAAAAACGTTTCT
GCCCACCGGTTTACCTACGACCATTTTAACCGGTTATGGAGACTGGAATTGTTGGGTATG
AATGAAGTCTGGTTTAATGTTTGGTTTTGATTTGTCTCTGTAATCAACGATGAATGTTAC
GAGTTTTCTATTGTCATGAGTGTGATCCATTTGTTTCAATTTTTTGTTTTTGTTTTGGTA
AAACATTTGTTTC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL1161Contig1 907 2 6 U
GATGTGAGGTTGCTGCCGAGAGAAAAGTTTCAGTCAATGGTTTGTGAAGTTAGAGCTGCA
CAGTTGTCTGAAACCCTCCACCGACGCTTGATAATTGAATAACAAACCAAACTGTAATAC
TGATACAACATTGAAAATCACTTCAAGATAGAAACAAAAACTTGAAAATCTCTGGAACCA
TATAACTCAAGTTAAAACCACATCTAAAGTTGGAAAAGATTTTTGGCTTAGGTGGTAAGC
TCCATGATGGCAGAGACGATATCTCCATCAGCAGCCTTGAGAGCCTTCACGGCTCTTGGC
CTAGGCACACCTGCTTGCGTCATCACCAACTCAATATCCTTTGGCTCAACACCTTCCTCG
TCGACTTCCTCATCATCATCATCCTGCACCACTGCAGCAGCGCTGGACGACGACGATTCA
CCCTTGATCACGTTGCTGAGATCCGGAGCCTTGAACTGCTCCGCAGCTTGCGACTGCATC
TGAGAGCTCAGGTCTTCGATCTTGGCCTCTCCGAAGATTACGTATGTGTCTGAAGCTGGG
CTCTTGAAGACATCAGGTTTTGATATGACAAACATGATATTCTTGCTCTTTTTGACGGTG
ACACGGCTGACACCGGTGATGGGTTTCATACCGAGCTTGAGCATGGCCTTGCGGCTCTTC
TTCTCACCTCTGCTTTGTTTTGACTTTCCTCCTCCCTCTCCATCTTGCCCCTCGGCATCA
TCATCATCTTTATCGTCGTCGGAGTCATCCTCATCGTTGTCATCATCGTCCTCAACTTCA
GGCTTATCAAGATCAATCTTCTGTTCTTCCAATTTGGCGGCGAGGATCTCTTTCTCTTCG
GTAGTCATGATTGCTATGTGTCAATTGAAGAAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGATTCCTGAA
ACTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX46JQ U 1
AF RR3FS07TF C 157
BS 1 175 RR3FX46JQ
BS 176 176 RR3FS07TF
BS 177 667 RR3FX46JQ
BS 668 668 RR3FS07TF
BS 669 776 RR3FX46JQ
BS 777 907 RR3FS07TF

RD RR3FX46JQ 776 0 0
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CAGTTGTCTGAAACCCTCCACCGACGCTTGATAATTGAATAACAAACCAAACTGTAATAC
TGATACAACATTGAAAATCACTTCAAGATAGAAACAAAAACTTGAAAATCTCTGGGACCA
TATAACTCAAGTTAAAACCACATCTAAAGTTGGAAAAGATTTTTGGCTTAGGTGGTAAGC
TCCATGATGGCAGAGACGATATCTCCATCAGCAGCCTTGAGAGCCTTCACGGCTCTTGGC
CTAGGCACACCTGCTTGCGTCATCACCAACTCAATATCCTTTGGCTCAACACCTTCCTCG
TCGACTTCCTCATCATCATCATCCTGCACCACTGCAGCAGCGCTGGACGACGACGATTCA
CCCTTGATCACGTTGCTGAGATCCGGAGCCTTGAACTGCTCCGCAGCTTGCGACTGCATC
TGAGAGCTCAGGTCTTCGATCTTGGCCTCTCCGAAGATTACGTATGTGTCTGAAGCTGGG
CTCTTGAAGACATCAGGTTTTGATATGACAAACATGATATTCTTGCTCTTTTTGACGGTG
ACACGGCTGACACCGGTGATGGGTTTCATACCGAGCTTGAGCATGGCCTTGCGGCTCTTC
TTCTCACTTCTGCTTTGTTTTGACTTTCCTCCTCCCTCTCCATCTTGCCCCTCGGCATCA
TCATCATCTTTATCGTCGTCGGAGTCATCCTCATCGTTGTCATCATCGTCCTCAAC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3FS07TF 751 0 0
CAAAACTTG
AAATCTCTGGAACCATATAACTCAAGTTAAAACCACATCTAAAGTTGGAAAAGATTTT*G
GCTTAGGTGGTAAGCTCCATGATGGCAGAGACGATATCTCCATCAGCAGCCTTGAGAGCT
TTCACGGCTCTTGGCCTAGGCACACCTGCTTGCGTCATCACCAACTCAATATCCTTTGGC
TCAACACCTTCCTCGTCGACTTCCTCATCATCATCATCCTGCACCACTGCAGCAGCGCTG
GACGACGACGATTCACCCTTGATCACGTTGCTGAGATCCGGAGCCTTGAACTGCTCCGCA
GCTTGCGACTGCATCTGAGAGCTCAGGTCTTCGATCTTGGCCTCTCCGAAGATTACGTAT
GTGTCTGAAGCTGGGCTCTTGAAGACATCAGGTTTTGATATGACAAACATGATATTCTTG
CTCTTTTTGACGGTGACACGGCTGACACCGGTGATGGGTTTCATACCGAGCTTGAGCATG
GCTTTGCGGCTCTTCTTCTCACCTCTGCTTTGTTTTGACTTTCCTCCTCCCTCTCCATCT
TGCCCCTCGGCATCATCATCATCTTTATCGTCGTCGGAGTCATCCTCATCGTTGTCATCA
TCGTCCTCAACTTCAGGCTTATCAAGATCAATCTTCTGTTCTTCCAATTTGGCGGCGAGG
ATCTCTTTCTCTTCGGTAGTCATGATTGCTATGTGTCAATTGAAGAAGAGAGAAAGAGAG
AGAGAGATTCCTGAAACTGTCC

QA 10 751 10 751
DS 



AS 1 5

CO CL1162Contig1 1801 5 22 U
GGTATCAGAATCACTTAACACCTTGGTAAAATAGTTAATGTTTTGTATGTTGTTTTTGTT
TTTAGGAATAGGGATCTCAACATCCTGAGAACATAAAATTAATTAAATTATTTAAAATAG
ATTTTAAAAAGAGCTAATGTTAAAATAATCTTCTTCGAAGTCTCAGTTGGCTCAAATTCC
TCAGAAACAGAGTAGAATGGTAAATCACCCAGGCATTGCTTAATGGTTGAAATGTCACTC
TCAACTTCCGAAAGTGAAAGGCAATACTCCCCAATAATCCACAGTGCACAAGGGCAGACC
TTCCCAGCACGGATCTGATAGAACGTGTCCAGCAACCTGGTTATGATTGAAACTCTCAAC
TTGGGATTTGTTTCTATTATCTCTCTAACAAATGAAATCACGTCAAGTGCTGAAGCCACA
TTGCTATCTCCCAAGAAATCCATAAGAAGATGGACCACTGTGCTTGCAACTTCGGGGAAC
TTAACTGCACAGGCATGTATTACTTGAATGAGCATTTGTCTGTACTCTCCATTCTTCTCA
AGCTCTCCACTCTGTGTCTTCACAACTTCTTTCTTCAACATTTGAACGACCTCATTAATG
TTATGATGAGTAATCAAATCAAGAGCAATGTCAAGTGTCTTCCTGCGAATATCAAGGTTT
GGGCTTGAGAGTACTCTGAGCACATCTATTATTAGCTCAACCATGATATCTCTGTGCGAT
GACTTAAGCTCACTCAACCGATCGAGCAAAATAAGCTTCACATTGTTGTCACTCTGAGAA
AGAAGAAGTTGGCAGTAGGTGTTGGCAACAGCCCTAATAGCAGTAGGGGCAGATGAGAGA
GAAACAAGCGTCCCAGCACATTCATAGATAACAGCAGAGGAAGTGGCACTCAACAGAGAA
ATAATAATCTTAATATATTTCCCCTTCTCCGATGGTTTAGTCTTACACACACTTCGAATC
AGCTCCAGCACCACCATCTGAAGCGATTCATTCCAGTCTGAAACCTTGTCAACATTGCTC
AGAAGATAATTCACAGCTCGTTCCTCAGCACAAGTAAAAAGCATCAGAAACGCATTTCTC
TTGGCAGACGGATCTTGTTCTGTTGACAAAGCTTTCTCGATCATTTCAGGTGCATCCACA
AAGAGCTGCTCACCATTTGGAAGCTTATAGATCGACATGACGGCCAGAATTGCATTCCTA
CGAACAAACGGATGACGGTGCTCCAGATTCTGCAACACTGATGGAGTCAAAGGCTCCACG
ATCTCAGTCTCCTTCAACCGGCAGAGAAACCTCAGCGCCACTCCACGAATGTACTCATTA
GGATGCATAAGGTTGTTCCGGAGATTCTGACAAATCAAAATCATTTCAGGAAGTACCTTC
CCTCTGGAATCTGTTTTCTCAATCAGCTCCAGGTACAGCAGCAGAAGCTTTTGGATCGTG
TGGTCCTCAGAAGGCAGCACGTATCGAATAATAGTTATGAAAAGCTGAGGAATGGTTTCG
CCGTTCAGCATAAGCATAACCGCCTTCTTCATGGCGTCAACTTTTGCTTCCACATCGTTT
CCTTCTAGAGCTTCTTTAATCTCCTTGGCCACTGCTGGAGTCCCTTTGTCATAGTGTACG
AGCAAGGTACTAGATTTGTCCATCTTTTATAGAGCCCTCAATGTACGAGATCCAGAGAGA
GAGAGAGAGAGGAGCAGATCTACGGAGTTGCAAAGCTTTGGATCCCAGAGAGATTTTGGA
TCTCGCGAAACGAACACTCACGCAGAATCGAGTGAGATGAATATGTACTTTGTGATGGTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3A564JQ U 1
AF RR3B692JQ U 33
AF RR3CM27JQ U 25
AF RR3A564TF C 450
AF RR3B692TF C 931
BS 1 183 RR3A564JQ
BS 184 184 RR3CM27JQ
BS 185 194 RR3A564JQ
BS 195 195 RR3CM27JQ
BS 196 445 RR3A564JQ
BS 446 446 RR3CM27JQ
BS 447 635 RR3A564JQ
BS 636 789 RR3CM27JQ
BS 790 790 RR3A564TF
BS 791 798 RR3CM27JQ
BS 799 799 RR3A564TF
BS 800 828 RR3CM27JQ
BS 829 829 RR3A564TF
BS 830 841 RR3CM27JQ
BS 842 1052 RR3A564TF
BS 1053 1053 RR3B692TF
BS 1054 1058 RR3A564TF
BS 1059 1059 RR3B692TF
BS 1060 1139 RR3A564TF
BS 1140 1140 RR3B692TF
BS 1141 1190 RR3A564TF
BS 1191 1801 RR3B692TF

RD RR3A564JQ 636 0 0
GGTATCAGAATCACTTAACACCTTGGTAAAATAGTTAATGTTTTGTATGTTGTTTTTGTT
TTTAGGAATAGGGATCTCAACATCCTGAGAACATAAAATTAATTAAATTATTTAAAATAG
ATTTTAAAAAGAGCTAATGTTAAAATAATCTTCTTCGAAGTCTCAGTTGGCTCAAATTCC
TCAAAAACAGAGTAAAATGGTAAATCACCCAGGCATTGCTTAATGGTTGAAATGTCACTC
TCAACTTCCGAAAGTGAAAGGCAATACTCCCCAATAATCCACAGTGCACAAGGGCAGACC
TTCCCAGCACGGATCTGATAGAACGTGTCCAGCAACCTGGTTATGATTGAAACTCTCAAC
TTGGGATTTGTTTCTATTATCTCTCTAACAAATGAAATCACGTCAAGTGCTGAAGCCACA
TTGCTATCTCCCAAGAAATCCATAAAAAGATGGACCACTGTGCTTGCAACTTCGGGGAAC
TTAACTGCACAGGCATGTATTACTTGAATGAGCATTTGTCTGTACTCTCCATTCTTCTCA
AGCTCTCCACTCTGTGTCTTCACAACTTCTTTCTTCAACATTTGAACGACCTCATTAATG
TTATGATGAGTAATCAAATCAAGAGCAATGTCAAG
T

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3B692JQ 762 0 0
C
GTTAATGTTTTGTATGTTGTTTTTGTTTTTAGGAATGGGGATCTCAACATCCTGAGAACA
TAAAATTAATTAAATTATTTAAAATAGATTTTAAAAAGAGCTAATGTTAAAATAATATTC
TTCGAAGTCTCAGTTGGCTCAAATTCCTCAGAAACAGAGTAGAATGGTAAATCACCCAGG
CATTGCTTAATGGTTGAAATGTCACTCTCAACTTCCGAAAGTGAAAGGCAATACTCCCCA
ATAATCCACAGTGCACAAGGGCAGACCTTCCCAGCACGGATCTGATAGAACGTGTCCAGC
AACCTGGTTATGATTGAAACTCTCAACTTGGGATTTGTTTCTATTATCTCTCTAACAAAT
GAAATCACGTCAAGTGCTGAAGCCACATTGCTATCTCCCAAGAAATCCATAAGAAGATGG
GCCACTGTGCTTGCAACTTCGGGGAACTTAACTGCACAGGCATGTATTGCTTGAATGAGC
ATTTGTCTGTACTCTCCATTCTTCTCAAGCTCTCCACTCTGTGTCTTCACAACTTCTTTC
TTCAACATTTGAACGACCTCATTAATATTATGATGAGTAATCAAATCAAGAGCAATGTCA
AGCGTCTTCCTGCGAATATCAAGGTTTGGGCTTGAGAGTACTCTGAGCACATCTATTATC
AGCTCAACCATGATATCTCTGTGCGATGACTTAAGCTCACTCAACCGATCGAGCAAAATA
AGCTTCACATTGTTGTCACTCTGAGAAAGAAGAAGT
TGACA

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR3CM27JQ 817 0 0
GGTAAAATAGTTAATGTTTTGTATGTTGTTTTTGTTTTTAGGAATAGGGATCTCAACATC
CTGAGAACATAAAATTAATTAAATTATTTAAAATAGATTTTAAAAAGAGCTAATGTTAAA
ATAATCTTCTTCGAAGTCTCAGTTGGCTCAGATTCCTCAGAAACAGAGTAGAATGGTAAA
TCACCCAGGCATTGCTTAATGGTTGAAATGTCACTCTCAACTTCCGAAAGTGAAAGGCAA
TACTCCCCAATAATCCACAGTGCACAAGGGCAGACCTTCCCAGCACGGATCTGATAGAAC
GTGTCCAGCAACCTGGTTATGATTGAAACTCTCAACTTGGGATTTGTTTCTATTATCTCT
CTAACAAATGAAATCACGTCAAGTGCTGAAGCCACATTGCTATCTCCCAAGAAATCCATA
AGAAGATGGACCACTGTGCTTGCAACTTCGGGGAACTTAACTGCACAGGCATGTATTGCT
TGAATGAGCATTTGTCTGTAATCTCCATTCTTCTCAAGCTCTCCACTCTGTGTCTTCACA
ACTTCTTTCTTCAACATTTGAACGACCTCATTAATGTTATGATGAGTAATCAAATCAAGA
GCAATGTCAAGTGTCTTCCTGCGAATATCAAGGTTTGGGCTTGAGAGTACTCTGAGCACA
TCTATTATTAGCTCAACCATGATATCTCTGTGCGATGACTTAAGCTCACTCAACCGATCG
AGCAAAATAAGCTTCACATTGTTGTCACTCTGAGAAAGAAGAAGT*GGCAGTAG*TGTTG
GCAACAGCCCTAATAGCAGTAGGG*CAGATGAGAGAG

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3A564TF 741 0 0
GATGA
CCACTGTGCTTGCA*CTTCGGGGAACTTAACTGCACAGGCATGTATTACTTGAATGAGCA
TTTGTCTGTACTCTCCATTCTTCTCAAGCTCTCCACTCTGTGTCTTCACAACTTCTTTCT
TCAACATTTGAACGACCTCATTAATGTTATGATGAGTAATCAAATCAAGAGCAATGTCAA
GTGTCTTCCTGCGAATATCAAGGTTTGGGCTTGAGAGTACTCTGAGCACATCTATTATTA
GCTCAACCATGATATCTCTGTGCGATGACTTAAGCTCACTCAACCGATCGAGCAAAATAA
GCTTCACATTGTTGTCACTCTGAGAAAGAAGAAGTTGGCAGTAGGTGTTGGCAGCAGCCC
TAATAGCAGTAGGGGCAGATGAGAGAGAAACAAGCGTCCCAGCACATTCATAGATAACAG
CAGAGGAAGTGGCACTCAACAGAGAAATAATAATCTTAATATATTTCCCCTTCTCCGATG
GTTTAGTCTTACACACACTTCGAATCAGCTCCAGCACCACCATCTGAAGCGATTCATTCC
AGTCTGAAACCTTGTCAACATTGCTCAGAAGATAATTCACAGCTCGTTCCTCAGCACAGG
TAAAGAGCATCAGAAACGCATTTCTCTTGGCAGACGGATCTTGTTCTGTTGACAAAGCTT
TCTCGATCATTTCAGGTGCATCCACGAAGAGCTGCTCACCATTTGGAAGCTTATAGATCG
ACATGACGGCCAGAAT

QA 6 741 6 741
DS 

RD RR3B692TF 871 0 0
CAGATGTTTAGTCTG
CACACACTTCGAATCAGCTCCAGCACCACCATCTGAAGCGATTCATTCCAGTCTGAAACC
TTGTCAACATTGCTCAGAAGATAATTCACAGCTCGTTCCTCAGCACAAGTAAAAAGCATC
AGAAACGCATTTCTCTTGGCAGACGGATCTTGTTCTGTTGACAAAGCTTTCTCGATCATT
TCAGGTGCATCCACAAAGAGCTGCTCGCCATTTGGAAGCTTATAGATCGACATGACGGCC
AGAATTGCATTCCTACGAACAAACGGATGACGGTGCTCCAGATTCTGCAACACTGATGGA
GTCAAAGGCTCCACGATCTCAGTCTCCTTCAACCGGCAGAGAAACCTCAGCGCCACTCCA
CGAATGTACTCATTAGGATGCATAAGGTTGTTCCGGAGATTCTGACAAATCAAAATCATT
TCAGGAAGTACCTTCCCTCTGGAATCTGTTTTCTCAATCAGCTCCAGGTACAGCAGCAGA
AGCTTTTGGATCGTGTGGTCCTCAGAAGGCAGCACGTATCGAATAATAGTTATGAAAAGC
TGAGGAATGGTTTCGCCGTTCAGCATAAGCATAACCGCCTTCTTCATGGCGTCAACTTTT
GCTTCCACATCGTTTCCTTCTAGAGCTTCTTTAATCTCCTTGGCCACTGCTGGAGTCCCT
TTGTCATAGTGTACGAGCAAGGTACTAGATTTGTCCATCTTTTATAGAGCCCTCAATGTA
CGAGATCCAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGCAGATCTACGGAGTTGCAAAGCTTTGGATCC
CAGAGAGATTTTGGATCTCGCGAAACGAACACTCACGCAGAATCGAGTGAGATGAATATG
TACTTTGTGATGGTCC

QA 16 871 16 871
DS 



AS 2 6

CO CL1163Contig1 462 2 5 U
AAAATAAAAAACCGTATGCTAAACTTACGACTATAAAAAGCTACCATATTCGTTTTGTTT
AACAACACAGCTTTCTTAAATAAATAACATATGTTACTAATTGCGTATAATATTAACATA
AGTTTACAGAGTTGTGTCCCAAATATCTACGTATATGAACATGATCTGACCGAAAATATA
TCGATAACCTGAAAAGGAAACGAAGCTCAAGGCAATTGAATCAGTAAGCCATCCCTCCTG
AAAACACATCTCCATCATGAAGCAAGCTCTCTGTCAACCAATAACCATCCCATGAACCGC
CTATCCGCTGGAACACTGTGAATTCAAATATCTCTTCTTCCTCAGGCCGAGTTCCTTGAA
TCCAAATCCTCTGCTTGAAACGGTTCTCTTCAACGAGCAAACTGCTTAAAATCTTTCTAT
CCTTGTGACCAAGCAGCACACGGTAAGACGAGTGGTGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E589JQ U 1
AF RR3EZ54JQ U 61
BS 1 212 RR3E589JQ
BS 213 213 RR3EZ54JQ
BS 214 225 RR3E589JQ
BS 226 226 RR3EZ54JQ
BS 227 462 RR3E589JQ

RD RR3E589JQ 462 0 0
AAAATAAAAAACCGTATGCTAAACTTACGACTATAAAAAGCTACCATATTCGTTTTGTTT
AACAACACAGCTTTCTTAAATAAATAACATATGTTACTAATTGCGTATAATATTAACATA
AGTTTACAGAGTTGTGTCCCAAATATCTACGTATATGAACATGATCTGACCGAAAATATA
TCGATAACCTGAAAAGGAAACGAAGCTCAAGGGAATTGAATCAGTGAGCCATCCCTCCTG
AAAACACATCTCCATCATGAAGCAAGCTCTCTGTCAACCAATAACCATCCCATGAACCGC
CTATCCGCTGGAACACTGTGAATTCAAATATCTCTTCTTCCTCAGGCCGAGTTCCTTGAA
TCCAAATCCTCTGCTTGAAACGGTTCTCTTCAACGAGCAAACTGCTTAAAATCTTTCTAT
CCTTGTGACCAAGCAGCACACGGTAAGACGAGTGGTGAAAAA

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR3EZ54JQ 395 0 0
AACAACACAGCT
TTCTTAGATAAATAACATATGTTACTAATTGCGTATAATATTAACATAAGTTTACAGAGT
TGTGTCCCAAATATCTACGTATATGAACATGATCTGACCGAAGATATATCGATAACCTGA
AAAGGAAACGAAGCTCAAGGCAATTGAATCAGTAAGCCATCCCTCCTGAAAACACATCTC
CATCGTGAAGCAAGCTCTCTGTCAACCAATAACCATCCCATGAACCGCCTATCCGCTGGA
ACACTGTGAATTCAAATATCTCTTCTTCCTCAGGCCGAGTTCCTTGAATCCAAATCCTCT
GCTTGAAACGGTTCTCTTCAACGAGCAAACTGCTTAAGATCTTTCTATCCTTGTGACCAA
GCAGCACACGGTAAGACGAGTGG

QA 13 395 13 395
DS 



CO CL1163Contig2 800 4 15 U
GGGAGAGGAAACACAAAGATCACCACCCAGAGGAAACGATGTCGTTTTGGTCTCTCGTTC
TTCCTCCATCTTCTCCTTGTCTGTCTGCTAACCTCGTCAAGCCTCTCAATGGCGATCGTT
ACCTCGTTCGAGCTTCTTCTTCCGATGTTCCCGATTTCCTCTCTGCGGATTGGCTGGAGA
GTCGTAGGAAACGTCCTTTTGGCCCCAGACTTGATTTTAGTGCGGAAGATGCTGTTCAAC
ACCAGCTTGATGCATTAAAGTATAACGACCATCCTCGTTATGATTATGGCATCGAGGTCA
TGTATCGGTTTGCTGGATTTGACCCGTTTGAGAGATCCACCTATTTTGGTCCTTTCTTTG
ATCTAGGACAGTTTGAAAGGTTTCGGCGTATTTTTCACCACTCGTCTTACCGTGTGCTGC
TTGGTCACAAGGATAGAAAGATCTTAAGCAGTTTGCTCGTTGAAGAGAACCGTTTCAAGC
AGAGGATTTGGATTCAAGGAACTCGGCCTGAGGAAGAAGAGATATTTGAATTCACAGTGT
TCCAGCGGATAGGCGGTTCATGGGATGGTTATTGGTTGACAGAGAGCTTGCTTCATGATG
GAGATGTGTTTTCAGGAGGGATGACTTACTGATTCAATTGCCTTGAGCTTCGTTTCCTTT
TCAGTTATCGATATATCTTCGGTCAGATCATGTTCATATACGTAGATATTTGGGACACA*
CTCTGTAAACTTATGTTAATATTATACGCAATTAGTAACATATGTTATTTATCTAAGAAG
CTGTGTGTAACAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 15 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A478JQ C 511
AF RR3E589TF U 3
AF RR3EZ54TF U 1
AF RR3A478TF U 80
BS 1 595 RR3EZ54TF
BS 596 596 RR3A478TF
BS 597 623 RR3EZ54TF
BS 624 624 RR3A478TF
BS 625 710 RR3EZ54TF
BS 711 711 RR3A478TF
BS 712 728 RR3EZ54TF
BS 729 729 RR3A478TF
BS 730 738 RR3EZ54TF
BS 739 739 RR3A478TF
BS 740 752 RR3EZ54TF
BS 753 753 RR3A478TF
BS 754 757 RR3EZ54TF
BS 758 758 RR3A478TF
BS 759 800 RR3EZ54TF

RD RR3A478JQ 122 0 0
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ATTGGTTGACAGAGAGCTTGCTTCATGATGGAGATGTGTTTTCAGGAGGGATGACTTACT
GA

QA 1 122 1 122
DS 

RD RR3E589TF 766 0 0
GG
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TCCATCTTCTCCTTGTCTGTCTGCTAACCTCGTCAAGCCTCTCAATGGCGATCGTTACCT
CGTTCGAGCTTCTTCTTCCGATGTTCCCGATTTCCTCTCTGCGGATTGGCTGGAGAGTCG
TAGGAAACGTCCTTTTGGCCCCAGACTTGATTTTAGTGCGGAAGATGCTGTTCAGCACCA
GCTTGATGCATTAAAGTATAACGACCATCCTCGTTATGATTATGGCATCGAGGTCATGTA
TCGGTTTGCTGGATTTGACCCGTTTGAGAGATCCACCTATTTTGGTCCTTTCTTTGATCT
AGGACAGTTTGAAAGGTTTCGGCGTATTTTTCACCACTCGTCTTACCGTGTGCTGCTTGG
TCACAAGGATAGAAAGATCTTAAGCAGTTTGCTCGTTGAAGAGAACCGTTTCAAGCAGAG
GATTTGGATTCAAGGAACTCGGCCTGAGGAAGAAGAGATATTTGAATTCACAGTGTTCCA
GCGGATAGGCGGTTCATGGGATGGTTATTGGTTGACAGAGAGCTTGCTTCATGATGGAGA
TGTGTTTTCAG*AGGGATGGCTCACTGATTCAATTGCCTTGAGCTTCGTTTCCTTTTCAG
TTATCGATATATCTTCGGTCAGATCATGTTCATATACGTAGATATTTGGGACACA*CTCT
GTAAACTTATGT*AATATTATACGCAATTAGTAACATATGTTAT

QA 3 766 3 766
DS 

RD RR3EZ54TF 800 0 0
GGGAGAGGAAACACAAAGATCACCACCCAGAGGAAACGATGTCGTTTTGGTCTCTCGTTC
TTCCTCCATCTTCTCCTTGTCTGTCTGCTAACCTCGTCAAGCCTCTCAATGGCGATCGTT
ACCTCGTTCGAGCTTCTTCTTCCGATGTTCCCGATTTCCTCTCTGCGGATTGGCTGGAGA
GTCGTAGGAAACGTCCTTTTGGCCCCAGACTTGATTTTAGTGCGGAAGATGCTGTTCAAC
ACCAGCTTGATGCATTAAAGTATAACGACCATCCTCGTTATGATTATGGCATCGAGGTCA
TGTATCGGTTTGCTGGATTTGACCCGTTTGAGAGATCCACCTATTTTGGTCCTTTCTTTG
ATCTAGGACAGTTTGAAAGGTTTCGGCGTATTTTTCACCACTCGTCTTACCGTGTGCTGC
TTGGTCACAAGGATAGAAAGATCTTAAGCAGTTTGCTCGTTGAAGAGAACCGTTTCAAGC
AGAGGATTTGGATTCAAGGAACTCGGCCTGAGGAAGAAGAGATATTTGAATTCACAGTGT
TCCAGCGGATAGGCGGTTCATGGGATGGTTATTGGTTGACAGAGAGCTTGCTTCACGATG
GAGATGTGTTTTCAGGAGGGATGGCTTACTGATTCAATTGCCTTGAGCTTCGTTTCCTTT
TCAGTTATCGATATATCTTCGGTCAGATCATGTTCATATACGTAGATATT*GGGACACA*
CTCTGTAA*CTTATGTTA*TATTATACGCAAT*AGTA*CATATGTTATTTATCTAAGAAG
CTGTGTGTAACAAAAAAAAA

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3A478TF 715 0 0
TCTGTCTGCTAACCTCGTCAAGCCTCTCAATGGCGATCGTTACCTCGTTCGAGCTTCTTC
TTCCGATGTTCCCGATTTCCTCTCTGCGGATTGGCTGGAGAGTCGTAGGAAACGTCCTTT
TGGCCCCAGACTTGATTTTAGTGCGGAAGATGCTGTTCAACACCAGCTTGATGCATTAAA
GTATAACGACCATCCTCGTTATGATTATGGCATCGAGGTCATGTATCGGTTTGCTGGATT
TGACCCGTTTGAGAGATCCACCTATTTTGGTCCTTTCTTTGATCTAGGACAGTTTGAAAG
GTTTCGGCGTATTTTTCACCACTCGTCTTACCGTGTGCTGCTTGGTCACAAGGATAGAAA
GATCTTAAGCAGTTTGCTCGTTGAAGAGAACCGTTTCAAGCAGAGGATTTGGATTCAAGG
AACTCGGCCTGAGGAAGAAGAGATATTTGAATTCACAGTGTTCCAGCGGATAGGCGGTTC
ATGGGATGGTTATTGGTTGACAGAGAGCTTGCTTCATGATGGAGATGTGTTTTCAGGAGG
GATGACTTACTGATTCAATTGCCTTGAGCTTCGTTTCCTTTTCAGTTATCGATATATCTT
CGGTCAGATCATGTTCATATACGTAGATATTTGGGACACAACTCTGTAAACTTATGTTAA
TATTATACGCAATTAGTAACATATGTTATTTATCTAAGAAGCTGTGT
TGTTAAAC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 6

CO CL1164Contig1 837 6 9 U
GGGATTCTCCTTTAATCCAAAAGATAATAATAATAACACTTAAGAGTCTGATTTGTTTCT
CAAACAATACAAAACATTGCTGGGTCTCTGTGATCGAAGTGCCAGAGCCATGGCTTCCCT
TTCAATCACTTCCTCTTCGACAATCATCAATTCTAGAGCTTCACCTCTTCCTAGACAAGC
TTCCACCTCTTCTCCGTCGTGTATTTCCCTTCCGATGCTTCCTCCTCAGCCGGTTCAGTC
CACTGCTTACTGTCGGAAGATTGCGAGGAACGTTCTGACAAGAGCTACCGAAGTTGAAGC
TTCGGTCACTGCCGACGCTGACACTACAGAGTTGCCAGAAATCGTCAAGACCGCTCAAGA
AGCTTGGGAGAAAGTGGAGGACAAGTATGCAATTAGTTCTCTCGCATTTGCTGCTTTGTT
GGCTCTTTGGGGTTCTACTGGCCTCATCTCGGCAATCGACAGGCTTCCATTGTTTCCAGG
TGTTTTTGAACTTGTAGGCATCGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATCTT
CAAACCAGACAGGGAGGTGCTGTTTCAGAAGATCAAAGACACATACAGAGACATACTAGG
GAGCAGCAGCTGAATCAGAGGAAGAATGAGAGCAGCTGAATCGAAGAATCTAACACATGT
CTATGTCTCTCTGTGCTCCTTGTAGCTTAATATACCATGCGTCTTATATCAGTGTTGTAG
ATTCCATCATCTCTCTCTCTCTGCTCTCCTTGTAGCTCAA*TATCATCCATTTTATGTTG
TAAATTCCTCAAGACTATGCAATGATGAGATATTTCATTCTCAAGTTTTCAATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL96TF U 1
AF RR3DG28TF U 48
AF RR3DG28JQ C 220
AF RR3CV07TF U 59
AF RR3DT20TF U 59
AF RR3DT20JQ C 137
BS 1 162 RR3CL96TF
BS 163 163 RR3DT20TF
BS 164 282 RR3CL96TF
BS 283 283 RR3DG28TF
BS 284 623 RR3CL96TF
BS 624 791 RR3DG28TF
BS 792 793 RR3DT20TF
BS 794 828 RR3DG28TF
BS 829 837 RR3DT20JQ

RD RR3CL96TF 623 0 0
GGGATTCTCCTTTAATCCAAAAGATAATAATAATAACACTTAAGAGTCTGATTTGTTTCT
CAAACAATACAAAACATTGCTGGGTCTCTGTGATCGAAGTGCCAGAGCCATGGCTTCCCT
TTCAATCACTTCCTCTTCGACAATCATCAATTCTAGAGCTTCTCCTCTTCCTAGACAAGC
TTCCACCTCTTCTCCGTCGTGTATTTCCCTTCCGATGCTTCCTCCTCAGCCGGTTCAGTC
CACTGCTTACTGTCGGAAGATTGCGAGGAACGTTCTGACAAGGGCTACCGAAGTTGAAGC
TTCGGTCACTGCCGACGCTGACACTACAGAGTTGCCAGAAATCGTCAAGACCGCTCAAGA
AGCTTGGGAGAAAGTGGAGGACAAGTATGCAATTAGTTCTCTCGCATTTGCTGCTTTGTT
GGCTCTTTGGGGTTCTACTGGCCTCATCTCGGCAATCGACAGGCTTCCATTGTTTCCAGG
TGTTTTTGAACTTGTAGGCATCGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATCTT
CAAACCAGACAGGGAGGTGCTGTTTCAGAAGATCAAAGACACATACAGAGACATACTAGG
GAGCAGCAGCTGAATCAGAGGAA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3DG28TF 788 0 0
GG
GATTTGTTTCTCAAACAATACAAAACATTGCTGGGTCTCTGTGATCGAAGTGCCAGAGCC
ATGGCTTCCCTTTCAATCACTTCCTCTTCGACAATCATCAATTCTAGAGCTTCTCCTCTT
CCTAGACAAGCTTCCACCTCTTCTCCGTCGTGTATTTCCCTTCCGATGCTTCCTTCTCAG
CCGGTTCAGTCCACTGCTTACTGTCGGAAGATTGCGAGGAACGTTCTGACAAGAGCTACC
GAAGTTGAAGCTTCGGTCACTGCCGACGCTGACACTACAGAGTTGCCAGAAATCGTCAAG
ACCGCTCAAGAAGCTTGGGAGAAAGTGGAGGACAAGTATGCAATTAGTTCTCTCGCATTT
GCTGCTTTGTTGGCTCTTTGGGGTTCTACTGGCCTCATCTCGGCAATCGACAGGCTTCCA
TTGTTTCCAGGTGTTTTTGAACTTGTAGGCATCGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAG
AACCTGATCTTCAAACCAGACAGGGAGGTGCTGTTTCAGAAGATCAAAGACACATACAGA
GACATACTAGGGAGCAGCAGCTGAATCAGAGGAAGAATGAGAGCAGCTGAATCGAAGAAT
CTAACACATGTCTATGTCTCTCTGTGCTCCTTGTAGCTTAATATACCATGCGTCTTATAT
CAGTGTTGTAGATTCCATCATCTCTCTCTCTCTGCTCTCCTTGTAGCTCAA*TATCATCC
ATTTTATGTTGTAAATTCCTCA*TACTATGCAATGATGAGATATTTCATTCTCAAGTTT
CAAAAAA

QA 3 781 3 781
DS 

RD RR3DG28JQ 611 0 0
TCCTTCTCAGCCGGTTCAGTCCACTGCTTACTGTCGGAAGATTGCGAGGAACGTTCTGAC
AAGAGCTACCGAAGTTGAAGCTTCGGTCACTGCCGACGCTGACACTACAGAGTTGCCAGA
AATCGTCAAGACCGCTCAAGAGGCTTGGGAGAAAGTGGAGGACAAGTATGCAATTAGTTC
TCTCGCATTTGCTGCTTTGTTGGCTCTTTGGGGTTTTACTGGCCTCATCTCGGCAATCGA
CAGGCTTCCATTGTTTCCAGGTGTTTTTGAACTTGTAGGCATCGGTTACACTGGGTGGTT
TGCTTACAAGAACCTGATCTTCAAACCAGACAGGGAGGTGCTGTTTCAGAAGATCAAAGA
CACATACAGAGACATACTAGGGAGCAGCAGCTGAATCAGAGGAAGAATGAGAGCAGCTGA
ATCGAAGAATCTAACACATGTCTATGTCTCTCTGTGCTCCTTGTAGCTTAATATACCATG
CGTCTTATATCAGTGTTGTAGATTCCATCATCTCTCTCTTTCTGCTCTCCTTGTAGCTCA
AATATCATCCATTTTATGTTGTAAATTCCTCAATACTATGCAATGATGAGATATTTCATT
CTCAAGTTT
TC

QA 1 609 1 609
DS 

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GGA
AAACAATACAAAACATTGCTGGGTCTCTGTGATCGAAGTGCCAGAGCCATGGCTTCCCTT
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GCTTGGGGGAAAGTGGAGGACAAGTATGCAATTAGTTCTCTCGCATTTGCTGCTTTGTTG
GCTCTTTGGGGTTCTACTGGCCTCATCTCGGCAATCGACAGGCTTCCATTGTTTCCAGGT
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AAACCAGACAGGGAGGTGCTGTTTCAGAAGATCAAAGACACATACAGAGACATACTAGGG
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TATGTCTCCCTGTGCTCCTTGTAGCTTAATATACCATGCGTCTTATATCAGTGTTGTAGA
TTCCATCATCTCTCTCTCTCTGCTCTCCTTGTAGCTCAA*TATCATCCATTTTATGTTGT
AA
TTC

QA 4 725 4 725
DS 

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GGA
AAACAATACAAAACATTGCTGGGTCTCTGTGATCGAAGTGCCAGAGCCATGGCTTCCCTT
TCAATCACTTCCTCTTCGACAATCATCAATTCTAGAGCTTCACCTCTTCCTAGACAAGCT
TCCACCTCTTCTCCGTCGTGTATTTCCCTTCCGATGCTTCCTCCTCAGCCGGTTCAGTCC
ACTGCTTACTGTCGGAAGATTGCGAGGAACGTTCTGACAAGAGCTACCGAAGTTGAAGCT
TCGGTCACTTCCGACGCTGACACTACAGAGTTGCCAGAAATCGTCAAGACCGCTCAAGAA
GCTTGGGAGAAAGTGGAGGACAAGTATGCAATTAGTCCTCTCGCATTTGCTGCTTTGTTG
GCTCTTTGGGGTTCTACTGGCCTCATCTCGGCAATCGACAGGCTTCCATTGTT*CCAGGT
GTTTTTGAACTTGTAGGCATCGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATCTTC
AAACCAGACAGGGAGGTGCTGTTTCAGAAGATCAAAGACACATACAGAGACATACTAGGG
AGCAGCAGCTGAATCAGAGGAAGAATGAGAGCAGCTGAATCGAAGAATCTAACACATGTC
TATGTCTCTCTGTGCTCCTTGTAGCTTAATATACCATGCGTCTTATATCAGTGTTGTAGA
TTCCATCATCTCTCTCTCTCTGCTCTCCTTGTAGCTCAA*TATCATCCATTTTATGTTGT
AAATTCCTCAAGACTATGCAATGATGAGATATT

QA 4 756 4 756
DS 

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TCGACAATCATCAATTCTAGAGCTTCACCTCTTCCTAGACAAGCTTCCACCTCTTCTCCG
TCGTGTATTTCCCTTCCGATGCTTCCTCCTCAGCCGGTTCAGTCCACTGCTTACTGTCGG
AAGATTGCGAGGAACGTTCTGACAAGAGCTACCGAAGTTGAAGCTTCGGTCACTTCCGAC
GCTGACACTACAGAGTTGCCAGAAATCGTCAAGACCGCTCAAGAAGCTTGGGAGAAAGTG
GAGGACAAGTATGCAATTAGTCCTCTCGCATTTGCTGCTTTGTTGGCTCTTTGGGGTTCT
ACTGGCCTCATCTCGGCAATCGACAGGCTTCCATTGTT*CCAGGTGTTTTTGAACTTGTA
GGCATCGGTTACACTGGGTGGTTTGCTTACAAGAACCTGATCTTCAAACCAGACAGGGAG
GTGCTGTTTCAGAAGATCAAAGACACATACAGAGACATACTAGGGAGCAGCAGCTGAATC
AGAGGAAGAATGAGAGCAGCTGAATCGAAGAATCTAACACATGTCTATGTCTCTCTGTGC
TCCTTGTAGCTTAATATACCATGCGTCTTATATCAGTGTTGTAGATTCCATCATCTCTCT
CTCTCTGCTCTCCTTGTAGCTCAAATATCATCCATTTTATGTTGTAAATTCCTCAAGACT
ATGCAATGATGAGATATTTCATTCTCAAGTTTTCAATTTCC

QA 1 701 1 701
DS 



AS 2 5

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GGACAAAACAGGAACAATAACCAAAAACACATATTCTTGATATATTAAAAATATTAAATG
GCGAAAGAAGTGGAGGGAGCAGAGGGATTCGCGGCGAGGGACTACGAAGACCCACCGCCA
ACTCCGTTTTTCGATGCGGAGGAGCTGACCAAGTGGTCTTTGTACAGAGCCGTCATCGCC
GAGTTCGTAGCCACTCTCCTCTTCTTGTACGCCACTGTTTTGACTGTCATCGGCTACAAG
ATTTCCTCCGACACTAAGGCCGGAGGCGACGAGTGCGGAGGTGTCGGAATCCTCGGCATC
TCATGGGCTTTCGGTGGCATGATATTCATCCTTGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCAGGT
GGTCACATAAACCCTGCGGTGACGTTCGGCTTGTTCTTGGCAAGGAAGGTATCGTTGGTT
AGAGCGGTGCTATACATGGTGGCTCAGTGTTTGGGTGCTATTTGTGGAGTTGGGTTCGTC
AAAGCTTTCCAAAGCTCTTACTACGTCCGTTACGGCGGAGGAGCAAACTCTCTAGCCGAT
GGATACAGCACGGGGACAGGACTCGCAGCAGAGATCATCGGAACATTCGTCCTGGTCTGC
ACTGTTTTCTCTGCTACAGATCCCAAAAGAAACGCACGAGACTCCCACGTTCCCGTGTTG
GCGCCACTTCCAATTGGATTTGCCGTGTTCATGGTACACTTGGCCACTATTCCAATCACC
GGAACCGGGATTAACCCGGCCAGGAGTTTTGGAGCCGCGGTTATCTACAATGAGTCCAAG
CCGTGGGATGACCACTGGATTTT*CTGGGTGGGACCATTCATCGGAGCTGCGATAGCTGC
ATTTTATCACCAATTCGTCCTAAGAGCCTCTGGTTCCAAGTCCCTCGGCTCCTTCCGAAG
TGCAGCTTGAATTTAGCCATACAAAACAAAATAGCAATTACAAAATGATTGTTATTATGT
ATGTACAAAATTGGCAACTTCTGTTTTTAAAATCTATGCTCTGTTTTATTCCTTTTATCT
TTCCTAATTTCTGGCTTCATTGTGGGATATGTGAATGTTTGTGTACTTGGGGAAAATAAT
CAATGAAATCAAATTATTTTTGCCTTCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AY76TF U 128
AF RR3AP58TF U 1
AF RR3AP58JQ C 285
BS 1 209 RR3AP58TF
BS 210 210 RR3AY76TF
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BS 805 846 RR3AP58TF
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RD RR3AY76TF 686 0 0
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TAGCCACTCTCCTCTTCTTGTACGCCACTGTTTTGACTGTCATCGGCTACAAGATTTCGT
CCGACACTAAGGCCGGAGGCGACGAGTGCGGAGGTGTCGGAATCCTCGGCATCTCATGGG
CTTTCGGTGGCATGATCTTCATCCTTGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCAGGTGGTCACA
TAAACCCTGCGGTGACGTTCGGCTTGTTCTTGGCAAGGAAGGTATCGTTGGTTAGAGCGG
TCCTATACATGGTGGCTCAGTGTTTGGGTGCTATTTGTGGAGTTGGTTTCGTCAAAGCTT
TCCAAAGCTCTCACTACGTCCGTTACGGTGGAGGAGCAAACTCTCTAGCCGATGGGTACA
GCACGGGGACAGGACTCGCAGCAGAGATCATCGGAACATTCGTCCTGGTCTACACTGTTT
TCTCCGCTACAGATCCCAAAAGAAACGCACGAGACTCCCACGTTCCCGTGTTGGCGCCAC
TTCCAATTGGATTTGCCGTGTTCATGGTTCACTTGGCCACTATTCCAATCACCGGAACCG
GGATTAACCCAGCTAGGAGTTTTGGAGCTGCGGTTATCTACAACGAGTCCA*GCCGTGGG
ATGACCATTGGATATT*CTGGGTGGG

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3AP58TF 846 0 0
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GAGTTCGTAGCCACTCTCCTCTTCTTGTATGTCACTGTTTTGACTGTCATCGGCTACAAG
ATTTCCTCCGACACTAAGGCCGGAGGCGACGAGTGCGGAGGTGTCGGAATCCTCGGCATC
TCATGGGCTTTCGGTGGCATGATATTCATCCTTGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCAGGT
GGTCACATAAACCCTGCGGTGACGTTCGGCTTGTTCTTGGCAAGGAAGGTATCGTTGGTT
AGAGCGGTGCTATACATGGTGGCTCAGTGTTTGGGTGCTATTTGTGGAGTTGGGTTCGTC
AAAGCTTTCCAAAGCTCTTACTACGTCCGTTACGGCGGAGGAGCAAACTCTCTAGCCGAT
GGATACAGCACGGGGACAGGACTCGCAGCAGAGATCATCGGAACATTCGTCCTGGTCTGC
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ATTTTA

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR3AP58JQ 825 0 0
CGGAATCCTCGGCATCTCATGGGCTTTCGGTGGCATGATATTCATCCTTGTCTACTGCAC
CGCCGGTATCTCAGGTGGTCACATAAACCCTGCGGTGACGTTCGGCTTGTTCTTGGCAAG
GAAGGTATCGTTGGTTAGAGCGGTGCTATACATGGTGGCTCAGTGTTTGGGTGCTATTTG
TGGAGTTGGGTTCGTCAAAGCTTTCCAAAGCTCTTACTACGTCCGTTACGGCGGAGGAGC
AAACTCTCTAGCCGATGGATACAGCACGGGGACAGGACTCGCAGCAGAGATCATCGGAAC
ATTCGTCCTGGTCTGCACTGTTTTCTCTGCTACAGATCCCAAAAGAAACGCACGAGACTC
CCACGTTCCCGTGTTGGCGCCACTTCCAATTGGATTTGCCGTGTTCATGGTACACTTGGC
CACTATTCCAATCACCGGAACCGGGATTAACCCGGCCAGGAGTTTTGGAGCCGCGGTTAT
CTACAATGAGTCCAAGCCGTGGGATGACCACTGGATTTT*CTGGGTGGGACCATTCATCG
GAGCTGCGATAGCTGCATTTTATCACCAATTCGTCCTAAGAGCCTCTGGTTCCAAGTCCC
TCGGCTCCTTCCGAAGTGCAGCTTGAATTTAGCCATACAAAACAAAATAGCAATTACAAA
ATGATTGTTATTATGTATGTACAAAATTGGCAACTTCTGTTTTTAAAATCTATGCTCTGT
TTTATTCCTTTTATCTTTCCTAATTTCTGGCTTCATTGTGGGATATGTGAATGTTTGTGT
ACTTGGGGAAAATAATCAATGAAATCAAATTATTTTTGCCTTCGT

QA 1 825 1 825
DS 



CO CL1165Contig2 539 2 2 U
GACTTGCGGCAGAGATTATCGGAACATTCGTCCTTGTCTACACTGTCTTCTCCGCTACAG
ATCCCAAAAGAAACGCACGAGACTCACACGTTCCCGTGTTGGCGCCACTCCCAATTGGGT
TTGCGGTGTTCATGGTACATTTGGCCACTATTCCAATCACCGGAACCGGGATTAACCCGG
CTAGGAGTTTTGGAGCTGCGGTTATCTACAACGAGTCCAAGCCGTGGGATGACCATTGGA
TATTCTGGGTGGGACCATTCATCGGAGCTGCGATTGCTGCATTTTATCACCAGTTCGTTC
TAAGAGCTTCTGGATCCAAATCCCTCGGATCCTTCAGAAGTGCTGCCAACGTTTGAGTTA
CTGTTTTGTTTAAATGAGGCACTTGATTTTAAAATGTGTCCAGTCCTCTGTCTTTTTTTT
TTTCTTTCTTCCTCTGCTTTTATATGTGTGGATTCTAGTTAATCGAGTTTGAGTGGTTTT
CGTTTTCAATGTCAGTGAGTTTGTTTATTGATTAAAAAAGTTGAACACATTGCTTGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CG07JQ C 1
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BS 1 8 RR3CG07JQ
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TATTCTGGGTGGGACCATTCATCGGAGCTGCGATTGCTGCATTTTATCACCAGTTCGTTC
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TTTCTTTCTTCCTCTGCTTTTATATGTGTGGATTCTAGTTAATCGAGTTTGAGTGGTTTT
CGTTTTCAATGTCAGTGAGTTTGTTTATTGATTAAAAAAGTTGAACACATTGCTTGCTG

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR3CG07TF 539 0 0
GACTTGCG
GCAGAGATTATCGGAACATTCGTCCTTGTCTACACTGTCTTCTCCGCTACAGATCCCAAA
AGAAACGCACGAGACTCACACGTTCCCGTGTTGGCGCCACTCCCAATTGGGTTTGCGGTG
TTCATGGTACATTTGGCCACTATTCCAATCACCGGAACCGGGATTAACCCGGCTAGGAGT
TTTGGAGCTGCGGTTATCTACAACGAGTCCAAGCCGTGGGATGACCATTGGATATTCTGG
GTGGGACCATTCATCGGAGCTGCGATTGCTGCATTTTATCACCAGTTCGTTCTAAGAGCT
TCTGGATCCAAATCCCTCGGATCCTTCAGAAGTGCTGCCAACGTTTGAGTTACTGTTTTG
TTTAAATGAGGCACTTGATTTTAAAATGTGTCCAGTCCTCTGTCTTTTTTTTTTTCTTTC
TTCCTCTGCTTTTATATGTGTGGATTCTAGTTAATCGAGTTTGAGTGGTTTTCGTTTTCA
ATGTCAGTGAGTTTGTTTATTGATTAAAAAAGTTGAACACATTGCTTGCTG

QA 9 539 9 539
DS 



AS 1 6

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CAGATCGGCCTCATATTCGTCTTTCCTCTCTATTGAATCGTTAAGTCAAAGAGTTGAAAA
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AAATTGAGTCTAAGACAGCAAAAGGATCGTCTAGTTGTACCAACGGTCTTCTCTGGTTAA
CCAGAGCAATGGATTTCTTAGTGGAGCTGTTCCGCAACTTGGTAGCACATCAAGACTGGC
CAATGTCACAAGCTTGTGGTGAATCTTACCAAAAAACACTCAAGAAATGGCACGGATGGC
TCGCCAGCTCTACCTTCTCTATGGCCTTAAAGCTTGCTCCAGACAGGAAGAAGTTCATGG
ATGTCATATCTGGTTCTGGTGACATATACGCTGACATGGAAAGGTTTTGCACTGAGTTTG
GTCCATTCCTTCAAGAAAATCATAAGTTTCTGGCTAGCGTTGGTTTGGATGACCTGAAAG
CTTCTTGAGCCATCATATGATTATCACCTGTATCCAATCTGCTTTTTTTCAGAAAAAAAA
A*TTGTCTGTTTTAAAGTTTCTCCTTTGGATTCTAAAACTTTTTAGACTATCCAAAGAAA
CAGAATAATGTTCTCACTTTATATTATAAAGTTTATATAAAAAAAGACCAAATACATGTT
TAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 

AF RR3FT15TF U 89
AF RR3G046TF U 1
AF RR3CP89TF U 135
AF RR3FT15JQ C 89
AF RR3G046JQ C 257
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CAGATCGGCCTCATATTCGTCTTTCCTCTCTATTGAATCGTTAAGTCAAAGAGTTGAAAA
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TCGCCAGCTCTACCTTCTCTATGGCCTTAAAGCTTGCTCCAGACAGGAAGAAGTTCATGG
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ATATGATTATCACCTGTATCCAATCTGCTTTTTT
C

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CCATCTTGCCTGTTATAGACAAGTTTGGAGCCGCTATGACTCTCGTGAAAGCTGACATTG
GTGGCAACATATCGAGGTTGGAGAAGAACTACTTGTCTGATCCCGACAAGTACAAGTACT
TGTACACCTTTGTTCAAGGTGAAATTGAGTCGAAGACAGCAAAAGGATCGTCTAGTTGTA
CCAACGGTCTTCTCTGGTTAACCAGAGCAATGGATTTCTTAGTGGAGCTGTTCCGCAACT
TGGTAGCACATCAAGACTGGCCAATGTCACAAGCTTGTGGTGAATCTTACCAAAAAACAC
TCAAGAAATGGCACGGATGGCTCGCCAGCTCCACCTTCTCTATGGCGTTAAAGCTTGCTC
CAGACAGGAAGAAGTTCATGGATGTCATATCTGGTTCTGGTGACATATACGCTGACATGG
AAAGGTTTTGCACTGAGTTTGGTCCATTCCTTCAAGAAAATCATAAGTTTCTGGCTAGCG
TTGGTTTGGATGACCTGAAAGCTTCTTGAGCCATCATATGATTATCACCTGTATCCAATC
TGCTTTTTTTCAGAAAAAAAAAATTGTCTGTTTTAAAGTTTCTCCTTTGGATTCTAAAAC
TTTTTAGACTATCCAAAGAAACAGAATAATGTTCTCACTTTATA

QA 12 775 12 775
DS 

RD RR3G046JQ 645 0 0
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TTTAGTGGAGCTGTTCCGCAACTTGGTAGCACATCAAGACTGGCCAATGTCACAAGCTTG
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AAATCATAAGTTTCTGGCTAGCGTTGGTTTGGATGACCTGAAAGCTTCTTGAGCCATCAT
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GTTTCTCCTTTGGATTCTAAAACTTTTTAGACTATCCAAAGAAACAGAATAATGTTCTCA
CTTTATATTATAAAGTTTATATAAAAAAAGACCAAATACATGTT
C

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DS 

RD RR3CP89JQ 797 0 0
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GGTGAAATTGAGTCTAAGACAGCAAAAGGATCGTCTAGTTGTACCAACGGTCTTCTCTGG
TTAACCAGAGCAATGGATTTCTTAGTGGAGCTGTTCCGCAACTTGGTAGCACATCAAGAC
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ATGGATGTCATATCTGGTTCTGGTGACATATACGCTGACATGGAAAGGTTTTGCACTGAG
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AAAGCTTCTTGAGCCATCATATGATTATCACCTGTATCCAATCTGCTTTTTTTCAGAAAA
AAAAA*TTGTCTGTTTTAAAGTTTCTCCTTTGGATTCTAAAACTTTTTAGACTATCCAAA
GAAACAGAATAATGTTCTCACTTTATATTATAAAGTTTATATAAAAAAAGACCAAATACA
TGTTTAGAC

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DS 



AS 1 5

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CATCATCGAGTTTCACTAGTTTCTCTGGAAAATATTCGAATTTTTTGAAAAGATTTTTGA
CTGATGATGACACTTAACTCACTCTCTCCGGCTGAATCCATCTCTCTTTCTTTCTTGGAT
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AATCAAGGGAGAGGTTTTGTTGGAAAAGGGGTCAAGTGTTCAGTGAAAGTGCAGCAGCAG
CAGGAGCAACCTCCTCCTCCAGCGTGGCCTGGGAGAGCTGTTCCCGAGCCTCCTCGTCAA
TCTTGGGATGGACCTAAACCCATCTCCATCGTCGGTTCTACTGGTTCTATTGGCACCCAG
ACATTGGATATTGTGGCTGAGAATCCTGACAAATTTAGAGTCGTCGCTCTAGCTGCTGGC
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AGAAATGAGTCATTGGTCAATGAGCTTAAAGAGGCTTTAGCCGGTTTGGACTATAAACCT
GAGATCATTCCTGGGGAGCAAGGAGTGGTTGAGGTTGCTCGTCACCCTGACGCTGTTACT
GTTGTTACCGGAATAGTAGGTTGCGCAGGACTTAAGCCTACGGTCGCTGCAATTGAAGCG
GGAAAGGACATTGCTCTTGCAAACAAAGAGACGTTAATCGCAGGTGGTCCCTTTGTGCTT
CCACTTGCCAACAAACATAACGTTAAGATTCATCCTGCTGATTCAGAACATTCAGCTATA
TTTCAGTGTATTCAAGGTTTGCCTGAAGGCGCTTTGCGCAAGATAATCTTGACTGCATCT
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AACAAGGGCCTTGAGGTCATTGAAGCTCATTATTTGTTTGGAGCTGAGTATGACGATATA
GAGATTGTTATTCACCCTCAGAGTATCATACACTCCATGATTGAAACACAGGATTCATCT
GTGCTTGCTCAACTGGGATGGCCTGATATGCGTCTACCTATTCTCTACACCATGTCATGG
CCTGATAGGGTTCCTTGTTCCGAAGTAACGTGGCCAAGACTTGACCTTTGCAAACTGGGT
TCGTTGACTTTCAAGAAACCAGACAATGTGAAATACCCATCAATGGATCTTGCTTATGCT
GCCGGACGAGCTGGAGGTACTATGACTGGAGTTCTCAGTGCAGCTAACGAGAAAGCTGTT
GAAATGTTCATTGATGAAAAGATAAGCTATTTGGATATCTTCAAGGTGGTGGAATTAACA
TGCGATAAACATCGAACCGAGTTGGTAACATCGCCGTCTCTTGAAGAGATTGTTCACTAT
GACTTGTGGGCGCGTGAATACGCTGCCAATCTACAGCTTTCTTCTGGTGCGACGCCAGTT
CCTGCCTGATATTACTTGTTGTTGCAGTGAAGTGGATAATAATAATAAGAAATGATGGAA
AGAAGATTAGTGCAGCGAGTGGGAATATTTTGAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AE66TF U 1
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CATCATCGAGTTTCACTAGTTTCTCTGGAAAATATTCGAATTTTTTGAAAAGATTTTTGA
CTGATGATGACACTTAACTCACTCTCTCCGGCTGAATCCATCTCTCTTTCTTTCTTGGAT
ACTTCCAGGTTCAACCAAACCCCCAAACTTCCAGGTGGGTTTAGTTTGAGGAAGAAGAGG
AATCAAGGGAGAGGTTTTGTTGGAAAAGGGGTCAAGTGTTCAGTGAAAGTGCAGCAGCAG
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TCTTGGGATGGACCTAAACCCATCTCCATCGTCGGTTCTACTGGTTCTATTGGCACCCAG
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TCTAATGTTGCTCTCCTTGCTGATCAGGTGAAGAGATTTAAACCTGCACTGGTAGCTGTT
AGAAATGAGTCATTGGTCAATGAGCTTAAAGAGGCTTTAGCCGGTTTGGACTATAAACCT
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GTTGTTACCGGAATAG

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G
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ATAGTAGGTTGCGCAGGACTTAAGCCTACGGTCGCTGCAATTGAAGCGGGAAAGGACATT
GCTCTTGCAAACAAAGAGACGTTAATCGCAGGTGGTCCCTTTGTGCTTCCACTTGCCAAC
AAACATAACGTTAAGATTCATCCTGCTGATTCAGAACATTCAGCTATATTTCAGTGTATT
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AGAGATTGGCCTGTTGAAAAGCTCAAGGAAGTTAAAGTAGCAGATGCTTTGAAGCACCCT
AACTGGAACATGGGAAAGAAAATCACAGTTGACTCAGCTACGCTTTTCAACAAGGGCCTT
GAGGTCATTGAAGCTCATTATTTGTTTGGAGCTGAGTATGACGATATAGAGATTGTTATT
CACCCTCAGAGTATCATACACTCCATGATTGAAACACAGGATTCATCTGTGCTTGCTCAA
CTGGGATGGCCTGATATGCGTTTACCTATTCTCTACACCATTTCATGGCCTG

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GCAAACTGGGTTCGTTGACTTTCAAGAAACCAGACAATGTGAAATACCCATCAATGGATC
TTGCTTATGCTGCCGGACGAGCTGGAGGTACTATGACTGGAGTTTTCAGTGCAGCTAACG
AGAAAGCTGTTGAAATGTTCATTGATGAAAATATAAGCTATTTGGATATTTTCAAGGTGG
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TTGTTCACTATTACTTGTGG

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G
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GGAGCTTTTAGAGATTGGCCTGTTGAAAAGCTCAAGGAAGTTAAAGTAGCAGATGCTTTG
AAGCATCCTAACTGGAACATGGGAAAGAAAATCACAGTTGACTCAGCTACGCTTTTCAAC
AAGGGCCTTGAGGTCATTGAAGCTCATTATTTGTTTGGAGCTGAGTATGACGATATAGAG
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CTTGCTCAACTGGGATGGCCTGATATGCGTCTACCTATTCTCTACACCATGTCATGGCCT
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TTGACTTTCAAGAAACCAGACAATGTGAAATACCCATCAATGGATCTTGCTTATGCTGCC
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ATGTTCATTGATGAAAAGATAAGCTATTTGGATATCTTCAAGGTGGTGGAATTAACATGC
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GCCTGATATTACTTG

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ACACAGGATTCATCTGTGCTTGCTCAACTGGGATGGCCTGATATGCGTCTACCTATTCTC
TACACCATGTCATGGCCTGATAGGGTTCCTTGTTCCGAAGTAACGTGGCCAAGACTTGAC
CTTTGCAAACTGGGTTCGTTGACTTTCAAGAAACCAGACAATGTGAAATACCCATCAATG
GATCTTGCTTATGCTGCCGGACGAGCTGGAGGTACTATGACTGGAGTTCTCAGTGCAGCT
AACGAGAAAGCTGTTGAAATGTTCATTGATGAAAAGATAAGCTATTTGGATATCTTCAAG
GTGGTGGAATTAACATGCGATAAACATCGAACCGAGTTGGTAACATCGCCGTCTCTTGAA
GAGATTGTTCACTATGACTTGTGGGCGCGTGAATACGCTGCCAATCTACAGCTTTCTTCT
GGTGCGACGCCAGTTCCTGCCTGATATTACTTGTTGTTGCAGTGAAGTGGATAATAATAA
TAAGAAATGATGGAAAGAAGATTAGTGCAGCGAGTGGGAATATTTTGAC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 6

CO CL1168Contig1 1710 6 18 U
GGATCCCCCGCAACTCTCCATTTTCGTCTCCCAAGGCCAAAGCCAAGGCAGAAGAAGAAC
ACATGTCGATCTACGTCGCGTCACGGCGACTTTCCGCCAGAACAACCGCGGGGACGCTGC
GTTATGCCAGTGCTCTGAGATCTTATTCAACGTCGTCGTTTAGGGAGGAGAGGGACACCT
TCGGCCCGATCCAAGTTCCTTCCGATAAATTGTGGGGAGCCCAGACGCAGAGATCGCTAC
AGAACTTCGAAATCGGTGGTGAGCGGGAGCGTATGCCCGAACCTATCGTCCGCGCTTTCG
GCGTCTCGAAGAAGTGCGCTGCCAAGGTAAACATGGAGTATGGACTTGATCCAACGATTG
GGAAAGCGATTATGGAAGCAGCTCAGGAAGTAGCTGAGGGCAAACTCAATGATCATTTCC
CCCTTGTTGTTTGGCAAACTGGTAGTGGCACTCAGAGTAACATGAATGCCAATGAGGTCA
TTGCTAACAGAGCAGCTGAGATTCTTGGTCGCAAACGTGGTGAAAAATGCGTCCACCCTA
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TCGACTCTAAGTCCTTCGAGTTCAAAGATATTGTCAAAATTGGAAGAACTCACACTCAAG
ATGCTACTCCTTTGACCCTAGGACAAGAATTTGGTGGCTATGCTACTCAAGTTAAGTATG
GACTTAATCGAGTCACATGCACTCTACCCCGCCTCTATCAGCTTGCACAAGGTGGAACTG
CTGTTGGGACAGGACTAAACACCAAGAAAGGGTTTGATGTAAAGATAGCTGCTGCAGTGG
CAGAAGAAACAAACCTGCCCTTCGTCACTGCAGAAAACAAGTTCGAAGCTCTGGCTGCAC
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TTGCCAATGATATACGTTTTCTTGGAAGTGGTCCAAGATGTGGTCTTGGTGAACTTGTTC
TGCCTGAAAATGAGCCAGGAAGCAGCATCATGCCTGGGAAGGTGAATCCTACACAGTGTG
AGGCCTTGACCATGGTTTGTGCTCAGGTAATGGGCAACCATGTCGCTGTGACAGTTGGTG
GGTCAAATGGTCATTTCGAATTGAATGTATTTAAGCCGGTGATCGCAAGCTCTCTCTTGC
ATTCTGTAAGATTGATAGCAGATGCTTCAGCTTCGTTTGAGAAAAACTGTGTGAGGGGCA
TTGAGGCCAACAAAGAAAGGATCTCAAAGCTATTACACGAGTCTCTTATGCTTGTGACAT
CATTGAATCCGAAAATCGGATATGACAATGCTGCAGCAGTTGCCAAGAAAGCTCACAAAG
AAGGATCGACATTGAAGGAAGCGGCTCTGAAGTTAGGTGTTCTTACCTCTGAAGAGTTTG
ATACGCTTGTCGTCCCCGAGAAGATGATCGGGCCCTCCGATTGATGTTGGAGCTAAAAGC
TTCATTTCACATGTCTTATTCTTGTTAAGGGTGTAATGACAAATAAGCAAATCCCAGAAA
CTCAAATTCAGATTTTGCATTGGAAGGATTCAATTCTTGATGTATCAGTTATTTTTGTTG
AATAAAAGAGTAACTATTCATGTTTAGACC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
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TGGGCAACCATGTCGCTGTGACAGTTGGTGGGTC

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G
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T

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TCTCTTGCATTCTGTAAGATTGATAGCAGATGCTTCAGCTTCGTTTGAGAAAAACTGTGT
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TGTGACATCATTGAATCCGAAAATCGGATATGACAATGCTGCAGCAGTTGCCAAGAAAGC
TCACAAAGAAGGATCGACATTGAAGGAAGCGGCTCTGAAGTTAGGTGCTCTTACCTCTGA
AGAGTTTGATACGCTTGTCGTCCCCGAGAAGATGATCGGGCCCTCCGATTGATGTT*GAG
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TTTTGTTGAATAAAAGGGTAACTATTCATGTTTAGACC

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DS 

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TTTGCATTGGAAGGATTCAATTCTTGATGTATCAGTTATTTTTGTTGAATAAAAGAGTAA
CTATTCATGT
TT

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DS 



AS 0 0

AS 2 5

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GCAGCAAAGGTTGCAGACATTAACAATATAGCGACATATATATAGTCCTAAGAAACCTAA
TTACAAGAGTTTAGATAATGGGCTTGCGGTCTTTACTTGGGCCTTGCAAATACTCCCCCG
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GACTTCAGATGAGCAGATGAAGATGACTTGAGATGAGCAAGAGTAGGAAGCTTTTGATGT
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ACATTTCAGTAGCCACTATCATCTTCTATGTCTCTGTGACATTGTACCAAACACTTGGTG
TGCATCAAAATAGAAACTTCCTTCCATAAACCCAGCAAAAACCAGAACCAGCCTACGCAT
GATAGTGTTCCAAACCTATCTAAGTTCTCAACCTAAGAATATAAGACAACCAGCAACTCA
AGCCAACAAAGGACATTTAATCTTTCATCCTTTGTTCTGTCTCAACAGAAAGAAACAGAG
CTGGTACCGTGGATAAGCGGTGAGGAAACTGAATATGTCTTCATCTTCTCTGTCCATTCC
GAGACCTGTCTAAGCTTCACAACATCTTGTAGCAACTGTTCTCGCCCTCTTTTTGAGACA
CCACAACGTTGAAAGAGAATTAAAACTCGTCGGGCCGGATCTGACTTGAAGCTTTGGAAA
GCCAATGACTTTATCAAACGAAGGTCTCCCTTTTGAAGTAGAAGTGTGTGAGATTCTTCC
CAGGGAAAAGCTAGAGTCTTGATTCGCTTAGAGCTTAGATAAAGTTGTGATATTGTAGGG
TTATGATTGAAAAACACAAGACTTTTTCTTTGGGCTTGGATGGAAAGACAGAGAAAGGTT
GGAGCTTTAGTGATAGAGGTTGGTAGTAAGTTGAAAGCTGGTGAGAACAAAACCCATACC
CCGGCCGTAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTTGAAATCTTCTTCCTTGGGAGCATGGATG
ATCACAACATCAGGCAATGGTGTCTTTGGTCCCGTTACTCCCTTAGGGTCCCAGTCAAGC
ATGACCTTGACCTTGATTCCGAGCACGCCCTGTCTAAGGAGAACATGTCTGACAGCAGAA
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BQ
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CA
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DS 



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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F393TF U 1
AF RR3F927TF U 2
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RD RR3F393TF 749 0 0
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TCTTTGTGTTCTTGAAGACAACTCTAAAGCTTTCTTTCTCCTTACTTTCTTGCACTAAAT
AAAGCTTTAACAAGCTATTTCATTTTTAAGTTTTATCTCTATTTACAAACATTATCATGG
CATCAGAGCACCAGGAAGTAAATCCTTAGCTCTATGGGTTTTGTTCTCACCAGCTTTCAA
CTTACTACCAACCTCTATCACTAAAGCTCCAACCTTTCTCTGTCTTTCCATCCAAGCCCA
AAGAAAAAGTCTTGTGTTTTTCAATCATAACCCTACAATATCACAACTTTATCTAAGCTC
TAAGCGAATCAAGACTCTAGCTTTTCCCTGGGAAGAATCTCACACACTTCTACTTCAAAA
GGGAGACCTTCGTTTGATAAAGTCATTGGCTTTCCAAAGCTTCAAGTCAGATCCGGCCCG
ACGAGTTTTAATTCTCTTTCAACGTTGTGGTGTCTCAAAAAGAGGGCGAGAACAGTTGCT
ACAAGATGTTGTGGAGCTTAGACAGGTCTCGGAATGGACAGAGAAGATGA*GACATATTC
AGTTTCCTCACCGCTTATCCACGGTATCAGCTCTGTTTCTTTCTGTTGAGACAGA*CAAA
GATGAAAGATTAAATGTCCTTTGTTGGCTTGAGTTGCTGGT*GTCT*ATATTCT*AGT*G
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QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3F927TF 775 0 0
G
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TTTGTGTTCTTGAAGACAACTCTAAAGCTTTCTTTCTCCTTACTTTCTTGCACTAAATAA
AGCTTTAACAAGCTATTTCATTTTTAAGTTTTATCTCTATTTACAAACATTATCATGGTA
TCAGAGCACCAGGAAGTAAATCCTTAGCTCTATGGGTTTTGTTCTCACCAGCTTTCAACT
TACTACCAACCTCTATCACTAAAGCTCCAACCTTTCTCTGTCTTTCCATCCAAGCCCAAA
GAAAAAGTCTTGTATTTTTCAATCATAACCCTACAATATCACAACTTTATCTAAGCTCTA
AGCGAATCAAGACTCTAGCTTTTCCCTGGGAAGAATCCCACACACTTCTACTTCAAAAGG
GAGACCTTCGTTTGATAAAGTCATTGGCTTTCCAAAGCTTCAAGTCAGATCCGGCCCGAC
GAGTTTTAATTCTCTTTCAACGTTGTGGTGTCTCAAAAAGAGGGCGAGAACAGTTGCTAC
AAGATGTTGTGAAGCTTAGACAGGTCTCGGAATGGACAGAGAAGATGAAGACATATTCAG
TTTCCTCACCGCTTATCCACGGTATCAGCTCTGTTTCTTTCTGTTGAGACAGAACAAAGA
TGAAAGATTAAATGTCCTTTGTTGGCTTGAGTTGCTGGTTGTCTTATATTCTTAGTTGAG
ACTTAGATAGGTTGGACACTATCATGCGTAGCTGGTTCTGGTTTTGCTGGGTTT

QA 2 775 2 775
DS 



AS 2 6

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ACACCAGATCATATAAAGGTAAGCCTCAACACCAAATTGAAAAGCGAAAACATAATTAGA
AGATGATAATAGTCTTATGCCAAACACACACAATAAAAGACAAGCTTCCACATCATTAGG
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CTCATTCTCATTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTT
CTCCTTCTACTTATCCTTCTCCTCCTCCTTGTCATTCTCATTCTCCTTCTCCTTCTCCTT
CTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCTCC
ATCAACCTCCTCGACAACAGCGACTCCACCAGCAGCATTGAGCTTCGCTGCAAGGTCTTC
AACTTCTTCCTTTGTGATATATTGTTTAACAATGGAAGGGACATTTTCAGCAATCTCATA
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BQ
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AF RR3GJ27JQ U 1
AF RR3C983JQ U 1
BS 1 83 RR3C983JQ
BS 84 84 RR3GJ27JQ
BS 85 212 RR3C983JQ
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BS 313 313 RR3GJ27JQ
BS 314 713 RR3C983JQ

RD RR3GJ27JQ 431 0 0
AT
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AATTTCTCAGTCATTCCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTTTCATTCTCATTCTCATTCT
CATTCTCATTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCT
CCTTCTCCTTATCCTTCTCCTTCTCCTTGTCATTCTCATTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCT
CCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCT*CTCCTTCTCCTTCTCTCCAT
CA
CCTCCTC

QA 3 424 3 424
DS 

RD RR3C983JQ 713 0 0
GTCACAACTCATAATATATATAGATAGACACAAGTGAAAAGTGTTTTACATGTAGCCACA
ACACCAGATCATATAAAGGTAAGTCTCAACACCAAATTGAAAAGCGAAAACATAATTAGA
AGATGATAATAGTCTTATGCCAAACACACACAATAAAAGACAAGCTTCCACATCATTAGG
ACAATTTCTCAGTCATTCCTCCTTCTCCTTCT******CCTTTTCATTCTCATTCTCATT
CTCATTCTCATTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTT
CTCCTTCTACTTCTCCTTCTCCTCCTCCTTGTCATTCTCATTCTCCTTCTCCTTCTCCTT
CTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCCTTCTCTCC
ATCAACCTCCTCGACAACAGCGACTCCACCAGCAGCATTGAGCTTCGCTGCAAGGTCTTC
AACTTCTTCCTTTGTGATATATTGTTTAACAATGGAAGGGACATTTTCAGCAATCTCATA
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CCTCTGATCTGCTCTTCTTGGAGTTTTGGGAGGGGTTGGAAGTCCCAACGCTT

QA 1 713 1 713
DS 



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TTCTAATTATGTTTTCGCTTTTCAATTTGGTGTTGAGACTTACCTTTATATGATCTGGTG
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C983TF U 1
AF RR3GJ27TF U 1
AF RR3AI85TF U 15
AF RR3AI85JQ C 284
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BS 553 624 RR3C983TF
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BS 671 899 RR3AI85JQ

RD RR3C983TF 624 0 0
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AAAAGGTCGTTTCTTCCTAACATCAATTGTAAGAAATTACTTTCCCTCGGTCACATATGC
ACCAAGTAGGCGTCTGCTGTGTACAACCCCCTATGATGATGATTATGATATAGATTCAAC
TTATGGTAGGCCTTTCCCTAGACTCGTGGAGATAGATCTCTTTGATAGACCATTGCCTTC
TGAGAAAATCTTGTCGCTGATTGAGACTTTGGAACATCTAACTATAAAAGAAAAACACGA
GTTTAGGTTTATATTTAGTGAAGCGTTGGGACTTCCAACCCCTCCCAAAACTCCAAGAAG
AGCAGATCAGAGGTTTCTTGTGAAGTTGATGGAGTGTGAAAAGCCTTATTATAATGGTGT
GCTTAAAGAAGTTGCATGGGCCCAAACTACCGAAGACAAGACATCATTGTACCAGTTTTA
CATGGGCGATAGTTATGAGATTGCTGAAAATGTCCCTTCCATTGTTAAACAATATATCAC
AAAGGAAGAAGTTGAAGACCTTGCAGCGAAGCTCAATGCTGCTGGTGGAGTCGCTGTTGT
CGAGGAGGTTGATGGAGAGAAGGA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3GJ27TF 620 0 0
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AAAAGGTCGTTTCTTCCTAACATCAATTGTAAGAAATTACTTTCCCTCGGTCACATATGC
ACCAAGTAGGCGTCTGCTGTGTACAACCCCCTATGATGATGATTATGATATAGATTCAAC
TTATGGTAGGCCTTTCCCTAGACTCGTGGAGATAGATCTCTTTGATAGACCATTGCCTTC
TGAGAAAATCTTGTCGCTGATTGAGACTTTGGAACATCTAACTATAAAAGAAAAACACGA
GTTTAGGTTTATATTTGGTGAAGCGTTGGGACTTCCAACCCCTCCCAAAACTCCAAGAAG
AGCAGATCAGAGGTTTCTTGTGAAGTTGATGGAGTGTGAAAAGCCTTATTATAATGGTGT
GCTTAAAGAAGTTGCATGGGCCCAAACTACCGAAGACAAGACATCATTGTACCAGTTTTA
CATGGGCGATAGTTATGAGATTGCTGAAAATGTCCCTTCCATTGTTAAACAATATATCAC
AAAGGAAGAAGCTGAAGACCTTGCAGCGAAGCTCAATGCTGCTGGTGGAGTCGCTGTTGT
CGAGGAG*TTGATGGAGAGA

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3AI85TF 659 0 0
GG
AACCAACACAGAGCCGAACATATGTATAATATGATGAAGTCTGGAAAAGGTCGTTTCTTC
CTAACATCAATTGTAAGAAATTACTTTCCCTCGGTCACATATGCACCAAGTAGGCGTCTG
CTGTGTACAACCCCCTATGATGATGATTATGATATAGATTCAACTTATGGTAGGCCTTTC
CCTAGACTCGTGGAGATGGATCTCTTTGATAGACCATCGCCTTCTGAGAAAATCTTGTCG
CTGATTGAGACTTTGGAACATCTAACTATAAAAGAAAAACACGAGTTTAGGTTTATATTT
AGTGAAGCGTTGGGACTTCCAACCCCTCCCAAAACTCCAAGAAGAGCAGATCAGAGGTTT
CTTGTGAAGTTGATGGAGTGTGAAAAGCCTTATTATAATGGTGTGCTTAAAGAAGTTGCA
TGGGCCCAAACTACCGAAGACAAGACATCATTGTACCAGTTTTACATGGGCGATAGTTAT
GAGATTGCTGAAAATGTCCCTTCCATTGTTAAACAATATATCACAAAGGAAGAAGCTGAA
GACCTTGCAGCGAAGCTCAATGCTGCTGGTGGAGTCGCTGTTGTCGAGGAGGTTGATGGA
GAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAG
AGA

QA 3 656 3 656
DS 

RD RR3AI85JQ 616 0 0
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CCCAAAACTCCAAGAAGAGCAGATCAGAGGTTTCTTGTGAAGTTGATGGAGTGTGAAAAG
CCTTATTATAATGGTGTGCTTAAAGAAGTTGCATGGGCCCAAACTACCGAAGACAAGACA
TCATTGTACCAGTTTTACATGGGCGATAGTTATGAGATTGCTGAAAATGTCCCTTCCATT
GTTAAACAATATATCACAAAGGAAGAAGCTGAAGACCTTGCAGCGAAGCTCAATGCTGCT
GGTGGAGTCGCTGTTGTCGAGGAGGTTGATGGAGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAG
AAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAAAAGGAG
GAATGACTGAGAAATTGTCCTAATGATGTGGAAGCTTGTCTTTTATTGTGTGTGTTTGGC
ATAAGACTATTATCATTTTCTAATTATGTTTTCGCTTTTCAATTTGGTGTTGAGACTTAC
CTTTATATGATCTGGTGTTGTGGCTACATGTAAAACACTTTTCACTTGTGTCTATCTATA
TATATTATGAGTTGTG

QA 1 616 1 616
DS 



AS 3 6

CO CL1172Contig1 644 2 3 U
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GCCACTTTCACTAACTTGCTTGTGCTTCTCTTCATTGCACTTGTTTGTGTAAATGTCGGT
GCTAGGAAACTTATCTCCGGAGATTCCCAATTCAAAGATGAAAAATTCCTTGGCGGCGGT
GGAGCCGGTGGTGGCCTTGGTGGGCTAGGGATTGGAGCTAATATCAATGTTGGAGCTGGA
TTAGGGCTAGGTGGTGGACTTGGCGGTGGTGGTGGACTCCTAGGCGGAGGTGGTTTAGGC
GGAGATGGTTTAGGCGTAGGTGGTTTAGGCGGAGATGGTTTAGGCGGAGATGGTCTAGGC
GGAGGTGCCGGTGGACTTGGTGGCGGTGGTGGCTTTCCTTGAACGTATAGTCAAGTGTTT
GTGTGTGTGTTTGAGCTCATTCACAGCTTATTATGCTACTCAAGTCATTTCCATTGTCAT
AATAAATTTAGAGTGTTTTAATCACATTTACATCTTTTATTTCAACTTCAATGTTTTAAT
CGAGAAAGGCCTTAGCTAATAGCTACTACTTCTAGCGGTTATGGTCGGACTCGTAGTATG
TGTAACGTCAAATATTATTATTAATCAGTGAAAAAAAATTTCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CA10TF U 162
AF RR3CA10JQ C 1
BS 1 161 RR3CA10JQ
BS 162 281 RR3CA10TF
BS 282 644 RR3CA10JQ

RD RR3CA10TF 120 0 0
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QA 1 120 1 120
DS 

RD RR3CA10JQ 644 0 0
GGACACACACCTCCATCATACACAAAAAAATAATCTCTACCATCAAAGCAAAACATGAGA
GCCACTTTCACTAACTTGCTTGTGCTTCTCTTCATTGCACTTGTTTGTGTAAATGTCGGT
GCTAGGAAACTTATCTCCGGAGATTCCCAATTCAAAGATGAAAAATTCCTTGGCGGCGGT
GGAGCCGGTGGTGGCCTTGGTGGGCTAGGGATTGGAGCTAATATCAATGTTGGAGCTGGA
TTAGGGCTAGGTGGTGGACTTGGCGGTGGTGGTGGACTCCTAGGCGGAGGTGGTTTAGGC
GGAGATGGTTTAGGCGTAGGTGGTTTAGGCGGAGATGGTTTAGGCGGAGATGGTCTAGGC
GGAGGTGCCGGTGGACTTGGTGGCGGTGGTGGCTTTCCTTGAACGTATAGTCAAGTGTTT
GTGTGTGTGTTTGAGCTCATTCACAGCTTATTATGCTACTCAAGTCATTTCCATTGTCAT
AATAAATTTAGAGTGTTTTAATCACATTTACATCTTTTATTTCAACTTCAATGTTTTAAT
CGAGAAAGGCCTTAGCTAATAGCTACTACTTCTAGCGGTTATGGTCGGACTCGTAGTATG
TGTAACGTCAAATATTATTATTAATCAGTGAAAAAAAATTTCCG

QA 1 644 1 644
DS 



CO CL1172Contig2 641 2 3 U
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GAGCCACTTTCACTAACTTGCTTGTGCTTCTCTTCATTGCACTTGTTTGTGTAAATGTCG
GTGCTAGGAAACTTATCTCCGGAGATACCCAATTCAAAGATGAAAAATTCCTTGGCGGCG
GTGGAGCCGGTGGTGGCCCTGGTGGGCTAGGGATTGGAGCTAATATCAATGTTGGAGCTG
GATTAGGGCTAGGTGGTGGAGTTGGCGGTGGTGGTGGACTCCTAGGCGGAGGTGGTGGAC
TCCTAGGAGGAGGTGGTTTAGGCGGAGATGGTCTAGGCGGAGATGGTTTAGGCGGAGGTG
GTTTAGGCGGAGGTGCCGGTGGACTTGGTGGCGGTGGTGGCTTTCCTTGAACGTATAGTC
AAGTGTTTGTGTGTGTGTCTGAGCTCATTCGCAGCTTATTTCCATTGTCATAATAAATTT
AGAGTGGTTTAATCACATTTACATATTTTATTTCAACTTCAATATTTTAATCGAGAAAGG
CCTTAGCTAATAGCTACTACTTCTAGCGGTTATGGTCGGACTCGTAGTATGTGTAACGTC
AAATATTATTATTGATTAGTGAAAAATTTCCGATTTTATTT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E052JQ C 1
AF RR3E052TF U 1
BS 1 5 RR3E052JQ
BS 6 613 RR3E052TF
BS 614 641 RR3E052JQ

RD RR3E052JQ 641 0 0
GGAACACACACACCTCCATCATAAACAAAAAATAATCTCTACCATCAAAGCAAAACATGA
GAGCCACTTTCACTAACTTGCTTGTGCTTCTCTTCATTGCACTTGTTTGTGTAAATGTCG
GTGCTAGGAAACTTATCTCCGGAGATACCCAATTCAAAGATGAAAAATTCCTTGGCGGCG
GTGGAGCCGGTGGTGGCCCTGGTGGGCTAGGGATTGGAGCTAATATCAATGTTGGAGCTG
GATTAGGGCTAGGTGGTGGAGTTGGCGGTGGTGGTGGACTCCTAGGCGGAGGTGGTGGAC
TCCTAGGAGGAGGTGGTTTAGGCGGAGATGGTCTAGGCGGAGATGGTTTAGGCGGAGGTG
GTTTAGGCGGAGGTGCCGGTGGACTTGGTGGCGGTGGTGGCTTTCCTTGAACGTATAGTC
AAGTGTTTGTGTGTGTGTCTGAGCTCATTCGCAGCTTATTTCCATTGTCATAATAAATTT
AGAGTGGTTTAATCACATTTACATATTTTATTTCAACTTCAATATTTTAATCGAGAAAGG
CCTTAGCTAATAGCTACTACTTCTAGCGGTTATGGTCGGACTCGTAGTATGTGTAACGTC
AAATATTATTATTGATTAGTGAAAAATTTCCGATTTTATTT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3E052TF 619 0 0
GGAAC
ACACACACCTCCATCATAAACAAAAAATAATCTCTACCATCAAAGCAAAACATGAGAGCC
ACTTTCACTAACTTGCTTGTGCTTCTCTTCATTGCACTTGTTTGTGTAAATGTCGGTGCT
AGGAAACTTATCTCCGGAGATACCCAATTCAAAGATGAAAAATTCCTTGGCGGCGGTGGA
GCCGGTGGTGGCCCTGGTGGGCTAGGGATTGGAGCTAATATCAATGTTGGAGCTGGATTA
GGGCTAGGTGGTGGAGTTGGCGGTGGTGGTGGACTCCTAGGCGGAGGTGGTGGACTCCTA
GGAGGAGGTGGTTTAGGCGGAGATGGTCTAGGCGGAGATGGTTTAGGCGGAGGTGGTTTA
GGCGGAGGTGCCGGTGGACTTGGTGGCGGTGGTGGCTTTCCTTGAACGTATAGTCAAGTG
TTTGTGTGTGTGTCTGAGCTCATTCGCAGCTTATTTCCATTGTCATAATAAATTTAGAGT
GGTTTAATCACATTTACATATTTTATTTCAACTTCAATATTTTAATCGAGAAAGGCCTTA
GCTAATAGCTACTACTTCTAGCGGTTATGGTCGGACTCGTAGTATGTGTAACGTCAAATA
TTATTATT
GATTAG

QA 6 613 6 613
DS 



CO CL1172Contig3 639 2 2 U
GGGACACACACCTCCATCATAAACAAAAAAAATAATATCTACCATCACAGCAAAACATGA
GAGCAACTTTCACTAACTTGCTTGGGCTTCTCTTCATTGCACTTGTTTGCGTAAATGTCG
GTGCTAGGAAACTTATTTCCGGAGATTCCCAATTCAAAGATGAAAAATTCCTTGGCGGCG
GTGGAGCCGGTGGTGGCCTTGGTGGGCTAGGGATTGGAGCTAATATCAATGTTGGAGCTG
GGTTAGGGCTAGGTGGTGGACTTGGAGGTGCCGGTGGACTTGGTGGCGGTGGTGGCTTTC
CTTGAACGTATAGTCAAGTGTTTGTGTGTGTGTCTGAGCTCATTCACAGCTTATTATGCT
ACTCAAGTCATTTCTCATAATAAATTTAGAGTGGTTTAATCACATTCACGTCTTTTACTT
CAATATCAATGTTTTAATCGAGAAAGGCCTTAGCTAATAGCTACTACTTCTAGCGGTTAT
GGTCGGACTCGTAGTATGTGTAACGTCAAATATTATTATTAATTAGTGAAAAATTTCCGA
TTTATTTACTGTTTGAGATTTTTTTTTCTCTGATGTACTACGAAATACATTATTCTATTT
GTCCGTAAAACATGCTTGAAATGCTTATCGTCACATGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GL81TF U 1
AF RR3GL81JQ C 94
BS 1 638 RR3GL81TF
BS 639 639 RR3GL81JQ

RD RR3GL81TF 638 0 0
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GTGCTAGGAAACTTATTTCCGGAGATTCCCAATTCAAAGATGAAAAATTCCTTGGCGGCG
GTGGAGCCGGTGGTGGCCTTGGTGGGCTAGGGATTGGAGCTAATATCAATGTTGGAGCTG
GGTTAGGGCTAGGTGGTGGACTTGGAGGTGCCGGTGGACTTGGTGGCGGTGGTGGCTTTC
CTTGAACGTATAGTCAAGTGTTTGTGTGTGTGTCTGAGCTCATTCACAGCTTATTATGCT
ACTCAAGTCATTTCTCATAATAAATTTAGAGTGGTTTAATCACATTCACGTCTTTTACTT
CAATATCAATGTTTTAATCGAGAAAGGCCTTAGCTAATAGCTACTACTTCTAGCGGTTAT
GGTCGGACTCGTAGTATGTGTAACGTCAAATATTATTATTAATTAGTGAAAAATTTCCGA
TTTATTTACTGTTTGAGATTTTTTTTTCTCTGATGTACTACGAAATACATTATTCTATTT
GTCCGTAAAACATGCTTGAAATGCTTATCGTCACATGA

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3GL81JQ 546 0 0
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TCAAAGATGAAAAATTCCTTGGCGGCGGTGGAGCCGGTGGTGGCCTTGGTGGGCTAGGGA
TTGGAGCTAATATCAATGTTGGAGCTGGGTTAGGGCTAGGTGGTGGACTTGGAGGTGCCG
GTGGACTTGGTGGCGGTGGTGGCTTTCCTTGAACGTATAGTCAAGTGTTTGTGTGTGTGT
TTGAGCTCATTCACAGCTTATTATGCTACTCAAGTCATTTTTCATAATAAATTTAGAGTG
GTTTAATCACATTCACGTTTTTTACTTCAATATCAATGTTTTAATCGAGAAAGGCCTTAG
CTAATAGCTACTACTTCTAGCGGTTATGGTCGGACTCGTAGTATGTGTAACGTCAAATAT
TATTATTAATTAGTGAAAAATTTCCGATTTATTTACTGTTTGAGATTTTTTTTTTT*TGA
TGTACTACGAAATACATTATTTTATTTGTCCGTAAAACATGCTTGAAATGCTTATCGTCA
CATGAT

QA 1 546 1 546
DS 



AS 3 6

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ACGAGGAGGATGAACAGGAACAAATGGACCATTGGAGCCATTATCACCGCTTTGGTCGCC
GCTATTTTCCTCATCTTGTACTTCAAACTCACCAAATAATCCTCTCTGTATCTATTAAAA
CACGACCAAATCTTTGTCCCTGATGAACGAATGGTGTGAATGTTTTATTTATCCGTTTCT
GGCTTTCTGTGTGATAAAAGTTATATGTCTTTGCTACCTTTTGTATTATCTATCACGTTC
TCTTGTTTGCGTT


BQ
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AF RR3DD60TF U 1
AF RR3DD60JQ C 2
BS 1 313 RR3DD60TF

RD RR3DD60TF 313 0 0
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ACGAGGAGGATGAACAGGAACAAATGGACCATTGGAGCCATTATCACCGCTTTGGTCGCC
GCTATTTTCCTCATCTTGTACTTCAAACTCACCAAATAATCCTCTCTGTATCTATTAAAA
CACGACCAAATCTTTGTCCCTGATGAACGAATGGTGTGAATGTTTTATTTATCCGTTTCT
GGCTTTCTGTGTGATAAAAGTTATATGTCTTTGCTACCTTTTGTATTATCTATCACGTTC
TCTTGTTTGCGTT

QA 1 313 1 313
DS 

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CGAGGAGGATGAACAGGAACAAATGGACCATTGGAGCCATTATCACCGCTTTGGTCGCCG
CTATTTTCCTCATCTTGTACTTCAAACTCACCAAATAATCCTCTCTGTATCTATTAAAAC
ACGACCAAATCTTTGTCCCTGATGAACGAATGGTGTGAATGTTTTATTTATCCGTTTCTG
GCTTTCTGTGTGATAAAAGTTATATGTCTTTGCTACCTTTTGTATTATCTATCACGTTCT
CTTGTTTGCGTT

QA 1 312 1 312
DS 



CO CL1173Contig2 1027 2 10 U
GGAATAATAATATTGAATCCATCATCAAATTCATCGCCGTCGTCTATCCTTACCTTACCT
TACCTTTGGATCTCTCTATCTTCCGATTCCGAGGGTTCTTCGTGTTATCATAAGAGAGAG
AGTATCAATCAATCAATCAAAATCTAGGTTGGAAGGATGAGTGAGGTGTTTAACGGATAC
GAGCGCCAATACTGCGACCTCTCCGCCAATCTTTCCAAGAAATGCTCCTCTGCTATTTCC
CTCCACGGGGAGCAAAAGAAGCAGAAGCTCTCTGAAATAAGGTCTGGCCTCGATAATGCT
GAAGCTTTGATTAGGAAAATGGATGTTGAGGCGAGGAGCCTTCCACCGAGCGTTAAGACC
ACCCTCCTTGTCAAATTAAGAGAGTTCAAGTCTGATCTCAACAACTTCAAAAGCGAACTC
AAGACTATCACCTCCTCTGCTAACTTGAACGCTGCTGCTCGTGACGACTTGCTCGAAGCT
GGCCTCGCTGACACTAAGACGGCTTCAGCTGATCAAAGAGCGAGATTGATGATGTCAACT
GATCGGTTGGGTCGTACCACAGACAGAATCAAGGACAGTCGAAGAATGATGATTGAGACT
GAAGAGCTTGGCGTCTCTGTCCTCCAAGACTTGCACAGTCAGAGACAGTCTCTCCTTCGC
ACTGGCGACACGCTTAGTGGAGTAGACGATAATGTGGGAAAGAGCAAGAAAATCTTGACG
GGCATGACGAGGAGGATGAACAGGAACAAATGGACCATTGGAGCCATTATCACCGCCTTG
GTCGCCGCTATTTTCCTCATCTTGTACTTCAAACTCACCAAGTAATCCTCTCTGTATTTA
ATAAACACGACGACCAAATCTTTGTCCCTGATGAACGAATGGTGTGAATGTTTTATTTAT
CCGCTTCTGGCTTTCTGTGTGATAAAGTTATATATGTCTTTGCCACCTTTTGTATTATCA
CGTTCTCTTGTTTGCGTTTACAGTTGTGTGTGTATTTTTATACTAAATGATGCAAATTGT
TTTGTTT


BQ
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ28TF U 1
AF RR3EJ28JQ C 277
BS 1 721 RR3EJ28TF
BS 722 722 RR3EJ28JQ
BS 723 743 RR3EJ28TF
BS 744 744 RR3EJ28JQ
BS 745 764 RR3EJ28TF
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BS 786 786 RR3EJ28JQ
BS 787 813 RR3EJ28TF
BS 814 1027 RR3EJ28JQ

RD RR3EJ28TF 813 0 0
GGAATAATAATATTGAATCCATCATCAAATTCATCGCCGTCGTCTATCCTTACCTTACCT
TACCTTTGGATCTCTCTATCTTCCGATTCCGAGGGTTCTTCGTGTTATCATAAGAGAGAG
AGTATCAATCAATCAATCAAAATCTAGGTTGGAAGGATGAGTGAGGTGTTTAACGGATAC
GAGCGCCAATACTGCGACCTCTCCGCCAATCTTTCCAAGAAATGCTCCTCTGCTATTTCC
CTCCACGGGGAGCAAAAGAAGCAGAAGCTCTCTGAAATAAGGTCTGGCCTCGATAATGCT
GAAGCTTTGATTAGGAAAATGGATGTTGAGGCGAGGAGCCTTCCACCGAGCGTTAAGACC
ACCCTCCTTGTCAAATTAAGAGAGTTCAAGTCTGATCTCAACAACTTCAAAAGCGAACTC
AAGACTATCACCTCCTCTGCTAACTTGAACGCTGCTGCTCGTGACGACTTGCTCGAAGCT
GGCCTCGCTGACACTAAGACGGCTTCAGCTGATCAAAGAGCGAGATTGATGATGTCAACT
GATCGGTTGGGTCGTACCACAGACAGAATCAAGGACAGTCGAAGAATGATGATTGAGACT
GAAGAGCTTGGCGTCTCTGTCCTCCAAGACTTGCACAGTCAGAGACAGTCTCTCCTTCGC
ACTGGCGACACGCTTAGTGGAGTAGACGATAATGTGGGAAAGAGCAAGAAAATCTTGACG
G*CATGACGAGGAGGATGAACAG*AACAAATGGACCATTGGAGC*ATTATCACCGCCTTG
GTCGC*GCTATTTTCCTCATCTTGTACTTCAAA

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR3EJ28JQ 751 0 0
ATAAGGT
CTGGCCTCGATAATGCTGAAGCTTTGATTAGGAAAATGGATGTTGAGGCGAGGAGCCTTC
CACCGAGCGTTAAGACCACCCTCCTTGTCAAATTAAGAGAGTTCAAGTCTGATCTCAACA
ACTTCAAAAGCGAACTCAAGACTATCACCTCCTCTGCTAACTTGAACGCTGCTGCTCGTG
ACGACTTGCTCGAAGCTGGCCTCGCTGACACTAAGACGGCTTCAGCTGATCAAAGAGCGA
GATTGATGATGTCAACTGATCGGTTGGGTCGTACCACAGACAGAATCAAGGACAGTCGAA
GAATGATGATTGAGACTGAAGAGCTTGGCGTCTCTGTCCTCCAAGACTTGCACAGTCAGA
GACAGTTTTTCCTTCGCACTGGCGACACGCTTAGTGGAGTAGACGATAATGTGGGAAAGA
GCAAGAAAATCTTGACGGGCATGACGAGGAGGATGAACAGGAACAAATGGACCATTGGAG
CCATTATCACCGCCTTGGTCGCCGCTATTTTCCTCATCTTGTACTTCAAACTCACCAAGT
AATCCTCTCTGTATTTAATAAACACGACGACCAAATCTTTGTCCCTGATGAACGAATGGT
GTGAATGTTTTATTTATCCGCTTCTGGCTTTCTGTGTGATAAAGTTATATATGTCTTTGC
CACCTTTTGTATTATCACGTTCTCTTGTTTGCGTTTACAGTTGTGTGTGTATTTTTATAC
TAAATGATGCAAATTGTTTTGTTT

QA 8 751 8 751
DS 



CO CL1173Contig3 752 2 4 U
GCTGGCCTCGATAATGCTGAAGCTTTGATTAGGAAAATGGATGTTGAGGCGAGGAGCCTC
CACCGAGCGTTAAGACCACCCTCCTTGTCAAATTAAGAGAGTTCAAGTCTGATCTCAACA
ACTTCAAAACCGAACTCAAGACCATCACCTCCTCTGCCAACTTGAACGCTGCTGCTCGTG
ACGACTTGCTCGAAGCTGGCCTCGCTGACACTAAGACGGCTTCAGCTGATCAGAGAGCGA
GATTGATGATGTCAACTGATCGATTGGGTCGTACCACAGACAGAATCAAGGACAGTCGAA
GAATGATGATTGAGACTGAAGAGCTTGGCGTCTCTGTCCTCCAAGACTTGCACAGTCAGA
GACAGTCTCTCCTTCGCACTGGCGACACGCTTAGTGGAGTAGACGATAATGTCGGAAAGA
GCAAGAAAATCTTGACGGGCATGGCGAGGAGGATGAACAGGAACAAATGGACCATTGGAG
CCATTATCACCGCTTTGGTCGCCGCTATTTTCCTCATCTTGTACTTCAAACTCACCAAGT
AATCCTCTCTGTATCTAATAAACTCGACGACCAAATCTTTGTCCCTGAACGAATGGTGTG
AATGTTTTATTTATCCGTTTCTGGCTTTCTGTGTGATAAAAGTTATATATGTCTTTGCCA
CCCTTTTGTATTATCTCTCACGCTCTCTTGTTTGCGTTTACAGTTGTGTATTTTTATACT
AAATGATGCAAATTGTTTTGTTTATTATTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ45TF U 1
AF RR3FQ45JQ C 8
BS 1 640 RR3FQ45TF
BS 641 641 RR3FQ45JQ
BS 642 698 RR3FQ45TF
BS 699 752 RR3FQ45JQ

RD RR3FQ45TF 704 0 0
GCTGGCCTCGATAATGCTGAAGCTTTGATTAGGAAAATGGATGTTGAGGCGAGGAGCCTC
CACCGAGCGTTAAGACCACCCTCCTTGTCAAATTAAGAGAGTTCAAGTCTGATCTCAACA
ACTTCAAAACCGAACTCAAGACCATCACCTCCTCTGCCAACTTGAACGCTGCTGCTCGTG
ACGACTTGCTCGAAGCTGGCCTCGCTGACACTAAGACGGCTTCAGCTGATCAGAGAGCGA
GATTGATGATGTCAACTGATCGATTGGGTCGTACCACAGACAGAATCAAGGACAGTCGAA
GAATGATGATTGAGACTGAAGAGCTTGGCGTCTCTGTCCTCCAAGACTTGCACAGTCAGA
GACAGTCTCTCCTTCGCACTGGCGACACGCTTAGTGGAGTAGACGATAATGTCGGAAAGA
GCAAGAAAATCTTGACGGGCATGGCGAGGAGGATGAACAGGAACAAATGGACCATTGGAG
CCATTATCACCGCTTTGGTCGCCGCTATTTTCCTCATCTTGTACTTCAAACTCACCAAGT
AATCCTCTCTGTATCTAATAAACTCGACGACCAAATCTTTGTCCCTGAACGAATGGTGTG
AATGTTTTATTTATCCGTTTCTGGCTTTCTGTGTGATAAA*GTTATATATGTCTTTGCCA
CCCTTTTGTATTATCTCTCACGCTCTCTTGTTTGCGTT
TACAGT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3FQ45JQ 745 0 0
TCGATAATGCTGAAGCTTTGATTAGGAAAATGGATGTTGAGGCGAGGAGCCTCCACCGAG
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AACCGAACTCAAGACCATCACCTCCTCTGCCAACTTGAACGCTGCTGCTCGTGACGACTT
GCTCGAAGCTGGCCTCGCTGACACTAAGACGGCTTCAGCTGATCAGAGAGCGAGATTGAT
GATGTCAACTGATCGATTGGGTCGTACCACAGACAGAATCAAGGACAGTCGAAGAATGAT
GATTGAGACTGAAGAGCTTGGCGTCTCTGTCCTCCAAGACTTGCACAGTCAGAGACAGTC
TCTCCTTCGCACTGGCGACACGCTTAGTGGAGTAGACGATAATGTCGGAAAGAGCAAGAA
AATCTTGACGGGCATGGCGAGGAGGATGAACAGGAACAAATGGACCATTGGAGCCATTAT
CACCGCTTTGGTCGCCGCTATTTTCCTCATCTTGTACTTCAAACTCACCAAGTAATCCTC
TCTGTATCTAATAAACTCGACGACCAAATCTTTGTCCCTGAACGAATGGTGTGAATGTTT
TATTTATCCGTTTCTGGCTTTCTGTGTGATAAAAGTTATATATGTCTTTGCCACCCTTTT
GTATTATCTCTCACGCTCTCTTGTTTGCGTTTACAGTTGTGTATTTTTATACTAAATGAT
GCAAATTGTTTTGTTTATTATTTTT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 5

CO CL1174Contig1 1267 5 12 U
GGTAAATAGTGACATGGTGACTAATATAACACAACGATTGATCAAAATGTTTTGCATTTC
ACATCTGAAGTTTTCCTTTTACAGTTCGGGCAACAACTGAAACCAGAAATAGAAACTCTT
TTTGTACAGCCTTAACATTTCTTGCTCCAAGGAATCTCTCATTCTTCCTTTCATTTAAGT
CAACAATGAGATGCGAAGTGAAAACACACGACATGGAAGAATGACAGCGAATCCAGAAGC
TATGAAGCAACTCTCTCACATTAAAGACAAACTCTCCATCATGATCAAGAGGACTATACT
CCTCCATTCATGGCTGCAAATGGTAATCAAGACTAAAGGCTCGAATATCTGAAGGACTAC
TTCCAGGCCTTTTGTTTATAGTACCGTAGTGAAACTTTATTTTCCCCTTTTTAAGATCTT
CCAAATACAGATTTAAGGTAACATATATAGATGAAAACGCCAAGGAATCAAAGGGTATCT
CGTCTAGTGCAAAAAGACGGCACTCCAATGACTCAGGACCAGGCGCAAAATCAAGATTCT
TCAGCTTTGCTAAGAATATAACATACGTTTGGCCAATAAGAGGAATATCGAGCTGCGCAA
AAGGAGAAACAACTTCCACAGTGGCTCCAGCTTCTTCCCAAGTTTCCCTCATTGCTCCTT
CAGCAGCTGACTCTCCAACCTCTAGATAACCAGCAGGAAGAGTCCATAGACCGTGTGAAG
GTTGAATGTTACGTTTGCAAAGCAAAACCTTTCCTTCATGCTCAATAAGACAACCTACAA
CCATCTTAGGATTCTGGTAAGCGATTTTGTCGCAGTGTGTGCAAATAGCTCGGAGCTTCT
CTTCTCCGTCAGGTATCTCGTGCTTGGTAGGACCTCCACACCATTGACAGAACTTTATCT
TACGAACATCTCCAGCTGATTGAACGGAGACGAAAGTTGGAGACTTGGGAACTGGGTCGG
ATCCGGGAAGTGAGGAAGACATTCGGGTCGGGTTGAAACGGAGTGTTTTCCGTGGAGAGG
AGGAGAAAGTTGAGAGCTTTAGAGGGTTTGTAGATGTGGAGAGGAAAGAGACGGTGGTGG
AGTTGCGGGTCTTGGTCAGTCTCTGTGAGATGATGGTTAACCCTGATGTTGACCAACCCA
AGATCTGTACGGCTTTGAGCATTATACGCACCGCTTTTTTCACCGGAACTTTGCTTCAGA
TTCCGGCGTCAATTTCGTCGCACAGTTTTGACATTTGAGGAGAGAAATGTCATTTAAAGA
TGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F017JQ U 1
AF RR3G907JQ U 23
AF RR3GB26JQ U 40
AF RR3G907TF C 119
AF RR3GB26TF C 534
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BS 242 242 RR3G907JQ
BS 243 307 RR3F017JQ
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BS 309 763 RR3F017JQ
BS 764 774 RR3GB26JQ
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BS 872 872 RR3GB26TF
BS 873 877 RR3G907TF
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RD RR3F017JQ 763 0 0
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ACATCTGAAGTTTTCCTTTTACAGTTCGGGCAACAACTGAAACCAGAAATAGAAACTCTT
TTTGTACAGCCTTAACATTTCTTGCTCCAAGGAATCTCTCATTCTTCCTTTCATTTAAGT
CAACAATGAGATGCGAAGTGAAAACACACGACATGGAAGAATGACAGCGAATCCAGAAGC
TGTGAAGCAACTCTCTCACATTAAAGACAAACTCTCCATCATGATCAAGAGGACTATACT
CCTCCAT*CATGGCTGCAAATGGTAATCAAGACTAAAGGCTCGAATATCTGAAGGACTAC
TTCCAGGCCTTTTGTTTATAGTACCGTAGTGAAACTTTATTTTCCCCTTTTTAAGATCTT
CCAAATACAGATTTAAGGTAACATATATAGATGAAAACGCCAAGGAATCAAAGGGTATCT
CGTCTAGTGCAAAAAGACGGCACTCCAATGACTCAGGACCAGGCGCAAAATCAAGATTCT
TCAGCTTTGCTAAGAATATAACATACGTTTGGCCAATAAGAGGAATATCGAGCTGCGCAA
AAGGAGAAACAACTTCCACAGTGGCTCCAGCTTCTTCCCAAGTTTCCCTCATTGCTCCTT
CAGCAGCTGACTCTCCAACCTCTAGATAACCAGCAGGAAGAGTCCATAGACCGTGTGAAG
GTTGAATGTTACGTTTGCAAAGCAAAACCTTTCCTTCATGCTC

QA 1 763 1 763
DS 

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G
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GTTCGGGCAACAACTGAAACCAGAAATAGAAACTCTTTTTGTACAGCCTTAACATTTCTT
GCTCCAAGGAATCTCTCATTCTTCCTTTCATTTAAGTCAACAATGAGATGCGAAGTGAAA
ACACACGACATGGAAGAATGACAGCGAATCCAGAAGCTATGAAGCAACTCTCTCACATTA
AAGACAAACTCTCCATCATGATCAAGAGGACTATACTCCTCCATTCATGGCTGCAAATGG
TAATCAAGACTAAAGGCTCGAATATCTGAAGGACTACTTCCAGGCCTTTTGTTTATAGTA
CCGTAGTGAAACTTTATTTTCCCCTTTTTAAGATCTTCCAAATACAGATTTAAGGTAACA
TATATAGATGAAAACGCCAAGGAATCAAAGGGTATCTCGTCTAGTGCAAAAAGACGGCAC
TCCAATGACTCAGGACCAGGCGCAAAATCAAGATTCTTCAGCTTTGCTAAGAATATAACA
TACGTTTGGCCAATAAGAGGAATATCGAGCTGCGCAAAAGGAGAAACAACTTCCACAGTG
GCTCCAGCTTCTTCCCAAGTTTCCCTCATTGCTCCTTCAGCAGCTGACTCTCCAACCTCT
AGATAACCAGCAGGAAGAGTCCATAGACCGTGTGAAGGTTGAATGTTACGTTTGCAAAGC
AAAACCTT

QA 2 729 2 729
DS 

RD RR3GB26JQ 735 0 0
GG
TCAAAATGTTTTGCATTTCACATCTGAAGTTTTCCTTTTACAGTTCGGGCAACAACTGAA
ACCAGAAATAGAAACTCTTTTTGTACAGCCTTAACATTTCTTGCTCCAAGGAATCTCTCA
TTCTTCCTTTCATTTAAGTCAACAATGAGATGCGAAGTGAAAACACACGACATGGAAGAA
TGACAGCGAATCCAGAAGCTGTGAAGCAACTCTCTCACATTAAAGACAAACTCTCCATCA
TGATCAAGAGGACTATACTCCTCCATTCATGGCTGCAAATGGTAATCAAGACTAAAGGCT
CGAATATCTGAAGGACTACTTCCAGGCCTTTTGTTTATAGTACCGTAGTGAAACTTTATT
TTCCCCTTTTTAAGATCTTCCAAATACAGATTTAAGGTAACATATATAGATGAAAACGCC
AAGGAATCAAAGGGTATCTCGTCTAGTGCAAAAAGACGGCACTCCAATGACTCAGGACCA
GGCGCAAAATCAAGATTCTTCAGCTTTGCTAAGAATATAACATACGTTTGGCCAATAAGA
GGAATATCGAGCTGCGCAAAAGGAGAAACAACTTCCACAGTGGCTCCAGCTTCTTCCCAA
GTTTCCCTCATTGCTCCTTCAGCAGCTGACTCTCCAACCTCTAGATAACCAGCAGGAAGA
GTCCATAGACCGTGTGAAGGTTGAATGTTACGTTTGCAAAGCAAAACCTTTCCTTCATGC
TCAATAAGACAAC

QA 3 735 3 735
DS 

RD RR3G907TF 760 0 0
TTTTTGTACAGC*TTAACATTTCTTGCTCCAAGGAATCTCTCATTCT*CCTTTCATT*AA
GTCAACAATGAGATGCGAAGTGAAAACACACGACATGGAAGAATGACAGCGAATCCAGAA
GCTATGAAGCAACTCTCTCACATTAAAGACAAACTCTCCATCATGATCAAGAGGACTATA
CTCCTCCATTCATGGCTGCAAATGGTAATCAAGACTAAAGGCTCGAATATCTGAAGGACT
ACTTCCAGGCCTTTTGTTTATAGTACCGTAGTGAAACTTTATTTTCCCCTTTTTAAGATC
TTCCAAATACAGATTTAAGGTAACATATATAGATGAAAACGCCAAGGAATCAAAGGGTAT
CTCGTCTAGTGCAAAAAGACGGCACTCCAATGACTCAGGACCAGGCGCAAAATCAAGATT
CTTCAGCTTTGCTAAGAATATAACATACGTTTGGCCAATAAGAGGAATATCGAGCTGCGC
AAAAGGAGAAACAACTTCCACAGTGGCTCCAGCTTCTTCCCAAGTTTCCCTCATTGCTCC
TTCAGCAGCTGACTCTCCAACCTCTAGATAACCAGCAGGAAGAGTCCATAGACCGTGTGA
AGGTTGAATGTTACGTTTGCAAAGCAAAACCTTTCCTTCATGCTCAATAAGACAACCTAC
AACCATCTTAGGATTCTGGTAAGCGATTTTGTCGCAGTGTGTGCAAATAGCTCGGAGCTT
CTCTTCTCCGTCAGGTATCTCGTGCTTGGTAGGGCCTCC
C

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3GB26TF 734 0 0
AAGATTC
TCAGCTTTGCTAAGAATATAACATACGTTTGGCCAATAAGAGGAATATCGAGCTGCGCAA
AAGGAGAAACAACTTCCACAGTGGCTCCAGCTTCTTCCCAAGTTTCCCTCATTGCTCCTT
CAGCAGCTGACTCTCCAACCTCTAGATAACCAGCAGGAAGAGTCCATAGACCGTGTGAAG
GTTGAATGTTACGTTTGCAAAGCAAAACCTTTCCTTCATGCTCAATAAGACAACCTACAA
CCATCTTAGGATTCTGGTAAGCGATTTTGTCGCAGTGTGTGCAGATAGCTCGGAGCTTCT
CTTCTCCGTCAGGTATCTCGTGCTTGGTAGGACCTCCACACCATTGACAGAACTTTATCT
TACGAACATCTCCAGCTGATTGAACGGAGACGAAAGTTGGAGACTTGGGAACTGGGTCGG
ATCCGGGAAGTGAGGAAGACATTCGGGTCGGGTTGAAACGGAGTGTTTTCCGTGGAGAGG
AGGAGAAAGTTGAGAGCTTTAGAGGGTTTGTAGATGTGGAGAGGAAAGAGACGGTGGTGG
AGTTGCGGGTCTTGGTCAGTCTCTGTGAGATGATGGTTAACCCTGATGTTGACCAACCCA
AGATCTGTACGGCTTTGAGCATTATACGCACCGCTTTTTTCACCGGAACTTTGCTTCAGA
TTCCGGCGTCAATTTCGTCGCACAGTTTTGACATTTGAGGAGAGAAATGTCATTTAAAGA
TGTGTCC

QA 8 734 8 734
DS 



AS 1 3

CO CL1175Contig1 890 3 2 U
GCTATATAAATTTATTCAACATTCTTTATTTTTTTTAATTTGTAACCATTATATAAATTA
ATTTCATGAGTTTAAATTTAGAAAATACAAACTTATATATAGAAAAACATTTTTTTTTGG
TAAACTATATAGAAAACATCAGAAGGTGGAAGAACACGAATATGATCCGCCGGTAGTTCT
CAGCTCTGAACAAGGCCAAGGGCTGACTTTGAGCGAAGTTCCAATAACATCGGAACACTT
CCACGTGCGATACGAGTTCAAGCTTCCATGTAGATTAATCTCACTCAGACATATCGCTGT
AAAAGGTGAACCCTTAAGGCCTTGAATGGAACCGGCGTTTTGAACGTTAACCCCCCAAAC
GTTATTAATATGTATTCCTTTAACGACTGGAAGAGCGTTCGGGTTATAATACGCGTCAGG
GTGATCTCCCGTGTCGCCAGCGATCTTGATCCCGTACTTTGCGTTTTCAACATAGACGTT
AGAGATTTTGATGTTTTTGATGTATCCTCCACGACCAATGTTTGTCTTGATGTTGACTCC
AACGCCCATATTGGAGAGACTGATGTGTTCTGCTACGATGTTCTTGATTCCTCCTGATGT
TTCGCTTCCTATTGCGATACCTGCGTACGGAGAAGATCCTGTGATGCGGCGGATCGTTAT
GTTTGAGCTTGGACGGCCGAAAGCGATTCCGTACTCGTCCCAACCGCTTTTGATGGCAAC
TAGGTCGTCCCCTGTTGAGATGTAAGAATCTTCTATGCAGACGTTGTTGCTGGAATCTGG
ATCGATCCCATCTGTGTTGGGGGAATCTTGTGGAGCTAAGATGGTAACGTGATGGATGAC
AACATCACTGCAATAGACAGGGTGAATGTTCCAGAAGGGTGAGTTCTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY80JQ U 17
AF RR3H167JQ U 1
AF RR3H167TF C 150
BS 1 778 RR3H167JQ
BS 779 890 RR3H167TF

RD RR3GY80JQ 631 0 0
CAACATTCTTTATTTTTTT*AATTTGTAACCATTATATAAATTAATTTCATGAGTTTAAA
TTTAGAAAATACAAACTTATATATAGAAAAACATTTTTTTTTGGTAAACTATATAGAAAA
CATCAGAAGGTGGAAGAACACGAATATGATCCGCCGGTAGTTCTCAGCTCTGAACAAGGC
CAAGGGCTGACTTTGAGCGAAGTTCCAATAACATCGGAACACTTTCACGTGCGATACGAG
TTCAAGCTTCCATGTAGATTAATCTCACTCAGACATATCGCTGTAAAAGGTGAACCCTTA
AGGCCTTGAATGGAACCGGCGTTTTGAACGTTAACCCCCCAAACGTTATTAATATGTATT
CCTTTAACGACTGGAAGAGCGTTCGGGTTATAATACGCGTCAGGGTGATCTCCCGTGTCG
CCAGCGATCTTGATCCCGTACTTTGCGTTTTCAACATAGACGTTAGAGATTTTGATGTTT
TTGATGTATCCTCCACGACCAATGTTTGTCTTGATGTTGACTCCAATGCCCATATTGGAG
AGACTGATGTGTTCTGCTACGATGTTCTTGATTCCTCCTGATGTTTCGCTTCCTATTGCG
ATACCTGCGTACGGAGAAGATCCTGTGATGC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3H167JQ 778 0 0
GCTATATAAATTTATTCAACATTCTTTATTTTTTTTAATTTGTAACCATTATATAAATTA
ATTTCATGAGTTTAAATTTAGAAAATACAAACTTATATATAGAAAAACATTTTTTTTTGG
TAAACTATATAGAAAACATCAGAAGGTGGAAGAACACGAATATGATCCGCCGGTAGTTCT
CAGCTCTGAACAAGGCCAAGGGCTGACTTTGAGCGAAGTTCCAATAACATCGGAACACTT
CCACGTGCGATACGAGTTCAAGCTTCCATGTAGATTAATCTCACTCAGACATATCGCTGT
AAAAGGTGAACCCTTAAGGCCTTGAATGGAACCGGCGTTTTGAACGTTAACCCCCCAAAC
GTTATTAATATGTATTCCTTTAACGACTGGAAGAGCGTTCGGGTTATAATACGCGTCAGG
GTGATCTCCCGTGTCGCCAGCGATCTTGATCCCGTACTTTGCGTTTTCAACATAGACGTT
AGAGATTTTGATGTTTTTGATGTATCCTCCACGACCAATGTTTGTCTTGATGTTGACTCC
AACGCCCATATTGGAGAGACTGATGTGTTCTGCTACGATGTTCTTGATTCCTCCTGATGT
TTCGCTTCCTATTGCGATACCTGCGTACGGAGAAGATCCTGTGATGCGGCGGATCGTTAT
GTTTGAGCTTGGACGGCCGAAAGCGATTCCGTACTCGTCCCAACCGCTTTTGATGGCAAC
TAGGTCGTCCCCTGTTGAGATGTAAGAATCTTCTATGCAGACGTTGTTGCTGGAATCT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3H167TF 741 0 0
AAG
AACACGAATATGATCCGCCGGTAGT*CTCAGCTCTGAACAAGGCCAAGGGCTGACTTTGA
GCGAAGTTCCAATAACATCGGAACACTTCCACGTGCGATACGAGTTCAAGCTTCCATGTA
GATTAATCTCACTCAGACATATCGCTGTAAAAGGTGAACCCTTAAGGCCTTGAATGGAAC
CGGCGTTTTGAACGTTAACCCCCCAAACGTTATTAATATGTATTCCTTTAACGACTGGAA
GAGCGTTCGGGTTATAATACGCGTCAGGGTGATCTCCCGTGTCGCCAGCGATCTTGATCC
CGTACTTTGCGTTTTCAACATAGACGTTAGAGATTTTGATGTTTTTGATGTATCCTCCAC
GACCAATGTTTGTCTTGATGTTGACTCCAACGCCCATATTGGAGAGACTGATGTGTTCTG
CTACGATGTTCTTGATTCCTCCTGATGTTTCGCTTCCTATTGCGATACCTGCGTACGGAG
AAGATCCTGTGATGCGGCGGATCGTTATGTTTGAGCTTGGACGGCCGAAAGCGATTCCGT
ACTCGTCCCAACCGCTTTTGATGGCAACTAGGTCGTCCCCTGTTGAGATGTAAGAGTCTT
CTATGCAGACGTTGTTGCTGGAATCTGGATCGATCCCATCTGTGTTGGGGGAATCTTGTG
GAGCTAAGATGGTAACGTGATGGATGACAACATCACTGCAATAGACAGGGTGAATGTTCC
AGAAGGGTGAGTTCTGGC

QA 4 741 4 741
DS 



AS 1 6

CO CL1176Contig1 539 6 4 U
GGAACACAAACTAACAAAGCATTTCTTTGCAAAGAAGAATTAAAATGTCGACATCTAAAT
TTGCTTTCTTTTGTATCGTTTTGGTTTTTCTTGCTACTTTTCATGAATATGTCAATCAAG
CCGATGCAGCAGCACCAACATGCACTAGAGCACTAAATTCTGACTGGTGCTGCAGCTTGA
AACCAAAGCGGTGCCTAGGTAGCAAAGTGGAATGTGACGCAATTTGTAAACCGAAACGCC
GTCTTTGAATTTTTCAAAAATAAATTTCTATATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTA
AATAATACATAGAAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAAGACGTTGGT
ATCTCGTGGAAGAGCTCAAGTTTTTTTTTTCTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTCAA
GAAATTCATATATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATGTTTATTTTTAT
TTTAGTTTAATGATGTAAAGACTCAGATGATTGAATAAAATAAAAATTAATTTAAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B888JQ C 6
AF RR3B885TF U 6
AF RR3B888TF U 6
AF RR3CI89JQ C 1
AF RR3CI89TF U 1
AF RR3A484TF U 329
BS 1 7 RR3CI89JQ
BS 8 472 RR3B885TF
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ATATATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATG

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CTTTTGTATCGTTTTGGTTTTTCTTGCTACTTTTCATGAATATGTCAATCAAGCCGATGC
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GCGGTGCCTAGGTAGCAAAGTGGAATGTGACGCAATTTGTAAACCGAAACGCCGTCTTTG
AATTTTTCAAAAATAAATTTCTATATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTAAATAATA
CATAGAAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAAGACGTTGGTATCTCGT
GGAAGAGCTCAAGTTTTTTTTTTCTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTCAAGAAATTC
ATATATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATGTTT

QA 3 467 3 467
DS 

RD RR3B888TF 464 0 0
GG
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CTTTTGTATCGTTTTGGTTTTTCTTGCTACTTTTCATGAATATGTCAATCAAGCCGATGC
AGCAGCACCAACATGCACTAGAGCACTAAATTCTGACTGGTGCTGCAGCTTGAAACCAAA
GCGGTGCCTAGGTAGCAAAGTGGAATGTGACGCAATTTGTAAACCGAAACGCCGTCTTTG
AATTTTTCAAAAATAAATTTCTATATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTAAATAATA
CATAGAAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAAGACGTTGGTATCTCGT
GGAAGAGCTCAAGTTTTTTTTTTCTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTCAAGAAATTC
ATATATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATG

QA 3 464 3 464
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TTGCTTTCTTTTGTATCGTTTTGGTTTTTCTTGCTACTTTTCATGAATATGTCAATCAAG
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GTCTTTGAATTTTTCAAAAATAAATTTCTATATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTA
AATAATACATAGAAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAAGACGTTGGT
ATCTCGTGGAAGAGCTCAAGTTTTTTTTT*CTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTCAA
GAAATTCATATATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATGTTTATTTTTAT
TTTAGTTTAATGATGTAAAGACTCAGATGATTGAATAAAATAAAAATTAATTT

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GGAACAC
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ACGGTGCCTAGGTAGCAAAGTGGAATGTGACGCAATTTGTAAACCGAAACGCCGTCTTTG
AATTTTTCAAAAATAAATTTCTATATTATATATTTCAGTTTTATTCTAATCTAAATAATA
CATAGAAAGTTCTCTACGGAAACAACTAGTATTGTCTGCTAAAAGACGTTGGTATCTCGT
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ATATATGTTTCGGGAAAACAAGAATAAAACAATTATTGAATGTTTATTTTTATTTTAGTT
TAATGATGTAAAGACTCAGATGATTGAATAAAATAAAAATTAATTT

QA 8 533 8 533
DS 

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T*CTATTTATGACCTTTTACAATTGGATTCAAGAAATTCATATACGTTTCGGGAAAACAA
GAATAAAACAATTATTGAATGTTTATTTTTATTTTAGTTTAATGATGTAAAGACTCGAAT
GATTGAATAAAATAAAGATTAATTTAAAAGC

QA 1 211 1 211
DS 



AS 2 5

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TCTGCT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3BF89TF U 1
AF RR3BF89JQ C 10
BS 1 702 RR3BF89TF
BS 703 786 RR3BF89JQ

RD RR3BF89TF 702 0 0
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GCACACACACAGCAGTGGCAGAACCGTAAATAAAAGATGTCAAAAGATTGTGGTAACCAC
GGTGGCGGCAAAGAAGCAGCAGCCCGGCGAATCTGCGCCTCCGTAATAGCCTTCATCATA
GTAGTTCTAGTCACCATCTTCCTGGTTTGGGTCATACTCAGGCCCACTAAGCCAAGATTC
GTCCTCCAAGACGCCACCGTCTTCGCCTTCAACCTCTCGCAACCAAACCTCCTCACCACA
AACTTTCAAGTCACATTCGCATCTCGTAACCCTAACTCCAAGATCGGAATCTACTACGAC
CGTCTCCACGTCTACGCTACTTACCGGAACCAGCAGATAACTCTCCGGACAGCTATTCCT
CCGACGTATCAAGGCCACAAAGAAGACAGCGTCTGGTCTCCGTTTGTTTACGGAACCGCT
GTTCCGATCGCTCCGTACAACTCCGTCGCGTTGGGAGATGAGCGAGGTCGTGGGTTCGTA
GGGTTGATGATTCGAGCCGATGGGCGCGTGAGGTGGAAAGTAGGGACGTTGATCACAGGG
AAGTATCATATACATGTTCGGTGTCCGGCTTACATCAATCTTGGAAACAAAGCTGCTGGT
GTTCTTGTCGGCGATAGCGCCGTTAAGTATACATTGGTTACT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3BF89JQ 777 0 0
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CAGCAGTGGCAGAACCGTAAATAAAAGATGTCAAAAGATTGTGGTAACCACGGTGGCGGC
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GACGCCACCGTCTTCGCCTTCAACCTCTCGCAACCAAACCTCCTCACCACAAACTTTCAA
GTCACATTCGCATCTCGTAACCCTAACTCCAAGATCGGAATCTACTACGACCGTCTCCAC
GTCTACGCTACTTACCGGAACCAGCAGATAACTCTCCGGACAGCTATTCCTCCGACGTAT
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GCTCCGTACAACTCCGTCGCGTTGGGAGATGAGCGAGGTCGTGGGTTCGTAGGGTTGATG
ATTCGAGCCGATGGGCGCGTGAGGTGGAAAGTAGGGACGTTGATCACAGGGAAGTATCAT
ATACATGTTCGGTGTCCGGCTTACATCAATCTTGGAAACAAAGCTGCTGGTGTTCTTGTC
GGCGATAGCGCCGTTAAGTATACATTGGTTACTAAATGCAGTGTGAACGTTTAGAACTTT
GACGGAGTTAATTGTAAATCTACTTACGTTGAAATAAAATGGAGGATTGGGTCTGCT

QA 1 777 1 777
DS 



CO CL1177Contig2 859 3 8 U
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AAAAAGAACAAGTACAGAAACACACAAAAAAAGCAGACCCAATCCTCCATTTAATTTCAA
CGTAAGTAGATTTACAATTAACTCCGTCAAAGTTCTAAACGTTCACACTGCATTTAGTAA
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TGATGTAAGCCGGACACCGAACATGTATATGATACTTCCCTGTGATCAACGTCCCTACTT
TCCACCTCACGCGCCCATCGGCTCGAATCATCAACCCTACGAACCCACGACCTTGCTCAT
CTCCCAACGCGACGGAGTTGTACGGAGCGATCGGAACAGCGGTTCCGTAAACAAACGGAG
ACCAGACGCTGTCTTCTTTGTGGCCTTGATACGTCGGAGGAATAGCTGTCCGGAGAGTTA
TCTGCTGGTTCCGGTAAGTAGCGTAGACGTGGAGACGGTCGTAGTAGATTCCGATCTTGG
AGTTAGGGTTACGAGATGCGAATGTGACTTGAAAGTTTGTGGTGAGGAGGTTTGGTTGCG
AGAGGTTGAAGGCGAAGACGGTGGCGTCTTGGAGGACGAATCTTGGCTTAGTGGGCCTGA
GTATGACCCAAACCAGGAAGATGGTGACTAGAACTACTATGATGAAGGCTATTCGCCGGG
CTGCTGCTTCTTTGCCGCCACCGTGGTTACCACAATCTTTTGACATCTTTTATTTACGGT
TCTGCCACTGCTGTGTGTGTGCCTCTGTTTTCTTCCTTTTTGTGTTTGGTCGTGACTAGT
GATGATGGGAGGAAAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D105JQ U 126
AF RR3CY38JQ U 1
AF RR3CY38TF C 84
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BS 780 846 RR3CY38JQ
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AAAAAGAACAAGTACAGAAACACACAAAAAAAGCAGACCCAATCCTCCATTTTATTTCAA
CGTAAGTAGATTTACAATTAACTCCGTCAAAGTTCTAAACGTTCACACTGCATTTAGTAA
CCAATGTATACTTAACGGCGCTATCGCCGACAAGAACACCAGCAGCTTTGTTTCCAAGAT
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TCCACCTCACGCGCCCATCGGCTCGAATCATCAACCCTACGAACCCACGACCTTGCTCAT
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GATGAT

QA 1 846 1 846
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CAC
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ATCATCAACCCTACGAACCCACGACCTTGCTCATCTCCCAACGCGACGGAGTTGTACGGA
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ACGTGGAGACGGTCGTAGTAGATTCCGATCTTGGAGTTAGGGTTACGAGATGCGAATGTG
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TTACCACAATCTTTTGACATCTTTTATTTACGGTTCTGCCACTGCTGTGTGTGTGCCTCT
GTTTTCTTCCTTTTTGTGTTTGGTCGTGACTAGTGATGATGGGAGGAAAACCC

QA 4 776 4 776
DS 



AS 2 4

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CATTCCACTCTCTGCGACGGTGGGAAGACGACATGGACACGGAGATGGACCAAATCTACC
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CGAAGCATTCACATGAGATCCTCAATGTTGGAAAGGCGATAAACATGTACAATGACAAGA
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AGAAGCCTTATGCCAACAAAGCTAACTGAAAAAGAGACTCTCCACCTTGTTTTATTTACT
TCTTGCTTATCTCATAACAACAAAATCATCTTTACAAATTTTGTGTTTCGTATGGAGTAC
TCTATACTTCTTTTATATTTTAATGTTTTTAAACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AK53TF U 1
AF RR3AK53JQ C 568
BS 1 679 RR3AK53TF
BS 680 1176 RR3AK53JQ

RD RR3AK53TF 679 0 0
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ATAATGATATTCCCATTATTGAAGCAAAGGCATCAGATGAACCAGGAGTAGATCCTTTTG
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ACTTGAAGACAGCTGCAAAAGCTGGTGCTTTACTGAGCCATGTCCAGCTTGCTGTAACCG
CATTGCCCATATCACGCAC

QA 1 679 1 679
DS 

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GA
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TTACTGAGCCATGTCCAGCTTGCTGTAACCGCATTGCCCATATCAGGCACCAAAACTCAG
CCACAGAAAATTGGAAAGGATGCACTTGGAGATGTGGCAGGTTTAGCTGCTACTTCGACT
GCTAGTGGTGGTAAATTTGATAAAAAGTTGCCTGGAGAAAAACCTCCTAAGAAGCAAGGC
AAACCCCACAAGTATTTACCGGTTGTACCAAGGTATGGGGTGGTTGATGAGGAAAAAGAA
CAGACTAATAAAGTACTTGGCAAGTTATTATCGAAGCATTCACATGAGATCCTCAATGTT
GGAAAGGCGATAAACATGTACAATGACAAGAAGGAGAAAAATAAGTCAGGAAGATCAGAC
AAGTTGAAACCTAAGAAAGACATCACCAAAAAGAAGCCTTATGCCAACAAAGCTAACTGA
AAAAGAGACTCTCCACCTTGTTTTATTTACTTCTTGCTTATCTCATAACAACAAAATCAT
CTTTACAAATTTTGTGTTTCGTATGGAGTACTCTATACTTCTTTTATATTTTAATGTTTT
TAAACTC

QA 3 609 3 609
DS 



CO CL1178Contig2 620 2 2 U
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TTTACCGAGCCATGTCCAACTAGCTGCGACCGCATTGCCCATATCAGGCACCAAAGCTCA
GCCACAGAAGATTGGAAAGGAGGCACTTGGAGATGTCGCAGGTTTAGCTGCTACTTCAAC
GGCTAGTGGTGGAAAATTCGATAAGAAGTTGCCTGGTGAAAAACCTCCTAAGAAGCAAGG
CAAACATCACAAGTATTTACCAGTTGTACCAAGGCATGGGGGGGTTGACGAGGAAAAAGA
GCAGACTAATAAAGTACTTGGCAAGTTGTTATCAAAGCATTCACATGAGATCCTCAATGT
TGGAAAGGCGATAAACATGTACAACGACAAGAAGGAGAAAAAGAAGTCAGGGAGATCAGA
TAAGTTGAAAGCTAAGAAAGACATCACCAAGAAGAAGCCTTATGCCAACAAAGCTGATAA
GTGAAGAGACTCTCTCTCCACCTTGTTTTTATTTACTTGTTCGCATATCTCATAACAAAA
AAGAAAACATTAGAAGATTTTGTGTGTCGTATCTGTTTAAGAGAACTCTTATATTTATGT
TATATTTAAAATCTTTCTCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FV02JQ C 1
AF RR3FV02TF U 1
BS 1 1 RR3FV02JQ
BS 2 620 RR3FV02TF

RD RR3FV02JQ 620 0 0
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TTTACGGAGCCATGTCCAACTAGCTGCGACCGCATTGCCCATATCAGGCACCAAAGTTCA
GCCACAGAAGATTGGAAAGGAGGCACTTGGAGATGTCGCAGGTTTAGCTGCTACTTCAAC
GGCTAGTGGTGGAAAATTCGATAAGAAGTTGCCTGGTGAAAAACCTCCTAAGAAGCAAGG
CAAACATCACAAGTATTTACCAGTTGTACCAAGGCATGGGGGGGTTGACGAGGAAAAAGA
GCAGACTAATAAAGTACTTGGCAAGTTGTTATCAAAGCATTCACATGAGATCCTCAATGT
TGGAAAGGCGATAAACATGTACAACGACAAGAAGGAGAAAAAGAAGTCAGGGAGATCAGA
TAAGTTGAAAGCTAAGAAAGACATCACCAAGAAGAAGCCTTATGCCAACAAAGCTGATAA
GTGAAGAGACTCTCTCTCCACCTTGTTTTTATTTACTTGTTCGCATATCTCATAACAAAA
AAGAAAACATTAGAAGATTTTGTGTGTCGTATCTGTTTAAGAGAACTCTTATATTTATGT
TATATTTAAAATCTTTCTCC

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3FV02TF 620 0 0
G
GTTGGAAAGCAAGAAAAGAACCGACTACAGAATTTGAAGACAGCTGCAAAAGCTGGTGCT
TTACCGAGCCATGTCCAACTAGCTGCGACCGCATTGCCCATATCAGGCACCAAAGCTCAG
CCACAGAAGATTGGAAAGGAGGCACTTGGAGATGTCGCAGGTTTAGCTGCTACTTCAACG
GCTAGTGGTGGAAAATTCGATAAGAAGTTGCCTGGTGAAAAACCTCCTAAGAAGCAAGGC
AAACATCACAAGTATTTACCAGTTGTACCAAGGCATGGGGGGGTTGACGAGGAAAAAGAG
CAGACTAATAAAGTACTTGGCAAGTTGTTATCAAAGCATTCACATGAGATCCTCAATGTT
GGAAAGGCGATAAACATGTACAACGACAAGAAGGAGAAAAAGAAGTCAGGGAGATCAGAT
AAGTTGAAAGCTAAGAAAGACATCACCAAGAAGAAGCCTTATGCCAACAAAGCTGATAAG
TGAAGAGACTCTCTCTCCACCTTGTTTTTATTTACTTGTTCGCATATCTCATAACAAAAA
AGAAAACATTAGAAGATTTTGTGTGTCGTATCTGTTTAAGAGAACTCTTATATTTATGTT
ATATTTAAAATCTTTCTCC

QA 2 620 2 620
DS 



AS 2 6

CO CL1179Contig1 731 3 12 U
ACGAACGCTATTTACTTGTAAGGTTTTATAAAGATATTGTTTAAGTTGTATATTATTAGT
ACAATGACGATAATTAGCTTAGTCTTTTTACTGATATAATAATCTAGAGAACCCCGAAAG
CTTCTTTGATAGCGTGTATAACACGCGAAGAAACTTCTTCTCCAAACATTCTCGGAAACT
GTAAATCCAAATCTTCCTCCATGCTCTTCTTTCTGAAGCTTTTATCTCTTCTTTCCAAAT
CCAACTTCTCTTCTTCTCCCACCACTCTCTTCTCTCCCTCTTCCTCCCTCGCGCAACGCT
CAAGCCAAACCTCAAGGACTTGCTTAGCAGCTGGACTCACATGCTCCCTCAAAATCTCCT
CCAACCTCTCCCCTTCCTCCGCGTCGATTTTAAGCATGGAAGCGGTAGGAGAGAAAGCAG
AGCGGACAAAGAGAGAAGGCGAGACGTAGGGTTTGACCTCGGGAAGCTTGAGGAGTGACT
GGCGATGAGTATCGAGAGCGGTGTCTTGGTAATATGTCTCGAGATAGCCAGGGTGACGAA
CGAGGTCTGTGCGATGAGGGAGGTCGAGGATGAGAACGAGCGACGTGGGACTGCTCTGTA
TGAGTTCGACCACAAAGTTTGGAGCTTCTGTTGAGGTGTTTAGGAATGCAGAGATGCTTG
TTATGTTGAGTGACACTCCTGTCGGAATCTTGACGTGTATCCAACTTCCTATAACAAAAT
CAATCGGAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AT58JQ U 1
AF RR3FK20TF C 356
AF RR3FK20JQ U 14
BS 1 199 RR3AT58JQ
BS 200 200 RR3FK20JQ
BS 201 239 RR3AT58JQ
BS 240 240 RR3FK20JQ
BS 241 421 RR3AT58JQ
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BS 423 534 RR3AT58JQ
BS 535 535 RR3FK20JQ
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BS 550 571 RR3AT58JQ
BS 572 731 RR3FK20JQ

RD RR3AT58JQ 571 0 0
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CTTCTTTGATAGCGTGTATAACACGCGAAGAAACTTCTTCTCCAAACATTCTCGGAAACT
GTAAATCCAAATCTTCCTCTATGCTCTTCTTTCTGAAGCTTTTATCTCTTCTTTCCAAA*
CCAACTTCTCTTCTTCTCCCACCACTCTCTTCTCTCCCTCTTCCTCCCTCGCGCAACGCT
CAAGCCAAACCTCAAGGACTTGCTTAGCAGCTGGACTCACATGCTCCCTCAAAATCTCCT
CCAACCTCTCCCCTTCCTCCGCGTCGATTTTAAGCATGGAAGCGGTAGGAGAGAAAGCAG
AACGGACAAAGAGAGAAGGCGAGACGTAGGGTTTGACCTCGGGAAGCTTGAGGAGTGACT
GGCGATGAGTATCGAGAGCGGTGTCTTGGTAATATGTCTCGAGATAGCCAGGGTAACGAA
CGAGGTCTTTGCGATGAGGGAGGTCGAGGAT

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3FK20TF 206 0 0
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AGCAGAGCGGACAAAGAGAGAAGGCGAGACGTAGGGTTTGACCTCGGGAAGCTTGAGGAG
TGACTGGCGATGAGTATCGAGAGCGGTGTCTTGGTAATATGTCTCGAGATAGCCAGGGTG
ACGAACGAGGTCTGTGCGATGAGGGA

QA 1 206 1 206
DS 

RD RR3FK20JQ 718 0 0
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TTAGCTTAGTCTTTTTACTGATATAATAATCTAGAGAACCCCGAAAGCTTCTTTGATAGC
GTGTATAACACGCGAAGAAACTTCTTCTCCAAACATTCTCGGAAACTGTAAATCCAAATC
TTCCTCCATGCTCTTCTTTCTGAAGCTTT*ATCTCTTCTTTCCAACTCCAACTTCTCTTC
TTCTCCGACCACTCTCTTCTCTCCCTCTTCCTCCCTCGCGCAACGCTCAAGCCAAACCTC
AAGGACTTGCTTAGCAGCTGGACTCACATGCTCCCTCAAAATCTCCTCCAACCTCTCCCC
TTCCTCCGCGTCGATTTTAAGCATGGAAGCGGTAGGAGAGAAAGCAAAGCGGACAAAGAG
AGAAGGCGAGACGTAGGGTTTGACCTCGGGAAGCTTGAGGAGTGACTGGCGATGAGTATC
GAGAGCGGTGTCTTGGTAATATGTCTCGAGATAGCCAGGGTGACGAACGAGGTCTGTGCG
ATGAGGGAGGTCGAGGATGAGAACGAGCGACGTGGGACTGCTCTGTATGAGTTCGACCAC
AAAGTTTGGAGCTTCTGTTGAGGTGTTTAGGAATGCAGAGATGCTTGTTATGTTGAGTGA
CACTCCTGTCGGAATCTTGACGTGTATCCAACTTCCTATAACAAAATCAATCGGAGAA

QA 1 718 1 718
DS 



CO CL1179Contig2 1081 3 19 U
GGACAGCCACACATAATAAAAGGATGGCGATGATATTATGCAACACTCTCTACACTTCTT
CTCCGCCCTCTCTCTCGCCGTTAACTTCGATACGATCAAAGCCGTCGCGATTCTCAAAGA
CACTCACAGTCCAAGCTCAATTCCAGTCCATGGATGATCATCAAAACGATCTTCTCCGTC
AGAAATTCATGGAGTTTCCATACGTCTCGCCCACGCGCAGGGCTCTAATGGCTGATCTCA
TGTCGACGTTGGAGGATCGCCTCCACTCGCAACTCCTTCCCTGTACCCTCCCGCCAGATG
TACGGAACTTCAAGAACCCTAACGGTTCCGCCGAAGCGTCTCTTCACATCAGATCCGGCG
AGAAATCTTCTCCGATTGATTTTGTTATAGGAAGTTGGATACACGTCAAGATTCCGACAG
GAGTGTCACTCAACATAACAAGCATCTCTGCATTCCTAAACACCTCAACAGAAGCTCCAA
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CTCATCGCAAAGACCTCGTTCGTCACCCTGGCTATCTCGAGACATATTACCAAGACACCG
CTCTCGATACTCATCGCCAGTCACTCCTCAAGCTTCCCGAGGTCAAACCCTACGTCTCGC
CTTCTCTCTTTGTCCGCTCTGCTTTCTCTCCAACAGCTTCCATGCTTAAAATCGACGCGG
AGGAAGGGGAGAGGTTGGAGGAGATTTTGAGGGAGCATGTGAGTCCAGCTGCTAAGCAAG
TCCTTGAGGTTTGGCTGGAGCGTTGCGCGAGGGAGGAAGAGAAGAGAGTGTTGGGAGAAG
AAGAGAAGTTAGAGTTGGAAAGAAGAGACAAAAGCTTCAGAAAGAAGAGCATAGAGGAAG
ATTTGGATTTACAGTTTCCGAGAATGTTTGGAGAAGAAGTTTCTTCGCGTGTTATACACG
CTATCAAAGAAGCTTTCGGGGTTCTCTAACTCTAGATTATTATGTCAGTTAAAGACTTAG
CTAATTATCGTCATTGTATTAATATACAACTTAAACAATATCTTTATAAAGCCTTACAAG
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3AT58TF U 1
AF RR3AN50TF U 123
AF RR3AN50JQ C 323
BS 1 203 RR3AT58TF
BS 204 204 RR3AN50TF
BS 205 346 RR3AT58TF
BS 347 347 RR3AN50TF
BS 348 513 RR3AT58TF
BS 514 514 RR3AN50TF
BS 515 563 RR3AT58TF
BS 564 564 RR3AN50TF
BS 565 691 RR3AT58TF
BS 692 692 RR3AN50TF
BS 693 694 RR3AT58TF
BS 695 695 RR3AN50TF
BS 696 710 RR3AT58TF
BS 711 711 RR3AN50TF
BS 712 778 RR3AT58TF
BS 779 788 RR3AN50TF
BS 789 789 RR3AN50JQ
BS 790 868 RR3AN50TF
BS 869 1081 RR3AN50JQ

RD RR3AT58TF 783 0 0
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CTCCGCCCTCTCTCTCGCCGTTAACTTCGATACGATCAAAGCCGTCGCGATTCTCAAAGA
CACTCACAGTCCAAGCTCAATTCCAGTCCATGGATGATCATCAAAACGATCTTCTCCGTC
AGAAATTCATGGAGTTTCCATACTTCTCGCCCACGCGCAGGGCTCTAATGGCTGATCTCA
TGTCGACGTTGGAGGATCGCCTCCACTCGCAACTCCTTCCCTGTACCCTCCCGCCAGATG
TACGGAACTTCAAGAACCCTAACGGTTCCGCCGAAGCGTCTCTTCATATCAGATCCGGCG
AGAAATCTTCTCCGATTGATTTTGTTATAGGAAGTTGGATACACGTCAAGATTCCGACAG
GAGTGTCACTCAACATAACAAGCATCTCTGCATTCCTAAACACCTCAACAGAAGCTCCAA
ACTTTGTGGTCGAACTCATACAGAGCAGTCCCACGTCGCTCGTTCTCATCCTCGACCTCC
CTCATCGCAAAGACCTCGTTCGTTACCCTGGCTATCTCGAGACATATTACCAAGACACCG
CTCTCGATACTCATCGCCAGTCACTCCTCAAGCTTCCCGAGGTCAAACCCTACGTCTCGC
CTTCTCTCTTTGTCCGCTCTGCTTTCTCTCCTACCGCTTCCATGCTTAAA*TCGACGCGG
AGGAAGGGGAGAGGTTGGAGGAGATTTTGAGGGAGCATGTGAGTCCAGCTGCTAAGCA
GTCCT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3AN50TF 754 0 0
G
TCACAGTCCAAGCTCAATTCCAGTCCATGGATGATCATCAAAACGATCTTCTCCGTCAGA
AATTCATGGAGTTTCCATACGTCTCGCCCACGCGCAGGGCTCTAATGGTTGATCTCATGT
CGACGTTGGAGGATCGCCTCCACTCGCAACTCCTTCCCTGTACCCTCCCGCCGGATGTAC
GGAACTTCAAGAACCCTAACGGTTCCGCCGAAGCGTCTCTTCACATCAGATCCGGCGAGA
AATCTTCTCCGATTGATTTTGTTATAGGAAGTTGGATACACGTCAAGATTCCGACAGGAG
TGTCACTCAACATAACAAGCATCTCTGCATTCCTAAACACCTCAACAGAAGCTCCAAACT
TTGTGGTCGAACTCATACAGAGCAGTCCCATGTCGCTCGTTCTCATCCTCGACCTCCCTC
ATCGCAAAGACCTCGTTCGTCACCCTGGCTATCTCGAGACATATTACCAAGACACCGCTC
TCGATACTCATCGCCAGTCACTCCTCAAGCTTCCCGAGGTCAAACCCTACGTCTCGCCTT
CTCTCTTTGTCCGCTCTGCTTTCTCTCCAACAGCTTCCATGCTTAAAATCGACGCGGAGG
AAGGGGAGAGGTTGGAGGAGATTTTGAGGGAGCATGTGAGTCCAGCTGCTAAGCAAGTCC
TTGAG*TTTGGCTGGAGCGTTGCGCGAGGGAGGAAGAGAAGAGAGTGTTGGGAGAAGAAG
AGAAGTTAGAGTTGGAAAGAAGAGA
CAAAAGCT

QA 2 746 2 746
DS 

RD RR3AN50JQ 759 0 0
CGGTTCCGCCGAAGCGTCTCTTCACATCAGATCCGGCGAGAAATCTTCTCCGATTGATTT
TGTTATAGGAAGTTGGATACACGTCAAGATTCCGACAGGAGTGTCACTCAACATAACAAG
CATCTCTGCATTCCTAAACACCTCAACAGAAGCTCCAAACTTTGTGGTCGAACTCATACA
GAGCAGTCCCATGTCGCTCGTTCTCATCCTCGACCTCCCTCATCGCAAAGACCTCGTTCG
TCACCCTGGCTATCTCGAGACATATTACCAAGACACCGCTCTCGATACTCATCGCCAGTC
ACTCCTCAAGCTTCCCGAGGTCAAACCCTACGTCTCGCCTTCTCTCTTTGTCCGCTCTGC
TTTCTCTCCAACAGCTTCCATGCTTAAAATCGACGCGGAGGAAGGGGAGAGGTTGGAGGA
GATTTTGAGGGAGCATGTGAGTCCAGCTGCTAAGCAAGTCCTTGAGGTTTGGCTGGAGCG
TTGCGCGAGGGAGGAAGAGAAGAGAGTGTTGGGAGAAGAAGAGAAGTTAGAGTTGGAAAG
AAGAGACAAAAGCTTCAGAAAGAAGAGCATAGAGGAAGATTTGGATTTACAGTTTCCGAG
AATGTTTGGAGAAGAAGTTTCTTCGCGTGTTATACACGCTATCAAAGAAGCTTTCGGGGT
TCTCTAACTCTAGATTATTATGTCAGTTAAAGACTTAGCTAATTATCGTCATTGTATTAA
TATACAACTTAAACAATATCTTTATAAAGCCTTACAAGT

QA 1 759 1 759
DS 



AS 2 4

CO CL1180Contig1 623 2 2 U
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ATCAGAGTAGCTAAAATGGTGAACATTCCAAAGACAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAA
GAATGCAAGAAGCACACATTGCACAAGGTTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTC
GCCGCTCAAGGGAAGCGTCGTTATGACCGTAAGCAATCTGGCTATGGTGGTCAGACCAAG
CCTGTCTTCCATAAGAAGGCTAAGACCACGAAGAAGATTGTCCTCAGGCTTCAGTGCCAA
ACTTGCAAGCACTTCTCGCAGCACTCAATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGA
GATAAGAAGGGCAAGGGAACATCTCTTTTCTAAGCTGTTGTCATCTTATTTTGTTACAAG
TTTTCTATTTCGTTTGGATCTTGATTCCATCTGTTTTAGCCCTCGTATAAGATTTGTCCC
CTCCCCCCAACTCTATATTTTGAATCATCTTGATATGATTTTGCTGTTTTTCTATGCACT
TGAAATGGTTACTTTTGAGATATAATTTGTACGAAACTCATGAGGCTCTGTTTTCTCGAG
CAGAAAGTATTGATCTTTCATGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CD38JQ C 1
AF RR3CD38TF U 1
BS 1 617 RR3CD38TF
BS 618 623 RR3CD38JQ

RD RR3CD38JQ 623 0 0
GGGGCATTACGGCCGGGGGGGTTCGCTGACGACGGCGCACAATCTTCACCCGAGAGAGCG
ATCAGAGTAGCTAAAATGGTGAACATTCCAAAGACAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAA
GAATGCAAGAAGCACACATTGCACAAGGTTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTC
GCCGCTCAAGGGAAGCGTCGTTATGACCGTAAGCAATCTGGCTATGGTGGTCAGACCAAG
CCTGTCTTCCATAAGAAGGCTAAGACCACGAAGAAGATTGTCCTCAGGCTTCAGTGCCAA
ACTTGCAAGCACTTCTCGCAGCACTCAATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGA
GATAAGAAGGGCAAGGGAACATCTCTTTTTTAAGCTGTTGTCATCTTATTTTGTTACAAG
TTTTCTATTTCGTTTGGATCTTGATTCCATCTGTTTTAGCCCTCGTATAAGATTTGTCCC
CTCCCCCCAACTCTATATTTTGAATCATCTTGATATGATTTTGCTGTTTTTCTATGCACT
TGAAATGGTTACTTTTGAGATATAATTTGTACGAAACTCATGAGGCTCTGTTTTCTCGAG
CAGAAAGTATTGATCTTTCATGG

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3CD38TF 623 0 0
GGGGCATTACGGCCGGGGGGGTTCGCTGACGACGGCGCACAATCTTCACCCGAGAGAGCG
ATCAGAGTAGCTAAAATGGTGAACATTCCAAAGACAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAA
GAATGCAAGAAGCACACATTGCACAAGGTTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTC
GCCGCTCAAGGGAAGCGTCGTTATGACCGTAAGCAATCTGGCTATGGTGGTCAGACCAAG
CCTGTCTTCCATAAGAAGGCTAAGACCACGAAGAAGATTGTCCTCAGGCTTCAGTGCCAA
ACTTGCAAGCACTTCTCGCAGCACTCAATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGA
GATAAGAAGGGCAAGGGAACATCTCTTTTCTAAGCTGTTGTCATCTTATTTTGTTACAAG
TTTTCTATTTCGTTTGGATCTTGATTCCATCTGTTTTAGCCCTCGTATAAGATTTGTCCC
CTCCCCCCAACTCTATATTTTGAATCATCTTGATATGATTTTGCTGTTTTTCTATGCACT
TGAAATGGTTACTTTTGAGATATAATTTGTACGAAACTCATGAGGCTCTGTTTTCTCGAG
CAGAAAGTATTGATCTT
TCATGG

QA 1 617 1 617
DS 



CO CL1180Contig2 606 2 7 U
GGGTTCGCTGACGACGGCACACAATCTTCACCCGAGAGAGCGATCAGAGTAGCGAAAATG
GTGAACATTCCAAAGACAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAGGAATGCAAGAAGCACACA
TTGCACAAGGTTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTCGCCGCTCAAGGGAAGCGT
CGTTATGACCGTAAGCAATCTGGTTATGGTGGTCAGACCAAGCCTGTCTTCCACAAGAAG
GCTAAGACTACAAAGAAGATCGTCCTCAGGCTTCAGTGCCAAACTTGCAAGCACTTCTCG
CAGCACTCGATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGCAAGGGA
ACATCTCTTTTCTAAGCTGTTGTCATCTTATTTTGTTACAAGTTTTCTATTTCGTTGGAT
CTGTGATTCCATCTGTTTTAGCCCTCGTATAAGATTTGTCCCCTCGCCCTCCAATTCTAT
ATTTTGAATCATCTAGATATGATTTTGCTGTTTTTCTATGCACTTGAAATGGTTGCTTCA
GAGAAATAGTTTGTACGAAACTCATGAGGCTCTGTTTTCTCGAGCAGAAAGTATTGATCT
TTCGCG


BQ
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10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3CU54TF U 64
AF RR3FI54JQ C 1
BS 1 63 RR3FI54JQ
BS 64 144 RR3CU54TF
BS 145 145 RR3FI54JQ
BS 146 413 RR3CU54TF
BS 414 414 RR3FI54JQ
BS 415 590 RR3CU54TF
BS 591 606 RR3FI54JQ

RD RR3CU54TF 527 0 0
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CACAAGGTTACCCAATACAAGTAGGGTAAAGACAGTCTCGCCGCTCAAGGGAAGCGTCGT
TATGACCGTAAGCAATCTGGTTATGGTGGTCAGACCAAGCCTGTCTTCCACAAGAAGGCT
AAGACTACAAAGAAGATCGTCCTCAGGCTTCAGTGCCAAACTTGCAAGCACTTCTCGCAG
CACTCGATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGCAAGGGAACA
TCTCTTTTCTAAGCTGTTGTCATCTTATTTTGTTACAAGTTTTCTATTTCTTTGGATCTG
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TTGAATCATCTAGATATGATTTTGCTGTTTTTCTATGCACTTGAAATGGTTGCTTCAGAG
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QA 1 527 1 527
DS 

RD RR3FI54JQ 606 0 0
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TTGCACAAGGTTACCCAATACAAGAAGGGTAAAGACAGTCTCGCCGCTCAAGGGAAGCGT
CGTTATGACCGTAAGCAATCTGGTTATGGTGGTCAGACCAAGCCTGTCTTCCACAAGAAG
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CAGCACTCGATCAAGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGCAAGGGA
ACATCTCTTTTTTAAGCTGTTGTCATCTTATTTTGTTACAAGTTTTCTATTTCGTTGGAT
CTGTGATTCCATCTGTTTTAGCCCTCGTATAAGATTTGTCCCCTCGCCCTCCAATTCTAT
ATTTTGAATCATCTAGATATGATTTTGCTTTTTTTCTATGCACTTGAAATGGTTGCTTCA
GAGAAATAGTTTGTACGAAACTCATGAGGCTCTGTTTTCTCGAGCAGAAAGTATTGATCT
TTCGCG

QA 1 606 1 606
DS 



AS 3 6

CO CL1181Contig1 792 2 5 U
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AATGGCATCAGAGCCTTCCATTATCTTGAGCTTCTTGCAAACACCAATAAATATCTCCCA
TGAAAAATCGCCAACAAGCATCCAGTCCCCATCCTTGTCCTCATAGGTGAGCACATAGTC
CTTTCCATTCAGAAAATCCTTGAGTCTGGTCTCATTACGCACATCTTTCCCTGTAGCTCC
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ACAAGTGGTGGCTAATGTGTTCTTCCTGTAGGATCTTACTGGAGGCCAACCAACAATCTG
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CCAGTTTTTCTC


BQ
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AF RR3H802JQ U 6
AF RR3C619JQ U 1
BS 1 51 RR3C619JQ
BS 52 52 RR3H802JQ
BS 53 89 RR3C619JQ
BS 90 90 RR3H802JQ
BS 91 792 RR3C619JQ

RD RR3H802JQ 638 0 0
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AATCGCCAACAAGCATCCAGTCCCCATCCTTGTCCTCATAGGTGAGCACATAGTCCTTTC
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TGGTGGCTAATGTGTTCTTCCTGTAGGATCTTACTGGA

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3C619JQ 792 0 0
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AATGGCATCAGAGCCTTCCATTATCTTGAGCTTCTTGCAAACACCAATAAATATCTCCCA
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ACAAGTGGTGGCTAATGTGTTCTTCCTGTAGGATCTTACTGGAGGCCAACCAACAATCTG
TGCCTTGGCCGCAGGTGGGCTAGAGCTATTGTTTGTAGTGCTCTGCTTTCCTTTAGGAAT
GTTCTGTGGCACTTCCTTCTTCACAACAGATTGGTTGGCTGCCACCGCTTCAGGAAACAT
CCAGTTTTTCTC

QA 1 792 1 792
DS 



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AAAACCCAAACATAGACAAGACTCCACAGTTACTTGGTTCGACTAAAGCAAGAAGCAACA
AAAAAAAAAAAAGAAAACAGATAATTTAAATTCTTCTTCATTTCCTTACAAACGAAGTCT
TTTTTTTTTCTTAATAATAATTATCTCAAAAGCTAAAGATGTAAAATGCTTTGATTTAAA
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GCTGCAGCTAACCCAATGGCATCAGAGCCTTTCATTATCTTGAGCTTCTTGCAGACACCA
ATAAATATCTCCCATGAGAAATCGCCAACAAGCATCCAGTCCCCATCCTTGTCCTCATAG
GTGAGCACATAGTCCTTTCCATTCAGAAGATCCTTGAGTCTGGTCTCATTACGCACATCT
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AAGGCTGAAGAAAGCTCCCCATAGTTATTGTAGCTCCTCAGGTCAACTTTCCTCAGATAT
GGAGCACCATCCATACTGACCTTCACAAAGAGGGGCCCGGAACCTGGCTTCCCATCAACT
TCATCACTGTTCTTACAAGTGGTGGCCAATGTGTACTTCCTGTAGGATCTCACTGGAGGC
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TT


BQ
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10 10 

AF RR3DE17JQ U 1
AF RR3D982JQ U 129
BS 1 382 RR3DE17JQ
BS 383 842 RR3D982JQ

RD RR3DE17JQ 382 0 0
GGGCAAAAGAACATTACATCGAATATCCTCAAATATAAAAGTCAACCACACATCGAAATC
AAAACCCAAACATAGACAAGACTCCACAGTTACTTGGTTCGACTAAAGCAAGAAGCAACA
AAAAAAAAAAAAGAAAACAGATAATTTAAATTCTTCTTCATTTCCTTACAAACGAAGTCT
TTTTTTTTTCTTAATAATAATTATCTCAAAAGCTAAAGATGTAAAATGCTTTGATTTAAA
ACACCACCAAAAGGGAATTGCACATATTTAGTAATAATTAAAAAGCTTCTGAATCATTCA
TTTTCCAACGAAGTCTTTTAAGCTCTCATCTTCGATTTCTCCATAGTTCTTGGTGCTGGA
GCTGCAGCTAACCCAATGGCAT

QA 1 382 1 382
DS 

RD RR3D982JQ 714 0 0
AAAAGAAAACAGATAATTTAAATTCTTCTTCATTTCCTTACAAACGAAGTCTTTTTTTTT
*CTTAATAATAATTATCTCAAAAGCTAAAGATGTAGAATGCTTTGATTTAAAACACCACC
AAAAGGGAATTGCACATATTTAGTAATAATTAGAAAGCTTCTGAATCATT****TTCCAA
CGAAGTCTTTTAAGCTCTCATCTTCGATTTCTCCATAGTTCTTGGTGCTGGAGCTGCAGC
TAACCCAATGGCATCAGAGCCTTTCATTATCTTGAGCTTCTTGCAGACACCAATAAATAT
CTCCCATGAGAAATCGCCAACAAGCATCCAGTCCCCATCCTTGTCCTCATAGGTGAGCAC
ATAGTCCTTTCCATTCAGAAGATCCTTGAGTCTGGTCTCATTACGCACATCTTTCCCTGT
AGCTCCGCTAGATCCAGGTTGACCAAGAGTGAAAGTGCTGAACATTTTCTCCAAGGCTGA
AGAAAGCTCCCCATAGTTATTGTAGCTCCTCAGGTCAACTTTCCTCAGATATGGAGCACC
ATCCATACTGACCTTCACAAAGAGGGGCCCGGAACCTGGCTTCCCATCAACTTCATCACT
GTTCTTACAAGTGGTGGCCAATGTGTACTTCCTGTAGGATCTCACTGGAGGCCAACCAAC
AATCTGTGCCTTGGCCGCAGGTGGGCTAGAGCTGTTGTTTGTAGTGCTCTGCTT

QA 1 714 1 714
DS 



CO CL1181Contig3 740 2 13 U
GGGAGGTGTGATGATAATAAAGCTTTTGTGCTTTAATGGAAGGAACTTAACACCCCTCTC
TCTCTCTCTCTACAGCTCCTTGATTATTCTCCCTCTCTGGTAATATCTGAATCTAATCGA
TCTTCTTCGCGAGCTCCATTTTCAACCAGCGATTCGTTTTCTCTCTGAGTTGAAGAAACA
ACCATAAGTTTTCAAAATGTCACCGGAAGAGAAGCTACAGAGCAATGTCTCTGATGGAGG
ACTGAAGGAGCATAACTACTTGGGTCTCTCTGACTGTTCCTCTGTTGGAAGCTCAAATCT
CTCCGGCCTTGCAGATGACGACAAAGCCACGATCAGCCTCAAGGCCACTGAGCTCACACT
TGGCCTTCCTGGATCACAGTCTCCTCCTCGAGACAACACCGAGCTCAACTTACTTGACCC
GGCTAAGCTCGATGAGAAGCCTTTCTTTCCTTTTGCTTCCTTCCAAGGATGAGATAAGCT
GCTCCCTCCTTCTCAGAAGAACATTGGCCCTCGGGGAACAAAAGAGGCTTCTCTGACACT
ATGGATAAGTTCTCTGAAGCTAAAGTCTCTGTTTATTCTGAGAAAAACTGGATGTTTCCT
GAAGCGGTGGTAGCCAACCAATCTGTTGTGAAGAAGGAAGTGCCACAGAACATTCCTAAA
GGAAAGCAGAGCACTACAAACAATAGCTCTAGCCCACCCGCGGCAAGCACAGATTGTTGG
TTGGCCTCCAGTAAGATCCT


BQ
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AF RR3C619TF U 52
AF RR3H802TF U 1
BS 1 330 RR3H802TF
BS 331 331 RR3C619TF
BS 332 386 RR3H802TF
BS 387 387 RR3C619TF
BS 388 416 RR3H802TF
BS 417 417 RR3C619TF
BS 418 453 RR3H802TF
BS 454 454 RR3C619TF
BS 455 485 RR3H802TF
BS 486 488 RR3C619TF
BS 489 506 RR3H802TF
BS 507 508 RR3C619TF
BS 509 740 RR3H802TF

RD RR3C619TF 476 0 0
GGACCC
CTCTCTCTCTCTCTACAGCTCCTTGATTATTCTCCCTCTCTGGTAATATCTGAATCTAAT
CGATCTTCTTCGCGAGCTCCATTTTCAACCAGCGATTCGTTTTCTCTCTGAGTTGAAGAA
ACAACCATAAGTTTTCAAAATGTCACCGGAAGAGAAGCTACAGAGCAATGTCTCTGATGG
AGGACTGAAGGAGCATAACTACTTGGGTCTCTCTGACTGTTCCTCTGTTGGAAGCTCAAA
TCTCTCCGGCCTTGCAGATGATGACAAAGCCACGATCAGCCTCAAGGCCACTGAGCTCAC
ACTTGGCCTTCCTGGATCACAGTCTCCTCCTCGAGACAACACCGAGCTCAACTTACTTGA
CCCGGCTAAGCTCGATGAGAAGCCTTTCTTTCCTTTTGCTTCCTTCCAAGGATGAGATAA
GCTGCTCCCTCCTTCTCAGAAGAACATTTGCCCTCGGGGAACAAAAGAGG

QA 7 476 7 476
DS 

RD RR3H802TF 740 0 0
GGGAGGTGTGATGATAATAAAGCTTTTGTGCTTTAATGGAAGGAACTTAACACCCCTCTC
TCTCTCTCTCTACAGCTCCTTGATTATTCTCCCTCTCTGGTAATATCTGAATCTAATCGA
TCTTCTTCGCGAGCTCCATTTTCAACCAGCGATTCGTTTTCTCTCTGAGTTGAAGAAACA
ACCATAAGTTTTCAAAATGTCACCGGAAGAGAAGCTACAGAGCAATGTCTCTGATGGAGG
ACTGAAGGAGCATAACTACTTGGGTCTCTCTGACTGTTCCTCTGTTGGAAGCTCAAATCT
CTCCGGCCTTGCAGATGACGACAAAGCCACTATCAGCCTCAAGGCCACTGAGCTCACACT
TGGCCTTCCTGGATCACAGTCTCCTCTTCGAGACAACACCGAGCTCAACTTACTTGGCCC
GGCTAAGCTCGATGAGAAGCCTTTCTTTCCTTT*GCTTCCTTCCAAGGATGAGATAAGCT
GCTCC**TCTTCTCAGAAGAACATTG**CCTCGGGGAACAAAAGAGGCTTCTCTGACACT
ATGGATAAGTTCTCTGAAGCTAAAGTCTCTGTTTATTCTGAGAAAAACTGGATGTTTCCT
GAAGCGGTGGTAGCCAACCAATCTGTTGTGAAGAAGGAAGTGCCACAGAACATTCCTAAA
GGAAAGCAGAGCACTACAAACAATAGCTCTAGCCCACCCGCGGCAAGCACAGATTGTTGG
TTGGCCTCCAGTAAGATCCT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 2 6

CO CL1182Contig1 1032 2 16 U
GGAATAAAGACAATAATTCACTCTCCTTGGATCATCGTCTATCTTCTGGTTCTGGTTCTC
AGATCTTTGAATCGAGAAGAAGAATTTGAATAACTCGTATCAGTTGCAGTGAGATTTGTA
ATTGGAGAAGAAGGAATCAGGGCGGAGATGGTGAAGATGACATTGATAGCTCGTGTTACT
GACGGGTGGCCTCTAGCAGAGGGACTCGACGATGGTCGTGACTTGCCAGATTCCGACATG
TATAAGCAACAGGTCAAGTCTCTGTTCAAAAATCTCTCCAGAGGTCATAACGAAGCTTCA
CGAATGTCTGTTGAAACTGGCCCCTATGTTTTCCATTACATCATAGAAGGACGTGTTTGC
TACCTGACGATGTGTGACCGCTCTTACCCGAAGAAACTCGCGTTCCAGTACCTGGAAGAT
CTCAAGAATGAGTTTGAACGTGTCAATGGGCCTAGCATTGAAACAGCTGCTAGACCTTAT
GCTTTTATTAAATTTGATACTTTTATACAGAAAACCAAGAAACTGTACCAAGACACTCGT
ACGCAACGAAATATCGCCAAGTTGAATGATGAACTCTATGAGGTCCACCAGATAATGACG
CGGAATGTGCAGGAAGTCTTAGGTGTTGGTGAAAAGCTGGACCAGGTGAGCGAGATGTCG
AGTAGGCTAACTTCTGAATCTCGTATATATGCTGATAAAGCTAAAGATTTGAATCGTCAG
CCTTTGATCAGGAAATGGGCACCAGTAGCGATCGTGTTGGGTGTAGTTTTCCTTCTTTTC
TGGGTCAAGAACAAGCTATGGTAAAGAGAGGAGGAACCTAAGGCTATTTTCGTAATTTAG
CAGACTTATCCGGACATATATCAGCCTGATTCCGGCACCACCAAAATATCTTTTTTCTTT
CACAAGAGAAACTTCGACACATTTTGTACTTCTGTAGTATGCAAACTGTTATGAGACTGT
GCTCATATTATCATCATCCGTTTATACACTTTAAACTTGATTCTTAAATTTCTCAAATGT
CCTTTTATCGAT


BQ
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC76TF U 1
AF RR3DC76JQ C 155
BS 1 187 RR3DC76TF
BS 188 188 RR3DC76JQ
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BS 666 666 RR3DC76JQ
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BS 706 712 RR3DC76TF
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BS 722 723 RR3DC76JQ
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BS 732 732 RR3DC76JQ
BS 733 769 RR3DC76TF
BS 770 1032 RR3DC76JQ

RD RR3DC76TF 770 0 0
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AGATCTTTGAATCGAGAAGAAGAATTTGAATAACTCGTATCAGTTGCAGTGAGATTTGTA
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GACGGGTTGCCTCTAGCAGAGGGACTCGACGATGGTCGTGACTTGCCAGATTCCGACATG
TATAAGCAACAGGTCAAGTCTCTGTTCAAAAATCTCTCCAGAGGTCATAACGAAGCTTCA
CGAATGTCTGTTGAAACTGGCCCCTATGTTTTCCATTACATCATAGAAGGACGTGTTTGC
TACCTGACGATGTGTGACCGCTCTTACCCGAAGAAACTCGCGTTCCAGTACCTGGAAGAT
CTCAAGAATGAGTTTGAACGTGTCAATGGGCCTAGCATTGAAACAGCTGCTAGACCTTAT
GCTTTTATTAAATTTGATACTTTTATACAGAAAACCAAGAAACTGTACCAAGACACTCGT
ACGCAACGAAATATCGCCAAGTTGAATGATGAACTCTATGAGGTCCACCAGATAATGACG
CGGAATGTGCAGGAAGTCTTAG*TGTTGGTGAAAAGCTGGACCAGGTGAGCGAGATGTCG
AGTAG*CTAACTTCTGAATCTCGTATATATGCTGATAAAGCTAA*GATTTGA*TCGTCAG
C**TTGATCAG*AAATGGGCACCAGTAGCGATCGTGTTGGGTGTAGTTT
C

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3DC76JQ 878 0 0
GAGATGACA
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TAGAAGGACGTGTTTGCTACCTGACGATGTGTGACCGCTCTTACCCGAAGAAACTCGCGT
TCCAGTACCTGGAAGATCTCAAGAATGAGTTTGAACGTGTCAATGGGCCTAGCATTGAAA
CAGCTGCTAGACCTTATGCTTTTATTAAATTTGATACTTTTATACAGAAAACCAAGAAAC
TGTACCAAGACACTCGTACGCAACGAAATATCGCCAAGTTGAATGATGAACTCTATGAGG
TCCACCAGATAATGACGCGGAATGTGCAGGAAGTCTTAGGTGTTGGTGAAAAGCTGGACC
AGGTGAGCGAGATGTCGAGTAGGCTAACTTCTGAATCTCGTATATATGCTGATAAAGCTA
AAGATTTGAATCGTCAGGCTTTGATCAGGAAATGGGCACCAGTAGCGATCGTGTTGGGTG
TAGTTTTCCTTCTTTTCTGGGTCAAGAACAAGCTATGGTAAAGAGAGGAGGAACCTAAGG
CTATTTTCGTAATTTAGCAGACTTATCCGGACATATATCAGCCTGATTCCGGCACCACCA
AAATATCTTTTTTCTTTCACAAGAGAAACTTCGACACATTTTGTACTTCTGTAGTATGCA
AACTGTTATGAGACTGTGCTCATATTATCATCATCCGTTTATACACTTTAAACTTGATTC
TTAAATTTCTCAAATGTCCTTTTATCGAT

QA 10 878 10 878
DS 



CO CL1182Contig2 1034 4 5 U
GGAAAAACTAAAAAAAAAAAAAAAACTAATAAAGACAATAATTCACTCTCCTTGGATCAT
CGTCTATCTTCTGGTTCTGGCTCCCAGATCCTTGAATCGAGAAGAAGCATTTGAACACTC
GTACCAGTTGCAGTGAGATTTTTTTGTAATTGGAGAAGAAGGAACCAGGGCGGAGATGGT
GAAGATGACATTGATAGCTCGTGTTACTGACGGTTTGCCTCTAGCAGAGGGACTCGACGA
TGGTCGTGACTTACCAGATTCCGACATGTATAAGCAACAGGTTAAGTCTCTGTTCAAGAA
TCTCTCCCGAGGTCATAACGAAGCTTCACGAATGTCTGTTGAAACTGGCCCTTATGTTTT
CCATTACATCATAGAAGGACGTGTTTGCTACTTGACGATGTGTGACCGCTCTTACCCGAA
GAAACTCGCGTTCCAGTACCTGGAAGATCTCAAGAATGAGTTCGAACGTGTCAATGGGCC
TAACATTGAAACTGCTGCTAGACCTTATGCTTTTATTAAATTTGATACTTTCATACAGAA
AACCAAGAAACTGTACCAAGACACTCGTACGCAACGAAATATCGCCAAGTTGAATGATGA
ACTCTATGAGGTCCATCAGATAATGACGCGGAATGTGCAGGAAGTCTTAGGTGTTGGTGA
AAAGCTGGACCAGGTGAGCGAGATGTCGAGTAGGCTAACTTCTGAATCTCGTATATATGC
TGATAAAGCTAAAGATTTGAATCGCCAGGCTTTGATCAGGAAATGGGCACCAGTAGCGAT
CGTGTTGGGTGTAGTTTTCCTTCTTTTCTGGGTCAAGAACAAGCTATGGTAAAGAGACAG
GAGGAACCTAAAGCTATTTTCGTAATTTAGCAGACTTTTCCGGACATATATCAGCCTGAT
TCCGGCGCCACCAAAATATCTTCTTTCTTTCAAAAGAGAAACTTCGACACATTTTGTACT
TCTGTAGTATGCAAACCTGTTATGAGACTGCTCATACTATCATCATCCGTTTATATACTT
CAAACTTGATTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H483TF U 1
AF RR3DY71TF U 294
AF RR3H483JQ C 355
AF RR3DY71JQ C 355
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BS 488 626 RR3H483TF
BS 627 898 RR3DY71TF
BS 899 1034 RR3DY71JQ

RD RR3H483TF 626 0 0
GGAAAAACTAAAAAAAAAAAAAAAACTAATAAAGACAATAATTCACTCTCCTTGGATCAT
CGTCTATCTTCTGGTTCTGGCTCCCAGATCCTTGAATCGAGAAGAAGCATTTGAACACTC
GTACCAGTTGCAGTGAGATTTTTTTGTAATTGGAGAAGAAGGAACCAGGGCGGAGATGGT
GAAGATGACATTGATAGCTCGTGTTACTGACGGTTTGCCTCTAGCAGAGGGACTCGACGA
TGGTCGTGACTTACCAGATTCCGACATGTATAAGCAACAGGTTAAGTCTCTGTTCAAGAA
TCTCTCCCGAGGTCATAACGAAGCTTCACGAATGTCTGTTGAAACTGGCCCTTATGTTTT
CCATTACATCATAGAAGGACGTGTTTGCTACTTGACGATGTGTGACCGCTCTTACCCGAA
GAAACTCGCGTTCCAGTACCTGGAAGATCTCAAGAATGAGTTCGAACGTGTCAATGGGCC
TAACAT*GAAACTGCTGCTAGACCTTATGCTTTTATTAAATTTGATACTTTCATACAGAA
AACCAAGAAACTGTACCAAGACACTCGTACGCAACGAAATATCGCCAAGTTGAATGATGA
ACTCTATGAGGTCCATCAGATAATGA

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3DY71TF 605 0 0
GCAAG
AATCTCTCCCGAGGTCATAACGAAGCTTCACGAATGTCTGTTGAAACTGGCCCTTATGTT
TTCCATTACATCATAGAAGGACGTGTTTGCTACTTGACGATGTGTGACCGCTCTTACCCG
AAGAAACTC******CAGTACCTGGAAGATCTCAAGAATGAGTTCGAACGTGTCAATGGG
CCTAACATTGAAACTGCTGCTAGACCTTATGCTTTTATTAAATTTGATACTTTCATACAG
AAAACCAAGAAACTGTACCAAGACACTCGTACGCAACGAAATATCGCCAAGTTGAATGAT
GAACTCTATGAGGTCCATCAGATAATGACGCGGAATGTGCAGGAAGTCTTAGGTGTTGGT
GAAAAGCTGGACCAGGTGAGCGAGATGTCGAGTAGGCTAACTTCTGAATCTCGTATATAT
GCTGATAAAGCTAAAGATTTGAATCGCCAGGCTTTGATCAGGAAATGGGCACCAGTAGCG
ATCGTGTTGGGTGTAGTTTTCCTTCTTTTCTGGGTCAAGAACAAGCTATGGTAAAGAGAC
AGGAGGAACCTAAAGCTATTTTCGTAATTTAGCAGACTTTTCCGGACATATATCAGCCTG

QA 6 605 6 605
DS 

RD RR3H483JQ 667 0 0
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CCCGAAGAAACTCGCGTTCCAGTACCTGGAAGATCTCAAGAATGAGTTCGAACGTGTCAA
TGGGCCTAACAT*GAAACTGCTGCTAGACCTTATGCTTTTATTAAATTTGATACTTTCAT
ACAGAAAACCAAGAAACTGTACCAAGACACTCGTACGCAACGAAATATCGCCAAGTTGAA
TGATGAACTCTATGAGGTCCATCAGATAATGACGCGGAATGTGCAGGAAGTCTTAGGTGT
TGGTGAAAAGCCGGACCAGGTGAGCGAGATGTCGAGTAGGCTAACTTCTGAATCTCGTAT
ATATGCTGATAAAGCTAAAGATTTGAATCGCCAGGCTTTGATCAGGAAATGGGCACCAGT
AGCGATCGTGTTGGGTGTAGTTTTCCTTCTTTTCTGGGTCAAGAACAAGCTATGGTAAAG
AGACAGGAGGAACCTAAAGCTATTTTCGTAATTTAGCAGACTTTTCCGGACATATATCAG
CCTGATTCCGGCGCCACCAAAATATCTTCTTTCTTTCAAAAGAGAAACTTCGACACATTT
TGTACTTCTGTAGTATGCAAACCTGTTATGAGACTGCTCATATTATCATCATCCGTTTAT
ATACTT
C

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3DY71JQ 680 0 0
TGTTTTCCATTACATCATAGAAGGACGTGTTTGCTACTTGACGATGTGTGACCGCTCTTA
CCCGAAGAAACTC******CAGTACCTGGAAGATCTCAAGAATGAGTTCGAACGTGTCAA
TGGGCCTAACATTGAAACTGCTGCTAGACCTTATGCTTTTATTAAATTTGATACTTTCAT
ACAGAAAACCAAGAAACTGTACCAAGACACTCGTACGCAACGAAATATCGCCAAGTTGAA
TGATGAACTCTATGAGGTCCATCAGATAATGACGCGGAATGTGCAGGAAGTCTTAGGTGT
TGGTGAAAAGCTGGACCAGGTGAGCGAGATGTCGAGTAGGCTAACTTCTGAATCTCGTAT
ATATGCTGATAAAGCTAAAGATTTGAATCGCCAGGCTTTGATCAGGAAATGGGCACCAGT
AGCGATCGTGTTGGGTGTAGTTTTCCTTCTTTTCTGGGTCAAGAACAAGCTATGGTAAAG
AGACAGGAGGAACCTAAAGCTATTTTCGTAATTTAGCAGACTTTTCCGGACATATATCAG
CCTGATTCCGGCGCCACCAAAATATCTTCTTTCTTTCAAAAGAGAAACTTCGACACATTT
TGTACTTCTGTAGTATGCAAACCTGTTATGAGACTGCTCATACTATCATCATCCGTTTAT
ATACTTCAAACTTGATTCGC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 6

CO CL1183Contig1 1236 6 29 U
GGGCCCATTACCTTTGTTCATTTCGTAGCAGTGCAGAGAGAGAGACGGACGATCTTTCCC
AACTGAAACTCTCGACGTCAAGTTGCGTAGCCGTCGTCACACATCCCGAGACTCGAAATC
CCTAACTCCCTCGTATCTTTTCTGGATCGTCGAAGATGGTAGCCGATAGCAAATCCGACC
TTTCGCTGCCCAAAACATTCGCCTGCAGCGCCTTCGCCGCCTGCATCGCCGAGGTGTGTA
CGATTCCGTTGGACACTGCGAAGGTTAGGCTTCAGCTTCAAAAGTCTGCCATAGCTGGAG
ATCTCACTCTCCCTAAGTATCGGGGTTTGCTGGGAACTGTTGGTACCATTGCAAGGGAAG
AAGGGCTTCGTTCACTATGGAAAGGTGTTGTACCCGGACTGCATCGCCAATGCTTGTTTG
GTGGTCTAAGGATCGGAATGTATGAGCCGGTCAAAAACTTGTACGTTGGGAAAGACCATG
TTGGTGATGTTCCATTGAGCAAGAAAATCCTTGCTGGTTTGACAACAGGTGCGCTGGGTA
TCATGGTGGCGAACCCCACAGATCTTGTGAAAGTTAGACTTCAGGCTGAAGGGAAACTAC
CTGCAGGTGTGCCAAAACGGTATTCTGGATCGTTGAATGCGTATTCAACTATCGTTAGAC
AGGAAGGAGTTCGAGCTCTTTGGACTGGTCTTGGACCTAACGTTGCCAGAAACGCAATCA
TCAATGCTGCTGAACTAGCGAGTTACGATCAAGTGAAGCAGACAATCTTGAAGATTCCGG
GTTTCACTGATAACGTTGTCACACATATTCTCTCTGGACTGGGAGCAGGATTCTTTGCTG
TGTGCATTGGTTCCCCTGTCGACGTGGTTAAGTCGAGAATGATGGGAGATCCTTCTTACA
AAGGCACTATTGATTGCTTCGTTAAAACTCTGAAGGCAGACGGTCCTATGGCATTCTACA
CGGGTTTCATCCCCAGCTTTGGACGTCTTGGCTCATGGAATGTCATCATGTTTTTGACCC
TTGAACAGGCAAAGAAGTATGTCCGGGAACTAGATTCGTCCAATAAACACTGAGAAACAG
AACATTAAGCAGAGAGAAAGAGAGAGAATAAGAGCAACACTGTTTTCTTCTTTAATTTCG
GTGGTCGAGAGAGGCCAAAACTTCATTGAATATTGTTTTCGGAATAGAGAGTCGTTTTCA
AGCAAAACTATGAAATAAATTTATGTTGGGTTGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AAGGGCTTCGTTCACTATGGAAAGGTGTTGTACCTGGACTGCATCGCCAATGCTTGTTTG
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TCATGGTGGCGAACCTCACCGATCTTGTGAAAGTTAGACTTCAGGCTGAAGGGAAACTAC
CTGCA
TGT

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TCTTTCCCAACTGAAACTCTCGACGTCAAGTTGCGTATCCGTCGTCGCACTTCCCGAGAC
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GGTGTGTACGATTCCGTTGGACACTGCGAAGGTTAGGCTTCAGCTTCAAAAGTCTGCCGT
AGCTGGAGATCTCACTCTCCCTAAGTATCGGGGTTTGTTGGGAACTGTTGGTACTATTGC
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CTTGTTTGGTGGTCTAAGGATCGGAATGTATGAGCCGGTCAAAAACTTGTACGTTGGGAA
AGACCATGTTGGTGATGTTCCATTGAGCAAGAAAATCCTTGCTGGTTTGACAACAGGTGC
GCTGGGTATCATGGTGGCGAACCCCACAGATCTTGTGAAAGTTAGACTTCAGGCTGAAGG
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CGCAATCATCAATGCTGCTGAACTAGCGAG

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CCCTGTCGACGTGGTTAAGTCGAGAATGATGGGAGATCCTTCTTACAAAGGCACTATTGA
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QA 1 636 1 636
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RD RR3GO37JQ 746 0 0
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AGCTCTTTGGACTGGTCTTGGACCTAACGTGGCAAGAAACGCAATCATCAATGCTGCTGA
ACTAGCGAGTTACGATCAAGTGAAGCAGACAATCTTGAAGATCCCGGGTTTCACTGATAA
CATTGTCACACATATTCTCTCTGGACTGGGAGCAGGGTTCTTTGCTGTGTGCATTGGTTC
CCCTGTCGACGTGGTTAAGTCAAGAATGATGGGAGATCCTTCTTACAAAGGCACTATCGA
CTGCTTCGTTAAAACTCTGAAGGCGGACGGTCCTATGGCATTCTACAAGGGTTTCATCCC
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GAAGTATGTCCGGGAACTAGATTCGTCCAACAAACACTGAGAAACAAAACATTAAGCAGA
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GCCAAAACTTCATTGAATATTGTTTTCGTAATAGA**GTCATTTTCAAGCAAAACTATGA
AATAAATTT
GTTGGTTGCTC

QA 7 735 7 735
DS 

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AATGCGTATTCAACTATCGTTAGACAGGAAGGAGTTCGAGCTCTTTGGACTGGTCTTGGA
CCTAACGTTGCCAGAAACGCAATCATCAATGCTGCTGAACTAGCGAGTTACGATCAAGTG
AAGCAGACAATCTTGAAGATTCCGGGTTTCACTGATAACGTTGTCACACATATTCTCTCT
GGACTGGGAGCAGGATTCTTTGCTGTGTGCATTGGTTCCCCTGTCGACGTGGTTAAGTCG
AGAATGATGGGAGATCCTTCTTACAAAGGCACTATTGATTGCTTCGTTAAAACTCTGAAG
GCAGACGGTCCTATGGCATTCTACACGGGTTTCATCCCCAGCTTTGGACGTCTTGGCTCA
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TTTTCGGAATAGAGAGTCGTTTTCAAGCAAAACTATGAAATAAATTT
ATGTTGGGTTGCTC

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DS 

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GTCTTGGACCTAACGTTGCCAGAAACGCAATCATCAATGCTGCTGAACTAGCGAGTTACG
ATCAAGTGAAGCAGACAATCTTGAAGATTCCGGGTTTCACTGATAACGTTGTCACACATA
TTCTCTCTGGACTGGGAGCAGGATTCTTTGCTGTGTGCATTGGTTCCCCTGTCGACGTGG
TTAAGTCGAGAATGATGGGAGATCCTTCTTACAAAGGCACTATTGACTGCTTCGTTAAAA
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TTGGCTCATGGAATGTCATCATGTTTTTGACCCTTGAACAGGCAAAGAAGTATGTCCGGG
AACTAGATTCGTCCAATAAACACTGAGAAACAGAACATTAAGCAGAGAGAAAGAGAGAGA
ATAAGAGCAACACTGTTTTCTTCTTTAATTTCGGTGGTCGAGAGAGGCCAAAACTTCATT
GAATATTGTTTTCGGAATAGAGAGTCGTTTTCAAGCAAAACTATGAAATAAATTTATGTT
GGGTTGCTC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 4

CO CL1184Contig1 1227 4 22 U
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TCGGGTTAGTTGTAGTGACGATTCTTGTGATTCTAGGGCTTGTGAGCTTTTCAGAAGCTC
AACTGAAGCTAGGGTTCTACGATAAAACTTGCCCTAACGCAGAGAAGATCATACAAGCTG
TTGTCAACCAACATATTCGCAAAGTACCATCTTTGGCTGCTGGCCTTATTAGGATGCATT
TCCATGATTGCTTTGTTCGGGGCTGTGATGGTTCGATCTTGATCAACGCGACATCGAGCA
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ATTTAGTGAAGACTGTTCTGGAGAAGAAGTGTCCAGGAGTAGTCTCATGCGCCGATATCA
TCACTCTCGCTACTAGAGACTCCGTTGCTGCCATTGGTGGACCGACATGGAATGTTCCAA
CAGGACGCAGAGACGGACGGATCTCTAATGCTACCGAGGCTTTGAACAATATTCCTCCTC
CTTTTGGAAACTTCACTACTCTGATTACTCTATTTGGAAACCAAGGACTTGATGTGAAAG
ACCTTGTCTTGTTATCCGGTGCGCACACAATCGGAGTGTCTCATTGTTCCTCCTTCTCAA
ACCGTCTCTTCAACTTTACCGGCGTAGGAGACCAAGATCCGTCGCTTGACAGCGAATATG
CAGACAATCTCAAGTCACGGAAATGTCTATCTATTGCCGACAATACCACACAGGTTGAAA
TGGATCCTGGTAGTAGAAACACCTTTGATCTTAGCTACTTCAAGCTCGTCTTGAAACGCC
GTGGGCTTTTTGAGTCTGATGCGGCGTTGACTAAGGATCCCACGGCGTTGGGTCAGGTCA
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AAATGGGAAGGATTGGGGTGAAAACCGGGTCGGATGGAGAGATCCGAAGAACCTGTTCAG
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GTTTTTCGACTACTTTGGGTGTTTACGATTTCGAAATGTTTACTTGTGTATGTGGTCGAA
ATGTTATTTTCGAATAGGCTCACGTTTGTGAAGTCGTTGTAATAAATTTTCAATCGATTT
GTTTTCAATAAAAATGTTCTCTGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3H040TF U 3
AF RR3GH84TF U 6
AF RR3H040JQ C 487
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G
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TAGTTGTAGTGACGATTCTTGTGATTCTAGGGCTTGTGAGCTTTTCAGAAGCTCAACTGA
AGCTAGGGTTCTACGATAAAACTTGCCCTAACGCAGAGAAGATCATACAAGCTGTTGTCA
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AATAAAAATGTTCTCTGCTCC

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DS 



AS 1 6

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ATTGATGATCTCTTGCATTTTGGGGCTTTTACCAAGTGGCCAAGTCCTTTTTATATGAAA
TAAATAAAAATAGCTTGCATTGG


BQ
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25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK69TF U 1
AF RR3H979JQ C 2
AF RR3G876TF U 32
AF RR3H979TF U 2
AF RR3EX75TF U 2
AF RR3GK69JQ C 33
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BS 172 172 RR3EX75TF
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BS 473 687 RR3GK69TF
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RD RR3GK69TF 687 0 0
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GGTCTACGGCTCATCCATCAGATCAGTCACTTTCTACTATAACCTCTTCTTTCCAAACGG
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AAGTTGATTATCTGTGGATTTGCTATTTTGTGGCGGAAACTGAAGAGAAGCAACTTGCGT
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DS 

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GG
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GGTGATCATTAAGACAAGCTGTTCGTCAGTGTCTTACACCAGAGATAAGATCAGTATTGC
CTTTGGTGATGTGTATGGCAACGAGGTATACGTGAAGAGACTAGACAATCCAAAGGCGAG
GGCATTTGAAAAGTGCTCTTCGGACACATACAAGATAACGGGACCGTGCATGCGTGACGT
ATGTTATCTCCACTTACTCAGGCAAGGATCCGACGGCTGGAAACCAGAGAACGTCAAGGT
CTACGGCTCATCCATCAGATCAGTCACTTTCTACTATAACCTCTTCTTGCCAAACGGTGT
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TTGATTATCTGTGGATTTGCTATTTTGTGGCGGAAACTGAAGAGAAGCAACTTGCGTTTT
GAGTGTGTTTATGAGAAGAAGAAAAAAACATGTAATGTTATATAATGCCTTGATCTG

QA 3 719 3 719
DS 

RD RR3G876TF 645 0 0
G
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CTGCAAGATCTTTCGTCACCACGAGACCTGGACCGATTGATTCATTTCTCCCTAAACCCA
AGCTAGAGGGTGCGAGTGTGTGTTCTTACACGGTGATCATTAAGACAAGCTGTTCGTCAG
TGTCTTACACCAGAGATAAGATCGGTATTGCCTTTGGTGATGTGTATGGCAACGAGGTAT
ACGTGAAGAGACTAGACAATCCAAAGGCGAGGGCATTTGAAAAGTGTTCTTCGGACACAT
ACAAGATAACGGGACCGTGCATGCGTGACGTATGTTATCTCCACTTACTCAGGCAAGGAT
CCGACGGCTGGAAACCAGAGAACGTCAAGGTCTACGGCTCATCCATCAGATCAGTCACTT
TCTACTATAACCTCTTCTTGCCAAACGGTGTTTGGTACGGCTTTAACGTCTGCAATGGCA
TTGCCAATGGCATTGCCAATGCCAATGACAAGTCTTCTCAACCCATCATTGCCTCCGTTG
CTGCTATGTAAGATTAATAAAAAACAAAAAGTTGATTATCTGTGGATTTGCTATTTTGTG
GCGGAAACTGAAGAGAAGCAACTTGCGTCTTGAGTGTGTTTATG

QA 2 645 2 645
DS 

RD RR3H979TF 684 0 0
GG
AAACCATTTCAACTCAAAGTAGAGGTTGATTACAAAAATGCTCCGACTAGCGATTTCTTT
GTTCCTCTTTGCATTGTTCTCTGTCACATCTGCAAGATCTTTCGTCACCACGAGACCTGG
ACCGATTGATTCATTTCTCCCTAAACCCAAGCTAGAGGGTGCGAGTGTGTGTTCTTACAC
GGTGATCATTAAGACAAGCTGTTCGTCAGTGTCTTACACCAGAGATAAGATCAGTATTGC
CTTTGGTGATGTGTATGGCAACGAGGTATACGTGAAGAGACTAGACAATCCAAAGGCGAG
GGCATTTGAAAAGTGCTCTTCGGACACATACAAGATAACGGGACCGTGCATGCGTGACGT
ATGTTATCTCCACTTACTCAGGCAAGGATCCGACGGCTGGAAACCAGAGAACGTCAAGGT
CTACGGCTCATCCATCAGATCAGTCACTTTCTACTATAACCTCTTCTTGCCAAACGGTGT
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GTCTTCTCAACCCATCATTGCCTCCGTTGCTGCTATGTAAGATTAATAAAAAACAAAAAG
TTGATTATCTGTGGATTTGCTATTTTGTGGCGGAAACTGAAGAGAAGCAACTTGCGTTTT
GAGTGTGTTTATGAGAAGAAGA

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DS 

RD RR3EX75TF 749 0 0
GG
AAACCATTTCAACTCAAAGTAGAGGTTGATTACAAAAATGCTCCGACTAGCGATTTCTTT
GTTCCTCTTTGCATTGTTCTCTGTCACATCTGCAAGATCTTTCGTCACCACGAGACCTGG
ACCGATTGATTCATTTCTCCCTAAACCCAAGCTAGAGGGTGCGAGTGTGTGTTCTTACAC
GGTGATCATTAAGACAAGCTGTTCGTCAGTGTCTTACACCAGAGATAAGATCAGTATTGC
CTTTGGTGATGTGTATGGCAACGAGGTATACGTGAAGAGACT*GACAATCCAAAGGCGAG
GGCATTTGAAAAGTGCTCTTCGGACACATACAAGATAACGGGACCGTGCATGCGTGACGT
ATGTTATCTCCACTTACTCAGGCAAGGATCCGACGGCTGGAAACCAGAGAACGTCAAGGT
CTACGGCTCATTCATCAGATCAGTCACTTTCTACTATAACCTCTTCTTGCCAAACGGTGT
TTGGTACGGCTTTAACGTCTGCAATGGCATTGCCAATGGCATTGCCAATGCCAATGACAA
GTCTTCTCAACCCATCATTGCCTCCGTTGCTGCTATGTAAGATTAATAAAAAACAAAAAG
TTGATTATCTGTGGATTTGCTATTTTGTGGCGGAAACTGAAGAGAAGCAACTTGCGTTTT
GAGTGTGTTTATGAGAAGAAGAAAAAAACATGTAATGTTATATAATGCCTTGATCTGATT
GATGATCTCTTGCATTTTGGGGCTTT
A

QA 3 748 3 748
DS 

RD RR3GK69JQ 771 0 0
A
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CGTGAAGAGACTAGACAATCCAAAGGCGAGGGCATTTGAAAAGTGCTCTTCGGACACATA
CAAGATAACGGGACCGTGCATGCGTGACGTATGTTATCTCCACTTACTCAGGCAAGGATC
CGACGGCTGGAAACCAGAGAACGTCAAGGTTTACGGCTCATCCATCAGATCAGTCACTTT
CTACTATAACCTCTTCTTTCCAAACGGTGTTTGGTACGGCTTTAACGTCTGCAATGGCAT
TGCCAATGGCATTGCCAATGCCAATGACAAGTCTTCTCAACCCATCATTGCCTCCGTTGC
TGCTATGTAAGATTAATAAAAAACAAAAAGTTGATTATCTGTGGATTTGCTATTTTGTGG
CGGAAACTGAAGAGAAGCAACTTGCGTTTTGAGTGTGTTTATGAGAAGAAGAAAAAAACA
TGTAATGTTATATAATGCCTTGATCTGATTGATGATCTCTTGCATTTTGGGGCTTTTACC
AAGTGGCCAAGTCCTTTTTATATGAAATAAATAAAAATAGCTTGCATTGG

QA 2 771 2 771
DS 



AS 3 6

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TGTTGCACCACGAACATATCGATGTATCCGTTACCGATGAGTACTAAACGTCGTGGAGCG
AGGATCTCAGGTAGGAAGATGAGTCAAGGAGCGTTCAAGAAGGTGCTTGAGAAACTTGCT
TCTGATGGGTTTAACTTTGGGAATTCGATTGATCTTAAGACCCATTGGGCTAGACATGGG
ACTAACAAATTCGTCACGATCAGATGATTTAGTTTCTTCTTCTTTATTAGTAAAAAGAGG
GAAGAAAAAGAGACATCTCTTCCGGGAATGGGGTCTCTCGGTGATCGTGTGTATACTATA
ACGAATCTGATGTCTGTGACCTTTTGAGTTCTGTCTACAATCTGAGTTTGCAGGTAACCC
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ATTTTTTCCCTCCTTTTGTTATCCTTATAAAACATTTTACTGACTTGTAAGTTGTAACAG
ATATTCTTTTAATTAAAATGTTTTTATTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AQ21TF U 1
AF RR3AQ21JQ C 128
BS 1 752 RR3AQ21TF

RD RR3AQ21TF 752 0 0
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GAAGAAAAAGAGACATCTCTTCCGGGAATGGGGTCTCTCGGTGATCGTGTGTATACTATA
ACGAATCTGATGTCTGTGACCTTTTGAGTTCTGTCTACAATCTGAGTTTGCAGGTAACCC
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QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3AQ21JQ 625 0 0
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AAGAGACATTTCTTCCGGGAATGGGGTCTCTCGGTGATCGTGTGTATACTATAACGAATC
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CCCTCCTTTTGTTATCCTTATAAAACATTTTACTGACTTGTAAGTTGTAACAGATATTCT
TTTAATTAAAATGTTTTTATTTCTC

QA 1 625 1 625
DS 



CO CL1186Contig2 1025 2 4 U
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CGTCGATGCGTCACCATCATCAAACCACCGAGGAATACCCGGTTAAATCCGAACAAGAAG
AGATTGTTCAGACCAACAAGAAGAGAAAGCCTAATACAAAACCCGGCGCGGGGACAAAGG
CGAAGAAGCCTAGGAAACCAAAAGAGGAGGAGAAGGAGAAGAGCACTAATAACGGTAACG
TTTCGCGAGCGAAACCGGCTAAGAAAAGCGTAGACTTCGTTATCAACGGAGTGAACATGG
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TGCCGATGAGTACTAAACGCCGTGGAGCGAGGATCTCGGGTAGGAAGATGAGTCAAGGCG
CGTTTAAGAAAGTGCTTGAGAAACTTGCTTCTGATGGGTTTAACTTTGGGAGTTCGATTG
ATCTTAAGAGCCATTGGGCTAGACATGGGACTAATAAGTTCGTCACGATCAGATGATTTA
GTTTCTTCTTCTCAATTAGTAAAAAGAAGGAAAAAAAGAGACATCTCTTCCGGGATTGGG
ATCTCTCAGTGATCGTGTGTATACTATAACGAATCTGATGTCTGTGACCTTTTGAGTTCT
TTCTACAATCTGAGTTTGTAGGTGACCACCATTTGCTGGAGTCTGTATGTTTGTCTGTCG
GAGGGAAGAAGGTGACTGAGAAATGAAGTTTGTTTTTTTCCCTCCTTTTGTTATCCTTAT
AAAACATTTTACTGACGTGTAAGTTGTAACAGATATTCTTTTAATTAAAATGTTCTTATT
TCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR3DA76TF U 1
AF RR3DA76JQ C 224
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CGAAGAAGCCTAGGAAACCAAAAGAGGAGGAGAAGGAGAAGAGCACTAATAACGGTAACG
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ACATCTCGGGTCTACCTGTACCGGTCTGCACTTGCACTGGAGCTCCTCAGCAGTGTTACC
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TGCCGATGAGTACTAAACGCCGTGGAGCGAGGATCTCGGGTAGGAAGATGAGTCAAGGCG
CGTTTAAGAAAGTGCTTGAGAAACTTGCTTCTGATGGGTT*AACTTTGGGAGTTCGATTG
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GTTTCTTCTTCT
CATTAGTA

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DS 

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CGGCGCGGGGACAAAGGCGAAGAAGC*TAGGAAACCAAAAGAGGAGGAGAAGGAGAAGAG
CACTAATAACGGTAACGTTTCGCGAGCGAAACCGGCTAAGAAAAGCGTAGACTTCGTTAT
CAACGGAGTGAACATGGACATCTCGGGTCTACCTGTACCGGTCTGCACTTGCACTGGAGC
TCCTCAGCAGTGTTACCGTTGGGGCTGCGGAGGTTGGCAGTCCGCGTGTTGCACCACAAA
CATATCGATGTACCCGTTGCCGATGAGTACTAAACGCCGTGGAGCGAGGATCTCGGGTAG
GAAGATGAGTCAAGGCGCGTTTAAGAAGGTGCTTGAGAAACTTGCTTCTGATGGGTTTAA
CTTTGGGAGTTCGATTGATCTTAAGAGCCATTGGGCTAGACATGGGACTAATAAGTTCGT
CACGATCAGATGATTTAGTTTCTTCTTCTCAATTAGTAAAAAGAAGGAAAAAAAGAGACA
TCTCTTCCGGGATTGGGATCTCTCAGTGATCGTGTGTATACTATAACGAATCTGATGTCT
GTGACCTTTTGAGTTCTTTCTACAATCTGAGTTTGTAGGTGACCACCATTTGCTGGAGTC
TGTATGTTTGTCTGTCGGAGGGAAGAAGGTGACTGAGAAATGAAGTTTGTTTTTTTCCCT
CCTTTTGTTATCCTTATAAAACATTTTACTGACGTGTAAGTTGTAACAGATATTCTTTTA
ATTAAAATGTTCTTATTTCTCT

QA 1 802 1 802
DS 



CO CL1186Contig3 1077 2 2 U
GACAGCTAATGCCAAGCATTGATCGGAACACTAAACCGTTTTTACCCGGTCGAGACCCGA
ATCTAATGATCGGGCAGCAAAACGGGCCGTACCACCACCCTGAGCCTCCTCCTATCAACA
ACATGAGCTACAATTGGATTAACCAACAGCACAAGGACAAGTTCTTCAACATGTTGCCTG
TAACAACCGCTCCTCATTACGGAAACATCCTCCCCGAAACTTCATCGGCTCCGTCGATGC
GTCACCATCATCAAACCACCGAGGAATACCCGGTTAAATCCGAACAAGAAGAGATTGTTC
AGACCAACAAGAAGAGAAAGCCTAATACAAAACCCGGCGCGGGGACAAAGGCGAAGAAGC
CTAGGAAACCAAAAGAGGAGGAGAAGAACGACAAGAACACTAACGGTAACGTTTCGCGAG
TGAAACCGGCGAAGAAAAGCGTAGACTTCGTTATCAACGGAGTGAACATGGACATCTCGG
GTCTACCTGTACCGGTCTGCACTTGCACTGGAGCTCCTCAGCAGTGTTACCGTTGGGGCT
GTGGAGGTTGGCAGTCTGCGTTTGCACCACAAACATATCGATGTATCCTTTACCGATGAG
TACTAAACGTCGTGGAGCGAGGATCTCGGGGAGGAAGATGAGTCAAGGCGCGTTTAAGAA
GGTGCTTGAGAAACTTGCTTCTGATGGGTTTAACTTTGGGAGTTCGATTGATCTTAAGAA
CCATTGGGCTAGACATGGGACTAACAAGTTCGTCACGATCAGATGAGTTAGTTTCTTCTT
TTCAATTAGTAAAAAGAAGGGAAAAAGAAACATCTCTTCCGGGACTGGGGTCTCTCAGTG
ATCGTGTGTATACTATAACGAAAAATCTGATGTCTTTGACCTTCTGAGTTCTGTCTACAA
TCTGAGTTTGCAGGTAACCACCATTTGCTGGAGTCTGTATGTTTGTCTGAGGGAAGAAGG
TGACTGAGAAATGAAGTTTGATTTTTTCCCTCCTTTTGTTATCCTTATAAAACATTTACT
GACTTGTAAGTTGTAACAGATATTCTTTTAATTAAAATGTTTTTATTTCTCAAATTC


BQ
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AF RR3GD52TF U 1
AF RR3GD52JQ C 300
BS 1 775 RR3GD52TF
BS 776 1077 RR3GD52JQ

RD RR3GD52TF 775 0 0
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ATCTAATGATCGGGCAGCAAAACGGGCCGTACCACCACCCTGAGCCTCCTCCTATCAACA
ACATGAGCTACAATTGGATTAACCAACAGCACAAGGACAAGTTCTTCAACATGTTGCCTG
TAACAACCGCTCCTCATTACGGAAACATCCTCCCCGAAACTTCATCGGCTCCGTCGATGC
GTCACCATCATCAAACCACCGAGGAATACCCGGTTAAATCCGAACAAGAAGAGATTGTTC
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TGAAACCGGCGAAGAAAAGCGTAGACTTCGTTATCAACGGAGTGAACATGGACATCTCGG
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GTGGAGGTTGGCAGTCTGCGTTTGCACCACAAACATATCGATGTATCCTTTACCGATGAG
TACTAAACGTCGTGGAGCGAGGATCTCGGGGAGGAAGATGAGTCAAGGCGCGTTTAAGAA
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CCATTGGGCTAGACATGGGACTAACAAGTTCGTCACGATCAGATGAGTTAGTTTC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3GD52JQ 778 0 0
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GGTCTACCTGTACCGGTCTGCACTTGCACTGGAGCTCCTCAGCAGTGTTACCGTTGGGGC
TGTGGAGGTTGGCAGTCTGCGTTTGCACCACAAACATATCGATGTATCCTTTACCGATGA
GTACTAAACGTCGTGGAGCGAGGATCTCGGGGAGGAAGATGAGTCAAGGCGCGTTTAAGA
AGGTGCTTGAGAAACTTGCTTCTGATGGGTTTAACTTTGGGAGTTCGATTGATCTTAAGA
ACCATTGGGCTAGACATGGGACTAACAAGTTCGTCACGATCAGATGAGTTAGTTTCTTCT
TTTCAATTAGTAAAAAGAAGGGAAAAAGAAACATCTCTTCCGGGACTGGGGTCTCTCAGT
GATCGTGTGTATACTATAACGAAAAATCTGATGTCTTTGACCTTCTGAGTTCTGTCTACA
ATCTGAGTTTGCAGGTAACCACCATTTGCTGGAGTCTGTATGTTTGTCTGAGGGAAGAAG
GTGACTGAGAAATGAAGTTTGATTTTTTCCCTCCTTTTGTTATCCTTATAAAACATTTAC
TGACTTGTAAGTTGTAACAGATATTCTTTTAATTAAAATGTTTTTATTTCTCAAATTC

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 6

CO CL1187Contig1 689 6 4 U
AAAGAGCAAGTGCAGCGTTTGATATTAGTCTTAAAATGTTTTACGGGATACTCGTTCTAC
AAGGAAATAAAAGAAGTGATAGAACAACAAGAAGTTTAATCAGACTTCGAATTAAACAGG
TAGCTTACACACTCGAATAAAACACTAGGACAATAAACTACGATAAAGCAATAGAACCAC
ACAAGTTCTTACGCTTGCACACATACAACAACAAGTGGCACAACCAATCCTGCTCAGTTG
TTGCCGCGGCGGTTCTGCTCTGCCTCGATGGCTGCTCGGGCAGAATTGGTCTGCTGCACC
AACAGTGCCAGTTGCGCATCATCAAGCTCCCTAACATTTGGATCTGGTGTTACTCGGAAA
TTGATCAAGGGATTCCTATGCTCATAACCATGCTGTCCAAACGTCCTAAATGCTCTAAAA
GAATTATATTCTCTTAAAGTATCAGAGACAACAACGGCCCCTACTTTCGCACCAGTTTGT
TCCAGTCGAGGTGCCACATCACGAGTCAGGTCATACGACATCATGCCACACGCTCTTCTC
CGCTCTGTCTCATCCTCAATACGTCGCACGGGTTCCATTGTTTTGCAAACCTTAGCTCAG
CTCTAAATCACCGACGATGTTAGGGTGTAGGAACTGAAGCAAACTGAAGCAACTACAACT
TGTTTGGTTTCTCGGTTTATGTGTCTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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BQ
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AF RR3D482JQ U 1
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GAGAGAGAGAGCCTCACACTTCAGAAAATAATGTCTGCATCCTTCTCTGCCCCACCTTCA
AGCAAGTTACGAGCAGCGTTTATAGAAATCCCTCTCTGCATAGAGATCCCTTCAAGAACC
ATCTCCTCAGCAAACGCCTTAGCGTTAGCTGCTTGTCTCTCGACTTCCCTACTCTTGTAT
CCCTGAATCTTCTTAAGCCTGAAGAAATCTTCCCTCTCAAGCTCGTCAAGCTCTCCCTTG
ATGTAACTGATGGTATTCTCAATCTTCGGTTTCACCACATTCTCCAGAGCGTTGACCCTG
CGGTTAGTCGTCTTGATTGCTTCATCAAGCGTCAAGAACGAAGTCTGGAGAGAAGCAAGC
TCAACGAGAACCTCAATAGCTTTCACATAAGCCACACGGCAAGCTTGGACCTGTTGACCA
CCTCTGGCTAAACCGGTTAAGTCATT

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3GV72JQ 724 0 0
AAGGTAACGTTTTACATTATCATAACGCAGAAGAGTAACAATCACAAATCTCTTGAGAGG
AAAATTATAGCAAAGCACAATCCAAGATGACACAGTATTTCATCTACATCAAATCCATTT
TATTTGTAGAAACATCAAGTCTTATGAAGAGAGTAATAATAACAAAAGATAAATAGAGAG
AGAGAG**CCTCACACTTCAGAAAATAATGTCTGCATCCTTCTCTGCCCCACCTTCAAGC
AAGTTACGAGCAGCGTTTATAGAAATCCCTCTCTGCATAGAGATCCCTTCAAGAACCATC
TCCTCAGCAAACGCCTTAGCGTTAGCTGCTTGTCTCTCGACTTCCCTCCTCTTGTATCCC
TGAATCTTCTTAAGCCTGAAGAAATCTTCCCTCTCAAGCTCGTCAAGCTCTCCCTTGATG
TAACTGATGGTATTCTCAATCTTCGGTTTCACCACATTCTCCAGGGCGTTGACCCTGCGG
TTAGTCGTCTTGATTGCTTCATCAAGCGTCAAGAACGAAGTCTGGAGAGAAGCAAGCTCA
ACGAGAACCTCAATAGCTTTCACATAAGCCACACGGCAAGCTTGGACCTGTTGACCACCT
CTGGCTAAACCGGTTAAGTCATTCTTGGTCTCCCCTTCAGAGAAGTGATCAAACTTCGGA
AGCTTCACACCAGCGATGTTCTCTTGCCTCGAACGAACTTTGAGCGTAGCTTCTTTGACG
TTCT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3GV72TF 589 0 0
CGGTTAGTCGTCTTGATTGCTTCATCAAGCGTCAAGAACGAAGTCTGGAGAGAAGCAAGC
TCAACGAGAACCTCAATAGCTCTCACATAAGCCACACGGCAAGCTTGGACCTGTTGACCA
CCTCTGGCTAAACCGGTTAAGTCATTCTTGGTCTCCCCTTCAGAGAAGTGATCAAACTTC
GGAAGCTTCACACCAGCGATGTTCTCTTGCCTCGAACGAACTTTGAGCGTAGCTTCTTTG
ACGTTCTCGAGGACAACGTGTTTGACATTCTCACCAGCAACGTACTTGACTTCGGTAAGA
GCAAAAGACGACGTCTTCATCATGTCTCCCATTGATTCCTTGGCCGTGACGATTTTTGAG
AAAAGCCCTGAATTGAACAGTTAAAGCATCGCTCTTCTTCTTGAGGAGAGCATGACCTCT
TGTCGCTCCAACAAGACGGGCTTTCATAACTCCGAGCATAGTAACAGTGGGAACCACATT
CAAACGCGCGTTTTGGCCAGCCATGTTTCAAAAGAAAAAGCTGGGCCTCTCGAGGAGACT
TTTGCAAGTAGATCACTGAGATTGATTGGCCTTTGAGAGAAATTGGTCC

QA 1 589 1 589
DS 



AS 2 6

CO CL1189Contig1 677 4 5 U
GGGATCTGTCTCGTTTCTGAGAAATACAAACCGAGAGAGAGGAGAAAGTGTTAATCTCGA
GTTTAATTATCAATGGAAGGGATCACGGAAGGAGTTAACAACATGAGCTTGGCCGTTGAT
TCGCAGAAGAAGAATCGGATTCAAGTTTCCAACACTAAGAAACCGTTGTTCTTCTATGTC
AATCTCGCCAAGAGGTACATGCAGCAGTACGCAGATGTGGAGTTGTCTGCACTTGGAATG
GCCATTGCGACGGTTGTCACCGTTGCTGAGATATTGAAGAACAGTGGGTTTGCTGTTGAA
AAGAAGATCATGACTTCGACTGTGGATATCAAGGACGGTGCAAGGGGTCGTCCTGTGCAG
AAGCCTAAGATTGAGATAACGCTCGCCAAGTCTGAGAAGCTTGATGAATTAATGGCTGCG
GCCAACGAAGACAAGGAGGCTGTAGAAGCCCAGGAGCAGAACTGAAATCTTTTTTTTTTT
TT*GAGTTTCTTTCGACCATCTGATTTCTCTGTTTCTCTGCTAAAACACTTTGATTTATT
TTTTGTTTTGGCTTACTTTGAATGTTATCTTGGATTGTGTTCGATGTACCTGTGAACGTG
TTTATTTACAGATCGTAGTAGGTTGTAGACAAGATTTTGTTGCATAACGTTTTCGAATAT
ATATCCTATTCGAAACC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW55TF U 2
AF RR3AM58TF U 1
AF RR3FW55JQ C 14
AF RR3AM58JQ C 19
BS 1 441 RR3AM58TF
BS 442 442 RR3FW55TF
BS 443 613 RR3AM58TF
BS 614 623 RR3FW55JQ
BS 624 677 RR3AM58JQ

RD RR3FW55TF 481 0 0
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AGCCTAAGATTGAGATAACGCTCGCCAAGTCTGAGAAGTTTGATGAATTAATGGCTGCGG
CCAACGAAGACAAGGAGGCTGTAGAAGCCCAGGAGCAGAACTGAAATTTTTTTTTTTTTT
T

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR3AM58TF 617 0 0
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GTTTAATTATCAATGGAAGGGATCACGGAAGGAGTTAACAACATGAGCTTGGCCGTTGAT
TCGCAGAAGAAGAATCGGATTCAAGTTTCCAACACTAAGAAACCGTTGTTCTTCTATGTC
AATCTCGCCAAGAGGTACATGCAGCAGTACGCAGATGTGGAGTTGTCTGCACTTGGAATG
GCCATTGCGACGGTTGTCACCGTTGCTGAGATATTGAAGAACAGTGGGTTTGCTGTTGAA
AAGAAGATCATGACTTCGACTGTGGATATCAAGGACGGTGCAAGGGGTCGTCCTGTGCAG
AAGCCTAAGATTGAGATAACGCTCGCCAAGTCTGAGAAGCTTGATGAATTAATGGCTGCG
GCCAACGAAGACAAGGAGGCTTTAGAAGCCCAGGAGCAGAACTGAAATCTTTTTTTTTTT
TT*GAGTTTCTTTCGACCATCTGATTTCTCTGTTTCTCTGCTAAAACACTTTGATTTATT
TTTTGTTTTGGCTTACTTTGAATGTTATCTTGGATTGTGTTCGATGTACCTGTGAACGTG
TTTATTTACAGAT
CGTA

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3FW55JQ 617 0 0
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ATCGGATTCAAGTTTCCAACACTAAGAAACCGTTGTTTTTTTATGTCAATCTCGCCAAGA
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AGATAACGCTCGCCAAGTTTGAGAAGTTTGATGAATTAATGGCTGCGGCCAACGAAGACA
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CGACCATCTGATTTCTCTGTTTCTCTGCTAAAACACTTTGATTTATTTTTTGTTTTGGCT
CACTTTGAATGTTATCTTGGATTGTGTTCGATGTACCTGTGAACGTGTTTATTTACAGAT
CGTAGTAGGT
TGTAGAC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3AM58JQ 659 0 0
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ATTCAAGTTTCCAACACTAAGAAACCGTTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGAGGTAC
ATGCAGCAGTACGCAGATGTGGAGTTGTCTGCACTTGGAATGGCCATTGCGACGGTTGTC
ACCGTTGCTGAGATATTGAAGAACAGTGGGTTTGCTGTTGAAAAGAAGATCATGACTTCG
ACTGTGGATATCAAGGACGGTGCAAGGGGTCGTCCTGTGCAGAAGCCTAAGATTGAGATA
ACGCTCGCCAAGTCTGAGAAGCTTGATGAATTAATGGCTGCGGCCAACGAAGACAAGGAG
GCTTTAGAAGCCCAGGAGCAGAACTGAAATCTTTTTTTTTTTTT*GAGTTTCTTTCGACC
ATCTGATTTCTCTGTTTCTCTGCTAAAACACTTTGATTTATTTTTTGTTTTGGCTTACTT
TGAATGTTATCTTGGATTGTGTTCGATGTACCTGTGAACGTGTTTATTTACAGATCGTAG
TAGGTTGTAGACAAGATTTTGTTGCATAACGTTTTCGAATATATATCCTATTCGAAACC

QA 1 659 1 659
DS 



CO CL1189Contig2 681 2 1 U
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TCTCGCCAAGAGGTACATGCAGCAGTACGCAGATGTGGAGTTGTCTGCACTTGGAATGGC
CATTGCGACGGTTGTCACCGTTTCTGAGATATTGAAGAACAGTGGTTTGCTGTTGAAAAG
AAGATCATGACTTCGACTGTGGATATCAAGGACGGTGCAAGGGGTCGTCCTGTGCAGAAA
CCCAAGATTGAGATAACACTCGCCAAGTCTGAGAAGTTTGATGAATTAATGGCTGCGGCC
AACGAAGACAAGGAGGCTGCAGAAGCTCAAGAGCAGAACTGAAATCTCTTTTTTTTTCTA
AGTTTCTCTCGACCATCCGATTACTCTGTTTCTTATCTCTCTTCTAAAACACTTTTGATT
TATTTTTGTTTTGGCTCACTTTGAATGTTATCTTGGATTTGTGTTCGCTGTACCTGTGAA
CGTGTTTATTTACAGATGTAGTAGGTGTTAGACAAGATTTTGTTGCATAACGTTTTCGAA
TATAATAGCCTATTCGAAACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AZ59JQ C 1
AF RR3AZ59TF U 1
BS 1 681 RR3AZ59TF

RD RR3AZ59JQ 681 0 0
GGATCTGTCTCGTTTCTGAGAAATATAAAATCGAGAAAGAGGAGAAAGTGTTAATCGAGT
TTAATTATCAATGGAAGGAATCACGGAAGGAGTTAACAACATGAGCTTGGCTGTTGATTC
GCAGAAGAAGAACCGGATTCAAGTTTCCAACACTAAGAAACCGTTGTTCTTCTACGTCAA
TCTCGCCAAGAGGTACATGCAGCAGTACGCAGATGTGGAGTTGTCTGCACTTGGAATGGC
CATTGCGACGGTTGTCACCGTTTCTGAGATATTGAAGAACAGTGGTTTGCTGTTGAAAAG
AAGATCATGACTTCGACTGTGGATATCAAGGACGGTGCAAGGGGTCGTCCTGTGCAGAAA
CCCAAGATTGAGATAACACTCGCCAAGTCTGAGAAGTTTGATGAATTAATGGCTGCGGCC
AACGAAGACAAGGAGGCTGCAGAAGCTCAAGAGCAGAACTGAAATCTCTTTTTTTTTTTA
AGTTTCTCTCGACCATCCGATTACTCTGTTTCTTATCTCTCTTCTAAAACACTTTTGATT
TATTTTTGTTTTGGCTCACTTTGAATGTTATCTTGGATTTGTGTTCGCTGTACCTGTGAA
CGTGTTTATTTACAGATGTAGTAGGTGTTAGACAAGATTTTGTTGCATAACGTTTTCGAA
TATAATAGCCTATTCGAAACC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3AZ59TF 681 0 0
GGATCTGTCTCGTTTCTGAGAAATATAAAATCGAGAAAGAGGAGAAAGTGTTAATCGAGT
TTAATTATCAATGGAAGGAATCACGGAAGGAGTTAACAACATGAGCTTGGCTGTTGATTC
GCAGAAGAAGAACCGGATTCAAGTTTCCAACACTAAGAAACCGTTGTTCTTCTACGTCAA
TCTCGCCAAGAGGTACATGCAGCAGTACGCAGATGTGGAGTTGTCTGCACTTGGAATGGC
CATTGCGACGGTTGTCACCGTTTCTGAGATATTGAAGAACAGTGGTTTGCTGTTGAAAAG
AAGATCATGACTTCGACTGTGGATATCAAGGACGGTGCAAGGGGTCGTCCTGTGCAGAAA
CCCAAGATTGAGATAACACTCGCCAAGTCTGAGAAGTTTGATGAATTAATGGCTGCGGCC
AACGAAGACAAGGAGGCTGCAGAAGCTCAAGAGCAGAACTGAAATCTCTTTTTTTTTCTA
AGTTTCTCTCGACCATCCGATTACTCTGTTTCTTATCTCTCTTCTAAAACACTTTTGATT
TATTTTTGTTTTGGCTCACTTTGAATGTTATCTTGGATTTGTGTTCGCTGTACCTGTGAA
CGTGTTTATTTACAGATGTAGTAGGTGTTAGACAAGATTTTGTTGCATAACGTTTTCGAA
TATAATAGCCTATTCGAAACC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 5

CO CL1190Contig1 1291 5 5 U
GATTGGTGTGTGTAAAGGAGGAAAGCGTAATGGCGCCAGTTATTCAGAGCTCACAGCCAT
GGGTTGAGAAATACCGGCCGAAGCAAGTGAAGGACGCGGCGCATCAGGAGGAGGTGGTTC
GAGTCCTCACCAACACTCTCGAGACTGCTAACTGTCCGCACATGCTCTTTTATGGACCAC
CAGGAACCGGTAAAACCACTACCGCACTTGCCATCGCCCACCAGCTATTTGGACCTGAGT
TGTATAAGTCTAGGGTGTTGGAGCTGAATGCAAGTGATGACAGAGGGATTAATGTTGTTC
GGACGAAGATCAAAGATTTTGCTGCTGTTGCTGTTGGGTCCAGTAACCGTCAAGGTGGTT
ATCCTTGCCCATCGTTTAAGATCATTATCCTAGATGAGGCTGATTCGATGACGGAAGATG
CTCAGAACGCCTTGAGGCGCACAATGGAAACTTACTCCAAAGTCACCAGATTCTTCTTCA
TATGTAATTACATCAGCAGGATCATAGAGCCCCTTGCTTCAAGATGTGCCAAGTTCAGGT
TTAAACCACTTTCTGAAGAAGTCATGAGTAACCGTATCTTGCATATTTGTAATGAAGAAG
GTCTCAACCTTGGTGGAGAGGCTCTTTCAACTTTGAGTATCATATCACAAGGTGATCTCC
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TTTGAATTTTGGTTGTGCTTTGAAACGGACATCTACGGTATGAATTGTCATAATGACACT
TGTCGAGTTATTATTATTTAATGTTGACTAAACAAAAAAACTTGGGGGGTTACAACTGAA
AAAAAGTTGGGTAGTCAATTGCAGACAGAACCTGATTCTGCTGTTACCGTTTTGTGTTGT
TAGAACAGATGGTTTTTGAATTTAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3G294JQ C 681
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GTAGGGCCATCACGTATCTGCAGAG

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DS 

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GG
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AATGTTGTTCGGACGAAGATCAAAGATTTTGCTGCTGTTGCTGTTGGGTCCAGTAACCGT
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ACCTGCAGCTTCTGGACGTGGCAAGCAATACAATTACTGCACTTTCAGAAATGGCTCAAG
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TGTTGAC**AAAAAAAAAACTTGGGAGGTTACAACTGAAAAAAA
AAAGTTGGGTAGT

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DS 

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G
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GGATCAACAATAACTTCGACGGATTTACTCAATGTGTCTGGGGTAGTCCCTCTGGAGGTA
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GCTGAAACAGATAAGCGACTTGTAGATGGTGCGGATGAGTACCTGCAGCTTCTGGACGAG
GCAAGCAATACAATTACTGCACTCTCAGAAATGGCTCAAGACTACTAAAGCAAACACCCT
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GAATTGTCATAATGACACTTGTCGAGTTATTATTATTTAATGTTGACTAAACAAAAAAAC
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GGGGTAGTCCCTCTGGAGGTAGTGAAGAGATTTTTTACTGCATGCAGAAGTGGTGATTTC
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ATCAATCAGTTATTTGATATAGTCGTTGAGGCTGGTGATGACATAACGGACAATCAAAAG
GCTAAGATCTGCAAATGTCTAGCTGAAACAGATAAGCGACTTGTAGATGGTGCGGATGAG
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GACTACTAAAGCAAACACCCTCTAAAGCTCTGCATCTAGGTTTGAATTTTGGTTGTGCTT
TGAAACGGACATCTACGGTATGAATTGTCATAATGACACTTGTCGAGTTATTATTATTTA
ATGTTGACTAAACAAAAAAACTTGGGGGGTTACAACTGAAAAAAAGTTGGGTAGTCAATT
GCAGACAGAACCTGATTCTGCTGTTACCGTTTTGTGTTGTTAGAACAGATGGTTTTTGAA
TTT

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 5

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CTTCACGTGCATCACATCGTCCCCGGCAGTGGAGGCATGATAAGAAACTCTAATGACCAC
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TGGCTTGACCACATTTCTATGTCTAAATGCCAAGATGGTCTCATCGACGCTATAATGGGC
TCCACCGGGATCACTATCTCTAACTCTCATTTCACCCACCACAACGATGTGATGTTGCTT
GGTGCACAAAATGACAACCAAGCGGACAAGAAGATGCAAGTCACTGTGGCTTTCAACCAC
TTTGGTAAAGGACTTGTGCAGAGGATGCCGAGGATTCGGTGGGG*TTTCGTCCATGTTGT
CAACAATGACTACACTCATTGGGAGCTTTACGCTATCGGCGGTAGCCAAAGTCCTACCAT
TCTCAGCCACGAAAACCGTTTCATCGCTCCTCCTCACATACAACATTACAGAGAGGTGAC
AAAGAGGGATTATGCTCCAGAATCGGAGTGGAAAAATTGGAATTGGAGATCCGACAAAGA
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CTCTAGACAACAGATGATAAAGCCCAAACACGGTTCGGCCGTTTCAAAGCTTACCAAATA
CGCCGGAGCATTGGATTGCCGGGTCGGAAAACCATGCTAAACAATATTAATCACTACTAC
TTTTCTCTCTTGTATCTAGGCCATGAACCAAAAAATATTAATGGGGTAAAAATGAAAATA
AGTCTAATTTATGAGGTTCTTTCTGTAAGGATACGTTGTATTTCTATTTTGTTTCTGTAT
TCCATTTGTTGTTTTGTATGTTTATTTTGTGCTGCTTGTCATATTTTCACTATTTTATTT
TGGGGACAAACCTGAAACCAATGAGAAAGCAGATAAGGCCATTATTTAACAGAGC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 30 30 30 30 30 30 15 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G841TF U 145
AF RR3FG76TF U 1
AF RR3D605TF U 177
AF RR3G667TF U 202
AF RR3D605JQ C 279
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GGCAGTGGAGGCATGATAAGAAACTCTAATGACCACTTTGGGTTTAGAGGACAGGCCGAT
GGAGATGGTATCTCTATCTTTGGAGCAACAAACATTTGGCTTGACCACATTTCTATGTCT
AAATGCCAAGATGGTCTCATCGACGCTATAATGGGCTCCACCGGGATCACTATCTCTAAC
TCTCATTTCACCCACCACAACGATGTGATGTTGCTTGGTGCACAAA
TGAC

QA 1 286 1 286
DS 

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CACATCGCATATGGTGCTGGGATCACGATGCAGTACGTGCAAAATATCATCATCCATGGG
CTTCACGTGCATCACATCGTCCCCGGCAGTGGAGGCATGATAAGAAACTCTAATGACCGC
TTTGGGTTTAGAGGACAGGCCGATGGAGATGGTATCTCTATCTTTGGAGCAACAAACATT
TGGCTTGACCACATTTCTATGTCTAAATGCCAAGATGGTCTCATCGACGCTATAATGGGC
TCCACCGGGATCACTATCTCTAACTCTCATTTCACCCACCACAACGATGTGATGTTGCTT
GGTGCACAAAATGACAACCAAGCGGACAAGAAGATGCAAGTCACTGTGGCTTTCAACCAC
TTTGGTAAAGGACTTGTGCAGAGGATGCCGAGGATTCGGTGGGGGTTTCGTCCATGTTGT
CAACAATGACTACACTCATTGGGAGCTTTACGCTATCGGCGGTAGCCAAAGTCCTACCAT
TCTCAGCCGCGGAAACCGTTTCATCGCTCCTCCTCACA

QA 1 638 1 638
DS 

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G
GGGCTTCACGTGCATCACATCGTCCCCGGCAGTGGAGGCATGATAGGAAACTCTAATGAC
CACTTTGGGTTTAGAGGACAGGCCGATGGAGATGGTATCTCTATCTTTGGAGCAACAAAC
ATTTGGCTTGACCACATTTCTATGTCTAAATGCCAAGATGGTCTCATCGACGCTATAATG
GGCTCCACCGGGATCACTATCTCTAACTCTCATTTCACCCACCACAACGATGTGATGTTG
CTTGGTGCACAAAATGACAACCAAGCGGACAAGAAGATGCAAGTCACTGTGGCTTTCAAC
CACTTTGGTAAAGGACTTGTGCAGAGGATGCCGAGGATTCGGTGGGG*TTTCGTCCATGT
TGTCAACAATGACTACACTCATTGGGAGCTTTACGCTATCGGCGGTAGCCAAAGTCCTAC
CATTCTCAGCCACGAAAACCGTTTCATCGCTCCTCCTCACATACAACATTACAGAGAGGT
GACAAAGAGGGATTATGCTCCAGAATCGGAGTGGAAAAATTGGAATTGGAGATCCGACAA
AGACATTTTCATGAACAATGCATATTTCAGACAATCTGGAAATCCAAGGTTCATGTCTTC
ACACTCTAGACAACAGATGATAAAGCCCAAACACGGTTCGGCCGTTTCAAAGCTTACCAA
ATACGCCGGAGCATTGGATTGCCGGGTCGGAAA*CCATGCTAAACA*TATTAATCACTAC
TACTTTTCTCTCTTGTATCTAG
GCA

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DS 

RD RR3G667TF 734 0 0
G
CCGGCAGTGGAGGCATGATAAGAAACTCTAATGACCACTTTGGGTTTAGAGGACAGGCCG
ATGGAGATGGTATCTCTATCTTTGGAGCAACAAACATTTGGCTTGACCACATTTCTATGT
CTAAATGCCAAGATGGTCTCATCGACGCTATAATGGGCTCCACCGGGATCACTATCTCTA
ACTCTCATTTCACCCACCACAACGATGTGATGTTGCTTGGTGCACAAAATGACAACCAAG
CGGACAAGAAGATGCAAGTCACTGTGGCTTTCAACCACTTTGGTAAAGGACTTGTGCAGA
GGATGCCGAGGATTCGGTGGGG*TTTCGTCCATGTTGTCAACAATGACTACACTCATTGG
GAGCTTTACGCTATCGGCGGTAGCCAAAGTCCTACCATTCTCAGCCACGGAAACCGTTTC
ATCGCTTCTCCTCACATACAACATTACAGAGAGGTGACAAAGAGGGATTATGCTCCAGAA
TCGGAGTGGAAAAATTGGAATTGGAGATCCGACAAAGACATTTTCATGAACAATGCATAT
TTCAGACAATCTGGAAATCCAAGGTTCATGTCTTCACACTCTAGACAACAGATGATAAAG
CCCAAACACGGTTCGGCCGTTTCAAAGCTTACCAAATACGCCGGAGCATTGGATTGCCGG
GTCGGAAAACCATGCTAAACAATATTAATCACTACTACTTTTCTCTCTTGTATCTAG*CC
ATGAACCAAAAAA

QA 2 734 2 734
DS 

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CTATC
TTGGAGCAA*AAACATTTGGCTTGACCACATTTCTATGTCTAA*TGCCAAGATG*TCTCA
TCGACGCTATAATGGGCTCCAC*GGGATCACTATCTCTAACTCTCATTTCACCCACCACA
ACGATGTGATGTTGCTTGGTGCACAAAATGACAACCAAGCGGACAAGAAGATGCAAGTCA
CTGTGGCTTTCAACCACTTTGGTAAAGGACTTGTGCAGAGGATGCCGAGGATTCGGTGGG
G*TTTCGTCCATGTTGTCAACAATGACTACACTCATTGGGAGCTTTACGCTATCGGCGGT
AGCCAAAGTCCTACCATTTTCAGCCACGAAAACCGTTTCATCGCTCCTCCTCACATACAA
CATTACAGAGAGGTGACAAAGAGGGATTATGCTCCAGAATCGGAGTGGAAAAATTGGAAT
TGGAGATCCGACAAAGACATTTTCATGAACAATGCATATTTCAGACAATCTGGAAATCCA
AGGTTCATGTCTTCACACTCTAGACAACAGATGATAAAGCCCAAACACGGTTCGGCCGTT
TCAAAGCTTACCAAATACGCCGGAGCATTGGATTGCCGGGTCGGAAAACCATGCTAAACA
ATATTAATCACTACTACTTTTCTCTCTTGTATCTAGGCCATGAACCAAAAAATATTAATG
GGGTAAAAATGAAAATAAGTCTAATTTATGAGGTTCTTTCTGTAAGGATACGTTGTATTT
CTATTTTGTTTCTGTATTCCATTTGTTGTTTTGTATGTTTATTTTGTGCTGCTTGTCATA
TTTTCACTATTTTATTTTGGGGACAAACCTGAAACCAATGAGAAAGCAGATAAGGCCATT
ATTTAACAGAGC

QA 6 857 6 857
DS 



AS 1 6

CO CL1192Contig1 951 6 6 U
GGCTCTTTCGTGTTCACAAAGCCAGAAGTCGGAGAAAGAGCTCTTGTTCTCTCTCTACTA
CTCTCTGTTCTCAATTCGTTAAACAAAGAATCCCTTTTTTTTTTGCTGAAGACGCAGAGC
TCAATGACGAAGCAGCACGCGAACTGGTCTCCATACGACAACAATGGAGGAACATGTGTG
GCCATCGCTGGATCGGATTACTGCGTCATCGCCGCCGATACTCGGATGTCTACCGGTTAC
AGCATTCTAACTCGCGATTACTCTAAGATCCATAAACTAGCAGACAAGGCTGTGCTATCT
TCCTCTGGCTTTCAGGCTGATGTGAAAGCACTTCAGAAAGTTCTCAAGTCAAGGCACTTG
GTTTATCAGCATCAGCATAACAAGCAGATGAGCTGTCCTGCAATGGCTCAGCTTCTCTCC
AACACTCTTTACTTCAAGCGCTTTTTCCCTTACTATGCCTTTAACGTTCTCGGTGGGCTT
GATGAGCATGGGAAAGGGTGTGTCTTTACTTATGATGCAGTGGGATCATATGAGAAGGTT
GGATACAGTGCTCAAGGTTCTGGTTCCACTCTCATCATGCCCTTCCTTGACAATCAGCTC
AAGAGTCCTAGCCCGCTCTTGCTTCCTGCCCAGGATGCTATCACACCTCTTTCCGAGCCT
GAAGCAGTTGACTTGGTTAAGACTGTGTTCGCATCTGCCACTGAGAGGGATATCTACACT
GGAGACAAGCTTTAGATCATGATTCTCAAGGCTGATGGTATCAGGACCGAAGTCATGGAG
TTGAGGAAAGACTAAGCCAGTGTTGGCAACACACACCTTTTCTATTTTCTCTTATTCGCA
TCTCAACACTAGGCTCCCTCTGTTATCTTGAACTGTGTTTTGAAGTTTCCTTGTGTGTTA
AAACTGATTCTCACTCTCTTATTTATGACAAAAGTTCTTTTGGAAGAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE01TF U 29
AF RR3F814TF U 1
AF RR3B113TF U 26
AF RR3F814JQ C 146
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BS 1 508 RR3F814TF
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GG
GGAGAAAGAGCTCTTGTTCTCTCTCTACTACTCTCTGTTCTCAATTCGTTAAACAAAGAA
TCCCTTTTTTTTTTGCTGAAGACGCAGAGCTCAATGACGAAGCAGCACGCGAACTGGTCT
CCATACGACAACAATGGAGGAACATGTGTGGCCATCGCTGGATCGGATTACTGCGTCATC
GCCGCCGATACTCTGATGTCTACCGGTTACAGCATTCTAACTCGCGATTACTCTAAGATC
CATAAACTAGCAGACAAGGCTGTGCTATCTTCCTCTGGCTTTCAGGCTGATGTGAAAGCA
CTTCAGAAAGTTCTCAAGTCAAGGCACTTGGTTTATCAGCATCAGCATAACAAGCAGATG
AGCTGTCCTGCAATGGCTCAGCTTCTCTCCAACACTCTTTACTTCAAGCGCTTTTTCCCT
TACTATGCCTTTAACGTTCTCGGTGGGCTTGATGAGCATGGGAAAGGGTGTGTCTTTACT
TATGATGCAGTGGGATCATATGAGAAGGTTGGATACAGTGCTCAAGGTTCTGGTTCCACT
CTCATCATGCCCTTCCTTGACAATCAGCTCAAGAGTCCTAGCCCGCTCTTGCTTCCTGCC
CAG
ATGC

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DS 

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CTCTCTGTTCTCAATTCGTTAAACAAAGAATCCCTTTTTTTTTTGCTGAAGACGCAGAGC
TCAATGACGAAGCAGCACGCGAACTGGTCTCCATACGACAACAATGGAGGAACATGTGTG
GCCATCGCTGGATCGGATTACTGCGTCATCGCCGCCGATACTCGGATGTCTACCGGTTAC
AGCATTCTAACTCGCGATTACTCTAAGATCCATAAACTAGCAGACAAGGCTGTGCTATCT
TCCTCTGGCTTTCAGGCTGATGTGAAAGCACTTCAGAAAGTTCTCAAGTCAAGGCACTTG
GTTTATCAGCATCAGCATAACAAGCAGATGAGCTGTCCTGCAATGGCTCAGCTTCTCTCC
AACACTCTTTACTTCAAGCGCTTTTTCCCTTACTATGCCTTTAACGTTCTCGGTGGGCTT
GATGAGCATGGGAAAGGGTGTGTCTTTATTTATGATGCAGTGGGATCATATGAGAAGGTT
GGATACAGTGCTCAAGGTTCTGGTTCCACTCTCATCATGCCCTTCCTTGACAATCAGCTC
AAGAGTCCTAGCCCGCTCTTGCTTCCTGCCCAGGATGCTATCACACCTCTTTCCGAGCCT
GAAGCAGTTGACTTGGTTAAGACTGTGTTCGCATCTGCCACTGAGAGGGATATCTACACT
GGAGAC

QA 1 726 1 726
DS 

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GGGTC
GGAGAAAGAGCTCTTGTTCTCTCTCTACTACTCTCTGTTCTCAATTCGTTAAACAAAGAA
TCCCTTTTTTTTTTGCTGAAGACGCAGAGCTCAATGACGAAGCAGCACGCGAACTGGTCT
CCATACGACAACAATGGAGGAACATGTGTGGCCATCGCTGGATCGGATTACTGCGTCATC
GCCGCCGATACTCGGATGTCTACCGGTTACAGCATTCTAACTCGCGATTACTCTAAGATC
CATAAACTAGCAGACAAGGCTGTGCTATCTTCCTCTGGCTTTCAGGCTGATGTGAAAGCA
CTTCAGAAAGTTCTCAAGTCAAGGCACTTGGTTTATCAGCATCAGCATAACAAGCAGATG
AGCTGTCCTGCAATGGCTCAGCTTCTCTCCAACACTCTTTACTTCAAGCGCTTTTTCCCT
TACTATGCCTTTAACGTTCTCGGTGGGCTTGATGAGCATGGGAAAGGGTGTGTCTTTACT
TATGATGCAGTGGGATCATATGAGAAGGTTGGATACAGTGCTCAAGGTTCTGGTTCCACT
CTCATCATGCCCTTCCTTGACAATCAGCTCAAGAGTCCTAGCCCGCTCTTGCTTCCTGCC
CAGGATGCTATCACACCTCTTTCCGAGCCTGAAGCAGTTGACTTGGTTAAGACTGTGTTC
GCATCTGCCACTGAGAGGGATATCTACACTGGAGACAAGCTTTAGATCATGATTCTCAAG
GCTGATGGTATCA

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DS 

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TCATCGCCGCCGATACTCGGATGTCTACCGGTTACAGCATTCTAACTCGCGATTACTCTA
AGATCCATAAACTAGCAGACAAGGCTGTGCTATCTTCCTCTGGCTTTCAGGCTGATGTGA
AAGCACTTCAGAAAGTTCTCAAGTCAAGGCACTTGGTTTATCAGCATCAGCATAACAAGC
AGATGAGCTGTCCTGCAATGGCTCAGCTTCTCTCCAACACTCTTTACTTCAAGCGCTTTT
TCCCTTACTATGCCTTTAACGTTCTCGGTGGGCTTGATGAGCATGGGAAAGGGTGTGTCT
TTATTTATGATGCAGTGGGATCATATGAGAAGGTTGGATACAGTGCTCAAGGTTCTGGTT
CCACTCTCATCATGCCCTTCCTTGACAATCAGCTCAAGAGTCCTAGCCCGCTCTTGCTTC
CTGCCCAGGATGCTATCACACCTCTTTCCGAGCCTGAAGCAGTTGACTTGGTTAAGACTG
TGTTCGCATCTGCCACTGAGAGGGATATTTACACTGGAGACAAGCTTGAGATCATGATTC
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GCAACACACGCCTTTTCTATTT

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TGGAGGAACATGTGTGGCCATCGCTGGATCGGATTACTGCGTCATCGCCGCCGATACTCG
GATGTCTACCGGTTACAGCATTCTAACTCGCGATTACTCTAAGATCCATAAACTAGCAGA
CAAGGCTGTGCTATCTTCCTCTGGCTTTCAGGCTGATGTGAAAGCACTTCAGAAAGTTCT
CAAGTCAAGGCACTTGGTTTATCAGCATCAGCATAACAAGCAGATGAGCTGTCCTGCAAT
GGCTCAGCTTCTCTCCAACACTCTTTACTTCAAGCGCTTTTTCCCTTACTATGCCTTTAA
CGTTCTCGGTGGGCTTGATGAGCATGGGAAAGGGTGTGTCTTTACTTATGATGCAGTGGG
ATCATATGAGAAGGTTGGATACAGTGCTCAAGGTTCTGGTTCCACTCTCATCATGCCCTT
CCTTGACAATCAGCTCAAGAGTCCTAGCCCGCTCTTGCTTCCTGCCCAGGATGCTATCAC
ACCTCTTTCCGAGCCTGAAGCAGTTGACTTGGTTAAGACTGTGTTCGCATCTGCCACTGA
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GACCGAAGTCATGGAGTTGAGGAAAGACTAAGCCAGTGTTGGCAACACACACCTTTTCTA
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GTTTCCTTGTGTGTTAAAACTGATTCTCACTCTCTTATTTATGACAAAAGTTCTTTTGG

QA 1 839 1 839
DS 

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AAGCAGATGAGCTGTCCTGCAATGGCTCAGCTTCTCTCCAACACTCTTTACTTCAAGCGC
TTTTTCCCTTACTATGCCTTTAACGTTCTCGGTGGGCTTGATGAGCATGGGAAAGGGTGT
GTCTTTACTTATGATGCAGTGGGATCATATGAGAAGGTTGGATACAGTGCTCAAGGTTCT
GGTTCCACTCTCATCATGCCCTTCCTTGACAATCAGCTCAAGAGTCCTAGCCCGCTCTTG
CTTCCTGCCCAGGATGCTATCACACCTCTTTCCGAGCCTGAAGCAGTTGACTTGGTTAAG
ACTGTGTTTGCATCTGCCACTGAGAGGGATATCCACACTGGAGACAAGCTTGAGATCATC
ATTCTCAAGGCTGATGGTATCAGGACCGAAGTCATGGAGTGGAGGAAAGACTAAGCCAGT
GTTGGCAACACACACCTTTTCTATTTTCTCTTATTCGCATCTCAACACTAGGCTCCCTCT
GTTATCTTGAACTGTGTTTTGAAGTTTCCTTGTGTGTTAAAACTGATTCTCACTCTCTTA
TTTATGACAAAAGTTCTTTTGGAAGAGTTT

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 6

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AGCGGTCTGACCTTCAAGCTCCACCCTCTGGTAATCGTCAACATCCCCGATCACTACACC
AGGGTCAAGACTCAGCTCAACCCTCCGCCAGGTTCAGTCTGCTCAACCGATAACAACGCA
TCCTCCAACAACAACAACGGCGAAGCAATGCTGCAGCCGACGAACCCTAGGGTTTACGAA
TGCGTGATCGGCGTCCAGAGAGGCCGCACTGTCGAGATCTTCAACAGCTTCGAGCTTTTG
TTCGATCCTTCGACGCAAACCCTCGATAGATCCTTCCTCGAGAAGAAGCAAGAGCTCTAC
AAGAAAGTGTTCCCTGACTTTTACATTTTGGGATGGTACTCTACGGGGAGTGACGCTGAG
GAGTCTGATATGCTTATCCACAAAGCCTTGATGGATATCAATGAGTCTCCTGTTTATGTG
CTTCTTAACCCGGCAATCAATCACGCACAGAAGGACCTCCCAGTTACTATTTACGAAAGT
GAGTTGCATGTCATTGATGGGATCCCACAGCTTATCTTTGCTCATACAAGCTACACAATC
GAGACGGTTGAAGCTGAACGGATATCAGTCGATCATGTTGCGCATCTCAAACCGTCTGAT
GGTGGTTCAGCAGCAACCCAGTTGGCTGCTCATCTTACTGGGATACATAGTGCCATCAAA
ATGCTTAATAGCAGAATCAGAGTGCTGCACCAGTATCTTGCCGCAATGCAGAAAGGTGAT
ATTCCTTGTGAAAACTCACTTCTGAGACAAGTATCAAGCCTGCTAAGAAGGTTGCCTGCC
ATGAAATCAGAGAGGTTTCAAGATAACTTTTTGATGGAGTACAATGACAAATTACTAGTA
ACTTACCTAGCAATGATTACAAATTGTACCAGCACCATGAACGAGATGGTGGACAAATTC
AATACTGCTTATGACAGAAACACTCGAAGAGGTGGAAGAACTGCGTTCATGTAAAAGTTT
CTGAAAACTTTTTTTGCATTTGCCTTGGTGATAATCTATAAATGAGTCTCTTGTTTCCCT
CGTGATTTTTTCTATCTATGTAAGAAGCTTCGCTGTACTGAATACTCTTGTTTGATTTTT
TTTCCAAGTTTCCATTGTTGGTAAAAAAAAGATTTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3BG11TF U 1
AF RR3C462TF U 8
AF RR3AX08TF U 247
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AF RR3AX08JQ C 378
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TCCTCCAACAACAACAACGGCGAAGCAATGCTGCAGCCGACGAACCCTAGGGTTTACGAA
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TTCGATCCTTCGACGCAAACCCTCGATAGATCCTTCCTCGAGAAGAAGCAAGAGCTCTAC
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GAGTTGCATGTCATTGATGGGATCCCACAGCTTATCTTTGCTCATACAAGCTACACAATC
GAGACGGTTGAAGCTGAACGGATATCAGTCGATCATGTTGCGCATCTCAAACCGTCTGAT
GGTGGTTCAGCAGCAACCCAGTTGACTGCTCATCTTACTGGGATACATAGTGCCATCAAA
ATGCTTAATAGCAGAATCAGAGTGCTGCACCAGTATCTTGCCGCAATGCAG

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3C462TF 797 0 0
G
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GACCTTCAAGCTCCACCCTCTGGTAATCGTCAACATCCCCGATCACTACACCAGGGTCAA
GACTCAGCTCAACCCTCCGCCAGGTTCAGTCTGCTCAACCGATAACAACGCATCCTCCAA
CAACAAC***GGCGAAGCAATGCTGCAGCCGACGAACCCTAGGGTTTACGGATGCGTGAT
CGGCGTCCAGAGAGGCCGCACTGTCGAGATCTTCAACAGCTTCGAGCTTTTGTTCGATCC
TTCGACGCAAACCCTCGATAGATCCTTCCTCGAGAAGAAGCAAGAGCTCTACAAGAAAGT
GTTCCCTGACTTTTACATTTTGGGATGGTACTCTACGGGGAGTGACGCTGAGGAGTCTGA
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CCCGGCAATCAATCACGCACAGAAGGACCTCCCAGTTACTATTTACGAAAGTGAGTTGCA
TGTCATTGATGGGATCCCACAGCTTATCTTTGCTCATACAAGCTACACAATCGAGACGGT
TGAAGCTGAACGGATATCAGTCGATCATGTTGC*CATCTCAAACCGTCTGATGGTGGTTC
AGCAGCAACCCAGTTGGCTGCTCATCTTACTGGGATACATAGTGCCATCAAAATGCTTAA
TAGCAGAATCAGAGTGCTGCACCAGTATCTTGCCGCAATGCAGAAAGGTGATATTCCTTG
TGAAA
CTCACTTCTGA

QA 2 786 2 786
DS 

RD RR3AX08TF 738 0 0
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CCTTCGACGCAAACCCTCGATAGATCCTTCCTCGAGAAGAAGCAAGAGCTCTACAAGAAA
GTGTTCCCTGACCTTTACATTTTGGGATGGTACTCTACGGGGAGTGACGCTGAGGAGTCT
GATATGCTTATCCACAAAGCCTTGATGGATATCAATGAGTCTCCTGTTTATGTGCTTCTT
AACCCGGCAATCAATCACGCACAGAAGGACCTCCCAGTTACTATTTACGAAAGTGAGTTG
CATGTCATTGATGGGATCCCACAGCTCATCTTTGCTCATACAATCTACACAATCGAGACG
GTTGAAGCTGAACGGATATCAGTCGATCATGTTGCGCATCTCAAACCGTCTGATG*TGGT
TCAGCAGCAACCCAGTTAGCTGCTCATCTTACTGGGATACATAGTGCCATCAAAATGCTT
AATAGCAGAATCAGAGTGCTGCACCAGTATCTTGCCGCAATGCAGAAAGGTGATATTCCT
TGTGAAAACTCACTTCTGAGACAAGTATCAAGCCTGCTAAGAAGGTTGCCTGCCATGAAA
TCAGAGAGGTTTCAAGATAACTTTTTGATGGAGTACAATGACAAATTACTAGTAACTTAC
CTAGCAATGATTACAAATTGTACCAGCACCATGAACGAGATGGTGGACAAATTCAATACT
GCTTATGACAGAAAC
ACT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3BG11JQ 801 0 0
GAAGAAGCAAGAGCTCTACAAGAAAGTGTTCCCTGACTTTTACATTTTGGGATGGTACTC
TACGGGGAGTGACGCTGAGGAGTCTGATATGCTTATCCACAAAGCCTTGATGGATATCAA
TGAGTCTCCTGTTTATGTGCTTCTTAACCCGGCAATCAATCACGCACAGAAGGACCTCCC
AGTTACTATTTACGAAAGTGAGTTGCATGTCATTGATGGGATCCCACAGCTTATCTTTGC
TCATACAAGCTACACAATCGAGACGGTTGAAGCTGAACGGATATCAGTCGATCATGTTGC
GCATCTCAAACCGTCTGATGGTGGTTCAGCAGCAACCCAGTTGACTGCTCATCTTACTGG
GATACATAGTGCCATCAAAATGCTTAATAGCAGAATCAGAGTGCTGCACCAGTATCTTGC
CGCAATGCAGAAAGGTGATATTCCTTGTGAAAACTCACTTTTGAGACAAGTATCAGGCCT
GCTAAGAAGGTTGCCTGCCATGGAATCAGAGAGGTTTCAAGATAACTTTTTGATGGAGTA
CAATGACAAATTACTAGTAACTTACCTAGCAATGATTACAAATTGTACCAGCACCATGAA
CGAGATGGTGGACAAATTCAATACTGCTTATGACAGAAACCCTCGAAGAGGTGGAAGAAC
TGCGTTCATGTAAAAGTTTCTGAAAACTTTTTTTGCATTTGCCTTGGTGATAATCTATAA
ATGAGTCTCTTGTTTCCCTCGTGATTTTTTCTATCTATGTAAGAAGCTTCGCTGTACTGA
ATACTCTTGTTTGATTTTTTT

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3AX08JQ 802 0 0
CC
TTTACATTTTGGGATGGTACTCTACGGGGAGTGACGCTGAGGAGTCTGATATGCTTATCC
ACAAAGCCTTGATGGATATCAATGAGTCTCCTGTTTATGTGCTTCTTAACCCGGCAATCA
ATCACGCACAGAAGGACCTCCCAGTTACTATTTACGAAAGTGAGTTGCATGTCATTGATG
GGATCCCACAGCTCATCTTTGCTCATACAATCTACACAATCGAGACGGTTGAAGCTGAAC
GGATATCAGTCGATCATGTTGCGCATCTCAAACCGTCTGATG*TGGTTCAGCAGCAACCC
AGTTAGCTGCTCATCTTACTGGGATACATAGTGCCATCAAAATGCTTAATAGCAGAATCA
GAGTGCTGCACCAGTATCTTGCCGCAATGCAGAAAGGTGATATTCCTTGTGAAAACTCAC
TTTTGAGACAAGTATCAAGCCTGCTAAGAAGGTTGCCTGCCATGAAATCAGAGAGGTTTC
AAGATAACTTTTTGATGGAGTACAATGACAAATTACTAGTAACTTACCTAGCAATGATTA
CAAATTGTACCAGCACCATGAACGAGATGGTGGACAAATTCAATACTGCTTATGACAGAA
ACACTCGAAGAGGTGGAAGAACTGCGTTCATGTAAAAGTTTCTGAAAACTTTTTTTGCAT
TTGCCTTGGTGATAATCTATAAATGAGTCTCTTGTTTCCCTCGTGATTTTT*CTATCTAT
GTAAGAAGCTTCGCTGTACTGAATACTCTTGTTTGATTTTTTT*CCAAGTTTCCATTGTT
GGTAAAAAAAAGATTTTACG

QA 3 802 3 802
DS 

RD RR3C462JQ 729 0 0
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AAGGACCTCCCAGTTACTATTTACGAAAGTGAGTTGCATGTCATTGATGGGATCCCACAG
CTTATCTTTGCTCATACAAGCTACACAATCGAGACGGTTGAAGCTGAACGGATATCAGTC
GATCATGTTGC*CATCTCAAACCGTTTGATGGTGGTTCAGCAGCAACCCAGTTGGCTGCT
CATCTTACTGGGATACATAGTGCCATCAAAATGCTTAATAGCAGAATCAGAGTGCTGCAC
CAGTATCTTGCCGCAATGCAGAAAGGTGATATTCCTTGTGAAAACTCACTTCTGAGACAA
GTATCAAGCCTGCTAAGAAGGTTGCCTGCCATGGAATCAGAGAGGTTTCAAGATAACTTT
TTGATGGAGTACAATGACAAATTACTAGTAACTTACCTAGCAATGATTACAAATTGTACC
AGCACCATGAACGAGATGGTGGACAAATTCAATACTGCTTATGACAGAAACACTCGAAGA
GGTGGAAGAACTGCGTTCATGTAAAAGTTTTTGAAAACTTTTTTTGCATTTGCCTTG***
ATAATCTATAAATGAGTCTCTTGTTTCCCTCGTGATTTTTTCTATCTATGTAAGAAGCTT
CGCTGTACTGAATACTCTTGTTTGATTTTTTTTCCAAGTTTCCATTGTTGGTAAAAAAAA
GATTTTACG

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 6

CO CL1194Contig1 952 6 9 U
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ATCGTTCTCCTCTGGAAGGACTCCGATGGATTCGCGGCGACCATCGCCGATGCTCTGAAC
CCTAATCCAACCTCCTCTCTTCGTAAACTAGAAGAGCAGATCCAGCTTCCGTTGGTTAAT
TACGGCGTCGAAGACGGCGGAAACGGCGGGAGCGTCGTTCACTTCGTCGATGAAGACGGA
GCTTACCAGGTCTCTGTTTTTCTGTTGCGAAGCTATGAACCTCCTGCACTAGTGTGTGCA
ATGAACGAACTGCTTGACATGATTACAAGGGAAGCATCATCGACTATTGTGGCTCCTTTC
TTTGTGCCGGCATCTAAGCTTAAGTTCAATAACAAGTCCCTTGAAGCAAGCAGCAGAGAA
ACTAGTCTTCGTTACTTTCATGTTGGTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGCTACT
CGCGTGGAGAAACCGCCACCGTTGATGCAGATCCATCATGAGCCTTTGTCGTGCTTGCTT
CATCTAGCTCGTGTCAAATGCTTGCCTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGC
GTATCTCATAAAGCACTAAACGAAGAGCTTCAGGTGATCCATGAAACAGGGGAGCTTGTG
GCCAGTTGGACTGGATTGACTTTTGAAAGAGACGGGATCATGTGGAACGCATCAAAGACA
TCAAAAGAAGAAGAAAGTCCATGGCGAGCTCTTTACGGTTAATCTTCTCAGGAGGTCAGG
TCTTTTTTTTCTCATGGCCCAACACTATTGCTACAGTATGGGCTTGGATCTTTGCACTTT
ATTTCCCATATTGTTGTAGCTCTTTGTTAAGACTTTTTTGCTCATCTGAATCAAAAAAAC
ATGTCACTATGCTTTCCTCTTATGATTTCTTTAAGAAACTATTTTTTCAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3G321TF U 1
AF RR3BP11TF U 7
AF RR3HA35TF U 7
AF RR3BP11JQ C 129
AF RR3G321JQ C 134
AF RR3HA35JQ C 257
BS 1 105 RR3G321TF
BS 106 106 RR3BP11TF
BS 107 633 RR3G321TF
BS 634 634 RR3BP11TF
BS 635 644 RR3G321TF
BS 645 652 RR3BP11TF
BS 653 753 RR3HA35TF
BS 754 892 RR3BP11JQ
BS 893 952 RR3G321JQ

RD RR3G321TF 644 0 0
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CCTAATCCAACCTCCTCTCTTCGTAAACTAGAAGAGCAGATCCAGCTTCCGTTGGTTAAT
TACGGCGTCGAAGACGGCGGAAACGGCGGGAGCGTCGTTCACTTCGTCGATGAAGACGGA
GCTTACCAGGTCTCTGTTTTTCTGTTGCGAAGCTATGAACCTCCTGCACTAGTGTGTGCA
ATGAACGAACTGCTTGACATGATTACAAGGGAAGCATCATCGACTATTGTGGCTCCTTTC
TTTGTGCCGGCATCTAAGCTTAAGTTCAATAACAAGTCCCTTGAAGCAAGCAGCAGAGAA
ACTAGTCTTCGTTACTTTCATGTTGGTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGCTACT
CGCGTGGAGAAACCGCCACCGTTGATGCAGATCCATCATGAGCCTTTGTCGTGCTTGCTT
CATCTAGCTCGTGTCAAATGCTTGCCTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGC
GTATCTCATAAAGCACTAAACGAAGAGCTTCAG*TGATCCATGA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3BP11TF 646 0 0
GG
AAGCTAGGATTAAAACTCTCTCTCGACGACGGCGATGAAAGTAGCGGAGAAGATCGTTCT
CCTCTGGAAGGACTCCGATGGATTCGCGGCGACCATCGCCGATGCTCTGAACCCTAATCC
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CGAAGACGGCGGAAACGGCGGGAGCGTCGTTCACTTCGTCGATGAAGACGGAGCTTACCA
GGTCTCTGTTCCTCTGTTGCGAAGCTATGAACCTCCTGCACTAGTGTGTGCAATGAACGA
ACTGCTCGACATGATTACAAGGGAAGCATCATCGACTATTGTGGCTCCTTTCTTTGTGCC
GGCATCTAAGCTTAAGTTCAATAACAAGTCCCTTGAAGCAAGCAGCAGAGAAACTAGTCT
TCGTTACTTTCATGTTGGTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGTTACTCGCGTGGA
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TCGTGTCAGATGCTTGCCTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGCGTATCTCA
TAAAGCACTAAACGAAGAGCTTCAGGTGATCCATGAAACAGGGG

QA 3 646 3 646
DS 

RD RR3HA35TF 747 0 0
GG
AAGCTAGGATTAAAACTCTCTCTCGACGACGGCGGTGAAAGTAGCGGAGAAGATCGTTCT
CCTCTGGAAGGACTCCGATGGATTCGCGGCGACCATCGCCGATGCTCTGAACCCTAATCC
AACCTCCTCTCTTCGTAAACTAGAAGAGCAGATCCAGCTTCCGTTGGTTAATTACGGCGT
CGAAGACGGCGGAAACGGCGGGAGCGTCGTTCACTTCGTCGATGAAGACGGAGCTTACCA
GGTCTCTGTTTTTCTGTTGCGAAGCTATGAACCTCCTGCACTAGTGTGTGCAATGAACGA
ACTGCTTGACATGATTACAAGGGAAGCATCATCGACTATTGTGGCTCCTTTCTTTGTGCC
GGCATCTAAGCTTAAGTTCAATAACAAGTCCCTTGAAGCAAGCAGCAGAGAAACTAGTCT
TCGTTACTTTCATGTTGGTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGCTACTCGCGTGGA
GAAACCGCCACCGTTGATGCAGATCCATCATGAGCCTTTGTCGTGCTTGCTTCATCTAGC
TCGTGTCAAATGCTTGCCTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGCGTATCTCA
TAAAGCACTAAACGAAGAGCTTCAGGTGATCCATGAAACAGGGGAGCTTGTGGCCAGTTG
GACTGGATTGACTTTTGAAAGAGACGGGATCATGTGGAACGCATCAAAGACATCAAAAGA
AGAAGAAAGTCCATGGCGAGCTCTT

QA 3 747 3 747
DS 

RD RR3BP11JQ 764 0 0
CAA
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AGACGGCGGAAACGGCGGGAGCGTCGTTCACTTCGTCGATGAAGACGGAGCTTACCAGGT
CTCTGTTCCTCTGTTGCGAAGCTATGAACCTCCTGCACTAGTGTGTGCAATGAACGAACT
GCTCGACATGATTACAAGGGAAGCATCATCGACTATTGTGGCTCCTTTCTTTGTGCCGGC
ATCTAAGCTTAAGTTCAATAACAAGTCCCTTGAAGCAAGCAGCAGAGAAACTAGTCTTCG
TTACTTTCATGTTGGTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGTTACTCGCGTGGAGAA
ACCGCCACCGTTGATGCAGATCCATCATGAGCCTTTGTCGTGCTTGCTTCATCTAGCTCG
TGTCAGATGCTTGCCTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGCGTATCTCATAA
AGCACTAAACGAAGAGCTTCAGGTGATCCATGAAACAGGGGAGCTTGTGGCCAGTTGGAC
TGGATTGACTTTTGAAAGAGACGGGATCATGTGGAACGCATCAAAGACATCAAAAGGAGA
AGAAAGTCCATGGCGAGCTCTTTACGGTTAATCTTCTCAGGAGGTCAGGTCTTTTTTTTC
TCATGGCCCAACACTATTGCTACAGTATGGGCTTGGATCTTTGCACTTTATTTCCCATAT
TGTTGTAGCTCTTTGTTAAGACTTTTTTGCTCATCTGAATC

QA 4 764 4 764
DS 

RD RR3G321JQ 819 0 0
CCTCTCTTCGTAAACTAGAAGAGCAGATCCAGCTTCCGTTGGTTAATTACGGCGTCGAAG
ACGGCGGAAACGGCGGGAGCGTCGTTCACTTCGTCGATGAAGACGGAGCTTACCAGGTCT
CTGTTTTTCTGTTGCGAAGCTATGAACCTCCTGCACTAGTGTGTGCAATGAACGAACTGC
TTGACATGATTACAAGGGAAGCATCATCGACTATTGTGGCTCCTTTCTTTGTGCCGGCAT
CTAAGCTTAAGTTCAATAACAAGTCCCTTGAAGCAAGCAGCAGAGAAACTAGTTTTCGTT
ACTTTCATGTTGGTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGCTACTCGCGTGGAGAAAC
CGCCACCGTTGATGCAGATCCATCATGAGCCTTTGTCGTGCTTGCTTCATCTAGCTCGTG
TCAAATGCTTGCCTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGCGTATCTCATAAAG
CACTAAACGAAGAGCTTCAGGTGATCCATGAAACAGGGGAGCTTGTGGCCAGTTGGACTG
AATTGACTTTTGAAAGAGACGGGATCATGTGGAACGCATCAAAGACATCAAAAGAAGAAG
AAAGTCCATGGCGAGCTCTTTACGGTTAATCTTCTCAGGAGGTCAGGTCTTTTTTTTCTC
ATGGCCCAACACTATTGCTACAGTACGGGCTTGGATCTTTGCACTTTATTTCCCATATTG
TTGTAGCTCTTTGTTAAGACTTTTTTGCTCATCTGAATCAAAAAAACATGTCACTATGCT
TTCCTCTTATGATTTCTTTAAGAAACTATTTTTTCAGCT

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR3HA35JQ 695 0 0
TTTTTCTGTTGCGAAGCTATGAACCTCCTGCACTAGTGTGTGCAATGAACGAACTGCTTG
ACATGATTACAAGGGAAGCATCATCGACTATTGTGGCTCCTTTCTTTGTGCCGGCATCTA
AGCTTAAGTTCAATAACAAGTCCCTTGAAGCAAGCAGCAGAGAAACTAGTCTTCGTTACT
TTCATGTTGGTCCAGAAACAGAGGCGGCCAGGCTGTTTGCTACTCGCGTGGAGAAACCGC
CACCGTTGATGCAGATCCATCATGAGCCTTTGTCGTGCTTGCTTCATCTAGCTCGTGTCA
AATGCTTGCCTACATCTATTCTCATAGGGCAAAGAAGTAGTAGCGTATCTCATAAAGCAC
TAAACGAAGAGCTTCAGGTGATCCATGAAACAGGGGAGCTTGTGGCCAGTTGGACTGGAT
TGACTTTTGAAAGAGACGGGATCATGTGGAACGCATCAAAGACATCAAAAGAAGAAGAAA
GTCCATGGCGAGCTCTTTACGGTTAATCTTCTCAGGAGGTCAGGTCTTTTTTTTCTCATG
GCCCAACACTATTGCTACAGTATGGGCTTGGATCTTTGCACTTTATTTCCCATATTGTTG
TAGCTCTTTGTTAAGACTTTTTTGCTCATCTGAATCAAAAAAACATGTCACTATGCTTTC
CTCTTATGATTTCTTTAAGAAACTATTTTTTCAGC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 6

CO CL1195Contig1 768 6 12 U
CGATGGTTTTGTTGCTTCCCATATATATAACCCAATAGCAAAAGTACATACATTATCCGT
TTTTTTTTTGGAAAAAGGAAAAA*TAAACATGCTTGCAGTTTATATTTTAAAAGGGAGTT
CTAAACAGTAACTCCAACGGGAGCATTCTTGAGTCTTGAAGTTCCGTAAAGGGTTTCTTC
GAAGCGAATGATCTCGTTCTTTGAACCATAAGCAACTTGAGTTCTATCGTCGAGGTTGAC
GATGGTCTTGTCAAGCACAGAGTTGTGTCCATCACTGCTGAACCCACCAGCATTTTCAAT
GAGCAGGCCAAGAGGAGCCACTTCGAACAACAGCCTCAACTTTGCCTTAGCCGTAGGAGA
AGTCACGTTCGTGAAGATTCCTTTCTCCTTCACAATAATCTGGTTAACGTCAGGAACCAT
TCCTCCTGTGTATCGCAGTGTGTACTTCTCTTTCACATAGTAATCAATGAGCTTGCTGTA
TTCAGAGTTGTCAAACGTGGCTCTCAAGTTTCCAGGTGAGAACATCTTCCCTTCATTAAT
CTCTGTTGTTTCCTTAACATGCTGCCATTTCCCTTCATCAAGAAGCAAGAACTCATGAGT
TCCTGGAAACCCTTTAATAGCCACAACATAGGTGGTTCTTGGACCATAGATTCCCATGGC
TGCAGCCACTTGATCTCCTCCCGTGACTCCTGTTAACTTGTCACCAGGCCAAACCCCAAA
GATCGTTCCCACAGTGAAGTTTGTATCCACAATGCAGGATCCATCCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3DO92JQ U 50
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TTTTTTTTTGGAAAAAGGAAAAA*TAAACATGCTTGCAGTTTATATTTTAAAAGGGAGTT
CTAAACAGTAACCCCAACGGGAGCATTCTTGAGTCTTGAAGTTC

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DS 

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AAAGGAAAAAATAAACATGCTTGCAGTTTATATTTTAAAAGGGAGTTCTAAACAGTAACT
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CGCAGTGTGTACTTCTCTTTCACATAGTAATCAATGAGCTTGCTGTATTCAGAGTTGTCA
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TCTCCTCCTGTGACTCC
C

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DS 

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GTTGTTTCCTTAACATGCTGCCATTTCCCTTCATCAAGAAGCAAGAACTCATGAGTTCCT
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GCCACTTGATCTCCTCCTGTGACTCC
C

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DS 

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CCAAGAGGAGCCACTTCGAACAACAGCCTCAACTTTGCCTTAGCCGTAGGAGAAGTCACG
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GTTTCCTTAACATGCTGCCATTTCCCTTCATCAAGAAGCAAGAACTCATGAGTTCCTGGA
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ACTTGATCTCCTC
ATGCTTTCGCACC

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AGGGTTTCTTCGAAACGAATGATCTCGTTCTTTGAACCATAAGCAACTTGAGTTCTATCG
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AGCTTGCTGTATTCGGAGTTGTCAAACGTGGCTCTCAAGTTTCCAGGTGAGAACATCTTC
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AAA
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AGTCCAAGAGGAGCCACTTCGAACAACAGCCTCAACTTTGCCTTGGCCGTAGGAGAAGTC
ACGTTCGTGAAGATTCCTTTCTCCTTCACAATAATCTGGTTAACGTCAGGAACCATTCCT
CCTGTGTATCGCAGTGTGTACTTCTCTTTCACATAGTAATCAATCAGCTTGCTGTATTCG
GAGTTGTCAAACGTGGCTCTCAAGTTTCCAGGTGAGAACATCTTCCCTTCATTAATCTCT
GTTGTCTCCTTAACATGCTGCCATTTCCCTTCATCAAGAAGCAAGAATTCATGAGTTCCT
GGAAACCCTTTAATAGCCACAACATAAGTGGTTCTTGGACCATAGATTCCCATGGCTGCA
GCCACTTGATCTCCTCCCGTGACTCCTGTTAACTTGTCACCAGGCCAAACCCCAAAGATC
GTTCCCACAGTGAAGTTTGTATCCACAATGCAGGATCCATCCAG

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DS 



AS 1 6

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ACGGTTTTCGCCAGCCCGTAGAGGCATCCCTTATTTTGGCTGGCACCGAGCATGATGATG
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TTTCCCCTGCTTCTTTGTTTTTTTTCTTCCTATATTGATGCAGAAAAAAATTGTATTTCA
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C311TF U 1
AF RR3D330TF U 43
AF RR3HB24TF U 113
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TAGATTAATAATCTATGAGATCTTCTTTCCTTTGGTAGAAAGCAAAAGCAATGAATAATC
TGCCAGAGGACTGCATCGCTAAGATCCTTTCCTTGACTACGCCTCGAGACGTTTGCCGAT
CATCGGCTGTCTCCAGGTGTTTCAGATCCGCCGCTGACACCGACCATGTCTGGAATCACT
TCTTACCTTCCGAGTTCCCCGAGGGTTTTAGGGCACCTGAGGGTCTTCCCACCAAGAAAC
ACCTCTTCTTCTCCCTCGTCCATAACCCTCTCCTTCTCCACGGTTCCCAATTGAGCTTTT
CGCTGGAGAGAAGTACTGGTAACAAGTGCTACATGATGGCTGCTAGGGCCTTGAATATTA
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BQ
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TATAATCTTCGGACAGTTGAATTAGTGGATCGTCCAGTTTAAAATTATAACAAAAAGCGT
AAGTCGTTAGAAGAAGTTCTAAGATACAAATGCATATAGTATACCACTTATTAACTTTAT
TTCCCCTATGCGGGAGAAATAACATTAATGAACCGGCAGATATTGGAAAAACAACAATTA
TTGTTAACCAAGGAAAATCATTCGTGGTAAAGACAAGATACACCAGGTCCAAAGAACGCG
TACTCAAAAAAATATATAAATAAAAAAATATAATTGAACTTTTTTGAGTACGAGTACTTG
TCAATAAAAAAAAAAAGTGTATTCCAAATTTATTCAAATCAGGTTTTCGGTAACGTATCA
ATAAGCTAGACCCATGCTTCGAGTTGTTTCATGCCATAAATAAACTCGAACGCTCAAAAA
ATCCGTTGGACAGGCAGATTCACATCTCTTACAACCAACACAATCCTCGGTTCTTGGGGC
AGAAGCTATTTGTTTAGCTTTACATCCATCC

QA 1 751 1 751
DS 

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TAACATTAATGAACCGGCAGATATTGGAAAAACAACAATTATTGTTAACCAAGGAAAATC
ATTCGTGGTAAAGACAAGATACACCAGGTCCAAAGAACGCGTACTCAAAAAAATATATAA
ATAAAAAAATATAATTGAACTTTTTTGAGTACGAGTACTTGTCAATAAAAAAAAAAAGTG
TATTCCAAATTTATTCAAATCAGGTTTTCGGTAACGTATCAATAAGCTAGACCCATGCTT
CGAGTTGTTTCATGCCATAAATAAACTCGAACGCTCAAAAAATCCGTTGGACAGGCAGAT
TCACATCTCTTACAACCAACACAATCCTCGGTTCTTGGGGCAGAAGCTATTTGTTTAGCT
TTACATCCATCCCAAGGTATCATTTCTAATACGTCTGTAGGACATGCTCGGACACACTGA
GTACATCCTATACAGGTATCATAAATTTTTACTGAATGTGACATAGGATCTATAGTTTTT
TGAATGTCATAAATTTTCAATCTAGTAAACTTATAACTAAATGATATATTAAATTAAAAT
ACTAGATGAAGCAATGATTTCCTTTAATAGAATTTTTTTAATGAATTCTGGCTCAATTGG
TAAAAAATGGGGCTAAAATACTTTGATTTCTTAGATTTTCACAAATTTAATCTAGTAAGT
AATAACCTATCAT
C

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DS 

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GAACGCCCAAAAAATCCGTTGGACAGGCAGATTCACATCTCTTACAACCAACACAATCCT
CGGTTCTTGGGGCAAAAGCTATTTGTTTAGCTTTACATCCATCCCAAGGTATCATTTCTA
ATACGTCTGTAGGACACGCTCGGACACACTGAGTACATCCTATACAGGTATCATAAATTT
TTACTGAATGTGACATAGGATCTATAGTTTTTTGAATGTCATAAATTTTCAATCTAGTAA
ACTTATAACTAAATGATATATTAAATTAAAATACTAGATGAAGCAATGATTTCCTTTAAT
AGAATTTTTTTAATGAATTCTGGCTCAATTGGTAAAAAATGGGGCTAAAATACTTTGATT
TCTTAAATTTTCACAAATTTAATCTAGTAAGTCATAACCTATCATATATGCAAATTTAAA
CCTATAATTTTTTGATTTATGCTACTTATTTAATAAGGTCGATTGGTTGATGCGAGTTGA
TTTTCTGTTACGATAAATTGACGAGACTATAGCTAATCCAATAGCTGCTTCAGCGGCTGC
AATTGCTATAACAAAAA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3FB22JQ 763 0 0
CGGTAACGTATCAATAAGCTAGACCCATGCTTCGAGTTGTTTCATGCCATAAATAAACTC
GAACGCTCAAAAAATCCGTTGGACAGGCAGATTCACATCTCTTACAACCAACACAATCCT
CGGTTCTTGGGGCAGAAGCTATTTGTTTAGCTTTACATCCATCCCAAGGTATCATTTCTA
ATACGTCTGTAGGACATGCTCGGACACACTGAGTACATCCTATACAGGTATCATAAATTT
TTACTGAATGTGACATAGGATCTATAGTTTTTTGAATGTCATAAATTTTCAATCTAGTAA
ACTTATAACTAAATGATATATTAAATTAAAATACTAGATGAAGCAATGATTTCCTTTAAT
AGAATTTTTTTAATGAATTCTGGCTCAATTGGTAAAAAATGGGGCTAAAATACTTTGATT
TCTTAAATTTTCACAAATTTAATCTAGTAAGTCATAACCTATCATATATGCAAATTTAAA
CCTATAATTTTTTGATTTATGCTACTTATTTAATAAGGTCGATTGGTTGATGCGAGTTGA
TTTTCTGTTACGATAAATTGACGAGACTATAGCTAATCCAATAGCTGCTTCAGCGGCTGC
AGTTGCTATAACAAAAATGCAGAAAATATCCCCTTTTAGTTGGGAATTATCAAAAAAATC
AGCAAATGTTACGAAATTCATATTAACTGCATTGAGTATAAGTTCA*GGCACATAAGAGC
CCTAACCATATTTCGACTCGTGATCAATCCATAAAGAC
AATCA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3FB22TF 522 0 0
CCG
TTTTAGTTGGGAATTATCAAAAAAATCAGCAAATGTTACGAAATTCATATTAACTGCATT
GAGTATAAGTTCAAGGCACATAAGAGCCCTAACCATATTTCGACTCGTGATCAATCCATA
AAGACCAATCAAAAATAAATAGGCACTCAAAACAAGTACATGTTCGAGTATCATTGAGCA
ACTCCTTATCAATTTTGATTCATTATTCAATATGAATAATAAAAACAATTCACCGGATTC
AATCAACTAGAATATAACAACAAAGTACGAATAAAAACTATATTAGGGAAAAAATTTCAA
ATATATATCAAATATAAAAATTGATATTTAAAAAATGAAATAGTATTAAATCAAATCAAA
TTGAATGGAATGGACGGAAAAAATATCATAACATACACAAAGGCAAAGTTTTCTTTGGTA
TTTACTAATCGCAACCTTTTTTATTGACGAGCCACAGAAATTGCACCTATCAAAGCAACT
AAAAGAATTATTGAAATGAGTTCAAATGGAAGAAAAAAA

QA 4 522 4 522
DS 



AS 1 5

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GCGATGAGGAGAGACCATGGAACCCTTCAAGCTATGGTCGGATCCGATCTCAACGAGCTA
GCTACCGCTGCTAAGAATCTCGTTAATCACACCTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGG
ACTTCTATCCTCGAATGGATTGCTTCAATCGCCGCCATATACTTGTTGGTCTTGGATCGA
ACTAATTGGAAGACG**TATGCTCACATCACTTTTGATTCCTTACATCTTCTTCAGTCTT
CCTTCCGTGATCTTTGGCCTTTTCAGAGGAGATGTTGGTAAATGGATCGCGTTTGTAGCT
GTTGTTGTACAACTCT**TTCCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAATTACCGGCGGCT
CTGATTCTACTCATAGTGGTGGCTCCAGGACTAATCGCCGGCACATTCAGAGACAACTGG
GTTGGTTTAGTCACATGCTTGTTGATCGGATGTTACTTGCTCCAAGAACATATTAGAGCT
TCAGGTGGATTTAGAAACGCATTCACAAAAGCTCATGGCATCTCCAACACACTTGGGATC
ATTGCTCTTGTCTTCTTTCCCGTTTGGGCTCTTGCCTTTTAAGACAACTCTCTGTTTTAT
TTCCCATTTGTTTTTATTTATGTAATAGTGTGATGATTTGTATGATTCTGTGTCTCTCAT
AACTTGTCAACCAATGTGGTTTCATTGTCTAGAACGTTCTGTGATCTGTTAAAATTCGGA
TTGTTTTGTCATAAATTTTTTAACAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG17TF U 27
AF RR3FE37TF U 16
AF RR3BR81TF U 1
AF RR3BR81JQ C 109
AF RR3FG17JQ C 424
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RD RR3FG17TF 265 0 0
GG
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CACTTTTGATTCCTTACATCTTC

QA 3 265 3 265
DS 

RD RR3FE37TF 620 0 0
GG
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CTTCCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAATTACCGGCGGCTCTGATTCTACTCATAGT
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CTTGTTGGTCGGATGTTACTTGCTCCAAGAACATATTAGAGCTTCCGGTGGATTTAGAAA
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TCCCGTTTGGGCTCTTGC

QA 3 620 3 620
DS 

RD RR3BR81TF 725 0 0
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GCTACCGCTGCTAAGAATCTCGTTAATCACACCTTCATGCTCACTGGTTTAGGCTTTGGG
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ACTAATTGGAAGACG**TATGCTCACATCACTTTTGATTCCTTACATCTTCTTCAGTCTT
CCTTCCGTGATCTTTGGCCTTTTCAGAGGAGATGTTGGTAAATGGATCGCGTTTGTAGCT
GTTGTTGTACAACTCT**TTCCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAATTACCGGCGGCT
CTGATTCTACTCATAGTGGTGGCTCCAGGACTAATCGCCGGCACATTCAGAGACAACTGG
GTTGGTTTAGTCACATGCTTGTTGATCGGATGTTACTTGCTCCAAGAACATATTAGAGCT
TCAGGTGGATTTAGAAACGCATTCACAAAAGCTCATGGCATCTCCAACACACTTGGGATC
ATTGCTCTTGTCTTCTTTCCCGTTTGGGCTCTTGCCTTTTAAGACAACTCTCTGTTTTAT
TTCCCATTTGTTTT*ATTTATGTAATAGTGTGATGATTTGTATGATTCTGTGTCTCTCAT
AACT
T

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3BR81JQ 699 0 0
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TTAGGCTTTGGGACTTCTATCCTCGAATGGATTGCTTCAATCGCCGCCATATACTTGTTG
GTCTTGGATCGAACTAATTGGAAGACG**TATGCTCACATCACTTTTGATTCCTTACATC
TTCTTCAGTCTTCCTTCCGTGATCTTTGGCCTTTTCAGAGGAGATGTTGGTAAATGGATC
GCGTTTGTAGCTGTTGTTGTACAACTCT**TTCCCTAAACACTTCCGAGAATGGTTTGAA
TTACCGGCGGCTCTGATTCTACTCATAGTGGTGGCTCCAGGACTAATCGCCGGCACATTC
AGAGACAACTGGGTTGGTTTAGTCACATGCTTGTTGATCGGATGTTACTTGCTCCAAGAA
CATATTAGAGCTTCAGGTGGATTTAGAAACGCATTCACAAAAGCTCATGGCATCTCCAAC
ACACTTGGGATCATTGCTCTTGTCTTCTTTCCCGTTTGGGCTCTTGCCTTTTAAGACAAC
TCTCTGTTTTATTTCCCATTTGTTTTTATTTATGTAATAGTGTGATGATTTGTATGATTC
TGTGTCTCTCATAACTTGTCAACCAATGTGGTTTCATTGTCTAGAACGTTCTGTGATCTG
TTAAAATTCGGATTGTTTTGTCATAAATTTTTTAACAAG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3FG17JQ 372 0 0
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GGTTTAGTCACATGCTTGTTGATCGGATGTTACTTGCTCCAAGAACATATTAGAGCTTCA
GGTGGATTTAGAAACGCATTCACAAAAGCTCATGGCATTTCCAACACACTTGGGATCATT
GCTCTTGTCTTCTTTCCCGTTTGGGCTCTTGCCTTTTAAGACAACTTTCTGTTTTATTTC
CCATTTGTTTTTATTTATGTAATAGTGTGATGATTTGTATGATTCTGTGTCTCTCATAAC
TTGTCAACCAATGTGGTTTCATTGTTTAGAACGTTCTGTGATCTGTTAAAATTCGGATTG
TTTTGTCATAAA

QA 1 372 1 372
DS 



AS 1 6

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GGGCGGTGCGGTGGTCCCTGCCCTGATCATAACACTCGGCTCCCTTGTCCTTCCCGACAC
TCCAAATTCAATGATCGAGCGAGGTAAGCACGAGGAGGCCAAAACCAAGCTCAGACGTAT
CCGTGGCGTCGATGACGTTAGCCAAGAGTTTGACGATTTAGTCGAAGCTAGTAAAGAGTC
TCAGTCGATAGACAACCCATGGACTAACCTCCTCCGCCGTAAATACCGGCCGCATCTCAC
CATGACCATTATGATTCCTTTCTTTCAGCAGCTCACCGGGATCAATGTGATTATGTTTTA
CGCTCCTGTTTTGTTCAACACCATTGGTTTCACGAACGACGCTTCTCTCATGTCTGCCGT
GGTCACTGGCTCGGTCAACGTCGCCGCTACTGTTGTGTCCATCTACGGTGTTGACAAGTG
GGGACGTAGGTTTCTCTTTCTTGAAGGTGGTACACAAATGCTTATATGCCAGGCTGTGGT
TGCTGCATGCATAGGGGCCAAGTTTGGGGTAGACGGGACCCCTGGTGAGCTACCAAAGTG
GTACGCTATAGTGGTCGTAACTTTTATATGCATATATGTGGCCGGTTTCGCATGGTCATG
GGGTCCTCTAGGGTGGTTAGTACCTAGTGAGATCTTCCCGCTGGAGATAAGGTCGGCCGC
GCAGAGTATCACAGTGTCCGTGAACATGATCTTCACTTTCATAATCGCTCAGATCTTCTT
GACGATGCTTTGTCATTTGAAGTTTGGGTTGTTCCTTGTGTTCGCCTTCTTCGTGGTGGT
GATGTCTATTTTCGTCTACATATTCTTGCCGGAGACGAAAGGGATTCCGATTGAGGAAAT
GGGACAAGTGTGGAGGTCACACTGGTATTGGTCAAGGTTTGTGGAGGATGGTGAGTATGG
CTATGGGAATGGGCTTCAGATGGAGAAGAGCAGCAGCAACCAAGGGACTAAACATGTTTA
GTTTGTTTTAAATGAGAGGATGTTTTAAGGGAAAAAA***GATTTGTAATTTCTAATTTC
GGTAAAGAAAAACAAAGTGTATTCATCTAGATATATTTATGTTTATATAATTCAGTACCA
CATGGTGGAGAAATTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU95TF U 1
AF RR3DM10TF U 215
AF RR3BP26TF U 334
AF RR3GI25JQ C 384
AF RR3GU95JQ C 452
AF RR3DM10JQ C 465
BS 1 578 RR3GU95TF
BS 579 579 RR3DM10TF
BS 580 607 RR3GU95TF
BS 608 817 RR3DM10TF
BS 818 924 RR3BP26TF
BS 925 925 RR3GI25JQ
BS 926 990 RR3BP26TF
BS 991 991 RR3GU95JQ
BS 992 997 RR3GI25JQ
BS 998 1000 RR3GU95JQ
BS 1001 1009 RR3GI25JQ
BS 1010 1010 RR3GU95JQ
BS 1011 1018 RR3GI25JQ
BS 1019 1019 RR3GU95JQ
BS 1020 1031 RR3GI25JQ
BS 1032 1032 RR3GU95JQ
BS 1033 1090 RR3GI25JQ
BS 1091 1099 RR3DM10JQ

RD RR3GU95TF 607 0 0
GGGCGGTGCGGTGGTCCCTGCCCTGATCATAACACTCGGCTCCCTTGTCCTTCCCGACAC
TCCAAATTCAATGATCGAGCGAGGTAAGCACGAGGAGGCCAAAACCAAGCTCAGACGTAT
CCGTGGCGTCGATGACGTTAGCCAAGAGTTTGACGATTTAGTCGAAGCTAGTAAAGAGTC
TCAGTCGATAGACAACCCATGGACTAACCTCCTCCGCCGTAAATACCGGCCGCATCTCAC
CATGACCATTATGATTCCTTTCTTTCAGCAGCTCACCGGGATCAATGTGATTATGTTTTA
CGCTCCTGTTTTGTTCAACACCATTGGTTTCACGAACGACGCTTCTCTCATGTCTGCCGT
GGTCACTGGCTCGGTCAACGTCGCCGCTACTGTTGTGTCCATCTACGGTGTTGACAAGTG
GGGACGTAGGTTTCTCTTTCTTGAAGGTGGTACACAAATGCTTATATGCCAGGCTGTGGT
TGCTGCATGCATAGGGGCCAAGTTTGGGGTAGACGGGACCCCTGGTGAGCTACCAAAGTG
GTACGCTATAGTGGTCGTAACTTTTATATGCATATATGCGGCCGGTTTCGCATGGTCATG
GGGTCCT

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3DM10TF 603 0 0
G
GCCGTAAATACCGGCCGCATCTCACCATGGCCATTATGATTCCTTTCTTTCAGCAGCTCA
CCGGGATCAATGTGATTATGTTTTACGTTCCTGTTTTGTTCAACACCATTGGTTTCACGA
ACGACGCTTCTCTCATGTCTGCCGTGGTCACTGGCTCGGTCAACGTCGCCGCTACTGTTG
TGTCCATCTACGGTGTTGACAAGTGGGGACGTAGGTTTCTCTTTCTTGAAGGTGGTACAC
AAATGCTTATATGCCAGGCTGTGGTTGCTGCATGCATAGGGGCCAAGTTTGGGGTAGACG
GGACCCCTGGTGAGCTACCAAAGTGGTACGCTATAGTGGTCGTAACTTTTATATGCATAT
ATGTGGCCGGTTTCGCATGGTCATGGGGTCCTCTAGGGTGGTTAGTACCTAGTGAGATCT
TCCCGCTGGAGATAAGGTCGGCCGCGCAGAGTATCACAGTGTCCGTGAACATGATCTTCA
CTTTCATAATCGCTCAGATCTTCTTGACGATGCTTTGTCATTTGAAGTTTGGGTTGTTCC
TTGTGTTCGCCTTCTTCGTGGTGGTGATGTCTATTTTCGTCTACATATTCTTGCCGGAGA
CG

QA 2 603 2 603
DS 

RD RR3BP26TF 660 0 0
GAACGACGCTTCTCTCATGTCTGCCGTGGTCACTGGCTCGGTCAACGTCGCCGCTACTGT
TGTGTCCATCTACGGTGTTGACAAGTGGGGACGTAGGTTTCTCTTTCTTGAAGGTGGTAC
ACAAATGCTTATATGCCAGGCTGTGGTTGCTGCATGCATAGGGGCCAAGTTTGGGGTAGA
CGGGACCCCTGGTGAGCTACCAAAGTGGTACGCTATAGTGGTCGTAACTTTTATATGCAT
ATATGTGGCCGGTTTCGCATGGTCATGGGGTCCTCTAGGGTTGTTAGTACCTAGTGAGAT
CTTCCCGCTGGAGATAAGGTCGGCCGCGCAGAGTATCACAGTGTCCGTGAACATGATCTT
CACTTTCATAATCGCTCAGATCTTCTTGACGATGCTTTGTCATTTGAAGTTTGGGTTGTT
CCTTGTGTTCGCCTTCTTCGTGGTGGTAATGTCTATTTTCGTCTACATATTCTTGCCGGA
GACGAAAGGGATTCCGATTGAGGAAATGGGACAAGTGTGGAGGTCACACTGGTATTGGTC
AAGGTTTGTGGAGGATGGTGAGTATGGCTATGGGAATGGGCTTCAGATGGA*AAGAGCAG
CAGCAACCAAGGGACTAAACATGTTTAGTTTGTTTTAAATGAGAGGATGTTTTAAGG
GAA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3GI25JQ 707 0 0
CCGCTACTGTTGTGTCGATCTACGGTGTTGACAGGTGGGGACGTAGGTTTCTCTTTCTTG
AAGGTGGTACACAAATGCTTATATGCCAGGCTGTGGTTGCTGCATGCATAGGGGCCAAGT
TTGGGGTAGACGGGACCCCTGGTGAGCTACCAAAGTGGTACGCTATAGTGGTCGTAACTT
TTATATGCATCTATGTGGCCGGTTTCGCATGGTCATGGGGTCCGCTAGGGTGGTTAGTAC
CTAGTGAGATCTTCCCCTTGGAGATAAGGTCGGCCGCGCAGAGTATCACGGTGTCCGTGA
ACATGATCTTCACTTTCATAATCGCTCAGATCTTCTTGACGATGCTTTGTCATTTGAAGT
TTGGGTTGTTCCTTGTGTTCGCCTTTTTCGTGGTGGTGATGTCGATTTTCGTCTACATAT
TCTTGCCAGAGACGAAAGGGATTCCGATTGAGGAAATGGGACAAGTGTGGAGGTCACACT
GGTATTGGTCAAGGTTCGTGGAGGATGGTGATTATGGGTATGGGAATGGGCTTCAGATGG
AGAAGAGCAGCAGCAACCAAGGAACTAAACATGTTTAGTTTGTTTTAAATGAGAGGATGT
TTTAAGGAAAAAAAAAAGATTTGTAACTTCTAATT*CGGTAAAGAAAA*CAAAGTGTATT
CATCTAGATATATTTATGTTTATATAATTCAGTACCACATGGTGGAG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3GU95JQ 644 0 0
ACACAAATGCTTATATGCCAGGCTGTGGTTGCTGCATGCATAGGGGCCAAGTTTGGGGTA
GACGGGACCCCTGGTGAGCTACCAAAGTGGTACGCTATAGTGGTCGTAACTTTTATATGC
ATATATGCGGCCGGTTTCGCATGGTCATGGGGTCCTCTAGGGTGGTTAGTACCTAGTGAG
ATCTTCCCGCTGGAGATAAGGTCGGCCGCGCAGAGTATCACAGTGTCCGTGAACATGATC
TTCACTTTCATAACCGCTCAGATCTTCTTGACGATGCTTTGTCATTTGAAGTTTGGGTTG
TTCCTTGTGTTCGCCTTCTTCGTGGTGGTGATGTCTATTTTCGTCTACATATTCTTGCCG
GAGACGAAAGGGATTCCGATTGAGGAAATGGGACAAGTGTGGAGGTCACACTGGTATTGG
TCAAGGTTTGTGGAGGATGGTGAGTATGGCTATGGGAATGGGCTTCAGATGGAGAAGAGC
AGCAGCAACCAAGGGACTAAACATGTTTAGTTTGTTTTAAATGAGAGGATGTTTTAAGGG
AAAAAA***GATTTGTAATTTCTAATTTCGGTAAAGAAAAACAAAGTGTATTCATCTAGA
TATATTTATGTTTATATAATTCAGTACCACATGGTGGAG
AAATT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3DM10JQ 635 0 0
TATGCCAGGCTGTGGTTGCTGCATGCATAGGGGCCAAGTTTGGGGTAGACGGGACCCCTG
GTGAGCTACCAAAGTGGTACGCTATAGTGGTCGTAACTTTTATATGCATATATGTGGCCG
GTTTCGCATGGTCATGGGGTCCTCTAGGGTGGTTAGTACCTAGTGAGATCTTCCCGCTGG
AGATAAGGTCGGCCGCGCAGAGTATCACAGTGTCCGTGAACATGATCTTCACTTTCATAA
TCGCTCAGATCTTCTTGACGATGCTTTGTCATTTGAAGTTTGGGTTGTTCCTTGTGTTCG
CCTTCTTCGTGGTGGTGATGTCTATTTTCGTCTACATATTCTTGCCGGAGACGAAAGGGA
TTCCGATTGAGGAAATGGGACAAGTGTGGAGGTCACACTGGTATTGGTCAAGGTTTGTGG
AGGATGGTGAGTATGGCTATGGGAATGGGCTTCAGATGGAGAAGAGCAGCAGCAACCAAG
GGACTAAACATGTTTAGTTTGTTTTAAATGAGAGGATGTTTTAAGGGAAAAAA***GATT
TGTAATTTCTAATTTCGGTAAAGAAAAACAAAGTGTATTCATCTAGATATATTTATGTTT
ATATAATTCAGTACCACATGGTGGAGAAATTATGC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 6

CO CL1200Contig1 495 6 5 U
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TAGACATGAAGATCATGGTCTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTC
CCGCTCCAAACAAAGCGGCAGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTAC
AGCCTTGCCTGCCCGCGATTACTGGAGGAGGACAACCCTCGGGTGACTGTTGTGCAAAGC
TGAAGGAGCAACAATCATGCTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTTTGCTCAGTACA
TTAGCTCTCCCAACTCTCGCAAAGTCCTAACCGCCTGTGGCATTCCTTACCCAAGTTGTT
AAAACTCTTAAGAGTTTTTACAAATAAATAAATTACGAGTAAGGAAGATGAATAACATTA
TATCAAGCTGTTTTATGAAATAAAATAACCGCTAGTATGTAATGGTTTATATGGTTAAAT
AAAGTTTACTTTCCC


BQ
30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR3GF18JQ C 1
AF RR3GF18TF U 1
AF RR3D301JQ C 1
AF RR3D301TF U 1
AF RR3BO05JQ C -1
AF RR3BO05TF U -1
BS 1 372 RR3GF18TF
BS 373 373 RR3D301TF
BS 374 476 RR3GF18TF
BS 477 493 RR3D301TF
BS 494 495 RR3BO05JQ

RD RR3GF18JQ 476 0 0
GGGAGCAAATATATTAAACACTGTAAAACTAAAACAGCTTAACATATACAAATAATTTAG
TAGACATGAAGATCATGGTCTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTC
CCGCTCCAAACAAAGCGGCAGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTAC
AGCCTTGCCTGCCCGCGATTACTGGAGGAGGACAACCCTCGGGTGACTGTTGTGCAAAGC
TGAAGGAGCAACAATCATGCTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTTTGCTCAGTACA
TTAGCTCTCCCAACTCTCGCAAAGTCCTAACCGCCTGTGGCATTCCTTACCCAAGTTGTT
AAAACTCTTAAGGGTTTTTACAAATAAATAAATTACGAGTAAGGAAGATGAATAACATTA
TATCAAGCTGTTTTATGAAATAAAATAACCGCTAGTATGTAATGGTTTATATGGTT

QA 1 476 1 476
DS 

RD RR3GF18TF 476 0 0
GGGAGCAAATATATTAAACACTGTAAAACTAAAACAGCTTAACATATACAAATAATTTAG
TAGACATGAAGATCATGGTCTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTC
CCGCTCCAAACAAAGCGGCAGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTAC
AGCCTTGCCTGCCCGCGATTACTGGAGGAGGACAACCCTCGGGTGACTGTTGTGCAAAGC
TGAAGGAGCAACAATCATGCTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTTTGCTCAGTACA
TTAGCTCTCCCAACTCTCGCAAAGTCCTAACCGCCTGTGGCATTCCTTACCCAAGTTGTT
AAAACTCTTAAGGGTTTTTACAAATAAATAAATTACGAGTAAGGAAGATGAATAACATTA
TATCAAGCTGTTTTATGAAATAAAATAACCGCTAGTATGTAATGGTTTATATGGTT

QA 1 476 1 476
DS 

RD RR3D301JQ 495 0 0
GGGAGCAAATATATTAAACACTGTAAAACTAAAACAGCTTAACATATACAAATAATTTAG
TAGACATGAAGATCATGGTCTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTC
CCGCTCCAAACAAAGCGGCGGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTAC
AGCCTTGCCTGCCCGCGATTACTGGAGGAGGACAACCCTCGGGTGACTGTTGTGCAAAGC
TGAAGGAGCAACAATCATGCTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTT*GCTCAGTACA
TTAGCTCTCCCAACTCTCGCAAAGTCCTAACCGCCTGTGGCATTCCTTACCCAAGTTGTT
AAAACTCTTAAGAGTTTTTACAAATAAATAAATTACGAGTAAGGAAGATGAATAACATTA
TATCAAGCTGTTTTATGAAATAAAATAACCGCTAGTATGTAATGGTTTATATGGTTAAAT
AAAGTTTACTTTC
TC

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR3D301TF 495 0 0
GGGAGCAAATATATTAAACACTGTAAAACTAAAACAGCTTAACATATACAAATAATTTAG
TAGACATGAAGATCATGGTCTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTC
CCGCTCCAAACAAAGCGGCGGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTAC
AGCCTTGCCTGCCCGCGATTACTGGAGGAGGACAACCCTCGGGTGACTGTTGTGCAAAGC
TGAAGGAGCAACAATCATGCTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTT*GCTCAGTACA
TTAGCTCTCCCAACTCTCGCAAAGTCCTAACCGCCTGTGGCATTCCTTACCCAAGTTGTT
AAAACTCTTAAGAGTTTTTACAAATAAATAAATTACGAGTAAGGAAGATGAATAACATTA
TATCAAGCTGTTTTATGAAATAAAATAACCGCTAGTATGTAATGGTTTATATGGTTAAAT
AAAGTTTACTTTC
TC

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR3BO05JQ 497 0 0
GGCT
GAGCAAATATATTGAACACTGTAAAACTAAAACAGCTTAACATATACAAATAATTTAGTA
GACATGAAGATCATGGTCTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTCCC
GCTCCAAACAAAGCGGCAGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTACAG
CCTTGCCTGCCCGCGATTACTGGAGGAGGACAACCCTCGGGTGACTGTTGTGCAAAGCTG
AAGGAGCAACAATCATGCTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTTTGCTCAGTACATT
AGCTCTCCCAACTCTCGCAAAGTCCTAACCGCCTGTGGCATTCCTTACCCAAGTTGTTAA
AACTCTTAAGAGTTTTTACAAATAAATAAATTACGAGTAAGGAAGATGAATAACATTATA
TCAAGCTGTTTTATGAAATAAAATAACCGCTAGTATGTAATGGTTTATATGGTTAAATAA
AGTTTACTTTCCC

QA 5 497 5 497
DS 

RD RR3BO05TF 497 0 0
GGCT
GAGCAAATATATTGAACACTGTAAAACTAAAACAGCTTAACATATACAAATAATTTAGTA
GACATGAAGATCATGGTCTTGAAACTCATGGTTTTCGTCATACTTCTGACATCGTTTCCC
GCTCCAAACAAAGCGGCAGACACAAATTTGGGAGCAGCATGTGATCCAAAGCAGCTACAG
CCTTGCCTGCCCGCGATTACTGGAGGAGGACAACCCTCGGGTGACTGTTGTGCAAAGCTG
AAGGAGCAACAATCATGCTTGTGCGGGTTTGCTAAGAACCCTGCTTTTGCTCAGTACATT
AGCTCTCCCAACTCTCGCAAAGTCCTAACCGCCTGTGGCATTCCTTACCCAAGTTGTTAA
AACTCTTAAGAGTTTTTACAAATAAATAAATTACGAGTAAGGAAGATGAATAACATTATA
TCAAGCTGTTTTATGAAATAAAATAACCGCTAGTATGTAATGGTTTATATGGTTAAATAA
AGTTTACTTTC
CC

QA 5 495 5 495
DS 



AS 2 6

CO CL1201Contig1 970 4 14 U
GGACAAACTTCACCGTCTGGATCAGAGCTTCACTTGCAAACTCCAAACATGGCGAGAGGT
TTAAAGAAGCATCTGAAGAGGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTCGACAAACTTGGC
GGTGCTTTTGCCCCCAAGCCATCTTCTGGACCACACAAGTCTAGAGAGTGCCTTCCCCTC
GTTCTTATCATCAGGAACAGGTTGAAGTACGCTCTAACCTACCGTGAAGTCATCTCCATC
TTGATGCAGAGGCATATCCAGGTTGACGGCAAAGTCAGGACCGACAAGACCTACCCCGCT
GGTTTCATGGATGTTGTCTCTATCCCCAAGACCAACGAGAACTTCCGTCTTCTCTATGAC
ACCAAGGGTCGTTTCCGTCTTCACTCCATCAGAGATGAGGAAGCTAAGTTTAAGCTTTGC
AAGGTCCGAACTATCCAGTTGGGACAAAAGGGCATTCCTTACCTCAACACATACGACGGT
CGCACCATCCGTTACCCTGACCCGCTCATCAAGCCCAACGACACCATCAAGCTCGATCTT
GAGGAGAACAAGATTGTTGAGTTCATCAAGTTCGATGTCGGCAACGTTGTGATGGTTACC
GGAGGGAGAAACAGAGGGCGTGTTGGTGTGATCAAGAACCGTGAGAAGCATAAGGGAAGC
TTCGAGACGATCCACATCCAGGACTCGACGGGACATGAGTTTGCGACGAGGTTGGGCAAT
GTGTTCACCCTTGGCAAAGGAACAAAGCCGTGGGTGTCTCTTCCCAAGGGTAAAGGTATT
AAGCTTACCATCATTGAGGAAGCCAAGAAGAGGCTTGCTGGTCAACAAGCTGCTTGATTT
TGTGATTTTTCCAGCTCTTTGTTATGTCTTTGTAGACGTCTTTATGTTTTCGTAGACTCG
CTTTGCTTCTTTTTTGTTTTGGAACTTGATTTTGTTATTTTCTCTGTTTCAAGAATTCAA
CAAAAACTTC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BO83TF U 1
AF RR3CU95TF U 3
AF RR3BO83JQ C 349
AF RR3E881TF U 633
BS 1 119 RR3BO83TF
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BS 121 164 RR3BO83TF
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BS 334 712 RR3BO83TF
BS 713 970 RR3E881TF

RD RR3BO83TF 719 0 0
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GGGCAAT

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DS 

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GG
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TTATCATCAGGAACAGGTTGAAGTATGCTCTTACCTACCGTGAAGTCATCTCCATCTTGA
TGCAGAGGCATATCCAGGTTGACGGCAAAGTCAGGACCGACAAGACCTACCCCGCTGGTT
TCATGGATGTTGTCTCTATCCCCAAGACCAATGAGAACTTCCGTCTTCTCTATGACACCA
AGGGTCGTTTCCGTCTCCACTCCATCAGGGATGAGGAAGCTAAGTTTAAGCTTTGCAAGG
TCCGAACTATCCAGGTCGGACAAAAGGGCATTCCTTACCTCAACACCTACGACGGTCGCA
CCATCCGTTACCCTGACCCGCTCATCAAGCCCAACGACACCATCAAGCTCGATCTTGAGG
AGAACAAGATTGTTGAGTTCATCAAGTTTGATGTCGGCAACGTTGTGATGGTTACCGGAG
GAAGAAACAGAGGGCGTGTTGGTGTGATTAAGAACCGTGAGAAGCATAAGGGAAGCTTCG
AGACGATCCACATCCAGGACTCGACGGGGCATGAGTTTG

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DS 

RD RR3BO83JQ 613 0 0
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TTTAAGCTTTGCAAGGTCCGAACTATCCAGTTGGGACAAAAGGGCATTCCTTACCTCAAC
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GTGATGGTTACCGGAGGGAGAAACAGAGGGCGTGTTGGTGTGATCAAGAACCGTGAGAAG
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TCAAGAATTCAAC

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3E881TF 338 0 0
G
AAGAACCGTGAGAAGCATAAGGGAAGCTTCGAGACGATCCACATCCAGGACTCGACGGGA
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GTGTCTCTTCCCAAGGGTAAAGGTATTAAGCTTACCATCATTGAGGAAGCCAAGAAGAGG
CTTGCTGGTCAACAAGCTGCTTGATTTTGTGATTTTTCCAGCTCTTTGTTATGTCTTTGT
AGACGTCTTTATGTTTTCGTAGACTCGCTTTGCTTCTTTTTTGTTTTGGAACTTGATTTT
GTTATTTTCTCTGTTTCAAGAATTCAACAAAAACTTC

QA 2 338 2 338
DS 



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GGACAAACTTCACCGTCTGGATCAGAGCTTCACTTGCAAACTCCAAACATGGCGAGAGGT
TTAAAGAAGCATCTGAAGAGGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTCGACAAACTTGGT
GGTGCTTTTGCCCCCAAGCCATCTTCTGGACCACACAAGTCTAGGGAGTGCCTTCCTCTT
GTTCTTATCATCAGGAACAGGTTGAAGTACGCTCTAACCTACCGTGAAGTCATCTCCATC
TTGATGCAGAGGCATATCCAGGTTGACGGCAAGGTCAGGACCGACAAGACCTACCCTGCT
GGTTTCATGGATGTTGTCTCTATCCCCAAGACTAACGAGAACTTCCGTCTTCACTCCATC
AGAGATGAGGAAGCTAAGTTTAAGCTTTGCAAGGTCCGAACTATCCAGGTCGGACAAAAG
GGCATTCCTTACCTCAACACATACGACGGTCGCACCATCCGTTACCCTGACCCGCTCATC
AAGCCCAACGACACCATCAAGCTCGATCTTGAGGAGAACAAGATTGTTGAGTTCATCAAG
TTCGATGTCGGCAACGTTGTGATGGTTACCGGAGGAAGAAACAGAGGGCGTGTTGGTGTG
ATCAAGAACCGTGAGAAGCATAAGGGAAGCTTCGAGACGATCCACATCCAGGACTCGACG
GGACATGAGTTTGCGACGAGGTTGGGCAATGTGTTCACCCTTGGCAAAGGAACAAAGCCG
TGGGTGTCTCTTCCCAAGGGTAAAGGTATTAAGCTTACCATCATTGAGGAAGCCAAGAAG
AGGCTTGCTGGTCAACAGGCTGCTTGATTTTTGTGATGTTTCCAGCTCTTTTATTATGTC
CTTTTAGACGTTTTACGTTTTCGTAGACTCGCTTCGCTTCTTTTTGTTTTGGAACTTGTG
TTATTTTCTCTGTTTCATGAATTCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C649TF U 1
AF RR3AJ25TF U 368
BS 1 408 RR3C649TF
BS 409 409 RR3AJ25TF
BS 410 410 RR3C649TF
BS 411 411 RR3AJ25TF
BS 412 575 RR3C649TF
BS 576 576 RR3AJ25TF
BS 577 709 RR3C649TF
BS 710 710 RR3AJ25TF
BS 711 734 RR3C649TF
BS 735 927 RR3AJ25TF

RD RR3C649TF 734 0 0
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TTAAAGAAGCATCTGAAGAGGCTCAATGCCCCTAAGCATTGGATGCTCGACAAACTTGGT
GGTGCTTTTGCCCCCAAGCCATCTTCTGGACCACACAAGTCTAGGGAGTGCCTTCCTCTT
GTTCTTATCATCAGGAACAGGTTGAAGTACGCTCTAACCTACCGTGAAGTCATCTCCATC
TTGATGCAGAGGCATATCCAGGTTGACGGCAAGGTCAGGACCGACAAGACCTACCCTGCT
GGTTTCATGGATGTTGTCTCTATCCCCAAGACTAACGAGAACTTCCGTCTTCACTCCATC
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GGCATTCCTTACCTCAACACATACGACGGTCGCACCATCCGTTACCCTGACCCGCTCATC
AAGCCCAACGACACCATCAAGCTCGATCTTGAGGAGAACAAGATTGTTGAGTTCATCAAG
TTCGATGTCGGCAACGTTGTGATGGTTACCGGAGGGAGAAACAGAGGGCGTGTTGGTGTG
ATCAAGAACCGTGAGAAGCATAAGGGAAGCTTCGAGACGATCCACATCCAGGACTCGACG
GGACATGAGTTTGCGACGAGGTTGGGCAATGTGTTCACCCTTGGCAAAG*AACAAAGCCG
TGGGTGTCTCTTCC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3AJ25TF 560 0 0
G
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TTACCTCAACACCTACGACGGTCGCACCATCCGTTACCCTGACCCGCTCATCAAGCCCAA
CGACACCATCAAGCTCGATCTTGAGGAGAACAAGATTGTTGAGTTCATCAAGTTTGATGT
CGGCAACGTTGTGATGGTTACCGGAGGAAGAAACAGAGGGCGTGTTGGTGTGATTAAGAA
CCGTGAGAAGCATAAGGGAAGCTTCGAGACGATCCACATCCAGGACTCGACGGGGCATGA
GTTTGCGACGAGGTTGGGTAATGTGTTCACCCTTGGCAAAGGAACAAAGCCGTGGGTGTC
TCTTCCCAAGGGTAAAGGTATTAAGCTTACCATCATTGAGGAAGCCAAGAAGAGGCTTGC
TGGTCAACAGGCTGCTTGATTTTTGTGATGTTTCCAGCTCTTTTATTATGTCCTTTTAGA
CGTTTTACGTTTTCGTAGACTCGCTTCGCTTCTTTTTGTTTTGGAACTTGTGTTATTTTC
TCTGTTTCATGAATTCAAC

QA 2 560 2 560
DS 



AS 1 6

CO CL1202Contig1 919 6 7 U
AGATAGTATTAAAATTCCTTTTCTGAATAAGATGGGATGATA*CAAATTAGAAAACCAGT
GAACACAACTTTGAAAGTAGGGTTAAGATTTACATCCAAGATGCTGCAGTTTTTCTGGGA
AACAGAGAGACA****ATCAAGAGCAAGAAGACAAACAAGAGTGGAGTTTGTGTCGTAAA
CCGCAAAGCCGTGTCTAAGACGCGCAGCAGTAACTCGATGAAGCATTGCTGGTCTGTGCT
GGGTTTTGTTTGAAGATGTTCTTCTTCCCTCCAGACGAACCTTCAGCAGTAAGACTCGGC
GTTTCCAAAATCTTAAGAACAAGCTCTTCAAAACATTGCTCAACATTGACTCGGGTCTTT
GCACTGCACTCCAAAAACAAACATCCATACTCCCGAGCAAAGTCAATGCCTTCTTTTTTA
GATACAGCTCGTTCACTCTCCTTGTCGACTTTATTCCCAACAAGCATCTTGATGCAATCC
TGATTAGTCGAGTACAGGTCGATTTCCTTAGCCCATATATCTGATAGATTGGTGAATGTA
TCTCGTCGTGTCACATCATATACCATTATGATGCCCTGAGCTCCTCTGTAATACGAACTT
GTTAACGTCCTAAATCTCTCTTGCCCAGCTGTGTCCCAAATCGCAAGCTTCAGTTTCTTA
TCTCCAATGGTAAGATATTTGACCTTGAAATCAACCCCGATTGTGGG*AGAAAGATCATC
AAACGTATTGGATGTGAAACTAAGTAAAAGAGAGCTTTTGCCAACACCAGAATCTCCGAT
CAATAGAACTTTGAACAAGTAATCAAACTAGGGTTGCCCCGACGAAGAACCCATCGAGAA
AAAACGAACCTTTCTTACTGGGCTCTCTTCGAGATCTGCGAAAAAAAATGACACGAAGCA
GAGGACAAAGCGGAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV21JQ U 5
AF RR3DG51JQ U 1
AF RR3CP09JQ U 29
AF RR3DG51TF C 71
AF RR3EV21TF C 263
AF RR3CP09TF C 267
BS 1 763 RR3DG51JQ
BS 764 764 RR3CP09JQ
BS 765 785 RR3DG51JQ
BS 786 815 RR3CP09JQ
BS 816 843 RR3DG51TF
BS 844 887 RR3EV21TF
BS 888 919 RR3CP09TF

RD RR3EV21JQ 651 0 0
G
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AAGCCGTGTCTAAGACGCGCAGCAGTAACTCGATGAAGCATTGCTGGTCTGTGCTGGGTT
TTGTTTGAAGATGTTCTTCTTCCCTCCAGACGAACTTTCAGCAGTAAGACTCGGCGTTTC
CAAAATCTTAAGAACAAGCTCTTCAAAACATTGCTCAACATTGACTCGGGTCTTTGCACT
GCACTCCAAAAACAAACATCCATACTCCCGAGCAAAGTCAATGCCTTCTTTTTTAGATAC
AGCTCGTTCACTCTCCTTGTCGACTTTATTCCCAACAAGCATCTTGATGCAATCCTGATT
AGTCGAGTACAGGTCGATTTCCTTAGCCCATATATCTGATAGATTGGTGAATGTATCTCG
TCGTGTCACATCATATACCATTATGATGCCCTGAGCTCCTCTGTAATACGAACTTGTTAA
CGTCCTAAATCTCTCTTGCCCAGCTGTGTCCCAAATCGCAAGCTTCAGTT

QA 2 651 2 651
DS 

RD RR3DG51JQ 800 0 0
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AACAGAGAGACA****ATCAAGAGCAAGAAGACAAACAAGAGTGGAGTTTGTGTCGTAAA
CCGCAAAGCCGTGTCTAAGACGCGCAGCAGTAACTCGATGAAGCATTGCTGGTCTGTGCT
GGGTTTTGTTTGAAGATGTTCTTCTTCCCTCCAGACGAACCTTCAGCAGTAAGACTCGGC
GTTTCCAAAATCTTAAGAACAAGCTCTTCAAAACATTGCTCAACATTGACTCGGGTCTTT
GCACTGCACTCCAAAAACAAACATCCATACTCCCGAGCAAAGTCAATGCCTTCTTTTTTA
GATACAGCTCGTTCACTCTCCTTGTCGACTTTATTCCCAACAAGCATCTTGATGCAATCC
TGATTAGTCGAGTACAGGTCGATTTCCTTAGCCCATATATCTGATAGATTGGTGAATGTA
TCTCGTCGTGTCACATCATATACCATTATGATGCCCTGAGCTCCTCTGTAATACGAACTT
GTTAACGTCCTAAATCTCTCTTGCCCAGCTGTGTCCCAAATCGCAAGCTTCAGTTTCTTA
TCTCCAATGGTAAGATATTTGACCTTGAAATCAACCCCGATTGTGGG*AGAAAGATCATC
AAACGTATTGGATGTGAAACTAAGTAAAAGAGAGCTTTTGCCA*CACCAGAATCTCCGAT
CAATA
AACTTTGACAGTATC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3CP09JQ 787 0 0
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TTTACATCCAAGATGCTGCAGTTTTTCTGGGAAACAGAGAGACAGACAATCAAGAGCAAG
AAGACAAACAAGAGTGGAGTTTGTGTCATAAACCGTAAAGCCGTGTCTAAGACGAGCAGC
AGTAACTCGATGAAGCATTGCTGGTCTGTGCTGGGTTTTGTTTGAAGATGTTCTTCTTCC
CTCCAGACGAACCTTCGGCAGTAAGACTGGGCGTTTCCAAAATCTTAAGAACAAGCTCTT
CAAAACATTGCTCAACATTGACTCGGGTCTTTGCACTGCACTCCAAAAACAAACATCCAT
ACTCCCGAGCAAAGTCAATGCCTTCTTTCTTAGATACAGCTCGTTCACTCTCCTTGTCGA
CTTTATTCCCAACAAGCATCTTGATGCAATCCTGATTAGTCGAGTACAGGTCGATTTCCT
TAGCCCATATATCTGATAGATTGGTGAATGTATCTCGTCGTGTCACATCATATACCATTA
TGATGCCCTGAGCTCCTCTGTAATACGAACTTGTTAACGTCCTAAATCTCTCTTGCCCAG
CTGTGTCCCAAATCGCAAGCTTCAGTTTCTTCTCTCCAATGGTAAGATATTTGACTTTGA
AATCAACTCCGATTGTGGGGAGAAAGATCATCAAACGTATTGGATGTGAAACTAAGCAAA
AGAGAGCTTTTGCCAACACCAGAATCTCCGATCAATAGAACTTTGAACAAGTAATCAAAC
TAGGGTT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3DG51TF 774 0 0
T
TGAAAGTAGGGT*AAGATTTACATCCAAGATGCTGCAGTTTT*CTGG*AAACAGAGAGAC
A****ATCAAGAGCAAGAAGACAAACAAGAGTGGAGTTTGTGTCGTAAACCGCAAAGCCG
TGTCTAAGACGCGCAGCAGTAACTCGATGAAGCATTGCTGGTCTGTGCTGGGTTTTGTTT
GAAGATGTTCTTCTTCCCTCCAGACGAACCTTCAGCAGTAAGACTCGGCGTTTCCAAAAT
CTTAAGAACAAGCTCTTCAAAACATTGCTCAACATTGACTCGGGTCTTTGCACTGCACTC
CAAAAACAAACATCCATACTCCCGAGCAAAGTCAATGCCTTCTTTTTTAGATACAGCTCG
TTCACTCTCCTTGTCGACTTTATTCCCAACAAGCATCTTGATGCAATCCTGATTAGTCGA
GTACAGGTCGATTTCCTTAGCCCATATATCTGATAGATTGGTGAATGTATCTCGTCGTGT
CACATCATATACCATTATGATGCCCTGAGCTCCTCTGTAATACGAACTTGTTAACGTCCT
AAATCTCTCTTGCCCAGCTGTGTCCCAAATCGCAAGCTTCAGTTTCTTATCTCCAATGGT
AAGATATTTGACCTTGAAATCAACCCCGATTGTGGG*AGAAAGATCATCAAACGTATTGG
ATGTGAAACTAAGTAAAAGAGAGCTTTTGCCAACACCAGAATCTCCGATCAATAAAACTT
TGAACAAGTAATCGAACTCGGGTTGCCCCGACGAAGAACCCATCGAGAAAAA
A

QA 2 773 2 773
DS 

RD RR3EV21TF 625 0 0
TCTTCCCTCCAGACGAACTTTCAGCAGTAAGACTCGGCGTTTCCAAAATCTTAAGAACAA
GCTCTTCAAAACATTGCTCAACATTGACTCGGGTCTTTGCACTGCACTCCAAAAACAAAC
ATCCATACTCCCGAGCAAAGTCAATGCCTTCTTTTTTAGATACAGCTCGTTCACTCTCCT
TGTCGACTTTATTCCCAACAAGCATCTTGATGCAATCCTGATTAGTCGAGTACAGGTCGA
TTTCCTTAGCCCATATATCTGATAGATTGGTGAATGTATCTCGTCGTGTCACATCATATA
CCATTATGATGCCCTGAGCTCCTCTGTAATACGAACTTGTTAACGTCCTAAATCTCTCTT
GCCCAGCTGTGTCCCAAATCGCAAGCTTCAGTTTCTTATCTCCAATGGTAAGATATTTGA
CCTTGAAATCAACCCCGATTGTGGG*AGAAAGATCATCAAACGTATTGGATGTGAAACTA
AGTAAAAGAGAGCTTTTGCCAACACCAGAATCTCCGATCAATAAAACTTTGAACAAGTAA
TCGAACTCGGGTTGCCCCGACGAAGAACCCATCGAGAAAAAACGAACCTTTCTTACTGGG
CTCTCTTCGAGATCTGCGAAAAAAA

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3CP09TF 653 0 0
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TTCAAAACATTGCTCAACATTGACTCGGGTCTTTGCACTGCACTCCAAAAACACACATCC
ATACTCCCGAGCAAAGTCAATGCCTTCTTTCTTAGATACAGCTCGTTCACTCTCCTTGTC
GACTTTATTCCCAACAAGCATCTTGATGCAATCCTGATTAGTCGAGTACAGGTCGATTTC
CTTAGCCCATATATCTGATAGATTGGTGAATGTATCTCGTCGTGTCACATCATATACCAT
TATGATGCCCTGAGCTCCTCTGTAATACGAACTTGTTAACGTCCTAAATCTCTCTTGCCC
AGCTGTGTCCCAAATCGCAAGCTTCAGTTTCTTCTCTCCAATGGTAAGATATTTGACTTT
GAAATCAACTCCGATTGTGGG*AGAAAGATCATCAAACGTATTGGATGTGAAACTAAGCA
AAAGAGAGCTTTTGCCAACACCAGAATCTCCGATCAATAGAACTTTGAACAAGTAATCAA
ACTAGGGTTGCCCCGACGAAGAACCCATCGAGAAAAA*CGAACCTTTTTTACTGGGCTCT
CTTCGAGATCTGCGAAAAAAAATGACACGAAGCAGAGGACAAAGCGGAGATCC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 6

CO CL1203Contig1 1396 6 14 U
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TATTTGGGGAAACAAAACAAAAGGCGAAACCTTTTTTTCCGGTCTGAAGATCGAGAAAAG
ATTTTTGAAAATCAAATTTGGTTTCTTGGGAGATCGATTTTATGTCCGAAACTTTCGTAA
GATAAAAAGATCGATTGTTTAGCGATCGGGCGTGGGTGTCTCTTTTGTAATAATGACGCA
ACAAGGGCAGGGAAGCATGGACCCTGCCGTTCTCGACGACATCATTCGTCGTCTGTTGGA
TTACAGAAACCCTAAGCCTGGAACCAAACAGGTCATGCTCAACGAGTCTGAGATCCGTCA
GCTTTGCATCGTCTCCAGAGAGATTTTCCTCCAACAGCCTAACCTCCTTGAGCTCGAAGC
TCCCATCAAGATCTGCGGTGATATTCATGGACAGTACTCAGATCTGTTGAGGCTATTTGA
GTATGGAGGTTTACCTCCTGCAGCTAACTATCTATTCCTAGGAGATTACGTGGACCGTGG
GAAGCAGAGTCTTGAAACCATATGTCTTCTCCTTGCCTACAAGATCAAATACCCTGAGAA
CTTCTTCCTCCTGAGAGGCAACCACGAGTGTGCTTCCATCAACAGAATCTACGGATTCTA
CGACGAATGCAAACGCAGGTTCAGTGTGAGGCTCCGGAAAGTGTTTACGGATTCTTTCAA
CTGTCTCCCCGTGGCTGCTGTGATAGACGACAAGATACTGTGTATGCACGGCGGCCTTTT
CTCCCGATTTGACCAACGTGGAGCAGATCAAGAACATTAAGCGGCCCACCGATGTTCCTG
ACTCTGGTTTGCTGTGCGATCTGCTTTGGTCTGATCCGGGCAAAGATGTGAAAGGGTGGG
GGATGAATGACCGTGGGGTTTCTTACACTTTTGGGCCTGATAAAGTCGCTGAGTTTTTGA
TAAAGAACGATATGGATCTCATCTGTCGTGCCCACCAGGTTGTAGAGGATGGTTATGAGT
TCTTTGCGGATAGACAGCTTGTTACTATATTTTCAGCTCCTAATTACTGTGGTGAATTCG
ATAATGCTGGTGCTATGATGAGTGTTGATGAGAGTTTAATGTGCTCTTTCCAAATTCTTA
AGCCTGCGGATCGGAGGCCTCGGTTCTTGTGAGTTAGAAACTCGCTGGTAAAAAAGACGA
GAGAGAGACATTTGACGCTCCCTGAGGCTTTATCCTGAGGCCTTTGCAAGAAGGCAGGAA
AAAAAAATACACATTGTTTACATGTTATATCATAATCTTATTTCAACTCTTGTAATTTCT
TTTTCTCAAAACTTTATCATCTTCTTATTCTCTGACTCATATTAGACAGTAAACAAAAGT
CTGCAAAGTTTTTATT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B449TF U 1
AF RR3EL62TF U 1
AF RR3GN75TF U 571
AF RR3EL62JQ C 615
AF RR3GN75JQ C 627
AF RR3B449JQ C 653
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BS 110 178 RR3B449TF
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BS 180 625 RR3B449TF
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GAAGCAGAGTCTTGAAACCATATGTCTTCTCCTTGCCTACAAGATCAAATACCCTGAGAA
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CGACGAATGCAAAC

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RD RR3EL62TF 674 0 0
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ATTTTTGAAAATCAAATTTGGTTTCTTGGGAGATCGATTTTATGTCCGAAACTTTCGTAA
GATAAAAAGATCGATTGTTTAGCGATCGGGCGTGGGTGTCTCTTTTGTAATAATGACGCA
ACAAGGGCAGGGAAGCATGGACCCTGCCGTTCTCGACGACATCATTCGTCGTCTGTTGGA
TTACAGAAACCCTAAGCCTGGAACCAAACAGGTCATGCTCAACGAGTCTGAGATCCGTCA
GCTTTGCATCGTCTCCAGAGAGATTTTCCTCCAACATCCTAACCTCCTTGAGCTCGAAGC
TCCCATCAAGATCTGCGGTGATATTCATGGACAGTACTCAGATCTGTTGAGGCTATTTGA
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CGACGAATGCAAAC

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G
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AAGATACTGTGTATGCACGGCGGCCTTTTCTCCCGATTTGACCAACGTGGAGCAGATCAA
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TGTTTACATGTTATATCATAATCTTATTTCAACTCTTGTAATTTCTTTTTCTCAAAACTT
TATCATCTTCTTATTCTCTGAC
C

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DS 

RD RR3GN75JQ 717 0 0
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GATGAGAGTTTAATGTGCTCTTTCCAAATTCTTAAGCCTGCGGATCGGAGGCCTCGGTTC
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GCTTTATCCTGAGGCCTTTGCAAGAAGGCAGGAAAAAAAA*TACACATTGTTTACATGTT
ATATCATAACCTTATTTCAACTCTTGTAATTTCTTTTTCTCAAAACTTTATCATCT
C

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DS 

RD RR3B449JQ 744 0 0
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AGGGTGGGGGATGAATGACCGTGGGGTTTCTTACACTTTTGGGCCTGATAAAGTCGCTGA
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TTATGAGTTCTTTGCGGATAGACAGCTTGTTACTATATTTTCAGCTCCTAATTACTGTGG
TGAATTCGATAATGCTGGTGCTATGATGAGTGTTGATGAGAGTTTAATGTGCTCTTTCCA
AATTCTTAAGCCTGCGGATCGGAGGCCTCGGTTCTTGTGAGTTAGAAACTCGCTGGTAAA
AAAGACGAGAGAGAGACATTTGACGCTCCCTGAGGCTTTATCCTGAGGCCTTTGCAAGAA
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TAATTTCTTTTTCTCAAAACTTTATCATCTTCTTATTCTCTGACTCATATTAGACAGTAA
ACAAAAGTCTGCAAAGTTTTTATT

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 4

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AAAAATAAACAATGTCGACAGACTTGACGGAGGAGGAGTCGTTGTCCGGCAAGGATTACA
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TCATCGGTTTCAAGAGCCAGACGGATCTCAAAACTGGCGGTGGAGCCTGCGCCAGCGTCG
GCCTCCTGAGCATCTCTTGGGCCTTCGGTGGCATGATCTTCATCCTTGTCTACTGCACTG
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GAGTTGGTTTGGTGAAAGTCTTCCAGAAAACTTATTACAACCGATATGGCGGTGGAGCCA
ACGTCCTCGCCGACGGATACAACGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCTGAGATTATCGGCGCAT
TTGTCCTTGTCTACACGGTCTTTTCCACTACAGACCCTAAGCGTAATGCCCGTGACTCTC
ACATTCCTGTATTGGCACCATTGCCAATTGGATTTTCGGTGTTCATGGTTCATTTAGCCA
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ACAACAATCAAAAGGCTTGGGATGATCAATGGATCTTCTGGGTCGGTCCATTTGTGGGAG
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CTAAGAGGTGGAGATTTCTTTGGGCCAGGAGGAAGGGAAAAAAAATATCAAAATAATAAT
TAAAAAGAATTTATTGGTGAGTAACATTTAGTGTATTATTTGTTGCTTTGAGGGGGAGGT
TTGAGAGTGACTTTATATACCAGTTTGCTGTATCCAAGCTTGTAGAATGTATGTTTCTAT
TTGATGTATTTGTTATATATATTCTGTACTTATCAATCCTTCTATTTGTTGAATAATGTT
TCATAATTATAAATTATCTACTTCTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3B183TF U 1
AF RR3DR22TF U 371
AF RR3B183JQ C 449
AF RR3DR22JQ C 615
BS 1 750 RR3B183TF
BS 751 950 RR3DR22TF
BS 951 1229 RR3B183JQ

RD RR3B183TF 750 0 0
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AGGATCCACCGCGTGTCAAGATTTTCGAGGCGAGTGAGCTAGGAAAATGGTCCTTCTATA
GAGCAGTCATCGCTGAGTTCATAGCTACTCTTCTCTTTCTATACATCACCGTCTTGACAG
TCATCGGTTTCAAGAGCCAGACGGATCTCAAAACTGGCGGTGGAGCCTGCGCCAGCGTCG
GCCTCCTGAGCATCTCTTGGGCCTTCGGTGGCATGATCTTCATCCTTGTCTACTGCACTG
CCGGCATCTCTGGTGGGCACATTAACCCTGCAGTGACGTTTGGACTATTCTTGGCTAGCA
AGGTGTCGTTGGTGAGAGCTATATCCTACATAGTGGCCCAGTGTCTCGGAGCCACTTGCG
GAGTTGGTTTGGTGAAAGTCTTCCAGAAAACTTATTACAACCGATATGGCGGTGGAGCCA
ACGTCCTCGCCGACGGATACAACGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCTGAGATTATCGGCGCAT
TTGTCCTTGTCTACACGGTCTTTTCCACTACAGACCCTAAGCGTAATGCCCGTGACTCTC
ACATTCCTGTATTGGCACCATTGCCAATTGGATTTTCGGTGTTCATGGTTCATTTAGCCA
CAATCCCAATCACTGGAACTGGAATTAACC

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DS 

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G
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GTGAAAGTCTTCCAGAAAACTTATTACAACCGATATGGCGGTGGAGCCAACGTCCTCGCC
GACGGATACAACGTTGGTGTTGGTGTTGGTGCTGAGATTATCGGCACATTTGTCCTTGTC
TACACGGTCTTTTCCGCTACAGACCCTAAGCGTAATGCCCGTGACTCTCACATTCCTGTA
TTGGCACCATTGCCAATTGGATTTTCGGTGTTCATGGTTCATTTAGCCACAATCCCAATC
ACTGGAACTGGAATTAACCCGGCTAGGAGTTTTGGAGCTGCAGTCATCTACAACAATCAA
AAGGCTTGGGATGATCAATGGATCTTCTGGGTCGGTCCATTTGTGGGAGCAGCAATTGCA
GCTTTGTACCACCAGTTTGTGTTGAGAGCTGGTGCTATGAGGGCTTATGGGTCAGTCAGG
AGCCAGCTTCACGAGCTTCACGCTTAGAATTTGTTTTTT
TCAAAACTATCTA

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AACTTATTACAACCGATATGGCGGTGGAGCCAACGTCCTCGCCGACGGATACAACGTTGG
TGTTGGTGTTGGTGCTGAGATTATCGGCGCATTTGTCCTTGTCTACACGGTCTTTTCCAC
TACAGACCCTAAGCGTAATGCCCGTGACTCTCACATTCCTGTATTGGCACCATTGCCAAT
TGGATTTTCGGTGTTCATGGTTCATTTAGCCACAATCCCAATCACTGGAACTGGAATTAA
CCCGGCTAGGAGTTTTGGAGCTGCAGTCATCTACAACAATCAAAAGGCTTGGGATGATCA
ATGGATCTTCTGGGTCGGTCCATTTGTGGGAGCAGCAATTGCAGCTTTGTACCACCAGTT
TGTGTTGAGAGCTGGTGCTATGAGGGCTTATGGGTCAGTCAGGAGCCAGCTTCACGAGCT
TCACGCTTAGAATTTGTTTTTTTCAAAACTATCTAAGAGGTGGAGATTTCTTTGGGCCAG
GAGGAAGGGAAAAAAAATATCAAAATAATAATTAAAAAGAATTTATTGGTGAGTAACATT
TAGTGTATTATTTGTTGCTTTGAGGGGGAGGTTTGAGAGTGACTTTATATACCAGTTTGC
TGTATCCAAGCTTGTAGAATGTATGTTTCTATTTGATGTATTTGTTATATATATTCTGTA
CTTATCAATCCTTCTATTTGTTGAATAATGTTTCATAATTATAAATTATCTACTTCTTTT
T

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3DR22JQ 615 0 0
ACGGTCTTTTCCGCTACAGACCCTAAGCGTAATGCCCGTGACTCTCACATTCCTGTATTG
GCACCATTGCCAATTGGATTTTCGGTGTTCATGGTTCATTTAGCCACAATCCCAATCACT
GGAACTGGAATTAACCCGGCTAGGAGTTTTGGAGCTGCAGTCATTTACAACAATCAAAAG
GCTTGGGATGATCAATGGATTTTTTGGGTCGGTCCATTTGTGGGAGCAGCAATTGCAGCT
TTGTACCACCAGTTTGTGTTGAGAGCTGGTGCTATGAGGGCTTATGGGTCAGTCAGGAGC
CAGCTTCACGAGCTTCACGCTTAGAATTTGTTTTTTTCAAAACTATTTAAGAGGTGGAGA
TTTTTTTGGGCCAGGAGGAAGGGAAAAAAAATATCAAAATAATAATTAAAAAGAATTTAT
TGGTGAGTAACATTTAGTGTATTATTTGTTGCTTTGAGGGGGAGGTTTGAGAGTGACTTT
ATATACCAGTTTGCTGTATCCAAGCTTGTAGAATGTATGTTTTTATTTGATGTATTTGTT
ATATATATTCTGTACTTATCAATCCTTCTATTTGTTGAATAATGTTTCATAATTATAAAT
TATTTACTTCTTTTT

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 6

CO CL1205Contig1 656 6 4 U
GGGTAACATAATCTTGTTTTTGCTTTTATGAATGTGTTCAAAATAAGCACTATATATATA
TAACAGCGAACGAGAAGAATCACACAAGAATGTCTGCAACTAAAAGATATCTCTACAGCT
TTCCAACATTTTCATCAAGTATTCTTCCGGGGGGTAGAGCATCAAATACGATGATGAGTC
TTTCATCTTTTGAACATCTTCGACCACAGGTAGAGGATAAAGAAGCAGAATAGCGCGAAA
AGAACCACATGCATGATATGATTGTTGCCACTCTGTATGATGCTCAAGTTTAGTTTCCGT
ATATTGTTCTTCACTCCTGCTTGCGCTCTCATCAATGTCATTTGCAGCTCATCTAAGAAG
TCCCTCTGAAACTTCGCTTCTGACCCAATTTCTTGAGCAATATTTTTCAATTGCCTGACT
TGACCATGGAGACCAGTGATCTCATCGTCTAGGTCAGAGGGCATGGGATCAATCCTTAGC
TGGATTTCCTCTGACCCAGTACCGGTTCTAGTGCTAAGCCCATCTCCGGATCTGTACGGA
GCCGCACCGCCTCTGTAAGGATTCGATGCCATCTACGCGAAATCAAAACATAACTCGCAT
CTCCTAAGGTTTGAAGAAGAATCGAGACAACGAAATTGAAAGAAGAAGAATAATCC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK73JQ U 1
AF RR3DU35JQ U 1
AF RR3DU35TF C 1
AF RR3DK73TF C 20
AF RR3AV55JQ U 36
AF RR3AV55TF C 36
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BS 358 650 RR3DK73JQ
BS 651 656 RR3AV55JQ

RD RR3DK73JQ 653 0 0
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AGAACCACATGCATGATATGATTGTTGCCACTCTGTATGATGCTCAAGTTTAGTTTCCGT
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TGACCATGGAGACCAGTGATCTCATCGTCTAGGTCAGAGGGCATGGGATCAATCCTTAGC
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CTCCTAAGGTTTGAAGAAGAATCGAGACAACGAAATTGAAAGAAGAAGAA
AAA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3DU35JQ 625 0 0
A
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CCCTCTGAAACTTCGCTTCTGACCCAATTTCTTGAGCAATATTTTTCAATTGCCTGACTT
GACCATGGAGACCAGTGATCTCATCGTCTAGGTCAGAGGGCATGGGATCAATCCTTAGCT
GGATTTCCTCTGACCCAGTACCGGTTCTAGTGCTAAGCCCATCTCCGGATCTGTACGGAG
CCGCGCCGCCTCTGTAAGGATTTGATGCCATCTACGCGAAGTCAAAACATAACTCGCATC
TCCTAAGGTTTGAAGAAGA
CCCCC

QA 2 620 2 620
DS 

RD RR3DU35TF 625 0 0
A
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AACAGCGAACGAGAAGAATCACACAAGAATGTCTGCAACTAAAAGATATCTCTACAGCTT
TCCAACATTTTCATCAAGTATTCTTCCGGGGGGTAGAGCATCAAATACGATGATGAGTCT
TTCATCTTTTGAACATCTTCGACCACAGGTAGAGGATAAAGCAGCAGAATAGCGCGAAAA
GAACCACATGCATGATATGATTGTTGCCACTCTGTATGATGCTCAAGTTTAGTTTCCGTA
TATTGTTCTTCACTCCTGCTTGCGCTCTCATCAATGTCATTTGCAGCTCATCTAAGAAGT
CCCTCTGAAACTTCGCTTCTGACCCAATTTCTTGAGCAATATTTTTCAATTGCCTGACTT
GACCATGGAGACCAGTGATCTCATCGTCTAGGTCAGAGGGCATGGGATCAATCCTTAGCT
GGATTTCCTCTGACCCAGTACCGGTTCTAGTGCTAAGCCCATCTCCGGATCTGTACGGAG
CCGCGCCGCCTCTGTAAGGATTTGATGCCATCTACGCGAAGTCAAAACATAACTCGCATC
TCCTAAGGTTTGAAGAAGA
CCCCC

QA 2 620 2 620
DS 

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TCACACAAGAATGTCTGCAACTAAAAGATATCTCTACAGCTTTCCAACATTTTCATCAAG
TATTCTTCCGGGGGGTAGAGCATCAAATACGATGATGAGTCTTTCATCTTTTGAACATCT
TCGACCACAGGTAGAGGATAAAGAAGCAGAATAGCGCGAAAAGAACCACATGCATGATAT
GATTGTTGCCACTCTGTATGATGCTCAAGTTTAGTTTCCGTATATTGTTCTTCACTCCTG
CTTGCGCTCTCATCAATGTCATTTGCAGCTCATCTAAGAAGTCCCTCTGAAACTTCGCTT
CTGACCCAATTTCTTGAGCAATATTTTTCAATTGCCTGACTTGACCATGGAGACCAGTGA
TCTCATCGTCTAGGTCAGAGGGCATGGGATCAATCCTTAGCTGGATTTCCTCTGACCCAG
TACCGGTTCTAGTGCTAAGCCCATCTCCGGATCTGTACGGAGCCGCACCGCCTCTGTAAG
GATTCGATGCCATCTACGCGAAATCAAAACATAACTCGCATCTCCTAAGGTTTGAAGAAG
AATCGAGACAACGAAATTGAAAGAAGAAGAA
AAA

QA 1 631 1 631
DS 

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TATGATGCTCAAGTTTAGTTTCCGTATGTTGTTCTTCACTCCGGCTTGCGCTCTCATCAA
TGTCATTTGCAGCTCATCTAAAAAGTCCCTCTGAAACTTTGCTTCTGACCCAATTTCTTG
AGCAATATTTTTCAATTGCCTGACTTGACCATGGAGACCAGTGATCTCATCGTCTAGGTC
AGAGGGCATGGGATCAATCCTTAGCTGGATTTCCTCTGACCCAGTACCGGTTTTAGTGCT
AAGCCCATCTCCGGATCTGTACGGAGCCGCACCGCCTCTGTAGGGATTCGATGCCATCTA
CGCGAAATCAAAACATAACTCGGGTCTCCTAAGGTTTGAAGAA***TCGAGACAGCGAAA
TTGAAAGAAGAAGAATAATCC

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3AV55TF 621 0 0
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GCAACTAAAAGATATCTCTACAACTTTCCAACATTTTCATCAAGTATTCTTCCGAGGGGT
AGAGTATCAAATACGATGATGAGTCTTTCATCTTTTGAACATCTTGGACCACAGGTAGAG
GATAAAGAAGCAGAATTGCGCGAAAAGAACCACATGCATGATATGATTGTTGCCACTCTG
TATGATGCTCAAGTTTAGTTTCCGTATGTTGTTCTTCACTCCGGCTTGCGCTCTCATCAA
TGTCATTTGCAGCTCATCTAAGAAGTCCCTCTGAAACTTTGCTTCTGACCCAATTTCTTG
AGCAATATTTTTCAATTGCCTGACTTGACCATGGAGACCAGTGATCTCATCGTCTAGGTC
AGAGGGCATGGGATCAATCCTTAGCTGGATTTCCTCTGACCCAGTACCGGTTTTAGTGCT
AAGCCCATCTCCGGATCTGTACGGAGCCGCACCGCCTCTGTAGGGATTCGATGCCATCTA
CGCGAAATCAAAACATAACTCGGGTCTCCTAAGGTTTGAAGAA***TCGAGACAGCGAAA
TTGAAAGAAGAAGAA
TAATCC

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 5

CO CL1206Contig1 997 5 45 U
GCTGCATGAGTTAATACTTAATACTTTTCAACGTGTGAATAGATCTTGGAGTAAAAAACA
ACAGAAAATTTGTCTCCATTTGAGTATTTACAAATGTTCTATTAGAATCTTAAACAGTAA
TACAAAAGTAAGAAGAATCTGGCAACTTCGAGAGCCCTTTGTTCAAGGACAAAATTCTCA
GCAAGTTAAGCAGCTCCAAAGGTGCTAAAACAACCACAAAGAACAAACCTGCGACTTATT
GTTGGATCTTCCTGAACTCTGTGAGGACCGGGTATATATTCTCAAAGGCTTTGTAAGTCT
CCTCTCTCATCTTGGCTCCAGTGATGACTATCTTGCCAGATACAAAAATCAGTAGCACAA
TTTTAGGCACTTTCATCCTGTAGATCAGCCCTGGAAACAACTCAGGCTCGTAACTTGAGA
AAGCGGCGTGAGAGTATGCAAGACCTTCAAGTCTGATAGGGAACTTGACATCACAAGAAC
CTACTATATTCTGAATCTTGAAATCCTTGAACTTTGCAGGAAACCCAAGCTTTTGGACAA
TCCGAGCATACTTTCTTGCAGCCATCTTCGAAAAGTATTCACTCTTGGCTCCAGTACAAA
CCATTTTACCAGAGGCAAAAATTAATGCAGTGGTCTTTGGTTCTCTAATCCGCATGATCA
CAGCAGCAAAACGCTTGGGATTGTATTCAGCATTACGAGCTTGGAGAGCTATGGCTTTGA
GATCTAACTTACAGTCCAAGTTCACCGTTGAGACAATGTTTTGTAGAGTGGGAACAATCC
CAGAAGGATGCTCGACTAGGTCTACTGGATTACTCCCTTCCAATCCTTGATCTGTCATTT
GCCTTTTAGAGATTCAGACACGAAATCTAGGGTTTCGTGCAGATGAGATTTTGCAGAGAT
GGTGTGAGGCTTTTATATACAGATCTGAGAGGATTGGGGAGGGGAAAAAGATTTGTAAAA
TGGGTTGTTTATATATAAAGGAAGGAAGGGAGAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 0 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3F253JQ U 1
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AF RR3B419JQ U 61
AF RR3B419TF C 247
AF RR3ET14TF C 809
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RD RR3F253JQ 213 0 0
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ACAGAAAATTTGTCTCCATTTGAGTATTTACAAATGTTCTACTAGAATCTTAAACAGTAA
TACAAAAGTAAGAAGAATCTGGCAACTTCGAGAGCCCTTTGTTCAAGGACAAAATTCTCA
GCAAGTTAAGCAGCTCCAAAGGTGCTAAAA
CAC

QA 1 210 1 210
DS 

RD RR3CT62JQB 730 0 0
GAG
AAAAACAACAGAAAATTTGTCTCCATTTGAGTATTTACAAATGTTCTATTAGAATCTTAA
ACAGTAATACAAAAGTAAGAAGAATCTGGCAACTTCGAGAGCCCTTTGTTCAAGGACAAA
ATTCTCAGCAAGTTAAGCAGCTCCAA*GGTGCTAAAAGAACCACAACGAACAAACCTGCG
ACTTATTGTTGGATCTTCCTGAACTCCGTGAGGACCGGGTATATATTCTCAAAGGCTTTA
TAGGTCTCCTCTCTCATCTTGGCTCCAGTGATGACTATCTTGCCAGACACAAAAATTAGT
AGGACAATCTTAGGCACTTTCATCCTGTAGATCAGCCCCGGAAACAACTCAGGCTCGTAA
CTAGAGAAAGCGGCGTGAGAGTATGCAAGACCTTCAAGTCTGATAGGGAACTTGACATCA
CAAGAACCTACTATATTCTGAATCTTGAAATCCTTGAACTTTGCAGGAAACCCAAGCTTT
TGGACAATCCGAGCATACTTTCTTGCAGCCATCTTTGAAAAGTATTCACTCTTGGCTCCA
GTACAGACCATTTTACCAGAGGCAAAAATTAATGCAGTGGTCTTGGGCTCTCTAATCCGC
ATGATCACAGCAGCAAAACGCTTGGGATTGTATTCAGCATTACGAGCTTGGAGAGCTATG
GCTTTGAGATCTAGCTTGCAGTCCAAGTTCACCGTTGAGACAATGTTTTGTAGAGTGGGA
ACGATCC

QA 4 730 4 730
DS 

RD RR3B419JQ 793 0 0
G
CAGAAAATTTGTCTCCATTTGAGTATTTACAA*TGTTCTATTAGAATCTTAAACAGTAAT
ACAAAAGTAAGAAGAATCTGGCAACTTCGAGAGCCCTTTGTTCAAGGACAAAATTCTCAG
CAAGTTAAGCAACTCCAAAGGTGCTAAAACA*CCACACAGAACAAACCTGCGACTTATTG
TTGGATCTTCCTGAACTCTGTGAGGACCGGGTATATATTCTCAAAGGCTTTGTAAGTCTC
CTCTCTCATCTTGGCTCCAGTGATGACTATCTTGCCAGATACAAAAATCAGTAGCACAAT
TTTAGGCACTTTCATCCTGTAGATCAGCCCTGGAAACAACTCAGGCTCGTAACTTGAGAA
AGCGGCGTGAGAGTATGCAAGACCTTCAAGTCTGATAGGGAACTTGACATCACAAGAACC
TACTATATTCTGAATCTTGAAATCCTTGAACTTTGCAGGAAACCCAAGCTTTTGGACAAT
CCGAGCATACTTTCTTGCAGCCATCTTCGAAAAGTATTCACTCTTGGCTCCAGTACAAAC
CATTTTACCAGAGGCAAAAATTAATGCAGTGGTCTTTGGTTCTCTAATCCGCATGATCAC
AGCAGCAAAACGCTTGGGATTGTATTCAGCATTACGAGCTTGGAGAGCTATGGCTTTGAG
ATCTAACTTACAGTCCAAGTTCACCGTTGAGACAATGTTTTGTAGAGTGGGAACAATCCC
AGAAGGATGCTCGACTAGGTCTACTGGATTACTCCCTTCCAATCCTTGATCTGTCATTTG
CCTTTTAGAGAT

QA 2 793 2 793
DS 

RD RR3B419TF 751 0 0
TCTTCCTGAACTCTGTGAGGACCGGGTATATATTCTCAAAGGCTTTGTAAGTCTCCTCTC
TCATCTTGGCTCCAGTGATGACTATCTTGCCAGATACAAAAATCAGTAGCACAATTTTAG
GCACTT*CATCCTGTAGATCAGCCCTGGAAACAACTCAGGCTCGTAACTTGAGAAAGCGG
CGTGAGAGTATGCAAGACCTTCAAGTCTGATAGGGAACTTGACATCACAAGAACCTACTA
TATTCTGAATCTTGAAATCCTTGAACTTTGCAGGAAACCCAAGCTTTTGGACAATCCGAG
CATACTTTCTTGCAGCCATCTTCGAAAAGTATTCACTCTTGGCTCCAGTACAAACCATTT
TACCAGAGGCAAAAATTAATGCAGTGGTCTTTGGTTCTCTAATCCGCATGATCACAGCAG
CAAAACGCTTGGGATTGTATTCAGCATTACGAGCTTGGAGAGCTATGGCTTTGAGATCTA
ACTTACAGTCCAAGTTCACCGTTGAGACAATGTTTTGTAGAGTGGGAACAATCCCAGAAG
GATGCTCGACTAGGTCTACTGGATTACTCCCTTCCAATCCTTGATCTGTCATTTGCCTTT
TAGAGATTCAGGCACGAAATCTAGGGTTTCGTGCAGATGAGATTTTGCAGAGATGGTGTG
AGGCTTTTATATACAGATCTGAGAGGATTGGGGGGGGGAAAAAGATTTGTAAAATGGGTT
GTTTATATATAAAGGAAGGAAGGGAGAGTCC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3ET14TF 189 0 0
ATTACTCCCTTCCAATCCTTGATCTGTCATTTGCCTTTTAGAGATTCGGACACGAAATCT
AGGGTTTCGTGCAGATGAGATT**GCAGAGATGGTGTGAGGCTTTTATATACAGATCTGA
GAGGATTGGGGAGGG*AAAAAGATTTGTAAAATGGGTTGTTTATATATAAAGGAAGGAAG
GGAGAGT
CC

QA 1 187 1 187
DS 



AS 1 6

CO CL1207Contig1 1012 6 16 U
GGGACTAGTTCAACCCCTACACCCACAACACCCAGCACACCCAGTACACCAAGTACACCC
ACAACACCTACTAGCTCAACTCCTTCTGCTGGTTCTACGACCACACAATCAGCTACCTCA
TCAACCGCATCAGCGAAACAAGTCGAGACTCAAACATCCCAAGAAGTAATGTCCTTCATA
TCAGAACTCGAGAAGAAGTATGCAGGAAAGGCAGAACTCAACACCTTCTTCCAGAAACTC
AAGTCTTCCATGTCTGCCACATCAAAGATCGCTACCACGGACGAAAAAACCTTCGAATCT
GGGGTGAAAACTGCTGCTGGAACACTAAATGAAGCGGCAGAATCTGTTACTGAAAAATTA
GGCACAGCAGAGACCAAGCAGAAGATAGAATCTTCCCAACAACAGTTGATGCAGACATTC
GAAGAGCTAAAAGAAGTCAACAGTAAAATAGTGAGTGAGAGTAAAGGCCAGACAGTGTCC
TCCACACAACAGTCAGAACTTAAGCAGACGCTCACTAAATGGGAACAAGTCACCACCCAG
TTTGTGGAGACTGCTGTTTCTTCTAGTTCAGCTTCAGCTTCATCTTCCACTCAGTCTCAG
AAATCTCAGCAGTCTCAACAGTCCCTTCAGTCCCAACAGTCTCAGCAGTCTCTGCAGTCA
GTGCAGACACAGCAGGGCAGTACCCTGAAGGCTCAGACTCAGACCAATTGAGATACACTA
ATGCGCCGCAAATCATCAAGAGAGACAAACTAGTACCGCCAAATATGATAATTAGTAGCT
AAGTAGATGTTTTTTGTTTGGTTTTCAATAAAACTAAGATCGGTGTAGGCAATAGATGTC
TACCTTTAGACCGACGTATGCAAATAATAACTTT*GTAAGCAATAAAGATAGACTGTATG
CTCGCTTTTTATGTTTTACATAGAGAAGTAAGCAAGACCCATTAAAGGGATTTTGAATAA
TTTTCTTCTTGTTTCTATATTAAATTAAATAAAAAAATTATTCTTTATGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 
40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN32TF U 1
AF RR3DN32JQ C 88
AF RR3F036TF U 158
AF RR3F036JQ C 292
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BS 904 990 RR3B076TF
BS 991 1012 RR3B076JQ

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TCAGAACTCGAGAAGAAGTATGCAGGAAAGGCAGAACTCAACACCTTCTTCCAGAAACTC
AAGTCTTCCATGTCTGCCACATCAAAGATCGCTACCACGGACGAAAAAACCTTCGAATCT
GGGGTGAAAACTGCTGCTGGAACACTAAATGAAGCGGCAGAATCTGTTACTGAAAAATTA
GGCACAGCAGAGACCAAGCAGAAGATAGAATCTTCCCAACAACAGTTGATGCAGACATTC
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TCCACACAACAGTCAGAACTTAAGCAGACGCTCACTAAATGGGAACAAGTCACCACCCAG
TTTGTGGAGACTGCTGCTTCTTCTAGTTCAGCTTCAGCTTCATCTTCCACTCAGTCTCAG
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GTGCAGACACA

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DS 

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TGCT
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AAACATCCCAAGAAGTAATGTCCTTCATATCAGAACTCGAGAAGAAGTATGCAGGAAAGG
CAGAACTCAACACCTTCTTCCAGAAACTCAAGTCTTCCATGTCTGCCACATCAAAGATCG
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CTTCCCAACAACAGTTGATGCAGACATTCGAAGAGCTAAAAGAAGTCAACAGTAAAATAG
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TCACTAAATGGGAACAAGTCACCACCCAGTTTGTGGAGACTGCTGCTTCTTCTAGTTCAG
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CTCAGACTCAGACCAATTGAGATACACTAATGCGCCGCAAATCATCAAGAGAGACAAACT
AGTACCGCCAAATATGATAATTAGTAGCTAAGTAGATGTTTTTTGTTTGGTTTTCAATAA
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TTT*GTAAGCAATAAA

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DS 

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G
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GGACGAAAAAACCTTCGAATCTGGGGTGAAAACTGCTGCTGGAACACTAAATGAAGCGGC
AGAATCTGTTACTGAAAAATTAGGCACAGCAGAGACCAAGCAGAAGATAGAATCTTCCCA
ACAACAGTTGATGCAGACATTCGAAGAGCTAAAAGAAGTCAACAGTAAAATAGTGAGTGA
GAGTAAAGGCCAGACAGTGTCCTCCACACAACAGTCAGAACTTAAGCAGACGCTCACTAA
ATGGGAACAAGTCACCACCCAGTTTGTGGAGACTGCTGTTTCTTCTAGTTCAGCTTCAGC
TTCATCTTCCACTCAGTCTCAGAAATCTCAGCAGTCTCAACAGTCCCTTCAGTCCCAACA
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CCAAATATGATAATTATTAGCTAAGTAGATGTTTTTTGTTTGGTTTTCAATAAAACTAAG
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AGCAATAAAGATAGACTGTATGCTC

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CAGTTTCAGAAATTTCAGCAGTCTCAACAGTCCCTTCAGTCCCAACAGTTTCAGCAGTTT
CTGCAGTCAGTGCAGACACAGCAGGGCAGTACCCTGAAGGCTCAGACTCAGACCAATTGA
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TTATTAGCTAAGTAGATGTTTTTTGTTTGGTTTTCAATAAAACTAAGATCGGTGTAGGCA
ATAGATGTCTACCTTTAGACCGACGTATGCAAATAATAACTTT*GTAAGCAATAAAGATA
GACTGTATGCTCGCTTTTTATGTTTTACATAGAGAAGTAAGCAAGACCC
T

QA 1 649 1 649
DS 

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G
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CGAAAAAACCTTCGAATCTGGGGTGAAAACTGCTGCTGGAACACTAAATGAAGCGGCAGA
ATCTGTTACTGAAAAATTAGGCACAGCAGAGACCAAGCAGAAGATAGAATCTTCCCAACA
ACAGTTGATGCAGACATTCGAAGAGCTAAAAGAAGTCAACAGTAAAATAGTGAGTGAGAG
TAAAGGCCAGACAGTGTCCTCCACACAACAGTCAGAACTTAAGCAGACGCTCACTAAATG
GGAACAAGTCACCACCCAGTTTGTGGAGACTGCTGTTTCTTCTAGTTCAGCTTCAGCTTC
ATCTTCCACTCAGTCTCAGAAATCTCAGCAGTCTCAACAGTCCCTTCAGTCCCAACAGTC
TCAGCAGTCTCTGCAGTCAGTGCAGACACAGCAGGGCAGTACCCTGAAGGCTCAGACTCA
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TTAAAGGGATTTTGAATAATTTTCTTCTTGTTTCTATATTAAATTAAAT

QA 2 770 2 770
DS 

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GGCACAGCAGAGACCAAGCAGAAGATAGAATCTTCCCAACAACAGTTGATGCAGACATTC
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TCCACACAACAGTCAGAACTTAAGCAGACGCTCACTAAATGGGAACAAGTCACCACCCAG
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CTCGCTTTTTATGTTTTACATAGAGAAGTAAGCAAGACCCATTAAAGGGATTTTGAATAA
TTTTCTTCTTGTTTCTATATTAAATTAAATAAAAAAATTATTCTTTATGACC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 5

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ATTCTTGTCCTGACACCAGTTAAAACCTTCCATGACAAGCTGATGCGCTCTTGATATGAG
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ACCTCGTGGAGATATTCCCCACCCACATCGATCATCGGGATCAGACCATAGTAAATCACA
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ATCCAGAGAAGGTGAAAGCCCTCCATGCAAACAGAAAACCTGACTCTCAATGAGGGCAGT
AAGAGGAAGATAATCGAAAAGGTCAGTGAAATGCTTCCAGACATTTGCATTTCCGTACTT
CCTCAAACATTCATCATAAAAACCATAGACTTGAGTAATCTGCCGACTCTCGTGATTCCC
TCGCAAGATTGTAATCCTATCCCTGTACCGCACTTTCAATGCCACCAACAGAGAAACTGT
TTCCACTGAATAGTAGCCACGGTCTACATAGTCACCCATGAAGAGGTAATTGGTATCGGG
AGGATTCCCACCGATTCGAAAGAGCTCGATTAGGTCATAGAACTGTCCGTGAATATCTCC
GCAGACGGTCACAGGACATTTCACCGGCTGAACGTTCCACTCCTCGACGAGAATGGCTCG
GGCTTGATCGCAGAGCGTCTTCACATCGGCCTCTGATAACGGTTTACACTCCATCAGCTG
GGAGATCTGACGGTCTAGATCTCCGTTCGGCGGCATCGGAAAGACCACCGATCTTTTTTT
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TCTCTGGTCTTTTTGGCTGAGAGATGGAAAAATGGATTTTTCCTTTTTGGAGTTTTGAGA
CGGAAAGACAATGAAAATGAAAGAGGAAACACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EC82JQ U 24
AF RR3AM81JQ U 1
AF RR3CK30JQ U 59
AF RR3AM81TF C 538
AF RR3CK30TF C 496
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RD RR3EC82JQ 429 0 0
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TGAAAAATTAAAAATGGTTGGAACCAAGCAAAAAAAGAAAAATACAAAAAAATCACAAAA
AATAATCAGGGGTCTTGCGGGTAGTATCTGGTTCGACTTGACGAGGAGCTGGATCAAACT
GGAGGAAGTTCTGGTCCATGTTCTCTCCTATCTCTAGGATAGCTGCCATGTTTCCCCACC
GGTAGCAATAGTTTGGTGCACTAAACACCGTCACTACATTCTTGTCCTGGCACCAGTTAA
AACCTTCCATGACAAGCTGATGCCCTCTTGATATGAAACTGAGTCCATTGTTGTGATTGA
ACTGAGTTGCGATATCTTGTCCAAATGTATAACCAGCACCTCGTGGAAATATTCCCCACC
CACATCGAT

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DS 

RD RR3AM81JQ 805 0 0
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ATAAACAAGATAAACAGGAATTTTGAAAAATTAAAAATGGTTGGAACCAAGCAAAAAAAG
AAAAATACAAAAAAATCACAAAAAATAATCAGGGGTCTTGCGGGTAGTATCTGGTTCGAC
TTGACGAGGAGCTGGATCAAACTGGAGGAAGTTCTGGTCCATGTTCTCTCCTATCTCTAG
AATAGCTGCCATGTTTCCACACCGGTAGCAATAGTTTGGTGCACTAAACACCGTCACTAC
ATTCTTGTCCTGACACCAGTTAAAACCTTCCATGACAAGCTGATGCGCTCTTGATATGAG
ACTGAGTCCATTGTTGTGATTGAACTGAGTTGCGATATCTTGTCCAAATGCATAACCAGC
ACCTCGTGGAGATATTCCCCACCCACATCGATCATCGGGATCAGACCATAGTAAATCGCA
CATTGGTCCTTCGTGTGGAACCTCCTGTATCCGATCCAAGCTTCGGATATTGTCAAGAGT
ATCCAGAGAAGGTGATAGCCCTCCATGCAAACAGAAAACCTGACTCTCAATGAGGGCAGT
AAGAGGAAGATAATCGAAAAGGTCAGTGAAATGCTTCCAGACATTTGCATTTCCGTACTT
CCTCAAACATTCGTCATAAAAACCATAGACTTGAGTAATCTGCCGACTCTCGTGATTCCC
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TTCCACTGAGTAGTAGCCACGGTCT

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DS 

RD RR3CK30JQ 763 0 0
G
CATAAACAAGATAAACAGGAATTTTGAAAAATTAAAAATGGTTGGAACCAAGCAAAAAA*
GAAAAATACAAAAAAATCACAAAAAATAATCAGGGGTCTTGCGGGTAGTATCTGGTTCGA
CTTGACGAGGAGCTGGATCAAACTGGAGGAAGTTCTGATCCATGTTCTCTCCTATCTCTA
GAATAGCTGCCATGTTTCCACACCGGTAGCAATAGTTTGGTGCACTAAACACCGTCACTA
CATTCTTGTCCTGACACCAGTTAAAACCTTCCATGACAAGCTGATGCGCTCTTGATATGA
GACTGAGTCCATTGTTGTGGTTGAACTGAGTAGCGATATCTTGTCCAAATGTATAACCAG
CACCTCGTGGAGATATTCCCCACCCACATCGATCATCGGGATCAGACCATAGTAAATCAC
ACATTGGTCCTTCGTGTGGAACCTCCTGTATCCGATCCAAGCTTCGGATATTGTCAAGGG
TATCCAGAGAAGGTGAAAGCCCTCCATGCAAACAGAAAACCTGGCTCTCAATGAGGGCAG
TAAGAGGAAGATAATCGAAAAGGTCAGTGAAATGCTTCCAGACGTTTGCATTTCCGTACT
TCCTCAAACATTCATCATAAAAACCATAGACTTGAGTAATCTGCCGACTCTCGTGATTCC
CTCGCAAGATTGTAATCCTATCTCTGTACCGCACTTTCAATGCCACCAGTAGAGAAACTG
TTTCCACTGAATAGTAGCCACGGTCTACATAGTCACCCATGA

QA 2 763 2 763
DS 

RD RR3AM81TF 644 0 0
A
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GTAAGAGGAAGATAATCGAAAAGGTCAGTGAAATGCTTCCAGACATTTGCATTTCCGTAC
TTCCTCAAACATTCGTCATAAAAACCATAGACTTGAGTAATCTGCCGACTCTCGTGATTC
CCTCGCAAGATTGTAATCCTATCCCTGTATCGCACTTTCAGTGCCACCAACAGAGAAACT
GTTTCCACTGAGTAGTAGCCACGGTCTACATAGTCACCCATGAAGAGGTAATTGGTATCG
GGAGGATTCCCACCGATTCGAAAGAGCTCGATTAGGTCATAGAACTGTCCGTGAATATCT
CCGCAGACGGTCACAGGACATTTCACCGGCTGAACGTTCCACTCCTCGACGAGAATGGCT
CTGGCTTGATCGCAGAGCGTCTTCACATCTGCCTCTGATAACGGTTTACACTCCATCAGC
TGGGAGATCTGACGGTCTAGATCTCCGTTTGGCGGCATCGGAAAGACCCCCGATCTTTTT
T*AACTTATACGGCGGGTGATGGATGGATGGAGAAGATGATGAAATGGCCTGAGAGACCA
AATCTCTGGTCTTTTTGGCTGAGAGATGGAAAA
TGGTCTTTCC

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DS 

RD RR3CK30TF 739 0 0
GTGGAA
CTCCTGTATCCGATCCA*GCTTCGGATAT*GTCAAGGGTATCCAGAGAAGGTGAAAGCCC
TCCATGCAAACAGAAAACCTGGCTCTCAATGAGGGCAGTAAGAGGAAGATAATCGAAAAG
GTCAGTGAAATGCTTCCAGACGTTTGCATTTCCGTACTTCCTCAAACATTCATCATAAAA
ACCATAGACTTGAGTAATCTGCCGACTCTCGTGATTCCCTCGCAAGATTGTAATCCTATC
TCTGTACCGCACTTTCAATGCCACCAGTAGAGAAACTGTTTCCACTGAATAGTAGCCACG
GTCTACATAGTCACCCATGAAGAGGTAATTGGTATCGGGAGGATTCCCACCGATTCGAAA
GAGCTCGATTAGGTCATAGAACTGTCCGTGAATATCTCCGCAGACGGTGACAGGACATTT
CACCGGCTGAACGTTCCACTCCTCGACGAGGATGGCTCGTGCTTGATCGCAGAGCGTCTT
CACATCGGCCTCTGATAACGGTTTACACTCCATCAGCTGGGAGATCTGACGGTCTAGATC
TCCGTTCGGCGGCATCGGAAAGACCACCGATCTTTTTTTAACTTATACGGCGGGTGGTGG
ATGGATGGAGAAGATGATGAAATGGCCTGAGAGATCAAATCTCTGGTCTTTTTGGCTGAG
AGATGGAAAAATGGATTTTTCCTTTTTGGAGTTTTGAGACGGAAAGACAATGAAAATGAA
AGAGGAAACACCC

QA 7 739 7 739
DS 



AS 2 5

CO CL1209Contig1 984 2 4 U
GGGAGACTGCCCTCACTGCCACTCGGAGGAGTCAAACATGTGCGACCTTCTGAGGATCAA
CACCGAGAGAGGAGGGATGATACACGACGGCCAATCAAGATTCTCCATCAACGGCAAACC
GATATACCATTTCCTTGGAACCTCCACGTTCAGCGAGTACACCGTGGTTCACTCCGGTCA
AGTCGCCAAGATCAACCCCGAAGCTCCTCTCGACAAAGTCTGCATCGTCAGCTGCGGTTT
GTCCACCGGGATGGGAGCTACTTTGAACGTGGCGAAACCGAAGAAAGGTCAGGGCGTTGC
GGTTTTCGGGCTCGGTGCTGTTGGTTTAGCCGCTGCGGAAGGTGCTAGGATGGCTGGTGC
TGGTAGGATCATTGGTGTTGATCTTAACCCCAAGAGATTCGAGGAAGCTAAGAAGTTTGG
TGTGACTGAGTTTGTGAACCCTAGAGAACATGACAAACCGGTTCAGCAAGTCATCGCTGA
GATGACAGACGGTGGTGTGGACAGGAGTGTGGAGTGCACTGGAAGCGTCCAAGCCATGAT
TCAAGCATTTGAATGTGTTCACGATGGTTGGGGTGTTGCGGTGCTGGTTGGTGTGCCGAG
CAAAGACGACGCCTTCAAGACCCATCCGATGAACCTGCTGAACGAGAGGACACTCAAAGG
GTACTTTCTTTGGCAACTACAAACCCAAAACCGACATCCCCGGGGTCGTCGAGAAGTACA
TGAACAAAGAGCTGGAGCGAAGTTCATCACTCACACAGTCCCATTCTCTGAGATCAACAA
GGCCTTTGATTACATGTTAAAAGGAGAGAGCATCCGTTGCATCATCACCATGGGTGCTTA
ACTACCAATAAATGTCTACTTTGTGTGTGTTTAGTAGACTATCATCTCTTATTGCTTTTG
TTTTTTTTTTAAAGTGTCTCTAAATCTATTACCATATCGTTTTGTAATAGTTTTCATTCA
ATAAAAATAATGTTTATGTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B571TF U 1
AF RR3B571JQ C 201
BS 1 781 RR3B571TF
BS 782 782 RR3B571JQ
BS 783 799 RR3B571TF
BS 800 984 RR3B571JQ

RD RR3B571TF 799 0 0
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CACCGAGAGAGGAGGGATGATACACGACGGCCAATCAAGATTCTCCATCAACGGCAAACC
GATATACCATTTCCTTGGAACCTCCACGTTCAGCGAGTACACCGTGGTTCACTCCGGTCA
AGTCGCCAAGATCAACCCCGAAGCTCCTCTCGACAAAGTCTGCATCGTCAGCTGCGGTTT
GTCCACCGGGATGGGAGCTACTTTGAACGTGGCGAAACCGAAGAAAGGTCAGGGCGTTGC
GGTTTTCGGGCTCGGTGCTGTTGGTTTAGCCGCTGCGGAAGGTGCTAGGATGGCTGGTGC
TGGTAGGATCATTGGTGTTGATCTTAACCCCAAGAGATTCGAGGAAGCTAAGAAGTTTGG
TGTGACTGAGTTTGTGAACCCTAGAGAACATGACAAACCGGTTCAGCAAGTCATCGCTGA
GATGACAGACGGTGGTGTGGACAGGAGTGTGGAGTGCACTGGAAGCGTCCAAGCCATGAT
TCAAGCATTTGAATGTGTTCACGATGGTTGGGGTGTTGCGGTGCTGGTTGGTGTGCCGAG
CAAAGACGACGCCTTCAAGACCCATCCGATGAACCTGCTGAACGAGAGGACACTCAAAGG
GTACTTTCTTTGGCAACTACAAACCCAAAACCGACATCCCCGGGGTCGTCGAGAAGTACA
TGAACAAAGAGCTGGAGCGAAGTTCATCACTCACACAGTCCCATTCTCTGAGATCAACAA
G*CCTTTGATTACATGTTA

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3B571JQ 784 0 0
AA
GCTCCTCTCGACAAAGTCTGCATCGTCAGCTGCGGTTTGTCCACCGGGATGGGAGCTACT
TTGAACGTGGCGAAACCGAAGAAAGGTCAGGGCGTTGCGGTTTTCGGGCTCGGTGCTGTT
GGTTTAGCCGCTGCGGAAGGTGCTAGGATGGCTGGTGCTGGTAGGATCATTGGTGTTGAT
CTTAACCCCAAGAGATTCGAGGAAGCTAAGAAGTTTGGTGTGACTGAGTTTGTGAACCCT
AGAGAACATGACAAACCGGTTCAGCAAGTCATCGCTGAGATGACAGACGGTGGTGTGGAC
AGGAGTGTGGAGTGCACTGGAAGCGTCCAAGCCATGATTCAAGCATTTGAATGTGTTCAC
GATGGTTGGGGTGTTGCGGTGCTGGTTGGTGTGCCGAGCAAAGACGACGCCTTCAAGACC
CATCCGATGAACCTGCTGAACGAGAGGACACTCAA*GGGTACTTTCTTTGGCAACTACAA
ACCCAAAACCGACATCCCCGGGGTCGTCGAGAAGTACATGAACAAAGAGCTGGAGCGAAG
TTCATCACTCACACAGTCCCATTCTCTGAGATCAACAAGGCCTTTGATTACATGTTAAAA
GGAGAGAGCATCCGTTGCATCATCACCATGGGTGCTTAACTACCAATAAATGTCTACTTT
GTGTGTGTTTAGTAGACTATCATCTCTTATTGCTTTTGTTTTTTTTTTAAAGTGTCTCTA
AATCTATTACCATATCGTTTTGTAATAGTTTTCATTCAATAAAAATAATGTTTATGTGTT
TC

QA 3 784 3 784
DS 



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CCTTTTAACATGTAATCAAAGGCCTTGTTGATTTCAGAGAATGGGACTGTGTGAGTGATG
AACTTCTCAAGCTCCAGCTCCTTGTTCATGTACTTTTCGACGACCCCGGGAATGTCGGTT
TTGGGTTTGTAGTTCCCAAAGAAAGTACCTTGAGTGTCCTCTCGTTCAGCAGGTTCATCG
GATGGGTCTTGAAGGCGTCGTCTTTGCTCGGCACACCAACCAGCACCGCAACACCCCAAC
CATCGTGAACACATTCAAAAGCTTGATACGGACTTCGTGTTTCTGCGGTGGAGCAACCTC
TACTTCCTCCATCACCAGTGGCTTTCCAGCTTCCCATGCCACAGCAGCTTTGCATCGAAT
GATTTGTCCGATCGTAGACATGATCAACAGTGATGAACTTATAGATCTTTCTTTGGTTTT
TGTTTGTGTTTGATTGTGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3FC05JQ U 45
AF RR3F266JQ U 1
AF RR3F266TF C 1
BS 1 621 RR3F266JQ

RD RR3FC05JQ 275 0 0
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QA 1 275 1 275
DS 

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TGTTTGTGTTTGATTGTGTCC

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3F266TF 621 0 0
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ACAAAGTAGACATTTATTGGTAGTTAAGCACCCATGGTGATGATGCAACGGATGCTCTCT
CCTTTTAACATGTAATCAAAGGCCTTGTTGATTTCAGAGAATGGGACTGTGTGAGTGATG
AACTTCTCAAGCTCCAGCTCCTTGTTCATGTACTTTTCGACGACCCCGGGAATGTCGGTT
TTGGGTTTGTAGTTCCCAAAGAAAGTACCTTGAGTGTCCTCTCGTTCAGCAGGTTCATCG
GATGGGTCTTGAAGGCGTCGTCTTTGCTCGGCACACCAACCAGCACCGCAACACCCCAAC
CATCGTGAACACATTCAAAAGCTTGATACGGACTTCGTGTTTCTGCGGTGGAGCAACCTC
TACTTCCTCCATCACCAGTGGCTTTCCAGCTTCCCATGCCACAGCAGCTTTGCATCGAAT
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TGTTTGTGTTTGATTGT
GTCC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 2 6

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GTTTCAGTAAGAGCTGAAGTCACAACAGATGCTCCTCCAGTGAAGAAAGTAGAGAAAGAG
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TTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGTTCATTGCTCTACACAGAGGAGTTTGATAAGATG
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GTTTATGTTTTAGATATATATACATTATACTGAAAAGGGGGTTCTTTTATCTTTACCATT
TC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 

AF RR3CK13TF U 1
AF RR3FK42TF U 1
AF RR3FK42JQ C 475
AF RR3D223TF U 666
BS 1 325 RR3CK13TF
BS 326 326 RR3FK42TF
BS 327 634 RR3CK13TF
BS 635 660 RR3FK42TF
BS 661 661 RR3FK42JQ
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BS 1230 1262 RR3D223TF

RD RR3CK13TF 634 0 0
GGAGTTTCATTTCATTACCTCTCCAAAATGGCGTCTACTTTGAATGCTGCTGTCTCTCTC
ACATCTTCCAAGTCTTCTTCCTTTCCAGCTACAAGCTGTGCCATTGCTCCTGAAAGGATC
AGGTTTGGTAAGGGTGCTTTTAACTACAAAAGCAACAGTGTGGTGACAAGCAGAAGAGTG
GTTTCAGTAAGAGCTGAAGTCACAACAGATGCTCCTCCAGTGAAGAAAGTAGAGAAAGAG
TCTAAGAAGAACGAGGAAGGTGTGATTACTAACAAATACAGACCAAAAGAGCCTTACACC
GGAAAAGTGCTCCTCAACACCAAAATCACAGCAGATGATGCTCCTGGAGAGACCTGGCAC
ATGGTTTTCAGCCATGCAGGAGAAATACCGTACAGAGAGGGACAATCTGTTGGTGTGATT
GCTGATGGAGTTGACAAGAACGGAAAGCCTAACAAAGTCAGGCTTTACTCCATTGCAAGC
AGCGCTCTTGGAGATCTTGGCAACTCTGAAACTGTTTCTCTGTGTGTGAAAAGGCTTGTT
TATACTAATGACGCAGGAGAGGTTGTTAAAGGAGTTTGCTCAAACTTCTTGTGTGACTTG
AAACCAGGAAGTGATGTCAAGCTCACTGGTCCTG

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3FK42TF 694 0 0
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ACATCTTCCAAGTCTTCTTCCTTTCCAGCTACAAGCTGTGCCATTGCTCCTGAAAGGATC
AGGTTTGGTAAGGGTGCTTTTAACTACAAAAGCAACAGTGTGGTGACAAGCAGAAGAGTG
GTTTCAGTAAGAGCTGAAGTCACAACAGATGCTCCTCCAGTGAAGAAAGTAGAGAAAGAG
TCTAAGAAGAACGAGGAAGGTGTGATTACTAACAAGTACAGACCAAAAGAGCCTTACACC
GGAAAAGTGCTCCTCAACACCAAAACCACAGCAGATGATGCTCCTGGAGAGACCTGGCAC
ATGGTTTTCAGCCATGCAGGAGAAATACCGTACAGAGAGGGACAATCTGTTGGTGTGATT
GCTGATGGAGTTGACAAGAACGGAAAGCCTAACAAAGTCAGGCTTTACTCCATTGCAAGC
AGCGCTCTTGGAGATCTTGGCAACTCTGAAACTGTTTCTCTGTGTGTGAAAAGGCTTGTT
TATACTAATGACGCAGGAGAGGTTGTTAAAGGAGTTTGCTCAAACTTCTTGTGTGACTTG
AAACCAGGAAGTGATGTCAAGCTCACTGGTCCTGTAGGGAAAGAAATGCTTATGCCTAAG
*ATCCAAACGCCACTGTTATTATGCTTGCCACAG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3FK42JQ 783 0 0
GCA
AGCAGCGCTCTTGGAGATCTTGGCAACTCTGAAACTGTTTCTCTGTGTGTGAAAAGGCTT
GTTTATACTAATGACGCAGGAGAGGTTGTTAAAGGAGTTTGCTCAAACTTCTTGTGTGAC
TTGAAACCAGGAAGTGATGTCAAGCTCACTGGTCCTGTAGGGAAAGAAATGCTTATGCCT
AAGGATCCAAACGCCACTGTTATTATGCTTGCCACAGGGACAGGAATAGCTCCTTTTAGG
TCTTTCTTGTGGAAGATGTTCTTCGAGAAACATGATGACTACAAGTTTAATGGCTTAGCT
TGGTTGTTCTTGGGTGTACCAACCACTAGTTCATTGCTCTACACAGAGGAGTTTGATAAG
ATGAAAGCAAAGGCCCCAGAGAACTTCAGGGTTGATTACGCGATAAGCAGAGAACAAGCA
AATGATAAAGGAGAGAAAATGTATATCCAGACAAGAATGGCACAATACGCACCTGAGCTA
TGGGAGTTGCTGAA**AAGACAACACGTTTGTCTACATGTGTGGGCTTAAGGGGATGGAG
AAAGGAATTGACGACATCATGGTCTCCTTAGCTGCTAATGACGGTATTGACTGGTTTGAT
TATAAGAAGCAGTTGAAGAAGGCAGAGCAATGGAACGTTGAAGTTTACTGATTTGAACAT
TCTATATGGCAAAAGTATTAGTGTAATTTTTTCAGATCCAATGTCTCTGTAATCTGAACA
TAAGTTTATGTTTTAGATATAT**ACATTATACTGAAAAGGGGGTTCTTTTATCTTTACC

QA 4 783 4 783
DS 

RD RR3D223TF 597 0 0
G
AACGCCACTGTTATTATGCTTGCCACAGGGACAGGAATAGCTCCTTTTAGGTCTTTCTTG
TGGAAGATGTTCTTCGAGAAACATGATGACTACAAGTTTAATGGCTTAGCTTGGTTGTTC
TTGGGTGTACCAACCACTAGTTCATTGCTCTACACAGAGGAGTTTGATAAGATGAAAGCA
AAGGCCCCAGAGAACTTCAGGGTTGATTACGCGATAAGCAGAGAACAAGCAAATGATAAA
GGAGAGAAAATGTATATCCAGACAAGAATGGCACAATACGCACCTGAGCTATGGGAGTTG
CTGAAGAAAGACAACACGTTTGTCTACATGTGTGGGCTTAAGGGGATGGAGAAAGGAATT
GACGACATCATGGTCTCCTTAGCTGCTAATGACGGTATTGACTGGTTTGATTATAAGAAG
CAGTTGAAGAAGGCAGAGCAATGGAACGTTGAAGTTTACTGATTTGAACATTCTATATGG
CAAAAGTATTAGTGTAATTTTTTCAGATCCAATGTCTCTGTAATCTGAACATAAGTTTAT
GTTTTAGATATATATACATTATGCTGAAAAGGGGGTTCTTTTATCTTTACCATTTC

QA 2 597 2 597
DS 



CO CL1210Contig2 988 2 2 U
GAGACCTGGCACATGGTTTTCAGCCATCAAGGTGAAATACCGTACAGAGAGGGACAATCT
GTTGGTGTGATTGCAGATGGGATTGACAAGAATGGAAAGCCTAACAAGGTCAGGCTTTAC
TCCATTGCGAGCAGCGCTCTTGGAGATTTTGGCAACTCTGAAACCGTCTCTTTGTGCGTG
AAAAGGCTTGTTTATACTAACGACGCAGGAGAGGTTGTTAAAGGAGTTTGCTCAAACTTC
TTGTGTGACTTGAAACCAGGGAGTGAGGTTAAGCTCACTGGTCCTGTAGGGAAAGAAATG
CTTATGCCTAAGGATCCAAACGCTACTGTTATTATGCTTGCCACAGGGACAGGAATAGCT
CCTTTCAGGTCTTTCTTGTGGAAGATGTTCTTTGAGAAACATGATGACTACAAGTTTAAT
GGCTTAGCCTGGCTGTTCTTGGGCGTACCAACCACTAGTTCATTGCTCTACACAGAGGAG
TTTGGTAAGATGAAAGCTAAGGCACCTGAGAATTTCAGGGTTGATTACGCTATAAGCAGA
GAAGAAACAAACGATAAAGGAGAGAAAATGTATATTCAGACAAGAATGGCGCAGTACGCA
CCTGAGTTATGGGAGTTGTTGAAGAAAGACAACACGTTTGTCTACATGTGTGGGCTCAAG
GGCATGGAGAAAGGAATTGATGACATTATGGTCTCATTAGCTGCTAATGACGGTATTGAT
TGGTTTGATTATAAGAAGCAGTTGAAGAAGGCAGAGCAATGGAACGTTGAAGTCTACTGA
TTTAACATTCGGTGGCAAGTATAGTGGAACAGCAAGTGTAATTTTCACATCTAAGTTTGT
GTAACCTGAAGATAAGCTATGTTTTTTTGATATATACTATACTATCATTTTCATCATTCA
TTGCCATTATACTGCTTTGGTATTAGATGTTACATTGACGGAGAGAGTTGTCCTCAGTTT
ATAGCAATCTCATGTATTTTATGATGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP82TF U 1
AF RR3CP82JQ C 274
BS 1 358 RR3CP82TF
BS 359 988 RR3CP82JQ

RD RR3CP82TF 358 0 0
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AAAAGGCTTGTTTATACTAACGACGCAGGAGAGGTTGTTAAAGGAGTTTGCTCAAACTTC
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CTTATGCCTAAGGATCCAAACGCTACTGTTATTATGCTTGCCACAGGGACAGGAATAG

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR3CP82JQ 715 0 0
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GAGAAACATGATGACTACAAGTTTAATGGCTTAGCCTGGCTGTTCTTGGGCGTACCAACC
ACTAGTTCATTGCTCTACACAGAGGAGTTTGGTAAGATGAAAGCTAAGGCACCTGAGAAT
TTCAGGGTTGATTACGCTATAAGCAGAGAAGAAACAAACGATAAAGGAGAGAAAATGTAT
ATTCAGACAAGAATGGCGCAGTACGCACCTGAGTTATGGGAGTTGTTGAAGAAAGACAAC
ACGTTTGTCTACATGTGTGGGCTCAAGGGCATGGAGAAAGGAATTGATGACATTATGGTC
TCATTAGCTGCTAATGACGGTATTGATTGGTTTGATTATAAGAAGCAGTTGAAGAAGGCA
GAGCAATGGAACGTTGAAGTCTACTGATTTAACATTCGGTGGCAAGTATAGTGGAACAGC
AAGTGTAATTTTCACATCTAAGTTTGTGTAACCTGAAGATAAGCTATGTTTTTTTGATAT
ATACTATACTATCATTTTCATCATTCATTGCCATTATACTGCTTTGGTATTAGATGTTAC
ATTGACGGAGAGAGTTGTCCTCAGTTTATAGCAATCTCATGTATTTTATGATGGT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 2 5

CO CL1211Contig1 828 3 12 U
CATGCATAATTCACATTCATATAAAAAAGCCTTCAAGGACAATTACAACTCCAACAACAA
ACCCAAATACAACATAAATCAACGGACAAGGGTTCATCTAAAAAGAAGATCCAACGGCCA
CACAGAAATTCAATTACGATGAGAAATAAAAACAAATCATATCACAACATTTAATTTTCA
GCGTCTTCAGTAATCAGTGGTGGGCAATTGCTCGTGACCGTTTTCGATGATGTAAACAAA
GTCGTAGATGATTCCGGCGAGACCACCACCGACAAGAGGACCAACCCAGTAAATCCAGTG
GTTGCTCCATGACCAGCTCACGACGGCTGGTCCAAAAGCGACGGCTGGGTTCATGGAGGC
TCCGCTGAAAGCTCCACCCGCGAGGATGTTAGCTCCGACGATGAAACCTATTGCGATTGG
TGCGATTGTTCCGAGGCTACCGTTTTTGGGGTCGATGGCTGTGGCGTAAACGGTGTAAAC
GAGCCCGAAGGTCATCACGATCTCGAAGACGAGACCGTTCAAGGTTCCAACTCCAGCGGA
GAGACCGAACGCTGGAACTGCCAAGCCACCGGTGGCGAATTGAAGGAGGAAACAAGCGGC
GACTGAGCCAAGAAGCTGAGCAATCCAATAGAGAAGGCCACGGAGGAGAGTGATGTTTCC
ACCGAGGAAGGCACCGAAGGTAACGGCAGGGTTAACGTGTCCACCGGAGATGTTGGCACC
GACAGAAACAGCAACGAAGAGACCGAAAGCATGAGCTAAGGCAGCGGCGACAAGGCCTGA
AGGAGTGGTGGCTCCATTGTCAGTGAGCTTGTTGAAAGCAATTCCTGA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BM50JQ U 19
AF RR3AH50JQ U 1
AF RR3B816JQ U 4
BS 1 20 RR3AH50JQ
BS 21 21 RR3B816JQ
BS 22 99 RR3AH50JQ
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BS 101 115 RR3AH50JQ
BS 116 116 RR3BM50JQ
BS 117 411 RR3AH50JQ
BS 412 412 RR3BM50JQ
BS 413 492 RR3AH50JQ
BS 493 493 RR3BM50JQ
BS 494 820 RR3AH50JQ
BS 821 828 RR3B816JQ

RD RR3BM50JQ 750 0 0
ATC
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AGAATTAAAAACAAATCATATCACAACATTTAATTTTCAGCGTCTTCAGTAATCAGTGGT
GGGCAATTGCTCGTGACCGTTTTCGATGATGTAAACAAAGTCGTAGATGATTCCAGCGAG
ACCACCACCAACAAGAGGACCAACCCAGTAAATCCAGTGGTTGCTCCACGACCAGCTCAC
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GAGGATGTTAGCTCCGACGATGAAACCTATTGCGATTGGTGCGATTGTTCCGAGGCTACC
GTTTTTGGGGTCGATGGCTGTGGCGTAAACGGTGTAAACGAGCCCGAAGGTCATCACGAT
CTCGAAGACGAAACCGTTCAAGGTTCCAACTCCAGCAGAGAGACCGAAAGCTGGAACTGC
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ACCGAAAGCATGAGCTAAGGCAGCGGC

QA 4 750 4 750
DS 

RD RR3AH50JQ 820 0 0
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GCGTCTTCAGTAATCAGTGGTGGGCAATTGCTCGTGACCGTTTTCGATGATGTAAACAAA
GTCGTAGATGATTCCGGCGAGACCACCACCGACAAGAGGACCAACCCAGTAAATCCAGTG
GTTGCTCCATGACCAGCTCACGACGGCTGGTCCAAAAGCGACGGCTGGGTTCATGGAGGC
TCCGCTGAAAGCTCCACCCGCGAGGATGTTAGCTCCGACGATGAAACCTATGGCGATTGG
TGCGATTGTTCCGAGGCTACCGTTTTTGGGGTCGATGGCTGTGGCGTAAACGGTGTAAAC
GAGCCCGAAGGTAATCACGATCTCGAAGACGAGACCGTTCAAGGTTCCAACTCCAGCGGA
GAGACCGAACGCTGGAACTGCCAAGCCACCGGTGGCGAATTGAAGGAGGAAACAAGCGGC
GACTGAGCCAAGAAGCTGAGCAATCCAATAGAGAAGGCCACGGAGGAGAGTGATGTTTCC
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QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3B816JQ 825 0 0
GT
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AATACAACATAAATCAACGGACAAGGGTCCATCTAAAAAGAAGATCCAACGGGCACACAG
AAATTCAATTACGAAGAGAAATAAAAACAAATCATATCACAACATTTAATTTTCAGCGTC
TTCAGTAATCAGTGGTGGGCAATTGCTCGTGACCGTTTTCGATGATGTAAACAAAGTCGT
AGATGATTCCGGCGAGACCACCACCGACAAGAGGACCAACCCAGTAAATCCAGTGGTTGC
TCCATGACCAGCTCACGACAGCTGGTCCGAAAGCGACGGCTGGGTTCATGGAGGCTCCGC
TGAAAGCTCCACCCGCGAGGATGTTTGCTCCGACGATGAAACCTATTGCGATTGGTGCGA
TTGTTCCGAGGCTACCGTTTTTGGGGTCGATGGCTGTGGCGTAGACGGTGTAGACGAGCC
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CGAACGCTGGAACTGCCAAGCCACCGGTGGCGAATTGAAGGAGGAAACAAGCGGCGACTG
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QA 3 825 3 825
DS 



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CATGCTTTCGGTCTCTTCGTCGCTGTTTCTGTCGGTGCCAACATCTCCGGTGGACACGTT
AACCCTGCCGTTACCTTCGGTGCCTTCCTCGGTGGAAACATCACTCTCCTCCGTGGCCTT
CTCTATTGGATTGCTCAGCTTCTTGGCTCAGTCGCCGCTTGCTTCCTCCTTCAATTCGCC
ACCGGTGGCTTGGCAGTTCCAGCGTTCGGTCTCTCCGCAGGAGTTGGAACCTTAAACGGT
CTCGTCTTCGAGATCGTGATGACCTTCGGGCTCGTCTACACCGTCTACGCCACAGCCATC
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GTCGGTGGTGGTCTCGCTGGATCATCTACGACTTGTTACATCATCGAAACGGTCACGA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B816TF U 1
AF RR3BM50TF U 1
BS 1 11 RR3B816TF
BS 12 12 RR3BM50TF
BS 13 40 RR3B816TF
BS 41 41 RR3BM50TF
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BS 100 260 RR3B816TF
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BS 262 401 RR3B816TF
BS 402 402 RR3BM50TF
BS 403 668 RR3B816TF
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BS 670 736 RR3B816TF
BS 737 778 RR3BM50TF

RD RR3B816TF 736 0 0
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GTCGGTGGTGGTCTCG

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3BM50TF 778 0 0
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GCTGAGTTTATCTCGACTTTGATCTTTGTCTTCGCCGGCTCAGGCTCAGGAATTGCTTTC
AACAAGCTCACTGACAATGGAGCCACCACTCCTTCAGGCCTTGTCGCCGCTGCCTTAGCT
CATGCTTTCGGTCTCTTCGTCGCTGTTTCTGTCGGTGCCAACATCTCCGGTGGACACGTT
AACCCTGCCGTTACCTTCGGTGCCTTCCTCGGTGGAAACATCACTCTCCTCCGTGGCCTT
CTCTATTGGATTGCTCAGCTTCTTGGCTCAGTCGCCGCTTGCTTCCTCCTTCAATTCGCC
ACCGGTGGCTTGGCAGTTCCAGCTTTCGGTCTCTCTGCTGGAGTTGGAACCTTGAACGGT
CTCGTCTTCGAGATCGTGATGACCTTCGGGCTCGTCTACACCGTCTACGCCACAGCCATC
GACCCCAAAAACGGTAGCCTCGGAACAATCGCACCAATCGCAATAGGTTTCATCGTCGGA
GCTAACATCCTCGCGGGTGGAGCTTTCAGCGGAGCCTCCATGAACCCAGCCTTCGCTTTT
GGACCAGCCGTCGTGAGCTGGTCGTGGAGCA*CCACTGGATTTACTGGGTTGGTC*TCTT
GTTGGTGT**GTCTCGCTGGATCATCTACGACTTGTTACATCATCGAAACGGTCACGA

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 6

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AGGGGACTCTGAGAAACACATATGAGATGTTTTCATGATTCCTCTATCTCTATGTGTGTG
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CACAAGAATATATATATATTTGTAGTATCTACCTGAAAATGTATTTGCAAAGTTGTTGTA
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AN11TF U 40
AF RR3DU56TF U 1
AF RR3DU56JQ C 1
AF RR3FR62JQ C 177
AF RR3FR62TF U 177
AF RR3AN11JQ C 74
BS 1 41 RR3DU56TF
BS 42 177 RR3AN11TF
BS 178 401 RR3FR62TF
BS 402 402 RR3AN11TF
BS 403 428 RR3FR62TF
BS 429 429 RR3AN11TF
BS 430 445 RR3FR62TF
BS 446 446 RR3AN11TF
BS 447 475 RR3FR62TF
BS 476 476 RR3AN11TF
BS 477 491 RR3FR62TF
BS 492 492 RR3AN11TF
BS 493 628 RR3FR62TF
BS 629 629 RR3AN11TF
BS 630 737 RR3FR62TF
BS 738 739 RR3AN11JQ
BS 740 749 RR3DU56JQ
BS 750 836 RR3AN11JQ

RD RR3AN11TF 664 0 0
GG
ATCGATTGTTTGTCCGTTTTAACAAGAGAAACAGAGAAAATTTGTCTGTAGAAAACAGAG
GAAAGGGTTGAAGATGGAGGAACTTGCAGGGCTTCTGAGGATCCGAGTGAAGAAAGGGAT
CAATCTTGCTAGACGTGACTCTCTAAGCAGCGACCCTTTTGTCATCATAACCATGGGAAC
ACAGAAACTGAAGGGTCGTGCTGTGGAAAACAACTGCAACCCTGAGTGGAACGAGGAGTT
AACACTTGCCATCAAACATCCCAATGAACATGTGATTCTGACTGTGTATGATAAAGATAC
ATTCACATCTCACGACAAGATGGGAGATGCGCAGATCGACATCAAGCCGTTTCTAGAGGT
TCATAAACTTGGTTTGCAAGAACTTCCTGATGGGACGGTGATCAAGAGCGTTTTGCCCAC
CAACGAAAACTGCTTGTCTGAAGAGAGCAGAATCGTCTACCATAATGGCAAGATCGTGCA
GGACATGATTCTTGTCTTGAGGAATGTTGAATGCGGTGAAGTGGAGATTCAGCTTGAATG
GATTGAAATTCCAGGTGGTAGGGGACTCTGAGAAACACATATGAGATGTTTTCATGATTC
CTCTATCTCTATGTGTGTGTGTGTGT**TTGTAATAAAAGCCACAGGTTCTGTAATAAGA
CA

QA 3 664 3 664
DS 

RD RR3DU56TF 698 0 0
GGGAGGAATAAAAAACATAGGTGAGTCAAGAGTCTTGAGACATCGATTGTTTGTCCGTTT
TAACAAGAGAAACAGAGAAAATTTGTCTGTAGAAAACAGAGGAAAGGGTTGAAGATGGAG
GAACTTGCGGGGCTTCTGAGGATCCGAGTGAAGAAAGGGATCAATCTTGCTAGACGTGAC
TCTCTAAGCAGCGACCCTTTTGTCATCATAACCATGGGAACACAGAAACTGAAGGGTCGT
GCTGTGGAAAACAACTGCAACCCTGAGTGGAACGAGGAGTTAACACTTGCCATCAAACAT
CCCAATGAACATGTGATTCTGACTGTGTATGATAAAGATACATTCACATCTCACGACAAG
ATGGGAGATGCGCAGATCGACATCAAGCCGTTTCTAGAGGTTCATAAACTTGGTTTGCAA
GAACTTCCTGATGGGACGGTGATCAAGAGTGTTTTGCCCACCAAAGAAAACTGCTTGTCT
GAAGAGAGCAGAATCGTCTACCATAATGGCAAGATCGTGCAGGACATGATTCTTGTCTTG
AGGAATGTTGAATGCGGTGAAGTGGAGATTCAGCTTGAATGGATTGAAATTCCAGGTGGT
AGGGGACTCTGAGAAACACATATGAGATGTTTTCATGATTCCTCTATCTCTATGTGTGTG
TGTGTGTGTTTGTAATAAAAGCCACAGGTTCTGTAATA

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3DU56JQ 755 0 0
GGGAGGAATAAAAAACATAGGTGAGTCAAGAGTCTTGAGACATCGATTGTTTGTCCGTTT
TAACAAGAGAAACAGAGAAAATTTGTCTGTAGAAAACAGAGGAAAGGGTTGAAGATGGAG
GAACTTGCGGGGCTTCTGAGGATCCGAGTGAAGAAAGGGATCAATCTTGCTAGACGTGAC
TCTCTAAGCAGCGACCCTTTTGTCATCATAACCATGGGAACACAGAAACTGAAGGGTCGT
GCTGTGGAAAACAACTGCAACCCTGAGTGGAACGAGGAGTTAACACTTGCCATCAAACAT
CCCAATGAACATGTGATTCTGACTGTGTATGATAAAGATACATTCACATCTCACGACAAG
ATGGGAGATGCGCAGATCGACATCAAGCCGTTTCTAGAGGTTCATAAACTTGGTTTGCAA
GAACTTCCTGATGGGACGGTGATCAAGAGTGTTTTGCCCACCAAAGAAAACTGCTTGTCT
GAAGAGAGCAGAATCGTCTACCATAATGGCAAGATCGTGCAGGACATGATTCTTGTCTTG
AGGAATGTTGAATGCGGTGAAGTGGAGATTCAGCTTGAATGGATTGAAATTCCAGGTGGT
AGGGGACTTTGAGAAACACATATGAGATGTTTTCATGATTCCTCTATCTCTATGTGTGTG
TGTGTGTGTTTGTAATAAAAGCCACAGGTTCTGTAATAAGACAACAGGTTCTAGCTCATG
CACAAGAATATATATAT**TTGTAGTATC
TACCCG

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3FR62JQ 571 0 0
G
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CATCCCAATGAACATGTGATTCTGACTGTGTATGATAAAGATACATTCACATCTCACGAC
AAGATGGGAGATGCGCAGATCGACATCAAGCCGTTTCTAGAGGTCCATAAACTTGGTTTG
CAAGAACTTCCCGATGGGACGGTGATCAGGAGTGTTTTGCCCACCAAAGAAAACTGCTCG
TCTGAAGAGAGCAGCATCGTCTACCATAATGGCAAGATCGTGCAGGACATGATTCTTGTC
TTGAGGAATGTTGAATGCGGTGAAGTGGAGATTCAGCTTGAATGGATTGAAATTCCAGGT
GGTAGGGGACTCTGAGAAACACATATGAGATATTTTCATGATTCCTCTATCTCTATGTGT
GTGTGTGTGTGTTTGTAATAAAAGCCACAGGTTCTGTAATAAGACAACAGGTTCTAGCTC
ATGCACAAGAATATATATAT
TTGTAGTATC

QA 2 561 2 561
DS 

RD RR3FR62TF 571 0 0
G
GACTCTCTAAGCAGCGACCCTTTTGTCATCATAACCATGGGAACACAGAAACTGAAGGGT
CGTGCTGTGGAAAACAACTGCAACCCTGAGTGGAACGAGGAGTTAACACTTGCCATCAAA
CATCCCAATGAACATGTGATTCTGACTGTGTATGATAAAGATACATTCACATCTCACGAC
AAGATGGGAGATGCGCAGATCGACATCAAGCCGTTTCTAGAGGTCCATAAACTTGGTTTG
CAAGAACTTCCCGATGGGACGGTGATCAGGAGTGTTTTGCCCACCAAAGAAAACTGCTCG
TCTGAAGAGAGCAGCATCGTCTACCATAATGGCAAGATCGTGCAGGACATGATTCTTGTC
TTGAGGAATGTTGAATGCGGTGAAGTGGAGATTCAGCTTGAATGGATTGAAATTCCAGGT
GGTAGGGGACTCTGAGAAACACATATGAGATATTTTCATGATTCCTCTATCTCTATGTGT
GTGTGTGTGTGTTTGTAATAAAAGCCACAGGTTCTGTAATAAGACAACAGGTTCTAGCTC
ATGCACAAGAATATATATAT
TTGTAGTATC

QA 2 561 2 561
DS 

RD RR3AN11JQ 763 0 0
AGAGAAAATTTGTCTGTAGAAAACAGAGGAAAGGGTTGAAGATGGAGGAACTTGCAGGGC
TTCTGAGGATCCGAGTGAAGAAAGGGATCAATCTTGCTAGACGTGACTCTCTAAGCAGCG
ACCCTTTTGTCATCATAACCATGGGAACACAGAAACTGAAGGGTCGTGCTGTGGAAAACA
ACTGCAACCCTGAGTGGAACGAGGAGTTAACACTTGCCATCAAACATCCCAATGAACATG
TGATTCTGACTGTGTATGATAAAGATACATTCACATCTCACGACAAGATGGGAGATGCGC
AGATCGACATCAAGCCGTTTCTAGAGGTTCATAAACTTGGTTTGCAAGAACTTCCTGATG
GGACGGTGATCAAGAGCGTTTTGCCCACCAACGAAAACTGCTTGTCTGAAGAGAGCAGAA
TCGTCTACCATAATGGCAAGATCGTGCAGGACATGATTCTTGTCTTGAGGAATGTTGAAT
GCGGTGAAGTGGAGATTCAGCTTGAATGGATTGAAATTCCAGGTGGTAGGGGACTTTGAG
AAACACATATGAGATGTTTTCATGATTCCTCTATCTCTATGTGTGTGTGTGTGT**TTGT
AATAAAAGCCACAGGTTCTGTAATAAGACAACAGGTTCTAGCTCATGCACAAGAATATAT
ATATATTTGTAGTATCTACCTGAAAATGTATTTGCAAAGTTGTTGTACCAAACACATGTT
AGCTTTACCAGCTAGGTATTAATTACAAAAGAGAATCAAGAAG

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 6

CO CL1213Contig1 906 6 14 U
TTTGGAAGCTTTTCAGAACGAGATTTAGATGTCATAAGATCCACAAAGGTAAAACAGTCT
TACACATTTTTTTTTATTTGATTGAGTTTGCTTCTTCCAACTTAAAGCTATATATACGAC
TCTCATAAAACCCTGAAAAAAATCTTCACCGAGAAAACGCTGCTTCATTGCCTTTAGTCC
TCCTTTGCAGCATCACCATTTGCAACATCCTTCTTCTCCGTGGTTTCTTCCGTTTTCTCT
TCTATGCTTGTAGAAGTCTCACCGTGGGCAACCGCGGAAGCTTCTTCTGCTTCTTCTCCG
GTGTTTGTAGCAGGTTCCGAGTCTGCTGCACTTTCTTTGCCTTCTCCATCACTCTTCTGA
ATGGTCCCGACTTTGACATACTTGCTCATGAACTTGTACTCCCAGTCTTGTAACGCATCT
AGCTCAAATGGACCTAGACCCGAGATGTCTCCGGTCAAATCGGATTCCTCGAAGGACATC
TTAGCAAGAGCTCGGCTTGCATCTTTCCCTGCAAACAGAGCGTATGGTCCACCTGGTCCA
TAGAACATCCTGCTCTGGGAAACATCGTAGATCTGGCCTTTGATGGCCATGAGAAGGGGG
TTTTTGGGATCGGAGCCGTCGTACTGCTTGAGCTCCTCCTCCGTGATTTCTCCGAGCTGA
ACCGGAGGCGGGAGGGGCTCAGGCTGAGGGTAATCCTCCGTGGAGCGAGGACGGTGTTCC
TCGGGGGAGACGAAGAAGCCGGAGACGACTTGGTAGACGGCGAAAGCGAGAGCCAAGACG
GTGAAAAAGGCAGCCGGAGAGAGTCCGGTGTAAGCTGTGATTGTTTCCTTGACCGTCTCC
CATAGTTCAACCACCATGATTAAAGGAGAGAAGAGATAGATAGAGAGAGAGATAATCGGT
GACTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF86JQ U 46
AF RR3GF86TF C 137
AF RR3GL19JQ U 4
AF RR3GL19TF C 1
AF RR3BL14JQ U 14
AF RR3BL14TF C 270
BS 1 3 RR3GL19TF
BS 4 51 RR3GL19JQ
BS 52 74 RR3GF86JQ
BS 75 75 RR3GL19JQ
BS 76 285 RR3GF86JQ
BS 286 286 RR3GL19JQ
BS 287 311 RR3GF86JQ
BS 312 312 RR3GL19JQ
BS 313 476 RR3GF86JQ
BS 477 477 RR3GL19JQ
BS 478 565 RR3GF86JQ
BS 566 569 RR3GL19JQ
BS 570 734 RR3BL14JQ
BS 735 906 RR3BL14TF

RD RR3GF86JQ 520 0 0
AAGGTA
AAACAGTCTTACACATTTTTTTT*ATTTGATTGAGTTTGCTTCTTCCAACTTAAAGCTAT
ATATACGACTCTCATAAAACCCTGAAAAAAATCTTCACCGAGAAAACGCTGCTTCATTGC
CTTTAGTCCTCCTTTGCAGCATCACCATTTGCAACATCCTTCTTCTCCGTGGTTTCTTCC
GTTTTCTCTTCTATGCTTGTAGAAGTCTCACCGTGGGCAACCGCGGAAGCTTCTACTGCT
TCTTCTCCGGTGTTTGTAGCGGGTTCCGAGTCTGCTGCACTTTCTTTGCCTTCTCCATCA
CTCTTCTGAATGGTCCCGACTTTGACATACTTGCTCATGAACTTGTACTCCCAGTCTTGT
AACGCATCTAGCTCAAATGGACCTAGACCCGAGATGTCTCCGGTCAAATCGGATTCCTCG
AAGGAAATCTTAGCAAGAGCTCGGCTTGCATCTTTCCCTGCAAACAGAGCGTATGGTCCA
CCTGGTCCATAGAACATCCTGCTCTGGGAAACAT

QA 7 520 7 520
DS 

RD RR3GF86TF 425 0 0
AAAAAATCTTCACCGAGAAAACGCTGCTTCATTGCCTTTAGTCCTCCTTTGCAGCATCAC
CATTTGCAACATCCTTCTTCTCCGTGGTTTCTTCCGTTTTCTCTTCTATGCTTGTAGAAG
TCTCACCGTGGGCAACCGCGGAAGCTTCTACTGCTTCTTCTCCGGTGTTTGTAGCGGGTT
CCGAGTCTGCTGCACTTTCTTTGCCTTCTCCATCACTCTTCTGAATGGTCCCGACTTTGA
CATACTTGCTCATGAACTTGTACTCCCAGTCTTGTAACGCATCTAGCTCAAATGGACCTA
GACCCGAGATGTCTCCGGTCAAATCGGATTCCTCGAAGGAAATCTTAGCAAGAGCTCGGC
TTGCATCTTTCCCTGCAAACAGAGCGTATGGTCCACCTGGTCCATAGAACATCCTGCTCT
GGGAA

QA 1 425 1 425
DS 

RD RR3GL19JQ 566 0 0
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ACATTTTTTTTTATTTGATTGAGTTTGCTTCTTCCAACTTAAAGCTATATATACGACTCT
CATAAAACCCTGAAAAAAATCTTCACCGAAAAAACGCTGCTTCATTGCCTTTAGTCCTCC
TTTGCAGCATCACCATTTGCAACATCCTTCTTCTCCGTGGTTTCTTCCGTTTTCTCTTCT
ATGCTTGTAGAAGTCTCACCGTGGGCAACCGCGGAAGCTTCTTCTGCTTCTTCTCCGGTG
TTTGTAGCAGGTTCCGAGTCTGCTGCACTTTCTTTGCCTTCTCCATCACTCTTCTGAATG
GTCCCGACTTTGACATACTTGCTCATGAACTTGTACTCCCAGTCTTGTAACGCATCTAGC
TCAAATGGACCTAGACCCGAAATGTCTCCGGTCAAATCGGATTCCTCGAAGGACATCTTA
ACAAGAGCTCGGCTTGCATCTTTCCCTGCAAACAGAACGTATGGTCCACCTGGTCCATAA
AACATCCTGCTCTGGGAAACATCGTA

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR3GL19TF 682 0 0
TTTGGAAGCTTTTCAGAACGAGATTTAGATGTCATAAGATCCACAAAGGTAAAACAGTCT
TACACATTTTTTTTTATTTGATTGAGTTTGCTTCTTCCAACTTAAAGCTATATATACGAC
TCTCATAAAACCCTGAAAAAAATCTTCACCGAGAAAACGCTGCTTCATTGCCTTTAGTCC
TCCTTTGCAGCATCACCATTTGCAACATCCTTCTTCTCCGTGGTTTCTTCCGTTTTCTCT
TCTATGCTTGTAGAAGTCTCACCGTGGGCAACCGCGGAAGCTTCTTCTGCTTCTTCTCCG
GTGTTTGTAGCAGGTTCCGAGTCTGCTGCACTTTCTTTGCCTTCTCCATCACTCTTCTGA
ATGGTCCCGACTTTGACATACTTGCTCATGAACTTGTACTCCCAGTCTTGTAACGCATCT
AGCTCAAATGGACCTAGACCCGAGATGTCTCCGGTCAAATCGGATTCCTCGAAGGACATC
TTAGCAAGAGCTCGGCTTGCATCTTTCCCTGCAAACAGAGCGTATGGTCCACCTGGTCCA
TAGAACATCCTGCTCTGGGAAACATCGTAGATCTGGCCTTTGATGGCCATGAGAAGGGGG
TTTTTGGGATCGGAGCCGTCGTACTGCTTGAGCTCCTCCTCCGTGATTTCTCCGAGCTGA
ACCGGAGGCGGGAGGGGCTCA
C

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3BL14JQ 721 0 0
CAGAACGAGATTTAGATGTCATAAGATCCACAAAGGTAAA*CAGTCTTACACATTTTTTT
TTATTTGATTGAGTTTGCTTCTTCCAACTTAAAGCTATATATACGACTCTCATAAAACCC
TGAAAAAAATCCTCACCGAGAAAACGCTGCTTCATTGCCTTTAGTCCTCCTTTGCAGCAT
CACCATTTGCAACATCCTTCTTCTCCGTGGTTTCTTCCGGTTTCTCTTCTATGCTTGTAG
AAGTCTCACCGTGGGCAACCGCGGAAGCTTCTTCTGCTTCTTCTCCGGTGTTTGTAGCAG
GTTCCGAGTCTGCTGCACTTTCTTTGCCTTCTCCATCACTCTTCTGAATGGTCCCGACTT
TGACATACTTGCTCATGAACTTGTACTCCCAGTCTTGTAACGCATCTAGCTCAAATGGAC
CTAGACCCGAGATGTCTCCGGTCAAATCGGATTCCTCGAAGGACATCTTAGCAAGAGCTC
GGCTTGCATCTTTCCCTGCAAACAGAGCGTATGGTCCACCTGGTCCATAGAACATCCTGC
TCTGGGAAACATCGTAGATCTGGCCTTTGATGGCCATGAGAAGGGGGTTTTTGGGATCGG
AGCCGTCGTACTGCTTGAGCTCCTCCTCCGTGATTTCTCCGAGCTGAACCGGAGGCGGGA
GGGGCTCAGGCTGAGGGTAATCCTCCGTGGAGCGAGGACGGTGTTCCTCGGGGGAGACGA
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3BL14TF 637 0 0
AACCGCGGAAGCTTCTTCTGCTTCTTCTCCGGTGTTTGTAGCAGGTTCCGAGTCTGCTGC
ACTTTCTTTGC*TTCTCCATCACTCTTCTGAATGGTCCCGACTTTGACATACTTGCTCAT
GAACTTGTACTCCCAGTCTTGTAACGCATCTAGCTCAAATGGACCTAGACCCGAGATGTC
TCCGGTCAAATCGGATTCCTCGAAGGACATCTTAGCAAGAGCTCGGCTTGCATCTTTCCC
TGCAAACAGAGCGTATGGTCCACCTGGTCCATAGAACATCCTGCTCTGGGAAACATCGTA
GATCTGGCCTTTGATGGCCATGAGAAGGGGGTTTTTGGGATCGGAGCCGTCGTACTGCTT
GAGCTCCTCCTCCGTGATTTCTCCGAGCTGAACCGGAGGCGGGAGGGGCTCAGGCTGAGG
GTAATCCTCCGTGGAGCGAGGACGGTGTTCCTCGGGGGAGACGAAGAAGCCGGAGACGAC
TTGGTAGACGGCGAAAGCGAGAGCCAAGACGGTGAAAAAGGCAGCCGGAGAGAGTCCGGT
GTAAGCTGTGATTGTTTCCTTGACCGTCTCCCATAGTTCAACCACCATGATTAAAGGAGA
GAAGAGATAGATAGAGAGAGAGATAATCGGTGACTCC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 3 6

CO CL1214Contig1 829 2 10 U
CTTGCTTCACATACATTTATATTAATTTATAAAAATCATTCATGTTTCATCATGCATTAG
TTACATTAGTCTTAATTCGCATTATGTAAAAAAGCCTGCAGTTTATAGCACTCAATGGCA
ACACCTGTAACCGATAATGTTGATAATCAAGCACACACAAAAATCTTCAATTTATATTGT
TTCCAAACTCAAGAAGTTTAAAACGCAAAAGATAGATAGATAGTACAAAAACACAACCAC
GCACATATTTTAATTAGGTGCATGTTTCACGGGAAATGCCGAGCCTGGAATTGGGTACGT
CGATGAGGACACGGTGGTTCTGCTGCTGCATACTAGCGATAACGTTAAGGACAGAGTTTA
CGTTGTTCGGAGCTGCGGCCATGGCGAGGCAACTGATGTTGCCGGAGGAGCTGTGGATGA
AAAGATTGTCCGGAGGCAGAGTCACGTTCATTCCCGCAAACATAAACGTGACAGGTGGGA
AGACAACAGAGCCGGAGTAGCAAGTGTCAAAACCTCCGAGTGATGTTGCGTTTGCGTTCT
TGACGCGTCGTCTGAACTCATCTCTTACGGCAAGGTAAGCTGGTTCAACTAGCCTCGTGA
AGACCGTTCCAGAGTCAAAGATGGTGCCAGCTCCTGTGGCCGGATCAAAGGCGAGTGCAC
TTGTAGGAATATCCACAATCTTATTCCCGACACGGATGCCAACCAAGTTAACATAGTAAA
GCGATGATCTCCTAGGGTTCTTTAACAATGGAGTTGTCTTGATCCTAAGTGGTTGAAACT
TAGGTCCAAATCTTAACGATCCCGAGAAGTTGCTGGACTTACTATTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3A086JQ U 1
AF RR3DO86JQ U 105
BS 1 308 RR3A086JQ
BS 309 309 RR3DO86JQ
BS 310 718 RR3A086JQ
BS 719 719 RR3DO86JQ
BS 720 783 RR3A086JQ
BS 784 784 RR3DO86JQ
BS 785 787 RR3A086JQ
BS 788 788 RR3DO86JQ
BS 789 824 RR3A086JQ
BS 825 829 RR3DO86JQ

RD RR3A086JQ 824 0 0
CTTGCTTCACATACATTTATATTAATTTATAAAAATCATTCATGTTTCATCATGCATTAG
TTACATTAGTCTTAATTCGCATTATGTAAAAAAGCCTGCAGTTTATAGCACTCAATGGCA
ACACCTGTAACCGATAATGTTGATAATCAAGCACACACAAAAATCTTCAATTTATATTGT
TTCCAAACTCAAGAAGTTTAAAACGCAAAAGATAGATAGATAGTACAAAAACACAACCAC
GCACATATTTTAATTAGGTGCATGTTTCACGGGAAATGCCGAGCCTGGAATTGGGTACGT
CGATGAGGGCACGGTGGTTCTGCTGCTGCATACTAGCGATAACGTTAAGGACAGAGTTTA
CGTTGTTCGGAGCTGCGGCCATGGCGAGGCAACTGATGTTGCCGGAGGAGCTGTGGATGA
AAAGATTGTCCGGAGGCAGAGTCACGTTCATTCCCGCAAACATAAACGTGACAGGTGGGA
AGACAACAGAGCCGGAGTAGCAAGTGTCAAAACCTCCGAGTGATGTTGCGTTTGCGTTCT
TGACGCGTCGTCTGAACTCATCTCTTACGGCAAGGTAAGCTGGTTCAACTAGCCTCGTGA
AGACCGTTCCAGAGTCAAAGATGGTGCCAGCTCCTGTGGCCGGATCAAAGGCGAGTGCAC
TTGTAGGAATATCCACAATCTTATTCCCGACACGGATGCCAACCAAGTTAACATAGTAGA
GCGATGATCTCCTAGGGTTCTTTAACAATGGAGTTGTCTTGATCCTAAGTGGTTGAAACT
TAG*TCCCAATCTTAACGATCCCGAGAAGTTGCTGGACTTACTA

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR3DO86JQ 725 0 0
ATAGCACTCAATGGCAACACCTGTAACCGATAATGTTGATAATCAAGCACACACAAAAAT
CTTCAATTTATATTGTTTCCAAACTCAAGAAGTTTAAAACGCAAAAGATAGATAGATAGT
ACAAAA*CACAACCACGCACATATTTTAATTAGGTGCATGTTTCACGGGAAATGCCGAGC
CTGGAATTGGGTACGTCGATGAGGACACGGTGGTTCTGCTGCTGCATACTAGCGATAACG
TTAAGGACAGAGTTTACGTTGTTCGGAGCTGCGGCCATGGCGAGGCAACTGGTGTTGCCG
GAGGAGCTGTGGATGAGAAGATTGTCCGGAGGCAGAGTCACGTTCATTCCCGCAAACATA
AACGTGACAGGTGGGAAGACAACAGAGCCGGAGTAGCAAGTGTCAAAACCTCCGAGTGAT
GTTGCGTTTGCGTTCTTGACGCGTCGTCTGAACTCATCTCTTACGGCAAGGTAAGCTGGT
TCAACTAGCCTCGTGAAGACCGTTCCAGAGTCAAAGATGGTGCCAGCTCCTGTGGCCGGA
TCAAAGGCGAGTGCACTTGTAGGAATATCCA**ATCTTATTCCCGACACGGATGCCAACC
AAGTTAACATAGTAAAGCGATGATCTCCTAGGGTTCTTTAACAATGGAGTTGTCTTGATC
CTAAGTGGTTGAAACTTAGGTCCAAATCTTAACGATCCCGAGAAGTTGCTGGACTTACTA
TTAGG

QA 1 725 1 725
DS 



CO CL1214Contig2 824 2 3 U
GGAAGATGGGATCCAGACTGTTCTCTCAAATATAAATAAAACCCACTCTTCATATTATAA
TCTTATTACTTTCTACACACTCATTCATCACTCACTATATAAACACACACTCACAAACAC
TAAAACCCACAAGATCAAATCAAGATCCAAGAAAAATGAGAACCCAACTCATCTTTCTAC
TCATCTCTCTCTTAGCCTTGAACTCTGAATCACTAAACTGCTATGAAAATAACCCACGAG
GCCATCCCTCAGATCTAAGAGTGTTCCATATTAGCAGCCCTTGCTGTCCATTCAAACAAC
CAAACACTGTCTCATGGGAAACAACACTCCTTAAAGACAAGGCTCGTCTCCAGTACTTGT
CAAGCCTCGCCGTAAAATCTTCGGTCCCAATCGCCTCGGGACGTGCCATCGTTCAGAGCC
CGACTTATATCGTGAGGGCTAATATTGGGACACCGGCTCAGCCCATGCTCGTGGCTCTTG
ACACTAGCAATGACGCTGCTTGGGTTCCTTGTTCTGGCTGTGTTGGCTGTGCCTCTTCTG
TTCTCCTTGACCCTTCCAAATCAAACTCTTCCCGCACTCTTCAATGCGAAGCTCCTCAGT
GTAAACAGGCTCCAAACCCAACGTGCACCGTAGGCAAATCATGTGGTTTCAATATGACTT
ATGGTGGATCAGCAATCACAGCATCTCTGACACAAGATACACTAACACTAGCCGATGACG
TCATCCCAAACTACACCTTTGGGTGCATCAACCAAGCCACTGGAACATCGTTGCCAGCGC
AAGGACTCATGGGTTTAGTCGAGGTCCATTGTCTTTAATCTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO86TF U 40
AF RR3A086TF U 1
BS 1 545 RR3A086TF
BS 546 546 RR3DO86TF
BS 547 824 RR3A086TF

RD RR3DO86TF 693 0 0
AACCCACTCTTCATATTATAATCTTATTACTTTCTACACACTCATTCATCACTCACTATA
TAAACACACACTCACAAACACTAAAACCCACAAGATCAAATCAAGATCCAAGAAAAATGA
GAACCCAACTCATCTTTCTACTCATCTCTCTCTTAGCCTTGAACTCTGAATCACTAAACT
GCTATGAAAATAACCCACGAGGCCATCCCTCAGATCTAAGAGTGTTCCATATTAGCAGCC
CTTGCTGTCCATTCAAACAACCAAACACTGTCTCATGGGAAACAACACTCCTTAAAGACA
AGGCTCGTCTCCAGTACTTGTCAAGCCTCGCCGTAAAATCTTCGGTCCCAATCGCCTCGG
GACGTGCCATCGTTCAGAGCCCGACTTATATCGTGAGGGCTAATATTGGGACACCGGCTC
AGCCCATGCTCGTGGCTCTTGACACTAGCAATGACGCTGCTTGGGTTCCTTGTTCTGGCT
GTTTTGGCTGTGCCTCTTCTGTTCTCCTTGACCCTTCCAAATCAAACTCTTCCCGCACTC
TTCAATGCGAAGCTCCTCAGTGTAAACAGGCTCCAAACCCAACGTGCACCGTAG*CAAAT
CATGTGGTTTCAATATGACTTATGGTGGATCAGCAATCACAGCATCTCTGACACAAGATA
CACTAACACTAGCCGATGACGTCATCCCAAACT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3A086TF 824 0 0
GGAAGATGGGATCCAGACTGTTCTCTCAAATATAAATAAAACCCACTCTTCATATTATAA
TCTTATTACTTTCTACACACTCATTCATCACTCACTATATAAACACACACTCACAAACAC
TAAAACCCACAAGATCAAATCAAGATCCAAGAAAAATGAGAACCCAACTCATCTTTCTAC
TCATCTCTCTCTTAGCCTTGAACTCTGAATCACTAAACTGCTATGAAAATAACCCACGAG
GCCATCCCTCAGATCTAAGAGTGTTCCATATTAGCAGCCCTTGCTGTCCATTCAAACAAC
CAAACACTGTCTCATGGGAAACAACACTCCTTAAAGACAAGGCTCGTCTCCAGTACTTGT
CAAGCCTCGCCGTAAAATCTTCGGTCCCAATCGCCTCGGGACGTGCCATCGTTCAGAGCC
CGACTTATATCGTGAGGGCTAATATTGGGACACCGGCTCAGCCCATGCTCGTGGCTCTTG
ACACTAGCAATGACGCTGCTTGGGTTCCTTGTTCTGGCTGTGTTGGCTGTGCCTCTTCTG
TTCTCTTTGACCCTTCCAAATCAAACTCTTCCCGCACTCTTCAATGCGAAGCTCCTCAGT
GTAAACAGGCTCCAAACCCAACGTGCACCGTAGGCAAATCATGTGGTTTCAATATGACTT
ATGGTGGATCAGCAATCACAGCATCTCTGACACAAGATACACTAACACTAGCCGATGACG
TCATCCCAAACTACACCTTTGGGTGCATCAACCAAGCCACTGGAACATCGTTGCCAGCGC
AAGGACTCATGGGTTTAGTCGAGGTCCATTGTCTTTAATCTCAC

QA 1 824 1 824
DS 



CO CL1214Contig3 774 2 6 U
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GTCTTTAATCTCACAGACACAAAGTCTTTATATGTCTACGTTCTCGTATTGCTTGCCTAA
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GATTAAGACAACTCCATTGCTAAAGAACCCTAGGAGGTCCTCTCTTTATTATGTTAACTT
GGCTGGGATTCGTGTCGGGAATAAGATTGTGGATATTCCTACAAGTGCACTCGCCTTTGA
TCCGGCCACAGGAGCTGGCACCATCTTTGACTCTGGAACGGTCTTCACGAGGCTAGTTGA
ACCAGCTTACATTGCCGTAAGAGATGAGTTCAGACGACGCGTCAAGAACGCAAACGCAAC
ATCACTCGGAGGTTTTGACACTTGCTACTCCGGCTCTGTTGTGTTCCCACCTGTCACGTT
TATGTTTGCGGGAATGAACGTGACTCTGCCTCCGGACAATCTTCTCATCCACAGCTCCTC
CGGCAACACCAGTTACCTCGCCATGGCCGCAGCTCCGAACAACGTAAACTCCGTCCTTAA
CGTTATCGCTAGTATGCAGCAGCAGAACCACCGTGTCCTCATCGACGTTCCCAATTCCAG
GCTCGGCATTTCCCGTGAAACATGCACCTAATATGTGCGTGATTGTGTTTTTGTACTATC
TATCTATCTATCTTCGCGTTTAAAACTTCTTGAGTTTGGAAACAATATAAATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG19TF U 1
AF RR3FG19JQ C 47
BS 1 711 RR3FG19TF
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BS 746 761 RR3FG19TF
BS 762 774 RR3FG19JQ

RD RR3FG19TF 773 0 0
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GGCTGGGATTCGTGTCGGGAATAAGATTGTGGATATTCCTACAAGTGCACTCGCCTTTGA
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CGTTATCGCTAGTATGCAGCAGCAGAACCACCGTGTCCTCATCGACGTTCCCAATTCCAG
GCTCGGCATTTCCCGTGAAACATGCACCTAATATGTGCGTGATTGTGTTTT*GTACTATC
TATCTATCTATCTTCGCGTTTAAA*CTTCTTGAGTTTGGAA
CATATAATTGAG

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3FG19JQ 728 0 0
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TATTGCTTGCCTAATAGTAAGTCCAGCAACTTCCCGGGATCGTTGAGATTGGGACCTAAG
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TATTATGTTAACTTGGCTGGGATTCGTGTCGGGAATAAGATTGTGGATATTCCTACAAGT
GCACTCGCCTTTGATCCGGCCACAGGAGCTGGCACCATCTTTGACTTTGGAACGGTCTTC
ACGAGGCTAGTTGAACCAGCTTACATTGCCGTAAGAGATGAGTTCAGACGACGCGTCAAG
AACGCAAACGCAACATCACTCGGAGGTTTTGACACTTGCTACTCCGGCTCTGTTGTGTTC
CCACCTGTCACGTTTATGTTTGCGGGAATGAACGTGACTCTGCCTCCGGACAATCTTTTC
ATCCACAGCTCCTCCGGCAACACCAGTTACCTCGCCATGGCCGCAGCTCCGAACAACGTA
AACTCCGTCCTTAACGTTATCGCTAGTATGCAGCAGCAGAACCACCGTGTCCTCATCGAC
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GTTTTTGTACTATCTATCTATCTATCTTCGCGTTTAAAACTTCTTGAGTTTGGAAACAAT
ATAAATTG

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 6

CO CL1215Contig1 827 6 15 U
GGGGGTTAGTCTCAGATTAGCCACTTCAAATCAAATTAAGAATCTCTTCTTTCTCACAAA
AAGAGGACAAAAAACAAATCAAAACAAAAAAAAAAACAAGAAGTCACATTCTCTAATATC
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GGCGGTGGAAGACGAATGTAAGCTGAAGTTTTTGGAGTTAAAAGCGAAAAGAAACTATAG
ATTCATAATATTCAGGATAGACGGACAACAAGTGGTGGTTGAAAAGCTTGGAAGTCCCGA
GGAGAACTACGACGATTTTTCCAATTCCCTACCGCCCAACGAGTGCCGCTACGCTGTCTA
TGACTTCGACTTCACCACTGCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCATAGCATG
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CAAGAGAGAACTGGATGGAATCCAGGTGGAGTTACAAGCCACAGACCCAAGCGAGATGAG
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TGACATGAGTTTCATACTTTGGCTTGAGAAAAGCCTAAAACCATGCAGTTCTCGTGTGGT
AGCTGCATACTCCGTTGGAAAATAAAATATATTACTTTTCCATTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 30 35 35 40 40 25 15 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG61TF U 1
AF RR3G948TF U 64
AF RR3FJ68TF U 12
AF RR3FJ68JQ C 85
AF RR3G948JQ C 92
AF RR3GG61JQ C 75
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BS 700 700 RR3FJ68JQ
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BS 709 751 RR3FJ68TF
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RD RR3GG61TF 716 0 0
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GGCGGTGGAAGACGAATGTAAGCTGAAGTTTTCGGAGTTAAAAGCGAAAAGAAACTATAG
ATTCATAATATTCAGGATAGACGGACAACAAGTGGTGGTTGAAAAGCTTGGAAGTCCCGA
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TGACTTCGACTTCACCACTGCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCATAGCATG
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CAAGAGAGAACTGGATGGAATCCAGGTGGAGTTACAAGCCACAGACCCAAGCGAGATGAG
TTTCGACATCATCAAAAGTCGAGCTCTCTAGATTCATATTGCCTAATTTCTCATCATATA
TCCATAAATGATCCATCATGATCCATCATCAACAAATTAAAGAACTTCTCCATGTTATGT
AACTTTCTTGGT*CAT*CTCCT*CCTCTTTGACTTTTTT**GTTTATT
ACATTCAA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3G948TF 608 0 0
G
GGACAAAAAACAAATCAAAACCAAAAAAA***CAAGAAGTCACATTCT*TAATATCTTTG
CTGTCTTAGGTTTGCCTCCATCAACCAAACGCAATGGCGAACGCGGCGTCAGGAATGGCG
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ATAATATTCAGGATAGACGGACAACAAGTGGTGGTTGAAAAGCTTGGAAGTCCCGAGGAG
AACTACGACGATTTCTCCAACTCCCTACCGCCCAACGAGTGCCGCTACGCTGTCTATGAC
TTCGACTTCACCACTGCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCATAGCATGGTCA
CCGGATTCATCGAGAGTGAGGATGAAGATGGTGTATGCAAGCTCAAAAGACAGGTTCAAG
AGAGAACTGGATGGGATCCAGGTGGAGTTACAAGCCACGGACCCAAGCGAGATGAGTTTC
GACATCATCAAAAGTCGAGCCCTCTAGATTTATATTGCCTAATTTCTCATCATATATCCA
TAAATGACCCATCATGATCCATCATCAACAAATTAAAGAACTTCTCCATGTTATGTAACT
TTCTTGG

QA 2 608 2 608
DS 

RD RR3FJ68TF 743 0 0
GG
AGATTAGCCACTTCAAATCAAATTAAGAATCTCTTCTTTCTCACAAAAAGAGGACAAAAA
ACAAATCAAAACAAAAAAAAA**CAAGAAGTCACATTCTCTAATATCTTTGCTGTCTTAG
GTTTGCCTCCATCAACCAAACGCAATGGCGAACGCGGCGTCAGGAATGGCGGTGGAAGAC
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AGGATAGACGGACAACAAGTGGTGGTTGAAAAGCTTGGAAGTCCCGAGGAGAACTACGAC
GATTTTTCCAATTCCCTACCGCCCAACGAGTGCCGCTACGCTGTCTATGACTTCGACTTC
ACCACTGCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCATAGCATGGTCACCGGATTCA
TCGAGAGTGAGGATGAAGATGGTGTATGCAAGCTCAAAGGACAGGTTCAAGAGAGAACTG
GATGGAATCCAGGTGGAGTTACAAGCCACAGACCCAAGCGAGATGAGTTTCGACATCATC
AAAAGTCGAGCTCTCTAGATTCATATTGCCTAATTTCTCATCATATATCCATAAATGATC
CATCATGATCCATCATCAACAAATTAAAGAACTTCTCCATGTTATGTAACTTTCTTGGTT
CATTCTCCTTCCTCTTTGACTTTTTT**GTTTATTTACATTTCAAACTGACATGAGTTTC
ATACTTTGGCTTGAGAAA
GCC

QA 3 740 3 740
DS 

RD RR3FJ68JQ 743 0 0
AAAC
AAAAAAAACAAGAAGTCACATTCTCTAATATCTTTGCTGTCTTAGGTTTGCCTCCATCAA
CCAAACGCAATGGCGAACGCGGCGTCAGGAATGGCGGTGGAAGACGAATGTAAGCTGAAG
TTTTTGGAGTTAAAAGCGAAAAGAAACTATAGATTCATAATATTCAGGATAGACGGACAA
CAAGTGGTGGTTGAAAAGCTTGGAAGTCCCGAGGAGAACTACGACGATTTTTCCAATTCC
CTACCGCCCAACGAGTGCCGCTACGCTGTCTATGACTTCGACTTCACCACTGCTGAGAAT
TGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCATAGCATGGTCACCGGATTCATCGAGAGTGAGGATG
AAGATGGTGTATGCAAGCTCAAAGGACAGGTTCAAGAGAGAACTGGATGGAATCCAGGTG
GAGTTACAAGCCACAGACCCAAGCGAGATGAGTTTCGACATCATCAAAAGTCGAGCTCTC
TAGATTCATATTGCCTAATTTCTCATCATATATCCATAAATGATCCATCATGATCCATCA
TCAACAAATTAAAGAACTTCTCCATGTTATGTAACTTTCTTGGTTCATTCTCCTTCCTCT
TTGACTTTTTTT*GTTTATTTACATTTCAAACTGACATGAGTTTCATACTTTGGCTTGAG
AAAAGCCTAAAACCATGCAGTTCTCGTGTGGTAGCTGCATACTCCGTTGGAAAATAAAAT
ATATTACTTTTCCATTGCT

QA 5 743 5 743
DS 

RD RR3G948JQ 735 0 0
AAAAACAAGAAGTCACATTCT*TAATATCTTTGCTGTCTTAGGTTTGCCTCCATCAACCA
AACGCAATGGCGAACGCGGCGTCAGGAATGGCGGTGGAAGACGAATGTAAGCTGAAGTTT
TTAGAGTTAAAAGCGAAAAGAAACTATAGATTCATAATATTCAGGATAGACGGACAACAA
GTGGTGGTTGAAAAGCTTGGAAGTCCCGAGGAGAACTACGACGATTTCTCCAACTCCCTA
CCGCCCAACGAGTGCCGCTACGCTGTCTATGACTTCGACTTCACCACTGCTGAGAATTGC
CAGAAGAGCAAGATCTTCTTCATAGCATGGTCACCGGATTCATCGAGAGTGAGGATGAAG
ATGGTGTATGCAAGCTCAAAAGACAGGTTCAAGAGAGAACTGGATGGGATCCAGGTGGAG
TTACAAGCCACGGACCCAAGCGAGATGAGTTTCGACATCATCAAAAGTCGAGCCCTCTAG
ATTTATATTGCCTAATTTCTCATCATATATCCATAAATGACCCATCATGATCCATCATCA
ACAAATTAAAGAACTTCTCCATGTTATGTAACTTTCTTGGTTCATTCTCCTTCCTCTTTG
ACTTTTTTTTGTTTATTTACATTTCAAACTGACATGGGTTTCATACTTTGGCTTGGGAAA
AGCCTAAAACCATGCAGTTCTCGTGTAGTAGCTGCATACTCCGTTGGAAAATAAAATATA
TTACTTTTCC
ATTGC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3GG61JQ 747 0 0
ACAAATCAAAACAAA
AAAAAAACAAGAAGTCACATTCTCTAATATCTTTGCTGTCTTAGGTTTGCCTCCATCAAC
CAAACGCAATGACGAACGCGGCGTCAGGAATGGCGGTGGAAGACGAATGTAAGCTGAAGT
TTTCGGAGTTAAAAGCGAAAAGAAACTATAGATTCATAATATTCAGGATAGACGGACAAC
AAGTGGTGGTTGAAAAGCTTGGAAGTCCCGAGGAGAACTACGACGATTTTTCCAATTCCC
TACCGCCCAACGAGTGCCGCTACGCTGTCTATGACTTCGACTTCACCACTGCTGAGAATT
GCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCATAGCATGGTCACCGGATTCATCGAGAGTGAGGATGA
AGATGGTGTATGCAAGCTCAAAGGACAGGTTCAAGAGAGAACTGGATGGAATCCAGGTGG
AGTTACAAGCCACAGACCCAAGCGAGATGAGTTTCGACATCATCAAAAGTCGAGCTCTCT
AGATTCATATTGCCTAATTTCTCATCATATATCCATAAATGATCCATCATGATCCATCAT
CAACAAATTAAAGAACTTCTCCATGTTATGTAACTTTCTTGGTTCATTCTCCTTCCTCTT
TGACTTTTTTT*GTTTATTTACATTTCAAACTGACATGAGTTTCATACTTTGGCTTGAGA
AAAGCCTAAAACCATGCAGTTCTCGTGTGGTAGCTGCATACTCCGTTGGAAAATAAAATA
TATTACTTTTCC

QA 16 747 16 747
DS 



AS 1 6

CO CL1216Contig1 875 6 18 U
GGACCTTCGTTATATTTTCTATCTTCCAATTCAGTTTCAACATTTCTCGCTATTCGTCTC
GGGTTTTGTTTGTTGACTGAGAAAACATGGGAGGTGACAAAGACAGAGGGTTTCATGGGT
ATCCACCTGCTGGATACCCGGCCGGTACTGGGGGTTATCCACCAGCTGGATACCCACCAC
ATCAAGGTTATCCTCCACCACCTGGTGCCTACCCTCCAGCTCATGGTTATGGAGGTTATC
CTCCTGCACCTACTCATGCTGGTTATCCTGCTCATCACTCAGGACACGCAGGAGGAATCG
GGGGTATGATTGCTGGTGCTGCAGCAGCCTATGGAGCTCACCACATAGCTCATAGCTCTC
ACAGTCCTTACGGACACGCTGCATATGGTCACGGATATGGCCATGGTCATGGCTATGGTT
ATGGTCATGGTCATGGTAAGTTCAAGCATCACGGAGGCAAGTTTAAACGTGGGCATGGGA
TGTTTGGAGGAGGTAAGTTCAAGAAGTGGAAGTGATGTGAAATTCCCCTTTGATATGTCT
CTCTGGACTGACCAGATGTTTAAAATAAATCACAAACAT*ATAAGTTAACTTTCGTCGGT
CTAGAGATCGCTGGTTCGAATTGGAATAACTCAGACTTAATAAAGAATATGGTTACTATA
TGGAGGTGTCTTATCAAGCTATCGATGGCTTAATAATGACATATTCTGTTTTTAAATATT
TTTT*ATATTGTGTTCTTGCTTATACTGGTTTTGACTTTACTTAAGCTATGGTAGAAGTC
ATGAGTATGGTCAGATGATCTATATAATAGTTGTTTATGACTTCTTAATCAATATGGGTG
TATTCATATGAATTTCGATACGTAGATAATTTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM96TF U 19
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AF RR3DF67TF U 1
AF RR3BG22TF U 19
AF RR3GC92JQ C 131
AF RR3DF67JQ C 215
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BS 795 795 RR3DF67JQ
BS 796 875 RR3GC92JQ

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TGGGAGGTGACAAAGACAGAGGGTTTCATGGGTATCCACCTGCTGGATACCCGGCCGGTA
CTGGGGGTTATCCACCAGCTGGATACCCACCACATCAAGGTTATCCTCCACCACCTGGTG
CCTACCCTCCATCTCATGGTTATGGAGGTTATCCTCCTGCACCTGCTCATGCTGGTTATC
CTGCTCATCACTCAGGACACGTAGGAGGAATCGGGGGTATGATTGCTGGTGCT

QA 10 302 10 302
DS 

RD RR3GC92TF 526 0 0
GG
AATTCAGTTTCAACATT*CTCGCTATTCGTCTCGGGTTTTGTTTGTTGACTGAGAAAATA
TGGGAGGTGACAAAGACAGAGGGTTTCATGGGTATCCACCTGCTGGATACCCGGCCGGTA
CTGGGGGTTATCCACCAGCTGGATACCCACCACATCAAGGTTATCCTCCACCACCTGGTG
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CTGCTCATCACTCAGGACACGCAGGAGGAATCGGGGGTATGATTGCTGGTGCTGCAGCAG
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QA 3 526 3 526
DS 

RD RR3DF67TF 670 0 0
GGACCTTCGTTATATTTTCTATCTTCCAATTCAGTTTCAACATT*CTCGCTATTCGTCTC
GGGTTTTGTTTGTTGACTGAGAAAATATGGGAGGTGACAAAGACAGAGGGTTTCATGGGT
ATCCACCTGCTGGATACCCGGCCGGTACTGGGGGTTATCCACCAGCTGGATACCCACCAC
ATCAAGGTTATCCTCCACCACCTGGTGCCTACCCTCCAGCTCATGGTTATGGAGGTTATC
CTCCTGCACCTACTCATGCTGGTTATCCTGCTCATCACTCAGGACACGCAGGAGGAATCG
GGGGTATGATTGCTGGTGCTGTAGCAGCCTATGGAGCTCACCACATAGCTCATAGCTCTC
ACAGTCCTTACGGACACGCTGCATATGGTCACGGATATGGCCATGGTCATGGCTATGGTT
ATGGTCATGGTCATGGTAAGTTCAAGCATCACGGAGGCAAGTTTAAACGTGGGCATGGGA
TGTTTGGAGGAGGTAAGTTCAAGAAGTGGAAGTGATGTGAAATTCACCTTTGATATGTCT
CTCTGGACTGACCAGATGTTTAAAATAAATCACAAACAT*ATAAGTTAACTTTCGTCGGT
CTAGAGATCGCTGGTTCGAATTGGAATAACTCAGACTTAATAAAGAATATGGTTACTATA
TGGAGGTGTC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3BG22TF 722 0 0
GGATCTTCC
AATTCAGTTTCAACATTTCTCGCTATTCGTCTCGGGTTTTGTTTGTTGACTGAGAAAACA
TGGGAGGTGACAAAGACAGAGGGTTTCATGGGTATCCACCTGCTGGATACCCGGCCGGTA
CTGGGGGTTATCCACCAGCTGGATACCCACCACATCAAGGTTATCCTCCACCACCTGGTG
TCTACCCTCCATCTCATGGTTATGGAGGTTATCCTCCTGCACCTGCTCATGCTGGTTATC
CTGCTCATCACTCAGGACACGCAGGAGGAATCGGGGGTATGATTGCTGGTGCTGCAGCAG
CCTATGGAGCTCACCACATAGCTCATAGCTCTCACAGTCCTTACGGACACGCTGCATATG
GTCATGGATATGGCCATGGTCATGGCTATGGTTATGGTCATGGTCATGGTAAGTTCAAGC
ATCACGGAGGCAAGTTTAAACGTGGGCATGGGATGTATGTAGGAGGTAAGTTCAAGAAGT
GGAAGTGATGTGAAATTCCCCTTTGATATGTCTCTCTGGACTGACCAGATGTTTAAAATA
AATCACAAACATTATAAGTTAACTTTCGTCGGTCTAGAGATCGCTGGTTCGAATTGGAAT
AACTCAGACTTAATAAATAATATGGT*ACTATATGGAGGTGTCCTATCAAGCTATCGATG
GCTTAACAATGACATATTCTGTTTTTAAATATTTTTTTATATTGTGTTCTTGC

QA 10 722 10 722
DS 

RD RR3GC92JQ 745 0 0
TGGATACCCGGCCGGTACTGGGGGTTATCCACCAGCTGGATACCCACCACATCAAGGTTA
TCCTCCACCACCTGGTGCCTACCCTCCAGCTCATGGTTATGGAGGTTATCCTCCTGCACC
TACTCATGCTGGTTATCCTGCTCATCACTCAGGACACGCAGGAGGAATCGGGGGTATGAT
TGCTGGTGCTGCAGCAGCCTATGGAGCTCACCACATAGCTCATAGCTCTCACAGTCCTTA
CGGACACGCTGCATATGGTCACGGATATGGCCATGGTCATGGCTATGGTTATGGTCATGG
TCATGGTAAGTTCAAGCATCACGGAGGCAAGTTTAAACGTGGGCATGGGATGTTTGGAGG
AGGTAAGTTCAAGAAGTGGAAGTGATGTGAAATTCCCCTTTGGTATGTCTCTCTGGACTG
ACCAGATGTTTAAAATAAATCACAAACAT*ATAAGTTAACTTTCGTCGGTCTAGAGATCG
CTGGTTCGAATTGGAATAACTCAGACTTAATAAAGAATATGGTTACTATATGGAGGTGTC
TTATCAAGCTATCGATGGCTTAATAATGACATATTCTGTTTTTAAATATTTTTT*ATATT
GTGTTCTTGCTTATACTGGTTTTGACTTTACTTAAGCTATGGTAGAAGTCATGAGTATGG
TCAGGTGATCTATATAATAGTTGTTTATGACTTCTTAATCAATATGGGTGTATTCATATG
AATTTCGATACGTAGATAATTTGGG

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3DF67JQ 636 0 0
TCCAGCTCATGGTTATGGAGGTTATCCTCCTGCACCTACTCATGCTGGTTATCCTGCTCA
TCACTCAGGACACGCAGGAGGAATCGGGGGTATGATTGCTGGTGCTGTAGCAGCCTATGG
AGCTCACCACATAGCTCATAGCTCTCACAGTCCTTACGGACACGCTGCATATGGTCACGG
ATATGGCCATGGTCATGGCTATGGTTATGGTCATGGTCATGGTAAGTTCAAGCATCACGG
AGGCAAGTTTAAACGTGGGCATGGGATGTTTGGAGGAGGTAAGTTCAAGAAGTGGAAGTG
ATGTGAAATTCCCCTTTGATATGTCTCTCTGGACTGACCAGATGTTTAAAATAAATCACA
AACAT*ATAAGTTAACTTTCGTCGGTCTAGAGATCGCTGGTTCGAATTGGAATAACTCAG
ACTTAATAAAGAATATGGTTACTATATGGAGGTGTCTTATCAAGCTATCGATGGCTTAAT
AATGACATATTCTGTTTTTAAATATTTTTT*ATATTGTGTTCTTGCTTATACTGGTTTTG
ACTTTACTTAAGCTATGGTAGAAGTCATGAGTATGGTCAGATGATCTATATAATAGTTGT
TTATGACTTCTTAATCAATATGGGTGTATTCATATG

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 4

CO CL1217Contig1 643 4 6 U
GGGGTCACACGCCTAACAGAAACCCTTGGAAGGTCAAGCGAAGCGAGTTCCGTCTTTGTT
TTCTCCTCTTCGTATCCTCTAGGCGAAAAATGGCGTCGTTTGATGAAGCACCACCAGGAA
ACTCAAAGGCCGGAGAGAAGATCTTCAGGACCAAGTGTGCTCAGTGTCACACCGTCGACA
AAGGCGCCGGTCACAAACAAGGACCGAACCTAAACGGTCTGTTTGGAAGACAGTCTGGAA
CAACAGCTGGTTACTCTTACTCTGCTGCTAACAAGAACAAAGCTGTCGAATGGGAAGAGA
AGACCTTGTACGATTACTTGCTCAACCCCAAGAAGTACATTCCTGGAACGAAGATGGTCT
TCCCTGGGCTCAAGAAGCCACAAGAACGTGCTGATCTTATTGCCTACTTGAAGGAAGCTA
CTGCTTAGTGGGGACATGATCATGACTTTTTAGTCTTCTCTGATCAGATATTCTTTTGAC
AAATAAAATCTCCAAACTTTTGTTTTTGGTTTTTGGAAATGCTCTCCTAATCTTCAATTT
GGTGGGGGGAAACTTGGCTGTTTGAGTTCCAAATGTACTCGAGTCCTTTCATTTTCTGAG
GCTCATTCATATAAATGCATCTATCTAGAAGCACTTTCTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E301JQ C 9
AF RR3E301TF U 9
AF RR3GF58TF U 1
AF RR3GF58JQ C 41
BS 1 259 RR3GF58TF
BS 260 260 RR3E301TF
BS 261 548 RR3GF58TF
BS 549 549 RR3E301TF
BS 550 626 RR3GF58TF
BS 627 643 RR3GF58JQ

RD RR3E301JQ 582 0 0
GGG
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GTATCCTCTAGGCGAAAAATGGCGTCGTTTGATGAAGCACCACCAGGAAACTCAAAGGCC
GGAGAGAAGATCTTCAGGACCAAGTGTGCTCAGTGTCACACCGTCGACAAAGGCGCCGGT
CACAAACAAGGACCGAACCTAAACGGTCTGTTTGGAAGACAGTCTGGAACAACAGCTGGT
TACTCTTACTCTGCTGCTAACAAGAACAAAGCTGTCGAATGGGAAGAGAAGACCTTGTAC
GATTACTTGCTCAACCCCAAGAAGTACATTCCTGGAACGAAGATGGTCTTCCCTGGGCTC
AAGAAGCCACAAGAACGTGCTGATCTTATTGCCTACTTGAAGGAAGCTACTGCTTAGTGG
GGACATGATCATGACTTTTTAGTCTTCTCTGATCAGATATTCTTTTGACAAATAAAATCT
CCAAACTTTTGTTTTTGGTTTTTGGAAATGCTCTCCTAATCTTCAATTTGGTGGGGGGAA
ACTTGGCTGTTTGAGTTCCAAATGTACTCGAGTCCTTTC

QA 4 582 4 582
DS 

RD RR3E301TF 582 0 0
GGG
CCTAACAGAAACCCTTGGAAGGTCAAGCGAAGCGAGTTCCGTCTTTGTTTTCTCCTCTTC
GTATCCTCTAGGCGAAAAATGGCGTCGTTTGATGAAGCACCACCAGGAAACTCAAAGGCC
GGAGAGAAGATCTTCAGGACCAAGTGTGCTCAGTGTCACACCGTCGACAAAGGCGCCGGT
CACAAACAAGGACCGAACCTAAACGGTCTGTTTGGAAGACAGTCTGGAACAACAGCTGGT
TACTCTTACTCTGCTGCTAACAAGAACAAAGCTGTCGAATGGGAAGAGAAGACCTTGTAC
GATTACTTGCTCAACCCCAAGAAGTACATTCCTGGAACGAAGATGGTCTTCCCTGGGCTC
AAGAAGCCACAAGAACGTGCTGATCTTATTGCCTACTTGAAGGAAGCTACTGCTTAGTGG
GGACATGATCATGACTTTTTAGTCTTCTCTGATCAGATATTCTTTTGACAAATAAAATCT
CCAAACTTTTGTTTTTGGTTTTTGGAAATGCTCTCCTAATCTTCAATTTGGTGGGGGGAA
ACTTGGCTGTTTGAGTTCCAAATGTACTCGAGTCCTTTC

QA 4 582 4 582
DS 

RD RR3GF58TF 635 0 0
GGGGTCACACGCCTAACAGAAACCCTTGGAAGGTCAAGCGAAGCGAGTTCCGTCTTTGTT
TTCTCCTCTTCGTATCCTCTAGGCGAAAAATGGCGTCGTTTGATGAAGCACCACCAGGAA
ACTCAAAGGCCGGAGAGAAGATCTTCAGGACCAAGTGTGCTCAGTGTCACACCGTCGACA
AAGGCGCCGGTCACAAACAAGGACCGAACCTAAACGGTCTGTTTGGAAGACAGTCTGGAA
CAACAGCTGGTTACTCTTA*TCTGCTGCTAACAAGAACAAAGCTGTCGAATGGGAAGAGA
AGACCTTGTACGATTACTTGCTCAACCCCAAGAAGTACATTCCTGGAACGAAGATGGTCT
TCCCTGGGCTCAAGAAGCCACAAGAACGTGCTGATCTTATTGCCTACTTGAAGGAAGCTA
CTGCTTAGTGGGGACATGATCATGACTTTTTAGTCTTCTCTGATCAGATATTCTTTTGAC
AAATAAAATCTCCAAACTTTTGTTTTTGGTTTTTGGAAATGCTCTCCTAATCTTCAATTT
GGTGGGGG*AAACTTGGCTGTTTGAGTTCCAAATGTACTCGAGTCCTTTCATTTTCTGAG
GCTCATTCATATAAATGCATCTATCT
AGAAGCACT

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3GF58JQ 603 0 0
AAGCGAGTTCCGTCTTTGTTTTCTCCTCTTCGTATCCTCTAGGCGAAAAATGGCGTCGTT
TGATGAAGCACCACCAGGAAACTCAAAGGCCGGAGAGAAGATCTTCAGGACCAAGTGTGC
TCAGTGTCACACCGTCGACAAAGGCGCCGGTCACAAACAAGGACCGAACCTAAACGGTCT
GTTTGGAAGACAGTCTGGAACAACAGCTGGTTACTCTTA*TCTGCTGCTAACAAGAACAA
AGCTGTCGAATGGGAAGAGAAGACCTTGTACGATTACTTGCTCAACCCCAAGAAGTACAT
TCCTGGAACGAAGATGGTCTTCCCTGGGCTCAAGAAGCCACAAGAACGTGCTGATCTTAT
TGCCTACTTGAAGGAAGCTACTGCTTAGTGGGGACATGATCATGACTTTTTAGTCTTCTC
TGATCAGATATTCTTTTGACAAATAAAATCTCCAAACTTTTGTTTTTGGTTTTTGGAAAT
GCTCTCCTAATCTTCAATTTGGTGGGGG*AAACTTGGCTGTTTGAGTTCCAAATGTACTC
GAGTCCTTTCATTTTCTGAGGCTCATTCATATAAATGCATCTATCTAGAAGCACTTTCTT
ACC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 6

CO CL1218Contig1 718 6 7 U
GGATCTCTCAGATTCTCTCGTCACCAAAATGTCTTACGCAGCAGGAGCGGCTCTCTTCTT
CCCGTCTACTGTTAGCGTCCGATCTCCAGCTAAGTTCCTTCTCCGTCCTAA*TCCTTGCC
GGCTTCTTGTTCCTCCGACGAATGGCGCAGCGAGCACCAAGAACGGAGCACGCAGGCAAA
TGAAGAGGTCATTTGTAGTTGCAAATGCTCTGCCTGTGGAGGACGACGGTGTTTCACTCG
GCACCATGAAGCTTCCTGTAGATACCGATCTTCCAAGATTCGAAACTCTTCTTTTTCAGT
GGGCGAACAGTCTTTGCCAAGGAGCCAACATACCTCTTCCTGTTCCTCTCAAGGTGGATA
GAATAAGTGGAGGAGCGAGGTTAGGATTCATAGTGATGGAAGATGAAGGCAAAACCGATG
TTCCGGTTTACATAGACTGTTTGGTTTACCAAAGCACAGAGAGTGGTTCAGGTTCAGGAC
CAGTGTTCCGAGCGACACGTAATGGTAGGAAGAAAGATAAGGCACCTCCAGGAGAAGAAC
GAATCATGAGAAGTCTCTTGGGAGCACTCAAACGAGCTGTGGAACTTGCTCGAGTCTCGT
GACAAAAACTATACTTGCCTGACATTATTTCTCCTTGTACTTAATGTCTTTGCATCATCA
TTTATGTAAGAATCAGATTGGTCGATAGTTTATATACAAACAATAATAGAGTCCAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 

AF RR3H677TF U 1
AF RR3D587JQ C 18
AF RR3D587TF U 18
AF RR3AN94TF U 21
AF RR3H677JQ C 342
AF RR3AN94JQ C 137
BS 1 108 RR3H677TF
BS 109 109 RR3D587TF
BS 110 111 RR3H677TF
BS 112 112 RR3D587TF
BS 113 708 RR3H677TF
BS 709 714 RR3D587TF
BS 715 718 RR3AN94TF

RD RR3H677TF 708 0 0
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CCCGTCTACTGTTAGCGTCCGATCTCCAGCTAAGTTCCTTCTCCGTCCCAAATCCTTGCC
GGCTTCTTGTTCCTCCGACGAATGGCGCAGCGAGCACCAAGAACGGAGCACGCAGGCAAA
TGAAGAGGTCATTTGTAGTTGCAAATGCTCTGCCTGTGGAGGACGACGGTGTTTCACTCG
GCACCATGAAGCTTCCTGTAGATACCGATCTTCCAAGATTCGAAACTCTTCTTTTTCAGT
GGGCGAACAGTCTTTGCCAAGGAGCCAACATACCTCTTCCTGTTCCTCTCAAGGTGGATA
GAATAAGTGGAGGAGCGAGGTTAGGATTCATAGTGATGGAAGATGAAGGCAAAACCGATG
TTCCGGTTTACATAGACTGTTTGGTTTACCAAAGCACAGAGAGTGGTTCAGGTTCAGGAC
CAGTGTTCCGAGCGACACGTAATGGTAGGAAGAAAGATAAGGCACCTCCAGGAGAAGAAC
GAATCATGAGAAGTCTCTTGGGAGCACTCAAACGAGCTGTGGAACTTGCTCGAGTCTCGT
GACAAAAACTATACTTGCCTGACATTATTTCTCCTTGTACTTAATGTCTTTGCATCATCA
TTTATGTAAGAATCAGATTGGTCGATAGTTTATATACAAACAATAATA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3D587JQ 697 0 0
GGGTC
ACCAAAATGTCTTACGCAGCAGGAGCGGCTCTCTTCTTCCCGTCTACTGTTAGCGTCCGA
TCTCCAGCTAAGTTCCTTCTCCGTCCTAA*TCCTTGCCGGCTTCTTGTTCCTCCGACGAA
TGGCGCAGCGAGCACCAAGAACGGAGCACGCAGGCAAATGAAGAGGTCATTTGTAGTTGC
AAATGCTCTGCCTGTGGAGGACGACGGTGCTTCACTCGGCACCATGAAGCTTCCTGTAGA
TACCGATCTTCCAAGATTCGAAACTCTTCTTTTTCAGTGGGCGAACAGTCTTTGCCAAGG
AGCCAACATACCTCTTCCTGTTCCTCTCAAGGTGGATAGAATAAGTGGAGGAGCGAGGTT
AGGATTCATAGTGATGGAAGATGAAGGCAAAACCGATGTTCCGGTTTACATAGACTGTTT
GGTTTACCAAAGCACAGAGAGTGGTTCAGGTTCAGGACCAGTGTTCCGAGCGACACGTAA
TGGTAGGAAGAAAGATAAGGCACCTCCAGGAGAAGAACGAATCATGAGAAGTCTCTTGGG
AGCACTCAAACGAGCTGTGGAACTTGTTCGAGTCTCGTGACAAAAACTATACTTGCCTGA
CATTATTTCTCCTTGTACTTAATGTCTTTGCATCATCATTTATGTAAGAATCAGATTGGT
CGATAGTTTATATACAAACAATAATAGAGTCC

QA 6 697 6 697
DS 

RD RR3D587TF 697 0 0
GGGTC
ACCAAAATGTCTTACGCAGCAGGAGCGGCTCTCTTCTTCCCGTCTACTGTTAGCGTCCGA
TCTCCAGCTAAGTTCCTTCTCCGTCCTAA*TCCTTGCCGGCTTCTTGTTCCTCCGACGAA
TGGCGCAGCGAGCACCAAGAACGGAGCACGCAGGCAAATGAAGAGGTCATTTGTAGTTGC
AAATGCTCTGCCTGTGGAGGACGACGGTGCTTCACTCGGCACCATGAAGCTTCCTGTAGA
TACCGATCTTCCAAGATTCGAAACTCTTCTTTTTCAGTGGGCGAACAGTCTTTGCCAAGG
AGCCAACATACCTCTTCCTGTTCCTCTCAAGGTGGATAGAATAAGTGGAGGAGCGAGGTT
AGGATTCATAGTGATGGAAGATGAAGGCAAAACCGATGTTCCGGTTTACATAGACTGTTT
GGTTTACCAAAGCACAGAGAGTGGTTCAGGTTCAGGACCAGTGTTCCGAGCGACACGTAA
TGGTAGGAAGAAAGATAAGGCACCTCCAGGAGAAGAACGAATCATGAGAAGTCTCTTGGG
AGCACTCAAACGAGCTGTGGAACTTGTTCGAGTCTCGTGACAAAAACTATACTTGCCTGA
CATTATTTCTCCTTGTACTTAATGTCTTTGCATCATCATTTATGTAAGAATCAGATTGGT
CGATAGTTTATATACAAACAATAATAGAGTCC

QA 6 697 6 697
DS 

RD RR3AN94TF 698 0 0
GG
ACCAAAATGTCTTACGCAGCAGGAGCGGCTCTCTTCTTCCCGTCTACTGTTAGCGTCCGA
TCTCCAGCTAAGTTCCTTCTCCGTCCCAA*TCCTTGCCGGCTTCTTGTTCCTCCGACGAA
TGGCGCAGCGAGCACCAAGAACGGAGCACGCAGGCAAATGAAGAGGTCATTTGTAGTTGC
AAATGCTCTGCCTGTGGAGGACGACGGTGTTTCACTCGGCACCATGAAGCTTCCTGTAGA
TACCGATCTTCCGAGATTCGAAACTCTTCTTTTTCAGTGGGCGAACAGTCTTTGCCAAGG
AGCCAACATACCTCTTCCTGTTCCTCTCAAGGTGGATAGAATAAGTGGAGGAGCGAGGTT
AGGATTCATAGTGATGGAAGATGAAGGCAAAACCGATGTTCCGGTTTACATAGACTGTTT
GGTTTACCAAAGCACAGAGAGTGGTTCAGGTTCAGGACCAGTGTTCCGAGCGACACGTAA
TGGTAGGAAGAAAGATAAGGCACCTCCAGGAGAAGAACGAATCATGAGAAGTCTCTTGGG
AGCACTCAAACGAGCTGTGGAACTTGCTCGAGTCTCGTGACAAAAACTATACTTGCCTGA
CATTATTTCTCCTTGTACTTAATGTCTTTGCATCATCATTTATGTAAGAATCAGATTGGT
CGATAGTTTATATACAAACAATAATAGAGTCCAAAA

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR3H677JQ 377 0 0
GTTCCTCTCAAGGTGGATAGAATAAGTGGAGGAGCGAGGTTAGGATTCATAGTGATGGAA
GATGAAGGCAAAACCGATGTTCCGGTTTACATAGACTGTTTGGTTTACCAAAGCACAGAG
AGTGGTTCAGGTTCAGGACCAGTGTTCCGAGCGACACGTAATGGTAGGAAGAAAGATAAG
GCACCTCCAGGAGAAGAACGAATCATGAGAAGTCTCTTGGGAGCACTCAAACGAGCTGTG
GAACTTGCTCGAGTCTCGTGACAAAAACTATACTTGCCTGACATTATTTCTCCTTGTACT
TAATGTCTTTGCATCATCATTTATGTAAGAATCAGATTGGTCGATAGTTTATATACAAAC
AATAATAGAGTCC
AACC

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR3AN94JQ 578 0 0
GACGAATGGCGCAGCGAGCACCAAGAACGGAGCACGCAGGCAAATGAAGAGGTCATTTGT
AGTTGCAAATGCTCTGCCTGTGGAGGACGACGGTGTTTCACTCGGCACCATGAAGCTTCC
TGTAGATACCGATCTTCCGAGATTCGAAACTCTTCTTTTTCAGTGGGCGAACAGTCTTTG
CCAAGGAGCCAACATACCTCTTCCTGTTCCTCTCAAGGTGGATAGAATAAGTGGAGGAGC
GAGGTTAGGATTCATAGTGATGGAAGATGAAGGCAAAACCGATGTTCCGGTTTACATAGA
CTGTTTGGTTTACCAAAGCACAGAGAGTGGTTCAGGTTCAGGACCAGTGTTCCGAGCGAC
ACGTAATGGTAGGAAGAAAGATAAGGCACCTCCAGGAGAAGAACGAATCATGAGAAGTTT
CTTGGGAGCACTCAAACGAGCTGTGGAACTTGCTCGAGTCTCGTGACAAAAACTATACTT
GCCTGACATTATTTCTCCTTGTACTTAATGTCTTTGCATCATCATTTATGTAAGAATCAG
ATTGGTCGATAGTTTATATACAAACAATAATAGAGTCC

QA 1 578 1 578
DS 



AS 2 4

CO CL1219Contig1 706 2 3 U
CTTAGAAGTTTCTTAAAGTGGAAAAAGACAAATATACAAAGAAACTTCTCCACTGTCCAA
AATGATAACTTTCTTTGGGCTCTCCACTGCTTTGTCTTGAGCTTCGATCTTCCGCACTAC
TTCCATGCCTGACAAACCTTTCCAAACACTACGTGATGTCCGTCCAACCAATTTGTGGGG
ACGGTTGTGATGAAAAACTGTGAACCGTTGGAGTCTGGTCCCGAGTTTGCCATTGATAAA
ACTCCTGGCCCGGGGTGTTTGAGTTTGAAGTTCTCATCTGCAAACTTATCGCCATAAATG
GACTCTCCACCTCGTCCATCGCCTCGTGTGAAATCTCCACTTTGAATCATGAAACTAGGA
ATGATCCTGTGGAAACTGCTTCCTTTGAAATAAAGTGGTTTCCCCATGTTCCCAACTCCT
TTCTCTCCCGTGCAAAGCGCTCGAAAGTTCTCTGCGGTTTTAGGAACTATCTTCCCAAAA
AGCCCAATGAGAATCCTCCCTGCAGGTGAACCATTGATCTGAATATCAAAGTAAACTTTG
TGGATAACTCCTTCTAAATCCTCTCCTCCTACCATAGGATCAGCAGTCTTCTCATTGACC
ATAGGATCAGCAACATCAGTCAATTTCATCTGGATGAGAGCAAGAGTGACGAAGAGGACG
ACTACCCACAAGAGAGTCAGAGATACCAATCTAGTCGCCGTTATCG


BQ
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AF RR3C606JQ U 108
AF RR3C606TF C 1
BS 1 107 RR3C606TF
BS 108 305 RR3C606JQ
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RD RR3C606JQ 198 0 0
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CCAATTTGTGGGGACGGTTGTGATGAAAAACTGTGAACCGTTGGAGTCTGGTCCCGAGTT
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ATCGCCATAAATGGACTC

QA 1 198 1 198
DS 

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AATGATAACTTTCTTTGGGCTCTCCACTGCTTTGTCTTGAGCTTCGATCTTCCGCACTAC
TTCCATGCCTGACAAACCTTTCCAAACACTACGTGATGTCCGTCCAACCAATTTGTGGTG
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ATGATCCTGTGGAAACTGCTTCCTTTGAAATAAAGTGGTTTCCCCATGTTCCCAACTCCT
TTCTCTCCCGTGCAAAGCGCTCGAAAGTTCTCTGCGGTTTTAGGAACTATCTTCCCAAAA
AGCCCAATGAGAATCCTCCCTGCAGGTGAACCATTGATCTGAATATCAAAGTAAACTTTG
TGGATAACTCCTTCTAAATCCTCTCCTCCTACCATAGGATCAGCAGTCTTCTCATTGACC
ATAGGATCAGCAACATCAGTCAATTTCATCTGGATGAGAGCAAGAGTGACGAAGAGGACG
ACTACCCACAAGAGAGTCAGAGATACCAATCTAGTCGCCGTTATCG

QA 1 706 1 706
DS 



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ACAAAGTTTACTTTGATATTCAGATCAATGGTTCACCTGCAGGGAGGATTCTCATTGGGC
TTTTTGGGAAGATAGTTCCTAAAACCGCAGAGAACTTTCGAGCGCTTTGCACGGGAGAGA
AAGGAGTTGGGAACATGGGGAAACCACTTTATTTCAAAGGAAGTAGCTTCCATAGGATCA
TTCCTAGCTTCATGATTCAAGGTGGAGATTTTACACGAGGCGATGGACGAGGTGGAGAGT
CCATCTATGGCGATAAGTTTGCAGATGAGAACTTCAAACTCAAACACACCGGGCCAGGAG
TCTTATCAATGGCAAACTCGGGACCAGACTCCAACGGTTCACAGTTTTTCATCACAGCTG
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TCATTTTGGACAGTGGAGAAGTTTCTTTGTAATATTTATCTTTCTTCCACTTTAAGAAAC
TTCTAAGAACTTATGATTTTTCATCGTTATGAAGACACACAAAGATCAAGTGTTACACCC


BQ
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AF RR3FZ33TF U 1
AF RR3CH48JQ C 182
BS 1 457 RR3FZ33TF
BS 458 458 RR3CH48JQ
BS 459 475 RR3FZ33TF
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RD RR3FZ33TF 479 0 0
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TGGTGAATGAGAAGACTGCTGATCCTATGGTAGGAGGAGAGGATTTAGAAGGAGTTACCC
ACAAAGTTTACTTTGATATTCAGATCAATGGTTCACCTGCAGGGAGGATTCTCATTGGGC
TTTTTGGGAAGATAGTTCCTAAAACCGCAGAGAACTTTCGAGCGCTTTGCACGGGAGAGA
AAGGAGTTGGGAACATGGGGAAACCACTTTATTTCAAAGGAAGTAGCTTCCATAGGATCA
TTCCTAGCTTCATGATTCAAGGTGGAGATTTTACACGTGGCGATGGACGAGGTGG
TGAG

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR3CH48JQ 659 0 0
GGGG
AATGAGAAGATTGCTGATCCTATGGTAGGAGGAGAGGATTTAGATGGAGTTACCCACAAA
GTTTACTTTGATATTCAGATCAATGGTTCACCTGCAGGGAGGATTCTCATTGGGCTTTTT
GGGAATATAGTTCCTAAAACCGCAGAGAACTTTCGAGCGCTTTGCACGGGAGAGAAAGGA
GTTGGGAACATGGGGAAACCACTTTATTTCAAAGGAAGTAGCTTCCATAGGATCATTCCT
AGCTTCATGATTCAAGGTGGAGATTTTACACGAGGCGATGGACGAGGTGGAGAGTCCATC
TATGGCGATAAGTTTGCAGATGAGAACTTCAAACTCAAACACACCGGGCCAGGAGTCTTA
TCAATGGCAAACTCGGGACCAGACTCCAACGGTTCACAGTTTTTCATCACAGCTGTCACC
ACAAGTTGGTTGGACGGACATCACGTTGTGTTTGGGAAGGTATTGTCAGGCATGGAAGTA
GTGCGGAAGATCGAAGCGCAAGGACAAAGCAGTGGAGAGCCCAAAGGAAAAGTTATCATT
TTGGACAGTGGAGAAGTTTCTTTGTAATATTTATCTTTCTTCCACTTTAAGAAACTTCTA
AGAACTTATGATTTTTCATCGTTATGAAGACACACAAAGATCAAGTGTTACACCC

QA 5 659 5 659
DS 



AS 1 6

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GGAAAACAGTGAGAGAGACAAGGAGTTAAACAGTGAGAGAGAAGAGGAAGAGGAAGAAAG
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ATAAGAATCGCGAGGGAGAGAGTGGAGAAAGCTCTTCAGTACTCTTACAGAGACAGGCGC
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ACAATAACACATACCGTTTAGTTATTTGTTTGAATCACATGAACACAAACAAGAGCTTCA
CAATCTTTGAGCCAATGTATTTCTGTCTTCTTATTTCGTTTACCAGTTCTAAATCCATTG
ATTTGTTTACCG


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E679JQ C 1
AF RR3E679TF U 1
AF RR3CI12JQ C 23
AF RR3CI12TF U 23
AF RR3DP75JQ C 20
AF RR3DP75TF U 20
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QA 1 596 1 596
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QA 3 550 3 550
DS 

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DS 



AS 2 6

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CG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3F481TF U 14
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GG
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AAGAAAAACTGCTCCTGGTTTGCGATTGGTAGACAAATGGGCGGTGCTGATTGGTGGAGG
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CATC

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GAAAGTATCAGGGAACGCTCATAAGATTGTTGTCGCTGAAAGAGTTGTGCTCAACTTTAT
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GAAGCTAA
G

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DS 

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G
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*GCGATTGGTAGACAAATGGGCGGTGCTGATTGGTGGAGGGAAGAATCATAGGATGGGAC
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AGACGCGGACGCTTGAGGAAGTGAAGGAAGTGTTAGAGTATGTTAGTGGATCCAAGAGTA
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GAAACGTTACAATTGAGACAGTACACAAGATTGGACAAAGTGGAGTTACATTCATTAGCA
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GATGAATCTGACTACAAATAGTAAAACGTTCTATCTTTTTTAATAAGTAATACTAAAAAC
TGTTTCTATCTTTTGTAATAAATAAATACTATAAACTCTAGCTGCATAGCGGAGACATGT
ATGAATTACTCATTTAGCTCTCTCTCG

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DS 



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AAAATAGACGGCGAGACTTTTAAACTGAAAACTCCAGTGACCGCGGAAGAAGTCTTGAAA
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GGAGAATGGTCAAAGACGGAGGAAGGAGGAGGAGGAGGAGCGGTGAGGGTGAAGCTGAGG
ATTCCAAAGGCGGAGCTGGAAAGACTCGTTAAAGAGGGAGCCACGGAGGCGGAGGCTACT
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CTCGCAACGAGGGGAGTCAAGTCACGTCTGAAGCGAGTGAGTTTCATGGCGGAAAGAGGA
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AGACTGCTCCTCAAAGTTTCTGCATCTCGTTGTACATAAAGAGCAGAGTTTTGAGAGAGA
GCGAGCTAATGAGTAGTTCATACATGTCTCCGCTATGCAGCTAGAGTTTATAGTATTATT
TATTACAAAAGATAGAACAGTTTTTAGTATTATTTATTACAAAAGATAGAACGTTTTACT
ATCTGTAGTCAGATTCATCACTGTCTCATTTATCTCAACCTTATTAATTCTCTGTTTCTT
GGGAAGATGAAGTAAAGATACTTTGTTTCTCTATAACTTCTAGGCTCGTTTTGTCCTTCT
TCCGACCTCAAGAGCCAACTCTGTATCAATCTTCAGTGAGATATCCAACGCTTTAACCGA
ATGAGTCAGAGCTCCACTGCTAATGAACGTAACTCCACTCTGTCCGATCTTGTGTACTGT
CTCAATTGTAACGTTGCCTGAAGCCTCTGTCTCGACTCTTCCATTGATTAGCTCCACCGC
ATCTTTAAGCATAGTGACATCAACGTCTCCATTCTCTAACGGTACAACCATATTGTCCAG
CATTATTCTCGTCACCCTACTCTTGGATCCACTAACATACTCCAACACTCCCTTCACTTC
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CGCTGCATCCGCCATTAACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GQ35TF U 1
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AF RR3BW27JQ U 903
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CT

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TTATAGTATTATTTATTACAAAAGATAGAACAGTTTTTAGTATTATTTATTACAAAAGAT
AGAACGTTTTAC
C

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G
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AAGATGAAGTAAAGATACTTTGTTTCTCTATAACTTCTAGGCTCGTTTTGTCCTTCTTCC
GACCTCAAGAGCCAACTCTGTATCAATCTTCAGTGAGATATCCAACGCTTTAACCGAATG
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AATTGTAACGTTGCCTGAAGCCTCTGTCTCGACTCTTCCATTGATTAGCTCCACCGCATC
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TATTCTCGTCACCCTACTCTTGGATCCACTAACATACTCCAACACTCCCTTCACTTCCTC
CAGCGTCCGCGTCTCCACCTCCACGTCCAATTCAAGATTCTTTAGCTTCAGATACTCGTC
CACAGATCTAATAGCATTCACTATACCTCCTGCAGCTGAAATATGGTTATCTTTTATCAT
CACCATGTCAAATAGTCCCATCCTATGATTCTTCCCTCCACCAATCAGCACCGCCCATTT
GTCTACCAATCGTAAACCAGGAGCAGTTTTTCTTGTCTCCAGTATACGTGCAGGGTACGC
TGCATCCGCCATTAACT

QA 2 738 2 738
DS 



AS 2 6

CO CL1222Contig1 710 3 2 U
TTTTTTTTGAGCAAGATTCTTGTTCTAATTAAATCATACGACAGGGAATAAAGAGGTTAA
GAAACCCATATTTGGTCTGACGTAAGAACA**ATGTAATGACAAAAAGAAATAAACAAAG
AAAGATGTCTTGTTTTACAAAGCGTCGCGTGCAGCGATCCGGCAAACAATGGCATCTCCG
AGGGAGGAAATCCCGAGTTCTTGGCTAGTTATCTTGTAATGCTTTAAAATATGGGCTTGA
TTAGCTTGCGTCTTTAACTCCTCCAAATCAATCTCCTTCCCATTGATCAATTTCGCCATC
TCCTCCATCTCAAGGGGAGAAGCATTGAACCGAGCAGCTAGAATGTAAGTAGTAGTCTCG
GAGATCCCACATCGTTTCAACGATTCTGTAATATGTTTAGATCCGGAGTAGTTGTAGACA
AGCTCAGAATGAAGAGTTCGTGTTGATAACGAATCACGTGATTTGGAGACGAGTGCTTTC
TGAGCAGCAGCTAAGAGAGGGAAAACATCTGGTATGAGTAAGGCATTGAGAAATGAGACT
TCAAGCTTCAGACTTCCATCTAGAATCGAGTTCAAGAGCTCCTTGGAGTTGGTGACATCG
GAGAAGAGAGAAACAGAGAGAGTGTTTTCACCGTCGAGATGGAACACCTTCATAACTCTA
AAGTCGGCGTCGAAAAGGAGGCAGAGAATTAGGGCTCTACGCCGCCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3FZ12JQ U 50
AF RR3CC84TF C 1
AF RR3CC84JQ U 9
BS 1 8 RR3CC84TF
BS 9 710 RR3CC84JQ

RD RR3FZ12JQ 444 0 0
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AATAAACAAAGAAAGATGTCTTGTTTTACAAAGCGTCGCGTGCAGCGATCCGGCAAACAA
TGGCATCACCGAGAGAGGAGATCCCAAGTTCTTGGCTAGTTATCTTGTAATGCTTTAAAA
TATGGGCTTGATTAGCTTGCGTCTTTAACTCCTCCAAGTCAATCTCCTTCCCGTTGATCA
ATTTCGCCACCTCCTCCATCTCAAGGGGAGAAGCATTGAACCGGGCAGCTAGAATGTAAG
TAGTAGTCTCGGATATCCCACATCGTTTCAACGATTCTGTAATATGTTTAGAGCCGGAGT
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CGAGTGCTTTCTGAGCGGCAGCTA

QA 1 444 1 444
DS 

RD RR3CC84TF 710 0 0
TTTTTTTTGAGCAAGATTCTTGTTCTAATTAAATCATACGACAGGGAATAAAGAGGTTAA
GAAACCCATATTTGGTCTGACGTAAGAACA**ATGTAATGACAAAAAGAAATAAACAAAG
AAAGATGTCTTGTTTTACAAAGCGTCGCGTGCAGCGATCCGGCAAACAATGGCATCTCCG
AGGGAGGAAATCCCGAGTTCTTGGCTAGTTATCTTGTAATGCTTTAAAATATGGGCTTGA
TTAGCTTGCGTCTTTAACTCCTCCAAATCAATCTCCTTCCCATTGATCAATTTCGCCATC
TCCTCCATCTCAAGGGGAGAAGCATTGAACCGAGCAGCTAGAATGTAAGTAGTAGTCTCG
GAGATCCCACATCGTTTCAACGATTCTGTAATATGTTTAGATCCGGAGTAGTTGTAGACA
AGCTCAGAATGAAGAGTTCGTGTTGATAACGAATCACGTGATTTGGAGACGAGTGCTTTC
TGAGCAGCAGCTAAGAGAGGGAAAACATCTGGTATGAGTAAGGCATTGAGAAATGAGACT
TCAAGCTTCAGACTTCCATCTAGAATCGAGTTCAAGAGCTCCTTGGAGTTGGTGACATCG
GAGAAGAGAGAAACAGAGAGAGTGTTTTCACCGTCGAGATGGAACACCTTCATAACTCTA
AAGTCGGCGTCGAAAAGGAGGCAGAGAATTAGGGCTCTACGCCGCC
TCCC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3CC84JQ 702 0 0
GAGCAAGATTCTTGTTCTAATTAAATCATACGACAGGGAATAAAGAGGTTAAGAAACCCA
TATTTGGTCTGACGTAAGAACA**ATGTAATGACAAAAAGAAATAAACAAAGAAAGATGT
CTTGTTTTACAAAGCGTCGCGTGCAGCGATCCGGCAAACAATGGCATCTCCGAGGGAGGA
AATCCCGAGTTCTTGGCTAGTTATCTTGTAATGCTTTAAAATATGGGCTTGATTAGCTTG
CGTCTTTAACTCCTCCAAATCAATCTCCTTCCCATTGATCAATTTCGCCATCTCCTCCAT
CTCAAGGGGAGAAGCATTGAACCGAGCAGCTAGAATGTAAGTAGTAGTCTCGGAGATCCC
ACATCGTTTCAACGATTCTGTAATATGTTTAGATCCGGAGTAGTTGTAGACAAGCTCAGA
ATGAAGAGTTCGTGTTGATAACGAATCACGTGATTTGGAGACGAGTGCTTTCTGAGCAGC
AGCTAAGAGAGGGAAAACATCTGGTATGAGTAAGGCATTGAGAAATGAGACTTCAAGCTT
CAGACTTCCATCTAGAATCGAGTTCAAGAGCTCCTTGGAGTTGGTGACATCGGAGAAGAG
AGAAACAGAGAGAGTGTTTTCACCGTCGAGATGGAACACCTTCATAACTCTAAAGTCGGC
GTCGAAAAGGAGGCAGAGAATTAGGGCTCTACGCCGCCTCCC

QA 1 702 1 702
DS 



CO CL1222Contig2 712 3 6 U
GGGCCGTGTCCTGTCTCTCGAGTTACGGCGGTGTAGAACCCTAATTCTCTGCCTCCTTTT
CGCCGCCGACTCTAGAGTTATGAAGGTGTTTCATCTAGACGGCGAAAACACACTCTCTGT
TTCTCTCTTCTCCGATGTTACTAACTCCAAGGAGCTCTTGAACTCGATTCTAGATGGAAG
TCTGAAGCTTGAAGTCTCATTTCTCAATGCCTTACTCATACCAGATGTTTTCCCTCTCTT
AGCTGCCGCTCAGAAAGCACTCGTCTCCAAATCACGTGATTCGTTATCAACACGAACTCT
TCATTCTGAGTTGGTCTACAACTACTCCGGCTCTAAACATATTACAGAATCGTTGAAACG
ATGTGGGATATCCGAGACTACTACTTACATTCTAGCTGCCCGGTTCAATGCTTCTCCCCT
TGAGATGGAGGAGGTGGCGAAATTGATCAACGGGAAGGAGATTGACTTGGAGGAGTTAAA
GACGCAAGCTAATCAAGCCCATATTCTAAAGCATTACAAGATAACTAGCCAAGAACTTGG
GATCTCCTCTCTCGGTGATGCCATTGTTTGCCGGATCGCTGCACGCGACGCTTTGTAAAT
****ACATCTTTCTTTGTTTATTTCTTTTTGTCATTACATTGTGTTCTTACGTCAGACCA
AATATGGGTTTCTTAACCTCTTTATTCCCTGTCGTATGATTTAATTAGAACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FZ12TF U 1
AF RR3AZ47JQ C 18
AF RR3AZ47TF U 18
BS 1 121 RR3FZ12TF
BS 122 122 RR3AZ47TF
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RD RR3FZ12TF 683 0 0
GGGCCGTGTCCTGTCTCTCGAGTTACGGCGGTGTAGAACCCTAATTCTCTGCCTCCTTTT
CGCCGCCGACTCTAGAGTTATGAAGGTGTTTCATCTAGACGGCGAAAACACACTCTCTGT
TCCTCTCTTCTCCGATGTTACTAACTCCAAGGAGCTCTTGAACTCGATTCTAGATGGAAG
TCTGAAGCTTGAAGTCTCATTTCTCAATGCCTTACTCATACCAGATGTTTTCCCTCTCTT
AGCTGCCGCTCAGAAAGCACTCGTCTCCAAATCACGTGATTCGTTATCAACACGAACTCT
TCATTCTGAGTTGGTCTACAACTACTCCGGCTCTAAACATATTACAGAATCGTTGAAACG
ATGTGGGATATCCGAGACTACTACTTACATTCTAGCTGCCCGGTTCAATGCTTCTCCCCT
TGAGATGGAGGAGGTGGCGAAATTGATCAACGGGAAGGAGATTGACTTGGAGGAGTTAAA
GACGCAAGCTAATCAAGCCCATATTCTAAAGCATTACAAGATAACTAGCCAAGAACTTGG
GATCTCCTCTCTCGGTGATGCCATTGTTTGCCGGATCGCTGCACGCGACGCTTTGTAAAA
CAAGACATCTTTCTTTGTTTATTTCTTTTTGTCATTACATTGTGTTCTTACGTCAGACCA
AATATGGGTTTCTTAACCTCTTT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3AZ47JQ 695 0 0
GGGAGTTAC
GGCGGTGTAGAACCCTAATTCTCTGCCTCCTTTTCGCCGCCGACTCTAGAGTTATGAAGG
TGTTTCATCTAGACGGCGAAAACACACTCTCTGTTTCTCTCTTCTCCGATGTTACTAACT
CCAAGGAGCTCTTGAACTCGATTCTAGATGGAAGTCTGAAGCTTGAAGTCTCATTTCTCA
ATGCCTTACTCATACCAGATGTTTTCCCTCTCTTAGCTGCCGCTCAGAAAGCACTCGTCT
CCAAATCACGTGATTCGTTATCAACACGAACTCTTCATTCTGAGTTGGTCTACAACTACT
CCGGCTCTAAACATATTACAGAATCGTTGAAACGATGTGGGATATCCGAGACTACTACTT
ACATTCTAGCTGCCCGGTTCAATGCTTCTCCCCTTGAGATGGAGGAGGTGGCGAAATTGA
TCAACGGGAAGGAGATTGACTTGGAGGAGTTAAAGACGCAAGCTAATCAAGCCCATATTC
TAAAGCATTACAAGATAACTAGCCAAGAACTTGGGATCTCCTCTCTCGGTGATGCCATTG
TTTGCCGGATCGCTGCACGCGACGCTTTGTAAAT****ACATCTTTCTTTGTTTATTTCT
TTTTGTCATTACATTGTGTTCTTACGTCAGACCAAATATGGGTTTCTTAACCTCTTTATT
CCCTGTCGTATGATTTAATTAGAACA

QA 10 695 10 695
DS 

RD RR3AZ47TF 695 0 0
GGGAGTTAC
GGCGGTGTAGAACCCTAATTCTCTGCCTCCTTTTCGCCGCCGACTCTAGAGTTATGAAGG
TGTTTCATCTAGACGGCGAAAACACACTCTCTGTTTCTCTCTTCTCCGATGTTACTAACT
CCAAGGAGCTCTTGAACTCGATTCTAGATGGAAGTCTGAAGCTTGAAGTCTCATTTCTCA
ATGCCTTACTCATACCAGATGTTTTCCCTCTCTTAGCTGCCGCTCAGAAAGCACTCGTCT
CCAAATCACGTGATTCGTTATCAACACGAACTCTTCATTCTGAGTTGGTCTACAACTACT
CCGGCTCTAAACATATTACAGAATCGTTGAAACGATGTGGGATATCCGAGACTACTACTT
ACATTCTAGCTGCCCGGTTCAATGCTTCTCCCCTTGAGATGGAGGAGGTGGCGAAATTGA
TCAACGGGAAGGAGATTGACTTGGAGGAGTTAAAGACGCAAGCTAATCAAGCCCATATTC
TAAAGCATTACAAGATAACTAGCCAAGAACTTGGGATCTCCTCTCTCGGTGATGCCATTG
TTTGCCGGATCGCTGCACGCGACGCTTTGTAAAT****ACATCTTTCTTTGTTTATTTCT
TTTTGTCATTACATTGTGTTCTTACGTCAGACCAAATATGGGTTTCTTAACCTCTTTATT
CCCTGTCGTATGATTTAATTAGAACA

QA 10 695 10 695
DS 



AS 2 6

CO CL1223Contig1 724 4 2 U
AGGAAAACTAACAGTTTGCATTGCAAAATGAGGGAGGAGAGTATACATATATGTGACAAA
AAGGATGTGATACGAGAAAGAAAAAA*GAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTGGGATCTATTAT
TCCTGCTTGGGACGAGCAAGCCTTGCACGATGCCTGAGCTCAGCTCTTTTCCATTTTACA
ATAAGGTAGCAAAGCGAGAACAGTGTGTTTATCAGGATTATGATTGCAATGACCAAAAGT
GGTCCTGACCAGAGAACAGATAGGAAGGCTCCGTGGGGGTCAAAGTAATTCTGAGTTGAG
AAGCTCTTCCAGTTCTTTCTCAAGACTCGGTTGAGACTCTCTGCAAAGTAAACTCCACCC
AAAGACAATAAGAACAAGAACATGTGGAAGTTTAGATGCCTTCTCGAAACAAGAGTCACA
ATTAGCACCAGAGCATGAAACGCCATTAATCCCATAATCCAAGGTTCCTTCCAATCAATG
GCGTGGAAGAAACCAATGAAATTCTCGTAGGCAGGTTGCAATCCGGTACGGAGCTCTCCG
GAGAGTTTGTGGACCAGATCCGCCATCAGATCCATCTGCTGTTCCATCGCTGATCTTATT
TCTTCCATTCTCTGCTCAAATTCACCCTCCAATTTGTAATATCGGCGCTGCTAAACAACA
ATTCACACCCTCCAATAAAACCAAATCCCCTTTTCCTCCTTCGATTTTTTTTGGTTCTCA
AAAA


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3A760JQ U 1
AF RR3A760TF C 132
AF RR3FA09JQ U 1
AF RR3C630JQ U 1
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TGGTTCTC

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TGGTTCTC

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DS 

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AT
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T

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TTCCATTCTCTGCTCAAATTCACCCTCCAATTTGTAATCTCGGCGCTGCTAAACAACAAT
TCACACCCTCCAATAAAACCAAATCCCCTTTTCCTCCTTCGATTTTTTTTGGTTCTCAAA
AA

QA 3 724 3 724
DS 



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G


BQ
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10 

AF RR3D157TF U 1
AF RR3D157JQ C 1
BS 1 374 RR3D157TF
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CTCTCTCTCTCTCT
CTCTTTTTTTCTTT

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DS 

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TAATCCTGATAAACACACTGTTCTCGCTTTGCTACCTTATTGTAAAATGGAAAAGAGCTG
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CTTTTTCTTTTTTTTTGTTAACAGCAAACAGTTAGTTTTCTATTTTATGTATTTCGTTTT
G

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 5

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GTTTACGTTTTGTTGTTAAAAAGGTTTATGTTTTATTATATTCTTCTATATTCTTACTGC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CC51TF U 1
AF RR3FJ93TF U 1
AF RR3FJ93JQ C 127
AF RR3DF57JQ C 356
AF RR3DF57TF U 356
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BS 13 394 RR3CC51TF
BS 395 395 RR3FJ93TF
BS 396 596 RR3CC51TF
BS 597 660 RR3FJ93TF

RD RR3CC51TF 596 0 0
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GAAGTTGGCATGTTTGGTCTTGGCCTGCATGATCGTGGCCGGTCCAATCACATCGAACGC
GGCTCTGAACTGTGGCACCGTTAACTCCAACGTGGCAGCGTGCATTGGCTACCTAGCCCA
GGGTGCGCCGGCCATTCCACCAGCGTGCTGCAGCGGCGTTACTAATCTAAACAACCTGGC
CCGTACAACCCCGGACCGTCAGCAAGCTTGCCGTTGCCTTGTAGGAGCCGCTAACGCCTT
CCCTAGTCTCAACGCTGCCCGTGCAGCTGGACTTCCTAAGGCATGTGGAGTCAATATCCC
TTACAAGATCAGCAAAAGCACCAACTGCAACAGTTTGAAATGAGCTGCGGTCGGATGAGG
CTAATGCGGACGCTTCAAATATTATGTACGTAATGGATGAGAGAATGCTAAAATAAGATG
TTTAAGTGGTTGTTGTTTTTAGAGTTTTTCAGTTTCCTGTCTTTTATGTTGTCATGCTCG
TAGTACTTTGGTCGTCTGTACTATGTTCACAATCAACGTTATATGAATTTCAGATC

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3FJ93TF 660 0 0
TCCACACACATCTCATTTTGCAAACAACAAAATCTAAGAGAGAAATATGGCTGGTCTAAT
GAAGTTGGCATGTTTGGTCTTGGCCTGCATGATCGTGGCCGGTCCAATCACATCGAACGC
GGCTCTGAACTGTGGCACCGTTAACTCCAACGTGGCAGCGTGCATTGGCTACCTAGCCCA
GGGTGCGCCGGCCATTCCACCAGCGTGCTGCAGCGGCGTTACTAATCTAAACAACCTGGC
CCGTACAACCCCGGACCGTCAGCAAGCTTGCCGTTGCCTTGTAGGAGCCGCTAACGCCTT
CCCTAGTCTCAACGCTGCCCGTGCAGCTGGACTTCCTAAGGCATGTGGAGTCAATATCCC
TTACAAGATCGGCAAAAGCACCAACTGCAACAGTGTGAAATGAGCTGCGGTCGGATGAGG
CTAATGCGGACGCTTCAAATATTATGTACGTAATGGATGAGAGAATGCTAAAATAAGATG
TTTAAGTGGTTGTTGTTTTTAGAGTTTTTCAGTTTCCTGTCTTTTATGTTGTCATGCTCG
TAGTACTTTGGTCGTCTGTACTATGTTCACAATCAACGTTATATGAATTTCAGATCTAAG
GTTTACGTTTTGTTGTTAAAAAGGTTTATGTTTTATTATATTCTTCTATATTCTTACTGC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3FJ93JQ 534 0 0
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GCCGGCCATTCCACCAGCGTGCTGCAGCGGCGTTACTAATCTAAACAACCTGGCCCGTAC
AACCCCGGACCGTCAGCAAGCTTGCCGTTGCCTTGTAGGAGCCGCTAACGCCTTCCCTAG
TCTCAACGCTGCCCGTGCAGCTGGACTTCCTAAGGCATGTGGAGTCAATATCCCTTACAA
GATCGGCAAAAGCACCAACTGCAACAGTGTGAAATGAGCTGCGGTCGGATGAGGCTAATG
CGGACGCTTCAAATATTATGTACGTAATGGATGAGAGAATGCTAAAATAAGATGTTTAAG
TGGTTGTTGTTTTTAGAGTTTTTCAGTTTCCTGTCTTTTATGTTGTCATGCTCGTAGTAC
TTTGGTCGTCTGTACTATGTTCACAATCAACGTTATATGAATTTCAGATCTAAGGTTTAC
GTTTTGTTGTTAAAAAGGTTTATGTTTTATTATATTCTTCTATATTCTTACTGC

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR3DF57JQ 249 0 0
G
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GAGGCTAATGCGGACGCTTCAAATATTATGTACGTAATGGATGAGAGAATGCTAAAATAA
GATGTTTAAGTGGTTGTTGTTTTTAGAGTTTTTCAGTTTCCTGTCTTTTATGTTGTCATG
CTCGTAGTACTTTGGTCGTCTGTACTATGTTCACAATCAACGTTATATGAATTTCAGATC
TAAGGT
CT

QA 2 247 2 247
DS 

RD RR3DF57TF 249 0 0
G
TCCCTTACAAGATCAGCAAAGGCACCAACTGCAACAGTGTGAAATGAGCTGCGGTCGGAT
GAGGCTAATGCGGACGCTTCAAATATTATGTACGTAATGGATGAGAGAATGCTAAAATAA
GATGTTTAAGTGGTTGTTGTTTTTAGAGTTTTTCAGTTTCCTGTCTTTTATGTTGTCATG
CTCGTAGTACTTTGGTCGTCTGTACTATGTTCACAATCAACGTTATATGAATTTCAGATC
TAAGGT
CT

QA 2 247 2 247
DS 



AS 1 6

CO CL1225Contig1 1164 6 8 U
CGAAAAAATAAAACTGGTATGG*TAAATGAATTGTCTCAGCAAAAAGAGAACCATTAACA
AACACAAGAATAAAAGATAAAAGTATACTTAGACCGCAGCCTTGTCTTTAAAACTCGATT
AGAAAAACAGACTAAGCGACCCATAGGATCATCAAAACACAAGTCACCGAAGCAAAACTC
ATATGAGAGAGCGTATCAAACCAAAACCAATGATCTTTTTCACTTGAAGCACTTGGCGTC
CAAGAGAGCTTCACCTTCAAACGGCTCTGCGTCCTCGATCATCTGGCTAACACGCTCCTT
CTGGGCTTCATCGGAGATGTCGACCTTAGTCCACTCGTACAGCTCCATGTCGTACACCTC
CTCCATAACGAACTTGGGGATCTCTGGTCCACGGAGCAGCCACAAACCCTTCACCTTGAA
CGGACCTTCTGCCCCGCAAATCAGCATCTTTCCAAAGGCGTACTTGCGTGCCAAATCCAT
TCTCTGCAGGAATCCACCAACCTTGTTGAGGGTGACGAATGACACTGTGTTCTCGTCATT
GTATTTGTAGTCGCAGAACCACAGTGAGTATCCCTCTGGGTCATACATGTCCCAGAATCC
TTTGATAGCAACCTCACGGAAGTTGGACTTGGTGTTTGAGTACAGCCTCTTCCACTCATC
GAGAACCATTGGGCTTGGTGGTAGCAAGTCAAGAGGGTTCTTTGCTTTGGGCTTTGGTGC
CTCTTCCTCTTCAACAGGCTTAGGTGCCTCTGCCGCAGGGGCA*CCTTTTTCTTAGGCTC
TTCCTTGGCCTTTGCAGGCTGGGCAGCAGCTTT*CTTGGAAGTAACAGGAGGGACAGCTT
CAGTCTGCTTGACATCACCCACCACCTTCTTGAAGTTTGGCTGGTTAATCAAGGTCCAGA
AGTATCTCTCGACATGGGGGAATGCAGAGGTGAAGCTCTTGGTAATGATAGTAGTAAATC
CCAGACTCAAGTTGCAGACAGTGACGATATCGGCAAGGGTGATAGAGTGTCCAACAAGGT
AAGTGTTGGAAGTGAGATGGGTGTTCAGAGCGTCAAGTGCTCTTTTCAACGCAGAGATAG
CAGCTTCCTCACCCGGAACACTGTATGGCATGTAGCCAATTCTTGCACCGAACCACTTGA
AGATGCTTCCGAAAATCTCAAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD30JQ U 1
AF RR3DD30TF C 1
AF RR3BT32JQ U 34
AF RR3B075JQ U 7
AF RR3BT32TF C 412
AF RR3B075TF C 419
BS 1 415 RR3DD30JQ
BS 416 813 RR3B075JQ
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BS 815 898 RR3B075JQ
BS 899 984 RR3BT32TF
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BS 986 1051 RR3BT32TF
BS 1052 1164 RR3B075TF

RD RR3DD30JQ 415 0 0
CGAAAAAATAAAACTGGTATGG*TAAATGAATTGTCTCAGCAAAAAGAGAACCATTAACA
AACACAAGAATAAAAGATAAAAGTATACTTAGACCGCAGCCTTGTCTTTAAAACTCGATT
AGAAAAACAGACTAAGCGACCCATAGGATCATCAAAACACAAGTCACCGAAGCAAAACTC
ATATGAGAGAGCGTATCAAACCAAAACCAATGATCTTTTTCACTTGAAGCACTTGGCGTC
CAAGAGAGCTTCACCTTCAAACGGCTCTGCGTCCTCGATCATCTGGCTAACACGCTCCTT
CTGGGCTTCATCGGAGATGTCGACCTTAGTCCACTCGTACAGCTCCATGTCGTACACCTC
CTCCATAACGAACTTGGGGATCTCTGGTCCACGGAGCAGCCACAAACCCTTCACC

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR3DD30TF 415 0 0
CGAAAA
AATAAAACTGGTATGG*TAAATGAATTGTCTCAGCAAAAAGAGAACCATTAACAAACACA
AGAATAAAAGATAAAAGTATACTTAGACCGCAGCCTTGTCTTTAAAACTCGATTAGAAAA
ACAGACTAAGCGACCCATAGGATCATCAAAACACAAGTCACCGAAGCAAAACTCATATGA
GAGAGCGTATCAAACCAAAACCAATGATCTTTTTCACTTGAAGCACTTGGCGTCCAAGAG
AGCTTCACCTTCAAACGGCTCTGCGTCCTCGATCATCTGGCTAACACGCTCCTTCTGGGC
TTCATCGGAGATGTCGACCTTAGTCCACTCGTACAGCTCCATGTCGTACACCTCCTCCAT
AACGAACTTGGGGATCTCTGGTCCACGGAGCAGCCACAAACCCTTCACC

QA 7 415 7 415
DS 

RD RR3BT32JQ 737 0 0
GTCTCAGCAAAAAGAGAACCATTAACAAACACAAGAATAAAAGATAAAAGTATACTTAGA
CCGCAGCCTTGTCTTTAAAACTCGATTAGAAAAACAGACTAAGCGACCCATAGGATCATC
AAAACACAAGTCACCGAAGCAAAACTCATATGAGAGAGCGTATCAAACCAAAACCAATAA
TCTTTTTCACTTGAAGCACTTGGCGTCCAAGAGAGCTTCACCTTCAAACGGCCCTGCGTC
CTCGATCATCTGGCTAACACGCTCCTTCTGGGCTTCATCGGAGATGTCGACCTTAGTCCA
CTCGTACAGCTCCATGTCGTACACCTCATCCATAACGAACTTGGGGATCTCTGGTCCACG
GAACAGCCACAGACCCTTCACCTTGAACGGACCTTCTGCCCCGCAAATCAGCATCTTTCC
AAAGGCGTACTTGCGTGCCAAATCCATTCTCTGCAGGAATCCACCAACCTTGTTGAGGGT
GACGAATGACACTGTGTTCTCGTCATTGTATTTGTAGTCGCAGAACCACAGTGAGTATCC
CTCTGGGTCATACATGTCCCAGAATCCTTTGATAGCAACCTCACGGAAGTTGGACTTGGT
GTTTGAGTACAGCCTCTTCCACTCATCGAGAACCATTGGGCTTGGTGGTAGCAAGTCAAG
AGGGTTCTTTGCTTTGGGCTTTGGTGCCTCTTCCTCTTCAACAGGCTTAGGTGCCTCTGC
CGCAGGGGCA
GCCTTTT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3B075JQ 892 0 0
AATAGAACTGGTATGGGTAAATGAATTGTCTCAGCAAAAAGAGAACCATTAACAAACACA
AGAATAAAAGATAAAAGTATACTTAGACCGCAGCCTTGTCTTTAAAACTCGATTAGAAAA
ACAGACTAAGCGACC*ATAGGATCATCAAAACACAAGTCACCGAAGCAAAACTCATATGA
GAGAGCGTATCAAACCAAAACCAATAATCTTTTTCACTTGAAGCACTTGGCGTCCAAGAG
AGCTTCACCTTCAAACGGCTCTGCGTCCTCGATCATCTGGCTAACACGCTCCTTCTGGGC
TTCATCGGAGATGTCGACCTTAGTCCACTCGTACAGCTCCATGTCGTACACCTCATCCAT
AACGAACTTGGGGATCTCTGGTCCACGGAACAGCCACAAACCCTTCACCTTGAACGGACC
TTCTGCCCCGCAAATCAGCATCTTTCCAAAGGCGTACTTGCGTGCCAAATCCATTCTCTG
CAGGAATCCACCAACCTTGTTGAGGGTGACGAATGACACTGTGTTCTCGTCATTGTATTT
GTAGTCGCAGAACCACAGTGAGTATCCCTCTGGGTCATACATGTCCCAGAATCCTTTGAT
AGCAACCTCACGGAAGTTGGACTTGGTGTTTGAGTACAGCCTCTTCCACTCATCGAGAAC
CATTGGGCTTGGTGGTAGCAAGTCAAGAGGGTTCTTTGCTTTGGGCTTTGGTGCCTCTTC
CTCTTCAACAGGCTTAGGTGCCTCTGCCGCAGGGGCA*CCTTTTTCTTAGGCTCTTCCTT
GGCCTTTGCAGGCTGGGCAGCAGCTTTTCTTGGAAGTAACAGGAGGGACAGCTTCAGTCT
GCTTGACATCACCCACCACCTTCTTGAAGTTTGGCTGGTTAATCAAGGTCCA

QA 1 892 1 892
DS 

RD RR3BT32TF 640 0 0
CACCTTG
AACGGACCTTCTGCCCCGCAAATCAGCATCTTTCCAAAGGCGTACTTGCGTGCCAAATCC
ATTCTCTGCAGGAATCCACCAACCTTGTTGAGGGTGACGAATGACACTGTGTTCTCGTCA
TTGTATTTGTAGTCGCAGAACCACAGTGAGTATCCCTCTGGGTCATACATGTCCCAGAAT
CCTTTGATAGCAACCTCACGGAAGTTGGACTTGGTGTTTGAGTACAGCCTCTTCCACTCA
TCGAGAACCATTGGGCTTGGTGGTAGCAAGTCAAGAGGGTTCTTTGCTTTGGGCTTTGGT
GCCTCTTCCTCTTCAACAGGCTTAGGTGCCTCTGCCGCAGGGGCAGCCTTTTTCTTAGGC
TCTTCCTTGGCCTTTGCAGGCTGGGCAGCAGCTTT*CTTGGAAGTAACAGGAGGGACAGC
TTCAGTCTGCTTGACATCACCCACCACCTTCTTGAAGTTTGGCTGGTTAATCAAGGTCCA
GAAGTATCTCTCGACATGGGGGAATGCAGAGGTGAAGCTCTTGGTAATGATAGTAGTAAA
TCCCAGACTCAAGTTGCAGACAGTGATGATATCGGCAAGGGTGATAGAGTGTCCAACAAG
GTAAGTGTTGGAAGTGAGATGGGTGTTCAGAGC

QA 8 640 8 640
DS 

RD RR3B075TF 746 0 0
AACGGACTTTCTGCCCCGCAAATCAGCATCTTTCCAAAGGCGTACTTGCGTGCCAAATCC
ATTCTCTGCAGGAATCCACCAACCTTGTTGAGGGTGACGAATGACACTGTGTTCTCGTCA
TTGTATTTGTAGTCGCAGAACCACAGTGAGTATCCCTCTGGGTCATACATGTCCCAGAAT
CCTTTGATAGCAACCTCACGGAAGTTGGACTTGGTGTTTGAGTACAGCCTCTTCCACTCA
TCGAGAACCATTGGGCTTGGTGGTAGCAAGTCAAGAGGGTTCTTTGCTTTGGGCTTTGGT
GCCTCTTCCTCTTCAACAGGCTTAGGTGCCTCTGCCGCAGGGGCA*CCTTTTTCTTAGGC
TCTTCCTTGGCCTTTGCAGGCTGGGCAGCAGCTTT*CTTGGAAGTAACAGGAGGGACAGC
TTCAGTCTGCTTGACATCACCCACCACCTTCTTGAAGTTTGGCTGGTTAATCAAGGTCCA
GAAGTATCTCTCGACATGGGGGAATGCAGAGGTGAAGCTCTTGGTCATGATAGTAGTAAA
TCCCAGACTCAAGTTGCAGACAGTGACGATATCGGCAAGGGTGATAGAGTGTCCAACAAG
GTAAGTGTTGGAAGTGAGATGGGTGTTCAGAGCGTCAAGTGCTCTTTTCAACGCAGAGAT
AGCAGCTTCCTCACCCGGAACACTGTATGGCATGTAGCCAATTCTTGCACCGAACCACTT
GAAGATGCTTCCGAAAATCTCAAGTC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 2 5

CO CL1226Contig1 969 3 6 U
GGCCTTAAGCTCAAGAAAACTTTATTGGAGAAACATGAAAATGAAGTTCTTGTTTGTTTG
TTTCAAATCCAACACGAATCAAAACTTATCAAGCTGATTTTGGTACATTGTCAGAAAGAC
TGAGATCATAGTCGTATTCTGCATCGCGAGCGTTCTTCTTGTAAAGAAGCTTCTAGAAAT
CAGCCTCGTCCAAGTTCTTTGTGTTCTCTGCGGCGTGAACTTGAGCTAAGTTGGAGTAGT
CAGCAGCCGAAGTAGAGAAGAAGGCCTTTTCTTCTTCAGTCACCTTCCTCAGAAACCTAG
CTGGATTCCCTCCCCAAACCTCGCCGGAGGGAATTCTAGTGTTCTGCCTGACAAGAGCTC
CTGACTCAACCACGGCATGCTTTTCAACATGAGCTCCATCCAAGACGGTAGCACTAGCAC
CAATATAGGCCTCGTCTTCGACAGTGCAGCCATGTAAAACAGCACTGTTACCAGCAGTGA
CATTGTCTCCAATGAGAGTGGGCAAAACCTTGCCGCTTAAGTTGGACTTAGCAACGTGGA
CGAGGGTGTTATCTTGGATATTGGTCCCAGCGCCGACGCTGATGCTGTTAGCATCTCCTC
TCAAGACGCAGCCATACCAAATGGAAGAACCACGTCCGACATGGACATTGCCAATGATAG
AGGCGCTAGGAGCAACGAAAGCCTGGTTATCGACAGCAGGGGATTTGTCAAAAACATTCA
TAAGCGTACGGTGCCTGGATAGTTGTTCGCGGAAGTGATTTTTGCCTTGGAGGCGACAAC
CGAGCCGATCGAGTGCTTGACCAGTTTCACGGATCCAGAACCCTACGCTGTAGAATGCCT
TTCCCATCGACATCGGTTTTTTTTCCACACGGCGGAGAGATCGTTTGTCAACGAAATGGA
AATCCGAAAAGGGCTTCTTCTTCGCCGGAACTAGAGGAAGATGAGAGAGAGAGAAGAGAA
CTAGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER56JQ U 1
AF RR3FA22JQ U 7
AF RR3ER56TF C 308
BS 1 34 RR3ER56JQ
BS 35 35 RR3FA22JQ
BS 36 264 RR3ER56JQ
BS 265 265 RR3FA22JQ
BS 266 695 RR3ER56JQ
BS 696 969 RR3ER56TF

RD RR3ER56JQ 695 0 0
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TTTCAAATCCAACACGAATCAAAACTTATCAAGCTGATTTTGGTACATTGTCAGAAAGAC
TGAGATCATAGTCGTATTCTGCATCGCGAGCGTTCTTCTTGTAAAGAAGCTTCTAGAAAT
CAGCCTCGTCCAAGTTCTTTGTGTTCTCTGCGGCGTGAACTTGAGCTAAGTTGGAGTAGT
CAGCAGCCGAAGTAGAGAAGAAGGGCTTTTCTTCTTCAGTCACCTTCCTCAGAAACCTAG
CTGGATTCCCTCCCCAAACCTCGCCGGAGGGAATTCTAGTGTTCTGCCTGACAAGAGCTC
CTGACTCAACCACGGCATGCTTTTCAACATGAGCTCCATCCAAGACGGTAGCACTAGCAC
CAATATAGGCCTCGTCTTCGACAGTGCAGCCATGTAAAACAGCACTGTTACCAGCAGTGA
CATTGTCTCCAATGAGAGTGGGCAAAACCTTGCCGCTTAAGTTGGACTTAGCAACGTGGA
CGAGGGTGTTATCTTGGATATTGGTCCCAGCGCCGACGCTGATGCTGTTAGCATCTCCTC
TCAAGACGCAGCCATACCAAATGGAAGAACCACGTCCGACATGGACATTGCCAATGATAG
AGGCGCTAGGAGCAACGAAAGCCTGGTTATCGACA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3FA22JQ 678 0 0
G
AGCTCAAGAAAACTTTATTGGAGAAACATGAAAATGAAGTTCTTGTTTGTTT****CAAA
TCCAACACGAATCAAAACTTATCAAGCTGATTTTGGTACATTGTCAGAGAGACTGAGATC
ATAGTCGTATTCTGCATCGCGAGCGTTCTTCTTGTAAAGAAGCTTCTTGAAATCAGCCTC
GTCCAAGTTCTTTGTGTTCTCTGCGGCGTGAACTTGAGCTAAGTTGGAGTAGTCAGCAGC
CGAAGTAGAGAAGAAGGCCTTTTCTTCTTCAGTCACCTTCCTCAGAAACCTAGCTGGATT
CCCTCCCCAAACCTCGCCGGAGGGAATTCTAGTGTTCTGCCTGACAAGAGCTCCTGACTC
AACCACGGCATGCTTTTCAACATGAGCTCCATCCAAGACGGTAGCACTAGTACCAATATA
GGCCTCGTCTTCGACAGTGCAGCCATGTAAAACAGCACTGTTACCAACAGTGACATTGTC
TCCAATGAGAGTGGGCAAAACCTTGCCGCTTAAGTTGGACTTAGCAACGTGGACGAGGGT
GTTATCTTGGATATTGGTCCCAGCGCCGACGCTGATGCTGTTAGCATCTCCTCTCAAGAC
GCAGCCATACCAAATGGAAGAACCACGTCCGACATGGACATTGCCAATGATAGAGGCGCT
AGGAGCAACGAAAGCCT

QA 2 678 2 678
DS 

RD RR3ER56TF 662 0 0
CCCTCCCCAAACCTCGCCGGAGGGAATTCTAGTGTTCTGCGTGACAAGAGCTC*TGACTC
AACCACGGCATGCTTTTCAACATGAGCTCCATCCAAGACGGTAGCACTAGCACCAATATA
GGCCTCGTCTTCGACAGTGCAGCCATGTAAAACAGCACTGTTACCAGCAGTGACATTGTC
TCCAATGAGAGTGGGCAAAACCTTGCCGCTTAAGTTGGACTTAGCAACGTGGACGAGGGT
GTTATCTTGGATATTGGTCCCAGCGCCGACGCTGATGCTGTTAGCATCTCCTCTCAAGAC
GCAGCCATACCAAATGGAAGAACCACGTCCGACATGGACATTGCCAATGATAGAGGCGCT
AGGAGCAACGAAAGCCTGGTTATCGACAGCAGGGGATTTGTCAAAAACATTCATAAGCGT
ACGGTGCCTGGATAGTTGTTCGCGGAAGTGATTTTTGCCTTGGAGGCGACAACCGAGCCG
ATCGAGTGCTTGACCAGTTTCACGGATCCAGAACCCTACGCTGTAGAATGCCTTTCCCAT
CGACATCGGTTTTTTTTCCACACGGCGGAGAGATCGTTTGTCAACGAAATGGAAATCCGA
AAAGGGCTTCTTCTTCGCCGGAACTAGAGGAAGATGAGAGAGAGAGAAGAGAACTAGTGT
CC

QA 1 662 1 662
DS 



CO CL1226Contig2 667 2 6 U
GGGAGCGTCGAGGTCACCACTAGTTCTCTCTCTCTCCTCTTCCTCTAGTTCCGGCGAAGA
AGACCTTTTCGGATTTCCATTTCGTTGAGAAACGATCTCTCGTCCCTTGTGGAAGAAAAC
GATGACGATGGGAAAGGCATTCTACAGCGTAGGGTTCTGGATCCGTGAAACTGGTCAAGC
ACTTGATCGACTCGGTTGTCGCCTCCAAGGCAAAAATCACTTCCGTGAACAACTATCCAG
GCACCGTACGCTTATGAATGTTTTTGACAAATCCCCTGCTGTCGATAACCAGGCTTTCGT
TGCTCCTAGCGCCTCTCTCATTGGCAATGTCCATGTCGGACGAGGTTCTTCCATTTGGTA
TGGCTGCGTCTTGAGAGGAGATGCTAACAGCATCAGCGTCGGCGCTGGGACCAATATCCA
AGATAACACCCTCGTCCACGTTGCTAAGTCCAACTTAAGCGGCAAGGTCTTGCCCACTCT
CATTGGAGACAATGCCACTGTTGGTAACAGTGCTGTTTTACATGGCTGCACTGTCGAAGA
CGAGGCCTATATTGGTGCTAGTGCTACCGTCTTGGATGGAGCTCATGTTGAAAAGCATGC
CGTGGTTGAGTCAGGAGCTCTTGTCCGGCAGAACACTAGAATTCCCTCCGGCGAGGTTTG
GGGAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G570TF U 1
AF RR3GI44TF U 54
BS 1 614 RR3G570TF
BS 615 615 RR3GI44TF
BS 616 632 RR3G570TF
BS 633 633 RR3GI44TF
BS 634 655 RR3G570TF
BS 656 667 RR3GI44TF

RD RR3G570TF 655 0 0
GGGAGCGTCGAGGTCACCACTAGTTCTCTCTCTCTCCTCTTCCTCTAGTTCCGGCGAAGA
AGACCTTTTCGGATTTCCATTTCGTTGAGAAACGATCTCTCGTCCCTTGTGGAAGAAAAC
GATGACGATGGGAAAGGCATTCTACAGCGTAGGGTTCTGGATCCGTGAAACTGGTCAAGC
ACTTGATCGACTCGGTTGTCGCCTCCAAGGCAAAAATCACTTCCGTGAACAACTATCCAG
GCACCGTACGCTTATGAATGTTTTTGACAAATCCCCTGCTGTCGATAACCAGGCTTTCGT
TGCTCCTAGCGCCTCTCTCATTGGCAATGTCCATGTCGGACGAGGTTCTTCCATTTGGTA
TGGCTGCGTCTTGAGAGGAGATGCTAACAGCATCAGCGTCGGCGCTGGGACCAATATCCA
AGATAACACCCTCGTCCACGTTGCTAAGTCCAACTTAAGCGGCAAGGTCTTGCCCACTCT
CATTGGAGACAATGCCACTGTTGGTAACAGTGCTGTTTTACATGGCTGCACTGTCGAAGA
CGAGGCCTATATTGGTGCTAGTGCTACCGTCTTGGATGGAGCTCATGTTGAAAAGCATGC
CGTGGTTGAGTCAG*AGCTCTTGTCCGGCAGA*CACTAGAATTCCCTCCGGCGAG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3GI44TF 614 0 0
GG
GAAGAAGACCTTTTCGGATTTCCATTTCGTTGAGAAACGATCTCTCGTCCCTTGTGGAAG
AAAACGATGACGATGGGAAAGGCATTCTACAGCGTAGGGTTCTGGATCCGTGAAACTGGT
CAAGCACTTGATCGACTCGGTTGTCGCCTCCAAGGCAAAAATCACTTCCGTGAACAACTA
TCCAGGCACCGTACGCTTATGAATGTTTTTGACAAATCCCCTGCTGTCGATAACCAGGCT
TTCGTTGCTCCTAGCGCCTCTCTCATTGGCAATGTCCATGTCGGACGAGGTTCTTCCATT
TGGTATGGCTGCGTCTTGAGAGGAGATGCTAACAGCATCAGCGTCGGCGCTGGGACCAAT
ATCCAAGATAACACCCTCGTCCACGTTGCTAAGTCCAACTTAAGCGGCAAGGTCTTGCCC
ACTCTCATTGGAGACAATGTCACTGTTGGTAACAGTGCTGTTTTACATGGCTGCACTGTC
GAAGACGAGGCCTATATTGGTGCTAGTGCTACCGTCTTGGATGGAGCTCATGTTGAAAAG
CATGCCGTGGTTGAGTCAGGAGCTCTTGTCCGGCAGAACACTAGAATTCCCTCCGGCGAG
GTTTGGGGAGGG

QA 3 614 3 614
DS 



AS 1 5

CO CL1227Contig1 1432 5 13 U
CACAAAACATTTTTTTGTTTTAACATCATCGTTTTCCAATATATTCCCCTAGACAATGCA
AAAGAGAGAAGGCGTATATTTATTTGTTTCTACGGGAGATCAATAGCATGCAAATTCTAA
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AATCAGGTCCACCAGAGCCATGTACACCAGTATCCCAGCCGAGAGCGAGTCTAGTATCCC
CTCGGCGATCAGAGCTCCAGGACTATGCGAGTTGAAAGACGAGGCAACCGCGGTTCCAAT
CCCAATCCCTACAGGTGTTGTTAGCGCGAAGAAGCAAGCCATTATGGTCGCCGACTTGTT
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CGATAGAGCTGCTATTAGAGGTCTGATCGTGCATGGAGACTGAGATACGCCGAGGGATAA
ACCGATGATGATTGAGTGCGATACAATCCCAAGCTCCAATATCTGTGAAACAACAACATG
CCTAGCTCCGTTTCCGACATCTTGATGTCCGTGCGCGTGCCCGTGTCCGTGCGCATGTCC
ATCGCACGTACCAAGCCCATTAGAGTGGCTATGTCTATGATGAGCAGCATGAGCACGAAT
GCCAACAATATGCATCCCACCACCTTCCTCTTCACCAAACACTTTACTACTACAATCACT
CACTCTCTCAACAACCACAGGAACAACAACAGACGCCTCTTCACGACCAGACTCAACACC
AACACCAGCAGAAGCTTCACTAGCAGCAGCAGAAGACTCAGCACTCCTCTCTCGCCTCCT
CTCATAGTACTGAGTCCCCATGAAATCAACAAGCAGAGTGATCAAAGCAGCCACCATTGC
AAAGAAACCCGGAAAGGGAAACTTAGACCACGGAAACTCCGGCAAACAAGGGTTGGTGAG
AGCTTCAGTGCCTCCAGCAAGCATGTGGACGAAGCCAGTGGCGAGTATGACACCAGCTGC
AAAGGCCTTAGCAGATACAAAGAGGTTCCCTTCGGTTTGAAGGAAGCGGCGGTTCTTGCC
AACGAGAGGTATGGCCACACCAGCTGCTCCAGATAGGAGAATGGACGCAATGGCGACGAA
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GATATTGGAAGACGCCATTGTCGGTGGAATCATCTGCAAAATGGACTCTGAGAGAGATTC
TCTTCCTGATCCACCACCGAACAAGTATAGAGGAAACAGTTTCCAGAGAATATCGACGAT
GATCATGGGGAACAAAGAGAGAGTATATTCTTGGTTCTTGGTTCTTTATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3D916JQ U 57
AF RR3GQ71JQ U 1
AF RR3GM61JQ U 58
AF RR3GM61TF C 627
AF RR3GQ71TF C 676
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BS 1265 1432 RR3GM61TF

RD RR3D916JQ 698 0 0
C
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TCCATCGCACGTACCAAGCCCATTAGAGTGGCTATGTCTATGATGAGCAGCATGAGCACG
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QA 2 698 2 698
DS 

RD RR3GQ71JQ 789 0 0
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ATAAGACACAATTTGAAGCCTCACATTACAACTCATCCTCTTGCTTAGAAAATCAGCTGC
AATCAGGTCCACCAGAGCCATGTACACCAGTATCCCAGCCGAGAGCGAGTCTAGTATCCC
CTCGGCGATCAGAGCTCCAGGACTATGCGAGTTGAAAGACGAGGCAACCGCGGTTCCAAT
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CGATAGAGCTGCTATTAGAGGTCTGATCGTGCATGGAGACTGAGATACGCCGAGGGATAA
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GCCAACAATATGCATCCCACCACCTTCCTCTTCACCAAACACTTTACTACTACAATCACT
CACTCTCTC

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3GM61JQ 765 0 0
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TAAAGAGATCTACGCCCAAATGGCAAGCGCGGACATAAGTCCAGCTCCAAGGAACAACAT
TACATAAGACACAATTTGAAGCCTCACATTACAACTCATCCTCTTGCTTAGAAAATCAGC
TGCAATCAGGTCCACCAGAGCCATGTACACCAGTATCCCAGCCGAGAGCGAGTCTAGTAT
CCCCTCGGCGATCAGAGCTCCAGGACTATGCGAGTTGAAAGACGAGGCAACCGCGGTTCC
AATCCCAATCCCTACAGGTGTTGTTAGCGCGAAGAAGCAAGCCATTATGGTCGCCGACTT
GTTCTTAAACTCTGCTTGAGAGATGCAGCCTCCGAGCGCAAACCCTTCAAAGAACTGGTG
AAACGATAGAGCTGCTATTAGAGGTCTGATCGTGCATGGAGACTGAGATACGCCGAGGGA
TAAACCGATGATGATTGAGTGCGATACAATCCCAAGCTCCAATATCTGTGAAACAACAAC
ATGCCTAGCTCCGTTTCCGACATCTTGATGTCCGTGCGCGTGCCCGTGTCCGTGCGCATG
TCCATCGCACGTACCAAGCCCATTAGAGTGGCTATGTCTATGATGAGCAGCATGAGCACG
AATGCCAACAATATGCATCCCACCACCTTCCTCTTCACCAAACACTTTACTACTACAATC
ACTCACTCTCTCAACAACCACAGGAACAACAACAGACGCCTCTTC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3GM61TF 806 0 0
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GGCTATGTCTATGATGAGCAGCATGAGCACGAATGCCAACAATATGCATCCCACCAC*TT
CCTCTTCACCAAACACTTTACTACTACAATCACTCACTCTCTCAACAACCACAGGAACAA
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CAGCAGAAGACTCAGCACTCCTCTCTTGCCTCCTCTCATAGTACTGAGTCCCCATGAAAT
CAACAAGCAGAGTGATCAAAGCAGCCACCATTGCAAAGAAACCCGGAAAGGGAAACTTAG
ACCACGGAAACTCCGGCAAACAAGGGTTGGTGAGAGCTTCAGTGCCTCCAGCAAGCATGT
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TCCCTTCGGTTTGAAGGAAGCGGCGGTTCTTGCCAACGAGAGGTATGGCCACACCAGCTG
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ATTCTTGGTTCTTGGTTCTTTATCCC

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3GQ71TF 754 0 0
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CCCACCAC*TTCCTCT*CACCAAACACTT*ACTACTACAATCACTCACTCTCTCAACAAC
CACAGGAACAACAACAGACGCCTCTTCACGACCAGACTCAACACCAACACCAGCAGAAGC
TTCACTAGCAGCAGCAGAAGACTCAGCACTCCTCTCTCGCCTCCTCTCATAGTACTGAGT
CCC*ATGAAATCAACAAGCAGAGTGATCAAAGCAGCCACCATTGCAAAGAAACCCGGAAA
GGGAAACTTAGACCACGGAAACTCCGGCAAACAAGGGTTGGTGAGAGCTTCAGTGCCTCC
AGCAAGCCTGTGGACGAAGCCAGTGGCGAGTATGACACCAGCTGCAAAGGCCTTAGCAGA
TACAAAGAGGTTCCCTTCGGTTTGAAGGAAGCGGCGGTTCTTGCCAACGAGAGGTATGGC
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AGCTGAGTCGTCTCTGCAGAGGTCGGATTCGCCGGCGTCACAGAGGATATTGGAAGACGC
CATTGTCGGTGGAATCATCTGCAAAATGGACTCTGAGAGAGATTCTCTTCCTGATCCACC
ACCGAACAAGTATAGAGGAAACAGTTTCCAGAGAATATCGACGATGATCATGGGGAACAA
AGAGAGAGTATATTCTTGGTTCTTGGTTCTTT
CC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 6

CO CL1228Contig1 1217 6 7 U
TTTTTAAATGGAGAAAGGAACAGAGTTTGGGACGCTTCATTTAAAACCGAATAACCGGTT
AGAGTAACTTGAGTATTGTGCAAACACTAATCTTCTAAGACAAGGCAATGTGCAGTCATT
GTCCTCTACTTTGAAACTCGTCTTTTTTTTTTTCTTTTTCGGTTAGAAATCACAACTTTT
AAGTCTGAGTCTTTGCTTCTTCTGCTCCGTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT
CTTCTTC***GTTTCCTTCTTCTTCCTCAGCCTCAAGACCTAGAGACTCGATTAGGCACT
CTTGAGCTTCCTCTAGTGCTGATTCATTTGCATCTGTTGCATATAATATCTTCTTAACCG
CTACCACTATCGGAAGATCATCGAGTTCAGGAGTCTGACAGAGTATCTCTATATCCCTGA
GCTTAGAGAAGTAAAAATCCCTTTCCTTCTCCAAGAGATCCACCGAGACCTTGACATCTT
CAAGCTCCTTCGACAGAGCTTGCACTTCGGCTGATGAGTTGCTCCCACCTCCAGTTGCTT
ATGATCTTGCTTGCTTGGGACCAGTTGGTTTGCTGGAAGTAGTGACTGGAGGAGGAGGTT
GATGCGTATTGTTTGTTTGCAGTGACTTTGAGACCTTACTGGTCCCCTTTACGCTTTTCT
CTTTGCCACCTCTTGATCTTCTTTCTACTGGATTGTAATTCTCGTTCATAATGCCGCCAT
TGATAGAATCACAAAAACGTTTCAGCCATTGCAGAAACTCCAAGTTGTCTAGTGGTCGAC
CTTTGACAAGCCTGTTGACTTCCAATGGCTTTGTGATTTTCAGTTTGGTGAAGACTTCTT
GCATGACTTTGTAGTTTTGAATCATCTCGTACTCGTTCTTCGCCGCAAAATTAACCTTGT
GCATAGGAACAACTCCAGGAAAGGTCATGTCCAACATCTGGCATTGAACAGCACCTGATG
CAACCTCTTCGATGCGAGAGAGATTGAGATGAAGGCGGTCATTGATCCAACCGAGAATCT
CGTTTCGTCCAACGAAGTAAGCACTGTCCATCATCCCAATGTTCGTCGCCATCTTCTGAT
ACGAACTAAAGAAAAGTTACCTCCTTTTTTTCTATTGGGAAAACTCAGATGCAAATGCGA
TATGATGATCGAAAGGAAAAAAAAAGAGGTTAAAGAGAGAATCAAATGGGGGGTTAGGTG
AAACGAAACGAAACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3DI62JQ U 160
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TG

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DS 



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BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK61JQ U 52
AF RR3F926JQ U 4
AF RR3GL90JQ U 1
AF RR3GL90TF C 252
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BS 1 804 RR3GL90JQ
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G
GTTGTAATATATTCTAAGAAAAAAAAAATCTCTAACACAAGAAAAGAAAGAAGAGGTAGT
AGCATTGACAGATACAAAGACAGATGCAGGGAGATAATAATAGTACCACCCCACCAAAAT
CCAAAATGGAGGGGGTTTATTTCTTAGCATAGGTGATGTGCATAGGGGTTTGGTGAATGG
TGAAACCTTCAAGACCGTGCATAGCAGCGGTAGACTGCATCTCATCAGAAAACTCAACGA
AAGCAATACCAGGCTTGGCTGCAACCATCCTAACCTCCTTGAAGCCATGGTAATTGCCGA
AAAGTTCCTGAAGCCTCTCAGGAGTTGTGTCGTGAGGAAGGTGTTGGACAAAGAGGATGT
TGTTTGGGGGTGCGGGTGCCTCGGGAAGATTGCTTTTGACACCACCACC*ACCA******
CCAGGGTATGGTACTTGCGAAAGAGGAGGGGCAGATCCATAGACACCAGGATATGGTGGG
ATGGGCATACGTGTATTATCATGGTGCTGCTCTTTCTTTTTCTTACCACCTTTGTCCTCG
TGTCGCTTTTGTTTCTCGCGAGGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGAT
TTCGTTTTAGCAAATTGTATTCTCATGGGTTTGTC

QA 2 636 2 636
DS 

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GG
TGAATGGGTCAATAAAAGCCCATTAAAACCTGTTCTTACTCTGGATAGTTGTAATATATT
CTAAGAAAAAAAAA*TCTCTAACACAAGAGAAGAAAGAAGAGGTAGTAGCATTGACAGAT
ACAAAGACAGATGCAGGGAGATAATAATAGTAGCACCACACCAAAATCCAAAATGGAGGG
GGTTTATTTCTTAGCATAGGTGATGTGCATAGGGGTTTGGTGAATGGTGAAACCTTCAAG
ACCGTGCATAGCAGCGGTAGACTGCATCTCGTCAGCAAACTCAACGAAAGCAATACCAGG
CTTGGCTGCAACCATCCTAACCTCCTTGAAGCCATGGTAATTGCCGAAGAGTTCCTGAAG
CCTCTCAGGAGTTGTGTCGTGAGGAAGGTGTTGGACAAAGAGGATGTTGTTTGGGGGTGC
GGGTGCCTCGGGAAGATTGCTTTTGACACCACCACC*ACCACCACCACCAGGGTATGGTA
CTTGCGAAAGAGGAGGGGCAGATCCATAGACACCAGGATATGGTGGGATGGGCATACGTG
TATTATCATGGTGCTGCTCTTTCTTTTTCTTACCACCTTTCTCCTCGTGTCGCTTTCGTT
TCTCGCGAGGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGATTTCGTTTTAGCAA
ATTGTATTCTCATGGGTTTGTCGTAGAAGGGGAATCCATTCATCTTGGAAATAGCATTGG
AAGCAGATT

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DS 

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ATATTCTAAGAAAAAAAAAATCTCTAACACAAGAGAAGAAAGAAGAGGTAGTAGCATTGA
CAGATACAAAGACAGATGCAGGGAGATAATAATAGTACCACCCCACCAAAATCCAAAATG
GAGGGGGTTTATTTCTTAGCATAGGTGATGTGCATAGGGGTTTGGTGAATGGTGAAACCT
TCAAGACCGTGCATAGCAGCGGTAGACTGCATCTCATCAGAAAACTCAACGAAAGCAATA
CCAGGCTTGGCTGCAACCATCCTAACCTCCTTGAAGCCATGGTAATTGCCGAAGAGTTCC
TGAAGCCTCTCAGGAGTTGTGTCGTGAGGAAGGTGTTGGACAAAGAGGATGTTGTTTGGG
GGTGCGGGTGCCTCGGGAAGATTGCTTTTGACACCACCACC*ACCA******CCAGGGTA
TGGTACTTGCGAAAGAGGAGGGGCAGATCCATAGACACCAGGATATGGTGGGATGGGCAT
ACGTGTATTATCATGGTGCTGCTCTTTCTTTTTCTTACCACCTTTGTCCTCGTGTCGCTT
TCGTTTCTCGCGAGGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGATTTCGTTTT
AGCAAATTGTATTCTCATGGGTTTGTCGTAGAAGGGGAATCCATTCATCTTGGAAATAGC
ATTGGAAGCAGATTCAGGATTGTCGAACACAACCCAAGCTTGCCCTTTGTGCTTCAATGT
CTTAAACGCCAACACCTCCACTAT

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DS 

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TGCAACCATCCTAACCTC*TTGAAGCCATGGTAATTGCCGAAGAGTTCCTGAAGCCTCTC
AGGAGTTGTGTCGTGAGGAAGGTGTTGGACAAAGAGGATGTTGTTTGGGGGTGCGGGTGC
CTCGGGAAGATTGCTTTTGACACCACCACCCACCA******CCAGGGTATGGTACTTGCG
AAAGAGGAGGGGCAGATCCATAGACACCAGGATATGGTGGGATGGGCATACGTGTATTAT
CATGGTGCTGCTCTTTCTTTTTCTTACCACCTTTGTCCTCGTGTCGCTTTCGTTTCTCGC
GAGGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGATTTCGTTTTAGCAAATTGTA
TTCTCATGGGTTTGTCGTAGAAGGGGAATCCATTCATCTTGGAAATAGCATTGGAAGCAG
ATTCAGGATTGTCGAACACAACCCAAGCTTGCCCTTTGTGCTTCAATGTCTTAAACGCCA
ACACCTCCACTATCTTCCCGTACTGCGAGAACACCGCATTTAGCGAATTCTTCAGCTCAT
CGAGCTTGACTTTTTCGTTGAGATTATTGATGTAAATCGTCTGGTTTGGAGAAGACACCT
CCGATCCAGCTTTATTTGCTGCTGCTGCTGCCG

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DS 

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TGTTGGACAAAGAGGATGTTGTTTGGGGGTGCGGGTGCCTCGGGAAGATTGCTTTTGACA
CCACCACC*ACCA******CCAGGGTATGGTACTTGCGAAAGAGGAGGGGCAGATCCATA
GACACCAGGATATGGTGGGATGGGCATACGTGTATTATCATGGTGCTGCTCTTTCTTTTT
CTTACCACCTTTGTCCTCGTGTCGCTTTTGTTTCTCGCGAGGAACAAAGGTGCCGTCAGC
CTTGGCAATAACATCTGATTTCGTTTTAGCAAATTGTATTCTCATGGGTTTGTCGTAGAA
GGGGAATCCATTCATCTTGGAAATAGCATTGGAAGCAGATTCAGGATTGTCGAACACAAC
CCAAGCTTGCCCTTTGTGCTTCAATGTCTTAAACGCCAACACCTCCACTATCTTCCCGTA
CTGCGAGAACACCGCATTTAGCGACTTCTTCAGCTCATCGAGCTTGACTTTTTCGTTGAG
ATTATTGATGTAAATCGTCTGGTTTGGAGAAGACACCTCCGATCCAGCTTTATTTGCTGC
TGCTGCTGCCGCCTCCTCCTGCTCCTGCATCATCATC
CC

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DS 

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TGCGGGTGCCTCGGGAAGATTGCTTTTGACACCACCACCCACCACCACCACCAGGGTATG
GTACTTGCGAAAGAGGAGGGGCAGATCCATAGACACCAGGATATGGTGGGATGGGCATAC
GTGTATTATCATGGTGCTGCTCTTTCTTTTTCTTACCACCTTTCTCCTCGTGTCGCTTTC
GTTTCTCGCGAGGAACAAAGGTGCCGTCAGCCTTGGCAATAACATCTGATTTCGTTTTAG
CAAATTGTATTCTCATGGGTTTGTCGTAGAAGGGGAATCCATTCATCTTGGAAATAGCAT
TGGAAGCAGATTCAGGATTGTCGAACACAACCCAAGCTTGCCCTTTGTGCTTCAATGTCT
TAAACGCCAACACCTCCACTATCTTCCCGTACTGCGAGAACACCGCATTTAGCGACTTCT
TCAGCTCATCGAGCTTGACTTTTTCGTTGAGATTATTGATGTAAATCGTCTGGTTTGGAG
AAGACACCTCCGATCCAGCTTTATTTGCTGCTGCCGCTGCCGCCTCCTCCTGCTCCTGCA
TCATCATCATCTCCATTCTTCTCTCC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 6

CO CL1230Contig1 1416 6 10 U
TTTTTTCCTATGAATCGAATTGTTCCATTATTACTAACAGAATAGAACAAATATTAATCC
TTTCTCCGAAATAATTACCTAAAAAGGGGGGGTCCATAACATAGTTTTTTTCCAATGCAA
TAAAGTTACATAGTGTCTATTTTTCATTGATAAAGGGGTATTTCCATGGGTTTGCCTTGG
TATCGTGTTCATACTGTTGTATTGAATGATCCCGGTCGTTTACTTTCGGTTCATATAATG
CATACTGCTCTGGTTGCTGGTTGGGCCGGTTCCATGGCTCTATATGAATTAGCTGTTTTT
GATCCCTCCGACCCTGTTCTTGATCCAATGTGGAGACAAGGTATGTTCGTTATACCTTTC
ATGACTCGTTTAGGAATAACCAATTCATGGGGCGGTTGGAATATTACAGGAGGGACTATA
ACGAATCCGGGTCTTTGGAGTTACGAAGGGGTAGCCGGAGCACATATCGTGTTTTCTGGC
TTGTGCTTCTTGGCAGCTATTTGGCATTGGGTATATTGGGATCTAGAAATTTTTTGTGAT
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ATATGGGTATCCGACCCTTATGGACTAACCGGAAAGGTCCAACCCGTAAATCCGGCGTGG
GGCGTGGAGGGTTTTGACCCTTTTGTTCCGGGAGGAATAGCCTCTCATCATATTGCAGCA
GGGACGTTGGGTATATTAGCGGGCTTATTCCATCTTAGTGTTCGTCCGCCTCAACGTCTA
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TTTTTTGCAGCTTTTATTGTTGCTGGAACTATGTGGTATGGTTCTGCAACTACTCCCATC
GAATTATTTGGTCCTACTCGTTATCAATGGGATCAGGGATACTTTCAACAAGAAATATAT
CGAAGAGTTAGTGCTGGACTAGCTGAAAATCAAAGTGTATCAGAAGCTTGGTCTAAAATT
CCTGAAAAATTAGCTTTTTATGATTATATTGGTAATAATCCAGCAAAAGGGGGATTATTC
CGAGCGGGTTCAATGGACAATGGGGATGGAATAGCTGTTGGATGGTTAGGACACCCTGTC
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GCAGAATCTAAATATAGTGTCGAACAAGTAGGTGTAACTGCTGAGTTTTATGGTGGTGAA
CTCAATGGAGTGAGTTATAGTGATCCCGCAACTGTG


BQ
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20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AQ67TF U 7
AF RR3AD27TF U 6
AF RR3H993TF U 1
AF RR3H993JQ C 317
AF RR3AQ67JQ C 368
AF RR3AD27JQ C 537
BS 1 256 RR3H993TF
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BS 258 475 RR3H993TF
BS 476 476 RR3AQ67TF
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BS 1085 1124 RR3AQ67JQ
BS 1125 1416 RR3AD27JQ

RD RR3AQ67TF 636 0 0
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CGAAATAATTACCTAAAAAGGGGGGGTCCATAACATAGTTTTTTTCCAATGCAATAAAGT
TACATAGTGTCTATTTTTCATTGATAAAGGGGTATTTCCATGGGTTTGCCTTGGTATCGT
GTTCATACTGTTGTATTGAATGATCCCGGTCGTTTACTTTCGGTTCATATAATGCATACT
GCTCTGGTTGCTGGTTGGGCCGGTTCCATGGCTCTATATGAATTAGCTGTTTTTGATCCC
TCCGACCCTGTTCTTGATCCAATGTGGAGACAAGGTATGTTCGTTATACCTTTCATGACT
CGTTTAGGAATAACCAATCCATGGGGCGGTTGGAATATTACAGGAGGGACTATAACGAAT
CCGGGTCTTTGGAGTTACGAAGGGGTAGTCGGAGCACATATCGTGTTTTCTGGCTTGTGC
TTCTTGGCAGCTATTTGGCATTGGGTATATTGGGATCTAGAAATTTTTTGTGATGAACGT
ACAGGAAAACCTTCTTTGGATTTGCCCAAGATTTTTGGAATTCATTTATTTCTTTCAGGA
GTGGCTTGCTTTGGTTTTGGCGCATTTCATGTAACA

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3AD27TF 635 0 0
C
CCTATGAATCGAATTGTTCCATTATTACTAACAGAATAGAACAAATATTAATCCTTTCTC
CGAAATAATTACCTAAAAAGGGGGGGTCCATAACATAGTTTTTTTCCAATGCAATAAAGT
TACATAGTGTCTATTTTTCATTGATAAAGGGGTATTTCCATGGGTTTGCCTTGGTATCGT
GTTCATACTGTTGTATTGAATGATCCCGGTCGTTTACTTTCGGTTCATATAATGCATACT
GCTCTGGTTGCTGGTTGGGCCGGTTCCATGGCTCTATATGAATTAGCTGTTTTTGATCCC
TCCGACCCTGTTCTTGATCCAATGTGGAGACAAGGTACGTTCGTTATACCTTTCATGACT
CGTTTAGGAATAACCAATTCATGGGGCGGTTGGAATATTACAGGAGGGACTATAACGAAT
CCGGGTCTTTGGAGTTACGAAGGGGTAGCCGGAGCACATATCGTGTTTTCTGGCTTGTGC
TTCTTGGCAGCTATTTGGCATTGGGTATATTGGGATCTAGAAATTTTTTGTGATGAACGT
ACAGGAAAACCTTCTTTGGATTTGCCCAAGATTTTTGGAATTCATTTATTTCTTTCACGA
GTGGCTTGCTTTGGTTTTGGCGCATTTCATGTAA

QA 2 635 2 635
DS 

RD RR3H993TF 705 0 0
TTTTTTCCTATGAATCGAATTGTTCCATTATTACTAACAGAATAGAACAAATATTAATCC
TTTCTCCGAAATAATTACCTAAAAAGGGGGGGTCCATAACATAGTTTTTTTCCAATGCAA
TAAAGTTACATAGTGTCTATTTTTCATTGATAAAGGGGTATTTCCATGGGTTTGCCTTGG
TATCGTGTTCATACTGTTGTATTGAATGATCCCGGTCGTTTACTTTCGGTTCATATAATG
CATACTGCTCTGGTTGTTGGTTGGGCCGGTTCCATGGCTCTATATGAATTAGCTGTTTTT
GATCCCTCCGACCCTGTTCTTGATCCAATGTGGAGACAAGGTATGTTCGTTATACCTTTC
ATGACTCGTTTAGGAATAACCAATTCATGGGGCGGTTGGAATATTACAGGAGGGACTATA
ACGAATCCGGGTCTTTGGAGTTACGAAGGGGTAGCCGGAGCACATATCGTGTTTTTTGGC
TTGTGCTTCTTGGCAGCTATTTGGCATTGGGTATATTGGGATCTAGAAATTTTTTGTGAT
GAACGTACAGGAAAACCTTCTTTGGATTTGCCCAAGATTTTTGGAATTCATTTATTTCTT
TCAGGAGTGGCTTGCTTTGGTTTTGGCGCATTTCATGTAACAG*ATTATATGGTCCTGGA
ATATGGGTATCCGACCCTTATGGACTAACCGGAA
GTCACCCGTAA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3H993JQ 768 0 0
TTCTTGATCCAATGTGGAGACAAGGTATGTTCGTTATACCTTTCATGACTCGTTTAGGAA
TAACCAATTCATGGGGCGGTTGGAATATTACAGGAGGGACTATAACGAATCCGGGTCTTT
GGAGTTACGAAGGGGTAGCCGGAGCACATATCGTGTTTTTTGGCTTGTGCTTCTTGGCAG
CTATTTGGCATTGGGTATATTGGGATCTAGAAATTTTTTGTGATGAACGTACAGGAAAAC
CTTCTTTGGATTTGCCCAAGATTTTTGGAATTCATTTATTTCTTTCAGGAGTGGCTTGCT
TTGGTTTTGGCGCATTTCATGTAACAGGATTATATGGTCCTGGAATATGGGTATCCGACC
CTTATGGACTAACCGGAAAGGTCCAACCCGTAAATCCGGCGTGGGGCGTGGAGGGTTTTG
ACCCTTTTGTTCCGGGAGGAATAGCCTCTCATCATATTGCAGCAGGGACGTTGGGTATAT
TAGCGGGCTTATTCCATCTTAGTGTTCGTCCGCCTCAACGTCTATACAAAGGATTACGTA
TGGGAAATATTGAAACCGTCCTTTCCAGTAGTATTGCTGCTGTCTTTTTTGCAGCTTTTA
TTGTTGCTGGAACTATGTGGTATGGTTCTGCAACTACTCCCATCGAATTATTTGGTCCTA
CTCGTTATCAATGGGATCAGGGATACTTTCAACAAGAAATATATCGAAGAGTTAGTGCTG
GACTAGCTGAAAATCAAAGTGTATCAGAAGCTTGGTCTAAAATTCCTG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3AQ67JQ 757 0 0
GTTTAGGAATAACCAATCCATGGGGCGGTTGGAATATTACAGGAGGGACTATAACGAATC
CGGGTCTTTGGAGTTACGAAGGGGTAGTCGGAGCACATATCGTGTTTTCTGGCTTGTGCT
TCTTGGCAGCTATTTGGCATTGGGTATATTGGGATCTAGAAATTTTTTGTGATGAACGTA
CAGGAAAACCTTCTTTGGATTTGCCCAAGATTTTTGGAATTCATTTATTTCTTTCAGGAG
TGGCTTGCTTTGGTTTTGGCGCATTTCATGTAACAGGATTATATGGTCCTGGAATATGGG
TATCCGACCCTTATGGACTAACCGGAAAGGTCCAACCCGTAAATCCGGCGTGGGGCGTGG
AGGGTTTTGACCCTTTTGTTCCGGGAGGAATAGCCTCTCATCATATTGCAGCAGGGACGT
TGGGTATATTAGCGGGCTTATTCCATCTAAGTGTTCGTCCGCCTCAACGTCTATACAAAG
GATTACGTATGGGAAATATTGAAACCGTCCTTTCCAGTAGTATTGCTGCTGTCTTTTTTG
CAGCTTTTATTGTTGCTGGAACTATGTGGTATGGTTCTGCAACTACTCCCATCGAATTAT
TTGGTCCTACTCGTTATCAATGGGATCAGGGATACTTTCAACAAGAAATATATCGAAGAG
TTAGTGCTGGACTAGCTGAAAATCAAAGTGTATCAGAAGCTTGGTCTAAAATTCCTGAAA
AATTAGCTTTTTATGATTATATTGGTAATAATCCAGC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3AD27JQ 880 0 0
TGATGAACGTACAGGAAAAC*TTCTTTGGATTTGCCCAAGATTTTTGGAATTCATTTATT
TCTTTCAGGAGTGGCTTGCTTTGGTTTTGGCGCATTTCATGTAACAGGATTATATGGTCC
TGGAATATGGGTATCCGACCCTTATGGACTAACCGGAAAGGTCCAACCCGTAAATCCGGC
GTGGGGCGTGGAGGGTTTTGACCCTTTTGTTCCGGGAGGAATAACCTCTCATCATATTGC
AGCAGGGACGTTGGGTATATTAGCGGGCTTATTCCATCTTAGTGTTCGTCCGCCTCAACG
TCTATACAAAGGATTACGTATGGGAAATATTGAAACCGTCCTTTCCAGTAGTATTGCTGC
TGTCTTTTTTGCAGCTTTTATTGTTGCTGGAACTATGTGGTATGGTTCTGCAACTACTCC
CATCGAATTATTTGGTCCTACTCGTTATCAATGGGATCAGGGATACTTTCAACAAGAAAT
ATATCGAAGAGTTAGTGCTGGACTAGCTGAAAATCAAAGTGTATCAGAAGCTTGGTCTAA
AATTCCTGAAAAATTAGCTTTTTATGATTATATTGGTAATAATCCAGCAAAAGGGGGATT
ATTCCGAGCGGGTTCAATGGACAATGGGGATGGAATAGCTGTTGGATGGTTAGGACACCC
TGTCTTTAGAAATAAAGAAGGGCGCGAACTTTTTGTACGCCGTATGCCTACTTTTTTTGA
AACATTTCCGGTTGTTTTGGTAGACGGAGACGGAATTGTTAGAGCGGACGTCCCGTTTAG
AAGGGCAGAATCTAAATATAGTGTCGAACAAGTAGGTGTAACTGCTGAGTTTTATGGTGG
TGAACTCAATGGAGTGAGTTATAGTGATCCCGCAACTGTG

QA 1 880 1 880
DS 



AS 1 6

CO CL1231Contig1 937 6 5 U
GGGAAAACCTCTGATCGGAACGCAGCGACGAATCGTTAATCATTATGTCAATAGGAACGA
TGCAGGAGATCGAAGAGACTGCTCCTTTGCTTGACGATTCTCAACCCGAAGGCCAATCGA
GATCGCAATCCGCGACGGCGAAGGTGCCGGAGGTGGAGATCCACATGTATCGGTGCGGGA
AAGGTCCGATCGACGTGTTCAAGTCGAATCTCGGAGGCTGGGAGCAGGATCAGCTCGAGG
TTCGACCTATCCTCGATAAATACGGATTGAAATCGATCTTCGCTTTCAACGTCGAGAAAG
GCCGTGGCGTCCCGATCCGCTTTAATCCTAGGAACGGCCGGTCTATGCTGACGTATAGAG
ACGGTGCCGTCGTATACATCGACGGCGAACCTCAGGACTCTATGATCCAACCCATCACAA
GAATCGTGCTCGGAGTCGTGATTGCTACGCTGTTGATAACGTTTCTAATGAAGGACCCTC
CGGCGTGGATCAAGAACAACATCTCCCTTGGGAACTTCCCTCCGTGGGTGCTTGCGTGCA
TAGTTATAGTGTTCACCCGAGCGAGGAAGAGAACCAGGGACTTTTTCAGGAAGTATGGCT
GGTAGTATCACACAGACACTGACACTCGTCTGGCTTGAAAATTTGGTCGAAATTGTAGTC
CTCCAATCGACCATTTAGAGAGATGTTTTCTTGTCTCAACCCAACAAGTTCCCTTCCTTT
GTTAACCACCATTTGTTTCTTTGATAAGGCCTCATGCGCCAATTTGCTTGCTTTCAGAAC
CAAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAATCATTGTCTCCGTTTTGCATTCTTGTTGAACTTGATA
GTTTTATGAATTTTCATGTGTTTGCGACGTGCAAACTGATACTACCTTCTGAAGACCTTG
GTGAATATGAATTCATGTCAATGCACACATTTTAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF15TF U 1
AF RR3C641TF U 8
AF RR3G971TF U 11
AF RR3C641JQ C 152
AF RR3G971JQ C 152
AF RR3EF15JQ C 251
BS 1 696 RR3EF15TF
BS 697 744 RR3C641TF
BS 745 872 RR3C641JQ
BS 873 891 RR3G971JQ
BS 892 937 RR3EF15JQ

RD RR3EF15TF 696 0 0
GGGAAAACCTCTGATCGGAACGCAGCGACGAATCGTTAATCATTATGTCAATAGGAACGA
TGCAGGAGATCGAAGAGACTGCTCCTTTGCTTGACGATTCTCAACCCGAAGGCCAATCGA
GATCGCAATCCGCGACGGCGAAGGTGCCGGAGGTGGAGATCCACATGTATCGGTGCGGGA
AAGGTCCGATCGACGTGTTCAAGTCGAATCTCGGAGGCTGGGAGCAGGATCAGCTCGAGG
TTCGACCTATCCTCGATAAATACGGATTGAAATCGATCTTCGCTTTCAACGTCGAGAAAG
GCCGTGGCGTCCCGATCCGCTTTAATCCTAGGAACGGCCGGTCTATGCTGACGTATAGAG
ACGGTGCCGTCGTATACATCGACGGCGAACCTCAGGACTCTATGATCCAACCCATCACAA
GAATCGTGCTCGGAGTCGTGATTGCTACGCTGTTGATAACGTTTCTAATGAAGGACCCTC
CGGCGTGGATCAAGAACAACATCTCCCTTGGGAACTTCCCTCCGTGGGTGCTTGCGTGCA
TAGTTATAGTGTTCACCCGAGCGAGGAAGAGAACCAGGGACTTTTTCAGGAAGTATGGCT
GGTAGTATCACACAGACACTGACACTCGTCTGGCTTGAAAATTTGGTCGAAATTGTAGTC
CTCCAATCGACCATTTAGAGAGATGTTTTCTTGTCT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3C641TF 737 0 0
GGGCT
GATCGGAACGCAGCGACGAATCGTTAATCATTATGTCAATAGGAACGATGCAGGAGATCG
AAGAGACTGCTCCTTTGCTTGACGATTCTCAACCCGAAGGCCAATCGAGATCGCAATCCG
CGACGGCGAAGGTGCCGGAGGTGGAGATCCACATGTATCGGTGCGGGAAAGGTCCGATCG
ACGTGTTCAAGTCGAATCTCGGAGGCTGGGAGCAGGATCAGCTCGAGGTTCGACCTATCC
TCGATAAATACGGATTGAAATCGATCTTCGCTTTCAACGTCGAGAAAGGCCGTGGCGTCC
CGATCCGCTTTAATCCTAGGAACGGCCGGTCTATGCTGACGTATAGAGACGGTGCCGTCG
TATACATCGACGGCGAACCTCAGGACTCTATGATCCAACCCATCACAAGAATCGTGCTCG
GAGTCGTGATTGCTACGCTGTTGATAACGTTTCTAATGAAGGACCCTCCGGCGTGGATCA
AGAACAACATCTCCCTTGGGAACTTCCCTCCGTGGGTGCTTGCGTGCATAGTTATAGTGT
TCACCCGAGCGAGGAAGAGAACCAGGGACTTTTTCAGGAAGTATGGCTGGTAGTATCACA
CAGACACTGACACTCGTCTGGCTTGAAAATTTGGTCGAAATTGTAGTCCTCCAATCGACC
ATTTAGAGAGATGTTTTCTTGTCTCAACCCAACAAGTTCCCTTCCTTTGTTAACCACCAT
TTGTTTCTTTGA

QA 6 737 6 737
DS 

RD RR3G971TF 716 0 0
GG
GATCGGAACGCAGCGACGAATCGTTAATCATTATGTCAATAGGAACGATGCAGGAGATCG
AAGAGACTGCTCCTTTGCTTGACGATTCTCAACCCGAAGGCCAATCGAGATCGCAATCCG
CGACGGCGAAGGTGCCGGAGGTGGAGATCCACATGTATCGGTGCGGGAAAGGTCCGATCG
ACGTGTTCAAGTCGAATCTCGGAGGCTGGGAGCAGGATCAGCTCGAGGTTCGACCTATCC
TCGATAAATACGGATTGAAATCGATCTTCGCTTTCAACGTCGAGAAAGGCCGTGGCGTCC
CGATCCGCTTTAATCCTAGGAACGGCCGGTCTATGCTGACGTATAGAGACGGTGCCGTCG
TATACATCGACGGCGAACCTCAGGACTCTATGATCCAACCCATCACAAGAATCGTGCTCG
GAGTCGTGATTGCTACGCTGTTGATAACGTTTCTAATGAAGGACCCTCCGGCGTGGATCA
AGAACAACATCTCCCTTGGGAACTTCCCTCCGTGGGTGCTTGCGTGCATAGTTATAGTGT
TCACCCGAGCGAGGAAGAGAACCAGGGACTTTTTCAGGAAGTATGGCTGGTAGTATCACA
CAGACACTGACACTCGTCTGGCTTGAAAATTTGGTCGAAATTGTAGTCCTCCAATCGACC
ATTTAGAGAGATGTTTTCTTGTCTCAACCCAACAAGTTCCCTTCCTTTGTTAAC

QA 3 716 3 716
DS 

RD RR3C641JQ 721 0 0
GGTGGAGATCCACATGTATCGGTGCGGGAAAGGTCCGATCGACGTGTTCAAGTCGAATCT
CGGAGGCTGGGAGCAGGATCAGCTCGAGGTTCGACCTATCCTCGATAAATACGGATTGAA
ATCGATCTTCGCTTTCAACGTCGAGAAAGGCCGTGGCGTCCCGATCCGCTTTAATCCTAG
GAACGGCCGGTCTATGCTGACGTATAGAGACGGTGCCGTCGTATACATCGACGGCGAACC
TCAGGACTCTATGATCCAACCCATCACAAGAATCGTGCTCGGAGTCGTGATTGCTACGCT
GTTGATAACGTTTCTAATGAAGGACCCTCCGGCGTGGATCAAGAACAACATCTCCCTTGG
GAACTTCCCTCCGTGGGTGCTTGCGTGCATAGTTATAGTGTTCACCCGAGCGAGGAAGAG
AACCAGGGACTTTTTCAGGAAGTATGGCTGGTAGTATCACACAGACACTGACACTCGTCT
GGCTTGAAAATTTGGTCGAAATTGTAGTCCTCCAATCGACCATTTAGAGAGATGTTTTCT
TGTCTCAACCCAACAAGTTCCCTTCCTTTGTTAACCACCATTTGTTTCTTTGATAAGGCC
TCATGCGCCAATTTGCTTGCTTTCAGAACCAAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAATCATTGTC
TCCGTTTTGCATTCTTGTTGAACTTGATAGTTTTATGAATTTTCATGTGTTTGCGACGTG
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3G971JQ 740 0 0
GGTGGAGATCCACATGTATCGGTGCGGGAAAGGTCCGATCGACGTGTTCAAGTCGAATCT
CGGAGGCTGGGAGCAGGATCAGCTCGAGGTTCGACCTATCCTCGATAAATACGGATTGAA
ATCGATCTTCGCTTTCAACGTCGAGAAAGGCCGTGGCGTCCCGATCCGCTTTAATCCTAG
GAACGGCCGGTCTATGCTGACGTATAGAGACGGTGCCGTCGTATACATCGACGGCGAACC
TCAGGACTCTATGATCCAACCCATCACAAGAATCGTGCTCGGAGTCGTGATTGCTACGCT
GTTGATAACGTTTCTAATGAAGGACCCTCCGGCGTGGATCAAGAACAACATCTCCCTTGG
GAACTTCCCTCCGTGGGTGCTTGCGTGCATAGTTATAGTGTTCACCCGAGCGAGGAAGAG
AACCAGGGACTTTTTCAGGAAGTATGGCTGGTAGTATCACACAGACACTGACACTCGTCT
GGCTTGAAAATTTGGTCGAAATTGTAGTCCTCCAATCGACCATTTAGAGAGATGTTTTCT
TGTCTCAACCCAACAAGTTCCCTTCCTTTGTTAACCACCATTTGTTTCTTTGATAAGGCC
TCATGCGCCAATTTGCTTGCTTTCAGAACCAAGAGAGAGAGAGAGAGAGCAATCATTGTC
TCCGTTTTGCATTCTTGTTGAACTTGATAGTTTTATGAATTTTCATGTGTTTGCGACGTG
CAAACTGATACTACCTTCTG

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3EF15JQ 687 0 0
CCTCGATAAATACGGATTGAAATCGATCTTCGCTTTCAACGTCGAGAAAGGCCGTGGCGT
CCCGATCCGCTTTAATCCTAGGAACGGCCGGTCTATGCTGACGTATAGAGACGGTGCCGT
CGTATACATCGACGGCGAACCTCAGGACTCTATGATCCAACCCATCACAAGAATCGTGCT
CGGAGTCGTGATTGCTACGCTGTTGATAACGTTTCTAATGAAGGACCCTCCGGCGTGGAT
CAAGAACAACATCTCCCTTGGGAACTTCCCTCCGTGGGTGCTTGCGTGCATAGTTATAGT
GTTCACCCGAGCGAGGAAGAGAACCAGGGACTTTTTCAGGAAGTATGGCTGGTAGTATCA
CACAGACACTGACACTCGTCTGGCTTGAAAATTTGGTCGAAATTGTAGTCCTCCAATCGA
CCATTTAGAGAGATGTTTTCTTGTCTCAACCCAACAAGTTCCCTTCCTTTGTTAACCACC
ATTTGTTTCTTTGATAAGGCCTCATGCGCCAATTTGCTTGCTTTCAGAACCAAGAGAGAG
AGAGAGAGAGCAATCATTGTCTCCGTTTTGCATTCTTGTTGAACTTGATAGTTTTATGAA
TTTTCATGTGTTTGCGACGTGCAAACTGATACTACCTTCTGAAGACCTTGGTGAATATGA
ATTCATGTCAATGCACACATTTTAGAT

QA 1 687 1 687
DS 



AS 2 6

CO CL1232Contig1 312 2 2 U
GGGCCAGAGAAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGGGAGAGATGGAGTTCGTAGAGAAAGG
AGAAGAACCGGCGGCGCTCATCACCACCACCGCCACCATCGTTCGTTACCACCACCAGCA
TCGCCATCTCTCCCGTCCCCCATCGCTCGTAACCACCACCATCGCTTCTCAGATCCGTCT
TCACCAGAGTCGCCACCACCACCGTCACGCTCATCATAACCGCAACTGATCAGTTCTCTG
TCTCTCATTCCCTCTGTGTTTATTTTATTTTGTTCTTGTTACAGGAAGCTTGTTCTAAGA
AATTGCTCAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AL92JQ C 1
AF RR3AL92TF U 1
BS 1 10 RR3AL92JQ
BS 11 312 RR3AL92TF

RD RR3AL92JQ 312 0 0
GGGCCAGAGAAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGGGAGAGATGGAGTTCGTAGAGAAAGG
AGAAGAACCGGCGGCGCTCATCACCACCACCGCCACCATCGTTCGTTACCACCACCAGCA
TCGCCATCTCTCCCGTCCCCCATCGCTCGTAACCACCACCATCGCTTCTCAGATCCGTCT
TCACCAGAGTCGCCACCACCACCGTCACGCTCATCATAACCGCAACTGATCAGTTCTCTG
TCTCTCATTCCCTCTGTGTTTATTTTATTTTGTTCTTGTTACAGGAAGCTTGTTTTAAGA
AATTGCTCAATG

QA 1 312 1 312
DS 

RD RR3AL92TF 312 0 0
GGGCCAGAGA
AGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGGGAGAGATGGAGTTCGTAGAGAAAGGAGAAGAACCG
GCGGCGCTCATCACCACCACCGCCACCATCGTTCGTTACCACCACCAGCATCGCCATCTC
TCCCGTCCCCCATCGCTCGTAACCACCACCATCGCTTCTCAGATCCGTCTTCACCAGAGT
CGCCACCACCACCGTCACGCTCATCATAACCGCAACTGATCAGTTCTCTGTCTCTCATTC
CCTCTGTGTTTATTTTATTTTGTTCTTGTTACAGGAAGCTTGTTCTAAGAAATTGCTCAA
TG

QA 11 312 11 312
DS 



CO CL1232Contig2 974 4 5 U
GAAATAAAAATAATTTAAATAAAAATTCAAAAAAGCAATATAATTATTTAAATCCCATAA
CACCACATTATCACTTTCATACAAATCATCACACACAAGTGCATACAACATTATCCACTA
TCGACACTTCAAACACCAGCAAGATATCTCCTTTGAATGGCATCGAGCACCTCCATCAAG
CTTCCACCTTCCTCAAAGTCTGAGCACCTTCATCAAGCTTCCACCAAAGATAACAAACAG
AGCCACCCAATGAACAAGTAGATAAACTTTGGGGAGATTGTCAAAGACATTGGAAGAGAG
AGAGACTGCCCTAAGCATGGGCCTCCCGAAAGAGATGTAACTCTGGCCGTCGCCGTTGAA
TTTAAGAGAGTTATCATCGGGTGCTCTCTTGTACTTGACAAACAAGTAGATACCATAAAC
GATCATGCCAAGTCCAGCAACAACCATAAGAAAGTTGAGTAATTTGAGCAAACACTCTAA
ACAAACAAATCAGACAAGCTTAAACAATATCTTGCAAACGTTTGGAGACAGTTTTGGCAT
ACTCATCCCTCTTGGACTTCTGCAACACACATAATTAAAAAAAAAAACGAATTTAAACTT
CAAATCAAATCATATAAAGCATAAACTTCACTTCAGCCTATCATTGAGCAATTTCTTAGA
ACAAGCTTCCTGTAACAAGAACAAAATAAAATAAACACAGAGGGAATGAGAGACAGAGAA
CTGATCAGTTGTGGTTATGATCAGCGTGACGGTGGTGGTGGCGACTCTGGTGAAGACGGA
TCTGAGAAGCGATGGTGGTGGTTACAAGCAATGGGGGACGGGAGAGATGGCGATGCTGGT
GGTTGTAACGAACGATGGCGGTGGTGGTGATGAGCGCCGCCGGTTCTTCTCCTTTCTCTA
CGAACTCCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTTCTCTGGC
TCCGTAGATCGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E847JQ U 28
AF RR3GB31JQ U 1
AF RR3GB31TF C 227
AF RR3E847TF C 786
BS 1 226 RR3GB31JQ
BS 227 227 RR3E847JQ
BS 228 747 RR3GB31JQ
BS 748 901 RR3GB31TF
BS 902 974 RR3E847TF

RD RR3E847JQ 605 0 0
CAAAAAAGCAATATAATTATTTAAATCCCATAACACCACATTATCACTTTCATACAAATC
ATCACACACAAGTGCATACAACATTATCCACTATCGACACTTCAAACACCAGCGAGATAT
CTCCTTTGAATGGCATCGAGCACCTCCATCAAGCTTCCACCTTCCTCAAAGTCTGAGCAC
CTTCATCAAGCTTCCACCAAAGATAACAAACAGAGCCACCCAATGAACAAGTAGATAAAC
TTTGGGGAGATTGTCAAAGACATTGGAAGAGAGAGAGACTGCCCTAAGCATGGGCCTCCC
GAAAGAGATGTAACTCTGGCCGTCGCCGTTGAATTTAAGAGAGTTATCATCGGGTGCTCT
CTTGTACTTGACAAACAAGTAGATACCATAAACGATCATGCCAAGTCCAGCAACAACCAT
AAGAAAGTTGAGTAATTTGAGCAAACACTCTAAACAAACAAATCAGACAAGCTTAAACAA
TATCTTGCAAACGTTTGGAGACAGTTTTGGCATACTCATCCCTCTTGGACTTCTGCAACA
CACATAATTAAAAAAAAAA*CGAATTTAAACTTCAAATCAAATCATATAAAGCATAAACT
TCACT

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3GB31JQ 747 0 0
GAAATAAAAATAATTTAAATAAAAATTCAAAAAAGCAATATAATTATTTAAATCCCATAA
CACCACATTATCACTTTCATACAAATCATCACACACAAGTGCATACAACATTATCCACTA
TCGACACTTCAAACACCAGCAAGATATCTCCTTTGAATGGCATCGAGCACCTCCATCAAG
CTTCCACCTTCCTCAAAGTCTGAGCACCTTCATCAAGCTTCCACCAGAGATAACAAACAG
AGCCACCCAATGAACAAGTAGATAAACTTTGGGGAGATTGTCAAAGACATTGGAAGAGAG
AGAGACTGCCCTAAGCATGGGCCTCCCGAAAGAGATGTAACTCTGGCCGTCGCCGTTGAA
TTTAAGAGAGTTATCATCGGGTGCTCTCTTGTACTTGACAAACAAGTAGATACCATAAAC
GATCATGCCAAGTCCAGCAACAACCATAAGAAAGTTGAGTAATTTGAGCAAACACTCTAA
ACAAACAAATCAGACAAGCTTAAACAATATCTTGCAAACGTTTGGAGACAGTTTTGGCAT
ACTCATCCCTCTTGGACTTCTGCAACACACATAATTAAAAAAAAAAACGAATTTAAACTT
CAAATCAAATCATATAAAGCATAAACTTCACTTCAGCCTATCATTGAGCAATTTCTTAGA
ACAAGCTTCCTGTAACAAGAACAAAATAAAATAAACACAGAGGGAATGAGAGACAGAGAA
CTGATCAGTTGTGGTTATGATCAGCGT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3GB31TF 675 0 0
G
AGATAACAAACAGAGCCACCCAATGAACAAGTAGATAAACTTTGGGGAGATTGTCAAAGA
CATTGGAAGAGAGAGAGACTGCCCTAAGCATGGGCCTCCCGAAAGAGATGTAACTCTGGC
CGTCGCCGTTGAATTTAAGAGAGTTATCATCGGGTGCTCTCTTGTACTTGACAAACAAGT
AGATACCATAAACGATCATGCCAAGTCCAGCAACAACCATAAGAAAGTTGAGTAATTTGA
GCAAACACTCTAAACAAACAAATCAGACAAGCTTAAACAATATCTTGCAAACGTTTGGAG
ACAGTTTTGGCATACTCATCCCTCTTGGACTTCTGCAACACACATAATTAAAAAAAAAAA
CGAATTTAAACTTCAAATCAAATCATATAAAGCATAAACTTCACTTCAGCCTATCATTGA
GCAATTTCTTAGAACAAGCTTCCTGTAACAAGAACAAAATAAAATAAACACAGAGGGAAT
GAGAGACAGAGAACTGATCAGTTGTGGTTATGATCAGCGTGACGGTGGTGGTGGCGACTC
TGGTGAAGACGGATCTGAGAAGCGATGGTGGTGGTTACAAGCAATGGGGGACGGGAGAGA
TGGCGATGCTGGTGGTTGTAACGAACGATGGCGGTGGTGGTGATGAGCGCCGCCGGTTCT
TCTCCTTTCTCTAC

QA 2 675 2 675
DS 

RD RR3E847TF 189 0 0
GAAGCGATGGTGGTGGTTACAAGCAATGGGGGACGGGAGAGATGGCGATGCTGGTGGTTG
TAACGAACGATGGCGGTGGTGGTGATGAGCGCCGCCGGTTCTTCTCCTTTCTCTACGAAC
TCCATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTTCTCTGGCTCCGT
AGATCGCCC

QA 1 189 1 189
DS 



AS 2 4

CO CL1233Contig1 965 2 6 U
GGAAGTCTATCTGCTCATTTCCTCACATGATCAAAGAGAGATAGAAAGGGTTTAAACTTT
CCTTAATTATAAGCATAAATCATTTCAACGCTAATGGTTTCTCGACAAGAAGAAACCCTT
TTCTCTAGAAAGAGAGATTTTACAGCCTATGGAGAAGAGTTTCACAATTTATTCAAGAAG
ACCAAACAAGAAGATCAATCACATGGAACACTTCAGAGAGCCATGTTAAATGAAGGATCA
AACTCAGAGAGTATGAGATCAGTTACGTTTGATTTTGAACTTAACCTCCACACTCCTCTA
CCTTCAGGCTGGCAGAAATCTATAGAGACTAAGAGCTATCCGAGAACATCTGTAGATCAT
AGGACGAGACACCCCAACGATCCGTTGCTTGTTGAGCGACCAAAGATGAGTCTAGACCTT
GAGCTGAACCTCTCACCTTCTTATTCACCTACAAAGGCCGCTACGGAAATAGAAGAATCC
TCAAATGACAATGAAAACGTGTCATCATCGAAGGGTATCAATCTGACAAGCCCGAGAATG
AAGACCACGACTGTGACAGGATTAAAACGATCATTGTCATGGCTTGCGTTTGAAGGTGGT
GATGACGATGACGTTGACTGCAAGGAGCAAGAGATGGTAACAAAAGTGTGCATGAAATGC
CACATGCTGGTTATGCTGTGCACATCAACTCCTGTTTGTCCCAACTGCAAGTTCATGCAC
CCACATGATCACGGCTCTACTAAACTGTTTAAACCATCGAATTTGCTTAGGCTCTTGTGT
TAGGCTTTACTGAATCTATTAAAAAATTGTACGGAATAATATGAACCATCGAGAGACTTG
AGAAAAGACAAGGTTATGTATAGACTACAAGTACTAAAAGTTTTATTCTATGCGTTTATC
CGAAAGATATTCCATCTCTTTGTTCATGCTATAGATCTGAACTTAATAGTATTGCGTTGA
ATTGT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3CL60TF U 1
AF RR3CL60JQ C 290
BS 1 733 RR3CL60TF
BS 734 734 RR3CL60JQ
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BS 772 783 RR3CL60TF
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RD RR3CL60TF 792 0 0
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CCTTAATTATAAGCATAAATCATTTCAACGCTAATGGTTTCTCGACAAGAAGAAACCCTT
TTCTCTAGAAAGAGAGATTTTACAGCCTATGGAGAAGAGTTTCACAATTTATTCAAGAAG
ACCAAACAAGAAGATCAATCACATGGAACACTTCAGAGAGCCATGTTAAATGAAGGATCA
AACTCAGAGAGTATGAGATCAGTTACGTTTGATTTTGAACTTAACCTCCACACTCCTCTA
CCTTCAGGCTGGCAGAAATCTATAGAGACTAAGAGCTATCCGAGAACATCTGTAGATCAT
AGGACGAGACACCCCAACGATCCGTTGCTTGTTGAGCGACCAAAGATGAGTCTAGACCTT
GAGCTGAACCTCTCACCTTCTTATTCACCTACAAAGGCCGCTACGGAAATAGAAGAATCC
TCAAATGACAATGAAAACGTGTCATCATCGAAGGGTATCAATCTGACAAGCCCGAGAATG
AAGACCACGACTGTGACAGGATTAAAACGATCATTGTCATGGCTTGCGTTTGAAGGTGGT
GATGACGATGACGTTGACTGCAAGGAGCAAGAGATGGTAACAAAAGTGTGCATGAAATGC
CACATGCTGGTTATGCTGTGCACATCAACTCCTGTTTGTCCCAACTGCAAGTTCATGCAC
CCACATGATCACG*CTCTACTAAACTGTTTAAACCATCGAATTTGCTTAG*CTCTTGTGT
TAG
CTTTACTGA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3CL60JQ 676 0 0
ACACTCCTCTACCTTCAGGCTGGCAGAAATCTATAGAGACTAAGAGCTATCCGAGAACAT
CTGTAGATCATAGGACGAGACACCCCAACGATCCGTTGCTTGTTGAGCGACCAAAGATGA
GTCTAGACCTTGAGCTGAACCTCTCACCTTCTTATTCACCTACAAAGGCCGCTACGGAAA
TAGAAGAATCCTCAAATGACAATGAAAACGTGTCATCATCGAAGGGTATCAATCTGACAA
GCCCGAGAATGAAGACCACGACTGTGACAGGATTAAAACGATCATTGTCATGGCTTGCGT
TTGAAGGTGGTGATGACGATGACGTTGACTGCAAGGAGCAAGAGATGGTAACAAAAGTGT
GCATGAAATGCCACATGCTGGTTATGCTGTGCACATCAACTCCTGTTTGTCCCAACTGCA
AGTTCATGCACCCACATGATCACGGCTCTACTAAACTGTTTAAACCATCGAATTTGCTTA
GGCTCTTGTGTTAGGCTTTACTGAATCTATTAAAAAATTGTACGGAATAATATGAACCAT
CGAGAGACTTGAGAAAAGACAAGGTTATGTATAGACTACAAGTACTAAAAGTTTTATTCT
ATGCGTTTATCCGAAAGATATTCCATCTCTTTGTTCATGCTATAGATCTGAACTTAATAG
TATTGCGTTGAATTGT

QA 1 676 1 676
DS 



CO CL1233Contig2 990 2 8 U
GGAAGTCTATCTGCTCATTTCCTCACATGATAAAAGAGAGATAGATAGGGTTTAAACTTT
CCTTAACTACGAGCATAAATCACTCAAGGCTAATGGTTTCTCGACAAGAAGGAACCCTTT
TCCCTAGAAAGAGAGATTTCACAGCCTATGGAGAAGAGTTTCACAATTTATTCAAGAAGA
CCAAACAAGAAGATCGATCACATGGAAAACTTCAGAGAGCCATGTTCAGTGAAGGATCAA
ACTCAGAGAGCATGAGATCAGTTACGTTTGATTTTGAACTTAACCTCCACACTCCTCTAC
CTTCAGGCTGGCAGAACTCTATAGAGGCTAAGAACTATTCAAGAACATCGGTGGATCATA
GGACGACACACCCCAACGATCCGTTGCTTGTCGAGCGACCAAAGATGAGTCTAGACCTTG
AGCTGAACCTCTCACCTTCTTATTCACCTACAAACACCGCAACGAAAATAGAAGAATCCT
CAAATGACAATGAAAACGTGTCATCATCGAAGGGTATCAATCTGACAAGCCCGAGAATGA
AGACCACGACGGGGACAGGACTAAAACGATCATTGTCATGGCTTGCGTTTGAAGCTGGTG
ACGATGACGTTGATCGCAAGGAGTAAGAGATGGTAACAAAAGTGTGCATGAAATGCCACA
TGCTGGTTATGCTGTGCACATCAACTCCTGTTTGTCCCAACTGCAAGTTCATGCACCCAC
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CTTGATAAAAGACAAGGTTATGTATATATGTTGGGCCATTATGTAATGGCAGATTGGTGA
AAACGAAATGGGCCATTGGGTCAATAATATAAAGAGCCTTTGAGGCATAATATTAATGAA
GGGAAGTGGGGAAAGTCCCACATCGGGGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G789TF U 1
AF RR3FM64JQ C 189
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BS 202 202 RR3FM64JQ
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CCAAACAAGAAGATCGATCACGTGGAAAACTTCAGAGAGCCATGTTCAGTGAAGGATCAA
ACTCAGAGAGCATGAGATCAGTTACGTTTGATTTTGAACTTAACCTCCACACTCCTCTAC
CTTCAGGCTGGCAGAACTCTATAGAGGCTAAGAACTATTCAAGAACATCTGTGGATTATA
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AGACCACGACGGGGACAGGACTAAAACGATCATTGTCATGGCTTGCGTTT

QA 1 590 1 590
DS 

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CTCTCACCTTCTTATTCACCTACAAACACCGCAACGAAAATAGAAGAATCCTCAAATGAC
AATGAAAACGTGTCATCATCGAAGGGTATCAATCTGACAAGCCCGAGAATGAAGACCACG
ACGGGGACAGGACTAAAACGATCATTGTCATGGCTTGCGTTTGAAGCTGGTGACGATGAC
GTTGATCGCAAGGAGTAAGAGATGGTAACAAAAGTGTGCATGAAATGCCACATGCTGGTT
ATGCTGTGCACATCAACTCCTGTTTGTCCCAACTGCAAGTTCATGCACCCACATGATCAC
AGCTCTACTAAACTGTTTAAACCATCGAATTTGCTTAGGCTCTTGTGTTAGGCTCTTCAG
GGTTACTGAATCTATAAAAAAATCGTACGGAATAATATGAACCATCGAGAGACTTGATAA
AAGACAAGGTTATGTATATATGTTGGGCCATTATGTAATGGCAGATTGGTGAAAACGAAA
TGGGCCATTGGGTCAATAATATAAAGAGCCTTTGAGGCATAATATTAATGAAGGGAAGTG
GGGAAAGTCCCACATCGGGGAG

QA 1 802 1 802
DS 



AS 2 6

CO CL1234Contig1 772 4 16 U
GGATCCATCACTTGAGAAAGAAAAAAAAAAGGTTAAAGATGACTCTCGAAGTCTGCGTGA
AAGCCGCTGTTGGTGCCCCTGACGCTCTTGGCGACTGCCCGTTCAGCCAACGAGTCCTTC
TCACCCTCGAGGAGAAGAATCAGCCCTACAAAATACATCTCATTAACCTCTCCGACAAAC
CTCGGTGGTTCTTAGACATTAATCCTCAAGGGAAAGTACCAGTCCTTAAGATGGACGACA
AGTGGGTGCCTGATTCTGACCTCATCGTAAACATACTCGACGACAAGTATCCTGACCCAT
CTCTCAAGACCCCCCCTCAGTTTGCCTCTGTTGGATCCAACATCTTCAGCACCTTCGTGA
CTTTCATCAAGAGCAAAGACTCCAATGACGGAACCGAAAAGGCCTCGGTTGATGAGCTAC
TAGCACTGGAAGATCATCTCAAGTCTCATGACGGTCCTTTCATCGCAGGGGGAAGAGTCA
CGGCGGTGGATCTTAGCTTAGCACCCAAGCTTCACTATCTCGAGGTCGCTCTTGGGCATT
TCAAAAACTGGTCTGTCCCTGGGACCTTACCCCATGTTCGTACCTACGTGAAGGCTTTGT
TCTCTCTTGACTCCTTTGAGAAAACAAAGACCGAGGAGAAGTATGTGATCGCTGGATGGG
CACCCAAGGTCAACCCCTAGAAGAACTGTAGCTCCGAAGTCTCTTCAGTAAGAAAATAAA
AAATAATAATGTTCTTGGAGCTGTATTGAATCAATGAAACGAAATATTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL64TF U 1
AF RR3EZ40TF U 1
AF RR3EZ40JQ C 38
AF RR3EL64JQ C 259
BS 1 66 RR3EL64TF
BS 67 67 RR3EZ40TF
BS 68 80 RR3EL64TF
BS 81 81 RR3EZ40TF
BS 82 97 RR3EL64TF
BS 98 98 RR3EZ40TF
BS 99 113 RR3EL64TF
BS 114 114 RR3EZ40TF
BS 115 405 RR3EL64TF
BS 406 406 RR3EZ40TF
BS 407 490 RR3EL64TF
BS 491 623 RR3EZ40TF
BS 624 747 RR3EZ40JQ
BS 748 748 RR3EL64JQ
BS 749 761 RR3EZ40JQ
BS 762 772 RR3EL64JQ

RD RR3EL64TF 490 0 0
GGATCCATCACTTGAGAAAGAAAAAAAAAAGGTTAAAGATGACTCTCGAAGTCTGCGTGA
AAGCCGTTGTTGGTGCCCCTTACGCTCTTGGCGACTGTCCGTTCAGCCAACGATTCCTTC
TCACCCTCGAGGAGAAGAATCAGCCCTACAAAATACATCTCATTAACCTCTCCGACAAAC
CTCGGTGGTTCTTAGACATTAATCCTCAAGGGAAAGTACCAGTCCTTAAGATGGACGACA
AGTGGGTGCCTGATTCTGACCTCATCGTAAACATACTCGACGACAAGTATCCTGACCCAT
CTCTCAAGACCCCCCCTCAGTTTGCCTCTGTTGGATCCAACATCTTCAGCACCTTCGTGA
CTTTCATCAAGAGCAAAGACTCCAATGACGGAACCGAAAAGGCCTTGGTTGATGAGCTAC
TAGCACTGGAAGATCATCTCAAGTCTCATGACGGTCCTTTCATCGCAGGGGGAAGAGTCA
CGGCGGTGGA

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR3EZ40TF 631 0 0
GGATCC
ATCACTTGAGAAAGAAAAAAAAA*GGTTAAAGATGACTCTCGAAGTCTGCGTGAAAGCCG
CTGTTGGTGCCCCTGACGCTCTTGGCGACTGCCCGTTCAGCCAACGAGTCCTTCTCACCC
TCGAGGAGAAGAATCAGCCCTACAAAATACATCTCATTAACCTCTCCGACAAACCTCGGT
GGTTCTTAGACATTAATCCTCAAGGGAAAGTACCAGTCCTTAAGATGGACGACAAGTGGG
TGCCTGATTCTGACCTCATCGTAAACATACTCGACGACAAGTATCCTGACCCATCTCTCA
AGACCCCCCCTCT*TTTGCCTCTGTTGGATCCAACATCTTCAGCACCTTCGTGACTTTCA
TCAAGAGCAAAGACTCCAATGACGGAACCGAAAAGGCCTCGGTTGATGAGCTACTAGCAC
TGGAAGATCATCTCAAGTCTCATGACGGTCCTTTCATCGCAGGGGGAAGAGTCACGGCGG
TGGATCTTAGCTTAGCACCCAAGCTTCACTATCTCGAGGTCGCTCTTGGGCATTTCAAAA
ACTGGTCTGTCCCTGGGACCTTACCCCATGTTCGTACCTACGTGAAGGCTTTGTTCTCTC
TTGACTCCTTTGAGAAA
CAAAGACC

QA 7 623 7 623
DS 

RD RR3EZ40JQ 724 0 0
GATGACTCTCGAAGTCTGCGTGAAAGCCGCTGTTGGTGCCC*TGACGCTCTTGGCGACTG
CCCGTTCAGCCAACGAGTCCTTCTCACCCTCGAGGAGAAGAATCAGCCCTACAAAATACA
TCTCATTAACCTCTCCGACAAACCTCGGTGGTTCTTAGACATTAATCCTCAAGGGAAAGT
ACCAGTCCTTAAGATGGACGACAAGTGGGTGCCTGATTCTGACCTCATCGTAAACATACT
CGACGACAAGTATCCTGACCCATCTCTCAAGACCCCCCCTCT*TTTGCCTCTGTTGGATC
CAACATCTTCAGCACCTTCGTGACTTTCATCAAGAGCAAAGACTCCAATGACGGAACCGA
AAAGGCCTCGGTTGATGAGCTACTAGCACTGGAAGATCATCTCAAGTCTCATGACGGTCC
TTTCATCGCAGGGGGAAGAGTCACGGCGGTGGATCTTAGCTTAGCACCCAAGCTTCACTA
TCTCGAGGTCGCTCTTGGGCATTTCAAAAACTGGTCTGTCCCTGGGACCTTACCCCATGT
TCGTACCTACGTGAAGGCTTTGTTCTCTCTTGACTCCTTTGAGAAAACAAAGACCGAGGA
GAAGTATGTGATCGCTGGATGGGCACCCAAGGTCAACCCCTAGAAGAACTGTAGCTCCGA
AGTCTCTTCAGTAAGAAAATAAAAAATAATAATGTTCTTGGAGCTGTATT*AATCAATGA
AACG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3EL64JQ 514 0 0
ACCTCATCGTAAACATACTCGACGACAAGTATCCTGACCCATCTCTCAAGACCCCCCCTC
AGTTTGCCTCTGTTGGATCCAACATCTTCAGCACCTTCGTGACTTTCATCAAGAGCAAAG
ACTCCAATGACGGAACCGAAAAGGCCTTGGTTGATGAGCTACTAGCACTGGAAGATCATC
TCAAGTCTCATGACGGTCCTTTCATCGCAGGGGGAAGAGTCACGGCGGTGGATTTTAGCT
TAGCACCCAAGCTTCACTATCTCGAGGTCGCTCTTGGGCATTTCAAAAACTGGTCTGTCC
CTGGGACCTTACCCCATGTTCGTACCTACATGAAGGCTTTGTTCTTTCTTGACTCCTTTG
AGAAAACAAAGACCGAGGAGAAGTATGTGATCGCTGGATGGGCACCCAAGGTCAACCCCT
AGAAGAACTGTAGCTCCGAAGTCTCTTCAGTAAGAAAATAAAAAATAATAATGTTCTTGG
AGCTGTATTGAATCAATGAAACGAAATATTTTTT

QA 1 514 1 514
DS 



CO CL1234Contig2 758 2 2 U
ATCACTTGCGAAAGAAAAAAAAAGGTTAAAGATGACTCTCGAAGTCTGCGTGAAAGCCGC
TGTTGGTGCCCCTGACGCCCTTGGCGACTGCCCGTTCAGCCAACGAGTCCTTCTCACCCT
CGAGGAGAAGAATCAGCCCTACAAAATACATCTCATTAACCTCTCCGACAAACCTCAGTG
GTTCTTAGACATTAATCCTCAAGGGAAAGTACCAGTCCTTAAGATGGACGACAAGTGGGT
GCCTGATTCTGACATCATCGTCACCATCCTCGACGACAAGTATCCTGACCCATCTCTCAA
GACCCCACCTCAGTTTGCCTCTGTTGGATCCAACATCTTCAGCACTTTCGTGAGTTTCCT
CAAGAGCAAAGACTCCAATGACGGAACCGAAAAGGCCTTGGTTGATGAGCTACAAGCTCT
GGAAGATCATCTCAAGTCTCATGACGGTCCTTTCATCGCAGGGGGAAGAGTGACGGCGGT
GGATCTTAGCTTAGCACCCAAGCTTCACTATCTCGAGGTCGCTCTTGGGCATTTCAAAAG
CTGGTCTGTCCCTGAGAGCTTACCTCATGTCCGTACCTACATGAAGGCTTTGTTCTCTCT
TGACTCCTTTGAGAAAACAAAGACGGAGGGAGAAGTATGTGATCGCGGGATGGGCACCCA
AGGTCAACCCCTAAAAGAACTGAAGCTCCGAAGTCTCTTCTTCAATAAGAAAATAAAATA
AAAATAATGTACTTGGAGCTGGTATTGAATTAATGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H743TF U 1
AF RR3H743JQ C 273
BS 1 658 RR3H743TF
BS 659 758 RR3H743JQ

RD RR3H743TF 658 0 0
ATCACTTGCGAAAGAAAAAAAAAGGTTAAAGATGACTCTCGAAGTCTGCGTGAAAGCCGC
TGTTGGTGCCCCTGACGCCCTTGGCGACTGCCCGTTCAGCCAACGAGTCCTTCTCACCCT
CGAGGAGAAGAATCAGCCCTACAAAATACATCTCATTAACCTCTCCGACAAACCTCAGTG
GTTCTTAGACATTAATCCTCAAGGGAAAGTACCAGTCCTTAAGATGGACGACAAGTGGGT
GCCTGATTCTGACATCATCGTCACCATCCTCGACGACAAGTATCCTGACCCATCTCTCAA
GACCCCACCTCAGTTTGCCTCTGTTGGATCCAACATCTTCAGCACTTTCGTGAGTTTCCT
CAAGAGCAAAGACTCCAATGACGGAACCGAAAAGGCCTTGGTTGATGAGCTACAAGCTCT
GGAAGATCATCTCAAGTCTCATGACGGTCCTTTCATCGCAGGGGGAAGAGTGACGGCGGT
GGATCTTAGCTTAGCACCCAAGCTTCACTATCTCGAGGTCGCTCTTGGGCATTTCAAAAG
CTGGTCTGTCCCTGAGAGCTTACCTCATGTCCGTACCTACATGAAGGCTTTGTTCTCTCT
TGACTCCTTTGAGAAAACAAAGACGGAGGGAGAAGTATGTGATCGCGGGATGGGCACC

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3H743JQ 486 0 0
ACGACAAGTATCCTGACCCATCTCTCAAGACCCCACCTCAGTTTGCCTCTGTTGGATCCA
ACATCTTCAGCACTTTCGTGAGTTTCCTCAAGAGCAAAGACTCCAATGACGGAACCGAAA
AGGCCTTGGTTGATGAGCTACAAGCTCTGGAAGATCATCTCAAGTCTCATGACGGTCCTT
TCATCGCAGGGGGAAGAGTGACGGCGGTGGATCTTAGCTTAGCACCCAAGCTTCACTATC
TCGAGGTCGCTCTTGGGCATTTCAAAAGCTGGTCTGTCCCTGAGAGCTTACCTCATGTCC
GTACCTACATGAAGGCTTTGTTCTCTCTTGACTCCTTTGAGAAAACAAAGACGGAGG*AG
AAGTATGTGATCGCGGGATGGGCACCCAAGGTCAACCCCTAAAAGAACTGAAGCTCCGAA
GTCTCTTCTTCAATAAGAAAATAAAATAAAAATAATGTACTTGGAGCTGGTATTGAATTA
ATGAAA

QA 1 486 1 486
DS 



AS 1 5

CO CL1235Contig1 1128 5 10 U
GGACACTAAAAGTAGCCGCCGCTTGCTTCCGTCTGAGCAAAGTGAAAAAAAA*TGAGAGA
TTCCTCGGAGAAAATGCGTGAGTGGTACAAGATGGAGCGTGACTTTATGTTTAAAGTGAG
ACAATGTGGTGGGTTCGATATCGAGCATTTGATGGAATCAAAACCAGGCTGCTGTAACTT
CTGGGCTTCCGAGATCATAAAAGATCAAATTGCCCCGACGGACAT*GTCCTATATGCTAG
GTTGGGTATCCATAAGTACAATATGATCCAGGGGACTAACTTGCAACTGCATGGTGTAGA
GAAATACAATGCGTACACTAAAGTAGTTTATTCCAGTCACTATATAACCGCAGTTGCAAA
GGATCCAGCTGCCGACGGTTCCCTT*GTCACTTTTCAGACCAGTTTTTATGAAGAAGGCT
TTGGCATCAAGAGGTTGACTTGTTCTATTGCTAGACCTAAGCCTGGACCACACGAGGAGG
ATCAAGCATCTGAAACTGAATCTGAAACTGAATCTGAAACTGAATATGAATACTCAAGTA
GTTTGCCTGAGTGGCCTGGAGAGAATGCTTTCGATGATAAGAAGTATTACTACGTGGTGA
AGAAATCAGAGATTCGAAAAAATGACTGGATTCGTCTTTACTTGGAGCTTGCATTCTACA
CTGCAAATATGACCCAACCAAATCTTGATCTGTCGAAGTTGGTCATTACCAAAGTAGCCG
TGTATACTAGCGACGAGAGCATTGCTGTGCCAAACGAGAGACTCAATGCCAGAAATGCAA
TCTTCTACATCAAGTACAAGTACTGCCCACATAAAAACAAGGCTCATGGTTGCAAGAGAA
CACGTGATCGCATAGCTATTGTAAGAAGAAACCTTGACAAGTTCTCTGGAGATATCACTC
TCACGTTCGAAGGCGTTTGCGAATGGAGGCGTACTTTTCTGTAGAGCATAGGATGGCCAA
CCTCAAGCATGAAGAATAAGAAGAAAAAGAATAAGAGAGTGAAGTGGAGGAGAGCAGTCA
CAAATAAGAAAGTTGCGAACTTAGCCATTTTTGTCTTACAGCTTAATTTCTAAAGCAAAA
GACATAAAAGTTATAGTCCTTGCCAATCAACCCCATTAATTACTTGAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 0 30 15 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3DP92TF U 1
AF RR3CP39TF U 1
AF RR3DJ38TF U 13
AF RR3CP39JQ C 273
AF RR3DP92JQ C 469
BS 1 176 RR3CP39TF
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BS 178 385 RR3CP39TF
BS 386 386 RR3DP92TF
BS 387 621 RR3CP39TF
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BS 781 816 RR3CP39TF
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RD RR3DP92TF 663 0 0
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CTGGGCTTCCGAGATCATAAAAGATCAAATTGCCCCGACGGACAT*GTCCTATATGCTAG
GTTGGGTATCCATAAGTACAATATGATCCAGGGGACTAACTTGCAGCTGCATGGTGTAGA
GAAATACAATGCGTACACTAAAGTAGTTTATTCCAGTCACTATATAACCGCAGTTGCAAA
GGATCCAGCTGCCGACGGTTCCCTT*GTCACTTTTCAGACCAGTTTTTATGAAGAAGGCT
TTGGCATCAAGAGGTTGACTTGTTCTATTGCTAGACCTAAGCCTGGACCACACGAGGAGG
ATCAAGCATCTGAAACTGAATCTGAAACTGAATCTGAAACTGAATATGAATACTCAAGTA
GTTTGCCTGAGTGGCCTGGAGAGAATGCTTTCGATGATAAGAAGTATTACTACGTGGTGA
AGAAATCAGAGATTCGAAAAA*TGACTGGATTCGTCTTTACTTGGAGCTTGCATTCTACA
CTG

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DS 

RD RR3CP39TF 816 0 0
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TTCCTCGGAGAAAATGCGTGAGTGGTACAAGATGGAGCGTGACTTTATGTTTAAAGTGAG
ACAATGTGGTGGGTTCGATATCGAGCATTTGATGGAATCAAAACCAGGCTGCTGTAGCTT
CTGGGCTTCCGAGATCATAAAAGATCAAATTGCCCCGACGGACAT*GTCCTATATGCTAG
GTTGGGTATCCATAAGTACAATATGATCCAGGGGACTAACTTGCAACTGCATGGTGTAGA
GAAATACAATGCGTACACTAAAGTAGTTTATTCCAGTCACTATATAACCGCAGTTGCAAA
GGATCCAGCTGCCGACGGTTCCCTTTGTCACTTTTCAGACCAGTTTTTATGAAGAAGGCT
TTGGCATCAAGAGGTTGACTTGTTCTATTGCTAGACCTAAGCCTGGACCACACGAGGAGG
ATCAAGCATCTGAAACTGAATCTGAAACTGAATCTGAAACTGAATATGAATACTCAAGTA
GTTTGCCTGAGTGGCCTGGAGAGAATGCTTTCGATGATAAGAAGTATTACTACGTGGTGA
AGAAATCAGAGATTCGAAAAA*TGACTGGATTCGTCTTTACTTGGAGCTTGCATTCTACA
CTGCAAATATGACCCAACCAAATCTTGATCTGTCGAAGTTGGTCATTACCAAAGTAGCCG
TGTATACTAGCGACGAGAGCATTGCTGTGCCAAACGAGAGACTCAATGCCAGAAATGCA*
TCTTCTACATCAAGTACAAGTACTGCCCACATAAAA

QA 1 816 1 816
DS 

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GG
GCCGCCGCTTGCTTCCGTCTGAGCAAAGGGAAAAAAAAATGAGAACTTCCTCGGAGAAAA
TGCGTGAGTGGTACAAGATGGAGCGTGACTTTATGTTTAAAGTGAGACAGTGTGGTGGGT
TCGATATCGAGCATTTGATGGAATCAAAACCAGGCTGCTGTAACTTCTGGGCTTCCGAGA
TCATAAAAGATCAAATTGCCCCGAGGGACATCGTCCTATATGCTAGGTTGGGTATCCATA
AGTACAATATGATCCAGGGGACTAACTTGCAGCTGCATGGTGTAGAGAAATACAATGCGT
ACACTAAAGTAGTTTATTCCAGTCACTATATAACCGCAGTTGCAAAGGATCCAGCTGCCG
ACGGTTCCCTT*GTCACTTTTCAGACCAGTTTTTATGAAGAAGGCTTTGGCATCAAGAGG
TTGACTTGTTCTATTGCTAGACCTAAGCCTGGACCACACGAGGAGGATCAAGCATCTGAA
******TCTGAAACTGAATCTGAAACTGAATATGAATACTCAAGTAGTTTGCCTGAGTGG
CCTGGAGAGAATGCTTTCGATGATAAGAAGCATTACTACGTGGTGAAGAAATCGGAGATT
CGAAAAAATGACTGGATTCGTCTTTACTTGGAGCTTGCATTCTACACTGCAAATATGACC
CTACCAAATCTTGATCTGTCGAAGTTGGTCATTAC*AAAGTAGCCGTGTATACTAGCGAC
GAGAGCATTGCTGTGCCAA*CGAGA*ACTCAATGCCAGAA*TGCA*TCTTCTACATCAAG
TACA*GTACTGCCCACATAA

QA 3 802 3 802
DS 

RD RR3CP39JQ 856 0 0
GGGACT
ACTTGCAACTGCATGGTGTAGAGAA*TACAATGCGTACACTAAAGTAGTT*ATTCCAGTC
ACTATATAACCGCAGTTGCAAAGGATCCAGCTGCCGACGGTTCCCTT*GTCACTTT*CAG
ACCAGTTTTTATGAAGAAGGCTTTGGCATCAAGAGGTTGACTTGTTCTATTGCTAGACCT
AAGCCTGGACCACACGAGGAGGATCAAGCATCTGAAACTGAATCTGAAACTGAATCTGAA
ACTGAATATGAATACTCAAGTAGTTTGCCTGAGTGGCCTGGAGAGAATGCTTTCGATGAT
AAGAAGTATTACTACGTGGTGAAGAAATCAGAGATTCGAAAAAATGACTGGATTCGTCTT
TACTTGGAGCTTGCATTCTACACTGCAAATATGACCCAACCAAATCTTGATCTGTCGAAG
TTGGTCATTACCAAAGTAGCCGTGTATACTAGCGACGAGAGCATTGCTGTGCCAAACGAG
AGACTCAATGCCAGAAATGCAATCTTCTACATCAAGTACAAGTACTGCCCACATAAAAAC
AAGGCTCATGGTTGCAAGAGAACACGTGATCGCATAGCTATTGTAAGAAGAAACCTTGAC
AAGTTCTCTGGAGATATCACTCTCACGTTCGAAGGCGTTTGCGAATGGAGGCGTACTTTT
CTGTAGAGCATAGGATGGCCAACCTCAAGCATGAAGAATAAGAAGAAAAAGAATAAGAGA
GTGAAGTGGAGGAGAGCAGTCACAAATAAGAAAGTTGCGAACTTAGCCATTTTTGTCTTA
CAGCTTAATTTCTAAAGCAAAAGACATAAAAGTTATAGTCCTTGCCAATCAACCCCATTA
ATTACTTGAT

QA 7 856 7 856
DS 

RD RR3DP92JQ 660 0 0
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AATACTCAAGTAGTTTGCCTGAGTGGCCTGGAGAGAATGCTTTCGATGATAAGAAGTATT
ACTACGTGGTGAAGAAATCAGAGATTCGAAAAAATGACTGGATTCGTCTTTACTTGGAGC
TTGCATTTTACACTGCAAATATGACCCAACCAAATCTTGATCTGTCGAAGTTGGTCATTA
CCAAAGTAGCCGTGTATACTAGCGACGAGAGCATTGCTGTGCCAAACGAGAGACTCAATG
CCAGAAATGCAATTTTTTACATCAAGTACAAGTACTGCCCACATAAAAACAAGGCTCATG
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GAGATATCACTCTCACGTTCGAAGGCGTTTGCGAATGGAGGCGTACTTTTTTGTAGAGCA
TAGGATGGCCAACCTCAAGCATGAAGAATAAGAAGAAAAAGAATAAGAGAGTGAAGTGGA
GGAGAGCAGTCACAAATAAGAAAGTTGCGAACTTAGCCATTTTTGTCTTACAGCTTAATT
TTTAAAGCAAAAGACATAAAAGTTATAGTCCTTGCCAATCAACCCCATTAATTACTTGAT

QA 1 660 1 660
DS 



AS 2 6

CO CL1236Contig1 890 2 2 U
GGATCTCCGCCGTTTGTAGCTGACGACACTCTCCTCCTCTTTGCTTCCGTCTCGATCATT
TGCACTAGTCATGTCGGAGAAAGGAGGAAAAGGGTTCAAATCTTCTCTCAAGTCCGCTTA
TGGAGCCGGCAAGGACGATAACTCAACCAAGTCCAAGAAGACGAGAAAAGTTCAGTTTGA
TCCTCAAGGCCCACGAGAGTCCAAGTACACGTTTCTTCAAGACCCTGATGATCAGATTCA
AGGTTCTTCTGCTAAAGGTGGGAAGGGAAGCAAGCCTAAGAAGAGTTCTCTGTCTAAAGA
GTCTCAGCCTCTTGAGCTTAAGACTGATAAGGAGCTTCCGGAGAATGCAAAGTGCATGAT
GGATTGTGAAGCTTTTGAGATTCTACAAGGCGTCAAGGAACAGATGGCTGTGCTCTCTGA
AGATCCTAGCTTAAAGCTTCCTGTGTCTTTCGACAGAGGACTGGAGTATGTGAAGTATGG
TCGTTGCTACATGAATCCTCAGTCTGTCAGACAGATCCTTGATCCTCTGAAAAAGCATGG
TGTATCTGAAAGCGAGATGTGTGTGATTGCCAATGTTTGTCCAGAAAGCATTGATGAAGT
CTTTGCTTTTGTTCCATCCATGAAGGGAAGAAAAGACAAGATCAGTGAGCCCTTAGAAGA
GGCATTGGTGAAGCTCTCCAAGCTCAAAAGATCTGCTTAATGGTGATGTTATCCAAGCTG
TTTAACCATAGTAGTAAAGTAAGGATGTTTAAGTTGGGCTTGGGTTTTTTCTTTGGCATG
AAAATGAATCTACTACGCACGGGTCGGGGTGTTGTAAATGATCTAATGATGTGACAACAA
CATTTGATGTAAGTTTTAATCGTTTCCTTACAATGCTATGGAATGTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G279TF U 1
AF RR3G279JQ C 154
BS 1 702 RR3G279TF
BS 703 890 RR3G279JQ

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TGCACTAGTCATGTCGGAGAAAGGAGGAAAAGGGTTCAAATCTTCTCTCAAGTCCGCTTA
TGGAGCCGGCAAGGACGATAACTCAACCAAGTCCAAGAAGACGAGAAAAGTTCAGTTTGA
TCCTCAAGGCCCACGAGAGTCCAAGTACACGTTTCTTCAAGACCCTGATGATCAGATTCA
AGGTTCTTCTGCTAAAGGTGGGAAGGGAAGCAAGCCTAAGAAGAGTTCTCTGTCTAAAGA
GTCTCAGCCTCTTGAGCTTAAGACTGATAAGGAGCTTCCGGAGAATGCAAAGTGCATGAT
GGATTGTGAAGCTTTTGAGATTCTACAAGGCGTCAAGGAACAGATGGCTGTGCTCTCTGA
AGATCCTAGCTTAAAGCTTCCTGTGTCTTTCGACAGAGGACTGGAGTATGTGAAGTATGG
TCGTTGCTACATGAATCCTCAGTCTGTCAGACAGATCCTTGATCCTCTGAAAAAGCATGG
TGTATCTGAAAGCGAGATGTGTGTGATTGCCAATGTTTGTCCAGAAAGCATTGATGAAGT
CTTTGCTTTTGTTCCATCCATGAAGGGAAGAAAAGACAAGATCAGTGAGCCCTTAGAAGA
GGCATTGGTGAAGCTCTCCAAGCTCAAAAGATCTGCTTAATG
GTGATGTTATCCAAGC

QA 1 702 1 702
DS 

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TCTTCAAGACCCTGATGATCAGATTCAAGGTTCTTCTGCTAAAGGTGGGAAGGGAAGCAA
GCCTAAGAAGAGTTCTCTGTCTAAAGAGTCTCAGCCTCTTGAGCTTAAGACTGATAAGGA
GCTTCCGGAGAATGCAAAGTGCATGATGGATTGTGAAGCTTTTGAGATTCTACAAGGCGT
CAAGGAACAGATGGCTGTGCTCTCTGAAGATCCTAGCTTAAAGCTTCCTGTGTCTTTCGA
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GATCCTTGATCCTCTGAAAAAGCATGGTGTATCTGAAAGCGAGATGTGTGTGATTGCCAA
TGTTTGTCCAGAAAGCATTGATGAAGTCTTTGCTTTTGTTCCATCCATGAAGGGAAGAAA
AGACAAGATCAGTGAGCCCTTAGAAGAGGCATTGGTGAAGCTCTCCAAGCTCAAAAGATC
TGCTTAATGGTGATGTTATCCAAGCTGTTTAACCATAGTAGTAAAGTAAGGATGTTTAAG
TTGGGCTTGGGTTTTTTCTTTGGCATGAAAATGAATCTACTACGCACGGGTCGGGGTGTT
GTAAATGATCTAATGATGTGACAACAACATTTGATGTAAGTTTTAATCGTTTCCTTACAA
TGCTATGGAATGTTCTC

QA 1 737 1 737
DS 



CO CL1236Contig2 884 4 3 U
GGGCCATCTCCGCCGTTTGCAGCTGGACGACACTCTCCTCCTCTTTGCCTCCGTCTCGAT
CATCGGCACTAGTCATGTCGGAGAAAGGAGGAAAAGGGGTTCAAATCTTCTCTCAAGTCC
ACTTATGGAGCCACCAAGGACGATAACTCAACCAAGTCCAAGAAGACAAGGAAAGTCCAG
TTTGATCCTCAAGGCCCACGAGAGTCCAAGTACACGTTTCTTCAAGACCCTGATGACCAG
ATTCAAGGCTCCTCTGCTAAAGCTGGGAAGGGAAGCAAGGCTAGGAAGAGTTCTCTGTCT
AAAGAGTCTCAGCCGCTTGAGCTTAAGACTGATAAGGAGCTTCCGGAGAATGCAAAGTGC
CTGATGGATTGTGAAGCTTTTGAGATTCTACAAGGCGTCAAAGAACAGATGGCTGTGCTA
TCTGAAGATCCTAGCTTAAAGCTTCCTGTGTCTTTCGACAGAGGACTGGAGTATGTGAAG
TATGGTCGTTGCTACATGAATCCTCAGTCTGTCAGACAGATCCTTGAGCCTCTGAAAAAG
CATGGTGTATCTGAAAGCGAGATGTGTGTGATTGCCAATGTTTGTCCAGAAAGCATTGAT
GAAGTCTTTGCTTTTGTTCCATCCATGAAGGGAAGAAAAGACAAGATCAGTGAGCCCTTA
GAAGAGGCATTGGCGAAGCTCTCCAAGCTCAAAAGATCTGCCTAAATGATGTTATCCAAG
CTGTTTAACCATAGTAGTAAAGTAAGGATATTTAAGTTGGGCTTGGGTTTTTTTTTTGGC
ATGAAAAGGAACCTACTACGCAAGGGTCGGGTGTTGTAAATGATTTAATGATGTGACAAC
AACATTTGATGTAAGTTTTAATAGTTTCCTTACAATGCTATGGA


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA31TF U 1
AF RR3GA19TF U 1
AF RR3GX74TF U 1
AF RR3GA31JQ C 701
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ATGTTATCCAAGCT

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DS 

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CATCGGCACTAGTCATGTCGGAGAAAGGAGGAAAAGGGGTTCAAATCTTCTCTCAAGTCC
ACTTATGGAGCCACCAAGGACGATAACTCAACCAAGTCCAAGAAGACAAGGAAAGTCCAG
TTTGATCCTCAAGGCCCACGAGAGTCCAAGTACACGTTTCTTCAAGACCCTGATGACCAG
ATTCAAGGCTCCTCTGCTAAAGCTGGGAAGGGAAGCAAGGCTAGGAAGAGTTCTCTGTCT
AAAGAGTCTCAGCCGCTTGAGCTTAAGACTGATAAGGAGCTTCCGGAGAATGCAAAGTGC
CTGATGGATTGTGAAGCTTTTGAGATTCTACAAGGCGTCAAAGAACAGATGGCTGTGCTA
TCTGAAGATCCTAGCTTAAAGCTTCCTGTGTCTTTCGACAGAGGACTGGAGTATGTGAAG
TATGGTCGTTGCTACATGAATCCTCAGTCTGTCAGACAGATCCTTGAGCCTCTGAAAAAG
CATGGTGTATCTGAAAGCGAGATGTGTGTGATTGCCAATGTTTGTCCAGAAAGCATTGAT
GAAGTCTTTGCTTTTGTTCCATCCATGAAGGGAAGAAAAGACAAGATCAGTGAGCCCTTA
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CTGTTTAACCATAGTAGTAA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3GX74TF 782 0 0
GGGCC
ATCTCCGCCGTTTGCAGCTGGACGACACTCTCCTCCTCTTTGCCTCCGTCTCGATCATCG
GCACTAGTCATGTCGGAGAAAGGAGGAAAAGGG*TTCAAATCTTCTCTCAAGTCCACTTA
TGGAGCCACCAAGGACGATAACTCAACCAAGTCCAAGAAGACAAGGAAAGTCCAGTTTGA
TCCTCAAGGCCCACGAGAGTCCAAGTACACGTTTCTTCAAGACCCTGATGACCAGATTCA
AGGCTCCTCTGCTAAAGCTGGGAAGGGAAGCAAGGCTAGGAAGAGTCCTCTGTCTAAAGA
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AGATCCTAGCTTAAAGCTTCCTGTGTCTTTCGACAGAGGACTGGAGTATGTGAAGTATGG
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TGTATCTGAAAGCGAGATGTGTGTGATTGCCAATGTTTGTCCAGAAAGCATTGATGAAGT
CTTTGCTTTTGTTCCATCCATGAAGGGAAGAAAAGACAAGATCAGTGAGCCCTTAGAAGA
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TAACCATAGTAGTAAAGTAAGGATATTTAAGTTGGGCTTGGGTTTTT
CTTTGGCATG

QA 6 772 6 772
DS 

RD RR3GA31JQ 184 0 0
CCTAAA
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AATGATGTGACAACAACATTTGATGTAAGTTTTAATAGTTTCCTTACAATGCTATGGA

QA 7 184 7 184
DS 



AS 1 5

CO CL1237Contig1 906 5 8 U
GTAACACAATTTCATTAGTTCGAACCAACTTATATTTAATAAAATATCATCACATAATCA
CATATAATTGTCATGTGTGGTTTTCTTCGCTTATAACTTATAACTAAAAAGCTAAAGCTT
GCTAAATAAATAAACATAAAGTAGATAAAACACAGAGTTACAGAGACAAACAGGTTGAAT
ATTTTTTCCTAACACTTAGAGGGCCTTGAATGTGATCAGTCAGAGGGCCGAATGCACCAG
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CTTTGAAGTATCCTTCAATGTTAAAACCACTAATGCTAACACATGTCTTACCTTCTCGTT
CTCATCACTTTACAAGGAGAGAACTAATCAAAAGCCTTACATAATCCAACTCAGCTGTCT
CTTCCCATGAATCAAAGTTCAAAGTATGATCTCGGGCAGAAAAATAGTAATCCCAGGTGG
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GTCTTGAGATTGAGAAGGCCGCCTCGAAGATGAATTGTTACGATCAGGTCCGGTTTAGTT
CGGTACTCATTTTCAGTTGCTTCATTTTCGAAATCTGAATATCTTCCTTCATATGTTTGT
GTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 

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C
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AATGACATTTCACGCCTCATTGTTTCTTCAAGAATCCCATACAAATCCAGTTGCTCTGTA
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G

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AGTTTATTGACTGCCTCGTTCCACATATTAACAGCATATGCAGGTTGTACACGAGTCCCC
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ACCACTAATGCTAACACATGTCTTACCTTCTCGTTCTCATCACTTTACAAGGAGAAAACT
AATCAAAAGCCTTACATAATCCAACTCAGCTGTCTCTTCCCATGAATCAAAGTTCAAAGT
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GGGAGGTTGGTAGTTACGTGATAGAGTATCGATCCAGCTGAATATCAGGATGTAAAGTTA
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CACTTTACAAGGAGAGAACTAATCAAAAGCCTTACATAATCCAACTCAGCTGTCTCTTCC
CATGAATCAAAGTTCAAAGTATGATCTCGGGCAGAAAAATAGTAATCCCAGGTGGTTCTA
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GAGATTGAGAAGGCCGCCTCGAAGATGAATTGTTACGATCAGGTCCGGTTTAGTTCGGTA
CTCATTTTCAGTTGCTTCATTTTCGAAATCTGAATATCTTCCTTCATGTGTTTGTGTGTC
C

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DS 



AS 1 4

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TCCCCCTTCCTCCTCGCTCAGAGTCTGGTTCCTTCTCTTTCGCCTGTTTCACGGCGGAAT
ATTGCTAAAATGGCGGCGTCGGAAGGCTCGATTAACGGAAGCAATAGGATGCTGGTATTC
GTGCCACCACATCCTTTGATCAAACACTGGATCTCTGTCCTGAGAAACGACCAAACTCCT
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GAGTTCATTGATCCTAGAGAGCCTATAGCGGTTGTTCCCATTTTAAGAGCTGGCCTTGCT
CTTGCGGAACATGCATCAACAGTTTTGCCTGCAAATAAAATATATCATTTAGGAATAAGT
CGGGACGAGAAAACACTTTTGCCTTCAGTGTATCTTAACAAGCTGCCTGACGAATTTCCC
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GCGATGGATATGTTGAAGGAACGTGGTTTGTCCGTTCAGCAAATCAAAGCGATTTGTGCG
GTTGCTGCACCTCCTGCACTATCGAAGCTTAATGAGAAGTACCCCGGGCTTCATGTTTAT
GCTGGAATCATCGATCCTGAAGTCAATGAAAAGGGGTTCATAATCCCTGGGCTTGGAGAT
GCTGGAGACCGCAGTTTGGCACATAAAAACAGGTTTTGATGAAGTGATTCTTGTGTTTGT
CTAGAGGTCTATGAGAAGAGATCAACATGGCGAACATGCGTTCCTCATTGTAACGAAACA
AAGAAGAAACTTATGTCTTTATCATTGTTTGTCGCTTGCTAGTGAAACAACTTGTATCTA
CAAAACAATTTTTTGAAAAATATTGTTCAAAACTTTAAAATCTGAAATATTAGTGAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FE44TF U 1
AF RR3EL80TF U 5
AF RR3FF75TF U 18
AF RR3FF75JQ C 392
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AGTACTAGTACTAGTAACGCTTTCCGGTGTCACTACTCCGAAACGCTGCGTTTTGCTCCC
CGACAACATCAATGTGGCCGCATAAACCCTAACCCTTCCTCTCTCCTCTCCTTTAATTCC
TCCCCCTTCCTCCTCGCTCAGAGTCTGGTTCCTTCTCTTTCGCCTGTTTCACGGCGGAAT
ATTGCTAAAATGGCGGCGTCGGAAGGCTCGATTAACGGAAGCAATAGGATGCTGGTATTC
GTGCCACCACATCCTTTGATCAAACACTGGATCTCTGTCCTGAGAAACGACCAAACTCCT
TGTCCTATTTTCAGGAATGCAATAGGTGAACTAGGGAGACTGTTGATGTATGAAGCATCC
CGAGAGTGG*TGCCAACTG

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR3EL80TF 617 0 0
GG
GTCGTTCTCAGTTAGACCAGATTCGGATATCGTCGGGAAATGGCGTACTCAATTATTACT
AGTACTAGTAACGCTTTCCGGTGTCACTACTCCGAAACGCTGCGTTTTGCTCCCCGACAA
CATCAATGTGGCCGCATAAACCCTAACCCTTCCTCTCTCCTCTCCTTTAATTCCTCCCCC
TTCCTCCTCGCTCAGAGTCTGGTTCCTTCTCTTTCGCCTGTTTCACGGCGGAATATTGCT
AAAATGGCGGCGTCGGAAGGCTCAATTAACGGAAGCAATAGGATGCTGGTATTCGTGCCA
CCACATCCTTTGATCAAACACTGGATCTCTGTCCTGAGAAACGACCAAACTCCTTGTCCT
ATTTTCAGGAATGCAATAGGTGAACTAGGGAGACTGTTGATGTATGAAGCATCCCGAGAG
TGGCTGCCAACTGTTGTTGGAGAAATCATGTCTCCGATGGGTGCTGCTTCTGTTGAGTTC
ATTGATCCTAGAGAGCCTATAGCGGTTGTTCCCATTTTAAGAGCTGGCCTTGCTCTTGCG
GAACATGCATCAACAGTTTTGCCTGCAAATAAAATATATCATTTAGGAATAAGTCGGGAC
GAGAAAACACTTTTG

QA 3 617 3 617
DS 

RD RR3FF75TF 715 0 0
GG
AGACCAGATTCGGATATCGTCGGGAAATGGCGTACTCAATTAGTACTAGTACTAGTAACG
CTTTCCGGTGTCACTACTCCGAAACGCTGCGTTTTGCTCCCCGACAACATCAATGTGGCC
GCATAAACCCTAACCCTTCCTCTCTCCTCTCCTTTAATTCCTCCCCCTTCCTCCTCGCTC
AGAGTCTGGTTCCTTCTCTTTCGCCTGTTTCACGGCGGAATATTGCTAAAATGGCGGCGT
CGGAAGGCTCGATTAACGGAAGCAATAGGATGCTGGTATTCGTGCCACCACATCCTTTGA
TCAAACACTGGATCTCTGTCCTGAGAAACGACCAAACTCCTTGTCCTATTTTCAGGAATG
CAATAGGTGAACTAGGGAGACTGTTGATGTATGAAGCATCCCGAGAGTGGCTGCCAACTG
TTGTTGGAGAAATCATGTCTCCGATGGGTGCTGCTTCTGTTGAGTTCATTGATCCTAGAG
AGCCTATAGCGGTTGTTCCCATTTTAAGAGCTGGCCTTGCTCTTGCGGAACATGCATCAA
CAGTTTTGCCTGCAAATAAAATATATCATTTAGGAATAAGTCGGGACGAGAAAACACTTT
TGCCTTCAGTGTATCTTAACAAGCTGCCTGACGAATTTCCCAAGAATTCCAGAGTGTTCT
TGGTGGACCCAATGCTTGCTACAG*CGGTACGATAATTGCAGCGATGGATATG

QA 3 715 3 715
DS 

RD RR3FF75JQ 748 0 0
TAGGGAGACTGTTGATGTATGAAGCATCCCGAGAGTGGCTGCCAACTGTTGTTGGAGAAA
TCATGTCTCCGATGGGTGCTGCTTCTGTTGAGTTCATTGATCCTAGAGAGCCTATAGCGG
TTGTTCCCATTTTAAGAGCTGGCCTTGCTCTTGCGGAACATGCATCAACAGTTTTGCCTG
CAAATAAAATATATCATTTAGGAATAAGTCGGGACGAGAAAACACTTTTGCCTTCAGTGT
ATCTTAACAAGCTGCCTGACGAATTTCCCAAGAATTCCAGAGTGTTCTTGGTGGACCCAA
TGCTTGCTACAGGCGGTACGATAATTGCAGCGATGGATATGTTGAAGGAACGTGGTTTGT
CCGTTCAGCAAATCAAAGCGATTTGTGCGGTTGCTGCACCTCCTGCACTATCGAAGCTTA
ATGAGAAGTACCCCGGGCTTCATGTTTATGCTGGAATCATCGATCCTGAAGTCAATGAAA
AGGGGTTCATAATCCCTGGGCTTGGAGATGCTGGAGACCGCAGTTTGGCACATAAAAACA
GGTTTTGATGAAGTGATTCTTGTGTTTGTCTAGAGGTCTATGAGAAGAGATCAACATGGC
GAACATGCGTTCCTCATTGTAACGAAACAAAGAAGAAACTTATGTCTTTATCATTGTTTG
TCGCTTGCTAGTGAAACAACTTGTATCTACAAAACAATTTTTTGAAAAATATTGTTCAAA
ACTTTAAAATCTGAAATATTAGTGAATT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 6

CO CL1239Contig1 891 6 3 U
AGATATCTCAAACCATTGTACAATAATAACTGATGGAAGTACTAAGAAATACGAATTAAG
CTAATCCAAAAACATAAGTTCTCACACAGTATTACAAACTGAAACCTCAAAACAGCATGT
ATAAAGAAAACAAAAAGGTTTCAGGCAAAGAACAAGCTTTTAAGCAGCACCCTTTCCCTT
CTTCTTCTGGATCTTCTTCTGGTAGAATTCCAGCTCTTTACCTTCCAGAATGTATCCATC
AGCACGTCCGCACTGGCCGGGCCTTGATGAGATGCAAGCCAACAAACGACCGCTCGCAAA
CTGCTCCTCAATGTGGGAATCAAGACTTCGTCCCTCTTGACGGCTCTCAATCTTTCTCAG
CACGTGGTTGCTCTTCTTCACCTCCTCAGGAGCAGCAGCAGCAGCAGC***TGGAGCTGC
TTCTTCACCATCCTCGGTTTCCTTCTTGGCAGCGGAAGCAGCATTCTTCTTCTTGCGACC
AACCTCGACACCATAGTGCTGGAGATACCACTGCTTGAATGGCGCGGCATCCACCTGAAC
AATGGCGCTCTTGACTAGCGTCTTTGTACGGACAAGCTCGTTGTTGGAGGCGTTGTAAAC
AACATCAAGGACTCTGGTCTTGCGGGTAACTGCCTCACTTCCCCAAGAGTAGTTACCAGT
GTCGAGCCTCAACGCACGCCACTTGACGTTGCCTCCACGAACACGGATTCTTCTAACAGT
CTTGTTGCTTGACAGCTTGGTGTTGGCTGGCTGCCTTCCCATCTCGTACTTTCGCTTCTT
CCTCCATCCCTTCTGCTTGCCTCCAGTGGCACGCCTCTTGTGGATTGAGTCACGAGATAT
ACCCATGGTTGCCTCTTAATTAGAGTTTCTCTGTTAAAATTGCGCCGGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL05JQ U 10
AF RR3EG49JQ U 171
AF RR3GE73JQ U 1
AF RR3GL05TF C 190
AF RR3GE73TF C 269
AF RR3EG49TF C 634
BS 1 654 RR3GE73JQ
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BS 877 891 RR3EG49TF

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AAACATAAGTTCTCACACAGTATTACAAACTGAAACCTCAAAACCGCATGTATAAAGAAA
ACAAAAA

QA 1 127 1 127
DS 

RD RR3EG49JQ 185 0 0
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TCTTT

QA 1 185 1 185
DS 

RD RR3GE73JQ 654 0 0
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CTTCTTCTGGATCTTCTTCTGGTAGAATTCCAGCTCTTTACCTTCCAGAATGTATCCATC
AGCACGTCCGCACTGGCCGGGCCTTGATGAGATGCAAGCCAACAAACGACCGCTCGCAAA
CTGCTCCTCAATGTGGGAATCAAGACTTCGTCCCTCTTGACGGCTCTCAATCTTTCTCAG
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AATGGCGCTCTTGACTAGCGTCTTTGTACGGACAAGCTCGTTGTTGGAGGCGTTGTAAAC
AACATCAAGGACTCTGGTCTTGCGGGTAACTGCCTCACTTCCCCAAGAGTAGTT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3GL05TF 687 0 0
GGATC
TCTTCTGGTAGAATTCCAGCTCTTTACCTTCCAGAATGTATCCATCAGCACGTCCGCACT
GGCCGGGCCTTGATGAGATGCAAGCCAACAAACGACCGCTCGCAAACTGCTCCTCAATGT
GGGAATCAAGACTTCGTCCCTCTTGACGGCTCTCAATCTTTCTCAGCACGTGGTTGCTCT
TCTTCACCTCCTCAGGAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTGGAGCCGCTTCTTCACCATCCT
CAGTTTCCTTCTCGGCAGCGGAAGCAGCATTCTTCTTCTTGCGACCAACCTCGACACCAT
AGTGCTGGAGATACCACTGCTTGAATGGCGCGGCATCCACCTGAACAATGGCGCTCTTGA
CTAGCGTCTTTGTACGGACAAGCTCGTTGTTGGAGGCGTTGTAAACAACATCAAGGACTC
TGGTCTTGCGGGTAACTGCCTCACTTCCCCAAGAGTAGTTACCAGTGTCGAGCCTCAACG
CACGCCACTTGACGTTGCCTCCACGAACACGGATTCTTCTAACAGTCTTGTTGCTTGACA
GCTTGGTGTTGGCTGGCTGCCTTCCCATCTCGTACTTTCGCTTCTTCCTCCATCCCTTCT
GCTTGCCTCCAGTGGCACGCCTCTTGTGGATTGAGTCACGAGATATACCCATGGTTGCCT
CTTAATTAGAGTTTCTCTGTTA

QA 6 687 6 687
DS 

RD RR3GE73TF 609 0 0
GAG
ATGCAAGCCAACAAACGACCGCTCGCAAACTGCTCCTCAATGTGGGAATCAAGACTTCGT
CCCTCTTGACGGCTCTCAATCTTTCTCAGCACGTGGTTGCTCTTCTTCACCTCCTCAGGA
GCAGCAGCAGCAGCAGC***TGGAGCTGCTTCTTCACCATCCTCGGTTTCCTTCTTGGCA
GCGGAAGCAGCATTCTTCTTCTTGCGACCAACCTCGACACCATAGTGCTGGAGATACCAC
TGCTTGAATGGCGCGGCATCCACCTGAACAATGGCGCTCTTGACTAGCGTCTTTGTACGG
ACAAGCTCGTTGTTGGAGGCGTTGTAAACAACATCAAGGACTCTGGTCTTGCGGGTAACT
GCCTCACTTCCCCAAGAGTAGTTACCAGTGTCGAGCCTCAACGCACGCCACTTGACGTTG
CCTCCACGAACACGGATTCTTCTAACAGTCTTGTTGCTTGACAGCTTGGTGTTGGCTGGC
TGCCTTCCCATCTCGTACTTTCGCTTCTTCCTCCATCCCTTCTGCTTGCCTCCAGTGGCA
CGCCTCTTGTGGATTGAGTCACGAGATATACCCATGGTTGCCTCTTAATTAGAGTTTCTC
TGTTA
A

QA 4 608 4 608
DS 

RD RR3EG49TF 258 0 0
CTCACTTCCCCAAGAGTAGTTACCAGTGTCGAGCCTCAACGCACGCCACTTGACGTTGCC
TCCACGAACACGGATTCTTCTAACAGTCTTGTTGCTTGACAGCTTGGTGTTGGCTGGCTG
CCTTCCCATCTCGTACTTTCGCTTCTTCCTCCATCCCTTCTGCTTGCCTCCAGTGGCACG
CCTC**GTGGATTGAGTCACGAGATATACCCATGGTTGCCTCTTAATTAGAGTTTCTCTG
TTAAAATTGCGCCGGACC

QA 1 258 1 258
DS 



AS 1 6

CO CL1240Contig1 1440 6 16 U
GCGTATTGCGGATATCTCTGACGTCATAGAGGGTTTTGCCTCAGAAGCTCTGAGAACTCT
CTGCTTGGTGTACAAAGATCTGGACGAAGCTCCAAGCGGGGATCTTCCTGATGGAGGCTA
CACGATGGTAGCAGTAGTTGGAATCAAGGATCCAGTACGTCCCGGTGTTAGAGAAGCTGT
GCAGATCTGTCAAGCTGCTGGGATTACAGTTCGTATGGTCACTGGAGATAACATAAGCAC
AGCTAAAGCAATTGCAAAGGAGTGCGGCATATTCACTGAAGGAGGTTTAGCTATAGAAGG
CTCACAGTTCCGGGACTTGCCTCCTCACGAGATGAGAGCCATTATACCGAAGATTCAGGT
AATGGCTCGGTCTCTGCCACTGGACAAGCATACACTAGTCAGCAACTTGAGGAAAATTGG
AGAGGTAGTGGCAGTGACTGGAGACGGAACAAACGATGCACCTGCATTGCATGAAGCAGA
CATTGGACTTGCAATGGGAATAGCTGGAACAGAGGTTGCTAAAGAGAATGCTGATGTGAT
CATAATGGACGATAACTTCAAAACAATAGTCAATGTGGCTAGATGGGGACGTGCTGTGTA
TATAAACATTCAGAAGTTCGTTCAGTTCCAGCTAACGGTTAACGTCGTTGCTCTCATCAT
CAACTTCGTCTCTGCTTGCATCACAGGATCTGCTCCACTCACTGCTGTACAACTGCTTTG
GGTCAACATGATCATGGACACACTCGGTGCCCTAGCTTTAGCAACAGAGCCTCCCAATGA
AGGGTTAATGAAACGTCCACCAATCGCTAGAACCGCAAGCTTCATCACCAAAACCATGTG
GAGGAACATTGCAGGTCAAAGCGTTTACCAGTTGATCGTCTTGGGGACTCTCAACTTCGT
AGGCAAATCTCTTCTCGATCTCAATGGTCCGGACTCCACAGCTGTTCTGAACACGGTCAT
CTTCAA*TCCTTCGTGTTCTGCCAGGTGTTCAATGAGGTGAATAGCCGTGAGATAGAGAA
GATAAATGTGTTCAAGGGAATGTTCAACAGCTGGGTGTTCACTGGCGTAATGATAGTGAC
CGTTGTGTTTCAAGCGATCATAGTGGAGTTTCTTGGTGCATTTGCTAGCACTGTTCCGCT
GAGCTGGCAACATTGGTTACTATCGATCTTGATAGGATCATTGAGCATGATTGTAGCAGT
TATCCTCAAATGCATACCTGTTGAGTCTTCTCAACAACATCATGATGGCTACGATTTGCT
TCCTTCTGGTCCTTTTTCTTCCAATTCCGCTTGATACCATTTCAGTGTTGTTTTTTTTTT
TTTTT*GCTTGTTATCAGGACAGTGATTCCAGATATGTAAGATACTGCAAACTCTTTCTT
TTACCACGGATCCAGTTTTGTGTTATACCAATCCTCTAGTCGAACTTGAGGTTCTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AU45TF U 1
AF RR3CD27TF U 310
AF RR3CD27JQ C 780
AF RR3AU45JQ C 669
AF RR3AN93TF U 720
AF RR3AN93JQ C 912
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BS 688 779 RR3AU45TF
BS 780 847 RR3CD27TF
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BS 1276 1371 RR3AN93TF
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CTGCTTGGTGTACAAAGATCTGGACGAAGCTCCAAGCGGGGATCTTCCTGATGGAGGCTA
CACGATGGTAGCAGTAGTTGGAATCAAGGATCCAGTACGTCCCGGTGTTAGAGAAGCTGT
GCAGATCTGTCAAGCTGCTGGGATTACAGTTCGTATGGTCACTGGAGATAACATAAGCAC
AGCTAAAGCAATTGCAAAGGAGTGCGGCATATTCACTGAAGGAGGTTTAGCTATAGAAGG
CTCACAGTTCCGGGACTTGCCTCCTCACGAGATGAGAGCCATTATACCGAAGATTCATGT
AATGGCTCGGTCTCTGCCACTGGACAAGCATACACTAGTCAGCAACTTGAGGAAAATTGG
AGAGGTAGTGGCAGTGACTGGAGACGGAACAAACGATGCACCTGCATTGCATGAAGCAGA
CATTGGACTTGCAATGGGAATAGCTGGAACAGAGGTTGCTAAAGAGAATGCTGATGTGAT
CATAATGGACGATAACTTCAAAACAATGGTCAATGTGGCTAGATGGGGACGTGCTGTGTA
TATAAACATTCAGAAGTTCGTTCAGTTCCAGCTAACGGTTAACGTCGTTGCTCTCATCAT
CAACTTCGTCTCTGCTTGCATCACAG*ATCTGCTCCACTCACTGCTGTACAACTGCTTTG
GGTCAACATGATCATGGACACACTCGGTGCCCTAGCTTTAGCAACAGAGCCTCCCAATG

QA 1 779 1 779
DS 

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G
CGGGACTTGCCTCCTCACGAGATGAGAGCCATTATACCGAAGATTCAGGTAATGGCTCGG
TCTCTGCCACTGGACAAGCATACACTAGTCAGCAACTTGAGGAAAATTGGAGAGGTAGTG
GCAGTGACTGGAGACGTGACAAACGATGCACCTGCATTGCATGAAGCAGACATTGGACTT
GCAATGGGAATAGCTGGAACAGAGGTTGCTAAAGAGAATGCTGATGTGATCATAATGGAC
GATAACTTCAAAACAATAGTCGATGTGGCTAGATGGGGACGTGCTGTGTATATAAACATT
CAGAAGTTCGTTCAGTTCCAGCTAACGGTTAACGTCGTTGCTCTCATCATCAACTTCGTC
TCTGCTTGCATCACAGGATCTGCTCCACTCACTGCTGTACAACTGCTTTGGGTCAACATG
ATCATGGACACACTCGGTGCCCTAGCTTTAGCAACAGAGCCTCCCAATGAAGGGTTAATG
AAACGTCCACCAATCGCTAGAACCGCAAGCTTCATCACCAAAACCATGTGGAGGAACGTT
GCACGTCAAA

QA 2 551 2 551
DS 

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GGAGGAACGTTGCAGGTCAAAGCGTTTACCAGTTGATCGTCTTGGGGACTCTCAACTTCG
TAGGCAAATCTCTTTTCGATTTCAATGGTCCGGACTCCACAGCTGTTCTGAACACGGTCA
TTTTCAACTCCTTCGTGTTTTGCCAGGTGTTCAATGAGGTGAATAGCCGTGAGATAGAGA
AGATAAATGTGTTCAAGGGAATGTTCAACAGCTGGGTGTTCACTGGCGTAATGATAGTGA
CCGTTGTGTTTCAAGTGATCATAGTGGAGTTTCTTGGTGCATTTGCTAGCACTGTTCCGG
TGAG

QA 1 364 1 364
DS 

RD RR3AU45JQ 670 0 0
TCTCTGCTTGCATCACAGGATCTGCTCCACTCACTGCTGTACAACTGCTTTGGGTCAACA
TGATCATGGACACACTCGGTGCCCTAGCTTTAGCAACAGAGCCTCCCAATGAAGGGTTAA
TGAAACGTCCACCAATCGCTAGAACCGCAAGCTTCATCACCAAAACCATGTGGAGGAACA
TTGCAGGTCAAAGCGTTTACCAGTTGATCGTCTTGGGGACTCTCAACTTCGTAGGCAAAT
TTCTTCTCGATCTCAATGGTCCGGACTCCACAGCTGTTCTGAACACGGTCATTTTCAACT
CCTTCGTGTTTTGCCAGGTGTTCAATGAGGTGAATAGCCGTGAGATAGAGAAGATAAATG
TGTTCAAGGGAATGTTCAACAGCTGGGTGTTCACTGGCGTAATGATAGTGACCGTTGTGT
TTCAAGTGATCATAGTGGAGTTTCTTGGTGCATTTGCTAGCACTGTTCCGCTGAGCTGGC
AACATTGGTTACTATCGATCTTGATAGGATCATTGAGCATGATTGTAGCAGTTATCCTCA
AATGCATACCTGTTGAGTCTTCTCAACAACATCATGATGGCTACGATTTGCTTCCTTCTG
GTCCTTTTTCTTCCAATTCCGCTTGATACCATTTCAGTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGC
TTGTTATCAG

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3AN93TF 652 0 0
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AAGGGTTAATGAAACGTCCACCAATCGCTAGAACCGCAAGCTTCATCACCAAAACCATGT
GGAGGAACATTGCAGGTCAAAGCGTTTACCAGTTGATCGTCTTGGGGACTCTCAACTTCG
TAGGCAAATCTCTTCTCGATCTCAATGGTCCGGACTCCACAGCTGTTCTGAACACGGTCA
TCTTCAA*TCCTTCGTGTTCTGCCAGGTGTTCAATGAGGTGAATAGCCGTGAGATAGAGA
AGATAAATGTGTTCAAGGGAATGTTCAACAGCTGGGTGTTCACTGGCGTAATGATAGTGA
CCGTTGTGTTTCAAGCGATCATAGTGGAGTTTCTTGGTGCATTTGCTAGCACTGTTCCGC
TGAGCTGGCAACATTGGTTACTATCGATCTTGATAGGATCATTGAGCATGATTGTAGCAG
TTATCCTCAAATGCATACCTGTTGAGTCTTCTCAACAACATCATGATGGCTACGATTTGC
TTCCTTCTGGTCCTTCTTCTTCCAATTCCGCTTGATACCATTTCAGTGTTGTTTTTTTTT
TTTTTT*GCTTGTTATCAGGACAGTGATTCCAGATATGTAAGATACTGCAAA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3AN93JQ 529 0 0
TTC
TCGATCTCAATGGTCCGGACTCCACAGCTGTTCTGAACACGGTCATCTTCAA*TCCTTCG
TGTTCTGCCAGGTGTTCAATGAGGTGAATAGCCGTGAGATAGAGAAGATAAATGTGTTCA
AGGGAATGTTCAACAGCTGGGTGTTCACTGGCGTAATGATAGTGACCGTTGTGTTTCAAG
CGATCATAGTGGAGTTTCTTGGTGCATTTGCTAGCACTGTTCCGCTGAGCTGGCAACATT
GGTTACTATCGATCTTGATAGGATCATTGAGCATGATTGTAGCAGTTATCCTCAAATGCA
TACCTGTTGAGTTTTCTCAACAACATCATGATGGTTACGATTTGCTTCCTTCTGGTCCTT
TTTTTTCCAATTCCGCTTGATACCATTTCAGTGTTGTTTTTTTTTTTTTTT*GCTTGTTA
TCAGGACAGTGATTCCAGATATGTAAGATACTGCAAACTCTTTCTTTTACCACGGATCCA
GTTTTGTGTTATACCAATCCTCTAGTCGAACTTGAGGTTCTCTCCC

QA 4 529 4 529
DS 



AS 2 6

CO CL1241Contig1 824 3 17 U
GGATATAAGCGAAAGCCAAGTAGTCAGGTACCTCTCTGAGCTCTTCCCCACCACTCTCCG
ATTCGTAACCTTTATCTCCTCCGTAGCATAATGTCGAAGTCAGGCTCTCTGGATCTCGCC
TCCAACCTTGGCGGAACTATCGATAAATCCGATGTTCTCTCCTCCGTCGAAAAGTATGAG
CAATATCATGTCTTCCATGGAGGTAACGAGGAAGAGCGAAAAGCTAACTACACTGACATG
GTTAATAAATACTATGACCTTGCTACTAGCTTTTATGAGTATGGATGGGGAGAGTCCTTC
CACTTTGCACACAGATGGAAGGGAGAATCACTTCGAGAGAGTATCAAACGTCACGAGCAC
TTTCTTGCTCTTCAGCTTGGCGTTAAACCTGGACAAAAGGTGCTGGATGTAGGATGTGGA
ATTGGTGGACCACTGAGAGAAATTGCACGATTCAGCAATTCATCTGTTACCGGGCTCAAC
AATAACGAATATCAAATCACCAGAGGCAAGGAACTAAACCGTCTTGCAGGGGTCGACAAA
ACATGCAACTTTGTCAAGGCTGACTTCATGAAGATGCCATTCCCTGAAAACACTTTTGAT
GCTGTTTATGCCATAGAGGCAACCTGCCACGCACCTGATGCATATGGATGCTACAAAGAG
ATCTTCAGAGTGCTAAAGCCCGGACAATGTTTTGCTGCCTATGAGTGGTGCATGACTGAT
GCATTTGACCCTGCTAACGCCCAGCATCAGAAAATAAAGGAGAGATAGAGATCGGAGATG
GTCTCCCTGACATTAGCTGACTTCAAATGCCTCGAAGCCTTGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F040TF U 34
AF RR3E308TF U 36
AF RR3AO44TF U 1
BS 1 101 RR3AO44TF
BS 102 102 RR3F040TF
BS 103 146 RR3AO44TF
BS 147 147 RR3F040TF
BS 148 194 RR3AO44TF
BS 195 195 RR3F040TF
BS 196 473 RR3AO44TF
BS 474 474 RR3F040TF
BS 475 491 RR3AO44TF
BS 492 492 RR3F040TF
BS 493 494 RR3AO44TF
BS 495 495 RR3F040TF
BS 496 521 RR3AO44TF
BS 522 522 RR3F040TF
BS 523 530 RR3AO44TF
BS 531 531 RR3F040TF
BS 532 824 RR3AO44TF

RD RR3F040TF 732 0 0
GGCT
GAGCTCTTCCCCACCACTCTCCGATTCGTAACCTTTATCTCCTCCGTAGCATAATGTCGA
AGTCAGGCTCTCTGGATCTCGCCTCCAACCTTGGCGGAACTATCGATAAATCCGATGTTC
TCTCCTCCGTCGAAAAGTATGAGCAATATCATGTCTTCCATGGAGGTAACGAGGAAGAGC
GAAAAGCTAACTACACTGACATGGTTAATAAATACTATGACCTTGCTACTAGCTTTTATG
AGTATGGATGGGGAGAGTCCTTCCACTTTGCACACAGATGGAAGGGAGAATCACTTCGAG
AGAGTATCAAACGTCACGAGCACTTTCTTGCTCTTCAGCTTGGCGTTAAACCTGGACAAA
AGGTGCTGGATGTAGGATGTGGAATTGGTGGACCACTGAGAGAAATTGCACGATTCAGCA
ATTCATCTGTTACCGGGCTCAACAATAACGAATATCAAATCACCAGAGGCAAGGAACTAA
ACCGTCTTGCAGGGGTCGACAAAACATGCAACTTTGTCAAGGCTGACTTCATGAAGATGC
CATTCCCTGAAAACACTTTTGATGCTGTTTATGCCATAGAGGCAACCTGCCACGCACCTG
ATGCATATGGATGCTACAAAGAGATCTTCAGAGTGCTAAAGCCCGGACAATGTTTTGCTG
CCTATGAGTGGTGCATGACTGATGCATTTGACC*TGCTA*CGCCCAGCATCAGAAA
TAAAGCAGAGAT

QA 5 720 5 720
DS 

RD RR3E308TF 722 0 0
GG
GAGCTCTTCCCCACCACTCTCCGATTCGTAACCTTTATCTCCTCCGTAGCATAATGTCGA
AGTCAGGCTCTCTGGATCTCGCCTCCAACCTTGGCGGAACTATCGATAAATCCGATGTTC
TCTCCTCCGTCGAAAAGTATGAGCAATATCATGTCTTCCATGGAGGTAACGAGGAAGAGC
GAAAAGCTAACTACACCGACATGGTTAATAAATACTATGACCTTGCTACTAGCTTTTATG
AGTATGGATGGGGAGAGTCCTTCCACTTTGCACACAGATGGAAGGGAGAATCACTTCGAG
AGAGTATCAAACGTCACGAGCACTTTCTTGCTCTTCAGCTTGGCGTTAAACCTGGACAAA
AGGTGCTGGATGTAGGATGTGGAATTGGTGGACCACTGAGAGAAATTGCACGATTCAGCA
ATTCATCTGTTACCGGGCTCAACAATAACGAATATCAAATCACCAGAGGCAAGGAACTAA
ACCGTCTTGCAGGGGTCGACAAAACATGCAACTTTGTCAAGGCTGACTTCATGAAGATGC
CATTCCCTGAAAACACTTTTGATGCTGTTTATGCCATAGAGGCAACCTGCCACGCACCTG
ATGCATATGGATGCTACAAAGAGATCTTCAGAGTGCTAAAGCCCGGACAATGTTTTGCTG
CCTATGAGTGGTGCATGACTGATGCATTTGACCCTGCTAACGCCCAGCATCAGAAA
ATAA

QA 3 718 3 718
DS 

RD RR3AO44TF 824 0 0
GGATATAAGCGAAAGCCAAGTAGTCAGGTACCTCTCTGAGCTCTTCCCCACCACTCTCCG
ATTCGTAACCTTTATCTCCTCCGTAGCATAATGTCGAAGTCTGGCTCTCTGGATCTCGCC
TCCAACCTTGGCGGAACTATCGATAAGTCCGATGTTCTCTCCTCCGTCGAAAAGTATGAG
CAATATCATGTCTTTCATGGAGGTAACGAGGAAGAGCGAAAAGCTAACTACACTGACATG
GTTAATAAATACTATGACCTTGCTACTAGCTTTTATGAGTATGGATGGGGAGAGTCCTTC
CACTTTGCACACAGATGGAAGGGAGAATCACTTCGAGAGAGTATCAAACGTCACGAGCAC
TTTCTTGCTCTTCAGCTTGGCGTTAAACCTGGACAAAAGGTGCTGGATGTAGGATGTGGA
ATTGGTGGACCACTGAGAGAAATTGCACGATTCAGCAATTCATCTGTTACCGGACTCAAC
AATAACGAATACCAGATCACCAGAGGCAAGGAACTAAACCGACTTGCAGGTGTCGACAAA
ACATGCAACTTTGTCAAGGCTGACTTCATGAAGATGCCATTCCCTGAAAACACTTTTGAT
GCTGTTTATGCCATAGAGGCAACCTGCCACGCACCTGATGCATATGGATGCTACAAAGAG
ATCTTCAGAGTGCTAAAGCCCGGACAATGTTTTGCTGCCTATGAGTGGTGCATGACTGAT
GCATTTGACCCTGCTAACGCCCAGCATCAGAAAATAAAGGAGAGATAGAGATCGGAGATG
GTCTCCCTGACATTAGCTGACTTCAAATGCCTCGAAGCCTTGAA

QA 1 824 1 824
DS 



CO CL1241Contig2 762 3 24 U
GGACGACAAAAAGAGAGTACTGAGATCTAAAATTGAAAGACATTGTGATTCCAAGATCTT
TTGTGCATGTGCACGTGACTGTGTGTGACACAAAGTGCAGCAGCACGTGACATCTTAAAA
ATCCACCCAAAACAAGTTTGGTGACAAGGTTTTCTTTTCTCAAAAAAAATAAAAAACATG
AAAAACACTGCAACAAAAGGACAAGAACTAGAAACAAACAAAAAGCAAACTGAAAAAAAA
TCTGCTCTGGCCAGCTTCACTCGACCATCTCTCATTCTGGCTTCCGAGCCAAGAAAAAGT
ACATTGGCGTGAATATCTCCCTCCTTCCACCGTCGACTAATCCTTCTGCGGCCTTCTCCA
AAAAATCTGAAACCCTTTGGCTTCCTTTAGGCGCAAGCCTTATGTACTCAAGGACCTTGA
CCATGTTTTTGGTTATGAACCGTCCAACAGCTGTTAGGCGGAAGCTACTGAGCGAAAAGT
GGTTTTTGTCCAAAGGTAAATACCATGGGACTGGCGAGTCCTCCGCCAAATCCTTTTCCC
ATATCACTTCAAAACCGGCCTGCTTCAAGGCTTCGAGGCATTTTGAAGTCAGCCTAATGT
CAGGGAGACCATCTCCGATTTCTATCTCTGCCTTTATTTTCTGATGCTGGGCGTTAGCAG
GGTCAAATGCATCAGTCATGCACCACTCATAGGCAGCAAAACATTGTCCGGGCTTTAGCA
CTCTGAAGATCTCTTTGTAGCATCCATATGCATCAGTGCGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AO44JQ U 107
AF RR3E308JQ U 1
AF RR3F040JQ U 13
BS 1 92 RR3E308JQ
BS 93 93 RR3F040JQ
BS 94 118 RR3E308JQ
BS 119 119 RR3F040JQ
BS 120 164 RR3E308JQ
BS 165 165 RR3F040JQ
BS 166 174 RR3E308JQ
BS 175 175 RR3F040JQ
BS 176 233 RR3E308JQ
BS 234 234 RR3F040JQ
BS 235 236 RR3E308JQ
BS 237 237 RR3F040JQ
BS 238 295 RR3E308JQ
BS 296 296 RR3F040JQ
BS 297 355 RR3E308JQ
BS 356 356 RR3F040JQ
BS 357 360 RR3E308JQ
BS 361 361 RR3F040JQ
BS 362 492 RR3E308JQ
BS 493 493 RR3F040JQ
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BS 529 529 RR3F040JQ
BS 530 569 RR3E308JQ
BS 570 762 RR3F040JQ

RD RR3AO44JQ 368 0 0
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AAATAAAAAACATGAAAAACACTGCAACAAAAGGACAAAAACTAAAAACAAACAAAAAGC
AAACTGAAAAAAAATCTGCTCTGGCCAGCTTCACTCGACCATCTCTCATTCTGGCTTCCG
AGCCAAAAAAAAGTACATTGGCGTGAATATCTCCCTCCTTCCACCGTCCACTAATCCTTC
TGCGGCCTTCTCCAAAAAATCTGAAACCCTTTGGCTTCCTTTAGGCGCAAGCCTTATGTA
CTCAAGGACCTTGACCATGTTTTTAGTTATGAACCGTCCAACAGCTGTTAGGCGGAAGCC
ACTGAGCG

QA 1 368 1 368
DS 

RD RR3E308JQ 569 0 0
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TTGTGCATGTGCACGTGACTGTGTGTGACACAGAGTGCAGCAGCACGTGACATCTTAAGA
ATCCACCCAAAACAAGTTTGGTGACAAGGTTTTCTTTTCTCAAAGAAAATAAAAGACATG
AAAAACACTGCAACAAAAGGACAAGAACTAGAAACAAACAAAAAGCAAACTGAGAAGAAA
TCTGCTCTGGCCAGCTTCACTCGACCATCTCTCATTCTGGCTTCCGAGCCAAGAAGAAGT
ACATTGGCGTGAATATCTCCCTCCTTCCACCGTCGACTAATCCTTCTGCGGCCTTATCCA
GAAAATCTGAAACCCTTTGGCTTCCTTTAGGCGCAAGCCTTATGTACTCAAGGACCTTGA
CCATGTTTTTGGTTATGAACCGTCCAACAGCTGTTAGGCGGAAGCTACTGAGCGAAAAGT
GGTTTTTGTCCAGAGGTAAATACCATGGGACTGGCGAGTCCTCCGCCAGATCCTTTTCCC
ATATCACTTCAAAACCGGCCTGCTTCAAG

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3F040JQ 750 0 0
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ACGTGACTGTGTGTGACACAAAGTGCAGCAGCACGTGACATCTTAAAAATCCACCCAAAA
CAAGTTTGGTGACAAGGTTTTCTTTTCTCAAAAAAAATAAAAAACATGAAAAACACTGCA
ACAAAAGGACAAGAACTAGAAACAAACAAAAAGCAAACTGAAAAAAAATCTGCTCTGGCC
AGCTTCACTCGACCATCTCTCATTCTGGCTTCCGAGCCAAGAAAAAGTACATTGGCGTGA
ATATCTCCCTCCTTCCACCGTCGACTAATCCTTCTGCGGCCTTCTCCAAAAAATCTGAAA
CCCTTTGGCTTCCTTTAGGCGCAAGCCTTATGTACTCAAGGACCTTGACCATGTTTTTGG
TTATGAACCGTCCAACAGCTGTTAGGCGGAAGCTACTGAGCGAAAAGTGGTTTTTGTCCA
AAGGTAAATACCATGGGACTGGCGAGTCCTCCGCCAAATCCTTTTCCCATATCACTTCAA
AACCGGCCTGCTTCAAGGCTTCGAGGCATTTTGAAGTCAGCCTAATGTCAGGGAGACCAT
CTCCGATTTCTATCTCTGCCTTTATTTTCTGATGCTGGGCGTTAGCAGGGTCAAATGCAT
CAGTCATGCACCACTCATAGGCAGCAAAACATTGTCCGGGCTTTAGCACTCTGAAGATCT
CTTTGTAGCATCCATATGCATCAGTGCGTG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 2 6

CO CL1242Contig1 406 2 1 U
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ATAGGCATGCCTTGTGTAGTCATGAGAAGCAGTTTGACTGCAAGGGGTGAGTTTCCATCA
GCAAAAGGTGTAATGGATGGTTTTGGAGGTGCAGACTTGACCATTCAAAAACTTAGGCAC
AAGATCAAGCCTTGAAGAAATAATTTCAAGAAAGCCGTCTCAGAGTGTGTTTGTTTATTT
CTGGTGAAGTTTTCAGGTTGATGATATTTTATCTATTGCTACATGCTGTAACATATTTGA
TTCTTTGTAATGTACTTTTTGATTAGTTTTCTCAAAAACTAATGTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CL48JQ C 1
AF RR3CL48TF U 1
BS 1 406 RR3CL48TF

RD RR3CL48JQ 406 0 0
GCTCATCTGAGAGATTGGAGAAAATTGTGGTTGCGTGCTGCTGCAGAGTATACTGGGTTA
CCTGTTAGAAACTGTGTACTTGTTGCTGGTAGTCAATCTGGAGTTTCTGCTGCAAAGATG
ATAGGCATGCCTTGTGTAGTCATGAGAAGCAGTTTGACTGCAAGGGGTGAGTTTCCATCA
GCAAAAGGTGTAATGGATGGTTTTGGAGGTGCAGACTTGACCATTCAAAAACTTAGGCAC
AAGATCAAGCCTTGAAGAAATAATTTCAAGAAAGCCGTCTCAGAGTGTGTTTGTTTATTT
CTGGTGAAGTTTTCAGGTTGATGATATTTTATCTATTGCTACATGCTGTAACATATTTGA
TTCTTTGTAATGTACTTTTTGATTAGTTTTCTCAAAAACTAATGTC

QA 1 406 1 406
DS 

RD RR3CL48TF 406 0 0
GCTCATCTGAGAGATTGGAGAAAATTGTGGTTGCGTGCTGCTGCAGAGTATACTGGGTTA
CCTGTTAGAAACTGTGTACTTGTTGCTGGTAGTCAATCTGGAGTTTCTGCTGCAAAGATG
ATAGGCATGCCTTGTGTAGTCATGAGAAGCAGTTTGACTGCAAGGGGTGAGTTTCCATCA
GCAAAAGGTGTAATGGATGGTTTTGGAGGTGCAGACTTGACCATTCAAAAACTTAGGCAC
AAGATCAAGCCTTGAAGAAATAATTTCAAGAAAGCCGTCTCAGAGTGTGTTTGTTTATTT
CTGGTGAAGTTTTCAGGTTGATGATATTTTATCTATTGCTACATGCTGTAACATATTTGA
TTCTTTGTAATGTACTTTTTGATTAGTTTTCTCAAAAACTAATGTC

QA 1 406 1 406
DS 



CO CL1242Contig2 1309 4 23 U
GGAGAAAACACAGAGAGAAGAAGAAGGTAGCCATGGATTTCGCTTCTTGTTCGATCCTTA
AAAACCTCCAGCTTTCTTCTTGCACAAAGTCTCATCCTTCCACGACTAACCTGTGGTCAC
ACGACACTGGAAGAAGACGACGAAGTTCCCTGGCTTTTCTTGATTGCCCAGAAAGATCCC
AGATTCTCGGAAAATGCCTGCGATTGCCGAGACAGAGTTCCTCCACGCGCTGCTTATCAA
CGAGCCGTGAAGATGCAAACCCATCTGAAGAACTCGCCGTGATACTTGAGGTTGATGGGG
TAATGATTGATACATGGTCTAGTAATCGCCAGGCTTTCAATGTAGCTTTTAAAAAGCTTG
GGCTTGACTGTGCTAATTGGCCTGAACCAGTTTATGCCGACCTGTTGAGAAAAGGTGCTG
CTGATGAAGAGAAAATGTTGGTTTTGTATTTCAACCAGATTGGATGGCCTTCCTCCTTGC
CAACCAATGAGAAAGGGACTTTTGTAAAAAGTGTATTGCGAGAAAAGAAAAATGCCATGG
ATGAGTTTCTGATGTCGAAAAGCTTACCTCTCAGATCTGGAGTCCAAGAGTTTATCGATA
ATGCATACACTGAGAAAGTACCCGTTGCTATCGTAACAGCCTACTTCAAGAGTGGAGACA
AAGTAGCCTTATCCATTGTGGAGATGCTTGGCGAAGAAAGACTTCCCAATGTGAAGGTTA
TTGGAGACAGTGAGGTGGAACAGAGTATGTATGGACAACTTGTTCTTGGCAAAGGAGTTT
CTTCAAGTGTAGAGGACCAACTAGTCAAGGAAGTCAAAAAAGCAGCATCCGCTGAGAAAC
AGAGGATAGCTGAAGAAGTTGCATCGATGCTAAAGCTTAGTGTGGACATTGACACAAGCT
CATTTGAGAGATTGGAGAAAATTGTGGTCGCATTGCGTGCTGCTGCAGAGTATACTGGAT
TACCCGTTAGAAACTGTGTACTTGTTGCTGGTAGTCAATCTGGAGTTTCTGCTGCAAAGA
TGATAGGCATGCCTTGTGTAGTCATGAGAAGCAGTTTAACTGCAAGAGGTGAGTTTCCAT
CAGCAAAAGGTGTAATGGATGGATTTGGAGGTGCAGACTTGACCATTCAAAAACTTAGGC
ACAAGATCAAGCCTTGAAGAAACAATTTCAAGAAAGCCGTCTCAGAGTGTGTTTGTTTAT
TTCTGGTGAAGTTTTCAGGTTGATGATATTTTATCTGTTGCTACATGCTGTAACATATTT
GATTCTTTGTAATGTACTTTTTTGACTAGTTTTCTCAAAAACTAATGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G158TF U 1
AF RR3H183TF U 28
AF RR3G158JQ C 570
AF RR3H183JQ C 671
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BS 101 239 RR3G158TF
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BS 792 800 RR3G158JQ
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BS 865 865 RR3H183JQ
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BS 929 929 RR3H183JQ
BS 930 971 RR3G158JQ
BS 972 972 RR3H183JQ
BS 973 1309 RR3G158JQ

RD RR3G158TF 714 0 0
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AAAACCTCCAGCTTTCTTCTTGCACAAAGTCTCATCCTTTCACGACTAACCTGTGGTCAC
ACGACACTGGAAGAAGACGACGAAGTTCCCTGGCTTTTCTTGATTGCCCAGAAAGATCCC
AGATTCTCGGAAAATGCCTGCGATTGCCGAGACAGAGTTCCTCCACGCGCTGCTTATCAG
CGAGCCGTGAAGATGCAAACCCATCTGAAGAACTCGCCGTGATACTTGAGGTTGATGGGG
TAATGATTGATACATGGTCTAGTAATCGCCAGGCTTTCAATGTAGCTTTTAAAAAGCTTG
GGCTTGACTGTGCTAATTGGCCTGAACCAGTTTATGCCGACCTGTTGAGAAAAGGTGCTG
CTGATGAAGAGAAAATGTTGGTTTTGTATTTCAACCAGATTGGATGGCCTTCCTCCTTGC
CAACCAATGAGAAAGGGACTTTTGTAAAAAGTGTATTGCGAGAAAAGAAAAATGCCATGG
ATGAGTTTCTGATGTCGAAAAGCTTACCTCTCAGATCTGGAGTCCAAGAGTTTATCGATA
ATGCATACACTGAGAAAGTACCCGTTGCTATCGTAACAGCCTACTTCAAGAGTGGAGACA
AAGTAGCCTTATCCATTGTGGAGATGCTTGGCGAAGAA*GACTTCCCAATGTGA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3H183TF 764 0 0
G
AGCCATGGATTTCGCTTCTTGTTCGATCCTTAAAAACCTCCAGCTTTCTTCTTGCACAAA
GTCTCATCCTTCCACGACTAACCTGTGGTCACACGACACTGGAAGAAGACGACGAAGTTC
CTTGGCTTTTCTTGATTGCCCAGAAAGATCCCAGATTCTCGGAAAATGCCTGCGATTGCC
GAGACAGAGTTCCTCCACGCGCTGCTTATCAACGAGCCGTGAAGATGCAAACCCATCTGA
AGAACTCGCCGTGATACTTGAGGTTGATGGGGTAATGATTGATACATGGTCTAGTAATCG
CCAGGCTTTCAATGTAGCTTTTAAAAAGCTTGGGCTTGACTGTGCTAATTGGCCTGAACC
AGTTTATGTCGACCTGTTGAGAAAAGGTGCTGCTGATGAAGAGAAAATGTTGGTTTTGTA
TTTCAACCAGATTGGATGGCCTTCCTCCTTGCCAACCAATGAGAAAGGGACTTTTGTAAA
AAGTGTATTGCGAGAAAAGAAAAATGCCATGGATGAGTTTCTGATGTCGAAAAGCTTACC
TCTCAGATCTGGAGTCCAAGAGTTTATCGATAATGCATACACTGAGAAAGTACCCGTTGC
TATCGTAACAGCCTACTTCAAGAGTGGAGACAAAGTAGCCTTATCCATTGTGGAGATGCT
TGGCGAAGAAAGACTTCCCAATGTGAAG*TTATTGGAGACAGTGAG*TGGAACAGAGTAT
GTATGGACAACTTGTTCTTGGCAAAG*AGTTTCTTCAAGTGTA

QA 2 764 2 764
DS 

RD RR3G158JQ 740 0 0
CTCAGATCTGGAGTCCAAGAGTTTATCGATAATGCATACACTGAGAAAGTACCCGTTGCT
ATCGTAACAGCCTACTTCAAGAGTGGAGACAAAGTAGCCTTATCCATTGTGGAGATGCTT
GGCGAAGAAAGACTTCCCAATGTGAAGGTTATTGGAGACAGTGAGGTGGAACAGAGTATG
TATGGACAACTTGTTCTTGGCAAAGGAGTTTCTTCAAGTGTAGAGGACCAATTAGTCAAG
GAAGTCAAAAAAGCAGCATCCGCTGAGAAACAGAGGATAGCTGAAGAAGTTGCATTGATG
CTAAAGCTTAGTGTGGACATTGACACAAGCTCATTTGAGAGATTGGAGAAAATTGTGGTT
GCATTGCGTGCTGCTGCAGAGTATACTGGATTACCCGTTAGAGACTGTGTACTTGTTGCT
GGTAGTCAATCTGGAGTTTCTGCTGCAAAGATGATAGGCATGCCTTGTGTAGTCATGAGA
AGCAGTTTAACTGCAAGAGGTGAGTTTCCATCAGCAAAAGGTGTAATGGATGGATTTGGA
GGTGCAGACTTGACCATTCAAAAACTTAGGCACAAGATCAAGCCTTGAAGAAACAATTTC
AAGAAAGCCGTCTCAGAGTGTGTTTGTTTATTTCTGGTGAAGTTTTCAGGTTGATGATAT
TTTATCTGTTGCTACATGCTGTAACATATTTGATTCTTTGTAATGTACTTTTTTGACTAG
TTTTCTCAAAAACTAATGTC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3H183JQ 626 0 0
ATCCATTGTGGAGATGCTTGGCGAAGAAAGACTTCCCAATGTGAAGGTTATTGGAGACAG
TGAGGTGGAACAGAGTATGTATGGACAACTTGTTCTTGGCAAAGGAGTTTCTTCAAGTGT
AGAGGACCAACTAGTCAAGGAAGTCAAAAAAGCAGCATCCGCTGAGAAACAGAGGATAGC
TGAAGAAGTTGCATCGATGCTAAAGCTTAGTGTGGACATTGACACAAGCTCATTTGAGAG
ATTGGAGAAAATTTTGGTCGCATTGCGTGCTGCTGCAGAGTATACTGGATTACCCGTTAG
AAACTGTGTACTTGTTGCTGGTAGTCAATCTGGAGTTTTTGCTGCAAAGATGATAGGCAT
GCCTTGTGTAGTCATGAGAAGCAGTTTAACTGCAAGAGGTGAGTTTCCATCAGCAAAAGG
TGTAATGGATGGATTTGGAGGTGCAGACTTGACCATTCAAAAACTTAGGCACAAGATCAA
GCCTTGAAGAAACAATTTCAAGAAAGCCGTTTCAGAGTGTGTTTGTTTATTTCTGGTGAA
GTTTTCAGGTTGATGATATTTTATCTGTTGCTACATGCTGTAACATATTTGATTCTTTGT
AATGTACTTTTTTGATTAGTTTTCTC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 5

CO CL1243Contig1 940 5 6 U
CAAAGGTCCAAAATGATTTTAATAACTAATAGAATTCAAGTAACAAGAGAAACACAAAAG
GTTATTTTCAGTAAATCTACAAGAGTACAAACAAGGTCACAGACATACATCATCTTACTG
GAAACGAACAGATGGGTTTATTGCGATACAAGTGGTATCAATCGAATTCGAGAAATGCGA
GAAGGGGATATTTACCGCTGGTTAAGGTCCGTGACAAGAATGATTCAACTTGAAAGTGAA
GTTGGAGCAGTGTTCCCTCTGTTGAAGCATTTCGGACAGAACAGTAGTGATATAACACTT
CTTCAGGCCCGTACCAAGAATAGTTCAACTTGAAAGTGAACTTGGGGCGGTGTTCCTCTG
TTGCAGCATTTTGGATAGAGCAGTATCAATCTGGGTAAACACTTCCTCCTTCGAACGGTT
TCCCTTTATCTTAATAGTTATATCATCGTACATGGAAAGCACATCGCTCACATTTTGGTT
ATGTGTCTTCAACCGCAGCTTTGCCTTCTCTTCGGTATCATCAAAACGTTGGGTGAGTCT
AGCAGCGATCTCTTCCGTCTCTGGAGGAGAATACTTCAAGTGGTAGATCTTTCCCGTGAC
AGGATCCAGTCTACGCCCAACAACTCTTTCAATCAGAATATCTTCAGGAACTTCGAGGAC
AATGAACAGATCAGGCTGGAACCCAAACCCCTTGAGAGCAGTTGCCTGGGACGAGCTTCT
AGGATAACCATCTAAAAGCCATCCGTTCTGCTCAGAATCCGTCTGTGACAAACGGTCTTT
GACCATCATTACAACGATTTCATCAGGTACCAACTGTCCTTTCTCCATATATTCTTTAGC
CAGCTTCCCATTTTCACTACCAGAAGCGATTTCAGCTCTCAGCAAGTCTCCCGCAGAGAT
ATGCACCAAACCATATTTCTGAGTGATGAGCTCGCATTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E774JQ U 26
AF RR3E879JQ U 1
AF RR3AV62JQ U 48
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TACAAACAAGGTCACAGACATACATCATCTTACTGGAAACGAACAGATGGGTTTATTGCG
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TTCTCTT

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR3E879JQ 638 0 0
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GTTATTTTCAGTAAATCTACAAGAGTACAAACAAGGTCACAGACATACATCATCTTACTG
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GAAGGGGATATTTACCGCTGGTTAAGGTCCGTGACAAGAATGATTCAACTTGAAAGTGAA
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AGCAGCGATCTCTTCCGTCTCTGGAGGAGAATACTTCAAGTGGTAGATCTTTCCCGTGAC
AGGATCCAGTCTACGCCCAACAACTCTTTCAATCAGAA

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DS 

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G
GAAACACAAAAGGTTATTTTCAGTAAATCTACAAGAGTACAAACAAGGTCACAGACATAC
ATCATCTTACTGGAAACGAACAGATGGGTTTATTGCGATACAAGTGGTATCAATCGAATT
CGAGAAATGCGAGAAGGGGATATTTACCGCTGGTTAAGGTCCGTGACAAGAATGATTCAA
CTTGAAAGTGAAGTTGGAGCAGTGTTCCCTCTGTTGAAGCATTTCGGACAGAACAGTAGT
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GGTGTTCCTCTGTTGCAGCATTTTGGATAGAGCAGTATCAATCTGGGTAAACACTTCCTC
CTTCGAACGGTTTCCCTTTATCTTAATAGTTATATCATCGTACATGGAAAGCACATCCCT
CACATTTTGGTTATGTGTCTTCAACCGCAGCTTTGCCTTCTCTTCGGTATCATCAAAACG
TTGGGTGAGTCTAGCAGCGATCTCTTCCGTCTCTGGAGGAGAATACTTCAAGTGGTAAAT
CTTTCCCGTGACAGGATCCAGTCTACGCCCAACAACTCTTTCAATCAGAATATCTT

QA 2 597 2 597
DS 

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GCATTTCGGACAGAACAGTAGTGATATAACACTTCTTCAGGCCCGTACCAAGAATAGTTC
AACTTGAAAGTGAACTTGGGGCGGTGTTCCTCTGTTGCAGCATTTTGGATAGAGCAGTAT
CAATCTGGGTAAACACTTCCTCCTTCGAACGGTTTCCCTTTATCTTAATAGTTATATCAT
CGTACATGGAAAGCACATCGCTCACATTTTGGTTATGTGTCTTCAACCGCAGCTTTGCCT
TCTCTTCGGTATCATCAAAACGTTGGGTGAGTCTAGCAGCGATCTCTTCCGTCTCTGGAG
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ACCCCTTGAGAGCA*TTGCCTGGGACGAGCTTCTAGGATAACCATCTAAAAGCCATCCGT
TCTGCTCAGAATCCGTCTGTGACAAACGGTCTTTGACCATCATTACAACGATTTCATCAG
GTACCAACTGTCCTTTCTCCATATATTCTTTAGCCAGCTTCCCATTTTCACTACCAGAAG
CGATTTCAGCTCTCAGCAAGTCTCCCGCAGAGATATGC

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TAACCATCTAAAAGCCATCCGTTCTGCTCAGAATCCGTCTGTGACAAACGGTCTTTGACC
ATCATTACAACGATTTCATCAG**ACCAACTGTCCTTTCTC*ATATATTCTTTAGCCAGC
TTCCCATTTTCACTACCAGAAGCGATTTCAGCTCTCAGCAAGTCTCCCGCAGAGATATGC
ACCAAACCATATTTCTGAGTGATGAGCTCGCATTGC

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 5

CO CL1244Contig1 952 5 5 U
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TCTATGTGAAAGGCTCGGGATCTTGAAATGTCGGAGTAAAAGCGCGACGTGCTGTTCATT
GAGTCAAGAACCGAAGTACAAAAGCTTGAGTAGGAGGAATCTTGTTTACGTTTTGGTTTC
TACACCGTGTTTGTTTGCAACGTTACCTTCGTCTGCAAAGACTAAATCAAAGAGCCCTTA
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ATTATCCCTCCAGAACTGGGACCTCCGGTGGGGCCTTCGACATTCTTCAGCTCGAAGCAG
TTTGAAGTTTTTGACGTGGAGCTGGTTAGTATCCAGAGCTGTGAGAGGAGGACAATAGGA
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TTGACCTTTTCATAAACATGGTTATTGCCTGGTTGAATCACATTTTAAGTTA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH37TF U 2
AF RR3AU49TF U 1
AF RR3CF53TF U 51
AF RR3CF53JQ C 197
AF RR3AU49JQ C 302
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GG
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CCTAAAGATGGTCAGCAGGTGACTTTTCATTATATTGGATACAATGAGTCGGGAAGAAGA
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ATCCCTCCAGAACTGGGACCTCCGGTGGGGCCTTCGACATTCTTCAGCTCGAAGCAGTTT
GAAGTTTTTGACGTGGAGCTGGTTAGTATCCAGAGCTGTGAGA

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR3AU49TF 830 0 0
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TCTATGTGAAAGGCTCGGGATCTTGAAATGTCGGAGTAAAAGCGCGACGTGCTGTTCATT
GAGTCAAGAACCGAAGTACAAAAGCTTGAGTAGGAGGAATCTTGTTTACGTTTTGGTTTC
TACACCGTGTTTGTTTGCAACGTTACCTTCGTCTGCAAAGACTAAATCAAAGAGCCCTTA
TGACGAGCGGAGGTTACTAGAACAGAACAAGAGGATACAGAGAGAGAACAATGCTCCTGA
TGAGTTTCCCAACTTTGTTAGAGAAG*****GTTTTGAGGTTAAGGTAGTAGCTTCGGAT
AATTACATAAAGGCTGATTCAGGTCTTATATATCGAGATTTCGATGTTGGTCAAGGTGAT
TCCCCTAAAGATGGTCAGCAGGTGACTTTTCATTATATTGGATACAATGAGTCGGGAAGA
AGAATAGACAGTACTTACATACAAGGATCTCCTGCTAAGATCCGCATGGGAACTAATGCA
CTTGTTCCAGGATTTGAGATGGGCATTCGTGACATGAAGCCTGGTGGACGAAGGAGGATC
ATTATCCCTCCAGAACTGGGACCTCCGGTGGGGCCTTCGACATTCTTCAGCTCGAAGCAG
TTTGAAGTTTTTGACGTGGAGCTGGTTAGTATCCAGAGCTGTGAGAGGAGGACAATAGGA
TTCTACTCAGATGTCACTTGCAGTTAACTACCTGAGTGATGTTATTCTATTATCATCACT
CAGTAAGCTTCATGGAATCCGTACTCTTGGTTGTTCTCTGAAACTTACAA

QA 1 830 1 830
DS 

RD RR3CF53TF 732 0 0
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GAAAGGCTCGGGATCTTGAAATGTCGGAGTAAAAGCGCGACGTGCTGTTCATTGAGTCAA
GAACCGAAGTACAAAAGCTTGAGTAGGAGGAATCTTGTTTACGTTTTGGTTTCTACACCG
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CGGAGGTTACTAGAACAGAACAAGAGGATACAGAGAGAGAACAATGCTCCTGATGAGTTT
CCCAACTTTGTTAGAGAAGTGCAGGTTTTGAGGTTAAGGTAGTAGCTTCGGATAATTACA
TAAAGGCTGATTCAGGTCTTATATATCGAGATTTCGATGTTGGTCGAGGTGATTCCCCTA
AAGATGGTCAGCAGGTGACTTTTCATTATATTGGATACAATGAGTCGGGAAGAAGAATAG
ACAGTACTTACATACAAGGATCTCCTGCTAAGATCCGCATGGGAACTAATGCACTTGTTC
CAGGATTTGAGATGGGCATTCGTGACATGAAGCCTGGTGGACGAAGGAGGATCATTATCC
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TTTT*GACGTGGAGCTGGTTAGTATCCAGAGCTGTGAGAG*AGGACAATAG*ATTCTACT
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QA 18 732 18 732
DS 

RD RR3CF53JQ 743 0 0
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CTAGAACAGAACAAGAGGATACAGAGAGAGAACAATGCTCCTGATGAGTTTCCCAACTTT
GTTAGAGAAGTGCAGGTTTTGAGGTTAAGGTAGTAGCTTCGGATAATTACATAAAGGCTG
ATTCAGGTCTTATATATCGAGATTTCGATGTTGGTCGAGGTGATTCCCCTAAAGATGGTC
AGCAGGTGACTTTTCATTATATTGGATACAATGAGTCGGGAAGAAGAATAGACAGTACTT
ACATACAAGGATCTCCTGCTAAGATCCGCATGGGAACTAATGCACTTGTTCCAGGATTTG
AGATGGGCATTCGTGACATGAAGCCTGGTGGACGAAGGAGGATCATTATCCCTCCAGAAC
TGGGACCTCCGGTGGGGCCTTCGACATTCTTCAGCTCGAAGCAGTTTGAAGTTTTTGACG
TGGAGCTGGTTAGTATCCAGAGCTGTGAGAGGAGGACAATAGGATTCTACTCAGATGTCA
CTTGCAGTTAACTACCTGAGTGATGTTATTCTATTATCATCACTCAGTAAGCTTCATGGA
ATCCGTACTCTTGGTTGTTCTCTGAAACTTACAAAAATAATGCTTAGGCTTTTATCTTGT
GTGGTTTCATGTTGCATAGAGGGTAGCAAGATCATGTAAAGTCCTTGACCTTTTCATAAA
CATGGTTATTGCCTGGTTGAATC

QA 1 743 1 743
DS 

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GAGTTTCCCAACTTTGTTAGAGAAG*****GTTTTGAGGTTAAGGTAGTAGCTTCGGATA
ATTACATAAAGGCTGATTCAGGTCTTATATATCGAGATTTCGATGTTGGTCAAGGTGATT
CCCCTAAAGATGGTCAGCAGGTGACTTTTCATTATATTGGATACAATGAGTCGGGAAGAA
GAATAGACAGTACTTACATACAAGGATCTCCTGCTAAGATCCGCATGGGAACTAATGCAC
TTGTTCCAGGATTTGAGATGGGCATTCGTGACATGAAGCCTGGTGGACGAAGGAGGATCA
TTATCCCTCCAGAACTGGGACCTCCGGTGGGGCCTTGGACATTCTTCAGCTCGAAGCAGT
TTGAAGTTTTTGACGTGGAGCTGGTTAGTATCCAGAGCTGTGAGAGGAGGACAATAGGAT
TCTACTCAGATGTCACTTGCAGTTAACTACCTGAGTGATGTTATTCTATTATCATCACTC
AGTAAGCTTCATGGAATCCGTACTCTTGGTTGTTTTCTGAAACTTACAAAAATAATGCTT
AGGCTTTTATCTTGTGTGGTTTCATGTTGCATAGAGGGTAGCAAGATCATGTAAAGTCCT
TGACCTTTTCATAAACATGGTTATTGCCTGGTTGAATCACATTTTAAGTTA

QA 1 651 1 651
DS 



AS 2 5

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GGGAGAAACTCAATCAGTCACTGTTAGGTCAAATCTCGATCCCCAAATCCACAGAGCCCC
CATGGCGAAGTTCGGCGAAGGCGACAAGCGATGGATCGTCGAAGACCGTCCCGACGGCAC
CAACGTCCACAACTGGCACTGGGCCGAGACCAACTGCCTCGAGTGGTCTCGCACCTTCTT
CAACAACCAATTCTCCAACGCCGCCGTCATCTCCGGCGAATCCAACCTCTTCGTCAAAAT
CAACAAGGTGGAGAAGCTCGAGGGCGAGGCGTACGTGAACGTGCGCAAGGGGAAGATCAT
CCCCGGCTACGAGCTCAACGTCTCGCTTTCCTGGGAAGGCGAGGCCAAGGATTCCGAAGG
GAAGACGATCTTGAAGGCCGAGGGGGCGGTTGATATGCCGTACATCTCCGATGAGAATGC
GGATGAGGATCCCGAGATTAGGGTTTCGGTGAAGGATGAGGGGGCGATTGGGAAGACGTT
GAAGGAGGCGATGATGACGAAAGGGAAGGTGACTGTTCAGGAGAAGGTTAGGGCTTACGT
GGAGGCGATGGCGAGAGGAGGTCCTTGTAGGGATGAGTTGGAGCCTAAGAAGGCGGCTCC
CAAGTCTTCTGCGGCGCCGGCGGCAGTGGAGAAGACTAGTGCTTTACCTGCTGTGGTGGT
GGAGAGTAAGGTTGTGAAGGAGAAGAAGAAAGTGAAGACGAAGGAAGGGTTCAAGACGAT
TACTATGACTGAGAAGTTTAGTTGCAGAGCTAAGGATCTGTATGAGATTCTGATGGATGA
GAATCGTTGGAAGGGGTTCACGCAGAGCAATGCTAAGATCAGTAAAGATGTGAACGGTGA
GATTAGTTTTTTTGACGGGTCGGTTACTGGGACGAATGTGGAACTTGAAGAAGGGAAGTT
GATTGTTCAGAAGTGGAGGTTTGGGAGCTGGCCTGATGGTCTTGATTCAACGGTGAAGAT
CGCTTTCGAGGAACCTGAAGCTGGAGTCACCATTGTCAATCTCACTCATACTGACGTTCC
TGAAGAAGACAGATACGGGAATGCGACTGTGGTGGAAAACACGGAGAGAGGATGGAGAGA
CCTCATCTTCCATAGGATCCGTGCCGTTTTCGGGTTTGGAATGTGATTTGTGATTTTGCT
TAATCAAATAACAAAATCAGCATTGCTTTATCCACAAGTTTGATTGTGATTTCAATTCAA
AACAAAAAGGACTTATAAACAGTGCAGAAGAGTGTATGGATTTTTAATTTTAGTCTATGC
ATTTTCCATGAACTCTTTGGTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG31TF U 1
AF RR3D333TF U 320
AF RR3D333JQ C 774
BS 1 345 RR3AG31TF
BS 346 346 RR3D333TF
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BS 380 477 RR3AG31TF
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BS 495 599 RR3AG31TF
BS 600 600 RR3D333TF
BS 601 653 RR3AG31TF
BS 654 882 RR3D333TF
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RD RR3AG31TF 653 0 0
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CATGGCGAAGTTCGGCGAAGGCGACAAGCGATGGATCGTCGAAGACCGTCCCGACGGCAC
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CAACAACCAATTCTCCAACGCCGCCGTCATCTCCGGCGAATCCAACCTCTTCGTCAAAAT
CAACAAGGTGGAGAAGCTCGAGGGCGAGGCGTACGTGAACGTGCGCAAGGGGAAGATCAT
CCCCGGCTACGAGCTCAACGTCTCGCTTTCCTGGGAAGGCGAGGCGAAGGATTCGGAAGG
GAAGACGATCTTGAAGGCGGAGGGGGCGGTTGATATGCCGTACATCTCCGATGAGAATGC
GGATGAGGATCCCGAGATTAGGGTTTCGGTGAAGGATGAGGGGGCGATTGGGAAGACTTT
GAAGGAGGCGATGGTGACGAAAGGGAAGGTGACTGTTCAGGAGAAGGTTAGGGCTTACGT
GGAGGCGATGGCGAGAGGAGGTCCTTGTAGGGATGAGTTGGAGCCTAAGAAGGCGGCTCT
CAAGTCTTCTGCGGCGCCGGCGGCAGTGGAGAAGACTAGTGCTTTACCTGCTG

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3D333TF 567 0 0
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GAGGGGGCGGTTGATATGCCGTACGTCTCCGATGAGAATGCGGATGAGGATCCCGAGATT
AGGGTTTCGGTGAAGGATGAGGGGGCGATTGGGAAGACGTTGAAGGAGGCGATGATGACG
AAGGGGAAGGTGATTGTTCAGGAGAAGGTTAGGGCTTACGTGGAGGCGATGGCGAGAGGA
GGTCCTTGTAGGGATGAGTTGGAGTCTAAGAAGGCGGCTCCCAAGTCTTCTGCGGCGCCG
GCGGCAGTGGAGAAGACTAGTGTTTTGCCTGCTGTGGTGGTGGAGAGTAAGGTTGTGAAG
GAGAAGAAGAAAGTGAAGACGAAGGAAGGGTTCAAGACGATTACTATGACTGAGAAGTTT
AGTTGCAGAGCTAAGGATCTGTATGAGATTCTGATGGATGAGAATCGTTGGAAGGGGTTC
ACGCAGAGCAATGCTAAGATCAGTAAAGATGTGAACGGTGAGATTAGTTTTTTTGACGGG
TCGGTTACTGGGACGAATGTGGA
ACTT

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3D333JQ 511 0 0
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ACGGTGAGATTAGTTTTTTTGACGGGTCGGTTACTGGGACGAATGTGGAACTTGAAGAAG
GGAAGTTGATTGTTCAGAAGTGGAGGTTTGGGAGCTGGCCTGATGGTCTTGATTCAACGG
TGAAGATCGCTTTCGAGGAACCTGAAGCTGGAGTCACCATTGTCAATCTCACTCATACTG
ACGTTCCTGAAGAAGACAGATACGGGAATGCGACTGTGGTGGAAAACACGGAGAGAGGAT
GGAGAGACCTCATCTTCCATAGGATCCGTGCCGTTTTCGGGTTTGGAATGTGATTTGTGA
TTTTGCTTAATCAAATAACAAAATCAGCATTGCTTTATCCACAAGTTTGATTGTGATTTC
AATTCAAAACAAAAAGGACTTATAAACAGTGCAGAAGAGTGTATGGATTTTTAATTTTAG
TCTATGCATTTTCCATGAACTCTTTGGTCTT

QA 1 511 1 511
DS 



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CGTGGAGGCGATGGCGAGAGGAGGTCCTTGTAGGGATGAGTTGGAGTCTAAGAAGGCGGC
TCCCAAGTCTGCAGCGCCGGCTGCTGCTGTGGAGAAGACTAGTGCTTTGCCTGCTGTGGT
GGTGGAAAGTAAGGTTGTGAAGGAGAAGAAGAAGGTGAAGACGAAGGAAGGGTTCAAGAC
GATTACTATGACTGAGAAGTTTAGTTGCAGAGCTAAGGATTTGTACGAGATTCTGATGGA
TGAGAATCGTTGGAAGGGGTTCACGTAGAGTAATGCTAAGATTAGTAAAGATGTGAACGG
TGCGATTAGTTTTTTCGACGGGTCGGTTACTGGGACGAATGTGGAGCTTGAAGAAGGGAA
GTTGATTGTCCAGAAGTGGAGGTTTGGAAGCTGGCCTGATGGTCTTGATTCAACGGTGAA
TATCACTTTCGAGGAACCTGAACCTGGAGTCACCGTTGTCAATCTTACTCACACTGACGT
TCCTGAAGAAGACAGATACGGGAATGCGACTGTGGTGGAAAACACGGAGAGAGGATGGAG
AGACCTCATCTTCCATAGGATCCGTGCCGTTTTCGGGTTTGGAATGTGATTTGTGATTTT
GCTTAATCAAATAACAAAATCAGCATTGCTTTATCTACAAGTTTGATTGTGATTTCAATT
CAAAACAAAAAGGACTTATAAACAGTGCAGAAGAGTGTATGGATTTTTAATTTTAGTCTA
TGCATTTTCCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H666TF U 1
AF RR3H666JQ C 92
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TGCGATTAGTTTTTTCGACGGGTCGGTTACTGGGACGAATGTGGAGCTTGAAGAAGGGAA
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TATCACTTTCGAGGAACCTGAACCTGGAGTCACCGTTGTCAATCTTACTCACACTGACGT
TCCTGAAGAAGACAGATACGGGAATGCGACTGTGGTGGAAAACACGGAGAGAGGATGGAG
AGACCTCATCTTCCATAGGATCCGTGCCGTTTTCGGGTTTGGAATGTGATTTGTGATTTT
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TTCAAACAAAAGAC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3H666JQ 702 0 0
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AATGCTAAGATTAGTAAAGATGTGAACGGTGCGATTAGTTTTTTCGACGGGTCGGTTACT
GGGACGAATGTGGAGCTTGAAGAAGGGAAGTTGATTGTCCAGAAGTGGAGGTTTGGAAGC
TGGCCTGATGGTCTTGATTCAACGGTGAATATCACTTTCGAGGAACCTGAACCTGGAGTC
ACCGTTGTCAATCTTACTCACACTGACGTTCCTGAAGAAGACAGATACGGGAATGCGACT
GTGGTGGAAAACACGGAGAGAGGATGGAGAGACCTCATCTTCCATAGGATCCGTGCCGTT
TTCGGGTTTGGAATGTGATTTGTGATTTTGCTTAATCAAATAACAAAATCAGCATTGCTT
TATCTACAAGTTTGATTGTGATTTCAATTCAAAACAAAAAGGACTTATAAACAGTGCAGA
AGAGTGTATGGATTTTTAATTTTAGTCTATGCATTTTCCATG

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 6

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AAGAGTAAGAAGTGGAAGCAGAGGAGGAGCTTCAGTTTCCATCAGAAGCGAGCAAAGTTC
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CGCTATTTCTGTTGAGATCGCTACCGGTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCAAG
TCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTGACTGCGGTTTT
CATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACTGATAAAAGCTGTATTGTCATCATTTTGTTGTGTA
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TTTTTGCTCCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 30 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3D447JQ C 13
AF RR3D447TF U 13
AF RR3EM96TF U 1
AF RR3DL27TF U 10
AF RR3EM96JQ C 1
AF RR3DL27JQ C 10
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CTCATA
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AGATCGCTACCGGTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCAAGTCCATTGCCTACCG
TTGCTTTGGCTGTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTGACTGCGGTTTTCATCTTCCAGTCTT
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CTCATA
AAAACTCTACACACC

QA 3 548 3 548
DS 

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QA 1 564 1 564
DS 

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GG
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AATGAA

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CGCTATTTCTGTTGAGATCGCTACCGGTAAAGGACTTCTTGAGAACTTTGGGGTAGCAAG
TCCATTGCCTACCGTTGCTTTGGCTGTTACAGCATTGGTTGGTGTTCTGACTGCGGTTTT
CATCTTCCAGTCTTCTTCCAAAAACTGATAAAAGCTGTATTGTCATCATTTTGTTGTGTA
TCTAAGATTCTTCTCTCATAAAAACTCTACACATCAGAATGAAATCTTTCATTAGTCTTC
TTTTTGCTC
TG

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RD RR3DL27JQ 602 0 0
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TATCTCAAGTATCTGCGTCTCTCGCCTTTTCTCTTTCCAATCCTGGAACCATCAAGCTAG
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TCGCTTCTGGTTCTCCTCTATTGCCATTGAACTTGAGAGTGACTCGTGGAAGAGTAAGAA
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TCTCTCATACA**CTCTACACATCAGAATGAAATCTTTCATTAGTCTTCTTTTTGCTCCG

QA 3 602 3 602
DS 



AS 1 6

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BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 10 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G906TF U 1
AF RR3EW32TF U 51
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AF RR3G906JQ C 175
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ATAAAGTCGATAACATCGCCGTTAACT

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DS 

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TTACGTTTCCATGGAAGGATATTCTTCAGAGCACTCTGTATCGACATCGTTAGTGTTTGG
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CTCGCTCCAAGTT

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C
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TGGCTTCTCTCCGAGAAAATAGGACTACTGAAACCATATGTTTGCTCTAGTTTAATCTTC
AATATTCCTTCCCGCTTCTCCATTTCCCCCCAGATGGCATTCCTTGTCCGTTCGCCAGAG
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TCAAGATTGTACGTGAAGTTCTCAGCTCCGGTGGTGAAAGAAGACTGCGAGATTAGTACA
GAGAACTACTACGTGAACATGGGTCACGCCGTTCGGTGTCTCAGAGAGGAGCTTCCTTCC
TTGTTCTACAAGGAGCCCAACTTTGACATTTACAGGGATGATATCGTGTTCAAAGACCCT
ATGAATACTTTCATGGGAATTGATAATTACAAATCTGTATTATGGGCGTTACGTTTCCAT
GGAAGGATATTCTTCAGAGCACTCTGTATCGACATCGTTAGTGTTTGGCAACCAACAGAC
AACACTCTGATGATTCGATGGACTGTTCACGGGATTCCTCGTGGTCCTTGGCAGACTCGT
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GTTTCCATGGAAGGATATTCTTCAGAGCACTCTGTATCGACATCGTTAGTGTTTGGCAAC
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C

QA 1 764 1 764
DS 

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AGACATGAGTTTACGAGGAGGAAGGTTACGGTTTCAGCTAGAGACATGTCTGGTGTGAAG
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GAGATTAGTACAGAGAACTACTACGTGAACATGGGTCACGCCGTTCGGTGTCTCAGAGAG
GAGCTTCCTTCCTTGTTCTACAAGGAGCCCAACTTTGACATTTACAGGGATGATATCGTG
TTCAAAGACCCTATGAATACTTTCATGGGAATTGATAATTACAAATCTGTATTATGGGCG
TTACGTTTCCATGGAAGGATATTCTTCAGAGCACTCTGTATCGACATCGTTAGTGTTTGG
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AATGTTCAAGAGCTTGTTGAAGCCATTAGCTGTACTTCCACACCAAAGCCGACATATTTT
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GCTCCGGTGGTGAAAGAAGACTGCGAGATTAGTACAGAGAACTACTACGTGAACATGGGT
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GACATTTACAGGGATGATATCGTGTTCAAAGACCCTATGAATACTTTCATGGGAATTGAT
AATTACAAATCCGTATTATGGGCGTTACGTTTCCATGGAAGGATATTCTTCAGAGCACTC
TGTATCGACATCGTTAGTGTTTGGCAACCAACAGACAACACCCTGATGATTCGATGGACT
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GTGCGGGTGGGCTAGTTTGGCGTGTGTAATATAGATAAAGAATAATGAAATAAACTCAAT
AAAGAAAGTGATGTATACATGAATAATGAAATAAACTAAGCAATGATAGATAATCTTAAC
TATCC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 6

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AAGATGGGGAATTTACTGTGCTGTGTACAAGTGGACCAATCAACGGTGGCGATCAAAGAA
ACGTTTGGGAAGTTCGAAGATGTTCTAGAGCCTGGTTGCCATTTTCTCCCTTGGTGTCTT
GGTCAGCAAGTTGCTGGTTACCTCTCTCTCAGGCTTCAGCAGTTGGATGTTCGCTGCGAG
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CAGAAGAATGAAATTGCCAAAGCTGTTGAAGAGGAGCTCGAGAAGGCAATGTCTGCTTAC
GGTTTTGAGATTGTCCAAACTCTCATCGTTGACATCGAGCCTGACGAACATGTCAAACGA
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GGTCTAGGTATCGCCCGTCAGAGGCAAGCCATCGTCGACGGGCTACGCGACAGCGTCCTT
GGTTTCTCTGTGAATGTTCCCGGGACAACTGCTAAAGATGTGATGGACATGGTGCTTGTT
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ATTCCACACGGACCAGGAGCTGTTCGCGATGTGGCTACTCAGATCAGAGATGGGCTCCTT
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TAGGTTTCTATATTTTTCGTTATTATATTTCACGTATTTGGAGTGTACAACCAAAAAATC
GTAATTAATCAAATAATCATCATGTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3EC39TF U 1
AF RR3AF90TF U 28
AF RR3H159TF U 32
AF RR3EC39JQ C 752
AF RR3AF90JQ C 364
AF RR3H159JQ C 469
BS 1 52 RR3EC39TF
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BS 54 255 RR3EC39TF
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BS 257 465 RR3EC39TF
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BS 527 537 RR3EC39TF
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BS 695 705 RR3AF90TF
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BS 1088 1088 RR3EC39JQ
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RD RR3EC39TF 537 0 0
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AAATCGAACCCACCAAATCTGCAAATAAAAAAGACGACAACTTTCGAGAATCCGTGAAGA
AAGATGGGGAATTTACTGTGCTGTGTACAAGTGGACCAATCAACGGTGGCGATCAAAGAA
ACGTTTGGGAAGTTCGAAGATGTTCTAGAGCCTGGTTGCCATTTTCTCCCTTGGTGTCTT
GGTCAGCAAGTTGCTAGTTACCTCTCTCTCAGGCTTCAGCAGTTGGATGTTCGCTGCGAG
ACTAAGACAAAGGACAATGTGTTTGTTAATGTTGTTGCATCGATTCAGTACCGTGCCTTG
GCTAATAATGCCAATGATGCCTTCTACAAACTCAGTAACACAAGGAGCCAGATCCAAGCT
TACGTCTTTGATGTTATCAGAGCAAGTGTCCCCAAGCTGATTCTGTATGATGTCTTTGAG
CAGAAGAATGAAATTGCCAAAGCTGTTGAAGAGGAGCTCGAGAAG*CAATGTCTGCT

QA 1 537 1 537
DS 

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GGATTC
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ACGACAACTTTCGAGAATCCGTGAAGAAAGATGGGGAATTTACTGTGCTGTGTACAAGTG
GACCAATCAACGGTGGCGATCAAAGAAACGTTTGGGAAGTTCGAAGATGTTCTAGAGCCT
GGTTGCCATTTTCTCCCTTGGTGTCTTGGTCAGCAAGTTGCTGGTTACCTCTCTCTCAGG
CTTCAGCAGTTGGATGTTCGCTGCGAGACTAAGACAAAGGACAATGTGTTTGTTAATGTT
GTTGCATCGATTCAGTACCGTGCCTTGGCTAATAATGCCAATGATGCCTTCTACAAACTC
AGTAACACAAGGAGCCAGATCCAAGCTTACGTCTTTGATGTTATCAGAGCAAGTGTCCCC
AAGCTGATTCTGGATGATGTCTTTGAGCAGAAGAATGAAATTGCCAAAGCTGTTGAAGAG
GAGCTCGAGAAGGCAATGTCTGCTTACGGTTTTGAGATTGTCCAAACTCTCATCGTTGAC
ATCGAGCCTGACGAACATGTCAAACGAGCCATGAACGAAATCAACGCTGCTGCGAGGATG
AGGTTGGCTGCGAACGAAAAGGCAGAGGCTGAGAAAATCCTCCAGATCAAGCGAGCTGAA
AGTGAAGCCGAG*CCAAGTACCTGTCTGGTCTAGGTATCGCCCGTCAG

QA 7 714 7 714
DS 

RD RR3H159TF 715 0 0
GG
ACAGAGCTACACAAAAACGTTTCATCGAAAT*GAACCCACCAAATCTGCAAATAAAAAAG
ACGACAACTTTCGAGAATCCGTGAAGAAAGATGGGGAATTTACTGTGCTGTGTACAAGTG
GACCAATCAACGGTGGCGATCAAAGAAACGTTTGGGAAGTTCGAAGATGTTCTAGAGCCT
GGTTGCCATTTTCTCCCTTGGTGTCTTGGTCAGCAAGTTGCTGGTTACCTCTCTCTCAGG
CTTCAGCAGTTGGATGTTCGCTGCGAGACTAAGACAAAGGACAATGTGTTTGTTAATGTT
GTTGCATCGATTCAGTACCGTGCCTTGGCTAATAATGCCAATGATGCCTTCTACAAACTC
AGTAACACAAGGAGCCAGATCCAAGCTTACGTCTTTGATGTTATCAGAGCAAGTGTCCCC
AAGCTGATTCTGGATGATGTCTTTGAGCAGAAGAATGAAATTGCCAAAGCTGTTTAAGAG
GAGCTCGAGAAGGCAATGTCTGCTTACGGTTTTGAGATTGTCCAAACTCTCATCGTTGAC
ATCGAGCCTGACGAACATGTCAAACGAGCCATGAACGAAATCAACGCTGCTGCGAGGATG
AGGTTGGCTGCGAACGAAAAGGCAGAGGCTGAGAAAATCCTCCAGATCAAGCGAGCTGAA
GGTGAAGCCGAG*CCAAGTACCTGTCTGGTCTAG*TATCGCCCGTCAG
AGCAA

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DS 

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TGGCTACTCAGATCAGAGATGGGCTCCTTCAAGGCTCCTTTGCAGACCAGTCCTGAAATA
TAGATAATGGACTGATCATTATATGTTCTCTACTAAGCTTTGCTGTGTGTTAAGATCCTA
TCATCCTGTGTTGAGAAACTCTCATGCTTTAGGTTTCTATATTTTTCGTTATTATATTTC
ACGTATTTGGAGTGTACAACC

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DS 

RD RR3AF90JQ 807 0 0
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GTCTTTGATGTTATCAGAGCAAGTGTCCCCAAGCTGATTCTGGATGATGTCTTTGAGCAG
AAGAATGAAATTGCCAAAGCTGTTGAAGAGGAGCTCGAGAAGGCAATGTCTGCTTACGGT
TTTGAGATTGTCCAAACTCTCATCGTTGACATCGAGCCTGACGAACATGTCAAACGAGCC
ATGAACGAAATCAACGCTGCTGCGAGGATGAGGTTGGCTGCGAACGAAAAGGCAGAGGCT
GAGAAAATCCTCCAGATCAAGCGAGCTGAAGGTGAAGCCGAGGCCAAGTACCTGTCTGGT
CTAGGTATCGCCCGTCAGAGGCAAGCCATCGTCGACGGGCTACGCGACAGCGTCCTTGGT
TTCTCTGTGAATGTTCCCGGGACAACTGCTAAAGATGTGATGGACATGGTGCTTGTTACG
CAGTACTTTGACACGATGAAGGAGATTGGTGCCAGCTCCAAATCCTCTGCTGTCTTCATT
CCACACGGACCAGGAGCTGTTCGCGATGTGGCTACTCAGATCAGAGATGGGCTCCTTCAA
GGCTCCTTTGCAGACCAGTCCTGAAATATAGATAATGGACTGATCATTATATGTTCTCTA
CTAAGCTTTGCTGTGTGTTAAGATCCTATCATCCTGTGTTGAGAAACTCTCATGCTTTAG
GTTTTTATATTTTTCGTTATTATATTTCACGTATTTGGAGTGTACAACCAAAAAATCGTA
ATTAATCAAATAATCATCATGTTGATC

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3H159JQ 702 0 0
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ATGTCTGCTTACGGTTTTGAGATTGTCCAAACTCTCATCGTTGACATCGAGCCTGACGAA
CATGTCAAACGAGCCATGAACGAAATCAACGCTGCTGCGAGGATGAGGTTGGCTGCGAAC
GAAAAGGCAGAGGCTGAGAAAATCCTCCAGATCAAGCGAGCTGAAGGTGAAGCCGAGGCC
AAGTACCTGTCTGGTCTAGGTATCGCCCGTCAGAGGCAAGCCATCGTCGACGGGCTACGC
GACAGCGTCCTTGGTTTCTCTGTGAATGTTCCCGGGACAACTGCTAAAGATGTGATGGAC
ATGGTGCTTGTTACGCAGTACTTTGACACGATGAAGGAGATTGGTGCCAGCTCCAAATCC
TCTGCTGTCTTCATTCCACACGGACCAGGAGCTGTTCGCGATGTGGCTACTCAGATCAGA
GATGGGCTCCTTCAAGGCTCCTTTGCAGACCAGTCCTGAAATATAGATAATGGACTGATC
ATTATATGTTCTCTACTAAGCTTTGCTGTGTGTTAAGATCCTATCATCCTGTGTTGAGAG
ACTCTCATGCTTTAGGTTTCTATATTTTTCGTTATTATATTTCACGTATTTGGAGTGTAC
AACCAAAAAATCGTAATTAATCAAATAATCATCATGTTGA
CC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 6

CO CL1249Contig1 1011 6 8 U
GAACGAAGAAATTGCTTTTGTGGGTTTAGCATTACCTGGTGAAGTTGGTTCATGGCAAGC
CGAAACCAAGGGATATCAATTTTGGACACAAGCAGACAAAACGGGGACGTTCACCATAGC
GAATGTGAGACCTGGCACTTATAACCTCTTCGCATGGGTTGCCGGACATATTGGCGACTA
TAAATACGAGCGTGAAATTACAATTACACCAGGTAAGGAAATAAACGTAGGACCCTTAGT
GTATGAGCCGCCAAGAAGTGGTCCAACGTTGTGGGAGATCGGTGTACCCGATCGGAGCGC
CGCAGAATTCAATATCCCGGATCCGGACCCAGCCCTTATAACCAAACTATATGCTAATCA
CCCAAATGCTCCTGAAGACAGATTTAGACAATATGGTCTATGGGATCGTTACAGTGCAGT
GTATCCTAAAGAAGATGTTACTTTTACTGTTGGAGTGAGTGACTATAAAAAGGATTGGTT
CTTTGCACATCTCAACAGAAAAACTGGAGGAAAGAAACTTCAAGCAACGACATGGAAAAT
TGTTTTTAACTTAAAAGAAGTGTCCCAAAATGGAAATTATACTCTTCGAATGGCTTTGGC
TGCAGCCAACACTGCCGATATATTAGTTGAGGTTAACAAACCACCTAGCACCAAACCTAT
GTTCAGGACTGGGATGGTAGGTCGGGATAACGCGATCGCTAGACATGGAATTCACGGGTT
ATACAGATTGTTCAATATAGGCGTTCAGACGAATTTGCTCAAGGTTGGTGACAATACGAT
TTATCTCACTCAAAACCGGGTCACTAGTATTTTTGCAGGTGTTATGTATGATTATCTTCG
ATTGGAAGGTCCTTCAGGAGCCAAACAATAATCTCTTAAATATAGATAAGTGAGTGATAT
GAGAGTTTATTTTTTTATTTTTTTAAATAAGAAGATTTGTTATTAATAATCAATAATTTT
TGTAACCAGTGAAATAAATATTTTGACTATTACATGCTTCCAAAGTTAACG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR3BS52TF U 1
AF RR3E864TF U 1
AF RR3BS52JQ C 238
AF RR3E864JQ C 443
AF RR3E927JQ C 276
AF RR3B895TF U 768
BS 1 681 RR3BS52TF
BS 682 682 RR3BS52JQ
BS 683 712 RR3BS52TF
BS 713 767 RR3BS52JQ
BS 768 842 RR3B895TF
BS 843 843 RR3BS52JQ
BS 844 1009 RR3B895TF
BS 1010 1011 RR3BS52JQ

RD RR3BS52TF 712 0 0
GAACGAAGAAATTGCTTTTGTGGGTTTAGCATTACCTGGTGAAGTTGGTTCATGGCAAGC
CGAAACCAAGGGATATCAATTTTGGACACAAGCAGACAAAACGGGGACGTTCACCATAGC
GAATGTGAGACCTGGCACTTATAACCTCTTCGCATGGGTTGCCGGACATATTGGCGACTA
TAAATACGAGCGTGAAATTACAATTACACCAGGTAAGGAAATAAACGTAGGACCCTTAGT
GTATGAGCCGCCAAGAAGTGGTCCAACGTTGTGGGAGATCGGTGTACCCGATCGGAGCGC
CGCAGAATTCAATATCCCGGATCCGGACCCAGCCCTTATAACCAAACTATATGCTAATCA
CCCAAATGCTCCTGAAGACAGATTTAGACAATATGGTCTATGGGATCGTTACAGTGCAGT
GTATCCTAAAGAAGATGTTACTTTTACTGTTGGAGTGAGTGACTATAAAAAGGATTGGTT
CTTTGCACATCTCAACAGAAAAACTGGAGGAAAGAAACTTCAAGCAACGACATGGAAAAT
TGTTTTTAACTTAAAAGAAGTGTCCCAAAATGGAAATTATACTCTTCGAATGGCTTTGGC
TGCAGCCAACACTGCCGATATATTAGTTGAGGTTAACAAACCACCTAGCACCAAACCTAT
GTTCAGGACTGGGATGGTAGG*CGGGATAACGCGATCGCTAGACATGGAATT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3E864TF 676 0 0
GAACGAAGAAATTGCTTTTGTGGGTTTAGCATTACCTGGTGAAGTTGGTTCATGGCAAGC
CGAAACCAAGGGATATCAATTTTGGACACAAGCAGACAAAACGGGGACGTTCACCATAGC
GAATGTGAGACCTGGCACTTATAACCTCTTCGCATGGGTTGCCGGACATATTGGCGACTA
TAAATACGAGCGTGAAATTACAATTACACCAGGTAAGGAAATAAACGTAGGACCCTTAGT
GTATGAGCCGCCAAGAAGTGGTCCAACGTTGTGGGAGATCGGTGTACCCGATCGGAGCGC
CGCAGAATTCAATATCCCGGATCCGGACCCAGCCCTTATAACCAAACTATATGCTAATCA
CCCAAATGCTCCTGAAGACAGATTTAGACAATATGGTCTATGGGATCGTTACAGTGCAGT
GTATCCTAAAGAAGATGTTACTTTTACTGTTGGAGTGAGTGACTATAAAAAGGATTGGTT
CTTTGCACATCTCAACAGAAAAACTGGAGGAAAGAAACTTCAAGCAACGACATGGAAAAT
TGTTTTTAACTTAAAAGAAGTGTCCCAAAATGGAAATTATACTCTTCGAATGGCTTTGGC
TGCAGCCAACACTGCCGATATATTAGTTGAGGT*AACAAACCACCTAGCACCAAACCTAT
GTTCAG*ACTGGGATG

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3BS52JQ 774 0 0
AGTGTATGAGCCGCCAAGAAGTGGTCCAACGTTGTGGGAGATCGGTGTACCCGATCGGAG
CGCCGCAGAATTCAATATCCCGGATCCGGACCCAGCCCTTATAACCAAACTATATGCTAA
TCACCCAAATGCTCCTGAAGACAGATTTAGACAATATGGTCTATGGGATCGTTACAGTGC
AGTGTATCCTAAAGAAGATGTTACTTTTACTGTTGGAGTGAGTGACTATAAAAAGGATTG
GTTCTTTGCACATCTCAACAGAAAAACTGGAGGAAAGAAACTTCAAGCAACGACATGGAA
AATTGTTTTTAACTTAAAAGAAGTGTCCCAAAATGGAAATTATACTCTTCGAATGGCTTT
GGCTGCAGCCAACACTGCCGATATATTAGTTGAGGTTAACAAACCACCTAGCACCAAACC
TATGTTCAGGACTGGGATGGTAGGTCGGGATAACGCGATCGCTAGACATGGAATTCACGG
GTTATACAGATTGTTCAATATAGGCGTTCAGACGAATTTGCTCAAGGTTGGTGACAATAC
GATTTATCTCACTCAAAACCGGGTCACCAGTATTTTTGCAGGTGTTATGTATGATTATCT
TCGATTGGAAGGTCCTTCAGGAGCCAAACAATAATCTCTTAAATATAGATAAGTGAGTGA
TATGAGAGTTTATTTTTTTATT***TTAAATAAGAAGATTTGTTATTAATAATCAATAAT
TTTTGTAACCAGTGAAATAAATATTTTGACTATTACATGCTTCCAAAGTTAACG

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3E864JQ 569 0 0
TTTACTGTTGGAGTGAGTGACTATAAAAAGGATTGGTTCTTTGCACATCTCAACAGAAAA
ACTGGAGGAAAGAAACTTCAAGCAACGACATGGAAAATTGTTTTTAACTTAAAAGAAGTG
TCCCAAAATGGAAATTATACTCTTCGAATGGCTTTGGCTGCAGCCAACACTGCCGATATA
TTAGTTGAGGTTAACAAACCACCTAGCACCAAACCTATGTTCAGGACTGGGATGGTAGGT
CGGGATAACGCGATCGCTAGACATGGAATTCACGGGTTATACAGATTGTTCAATATAGGC
GTTCAGACGAATTTGCTCAAGGTTGGTGACAATACGATTTATCTCACTCAAAACCGGGTC
ACCAGTATTTTTGCAGGTGTTATGTATGATTATCTTCGATTGGAAGGTCCTTCAGGAGCC
AAACAATAATTTCTTAAATATAGATAAGTGAGTGATATGAGAGTTTATTTTTTTATT***
TTAAATAAGAAGATTTGTTATTAATAATCAATAATTTTTGTAACCAGTGAAATAAATATT
TTGACTATTACATGCTTCCAAAGTTAA
CG

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3E927JQ 736 0 0
AGATCGGTGTGCCGGATCGGAGCGCCGCAGAATTCAATATCCCGGATCCGGACCCAGCCC
TTATAACCAAACTATATGCTAATCACCCAAATACTCCTGAAGACAGATTTAGACAATATG
GTCTATGGGATCGTTACAGTGCAGTGTATCCTAAAGAAGATGTTACTTTTACTGTTGGAG
TGAGTGACTATAAAAAAGATTGGTTCTTTGCACATCTCAACAGAAAAACTGGAGGAAAGA
AACTTCAAGCAACGACATGGAAAATTGTTTTTAACTTAAAAGAAGTGTCCCAAAATGGAA
ATTATACTTTTCGAATGGCTTTGGCTGCAGCCAACACTGCCGATATATTAGTTGAGGTTA
ACAAACCACCTAGCACCAAACCTATGTTCAGGACTGGGATGGTAGGTCGGGATAACGCGA
TCGCTAGACATGGAATTCACGGGTTATACAGATTGTTCAATATTGGCGTTCAGACGAATT
TGCTCAAGGTTGGTGACAATACGATTTATCTCACTCAAAACCGGGTCACTAGTATTTTTG
CAGGTGTTATGTATGATTATTTTCGATTGGAAGGTCCTTCAGGAGCCAAACAATAATCTC
TTAAATATAGATAAGTGAGTGATATGAGAGTTTATTTTTTTATTTTTTTAAATAAGAAGA
TTTGTTATTAATAATCAATAATTTTTGTAACCAGTGAAATAAATATTTTGACTATTACAT
GCTTCCAAAGTTAA
CG

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3B895TF 242 0 0
GTGACAATACGATTTATCTCACTCAAAACCGGGTCACTAGTATTTTTGCAGGTGTTATGT
ATGATTATCTTCGATCGGAAGGTCCTTCAGGAGCCAAACAATAATCTCTTAAATATAGAT
AAGTGAGTGATATGAGAGTTTATTTTTTTATTTTTTTAAATAAGAAGATTTGTTATTAAT
AATCAATAATTTTTGTAACCAGTGAAATAAATATTTTGACTATTACATGCTTCCAAAGTT
AA

QA 1 242 1 242
DS 



AS 1 6

CO CL1250Contig1 740 6 8 U
GGGGAAAAGCCAAAACGTTTACTTTATCCGTTATCATAGCTGGATAGAAAATCCAGAGTT
CAAAACTTGTAACAAAAATAATAGCAAAACGAGCCTATCAAAAAGGCCAAACATAGAAAA
AGTTCTTAAGAAACCGAAATAAGCACTGAAACATCACAAATCAACAGATTAGTCGACCTC
TTCAATCTTAGGGCCAGCACCGCCTGAGGCAGGAGGAGCATCATCGTCCATTCCTGCAGC
TTCACCGCCAGCTCCTTGGTACATCTTGGCAATGATTGGGTTGCAGATGCTCTCCAACTC
CTTCATCTTGTCTTCAAACTCATCAGCCTCACCCAACTGGTTATTCTCTAGCCACTGAAT
CGCCTGCTCAATCGAGTCCTCGATCTTCTTCTTGTCTGCAGCCGGTAGCTTCTCACCAAT
CTTCTCGTCCTGGATGGTGTTCCTCATGTTGTAAGCGTAGTTCTCGAGAGCGTTCTTGGC
TTCCACCTTCTTCTTGTGCTCCTCGTCCTCAGACTTGTACTTCTCAGCCTCCTGAACCAT
CTTCTCAATATCGTCCTTGGACAAACGACCCTTGTCGTTGGTGATGGTGATCTTATTCTT
CTGTCCAGTGGTCTTGTCCTCAGCAGACACGTTGAGGATACCATTGGCGTCAATGTCAAA
GCAGACAGTGATCTGAGGGACACCACGTGGGGCTGGAGGGATTCCAGAAAGCTCAAACTT
CCCGAGGAGGTTGTTGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD68JQ U 43
AF RR3AL57JQ U 189
AF RR3FK64JQ U 8
AF RR3AM21JQ U 1
AF RR3AM21TF C 1
AF RR3FK64TF C 33
BS 1 161 RR3AM21JQ
BS 162 162 RR3FK64JQ
BS 163 445 RR3AM21JQ
BS 446 446 RR3FK64JQ
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BS 465 465 RR3FK64JQ
BS 466 689 RR3AM21JQ
BS 690 740 RR3FK64TF

RD RR3FD68JQ 237 0 0
GATAGAAAATCCAGAGTTCAAAACTTGTAACAAAAATAATAGCAAAACGAGCCTATCAAA
AAGGCCAAACATAGAAAAAGTTCTTAAGAAACCGAAATAAGCACTGAAACATCACAAATC
AACAGATTAGTCGACCTCTTCAATCTTAGGGCCAGCACCGCCTGAGGCAGGAGGAGCATC
ATCGTCCATTCCTGCAGCTTCACCGCCAGCTCCTTGGTACATCTTGGCAATGATTGG

QA 1 237 1 237
DS 

RD RR3AL57JQ 319 0 0
TAGGGCCAGCACCGCCTGAGGCAGGAGGAGCATCATCGTCCATCCCTGCAGCTTCACCGC
CAGTTCCTTGGTACATCTTGGCAATGATTGGGTTGCAGATGCTCTCCAACTCCTTCATCT
TGTCTTCCAACTCATCAGCCTCACCCAACTGGTTATTCTCTAGCCACTGAATCGCCTGCT
CAATCGAGTCCTCGATCTTCTTCTTGTCTGCAGCCGGTAGCTTCTCACCAATCTTCTCGT
CCTGGATGGTGTTCCTCATGTTGTAAGCGTAGTTCTCGAGAGCGTTCTTGGCTTCCACCT
TCTTCTTGTGCTCCTCGTC

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR3FK64JQ 613 0 0
G
GCCAAAACGTTTACTTTATCCGTTATCATAGCTGGATAGAAAATCCAGAGTTCAAAACTT
GTAACAAAAATAATAGCAAAACGAGCCTATCAAAAAGGCCAAACATAGAAAAAGTTCTTA
AGAAACCGAAATAAGCACTGAAACATCACAAATCAACAGATTAGTCGACCTCTTCAATCT
TAGGGCCAGCACCGCCTGAGGCAGGAGGAGCATCATCGTCCATTCCTGCAGCTTCACCGC
CAGCTCCTTGGTACATCTTGGCAATGATTGGGTTGCAGATGCTCTCCAACTCCTTCATCT
TGTCTTCAAACTCATCAGCCTCACCCAACTGGTTATTCTCTAGCCACTGAATCGCCTGCT
CAATCGAGTCCTCGATCTTCTTCTTGTCTGCAGCCGGTAGCTTCTCACCAATCTTCTCGT
CCTGGATGGTGTTCCTCATGTTGTAAGCGTAGTTCTCGAGAGCGTTCTTGGCTTCCACCT
TCTTCTTGTGCTCCTCGTCCTCAGACTTGTACTTCTCAGCCTCCTGAACCATCTTCTCAA
TATCGTCCTTGGACAAACGACCCTTGTCGTTGGTGATGGTGATCTTGTTCTTCTGTCCAG
TGGTCTTGTCCT

QA 2 613 2 613
DS 

RD RR3AM21JQ 690 0 0
GGGGAAAAGCCAAAACGTTTACTTTATCCGTTATCATAGCTGGATAGAAAATCCAGAGTT
CAAAACTTGTAACAAAAATAATAGCAAAACGAGCCTATCAAAAAGGCCAAACATAGAAAA
AGTTCTTAAGAAACCGAAATAAGCACTGAAACATCACAAATAAACAGATTAGTCGACCTC
TTCAATCTTAGGGCCAGCACCGCCTGAGGCAGGAGGAGCATCATCGTCCATTCCTGCAGC
TTCACCGCCAGCTCCTTGGTACATCTTGGCAATGATTGGGTTGCAGATGCTCTCCAACTC
CTTCATCTTGTCTTCAAACTCATCAGCCTCACCCAACTGGTTATTCTCTAGCCACTGAAT
CGCCTGCTCAATCGAGTCCTCGATCTTCTTCTTGTCTGCAGCCGGTAGCTTCTCACCAAT
CTTCTCGTCCTGGATGGTGTTCCTCCTGTTGTAAGCGTAGTTCTAGAGAGCGTTCTTGGC
TTCCACCTTCTTCTTGTGCTCCTCGTCCTCAGACTTGTACTTCTCAGCCTCCTGAACCAT
CTTCTCAATATCGTCCTTGGACAAACGACCCTTGTCGTTGGTGATGGTGATCTTATTCTT
CTGTCCAGTGGTCTTGTCCTCAGCAGACACGTTGAGGATACCATTGGCGTCAATGTCAAA
GCAGACAGTGATCTGAGGGACACCACGTG
C

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3AM21TF 690 0 0
GGGGAAAA
GCCAAAACGTTTACTTTATCCGTTATCATAGCTGGATAGAAAATCCAGAGTTCAAAACTT
GTAACAAAAATAATAGCAAAACGAGCCTATCAAAAAGGCCAAACATAGAAAAAGTTCTTA
AGAAACCGAAATAAGCACTGAAACATCACAAATAAACAGATTAGTCGACCTCTTCAATCT
TAGGGCCAGCACCGCCTGAGGCAGGAGGAGCATCATCGTCCATTCCTGCAGCTTCACCGC
CAGCTCCTTGGTACATCTTGGCAATGATTGGGTTGCAGATGCTCTCCAACTCCTTCATCT
TGTCTTCAAACTCATCAGCCTCACCCAACTGGTTATTCTCTAGCCACTGAATCGCCTGCT
CAATCGAGTCCTCGATCTTCTTCTTGTCTGCAGCCGGTAGCTTCTCACCAATCTTCTCGT
CCTGGATGGTGTTCCTCCTGTTGTAAGCGTAGTTCTAGAGAGCGTTCTTGGCTTCCACCT
TCTTCTTGTGCTCCTCGTCCTCAGACTTGTACTTCTCAGCCTCCTGAACCATCTTCTCAA
TATCGTCCTTGGACAAACGACCCTTGTCGTTGGTGATGGTGATCTTATTCTTCTGTCCAG
TGGTCTTGTCCTCAGCAGACACGTTGAGGATACCATTGGCGTCAATGTCAAAGCAGACAG
TGATCTGAGGGACACCACGTG
C

QA 9 689 9 689
DS 

RD RR3FK64TF 708 0 0
ATCATAGCTGGATAGAAA*TCCAGAGTTCAAAACTTGTAACAAAAATAATAGCAAAACGA
GCCTATCAAAAAGGCCAAACATAGAAAAAGTTCTTAAGAAACCGAAATAAGCACTGAAAC
ATCACAAATCAACAGATTAGTCGACCTCTTCAATCTTAGGGCCAGCACCGCCTGAGGCAG
GAGGAGCATCATCGTCCATTCCTGCAGCTTCACCGCCAGCTCCTTGGTACATCTTGGCAA
TGATTGGGTTGCAGATGCTCTCCAACTCCTTCATCTTGTCTTCAAACTCATCAGCCTCAC
CCAACTGGTTATTCTCTAGCCACTGAATCGCCTGCTCAATCGAGTCCTCGATCTTCTTCT
TGTCTGCAGCCGGTAGCTTCTCACCAATCTTCTCGTCCTGGATGGTGTTCCTCATGTTGT
AAGCGTAGTTCTCGAGAGCGTTCTTGGCTTCCACCTTCTTCTTGTGCTCCTCGTCCTCAG
ACTTGTACTTCTCAGCCTCCTGAACCATCTTCTCAATATCGTCCTTGGACAAACGACCCT
TGTCGTTGGTGATGGTGATCTTGTTCTTCTGTCCAGTGGTCTTGTCCTCAGCAGACACGT
TGAGGATACCATTGGCGTCAATGTCAAAGCAGACAGTGATCTGAGGGACACCACGTGGGG
CTGGAGGGATTCCAGAAAGCTCAAACTTCCCGAGGAGGTTGTTGTCCC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 5

CO CL1251Contig1 944 5 8 U
ATATGTTTCTAATAGAGTGAAATTAGAATCTAATGAATATTAATTGATGTAGATACAATT
ATTAGACAGTTTCGCTTTTTTATTCTAATATTTTCAACCTATCTATTTCAAGCAAGATAG
TAATTACGAAAATATTATATTAAAAGGATGAGCCTTAATACTTAATATTATTCTATAAAT
ACAAGTTTTTAATTAAATTCTTTATATAATATAATTCAACAGTTTTGCATTCTTTTTTTT
TTTTTTTTTTATAAAATTAATGGGTTTATCCATTTTTTGTTTGAGGTGAATTCAAAATTG
TTCGAATAGTGTAATCGTCAATTACTGACATTGGTAAACGACCCAAAGCGATTTGATTAT
AATTCAACTCGTGACGATCATAAGTTGAAAATTCATATTCTTCAGTCATTGACAAACAAT
TTGTTGGACAATACTCAACACAATTACCACAAAATATACAAATTCCAAAATCAATACTGT
AATTAAGCAATCGTTTTTTTCGAATATTGGTTTCCAATTTCCAATCAACAACCGGCAGAT
CTATAGGACATACTCGAACACATACTTCACAAGCAATGCATTTATCAAATTCGAAATGGA
TTCGACCGCGGAAACGTTCTGATGTTATTAATTTTTCATAGGGGTATTGAATAGTTACAG
GTAAACGATTTGTGTGGGATAAGGTAATCATGAAACCCTGACCAATATACCTTGCAGCTC
GTAGGGTTTGTTGACCATAATTCATGAACCCGGTTATCATAGGAAGCATATTGTAATTAT
CTATGAATAATTTGATCTTTGTTTCTTTCTCTTGTTTAAAACAAGTAATGAATATCTTGG
ATTGATTTTCAATTTAGAGTGAAAAGAGTTGGAAAGAAGTTGTTAATAATAGATTACCAA
GGGAAATCGGTAAAAGAAATTTCCATCCAAGATTTAATAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET42JQ U 1
AF RR3ET42TF C 2
AF RR3DV07JQ U 251
AF RR3F539JQ U 251
AF RR3F539TF C 332
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RD RR3ET42JQ 678 0 0
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ATTAGACAGTTTCGCTTTTTTATTCTAATATTTTCAACCTATCTATTTCAAGCAAGATAG
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TTTTTTTTTTATAAAATTAATGGGTTTATCCATTTTTTGTTTGAGGTGAATTCAAAATTG
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GTAAACGATTTGTGTGGG

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DS 

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TATATG
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AGTGTAATCGTCAATTACTGACATTGGTAAACGACCCAAAGCGATTTGATTATAATTCAA
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T
C

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GAAACGTTCTGATGTTATTAATTTTTCATAGGGGTATTGAATAGTTACAGGTAAACGATT
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AATTTAGAGTGAAAAGAGTTGGAAAGAAGTTGTTAATAATAGATTAC

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AAATATACAAATTCCAAAATCAATACTGTAATTAAGCAATCGTTTTTTTCGAATATTGGT
TTCCAATTTCCAATCAACAACCGGCAGATCTATAGGACATACTCGAACACATACTTCACA
AGCAATGCATTTATCAAATTCGAAATGGATTCGACCGCGGAAACGTTCTGATGTTATTAA
TTTTTCATAGGGGTATTGAATAGTTACAGGTAAACGATTTGTGTGGGATAAGGTAATCAT
GAAACCCTGACCAATATACCTTGCAGCT***AGGGTTTGTTGACCATAATTCATGAACCC
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TTGTTTAAAACAAGTAATGAATATCTTGGATTGATTTTCAATTTAGAGTGAAAAGAGTTG
GAAAGAAGTTGTTAATAATAGATTACCAAGGGAAATCGGTAAAAGAAATTTCCATCCAAG
ATTTAATAGTTCC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 6

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CAGAGAATCGGCGACAAACATCAAGGTGAAAGAGTGGTGGTAGTGACTCATGGAGGTGTC
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TAATTGGGAGGATTAATAAAGTAATTGCTATAAATTGAACGTGATGCATAAAGTATATCA
TCATTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 5 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX58TF U 1
AF RR3F513TF U 21
AF RR3CF78TF U 77
AF RR3F513JQ C 656
AF RR3CF78JQ C 30
AF RR3BX58JQ C 245
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RD RR3BX58TF 576 0 0
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GACATTCCAGGTGGAGGAGAAAGTCTTGACAAACTCTACGACAGATGTACATCTGCATTA
CAGAGAATCGGCGACAAACATCAAGGTGAAATAGTGGTGGTAGTGACTCATGGAGGTGTC
ATTCGATCTCTCTACGAGAGAGCTCGTCCAAGTGCA

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3F513TF 622 0 0
GG
GATTTTGAGCGATCTCCAATGGCGGAAGAAGAT**TCCGTTAAAGAGGGTTATGCTGAGA
TCGTTGTTGTACGTCATGGAGAAACATCTTGGAATGCCGAGAGAAAGATCCAGGGTCATT
TGGATGTTGAACTAAACGATGCAGGAAGACAACAAGCACAAAAAGTTGCTGAGCGGTTAT
CAAAGGAGCCTAAGGTATCTTATGTTTACTCTTCTGACTTGAAGAGAGCCTTTGAGACTG
CTCAGATCATTGCAGCTAAATGCAGCAAGGTTGAGGTACTTACTGATCCTGATTTGCGGG
AGAGACATTTAGGAGATATGCAAGGTCTTGTGTACCAAGAAGCTTCCAAACTTCGCCCTG
AAGCTTACAAGGCCTTCTCATCTAACCGCACAGACGTTGACATTCCAGGTGGAGGAGAAA
GTCTTGACAAACTCTACGACAGATGTACATCTGCATTACAGAGAATCGGCGACAAACATC
AAGGTGAAAGAGTGGTGGTAGTGACTCATGGAGGTGTCATTCGATCTCTCTACGAGAGAG
CTCGTCCAAGTGCACGAAAAGTTGAAAAGATTCTCAACACATCGGTCAATGTGTTCCGTT
TATTCGA
GGGAGACAAATGG

QA 3 609 3 609
DS 

RD RR3CF78TF 600 0 0
CTGAGATCGTTGTTGTACGTCATGGAGAAACATCTTGGAATGCCGAGAGAAAGATCCAGG
GTCATTTGGATGTTGAACTAAACGATGCAGGAAGACAACAAGCAGAAAAAGTTGCTGAGC
GGTTATCAAAGGAGCCTAAGGTATCTTATGTTTACTCCTCTGACTTAAAGAGAGCCTTTG
AGACTGCTCAGATCATTGCAGCTAAATGCGGCAAGGTTGAGGTACTTACTGATCCTGATT
TGCGGGAGAGGCATTTAGGGGATATGCAAGGTCTTGTGTACCAAGAAGCTTCCAAACTTC
GCCCTTAAGCTTACAAGGCCTTCTCATCTAACCGCACAGACGTTGACATTCCAGGTGGAG
GAGAAAGTCTTGACAAACTCTACGACAGATGTACATCTGCATTACAGAGAATCGGCGACA
AACATCAAGGTGAAAGAGTGGTGGTAGTGACTCATGGGGGTGTCATTCGATCTCTCTACG
AGAGAGCTCGTCCAAGTGCACGAAAAGTTGAAAAGATTCTCAACACATCGGTCAATGTGT
TCCGTTTATTCGACG*AGACAA*TGGACAATCCAAGTTTGGGGAGATGTGTCTCATT
GGA

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3F513JQ 100 0 0
GGGGAGATGTGTAGCATTTGGACCAAACCGGTTTGTTGCAATCCGGTTTTGGTGGGGACA
GAACCTCCGGTTAAGATTCAATGACTCTTTCCACTGAGGT

QA 1 100 1 100
DS 

RD RR3CF78JQ 842 0 0
AGCGATCTCCAATGGCGGAAGAAGACAGTCCGTTAAAGAGGGGTATGCTGAGATCGTTGT
TGTACGTCATGGAGAA*CATCTTGGAATGCCGAGAGAAAGATCCAGGGTCATTTGGATGT
TGAACTAAACGATGCAGGAAGACAACAAGCAGAAAAAGTTGCTGAGCGGTTATCAAAGGA
GCCTAAGGTATCTTATGTTTACTCCTCTGACTTAAAGAGAGCCTTTGAGACTGCTCAGAT
CATTGCAGCTAAATGCGGCAAGGTTGAGGTACTTACTGATCCTGATTTGCGGGAGAGGCA
TTTAGGGGATATGCAAGGTCTTGTGTACCAAGAAGCTTCCAAACTTCGCCCTTAAGCTTA
CAAGGCCTTCTCATCTAACCGCACAGACGTTGACATTCCAGGTGGAGGAGAAAGTCTTGA
CAAACTCTACGACAGATGTACATCTGCATTACAGAGAATCGGCGACAAACATCAAGGTGA
AAGAGTGGTGGTAGTGACTCATGGGGGTGTCATTCGATCTCTCTACGAGAGAGCTCGTCC
AAGTGCACGAAAAGTTGAAAAGATTCTCAACACATCGGTCAATGTGTTCCGTTTATTCGA
CGGAGACAAATGGACAATCCAAGTTTGGGGAGATGTGTCTCATTTGGACCAAACCGGTTT
CTTGCAATCCGGTTTTGGCGGTGACAGAACCTCTGGTTAAGATTCAATGACTCTTTCCAC
TGAGGTTTTTCTGTAATTTAAA*TTTGACTCTGTTACTTTCTTCTTTTGCAATTTGACCT
CATAACTTTTAGGTTATCCCGATTTAGCCTGTAATTGGGAGGATTAATAAAGTAATTGCT
AT

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR3BX58JQ 664 0 0
AGAGAGCCTTTGAGACTGCTCAGATCATTGCAGCTAAATGCGGCAAGGTTGAGGTACTTA
CTGATCCTGATTTGCGGGAGAGACATTTAGGAGATATGCAAGGTCTTGTGTACCAAGAAG
CTTCCAAACTTCGCCCTGAAGCTTACAAGGCCTTCTCATCTAACCGCACAGACGTTGACA
TTCCAGGTGGAGGAGAAAGTCTTGACAAACTCTACGACAGATGTACATCTGCATTACAGA
GAATCGGCGACAAACATCAAGGTGAAATAGTGGTGGTAGTGACTCATGGAGGTGTCATTC
GATCTCTTTACGAGAGAGCTCGTCCAAGTGCACGAAAAGTTGAAAAGATTCTCAACACAT
CGGTCAATGTGTTCCGTTTATTCGAGGGAGACAAATGGACAATCCAAGTTTGGGGAGATG
TGTCGCATTTGGACCAAACCGGTTTCTTGCAATCCGGTTTTGGTGGTGACAGAACCTCCG
GTTAAGATTCAATGACTCTTTCCACTGAGGTTTT*CTGTAATTTAAAATTTGACTCTGTT
ACTTTCTTCTTTTGCAATTTGACCTCATAACTTTGAGGTTATCCCGATTTAGCCTGTAAT
TGGGAGGATTAATAAAGTAATTGCTATAAATTGAACGTGATGCATAAAGTATATCATCAT
TTTC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 2 6

CO CL1253Contig1 836 2 2 U
GGATCGCGATGATGATGATGATCGGAAGTAAAAGAGCATTTCTGATGTCTTCCACGGCGG
CGGCGGCGGCGATGAATACACGGAAAGGGGACTTGTTCAATCTGAATCCGAACAGCAGCA
TCGGGAAGAAGCGTGATCGGGCTTCGGTTTCTTACGCTCCGAAAAGGAAGCTACCGGTTC
TCCTCTTCGATGTGATGGACACCATCGTCCGTGATCCATTCTACCAAGATATTCCAGCCT
TCTTCGGAATGCCGATGAAGGAACTACTCGAGTGCAAGCATCCCACCGCCTGGATCGAAT
TCGAAAAGGGATTGATCGATGAGGAGGAGCTAGCAAGAAAGTTCTTCATTGATAAGAGGG
ACTTTGATTTGGAAGGGCTGAAGGATTGCATTAGATCAGGATACTCTTACTTAGATGGAA
TGCAAGAGCTTCTCCAGACTTTGAGCGCTGACAACTTCGAGATTCATGCTTTCACCAACT
ACCCCATCTGGTATAAAATGATCCAAGACAAGTTGAAGCTTTCAGCCTACTTGTCATGGA
CTTTTTGTTCTTGTCATACAGGAAAGAGAAAGCCTGATCCTGAGTTCTATCTCGAGGTTG
TGCAACATCTCGGTGTTGAACCTTGCGACTGTGTATTTATTGATGACAGGCCAAGCAACG
TCAAGTGTGCAGTAGAGATTGGGATGCGTGGGTTAGTTTTTGAGAATGCTGATTCGCTCC
TCAAGGATCTCTCACATCTAGGGATCAACGTCTCTCTACCCAATATTTGATTACATCTGT
CTTGGATGTAATTTGTATAATACACTCGAAAAGAACAATACATTTGTTTCAGGAAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3AZ68JQ C 1
AF RR3AZ68TF U 1
BS 1 832 RR3AZ68TF
BS 833 836 RR3AZ68JQ

RD RR3AZ68JQ 836 0 0
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CGGCGGCGGCGATGAATACACGGAAAGGGGACTTGTTCAATCTGAATCCGAACAGCAGCA
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TCCTCTTCGATGTGATGGACACCATCGTCCGTGATCCATTCTACCAAGATATTCCAGCCT
TCTTCGGAATGCCGATGAAGGAACTACTCGAGTGCAAGCATCCCACCGCCTGGATCGAAT
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TGCAACATCTCGGTGTTGAACCTTGCGACTGTGTATTTATTGATGACAGGCCAAGCAACG
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QA 1 836 1 836
DS 

RD RR3AZ68TF 835 0 0
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CGGCGGCGGCGATGAATACACGGAAAGGGGACTTGTTCAATCTGAATCCGAACAGCAGCA
TCGGGAAGAAGCGTGATCGGGCTTCGGTTTCTTACGCTCCGAAAAGGAAGCTACCGGTTC
TCCTCTTCGATGTGATGGACACCATCGTCCGTGATCCATTCTACCAAGATATTCCAGCCT
TCTTCGGAATGCCGATGAAGGAACTACTCGAGTGCAAGCATCCCACCGCCTGGATCGAAT
TCGAAAAGGGATTGATCGATGAGGAGGAGCTAGCAAGAAAGTTCTTCATTGATAAGAGGG
ACTTTGATTTGGAAGGGCTGAAGGATTGCATTAGATCAGGATACTCTTACTTAGATGGAA
TGCAAGAGCTTCTCCAGACTTTGAGCGCTGACAACTTCGAGATTCATGCTTTCACCAACT
ACCCCATCTGGTATAAAATGATCCAAGACAAGTTGAAGCTTTCAGCCTACTTGTCATGGA
CTTTTTGTTCTTGTCATACAGGAAAGAGAAAGCCTGATCCTGAGTTCTATCTCGAGGTTG
TGCAACATCTCGGTGTTGAACCTTGCGACTGTGTATTTATTGATGACAGGCCAAGCAACG
TCAAGTGTGCAGTAGAGATTGGGATGCGTGGGTTAGTTTTTGAGAATGCTGATTCGCTCC
TCAAGGATCTCTCACATCTAGGGATCAACGTCTCTCTACCCAATATTTGATTACATCTGT
CTTGGATGTAATTTGTATAATACACTCGAAAAGAACAATACATTTGTTTCAG
AAT

QA 1 832 1 832
DS 



CO CL1253Contig2 901 4 18 U
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TTTTTATGAGTGTATTTTTACTAGACAAATTACATCAATCAAATATTGGGTAGAGAGACG
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CGCATCCCAATCTCTACTGCACACTTGACGTTGCTTGGCCTGTCATCAATAAATACACAG
TCGCAAGGTTCAACACCGAGATGTTGCACAACCTCGAGATAGAACTCAGGATCAGGCTTT
CTCTTTCCTGTATGACAAGAACAAAAAGTCCATGACAAGTAGGCTGAAAGCTTCAACTTG
CCTTCGATCATGTTATACCAGATGGGG*TAGTTGGTGAAAGCATGAATCTCGAAGCTATC
AGCACACAAAATCTGAAGAAGCTCTTGCATTCCATCTAAGTAAGAGTATCCTGATCTAAT
GCAATCCTTCAGCCCTTCCAAATCAAAGTCCCTCTTATCAATGAAGAACTTTCTTGCTAG
CTCCTCCTCATCGATCAAGCCCTTTTCGAATTCGATCCAGGCGGTGGGGTGCTTGCACTC
TAGTAGCTCCTTCATCGGCATTCCGAAGAAGGCTGGAATATCTTGGTAGAATGGATCACG
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GAGAGCGTAAGAAACCGAAGCCGGATCACGCTTCTTCCCGATGCTGCTGTTCGGATTCAG
ATTGAACAAGTCCCCTTTCCGTGTATTCATCGCCGCCACCGCCGCCGCCGCCGCCGTGGA
AGACATCAGAAATGATCTGTTACTCCCGATCATCATCATCGCGATAAGAGAAGGGCCACC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 0 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG26TF C 150
AF RR3EN75JQ U 16
AF RR3FG26JQ U 1
AF RR3EN75TF C 228
BS 1 66 RR3FG26JQ
BS 67 67 RR3EN75JQ
BS 68 317 RR3FG26JQ
BS 318 318 RR3EN75JQ
BS 319 360 RR3FG26JQ
BS 361 361 RR3EN75JQ
BS 362 371 RR3FG26JQ
BS 372 372 RR3EN75JQ
BS 373 417 RR3FG26JQ
BS 418 418 RR3EN75JQ
BS 419 419 RR3FG26JQ
BS 420 420 RR3EN75JQ
BS 421 425 RR3FG26JQ
BS 426 426 RR3EN75JQ
BS 427 708 RR3FG26JQ
BS 709 709 RR3EN75TF
BS 710 768 RR3FG26JQ
BS 769 901 RR3EN75TF

RD RR3FG26TF 333 0 0
GGAGCG
ATCAGCATTCTCAAAAACTAACCCACGCATCCCAATCTCTACTGCACACTTGACGTTGCT
TGGCCTGTCATCAATAAATACACAGTCGCAAGGT*CAACACCGAGATGTTGCACAACCTC
GAGATAGAACTCAGGATCAGGCTTTCTCTTTCCTGTATGACAGGAACAAAAAGTCCATGA
CAAGTAGGCTGAAAGCTTCAACTTGTCTTCGATCATTTTATACCAGATGGGGGTAGTTGG
TGAAAGCATGAATCTCGAAGCTGTTAGCACTCAAAATCTGAAGAAGCTCTTGCATTCCAT
CTAAGTAAGAGTATCCTGATCTAATGC

QA 7 333 7 333
DS 

RD RR3EN75JQ 647 0 0
C
ATTATTATGGTCACTTGCATTCCCGAAACAAATGTATTGTTCTTTTTTTTTGAGTGTATT
TTTACTAGACAAATTACATCAATCAAATATTGGGTAGAGAGACGTTGATCCCTAGATGTG
AGAGATCCCTGAGGAGCGAATCAGCATTCTCAAAAACTAACCCACGCATCCCAATCTCTA
CTGCACACTTGACGTTGCTTGGCCTGTCATCAATAAATACACAGTCGCAAGGTTCAACAC
CGAGATGTTGCACAACCTCGAGATAGAACTCAGGATCAGGCTTTCTCTTTCCTGTATGAC
AAGAACAAAAAGTCCATGACAAGTAGGCTGAAAGCTTCAACTTGCCTTCGATCATGTTAT
ACCAAATGGGG*TAGTTGGTGAAAGCATGAATCTCGAAGTTATCAGCACACAAAGTTTGG
AGAAGCTCTTGCATTCCATCTAAGTAAGAGTATCCTGATCTAATGCAATCCTTCAGCCCT
TCCAAATCAAAGTCCCTCTTATCAATGAAGAACTTTCTTGCTAGCTCCTCCTCATCGATC
AAGCCCTTTTCGAATTCGATCCAGGCGGTGGGGTGCTTGCACTCTAGTAGCTCCTTCATC
GGCATTCCGAAGAAGGCTGGAATATCTTGGTAGAATGGATCACGGA

QA 2 647 2 647
DS 

RD RR3FG26JQ 768 0 0
AATCTAAGAGATACTTATTATTATGGTCACTTGCATTCCCGAAACAAATGTATTGTTCTT
TTTTTA*GAGTGTATTTTTACTAGACAAATTACATCAATCAAATATTGGGTAGAGAGACG
TTGATCCCTAGATGTGAGAGATCCCTGAGGAGCGAATCAGCATTCTCAAAAACTAACCCA
CGCATCCCAATCTCTACTGCACACTTGACGTTGCTTGGCCTGTCATCAATAAATACACAG
TCGCAAGGTTCAACACCGAGATGTTGCACAACCTCGAGATAGAACTCAGGATCAGGCTTT
CTCTTTCCTGTATGACAGGAACAAAAAGTCCATGACAAGTAGGCTGAAAGCTTCAACTTG
TCTTCGATCATTTTATACCAGATGGGG*TAGTTGGTGAAAGCATGAATCTCGAAGCTGTT
AGCACTCAAAATCTGAAGAAGCTCTTGCATTCCATCTAAGTAAGAGTATCCTGATCTAAT
GCAATCCTTCAGCCCTTCCAAATCAAAGTCCCTCTTATCAATGAAGAACTTTCTTGCTAG
CTCCTCCTCATCGATCAAGCCCTTTTCGAATTCGATCCAGGCGGTGGGGTGCTTGCACTC
TAGTAGCTCCTTCATCGGCATTCCGAAGAAGGCTGGAATATCTTGGTAGAATGGATCACG
GACGATGGTGTCCATCACGTCGAAGAGGAGAACCGGGAGCTTCCTTTTGGTAGCGTCGCT
GAGAGCGTAAGAAACCGAAGCCGGATCACGCTTCTTCCCGATGCTGCT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3EN75TF 674 0 0
AATAAATACACAGTCGCAAGGTTCAACACCGAGATGTTGCACAACCTCGAGATAGAACTC
AGGATCAGGCTTTCTCTTTCCTGTATGACAAGAACAAAAAGTCCATGACAAGTAGGCTGA
AAGCTTCAACTTGCCTTCGATCATGTTATACCAGATGGGG*TAGTTGGTGAAAGCATGAA
TCTCGAAGTTATCAGCACACAAAGTTTGGAGAAGCTCTTGCATTCCATCTAAGTAAGAGT
ATCCTGATCTAATGCAATCCTTCAGCCCTTCCAAATCAAAGTCCCTCTTATCAATGAAGA
ACTTTCTTGCTAGCTCCTCCTCATCGATCAAGCCCTTTTCGAATTCGATCCAGGCGGTGG
GGTGCTTGCACTCTAGTAGCTCCTTCATCGGCATTCCGAAGAAGGCTGGAATATCTTGGT
AGAATGGATCACGGACGATGGTGTCCATCACGTCGAAGAGGAGAACCGGGAGCTTCCTTT
TCGTAGCGTCGCTGCGAGCGTAAGAAACCGAAGCCGGATCACGCTTCTTCCCGATGCTGC
TGTTCGGATTCAGATTGAACAAGTCCCCTTTCCGTGTATTCATCGCCGCCACCGCCGCCG
CCGCCGCCGTGGAAGACATCAGAAATGATCTGTTACTCCCGATCATCATCATCGCGATAA
GAGAAGGGCCACCC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 2 5

CO CL1254Contig1 802 2 5 U
GGATCCAAGTGGCAACTCATCCGCTAATTTTCCGACACATCTCCAAAAGTCACTTGTATC
CTCCACCGTTTCGCCACCGTCCGTGACAATAATGGCTCTTTCTTTCTCCGCCGCATCTCA
CTCACTCTGCTCCTCATCCCCACCAAAGTCTCTCTTTCCCCCGCCGCCGCCGTCTCCTCC
CATCCTTCTCCCCCTCTCGTTGCTTTCTCTTCCTCACCACATTCTCTCTCTTCTCTCCGG
AGCGTCGCATCCTCCTCTCTCTTCCCTCATTCCCCATCCCTCGTTCAGAGAAAACATCCG
AACAGAGGTTCTTGTAGCACGGTGGTGTCTCCCACTTGTGCTGCTGCTGCATCTGATGCA
GCTCAACTGAAAAGCGCTAAAGAAGACATCAAAGTCCTTCTCCGTACAAAGTTCTGCCAT
CCAATTCTCGTAAGGTTGGGATGGCACGATGCTGGAACTTATAACAAGAATATAGAGGAT
TGGCCACAGAGAGGTGGTGCTAATGGAAGTCTTACGTTCGAGCCTGAGCTTAAACATGCT
GCAAACGCTGGTCTCGTTGATGCTTTAAAGCTCATCGAACCTCTCAAAGAAAAGTATGCT
AACATCTCGTACGCTGACTTGTTCCAGTTAGCTAGTGCCACTGCTGTAGAGGAGGCTGGT
GGTCCTGAAATACCGATGAAGTATGGGAGAGTTGATGTCTCAGCACCTGAGCAGTTTCCT
GAAGAAAGAAGACTCCCTGATGCTGGACCACCTTCACCAGCTGATCATCTGAGAGAAGTA
TTCTACAGAATGGGACTAAATG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C538TF U 1
AF RR3A961TF U 1
BS 1 145 RR3A961TF
BS 146 146 RR3C538TF
BS 147 514 RR3A961TF
BS 515 515 RR3C538TF
BS 516 802 RR3A961TF

RD RR3C538TF 678 0 0
GGATCCAAGTGGCAACTCATCCGCTAATTTTCCGACACATCTCCAAAAGTCACTTGTATC
CTCCACCGTTTCGCCACCGTCCGTGACAATAATGGCTCTTTCTTTCTCCGCCGCATCTCA
CTCACTCTGCTCCTCATCCCCACCAAAGTCTCTCTTTCCCCCGCCGCCGCCGTCTCCTCC
CATCCTTCTCCCCCTCTCGTTGCTTTCTCTTCCTCACCACATTCTCTCTCTTCTCTCCGG
AGCGTCGCATCCTCCTCTCTCTTCCCTCATTCCCCATCCCTCGTTCAGAGAAAACATCCG
AACAGAGGTTCTTGTAGCACGGTGGTGTCTCCCACTTGTGCTGCTGCTGCATCTGATGCA
GCTCAACTGAAAAGCGCTAAAGAAGACATCAAAGTCCTTCTCCGTACAAAGTTCTGCCAT
CCAATTCTCGTAAGGTTGGGATGGCACGATGCTGGAACTTATAACAAGAATATAGAGGAT
TGGCCACAGAGAGGTGGTGCTAATGGAAGTCTTACGTTCGAGCCTGAGCTTAAACATGCT
GCAAACGCTGGTCTCGTTGATGCTTTAAAGCTCATCGAACCTCTCAAAGAAAAGTATGCT
AACATCTCGTACGCTGACTTGTTCCAGTTAGCTAGTGCCACTGCTGTAGAGGAG*CTGGT
GGTCCTGAAATACCGATG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3A961TF 802 0 0
GGATCCAAGTGGCAACTCATCCGCTAATTTTCCGACACATCTCCAAAAGTCACTTGTATC
CTCCACCGTTTCGCCACCGTCCGTGACAATAATGGCTCTTTCTTTCTCCGCCGCATCTCA
CTCACTCTGCTCCTCATCCCCACCAGAGTCTCTCTTTCCCCCGCCGCCGCCGTCTCCTCC
CATCCTTCTCCCCCTCTCGTTGCTTTCTCTTCCTCACCACATTCTCTCTCTTCTCTCCGG
AGCGTCGCATCCTCCTCTCTCTTCCCTCATTCCCCATCCCTCGTTCAGAGAAAACATCCG
AACAGAGGTTCTTGTAGCACGGTGGTGTCTCCCACTTGTGCTGCTGCTGCATCTGATGCA
GCTCAACTGAAAAGCGCTAAAGAAGACATCAAAGTCCTTCTCCGTACAAAGTTCTGCCAT
CCAATTCTCGTAAGGTTGGGATGGCACGATGCTGGAACTTATAACAAGAATATAGAGGAT
TGGCCACAGAGAGGTGGTGCTAATGGAAGTCTTAGGTTCGAGCCTGAGCTTAAACATGCT
GCAAACGCTGGTCTCGTTGATGCTTTAAAGCTCATCGAACCTCTCAAAGAAAAGTATGCT
AACATCTCGTACGCTGACTTGTTCCAGTTAGCTAGTGCCACTGCTGTAGAGGAGGCTGGT
GGTCCTGAAATACCGATGAAGTATGGGAGAGTTGATGTCTCAGCACCTGAGCAGTTTCCT
GAAGAAAGAAGACTCCCTGATGCTGGACCACCTTCACCAGCTGATCATCTGAGAGAAGTA
TTCTACAGAATGGGACTAAATG

QA 1 802 1 802
DS 



CO CL1254Contig2 1374 3 4 U
GCCTCTAGTCTCTTATTACAATGATGTCTTCGTTTACAAAGAATATTTAGTTATGTATAT
ATATGCAAAAGAGAAGAATCAAAAACAATGTTTTACAATTTAGAAACCAGAGTAATCAGA
AGAGTTGTTATTACCCAAGAAAGTGAAGAGTAGGACCACGACGCTGATGGCAATTATGAT
GTTGAGGAAGTAGTTAGTGGGTAATGGCTTATCAGGACTTCCTCCAATTGCTTCATACTC
TGCTCTTATCTTCTTCTTCATCGAATCCGAAAGCTCTTTCTTTTGAGTGGAATATTTAGC
AGCTACGAACTTCTCACCTTGTGCAGGGCCATTGTCAATGATAATGCCCTCAGGAGGATC
AAACTTAGCCCCAAGATTGCTGAGCTTAGCATGAGCTTCAGCGTAGTCCTTGAAGAAAGC
AGCTGGATCTTCAGCATATTTCTCTGCATAGTTCTTGAATGAAGGATCCTCGAATAGGGC
TGCATCAGTGGGCAAAACCAGAAAATCTTCGTCTCTCTTTTCCTTGATATCCTTGAAGTA
AGAATTGTCAAACTTGAGCCATTTCACTGTCCATGACTGTCCTCCTGGTTCTCCAGGTCC
AGCTTTCGTGTATTTTGTCTCGGGTTTGCCCCAGCCGCTACGTTCTGGTCTGGATCGACC
TAGGGTATGTGCACCAGATAAGGCAACTATCTCCTTATCATTTAGTCCCATTCTGTAGAA
TACTTCTCTCAGATGATCAGCTGGTGAAGGCGGTCCAGCATCAGGGAGTCTTCCTTCTTC
AGGACACTGCTCAGGTGCTGAGACATCAACTCTCCCATACTTCATCGGTATTTCAGGACC
ACCAGCCTCCTCTACAGCAGTGGCACTAGCTAACTGGAACAAGTCGGCGTAAGAGATGTT
AGTATACTTTTCTTTGATAGGTTCAATAAGCTTTAAAGCATTAACGAGACCAGCGTTTGC
AGCATGGTTAAGCTCAGGCTCGAACCTAAGACTTCCATTAGCATCGTGCCATCCCAACCT
TACGAGAATTGGATGGCAAAACTTTGTGCGGAGAAGCACTTTGATGTCTTCTTTAGCGCT
TCTCAGTTGAGCTGCATCGGAGGCAGCACACGTGGGAGACACCACCGTGTTACTACTAGT
ACCTCTGTTCGGATGTTTCCTCTGAACGAGGGAGGAGGAATGAGGAAAGAGAGAGGAAGA
TGCGACGCTCCGGAGAGAAGAGAGATAATGTGGTGATGAAGAAAAAGCAACGAGATGAGG
GGAAGAAGAGGAGACGGCGGCGGTGGGGGGAAGAGAGACTCTGGTGGAGGAGGAGCAGAG
TGAGTGAGATGCGGCGGAGAGAGAAAGAGCCATTATTGTAACGGACGGTGGCCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BF18JQ U 1
AF RR3H137JQ U 1
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AGAATTGTCAAACTTGAGCCATTTCACTGTCCATGACTGTCCTCCTGGTTCTCCAGGTCC
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DS 

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GT
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ATGCAAAAGAGAAGAATCAAAAACAATGTTTTACAATTTAGAAACCAGAGTAATCAGAAG
AGTTGTTATTACCCAAGAAAGTGAAGAGTAGGACCACGACGCTGATGGCAATTATGATGT
TGAGGAAGTAGTTAGTGGGTAATGGCTTATCAGGACTTCCTCCAATTGCTTCATACTCTG
CTCTTATCTTCTTCTTCATCGAATCCGAAAGCTCTTTCTTTTGAGTGGAATATTTAGCAG
CTACGAACTTCTCACCTTGTGCAGGGCCATTGTCAATGATAATGCCCTCAGGAGGATCAA
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CTGGATCTTCAGCATATTTCTCTGCATAGTTCTTGAATGAAGGATCCTCGAATAGGGCTG
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AATTGTCAAACTTGAGCCATTTCACTGTCCATGACTGTCCTCCTGGTTCTCCAGGTCCAG
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CTTCTCTCAG

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DS 

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TATTTCAGGACCACCAGCCTCCTCTACAGCAGTGGCACTAGCTAACTGGAACAAGTCGGC
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ACCAGCGTTTGCAGCATGGTTAAGCTCAGGCTCGAACCTAAGACTTCCATTAGCATCGTG
CCATCCCAACCTTACGAGAATTGGATGGCAAAACTTTGTGCGGAGAAGCACTTTGATGTC
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GTTACTACTAGTACCTCTGTTCGGATGTTTCCTCTGAACGAGGGAGGAGGAATGAGGAAA
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AACGAGATGAGGGGAAGAAGAGGAGACGGCGGCGGTGGGGGGAAGAGAGACTCTGGTGGA
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TGGCCC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 4

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GTCACAATCTATTTGGTTATATAAAAGTACATTTCTTGATCGTTACACCCCTACACTTAC
ACATAACTAAGTTGAGTTTATATTGCAACAGAAAAGCAGCTAAATTAAGCAGCATAAGTT
TGTTTATACATACAGGCACTCAAATTTATATCTATATTTGCTCTTGAGAGTAAAGAAGAT
TAACTTAAGCAGCATAAGTTTGCTTCAGATACTCTACAATCTCTGCACTCTCAAACATAT
TTACTCCAGTGTTCGGATCTTCCAAGTAAGGCACCTGAAAGTGACCTGCTTTCTTGAGCA
ATTCATGCCGTTTGGGGCTACCACGAGCACAACTGCGTTGAATGTGTGGTAACTCCAGTT
CAACGAGAACTTCGCGTACAAGCTTGCAAAACGGAGAACCCTCATATGCCCAAAATACGA
GTGGCTTAGGTGGTAGTTTTGCTGGTGTGTACAAGTTACCCTTCCCCATACGACCAATCA
TTGCAAAGCCAGCTGTTATAGCCGTTAATGGACCAAGTGTCAGACTTGAAGGAACCGTTC
CATCTCCATATTTCTCGGCCAGATACTTGATGATTGCATCTGATTCATACATGGACACTC
CAGTATTTGGATCAACCATGTAGGGAAACTGTTGTTTGCCACCCATCTGATTAACCTTGG
GGCGGAAATTAGGACTTCCTCTTGGACAAGGATAGTATAGAATATCAAGATCCAACACTG
CAACCATTTCCCTGACCTTGCGACAGAAGGGACATCCTTCAAACTCGTAAATCTCGATGG
GTTTCTCGGGACGAGGCCCAAGCTTTGAGCTTTCCTTTACAGTGATCCCGCCGAGAAGAA
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AAGCTTTGACCATGATTAGGGTTCTTCGAATTGATCTGCTTCGGGGGGAAGAGACCGGTA
AGAGGCTCGGAGGGAGGATAGTGTTCGCAAGTATCCCCGCCATCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH10JQ U 119
AF RR3EU40JQ U 85
AF RR3A289JQ U 1
AF RR3GH10TF C 444
BS 1 134 RR3A289JQ
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BS 838 850 RR3A289JQ
BS 851 1186 RR3GH10TF

RD RR3GH10JQ 580 0 0
TTTGTTTATACATACAGGCACTCAAATTTATATCTATATTTGCTCTTGAGAGTAAAGAAA
ATTAACTTAAGCAGCATAAGTTTGCTTCAGATACTCTACAATCTCTGCACTCTCAAACAT
ATTTACTCCAGTGTTCGGATCTTCCAAGTAAGGCACCTGAAAGTGACCTGCTTTCTTGAG
CAATTCATGCCGTTTGGGGCTACCACGAGCACAACTGCGTTGAATGTGTGGTAACTCCAG
TTCAACGAGAACTTCGCGTACAAGCTTGCAAAACGGAAAACCCTCATATGCCCAAAATAC
GGGTGGCTTAGGTGGTAGTTTTGCTGGTGTGTACAAGTTACCCTTCCCCATACGACCAAT
CATTGCAAAGCCAGCTGTTATAGCCGTTAATGGACCAAGTGTCAGACTTGAAGGAACCGT
TCCATCTCCATATTTCTCGGCCAGATACTTGATGATTGCATCTGATTCATACATGGACAC
TCCAGTATTTGGATCAACCATGTAGGGAAACTGTTGTTTGCCACCCATCTGATTAACCTT
GGGGCGGAAATTAGGACTTCCTCTTGGACAAGGATAGTAT

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3EU40JQ 679 0 0
GCAACAGAAAAGCAGCTAAATTAAGCAGCATAAGTTTGTTTATACATACAGGCACTCAAA
TTTATATCTATATTTGCTCTTGAGAGTAAAGAAGATTAACTTAAGCAGCATAAGTTTGCT
TCAGATACTCTACAATCTCTGCACTCTCAAACATATTTACTCCAGTGTTCGGATCTTCCA
AGTAAGGCACCTGAAAGTGACCTGCTTTCTTGAGCAATTCATGCCGTTTGGGGCTACCAC
GAGCACAACTGCGTTGAATGTGTGGTAACTCCAGTTCAACGAGAACTTCGCGTACAAGCT
TGCAAAACGGAGAACCCTCATATGCCCAAAATACGAGTGGCTTAGGTGGTAGTTTTGCTG
GTGTGTACAAGTTACCCTTCCCCATACGACCAATCATTGCAAAGCCAGCTGTTATAGCCG
TTAATGGACCAAGTGTCAGACTTGAAGGAACCGTTCCATCTCCATATTTCTCGGCCAGAT
ACTTGATGATTGCATCTGATTCATACATGGACACTCCAGTATTTGGATCAACCATGTAGG
GAAACTGTTGTTTGCCACCCATCTGATTAACCTTGGGGCGGAAATTAGGACTTCCTCTTG
GACAAGGATAGTATAGAATATCAAGATCCAACACTGCAACCATTTCCCTGACCTTGCGAC
AGAAGGGACATCCTTCAAA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3A289JQ 850 0 0
GTCACAATCTATTTGGTTATATAAAAGTACATTTCTTGATCGTTACACCCCTACACTTAC
ACATAACTAAGTTGAGTTTATATTGCAACAGAAAAGCAGCTAAATTAAGCAGCATAAGTT
TGTTTATACATACA**CACTCAAATTTATATCTATATTTGCTCTTGAGAGTAAAGAAGAT
TAACTTAAGCAGCATAAGTTTGCTTCAGATACTCTACAATCTCTGCACTCTCAAACATAT
TTACTCCAGTGTTCGGATCTTCCAAGTAAGGCACCTGAAAGTGACCTGCTTTCTTGAGCA
ATTCATGCCGTTTGGGGCTACCACGAGCACAACTGCGTTGAATGTGTGGTAACTCCAGTT
CAACGAGAACTTCGCGTACAAGCTTGCAAAACGGAGAACCCTCATATGCCCAGAATACGA
GTGGCTTAGGTGGTAGTTTTGCTGGTGTGTACGAGTTACCCTTCCCCATACGACCAATCA
TTGCAAAGCCAGCTGTTATAGCCGTTAATGGACCAAGTGTCAGACTTAAAGGAACTGTTC
CATCCCCATATTTCTCGGCCAGATACTTGATGATTGCATCTGATTCATACATGGACACTC
CAGTATTTGGATCAACCATGTAGGGAAACTGTTGTTTGCCACCCATCTGATTAACCCTAG
GACGAAAATTAGGACTTCCTCTTGGACAAGGATAGTAGAGAATATCAAGATCCAACACTC
CAACCATTTCCCTGACCTTGCGACAGAAGGGACATCCTTCAAACTCGTAAATCTCGATGG
GTTTCTCGGGACGAGGCCCAAGCTTTGAGCTTTCCTTTACAGTGATCCCGCCGAGACGAA
ACGCGTACTG

QA 1 850 1 850
DS 

RD RR3GH10TF 743 0 0
GGTGTGTACAAGTTACCCTTCCCCATACGACCAATCATTGCAAAGCCAGCTGTTATAGCC
GTTAATGGACCAAGTGTCAGACTTGAAGGAACCGTTCCATCTCCATATTTCTCGGCCAGA
TACTTGATGATTGCATCTGATTCATACATGGACACTCCAGTATTTGGATCAACCATGTAG
GGAAACTGTTGTTTGCCACCCATCTGATTAACCTTGGGGCGGAAATTAGGACTTCCTCTT
GGACAAGGATAGTATAGAATATCAAGATCCAACACTGCAACCACTTCCCTGACCTTGCGA
CAGAAGGGACATCCTTCAAACTCGTAAATCTCGATGGGTTTCTCGGGACGAGGCCCAAGC
TTTGAGCTTTCCTTTACAGTGATCCCGCCGAGAAGAAACGCGTACTGGTCAGGTGGAACC
TCGTTGTCGGACACGAAAGAAGCAGAGTACCCAGAGACGAAAACGCCGGTGCCGAAGCGG
AAAAGTAGTCCGATGGAAGCACCCAAGACGTCGAAGAGCTTTCCCGGTTTGACGGCGAAT
CGCTGCGGCTCCGGGGGCTTGAAACCTGGAGGAGCGGTGAATAGTACAGGTTCGCTGGAT
TTGGTGGAGACCGAAGCTGAGTCGGAAGGTTCGGAGGAAGCTTTGACCATGATTAGGGTT
CTTCGAATTGATCTGCTTCGGGGGGAAGAGACCGGTAAGAGGCTCGGAGGGAGGATAGTG
TTCGCAAGTATCCCCGCCATCCC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 2 6

CO CL1256Contig1 708 2 6 U
TCGAAGCTGGGCTACTTGCGGAGCGAATTAGCGGCTGCGATCGCCGATCGGAGAAGAAGA
AGAGGAAGAGGCCATGGGAATCTCCCGAGCTCGATCAAGCACCGTTTGTATTCTCCTGAT
GCTCTCGCTGAGCTTATTATTCTCCTGTGCTTTCTCTAAATCTCCTCGTCCTATATCCGA
TGCGGAGATCAGGGAGAAGAAGAACCAATGCTATGCTGATATTGAGAGTGGGCTATGGGG
TTGGCAATGCAAAGCTTCTTCCATAGCAAAAGAGAATTGTGCGCTGCGATGTCTTTCTCC
TGTTTGCTATGAGCTCATTTATGAGAGTGATCCCCTTGAAGAAGGTGAAAAGGATTTGAT
TCGGAGCCAAGAATACAAATATTGTATGTACAAGTCTTCGCTCGGGGAGAGCCTAGATGG
TGTTCGAGGCAGCTTTTTATAGAACCAAAGCAAACAAGACTCTCTTTAATTGTGTAGCAT
TCTGCTCTTACAAACTTCCATGTTTGTAAGACTTCGATTTTGTTTCAAACGCTCATCATG
TGAAAATAAAATTGCAGTTCTGCATAAATTTGTGATTTTGTGAGCTTGTACTATCCACAG
TTGTGTAGCTTTACACAAACGTGGCAACACACGAGCATTAGAAGCGATGAAGAACTTCAC
TTTTGTAGATTGATTCGATTTGTTTTAAACAAACTTGGCAACACACAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AP95TF U 1
AF RR3GV19TF U 7
BS 1 46 RR3AP95TF
BS 47 47 RR3GV19TF
BS 48 163 RR3AP95TF
BS 164 164 RR3GV19TF
BS 165 562 RR3AP95TF
BS 563 708 RR3GV19TF

RD RR3AP95TF 562 0 0
TCGAAGCTGGGCTACTTGCGGAGCGAATTAGCGGCTGCGATCGCCGGTCGGAGAAGAAGA
AGAGGAAGAGGCCATGGGAATCTCCCGAGCTCGATCAAGCACCGTTTGTATTCTCCTGAT
GCTCTCGCTGAGCTTATTATTCTCCTGTGCTTTCTCTAAATCTTCTCGTCCTATATCCGA
TGCGGAGATCAGGGAGAAGAAGAACCAATGCTATGCTGATATTGAGAGTGGGCTATGGGG
TTGGCAATGCAAAGCTTCTTCCATAGCAAAAGAGAATTGTGCGCTGCGATGTCTTTCTCC
TGTTTGCTATGAGCTCATTTATGAGAGTGATCCCCTTGAAGAAGGTGAAAAGGATTTGAT
TCGGAGCCAAGAATACAAATATTGTATGTACAAGTCTTCGCTCGGGGAGAGCCTAGATGG
TGTTCGAGGCAGCTTTTTATAGAACCAAAGCAAACAAGACTCTCTTTAATTGTGTAGCAT
TCTGCTCTTACAAACTTCCATGTTTGTAAGACTTCGATTTTGTTTCAAACGCTCATCATG
TGAAAATAAAATTGCAGTTCTG

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3GV19TF 702 0 0
GG
GGGCTACTTGCGGAGCGAATTAGCGGCTGCGATCGCCGATCGGAGAAGAAGAAGAGGAAG
AGGCCATGGGAATCTCCCGAGCTCGATCAAGCACCGTTTGTATTCTCCTGATGCTCTCGC
TGAGCTTATTATTCTCCTGTGCTTTCTCTAAATCTCCTCGTCCTATATCCGATGCGGAGA
TCAGGGAGAAGAAGAACCAATGCTATGCTGATATTGAGAGTGGGCTATGGGGTTGGCAAT
GCAAAGCTTCTTCCATAGCAAAAGAGAATTGTGCGCTGCGATGTCTTTCTCCTGTTTGCT
ATGAGCTCATTTATGAGAGTGATCCCCTTGAAGAAGGTGAAAATGATTTGATTCGGAGCC
AAGAATACAAATATTGTATGTACAAGTCTTCGCTCGGGGAGAGCCTAGATGGTGTTCGAG
GCAGCTTTTTATAGAACCAAAGCAAACAAGACTCTCTTTAATTGTGTAGCATTCTGCTCT
TACAAACTTCCATGTTTGTAAGACTTCGATTTTGTTTCAAACGCTCATCATGTGAAAATA
AAATTGTAGTTCTGCATAAATTTGTGATTTTGTGAGCTTGTACTATCCACAGTTGTGTAG
CTTTACACAAACGTGGCAACACACGAGCATTAGAAGCGATGAAGAACTTCACTTTTGTAG
ATTGATTCGATTTGTTTTAAACAAACTTGGCAACACACAA

QA 3 702 3 702
DS 



CO CL1256Contig2 1209 4 16 U
AAGAGGAGGAGATCTGGAGAGATTGGATCGGTGTTGAAGCCGTCTCGCCGGGAAGGAGTA
AAATGGCGGCGAAGCAGATGGAAGAGATACAGAAGAAGCTAGCGGTGCTGAGTTACCCAA
GGGCAAATGCTCCTGCTCAGTCTCTCCTCTTCGCCGGGATGGAACGTTATGCTCTTCTCG
AATGGCTCTTCTTCAAGTTGTTAGGTGATAAGTCTCCTTTCTCACAGCAAAATCTTCAGG
GAGATGCTGGAGTTCGTGATGAAGAAACTGTTCGCATTCAGTATTTGGCAGAGATTGCAA
AGTTTCTTGGGTTCACACCAACTGTAGACATTGAAGCCATTCAAGGACATGGAACCTATG
AAGATCGAATGGAAATGCTTCGCAATATTGTTGATTTGGTGGAGGCAAGCCTCTTCTCTG
ATAATCCCCAATGGAGTATTGATGAGCAGGTTGCCAAAGACATTCAGCTTATAGATGCTA
TTGCAGAGAGACAGTCTCTTATATTTTCTGAGGAATGCAAACTCTTCCCTGCTGATGTGC
AGATCCAGTCCATATATCCTTTACCAGATGTTTCAGAACTGGAGACTAAACTTTCAGAAC
AGGCCAAGATTCTCTCTAATCTTCAGCAAAAAGTTGATGATTTAGCAGCAAAGCATGCCT
ACAACCCCGACGAAGAATATGCAGAAGTGGAATCTGAACTAAGGGCTCGTTTAGAATCAT
TTCTTGAAACAGCTAGAGCGTTCAACACAATCTACACAAAGGAAATCCGACCATGGACTC
ACATGATGGAAGTACCTCAGCTTCATGGGTTTGGTCCTGCTGCAAACCGTTTACTGGAGG
CATATAATATGCTTCTCAAGTCCCTAGGGAACTTGAAGAACCTAAGAGACTCACATGCAG
CACTGTCGATTGGATCATCTGGAACAGTAGCTGGAGAGCCGTCTTCTGTAACTAGAATTG
TGTCCGAGTGTGAAGCCGCGTTAACTGTTCTTAATCGAGACCTTGGAATCCTCTCTGCTT
CTATTGCTCGTGAGCAAGGAGAGCGTCTGTAAAAACTGTGACGGATGATTACTTGAACAT
AATTTCTGTTTAATTCTTAGAAATCTCTTTAGGAGTGATCACAATAGTCTTCAACTATTT
TTTCTTGTGTGTTGCCAAGTTTGTTTTAAAACAAATCGAATCAATCTAAAAGTGAAGTTC
TTCATCGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ09TF U 1
AF RR3AJ84TF U 23
AF RR3AJ84JQ C 344
AF RR3FQ09JQ C 449
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BS 359 448 RR3FQ09TF
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BS 1118 1209 RR3FQ09JQ

RD RR3FQ09TF 543 0 0
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GAGATGCTGGAGTTCGTGATGAAGAAACTTTTCGCATTCAGTATTTGGCAGAGATTGCAA
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AAGATCGAATGGAAATGCTTCGCAATATTGTTGATTTGGTGGAGGCAAGCCTCTTCTCTG
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TTGCAGAGGGACAGTCTCTTATATTTTCTGAGGA*TGCAAACTCTTCCCTGCTGATGTGC
AGA

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DS 

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GG
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AAGTGGAAT
CTGA

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CTTCCCTGCTGATGTGCAGATCCAGTCCATATATCCTTTACCAGATGTTTCAGAACTGGA
GACTAAACTTTCAGAACAGGCCAAGATTCTCTCTAATCTTCAGCAAAAAGTTGATGATTT
AGCAGCAAAGCATGCCTACAACCCCGACGAAGAATATGCAGAAGTGGAATCTGAACTAAG
GGCTCGTTTAGAATCATTTCTTGAAACAGCTAGAGCGTTCAACACAATCTACACAAAGGA
AATCCGACCATGGACTCACATGATGGAAGTACCTCAGCTTCATGGGTTTGGTCCTGCTGC
AAACCGTTTACTGGAGGCATATAATATGCTTCTCAAGTTCCTAGGGAACTTGAAGAACCT
AAGAGACTCACATGCAGCACTGTCGATTGGATCATCTGGAACAGTAGCTGGAGAGCCGTC
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GATGATTACTTGAACATAATTTCTGTTTAATTCTTAGAAATCTCTTTAGGAGTG

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DS 

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G
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GAGGAATGCAAACTCTTCCCTGCTGATGTGCAGATCCAGTCCATATATCCTTTACCAGAT
GTTTCAGAACTGGAGACTAAACTTTCAGAACAGGCCAATATTCTCTCTAATCTTCAGCAA
AAAGTTGATGATTTAGCAGCAAAGCATGCCTACAACCCCGACGAAGAATATGCAGAAGTG
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ATCTACACAAAGGAAATCCGACCATGGACTCACATGATGGAAGTACCTCAGCTTCATGGG
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AACTTGAAGAACCTAAGAGACTCACATGCAGCACTGTCGATTGGATCATCTGGAACAGTA
GCTGGAGAGCCGTCTTCTGTAACTAGAATTGTGTCCGAGTGTGAAGCCGCGTTAACTGTT
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TAAAAACTGTGACGGATGATTACTTGAACATAATTTCTGTTTAATTCTTAGAAATCTCTT
TAGGAGTGATCACAATAGTCTTCAACTATTTTTTCTTGTGTGTTGCCAAGTTTGTTTTAA
AACAAATCGAATCAATCTAAAAGTGAAGTTCTTCATCGCG

QA 2 761 2 761
DS 



AS 2 4

CO CL1257Contig1 808 2 10 U
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TCTTGGAAGATTTATCATTAGACGCAACAGCAATATACTCCTCTGCATTAACTCTCTCCT
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CAGGTGGGCGGAACGACTCTTCTCTCTTTCTTTTCTTCTCTGTACTCTTCTCCGTCTGTT
TCTCTTGCTTCTCCTGCCACTTCTTCTCTGACTTCTTTGAGTCATTCATGAAGTATTCTC
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CCTTCTTCTCCTTGCTTTTGGGCTTCTTTTGCTGAACATTTTTCTTCTTGTAAGAAGGAA
GAAACCTATCCCATTTTTCCGTTGCAAGCGCTGGATCCTTTGCCAGCTCCCTTCTCATCA
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TTCGGACTTGTTTTAGACCTTTAAAAGAACCCATTGCGGCTACAGTACTTCCCTGAACTA
GGATGTAACAGTCGGTTAATATTTCCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI61JQ U 1
AF RR3C910JQ U 78
BS 1 229 RR3GI61JQ
BS 230 230 RR3C910JQ
BS 231 265 RR3GI61JQ
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TCTTGGAAGATTTATCATTAGACGCAACAGCAATATACTCCTCTGCATTCACTCTCTCCT
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TCTCTTGCTTCTCCTGCCACTTCTTCTCTGACTTCTTTGAGTCATTCATGAAGTATTCTC
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CCTTCTTCTCCTTGCTTTTGGGCTTCTTTTGCTGAACATTTTTCTTCTTGTAAGAAGGAA
GAAACCTATCCCA

QA 1 613 1 613
DS 

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GG
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AAACATGTTTTAAGATTAATCTCTGATGACTTAAGATTTCTTCTTGGAAGATTTATCATT
AGACGCAACAGCAATATACTCCTCTGCATTAACTCTCTCCTGTGTTTTCCTCTGCTTCTT
CAACTCCTTTGTCTTGCTCTTTATGGATTTTGTTAACTCGGTTAAATCTTTCTTCCCCTC
CTCAGATTTGTTCGAGTTGTTGCTGCTCTTCACAGGTTCCTCAGGTGGGCGGAACGACTC
TTCTCTCTTTCTTTTCTTCTCTGTACTCTTCTCCGTCTGTTTCTCTTGCTTCTCCTGCCA
CTTCTTCTCTGACTTCTTTGAGTCATTCATGAAGTATTCTCCAGACTCCAATTGCATATC
AATCTTGCTAGGCGGCTGAGGAGGAGGGAATGGTGTGTATTCCTTCTTCTCCTTGCTTTT
GGGCTTCTTTTGCTGAACATTTTTCTTCTTGTAAGAAGGAAGAAACCTATCCCATTTTTC
CGTTGCAAGCGCTGGATCCTTTGCCAGCTCCCTTCTCATCATGAGATCCTTTATCTGGTA
TACAGGATGTAATTCATTACGCATGCACTGTTCCACAACCCTTCGGACTTGTTTTAGACC
TTTAAAAGAACCCATTGCGGCTACAGTACTTCCCTGAACTAGGATGTAACAGTCGGTTAA
TATTTCCAT

QA 3 731 3 731
DS 



CO CL1257Contig2 676 2 9 U
GGGCCTCTAGAGAGTTCTAACTGATAACAGCGTCAATGGCGGAAGAGGAGGTGAAGGAGC
TTGAGCACGAGAACGAGAACCAGAACCTGGAGAGAAAGCCGAAACACAAAGGCAAGCACG
ACAAGGAGAAGCCATGGGACGATGACCCCAACATCAACCGTTGGGCAGTCGAGCCGTTCG
ATCCGGCGTGTAATCCGACGGGCATGCTCGAAGTCAGCACATTCTCCACACTCTTTCCTC
AGTACAGAGAGAAGTATCTTCAGGACTCTTGGCCCACAATCGAATCCGCTCTCAAACAAT
ACGGCGTCGCTTGCAAACTCAACCTGGTTGAAGGATCTATGACTGTTTCGACGACGAGGA
AGACTAGAGATCCTTATATCATTGTCAAAGCTAGGGATTTGATTAAGCTTCTTTCCAGAA
GTGTTCCTGCTCCTCAGGCAATCAAGATTCTGGAAGATGAAGTGCAATGTGATATCATCA
AGATTGGAAACTTGGTTCGGAATAAGGCAAGATTTGTTAAGAGAAGGCAACGGCTTGTGG
GTCCTAATTCTTCTACCTTGAAGGCGATGGAAATATTAACCGACTGTTACATCCTAGTTC
AGGGAAGTACTGTAGCCGCAATGGGTTCTTTTAAAGGTCTAAAACAAGTCCGAAAGGGTG
TGGAACAGTGCATGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C910TF U 17
AF RR3GI61TF U 1
BS 1 277 RR3GI61TF
BS 278 278 RR3C910TF
BS 279 574 RR3GI61TF
BS 575 575 RR3C910TF
BS 576 583 RR3GI61TF
BS 584 584 RR3C910TF
BS 585 592 RR3GI61TF
BS 593 593 RR3C910TF
BS 594 676 RR3GI61TF

RD RR3C910TF 615 0 0
GG
AACTGATAACAGCGTCAATGGCGGAAGAGGAGGTGA*GGAGCTTGAGCACGAGAACGAGA
ACCAGAACCTGGAGAGAAAGCCGAAACACAAAGGCAAGCACGACAAGGAGAAGCCATGGG
ACGATGACCCCAACATCAACCGTTGGGCAGTCGAGCCGTTCGATCCGGCGTGTAATCCGA
CGGGCATGCTCGAAGTCAGCACATTCTCCACACTCTTTCCTCAGTACAGAGAGAAGTATC
TTCAGGACTCTTGGCCCACAATCGAATCCTCTCTCAAACAATACGGCGTCGCTTGCAAAC
TCAACCTGGTTGAAGGATCTATGACTGTTTCGACGACGAGGAAGACTAGAGATCCTTATA
TCATTGTCAAAGCTAGGGATTTGATTAAGCTTCTTTCCAGAAGTGTTCCTGCTCCTCAGG
CAATCAAGATTCTGGAAGATGAAGTGCAATGTGATATCATCAAGATTGGAAACTTGGTTC
GGAATAAGGCAAGATTTGTTAAGAGAAGGCAACGGCTTGTGGGTCCTAATTCTTCTACCT
TGAAGGCGATGGAAATATTAACCGACTGTTACATCCTAGTTCAGGGAAGTACTGTAGCCG
CAATGGGTTCTTT

QA 3 615 3 615
DS 

RD RR3GI61TF 676 0 0
GGGCCTCTAGAGAGTTCTAACTGATAACAGCGTCAATGGCGGAAGAGGAGGTGAAGGAGC
TTGAGCACGAGAACGAGAACCAGAACCTGGAGAGAAAGCCGAAACACAAAGGCAAGCACG
ACAAGGAGAAGCCATGGGACGATGACCCCAACATCAACCGTTGGGCAGTCGAGCCGTTCG
ATCCGGCGTGTAATCCGACGGGCATGCTCGAAGTCAGCACATTCTCCACACTCTTTCCTC
AGTACAGAGAGAAGTATCTTCAGGACTCTTGGCCCACTATCGAATCCGCTCTCAAACAAT
ACGGCGTCGCTTGCAAACTCAACCTGGTTGAAGGATCTATGACTGTTTCGACGACGAGGA
AGACTAGAGATCCTTATATCATTGTCAAAGCTAGGGATTTGATTAAGCTTCTTTCCAGAA
GTGTTCCTGCTCCTCAGGCAATCAAGATTCTGGAAGATGAAGTGCAATGTGATATCATCA
AGATTGGAAACTTGGTTCGGAATAAGGCAAGATTTGTTAAGAGAAGGCAACGGCTTGTGG
GTCCTAATTCTTCTACCTTGAAGGCGATGGAAATTTTAACCGATTGTTACATTCTAGTTC
AGGGAAGTACTGTAGCCGCAATGGGTTCTTTTAAAGGTCTAAAACAAGTCCGAAAGGGTG
TGGAACAGTGCATGCG

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 5

CO CL1258Contig1 686 5 5 U
GGACATCCTTCAAAGCCACTTCGAAACCATTCTTGTATTGAGAGAGAGTACACAGACGAA
AACAAGAAGAAAGTTT********ATTGTCTGTTCTATCTTTCTCTCTTTCAAGAAACCA
CATACTTCGAAAACATGGCTCGTTCTCTCTCTAACGTTAAGATCGTATCTGCTTTCGTCT
CTCAAGAACTCTCCAATGCAATCTTCCGACGCGGTTATGCGGCTACGGCGGCGCAAGCGG
CCGGTGTGAAAGGTGGAGCCGTTGTTTCGGCGGTGATGAAGAAGAAGAGAGTGGAAGAAT
CGACCCAAAAGATTGCTTGGATTCCAGACCCCAAAACCGGTTATTACAGACCGGAAACTT
GTTCAAAGGAGATAGACCCAGCAGAGCTACGAGCAGCTCTCTTGAACAACAAGCAGTAAT
GAAAAAAAAAAA***CAAGCAGTGATGAATTAACCGAAGAAATCTCTTTTTCTGTTAATT
ATTTGTTGTTAGTTTTAATGTCTTGGGGGAATAGGGTAATGATCCTTTGCGGTGAACCCT
ATGTTTGTCTGTCTGCTACGTGCGATTCTGCAACTAATAACATAGAGAACTCTTTTGGTT
CCTCTACACTTTGTAACAAAATGATCAATGGACGTATGACTGAAAGTATTTATATAATAA
ACAGTTTAGTTGAAAAGTAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 
30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C942TF U 1
AF RR3EP09TF U 3
AF RR3FN40TF U 3
AF RR3FN40JQ C 193
AF RR3EP09JQ C 187
BS 1 295 RR3C942TF
BS 296 298 RR3EP09TF
BS 299 656 RR3C942TF
BS 657 679 RR3EP09TF
BS 680 686 RR3FN40TF

RD RR3C942TF 657 0 0
GGACATCCTTCAAAGCCACTTCGAAACCATTCTTGTATTGAGAGAGAGTACACAGACGAA
AACAAGAAGAAAGTTT********ATTGTCTGTTCTATCTTTCTCTCTTTCAAGAAACCA
CATACTTCGAAAACATGGCTCGTTCTCTCTCTAACGTTAAGATCGTATCTGCTTTCGTCT
CTCAAGAACTCTCCAATGCAATCTTCCGACGCGGTTATGCGGCTACGGCGGCGCAAGCGG
CCGGTGTGAAAGGTGGAGCCGTTGTTTCGGCGGTGATGAAGAAGAAGAGAGTGGA***AT
CGACCCAAAAGATTGCTTGGATTCCAGACCCCAAAACCGGTTATTACAGACCGGAAACTT
GTTCAAAGGAGATAGACCCAGCAGAGCTACGAGCAGCTCTCTTGAACAACAAGCAGTAAT
GAAAAAAAAAAA***CAAGCAGTGATGAATTAACCGAAGAAATCTCTTTTTCTGTTAATT
ATTTGTTGTTAGTTTTAATGTCTTGGGGGAATAGGGTAATGATCCTTTGCGGTGAACCCT
ATGTTTGTCTGTCTGCTACGTGCGATTCTGCAACTAATAACATAGAGAACTCTTTTGGTT
CCTCTACACTTTGTAACAAAATGATCAATGGACGTATGACTGAAAGTATTTATATA
G

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3EP09TF 678 0 0
GG
ATCCTTCAAAGCCATTTCGAAACCATTCTTGTATTGAGAGAGAGTACACAGACGAAAACA
AGAAGAAAGTTTCAACGTTTATTGTCTGTTCTATCTTTCTCTCTTTCAAGAAACAACATA
CTTCGAAAACATGGCTCGTTCTCTCTCTAACGTTAAGATTGTATCTGCTTTCGTCTCTCA
AGAACTCTCCAATGCAATCTTCCGACGCGGTTATGCGGCTACGGCGGCGCAAGCGGCCGG
TGGGAAAGGTGGAGCCGTTGTTTCGGCGGTGATGAAGAAGAAGAGAGTGGAAGAATCGAC
CCAAAAGATTGCTTGGATTCCAGACCCCAAAACCGGTTATTACAGACCGGAAACTTGTTC
AAAGGAGATAGACCCAGCAGAGCTACGAGTAGCTCTCTTGAACAACAAGCAGTAATGAAA
AAAAAAAAAAACAAGCAGTGATGAATTAACCGAAGAAAGCTCTTTTTCTGTTAATTATTT
GTTGTTAGTTTTAATGTCTTGGGGGAATAGGGTAATGATCCTTTGCGGTGAACCCTATGT
TTGTCTGTCTGCTACGTGCGATTCTGCAATTAATAACATAGAGAACTCTTTTGGTTCCTC
TACACTTTGTAACAAAATGATCAATGGATGTATGACTGAAAGTATTTATATAATAAACAG
TTTAGTTGAAAAGTA
C

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR3FN40TF 684 0 0
GG
ATCCTTCAAAGCCACTTCGAAACCATTCTTGTATTGAGAGAGAGTACACAGACGAAAACA
AGAAGAAAGTTT********ATTGTCTGTTCTATCTTTCTCTCTTTCAAGAAACCACATA
CTTCGAAAACATGGCTCGTTCTCTCTCTAACGTTAAGATCGTATCTGCTTTCGTCTCTCA
AGAACTCTCCAATGCAATCTTCCGACGCGGTTATGCGGCTACGGCGGCGCAAGCGGCCAG
TGTGAAAGGTGGAGCCGTTGTTTCGGCGGTGATGAAGAAGAAGAGAGTGGAAGAATCGAC
CCAAAAGATTGCTTGGATTCCAGACCCCAAAACCGGTTATTACAGACCGGAAACTTGTTC
AAAGGAGATAGACCCAGCAGAGCTACGAGCAACTCTCTTGAACAACAAGCAGTAATGAAA
AAAAAAAA***CAAGCAGTGATGAATTAACCGAAGAAATCTCTTTTTCTGTTAATTATTT
GTTGTTAGTTTTAATGTCTTGGGGGAATAGGGTAATGATCCTTTGCGGTGAACCCTATGT
TTGTCTGTCTGCTACGTGCGATTCTGCAACTAATAACATAGAGAACTCTTTTGGTTCCTC
TACACTTTGTAACAAAATGATCAATGGACGTATGACTGAAAGTATTTATATAATAAGCAG
TTTAGTTGAAAAGTAAAAAAAA

QA 3 684 3 684
DS 

RD RR3FN40JQ 480 0 0
CCAATGCAATCTTCCGACGCGGTTATGCGGCTACGGCGGCGCAAGCGGCCAGTGTGAAAG
GTGGAGCCGTTGTTTCGGCGGTGATGAAGAAGAAGAGAGTGGAAGAATCGACCCAAAAGA
TTGCTTGGATTCCAGACCCCAAAACCGGTTATTACAGACCGGAAACTTGTTCAAAGGAGA
TAGACCCAGCAGAGCTACGAGCAACTTTCTTGAACAACAAGCAGTAATGAAAAAAAAAAA
***CAAGCAGTGATGAATTAACCGAAGAAATCTCTTTTTCTGTTAATTATTTGTTGTTAG
TTTTAATGTCTTGGGGGAATAGGGTAATGATCCTTTGCGGTGAACCCTATGTTTGTCTGT
CTGCTACGTGCGATTCTGCAACTAATAACATAGAGAACTCTTTTGGTTCCTCTACACTTT
GTAACAAAATGATCAATGGACGTATGACTGAAAGTATTTATATAATAAGCAGTTTAGTTG

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR3EP09JQ 494 0 0
AACTCTCCAATGCAATCTTCCGACGCGGTTATGCGGCTACGGCGGCGCAAGCGGCCGGTG
GGAAAGGTGGAGCCGTTGTTTCGGCGGTGATGAAGAAGAAGAGAGTGGAAGAATCGACCC
AAAAGATTGCTTGGATTCCAGACCCCAAAACCGGTTATTACAGACCGGAAACTTGTTCAA
AGGAGATAGACCCAGCAGAGCTACGAGTAGCTTTCTTGAACAACAAGCAGTAATGAAAAA
AAAAAAAAACAAGCAGTGATGAATTAACCGAAGAAAGCTCTTTTTCTGTTAATTATTTGT
TGTTAGTTTTAATGTCTTGGGGGAATAGGGTAATGATCCTTTGCGGTGAACCCTATGTTT
GTCTGTCTGCTACGTGCGATTCTGCAATTAATAACATAGAGAACTCTTTTGGTTCCTCTA
CACTTTGTAACAAAATGATCAATGGATGTATGACTGAAAGTATTTATATAATAAACAGTT
TAGTTGAAAAGTA
C

QA 1 493 1 493
DS 



AS 1 4

CO CL1259Contig1 889 4 10 U
GGGACACCATTTGCTAGCTGAGAAGAAGACGGTGGAAGATGTCGAGCGGAGGATACGGAG
ACCCGTCGCAGAAGATTGACTACGTCTTCAAGCTAGTCCTGATCGGAGACTCCGGAGTCG
GAAAATCTCAGATACTCTCCCGTTACGCGAGGAACGAGTTCAGCTTGGACTCCAAAGCCA
CCATCGGCGTCGAGTTCCAAACTCGAACGCTCGTGATGGACCATAAGAGCGTCAAGGCTC
AGATCTGGGACACCGCCGGCCAAGAACGGTATAGAGCGGTGACGAGCGCGTATTACAGAG
GAGCGGTTGGTGCGATGCTTGTTTACGACGTGACGCGGCGTCAGACGTTCGATCACATCC
CAAGGTGGTTAGAGGAGCTGAGAGGCCACGCGGACAAGAACATTGTGATAATACTGGTCG
GGAACAAGTCTGATCTCGAAGATCAGCGTGCGATCTCGACGGAAGATGCTAAAGAGTTCG
CGGAGGCGGAGGGTCTTTTCTTCTTGGAGACTTCGGCTCTGAACGCGGTCAACGTGGAGA
CGGCTTTCTCGACTGTTTTGACTGAGATTTTCAATATTGTGAACAAGAAGAACCTTGTTG
CTGGAGAA*GGGAATGGTGGTGATTCTGCGTCGCTTGCTGGTAAGAAGATTGATATTGTT
CCTGGTCCTGCTCAGGTGATTCCGACAAAGAGTGGCATGTGCTGTAACTCGTATAAACCG
ATTCGATGTTTCCTTTTGTATCGTTACTTCTCATGTATTATCAAGGCCTTTGTTTTTTCA
AGTGTTTGATTGAGTATTATAGCTTTGTTTTTAAACAGTTTCATGGAACAAAGTTTTGAT
CAAGAAGGCTTCATAAATTAAAACGAAACATAGCAAACAAGTTCGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB13TF U 18
AF RR3F172TF U 1
AF RR3EB13JQ C 215
AF RR3F172JQ C 172
BS 1 106 RR3F172TF
BS 107 107 RR3EB13TF
BS 108 274 RR3F172TF
BS 275 275 RR3EB13TF
BS 276 608 RR3F172TF
BS 609 609 RR3F172JQ
BS 610 675 RR3F172TF
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BS 677 746 RR3F172TF
BS 747 889 RR3F172JQ

RD RR3EB13TF 589 0 0
GG
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CTACGTCTTCAAGCTAGTCCTGATCGGAGACTCCGGAGTCGGAAAATCTCAGATACTCTC
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CCAAGAACGGTATAGAGCGGTGACGAGCGCGTATTACAGAGGAGCGGTTGGTGCGATGCT
TGTTTACGACGTGACGCGTCGTCAGACGTTCGATCACATCCCAAGGTGGTTAGAGGAGCT
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CTTCTTGGAGACTTCGGCTCTGAACGCGGTCAACGTGGAGACGGCTTTCTCGACTGTTTT
GACTGAGATTTTCAATATTGTGAACAAGAAGAACCTTGTTGCTGGAG

QA 3 589 3 589
DS 

RD RR3F172TF 746 0 0
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GAAAATCTCAGATACTCTCCCGTTACGCGAGGAACGAGTTCAGCTTGGACTCCAAAGCCA
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AGATCTGGGACACCGCCGGCCAAGAACGGTATAGCGCGGTGACGAGCGCGTATTACAGAG
GAGCGGTTGGTGCGATGCTTGTTTACGACGTGACGCGGCGTCAGACGTTCGATCACATCC
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GGAACAAGTCTGATCTCGAAGATCAGCGTGCGATCTCGACGGAAGATGCTAAAGAGTTCG
CGGAGGCGGAGGGTCTTTTCTTCTTGGAGACTTCGGCTCTGAACGCGGTCAACGTGGAGA
CGGCTTTCTCGACTGTTTTGACTGAGATTTTCAATATTGTGAACAAGAAGAACCTTGTTG
CTGGAGAAAGGGAATGGTGGTGATTCTGCGTCGCTTGCTGGTAAGAAGATTGATATTGTT
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ATTCGATGTTTCCTTTTGTATCGTTA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3EB13JQ 565 0 0
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AGCGGTGACGAGCGCGTATTACAGAGGAGCGGTTGGTGCGATGCTTGTTTACGACGTGAC
GCGTCGTCAGACGTTCGATCACATCCCAAGGTGGTTAGAGGAGCTGAGAGGCCACGCGGA
CAAGAACATTGTGATAATACTGGTCGGGAACAAGTCTGATCTCGAAGATCAGCGTGCGAT
CTCGACGGAAGATGCTAAAGAGTTCGCGGAGGCGGAGGGTCTTTTCTTCTTGGAGACTTC
GGCTCTGAACGCGGTCAACGTGGAGACGGCTTTCTCGACTGTTTTGACTGAGATTTTCAA
TATTGTGAACAAGAAGAACCTTGTTGCTGGAGAA*GGGAATGGTGGTGATTCTGCGTCGC
TTGCTGGTAAGAAGATTGATATTGTTCCTGGTCCTGCTCAGGTGATTCCGACAAAGAGTG
GCATGTGCTGTAATTCGTAGAAACCGATTCGATGTTTCCTTTTGTATCGTTACTTCTCAT
GTATTATCAAGGCCTTTGTTTTTTC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3F172JQ 718 0 0
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TCAAGGCTCAGATCTGGGACACCGCCGGCCAAGAACGGTATAGCGCGGTGACGAGCGCGT
ATTACAGAGGAGCGGTTGGTGCGATGCTTGTTTACGACGTGACGCGGCGTCAGACGTTCG
ATCACATCCCAAGGTGGTTAGAGGAGCTGAGAGGCCACGCGGACAAGAACATTGTGATAA
TACTGGTCGGGAACAAGTCTGATCTCGAAGATCAGCGTGCGATCTCGACGGAAGATGCTA
AAGAGTTCGCGGAGGCGGAGGGTCTTTTCTTCTTGGAGACTTCGGCTCTGAACGCGGTCA
ACGTGGAGACGGCTTTCTCGACTGTTTTGACTGAGATTTTCAATATTGTGAACAAGAAGA
ACCTTGTTGCTGGAGAA*GGGAATGGTGGTGATTCTGCGTCGCTTGCTGGTAAGAAGATT
GATATTGTTCCTGGTCCTGCTCAGGTGATTCCGACAAAGAGTGGCATGTGCTGTAACTCG
TATAAACCGATTCGATGTTTCCTTTTGTATCGTTACTTCTCATGTATTATCAAGGCCTTT
GTTTTTTCAAGTGTTTGATTGAGTATTATAGCTTTGTTTTTAAACAGTTTCATGGAACAA
AGTTTTGATCAAGAAGGCTTCATAAATTAAAACGAAACATAGCAAACAAGTTCGGTCC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 2 6

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TTCACTGCCACTTTCTTCTAGAAGATTCTCTCTTCGATCTCAGACTCAGTTCAGAGTCAA
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ACCAGCTTCAACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAGCCAGTTTACTCGATGAAGAA
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TGGTCATCCACCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGCGAGGTTCT
GGACATTCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGATGGGTTGGTATCCCAAC
CGCACCGGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCCGAGAAACTTGTTTACGAGCG
ACTATAGAGTCCACAAGTCTCCAAGAAGAATGCAACTGATACGATGGGTTGTGAGATGAA
TGATAACACAATGGAACCACCATGATCATGTCAAGAGTTTTACAATGTATCAAATGAGTT
ACCGCAGTCAAAAAAACTGTTGTGGAATGTAAAAAAAATGTGACG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E746JQ C 1
AF RR3E746TF U 1
BS 1 2 RR3E746JQ
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RD RR3E746JQ 645 0 0
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TTCACTGCCACTTTCTTCTAGAAGATTCTCTCTTCGATCTCAGACTCAGTTCAGAGTCAA
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GGGTCAAATCGTTCGTGTAGACAAGGAGAAGTACCTCAACAGCATCAATTACTTATCAGT
TGGTCATCCACCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGCGAGGTTCT
GGACATTCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGATGGGTTGGTATCCCAAC
CGCACCGGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCCGAGAAACTTGTTTACGAGCG
ACTATAGAGTCCACAAGTCTCCAAGAAGAATGCAACTGATACGATGGGTTGTGAGATGAA
TGATAACACAATGGAACCACCATGATCATGTCAAGAGTTTTACAATGTATCAAATGAGTT
ACCGCAGTCAAAAAAACTGTTGTGGAATGTAAAAAAAATGTGACG

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3E746TF 644 0 0
GG
CTCCAATGGCGTTCTCAACGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCTCTTTCGAGGATCTCCTCTT
CACTGCCACTTTCTTCTAGAAGATTCTCTCTTCGATCTCAGACTCAGTTCAGAGTCAAAG
CAGAGGCAGAGAATGAGAAACAGAGCACACAGACTAAATCCGAAGGGGAAGCAGCTTCAC
CAGCTTCAACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAGCCAGTTTACTCGATGAAGAAGG
GTCAAATCGTTCGTGTAGACAAGGAGAAGTACCTCAACAGCATCAATTACTTATCAGTTG
GTCATCCACCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGCGAGGTTCTGG
ACATTCGCGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGATGGGTTGGTATCCCAACCG
CACCGGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCCGAGAAACTTGTTTACGAGCGAC
TATAGAGTCCACAAGTCTCCAAGAAGAATGCAACTGATACGATGGGTTGTGAGATGAATG
ATAACACAATGGAACCACCATGATCATGTCAAGAGTTTTACAATGTATCAAATGAGTTAC
CGCAGTCAAAAAA*CTGTTGTGGAATGTAAAAAAA
TGTGACG

QA 3 637 3 637
DS 



CO CL1260Contig2 767 4 18 U
GGAGCCATTGCGGTCTTATCCCAAAATCCCAACAAAACACAGAGAAATTTTCGTGGTGGT
CTTCTCCAATGGCTTTCTCAGCGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCTCTTTCGACGATCTCCT
CTTCACTGCCACTTTCTTCTAGAAGCTTCCCTCTTCGACCTCAGACTCAGTTCAGAGTCA
AAGCAGAGGCAGAGAATGAGAAACAGAGTACACAGACTAAATCCGAAGGGGACGCTTCAC
CAGCTTCAACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAACCAGTTTACTCGATGAAGAAGG
GTCAAATCGTTCGTGTAGACAAGTAGAAGTACCTCAACAGCATCAATTACTTATCAGTTG
GTCATCCTCCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGTGAGGTCCTTG
ACATTCGTGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGATGGGTTGGTATCCCAACCG
CACCGGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCCGAGAAACTTGTTTACGAGCGAC
TATAGAGTCCACAAGTCTCCAAGAAGAATGCAACTGATACGATGGGTTGTGAGATGAATG
TTAACACAATGGAACCACCATAATCATGTCAAGAGTTTTACAATGTATCAAATGAGTTAC
CGTAGTCAAAAAAAAAAACTGTTGTGGAATGTAAAAAAAACGTGATGAGACTGAATCTTA
CAAAAAGAATGCAGCTTCCATAGTTGCATACCTAAACCGAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G850TF U 5
AF RR3F710TF U 1
AF RR3F343TF U 5
AF RR3F343JQ C 159
BS 1 53 RR3F710TF
BS 54 54 RR3F343TF
BS 55 323 RR3F710TF
BS 324 324 RR3F343TF
BS 325 418 RR3F710TF
BS 419 419 RR3F343TF
BS 420 450 RR3F710TF
BS 451 451 RR3F343TF
BS 452 612 RR3F710TF
BS 613 677 RR3F343TF
BS 678 678 RR3F343JQ
BS 679 699 RR3F343TF
BS 700 700 RR3F343JQ
BS 701 725 RR3F343TF
BS 726 728 RR3F343JQ
BS 729 738 RR3F343TF
BS 739 739 RR3F343JQ
BS 740 767 RR3F343TF

RD RR3G850TF 451 0 0
GG
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CAATGGCTTTCTCAGCGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCTCTTTCGACGATCTCCTCTTCAC
TGCCACTTTCTTCTAGAAGCTTCCCTCTTCGACCTCAGACTCAGTTCAGAGTCAAAGCAG
AGGCAGAGAATGAGAAACAGAGTACACAGACTAAATCCGAAGGGGACGCTTCACCAGCTT
CAACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAACCAGTTTACTCGATGAAGAAGGGTCAAA
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CTCCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGTGAGGTCCTTGACATTC
GTGTCTTTGAGACAGGAGGGTATGCCCTT

QA 3 451 3 451
DS 

RD RR3F710TF 612 0 0
GGAGCCATTGCGGTCTTATCCCAAAATCCCAACAAAACACAGAGAAATTTTCGCGGTGGT
CTTCTCCAATGGCTTTCTCAGCGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCTCTTTCGACGATCTCCT
CTTCACTGCCACTTTCTTCTAGAAGCTTCCCTCTTCGACCTCAGACTCAGTTCAGAGTCA
AAGCAGAGGCAGAGAATGAGAAACAGAGTACACAGACTAAATCCGAAGGGGACGCTTCAC
CAGCTTCAACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAACCAGTTTACTCGATGAAGAAGG
GTCAAATCGTTCGTGTAGACAAGGAGAAGTACCTCAACAGCATCAATTACTTATCAGTTG
GTCATCCTCCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGTGAGGTCCTCG
ACATTCGTGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGTCCTTGTTGGATGGGTTGGTATCCCAACCG
CACCGGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCCGAGAAACTTGTTTACGAGCGAC
TATAGAGTCCACAAGTCTCCAAGAAGAATGCAACTGATACGATGGGTTGTGAGATGAATG
TTAACACAATGG

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3F343TF 763 0 0
GG
ATTGCGGTCTTATCCCAAAATCCCAACAAAACACAGAGAAATTTTCGTGGTGGTCTTCTC
CAATGGCTTTCTCAGCGACTCTGTCTCAGCTTTCTTCTCTTTCGACGATCTCCTCTTCAC
TGCCACTTTCTTCTAGAAGCTTCCCTCTTCGACCTCAGACTCAGTTCAGAGTCAAAGCAG
AGGCAGAGAATGAGAAACAGAGTACACAGACTAAATCCGAAGGGGACGCTTCACCAGCTT
CAACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAACCAGTTTACTCGATGAAGAAGGGTCAAA
TCGTTCGTGTAGACAAGTAGAAGTACCTCAACAGCATCAATTACTTATCAGTTGGTCATC
CTCCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTATGAAGATCGCGGTGAGGTCCTTGACATTC
GTGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTTGGATGGGTTGGTATCCCAACCGCACCGG
CTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCCGAGAAACTTGTTTACGAGCGACTATAGA
GTCCACAAGTCTCCAAGAAGAATGCAACTGATACGATGGGTTGTGAGATGAATGTTAACA
CAATGGAACCACCATAATCATGTCAAGAGTTTTACAATGTATCAAATGAGTTACCGTAGT
CAAAAAAAAAA*CTGTTGTGGAATGTAAAAAAA*CGTGATGAGACTGAATCTTACAAAA*
*GATGCAGCTTC*ATAGTTGCATACCTAAACCGAAAAAAAA

QA 3 763 3 763
DS 

RD RR3F343JQ 601 0 0
CCTCAGACTCAGTTCAGAGTCAAAGCAGAGGCAGAGAATGAGAAACAGAGTACACAGACT
AAATCCGAAGGGGACGCTTCACCAGCTTCAACCAAAACCCCTAAAACTCTTCCCAAGAAA
CCAGTTTACTCGATGAAGAAGGGTCAAATCGTTCGTGTAGACAAGTAGAAGTACCTCAAC
AGCATCAATTACTTATCAGTTGGTCATCCTCCTTTCTACAAAGGACTAGATTACATCTAT
GAAGATCGCGGTGAGGTCCTTGACATTCGTGTCTTTGAGACAGGAGAGTATGCCCTTGTT
GGATGGGTTGGTATCCCAACCGCACCGGCTTGGCTACCAACAGATATGCTCATCAAGTCC
GAGAAACTTGTTTACGAGCGACTATAGAGTCCACAAGTTTCCAAGAAGAATGCAACTGAT
ACGATGGGTTGTGAGATGAATGTTAACACAATGGAACCACCATAATCATGTCAAGAGTTT
TACAATGTATCAAATGAGTTACCGTAGTCAAAAAAAAAAACTGTTGTGGAATGTAAAAAA
AACGTGATGAGACTGAATCTTACAAAAAGAATGCAGCTTCCATAGTTGCATACCTAAACC
G

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 6

CO CL1261Contig1 649 6 11 U
GGGAACCAAAACTCCTCTCTGAGTACACTTATTTTCAAACCTCAAACTGTTTTGAGATAT
TTAGAGGAGTGTTTGGTTCTTTGGATAATAGTATCCCAAACAAAACATGGCTAAGTCATA
TGGAGCTCTCTTCCTCCTGGCCCTCATTGTCTTCTCCTTGCTTCAAACCATGGTTATGGC
CTCAAGTGGATCTAGAGTGAAGTATGACCCGAAACGTTATGGACCAGGAAGCCTGAAACG
TTCCCAATGCCCCAAGGAATGCGATAGGAGGTGTAGCCAGACACAGTACCACAACGCTTG
CATTTTGTTCTGCAACAAATGCTGCAGAAAGTGTTTGTGTGTGCCACCAGGGTACTATGG
AAACAAACAAGTTTGCTCTTGCTACAACAACTGGAAAACTCAACAGGGTGGACCAAAATG
CCCTTAAACCCTCTCCTAATCCTTTTGATATATTTTTCGTTTTTATAATAAAAATTATCT
GATGATAGTTTTATTCACTTTTGATCAATGGTTGTTATTTCGTTTCTATCTTATTTTATT
CCTAATGTTGTAAGTTATGTCACTCCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCCTAAAAAAAAA*C
GGAGAGTGGCCTATGAATGAGATATTTTCTTAAATATTTTTATGTGTTT


BQ
10 10 30 35 35 35 35 35 35 35 0 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3GX59JQ C 13
AF RR3FC71TF U 3
AF RR3GX59TF U -1
AF RR3A357TF U 1
AF RR3C839TF U 2
AF RR3FC71JQ C 3
BS 1 47 RR3A357TF
BS 48 48 RR3C839TF
BS 49 50 RR3A357TF
BS 51 52 RR3C839TF
BS 53 64 RR3A357TF
BS 65 65 RR3C839TF
BS 66 130 RR3A357TF
BS 131 131 RR3C839TF
BS 132 305 RR3A357TF
BS 306 306 RR3C839TF
BS 307 649 RR3A357TF

RD RR3GX59JQ 576 0 0
TCCTCTCTGAGTACACTTATTTTCAAACCTCAAACTGTTTTGAGATATTTAGAGGAGTGT
TTGGTTCTTTGGATAATAGTATCCCAAACAAAACATGGTTAAGTCATATGGAGCTTTTTT
CCTCCTGGCCCTCATTGTTTTCTCCTTGCTTCAAACCATGGTTATGGCCTCAAGTGGATC
TAGAGTGAAGTATGACCCGAAACGTTATGGACCAGGAAGCCTGAAACGTTCCCAATGCCC
CAAGGAATGCGATAGGAGGTGTAGCCAGACACAGTACCACAACGCTTGCATTTTGTTTTG
CAACAAATGCTGCAGAAAGTGTTTGTGTGTGCCACCAGGGTACTATGGAAACAAACAAGT
TTGCTCTTGCTACAACAACTGGAAAACTCAACAGGGTGGACCAAAATGCCCTTAAACCCT
CTCCTAATCCTTTTGATATATTTTTCGTTTTTATAATAAAAATTATCTGATGATGGTTTT
ATTCACTTTTGATCAATGGTTGTTATTTCGTTTCTATCTTATTTTATTCCTAATGTTGTA
AGTTATGTCACTCCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCC

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3FC71TF 594 0 0
GAACCAAACCTCCTCTCTGAGTACACTTATTTTCAAACCTCAAACTGTTTTGAGATATTT
AGAGGAGTGTTTGGTTCTTTGGATAATAGTATCCCAAACAAAACATGGCTAAGTCATATG
GAGCTCTCTTCCTCCTGGCCCTCATTGTCTTCTCCTTGCTTCAAACCATGGTTATGGCCT
CAAGTGGATCTAGAGTGAAGTATGACCCGAAACGTTATGGACCAGGAAGCCTGAAACGTT
CCCAATGCCCCAAGGAATGCGATAGGAGGTGTAGCCAGACACAGTACCACAACGCTTGCA
TTTTGTTCTGCAACAAATGCTGCAGAAAGTGTTTGTGTGTGCCACCAGGGTACTATGGAA
ACAAACAAGTTTGCTCTTGCTACAACAACTGGAAAACTCAACAGGGTGGATCAAAATGCC
CTTAAACCCTCTCCTAATCCTTTTGATATATTTTTCGTTTTTATAATAAAAATTATCTGA
TGATAGTTTTATTCACTTTTGATCAATGGTTGTTATTTCGTTTCTATCTTATTTTATTCC
TAATGTTGTAAGTTATGTCACTCCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCCTAAAAAAA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3GX59TF 590 0 0
GGCGC
AACCAAAACTCCTCTCTGAGTACACTTATTTTCAAACCTCAAACTGTTTTGAGATATTTA
GAGGAGTGTTTGGTTCTTTGGATAATAGTATCCCAAACAAAACATGGCTAAGTCATATGG
AGCTCTCTTCCTCCTGGCCCTCATTGTCTTCTCCTTGCTTCAAACCATGGTTATGGCCTC
AAGTGGATCTAGAGTGAAGTATGACCCGAAACGTTATGGACCAGGAAGCCTGAAACGTTC
CCAATGCCCCAAGGAATGCGATAGGAGGTGTAGCCAGACACAGTACCACAACGCTTGCAT
TTTGTTCTGCAACAAATGCTGCAGAAAGTGTTTGTGTGTGCCACCAGGGTACTATGGAAA
CAAACAAGTTTGCTCTTGCTACAACAACTGGAAAACTCAACAGGGTGGACCAAAATGCCC
TTAAACCCTCTCCTAATCCTTTTGATATATTTTTCGTTTTTATAATAAAAATTATCTGAT
GATGGTTTTATTCACTTTTGATCAATGGTTGTTATTTCGTTTCTATCTTATTTTATTCCT
AATGTTGTAAGTTATGTCACTCCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCC

QA 6 590 6 590
DS 

RD RR3A357TF 649 0 0
GGGAACCAAAACTCCTCTCTGAGTACACTTATTTTCAAACCTCAAACCGT**TGAGATAT
TTAGGGGAGTGTTTGGTTCTTTGGATAATAGTATCCCAAACAAAACATGGCTAAGTCATA
TGGAGCTCTCCTCCTCCTGGCCCTCATTGTCTTCTCCTTGCTTCAAACCATGGTTATGGC
CTCAAGTGGATCTAGAGTGAAGTATGACCCGAAACGTTATGGACCAGGAAGCCTGAAACG
TTCCCAATGCCCCAAGGAATGCGATAGGAGGTGTAGCCAGACACAGTACCACAACGCTTG
CATTT*GTTCTGCAACAAATGCTGCAGAAAGTGTTTGTGTGTGCCACCAGGGTACTATGG
AAACAAACAAGTTTGCTCTTGCTACAACAACTGGAAAACTCAACAGGGTGGACCAAAATG
CCCTTAAACCCTCTCCTAATCCTTTTGATATATTTTTCGTTTTTATAATAAAAATTATCT
GATGATAGTTTTATTCACTTTTGATCAATGGTTGTTATTTCGTTTCTATCTTATTTTATT
CCTAATGTTGTAAGTTATGTCACTCCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCCTAAAAAAAAA*C
GGAGAGTGGCCTATGAATGAGATATTTTCTTAAATATTTTTATGTGTTT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3C839TF 646 0 0
G
GAACCAAAACTCCTCTCTGGGTACACTTATTTTCAAACCTCAAACTGTTTTGAGATATTT
AGAGGAGTGTTTGGTTCTTTGGATAATAGTATCCCAAACAAAACATGGCTAAGTCATATG
GAGCTCTCTTCCTCCTGGCCCTCATTGTCTTCTCCTTGCTTCAAACCATGGTTATAGCCT
CAAGTGGATCTAGAGTGAAGTATGACCCGAAACGTTATGAACCAGGAAGCCTGAAACGTT
CCCAATGCCCCAAGGAATGCGATATGAGGTGTAGCCAGACACAGTACCACAACGCTTGCA
TTTTGTTCTGCAACAAATGCTGCAGAAAGTGTTTGTGTGTGCCACCAGGATACTATGGAA
ACAAACAAGTTTGCTCTTGCTACAACAACTGGAAAACTCAAGAGGGTGGACCAAAATGCC
CTTAAACCCTCTCCTAATCCTTTTGATATATTGTTCCTTTTTATAATAAAAATTATCTGA
TGATAGTTTTATTCACTTTTGATCAATGGTTGTTATTTCGTTTCTATCTTATTTTATTCC
TAATGTTGTAAGTTATGTCACTCCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCCTAAAAAAAAA*CGG
AGAGTGGCCTATGAATGAGATATTTTCTTAAATATTTTTATGTGT

QA 2 646 2 646
DS 

RD RR3FC71JQ 629 0 0
GAACCAAACCTCCTCTCTGAGTACACTTATTTTCAAACCTCAAACTGTTTTGAGATATTT
AGAGGAGTGTTTGGTTCTTTGGATAATAGTATCCCAAACAAAACATGGCTAAGTCATATG
GAGCTCTCTTCCTCCTGGCCCTCATTGTCTTCTCCTTGCTTCAAACCATGGTTATGGCCT
CAAGTGGATCTAGAGTGAAGTATGACCCGAAACGTTATGGACCAGGAAGCCTGAAACGTT
CCCAATGCCCCAAGGAATGCGATAGGAGGTGTAGCCAGACACAGTACCACAACGCTTGCA
TTTTGTTTTGCAACAAATGCTGCAGAAAGTGTTTGTGTGTGCCACCAGGGTACTATGGAA
ACAAACAAGTTTGCTCTTGCTACAACAACTGGAAAACTCAACAGGGTGGATCAAAATGCC
CTTAAACCCTCTCCTAATCCTTTTGATATATTTTTCGTTTTTATAATAAAAATTATCTGA
TGATAGTTTTATTCACTTTTGATCAATGGTTGTTATTTCGTTTCTATCTTATTTTATTCC
TAATGTTGTAAGTTATGTCACTCCTTTGGGATTTTGTTTCAAATCCTAAAAAAAAAACGG
AGAGTGGCCTATGAATGAGATATTTTCTT

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 6

CO CL1262Contig1 730 6 6 U
TTTTTTTGAATCAAAAATCTCTGGAGTTTTTAAATCATTAAATCCAAACAGAACACAAGA
ATAATAATAATAATAAACATAACAAGACAAAGAAACTCTCTGAACAAAAGACCCTTTCAA
AAGGAAACTTCAACAGTTTATTGTCAAGACTCGAACGAAAACAGTAAACACACACATTTG
GTGTTTTTGATCTCTTTAATTAGTAAGAAGCTTCAGAATTTTTCCAGCCTCCATAAGACT
CCTCTTCAAAACCCCTGCTTCGATTTTCCGAAGGTTTGAAGGAGAGTGCGATCCAGATCT
CGCCTTTGAACTCTCCATCTTTCACCACATTGTATGCACTTGGTGGGATCTCTCCTTCCA
AGAAAACCGCCTCCAATGGAAGGGTTGCTTCACCAACATGATCATCCTCTGTGCCAACAT
CTTTGTCAAAGATTTTGGCTTTTAGCTCTGTTGTTCCTTCAGAGACATTGAAGATAAATG
TCTCGTTCCATTCTGGAGTCGTGCCTTGTCCTGATGCAACATTGCTCTTCTGATCTTGAG
TCCGACAAGTGAATTGCACATAAGGATCCATGCTATTCAGAAAATCTGTGTCCTCAAGTC
CTTTGGCGCTGACAAGAACAACTTCAAGAGTTCCATGAGGCATCTTTCTTCTCTCTTCTT
GTCTGTTTTTCTTTTTTGTTTAATTGTCAGAGAAAATATGAAAGTTGAGATCCCAATAAA
GAGATGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3F107TF C 1
AF RR3F107JQ U 8
AF RR3GE33TF C 4
AF RR3GE33JQ U 9
AF RR3CM84JQ U 9
AF RR3CM84TF C 9
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CTTTGTCAAAGATTTTGGCTTTTAGCTCTGTTGTTCCTTCAGAGACATTGAAGATAAATG
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TCCGACAAGTGAATTGCACATAAGGATCCATGCTATTCAGAAAATCTGTGTCCTCAAGTC
CTTTGGCGCTGACAAGAACAACTTCAAGAGTTCCGTGAGGCATCTTTCTTCTCTCTTCT
C

QA 1 659 1 659
DS 

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G
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AATAATAAACATAACAAGACAAAGAAACTCTCTGAACAAAAGACCCTTTCAAAAGGAAAC
TTCAACAGTTTATTGTCAAGACTCGAACGAAAACAGTAAACACACACATTTGGTGTTTTT
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C

QA 2 652 2 652
DS 

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TTTTT
AATCAAAAATCTCTGGAGTTTT*AAATCATTAAATCCAAACAGAACACAAGAATAATAAT
AATAATAAACATAACAAGACAAAGAAACTCTCTGAACAAAAGACCCTTTCAA**GGAAAC
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AAACCCCTGCTTCGATTTTCCGAAGGTTTGAAGGAGAGTGCGATCCAGATCTCGCCTTTG
AACTCTCCATCTTTCACCACATTGTATGCACTTGGTGGGATCTCTCCTTCCAAGAAAACC
GCCTCCAATGGAAGGGTTGCTTCACCAACATGATCATCCTCTGTGCCAACATCTTTGTCA
AAGATTTTGGCTTTTAGCTCTGTTGTTCCTTCAGAGACATTGAAGATAAATGTCTCGTTC
CATTCTGGAGTCGTGCCTTGTCCTGATGCAACATTGCTCTTCTGATCTTGAGTCCGACAA
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AA

QA 6 693 6 693
DS 

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AATAATAAACATAACAAGACAAAGAAACTCTCTGAACAAAAGACCCTTTCAA**GGAAAC
TTCAACAGTTTATTGTCAAGACTCGAACGAAAACAGTAAACACACACATTTGGTGTTTTT
GATCTCTTTAATTAGTAAGAAGCTTCAGAATTTTTCCAGCCTCCATAAGACTCCTCTTCA
AAACCCCTGCTTCGATTTTCCGAAGGTTTGAAGGAGAGTGCGATCCAGATCTCGCCTTTG
AACTCTCCATCTTTCACCACATTGTATGCACTTGGTGGGATCTCTCCTTCCAAGAAAACC
GCCTCCAATGGAAGGGTTGCTTCACCAACATGATCATCCTCTGTGCCAACATCTTTGTCA
AAGATTTTGGCTTTTAGCTCTGTTGTTCCTTCAGAGACATTGAAGATAAATGTCTCGTTC
CATTCTGGAGTCGTGCCTTGTCCTGATGCAACATTGCTCTTCTGATCTTGAGTCCGACAA
GTGAATTGCACATAAGGATCCATGCTATTCAGAAAATCTGTGTCCTCAAGTCCTTTGGCG
CTGACAAGAACAACTTCAAGAGTTCCATGAGGCATCTTTCTTCTCTCTTCTTGTCTGTTT
TTCTTTTTTGTTTAA

QA 1 675 1 675
DS 

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AG
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TCTCTTTAATTAGTAAGAAGCTTCAGAATTTTTCCAGCCTCCATAAGACTCCTCTTCAAA
ACCCCTGCTTCGATTTTCCGAAGGTTTGAAGGAGAGTGCGATCCAGATCTCGCCTTTGAA
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CTCCAATGGAAGGGTTGCTTCACCAACATGATCATCCTCTGTGCCAACATCTTTGTCAAA
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TTCTGGAGTCGTGCCTTGTCCTGATGCAACATTGCTCTTCTGATCTTGAGTCCGACAAGT
GAATTGCACATAAGGATCCATGCTATTCAGAAAATCTGTGTCCTCAAGTCCTTTGGCGCT
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CTTTTTTGTTTAATTGTCAGAGAAAATATGAAAGTTGAGATCCCAATAAAGAGATGTTCC

QA 3 722 3 722
DS 

RD RR3CM84TF 722 0 0
AG
TCAAAAATCTCTGGAGTTTTTAAATCATTAAATCCAAACAGAACACAAGAATAATAATAA
TAATAAACATAACAAGACAAAGAAACTCTCTGAACAAAAGACCCTTTCAAAAGGAAACTT
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TCTCTTTAATTAGTAAGAAGCTTCAGAATTTTTCCAGCCTCCATAAGACTCCTCTTCAAA
ACCCCTGCTTCGATTTTCCGAAGGTTTGAAGGAGAGTGCGATCCAGATCTCGCCTTTGAA
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CTCCAATGGAAGGGTTGCTTCACCAACATGATCATCCTCTGTGCCAACATCTTTGTCAAA
GATTTTGGCTTTTAGCTCTGTTGTTCCTTCAGAGACATTGAAGATAAATGTCTCGTTCCA
TTCTGGAGTCGTGCCTTGTCCTGATGCAACATTGCTCTTCTGATCTTGAGTCCGACAAGT
GAATTGCACATAAGGATCCATGCTATTCAGAAAATCTGTGTCCTCAAGTCCTTTGGCGCT
GACAAGAACAACTTCAAGAGTTCCATGAGGCATCTTTCTTCTCTCTTCTTGTCTGTTTTT
CTTTTTTGTTTAATTGTCAGAGAAAATATGAAAGTTGAGATCCCAATAAAGAGATGTTCC

QA 3 722 3 722
DS 



AS 2 5

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GTTGTGAAATTTTCTTACAAAGCAATAGTATAAGAATTATACACTTTGTATCAATCCAAT
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AAGCACAATATCATTGATCCAATGACACTCCCAAGGTGAAGTGCATCGCCGAGGAATATA
GCACCCATGGCGACTGCAATAGCGATAGACAATGGCCTAAACAAGGATATGTAGACAGGG
CCTTTCAGATGTAGACCCCATGTGTGGGTAAGAGCGCTGAACATTGAAACGAAGAATCCC
GAGTATACGACTGCAGCGAGGGAAATATCTGGTTTAAGCACCCAAGAAGTCAAGTTGCTT
TCCAAAAATAAGCACACTGGTGCTGAGATTAACGTTGCAAATACGTTGTAGAAGAAGACT
ACACTTATTTCTTCAGGGTATGTCTCCATAACCCGAGTCTGAAGAATATACCAGACTGAT
AGAAGAAAATACTGTGAAGCAAGAAATAGGCCTCCAATCATCCAACTTGAATCGGACGAA
GCTAAATGCTGGTCAAGCGAAATGGGTGGAGATGATGAAGGTGTAAAAGATGCACCAGAG
AGAACCTTGGGGCCTTTATATAGCACAATTACTAGAGCACCAGATATAGATAGTATTGCA
CCAATGATTTTAGCCTGGCTCGCAGAGCTCCTTAACGTTACTTGTTCCATTCTGAAGATA
ACGGCGAGCGTGAATGTGAAAGCTGGCGCGAGGTTGCTGATAGCAGAAGCGAGAGTAGGA
GAACTGTATTCTATACCCTTACAACCAGCTATCTGCGACATGAACCCAAGAAGCCCAAGT
ATGAAAATCTTGAAGAACAGAGGAGACTTGGCTGGAGGCAATCTTCTTGACCTTCCAAAG
ATGAGGGAAAGTGGGAGAAGGAGAAGTGTCGAAACAAGATAAGAGTAAAAGACAAAGACG
TAGAAGCTCAATCCTCTTAGAGATGCAGCCTTGTACAGTGTGCTCGACCCAACAGTGGTA
CACTCCACCGTAAATATGGCAGCAAACGGCAGAACATCTCTGCTAAAGTATCCCCACGCC
GCTGTCTCTTCTCTAGCTCCTCTCATCACAGATCTCTTGGTATCTCAGAAACTCTCTTGA
ATCAAAGTGAATGTAGACGCAATCATGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET31JQ U 1
AF RR3H238JQ U 10
AF RR3EV83TF C 485
BS 1 430 RR3ET31JQ
BS 431 431 RR3H238JQ
BS 432 552 RR3ET31JQ
BS 553 553 RR3H238JQ
BS 554 612 RR3ET31JQ
BS 613 613 RR3H238JQ
BS 614 681 RR3ET31JQ
BS 682 728 RR3H238JQ
BS 729 729 RR3EV83TF
BS 730 777 RR3H238JQ
BS 778 1291 RR3EV83TF

RD RR3ET31JQ 681 0 0
GCACCATTTGCATCATTCTATTAACTTAAACCAATCCTTTCAGAATATTTTAGAAGTGAT
GTTGTGAAATTTTCTTACAAAGCAATAGTATAAGAATTATACACTTTGTATCAATCCAAT
CTTACTAACAATTCTTCGTCTCCAACGACGTGTGTAAGCAGCAAAGGTAAATGCTCAGAA
CCAGCTACAGTTTTGGTTGAATCCTCCCTTGCTTTGCCCCAAATTACAGTGTAGAACCCA
AAGCACAATATCATTGATCCAATGACACTCCCAAGGTGAAGTGCATCGCCGAGGAATATA
GCACCCATGGCGACTGCAATAGCGATAGACAATGGCCTAAACAAGGATATGTAGACAGGG
CCTTTCAGATGTAGACCCCATGTGTGGGTAAGAGCGCTGAACATTGAAACGAAGAATCCC
GAGTATACGATTGCAGCGAGGGAAATATCTGGTTTAAGCACCCAAGAAGTCAAGTTGCTT
TCCAAAAATAAGCACACTGGTGCTGAGATTAACGTTGCAAATACGTTGTAGAAGAAGACT
ACACTTATTTCTCCAGGGTATGTCTCCATAACCCGAGTCTGAAGAATATACCAGACTGAT
AGAAGAAAATACCGTGAAGCAAGAAATAGGCCTCCAATCATCCAACTTGAATCGGACGAA
GCTAAATGCTGGTCAAGCGAA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3H238JQ 768 0 0
GCATCATTCTATTAACTTAAACCAATCCTTTCAGAATATTTTAGAAGTGATGTTGTGAAA
TTTTCTTACAAAGCAATAGTATAAGAATTATACACTTTGTATCAATCCAATCTTACTAAC
AATTCTTCGTCTCCAACGACGTGTGTAAGCAGCAAAGGTAAATGCTCAGAACCAGCTACA
GTTTTGGTTGAATCCTCCCTTGCTTTGCCCCAAATTACAGTGTAGAACCCAAAGCACAAT
ATCATTGATCCAATGACACTCCCAAGGTGAAGTGCATCGCCGAGGAATATAGCACCCATG
GCGACTGCAATAGCGATAGACAATGGCCTAAACAAGGATATGTAGACAGGGCCTTTCAGA
TGTAGACCCCATGTGTGGGTAAGAGCGCTGAACATTGAAACGAAGAATCCCGAGTATACG
ACTGCAGCGAGGGAAATATCTGGTTTAAGCACCCAAGAAGTCAAGTTGCTTTCCAAAAAT
AAGCACACTGGTGCTGAGATTAACGTTGCAAATACGTTGTAGAAGAAGACTACACTTATT
TCCTCAGGGTATGTCTCCATAACCCGAGTCTGAAGAATATACCAGACTGATAGAAGAAAA
TACTGTGAAGCA*GAAATAGGCCTCCAATCATCCAACTTGAATCGGACGAAGCTAAATGC
TGGTCAAGCGAAATGGGTGGAGATGATGAAGGTGTAAAAGATGCACCAGAGAGAACCTTT
GGGCCTTTATATAGCACAATTACTAGAGCACCAGATATAGATAGTATT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3EV83TF 807 0 0
AAAATAAGCACACTGGTGCTGGGATTAGCATTGCAAATACGT*GTAGAAGAAGACTACAC
TTATTTCTTCAGGGTATGTCTCCATAACCCGAGTCTGAAGAATATACCAGACTGATAGAA
GAAAATACTGTGAAGCAAGAAATAGGCCTCCAATCATCCAACTTGAATCGGACGAAGCTA
AATGCTGGACAAGCGAAATGGGTGGAGATGATG***GTGTAAAAGATGCACCAGAGAGAA
CCTTGGGGCCTTTATATAGCACAATTACTAGAGCACCAGATATAGATAGTATTGCACCAA
TGATTTTAGCCTGGCTCGCAGAGCTCCTTAACGTTACTTGTTCCATTCTGAAGATAACGG
CGAGCGTGAATGTGAAAGCTGGCGCGAGGTTGCTGATAGCAGAAGCGAGAGTAGGAGAAC
TGTATTCTATACCCTTACAACCAGCTATCTGCGACATGAACCCAAGAAGCCCAAGTATGA
AAATCTTGAAGAACAGAGGAGACTTGGCTGGAGGCAATCTTCTTGACCTTCCAAAGATGA
GGGAAAGTGGGAGAAGGAGAAGTGTCGAAACAAGATAAGAGTAAAAGACAAAGACGTAGA
AGCTCAATCCTCTTAGAGATGCAGCCTTGTACAGTGTGCTCGACCCAACAGTGGTACACT
CCACCGTAAATATGGCAGCAAACGGCAGAACATCTCTGCTAAAGTATCCCCACGCCGCTG
TCTCTTCTCTAGCTCCTCTCATCACAGATCTCTTGGTATCTCAGAAACTCTCTTGAATCA
AAGTGAATGTAGACGCAATCATGGTCC

QA 1 807 1 807
DS 



CO CL1263Contig2 732 2 5 U
GGATGATTGCGTCTACATTCACTTTGATTCAAGAGAGTTTCTGAGATACCAAGAGATCTG
TGATGAGAGGAACAAGAGAAGAGACAGCGGCGTGGAGATACTTTAGCAGAGATGTTGTGC
CGTTTGCTGCCATGTTTACGGTGGAGTGTACCACTGTTGGGTCGAACACACTGTACAAGG
CTGCATCTCTTTATGGATTGAGCTTCTACGTCTTTGTATTTTACTCTTATCTTGTTTCAA
CACTTCTCCTTCTCCCACTTTCCCTCATCTTTGGAAGGTCAAGAAGATTGCCTCCAGCCA
AGTCTCCTCTGTTCTTCAAGATTTTCATACTTGGGCTTCTTGGGTTCATGTCGCAGATAG
CTGGTTGTAAGGGTATAGAATACAGTTCTCCTACTCTCGCTTCTGCTATCAGCAACCTCA
CGCCAGCTTTCACATTCACCCTCGCCGTTATCTTCAGAATGGAACAAGTAAGGTTAAGGA
GCTCTGCGAGCCAGGCTAAAATCATTGGTGCAATACTATCTATATCTGGTGCTCTAGTAA
TTGTGCTATATAAAGGCCCAAAGGTTCTCTCTGGTGCATCTTTTACACCTTCATCATCTC
CACCCATTTCGCTTGACCAGCATTTAGCTTCGTCCGATTCAAGTTGGATGATTGGAGGCC
TATTTCTTGCTTCACAGTATTTTCTTCTATCAGTCTGGTATATTCTTCAGACTCGGGTTA
TGGAGACATACC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3H238TF U 1
AF RR3ET31TF U 2
BS 1 415 RR3H238TF
BS 416 416 RR3ET31TF
BS 417 667 RR3H238TF
BS 668 668 RR3ET31TF
BS 669 732 RR3H238TF

RD RR3H238TF 732 0 0
GGATGATTGCGTCTACATTCACTTTGATTCAAGAGAGTTTCTGAGATACCAAGAGATCTG
TGATGAGAGGAACAAGAGAAGAGACAGCGGCGTGGAGATACTTTAGCAGAGATGTTGTGC
CGTTTGCTGCCATGTTTACGGTGGAGTGTACCACTGTTGGGTCGAACACACTGTACAAGG
CTGCATCTCTTTATGGATTGAGCTTCTACGTCTTTGTATTTTACTCTTATCTTGTTTCAA
CACTTCTCCTTCTCCCACTTTCCCTCATCTTTGGAAGGTCAAGAAGATTGCCTCCAGCCA
AGTCTCCTCTGTTCTTCAAGATTTTCATACTTGGGCTTCTTGGGTTCATGTCGCAGATAG
CTGGTTGTAAGGGTATAGAATACAGTTCTCCTACTCTCGCTTCTGCTATCAGCAATCTCA
CGCCAGCTTTCACATTCACCCTCGCCGTTATCTTCAGAATGGAACAAGTAAGGTTAAGGA
GCTCTGCGAGCCAGGCTAAAATCATTGGTGCAATACTATCTATATCTGGTGCTCTAGTAA
TTGTGCTATATAAAGGCCCAAAGGTTCTCTCTGGTGCATCTTTTACACCTTCATCATCTC
CACCCATTTCGCTTGACCAGCATTTAGCTTCGTCCGATTCAAGTTGGATGATTGGAGGCC
TATTTCT*GCTTCACAGTATTTTCTTCTATCAGTCTGGTATATTCTTCAGACTCGGGTTA
TGGAGACATACC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3ET31TF 728 0 0
G
ATGATTGCGTCTACATTCACTTTGATTCAAGAGAGTTTCTGAGATACCAAGAGATCTGTG
ATGAGAGGAACAAGAGAAGAGACAGCGGCGTGGAGATACTTTAGCAGAGATGTTGTGCCG
TTTGCTGCCATGTTTACGGTGGAGTGTACCACTGTTGGGTCGAACACACTGTACAAGGCT
GCATCTCTTTATGGATTGAGCTTCTACGTCTTTGTATTTTACTCTTATCTTGTTTCAACA
CTTCTCCTTCTCCCACTTTCCCTCATCTTTGGAAGGTCAAGAAGATTGCCTCCAGCCAAG
TCTCCTCTGTTCTTCAAGATTTTCATACTTGGGCTTCTTGGGTTCATGTCGCAGATAGCT
GGTTGTAAGGGTATAGAATACAGTTCTCCTACTCTCGCTTCTGCTATCAGCAACCTCACG
CCAGCTTTCACATTCACCCTCGCCGTTATCTTCAGAATGGAACAAGTAAGGTTAAGGAGC
TCTGCGAGCCAGGCTAAAATCATTGGTGCAATACTATCTATATCTGGTGCTCTAGTAATT
GTGCTATATAAAGGCCCAAAGGTTCTCTCTGGTGCATCTTTTACACCTTCATCATCTCCA
CCCATTTCGCTTGACCAGCATTTAGCTTCGTCCGATTCAAGTTGGATGATTGGAGGCCTA
TTTCTTGCTTCACGGTATTTTCTTCTATCAGTCTGGTATATTCTTCAGACTCGGGTTATG
GAGACAT

QA 2 728 2 728
DS 



AS 1 4

CO CL1264Contig1 1275 4 12 U
GGAGTGTTTAACGATCAAATCAGTAGCAACACCATGGAGCTCCTCTGCTCACCAGCGTCT
CTTTCCTCCTCCTTCGCTCTCTCATCTTCTCTTTCACTTCCTCCGTCTTTATCCATGGGA
GGGACAAAGAGGTTCATGGTTCTGTGCAGCTCTGAGAAACCCCAAAAGGAAGATCAGATG
ACAGTTTCAGTAACTGGAGCAACTGGATTTATAGGGAAACGATTGGTTCAGAGACTTCGC
TCTGATAATCACTCTGTCCGTGTCTTAACTCGCTCTAAATCCAAAGCTGAGCTTATTTTT
CCTGCCAAGGACTTCCCAGGTATCGTGATTGCTGAAGAACGGGAGTGGCGAGACTGCATT
CAAGGCTCTACTGCTGTTGTCAACTTGGCTGGTCTACCTATTAGTACAAGATGGTCTCCA
GAGATCAAGAAAGAGATCAAGGACAGCCGAGTCCGCGTCACCTCTAAAGTTGTTGAGTTG
ATTAATAATTCACCAGTGGATGCTCGACCTACCGTTCTAGTTAGCGCCACAGCTGTTGGT
TACTATGGTACTAGTGAGACGGGAGTATTTGATAAAGAGCCCATCAGGAAATGATTATCT
TTCAGAGGTTTGCAGAGAATGGGAAGGAACCGCGCTGAAAGCGAATAAGGATGTAAGAGT
TGCACTTATCCGCATTGGTGTTGTTCTTGGTAAAGATGGTGGGGCTTTAGCCATGATGAT
ACCCTTTTTCCAAATGTTTGCTGGAGGCCCTCTGGGTTCAGGACAACAGTGGTTCTCTTG
GATTCACGTGGATGACTTGGTGAATCTAATCTATGAGGCCCTCACTAAACCATCCTATCA
AGGAGTTATAAACGGGACTGCGCCAAACCCAGTTAGGCTTGGGGAGATGTGTCAGCAGCT
AGGCAGCGTTCTTGGTCGACCTTCGTGGCTACCAGTTCCTGACTTTGCACTCAAAGCTTT
GCTCGGAGAAGGTGCAACTGTTGTTCTCGAAGGACAGAAGGTTTTACCTGTAAGAGCCAA
AGAGCTTGGCTTTGAATTCAAATACAAATACGTGAAAGATGCACTCAGAGCCATTATGCA
GTAAGGTGACAACACAGGGATCATCTTCCAGCATCAGATTTGGTCACAGAAAAACAAGAG
ATTCTTTTGCTATTTGTTATTTTTGAGTAAAAACTCAGAGGCGATGTATGTATCTGACAA
TAGAAAACAAGTGATTCTACCATCTCTCTCTTTCATCAAACCAGAGGAGAAAAAAACAGA
GAGCTTTATTAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G795TF U 1
AF RR3CS19TF U 584
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AF RR3G795JQ C 645
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CTTTCCTCCTCCTTCGCTCTCTCATCTTCTCTTTCACTTCCTCCGTCTTTATCCATGGGA
GGGACAAAGAGGTTCATGGTTCTGTGCAGCTCTGAGAAACCCCAAAAGGAAGATCAGATG
ACAGTTTCAGTAACTGGAGCAACTGGATTTATAGGGAAACGATTGGTTCAGAGACTTCGC
TCTGATAATCACTCTGTCCGTGTCTTAACTCGCTCTAAATCCAAAGCTGAGCTTATTTTT
CCTGCCAAGGACTTCCCAGGTATCGTGATTGCTGAAGAACGGGAGTGGCGAGACTGCATT
CAAGGCTCTACTGCTGTTGTCAACTTGGCTGGTCTACCTATTAGTACAAGATGGTCTCCA
GAGATCAAGAAAGAGATCAAGGACAGCCGAGTCCGCGTCACCTCTAAAGTTGTTGAGTTG
ATTAATAATTCACCAGTGGATGCTCGACCTACCGTTCTAGTTAGCGCCACAGCTGTTGGT
TACTATGGTACTAGTGAGACGGGAGTATTTGAT
GAAAAGAGCCCA

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DS 

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AATAAGGATGTAAGAGTTGCACTTATCCGCATTGGTGTTGTTCTTGGTAAAGATGGTGGG
GCTTTAGCCATGATGATACCCTTTTTCCAAATGTTTGCTGGAGGCCCTCTGGGTTCAGGA
CAACAGTGGTTCTCTTGGATTCACGTGGATGACTTGGTGAATCTAATCTATGAGGCCCTC
ACTAAACCATCCTATCAAGGAGTTATAAACGGGGCTGCGCCAAACCCAGTTAGGCTTGGG
GAGATGTGTCAGCAGCTAGGCAGCGTTCTTGGTCGACCTTCGTGGCTACCAATTCCTGAC
TTTGCGCTCAAAGCTTTGCTCGGAGAAGGTGCAACTGTTGTTCTCGAAGGACAGAAGGTT
TTACCTGTAAGAGCCAAAGAGCTTGGCTTTGAATTCAAATACAAATACGTGAAAGATGCA
CTCAGAGCCATTATGCAGTAAGGTGACAACACAGGGATCATCTTCCAGCATCAGATTTGG
TCACAGAAAAACAAGAGATTCTTTTGCTATTTGTTATTTTTGAG

QA 1 584 1 584
DS 

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TGTCT
CCTATTAGTACAAGATG*TCTCCAGAGATCAAGAAAGAGATCAAGGACAGCCGAGTCCGC
GTCACCTCTAAAGTTGT*GAGTTGATTAATAATTCACCAGTGGATGCTCGACCTACCGTT
CTAGTTAGCGCCACAGCTGTTGGTTACTATGGTACTAGTGAGACGGGAGTATTTGATAAA
GAGCCCATCAGGAAATGATTATCTTTCAGAGGTTTGCAGAGAATGGGAAGGAACCGCGCT
GAAAGCGAATAAGGATGTAAGAGTTGCACTTATCCGCATTGGTGCTGTTCTTGGTAAAGA
TGGTGGGGCTTTAGCCATGATGATACCCTTTTTCCAAATGTTTGCTGGAGGCCCTCTGGG
TTCAGGACAACAGTGGTTCTCTTGGATTCACGTGGATGACTTGGTGAATCTAATCTATGA
GGCCCTCACTAAACCATCCTATCAAGGAGTTATAAACGGGACTGCGCCAAACCCAGTTAG
GCTTGGGGAGATGTGTCAGCAGCTAGGCAGCGTTCTTGGTCGACCTTCGTGGCTACCAGT
TCCTGACTTTGCACTCAAAGCTTTGCTCGGAGAAGGTGCAACTGTTGTTCTCGAAGGACA
GAAGGTTTTACCTGTAAGAGCCAAAGAGCTTGGCTTTGAATTCAAATACAAATACGTGAA
AGATGCACTCAGAGCCATTATGCAGTAAGGTGACAACACAGGGATCATCTTCCAGCATCA
GATTTGGTCACAGAAAAACAAGAGATTCTTTTGCTATTTGTTATTTTTGAGTAAAAACTC
AGAGGCGATGTATGTATCTGACAATAGAAAACAAGTGATTCTACCATCTCTCTCTTTCAT
CAAACCAGAGGAGAAAAAA*CAGAGAGCTTTATTAAATC

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DS 

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ATAAG
GATGTAAGAGTTGCACTTATCCGCATTGGTGTTGTTCTTGGTAAAGATGGTGGGGCTTTA
GCCATGATGATACCCTTTTTCCAAATGTTTGCTGGAGGCCCTCTGGGTTCAGGACAACAG
TGGTTCTCTTGGATTCACGTGGATGACTTGGTGAATCTAATCTATGAGGCCCTCACTAAA
CCATCCTATCAAGGAGTTATAAACGGGTTTGCGCCAAACCCAGTTAGGCTTGGGGAGATG
TGTCAGCAGCTAGGCAGCGTTCTTGGTCGACCTTCGTGGCTACCAGTTCCTGACTTTGCA
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GTAAGAGCCAAAGAGCTTGGCTTTGAATTCAAATACAAATACGTGAAAGACGCACTCAGA
GCCATTATGCAGTAAGGTGACAACACAGGGATCATCTTCCAGCATCAGATTTGGTCACAG
AAAAACAAGAGATTTTTTTGTTATTTGTTATTTTTGAGTAAAAACTCAGAGGCGATGTAT
GTATCTGACAATAGAAAACAAGTGATTTTACCATCTCTTTCTTTCATCAAACCAGAGGAG
AAAAAAACAGAGAGCTTTATT

QA 6 626 6 626
DS 



AS 1 6

CO CL1265Contig1 1220 6 7 U
GGACTCTCAACCCTATCTCTATCTCTTCTCCTGCTTCCTCCATGGCTGCTTCAGCTTCGT
CTCTCGCTCTCTCCACCTTCAACCCTAAGTCCCTTCCTTTCTCCATCTCCAGACCCTTCT
CCGCTTCCCTCCTCCCTCCTTCCCTCTCCTTCAAACTCAACTACCAATCCCTTTCCCTCT
CCGTCTCCGCCGCGTCTCGCTTCGTCCGCAACGTCGCCGTCACAGATGACTTCAGCGTAG
AAGAAGAAGACAGCATTTTCTCCAATGACGACGGTGCGCCGCCTCCGCAGGAGCAATCCT
TCTCTGCTGACCTCAAACTCTTCGTCGGTAACCTCCCCTTCAACGTCGACAGTGCTCAGC
TCGCTCAGCTCTTCGAGAGCGCCGGAAATGTCGAGATGGTTGAGGTGATATATGACAAAG
TGACAGGACGAAGCAGAGGTTTCGGGTTCGTGACTATGTCTTCAGTCTCTGAAGTTGAAG
CAGCTGAGCAGCAGTTCAATGGCTATGAGTTAGATGGTAGAGCCTTGAGAGTTAATGCGG
GTCCTCCTCCACCGAAGAGGGAAGACTCTTTCTCCAGAGGACCCAGAGGCAGCTTTGGAA
GCTCTGGTTCTGGATATGGTGGTGGTGGAGGAGGTAGTGCTGGTTCAGGAAACCGTGTTT
ATGTCGGCAACCTATCTTGGAGAGTCGATGACATGGCTCTCGAGAGTTTGTTCGGGGAGC
AGGGAAAAGTAGCTGAGGCTAGAGTCATCTACGACAGGGACAGTGGTCGATCTAAGGGTT
TTGGGTTTGTGACATACAATTCTGCTCAAGAGGTCCAAAATGCCATCAGAAACTTGAATG
GTGCCAATTTGGACGGTAGACAAATAAGAGTCTCTGAAGCTGAGGCTAGGCCTCCAAGGC
GCCAGTTTTGATCACCACCCTTCCTATTCTCATAAACGCATTTTCTGGAGGGCGCTTCGA
AGAATATAGAGTTATGTGAGAGGATGGCTGTTTTGGACCGTACTAAGCTCTTCACCTATG
TTTGTTATGCAATGGATGCACGAGTGGTCTTTTTATTAGTAGCATATTAAGTAAAGGTTA
TGATTGAAAAACATGTTCTCGTCTGTCTGTGTGCTGCCATTGACTACTTAGCTCTGGTTT
GATTCGGGTTTCTCTCTATTTTGTGGTCTCTTCATAATGAATGCTTCTCTGTTTAACAGT
CTAATTTAAGTCTTTTCACG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB55TF U 1
AF RR3FT76TF U 1
AF RR3CT37TF U 1
AF RR3GS70TF U 1
AF RR3CB55JQ C 387
AF RR3GS70JQ C 389
BS 1 627 RR3CB55TF
BS 628 629 RR3CT37TF
BS 630 648 RR3GS70TF
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BS 650 716 RR3GS70TF
BS 717 1194 RR3CB55JQ
BS 1195 1220 RR3GS70JQ

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CTCTCGCTCTCTCCACCTTCAACCCTAAGTCCCTTCCTTTCTCCATCTCCAGACCCTTCT
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CCGTCTCCGCCGCGTCTCGCTTCGTCCGCAACGTCGCCGTCACAGATGACTTCAGCGTAG
AAGAAGAAGACAGCATTTTCTCCAATGACGACGGTGCGCCGCCTCCGCAGGAGCAATCCT
TCTCTGCTGACCTCAAACTCTTCGTCGGTAACCTCCCCTTCAACGTCGACAGTGCTCAGC
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TGACAGGACGAAGCAGAGGTTTCGGGTTCGTGACTATGTCTTCAGTCTCTGAAGTTGAAG
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GTCCTCCTCCACCGAAGAGGGAAGACTCTTTCTCCAGAGGACCCAGAGGCAGCTTTGGAA
GCTCTGGTTCTGGATATGGTGGTGGTG

QA 1 627 1 627
DS 

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CTCTCGCTCTCTCCACCTTCAACCCTAAGTCCCTTCCTTTCTCCATCTCCAGACCCTTCT
CCGCTTCCCTCCTCCCTCCTTCCCTCTCCTTCAAACTCAACTACCAATCCCTTTCCCTCT
CCGTCTCCGCCGCGTCTCGCTTCGTCCGCAACGTCGCCGTCACAGATGACTTCAGCGTAG
AAGAAGAAGACAGCATTTTCTCCAATGACGACGGTTCGCCGCCTCCGCAGGAGCAATCCT
TCTCTGCTGACCTCAAACTCTTCGTCGGTAACCTCCCCTTCAACGTCGACAGTGCTCAGC
TCGCTCAGCTCTTCGAGAGCGCCGGAAATGTCGAGATGGTTGAGGTGATATATGACAAAG
TGACAGGACGAAGCAGAGGTTTCGGGTTCGTGACTATGTCTTCAGTCTCTGAAGTTGAAG
CAGCTGAGCAGCAGTTCAATGGCTATGAGTTAGATGGTAGAGCCTTGAGAGTTAATGCGG
GTCCTCCTCCACCGAAGAGGGAAGACTCTTTCTCCAGAGGACCCAGAGGCAGCTTTGGAA
GCTCTGGTTCTGGATATGGTGGT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3CT37TF 633 0 0
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CTCTCGCTCTCTCCACCTTCAACCCTAAGTCCCTTCCTTTCTCCATCTCCAGACCCTTCT
CCGCTTCCCTCCTCCCTCCTTCCCTCTCCTTCAAACTCAACTACCAATCCCTTTCCCTCT
CCGTCTCCGCCGCGTCTCGCTTCGTCCGCAACGTCGCCGTCACAGATGACTTCAGCGTAG
AAGAAGAAGACAGCATTTTCTCCAATGACGACGGTGCGCCGCCTCCGCAGGAGCAATTCT
TCTCTGCTGACCTCAAACTCTTCGTCGGTAACCTCCCCTTCAACGTCGACAGTGCTCAGT
TCGCTCAGCTCTTCGAGAGCGCCGGAAATGTCGAGATGGTTGAGGTGATATATGACAAAG
TGACAGGACGAAGCAGAGGTTTCGGGTTCGTGACTATGTCTTCAGTCTCTGAAGTTGAAG
CAGCTGAGCAGCAGTTCAATGGCTATGAGTTAGATGGTAGAGCCTTGAGAGTTAATGCGG
GTCCTCCTCCACCGAAGAGGGAAGACTCTTTCTCCAGAGGACCCAGAGGCAGCTTTGGAA
GCTCTGGTTCTGGATATGGTGGTGGTGGA
AGGA

QA 1 629 1 629
DS 

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CCGCTTCCCTCCTCCCTCCTTCCCTCTCCTTCAAACTCAACTACCAATCCCTTTTCCTCT
CCGTCTCCGCCGCGTCTCGCTTCGTCCGCAACGTCGCCGTCACAGATGACTTCAGCGTAG
AAGAAGAAGACAGCATTTTCTCCAATGACGACGGTGCGCCGCCTCCGCAGGAGCAATCCT
TCTCTGCTGACCTCAAACTCTTCGTCGGTAACCTCCCCTTCAACGTCGACAGTGCTCAGC
TCGCTTAGCTCTTCGAGAGCGCCGGAAATGTCGAGATGGTTGAGGTGATATATGACAAAG
TGACAGGACGAAGCAGAGGTTTCGGGTTCGTGACTATGTCTTCAGTCTCTGAAGTTGAAG
CAGCTGAGCAGCAGTTCAATGGCTATGAGTTAGATGGTAGAGCCTTGAGAGTTAATGCGG
GTCCTCCTCCACCGAAGAGGGAAGACTCTTTCTCCAGAGGACCCAGAGGCAGCTTTGGAA
GCTCTGGTTCTGGATATGGTGGTGGTGGAGGAGGTAGTGCTGGTTCAG*AAACCGTGTTT
ATGTCGGCAACCTATCTTGGAGAGTCGATGACATGGCTCTCGAGAGTTTGTTCGGG
A

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3CB55JQ 808 0 0
AATGTCGAGATGGTTGAGGTGATATATGACAAAGTGACAGGACGAAGCAGAGGTTTCGGG
TTCGTGACTATGTCTTCAGTCTCTGAAGTTGAAGCAGCTGAGCAGCAGTTCAATGGCTAT
GAGTTAGATGGTAGAGCCTTGAGAGTTAATGCGGGTCCTCCTCCACCGAAGAGGGAAGAC
TCTTTCTCCAGAGGACCCAGAGGCAGCTTTGGAAGCTCTGGTTCTGGATATGGTGGTGGT
GGAGGGGGTAGTGCTGGTTCAGGAAACCGTGTTTATGTCGGCAACCTATCTTGGGGAGTC
GATGACATGGCTCTCGAGAGTTTGTTCGGGGAGCAGGGAAAAGTAGCTGAGGCTAGAGTC
ATCTACGACAGGGACAGTGGTCGATCTAAGGGTTTTGGGTTTGTGACATACAATTCTGCT
CAAGAGGTCCAAAATGCCATCAGAAACTTGAATGGTGCCAATTTGGACGGTAGACAAATA
AGAGTCTCTGAAGCTGAGGCTAGGCCTCCAAGGCGCCAGTTTTGATCACCACCCTTCCTA
TTCTCATAAACGCATTTTCTGGAGGGCGCTTCGAAGAATATAGAGTTATGTGAGAGGATG
GCTGTTTTGGACCGTACTAAGCTCTTCACCTATGTTTGTTATGCAATGGATGCACGAGTG
GTCTTTTTATTAGTAGCATATTAAGTAAAGGTTATGATTGAAAAACATGTTCTCGTCTGT
CTGTGTGCTGCCATTGACTACTTAGCTCTGGTTTGATTCGGGTTTCTCTCTATTTTGTGG
TCTCTTCATAATGAATGCTTCTCTGTTT

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3GS70JQ 832 0 0
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TTTCTCCAGAGGACCCAGAGGCAGCTTTGGAAGCTCTGGTTCTGGATATGGTGGTGGTGG
AGGAGGTAGTGCTGGTTCAGGAAACCGTGTTTATGTCGGCAACCTATCTTGGAGAGTCGA
TGACATGGCTCTCGAGAGTTTGTTCGGGGAGCAGGGAAAAGTAGCTTAGGCTAGAGTCAT
CTACGACAGGGACAGTGGTCGATCTAAGGGTTTTGGGTTTGTGACATACAATTCTGCTCA
AGAGGTCCAAAATGCCATCAGAAACTTGAATGGTGCCAATTTGGACGGTAGACAAATAAG
AGTCTCTGAAGCTGAGGCTAGGCCTCCAAGGCGCCAGTTTTGATCACCACCCTTCCTATT
CTCATAAACGCATTTTCTGGAGGGCGCTTCGAAGAATATAGAGTTATGTGAGAGGATGGC
TGTTTTGGACCGTACTAAGCTCTTCACCTATGTTTGTTATGCAATGGATGCACGAGTGGT
CTTTTTATTAGTAGCATATTAAGTAAAGGTTATGATTGAAAAACATGTTCTCGTCTGTCT
GTGTGCTGCCATTGACTACTTAGCTCTGGTTTGATTCGGGTTTCTCTCTATTTTGTGGTC
TCTTCATAATGAATGCTTCTCTGTTTAACAGTCTAATTTAAGTCTTTTCACG

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 5

CO CL1266Contig1 1152 5 32 U
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CGGATTACGTTTCACGTATCCAGGAATCGACGGCCATCCACCACCGGGATCAAAACCGCT
AATCGAGGATTTCTCTCTGAAGCTCAATTCCAGCGAACGGTGTCTCCTCGTCGGATCCAA
TGGCGCCGGGAAAACGACGATACTGAAGATATTGGGAGGGAAACACATGGTGGAGCCGCA
CATGGTTAGGGTTCTTGGTCGATCTGCGTTTCACGACACCGGTTTGACCTCTTCTGGTGA
TCTCTGCTATCTCGGCGGCGAATGGAGGCGTGATGTGGCATTTGCAGGATTTGAAGTTCC
GATTCAAATGGACATTTCTGCTGAGAAGATGATATTCGGAGTGGCCGGTATTGATCCTCA
GAGAAGAGCTGAACTTATCAAGGTGTTGGATATTGATATCTCATGGAGATTGCACAAGGT
CTCTGATGGCCAGAGAAGACGCGTCCAGATTTGTATGGGACTCCTCAAGCCTTTCAAGGT
TCTCCTTTTGGATGAAATCACTGTTGATCTTGACGTTCTCGCCAGAGCCGATCTTTTGAC
ATTTCTGAGAAAGGAATGCCAAGAACGAGGAGCTACCATTATCTACGCCACTCATATTTT
CGATGGTCTTGAGGATTGGCCTACTCACATTGTGTATGTAGCAAACGGGAAGTTGCAATT
AGCTATGCCAATGGAGAAAGTGAAGGAAACAAGCAAGAAGTCATTGATGAGAACTGTTGA
GAGTTGGTTGAGGAAAGAAAGAGACGAGGAGAGGAAGACTAGGAGAGAAAGGAAAGCCAA
TGGCCTTCCTGAGTTCGAAACACGTGCTGAAGAAAGCCGTGTCACCGGTGATCCTGCTCG
GATGCTCAACAATGGATGGGCTGCCGGCAGACTTCACTCTACCATTGCAGGAGGTGAAGA
ACATTTCGTCCTTAGCTCAAACAGAGTTCTCAGATAAGCATTCATTCGAGCGACTCCAAT
GGAGCAAAAGGTCATAATAATAATATGTTCTTCTTCTTTTTTCGTTCTTTTACCACGAAT
AATACTTCTTTTTCCTGTAACCGTTTGAGTGTTTGTTATTCTGAGATATGAATTTTATAT
TATTTTCTAGCT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK89TF U 1
AF RR3FW48TF U 3
AF RR3CB09TF U 217
AF RR3DS59JQ C 686
AF RR3CB09JQ C 330
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BS 200 200 RR3FW48TF
BS 201 216 RR3EK89TF
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BS 218 230 RR3EK89TF
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BS 233 299 RR3EK89TF
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BS 947 1152 RR3CB09JQ

RD RR3EK89TF 299 0 0
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CGGATTACGTTTCACGTATCCAGGAATCGACGGCCATCCACCACCGGGATCAAAACCGCT
AATCGAGGATTTCTCTCTGAAGCTCAATTCCAGCGAACGGTGTCTCCTCGTCGGATCCAA
TGGCGCCGGGAAAACGACGCTACTGAAGATATTGGGGGGGAAACACATGG**GAGCCGCA
CATGGTTAGGGTTCTTGGTCGATCTGCGTTTCACGACACCGGTTTGACCTCTTCTGGTG

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DS 

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GG
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TTACGTTTCACGTATCCAGGAATCGACGGCCATCCACCACCGGGATCAAAACCGCTAATC
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GCCGGGAAAACGACGATACTGAAGATATTGGGAGGGAAACACATGGTGGAGCCGCACATG
GTTAGGGTTCTTGGTCGATCTGCGTTTCACGACACCGGTTTGACCTCTTCTGGTGATCTC
TGCTATCTCGGCGGCGAGTGGAGGCGTGATGTGGCATTTGCAGGATTTGAAGTTCCGATT
CAGATGGACATTTCTGCTGAGAAAATGATATTTGGAGTGGTTGGTATTGATCCTCAGAGA
AGAGCTGAACTTATCGAGGTGTTGGATATTGATATCTCATGGAGATTGCACAAGGTCTCT
GATGGCCAGAGAAGACGCGTCCAGATTTGTATGGGCCTCCTCAAGCCTTTCAAGGTTCTC
CTTTTGGATGAAATCACTGTTGATCTTGACGTTCTCGCCAGAGCCGACCTTTTGACTTTT
CTGAGAAAGGAATGCCAAGAACGAGGAGCTACCATTATCTACGCCACTCATATTTTCGAT
GGTCTTGAGGATTGGCCTACGCACATTGTGTATGTAGCAAACGGGAAGTTGCAATTAGC
A

QA 3 721 3 721
DS 

RD RR3CB09TF 730 0 0
G
GGGAAACACATGGTGGAGCCGCACATGGTTAGGGTTCTTGGTCGATCTGCGTTTCACGAC
ACCGGTTTGACATCTTCTGGTGATCTCTGCTATCTCGGCGGCGAATGGAGGCGTGATGTG
GCATTTGCAGGATTTGAAGTTCCGATTCAAATGGACATTTCTGCTGAGAAGATGATATTC
GGAGTGGCCGGTATTGATCCTCAGAGAAGAGCTGAACTTATCAAGGTGTTGGATATTGAT
ATCTCATGGAGATTGCACAAGGTCTCTGATGGCCAGAGAAGACGCGTCCAGATTTGTATG
GGACTCCTCAAGCCTTTCAAGGTTCTCCTTTTGGATGAAATCACTGTTGATCTTGACGTT
CTCGCCAGAGCCGATCTTTTGACATTTCTGAGAAAGGAATGCCAAGAACGAGGAGCTACC
ATTATCTACGCCACTCATATTTTCGATGGTCTTGAGGATTGGCCTACTCACATTGTGTAT
GTAGCAAACGGGAAGTTGCAATTAGCTATGCCAATGGAGAAAGTGAAGGAA*CAAGCAAG
AAGTCATTGATGAGAACTGTTGAGAGTTGGTTGAGGAAAGAAAGAGACGAGGAGAGGAAG
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TCTACCATT

QA 2 730 2 730
DS 

RD RR3DS59JQ 442 0 0
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GCTGAAGAAAGCCGTGTCACCGGTGATCCTGCTCGGATGCTCAACAATGGATGGGCTGCC
GGCGGACTTCACTCTACCATTGCAGGAGGTGAAGAACATTTCGTCCTTAGCTCAAACAGA
GTTTTCAGATAAGCATTCATTCGAGCGACTCCAATGGAGCAAAAGGTCATAATAATAATA
TGTTCTTTTTCTTTTTTCGTTCTTTTACCACGAATAATACTTCTTTTTCCTGTAACCGTT
TGAGTGTTTGTTATTCTGAGAT

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR3CB09JQ 823 0 0
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TGATATTCGGAGTGGCCGGTATTGATCCTCAGAGAAGAGCTGAACTTATCAAGGTGTTGG
ATATTGATATCTCATGGAGATTGCACAAGGTCTCTGATGGCCAGAGAAGACGCGTCCAGA
TTTGTATGGGACTCCTCAAGCCTTTCAAGGTTCTCCTTTTGGATGAAATCACTGTTGATC
TTGACGTTCTCGCCAGAGCCGATCTTTTGACATTTCTGAGAAAGGAATGCCAAGAACGAG
GAGCTACCATTATCTACGCCACTCATATTTTCGATGGTCTTGAGGATTGGCCTACTCACA
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AGAGGAAGACTAGGAGAGAAAGGAAAGCCAATGGCCTTCCTGAGTTCGAAACACGTGCTG
AAGAAAGCCGTGTCACCGGTGATCCTGCTCGGATGCTCAACAATGGATGGGCTGCCGGCA
GACTTCACTCTACCATTGCAGGAGGTGAAGAACATTTCGTCCTTAGCTCAAACAGAGTTC
TCAGATAAGCATTCATTCGAGCGACTCCAATGGAGCAAAAGGTCATAATAATAATATGTT
CTTCTTCTTTTTTCGTTCTTTTACCACGAATAATACTTCTTTTTCCTGTAACCGTTTGAG
TGTTTGTTATTCTGAGATATGAATTTTATATTATTTTCTAGCT

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 6

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CTAGCTAAGCGATGGCGGTCTCAGCTTTCCGTGTCACGCAGTTACCACTTCTCCGCCAAT
CTCAGTTTCCTGTTGCGAGGTCTAAGAAGATGATCGGATGCAGAAACTTGAAGGGTTTTG
TTGTCTCGGCTCAATGTTCACAAAGCCAAGACCTTTTCACTTCTCGCCTTCAAAGCAGGA
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TTGGTCTACTTTCTCCTCTATATTTGAGGAAACTCTTTGAACGCATGGGAGCTACTTATA
TTAAGCTGGGCCAGTTTATAGCATCTGCGCCAACTTTGTTCCCACAAGAATATGTCGAAG
AGTTTCAGAACTGCTTCGACAAAGCTCCTCCAGTACCGTTTGAAGAGATTCGTAAAATCT
TGCAAGAGGAGCTTGGGAGGCCCATAGAAAGCGTGTACGAATATGTTGACCCTGAACCAC
TTGCATCAGCCTCAATTGCACAAGTCCATGGTGCAAGGCTTCGAGGCTCCCAAGAAGACG
TAGTTATTAAGGTGTTGAAGCCTGGAATAGAAGATTTCCTAGTGGCAGACTTGAACTTTA
TCTACGTTGTTGCCCGTATATTTGAGTTCCTTAGTCCTGAGTTCAGCCGTACTTCGCTGG
TTGGTATTGTCAAAGACATTCGTGAGTCAATGCTTGAAGAAGTAGATTTCAATAAGGAGG
CTAAAAATATTGAATCTTTTAAGAGATATCTTGAAACCATGGGGTTGTCAGGACAAGCTA
CTGCTCCAAGAGTGTATAAGCACTGCAGCAGCCGGCGTGTACTTACAATGGAGAGGCTAT
ACGGAGTTCCTCTTACTGATCTAGATTCTATAAGTGCACTTGTTTCCAGTCCGGAGAACA
GCCTTATTACGGCCCTTAATGTCTGGTTTGGAAGTTTACTTTCTTGTGAAAGTTTCCATG
CTGATGTACATGCAGGGAACTTATGGTTGTTGCGTGATGGCCGGATTGGGTTTCTTGATT
TTGGCATTGTTGGTCGGATATCACCCAAAACATGGGCTGCCATGGAAGTATTTTTAGCGT
CCATTGCAACTGAAGAATATGAATCCATGGCCTCAGCTTTGATTCAAATGGGTGCCACAA
ATATAGATGTTGATGCCAAAGCTTTTGCGAGGGACTTGGAAAAGATGTTCTCTTCTATCC
AGGAACTAGATACAGAGGTAGTAGTGGCTACAGGTTCAGGCAGAACTGCTGTTGCTGCTA
ACGTGGTTGTCGATGAGAGACAGATGAATGCTCTTTTCCTTGACCTGGTGCGGGTTAGCG
AATCATATGGGCTGAAGTTCCCGAGGGAGTTTGCACTTCTAATGAAGCAGCTTCTCTATT
TTGATCGGTACACAAGACTATTAGCTCCAAACATGAACATGCTGCAGGATCAGCGAATTT
CTGTCGTGTCCAACAGGAGGACGAACCGATATAAGGACAGCTTCAACTAAGTTCATACTG
ATATGTACTTCATTCTTATGTACAAGTGGTAAAGTTATAGTAGATTGGTAATGAATTCAA
TATTGTTACAAACATAACAAATACTACATGACTATCTACAACAGATAAACAATATCTTGT
TATGTGTAATTTGCACAAGTGTCATGGTGTTAAACAGAAGTGCATAAACAAATCTTTTAC
CTAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 10 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 

AF RR3E389TF U 1
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AF RR3CY84TF U 998
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BS 1282 1607 RR3CY84TF
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G
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ATTTCAATAAGGAGGCTAAAAATATTGAATCTTTTAAGAGATATCTTGAAACCATGGGGT
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DS 

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ACTTTCTTGTGAAAGTTTCCATGCTGATGTACATGCAGGGAACTTATGGTTGTTGCGTGA
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TCTAATGAAGCAGCTTCTCTATTTTGATCGGTACACAAGACTATTAGCTCCAAACATGAA
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C

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GTGTCATGGTGTT

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DS 

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GTGATGGCCGGATTGGGTTTCTTGATTTTGGCATTGTTGGTCGGATATCACCCAAAACAT
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CAGCTTTGATTCAAATGGGTGCCACAAATATAGATGTTGATGCCAAAGCTTTTGCGAGGG
ACTTGGAAAAGATGTTTTTTTCTATCCAGGAACTGGATACAGAGGTAGTAGTGGCTACAG
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TTTTCCTTGACCTGGTGCGGGTTAGCGAATCATATGGGCTGAAGTTCCCGAGGGAGTTTG
CACTTCTAATGAAGCAGCTTCTCTATTTTGATCGGTACACAAGACTATTAGCTCCAAACA
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AGGACAGCTTCAACTAAGTTCATACTGATATGTACTTCATTCTTATGTACAAGTGGTAAA
GTTATAGTAGATTGGTAATGAATTCAATATTGTTACAAACATAACAAATACTACATGACT
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ACAGAAGTGCATAAACAAATCTTTTACC

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DS 

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GGTTAGCGAATCATATGGGCTGAAGTTCCCGAGGGAGTTTGCACTTTTAATGAAGCAGCT
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TCATACTGATATGTACTTCATTTTTATGTACAAGTGGTAAAGTTATAGTAGATTGGTAAT
GAATTCAATATTGTTACAAACATAACAAATACTACATGACTATTTACAACAGATAAACAA
TATCTTGTTATGTGTAATTTGCACAAGTGTCATGGTGTTAAACAGAAGTGCATAAACAAA
TTTTTTACCTAT

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DS 



AS 1 6

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GAAAAAAATAATGTGGAAGTTGGAATCTTCTAAAAGGGTTGATGAAATGGAGGCCTAGAG
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TCCTGCTCCCTTCTTGCCACGGATTACAGCGCCAGGCTCGCCTTGGATGACCATGTACTT
GGCTCCAGCTAGAAATAACCCTGTGGGAGCTAAGTGACCCGGTTCATCAAAATCTTTCAT
TATACCAGTGAACTCTTGTGCTTTGAACTGAGGGAAGTTAGCGCTCTGTGCCCAAACGCT
ACCGTCATGGCCAACGATTGCGGCGGCAGTAAGGTGATGGCCCTGGCCGTCTCCGACATC
ACACATCAAATGCTCATCAACGTAAGTTTGCCACGACATCTTCTTCGTCTTTCCTTGGTT
TTCTGTATGCGTTATCTTCC


BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 

AF RR3AV24JQ U 9
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AF RR3FQ11JQ U 4
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RD RR3AV24TF 740 0 0
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DS 

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AAGCAAA
AAAAAAAAAAAAAAA****TAACAAATAGGCAAATTAATTAAACATGGTTTACGAAAAAT
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GTTTTCTGTATGCGTTATCTTC
C

QA 8 689 8 689
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TCCAGCTTCTTAGAGAGAATCC*AGAAACCAAATCAAATATATTAGTTTGTAGAAAAAAA
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CTAGAAATAACCCTGTGGGAGCTAAGTGACCCGGTTCATCAAAATCTTTCATTATACCAG
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GGCCAACGATTGCGGCGGCAGTAAGGTGATGGCCCTGGCCGTCTCCGACATCACACATCA
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GCGTTATCTTC
C

QA 6 736 6 736
DS 

RD RR3F464JQ 719 0 0
AGTCAAAAAGCAAGAGGAATAACAAATAGGTTTTAAGCAAAAAAAAAAAAAAA***TAAC
AAATAGGCAAATTAATTAAACATGGTTTACGAAAAATTGAATCGTATGAAACCAAGAAAA
AGAAAGAGGAAAACAATATGCTTTAAATAAACATAACTTTAATAAGCCTCCAGCTTCTTA
GAGAGAATCC*AGAAACCAAATCAAATATATTAGTTTGTAGAAAAAAATAATGTGGAAGT
TGGAATCTTCTAAAAGGGTTGATGAAATGGAGGCCTAAAGATCCTGTTCGAGGAGGTAAT
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CAAACACACATGATTGTCCTGTTTTCTTTATGGTTATGCCTCCTGCTCCCTTCTTGCCAC
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CGTAAGTTTGCCACGACATCTTCTTCGTCTTTCCTTGGTTTTCTGTATGCGTTATCTTC

QA 1 719 1 719
DS 

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TACGAAAAATTGAATCGTATGAAACCAAGAAAAAGAAAGAGGAAAACAATATGCTTTAAA
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CGTCTCCGACATCACACATCAAATGCCCATCAACGTAAGTTTGCCACGACATCTTCTTCG
TCTTTCCTTGGTTTTCTGTATGCGTTATCTTC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 6

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ATGACACGAACGACCAAATAGTTAAGGCAAAAGAAACTCAACCAACTCCTTTGTGCAGAA
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ATGGGATTCAGCATAATCCTTGAAGAAAGCATCTTGATCTGCAGCATACTTCTCAGCATA
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ATCTCTCTTTTCCTTGATTTCTGTGAAGTAAGAATTGTCAAACTTCAACCACTCTGGTGT
CCATGACTGTCCTCCTGGTGCTCCCGGTCCTTCTTTCGTGTACTTCGTTTCTGGCTTCCC
CCAACCACTACGTTCTGGCCTAGATCTTCCTAAGGTGTGTGCACCAGATAATGCAACTAT
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TCTTCCATATTTCATGGGTATTTTAGGTCCTCCAGCTTCCTCTATAGCAGTAGCACTGGC
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ATCATGCCACCCCAAACGAACCAAGATTGGATGGCAAAACTTGGTGTTGAGGAGCTCTTT
GATGTCTTCTCTAGCACTCTTCAACTGTTCAGGATCCGTAGCTGCCGTACATTGGGTGGT
TGCAGCCGAGTTGAAGCTCCGATTCACCAACGTAGCTTGACTTCTCTTCTGAGAGAGAAG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DJ46JQ U 15
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AF RR3E246JQ U 85
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QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3E303JQ 820 0 0
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TCTTCCATATTTCATGGGTATTTTAGGTCCTCCAGCTTCCTCTATAGCAGTAGCACTGGC
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DS 

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G
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AAAACACCAGTACCTCGACAGAGTTAATTAGATGCCGACTAGATAATGATACCCTCAGGA
GGGTTAAATTTTGCTCCAAGATTGCTCAGTTTCGCATGGGATTCAGCATAATCCTTGAAG
AAAGCATCTTGATCTGCAGCATACTTCTCAGCATACACCTTGAAAGAAGGATCTTCAAAG
ATGGCAGCATCAGTGGGCAGGACAAGGAGATCTTCATCTCTCTTTTCCTTGATTTCTGTG
AAGTAAGAATTGCCTAACTTCAACCACTCTGGTGTCCATGACTGTCCTCCTGGTGCTCCC
GGTCCTTCTTTCGTGTACTTCGTTTCTGGCTTCCCCCAACCACTACGTTCTGGCCTAAAT
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TCTTCAGGACATTCATGAGGACCAGAGGTATCAACTCTTCCATATTTCATGGGTATTTTA
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TTAGCAGCATGCTTA

QA 2 796 2 796
DS 

RD RR3DJ46TF 759 0 0
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GCATCATGCCACCCCAAACGAACCAAGATTGGATGGCAAAACTTGGTGTTGAGGAGCTCT
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CCC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3E303TF 722 0 0
TGGCTAGATCTT
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CAGCATGCTTAAGCTCAATCTCGTATCTGATACTGCCATTAGCTCCACCTCTCTGAGGCC
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CC

QA 13 720 13 720
DS 

RD RR3E246TF 747 0 0
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AGGAGCTCTTTGATGTCTTCTCTAGCACTCTTCAACTGTTCAGGATCCGTAGCTGCCGTA
CATTGGGTGGTTGCAGCCGAGTTGAAGCTCCGATTCACCAACGTAGCTTGACTTCTCTTC
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GAGAGTTTGGATCCGGAGGAGGAGGAGAAGCGGAGGAGACGAGAAGCGGAGATTTGAGTT
CGGAGAGAGGAAGCCATGGCTGTGTTGTTGTTGAGTGTGAGAGACAGACGCTCTGCCATA
TGAAGCGATTTGGGGGGTTTTAATTCC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 6

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TTTCCATACATTCAACCTCCTCAAGAACGCCTCACTTCAGACAAGATCCTCTCATCATCG
TCACAAGTTCCAGTCATCAACGTGTCCAACTGGGATGACCCGCACGTGGCTAGTGAGATA
TGCAATGCAGCGGCTAAGCTCGGGTTCTTTCAGATAGTGAACCACGGGATAGCTCCAGCG
GAGTTGAAGGCTTTGATTGCGGCAGCGCGTGGGTTCTTCGAGTTGCCAGCGGAGGAGAGG
AGTAGGTATTGGAGAGGAAGTTCGGTGTCGGAGACGGCGTGGATGATCACTAGTTTCAAT
CCTTACAAAGAGAGTGTGTTGGAGTGGAGAGACTTTATCAAGTTTGAGTTTCTTCCTCAA
CAACAAGGCTTCGACGCCACGTGGCCTCCTGTCTGCAAGGAACAAGTGACAGACCATTTC
AAGAGGATGAAACCAATCGCCAATAAGATTTTAAACATACTCATCAACAATCTAAACTCA
ACCATTAACGAGTCTAGTCAACAAACCCTAATGGGG*ACATTGAGAATGAATTTCAACTA
CTATCCGGAATGTCCTGACCCAAGCCTCACAATAGGAACTGGGCGCCACTCAGACATCAA
CACCC*TCACTCTCCTCCTACAAGAGGACGGTGTCTTGAGCAGCCTCTACGCTCGAGCCA
CCGAGGACGGGGAGAAATGGATTCATGTCCCTCCAATTCCTGGCGCAATTGTGATTAACA
TTGGAGATGTGTTACAGATAATGAGCAATGGTAGGTATAGGAGCGTGGAGCATTGTGTGC
TGGTTAATAAATTCTGTAGCCGGGTTTCCATTCCGGTTTACTGCGGACCGCTTCATGATT
CGGTTGTCGAGCCGTTACAAGAGGTGTTAGAGAACAATGTGATGGCTCAGTACAGAAAGG
TTGTGTACTCGGACTACTTGAAGTTTTTTTTTGAGAAACCCCATGATGGAAAGGCGACGA
TTGAGTCGGTTAAATTGTAAGGCTCTGGCTTACAAACGGGAATATTATCTATGTCAACAA
CAATTAAGAATAAGCATGGCATATATTAGCCAAGAGAGTCAACATCAACTATATGTAGTA
CGTATGCAATGTAAGATATTATTTGTGTAGTATGTTATGTAAGATATTAAATATTTTACT
AGAAATAAGGGAGCTTGAAATATGTTATCAAAGCTAAGTGTTGAGTTAATTAAAATTTAA
GAGAGTCTTTCAGTCCTTTGTAATGTCCTTTGTAATGTCCTTTGTAATATCCTTTGAATG
TTTTTAATATACTAGATTTTATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3G404TF U 1
AF RR3DG20TF U 2
AF RR3AW79TF U 6
AF RR3AW79JQ C 632
AF RR3DG20JQ C 695
AF RR3G404JQ C 695
BS 1 414 RR3G404TF
BS 415 415 RR3DG20TF
BS 416 691 RR3G404TF
BS 692 783 RR3AW79TF
BS 784 978 RR3AW79JQ
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BS 1389 1402 RR3DG20JQ
BS 1403 1405 RR3G404JQ

RD RR3G404TF 691 0 0
GGCATTCACTCAGTAGCTATCTTAGCCATGACTTCAACCACTGACGTGAGGGAGTTCGTG
GTGAACCAAAGAAACGGAGTAAAAGGGCTCGTCGACTCTATGAAACCAACCACACTTCCT
TTTCCATACATTCAACCTCCTCAAGAACGCCTCACTTCAGACAAGATCCTCTCATCATCG
TCACAAGTTCCAGTCATCAACGTGTCCAACTGGGATGACCCGCACGTGGCTAGTGAGATA
TGCAATGCAGCGGCTAAGCTCGGGTTCTTTCAGATAGTGAACCACGGGATAGCTCCAGCG
GAGTTGAAGGCTTTGATTGCGGCAGCGCGTGGGTTCTTCGAGTTGCCAGCGGAGGAGAGG
AGTAGGTATTGGAGAGGAAGTTCGGTGTCGGAGACGGCGTGGATGATCACTAGTCTCAAT
CCTTACAAAGAGAGTGTGTTGGAGTGGAGAGACTTTATCAAGTTTGAGTTTCTTCCTCAA
CAACAAGGCTTCGACGCCACGTGGCCTCCTGTCTGCAAGGAACAAGTGACAGACCATTTC
AAGAGGATGAAACCAATCGCCAATAAGATTTTAAACATACTCATCAACAATCTAAACTCA
ACCATTAACGAGTCTAGTCAACAAACCCTAATGGGG*ACATTGAGAATGAATTTCAACTA
CTATCCGGAATGTCCTGACCCAAGCCTCACA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3DG20TF 679 0 0
GGATTC
ACTCAGTAGCTATCTTAGCCACGACTTCAACCACTGACGTGAGGGAGTTCTTGGTGAACC
AAAGAAACGGAGTAAAAGGGCTCGTCGACTCTATGAAACCAACCACACTTCCTTTTCCAT
ACATTCAACCTCCTCAAGAACGCCTCACTTCAGACAAGATCCTCTCATCATCGTCACAAG
TTCCAGTCATCAACGTGTCCAACTGGGATGACCCGCACGTGGCTAGTGAGATATGCAATG
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AGGCTTTGATTGCGGCAGCGCGTGGGTTCTTCGAGTTGCCAGCGGAGGAGAGGAGTAGGT
ATTGGAGAGGAAGTTCGGTGTCGGAGACGGCGTGGATGATCACTAGTTTCAATCCTTACA
AAGAGAGTGTGTTGGAGTGGAGAGACTTTATCAAGTTTGAGTTTCTTCCTCAACAACAAG
GCTTCGACGCCACGTGGCCTCCTGTCTGCAAGGAACAAGTGACAGACCATTTCAAGAGGA
TGAAACCAATCGCCAATAAGATTTTAAACATACTCGTCAACACTCTAAACTCAACCATTA
ACGAGTCTAGTCAACAAACCCTAATGGGGGACATTGAGAATGAATTTCAACTACTATCCG
GAATGTCCTGACC

QA 7 679 7 679
DS 

RD RR3AW79TF 778 0 0
GG
ACTCAGTAGCTATCTTAGCCATGACTTCAACCACTGACGTGAGGGAGTTCGTGGTGAACC
AAAGAAACGGAGTAAAAGGGCTCGTCGACTCTATGAAACCAACCACACTTCCTTTTCCAT
ACATTCAACCTCCTCAAGAACGCCTCACTTCAGACAAGATCCTCTCATCATCGTCACAAG
TTCCAGTCATCAACGTGTCCAACTGGGATGACCCGCACGTGGCTAGTGAGATATGCAATG
CAGCGGCTAAGCTCGGGTTCTTTCAGATAGTGAACCACGGGATAGCTCCAGCGGAGTTGA
AGGCTTTGATTGCGGCAGCGCGTGGGTTCTTCGAGTTGCCAGCGGAGGAGAGGAGTAGGT
ATTGGAGAGGAAGTTCGGTGTCGGAGACGGCGTGGATGATCACTAGTTTCAATCCTTACA
AAGAGAGTGTGTTGGAGTGGAGAGACTTTATCAAGTTTGAGTTTCTTCCTCAACAACAAG
GCTTCGACGCCACGTGGCCTCCTGTCTGCAAGGAACAAGTGACAGACCATTTCAAGAGGA
TGAAACCAATCGCCAATAAGATTTTAAACATACTCATCAACAATCTAAACTCAACCATTA
ACGAGTCTAGTCAACAAACCCTAATGGGG*ACATTGAGAATGAATTTCAACTACTATCCG
GAATGTCCTGACCCAAGCCTCACAATAGGAACTGGGCGCCACTCAGACATCAACACCC*T
CACTCTCCTCCTACAAGAGGACGGTGTCTTGAGCAGCCTCTACGCTCGAGCCACCG

QA 3 778 3 778
DS 

RD RR3AW79JQ 757 0 0
TGGGG*ACATTGAGAATGAATTTCAACTACTATCCGGAATGTCCTGACCCAAGCCTCACA
ATAGGAACTGGGCGCCACTCAGACATCAACACCC*TCACTCTCCTCCTACAAGAGGACGG
TGTCTTGAGCAGCCTCTACGCTCGAGCCACCGAGGACGGGGAGAAATGGATTCATGTCCC
TCCAATTCCTGGCGCAATTGTGATTAACATTGGAGATGTGTTACAGATAATGAGCAATGG
TAGGTATAGGAGCGTGGAGCATTGTGTGCTGGTTAATAAATTCTGTAGCCGGGTTTCCAT
TCCGGTTTACTGCGGACCGCTTCATGATTCGGTTGTCGAGCCGTTACGAGAGGTGTTAGA
GAACAATGTGATGGCTCAGTACAGAAAGGTTGTGTACTCGGACTACTTGAAGTTTTTTTT
TGAGAAACCCCATGATGGAAAGGCGACGATTGAGTCGGTTAAATTGTAAGGCTCTGGCTT
ACAAACGGGAATATTATCTATGTCAACAACAATTAAGAATAAGCATGGCATATATTAGCC
AAGAGAGTCAACATCAACTATATGTAGTACGTATGCAATGTAAGATATTATTTGTGTAGT
ATGTTATGTAAGATATTAAATATTTTACTAGAAATAAGGGAGCTTGAAATATGTTATCAA
AGCTAAGTGTTGAGTTAATTAAAATTTAAGAGAGTCTTTCAGTCCTTTGTAATGTCCTTT
GTAATGTCCTTTGTAATATCCTTTGAATGTTTTTAAT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3DG20JQ 708 0 0
GGAACTGGGCGCCACTCAGACATCAACACCCCTCACTCTCCTCCTACAAGAGGACGGTGT
CTTGAGCAGCCTCTACGCTCGAGCCACCGAGGACGGGGAGAAATGGATTCATGTCCCTCC
AATTCCTGGCGCAATTGTGATTAACATTGGAGATGTGTTACAGATAATGAGCAATGGTAG
GTATGGGAGCGTGGAGCATTGTGTGCTGGTTAATAAATTCTGTAGCCGGGTTTCCATTCC
GGTTTACTGCGGACCGCTTCATGATTCGGTTGTCGAGCCGTTACAAGAGGTGTTAGAGAA
CAATGTGATGGCTCAGTACAGAAAGGTTGTGTACTCGGACTACTTGAAGTTTTTTTTTGA
GAAACCCCATGATGGAAAGGCGACGATTGAGTCGGTTAAATTGTAAGGCTCTGGCTTACA
AACGGGAATATTATCTATGTCAACAACAATTAAGAATAAGCATGGCATATATTAGCCAAG
AGAGTCAACATCAACTATATGTAGTACGCATGCAATGTAAGATATTATTTGTGTAGTATG
TTATGTAAGATATTAAATATTTTACTAGAAATAAGGGAGCTTGAAATATGTTATCAAAGC
TAAGTGTTGAGTTAATTAAAATTTAAGAGAGTCTTTCAGTCCTTTGTAATGTCCTTTGTA
ATGTCCTTTGTAATATCCTTTGAATGTTTTTAATATACTAGATTTTAT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3G404JQ 711 0 0
GGAACTGGGCGCCACTCAGACATCAACATCC*TCACTCTCCTCCTACAAGAGGACGGTGT
CTTGAGCAGCCTCTACGCTCGAGCCACCGAGGACGGGGAGAAATGGATTCATGTCCCTCC
AATTCCTGGCGCAATTGTGATTAACATTGGAGATGTGTTACAGATAATGAGCAATGGTAG
GTATAGGAGCGTGGAGCATTGTGTGCTGGTTAATAAATTCTGTAGCCGGGTTTCCATTCC
GGTTTACTGCGGACCGCTTCATGATTCGGTTGTCGAGCCGTTACAAGAGGTGTTAGAGAA
CAATGTGATGGCTCAGTACAGAAAGGTTGTGTACTCGGACTACTTGAAGTTTTTTTTTGA
GAAACCCCATGATGGAAAGGCGACGATTGAGTCGGTTAAATTGTAAGGCTCTGGCTTACA
AACGGGAATATTATCTATGTCAACAACAATTAAGAATAAGCATGGCATATATTAGCCAAG
AGAGTCAACATCAACTATATGTAGTACGTATGCAATGTAAGATATTATTTGTGTAGTATG
TTATGTAAGATATTAAATATTTTACTAGAAATAAGGGAGCTTGAAATATGTTATCAAAGC
TAAGTGTTGAGTTAATTAAAATTTAAGAGAGTCTTTCAGTCCTTTGTAATGTCCTTTGTA
ATGTCCTTTGTAATATCCTTTGAATGTTTTTAATATACTAGATTTTATATT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 6

CO CL1271Contig1 627 6 9 U
GGGAGTAAACTAAGAGGAAATATTAAGATGGCATCTTCTATAGTGTCCAAAGGATTTTTT
GAGCGTTCCAGTTTCTCGTCCATGCTTCTCTTTCTCTCTCTTCTTCTTGTGTTTCCCCAT
ATCAGTACACAAATGGAATTCCGGAAACTTAAGGAGACGTACCATCCACATCAAGTGACG
GTCCACAGGCGCGTTAGTATTCCTCGGAATTATCGTTCGCCAAGAGTACCGAGCTCATCA
TGTCGCTTCTGTAAGCGTCATTTCGATGACCCTTCTCCGCCAACCGAAACGTATGTTCCT
CGTCGTCCCTTTACAAGGCCAAAAGGCCCTCAGAAATTTCTGCCTCGTCGTCCCATAACA
ATGCCAAAATGCCTAAAATTATTTCCCGCATGTACACCTCAAATAATTGATAGAACGCCT
CCTCCGCCGCCCCCAGGAGCTTTTGAAAGCACATATGGACTTGGTCACTGAGCTCGCATT
AGCTTCGAATGCGTCTAAAATATATATGTGCACGTTTCTTATGTTATATTTTATTTTTTG
GTTCCTGTGGTACGTTATCCATATGCTGGTATTTCTCATATTTTACGGATATATCGAATG
CAATTATATATGATATTTCTGTTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3DN07TF U 4
AF RR3DX36TF U 5
AF RR3EC71JQ C 1
AF RR3DS46TF U 5
AF RR3EC71TF U 1
AF RR3DX36JQ C 5
BS 1 6 RR3EC71JQ
BS 7 117 RR3DN07TF
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BS 119 148 RR3DN07TF
BS 149 149 RR3DS46TF
BS 150 595 RR3DN07TF
BS 596 613 RR3DS46TF
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GG
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AAATGCCTAAAATTATTTCCCGCATGTACACCTCAAATAATTGATAGAACGCCTCCTCCG
CCGCCCCCAGGAGCTTTTGAAAGCACATATGGACTTGGTCACTGAGCTCGCATTAGCTTC
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GTGGTACGTTATCCATATGCTGGTATTTCTCATAT

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DS 

RD RR3EC71JQ 627 0 0
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CCTCCGCCGCCCCCAGGAGCTTTTGAAAGCACATATGGACTTGGTCACTGAGCTCGCATT
AGCTTCGAATGCGTCTAAAATATATATGTGCACGTTTCTTATGTTATATTTTATTTTTTG
GTTCCTGTGGTACGTTATCCATATGCTGGTATTTGTCATATTTTACGGATATATCGAATG
CAATTATATATGATATTTCTGTTCA
GG

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DS 

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GG
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AAATGCCTAAAATTATTTCCCGCATGTACACCTCAAATAATTGATAGAACGCCTCCTCCG
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TATATGA
AA

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DS 

RD RR3EC71TF 627 0 0
GGGAGT
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TATATGATATTTCTGTTCA
CG

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DS 

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GG
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CCGCCCCCAGGAGCTTTTGAAAGCACATATGGACTTGGTCACTGAGCTCGCATTAGCTTC
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GTGGTACGTTATCCATATGCTGGTATTTCTCATATTTTACGGATATATCGAATGCAATTA
TATATGACATTTCTGTTCAGC

QA 3 623 3 623
DS 



AS 1 6

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ATGGTTCTTGGTCCTTCTCAATCACCTTATGAAGGAGGAGTTTTCAAGTTGGAGCTCTTT
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CCTAACATTGATAAGCTTGGAAGAATATGTCTTGATATTCTGAAAGACAAATGGAGCCCT
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GAGACAGCTAAGGAATGGACCCGTCTTTACGCAAGTGGCGAATGATGCAGTGTTGGAGGG
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CTGGTTCTTCCCTCTCATTATGATAAAAAA*TGTTGTGTGTCGGCACACAAAAGCTGTAA
TCTCTCTGAATGATTGTATCATTAACTAATAGGGTCTGTCAAGACATTTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ36TF U 10
AF RR3GY20TF U 1
AF RR3CZ35TF U 4
AF RR3CZ35JQ C 62
AF RR3GQ36JQ C 308
AF RR3GY20JQ C 301
BS 1 43 RR3GY20TF
BS 44 44 RR3CZ35TF
BS 45 195 RR3GY20TF
BS 196 198 RR3CZ35TF
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BS 720 720 RR3CZ35JQ
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BS 755 765 RR3CZ35TF
BS 766 772 RR3CZ35JQ

RD RR3GQ36TF 539 0 0
GGAATCTGAC
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QA 11 539 11 539
DS 

RD RR3GY20TF 739 0 0
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ATAATGGCCAACAGTAATCTTCCCCGAAGAATCATCAAGGAAACTCAACGTCTGCTCAGT
GAACCTGCTCCAGGT***AGTGCGTCTCCATCTGAGGAGAACATGCGTTACTTCAACGTT
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QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3CZ35TF 765 0 0
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CCAAATAAACATTACATTTGGTTAAATCTTATTATCCTTTGCTGGTTCTTCCCTCTCATT
ATGATAAAAAA*TGTTGTGTGTCGGCACACAAAAGCTGTA*TCTCTCTGAATGATTGTAT
CATTAACTAATAGG*TCTGTCAAGAC
ATT

QA 17 762 17 762
DS 

RD RR3CZ35JQ 711 0 0
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TAATGGCCAACAGTAATCTTCCCCGAAGAATCATCAAGGAAACTCAACGTCTGCTCAGTG
AACCTGCTCCAGGTATAAGTGCGTCTCCATCTGAGGAGAACATGCGTTACTTCAACGTTA
TGGTTCTTGGTCCTTCTCAATCACCTTATGAAGGAGGAGTTTTCAAGTTGGAGCTCTTTC
TGCCTGAAGAATACCCTATGTCAGCTCCCAAGGTTAGGTTTCTCACCAAGATATACCATC
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ATGATCCCTTGTCTGAGAACATCGCTAAGCATTGGAAGAGTAATGAGGCAGAAGCTGTGG
AGACAGCTAAGGAATGGACCCGTCTTTACGCAAGTGGCGAATGATGCAGTGTTGGAGGGT
TAAAAAGATCTCGCTCATCCAAATAAACATTACATTTGGTTAAATCTTATTATCCTTTGC
TGGTTCTTCCCTCTCATTATGATAAAAAA*TGTTGTGTGTCGGCACACAAAAGCTGTAAT
CTCTCTGAATGATTGTATCATTAACTAATAGGGTCTGTCAAGACATTTAGT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3GQ36JQ 465 0 0
AAGAATACCCTATGTCAGCTCCCAAGGTTAGGTTTCTCACCAAGATATACCATCCTAACA
TTGATAAGCTTGGAAGAATATGTCTTGATATTCTGAAAGACAAATGGAGCCCTGCTCTAC
AAATACGAACAGTGCGTTTAAGTATCCAAGCTCTTCTGAGTGCACCAAACCCTGATGATC
CCTTGTCTGAGAACATCGCTAAGCATTGGAAGAGTAATGAGGCAGAAGCTGTGGAGACAG
CTAAGGAATGGACCCGTCTTTACGCAAGTGGCGAATGATGCAGTGTTGGAGGGTTAAAAA
GATCTCGCTCATCCAAATAAACATTACATTTGGTTAAATCTTATTATCCTTTGCTGGTTC
TTCCCACTCATTATGATAAAAAA*TGTTGTGTGTCGGCACACAAAAGCTGTAATCTCTCT
GAATGATTGTATCATTAACTAATAGGGTCTGTCAAGAC
ATTTAGC

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR3GY20JQ 465 0 0
CTGCCTGAAGAATACCCTATGTCAGCTCCCAAGGTTAGGTTTCTCACCAAGATATACCAT
CCTAACATTGATAAGCTTGGAAGAATATGTCTTGATATTCTGAAAGACAAATGGAGCCCT
GCTCTACAAATACGAACAGTGCTTTTAAGTATCCAAGCTCTTCTGAGTGCACCAAACCCT
GATGATCCCTTGTCTGAGAACATCGCTAAGCATTGGAAGAGTAATGAGGCAGAAGCTGTG
GAGACAGCTAAGGAATGGACCCGTCTTTACGCAAGTGGCGAATGATGCAGTGTTGGAGGG
TTAAAAAGATCTCGCTCATCCAAATAAACATTACATTTGGTTAAATCTTATTATCCTTTG
CTGGTTCTTCCCTCTCATTATGATAAAAAAATGTTGTGTGTCGGCACACAAAAGCTGTAA
TCTCTCTGAATGATTGTATCATTAACTAATAGGGTCTGTCAAGAC

QA 1 465 1 465
DS 



AS 2 4

CO CL1273Contig1 703 2 2 U
GGAGGCGAACCCGCAAAGCTGCCGAGAAGATCTTACGTTTTCTTGTGTCTTGTGATTCCG
GGGAAAGAATGATCCGATTCATATTATTGCAGAACAGACAAGGCAAGACTCGTCTTGCAA
AGTACTATGTTCCTCTCGAGGAGTCTGAGAAACACAAGGTTGAATACGAGGTCCATCGAT
TGGTGGTCAATCGCGACTCAAAGTTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAACGCATAAGGTTA
TATACAGGCGATATGCTGGATTGTTTTTCTCATTGTGCTTTGACATAACAGACAATGAGT
TGGCTTACCTTGAATGCATCCACTTGTTCGTTGAGATTTTGGACCATTTCTTCAGCAATG
TCTGTGAGCTTGATTTGGTTTTCAACTTCCACAAGGTGTACTTAATACTGGATGAATTCA
TTCTTGCTGGAGAGCTTCAAGAAACAAGCAAGCGGGCGATCATTGAGAGGATGTCAGAAC
TGGAGAAGCTTGATTGATGAGATTATATGATATTCAAGAATGAAAATGATGAGTAGGAGT
CTTCCGTTTGGCTCCTTTCTGTTATGCTCTGTCTACCTTAAACACACACCTTCCCGTTTT
TATTCATTAAGACCTCTAGTGGTAAACAGAGAACATATATTTGGACAACTCAAAGAAAGA
ATATGATTGGTCTGAGACATTGTGTTCAGATACAGTTTGTCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT51JQ C 1
AF RR3DT51TF U 1
BS 1 690 RR3DT51TF
BS 691 703 RR3DT51JQ

RD RR3DT51JQ 703 0 0
GGAGGCGAACCCGCAAAGCTGCCGAGAAGATCTTACGTTTTCTTGTGTCTTGTGATTCCG
GGGAAAGAATGATCCGATTCATATTATTGCAGAACAGACAAGGCAAGACTCGTCTTGCAA
AGTACTATGTTCCTCTCGAGGAGTCTGAGAAACACAAGGTTGAATACGAGGTCCATCGAT
TGGTGGTCAATCGCGACTCAAAGTTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAACGCATAAGGTTA
TATACAGGCGATATGCTGGATTGTTTTTCTCATTGTGCTTTGACATAACAGACAATGAGT
TGGCTTACCTTGAATGCATCCACTTGTTCGTTGAGATTTTGGACCATTTCTTCAGCAATG
TCTGTGAGCTTGATTTGGTTTTCAACTTCCACAAGGTGTACTTAATACTGGATGAATTCA
TTCTTGCTGGAGAGCTTCAAGAAACAAGCAAGCGGGCGATCATTGAGAGGATGTCAGAAC
TGGAGAAGCTTGATTGATGAGATTATATGATATTCAAGAATGAAAATGATGAGTAGGAGT
CTTCCGTTTGGCTCCTTTCTGTTATGCTCTGTCTACCTTAAACACACACCTTCCCGTTTT
TATTCATTAAGACCTCTAGTGGTAAACAGAGAACATATATTTGGACAACTCAAAGAAAGA
ATATGATTGGTCTGAGACATTGTGTTCAGATACAGTTTGTCTT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3DT51TF 703 0 0
GGAGGCGAACCCGCAAAGCTGCCGAGAAGATCTTACGTTTTCTTGTGTCTTGTGATTCCG
GGGAAAGAATGATCCGATTCATATTATTGCAGAACAGACAAGGCAAGACTCGTCTTGCAA
AGTACTATGTTCCTCTCGAGGAGTCTGAGAAACACAAGGTTGAATACGAGGTCCATCGAT
TGGTGGTCAATCGCGACTCAAAGTTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAACGCATAAGGTTA
TATACAGGCGATATGCTGGATTGTTTTTCTCATTGTGCTTTGACATAACAGACAATGAGT
TGGCTTACCTTGAATGCATCCACTTGTTCGTTGAGATTTTGGACCATTTCTTCAGCAATG
TCTGTGAGCTTGATTTGGTTTTCAACTTCCACAAGGTGTACTTAATACTGGATGAATTCA
TTCTTGCTGGAGAGCTTCAAGAAACAAGCAAGCGGGCGATCATTGAGAGGATGTCAGAAC
TGGAGAAGCTTGATTGATGAGATTATATGATATTCAAGAATGAAAATGATGAGTAGGAGT
CTTCCGTTTGGCTCCTTTCTGTTATGCTCTGTCTACCTTAAACACACACCTTCCCGTTTT
TATTCATTAAGACCTCTAGTGGTAAACAGAGAACATATATTTGGACAACTCAAAGAAAGA
ATATGATTGGTCTGAGACATTGTGTTCAGA
TACAGTTTGTCTT

QA 1 690 1 690
DS 



CO CL1273Contig2 736 2 2 U
GGGCCGAGAAGATCTTACGTTTTCTTGTGTTTGTGATTCCGGGAATAATGATCCGATTCA
TATTATTGCAGAACATACAAGGAAAGACTCGTCTTGCAAAGTACTATTTCCTCTCGAGGA
GTCTGAGAAACACAAGGTTGAATACGAGGTCCATAGATTGGTGGTCAATCGCGACTCAAA
GTTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAACGCATAAGGTTATATACAGGCGTTATGCTGGGTT
GTTTTTCTCATTGTGCGTTGACATAACAGACAATGAGTTGGCTTACCTTGAATGCATCCA
CTTGTTCGTTGAGATTTTGGACCATTTCTTCAGCAATGTCTGTGAGCTTGATTTGGTTTT
CAACTTCCACAAGGTGTACTTAATACTGGATGAATTCATTCTTGCTGGAGAGCTTCAAGA
AACAAGCAAGTGGGCGATCATTGAGAGGATGTCAGAACTGGAGAAGCTTGACTGATGAGA
TTATATGATATTCAAGAATGAAAATGAGAGCAGTAAGGAGTCTTCCGTTTAGCTCCTTTC
TGTTATGCTCTGTCTACCCCCTTAAACACTCACCTTTTCATTTTCATTCATTAAGACCTC
TAATGGTAAACAGAACATATATTTGGACAACTCAAAGAAAGAATATGATTGTATGAGACA
TTGTGTTCAGATACAATTGTCTTCTTTAGCACTGATTAAACAGAAAGAAAAAAAACAAGT
AATGTTTTGTTACTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO43TF U 1
AF RR3FO43JQ C 139
BS 1 454 RR3FO43TF
BS 455 736 RR3FO43JQ

RD RR3FO43TF 454 0 0
GGGCCGAGAAGATCTTACGTTTTCTTGTGTTTGTGATTCCGGGAATAATGATCCGATTCA
TATTATTGCAGAACATACAAGGAAAGACTCGTCTTGCAAAGTACTATTTCCTCTCGAGGA
GTCTGAGAAACACAAGGTTGAATACGAGGTCCATAGATTGGTGGTCAATCGCGACTCAAA
GTTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAACGCATAAGGTTATATACAGGCGTTATGCTGGGTT
GTTTTTCTCATTGTGCGTTGACATAACAGACAATGAGTTGGCTTACCTTGAATGCATCCA
CTTGTTCGTTGAGATTTTGGACCATTTCTTCAGCAATGTCTGTGAGCTTGATTTGGTTTT
CAACTTCCACAAGGTGTACTTAATACTGGATGAATTCATTCTTGCTGGAGAGCTTCAAGA
AACAAGCAAGTGGGCGATCATTGAGAGGATGTCA

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR3FO43JQ 598 0 0
TGAATACGAGGTCCATAGATTGGTGGTCAATCGCGACTCAAAGTTCACCAATTTCGTTGA
GTTTAGAACGCATAAGGTTATATACAGGCGTTATGCTGGGTTGTTTTTCTCATTGTGCGT
TGACATAACAGACAATGAGTTGGCTTACCTTGAATGCATCCACTTGTTCGTTGAGATTTT
GGACCATTTCTTCAGCAATGTCTGTGAGCTTGATTTGGTTTTCAACTTCCACAAGGTGTA
CTTAATACTGGATGAATTCATTCTTGCTGGAGAGCTTCAAGAAACAAGCAAGTGGGCGAT
CATTGAGAGGATGTCAGAACTGGAGAAGCTTGACTGATGAGATTATATGATATTCAAGAA
TGAAAATGAGAGCAGTAAGGAGTCTTCCGTTTAGCTCCTTTCTGTTATGCTCTGTCTACC
CCCTTAAACACTCACCTTTTCATTTTCATTCATTAAGACCTCTAATGGTAAACAGAACAT
ATATTTGGACAACTCAAAGAAAGAATATGATTGTATGAGACATTGTGTTCAGATACAATT
GTCTTCTTTAGCACTGATTAAACAGAAAGAAAAAAAACAAGTAATGTTTTGTTACTGC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 3

CO CL1274Contig1 840 3 5 U
ACTAGTAATGAAATTGATTCATTTGAAATGTTTGAAACATAGTGAAGATACACCAATTCT
GTTTCTAGGCATTCACAAGCCTACACATATGGGTTTGTTTTCTGTTCAAATAACCCTAAA
ATTGCAGTACTACAAGTAATGTTTTCAACAACCTTTTTTTTTACTTCGGTTCTGTGTCGA
TGTCCCCTTGATCCACGGTCAAATCACCAACCTGTTAATCACCGGAGATTTAAGAAGACG
ATTCTGACATCTAGATGAGTTGCGCCTTTTTAAGGTCGGACACTACTCCTCTGTCTTGGC
TGCTCCTTTCGTTGTAAACCACCTTATCAATGATTCCATACTCAACAGCCTCACTGGGAC
TAAAATATTTAGGGCGTTTCATGTCAGCTTCAATCTGCTCCGGCGATTTACCAATATGCT
TTGAATACAGCTTGACCATTTCTGTCTTTATGTGCCTGATTTCTTTCCTTGCAATTTCAA
CATCGGTTGCTTGTCCTTGGAATCGAGCAATGGGCTGTTTTATCATTATAGTTGATGAGG
GCAATGCAGAACGATTTCCTTTAGCACCAGCAGTCAGAAGCAAAGCAGCTTCACCCCAAG
CATTCCCAACACAAAGAGTAAAGATTGGTGGTTTGACATACCCCATGACATCATAAATTG
CAAAAGCCTCAGTATCATAGCCCAACTTCTCACCATTCTTGGTCGTCCCTGTAGAGTTTA
TGTAGAGGTAAATAGGCGTTTCCTCGTCTTCATACTGAAGGTAAAGAAACTCGGCGAGTA
TCAACTCAGTGACTGAAGGTACAAGAGACATTCCCAAATATACAATCCGATTTTTGAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP61JQ U 8
AF RR3CG56JQ U 4
AF RR3B220JQ U 1
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G
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TTAGGGCGTTTCATGTCAGCTTCAATCTGCTCCGGCGATTTACCAATATGCTTTGAATAC
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TAAAATATTTAGGGCGTTTCATGTCAGCTTCAATCTGCTCCGGCGATTTACCAATATGCT
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TCAACTCAGTGACTGAAGGTACAAGAGACATTCCCAAATATACAATCCGATTTTTGAAAA

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DS 



AS 1 5

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ACGGCGCCGTTTTCA


BQ
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15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B638JQ U 93
AF RR3B638TF C 93
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AF RR3BQ27TF C 61
AF RR3AE85JQ U 1
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TGATTCCGGCTCTTTCCATGCCGCTTGCCATTGCTTGTCATATAACGTTGTCTCTTCAAT
CAGACCCTTAAGTTTGTCTAAATCTTCGTTCTTGCGGATGAAAAGAACTCCGGCAACAGC
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ACC

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C

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G
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CATCTTGGAACTTGATCTCAGTC
C

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RD RR3AE85JQ 795 0 0
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GCATCTTGGAACTTGATCTCAGTCGTCGTGGTGGTCGTCAAGTCAGTCTCTTCGCCTCCA
ACGGCGCCGTTTTCA

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 6

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TCTTTCTCTATCTTCTCTACTTTTCTTTCTAGAGGACAACTGTGACATTTCTTTGTCTGA
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GTGCCTCATGGTGTGTGTGCAAAACAGGGCTGAGTGATACAGTGCTACAGAACACCCTAG
ACTATGCCTGTGGCAATGGAGCAGACTGTAATCCCACTCACCCAAAAGCACCTTGCTTTG
ACCCTGACAATGTTAGGTCTCATTGCAGCTATGCAGTCAATAGCTTCTTCCAAAAGAAGC
ATCAAGCTCCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACTGCCACTCCAACTAACTCTGATCCAA
GTTACTCAGGATGCACCTTCCCTACTAGTGCCAGTGGCTCCGGTGGTAGCACCACTGTGA
CACCAGGCACAACCAATCCAAAAGGCACCTCAACCAGCACCACACTTCCTGGTGGCAATG
GCAACAGTCCTCCTTATTCAGGAACCTCGACCAGTGGAGTTTTTGGAAACAATAGCACAG
GGATCAACCCAGACTACTCCACGACAGACAGCAGCGCGTTTGCTCTCAAGAGCTCAAGCA
CATTTCTCACCTGCCTTCTCCTGATCGCTTTGAGTGGATTCTCTTCTTTCTTGATGCTCT
AAGAATGTT*AATGTTTCTCTGGTTTTGTTTGGTGCACTTATTGTCTCAAGGACATTTGA
GTCTAGCTTAGTGGTAATATCTCTGCCTGTTTGTTTTGAGTCTCTTTCTCTATGGTATGT
TCTTGTTGTAAGAAGATTTCGTCTCATGCTTTCAACTCTTATCTCTTTAGACTGTTTCTG
GTAGATTTGATCGTAGTGAAGAAAGTTATATATAAAATGATCTTATCTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU52TF U 1
AF RR3FM03TF U 1
AF RR3AX50TF U 52
AF RR3AX50JQ C 159
AF RR3AT37TF U 269
AF RR3EU52JQ C 194
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QA 1 637 1 637
DS 

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TCTTTCTCTATCTTCTCTACTTTTCTTTCTAGAGGACAACTGTGACATTTCTTTGTCTGA
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GTGCCTCATGGTGTGTGTGCAAAACAGGGCTGAGTGATGCAGTGCTACAGAACACCCTAG
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ACCCTGACAATGTTAGGTCTCATTGCAGCTATGCAGTCAATAGCTTCTTCCAAAAGAAGC
ATCAAGCTCCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACTGCCACTCCAACTAACTCTGATCCAA
GTTACTCAGGATGCACCTTCCCTACTAGTGCCAGTGGCTCCGGTGGTAGCACCACTGTGA
CACCAGGCACAACCAATCCAAAAGGCACCTCAACCAGCACCACACTTCCTGGTGGCAATG
GCAACAGTCCTCCTTATTCAGGAACCTCGACCAGTGGAGTTTTTGGAAACAATAGCACAG
GGATCAACCCAGACTACTCCACGACAGACAGCAGCGCGTTTGCTCTCAAGAGCTCAAGCA
CATTTCTCACCTGCCTTCTCCTGATCGCTTTGAGTGGAT*CTCTTCTTTCTTGATGCTCT
A*GAATGTT*AATGTTTCTCTGGTTTTGTT*GGTGCACTTATTGTCTCA*GGACATTTGA
GTCTAGC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3AX50TF 834 0 0
GG
GGAGATCTCTTTCTCTATCTTCTCTACTTTTCTTTCTAGAGGACAACTGTGACATTTCTT
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CATTCTAGTGCCTCATGGTGTGTGTGCAAAACAGGGCTGAGTGATACAGTGCTACAGAAC
ACCCTAGACTATGCCTGTGGCAATGGAGCAGACTGTAATCCCACTCACCCAAAAGCACCT
TGCTTTGACCCTGACAATGTTAGGTCTCATTGCAGCTATGCAGTCAATAGCTTCTTCCAA
AAGAAGCATCAAGCTCCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACTGCCACTCCAACTAACTCT
GATCCAAGTTACTCAGGATGCACCTTCCCTACTAGTGCCAGTGGCTCCGGTGGTAGCACC
ACTGTGACACCAGGCACAACCAATCCAAAAGGCACCTCAACCAGCACCACACTTCCTGGT
GGCAATGGCAACAGTCCTCCTTATTCAGGAACCTCGACCAGTGGAGTTTTTGGAAACAAT
AGCACAGGGATCAACCCAGACTACTCCACGACAGACAGCAGCGCGTTTGCTCTCAAGAGC
TCAAGCACATTTCTCACCTGCCTTCTCCTGATCGCTTTGAGTGGATTCTCTTCTTTCTTG
ATGCTCTAAGAATGTT*AATGTTTCTCTGGTTTTGTTTGGTGCACTTATTGTCTCAAGGA
CATTTGAGTCTAGCTTAGTGGTAATATCTCTGCCTGTTTGTTTTGAGTCTCTTTCTCTAT
GGTATGTTCTTGTTGTAAGAAGATTTCGTCTCATGCTTTCA*CTCTTATCTC

QA 3 834 3 834
DS 

RD RR3AX50JQ 738 0 0
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ACAGTGCTACAGAACACCCTAGACTATGCCTGTGGCAATGGAGCAGACTGTAATCCCACT
CACCCAAAAGCACCTTGCTTTGACCCTGACAATGTTAGGTCTCATTGCAGCTATGCAGTC
AATAGCTTCTTCCAAAAGAAGCATCAAGCTCCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACTGCC
ACTCCAACTAACTCTGATCCAAGTTACTCAGGATGCACCTTCCCTACTAGTGCCAGTGGC
TCCGGTGGTAGCACCACTGTGACACCAGGCACAACCAATCCAAAAGGCACCTCAACCAGC
ACCACACTTCCTGGTGGCAATGGCAACAGTCCTCCTTATTCAGGAACCTCGACCAGTGGA
GTTTTTGGAAACAATAGCACAGGGATCAACCCAGACTACTCCACGACAGACAGCAGCGCG
TTTGCTCTCAAGAGCTCAAGCACATTTCTCACCTGCCTTCTCCTGATCGCTTTGAGTGGA
TTCTCTTCTTTCTTGATGCTCTAAGAATGTT*AATGTTTCTCTGGTTTTGTTTGGTGCAC
TTATTGTCTCAAGGACATTTGAGTCTAGCTTAGTGGTAATATCTCTGCCTGTTTGTTTTG
AGTCTCTTTCTCTATGGTATGTTCTTGTTGTAAGAAGATTTCGTCTCATGCTTTCAACTC
TTATCTCTTTAGACTGTT

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3AT37TF 619 0 0
G
AATCCCACTCACCCAAAAGCACCTTGCTTTGACCCTGACAATGTTAGGTCTCATTGCAGC
TATGCAGTCAATAGCTTCTTCCAAAAGAAGCATCAAGCTCCAGGCACTTGTGATTTCAGT
GGCACTGCCACTCCAACTAACTCTGATCCAAGTTACTCAGGATGCACCTTCCCTACTAGT
GCCAGTGGCTCCGGTGGTAGCACCACTGTGACACCAGGCACAACCAATCCAAAAGGCACC
TCAACCAGCACCACACTTCCTGGTGGCAATGGCAACAGTCCTCCTTATTCAGGAACCTCG
ACCAGTGGAGTTTTTGGAAACAATAGCACAGGGATCAACCCAGACTACTCCACGACAGGC
AGCAGCGCGTTTGCTCTCAAGAGCTCAAGCACATTTCTCACCTGCCTTCTCCTGATCACT
TTGAGTGGATTCTCTTCTTTCTTGATGCTCTAAGAATGTT*AATGTTTCTCTGGTTTTGT
TTGGTGCACTTATTTTCTCAAGGACATTTGAGTCTAGCTTAGTGGTAATATCTCTGCCTG
TTTGTTTTGAGTCTCTTTCTCTATGGTATGTTCTTGTTGTAAGAAGATTTCGTCTCATGC
TTCCAACTCTTATCTC
TT

QA 2 617 2 617
DS 

RD RR3EU52JQ 756 0 0
GTGTGTGC
AAACAGGGCTGAGTGATACAGTGCTACAGAACACCCTAGACTATGCCTGTGGCAATGGAG
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ATTGCAGCTATGCAGTCAATAGCTTCTTCCAAAAGAAGCATCAAGCTCCAGGCACTTGTG
ATTTCAGTGGCACTGCCACTCCAACTAACTCTGATCCAAGTTACTCAGGATGCACCTTCC
CTACTAGTGCCAGTGGCTCCGGTGGTAGCACCACCGTGACACCAGGCACAACCAATCCAA
AAGGCACCTCAACCAGCACCACATTTCCTGGTGGCAATGGCAACAGTCCTCCTTATTCAG
GAACCTCGACCAATGGAGTTTTTGGAAACAATAGCACTGGGATTAACCCGGACTACTCCA
CGACAGACAGCAGCGCGTTTGCTCTCAAGAACTCGAGCACATTTCTCACCTGCCTTCTCT
TGATCGCTTTGAGTGGATTCTCTTCTTTCTCGATGCTCTAAGAATGTTTAATGTTTCTCT
GGTTTTGTTTGGTGCACTTATTGTCTCAAGGACATTTGAGTCTAGCTTAGTGGTAAAATC
TCTGCCTGTTTGTTTTGAGTCTCTTTCTTTATGGTATGTTCTTGTTGTAAGAAGATTTCG
TCTCATGCTTTCAACTCTTATCTCTTTAGACTGTTTCTGGTAGATTTGATCGTAGTGAAG
AAAGTTATATATAAAATGATCTTATCTC

QA 9 756 9 756
DS 



AS 2 6

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GGAACCATCAAATAATAAATCTAAAATAAAATAAAAATAAACGTGTTTATAAAAAATATC
ACTAAAAATAATATGTCGTCGTCAAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCTTAATTGCTTTA
TTTCCTCTTCATGAGTTTGTCGATGGCCAAATTAGTGAACGCCCATTCATGCCACCTGAA
AAAACTTGCACGGAAATCCAATGCCCCACAGCCAGAGACAAAAACCGTAGGTGCTTTTGT
TGTAGAGTTAACGAGCAGAGAACATGTTACGAGGACCCAAGAATGTGTGCGGATGACTGT
GGCAGACGATAATAAGTTATCTCAAGAACCTACATCAAAGATATAAAAAACCTTAATAAC
CGTTTTAATACCTTCTAATATCTTTTTTTGTTTTATATGAATAACACATGTTTATTTGAA
GTCCAGCATATACAATATATGCCTATTGACTAATTTTTTTTTTGTTATTCAGATACATTT
AATAAAACCTATAAATATATATATTAAGAAACAATTGATTATAAATAATAATTGTGTT


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3FN32JQ C 145
AF RR3C056TF U 2
AF RR3AW28TF U 1
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TGTAGAGTTAACGAGCAGAGAACATGTTACGAGGACCCAAGAATGTGTGCGGATGACTGT
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GTCCAGCATATACAATATATGCCTATTGACTAATTTTTTTTTTGTTATTCAGATACATTT
AATAAAACCTATAAATATATATATTAAGAAACAATTGATTATAAATAATAATTGTGTT

QA 1 538 1 538
DS 

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CCCACAGCCAGAGACAAAAACCGTAGGTGCTTTTGTTGTGGAGTTAACGAGCAGAGAACA
TGTTACGAGGACCCAAGAATGTGTGCGGATGACTGTGGCAGACGATAATAAGTTATTTCA
AGAACCTACATCAAAGATATAAAAAACCTTAATAACCGTTTTAATACCTTCTAATATCTT
TTTT*GTTTTATATGAATAACACATGTTTATTTGAAGTCCAGCATATACAATATATGCCT
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TAAGAAACAATTGATTAT

QA 1 378 1 378
DS 

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AAACTTGCACGGAAATCCAATGCCCCACAGCCAGAGACAAAAACCGTAGGTGCTTTTGTT
GTGGAGTTAACGAGCAGAGAACATGTTACGAGGACCCAAGAATGTGTGCGGATGACTGTG
GCAGACGATAATAAGTTATCTCAAGAACCTACATCAAAGATATAAAAAACCTTAATAACC
GTTTTAATACCTTCTAATATCTTTTTT*GTTTTATATGAATAACACATGTTTATTTGAAG
TCCAGCATATACAATATATGCCTATTGACTAATTTTTTTTT*GTTATTCAGATACATTTA
ATAAAACC

QA 1 488 1 488
DS 

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G
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CTAAAAATAATATGTCGTCGTCAAAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCTTAATTGCTTTAT
TTCCTCTTCATGAGTTTGTCGATGGCCAAATTAGTGAACGCCCATTCATGCCACCTGAAA
AAACTTGCACGGAAATCCAATGCCCCACAGCCAGAGACAAAAACCGTAGGTGCTTTTGTT
GTAGAGTTAACGAGCAGAGAACATGTTACGAGGACCCAAGAATGTGTGCGGATGACTGTG
GCAGACGATAATAAGTTGTCTCAAGAACCTACATCAAAGATATAAAAAACCTTAATAACC
GTTTTAATACCTTCTAATATCTTTTTTTGTTTTATATGAATAACACATGTTTATTTGAAG
TCCAGCATATACAATATATGCCTATTGACTAATTTTTTTTTTGTTATTCAGATACATTTA
ATAAAACCTATAAATATATATATTAAGAAACAATTGATTATAAATAATAATTGTGTT

QA 2 538 2 538
DS 



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TTATTTGGAAACCAACATATACAATATATGCCTATTGAC


BQ
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AF RR3B351JQ C 1
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GCCACCTGAAAAAACTTGCACGGAAATCCAATGCCCCACAGCCAGAGACAAAAACCGTAG
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CCTTAATAACCGTTTTAATACCTTCTAATATCTTTTTTGTTTTATATGAATAACACATGT
TTATTTGGAAACCAACATATACAATATATGCCTATTGAC

QA 1 459 1 459
DS 



AS 2 6

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CTTCTCTCCCGTCTCCCTTCTTGAGAAACTGAAAGGCGAGAGAACTCCAGATTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT48JQ U 86
AF RR3EA96JQ U 1
AF RR3EE15JQ U 7
AF RR3EE15TF C 410
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BS 501 501 RR3EE15JQ
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BS 505 520 RR3EA96JQ
BS 521 521 RR3EE15JQ
BS 522 580 RR3EA96JQ
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BS 582 601 RR3EA96JQ
BS 602 602 RR3EE15JQ
BS 603 605 RR3EA96JQ
BS 606 606 RR3EE15JQ
BS 607 709 RR3EA96JQ
BS 710 711 RR3EE15JQ
BS 712 732 RR3EA96JQ
BS 733 733 RR3EE15JQ
BS 734 765 RR3EA96JQ
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BS 767 776 RR3EA96JQ
BS 777 792 RR3EE15JQ
BS 793 1195 RR3EE15TF

RD RR3FT48JQ 373 0 0
ACAA
AAACAACAAGTAACATTTTACGACAAACCAAACAAAAAAAAAAAGGCTTCGGGGGAAATT
TAATTCTTAAGCTTTATAATTAAGGAGTAGGCTTCAACGTGTTGGCAACATCAATCACAA
AACGGTATCTAACGTCAGCCTTCTCGAGCCGTTCCATGGCAGTGTTGACATAATCTGCAA
AAATAAGCTCAATGTCTGCCGGGATGTTGTGTTTTCCGGCCAAATCCATCATCTCTTGAG
TCTCTTTTATCCCTCCTACCATACTTCCGACCACCATCTTCTTCCCCACGATGAAAGGCA
TAACCGGAAGCTCAAGTGGTTTATCAGGTGCACCAAGCATAATTAGTTTACCGTTATATT
TAAGCAAAT

QA 5 373 5 373
DS 

RD RR3EA96JQ 779 0 0
CGAATTAAACATCCCAAGATCTTATTAATATAGCAAACATTACATTCAAGTTGATTCAAT
TTATAGGGCACAATATTAGTGCTACAGACAAACAACAAGTAACATATTACAACAAACCAA
ACAAGAAAAGAAAGGCTTCTGGGGAAATTTAATTCTTAAGCTTTATAATTAAGGAGTAGG
CTTCAACGTGTTGGCAACATCAATCACAAAACGGTATCTAACGTCAGCCTTCTCGAGCCG
TTCCATGGCAGTGTTGACATAATCTGCAGAGATAAGCTCAATGTCTGCCGTGATGTTGTG
TTTTCCGGCCAGATCCATCATCTCTTGAGTCTCTTTTATCCCTCCTACCATACTTCCAAC
CACCATCTTCTTCCCCACGATGAGAGGCATAACCGGAAGCTCAAGTGGTTTATCAGGTGC
ACCAAGCATAATTAGTTTACCGTTATATTTAAGCAAATCAAAAAGCGGGAGAAGTGAATG
AGTCGCAAATACGGTATCAACAATACCATCCATAGTCCCCATTACATCCTTCATCTGCTC
CGGGTCACGGCTCACCAAGAACAGATCCGCACCAAGCCGATTAATGGCCTCGTCTCTCTT
CCTATCCGAAGTACTAATAACCGTAACCTTAGTACCCATAGCCTTAGCAAATTTCACAGC
TACATGACCTAAGCCACCTAGGCCCACCACACCGATGTGCATACCCGGCTTGAGGAGCCC
GTGATACTTCATCGGGGAATAGACCGTGGTCCCAGCGCAGAGTAGAGGCGCGGTAG
CGT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3EE15JQ 789 0 0
G
AACATCCCAAGATCTTATTAATATAGCAAACATTACATTCAAGTTGATTCAATTTATAGG
GCACAATATTAGTGCTACAGACAAACAACACGTAACATATTACAACAAACCAAACAAGAA
AAGAAAGGCTTCTGGGGAAATTTAATTCTTAAGCTTTATAATTAAGGAGTAGGCTTCAAC
GTGTTGGCAACATCAATCACAAAACGGTATCTAACGTCAGCCTTCTCGAGCCGTTCCATG
GCAGTGTTGACATAATCTGCAGAGATAAGCTCAATGTCTGCCGTGATGTTGTGTTTTCCG
GCCAGATCCATCATCTCTTGAGTCTCTTTTATCCCTCCTACCATACTTCCCACCACCATC
TTCTTCCCCACGATGAGAGGCAGAACCGGAAGCTAAAGTGGTTTCTCAGGTGCACCAACC
ATAATTAGTTTACCGTTATATTTAAGCAAATCAAAAAGCGGGAGAAGTGAATGAGTCGCA
GATACGGTATCAATAACACCATCCATAGTCCCCGTTACATCCTTCATCTGCTCCGGGTCA
CGGCTCACCAAGAACAGATCCGCACCAAGCCGACTAATGGCCTCGTCTCTCTTCTTATAC
GAAGTACTAATAACCGTAACCTTAGTACCCATAGCCTTAGCAAATTTCACAGCTACATGA
CCTAAGCCACCTAGGCCCACCACACCGATGTGCATACCCGGCCCGAGGAGCCCGTGATAC
TTCATAGGG*AATAGACCGTGGTCCCAGCGCAGAGTAGCGGCGCGGTAGTGTCTAACGGA
AGATT
TTC

QA 2 786 2 786
DS 

RD RR3EE15TF 786 0 0
GTTCTCA
GTGCACCAACCATAATTAGTT*ACCGT*ATATT*AAGCAAATCAAAA*GCGGGAGAAGTG
AATGAGTCGCAGATACGGTATCAATAACACCATCCATAGTCCCCGTTACATCCTTCATCT
GCTCCGGGTCACGGCTCACCAAGAACAGATCCGCACCAAGCCGACTAATGGCCTCGTCTC
TCTTCTTATACGAAGTACTAATAACCGTAACCTTAGTACCCATAGCCTTAGCAAATTTCA
CAGCTACATGACCTAAGCCACCTAGGCCCACCACACCGATGTGCATACCCGGCCCGAGGA
GCCCGTGATACTTCATAGGGGAATAGACCGTGGTCCCAGCGCAGAGTAGCGGCGCGGTAG
TGTCTAACGGAAGATTTTCTGGAATACGGATGATGTAGTCCTCTTCACAAACCATGTGGT
CGGAGTAACCACCATATGTTATAGTGTCATCGTAGTACTTGGCTCCGGATGTTAGGATCA
TTTTTGGACAGTAGTTCTCTTGGTCATCGGAGCAGGTTTCACATGACCGGCACGAGCTGA
CCATATAGCCAACTCCGACTTTGTCTCCGGCGTTGAATTTAGTCACTTTGGCTCCGACTT
CAGTCACCACGCCCACTATTTCATGACCGGGGACGAGAGGATAAGTAGTAAACCCCCACT
CGTTTTTTGCCATGCTCAAGTCAGTGTGGCAAATTCCACAGAACAACACTTTGAACCTCA
CATCCTTCTCTCCCGTCTCCCTTCTTGAGAAACTGAAAGGCGAGAGAACTCCAGATTCC

QA 8 786 8 786
DS 



CO CL1278Contig2 627 2 7 U
GGACACTTCTCAATTATTAGTATCATCACTCAGAGAAAAATTCTCAGCCCTATTCTCTTA
TTATTTATCCATAATGGGAGAGGTTGTGAAGACGGAGGCGTACGGATTGGCTGTAAAAGA
CGAATCTGGAGTTCTCTCGCCTTTCAGTTTCTCAAGAAGGGAGACGGGAGAGAAGGATGT
GAGGTTCAAAGTGTTGTTCTGTGGAATTTGCCACACTGACTTGAGCATGGCAAAAAACGA
GTGGGGGTTTACTACTTATCCTCTCGTCCCCGGTCATGAAATAGTGGGCGTGGTGACTGA
AGTCGGAGCCAAAGTGACTAAATTCAACGCCGGAGACAAAGTCGGAGTTGGTTATATGGT
CAGCTCGTGCCGGTCATGTGAAACCTGCACCGATGACCAAGAGAACTACTGTCCAAAAAT
GATCCTAACGTCCGGAGCCAAGTACTACGATGACACTATAACATATGGTGGTTACTCCGA
CCACATGGTTTGTGAAGAGGACTACATCATCCGTATTCCAGACAATCTTCCGTTAGACGC
TACCGCGCCTCTACTCTGCGCTGGGACCACGGTCTATTCCCCGATGAAGTATCACGGGCT
CCTCAAGCCCGGGTATGCACATCGGTG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA96TF U 1
AF RR3FT48TF U 2
BS 1 39 RR3EA96TF
BS 40 40 RR3FT48TF
BS 41 163 RR3EA96TF
BS 164 164 RR3FT48TF
BS 165 516 RR3EA96TF
BS 517 517 RR3FT48TF
BS 518 627 RR3EA96TF

RD RR3EA96TF 627 0 0
GGACACTTCTCAATTATTAGTATCATCACTCAGAGAAAA*TTCTCAGCCCTATTCTCTTA
TTATTTATCCATAATGGGAGAGGTTGTGAAGACGGAGGCGTACGGATTGGCTGTAAAAGA
CGAATCTGGAGTTCTCTCGCCTTTCAGTTTCTCAAGAAGGGAGGCGGGAGAGAAGGATGT
GAGGTTCAAAGTGTTGTTCTGTGGAATTTGCCACACTGACTTGAGCATGGCAAAAAACGA
GTGGGGGTTTACTACTTATCCTCTCGTCCCCGGTCATGAAATAGTGGGCGTGGTGACTGA
AGTCGGAGCCAAAGTGACTAAATTCAACGCCGGAGACAAAGTCGGAGTTGGTTATATGGT
CAGCTCGTGCCGGTCATGTGAAACCTGCACCGATGACCAAGAGAACTACTGTCCAAAAAT
GATCCTAACGTCCGGAGCCAAGTACTACGATGACACTATAACATATGGTGGTTACTCCGA
CCACATGGTTTGTGAAGAGGACTACATCATCCGTAT*CCAGACAATCTTCCGTTAGACGC
TACCGCGCCTCTACTCTGCGCTGGGACCACGGTCTATTCCCCGATGAAGTATCACGGGCT
CCTCAAGCCCGGGTATGCACATCGGTG

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3FT48TF 612 0 0
GACACTTCTCAATTATTAGTATCATCACTCAGAGAAAAATTCTCAGCCCTATTCTCTTAT
TATTTATCCATAATGGGAGAGGTTGTGAAGACGGAGGCGTACGGATTGGCTGTAAAAGAC
GAATCTGGAGTTCTCTCGCCTTTCAGTTTCTCAAGAAGGGAGACGGGAGAGAAGGATGTG
AGGTTCAAAGTGTTGTTCTGTGGAATTTGCCACACTGACTTGAGCATGGCAAAAAACGAG
TGGGGGTTTACTACTTATCCTCTCGTCCC*GGTCATGAAATAGTGGGCGTGGTGACTGAA
GTCGGAGCCAAAGTGACTAAATTCAACGCCGGAGACAAAGTCGGAGTTGGTTATATGGTC
AGCTCGTGCCGGTCATGTGAAACCTGCACCGATGACCAAGAGAACTACTGTCCAAAAATG
ATCCTAACGTCCGGAGCCAAGTACTACGATGACACTATAACATATGGTGGTTACTCCGAC
CACATGGTTTGTGAAGAGGACTACATCATCCGTATTCCAGACAATCTTCCGTTAGACGCT
ACCGCGCCTCTACTCTGCGCTGGGACCACGGTCTATTCCCCGATGAAGTATCACGGGCTC
CTC
AAGCCGGGT

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 4

CO CL1279Contig1 1360 4 19 U
GGGTGGCGATGACTGAGTGGCTTTCATCTCATCCTCGGTTTCCGTCTCTCTCTCTCTCTT
CTTCTCCGGCAGGCACATCGAGAGCTTCTCATGTTTAGCTAATTCAGCTGTGTTGAGATC
TTTGATTTGACTTTGTTCTTCATAGGTTCAAACTCTTTTTCTCCCCGGATCTGCTATCCA
TTGATTGAATAATCCTAATTGCGGGAAAACTCTACACAAAAGGGTGATTCGGAGATCCAA
TTGATTAGACAGAGAGAGAGAGAGTGAGAGAGAGAATGTGTAGGCAGAATTGTTGCGCGA
AATCGTCACAAGAGGAGGAGGTGATTTCACCACCTGATGAGAATCTATTGATCTATTGTA
AACCTGTTCGTCTCTACAACATTCTTCGCATTCGCTCTCTTTTCAACCCATCGTTTCTTC
CTAGATGCTTGAGCTACAAAATTCGAAACCACGTAAGCGTAGACAAAGAGGTCATAGAGT
TAACCCCAGCCTACTAAATGTTACCTTTTTACCCATGGATTCGCCCAGTTTACCCAATGG
CACAGATAATGCAACCCCTCTGCTGAGTAATGGAAACCATAGTCTAGGATACCCCGTGGC
AACAGATGTTGCTGGACAATTCGGGATGAACAATTCACCAGCCATAGCTCAATGTTCGAT
GAACTCGAATGCCAAAGCTGTGTTAACAAGCGAAGCTGTGGCCCATGCTGCTAAGACAAG
AAAGTTATCTGCCGAGCGATCAGAGGCTAGAAGCAACCTACTTCTCCAGAAACGCCAGTT
CTATCATTCTCACAGAGTTCAGCCAATGTCACTTGAGCAAGTAATGTCTGATCGAGATAG
CGAAGATGAAGTGGATGATGACGTTGCAGATCTGGAAGATCGCCAGATGCTTGATGATTT
TGTGGATGTGAATAAGAACGAAAAGAGATTCATGCATCTTTGGAACTCTTTTGTAAGAAA
ACAAAGGGTCGTGGCGGATGGTCATATACCATGGGCATGTGAAGCATTTTCGAAGTTTCA
CAAGGAAGAGTTGCTCCATTCTTCACCACTCTTCTGGTGCTGGAGATTATTTATGATAAA
ACTATGGAACATTGGACTTGTAGACTCGGCCACCATCAACAGCTGCAATGTCATCCTCGA
GAATTGCGATAGTAACTCAGACAAGAACAACAA******GAAGAGTGTGGATGTTGGGAT
TGACATTAACAGTAACGCCATGGATGTTGACGAGGATGTCAATAACAGCAAAGCCAAGTA
ATAGGCTTGAATTAGAGAAACCCCCGGCTGCAACCTTCATCTGTTTTATTAGTTTGCAAA
CTGATTTCATATTTTTTTTGGGTATCAACTGACTCCAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU79TF U 1
AF RR3DP25TF U 506
AF RR3FU79JQ C 581
AF RR3GD73JQ C 1015
BS 1 526 RR3FU79TF
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BS 745 969 RR3DP25TF
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BS 1174 1179 RR3FU79JQ
BS 1180 1197 RR3DP25TF
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BS 1202 1222 RR3DP25TF
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RD RR3FU79TF 744 0 0
GGGTGGCGATGACTGAGTGGCTTTCATCTCATCCTCGGTTTCCGTCTCTCTCTCTCTCTT
CTTCTCCGGCAGGCACATCGAGAGCTTCTCATGTTTAGCTAATTCAGCTGTGTTGAGATC
TTTGATTTGACTTTGTTCTTCATAGGTTCAAACTCTTTTTCTCCCCGGATCTGCTATCCA
TTGATTGAATAATCCTAATTGCGGGAAAACTCTACACAAAAGGGTGATTCGGAGATCCAA
TTGATTAGACAGAGAGAGAGAGAGTGAGAGAGAGAATGTGTAGGCAGAATTGTTGCGCGA
AATCGTCACAAGAGGAGGAGGTGATTTCACCACCTGATGAGAATCTATTGATCTATTGTA
AACCTGTTCGTCTCTACAACATTCTTCGCATTCGCTCTCTTTTCAACCCATCGTTTCTTC
CTAGATGCTTGAGCTACAAAATTCGAAACCACGTAAGCGTAGACAAAGAGGTCATAGAGT
TAACCCCAGCCTACTAAATGTTACCTTTTTACCCATGGATTCGCCCTGTTTACCCAATGG
CACAGATAATGCAACCCCTCTGCTGAGTAATGGAAACCATAGTTTAGGATACCCCGTGGC
AACAGATGTTGCTGGACAATTCGGGATGAACAATTCACCAGCCATAGCTCAATGTTCGAT
GAACTCGAATGCCAAAGCTGTGTTAACAAGCGAAGCTGTGGCCCATGCTGCTAAGACA*G
AAAGTTATCTGCCGAGCGATCAGA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3DP25TF 717 0 0
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AGTAATGGAAACCATAGTCTAGGATATCCCGTGGCAACAGATGTTGCTGGACAATTCGGG
ATGAACAATTCACCAGCCATAGCTCAATGTTCGATGAACTCGAATGCCAAAGCTGTGTTA
ACAAGCGAAGCTGTGGCCCATGCTGCTAAGACAAGAAAGTTATCTGCCGAGCGATCAGAG
GCTAGAAGCAACCTACTTCTCCAGAAACGCCAGTTCTATCATTCTCACAGAGTTCAGCCA
ATGTCACTTGAGCAAGTAATGTCTGATCGAGATAGCGAAGATGAAGTGGATGATGACGTT
GCAGATCTGGAAGATCGCCAGATGCTTGATGATTTTGTGGATGTGAATAAGAACGAAAAG
AGATTCATGCATCTTTGGAACTCTTTTGTAAGAAAACAAAGGGTTGTGGCGGATGGTCAT
ATACCATGGGCATGTGAAGCATTTTCGAAGTTTCACAAGGAAGAGTTGCTCCATTCTTCA
CCACTCTGCTGGTGCTGGAGATTATTTATGATAAAACTATGGAACATTGGACTTGTAGAC
TCGGCCACCATCAACAGCTGCAATGTCATCCTCGAGAATTGCGATAGTAACTCAGACAAG
AACAACAACGACAAGAAGAGTGTGGATGTTGGCATCGACATTAACAGTAACGCCATG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3FU79JQ 780 0 0
TAGTTTAGGATA
CCCGTGGCAACAGATGTTGCTGGACAATTCGGGATGAACAATTCACCAGCCATAGCTCAA
TGTTCGATGAACTCGAATGCCAAAGCTGTGTTAACAAGCGAAGCTGTGGCCCATGCTGCT
AAGACAAGAAAGTTATCTGCCGAGCGATCAGAGGCTAGAAGCAACCTACTTCTCCAGAAA
CGCCAGTTCTATCATTCTCACAGAGTTCAGCCAATGTCACTTGAGCAAGTAATGTCTGAT
CGAGATAGCGAAGATGAAGTGGATGATGACGTTGCAGATCTGGAAGATCGCCAGATGCTT
GATGATTTTGTGGATGTGAATAAGAACGAAAAGAGATTCATGCATCTTTGGAACTCTTTT
GTAAGAAAACAAAGGGTCGTGGCGGATGGTCATATACCATGGGCATGTGAAGCATTTTCG
AAGTTTCACAAGGAAGAGTTGCTCCATTTTTCACCACTCTTCTGGTGCTGGAGATTATTT
ATGATAAAACTATGGAACATTGGACTTGTAGACTCGGCCACCATCAACAGCTGCAATGTC
ATCCTCGAGAATTGCGATAGTAACTCAGACAAGAACAACAA******GAAGAGTGTGGAT
GTTGGGATTGACATTAACAGTAACGCCATGGATGTTGACGAGGATGTCAATAACAGCAAA
GCCAAGTAATAGGCTTGAATTAGAGAAACCCCCGGCTGCAACCTTCATCTGTTTTATTAG
TTTGCAAACTGATTTCATATTTTTTTTGGGTATCAACTGACTCCAATC

QA 13 780 13 780
DS 

RD RR3GD73JQ 324 0 0
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GATAAAACTATGGAACATTGGACTTGTAGACTCGGCCACCATCAACAGCTGCAATGTCAT
CCTCGAGAATTGCGATAGTAACTCAGACAAGAACAACAA******GAAGAGTGTGGATGT
TGGGATTGACATTAACAGTCACGCCATGGATGTTGACGAGGATGTCAATAACAGCAAAGC
CAAGTAATAGGCTTGAATTAGAGAAACCCCCGGCTGCAACCTTCATCTGTTTTATTAGTT
TGCAAACTGATTTCATATTTTTTT

QA 1 324 1 324
DS 



AS 1 5

CO CL1280Contig1 744 5 11 U
GTAGATTCGACGGTTACCAAGACACTCTATACGTCAACAACGGTCGTCAATTCTACAGAA
ACTGTGTCATCTCAGGAACAGTCGATTTCATCTTCGGAAAATCAGCAACCGTTATCCAAA
ACTCACTCATCGTCGTCCGTAGAGGAAACAAGGGACAATACAACACCGTCACAGCCGACG
GAAACGAAATGGGATTTGCCATGAAACTCGGTATCGTCCTCCAACACTGCCGCATCGTTC
CGGACAGGAAACTAGCAGCAGAGAGGTTGACCGTAGAGTCATACTTGGGAAGGCCATGGA
AGAAATACTCAACCACGGTGGTCATCAACACTGAACTCGGTGATTT*GATCAGACCAGAA
GGTTGGAGAATGTGGGATGGTGAAAGTAACCACAAGACATGTAGGTACGTTGAATACAAC
AACCGTGGACCAGGAGCTAACACTAATAGGAGAGTTAACTGGGCTAAGGTCGCTAGGACT
GCAGGTGAAGTAAGTCAGTTCACTGTGGCTAACTGGTTAAGTCCCGTTAACTGGATTCAA
CAAACTAACGTTCCTGTCACGCTTCGATTATAAAGCGTATAAAGAAAAACAAAAAGACCA
GTACTTGTTTATGTAAAAGGTGAAAAGTACAACATTTGTTTTCGATAGGATAAAATGTAT
GGGAATGAAGTTGTAATAACAAATTAATTATTTTTTTGTTTGTCTCTCGTATGAAAGATG
AATAAAGACACATTCTTTTAAAAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR3CO81TF U 271
AF RR3AW69JQ C 1
AF RR3BT41JQ C 230
AF RR3BT41TF U 230
AF RR3AW69TF U 1
BS 1 230 RR3AW69TF
BS 231 270 RR3BT41TF
BS 271 346 RR3CO81TF
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BS 740 744 RR3AW69JQ

RD RR3CO81TF 324 0 0
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CTGAACTCGGTGATTTTGATCAGACCAGAAGGTTGGAGAATGTGGGATGGTGAAAGTAAC
CACAAGACATGTAGGTACGTTGAATACAACAACCGTAGACCAGGAGCTAACACTAATAGG
AGAGTTAACTGGGCTAAGGTCGCTAGAACTGCAGGTGAAGTAAGTCAGTTCACTGTGGCT
AACTGGTTAAGTCCCGTTAACTGGATTCAACAAACTAACGTTCCTGTCACGCTTCGATTA
TAAAGCGTATAAAGAAAA
CAAAAA

QA 1 318 1 318
DS 

RD RR3AW69JQ 744 0 0
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ACTGTGTCATCTCAGGAACAGTCGATTTCATCTTCGGAAAATCAGCAACCGTTATCCAAA
ACTCACTCATCGTCGTCCGTAGAGGAAACAAGGGACAATACAACACCGTCACAGCCGACG
GAAACGAAATGGGATTTGCCATGAAACTCGGTATCGTCCTCCAACACTGCCGCATCGTTC
CGGACAGGAAACTAGCAGCAGAGAGGTTGACCGTAGTGTCATACTTGGGAAGGCCATGGA
AGAAATACTCAACCACGGTGGTCATCAACACTGAACTCGATGATTT*GATCAGACCAGAA
GGTTGGAGAATGTGGGATGGTGAAAGTAACCACAAGACATGTAGGTACGTTGAATACAAC
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GCAGGTGAAGTAAGTCAGTTCACTGTGGCTAACTGGTTAAGTCCCGTTAACTGGATTCAA
CAAACTAACGTTCCTGTCACGCTTCGATTATAAAGCGTATAAAGAAAAACAAAAAGACCA
GTACTTGTTTATGTAAAAGGTGAAAAGTACAACATTTGTTTTCGATAGGATAAAATGTAT
GTGAATGAAGTTGTAATAACAAATTAATTATTTTTTTGTTTGTCTCTCGTATGAAAGATG
AATAAAGACACATTCTTTTAAAAG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3BT41JQ 510 0 0
G
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CTGGATTCAACAAACTAACGTTCCTGTCACGCTTCGATTATAAAGCGTATAAAGAAAAAC
AAAAAGACCAGTACTTGTTTATGTAAAAGGTGAAAAGTACAACATTTGTTTTCGATAGGA
TAAAATGTATGGGAATGAAGTTGTAATAACAAATTAATTATTTTTTTGTTTGTCTCTCGT
ATGAAAGATGAATAAAGACACATTCTTTT

QA 2 510 2 510
DS 

RD RR3BT41TF 510 0 0
G
CGCATCGTTCCGGACAGGAAACTAGCAGCAGAGAGGTTGACCGTAGAGTCATACTTGGGA
AGGCCATGGAAGAAATACTCAACCACGGTGGTCATCAACACTGAACTCGGTGATTT*GAT
CAGACCAGAAGGTTGGAGAATGTGGGATGGTGAAAGTAACCACAAGACATGTAGGTACGT
TGAATACAACAACCGTGGACCAGGAGCTAACACTAATAGGAGAGTTAACTGGGCTAAGGT
CGCTAGGACTGCAGGTGAAGTAAGTCAGTTCACTGTGGCTAACTGGTTAAGTCCCGTTAA
CTGGATTCAACAAACTAACGTTCCTGTCACGCTTCGATTATAAAGCGTATAAAGAAAAAC
AAAAAGACCAGTACTTGTTTATGTAAAAGGTGAAAAGTACAACATTTGTTTTCGATAGGA
TAAAATGTATGGGAATGAAGTTGTAATAACAAATTAATTATTTTTTTGTTTGTCTCTCGT
ATGAAAGATGAATAAAGACACATTCTTTT

QA 2 510 2 510
DS 

RD RR3AW69TF 744 0 0
GTAGATTCGACGGTTACCAAGACACTCTATACGTCAACAACGGTCGTCAATTCTACAGAA
ACTGTGTCATCTCAGGAACAGTCGATTTCATCTTCGGAAAATCAGCAACCGTTATCCAAA
ACTCACTCATCGTCGTCCGTAGAGGAAACAAGGGACAATACAACACCGTCACAGCCGACG
GAAACGAAATGGGATTTGCCATGAAACTCGGTATCGTCCTCCAACACTGCCGCATCGTTC
CGGACAGGAAACTAGCAGCAGAGAGGTTGACCGTAGTGTCATACTTGGGAAGGCCATGGA
AGAAATACTCAACCACGGTGGTCATCAACACTGAACTCGATGATTT*GATCAGACCAGAA
GGTTGGAGAATGTGGGATGGTGAAAGTAACCACAAGACATGTAGGTACGTTGAATACAAC
AACCGTGGACCAGGAGCTAACACTAATAGGAGAGTTAACTGGGCTAAGGTCGCTAGGACT
GCAGGTGAAGTAAGTCAGTTCACTGTGGCTAACTGGTTAAGTCCCGTTAACTGGATTCAA
CAAACTAACGTTCCTGTCACGCTTCGATTATAAAGCGTATAAAGAAAAACAAAAAGACCA
GTACTTGTTTATGTAAAAGGTGAAAAGTACAACATTTGTTTTCGATAGGATAAAATGTAT
GTGAATGAAGTTGTAATAACAAATTAATTATTTTTTTGTTTGTCTCTCGTATGAAAGATG
AATAAAGACACATTCTTTT
AAAAG

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 3

CO CL1281Contig1 837 3 3 U
GCTTGTCGAGCAGCTGTTTGGGAAAGAGAAAGCTGCTGAAGTCTCTGCACCTTTGGGATG
CGTCCCAACCCTGGTGATGAGTACACTATTACCGAGCTTAACCAAATAAACTGGTCGTAT
GATATGACAGTACCCCACAGATTCTTGTACCCATTGCAGATGGTTCGGAGGAAATGGAAG
CTGTTGCTATCATTGATGTACTGAGACGGGCAAAAGCAAACGTCGTCGTTGCTGCGCTTG
GTAACAGTTTGGAAGTGGTTGCATCTCGTAAAGTCAAGCTAGTGGCAGATGTGCTTCTCG
ATGAGGCAGAAAAGAACTCATACGATCTGATTGTGTTGCCAGGCGGTCTCGGTGGCGCTG
ATGCATTTGCCAGTTCGGAGAAGCTAGTGAATATGTTAAAGAAGCAGGCGGAAGCAAACA
AACCATATGGAGCAATTTGTGCATCTCCTGCTCTGGTCTTCGAGTCACATGGTCTGCTCA
AGGGTAAGAAGGCGACAGCTTTTCCAGCAATGTGCAACAAATTGTCGGACCAGAATCACA
TCGAACATAGAGTATTGGTGGACGGTAATCTCATAACGAGCAGGGGTCCTGGAACCTCGT
TGGAGTTTGCACTCGGAATCGTGGAGAAGTTTTATGGTCGCGAGAAAGGACTTCAGCTAG
CAAAGGCGACTCTTGTGTAAACTCAGCCAAGTGAGTATCTAAGATAAGATTGTCTTTATT
AAGAAAAATGCTTTAGTATGAAGCTATCATTAAGTGGACCTTTATTGTAATGTGTGCTTT
ATACCGAGTGTGATGCTTTATAATGTCCAATAAATAAAAAGACGAGCTTGCTCGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D295TF U 1
AF RR3D264TF U 86
AF RR3D295JQ C 105
BS 1 728 RR3D295TF
BS 729 817 RR3D264TF
BS 818 837 RR3D295JQ

RD RR3D295TF 728 0 0
GCTTGTCGAGCAGCTGTTTGGGAAAGAGAAAGCTGCTGAAGTCTCTGCACCTTTGGGATG
CGTCCCAACCCTGGTGATGAGTACACTATTACCGAGCTTAACCAAATAAACTGGTCGTAT
GATATGACAGTACCCCACAGATTCTTGTACCCATTGCAGATGGTTCGGAGGAAATGGAAG
CTGTTGCTATCATTGATGTACTGAGACGGGCAAAAGCAAACGTCGTCGTTGCTGCGCTTG
GTAACAGTTTGGAAGTGGTTGCATCTCGTAAAGTCAAGCTAGTGGCAGATGTGCTTCTCG
ATGAGGCAGAAAAGAACTCATACGATCTGATTGTGTTGCCAGGCGGTCTCGGTGGCGCTG
ATGCATTTGCCAGTTCGGAGAAGCTAGTGAATATGTTAAAGAAGCAGGCGGAAGCAAACA
AACCATATGGAGCAATTTGTGCATCTCCTGCTCTGGTCTTCGAGTCACATGGTCTGCTCA
AGGGTAAGAAGGCGACAGCTTTTCCAGCAATGTGCAACAAATTGTCGGACCAGAATCACA
TCGAACATAGAGTATTGGTGGACGGTAATCTCATAACGAGCAGGGGTCCTGGAACCTCGT
TGGAGTTTGCACTCGGAATCGTGGAGAAGTTTTATGGTCGCGAGAAAGGACTTCAGCTAG
CAAAGGCGACTCTTGTGTAAACTCAGCCAAGTGAGTATCTAAGATAAGATTGTCTTTATT
AAGAAAAA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3D264TF 732 0 0
GGG
TTACCGAGCTTAACCAAATAAACTGGTCGTATGATATGACAGTACCCCACAGATTCTTGT
ACCCATTGCAGATGGTTCGGAGGAAATGGAAGCTGTTGCTATCATTGATGTACTGAGACG
GGCAAAAGCAGACGTCGTCGTTGCTGCGCTTGGTAACAGTTTGGAAGTGGTTGCATCTCG
TAAAGTCAAGCTAGTGGCAGATGTGCTTCTCGATGAGGCAGAAAAGAACTCATACGATCT
GATTGTGTTGCCAGGCGGTCTCGGTGGCGCTTATGCATTTGCCAGTTCGGAGAAGCTAGT
GAATATGTTAAAGAAGCAGGCGGAAGCAAACAAACCATATGGAGCAATTTGTGCATCTCC
TGCTCTGGTCTTCTAGTCACATGGTCTGCTCAAGGGTAAGAAGGCGACAGCTTTTCCAGC
AATGTGCAACAAATTGTCGGACCAGAATCACATCGAACATAGAGTATTGGTGGACGGTAA
TCTCATAACGAGCAGGGGTCCTGGAACCTCGTTGGAGTTTGCACTCGGAATCGTGGAGAA
GTTTTATGGTCGCGAGAAAGGACTTCAGCTAGCAAAGGCGACTCTTGT*TAAACTCAGCC
AAGTGAGTATCTAAGATAAGATTGTCTTTATTAAGAAAAATGCTTTAGTATGAAGCTATC
ATTAAGTGGACCTTTATTGTAATGTGTGCTTTATACCGAGTGTGATGCTTTATAATGTCC
AATAAATAA

QA 4 732 4 732
DS 

RD RR3D295JQ 733 0 0
AATAAACTGGTCGTATGA
TATGACAGTACCCCACAGATTCTTGTACCCATTGCAGATGGTTCGGAGGAAATGGAAGCT
GTTGCTATCATTGATGTACTGAGACGGGCAAAAGCAAACGTCGTCGTTGCTGCGCTTGGT
AACAGTTTGGAAGTGGTTGCATCTCGTAAAGTCAAGCTAGTGGCAGATGTGCTTCTCGAT
GAGGCAGAAAAGAACTCATACGATCTGATTGTGTTGCCAGGCGGTCTCGGTGGCGCTGAT
GCATTTGCCAGTTCGGAGAAGCTAGTGAATATGTTAAAGAAGCAGGCGGAAGCAAACAAA
CCATATGGAGCAATTTGTGCATCTCCTGCTCTGGTCTTCGAGTCACATGGTCTGCTCAAG
GGTAAGAAGGCGACAGCTTTTCCAGCAATGTGCAACAAATTGTCGGACCAGAATCACATC
GAACATAGAGTATTGGTGGACGGTAATCTCATAACGAGCAGGGGTCCTGGAACCTCGTTG
GAGTTTGCACTCGGAATCGTGGAGAAGTTTTATGGTCGCGAGAAAGGACTTCAGCTAGCA
AAGGCGACTCTTGTGTAAACTCAGCCAAGTGAGTATTTAAGATAAGATTGTCTTTATTAA
GAAAAATGCTTTAGTATGAAGCTATCATTAAGTGGACCTTTATTGTAATGTGTGCTTTAT
ACCGAGTGTGATGCTTTATAATGTCCAATAAATAAAAAGACGAGCTTGCTCGTTT

QA 19 733 19 733
DS 



AS 1 5

CO CL1282Contig1 588 5 16 U
GGGACGCCTTCGAGATCTTCACGAAAGGAGCAGAAATGGCGGTCCCGTTGCTAACGAAGA
AGGTGGTGAAGAAGAGGTCCGCCAAATTCATCAGACCCCAGAGTGATCGCAGAATCACCG
TCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCCAGGGTGAGGAGGAAGTTCAAAG
GTGTGACTTTGATGCCCAATGTTGGTTACGGATCTGACAAGAAGACCCGTCACTATCTCC
CCAACGGATTCAAGAAGTTTGTTGTTCACAACTCTGCTGATCTTGAGTTACTCATGATGC
ACAACAGGACCTACTGTGCGGAGATTGCTCACAATGTATCAACAAAGAAGAGGAAAGCGA
TTGTGGAGAGAGCTTCCCAGCTTGACATCGTCGTTACCAACAGGCTTGCTAGGTTGCGTA
GCCAGGAAGACGAGTGATGAACGAACGCCCTTTGTTTCCTTTATCTGTCTTTATTGGCAA
ATTTCTCAGTTGGATCATAACTTCTTTTTTGCGGATTAAAGAGTTAAGACTAAATGTTTT
TATGGGTTTCTGGTTTCAATATCTGACCAATTCACAAACTTGTCCTGC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BP94TF U 98
AF RR3BF75JQ C 1
AF RR3GG64TF U 52
AF RR3GG64JQ C 10
AF RR3BF75TF U 1
BS 1 5 RR3BF75JQ
BS 6 51 RR3BF75TF
BS 52 101 RR3GG64TF
BS 102 220 RR3BP94TF
BS 221 221 RR3GG64TF
BS 222 247 RR3BP94TF
BS 248 248 RR3GG64TF
BS 249 286 RR3BP94TF
BS 287 287 RR3GG64TF
BS 288 303 RR3BP94TF
BS 304 369 RR3GG64TF
BS 370 370 RR3BF75TF
BS 371 458 RR3GG64TF
BS 459 459 RR3BF75TF
BS 460 541 RR3GG64TF
BS 542 588 RR3BF75TF

RD RR3BP94TF 206 0 0
CCTC
AGTGATCGCAGAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCCAGG
GTGAGGAGGAAGTTCAAAGGTGTGACTTTGATGCCCAATGTTGGTTACGGATCTGACAAA
AAGACCCGTCACTATCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTTGTTGTTCACAACTCTGCTGAT
CTTGATTTACTCATGATGCACA

QA 5 206 5 206
DS 

RD RR3BF75JQ 588 0 0
GGGACGCCTTCGAGATCTTCACGAAAGGAGCAGAAATGGCGGTCCCGTTGCTAACGAAGA
AGGTGGTGAAGAAGAGGTCCGCCAAATTCATCAGACCCCAGAGTGATCGCAGAATCACCG
TCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCCAGGGTGAGGAGGAAGTTCAAAG
GTGTGACTTTGATGCCCAATGTTGGTTACGGATCTGACAAGAAGACCCGTCACTATCTCC
CCAACGGATTCAAGAAGTTTGTTGTTCACAACTCTGCTGATCTTGAGTTACTCATGATGC
ACAACAGGACCTACTGTGCGGAGATTGCTCACAATGTATCAACAAAGAAGAGGAAAGCGA
TTGTGGAGAGAGCTTCCCAGCTTGACATCGTCGTTACCAACAGGCTTGCTAGGTTGCGTA
GCCAGGAAGACGAGTGGTGAACGAACGCCCTTTGTTTCCTTTATCTGTCTTTATTGGCAA
ATTTCTCAGTTGGATCATAACTTCTTTTTTGCGGATTAAAGAGTTAAGACTAAATGTTTT
TATGGGTTTCTGGTTTCAATATCTGACCAATTCACAAACTTGTCCTGC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3GG64TF 499 0 0
TAACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCCGCCAAATTCATCAGACCCCAGAGTGATCGCA
GAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGGTTCCAGGGTGAGGAGGA
AGTTCAAAGGTGTGACTTTGATGCCCAATGTTGGTTACGGATCTGACAAGAAGACCCGTC
ACTATCTCCCCAACGGATTCAAGAAGTTTGTTGTTCACAACTCTGCTGATCTTGAGTTAC
TCATGATGCACAACAGGACCTACTGTGCGGAGATTGCTCACAATGTATCAACAAAGAAGA
GGAAAGCGATTGTGGAGATAGCTTCCCAGCTTGACATCGTCGTTACCAACAGGCTTGCTA
GGTTGCGTAGCCAGGAAGACGAGTGATGAACGAACGCCCTTTGTTTCTTTTATCTGTCTT
TATTGGCAAATTTCTCAGTTGGATCATAACTTCTTTTTTGCGGATTAAAGAGTTAAGACT
AAATGTTTTT
TATGGGTTC

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR3GG64JQ 540 0 0
GG
GAGATCTTCACGAAAGGAGCAGAAATGGCGGTCCCGTTGCTAACGAAGAAGGTGGTGAAG
AAGAGGTCCGCCAAATTCATCAGACCCCAGAGTGATCGCAGAATCACCGTCAAGGAAAGC
TGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGGTTCCAGGGTGAGGAGGAAGTTCAAAGGTGTGACTTTG
ATGCCCAATGTTGGTTACGGATCTGACAAGAAGACCCGTCACTATCTCCCCAACGGATTC
AAGAAGTTTGTTGTTCACAACTCTGCTGATCTTGAGTTACTCATGATGCACAACAGGACC
TACTGTGCGGAGATTGCTCACAATGTATCAACAAAGAAGAGGAAAGCGATTGTGGAGATA
GCTTCCCAGCTTGACATCGTCGTTACCAACAGGCTTGCTAGGTTGCGTAGCCAGGAAGAC
GAGTGATGAACGAACGCCCTTTGTTTCTTTTATCTGTCTTTATTGGCAAATTTCTCAGTT
GGATCATAACTTCTTTTTTGCGGATTAAAGAGTTAAGACTAAATGTTTTT
ATGGGTTC

QA 3 532 3 532
DS 

RD RR3BF75TF 588 0 0
GGGAC
GCCTTCGAGATCTTCACGAAAGGAGCAGAAATGGCGGTCCCGTTGCTAACGAAGAAGGTG
GTGAAGAAGAGGTCCGCCAAATTCATCAGACCCCAGAGTGATCGCAGAATCACCGTCAAG
GAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCCAGGGTGAGGAGGAAGTTCAAAGGTGTG
ACTTTGATGCCCAATGTTGGTTACGGATCTGACAAGAAGACCCGTCACTATCTCCCCAAC
GGATTCAAGAAGTTTGTTGTTCACAACTCTGCTGATCTTGAGTTACTCATGATGCACAAC
AGGACCTACTGTGCGGAGATTGCTCACAATGTATCAACAAAGAAGAGGAAAGCGATTGTG
GAGAGAGCTTCCCAGCTTGACATCGTCGTTACCAACAGGCTTGCTAGGTTGCGTAGCCAG
GAAGACGAGTGGTGAACGAACGCCCTTTGTTTCCTTTATCTGTCTTTATTGGCAAATTTC
TCAGTTGGATCATAACTTCTTTTTTGCGGATTAAAGAGTTAAGACTAAATGTTTTTATGG
GTTTCTGGTTTCAATATCTGACCAATTCACAAACTTGTCCTGC

QA 6 588 6 588
DS 



AS 1 6

CO CL1283Contig1 763 6 11 U
GGGATCTTTCTTTCTCTAGTCGAAGACGACGAATCGATATTTCTCTCGCAAATCTAGATT
GTTCGTGTGTAGAGAGGAAGACGGCGATGGGAAGTGGGCGAGAAGTCAGCGTGTCGTTAG
ATGGAGTCAGAGACAAAAACATGATGCAGCTTAAGAAACTCAACACTGTGCTCTTCCCGG
TTCGCTACAACGACAAGTACTACGCTGATGCCATCGCATCCGGCGAGTTCACTAAGCTTG
CTTACTACAGTGATATATGTGTTGGAGCTATTGCTTGTCGGCTGGAGAAGAAAGAAGGCG
GGGCCATGAGAGTGTATATAATGACACTTGGTGTTCTCGCACCATACCGCGGCATTGGCA
TTGGTTCAAAGCTACTGAATCATGTTCTTGAGATGTGCTCCAAGCAGAACATGTCGGAAA
TATACTTGCATGTTCAGACAAACAACGAAGATGCGATCAAGTTCTACAAGAAATTTGGGT
TTGAGATCACAGATACCATACAAGACTATTACGTCAACATCGAGCCTAGAGATTGCTATG
TTGTCACCAAGTCCTTTGCTCAATCTGAAGCCAGCAAATGATGACAATACGTTACTTCGG
GAAGCCATTCTTCCCCACCCCAGTTTGTTTGTTTCACTGAAGATTCCATTCTTAAAAGTT
CTGATGTTTTGGTTTCGTGAGTTTTACTTGTTTTGATGACCCCAAAGTTATAGATACATG
GTTGTCTAGTGACCGCTTTGCGGCTCAATCATTATTACTACCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX47JQ C 1
AF RR3GX47TF U 1
AF RR3DH04JQ C 102
AF RR3BU02JQ C 16
AF RR3BU02TF U 16
AF RR3DH04TF U 19
BS 1 138 RR3GX47TF
BS 139 139 RR3BU02TF
BS 140 337 RR3GX47TF
BS 338 338 RR3BU02TF
BS 339 364 RR3GX47TF
BS 365 365 RR3BU02TF
BS 366 374 RR3GX47TF
BS 375 375 RR3BU02TF
BS 376 601 RR3GX47TF
BS 602 735 RR3BU02TF
BS 736 763 RR3DH04TF

RD RR3GX47JQ 632 0 0
GGGATCTTTCTTTCTCTAGTCGAAGACGACGAATCGATATTTCTCTCGCAAATCTAGATT
GTTCGTGTGTAGAGAGGAAGACGGCGATGGGAAGTGGGCGAGAAGTCAGCGTGTCGTTAG
ATGGAGTCAGAGACAAAA*CATGATGCAGCTTAAGAAACTCAACACTGTGCTCTTCCCGG
TTCGCTACAACGACAAGTACTACGCTGATGCCATCGCATCCGGCGAGTTCACTAAGCTTG
CTTACTACAGTGATATATGTGTTGGAGCTATTGCTTGTCGGCTGGAGAAGAAAGAAGGCG
GGGCCATGAGAGTGTATATAATGACACTTGGTGTTCTTGCACCATACCGCGGCATTGGCA
TTGGCTCAAAGCTATTGAATCATGTTCTTGAGATGTGCTCCAAGCAGAACATGTCGGAAA
TATACTTGCATGTTCAGACAAACAACGAAGATGCGATCAAGTTCTACAAGAAATTTGGGT
TTGAGATCACAGATACCATACAAGACTATTACGTCAACATCGAGCCTAGAGATTGCTATG
TTGTCACCAAGTCCTTTGCTCAATCTGAAGCCAGCAAATGATGACAATACGTTACTTCGG
GAAGCCATTCTTCCCCACCCCAGTTTGTTTG
G

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3GX47TF 601 0 0
GGGATCTTTCTTTCTCTAGTCGAAGACGACGAATCGATATTTCTCTCGCAAATCTAGATT
GTTCGTGTGTAGAGAGGAAGACGGCGATGGGAAGTGGGCGAGAAGTCAGCGTGTCGTTAG
ATGGAGTCAGAGACAAAA*CATGATGCAGCTTAAGAAACTCAACACTGTGCTCTTCCCGG
TTCGCTACAACGACAAGTACTACGCTGATGCCATCGCATCCGGCGAGTTCACTAAGCTTG
CTTACTACAGTGATATATGTGTTGGAGCTATTGCTTGTCGGCTGGAGAAGAAAGAAGGCG
GGGCCATGAGAGTGTATATAATGACACTTGGTGTTCTTGCACCATACCGCGGCATTGGCA
TTGGCTCAAAGCTATTGAATCATGTTCTTGAGATGTGCTCCAAGCAGAACATGTCGGAAA
TATACTTGCATGTTCAGACAAACAACGAAGATGCGATCAAGTTCTACAAGAAATTTGGGT
TTGAGATCACAGATACCATACAAGACTATTACGTCAACATCGAGCCTAGAGATTGCTATG
TTGTCACCAAGTCCTTTGCTCAATCTGAAGCCAGCAAATGATGACAATACGTTACTTCGG
G

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3DH04JQ 615 0 0
GAAGTCAGCGTGTCGTTAGATGGAGTCAGAGACAAAAACATGATGCAGCTTAAGAAACTC
AACACTGTGCTCTTCCCGGTTCGCTACAACGACAAGTACTACGCTGATGCCATCGCATCC
GGCGAGTTCACTAAGCTTGCTTACTACAGTGATATATGTGTTGGAGCTATTGCTTGTCGG
CTGGAGAAGAAAGAAGGCGGGGCCATGAGAGTGTATATAATGACACTTGGTGTTCTCGCA
TCATACCGCGGCATTGGCATTGGTTCAAAGCTACTGAATCATGTTCTTGAGATGTGCTCC
AAGCAGAACATGTCGGAAATATACTTGCATGTTCAGACAAACAACGAAGATGCGATCAAG
TTCTACAAGAAATTTGGGTTTGAGATCACAGATACCATACAAGACTATTACGTCAACATC
GAGCCTAGAGATTGCTATGTTGTCACCAAGTCCTTTGCTCAATCTGAAGCCAGCAAATGA
TGACAATACGTTACTTCGGGAAGCCATTCTTCCCCACCCCAGTTTGTTTGTTTCACTGAA
GATTCCATTCTTAAAAGTTCTGATGTTTTGGTTTCGTGAGTTTTACTTGTTTTGATGACC
CCAAAGTTATAGATA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3BU02JQ 720 0 0
GG
AGTCGAAGACGACGAATCGATATTTCTCTCGCAAATCTAGATTGTTCGTGTGTAGAGAGG
AAGACGGCGATGGGAAGTGGGCGAGAAGTCAGCGTGTCGTTAGATGGAGTCAGAGACAAA
AACATGATGCAGCTTAAGAAACTCAACACTGTGCTCTTCCCGGTTCGCTACAACGACAAG
TACTACGCTGATGCCATCGCATCCGGCGAGTTCACTAAGCTTGCTTACTACAGTGATATA
TGTGTTGGAGCTATTGCTTGTCGGCTGGAGAAGAAAGAAGGCGGGGCCATGAGAGTGTAT
ATAATGACACTTGGTGTTCTCGCACCATACCGCGGCATTGGCATTGGTTCAAAGCTACTG
AATCATGTTCTTGAGATGTGCTCCAAGCAGAACATGTCGGAAATATACTTGCATGTTCAG
ACAAACAACGAAGATGCGATCAAGTTTTACAAGAAATTTGGGTTTGAGATCACAGATACC
ATACAAGACTATTACGTCAACATCGAGCCTAGAGATTGCTATGTTGTCACCAAGTCCTTT
GCTCAATCTGAAGCCAGCAAATGATGACAATACGTTACTTCGGGAAGCCATTCTTCCCCA
CCCCAGTTTGTTTGTTTCACTGAAGATTCCATTCTTAAAAGTTCTGATGTTTTGGTTTCG
TGAGTTTTACTTGTTTTGATGACCCCAAAGTTATAGATACATGGTTGTCTAGTGACCG

QA 3 720 3 720
DS 

RD RR3BU02TF 729 0 0
GG
AGTCGAAGACGACGAATCGATATTTCTCTCGCAAATCTAGATTGTTCGTGTGTAGAGAGG
AAGACGGCGATGGGAAGTGGGCGAGAAGTCAGCGTGTCGTTAGATGGAGTCAGAGACAAA
AACATGATGCAGCTTAAGAAACTCAACACTGTGCTCTTCCCGGTTCGCTACAACGACAAG
TACTACGCTGATGCCATCGCATCCGGCGAGTTCACTAAGCTTGCTTACTACAGTGATATA
TGTGTTGGAGCTATTGCTTGTCGGCTGGAGAAGAAAGAAGGCGGGGCCATGAGAGTGTAT
ATAATGACACTTGGTGTTCTCGCACCATACCGCGGCATTGGCATTGGTTCAAAGCTACTG
AATCATGTTCTTGAGATGTGCTCCAAGCAGAACATGTCGGAAATATACTTGCATGTTCAG
ACAAACAACGAAGATGCGATCAAGTTCTACAAGAAATTTGGGTTTGAGATCACAGATACC
ATACAAGACTATTACGTCAACATCGAGCCTAGAGATTGCTATGTTGTCACCAAGTCCTTT
GCTCAATCTGAAGCCAGCAAATGATGACAATACGTTACTTCGGGAAGCCATTCTTCCCCA
CCCCAGTTTGTTTGTTTCACTGAAGATTCCATTCTTAAAAGTTCTGATGTTTTGGTTTCG
TGAGTTTTACTTGTTTTGATGACCCCAAAGTTATAGATACATGGTTGTCTAGTGACCG
AAAAAAAAA

QA 3 720 3 720
DS 

RD RR3DH04TF 745 0 0
GGG
GAAGACGACGAATCGATATTTCTCTCGCAAATCTAGATTGTTCGTGTGTAGAGAGGAAGA
CGGCGGTGGGAAGTGGGCGAGAAGTCAGCGTGTCGTTAGATGGAGTCAGAGACAAAAACA
TGATGCAGCTTAAGAAACTCAACACTGTGCTCTTCCCGGTTCGCTACAACGACAAGTACT
ACGCTGATGCCATCGCATCCGGCGAGTTCACTAAGCTTGCTTACTACAGTGATATATGTG
TTGGAGCTATTGCTTGTCGGCTGGAGAAGAAAGAAGGCGGGGCCATGAGAGTGTATATAA
TGACACTTGGTGTTCTCGCATCATACCGCGGCATTGGCATTGGTTCAAAGCTACTGAATC
ATGTTCTTGAGATGTGCTCCAAGCAGAACATGTCGGAAATATACTTGCATGTTCAGACAA
ACAACGAAGATGCGATCAAGTTCTACAAGAAATTTGGGTTTGAGATCACAGATACCATAC
AAGACTATTACGTCAACATCGAGCCTAGAGATTGCTATGTTGTCACCAAGTCCTTTGCTC
AATCTGAAGCCAGCAAATGATGACAATACGTTACTTCGGGAAGCCATTCTTCCCCACCCC
AGTTTGTTTGTTTCACTGAAGATTCCATTCTTAAAAGTTCTGATGTTTTGGTTTCGTGAG
TTTTACTTGTTTTGATGACCCCAAAGTTATAGATACATGGTTGTCTAGTGACCGCTTTGC
GGCTCAATCATTATTACTACCC

QA 4 745 4 745
DS 



AS 1 6

CO CL1284Contig1 1071 6 8 U
GCGCGTCGTCGTCCATTCAATAATCAAAATACAAAAGATAACACACACATAAGTATCACC
TTCGAGTTTTGATAACCAGTAACAAACAAAATGTTTTATCACAGGAAGCTTACACAGTAT
ACATTGAAAGCCTTCCTTTTAATGATCTTACTCCAAAGAAGAATAATTGAAAACACAGTC
ATAAAAATGCGGTTAGCATAACCGGGGTCGCACTAGTCTTAGGCCTCCTCAAAAGATTAT
GGACCCACGAGATAAAACATTATAAAAATTATAGTTTCCAATGTACAAAGTAAGAAAAAT
TTAAGATTGAATATATCTATAAAATTTTGAAAACGAAAGCCCTGTTTTGAAATAAAGAAG
AATGAAAACAGACGATTCAACTTTGGGGTTATTATACCCGATTGTGATGCTTTTTTTAAC
TTGTGTTGTTCGTCTTGAGCCGTTTTGGTTTTCGACTTTGCTTGGCGTCGTCATCGTTTC
CGGTTCGAGAGACCGGTCCACGGAGTTCATGATCCTTGAAGGAAGATGATTGTTTAGCAA
GCTCGATTTCGACAGAGATGCTTGCTTTTGTTAAGTCCACTCCTGAGTTCTCCAATGCTT
CTCTTAGTGTTTTAACCAATCCTTGTGAGTAAACACTTGATATACTGATGTTGCCCGCAT
GAACTTCCTCGTCATCGCCTTCTTCTTTCAAAGGCTGAGTATGATTCCGTGAACTCGCGC
TTGGCTCTACCGTCTCTGATGCTGCGACTCTCGTGTGCAGATGAGTAACGGGGTTACCCG
CAATTACGGGAGAGAGAAAACTGTTGCTTTGAGCTGACAAAGGA*CTGTCCCGGTCGTTG
GCGTTGCTCGGTTCAGTGTTTCTGGACGGTCTATAACAACGCCATGTGTTGTTGCAAGGA
CCGGAATCGGAATGTTATTCTTCTCTTCTTCCAATTTTGGAGCAAAAGCAACGGTTCCTT
CAGGTACTAGATGTTGGTTGTTTCTTTGCCAATTCACTAGCTTTGCAGGATCGTGATTCC
ATCCTTGGTAAGGTGTCTCGTACTTGCTTGTTTTCTCCTGTAAGAATTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DP41JQ U 1
AF RR3EK08JQ U 52
AF RR3GZ19JQ U 52
AF RR3CX27TF C 140
AF RR3CX27JQ U 122
AF RR3DP41TF C 333
BS 1 179 RR3DP41JQ
BS 180 180 RR3EK08JQ
BS 181 260 RR3DP41JQ
BS 261 261 RR3EK08JQ
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BS 690 780 RR3GZ19JQ
BS 781 852 RR3CX27JQ
BS 853 1071 RR3DP41TF

RD RR3DP41JQ 689 0 0
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ATAAAAATGCGGTTAGCATAACCGGGGTCGCACTAGTCTTAGGCCTCCTCAAAAGATTAT
GGACCCACGAGATAAAACATCATAAAAATTATAGTTTCCAATGTACAAAGTAAGAAAAAT
TTAAGATTGAATATATCTATAAAATTTTGAAAACGAAAGCCCTGTTTTGAAATAAAGAAG
AATGAAAACAGACGATTCAACTTTGGGGTTATTATACCCGATTGTGATGCTTTTTTTAAC
TTGTGTTGTTCGTCTTGAGCCGTTTTGGTTTTCGACTTTGCTTGGCGTCGTCATCGTTTC
CGGTTCGAGAGACCGGTCCACGGAGTTCATGATCCTTGAAGGAAGATGATTGTTTAGCAA
GCTCGATTTCGACAGAGATGCTTGCTTTTGTTAAGTCCACTCCTGAGTTCTCCAATGCTT
CTCTTAGTGTTTTAACCAATCCTTGTGAGTAAACACTTGATATACTGATGTTGCCCGCAT
GAACTTCCTCGTCATCGCCTTCTTCTTTC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3EK08JQ 622 0 0
G
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ACACAGTCATAAAAATGCGGTTAGCATAACCGGGGTCGCACTAGTCTTAGGCCTCCTCAA
AAGATTATGGACCCACGAGATAAAACATTATAAAAATTATAGTTTCCAATGTACAAAGTA
AGAAAAATTTAAGATTGAATATATCTATAAAATTTTGAAAACGAAAGCCCTGTTTTGAAA
TAAAGAAGAATGAAAACAGACGATTCAACTTTGGGGTTATTATACCCGATTGTGATGCTT
TTTTTAACTTGTGTTGTTCGTCTTGAGCCGTTTTGGTTTTCGACTTTGCTTGGCGTCGTC
ATCGTTTCCGGTTCGAGAGACCGGTCCACGGAGTTCATGATCCTTGAAGGAAGATGATTG
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CAATGCTTCTCTTAGTGTTTTAACCAATCCTTGTGAGTAAACACTTGATATACTGATGTT
GCCCGCATGAACTTCCTCGTC

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DS 

RD RR3GZ19JQ 729 0 0
A
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ACACAGTCATAAAAATGCGGTTAGCATAACCGGGGTCGCACTAGTCTTAGGCCTCCTCAA
AAGATTGTGGACCCACGAGATAAAACATTATAAAAATTATAGTTTCCAATGTACAAAGTA
AGAAAAATTTAAGATTGAATATATCTATAAAATTTTGAAAACGAAAGCCCTGTTTTGAAA
TAAAGAAAAATGAAAACAGACGATTCAACTTTGGGGTTATTATACCCGATTGTGATGCTT
TTTTTAACTTGTGTTGTTCGTCTTGAGCCGTTTTGGTTTTCGACTTTGCTTGGCGTCGTC
ATCGTTTCCGGTTCGAGAGACCGGTCCACGGAGTTCATGATCCTTGAAGGAAGATGATTG
TTTAGCAAGCTCGATTTCGACAGAGATGCTTGCTTTTGTTAAGTCCACTCCTGAGTTCTC
CAATGCTTCTCTTAGTGTTTTAACCAATCCTTGTGAGTAAACACTTGATATACTGATGTT
GCCCGCATGAACTTCCTCGTCATCGCCTTCTTCTTTCAAAGGCTGAGTATGATTCCGTGA
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GTTACCCG

QA 2 729 2 729
DS 

RD RR3CX27TF 701 0 0
TTAATG
TCTTACTCCAAAGAAGAATAAT*GAAAACACAGTCATAAAAATGCGGTTAGCATAACCGG
GGTCGCACTAGTCTTAGGCCTCCTCAAAAGATTATGGACCCACGAGATAAAACATTATAA
AAATTATAGTTTCCAATGTACAAAGTAAGAAAAATTTAAGATTGAATATATCTATAAAAT
TTTGAAAACGAAAGCCCTGTTTTGAAATAAAGAAGAATGAAAACAGACGATTCAACTTTG
GGGTTATTATACCCGATTGTGATGCTTTTTTTAACTTGTGTTGTTCGTCTTGAGCCGTTT
TGGTTTTCGACTTTGCTTGGCGTCGTCATCGTTTCCGGTTCGAGAGACCGGTCCACGGAG
TTCATGATCCTTGAAGGAAGATGATTGTTTAGCAAGCTCGATTTCGACAGAGATGCTTGC
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TGAGTAAACACTTGATATACTGATGTTGCCCGCATGAACTTCCTCGTCATCGCCTTCTTC
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GACTCTCGTGTGCAGATGAGTAACGGGGTTACCCGCAATTACGGGAGAGAGAAAACTGTT
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DS 

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CGTT
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AATGCGGTTAGCATAACCGGGGTCGCACTAGTCTTAGGCCTCCTCAAAAGATTATGGACC
CACGAGATAAAACATTATAAAAATTATAGTTTCCAATGTACAAAGTAAGAAAAATTTAAG
ATTGAATATATCTATAAAATTTTGAAAACGAAAGCCCTGTTTTGAAATAAAGAAGAATGA
AAACAGACGATTCAACTTTGGGGTTATTATACCCGATTGTGATGCTTTTTTTAACTTGTG
TTGTTCGTCTTGAGCCGTTTTGGTTTTCGACTTTGCTTGGCGTCGTCATCGTTTCCGGTT
CGAGAGACCGGTCCACGGAGTTCATGATCCTTGAAGGAAGATGATTGTTTAGCAAGCTCG
ATTTCGACAGAGATGCTTGCTTTTGTTAAGTCCACTCCTGAGTTCTCCAATGCTTCTCTT
AGTGTTTTAACCAATCCTTGTGAGTAAACACTTGATATACTGATGTTGCCCGCATGAACT
TCCTCGTCATCGCCTTCTTCTTTCAAAGGCTGAGTATGATTCCGTGAACTCGCGCTTGGC
TCTACCGTCTCTGATGCTGCGACTCTCGTGTGCAGATGAGTAACGGGGTTACCCGCAATT
ACGGGAGAGAGAAAACTGTTGCTTTGAGCTGACAAAGGA*CTGTCCCGGTCGTTGGCGTT
GCTCGGT
CC

QA 5 731 5 731
DS 

RD RR3DP41TF 739 0 0
AAACGAAAGCCTG
TTTGAAATAAAGAAGAATGAAAACAGACGATTCAACTTTGGGGTTATTATACCCGATTGT
GATGCTTTTTT*AACTTGTGTTGTTCGTCTTGAGCCGTTTTGGTTTTCGACTTTGCTTGG
CGTCGTCATCGTTTCCGGTTCGAGAGACCGGTCCACGGAGTTCATGATCCTTGAAGGAAG
ATGATTGTTTAGCAAGCTCGATTTCGACAGAGATGCTTGCTTTTGTTAAGTCCACTCCTG
AGTTCTCCAATGCTTCTCTTAGTGTTTTAACCAATCCTTGTGAGTAAACACTTGATATAC
TGATGTTGCCCGCATGAACTTCCTCGTCATCGCCTTCTTCTTTCAAAGGCTGAGTATGAT
TCCGTGAACTCGCGCTTGGCTCTACCGTCTCTGATGCTGCGACTCTCGTGTGCAGATGAG
TAACGGGGTTACCCGCAATTACGGGAGAGAGAAAACTGTTGCTTTGAGCTGACAAAGGAA
CTGTCCCGGTCGTTGGCGTTGCTCGGTTCAGTGTTTCTGGACGGTCTATAACAACGCCAT
GTGTTGTTGCAAGGACCGGAATCGGAATGTTATTCTTCTCTTCTTCCAATTTTGGAGCAA
AAGCAACGGTTCCTTCAGGTACTAGATGTTGGTTGTTTCTTTGCCAATTCACTAGCTTTG
CAGGATCGTGATTCCATCCTTGGTAAGGTGTCTCGTACTTGCTTGTTTTCTCCTGTAAGA
ATTGAC

QA 14 739 14 739
DS 



AS 1 3

CO CL1285Contig1 912 3 3 U
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TCTCCCCTTCCATTCTTTGGATTCTTTTTAAAACACCAAAGAAACAAACTTGAAGATGAA
CCTCCAGAAACACTGGTTACAACCAGAAGTGAAAAAGTGGTTAGAAAACCAGAATCTGAT
GAATCAATCTCTGCGACTCTGCAAAGAATCCTCCAAATCAAGATCAACACCAACACATTT
CCGAATCGATGCGTTTGCGTGGCACGAGTGATACGAAGATGAAGAAGAAGAGCAAGACGC
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CAACTTTCTCTGCCTAGAAAGAAACAACCTCTTCATGAAATCTTGATAAGTTGGGTCTCT
CGAAGTCATCAAGAAATAAGCATAACCCACAATTATCCCAGTCGCTGTAGTGAAAAACGT
AATGGGTTCCATCACATCCCAAGAAAACTCCCAGAAAGTTAGTCTAAAAAACAGACCAAT
CTGAACAACAGAGTAACCAAGACCACACCACAGAATCTTCCTCACTTGCTTATGTGCTAA
AACATCGATCTCTTCCTTCATACTCCTCAGCTTATCGAACTCCACTTTAACTGGATTATC
CTCTGGATTTAAACCCAAAGGCACTGCCTTTCTAATCAATTCCACCACCTTATCTGGATG
AAGATATACTTTATCTCTGAAAATCAAAATCACACCAGCATCATCTAGTACACGAGCGAA
AGCGTGAGCTTCATCGAGAGATCTAGCGATACCTAAACCTTGAGATGCTTCAATGAGTTT
ACTGTAAGAGACAGTTTCTTCATTCCCCATACATCCGAGCTTCTCTTCATCTCATCAACA
TTCACTAATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM04JQ U 21
AF RR3FM04TF C 98
AF RR3B976JQ U 1
BS 1 361 RR3B976JQ
BS 362 362 RR3FM04JQ
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RD RR3FM04JQ 457 0 0
G
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GCACGAGTGATACGAAGATGAAGAAGAAGAGCAAGACGCCAGCTCCCACTTCTTCTCAAG
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ATAACCCACAATTATCCCAGTCGCTGTAGTGAAAAA

QA 2 457 2 457
DS 

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AATTCCACCACCTTATCTGGATGAAGATATACTTTATCTCTGAAAATCAAAATCACACCA
GCATCATCTAGTACACGAGCGAAAGCGTGAGCTTCATCGAGAGATCTAGCGATACCTA
C

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3B976JQ 912 0 0
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TCTCCCCTTCCATTCTTTGGATTCTTTTTAAAACACCAAAGAAACAAACTTGAAGATGAA
CCTCCAGAAACACTGGTTACAACCAGAAGTGAAAAAGTGGTTAGAAAACCAGAATCTGAT
GAATCAATCTCTGCGACTCTGCAAAGAATCCTCCAAATCAAGATCAACACCAACACATTT
CCGAATCGATGCGTTTGCGTGGCACGAGTGATACGAAGATGAAGAAGAAGAGCAAGACGC
CAGCTCCCACTTCTTCTCAAGTTCTTTAAACTTCTCAACATCAAAATTACGACTCTTGAG
CGACTTTCTCTGCCTAGAAAGAAACAACCTCTTCATGAAATCTTGATAAGTTGGGTCTCT
CGAAGTCATCAAGAAATAAGCATAACCCACAATTATCCCAGTCGCTGTAGTGAAAAACGT
AATGGGTTCCATCACATCCCAAGAAAACTCCCAGAAAGTTAGTCTAAAAAACAGACCAAT
CTGAACAACAGAGTAACCAAGACCACACCACAGAATCTTCCTCACTTGCTTATGTGCTAA
AACATCGATCTCTTCCTTCATACTCCTCAGCTTATCGAACTCCACTTTAACTGGATTATC
CTCTGGATTTAAACCCAAAGGCACTGCCTTTCTAATCAATTCCACCACCTTATCTGGATG
AAGATATACTTTATCTCTGAAAATCAAAATCACACCAGCATCATCTAGTACACGAGCGAA
AGCGTGAGCTTCATCGAGAGATCTAGCGATACCTAAACCTTGAGATGCTTCAATGAGTTT
ACTGTAAGAGACAGTTTCTTCATTCCCCATACATCCGAGCTTCTCTTCATCTCATCAACA
TTCACTAATCTC

QA 1 912 1 912
DS 



AS 1 6

CO CL1286Contig1 1489 6 9 U
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TCACACATAGAACATATACGTATAACATATTACAATCACACATAGAACATATAAGTATAA
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TGAATGCTTCCAGTTTTTGTTTACTCACTAGGCCCTCGAAGACTAGGTCACGGAGTGATT
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TTCTACCGATGAAGCTAAAAACCATTCGTCCGTTAGAGACAATTTCTTCAGAACGTATCC
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BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3FS49JQ U 1
AF RR3FN39JQ U 69
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AF RR3A232TF C 637
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RD RR3FS49JQ 640 0 0
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TCACACATAGAACATATACGTATAACATATTACAATCACACATAGAACATATAAGTATAA
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ACGCATCACATCATCACATGAAGGGCATGTCTTAAAATTTATTAACGGAATCGGGAAATA
ATAAGTAAATATAGAAGCATTTTTTTCAAGCAAATGCTGATTATTTCTTAGTCAACGAAA
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CAACGGCTCTAATACAATAGGCTTCATTGTATCCTGCTTCATATTCATCTTCTTCGTTGC
TGTCGCAGTTACTATGGCCAAAATCGAATCCATACGTCTCTAAGTCATTGATTTCAAAAG
AACCTTCGTTTTCTATCACTTCTTTGAGTTCTTGTTCGTTTGGATCATAAAATGGCATGT
TGAATGCTTCCAGTTTTTGTTTACTCACTAGGCCCT
CGAA

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3FN39JQ 568 0 0
G
GAACATATACGTATAACATATTACAATCACACATAGAACATATAAGTATAACATATTACA
ATCACACATAGAACATATAACATATTACAATCACAATCTGTTCTCCAGGACACGCATCAC
ATCATCACATGAAGGGCATGTCTTAAAATTTATTAACGGAATCGGGAAATAATAAGTAAA
TATAGAAGCATTTTTTTCAAGCAAATGCTGATTATTTCTTAGTCAACGAAAGGACAAGAG
TGACACTCGTTTTGTTT*TGCAGCTTGAGTGTTGTGTCACGTGGCGAGCATACTTATCAA
ACAAGATATCGATAACATCTTCTCCAAAATGAGCAATGAGCATTGGTTCAGCAACGGCTC
TAATACAATAGGCTTCATTGTATCCTGCTTCATATTCATCTTCTTCGTTGCTGTCGCAGT
TAATATGGCCAAGATCGAATCCATACGTCTCTAAGTCATTGATTTCAAAAGAACCTTCGT
TTTCTATCACTTCTTTGAGTTCTTGTTCGTTTGGATCATAAAATGGCATGTTGAATGCTT
CCAGTTTTTGTTTACTCACTAGGCCCT

QA 2 568 2 568
DS 

RD RR3A232JQ 925 0 0
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ACATAGAACATATACGTATAACATATTACAATCACACATAGAACATATAAGTATAACATA
TTACAATCACACATAGAACATATAACATATTACAATCACAATCTGTTTTCCAGGACACGC
ATCACATCATCACATGAAGGGCATGTCTTAAAATTTATTAACGGAATCGGGAAATAATAA
GTAAATATAGAAGCATTTTTTTCAAGCAAATGCTGATTATTTCTTAGTCAACGAAAGGAC
AAGAGTGACACTCGTTTTGTTTCTGCAGCTTGAGTGTTGTGTCACGTGGCGAGCATACTT
ATCAAACAAGATATCGATAACATCTTCTCCAAAATGAGCAATGAGCATTGGTTCAGCAAC
GGCTCTAATACAATAGGCTTCATTGTATCCTGCTTCATATTCATCTTCTTCGTTGCTGTC
GCAGTTACTATGGCCAAGATCGAATCCATACGTCTCTAAGTCATTGATTTCAAAAGAACC
TTCGTTTTCTATCACTTCTTTGAGTTCTTGTTCGTTTGGATCATAAAATGGCATGTTGAA
TGCTTCCAGTTTTTGTTTACTCACTAGGCCCTCGAAGACTAGGTCACGGAGTGATTTTGA
TAGCAGTGTCCAAAAGTGACAACAATCTCTATACAATGGATCATTGTTAAGGGTGTTTCT
ACCGATGAAGCTAAAAACCATTCGTCCGTTAGAGACAATTTCTTCAGAACGTATCCTAAG
AAACATTGTGAAGTCTCTTTGGAATTGATTCAAATAAGCTTTGTATGCACTTAGAGGACT
TGAATTTGTTATGAACACATTTTCCTTATCATTTTCGAGTTTTTCTGGAACCTTAGAGAG
CCAGTGGAGAGCGTACGAG
AGTGTA

QA 1 919 1 919
DS 

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ACAATGGATCATTGTTAAGGGTGTTTCTACCGATGAAGCTAAAAACCATTCGTCCGTTAG
AGACAATTTCTTCAGAACGTATCCTAAGAAACATTGTGAAGTCTCTTTGGAATTGATTCA
AATAAGCTTTGTATGCACTTAGAGGACTTGAATTTGTTATGAACACATTTTCCTTATCAT
TTTCGAGTTTTTCTGGAACCTTAGAGAGCCAGTGGAGAGCGTACGAGGAGTGTATAAGGT
GGAGGCTGTTGCGAGAGAAGAGCCTAGAGTAGAAGGAACCTGGTGCTCTATAGACGAAAC
ATGATGCTTGGTTTTTGATCATCATCTCCTTGTTGAAGAATGGTACGAACCTAAACGTTG
TGTTGAAATCGTTTTCGGGAAGATCATTCAGACAACAATCGATTTCCGGAGGGTTTTGGT
TCGAGTCTTGGCACAACACATTGATGGTGTTGATGATCTCAGAGATAGCCAAAAACGTGT
TTTGCCCCGAGGAACAACCCAATTCAGCAACTTTGATATAGTTAGGGAAGTTTACATTCA
CCATCATTTCTTTTGTGTTTTTTACCAAGACTGGTTTTGCCATTGATAAAACTCTTCTCT
GAAGAAGAGAATTGGCAGAGTAGCTGTTTGCTCCTTCTCCACCACTCATACATAAAGCTT
TCATAAATGCATATTCATCGTCACTCTTTTCATCAATATACCTCAGGGAAGGAACGGTAT
CGTTGAATCTTGAATCCATTTTATCTTACTTATTTGTTATAAAATTCAAGGAGGATTATT
AGAAGATGTATCC

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR3FS49TF 713 0 0
TATCA
TAAGAAACATTGTGAAGTCTCTTTGGAATTGATTCAAATAAGCTTTGTATGCACTTAGAG
GACTTGAATTTGTTATGAACACATTTTCTTTATCATTTTCGAGTTTTTCTGGAACCTTAG
AGAGCCAGTGGAGAGCGTACGAGGAGTGTATAAGGTGGAGGCTGTTGCGAGAGAAGAGCC
TAGAGTAGAAGGAACCTGGTGCTCCATAGACGAAACATGATGCTTGGTTTTTGATCATCA
TCTCCTTGTTGAAGAATGGTACGAACCTAAACGTTGTGTTGAAATCGTTTTCGGGAAGAT
CATTCAGACAACAATCGATTTCCGGAGGGTTTTGGTTCGAGTCTTGGCACAACACATTGA
TGGTGTTGATGATCTCAGAGATAGCCAAAAACGTGTTTTGCCCCGAGGAACAACCCAATT
CAGCAACTTTGATATAGTTAGGGAAGTTTACATTCACCATCATTTCTTTTGTGTTTTTTA
CCAAGACTGGTTTTGCCATTGATAAAACTCTTCTCTGAAGAAGAGAATTGGCAGAGTAGC
TGTTTGCTCCTTCTCCACCACTCATACGTAAAGCTTTCATAAATGCATATTCATCGTCAC
TCTTTTCATCAATATACCTCAGGGAAGGAACGGTATCGTTGAATCTTGAATCCATTTTAT
CTTACTTATTTGTTATAAAATTCAAGGAGGATTATTAGAAGATGTATC

QA 6 713 6 713
DS 

RD RR3FN39TF 733 0 0
AGACAATTTCTTCAGAACGTATC*TAAGAAACAT*GTGAAGTCTCTTTGGAATTGATTCA
AATAAGCTTTGTATGCACTTAGAGGACTTGAATTTGTTATGAACACATTTTCCTTATCAT
TTTCGAGTTTTTCTGGAACCTTAGAGAGCCAGTGGAGAGCGTACGAGGAGTGTATAAGGT
GGAGGCTGTTGCGAGAGAAGAGCCTAGAGTAGAAGGAACCTGGTGCTCCATAGACGAAAC
ATGATGCTTGGTTTTTGATCATCATCTCCTTGTTGAAGAATGGTACGAACCTAAACGTTG
TGTTGAAATCGTTTTCGGGAAGATCATTCAGACAACAATCGATTTCCGGAGGGTTTTGGT
TCGAGTCTTGGCACAACACATTGATGGTGTTGATGATCTCAGAGATAGCCAAAAACGTGT
TTTGCCCCGAGGAACAACCCAATTCAGCAACTTTGATATAGTTAGGGAAGTTTACATTCA
CCATCATTTCTTTTGTGTTTTTTACCAAGACTGGTTTTGCCATTGATAAAACTCTTCTCT
GAAGAAGAGAATTGGCAGAGTAGCTGTTTGCTCCTTCTCCACCACTCATACGTAAAGCTT
TCATAAATGCATATTCATCGTCACTCTTTTCATCAATATACCTCAGGGAAGGAACGGTAT
CGTTGAATCTTGAATCCATTTTATCTTACTTATTTGTTATAAAATTCAAGGAGGATTATT
AGAAGATGTATC
C

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 6

CO CL1287Contig1 839 6 8 U
GTTACAACCTTTGATATTTATAAAACAGAGTTTTTATTAGAACCAAAAGACATTAAACTG
AAACCAGACACCCACACAGTACACAAAGCCTCACACAAACCCCCAAATCAACATCACAAC
AACAAACAAACCACATCTTGTTTTTTTCTTTCTTTCTAAACCGGCAATGCATATTTCTCA
GAAACTTCCTTCCACGCAGCACGGTTACTAATCTTATCCCACCACGCGCTCACATGCTTC
CTATCTTTGATCATATAAGCCTTCCCAATAGCACCCACAAGGTACTCGGTGAAGGGAAGG
TGAGCCAAATCAGCTAGACTCACGAAATCTCCAGCCAAGTATTCGTTCTTTGAAAGCTGT
GCTTCGTACACGTCAAGCACTTCAGCAAGCTTCTCTTCACTCTCTTTTATAACTTTCTCA
TCAGCAGGAAGGCCCATGAGTGGTGCAAAGACAATGTTCAGCGTTAGTGCTAGTAGTGGT
GGATGGTAGCTTGTTGCTTCCACGTCAAGCCATTGCTCCACTTGTCCTCTCTCTTCAATT
GTCTTTCCCAACAAGTCTGGTCCTTGTGATCTGTATTTCTCTGCTATGTACCTCATGATG
GCACGCGACTCAAAGATTTTGTAGTCACCGTCGACGAGCACAGGGATCTTACCGAAAGGC
TGAATGGCAATATACTCAGGCTGCCTCTGCTCTCCTTTCAAGAGATCAACATTGACAGTC
TCGAACTCTACTCCCTTCTCCACTAACGTCACCACAGCTCTCTTGGAAGATGCGAATAAA
GGCGCATAGATTGTCAACACCATCCTTAATTTCTTCTTCTTTCTTCCCTATATCAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 10 25 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AQ48JQ U 336
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GTTCAGCGTTAGTGCTAATAGTGGTGGATGG

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GTTTTTTTCTTTCTTTCTAAACCGGCAATGCATATTTCTCAAAAACTTCCTTCCACGCAG
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CTTCAGCAAGCTTCTCTTCACTCTCTTTTATAACTTTCTCATCAGCAGGAAGGCCCATGA
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CC**GTCAAGCCATTGCTCCACTTGTCCTCTCTCTTCAATTGTCTTTCCCAACAAGTCTG
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TGTAGTCACC

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DS 

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AACAAACAAACCACATCTTGTTTTTTTCTTTCTTTCTAAACCGGCAATGCATATTTCTCA
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TCGAACTCTACTCCCTTCTCCACTAACGTCACCACAGCTCTCTTGGAAGATG
AGAA

QA 1 772 1 772
DS 

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TTTCTAAACCGGCAATGCATATTTCTCAGAAACTTCCTTCCACGCAGCACGGTTACTAAT
CTTATCCCACCACGCGCTCACATGCTTCCTATCTTTGATCATATAAGCCTTCCCAATAGC
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GTATTTCTCTGCTATGTACCTCATGATGGCACGCGACTCAAAGATTTTGTAGTCACCGTC
GACGAGCACAGGGATCTTACCGAAAGGCTGAATGGCAATATACTCAGGCTGCCTCTGCTC
TCCTTTCAAGAGATCAACATTGACAGTCTCGAACTCTACTCCCTTCTCCACTAACGTCAC
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CTTCTTCTTTCTTCCC
TATATCAGTCC

QA 1 736 1 736
DS 

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CGGCAATGCATATTTCTCAGAAACTTCCTTCCACGCAGCACGGTTACTAATCTTATCCCA
CCACGCGCTCACATGCTTCCTATCTTTGATCATATAAGCCTTCCCAATAGCACCCACAAG
GTACTCGGTGAAGGGAAGGTGAGCCAAATCAGCTAGACTCACGAAATCTCCAGCCAAGTA
TTCGTTCTTTGAAAGCTGTGCTTCGTACACGTCAAGCACTTCAGCAAGCTTCTCTTCACT
CTCTTTTATAACTTTCTCATCAGCAGGAAGGCCCATGAGTGGTGCAAAGACAATGTTCAG
CGTTAGTGCTAGTAGTGGTGGATGGTAGCTTGTTGCTTCC**GTCAAGCCATTGCTCCAC
TTGTCCTCTCTCTTCAATTGTCTTTCCCAACAAGTCTGGTCCTTGTGATCTGTATTTCTC
TGCTATGCACCTCATGATGGCACGCGACTCAAAGATTTTGTAGTCACCGTCGACGAGCAC
AGGGATCTTACCGAAAGGCTGAATGGCAATATACTCAGGCTGCCTCTGCTCTCCTTTCAA
GAGATCAACATTGACAGTCTCGAACTCTACTCCCTTCTCCACTAACGTCACCACAGCTCT
CTTGGAAGATGCGAATAAAGGCGCATAGATTGTCA*CACCATCCTTAATTTCTTCTTCTT
TCTTCCC
CTCC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3AQ48TF 737 0 0
CCAAATCAACATCACAACAACAAACAAACCACATCTTGTTTTTTTCTTTCTTTCTAAACC
GGCAATGCATATTTCTCAGAAACTTCCTTCCACGCAGCACGGTTACTAATCTTATCCCAC
CACGCGCTCACATGCTTCCTATCTTTGATCATATAAGCCTTCCCAATAGCACCCACAAGG
TACTCGGTGAAGGGAAGGTG*GCCAAATCAGCTAGACTCACGAAATCTCCAGCCAAGTAT
TCGTTCTTTGAAAGCTGTGCTTCGTACACGTCAAGCACTTCAGCAAGCTTCTCTTCACTC
TCTTTTATAACTTTCTCATCAGCAGGAGGGCCCATGAGTGGTGCAAAGACAATGTTCAGC
GTTAGTGCTAGTAGTGGTGGATGGTAGCTTGTTGCTTCCACGTCAAGCCATTGCTCCACT
TGTCCTCTCTCTTCAATTGTCTTTCCCAACAAGTCTGGTCCTTGTGATCTGTATTTCTCT
GCTATGTACCTCATGATGGCACGCGACTCAAAGATTTTGTAGTCACCGTCGACGAGCACA
GGGATCTTACCGAAAGGCTGAATGGCAATATACTCAGGCTGCCTCTGCTCTCCTTTCAAG
AGATCAACATTGACAGTCTCGAACTCTACTCCCTTCTCCACTAACGTCACCACAGCTCTC
TTGGAAGATGCGAATAAAGGCGCATAGATTGTCAACACCATCCTTAATTTCTTCTTCTTT
CTTCCCTATATCAGTCC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 6

CO CL1288Contig1 1140 6 10 U
TTTTTTGGATTGTATTAATTTAATTTTTATTGCTTTGCTATTATTAACTTCTCTACTTTA
GAGAATTTTCTGTTACCATCTCCACATAAATTACAAACCAAAGCAAAAATAGTCCTTTTC
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TGCCTTGTGTTTTAGGCTTTAGCAGCTTCTGCAGGAGCAGTGGCTTTGTTGGCAATGAGC
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CCATCCATCTCCACAACCGAAACCTCATGGTCAAAGTAGGAATCAGGTGCATAGTTGAAC
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ACCGCATCCGCGTACTGCTTTTGTGGGTCAATGAATGCATCGAAGTCAGGCTTTCGTGAT
TCGATACTCGCCTTGATACTCTCTAAGCTGTGACCTCTTTCAGCCATGTCCCTCTGAATC
TTCCAAGCGAATTTGACCTCATTGCTAATGTCTAGGTAGATACTGAAGTCCAATAAGTCT
CTTACCCTCTCATCAAACATCGGATGAAGACCTTCGATGACGAGAATCTTGGGAGGCTGA
ATGAGTTCAGGCGCGTCAAGAAGTCCAGTGACGTGATTATAAATGGGCTTCTCAACGGCG
ATACCACTCTTAAGAGCTTTGACCTGCTCATACATGAGATCAAAGTCATTGGCGCGTGGG
TCCAAAGCAGTGACTCCTTTCTCTTTGCGACCGGTTCTGTCCAAGGAATGGTAATCGTCG
AGACAGATCACAGTGGTCATGTCGCTGATGAGTGTGTTGGAGTCAGGGTTCCCTCCCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN09JQ U 26
AF RR3H838JQ U 7
AF RR3H838TF C 1
AF RR3FN09TF C 134
AF RR3A926JQ U 33
AF RR3A926TF C 347
BS 1 6 RR3H838TF
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BS 912 942 RR3A926JQ
BS 943 1140 RR3A926TF

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TTTATTGCTTTGCTGT
TATTAACTTCTCTACTTTAGAGAATTTTCTGTTACCATCTCCACATAAATTACAGACCAA
AGCAAAAATAGTCCTTTTCGCCATAAAAGAAAGAGAGAGAAGAAGAAACTGCAAAGGGGT
TTATAGACGGGTTCTATTTTGCCTTGTGTTTTAGGCTTTAGCAGCTTCTGCAGGAGCAGT
GGCTTTGTTGGCAATGAGCTGCTCATAGAGATCTCTGATCTTCAATCCAACAATGGTCTG
GAAAAGACCTGTTCCATTGTTGCTACCAGGGAAATCAGCATGTTTGAGCATCTGTTGAGT
AACTTCACCGTAAAATTTGGTCGATAGGTTGCTCAGATGGCTCTCCACGTAAATCAGCTC
ATCCAGTCTATCGAATTGCCCATCCATCTCCACAACCGAAACCTCATGGTCAAAGTAGGA
ATCAGGTGCATAGTTGAACTTGATGCCAGGGTA

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DS 

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GGATTGTATTAATTTAATTTTTATTGCTTTGCTATTATTAACTTCTCTACTTTAGAGAAT
TTTCTGTTACCATCTCCACATAAATTACAAACCAAAGCAAAAATAGTCCTTTTCGCCATA
AAAGAAAGAGAGAGAAGAAGAAACTGAAAAGGGGTTTATAGACGGGTTCTATTTTGCCTT
GTGTTTTAGGCTTTAGCAGCTTCTGCAGGAGCAGTGGCTTTGTTGGCAATGAGCTGCTCA
TAGAGATCTCTGATCTTCAATCCAACAATGGTCTGGAAAAGACCTGTTCCATTGTTGCTA
CCAGGGAAATCAGCATGTTTGAGCATCTGTTGAGTAACTTCACCGTAAAATTTGGTCGAT
AGGTTGCTCAGATGGCTCTCCACGTAAATCAGCTCATCCAGTCTATCGAATTGCCCATCC
ATCTCCACAACCGAAACCTCATGGTCAAAGTAGGAATCAGGTGCATAGTTGAACTTGATG
CCAGGGTAGGAGCAGGTGAGTTTGCGACCGCAAGGG

QA 1 516 1 516
DS 

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TTTTTTGGATTGTATTAATTTAATTTT*ATTGCTT*GCTATTATTAACTTCTCTACTTTA
GAGAATTTTCTGTTACCATCTCCACATAAATTACAAACCAAAGCAAAAATAGTCCTTTTC
GCCATAAAAGAAAGAGAGAGAAGAAGAAACTGAAAAGGGGTTTATAGACGGGTTCTATTT
TGCCTTGTGTTTTAGGCTTTAGCAGCTTCTGCAGGAGCAGTGGCTTTGTTGGCAATGAGC
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TTGCTACCAGGGAAATCAGCATGTTTGAGCATCTGTTGAGTAACTTCACCGTAGAATTTG
GTCGATAGGTTGCTCAGATGGCTCTCCACGTAAATCAGCTCATCCAGTCTATCGAATTGC
CCATCCATCTCCACAACCGAAACCTCATGGTCAAAGTAGGAATCAGGTGCATAGTTGAAC
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CCTTCATCAAATAGGTAAACGGGGCTAAAGTACTTGACACCTTCCTTCATTATCAATCTC
ACTCTCAACACTTTGCCTTCATTGTAATCTGGAATCAGCTGTGTTGGAAGCACTTCTATC
ACCGCATCCGCGTACTGCTTTT

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DS 

RD RR3FN09TF 756 0 0
AAGAGAGAGAG
AGAAACTGCAAAGGGGTT*ATAGACGGGTTCTATTTTGC*TTGTGTTTTAGGCTTTAGCA
GCTTCTGCAGGAGCAGTGGCTTTGTTGGCAATGAGCTGCTCATAGAGATCTCTGATCTTC
AATCCAACAATGGTCTGGAAAAGACCTGTTCCATTGTTGCTACCAGGGAAATCAGCATGT
TTGAGCATCTGTTGAGTAACTTCACCGTAGAATTTGGTCGATAGGTTGCTCAGATGGCTC
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TCATGGTCAAAGTAGGAATCAGGTGCATAGTTGAACTTGATGCCAGGGTAGGAGCAGGTG
AGTTTGCGACCGCAAGGGATCCACGAGATGGTTGAACCTTCATCAAATAGGTAAACGGGG
CTAAAGTACTTGACACCTTCCTTCATTATCAATCTCACTCTCAACACTTTGCCTTCATTG
TCATCTGGAATCAGCTGTGTTGGAAGCACTTCTATCACCGCATCCGCGTACTGCTTTTGT
GGGTCAATGAATGCATCGAAGTCAGGCTTTCGTGCTTCGATACTCGCCTTGATGCTCTCT
AAGCTGTGACCTCTTTCAGCCATGTCCCTCTGAATCTTCCAAGCGAATTTGACCTCATTG
CTAATGTCTAGGTAGATACTGAAGTCCAATAAGTCTCTTACCCTCTCATCAAACATCGGA
TGAAGACCTTCGATGACGAGAATC
C

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DS 

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CTTTGCTAG
TATTAACTTCTCTACTTTAGAGAATTTTCTGTTACCATCTCCACATAAATTACAAACCAA
AGCAAAAATAGTCCTTTTCGCCATAAAAGAAAGAGAGAGAAGAAGAAACTGCAAAGGGGT
TTATAGACGGGTTCTATTTTGCCTTGTGTTTTAGGCTTTAGCAGCTTCTGCAGGAGCAGT
GGCTTTGTTGGCAATGAGCTGCTCATAGAGATCTCTGATCTTCAATCCAACAATGGTCTG
GAAAAGACCTGTTCCATTGTTGCTACCAGGGAAATCAGCATGTTTGAGCATCTGTTGAGT
AACTTCACCGTAAAATTTGGTCGATAGGTTGCTCAGATGGCTCTCCACGTAAATCAGCTC
ATCCAGTCTATCGAATTGCCCATCCATCTCCACAACCGAAACCTCATGGTCAAAGTAGGA
ATCAGGTGCATGGTTGAACTTGATGCCAGGGTAGGAGCAGGTGAGTTTGCGACCGCAAGG
GATCCACGAGATGGTTGAACCTTCATCAAATAGGTAAACGGGGCTAAAGTACTTGACACC
TTCCTTCATTATCAATCTCACTCTCAACACTTTGCCTTCATTGTCATCTGGAATCAGCTG
TGTTGGAAGCACTTCTATCACCGCATCCGCGTACTGCTTTTGTGGGTCAATGAATGCATC
GAAGTCAGGCTTTCGTGATTCGATACTCGCCTTGATACTCTCTAAGCTGTGACCTCTTTC
AGCCATGTCCCTCTGAATCTTCCAAGCGAATTTGACCTCATTGCTAATGTCTAGGTAGAT
ACTGAAGTCCAATAAGTCTCTTACCCTCTCATCAAACATCGGATGAAGACCTTCGATGAC
GAGAATCTTGGGAGGCTGAATGAGTTCAG*CGCGTCAAGAAGTCCAGTGACGTGATTATA
A

QA 10 910 10 910
DS 

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TCA
CGTAGAATTTGGTCGATAGGTTGCTCAGATGGCTCTCCACGTAAATCAGCTCATCCAGTC
TATCGAATTGCCCATCCATCTCCACAACCGAAACCTCATGGTCAAAGTAGGAATCAGGTG
CATGGTTGAACTTGATGCCAGGGTAGGAGCAGGTGAGTTTGCGACCGCAAGGGATCCACG
AGATGGTTGAACCTTCATCAAATAGGTAAACGGGGCTAAAGTACTTGACACCTTCCTTCA
TTATCAATCTCACTCTCAACACTTTGCCTTCATTGTCATCTGGAATCAGCTGTGTTGGAA
GCACTTCTATCACCGCATCCGCGTACTGCTTTTGTGGGTCAATGAATGCATCGAAGTCAG
GCTTTCGTGATTCGATACTCGCCTTGATACTCTCTAAGCTGTGACCTCTTTCAGCCATGT
CCCTCTGAATCTTCCAAGCGAATTTGACCTCATTGCTAATGTCTAGGTAGATACTGAAGT
CCAATAAGTCTCTTACCCTCTCATCAAACATCGGATGAAGACCTTCGATGACGAGAATCT
TGGGAGGCTGAATGAGTTCAGGCGCGTCAAGAAGTCCAGTGACGTGATTATAAATGGGCT
TCTCAACGGCGATACCACTCTTAAGAGCTTTGACCTGCTCATACATGAGATCAAAGTCAT
TGGCGCGTGGGTCCAAAGCAGTGACTCCTTTCTCTTTGCGACCGGTTCTGTCCAAGGAAT
GGTAATCGTCGAGACAGATCACAGTGGTCATGTCGCTGATGAGTGTGTTGGAGTCAGGGT
TCCCTCCCTTC

QA 4 794 4 794
DS 



AS 1 6

CO CL1289Contig1 2018 6 21 U
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CCTCCATCGCTCTCTCGTCTCTCTCTCGTCGCGTTTCACGTCTTGGGGCTGTTCTCCGGC
GGCCGATCTCGTCGCTTCCCTGTAGATCTAATCGAAGAAGTGAACAATTTCGTTTTAGAT
TTGATTCCTCCCAGTCGTCCTAGGGTGCATTCATTTTTACTACTCTGCTAAAAAGGAAAA
TGTCCAATTACGAAGGGGATGCTCCGGCTGAGTACGTGGAAGACGTAGATGATGAGATGG
AAGATGTGGGAGATGATATGGATGAGGAGTTCCGTGCCGATGATGATGATGATGATCTCG
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CGGCAGAGCAAGCTCGGAAAGGGAAAGATATACAGGGGATTCCTTGGGACAGGCTTAGTA
TTTCTAGAGAGAAATACAGACAAACTAGGTTAGAGCAGTATAAGAACTATGAAAACGTCC
CCAACTCCGGGGAATCATCAGAAAAAGTTTGCAAGGTCACACAGAAAGGGGGAAAATTCT
ATGAATTTTGGCGGAATTCAAGATCTATCAAATCTACTATACTTCATTTCCAGTTGAGGA
ATTTGGTGTGGGCAACTTCCAAGCACGACGTGTATCTTATGTCAAACTTCCTGCTGACAC
ATTATTCTTCTCTAACGTCCGGAAAGAAGGAAGTTCTCAACGTCCGCGGTCATGTTGCAC
CATCTGAGAAACATCCTGGGAGTTTGCTGGAAGGTTTTACGCAGACTCAAGTGAGTACAC
TTGCGGTGAAAGACGACTTTCTAGTTGCTGGTGGATTTCAAGGGGAACTTATTTGCAGCA
TCTTGATAGACCTGGCGTCAGCTTTTGCTCTCGTACCACTTATGATGATAATGCTATTAC
TAATGCTATTGAGATCTACAACAAACCCAGTGGCGCCCTTCATTTTACTGCCTCGAATAA
TGACTGTGGAGTTAGAGATTTTGACATGGAGAGATACCAGCTTGTTAAGCACTTTCGTTT
TCCGTGGCCAGTGAATCACGCATCTTTGAGTCCTAATGGTAAACTACTGGCTATTGTCGG
GGACAATCCGGAGGGCCTTATAGTTGACCCCAACACCGGAAAGACGCTGGAAACACTATC
AGGACATGTGGACTATTCCTTTGCGTCGGCGTGGCATCCTGACGTATTCACTTTCTCAAC
TGGAAACCAAGACAAGACCTGCCGTGTATGGGATTTCCGTAACCTTTCTCAATCCGTTGC
TGTCTTGAAGGGTAACCTTGGAGCGATCCGGTCAATCCGCTACACGTCCGATGGGAAATA
CATGGCTATGGCTGAACCAGCCGACTTTGTCCATGTCTATGACGTCTCAAAGGGTTATGA
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AGAGGCGCTCTTCATTGGAGTATGGGACCGCACTTACGGTAGCTTACTCGAGTATCATCG
GCGCAGGAACTATTCCTATCTCGATTCGTTTCTTTAAGCGAGAAGAAAAATATACACAAC
CCGTTCAAGGAATAAAAGAGAGCTCATACAGCAACCGATGAACAAATAGAAGCACCGTAG
ATGTATTGTGCAAGTGCTAGTAGTTAGTGTCTGTCTGTGTACTTTGCCGGCTGATGTGTT
GTATACTTATGTCTGGTCTTCTAACGCTTCAAAACTCGTTCAAGATGTGTACAGAAAGAG
CTGGCTCTGTGGTGGCACAGACTAGTACTCAGTGATGGTGTTGAAGCTGGAACCTGGTTC
TCTGTTTGGTGGCATGTGAGTCTTTTCTCTTCTTTGTATTTGTGATTGTTGTAGGAACTC
GAGTGGTAAAAGATACTTTTGAGTTGGTTCTGAGTTTAGAATGTGGGAGATGCTTTTAAC
TAAACTATGTTATCTCTTTCTCGTTTTATCATAGCCTT


BQ
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15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3DU61TF U 1
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AF RR3HA74TF U 991
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AAGATGTGGGAGATGATATGGATGAGGAGTTCCGTGCCGATGATGATGATGATGATCTCG
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CGGCAGAGCAAGCTCGGAAAGGGAAAGATATCCAGGGGATTCCTTGGGACAGGCTTAGTA
TTTCTAGAGAGAAATACAGACAAACTAGGTTAGAGCAGTATAAGAACTATGAAAACGTCC
CCAACTCCGGTGAATCATCAGAAAAAGTTTGCAAGGTCACACAGAAAGGGGGAAAATTCT
ATGAATTTTGGCGGAATTCAAGATCTATCAAATCTACTATACTTCATTTCCAGTTGAGGA
ATTTGGTGTGGGCAACTTCCAAGCACGACGTGTATCTTATGTCAAACTTCCTGCTGACAC
ATTATTCTTCTCTAACGTCCGGAAAGAAG*AAGTTCTCAACGTCCGCGGTCATGTTGCAC
CATCTGAGAAACA

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G
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GAAAAAGTTTGCAAGGTCACACAGAAAGGGGGACAATTCTATGAATTTTGGCGGAATTCG
AGATCTATCAAATCTACTATACTTCATTTCCAGTTGAGGAATTTGGTGTGGGCAACTTCC
AAGCACGACGTGTATCTTATGTCAAACTTCCTGCTGACACATTATTCTTCTCTAACGTCC
GGAAAGAAGGAAGTTCTCAACGTTCGCGGTCATGTTGCACCATCTGAGAAACATCCTGGG
AGTTTGCTGGAAGGTTTTACGCAGACTCAAGTGAGTACACTTGCGGTGAAAGACGACTTT
CTAGTTGCTGGTGGATTTCAAGGGGAACTTATTTGCAGCATCTTGATAGACCTGGCGTCA
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ACAAACCCAGTGGCGCCCTTCATTTTACTGCCTCGAATAATGACTGTGGAGTTAGAGATT
TTGACATGGAGAGATACCAGCTTGTTAAGCACTTTCGTTTTCCGTGGCTAGTGAATCACG
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ACAAT

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G
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AGATACCAGCTTGTTAAGCACTTTCGTTTTCCGTGGCCAGTGAATCACGCATCTTTGAGT
CCTAATGGTAAACTACTGGCTATTGTCGGGGACAATCCGGAGGGCCTTATAGTTGACCCC
AACACCGGAAAGACGCTGGAAACACTATCAGGACATGTGGACTATTCCTTTGCGTCGGCG
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GATTTCCGTAACCTTTCTCAATCCGTTGCTGTCTTGAAGGGTAACCTTGGAGCGATCCGG
TCAATCCGCTACACGTCCGATGGGAAATACATGGCTATGGCTGAACCAGCCGACTTTGTC
CATGTCTATGACGTCTCAAAGGGTTATGAAAGAGAGCAGGAAATCGACTTCTTCGGGGAG
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CTTTAAGCGAGAAGAAAAATATACACAACCCGTTCAAGGAATAAAAGAGAGCTCATACAG
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GG
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GGCTGAACCAGCCGACTTTGTCCATGTCTATGACGTCTCAAAGGGTTATGAAAGAGAGCA
GGAAATCGACTTCTTCGGGGAGATATCTGGAATATCGTTCAGCCCTGACACAGAGGCGCT
CTTCATTGGAGTATGGGACCGCACTTACGGTAGCTTACTCGAGTATCATCGGCGCAGGAA
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GAATAAAAGAGAGCTCATACAGCAACCGATGAACAAATAGAAGCACCGTAGATGTATTGT
GCAAGTGCTAGTAGTTAGTGTCTGTCTGTGTACTTTGCCGGCTGATGTGTTGTATACTTA
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TCAGCCCTGACACAGAGGCGCTCTTCATTGGAGTATGGGACCGCACTTACGGTAGCTTAC
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AAATATACACAACCCGTTCAAGGAATAAAAGAGAGCTCATACAGCAACCGATGAACAAAT
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CGGCTGATGTGTTGTATACTTATGTCTGGTCTTCTAACGCTTCAAAACTCGTTCAAGATG
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GGTAGCTTACTCGAGTATCATCGGCGCAGGAACTATTCCTATCTCGATTCGTTTCTTTAA
GCGAGAAGAAAAATATACACAACCCGTTCAAGGAATAAAAGAGAGCTCATACAGCAACCG
ATGAACAAATAGAAGCCCCGTAGATGTATTGTGCAAGTGCTAGTAGTTAGTGTCTGTCTG
TGTACTTTGCCGGCTGATGTGTTGTATACTTATGTCTGGTCTTCTAACGCTTCAAAACTC
GTTCAAGATGTGTACAGAAAGAGCTGGCTCTGTGGTGGCACAGACTAGTACTCAGTGATG
GTGCTGAAGCTGGAACCTGGTTCTCTGTTTGGTGGCATGTGAGTCTTTTCTCTTCTTTGT
ATTTGTGATTGTTGTAGGAACTCGAGTGGTAAAAGATACTTTTGAGTTGGTTCTGAGTTT
AGAATGTGGGAGATGCTTTTAACTAAACTATGTTATCTCTTTCTCGTTTT

QA 1 530 1 530
DS 



AS 2 5

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GTAATAAAGATGTGTAGTGAAGAATAAACTGAGAAAGAATAAGAGTCATCATCACTCCAC
AGTTTTTTTCTTCAGAGGCTTCTGTTGTGTCACTAGCCACTTCAGGTTCTTCTTCAGAAG
TATTGTTGTCTTGCATTGTGTTACTATCTTCAGATTCACCAGCGCTTCTCAAACTAAACT
TAAGACTGATAGGTCTGCCCATAAGCTCCTTCCCGTCGAGTTTAGAGATTGCATCCCCAG
CTTCTTCTCTAGTAAGGAACGAGACAAAGCCATAGCCAGAAGCTCTACCTCCAGGGTCAG
CGAAAACAACACGAGCTGAGACCAGGTTGAAGTCAGCAGCAGTGAAGAACTCACGGAGAT
GAGTCGATCTCGCTTTCCAAGCGAGGTTAGACACATAGAGTTTGTGACGTGTTTCTCCAG
GGGAAGAGGTA***GCAGAAGGAGGAAGGGGCTTAGGAGGCTTCTTGAACTTTCTTGCAA
AGTTAACCCTTATGATCCTCCCTGAGACTTGGAAAGAATCGAACTTTTCAACAGCGGATT
GAGCTTCTTCACCAGAAGACATGGTCACGAAAGCGAAACCTCTGTTTTTCCCATCTTTTT
GCTTTATTATCTCGACGCTTAAGACAGTCCCGCATTGTCCGAAGAGGTTGGAGATGTCGT
TAACACTCATAGACCAGGGGAGATTGAACACAAAGAGCTTCCTTTTGAGATTCGTCGTCT
GGGTGGTTTCTTCGGTCTTCTCATCCGTAAGGGAAGTTTCTTCCTCCGCGACGGAAGAGA
ATACAGAGACGATTCGCCGAGCACGAAGAGGAATACTGAGAGGGGAGACGGGAGAGAGGT
TAGTGGGAGTTCGAATACTTAAGGAGATGGGTTTAGTTTGCCTAGAGAAGAGATGAGGTT
TTGAGGATGAGGAGGAGGACGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGAAAGAGAGAGAGAGGATGG
AGAGAGCAGCTTCGAGGACCGCCATTGTTAGTCCACTTCTTCTGCAACCCC


BQ
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AF RR3AM84JQ U 1
AF RR3AP09JQ U 58
AF RR3AM84TF C 347
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BS 134 134 RR3AP09JQ
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BS 194 194 RR3AP09JQ
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BS 296 296 RR3AP09JQ
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BS 316 316 RR3AP09JQ
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BS 348 774 RR3AM84JQ
BS 775 780 RR3AP09JQ
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RD RR3AM84JQ 774 0 0
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TATTGTTGTCTTGTATTGTGTTACTATCTTCAGATTCACCAGCGCTTCTCAAACTAAACT
TAAGACTGATAGGTCTGCGCATAAGCTCCTTCCCGTCGAGTTTAGAGATTGCATCTCCAG
CTTCTTCTCTAGTAATGAACGAGACAAAGCCATAGCCAGAAGCTCTTCCTCCAGGGTCAG
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AGTTAACCCTTATGATCCTCCCTGAGACTTGGAAAGAATCGAACTTTTCAACAGCGGATT
GAGCTTCTTCACCAGAAGACATGGTCACGAAAGCGAAACCTCTGTTTTTCCCATCTTTTT
GCTTTATTATCTCGACGCTTAAGACAGTCCCGCATTGTCCGAAGAGGTTGGAGATGTCGT
TAACACTCATAGACCAGGGGAGATTGAACACAAAGAGCTTCCTTTTGAGATTCG

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DS 

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T
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AGTATTGTTGTCTTGCATTGTGTTACTATCTTCAGATTCACCAGCGCTTCTCAAACTAGA
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AGCTTCTTCTCTAGTAAGGAACGAGACAAAGCCATAGCCAGAAGCTCTACCTCCAGGGTC
AGCGAAAACAACACGAGCTGAAACCAAGTTGAAGTCAGCAGCAGTGAAGAACTCACGGAG
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AGGGGAAGAAGAAGAAGCAGAAGGAGGAAGGGGCTTAGGAGGCTTCTTGAACTTTCTTGC
AAAGTTAACCCTTATGATCCTCCCTGAGACTTGGAAAGAATCGAACTTTTCAACAGCGGA
TTGAGCTTCTTCACCAGAAGACATGGTTACGAAAGCGAAACCTCTGTTTTTCCCATCTTT
TTGCTTTATTATCTCGACGCTTAAGACAGTTCCGCATTGTCCGAAGAGGTTGGAGATGTC
GTTGACACTCATAGACCAAGGGAGATTGAACACAAAGAGCTTCCTTTTGAGATTCGTCGT
CT
TCTCATCCGTAAGAGAAG

QA 2 723 2 723
DS 

RD RR3AM84TF 725 0 0
T
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AACTCACGGAGATGAGTCGATCTCGCTTTCCAAGCGAGGTTAGACACATAGAGTTTGTGA
CGTGTTTCTCCAGGGGAAGAGGTA***GCAGAAGGAGGAAGGGGCTTAGGAGGCTTCTTG
AACTTTCTTGCAAAGTTAACCCTTATGATCCTCCCTGAGACTTGGAAAGAATCGAACTTT
TCAACAGCGGATTGAGCTTCTTCACCAGAAGACATGGTCACGAAAGCGAAACCTCTGTTT
TTCCCATCTTTTTGCTTTATTATCTCGACGCTTAAGACAGTCCCGCATTGTCCGAAGAGG
TTGGAGATGTCGTTAACACTCATAGACCAGGGGAGATTGAACACAAAGAGCTTCCTTTTG
AGATTCGTCGTCTGGGTGGTTTCTTCGGTCTTCTCATCCGTAAGGGAAGTTTCTTCCTCC
GCGACGGAAGAGAATACAGAGACGATTCGCCGAGCACGAAGAGGAATACTGAGAGGGGAG
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AAGAGATGAGGTTTTGAGGATGAGGAGGAGGACGAAGAAGAAGAAGAGGAGGAGAAAGAG
AGAGAGAGGATGGAGAGAGCAGCTTCGAGGACCGCCATTGTTAGTCCACTTCTTCTGCAA
CCCC

QA 2 725 2 725
DS 



CO CL1290Contig2 1148 2 6 U
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GGACTAACAATGGCGGTCCTCGAAGCTGCTCTCTCCATCCTCTCTCTCTTTCTCCTCCTC
TTCTTCTTCTTCTTCGTCCTCCTCCTCATCCTCAAAACCTCATCTCTTCTCTAGGCAAAC
TAAACCCATCTCCTTAAGTATTCGAACTCCCACTAACCTCTCTCCCGTCTCCCCTCTCAG
TATTCCTCTTCGTGCTCGGCAAATCGTCTCTGTATTCTCTTCCGTCGCGGAGGAAGAAAC
TTCCCTTACGGATGAGAAGACCGAAGAAACCACCCAGACGACGAATCTCAAAAGGAAGCT
CTTTGTGTTCAATCTCCCCTGGTCTATGAGTGTTAACGACATCTCCAACCTCTTCGGACA
ATGCGGGACTGTCTTAAGCGTCGAGATAATAAAGCAAAAAGATGGGAAAAACAGAGGTTT
CGCTTTCGTGACCATGTCTTCTGGTGAAGAAGCTCAATCCGCTGTTGAAAAGTTCGATTC
TTTCCAAGTCTCAGGGAGGATCATAAGGGTTAACTTTGCAAGAAAGTTCAAGAAGCCTCC
TAAGCCCCTTCCTCCTTCTGCTACCCCTTCCCCTGGAGAAACACGTCACAAACTCTACGT
GTCTAACCTCGCTTGGAAAGCTAGATCAACTCACCTCCGCGAGTTCTTCACTGCTGCTGA
CTTCAACCTAGTCTCAGCTCGTGTTGTTTTCGCTGACCCTGGAGGTAGAGCTTCTGGCTA
TGGCTTTGTCTCGTTCCTTACTAGAGAAGAAGCCGAGGATGCAATCTCTAAACTCGACGG
GAAGGAGCTTATGGGCAGACCTATCAATCTAAAGTTTAGCTTGAGAAGTGCTGGTGAATC
TGAAGATAGTAACACAATAGAAGACAACAATACTTCTGAAGAAGAACCTGAAGAGGCTAG
TGACACAACAGAAGCCTCTGAAGAAAAACCTGTGGAGTGATGATGACTCTTATTCTTTCT
CAGTTTATTCTTCACTACGCATCTTTATTACAAGTTTTGAATATGTAAGAACACAAAAAG
TAGAATTTATTGGCTAACTAAGACTTCAAAAATCCTTGCTAATGTAATGATGAATCAATC
ACCAAGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H689TF U 1
AF RR3H689JQ C 374
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BS 761 1148 RR3H689JQ

RD RR3H689TF 760 0 0
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GGACTAACAATGGCGGTCCTCGAAGCTGCTCTCTCCATCCTCTCTCTCTTTCTCCTCCTC
TTCTTCTTCTTCTTCGTCCTCCTCCTCATCCTCAAAACCTCATCTCTTCTCTAGGCAAAC
TAAACCCATCTCCTTAAGTATTCGAACTCCCACTAACCTCTCTCCCGTCTCCCCTCTCAG
TATTCCTCTTCGTGCTCGGCAAATCGTCTCTGTATTCTCTTCCGTCGCGGAGGAAGAAAC
TTCCCTTACGGATGAGAAGACCGAAGAAACCACCCAGACGACGAATCTCAAAAGGAAGCT
CTTTGTGTTCAATCTCCCCTGGTCTATGAGTGTTAACGACATCTCCAACCTCTTCGGACA
ATGCGGGACTGTCTTAAGCGTCGAGATAATAAAGCAAAAAGATGGGAAAAACAGAGGTTT
CGCTTTCGTGACCATGTCTTCTGGTGAAGAAGCTCAATCCGCTGTTGAAAAGTTCGATTC
TTTCCAAGTCTCAGGGAGGATCATAAGGGTTAACTTTGCAAGAAAGTTCAAGAAGCCTCC
TAAGCCCCTTCCTCCTTCTGCTACCCCTTCCCCTGGAGAAACACGTCACAAACTCTACGT
GTCTAACCTCGCTTGGAAAGCTAGATCAACTCACCTCCGCGAGTTCTTCACTGCTGCTGA
CTTCA*CCTAGTCTCAGCTCGTGTTGTTT*CGCTGACCCT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3H689JQ 775 0 0
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TTAAGCGTCGAGATAATAAAGCAAAAAGATGGGAAAAACAGAGGTTTCGCTTTCGTGACC
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GGGAGGATCATAAGGGTTAACTTTGCAAGAAAGTTCAAGAAGCCTCCTAAGCCCCTTCCT
CCTTCTGCTACCCCTTCCCCTGGAGAAACACGTCACAAACTCTACGTGTCTAACCTCGCT
TGGAAAGCTAGATCAACTCACCTCCGCGAGTTCTTCACTGCTGCTGACTTCAACCTAGTC
TCAGCTCGTGTTGTTTTCGCTGACCCTGGAGGTAGAGCTTCTGGCTATGGCTTTGTCTCG
TTCCTTACTAGAGAAGAAGCCGAGGATGCAATCTCTAAACTCGACGGGAAGGAGCTTATG
GGCAGACCTATCAATCTAAAGTTTAGCTTGAGAAGTGCTGGTGAATCTGAAGATAGTAAC
ACAATAGAAGACAACAATACTTCTGAAGAAGAACCTGAAGAGGCTAGTGACACAACAGAA
GCCTCTGAAGAAAAACCTGTGGAGTGATGATGACTCTTATTCTTTCTCAGTTTATTCTTC
ACTACGCATCTTTATTACAAGTTTTGAATATGTAAGAACACAAAAAGTAGAATTTATTGG
CTAACTAAGACTTCAAAAATCCTTGCTAATGTAATGATGAATCAATCACCAAGCC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 3 6

CO CL1291Contig1 773 2 9 U
ATGCTTCTTCCAAGATATTAATATAAAAGTTCCAACTTGTTTTATCCAACGATTTCAAAG
GACCGAGTAACAAAACAAAAAAAAAACGAGAAATACTTCATGCAAAACATAAAGGATCAC
TAACACTGTTCTTGATGAACCATAGCCTTTGTTGGAAACAGTAAAACAAAGGTTATTGTG
AATAGATGGATATGTCGAGATTCATAAGGCCCATTCAGTCACAATCTCTCCGTTAAACAG
CACCAACATGGTGATGATGGTGGTGGTGATGCCTGTGACTGCAATATTCCTTGGCATAAC
TCCTGCAACAGCTTTTACCAATGTGACGCTTCTCTCTTTCCTTACACTTATTATATCCAC
AAGCCTCCTCTGCAGTCTTCACTTTGCAACAAATCTCTATCTTCTTCTTCACTTACAACT
CAAATAGTATTGGACTTGTGCAGCAGCTGCTTTGGCTAAAAAGTTTCACTATCTCTCTCT
CTTTCCCCACCAAACTAGTAGACCCTTCTTCCTTCAAACCTGTTCCACAGCATCCTGAGG
CTAGAGTTATTTCCCCGGTTTCGCAGCAATCAGACTTGCATTGTCCTTCCTTGTTTATCT
GCAAGCCCTTGTCAAGATCAAGTTTCTCTTTAACTCCCCCTTCTGTGTTTCCACAACAAG
CCAACTTGAGATCACAACTCACACAAGCTTCATCAGTGTCCAGACATGCCTTCTCATGGC
AGCTCTCCTCCTTGTTCTCGCAGCATCCTGAGGAGCAGTCCAGACTCTCTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E939JQ U 20
AF RR3CW41JQ U 1
BS 1 85 RR3CW41JQ
BS 86 86 RR3E939JQ
BS 87 344 RR3CW41JQ
BS 345 345 RR3E939JQ
BS 346 414 RR3CW41JQ
BS 415 415 RR3E939JQ
BS 416 459 RR3CW41JQ
BS 460 460 RR3E939JQ
BS 461 773 RR3CW41JQ

RD RR3E939JQ 550 0 0
AATATAAAAGTTCCAACTTGTTTTATCCAACGATTTCAAAGGACCGAGTAACAAAACAAA
AAAAAAACGAGAAATACTTCATGCAAAACATAAAGGATCACTAACACTGTTCTTGATGAA
CCATAGCCTTTGTTGGAAACAGTAAAACAAAGGTTATTGTGAATAGATGGATATGTCGAG
ATTCATAAGGCCCATTCAGTCACAATCTCTCCGTTAAACAGCACCAACATGGTGATGATG
GTGGTGGTGATGCCTGTGGCTGCAATATTCCTTGGCATAACTCCTGCAACAGCTTTTACC
AATGTGACGCTTCTCTCTTTCCTTACACTTATTATATCCACAAGCCTCCTCTGCAGTCTT
CACTTTGCAACAAATCTCTATCTTCTTCTTCACTTACAACTCAAATAGTATTGGACTTGT
GCAGCAGCTGCTTTGGCTAAAAAGTTTCACTATCTCTCTCTCTTTCCCCACCAAACTAGT
AGACCCTTCTTCCTTCAAACCTGTTCCACAGCATCCTGAGGCTAGAGTTATTTCCCCGGT
TTCGCAGCAA

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR3CW41JQ 773 0 0
ATGCTTCTTCCAAGATATTAATATAAAAGTTCCAACTTGTTTTATCCAACGATTTCAAAG
GACCGAGTAACAAAACAAAAAAAAA*CGAGAAATACTTCATGCAAAACATAAAGGATCAC
TAACACTGTTCTTGATGAACCATAGCCTTTGTTGGAAACAGTAAAACAAAGGTTATTGTG
AATAGATGGATATGTCGAGATTCATAAGGCCCATTCAGTCACAATCTCTCCGTTAAACAG
CACCAACATGGTGATGATGGTGGTGGTGATGCCTGTGACTGCAATATTCCTTGGCATAAC
TCCTGCAACAGCTTTTACCAATGTGACGCTTCTCTCTTTCCTTATACTTATTATATCCAC
AAGCCTCCTCTGCAGTCTTCACTTTGCAACAAATCTCTATCTTCTTCTTCACTTGCAACT
CAAATAGTATTGGACTTGTGCAGCAGCTGCTTTGGCTAAGAAGTTTCACTATCTCTCTCT
CTTTCCCCACCAAACTAGTAGACCCTTCTTCCTTCAAACCTGTTCCACAGCATCCTGAGG
CTAGAGTTATTTCCCCGGTTTCGCAGCAATCAGACTTGCATTGTCCTTCCTTGTTTATCT
GCAAGCCCTTGTCAAGATCAAGTTTCTCTTTAACTCCCCCTTCTGTGTTTCCACAACAAG
CCAACTTGAGATCACAACTCACACAAGCTTCATCAGTGTCCAGACATGCCTTCTCATGGC
AGCTCTCCTCCTTGTTCTCGCAGCATCCTGAGGAGCAGTCCAGACTCTCTGTC

QA 1 773 1 773
DS 



CO CL1291Contig2 769 2 7 U
GTGTTGTGGTGATAAGAAAAAACAAGAGAAGGTGAAGAAGCCAAATAGTAAATCAAGTTC
TGAACATAGACACTCTGGTTGTTGTGGTGATAAGCAGCAAGACAATGTAAAGATGGTTGT
GAAAGAGAGCTGTTGCGGTGAGAAAAGCAAGATACCAGATATGTCTTCATTGAGCTCATC
ATGCAAGAAGTCTAACAAAGACCTGAAAATAAAAGGTGGTTCAGGTTGTTGTGATAAGAA
GAAAGAGAAGCTGAAGGAAACAGTGGCAGAGAGCTGTTGTGAGGAGGAGAAGGAGAAAAA
TGTTGAGATGCAGATTCTTGGCCAAGAGCTAATTGATTTGGAGAAAGGTCTGGCTGATGA
AGCCTGCAAATCAAGCTGCTGTGGAACTAAAGAGAAGGCTAAGGAAACTTCTGAAGCTGC
TGCATACGAAGTGGAGTGCAACTCAGGAAGCTGCAAGAAAGACGAGACAGTGAAGCAAAT
CTGCCATGAGAAGACATGTCTAGACGTTGAAACTGGTGAATCCAAGTTGGTTTGTCGTGG
AGAGACAGTGGGAGTGCAATCTGATCTTGAGGAAAAGAATGAAATACAGTGCAAGTCTGG
TTGCTGCAGTGATGAAAGAAAACAAACCGAGGAGATAACTCTGGCTTCGGAGGAAGAGAC
AGAGAGTCTGGACTGCTCCTCAGATGCTGCGAGACAAGAGGAGAGCTGCCATGAGAAGCA
TGTCTGGACACTGATGAAGCTTGTGTGAGTTGTGATCTCAGTTGGCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E939TF U 301
AF RR3CW41TF U 1
BS 1 356 RR3CW41TF
BS 357 357 RR3E939TF
BS 358 437 RR3CW41TF
BS 438 438 RR3E939TF
BS 439 596 RR3CW41TF
BS 597 597 RR3E939TF
BS 598 769 RR3CW41TF

RD RR3E939TF 304 0 0
G
GTTGAGATGCA*ATTCTTGGCCAAGAGCTAATTGATTTGGAGAAAGGTCTGGCTGATGAA
GCCTGCAAATCAAGCTGCTGTGGAACTAAAGAGAAGGCTAAGGAAACTTCTGAAGCTGCT
GCATACGAAGTGGAGTGCAACTCAGGAAGCTGCAAGAAAGACGAGACAGTGAAGCAAATC
TGCCATGAGATGACATGTCTAGACGTTGAAACTGTTGAATCCAAGTTGGTTTGTC*TGGA
GAGACAGTGGGAGTGCAATCTGATCTTGAGGAAAAGAATGAAATACAGTGCAAGTCTGGT
GCT

QA 2 301 2 301
DS 

RD RR3CW41TF 769 0 0
GTGTTGTGGTGATAAGAAAAAACAAGAGAAGGTGAAGAAGCCAAATAGTAAATCAAGTTC
TGAACATAGACACTCTGGTTGTTGTGGTGATAAGCAGCAAGACAATGTAAAGATGGTTGT
GAAAGAGAGCTGTTGCGGTGAGAAAAGCAAGATACCAGATATGTCTTCATTGAGCTCATC
ATGCAAGAAGTCTAACAAAGACCTGAAAATAAAAGGTGGTTCAGGTTGTTGTGATAAGAA
GAAAGAGAAGCTGAAGGAAACAGTGGCAGAGAGCTGTTGTGAGGAGGAGAAGGAGAAAAA
TGTTGAGATGCAGATTCTTGGCCAAGAGCTAATTGATTTGGAGAAAGGTCTGGCTGGTGA
AGCCTGCAAATCAAGCTGCTGTGGAACTAAAGAGAAGGCTAAGGAAACTTCTGAAGCTGC
TGCATACGAAGTGGAGT*CAACTCAGGAAGCTGCAAGAAAGACGAGACAGTGAAGCAAAT
CTGCCATGAGAAGACATGTCTAGACGTTGAAACTGGTGAATCCAAGTTGGTTTGTCGTGG
AGAGACAGTGGGAGTGCAATCTGATCTTGAGGAAAAGAATGAAATACAGTGCAAGTTTGG
TTGCTGCAGTGATGAAAGAAAACAAACCGAGGAGATAACTCTGGCTTCGGAGGAAGAGAC
AGAGAGTCTGGACTGCTCCTCAGATGCTGCGAGACAAGAGGAGAGCTGCCATGAGAAGCA
TGTCTGGACACTGATGAAGCTTGTGTGAGTTGTGATCTCAGTTGGCTTG

QA 1 769 1 769
DS 



CO CL1291Contig3 875 2 8 U
GGAAATCAAATCTCAGGAACCGGTCCGGTCCGGTCTTTCCTCTCGCCCTCGTCTCTTTTG
CTATTAGCTCTGTTCTGCGAAATGGAGTTACAGAACGAGGACAAAACAAAGAACAAAAAG
TGTTACAGGGCTTCCACAACTGTGTTGAATGGTAAGAAACTTGAAGGGGATGCAGGCGAG
GAGCTGGATTTGGAAGCAGGTTTGTTAACAAAGAGTGGCCAATGCAACTCAGGATGTTGT
GGTGATAAGAAAAAGCAAGAGAAGGTGAAGCCAAATAGTAAATCCAGTTCTGAACATAGA
CACTCTGGTTGTTGTGGTGATAAGCAGCAACACAATGTAAAGATGCTTGTGAAAGAGAGC
TGTTGCGGTGAGAAAAGCAAGATACCAGATATGTCTTCATTGAGCTCATCATGCAAGAAG
TCTAACAAAGACCTGAAAATAAAAGGTGGTTCAGGTTGTTGTGATAAGAAGAAAGAGAAG
CTGAAGGAAATAGTGGCAAAGAGCTGTTGTGAGGAGGAGAAGGAGAAAAATGTTGAGATG
CAGATTCTTGGCCAAGAGCTAATTGATTTGGAGAAAGGTCTGGCTGGTGAAACCTGCAAA
TCAAGCTGCTGTGGCACTAAAGAGAAGGCTAGGGAAACTTCCGAAGCTGCTGCATACGAA
TTGGAGTGCAACTCAGGAAGCTGCAAGAAAGACGAGACAGCGAAACAAATCTGCCATGAG
AAGACATGTCTAGACATTGAAACTGGTGACTCCAAGTTGGTTTGTTGTGGAGAGACAGTG
GGAGTGCAATCTGATCTTGAGGAAAAGAACGAAATACAATGCAAGTCTGGTTGCTGCGGT
GATGAAAGAAAACAAACAGAGGAGATAACTCTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GE17TF U 1
AF RR3EF61TF U 246
BS 1 560 RR3GE17TF
BS 561 561 RR3EF61TF
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CTGGTG

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DS 

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GG
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AATCTGATCTTGAGGAAAAGAACGAAATACAATGCAAGTCTGGTTGCTGCGGTGATGAAA
GAAAACAAACAGAGGAGATAACTCTGGC

QA 3 630 3 630
DS 



AS 1 6

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TCCGAGGATTATCTCCATCTCAAGTTGTAAAGGCAGTGGCAACCCCAGACCCACTGTTGG
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TGTCTGATGGTGGTAATGTGGCATTACATGAGATCGATGGAAATATTGTGCGAGTCAAAT
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TAAGAATCACAGGACCTGCTGCTGGAGTCATGACAGTACGAGTAGCAGTAACTCAGAAAC
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CTGTGTTAACTTTTGATAGTTGTCTCCAGAATAAAGCTTTAAACATTTATTGGTCAACTT
CATTTCTAAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FI51TF U 1
AF RR3BR04TF U 6
AF RR3D191TF U 12
AF RR3BR04JQ C 28
AF RR3D191JQ C 306
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TCTCTTTCTTTCCTTTGTATTACTAGCCTCCTTGTATA

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TT
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ATTACTAGTCTCCTTGTATAGTGTATAGATACTGTGTTAACTTTTGATAGTTGTCTCCAG
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TC

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DS 

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CTTGAACTCAATGACGAAAACATTGAAAAGGTGCTGGAAGAAATCAGGCCTTACTTAATT
GGAACAGCTGATGGGTCGCTTGAGCTGGTGGAGATCGAAGAGCCGATCGTGAAGATAAGA
ATCACAGGACCTGCTGCTGGAGTCATGACAGTACGAGTAGCAGTAACTCAGAAACTCAGA
GAGAAAATTCCTGCAATTGCAGCTGTTCAACTTATATAAACACGACCTTCCTTTCTTGTA
TCTGTTTCTCTTTCTTTCCTTTGTATTACTAGCCTCCTTGTATAGTGTATAGATACTGTG
TTAACTTTTGATAGTTGTCTCCAGAATAAAGCTTTAAACATTTATTGG
GC

QA 1 528 1 528
DS 

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TTCCTCGTCCTCTCGTCTTCTTTCTTCTGCTCAGATTTTGAGCTCTCATCGCGCTTTTGG
TCTCCTAGTCCTAGCTAGGCCTCGTCACCGGTTCCGAGGATTATCTCCACCTCGAGTTGT
AAAGGCAGTGGCAACCCCAGACCCACTGTTGGAAGTACCCCTGACTGAGGAAAATGTAGA
GAGCGTTCTGGACGAAATCAGACCATACCTCATGTCTGATGGTGGTAATGTGGCATTACA
TGAGATCGATGGAAATATTGTGCGAGTCAAATTGCAGGGAGCTTGCGGGTCATGCCCAAG
TTCTGTTATGACTATGAAAATGGGTATTGAGCGTCGCCTTATGGAAAAGATACCTGAGAT
TGTGGCTGTCGAATCAGTTCCAGATGAAGAGACTGGCCTTGAACTCAATGACGAAAACAT
TGAAAAGGTGCTGGAAGAAATCAGGCCTTACTTAATTGGAACAGCTGATGGGTCGCTTGA
GCTGGTGGAGATCGAAGAGCCGATCGTGAAGATAAGAATCACAGGACCTGCTGCTGGAGT
CATGACAGTACGAGTAGCAGTAACTCAGAAACTCAGAGAGAAAATTCCTGCAATTGCAGC
TGTTCAACTTATATAAACACGACCTTCCTTTCTTGTATCTGTTTCTCTTTCTTTCCTTTG
TATTACTAGCCTCCTTGTATAGTGTATAGATACTGTGTTAACTTTTGATAGTTGTCTCCA
GAATAAAGCTTTAAACATTTATTGGTCAACTTCATTTCTAAGCG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 6

CO CL1293Contig1 913 6 13 U
TTTTTTTTTCCCCTCAGTCTCTCTTCAAAAGCACACAAATGGCGTCTGCGAACAGAGACA
TGGCTGTGTACTGTTTCGACACTTTGGTCTCTCACTACAACAACGAAGAGTCTCCTCCAC
CTGCCTTTGACGACGCCAATCACCCATTGTTTGTCACCTGGAAGAAAATAGTTAACGGTG
GGGAGCCTCGTTTGCGTGGATGTATCGGTACACTCGAAGCACGCCGCTTGATCAGTGGCT
TCAAGGACTATGCCTTGACCAGTGCCCTGAGGGATCGTAGGTTCCCGCCAATACAACCCA
AAGAACTGCCGTTTCTGCAGTGTACGGTCTCAGTCCTTACTGATTACGAAGATGCGGAGG
ATTATCTCGACTGGGAGGTTGGAAAGCATGGTATAATCATCGAGTTCACTGAACCTGTGA
CTAATATAAAGCGTAACGCCACGTATCTCCCTGAGGTGCCAGCTCATGAAGGCTGGACAA
AGATAGAGGCAATAGACTCGCTGGTGCGTAAAGCAGGATACAATGGGGAGATAACGGAGT
CGGTGCGTAGGCGTATCCAGCTAACACGTTATCAGAGCACATTATTCAGCATGCATTATA
GTGAATACCTTTCGTACGTGAAGGCCACAA*GGGGCCTTGTCCCTGCTATTAATGGGACC
AGCAAGCCCTCCACGGCCTTCTCCTGATTTGCACCATGAAACTGGGTGCGTGAGATTG*G
TCCTGTTTGGGACCTCTCCTAATTTATCTTTAGTATTTGTGATTCGAAAACTGTAAGGCT
CTCTCTGATTTGTTTTTCAAACGAGACAAGATTTGCCTGTTTCACCATTCTCTGAAAATG
CAACCGCACTTACCATTTTAATTATCAAACAATCAGTAGCAGTATGCTGTCTTCTAACGA
AGTTCATCTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL87TF U 10
AF RR3D983TF U 3
AF RR3E039TF U 1
AF RR3E039JQ C 129
AF RR3D983JQ C 453
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BS 1 148 RR3E039TF
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BS 150 630 RR3E039TF
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BS 764 858 RR3E039JQ
BS 859 913 RR3AL87JQ

RD RR3AL87TF 248 0 0
CC
CCTCAGTCTCTCTTCAAAAGCACACAAATGGCGTCTGCGAACAGAGACATGGCTGTGTAC
TGTTTCGACACTTTGGTCTCTCACTACAACAACGAAGAGTCTCCTCCACCTGCCTTTGAC
GACGCCAATCACCCATTGTTTGTCACCTGGAAGAAAATAGTTAACGGTGGGGAGCCTCGT
TTGCGTGGATGTATCGGTACACTCGAAGCACGCCGCTTGATCAGTGGCTTCAAGGACTAT
GCC
GTG

QA 3 245 3 245
DS 

RD RR3D983TF 623 0 0
TTTTTTTTT
CCTCAGTCTCTCTTGAAAAGCACACAAATGGCGTCTGCGAACAGAGACATGGCTGTGTAC
TGTTTTGACACTTTGGTCTCTCACTACAACAACGAAGAGTCTCCTCCACCTGCCTTTGAC
GACGCCAATCACCCATTGTTTGTCACCTGGAAGAAAATAGTTAACGGTGGGGAGCCTCGT
TTGCGTGGATGTATCGGTACACTCGAAGCACGCCGCTTGATCAGTGGCTTCAAGGACTAT
GCCTTGACCAGTGCCCTGAGGGATCGTAGGTTCCCGCCAATCCAACCCAAAGAACTGCCC
TTTCTGCAGTGTACGGTCTCAGTCCTTACTGATTACGAAGATGCGGAGGATTATCTCGAC
TGGGAGGTTGGAAAGCATGGTATAATCATCGAGTTCACTGAACCTGTGACTAATATAAAG
CGTAACGCCACGTATCTCCCTGAGGTGCCAGCTCATGAAGGCTGGACAAAGATAGAGGCA
ATAGACTCGCTGGTGCGTAAAGCAGGATACAATGGGGAGATAACGGAGTCGGTGCGTAGG
CGTATCCAGCTAACACGTTATCAGAGCACATTATTCAGCATGCATTATAGTGAATACCTT
TCGTACGTGAAGGC

QA 10 623 10 623
DS 

RD RR3E039TF 763 0 0
TTTTTTTTTCCCCTCAGTCTCTCTTCAAAAGCACACAAATGGCGTCTGCGAACAGAGACA
TGGCTGTGTACTGTTTCGACACTTTGGTCTCTCACTACAACAACGAAGAGTCTCCTCCAC
CTGCCTTTGACGACGCCAATCACCCATTATTTGTCACCTGGAAGAAAATAGTTAACGGTG
GGGAGCCTCGTTTGCGTGGATGTATCGGTACACTCGAAGCACGCCGCTTGATCAGTGGCT
TCAAGGACTATGCCTTGACCAGTGCCCTGAGGGATCGTAGGTTCCCGCCAATACAACCCA
AAGAACTGCCGTTTCTGCAGTGTACGGTCTCAGTCCTTACTGATTACGAAGATGCGGAGG
ATTATCTCGACTGGGAGGTTGGAAAGCATGGTATAATCATCGAGTTCACTGAACCTGTGA
CTAATATAAAGCGTAACGCCACGTATCTCCCTGAGGTGCCAGCTCATGAAGGCTGGACAA
AGATAGAGGCAATAGACTCGCTGGTGCGTAAAGCAGGATACAATGGGGAGATAACGGAGT
CGGTGCGTAGGCGTATCCAGCTAACACGTTATCAGAGCACATTATTCAGCATGCATTATA
GTGAATACCTTTCGTACGTGAAGGCCACAAAGGGGCCTTGTCCCTGCTATTAATGGGACC
AGCAAGCCCTCCACGGC*TTCTCCTGATTTGCACCATGAAACTGGGTGCGTGAGATTG*G
TCCTGTTTGGGAC*TCTC*TAATTTATCTTTAGTATTTGTGAT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3E039JQ 731 0 0
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CGTTTGCGTGGATGTATCGGTACACTCGAAGCACGCCGCTTGATCAGTGGCTTCAAGGAC
TATGCCTTGACCAGTGCCCTGAGGGATCGTAGGTTCCCGCCAATACAACCCAAAGAACTG
CCGTTTCTGCAGTGTACGGTCTCAGTCCTTACTGATTACGAAGATGCGGAGGATTATCTC
GACTGGGAGGTTGGAAAGCATGGTATAATCATCGAGTTCACTGAACCTGTGACTAATATA
AAGCGTAACGCCACGTATCTCCCTGAGGTGCCAGCTCATGAAGGCTGGACAAAGATAGAG
GCAATAGACTCGCTGGTGCGTAAAGCAGGATACAATGGGGAGATAACGGAGTCGGTGCGT
AGGCGTATCCAGCTAACACGTTATCAGAGCACATTATTCAGCATGCATTATAGTGAATAC
CTTTCGTACGTGAAGGCCACAA*GGGGCCTTGTCCCTGCTATTAATGGGACCAGCAAGCC
CTCCACGGCCTTCTCCTGATTTGCACCATGAAACTGGGTGCGTGAGATTG*GTCCTGTTT
GGGACCTCTCCTAATTTATCTTTAGTATTTGTGATTCGAAAACTGTAAGGCTCTCTCTGA
TTTGTTTTTCAAACGAGACAAGATTTGCCTGTTTCACCATTCTCTGAAAATGCAACCGCA
CTTACCATTT
C

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3D983JQ 414 0 0
GAGGTGCCAGCTCATGAAGGCTGGACAAAGATAGAGGCAATAGACTCGCTGGTGCGTAAA
GCAGGATACAATGGGGAGATAACGGAGTCGGTGCGTAGGCGTATCCAGCTAACACGTTAT
CAGAGCACATTATTCAGCATGCATTATAGTGAATACCTTTCGTACGTGAAGGCCACAA*G
GGGCCTTGTCCCTGCTATTAATGGGACCAGCAAGCCCTCCACGGCCTTCTCCTTATTTGC
ACCATGAAACTGGGTGCGTGAGATTGTGTCCTGTTTGGGACCTCTCCTAATTTATCTTTA
GTATTTGTGATTCGAAAACTGTAAGGCTCTTTCTGATTTGTTTTTCAAACGAGACAAGAT
TTGCCTGTTTCACCATTTTCTGAAAATGCAACCGCACTTACCATTT
TAATTACC

QA 1 406 1 406
DS 

RD RR3AL87JQ 784 0 0
ACGACGCCAATCACCCATTGTTTGTCACCTGGAAGAAAATAGTTAACGGTGGGGAGCCTC
GTTTGCGTGGATGTATCGGTACACTCGAAGCACGCCGCTTGATCAGTGGCTTCAAGGACT
ATGCCTTGACCAGTGCCCTGAGGGATCGTAGGTTCCCGCCAATACAACCCAAAGAACTGC
CGTTTCTGCAGTGTACGGTCTCAGTCCTTACTGATTACGAAGATGCGGAGGATTATCTCG
ACTGGGAGGTTGGAAAGCATGGTATAATCATCGAGTTCACTGAACCTGTGACTAATATAA
AGCGTAACGCCACGTATCTCCCTGAGGTGCCAGCTCATGAAGGCTGGACAAAGATAGAGG
CAATAGACTCGCTGGTGCGTAAAGCAGGATACAATGGGGAGATAACGGAGTCGGTGCGTA
GGCGTATCCAGCTAACACGTTATCAGAGCACATTATTCAGCATGCATTATAGTGAATACC
TTTCGTACGTGAAGGCCACAA*GGGGCCTTGTCCCTGCTATTAATGGGACCAGCAAGCCC
TCCACGGCCTTCTCCTGATTTGCACCATGAAACTGGGTGCGTGAGATTG*GTCCTGTTTG
GGACCTCTCCTAATTTATCTTTAGTATTTGTGATTCGAAAACTGTAAGGCTCTCTCTGAT
TTGTTTTTCAAACGAGACAAGATTTGCCTGTTTCACCATTCTCTGAAAATGCAACCGCAC
TTACCATTTTAATTATCAAACAATCAGTAGCAGTATGCTGTCTTCTAACGAAGTTCATCT
TTTT

QA 1 784 1 784
DS 



AS 2 5

CO CL1294Contig1 836 2 5 U
TAGTGAGTATCAAGAGACACAGAAAAGTTATACAAAACAGAGTACCCCATGGTAGAGTAC
CAAAGGGTTTCTTCTAAGCGACTGGGATCATCTCAGGGTAATCTACAGCTGTGAGGGGAG
CTTCCGGTGCAAGGGCAGCCGGAGCAGTAACCTGAGCAGGTGCAGAGTTGACATCATCCT
CCTTGGGGGTATGTATGATGACAACATCAGGGCAATGGTGTCTTTTGGTCCATTTTATTC
CCCTTAGGGTCCCCAGTCAAGCATGACCTTCACCTTGATTCCGAGAACACCCCTGTCTAA
GCAGAACATGTCTGACAGCAGAGTCGATGTAGTCCTTGGTAGGTTGACCTGAGGAAACCA
TGTAACCGTCCTTGAATTTCATGGACTTGGCACGTGCTGCACGAAGCTTTCCACTCACAA
TCACCTCACATCCTTTAGCACCACTTTCCATGACGAATCTCAAGACACCATAGCAAGCCC
TGCGAACAGCAAGTCCACCGAGGAGCTTGTAACGAAGAGACTCAGCCTGAGCAATAGCGC
AGAGACCTCTGTTGGTAACCTTCTCAGCGTAAAGCTCAACACTGTCTTGAGGAAACCTGA
ATCTCTTCTGCACAAGAGATGTCAACTCTCTGATTCTCCTTCCCTTCTCACCGAGAACAT
TTTGGGTACGTGTGGCTCTGATGATAATCTCAGTCCTCATCGGAGTAACCCTAACTTCCA
CACCAGAGTAACCATCTTCAGCAAGCTCTCTGGTTAAAACCTCGTTCAGCTCGGCGTAGA
ACACACCGTCAGCTACAAACTTTCTCTTCTTGCTAATTTGAGTCGCCATGTTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A728JQ U 90
AF RR3A728TF C 1
BS 1 89 RR3A728TF
BS 90 211 RR3A728JQ
BS 212 212 RR3A728TF
BS 213 634 RR3A728JQ
BS 635 836 RR3A728TF

RD RR3A728JQ 545 0 0
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ACCTGAGCAGGTGCAGAGTTGACATCATCCTCCTTGGGGGTATGTATGATGACAACATCA
GG*CAATGGTGTCTTTTGGTCCATTTTATTCCCCTTAGGGTCCCCAGTCAAGCATGACCT
TCACCTTGATTCCGAGAACACCCCTGTCTAAGCAGAACATGTCTGACAGCAGAGTCGATG
TAGTCCTTGGTAGGTTGACCTGAGGAAACCATGTAACCGTCCTTGAATTTCATGGACTTG
GCACGTGCTGCACGAAGCTTTCCACTCACAATCACCTCACATCCTTTAGCACCACTTTCC
ATGACGAATCTCAAGACACCATAGCAAGCCCTGCGAACAGCAAGTCCACCGAGGAGCTTG
TAACGAAGAGACTCAGCCTGAGCAATAGCGCAGAGACCTCTGTTGGTAACCTTCTCAGCG
TAAAGCTCAACACTGTCTTGAGGAAACCTGAATCTCTTCTGCACAAGAGATGTCAACTCT
CTGAT

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3A728TF 836 0 0
TAGTGAGTATCAAGAGACACAGAAAAGTTATACAAAACAGAGTACCCCATGGTAGAGTAC
CAAAGGGTTTCTTCTAAGCGACTGGGATCATCTCAGGGTAATCTACAGCTGTGAGGGGAG
CTTCCGGTGCAAGGGCAGCCGGAGCAGTAACCTGAGCAGGTGCAGAGTTGACATCATCCT
CCTTGGGGGTATGTATGATGACAACATCAGGGCAATGGTGTCTTT*GGTCCATTT*ATTC
CCTTTAGGGTCCC*AGTCAAGCATGACCTTCACCTTGATTCCGAGAACACCC*TGTCTAA
GCAGAACATGTCTGACAGCAGAGTCGATGTAGTCCTTGGTAGGTTGACCTGAGGAAACCA
TGTAACCGTCCTTGAATTTCATGGACTTGGCACGTGCTGCACGAAGCTTTCCACTCACAA
TCACCTCACATCCTTTAGCACCACTTTCCATGACGAATCTCAAGACACCATAGCAAGCCC
TGCGAACAGCAAGTCCACCGAGGAGCTTGTAACGAAGAGACTCAGCCTGAGCAATAGCGC
AGAGACCTCTGTTGGTAACCTTCTCAGCGTAAAGCTCAACACTGTCTTGAGGAAACCTGA
ATCTCTTCTGCACAAGAGATGTCAACTCTCTGATTCTCCTTCCCTTCTCACCGAGAACAT
TTTGGGTACGTGTGGCTCTGATGATAATCTCAGTCCTCATCGGAGTAACCCTAACTTCCA
CACCAGAGTAACCATCTTCAGCAAGCTCTCTGGTTAAAACCTCGTTCAGCTCGGCGTAGA
ACACACCGTCAGCTACAAACTTTCTCTTCTTGCTAATTTGAGTCGCCATGTTTGAT

QA 1 836 1 836
DS 



CO CL1294Contig2 1040 3 7 U
GGGATCTCAGCGCTTCACCATCATCTCGAGATTACTTCAGGACTTTAGGGTTTCAGTGAT
CCACAGCTGCACACATCAAACATGGCGACTCAAATGAGCAAGAAGAGAAAGTTTGTAGCT
GACGGTGTGTTCTACGCCGAGTTGAACGAGGTTCTAACCAGAGAGCTTGCGGAAGATGGT
TACTCTGGTGTAGAGGTTAGGGTTACTCCAATGAGGACTGAGATTATCATCAGAGCCACA
CGTACTCAAAATGTTCTCGGTGAGAAGGGGAGGAGGATCAGAGAGTTGACATCCCTTGTT
CAGAAGAGATTCAGGTTTCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAAGGTGACCAAC
AGAGGTCTCTGCGCTATTGCACAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCCTCGGTGGACTT
GCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTCATGGAAAGTGGTGCTAAAGGA
TGTGAGGTCATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCACGTGCCAAGTCCATGAAATTCAAG
GACGGTTACATGGTTTCGTCTGGTCAGCCAACCAAGGATTACATCGACTCTGCTGTCAGA
CATGTTCTGCTTAGACAGGGTGTTCTCGGAATCAGGGTGAAGGTCATGCTTGACTGGGAC
CCTAAGGGAATAAATGGACCAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTCATCATCCATACCCCC
AAGGAGGATGATGTCAACTCTGCTCCTGCTCAGGTTACTGCTCCGGCTGCCCTTGCACCG
GAAGCTCCCCTCACAGCAGTAGACTACCCTGAGATGATCCCAGTCGCCTAGAAGAAACCC
TTTGGTTACTCTTACCATGGGATACTTCTGTTTTTGTTATAACTATTCTGTGTCTCTTGA
TACTCGGTAGTTGTTTTTCTAAATCCTCCAATTAGACAAGTTTTTTTTCTCATGGTTCCA
AACTTATGTCAATTATTTTTTAGACTGGATGCTTATGTTCAATGGAATTTTTGGTCTTAA
TAAGAACAAAAATTACTACG


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BO71TF U 1
AF RR3EI92TF U 1
AF RR3EI92JQ C 298
BS 1 106 RR3BO71TF
BS 107 107 RR3EI92TF
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BS 630 634 RR3EI92TF
BS 635 1040 RR3EI92JQ

RD RR3BO71TF 629 0 0
GGGATCTCAGCGCTTCACCATCATCTCGAGATTACTTCAGGACTTTAGGGTTTCAGTGAT
CCACAGCTGCACACATCAAACATGGCGACTCAAATGAGCAAGAAGATAAAGTTTGTAGCT
GACGGTGTGTTCTACGCCGAGTTGAACGAGGTTCTAACCAGAGAGCTTGCGGAAGATGGT
TACTCTGGTGTAGAGGTTAGGGTTACTCCAATGAGGACTGAGATTATCATCAGAGCCACA
CGTACTCAAAATGTTCTCGGTGAGAAGGGGAGGAGGATCAGAGAGTTGACATCTCTTGTT
CAGAAGAGATTCAGGTTTCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAAGGTGACCAAC
AGAGGTCTCTGCGCTATTGCACAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCCTCGGTGGACTT
GCCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTCATGGAAAGTGGTGCTAAAGGA
TGTGAGGTCATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCACGTGCCAAGTCCATGAAATTCAAG
GACGGTTACATGGTTTCGTCTGGTCAGCCAACCAAGGATTACATCGACTCTGCTGTCAGA
CATGTTCTGCTTAGACAGGGTGTTCTCGG

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3EI92TF 638 0 0
GGC
ATCTCAGCGCTTCACCATCATCTCGAGATTACTTCAGGACTTTAGGGTTTCAGTGATCCG
CAGCTGCACACATCAAACATGGCGACTCAAATGAGCAAGAAGAGAAAGTTTGTAGCTGAC
GGTGTGTTCTACGCCGAGTTGAACGAGGTTCTAACCAGAGAGCTTGCGGAAGATGGTTAC
TCTGGTGTAGAGGTTAGGGTTACTCCAATGAGGACTGAGATTATCATCAGAGCCACACGT
ACTCAAAATGTTCTCGGTGAGAAGGGGAGGAGGATCAGAGAGTTGACATCCCTTGTT*AG
AAGAGATTCAGGTTTCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAAGGTGACCAACAGA
GGTCTCTGCGCTATTGCACAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCCTCGGTGGACTTGCC
GTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTCATGGAAAGTGGTGCTAAAGGATGT
GAGGTCATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCACGTGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGAC
GGTTACATGGTTTCGTCTGGTCAGCCAACCAAGGATTACATCGACTCTGCTGTCAGACAT
GTTCTGCTTAGACAGGGTGTTCTCGGAATCA
GGGT

QA 4 634 4 634
DS 

RD RR3EI92JQ 743 0 0
TGTT
AGAAGAGATTCAGGTTTCCTCAAGACAGTGTTGAGCTTTACGCTGAGAAGGTGACCAACA
GAGGTCTCTGCGCTATTGCACAGGCTGAGTCTCTCCGTTACAAACTCCTCGGTGGACTTG
CCGTTCGCAGGGCTTGCTATGGTGTCTTGAGATTCGTCATGGAAAGTGGTGCTAAAGGAT
GTGAGGTCATTGTGAGTGGAAAGCTTCGTGCAGCACGTGCCAAGTCCATGAAATTCAAGG
ACGGTTACATGGTTTCGTCTGGTCAGCCAACCAAGGATTACATCGACTCTGCTGTCAGAC
ATGTTCTGCTTAGACAGGGTGTTCTCGGAATCAGGGTGAAGGTCATGCTTGACTGGGACC
CTAAGGGAATAAATGGACCAAAGACACCATTGCCTGATGTTGTCATCATCCATACCCCCA
AGGAGGATGATGTCAACTCTGCTCCTGCTCAGGTTACTGCTCCGGCTGCCCTTGCACCGG
AAGCTCCCCTCACAGCAGTAGACTACCCTGAGATGATCCCAGTCGCCTAGAAGAAACCCT
TTGGTTACTCTTACCATGGGATACTTCTGTTTTTGTTATAACTATTCTGTGTCTCTTGAT
ACTCGGTAGTTGTTTTTCTAAATCCTCCAATTAGACAAGTTTTTTTTCTCATGGTTCCAA
ACTTATGTCAATTATTTTTTAGACTGGATGCTTATGTTCAATGGAATTTTTGGTCTTAAT
AAGAACAAAAATTACTACG

QA 5 743 5 743
DS 



AS 2 6

CO CL1295Contig1 735 3 3 U
GGAGTTTATGAAAACGGCAGTCATAGCCTCATCATCTCATAGGGTTCTTCCTCCCATCGA
CTGCGGCGGCGACGAGGCCGAGAAAAATCGACACTGCGGCGGAGAGAGGCCATCTTTCAA
AAACCCTTTTACATTGACTTTCGATTCACCAAGTGTCGGTGATGGCCTCGATCTCGACAT
GGTTCAGATACATGGCGCACAAGCTTGAGTATTCTCTCACCCTCAGTCTCAAGAGTCATA
GGAGAGAAAAACTGAGTGACCGAGAACTCATTCAAATCATCTTCAAGAATCTATTCCATG
GGAAGATAACCTACTTACATTCGGGCAAAGGACCAGAAATGTCAAACCATGGCAGCACAC
GAGAACACGCTTCTTGTCCGCAAAATACCAATTGCTAACACGAGGTATCTGTACGTTGGA
GATGCTGTGGTCTTAAAAGACCCAAACGATTCTCCAATCCTGGCAGTAGAATTGGACGTG
GACGAGATGGCTAAAAACCACAAGGCACAATAAAGAGTGACACTGCTTGTTTTTTTTTGT
GCCAAACTTAAATTGCGTTATTTGTTTTGAGATATGAGTAAAACAAATAAACCATACAAT
GATGATGATGAATCAGAAAATTTCACAGTTCCAGAACAATATGTTACTTGTGGCATATCA
TATATGATATGTCTCGAATACAAGCTGTGTAGCTTCTTGCCTTGGTGTCGCGTTCTATGG
AAAAGAATATTTATC


BQ
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25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FG50TF U 183
AF RR3A969JQ C 1
AF RR3A969TF U 1
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QA 1 735 1 735
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CTGCGGCGGCGACGAGGCCGAGAAAAATCGACACTGCGGCGGAGAGAGGCCATCTTTCAA
AAACCCTTTTACATTGACTTTCGATTCACCAAGTGTCGGTGATGGCCTCGATCTCGACAT
GGTTCAGATACATGGCGCACAAGCTTGAGTATTCTCTCACCCTCAGTCTCAAGAGTCATA
GGAGAGAAAAACTGAGTGACCGAGAACTCATTCAAATCATCTTCAAGAATCTATTCCATG
GGAAGATAACCTACTTACATTCGGGCAAAGGACCAGAAATGTCAAACCATGGCAGCACAC
GAGAACACGCTTCTTGTCCGCAAAATACCAATTGCTAACACGAGGTATCTGTACGTTGGA
GATGCTGTGGTCTTAAAAGACCCAAACGATTCTCCAATCCTGGCAGTAGAATTGGACGTG
GACGAGATGGCTAAAAACCACAAGGCACAATAAAGAGTGACACTGCTTGTTTTTTTTTGT
GCCAAACTTAAATTGCGTTATTTGTTTTGAGATATGAGTAAAACAAATAAACCATACAAT
GATGATGATGAATCAGAAAATTTCACAGTTCCAGAACAATATGTTACTTGTGGCATATCA
TATATGATATGTCTCGAATACAAGCTGTGTAGCTTCTTGCCTTGGTGTCGCGTTCTATGG
AAAAGAATATTTATC

QA 1 735 1 735
DS 



CO CL1295Contig2 966 3 9 U
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GATTCATCATCATCATTGTATGGTTTATTTGTTTACTCATATCTCAAAACAAATAACGCA
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TTAGCCATCTCGTCCACGTCCAATTCTACTGCCAGGATTGGAGAATCTTGTCCCATCGCA
GTTTGACTGTTTCGGACAGGACCATGATCCACGGCGGTTCTCAGACAATATATAGCTCTT
CCAACAATGTCTGCTGTTGAAACTGGACCGAATGTTCGACTATCATATGCTTCCTTGGCT
TTGATATCCTTGTTTTCAGCAACAACCCAACACTGATCCTTGTCGAGAACAAAAGGCTCC
TCTTTTGCACCACCTGATACCATTTCGAATCCTTCCACAGCTGCTAATCTTCTCACCAGA
TACTTGTCTGAATCGTTTGGGTCTTTTAAGACCACAGCATCTCCAACGTACAGATACCTC
GTGTTAGCAATTGGTATCTTGCGGACAAGAAGCGTGTTCTCGTGGGCTGCCATGGTTGGG
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AAGATGATTTGAATGAGTTCTCGGTCACTCAGTTTTTCTCTCCTATGACTCTTGAGGGTG
AGAGAATACTCAAGCTTGTGCGCCATGTATCTGAACCATGTCGAGATCGAGGCCATCACC
GACACTTGGTAAATCAAAAGTCAATGTAAAAGGGTTTTCCGAAAGATGGCTTCTCCGCAG
CAGTGTCGATTTTTCTCGGCCTCGTCGCCGCCGCAGTCGATAGGAGGAAGAACCCTATGG
AGATGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY30JQ U 1
AF RR3FG50JQ U 1
AF RR3DY30TF C 233
BS 1 22 RR3DY30JQ
BS 23 23 RR3FG50JQ
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BS 427 776 RR3FG50JQ
BS 777 966 RR3DY30TF

RD RR3DY30JQ 203 0 0
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ATTTAAGCTTTGACACAAAAAAA

QA 1 203 1 203
DS 

RD RR3FG50JQ 778 0 0
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GAGACATATCATATATGATATGCCACAAGTAACATATTGTTCTGGGACGTGAAATTTTCT
GATTCATCATCATCATTGTATGGTTTATTTGTTTACTCATATCTCAAAACAAATAACGCA
ATTTAAGCTTTGACACAAAAAAAACAAGTAAGTTTTACTCTTTATTGTGCCTTGTGGTTT
TTAGTCATCTCGTCCACGTCCAATTCTACTGCCAGGATTGGAGAATCTTGTCCCATCGCA
GTTTGACTGTTTCGGACAGGACCATGATCCACGGCGGTTCTCAGACAATATATAGCTCTT
CCAACAATGTCTGCTGTTGAAACTGGACCGAATGTTCGACTATCATATGCTTCCTTGGCT
TTGATGTCCTTGTTTTCAGCAACAACCCAACACTGATCCTTGTCGAGAACAAAAGGCTCC
TCTTTTGCACCACCTGATACCATTTCGAATCCTTCCACAGCTGCTAATCTTCTCACCAGA
TACTTGTCTGAATCGTTTGGGTCTTTTAAGACCACAGCATCTCCAACGTACAGATACCTC
GTGTTAGCAATTGGTATCTTGCGGACAAGAAGCGTGTTCTCGTGGGCTGCCATGGTTGGG
GACATCTCTACTCCTTTGCCTGAATGTAAGTAGGTTATCTTCCCATGGAATAGATTCTTG
AAGATGATTTGAATGAGTTCTCGGTCACTCAGTTTTTCTCTCCTATGACTCTTGAG
AC

QA 1 776 1 776
DS 

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CTTGTG
TTTTAGCCATCTCGTCCACGTCCAATTCTACTGCCAGGATTG*AGAATCTTGTCCCATCG
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TTCCAACAATGTCTGCTGTTGAAACTGGACCGAATGTTCGACTATCATATGCTTCCTTGG
CTTTGATATCCTTGTTTTCAGCAACAACCCAACACTGATCCTTGTCGAGAACAAAAGGCT
CCTCTTTTGCATCACCTGATACCATTTCGAATCCTTCCACAGCTGCTAATCTTCTCACCA
GATACTTGTCTGAATCGTTTGGGTCTTTTAAGACCACAGCATCTCCAACGTACAGATACC
TCGTGTTAGCAATTGGTATCTTGCGGACAAGAAGCGTGTTCTCGTGGGCTGCCATGGTTG
GGGACATCTCTACTCCTTTGCCTGAATGTAAGTAGGTTATCTTCCCATGGAATAGATTCT
TGAAGATGATTTGAATGAGTTCTCGGTCACTCAGTTTTTCTCTCCTATGTCTCTTGAGGG
TGAGAGAATACTCAAGCTTGTGCGCCATGTATCTGAACCATGTCGAGATCGAGGCCATCA
CCGACACTTGGTAAATCAAAAGTCAATGTAAAAGGGTTTTCCGAAAGATGGCTTCTCCGC
AGCAGTGTCGATTTTTCTCGGCCTCGTCGCCGCCGCAGTCGATAGGAGGAAGAACCCTAT
GGAGATGC

QA 7 734 7 734
DS 



AS 1 3

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ATCGTGACATACAATACAATCAACCAATTTGACCCGTCACTTTATTTTAACAAACTTGCA
GGATATTTAAACACACATCGATATGAAATGTGGAATGATAGATAGATAGATAAGTAGTGC
ATCAAGGGGTATTTATTCTTGTGGGTCTTGATCGAATCCAGTAATGCATGCGTCTCAGAA
ATCCTCGGTAACTGAGACAAGTAAGAACTCAACACCAATATATATCTGATCTCTCACCAG
ATATCCATTTGAAGAATCATGGAGTTCTTCCATCGGCATAAACTTGCTCGTGCCTTTGCG
CGAAGTTTCCGATGTATCGTAAAAAAACCAACCTTGGTGCCCAGATTCACGGTGATTGCG
GTTGACTTGGTCCAACACTCGCAGTTTATAGTTGGCAAAAGTTGGTCTCTTTGGACTACC
AGTCACGTAATCGGAAGCTGACAAATACAACGAAAAATTTCCTGCCTTTCCTTCTGGGTA
CATCACTATTCTCCATCTCCGTGGTCCAACCGTGAACTCGTACGAGGAATGACGTTTACC
AGTGAAGGAGGAAAACCGAGTGATATGCCAGGTGAATCTAGATTTGTTCTCGGGCACCTC
AAATAGTTTAATGCATTCCGCTGTCCCCATGTTTCGAACGATAGGGGTACAGAAAGCTTG
CTTCCACATTGATGATTTCGCTCATGAAACCGCTTTGTCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV91JQ U 16
AF RR3GA70JQ U 16
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G
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G
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ATCGATATGAAATGTGGAATGATAGATAGATAGATAAGTAGTGCATCAAGGGGTATTTAT
TCTTGTGGGTCTTGATCGAATCCAGTAATGCATGCGTCTCAGAAATCCTCGGTAACTGAG
ACAAGTAAGAACTCAACACCAATATATATCTGATCTCTCACCAGATATCCATTTGAAGAA
TCATGGAGTTCTTCCATCGGCATAAACTTGCTCGTGCCTTTGCGCGAAGTTTCCGATGTA
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ACTCGCAGTTTATAGTTGGCAAAAGTTGGTCTCTTTGGACTACCAGTCACGTAATCGGAA
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GCG

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DS 

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ATCCTCGGTAACTGAGACAAGTAAGAACTCAACACCAATATATATCTGATCTCTCACCAG
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CGAAGTTTCCGATGTATCGTAAAAAAACCAACCTTGGTGCCCAGATTCACGGTGATTGCG
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DS 



AS 1 6

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GCTGGCGGTTAAGTTCCACCTGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR3FA50JQ U 20
AF RR3DK03JQ U 1
AF RR3FA50TF C 16
AF RR3BG90JQ U 112
AF RR3DK03TF C 166
AF RR3BG90TF C 445
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DS 

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QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3FA50TF 745 0 0
TGGA
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ATGGCGGACCAGGACTTGGGGAACACTTGCACGGTGTGTCTGCTGACGGCATCGAGCAAG
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C

QA 5 744 5 744
DS 

RD RR3BG90JQ 691 0 0
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TCTAGCCGCGCTGGCGGTTAAGTTCCACC
TG

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DS 

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CCATGTTCCGGGCTCAGAGGCGACTGAGAAGAATGAGTAACCATCCAAATTGAAGGATTG
CATGCTCTTCTCATGGTTCTCGAAGACGATTTCCACAAAGGTACGGAAAGTGATGTTCAA
AACATTGGGCTCGACGGTTAGTGTTGTGATCTTGGCTGCTGGCTCGTCCTTGATGACGTT
GTATTTGAAGACCTTCTCGGACATCTCGAAGTACTCAGCAAGCTTCAAGGGAGTCTCGGT
ATCAATGTGTGATACACCGTTGAGTCCAAACCTGACCTTTCCGTCCACCAAGTTCTTGCT
GTTGGCGAGCTTGATGGTACGGGTGATGTTGATCTTTCCGTAATGGTAAGATCCTTGCGG
GTTAGGTCTAGCCGCGCTGGCGGTTAAGTTCCACC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3BG90TF 360 0 0
ACCATCCAAATTGAAGGATTGCATGCTCTTCTCATGGTTCTCGAAGACGATTTCCACAAA
GGTACGGAAAGTGATGTTCAAAACATTGGGCTCGACGGTTAGTGTTGTGATCTTGGCTGC
TGGCTCGTCCTTGATGACGTTGTATTTGAAGACCTTCTCGGACATCTCGAAGTACTCAGC
AAGCTTCAAGGGAGTCTCGGTATCAATGTGTGATACACCGTTGAGTCCAAACCTGACCTT
TCCGTCAACCAAGTTCTTGCTGTTGGCGAGCTTGATGGTACGGGTGATGTTGATCTTTCC
GTAATGGTAAGATCCTTGCGGGTTAGGTCTAGCCGCGCTGGCGGTTAAGTTCCACCTGAA

QA 1 360 1 360
DS 



AS 1 6

CO CL1298Contig1 528 6 2 U
TTTTTCATAGCATGTTGATAATTTTTATTAGAACTTTGAAGAAAATAGACGTGAAGATGC
ATCAACTGATCAACATAGTTACTACCAAGCCAAATGTTTTAAGTTCTTGTAGTAATAGTA
GTAGCTTCCTTTAGGATCTTCTGCTTATCTCAATTGATACTGTCGCAGTTGGTGGAAGGG
CTGATCCTGAAAGGGAGATTAACACCACACTTGGAAGGCAAAGACAGAGCATTGTTGAGA
TTGCTTGAAGAGTAAGAGGCTCCTCCAATAGCATTTTTGATGCAACGGCACACGCTCCGA
CGGTCCACAGAGGTTTGAGCCTGACTGTTGAGCGTTCTGACACCGCTGCAGCAGTTAGCT
GGTGGGACTTTTCCGCCTTGCATCACGTAGGAGAGGCAAGGGTAAAGATCACTAACCACG
TTGTTGCAAGTCACGGCTGCTTCACCATGGTGAAAAGCAAGAACTAGGAACAAGGCTAGT
AAGAAGAGAGATCTCATGTTATTATCTGTTTTTTTGTGTTTCTGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 

AF RR3EZ65TF C 1
AF RR3BE15JQ U 9
AF RR3EZ65JQ U 22
AF RR3F909JQ U 10
AF RR3F909TF C 10
AF RR3BE15TF C 9
BS 1 9 RR3EZ65TF
BS 10 528 RR3BE15JQ

RD RR3EZ65TF 528 0 0
TTTTTCATAGCATGTTGATAATTTTTATTAGAACTTTGAAGAAAATAGACGTGAAGATGC
ATCAACTGATCAACATAGTTACTACCAAGCCAAATGTTTTAAGTTCTTGTAGTAATAGTA
GTAGCTTCCTTTAGGATCTTCTGCTTATCTCAATTGATACTGCCGCAGTTGGTGGAAGGG
CTGATCCTGAAAGGGAGATTAACACCACACTTGGAAGGCAAAGACAGAGCATTGTTGAGA
TTGCTTGAAGAGTAAGAGGCTCCTCCAATAGCATTTTTGATGCAACGGCACACGCTCCGA
CGGTCCACAGAGGTTTGAGCCTGACTGTTGAGCGTTCTGACACCGCTGCAGCAGTTAGCT
GGTGGGACTTTTCCGCCATGCATCACGTAGGAGAGGCAAGGGTAAAGATCACTAACCACG
TTGTTGCAAGTCACGGCTGCTTCACCATGGTGAAAAGCAAGAACTAGGAACAAGGCTAGT
AAGAAGAGAGATCTCATGTTATTATCTGTTTTTTTGTGTTTCTGGTCC

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR3BE15JQ 520 0 0
A
GCATGTTGATAATTTTTATTAGAACTTTGAAGAAAATAGACGTGAAGATGCATCAACTGA
TCAACATAGTTACTACCAAGCCAAATGTTTTAAGTTCTTGTAGTAATAGTAGTAGCTTCC
TTTAGGATCTTCTGCTTATCTCAATTGATACTGTCGCAGTTGGTGGAAGGGCTGATCCTG
AAAGGGAGATTAACACCACACTTGGAAGGCAAAGACAGAGCATTGTTGAGATTGCTTGAA
GAGTAAGAGGCTCCTCCAATAGCATTTTTGATGCAACGGCACACGCTCCGACGGTCCACA
GAGGTTTGAGCCTGACTGTTGAGCGTTCTGACACCGCTGCAGCAGTTAGCTGGTGGGACT
TTTCCGCCTTGCATCACGTAGGAGAGGCAAGGGTAAAGATCACTAACCACGTTGTTGCAA
GTCACGGCTGCTTCACCATGGTGAAAAGCAAGAACTAGGAACAAGGCTAGTAAGAAGAGA
GATCTCATGTTATTATCTGTTTTTTTGTGTTTCTGGTCC

QA 2 520 2 520
DS 

RD RR3EZ65JQ 507 0 0
TTTTTATTAGAACTTTGAAGAAAATAGACGTGAAGATGCATCAACTGATCAACATAGTTA
CTACCAAGCCAAATGTTTTAAGTTCTTGTAGTAATAGTAGTAGCTTCCTTTAGGATCTTC
TGCTTATCTCAATTGATACTGCCGCAGTTGGTGGAAGGGCTGATCCTGAAAGGGAGATTA
ACACCACACTTGGAAGGCAAAGACAGAGCATTGTTGAGATTGCTTGAAGAGTAAGAGGCT
CCTCCAATAGCATTTTTGATGCAACGGCACACGCTCCGACGGTCCACAGAGGTTTGAGCC
TGACTGTTGAGCGTTCTGACACCGCTGCAGCAGTTAGCTGGTGGGACTTTTCCGCCATGC
ATCACGTAGGAGAGGCAAGGGTAAAGATCACTAACCACGTTGTTGCAAGTCACGGCTGCT
TCACCATGGTGAAAAGCAAGAACTAGGAACAAGGCTAGTAAGAAGAGAGATCTCATGTTA
TTATCTGTTTTTTTGTGTTTCTGGTCC

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR3F909JQ 518 0 0
GCATGTTGATAATTTTTATTAGAACTTTGAAGAAAATAGACGTGAAGATGCATCAACTGA
TCAACATAGTTACTACCAAGCCAAATGTTTTAAGTTCTTGTAGTAATAGTAGTAGCTTCC
TTTAGGATCTTCTGCTTATCTCAATTGATACTGTCGCAGTTGGTGGAAGGGCTGATCCTG
AAAGGGAGATTAACACCACACTTGGAAGGCAAAGACAGAGCATTGTTGAGATTGCTTGAA
GAGTAAGAGGCTCCTCCAATAGCATTTTTGATGCAACGGCACACGCTCCGACGGTCCACA
GAGGTTTGAGCCTGACTGTTGAGCGTTCTGACACCGCTGCAGCAGTTAGCTGGTGGGACT
TTTCCGCCTTGCATCACGTAGGAGAGGCAAGGGTAAAGATCACTAACCACGTTGTTGCAA
GTCACGGCTGCTTCACCATGGTGAAAAGCAAGAACTAGGAACAAGGCTAGTAAGAAGAGA
GATCTCATGTTATTATCTGTTTTTTTGTGTTTCTGGTC

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR3F909TF 518 0 0
GCATGTTGATAATTTTTATTAGAACTTTGAAGAAAATAGACGTGAAGATGCATCAACTGA
TCAACATAGTTACTACCAAGCCAAATGTTTTAAGTTCTTGTAGTAATAGTAGTAGCTTCC
TTTAGGATCTTCTGCTTATCTCAATTGATACTGTCGCAGTTGGTGGAAGGGCTGATCCTG
AAAGGGAGATTAACACCACACTTGGAAGGCAAAGACAGAGCATTGTTGAGATTGCTTGAA
GAGTAAGAGGCTCCTCCAATAGCATTTTTGATGCAACGGCACACGCTCCGACGGTCCACA
GAGGTTTGAGCCTGACTGTTGAGCGTTCTGACACCGCTGCAGCAGTTAGCTGGTGGGACT
TTTCCGCCTTGCATCACGTAGGAGAGGCAAGGGTAAAGATCACTAACCACGTTGTTGCAA
GTCACGGCTGCTTCACCATGGTGAAAAGCAAGAACTAGGAACAAGGCTAGTAAGAAGAGA
GATCTCATGTTATTATCTGTTTTTTTGTGTTTCTGGTC

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR3BE15TF 520 0 0
A
GCATGTTGATAATTTTTATTAGAACTTTGAAGAAAATAGACGTGAAGATGCATCAACTGA
TCAACATAGTTACTACCAAGCCAAATGTTTTAAGTTCTTGTAGTAATAGTAGTAGCTTCC
TTTAGGATCTTCTGCTTATCTCAATTGATACTGTCGCAGTTGGTGGAAGGGCTGATCCTG
AAAGGGAGATTAACACCACACTTGGAAGGCAAAGACAGAGCATTGTTGAGATTGCTTGAA
GAGTAAGAGGCTCCTCCAATAGCATTTTTGATGCAACGGCACACGCTCCGACGGTCCACA
GAGGTTTGAGCCTGACTGTTGAGCGTTCTGACACCGCTGCAGCAGTTAGCTGGTGGGACT
TTTCCGCCTTGCATCACGTAGGAGAGGCAAGGGTAAAGATCACTAACCACGTTGTTGCAA
GTCACGGCTGCTTCACCATGGTGAAAAGCAAGAACTAGGAACAAGGCTAGTAAGAAGAGA
GATCTCATGTTATTATCTGTTTTTTTGTGTTTCTGGTCC

QA 2 520 2 520
DS 



AS 1 3

CO CL1299Contig1 760 3 6 U
AGGGTCATAATCACCTATTTTTGGTGGACAAATATATAGAATCTCAAACAACATTATAAC
ATTCAAGTCGTAGGCAAAAATCAAAAGCTTCAAATGATGTTTTTATATATACATTATCCC
TTCTATTAATACAAATTGACCGTGGTTCCCTCCAACTTCTCTCTCTCTCTCTTCACATCA
CACAACATTTAGCTGGTCCCTTTGGATCCGCCCTAGCTTCCTCGGTACCTTCCGGGGGTT
GAGCTAGCTTGCGGTTATGGGAAGTCATCATTTCTTTTTTCAGCTTAATCAGAATGTCCT
CCATTGTGTATTCTCGCCGCCAGTTAGCGAGCATAGGGAAGAGGCTCGGTTCAACCACTC
CAGTTTCAGGGTTGACACAAGCCATGTTGATCCGGGTCTGGAACCTGACAGTTGGTGGAC
TTTCAGGGTATTCCTTGCCACAGAAGAGCTTCAGCCGGAAGATTTTCCCTTCGTATGCAG
TATTGTGAGGGCCGAGAATGGTGCCAGTCCAGGACTGCATATAGATATCATCAGCATCGT
CCATTCCATAGCTTACCGTACCATCTCCGATCCCTTTCTCACCTCTCTCTAGCTCCTCCA
ACAATCTAAAGTTCCTCGGAACGACGACCTTAGCTTCCTCCGTAGTCATGGCCTGGATCG
TGGAAGAGTTTCAGGTGAAATGATAAGGTTAGGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAAATCAACA
ATCAATAGCTAAAGAGAGAGAGGGAGACTGTTCACCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE28JQ U 1
AF RR3DZ10JQ U 38
AF RR3DZ10TF C 145
BS 1 78 RR3EE28JQ
BS 79 79 RR3DZ10JQ
BS 80 455 RR3EE28JQ
BS 456 456 RR3DZ10JQ
BS 457 463 RR3EE28JQ
BS 464 760 RR3DZ10JQ

RD RR3EE28JQ 463 0 0
AGGGTCATAATCACCTATTTTTGGTGGACAAATATATAGAATCTCAAACAACATTATAAC
ATTCAAGTCGTAGGCAAATATCAAAAGCTTCAAATGATGTTTTTATATATACATTATCCC
TTCTATTAATACAAATTGACCGTGGTTCCCTCCAACTTCTCTCTCTCTCTCTTCACATCA
CACAACATTTAGCTGGTCCCTTTGGATCCGCCCTAGCTTCCTCGGTACCTTCCGGGGGTT
GAGCTAGCTTGCGGTTATGGGAAGTCATCATTTCTTTTTTCAGCTTAATCAGAATGTCCT
CCATTGTGTATTCTCGCCGCCAGTTAGCGAGCATAGGGAAGAGGCTCGGTTCAACCACTC
CAGTTTCAGGGTTGACACAAGCCATGTTGATCCGGGTCTGGAACCTGACAGTTGGTGGAC
TTTCAGGGTATTCCTTGCCACAGAAGAGCTTCAGCTGGAAGAT

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR3DZ10JQ 723 0 0
C
GAATCTCAAACAACATTATAACATTCAAGTCGTAGGCAAAAGTCAAAAGCTTCAAATGAT
GTTTTTATATATACATTATCCCTTCTATTAATACAAATTGACCGTGGTTCCCTCCAACTT
CTCTCTCTCTCTCTTCACATCACACAACATTTAGCTGGTCCCTTTGGATCCGCCCTAGCT
TCCTCGGTACCTTCCGGGGGTTGAGCTAGCTTGCGGTTATGGGAAGTCATCATTTCTTTT
TTCAGCTTAATCAGAATGTCCTCCATTGTGTATTCTCGCCGCCAGTTAGCGAGCATAGGG
AAGAGGCTCGGTTCAACCACTCCAGTTTCAGGGTTGACACAAGCCATGTTGATCCGGGTC
TGGAACCTGACAGTTGGTGGACTTTCAGGGTATTCCTTGCCACAGAAGAGCTTCAGCCGG
AAGATTTTCCCTTCGTATGCAGTATTGTGAGGGCCGAGAATGGTGCCAGTCCAGGACTGC
ATATAGATATCATCAGCATCGTCCATTCCATAGCTTACCGTACCATCTCCGATCCCTTTC
TCACCTCTCTCTAGCTCCTCCAACAATCTAAAGTTCCTCGGAACGACGACCTTAGCTTCC
TCCGTAGTCATGGCCTGGATCGTGGAAGAGTTTCAGGTGAAATGATAAGGTTAGGTGTGT
GTGTGTGAGAGAGAAATCAACAATCAATAGCTAAAGAGAGAGAGGGAGACTGTTCACCGT
CC

QA 2 723 2 723
DS 

RD RR3DZ10TF 616 0 0
GTTCCCTCCAACT
TCTCTCTCTCTCTCTTCACATCACACAACATTTAGCTGGTCCCTTTGGATCCGCCCTAGC
TTCCTCGGTACCTTCCGGGGGTTGAGCTAGCTTGCGGTTATGGGAAGTCATCATTTCTTT
TTTCAGCTTAATCAGAATGTCCTCCATTGTGTATTCTCGCCGCCAGTTAGCGAGCATAGG
GAAGAGGCTCGGTTCAACCACTCCAGTTTCAGGGTTGACACAAGCCATGTTGATCCGGGT
CTGGAACCTGACAGTTGGTGGACTTTCAGGGTATTCCTTGCCACAGAAGAGCTTCAGCCG
GAAGATTTTCCCTTCGTATGCAGTATTGTGAGGGCCGAGAATGGTGCCAGTCCAGGACTG
CATATAGATATCATCAGCATCGTCCATTCCATAGCTTACCGTACCATCTCCGATCCCTTT
CTCACCTCTCTCTAGCTCCTCCAACAATCTAAAGTTCCTCGGAACGACGACCTTAGCTTC
CTCCGTAGTCATGGCCTGGATCGTGGAAGAGTTTCAGGTGAAATGATAAGGTTAGGTGTG
TGTGTGTGAGAGAGAAATCAACAATCAATAGCTAAAGAGAGAGA
GGGAGACTGTTCACCGTCC

QA 14 597 14 597
DS 



AS 1 4

CO CL1300Contig1 1138 4 5 U
GGGACGGCAACACAAGACTCGATCTCGTCGGAGCTGTGAGTTAGACGAAATTTTCAGAGT
TTTCTTAAACTAGATTATTCCCCATTGTTCTTTCTTCGTCGAGCTTGATAGATTTTTCAA
TAATAGGGTTTTGGTTTCTTTCCAGGAACATAGAAGCTAATGGCATTTCGATCGATAAGC
AGGAGGTTTGGGAGCAGATTATTGACTTACCGTTCCTCTTCTCTTGCTTCCCTTCTTCAT
TCTCACGCCACAAGTTTCGGGTTTCAAGAAGTAAAGGAAGAGGAGAAGAGCAAGTTGGTT
GGGAACGTTTTCACCAATGTTGCTTCCAGTTATGATATCATGAATGATGTCATGAGCGGT
GGCTTGCATAGGCTTTGGAAGGAAAGACTCGTTGGGAAGCTGAGTCCATTTACTGGGATG
AAGCATCTTGATGTTGCCGGTGGAACGGGTGATGTTGCGTTTAGGATTTTTGATGCGGTT
AACAGTGTGAAACGAAGAGCATTGCGGAAAGTTGATGAGGAATCACTCGAAGAAACTCAG
ATATACGTATGTGATATTAATCCCAACATGTTAAACGTTGGGAAACAACGCGCTGCCGAG
AGAGGGCTAAGCGATAACAAGTCACTCGTATGGGTGGAAGGAGATGCAGAGGCCTTGAGT
TTCGATGACAACTCAATGGATGGATACACTATTGCATTTGGAATAAGGAATGTCACACAC
ATCGAAAAGGCTCTCGCGGAGGCTTATAGGGTACTAAAACGGGGAGGAAGATTCTTGTGC
CTTGAGCTCAGCCATGTTGACATTCCGATCTTCAAAGATGTATACGATTTGTATTCATTC
AAGGTCATTCCAAACTTAGGGGAACTAATTGCCGGTGACCGGGACTCTTACCAGTACCTG
GTTGAGAGTGTTCGTCGGTTTCCCCCTCAGGAGAAATTTGCAACGATGATAGCAGATGCA
GGATTTGAGAAGGTGGAGTACGAGAACCTTGTTGGTGGCGTTGTCGCCATTCACTCTGCC
ATTAAGCTCTGATCTCTCTCT**TTCTTTTTTCCTTCTGCATTTTATCTGTTTCCCAAAC
TGTAAAACTTCCAGACCTAAAAAATAAAGCTCTGTCCAAGAGTGTGAATTTGCTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C670TF U 1
AF RR3C670JQ C 389
AF RR3AD88TF U 453
AF RR3BW89TF U 453
BS 1 639 RR3C670TF
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AGGAGGTTTGGGAGCAGATTATTGACTTACCGTTCCTCTTCTCTTGCTTCCCTTCTTCAT
TCTCACGCCACAAGTTTCGGGTTTCAAGAAGTAAAGGAAGAGGAGAAGAGCAAGTTGGTT
GGGAACGTTTTCACCAATGTTGCTTCCAGTTATGATATCATGAATGATGTCATGAGCGGT
GGCTTGCATAGGCTTTGGAAGGAAAGACTCGTTGGGAAGCTGAGTCCATTTACTGGGATG
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AGAGGGCTAAGCGATAACAAGTCACTCGTATGGGTGGAAAGAGATGCAGAGGCCTTGAGT
TTCGATGACAACTCAATGGATGGATACACTAT

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AAGTTGATGAGGAATCACTCGAAGAAACTCAGATATACGTATGTGATATTAATCCCAACA
TGTTAAACGTTGGGAAACAACGCGCTGCCGAGAGAGGGCTAAGCGATAACAAGTCACTCG
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CTATTGCATTTGGGATAAGGAATGTCACACACATCGAAAAGGCTCTCGCGGAGGCTTATA
GGGTACTAAAACGGGGAGGAAGATTCTTGTGCCTTGAGCTCAGCCATGTTGACATTCCGA
TCTTCAAAGATGTATACGATTTGTATTCATTCAAGGTCATTCCAAACTTAGGGGAACTAA
TTGCCGGTGACCGGGACTCTTACCAGTACCTGGTTGAGAGTGTTCGTCGGTTTCCCCCTC
AGGAGAAATTTGCAACGATGATAGCAGACGCAGGATTTGAGAAGGTGGAGTACGAGAACC
TTGTTGATGGCGTTGTCGCCATTCACTCTGCCATTAAGCTCTGATCTCTCTCTCTTTCTT
TTTTCCTTCTGCATTTTATCTGTTTCCCAAACTGTAAAACCTCCAGACCTAAAAAATAAA
GCTCTGTCCAAGAGTGTGAATTTGCTTCTT

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DS 

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G
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AACGTTGGGAAACAACGTGCTGCCGAGAGAGGGCTAAGCGATAACAAGTCACTGGTATGG
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GCATTTGGAATAAGGAATGTCACACACATCGAAAAGGCTCTCGCGGAGGCTTATAGGGTA
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AAAGATGTATACGATTTGTATTCATTCAAGGTCATTCCAAACTTAGGGGAACTAATTGCC
GGTGACCGGGACTCTTACCAGTACCTGGTTGAGAGTGTTCGTCGGTTTCCCCCTCAGGAG
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RD RR3BW89TF 684 0 0
G
GTTGCGTTTAGGATCTTTGATGCTGTTAACAGTGTCAAGCGAAGAGCATTGCGGAAAGTT
GATGTGGAATCACTTGAAGAAACTCAGATATACGTATGTGATATTAATCCCAACATGTTA
AACGTTGGGAAACAACGTGCTGCCGAGAGAGGGCTAAGCGATAACAAGTCACTGGTATGG
GTCGAAGGAGATGCAG*GGCCTTGAGTTTCGATGACAATTCAATGGATGGATACACTATT
GCATTTGGAATAAGGAATGTCACACACATCGAAAAGGCTCTCGCGGAGGCTTATAGGGTA
CTAAAACGGGGAGGAAGATTCTTGTGCCTTGAGCTCAGCCATGTTGACATTCCGATCTTC
AAAGATGTATACGATTTGTATTCATTCAAGGTCATTCCAAACTTAGGGGAACTAATTGCC
GGTGACCGGGACTCTTACCAGTACCTGGTTGAGAGTGTTCGTCGGTTTCCCCCTCAGGAG
AAATTTGCAACGATGATAGCAGATGCAGGATTTGAGAAGGTGGAGTACGAGAACCTTGTT
GGTGGCGTTGTCGCCATTCACTCTGCCATTAAGCTCTGATCTCTCTCT**TTCTTTTTTC
CTTCTGCATTTTATCTGTTTCCCAAACTGTAAAACTTCCAGACCTAAAAA*TAAAGCTCT
GTCCAAGAGTG
TGAGTTTGCTTC

QA 2 672 2 672
DS 



AS 2 6

CO CL1301Contig1 1031 2 2 U
GGACCCAATCAACAAAGTAGAGAAAAAGAAAGAGAGAGATGGCGAGTGCGAAGATGCCCT
TCTGTCGTTTAGCCTTCTTTTGTCTGTTATTACAGTTATTTTCCATCTTCCATATCGGAA
ATGCGGAACTGGAGATGAATTATTACAGAGAGAGTTGTCCGAGAGCGGAAGAGATAATCA
GGCAACAAGTGGAAACGCTTTACTACAAACACGGCAACACAGCCGTCTCTTGGCTCCGTA
ATCTCTTCCATGACTGCGTCGTCAAGTCGTGTGATGCGTCACTACTACTTGAGACAACAA
GTGGTGTGGAATCTGAGCAAAAGTCGACGAGGAGTTTTGGTATGAGAAACTTTAAGTACG
TTAAGTTTATCAAAGACGCACTCGAGAAAGAATGTCCTGGCACAGTCTCTTGCGCTGATA
TTGTTGCTCTCTCTGCTAGAGATGGTATTGTCATGTTGAAAGGGCCAAAGATAGATATGA
TCAAACTTCAACTCCATCGGTATCGATGTTGAAGCCACCGTTGCGCTCTTAGGTGCTCAC
TCCGTTGGTAGGGTCCATTGCGTTAATCTAGTGCACCGGCTATACCCAACGATTGACCCG
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CCGAACGCAGTCTTATACTCCCGTAATGACCGTGAGACTCCCATGGTTGTGGACAACATG
TATTACAAGAACATCATGGCTCATAAAGGGCTCCTTGTCATTGATGATGAGCTAGCCAGT
GACCCGAGGACGGCACCTTTTGTGACCAAGATGGCTGCGGACAATGGTTACTTCCATGAG
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GAGATAAGGAAGGATTGCCGTTATGTGAACTCTAATTGATTATAATGCTGTGAAAGATAA
TAAACATATGTGTATGTATGTATGTATGTGTGTTAAGGTTTGAATTCAATAAGAAATATC
AAACTGTTATG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK35TF U 1
AF RR3AK35JQ C 434
BS 1 725 RR3AK35TF
BS 726 1031 RR3AK35JQ

RD RR3AK35TF 725 0 0
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TCTGTCGTTTAGCCTTCTTTTGTCTGTTATTACAGTTATTTTCCATCTTCCATATCGGAA
ATGCGGAACTGGAGATGAATTATTACAGAGAGAGTTGTCCGAGAGCGGAAGAGATAATCA
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ATCTCTTCCATGACTGCGTCGTCAAGTCGTGTGATGCGTCACTACTACTTGAGACAACAA
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TTAAGTTTATCAAAGACGCACTCGAGAAAGAATGTCCTGGCACAGTCTCTTGCGCTGATA
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TCAAACTTCAACTCCATCGGTATCGATGTTGAAGCCACCGTTGCGCTCTTAGGTGCTCAC
TCCGTTGGTAGGGTCCATTGCGTTAATCTAGTGCACCGGCTATACCCAACGATTGACCCG
ACTCTCGACCCAAATTACGCCCTTTACTTGAAAAAGCGTTGCCCAAGTCCAAACCCGGAC
CCGAACGCAGTCTTATACTCCCGTAATGACCGTGAGACTCCCATGGTTGTGGACAACATG
TATTA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3AK35JQ 598 0 0
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CCATCGGTATCGATGTTGAAGCCACCGTTGCGCTCTTAGGTGCTCACTCCGTTGGTAGGG
TCCATTGCGTTAATTTAGTGCACCGGCTATACCCAACGATTGACCCGACTCTCGACCCAA
ATTACGCCCTTTACTTGAAAAAGCGTTGCCCAAGTCCAAACCCGGACCCGAACGCAGTTT
TATACTCCCGTAATGACCGTGAGACTCCCATGGTTGTGGACAACATGTATTACAAGAACA
TCATGGCTCATAAAGGGCTCCTTGTCATTGATGATGAGCTAGCCAGTGACCCGAGGACGG
CACCTTTTGTGACCAAGATGGCTGCGGACAATGGTTACTTCCATGAGCAATTCTCACGCG
GTGTCAGGCTCTTGTCCGAGACCAACCCTCTTACCGGTGATCAAGGGGAGATAAGGAAGG
ATTGCCGTTATGTGAACTCTAATTGATTATAATGCTGTGAAAGATAATAAACATATGTGT
ATGTATGTATGTATGTGTGTTAAGGTTTGAATTCAATAAGAAATATCAAACTGTTATG

QA 1 598 1 598
DS 



CO CL1301Contig2 1122 4 14 U
AATCAACAAAGTAGAGAAAAAGAAAGGGAGAGATGGCGAGTGCGAAGATGCCCTTCTGTC
GTTTAGCCTTCTTTTGTCTGTTATTACAGTTATTTTCCATCTTCCATATCGGAAATGCGG
AACTGGAGATGAATTATTACAGAGAGAGTTGTCCGAGAGCGGAAGAGATAATCAGGCAAC
AAGTGGAAACGCTTTACTACAAACACGGCAACACAGCCGTCTCTTGGCTCCGTAATCTCT
TCCATGACTGCGTCGTCAAGTCGTGTGATGCGTCACTACTACTTGAGACAACAAGTGGTG
TGGAATCTGAGCAAAAGTCGACGAGGAGTTTTGGTATGAGAAACTTTAAGTACGTTAAGT
TTATCAAAGACGCACTCGAGAAAGAATGTCCTGGCACAGTCTCTTGCGCTGATATTGTTG
CTCTCTCTGCTAGAGATGGTATTGTCATGTTGAAAGGGCCAAAGATAGATATGATCAAGA
CAGGAAGGAGAGACAGTAGAGGAAGCTACTTGAATGATGTTCAGACTCTAGTTCCTAACC
ACAATGACTCTATCTCCTCTGTTCTCTCAAACTTCAACTCCATCGGTATCGATGTTGAAG
CCACCGTTGCGCTCTTAGGTGCTCACTCCGTTGGTAGGGTCCATTGCGTTAATCCAGTGC
ACCGGCTATACCCAACGATTGACCCGACTCTCGACTCAAATTACGCCCTTTACTTGAAAA
AGCGTTGCCCAAGTCCAAACCCGGACCCGAACGCAGTCTTATACTCCCGTAATGACCGTG
AGATTCCCATGGTTGTGGACAACATGTATTACAAGAACATCATGTCTCATAAAGGGCTCC
TTGTCATTGATGATGAGCTAGCCAGTGACCCGAGGACGGCACCTTTTGTGGCCAAGATGG
CTGCGGACAATGGTTACTTCCATGAGCAATTCTCACGCGGTGTCAGGCTCTTGTCCGAGA
CCAACCCTCTTACCGGTGATCAAGGGGAGATAAGGAAGGATCGCCGTTATGTGAACCCTA
ATTGATTATAATGCTGTGAAAGATAATAAACATATGTGTATGTATGTATGTATGTGTGTT
AAGGTTCGAATTCAATAAGAAATATCAAACTGTTATGGATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3GC93TF U 1
AF RR3EQ45TF U 184
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AF RR3GC93JQ C 561
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CTCTCTCTGCTAGAGATGGTATTGTCATGTTGAAAGGGCCAAAGATAGATATGATCAAGA
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ACAATGACTCTATCTCCTCTGTTCTCTCAAACTTCAACTCCATCGGTATCGATGTTGAAG
CCACCGTTGCGCTCTTAGGTGCTCACTCCGTTGGTAGGGTCCATTGCGTTAATCTAGTGC
ACCGGCTATACCCAACGATTGACCCGACTCTCGAC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3EQ45TF 691 0 0
G
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TGACTGCGTCGTCAAGTCGTGTGATGCGTCACTACTACTTGAGACAACAAGTGGTGTGGA
ATCTGAGCAAAAGTCGACGAGTGGTTTTGGTATGAGAAACTTTAAGTACGTTAAGTTTAT
CAAAGACGCGCTCGAGAAAGAATGTCCTGGCACAGTCTCTTGCGCTGATATTGTTGCTCT
CTCTGCTAGAGATGGTATTGTCATGTTGAAAGGGCCAAAGATAGATATGATCAAGACAGG
AAGGAGAGACAGTAGAGGAAGCTACTTGAATGATGTTCAGACTCTAGTTCCTAACCACAA
TGACTCTATCTCCTCTGTTCTCTCAAACTTCAACTCCATCGGTATCGATGTTGAAGCCAC
CGTTGCGCTCTTAGGTGCTCACTCCGTTGGTAGGGTCCATTGCGTTAATCCAGTGCACCG
GCTATACCCAACGATTGACCCGACTCTCGACTCAAATTACGCCCTTTACTTGAAAAAGCG
TTGCCCAAGTCCAAACCCGGACCCGAACGCAGTCTTATACTCCCGTAATGACCGTGAGAT
TCCCATGGTTGTGGACAACATGTATTACAAGAACATCATGTCTCATAAAGGGCTCCTTGT
CATTGATGATGAGCTAGCCAGTGACCCGAG

QA 2 691 2 691
DS 

RD RR3EQ45JQ 682 0 0
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CTCTGTTCTCTCAAACTTCAACTCCATCGGTATCGATGTTGAAGCCACCGTTGCGCTCTT
AGGTGCTCACTCCGTTGGTAGGGTCCATTGCGTTAATCCAGTGCACCGGCTATACCCAAC
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GGACAACATGTATTACAAGAACATCATGTCTCATAAAGGGCTCCTTGTCATTGATGATGA
GCTAGCCAGTGACCCGAGGACGGCACCTTTTGTGGCCAAGATGGCTGCGGACAATGGTTA
CTTCCATGAGCAATTCTCACGCGGTGTCAGGCTCTTGTCCGAGACCAACCCTCTTACCGG
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TGAAAGATAATAAACATATGTGTATGTATGTATGTATGTGTGTTAAGGTTTGAATTCAAT
AAGAAATATCAAACTGTTATG
G

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3GC93JQ 562 0 0
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GCTCACTCCGTTGGTAGGGTCCATTGCGTTAATTTAGTGCACCGGCTATACCCAACGATT
GACCCGACTCTCGACCCAAATTACGCCCTTTACTTGAAAAAGCGTTGCCCAAGTCCAAAC
CCGGACCTGAACGCAGTCTTATACTCCCGTAATGACCGTGAGACTCCCATGGTTGTGGAC
AACATGTATTACAAGAACATCATGGCTCATAAAGGGCTCCTTGTCATTGATGATGAGCTA
GCCAGTGACCCGAGGACGGCACCTTTTGTGGCCAAGATGGCTGCGGACAATGGTTACTTC
CATGAGCAATTCTCACGCGGTGTCAGGCTCTTGTCCGAGACCAACCCTCTTACCGGTGAT
CAAGGGGAGATAAGGAGGGATCGCCGTTATGTGAACCCTAATTGATTATAATGCTGTGAA
AGATAATAAACATATGTGTATGTATGTATGTATGTGTGTTAAGGTTCGAATTCAATAAGA
AATATCAAACTGTTATGGATTG

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 6

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GGGCATAATCAATCAATTGAACTTCAACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGAAACCCTAAT
TTCTCTGATCGTAAAAAAGAGAGAAAACTAACTTTACTCAATTCCCTTTTTTT*GCGATT
AGCTAACATGGCGTTCGGAAACTGTCGGTGGGAGCTCCTCGCGGCTTCTCTAGCCCTGAC
TTTAGCTCTGATTCACCACCTGGTGGATGCGAACTCGGAAGGAGATGCTCTTTACGCGCT
TCGCAGGAGCTTATCGGATCCAGACCACGTGCTCCAGAGCTGGGATCCAACTCTTGTTAA
CCCTTGTACCTGGTTCCATGTCACCTGTAACCAAGACAGCCGCGTCACTCGTGTGGACTT
GGGTAATTCAAACCTTTCAGGACATCTTGCACCTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACA
GTATTTGGAGCTGTACAAAAACAAAATAGAAGGGACTATACCTTCTGAACTTGAAAATCT
GAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTACAACAACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTC
TTTGGGAAAATTGAAGTCTCTGGTCTTTTTACGACTCAACGACAACCAATTGACTGGTCC
AATCCCTAAAGAACTCACGAAAATCCCAAGCCTTAAAGTCGTTGATGTATCGAACAATGA
TTTGTGTGGAACTATCCCAACAGAAGGACCTTTCGGACACATTCCTTTGCAGAACTTTGA
GAACAACTCGAGATTGGAGGGGCCGGAACTAATCGGTCTTGCAAGCTACGACACCAACTG
CAACTGAAACAACTGGCAAAAGACCTGAAAAAAAAACAAGAAATGAGGGGGGTGACCTTA
GAAGAACACTTCACCACTTTATCAAAATATCACATCTATTATGTAACAAGTATATATATG
TATGTTCGTTGTGTGACACACTGAGATGTAACATTTGTTGTATTGGTAGCAAGTTCTTTA
CCTTTGTCTGCATTAACATTTGTGTGTATGATCTGTCATATTAATACGAAAACTATGGAT
TTGTGTGCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3EN20TF U 25
AF RR3FR88TF U 1
AF RR3DF44TF U 23
AF RR3FR88JQ C 115
AF RR3DF44JQ C 307
AF RR3EN20JQ C 397
BS 1 568 RR3FR88TF
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BS 570 666 RR3FR88TF
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BS 708 806 RR3FR88JQ
BS 807 1031 RR3DF44JQ

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ACTTCAAC
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AGCTCCTCGCGGCTTCTCTAGCCCTGACTTTAGCTCTGATTCACCACCTGGTGGATGCGA
ACTCGGAAGGAGATGCTCTTTACGCGCTTCGCAGGAGCTTATCGGATCCAGACCACGTGC
TCCAGAGCTGGGATCCAACTCTTGTTAACCCTTGTACCTGGTTCCATGTCACCTGTAACC
AAGACAGCCGCGTCACTCGTGTGGACTTGGGTAATTCAAACCTTTCAGGACATCTTGCAC
CTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAAAACAAAATAGAAG
GGACTATACCTTCTGAACTTGAAAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTACAACA
ACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTCTTTGGGAA

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DS 

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TTCTCTGATCGTAAAAAAGAGAGAAAACTAACTTTACTCAATTCCCTTTTTTT*GCGATT
AGCTAACATGGCGTTCGGAAACTGTCGGTGGGAGCTCCTCGCGGCTTCTCTAGCCCTGAC
TTTAGCTCTGATTCACCACCTGGTGGATGCGAACTCGGAAGGAGATGCTCTTTACGCGCT
TCGCAGGAGCTTATCGGATCCAGACCACGTGCTCCAGAGCTGGGATCCAACTCTTGTTAA
CCCTTGTACCTGGTTCCATGTCACCTGTAACCAAGACAGCCGCGTCACTCGTGTGGACTT
GGGTAATTCAAACCTTTCAGGACATCTTGCACCTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACA
GTATTTGGAGCTGTACAAAAACAAAATAGAAGGGACTATACCTTCTGAACTTGAAAATCT
GAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTACAACAACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTC
TTTGGGAAAATTGAAGTCTCTGGTCTTTCTACGACTCAACGACAACCAATTGACTGGTCC
AATCCCTAAAGAACTCACGAAAATCCCAAGCCTTAAAGTCGTTGATGTATCGAACAATGA
TTTGTG

QA 1 666 1 666
DS 

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ACTTCAACAG
AGAGAGAGAGAGAGAGCGAAACCCTAATTTCTCTGATCGTAAAAAAGAGAGAAAACTAAC
TTTACTCAATTCCCTTTTTTT*GCGATTAGCTAACATGGCGTTCGGAAACTGTCGGTGGG
AGCTCCTCGCGGCTTCTCTAGCCCTGACTTTAGCTCTGATTCACCACCTGGTGGATGCGA
ACTCGGAAGGAGATGCTCTTTACGCGCTTCGCAGGAGCTTATCGGATCCAGACCACGTGC
TCCAGAGCTGGGATCCAACTCTTGTTAACCCTTGTACCTGGTTCCATGTCACCTGTAACC
AAGACAGCCGCGTCACTCGTGTGGACTTGGGTAATTCAAACCTTTCAGGACATCTTGCAC
CTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAAAACAAAATAGAGG
GGACTATACCTTCTGAACTTGAAAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTACAACA
ACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTCTTTGGGAAAATTGAAGTCTCTGGTCTTTCTAC
GACTCAACGACAACCAATTGACTGGTCCAATCCCTAAAGAACTCACGAAAATCCCAAGCC
TTAAAGTCGTTGATGTATCGAACAATGATTTGTG

QA 11 644 11 644
DS 

RD RR3FR88JQ 692 0 0
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CCTGACTTTAGCTCTGATTCACCACCTGGTGGATGCGAACTCGGAAGGAGATGCTCTTTA
CGCGCTTCGCAGGAGCTTATCGGATCCAGACCACGTGCTCCAGAGCTGGGATCCAACTCT
TGTTAACCCTTGTACCTGGTTCCATGTCACCTGTAACCAAGACAGCCGCGTCACTCGTGT
GGACTTGGGTAATTCAAACCTTTCAGGACATCTTGCACCTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCA
TTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAAAACAAAATAGAAGGGACTATACCTTCTGAACTTGA
AAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTACAACAACAATCTTACTGGGAAAATCCC
TTCTTCTTTGGGAAAATTGAAGTCTCTGGTCTTTTTACGACTCAACGACAACCAATTGAC
TGGTCCAATCCCTAAAGAACTCACGAAAATCCCAAGCCTTAAAGTCGTTGATGTATCGAA
CAATGATTTGTGTGGAACTATCCCAACAGAAGGACCTTTCGGACACATTCCTCTGCAGAA
CTTTGAGAACAACTCGAGATTGGAGGGGCCGGAACTAATCGGTCTTGCAAGCTACGACAC
CAACTGCAACTGAAACAACTGGCAAAAGACCT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3DF44JQ 725 0 0
TACCTGGTTCCATGTCACCTGTAACCAAGACAGCCGCGTCACTCGTGTGGACTTGGGTAA
TTCAAACCTTTCAGGACATCTTGCACCTGAGCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTT
GGAGCTGTACAAAAACAAAATAGAGGGGACTATACCTTCTGAACTTGAAAATCTGAAGAA
CCTCATCAGCTTGGATCTGTACAACAACAATCTTACTGGGAAAATCCCTTTTTCTTTGGG
AAAATTGAAGTCTCTGGTCTTTTTACGACTCAACGACAACCAATTGACTGGTCCAATCCC
TAAAGAACTCACGAAAATCCCAAGCCTTAAAGTCGTTGATGTATCGAACAATGATTTGTG
TGGAACTATCCCAACAGAAGGACCTTTCGGACACATTCCTTTGCAGAACTTCGAGAACAA
CTCGAGATTGGAGGGGCCGGAACTAATCGGTCTTGCAAGCCACGACACCAACTGCAACTG
AAACAACTGGCAAAAGACCTGAAAAAAAAACAAGAAATGAGGGGGGTGACCTTAGAAGAA
CACTTCACCACTTTATCAAAATATCACATCTATTATGTAACAAGTATATATATGTATGTT
CGTTGTGTGACACACTGAGATGTAACATTTGTTGTATTGGTAGCAAGTTCTTTACCTTTG
TCTGCATTAACATTTGTGTGTATGATCTGTCATATTAATACGAAAACTATGGATTTGTGT
GCTCT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3EN20JQ 635 0 0
GCTTGGGAAGCTCGAGCATTTACAGTATTTGGAGCTGTACAAAAACAAAATAGAAGGGAC
TATACCTTCTGAACTTGAAAATCTGAAGAACCTCATCAGCTTGGATCTGTACAACAACAA
TCTTACTGGGAAAATCCCTTCTTCTTTGGGAAAATTGAAGTTTTTGGTCTTTTTACGACT
CAACGACAACCAATTGACTGGTCCAATCCCTAAAGAACTCACGAAAATCCCAAGCCTTAA
AGTCGTTGATGTATCGAACAATGATTTGTGTGGAACTATCCCAACAGAAGGACCTTTCGG
ACACATTCCTTTGCAGAACTTTGAGAACAACTCGAGATTGGAGGGGCCGGAACTAATCGG
TCTTGCAAGCTACGACACCAACTGCAACTGAAACAACTGGCAAAAGACCTGAAAAAAAAA
CAAGAAATGAGGGGGGTGACCTTAGAAGAACACTTCACCACTTTATCAAAATATCACATC
TATTATGTAACAAGTATATATATGTATGTTCGTTGTGTGACACACTGAGATGTAACATTT
GTTGTATTGGTAGCAAGTTCTTTACCTTTGTCTGCATTAACATTTGTGTGTATGATCTGT
CATATTAATACGAAAACTATGGATTTGTGTGCT
TT

QA 1 633 1 633
DS 



AS 2 6

CO CL1303Contig1 971 3 10 U
GGAGAACATAAAAGAAGTTGCTGTGGAAGTAAAGTTAGAGTACAAGAAGATGAAGAGCGT
AAAGACATAGCAGGAGATAACAGTTCTTGATTACTTGTAGCAAAGAGCAATGTTTAGTTT
ATCTCTCTCGCAATAAGCAAAATGTCTTAAAACACATTGTTGAATCTAAAGACTTTAAAT
TCAAATTTAGTTTGATCTCTCACACAGCTTTAAAACTTTCAGATCTCTCCCAGGTAGATA
TCTTTATCGCTGCTGCAAGAACCAATGATAGGCTCAGTGGGGTGAAACACACACTCGTTG
ACCGATCCTTTATGGCCTGGGAGCTTGTAGAGAATGCGCCGAGTGGTTGTGTCCCAAATA
TGAACCATACGGTCTGCGCTACCAGCAGTGACTTTGGTACCATCAGGTGACCACGAACAC
TTGAGCAGGTTCTTCTCAAAGTTGTGCTGATGCCCTTCAAAGATCTTCACACACCGGTTC
TGTGGAGCGTAAGGACGCATGTCCCACACGCAGAGCTTGTTATCCATTCCATTGGTGAGA
AGGTAGGAACCGTCTGGACTTAAGCTCATCCCCGTGATCGTATCCTGATGGCCCTCCAGC
GTCATGGTGGCCTCCCCTTTTCGCAAGTCCCAAACTTTAACATCGTTATCTACACCGCCA
GTGAAAATCTTATCACCTGCATCAGAGAAGCTCACTGCTGTGATCTGGTATTTATCAGGA
AACGTCTGAATGGCTCCTCTCTGACGCATGTCCCAGAGCTTGGCGGTTCCATCATCAGAT
CCACTGACGATAAGCGGAGGTCCTCTACGCGTAGAACAGCAGGAATTCACAAAGGAGGAA
TGCTCAGCCATCTTCTTGACTTGTTTCCCAGTGTCAACATCCCACGCCCTCACAGTTTTA
TCCGGACTTGCCGATACAATCATGGAGCCGTCGCTGGTCCAGTGAAGATCGAGGATAGCG
TTCTTGTGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F892JQ U 1
AF RR3GF72JQ U 69
AF RR3CS46JQB U 197
BS 1 475 RR3F892JQ
BS 476 476 RR3CS46JQB
BS 477 485 RR3GF72JQ
BS 486 486 RR3CS46JQB
BS 487 521 RR3GF72JQ
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BS 612 612 RR3CS46JQB
BS 613 631 RR3GF72JQ
BS 632 971 RR3CS46JQB

RD RR3F892JQ 476 0 0
GGAGAACATAAAAGAAGTTGCTGTGGAAGTAAAGTTAGAGTACAAGAAGATGAAGAGCGT
AAAGACATAGCAGGAGATAACAGTTCTTGATTACTTGTAGCAAAGAGCAATGTTTAGTTT
ATCTCTCTCGCAATAAGCAAAATGTCTTAAAACACATTGTTGAATCTAAAGACTTTAAAT
TCAAATTTAGTTTGATCTCTCACACAGCTTTAAAACTTTCAGATCTCTCCCAGGTAGATA
TCTTTATCGCTGCTGCAAGAACCAATGATAGGCTCAGTGGGGTGAAACACACACTCGTTG
ACCGATCCTTTATGGCCTGGGAGCTTGTAGAGAATGCGCCGAGTGGTTGTGTCCCAAATA
TGAACCATACGGTCTGCGCTACCAGCAGTGACTTTGGTACCATCAGGTGACCACGAACAC
TTGAGCAGGTTCTTCTCAAAGTTGTGCTGATGCCCTTCAAAGATCTTCACACACC
T

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR3GF72JQ 563 0 0
G
GCAGGAGATAACAGTTCTTGATTACTTGTAGCAAAGAGCAATGTTTAGTTTATCTCTCTC
GCAATAAGCAAAATGTCTTAAAACACATTGTTGAATCTAAAGACTTTAAATTCAAATTTA
GTTTGATCTCTCACACAGCTTTAAAACTTTCAGATCTCTCCCAGGTAGATATCTTTATCG
CTGCTGCAAGAACCAATGATAGGCTCAGTGGGGTGAAACACACACTCGTTGACCGATCCT
TTATGGCCTGGGAGCTTGTAGAGAATGCGCCGAGTGGTTGTGTCCCAAATATGAACCATA
CGGTCTGCGCTACCAGCAGTGACTTTGGTACCATCAGGTGACCACGAACACTTGAGCAGG
TTCTTCTCAAAGTTGTGCTGATGCCCTTCAAAGATCTTCACACACCTGTTCTGTGGGGCG
TAAGGACGCATGTCCCACACGCAGAGCTTGTTGTCCATTCCATTGGTGAGAAGGTAGGAA
CCGTCTGGACTTAAGCTCATCCCCGTGATCGTATCCTGATGGCCCTCCAGCGTCATGGTG
GCTTCCCCTTTTCGCAAGTCCC

QA 2 563 2 563
DS 

RD RR3CS46JQB 775 0 0
CTCTCACACAGCTTTAAAACTTTCAGAACTCTCCCAGGTAGATATCTTTATCGCTGCTGC
AAGAACCAATGATAGGCTCAGTGGGGTGAAACACACACTCATTGACCGATCCTTTATGGC
CTGGGAGCTTGTAGAGAATGCGCCGAGTGGTTGTGTCCCAAATATGAACCATGCGGTCTG
CGCTACCAGCAGTGACTTTGGTACCATCAGGTGACCACGAACACTTGAGCAGGTTCTTCT
CAAAGTTGTGTTGATGCCCTTCAAAGATCTTCACACACCGGTTCTGTGGAGCGTAAGGAC
GCATGTCCCACACGCAGAGCTTGTTATCCATTCCATTGGTGAGAAGGTAGGAACCGTCTG
GACTTAAGCTCATTCCCGTGATCGTATCCTGATGTCCCTCCAGCGTCATGGTGGTCTCTC
CTTTTCGCAAGTCCCAAACTTTAACATCGTTATCTACACCGCCAGTGAAAATCTTATCAC
CTGCATCAGAGAAGCTCACTGCTGTGATCTGGTATTTATCAGGAAACGTCTGAATGGCTC
CTCTCTGACGCATGTCCCAGAGCTTGGCGGTTCCATCATCAGATCCACTGACGATAAGCG
GAGGTCCTCTACGCGTAGAACAGCAGGAATTCACAAAGGAGGAATGCTCAGCCATCTTCT
TGACTTGTTTCCCAGTGTCAACATCCCACGCCCTCACAGTTTTATCCGGACTTGCCGATA
CAATCATGGAGCCGTCGCTGGTCCAGTGAAGATCGAGGATAGCGTTCTTGTGACT

QA 1 775 1 775
DS 



CO CL1303Contig2 704 3 4 U
GGCTAGCGAGCTTCTTCTCTCTGGGTTTTAGGGTTCCGGTAGACGACGTTGAGCGCTTTG
TACCTTTACCGCCCTCATCTGACTTAGAGATGGAGATCATGCCTAGAGAGAATGATAACG
CTTTGTCAGCTCCTACCCCCATGGAGTTGTCAACTTTCCCAGGTCCTGGTCCCTACGGGA
AGCAGCGGACATCGAGCTTGGAAGCACCTATCATGCTGCTAACTGGACATCCGAGTGCTG
TCTACACGATGAAGTTCAACCCATCGGGAACTCTGATTGCATCTGGTTCACATGACAGAG
AGATCTTTCTCTGGAGGGTTCACGGGGACTGCAAAAACTTCATGGTTCTGAAAGGTCACA
AGAACGCTATCCTCGATCTTCATTGGACCAGCGACGGCTCCATGATTGTATCGGCAAGTC
CGGACAAAACTGTGAGGGCTTGGGATGTTGACACTGGGAAACAAGTCAAGAAGATGGCTG
AGCATTCGTCCTTTGTGAATTCCTGCTGTTCTACACGTAGAGGACCACCGCTTATCGTCA
GTGGATCTGATGATGGAACCGCCAAGCTTTGGGACATGCGTCAGAGAGGAGCCATTCAGA
CGTTTCCAGATAAATACCAGATCACGGCGGTGAGCTTCTCTGATGCAG*TGATAAGATTT
TCACCGGCGGTGTGGACAACGATGTTAAAGTCTGGGACTTGCGA


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3FT28TF U 1
AF RR3F892TF U 3
AF RR3GF72TF U 407
BS 1 660 RR3FT28TF
BS 661 678 RR3F892TF
BS 679 679 RR3GF72TF
BS 680 704 RR3F892TF

RD RR3FT28TF 672 0 0
GGCTAGCGAGCTTCTTCTCTCTGGGTTTTAGGGTTCCGGTAGACGACGTTGAGCGCTTTG
TACCTTTACCGCCCTCATCTGACTTAGAGATGGAGATCATGCCTAGAGAGAATGATAACG
CTTTGTCAGCTCCTACCCCCATGGAGTTGTCAACTTTCCCAGGTCCTGGTCCCTACGGGA
AGCAGCGGACATCGAGCTTGGAAGCACCTATCATGCTGCTAACTGGACATCCGAGTGCTG
TCTACACGATGAAGTTCAACCCATCGGGAACTCTGATTGCATCTGGTTCACATGACAGAG
AGATCTTTCTCTGGAGGGTTCACGGGGACTGCAAAAACTTCATGGTTCTGAAAGGTCACA
AGAACGCTATCCTCGATCTTCATTGGACCAGCGACGGCTCCATGATTGTATCGGCAAGTC
CGGACAAAACTGTGAGGGCTTGGGATGTTGACACTGGGAAACAAGTCAAGAAGATGGCTG
AGCATTCGTCCTTTGTGAATTCCTGCTGTTCTACACGTAGAGGACCACCGCTTATCGTCA
GTGGATCTGATGATGGAACCGCCAAGCTTTGGGACATGCGTCAGAGAGGAGCCATTCAGA
CGTTTCCAGATAAATACCAGATCACGGCGGTGAGCTTCTCTGATGCAG*TGATAAGATTT
CACCGGCGTGTG

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3F892TF 702 0 0
GG
AGCGAGCTTCTTCTCTCTGGGTTTTAGGGTTCCGGTAGACGACGTTGAGCGCTTTGTACC
TTTATCGCCCTCATCTGACTTAGAGATGGAGATCATGCCTAGAGAGAATGATAACGCTTT
GTCAGCTCCTGCCCCCATGGAGTTGTCAACTTTCCCAGGTCCTGGTCCCTACGGGAAGCA
GCGGACATCGAGCTTGGAAGCACCTATCATGCTGCTAACTGGACATCCGAGTGCTGTCTA
CACGATGAAGTTCAACCCATCGGGAACTCTGATTGCATCTGGTTCACATGACAGAGAGAT
CTTTCTCTGGAGGGTTCACGGGGACTGCAAAAACTTCATGGTTCTGAAAGGTCACAAGAA
CGCTATCCTCGATCTTCATTGGACCAGCGACGGCTCCATGATTGTATCGGCAAGTCCGGA
CAAAACTGTGAGGGCTTGGGATGTTGACACTGGGAAACAAGTCAAGAAGATGGCTGAGCA
TTCGTCCTTTGTGAATTCCTGCTGTTCTACACGTAGAGGACCACCGCTTATCGTCAGTGG
ATCTGATGATGGAACCGCCAAGCTTTGGGACATGCGTCAGAGAGGAGCCATTCAGACGTT
TCCAGGTAAATACCAGATCACGGCGGTGAGCTTCTCTGATGCAG*TGATAAGATTTTCAC
CGGCGGTGTGGACA*CGATGTTAAAGTCTGGGACTTGCGA

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR3GF72TF 295 0 0
G
GTATCGGCAAGTCCGGACAAAACTGTGAGGGCTTGGGATGTTGACACTGGGAAACAAGTC
AAGAAGATGGCTGAGCATTCGTCCTTTGTGAATTCCTGCTGTTCTACACGTAGAGGACCA
CCGCTTATCGTCAGTGGATCTGATGATGGAACCGCCAAGCTTTGGGACATGCGTCAGAGA
GGAGCCATTCAGACGTTTCCAGATAAATACCAGATCACGGCGGTGAGCTTCTCTGATGCA
GGTGATAAGATTTTCACCGGCGGTGTGGACAACGATGTTAAAGTCTGGGACTTG

QA 2 295 2 295
DS 



AS 1 6

CO CL1304Contig1 1470 6 22 U
CTAATTGATCAAACTTAATTAATATTTGATATATCTTTCCCATGCATACTAGATTCATTT
CAGCGAAGCTGTTAATACCCCTTATTTTTGTCATTATTTGGGAGCACATAACTTCACAAT
CTTTTTCCAAACAACTGATTTAAAACATGAAAACATACACTTGGTTGAGAAGTCTCCTAT
TCTCTTTTCTTTTAAAGTCGTGCTAACGCTGAAATATCGATTGGATAAACGTCGTCAGAC
GATTGCGCATTGTAAGATCGTTGTGCTATGATCGTGTTCGCACGATCCGTTGGATGAAAT
GCATCCCAAAACACGTACTCATCTCTGTTCGGACACGGGGCTTGTCCTGGTAGACATGTA
AGCTGACCTCCATTCCTTCCAACTCCGCAACACGCAGCGTTCGTTACCCTAAACCCATAA
GCAGAGGGATTGGCGATTATGTCCTGGAAAACGCCATAAGCATTAATGTATGTAAACCTA
GCATCAGAGTGGTCGCTGTTGAGCTGTTGGACCATGGACTTAAGCCTGCTGTTGAAGATT
CTGTTGGCCGAGTTGATACGTTCCACGCAAGTTGTTCCATCGGGGCTGCCCTGTGCAAGG
GAGTTCGGGCTACACCCGATGGCTCCCACTCCTACCAGTGCAAACTTTCTAGCGCCATAG
TTGTATAGGGCATTGAGCTGGTCTCTGTAACGATTGATAAGATCATCAGCATATTGTTCG
GGGGTGTACTGTCTGCTAGTGGAGTAGAATTGAGGCATGAAGTAGTTATTAAGATAGTCA
TTGCTTCCCAAACCGACAGAGTAAATGCACTGCCTGAGGTAATCAGCTGCACTATTTTCA
TCTCCAAGAATTTGTACCACTTGTGACACTGTGTTCAGATAATTCTGGACCTGTCCACTA
AATGTTATCCTTTGTCCCAATTGTTGACCGGTTTCTTCTCTGATTCCCGCAGCTGCAGAT
GCGTAGTTGACTCCTTGAAGTATCTGCTCGCCACTAACATCACTATACGCGGGAATGTAG
TTATCAAATCCAAGTAGCTCAGCTATCTCGTCAACGGTAGTTTTTCCGTTGGAAAAGCGG
CCGGTTGGGCGACCCAAATCAATGCCGTAAGGGTAATAATCAGCTCTTGCAATAGAGGCA
AGACGATTGTTGTTTCCATTATCAACCAAAGAATCACCAAAGATGAAATAACATGGAACT
TGAGGCTCTGCTTTTACTTTAAACCTTAAACCCAAATACAAAACTAACATAGAAACTAAG
CACCATTTCTTCAAGTAACTCTCCATCGATCACAACCAAAACAAAAATACTTAGGGATTG
ATTTTTATGTATTGTATAACACAATGTATTGATGAAGTGTATTCTTTAAAATGGGAAGTG
CAGGAGTGGTGGTGGTTGTGAAATGTGGAGAAACAAGAGAAGCTTTGAGTCTATATATGG
AGTCCGAGTGAGTAGTTTTATTTTATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E861JQ U 55
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AF RR3BS53JQ U 143
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GGTGTACTGTCTGCTAGTGGAGTA

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TCTCTTTTCTTTTAAAGTAGTGCTAACGCTGAAATATCGATTGGATAAACGTCGTCAGAC
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AGCTGACCTCCATTCCTTCCAACTCCGCAACACGCAGCGTTCGTTACCCTAAACCCATAA
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CTGTTGGCCGAGTTGATACGTTCCACGCAAGTTGTTCCATCGGGGCTGCCCTGTGCAAGG
GAGTTCGGGCTACACCCGATGGCTCCCACTCCTACCAGTGCAAACTTTCTAGCGCCATAG
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GGGGTGTACTGTCTGCTAGTGGAGTAGAATTGAGGCATGAAGTAGTTATTAAGATAGTCA
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TCTCCAA*AATTTGTAC
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CC

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CAGCATAT*GTTCGGGGGTGTACTGTCTGCTAGTGGAGTAGAATTGAGGCATGAAGTAGT
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GGACCTGTCCACTAAATGTTATCCTTTGTCCCAATTGTTGACCGGTTTCTTCTCTGATTC
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ATACTTAGGGATTGATTTTTATGTATTGTATAACACAATGTATTGATGAAATGTATTCTT
TAAAATGGGAAGTGCAGGAGTGGTGGTGGTTGTGAAAT
CC

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ACTTGAGGCTCTGCTTTTACTTTAAACCTTAAACCCAAATACAAAACTAACATAGAAACT
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DS 



AS 1 6

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AGCCGGAACAGTCACAACCCTCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGGACGAGATTGA
TTTCGAGTTTTTGGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAAATGTCTACAC
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CCACACTTACACCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCGATGGAACTCC
CATTAGAGAATTCAAGAACATGGAATCTATTGGCACTCTGTTCCCCAAGAATCGACCAAT
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CTATATGATATACAACTATTGTACGGATTCAAAGAGATTCCCTCAAGGTCTTCCAAAAGA
GTGCTTAGCCGCATAGAGAGTAAAGAGTTGAGAGCAAAACAAAATTCTACTTTTTTTTAT
TGCTATAAAATTATATTCATTTTATTGTAGATCACATTAAATTTTATTGATTCGTTTGCA
TTGTATT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 10 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3E808TF U 1
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AF RR3G638TF U 219
AF RR3GS39JQ C 691
AF RR3G638JQ C 221
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BS 250 278 RR3GS39TF
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BS 959 1026 RR3G638JQ
BS 1027 1027 RR3E808JQ

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CAAGAACGA
TACTT

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DS 

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CAAAGGAGACAAAGAACAGCAGTTTAAACTCTGGTTCGATCCAACAGCTGATTTCCACAC
TTACACCATTCTGTGGAACCCACAACGAATCATTTTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAG
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DS 

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CCACTGGCTCGTGGTTGTCCCAGGAGCTCGACTCGACTGCTCAAGAAAGGATGAGATGGG
TGCAGAAAAACTATATGATATACAACTATTGTACGGATTCAAAGAGATTCCCTCAAG*TC
TTCCAAAAGAGTGCTTAGCCGCATAGAGAGTAAAGAGTTGAGAGCAAAACAAAATTCTAC
TTTTTT
ATTGCTAT

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DS 

RD RR3GS39JQ 272 0 0
T
TCGTACCGTGGCTTCAACCAAGAAGCTTGTGTTTGGTCAAACGGCAAGTCGTCTTGCCCT
GATGTCTCGAAACAAGCGACCACTGGCTCGTGGTTGTCCCAGGAGCTCGACTCGACTGCT
CAAGAAAGGATGAGATGGGGGCAGAAAAACTATATGATATACAACTATTGTACGGATTCA
AAGAGATTCCCTCAAGGT*TTCCAAAAGAGTGCTTAGCCGCATAGAGAGTAAAGAGTTGA
GAGCAAAACAAAATTCTACTTTTTT
ATTGCT

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DS 

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GCTCTGCTCT
GCTTTCAATCCAAGAACGAGTACTTGTTCGGTAAAATCGACATGCAAATGAAACTCGTCC
CTGGAAACTCAGCCGGAACAGTCACAACCCTCTACTTGAAATCACCTGGAACAACATGGG
ACGAGATTGATTTCGAGTTTTTGGGAAACGTAAGTGGAGATCCTTACACACTACACACAA
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ATCGACCAATGAGAATGTACTCTAGTCTCTGGAACGCTGATGACTGAGCCACTAGAGGCG
GTTTGGTCAAAACCGATTGGTCTAAAGCTCCTTTCACTGCTTCGTACCGTGGCTTCAACC
AAGAAGCTTGTTTTTGGTCAAACGGCAAGTCGTCTTGCCCTGATGTCTCGAAACAAGCGA
CCACTGGCTCGTGGTTGTCCCAGGAGCTCGACTCGACTGCTCAAGAAAGGATGAGATGGG
TGCAGAAAAACTATATGATATACAACTATTGTACGGATTCAAAGAGATTCCCTCAAGGTC
TTCCAAAAGAGTGCTTAGCCGCATAGAGAGTAAAGAGTTGAGAGCAAAACAAAATTCTAC
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TTCGTTTGCATTGTAT

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DS 

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TTCACCGTCGATGGAACTCCCATTAGAGAATTCAAGAACATGGAATCTATTGGCACTCTC
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ACGAGAGGCGGTTTGGTCAAAACCGATTGGTCTAAAGCTCCTTTCACTGCCTCGTACCGT
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AAACAAGGGACAACTGGCTCGTGGTTGTCCCAGGAGCTTGACTCAACTGCTCAAGAAAGA
ATGAGATGGGTGCAGAAAAACTATATGATATACAACTATTGTACGGATTCAAAGAGATTC
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AAAATTTTACTTTTTTTTATTGCTATAAAATTATATTCATTTTATTGTATATCACGTTAA
ATTTTATTGATTCGTTTGCATTGTATT

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 6

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TTAATAAATAAAACATTCTTCCAAGCCTTTTCTTTAGTAAATACATTCTTCCAAGCTCAC
AAAGAAACTCACTGAAGATCAGGGAAACGTGCACATGTACGAAGGGTTCTTTCCTT*CTC
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TTGGACTTGTATCACTAACCACCGAACCTTCAAGCATTGCTATCCCACGCTGAATATCCG
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CGGAATCGAAAACCTTTCCTATCGTCGCGTCCATTTCGTGTAGAGTTTTTTGAGTTTTTT
TTTTTTTTTTTGATCAAAGAGTTTTGGAGTTTCTCTTTTTCTTTTTGTTTCTCTCCCTTG
TGACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 

AF RR3GB84JQ U 1
AF RR3F374JQ U 59
AF RR3G048JQ U 59
AF RR3GB84TF C 478
AF RR3F374TF C 133
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BS 198 208 RR3GB84JQ
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RD RR3GB84JQ 433 0 0
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AAAAGTCACCGCT

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR3F374JQ 723 0 0
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TTT

QA 1 723 1 723
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RD RR3G048JQ 726 0 0
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ACAAAGAAACTCACTGAAGATCAGGGAAACGTGCACATGTACGAAGGGTTCTTTCCTT*C
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GATTCCAACGCCAATAACACCATCTTTCACAATACGGTCCTCTATAGCCGTTCTTAGCGT
CTGAGCCTGTCTCCACTCCGGTTCAACCTCCAAACACCGTTCTATATAATCCCGACTTCT
TGAAAAGTCACCGCTTCGATAGTATCCAATAGCAAGGAGATATAGCTTCTCCCTTAGCGT
CATTGGACTTGTATCACTAACCACCGAACCTTCAAGCATTGCTATCCCACGCTGAATATC
CGCAGGCACCTTGGAGTGAACAAGGGCCCATGATAGACGCATGATGGATTCCTTCTTAAA
CCCTTCGTCTTGGCCTTTCTGAGCCTCTGCAAGCTCTTTCTCAAATCCCGAGATGATGTC
GGTGTCGCACAAGGGGAATTCATCGGAGGAGCCGGTGGTTACGCCGGAGAAGAAGGTAGA
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TTTTTT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3GB84TF 323 0 0
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ACCCTTCGTCTTGGCCTTTATGAGCCTTTGCAAGCTCTTTCTCACATCCCGAGATGATGT
CGGTGTCGCACAAGGGGAATTCATCGGAGGAGCCGGTGGTTACGCCGGAGAAGAAGGTAG
AGACGGAATTGAAAACCTTTCCTATCGTCGCGTCCATTTAGTGTAGAGTTTTTTGAGTTT
TTTTTTTTTTTTT
TTTTTGATCC

QA 1 313 1 313
DS 

RD RR3F374TF 714 0 0
ACATTCTTCCAAGC*TTTTCTTTAGTAAATACATTCTTCCAAGCTCACAAAGAAACTCAC
TGAAGATCAGGGAAACGTGCACATGTACGAAGGGTTCTTTCCTT*CTCAGCCTCTGCGTA
ACAAGGCTGCAGCAACACCAGCAACAACCCCAACAGCAGTAACAGCGATTCCAACGCCAA
TAACACCATCTTTCACAATACGGTCCTCTATAGCCGTTCTTAGCGTCTGAGCCTGTCTCC
ACTCCGGTTCAACCTCCAAACACCGTTCTATATAATCCCGACTTCTTGAAAAGTCACCGC
TTCGATAGTATCCAATAGCAAGGAGATATAGCTTCTCCCTTAGCGTCATTGGACTTGTAT
CACTAACCACCGAACCTTCAAGCATTGCTATCCCACGCTGAATATCCGCAGGCACCTTGG
AGTGAACAAGGGCCCATGATAGACGCATGATGGATTCCTTCTTAAACCCTTCGTCTTGGC
CTTTCTGAGCCTCTGCAAGCTCTTTCTCAAATCCCGAGATGATGTCGGTGTCGCACAAGG
GGAATTCATCGGAGGAGCCGGTGGTTACGCCGGAGAAGAAGGTAGAGACGGAATCGAAAA
CCTTTCCTATCGTCGCGTCCATTTCGTGTAGAGTTTTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTT*G
ATCAAAGAGTTTTGGAGTTTCTCTTTTTCTTTTTGTTTCTCTCCCTTGTGACCC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3G048TF 653 0 0
GAAGATCAGGGAAACGTGCACATGTACGAAGGGTTCTTTCCTTTCTCAGCCTCTGCGTAA
CAAGGCTGCAGCAACACCAGCAACAACCCCAACAGCAGTAACAGCGATTCCAACGCCAAT
AACACCATCTTTCACAATACGGTCCTCTATAGCCGTTCTTAGCGTCTGAGCCTGTCTCCA
CTCCGGTTCAACCTCCAAACACCGTTCTATATAATCCCGACTTCTTGAAAAGTCACCGCT
TCGATAGTATCCAATAGCAAGGAGATATAGCTTCTCCCTTAGCGTCATTGGACTTGTATC
ACTAACCACCGAACCTTCAAGCATTGCTATCCCACGCTGAATATCCGCAGGCACCTTGGA
GTGAACAAGGGCCCATGATAGACGCATGATGGATTCCTTCTTAAACCCTTCGTCTTGGCC
TTTCTGAGCCTCTGCAAGCTCTTTCTCAAATCCCGAGATGATGTCGGTGTCGCACAAGGG
GAATTCATCGGAGGAGCCGGTGGTTACGCCGGAGAAGAAGGTAGAGACGGAATCGAAAAC
CTTTCCTATCGTCGCGTCCATTTCGTGTAGAGTTTTTTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTGA
TCAAAGAGTTTTGGAGTTTCTCTTTTTCTTTTTGTTTCTCTCCCTTGTGACCC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 2 6

CO CL1307Contig1 888 2 8 U
AGGAGAAAGCAAATATTTATATTTATATTTACTTTACAAATGGACCAACAAAGGCCATGC
GTGAGAAGATACCAGCACAAGAGACTGTTGTATTATAGTCGAAAGATTAGATTTTTTTCT
TTTTTTTTACATATTCAAGATTCATGGAAAGTTTTTTTCAGAATCTCCGGGGGATTTTAT
TAAGCTCAGAACTCACGGTCAGGGAAGAGAATCGGAGCAACGAGTGACCAGATGAAGAGA
GCAGCAGTGGCCCAGCTGGTGACAACACGGACCCACACAGACGGCCACCCTACATCCACC
AGCTTCCCACTTTCACCAACCGAAGTTGACCAACCAGTTAAGAGCATCGCAGAGTACATG
CTCGCGAGAGAGAATATGATGTGGAAGAATGCGTACGAGTATGTCACTGGCTTCTTCTCC
TCTCTCTCTTCTTTCTCTTCTGCTTTCCCGTCTAGTGGAAGCAGAGGCTTCCCTGCGCGG
GGAGAATCAGGAGGGGAGAGAAGGGTAGTGGAAGAACCAGCACGAACCGCGGAGTACACA
ACAGAGAGTACAGTAGTGAGTAACCCAATGGTCATAGTGCCTGTTGAGACAGCTTTGGAG
TGTTTGTGGAGACCGTTGCATTCGTAATCTCTTGGTTCACTTGCAAGAACACTGTAACAG
AGGTACATGCAGTAGAAAGATATAACCGATGCTGGTAAAATGCTTCCACCGACGGCGGGA
TGCAAGACTACAACGGCGAAGACGAACACAAGTATCAAAGTCATGACGATGAAGAAAGTG
TTGAGACCACAATCATGTCCAGATGGAGTAAACCAATGGAAGAGAAGTCCAGAGAAGACG
AATGTTGCCAGGTAACATACAAGAGAAACAACTAGCAACGCAGCATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A823JQ U 1
AF RR3FT36JQ U 143
BS 1 170 RR3A823JQ
BS 171 171 RR3FT36JQ
BS 172 330 RR3A823JQ
BS 331 331 RR3FT36JQ
BS 332 648 RR3A823JQ
BS 649 649 RR3FT36JQ
BS 650 710 RR3A823JQ
BS 711 888 RR3FT36JQ

RD RR3A823JQ 710 0 0
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GTGAGAAGATACCAGCACAAGAGACTGTTGTATTATAGTCGAAAGATTAGATTTTTTTCT
TTTTTTTTACATATTCAAGATTCATGGAAAGTTTTTTTCAGAATCTCCGGTGGATTTTAT
TAAGCTCAGAACTCACGGTCAGGGAAGAGAATCGGAGCAACGAGTGACCAGATGAAGAGA
GCAGCAGTGGCCCAGCTGGTGACAACACGGACCCACACAGACGGCCACCCTACATCCACC
AGCTTCCCACTTTCACCAACCGAAGTTGAC*AACCAGTTAAGAGCATCGCAGAGTACATG
CTCGCGAGAGAGAATATGATGTGGAAGAATGCGTACGAGTATGTCACTGGCTTCTTCTCC
TCTCTCTCTTCTTTCTCTTCTGCTTTCCCGTCTAGTGGAAGCAGAGGCTTCCCTGCGCGG
GGAGAATCAGGAGGGGAGAGAAGGGTAGTGGAAGAACCAGCACGAACCGCGGAGTACACA
ACAGAGAGTACAGTAGTGAGTAACCCAATGGTCATAGTGCCTGTTGAGACAGCTTTGGAG
TGTTTGTGGAGACCGTTGCATTCGTAATCTCTTGGTTCACTTGCAAGACCACTGTAACAG
AGGTACATGCAGTAGAAAGATATAACCGATGCTGGTAAAATGCTTCCACC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3FT36JQ 746 0 0
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GGAAGAGAATCGGAGCAACGAGTGACCAGATGAAGAGAGCAGCAGTGGCCCAGCTGGTGA
CAACACGGACCCACACAGACGGCCACCCTACATCCACCAGCTTCCCGCTTTCACCAACCG
AAGTTGACCAACCGGTTAAGAGCATCGCAGAGTACATGCTCGCGAGAGAGAATATGATGT
GGAAGAATGCGTACGAGTATGTCACTGGCTTCTTCTCCTCTCTCTCTT***TCTCTTCTG
CTTTCCCGTCTAGTGGAAGCAGAGGCTTCCCTGCGCGGGGAGAATCAGGAGGGGAGAGAA
GGGTAGTGGAAGAACCAGCACGAACCGCGGAGTACACAACAGAGAGTACAGTAGTGAGTA
ACCCAATGGTCATAGTGCCTGTTGA*ACAGCTTTGGAGTGTTTGTGGAGACCGTTGCATT
CGTAATCTCTTGGTTCACTTGCAAGAACACTGTAACAGAGGTACATGCAGTAGAAAGATA
TAACCGATGCTGGTAAAATGCTTCCACCGACGGCGGGATGCAAGACTACAACGGCGAAGA
CGAACACAAGTATCAAAGTCATGACGATGAAGAAAGTGTTGAGACCACAATCATGTCCAG
ATGGAGTAAACCAATGGAAGAGAAGTCCAGAGAAGACGAATGTTGCCAGGTAACATACAA
GAGAAACAACTAGCAACGCAGCATAC

QA 1 746 1 746
DS 



CO CL1307Contig2 1390 4 16 U
GTAAGGAAACATCGAGGTCTTATATTTTGAAAGAGAGAAAGGAAAGCTCAAGACTTTATC
GATAGCGAAAAGCTGAATATTGGATCCAAACCTTTGATCCTCGAAGGATGTGGGCAGCTT
CGTGTCTCGCATCGTGCTGTGCTGCTTGCGCATGCGATGCTTGCCGTACGGTGGTTTCAA
GCATCAGCAGACGTTCTGCTAGAATTGCTTACTGTGGTCTCTTTGCACTTTCCTTAATCG
TTTCGTGGATTCTCCGTGAGGTTGCTGCTCCTCTCATGGAGAAGCTCCCTTGGATTAACC
ATTTTCACAAGACACCAGATCGTGAATGGTTTGAGACTGATGCGGTGTTGCGTGTCAGCT
TAGGGAATTTCGTGTTTTTCTCGATTCTGTCGGTTATGATGATTGGTGTCAAGACTCAGA
AAGACCCTCGTGATGGCATTCACCACGGTGGCTGGATGATGAAAGTAATATGTTGGTTCA
TACTGGTCATCTTGATGTTCTTCGTTCCTAATGAAATCATCAGCTTTTATGAGTCGATGT
CGAAGTTTGGTGCTGGTTTTTTTCTTCTCGTACAAGTTGTGCTTCTTTTGGATTTCGTTC
ATGGGTGGAATGACACATGGGTTGGCTACGACGAGCAGTTCTGGTATGCTGCGTTGCTCG
TTGTTTCTCTTGTATGTTACTTGGCAACATTCGTCTTCTCTGGACTTCTCTTCCACTGGT
TTACTCCATCTGGACATGATTGTGGTCTCAACACTTTCTTCATCGTCATGACTTTGATAC
TTGTGTTCGTCTTCGCCGTTGTAGTCTTGCATCCCGCCGTCGGTGGAAGCATTCTACCAG
CATCAGTTATATCTTTTTACTGCATGTACCTCTGTTACAGTGGACTTGCAAGTGAACCCA
GAGATTACGAATGCAACGGTCTCCACAAACACTCCAAAGCTGTCTCAACAGGCACTATGA
CCATTGGGTTACTCACAACTGTTCTCTCTGTCGTTTATTCCGCTGTTCGTGCTGGTTTTT
CCACTACCCTTCTCTCCCCTCCTGATTCTCCACGCGCAGGGAAGCCTTTGCTTCCACTAG
ACGGAAAAGCAGAAGAGAAAGAAGAGAAAGAGGAGAAGAAGCCAGTGACATACTCGTACG
CATTTTTCCACATCATCTTCTCCCTCGCGAGCATGTACTTTGCGATGCTCTTAACCGGTT
GGTCAACTTCGGTTGGTGAAAGTGGGAAGCTGGTGGATGTAGGGTGGCCGTCTGTGTGGG
TCCGTGTTGTCACCAGCTGGGCCACTGCTGGTCTCTTCATCTGGTCACTCGTTGCTCCCA
TTCTCTTCCCTGACCGTGAGTTTTGAGCTTAATAAAATCCCCCGGAGATTTTGAAAAAAA
ACTTTCCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT36TF U 1
AF RR3A823TF U 29
AF RR3A143TF U 48
AF RR3A143JQ C 567
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BS 194 456 RR3FT36TF
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CGTGTCTCGCATCGTGCTGTGCTGCTTGCGCATGCGATGCTTGCCGTACGGTGGTTTCAA
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TTTCGTGGATTCTCCGTGAGGTTGCTGCTCCTCTCATGGAGAAGCTCCCTTGGATTAACC
ATTTTCACAAGACACCAGATCGTGAATGGTTTGAGACTGATGCGGTGTTGCGTGTCAGCT
TAGGGAATTTCGTGTTTTTCTCGATTCTGTCGGTTATGATGATTGGTGTCAAGACTCAGA
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CGAAGTTTGGTGCTGGTTTTTTTCTTCTCGTACAAGTTGTGCTTCTTTTGGATTTCGTTC
ATGGGTGGAATGACACATGGGTTGGCTACGACGAGCAGTTCTGGTATGCTGCGTTGCTAG
TTGTTTCTCTTGTATGTTACCTGGCAACA

QA 1 689 1 689
DS 

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AACCTTTGATCCTCGAAGGATGTGGGCAGCTTCGTGTCTCGCATCGTGCTGTGCTGCTTG
CGCATGCGATGCTTGCCGTACGGTGGTTTCAAGCATCAGCAGACGTTCTGCTAGAATTGC
TTACTGTGGTCTCTTTGCACTTTCCTTAATCGCTTCGTGGATTCTCCGTGAGGTTGCTGC
TCCTCTCATGGAGAAGCTCCCTTGGATTAACCATTTTCACAAGACACCAGATCGTGAATG
GTTTGAGACTGATGCGGTGTTGCGTGTCAGCTTAGGGAATTTCGTGTTTTTCTCGATTCT
GTCGGTTATGATGATTGGTGTCAAGACTCAGAAAGACCCTCGTGATGGCATTCACCACGG
TGGCTGGATGATGAAAGTAATATGTTGGTTCATACTGGTCATCTTGATGTTCTTCGTTCC
TAATGAAATCATCAGCTTTTATGAGTCGATGTCGAAGTTTGGTGCTGGTTTTTTTCTTCT
CGTACAAGTTGTGCTTCTTTTGGATTTCGTTCATGGGTGGAATGACACATGGGTTGGCTA
CGACGAGCAGTTCTGGTATGCTGCGTTGCTAGTTGTTTCTCTTGTATGTTACCTGGCAAC
ATTCGTCTTCTCTGGACTTCTCTTCCATTGGTTTACTCCATCTGGACATGATCGTGGTCT
CAACACTTTCTTCATCGTCATGACTTTGATACTTGTGTTCGTCTTCGCCGTTG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3A143TF 771 0 0
GG
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GTGGGCAGCTTCTTGTCTCGCATCGTGCTGTGCTGCTTGTGCATGCGATGCTTGCCGTAC
GGTGGTTTCAAGCATCAGCAGACGTTCCGCAAGGATTGCTTACTGTGGTCTCTTTGCACT
TTCCTTAATCGTTTCGTGGATTCTCCGTGAGGTTGCTGCTCCTCTCATGGAGAAGCTCCC
TTGGATTAACCATTTTCACAAGACACCTGATCGGGAATGGTTTGAGACTGATGCGGTCTT
GCGTGTCAGCTTAGGAAATTTCGTGTTTTTCTCGATTTTATCGGTTATGATGATTGGTGT
GAAGACTCAGAAAGACCCTCGTGATGGTATTCACCACGGTGGCTGGATGATGAAAGTAAT
CTGCTGGTTCATACTGGTCATCTCGATGTTCTTTGTTCCTAATGAAGTCATCAGCTTTTA
TGAGTCAATGTCGAAGTTTGGTGCTGGATTTTTTCTTCTCGTACAAGTTGTGCTTCTTTT
GGATTTCGTTCATGGGTGGAATGACACATGGGTTGGCTACGACGAGCAGTTCTGGTATGC
TGCGTTGCTCGTTGTTTCTCTTGTATGTTACTTGGCAACATTCGTCTTCTCTGGACTTCT
CTTCCACTGGTTTACTCCATCTGGACATGATTGTGGTCTCAACACTTTCTTCATCGTCAT
GACTTTGATACTTGTGTTCGTCTTCGCCGTTGTAGTCTTGCATCCCGCC

QA 3 771 3 771
DS 

RD RR3A143JQ 824 0 0
CTCGTACAAGTTGTGCTTCTTTTGGATTTCGTTCATGGGTGGAATGACACATGGGTTGGC
TACGACGAGCAGTTCTGGTATGCTGCGTTGCTCGTTGTTTCTCTTGTATGTTACTTGGCA
ACATTCGTCTTCTCTGGACTTCTCTTCCACTGGTTTACTCCATCTGGACATGATTGTGGT
CTCAACACTTTCTTCATCGTCATGACTTTGATACTTGTGTTCGTCTTCGCCGTTGTAGTC
TTGCATCCCGCCGTCGGTGGAAGCATTCTACCAGCATCAGTTATATCTTTTTACTGCATG
TACCTCTGTTACAGTGGACTTGCAAGTGAACCCAGAGATTACGAATGCAACGGTCTCCAC
AAACACTCCAAAGCTGTCTCAACAGGCACTATGACCATTGGGTTACTCACAACTGTTCTC
TCTGTCGTTTATTCCGCTGTTCGTGCTGGTTTTTCCACTACCCTTCTCTCCCCTCCTGAT
TCTCCACGCGCAGGGAAGCCTTTGCTTCCACTAGACGGAAAAGCAGAAGAGAAAGAAGAG
AAAGAGGAGAAGAAGCCAGTGACATACTCGTACGCATTTTTCCACATCATCTTCTCCCTC
GCGAGCATGTACTTTGCGATGCTCTTAACCGGTTGGTCAACTTCGGTTGGTGAAAGTGGG
AAGCTGGTGGATGTAGGGTGGCCGTCTGTGTGGGTCCGTGTTGTCACCAGCTGGGCCACT
GCTGGTCTCTTCATCTGGTCACTCGTTGCTCCCATTCTCTTCCCTGACCGTGAGTTTTGA
GCTTAATAAAATCCCCCGGAGATTTTGAAAAAAAACTTTCCATG

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 5

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AAACGGTAAGAAAAATAAAATTTCCACAAACTAACTTGTGAGGAAAGAGTGCTCTTTGAT
ATGGTTCAAGGCTCTTTCACATTAAAAGAGTGACATCGAAAACTCTCAAAGGCAAGACAA
AAGGTAAAGGTAAGAAGCATCATCAGATCCCAGAGTTACACTCTCAAAACAAGAGATGCA
AACAAACATCTTTACATGTCTGTGTATGCTGTTTCGCAGGAGAGAGCGAGACACACGCAC
ACATATATATATATAGAGAGAGACATATGTGGAAACGTGTAAAGCTAAGATCAATGCATT
GGATGCCTCGGTGATCTGGGACGAACAGGTGTCTTCGAAGGACTGACCCTTATCGGTAAA
GAACCTAGAACAACTCCACTGCAGTTGAGAGCTGCTATCGCGCTTTCTGCCATCACGAAC
TCTACAAAAGCAATACGAGTTGAGTGTTGATAATCTCCAAGTAGCCTCAGACGGAAAACC
TCTCCACAGAATGATTCAAAAAAGATCTTCACGTCTGATTGAGTCACCTTCTTGTCAATG
TTAGTGCAATAGATAGTTCTTGCACACATCTCTCGTTCATCTTCAGTCCTGGGCAAGAAA
GTAGGGTTAACAGGTGCAATAGCTGTTTTAGATGGCAGGACTTTCACAGGATAGAATCCC
AACATAGTCCCCGATAGATTCAGAGCAGCCATCGCACCCTCTTCATCAGTGAATTCAATG
AAAGCAAAGCGAAGTACAGAGTTTGGGTCACCACATATGCGGCAATCAACAACCTGTCCA
CAGCTAACAAACAAACCAGCAAGCTGCTCTTCAGTGACCTGTTGATCGAGATCAGAGACA
TAGACGGTTCTTCGGATGACATCATCTCGCTGAGCCATGCTTGTTCGAGCATTCATCCTC
CGTTTCCCTTGACCAAAGCTCTTCTTCCGTCGGAACCCGCCGTTGACTTCGAGGGGGACA
TTTCCGACAGGAGGAAAGCCATTGTTAGGGAAAAGGGAGGCAGGAGAGGAGGGGAAGAAA
CCACCAGCGGCTTGTTGTTTAGTGAGGGAGGGAGGGACGAACTCAGCAGCCATGGGATTG
AGCTTAGAGAAAAGCTCCTGGAGCTCCCTCATCTCACGTTTGTAGCTCTCCCCACCGTCT
GATCACTCCGATCTCGCCTCGTGGGATCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DA35JQ U 1
AF RR3DD29JQ U 77
AF RR3FI07JQ U 37
AF RR3FI07TF C 49
AF RR3DA35TF C 425
BS 1 109 RR3DA35JQ
BS 110 110 RR3FI07JQ
BS 111 118 RR3DA35JQ
BS 119 119 RR3FI07JQ
BS 120 129 RR3DA35JQ
BS 130 130 RR3FI07JQ
BS 131 218 RR3DA35JQ
BS 219 219 RR3FI07JQ
BS 220 255 RR3DA35JQ
BS 256 256 RR3FI07JQ
BS 257 398 RR3DA35JQ
BS 399 399 RR3FI07JQ
BS 400 575 RR3DA35JQ
BS 576 576 RR3FI07JQ
BS 577 688 RR3DA35JQ
BS 689 689 RR3FI07JQ
BS 690 694 RR3DA35JQ
BS 695 845 RR3FI07JQ
BS 846 853 RR3FI07TF
BS 854 1170 RR3DA35TF

RD RR3DA35JQ 694 0 0
AAACGGTAAGAAAAATAAAATTTCCACAAACTAACTTGTGAGGAAAGAGTGCTCTTTGAT
ATGGTTCAAGGCTCTTTCACATTAAAAGAGTGACATCGAAAACTCTCAA*GGCAAGACGA
AAGGTAAAGATAAGAAGCATCATCAGATCCCAGAGTTACACTCTCAAAACAAGAGATGCA
AACAAACATCTTTACATGTCTGTGTATGCTGTTTCGCAAGAGAGAGCGAGACACACGCAC
ACATATATATATATATAGAGAGACATATGTGGAAACGTGTAAAGCTAAGATCAATGCATT
GGATGCCTCGGTGATCTGGGACGAACAGGTGTCTTCGAAGGACTGACCCTTATCGGTAAA
GAACCTAGAACAACTCCACTGCAGTTGAGAGCTGCTATAGCGCTTTCTGCCATCACGAAC
TCTACAAAAGCAATACGAGTTGAGTGTTGATAATCTCCAAGTAGCCTCAGACGGAAAACC
TCTCCACAGAATGATTCAAAAAAGATCTTCACGTCTGATTGAGTCACCTTCTTGTCAATG
TTAGTGCAATAGATAGTTCTTGCACACATCTCTCGCTCATCTTCAGTCCTGGGCAAGAAA
GTAGGGTTAACAGGTGCAATAGCTGTTTTAGATGGCAGGACTTTCACAGGATAGAATCCC
AACATAGTCCCCGATAGATTCAGAGCAGTCATCG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3DD29JQ 608 0 0
TCACATTA
AAAGAGTGACATCGAAAACTCTCAAAGGCAAGACAAAAGGTAAAGGTAAGAAGCATCATC
AGATCCCAGAGTTACACTCTCAAAACAAGAGATGCAAACAAACATCTTTACATGTCTGTG
TATGCTGTTTCGCAGGAGAGAGCGAGACACACGCACACATATATATATATAGGGAGAGAC
ATATGTGGAAACGTGTAAAGCTAAGATCAATGCATTGGATGCCTCGGTGATCTGGGACGA
ACAGGTGTCTTCGAAGGACTGACCCTTATCGGTAAAGAACCTAGAAAAACTCCACTGCAG
TTGAGAGCTGCTATCGCGCTTTCTGCCATCACGAACTCTACAAAAGCAATACGAGTTGAG
TGTTGATAATCTCCAAGTAGCCTCAGACGGAAAACCTCTCCACAGAATGATTCAAAAAAG
ATCTTCACGTCTGATTGAGTCACCTTCTTGTCAATGTTAGTGCAATAGATAGTTCTTGCA
CACATCTCTCGTTCATCTTCAGTCCTGGGCAAGAAAGTAGGGTTAACAGGTGCAATAGCT
GTTTTAGATGGCAGGACTTTCACAGGATAGAATCCCAACATAGTCCCCGATAGATTCAGA

QA 9 608 9 608
DS 

RD RR3FI07JQ 810 0 0
G
GTGAGGAAAGAGTGCTCTTTGATATGGTTCAAGGCTCTTTCACATTAAAAGAGTGACATC
GAAAACTCTCAAAGGCAAGACAAAAGGTAAAGGTAAGAAGCATCATCAGATCCCAGAGTT
ACACTCTCAAAACAAGAGATGCAAACAAACATCTTTACATGTCTGTGTATGCTGTTTCGC
AGGAGAGAGCGAGACACACGCACACATATATATATATAGAGAGAGACATATGTGGAAACG
TGTAAAGCTAAGATCAATGCATTGGATGCCTCGGTGATCTGGGACGAACAGGTGTCTTCG
AAGGACTGACCCTTATCGGTAAAGAACCTAGAACAACTCCACTGCAGTTGAGAGCTGCTA
TCGCGCTTTCTGCCATCACGAACTCTACAAAAGCAATACGAGTTGAGTGTTGATAATCTC
CAAGTAGCCTCAGACGGCAAACCTCTCCACAGAATGATTCAAAAAAGATCTTCACGTCTG
ATTGAGTCACCTTCTTGTCAATGTTAGTGCAATAGATAGTTCTTGCACACATCTCTCGTT
CATCTTCAGTCCTGGGCAAGAAAGTAGGGTTAACAGGTGCAATAGCTGTTTTAGATGGCA
GGACTTCCACAGGATAGAATCCCAACATAGTCCCCGATAGATTCAGAGCAGCCATCGCAC
CCTCTTCATCAGTGAATTCAATGAAAGCAAAGCGAAGTACAGAGTTTGGGTCACCACATA
TGCGGCAATCAACAACCTGTCCACAGCTAACAAACAAACCAGCAAGCTGCTCTTCAGTGA
CCTGTTGATCGAGATCAGAGACATAGAC
A

QA 2 809 2 809
DS 

RD RR3FI07TF 806 0 0
GTGCTCTTTGATATG*TTCAAGGCTCTTTCACATTAAA*GAGTGACATCGAAAACTCTCA
AAGGCAAGACAAAAGGTAAAGGTAAGAAGCATCATCAGATCCCAGAGTTACACTCTCAAA
ACAAGAGATGCAAACAAACATCTTTACATGTCTGTGTATGCTGTTTCGCAGGAGAGAGCG
AGACACACGCACACATATATATATATAGAGAGAGACATATGTGGAAACGTGTAAAGCTAA
GATCAATGCATTGGATGCCTCGGTGATCTGGGACGAACAGGTGTCTTCGAAGGACTGACC
CTTATCGGTAAAGAACCTAGAACAACTCCACTGCAGTTGAGAGCTGCTATCGCGCTTTCT
GCCATCACGAACTCTACAAAAGCAATACGAGTTGAGTGTTGATAATCTCCAAGTAGCCTC
AGACGGCAAACCTCTCCACAGAATGATTCAAAAAAGATCTTCACGTCTGATTGAGTCACC
TTCTTGTCAATGTTAGTGCAATAGATAGTTCTTGCACACATCTCTCGTTCATCTTCAGTC
CTGGGCAAGAAAGTAGGGTTAACAGGTGCAATAGCTGTTTTAGATGGCAGGACTTCCACA
GGATAGAATCCCAACATAGTCCCCGATAGATTCAGAGCAGCCATCGCACCCTCTTCATCA
GTGAATTCAATGAAAGCAAAGCGAAGTACAGAGTTTGGGTCACCACATATGCGGCAATCA
ACAACCTGTCCACAGCTAACAAACAAACCAGCAAGCTGCTCTTCAGTGACCTGTTGATCG
AGATCAGAGACATAGACGGTTCTTC
C

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR3DA35TF 746 0 0
CAAAAGCAATACGAGTTGAGTGTTGATA*TCTCCAAGTAGC*TCAGACGGAAAACCTCTC
CACAGAATGATTCAAAAAAGATCTTCACGTCTGATTGAGTCACATTCTTGTCAATGTTAG
TGCAATAGATAGTTCTTGCACACATCTCTCGCTCATCTTCAGTCCTGGGCAAGAAAGTAG
GGTTAACAGGTGCAATAGCTGTTTTAGATGGCAGGACTTTCACAGGATAGAATCCCAACA
TAGTCCCCGATAGATTCAGAGCAGTCATCGCACCCTCTTCATCAGTGAATTCAATGAAAG
CAAACCGAAGTACAGAGTTTGGGTCAC*ACATATGCGGCAATCAACAACCTGTCCACAGC
TAACAAACAAACCAGCAAGCTGCTCTTCAGTGACCTGTTGATCGAGATCAGAGACATAGA
CGGTTCTTCGGATGACATCATCTCGCTGAGCCATGCTTGTTCGAGCATTCATCCTCCGTT
TCCCTTGACCAAAGCTCTTCTTCCGTCGGAACCCGCCGTTGACTTCGAGGGGGACATTTC
CGACAGGAGGAAAGCCATTGTTAGGGAAAAGGGAGGCAGGAGAGGAGGGGAAGAAACCAC
CAGCGGCTTGTTGTTTAGTGAGGGAGGGAGGGACGAACTCAGCAGCCATGGGATTGAGCT
TAGAGAAAAGCTCCTGGAGCTCCCTCATCTCACGTTTGTAGCTCTCCCCACCGTCTGATC
ACTCCGATCTCGCCTCGTGGGATCCC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL1309Contig1 696 2 17 U
GGACCACAAACAGAGAAGAAAACCAAAATCAAAACTACTGGTTTCTGTCTGAGAGAGATC
GAACAAAAGATGGAAGGCAAGGAAGAAGATGTTAGAGTTGGAGCTAACAAGTTCCCAGAG
AGACAACCAATCGGGACTTCAGCTCAGAGCGACAAGGACTACAACGAGCCACCACCGGCT
CCTCTGTTCGAGCCTGGTGAGCTTTCTTCATGGTCCTTCTGGCGAGCTGGTATCGCTGAG
TTTATAGCTACTTTCCTCTTCCTCTACATCACTGTTTTGACCGTCATGGGAGTTAAAAGA
TCACCAAACATGTGTGCTTCCGTCGGAATCCAAGGTATCGCTTGGGCCTTCGGTGGTATG
ATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCCGGTGGACACATCAACCCAGCGGTC
ACTTTTGGTCTGTTCTTAGCCAGGAAGCTGTCACTCACCAGAGCTTTGTACTACATAGTG
ATGCAGTGCTTGGGAGCCATATGCGGAGCTGGTGTGGTTAAAGGTTTCCAGCCTAATCAA
TACCAGGCTCTAGGAGGAGGAGCCAACACTGTGGCTCATGGATACACCAAAGGTAGTGGT
CTTGGTGCTGAAATCATCGTTACATTCGTCCTCGTTTACACAGTTTTCTCAGCCACTGAC
GCCAAGAGAAACGCCCGTGACTCTCATGTCCCCATT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB83TF U 2
AF RR3DV24TF U 1
BS 1 33 RR3DV24TF
BS 34 34 RR3EB83TF
BS 35 40 RR3DV24TF
BS 41 41 RR3EB83TF
BS 42 95 RR3DV24TF
BS 96 96 RR3EB83TF
BS 97 125 RR3DV24TF
BS 126 126 RR3EB83TF
BS 127 178 RR3DV24TF
BS 179 179 RR3EB83TF
BS 180 296 RR3DV24TF
BS 297 297 RR3EB83TF
BS 298 305 RR3DV24TF
BS 306 306 RR3EB83TF
BS 307 347 RR3DV24TF
BS 348 348 RR3EB83TF
BS 349 696 RR3DV24TF

RD RR3EB83TF 462 0 0
GACCACAAACAGAGAAGAAAACCAAAATCAAAACTACTGGTTTTTGTCTGAGAGAGATCG
AACAAAAGATGGAAGGCAAGGAAGAAGATGTTAGAGTTGGAGCTAACAAGTTTCCAGAGA
GACAACCAATCGGGACTTCAGCTCAGAGCGACAAGGACTACAACGAGCCACCACCGGCTC
CTCTGTTCGAGCCTGGTGAGCTTTCTTCATGGTCCTTCTGGCGAGCTGGTATTGCTGAGT
TTATAGCTACTTTCCTCTTCCTCTACATCACTGTTTTGACCGTCATGGGAGTTAAAAGAT
CACCAAACATGTGTGCTTCCGTCGGAATCCAAGGTATCGCTTGGGCCTTCGGTGGTATGA
TCTTTGCCCTTGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCCGGTGGACACATCAACCCAGCGGTCA
CTTTTGGTCTGTTCTTAGCTAGGAAGCTGTCACTCACCA
CAG

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR3DV24TF 696 0 0
GGACCACAAACAGAGAAGAAAACCAAAATCAAAGCTACTGTTTTCTGTCTGAGAGAGATC
GAACAAAAGATGGAAGGCAAGGAAGAAGATGTTAGGGTTGGAGCTAACAAGTTCCCAGAG
AGACAGCCAATCGGGACTTCAGCTCAGAGCGACAAGGACTACAACGAGCCACCACCGGTT
CCTCTGTTCGAGCCTGGTGAGCTTTCTTCATGGTCCTTCTGGCGAGCTGGTATCGCTGAG
TTTATAGCTACTTTCCTCTTCCTCTACATCACTGTTTTGACCGTCATGGGAGTTAAGAGA
TCACCGAACATGTGTGCTTCCGTCGGAATCCAAGGTATCGCTTGGGCTTTCGGTGGTATG
ATCTTTGCCCTTGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCCGGTGGACACATCAACCCAGCGGTC
ACTTTTGGTCTGTTCTTAGCCAGGAAGCTGTCACTCACCAGAGCTTTGTACTACATAGTG
ATGCAGTGCTTGGGAGCCATATGCGGAGCTGGTGTGGTTAAAGGTTTCCAGCCTAATCAA
TACCAGGCTCTAGGAGGAGGAGCCAACACTGTGGCTCATGGATACACCAAAGGTAGTGGT
CTTGGTGCTGAAATCATCGTTACATTCGTCCTCGTTTACACAGTTTTCTCAGCCACTGAC
GCCAAGAGAAACGCCCGTGACTCTCATGTCCCCATT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 3

CO CL1310Contig1 893 3 8 U
AATAACATTAAATTCAAACGCATAAGCTTTTTATTTTATACCATAAGACAACTGTTGGTT
GGGTTCAGTATTAGTACAAGAGACAACATAAACCCCAGACAGAATAAAAAGGCTTAGCAA
CAAATAACACTCTTGTTCAAAATCACTTCATGTATCTGTGTAGGAACTTTCTGTGGAAGT
CATTACTGATTGTATCATTGATGAAGCGCTTAGGTGCTTTCATTTCACCACGTGCCTGAT
TCTTGAATACCACATCATCATCCCACCTTCTTTTGACACTAAACAAAGTGGGAGCGGTGT
TAAGCAGTGGGTTTCCTTTGAAAAGCTCCTCTTCTTTGGCGTTTAGCTCTTCCATCTGCT
GCTGCTTTTCCTTCCTGAGCCTCTCCTCCACTCTTTCTTTCTTTATCTGGTCGAGTTCAG
CCATAAGCGCTTCAGTGTCATCCTCATCATCATCACTTTCGTCATCACTATCATCATCAT
CATCATCACTTTTGACATCAACATCAGAATCATCAGCATCTACACTGCGAGGAACAATCC
GATCTTCAGGGTCCCTTTTAGAGCCTTCCAGTAATAGCTGATTCCCTCTCCTGCGGTCTC
TATCATCACTATAGGATTTGTCTTTGGAAGCTAAGTGTCTCCTCTCACGCTCTTCAAGCT
CGTCACGAAGATTCTTCTTCTGCACTTCCTCTTGAGTGTGTTGCCCTTCCCTCCTTGGCT
TTAGAGTTGTATGAGCTGCGACATCACGAGACGAATACTTCTGAGAGGCGCCGAAGATGC
GAGCACCACCCTGCTCGTTACCTCCCTTGGCCGGTGCCCACGTTGGCCTTGCTGCAGTCG
TCATCTTCGGAAAATATTCCTAATTCCCAAATCCAGGAGACGAATCAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED62JQ U 1
AF RR3DW33JQ U 104
AF RR3DW33TF C 418
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BS 186 321 RR3ED62JQ
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BS 522 566 RR3ED62JQ
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CAAATAACACTCTTGTTCAAAATCACTTCATGTATCTGTGTAGGAACTTTCTGTGGAAGT
CATTCCTGATTGTATCATTGATGAAGCGCTTAGGTGCTTTCATTTCACCACGTGCCTGAT
TCTTGAATACCACATCATCATCCCACCTTCTTTTGACACTAAACAAAGTGGGAGCGGTGT
TAAGCAGTGGGTTTCCTTTGAGAAGCTCCTCTTCTTTGGCGTTTAGCTCTTCCATCTGCT
GCTGCTTTTCCTTCCTGAGCCTCTCCTCCACTCTTTCTTTCTTTATCTGGTCGAGTTCAG
CCATAAGCGCTTCAGTGTCATCCTCATCATCATCACTTTCGTCATCACTATCATCATCAT
CATCATCACTTTTGACATCAACATCAGAATCATCAGCATCCACACTGCGAGGAACAATCC
GATCTTCAGGGTCCCTTTTAGAGCCT

QA 1 566 1 566
DS 

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GAACTTTCTGTGGAAGTCATTACTGATTGTATCATTGATGAAGCGCTTAGGTGCTTTCAT
TTCACCACGTGCCTGATTCTTGAATACCACATCATCATCCCACCTTCTTTTGACACTAAA
CGAAGTGGGAGCGGTGTTAAGCAGTGGGTTTCCTTTGAAAAGCTCCTCTTCTTTGGCGTT
TAGCTCTTCCATCTGCTGCTGCTTTTCCTTCCTGAGCCTCTCCTCCACTCTTTCTTTCTT
TATCTGGTCGAGTTCAGCCATAAGCGCTTCAGTGTCATCCTCATCATCATCACTTTCGTC
ATCACTATCATCATCATCATCATCACTTTTGACATCAACATCAAAATCATCAGCATCTAC
ACTGCGAGGAACAATCCGAT

QA 1 440 1 440
DS 

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CAG
CCATAAGCGCTTCAGTGTCATCCTCATCATCATCACTTTCGTCATCACTATCATCATCAT
CATCATCACTTTTGACATCAACATCAGAATCATCAGCATCTACACTGCGAGGAACAATCC
GATCTTCAGGGTCCCTTTTAGAGCCTTCCAGTAATAGCTGATTCCCTCTCCTGCGGTCTC
TATCATCACTATAGGATTTGTCTTTGGAAGCTAAGTGTCTCCTCTCACGCTCTTCAAGCT
CGTCACGAAGATTCTTCTTCTGCACTTCCTCTTGAGTGTGTTGCCCTTCCCTCCTTGGCT
TTAGAGTTGTATGAGCTGCGACATCACGAGACGAATACTTCTGAGAGGCGCCGAAGATGC
GAGCACCACCCTGCTCGTTACCTCCCTTGGCCGGTGCCCACGTTGGCCTTGCTGCAGTCG
TCATCTTCGGAAAATATTCCTAATTCCCAAATCCAGGAGACGAATCAAAAAAA

QA 4 476 4 476
DS 



AS 1 3

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GCAAAAGGAAGCAAAAAAAAAAAAAAGAAACAAATAACATTGATATGTTTGGTACAGCAA
AACTAATTAAGCAAAAAGTAAAGAGAACGTGAGGTGAAGGTTGGAGGAAGAAAGGCTTAA
TGATGGGAAGAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAAGAGATCTGCGGGAGACAAGTCGCTTGTGA
ATGGCTCTGATGGTGGTAGGGGTTGTGCGGCAGCAACCTCCAAGCAATGAGACTCCTGCA
TCCATCCATGTCTCTACGTACGACACAAAGTCTTCATTCCCAACTCCTGTGTTTTCCACC
CACTCCTTCCGTTCTGGATCATATCTTTCTCCGCTGTTTGGATACACTAGTATTGGCTTC
CTCGTCACCTTTGCTATCTCCTTTACAAGGCCTTCAATGAATCTTGGAGGAGTACAGTTG
ATCCCAACAGCCACCACTTTGTCACAAGCTTCAGCTATGGAGATACAGTCCTTGATGGAA
TCCCCGCTAACCACGTTCACTCCATCCTTGGAGTTGAACGAAAACCACCCTGGAATCTTC
ACCAACCCTTCATCTAACAGCTCTGCAAATGCCTGAGCCTCAAGCTTGTTTGGAATGGTC
TCAAATGCTATTATATCAGCACCAGACTCTGCCAGAACTTGAACCTCTCCGGTGGAAATC
CTTGAGTGTTTCTAGCGTGATCAAATCACCATAGATTCCACTGTATTCAGATCCATCAGC
CAAGTAAGCACCGTAGCTACCAACAGATGCTGCAACTAGTATAGGCCGCTTCTTCTTCTT
GTTATCATCAGCAATGTCGCTGGAGGCTTTGCATTTGTCACAGAAGGTGGTGCGAGCTTC
ACATGCTATTTCAACGCTCTTTCTAAGCAAAGATTCGCTTTTCTCTATTGAGAAGCCTTT
TGCTTCAAACCCCTGAATCGTGGCCTGGTAAGAAGCGCTGGAGATGATATCAGCACCAGC
TTCAAGGTAATCGAGATGCACGGTGTGAATGAGGTGAGGAGAGGTGAGTAAGCATTTGGC
GCTCCAGAGAGGATCGTTGAGATCCGCTCCATGTCTCTCCAACTCCGTTGCCAGCCCTCC
GTCTATTATCCCATACCCTCCTGTCTCCTTTAACCACTCTTTCATCGATTTAAACGCCTC
CCCCTTCGATCTTCCTCCCTCCACCATCCTCAACAAAACTCCTGTGTGACCAAACCTACT
AAACCAAAATCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CH57JQ U 3
AF RR3CG73JQ U 1
AF RR3CG73TF C 649
BS 1 182 RR3CG73JQ
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RD RR3CH57JQ 711 0 0
G
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AAAGGAAGCAAAAAAAAAAAA**GAAACAAATAACATTGATATGTTTGGTACAGCAAAAC
TAATTAAGCAAAAAGTAGAGAGAACGTGAGGTGAAGGTTGGAGGAAGAAAGGCTTAATGA
TGGGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGAAGAGAGATCTGCGGGAGACAAGTCGCTTGTGAATG
GCTCTGATGGTGGTAGGGGTTGTGCGGCAGCAACCTCCAAGCAATGAGACTCCTGCATCC
ATCCATGTCTCTACGTACGACACAAAGTCTTCATTCCCAACTCCTGTGTTTTCCACCCAC
TCCTTCCGTTCTGGATCATATCTTTCTCCGCTGTTTGGATACACTAGTATTGGCTTCCTC
GTCACCTTTGCTATCTCCTTTACAAGGCCTTCAATGAATCTTGGAGGAGTACAGTTGATC
CCAACAGCCACCACTTTGTCACAAGCTTCAGCTATGGAGATACAGTCCTTGATGGAATCC
CCGCTAACCACGTTCACTCCATCCTTGGAGTTGAACGAAAACCACCCTGGAATCTTCACC
AACCCTTCATCTAACAGCTCTGCAAATGCCTGAGCCTCAAGCTTGTTTGGAATGGTCTCA
AATGCTATTATATCAGCACCAGACTCTGCCAGAACTTGAACC
CGTCTCCG

QA 2 703 2 703
DS 

RD RR3CG73JQ 822 0 0
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GCAAAAGGAAGCAAAAAAAAAAAAAAGAAACAAATAACATTGATATGTTTGGTACAGCAA
AACTAATTAAGCAAAAAGTAAAGAGAACGTGAGGTGAAGGTTGGAGGAAGAAAGGCTTAA
TGGTGGGAAGAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAAGAGATCTGCGGGAGACAAGTCGCTTGTGA
ATGGCTCTGATGGTGGTAGGGGTTGTGCGGCAGCAACCTCCAAGCAATGAGACTCCTGCA
TCCATCCATGTCTCTACGTACGACACAAAGTCTTCATTCCCAACTCCTGTGTTTTCCACC
CACTCCTTCCGTTCTGGATCATATCTTTCTCCGCTGTTTGGATACACTAGTATTGGCTTC
CTCGTCACCTTTGCTATCTCCTTTACAAGGCCTTCAATGAATCTTGGAGGAGTACAGTTG
ATCCCAACAGCCACCACTTTGTCACAAGCTTCAGCTATGGAGATACAGTCCTTGATGGAA
TCCCCGCTAACCACGTTCACTCCATCCTTGGAGTTGAACGAAAACCACCCTGGAATCTTC
ACCAACCCTTCATCTAACAGCTCTGCAAATGCCTGAGCCTCAAGCTTGTTTGGAATGGTC
TCAAATGCTATTATATCAGCACCAGACTCTGCCAGAACTTGAACCTCTCCGGTGGAAATC
CTTGAGTGTTTCTAGCGTGATCAAATCACCATAGATTCCACTGTATTCAGATCCATCAGC
CAAGTAAGCACCGTAGCTACCAACAGATGCTGCAACTAGTAT

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR3CG73TF 624 0 0
TTTGGAATGGTCTCAAATGCTATTATATCAGCACCAGACTCTGCCAGAACTTGAACCTCT
CCGGTGGAAATCCTTGAGTGTTTCTAGCGTGATCAAATCACCATAGATTCCACTGTATTC
AGATCCATCAGCCAAGTAAGCACCGTAGCTACCAACAGATGCTGCAACTAGTATAGGCCG
CTTCTTCTTCTTGTTATCATCAGCAATGTCGCTGGAGGCTTTGCATTTGTCACAGAAGGT
GGTGCGAGCTTCACATGCTATTTCAACGCTCTTTCTAAGCAAAGATTCGCTTTTCTCTAT
TGAGAAGCCTTTTGCTTCAAACCCCTGAATCGTGGCCTGGTAAGAAGCGCTGGAGATGAT
ATCAGCACCAGCTTCAAGGTAATCGAGATGCACGGTGTGAATGAGGTGAGGAGAGGTGAG
TAAGCATTTGGCGCTCCAGAGAGGATCGTTGAGATCCGCTCCATGTCTCTCCAACTCCGT
TGCCAGCCCTCCGTCTATTATCCCATACCCTCCTGTCTCCTTTAACCACTCTTTCATCGA
TTTAAACGCCTCCCCCTTCGATCTTCCTCCCTCCACCATCCTCAACAAAACTCCTGTGTG
ACCAAACCTACTAAACCAAAATCC

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 5

CO CL1312Contig1 1452 5 15 U
GATAATTTGGAAACAGAACTAAAATCATCACCCCTAAAAAGGTCTGAGATTAAAAGGGAC
ACAAGTTTACAGAAAATAAACGAAATCTTCAAGTTTTCGTCTTTAGACTGTTCATCATAA
TAAAACTAGAAAAAAA*GGATTCAATGTGCGTTTGAAGTCTTCAAAAGATTTATTAAAGC
AGAGAAGAAGACCCATATGAACAAAATACGGCCAAATACATGCCCATATTCGTATGGTCC
ATCAAAGATCAAAATGGGTGGTCTTACCGCACAGGCTGTTGGTTATAGTGGTTCTTCTCC
TTCTTCTTTGCAGCCGCCAGCTTTGCACGTCTAGCAGCTGCCTCCTGCGCGGCTGTTTTG
GCTCCGGCATCCACCTCTTTGCTCGATTTCTTCTTCTTCATGGATGCAATCTTTTTTAGC
CTTTCTTTGACATCAATTGCAGAATCTTCCTCAGCCGGTTCAGACCCAGCAGCTTCACCT
ACAGCATCTGCGTTGGCTTGTTGTTCCTGAGATTCTTTTACCTCCTTCTGTTTATCCTTC
TTTTTTCTTCTTCTTTGATGCCTTTGACTCCCCACCTGCTGCGTTCTCTTTCTTCTCCCC
TTCTCCATTGGTCTCTTCTTTAGCCTCTTTAGAGGCATCTTGGCCATTATCCTCCTTGGG
GGCAACTCCAAAATCAGCCAACAAAGCCTCAAGCTCAGCAAGTTCCTTCTTTTTCCTCTC
TTTCTTGGACAGTTGCCTCTCTGCCTCTTTAGGAGGCGCAGGAGCTTCAGGTGCTTTCTT
CACCTCAGGCTCTGGCTCCGGATGAACTTGTACCTCTGTTTCATGCTCCTGCTCTTCATC
CACATCATCATCACCTTCTTCAAGAATATCTTCCTCACTTTCACTTTCCTCAACATGAGT
GTCTTTAGGCTCGGAAGTGGCCCAACCAGAGGAGGGAGGAGCGGCGGTAGCGTAATAGCC
ATCATCTTCATCGTCATCATCGATATCAGCCCAAGACTTAACTTTCAAAGGCGTAGGCGC
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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CC

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DS 



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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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GTAGGAGGGGTTTCGAATCCTTCTTCTCCTTGTCACTGTATGTATATGGGCGACGCGAAA
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TCCTCCTCTCATCACGCTGGTCAGGAGACGTTTTACAAGCTGATAAGAAGCTGGGCATCT
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TGGTGGTTCATTCATTTCGTTGATGGGTTCTTCTCCCCTATATATGCTCAACTCGGCATC
GACATCTTTGGACTTGGGTTTATCACGTCTATTACGTTCATCTTCTTGGTCGGAGTGTTC
ATGTCCTCGTGGTTGGGGACTTCCGTTCTCAACTTGGGAGAGTGGTTTATCAAGCGCATG
CCCTTCGTTCGCCACATCTACAATGCCTCCAAGCAAATCAGCACTGCCATTTCACCAGAT
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GCGATTGGTTTCATCACATCCACCCTTGTTCTC*AGACTTACACGGATGAAGAGGAGCTT
TGCTGTGTATATGTGCCTACAA
TCACCTTT

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DS 

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GG
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GAAGCTGGGCATCTAAAAAGTTCATGACTGGATGTGTTATCCTGCTTCCAATGGCCATCA
CTTTCTATGTGACGTGGTGGTTCATTCATTTCGTTGATGGTTTCTTCTCCCCTATCTATG
CTCAACTCGGCATCGACATCTTTGGACTTGGGTTTATCACCTCTATTACGTTCACCTTCT
TGGTCGGAGTGTTCATGTCGTCGTGGCTGGGGACTTCGGTTCTCAACTTGGGAGAGTGGT
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AG

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G
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TCTTTGGACTTGGGTTTATCACCTCTATTACGTTCATCTTCTTGGTCGGAGTGTTCATGT
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TCGTTCGCCACATCTACAATGCCTCCAAGCAAATCAGTACTGCCATTTCACCAGATCAAA
ACACTCAGGCTTTCAAAGAAGTCGCCATTATAAGGCATCCACGTATTGGTGAATACGCGA
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GTGTGTATGTGCCTACAAATCACCTTTACATCGGGGATGTGTTCCTTGTAAGTACAAAGG
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GTAGTAGAGTCGAAAGAAGCTGAAGATTAGTCCTTTGCACAAAAAGAAAAAAAAACAAAC
AGATTCTCAAATCTTTTCTCGTTCAATGTCTTTTTTCTTTTGGATTCAGTTAATTTCACA
TGTG

QA 2 725 2 725
DS 

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CA
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GGGTTTATCACCTCTATTACGTTCACCTTCTTGGTCGGAGTGTTCATGTCGTCGTGGCTG
GGGACTTCGGTTCTCAACTTGGGAGAGTGGTTTATCAAGCGCATGCCCTTCGTTCGCCAC
ATCTACAATGCCTCCAAGCAAATCAGTACTGCCATTTCACCAGATCAAAACACTCAGGCT
TTCAAAGAAGTCGCCATTATAAGGCATCCACGTATTGGTGAATACGCGATTGGTTTCATC
ACATCCACCCTTGTTCTCCAGACTTACACGGATGAAGAGGAGCTTTGCTGTGTGTATGTG
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DS 

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ATTTCACCAGATCAAAACACTCAGGCTTTCAAAGAAGTCGCCATTATAAGGCATCCACGT
ATTGGTGAATACGCGATTGGTTTCATCACATCCACCCTTGTTCTCCAGACTTACACGGAT
GAAGAGGAACTTTGCTGTGTGTATGTGCCTACAAATCACCTTTACATCGGGGATGTGTTC
CTTGTAAGTACAAAGGATGTCATCAGACCAAACCTCTCAGTAAGGGAAGGCATAGAGATC
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CCAGAAAGAAGTAGAAGTAGTAGAGTCGAAAGAAGCTGAAGATTAGTCCTTTGCACAAAA
AGAAAAAAAAACAAACAGATTCTCAAATCTTTTCTCGTTCAATGTCTTTTTTCTTTTGGA
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TTTGTTCTCCAGACTAACTCCATCTGTGTCTATATACTAGCTTTTCCTACTCTCAAGTAA
TCTGTATGATATAATTCATTTAGG
T

QA 1 684 1 684
DS 



AS 2 6

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GCTATGATCTCCCCGGAGAAAAGGGCATTCAGCAGTAAAATTTCCGAAGAAATCGATCTC
CGAGTATTGAATGAGCTCAATCAGGAAATGCAATCAATCTTTGGAGCTGAACCTCCTGCC
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CCTGCAAAAGTGTTTACCGAAGATATCTCTAAGCTAACTCATGTTGGGGTCTCCGGAGAA
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GATGTTCTCGGAGTGGCCAAAATCGCTGGCATCAACGGAGCGAAACAAACCAGCAGTTTG
ATCCCTTTGTGTCATAACATTGCTCTTACGCATGTTCGTGTTGACTTGAGATTAAACCCC
GAGGATTTCAGTGTTGACGTCGAAGGAGAAGCTTCTTGCACTGGAAAAACGGGAGTTGAG
ATGGAAGCTATGACTGCTGTATCAGTTGCTGGTTTAACTGTTTACGACATGTGCAAGGCT
GCTCCCAAAGATATCAGCATTACAGATGTCAGGCTTGAACGTAAAACCGGTGGAAAGAGT
GGCTACTGGTCTAGAGGCGAGTGAGAACAGCTCAACACTTGTTATGGAACCACAGATTAC
GCGTAGACAAAGCCATAGCTAGCCTTGCCTGGACCAAAAAAACTGTCTTAAAAAGATTTG
GTTGATGAACCAACCGGTCAAGTACGTCTTGTGTATTTATATTTGTACCACTTCATCTTA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AU48TF U 1
AF RR3AU48JQ C 246
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GCTATGATCTCCCCGGAGAAAAGGGCATTCAGCAGTAAAATTTCCGAAGAAATCGATCTC
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GATGTTCTCGGAGTGGCCAAAATCGCTGGCATCAACGGAGCGAAACAAACCAGCAGTTTG
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GGCTACTGGTCTAGAGGCGAGT

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ATGTTTCGTCAAAGGACAATACTAAGAGAACCGCATTGGCTTGCTGCAAAGTGATTCTAG
GCAAAAGAGTTTTCGAATTGGTCTTGGCCAATCAAATGGGGAAAGGAGATGTTCTCGGAG
TGGCCAAAATCGCTGGCATCAACGGAGCGAAACAAACCAGCAGTTTGATCCCTTTGTGTC
ATAACATTGCTCTTACGCATGTTCGTGTTGACTTGAGATTAAACCCCGAGGATTTCAGTG
TTGACGTCGAAGGAGAAGCTTCTTGCACTGGAAAAACGGGAGTTGAGATGGAAGCTATGA
CTGCTGTATCAGTTGCTGGTTTAACTGTTTACGACATGTGCAAGGCTGCTCCCAAAGATA
TCAGCATTACAGATGTCAGGCTTGAACGTAAAACCGGTGGAAAGAGTGGCTACTGGTCTA
GAGGCGAGTGAGAACAGCTCAACACTTGTTATGGAACCACAGATTACGCGTAGACAAAGC
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CCGGTCAAGTACGTCTTGTGTATTTATATTTGTACCACTTCATCTTAAATTTTGACTACA
TGTGGTTTTAACTACCGTTTTTATTCCT

QA 9 696 9 696
DS 



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AAGACGGTTTTTTTTTGGTCCAGGCAAGGCTAGCTATGGCTTTGTCTACGCGTAATCTGT
GACTCCATAGCTACGGAGACAAGTGTTTTCACTCGCCTCTAGACCAATAGCCACTCTTTC
CACCAGTTTTACGTTCAAGCCTAACATCCGTAACACTGATATCTTTGGAAGCAGCCTTGC
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CTGTTTTTCCAGTGCAAGAGGCTTCTCCTTCGATGTCAACACTGAAATCCTCGGGGTTTA
ATCTCAAGTCAACACGAACATGCGTAAGAGCAATGTTATGACACAATGGGATTAAACTGC
TGGTTTGTTTCGCTCCGTTGATGCCAGCGATTTTGGCCACTCCGAGAACATCTCCCTTCC
CCATTTGATTGGCTAAGACCAATTCGAAAACTCTTTTCCCTAGAATCACTTTGCAGCAAG
CCAATGCGGTTCTCTTAGTATTGTCCTTGCAAGAAACATCCACCATCTGAGCTTCCCCGG
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ATTGCATAGAACTTTCCGGTTTTGTAGATCCAATACTGGAGTTCAACTCAGGGTAGTCCA
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CTCGGAGATCGATTTCTTCGGAAATTTTACTGCTGAAGGCCCTTTTCTTCGGGGAGATCA
CAGCCAATCGACGGAGATACATGGCGCGTCGGAGCGTCGAAAACATTTTATTTCACGACA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD13JQ U 20
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AF RR3DL68TF C 365
AF RR3DD13TF C 712
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AGCTTCTCCTTCGATGTCAACACTGAAATCCTCGGGGTTTAATCTCAAGTCAACACGAAC
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AAGACGGTTTTTTTT*GGTCCAGGCAAGGCTAGCTATGGCTTTGTCTACGCGTAATCTGT
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CACCAGTTTTACGTTCAAGCCTAACATCCGTAACACTGATATCTTTGGAAGCAGCCTTGC
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ATCTCAAGTCAACACGAACATGCGTAAGAGCAATGTTATGACACAATGGGATTAAACTGC
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CCATTTGATTGGCTAAGACCAATTCGAAAACTCTTTTCCCTAGAATCACTTTGCAGCAAG
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AGACACCAACATG
TG

QA 1 673 1 673
DS 

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TTGTTTCGCTCCGTTGATGCCAGCGATTTTGGCCACTCCGAGAACATCTCCCTTCCCCAT
TTGATTGGCTAAGACCAATTCGAAAACTCTTTTCCCTAGAATCACTTTGCAGCAAGCCAA
TGCGGTTCTCTTAGTATTGTCCTTGCAAGAAACATCCACCATCTGAGCTTCCCCGGAGAC
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GAGATCGATTTCTTCGGAAATTTTACTGCTGAAGGCCCTTTTCTTCGGGGAGATCACAGC
CAATCGACGGAGATACATGGCGCGTCGGAGCGTCGAAAACATTTTATTTCACGAC
CC

QA 1 595 1 595
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GGGAGATCACAGCCAATCGACGGAGATACATGGCGCGTCGGAGCGTCGAAAACATTTTAT
TTCACGACAAAAGACAGCCC

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DS 



AS 1 6

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AAACATCATTGTAACTCGACAAAACAAAGTACTGAGAACATAGAAACTAGGTTCATAGAT
AAGACAGCAAAAAGAAA*CAGTACTGTTCTTGAAGAGCTGATCTAAGCCACAAGAGTAGA
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AGCAAGACGGTGGATCCTGCTCTCGACAAGAATCAACCTAAACTTGGAGTCTTTGTCCTT
CCTGTTCCTCTCCAAGTGCTTGCGGATAGCAACTGCTTTCTTGATCAAGTGGTACAGATC
CTCAGGAATCTCAGGAGCAAGACCGTGAGCTTTGAGAATACGCAAGATCTTGTTTCCGGT
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TGTCAAACCCTTCTTCGCAAACTTGCAGATCGACTCATCAACATCGACGGCCGTGGTCTT
GAGCCATGTCGGAGGCGAGCGCTTGTACGGCAAAGCAGATGCAGAGATACCCTTTCCTCT
GGAATGCATACGCCCCATCTTGAAGAACTTAGGGTTTGTTCACTGTCTCGATGAGATTGT
TTCCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3FE96JQ U 105
AF RR3FE96TF C 281
AF RR3CP18JQ U 1
AF RR3A286JQ U 47
AF RR3BV52TF C 47
AF RR3A286TF C 47
BS 1 669 RR3CP18JQ

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AAGCCACAAGGGTAGAAGCAGTAGTAGACTCGTACTTCCAGACTGGAGGAAGCTTCTTGG
TCTTCTTGTAGTAACAAGCAAGACGGTGGATCCTGCTCTCGACAAGAATCAACCTAAACT
TGGAGTCTTTGTCCTTCCTGTTCCTCTCCAAGTGCTTGCGGATAGCAACTGCTTTCTTGA
TCAAGTGGTACAGAT

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DS 

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CGCAAGATCTTGTTTCCGGTAACACTCTTCACCTGAGGGATACCGTGAGAGTCACGAAGA
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ACATCGACGGCCGTGGTCTTGAGACATGTCGGAGGCGAGCGCTTGTACGGCAAAGCAGAT
GCAGAGATACCCTTTCCTCTGGAATGCATACGCCCCATCTTGAAGAACTTAGGGTTTGTT
CACTGTCTCGAT
CC

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR3CP18JQ 669 0 0
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AAACATCATTGTAACTCGACAAAACAAAGTACTGAGAACATAGAAACTAGGTTCATAGAT
AAGACAGCAAAAAGAAA*CAGTACTGTTCTTGAAGAGCTGATCTAAGCCACAAGAGTAGA
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TTCCTCTCC

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CCGATCTGAGATGG*GTCAAACCCTTCTTCGCAAACTTGCAGATCGACTCATCAACATCG
ACGGCCGTGGTCTTGAGCCATGTCGGAGGCGAGCGCTTGTACGGCAAAGCAGATGCAGAG
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CTCGATGAGATTGTTTCCTCTCC

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DS 

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AAGTGGTACAGATCCTCAGGAATCTCAGGAGCAAGACCGTGAGCTTTGAGAATACGCAAG
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CCGATCTGAGATGGTGTCAAACCCTTCTTCGCAAACTTGCAGATCGACTCATCAACATCG
ACGGCCGTGGTCTTGAGCCATGTCGGAGGCGAGCGCTTGTACGGCAAAGCAGATGCAGAG
ATACCCTTTCCTCTGGAATGCATACGCCCCATCTTGAAGAACTTAGGGTTTGTTCACTGT
CTCGATGAGATTGTTTCCTCTCC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

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CTCAAGGAGATAGACCAGCACATTAATTTGATCAAGGCACCAGGTTCGCAGCAACAAGAC
TCAGAGAAGGTGAAAGTTATGGTCTCCAGCAACAAGCCTGTTCAAAACGAAGCCATGGAA
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AGCTGGTGTTGTCTTTTAAAAAAAAGAGTTTTAAGATTGTTTTGTTTTTGCAATGCATTA
AATTACCTGATACAACAAAAACAAATTTAAGTAGTATTTTATGTCTGCCTTCTTTTAAGT
AT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3FM29TF U 50
AF RR3GO08JQ C 1
BS 1 50 RR3GO08JQ
BS 51 173 RR3FM29TF
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BS 518 666 RR3FM29TF
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BS 693 722 RR3GO08JQ

RD RR3FM29TF 643 0 0
G
GATGAGATTGGTCAAGTGTTGGTTTTGCTCTTCTACGATATATCCTGGACATGGTATTCA
GTTTGTCCGCAACGATGCAAAGATTTTCCGGTTCTGTAGGTCTAAATGCCACAAGAACTT
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AGCCATGGAAGAGTGATTATGTGGTAACATTTGAGGATCCCATTTAGAAGATGTATTCAC
TATACTCCAAAGCTGGTGTTGTCTTTTAAAAAAAAGAGTTTTAAGATTGTTTTGTTTTTG
CAATGCATTAAATTACTTGATACAACGAAAACAAATTTAAGT

QA 2 643 2 643
DS 

RD RR3GO08JQ 722 0 0
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GTCAAGTGTTGGTTTTGCTCTTCTACGATATATCCTGGACATGGTATTCAGTTTGTCCGC
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AGGAACCCTCGTAAAGTGAAGTGGACTAAAGCCTACAGAGCTGCACACGGAAAGGACATG
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AACGTTACGGAGGATACTCTCAAGGCCATTAAGAAGATTGATAAGATCAGAAGCACTAGA
GAAGCTGACCACATCAGCAAGAGGTTGAAGCCAAACAAACAGAAGGCATTCAAGAGTGAT
CTCAAGGAGATAGACCAGCACATTAATTTGATCAAGGCACCAGGTTCGCAGCAACAAGAC
TCAGAGAAGGTGAAAGTTTTGGTCTCCAGCAACAAGCCTGTTCAAAACGAAGCCATGGAA
GAGTGATTATGTGGTAACATTTGAGGATCC*ATTTAGAAGATGTATTCACTATACTCCAA
AGCTGGTGTTGTCTTTTTAAAAAAGGAGTTTTAAGATTGTTTTGTTTTTGCAATGTATTA
AATTACCTGATACAACAAAAACAAATTTAAGTAGTATTTTATGTCTGCCTTCTTTTAAGT
AT

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 5

CO CL1317Contig1 1175 5 21 U
AAGTAGCATTGAACATATAATTTGATAAGATCTTTAGACTATCAAGTTCTCGGTAAATTC
TGACAAAAAGTTTTCTAAAAATCCGATAATAGATAGAACAATGTGCATAAACACAAACTT
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ATGTTTATATAATATTCCAATTTGTCGATAAAGCCTCGCAAATTCTTGAGATACAGTAGG
CTGCGCTAAGAGGATACCCTGAAATGGCCACAAAATCATCGATATAGTCGCACTCTATTT
TTCCGTGTGACATCGCACCGAGCACAAAAACAGTGTCGGTCTCATTACAGACAGTAAATA
GGTGCTTCTGCATGTTGACCAGCTTCTCAAAGCTATACGAAAACCCTATTTTTCTACAGT
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CAGATGCACTAATGCTAAGCTTCTGTAGCAATTGCAACATGATTCCAGCGAAACGCTTGA
AAGTTCTTGGTATACGAACATGTGGTTTAACTTCAAAAAGAACACCTTGCTCTGTTCTAA
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CCTGATGAGTGATGTCTAGCCTGTAATGAGTAGGATCTCTGCCATTCTTCCTCAAGAAAT
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AAGCCTTCTCAAGCACAAAAATAACACCAGTCTGGTCCTTCTTATTACCAGACACGACAA
TAGGTATTCCCACATCAAGCTCATCTGCTGCTTCCTCAGCTATCTCATTCTCTTCATCAT
CTTCCTCCTCTGCATTTGAGGTGGCTTCTTCTCTCTTAGCTTTCTTCGCCCTTTCTTTTT
GTTTCTGCTCAAACTTAGGCTGCTCATCTTCTTCATCTTCTTCCTTATCGTACCTCTCTT
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AATCTGTGTGGTTCACTTGATAAACCCTAATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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AF RR3AM24JQ U 216
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ATA
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DS 



AS 2 5

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AAA


BQ
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10 10 10 

AF RR3EE88JQ U 2
AF RR3F015JQ U 1
AF RR3F015TF C 23
BS 1 630 RR3F015JQ
BS 631 783 RR3F015TF

RD RR3EE88JQ 359 0 0
CC
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CCGCTTGCTTGCTTCTACAACTCTTACCCGCCGTCAATCTCTGGAAGTTCTTCTTTAATT
TACTAGAGTTGAACTTTGAGAGAAGCTTCAAGGAGATAGCAACAAATCCTTGTCGGA

QA 3 359 3 359
DS 

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AAAGTGTTATTAAGCCCAATACGAAGCCCAAGTTTAAAATATAAGGTTAACTTAATGCAA
GACACGTGTAGCATATGCAGGAGCTTCGAATTTTCTGGAAACGGTGAGATTGATCCATGG
TTGATGGTTCGCTGGCTACATGTCGGTCCGGAACCACCGGTCTCTCTCTCCGGATAGTTT
GTTCCGCTTGCTTGCTTCTACAACTCTTACCCGCCGTCAATCTCTGGAAGTTCTTCCTTA
ATTTACTAGAGTTGAACTTTGAGAGAAGCTTCAAGGAGATAGCAACAAATCCTTGTCGGA
ACGTCTTTTATAGACTCCGCCTCATCTGAATCTGTGCTGATTCTTCCCACTGCTTCTACT
ATCATCTCTGTTCTTTACCAACAAGGGGACTTTGCTTATGACACAGAGCAAAGATTGATT
CCTATTTCAAAATAAAACAGAGCATAACCAGTAAATGGAATCAAAACTTCCATGGTTGAT
CGGAATAGAGATTCACAAAGAGAAGAGAAGCAGAAAAACAAAACTATAATACAATCGCCA
AAGCGAACAAAAGATCCGCTACCGGAAAAA

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3F015TF 761 0 0
TAACGAAACCA
TACAAGCAGACAAGCTCAATCCAT*ACAAAGTGTTAT*AAGCCCAATACGAAGCCCAAGT
T**AAATATAAGGTTAACTTAATGCAAGACACGTGTAGCATATGCAGGAGCTTCGAATTT
TCTGGAAACGGTGAGATTGATCCATGGTTGATGGTTCGCTGGCTACATGTCGGTCCGGAA
CCACCGGTCTCTCTCTCCGGATAGTTTGTTCCGCTTGCTTGCTTCTACAACTCTTACCCG
CCGTCAATCTCTGGAAGTTCTTCCTTAATTTACTAGAGTTGAACTTTGAGAGAAGCTTCA
AGGAGATAGCAACAAATCCTTGTCGGAACGTCTTTTATAGACTCCGCCTCATCTGAATCT
GTGCTGATTCTTCCCACTGCTTCTACTATCATCTCTGTTCTTTACCAACAAGGGGACTTT
GCTTATGACACAGAGCAAAGATTGATTCCTATTTCAAAATAAAACAGAGCATAACCAGTA
AATGGAATCAAAACTTCCATGGTTGATCGGAATAGAGATTCACAAAGAGAAGAGAAGCAG
AAAAACAAAACTATAATACAATCGCCAAAGCGAACAAAAGATCCGCTACCGGAAAAAGAA
AATCCGCTAACCGGAAAACTAATTCGATCTAATGATCGAAGATATCATACAACAAAAAAC
AAAAGGAGATGGTAACCGGCGACTAAAGTCACCGGCCACCGGAACGATGATCTTGATTAA
ACGAGACTGATGAGAGAAGTTGGAGAAAAA

QA 12 761 12 761
DS 



CO CL1318Contig2 558 2 3 U
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TTATTTTGAAATAGGAATCAATCTTTGCTCTGTGTCACAAGCAAAGTCTCCTTGTTGGTA
AAGAACAGAGATGATAGTTGAAGCAGTGGGAAGAATCAGCACAGATTCAGATGAGGCGGA
GTCTATAAAAGACGTTCCGACAAGGATTTGTTACTATCTCCTTGAAGCTTCTCTCAAAGT
TCAACTCTAGTAAATTGAAGAAGAACTTCCAGGGATTGATGGCTGGTAAGAGTTGTAGAA
GCAATCAAGCGGAACAAACTATCCGGAGGGAGAGACCGGTGGTTCCGAACCGACATGTAG
CCGGCGAACCATCAACCATGGATCAATCTCACCGTTTCCAGAAAATTCGAAGCTTCTGCA
TATGCTACACGTGTTTTGCACTAAGTTAACCTTATCTTTTAAACTTGGGCTTCGTATTGG
GCTTAATAAAACTTTGTAATTGGAATGGGTTTGTCTCTTGTAATGGGTTTTCGTTTAATA
AAACGAAATGGTTGACCG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FE80JQ C 1
AF RR3FE80TF U 1
BS 1 1 RR3FE80JQ
BS 2 552 RR3FE80TF
BS 553 558 RR3FE80JQ

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TTATTTTGAAATAGGAATCAATCTTTGCTTTGTGTCACAAGCAAAGTCTCCTTGTTGGTA
AAGAACAGAGATGATAGTTGAAGCAGTGGGAAGAATCAGCACAGATTCAGATGAGGCGGA
GTCTATAAAAGACGTTCCGACAAGGATTTGTTACTATCTCCTTGAAGCTTCTCTCAAAGT
TCAACTCTAGTAAATTGAAGAAGAACTTCCAGGGATTGATGGCTGGTAAGAGTTGTAGAA
GCAATCAAGCGGAACAAACTATCCGGAGGGAGAGACCGGTGGTTCCGAACCGACATGTAG
CCGGCGAACCATCAACCATGGATCAATCTCACCGTTTCCAGAAAATTCGAAGCTTCTGCA
TATGCTACACGTGTTTTGCACTAAGTTAACCTTATCTTTTAAACTTGGGCTTCGTATTGG
GCTTAATAAAACTTTGTAATTGGAATGGGTTTGTCTCTTGTAATGGGTTTTCGTTTAATA
AAACGAAATGGTTGACCG

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR3FE80TF 558 0 0
G
GAATCTCTATTCCGATCAATCATAGAAGTTTTGATTCCATTTACTGGTTATGCTCTGTTT
TATTTTGAAATAGGAATCAATCTTTGCTCTGTGTCACAAGCAAAGTCTCCTTGTTGGTAA
AGAACAGAGATGATAGTTGAAGCAGTGGGAAGAATCAGCACAGATTCAGATGAGGCGGAG
TCTATAAAAGACGTTCCGACAAGGATTTGTTACTATCTCCTTGAAGCTTCTCTCAAAGTT
CAACTCTAGTAAATTGAAGAAGAACTTCCAGGGATTGATGGCTGGTAAGAGTTGTAGAAG
CAATCAAGCGGAACAAACTATCCGGAGGGAGAGACCGGTGGTTCCGAACCGACATGTAGC
CGGCGAACCATCAACCATGGATCAATCTCACCGTTTCCAGAAAATTCGAAGCTTCTGCAT
ATGCTACACGTGTTTTGCACTAAGTTAACCTTATCTTTTAAACTTGGGCTTCGTATTGGG
CTTAATAAAACTTTGTAATTGGAATGGGTTTGTCTCTTGTAATGGGTTTTCGTTTAATAA
AACGAAATGGT
TGACCG

QA 2 552 2 552
DS 



AS 1 6

CO CL1319Contig1 1316 6 30 U
CGTAGAACGTTTTGGCAGTATATATAAATCTCTACGTAGCTTGCTTACCCAATGAGATGA
CCATTCTGTTTCATTTCACTTCTAGTCTCAGAAAAAAGATACAATCAGTAATCTTCTGAC
CCAATGAATCTAGCTTTAAGGGTTTATGTAAATTTCAAATGTGG*ACACACAATGCAAAT
CACATTCGCCTTCCACGTCCTGTTAAGTCTCGGAAAAAAAAA**CATCAGGAGTAATGAT
CGAGTGACCTTGAAAAGAGATATCTCAGTCTCTGTAGAGAACAAAGTTGGCCATGTCGTT
TAGTCCAGCATCTTTGTAGCACTGAGCAACCCGTTCCAGTGACTCGTCCCATGTCCCT*C
AAGTGACGCTAGATCCAGTAACAACCCAGCCTCGTCGTAAGATGCCTGGGCCCTTGGCTT
TCCCCTAGATATATCCCGTTGTCGTCCTTCTCCTGTAACTTTCTCTTTGTACTGCACAAT
TTGCTCTTCTCCCAACTCTGCTATTCGAGCAATTTCCTCATATCTACATCCTAAGGTCCA
CCATGAAGATTTCAGAGCACCCCTAGCCGCATCTTTCGCTTCTAGGCTACGCCCAAGTTT
TAGCAAAACCTTTGCGTTGAAAGCAAAAGGCCGAGCAAATCCGGGAAAGTTTCCTCTCTT
TGTATAAAACTCGGCAGCCACCAAAGCTGAAACATGGTCTCCATTCTCAATATGTCGAAT
AACTTTGCGTTCTAGAGAATCTGGAAACAGTCCAACCTTTCTTAAAAGATAGAGATCTAA
ATCCATCAGTTCTGATCTGACAAAGTCACCCTTACTGTAAAGTTTCTTCCCAGCTTCACC
TGCAGCATCGAAGATCACTTGGCTGGATTCCACGGGTTTAGAGATATCTTCTTCCACCAA
TATTCTGTGAATGAACTGATCAACATTATTGGCTAAAAACCAAACCCCATGTTTCTGAAC
TTCCACCACAGGCATCTCCATACTAGGACGAGCTGTTGGCCACCGTAGTAGAGCGATTGA
AGAACCGGGGCTCATCCTCACCAATGGAATAGTAAGAGGCAACAAACCTTGCTTAGCACC
TGGAGAAACTATGGATTTGCCTCTAGCTGTGAAAATGCTAATCAGCTGATTCAAATGCTG
AGGAGGCTCAGCTTTGGCTACCTCCTTGATGAAACATTCATGATCAGATAATGGAGAAGA
AGAAGAAGAGGAAAATGATCTGGCGGCGAAGTTCCTGCCTACGCCAAGTATCAGCCGTCG
ATTCCGTCCGTTAACTACCGCGCCGCAGTGCATCTCTTCAAGTTTTTCCGATCGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G133JQ U 1
AF RR3CL21JQ U 54
AF RR3C096JQ U 111
AF RR3C096TF C 323
AF RR3CL21TF C 537
AF RR3G133TF C 614
BS 1 60 RR3G133JQ
BS 61 61 RR3CL21JQ
BS 62 94 RR3G133JQ
BS 95 96 RR3CL21JQ
BS 97 164 RR3G133JQ
BS 165 165 RR3CL21JQ
BS 166 180 RR3G133JQ
BS 181 182 RR3CL21JQ
BS 183 199 RR3G133JQ
BS 200 200 RR3CL21JQ
BS 201 221 RR3G133JQ
BS 222 222 RR3CL21JQ
BS 223 232 RR3G133JQ
BS 233 233 RR3CL21JQ
BS 234 242 RR3G133JQ
BS 243 243 RR3CL21JQ
BS 244 358 RR3G133JQ
BS 359 359 RR3C096JQ
BS 360 519 RR3G133JQ
BS 520 520 RR3CL21JQ
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BS 585 585 RR3CL21JQ
BS 586 591 RR3G133JQ
BS 592 592 RR3CL21JQ
BS 593 760 RR3G133JQ
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BS 824 1050 RR3C096TF
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RD RR3G133JQ 760 0 0
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TCATTCTGTTTCATTTCACTTCTAGTCTCAGAAA**AGATACAATCAGTAATCTTCTGAC
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TCCATTCGCCTTCCACGTCTTGTTAAGTCTCGGAAAAAAAA***CATCAGGACTAATGAT
CGCGTGACCTTGAAAAGAGATATCTCAGTCTCTGTAGAGAACAAAGTTGGCCATGTCGTT
TAGTCCAGCATCTTTGTAGCACTGAGCAACCCGTTCCAGTGACTCGTCCCATGTCCCTTC
AAGTGACGCTAGATCCAGTAACAACCCAGCCTCGTCGTAAGATGCCTGGGCCCTTGGCTT
TCCCCTAGATATATCCCGTTGTCGTCCTTCTCCTGTAACTTTCTCTTTGTACTGCACAAT
TTGCTCTTCTCCCAACTCTGCTATTCGAGCAATTTCCTCGTATCTACATCCTAAGGTCCA
CCATGAAGATTTCAGAGCACCCCTAGCCGCATCTTTCGCTTCTAAGCTACGTCCAAGTTT
TAGCAAAACCTTTGCGTTGAAAGCAAAAGGCCGAGCAAATCCGGGAAAGTTTCCTCTCTT
TGTATAAAACTCGGCAGCCACCAAAGCTGAAACATGGTCTCCATTCTCAATATGTCGAAT
AACTTTGCGTTCTAGAGAATCTGGAAACAGTCCAACCTTT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3CL21JQ 770 0 0
GG
GATGACCATTCTGTTTCATTTCACTTCTAGTCTCAGAAAAAAGATACAATCAGTAATCTT
CTGACCCAATGAATCTAGCTTTAAGGGTTTATGTAAATTTCAAATGTGG*ACACACAATG
CAAATCACATTCGCCTTCCACGTCCTGTTAAGTCTCGGAAAAAAAAA**CATCAGGAGTA
ATGATCGAGTGACCTTGAAAAGAGATATCTCAGTCTCTGTAGAGAACAAAGTTGGCCATG
TCGTTTAGTCCAGCATCTTTGTAGCACTGAGCAACCCGTTCCAGTGACTCGTCCCATGTC
CCTTCAAGTGACGCTGGATCCAGTAACAACCCAGCCTCGTCGTAAGATGCCTGGGCCCTT
GGCTTTCCCCTAGATATATCCCGTTGTCGTCCTTCTCCTGTAACTTTCTCTTTGTACTGC
ACAATTTGCTCTTCTCCCAACTCTGCTATTCGAGCAATTTCCTCATATCTACATCCTAAG
GTCCACCATGAAGATTTCAGAACACCCCTAGCCGCATCTTTCGCTTCTAGGCTACGCCCA
AGTTTTAGCAAAACCTTTGCGTTGAAAGCAAAAGGCCGAGCAAATCCGGGAAAGTTTCCT
CTCTTTGTATAAAACTCGGCAGCCACCAAAGCTGAAACATGGTCTCCATTCTCAATATGT
CGAATAACTTTGCGTTCTAGAGAATCTGGAAACAGTCCAACCTTTCTTAAAAGATAGAGA
TCTAAATCCATCAGTTCTGATCTGACAAAGTCACCCTTACTGTAAAGT

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DS 

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CCATGTCGTTTAGTCCAGCATCTTTGTAGCACTGAGCAACCCGTTCCAGTGACTCGTCCC
ATGTCCCT*CAAGTGACGCTAGATCCAGTAACAACCCAGCCTCGTCGTAAGATGCCTGGG
CCCTTGGCTTTCCCCTAGATATATCCCGTTGTCGTCCTTCTCCTGTAACTTTCTCTTTGT
ACTGCACAATTTGCTCTTCTCCCAACTCTGCTATTCGAGCAATTTCCTCATATCTACATC
CTAAGGTCCACCATGAAGATTTCAGAGCACCCCTAGCCGCATCTTTCGCTTCTAGGCTAC
GCCCAAGTTTTAGCAAAACCTTTGCGTTGAAAGCAAAAGGCCGAGCAAATCCGGAAAAGT
TTCCTCTCTTTGTATAAAACTCGGCAGCCACCAAAGCTGAAACATGGTCTCCATTCTCAA
TATGTCGAATAACTTTGCGTTCTAGAGAATCTGGAAACAGTCCAACCTTTCTTAAAAGAT
AGAGATCTAAATCCATCAGTTCTGAT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3C096TF 729 0 0
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CGTCCTTCTCCTGTAACTTTCTCTTTGTACTGCACAATTTGCTCTTCTCCCAACTCTGCT
ATTCGAGCAATTTCCTCATATCTACATCCTAAGGTCCACCATGAAGATTTCAGAGCACCC
CTAGCCGCATCTTTCGCTTCTAGGCTACGCCCAAGTTTTAGCAAAACCTTTGCGTTGAAA
GCAAAAGGCCGAGCAAATCCGGAAAAGTTTCCTCTCTTTGTATAAAACTCGGCAGCCACC
AAAGCTGAAACATGGTCTCCATTCTCAATATGTCGAATAACTTTGCGTTCTAGAGAATCT
GGAAACAGTCCAACCTTTCTTAAAAGATAGAGATCTAAATCCATCAGTTCTGATCTGGCA
AAGTCACCCTTACTGTAAAGTTTCTTCCCAGCTTCACCTGCAGCATCGAAGATCACTTGG
CTGGATTCCACGGGTTTAGAGATATCTTCTTCCACCAATATTCTGTGAATGAACTGATCA
ACATTATTGGCTAAAAACCAAACCCCATGTTTCTGAACTTCCACCACAGGCATCTCCATA
CTAGGACGAGCTGTTGGCCACCGTAGTAGAGCGATTGAAGAACCGGGGCTCATCCTCACC
AATGGAAT
C

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DS 

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*TTGCGTTGAAAGCAAAAGGCCGAGCAAATCCGGGAAAGTTTCCTCTCTTTGTATAAAAC
TCGGCAGCCACCAAAGCTGAAACATGGTCTCCATTCTCAATATGTCGAATAACTTTGCGT
TCTAGAGAATCTGGAAACAGTCCAACCTTTCTTAAAAGATAGAGATCTAAATCCATCAGT
TCTGATCTGACAAAGTCACCCTTACTGTAAAGTTTCTTCCCAGCTTCACCTGCAGCATCG
AAGATCACTTGGCTGGATTCCACGGGTTTAGAGATATCTTCTTCCACCAATATTCTGTGA
ATGAACTGATCAACATTATTGGCTAAAAACCAAACCCCATGTTTCTGAACTTCCACCACA
GGCATCTCCATACTAGGACGAGCTGTTGGCCACCGTAGTAGAGCGATTGAAGAACCGGGG
CTCATCCTCACCAATGGAATAGTAAGAGGCAACAAACCTTGCTTAGCACCTGGAGAAACT
ATGGATTTGCCTCTAGCTGTGAAAATGCTAATCAGCTGATTCAAATGCTGAGGAGGCTCA
GCTTTGGCTACCTCCTTGATGAAACATTCATGATCAGATAATGGAGAAGAAGAAGAAGAG
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TTAATTACCGCGCCGCAGTGCATCTCTTCAAGTTTTTCCGATCGTC

QA 15 780 15 780
DS 

RD RR3G133TF 699 0 0
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GCAGCCACCAAAGCTGAAACATGGTCTCCATTCTCAATATGTCGAATAACTTTGCGTTCT
AGAGAATCTGGAAACAGTCCAACCTTTCTTAAAAGATAGAGATCTAAATCCATCAGTTCT
GATCTGGCAAAGTCACCCTTACTGTAAAGTTTCTTCCCAGCTTCACCTGCAGCATCGAAG
ATCACTTGGCTGGATTCCACGGGTTTAGAGATATCTTCTTCCACCAATATTCTGTGAATG
AACTGATCAACATTATTGGCTAAAAACCAAACCCCATGTTTCTGAACTTCCACCACAGGC
ATCTCCATACTAGGACGAGCTGTTGGCCACCGTAGTAGAGCGATTGAAGAACCGGGGCTC
ATCCTCACCAATGGAATAGTAAGAGGCAACAAACCTTGCTTAGCACCTGGAGAAACTATG
GATTTGCCTCTAGCTGTGAAAATGCTAATCAGCTGATTCAAATGCTGAGGAGGCTCAGCT
TTGGCTACCTCCTTGATGAAACATTCATGATCAGATAATGGAGAAGAAGAAGA***GGAA
AATGATCTGGCGGCGAAGTTCCTGCCTACGCCAAGTATCAGCCGTCGATTCCGTCCGTTA
ACTACCGCGCCGCAGTGCATCTCTTCAAGTTTTTCC
CCC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 6

CO CL1320Contig1 943 6 4 U
GGATGTTTCTGTGTTCCCAATTGTAGAACAACAACACACATCTTGACATAAGAACTCTCT
TGTTCTGTTTCTTATCCTGTTTCAAGAATTCGTTTTTCTTGATTTCTGTTGGAAGATGAA
TCTGAATATAAAGCACATGGGCAAAATGATCTATCAAGATTCAAGTAGGACAGAAGAAGA
AGAAGACCTTGTTGAAGGAGTTTCAAGATCAATGTTAGAAGCTGAAACATTCTCCGGGGA
AGAAAAAGATTTGTCATCTTGTTCATTATCTTCCATGTGTTCATCTGATTTAACAGAGGA
GGATGATGATGCTTCTTCATCTTTTTCAAATGGACCTCTTGAAGATCTCTCTGACCTCAT
GTTACACCTCCCAATCAAGAGGGGATTGTCAAAGTTTTATGAAGGAAAATCTCAATCATT
CACATCACTAGCAAATGTTAAAAGTCTTGAAGATCTTATGAAGAGAGGTTTTAAAAATAC
AACTAATAAAGCAAGAAGAAAGGCATGTAAGAGCACCGGAGGAATAATAGATCAAAGCTA
CAAAAGGGTTTATAGCCCAAAAGCTACAATCTCCAAGAAAACCAACAAAACACCTTCTTT
TGTTCTCTCTTCTCTAGCCAGGAAAAAACTTTAGATCCGAGAGGAACATTAGTCTTTCTT
TTATTTTTATTTTTTAAATCCTTTTTACGATTCACCAAATCGGTTTCAGTAACATAACCA
AAAATAAAACATGTTCACCTTAAATCTTAAGCCTGTAAGAAAGATATTCCCAGTGTCTTA
AACGTGTAGAAAAGTTAAATATTTGTACACCCTTTTTTCGGCCCCTGGCTCTGTTTAGTT
GAATGTATCAAAGCTTGTTGTTTCACATAGCAAGAGACAGCTTGTCCGTGTTCCATATCG
ATAACCTGAGAAAGTTTATGTAATGGATCAGACCATTGATTGC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 35 35 5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F003TF U 1
AF RR3F003JQ C 1
AF RR3B827TF U 1
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AF RR3B276TF U 21
AF RR3B827JQ C 97
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A

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G

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TT

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DS 

RD RR3B276TF 792 0 0
GG
GTAGAACAACAACACACATCTTGACATAAGAACTCTCTTGTTCTGTTTCTTATCCTGTTT
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TTTTCAAATGGACCTCTTGAAGATCTCTCTGACCTCATGTTACACCTCCCAATCAAGAGG
GGATTGTCAAAGTTTTATGAAGGAAAATCTCAATCATTCACATCACTAGCAAATGTTAAA
AGTCTTGAAGATCTTATGAAGAGAGGTTTTAAAAATACAACTAATAAAGCAAGAAGAAAG
GCATGTAAGAGCACCGGAGGAATAATAGATCAAAGCTACAAAAGGGTTTATAGCCCAAAA
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AAAAAACTTTAGATCCGAGAGGAACATTAGTCTTTCTTTTATTTTTATTTTTTAAATCCT
TTTTACGATTCACCAAATCGTTTTCAGTAACATAACCAAAAATAAAACATGTTCACCTTA
AATCTTAAGCCTGTAAGAAAGATATTCCCAGTGTCTTAAACGTGTAGAAAAGTTAAATAT
TTGTACACCC

QA 3 792 3 792
DS 

RD RR3B827JQ 847 0 0
TCTTGATTTCTGTTGGAAGATGAATCTGTATATAAAGCACATGGGCAAAATGATCTATCA
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TCTTGAAGATCTCTCTGACCTCATGTTACACCTCCCAATCAAGAGGGGATTGTCAAAGTT
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CGGAGGAATAATAGATCAAAGCTACAAAAGGGTTTATAGCCCAAAAGCTACAATCTCCAA
GAAAACCAACAAAACACCTTCTTTTGTTCTCTCTTCTCTAGCCAGGAAAAAACTTTAGAT
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AAGAAAGATATTCCCAGTGTCTTAAACGTGTAGAAAAGTTAAATATTTGTACACCCTTTT
TTCGGCCCCTGGCTCTGTTTAGTTGAATGTATCAAAGCTTGTTGTTTCACATAGCAAGAG
ACAGCTTGTCCGTGTTCCATATCGATAACCTGAGAAAGTTTATGTAATGGATCAGACCAT
TGATTGC

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 6

CO CL1321Contig1 1390 6 28 U
GGGTGATCCCATACCTTCCTCTCTTCTTCTCCAAATAAAGAAAATTAAAAAGACAATCTC
ATCTCTCTCTCTGTCTCTTCAGCTGATTCAGATGGGCGTTGATCTGGAATCCATCTCGGA
GGCTACATCTGGAGCTATAGGCTCGCTTCTCAGCACAACCATTCTGTACCCTCTCGATAC
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GTCGGATGTATTTTGGGAAGCGATTTCTACAGGGAATGTTCTGTCTCTGTATCAAGGCCT
TGGGACTAAGAATCTCCAGTCCTTCGTTTCATCATTCATCTACTTCTACAGTTATAGCTA
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CCTCCTTGCTGCTGCTGCTGGAGTTTGTACCTCTGTTCTCACCCAACCTCTAGATACAGC
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GATGATCCAAGCAGCAGATGACTCGAAGGACAGCGAAGCAAAGAAGCACCCAAAAAGAAC
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GTTTGTCACGAAAGGTAGGTTGAAAAATCCATAAAGATGGAAACATCCGCAAGTGTCCCA
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TGAATCACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ61TF U 27
AF RR3DV95TF U 57
AF RR3B813TF U 1
AF RR3DV95JQ C 861
AF RR3EQ61JQ C 659
AF RR3B813JQ C 541
BS 1 71 RR3B813TF
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BS 73 330 RR3B813TF
BS 331 331 RR3DV95TF
BS 332 333 RR3B813TF
BS 334 334 RR3DV95TF
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BS 487 487 RR3DV95TF
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BS 772 772 RR3B813JQ
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BS 780 808 RR3B813TF
BS 809 809 RR3B813JQ
BS 810 831 RR3B813TF
BS 832 994 RR3B813JQ
BS 995 995 RR3EQ61JQ
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BS 1073 1073 RR3EQ61JQ
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BS 1245 1245 RR3EQ61JQ
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BS 1258 1390 RR3B813JQ

RD RR3EQ61TF 204 0 0
GG
CTCCAAATAAAGAAAATTAAAAAGACAATCTCATCTCTCTCTCTGTCTCTTCAGCTGATT
CAGATGGGCGTTGATCTGGAATCCATCTCGGAGGCTACATCTGGAGCTATAGGCTCGCTT
CTCAGCACAACCATTCTGTACCCTCTCGATACCTGCAAATCCAAGTTCCAAGCCGAGATC
AGCGTTCGCGGTCAGCAGAAAT

QA 3 204 3 204
DS 

RD RR3DV95TF 657 0 0
TCTCATCTCTCTCTCTGTCTCTTCGGCTGACTCAGATGGGCGTTGATCTGGAATCCATCT
CGGAGGCTACATCTGGAGCTATAGGCTCGCTTCTCAGCACAACCATTCTGTACCCTCTCG
ACACCTGCAAATCCAAGTTCCAGGCCGAGATCAGCGTTCGCGGTCAGCAGAAATACAGAT
ACTTGTCGGATGTATTTTGGGAAGCGATTTCTACAGGGAATGTTCTGTCTCTGTATCAAG
GCCTTGGGACTAAGAATCTCCAGTCCTTCGTTTCATCATTCATCTACTTCTACAGTTATA
GCTATTTCAAGAGGTGGCATTGTGAAAGGATTGGTTCTAAGTCAATTGGTACAAAGGCTA
ACCTGCTCCTTGCTGCTGCTGCTGGAGTTTGTACCTCTGTTCTCACCCAACCTCTAGATA
CAGCTTCATCAAGGATGCAAACCAGCGAGTTTGGAAAAGCTAAAGGGTTGTGGAAGACCT
TAACCGATGGTGCTTGGGGAAATGCATTTGATGGCATTGGGATCTCTCTTCTACTCACCT
CCAATCCTGCAATTCAGTATGCAGTGTTTGATCAGCTGAAACAGAACCTCCTTGAAAAA*
GAAAGGCAAAAACCAACAAAGACTCTTCCCCTGTAGTCCTCTCTGCTTTTATGGCCT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3B813TF 831 0 0
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ATCTCTCTCTCCGTCTCTTCAGCTGATTCAGATGGGCGTTGATCTGGAATCCATCTCGGA
GGCTACATCTGGAGCTATAGGCTCGCTTCTCAGCACAACCATTCTGTACCCTCTCGATAC
CTGCAAATCCAAGTTCCAAGCCGAGATCAGCGTTCGCGGTCAGCAGAAATACAGATACTT
GTCGGATGTATTTTGGGAAGCGATTTCTACAGGGAATGTTCTGTCTCTGTATCAAGGCCT
TGGGACTAAGAATCTCCAGTCCTTCGTTTCCTCTTTCATCTACTT**ACAGTTATAGCTA
TTTCAAGAGGTTGCATTGTGAAAGGATTGGTTCTAAGTCAATTGGTACAAAGGCTAACCT
CCTCCTTGCTGCTGCTGCTGGAGTTTGTACCTCTGTTCTCACCCAACCTCTAGATACAGC
TTCATCGAGGATGCAAACCAGCGAGTTTGGAAAAGCTAAAGGGTTGTGGAAGACCTTAAC
CGATGGTGCTTGGGGAAATGCATTTGATGGCATTGGGATCTCTCTTCTACTCACCTCCAA
TCCTGCAATTCAGTATACAGTGTTTGATCAGCTGAAACAGAACCTCCTTGAAAAAAGAAA
GGCAAAAACCAACAAAGACTCTTCCCCTGTAGTCCTCTCTGCTTTTATGGCCTTCTTGTT
AGGTGCCGTGTCGAAGAGTGCTGCTACCGTCATCACATATCCAGCAATCAG*TGCAAG*T
GATGATCCAAGCAGCAGATGACTCGAAG*ACAGCGAAGCAAAGAAGCACCC

QA 1 831 1 831
DS 

RD RR3DV95JQ 446 0 0
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AGATCTTAAAGACGGTTTTGAGCTCGGCGTTGCTGCTAATGATCAAGGAGAAAATCACTG
CAACCACGTGGTTTCTCATTCTTGCAATAAGAAAAACTCTGTTTGTCACGAAAGGTAGGT
TGAAAAATCCATAAAGATGGAAACATCCGCAAGTGTCCCAAGGCCATGCAAGAGTTAAAA
AACTTTGGTCTGGCAAGTCTGTTATTGAAAGAATTTGGAGCAGGCAAGTATTGTAGACTT
TTCTTTTTTCAAAAACAATTGAATTTTTGTTTTAAACAAGGATCTGATTTATAGGGGTTG
CATAAAGCTTCATGTTGTTCCCAGATTGAGTTTCTGGACGTAGAGAACTTTCTGGTTATT
GTGTAGTTAAGTTTTTATTTTTTCAG

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3EQ61JQ 678 0 0
AAGGCAAAAACCAACAAAGACTCTTCCCCTGTAGTCCTCTCTGCTTTTATGGCCTTCTTG
TTAGGTGCCGTGTCGAAGAGTGCTGCTACCGTCATCACATATCCAGCAATCAGGTGCAAG
GTGATGATCCAAGCAGCAGATGACTCGAAGGACAGCGAAGCAAAGAAGCACCCAAAAAGA
ACCAGCAAAACGATTCGGGGGGTCATTTCTGCCATATGGAAAAAAGAAGGGATCTTAGGG
TTCTTCAAAGGCTTGCAGGCTCAGATCTTAAAGACGGTTCTGAGCTCGGCGTTGCTGCTA
ATGATCAAGGAGAAAATCACTGCAACCACGTGGTTTCTCATTCTTGCAATAAGAAAAACT
CTGTTTGTCACGAAAGGTAGGTTGAAAAATCCATAAAGATGGAAACATCCGCAAGTGTCC
CAAGGCCATGCAAGAGT*AAAAAACTTTGGTCTGGCAAGTCTGTTATTGAAAGAATTTGG
AGCAGGCAAGTATTGTAGACTTTTCTTTTTTCAAAAACAATTGAATTTTTGTTTTAAACA
AGGATCTGATTTATAGGGGTTGCATAAAGCTTCATGTTGTTGCCAGATTGAGTTTCTGGA
CGTAGAGAACTTTCTGGTTATTGTGTAGTTAAGTTTTTATTTCTTCAGTTGTAATAAAAA
CAATGATCTATGTGTAG
C

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3B813JQ 850 0 0
CGATGGTGCTTGGGGAAATGCATTTGATGGCATTGGGATCTCTCTTCTACTCACCTCCAA
TCCTGCAATTCAGTATACAGTGTTTGATCAGCTGAAACAGAACCTCCTTGAAAAAAGAAA
GGCAAAAACCAACAAAGACTCTTCCCCTGTAGTCCTCTCTGCTTTTATGGCCTTCTTGTT
AGGTGCCGTGTCGAAGAGTGCTGCTACCGTCATCACATATCCAGCAATCAGGTGCAAGGT
GATGATCCAAGCAGCAGATGACTCGAAGGACAGCGAAGCAAAGAAGCACCCAAAAAGAAC
CAGCAAAACGATTCGGGGGGTCATTTCTGCCATATGGAAAAAAGAAGGGATCTTAGGGTT
CTTCAAAGGCTTGCAGGCTCAGATCTTAAAGACGGTTCTGAGCTCGGCGTTGCTGCTAAT
GATCAAGGAGAAAATCACTGCAACCACGTGGTTTTTCATTCTTGCAATAAGAAAAACTCT
GTTTGTCACGAAAGGTAGGTTGAAAAATCCATAAAGATGGAAACATCCGCAATTGTCCCA
AGGCCATGCAAGAGT*AAAAAACTTTGGTCTGGCAAGTCTGTTATTGAAAGAATTTGGAG
CAGGCAAGTATTGTAGACTTTTCTTTTTTCAAAAACAATTGAATTTTTGTTTTAAACAAG
GATCTGATTTATAGGGGTTGCATAAAGCTTCATGTTGTTGCCAGGTTGAGTTTCTGTACG
TAGAGAACTTTCTGGTTATTGTGTAGTTAAGTTTTTATTTCTTCAGTTGTAATAAAAACA
ATGATCTATGTGTAGGATCATGTGACTCTTATAAAAACAAAATATGTCCAATACAAAGCT
TGAATCACTC

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 6

CO CL1322Contig1 1393 6 15 U
GGACAGTCTCTCTCGATTTCTCCATCTCACGAAGCTCTCTCTACAATGTCACACTCCATC
CAATTCTCAACTCCTTCACGCACTCTCCACCTCCCTCACTCACCTCTCCACCGTCCTCAA
CGTACCATTAGTGTCAGTTACGATGGTTTCGCTGAAGATGTGAGAGTTGGTGATGAGCTT
CTTGTTGATGGTGGGATGGTTAGATTTGATGTGATTGAGAAGATTGGTCCTGATGTCAAG
TGTTTGTGTACTGACCCTGGGTTGTTGCTTCCTCGAGCTAACTTGACTTTCTGGAGAGAT
GGGAGTCTTGTACGTGAGCGTAACGCTATGCTCCCTACCATTTCCTCCAAGGACTGGTTA
GATATTGATTTTGGGATTGCTGAAGGTGTAGACTTCATTGCTGTATCCTTTGTCAAGTCT
GCTGAAGTAATTAATCATCTTAAAAGTTATCTCGCTGCTCATTCCGGTGGAGAGGACATA
GGAGTGATTGCAAAGATCGAGAGCATAGATTCCCTGACAAACTTGGAAGAGATTATTCTG
GCATCAGATGGAGCAATGGTCGCAAGAGGTGACCTGGGAGCTCAGATACCTCTCGAGCAA
GTTCCAGCAGCTCAACAGAGAATCGTCAAAGTCTGCAGAGAGCTTAACAAACCCGTCATC
GTCGCCTCGCAGCTACTCGAGTCAATGATCGAGTACCCAACTCCAACCAGAGCAGAAGTA
GCCGACGTTTCCGAAGCAGTCAGGCAGAGATCAGACGCGTTGATGCTCTCCGGAGAATCA
GCTATGGGTCAGTTCCCGGACAAGGCGCTCACGGTTCTCAGGAGTGTCAGTCTAAGGATC
GAAAGATGGTGGAGGGAAGAGAAACGCTACGAGGGTACACCACTTCAAGCCATAGGCTCT
GCTTCTTCAGACAGAATCTCTGAAGAGATCTGCAACTCTGCTTCTAAAATGGCTAACAAT
CTTGGAGTGGACGCGGTGTTCGTCTACACAAAGAACGGGCACATGGCGTCTCTAGTCTCA
CGGTGTCGCCCTGACTGCCCGATCTTTGCTTTCACGAACACAACGTCGGTGAGAAGACGG
TTAAACCTGCAGTGGGGACTGATCCCGTTCCGTCTAAGCTTCTCAGAGGACATGGAAAGC
AACTTTAACAAAACATTCTCTTTACTGAAATCGAGAGGTATGATCAAGTCTGGTGACCTC
GTGATCGCTGTCTCTGACATGCTGCAATCCATCCAAGTCATGAATGTTCCCTAGATTTCA
CTCTCTTTCTTAACACACGCAGACATTCCCCCACAACGACTGTTTAGTTTTTCCTACTTT
TGTCATGGTTTGGTTTATCGTTTGACAGTTGTAAGCTTTGTGTATTGTGTACTATGTTTA
TCTTTTTACTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP18TF U 1
AF RR3AS23TF U 354
AF RR3FP18JQ C 902
AF RR3DJ08TF U 538
AF RR3DJ08JQ C 555
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BS 505 548 RR3FP18TF
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BS 556 662 RR3FP18TF
BS 663 1067 RR3AS23TF
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BS 1388 1393 RR3AS23JQ

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CAATTCTCAACTCCTTCACGCACTCTCCACCTCCCTCACTCACCTCTCCACCGTCCTCAA
CGTACCATTAGTGTCAGTTACGATGGTTTCGCTGAAGATGTGAGAGTTGGTGATGAGCTT
CTTGTTGATGGTGGGATGGTTAGATTTGATGTGATTGAGAAGATTGGTCCTGATGTCAAG
TGTTTGTGTACTGACCCTGGGTTGTTGCTTCCTCGAGCTAACTTGACTTTCTGGAGAGAT
GGGAGTCTTGTACGTGAGCGTAACGCTATGCTCCCTACCATTTCCTCCAAGGACTGGTTA
GATATTGATTTTGGGATTGCTGAAGGTGTAGACTTCATTGCTGTATCCTTTGTCAAGTCT
GCTGAAGTAATTAATCATCTTAAAAGTTATCTCGCTGCTCATTCCGGTGGAGAGGACATA
GGAGTGATTGCAAAGATCGAGAGTATAGATTCCCTGACAAACTTGGAAGAGATTATTCTG
GCATCAGACGGAGCCATGGTCGCAAGAGGTGACCTGGGAGCTCAGATACCTCTCGAGCAA
GTTCCAGCAGCTCAACAGAGAATCGTCAAAGTCTGCAGAGAGCTTAACAAACCCGTCATC
GT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3AS23TF 714 0 0
GG
GGTTAGATATTGATTTTGGGATTGCTGAAGGTGTAGACTTCATTGCTGTATCCTTTGTCA
AGTCTGCTGAAGTAATTAATCATCTTAAAAGTTATCTTGCTGCTCATTCTGGTGGAGAGT
ACATAGGAGTGATTGCAAAGATCGAGAGCATCGATTCCCTGACAAACTTGGAAGAGATTA
TTCTGGCATCAGATGGAGCAATGGTCGCAAGAGGTGACCTGGGAGCTCAGATACCTCTCG
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TCATCGTCGCCTCGCAGCTACTCGAGTCAATGATCGAGTACCCAACTCCAACCAGAGCAG
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AATCAGCTATGGGTCAGTTCCCGGACAAGGCGCTCACGGTTCTCAGGAGTGTCAGTCTAA
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TCTCACGGTGTCGCCCTGACTGCCCGATCTTTGCTTTCACGAACACAACGTC

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DS 

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TTGGAGTGGACGCGGTGTTCGTTTACACAAAGAACGGGCACATGGCGTCTCTAGTCTCAC
GGTGTCGCCCTGACTGCCCGATCTTTGCTTTCACGAACACAACGTCGGTGAGAAGACGGT
TAAACCTGCAGTGGGGACTGATCCCGTTCCGTTTAAGCTTTTCAGAGGACATGGAAAGCA
ACTTGAACAAAACATTCTCTTTACTGAAATCGAGAGGTATGATCAAGTCTGGTGA

QA 1 295 1 295
DS 

RD RR3DJ08TF 766 0 0
G
TGGCATCAGATGGAGCAATGGTCGCAAGAGGTGACCTGGGAGCTCAGATACCTCTCGAGC
AAGTTCCAGCAGCTCAACAGAGAATCGTCAAAGTCTGCAGAGAGCTTAACAAACCCGTCA
TCGTCGCCTCGCAGCTACTCGAGTCAATGATCGAGTACCCAACTCCAACCAGAGCAGAAG
TAGCCGACGTTTCCGAAGCAGTCAGGCAGAGATCAGACGCGTTGATGCTCTCCGGAGAAT
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CTGCTTCTTCAGACAGAATCTCTGAAGAGATCTGCAACTCTGCTTCTAAAATGGCTAACA
ATCTTGGAGTGGACGCGGTGTTCGTCTACACAAAGAACGGGCACATGGCGTCTCTAGTCT
CACGGTGTCGCCCTGACTGCCCGATCTTTGCTTTCACGAACACAACGTCGGTGAGAAGAC
GGTTAAACCTGCAGTGGGGACTGATCCCGTTCCGTCTAAGCTTCTCAGAGGACATGGAAA
GCAACTTTAACAAAACATTCTCTTTACTGAAATCGAGAGGTATGATCAAGTCTGGTGACC
TCGTGATCGCTGTCTCTGACATGCTGCAATCCATCCAAGTCATGAATGTTCCCTAGATT*
CACTCTCTTTCTTA*CACACGCAGACATTCCCCCACAACGACTGT

QA 2 766 2 766
DS 

RD RR3DJ08JQ 833 0 0
CAAT
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AGAATCGTCAAAGTCTGCAGAGAGCTTAACAAACCCGTCATCGTCGCCTCGCAGCTACTC
GAGTCAATGATCGAGTACCCAACTCCAACCAGAGCAGAAGTAGCCGACGTTTCCGAAGCA
GTCAGGCAGAGATCAGACGCGTTGATGCTCTCCGGAGAATCAGCTATGGGTCAGTTCCCG
GACAAGGCGCTCACGGTTCTCAGGAGTGTCAGTCTAAGGATCGAAAGATGGTGGAGGGAA
GAGAAACGCTACGAGGGTACACCACTTCAAGCCATAGGCTCTGCTTCTTCAGACAGAATC
TCTGAAGAGATCTGCAACTCTGCTTCTAAAATGGCTAACAATCTTGGAGTGGACGCGGTG
TTCGTCTACACAAAGAACGGGCACATGGCGTCTCTAGTCTCACGGTGTCGCCCTGACTGC
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CTGATCCCGTTCCGTCTAAGCTTCTCAGAGGACATGGAAAGCAACTTTAACAAAACATTC
TCTTTACTGAAATCGAGAGGTATGATCAAGTCTGGTGACCTCGTGATCGCTGTCTCTGAC
ATGCTGCAATCCATCCAAGTCATGAATGTTCCCTAGATTTCACTCTCTTTCTTAACACAC
GCAGACATTCCCCCACAACGACTGTTTAGTTTTTCCTACTTTTGTCATGGTTTGGTTTAT
CGTTTGACAGTTGTAAGCTTTGTGTATTGTGTACTATGTTTATCTTTTT

QA 5 833 5 833
DS 

RD RR3AS23JQ 690 0 0
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TGCTCTCCGGAGAATCAGCTATGGGTCAGTTCCCGGACAAGGCGCTCACGGTTCTCAGGA
GTGTCAGTCTAAGGATCGAAAGATGGTGGAGGGAAGAGAAACGCTACGAGGGTACACCAC
TTCAAGCCATAGGCTCTGCTTCTTCAGACAGAATCTCTGAAGAGATCTGCAACTCTGCTT
CTAAAATGGCTAACAATCTTGGAGTGGACGCGGTGTTCGTCTACACAAAGAACGGGCACA
TGGCGTCTCTAGTCTCACGGTGTCGCCCTGACTGCCCGATCTTTGCTTTCACGAACACAA
CGTCGGTGAGAAGACGGTTAAACCTGCAGTGGGGACTGATCCCGTTCCGTCTAAGCTTCT
CAGAGGACATGGAAAGCAACTTGAACA*****TTCTCTTTACTGAAATCGAGAGGTATGA
TCAAGTCTGGTGACCTCGTGATCGCTGTTTCTGACATGCTGCAATCCATCCAAGTCATGA
ATGTTCCCTAGATTTCACTCTCTTTCTTAACACACGCAGACATTCCCCCACAACGACTGT
TTAGTTTTTCCTACTTTTGTCATGGTTTGGTTTATCGTTTGACAGTTGTAAGCTTTGTGT
ATTGTGTACTATGTTTATCTTTTTACTTTT

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 5

CO CL1323Contig1 668 5 10 U
GGAAGCGTGATTTGATGATGTAAGTCATCATTCAAGCTCAAAAGAAGCGTTTGCATTAAG
TCATATACACAAGATTCAAGACTTTTCATATAAATAAAATGTTTTGTTGTTTTGAGAGGG
TACAAGAGAAAAAAGTAATACAGAGACAGTGAGAAGAGAGAAAACTTGTAAAGCTCTAAG
ATTTGTGTTTAAGTTTTCTCTAGCTTTAGGAGTTGAAGAGTGAGTCTTGAGTGTTAGTGA
AAGGCATCGAGATGGATCACTTGTAGCTCCTCTTGTAAACACTATCTGAATCTAGTGGAT
TCCGTAGCTACCCTCGTTAACAGGAGTGAACCGGATAAAGTCTTGAAGAAGTGAAATTCC
GGTTTGATTCTGATTGTGAAAAGGCCAAGAAGAAAGCTCTAAATTATATCTTTGATTACA
AAGGAGTTGAATCAGTAACATTAGAAAACAGCATACTTACCGTGCAAGGAGAAGGACTAG
ATGAGGAGGAAATGAAGAGAAAGATGGATAAGATTCTTCTTTCACCCAAAACGGGATTTC
TATCATGTTTTATTCCTAAGAAATAATATGATGTTCGTATTTTAAAAACATTTGAATTAT
AATTTTATGATTCTTATATAGCTTCATGTTCTATTAGATATTTGTTTTAATAATAAAACT
AGTTAACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL03TF U 75
AF RR3AC62JQ C 1
AF RR3AC62TF U 1
AF RR3H705JQ C 120
AF RR3H705TF U 120
BS 1 279 RR3AC62TF
BS 280 280 RR3AL03TF
BS 281 297 RR3AC62TF
BS 298 298 RR3AL03TF
BS 299 378 RR3AC62TF
BS 379 379 RR3AL03TF
BS 380 433 RR3AC62TF
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BS 435 616 RR3AC62TF
BS 617 668 RR3H705TF

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GTAATACAGAGACAGTGAGAAGAGAGAAAACTTGTAAAGCTCTAAGATTTGTGTTTAAGT
TTTCTCTAGCTTTAGGAGTTGAAGAGTGAGTCTTGAGTGTTAGTGAAAGGCATCGAGATG
GATCACTTGTAGCTCCTCTTGTAAACACTATCTGAATCTAGTGGATTCCGTAGCTACCCT
CGTTAACAGGAGTGAACCGGATAAAGTCTTGAAGAAGTGAAATTCCGGTTTGATTCTGAT
TGTGAAAAGGCC

QA 1 312 1 312
DS 

RD RR3AC62JQ 617 0 0
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TCATATACACAAGATTCAAGACTTTTCATATAAATAAAATGTTTTGTTGTTTTGAGAGGG
TACAAGAGAAAAAAGTAATACAGAGACAGTGAGAAGAGAGAAAACTTGTAAAGCTTTAAG
ATTTGTGTTTAAGTTTTCTCTAGCTTTAGGAGTTGAAGAGTGAGTCTTGAGTGTTAGTGA
AAGGCATCGAGATGGATCACTTGTAGCTCCTCTTGTAAATACTATCTGAATCTAGTGTAT
TCCGTAGCTACCCTCGTTAACAGGAGTGAACCGGATAAAGTCTTGAAGAAGTGAAATTCC
GGTTTGATTCTGATTGTGCAAAGGCCAAGAAGAAAGCTCTAAATTATATCTTTGATTACA
AAGGAGTTGAATCTGTAACATTAGAAAACAGCATACTTACCGTGCAAGGAGAAGGACTAG
ATGAGGAGGAAATGAAGAGAAAGATGGATAAGATTCTTCTTTCACCCAAAACGGGATTTC
TATCATGTTTTATTCCTAAGAAATAATATGATGTTCGTATTTTAAAAACATTTGAATTAT
AATTTTATGATTCTTA
C

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3AC62TF 617 0 0
GGAAGCGTGATTTGATGATGTAAGTCATCATTCAAGCTCAAAAGAAGCGTTTGCATTAAG
TCATATACACAAGATTCAAGACTTTTCATATAAATAAAATGTTTTGTTGTTTTGAGAGGG
TACAAGAGAAAAAAGTAATACAGAGACAGTGAGAAGAGAGAAAACTTGTAAAGCTCTAAG
ATTTGTGTTTAAGTTTTCTCTAGCTTTAGGAGTTGAAGAGTGAGTCTTGAGTGTTAGTGA
AAGGCATCGAGATGGATCACTTGTAGCTCCTCTTGTAAATACTATCTGAATCTAGTGTAT
TCCGTAGCTACCCTCGTTAACAGGAGTGAACCGGATAAAGTCTTGAAGAAGTGAAATTCC
GGTTTGATTCTGATTGTGCAAAGGCCAAGAAGAAAGCTCTAAATTATATCTTTGATTACA
AAGGAGTTGAATCTGTAACATTAGAAAACAGCATACTTACCGTGCAAGGAGAAGGACTAG
ATGAGGAGGAAATGAAGAGAAAGATGGATAAGATTCTTCTTTCACCCAAAACGGGATTTC
TATCATGTTTTATTCCTAAGAAATAATATGATGTTCGTATTTTAAAAACATTTGAATTAT
AATTTTATGATTCTTA
C

QA 1 616 1 616
DS 

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GGG
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GGCATCGAGATGGATCACTTGTAGCTCCTCTTGTAAACACTATCTGAATCTAGTGGATTC
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TTTGATTCTGATTGTGAAAAGGCCAAGAAGAAAGCTCTAAATTATATCTTTGATTACAAA
GGAGTTGAATCAGTAACATTAGAAAACAGCATACTTACCGTGCAAGGAGAAGGACTAGAT
GAGGAGGAAATGAAGAGAAAGATGGATAAGATTCTTCTTTCACCCAAAACGGGATTTCTA
TCATGTTTTATTCCTAAGAAATAATATGATGTTCGTATTTTAAAAACATTTGAATTATAA
TTTTATGATTCTTA
TATAGCT

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DS 

RD RR3H705TF 549 0 0
GGG
CAAGAGAAAAAAGTAATACAGAGACAGTGAGAAGAGAGAAAGCTTGTAAAGCTCTAAGAT
TTGTGTTTAAGTTTTCTCTAGCTTTAGGAGTTGAAGAGTGAGTCTTGAGTGTTAGTGAAA
GGCATCGAGATGGATCACTTGTAGCTCCTCTTGTAAACACTATCTGAATCTAGTGGATTC
CGTAGCTACCCTCGTTAACAGGAGTGAACCGGATAAAGTCTTGAAGAAGTGAAATTCCGG
TTTGATTCTGATTGTGAAAAGGCCAAGAAGAAAGCTCTAAATTATATCTTTGATTACAAA
GGAGTTGAATCAGTAACATTAGAAAACAGCATACTTACCGTGCAAGGAGAAGGACTAGAT
GAGGAGGAAATGAAGAGAAAGATGGATAAGATTCTTCTTTCACCCAAAACGGGATTTCTA
TCATGTTTTATTCCTAAGAAATAATATGATGTTCGTATTTTAAAAACATTTGAATTATAA
TTTTATGATTCTTATATAGCTTCATGTTCTATTAGATATTTGTTTTAATAATAAAACTAG
TTAACC

QA 4 549 4 549
DS 



AS 1 4

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TCTTTAGTTACAACACACT*AAGTCTTTCATGATTAAAAAAAAACCATAAATAAGTGAAG
CAGAGATATGACAATCACAGATTGATGCACTTTCCAAGTTTTTT*CTGGAGTTCCTTTGT
TTCTTTCTCTGCTTTCTCCAGATTCTCTCTCAGCTTCTTTATCTCATCGCTCGACCGTTT
CTGAGCTTCATTTGCCCTCTTCTCCGCTTCAAGTCTCGCTGCTTGTTCTTCACCTAGCTG
CTTCTCCAGCCTCTTTGCCGTTTCTCTCAGCTTTGTCTCCACCATATCTGTGATGCGATT
AAGCTGTCGGTCATATGATATCTCTATTTGCTTCTTGAACTCAGATATCTCATCCTTTAA
ATAACCCTTGAGCGATTCAACCTCCTTCTTCTGGTCACGTACCTTGATAGCCTCTTCCTG
AAGTTCATGAAACAATTCATCTGTAAACGGTTTTCCATTGTTCTTTCTGGAGATGGAATC
AACATGTGAGAGGAGCTTCTGAACTTGCGCAGCTTTCTTGCGCTTATCCTTAGTCTTGTT
ATCAAACAGTACCATTCGATTGTCACATAGCTCAAGCATCTCTTTCAGAAACTCAGGGCA
AGCCTGAGCCAAATACTCCTCCAACGTCTCTTCATTCTCTTCCAGCTCATCACCACCAGT
GAACACAATGATCATATAATCAGCGATCTTACTACCAAACAGC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3FU58JQ U 5
AF RR3CO60JQ U 5
AF RR3A952JQ U 1
AF RR3A952TF C 166
BS 1 122 RR3A952JQ
BS 123 123 RR3CO60JQ
BS 124 164 RR3A952JQ
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BS 166 200 RR3A952JQ
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RD RR3FU58JQ 230 0 0
AAAAACCAATCTCAAACTCAAATTCGTCCAGCATGACAGATTCACATGCAAATGCGTCTT
TAGTTACAACACACTTAAGTCTTTCATGATTAAAAAAAAACCATAAATAAGTGAAGCAGA
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TTCTCTGCTTTCTCCAGATTCTCTCTCAGCTTCTTTATCTCATCGCTCGA

QA 1 230 1 230
DS 

RD RR3CO60JQ 680 0 0
AAAAACCAATCTCAAACTCAAATTCGTCCAGCATGACAGATTCACATGCAAATGCGTCTT
TAGTTACAACACACT*AAGTCTTTCATGATTAAAAAAAAACCATAAATAAGTGAAGCAGA
GATATGACAATCACAGATTGATGCACTTTCCAAGTTTTTT*CTGGAGTTCCTTTGTTTCT
TTCTCTGCTTTCTCCAGATTCTCTCTCAGCTTCTTTATCTCATCGCTCGACCGTTTCTGA
GCTTCATTTGCCCTCTTCTCCGCTTCAAGTCTCGCTGCTCGTTCTTCACCTAGCTGCTTC
TCCAGCCTCTTTGCCGTTTCTCTCAGCTTTGTCTCCACCATATCTGTGATGCGATTAAGC
TGTCGGTCATATGATATCTCTATTTGCTTCTTGAACTCAGATATCTCATCCTTTGAATAA
CCCTTGAGCGATTCAACCTCCTTCTTCTGGTCACGTACCTTGATAGCCTCTTCCTGAAGT
TTATGAAACAATTCATCTGTAAACGGTTTTCCATTGTTCTTTCTGGAGATGGAATCAACA
TGTGAGAGGAGCTTCTGAACTTGCGCAGCTTTCTTGCGCTTATCCTTAGTCTTGTTATCA
AACAGTACCATTCGATTGTCACATAGCTCAAGCATCTCTTTCAGAAACTCAGGGCAAGCC
TGAGCCAAATACTCCTCCAA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3A952JQ 763 0 0
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TCTTTAGTTACAACACACT*AAGTCTTTCATGATTAAAAAAAAACCATAAATAAGTGAAG
CAAAGATATGACAATCACAGATTGATGCACTTTCCAAGTTTTTTTCTGGAGTTCCTTTGT
TTCTTTCTCTGCTTTCTCCAAATTCTCTCTCAGCTTCTTTATCTCATCGCTCGACCGTTT
CTGAGCTTCATTTGCCCTCTTCTCCGCTTCAAGTCTCGCTGCTTGTTCTTCACCTAGCTG
CTTCTCCAGCCTCTTTGCCGTTTCTCTCAGCTTTGTCTCCACCATATCTGTGATGCGATT
AAGCTGTCGGTCATATGATATCTCTATTTGCTTCTTGAACTCAAATATCTCATCCTTTAA
ATAACCCTTGAGCGATTCAACCTCCTTCTTCTGGTCACGTACCTTGATAGCCTCTTCCTG
AAGTTCATGAAACAATTCATCTGTAAACGGTTTTCCATTGTTCTTTCTGGAGATGGAATC
AACATGTGAGAGGAGCTTCTGAACTTGCGCAGCTTTCTTGCGCTTATCCTTAGTCTTGTT
ATCAAACAGTACCATTCGATTGTCACATAGCTCAAGCATCTCTTTCAGAAACTCAGGGCA
AGCCTGAGCCAAATACTCCTCCAACGTCTCTTCATTCTCTTCCAGCTCATCACCACCAGT
GAACACAATGATCATATAATCAGCGATCTTACTACCAAACAGC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3A952TF 598 0 0
CTGGAGTTCCTTTGTTTCTTTCTCTGCTTTCTCCAGATTCTCTCTCAGCTTCTTTATCTC
ATCGCTCGACCGTTTCTGAGCTTCATTTGCCCTCTTCTCCGCTTCAAGTCTCGCTGCTTG
TTCTTCACCTAGCTGCTTCTCCAGCCTCTTTGCCGTTTCTCTCAGCTTTGTCTCCACCAT
ATCTGTGATGCGATTAAGCTGTCGGTCATATGATATCTCTATTTGCTTCTTGAACTCAGA
TATCTCATCCTTTAAATAACCCTTGAGCGATTCAACCTCCTTCTTCTGGTCACGTACCTT
GATAGCCTCTTCCTGAAGTTCATGAAACAATTCATCTGTAAACGGTTTTCCATTGTTCTT
TCTGGAGATGGAATCAACATGTGAGAGGAGCTTCTGAACTTGCGCAGCTTTCTTGCGCTT
ATCCTTAGTCTTGTTATCAAACAGTACCATTCGATTGTCACATAGCTCAAGCATCTCTTT
CAGAAACTCAGGGCAAGCCTGAGCCAAATACTCCTCCAACGTCTCTTCATTCTCTTCCAG
CTCATCACCACCAGTGAACACAATGATCATATAATCAGCGATCTTACTACCAAACAG
C

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 6

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GGATTTTCCTCTGCTCCGTCAGGATAAAACCCTAGAAGGAGGATAAAGAAAGAGCGTGAA
AAATGGTGCAGCGTCCTGTATACCGTTCTCGTCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGC
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ACTAGAAATCCTATTTTCACTTTTTATTTTATTAAAAAATGTTGTGGCTTTGTTCTAGCA
ATAGTTACTGGTTGCAGAATATGAGAGAAACATTATGTATTCGTCGCAGTTCTCAAGCTT
TTTTTCAATTCGTTTTTGGTCTTGACTCTGTCGACATTTCGCAAATCTTGTGTGTTATAC
TTTTCTCCTTTCAATTTTCTTTTCACATTTCATTGTTTCTATTCTTGTGAAGTTTACTTG
TTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 

AF RR3AJ80TF U 86
AF RR3F150TF U 6
AF RR3GN71JQ C 6
AF RR3GN71TF U 9
AF RR3DT73TF U 1
AF RR3DT73JQ C 92
BS 1 62 RR3DT73TF
BS 63 63 RR3F150TF
BS 64 75 RR3DT73TF
BS 76 76 RR3GN71TF
BS 77 194 RR3DT73TF
BS 195 195 RR3AJ80TF
BS 196 277 RR3DT73TF
BS 278 278 RR3F150TF
BS 279 408 RR3DT73TF
BS 409 409 RR3F150TF
BS 410 545 RR3DT73TF
BS 546 546 RR3GN71TF
BS 547 603 RR3DT73TF
BS 604 604 RR3GN71TF
BS 605 666 RR3DT73TF

RD RR3AJ80TF 308 0 0
TTCTCGTCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGCACAGGATCCTCAAAACCCCTGGTGG
TAAATTGACATTCCAGACCACCAAGAAGCGTGCCAGTGGACCTAAATGTCCCGTTACCGG
CAAGCGTATTCAGGGTATCCCCCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGTCTCGATTATC
CAGAAACAGGAGGACCGTGAACCGTGCGTACGGTGGTGTTTTGTCTGCTTTGGCTGTTAG
GGAGAGAATCGTCCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAAAGGATTGTGAAGAAGGTCTTGAA
GCTCCAAA

QA 1 308 1 308
DS 

RD RR3F150TF 543 0 0
GGCTCTGCTC
CCGTCAGGATAAAACCCTAGAAGGAGGATAAAGAAAGAGCGTGAAAAATGGTGCAGCGTC
TTGTATACCGTTCTCGTCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGCACAGGATCCTCAAAA
CCCCTGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACCAAGAAGCGTGCCAGTGGACCTAAATGTC
CCGTTACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGT
CTCGATTATCCAGAAACAGGAGAACCGTGAACCGTGCGTACGGTGGTGTTTTGTCTGCTT
TGGCTGTTAGGGAGAGAATCGTCCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAGA
AGGTCTTGAAACTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTCGCTCCCAAGAACTAGAAATCCTATT
TTCACTTTTTATTTTATTAAAAAATGTTGTGGCTTTGTTCTAGCAATAGTTACTGGTTGC
AGAATATGAGAGAAACATTATGTATTCGTCGCAGTTCTCAAGCTTTTTTT
CAA

QA 11 540 11 540
DS 

RD RR3GN71JQ 626 0 0
GGCTCTGCTC
CCGTCAGGATAAAACCCTAGAAGGAGGATAAAGAAAGAGCGTGAAAAATGGTGCAGCGTC
CTGTATACCGTTCTCGTCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGCACAGGATCCTCAAAA
CCCCTGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACCAAGAAGCGTGCCAGTGGACCTAAATGTC
CCGTTACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGT
CTCGATTATCCAGAAACAGGAGAACCGTGAATCGTGCGTACGGTGGTGTTTTGTCTGCTT
TGGCTGTTAGGGAGAGAATCGTCCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAGA
AGGTCTTGAAGCTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTCGCTCCCAAGAACTAGAAATCCTATT
TTCACTTTTTATTTTATTAAAAAATGTTGTGGCTTTGTTCTAGCAATAGTTACTGGTTGC
AGAATATGAGAGAAACATTATGTATTCGTCGCAGTTCTCAAGCTTTTTTTCAATTCGTTT
TTGGTCTTGACTCTGTCGACATTTCGCAAATCTTGTGTGTTATACTTTTCTCCTTTCAAT
TTTCTTTTCACATTTC

QA 11 626 11 626
DS 

RD RR3GN71TF 623 0 0
TCTGCTC
CCGTCAGGATAAAACCCTAGAAGGAGGATAAAGAAAGAGCGTGAAAAATGGTGCAGCGTC
CTGTATACCGTTCTCGTCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGCACAGGATCCTCAAAA
CCCCTGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACCAAGAAGCGTGCCAGTGGACCTAAATGTC
CCGTTACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGT
CTCGATTATCCAGAAACAGGAGAACCGTGAATCGTGCGTACGGTGGTGTTTTGTCTGCTT
TGGCTGTTAGGGAGAGAATCGTCCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAGA
AGGTCTTGAAGCTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTCGCTCCCAAGAACTAGAAATCCTATT
TTCACTTTTTATTTTATTAAAAAATGTTGTGGCTTTGTTCTAGCAATAGTTACTGGTTGC
AGAATATGAGAGAAACATTATGTATTCGTCGCAGTTCTCAAGCTTTTTTTCAATTCGTTT
TTGGTCTTGACTCTGTCGACATTTCGCAAATCTTGTGTGTTATACTTTTCTCCTTTCAAT
TTTCTTTTCACATTTC

QA 8 623 8 623
DS 

RD RR3DT73TF 666 0 0
GGATTTTCCTCTGCTCCGTCAGGATAAAACCCTAGAAGGAGGATAAAGAAAGAGCGTGAA
AA*TGGTGCAGCGTCTTGTATACCGTTCTCGTCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGC
ACAGGATCCTCAAAACCCCTGGTGGTAAATTGACATTCCAGACCACCAAGAAGCGTGCCA
GTGGACCTAAATGTTCCGTTACCGGCAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTG
CTGAGTACAAGAGGTCTCGATTATCCAGAAACAGGAGGACCGTGAACCGTGCGTACGGTG
GTGTTTTGTCTGCTTTGGCTGTTAGGGAGAGAATCGTCCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGC
AAAAGATTGTGAAGAAGGTCTTGAAGCTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGGCGCTCCCAAGA
ACTAGAAATCCTATTTTCACTTTTTATTTTATTAAAAAATGTTGTGGCTTTGTTCTAGCA
ATAGTTACTGGTTGCAGAATATGAGAGAAACATTATGTATTCGTCGCAGTTCTCAAGCTT
TTTTTTAATTCGTTTTTGGTCTTGACTCTGTCGACATTTCGCAAATCTTGTGTGTTATAC
TTT*CTCCTTTCAATTTTCTTTTCACATTTCATTGTTTCTATTCTTGTGAAGTTTACTTG
TTTGTT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3DT73JQ 575 0 0
TCACAGCTACGCCACCAAATCCAACCAGCACAGGATCCTCAAAACCCCTGGTGGTAAATT
GACATTCCAGACCACCAAGAAGCGTGCCAGTGGACCTAAATGTTCCGTTACCGGCAAGCG
TATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGTCTCGATTATCCAGAAA
CAGGAGGACCGTGAACCGTGCGTACGGTGGTGTTTTGTCTGCTTTGGCTGTTAGGGAGAG
AATCGTCCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAAAAGATTGTGAAGAAGGTCTTGAAGCTCCA
AAAGGCCAAGGAAAAGGGCGCTCCCAAGAACTAGAAATCCTATTTTCACTTTTTATTTTA
TTAAAAAATGTTGTGGCTTTGTTCTAGCAATAGTTACTGGTTGCAGAATATGAGAGAAAC
ATTATGTATTCGTCGCAGTTCTCAAGCTTTTTTTTAATTCGTTTTTGGTCTTGACTCTGT
CGACATTTCGCAAATCTTGTGTGTTATACTTT*CTCCTTTCAATTTTCTTTTCACATTTC
ATTGTTTCTATTCTTGTGAAGTTTACTTGTTTGTT

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 6

CO CL1326Contig1 1433 6 11 U
GCAACATTTTTGTATTTATCGCCAATAAATAGCAGTAGTTCATACTAATTTTACACTACC
GATTTAGTTAGCTAAACTGTTCTAGGCAATTGTCCTTTATTTTGGTTATTTGTTGCAAAT
AAAAATGACAAAAAGGATTTGAATGCCAAAATATATATAGAAACAAATTATCATTTGGAA
ACTTCATTACGGCAAGTCTTGTCACAGGGATAA*CACAGTCTATGAGTTTCGCTCCTCTT
CTTTCGAAAAACCAATCTCCCACAGCTACTGCAATCCTCTTGTTCTTAATAGCAGGAGAG
TTTTTGGAATACCAAGTGTCATGATTCTCTGTTTGGCAATGAGTAAAGCACGAGTTAATA
AATACTCCGTTCTTACTTGGCTTTGTAAAACTACTGATCAAATTCACCATACGAGTTCTG
AAACCTTGCAAGAACTTGATCTGAGATGCATTGCACTTTGCGATGTTAAGTCTACAGTCA
GACCAACTTCCATTTGGACCTGCAGATTTAGGAGTTAAACTCTCTTGGATCTGCCACGGA
TCGTATGCAGCATTTAGAATAAACAATGAAGTGTTGACTTGGTTTATTAGGTTTTGCCCG
AAAAGACACGAAGTTGGATTAAGACGTCTTAAACATTCGTTAGAGAGCTGTGTTGTAATA
CTCTGTAATACTATTAAATCTCTGTATAAATTTCTAAGAGGTCGATCTCCAGAGACATCG
GGGGCATCAAGGAAAAGGCCAGCATCACTCAGACATTTTAGTCTGGCCTTAGGGAAATGC
CATTTTAACTGGTCACAGTGAAGTATCGCTGCAAGGCCTCCAGAAGAACATCCAGAAAGC
AGAACCTGCTTTGCTTCACGAAATCTGTTGTTTTCCATCAAGTCTACCATAACACATCCC
CATATTTGCTTTCCTCTAAACTGAAGTTTTGCATCCATATTTTCGTTTCTTCCCATAAAG
GATCCACCATCACAGGACCTAACTTTTACTCTGTTCCAGTTATAAAAGTCTGGATTTTCC
GCGGCTTTGTCACTTAGAATTCCTGTAAAAGGTATCTGTTTCTCCATATATTTGGACGAC
CCATGACGAGTTTTTTTCATATTTATACAATCTTCAATGGTACCACACCATCCACCTCCC
TCAAACTGAATGATCCAATTCTTTGCTCCTGAACCGGACCCGGGATGAAAATGATATCCG
GAAGGACTTCCATCTAGACACAATGCTGATCTCTCATTAGCATTTTTAACGAAAGTGAGT
TCTACCATTGTAGGCTTTGCTTTGGAATAGACATCATTTTCTGTCTGATACACATTTGTC
CCATTAGAATCTGGGAGCCTCTCCATCACCCCATTAACAGGGAGGATTAAGATGACACCA
AAAAGAGTGAGACTCCATAAAATTTTCTTCATTTCAAAGGAAACGCAAGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AZ14JQ U 1
AF RR3AK82JQ U 84
AF RR3CP43JQ U 84
AF RR3AZ14TF C 605
AF RR3AK82TF C 633
AF RR3CP43TF C 951
BS 1 213 RR3AZ14JQ
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BS 215 498 RR3AZ14JQ
BS 499 499 RR3AK82JQ
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AAAAATGACAAAAAGGATTTGAATGCCAAAATATATATAGAAACAAATTATCATTTGGAA
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CTTTCGAAAAACCAATCTCCCACAGCTACTGCAATCCTCTTGTTCTTAATAGCAGGAGAG
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AATACTCCGTTCTTACTTGGCTTTGTAAAACTACTGATCAAATTCACCATACGAGTTCTG
AAACCTTGCAAGAACTTGATCTGAGATGCATTGCACTTTGCGATGTTAAGTCTACAGTCA
GACCAACTTCCATTTGGATCTGCAGATTTAGGAGTTAAACTCTCTTGGATCTGCCACGGA
TCGTATGCAGCATTTAGAATAAACAATGAAGTGTTGACTTGGTTTATTAGGTTTTGCCCG
AAAAAACACGAAGTTGGATTAAGACGTCTTAAACATTCGTTAGAGAGCTGTGTTGTAATA
CTCTGTAATACTATTAAATCTCTGTATAAATTTCTAAGAGGTCGATCTCCAGAGACATCG
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CATTTTAACTGGTCACAGTGAAGTATCGCTGCAAGGCCTCCAG

QA 1 823 1 823
DS 

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ATTCTCTGTTTGGCAATGAGTAAAGCACGAGTTAATAAATACTCCGTTCTTACTTGGCTT
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AGATGCATTGCACTTTGCGATGTTAAGTCTACAGTCAGACCAACTTCCATTTGGACCTGC
AGATTTAGGAGTTAAACTCTCTTGGATCTGCCACGGATCGTATGCAGCATTTAGAATAAA
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GTATAAATTTCTAAGAGGTCGATCTCCAGAGACATCGGGGGCATCAAGGAAAAGGCCAGC
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TATCGCTGCAAGGCCTCCAGAAGAACATCCAGAAAGCAGAACCTGCTTTGCTTCACGAAA
TCTGTTGTTTTCCATCAAGTCTACCATAACA

QA 1 811 1 811
DS 

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TGCCAAAATATATATAGAAACAAATTATCATTTGGAAACTTCATTACGGCAAGTCTTGTC
ACAGGGATAA*CACAGTCTATGAGTTTCGCTCCTCTTCTTTCGAAAAACCAATCTCCCAC
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ATTCTCTGTTTGGCAATGAGTAAAGCACGAGTTAATAAATACTCCGTTCTTACTTGGCTT
TGTAAAACTACTGATCAAATTCACCATACGAGTTCTGAAACCTTGCAAGAACTTGATCTG
AGATGCATTGCACTTTGCGATGTTAAGTCTACAGTCAGACCAACTTCCATTTGGACCTGC
AGATTTAGGAGTTAAACTCTCTTGGATCTGCCACGGATCGTATGCAGCATTTAGAATAAA
CAATGAAGTGTTGACTTGGTTTATTAGGTTTTGCCCGAAAAGACACGAAGTTGGATTAAG
ACGTCTTAAACATTCGTTAGAGAGCTGTGTTGTAATACTCTGTAATACTATTAAATCTCT
GTATAAATTTCTAAGAGGTCGATCTCCAGAGACATCGGGGGCATCAAGGAAAAGGCCAGC
ATCACTCAGACATTTTAGTCTGGCCTTAGGGAAATGCCATTTTAACTGGTCACAGTGAAG
TATCGCTGCAAGGCCTCCAGAAGAACATCCAGAAAGCA

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DS 

RD RR3AZ14TF 829 0 0
A
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TAATACTATTAAATCTCTGTATAAATTTCTAAGAGGTCGATCTCCAGAGACATCGGGGGC
ATCAAGGAAAAGGCCAGCATCACTCAGACATTTTAGTCTGGCGTTAGGGAAATGCCATTT
TAACTGGTCACAGTGAAGTATCGCTGCAAGGCCTCCAGAAGAACATCCAGAAAGCAGAAC
CTGCTTTGCTTCACGAAATCTGTTGTTTTCCATCAAGTCTACCATAACACATCCCCATAT
TTGCTTTCCTCTAAACTGAAGTTTTGCATCCATATTTTCGTTTCTTCCCATAAAGGATCC
ACCATCACAGGACCTAACTTTTACTCTGTTCCAGTTATAAAAGTCTGGATTTTCCGCGGC
TTTGTCACTTAGAATTCCTGTAAAAGGTATCTGTTTCTCCATATATTTGGACGACCCATG
ACGAGTTTTTTTCATATTTATACAATCTTCAATGGTACCACACCATCCACCTCCCTCAAA
CTGAATGATCCAATTCTTTGCTCCTGAACCGGACCCGGGATGAAAATGATATCCGGAAGG
ACTTCCATCTAGACACAATGCTGATCTCTCATTAGCATTCTTAACGAAAGTGAGTTCTAC
CATTGTAGGCTTTGCTTTGGAATAGACATCATTTTCTGTCTGATACACATTTGTCCCATT
AGAATCTGGGAGCCTCTCCATCACCCCATTAACAGGGAGGATTAAGATGACACCAAAAAG
AGTGAGACTCCATAAAATTTTCTTCATTTCAAAGGAAACGCAAGGTCC

QA 2 829 2 829
DS 

RD RR3AK82TF 801 0 0
ACATTCGTTAGAGAGCTGTGTTGTAATACTCTGTAATACTATTAAATCTCTGTATAAATT
*CTAAGAGGTCGATCTCCAGAGACATCGGGGGCATCAAGGAAAAGGCCAGCATCACTCAG
ACATTTTAGTCTGGCTTTAGGGAAATGCCATTTTAACTGGTCACAGTGAAGTATCGCTGC
AAGGCCTCCAGAAGAACATCCAGAAAGCAGAACCTGCTTTGCTTCACGAAATCTGTTGTT
TTCCATCAAGTCTACCATAACACATCCCCATATTTGCTTTCCTCTAAACTGAAGTTTTGC
ATCCATATTTTCGTTTCTTCCCATAAAGGATCCACCATCACAGGACCTAACTTTTACTCT
GTTCCAGTTATAAAAGTCTGGATTTTCCGCGGCTTTGTCACTTAGAATTCCTGTAAAAGG
TATCTGTTTCTCCATATATTTGGACGACCCATGACGAGTTTTTTTCATATTTATACAATC
TTCAATGGTACCACACCATCCACCTCCCTCAAACTGAATGATCCAATTCTTTGCTCCTGA
ACCGGACCCGGGATGAAAATGATATCCGGAAGGACTTCCATCTAGACACAATGCTGATCT
CTCATTAGCATTTTTAACGAAAGTGAGTTCTACCATTGTAGGCTTTGCTTTGGAATAGAC
ATCATTTTCTGTCTGATACACATTTGTCCCATTAGAATCTGGGAGCCTCTCCATCACCCC
ATTAACAGGGAGGATTAAGATGACACCAAAAAGAGTGAGACTCCATAAAATTTTCTTCAT
TTCAAAGGAAACGCAAGGTCC

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3CP43TF 483 0 0
TCCCATAAAGGATCCACCATCACAGGACCTAACTTTTACTCTGTTCCAGTTATAAAAGTC
TGGATTTTCCGCGGCTTTGTCACTTAGAATTCCTGTAAAAGGTATCTGTTTCTCCATATA
TTTGGACGACCCATGACGAGTTTTTTTCATATTTATACAATCTTCAATGGTACCACACCA
TCCACCTCCCTCAAACTGAATGATCCAATTCTTTGCTCCTGAACCGGACCCGGGATGAAA
ATGATATCCGGAAGGACTTCCATCTAGACACAATGCTGATCTCTCATTAGCATTTTTAAC
GAAAGTGAGTTCTACCATTGTAGGCTTTGCTTTGGAATAGACATCATTTTCTGTCTGATA
CACATTTGTCCCATTAGAATCTGGGAGCCTCTCCATCACCCCATTAACAGGGAGGATTAA
GATGACACCAAAAAGAGTGAGACTCCATAAAATTTTCTTCATTTCAAAGGAAACGCAAGG
TCC

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 4

CO CL1327Contig1 845 4 10 U
GGGCGCATCAGATAAACGGCTCAAAAAGCAAAAAAGAAAGGAAAAAAAAAAGTTCTGTGG
GAAGATGCGGCCGACAGAGGCGACAAGGCCGGCGACGGCGGAACAGAGCCGGCGACTAAA
GGATGAGCTATCGGAGAGCATGAGCTTCAGCAGCCAAATGAAGAAGGAAGACGAGGAGCT
GTCGGTGAAAGCTCTGTCGGCGTTCAAGGCGAAAGAAGATGAGATCGAGAAGAAGAAGAT
GGAGATCAGAGAACGAGTTTTAGCTCAGCTCGGCCGTGTTGAAGACGAGACCAAGCGTCT
CGCTTTGATCCGCGAGGAACTTGAAGGATTTGCTGATCCCATGAGGAAGGAAGTCACTTT
GATCCGGAAGAAGATTGATTCTCTCGATAAAGAGATTAAACCATTGGGGAATACTGTTCA
GAAAAAGGAAGTAGAGTACAAGGATGCACTTGAAGCATTTAACGAAAAGAACAAGGAGAA
GGTGGAGCTGATCACCAAGCTACAGGAGTTGGAGGGAGAGAGCGAGAAAATGAGATTAAA
GAAGCTGGAAGAGCTAAGCAAGAACATTGATCTAACCAAAGGTTAGTGTTGGACGAGCAG
ACTCACTTGGATTGGGCTAATATTATATGTGGTAAATCATGGTAGAGTATTTTCATTGTT
CTTTCTATCATTCTAGTCGTATATCATTTCAATATATAAAATTAAATAAAAAGTAATAGT
GAATGGTTTTGAACTCGAGTGTTTCAGAAAAAAGCATGTAACCAGTTTATAATGTCAAGA
CGCTATCGATGTGATTCCCAAATTTGTATTATAATAAATGTAAAAAACTATGTTTGTTCG
TGGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3DW95TF U 68
AF RR3DL88TF U 1
AF RR3DW95JQ C 198
AF RR3DL88JQ C 94
BS 1 581 RR3DL88TF
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RD RR3DW95TF 637 0 0
GA
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ATCGGAGAGCATGAGCTTCAGCAGCCAAATGAAGAAGGAAGACGAGGAGCTGTCGGTGAA
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AGAGCTAAGCAAGAACATTGATCTAACCAAAGGTTAGTGTTGGACGAGCAGACTCACTTG
GATTGGGCTAATATTATATGTGGTAAATCATGGTAGAGTATTTTCATTGTTCTTTCTATC
ATTCTAGTCGTATATCATTTCAATATATAAAATTA

QA 3 637 3 637
DS 

RD RR3DL88TF 748 0 0
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GAAGATGCGGCCGACAGAGGCGACAAGGCCGGCGACGGCGGAACAGAGCCGGCGACTAAA
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GGAGATCAGAGAACGAGTTTTAGCTCAGCTCGGCCGTGTTGAAGACGAGACCAAGCGTCT
CGCTTTGATCCGCGAGGAACTTGAAGGATTTGCTGATCCCATGAGGAAGGAAGTCACTTT
GATCCGGAAGAAGATTGATTCTCTCGATAAAGAGATTAAACCATTGGGGAATACTGTTCA
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ACTCACTTGGATTGGGCTAATATTATATGTGGTAA*TCATGGTAGAGTATTTTCATTGTT
CTTTCTATCATTCTAGTCGTATATCATTTCAATATATAAAATTAAATAAAA*GTAATAGT
GAATGGTTTTGAACTC
GAGTGTTTCAGA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3DW95JQ 641 0 0
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TTTTAGCTCAGCTCGGCCGTGTTGAAGACGAGACCAAGCGTCTCGCTTTGATCCGCGAGG
AACTTGAAGGATTTGCTGATCCCATGAGGAAGGAATTCACTTTGATCCGGAAGAAGATTG
ATTCTCTCGATAAAGAGATTAAACCATTGGGGAATACTGTTCAGAAAAAGGAAGTAGAGT
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GCAAGAACATTGATCTAACCAAAGGTTAGTGTTGGACGAGCAGACTCACTTGGATTGGGC
TAATATTATATGTGGTAAATCATGGTAGAGTATTTTCATTGTTCTTTCTATCATTCTAGT
CGTATATCATTTCAATATATAAAATTAAATAAAAAGTAATAGTGAATGGTTTTGAACTCG
AGTGTTTCAGAAAAAAGCATGTAACCAGTTTATAATGTCAAGACGCTATCGATGTGATTC
CCAAATTTGTATTATAATAAATGTAAAAAACTATTTTTGTT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3DL88JQ 752 0 0
GACGGCGGAACAGAGCCGGCGACTAAAGGATGAGCTATCGGAGAGCATGAGCTTCAGCAG
CCAAATGAAGAAGGAAGACGAGGAGCTGTCGGTGAAAGCTCTGTCGGCGTTCAAGGCGAA
AGAAGATGAGATCGAGAAGAAGAAGATGGAGATCAGAGAACGAGTTTTAGCTCAGCTCGG
CCGTGTTGAAGACGAGACCAAGCGTCTCGCTTTGATCCGCGAGGAACTTGAAGGATTTGC
TGATCCCATGAGGAAGGAAGTCACTTTGATCCGGAAGAAGATTGATTCTCTCGATAAAGA
GATTAAACCATTGGGGAATACTGTTCAGAAAAAGGAAGTAGAGTACAAGGATGCACTTGA
AGCATTTAACGAAAAGAACAAGGAGAAGGTGGAGCTGATCACCAAGCTACAGGAGTTGGA
GGGAGAGAGCGAGAAAATGAGATTAAAGAAGCTGGAAGAGCTAAGCAAGAACATTGATCT
AACCAAAGGTTAGTGTTGGACGAGCAGACTCACTTGGATTGGGCTAATATTATATGTGGT
AAATCATGGTAGAGTATTTTCATTGTTCTTTCTATCATTCTAGTCGTATATCATTTCAAT
ATATAAAATTAAATAAAAAGTAATAGTGAATGGTTTTGAACTCGAGTGTTTCAGAAAAAA
GCATGTAACCAGTTTATAATGTCAAGACGTTATCGATGTGATTCCCAAATTTGTATTATA
ATAAATGTAAAAAACTATGTTTGTTCGTGGGT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 2 4

CO CL1328Contig1 485 2 3 U
GGTGACCTCGTTCCGTCACTACTCCGAGACCTAAAGTTATTTTTCGTACTCGTATCCGCT
GCAATGACGAAGGGAACGGGGAGTTTCGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTCACACTCTCTGT
GTGAGATGTGGCCGTCGCAGTTTCCACATCCAGAAAAGCCGCTGCTCCGCCTGTGCTTAC
CCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCCGTAGAAAGACCACA
GGAACTGGAAGGATGAGGTATCTTCGCAATGTGCCTCGCAGGTTCAAGACCGGTTTCAGA
GAAGGTACTGAAGCCAAGCCAAGGAACAAGTCAGCAGCTTCATCAGCTTAAACACTAGAT
TTATGGCTTATGAGTTTGTTTGCAAGATCACTCTGTTTTATTATTCAGCATCCGATTACA
ATTTGTCTTTTTGGTGTGTTATCTACTCTTTATATAAACTTTTGGACTTGAATGAGATTT
CTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3A149TF U 7
AF RR3A149JQ C 1
BS 1 6 RR3A149JQ
BS 7 466 RR3A149TF
BS 467 485 RR3A149JQ

RD RR3A149TF 479 0 0
CTCGTTCCGTCACTACTCCGAGACCTAAAGTTATTTTTCGTACTCGTATCCGCTGCAATG
ACGAAGGGAACGGGGAGTTTCGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTCACACTCTCTGTGTGAGA
TGTGGCCGTCGCAGTTTCCACATCCAGAAAAGCCGCTGCTCCGCCTGTGCTTACCCCGCC
GCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCCGTAGAAAGACCACAGGAACT
GGAAGGATGAGGTATCTTCGCAATGTGCCTCGCAGGTTCAAGACCGGTTTCAGAGAAGGT
ACTGAAGCCAAGCCAAGGAACAAGTCAGCAGCTTCATCAGCTTAAACACTAGATTTATGG
CTTATGAGTTTGTTTGCAAGATCACTCTGTTTTATTATTCAGCATCCGATTACAATTTGT
CTTTTTGGTGTGTTATCTACTCTTTATATAAACTTTTGGA
CTTGAATGAGATTTCTGTT

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR3A149JQ 485 0 0
GGTGACCTCGTTCCGTCACTTTTCCGAGACCTAAAGTTATTTTTTGTACTCGTATCCGCT
GCAATGACGAAGGGAACGGGGAGTTTCGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTCACACTCTCTGT
GTGAGATGTGGCCGTCGCAGTTTCCACATCCAGAAAAGCCGCTGCTCCGCCTGTGCTTAC
CCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCCGTAGAAAGACCACA
GGAACTGGAAGGATGAGGTATTTTCGCAATGTGCCTCGCAGGTTCAAGACCGGTTTCAGA
GAAGGTACTGAAGCCAAGCCAAGGAACAAGTCAGCAGCTTCATCAGCTTAAACACTAGAT
TTATGGCTTATGAGTTTGTTTGCAAGATCACTCTGTTTTATTATTCAGCATCCGATTACA
ATTTGTCTTTTTGGTGTGTTATTTACTCTTTATATAAACTTTTGGACTTGAATGAGATTT
CTGTT

QA 1 485 1 485
DS 



CO CL1328Contig2 273 2 3 U
GCACCGGAACTGGAAGGATGAGTTATCTTCGCAATGTGCCTCGCAGGTTCAAGACCGGTT
TCAGAGAAGGTACTGAAGCCAAGCCAAGGAACAAGTCAGCAGCTTCATCAGCTTAAACAC
TAGATTTATGGCTTATGAGTTTGTTTGCAAGATTACTCTGTTTTATTATTCAGCATCCGA
TTACAATTTGTCTTTTTGGTGTGTTATCTACTCTTTATATAATCTTTTGGATGAGATTTA
TGTTAACTTTGCAATTTGCGAATCCTGTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3DG41JQ C 1
AF RR3DG41TF U 1
BS 1 5 RR3DG41JQ
BS 6 272 RR3DG41TF
BS 273 273 RR3DG41JQ

RD RR3DG41JQ 273 0 0
GCACCGGAACTGGAAGGATGAGTTATCTTCGCAATGTGCCTCGCAGGTTCAAGACCGGTT
TCAGAGAAGGTACTGAAGCCAAGCCAAGGAACAAGTCAGCAGCTTCATCAGCTTAAACAC
TAGATTTATGGCTTATGAGTTTGTTTGCAAGATTACTCTGTTTTATTATTCAGCATCCGA
TTACAATTTGTCTTTTTGGTGTGTTATCTACTCTTTATATAATCTTTTGGATGAGATTTA
TGTTAACTTTGCAATTTGCGAATCCTGTTTTCC

QA 1 273 1 273
DS 

RD RR3DG41TF 273 0 0
GCACC
GGAACTGGAAGGATGAGTTATCTTCGCAATGTGCCTCGCAGGTTCAAGACCGGTTTCAGA
GAAGGTACTGAAGCCAAGCCAAGGAACAAGTCAGCAGCTTCATCAGCTTAAACACTAGAT
TTATGGCTTATGAGTTTGTTTGCAAGATTACTCTGTTTTATTATTCAGCATCCGATTACA
ATTTGTCTTTTTGGTGTGTTATCTACTCTTTATATAATCTTTTGGATGAGATTTATGTTA
ACTTTGCAATTTGCGAATCCTGTTTTC
C

QA 6 272 6 272
DS 



AS 1 6

CO CL1329Contig1 985 6 12 U
GGGGATTTCTTTTGGGACGATGAGTTTCGACCTAAATGGGATCCTATGCTTGCTTACTTC
AAGACTTTGGAAGAGGATCTTCAGACAGGAACAACTATAGTTCACTGGATTAAAAAGTTT
CCGTTTTTTTGTAGTGACCGGGAGTACATCATTGGTAGTAGAATATGGGGGTCTGGAAAG
AAGTATTATGCTGTGACTAAGGGAGTACCGTATCCAACTCTACCAAAGCGTGATAAGCCA
AGGCGAGTGGAGCTTTATTTCTCAAGCTGGATAATCAAAGCTGTTGAATCTCGAAAAAGG
GATGGACAAATGTCAGCTTGTGAAGTCTCTCTTGTCCACTGCGAAGACATGGGAATCCCA
AAAGACGTAGCGAAGCTAGGAGTCCGTCATGGCATGTGGGGAGCCGTCAAAAAGCTAACC
TCCGGGTTAAGGGCGTATCAGAGCGCTAGAAAGACAGGGGTGGCTCTGTCAAGGAGCGCT
CAAATGGCAGGAGTCACCACAAAGCTGAACATGGATTTGGTGGAAACATCGAGAGTAGAG
GAGGAAGAAGAAGAGAGAGGAGAAGCCATGGAGAAGGCAAGGAGACAAAAGGAGCAGTTC
AATGTAGATTGGAAATGGATCGCAGTAGGAGGAGTTGCTTTGGCTTGTGGGCTTCATTCA
AGTGCTATCGGCAAGGCCTTAATGGTTGGAGCAGGGCAGAGACTTGCTCGTAGGTGAAAT
ATTTTCTTATTATCTCGACCTGAGAGATTGATATTATTATGTGTTTCCCTTGAGGACTCT
TTAGTCCTGCACAGAAAGGCAGCTTGCTATATGCTTCATGGGTTGTGCTTTCTTCTTGTA
ACTGCGTTTAGTGGTGTAAGCAAAGTGAAAGAGTAACTTTTGAGACAAGTGCTGCTAAGG
TGTGGTTGAATATCTCTTGTAATACCGTTTAATACTATGGAGCTTATTGGACTTTTTGTG
GAATCTTGTACTCATTTGTGTGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG41TF U 1
AF RR3AA15TF U 88
AF RR3AA15JQ C 131
AF RR3AI90TF U 342
AF RR3GG41JQ C 214
AF RR3AI90JQ C 342
BS 1 158 RR3GG41TF
BS 159 159 RR3AA15TF
BS 160 169 RR3GG41TF
BS 170 170 RR3AA15TF
BS 171 297 RR3GG41TF
BS 298 298 RR3AA15TF
BS 299 481 RR3GG41TF
BS 482 690 RR3AA15TF
BS 691 691 RR3AI90TF
BS 692 868 RR3AA15TF
BS 869 957 RR3AI90TF
BS 958 985 RR3GG41JQ

RD RR3GG41TF 481 0 0
GGGGATTTCTTTTGGGACGATGAGTTTCGACCTAAATGGGATCCTATGCTTGCTTACTTC
AAGACTTTGGAAGAGGATCTTCAGACAGGAACAACTATAGTTCACTGGATTAAAAAGTTT
CCGTTTTTTTGTAGTGACCGGGAGTACATCATTGGTAGGAGAATATGGGAGTCTGGAAAG
AAGTATTATGCTGTGACTAAGGGAGTACCGTATCCAACTCTACCAAAGCGTGATAAGCCA
AGGCGAGTGGAGCTTTATTTCTCAAGCTGGATAATCAAAGCTGTTGAATCTCGAAAAGGG
GATGGACAAATGTCAGCTTGTGAAGTCTCTCTTGTCCACTGCGAAGACATGGGAATCCCA
AAAGACGTAGCGAAGCTAGGAGTCCGTCATGGCATGTGGGGAGCCGTCAAAAAGCTAACC
TCCGGGTTAAGGGCGTATCAGAGCGCTAGAAAGACAGGGGTGGCTCTGTCAAGGAGCGCT
C

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR3AA15TF 781 0 0
GGAACAACTATAGTTCACTGGATTAAAAAGTTTCCGTTTTTTTGTAGTGACCGGGAGTAC
ATCATTGGTAGTAGAATATGGGGGTCTGGAAAGAAGTATTATGCTGTGACTAAGGGAGTA
CCGTATCCAACTCTACCAAAGCGTGATAAGCCAAGGCGAGTGGAGCTTTATTTCTCAAGC
TGGATAATCAAAGCTGTTGAATCTCGAAAAAGGGATGGACAAATGTCAGCTTGTGAAGTC
TCTCTTGTCCACTGCGAAGACATGGGAATCCCAAAAGACGTAGCGAAGCTAGGAGTCCGT
CATGGCATGTGGGGAGCCGTCAAAAAGCTAACCTCCGGGTTAAGGGCGTATCAGAGCGCT
AGAAAGACAGGGGTGGCTCTGTCAAGGAGCGCTCAAATGGCAGGAGTCACCACAAAGCTG
AACATGGATTTGGTGGAAACATCGAGAGTAGAGGAGGAAGAAGAAGAGAGAGGAGAAGCC
ATGGAGAAGGCAAGGAGACAAAAGGAGCAGTTCAATGTAGATTGGAAATGGATCGCAGTA
GGAGGAGTTGCTTTGGCTTGTGGGCTTCATTCAAGTGCTATCGGCAAGGCCTTAATGGTT
GGATCAGGGCAGAGACTTGCTCGTAGGTGAAATATTTTCTTATTATCTCGACCTGAGAGA
TTGATATTATTATGTGTTTCCCTTGAGGACTCTTTAGTCCTGCACAGAAAGGCAGCTTGC
TATATGCTTCATGGGTTGTGCTTTCTTCTTGTAACTGCGTTTAGTGGTGTAAGCAAAGTG
A

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3AA15JQ 823 0 0
GTAGTGACCGGGAGTACATCATTGGTAGTAGAATATGGGGGTCTGGAAAGAAGTATTATG
CTGTGACTAAGGGAGTACCGTATCCAACTCTACCAAAGCGTGATAAGCCAAGGCGAGTGG
AGCTTTATTTCTCAAGCTGGATAATCAAAGCTGTTGAATCTCGAAAAAGGGATGGACAAA
TGTCAGCTTGTGAAGTCTCTCTTGTCCACTGCGAAGACATGGGAATCCCAAAAGACGTAG
CGAAGCTAGGAGTCCGTCATGGCATGTGGGGAGCCGTCAAAAAGCTAACCTCCGGGTTAA
GGGCGTATCAGAGCGCTAGAAAGACAGGGGTGGCTCTGTCAAGGAGCGCTCAAATGGCAG
GAGTCACCACAAAGCTGAACATGGATTTGGTGGAAACATCGAGAGTAGAGGAGGAAGAAG
AAGAGAGAGGAGAAGCCATGGAGAAGGCAAGGAGACAAAAGGAGCAGTTCAATGTAGATT
GGAAATGGATCGCAGTAGGAGGAGTTGCTTTGGCTTGTGGGCTTCATTCAAGTGCTATCG
GCAAGGCCTTAATGGTTGGATCAGGGCAGAGACTTGCTCGTAGGTGAAATATTTTCTTAT
TATCTCGACCTGAGAGATTGATATTATTATGTGTTTCCCTTGAGGACTCTTTAGTCCTGC
ACAGAAAGGCAGCTTGCTATATGCTTCATGGGTTGTGCTTTCTTCTTGTAACTGCGTTTA
GTGGTGTAAGCAAGGTGAAAGAGTAACTTTTGAGACAAGTGCTGCTAAGGTGTGGTCGAA
TATCTCTTGTAATACCGTTTAATACTATGGAGCTTATTGGAC
C

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR3AI90TF 629 0 0
G
GAAGACATGGGAATCCCAAAAGACGTAGCGAAGCTAGGTGTCCGTCATGGCATGTGGGGA
GCCGTCAAAAAGCTAAACTCCGGGTTAAGGGCGTACCAGAGCGCTAGAAAGACAGGG*TG
GCTCTGTCACGAAGCGCTCAAATGGCAGGAGTCACCACAAAGCTGAACATGGATTTGGTG
GAAACATCGAGAGTAGAGGAGGAAGAAGA***GAGAGGAGAAGCCATGGAGAAGGCAAGG
AGACAAAAGGAGCAGTTCAATGTAGATTGGAAATGGATCGCTGTAGGAGGAGTTGCTTTG
GCTTGTGGGCTTCATTCAAGTGCTATCGGCAAGGCCTTAATGGTTGGAGCAGGGCAGAGA
CTTGCTCGTAGGTGAAATATTTTCTTATTATCTCGACCTGAGAGATTGATATTATTATGT
GTTTCCCCTGAGGACTCTTTAGTCCTGCACAGAAAGGCAGCTTGCTATATGCTTCATGGG
TTGTGCTTTCTTCTTGTAACTGCGTTTAGTGGTGGAAGCAAAGTGAAAGAGTAACTTTTG
AGACAAGTGCTGCTAAGGTGTGGTTGAATATCTCTTGTAATACCGTTTAATACTATGGAG
CTTATTGGACTTTTT
TGTGGCATCTTGC

QA 2 616 2 616
DS 

RD RR3GG41JQ 772 0 0
CCAACTCTACCAAAGCGTGATAAGCCAAGGCGAGTGGAGCTTTATTTCTCAAGCTGGATA
ATCAAAGCTGTTGAATCTCGAAAAGGGGATGGACAAATGTCAGCTTGTGAAGTCTCTCTT
GTCCACTGCGAAGACATGGGAATCCCAAAAGACGTAGCGAAGCTAGGAGTCCGTCATGGC
ATGTGGGGAGCCGTCAAAAAGCTAACCTCCGGGTTAAGGGCGTATCAGAGCGCTAGAAAG
ACAGGGGTGGCTCTGTCAAGGAGCGCTCAAATGGCAGGAGTCACCACAAAGCTGAACATG
GATTTGGTGGAAACATCGAGAGTAGAGGAGGAAGAAGAAGAGAGAGGAGAAGCCATGGAG
AAGGCAAGGAGACAAAAGGAGCAGTTCAATGTAGATTGGAAATGGATCGCAGTAGGAGGA
GTTGCTTTGGCTTGTGGGCTTCATTCAAGTGCTATCGGCAAGGCCTTAATGGTTGGAGCA
GGGCAGAGACTTGCTCGTAGGTGAAATATTTTCTTATTATCTCGACCTGAGAGATTGATA
TTATTATGTGTTTCCCTTGAGGACTCTTTAGTCCTGCACAGAAAGGCAGCTTGCTATATG
CTTCATGGGTTGTGCTTTCTTCTTGTAACTGCGTTTAGTGGTGTAAGCAAAGTGAAAGAG
TAACTTTTGAGACAAGTGCTGCTAAGGTGTGGTCGAATATCTCTTGTAATACCGTTTAAT
ACTATGGAGCTTATTGGACTTTTTGTGGAATCTTGTACTCATTTGTGTGGAT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3AI90JQ 628 0 0
G
GAAGACATGGGAATCCCAAAAGACGTAGCGAAGCTAGGTGTCCGTCATGGCATGTGGGGA
GCCGTCAAAAAGCTAAACTCCGGGTTAAGGGCGTACCAGAGCGCTAGAAAGACAGGG*TG
GCTCTGTCACGAAGCGCTCAAATGGCAGGAGTCACCACAAAGCTGAACATGGATTTGGTG
GAAACATCGAGAGTAGAGGAGGAAGAAGA***GAGAGGAGAAGCCATGGAGAAGGCAAGG
AGACAAAAGGAGCAGTTCAATGTAGATTGGAAATGGATCGCTGTAGGAGGAGTTGCTTTG
GCTTGTGGGCTTCATTCAAGTGCTATCGGCAAGGCCTTAATGGTTGGAGCAGGGCAGAGA
CTTGCTCGTAGGTGAAATATTTTCTTATTATCTCGACCTGAGAGATTGATATTATTATGT
GTTTCCCCTGAGGACTCTTTAGTCCTGCACAGAAAGGCAGCTTGCTATATGCTTCATGGG
TTGTGCTTTCTTCTTGTAACTGCGTTTAGTGGTGGAAGCAAAGTGAAAGAGTAACTTTTG
AGACAAGTGCTGCTAAGGTGTGGTTGAATATCTCTTGTAATACCGTTTAATACTATGGAG
CTTATTGGACTTTTTGTGGCATCTTG
C

QA 2 627 2 627
DS 



AS 2 6

CO CL1330Contig1 867 4 24 U
GATGCTCGGGACAGTTGGACCACCAGTGCCAAACGTGGATATACGCCTTGAATCTGCACC
CGAGATGGAATATGATGCTCTTGCAAGTACTCCACGTGGTGAAATCTGCATTAGGGGAAA
GACCCTTTTCTCTGGATACTACAAACGTGAAGACCTCACAAAAGAGGTTCTTATCGATGG
ATGGCTGCACACAGGTGATGTTGGTGAATGGCAACCAAATGGAAGCATGAAGATAATTGA
CAGGAAGAAGAATATCTTTAAACTCTCACAAGGAGAGTATGTTGCGGTAGAGAACTTGGA
AAACATCTATGGTGAAGTTCAAGCTGTTGATTCCGTGTGGGTGTACGGGAACAGCTTTGA
ATCATTCCTAGTGGCAGTCGCCAATCCAAACCAGCATATCCTTGAAAAATGGGCTGCAGA
AAACGGTGTGAGCGGTGACTACAACGCTCTCTGTCAAAACGCCAAGGCAAAGGAGTTCAT
CCTCGGAGAACTTGTGAAAATGGGCAAAGAGAAGAAGATGAAGGGGTTCGAGATCATCAA
GGCGGTTCATCTAGACCCAGTGCCATTTGACATGGAACGCGACCTTCTCACTCCGACCTA
CAAAAAGAAGAGGCCTCAATTGCTGAAACACTTCCAGAGTGTGATCGATGAAATGTACAA
GACTACCAATGAGAGCTTAGCTTCCAGAAAGTAAATCCCTCCTCAAAAACCGCTCTCGGT
TGTTTTTTCTTTGGGTCTCTCACTGTTCACGACGAAGACTTTGTCAGTAGGCTCTTCTAT
CATGTGTGTACAATATTTCATAGCATCAGATCAGAGCTGCTACACACTGTCTTCTTTTCA
AATCTGACTTATCTGTTTATTACTAAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 0 0 15 15 15 15 0 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB70TF U 1
AF RR3A431JQ C 141
AF RR3BU11TF U 1
AF RR3A431TF U 85
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BS 371 480 RR3BU11TF
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BS 801 806 RR3BU11TF
BS 807 867 RR3A431TF

RD RR3EB70TF 600 0 0
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QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3A431JQ 551 0 0
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AACTCTCACAAGGAGAGTATGTTGCGGTAGAGAACTTGGAAAACATCTATGGTGAAGTTC
AAGCTGTTGATTCCGTGTGGGTGTACGGGAACAGCTTTGAATCATTCCTAGTGGCAGTCG
CCAATCCAAACCAGCATATCCTTGAAAAATGGGCTGCAGAAAACGGTGTGAGCGGTGACT
ACAACGCTTTCTGTCAAAACGCCAAGGCAAAGGAGTTCATCCTCGGAGAACTTGTGAAAA
TGGGCAAAGAGAAGAAGATGAAGGGGTTCGAGTTCATCAAGGCGGTTCATCTAGACCCAG
TGCCATTTGACATGGAACGCGACCTTCTCACTCCGACCTACAAAAAGAAGAGGCCTCAAT
TGCTGAAACACTTCCAGAGTGTGTTCGATGAAATGTACAAGACTACCAATGAGAGCTTAG
CTTCCAGAAAG

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3BU11TF 806 0 0
GATGCTCGGGACAGTTGGACCACCAGTGCCAAACGTGGATATACGCCTTGAATCTGCACC
CGAGATGGAATATGATGCTCTTGCAAGTACTCCACGTGGTGAAATCTGCATTAGGGGAAA
GACCCTTTTCTCTGGATACTACAAACGTGAAGACCTCACAAAAGAGGTTCTTATCGATGG
ATGGCTGCACACAGGTGATGTTGGTGAATGGCAACCAAATGGAAGCATGAAGATAATTGA
CAGGAAGAAGAATATCTTTAAACTCTCACAAGGAGAGTATGTTGCGGTAGAGAACTTGGA
AAACATCTATGGTGAAGTTCAAGCTGTTGATTCCGTGTGGGTGTACGGGAACAGCTTTGA
ATCATTCCTTGTGGCAGTCGCCAATCCAAACCAGCATATCCTTGAAAAATGGGCTGCAGA
AAACGGTGTGAGCGGTGACTACAACGCTCTCTGTCAAAACGCCAAGGCAAAGGAGTTCAT
ACTCGGAGAACTTGTGAAAATGGGCAAAGAGAAGAAGATGAAGGGGTTCGAGATCATCAA
GGCGGTTCATCTAGACCCAGTGCCATTTGACATGGAACGCGACCTTCTCACTCCGACCTA
CAAAAAGAAGAGGCCTCAATTGCTGAAACACTTCCAGAGTGTGATCGATGAAATGTACAA
GACTACCAATGAGAGCTTAGCTTCCAGAAAGTAAATCCCTCCTCAATATCCGGTCTCTTT
TGTTTTTTCTTTGGGTCTCTCACTGTTCACGACGATGACTTTGTCAGTAG*CTCTTCTAT
CAT*TGTGTACA*TATTTCGTAGCAT

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3A431TF 783 0 0
AAGTACTCCACGTGGTGAAATCTGCATTAGGGGAAAGACCCTTTTCTCTGGATACTACAA
ACGTGAAGACCTCACAAAAGAGGTTCTTATCGATGGATGGCTGCACACAGGTGATGTTGG
TGAATGGCAACCAAATGGAAGCATGAAGATAATTGACAGGAAGAAGAATATCTTTAAACT
CTCACAAGGAGAGTATGTTGCGGTAGAGAACTTGGAAAACATCTATGGTGAAGTTCAAGC
TGTTGATTCCGTGTGGGTGTACGGGAACAGCTTTGAATCATTCCTAGTGGCAGTCGCCAA
TCCAAACCAGCATATCCTTGAAAAATGGGCTGCAGAAAACGGTGTGAGCGGTGACTACAA
CGCTCTCTGTCAAAACGCCAAGGCAAAGGAGTTCATCCTCGGAGAACTTGTGAAAATGGG
CAAAGAGAAGAAGATGAAGGGGTTCGAGATCATCAAGGCGGTTCATCTAGACCCAGTGCC
ATTTGACATGGAACGCGACCTTCTCACTCCGACCTACAAAAAGAAGAGGCCTCAATTGCT
GAAACACTTCCAGAGTGTGATCGATGAAATGTACAAGACTACCAATGAGAGCTTAGCTTC
CAGAAAGTAAATCCCTCCTCAAATATCTCTCTCGGTTGTTTTTTCTTTGGGTTTCTCACT
GTTCATGACGAAGACTTTGTCAGTAGGCTCTTCTATCATGTGTGTACAATATTTCATAGC
ATCAGATCAGAGCTGCTACACACTGTCTTCTTTTCAAATCTGACTTATCTGTTTATTACT
AAG

QA 1 783 1 783
DS 



CO CL1330Contig2 507 2 2 U
CAGCAAACCAAATGGTTTAACTCCCACATAAATCCACCACAAGATAGGATACTTTATGCT
CAAGAGTTTGAAAGGATTAACAATTAAACTTAGTAATTTAACAGATAAAAGTCAGATTTG
AAAAGAAAACAGTGTTTAGCAAGCTCTGATCTGATGCTACGAAATATTGTACACAAATGA
TAGAAGAGCCTACTGACAAAGTCATCGTCGTGAACAGTGAGAGACCCAAAGAAAAAACAA
AAGAAACCGGATATTTGAGGAGGGATTTACTTTCTGGAAGCTAAGCTCTCATTGGTAGTC
TTGTACATTTCATCGATCACACTCTGGAAGTGTTTCAGCAATTGAGGCCTCTTCTTTTTG
TAGGTCGGAATGAGAAGGTCGCGTTCCATGTCAAATGGCACTGGGTCTAGATGAACCGCC
TTGATGATCTCGAACCCCTTCATCTTCTTCTCTTTGCCCATTTTCACAAGTTCTCCGAGT
ATGAACTCCTTTGCCTTGGCGTTTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TTGATGATCT

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DS 

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AAAAGAAACCGGATATTTGAGGAGGGATTTACTTTCTGGAAGCTAAGCTCTCATTGGTAG
TCTTGTACATTTCATCGATCACACTCTGGAAGTGTTTCAGCAATTGAGGCCTCTTCTTTT
TGTAGGTCGGAATGAGAAGGTCGCGTTCCATGTCAAATGGCACTGGGTCTAGATGAACCG
CCTTGATGATCTCGAACCCCTTCATCTTCTTCTCTTTGCCCATTTTCACAAGTTCTCCGA
GTATGAACTCCTTTGCCTTGGCGTTTTGA

QA 1 389 1 389
DS 



AS 1 6

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AACATCTGGAATTGACAACAAATTTGCCACCGTGCAATTCACAGGAGAGGTTTTGAAGAC
CCCTGTGTCACAAGACATGCTTGGCCGCATTTTTAACGGCTCCGGAAAGCCAATTGATAA
TGGCCCTCCTATTTTGCCAGAGGCATACCTTGACATCTCTGGAAGTTCAATCAACCCCAG
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CTCCATCGCTCGTGGACAGAAGATTCCTCTTTTCTCTGCTGCTGGTTTACCTCATAACGA
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CCTAATTGAGGATCATGGAGAGGACAATTTTGCAATTGTCTTCGCAGCTATGGGTGTGAA
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TACCCTTTTCCTGAACCTGGCAAATGACCCGACCATCGAGAGAATTATCACTCCTCGAAT
TGCCCTGACAACCGCAGAGTATCTCGCTTATGAATGCGGGAAGCATGTGCTTGTTATATT
GACAGACATGAGTTCTTATGCGGATGCTCTTCGTGAGGTCTCTGCTGCTCGAGAAGAAGT
ACCTGGAAGACGTGGATATCCGGGTTATATGTATACAGATCTTGCAACTATTTATGAGCG
TGCAGGGCGTATTGAAGGAAGAAAGGGTTCCATCACCCAAATCCCTATCCTCACTATGCC
CAATGATGACATCACTCACCCTACTCCGGATCTTACTGGTTACATTACCGAGGGTCAGAT
ATACACTGACAGGCAACTTCACAACAGACAGATTTATCCACCCATTAACGTGCTTCCATC
ACTTTCTCGATTAATGAAGAGTGCTATTGGTGAGGGAATGACTCGCCGTGACCATTCTGA
TGTGTCCAACCAGCTCTACGCAAACTATGCAATCGGGAAGGATGTTCAAGCCATGAAAGC
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ATTTGAGAGGAAGTTTGTGATGCAAGGGGCATACGATACCAGAAACATCTTCCAGTCACT
TGATTTGGCATGGACACTGCTCCGTATCTTCCCGCGTAAGCTTCTTCACCGTATTCCTGC
CAAAACACTTGATCAATTCTACAGCCGCGACGCTAAAAGCTAAGCCTTTTAAACAGCCTC
TATATTGCTCTATCCTCCCCTTATTTGGAACTTGGATTATGTTGAGAGAAGAAAAATATT
TGCGTGAAAACGAAAACTCAGAGAATTGTGGAATTTGGTTTATTCGTTTGTTTGTTTCAT
CTGTGTAATAAAGGTTTGTGTGGTTGGGAAACTACGCACATAAACGCTATTTATAAGCCT
TGCAAACTGGTGAATCATGTCTTTTTTTTGTTGTGTAATAATAATCTATTTCCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3G583TF U 1
AF RR3G219TF U 303
AF RR3DG71JQ C 790
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CCCTGTGTCACAAGACATGCTTGGCCGCATTTTTAACGGCTCCGGAAAGCCAATTGATAA
TGGCCCTCCTATTTTGCCAGAGGCATACCTTGACATCTCTGGAAGTTCAATCAACCCCAG
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CTCCATCGCTCGTGGACAGAAGATTCCTCTTTTCTCTGCTGCTGGTTTACCTCATAACGA
AATCGCTGCTCAAATTTGTCGTCAGGCTGGTCTTGTTAAGCGGTTGGAAAAGACTGAGAA
CCTAATTGAGGATCATGGAGAGGACAATTTTGCAATTGTCTTCGCAGCTATGGGTGTGAA
CATGGAGACAGCTCAGTTCTTCAAGCGTGATTTTGAAGAAAATGGATCAATGGAAAGGGT
TACCCTTTTCCTGAACCTGGCAAATGACCCGACCATCGAGAGAATTATCACTCCTCGAAT
TGCCCTGACAACCGCAGAGTATCTCGCTTATGAATGCGGGAAGCATGTGCTTGTTATATT
GACAGACATGA

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3G219TF 751 0 0
G
CATCGCTCGTGGACAGAAGATTCCTCTTTTCTCTGCTGCTGGTTTACCTCATAACGAAAT
CGCTGCTCAAATTTGTCGTCAGGCTGGTCTTGTTAAGCGGTTGGAAAAGACTGAGAACCT
AATTGAGGATCATGGAGAGGACAATTTTGCAATTGTCTTCGCAGCTATGGGTGTGGACAT
GGAGACAGCTCAGTTCTTCAAGCGTGATTTTGAAGAAAATGGATCAATGGAAAGGGTTAC
CCTTTTCCTGAACCTGGCAAATGACCCGACCATCGAGAGAATTATCACTCCTCGAATTGC
CCTGACAACCGCAGAGTATCTCGCTTATGAATGCGGGAAGCATGTGCTTGTTATATTGAC
AGACATGAGTTCTTATGCGGATGCTCTTCGTGAGGTCTCTGCTGCTCGAGAAGAAGTACC
TGGAAGACGTGGATATCCGGGTTATATGTATACAGATCTTGCAACTATTTATGAGCGTGC
AGGGCGTATTGAAGGAAGAAATGGTTCCATCACCCAAATCCCTATCCTCACTATGCCCAA
TGATGACATCACTCACCCTACTCCGGATCTTACTGGTTACATTACCGAGGGTCAGATATA
CACTGACAGGCAACTTCACAACAGACAGATTTATCCACCCATTAACGTGCTTCCATCACT
TTCTCGATTAATGAAGAGTGCTATTGGTGAGGGAATGACTCGCCGTGACCATTCTGATGT
GTCCAACCAGCTCTACGCAAACTATGCAAT

QA 2 751 2 751
DS 

RD RR3DG71JQ 757 0 0
TATTGAAGGAAGAAAGGGTTCCATCACCCAAATCCCTATCCTCACTATGCCCAATGATGA
CATCACTCACCCTACTCCGGATCTTACTGGTTACATTACCGAGGGTCAGATATACATTGA
CAGGCAACTTCACAACAGACAGATTTATCCACCCATTAACGTGCTTCCATCACTTTCTCG
ATTAATGAAGAGTGCTATTGGTGAGGGAATGACTCGCCGTGACCATTCTGATGTGTCCAA
CCAGCTTTACGCAAACTATGCAATCGGGAAGGATGTTCAAGCCATGAAAGCTGTCGTTGG
TGAAGAAGCTCTTTCTTCTGAGGATCTGCTGTACCTAGAGTTCCTGGACAAATTTGAGAG
GAAGTTTGTGATGCAAGGGGCATACGATACCAGAAACATCCTCCAGTCACTTGATTTGGC
ATGGACACTGCTCCGTATCTTCCCGCGTGAGCTTCTTCACCGTATTCCTGCCAAAACACT
TGATCAATTCTACAGCCGCGACGCTAAAAGCTAAGCCTTTTAAACAGCCTCTATATTGCT
CTATCCTCCCCTTATTTGGAACTTGAATTATGTTGAGAGAAGAAAAATATTTGCGTGAAA
ACGAAAACTCAGAGAATTGTGGAATTTGGTTTATTCGTTTGTTTGTTTCATCTGTGTAAT
AAAGGTTTGTGTGGTTGGGAAACTACGCACATAAACGCTATTTATAACCCTTGCAAACTG
GTGAATCATGTCTTTTTTTTGTTGTGTAATAATAATC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3BT69JQ 559 0 0
G
TGACTCGCCGTGACCATTCTGATGTGTCCAACCAGCTCTACGCAAACTATGCAATCGGGA
AGGATGTTCAAGCCATGAAAGCTGTCGTTGGTGAAGAAGCTCTTTCTTCTGAGGATCTGC
TGTACCTAGAGTTCCTGGACAAATTTGAGAGGAAGTTTGTGATGCAAGGGGCATACGATA
CCAGAAACATCTTCCAGTCACTTGATTTGGCATGGACACTGCTCCGTATCTTCCCGCGTA
AGCTTCTTCACCGTATTCCTGCCAAAACACTTGATCAATTCTACAGCCGCGACGCTAAAA
GCTAAGCCTTTTAAACAGCCTCTATATTGCTCTATCCTCCCCTTATTTGGAACTTGGATT
ATGTTGAGAGAAGAAAAATATTTGCGTGAAAACGAAAACTCAGAGAATTGTGGAATTTGG
TTTATTCGTTTGTTTGTTTCATCTGTGTAATAAAGGTTTGTGTGGTTGGGAAACTACGCA
CATAAACGCTATTTATAAGCCTTGCAAACTGGTGAATCATGTCTTTTTTTTGTTGTGTAA
TAATAATCTATTTCCTTC

QA 2 559 2 559
DS 

RD RR3G219JQ 421 0 0
TGCTGTACCTAGAGTTCCTGGACAAATTTGAGAGGAAGTTTGTGATGCAAGGGGCATACG
ATACCAGAAACATCTTCCAGTCACTTGATTTGGCATGGACACTGCTCCGTATCTTCCCGC
GTGAGCTTCTTCACCGTATTCCTGCCAAAACACTTGATCAATTCTACAGCCGCGACGCTA
AAAGCTAAGCCTTTTAAACAGCCTCTATATTTCTCTATCCTCCCCTTATTTGGAACTTGA
ATTATGTTGAGAGAAGAAAAATATTTGCGTGAAAACGAAAACTCAGAGAATTGTGGAATT
TGGTTTATTCGTTTGTTTGTTTCATCTGTGTAATAAAGGTTTGTGTGGTTGGGAAACTAC
GCACATAAACGCTATTTATAAGCCTTGCAAACTGGTGAATCATGTCTTTTTTTTGTTGTG
T

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR3BT69TF 559 0 0
G
TGACTCGCCGTGACCATTCTGATGTGTCCAACCAGCTCTACGCAAACTATGCAATCGGGA
AGGATGTTCAAGCCATGAAAGCTGTCGTTGGTGAAGAAGCTCTTTCTTCTGAGGATCTGC
TGTACCTAGAGTTCCTGGACAAATTTGAGAGGAAGTTTGTGATGCAAGGGGCATACGATA
CCAGAAACATCTTCCAGTCACTTGATTTGGCATGGACACTGCTCCGTATCTTCCCGCGTA
AGCTTCTTCACCGTATTCCTGCCAAAACACTTGATCAATTCTACAGCCGCGACGCTAAAA
GCTAAGCCTTTTAAACAGCCTCTATATTGCTCTATCCTCCCCTTATTTGGAACTTGGATT
ATGTTGAGAGAAGAAAAATATTTGCGTGAAAACGAAAACTCAGAGAATTGTGGAATTTGG
TTTATTCGTTTGTTTGTTTCATCTGTGTAATAAAGGTTTGTGTGGTTGGGAAACTACGCA
CATAAACGCTATTTATAAGCCTTGCAAACTGGTGAATCATGTCTTTTTTTTGTTGTGTAA
TAATAATCTATTTCCTTC

QA 2 559 2 559
DS 



AS 1 5

CO CL1332Contig1 674 5 21 U
ATTAGAGCTGATAACGAAGATCTACTTCATGTTTGG*CAGAAGTTATTACATGCAAGTTT
GCGCATTTATACACCAAGTGCGCATCAAAGCTAGAGTAACAAATAGCTAGACCTATATAT
AGTATTCTTTAACCGAGGCAAACCGTATGGTTCTTGGTGATAGAACTCCGAGAATCTTGG
AGGGAGAAGTTGGAATTGATGTCAGGAAGATGCATTGCAGAGTCCATAGAGGAAGACGAA
GGAAACTGATCCTCGAACCATTGGATTGTGAGGGGTGATGTGTTGTTGCAAATAGTGTTT
GGGGCGAAAAAGAGAGTAGAGTAGTCTTTGGTAAGGCTTGCTTCTTGTGTTTCACATACT
TTCACTAGCATGCTCTCCATGTATTTCCCTTGTGCTTCTATCCTTTGATTCACCTGTCTT
TCTACCTCTACATCTTCCTCTATTCTTCTTTGCACTTCAGTTTGCATCTCGTTCATATTG
TGACCAATGATGTGTGGAGTAGTGAATACAACATTCCTCTGAAGATCCAACATGGAAACT
CTATTAGTATCCCTAATATTAATGGAGTGACCATGACTATGGTCCTTGTGAGGTTGCTTT
CCAAGTCTGAACTTCTGGAGATGGCTCTTGAGATGGTAAAGTGTAAGACCTTTCACGCCC
ATCACTCTCATTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 30 30 30 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK39JQ U 318
AF RR3EK39TF C 9
AF RR3GI30JQ U 9
AF RR3GI30TF C 9
AF RR3C570JQ U 1
BS 1 34 RR3C570JQ
BS 35 35 RR3GI30JQ
BS 36 36 RR3C570JQ
BS 37 37 RR3GI30JQ
BS 38 97 RR3C570JQ
BS 98 98 RR3GI30JQ
BS 99 161 RR3C570JQ
BS 162 162 RR3GI30JQ
BS 163 164 RR3C570JQ
BS 165 165 RR3GI30JQ
BS 166 233 RR3C570JQ
BS 234 234 RR3GI30JQ
BS 235 323 RR3C570JQ
BS 324 324 RR3EK39JQ
BS 325 357 RR3C570JQ
BS 358 358 RR3EK39JQ
BS 359 408 RR3C570JQ
BS 409 409 RR3EK39JQ
BS 410 431 RR3C570JQ
BS 432 432 RR3EK39JQ
BS 433 674 RR3C570JQ

RD RR3EK39JQ 202 0 0
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CATGTATTTCCCTTGTGCTTCTATCCTTTGATTCACCTGTCTTTCTACCTCTACATCTTC
CTCTATTCTTCTTTGCACTTCAGTTTGCATCTCGTTCATATTGTGACCAATGATGTGTGG
AGTAGTGAATACAACATTCCTC

QA 1 202 1 202
DS 

RD RR3EK39TF 511 0 0
G
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TTGGAATTGATGTCAGGAAGATGCATTGCAGAGTCCATAGAGGAAGACGAAGGAAACTGA
TCCTCGAACCATTGGATTGTGAGGGGTGATGTGTTGTTGCAAATAGTGTTTGGGGCGAAG
AAGAGAGTAGAGTAGTCTTTGGTAAGGCTTGCTTCTTGTGTTTCACATACTTTCACTAGC
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ACATCTTCCTCTATTCTTCTTTGCACTTCAGTTTGCATCTCGTTCATATTGTGACCAATG
ATGTGTGGAGTAGTGAATACAACATTCCTC

QA 2 511 2 511
DS 

RD RR3GI30JQ 511 0 0
G
GATAACGAAGATCTACTTCATGTTTGG*CAGAAGTTATTACATGCAAGTTTGCGCATTTA
TACACCAAGTGCGCATCAAAGCTAGAGTAACAAATAGCTAGACCTATATATAGTATTCTT
TAACCGAGGCAAACCGTATGGTTCTTGGTGATAGAACTCCGAGAATCTTGGAGGGAGAAG
TTGGAATTGATGTCAGGAAGATGCATTGCAGAGTCCATAGAGGAAGACGAAGGAAACTGA
TCCTCGAACCATTGGATTGTGAGGGGTGATGTGTTGTTGCAAATAGTGTTTGGGGCGAAA
AAGAAAGTAGAGTAGTCTTTGGTAAGGCTTGCTTCTTGTGTTTCACATACTTTCACTAGC
ATGCTCTCCATGTATTTCCCTTGTGCTTCTATCCTTTGATTCACCTGTCTTTCTACCTCT
ACATCTTCCTCTATTCTTCTTTGCACTTCAGTTTGCATCTCGTTCATATTGTGACCAATG
ATGTGTGGAGTAGTGAATACAACATTCCTC

QA 2 511 2 511
DS 

RD RR3GI30TF 511 0 0
G
GATAACGAAGATCTACTTCATGTTTGG*CAGAAGTTATTACATGCAAGTTTGCGCATTTA
TACACCAAGTGCGCATCAAAGCTAGAGTAACAAATAGCTAGACCTATATATAGTATTCTT
TAACCGAGGCAAACCGTATGGTTCTTGGTGATAGAACTCCGAGAATCTTGGAGGGAGAAG
TTGGAATTGATGTCAGGAAGATGCATTGCAGAGTCCATAGAGGAAGACGAAGGAAACTGA
TCCTCGAACCATTGGATTGTGAGGGGTGATGTGTTGTTGCAAATAGTGTTTGGGGCGAAG
AAGAGAGTAGAGTAGTCTTTGGTAAGGCTTGCTTCTTGTGTTTCACATACTTTCACTAGC
ATGCTCTCCATGTATTTCCCTTGTGCTTCTATCCTTTGATTCACCTGTCTTTCTACCTCT
ACATCTTCCTCTATTCTTCTTTGCACTTCAGTTTGCATCTCGTTCATATTGTGACCAATG
ATGTGTGGAGTAGTGAATACAACATTCCTC

QA 2 511 2 511
DS 

RD RR3C570JQ 674 0 0
ATTAGAGCTGATAACGAAGATCTACTTCATGTTTTGACAGAAGTTATTACATGCAAGTTT
GCGCATTTATACACCAAGTGCGCATCAAAGCTAGAGTGACAAATAGCTAGACCTATATAT
AGTATTCTTTAACCGAGGCAAACCGTATGGTTCTTGGTGATGGAGCTCCGAGAATCTTGG
AGGGAGAAGTTGGAATTGATGTCAGGAAGATGCATTGCAGAGTCCATAGAGGACGACGAA
GGAAACTGATCCTCGAACCATTGGATTGTGAGGGGTGATGTGTTGTTGCAAATAGTGTTT
GGGGCGAAAAAGAGAGTAGAGTAATCTTTGGTAAGGCTTGCTTCTTGTGTTTCACATGCT
TTCACTAGCATGCTCTCCATGTATTTCCCTTGTGCTTCTATCCTTTGACTCACCTGTCTT
TCTACCTCTACCTCTTCCTCTATTCTTCTTTGCACTTCAGTTTGCATCTCGTTCATATTG
TGACCAATGATGTGTGGAGTAGTGAATACAACATTCCTCTGAAGATCCAACATGGAAACT
CTATTAGTATCCCTAATATTAATGGAGTGACCATGACTATGGTCCTTGTGAGGTTGCTTT
CCAAGTCTGAACTTCTGGAGATGGCTCTTGAGATGGTAAAGTGTAAGACCTTTCACGCCC
ATCACTCTCATTAT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 2 4

CO CL1333Contig1 933 2 3 U
TTTTCGCACTTTGGATCTTTCACAGCTTTAGGACGCAGCAGCAACACGACGAATGCATCT
GGAAATGGTTTAAGCTCTCTTCCTAGTCATCATCTCAAGTGTGGAGTGTGTTTACTTTCG
AACCGAAAGCTCTCCACTTCTATTTTGACTCCTGATGATTCATTTCCTCATGATTTACTT
TCCCAAAAGACCGTCATTACTCCAGACCGAACCATAGGACAATATCAAGACTTGGTCATT
CCGGTGACAAACTTTCAGAACGAAGACAAGGGTTTCATGGTTTTAGCTGGTGATGTCTTT
GATGTTCCTGTCAGGAAAGATATCATTCACCACGTTGTCCGATGGCAGCTTGCCAAACGC
CAGCAGGGAACTCACTCGACCAAAACAATAAGTGAGGTTAGCGGAACTGGTCGAAAGCCA
TGGAACCAGAAGGGTACTGGTCGAGCAAGACATGGTACACTACGTGTTTGATGATTTGGC
ATTGCCTACGCACAAAACAAAGAACATTGTGAACTATTACAATCAAATGGAGAACACGAA
GAAAGTGCTCGTTGTAGAAGGCGGTCCTATCGATGAGAAGCTGAAGCTAGCCACCCAGAA
TCTTCACTATGTCAACATACTTCCATCAATAGGGCTTAACGTTTACAGCATTTTGCTCCA
CGACACGCTTGTGATGTCCCGTGATGCTGTGAATAAGATCGTTGAGCGTATGCATACTCC
CATTAGTCGTTAAAGTGACAACTATGTCTTCAAATAAGAAACTAGATCATAAGGGAGAAA
GTTCCATGAAATTCCGCATGTAGTTTCTGTACCGGCAATTTCATATCGGTTATTATGTAT
CGGTATTTTGGTCCATGCCTTGACCGGTTCGTTGTTTCTTACCTTTTCGGTTTGGTCTTG
CAATCTCGAATGCCGAAAGATTTGAGTTATACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A258TF U 14
AF RR3A258JQ C 1
BS 1 13 RR3A258JQ
BS 14 760 RR3A258TF
BS 761 933 RR3A258JQ

RD RR3A258TF 754 0 0
GATCTTTCACAGCTTTAGGACGCAGCAGCAACACGACGAATGCATCTGGAAATGGTTTAA
GCTCTCTTCCTAGTCATCATCTCAAGTGTGGAGTGTGTTTACTTTCGAACCGAAAGCTCT
CCACTTCTATTTTGACTCCTGATGATTCATTTCCTCATGATTTACTTTCCCAAAAGACCG
TCATTACTCCAGACCGAACCATAGGACAATATCAAGACTTGGTCATTCCGGTGACAAACT
TTCAGAACGAAGACAAGGGTTTCATGGTTTTAGCTGGTGATGTCTTTGATGTTCCTGTCA
GGAAAGATATCATTCACCACGTTGTCCGATGGCAGCTTGCCAAACGCCAGCAGGGAACTC
ACTCGACCAAAACAATAAGTGAGGTTAGCGGAACTGGTCGAAAGCCATGGAACCAGAAGG
GTACTGGTCGAGCAAGACATGGTACACTACGTGTTTGATGATTTGGCATTGCCTACGCAC
AAAACAAAGAACATTGTGAACTATTACAATCAAATGGAGAACACGAAGAAAGTGCTCGTT
GTAGAAGGCGGTCCTATCGATGAGAAGCTGAAGCTAGCCACCCAGAATCTTCACTATGTC
AACATACTTCCATCAATAGGGCTTAACGTTTACAGCATTTTGCTCCACGACACGCTTGTG
ATGTCCCGTGATGCTGTGAATAAGATCGTTGAGCGTATGCATACTCCCATTAGTCGTTAA
AGTGACAACTATGTCTTCAAATAAGAA
CTAGATC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3A258JQ 933 0 0
TTTTCGCACTTTGGATCTTTCACAGCTTTAGGACGCAGCAGCAACACGACGAATGCATCT
GGAAATGGTTTAAGCTCTCTTCCTAGTCATCATCTCAAGTGTGGAGTGTGTTTACTTTCG
AACCGAAAGCTCTCCACTTCTATTTTGACTCG*GATGATTCATTTCCTCATGATTTACTT
TCCCAAAAGACCGTCATTACTCCAGACCGAACCATAGGACAATATCAAGACTTGGTCATT
CCGGTGACAAACTTTCAGAACGAAGACAAGGGTTTCATGGTTTTAGCTGGTGATGTCTTT
GATGTTCCTGTCAGGAAAGATATCATTCACCACGTTGTCCGATGGCAGCTTGCCAAACGC
CAGCAGGGAACTCACTCGACCAAAACAATAAGTGAGGTTAGCGGAACTGGTCGAAAGCCA
TGGAACCAGAAGGGTACTGGTCGAGCAAGACATGGTACACTACGTGTTTGATGATTTGGC
ATTGCCTACGCACAAAACAAAGAACATTGTGAACTATTACAATCAAATGGAGAACACGAA
GAAAGTGCTCGTTGTAGAAGGCGGTCCTATCGATGAGAAGCTGAAGCTAGCCACCCAGAA
TCTTCACTATGTCAACATACTTCCATCAATAGGGCTTAACGTTTACAGCATTTTGCTCCA
CGACACGCTTGTGATGTCCCGTGATGCTGTGAATAAGATCGTTGAGCGTATGCATACTCC
CATTAGTCGTTAAAGTGACAACTATGTCTTCAAATAAGAAACTAGATCATAAGGGAGAAA
GTTCCATGAAATTCCGCATGTAGTTTCTGTACCGGCAATTTCATATCGGTTATTATGTAT
CGGTATTTTGGTCCATGCCTTGACCGGTTCGTTGTTTCTTACCTTTTCGGTTTGGTCTTG
CAATCTCGAATGCCGAAAGATTTGAGTTATACT

QA 1 933 1 933
DS 



CO CL1333Contig2 659 2 6 U
GGCAGTCTTAAAACCTTTGATAGTCGCCGTTTTACTGCTTCGTCTTCTTCACCGCCGCTC
CTCTGACCGATGAGCATTTAGGGTTTTGACTCAAAGGATATGGCTGCTTCACTCTCAAGA
AGAGTTCTTCGCACTTTTGGATCTTTCACAGCTTTAGGACGCAGCAGCAACACGACGAAT
GCATCTGGAAATGGTTTAAGCTCTCTTCCTAGTCATCATCTCAAGTGTGGAGTGGGTTTA
CTTTCGAACCGAAAGCTCCCCACTTCTATTTTGACTCCTGATGATTCATTTCCTCATGAT
TTACTTTCCCAAAAGACCGTCATTACTCCAGACCGAACCATAGGACAATATCAAGACTTG
GTCATTCCGGTGACTAATTTTCAGAACGAGGACAAGGGTTTCATGGTTTTAGCTGGTGAT
GTCTTTGATGTTCCTGTCAGGAAAGATATCATTCACCACGTTGTCAGATGGCAGCTTGCC
AAACGCCAGCAGGGAACTCACTCGACCAAAACAATAAGTGAGGTTAGCGGAACCGGTAGA
AAGCCATGGAACCAGAAAGGTACAGGTCGAGCTAGACATGGTACACTCCGTGGCCCTGTT
CCGAGGTGGTTGTGTGATGCATGGGCCCAGACCAAGAAGCCATGCGATAAAGATGAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN05TF U 1
AF RR3EB79TF U 40
BS 1 103 RR3EN05TF
BS 104 104 RR3EB79TF
BS 105 258 RR3EN05TF
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BS 260 313 RR3EN05TF
BS 314 659 RR3EB79TF

RD RR3EN05TF 313 0 0
GGCAGTCTTAAAACCTTTGATAGTCGCCGTTTTACTGCTTCGTCTTCTTCACCGCCGCTC
CTCTGACCGATGAGCATTTAGGGTTTTGACTCAAAGGATATGGTTGCTTCACTCTCAAGA
AGAGTTCTTCGCACTTTTGGATCTTTCACAGCTTTAGGACGCAGCAGCAACACGACGAAT
GCATCTGGAAATGGTTTAAGCTCTCTTCCTAGTCATCATCTCAAGTGTGGAGTGGGTTTA
CTTTCGAACCGAAAGCTCTCCACTTCTATTTTGACTCCTGATGATTCATTTCCTCATGAT
TTACTTTCCCAAA

QA 1 313 1 313
DS 

RD RR3EB79TF 620 0 0
GG
GTCTTCTTCACCGCCGCTCCTCTGACCGATGAGCATTTAGGGTTTTGACTCAAAGGATAT
GGCTGCTTCACTCTCAAGAAGAGTTCTTCGCACTTTTGGATCTTTCACAGCTTTAGGACG
CAGCAGCAACACGACGAATGCATCTGGAAATGGTTTAAGCTCTCTTCCTAGTCATCATCT
CAAGTGTGGAGTGGGTTTACTTTCGAACCGAAAGCTCCCCACTTCTATTTTGACTCCTGA
TGATTCATTTCCTCATGATTTACTTTCCCAAAAGACCGTCATTACTCCAGACCGAACCAT
AGGACAATATCAAGACTTGGTCATTCCGGTGACTAATTTTCAGAACGAGGACAAGGGTTT
CATGGTTTTAGCTGGTGATGTCTTTGATGTTCCTGTCAGGAAAGATATCATTCACCACGT
TGTCAGATGGCAGCTTGCCAAACGCCAGCAGGGAACTCACTCGACCAAAACAATAAGTGA
GGTTAGCGGAACCGGTAGAAAGCCATGGAACCAGAAAGGTACAGGTCGAGCTAGACATGG
TACACTCCGTGGCCCTGTTCCGAGGTGGTTGTGTGATGCATGGGCCCAGACCAAGAAGCC
ATGCGATAAAGATGAATA

QA 3 620 3 620
DS 



AS 1 5

CO CL1334Contig1 1355 5 8 U
GAGAGGAGGGAGTCTATGGCAGCTAGGGCAATCCATAACCCGTCGTCTTGCTCAATCCGA
CAAGAAAGCTGTGTCACGCCGCTGCTTTGCCTCTGACGCCGACCTGAAAAAGACAGCACT
TTACGACTTCCACGTCGCACACGGTGGAAAGATGGTTCCTTTCGCTGGTTGGAGTATGCC
GATTCAGTACAAAGACTCCATCATGGACTCGACCGTTAACTGCAGGGTCAATGGCAGTTT
GTTTGATGTTGCGCATATGTGTGGTCTGAGCCTCAAGGGCAAAGACTGTGTTCCTTTCCT
GGAGACGCTCGTGGTTGCTGATGTGGCTGGTTTGGCTCCTGGGACAGGGAGCTTGACCGT
GTTCACAAACGAGAAAGGAGGTGCTATTGATGACTCGGTGATTACCAAAGTGACGGATGA
GCATATCTATTTGGTGGTGAATGCTGGTTGTAGGGATAAGGATTTGGCTCATATTGAAGA
GCACATGAAGGCTTTTAAATCCAAAGGTGGTGATGTCTCTTGGCATATACATGATGAGAG
ATCTCTTCTCGCTCTTCAGGGTCCTTTGGCTGCTCCGGTGCTTCAACACTTGACCAAAGA
AGACTTAAGCAAGCTTTACTTTGGACAGTTCCAGATCCTGGACATTAATGGTTCCACTTG
CTTCCTTACCAGGACCGGGTACACTGGGGAAGATGGGTTTGAGATCTCGGTTCCATCGGA
GCATGCAGTTGATTTAGCCAAAGCAATCTTGGAGAAATCCGAGGGAAAAGTAAGGCTCAC
AGGTCTAGGAGCAAGAGACAGTCTGAGGCTAGAAGCAGGGCTTTGTCTCTACGGCAATGA
CATGGAGCAACACATTTCTCCTGTCGAAGCTGGGCTGACATGGGCCATAGGTAAGCGTAG
AAGAGCGGAAGGAGGGTTTCTCGGAGCTGATGTGATCCTCAAACAGCTTCAAGATGGACC
AACGATCAGAAGGGTTGGATTCTTCTCTTCGGGACCACCAGCAAGGTCGCATAGCGAGGT
GCATGATGAGAGGGGTAACAAGATTGGAGAGATCACGAGTGGTGGGTTTAGTCCCAACTT
GAAGAAGAACATAGCTATGGGGTATGTTAAGTCGGGTCAGCACAAGAACGGGACCAAAGT
CAAGATCTTGGTCCGTGGGAAACCTTATGAAGGCAACATCACTAAGATGCCGTTCGTGGC
TACCAAATACTACAAGCCGTCATGATATGTGGGCGTGTCTTCTTTATCTATGACATTGTG
TTTCTTGCTTTTGCTAAATGACTTCTGTGTTTCTTTTGTTCTGATTTGGCCTAAAAGTGT
ACGTTCTTTTTGCCAAGAGGGCATTTGCTCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL17TF U 1
AF RR3DF41TF U 649
AF RR3BH03JQ C 944
AF RR3BH03TF U 944
AF RR3DF41JQ C 680
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BS 719 732 RR3AL17TF
BS 733 733 RR3DF41TF
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RD RR3AL17TF 770 0 0
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CAAGAAAGCTGTGTCACGCCGCTGCTTTGCCTCTGACGCCGACCTGAAAAAGACAGCACT
TTACGACTTCCACGTCGCACACGGTGGAAAGATGGTTCCTTTCGCTGGTTGGAGTATGCC
GATTCAGTACAAAGACTCCATCATGGACTCGACCGTTAACTGCAGGGTCAATGGCAGTTT
GTTTGATGTTGCGCATATGTGTGGTCTGAGCCTCAAGGGCAAAGACTGTGTTCCTTTCCT
GGAGACGCTCGTGGTTGCTGATGTGGCTGGTTTGGCTCCTGGGACAGGGAGCTTGACCGT
GTTCACAAACGAGAAAGGAGGTGCTATTGATGACTCGGTGATTACCAAAGTGACGGATGA
GCATATCTATTTGGTGGTGAATGCTGGTTGTAGGGATAAGGATTTGGCTCATATTGAAGA
GCACATGAAGGCTTTTAAATCCAAAGGTGGTGATGTCTCTTGGCATATACATGATGAGAG
ATCTCTTCTCGCTCTTCAGGGTCCTTTGGCTGCTCCGGTGCTTCAACACTTGACCAAAGA
AGACTTAAGCAAGCTTTACTTTGGACAGTTCCAGATCCTGGACATTAATGGTTCCACTTG
CTTCCTTACCAGGACCGGGTACACTGGGGAAGATGGGTTTGAGATCTCGGTTCCATCTGA
GCATGCAGTTGACTTAGCCAAAGCAATCTTGGAGAAATCCGAGGGAAAAG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3DF41TF 707 0 0
G
GGTTCCACTTGCTTCCTTACCAGGACCGGGTATACTGGGGAAGATGGGTTTGAGATCTCG
GTTCCATCGGAGCATGCAGTTGATTTAGCCAAAGCAATCTTGGAGAAATCCGAGGGAAAA
GTAAGGCTCACAGGTCTAGGAGCAAGAGACAGTCTGAGGCTAGAAGCAGGGCTTTGTCTC
TACGGCAATGACATGGAGCAACACATTTCTCCTGTCGAAGCTGGGCTGACATGGGCCATA
GGTAAGCGTAGAAGAGCGGAAGGAGGGTTTCTCGGAGCTGATGTGATCCTCAAACAGCTT
CAAGATGGACCAACGATCAGAAGGGTTGGATTCTTCTCTTCGGGACCACCAGCGAGGTCG
CATAGCGAGGTGCATGATGAGAGGGGTAACAAGATTGGAGAGATCACGAGTGGTGGGTTT
AGTCCCAACTTGAAGAAGAACATAGCTATGGGGTATGTTAAGTCGGGTCAGCACAAGAAC
GGGACCAAAGTCAAGATCTTGGTCCGTGGGAAACCTTATGAAGGCAACATCACTAAGATG
CCGTTCGTGGCTACCAAATACTACAAGCCGTCATGATATGTGGGCGTGTCTTCTTTATCT
ATGACATTGTGTTTCTTGCTTTTGCTAAATGACTTCTGTGTTTCTTTTGTTCTGATTTGG
CCTAAAAGTGTACGTTCTTTTTGCCAAGAGGGCATTTGCTCAAAAA

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DS 

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G
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GGTCGCATAGCGAGGTGCATGATGAGAGTGGTAACAAGATTGGAGAGATCACGAGTGGTG
GGTTTAGTCCCAACTTGAAGAAGAACATAGCTATGGGGTATGTTAAGTCGGGTCAGCACA
AGAACGGGACCAAAGTCAAGATCTTGGTCCGTGGGAAGCCTTATGAAGGCAACATCACTA
AGATGCCGTTCGTGGCTACCAAATACTACAAGCCGTCATGATATGTGGGCGTGTTTTCTT
TGTTTATGACATTGTGTTTCTTGCTTTTGCTAAATGACTTCTGTGTTTCTTTTGTTTTGA
TTTGGCCTAAAAGTGTACGTTCTTTTTGCCAAGAGGGCATTTGCT
T

QA 2 406 2 406
DS 

RD RR3BH03TF 407 0 0
G
AGCTTCAAGATGGACCAACGATCAGAAGGGTTGGATTCTTCTCTTCGGGACCACCAGCAA
GGTCGCATAGCGAGGTGCATGATGAGAGTGGTAACAAGATTGGAGAGATCACGAGTGGTG
GGTTTAGTCCCAACTTGAAGAAGAACATAGCTATGGGGTATGTTAAGTCGGGTCAGCACA
AGAACGGGACCAAAGTCAAGATCTTGGTCCGTGGGAAGCCTTATGAAGGCAACATCACTA
AGATGCCGTTCGTGGCTACCAAATACTACAAGCCGTCATGATATGTGGGCGTGTCTTCTT
TGTCTATGACATTGTGTTTCTTGCTTTTGCTAAATGACTTCTGTGTTTCTTTTGTTCTGA
TTTGGCCTAAAAGTGTACGTTCTTTTTGCCAAGAGGGCATTTGCT
T

QA 2 406 2 406
DS 

RD RR3DF41JQ 671 0 0
TAT
ACTGGGGAAGATGGGTTTGAGATCTCGGTTCCATCGGAGCATGCAGTTGATTTAGCCAAA
GCAATCTTGGAGAAATCCGAGGGAAAAGTAAGGCTCACAGGTCTAGGAGCAAGAGACAGT
CTGAGGCTAGAAGCAGGGCTTTGTCTCTACGGCAATGACATGGAGCAACACATTTCTCCT
GTCGAAGCTGGGCTGACATGGGCCATAGGTAAGCGTAGAAGAGCGGAAGGAGGGTTTCTC
GGAGCTGATGTGATCCTCAAACAGCTTCAAGATGGACCAACGATCAGAAGGGTTGGATTC
TTCTCTTCGGGACCACCAGCGAGGTCGCATAGCGAGGTGCATGATGAGAGGGGTAACAAG
ATTGGAGAGATCACGAGTGGTGGGTTTAGTCCCAACTTGAAGAAGAACATAGCTATGGGG
TATGTTAAGTCGGGTCAGCACAAGAACGGGACCAAAGTCAAGATCTTGGTCCGTGGGAAA
CCTTATGAAGGCAACATCACTAAGATGCCGTTCGTGGCTACCAAATACTACAAGCCGTCA
TGATATGTGGGCGTGTCTTCTTTATCTATGACATTGTGTTTCTTGCTTTTGCTAAATGAC
TTCTGTGTTTCTTTTGTTCTGATTTGGCCTAAAAGTGTACGTTCTTTTTGCCAAGAGGGC
ATTTGCT
C

QA 4 670 4 670
DS 



AS 1 6

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TGGTAGCTGCTGTGGCTGAGCTCACTAACACAACCGAGACAAAGAGGGCGACAAAGAAGT
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TATTTTTCTTTTTGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 

AF RR3H473TF C 1
AF RR3GL23JQ U 18
AF RR3H473JQ U 40
AF RR3GL23TF C 18
AF RR3D896JQ U 43
AF RR3D896TF C 43
BS 1 17 RR3H473TF
BS 18 439 RR3GL23JQ

RD RR3H473TF 435 0 0
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TACAATGAGATTATACATCAAAATGGGTTATTTGACAAAATTATTTCCCATAGATTCTAA
AGAACCTATCATAACAAAAAAGAGTTTTGTTATCTCGTAGAAGCCCCTCCTCAATATATA
TAT****TTACTGCAAGAGAAGAGCCAAGAAGGCGGAGAATGATGCAGCAACGATGGAGC
CAACCACCGGAAAAGCCACGGTGGCAGAGGAAGCACCTGGTGCTGGTGCTGGAGACTCCA
TGGTAGCTGCTGTGGCTGAGCTCACTAACACAACCGAGACAAAGAGGGCGACAAAGAAGT
TGTTGATGTTCTTCATTGCCATTATTTCTTTTTTTGTTTATTTTGTTGATGTTAGTTTTG
TATTTTTCTTTTT
CC

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR3GL23JQ 422 0 0
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AAAAGAGTTTTGTTATCTCGTAGA*GCCCCTCCTCAATATATATATATATTTACTGCAAG
AGAAGAGCCAAGAAGGCGGAGAATGATGCAGCAACGATGGAGCCAACCACCGGAAAAGCC
ACGGTGGCAGAGGAAGCACCTGGTGCTGGTGCTGGAGACTCCATGGTAGCTGCTGTGGCT
GAGCTCACTAACACAACCGAGACAAAGAGGGCGACAAAGAAGTTGTTGATGTTCTTCATT
GCCATTATTTCTTTTTT*GTTTATTTTGTTGATGTTAGTTTTGTATTTTTCTTTTTGGAT
CC

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR3H473JQ 396 0 0
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ATTATTTCCCATAGATTCTAAAGAACCTATCATAACAAAAAAGAGTTTTGTTATCTCGTA
AAAGCCCCTCCTCAATATATATAT****TTACTGCAAGAGAAGAGCCAAGAAGGCGGAGA
ATGATGCAGCAACGATGGAGCCAACCACCGGAAAAGCCACGGTGGCAGAGGAAGCACCTG
GTGCTGGTGCTGGAGACTCCATGGTAGCTGCTGTGGCTGAGCTCACTAACACAACCGAGA
CAAAGAGGGCGACAAAGAAGTTGTTGATGTTCTTCATTGCCATTATTTCTTTTTTTGTTT
ATTTTGTTGATGTTAGTTTTGTATTTTTCTTTTT
CC

QA 1 394 1 394
DS 

RD RR3GL23TF 422 0 0
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AGAAGAGCCAAGAAGGCGGAGAATGATGCAGCAACGATGGAGCCAACCACCGGAAAAGCC
ACGGTGGCAGAGGAAGCACCTGGTGCTGGTGCTGGAGACTCCATGGTAGCTGCTGTGGCT
GAGCTCACTAACACAACCGAGACAAAGAGGGCGACAAAGAAGTTGTTGATGTTCTTCATT
GCCATTATTTCTTTTTT*GTTTATTTTGTTGATGTTAGTTTTGTATTTTTCTTTTTGGAT
CC

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR3D896JQ 397 0 0
C
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TTTTCCATAGATTCTAAAGAACCTATCATAACAAAAAAGAGTTTTGTTATCTCGTAGA*G
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TGGTGCTGGAGACTCCATGGTAGCTGCTGTGGCTGAGCTCACTAACACAACCGAGACAAA
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TGTTGATGTTAGTTTTGTATTTTTCTTTTTGGATCC

QA 2 397 2 397
DS 

RD RR3D896TF 397 0 0
C
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TTTTCCATAGATTCTAAAGAACCTATCATAACAAAAAAGAGTTTTGTTATCTCGTAGA*G
CCCCTCCTCAATATATATATATATTTACTGCAAGAGAAGAGCCAAGAAGGCGGAGAATGA
TGCAGCAACGATGGAGCCAACCACCGGAAAAGCCACGGTGGCAGAGGAAGCACCTGGTGC
TGGTGCTGGAGACTCCATGGTAGCTGCTGTGGCTGAGCTCACTAACACAACCGAGACAAA
GAGGGCGACAAAGAAGTTGTTGATGTTCTTCATTGCCATTATTTCTTTTTT*GTTTATTT
TGTTGATGTTAGTTTTGTATTTTTCTTTTTGGATCC

QA 2 397 2 397
DS 



AS 1 5

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CGATATTTTGCCACTTTATTTTATCTGGGGAATTAAAGTTGAAATGAACATGATTCACAG
TCTGATCAACATAGAACTCACACAAAGGGGATCGGTTGAATGTCCAACAGTATCACCTTT
CAACCATTTTTATAGTCCTCAAGAATAATGTGCAAGAAAACTCAATCCTCTTTCGATTCT
TTAACCGTCTTGGGACGTCTCTCTGCAAGTGTTCTCTTCGTGCTCTCAAGGACACCAAAG
AAGATTGAACCACCAATACCTATCCACAACACTCTTGGCCCTATACCCTTTAAGAGAGCA
GAAGCTCCTTCCTCTCTTACAATTGTTTGAACACAGTCAACTATTCCTTGATATTGTTTA
GCTGATCCCTGAACCATTAATCTTGTCTTAATAACATCAAGCGGAGTGGTGACAGCTCCT
GTCAGAGCACCAGCAAATGCACCAATGAGAGCGTTCTCAGGATCATTAAGCTCTCTACGC
GCTGCTTTTTTATACCCCAAGCATAGCTGCTCATAAATGCAGAACTGAATAGCATCAAAC
GGCAAATCTCTCAATAGGAAGGATCGGTATCCTGCATAGAGACCCCTAAAGCCCTCTTGT
GATGCAATAACTCGAACAGCGTTGGGAGCTGATGCAAACTGTCCAGTCTGCATTCTCTGC
TTCACAACCTCTGTAGGCACTCGAATCAGAGAGGCAGCAAGTCCACCGATTGCCCCTGCA
GTCAAGTGAGCAACTGCGCTTAAATGATCAGGAAAGGTCTTAAGCAGTTTCTGCTTTGTG
GGTTCATAAACTCCCACAAATAAAGCCGAAGCCGGTAAGACACCAGCGATATTTCCAGCT
AATCCTGAATAGAGACCCTTCAACACAGTCTTCCCACCTCCACGAGCTGACTGAAGTCTA
GTCTTTATAGTATCAATAGGGTATAAAGCAGTTTCAACTACAACTCCAGCCGTACCTCCT
GCTATAAATCCCTCAAAGAGAGTGCGGAAGAAATCAAAAGGGTTTTCGTCTTGCGTACTG
ACTGAAGCAAAGCCTTTGCTCTTTTTGATCTGTGGAATCTGCACTACCCTACTCGATACA
TCGGGAGCAGTGGATGAAGAGTTCTTCACATCAACAGAGAGTGTAAGGGGAGCCATCAGA
AGCTTCTCTAACCGGAGGAGGAGTAGGTATAGAGTAGAGGGAGGAACAGGTAGAGATAGC
ATAGAGTTCACTTTCTTCGGCTTTTTCGATGTCTCCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BO92JQ U 1
AF RR3AZ08TF C 389
AF RR3FJ06JQ U 2
AF RR3AD84JQ U 2
AF RR3CT12TF C 445
BS 1 170 RR3BO92JQ
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TCAACCGTCTTGGGACGTCTCTCTGCAAGTGTTCTCTTCGTGCTCTCAAGGACACCAAAG
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GCTGCTTTTTTATACCCCAAGCATAGCTGCTCATAAATGCAGAACTGAATAGCATCAAAC
GGCAAATCTCTCAATAGGAAGGATCGGTATCCTGCATAGAGACCCCTAAAGCCCTCTTGT
GATGCAATAACTCGAACAGCGTTGGGAGCTGATGCAAACTGTCCAGTCTGCATTCTCTGC
TTCACAACCTCT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3AZ08TF 355 0 0
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GCTCATAAATGCAGAACTGAATAGCATCAAACGGCAAATCTCTCAATAGGGAGGATCGGT
ATCCTGCATAGAGACCCCTAAAGCCCTCTTGTGATGCAATAACTCGAACAGCGTTGGGAG
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GAGAGGCAGCAAGTCCACCGATTGCCCCTGCAGTCAAGTGAGCAACTGCGCTTAA

QA 1 355 1 355
DS 

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GA
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CCATTTTTATAGTCCTCAAGAATAATGTGCAAGAAAACTCAATCCTCTTTCGATTCTTTA
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DS 

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GG
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GATCAACATAGAACTCACACAAAGGGGATCGGTTGAATGTCCAACAGTATCACCTTTCAA
CCATTTTTATAGTCCTCAAGAATAATGTGCAAGAAAACTCAATCCTCTTTCGATTCTTTA
ACCGTCTTGGGACGTCTCTCTGCAAGTGTTCTATTCGTGCTCTCAAGGACACCAAAGAAG
ATTGAACCACCAATACCTATCCACAACACTCTTGGCCCTATACCCTTTAAGAGAGCAGAA
GCTCCTTCCTCTCTTACAATTGTTTGAACACAGTCAACTATTCCTTGATATTGTTTAGCT
GATCCCTGAACCATTAATCTTGTCTTAATAACATCAAGCGGAGTGGTGACAGCTCCTGTC
AGAACACCAGCAAATGCACCAATGAGAGCGTTCTCAGGATCATTAAGCTCTCTACGCGCT
GCTTTTTTATACCCCAAGCATAGCTGCTCATAAATGCAGAACTGAATAGCATCAAACGGC
AAATCTCTCAATAGGAAGGATCGGTATCCTGCATAGAGACCCCTAAAGCCCTCTTGTGAT
GCAATAACTCGAACAGCGTTGGGAGCTGATGCAAACTGTCCAGTCTGCATTCTCTGCTTC
ACAACCTCTGTAGGCACTCGAATCAGAGAGGCAGCAAGTCCACCGATTGCCCCTGCAGTC
AAGTGAGCAACTGCGCTTAAATGATCAGGAAAGGTCTTAAGCAGTTTCTGCTTTGTGGGT
TCATAAACTCCCACAAAT

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DS 

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CGGTATCGTGCATAGAGACCCCTGAAGCCCTCTTGTGATGCAATAACTCGAACAGCGTTG
GGAGCTGATGCAAACTGTCCAGTCTGCATTCTCTGCTTCACGACCTCTGTAGGCACTCGA
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GCCGAAGCCGGTAAGACACCAGCGATATTTCCAGCTAATCCTGAATAGAGACCCTTCAAC
ACAGTCTTCCCACCTCCACGAGCTGACTGAAGTCTAGTCTTTATAGTATCAATAGGGTAT
AAAGCAGTTTCAACTACAACTCCAGCCGTACCTCCTGCTATAAATCCCTCAAAGAGAGTG
CGGAAGAAATCAAAAGGGTTTTCGTCTTGCGTACTGACTGAAGCAAAGCCTTTGCTCTTT
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TTCACATCAACAGAGAGTGTAAGGGGAGCCATCAGAAGCTTCTCTAACCGGAGGAGGAGT
AGGTATAGAGTAGAGGGAGGAACAGGTAGAGATAGCATAGAGTTCACTTTCTTCGGCTTT
TTCGATGTCTCCC

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DS 



AS 2 5

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TCACTCCTGCTTCTTCCTCAGATCGGAGGCGACGAGGCGGACGATTCGATCGGAAACTCA
AAAGCGTGGCGAGAACCCAGACGATCTTCATCTCCTCGACATCGAGTTCGGCTTTGTTCC
TTTCATCAGACCAATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FE67JQ U 88
AF RR3A925JQ U 1
AF RR3A925TF C 1
BS 1 557 RR3A925JQ

RD RR3FE67JQ 153 0 0
ACTTAATCTTTAAC
AACAGAGGATAAATAAAGAACAGTTAAAAAAAGAAAAAAAGGAAACAAGGCCAAAATATT
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CGGCGTTTGCGTTCCTCGT

QA 15 153 15 153
DS 

RD RR3A925JQ 557 0 0
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DS 

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TCTTTGCCAAACTTGTTTTCTCTTTGCCAAACTTAATCTTTAACAGAGGATAAATAAAGA
ACAGTTAAAAAAAGAAAAAAAGGAAACAAGGCCAAAATATTGCATATGCCTGTGCTTCTA
GTTCTGCAATTCTCTGTAATGACGCTTGCTCTATGCACACACGGCGTTTGCGTTCCTCGT
CGAGCAAACATGTCATCTTGTACCTTAGTTCAGCCATTTCTTGAGTAAGGTCTTCCGCTT
CTTCCTTCGCCTTCAGTTTCTCCTCTTTCAGTTCCTCCTTAGCTTCCAATAGCTCACTCA
GCTTTGAACCCAAAGAATCTCGTCGAGTCTTTAGTGAGTTTAACAAAGTATTATACTCAA
TCACTCCTGCTTCTTCCTCAGATCGGAGGCGACGAGGCGGACGATTCGATCGGAAACTCA
AAAGCGTGGCGAGAACCCAGACGATCTTCATCTCCTCGACATCGAGTTCGGCTTTGTTCC
TTTCATCAGACCAATCC

QA 1 557 1 557
DS 



CO CL1337Contig2 934 2 4 U
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TTGTGTCACGAGAGACTCCTTGACCAGTCTCTCTCTCTATCTTTCTTTTTGTTCTGCAGA
GCAACGTAAGTTACTTAAACCATCCTTTGGCACCTATCTTGTTGATAATTGGATTGTGGT
CATCCTCATTACAAACACAGCTTAGGGTGGCTATATTCCGGCTACTAAGGACAATAACTC
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TGCTTTCTTCATGTTTTCAGTTTCTTTTCTTGAATAATGATCTCGGTGTTCTTTCTTCAT
GTGTTGAGCCTCATTGTGAGTTTCTTTCATTGTCTATGTTCCGGAAAAAAAATGTTTTTG
GGTGAAAATCTCATTGCGTTTGTGTGTTATCTCTATAACTTTGATTGATAAAATGGAGGA
TATGGAGAAACAGATACAGCTGCAGGGGGTTAATCTTTACTAGTTTTGGTGTGTGCAGGA
GGAACGGAAAGAGGAGAAACTGAAGGCGAAGGAAGAAGCGGAAGACCTTACTCAAGAAAT
GGCTGAACTAAGGTACAAGATGACATGTTTGCTCGACGAGGAACGCAAACGCCGTGTGTG
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AGATTAAGTTTGGCAAAGAGAAAACAAGTTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CF74TF U 1
AF RR3CF74JQ C 178
BS 1 628 RR3CF74TF
BS 629 629 RR3CF74JQ
BS 630 656 RR3CF74TF
BS 657 934 RR3CF74JQ

RD RR3CF74TF 656 0 0
GGAGATGAAGATCGTCTGGGTTCTCGCCACGCTTTTGAGTTTCCGATCGAATCGTCCGCC
TCGTCGCCTCCGATCCGAGGAAGAAGCAGGAGTGATTGAGTATAATACTTTGTTAAACTC
ACTAAAGACTCGACGAGATTCTTTGGGTTCAAAGCTGAGTGAGCTATTGGAAGCTAAGGT
TTGTGTCACGAGAGACTCCTTGACCAGTCTCTCTCTCTATCTTTCTTTTTGTTCTGCAGA
GCAACGTAAGTTACTTAAACCATCCTTTGGCACCTATCTTGTTGATAATTGGATTGTGGT
CATCCTCATTACAAACACAGCTTAGGGTGGCTATATTCCGGCTACTAAGGACAATAACTC
AGGAGCTTTCGCGTTTGGAGTTAACGGTGTCGTTTCTTCGTGTTTGTTGGTTCTTCTCTT
TGCTTTCTTCATGTTTTCAGTTTCTTTTCTTGAATAATGATCTCGGTGTTCTTTCTTCAT
GTGTTGAGCCTCATTGTGAGTTTCTTTCATTGTCTATGTTCCGGAAAAAAAATGTTTTTG
GGTGAAAATCTCATTGCGTTTGTGTGTTATCTCTATAACTTTGATTGATAAAATGGAGGA
TATGGAGAAACAGATACAGCTGCAGGGG*TTAATCTTTACTAGTTTTGGTGTGTGC

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3CF74JQ 757 0 0
GGTTTGTGTCACGAGAGACTCCTTGACCAGTCTCTCTCTCTATCTTTCTTTTTGTTCTGC
AGAGCAACGTAAGTTACTTAAACCATCCTTTGGCACCTATCTTGTTGATAATTGGATTGT
GGTCATCCTCATTACAAACACAGCTTAGGGTGGCTATATTCCGGCTACTAAGGACAATAA
CTCAGGAGCTTTCGCGTTTGGAGTTAACGGTGTCGTTTCTTCGTGTTTGTTGGTTCTTCT
CTTTGCTTTCTTCATGTTTTCAGTTTCTTTTCTTGAATAATGATCTCGGTGTTCTTTCTT
CATGTGTTGAGCCTCATTGTGAGTTTCTTTCATTGTCTATGTTCCGGAAAAAAAATGTTT
TTGGGTGAAAATCTCATTGCGTTTGTGTGTTATCTCTATAACTTTGATTGATAAAATGGA
GGATATGGAGAAACAGATACAGCTGCAGGGGGTTAATCTTTACTAGTTTTGGTGTGTGCA
GGAGGAACGGAAAGAGGAGAAACTGAAGGCGAAGGAAGAAGCGGAAGACCTTACTCAAGA
AATGGCTGAACTAAGGTACAAGATGACATGTTTGCTCGACGAGGAACGCAAACGCCGTGT
GTGCATAGAGCAAGCGTCATTACAGAGAATTGCAGAACTAGAAGCACAGGCATATGCAAT
ATTTTGGCCTTGTTTCCTTTTTTTCTTTTTTTTAACTGTTCTTTATTTATCCTCTGTTGT
TAAAGATTAAGTTTGGCAAAGAGAAAACAAGTTTGGC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 2 5

CO CL1338Contig1 1024 2 2 U
GCAACCCAAAACAACAAAAGAAGAATTAAAAGAAAGAAAAAAAGACATTTTCATCTCTCT
CTTCTTGAAAGCAATGGATCGGCAAAACTCCGATGACATCATGAAGTTTCTTGACGGAAT
GGCTAGCTCCGACGATGTTTTATTTGGTTTTCTCGACGAAGGAAACCATTCACCGGAGGA
TTACCATGATTCCGGTAGCTTCGCCGGTGGCGAAGAATCCGATGCTGACAACGATGCCGC
CGGTTGCAATTCCGAAGAGAGCAAAACGTTTTGGCATGAACAAGAACAACTTCTCCAGAC
GACACTATATAGGACAAGTTCAGTTGAGACAAAGATTCGACAAGCAACAAAAGAAGCGTT
GAAAGAAGTGAGATCAAAGGGTTTGCAATGTGTTTGCCGGAGACCGGTGATCGGCGGTTG
CCGTAGCTGTTTGCGCGGTGAAGTGGCTAGCCGTCTCCGAGACGCCGGCTATGATTGCGT
CATTTGCAAATCCAAGTGGAGAAGCAATCACGAGATTCCTGCAGGTGAGCATGAATATTT
GGAAATCGTGGACAAATCTGGATCAAAGAAAAGCGAGATCCGTGTGGTGATTGAGCTATC
TTTTAGGGCGGAGTTTGAGATGGCGAGAGGTAGTGAGGAGTACAAGCGACTCGTTGGAAT
ATTACCTGAAGTGTACGTCGGGAAAACAGAGAGGCTAAAATCGCTGATAAAAATATTGTG
CACGGCGGCTAAAAAGTGTATGAAAGACAAGAAAGTGCACATGGGTCCTTGGAGAAAACA
CAAGTACATGCAAGCCAAATGGCACGGCACCTGCGAAAGAAAATCCGTGAACCTGGCTCC
GGAGACTGAGACGCAGAAGGAGGAGGAGGATAAGAGTGTGATGGCGATCAAGCATAGGGT
TTCTATGTTGAATTATGGTATTTTTGGTAATTTATCCGCCGGAATGGGCCATCCTGCCGC
CGTCGCGGTCGTGTGATTATATATGTATACATAGACGTACGAATACGATAAGTAAATTAG
GTGC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3BZ69TF U 1
AF RR3BZ69JQ C 412
BS 1 676 RR3BZ69TF
BS 677 1024 RR3BZ69JQ

RD RR3BZ69TF 676 0 0
GCAACCCAAAACAACAAAAGAAGAATTAAAAGAAAGAAAAAAAGACATTTTCATCTCTCT
CTTCTTGAAAGCAATGGATCGGCAAAACTCCGATGACATCATGAAGTTTCTTGACGGAAT
GGCTAGCTCCGACGATGTTTTATTTGGTTTTCTCGACGAAGGAAACCATTCACCGGAGGA
TTACCATGATTCCGGTAGCTTCGCCGGTGGCGAAGAATCCGATGCTGACAACGATGCCGC
CGGTTGCAATTCCGAAGAGAGCAAAACGTTTTGGCATGAACAAGAACAACTTCTCCAGAC
GACACTATATAGGACAAGTTCAGTTGAGACAAAGATTCGACAAGCAACAAAAGAAGCGTT
GAAAGAAGTGAGATCAAAGGGTTTGCAATGTGTTTGCCGGAGACCGGTGATCGGCGGTTG
CCGTAGCTGTTTGCGCGGTGAAGTGGCTAGCCGTCTCCGAGACGCCGGCTATGATTGCGT
CATTTGCAAATCCAAGTGGAGAAGCAATCACGAGATTCCTGCAGGTGAGCATGAATATTT
GGAAATCGTGGACAAATCTGGATCAAAGAAAAGCGAGATCCGTGTGGTGATTGAGCTATC
TTTTAGGGCGGAGTTTGAGATGGCGAGAGGTAGTGAGGAGTACAAGCGACTCGTTGGAAT
ATTACCTGAAGTGTAC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3BZ69JQ 613 0 0
CGGCGGTTGCCGTAGCTGTTTGCGCGGTGAAGTGGCTAGCCGTCTCCGAGACGCCGGCTA
TGATTGCGTCATTTGCAAATCCAAGTGGAGAAGCAATCACGAGATTCCTGCAGGTGAGCA
TGAATATTTGGAAATCGTGGACAAATCTGGATCAAAGAAAAGCGAGATCCGTGTGGTGAT
TGAGCTATCTTTTAGGGCGGAGTTTGAGATGGCGAGAGGTAGTGAGGAGTACAAGCGACT
CGTTGGAATATTACCTGAAGTGTACGTCGGGAAAACAGAGAGGCTAAAATCGCTGATAAA
AATATTGTGCACGGCGGCTAAAAAGTGTATGAAAGACAAGAAAGTGCACATGGGTCCTTG
GAGAAAACACAAGTACATGCAAGCCAAATGGCACGGCACCTGCGAAAGAAAATCCGTGAA
CCTGGCTCCGGAGACTGAGACGCAGAAGGAGGAGGAGGATAAGAGTGTGATGGCGATCAA
GCATAGGGTTTCTATGTTGAATTATGGTATTTTTGGTAATTTATCCGCCGGAATGGGCCA
TCCTGCCGCCGTCGCGGTCGTGTGATTATATATGTATACATAGACGTACGAATACGATAA
GTAAATTAGGTGC

QA 1 613 1 613
DS 



CO CL1338Contig2 765 3 4 U
GGCTTCAACCCAAAACAACAAAAGAAGAATTAAAAGAAAGAAAAAATATATATTTTCATC
TCTCTCTTCTTGAAAAGCAATGGATCGGCAAAACTCCGATGACATCATGAAGTTTCTTGA
CGGAATGGCTAGCTTCGACGATGTTTTATTTGGTTTCCTCGACGAAGGAAACCATTCACC
GGAGGATTACCCTGATGCCGGTAGCTTCGCCGGCGGCGAAGAATCCGATGCTGACGATGC
CGCCGGTTGCAATTCCGAAGAGAGCAAAACGTTTTGGCATGAACAAGAACAGCTTCTCCA
GGCGACACTGTATAGGACAAGTTCAGTTGAGACAAAGATTCGACAGGCAACAAAACAAGC
GTTGAAAGAAGTGAGATCAAAGGGTTTGCAATGTGTTTGCCGGAGACCGGTGATCGGCGG
TTGCCGTAGCTGTCTGCGCGGTGAAGTGACTAGCCGTCTCCGAGACGCCGGCTATGATTG
CGTCATTTGCAAATCCAAGTGGAGAAGCAATCACGAGATTCCTGCAGGTGAGCATGAATA
TCTGGAAATCGTGGACAAATCTGGATCAAAGAAAGGCGAGATCCGTGTGGTGATTGAGCT
ATCTTTTAGGGCGGAGTTTGAGATGGCGAGAGGTAGTGAGGAGTACAAGCGACTCATTGG
AATATTACCTGAAGTGTACGTCGGAAAACAGAGAGGCTAAAATCGCTCATAAAATATTGT
GCACGCGGCTAAAAGTGTATGAAATACAAGAAATGCACATGGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI02TF U 1
AF RR3D113TF U 6
AF RR3ES75TF U 5
BS 1 170 RR3CI02TF
BS 171 171 RR3ES75TF
BS 172 662 RR3CI02TF
BS 663 765 RR3ES75TF

RD RR3CI02TF 662 0 0
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TCTCTCTTCTTGAAAAGCAATGGATCGGCAAAACTCCGATGACATCATGAAGTTTCTTGA
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TCTGGAAATCGTGGACAAATCTGGATCAAAGAAAGGCGAGATCCGTGTGGTGATTGAGCT
ATCTTTTAGGGCGGAGTTTGAGATGGCGAGAGGTAGTGAGGAGTACAAGCGACTCATTGG
AA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3D113TF 674 0 0
G
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TTCTTGAAAAGCAATGGATCGGCAAAACTCCGATGACATCATGAAGTTTCTTGACGGAAT
GGCTAGCTTCGACGATGTTTTATTTGGTTTCCTCGACTAAGGAAACCATTCACCGGAGGA
TTACCCTGATGCCGGTAGCTTCGCCGGCGGCGAAGAATCCGATGCTGACGATGCCGCCGG
TTGCAATTCCGAAGAGAGCAAAACGTTTTGGCATGAACAAGAACAGCTTCTCCAGGCGAC
ACTGTATAGGACAAGCTCAGTTGAGACAAAGATTCGACAGGCAACAAAACAAGCGTTGAA
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TTGCAAATCCAAGTGGAGAAGCAATCACGAGATTCCTGCAGGTGAGCATGAATATCTGGA
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TAGGGCGGAGTTTGAGATGGCGAGAGGTAGTGAGGAGTACAAGCGACTCATTGGAATATT
ACCTGAAGTGTAC

QA 2 674 2 674
DS 

RD RR3ES75TF 761 0 0
GG
AACCCAAAACGACAAAAGAAGAATTAAAAGAAAGAAAAAATATATATTTTCATCTCTCTC
TTCTTGAAAAGCAATGGATCGGCAAAACTCCGATGACATCATGAAGTTTCTTGACGGAAT
GGCTAGCTTCGACGATGTTTTATTTGGTTTCCTCGACGAAGGAAACCATTCACCGGAGGA
TTACCCTGATGCCGGTAGCTTCGCCGGCGGCGAAGAATCCGATGCTGACGATGCCGCCGG
TTGCAATTCCGAAGAGAGCAAAACGTTTTGGCATGAACAAGAACAGCTTCTCCGGGCGAC
ACTGTATAGGACAAGTTCAGTTGAGACAAAGATTCGACAGGCAACAAAACAAGCGTTGAA
AGAAGTGATATCAAAGGGTTTGCAATGTGTTTGCCGGAGACCGGTGATCGGCGGTTGCCG
TAGCTGTCTGCGCGGTGAAGTGACTAGCCGTCTCCGAGACGCCGGCTATGATTGCGCCAT
TTGCAAATCCAAGTGGAGAAGCAATCACGAGATTCCTGCAGGTGAGCATGAATATCTGGA
AATCGTGGGCAAATCTGGATCAAAGAAAGGCGAGATCCGTGTGGTGATTGAGCTATCTTT
TAGGGCGGAGTTTGAGATGGCGAGAGGTAGTGAGGAGTACAAGCGACTCATTGGAATATT
ACCTGAAGTGTACGTCGGAAAACAGAGAGGCTAAAATCGCTCATAAAATATTGTGCACGC
GGCTAAAAGTGTATGAAATACAAGAAATGCACATGGGTC

QA 3 761 3 761
DS 



AS 2 6

CO CL1339Contig1 804 4 9 U
GATTCTTTTGATTACTTTTAAGAAAGAGAGCAAGAATATGGGAAGTGTACAGTTGAATGG
TTCAGGCTTAGTAGCTTCTCTATCTCAAAATCATATCTTTAGCCACAAAACCAAACTTAG
TAACCCCAAGTCGTCCTTCTTACGCTCAAAACACAATGCCACCAGAGCCAAAACTATCCG
AGCCATAAGCACCGCACCAGCAAGCCAGCCTCCAGTCGTAGATGAGCCGAGTGATGAACC
TCCTGCTGTCGATTTTGCATTCGTCCATTCGGTCTTGCTACCGGACGGAACACCGGACGT
GCATCGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACAGAAACTTAGAGACATAATGTTGGATTCTAACAT
CGAACTCTATGGTCCTTATAGTAAGCCCTTGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACCTGCGC
TACTTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAGGAGCTTCTCAACCCACGAACTGACATTGA
AAAGGAGAAACTCAAAAGGAAACCAAAAAACTGGAGACTAGCTTGTCAAACCAACGTGGG
AAATCCAGATTCAACCGGATTGGTCGTCATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCATGA
ATGGAACATCCCTAAGAATTTACCTATTGATGATCCCGAAAGTTCTACGTGAAAGTACGA
TCCAGTTGTTATTGTCTAGATCATGAAACAATAACGATCGAGTTCATTTTAATCTTTGTC
GATATTTAACCATATATACAACTAGCTATTTAGATAAACCTAAATGATTATATATGAAGG
TTATTAATAATGAAACAGGCTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3HB09TF U 27
AF RR3BE54TF U 1
AF RR3BE54JQ C 1
AF RR3HB09JQ C 221
BS 1 28 RR3BE54TF
BS 29 107 RR3HB09TF
BS 108 108 RR3BE54TF
BS 109 154 RR3HB09TF
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BS 776 804 RR3BE54JQ

RD RR3HB09TF 749 0 0
GG
AGCAAGAATATGGGAAGTGTACAGTTGAATGGTTCAGGCTTAGTAGCTTCTCTATCTCAA
AATCATATCTTTAGCCACAGAACCAAACTTAGTAACCCCAAGTCGTCCTTCTTACGCTCA
AAACACGATGCCACCAGAGCCAAAACTATCCGAGCCATAAGCACCGCACCAGTAAGCCAG
CCTCCAGTCGTAGATGAGCCGAGTGATGAACCTCCTGCTGTCGATTTTGCATTCGTCCAT
TCGGTCTTGCTACCGGACGGAACACCGGACGTGCATCGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACAG
AAACTTAGAGACATAATGTTGGATTCTAACATCGAACTCTATGGTCCTTATAGTAAGCCC
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AAGGAGCTTCTCAACCCACGAACTGACATTGAAAAGGAGAAACTCAAAAGGAAACCAAAA
AACTGGAGACTAGCTTGTCAAACCAACGTGGGAAATCCAGATTCAACCGGATTGGTCGTC
ATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCATGAATGGAACATCCCTAAGAATTTACCTATT
GATGATCCCGAAAGTTCTACGTGAAAGTACGATCCAGTTGTTATTGTCTAGATCATGAAA
CAATAACGATCGAGTTCATTTTAATCTTTGTCGATATTTAACCATATATACAACTAGCTA
TTTAGATAAACCTAAATGATTATATAT

QA 3 749 3 749
DS 

RD RR3BE54TF 777 0 0
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AGCCATAAGCACCGCACCAGCAAGCCAGCCTCCAGTCGTAGATGAGCCGAGTGATGAACC
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CGAACTCTATGGTCCTTATAGTAAGCCCTTGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACCTGCGC
TACTTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAGGAGCTTCTCAACCCACGAACTGACATTGA
AAAGGAGAAACTCAAAAGGAAACCAAAAAACTGGAGACTAGCTTGTCAAACCAACGTGGG
AAATCCAGATTCAACCGGATTGGTCGTCATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCATGA
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TCCAGTTGTTATTGTCTAGATCATGAAACAATAACGATCGAGTTCATTTTAATCTTTGTC
GATATTTAACCATATATACAACTAGCTATTTAGATAAACCTAAATGATTATATAT
GA

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3BE54JQ 804 0 0
GATTCTTTTGATTACTTTTAAGAAAGAGAGCAAGAATATGGGAAGTGTACAGTTGAATGG
TTCAGGCTTAGTAGCTTCTCTATCTCAAAATCATATCTTTAGCCACAAAACCAAACTTAG
TAACCCCAAGTCGTCCTTCTTACGCTCAAAACACAATGCCACCAGAGCCAAAACTATCCG
AGCCATAAGCACCGCACCAGCAAGCCAGCCTCCAGTCGTAGATGAGCCGAGTGATGAACC
TCCTGCTGTCGATTTTGCATTCGTCCATTCGGTCTTGCTACCGGACGGAACACCGGACGT
GCATTGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACAGAAACTTAGAGACATAATGTTGGATTCTAACAT
CGAACTCTATGGTCCTTATAGTAAGCCCTTGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACCTGCGC
TACTTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAGGAGCTTCTCAACCCACGAACTGACATTGA
AAAGGAGAAACTCAAAAGGAAACCAAAAAACTGGAGACTAGCTTGTCAAACCAACGTGGG
AAATCCAGATTCAACCGGATTGGTCGTCATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCATGA
ATGGAACATCCCTAAGAATTTACCTATTGATGATCCCGAAAGTTCTACGTGAAAGTACGA
TCCAGTTGTTATTGTCTAGATCATGAAACAATAACGATCGAGTTCATTTTAATCTTTGTC
GATATTTAACCATATATACAACTAGCTATTTAGATAAACCTAAATGATTATATATGAAGG
TTATTAATAATGAAACAGGCTTCC

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3HB09JQ 584 0 0
GATGAGCCGAGTGATGAACCTCCTGCTGTCGATTTTGCATTCGTCCATTCGGTCTTGCTA
CCGGACGGAACACCGGACGTGCATCGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACAGAAACTTAGAGAC
ATAATGTTGGATTCTAACATCGAACTCTATGGTCCTTATAGTAAGCCCTTGTCAAACTGC
GCAGGAGTAGGAACCTGCGCTACTTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAAGGAGCTTCTC
AACCCACGAACTGACATTGAAAAGGAGAAACTCAAAAGGAAACCAAAAAACTGGAGACTA
GCTTGTCAAACCAACGTGGGAAATCCAGATTCAACCGGATTGGTCGTCATACAACAATTG
CCAGAGTGGAAAGCTCATGAATGGAACATCCCTAAGAATTTACCTATTGATGATCCCGAA
AGTTCTACGTGAAAGTACGATCCAGTTGTTATTGTCTAGATCATGAAACAATAACGATCG
AGTTCATTTTAATCTTTGTCGATATTTAACCATATATACAACTAGCTATTTAGATAAACC
TAAATGATTATATATGAAGGTTATTAATAATGAAACAGGCTTCC

QA 1 584 1 584
DS 



CO CL1339Contig2 709 2 3 U
GAAAAGATAGCAAGACTATGGGAAGTCTACAGTTGAATGGTTCAGGCTTAGTAGCTTCTC
TATCTCAGAATCATATCTTTAGCCACAAAACCAAACATAGTCACCCCAAGTCGTCCTTCT
TACGCTCAAAACACAATGCCACCAGAGCCAAAACTATCCGGGCCATAAGCACCGCACCAG
TAAGCCAGCCTCCAGTTGCATGAGCTGAATGATGAACCTCCTGCTGTCGATTTTGCCTTC
GTCCATTCGGTGTTACTACCGGACGGGACACCGGACGTGCATTGGAGAAGAGCGTGCGGT
GGACAGAAACTTAGAGACATAATGTTGGATTCTAACATCGAACTCTATGGTCCTTATAGT
AAGCCCTTGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACCTGCGCTACTTGCATGGTCGAGATTGTA
AATGGAAAGGAGCTTCTCAACCCACGAACTGACATTGAAAAGGAGAAACTCAAAAGGAAA
CCAAAAAACTGGAGACTAGCTTGTCAAACCAACGTGGGAAATCCAGATTCAACCGGATTG
GTCGTCATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCATGAATGGAACATCCCTAAGAATTTA
CCTATTGATGATCCCGAAAGTTCTACGTGAAAGTACGATCCAGTTGTTATTGTCTAGATC
ATGAAACAATAACGATCGAGTTCATTTTAATCTTTGTCGATATTTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES38TF U 7
AF RR3ES38JQ C 1
BS 1 8 RR3ES38JQ
BS 9 612 RR3ES38TF
BS 613 709 RR3ES38JQ

RD RR3ES38TF 606 0 0
AT
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AATCATATCTTTAGCCACAAAACCAAACATAGTCACCCCAAGTCGTCCTTCTTACGCTCA
AAACACAATGCCACCAGAGCCAAAACTATCCGGGCCATAAGCACCGCACCAGTAAGCCAG
CCTCCAGTTGCATGAGCTGAATGATGAACCTCCTGCTGTCGATTTTGCCTTCGTCCATTC
GGTGTTACTACCGGACGGGACACCGGACGTGCATTGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACAGAA
ACTTAGAGACATAATGTTGGATTCTAACATCGAACTCTATGGTCCTTATAGTAAGCCCTT
GTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACCTGCGCTACTTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAAA
GGAGCTTCTCAACCCACGAACTGACATTGAAAAGGAGAAACTCAAAAGGAAACCAAAAAA
CTGGAGACTAGCTTGTCAAACCAACGTGGGAAATCCAGATTCAACCGGATTGGTCGTCAT
ACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCATGAATGGAACATCCCTAAGAATTTACCTATTGA
TGAT

QA 3 606 3 606
DS 

RD RR3ES38JQ 709 0 0
GAAAAGATAGCAAGACTATGGGAAGTCTACAGTTGAATGGTTCAGGCTTAGTAGCTTCTC
TATCTCAGAATCATATCTTTAGCCACAAAACCAAACATAGTCACCCCAAGTCGTCCTTCT
TACGCTCAAAACACAATGCCACCAGAGCCAAAACTATCCGGGCCATAAGCACCGCACCAG
TAAGCCAGCCTCCAGTTGCATGAGCTGAATGATGAACCTCCTGCTGTCGATTTTGCCTTC
GTCCATTCGGTGTTACTACCGGACGGGACACCGGACGTGCATTGGAGAAGAGCGTGCGGT
GGACAGAAACTTAGAGACATAATGTTGGATTCTAACATCGAACTCTATGGTCCTTATAGT
AAGCCCTTGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACCTGCGCTACTTGCATGGTCGAGATTGTA
AATGGAAAGGAGCTTCTCAACCCACGAACTGACATTGAAAAGGAGAAACTCAAAAGGAAA
CCAAAAAACTGGAGACTAGCTTGTCAAACCAACGTGGGAAATCCAGATTCAACCGGATTG
GTCGTCATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCATGAATGGAACATCCCTAAGAATTTA
CCTATTGATGATCCCGAAAGTTCTACGTGAAAGTACGATCCAGTTGTTATTGTCTAGATC
ATGAAACAATAACGATCGAGTTCATTTTAATCTTTGTCGATATTTAACC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 6

CO CL1340Contig1 796 6 10 U
GGACATGAAGCAAAGATAGAGAAAAAAACATACACACACACAAGACTTGTTTCTACAGAG
CAACCAAGTCTCAAGAAAGGTAGAAAGCTAAGGTAGAATATGGCTATGGAGTTAGAGCTT
GATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCTTCTCATCATGGATGAA
GATGAACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTTCCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTATG
TTCAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGACT
GGTGTTTTCATCCCTAAATCTTCTCAAACCAGAAGGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGGC
AGGGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTAT
CAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCATG
ATCACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAAT
TGATTGATCTAACAAATATTCTGCAAGATTCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTATA
TTATTTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCAGGAAGAATAAGAAGAATAAT
GATTCTATATAAGGAAGGAAGTTCTTGGAGATTTGTTTCAAGCTTGTTCTTGTTTTAATA
TAACTCTCTCTTGGTGATTCTAGAGATGATAATATTTCACTGACTTCTCTATTTGTAAAA
TATGTTTTTAAGGATT


BQ
10 10 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3EI74TF U 13
AF RR3D060TF U 1
AF RR3GQ59TF U 1
AF RR3AB08TF U 1
AF RR3AB08JQ C 1
AF RR3GQ59JQ C 4
BS 1 2 RR3AB08JQ
BS 3 12 RR3D060TF
BS 13 238 RR3EI74TF
BS 239 239 RR3D060TF
BS 240 540 RR3EI74TF
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BS 752 796 RR3AB08JQ

RD RR3EI74TF 625 0 0
AAGATAGAGAAAAAAACATACACACACACAAGACTTGTTTCTACAGAGCAACCAAGTCTC
AAGAAAGGTAGAAAGCTAAGGTAGAATATGGCTATGGAGTTAGAGCTTGATGATGATGTC
TTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCTTCTCATCATGGATGAAGATGAACAGCTT
AACTCTGTTTCACTCTCTTCCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTACGTTCAGAGGAGGC
TACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGACTGGTGTTTTCATC
CCTAAATCTTCTCAAACCAGAAGGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGGCAGGGTTAGTTCC
TTCAACGCCAAGCAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTATCAGCAGAATCAT
GACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCATGATCACTACTAAT
GTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAATCGATTGATCTAA
CAAATATTCTGCAAGATTCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTATATTATTTTATAGA
TGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAA

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3D060TF 668 0 0
GC
ACATGAAGCAAAGATAGAGAAAAAAACATACACACACACAAGACTTGTTTCTACAGAGCA
ACCAAGTCTCAAGAAAGGTAGAAAGCTAAGGTAGAATATGGCTATGGAGTTAGAGCTTGA
TGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCTTCTCATCATGGATGAAGA
TGAACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTTCCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTATGTT
CAGAGGAGGCTACCAAACGGTTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGACTGG
TGTTCTCATCCCTAAATCTTCTCAAACCAGAAGGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGGCAG
GGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTATCA
GCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCATAACAACAAGAGCAGCATGAT
CACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAATTG
ATTGATCTAACAAATATTCTGCAAGATTCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTATATT
ATTTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCAGGAAGAATAAGAAGAATAATGA
TTCTAT

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR3GQ59TF 751 0 0
GG
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TGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCTTCTCATCATGGATGAAGA
TGAACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTTCCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTATGTT
CAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGACTGG
TGTTTTCATCCCTAAAT*TTCTCAAACCAGAAGGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGGCAG
GGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTATCA
GCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCATGAT
CACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAATTG
ATTGATCTAACAAATATTCTGCGAGATTCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTATATT
ATTTTATTGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCACGAAGAATAAGAAGAATAATGA
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ACTCTCTCTTGGTGATTCTAGAGATGATA

QA 3 751 3 751
DS 

RD RR3AB08TF 755 0 0
GG
ACATGAAGCAAAGATAGAGAAAAAAACATACACACACACAAGACTTGTTTCTACAGAGCA
ACCAAGTCTCAAGAAAGGTAGAAAGCTAAGGTAGAATATGGCTATGGAGTTAGAGCTTGA
TGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCTTTTCATCATGGATGAAGA
TGAACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTTCCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTATGTT
CAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGACTGG
TGTTTTCATCCCTAAATCTTCTCAAACCAGAAGGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGGCAG
GGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTATCA
GCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCATGAT
CACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAATTG
ATTGATCTAACAAATATTCTGCAAGATTCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTATATT
ATTTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCAGGAAGAATAAGAAGAATAATGA
TTCTATATAAGGAAGGAAGTTCTTGGAGATTTGTTTCAAGCTTGTTCTTGTTTTAATATA
ACTCTCTCTTGGTGATTCTAGAGATGATA
ATAT

QA 3 751 3 751
DS 

RD RR3AB08JQ 796 0 0
GGACATGAAGCAAAGATAGAGAAAAAAACATACACACACACAAGACTTGTTTCTACAGAG
CAACCAAGTCTCAAGAAAGGTAGAAAGCTAAGGTAGAATATGGCTATGGAGTTAGAGCTT
GATGATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCTTTTCATCATGGATGAA
GATGAACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTTCCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTATG
TTCAGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGACT
GGTGTTTTCATCCCTAAATCTTCTCAAACCAGAAGGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGGC
AGGGTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTAT
CAGCAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCATG
ATCACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAAT
TGATTGATCTAACAAATATTCTGCAAGATTCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTATA
TTATTTTATAGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCAGGAAGAATAAGAAGAATAAT
GATTCTATATAAGGAAGGAAGTTCTTGGAGATTTGTTTCAAGCTTGTTCTTGTTTTAATA
TAACTCTCTCTTGGTGATTCTAGAGATGATAATATTTCACTGACTTCTCTATTTGTAAAA
TATGTTTTTAAGGATT

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3GQ59JQ 793 0 0
CATGAAGCAAAGATAGAGAAAAAAACATACACACACACAAGACTTGTTTCTACAGAGCAA
CCAAGTCTCAAGAAAGGTAGAAAGCTAAGGTAGAATATGGCTATGGAGTTAGAGCTTGAT
GATGATGTCTTCTTTGCAGACATAAGCAAACAGATCTCTCTTCTCATCATGGATGAAGAT
GAACAGCTTAACTCTGTTTCACTCTCTTCCTCCTCCCCTCTCGGGTTCCAGGGTATGTTC
AGAGGAGGCTACCAAACGGCTCCATATATGTATCATCAAGAACAGAGCAAAGGGACTGGT
GTTTTCATCCCTAAAT*TTCTCAAACCAGAAGGAGACCTCAGCATCCTAAGCAAGGCAGG
GTTAGTTCCTTCAACGCCAAGCAACAACGCTCTCTTCATCAAAACAGACAACAGTATCAG
CAGAATCATGACAACTTACGAAGTACCCTCACCACTCACAACAACAAGAGCAGCATGATC
ACTACTAATGTTCATGCTTCCATCCCAAGAAGAACTTACAGAGATGCAATCTACAATTGA
TTGATCTAACAAATATTCTGCGAGATTCATGGTTTTCTATGGAATTGATTTATTATATTA
TTTTATTGATGCATAAGATTTATTTGTTTGTAAATCAGGAAGAATAAGAAGAATAATGAT
TCTATATAAGGAAGGAAGTTCTTGGAGATTTGTTTCAAGCTTGTTCTTGTTTTAATATAA
CTCTCTCTTGGTGATTCTAGAGATGATAATATTTCACTGACTTCTCTATTTGTAAAATAT
GTTTTTAAGGATT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 5

CO CL1341Contig1 930 5 7 U
GGGGTAATAAACCTTGTTGACTTGGTCCATGTTCTTTGTAAATATCAAAAAGACTCAACA
GACTCGTAAAGCATGAATGAAAAGCTGAAAATTGTGAAAAGCCTTTGTTTATACGCAACT
CATAAAAGTCGATTTTTGGGCAGAACAAACTGAGAAAGTTCTCAGGTGCTTGTAGGTAAG
GAATCTATTTTTTCTTTTACTCGGTCCATGGAGCATTCACCATCTTTGCCATGAACGAAT
AACGATCAGCCGCCTCATCAATCATCTTTTTGGTTGGGCGACCAGCTCCGTGGCCGGCCT
TAACTTCTATACGACCAATTATGGGGTTTGTCTGTGGACTGTTCTCTAAGCTTGTGCACA
GCACGTGCTGCAACGTCGCAAGCAACTTCAAAGAGTGAAGCGGCACAACTCTGTCATCGT
GATCAGCTGTCAGTAACATGGTTGACGGGTACTGAACTGAATTGCCGCTTTGTTGCTCCC
ATGGCCTCTTCACATTATGTAGTGGCGAGTACTTTATCAGCCAATGAAACTCCTCTTCAT
TTTCGGAGCAACCATAGTCAGTAGTCCAGGCATGGCCTATGGTGAACTTGTGAAACCGTA
GCATATCCATGACACCCACATGAGCCAAAGCACAACCATAAAGGTCTGGTCTCTGATTTA
TGCAAGCCCCGATTAGGAGCCCACCATTACTGCCACCTTCGATACACAACTTGCTCGGCT
GTGTATAACCAGCGGACACGAGATACTCTGCCCCAGATATGAAGTCATCAAAGCAGTTCT
GCTTGTTGGCAAGTGAACCTGCTTTGTGCCATTCCTCCCCATACTCTCCACCACCTCGAA
TGTTTGCAATGCAGAAAACTGTACCGAGATGCTTGCTAAGCACAATGCGACTTGCACTGA
AAGATGGTGTTATGCTTATGTTAAAACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ73JQ U 75
AF RR3FG38JQ U 1
AF RR3AB07JQ U 138
AF RR3AB07TF C 142
AF RR3GQ73TF C 312
BS 1 130 RR3FG38JQ
BS 131 131 RR3GQ73JQ
BS 132 753 RR3FG38JQ
BS 754 754 RR3AB07JQ
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BS 785 868 RR3AB07JQ
BS 869 930 RR3GQ73TF

RD RR3GQ73JQ 480 0 0
GAATGAAAAGCTGAAAATTGTGAAAAGCCTTTGTTTATACGCAACTCATAAAAGTCGATT
TTTGGGCAGAACAAACTGAGAAAGTTCTCAGGTGCTTGTAGGTAAGGAATCTATTTTTTC
TTTTACTCGGTCCATGGAGCATTCACCATCTTTGCCATGAACGAATAACGATCAGCCGCC
TCATCAATCATCTTTTTGGTTGGGCGACCAGCTCCGTGGCCGGCCTTAACTTCTATACGA
CCAATTATGGGGTTTGTCTGTGGACTGTTCTCTAAGCTTGTGCACAGCACGTGCTGCAAC
GTCGCAAGCAACTTCAAAGAGTGAAGCGGCACAACTCTGTCATCGTGATCAGCTGTCAGT
AACATGGTTGACGGGTACTGAACTGAATTGCCGCTTTGTTGCTCCCATGGCCTCTTCACA
TTATGTAGTGGCGAGTACTTTATCAGCCAATGAAACTCCTCTTCATTTTCGGAGCAACCA

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR3FG38JQ 784 0 0
GGGGTAATAAACCTTGTTGACTTGGTCCATGTTCTTTGTAAATATCAAAAAGACTCAACA
GACTCGTAAAGCATGAATGAAAAGCTGAAAATTGTGAAAAGCCTTTGTTTATACGCAACT
CATAAAAGTCTATTTTTGGGCAGAACAAACTGAGAAAGTTCTCAGGTGCTTGTAGGTAAG
GAATCTATTTTTTCTTTTACTCGGTCCATGGAGCATTCACCATCTTTGCCATGAACGAAT
AACGATCAGCCGCCTCATCAATCATCTTTTTGGTTGGGCGACCAGCTCCGTGGCCGGCCT
TAACTTCTATACGACCAATTATGGGGTTTGTCTGTGGACTGTTCTCTAAGCTTGTGCACA
GCACGTGCTGCAACGTCGCAAGCAACTTCAAAGAGTGAAGCGGCACAACTCTGTCATCGT
GATCAGCTGTCAGTAACATGGTTGACGGGTACTGAACTGAATTGCCGCTTTGTTGCTCCC
ATGGCCTCTTCACATTATGTAGTGGCGAGTACTTTATCAGCCAATGAAACTCCTCTTCAT
TTTCGGAGCAACCATAGTCAGTAGTCCAGGCATGGCCTATGGTGAACTTGTGAAACCGTA
GCATATCCATGACACCCACATGAGCCAAAGCACAACCATAAAGGTCTGGTCTCTGATTTA
TGCAAGCCCCGATTAGGAGCCCACCATTACTGCCACCTTCGATACACAACTTGCTCGGCT
GTGTATAACCAGCGGACACGAGATACTCTGCCC*AGATATGAAGTCATCAAAGCAGTTCT
GCTT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3AB07JQ 733 0 0
GGG
CAGAACAAACTGAGAAAGTTCTCAGGTGCTTGTAGGTAAGGAATCTATTTTTTCTTTTAC
TCGGTCCATGGAGCATTCACCATCTTTGCCATGAACGAATAACGATCAGCCGCCTCATCA
ATCATCTTTTTGGTTGGGCGACCAGCTCCGTGGCCGGCCTTAACTTCTATACGACCAATT
ATGGGGTTTGTCTGTGGACTGTTCTCTAAGCTTGTGCACAGCACGTGCTGCAACGTCGCA
AGCAACTTCAAAGAGTGAAGCGGCACAACTCTGTCATCGTGATCAGCTGTCAGTAACATG
GTTGACGGGTACTGAACTGAATTGCCGCTTTGTTGCTCCCATGGCCTCTTCACATTATGT
AGTGGCGAGTACTTTATCAGCCAATGAAACTCCTCTTCATTTTCGGAGCAACCATAGTCA
GTAGTCCAGGCATGGCCTATGGTGAACTTGTGAAACCGTAGCATATCCATGACACCCACA
TGAGCCAAAGCACAACCATAAAGGTCTGGTCTCTGATTTATGCAAGCCCCGATTAGGAGC
CCACCATTACTGCCACCTTCGATACACAACTTGCTCGGCTGTGTATAACCAGCGGACACG
AGATACTCTGCCCCAGATATGAAGTCATCAAAGCAGTTCTGCTTGTTGGCAAGTGAACCT
GCTTTGTGCCATTCCTCCCCATACTCTCCACCACCTCGAATGTTTGCAATGCAGAAAACT
GTACCGAG
CC

QA 4 731 4 731
DS 

RD RR3AB07TF 728 0 0
AGAACAAACTGAGAAAGTTCTCAGGTGCTTGTAGGTAAGGAATCTATTTTTTCTTTTACT
CGGTCCATGGAGCATTCACCATCTTTGCCATGAACGAATAACGATCAGCCGCCTCATCAA
TCATCTTTTTGGTTGGGCGACCAGCTCCGTGGCCGGCCTTAACTTCTATACGACCAATTA
TGGGGTTTGTCTGTGGACTGTTCTCTAAGCTTGTGCACAGCACGTGCTGCAACGTCGCAA
GCAACTTCAAAGAGTGAAGCGGCACAACTCTGTCATCGTGATCAGCTGTCAGTAACATGG
TTGACGGGTACTGAACTGAATTGCCGCTTTGTTGCTCCCATGGCCTCTTCACATTATGTA
GTGGCGAGTACTTTATCAGCCAATGAAACTCCTCTTCATTTTCGGAGCAACCATAGTCAG
TAGTCCAGGCATGGCCTATGGTGAACTTGTGAAACCGTAGCATATCCATGACACCCACAT
GAGCCAAAGCACAACCATAAAGGTCTGGTCTCTGATTTATGCAAGCCCCGATTAGGAGCC
CACCATTACTGCCACCTTCGATACACAACTTGCTCGGCTGTGTATAACCAGCGGACACGA
GATACTCTGCCCCAGATATGAAGTCATCAAAGCAGTTCTGCTTGTTGGCAAGTGAACCTG
CTTTGTGCCATTCCTCCCCATACTCTCCACCACCTCGAATGTTTGCAATGCAGAAAACTG
TACCGAG
C

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3GQ73TF 619 0 0
CGACCAATTATGGGGTTTGTCTGTGGACTGTTCTCTAAGCTTGTGCACAGCACGTGCTGC
AACGTCGCAAGCAACTTCAAAGAGTGAAGCGGCACAACTCTGTCATCGTGATCAGCTGTC
AGTAACATGGTTGACGGGTACTGAACTGAATTGCCGCTTTGTTGCTCCCATGGCCTCTTC
ACATTATGTAGTGGCGAGTACTTTATCAGCCAATGAAACTCCTCTTCATTTTCGGAGCAA
CCATAGTCAGTAGTCCAGGCATGGCCTATGGTGAACTTGTGAAACCGTAGCATATCCATG
ACACCCACATGAGCCAAAGCACAACCATAAAGGTCTGGTCTCTGATTTATGCAAGCCCCG
ATTAGGAGCCCACCATTACTGCCACCTTCGATACACAACTTGCCCGGCTGTGTATAACCA
GCGGACACGAGATACTCTGCCCCAGATATGAAGTCATCAAAGCAGTTCTGCTTGTTGGCA
AGTGAACCTGCTTTGTGTCATTCCTCCCCATACTCTCCACCACCTCGAATGTTTGCAATG
CAGAAAACTGTACCGAGATGCTTGCTAAGCACAATGCGACTTGCACTGAAAGATGGTGTT
ATGCTTATGTTAAAACCCC

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 6

CO CL1342Contig1 1172 6 14 U
GGGTCGAGATTTTGGTTGCGTAGATGGCTTCTTCATCATCATCTCCGACGCCGGATACTG
CAGTGACCGCGATGGAGGAGGAGCTGACTCTAATAGTGAAATGGAGCGGGAAGGAGTACA
CACTCCGAATCTGCGCAGACGACTCAGTTGCTGAGCTGAAACGTCGCATCTGCTTTCTCA
CCAACGTCTTGCCCAAGCGCCAGAAGCTTCTTTACCCCAAAGTCGGAAACAAGCTCTCCG
ACGACTCCCTTCTGCTCTCGCAGATCCCACTCAAGCCTTCTCTCAAGATGACCATGATCG
GTACTACGGAGGATGATATAATAGTAGATCAAGTAACATCGGATGACATTGTTGATGACT
TTGAGCTTGGGAAGGACGAAGTGGTGGATATTAAGGACAAAGAGCTTAATAAGCAGAAGC
TGAGGAGGAGAATTGATCAGTACAAGATTAAGCTTGTTAATCCATGTCGCAAAGGGAAGA
AACTACTTGTTCTAGATATTGACTACACTTTGTTTGATCACCGTTCCACTGCTGAGAACC
CCTTGCAGCTTATGCGTCCTTATCTTCATGAGTTTCTTACTGCTGCTTATGCAGAATATG
ATATCATCATATGGTCTGCCACTAGCATGAAGTGGGTTGAGTTAAAGATGGGAGAGCTTG
GTGTGCTGAACAATCCCAACTACAAGATCACAGCCCTTCTCGACCATCTAGCCATGATCA
CAGTTCAGTCAGACTCTCGTGGAATCTTTGATTGCAAGCCACTAGGCTTAATTTGGGCAC
TGTTGCCTGAGTTCTACAACGCCCAAAACACTATCATGTTCGATGATCTGCGAAGGAACT
TCGTGATGAACCCTCAAAACGGTCTTAAAATCAGGCCGTTTAGGAAAGCTCATGTGAACC
GAGACAAGGATGACGAGCTTGTATTGCTGACTCGGTACCTTCTGGCAATATCAGAGCTTG
ATGATTTGAGTTCTTTGGATCATAGCAGATGGGAGACATTCTCAGAAGACAGTGTCAAAA
GGCGCAGGCACACATAACTTTCCTAACTTTTTTTTTATTGGCATTGTTTAGATATGTTGT
TGTTGTTGCTGGCTACTTCGTATGTTTTATGGTTTAGAAATACAATCAGTTCATCTTTTA
TTAAGCAATATGAAGTTAAGTACTATGAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ22TF U 1
AF RR3C327TF U 18
AF RR3EG30TF U 394
AF RR3C327JQ C 379
AF RR3EG30JQ C 395
AF RR3CQ22JQ C 359
BS 1 56 RR3CQ22TF
BS 57 57 RR3C327TF
BS 58 247 RR3CQ22TF
BS 248 248 RR3C327TF
BS 249 522 RR3CQ22TF
BS 523 523 RR3C327TF
BS 524 635 RR3CQ22TF
BS 636 636 RR3C327TF
BS 637 754 RR3CQ22TF
BS 755 765 RR3C327TF
BS 766 768 RR3EG30TF
BS 769 833 RR3C327TF
BS 834 1017 RR3EG30TF
BS 1018 1172 RR3CQ22JQ

RD RR3CQ22TF 754 0 0
GGGTCGAGATTTTGGTTGCGTAGATGGCTTCTTCATCATCATCTCCGACGCCGGATGCTG
CAGTGACCGCGATGGAGGAGGAGCTGACTCTAATAGTGAAATGGAGCGGGAAGGAGTACA
CACTCCGAATCTGCGCAGACGACTCAGTTGCTGAGCTGAAACGTCGCATCTGCTTTCTCA
CCAACGTCTTGCCCAAGCGCCAGAAGCTTCTTTACCCCAAAGTCGGAAACAAGCTCTCCG
ACGACTCTCTTCTGCTCTCGCAGATCCCACTCAAGCCTTCTCTCAAGATGACCATGATCG
GTACTACGGAGGATGATATAATAGTAGATCAAGTAACATCGGATGACATTGTTGATGACT
TTGAGCTTGGGAAGGACGAAGTGGTGGATATTAAGGACAAAGAGCTTAATAAGCAGAAGC
TGAGGAGGAGAATTGATCAGTACAAGATTAAGCTTGTTAATCCATGTCGCAAAGGGAAGA
AACTACTTGTTCTAGATATTGACTACACTTTGTTTGATCACCTTTCCACTGCTGAGAACC
CCTTGCAGCTTATGCGTCCTTATCTTCATGAGTTTCTTACTGCTGCTTATGCAGAATATG
ATATCATCATATGGTCTGCCACTAGCATGAAGTGGTTTGAGTTAAAGATGGGAGAGCTTG
GTGTGCTGAACAATCCCAACTACAAGATCACAGCCCTTCTCGACCATCTAGCCATGATCA
CAGTTCAGTCAGACTCTCGTGGAATCTTTGATTG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3C327TF 816 0 0
GG
GTAGATGGCTTCTTCATCATCATCTCCGACGCCGGATACTGCAGTGACCGCGATGGAGGA
GGAGCTGACTCTAATAGTGAAATGGAGCGGGAAGGAGTACACACTCCGAATCTGCGCAGA
CGACTCAGTTGCTGAGCTGAAACGTCGCATCTGCTTTCTCACCAACGTCTTGCCCAAGCG
CCAGAAGCTTCTTTACCCCAAAGTCGGAAACAAGCTCTCCGACGACTCCCTTCTGCTCTC
GCAGATCCCACTCAAGCCTTCTCTCAAGATGACCATGATCGGTACTACGGAGGATGATAT
AATAGTAGATCAAGTAACATCGGATGACATTGTTGATGACTTTGAGCTTGGGAAGGACGA
AGTGGTGGATATTAAGGACAAAGAGCTTAATAAGCAGAAGCTGAGGAGGAGAATTGATCA
GTACAAGATTAAGCTTGTTAATCCATGTCGCAAAGGGAAGAAACTACTTGTTCTAGATAT
TGACTACACTTTGTTTGATCACCGTTCCACTGCTGAGAACCCCTTGCAGCTTATGCGTCC
TTATCTTCATGAGTTTCTTACTGCTGCTTATGCAGAATATGATATCATCATATGGTCTGC
CACTAGCATGAAGTGGGTTGAGTTAAAGATGGGAGAGCTTGGTGTGCTGAACAATCCCAA
CTACAAGATCACAGCCCTTCTCGACCATCTAGCCATGATCACAGTTCAGTCAGACTCTCG
TGGAATCTTTGATTGCAAGCCACTAGC**TAATTTGGGCACTGTTGCCTGAGTTCTACAA
CGCCCAAAACACTATCATGTTCGATGATCTGCGA

QA 3 816 3 816
DS 

RD RR3EG30TF 624 0 0
G
GGACAAAGAGCTTAATAAGCAGAAGCTGAGGAGGAGAATTGATCAGTACAAGATTAAGCT
TGTTAATCCATGTCGCAAAGGGAAGAAACTACTTGTTCTAGATATTGACTACACTTTGTT
TGATCACCGTTCCACTGCTGAGAACCCCTTGCAGCTTATGCGTCCTTATCTTCATGAGTT
TCTTACTGCTGCTTATGCAGAATATGATATCATCATATGGTCTGCCACTAGCATGAAGTG
GGTTGAGTTAAAGATGGGAGAGCTTGGTGTCCTGAACAATCCCAACTACAAGATCACAGC
CCTTCTCGACCATCTAGCCATGATCACAGTTCAGTCAGACTCTCGTGGAATCTTTGATTG
CAAGCCACTAGGCTTAATTTGGGCACTGTTGCCTGAGTTCTACAACGCCCAAAACACTAT
CATGTTCGATGATCTGCGAAGGAACTTCGTGATGAACCCTCAAAACGGTCTTAAAATCAG
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GTACCTTCTGGCAATATCAGAGCTTGATGATTTGAGTTCTTTGGATCATAGCAGATGGGA
GACATTCTCAGAAGACAGTGTCA

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DS 

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AGTACAAGATTAAGCTTGTTAATCCATGTCGCAAAGGGAAGAAACTACTTGTTCTAGATA
TTGACTACACTTTGTTTGATCACCGTTCCACTGCTGAGAACCCCTTGCAGCTTATGCGTC
CTTATCTTCATGAGTTTCTTACTGCTGCTTATGCAGAATATGATATCATCATATGGTCTG
CCACTAGCATGAAGTGGGTTGAGTTAAAGATGGGAGAGCTTGGTGTGCTGAACAATCCCA
ACTACAAGATCACAGCCCTTCTCGACCATCTAGCCATGATCACAGTTCAGTCAGACTCTC
GTGGAATCTTTGATTGCAAGCCACTAGGCTTAATTTGGGCACTGTTGCCTGAGTTTTACA
ACGCCCAAAACACTATCATGTTCGATGATCTGCGAAGGAACTTCGTGATGAACCCTCAAA
ACGGTCTTAAAATCAGGCCGTTTAGGAAAGCTCATGTGAACCGAGACAAGGATGACGAGC
TTGTATTGCTGACTCGGTACCTTCTGGCAATATCAGAGCTTGATGATTTGAGTTCTTTGG
ATCATAGCAGATGGGAGACATTCTCAGAAGACAGTGTCAAAAGGCGCAGGCACACATAAC
TTTCCTAACTTTTTTTTTATTGGCATTGTTTAGATATGTTGTTGTTGTTGCTGGCTACTT
CGTATGTTTTATGGTTTAGAA
GTA

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DS 

RD RR3EG30JQ 728 0 0
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TGTTAATCCATGTCGCAAAGGGAAGAAACTACTTGTTCTAGATATTGACTACACTTTGTT
TGATCACCGTTCCACTGCTGAGAACCCCTTGCAGCTTATGCGTCCTTATCTTCATGAGTT
TCTTACTGCTGCTTATGCAGAATATGATATCATCATATGGTCTGCCACTAGCATGAAGTG
GGTTGAGTTAAAGATGGGAGAGCTTGGTGTCCTGAACAATCCCAACTACAAGATCACAGC
CCTTCTCGACCATCTAGCCATGATCACAGTTCAGTCAGACTCTCGTGGAATCTTTGATTG
CAAGCCACTAGGCTTAATTTGGGCACTGTTGCCTGAGTTCTACAACGCCCAAAACACTAT
CATGTTCGATGATCTGCGAAGGAACTTCGTGATGAACCCTCAAAACGGTCTTAAAATCAG
GCCGTTTAGGAAAGCTCATGTGAACCGAGACAAGGATGACGAGCTTGTATTGCTGACTCG
GTACCTTCTGGCAATATCAGAGCTTGATGATTTGAGTTCTTTGGATCATAGCAGATGGGA
GACATTCTCAGAAGACAGTGTCAAAAGGCGCAGGCACACATAACTTTCCTAACTTTTTTT
TTATTGGCATTGTTTAGATATGTTGTTGTTGTTGCTGGCTACTTCGTATGTTTTATGGTT
TAGAA
ATA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3CQ22JQ 814 0 0
CTTTGAGCTTGGGAAGGACGAAGTGGTGGATAT*AAGGACAAAGAGCTTAATAAGCAGAA
GCTGAGGAGGAGAATTGATCAGTACAAGATTAAGCTTGTTAATCCATGTCGCAAAGGGAA
GAAACTACTTGTTCTAGATATTGACTACACTTTGTTTGATCACCTTTCCACTGCTGAGAA
CCCCTTGCAGCTTATGCGTCCTTATCTTCATGAGTTTCTTACTGCTGCTTATGCAGAATA
TGATATCATCATATGGTCTGCCACTAGCATGAAGTGGTTTGAGTTAAAGATGGGAGAGCT
TGGTGTGCTGAACAATCCCAACTACAAGATCACAGCCCTTCTCGACCATCTAGCCATGAT
CACAGTTCAGTCAGACTCTCGTGGAATCTTTGATTGCAAGCCACTAGGCTTAATTTGGGC
ACTGTTGCCTGAGTTCTACAACGCCCAAAACACTATCATGTTCGATGATCTGCGAAGGAA
CTTCGTGATGAACCCTCAAAACGGTCTTAAAATCAGGCCGTTTAGGAAAGCTCATGTGAA
CCGAGACAAGGATGACGAGCTTGTATTGCTGACTCGGTACCTTCTGGCAATATCAGAGCT
TGATGATTTGAGTTCTTTGGATCATAGCAGATGGGAGACATTCTCAGAAGACAGTGTCAA
AAGGCGCAGGCACACATAACTTTCCTAACTTTTTTTTTATTGGCATTGTTTAGATATGTT
GTTGTTGTTGCTGGCTACTTCGTATGTTTTATGGTTTAGAAATACAATCAGTTCATCTTT
TATTAAGCAATATGAAGTTAAGTACTATGAGACC

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 6

CO CL1343Contig1 1876 6 31 U
GAGAACAGAGCAGAGCAGGAGCAAATCGAAACGCTTTCTTTCTCTACTCTATTCTTCGTA
AATGGCGAGCAACAATCCGTCGCAGCTTCTTCCATCAGAGCTAATCGACAGGTGCATAGG
ATCGAAGATAAGGGTGATAATGAAAGGAGATAAGGAGCTCGTTGGTGTTCTCAAAGGCTT
CGACGTTTACGTCAACATGGTCCTTGAGGATGTCACCGAATATGAGATTACAGCAGAAGG
AAGTCGGGTCACTAAGCTTGATCAGATTCTGCTCAATGGCAACAACATCGCCATTTTGGT
GCCTGGTGGAGCTCCAGAAGATGCAGAATAAGATATGGGAAGAGGATTGATTAGTATGTT
AAAGACTTGTGTGAGGAAAGATGTTACTTTGGATTTTAGTATTTAACTCTTTGGCTCACC
CACAAGTACTAGTTGATACATTTTGAATTCGGAATTACAAATTGTTCATTGTTCAACAAC
GTGAAATAGCTTAAACTTCACACTTTTTTTATTTGACTTAATGCCTTCATTGCTTCTCTG
TATTCAACTTTGTGTTCTAATGACCACTCCCATTAGCCTCCACACGTGCATTAGATAAGT
CATCAACAGAGTCTCCTCTCTCAAAAACTGCCGCAGCTCCCATACCAGTACCTATGCACA
TTGAAATAACTCCAAAGCGGCAGTCTTTCCCTCTCCGTTTCATCTCGTGCAGCAATGTTG
CAACACATCGAGCTCCTGTAGCACCAAGAGGATGACCAATGGCAATGGCTCCTCCATTAA
CATTGACCTTTTCCACATCCAGCTCTAGCCTCTTGCAACAGTACACATACTGAGATGCAA
ATGCCTCATTGATCTCAAATAGATCAATGTCGCTAACTTTGAGTCCTGCTAGGTTTGCTG
CAGCAGGAATGGCATAAGCTGGACCAATACCCATTACAGCCGGATCCACACCAGTAACAG
CAAAGCTCCTGAATACTCCAAGAATGGGAAGTCCCTTCTTCATCGCCAAGCTCCTCTTCA
TTAGCAGTACGGCTCCAGCACCATCACTAATCTGACTAGCATTACCTGCTGTGGTTGAAC
CATCAGGTTTAAAGACTGTCTTCAGCTTTGCCAAATCAGCCATGTTTGAGTTTGGACGTA
CACCATCATCAACAGAAACAACAATTGGCTTCTCTGCTTTTGTCACGGGGTCAACAATCT
TAGTAGCAACTGGTACTATCTCATCCTTGAGTTTACCAGAAGCGTTTGCAGCTGCAGCAC
GCTTGTGAGACTCCACCGCAGCCATGTCTTGCTCTTCTCTTGTGACACCGTATCTTTCTG
CAACGTTTTCAGAAGTGATACCCATTGGAAGCAAGCAATCACGAGCTCCAGGAAACGCTT
GTGCCCTCGGGTTTGTGGTGTGAAAGCCACCTCCAGCAGTATGATCAACTGACATTGACT
CCACTCCAGCACCAATACCAATGTCGTAATATCCAGCTCTGATGGAAGCAGCAACATCAG
CAACTGCTTGTAGTCCTGAGAGCATTGTCTGTTGACAGTTCTAATTGGCACAGAGTCAGG
AAAGCCAGCAAAGTAAGCAGCTACTCTACACTCCATGGCTCCCTGAGAACCGGGAGCTAT
AACGGTACCAACAACGATATCCCCAACTTCACTTGGATCCAAAGATGTCCTTTCCACCAC
AGCCTTGAGAACAGAAGCTAGAAGATCATCTGGGAGAGTGTCTTTAAACCCTCCGCGTTT
AGCTTTGCAGATGGCAGTGCGATATGCCGCAACGATCACAACGTCGTCTCCAAAAGCAGC
CATTGGGGAAAGCTCAGCAGCACAGTTGACAGCCGGACGTGGTGAGTGAGCTTAGTAAAA
GACCCTTCTACTTTCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD16JQ C 1
AF RR3FD16TF U 1
AF RR3CJ71JQ U 413
AF RR3AK50JQ U 417
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AAGTCGGGTCACTAAGCTTGATCAGATTTTGCTCAATGGCAACAACATCGCCATTTTGGT
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AATGGCGAGCAACAATCCGTCGCAGCTTCTTCCATCAGAGCTAATCGACAGGTGCATAGG
ATCGAAGATAAGGGTGATAATGAAAGGAGATAAGGAGCTCGTTGGTGTTCTCAAAGGCTT
CGACGTTTACGTCAACATGGTCCTTGAGGATGTCACCGAATATGAGATTACAGCAGAAGG
AAGTCGGGTCACTAAGCTTGATCAGATTCTGCTCAATGGCAACAACATCGCCATTTTGGT
GCCTGGTGGAGCTCCAGAAGATGCAGAATAAGATATGGGAAGAGGATTGATTAGTATGTT
AAAGACTTGTGTGAGGAAAGATGTTACTTTGGATTTTAGTATTTAACTCTTTGGCTCACC
CACAAGTACTAGTTGATACATTTTGAATTCGGAATTACAAATTGTTCATTGTTCAACAAC
GTGAAATAGCTTAAACTTCACACTTTTTTT

QA 1 510 1 510
DS 

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GATTCA
CCCACAAGTACTAGTTGATACATTTTGAATTCGGAATTACAAATTGTTCATTGTTCAACA
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TGTATTCAACTTTGTGTTCTAATGACCACTCCCATTAGCCTCCACACGTGCATTAGATAA
GTCATCAACAGAGTCTCCTCTCTCAAAAACTGCCGCAGCTCCCATACCAGTACCTATGCA
CATTGAAATAACTCCAAAGCGGCAGTCTTTCCCTCTCCGTTTCATCTCGTGCAGCAATGT
CGCAACACATCGAGCTCCTGTAGCACCAAGAGGATGACCAATGGCAATGGCTCCTCCATT
AACATTGACCTTTTCCACATCCAGCTCTAGCTTCTTGCAACAGTACACATACTGAGATGC
AAATGCCTCATTGATCTCAAACAGATCAATGTCGCTAACTTTGAGTCCAGCAAGGTTGGC
TGCAGCAGGAATGGTATAAGCTGGACCGATACCCATGACAGCCGGATCCACACCAGTAAC
AGCAAAGCTCCTGAATACTCCAAGAATGGGAAGTCCCTTCTTCATCGCCAAGCTCCTCTT
CATTAGCAGTACGGCTCCAGCACCATCACTAATCTGACTAGCATTACCTGCTGTGGTTGA
ACCATCAGGTTTAAAGACTGTCTTCGGCTTTGCCAAATCAGCCATGTTTGAGTTTGGACG
TACACCATCATCAACAGAAACAACAATTGGCTTCTCTGCTTTTGTCGCGGGGTCA*CAAT
CTTAGTAGCAACTGGTACTATCTCATC
CTTGAGTTACCAG

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DS 

RD RR3AK50JQ 856 0 0
CG
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ACGTGAAATAGCTTAAACTTCACACTTTTTTTATTTGACTTAATGCCTTCATTGCTTCTC
TGTATTCAACTTTGTGTTCTAATGACCACTCCCATTAGCCTCCACACGTGCATTAGATAA
GTCATCAACAGAGTCTCCTCTCTCAAAAACTGCCGCAGCTCCCATACCAGTACCTATGCA
CATTGAAATAACTCCAAAGCGGCAGTCTTTCCCTCTCCGTTTCATCTCGTGCAGCAATGT
TGCAACACATCGAGCTCCTGTAGCACCAAGAGGATGACCAATGGCAATGGCTCCTCCATT
AACATTGACCTTTTCCACATCCAGCTCTAGCCTCTTGCAACAGTACACATACTGAGATGC
AAATGCCTCATTGATCTCAAATAGATCAATGTCGCTAACTTTGAGTCCTGCTAGGTTTGC
TGCAGCAGGAATGGCATAAGCTGGACCAATACCCATTACAGCCGGATCCACACCAGTAAC
AGCAAAGCTCCTGAATACTCCAAGAATGGGAAGTCCCTTCTTCATCGCCAAGCTCCTCTT
CATTAGCAGTACGGCTCCAGCACCATCACTAATCTGACTAGCATTACCTGCTGTGGTTGA
ACCATCAGGTTTAAAGACTGTCTTCAGCTTTGCCAAATCAGCCATGTTTGAGTTTGGACG
TACACCATCATCAACAGAAACAACAATTGGCTTCTCTGCTTTTGTCACGGGGTCAACAAT
CTTAGTAGCAACTGGTACTATCTCATCCTTGAGTTTACCAGAAGCGTTTGCAGCTGCAGC
ACGCTTGTGA
AACT

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DS 

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CTCCTGTAGCACCAAGAGGATGACCAATGGCAATGGCTCCTCCATTAACATTGAC*TTTT
CCACATCCAGCTCTAGCCTCTTGCAACAGTACACATACTGAGATGCAAATGCCTCATTGA
TCTCAAATAGATCAATGTCGCTAACTTTGAGTCCTGCTAGGTTTGCTGCAGCAGGAATGG
CATAAGCTGGACCAATACCCATTACAGCCGGATCCACACCAGTAACAGCAAAGCTCCTGA
ATACTCCAAGAATGGGAAGTCCCTTCTTCATCGCCAAGCTCCTCTTCATTAGCAGTACGG
CTCCAGCACCATCACTAATCTGACTAGCATTACCTGCTGTGGTTGAACCATCAGGTTTAA
AGACTGTCTTCAGCTTTGCCAAATCAGCCATGTTTGAGTTTGGACGTACACCATCATCAA
CAGAAACAACAATTGGCTTCTCTGCTTTTGTCACGGGGTCAACAATCTTAGTAGCAACTG
GTACTATCTCATCCTTGAGTTTACCAGAAGCGTTTGCAGCTGCAGCACGCTTGTGAGACT
CCACCGCAGCCATGTCTTGCTCTTCTCTTGTGACACCGTATCTTTCTGCAACGTTTTCAG
AAGTGATACCCATTGGAAGCAAGCAGTCACGAGCTCCAGGAAACGCTTGTGCCCTCGGGT
TTGTGGTGTGAAAGCCACCTCCAGCAGTATGATCAACTGACATTGACTCCACTCCAGCAC
CAATACCAATGT

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3CJ71TF 765 0 0
CAAATCAGCCATGTTTGAGTT*GGACGTACACCATCATCAACAGAAACAACAATTGGCTT
CTCTGCTTT*GTCGCGGGGTCAACAATCTTAGTAGCAACTGGTACTATCTCATC*TTGAG
TTTACCAGAAGCGTTTGCAGCTGCAGCACGCTTGTGAGACTCCACCGCAGCCATGTCTTG
CTCTTCTCTTGTGACACCGTATCTTTCTGCAACGTTTTCAGAAGTGATACCCATTGGAAG
CAAGCAATCACGAGCTCCAGGAAACTCTTGTGCCCTCGGGTTTGTGGTGTGAAAGCCACC
TCCAGCAGTATGATCAACTGACATTGACTCCACTCCAGCACCAATACCAATGTCGTAATA
TCCAGCTCTGATGGAAGCAGCAACATCAGCAACTGCTTGTAGTCCTGAGAGCATTGTCTG
TTGACAGTTCTAATTGGCACAGAGTCAGGAAAGCCAGCAAAGTAAGCAGCTACTCTACAC
TCCATGGCTCCCTGAGAACCGGGAGCTATAACGGTACCAACAACGATATCCCCAACTTCA
CTTGGATCCAAAGATGTCCTTTCCACCACAGCCTTGAGAACAGAAGCTAGAAGATCATCT
GGGAGAGTGTCTTTAAACCCTCCGCGTTTAGCTTTGCAGATGGCAGTGCGATATGCCGCA
ACGATCACAACGTCGTCTCCAAAAGCAGCCATTGGGGAAAGCTCAGCAGCACAGTTGACA
GCCGGACGTGGTGAGTGAGCTTAGTAAAAGACCCTTCTACTTTCC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 5

CO CL1344Contig1 1290 5 9 U
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ACTACTTTGAAAAGAACCGACCTAATTTATTTTATTTTTATAGATGAAACTCTTTTAAGG
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AAATTAGGGAGAGAGGCTGAATGGGGGAATCAGAGAGAGATACGACGTCGGATCCTGAGG
TAACCGAACTTGCCAGCTCCAGGTGAGGAACCTTCGAATATGAGCGGCAAATACCCTGTC
GCAGCTTTGTACCTCTGCTGAATTTCCAGAATTTGCTGGCTGCTACGCAATGAGTTACGG
CCTATGACGCAGACTGTCCCACCGGACCCACCGCCAGTGATTTTAGCTCCATACAAAGTT
CCATCATCGGTTGTAGACTTGTTGTGCTGCATCCCTTGTACTAACTGGACCAGCCTGTTG
GTTCCATCCGATCCTAGTCCGCACGCGCTGTAGCTATAGTGACACTGATAAAGAAGTCCT
CCAAGAGCGGTAAGTTGCTCATCTGATGTTGCAGAAGTCAAAAGGGCTTTAAAAGTCTTG
ACCCGGAAGTTTTCGTATATCGGGTGTCTGGCAGGAGCTTTAACACTGTACGAACGTTTT
TGATCAATCACAGTGACAGGATCGTCATGATCCGAGTATTCATCAATGAATGCCTGACCT
AGCATGAAATCTGGAAGCTTATCAGCATAACGGGCTTCGTATCTGTGAGGAGACAAATTG
CACAAGTAATCTAGCGAAGCTTCAGACTCAAGTAGCTCAATCCCTTCATCTTCTATTTCT
TCCGGGTGGCCTCCATTACTATTCAACACTGATTGAGACAGAATAGAAGACGCCATTGAC
TTTATCATCTTCCTCCCCATGTAGGCACCAACTCTGACTGACCCATAGTCTGCACCTCCA
ACGCTATGTCGAATTCCAGAGTCGATTCCCCAAAATCTGACATGGTTGGGAATCTCAACA
AGTCCAATTACTTCTGCAGGTTGGCAGATCATGGCCAAAAGTTTGTTGGCTTCCCCACAG
GACGAGGTCATCTGATCCATAACACCACATGGAGCTCCAACAATATGATTCTCCACCTTT
TGGCAGAGTATAGCAAGATCTCGAGGGCTGATAGTCAGTCCATGCGCAGCAGCTATTGCG
GACATACTCGCCACCTCCACAGCAGCAGATGAAGATACACCTTTACCTTCAGGTACAGCA
GAAGAAACCAGCAAGCTGAGGCTATCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL10JQ U 75
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AF RR3D975JQ U 1
AF RR3FL10TF C 479
AF RR3A636TF C 662
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G
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GCTCCAGGTGAGGAACCTTCGAATATGAGCGGCAAATACCCTGTCGCAGCTTTGTACCTC
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GTCCCACCGGACCCACCGCCAGTGATTTTAGCTCCATACAAAGTTCCATCATCGGTTGTA
GACTTGTTGTGCTGCATCCCTTGTACTAACTGGACCAGCCTGTTGGTTCCATCCGATCCT
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TATATCGGGTGTCTGGCAGGAGCTTTAACACTGTACGAACGTTTTTGATCAATCACAGTG
ACAGGATCGTCATGATCCGAGTATTCATCAATGAATGCCT

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DS 

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TCCAGAATTTGCTGGCTGCTACGCAATGAGTTACGGCCTATGACGCAAACTGTCCCACCG
GACCCACCGCCAGTGATTTTAGCTCCATACAAAGTTCCATCATCGGTTGTAGACTTGTTG
TGCTGCATCCCTTGTACTAACTGGACCAGCCTATTGGTTCCATCCGATCCTAGTCCGCAC
GCGCTGTAGCTATAGTGACACTGATAAAGAAGTCCTCCAAGAGCGGTAAGTTGCTCATCT
GATGTTGCAGAAGTCAAAAGGGCTTTAAAAGTCTTGACCCGGAAGTTTTTGTATATCGGG
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TCATGATCCGAGTATTCATCAATGAATGCCTGACCTAGCATGAAATCTGGAAGCTTATCA
GCATAAC

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DS 

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ATATGATTTTAGGGAACGTAACGTATGGTTGACAAAACAAACAATAATAAAGTGTCTACC
AAATTAGGGAGAGAGGCTGAATGGGGGAATCAGAGAGAGATACGACGTCGGATCCTGAGG
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GCAGCTTTGTACCTCTGCTGAATTTCCAGAATTTGCTGGCTGCTACGCAATGAGTTACGG
CCTATGACGCAGACTGTCCCACCGGACCCACCGCCAGTGATTTTAGCTCCATACAAAGTT
CCATCATCGGTTGTAGACTTGTTGTGCTGCATCCCTTGTACTAACTGGACCAGCCTGTTG
GTTCCATCCGATCCTAGTCCGCACGCGCTGTAGCTATAGTGACACTGATAAAGAAGTCCT
CCAAGAGCGGTAAGTTGCTCATCTGATGTTGCAGAAGTCAAAAGGGCTTTAAAAGTCTTG
ACCCGGAAGTTTTCGTATATCGGGTGTCTGGCAGGAGCTTTAACACTGTACGAACGTTTT
TGATCAATCACAGTGACAGGATCGTCATGATCCGAGTATTCATCAATGAATGCCTGACCT
AGCATGAAATCTGGAAGCTTATCAGCATAACGGGCTTCGTATCTGTGAGGAGACAA*TTG
CACAAGTAATCTAGCGAAGCTTCAGACTCAAGTAGCTCAATCCCTTCATCTTCTATTT

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DS 

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CTCCAAGAGCGGTAAGTTGCTCATCTGATGTTGCAGAAGTCAAAAGGGCTTTAAAAGTCT
TGACCCGGAAGTTTTCGTATATCGGGTGTCTGGCAGGAGCTTTAACACTGTACGAACGTT
TTTGATCAATCACAGTGACAGGATCGTCATGATCCGAGTATTCATCAATGAATGCCTGAC
CTAGCATGAAATCTGGAAGCTTATCAGCATAACGGGCTTCGTATCTGTGAGGAGACAAAT
TGCACAAGTAATCTAGCGAAGCTTCAGACTCAAGTAGCTCAATCCCTTCATCTTCTATTT
CTTCCGGGTGGCCTCCATTACTATTCAACACTGATTGAGACAGAATAGAAGACGCCATTG
ACTTTATCATCTTCCTCCCCATGTAGGCACCAACTCTGACTGACCCATAGTCTGCACCTC
CAACGCTATGTCGAATTCCAGAGTCGATTCCCCAAAATCTGACATGGTTGGGAATCTCAA
CAAGTCCAATTACTTCTGCAGGTTGGCAGATCATGGCCAACAGTTTGTTGGCTTCCCCAC
AGGACGAGGTCATCTGATCCATAACACCACATGGAGC
C

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DS 

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GCATGAAATCTGGAAGCTTATCAGCATAACGGGCTTCGTATCTGTGAGGAGACAAATTGC
ACAAGTAATCTAGCGAAGCTTCAGACTCAAGTAGCTCAATCCCTTCATCTTCTATTTCTT
CCGGGTGGCCTCCATTACTATTCAACACTGATTGAGACAGAATAGAAGACGCCATTGACT
TTATCATCTTCCTCCCCATGTAGGCACCAACTCTGACTGACCCATAGTCTGCACCTCCAA
CGCTATGTCGAATTCCAGAGTCGATTCCCCCAAATCTGACATGGTTGGGAATCTCAACAA
GTCCAATTACTTCTGCAGGTTGGCAGATCATGGCCAAAAGTTTGTTGGCTTCCCCACAGG
ACGAGGTCATCTGATCCATAACACCACATGGAGCTCCAACAATATGATTCTCCACCTTTT
GGCAGAGTATAGCAAGATCTCGAGGGCTGATAGTCAGTCCATGCGCAGCAGCTATTGCGG
ACATACTCGCCACCTCCACAGCAGCAGATGAAGATACACCTTTACCTTCAGGTACAGCAG
AAGAAACCAGCAAGCTGAGGCTATCATCC

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 6

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AGATCCCAGCAAGTCTACAGACATCAACTAAAGAAATATATATAGAGAGATGAGTCAAAC
GAGTAGAAATCTAGAAATCTCCCCTTCACGTGATACACCAACGGCGAGATATCTGACTAA
TCCAGGAATGAGATGATTGGAAAATTAGGACCCCGAGCCGGTTCTAATGGAAAAAGATTG
GGGCGATAGTGAAAGACGCAGTGTGTTGGGTAGAAGGGTGGAAAAAGTTGGTAGCGTCTC
CTTACGATGTAGGGGAGCAAATCGTCATCATCGGGATTCTCGGTACAATCAAACTTCGAT
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TATAAGAAAGCATCAGCAGTGTATTTGAATAACCCGGTAACTGGTCCTGGTCCTCCTCTC
TGTAATTGTACAGCGTCACCGTTACTGTGTTGCAGCATAAAGAGCACCATGGAATCGGTG
AGCCTACTGGTCTGGGAATGGTGCACGATATATTCAGTGGCCTCATCCACCGAACAATAG
TGAGGCGGAACACCCTCGTCCATCCGTATGGTAACATTTTGGTGAGGAGCTTGTGGATAT
GGTAATAAATCGCCAATGCCAGGATGAAAGAGACCTTGATGGACAGCAGGTGGATATAAA
TCGCCAATGCCAGGATGAAAGAGACCTTGCTGGACAGCAGGTGGATTTTGCAGATTAACG
TTTTCAAAATAATCTGCCATGTGAGCGTCTACATCTGCCTCGGCGTTTTGATTTCCATGG
TTGTGAATCTCAACTCCATTGGTGAAACGTATGTTGATACCAAGACCTTCGATTCTAGGT
TGTCCCCCTGGTGGAGACTGGATAAACTGAACCGGCTCCTTCACAGTTAAGGTGTTGTTG
ACACCACCTACATTGAAATTAATCAGCAGAGCTTGGGTTTGGACTCGAGCAATAACACCA
GGAGGTTCAACCGCAATCGCCGTAATCTGGTCAGACAAATCCAAGATGTTGCGTTGTGCC
TCTTGCATTTTTTTTTTCTTTAGTGGTTGGTTCTCC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 5 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AA28JQ U 43
AF RR3FH63JQ U 1
AF RR3A646JQ U 116
AF RR3AA28TF C 246
AF RR3A646TF C 310
AF RR3FH63TF C 317
BS 1 150 RR3FH63JQ
BS 151 151 RR3AA28JQ
BS 152 270 RR3FH63JQ
BS 271 271 RR3AA28JQ
BS 272 745 RR3FH63JQ
BS 746 746 RR3A646JQ
BS 747 760 RR3FH63JQ
BS 761 761 RR3A646JQ
BS 762 762 RR3AA28TF
BS 763 763 RR3FH63JQ
BS 764 764 RR3A646JQ
BS 765 779 RR3FH63JQ
BS 780 890 RR3A646JQ
BS 891 1096 RR3AA28TF
BS 1097 1116 RR3A646TF

RD RR3AA28JQ 650 0 0
GGG
GTTCTTAGTCTAATAAGATCCCAGCAAGTCTACAGACATCAACTAAAGAAATATATATAG
AGAGATGAGTCAAACGAGTAGAAATCTAGAAATCTCCCCTTCACGTGATACACCAACGGC
GAGATATCTGACTAATCCAGGAATGAGATGATTGGAAAATTAGGACCCCGAGCCGGTTCT
AATGGAAAAAGATTGGGGCGATAGTGAAAGACGCAGTGTGTTGGGTAGAAGGGTGGAAAA
AGTTGGTAGCGTCTCCTTACGATGTAGGGGAGCAAATCGTCATCATCGGGATTCTCGGTA
CAATCAAACTTCGATTGAAAAGCTCCAGGTTTCGAATGGGTTTTGGAATTGAACCATGTG
TGACCGTCTCTCGGGTATAAGAAAGCATCAGCAGTGTATTTGAATAACCCGGTAACTGGT
CCTGGTCCTCCTCTCTGTAATTGTACAGCGTCACCGTTACTGTGTTGCAGCATAAAGAGC
ACCATGGAATCGGTGAGCCTACTGGTCTGGGAATGGTGCACGATATATTCAGTGGCCTCA
TCCACCGAACAATAGTGAGGCGGAACACCCTCGTCCATCCGTATGGTAACATTTTGGTGA
GGAGCTTGTGGATATGGTAATAAATCGCCAATGCCAGGATGAAAGAG

QA 4 650 4 650
DS 

RD RR3FH63JQ 779 0 0
CGGGTGAAAAGATGATTTTAAAAAAGCAAAATCCATGTCAAAGATGTTCTTAGTCTAATA
AGATCCCAGCAAGTCTACAGACATCAACTAAAGAAATATATATAGAGAGATGAGTCAAAC
GAGTAGAAATCTAGAAATCTCCCCTTCACGCGATACACCAACGGCGAGATATCTGACTAA
TCCAGGAATGAGATGATTGGAAAATTAGGACCCCGAGCCGGTTCTAATGGAAAAAGATTG
GGGCGATAGTGAAAGACGCAGTGTGTTGGGCAGAAGGGTGGAAAAAGTTGGTAGCGTCTC
CTTACGATGTAGGGGAGCAAATCGTCATCATCGGGATTCTCGGTACAATCAAACTTCGAT
TGAAAAGCTCCAGGTTTCGAATGGGTTTTGGAATTGAACCATGTGTGACCGTCTCTCGGG
TATAAGAAAGCATCAGCAGTGTATTTGAATAACCCGGTAACTGGTCCTGGTCCTCCTCTC
TGTAATTGTACAGCGTCACCGTTACTGTGTTGCAGCATAAAGAGCACCATGGAATCGGTG
AGCCTACTGGTCTGGGAATGGTGCACGATATATTCAGTGGCCTCATCCACCGAACAATAG
TGAGGCGGAACACCCTCGTCCATCCGTATGGTAACATTTTGGTGAGGAGCTTGTGGATAT
GGTAATAAATCGCCAATGCCAGGATGAAAGAGACCTTGATGGACAGCAGGTGGATATAAA
TCGCCAATGCCAGGATGAAAGAGACTTTGCTGGACAGCAGTGG*ATTTTGCAGATTAAC

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3A646JQ 775 0 0
CAAACGAGTAGAAATCTAGAAATCTCCCCTTCACGTGATACACCAACGGCGAGATATCTG
ACTAATCCAGGAATGAGATGATTGGAAAATTAGGACCCCGAGCCGGTTCTAATGGAAAAA
GATTGGGGCGATAGTGAAAGACGCAGTGTGTTGGGTAGAAGGGTGGAAAAAGTTGGTAGC
GTCTCCTTACGATGTAGGGGAGCAAATCGTCATCATCGGGATTCTCGGTACAATCAAACT
TCGATTGAAAAGCTCCAGGTTTCGAATGGGTTTTGGAATTGAACCATGTGTGACCGTCTC
TCGGGTATAAGAAAGCATCAGCAGTGTATTTGAATAACCCGGTAACTGGTCCTGGTCCTC
CTCG*TGTAATTGTACAGCGTCACCGTTACTGTGTTGCAGCATAAAGAGCACCATGGAAT
CGGTGAGCCTACTGGTCTGGGAATGGTGCACGATATATTCAGTGGCCTCATCCACCGAAC
AATAGTGAGGCGGAACACCCTCGTCCATCCGTATGGTAACATTTTGGTGAGGAGCTTGTG
GATATGGTAATAAATCGCCAATGCCAGGATGAAAGAGACCTTGATGGACAGCAGGTGGAC
ATAAATCGCCAATGCCAGGATGAAAGAGACCTTGCTGGACAGCAGGGGGATTTTGCAGAT
TAACGTTTTCAAAATAATCTGCCATGTGAGCGTCTACATCTGCCTCGGCGTTTTGATTTC
CATGGTTGTGAATCTCAACTCCATTGGTGAAACGTATGTTGATACCAAGACCTTC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3AA28TF 862 0 0
ATAGTGAAAGACGCAGTGTGT*GGGTAGAAGGGTGGAAAAAGTTGGTAGCGTCTCCTTAC
GATGTAGGGGAGCAAATCGTCATCATCGGGATTCTCGGTACAATCAAACTTCGATTGAAA
AGCTCCAGGTTTCGAATGGGTTTTGGAATTGAACCATGTGTGACCGTCTCTCGGGTATAA
GAAAGCATCAGCAGTGTATTTGAATAACCCGGTAACTGGTCCTGGTCCTCCTCTCTGTAA
TTGTACAGCGTCACCGTTACTGTGTTGCAGCATAAAGAGCACCATGGAATCGGTGAGCCT
ACTGGTCTGGGAATGGTGCACGATATATTCAGTGGCCTCATCCACCGAACAATAGTGAGG
CGGAACACCCTCGTCCATCCGTATGGTAACATTTTGGTGAGGAGCTTGTGGATATGGTAA
TAAATCGCCAATGCCAGGATGAAAGAGACCTTGATGGACAGCAGGTGGATATAAATCGCC
AATGCCAGGATGAAAGAGACCTTGCTGGACAGCAGGTGGATTTTGCAGATTAACGTTTTC
AAAATAATCTGCCATGTGAGCGTCTACATCTGCCTCGGCGTTTTGATTTCCCTGGTTGTG
AATCTCAACTCCATTGGTGAAACGTATGTTGATACCAAGACCTTCGATTCTAGGTTGTCC
CCCTGGTGGAGACTGGATAAACTGAACCGGCTCCTTCACAGTTAAGGTGTTGTTGACACC
ACCTACATTGAAATTAATCAGCAGAGCTTGGGTTTGGACTCGAGCAATAACACCAGGAGG
TTCAACCGCAATCGCCGTAATCTGGTCAGACAAATCCAAGATGTTGCGTTGTGCCTCTTG
CATTTTTTTTT
TTCTTTAGTCC

QA 1 851 1 851
DS 

RD RR3A646TF 807 0 0
GTA
GGGAGCAAATCGTCATCATCGGGATTCTCGGTACAATCAAACTTCGATTGAAAAGCTCCA
GGTTTCGAATGGGTTTTGGAATTGAACCATGTGTGACCGTCTCTCGGGTATAAGAAAGCA
TCAGCAGTGTATTTGAATAACCCGGTAACTGGTCCTGGTCCTCCTCG*TGTAATTGTACA
GCGTCACCGTTACTGTGTTGCAGCATAAAGAGCACCATGGAATCGGTGAGCCTACTGGTC
TGGGAATGGTGCACGATATATTCAGTGGCCTCATCCACCGAACAATAGTGAGGCGGAACA
CCCTCGTCCATCCGTATGGTAACATTTTGGTGAGGAGCTTGTGGATATGGTAATAAATCG
CCAATGCCAGGATGAAAGAGACCTTGATGGACAGCAGGTGGACATAAATCGCCAATGCCA
GGATGAAAGAGACCTTGCTGGACAGCAGGTGGATTTTGCAGATTAACGTTTTCAAAATAA
TCTGCCATGTGAGCGTCTACATCTGCCTCGGCGTTTTGATTTCCATGGTTGTGAATCTCA
ACTCCATTGGTGAAACGTATGTTGATACCAAGACCTTCGATTCTAGGTTGTCCCCCTGGT
GGAGAATGGATAAACTGAACCGGCTCCTTCACAGTTAAGGTGTTGTTGACACCACCTACA
TTGAAATTAATCAGCAGAGCTTGGGTTTGGACTCGAGCAATAACACCAGGAGGTTCAACC
GCAATCGCCGTAATCTGGTCAGACAAATCCAAGATGTTGCGTTGTGCCTCTTGCATTTTT
TTTTTCTTTAGTGGTTGGTTCTCC

QA 4 807 4 807
DS 

RD RR3FH63TF 796 0 0
GCAAATCGTCATCATCGGGAT*CTCGGTACAATCAAACTTCGAT*GAAAAGCTCCAGGTT
TCGAATGGGTTT*GGAATTGAACCATGTGTGACCGTCTCTCGGGTATAAGAAAGCATCAG
CAGTGTATTTGAATAACCCGGTAACTGGTCCTGGTCCTCCTCTCTGTAATTGTACAGCGT
CACCGTTACTGTGTTGCAGCATAAAGAGCACCATGGAATCGGTGAGCCTACTGGTCTGGG
AATGGTGCACGATATATTCAGTGGCCTCATCCACCGAACAATAGTGAGGCGGAACACCCT
CGTCCATCCGTATGGTAACATTTTGGTGAGGAGCTTGTGGATATGGTAATAAATCGCCAA
TGCCAGGATGAAAGAGACCTTGATGGACAGCAGGTGGATATAAATCGCCAATGCCAGGAT
GAAAGAGACTTTGCTGGACAGCAGGTGGATTTTGCAGATTAACGTTTTCAAAATAATCTG
CCATGTGAGCGTCTACATCTGCCTCGGCGTTTTGATTTCCCTGGTTGTGAATCTCAACTC
CATTGGTGAAACGTATGTTGATACCAAGACCTTCGATTCTAGGTTGTCCCCCTGGTGGAG
ACTGGATAAACTGAACCGGCTCCTTCACAGTTAAGGTGTTGTTGACACCACCTACATTGA
AATTAATCAGCAGAGCTTGGGTTTGGACTCGAGCAATAACACCAGGAGGTTCAACCGCAA
TCGCCGTAATCTGGTCAGACAAATCCAAGATGTTGCGTTGTGCCTCTTGCATTTTTTTTT
CTTTAGTGGTTGGTCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 6

CO CL1346Contig1 1275 6 14 U
GGGGAGAAGCTTTGGTTTATGTCTTACTCCACGATCCTCAGCCACAACAGCTTCCTCTCT
CTCGCTACAAAGTTCACTACTCGTGGATCTCGTCTTCAGTGTACACTAGCAATGGCTAGA
TCTGCGGTTGATGAGACATCAGACTCCGGAGCTTTTCAAAGAACTGCCTCAACGTTCCGT
AACTTCGTCTCAAGAGATCCCAACTCTCAGTTTCCAGCTGAATCTGGTAGATACCATCTT
TACATCTCTTATGCCTGTCCGTGGGCTTCTAGATGCATCTCATACTTGAAGATCAAAGGA
CTTGACGATGCAATAAGCTTCTCGTCTGTTAAACCCATTTGGGGAAGGACCAAGGAAAGT
GATGAGCATATGGGATGGG*TCTTCCCGGATTCAGACGCTGATGTTCAAGGAGCTGAT*C
CTGACCATCTTAATGGTGCTAAGAGTGTAAGA*GAACTCTATGAGATTGCTAGCCCAAAC
TACACCGGGAAGTATACTGTTCC*TGTTCTGTGGGATAAGAAGCTTAAGACTGTTGTGAA
CAATGAGAGCGCAGAGATAATCAGGATGTTCAACACTGAATTCAATCATATTGCGAGAAA
CCCTGATCTTGATCTTTACCCTTCTCATCTCCAAGCTAAAATCGATGAAGCTAACGAATG
GATATACAGTGGGATTAATAACGGTGTCTATAGATGCGGTTTTGCAAAGAAACAAGAACC
TTACGAGGAGGCAGTGCAGCA*GTGTATGAAGCATTAGATAGATGCGAGGAGATTCTTGG
AAAGCATCGTTACATCTGCGGTAACACTTTGACTGAAACAGATATCAGGTTGTTTGTGAC
ACTGATAAGATTTGACGAGGTTTATGCGGTTCACTTCAAATGCAACAAGAAACTCTTAAG
GGAGTATCCGAATCTGTTCAACTACACGAAAGACATATTTCAAGTCCCTGGTATGAGTAG
CACCGTGAACATGAATCACATCAAGCAGCATTACTATGGAAGCCACCCTTCGATTAACCC
TTTTGGGATCATCCCTCACGGACCAAACATCGATTACTCTTCACCTCATGATCGATACAG
ATTCTCCAAATGATAAATAACAGTGTCTTTTGCACTTGGGTTCTGTCTTCAGAAAGTTTC
CAAATAAAGTTTGTGACTCAGTTTTAAAGTGATGTTTGAGAAAATAAAAGCTTGATGTTT
ATCATGTTACAGTTTGCAGTCTCAGTAGTTGAGACAATGTTGGTCTGATCATAAATAAAC
TTTTCTTCCGGCGAC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3CN54TF U 1
AF RR3C052TF U 2
AF RR3C579TF U 289
AF RR3C579JQ C 607
AF RR3C052JQ C 493
AF RR3CN54JQ C 508
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BS 379 525 RR3CN54TF
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BS 701 723 RR3C052TF
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RD RR3CN54TF 525 0 0
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CTCGCTACAAAGTTCACTACTCGTGGATCTCGTCTTCAGTGTACACTAGCAATGGCTAGA
TCTGCGGTTGATGAGACATCAGACTCCGGAGCTTTTCAAAGAACTGCCTCAACGTTCCGT
AACTTCGTCTCAAGAGATCCCAACTCTCAGTTTCCAGCTGAATCTGGTAGATACCATCTT
TACATCTCTTATGCCTGTCCGTGGGCTTCTAGATGCATCTCATACTTGAAGATCAAAGGA
CTTGACGATGCAATAAGCTTCTCGTCTGTTAAACCCATTTGGGGAAGGACCAAGGAAAGT
GATGAGCATATGGGATGAG*TCTTCCCGGATTCAGACGCTGATGTTCAAGGAGCTGAT*C
CTGACCATCTTAATGGTGCTAAGAGTGTAAGA*GAACTCTATGAGATTGCTAGCCCAAAC
TACACCGGGAAGTATACTGTTCC*TGTTCTGTGGGATAAGAAGCT

QA 1 525 1 525
DS 

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GAT
AGAAGCTTTGGTTTATGTCTTACTCCACGATCCTCAGCCACAACAGCTTCCTCTCTCTCG
CTACAAAGTTCACTACTCGTGGATCTCGTCTTCAGTGTACACTAGCAATGGCTAGATCTG
CGGTTGATGAGACATCAGACTCCGGAGCTTTTCAAAGAACTGCCTCAACGTTCCGTAACT
TCGTCTCAAGAGATCCCAACTCTCAGTTTCCAGCTGAATCTGGTAGATACCATCTTTACA
TCTCTTATGCTTGTCCGTGGGCTTCTAGATGCATCTCATACTTGAAGATCAGAGGACTTG
ACGATGCAATAAGCTTCTCGTCTGTTAAACCCATTTGGGGAAGGACCAAGGAAAGTGATG
AGCATATGGGATGGG*TCTTCCCGGATTCAGACGCTGATGTTCAAGGAGCTGAT*CCTGA
CCATCTTAATGGTGCTAAGAGTGTAAGA*GAACTCTATGAGATTGCTAGCCCAAACTACA
CCGGGAAGTATACTGTTCC*TGTTCTGTGGGATAAGAAGCTTAAGACTGTTGTGAACAAT
GAGAGCGCAGAGATAATCAGGATGTTCAACACTGAATTCAATCATATTGCGAGAAACCCT
GATCTTGATCTTTACCCTTCTCATCTCCAAGCTAAAATCGATGAAGCTAACGAATGGATA
TACAGTGGGATTAATAACGGTGTCTATAGATGCGGCTTTGCAAAGAAACAAGAACCTTA

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DS 

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ACCAAGGAAAGTGATGAGCATATGGGATGGGGTCTTCCCGGATTCAGACGCTGATGTTCA
AGGAGCTGATTCCTGACCATCTTAATGGTGCTAAGAGTGTAAGAAGAACTCTATGAGATT
GCTAGCCCAAACTACACCGGGAAGTATACTGTTCCCTGTTCTGTGGGATAAGAAGCTTAA
GACTGTTGTGAACAATGAGAGCGCAGAGATAATCAGGATGTTCAACACTGAATTCAATCA
TATTGCGAGAAACCCTGATCTTGATCTTTACCCTTCTCATCTCCAAGCTAAAATCGATGA
GGCTAACGAATGGATATACAGTGGGATTAATAACGGTGTCTATAGATGCGGTTTTGCAA*
GAAACAAGAACCTTACGAGGAGGCAGTGCAGCA*GTGTATGAAGCAT*AGATAGATGCGA
GGAGATT

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR3C579JQ 597 0 0
TCTTGATCTTTACCCTTCTCATCTCCAAGCTAAAATCGATGAAGCTAACGAATGGATATA
CAGTGGGATTAATAACGGTGTCTATAGATGCGGTTTTGCAAAGAAACAAGAACCTTACGA
GGAGGCAGTGCAGCA*GTGTATGAAGCATTAGATAGATGCGAGGAGATTCTTGGAAAGCA
TCGTTACATCTGCGGTAACACTTTGACTGAAACAGATATCAGGTTGTTTGTGACACTGAT
AAGATTTGACGAGGTTTATGCGGTTCACTTCAAATGCAACAAGAAACTCTTAAGGGAGTA
TCCGAATCTGTTCAACTACACGAAAGACATATTTCAAGTCCCTGGTATGAGTAGCACCGT
GAACATGAATCACATCAAGCAGCATTATTATGGAAGCCACCCTTCGATTAACCCTTTTGG
GATCATCCCTCACGGACCAAACATCGATTACTCTTCACCTCATGATCGATACAGATTCTC
CAAATGATAAATAACAGTGTCTTTTGCACTTGGGTTCTGTCTTCAGAAAGTTTCCAAATA
AAGTTTGTGACTCAGTTTTAAAGTGATGTTTGAGAAAATAAAAGCTTGATGTTTA
CC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3C052JQ 783 0 0
AAGTATACTGTTCTG
TCTGTGGGATAAGAAGCTTAAGACTGT*GTGAACAATGAGAGCGCAGAGATAATCAGGAT
GTTCAACACTGAATTCAATCATATTGCGAGAAACCCTGATCTTGATCTTTACCCTTCTCA
TCTCCAAGCTAAAATCGATGAAGCTAACGAATGGATATACAGTGGGATTAATAACGGTGT
CTATAGATGCGGCTTTGCAAAGAAACAAGAACCTTACGAGGAGGCAGTGCAGCAAGTGTA
TGAAGCATTAGATAGATGCGAGGAGATTCTTGGAAAGCATCGTTACATCTGCGGTAACAC
TTTGACTGAAACAGATATCAGGTTGTTTGTGACACTGATAAGATTTGACGAGGTTTATGC
GGTTCACTTCAAATGCAACAAGAAACTCTTAAGGGAGTATCCGAATCTGTTCAACTACAC
GAAAGACATATTTCAAGTCCCTGGTATGAGTAGCACCGTGAACATGAATCACATCAAGCA
GCATTACTATGGAAGCCACCCTTCGATTAACCCTTTTGGGATCATCCCTCACGGACCAAA
CATCGATTACTCTTCACCTCATGATCGATACAGATTCTCCAAATGATAAATAACAGTGTC
TTTTGCACTTGGGCTCTGTCTTCAGAAAGTTTCCAAATAAAGTTTGTGACTCAGTTTTAA
AGTGATGTTTGAGAAAATAAAAGCTTGATGTTTATCATGTTACAGTTTGCAGTCTC*GTA
GTTGAGACAATGTTGGTCTGATCATAAATAAACTTTTCTTCCGGCGAC

QA 16 783 16 783
DS 

RD RR3CN54JQ 766 0 0
TCTGTGGGATAAGAAGCTTAAGACTGTTGTGAACAATGAGAGCGCAGAGATAATCAGGAT
GTTCAACACTGAATTCAATCATATTGCGAGAAACCCTGATCTTGATCTTTACCCTTCTCA
TCTCCAAGCTAAAATCGATGAAGCTAACGAATGGATATACAGTGGGATTAATAACGGTGT
CTATAGATGCGGTTTTGCAAAGAAACAAGAACCTTACGAGGAGGCAGTGCAGCAGGTGTA
TGAAGCATTAGATAGATGCGAGGAGATTCTTGGAAAGCATCGTTACATTTGCGGTAACAC
TTTGACTGAAACAGATATCAGGTTGTTTGTGACACTGATAAGATTTGACGAGGTTTATGC
GGTTCACTTCAAATGCAACAAGAAACTCTTAAGGGAGTGTCCGAATCTGTTCAACTACA*
*AAAGACATATTTCAAGTCCCTGGTATGAGTAGCACCGTGAACATGAATCACATCAAGCA
GCATTACTATGGAAGCCACCCTTCGATTAACCCTTTTGGGATCATCCCTCACGGACCAAA
CATCGATTACTCTTCACCTCATGATCGATACAGATTCTCCAAATGATAAATAACAGTGTC
TTTTGCACTTGGGTTCTGTCTTCAGAAAGTTTCCAAATAAAGTTTGTGACTCAGTTTTAA
AGTGATGTTTGAGAAAATAAAAGCTTGATGTTTATCATGTTACAGTTTGCAGTCTCAGTA
GTTGAGACAATGTTGGTCTGATCATAAATAAACTTTTCTTCCGGCG

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 6

CO CL1347Contig1 915 6 13 U
CGGGAATAAAGACACAACTTCTTTTTCTTTCATAGATACATAATCATCTTCATCACACAT
AATAACATTTAGAGCTAAAGTAACCTATACAACTTCCGTTTATTACAGTACGACACGAAT
GAAGTATACCAGATAGTGTGAACAAAAACAAACAAGGAACAACAGATACTTCAAAAGAAT
CTAAATCATTTTCTACAGATTTCAAAGCTTGCATTGCGAGGTTATGATGATACTCCACAG
CTTATAGGGAAGCTATACTTTACTTTTCACCTTTCTTTTTGTTTTTCTTTTGTTTTCTTC
TGTACTTGAAGAATTGAGAATGGTATGTATGATACATGTCTTGCTCCTTTCACAAAATGG
TGCATGTGCATATAACCGCCTTGGGTGCTTTATCGACCTTTTTCTCTGTTTTAGTTTTGG
CTAGAGAAGGCTGTACAACAACATGCATCACAGTGACACCACCAGTAACCTCTCCAAAAG
GTGTCTTACACTGACCAACGGTCTTGTTATTCTCCAAGATCTTACCCGAACTAATCAACT
TCACTTCGTTTATCCCTTTCGGAACAACTGTTTTGCCTTTGGGCCAATCAGAGACGACCC
TTTGCTTCAAAAAGTCGACTGTAGATGAAGACGAATAGTGGAAGGGTCCGATGTCGGAGC
CATCGTAGAGCCTGAATTTGATATCCACCGACTCCTCCTCCGGCATATCCGTTGACTTTC
TCTCTCACAGACCCAAAACTCAGCTCCGATTACTTATCCTGATCCTCAAAAGACGAGACT
TTTTAAGACAAATCGTTCAGATCTGAAACAGTTCGAATAGAATAGTAAGTAGCTCTTCCT
CTCTTTCTCTCTATCGATTTTGTCTTTGGATCTTTTGATGAGGTGAGGAAGACGAAAGGT
GAATGAGTCCACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3FJ92JQ U 51
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AF RR3BF88JQ U 1
AF RR3FJ92TF C 167
AF RR3BF88TF C 288
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BS 835 914 RR3FJ92TF
BS 915 915 RR3AB22TF

RD RR3FJ92JQ 715 0 0
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CGACACGAATGAAGTATACCAGATAGTGTGAACAAAAACAAACAAGGAACAACAGATACT
TCAAAAGAATCTAAATCATTTTCTACAGATTTCAAAGCTTGCATTGCGAGGTTATGATGA
TACTCCACAGCTTATAGGGAAGCTATACTTTACTTTTCACCTTTCTTTTTGTTTTTCTTT
TGTTTTCTTCTGTACTTGAAGAATTGAGAATGGTATGTATGATACATGTCTTGCTCCTTT
CACAAAATGGTGCATGTGCATATAACCGCCTTGGGTGCTTTATCGACCTTTTTCTCTGTT
TTAGTTTTGGCTAGAGAAGGCTGTACAACAACATGCATCACAGTGACACCACCAGTAACC
TCTCCAAAAGGTGTCTTACACTGACCAACGGTCTTGTTATTCTCCAAGATCTTACCCGAA
CTAATCAACTTCACTTCGTTTATCCCTTTCGGAACAACTGTTTTGCCTTTGGGCCAATCA
GAGACGACCCTTTGCTTCAAAAAGTCGACTGTAGATGAAGACGAATAGTGGAAGGGTCCG
ATGTCGGAGCCATCGTAGGGCCTGAATTTGATATCCACCGACTCCTCCTCCGGCATATCC
GTTGACTTTCTCTCTCACAGACCCAAAACTCAGCTACGATTACTTATCCTGATCC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3AB22JQ 752 0 0
GACACAACTTCTTTTTCTTTCATAGATACATAATCATCTTCATCACACATAATAACATTT
AGAGCTAAAGTAACCTATACAACTTCCGTTTATTACAGTACGACACGAATGAAGTATACC
AGGTAGTGTGAACAAAAACAAACAAGGAACAACAGATACTTCAAAAGAATCTAAATCATT
TTCTACAGATTTCAAAGCTTGCATTGCGAGGTTATGATGATACTCCACAGCTTATAGGGA
AACTATACTTTACTTTTCACCTTTCTTTTTGTTTTTCTTTTGTTTTCTTCTGTACTTGAA
GAATTGAGAATGGTATGTATGATACATGTCTTGCTCCTTTCACAAAATGGTGCATGTGCA
TATAACCGCCTTGGGTGCTTTATCGACCTTTTTCTCTGTTTTAGTTTTGGCTAGAGAAGG
CTGTACAACAACATGCATCACAGTGACACCACCAGTAACCTCTCCAAAAGGTGTCTTACA
CTGACCAACGGTCTTGTTATTCTCCAAGATCTTACCCGAACTAATCAACTTCACTTCGTT
TATCCCTTTCGGAACAACTGTTTTGCCTTTGGGCCAATCAGAGACGACCCTTTGCTTCAA
AAAGTCGACTGTAGATGAAGACGAATAGTGGAAGGGTCCGATGTCGGAGCCATCGTAGAG
CCTGAATTTGATATCCACCGACTCCTCCTCCGGCATATCCGTTGACTTTCTCTCTCACAG
ACCCAAAACTCAGCTCCGATTACTTATCCTGA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3BF88JQ 820 0 0
CGGGAATAAAGACACAACTTCTTTTTCTTTCATAGATACATAATCATCTTCATCACACAT
AATAACATTTAGAGCTAAAGTAACCTATACAACTTCCGTTTATTACAGTACGACACGAAT
GAAGTATACCAGATAGTGTGAACAAAAATAAACAAGGAACAACAGATACTTCAAAAGAAT
CTAAATCATTTTCTACAGATTTCAAAGCTTGCATTGCGAGGTTATGATGATACTCCACAG
CTTATAGGGAAGCTATACTTTACTTTTCACCTTTCTTTTTGTTTTTCTTTTGTTTTCTTC
TGTACTTGAAGAATTGAGAATGGTATGTATGATACATGTCTTGCTCCTTTCACAAAATGG
TGCATGTGCATATAACCGCCTTGGGTGCTTTATCGACCTTTTTCTCTGTTTTAGTTTTGG
CTAGAGAAGGCTGTACAACAACATGCATCACAGTGACACCACCAGTAACCTCTCCAAAAG
GTGTCTTACACTGACCAACGGTCTTGTTATTCTCCAAGATCTTACCCGAACTAATCAACT
TCACTTCGTTTATCCCTTTCGGAACAACTGTTTTGCCTTTGGGCCAATCAGAGACGACCC
TTTGCTTCAAGAAGCCGACTGTAGATGAAGACGAATAGTGGAAGGGTCCGATGTCGGAGC
CATCGTAGAGCCTGAATTTGATATCCACCGACTCCTCCTCCGGCATATCCGTTGACTTTC
TCTCTCACAGACCCAGAACTCAGCTCCGATTACTTATCCTGATCCTCAAAAGACGAGACT
TTTTAAGACAAATCGTTCAGATCTGAAACAGTTCGAATAG

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3FJ92TF 748 0 0
TACTTCAAAAGAATCTAAATCATTT*CTACAGATTTCAAAGCTTGCATTGCGAGGTTATG
ATGATACTCCACAGCTTATAGGGAAGCTATACTTTACTTTTCACCTTTCTTTTTGTTTTT
CTTTTGTTTTCTTCTGTACTTGAAGAATTGAGAATGGTATGTATGATACATGTCTTGCTC
CTTTCACAAAATGGTGCATGTGCATATAACCGCCTTGGGTGCTTTATCGACCTTTTTCTC
TGTTTTAGTTTTGGCTAGAGAAGGCTGTACAACAACATGCATCACAGTGACACCACCAGT
AACCTCTCCAAAAGGTGTCTTACACTGACCAACGGTCTTGTTATTCTCCAAGATCTTACC
CGAACTAATCAACTTCACTTCGTTTATCCCTTTCGGAACAACTGTTTTGCCTTTGGGCCA
ATCAGAGACGACCCTTTGCTTCAAAAAGTCGACTGTAGATGAAGACGAATAGTGGAAGGG
TCCGATGTCGGAGCCATCGTAGGGCCTGAATTTGATATCCACCGACTCCTCCTCCGGCAT
ATCCGTTGACTTTCTCTCTCACAGACCCAAAACTCAGCTACGATTACTTATCCTGATCCT
CAAAAGACGGGACTTTTTAAGACAAATCGTTCAGATCTGAAACAGTTCGAATAGAATAGT
AAGTAGCCCTTCCTCTCTTTCTCTCTATCGATTTTGTCTTTGGATCTTTTGATGAGGTGA
GGAAGACGAAAGGTGAATGAGTCCACCC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3BF88TF 619 0 0
TTTTGTTTTCTTCTGTACTTGAAGAATTGAGAATGGTATGTATGATACATGTCTTGCTCC
TTTCACAAAATGGTGCATGTGCATATAACCGCCTTGGGTGCTTTATCGACCTTTTTCTCT
GTTTTAGTTTTGGCTAGAGAAGGCTGTACAACAACATGCATCACAGTGACACCACCAGTA
ACCTCTCCAAAAGGTGTCTTACACTGACCAACGGTCTTGTTATTCTCCAAGATCTTACCC
GAACTAATCAACTTCACTTCGTTTATCCCTTTCGGAACAACTGTTTTGCCTTTGGGCCAA
TCAGAGACGACCCTTTGCTTCAAGAAGCCGACTGTAGATGAAGACGAATAGTGGAAGGGT
CCGATGTCGGAGCCATCGTAGAGCCTGAATTTGATATCCACCGACTCCTCCTCCGGCATA
TCCGTTGACTTTCTCTCTCACAGACCCAGAACTCAGCTCCGATTACTTATCCTGATCCTC
AAAAGACGAGACTTTTTAAGACAAATCGTTCAGATCTGAAACAGTTCGAATAGAATAGTA
AGTAGCTCTTCCTCTCTTTCTCTCTATCGATTTTGTCTTTGGATCTTTTGATGAGGTGAG
GAAGACGAAAGGTGAAT
CC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3AB22TF 618 0 0
TTCTGTACTTGAAGAATTGAGAATGGTATGTATGATACATGTCTTGCTCCTTTCACAAAA
TGGTGCATGTGCATATAACCGCCTTGGGTGCTTTATCGACCTTTTTCTCTGTTTTAGTTT
TGGCTAGAGAAGGCTGTACAACAACATGCATCACAGTGACACCACCAGTAACCTCTCCAA
AAGGTGTCTTACACTGACCAACGGTCTTGTTATTCTCCAAGATCTTACCCGAACTAATCA
ACTTCACTTCGTTTATCCCTTTCGGAACAACTGTTTTGCCTTTGGGCCAATCAGAGACGA
CCCTTTGCTTCAAAAAGTCGACTGTAGATGAAGACGAATAGTGGAAGGGTCCGATGTCGG
AGCCATCGTAGAGCCTGAATTTGATATCCACCGACTCCTCCTCCGGCATATCCGTTGACT
TTCTCTCTCACAGACCCAAAACTCAGCTCCGATTACTTATCCTGATCCTCAAAAGACGAG
ACTTTTTAAGACAAATCGTTCAGATCTGAAACAGTTCGAATAGAATAGTAAGTAGCTCTT
CCTCTCTTTCTCTCTATCGATTTTGTCTTTGGATCTTTTGATGAGGTGAGGAAGACGAAA
GGTGAATGAGTCCACCCC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 2 6

CO CL1348Contig1 759 2 9 U
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TCTCAGGAAGATGATGATGAGCTTTCTCCTCCGGCTCTCCGTTCTGTTTCCTCTCCTGAT
TCCAGAGACGTCAAGAACTCGACTTCTTGGTGTTTAGCTGAGTACAAGGTGTACAAGAGC
GAGGGACTCGCTGATGCGTCCACACAAACCGATGAAACCGTCAGCAACAAACCTGTAGAG
ACCTTAAGCAGAGGCGTTTCAACTGATGATGCTGCGTCTCTCTCATCATCAGAATCTGAA
TCAAGCGAAGAGCCTTCTTGTGAAGGGAAGGAGGAGATAGAGAGTGCGGAGACACCAAGA
AACTCTGTCTCTCCTCCTCCTCATCCAGTTTCCAACAGCGCCTCTTCCCTTACCTCAAAG
ACTGATACATTGGAGTCTCTCATAAGAGCCGATGTTAGTAAGATGAATAGTTTTAGGATT
CTTGAACAGGAAGATGTTCGAATGCCGAGGCTCAGGGCCTCCAACATGCTGATGCAGTTG
ATATCATGTGGTTCGATATCAGTCAAGGATAACAAGTTCGGGCTTGTGCCTTGTTACAAA
CCTAAGTTTGGCCACTCCAAGTTCCCTTCACCTTTCTTCTCTTCCTCCTCGTTTATGATG
GGAGATGTTGACCGTTTGTCTGAAACTCCGAGTCTAATGAGCCCGAGGGTTGATGAGAAA
GAGTATTTCAGTGGGAGCTTGGTGGAGCCAGCTGCAGAG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ79TF U 1
AF RR3B735TF U 3
BS 1 684 RR3CZ79TF
BS 685 685 RR3B735TF
BS 686 696 RR3CZ79TF
BS 697 697 RR3B735TF
BS 698 708 RR3CZ79TF
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BS 720 720 RR3B735TF
BS 721 759 RR3CZ79TF

RD RR3CZ79TF 759 0 0
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AACTCTGTCTCTCCTCCTCCTCATCCAGTTTCCAACAGCGCCTCTTCCCTTACCTCAAAG
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CTTGAACAGGAAGATGTTCGAATGCCGAGGCTCAGGGCCTCCAACATGCTGATGCAGTTG
ATATCATGTGGTTCGATATCAGTCAAGGATAACAAGTTCGGGCTTGTGCCTTGTTACAAA
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GAGTATTTCAGTGGGAGCTTGGTGGAGCCAGCTGCAGAG

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3B735TF 742 0 0
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TCAGGAAGATGATGATGAGCTTTCTCCTCCGGCTCTCCGTTCTGTTTCCTCTCCTGATTC
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GGGACTCGCTGATGCGTCCACACAAACCGATGAAACCGTCAGCAACAAACCTGTAGAGAC
CTTAAGCAGAGGCGTTTCAACTGATGATGCTGCGTCTCTCTCATCATCAGAATCTGAATC
AAGCGAAGAGCCTTCTTGTGAAGGGAAGGAGGAGATAGAGAGTGCGGAGACACCAAGAAA
CTCTGTCTCTCCTCCTCCTCATCCAGTTTCCAACAGCGCCTCTTCCCTTACCTCAAAGAC
TGATACATTGGAGTCTCTCATAAGAGCCGATGTTAGTAAGATGAATAGTTTTAGGATTCT
TGAACAGGAAGATGTTCGAATGCCGAGGCTCAGGGCCTCCAACATGCTGATGCAGTTGAT
ATCATGTGGTTCGATATCAGTCAAGGATAACAAGTTCGGGCTTGTGCCTTGTTACAAACC
TAAGTTTGGCCACTCCAAGTTCCCTTCACCTTTCTTCTCTTCCTCCTCGTTTATGATGGG
AGATGTTGACCGTTTGTCTGAAACTCCGAGTCTAATGAGCCCGAGGGTTGATGAGAAAGA
GTATTTCAGTGGGAGCTTGGTG

QA 1 742 1 742
DS 



CO CL1348Contig2 1001 4 16 U
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CTCCTCTGATCTTTTGTAGGCTTTTTATGAAACTTTTTCTCCTCCTTTTCTCATACCACC
TTTCCAGATTTACAATCAAAACACAATCAAATGGAGAATGTTCCCGCCACAAAAACAAAA
CTAAACAAAAAAGGGCCTTCTTCCATTTCAATTGTTTTTAAAAAAAAAA*****GATACT
TGGATAGAACTCTTCATGAAATGCTTGGAGGCACTTTAGATTCTATTATAACCCGCGCCC
CTGAAGAAAGCCTTTCCTCGATCTTGATCACCTTCTCTGAATCTTCTTTAGGCTTCAATA
AAGATTCGGTTGTTCTTTTACTGCAAACATCAGTCGTCTTAAAGGGACTGGGAATCTTCC
TGGTAGTATTTTTTGATGAGTCTCTTGTCTTTACCGAGACAGGAGATCTCATGGACTCGC
TACGTGGTTGCTGCTTGCTTACAATAGAAGAAGAAGCCTTTCTAGAGCGTGGAATGTGTT
TCGAACAACCCGGCTTCGAGTCTCCATTCTCTGCTACACCCATTTGGTTTGAAGCCCTGT
CACCATTGTAGGATGAAGAACGCTTAAGAGAAGCGTTCCCATCCGCTGCATCTTTCTTCT
GCAGCTTGGCCTCCACCAAGCTCCCACTGAAATACTCTTTCTCATCAACCCTCGGGCTCA
TTAGACTCGGAGTTTCAGACAAACGGTCAACATCTCCCATCATAAACGAGGAGGAAGAGA
AGAAAGGTGAAGGGAACTTGGAGTGGCCAAACTTAGGTTTGTAACAAGGCACAAGCCCGA
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CCCTGAGCCTCGGCATTCGAACATCTTCCTGTTCAAGGATCCTAAAACTATTCATCTTAC
TAACATCAGCTCTTATGAGAGACTCCAATGTATCAGTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX96JQ U 1
AF RR3B735JQ U 87
AF RR3CZ79JQ U 87
AF RR3FX96TF C 454
BS 1 229 RR3FX96JQ
BS 230 234 RR3B735JQ
BS 235 248 RR3FX96JQ
BS 249 249 RR3B735JQ
BS 250 260 RR3FX96JQ
BS 261 261 RR3B735JQ
BS 262 278 RR3FX96JQ
BS 279 279 RR3B735JQ
BS 280 305 RR3FX96JQ
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BS 307 417 RR3FX96JQ
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BS 463 822 RR3B735JQ
BS 823 897 RR3CZ79JQ
BS 898 1001 RR3FX96TF

RD RR3FX96JQ 462 0 0
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CTCCTCTGATCTTTTGTAGGCTTTTTATGAAACTTTTTCTCCTCCTTTTCTCATACCACC
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TGGATAGAGCTCTTCATGAACTGCTTGGAGGCACTTTAAATTCTATTATAACCCGCGCCC
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AAGATTCGGTTGTTCTTTTACTGCAAACATCAGTCGTCTTAAAGGGACTGGGAATCTGCC
TGGTAGTATTTTTTGATGAGTCTCTTGTCTTTACCGAGACAG

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DS 

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GGAGGCACTTTAGATTCTATTATAACCCGCGCCCCTGAAGAAAGCCTTTCCTCGATCTTG
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CCAAACTTAGGTTTGT

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DS 

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TCAAATGGAGAATGTTCCCGCCACAAAAACAAAACTAAACAAAAAAGGGCCTTCTTCCAT
TTCAATTGTTTTTAAAAAAAAAA*****GATACTTGGATAGAACTCTTCATGAAATGCTT
GGAGGCACTTTAGATTCTATTATAACCCGCGCCCCTGAAGAAAGCCTTTCCTCGATCTTG
ATCACCTTCTCTGAATCTTCTTTAGGCTTCAATAAAGATTCGGTTGTTCTTTTACTGCAA
ACATCAGTCGTCTTAGAGGGACTGGGAATCTTCCTGGTAGTATTTTTTGATGAGTCTCTT
GTCTTTACCGAGACAGGAGATCTCATGGACTCGCTACGTGGTTGCTGCTTGCTTACAATA
GAAGAAGAAGCCTTTCTAGAGCGTGGAATGTGTTTCGAACAACCCGGCTTCGAGTCTCCA
TTCTCTGCTACACCCATTTGGTTTGAAGCCCTGTCACCATTGTAGGATGAAGAACGCTTA
AGAGAAGCGTTCCCATCCGCTGCATCTTTCTTCTGCAGCTTGGCCTCCACCAAGCTCCCA
CTGAAATACTCTTTCTCATCAACCCTCGGGCTCATTAGACTCGGAGTTTCAGACAAACGG
TCAACATCTCCCATCATAAACGAGGAGGAAGAGAAGAAAGGTGAAGGGAACTTGGAGTGG
CCAAACTTAGGTTTGTAACAAGGCACAAGCCCGAACTTGTTATCCTTGACTGATATCGAA
CCACATGATATCAACTGCATCAGCATGTTGG

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DS 

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AAGCCTTTCTAGAGCGTGGAATGTGTTTCGAACAACCCGGCTTCGAGTCTCCATTCTCTG
CTACACCCATTTGGTTTGAAGCCCTGTCACCATTGTAGGATGAAGAACGCTTAAGAGAAG
CGTTCCCATCCGCTGCATCTTTCTTCTGCAGCTTGGTCTCCACCAAGCTCCCACTGAAAT
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CTCCCATCATAAACGAGGAGGAAGAGAAGAAAGGTGAAGGGAACTTGGAGTGGCCAAACT
TAGGTTTGTAACAAGGCACAAGCCCGAACTTGTTATCCTTGACTGATATCGAACCACATG
ATATCAACTGCATCAGCATGTTGGAGGCCCTGAGCCTCGGCATTCGAACATCTTCCTGTT
CAAGGATCCTAAAACTATTCATCTTACTAACATCAGCTCTTATGAGAGACTCCAATGTAT
CAGTCTTT

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 4

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TCTGTCCCTAAACCACCGCGTTCCACGTCATCATCATCATCCAGATTCTCCGTTTCCGCA
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GTGTTCTCATCTCATCGTTCGTCTCAGTTACCATGGGGATCTATAGCTCTAGCCAGTCCT
AGCTCCGAATCCAACGTGGTTGTTGAGCCTAAGACCGGTTTCTCCTTCCCGGCTACGATC
GGAGGAGGTTCGAGGAGATTACTAGGCGTGGGGCTGAGGAAGAAGAGCCTACTTGGATTG
AAGAACATCGATGTCTACGCATTCGGCATGTATGCTGACTGTGATGATGTCAAGAAACTT
GTTGGTGAGAAATACGCGAATCTTCCGGCTTCTGAGCTCAGGGGAAACAAGGCATTTGTC
GATGATCTTATGGATGCCGATATAAAGATGACTATTAGGCTACAGATCGTCTACGGCAAA
CTCAACATCCGTTCCGTTCGCACTGCTTTCAAAGATTCTGTCGGTAACAGACTCAAGAAG
TTTGGAGGCTTATTAGACAACGATGACTTGCTCCAAAGCTTCACTAGCCTCTTCAAAGAC
GAGTATAAAATTCCAAGAAATTCCACTATTGATATGACGCGAGAACCAGGGCATGTACTC
AACGTAGCAATTGAGGGAAACCAAGTTGGGAGTGTGAAGAGCAAACTCTTGTGTAGGTCA
ATCTTAGACTTGTACATTGGTGAAGAACCGTTTGATAAGAATGCAAGAGAGGATTTTCTA
GACAATGTGGCTTCTATAGCCGCTGTTGACAACAAGTAGTACCAGGTCATGAGATTTCAG
AAGAAAAAATGATAAAACAAACCAAGTGTGGTCTTTGCTATCGTATTCTCTATATTATAA
TACTGTTGAGGTATTTTTAATGAAAAAAATTGCTACCTTGAGGGATGGTTCAGGGTTTTG
TTTAAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A253TF U 1
AF RR3BH90JQ C 143
AF RR3DP80TF U 459
AF RR3A253JQ C 178
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BS 990 1028 RR3A253JQ

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ATCTTAGACTTGTACATTGGT

QA 1 801 1 801
DS 

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TAAAGATGACTATAAGGCTACAGATTGTTTACGGCAAACTCAACATCCGTTCCGTTCGCA
CTGCTTTCAAAGATTCTGTCGGTAACAGACTCAAGAAGTTTGGTGGCTTATTAGACAACG
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CCACTATTGATATGACGCGAGAACCAGGGCATGTACTCAACGTAGCAATTGAGGGAAACC
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AAGAACCGTTTGATAAGAATGCAAGAGAGGATTTTCTAGACAATGTGGCTTCTATAGCCG
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AAAAAAA
TTGC

QA 1 847 1 847
DS 

RD RR3DP80TF 531 0 0
G
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CTACAGATCGTCTACGGCAAACTCAACATCCGTTCCGTTCGCACTGCTTTCAAAGATTCT
GTCGGTAACAGACTCAAGAAGTTTGGTGGCTTATTAGACAACGATGACTTGCTCCAAAGC
TTCACTAGCCTCTTCAAAGACGAGTATAAAATTCCAAGAAATTCCACTATTGATATGACG
CGAGAACCAGGGCATGTACTCAACGTAGCAATTGAGGGAAACCAAGTTGGGAGTGTGAAG
AGCAAACTCTTGTGTAGGTCAATCTTAGACTTGTACATTGGTGAAGAACCGTTTGATAAG
AATGCAAGAGAGGATTTTCTAGACAATGTGGCTTCTATAGCCGCTGTTGACAACAAGTAG
TACCAGGTCATGAGATTTCAGAAGAAAAAATGGTAAAACAAACCAAGTGTGGTCTTTGCT
ATCGTATTCTCTATATTATAATACTGTTGAGGTATTTTTAATGAAAAAAA

QA 2 531 2 531
DS 

RD RR3A253JQ 851 0 0
TGGGTGTTCTCATCTCATCGTTCGTCTCAGTTACCATGGGGATCTATAGCTCTAGCCAGT
CCTAGCTCCGAATCCAACGTGGTTGTTGAGCCTAAGACCGGTTTCTCCTTCCCGGCTACG
ATCGGAGGAGGTTCGAGGAGATTACTAGGCGTGGGGCTGAGGAAGAAGAGCCTACTTGGA
TTGAAGAACATCGATGTCTACGCATTCGGCATGTATGCTGACTGTGATGATGTCAAGAAA
CTTGTTGGTGAGAAATACGCGAATCTTCCGGCTTCTGAGCTCAGGGGAAACAAGGCATTT
GTCGATGATCTTATGGATGCCGATATAAAGATGACTATTAGGCTACAGATCGTCTACGGC
AAACTCAACATCCGTTCCGTTCGCACTGCTTTCAAAGATTCTGTCGGTAACAGACTCAAG
AAGTTTGGAGGCTTATTAGACAACGATGACTTGCTCCAAAGCTTCACTAGCCTCTTCAAA
GACGAGTATAAAATTCCAAGAAATTCCACTATTGATATGACGCGAGAACCAGGGCATGTA
CTCAACGTAGCAATTGAGGGAAACCAAGTTGGGAGTGTGAAGAGCAAACTCTTGTGTAGG
TCAATCTTAGACTTGTACATTGGTGAAGAACCGTTTGATAAGAATGCAAGAGAGGATTTT
CTAGACAATGTGGCTTCTATAGCCGCTGTTGACAACAAGTAGTACCAGGTCATGAGATTT
CAGAAGCAAAAATGATAAAACAAACCAAGTGTGGTCTTTGCTATCGTATTCTCTATATTA
TAATACTGTTGAGGTATTTTTAATGAAAAAAATTGCTACCTTGAGGGATGGTTCAGGGTT
TTGTTTAAGTC

QA 1 851 1 851
DS 



AS 2 5

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TTTCCAGAGATTAATGGGAAAGACGTTCTTATTCATTTGAAAAATAAACACACTCAAATC
CAATATACGAACATTTTATTGTCGAATTAAAGGAGAAAGAAGACTCGTAAAAGGCTGGTG
ATTGAGTAAAAGCTTCTTCAAGCTTTTGAGTAATCCACCAAATCAAGAAAGGCCACGAAC
CTTTCCAGTGACAGTGTCAATGTCAATCTCATAGAAGCAAGGTCTTGTCGGAAGTCCAGG
CATTGTACTCATCGTACCAACCAGTGGATATATGAATCCAGCACCAATGCTTCCTCTCAC
GTCCCTTATAGGTAACACAAACCCTGAAGGTGCTCCTTTCTTCGATGCATCGTGCGAGAA
CGAGTATTGCGTCTTAGACATGCATATAGGAAGGTTGGAGAAGCCTTGTTGAGTGTACAT
CTCAATCTGCTTCTCAGCCTGGTCTGAGTATTCAACACCACTGGCTCCATACGACTTGGC
TATGGCCTCAATCTTGTCTTTGATGCTGATCTCCAATGGGTAGAGAAACCTAAGTGGCTG
AGTAACGTTTTGACAAGCTTTCTCAACAGCAATACCAAGATCAACCGCTCCTTTGCCACC
ATGAGCATGGTGGGAACAAATCACAGCATCAAAAGCACCAGCATCCATAGAAAACTTCTT
TACTGCATTCAGCTCTGCTTCTGTATCCGTTGAGAACATATTCACAACAACAACAACATT
CGCACCGTATGATTTAGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H136JQ U 73
AF RR3C121JQ U 1
BS 1 407 RR3C121JQ
BS 408 408 RR3H136JQ
BS 409 801 RR3C121JQ

RD RR3H136JQ 587 0 0
AATGGGAAAGACGTTCTTATTCATTTGAAAAATAAACACACTCAAATCCAATATACGAAC
ATTTTATTGTTGAATTAAAGGAGAAAGAAGACTCGTAAAAGGCTGGTGATTGAGTAAAAG
CTTCTTCAAGCTTTTGAGTAATCCACCAAATCAAGAAAGGCCACGAACTTTTCCAGTGAC
AGTGTCAATGTCAATCTCATAGAAGCAAGGTCTTGTCGGAAGTCCAGGCATTGTACTCAT
CGTACTAACCAGTGGATATATGAATCCAGCACCAATGCTTCCTCTCACGTCCCTTATAGG
TAACACAAACCCTGAAGGTGCTCCTTTCTTCGATGCATCGTGCGAGAACGAGTATTGCGT
CTTAGACATGCATATAGGAAGGTTGGAGAAGCCTTGTTGAGTGTACATCTCAATCTGCTT
CTCAGCCTGGTCTGAGTATTCAACACCACTGGCTCCATACGACTTGGCTATGGCCTCAAT
CTTGTCTTTGATGCTGATCTCCAATGGGTAGAGAAACCTAAGTGGCTGAGTAACGTTTTG
ACAAGCTTTCTCAACAGCAATACCAAGATCAACCGCTCCTTTGCCAC

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3C121JQ 801 0 0
GGCAGGTCAGAAAGGAGATAGGTTCATATTCTGTTATTCATACATAATGGTGAAGGGAGT
TTTCCAGAGATTAATGGGAAAGACGTTCTTATTCATTTGAAAAATAAACACACTCAAATC
CAATATACGAACATTTTATTGTCGAATTAAAGGAGAAAGAAGACTCGTAAAAGGCTGGTG
ATTGAGTAAAAGCTTCTTCAAGCTTTTGAGTAATCCACCAAATCAAGAAAGGCCACGAAC
CTTTCCAGTGACAGTGTCAATGTCAATCTCATAGAAGCAAGGTCTTGTCGGAAGTCCAGG
CATTGTACTCATCGTACCAACCAGTGGATATATGAATCCAGCACCAATGCTTCCTCTCAC
GTCCCTTATAGGTAACACAAACCCTGAAGGTGCTCCTTTCTTCGATGTATCGTGCGAGAA
CGAGTATTGCGTCTTAGACATGCATATAGGAAGGTTGGAGAAGCCTTGTTGAGTGTACAT
CTCAATCTGCTTCTCAGCCTGGTCTGAGTATTCAACACCACTGGCTCCATACGACTTGGC
TATGGCCTCAATCTTGTCTTTGATGCTGATCTCCAATGGGTAGAGAAACCTAAGTGGCTG
AGTAACGTTTTGACAAGCTTTCTCAACAGCAATACCAAGATCAACCGCTCCTTTGCCACC
ATGAGCATGGTGGGAACAAATCACAGCATCAAAAGCACCAGCATCCATAGAAAACTTCTT
TACTGCATTCAGCTCTGCTTCTGTATCCGTTGAGAACATATTCACAACAACAACAACATT
CGCACCGTATGATTTAGTGTT

QA 1 801 1 801
DS 



CO CL1350Contig2 845 3 4 U
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AGAGTGATGGATGTGAATGATCGGTTCTTGAGGAAGATCACTATCGGTCAAGGACCTGAG
GAGAAAGGGATGACTAGAGAGACAGGGTTTGACATCTCTGTGGCTAGTGTGATTATGGCT
GTGTTGGCTTTGACGACCTCTCTTGGTGACATGAGAGAGAGGCTTGGCAAAATGGTGATT
GGTAACAGTAAGGCCGGGGAACCGATTACAGCTGATGATCTCGGTGTTGGAGGAGCTTTG
ACTGTTCTGATGAAAGACGCTATTCACCCCACGCTCATGCAGACGCTTGAAGGAACGCCT
GTCCTAGTTCACGCTGGTCCCTTTGCGAACATAGCTCATGGGAACTCATCTATAGTTGCG
GATAAGATCGCGTTGAAGCTGGTTGGACCTGGTGGGTTCGTGGTGACGGAAGCTGGTTTT
GGTTCTGACATTGGAACGGAGAAGTTCATGAACATTAAGTGCCGTTACAGCGGGCTAACG
CCTCAGTGTGCGATTGTTGCGGCCACCGTTAGGGCCTTGAAGATGCATGGTGGTGGGCCT
GATGTTGTTGCCGGGAGGCCTCTTGACCGCGCCTACGTGAGCGAGAATGTTTCCTTGGTT
GAAGCTGGATGTGTGAATCTAGCGAAGCATATATCAAACACTAAATCATACGGTGTGAAT
GTTGTTGTTGCTGTGAATATGTTCTCAACGGATACAGAAGCAGAGCTGAATGCAGTAAAG
AAGTTTTCTATGGATGCTGGTGCTTTTGATGCTGTGATTTGTTCCCACCATGCTCATGGT
GGCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3C121TF U 1
AF RR3F845TF U 583
AF RR3H136TF U 312
BS 1 497 RR3C121TF
BS 498 498 RR3H136TF
BS 499 682 RR3C121TF
BS 683 845 RR3H136TF

RD RR3C121TF 682 0 0
TGGGAGGAGGTTAAGAAGTTTGCGAGGCTTGATATCGATCCTGATTCTATTACCTGGAGG
AGAGTGATGGATGTGAATGATCGGTTCTTGAGGAAGATCACTATCGGTCAAGGACCTGAG
GAGAAAGGGATGACTAGAGAGACAGGGTTTGACATCTCTGTGGCTAGTGTGATTATGGCT
GTGTTGGCTTTGACGACCTCTCTTGGTGACATGAGAGAGAGGCTTGGCAAAATGGTGATT
GGTAACAGTAAGGCCGGGGAACCGATTACAGCTGATGATCTCGGTGTTGGAGGAGCTTTG
ACTGTTCTGATGAAAGACGCTATTCACCCCACGCTCATGCAGACGCTTGAAGGAACGCCT
GTCCTAGTTCACGCTGGTCCCTTTGCGAACATAGCTCATGGGAACTCATCTATAGTTGCG
GATAAGATCGCGTTGAAGCTGGTTGGACCTGGTGGGTTCGTGGTGACGGAAGCTGGTTTT
GGTTCTGACATTGGAACTGAGAAGTTCATGAACATTAAGTGCCGTTACAGCGGGCTAACG
CCTCAGTGTGCGATTGTTGCGGCCACCGTTAGGGCCTTGAAGATGCATGGTGGTGGGCCT
GATGTTGTTGCCGGGAGGCCTCTTGACCGCGCCTACGTGAGCGAGAATGTTTCCTTGGTT
GAAGCTGGATGTGTGAATCTAG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3F845TF 225 0 0
G
TGCATGGTGGTGGGCCTGATGTTGTTGCCGGGAGGCCTCTTGACCGCGCCTACGTGAGCG
AGAATGTTTCCTTGGTTGAAGCTGGATGTGTGAATCTAGCGAAGCATATATCAAACACTA
AATCATACGGTGTGAATGTTGTTGTTGCTGTGAATATGTTCTCAACGGATACAGAAGCAG
AGCTGAATGCAGTAAAGAA*TTTTCTATGG*TGCTGGTGCTTTT

QA 2 225 2 225
DS 

RD RR3H136TF 534 0 0
GAAAGACGCTATTCACCCCACGCTCATGCAGACGCTTGAAGGAACGCCTGTCCTAGTTCA
CGCTGGTCCCTTTGCGAACATAGCTCATGGGAACTCATCTATAGTTGCGGATAAGATCGC
GTTGAAGCTGGTTGGACCTGGTGGGTTCGTGGTGACGGAAGCTGGTTTTGGTTCTGACAT
TGGAACGGAGAAGTTCATGAACATTAAGTGCCGTTACAGCGGGCTAACGCCTCAGTGTGC
GATTGTTGTGGCCACCGTTAGGGCCTTGAAGATGCATGGTGGTGGGCCTGATGTTGTTGC
CGGGAGGCCTCTTGACCGCGCCTACGTGAGCGAGAATGTTTCCTTGGTTGAAGCTGGATG
TGTGAATCTAGCGAAGCATATATCAAACACTAAATCATACGGTGTGAATGTTGTTGTTGC
TGTGAATATGTTCTCAACGGATACAGAAGCAGAGCTGAATGCAGTAAAGAAGTTTTCTAT
GGATGCTGGTGCTTTTGATGCTGTGATTTGTTCCCACCATGCTCATGGTGGCAA

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 6

CO CL1351Contig1 548 6 12 U
AAGATTTATAATTTCACTTCAAGATTATTCAGTTTCTATTTTTT*ATTCGAAACACATTG
GTTTTACAGCAACTGGCAGAACGAAACAAGAAAACTTCGAGTTTTTATTCATTAAATACT
ATATTGTCGTTGATCTCCCTCCCTGCTTCTCATAGATATAACAACGTCCATATCATCAGT
TGCATGAAAGTGTAGGGATGTTGCAGCGAGTGGGAAGCCTAGAGGCAATGCGAAATGTGT
TGCAAATGCAGTCGCTCGGCACTGCCTCAAGAGCATTGCAACACTCGGCACTCGGGTTCG
TCGTGTCTGCTCCTGGAACTACAAACTCACCACACACGTTCAGTCCACTCAAGTGGGTAT
TGCAGCTCTGTCCATCCACCACCGTCACCGCCAAGACCACAGCCACCATCACCACCAGCT
TCATGATTGTGGAAGATTTGGAAGAGCTGGAAATTGATACCATCTTCTTCTTCTTCTTCT
TTATCTTTTATGTATTCTAAAAATATATGATTTTAGAAGTGAGACTGTTGTTTGTTAGAT
ATATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ07JQ U 15
AF RR3FQ07TF C 15
AF RR3EN07TF C 1
AF RR3FJ15JQ U 49
AF RR3DI33JQ U 10
AF RR3DI33TF C 10
BS 1 14 RR3EN07TF
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BS 80 249 RR3FQ07JQ
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BS 260 389 RR3FJ15JQ
BS 390 390 RR3DI33JQ
BS 391 420 RR3FJ15JQ
BS 421 421 RR3DI33JQ
BS 422 542 RR3FJ15JQ
BS 543 548 RR3DI33JQ

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CTCCCTCCCTGCTTCTCATAGATATAACAACGTCCATATCATCAGTTGCATGAAAGTGTA
GGGATGTTGCAGCGAGTGGGAAGCCTAGAGGCAATGCGAAATGTGTTGCAAATGC

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DS 

RD RR3FQ07TF 235 0 0
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GGCAGAACGAAACAAGAAAACTTCGAGTTTTTATTCATTAAATACTATATTGTCGTTGAT
CTCCCTCCCTGCTTCTCATAGATATAACAACGTCCATATCATCAGTTGCATGAAAGTGTA
GGGATGTTGCAGCGAGTGGGAAGCCTAGAGGCAATGCGAAATGTGTTGCAAATGC

QA 1 235 1 235
DS 

RD RR3EN07TF 544 0 0
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GTTTTACAGCAACTGGCAGAACGAAACAAGAAAACTTCGAGTTTTTATTCATTAAATACT
ATATTGTCGTTGATCTCCCTCCCTGCTTCTCATAGATATAACAACGTCCATATCATCAGT
TGCATGAAAGTGTAGGGATGTTGCAGCGAGTGGGAAGCCTAGAGGCAATGCGAAATGTGT
TGCAAATGCAGTCGCTCGGCACTGCCTCAAGAGCATTGCAACACTCGGCACTCGGGTTCG
TCGTGTCTGCTCCTGGAACTACAAACTCACCACACACGTTAAGTCCACTCAAGTGGGTAT
TGCAGCTCTGTCCATCCACCACCGTCACCGCCAAGACCACAGCCACCATCACCACCAGCT
TCATGATTGTGGAAGATTTGGAAGAGCTGGAAATTGATACCATCTTCTTCTTCTTCTTCT
TTATCTTTTATGTATTCTAAAAATATATGATTTTAGAAGTGAGACTGTTGTTTGTTAGAT
AT
CC

QA 1 542 1 542
DS 

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TCATTAAATACTATATTGTCGTTGATCTCCCTCCCTGCTTCTCATAGATATAGCAACGTC
CATATCATCAGTTGCATGAAAGTGTAGGGATGTTGCAGCGAGTGGGAAGCCTAGAGGCAA
TGCGAAATGTGTTGCAAATGCAGTCGCTCGACACTGCCTCAAGAGCATTGCAACACTCGG
CACTCGGGTTCGTCGTGTCTGCTCCTGGAACTACAAACTCACCACACACGTTCAGTCCAC
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TCACCACCAGCTCCATGATTGTGGAAGATTTGGAAGAGCTGGAAATTGATACCATCTTCT
TCTTCTTCTTCTTTATCTTTTATGTATTCTAAAAATATATGATTTTAGAAGTGAGACTGT
TGTTTGTTAGATAT
C

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DS 

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GGCAGAACGAAACAAGAAAACTTCGAGTTTTTATTCATTAAATACTATATTGTCGTTGAT
CTCCCTCCCTGCTTCTCATAGATATAACAACGTCCATATCATCAGTTGCATGAAAGTGTA
GGTATGTTGCAGCGAGTGGGAAGCCTAGAGGCAATGCGAAATGTGTTGCAAATGCAGTCG
CTCGGCACTGCCTCAAGAGCATTGCAACACTCGGCACTCGGGTTCGTCGTGTCTGCTCCT
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DS 

RD RR3DI33TF 539 0 0
AATTT
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GGCAGAACGAAACAAGAAAACTTCGAGTTTTTATTCATTAAATACTATATTGTCGTTGAT
CTCCCTCCCTGCTTCTCATAGATATAACAACGTCCATATCATCAGTTGCATGAAAGTGTA
GGTATGTTGCAGCGAGTGGGAAGCCTAGAGGCAATGCGAAATGTGTTGCAAATGCAGTCG
CTCGGCACTGCCTCAAGAGCATTGCAACACTCGGCACTCGGGTTCGTCGTGTCTGCTCCT
GGAACTACGAACTCACCACACACGTTCAGTCCACTCAAGTGGGTGTTGCAGCTCTGTCCA
TCCACCACCGTCACCGCCAAGACCACAGCCACCATCACCACCAGCTTCATGATTGTGGAA
GATTTGGAAGAGCTGGAAATTGATACCATCTTCTTCTTCTTCTTCTTTATCTTTTATGTA
TTCTAAAAATATATGATTTTAGAAGTGAGACTGTTGTTTGTTAGATAT
ATTTCC

QA 6 533 6 533
DS 



AS 1 5

CO CL1352Contig1 1076 5 44 U
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CTCTCTCAACGGAACAAGAAGATCATTGAGGACGAAGCTATTGATAACACAGCCATTGCG
TCTGCGTCGTCCGTGGTCTTTAAATGTAAACGCAAACGGAAGTCGCCGCCTCAGAACGCT
CCTCCGCAACGCAGCTCCTCCCACAGAGACGTGACAAGGCATAGATGGACAGGGAGATAC
GAAGCGCATTTGTGGGATAAGAACAGCTGGAACGAGACGCAGACCAAGAAAGGACGTCAA
GTTTATCTAGGAGCATATGACGAAGAAGAAGCAGCAGCACGTGCCTATGACTTAGCGGCA
CTGAAGTATTGGGGAAGAGACACACTCTTGAACTTCCCTTTGTCTACTTATGAAGAAGAC
GTCAAAGAAATGGAAGCCCACTCCAAGGAAGAGTACATAGGATCTTTGAGAAGGAAAAGT
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AGATGGGAAGCTCGGATTGGAAGGGTGTTTGGTAATAAATATCTATACCTTGGGACATAC
GCTACGCAAGAAGAAGCAGCCAGAGCATACGACATCGCGGCAATAGAGTACCGTGGACTT
AACGCCGTTACCAACTTCGACGTCAGCCGTTATCTAGACTTACCGGCAAAGAAGAAACCC
AACGCCGCTGCAAGTCCAGACTCGCCAAATGATCAGACTTCGTCGGATGATAACGAATGT
ACGAAAACAGAGGAGATGACCGAACCGTCTACGCCGCCGGAAGCTATTCAATCTCGCCGG
AGCTTTCCCGACGACATCCAGACGTATTTCGAGTGTCAGGATTCCGGCAAGTTAGCGACG
GAGGAAGACGTTGTCTTCGGTGGTTTTAATTCTTTCATAAGCCCTGGTTTATGTAACGAG
TTTGATTATTGGTCTTGATCGTTATGTTTACTATGTTAAGCTTCAAAAAATGATTACTTG
GCGCTAAAGTTATGTTTACTATGTGGTGACTTTATTATAAAAAACACAACACCACT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H596TF U 1
AF RR3AU80TF U 4
AF RR3AL77TF U 4
AF RR3AL77JQ C 348
AF RR3AU80JQ C 187
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BS 421 421 RR3AL77TF
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BS 439 439 RR3AL77TF
BS 440 485 RR3H596TF
BS 486 486 RR3AL77TF
BS 487 491 RR3H596TF
BS 492 492 RR3AL77TF
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BS 496 527 RR3H596TF
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BS 603 603 RR3AL77TF
BS 604 678 RR3H596TF
BS 679 765 RR3AL77TF
BS 766 766 RR3AU80JQ
BS 767 801 RR3AL77TF
BS 802 1076 RR3AU80JQ

RD RR3H596TF 678 0 0
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TCTGCGTCGTCCGTGGTCTTTAAATGCAAACGCAAACGGAAGTCGCCGCCTCAAAACGCT
CCTCCGCAACGCAGCTCCTCCCACAGAGGGGTGACAAGGCATAGATGGACAGGGAGATAC
GAAGCGCATTTGTGGGATAAGAACAGCTGGAACGAGACGCAGACCAAGAAAGGACGTCAA
GTTTATCT***AGCATATGACGAAGAAGAAGCAGCAGCACGTGCCTATGACTTAGCGGCA
TTGAAGTATTGGGGAAGAGACACACTCTTGAACTTCCCTCTATCTACTTATGAAGAAGAC
ATCAAAGAAATGGAAGGCAACTCCAAGGAAGAGTACATAGGATCTTTGAGAAGGAAAAGT
AGTGGATTTTCTCGCGGTGTTTCAAAATACAGAGGCGTTGCAAGGCACCACCATAATGGG
AGATGGGAAGCTCGGATTGGAAGGGTGTTTGGTAATAAATATCTATACCTTGGGACATAC
GCAACGCAAGAAGAAGCAGCCAGAGCATACGACATCGCGGCAATAGAGTACCGTGGACTT
AACGCCGTTACCAACTTC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3AU80TF 758 0 0
GG
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GTCGTCCGTGGTCTTTAAATGTAAACGCAAACGGAAGTCGCCGCCTCAGAACGCTCCTCC
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GCATTTGTGGGATAAGAACAGCTGGAACGAGACGCAGACCAAGAAAGGACGTCAAGTTTA
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AGAAATGGAAGCCCACTCCAAGGAAGAGTACATAGGATCTTTGAGAAGGAAAAGTAGTGG
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GCAAGAGGAAGCAGCCAGAGCATACGACATCGCGGCAATAGAGTACCGTGGACTTAACGC
CGTTACCAACTTCGACGTCAGCCGTTATCTAGACTTACCGGCAAAGAAGAAACCCAACGC
CGCTGCAAGTCCAGACTCGCCAAATGATCAGACTTC

QA 3 758 3 758
DS 

RD RR3AL77TF 798 0 0
GG
ATTAACACAATTGCCTCTGCTCTTTCATTCCTCTCTTACACCGGTAATGGCAAAACTCTC
TCAACGGAACAAGAAGATCATTGAGGACGAAGCTATTGATAACACAGCCATTGCGTCTGC
GTCGTCCGTGGTCTTTAAATGTAAACGCAAACGGAAGTCGCCGCCTCAGAACGCTCCTCC
GCAACGCAGCTCCTCCCACAGAGGCGTGACAAGGCATAGATGGACAGGGAGATACGAAGC
GCATTTGTGGGATAAGAACAGCTGGAACGAGACGCAGACCAAGAAAGGACGTCAAATTTA
TCTAGGAGCATATGACGAAGAAGAAGCAGCAGCACGTGCCTATGACTTAGCGGCACTGAA
GTATTGGGGAAGAGACACACTCTTGAACTTCCCTTTGTCTACTTATGAAGAAGACGTCAA
AGAAATGGAAGCCCACTCCAAGGAAGAGTACATAGGATCTTTGAGAAGGAAAAGTAGTGG
GTTTTCCCGTGGTGTTTCAAAATACAGAGGCGTTGCAAGGCATCACCATAATGGGAGATG
GGAAGCTCGGATTGGAAGGGTGTTTGGTAATAAATATCTATACCTTGGGACATACGCTAC
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CGTTATCAACTTCGACGTCAGCCGTTATCTAGACTTACCGGCAAAGAAGAAACCCAACGC
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AACAGAGGAGATGACC

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DS 

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TTTATGTAACGAGTTTGATTATTGGTCTTGATCGTTATGTTTACTATGTTAAGCTT
C

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DS 

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CATTTGTGGGATAAGAACAGCTGGAACGAGACGCAGACCAAGAAAGGACGTCAAGTTTAT
CTAGGAGCATATGACGAAGAAGAAGCAGCAGCACGTGCCTATGACTTAGCGGCACTGAAG
TATTGGGGAAGAGACACACTCTTGAACTTCCCTTTGTCTACTTATGAAGAAGACGTCAAA
GAAATGGAAGCCCACTCCAAGGAAGAGTACATAGGATCTTTGAGAAGGAAAAGTAGTGGG
TTTTCCCGTGGTGTTTCAAAATACAGAGGCGTTGCAAGGCATCACCATAATGGGAGATGG
GAAGCTCGGATTGGAAGGGTGTTTGGTAATAAATATCTATACCTTGGGACATACGCTACG
CAAGAGGAAGCAGCCAGAGCATACGACATCGCGGCAATAGAGTACCGTGGACTTAACGCC
GTTACCAACTTCGACGTCAGCCGTTATCTAGACTTACCGGCAAAGAAGAAACCCAACGCC
GCTGCAAGTCCAGACTCGCCAAATGATCAGACTTCGTCGGATGATAACGAATGTACGAAA
ACAGAGGAGATGACCGAACCGTCTACGCCGCCGGAAGCTATTCAATCTCGCCGGAGCTTT
CCCGACGACATCCAGACGTATTTCGAGTGTCAGGATTCCGGCAAGTTAGCGACGGAGGAA
GACGTTGTCTTCGGTGGTTTTAATTCTTTCATAAGCCCTGGTTTATGTAACGAGTTTGAT
TATTGGTCTTGATCGTTATGTTTACTATGTTAAGCTTCAAAAAATGATTACTTGGCGCTA
AAGTTATGTTTACTATGTGGTGACTTTATTATAAAAAACACAACACCACT

QA 1 890 1 890
DS 



AS 2 5

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GGACAGAACCTCCCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCAATGGTCTCTCTGTGAG
AAAAAGACGCAAACCAAAGCAACAGCCTTTTAAATATAAAAATGGCCATGTCTCATCTCT
TCCTTTCTTCGCCTCGACCTTCATTGGCTCCGCGACTCCACTCACCGACCCAGTTGTACT
CTAACAAGAGTAAAAGTCCCAAGGGTGCAAATGAAGCCAAAGCATCAAAGAGATTATTCC
TCTGCCGCTCGATTCACATGGAATCTGATCATTCAGGGGATTCAAAGAGGCTTACTTTCG
ACACCCTCTTGAGAAAAGCAAAAGATGTTTGGAATGATTCTCCACAGCCGGTCAAGGACT
TCCCTTGGAACAGAGCGTTCGAGAACTTCGTGCAGCTCGTTCTCGATCTCGCCATATCAG
TCGTTAAGCTTCTGTTTGTTCCCGTCTTGGCGGTTTCCTCCGTTAGCGAGATGTCTTATT
GTGCGCACGAGAGGAAGCTTGCTCTAGTCCCGTTCCCGTTAGTCATCGGTGTTGTTGTCG
GAGGCTTTCTACAAGGAACCGCTTTGAACATCTCTCCTCGTCTTAAGGAAGCGGAAGTAC
CGTGGCATTTGATAGCTATGATGATGTTATTCACTCTGATCAAGCTTCCTGGACCGTACT
ATCCATATTGGGGGCGCTTGTTTGTTCCTCATTTTGCGAATGGAGTGTTGGTTAGAGCAC
TTTGGTCCATGTTCTTTTGGTATAAGAAGACTAGAAACACATCACGAACTCCTCTGCAGA
ATCACAGTTCGGAAACAAAATGACCATCTTCATCCAAAGGTTGGAGTTGGGTCACTTTGA
TTGGTTCTGGGGATTATCTGGAACCTCATTGTGTTGAGCATAGAGAGGAGTTTTCTTCTT
TTTTACATCTTCAAATCTCATCAGAGAACTCGAGGTATATGAGTTCATTATATATAATAT
TGTAGGCCCTAGAGTTGAGTTCGGTTTTGTCCTCTTTAGTTTTTATTGACAATGTTACAT
GTGAAAGTTGTCTTAGTTATCTTGAAGACCACTCTTCTTGGGGAATGTATTTTGTATCTT
TGAGATGGAAACAAGGAGAAGGAATGGTTCATGTTTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BA26TF U 1
AF RR3BA26JQ C 368
BS 1 799 RR3BA26TF
BS 800 800 RR3BA26JQ
BS 801 815 RR3BA26TF
BS 816 1121 RR3BA26JQ

RD RR3BA26TF 815 0 0
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GAGGCTTTCTACAAGGAACCGCTTTGAACATCTCTCCTCGTCTTAAGGAAGCGGAAGTAC
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TTTGGTCCATGTTCTTTTGGTATAAGAAGACTAGAAACACATCACGAACTCCTCTGCAGA
ATCACAGTTCGGAAACAAA*TGACCATCTTCATCC

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DS 

RD RR3BA26JQ 754 0 0
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GCTTCTGTTTGTTCCCGTCTTGGCGGTTTCCTCCGTTAGCGAGATGTCTTATTGTGCGCA
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TCTACAAGGAACCGCTTTGAACATCTCTCCTCGTCTTAAGGAAGCGGAAGTACCGTGGCA
TTTGATAGCTATGATGATGTTATTCACTCTGATCAAGCTTCCTGGACCGTACTATCCATA
TTGGGGGCGCTTGTTTGTTCCTCATTTTGCGAATGGAGTGTTGGTTAGAGCACTTTGGTC
CATGTTCTTTTGGTATAAGAAGACTAGAAACACATCAGGAACTCCTCTGCAGAATCACAG
TTCGGAAACAAAATGACCATCTTCATCCAAAGGTTGGAGTTGGGTCACTTTGATTGGTTC
TGGGGATTATCTGGAACCTCATTGTGTTGAGCATAGAGAGGAGTTTTCTTCTTTTTTACA
TCTTCAAATCTCATCAGAGAACTCGAGGTATATGAGTTCATTATATATAATATTGTAGGC
CCTAGAGTTGAGTTCGGTTTTGTCCTCTTTAGTTTTTATTGACAATGTTACATGTGAAAG
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GAAACAAGGAGAAGGAATGGTTCATGTTTTGTCC

QA 1 754 1 754
DS 



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CTCTTCCTTTCTTCGCCTCGACCTTCATTGGCTCCGCGACTACACTCACCGACCCAGTTG
TACTCTAACAAGAGTAAGAGTTTCAAGGGTGCAAATGAAGCAAAAGCATCAAAGAGATTA
TTCCTCTGCCGCTCGATCCATATGGAATCTGATCATTCAGGGGATTCAAAGAGGCTTACT
TTGGACACCCTTTTGAAGAAAGCAAAACATGTTTGGAATGATTCTCCACAGCCGGTCAAG
GACTTCCCTTGGAACAGAGCGTTCGAGAACTTCGTACAGCTCGTTCTCGATCTCGCCATA
TCAGTCGTTAAGCTTTTGTTCGTTCCCGTCTTGGCGGTTTCCTCCGTCAGCGAGATGTCT
TACTGTGCACATGAGAGGAAGCTTGCTTTAGTCCCGTTCCCGTTAGTCATCGGTGTTGTC
GTTGGAGGCATTCTACAAGGGACCGCTTTGAGCATCTCTCCTCGTCTTAAGGAAGCGGAA
GTACCGTGGCATTTGATAGCTATGATGATGATATTCACTCTGATTAAGCTTCCTGGACCG
TACTATCCATATTGGGGGCGCTTGTTTGTTCCTCATTTTGTGAATGGAGTGTTGTTTAGA
GCACTTTGGTCCATGTTCTTTTGGTATAAGAACAAGACTAGAAACACATCAGGAACTCCT
CTGCAGAATCACAGTTCGGAAACAAAATGACCATCTTCATCCAAAGGTTGGAGTTGGGTC
ACTTTGATTGGTTGAGCATAGAGAGGAGTTTTCTTCGTTTTTACCTCTTCAATCTCATCA
GAGAATTCGAGATATACGAGTTCATTATATTATATTGTAGGCCCTAGAGTTGAGTTCTGT
TTTCTCCTCTTTAGTTTTTATTGACAATGTTACATGTGAAAGTTGTCTTAGTTATCTTGG
AGACCACTCTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY53TF U 1
AF RR3FY29TF U 18
AF RR3GY53JQ C 541
BS 1 197 RR3GY53TF
BS 198 198 RR3FY29TF
BS 199 709 RR3GY53TF
BS 710 742 RR3FY29TF
BS 743 973 RR3GY53JQ

RD RR3GY53TF 709 0 0
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TACTGTGCACATGAGAGGAAGCTTGCTTTAGTCCCGTTCCCGTTAGTCATCGGTGTTGTC
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DS 

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TCATTCAGGGGATTCAAAGAGGCTTACTTTGGACACCCTTTTGAAGAAAGCAAAACATGT
TTGGAATGATTCTCCACAGCCGGTCAAGGACTTCCCTTGGAACAGAGCGTTCGAGAACTT
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GGCGGTTTCCTCCGTCAGCGAGATGTCTTACTGTGCACATGAGAGGAAGCTTGCTTTAGT
CCCGTTCCCGTTAGTCATCGGTGTTGTCGTTGGAGGCATTCTACAAGGGACCGCTTTGAG
CATCTCTCCTCGTCTTAAGGAAGCGGAAGTACCGTGGCATTTGATAGCTATGATGATGAT
ATTCACTCTGATTAAGCTTCCTGGACCGTACTATCCATATTGGGGGCGCTTGTTTGTTCC
TCATTTTGCGAATGGAGTGTTGTTTAGAGCACTTTGGTCCATGTTCTTTTGGTATAAGAA
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AAA

QA 16 725 16 725
DS 

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TACTATCCATATTGGGGGCGCTTGTTTGTTCCTCATTTTGTGAATGGAGTGTTGTTTAGA
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CTGCAGAATCGCAGTTCGGAAACAAAATGACCATCTTCATCCAAAGGTTGGAGTTGGGTC
ACTTTGATTGGTTGAGCATAGAGAGGAGTTTTCTTCGTTTTTACCTCTTCAATCTCATCA
GAGAATTCGAGATATACGAGTTCATTATATTATATTGTAGGCCCTAGAGTTGAGTTCTGT
TTTCTCCTCTTTAGTTTTTATTGACAATGTTACATGTGAAAGTTGTCTTAGTTATCTTGG
AGACCACTCTTCT

QA 1 433 1 433
DS 



AS 1 6

CO CL1354Contig1 988 6 17 U
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AATGTATGTGAAAGTAAGTATGGATGGTGCTCCCTATCTGAGGAAGATAGATCTAACGGT
GTATAAGCAATATTCAGAATTGATGAAATCACTTGAAAACATGTTTAAATTCTCTGTGGG
AGAATATTTTGAGAGAGAAGGATATAAAGGCTCAGACTTTGTGCCTACTTATGAAGACAA
AGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTTCCTTGGGAGATGTTTGTTTCGTCTTGTAA
GAGGCTAAGAATCATGAAAGGATCAGAAGCTAAAGGTCTCGGTTGTAGTGTTTAATAAAA
GAAGATTTAAAAACAGAGTTTTTT**CTGCTTTCTCTGTTTTATAAGAGCTTTGAAACTG
CTTGGGTTTTCGGGGGAAGATGTGTCTTACAAACATAACTGTGAATCTTTTCCTCATCGG
TTAAAATATTCACTTTCTTGTGGTGTTCTTGATTCTGATGATAACAAATGTACCAGAGAG
AAGGCTTAAACGGTGTTAAGCATAATTGTGAGGAAATGTCTAAATCTAAACTCTAGTTGT
GTAGATCTATGTTGTGTGCTATTGAAAGTTCTAAATCTGAACATTGTGTTTTCTTTTTTT
TTTATGGAACAGAAACCATTTTTGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A172TF U 1
AF RR3G184TF U 7
AF RR3BC12TF U 1
AF RR3BC12JQ C 1
AF RR3G184JQ C 223
AF RR3A172JQ C 120
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AGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTTCCTTGGGAGATGTTTGTTTCGTCTTGTAA
GAGGCTAAGGATCATGAAAGGATCAGAAGCTAAAGGTCTCGGTT

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DS 

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GG
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DS 

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T

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DS 

RD RR3BC12JQ 807 0 0
GGATCAAT
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CTAGTTAAGAAATGGAAAACGTTGGAGTTTGTGATGAGTTTGTTAACCTAAAGGCAACAG
AGCTGAGACTGGGATTACCAGGAACAGAAGATGGAGGTGAAGAAGAGAAACAAAAGGTTC
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CTTACAGGAAGAACAATATTCAGACAAAGAAAAATGAATCTGAAGGTCAAGGAATGTATG
TGAAAGTAAGTATGGATGGTTCTCCCTATCTGAGGAAGATAGATCTAACGGTGTATAAGC
AATATTCAGAATTGATGAAATCACTTGAAAACATGTTTAAATTCTCTGTGGGAGAATATT
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ATTGGATGCTTGTTGGAGATGTTCCTTGGGAGATGTTTGTTTCGTCTTGTAAGAGGCTAA
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AAAAACAGAGTTTTTT**CTGCTTTCTCTGTTTTATAAGAGCTTTGAAACTGCTTGGGTT
TTCGGGGGAAGATGTGTCTTACAAACATAACTGTGAATCTTTTCCTCATCGGTTAAAATA
TTCACTTTCTTGTGGTGT
C

QA 9 806 9 806
DS 

RD RR3G184JQ 717 0 0
AACTGAGAAAGATATTGAATCTACTGGAAAAACAGAAACAGCTTCTCCTCCAAAGGCTCA
GATTGTTGGATGGCCACCTGTAAGATCTTACAGGAAGAACAATATTCAGACAAAGAAAAA
TGAATCTGAAGGTCAAGGAATGTATGTGAAAGTAAGTATGGATGGTGCTCCCTATCTGAG
GAAGATAGATCTAACGGTGTATAAGCAATATTCAGAATTGATGAAATCACTTGAAAACAT
GTTTAAATTCTCTGTGGGAGAATATTTTGAGAGAGAAGGATATAAAGGCTCAGACTTTGT
GCCTACTTATGAAGACAAAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTTCCTTGGGAGAT
GTGTGTTTCGTCTTGTAAGAGGCTAAGAATCATGAAAGGATCAGAAGCTAAAGGTCTCGG
TTGTAGTGTTTAATAAAAGAAGATTTAAAAACAGAGTTTTTT**CTGTTTTCTCTGTTTT
ATAAGAGCTTTGAAACTGCTTGGGTTTTCGGGGGAAGATGTGTCTTACAAACATAACTGT
GAATCTTTTCCTCATCGGTTAAAATATTCACTTTCTTGTGGTGTTCTTGATTCTGAT***
AACAAATGTACCAGAGAGAAGGCTTAAACGGTGTTAAGCATAATTGTGAGGAAATGTCTA
AATCTAAACTCTAGTTGTGTAGATCTATGTTGTGTGCTATTGAAAGTTCTAAATCTG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3A172JQ 869 0 0
AGGCAACAGAGCTGAGACTGGGATTACCAGGAACAGAAGATGGAGGTGAGGAAGAGAAAC
AAAAGGTTCCTTGCGGTAGAAGCAACAAAAGAGCCTTGCCTGAAACTGAGAAAGATATTG
AATCTACTGGAAAAACAGAAACAGCTTCTCCTCCAAAGGCTCAGATTGTTGGATGGCCAC
CTGTAAGATCTTACAGGAAGAACAATATCCAGACAAAGAAAAATGAATCTGAAGGTCAAG
GAATGTATGTGAAAGTAAGTATGGATGGTGCTCCCTATCTGAGGAAGATAGATCTAACGG
TGTATAAGCAATATTCAGAATTGATGAAATCACTTGAAAACATGTTTAAATTCTCTGTGG
GAGAATATTTTGAGAGAGAAGGATATAAAGGCTCAGACTTTGTGCCTACTTATGAAGACA
AAGATGGTGATTGGATGCTTGTTGGAGATGTTCCTTGGGAGATGTTTGTTTCGTCTTGTA
AGAGGCTAAGGATCATGAAAGGATCAGAAGCTAAAGGTCTCGGTTGTAGTGTTTAATAAA
AGAAGATTCAGAAACAGAGTTTTTTTTCTGCTTTCTCTGTTTTGTAAGAGCTTTGAAACT
GCTTGGGTTTTCGGGGGAAGATGTGTCTTACGAACATAACTGTGAATCTTTTCCTCATCG
GTTAAAATATTCACTTTCTTGTGGTGTTCTTGATTCTGATGATAACAAATGTACCAGAGA
GAAGGCTTAAACGGTGTTAAGCATAATTGTGAGGAAATGTCTAATT*TAAACTCTAGTTG
TGTAGATCTATGTTGTGTGCTATTGAAAGTTCTAAATCTGAACATTGTGTTTTCTTTTTT
TTTTATGGAACAGAAACCATTTTTGTGTC

QA 1 869 1 869
DS 



AS 3 6

CO CL1355Contig1 480 2 6 U
GGAGATCTACCGTGTCGCTTCCCTTTACTCAGAGATGGCCAAGTCGAAGAATCACACGGC
GCATAACCAGTCGGCTAAGGCCCACAAGAACGGGATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCGTCA
CACTCCCACCAGAGGGATGGATCCTAAGTTCTTGAGGAACCAGAGGTACGCGAGGAAGCA
CAACGTCAAGAACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTTGATTCTCTCTGAG
AGGTTTTTAATGAAATTAAGTTTGTTTTTAGACGAGAGAACCAATTTACATTTGGCGTTA
TGTTTGGTTTGATTCTGTTTAAGCATTCGGTTTGTGTACTCCTTAATTTTAATATCATGG
ATTTCATTTCTTATAGTTTTGAGTTTCTTTATTTGATTGGTTTTGCATATGTTGTCTACT
GAAAAATGAAAGCTTGTAACCATCATATTTAACATTTATCTGAGACAAAATGCTTGTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3AQ54TF U 1
AF RR3BU90TF U 7
BS 1 130 RR3AQ54TF
BS 131 131 RR3BU90TF
BS 132 321 RR3AQ54TF
BS 322 322 RR3BU90TF
BS 323 479 RR3AQ54TF
BS 480 480 RR3BU90TF

RD RR3AQ54TF 479 0 0
GGAGATCTACCGTGTCGCTTCCCTTTACTCAGAGATGGCCAAGTCGAAGAATCACACGGC
GCATAACCAGTCGGCTAAGGCCCACAAGAACGGGATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCGTCA
CACTCCCACCTGAGGGATGGATCCTAAGTTCTTGAGGAACCAGAGGTACGCGAGGAAGCA
CAACGTCAAGAACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTTGATTCTCTCTGAG
AGGTTTTTAATGAAATTAAGTTTGTTTTTAGACGAGAGAACCAATTTACATTTGGCGTTA
TGTTTGGTTTGATTCTGTTTA*GCATTCGGTTTGTGTACTCCTTAATTTTAATATCATGG
ATTTCATTTCTTATAGTTTTGAGTTTCTTTATTTGATTGGTTTTGCATATGTTGTCTACT
GAAAAATGAAAGCTTGTAACCATCATATTTAACATTTATCTGAGACAAAATGCTTGTTC

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR3BU90TF 474 0 0
GG
ACCGTGTCGCTTCCCTTTACTCGGAGATGGCCAAGTCGAAGAATCACACGGCGCATAACC
AGTCGGCTAAGGCCCACAAGAACGGGATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCGTCACACTCCCA
CCAGAGGGATGGATCCTAAGTTCTTGAGGAACCAGAGGTACGCGAGGAAGCACAACGTCA
AGAACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTTGATTCTCTCTGAGAGGTTTTT
AATGAAATTAAGTTTGTTTTTAGACGAGAGAACCAATTTACATTTGGCGTTATGTTTGGT
TTGATTCTGTTTAAGCATTCGGTTTGTGTACTCCTTAATTTTAATATCATGGATTTCATT
TCTTATAGTTTTGAGTTTCTTTATTTGATTGGTTTTGCATATGTTGTCTACTGAAAAATG
AAAGCTTGTAACCATCATATTTAACATTTATCTGAGACAAAATGCTTGTTCT

QA 3 474 3 474
DS 



CO CL1355Contig2 367 2 3 U
GGGTGTCGCTTCCCTTTATTCAGAGATGGCCAAGTCGAAGAATCACACGGCGCATAACCA
GTCGGCTAAGGCCCACAAGAACGGGATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCGTCACACTCCCAC
CAGAGGGATGGATCCTAAGTTCTTGACGAACCAGAGGTACGCAAGGAAGCACAACGTCAA
GAACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTTAATTCTCTCTGAGAGGTTTTTA
TGAAATTAAGTTTGTTTTTAGACAAGAGAACCAATTTAATACATTTCGCGTTATGTTTGG
TTTGATTATGTTTAAGCATGCGGTTTGTGTACTCCTTAATTTTAATATCGTGGATTTTCA
TTTCTTC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E433TF U 1
AF RR3E433JQ C 1
BS 1 2 RR3E433JQ
BS 3 357 RR3E433TF
BS 358 367 RR3E433JQ

RD RR3E433TF 367 0 0
GG
GTGTCGCTTCCCTTTATTCAGAGATGGCCAAGTCGAAGAATCACACGGCGCATAACCAGT
CGGCTAAGGCCCACAAGAACGGGATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCGTCACACTCCCACCA
GAGGGATGGATCCTAAGTTCTTGACGAACCAGAGGTACGCAAGGAAGCACAACGTCAAGA
ACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTTAATTCTCTCTGAGAGGTTTTTATG
AAATTAAGTTTGTTTTTAGACAAGAGAACCAATTTAATACATTTCGCGTTATGTTTGGTT
TGATTATGTTTAAGCATGCGGTTTGTGTACTCCTTAATTTTAATATCGTGGATTT
TCATTTCTTC

QA 3 357 3 357
DS 

RD RR3E433JQ 367 0 0
GGGTGTCGCTTCCCTTTATTCAGAGATGGCCAAGTCGAAGAATCACACGGCGCATAACCA
GTCGGCTAAGGCCCACAAGAACGGGATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCGTCACACTCCCAC
CAGAGGGATGGATCCTAAGTTCTTGACGAACCAGAGGTACGCAAGGAAGCACAACGTCAA
GAACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTTAATTCTCTCTGAGAGGTTTTTA
TGAAATTAAGTTTGTTTTTAGACAAGAGAACCAATTTAATACATTTCGCGTTATGTTTGG
TTTGATTATGTTTAAGCATGCGGTTTGTGTACTCCTTAATTTTAATATCGTGGATTTTCA
TTTCTTC

QA 1 367 1 367
DS 



CO CL1355Contig3 377 2 2 U
GGAACCCTAGCCGAGCAGATCTACCGTGTCGCTTCCCTTACTCAGAGATGGCCAAGTCGA
AGAATCACATGGCGCATAACCAGTCGGCTAAGGCCCACAAGAACGGAATCAAGAAGCCAA
GGAGGCACCGTCACACTCCCACCAGAGGGATGGATCCTAAGTTCCTGAGGAACCAGAGGT
ACGCAAGGAAGCACAACGTCAAGAACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTT
GATTCTCTCTGAGGTTTTTATGAAATCAAGTCTCTTTTAGACAAAGAACCAATTTAATAC
ATTTGCGTTATGTTTGGTTTGATTATGTTTAAGCATGCGGTTTGTGTTACTCCTTAATTT
TAATATCATGGATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3FN69TF U 1
AF RR3FN69JQ C 23
BS 1 376 RR3FN69TF
BS 377 377 RR3FN69JQ

RD RR3FN69TF 377 0 0
GGAACCCTAGCCGAGCAGATCTACCGTGTCGCTTCCCTTACTCAGAGATGGCCAAGTCGA
AGAATCACATGGCGCATAACCAGTCGGCTAAGGCCCACAAGAACGGAATCAAGAAGCCAA
GGAGGCACCGTCACACTCCCACCAGAGGGATGGATCCTAAGTTCCTGAGGAACCAGAGGT
ACGCAAGGAAGCACAACGTCAAGAACGGCGAGAATGCCACCGCCGAAGACTAAGCTTTTT
GATTCTCTCTGAGGTTTTTATGAAATCAAGTCTCTTTTAGACAAAGAACCAATTTAATAC
ATTTGCGTTATGTTTGGTTTGATTATGTTTAAGCATGCGGTTTGTGTTACTCCTTAATTT
TAATATCATGGATTTC
C

QA 1 376 1 376
DS 

RD RR3FN69JQ 355 0 0
ACCGTGTCGCTTCCCTTATTCAGAGATGGCCAAGTGGAAGAATCACATGGCGCATAACCA
GTCGGCTAAGGCCCACAAGAACGGAATCAAGAAGCCAAGGAGGCACCGTCACACTCCCAC
CAGAGGGATGGATCCTAAGTTCCTGAGGAACCAGAGGTACGCAAGGAAGCACAACGTCAA
GAACGGCGAGAATGCCCCCGCCGAAGATTAAGCTTTTTGATTCTTTTTGAGGTTTTTATG
AAATCAAGTTTCTTTTAGACAAAGAACCAATTTAATACATTTGCGTTATGTTTGGTTTGA
TTATGTTTAAGCATGCGGTTTGTGTTACTCCTTAATTTTAATATCATGGATTTCC

QA 1 355 1 355
DS 



AS 2 6

CO CL1356Contig1 760 3 17 U
TTTTTCATAAAATCTAACTGAAAATTGAAATTGAAGTTTCCAGATTCCTCACAGATGGCG
CTTCGTGCTGCTGCTACTCATCATCAAGGAACTAGCCGTATCGCGGCGACGCTACGGCGC
GTCGCTCGGCCATTCTCAACAGACGCGGTGGTAGAGACGGATTACAAGCGTGGGGAGATC
GGCAAGGTCTCCGGGATCCCTGAGGAGCATCTCTCTCGCAAGGTGATAATATATTCACCA
GCTAGAAGTGCTACCCAGCAAGGATCTGGCAAACTTGGCAAATGGAAGATCAACTTCGTC
TCCACCTTAAAGTGGGAGAACCCGTTGATGGGATGGACTTCTACAGGTGACCCTTATGCC
AATGTAGGCGACTCTGCTCTTTCTTTTGATTCTGAAGTTGCTGCCAAGTCCTTTGCTCAG
CGTCATGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAAGCCCAAAACGCCCTTATTGAAGCCTAAGTCT
TACTCGGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAACCTCAACCAGATAACCGATCTTCTTCCATT
TCTCGAGAAAAAAAAGGAGAAACTTCATTTGATAAATAAAAAAAACCTCTCATGGTTTCT
TTCTTGTTTTAGCATCTCTGAGCTTTTTCTCTGAACTATGTATTATACATGTTTGGATTT
TTTTTTGTCTGTTTCCTTATTTTAACAATAATATGATATGATGGTAATGATAAACACTCT
TATGAGGTTTCGTCAAAGCTTTCTGATCATTTACCGGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E830TF U 1
AF RR3GI85JQ C 1
AF RR3GI85TF U 1
BS 1 57 RR3E830TF
BS 58 58 RR3GI85TF
BS 59 66 RR3E830TF
BS 67 67 RR3GI85TF
BS 68 248 RR3E830TF
BS 249 249 RR3GI85TF
BS 250 525 RR3E830TF
BS 526 526 RR3GI85TF
BS 527 556 RR3E830TF
BS 557 557 RR3GI85TF
BS 558 584 RR3E830TF
BS 585 585 RR3GI85TF
BS 586 610 RR3E830TF
BS 611 613 RR3GI85TF
BS 614 659 RR3E830TF
BS 660 721 RR3GI85TF
BS 722 760 RR3GI85JQ

RD RR3E830TF 659 0 0
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DS 

RD RR3GI85JQ 760 0 0
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DS 

RD RR3GI85TF 727 0 0
TTTTTCATAAA
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ATTCTCAACAGACGCGGTGGTAGAGACGGATTACAAGCGTGGGGAGATCGGCAAGGTCTC
CGGGATCCCTGAGGAGCATCTCTCTCGCAAGGTGATAATATATTCACCAGCTAGAAGTGC
TACCCAGCAAGGATCTGGCAAACTTGGCAAATGGAAGATCAACTTCGTCTCCACCTTAAA
GTGGGAGAACCCGTTGATGGGATGGACTTCTACAGGTGACCCTTATGCCAATGTAGGCGA
CTCTGCTCTTTCTTTTGATTCTGAAGTTGCTGCCAAGTCCTTTGCTCAGCGTCATGGCTG
GGATTATGTGGTCAAGAAGCCCAAAACGCCCTTATTGAAGCCTAAGTCTTACTCGGACAA
CTTCAAGTGGAAAGGCAAACCTCAACCAGATAACCGATCTTCTTCCATTTCTCGAGAAAA
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DS 



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TTTTTTTT*GTCTGTTTCCTTATTTTAACAATAATATGATATGATGGTAATGATAAACAC
TCTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3GF65JQ C 1
AF RR3GF65TF U 1
AF RR3GV44TF U 30
BS 1 8 RR3GF65JQ
BS 9 713 RR3GF65TF
BS 714 726 RR3GV44TF

RD RR3GF65JQ 712 0 0
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GGCAAGGTCTCCGGAATCCCTGAGGAGCATCTTTCTCGCAAGGTGATAATATACTCACCA
GCTAGAAGTGCTACACAGCAAGGATCTGGCAAACTCGGCAAATGGAAGATTAACTTCGTC
TCCACCTTAAAGTGGGAGAACCCGTTGATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCC
AATGTTGGCGACTTTGCTCTTTCTTTTGATTTTGAGCTTGCTGCCAAGTCCTTTGCTCAG
CGTCACGGCTGGGATTATGTGGTCAAGAAGCCCAAAACGCCCTTATTGAAGCCTAAGTCT
TACTCGGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAAACCTCAACCACAGAACTGATCTTCTTCCATT
TCTCGAGAAAAAAAGGAGAAATTTCATTTGATAAATAAAAAGAAACCTCTCATGGTTTCT
TTCTTGTTTTAGCATCTCTGAGCTTGTTCTCTGAACTATGTATTATACATGTTTGGATTT
TTTTTTT**GTCTGTTTCCTTATTTTAACAATAATATGATATGATGGTAATG

QA 1 712 1 712
DS 

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ATCTTACTGAAAATTGAAATTGAAGTTTCCAGATTATCTGACGATGGCGCTTCGTGCTGC
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ATTATCAACAGACGCGGTGGTAGAGTCAGAGGATTACAAGCGTGGGGAGATCGGCAAGGT
CTCCGGAATCCCTGAGGAGCATCTTTCTCGCAAGGTGATAATATACTCACCAGCTAGAAG
TGCTACACAGCAAGGATCTGGCAAACTCGGCAAATGGAAGATTAACTTCGTCTCCACCTT
AAAGTGGGAGAACCCGTTGATGGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCCAATGTTGG
CGACTCTGCTCTTTCTTTTGATTCTGAGCTTGCTGCCAAGTCCTTTGCTCAGCGTCACGG
CTGGGATTATGTGGTCAAGAAGCCCAAAACGCCCTTATTGAAGCCTAAGTCTTACTCGGA
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AAAAAAGGAGAAATTTCATCTGATAAATAAAAAGAAACCTCTCATGGTTTCTTTCTTGTT
TTAGCATCTCTGAGCTTGTTCTCTGAACTATGTATTATACATGTTTGGATTTTTTTTTTT
*GTCTGTTTCCTTATTTTAACAATAATATGATATGATGGTAATGA

QA 9 713 9 713
DS 

RD RR3GV44TF 697 0 0
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TAGCCGTATCGCGGCGACACTACGACGCGTCGCTCGGCCATTATCAACAGACGCGGTGGT
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TCTTTCTCGCAAGGTGATAATATACTCACCAGCTAGAAGTGCTACACAGCAAGGATCTGG
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GGGATGGACTTCTACGGGTGACCCTTATGCCAATGTTGGCGACTCTGCTCTTTCTTTTGA
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GCCCAAAACGCCCTTATTGAAGCCTAAGTCTTACTCGGACAACTTCAAGTGGAAAGGCAA
ACCTCAACCACAGAACTGATCTTCTTCCATTTCTCGAGAAAAAAAGGAGAAACTTCATCT
GATAAATAAAAAGAAACCTCTCATGGTTTCTTTCTTGTTTTAGCATCTCTGAGCTTGTTC
TCTGAACTATGTATTATACATGTTTGGATTTTTTTTTTTTGTCTGTTTCCTTATTTTAAC
AATAATATGATATGATGGTAATGATAAACACTCTTTA

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 4

CO CL1357Contig1 867 4 7 U
GGCTCGTCTTCGAGAAACCACAAATCGCCCTCTCTTCTCTTCTCTCTCTGCAATGGCGTC
TCTTCAGCAAACCATGTTCTCTCTGCAGTCCAAATTCCCTCCCTCATCTTTCCACATCGG
AGGTTCTCTCCCTATCCGAAAGACAACCTTACCCCTCCGAATCAGAGGCGGAAACGCCGC
AGGCGCAAGAATGTCCGCCACTGCTGCAGGAAGCTACGCGATGGCTCTCGCGGACGTCGC
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CTCGGACCCGCAGGTGCTCAACTTCTTCGTGAACCCAACCGTCGAGGTCGAGAAGAAGCG
TCTCGTGATCGACGAGATCGTCAAAGCGTCCTCCCTCCAGACCCACACCTCCAACTTCCT
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GGAGCCGCCGCAGCTCGCTCAGATCGCGAAGCAGGTTCAGAAGCTGACCGGAGCCAAGAA
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TGACTCCGGGTCGAAGCTTATTGATATGAGTGTGAAGAAGCAGCTTGAGGATATCGCTGC
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TTCTTCTTCTTTTTTTACTTGTGCAAGTTTTAATTCTTTCTCTCTTTTTTCCTCCATCAA
TCGTCTACATATAATATATACTGATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GD50TF U 1
AF RR3A262TF U 44
AF RR3GD50JQ C 76
AF RR3BT49JQ C 152
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AGGCGCAAGAATGTCCGCCACTGCTGCAGGAAGCTACGCGATGGCTCTCGCGGACGTCGC
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TTGTATTGACA
CTGGCTTTTCTT

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GCTCAACTTTTTCGTGAACCCAACCGTCGAGGTCGAGAAGAAGCGTCTCGTGATCGACGA
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ATATACTGATAT

QA 1 792 1 792
DS 

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AATTCTTTCTCTCTTTTTTCCTCCATCAATCGTCTACATATAATATATACTGATAT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 5

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AACTTTGGTTGCAAAGAATGGTAACTCTGTCACCTGAGAAGCTACAAAAGAGCATTCAAC
GACATTCGCATCTCCTCTTAACCCTCGAAGGCAAGCATCTGCAAACTTGGCTGCAGCATA
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AGCTGCAATGGCCACAGTAGAGTTCACAGGGTTACTGATCAAGTTGACTATAGCATTAGG
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ATCGTCGCGTGTCATCCCTGGTTTCCTCGGCACACCAGCTGGTATGATCACAAGATCCAT
ACCCGTTAGAGCGTCCTCAAGCTGCTTAGCTCCCAAGAATCCTTTAACAACAGCTCCAGT
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TATCCTAGCAATCCTCTGGTTAGCATCTCCACGAAACTCCATTCTTTATTTTCC


BQ
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15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3D771JQ U 63
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G
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GACACCTTTCTGAATACTCCCTGCTAATTCTTGTTTTGCTTTCTCCAGACCAACCCTTCC
GTATTCGTTCAAGGGCCCAAGCTGATACACTTCCTCTGCTCCTGTACGTCCAAGACGAAC
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ATTCGCATCTCCTCTTAACCCTCGAAGGCAAGCATCTGCAAACTTGGCTGCAGCATATGC
CATTGAAAGTGTTGCAGATCCAGCTCCAGCCTTTGCCTCTACTACTTCAGTTCCACCGTT
TTGAATCCTGTTCGTGAGGTACTCTGTTTCTGAAGGTGTAAAACTACTAGGAGGTTTAAC
CTGTGACAACAGTGGCAAAATTGTGACTCCGGCGTGTCCACCAACGACTGGTACATCGAC
TTCTCTCGGATCAAGTCCAAGAACTTCAGCCACAAATGTGTTGGCACGAGCAACATCGAG
TGT

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DS 

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TTACACAAACTTATAAAAGGAAATTTACAAAGCTGTAGAAAAGGCACAAAGGACACACAG
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TTTTATATTGTCTCTCTGATTGATTTGATATTGTTCTCTCAACTATCATTTCCTGATGAA
GTCGACACCTTTCTGAATACTCCCTGCTAATTCTTGTTTTGCTTTCTCCAGACCAACCCT
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AACTTTGGTTGCAAAGAATGGTAACTCTGTCACCTGAAAAGCTACAAAAGAGCATTCAAC
GACATTCGCATCTCCTCTTAACCCTCGAAGGCAAGCATCTGCAAACTTGGCTGCAGCATA
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GTTTTGAATCCTGTTCGTGAGGTACTCTGTTTCTGAAGGTGTAAAACTACTAGGAGGTTT
TACCTGTGACAACAGTGGCAAAATTGTGACTCCGGCGTGTCCACCAACGACTGGTACATC
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AGCTGCAATGGCCACAGTAGAGTTC

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DS 

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TTATATTGTCTCTCTGATTGATTTGATATTGTTCTCTCAACTATCATTTCCTGATGAAGT
CGACACCTTTCTGAATACTCCCTGCTAATTCTTGTTTTGCTTTCTCCAGACCAACCCTTT
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CCATTGAAAGTGTTGCAGATCCAGCTCCAGCCTTTGCCTCTACTACTTCAGTTCCACCGT
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CCTGTGACAACAGTGACAAAATTGTGACTCCGGCGTGTCCACCAACGACTGGTACATCGA
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CTGCAATGGCCACAGTAGAGTTCA

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DS 

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CGCCTTCACACAGTGTCTTTACAATCCCAGCATTGATTTTAAATAGATCGTCGCGTGTCA
TCCCTGGTTTCCTCGGCACACCAGCTGGTATGATCACAAGATCCATACCCGTTAGAGCGT
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CGTCAGCAGTGACTCCAGGAGCATTGACAACATCGTAGAGATGAAGTAAAGAGACGAGAG
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TCTGGTTAGCATCTCCACGAAACTCCATTCTTT

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DS 

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CTCGGATCAAGTCCAAGAACTTCAGCCACAAATGTGTTGGCACGAGCAACATCGAGTGTA
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ATGGCCACAGTAGAGTTCACAGGGTTACTGATCAAGTTGACTATAGCATTAGGACAACAT
TTCGCCACGCCTTCACACAGTGTCTTTACAATCCCAGCATTGATTTTAAATAGATCGTCG
CGTGTCATCCCTGGTTTCCTCGGCACACCAGCTGGTATGATCACAAGATCCATACCCGTT
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TGGCTAACGTCAGCAGTGACTCCAGGAGCATTGACAACATCGTAGAGATGAAGTAAAGAG
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AGAATTGCTACTTTGAATCCTGCGTTCCCACCTTTCCCTCTGCAGTTTTCTCTTCCCATT
ACAGTGTTCTTGGCCTCCATCTGAGAAGTGAAAGAAGGTTGAAGATGAGCTGATATCCTA
GCAATCCTCTGGTTAGCATCTCCACGAAACTCCATTCTTTATTTTCC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 5

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AATTCCCAGTTTGGGTTTACATTATATATACTTCCATGAATGGAATGAACAGATTTGCTA
TTTAACTATGGCAGATTGAAAGGGATTATCTAGCTAAGTTTCACAGTTCTCTGTTTCACG
CTTGATCTGCAGTGCAGCCCTTAC*ACGTTCCCCCTTGTAAGGATCCCAATCAGTTTTCC
ATCTGAATCCACGACTGGTAATCTTCGGAACTTTGTTTCCAGAAGCAACCTGGCTGCATC
TTCTAAGTTGGTTGAACCACGGACAACCAGAGGGGAAGGCGTCATCAAGTCCCCAACCAC
TTGTCCATGTGTCTTACTTATCAGTTTCTGGAGTTCATTGAACGTTTTCCAGGTACTGTC
GACGTTAGGGAACAAGCTGGTTTCATTTTGGCAGCGGCCAGAAATGGAATCCAGTGCAAG
CAAGTCGTAATCAGAAACAACACCAACCAGGTTCCAATCGTCATCAATTACAGGCAATCC
AGTGACTTTCTTCTCAACCAGAAGTTCCAATGCATCATCTACCGAGGTTGAAGGCTTAAC
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AGGAAGGGAGTCATTGACGCCGGCAGGAGCTGAGAAGACGGCAGATGCGGCAATTCTCTG
TGAAAAATTGGAGCGACGACGGTTGGAGAGAGGAGGAAGTGACAAGGATGAAGAAGTGGG
*AAGAAGGGATTGATTAAGTGATGTAAGTAGAGGAAGTCGCGTTATGGGCAGAGAATTGG
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AAAAATAAATGTTTTTGTGGAATCTGAGAGAAACAAAGATGATAAAATCTGCAAAACGAG
AGAGAAGAGGTTCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 
30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 5 25 25 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 
15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DB02JQ U 2
AF RR3FZ41JQ U 1
AF RR3A764JQ U 18
AF RR3FZ41TF C 174
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QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3FZ41JQ 727 0 0
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TGAAAA
T

QA 1 726 1 726
DS 

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AC
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CTTACTACGTTCCCCCTTGTAAGGATCCCAATCAGTTTTCCATCTGAATCCACGACTGGT
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CGGACAACCAGAGGGGAAGGCGTCATCAAGTCCCCAACCACTTGTCCATGTGTCTTACTT
AT**GTTTCTGGAGTTCATTGAACGTTTTCCAGGTACTGTCGACGTTAGGGAACAAGCTG
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GATACCTTATCCTCTGTTCCTCACAGATTCCAACGCAAA

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DS 

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TGTTCACGC
TGATCTGCAGTGCAGCC*TTAC*ACGTTCCCC*TTGTAAGGATCCCAATCAGTTT*CCAT
CTGA*TCCACGACTGGTAATCTTCGGAACTTTGTTTCCAGAAGCAACCTGGCTGCATCTT
CTAAGTTGGTTGAACCACGGACAACCAGAGGGGAAGGCGTCATCAAGTCCCCAACCACTT
GTCCATGTGTCTTACTTATCAGTTTCTGGAGTTCATTGAACGTTTTCCAGGTACTGTCGA
CGTTAGGGAACAAGCTGGTTTCATTTTGGCAGCGGCCAGAAATGGAATCCAGTGCAAGCA
AGTCGTAATCAGAAACAACACCAACCAGGTTCCAATCGTCATCAATTACAGGCAATCCAG
TGACTTTCTTCTCAACCAGAAGTTCCAATGCATCATCTACCGAGGTCGAAGGCTTAACAA
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GAAGGGAGTCATTGACGCCGGCAGGAGCTGAGAAGACGGCAGATGCGGCAATTCTCTGTG
AAAAATTGGAGCGACGACGGTTGGAGAGAGGAGGAAGTGACAAGGATGAAGAAGTGGG*A
AGAAGGGATTGATTAAGTGATGTAAGTAGAGGAAG**GCGTTATGGGCAGAGAATTGGAT
AAAGAGATGGAACCCATGATACCTTATCCTCTGTTCCTCACAGATTCCAACGCAAAAAAA
AAATAAATGTTTTTGTGGAATCTGAGAGAAACAAAGATGATAAAATCTGCAAAACGAGAG
AGAAGAGGTTCC

QA 10 801 10 801
DS 

RD RR3DB02TF 701 0 0
GAAC
TTGTTTCCAGAAGCAACCTGGCTGCATCTTCTAAGTTGGTTGAACCACGGACAATCAGAG
GGGAAGGCGTCATCAAGTCCCCAACCACTTGTCCATGTGTCTTACTTATCAGTTTCTGGA
GTTCATTGAACGTTTTCCAGGTACTGTCGACGTTAGGGAACAAGTAGGTTTCATTTTGGC
AGCGGCCAGAAATGGAATCCAGTGCAAGCAAGTCGTAATCAGAAACAACACCAACCAGGT
TCCAATCGTCATCAATTACAGGCAATCCAGTGACTTTTTTCTCAACCAGAAGTTCCAATG
CATCATCTACCGAGGTTGAAGGCTTAACAACATGGAGATGCTGTCTCCCTGTCATGAAAT
CACCAACGGTGTAGCCCTAGTTTCTTGCCGGAAGGGAGTCATTGACGCCGGCAGGAGCTG
AGAAGACGGCAGATGCGGCAATTCTCTGTGAAAAACTGGAGCGACGACGGTTGGGGAGAG
GAGGAAGTGAGAAGGATGGAGAAGTGGG*AAGAAGGGATTGATTGAGTGATGTAAGTAGA
GGAAGTCGCGTTATGGGCAGAGAATTGGATAAAGAGATGGAACCCATGATACCTTATCCT
CTGTTCCTCACAGATTCCAACGCAAAAAAAAAC*AAATGTTTTTGTGGAATCTGAGAGAA
ACAAAGATGATAAAATCTGCAAAACGAGAGAGAAG
CC

QA 5 699 5 699
DS 



AS 1 3

CO CL1360Contig1 1030 3 12 U
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ATGGAACTGATGATGAGCAATATAGCCTTACAAGAACCTTAAGAGCACAACACTATATTC
TATCTGCGATTTCAACCCTGAGGAGGCGCATCTTCCATCAGACTGACAAGCGGCCTTACA
ATTACTAGCTAACTAGAAGTGTTAACAAATAACTGCGATTGTTTTTTTGCCAACATGACA
AGGAATCGGAATTTATGCGGCCCTTTACTTGAAACAGTGATATCCCCGCTTGGTTTTGCT
TCAAGAATGAAGGCTTCTTTTGTTGACTTAAAGTTCACTGTAGTTACGCCAGACAGCCCT
GAATTCTTCACGGAATGTGTTCAGGCGTGCCTTGAGGTTTGGAGTTCTCAGGCTTGCGTG
AAGAATGATCATGAGAAGGGCAGTGGCAAATGCATAGAGGACCCATAACAAACCGCAGGA
AGTGAACCACAAGACAAAGCTGGCGGTTAAACCAAGCAAGACAAATACCAAACGTGGTTT
GCCACAAACGTAAACCTTCTTTCTAGCTGCAGATCGCCCACGAATGACGGGCATGTGGGG
AGGTCTCATCTTTGCAGCTAAATGTGGCGAGAAATGCCTAATGGTCCGGATCATCTTCTC
ATTAAAAGTAGCGGCAAAGCTGTCGTTAAGGAAAGCTAAGCTTAGGGCAGTAAGAGGAGC
ACCAGGAATGGCCAGAGGTCTCGTGATAAGTGCAAGACCCAGAACGAGAATCAACAGTAT
GAAGTAATTCGTCCTATAGTAGTAGAGATTGCATTTGAGACGACTCGTCCACTTAGAGAA
AGAGCGAGGGAAGGCGAATCTGGAGAAGAACTCGGCGAAAGAACGAGGACGCGTCGACCA
CTCAACCTCTCTTAGCGCCTCGATCACATCCTCAGCGGCAACGCTATCCCAATCCATCTC
TCTCTCTCTCTATCTCTATCTATCTATCTTTCTCAGAAGCTATGGCACCACAAGAAGTAA
AACAATAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H187JQ U 46
AF RR3F653JQ U 1
AF RR3AJ20TF C 265
BS 1 161 RR3F653JQ
BS 162 162 RR3H187JQ
BS 163 377 RR3F653JQ
BS 378 378 RR3H187JQ
BS 379 421 RR3F653JQ
BS 422 422 RR3H187JQ
BS 423 445 RR3F653JQ
BS 446 446 RR3H187JQ
BS 447 562 RR3F653JQ
BS 563 563 RR3H187JQ
BS 564 650 RR3F653JQ
BS 651 1030 RR3AJ20TF

RD RR3H187JQ 546 0 0
GGAACAATCATTACAATGGAACTGATGATGAGCAATATAGCCTTACAAGAACCTTAAGAG
CACAACACTATATTCTATCTGCGATTTCAACCCTGAGGAGGCGCATCTTCCATCAGACTG
ACAAGCGGCCTTACAATTACTAGCTAACTAGAAGTGTTAACAAATAACTGCGATTGTTTT
TTTGCCAACATGACAAGGAATCGGAATTTATGCGGCCCTTTACTTGAAACAGTGATATCC
CCGCTTGGTTTTGCTTCAAGAATGAAGGCTTCTTTTGTTGACTTAAAGTTCACTGTAGTT
ACGCCAGACAGCCCTGAATTCTTCACGGAATGTGTTCAGGCGTGCCTTGAGGTTTGGAGT
TCTCAGGCTTGCGTGAAGAATGATCATGAGAAGGGCAGTGGCAAATGCATAGAGGACCCA
TAACAAACCGCAGGAAGTGAACCACAAGACAAAGCTGGCGGTTAAACCAAGCAAGACAAA
TACCAAACGTGGTTTGCCACAAACGTAAACCTTCTTTCTAGCTGCAGATCGCCCACGAAT
GACGGG

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3F653JQ 650 0 0
GATATTGTAAAACTGAATTACTAACACACTACAAAACACGAGTATGGAACAATCATTACA
ATGGAACTGATGATGAGCAATATAGCCTTACAAGAACCTTAAGAGCACAACACTATATTC
TATCTGCGATTTCAACCCTGAGGAGGCGCATCTTCCATCAGGCTGACAAGCGGCCTTACA
ATTACTAGCTAACTAGAAGTGTTAACAAATAACTGCGATTGTTTTTTTGCCAACATGACA
AGGAATCGGAATTTATGCGGCCCTTTACTTGAAACAGTGATATCCCCGCTTGGTTTTGCT
TCAAGAATGAAGGCTTCTTTTGTTGACTTAAAGTTCACTGTAGTTACGCCAGACAGCCCT
GAATTCTTCACGGAATG*GTTCAGGCGTGCCTTGAGGTTTGGAGTTCTCAGGCTTGCGTG
ATGAATGATCATGAGAAGGGCAGTGACAAATGCATAGAGGACCCATAACAAACCGCAGGA
AGTGAACCACAAGACAAAGCTGGCGGTTAAACCAAGCAAGACAAATACCAAACGTGGTTT
GCCACAAACGTAAACCTTCTTTTTAGCTGCAGATCGCCCACGAATGACGGGCATGTGGGG
AGGTCTCATCTTTGCAGCTAAATGTGGCGAGAAATGCCTAATGGTCCGGA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3AJ20TF 766 0 0
TTACTTGAAACAGTGATATCCCCGCTTGGTTTTGCTTCAAGAATGAAGGCTTCTTTTGTT
GACTTAAAGTTCACTGTAGTTACGCCAGACAGCCCTGAATTCTTCACGGAATGTGTTCAG
GCGTGCCTTGAAGTTTGGAGTTCTCAGGCTTGCGTGAAGAATGATCATGAGAAGGGCAGT
GGCAAATGCATAGAGGACCCATAACAAACCGCAGGAAGTGAACCACAAGACAAAGC****
GGTTAAACCAAGCAAGACAAATACCAAACGTGGTTTGCCACAAACGTAAACCTTCTTTCT
AGCTGCAGATCGCCCACGAATGACGGGCATGTGGGGAGGTCTCATCTTTGCAGCTAAATG
TGGCGAGAAATGCCTAATGGTCCGGATCATCTTCTCATTAAAAGTAGCGGCAAAGCTGTC
GTTAAGGAAAGCTAAGCTTAGGGCAGTAAGAGGAGCACCAGGAATGGCCAGAGGTCTCGT
GATAAGTGCAAGACCCAGAACGAGAATCAACAGTATGAAGTAATTCGTCCTATAGTAGTA
GAGATTGCATTTGAGACGACTCGTCCACTTAGAGAAAGAGCGAGGGAAGGCGAATCTGGA
GAAGAACTCGGCGAAAGAACGAGGACGCGTCGACCACTCAACCTCTCTTAGCGCCTCGAT
CACATCCTCAGCGGCAACGCTATCCCAATCCATCTCTCTCTCTCTCTATCTCTATCTATC
TATCTTTCTCAGAAGCTATGGCACCACAAGAAGTAAAACAATAATC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 2 6

CO CL1361Contig1 711 4 5 U
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CTCCTCTTTCGGTGAATATCAACAAAAACGTGCGGATTAGTAGCTCAAGGTTGGTCGGAG
GAGGAATCAAAAGTCGAGATAGAGTCTCCTCGTTAAGTGCGGTGGGGGTGGGATTGGGAT
TAGGATTGGATAGTCGTCGAAAGCGATCTCTTTTGATATGCAACTCCGCCGCTAACGCGA
AGTGCAGTGAAAGTCAAGGTCAAACACAAACCGTTATTCGGGAGTCTCCGACAATAACAC
AAGCTCCTGTCCACTCTAAGGAGAAATCACCAAGCCTGGATGATGGAGGAGACGGGTTCC
CACCGCGAGATGACGGAGATGGAGGTGGAGGAGGAGGGGG*TGGAGGCAACTGGTCTGGT
GGCTTCTTCTTCTTTGGTTTTCTCGCTTTCTTGGGTTTATTGAAGGACAAAGAGGGTGAG
GAGGATTACCGAGGGAGCAGAAGACGATGATGATGTGTATACTTCATTGGATTAGTGTTT
CT*TTTTTTGAGAATCATATTTGCTTATCTTAGAGCTGAAAC*ATACATTGTCTCGTTTT
GTATCTGTTTCGTTGAGCGAATCACTCCATATGATATGTACTGTATGTTTCTTGTACCCA
AGAGATGGTCGATTTCTAAGCTTTTTTTACTTATACGATACATCTTTGCAG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX85TF U 1
AF RR3BX85JQ C 1
AF RR3DI46JQ C 38
AF RR3DI46TF U 1
BS 1 373 RR3BX85TF
BS 374 374 RR3DI46TF
BS 375 455 RR3BX85TF
BS 456 681 RR3DI46TF
BS 682 711 RR3BX85JQ

RD RR3BX85TF 455 0 0
GGGATCCACCGTCGTCAAGCTGCTGAACCATGGCGATGGCGGCGTCTATCCTCCAAGCTT
CTCCTCTTTCGGTGAATATCAACAAAAACGTGCGGATTAGTAGCTCAAGGTTGGTCGGAG
GAGGAATCAAAAGTCGAGATAGAGTCTCCTCGTTAAGTGCGGTGGGGGTGGGATTGGGAT
TAGGATTGGATAGTCGTCGAAAGCGATCTCTTTTGATATGCAACTCCGCCGCTAACGCGA
AGTGCAGTGAAAGTCAAGGTCAAACACAAACCGTTATTCGGGAGTCTCCGACAATAACAC
AAGCTCCTGTCCACTCTAAGGAGAAATCACCAAGCCTGGATGATGGAGGAGACGGGTTCC
CACCGCGAGATGATGGAGATGGAGGTGGAGGAGGAGGGGG*TGGAGGCAACTGGTCTGGT
GGCTTCTTCTTCTTTGGTTTTCTCGCTTTCTTGGG

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR3BX85JQ 711 0 0
GGGATCCACCGTCGTCAAGCTGCTGAACCATGGCGATGGCGGCGTCTATCCTCCAAGCTT
CTCCTCTTTCGGTGAATATCAACAAAAACGTGCGGATTAGTAGCTCAAGGTTGGTCGGAG
GAGGAATCAAAAGTCGAGATAGAGTCTCCTCGTTAAGTGCGGTGGGGGTGGGATTGGGAT
TAGGATTGGATAGTCGTCGAAAGCGATCTCTTTTGATATGCAACTCCGCCGCTAACGCGA
AGTGCAGTGAAAGTCAAGGTCAAACACAAACCGTTATTCGGGAGTTTCCGACAATAACAC
AAGCTCCTGTCCACTCTAAGGAGAAATCACCAAGCCTGGATGATGGAGGAGACGGGTTCC
CACCGCGAGATGATGGAGATGGAGGTGGAGGAGGAGGGGG*TGGAGGCAACTGGTCTGGT
GGCTTCTTCTTCTTTGGTTTTCTCGCTTTCTTGGGTTTATTAAAGGACAAGGAGGGTGAG
GAGGATTATCGAGGGAGCAGAAGACGATGATGATGTGTATACTTCATTGGATTAGTGTGT
TTCTTTTTTGAGAATCATATTTGCTTATCTTAGACCTGAAACCATACATTGTCTCGTTTT
GTATCTGTTTCGTTGAGCGGATCACTCCATATGATATGTACTGTATGTTTCTTGTACCCA
AGAGATGGTCGATTTGTAAGCTTTTTTTACTTATACGATACATCTTTGCAG

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3DI46JQ 660 0 0
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TAGTAGCTCAGGGTTGGTCGGAGAAGGAATCAAAAGTCGAGATAGAGTCTCCTCGTTAAG
TGCGGTGGGGGTGGGATTGGGATTAGGATTGGATAGTCGTCGAAAGCGATCTCTTTTGAT
ATGCAACTCCGCCGCTAACGCGAAGTGCAGTGAAAGTCAAGGTCAAACACAAACCGTTAT
TCGGGAGTTTCCGACAATAACACAAGCTCCTGTCCACTCTAAGGAGAAATCACCAAGCCT
GGATGATGGAGGAGACGGGTTCCCACCGCGAGATGACGGAGATGGAGGTGGAGGAGGAGG
GGG*TGGAGGCAACTGGTCTGGTGGCTTCTTCTTCTTTGGTTTTCTCGCTTTCTTGGGTT
TATTGAAGGACAAAGAGGGTGAGGAGGATTACCGAGGGAGCAGAAGACGATGATGATGTG
TATACTTCATTGGATTAGTGTTTCT*TTTTTTGAGAATCATATTTGCTTATCTTAGAGCT
GAAAC*ATACATTGTCTCGTTTTGTATCTGTTTCGTTGAGCGAATCACTCCATATGATAT
GTACTGTATGTTTCTTGTACCCAAGAGATGGTCGATTTTTAAGCTTTTTTT
TACTTATAC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3DI46TF 681 0 0
GGGATCCACCGTCGTCAAGCTGCTGAACCATGGCGATGGCGGCGTCTATCCTCCAAGCTT
CTCCTCTTTCGGTGAATATCAACAAAAACGTGCGGATTAGTAGCTCAGGGTTGGTCGGAG
GAGGAATCAAAAGTCGAGATAGAGTCTCCTCGTTAAGTGCGGTGGGGGTGGGATTGGGAT
TAGGATTGGATAGTCGTCGAAAGCGATCTCTTTTGATATGCAACTCCGCCGCTAACGCGA
AGTGCAGTGAAAGTCAAGGTCAAACACAAACCGTTATTCGGGAGTCTCCGACAATAACAC
AAGCTCCTGTCCACTCTAAGGAGAAATCACCAAGCCTGGATGATGGAGGAGACGGGTTCC
CACCGCGAGATGACGGAGATGGAGGTGGAGGAGGAGGGGGGTGGAGGCAACTGGTCTGGT
GGCTTCTTCTTCTTTGGTTTTCTCGCTTTCTTGGGTTTATTGAAGGACAAAGAGGGTGAG
GAGGATTACCGAGGGAGCAGAAGACGATGATGATGTGTATACTTCATTGGATTAGTGTTT
CT*TTTTTTGAGAATCATATTTGCTTATCTTAGAGCTGAAAC*ATACATTGTCTCGTTTT
GTATCTGTTTCGTTGAGCGAATCACTCCATATGATATGTACTGTATGTTTCTTGTACCCA
AGAGATGGTCGATTTCTAAGC

QA 1 681 1 681
DS 



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GGATGGCGATGGCGGCGTCTATCCTCCAAGCTCCTCCTCTTTCGGTGAATATCAACAAAA
ACGTGCGGATTCGTAGCTCAGGGTTGGTGGGAGGAGGAATCAAAAGGCCAGATAGAGTCT
CCTCGTTAAGTGCGGTGGGGATGGGATTGGGATTAGGATTGGATAGTCGAAAGCGATCTC
TTTTGATATGCAACTCCGCCGCTAACGCCAAGTGCAGTGAAAGTCAAGGTCAAACACAAA
CCATTATTCGGGAGTCTCCGACAATAACACAAGCTCCTGTCCACTCCAAGGGGAAATCAC
CAAGCCTGGATGATGGAGGAGATGGGTTCCCACCGCGAGATGATGGAGATGGAGGTGGAG
GAGGAGGGGGTGGAGGCAACTGGTCTGGTGGCTTCTTCTTCTTTGGTTTTCTCGCTTTCT
TGGGTTTATTGAAGGACAAAGAGGGTGAGGAGGATTATCGAGGGAGCAGAAGACGATGAT
CATGTGTATACTTCATTGGATTAGTGTGTTTCTTTTTTGAGAATCATATTTGCTTATCTT
AGACCTGAAACCATACATTGTCTCGTTTTGTATCTGTTTCGTTGAGCGGATCACTCCATA
TGATATGTACTGTATGTTTCTTGTACCAAAGAGATGGTCGATTTTTAAGCTTTTTTTACT
TATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3DH56TF U 1
AF RR3DH56JQ C 25
BS 1 657 RR3DH56TF
BS 658 665 RR3DH56JQ

RD RR3DH56TF 665 0 0
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ACGTGCGGATTCGTAGCTCAGGGTTGGTGGGAGGAGGAATCAAAAGGCCAGATAGAGTCT
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TTTTGATATGCAACTCCGCCGCTAACGCCAAGTGCAGTGAAAGTCAAGGTCAAACACAAA
CCATTATTCGGGAGTCTCCGACAATAACACAAGCTCCTGTCCACTCCAAGGGGAAATCAC
CAAGCCTGGATGATGGAGGAGATGGGTTCCCACCGCGAGATGATGGAGATGGAGGTGGAG
GAGGAGGGGGTGGAGGCAACTGGTCTGGTGGCTTCTTCTTCTTTGGTTTTCTCGCTTTCT
TGGGTTTATTGAAGGACAAAGAGGGTGAGGAGGATTATCGAGGGAGCAGAAGACGATGAT
CATGTGTATACTTCATTGGATTAGTGTGTTTCTTTTTTGAGAATCATATTTGCTTATCTT
AGACCTGAAACCATACATTGTCTCGTTTTGTATCTGTTTCGTTGAGCGGATCACTCCATA
TGATATGTACTGTATGTTTCTTGTACCAAAGAGATGGTCGATTTTTAAGCTTTTTTT
ACTTATAC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3DH56JQ 641 0 0
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TGGTGGGAGGAGGAATCAAAAGGCCAGATAGAGTCTCCTCGTTAAGTGCGGTGGGGATGG
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TAACACAAGCTCCTGTCCACTCCAAGGGGAAATCACCAAGCCTGGATGATGGAGGAGATG
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TGTGTTTCTTTTTTGAGAATCATATTTGCTTATCTTAGACCTGAAACCATACATTGTCTC
GTTTTGTATCTGTTTCGTTGAGCGGATCACTCCATATGATATGTACTGTATGTTTCTTGT
ACCAAAGAGATGGTCGATTTTTAAGCTTTTTTTACTTATAC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 3

CO CL1362Contig1 825 3 19 U
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AATAGATCACAAACCACATTCTGTGCTTTGCTGCCGGAATGTTTAATCACTACTGGGCAA
CGATGAAACACCAGCGGCTTGGACGTTGTACATGTTTATCTATTTATCAACTGCACCTAT
TTACAAAAAGACTGTGGCCCGCAAGGTCAGGTGAATCGCGGCTGATCAGACTGGCCCATA
GATTATTAGCAAGAGACACCAAGTAATGCTCTCCGTTCCACTCCACCGTCTCGATTCCTG
GTACTATCTCAGTATTTAGGCCAGAGATGCAGCAGGTAGGTGCTGTAGCTGAGGTGATGC
AGGCATGAAAAATGAAAGCATCAACTTCATCTATGCATTTCCTTGATTCTAGAAGTTGAT
GACCAGCAGAATAGTCATTGTCGTTGGTACTGTTCTGCAGAGCTTCTTCTAGACCAGAGC
TTAACCACCAATCCACACACTCGTCCAAAACAGCAGCCAACACAGTAGATGATGACGGAT
GATATAATAGAATCAATGGTTTATATAGTCTCGTCGAAACTTTCAGGATTTTCACTACTC
TGTAAATTTCTCCCACTGACAGAACCAAGCTCTTCCCTTGAGGTTTAG*CTAGGATTTAT
TCTTGAACATCATTTCGAATCACCTGTTTCCAAATAGATGCAGCATGCCGTAAGTTATTG
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BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HA18JQ U 1
AF RR3EZ08JQ U 4
AF RR3FT88JQ U 90
BS 1 288 RR3HA18JQ
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BS 290 292 RR3HA18JQ
BS 293 293 RR3EZ08JQ
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BS 326 326 RR3EZ08JQ
BS 327 428 RR3HA18JQ
BS 429 429 RR3EZ08JQ
BS 430 443 RR3HA18JQ
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BS 729 786 RR3EZ08JQ
BS 787 825 RR3FT88JQ

RD RR3HA18JQ 726 0 0
TTTAAATAGAAAATAGTAGTCTTTAAATTTGGTCAGTCACATTATAACATAAATTATTTG
AATAGATCACAAACCACATTCTGTGCTTTGCTGCCGGAATGTTTAATCACTACTGGGCAA
CGATGAAACACCAGCGGCTTGGACGTTGTACATGTTTATCTATTTATCAACTGCACCTAT
TTACAAAAAGACTGTGGCCCGCAAGGTCAGGTGAATCGCGGCTGATCAGACTGGCCCATA
GATTATTAGCAAGAGACACCAAGTAATGCTCTCCGTTCCACTCCACCGCCTCAATTCCTG
GTACTATCTCAGTATTTAGGCCAGAAATGCAGCAGGTAGGTGCTGTAGCTGAGGTGATGC
AGGCATGAAAAATGAAAGCATCAACTTCATCTATGCATTTCCTTGATTCTAGAAGTTGAT
GACCAGCAAAATAGTCATTGTCGCTGGTACTGTTCTGCAGAGCTTTCTCTAGACCAGAGC
TTAACCACCAATCCACACACTCGTCCAAAACAGCAGCCAACACAGTAGATGATGACGGAT
GATATAATAGAATCAATGGTTTATATAGTCTCGTCGAAACTTTCAGGATTTTCACTACTC
TGTAAATTTCTCCCACTGACAAAACCAAGCTCTTCCCTTGAGGTTTAG*CTAGGATTTAT
TCTTGAACATCATTTCGAATCACCTGTTTCCAAATAGATGCAGCATGCCGTAAGTTATTG
AGCGCA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3EZ08JQ 783 0 0
AAATAGAAAATAGTAGTCTTTAAATTTGGTCAGTCACATTATAACATAAATTATTTGAAT
AGATCACAAATCACATTCTGTGCTTTGCTGCCGGAATGTTTAATCACTACTGGGCAACGA
TGAAACACCAGCGGCTTGGACGTTGTACATGTTTATCTATTTATCAACTGCACCTATTTA
CAAAAAGACTGTGGCCCGCAAGGTCAGGTGAATCGCGGCTGATCAGACTGGCCCATAGAT
TATTAGCAAGAGATACCAAGTAATGCTCTCCGTTCCACTCCACCGTCTCGATTCCTGGTA
CTATCTCAGTATTTAGGCCAGAGATGCAGCAGGTAGGTGCTGTAGCTGAGGTGATGCAGG
CATGAAAAATGAAAGCATCAACTTCATCTATGCATTTCCTTGATTCTAGAAGTTGATGAC
CAGCAGAATAGTCATTGTCGTTGGTACTGTTCTGCAGAGCTTCTTCTAGACCAGAGCTTA
ACCACCAATCCACACACTCGTCCAAAACAGCAGCCAACACAGTAGATGATGACGGATGAT
ATAATAGAATCAATGGTTTATATAGTCTCGTCGAAACTTTCAGGATTTTCACTACTCTGT
AAATTTCTCCCAATGACAGAACCAAGCTCTTCCCTTGAGGTTTAGGCTAGGATTTATTCT
TGAACATCATTTCGAATCACCTGTTTCCAAATAGATGCAGCATGCCGTAAGTTTTTGAGC
GCAG*TCCTAGCAATGACTAACCAAGTTGTAGTGTATTTCGTTTGTTGCTCATATGAACC
CAA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3FT88JQ 736 0 0
GCTGCCGGAATGTTTAATCACTACTGGGCAACGATGAAACACCAGCGGCTTGGACGTTGT
ACATGTTTATCTATTTATCAACTGCACCTATTTACAAAAAGATTGTGGCCCGCAAGGTCA
GGTGAATCGCGGCTGATCAGACCAGCCCATAGATTATTAGCAAGAGACGCCAAGTAATGC
TCTCCGTTCCACTCCACCGTCTCGATTCCTGGTACTATCTCAGTATTTAGGCCAGAGATG
CAGCAGGTAGGTGCTGTAGCTGAGGTGATGCAGGCATGAAAAATGAAAGCATCAACTTCA
TCTATGCATTTCCTTGATTCTAGAAGTTGATGACCAGCAGAATAGTCATTGTCGTTGGTA
CTGTTCTGCAGAGCTTCTTCTAGACCAGAGCTTAACCACCAATCCACACACTCGTCCAAA
ACAGCAGCCAACACAGTAGATGATGACGGATGATATAATAGAATCAATGGTTTATATAGT
CTCGTCGAAACTTTCAGGATTTTCACTACTCTGTAAATTTCTCCCACTGACAGAACCAAG
CTCTTCCCTTGAGGTTTAG*CTAGGATTTATTCTTGAACATCATTTCGAATCACCTGTTT
CCAAATAGATGCAGCATGCCGTAAGTTATTGAGCGCAGGTCCTAGCAATGACTAACCAAG
TTGTAGTGTATTTCGTTTGTTGCTCATATGAACCCAAGTTAAGGACCTTCAGGGTCAACG
TGGCGTGTTTGAGAAG

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 5

CO CL1363Contig1 695 5 6 U
GGAAAACAAACGAACCCTAAATCAACGATGATGATAAGGCAAGCTGCGAAAAAGGCTCTA
GGGCTTACGTCACGCCAATCAACCCCGTTGTCCGTCGGTATCTTCCGTTCGTACCATGAG
AACGTCATCGAACACTACGACAATCCCCGAAACGTCGGATCTTTCGATAAGAACGATCCC
ACCGTCGGCACGGGTCTCGTCGGGGCTCCCGCCTGCGGTGATGTAATGAAGCTGCAAATC
AAGGTGGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGC
TCCGCTATCGCCTCTTCGTCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGGAG
GTCCTGACCATCAAGAACACTGAAATCGCGAAGCATCTCTCTCTGCCACCGGTGAAGCTG
CACTGCAGTATGTTGGCGGAGGATGCCATCAAGGCAGCTGTGAAAGATTACAAGGAGAAG
CGTGTGAAGACAAACGGTGCTTGAGAAACCCACACAAGCTTGAATTCCTTCTGTTAATGT
TTATACCATTATGTGTGTGTGATGGTGAAAACTGGGGAGGTGTAAAAGAGGACCTATATG
GTATGTTCTCTTAAGGTTCGAGTTTGAATAAACTCTGTTTGACAAAAAACATGTGAGAAG
AATGATTTGCTTTTTTTTGCCTTCAGTTTTGATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DZ46TF U 6
AF RR3E890TF U 1
AF RR3F039TF U 17
AF RR3E890JQ C 22
AF RR3DZ46JQ C 202
BS 1 614 RR3E890TF
BS 615 615 RR3E890JQ
BS 616 648 RR3E890TF
BS 649 649 RR3E890JQ
BS 650 678 RR3E890TF
BS 679 695 RR3F039TF

RD RR3DZ46TF 606 0 0
GG
AAACGAACCCTAAATCAACGATGATGATAAGGCAAGCTGCGAAAAAGGCTCTAGGGCTTA
CGTCACGCCAATCAACCCCGTTGTCCGTCGGTATCTTCCGTTCGTACCATGAGAACGTCA
TCGAACACTACGACAATCCCCGAAACGTCGGATCTTTCGATAAGAACGATCCCACCGTCG
GCACGGGTCTCGTCGGGGCTCCCGCCTGCGGTGATGTAATGAAGCTGCAAATCAAGGTGG
ATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCTA
TCGCCTCTTCGTCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGGAGGTCCTGA
CCATCAAGAACACTGAAATCGCGAAGCATCTCTCTCTGCCACCGGTGAAGCTGCACTGCA
GTATGTTGGCGGAGGATGCCATCAAGGCAGCTGTGAAAGATTACAAGGAGAAGCGTGTGA
AGACAAACGGTGCTTGAGAAACCCACACAAGCTTGAATTCCTTCTGTTAATGTTTATACC
ATTATGTGTGTGTGATGGTGAAAACTGGGGAGGTGTAAAAGAG*ACCTATATGGTATGTT
CTCT

QA 3 606 3 606
DS 

RD RR3E890TF 685 0 0
GGAAAACAAACGAACCCTAAATCAACGATGATGATAAGGCAAGCTGCGAAAAAGGCTCTA
GGGCTTACGTCACGCCAATCAACCCCGTTGTCCGTCGGTATCTTCCGTTCGTACCATGAG
AACGTCATCGAACACTACGACAATCCCCGAAACGTCGGATCTTTCGATAAGAACGATCCC
ACCGTCGGCACGGGTCTCGTCGGGGCTCCCGCCTGCGGTGATGTAATGAAGCTGCAAATC
AAGGTGGATGAGAAGACCGGTCAGATCGTCGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGC
TCCGCTATCGCCTCTTCGTCTGTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGGAG
GTCCTGACCATCAAGAACACTGAAATCGCGAAGCATCTCTCTCTGCCACCGGTGAAGCTG
CACTGCAGTATGTTGGCGGAGGATGCCATCAAGGCAGCTGTGAAAGATTACAAGGAGAAG
CGTGTGAAGACAAACGGTGCTTGAGAAACCCACACAAGCTTGAATTCCTTCTGTTAATGT
TTATACCATTATGTGTGTGTGATGGTGAAAACTGGGGAGGTGTAAAAGAGGACCTATATG
GTATGTTCTCTTAA*GTTCGAGTTTGAATAAACTCTGTTTGACAAAAA*CATGTGAGAAG
AATGATTTGCTTTTTTTT
GCCCTTC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3F039TF 679 0 0
GGAAA
TCAACGATGATGATAAGGCAAGCTGCGAAAAAGGCTCTAGGGCTTACGTCACGCCAATCA
ACCCCGTTGTCCGTCGGTATCTTCCGTTCGTACCATGAGAACGTCATCGAACACTACGAC
AATCCCCGAAACGTCGGATCTTTCGATAAGAACGATCCCACCGTCGGCACGGGTCTCGTC
GGGGCTCCCGCCTGCGGTGATGTAATGAAGCCGCAAATCAAGGTGGATGAGAAGACTGGT
CAGATCGTCGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCTATCGCCTCTTCGTCT
GTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGGAGGTCCTGACCATCAAGAACACT
GAAATCGCGAAGCATCTCTCTCTGCCACCGGTGAAGCTGCACTGCAGTATGTTGGCGGAG
GATGCCATCAAGGCAGCTGTGAAAGATTACAAGGAGAAGCGTGTGAAGACAAACGGTGCT
TGAGAAACCCACACAAGCTTGAATTCCTTCTGTTAATGTTTATACCATTATGTGTGTGTG
ATGGTGAAAACTGGGGAGGTGTAAAAGAGGACCTATATGGTATGTTCTCTTAAAGTTCGA
GTTTGAATAAACTCTGTCTGACAAAAA*CATGTGAGAAGAATGATTTGCTTTTTTTTGCC
TTCAGTTTTGATGT

QA 6 679 6 679
DS 

RD RR3E890JQ 665 0 0
TCAACGATGATGATAAGGCAAGCTGCGAAAAAGGCTCTAGGGCTTACGTCACGCCAATCA
ACCCCGTTGTCCGTCGGTATCTTCCGTTCGTACCATGAGAACGTCATCGAACACTACGAC
AATCCCCGAAACGTCGGATCTTTCGATAAGAACGATCCCACCGTCGGCACGGGTCTCGTC
GGGGCTCCCGCCTGCGGTGATGTAATGAAGCTGCAAATCAAGGTGGATGAGAAGACCGGT
CAGATCGTCGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCTATCGCCTCTTCGTCT
GTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGGAGGTCCTGACCATCAAGAACACT
GAAATCGCGAAGCATCTCTTTCTGCCACCGGTGAAGCTGCACTGCAGTATGTTGGCGGAG
GATGCCATCAAGGCAGCTGTGAAAGATTACAAGGAGAAGCGTGTGAAGACAAACGGTGCT
TGAGAAACCCACACAAGCTTGAATTCCTTCTGTTAATGTTTATACCATTATGTGTGTGTG
ATGGTGAAAACTGGGGAGGTGTAAAAGAGGACCTATATGGTATGTTCTCTTAAGGTTCGA
GTTTGAATAAACTCTGTTTGACAAAAAACATGTGAGAAGAATGATTTGCTTTTTTTT
TGCCCTTC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3DZ46JQ 482 0 0
GGGGCTCCCGCCTGCGGTGATGTAATGAAGCTGCAAATCAAGGTGGATGAGAAGACCGGT
CAGATCGTCGATGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGTTCCGCTATCGCCTTTTCGTCT
GTCGCCACTGAATGGGTGAAAGGCAAAGCTATGGAGGAGGTCCTGACCATCAAGAACACT
GAAATCGGGAAGCATCTCTTTCTGCCACCGGTGAAGCTGCACTGCAGTATGTTGGCGGAG
GATGCCATCAAGGCAGCTGTGAAAGATTACAAGGAGAAGCGTGTGAAGACAAACGGTGCT
TGAGAAACCCACACAAGCTTGAATTCCTTCTGTTAATGTTTATACCATTATGTGTGTGTG
ATGGTGAAAACTGGGGAGGTGTAAAAGAGGACCTATATGGTATGTTTTCTTAAGGTTCGA
GTTTGAATAAACTCTGTTTGACAAAAAACATGTGAGAAGAATGATTTGCTTTTTTTT
TGCCC

QA 1 477 1 477
DS 



AS 2 5

CO CL1364Contig1 633 3 2 U
GGACAGAAACCTAACCCTAAGAGAGGCGAGTTCCGTCTATTGTTGGCTATCTCCAAGCGA
AAATGGCGTCGTTTGATGAAGCACCACCAGGGAACCCCAAGGCCGGTGAGAAGATCTTCA
GGACCAAGTGCGCTCAGTGTCACACCGTCGACAAAGGCGCCGGTCACAAACAAGGACCAA
ACCTAAACGGTCTGTTTGGAAGGCAGTCTGGGACAACAGCTGGTTACTCTTACTCTGCTG
CTAACAAGAACAAAGCTGTTGAATGGGAAGAGAAGACCTTGTACGATTACTTGCTCAACC
CCAAGAAGTACATTCCTGGAACTAAGATGGTCTTCCCTGGGCTTAAGAAGCCACAAGAAC
GCGCTGATCTCATCGCCTACTTGAAGGAAGCTACTGCTTAGTGAGATCAACCAACCAATG
GTGGTGTGGGACATCATGAATTATTATTCTTTTGACAAATAAAATCTCCAAACTCCTTTT
TTGTTTTGCTTTTGGAAATTTGCTCATCTTTATTTATATACGTTTTGGTTGGAACTTGGC
TGTTTGAGTACCAAATGTACTCCGAATACTTTCATTTTCTAAGGTTCACTTATATAAGTA
GGTGCATCTATCTAGAATAAACACGTTTCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX03TF U 1
AF RR3BX03JQ C 230
AF RR3C502TF U 63
BS 1 599 RR3BX03TF
BS 600 633 RR3C502TF

RD RR3BX03TF 615 0 0
GGACAGAAACCTAACCCTAAGAGAGGCGAGTTCCGTCTATTGTTGGCTATCTCCAAGCGA
AAATGGCGTCGTTTGATGAAGCACCACCAGGGAACCCCAAGGCCGGTGAGAAGATCTTCA
GGACCAAGTGCGCTCAGTGTCACACCGTCGACAAAGGCGCCGGTCACAAACAAGGACCAA
ACCTAAACGGTCTGTTTGGAAGGCAGTCTGGGACAACAGCTGGTTACTCTTACTCTGCTG
CTAACAAGAACAAAGCTGTTGAATGGGAAGAGAAGACCTTGTACGATTACTTGCTCAACC
CCAAGAAGTACATTCCTGGAACTAAGATGGTCTTCCCTGGGCTTAAGAAGCCACAAGAAC
GCGCTGATCTCATCGCCTACTTGAAGGAAGCTACTGCTTAGTGAGATCAACCAACCAATG
GTGGTGTGGGACATCATGAATTATTATTCTTTTGACAAATAAAATCTCCAAACTCCTTTT
TTGTTTTGCTTTTGGAAATTTGCTCATCTTTATTTATATACGTTTTGGTTGGAACTTGGC
TGTTTGAGTACCAAATGTACTCCGAATACTTTCATTTTCTAAGGTTCACTTATATAAGT
AAGTGCATCTATCTAG

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR3BX03JQ 386 0 0
TTACTTTGCTGCTAACAAGAACAAAGCTGTTGAATGGGAAGAGAAGACCTTGTACGATTA
CTTGCTCAACCCCAAGAAGTACATTCCTGGAACTAAGATGGTTTTCCCTGGGCTTAAGAA
GCCACAAGAACGCGCTGATTTCATCGCCTACTTGAAGGAAGCTACTGCTTAGTGAGATCA
ACCAACCAATGGTGGTGTGGGACATCATGAATTATTATTTTTTTGACAAATAAAATTTCC
AAACTCCTTTTTTGTTTTGCTTTTGGAAATTTGCTCATCTTTATTTATATACGTTTTGGT
TGGAACTTGGCTGTTTGAGTACCAAATGTACTCCGAATACTTTCATTTTTTAAGGTTCAC
TTATATAAGT
AAGTGCATCTATTTAG

QA 1 370 1 370
DS 

RD RR3C502TF 571 0 0
ATGGCGTCGTTTGATGAGGCACCACCAGGGAACCCCAAGGCCGGTGAGAAGATCTTCAGG
ACCAAGTGCGCTCAGTGTCACACCGTCGACAAAGGCGCCGGTCACAAACAAGGACCAAAC
CTAAACGGTCTGTTTGGAAGGCAGTCTGGGACAACAGCTGGTTACTCTTACTCTGCTGCT
AACAAGAACAAAGCTGTTGAATGGGAAGAGAAGACCTTGTACGATTACTTGCTCAACCCC
AAGAAGTACATTCCTGGAACTAAGATGGTCTTCCCTGGGCTTAAGAAGCCACAAGAACGC
GCTGATCTCATCGCCTACTTGAAGGAAGCTACTGCTTAGTGAAATCAACCAACCAATGGT
GGTGTGGGACATCATGAATTATTATTCTTTTGACAAATAAAATCTCCAAACTCCTTTTTT
GTTTTGCTTTTGGAAATTTGCTCATCTTTATTTATATACGTTTTGGTTGGAACTTGGCTG
TTTGAGTACCAAATGTACTCCGAATACTTTCATTTTCTAAGGTTCACTTATATAAGTAGG
TGCATCTATCTAGAATAAACACGTTTCTTTT

QA 1 571 1 571
DS 



CO CL1364Contig2 595 2 2 U
GGATCTCCCGCGAGAATGGCGTCGTTTGATGAAGCACCACCAGGGAACCCCAAGGCCGGT
GAGAAGATCTTTAGGACCAAGTGCGCTCAGTGTCACACCGTCGACAAAGGCGCCGGTCAC
AAACAAGGACCGAACCTAAACGGTCTGTTTGGAAGGCAGTCTGGGACAACAGCTGGTTAC
TCTTACTCTGCTGCTAACAAGAACAAAGCTGTTGAATGGGAAGAGAAGACCTTGTACGAT
TACTTGCTCAACCCAAAGAAGTACATTCCTGGAACTAAGATGGTCTTCCCTGGGCTTAAG
AAGCCACAAGAACGCGCTGATCTCATCGCCTACTTGAAGGAAGCTACTGCTTAGTGAAAT
CAACCAACAAACCAACCAATGGTGGGTGTGGGACATCATGCATGAATTATTATTCTTTTG
ACAAATAAAATCTCCAAACTTACTTTTTGTTTTGCTTTTGGAAATTTTCTCATCTTTATT
TATATACGTTCTGGCTGGAACTTGGGTGTTTGAGTACCAAATGTACTCCGAATACTTACA
TTTTCTAAGGTTCACTTATATAAGTGCAACTATCTAGAATAAACACATTTCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3E180TF U 1
AF RR3BN72TF U 70
BS 1 590 RR3E180TF
BS 591 595 RR3BN72TF

RD RR3E180TF 594 0 0
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GAGAAGATCTTTAGGACCAAGTGCGCTCAGTGTCACACCGTCGACAAAGGCGCCGGTCAC
AAACAAGGACCGAACCTAAACGGTCTGTTTGGAAGGCAGTCTGGGACAACAGCTGGTTAC
TCTTACTCTGCTGCTAACAAGAACAAAGCTGTTGAATGGGAAGAGAAGACCTTGTACGAT
TACTTGCTCAACCCAAAGAAGTACATTCCTGGAACTAAGATGGTCTTCCCTGGGCTTAAG
AAGCCACAAGAACGCGCTGATCTCATCGCCTACTTGAAGGAAGCTACTGCTTAGTGAAAT
CAACCAACAAACCAACCAATGGTGGGTGTGGGACATCATGCATGAATTATTATTCTTTTG
ACAAATAAAATCTCCAAACTTACTTTTTGTTTTGCTTTTGGAAATTTTCTCATCTTTATT
TATATACGTTCTGGCTGGAACTTGGGTGTTTGAGTACCAAATGTACTCCGAATACTTACA
TTTTCTAAGGTTCACTTATATAAGTGCAACTATCTAGAATAAACACATTT
CTTT

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3BN72TF 526 0 0
TTT
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AACCTAAACGGTCTGTTTGGAAGGCAGTCTGGGACAACAGCTGGTTACTCTTACTCTGCT
GCTAACAAGAACAAAGCTGTTGAATGGGAAGAGAAGACCTTGTACGATTACTTGCTCAAC
CCAAAGAAGTACATTCCTGGAACTAAGATGGTCTTCCCTGGGCTTAAGAAGCCACAAGAA
CGCGCTGATCTCATCGCCTACTTGAAGGAAGCTACTGCTTAGTGAAATCAACCAACAAAC
CAACCAATGGTGGGTGTGGGACATCATGCATGAATTATTATTCTTTTGACAAATAAAATC
TCCAAACTTACTTTTTGTTTTGCTTTTGGAAATTTTCTCATCTTTATTTATATACGTTCT
GGCTGGAACTTGGGTGTTTGAGTACCAAATGTACTCCGAATACTTACATTTTCTAAGGTT
CACTTATATAAGTGCAACTATCTAGAATAAACACATTTCTTTT

QA 4 526 4 526
DS 



AS 1 2

CO CL1365Contig1 632 2 5 U
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AGAACACTCAAGGTCTCATCTTTGTGGTGGACAGCAATGACAGAGACCGTGTTGTTGAGG
CTAGAGATGAATTGCACAGAATGCTCAATGAGGATGAGCTGCGTGATGCTGTTTTGCTCG
TGTTTGCTAACAAGCAGGATCTTCCAAATGCTATGAACGCAGCTGAAATCACTGATAAGC
TTGGTCTTCACTCTCTCCGTCAGCGTCACTGGTACATCCAGAGCACATGTGCCACTTCAG
GCGAGGGGCTTTACGAAGGTCTTGACTGGCCGTCCAACAACATTGCCGGCAAGGCGTAGA
GAGAAAGTTTGTGGTTGAGTTGATTTTGCTGGGCAAATCTGGATGGAGGGGCAAAACATT
ATCTGAGTTTTTTTTTTCGGTTTTCTTATATTGTTTTTCTTTTTTTTTTCGGGTATGTGA
ATTGATTTTGTGATCGTTGTTATAACTTGAGTAAGGAGGGGAGACCCTCTTGTACGTAGA
ACACAGAAACTACTTTATTACATATATAGCTTGTTATCGAAGATTTACGCTACTGCTTTC
TTCTTCCCATTTTTACTTTTGCATTTCGATTC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GU03TF U 1
AF RR3GU03JQ C 1
BS 1 1 RR3GU03JQ
BS 2 350 RR3GU03TF
BS 351 351 RR3GU03JQ
BS 352 467 RR3GU03TF
BS 468 632 RR3GU03JQ

RD RR3GU03TF 469 0 0
G
CACTGTCTGGGATGTCGGGGGTCAAGACAAGATTCGTCCATTGTGGAGGCACTACTTCCA
GAACACTCAAGGTCTCATCTTTGTGGTGGACAGCAATGACAGAGACCGTGTTGTTGAGGC
TAGAGATGAATTGCACAGAATGCTCAATGAGGATGAGCTGCGTGATGCTGTTTTGCTCGT
GTTTGCTAACAAGCAGGATCTTCCAAATGCTATGAACGCAGCTGAAATCACTGATAAGCT
TGGTCTTCACTCTCTCCGTCAGCGTCACTGGTACATCCAGAGCACATGTGCCACTTCAGG
CGAGGGGCTTTACGAAGGTCTTGACTGGCCGTCCAACAACATTGCCGGCGAGGCGTAGAG
AGAAAGTTTGTGGTTGAGTTGATTTTGCTGGGCAAATCTGGATGGAGGGGCAAAACATTA
TCTGAGTTTTTTTTTTCGGTTTTCTTATATTGTTTTTCTTTTTTTT
TT

QA 2 467 2 467
DS 

RD RR3GU03JQ 632 0 0
GCACTGTCTGGGATGTCGGGGGTCAAGACAAGATTCGTCCATTGTGGAGGCACTACTTCC
AGAACACTCAAGGTCTCATCTTTGTGGTGGACAGCAATGACAGAGACCGTGTTGTTGAGG
CTAGAGATGAATTGCACAGAATGCTCAATGAGGATGAGCTGCGTGATGCTGTTTTGCTCG
TGTTTGCTAACAAGCAGGATCTTCCAAATGCTATGAACGCAGCTGAAATCACTGATAAGC
TTGGTCTTCACTCTCTCCGTCAGCGTCACTGGTACATCCAGAGCACATGTGCCACTTCAG
GCGAGGGGCTTTACGAAGGTCTTGACTGGCCGTCCAACAACATTGCCGGCAAGGCGTAGA
GAGAAAGTTTGTGGTTGAGTTGATTTTGCTGGGCAAATCTGGATGGAGGGGCAAAACATT
ATCTGAGTTTTTTTTTTCGGTTTTCTTATATTGTTTTTCTTTTTTTTTTCGGGTATGTGA
ATTGATTTTGTGATCGTTGTTATAACTTGAGTAAGGAGGGGAGACCCTCTTGTACGTAGA
ACACAGAAACTACTTTATTACATATATAGCTTGTTATCGAAGATTTACGCTACTGCTTTC
TTCTTCCCATTTTTACTTTTGCATTTCGATTC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 2 6

CO CL1366Contig1 871 4 12 U
GGACACACTCCTCTCTCTCTCTCTCTTCAGATCAATAGCTGGTGAGGAGGAGGAGAAGCA
AGCAGCGGCGGAGATAAATGGCGGGGTACAGAGTGGAAGATGACTACGATTACCTCTTCA
AAGTCGTCCTGATAGGCGATTCGGGTGTAGGCAAATCGAATCTGCTCTCCAGATTCACCA
AAAACGAGTTCAATCTCGAGTCTTAATCCACCATTGGCGTCGAGTTCGCAACTCGGACCT
TGAAAGTCGATGAAAAGGTCGTCAAGGCTCAGATTTGGGATACTGCTGGTCAAGAAAGGT
ACCGTGCCATCACTAGTGCATACTACCGTGGAGCCGTTGGCGCACTCCTAGTATACGATA
CTACCCGCCGTGCAACTTTCGAGAACGTTGACCGGTGGTTAAAGGAGCTCAAGAACCACA
CAGACCCTAACATCGTGGTGATGCTCGTTGGCAACAAATCTGATCTGCGCCATTTGCTAG
CTGTTCCCACGGAAGATGGGAAATCGTATGCTGAGCAGGAATCGCTTTGCTTCATGGAAA
CATCTGCCCTCGAATCCACCAACGTCGAGAACGCCTTTGCAGAGGTTTTGACGCAGATTT
ACCGTATAACTAGCAAGAAGCAAATGGAAGCTGGTGAAGATGGG*AACGGATCTGTTCCC
AAAGGTGAGAAGATCGAGGTTAAAAACGATGTCTCTGCTCTGAAGAAACTCGGGTGCTGC
TCAAATTGAAGTCTTTTTTATTTTTGTAATCTGTTGAGTGAGAATTATAAGGTCCATTGT
TTTGGTTCTCTGCTTGGTTTGTAATAATATTGACATCTATATGAGTTCTAGACTATACAC
TTTATAATGTTTATTTCGAGTATTGTTAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE66TF U 1
AF RR3C685TF U 56
AF RR3C685JQ C 120
AF RR3EE66JQ C 219
BS 1 155 RR3EE66TF
BS 156 156 RR3C685TF
BS 157 203 RR3EE66TF
BS 204 204 RR3C685TF
BS 205 248 RR3EE66TF
BS 249 249 RR3C685TF
BS 250 640 RR3EE66TF
BS 641 644 RR3C685TF
BS 645 645 RR3C685JQ
BS 646 771 RR3C685TF
BS 772 851 RR3C685JQ
BS 852 871 RR3EE66JQ

RD RR3EE66TF 640 0 0
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AGCAGCGGCGGAGATAAATGGCGGGGTACAGAGTGGAAGATGACTACGATTACCTCTTCA
AAGTCGTCCTGATAGGCGATTCGGGTGTAGGCAAACCGAATCTGCTCTCCAGATTCACCA
AAAACGAGTTCAATCTCGAGTCTAAATCCACCATTGGCGTCGAGTTCGCAACTCGGACCT
TGAAAGTCTATGAAAAGGTCGTCAAGGCTCAGATTTGGGATACTGCTGGTCAAGAAAGGT
ACCGTGCCATCACTAGTGCATACTACCGTGGAGCCGTTGGCGCACTCCTAGTATACGATA
CTACCCGCCGTGCAACTTTCGAGAACGTTGACCGGTGGTTAAAGGAGCTCAAGAACCACA
CAGACCCTAACATCGTGGTGATGCTCGTTGGCAACAAATCTGATCTGCGCCATTTGCTAG
CTGTTCCCACGGAAGATGGGAAATCGTATGCTGAGCAGGAATCGCTTTGCTTCATGGAAA
CATCTGCCCTCGAATCCACCAACGTCGAGAACGCCTTTGCAGAGGTTTTGACGCAGATTT
ACCGTATAACTAGCAAGAAGCAAATGGAAGCTGGTGAAGA

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3C685TF 724 0 0
A
AGCAAGCAGCGGCGGAGATAAATGGCGGGGTACAGAGTGGAAGATGACTACGATTACCTC
TTCAAAGTCGTCCTGATAGGCGATTCGGGTGTAGGCAAATCGAATCTGCTCTCCAGATTC
ACCAAAAACGAGTTCAATCTCGAGTCTTAATCCACCATTGGCGTCGAGTTCGCAACTCGG
ACCTTGAAAGTCGATGAAAAGGTCGTCAAGGCTCAGATTTGGGATACTGCTGGTCAAGAA
AGGTACCGTGCCATCACTAGTGCATACTACCGTGGAGCCGTTGGCGCACTCCTAGTATAC
GATACTACCCGCCGTGCAACTTTCGAGAACGTTGACCGGTGGTTAAAGGAGCTCAAGAAC
CACACAGACCCTAACATCGTGGTG***CTCGTTGGCAACAAATCTGATCTGCGCCATTTG
CTAGCTGTTCCCACGGAAGATGGGAAATCGTATGCTGAGCAGGAATCGCTTTGCTTCATG
GAAACATCTGCCCT*GAATCCACCAACGTCGAGAACGCCTTTGCAGAGGTTTTGACGCAG
ATTTACCGTATAACTAGCAAGAAGCAAATGGAAGCTGGTGAAGATGGGGAACGGATCTGT
TCCCAAAGGTGAGAAGATCGAGGTTAAAAACGATGTCTCTGCTCTGAAGAAACTCGGGTG
CTGCTCAAATTGAAGTCTTTTTTATTTTTGTAATCTGTTGAGTGAGAATTATAAG
TCCATTGT

QA 2 716 2 716
DS 

RD RR3C685JQ 733 0 0
AAAGTCGTCCTGATAGGCGATTCGGGTGTAGGCAAATCGAATCTGCTCTCCAGATTCACC
AAAAACGAGTTCAATCTCGAGTCTTAATCCACCATTGGCGTCGAGTTCGCAACTCGGACC
TTGAAAGTCGATGAAAAGGTCGTCAAGGCTCAGATTTGGGATACTGCTGGTCAAGAAAGG
TACCGTGCCATCACTAGTGCATACTACCGTGGAGCCGTTGGCGCACTCCTAGTATACGAT
ACTACCCGCCGTGCAACTTTCGAGAACGTTGACCGGTGGTTAAAGGAGCTCAAGAACCAC
ACAGACCCTAACATCGTGGTG***CTCGTTGGCAACAAATCTGATCTGCGCCATTTGCTA
GCTGTTCCCACGGAAGATGGGAAATCGTATGCTGAGCAGGAATCGCTTTGCTTCATGGAA
ACATCTGCCCT*GAATCCACCAACGTCGAGAACGCCTTTGCAGAGGTTTTGACGCAGATT
TACCGTATAACTAGCAAGAAGCAAATGGAAGCTGGTGAAGATGGG*AACGGATCTGTTCC
CAAAGGTGAGAAGATCGAGGTTAAAAACGATGTCTCTGCTCTGAAGAAACTCGGGTGCTG
CTCAAATTGAAGTCTTTTTTATTTTTGTAATCTGTTGAGTGAGAATTATAAGGTCCATTG
TTTTGGTTCTCTGCTTGGTTTGTAATAATATTGACATCTATATGAGTTCTAGACTATACA
CTTTATAATGTT
C

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3EE66JQ 653 0 0
GTCGAGTTCGCAACTCGGACCTTGAAAGTCTATGAAAAGGTCGTCAAGGCTCAGATTTGG
GATACTGCTGGTCAAGAAAGGTACCGTGCCATCACTAGTGCATACTACCGTGGAGCCGTT
GGCGCACTCCTAGTATACGATACTACCCGCCGTGCAACTTTCGAGAACGTTGACCGGTGG
TTAAAGGAGCTCAAGAACCACACAGACCCTAACATCGTGGTGATGCTCGTTGGCAACAAA
TCTGATCTGCGCCATTTGCTAGCTGTTCCCACGGAAGATGGGAAATCGTATGCTGAGCAG
GAATCGCTTTGCTTCATGGAAACATCTGCCCTCGAATCCACCAACGTCGAGAACGCCTTT
GCAGAGGTTTTGACGCAGATTTACCGTATAACTAGCAAGAAGCAAATGGAAGCTGGTGAA
GATGGG*AACGGATCTGTTCCCAAAGGTGAGAAGATCGAGGTTAAAAACGATGTCTCTGC
TCTGAAGAAACTCGGGTGCTGCTCAAATTGAAGTCCTTTTTATTCTTGTAATCTGTTGAG
TGAGAATTATAAGGTCCATTGTTTTGGTTCTCTGCTTGGTTTGTAATAATATTGACATCT
ATATGAGTTCTAGACTATACACTTTATAATGTTTATTTCGAGTATTGTTAGTC

QA 1 653 1 653
DS 



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GCACCGGCGGAGATAAATGGCAGGGTACAGAGTGGAAGACGACTACGATTACCTCTTCAA
AGTGGTCCTGATAGGCGATTCGGGTGTAGGGAAATCGAATCTGCTATCCAGATTCACCAA
AAACGAGTTCAATCTCGAGTCTAAATCCACCATTGGTGTCGAGTTCGCCACTCGTACCTT
GAAGTCGATGAAAAGGTCGTCAAGGCTCAGATTTGGGATACTGCTGGTCAAGAAAGGTAC
CGTGCCATCACTAGTGCATACTACCGTGGAGCCGTTGGCGCGCTCCTAGTATACGATACC
ACCCGCCGTGCAACTTTCGAGAACGTTGACCGGTGGTTGAAGGAGCTCAAGAACCACACA
GACCCTAACATCGTGGTGATGCTCGTCGGTAACAAATCCGACCTGCGCCATTTGCTAGCT
GTCCCCACGGAAGATGGGAAATCGTATGCCGAGCAGGAATCGCTTTGCTTCATGGAAACA
TCTGCCCTTGAATCCACCAACGTCGAGAACGCCTTTGCAGAGGTTTTGACGCAGATTTAC
CGTATAACTAGCAAGAAGCAAATGGAAGCTGGTGAAGATGGGAACGGATCTGTTCCAAAA
GGTGAGAAGATCGAGGTTAAAAACGATGTCTCTGCTCTGAAGAAACTCGGGCGCTGCTCA
AATTGGAAGTCTTTTTATTTTTATTTTTGTAATCTGTTGAGTGAGAATTATAAGGTCCAT
TGTTTTGGTTCTCTTCTTGGTTTGTAATAATATTGACATCTATATGAGTTCTAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS94TF U 1
AF RR3GS94JQ C 161
BS 1 717 RR3GS94TF
BS 718 837 RR3GS94JQ

RD RR3GS94TF 717 0 0
GGACTCCTCTCTCTCTCTCTCTTCAGATCAATAGCTGCTGCGGAGGAGGAGGAGCAGCAA
GCACCGGCGGAGATAAATGGCAGGGTACAGAGTGGAAGACGACTACGATTACCTCTTCAA
AGTGGTCCTGATAGGCGATTCGGGTGTAGGGAAATCGAATCTGCTATCCAGATTCACCAA
AAACGAGTTCAATCTCGAGTCTAAATCCACCATTGGTGTCGAGTTCGCCACTCGTACCTT
GAAGTCGATGAAAAGGTCGTCAAGGCTCAGATTTGGGATACTGCTGGTCAAGAAAGGTAC
CGTGCCATCACTAGTGCATACTACCGTGGAGCCGTTGGCGCGCTCCTAGTATACGATACC
ACCCGCCGTGCAACTTTCGAGAACGTTGACCGGTGGTTGAAGGAGCTCAAGAACCACACA
GACCCTAACATCGTGGTGATGCTCGTCGGTAACAAATCCGACCTGCGCCATTTGCTAGCT
GTCCCCACGGAAGATGGGAAATCGTATGCCGAGCAGGAATCGCTTTGCTTCATGGAAACA
TCTGCCCTTGAATCCACCAACGTCGAGAACGCCTTTGCAGAGGTTTTGACGCAGATTTAC
CGTATAACTAGCAAGAAGCAAATGGAAGCTGGTGAAGATGGGAACGGATCTGTTCCAAAA
GGTGAGAAGATCGAGGTTAAAAACGATGTCTCTGCTCTGAAGAAACTCGGGCGCTGC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3GS94JQ 677 0 0
CTGCTATCCAGATTCACCAAAAACGAGTTCAATCTCGAGTCTAAATCCACCATTGGTGTC
GAGTTCGCCACTCGTACCTTGAAGTCGATGAAAAGGTCGTCAAGGCTCAGATTTGGGATA
CTGCTGGTCAAGAAAGGTACCGTGCCATCACTAGTGCATACTACCGTGGAGCCGTTGGCG
CGCTCCTAGTATACGATACCACCCGCCGTGCAACTTTCGAGAACGTTGACCGGTGGTTGA
AGGAGCTCAAGAACCACACAGACCCTAACATCGTGGTGATGCTCGTCGGTAACAAATCCG
ACCTGCGCCATTTGCTAGCTGTCCCCACGGAAGATGGGAAATCGTATGCCGAGCAGGAAT
CGCTTTGCTTCATGGAAACATCTGCCCTTGAATCCACCAACGTCGAGAACGCCTTTGCAG
AGGTTTTGACGCAGATTTACCGTATAACTAGCAAGAAGCAAATGGAAGCTGGTGAAGATG
GGAACGGATCTGTTCCAAAAGGTGAGAAGATCGAGGTTAAAAACGATGTTTCTGCTCTGA
AGAAACTCGGGCGCTGCTCAAATTGGAAGTCTTTTTATTTTTATTTTTGTAATCTGTTGA
GTGAGAATTATAAGGTCCATTGTTTTGGTTCTCTTCTTGGTTTGTAATAATATTGACATC
TATATGAGTTCTAGACC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 5

CO CL1367Contig1 729 5 6 U
GGAGACTCCTCAGATTTCTTTGCAAGGACGAAACGAAAAAAGCTTCTACGATGTCCGCCG
AATCAGCCACCGATATTCCTAAGGGACAGGTTGATCTGCTAGATTTCATTGACTGGTCAG
GTGTTGAATGCCTCAACCAAAGCTCAAGTCACTCTTTGCCCAATGCTCTCAAGCAGGGGT
ATAGAGAAGATGCGGGTTTGAACCTAGAGAGTGATGCTGATGAACAGCTTCTAATCTATA
TTCCTTCTAACCAAGTTGTCAAACTGCATTCTTTTGCTATCAAAGGCCCTGAAGAGGATG
GTCCTAAAACTGTCAAGTTTTTCTCAAACAAAGAGCACATGTGCTTCAGCAATGTCAATG
ATTTTCCTCCAAGTGACACCGCTGAACTAACTGAAGAAAACCTTAAGGGAAAACCGGTGG
TCCTTAAATATGTTAAGTTTCAGAATGTTCGTAGCTTGACGATCTTCATTGAAGACAACC
AATCGGGTTCCGAGCTCACAAAGGTTCAGAAGATCGCTCTTTACGGCTCAACGGTTGAGA
CTACTGATATGAAGGGGTTGAAGAAGATTGAAGATCACTGAGCAGCAAACAAAAGAGTTA
TAAATCATAT**GATCACTTTGATTTCTACTATTCTGTTGTTGGTTTCTTTTCTTTTCAC
TTTTAAAAGTTTTTTTT**ATTTTAAATATTGAACTAGACTAGAACTTGCGATTACAAGC
TTATTTCAT


BQ
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 0 0 0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 10 

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AF RR3C713TF U 10
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AF RR3C713JQ C 362
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T

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C

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ATCGGGTTCTGAGCTCACAAAGGTTCAGAAGATCGCTCTTTACGGCTCAACGGTTGAGAC
TACTGATATGAAGGGGTTGAAGAAGATTGAAGATCACTGAGCAGCAAACAAAAGAGTTAT
AAATCATATATGATCACTTTGATTTCTACTATTCTGTTGTTGGTTTCTTTTCTTTTCACT
TTTAAAAGTTTTTTTT*****TTAAATATTGAACTAGACTAGAACTTGCGATTACAAGCT
TATTTCAT

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DS 



AS 1 4

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TCTTCTTCAACTCAGCCTAAGATATCAGCCGCATCATGTTTCATCCCTAACGCAGCGCGT
GCCTTTAACGCGACACTTTCTCCGTCTAAGTCGCGGTTCGTGGGTAATAATAATTGCCTC
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BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G596TF U 5
AF RR3AK71TF U 1
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AF RR3FJ72JQ C 572
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GG
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DS 

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TCTTCTTCAACTCAGCCTAAGATATCAGCCGCATCATGTTTCATCCCTAACGCAGCGCGT
GCCTTTAACGCGACACTTTCTCCGTCTAAGTCGCGGTTCGTGGGTAATAATAATTGCCTC
AAAGCAAAACAGAGAATAGTAATAATACAGAGAGCATCTCGCTCCGGTGGAATCACTTTC
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AGCTCTAACGAATGGAGTAAAAGTCGCCGTGTGCAGTACTTCATATGAAAAGGCGGTGTC
TGCTATAGTTTCATGCTTGCTTGGACCAG

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3FJ72TF 766 0 0
G
CTTCAACGACACTTTCAAAGAGAGAGAATTGGGTGTTACTTGGGA*TGTTGATCTGTGCG
GAGAGCTACTGAAAATCGGTGGTGGGAAAGAAAGGATGACGGCGTATTTTAACAAGGTGG
GTTGGCCTGAGAAAGCCCCCAAAGATGAAGCAGAGAGGAAAGCGTTCATAGCTGGGCTTC
ACAAGCAGAAGACTGAGCTTTTCATGGTTCTCATCGAGAAGAAGCTGCTTCCTCTTCGAC
CCGGTGTTGCCAAACTGGTTGATCAAGCTCTAACGAATGGAGTAAAAGTCGCCGTGTGCA
GTACTTCAAATGAAAAGGCGGTGTCTGCTATAGTTTCATGCTTGCTTGGACCAGAAAAAG
CAGAGAAGATCAAGATATTTGCAGGAGATGTAGTCCCCAAAAAGAAGCCTGACCCGGCCA
TCTACAACTTGGCAGCTGAAACCCTTGAAGTTGATCCCTCAAAATGTGTTGTGGTTGAAG
ACAGCGCTATCGGGCTAGCAGCTGCAAAAGCTGCGGGAATGACTTGTATAGTTACAAAGA
GTGGATACACGGCGGATGAAGATTTTGTGAACGCAGACGCGGTTTTCGACTGCATTGGAG
ACCCTCCTGAAGAGAGGTTTGATTTGGCATTCTGTGGAAGCCTTCTCCAGAAACAGTTGG
TTTAGTTTAAACCCTAAACCCCCACCGATAAAA*TGATATTCGGTTGTTTGTATCTCAAC
GTTGGTGTGTGTATAGATGAAGAGAGAGAGACATAT
ATATTCATT

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR3FJ72JQ 568 0 0
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TGCAGTACTTCAAATGAAAAGGCGGTGTCTGCTATAGTTTCATGCTTGCTTGGACCAGAA
AAAGCAGAGAAGATCAAGATATTTGCAGGAGATGTAGTCCCCAAAAAGAAGCCTGACCCG
GCCATCTACAACTTGGCAGCTGAAACCCTTGAAGTTGATCCCTCAAAATGTGTTGTGGTT
GAAGACAGCGCTATCGGGCTAGCAGCTGCAAAAGCTGCGGGAATGACTTGTATAGTTACA
AAGAGTGGATACACGGCGGATGAAGATTTTGTGAACGCAGACGCGGTTTTCGACTGCATT
GGAGACCCTCCTGAAGAGAGGTTTGATTTGGCATTCTGTGGAAGCCTTCTCCAGAAACAG
TTGGTTTAGTTTAAACCCTAAACCCCCACCGATAAAAATGATATTCGGTTGTTTGTATCT
CAACGTTGGTGTGTGTATAGATGAAGAGAGAGAGACATATATATTCATTGTAAAACCATA
CAGCCTCACTCATCAAACTTTCTTCTCC

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 6

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ATCATGGGCCGAGTCACATTACATGGACTTGATTATTAGAATGGGATCATCCTTAGACCT
AACTTCTCAACACGAGAAGTAGCAGCTTTAACTTTGACGAATTTGACGAATATGAACTGA
GCCACATCATTGGTGAGATGTAGAACTAGCTGTGGTGTTGGGATGGCTCCAACGGTTCCG
GCAGAAGTAGTCAACTTGTAAATGTTTGTGCCATCTTCTTCTCCGACTTTCTCTATCTTA
AAGTGGCTATTTGGTTCCTCAGGTCTACCCCC*GATGAGAATTGGATCATAAATAAATTC
ATAGACTTGCCAGAACTTGGATATCTCCTTACAGTCGTCGTTGTACTTGAACTCGATGGT
TATATTGAAATTTGTTTTGACAACTTCTAATGGCGTGAGGAACCCCGGTGGATATGCTAT
GCTAACTGGCACGCCCGGTTCGCCCGTAAATGTTTCGCTAATGTCACGTAGTTGACAAAC
GGGACTTATTACACGTGGAGCAAGACTGCCGCCGTTAATCCCGTTACTGATCGGTTGGAT
GTAGTATTGTTCTTTGAGTCGAACTTCGTTCCCGTTGCTGTCCTTTACCGATTCTTCCCC
GTGGGTGCAGACAGCTGCAGCCAACAGGAGAGTGATGAGAAAAGAGGCAAATGATGTCAT
GATTGCCATTGTTTTTTTGTTTGTTTGAGTTGAGTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 10 

AF RR3GR07JQ U 1
AF RR3AY86JQ U 8
AF RR3BM76JQ U 8
AF RR3BM76TF C 14
AF RR3GR07TF C 13
AF RR3AY86TF C 8
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BS 106 106 RR3AY86JQ
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BS 245 245 RR3AY86JQ
BS 246 598 RR3GR07JQ
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BS 600 756 RR3GR07JQ
BS 757 760 RR3AY86JQ

RD RR3GR07JQ 756 0 0
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GCAGTAGTAGTCAACTTGTAAATGTTTGTGCCATCTTCTTCTCCGACTTTCTCTATCTTA
AAGTGGCTATTTGGTTCCTCAGGTCTACCCCC*GATGAGAATTGGATCATAAATAAATTC
ATAGACTTGCCAGAACTTGGATATCTCCTTACAGTCGTCGTTGTACTTGAACTCGATGGT
TATATTGAAATTTGTTTTGACAACTTCTAATGGCGTGAGGAACCCCGGTGGATATGCTAT
GCTAACTGGCACGCCCGGTTCGCCCGTAAATGTTTCGCTAATGTCACGTAGTTGACAAAC
GGGACTTATTACACGTGGAGCAAGACTGCCGCCGTTAATCCCGTTACTGATCGGTTGGCT
GTAGTATTGTTCTTTGAGTCGAACTTCGTTCCCGTTGCTGTCCTTTACCGATTCTTCCCC
GTGGGTGCAGACAGCTGCAGCCAACAGGAGAGTGATGAGAAAAGAGGCAAATGATGTCAT
GATTGCCATTGTTTTTTTGTTTGTTTGAGTTGAGTT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3AY86JQ 753 0 0
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TATTTGGTTCCTCAGGTCTACCCCC*GATGAGAATTGGATCATAAATAAATTCATAGACT
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ATTGTTTTTTTGTTTGTTTGAGTTGAGTTATCC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3BM76JQ 751 0 0
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CAACACGAGAAGTAGCAGCTTTAACTTTGACGAATTTGACGAATATGAACTGAGCCACAT
CATTGGTGAGATGTAGAACTAGCTGTGGTGTTGGGATGGCTCCAACGGTTCCGGCAGAAG
TAGTCAACTTGTAAATGTTTGTGCCATCTTCTTCTCCGACTTTCTCTATCTTAAAGTGGC
TATTTGGTTCCTCAGGTCTACCCCCCGATGAGAATTGGATCATAAATAAATTCATAGACT
TGCCAGAACTTGGATATCTCCTTACAGTCGTCGTTGTACTTGAACTCGATGGTTATATTG
AAATTTGTTTTGACAACTTCTAATGGCGTGAGGAACCCCGGTGGATATGCTATGCTAACT
GGCACGCCCGGTTCGCCCGTAAATGTTTCGCTAATGTCACGTAGTTGACAAACGGGACTT
ATTACACGTGGAGCAAGACTGCCGCCGTTAATCCCGTTACTGATCGGTTGGATGTAGTAT
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ATTGTTTTTT*GTTTGTTTGAGTTGAGTT
CC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3BM76TF 745 0 0
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TGACGGGTAT*ATTACAACCC*TT*ATATTTGATCATGGGCCGAGTCACATTACATGGAC
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TAACTTTGACGAATTTGACGAATATGAACTGAGCCACATCATTGGTGAGATGTAGAACTA
GCTGTGGTGTTGGGATGGCTCCAACGGTTCCGGCAGAAGTAGTCAACTTGTAAATGTTTG
TGCCATCTTCTTCTCCGACTTTCTCTATCTTAAAGTGGCTATTTGGTTCCTCAGGTCTAC
CCCCCGATGAGAATTGGATCATAAATAAATTCATAGACTTGCCAGAACTTGGATATCTCC
TTACAGTCGTCGTTGTACTTGAACTCGATGGTTATATTGAAATTTGTTTTGACAACTTCT
AATGGCGTGAGGAACCCCGGTGGATATGCTATGCTAACTGGCACGCCCGGTTCGCCCGTA
AATGTTTCGCTAATGTCACGTAGTTGACAAACGGGACTTATTACACGTGGAGCAAGACTG
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GTTGAGTT
CC

QA 16 743 16 743
DS 

RD RR3GR07TF 746 0 0
TTTTTATTTA
TTATCTTGACGGGTATTATTACAACCC*TT*ATATTTGATCATGGGCCGAGTCACATTAC
ATGGACTTGATTATTAGAATGGGGTCATCCTTAGACCTAACTTCTCAACACGAGAAGTAG
CAGCTTTAACTTTGACGAATTTGACGAATATGAACTGAGCCACATCATTGGTGAGATGTA
GAACTAGCTGTGGTGTTGGGATGGCTCCAACGGTTCCGGCAGTAGTAGTCAACTTGTAAA
TGTTTGTGCCATCTTCTTCTCCGACTTTCTCTATCTTAAAGTGGCTATTTGGTTCCTCAG
GTCTACCCCC*GATGAGAATTGGATCATAAATAAATTCATAGACTTGCCAGAACTTGGAT
ATCTCCTTACAGTCGTCGTTGTACTTGAACTCGATGGTTATATTGAAATTTGTTTTGACA
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CCCGTAAATGTTTCGCTAATGTCACGTAGTTGACAAACGGGACTTATTACACGTGGAGCA
AGACTGCCGCCGTTAATCCCGTTACTGATCGGTTGGCTGTAGTATTGTTCTTTGAGTCGA
ACTTCGTTCCCGTTGCTGTCCTTTACCGATTCTTCCCCGTGGGTGCAGACAGCTGCAGCC
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GTTTGAGTTGAGTT
CC

QA 11 744 11 744
DS 

RD RR3AY86TF 753 0 0
GATTTTTTATTTTATTTATCTTGACGGGTATTATTACAACCCCTTTATATTTGATCATGG
GCCGAGTCACATTACATGGACTTGATTATTAGAATGGGATCATCCTTAGACCTAACTTCT
CAACACGAGAAGTAGCAGCTTTAACTTTGACGAATTTGACGAATATGAACTGAGCCACAT
CATTGGTGAGATGTAGAACTAGCTGTGGTGTTGGGATGGCTCCAACGGTTCCGGCAGAAG
TAGTCAACTTGTAAATGTTTGTGCCATCTTCTTCTCCGACTTTCTCTATCTTAAAGTGGC
TATTTGGTTCCTCAGGTCTACCCCC*GATGAGAATTGGATCATAAATAAATTCATAGACT
TGCCAGAACTTGGATATCTCCTTACAGTCGTCGTTGTACTTGAACTCGATGGTTATATTG
AAATTTGTTTTGACAACTTCTAATGGCGTGAGGAACCCCGGTGGATATGCTATGCT**CT
GGCACGCCCGGTTCGCCCGTAAATGTTTCGCTAATGTCACGTAGTTGACAAACGGGACTT
ATTACACGTGGAGCAAGACTGCCGCCGTTAATCCCGTTACTGATCGGTTGGATGTAGTAT
TGTTCTTTGAGTCGAACTTCGTTCCCGTTGCAGTCCTTTACCGATTCTTCCCCGTGGGTG
CAGACAGCTGCAGCCAACAGGAGAGTGATGAGAAAAGAGGCAAATGATGTCATGATTGCC
ATTGTTTTTTTGTTTGTTTGAGTTGAGTT
ATCC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 2 6

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CGTAACAAAAAAAGCTCATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCGAAAGCTAT
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CCCGTTCGTAGTCAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTC
TGCCTCTACTTTCATCCCTGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAAT
GGAGTTAACCTACAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGT
TAGCGAAGACCATGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACG
CTGCTCCAATGTCTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGG
CATTGCTTCAGACGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAAGGGATGCAGCTTCGCC
AGGCTGTGCAGAGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAG
TATGTTTTATCCATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTT
TCGTGCATTGTATGGTTTGTTTACTTCTGAAATATTAAAAATATATATATGATGAGAAAA
CATAGAATGTCTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DP60TF U 1
AF RR3DY90JQ C 51
AF RR3DY90TF U 51
AF RR3DP60JQ C 15
BS 1 186 RR3DP60TF
BS 187 187 RR3DY90TF
BS 188 694 RR3DP60TF
BS 695 700 RR3DY90TF
BS 701 701 RR3DP60JQ
BS 702 709 RR3DY90TF
BS 710 735 RR3DP60JQ

RD RR3DP60TF 694 0 0
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CGTAACAAAAAAAGCTCATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCGAAAGCTAT
TATTCTGGTTGCTCTCTGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAA
CCCGTTTGTAGTCAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTC
TGCCTCTACTTTCATCCCTGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAAT
GGAGTTAACCTACAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGT
TAGCGAAGACCATGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACG
CTGCTCCAATGTCTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGG
CATTGCTTCAGACGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAAGGGATGCAGCTTCGCC
AGGCTGTGCAGAGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAG
TATGTTTTATCCATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTT
TCGTGCATTGTATGGTTTGTTTACTTCTGAAATA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3DY90JQ 666 0 0
GG
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AAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCTGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCG
AACAGGAACCCGTTCGTAGTCAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTC
GAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGG
AGAACAATGGAGTTAACCTACAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAG
ATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCT
CAGTTACGCTGCTCCAATGTCTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGT
TTCAACGGCATTGCTTCAGACGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAAGGGATGCA
GCTTCGCCAGGCTGTGCAGAGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGC
TCAATCAGTATGTTTTATCCATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAG
CTTGTGTTTCGTGCATTGTATGGTTTGTTTACTTCTGAAATATTAAAA
ATATATATATGATGAG

QA 3 650 3 650
DS 

RD RR3DY90TF 666 0 0
GG
AGATCTTCCGTAACAAAAAAAGCTCATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCG
AAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCTGCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCG
AACAGGAACCCGTTCGTAGTCAGAGGACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTC
GAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCCCTGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGG
AGAACAATGGAGTTAACCTACAGGCACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAG
ATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAGGATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCT
CAGTTACGCTGCTCCAATGTCTCACCTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGT
TTCAACGGCATTGCTTCAGACGAACGTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAAGGGATGCA
GCTTCGCCAGGCTGTGCAGAGATCATGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGC
TCAATCAGTATGTTTTATCCATGTTCCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAG
CTTGTGTTTCGTGCATTGTATGGTTTGTTTACTTCTGAAATATTAAAA*TATATATA
TGATGAG

QA 3 659 3 659
DS 

RD RR3DP60JQ 721 0 0
TCA
CTCATTACTCTCTTGCTTTCTTTCTTTCAAATCTCAGATCTTCCGTAACAAAAAAAGCTC
ATCCTTGTAAAACTTCGCAAGATATTGCGATGTCGAAAGCTATTATTCTGGTTGCTCTCT
GCTTTTTACCGGCTCTAGTCATGTCGGCTCGTCCGAACAGGAACCCGTTTGTAGTCAGAG
GACGTGTCTATTGCGATACTTGCCTGGCTGGTTTCGAAACTTCTGCCTCTACTTTCATCC
CTGGAGCGGTGGTTAGATTGGAGTGCAAAGACAGGAGAACAATGGAGTTAACCTACAGGC
ACGAGGCGAGAACCGACTCAACAGGATCATACAAGATCTTGGTTAGCGAAGACCATGAGG
ATCAGTTCTGTGATACCATGTTGGTTAGTAGCTCTCAGTTACGCTGCTCCAATGTCTCAC
CTGGTCATGACCGTGCCCGTGTGACCCTCACTCGTTTCAACGGCATTGCTTCAGACGAAC
GTTTCGCTAACAACTTGGGGTTCCTAAGGGATGCAGCTTCGCCAGGCTGTGCAGAGATCA
TGAAGCAATATCAAGAAACTGAAGACTAAAAATGCTCAATCAGTATGTTTTATCCATGTT
CCTGCGACATGTGGGATTTCAATTATAATCGCCAGCTTGTGTTTCGTGCATTGTATGGTT
TGTTTACTTCTGAAATATTAAAAATATATATATGATGAGAAAACATAGAATGTCTCAG

QA 4 721 4 721
DS 



CO CL1370Contig2 708 2 2 U
TTTTTTTTATATATATTTTAATATTTAAGAAGTAAACAAACCATACAATGCACGAAACAC
AAGCTGGCGATTATAATTGAAATCCCACATGTCGCAGGAACATGGATAAAACATACTGAT
TGAGCATTTTTAATCTTCAGTTTCTTGATATTGCTTCATGATCTCTGCACAGCCTGGTGA
AGCTGCATCCCTTAGGAACCCCAAGTTGTTAGCGAAACGTTCGTCTGAAGCAATGCCGTT
GAAACGAGTGAGGGTCACACGGGCACGGTCATGACCAGGTGAGACATTAGAGCAGCGTAA
CTGAGAGCTACTAACCAACATGGTATCACAGAACTGATCCTCATGGTCTTCGCTAACCAA
GATCTTGTATGATCCTGTTGAGTCGGTTCTCGCCTCGTGCCTGTAGGTTAACTCCATTGT
TCTCCTGTCTTTGCACTCCAATCTAACCACCGCTCCAGGGATGAAAGTAGAGGCAGAAGT
TTCGAAACCAGCCAGGCAAGTATCGCAATAGACACGTCCTCTGACTACAAACGGGTTCCT
GTTCGGACGAGCCGACATGACTAGAGCCGGTAAAAAGCAGAAAGCAACCAGAGTAATAGC
TTTCGACATCCCAATATCTTGAGAAGTTTTACAAGGATGAGCTTTTTGTTACGGAAGATC
TGAGATTTGAAAGAAAGAAAGCAAGAGAGTAATGAGGGAGAACGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3GM33TF C 1
AF RR3GM33JQ U 20
BS 1 19 RR3GM33TF
BS 20 708 RR3GM33JQ

RD RR3GM33TF 708 0 0
TTTTTTTTATATATATTTTAATATTTAAGAAGTAAACAAACCATACAATGCACGAAACAC
AAGCTGGCGATTATAATTGAAATCCCACATGTCGCAGGAACATGGATAAAACATACTGAT
TGAGCATTTTTAATCTTCAGTTTCTTGATATTGCTTCATGATCTCTGCACAGCCTGGTGA
AGCTGCATCCCTTAGGAACCCCAAGTTGTTAGCGAAACGTTCGTCTGAAGCAATGCCGTT
GAAACGAGTGAGGGTCACACGGGCACGGTCATGACCAGGTGAGACATTAGAGCAGCGTAA
CTGAGAGCTACTAACCAACATGGTATCACAGAACTGATCCTCATGGTCTTCGCTAACCAA
GATCTTGTATGATCCTGTTGAGTCGGTTCTCGCCTCGTGCCTGTAGGTTAACTCCATTGT
TCTCCTGTCTTTGCACTCCAATCTAACCACCGCTCCAGGGATGAAAGTAGAGGCAGAAGT
TTCGAAACCAGCCAGGCAAGTATCGCAATAGACACGTCCTCTGACTACAAACGGGTTCCT
GTTCGGACGAGCCGACATGACTAGAGCCGGTAAAAAGCAGAGAGCAACCAGAGTAATAGC
TTTCGACATCGCAATATCTTGAGAAGTTTTACAAGGATGAGCTTTTTGTTACGGAAGATC
TGAGATTTGAAAGAAAGAAAGCAAGAGAGTAATGAGGGAGAACGGT
CC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3GM33JQ 689 0 0
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AAATCCCACATGTCGCAGGAACATGGATAAAACATACTGATTGAGCATTTTTAATCTTCA
GTTTCTTGATATTGCTTCATGATCTCTGCACAGCCTGGTGAAGCTGCATCCCTTAGGAAC
CCCAAGTTGTTAGCGAAACGTTCGTCTGAAGCAATGCCGTTGAAACGAGTGAGGGTCACA
CGGGCACGGTCATGACCAGGTGAGACATTAGAGCAGCGTAACTGAGAGCTACTAACCAAC
ATGGTATCACAGAACTGATCCTCATGGTCTTCGCTAACCAAGATCTTGTATGATCCTGTT
GAGTCGGTTCTCGCCTCGTGCCTGTAGGTTAACTCCATTGTTCTCCTGTCTTTGCACTCC
AATCTAACCACCGCTCCAGGGATGAAAGTAGAGGCAGAAGTTTCGAAACCAGCCAGGCAA
GTATCGCAATAGACACGTCCTCTGACTACAAACGGGTTCCTGTTCGGACGAGCCGACATG
ACTAGAGCCGGTAAAAAGCAGAAAGCAACCAGAGTAATAGCTTTCGACATCCCAATATCT
TGAGAAGTTTTACAAGGATGAGCTTTTTGTTACGGAAGATCTGAGATTTGAAAGAAAGAA
AGCAAGAGAGTAATGAGGGAGAACGGTCC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 6

CO CL1371Contig1 1189 6 16 U
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TCGTACCATCGGAGTTGATCCGAAGTCAGAATCTAAGGGGGGAGTCATGGGGGATCATGC
GGTGAGAGCGGAGGAATTCGAGAAGAAAGCAGAGAAGAAGCTCAACGGATGGGGAATATT
CGGATCTAAGCACGAGGATGCTGCCGATCTCTTCGAGAAAGCTGCTAATTCCTATAAGCT
CGCCAAATCATGGGATCTAGCTGGAAAGGCTTATCTTAAAGTTGCTGACTGTCACTTGAA
GTCGGACAGCAAGCATGATGCTGCTAACGCCTATGCCGAAGCTGCTAAATGCTACAAGAA
AGTTGACACTAATGAGGCTGCATCTTGTCTGGAGCGAGCAGTGAATATTTTCTGCGAGAT
AGGAAGGCTCAACATGGCTGCCAGATACTACAAGGAAATTGCTGAGTATTATGAAGCAGA
CCAGAAGTTAGAGCAGGCTATTGATTACTTTGAAAAGGCTGCTGAATTTTTCCAAAATGA
AGAAGTGACCACTTCTGCAAACCAGTGCAATCTAAAGGTGGCACAATATGCTTCCCAGTT
GGAGCAATATGAGAAGGCTATCAAGATTTATGAAGATATAGCACGCCATTCACTCGGCAA
TAACTTGCTTAAGTATGGAGTTAAGGGCCATCTTCTCAATGCTGGCTTGTGCCACCTTTG
CAAAGCTGATGTTGTTTCCATCACTAATGCTCTCGAGAAGTATCAGGATCTGGATCCAAC
TTTTACAGGAACAAGAGAATGCAAACTCTTATCGGACCTTGCTTCTGCTATCGATGAAGA
AGACATCGCAAAATTCACAGACGTTGTCAAGGAATTTGATAGCATGACTCCTCTGGACTC
ATGGAAGACAACTATGTTGTTGAGGGTGAAGGAGAAACTGAAGGCAAAGGAGCTTGAAGA
GGATGATCTCACCTAAACATATCTCTTTCCGTCCGAAGCTTTGGTCTTTATTTGTTATTG
CTGGTGTGTACTCATCATTTGTGTTCGTGCTACTTCATGTTCGACCCTTCATTGTGTCTG
GTTTATGAGATTTAAGGTTTCTTAAGAGGTTTGGTCAAAACTATGTTTGTTTGATATCAC
GACTATGTTTGTTACGTCTCTCATTACTTCATATCTATGTGAACTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D930TF U 1
AF RR3DR11TF U 2
AF RR3EN90TF U 9
AF RR3G615TF U 13
AF RR3DR11JQ C 527
AF RR3D930JQ C 544
BS 1 173 RR3D930TF
BS 174 174 RR3DR11TF
BS 175 389 RR3D930TF
BS 390 390 RR3DR11TF
BS 391 659 RR3D930TF
BS 660 660 RR3DR11TF
BS 661 682 RR3D930TF
BS 683 688 RR3DR11TF
BS 689 689 RR3DR11JQ
BS 690 723 RR3G615TF
BS 724 724 RR3DR11JQ
BS 725 738 RR3G615TF
BS 739 739 RR3DR11JQ
BS 740 758 RR3G615TF
BS 759 1168 RR3DR11JQ
BS 1169 1189 RR3D930JQ

RD RR3D930TF 682 0 0
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GGTGAGAGCGGAGGAATTCGAGAAGAAAGCAGAGAAGAAGCTCAACGGATGGGTAATATT
CGGATCTAAGCACGAGGATGCTGCCGATCTCTTCGAGAAAGCTGCTAATTCCTATAAGCT
CGCCAAATCATGGGATCTAGCTGGAAAGGCTTATCTTAAAGTTGCTGACTGTCACTTGAA
GTCGGACAGCAAGCATGATGCTGCTAACGCCTATGCCGAAGCTGCTAAATGCTACAAGAA
AGTTGACACTAATGAGGCTGCATCTTGTCCGGAGCGAGCAGTGAATATTTTCTGCGAGAT
AGGAAGGCTCAACATGGCTGCCAGATACTACAAGGAAATTGCTGAGTATTATGAAGCAGA
CCAGAAGTTAGAGCAGGCTATTGATTACTTTGAAAAGGCTGCTGAATTTTTCCAAAATGA
AGAAGTGACCACTTCTGCAAACCAGTGCAATCTAAAGGTGGCACAATATGCTTCCCAGTT
GGAGCAATATGAGAAGGCTATCAAGATTTATGAAGATATAGCACGCCATTCACTCGGCA*
TAACTTGCTTAAGTATGGAGTT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3DR11TF 688 0 0
GGATTTCGC
AACGAAGCAAACCCTCTCGAGGAGATAACATCCGAAGAAACAAATCGAAATCGTACCATC
GGAGTTGATCCGAAGTCAGAATCTAAGGGGGGAGTCATGGGGGATCATGCGGTGAGAGCG
GAGGAATTCGAGAAGAAAGCAGAGAAGAAGCTCAACGGATGGGGAATATTCGGATCTAAG
CACGAGGATGCTGCCGATCTCTTCGAGAAAGCTGCTAATTCCTATAAGCTCGCCAAATCA
TGGGATCTAGCTGGAAAGGCTTATCTTAAAGTTGCTGACTGTCACTTGAAGTCGGACAGC
AAGCATGATGCTGCTAACGCCTATGCCGAAGCTGCTAAATGCTACAAGAAAGTTGACACT
AATGAGGCTGCATCTTGTCTGGAGCGAGCAGTGAATATTTTCTGCGAGATAGGAAGGCTC
AACATGGCTGCCAGATACTACAAGGAAATTGCTGAGTATTATGAAGCAGACCAGAAGTTA
GAGCAGGCTATTGATTACTTTGAAAAGGCTGCTGAATTTTTCCAAAATGAAGAAGTGACC
ACTTCTGCAAACCAGTGCAATCTAAAGGTGGCACAATATGCTTCCCAGTTGGAGCAATAT
GAGAAAGCTATCAAGATTTATGAAGATATAGCACGCCATTCACTCGGCAATAACTTGCTT
AAGTATGGAGTTAAGGGC
C

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DS 

RD RR3EN90TF 658 0 0
GGAAC
GAAGCAAACCCTCTCGAGGAGATAACATCCGAAGAAACAAATCGAAATCGTACCATCGGA
GTTGATCCGAAGTCAGAATCTAAGGGGG*AGTCATGGGGGATCATGCGGTGAGAGCGGAG
GAATTCGAGAAGAAAGCAGAGAAGAAGCTCAACGGATGGGGAATATTCGGATCTAAGCGC
GAGGATGCTGCCGATCTCTTCGAGAAAGCTGCTAATTCCTATAAGCTCGCCAAATCATGG
GATCTAGCTGGAAAGGCTTATCTTAAAGTTGCTGACTGTCACTTGAAGTCGGACAGCAAG
CATGATGCTGCTAACGCCTATGCCGAAGCTGCTAAATGCTACAAGAAAGTTGACACTAAT
GAGGCTGCATCTTGTCTGGAGCGAGCAGTGAATATTTTCTGCGAGATAGGAAGGCTCAAC
ATGGCTGCTAGATACTACAAGGAAATTGCTGAGTATTATGAAGCAGACCAGAAGTTAGAG
CAGGCTATTGATTACTTTGAAAAGGCTGCTGAATTTTTCCAAAATGAAGAAGTCACCACT
TCTGCAAACCAGTGCAATCTAAAGGTGGCACAATATGCTTCCCAGTTGGAGCAATATGAG
AAGGCTATCAAGATTTATGAAGATATAGCACGCCATTCACTCGGCAATAACTT

QA 6 658 6 658
DS 

RD RR3G615TF 746 0 0
G
GAAGCAAACCCTCTCGAGGAGATAACATCCGAAGAAACAAATCGAAATCGTACCATCGGA
GTTGATCCGAAGTCAGAATCTAAGGGGG*AGTCATGGGGGATCATGCGGTGAGAGCGGAG
GAATTCGAGAAGAAAGCAGAGAAGAAGCTCAACGGATGGGGAATATTCGGATCTAAGCAC
GAGGATGCTGCCGATCTCTTCGAGAAAGCTGCTAATTCCTATAAGCTCGCCAAATCATGG
GATCTAGCTGGAAAGGCTTATCTTAAAGTTGCTGACTGTCACTTGAAGTCGGACAGCAAG
CATGATGCTGCTAACGCCTATGCCGAAGCTGCTAAATGCTACAAGAAAGTTGACACTAAT
GAGGCTGCATCTTGTCTGGAGCGAGCAGTGAATATTTTCTGCGAGATAGGAAGGCTCAAC
ATGGCTGCTAGATACTACAAGGAAATTGCTGAGTATTATGAAGCAGACCAGAAGTTAGAG
CAGGCTATTGATTACTTTGAAAAGGCTGCTGAATTTTTCCAAAATGAAGAAGTCACCACT
TCTGCAAACCAGTGCAATCTAAAGGTGTCACAATATGCTTCCCAGTTGGAGCAATATGAG
AAGGCTATCAAGATTTATGAAGATATAGCACGCCATTCACTCGGCAATAACTTGCTTAAG
TATGGAGTGAAGGGC*ATCTTCTCAATGCTGGCTTGTGCCACCTTTGCAA*GCTGATGTT
GTTTC*ATCACTAATGCTCTCGAGA

QA 2 746 2 746
DS 

RD RR3DR11JQ 644 0 0
TTTTTCCAAAATGAAGAAGTGACCACTTCTGCAAACCAGTGCAATCTAAAGGTGGCACAA
TATGCTTCCCAGTTGGAGCAATATGAGAAGGCTATCAAGATTTATGAAGATATAGCACGC
CATTCACTCGGCAATAACTTGCTTAAGTATGGAGTTAAGGGCCATCTTCTCAATGCTGGC
TTGTGCCACCTTTGCAAAGCTGATGTTGTTTCCATCACTAATGCTCTCGAGAAGTATCAG
GATCTGGATCCAACTTTTACAGGAACAAGAGAATGCAAACTCTTATCGGACCTTGCTTCT
GCTATCGATGAAGAAGACATCGCAAAATTCACAGACGTTGTCAAGGAATTTGATAGCATG
ACTCCTCTGGACTCATGGAAGACAACTATGTTGTTGAGGGTGAAGGAGAAACTGAAGGCA
AAGGAGCTTGAAGAGGATGATCTCACCTAAACATATCTCTTTCCGTCCGAAGCTTTGGTC
TTTATTTGTTATTGCTGGTGTGTACTCATCATTTGTGTTCGTGCTACTTCATGTTCGACC
CTTCATTGTGTCTGGTTTATGAGATTTAAGGTTTCTTAAGAGGTTTGGTCAAAACTATGT
TTGTTTGATATCACGACTATGTTTGTTACGTCTCTCATTACT
CC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3D930JQ 646 0 0
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GCAATATGAGAAGGCTATCAAGATTTATGAAGATATAGCACGCCATTCACTCGGCAATAA
CTTGCTTAAGTATGGAGTTAAGGGCCATCTTCTCAATGCTGGCTTGTGCCACCTTTGCAA
AGCTGATGTTGTTTCCATCACTAATGCTCTCGAGAAGTATCAGGATCTGGATCCAACTTT
TACAGGAACAAGAGAATGCAAACTCTTATCGGACCTTGCTTCTGCTATCGATGAAGAAGA
CATCGCAAAATTCACAGACGTTGTCAAGGAATTTGATAGCATGACTCCTCTGGACTCATG
GAAGACAACTATGTTGTTGAGGGTGAAGGAGAAACTGAAGGCAAAGGAGCTTGAAGAGGA
TGATCTCACCTAAACATATCTCTTTCCGTCCGAAGCTTTGGTCTTTATTTGTTATTGCTG
GTGTGTACTCATCATTTGTGTTCGTGCTACTTCATGTTCGACCCTTCATTGTGTCTGGTT
TATGAGATTTAAGGTTTCTTAAGAGGTTTGGTCAAAACTATGTTTGTTTGATATCACGAC
TATGTTTGTTACGTCTCTCATTACTTCATATCTATGTGAACTTCCC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 6

CO CL1372Contig1 647 6 3 U
GGTCACCAATCTCAGAATAAGAACACTACAATCTTCTTTCAAGGCTAAGAAAAATGGCTT
TTAGAAACTCTCTTGCCATCTTCTTTGCCTTGAACATCATCTTCTTCACAATAACAGAAG
CCGCCCGCTCTGGTTGTCCACCTGGGTCATACAAACCCAAGCCGCCTTCCCCAACCCCTC
CAGCCATCCAGACATGCCCAAAAGATACAATAAAGCTCGGTGTTCGTGTTAAGGCGCTTA
ACTTATTGAATGTGACATTAGGTGCTCCTCCAGTTAAACCGTGTTGCAGCATCATTGACG
GTTTGGTCGATCTAGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGTACCGCGCTTAAAGCTAGCATTCTCG
GCATCAACATTAACCTTCCAATCAACCTTAGCTTGCTTCTCAACGTTTGCAGCAGAAAGG
CTCCACGCGGCTTCCAATGCCCTTAATTTCTCAAACACGTCAAAATATTGCTAAATTCTG
AATTTCTTGCTATGTTTCAATTTGGTCGAACTTTTGTTTGTGCTTCCTGTGTTTTTTT*T
TTATCTTCTCTTCTTTGAACTGGTGGATGAGGATAAGAAATGAGTTTGTTTTGTAATTTA
TTTCAATTGTTTTGATGAATAAGATATAACACTTTCGGTGTTACGTT


BQ
10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 

AF RR3CA78JQ C 1
AF RR3CA78TF U 101
AF RR3GU89JQ C 3
AF RR3GU89TF U 3
AF RR3DT87JQ C 1
AF RR3DT87TF U 1
BS 1 4 RR3CA78JQ
BS 5 100 RR3GU89TF
BS 101 647 RR3CA78TF

RD RR3CA78JQ 647 0 0
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TTAGAAACTCTCTTGCCATCTTCTTTGCCTTGAACATCATCTTCTTCACAATAACAGAAG
CCGCCCGCTCTGGTTGTCCACCTGGGTCATACAAACCCAAGCCGCCTTCCCCAACCCCTC
CAGCCATCCAGACATGCCCAAAAGATACAATAAAGCTCGGTGTTCGTGTTAAGGCGCTTA
ACTTATTGAATGTGACATTAGGTGCTCCTCCAGTTAAACCGTGTTGCAGCATCATTGACG
GTTTGGTCGATCTAGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGTACCGCGCTTAAAGCTAGCATTCTCG
GCATCAACATTAACCTTCCAATCAACCTTAGCTTGCTTCTCAACGTTTGCAGCAGAAAGG
CTCCACGCGGCTTCCAATGCCCTTAATTTCTCAAACACGTCAAAATATTGCTAAATTCTG
AATTTCTTGCTATGTTTCAATTTGGTCGAACTTTTGTTTGTGCTTCCTGTGTTTTTTT*T
TTATCTTCTCTTCTTTGAACTGGTGGATGAGGATAAGAAATGAGTTTGTTTTGTAATTTA
TTTCAATTGTTTTGATGAATAAGATATAACACTTTCGGTGTTACGTT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3CA78TF 547 0 0
CTTCTTCACAATAACAGAAGCCGCCCGCTCTGGTTGTCCACCTGGGTCATACAAACCCAA
GCCGCCTTCCCCAACCCCTCCAGCCATCCAGACATGCCCAAAAGATACAATAAAGCTCGG
TGTTCGTGTTAAGGCGCTTAACTTATTGAATGTGACATTAGGTGCTCCTCCAGTTAAACC
GTGTTGCAGCATCATTGACGGTTTGGTCGATCTAGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGTACCGC
GCTTAAAGCTAGCATTCTCGGCATCAACATTAACCTTCCAATCAACCTTAGCTTGCTTCT
CAACGTTTGCAGCAGAAAGGCTCCACGCGGCTTCCAATGCCCTTAATTTCTCAAACACGT
CAAAATATTGCTAAATTCTGAATTTCTTGCTATGTTTCAATTTGGTCGAACTTTTGTTTG
TGCTTCCTGTGTTTTTTT*TTTATCTTCTCTTCTTTGAACTGGTGGATGAGGATAAGAAA
TGAGTTTGTTTTGTAATTTATTTCAATTGTTTTGATGAATAAGATATAACACTTTCGGTG
TTACGTT

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR3GU89JQ 645 0 0
GG
ACCAATCTCAGAATAAGAACACTACAATCTTCTTTCAAGGCTAAGAAAAATGGCTTTTAG
AAACTCTCTTGCCATCTTCTTTGCCTTGAACATCATCTTCTTCACAATAACAGAAGCCGC
CCGCTCTGGTTGTCCACCTGGGTCATACAAACCCAAGCCGCCTTCCCCAACCCCTCCAGC
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ATTGAATGTGACATTAGGTGCTCCTCCAGTTAAACCGTGTTGCAGCCTCATTGACGGTTT
GGTCGATCTAGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGTACCGCGCTTAAAGCTAGCATTCTCGGCAT
CAACATTAACCTTCCAATCAACCTTAGCTTGCTTCTCAACGTTTGCAGCAGAAAGGCTCC
ACGCGGCTTCCAATGCCCTTAATTTCTCAAACACGTCAAAATATTGCTAAATTCTGAATT
TCTTGCTATGTTTCAATTTGGTCGAACTTTTGTTTGTGTTTCCTGTGTTTTTTTATTTAT
CTTCTCTTCTTTGAACTGGTGGATGAGGATAAGAAATGAGTTTGTTTTGTAATTT**TTC
AATTGTTTTGATGAATAAGATATAACACTTCCGGTGTTACGTT

QA 3 645 3 645
DS 

RD RR3GU89TF 645 0 0
GG
ACCAATCTCAGAATAAGAACACTACAATCTTCTTTCAAGGCTAAGAAAAATGGCTTTTAG
AAACTCTCTTGCCATCTTCTTTGCCTTGAACATCATCTTCTTCACAATAACAGAAGCCGC
CCGCTCTGGTTGTCCACCTGGGTCATACAAACCCAAGCCGCCTTCCCCAACCCCTCCAGC
CATCCAGACATGCCCAAAAGATACAATAAAGCTCGGTGTTTGTGTTAAGGCGCTTAACTT
ATTGAATGTGACATTAGGTGCTCCTCCAGTTAAACCGTGTTGCAGCCTCATTGACGGTTT
GGTCGATCTAGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGTACCGCGCTTAAAGCTAGCATTCTCGGCAT
CAACATTAACCTTCCAATCAACCTTAGCTTGCTTCTCAACGTTTGCAGCAGAAAGGCTCC
ACGCGGCTTCCAATGCCCTTAATTTCTCAAACACGTCAAAATATTGCTAAATTCTGAATT
TCTTGCTATGTTTCAATTTGGTCGAACTTTTGTTTGTGTTTCCTGTGTTTTTTTATTTAT
CTTCTCTTCTTTGAACTGGTGGATGAGGATAAGAAATGAGTTTGTTTTGTAATTT**TTC
AATTGTTTTGATGAATAAGATATAACACTTCCGGTGTTACGTT

QA 3 645 3 645
DS 

RD RR3DT87JQ 647 0 0
GGTC
ACCAATCTCAGAATAAGAACACTACAATCTTCTTTCAAGGCTAAGAAAAATGGCTTTTAG
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AATTGTTTTGATGAATAAGATATAACACTTTCGGTGTTACGTT

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DS 

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GGTC
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AAACTCTCTTGCCATCTTCTTTGCCTTGAACATCATCTTCTTCACAATAACAGAAGCCGC
CCGCTCTGGTTGTCCACCTGGGTCATACAAACCCAAGCCGCCTTCCCCAACCCCTCCAGC
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GGTCGATCTAGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGTACCGCGCTTAAAGCTAGCATTCTCGGCAT
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AATTGTTTTGATGAATAAGATATAACACTTTCGGTGTTACGTT

QA 5 647 5 647
DS 



AS 0 0

AS 2 5

CO CL1374Contig1 1339 3 13 U
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CGTTCTCTCCTTCACCTTACGTCCATCGTCCTAGTCAAGCTCGAGGATCCAGATCCTCCA
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TCTACATCCCTCCACGTGAGGTGCACGTGCAAGTGAAACACTCCATGCCACCACAAAAGC
TGGAGATCTTCAAGTCCCTAGAAGGATGGGCCGACCAGACCCTCTTGACTTATTTAAAAC
CTGTTGAGAAGTCGTGGCAGCCTACCGATTTTCTCCCTGAAGCCGAGTCTGAAGGGTTCT
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TGCTTGTTGGTGATATGATCACTGAAGAAGCGCTCCCGACTTACCAGACCATGCTGAACA
CCTTGGATGGTGTTAGGGATGAGACGGGAGCTAGTCCTACTCCTTGGGCGGTTTGGACTA
GGGCTTGGACTGCTGAAGAGAATAGGCATGGGGATTTGCTTAATAAGTATCTTTATTTGT
CTGGGAGAGTTGACATGAGGCAGATTGAAAAGACTATTCAGTACCTTATTGGCTCTGGAA
TGGATCCAAAAACTGAGAACAACCCTTACTTGGGTTTCATCTACACTTCCTTCCAAGAAA
GAGCCACCTTCATTTCCCATGGTAACACTGCCAGACACGCGAAAGATCTTGGAGATTTGA
AACTTGCGCAGATATGCGGGACCATTGCTGCTGACGAGAAGCGGCACGAGACTGCTTACA
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ATGCTGATATTCTGGAGTTTCTTGTTGAACGGTGGAACGTTGAGACTTTGTCAGGCCTTT
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GAAATATGTTATGTTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B070TF U 1
AF RR3EC43TF U 353
AF RR3BP83JQ C 556
BS 1 552 RR3B070TF
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BS 857 906 RR3B070TF
BS 907 1070 RR3EC43TF
BS 1071 1339 RR3BP83JQ

RD RR3B070TF 906 0 0
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CGTTCTCTCCTTCACCTTACGTCCATCGTCCTAGTCAAGCTCGAGGATCCAGATCCTCCA
TAGTCTCCATGGCTTCTACGATCCGCTCCGCTTCTACAGAGGTTACGAATGGAAGGAAAC
TCTACATCCCTCCACGTGAGGTGCACGTGCAAGTGAAACACTCCATGCCACCACAAAAGC
TGGAGATCTTCAAGTCCCTAGAAGGATGGGCCGACCAGACCCTCTTGACTTATTTAAAAC
CTGTTGAGAAGTCGTGGCAGCCTACCGATTTTCTCCCTGAAGCCGAGTCTGAAGGGTTCT
ATGACCAAGTCAAGGAGCTGAGGGAACGGTGTAAGGAGCTTCCCGACGAGTATTTCGTGG
TGCTTGTTGGTGATATGATCACTGAAGAAGCGCTCCCGACTTACCAGACCATGCTGAACA
CCTTGGATGGTGTTAGGGATGAGACGGGAGCTAGTCCTACTCCTTGGGCGGTTTGGACTA
GGGCTTGGACTGTTGAAGAGAATAGGCATGGGGATTTGCTTAATAAGTATCTTTATTTGT
CTGGGAGAGTTGACATGAGGCAGATTGAAAAGACTATTCAGTACCTTATTGGCTCTGGAA
TGGATCCAAAAACTGAGAACAACCCTTACTTGGGTTTCATCTACACTTCCTTCCAAGAAA
GAGCCACCTTCATTTCCCATGGTAACACTGCCAGGCACGCGAAAGATCTTGGAGATTTGA
AACTTGCGCAGATATGCGGGACCATTGCTGCTGACGAGA*GCGGCACGAGACTGCTTACA
CCA*GATTGTGGAGA*GCTCTTTGAGATTGACGCTGATGGCACGATCTTGGGATTGGCTG
ATATGA

QA 1 906 1 906
DS 

RD RR3EC43TF 718 0 0
G
GGGTTCTATGACCAAGTCAAGGAGCTGAGGGAACGGTGTAAGGAGCTTCCCGACGAGTAT
TTCGTGGTGCTTGTTGGTGATATGATCACTGAAGAAGCGCTCCCGACTTACCAGACCATG
CTGAACACCTTGGATGGTGTTAGGGATGAGACGGGAGCTAGTCCTACTCCTTGGGCGGTT
TGGACTAGGGCTTGTACTGCTGAAGAGAATAGGCATGGGGATTTGCTTAATAAGTATCTT
TATTTGTCTGGGAGAGTTGACATGAGGCAGATTGAAAAGACTATTCAGTACCTTATTGGC
TCTGGAATGGATCCAAAAACTGAGAACAACCCTTACTTGGGTTTCATCTACACTTCCTTC
CAAGAAAGAGCCACCTTCATTTCCCATGGTAACACTGCCAGACACGCGAAAGATCTTGGA
GATTTGAAACTTGCGCAGATATGCGGGACCATTGCTGCTGACGAGAAGCGGCACGAGACT
GCTTACACCAAGATTGTGGAGAAGCTCTTTGAGATTGACGCTGATGGCACGATCTTGGGA
TTGGCTGATATGATGAAGAAAAAGATCTCGATGCCTGCGCATTTGATGTATGATGGCCGA
GATGATAACCTGTTTGAGCACTTTTCGACTGTTGCCCAGAGGCTTGGTGTTTACACTGCC
AAGGACTATGCTGATATTCTGGAGTTTCTTGTTGAACGGTGGAACGTTGAGACTTTG

QA 2 718 2 718
DS 

RD RR3BP83JQ 784 0 0
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TGAGGCAGATTGAAAAGACTATTCAGTACCTTATTGGCTCTGGAATGGATCCAAAAACTG
AGAACAACCCTTACTTGGGTTTCATCTACACTTCCTTCCAAGAAAGAGCCACCTTCATTT
CCCATGGTAACACTGCCAGACACGCGAAAGATCTTGGAGATTTGAAACTTGCGCAGATAT
GCGGGACCATTGCTGCTGACGAGAAGCGCCACGAGACTGCTTACACCAAGATTGTGGAGA
AGCTCTTTGAGATTGACGCTGACGGCACGATCTTGGGATTGGCTGATATGATGAAGAAAA
AGATCTCGATGCCTGCGCATTTGATGTATGATGGCCGAGATGATAACCTGTTTGAGCACT
TTTCGACTGTTGCCCAGAGGCTTGGTGTTTACACTGCCAAGGACTATGCTGATATTCTGG
AGTTTCTTGTTGAACGGTGGAACGTTGAGACTTTGTCAGGCCTTTCTAGTGAAGGAAACA
GGGCACAGGACTTTGTCTGCGGATTACCTGCAAGAATCCGCAAAATTGAAGAGAGAGCTC
AAGGAAGAGCCAAAGAAGCAGCCAAAAACGTACCATTCAGCTGGATTTTTGGTCGAGAGA
TTAGGGCTTGAGACTAAACAGTTGTCTTTTCAAATTATCCCCAAAGTAAGCCATAAATTT
CTTCACCTATGAAGAAGCCACTTTTAAGACCACGAAAGTTCATTTGAAATATGTTATGTT
TTAC

QA 1 784 1 784
DS 



CO CL1374Contig2 791 2 3 U
GACTTCACAGACCATTCTTTACTTATGAGAGAACATTATTTATTCGTTACTGATACAACG
AAAACAGAACCAAATATAAAGAGACACACTCTTAAGTCTTGTCCTTGGTAACGAGATACT
CAAAACAGCATGACTTTATCTACAACGTTCCGTGTAAAACAAAACATATTCAAATGAACT
TTCGTGGTCTTAAAAGTGGCTTCTTCATAGGTGAAGAAATTTATGGCTTACTTTGGGTTG
GGGATAATTTGAAAGACGACTGTTTACTTTAAGCCCTAATCTCTCGACCAAAAATCCAGC
TGAATGGTACGTTTTTGGCTGCTTCTTGGCTCTTCCTTGAGCACTCTCTTCGATTTTGCG
GAATCTTGTAGGTAATCCGCAGACAAAGTCCTGTGCCCTGTTTCCTTCACTAGAAAGCCC
TGACAAAGTCTCAACGTTCCACCGTTCAACAAGAAACTCCAGAATATCAGCATAGTCCTT
GGCAGTGTAAACACCAAGCCTCTGGGCAACAGTCGAAAAGTGCTCAAACAGGTTATCATC
TCGGCCATCATACATCAAATGCGCAGGCATCGAGATCTTTTTCTTCATCATATCAGCCAA
TCCCAAGATCGTGCCATCAGCGTCAATCTCAAAGAGCTTCTCCACAATCTTGGTGTAAGC
AGTCTCGTGCCGCTTCTCGTCAGCAGCAATGGTCCCGCATATCTGCGCAAGTTTCAAATC
TCCAAGATCTTTCGCGTGTCTGGCAGTGTTACCATGGGAAATGAAGTGGCTCTTTCTTGG
AAGAAGTGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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BQ
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TACCAAAAACTATTATGTAAAAGTTGAAGGCCTTCCCACGATCTTCCATCGTGACACGTG
TCACAGGCACAACAAATATGGCGTGTCTCTCGCAAACCACGTTCGACGTCGGTGGAACTT
CAGCTCTCAGCGAGATGACTTCTGAGGAAAACTTGTTTAGGAAGTAGGAGTCTGCAAAGT
AGGCAGGCGTGCACTGGTATGCTTGTGTGTTGCAAAGCTGAACACCTTCTGCTCTGTGAA
ACACCTCTTCTGGTACCGAACCAGCTCCTCTCGTTGCACTCACCTTTCGCTTCGAAAGCG
TCTTCCATCTTACAACTGCGATACTGCTTGTCAGAA

QA 1 516 1 516
DS 

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TCAAAGTAGACAAAGTTCAAAAGACCCAACTCTGTGTGTTTTCAAACCTTTAACCACTCA
AGACAAGGACACAAACCCCAGCAGAACCTCGCAGGGTAATAATCTTTCATGTAAATCTCT
TTACCAAAACCTATTATGTAAAAGTTGAAGGCCTTCCCACGATCTTCCATCGTGACACGT
GTCACAGGCACAACAGATATGGCGTGTCTCTCGCAGACCACGTTCGCCGTCGGTGGAACT
TCAGCTCTCAGCGAGATGACTTCTGAGGAGAACTTGTTTAGGAAGTAGGAGTCTGCAAAG
TAGGCAGGCGTGCACTGGTATGCTTGTGTGTTGCAAAGCTGAACACCTTCTGCTCTGTGA
AACACCTCTTCTGGTACCGAACCAGCTCCTCTCGTTGCACTCACCTTTCGCTTCGAAAGC
GTCTTCCATCTTACAACTGCGATACTGCTTGTCAGAAGAGAGCCGTTACCGTCACAAGTC
TGGCATTTGATTAACCCGCGAGACTGGCAGTTAGGACAAGGAAGCTTTCCCTCACCGTTA
CAGTCTGCACATATTGAGTCGGATCCATCTTTATGAGCAATCAAACCTCTTCCATAACAA
GGAGAACACTTCATCATCTGATTCTCCTTGTAAAACCCAGGCTCTCCATCAGCATTACA

QA 1 719 1 719
DS 

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GACCCAACTCTGTGTGTTTTCAAACCTTTAACCACTCAAGACAAGGACACAAACCCCAGC
AGAACCTCGCAGGGTAATAATCTTT**TGTAAATCTCTTTACCAAAACCTATTATGTAAA
AGTTGAAGGCCTTCCCACGATCTTACATCGTGACACGTGTCACAGGCACAACAGATATGG
CGTGTCTCTCGCAGACCACGTTCGCCGTCGGTGGAACTTCAGCTCTCAGCGAGATGACTT
CTGAGGAGAACTTGTTTAGGAAGTAGGAGTCTGCAAAGTAGGCAGGCGTGCACTGGTATG
CTTGTGTGTTGCAAAGCTGAACACCTTCTGCTCTGTGAAACACCTCTTCTGGTACCGAAC
CAGCTCCTCTCGTTGCACTCACCTTTCGCTTCGAAAGCGTCTTCCATCTTACAACTGCGA
TACTGCTTGTCAGAAGAGAGCCGTTACCGTCACAAGTCTGGCATTTGATTAACCCGCGAG
ACTGGCAGTTAGGACAAGGAAGCTTTCCCTCACCGTTACAGTCTGCACATATTGAGTCGG
ATCCATCTTTATGAGCAATCAAACCTCTTCCATAACAAGGAGAACACTTCATCATCTGAT
TCTCCTTGTAAAACCCAGGCTCTCCATCAGCATTACACGTCGGACATACTACTTCACCTC
TTCCTACGCAACCTGTGCACTTGTCAACAGTCTCAGAA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3F582TF 732 0 0
ACACGTGTCACAGGCACAACAGATATGGCGTGTCTCTCGCAGACCACGTTCGACGTCGGT
GGAACTTCAGCTCTCAGCGAGATGACTTCTGAGGAGAACTTGTTTAGGAAGTAGGAGTCT
GCAAAGTAGGCAGGCGTGCACTGGTATGCTTGTGTGTTGCAAAGCTGAACACCTTCTGCT
CTGTGAAACACCTCTTCTGGTACCGAACCAGCTCCTCTCGTTGCACTCACCTTTCGCTTC
GAAAGCGTCTTCCATCTTACAACTGCGATACTGCTTGTCAGAAGAGAGCCGTTACCGTCA
CAAGTCTGGCATTTGATTAACCCGCGAGACTGGCAGTTAGGACAAGGAAGCTTTCCCTCA
CCGTTACAGTCTGCACATATTGAGTCGGATCCATCTTTATGAGCAATCAAACCTCTTCCA
TAACAAGGAGAACACTTCATCATCTGATTCTCCTTGTAAAACCCAGGCTCTCCATCAGCA
TTACACGTCGGACATACTACTTCACCTCTTCCTACGCAACCTGTGCACTTGTCAACAGTC
TCAGAATGAGGAACCGGGACTCGAGTTTCTTTGTAAGGGACAAGGAGAGTAGGGAACTGT
GATCTCAGGTCCAGTTGCCATAACTCAGGTGCGGTTCCATGTTTCTTTCCGCTGAAGTTG
CCACCAGTGAAAGGCACTGTCTGTGTTAAAGCTTCCCTCTCTTCGATGAAAGTGTCGAGA
GTTCCGACGTA
C

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3DV65TF 694 0 0
TCT
CTTGTAAAACCCAGGCTCTCCATCAGCATTACACGTCGGACATACTACTTCACCTCTTCC
TACGCAACCTGTGCACTTGTCAACAGTCTCAGAATGAGGAACCGGGACTCGAGTTTCTTT
GTAAGAGACAAAGAGAGTAGGGAACTGTGATCTCAGGTCCAGTTGCCATAACTCAGGTGC
GGTTCCATGTTTCTTTCCGCTGAAGTTGCCACCAGTGAAAGGCACTGTCTGTGTTAAAGC
TTCCCTCTCTTCGATGAAAGTGTCGAGAGTTCCGACGTAGACATTGCAGTCTTCGACAGC
ACGGATCTTCCACGTGCGAGCGGGACGGCTTCCCCAACAGCAACGGTGGCCGATGTGATC
AATGAGCAGCTCTCTTATCTCAATCTCATCAAGCACTTGCCTTTGAAGCTCTTGACCTGC
TCCAGATACACTCGGATAGCCAATAGCTTCCGGAGTGG*CAACGAAACAGGGGTGGTTAA
CACGGGAGGATAGAGAGGAGGAGGATCGGAAACAGGGGAAGCGGAACGGACTTCTTCGAG
GGTGACGCCAGCTCCGGGGAAAGAAACGTTGTTACGAGCAGAGGAGCTGTTTCTCTGAAG
GTACTGGTATGAATCCCATCTCTCGGATTCCTTCGCTTTATCTGAAAGCAGAGGCTTCTC
CATTGATCACGAATCTCTCTCTCTCTCTC
CC

QA 4 692 4 692
DS 

RD RR3DS67TF 613 0 0
TCTTTCCGCTGAAGTTGCCACCAGTGAAAGGCACTGTCTGTGTTAAAGCTTCCCTCTCTT
CGATGAAAGTGTCGAGAGTTCCGACGTAGACATTGCAGTCTTCGACAGCACGGATCTTCC
ACGTGCGAGCGGGACGGCTTCCCCAACAGCAACGGTGGCCGATGTGATCAATGAGCAGCT
CTCTTATCTCAATCTCATCAAGCACTTGCCTTTGAAGCTCTTGACCTGCTCCAGATACAC
TCGGATAGCCAATAGATTCCGGAGTGGGCAACGAAACAGGGGTGGTTAACACGGGAGGAT
AGAGAGGAGGAGGATCGGAAACAGGGGAAGCGGAACGGACTTCTTCGAGGGTGACGCCAG
CTCCGGGGAAAGAAACGTTGTTACGAGCAGAGGAGCTGTTTCTCTGAAGGTACTGGTATG
AATCCCATCTCTCGGATTCCTTCGCTTTATCTGAAAGCAGAGGCTTCTCCATTGATCACG
AATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTATCGCTCTTTGTGTTTCTCTGAAACCACCGATA
TAGAGAGGTAAGAAAGAGATTTTTCTTACGGAGTAAGGAAACGCCAAAGTCAATTCCGAT
CCTGTTTTGCTCC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 6

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GACGAAGAATATGAGGGAGACGGTGAAGTTGATAAGCATGGAGGGTTTCGAGTTCATCAT
CGACAGGGAAGCCGCCATGGTTTCTCATACTATCCGGAGCATGCTCACTTCTCCAGGTGG
CTTTTCGGAATCGAAAGATGGTGTGGTGACTTTCCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGA
GAAGATCTGCCAGTACTTCTATTGGTCTCTACAGTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTT
CCACATCGAGCCTGAACTGACTCTCGAGCTAATGATGGCTGCTAATTATCTTCACACTTG
AAGACTTAAAATGATAACGGTCCTGAACGTAAACATGTAAATCCCTGGAGCACTTTTGTG
GGGTTTATTTAACATTTGACAAAAATTGAGTTCTTGTAGAACTATTGAATAGCTCCAAGG
GGAAACTCGTCTACTTTGTTTACTAGTTATGACTATTTAATACAGCATCAAAGTTCCTGT
GGCGTTATTCGTTGCTTATGTTCTAACAGCTCTGTTATAAGCAACAAACATATGTCCTAA
TAAACGATTTGTTTTAGTGCCGAATAGGTATGTGCCGTTTGATATGACTTACCTAACATG
CCAATTTTATAGGAAGATTACAGAACAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GA67JQ C 1
AF RR3GA67TF U 1
AF RR3EB33TF U 10
AF RR3EB45TF U 10
AF RR3EB33JQ C 10
AF RR3EB45JQ C 148
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RD RR3GA67JQ 543 0 0
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CGACAGGGAAGCCGCCATGGTTTCTCATACTATCCGGAGCATGCTCACTTCTCCAGGTGG
CTTTTCGGAATCGAAAGATGGTGTGGTGACTTTCCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGA
GAAGATCTGCCAGTACTTCTATTGGTCTCTACAGTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTT
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GGGTTTATTTAACATTTGACAAAAATTGAGTTCTTGTAGAACTATTGAATAGCTCCAAGG
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GG
G

QA 1 542 1 542
DS 

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GGACGCGCGTTGTAGAGAACAGAGGAAGAAGCCTAAGCCGACGACGCGAGAGACGACGAC
GACGAAGAATATGAGGGAGACGGTGAAGTTGATAAGCATGGAGGGTTTCGAGTTCATCAT
CGACAGGGAAGCCGCCATGGTTTCTCATACTATCCGGAGCATGCTCACTTCTCCAGGTGG
CTTTTCGGAATCGAAAGATGGTGTGGTGACTTTCCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGA
GAAGATCTGCCAGTACTTCTATTGGTCTCTACAGTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTT
CCACATCGAGCCTGAACTGGCTCTCGAGCTAATGATGGCTGCTAATTATCTTCACACTTG
AAGACTTAAAATGATAACGGTCCTGAACGTAAACATGTAAATCCCTGGAGCACTTTTGTG
GGGTTTATTTAACATTTGACAAAAATTGAGTTCTTGTAGAACTATTGAATAGCTCCAAGG
GGAAACTCGTCTACTTTGTTTACTAGTTATGACTATTTAATACAACATCAAAGTTCCTGT
GG
G

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR3EB33TF 575 0 0
GG
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ACATTTGACAAAAATTGAGTTCTTGTAGAACTATTGAATAGCTCCAAGGGGAAACTCGTC
TACTTTGTTTACTAGTTATGACTATTTAATACAGCATCAAAGTTCCTGTGGCGTTATTCG
TTGCTTATGTTCTAACAGCTCTGTTATAAGCAA

QA 3 575 3 575
DS 

RD RR3EB45TF 610 0 0
GG
GTAGAGAACAGAGGAAGAAGCCTAAGCCGACGACGCGAGAGACGACGACGACGAAGAATA
TGAGGGAGACGGTGAAGTTGATAAGCATGGAGGGTTTCGAGTTCATCATCGACAGGGAAG
CCGCCATGGTTTCTCATACTATCCGGAGCATGCTCACTTCTCCAGGTGGCTTTTCGGAAT
CGAAAGATGGTGTGGTGACTTTCCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGAGAAGATCTGCC
AGTACTTCTATTGGTCTCTACAGTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTTCCACATCGAGC
CTGAACTGACTCTCGAGCTAATGATGGCTGCTAATTATCTTCACACTTGAAGACTTAAAA
TGATAACGGTCCTGAACGTAAACATGTAAATCCCTGGAGCACTTTTGTGGGGTTTATTTA
ACATTTGACAAAAATTGAGTTCTTGTAGAACTATTGAATAGCTCCAAGGGGAAACTCGTC
TACTTTGTTTACTAGTTATGACTATTTAATACAGCATCAAAGTTCCTGTGGCGTTATTCG
TTGCTTATGTTCTAACAGCTCTGTTATAAGCAACAAACATATGTCCTAATAAACGATTTG
TTTTAGTG

QA 3 610 3 610
DS 

RD RR3EB33JQ 679 0 0
GG
GTAGAGAACAGAGGAAGAAGCCTAAGCCGACGACGCGAGAGACGACGACGACGAAGAATA
TGAGGGAGACGGTGAAGTTGATAAGCATGGAGGGTTTCGAGTTCATCATCGACAGGGAAG
CCGCCATGGTTTCTCATACTATCCGGAGCATGCTCACTTCTCCAGGTGGCTTTTCGGAAT
CGAAAGATGGTGTGGTGACTTTCCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGAGAAGATCTGCC
AGTACTTCTATTGGTCTCTACAGTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTTCCACATCGAGC
CTGAACTGACTCTCGAGCTAATGATGGCTGCTAATTATCTTCACACTTGAAGACTTAAAA
TGATAACGGTCCTGAACGTAAACATGTAAATCCCTGGAGCACTTTTGTGGGGTTTATTTA
ACATTTGACAAAAATTGAGTTCTTGTAGAACTATTGAATAGCTCCAAGGGGAAACTCGTC
TACTTTGTTTACTAGTTATGACTATTTAATACAGCATCAAAGTTCCTGTGGCGTTATTCG
TTGCTTATGTTCTAACAGCTCTGTTATAAGCAACAAACATATGTCCTAATAAACGATTTG
TTTTAGTGCCGAATAGGTATGTGCCGTTTGATATGACTTACCTAACATGCCAATTTTATA
GGAAGATTACAGAACAC

QA 3 679 3 679
DS 

RD RR3EB45JQ 541 0 0
TACTATCCGGAGCATGCTCACTTCTCCAGGTGGCTTTTCGGAATCGAAAGATGGTGTGGT
GACTTTCCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGAGAAGATCTGCCAGTACTTCTATTGGTC
TCTACAGTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTTCCACATCGAGCCTGAACTGACTCTCGA
GCTAATGATGGCTGCTAATTATCTTCACACTTGAAGACTTAAAATGATAACGGTCCTGAA
CGTAAACATGTAAATCCCTGGAGCACTTTTGTGGGGTTTATTTAACATTTGACAAAAATT
GAGTTCTTGTAGAACTATTGAATAGCTCCAAGGGGAAACTCGTCTACTTTGTTTACTAGT
TATGACTATTTAATACAGCATCAAAGTTCCTGTGGCGTTATTCGTTGCTTATGTTCTAAC
AGCTCTGTTATAAGCAACAAACATATGTCCTAATAAACGATTTGTTTTAGTGCCGAATAG
GTATGTGCCGTTTGATATGACTTACCTAACATGCCAATTTTATAGGAAGATTACAGAACA
C

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 5

CO CL1377Contig1 702 5 9 U
TTAGCTCAGCTGGTTGCTACTCTCATTGCCGTGTATGCAAACTGGGATTTTGCAAGAATC
AGAGGTACTGGGTGGGGATGGGCAGGAGTTATCTGGTTATACAGTTTAGTTACTTACATC
CCTTTGGATATCCTCAAGTTCATCATCAGATATGCACTAAGTGGTAGAGCTTGGGATAAT
GTCATTGAGAACAAGACCGCTTTCACGTCAAAGAAAGACTATGGAAAGGGAGAGAGGGAA
GCACAATGGGCACAAGCTCAACGTACTCTTCACGGGTTGCAACCTGCTCAACCCTCAGAG
ATGTTCAATGATAAGAGCACTTACAGAGAACTTTCAGAGATAGCAGATCAGGCCAAGAGA
CGAGCCGAAGTCGCAAGGTTAAGAGAGCGTCATACCTTGAAAGGGCACGTGGAATCAGTG
GTGAAGCAGAAAGGACTTGACATAGAGGCTATCCAGCAACACTACACCCTGTGATTTAAG
AAACAAGGGCTTCTCAGTTTAGTTTAGAAGCAAAACCACAAGAGTATTGAATAATAAACC
ACCACCTTCATCACTAGAAAAATACTGCAAAAAGAAAAAGAAAAGAAATGTTTCTTTTAT
GAGCAGTAGCTGTTGGCTGCTTTATTTGTTTTGAGATATTCTTGTTTTTATTGCATTTAC
AGAACTAATAAGATTTTACAATTACTTTAGAATTCTTATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ77JQ C 1
AF RR3CV48TF U 485
AF RR3GW45JQ C 18
AF RR3GW45TF U 18
AF RR3ER31TF U 432
BS 1 18 RR3BZ77JQ
BS 19 485 RR3GW45TF
BS 486 513 RR3CV48TF
BS 514 514 RR3GW45TF
BS 515 661 RR3CV48TF
BS 662 662 RR3GW45TF
BS 663 688 RR3CV48TF
BS 689 692 RR3GW45TF
BS 693 702 RR3ER31TF

RD RR3BZ77JQ 690 0 0
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AGAGGTACTGGGTGGGGATGGGCAGGAGTTATCTGGTTATACAGTTTAGTTACTTACATC
CCTTTGGATATCCTCAAGTTCATCATCAGATATGCACTAAGTGGTAGAGCTTGGGATAAT
GTCATTGAGAACAAGACCGCTTTCACGTCAAAGAAAGACTATGGAAAGGGAGAGAGGGAA
GCACAATGGGCACAAGCTCAACGTACTCTTCACGGGTTGCAACCTGCTCAACCCTCAGAG
ATGTTCAATGATAAGAGCACTTACAGAGAACTTTCAGAGATAGCAGATCAGGCCAAGAGA
CGAGCTGAAGTCGCAAGGTTAAGAGAGCGTCATACCTTGAAAGGTCACGTGGAATCAGTG
GTGAAGCAGAAAGGACTTGACATAGAGGCTATCCAGCAACACTACACCCTGTGATTTAAG
AAACAAGGGCTTCTCAGTTTAGTTTAGAAGCAAAACCACAAGAGTATTGAATAATAAACC
ACCACCTTCATCACTAGAAAAATACTGCAAAAAGAAAAAGAAAAGAAATGTTTCTTTTAT
GAGCAGTAGCTGTTGGCTGCTTTATTTGTTTTGAGATATTCTTGTTTTTATTGCATTTAC
AGAACTAATAAGATTTTACAATTACTTTAG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3CV48TF 204 0 0
G
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CTTCATCACTAGAAAAATACTGCAAAAAGAAAAAGAAAAGAAATGTTTCTTTTATGAGCA
GTAGCTGTTGGCTGCTTTATTTGTTTTGAGATATTCTTGTTTTTATTGCATTTACATAAC
TAATAAGATTTTACAATTACTTT

QA 2 204 2 204
DS 

RD RR3GW45JQ 673 0 0
G
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TGGGCAGGAGTTATCTGGTTATACAGTTTAGTTACTTACATCCCTTTGGATATCCTCAAG
TTCATCATCAGATATGCACTAAGTGGTAGAGCTTGGGATAATGTCATTGAGAACAAGACC
GCTTTCACGTCAAAGAAAGACTATGGAAAGGGAGAGAGGGAAGCACAATGGGCACAAGCT
CAACGTACTCTTCACGGGTTGCAACCTGCTCAACCCTCAGAGATGTTCAATGATAAGAGC
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GACATAGAGGCTATCCAGCAACACTACACCCTGTGATTTAAGAAACAAGGGCTTCTCAGT
TTAGTTTAGAAGCAAAATCACAAGAGTATTGAATAATAAACCACCCCCTTCATCACTAGA
AAAATACTGCAAAAAGAAAAAGAAAAGAAATGTTTCTTTTATGAGCAGTAGCTGTTGGCT
GCTTTATTTGTTTTGAGATATTCTTGTTTTTATTGCATTTACAGAACTAATAAGATTTTA
CAATTACTTTAG

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DS 

RD RR3GW45TF 681 0 0
G
ACTCTCATTGCCGTGTATGCAAACTGGGATTTTGCAAGAATCAGAGGTACTGGGTGGGGA
TGGGCAGGAGTTATCTGGTTATACAGTTTAGTTACTTACATCCCTTTGGATATCCTCAAG
TTCATCATCAGATATGCACTAAGTGGTAGAGCTTGGGATAATGTCATTGAGAACAAGACC
GCTTTCACGTCAAAGAAAGACTATGGAAAGGGAGAGAGGGAAGCACAATGGGCACAAGCT
CAACGTACTCTTCACGGGTTGCAACCTGCTCAACCCTCAGAGATGTTCAATGATAAGAGC
ACTTACAGAGAACTTTCAGAGATAGCAGATCAGGCCAAGAGACGAGCCGAAGTCGCAAGG
TTAAGAGAGCGTCATACCTTGAAAGGGCACGTGGAATCAGTGGTGAAGCAGAAAGGACTT
GACATAGAGGCTATCCAGCAACACTACACCCTGTGATTTAAGAAACAAGGGCTTCTCAGT
TTAGTTTAGAAGCAAAATCACAAGAGTATTGAATAATAAACCACCACCTTCATCACTAGA
AAAATACTGCAAAAAGAAAAAGAAAAGAAATGTTTCTTTTATGAGCAGTAGCTGTTGGCT
GCTTTATTTGTTTTGAGATATTCTTGTTTTTATTGCATTTACAGAACTAATAAGATTTTA
CAATTACTTTAGAA
AAAAAA

QA 2 675 2 675
DS 

RD RR3ER31TF 271 0 0
G
GGACTTGACATAGAGGCTATCCAGCAACACTACACCCTGTGATTTAAGAAACAAGGGCTT
CTCAGTTTAGTTTAGAAGCAAAACCACAAGAGTATTGAATAATAAACCACCACCTTCATC
ACTAGAAAAATACTGCAAAAAGAAAAAGAAAAGACATGTTTCTTTTATGAGCAGTAGCTG
TTGGCTGCTTTATTTGTTTTGAGATATTCTTGTTTTTATTGCATTTACAGAACTAATAAG
ATTTTACAATTACTTTAGAATTCTTATTTC

QA 2 271 2 271
DS 



AS 1 4

CO CL1378Contig1 1064 4 18 U
CAGACAATCTTGAATAATATATTACTCTGGCAAAAAAAAGATTCTGAAATAAATGATATC
TGTTACAACCGTACATCCAGTTTGGGAGATTTGCATCACACACTGTGATGTGCTCCTCTG
GATTGAGAAATGCAAACGTGTGTCTTGTCATTGTCTGATTCCCATACCATTGTTAAATCC
CATATCCTATTCGAAGATGAAATGAGAATTGAGCGAGAATGTCTCATCGACGTTTGCCAA
AACCAACTCCTGCTTTCTTTTTTTGTCGTGCTTGTACTTTTTCAGGGCTTGGCAATCCAG
TTTTTTCTTCGTACTTCTTTTCCAAGGCCTCTAGCTCTTCACGAATGGTGTCAAGAACGT
CATCCGTCATTCTGTCGAAGAAGAGAACTCCCTCAAGGTGGTCGTATTCATGCTGGAAGA
TTCGTGCAGGTAAACGTGATAGACTGATTGAAAATCTTGCACCAGTAATGTCCCTTGCGT
CAATCTTGACAGATTGTGGTCGAATAACATCAGCATAGATCCCAGGGAAGGATAAGCATC
CTTCGTTAAACGGTACTAATTTATCAGAATATTTACTGATTTTCGGATTCACAAGAACAA
TCTCTTCTCCTTCACCAGACTCCCCAGCTGGATTAAACACCATGAGTTGAACATTGAGCC
CCACTTGTGGTGCTGACAGCCCGATGCCATCCGTTTTGTACATAACATCGAACATAGCAT
CGGCCAAGTTCTTCAAATTCTCGCCGAAAACACCAATCCTCTTGCACTTAGCGCGTAAGA
TAGGATCCGGATACTCGACGATCTTCAACGGCGTCTCGAATTGAAGATCAGAAGCAGAAG
CTACTTGATCGTCCTTCCGCGAGACGCGCTTTACGTTAGCTCTGACTGGAGATGTCAACG
GTCCGGTTCGGTTCGCGGCGGAGGAGAGCATGACGGTTGATTTGAGCCGTCCATAGCCGG
CGAAGAGATTCGTAGCGCGGCGTGAGAGAACCGGTGATAAGAAGCAAGAGAGAGGTGGAG
CTTGGAGGAAACAGTTACAGACGGCCATGGCTAGCTAGACACCG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP31JQ U 1
AF RR3CD56JQ U 1
AF RR3CA01JQ U 67
AF RR3EP31TF C 471
BS 1 37 RR3CD56JQ
BS 38 39 RR3EP31JQ
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BS 380 380 RR3EP31JQ
BS 381 504 RR3CD56JQ
BS 505 505 RR3EP31JQ
BS 506 575 RR3CD56JQ
BS 576 576 RR3EP31JQ
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BS 603 603 RR3EP31JQ
BS 604 646 RR3CD56JQ
BS 647 647 RR3EP31JQ
BS 648 673 RR3CD56JQ
BS 674 674 RR3CA01JQ
BS 675 684 RR3CD56JQ
BS 685 685 RR3CA01JQ
BS 686 779 RR3CD56JQ
BS 780 1064 RR3EP31TF

RD RR3EP31JQ 672 0 0
CG
GACAATCTTGAATAATATATTACTCTGGCAAAAAAAAGATTCTGAAATAAATGATATCTG
TTACAACCGTACATCCAGTTTGGGAGATTTGCATCACACAATGTGATGTGCTCCTCTGGA
TTGAGAAATGCAAACGTGTTTCTTGTCATCGTCTGATTCCCATACCATTGTTAAATCCCA
TATCCTATTCGAAGATGAAATGAGAATTGAGCGAGAATATCTCATCGACGTTTGCCAAAA
CCAACTCCTGCTTTCTTTTTTTGTCGTGCTTGTACTTTTTCAGGGCTTGGCAATCCAGTT
TCTTCTTCGTACTTCTTTTCCAAGGCCTCTAGCTCTTCACGAATGGTGTCAAGAACGTCA
TCCGTCATTCTGTCGAAGAAGAGAACTCCCTCAAGGTGGTCGTATTCATGCTGGAAGATT
CTTGCAGGTAAACGTGATAGACTGATTGAAAATCTTGCACCAGTAATGTCCCTTGCGTCA
ATCTTGACAGATTGTGGTCGAATAACATCAGCATAGATCCCAGGGAAGGATAAGCATCCT
TCGTTAAACGGTACTAATTTATCAGAATATTTACTGATTTTCGGATTCACAAGAACAATC
TCTTCTCCTTCACCAGACTCCCCAGCTGGATTAAACACCATGAGTTGAACATTGAGCCCC
ACTTGTGGTG

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR3CD56JQ 779 0 0
CAGACAATCTTGAATAATATATTACTCTGGCAAAAAA**GATTCTGAAATAAATGATATC
TGTTACAACCGTACATCCAGTTTGGGAGATTTGCATCACACACTGTGATGTGCTCCTCTG
GATTGAGAAATGCAAACGTGTGTCTTGTCATTGTCTGATTCCCATACCATTGTTAAATCC
CATATCCTATTCGAAGATGAAATGAGAATTGAGCGAGAATGTCTCATCGACGTTTGCCAA
AACCAACTCCTGCTTTCTTTTTTTGTCGTGCTTGTACTTTTTCAGGGCTTGGCAATCCAG
TTTTTTCTTCGTACTTCTTTTCCAAGGCCTCTAGCTCTTCACGAATGGTGTCAAGAACGT
CATCCGTCATTCTGTCGAAAAAGAGAACTCCCTCAAGGTGGTCGTATTCATGCTGGAAGA
TTCGTGCAGGTAAACGTGATAGACTGATTGAAAATCTTGCACCAGTAATGTCCCTTGCGT
CAATCTTGACAGATTGTGGTCGAACAACATCAGCATAGATCCCAGGGAAGGATAAGCATC
CTTCGTTAAACGGTACTAATTTATCAGAATATTTATTGATTTTCGGATTCACAAGAACAA
TCCCTTCTCCTTCACCAGACTCCCCAGCTGGATTAAACACCATGAGCTGAACATTGAGCC
CCACTTGTGGTGCCGACAGCCCGACGCCATCCGTTTTGTACATAACATCGAACATAGCAT
CGGCCAAGTTCTTCAAATTCTCGCCGAAAACACCAATCCTCTTGCACTTAGCGCGTAAG

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3CA01JQ 663 0 0
AACCGTACATCCAGTTTGGGAGATTTGCATCACACACTGTGATGTGCTCCTCTGGATTGA
GAAATGCAAACGTGTGTCTTGTCATTGTCTGATTCCCATACCATTGTTAAATCCCATATC
CTATTCGAAGATGAAATGAGAATTGAGCGAGAATGTCTCATCGACGTTTGCCAAAACCAA
CTCCTGCTTTCTTTTTTTGTCGTGCTTGTACTTTTTCAGGGCTTGGCAATCCAGTTTTTT
CTTCGTACTTCTTTTCCAAGGCCTCTAGCTCTTCACGAATGGTGTCAAGAACGTCATCCG
TCATTCTGTCGAAGAAGAGAACTCCCTCAAGGTGGTCGTATTCATGCTGGAAGATTCGTG
CAGGTAAACGTGATAGACTGATTGAAAATCTTGCACCAGTAATGTCCCTTGCGTCAATCT
TGACAGATTGTGGTCGAACAACATCAGCATAGATCCCAGGGAAGGATAAGCATCCTTCGT
TAAACGGTACTAATTTATCAGAATATTTATTGATTTTCGGATTCACAAGAACAATCTCTT
CTCCTTCACCAGACTCCCCAGCTGGATTAAACACCATGAGCTGAACATTGAGCCCCACTT
GTGGTGCTGACAGCCCGATGCCATCCGTTTTGTACATAACATCGAACATAGCATCGGCCA
AGT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3EP31TF 594 0 0
TCCCTTGCGTCAATCTTGACAGATTGTGGTCGAATAACATCAGCATAGATCCCAGGGAAG
GATAAGCATCCTTCGTTAAACGGTACTAATTTATCAGAATATTTACTGATTTTCGGATTC
ACAAGAACAATCTCTTCTCCTTCACCAGACTCCCCAGCTGGATTAAACACCATGAGTTGA
ACATTGAGCCCCACTTGTGGTGCTGAGAGCCCGATGCCATCCGTTTTGTACATAACATCG
AACATAGCATCGGCCAAGTTCTTCAAATTCTCGTCGAAAACACCAATCCTCTTGCACTTA
GCGCGTAAGATAGGATCCGGATACTCGACGATCTTCAACGGCGTCTCGAATTGAAGATCA
GAAGCAGAAGCTACTTGATCGTCCTTCCGCGAGACGCGCTTTACGTTAGCTCTGACTGGA
GATGTCAACGGTCCGGTTCGGTTCGCGGCGGAGGAGAGCATGACGGTTGATTTGAGCCGT
CCATAGCCGGCGAAGAGATTCGTAGCGCGGCGTGAGAGAACCGGTGATAAGAAGCAAGAG
AGAGGTGGAGCTTGGAGGAAACAGTTACAGACGGCCATGGCTAGCTAGACACCG

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 4

CO CL1379Contig1 757 4 51 U
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TATATATATAGCCCGACTCCTTGTATCCCTTAGAAAACTACTCTAAACCGATAAACCGAA
TCCTCCTAGGACA*CCACTTATTACCGGGTCGGGTCAAAACATTACCCAATACTTCATGT
AACTTTCTCAGTAAGACCTTTTACCATCGTTTGAGCCAAAACCACCAAAGCTGCTCCTTC
CACCTGACTGAGAAGAACGATCCGAACCAAAGCCCCCGAAACCAGAAGAACGGTCTGAAC
CGAAACCAGAAGAACGGTTGCTACGGCCACCACTGCTACCATAATCATCTGACCGACCAC
CAAAGCCACCCCTTCCGCTTGACTGTGAAGAACGATCCGAACCAAAGCCCCCAAAACCAG
AGGAACGGTCTGAGCCGAAGCTCCCAAAGCCAGAGCGATCCGAACCACCAGAATAACGGT
TGCCTGAACCGCCTGAACGGCCACTGCTGCTACCGTAACCACCATAACCACCACCACCTG
AACGGCCACCAAAGCTTGAACCGCGATCTCTCATGCCTCCTCCAAAGGACTCACCAGATC
GACCACCGATTCCTTCATATATGCTTCCACCACGTTCCACAGCAATGCTAGGGAGCTCAG
TGAAGCGGCTCCCAACTTCTCTCTCAATTATTTTAACAGCCCTGGATTGATCTTGACTGT
AAATGAGAATAGCACTTCCTTTCTTCCCAGCACGGCC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 5 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK19JQ U 5
AF RR3GK19TF C 1
AF RR3GM77JQ U 4
AF RR3GM65JQ U 4
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BS 6 15 RR3GM77JQ
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BS 612 745 RR3GM77JQ
BS 746 757 RR3GK19TF

RD RR3GK19JQ 699 0 0
C
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ATATAGCCCGACTCCTTGTATCCCTTAGAAAACTACTCTAAACCGATAAACCGAATCCTC
CTAGGACA*CCACTTATTACCGGGTCGGGTCAAAACATTACCCAATACTTCATGTAACTT
TCTCAGTAAGACCTTTTACCATCGTTTGAGCCAAAACCACCAAAGCTGCTCCTTCCACCT
GACTGAAAAGAACGATCCGAACCAAAGCCCCCGAAACCAGAAAAACGGTCTGAACCGAAA
CCAGAAAAACGGTTGCTACGGCCACCACTGCTACCATAATCATCTGACCGACCACCAAAG
CCACCCCTTCCGCTTGACTGTGAAGAACGATCCGAACCAAAGCCCCCAAAACCAGAGGAA
CGGTCTGAGCCGAAGCTCCCAAAGCCAGAGCGATCCGAACCACCAGAATAACGGTTGCCT
GAACCGCCTGAACGGCCACTGCTGCTACCGTAACCACCATAACCACCACCACCTGAACGG
CCACCAAAGCTTGAACCGCGATCTCTCATGCCTCCTCCAAAGGACTCACCAGATCGACCA
CCGATTCCTTCATATATGCTTCCACCACGTTCCACAGCAATGCTAGGGAGCTCAGTGAAG
CGGCTCCCAACTTCTCTCTCAATTATTTTAACAGCCCT

QA 2 699 2 699
DS 

RD RR3GK19TF 757 0 0
TTTTCAAACCAAAGAAAGACGAACTTAGAAATAGTATGTTTGATTACATAACTACAGATT
TATATATATAGCCCGACTCTTTGTATCCCTTAGAAAACTACTCTAAACCGATAAACCGAA
TCCTCCTAGGACA*CCACTTATTACCGGGTCGGGTCAAAACATTACCCAATACTTCATGT
AACTTTCTCAGTAAGACCTTTTACCATCGTTTGAGCCAAAACCACCAAAGCTGCTCCTTC
CACCTGACTGAGAAGAACGATCCGAACCAAAGCCCCCGAAACCAGAAGAACGGTCTGAAC
CGAAACCAGAAGAACGGTTGCTACGGCCACCACTGCTACCATAATCATCTGACCGACCAC
CAAAGCCACCCCTTCCGCTTGACTGTGAAGAACGATCCGAACCAAAGCCCCCAAAACCAG
AGGAACGGTCTGAGCCGAAGCTCCCAAAGCCAGAGCGATCCGAACCACCAGAATAACGGT
TGCCTGAACCGCCTGAACGGCCACTGCTGCTACCGTAACCACCATAACCACCACCACCTG
AACGGCCACCAAAGCTTGAACCGCGATCTCTCATGCCTCCTCCAAAGGACTCACCAGATC
GACCACCGATTCCTTCATATATGCTTCCACCACGTTCCACAGCAATGCTAGGGAGCTCAG
TGAAGCGGCTCCCAACTTCTCTCTCAATTATTTTAACAGCCCTGGATTGATCTTGACTGT
AGATGAGAATAGCACTTCCTTTCTTCCCAGCACGGCC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3GM77JQ 742 0 0
CA
AAACCAAAGAGAGAGAAACTTAGAAATAGTATGTTTGATTACATAACTACAGATTTTTAT
ATATGGCCCGACTCCTTGTATCACTTAGTAAATTACTCTAAACCGATAAACCGAATCCTC
CTAGGACAACCACTTATTACCGGGTCGGGTCAAAACAT*ACCCAATACTTCATGTAACTT
TCTCAGTAAGACCTTTTGCCATCGTTTGAGCCAAAACCACCAAAGCTGCCCCTTCCACCT
GACTGAGAAGAACGATCCGAACCAAAGCCCCCGAAACCCGAAGAACGGTCTGAACCGAAA
CCAGAAGAACGGTTGCTACGGCCACCACTGCTACCATAATCATCTGACCGACCACCAAAG
CCGCCCCTTCCTCTTGACTGTGAAGAACGATCCGAACCAAAGCCTCCGAAACCAGAGGAA
CGGTCTGAACCGAAGCTCCCAAAGCCAGAACGATCCGAACCACCAGAATAACGGTTGCCT
GAACCACCTGAACGGCCACTGCTGCTACCGTAACCACCATAACCACCACCACCTGAACGA
CTACCAAAGCTTGAACCACGATCTCTCATACCTCCTCCAAAGGACTCACCAGATCGACCA
CCGATACCTTCATATATGCTTCCACCACGTTCCACAGCAATGCTAGGGAGCTCAGTGAAG
CGGCTCCCAACTTCTCTCTCAATTATTTTAACAGCCCTGGATTGATCTTGACTGTAAATG
AGAATAGCACTTCCTTTCTT

QA 3 742 3 742
DS 

RD RR3GM65JQ 730 0 0
CA
AAACCAAAGAGAGAGAAACTTAGAAATAGTATGTTTGATTACATAACTACAGATTTTTAT
ATATGGCCCGACTCCTTGTATCACTTAGTAAATTACTCTAAACCGATAAACCGAATCCTC
CTAGGACAACCACTTATTACCGGGTCGGGTCAAAACAT*ACCCAATACTTCATGTAACTT
TCTCAGTAAGACCTTTTGCCATCGTTTGAGCCAAAACCACCAAAGCTGCCCCTTCCACCT
GACTGAGAAGAACGATCCGAACCAAAGCCCCCGAAACCCGAAGAACGGTCTGAACCGAAA
CCAGAAGAACGGTTGCTACGGCCACCACTGCTACCATAATCATCTGACCGACCACCAAAG
CCGCCCCTTCCTCTTGACTGTGAAGAACGATCCGAACCAAAGCCTCCGAAACCAGAGGAA
CGGTCTGAACCGAAGCTCCCAAAGCCAGAACGATCCGAACCACCAGAATAACGGTTGCCT
GAACCACCTGAACGGCCACTGCTGCTACCGTAACCACCATAACCACCACCACCTGAACGA
CTACCAAAGCTTGAACCACGATCTCTCATACCTCCTCCAAAGGACTCACCAGATCGACCA
CCGATACCTTCATATATGCTTCCACCACGTTCCACAGCAATGCTAGGGAGCTCAGTGAAG
CGGCTCCCAACTTCTCTCTCAATTATTTTAACAGCCCTGGATTGATCTTGACTGTAAATG
AGAATAGC

QA 3 730 3 730
DS 



AS 1 5

CO CL1380Contig1 1408 5 7 U
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ATTTAGAGAACGCTCCTGCTTCCGTGGCGCGTCTCTTCTCGATAGAATGGTACAGGAACC
GAATCAACGGCAAGCAAGAAGTCATGATAGGTTACTCAGACTCAGGCAAAGACGCTGGAC
GTTTATCCGCCGCGTGGCAGCTGTACAAGACGCAAGAGGAGCTAGTGAAGGTTGCGAAAG
AGTACGGTGTGAAGCTGACGATGTTTCACGGGAGAGGTGGGACTGTCGGGAGAGGAGGCG
GACCGACGCATCTCGCTATCTTATCTCAGCCTCCGGATACCATTCACGGGCAGCTGAGGG
TGACGGTTCAAGGGGAAGTGATTGAGCAGAGTTTCGGAGAAGAGCATTTGTGTTTCAGGA
CGCTTCAGCGTTTCACTGCTGCTACGCTCGAGCATGGGATGCATCCGCCTGTTTCTCCCA
AACCTGAGTGGCGTGTACTCATGGATGAGATGGCTGTGATTGCTACTGAAGAGTACCGTT
CTGTTGTCTTCAAGGAGCCTCGTTTCGTTGAGTACTTCCGTCTGGCAACACCTGAGCTGG
AGTATGGAAGGATGAACATAGGAAGCAGACCATCAAAGCGAAAACCAAGCGGAGGCATCG
AATCTCTACGTGCAATCCCATGGATCTTTGCCTGGACTCAGACGAGGTTTCACTTGCCTG
TGTGGCTAGGCTTCGGAGCTGCATTCAAACGCGTGATCCAGAAGGACGCCAAGAATCTCA
ACATGCTCAAAGAGATGTACAACCAGTGGCCTTTCTTCCGTGTCACAATCGATCTAGTAG
AAATGGTTTTCGCCAAAGGAGACCCTGGGATCGCTGCTCTTTACGACCGTCTCCTCGTCT
CTGAAGAGCTTCAGCCCTTTGGTGAACAGCTTCGTGTTAACTACCAAGAGACCAGACGAC
TCCTCCTCCAGGTGGCTGGTCATAAAGACATTCTTGAAGGTGATCCTTACTTAAGGCAAA
GGCTGCAGCTGCGTGACCCATACATCACGACGTTGAACGTGTGCCAAGCCTATACTCTCA
AGCAGATACGTGACCCGAGCTTCCACGTCAAAGTTAGGCCACACTTGTTTAAAGACTACA
TGGAGTCTAGCAAACCAGCTGCTGAGCTAGTGAAGCTGAACCCTAAGAGTGAGTACGCGC
CTGGACTTGAAGACACTGTTATCCTCACCATGAAGGGTATAGCCGCCGGTATGCAGAATA
CCGGTTAAGGAATCTTAAGTAAAACCGGCTCTGTACCATTCCCTAAAAATCTTATCTCTG
CTATGTAATATTATTTCTACGATGTGATAAATCTCTCTGAATCCTACTTATGCTTTTCTT
ATGAATATGATAATGGTTATTTCTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C395TF U 1
AF RR3A901TF U 341
AF RR3A901JQ C 637
AF RR3ER51TF U 769
AF RR3ER51JQ C 898
BS 1 401 RR3C395TF
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BS 403 730 RR3C395TF
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AGTACGGTGTGAAGCTGACGATGTTTCACGGGAGAGGTGGGACTGTCGGGAGAGGAGGCG
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AACCTGAGTGGCGTGTACTCATGGATGAGATGGCTGTGATTGCTACTGAAGAGTACCGTT
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TGTGGCTAGG

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DS 

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G
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CATCCGCCTGTTTCTCCCAAACCTGAGTGGCGTGTACTCATGGATGAGATGGCTGTGATT
GCTACTGAAGAGTACCGTTCTGTTGTCTTCAAGGAGCCTCGTTTCGTTGAGTACTTCCGT
CTGGCAACACCTGAGCTGGAGTATGGAAGGATGAACATAGGAAGCAGACCATCAAAGCGA
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ACGAGGTTTCACTTGCCTGTGTGGCTAGGCTTCGGAGCTGCATTCAAACGCGTGATCCAG
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GTCACAATCGATCTAGTAGAAATGGTTTTCGCCAAAGGAGACCCTGGGATCGCTGCTCTT
TACGACCGTCTCCTCGTCTCTGAAGAGCTTCAGCCCTTTGGTGAACAGCTTCGTGTTAAC
TACCAAGAGACCAGACGACTCCTCCTCCAGGTGGCTGGTCATAAAGACATTCTTGAAGGT
GATCCTTACTTAAGGCAAAGGCTGCAGCTGCGTGACCCATACATCACGACGTTGAACGTG
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CATTCCCT

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G
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CGATCTAGTAGAAATGGTTTTCGCCAAAGGAGACCCTGGGATCGCTGCTCTTTACGACCG
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GACCAGACGACTCCTCCTCCAGGTGGCTGGTCATAAAGACATTCTTGAAGGTGATCCTTA
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CTATACTCTCAAGCAGATACGTGACCCGAGCTTCCACGTCAAAGTTAGGCCACACTTGTC
TAAAGACTACATGGAGTCTAGCAAACCAGCTGCTGAGCTAGTGAAGCTGAACCCTAAGAG
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TATGCAGAATACCGGTTAAGGAATCTTAAGTAAAACCGGCTCTGTACCATTCCCTAAAAA
TCTTATCTCTGCTATGTAATATTATTTCTACGATGTGATAAATCTCTCTGAATCCTACTT
ATGCTTTTCTTATGAATATGATAATGGTTATTTCTTGTG

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TCAAGCAGATACGTGACCCGAGCTTCCACGTCAAAGTTAGGCCACACTTGTTTAAAGACT
ACATGGAGTCTAGCAAACCAGCTGCTGAGCTAGTGAAGCTGAACCCTAAGAGTGAGTACG
CGCCTGGACTTGAAGACACTGTTATCCTCACCATGAAGGGTATAGCCGCCGGTATGCAGA
ATACCGGTTAAGGAATCTTAAGTAAAACCGGCTCTGTACCATTCCCTAAAAATCTTATCT
TTGCTATGTAATATTATTTTTACGATGTGATAAATCTCTTTGAATCCTACTTATGCTTTT
CTTATGAATATGATAATGGTTATTTCTTGTG

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 5

CO CL1381Contig1 775 5 5 U
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TGCGTTTCTTAGGAACTCTTGGTTGTTCACCTCGCTGCACTCTGCGTCCGGTGATTCCTC
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CTGGGGTGAAAACAAAAATTGTTAGTTTTGTTTGAGAGGAGATGCTATGATAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU76JQ U 49
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AF RR3C409JQ U 1
AF RR3AR19TF C 47
AF RR3GU76TF C 51
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RD RR3GU76JQ 594 0 0
CAAG
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DS 

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GAAGA
AAAAAAAGTTTTATATAATAGGTTGAAAAAGAGTTAACAAGAAATTAAAAATTGTTGACA
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ATCCTGGCTGCGTTTCTTAGGAACTCTTGGTTGTTCACCTCGCTACACTCTGCGTCCGGT
GATTCCTCGAGGATGATCTCACACACTACCTCTTCGTGGTCTCCCATAACTACCATCTCG
TACTTTCCGTCTTTGTCGGTCACAGCTTCTTTCGTCAGTGTTACTGTCTGGTTCTCACGA
CCCTTGCACTCAAGCTTTACCTTTGCCCCTTCGAGGACTTTACTGAGGCGGGTCATGAAT
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GCATCAGCGGCGGCAAAGTGAAGAAGGGTGGTGAAACATAGGGCAGA

QA 6 592 6 592
DS 

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GAAAACGAAAGAAAACACCATCAGTTAAGTAAACTCAGACGACAACTTCAAGAAAAAAAG
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***CATATGTAGGTAAAATATATATAATAAAGCTTAGAAGATGACGTCAGGGACGATTCC
GAGCTCCTTGAAAACTAGAGGACAATCAGCGAGAGAAGTCTTCCTTATGAACCCAAGTGG
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TGCGTTTCTTAGGAACTCTTGGTTGTTCACCTCGCTGCACTCTGCGTCCGGTGATTCCTC
GAGGATGATCTCGCACACTTCCTCTTCGTGGTCTCCCATAACTACCATCTCGTACTTTCC
GTCTTTGTCGGTCACAGCTTCTTTCGTCAGTGTCACTGTCTGGTTCTCACGACCCTTGCA
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GCAGGTATCGCAGTAGACGGATCCTTTGATGTGGAACCGGTCCAAGTCGTCGGCATCAGC
GGCGGCAAAGTGAAGAAGGGTGGTGAAACATAGGGCAGAGGCAAGGAAGACGATGAAGGA
TTTGGCCATTATTAGTCTTAGAGTAATATTCTCCTCTATATATATTTGTAATATTAGTTG
CTGGGGTGAAAACAAAAATTGTTAGTTTTGTTTGAGAGGAGATGCTATGATAGAT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3AR19TF 723 0 0
TGAAGA
AAAAAAAGTTTTATATAATAGGTTGAAAAAGAGTTAACAAGAAATTAAAAATTGTTGACA
GATCGGTGCTGCATATGTAGGTAAAATATATA**ATAAAGCTTAGAAGATGACATCAGGG
ACGATTCCGAGCTCCTTGAAAACTAGAGGACAATCAGCGAGAGAAGTCTTCCTAATGAAC
CCGAGTGGGTTAATGGTTCGAACCTCGTTAGAGACAATGCCATCATTCGCCGTAAGACTG
ATCCTGGCTGCGTTTCTTAGGAACTCTTGGTTGTTCACCTCGCTACACTCTGCGTCCGGT
GATTCCTCGAGGATGATCTCACACACTACCTCTTCGTGGTCTCCCATAACTACCATCTCG
TACTTTCCGTCTTTGTCGGTCACAGCTTCTTTCGTCAGTGTTACTGTCTGGTTCTCACGA
CCCTTGCACTCAAGCTTTACCTTTGCCCCTTCGAGGACTTTACTGAGGCGGGTCATGAAT
TGGACACGGCAGGTATCGCAGTAGACGGATCCTTTGATGTGGAAACGGTCCAAGTCGTCG
GCATCAGCGGCGGCAAAGTGAAGAAGGGTGGTGAAACATAGGGCAGAGGCAAGGAAGACG
ATGAAGAATTTGGCCATTATTAGTCTTAGAGTAATATTCTCCTCTTTATATATTTGTAAT
ATTAGTTGTTGGGGTGAAAACAAAAGTTGTTAGTTTTGTTTGAGAGGAGATGCTAT
C

QA 7 722 7 722
DS 

RD RR3GU76TF 720 0 0
AGAAAAAAAGTT*CATATAATATGTG**AAAAGAGTTAACAAGAAATTAAAAATTGT*GA
CAGATCGGTG***CATATGTAGGTAAAATATATATAATAAAGCTTAGAAGATGACGTCAG
GGACGATTCCGAGCTCCTTGAAAACTAGAGGACAATCAGCGAGAGAAGTCTTCCTCATGA
ACCCAAGTGGGTTAATGGTTCGAACCTCGTTAGAGACAATGCCATCATTCGCCGTAAGAC
TGATCCTGGCTGCGTTTCTTAGGAACTCTTGGTTGTTCACCTCGCTGCACTCTGCGTCCG
GTGATTCCTCGAGGATGATCTCGCACACTTCCTCTTCGTGGTCTCCCATAACTACCATA*
CGTACTTTCCGTCTTTGTCGGTCACAGCTTCTTTCGTCAGTGTCACTGTCTGGTTCTCAC
GACCCTTGCACTCAAGCTTTACCTTTGCCCCTTCGAGGACTTTACTGAGGCGGGTCATGA
ACTGGACACGGCAGGTATCGCAGTAGACGGATCCTTTGATGTGGAACCGGTCCAAGTCGT
CGGCATCAGCGGCGGCAAAGTGAAGAAGGGTGGTGAAACATAGGGCAGAGGCAAGGAAGA
CGATGAAGAATTTGGCCATTATTAGTCTTAGAGTAATATTCTCCTCTATATATATTTGTA
ATATTAGTTGCTGGGGTGAAAACAAAAATTGTTAGTTTTGTTTGAGAGGAGATGCTAT
CC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 3 6

CO CL1382Contig1 1177 2 2 U
GGGGGTGCGAGTGATTAATTTCGATCCTTCCATAGAAAGATAAAGAGAGAGAGAGAGAAA
AGCTTGAAACTTTGACGATTTCGACATCTTAAGGATTGTAATTGACCGCAAGAAAAAAGA
TTCCTCGCTCCTTCCCTCGGCTCAAAGCAAGAATCTTTCATTCATGACGACCAATTTCGA
TGACTCTTCAAAGCAACTCGTCTTGCTTGCATCTGTTTGTTCCGGCATCCTCATGTGCAA
AATCGTTTATGACTTGACTGGTTTCATAAGTCCTTTACTCTTCAGTGCTTATGGGAAACT
CGACGGCAAAGTTAGAATGGAATGGAACAACAGGGGATTCTCAACGTTCCATGCTGTTTT
TGTTTCTGTGGCATCAATCTATCTCCTGGTGATTTCAGATCAGTTTGATGAGAGTGTTCA
TGGTGATTCGGTCATCAATAGTACAACGAGGTTGTCTGAATCTGTAATGGGGATCTCCTT
AGGCTATTTTGTAGCAGACTTAATGATGATCTTTTGGCATTTTCCTACTCTTGGTGGTGT
TGAATATGTTTTCCATCACTGCTTATCGATGTTCTCCATCATTCTTTCTGTCACAAGTGG
ACAAGCGCAGTTCTACATATTCATGGTTCTCTTGTCTGAGGCCACTACCCCGTTTGTCAA
CCTACGGTGGTACTTGGATGCTAGTGGTCAAAAAGGCTCCAATGCTTACACACTCAATGG
GATTGCCCTGTTCTTGGGTTGGCTGGTCGCGAGGATCCTTTTGTTTGTTTACTTCTTTGT
ACACATGTACTCCCATTTCCACCAGGTGAAGCAAGTGTTTCCACTGGGGTTTTACAGCCT
TATTGCGGTTGGACCGGTCCTGTCGGCGATGAATTTTCTTTGGTTCTGGAAAATCACCAA
AGGATTGATCAAAACAATCTCCAAGGCGACGGGAAAGAAAAAACAGTGATGGTCTTTGCT
TGACTTGGAAAAAAAAGATTGGGGATTGCATTGACTTTGATCTGTTCATGAAAAAAAGAT
CCATTGATATCATATTTGTGACTTGTCTTTGAAGCCTTTTTGGTTTATAGGACTGCCTTT
CTATGGGAATTGTATATTCACAACCTTTCAGCTGTTTTTTAGGTATTCAACTTGTAAAGT
TTTAAGCAGAATCAGTGTTTAAGTTCACTTGGATTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG04TF U 1
AF RR3AG04JQ C 630
BS 1 692 RR3AG04TF
BS 693 1177 RR3AG04JQ

RD RR3AG04TF 692 0 0
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AGCTTGAAACTTTGACGATTTCGACATCTTAAGGATTGTAATTGACCGCAAGAAAAAAGA
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AATCGTTTATGACTTGACTGGTTTCATAAGTCCTTTACTCTTCAGTGCTTATGGGAAACT
CGACGGCAAAGTTAGAATGGAATGGAACAACAGGGGATTCTCAACGTTCCATGCTGTTTT
TGTTTCTGTGGCATCAATCTATCTCCTGGTGATTTCAGATCAGTTTGATGAGAGTGTTCA
TGGTGATTCGGTCATCAATAGTACAACGAGGTTGTCTGAATCTGTAATGGGGATCTCCTT
AGGCTATTTTGTAGCAGACTTAATGATGATCTTTTGGCATTTTCCTACTCTTGGTGGTGT
TGAATATGTTTTCCATCACTGCTTATCGATGTTCTCCATCATTCTTTCTGTCACAAGTGG
ACAAGCGCAGTTCTACATATTCATGGTTCTCTTGTCTGAGGCCACTACCCCGTTTGTCAA
CCTACGGTGGTACTTGGATGCTAGTGGTCAAA

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3AG04JQ 548 0 0
TCTTGTCT
GAGGCCACTACCCCGTTTGTCAACCTACGGTGGTACTTGGATGCTAGTGGTCAAAAAGGC
TCCAATGCTTACACACTCAATGGGATTGCCCTGTTCTTGGGTTGGCTGGTCGCGAGGATC
CTTTTGTTTGTTTACTTCTTTGTACACATGTACTCCCATTTCCACCAGGTGAAGCAAGTG
TTTCCACTGGGGTTTTACAGCCTTATTGCGGTTGGACCGGTCCTGTCGGCGATGAATTTT
CTTTGGTTCTGGAAAATCACCAAAGGATTGATCAAAACAATCTCCAAGGCGACGGGAAAG
AAAAAACAGTGATGGTCTTTGCTTGACTTGGAAAAAAAAGATTGGGGATTGCATTGACTT
TGATCTGTTCATGAAAAAAAGATCCATTGATATCATATTTGTGACTTGTCTTTGAAGCCT
TTTTGGTTTATAGGACTGCCTTTCTATGGGAATTGTATATTCACAACCTTTCAGCTGTTT
TTTAGGTATTCAACTTGTAAAGTTTTAAGCAGAATCAGTGTTTAAGTTCACTTGGATTTT

QA 9 548 9 548
DS 



CO CL1382Contig2 1171 2 4 U
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AAGCTTTTAACTTTGACGATTTCGACATCTAAAGGATTGTAATTGACCGCAAGAAAAAGA
TTCCTCCCTCCCTCCCTCGGCTCAAAGCAAGAATCTTTCATTCATGACGACCAATTTCGA
TGACTCTTCAAAGCAACTCGTCTTGCTTGCATCTGTTTGTTCCGGCATCCTCATGTGCAA
AATCGTTTATGACTTGACTGGTTTCATAAGTCCTTTGCTCTTCAGTGCTTATAGGAAACT
CGACGGCAATGTTAGAATGGAATGGAACAACAGGGGATTCTCAACTTTCCATGTTTTTGT
TTCTGTGGCTTCAATCTATCTCCTGGTGATTTCAGATCAGTTTGATGAGAGTGTTCATGG
TGATTCAGTCATCAATAGTACAACGAGGTTGTCGGAATCTGTAATGGGGATCTCCTTAGG
CTACTTTGTAGCAGACTTAATGATGATCTTTTGGCATTTTCCTACTCTTGGTGGTGTTGA
ATATGTTTTCCATCACTGCTTATCGATGTTCTCCATCATTCTTTCTGTCACAAGTGGACA
AGCGCAGTTCTACATATTCATGGTTCTCTTATCGGAGGCCACTACCCCGTTTGTCAACCT
ACGGTGGTACTTGGATGCTAGTGGTCAAAAAGGCTCTAAAGCTTACACACTCAATGGGAT
TGCCCTGTTCTTGGGTTGGCTGGTCGCGAGAATCCTTTTTGTTTATCTACTTCTTTGTAC
ACATGTACTCCCATTTCCATCATGTGAAACAAGTGTTTCCACTGGGATTTTACAGCCTTA
TTGCGGTTGGACCGGTCCTGTCAGCAATGAATCTTCTTTGGTTCTGGAAAATCACCAAAG
GATTGATCAAAACAATCTCCAAGGCGACGGGAAAGAAAAAACAGTGATGGTCTTTGCTTG
ACATGAAAAAAAAGATTGGGGATTGCATTGACTTTGATCTGTTCATGAAAAAAAGATCCA
TTGATATCATATTGTGACGTGTCTTTGAAGCCTTTTCGGTTTTTAAGACTGCCTTTATAT
GGGAATTGTATATTCACAAACCTTCAGCTGTTTTTTAGGTATTCAACTTGTAAAGTTTTA
AGCAGAATCAGTGTTTAAGGTCACTCGGATT


BQ
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AF RR3AK37TF U 1
AF RR3AK37JQ C 435
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BS 693 693 RR3AK37JQ
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AATCGTTTATGACTTGACTGGTTTCATAAGTCCTTTGCTCTTCAGTGCTTATAGGAAACT
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TTCTGTGGCTTCAATCTATCTCCTGGTGATTTCAGATCAGTTTGATGAGAGTGTTCATGG
TGATTCAGTCATCAATAGTACAACGAGGTTGTCGGAATCTGTAATGGGGATCTCCTTAGG
CTACTTTGTAGCAGACTTAATGATGATCTTTTGGCATTTTCCTACTCTTGGTGGTGTTGA
ATATGTTTTCCATCACTGCTTATCGATGTTCTCCATCATTCTTTCTGTCACAAGTGGACA
AGCGCAGTTCTACATATTCATGGTTCTCTTATCGGAGGCCACTACCCCGTTTGTCAACCT
ACGGTGGTACTTGGATGCTAGTGGTCAAAAAG*CTCTAAAGCTTACACACTCAATGGGAT
TGCCCTGTTCTTGGGTTGGCTGGTCGCGAGAATCCTTTTTGTTTATCTACTTCTTTGTAC
ACATGTACTCCCATTTCCATCATGTGAAACAAGTGTTTCCACTGGGATTTTACAGCCTTA
TTGCGGT
TGG

QA 1 847 1 847
DS 

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ACTGCTTATCGATGTTCTCCATCATTCTTTCTGTCACAAGTGGACAAGCGCAGTTCTACA
TATTCATGGTTCTCTTATCGGAGGCCACTACCCCGTTTGTCAACCTACGGTGGTACTTGG
ATGCTAGTGGTCAAAAAGGCTCTAAGGCTTACACACTCAATGGGATTGCCCTGTTCTTGG
GTTGGCTGGTCGCGAGAATCCTTTTTGTTTATCTACTTCTTTGTACACATGTACTCCCAT
TTCCATCATGTGAAACAAGTGTTTCCACTGGGATTTTACAGCCTTATTGCGGTTGGACCG
GTCCTGTCAGCAATGAATCTTCTTTGGTTCTGGAAAATCACCAAAGGATTGATCAAAACA
ATCTCCAAGGCGACGGGAAAGAAAAAACAGTGATGGTCTTTGCTTGACATGAAAAAAAAG
ATTGGGGATTGCATTGACTTTGATCTGTTCATGAAAAAAAGATCCATTGATATCATATTG
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QA 1 737 1 737
DS 



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BQ
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AF RR3G215TF U 1
AF RR3G215JQ C 110
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BS 682 840 RR3G215JQ

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CCAAAGGATTGATCAAAGCAATCTCCAACGCGACGGGAAAGAAAAAACAGTGATGGACTC
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AAGATCGATTGATATCATATT
GTGACT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3G215JQ 731 0 0
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CTCTGTCACAAGTGGACAAGCGCAGTTCTACATATTCATGGTTTTCTTATCGGAGGCCAC
TACCCCGTTTGTCAACCTGCGGTGGTACTTGGATGCTAGTGGTCAAAAAGGCTTTAAGGC
GTACACACTCAATGGAATTGCCCTGTTCTTGGGTTGGCTGGTCGCTAGGATCCTTTTGTT
TATCTACTTCTTTGTACACATGTACTCCCATTTCCATCAGGTCAAGCTAGTGTTTCCACT
GGGATTTTATAGCCTTATTGCGGTAGGACCGGTCCTGTCAACGATGAATCTTCTTTGGTT
CTGGAAAATCACCAAAGGATTGATCAAAGCAATCTCCAACGCGACGGGAAAGAAAAAACA
GTGATGGACTCTGCTTGACATGGAAAAAAAAAAGATTGGGGATTGCATTGACTTTGATCT
GTTCATGAAAAAAGATCGATTGATATCATATTGTGACTTGTCTTGGAAGCCTTTTCGGTT
TATAGGACTGCCTTTATATGGGAACTTGTATATTCACAACCCTTCAGCTGTTTCTTAGGG
ATTCAACTTGTAAAGTTTTAAGCAGAATCAGTGTTTAAGGTCACTCGGATTTTATTGATG
CTTGTTTTACC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 2 5

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ATCACACTGTTTCAACTTCCCAATCTCACAACTCACCGGAGAAGATTCACAAATGACATA
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TCCACGTAAGATGCCTCCATAGCCTGGCAAAACGGACACCAAGGAGCGTAAAGCACAAAC
AACCACGGCTCTTTACGGTTATTACCAAGCTTCAACAGATTCTCAATCCCTCCTCTGGTC
AATGAAACCACATCGTTGCTCTCGAATATATCATGCACAATAGCAGGTGCTAAATCCGCG
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TCTTCCCACCACCACCTTCCTTCTCTCTCGTGCTGACCCGGAAGCACTGGCCTAGTACAC
GGATCACACCCAATAGAAACATATCCTTGAGCATGCAATGCATTCACAGGAACATCCATC
GTCCTCAAGAAGTT


BQ
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TCTTCCCACCACCAC

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DS 

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CAAAAACATATTTAACGACAAGAAGACAGAAAAAGAGTCTATAAACCCTACAATACTATA
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TCATCTCAGTTTTCTTCATTCTTCATCACACTGTTTCAATTTTCCAATCTCACAACTCAC
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DS 



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TGTGAGATTGGGAAGTTAAAACAGTGTGATGAAGAATGAAGAAAACTAAGATGAAGGAAT
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TGTTGTTCTAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW37TF U 1
AF RR3FN31TF U 237
AF RR3FN31JQ C 861
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TATCCCATGTCTCTCAAAGACTTTACTCTATCAGATCCCTAAAGGCTGAGTCACATACAC
GCAACGACTCTATGGTTACTCGTGCTTCGACCCTAATCA***CTGAAGTGGAAGAGAAAG
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AAATCATGGACAAAGCTCTCCAGAAATTCGGAAGCAGCATCGCTATTGCTTTCAGTGGTG
CTGAAGATGTTGCACTGATCGAATACGCTCGTTTAACCGGGAGGTCCTTCAGGGTATTCA
GCTTAGACACGGGGAGATTAAACCCCGAAACCTACAGACTCTTCGACGCAGTGGAGAAGC
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GGAACAAGGGTTTGTTCTCTTTCTACGAAGATGGTCACCAAGAGTGTTGCCGTGTGAGGA
AAGTAAGACCTCTCCGTCGCGCTCTTATGG*TCTCAAAGCT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3FN31TF 732 0 0
G
CACGCAACGACTCTATGGTTACTCGTGCTTCGACCCTTATCACTCCTGAAGTGGAAGAGA
AAGAAGAAGAGGTTGAGGATTTCGAGCAACTCGCCAAGAAGCTCGAAGAGGCTTCACCAC
TTGAAATCATGGACAAAGCTCTCCAGAAATTCGGAAGCAACATCGCTATTGCTTTCAGTG
GGGCTGAAGATGTTGCACTGATCGAATACGCTCGTTTAACCGGAAGGGCCTTCAGGGTTT
TCAGCTTAGACACGGGGAAATTAAACCCCGAAACCTACAGACTCTTCGACGCAGTGGAGA
AGCAGTACGGGATTCGGATCGAGTACACGTTCCCCGATGCGGTCGAGGTTCAAGCTTTGG
TGAGGAACAAGGGTTTGTTCTCTTTCTACGAAGATGGTCACCAAGAGTGTTGCCGTGTGA
GGAAAGTAAGACCTCTGCGTCGCGCTCTTAAGGGTCTCAAAGCTTGGATCACAGGGCAGA
GGAAAGATCAGTCTCCGGGCACGAGATCCGAGATTCCGATCGTTCAGGTCGATCCGGTGT
TTGAAGGGTTAGATGGCGGTGTTGGGAGTCTTGTCAAGTGGAACCCTTTGGCGAATGTTG
AAGGTGTTGATGTGTGGAACTTCTTGAGGACGATGGATGTTCCTGTGAATGCATTGCATG
CTCAAAGGTATGTGTCTATTGGGTGTGAGCCGTGTACTAGACCAGTGCTTCCGGGTCAGC
ACGAGAGAG
AG

QA 2 730 2 730
DS 

RD RR3FN31JQ 831 0 0
TTGAGGACGATGGATGTTCCTGTGAATGCATTGCATGCTCAAGGGTATGTGTCTATTGGG
TGTGAGCCGTGTACTAGACCAGTGCTTCCGGGTCAGCACGAGAGAGAAGGAAGGTGGTGG
TGGGAAGACGCTAAAGCTAAAGAATGTGGGCTCCACAAAGGGAACATTAAGAAGGAAGAT
GACGACTCCACCACGGATTTAGCACCTGCTATTGTGCATGATATATTCGAGAGCAACGAT
GTGGTTTCATTGACCAGAGGAGGGATTGAGAATCTGTTGAAGCTTGGTAATAACCGCAAA
GAGCCGTGGTTGGTTGTGCTTTACGCTCCTTGGTGTCCGTTTTGCCAGGCTATGGAGGAT
CTTACGTGGAATTGGCTGAGAAACTAGCGGTGAAGGGGATTAAGGTGGCGAAATTCCGTG
CGGATGGTGACCAGAAGGAGTTTGCTAAGCAAGAGCTTCAATTAGGAAGCTTCCCGACCA
TCCTGCTCTTCCCAAAAAGCGCTCCACGGGCGATTAAGTACCCGTCAGAGCATAGAGATG
TTGATTCGCTTATGTCATTTGTGAATCTTCTTCGGTGAGTTGTGAGATTGGGAAGTTAAA
ACAGTGTGATGAAGAATGAAGAAAACTAAGATGAAGGAATGATTTCATCTTGGGATTGTG
GATCTAGAAGAATAAGCAAAAGCTATGTGTTCTGTTCTATATGGCATTGTAGGGTTTATT
CTCTTTTTCTGTCTTCTTGTCGTTAAATATGTTTTTGTTTTTCTTTTTTGAGTTTTACTC
GAAAAGAAAAAGGATCCATGTAATGGGATTTTCTTGATTATGTTGTTCTAG

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 5

CO CL1384Contig1 963 5 5 U
GAAGAACTGATAATGCGTAGAAAAAAAAAGTTCATCAACCGCTAAAATCCAAACGCAATA
ATAGCAGAGAAAGCTCCGAATGTCTTTTAACATAAGAGAAAATATCAAAATCCAGAAGCA
AACACATGGTGAAGTAGTCAAGTTCATAGATAATACGACAGACATCTCTTCTAATTCATC
CTCCTGATAAGCTCATTAATGAAGTTTTCACGGTTGCCGGCATCACCACCTTCAACGTAG
TGATTCCTCTTTTTCTTAAGACCGCCGAGGGGTGCCTTGAGCTGGAATGGCCACAGGAAG
TTGTTGGCCTCCTTGAAATGAGGCCCAACTGTTAGAATCTCGTGAATCAGATCCTCAGTG
CAGATGATCCCATGTTTACCCAAAGCCTGCTCAACGATGGAGTTGTCAGTCAAAGCCACC
CTCTGGGAGTTAAGCTTTCCGTATCCTCTCTTGTAGATCAATTCTTTAACACTCTTCAAG
TTAGGGAATCCATAGGTCACATAGGGCTCAACACGACGAAGCATGTTCATTGTAGCCTTG
TTGACTTTCAGAAACACACCGTTGAAGATCTGTCTGAGACGCAAAAGCTGAAGAATCTTC
TTTGTCTTTGGGTCAATAGCATTGATACCACGAATACGGATGATGAACAAGAGCTTAGCT
TCAAGGTCAACATAGAAACCACCTTTGAGCTTAGCCTCACGTTTCAACGAGATCAACTCA
TTCTCCTTCTCGGCGTACTCCTCGGCGTACTGTTCGGCTCTTTTGTAGATAAGTTTCCTG
TTGGCGGCGTTT*TCTTCTTGGCAGCTTCGGCGGTCTGCTTCTTAGCGAGAGCCCACTCC
TCCTCTCTCTTCCTCTTCTTCAGCACTGACTCTGGAACTACAACCTTCGACTCTGCCATT
TTCCCGACTCTTGCAGATCAAACAAAAGGGAGAGATGAATTTCAGTGCGGCTACGAGGTA
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 

AF RR3CL82JQ U 44
AF RR3BZ94JQ U 62
AF RR3BX71JQ U 1
AF RR3BZ94TF C 218
AF RR3BX71TF C 232
BS 1 745 RR3BX71JQ
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RD RR3CL82JQ 548 0 0
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ATCAAAATCCAGAAGCAAACACATGGTGAAGTAGTCAAGTTCATAGATAATACGACAGAC
ATCTCT***AATTCATCCTCCTGATAAGCTCATTAATGAAGTTTTCACGGTTGCCGGCAT
CACCACCTTCGACGTAGTGATTCCTCTTTTTCTTAAGACCACCGAGGGGTGCCTTGAGCT
GGAATGGCCACAGGAAGTTGTTGGCCTCCTTGAAATGAGGTCCAACTGTTAGAATCTCGT
GAATCAGATCCTCAGTGCAGATGATCCCATGTTTGCCCAGAGCCTGCTCAACGATGGAGT
TGTCAGTCAAAGCCACCCTCTGGGAGTTAAGCTTTCCGTATCCTATCTTGTAGATCAATT
CCTTAACACTCTTCAAGTTAGGGAATCCATAGGTCACATAGGGCTCAACACGACGAAGCA
TGTTCATTGTAGCCTTGTTGACTTTCAGAAACACACCGTTGAAGATCTGTCTGAGACGCA
AAAGCTGA

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3BZ94JQ 712 0 0
C
AGCAGAGAAAGCTCCGAATGTCTTTTAACATAAGAAAAAATATCAAAATCCAGAAGCAAA
CACATGGTGAAGTAGTCAAGTTCATAGATAATACGACAGACATCTCTTCTAATTCATCCT
CCTGATAAGCTCATTAATGAAGTTTTCACGGTTGCCGGCATCACCACCTTCAACGTAGTG
ATTCCTCTTTTTCTTAAGACCGCCGAGGGGTGCCTTGAGCTGGAATGGCCACAGGAAGTT
GTTGGCCTCCTTGAAATGAGGCCCAACTGTTAGAATCTCGTGAATCAAATCCTCAGTGCA
GATGATCCCATGTTTACCCAAAGCCTGCTCAACGATGGAGTTGTCAGTCAAAGCCACCCT
CTGGGAGTTAAGCTTTCCGTATCCTCTCTTGTAGATCAATTCTTTAACACTCTTCAAGTT
AGGGAATCCATAGGTCACATAGGGCTCAACACGACGAAGCATGTTCATTGTAGCCTTGTT
GACTTTCAGAAACACACCGTTGAAGATCTGTCTGAGACGCAAAAGCTGAAGAATCTTCTT
TGTCTTTGGGTCAATAGCATTGATACCACGAATACGGATGATGAACAAGAGCTTAGCTTC
AGGGTCAACATAGAAACCACCTTTGAGCTTAGCCTCACGTTTCAACGAGATCAACTCATT
CTCCTTCTCGGCGTACTCCTTGGCGTACTGTTCGGCTCTTTTGTAGATAAG

QA 2 712 2 712
DS 

RD RR3BX71JQ 807 0 0
GAAGAACTGATAATGCGTAGAAAAAAAAAGTTCATCAACCGCTAAAATCCAAACGCAATA
ATAGCAGAGAAAGCTCCGAATGTCTTTTAACATAAGAGAAAATATCAAAATCCAGAAGCA
AACACATGGTGAAGTAGTCAAGTTCATAGATAATACGACAGACATCTCTTCTAATTCATC
CTCCTGATAAGCTCATTAATGAAGTTTTCACGGTTGCCGGCATCACCACCTTCAACGTAG
TGATTCCTCTTTTTCTTAAGACCGCCGAGGGGTGCCTTGAGCTGGAATGGCCACAGGAAG
TTGTTGGCCTCCTTGAAATGAGGCCCAACTGTTAGAATCTCGTGAATCAGATCCTCAGTG
CAGATGATCCCATGTTTACCCAAAGCCTGCTCAACGATGGAGTTGTCAGTCAAAGCCACC
CTCTGGGAGTTAAGCTTTCCGTATCCTCTCTTGTAGATCAATTCTTTAACACTCTTCAAG
TTAGGGAATCCATAGGTCACATAGGGCTCAACACGACGAAGCATGTTCATTGTAGCCTTG
TTGACTTTCAGAAACACACCGTTGAAGATCTGTCTGAGACGCAAAAGCTGAAGAATCTTC
TTTGTCTTTGGGTCAATAGCATTGATACCACGAATACGGATGATGAACAAGAGCTTAGCT
TCAAGGTCAACATAGAAACCACCTTTGAGCTTAGCCTCACGTTTCAACGAGATCAACTCA
TTCTCCTTCTCGGCGTACTCCTCGG*GTACTGTTCGGCTCTTTTGTAGATAAGTTTCCTG
TTGGCGGCGTTT*TCTTCTTGGCAGCT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3BZ94TF 716 0 0
CGGCATCACCACCTTCAACGTAGTGAT*CCTCTTTT*CTTAAGACCGCCGAGGGGTGCCT
TGAGCTGGAATGGCCACAGGAAGTTGTTGGCCTCCTTGAAATGAGGCCCAACTGTTAGAA
TCTCGTGAATCAGATCCTCAGTGCAGATGATCCCATGTTTACCCAAAGCCTGCTCAACGA
TGGAGTTGTCAGTCAAAGCCACCCTCTGGGAGTTAAGCTTTCCGTATCCTCTCTTGTAGA
TCAATTCTTTAACACTCTTCAAGTTAGGGAATCCATAGGTCACATAGGGCTCAACACGAC
GAAGCATGTTCATTGTAGCCTTGTTGACTTTCAGAAACACACCGTTGAAGATCTGTCTGA
GACGCAAAAGCTGAAGAATCTTCTTTGTCTTTGGGTCAATAGCATTGATACCACGAATAC
GGATGATGAACAAGAGCTTAGCTTCAGGGTCAACATAGAAACCACCTTTGAGCTTAGCCT
CACGTTTCAACGAGATCAACTCATTCTCCTTCTCGGCGTACTCCTTGGCGTACTGTTCGG
CTCTTTTGTAGATAAGCTTCCTGTTGGCGGCGTTTGTCTTCTTGGCAGCTTCGGCGGTCT
GCTTCTTAGCGAGAGCCCACTCCTCCTCTCTCTTCCTCTTCTTCAGCACTGACTCTGGAA
CTACAACCTTCGACTCTGCCATTTTCCCGACTCTTGCAGATCAAACAAA
AGGGCCC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3BX71TF 732 0 0
TCAACGTAGTGAT*CCTCTTTT*CTTAAGACCGCCGAGGGGTGCCTTGAGCTGGAATGGC
CACAGGAAGTTGTTGGCCTCCTTGAAATGAGGCCCAACTGTTAGAATCTCGTGAATCAGA
TCCTCAGTGCAGATGATCCCATGTTTACCCAAAGCCTGCTCAACGATGGAGTTGTCAGTC
AAAGCCACCCTCTGGGAGTTAAGCTTTCCGTATCCTCTCTTGTAGATCAATTCTTTAACA
CTCTTCAAGTTAGGGAATCCATAGGTCACATAGGGCTCAACACGACGAAGCATGTTCATT
GTAGCCTTGTTGACTTTCAGAAACACACCGTTGAAGATCTGTCTGAGACGCAAAAGCTGA
AGAATCTTCTTTGTCTTTGGGTCAATAGCATTGATACCACGAATACGGATGATGAACAAG
AGCTTAGCTTCAAGGTCAACATAGAAACCACCTTTGAGCTTAGCCTCACGTTTCAACGAG
ATCAACTCATTCTCCTTCTCGGCGTACTCCTCGG*GTACTGTTCGGCTCTTTTGTAGATA
AGTTTCCTGTTGGCGGCGTTT*TCTTCTTGGCAGCTTCGGCGGTCTGCTTCTTAGCGAGA
GCCCACTCCTCCTCTCTCTTCCTCTTCTTCAGCACTGACTCTGGAACTACAACCTTCGAC
TCTGCCATTTTCCCGACTCTTGCAGATCAAACAAAAGGGAGAGATGAATTTCAGTGCGGC
TACGAGGTATCC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 6

CO CL1385Contig1 856 6 20 U
AAAAAAATCATAAATTTTCCATTCAAAGTCTCTAAAAATTTACAATTTTCCGATATTTTT
TCCATTATAACTAAGAATTGGAACAAGACTGATGAATTACAAACTTACAACTTAAAAAGC
CTAAGTAAATTAATGCAAAAAGCTGAGATTAAATAACATTAATCAGAACCAATTCCCTTT
TTTCTAGTTTTGACTATATAGCCTATAAATCTCATCATGTAGAGCTCTGACCAGAC****
CCGATCCGAATACCAGAAGCAACCGGGTCAGATGCAAACAGTTATCATGAACTGTTCACC
TAAGACGAGCCTCTGTTTTTTCTTTGTCTTCATCTCTCAATGTGTCGCACCGTTACTCTC
AGTACTCCGACGCACCACCTGATCACCATCCTTCACGTCATCATCACCATCTTCATCATC
GTCACAAGTACAGCTCTTTTCAGCCGGCGTCGCCAAGTAAGTGGGTTTGACGTCTCCGGC
CATAATCACCAAGAACTTCTCCGGCAAAGGTACAGCCTTCACCGCTTTATCGGGTTTCAC
ATCTCCAGCTTCAAGATCTCTCTCTCTGCTCTGCTCCTCCTCACCGTCGAGATAACCGGA
GAGACGCCAGTAAGAGCAGGCGAGGATCAGAAGAGCGAAAGCTATGAGACCAAGCATCGC
CGCCAAACCACCAAAAAGATAAGGAACAGGTGAATGCCACGGCGAGTGAGGTCCTCCCAT
GGCTGTTCTGTTCCCGTCGACGTTTTCTCTTGGAGGGTAATATTGTCTTCCTTCCATTTT
CTTATGAACTTAGAGAGAGAGAAAAAAAA*GTGGTTTTGAGTTTTCT*TTTTCTAAATAG
AAAATGTTTTTGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 0 10 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 30 30 30 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CB35JQ U 1
AF RR3BT20JQ U 42
AF RR3DF80JQ U 63
AF RR3CB35TF C 125
AF RR3DF80TF C 182
AF RR3BT20TF C 197
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BS 568 622 RR3CB35JQ
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BS 627 660 RR3CB35JQ
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BS 662 766 RR3CB35JQ
BS 767 796 RR3BT20JQ
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BS 798 803 RR3BT20JQ
BS 804 806 RR3DF80JQ
BS 807 856 RR3CB35TF

RD RR3CB35JQ 766 0 0
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GTCACAAGTACAGCCCTTTTCAGCCGGCGTCGCCAAGTAAGTGGGTTTGACGTCTCCGGC
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GAGACGCCAGTAAGAGCAGGCGGGG*TCAGAAGAGCGAAAGCTATGAGACCAAGCATCGC
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GGCTGTTCTGTTCCCGTCGACGTTTTCTCTTGGAGGGTAATATTGT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3BT20JQ 762 0 0
GCAAA
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CCATCTTCATCATCGTCACAAGTACAGCTCTTTTCAGCCGGCGTCGCCAAGTAAGTGGGT
TTGACGTCTCCGGCCATAATCACCAAGAACTTCTCCGGAAAAGGTACAGCCTTCACCGCT
TTATCGGGTTTCACATCTCCGGCCTCAAGATCTCTCTCTCTGCTCTGCTCCTCCTCACCG
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TGAGGTACTCCCATGGCTGTTCTGTTCCCGTCGACGTTTTCTCTTGGAGGGTAATATTGT
CTTCCTTCCATTTTCTTATGAACTTAGAGAAAGAGAA

QA 6 762 6 762
DS 

RD RR3DF80JQ 744 0 0
CATTATAACTAAGAATTGGAACAAGACTGATGAATTACAAACTTACAACTTAAAAAGCCT
AAGTAAATTAATGCAAAAAGCTGAGATTAAATAACATTAATCAGAACCAATTCCCTTTTT
TCTAGTTTTGACTATATAGCCTATAAATCTCATCATGTAGAGCTCTGACCAGAC****CC
GATCCGAATACCAGAAGCAACCGGGTCAGATGCAAACAGTTATCATGAACTGTTCACCTA
AGACGAGCCTCTGTTTTTTCTTTGTCTTCATCTCTCAATGTGTCGCACCGTTACTCTCAG
TACTCCGACGCACCACCTGATCACCATCCTTAACGTCATCATCACCATCTTCATCATCGT
CACAAGTACAGCTCTTTTCAGCCGGCGTCGCCAAGTAAGTGGGTTTGACGTCTCCGGCCA
TAATCACCAAGAACTTCTCCGGCAAAGGTACAGCCTTCACCGCTTTATCGGGTTTCACAT
CTCCAGCTTCAAGATCTCTCTCTCTGCTCTGCTCCTCCTCACCGTCGAGATAACCGGAGA
GACGCCAGTAAGAGCAGGCGAGGATCAGAAGAGCGAAAGCTATGAGACCAAACATCGC**
*CAAACCACCAAAAAGATAAGGAACAGGTGAATGCCACGGCGAGTGAGGTCCTCCCATGG
CTGTTCTGTTCCCGTCGACGTTTTCTCTTGGAGGGTAATATTGTCTTCCTTCCATTTTCT
TATGAACTTAGAGAGAGAGAAAAA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3CB35TF 732 0 0
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TAGTTTTGACTATATAGCCTATAAATCTCATCATGTAGAGCTCTGACCAGAC****CCGA
TCCGAATACCAGAAGCAACCGGGTCAGATGCAAACAGTTATCATGAACTGTTCACCTAAG
ACGAGCCTCTGTTTTTTCTTTGTCTTCATCTCTTAATGTGTCGCACCGTTACTCTCAGTA
CTCCGACGCACCACCTGATCACCATCCTTCACGTCATCATCACCATCTTCATCATCGTCA
CAAGTACAGCCCTTTTCAGCCGGCGTCGCCAAGTAAGTGGGTTTGACGTCTCCGGCCATA
ATCACCAAGAACTTCTCCGGCAAAGGTACAGCCTTCACCGCTTTATCGGGTTTCACATCT
CCAGCTTCAAGATCTCTCTCT**GCTCTGCTCCTCCTCACCGTCGAGATAACCGGAGAGA
CGCCAGTAAGAGCAGGCGGGG*TCAGAAGAGCGAAAGCTATGAGACCAAGCATCGCTGCC
AAACCACCAAAAAGATAAGGAACAGGTGAATGCCACGGCGAGTGAGGTCCTCCCATGGCT
GTTCTGTTCCCGTCGACGTTTTCTCTTGGAGGGTAATATTGTCTTCCTTCCATTTTCTTA
TGAACTTAGAGAGAGAGAAAAAAAA*GTGGTTTTGAGTTTTCT*TTTTCTAAATAGAAAA
TGTTTTTGGTCC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3DF80TF 675 0 0
TTTCTAG
TTTGACTATATAGC*TATAAATCTCATCATGTAGAGCTCTGACCAGAC****CCGATCCG
AATACCAGAAGCAACCGGGTCAGATGCAAACAGTTATCATGAACTGTTCACCTAAGACGA
GCCTCTGTTTTTTCTTTGTCTTCATCTCTCAATGTGTCGCACCGTTACTCTCAGTACTCC
GACGCACCACCTGATCACCATCCTTAACGTCATCATCACCATCTTCATCATCGTCACAAG
TACAGCTCTTTTCAGCCGGCGTCGCCAAGTAAGTGGGTTTGACGTCTCCGGCCATAATCA
CCAAGAACTTCTCCGGCAAAGGTACAGCCTTCACCGCTTTATCGGGTTTCACATCTCCAG
CTTCAAGATCTCTCTCTCTGCTCTGCTCCTCCTCACCGTCGAGATAACCGGAGAGACGCC
AGTAAGAGCAGGCGAGGATCAGAAGAGCGAAAGCTATGAGACCAAACATCGC***CAAAC
CACCAAAAAGATAAGGAACAGGTGAATGCCACGGCGAGTGAGGTCCTCCCATGGCTGTTC
TGTTCCCGTCGACGTTTTCTCTTGGAGGGTAATATTGTCTTCCTTCCATTTTCTTATGAA
CTTAGAGAGAGAGAAAAAAAAAGTGGTTTTGAGTTTTCT*TTTTCTAAATAGAAAATGTT
TTTGGTCC

QA 8 675 8 675
DS 

RD RR3BT20TF 660 0 0
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CCGGGTCAGATGCAAACAGTTA*CATGAACTGTTCACCTAAGACGAGCCTCTGTTTTT*C
TTTCTCTTCATCTCTCAATGTGTCGCACCGTTACTCTCAGTACTCGGCCGCACCACCTGA
TCACCAGCCTTCACGTCATCATCACCATCTTCATCATCGTCACAAGTACAGCTCTTTTCA
GCCGGCGTCGCCAAGTAAGTGGGTTTGACGTCTCCGGCCATAATCACCAAGAACTTCTCC
GGAAAAGGTACAGCCTTCACCGCTTTATCGGGTTTCACATCTCCGGCCTCAAGATCTCTC
TCTCTGCTCTGCTCCTCCTCACCGTCGAGATAACCGGAGAGACGCCAGTAAGAGCAGGCG
AGGATCAGAAGAGCGAAAGCTATGAGACCAAGCATCGCCGCCAAACCACCGAAAAGATAA
GGAACAGGTGAATGCCACGGCGAGTGAGGTACTCCCATGGCTGTTCTGTTCCCGTCGACG
TTTTCTCTTGGAGGGTAATATTGTCTTCCTTCCATTTTCTTATGAACTTAGAGAAAGAGA
AAAAG***GTGGTTTTGAGTTTTTTCTTTTCTAGATAGAAAATGTTTTTGGTCC

QA 7 660 7 660
DS 



AS 1 4

CO CL1386Contig1 661 4 5 U
GGGGGCAACCGGTGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACGCACACGCGGAGAGAAAATGTCGAC
GCTTCTGCAATCGCTCATCGATCCGAAGAAGAACTTCCTAGCCCGTATGCATATGAAAGC
CGTATCAACTCGCCTTCGTAGATACGGTCTCAGGTACGATGATCTACACGATCAGTATGA
AAATCTGGACATTAAGGAAGCTCTGAACAGATTGCCCAGGGAGGTCGTTGACGCTCGTAA
CCAGCGTCTCAAGCGTGCCATGGACCTCTCCATGAAGCACGAGTACCTTCCCAAGGATCT
TCAGGCGGTGCAGACCCCATTCCGTGGCTATCTTCAGGAGATGCTGGCTCTCGTTGAAAG
GGAAAGAAAGGAACGTGAAGCCTTGGGAGCTCTACCACTCTACCAGCGCACGTTCCCTTA
AGCACATCCTTTTTCCCTATCTTCTGATAAACTCTACTTCTCTGCATCAATCTCCTCTCC
AGATGGGAATTAATTTTTGATATTTTGGAAACCACATTCCTGAACAGAGCTATTTACTTC
CTCAAAAGCCCAAGTCTTTTGTGATTCTTTTCCTAAATGGGATGATATGTTGCTTGCTAC
ATTTTTCACTTTCTGCTGGCATGAATAAAATCGACGACACAACACTGAGTCTGGTTCAAC
G


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 

AF RR3AU51JQ C 2
AF RR3AP20TF U 1
AF RR3AU51TF U 2
AF RR3AP20JQ C 1
BS 1 1 RR3AP20JQ
BS 2 109 RR3AP20TF
BS 110 110 RR3AU51TF
BS 111 659 RR3AP20TF
BS 660 661 RR3AP20JQ

RD RR3AU51JQ 627 0 0
GGGGCAACCGGTGGAGAGAGAGAGAGAGAGA**CGCACACGCGGAGAGAAAATGTCGACG
CTTCTGCAATCGCTCATCGATCCGAAGAAGAACTTCCTAGCTCGTATGCATATGAAAGCC
GTATCAACTCGCCTTCGTAGATACGGTCTCAGGTACGATGATCTACACGATCAGTATGAA
AATCTGGACATTAAGGAAGCTCTGAACAGATTGCCCAGGGAGGTCGTTGACGCTTGTAAC
CAGCGTTTCAAGCGTGCCATGGACCTCTCCATGAAGCACGAGTACCTTCCCAAGGATCTT
CAGGCGGTGCAGACCCCATTCCGTGGCTATCTTCAGGAGATGCTGGCTCTCGTTGAAAGG
GAAAGAAAGGAACGTGAAGCCTTGGGAGCTCTACCACTCTACCAGCGCACGTTCCCTTAA
GCACATCCTTTTTCCCTATCTTTTGATAAACTCTACTTCTTTGCATCAATCTCCTCTCCA
GATGGGAATTAATTTTTGATATTTTGGAAACCACATTCCTGAACAGAGCTATTTACTTCC
TCAAAAGCCCAAGTCTTTTGTGATTCTTTTCCTAAATGGGATGATATGTTGCTTGCTACA
TTTTTCACTTTTTGCTGGCATGAATAA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3AP20TF 661 0 0
G
GGGGCAACCGGTGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACGCACACGCGGAGAGAAAATGTCGACG
CTTCTGCAATCGCTCATCGATCCGAAGAAGAACTTCCTAGCCCGTATGTATATGAAAGCC
GTATCAACTCGCCTTCGTAGATACGGTCTCAGGTACGATGATCTACACGATCAGTATGAA
AATCTGGACATTAAGGAAGCTCTGAACAGATTGCCCAGGGAGGTCGTTGACGCTCGTAAC
CAGCGTCTCAAGCGTGCCATGGACCTCTCCATGAAGCACGAGTACCTTCCCAAGGATCTT
CAGGCGGTGCAGACCCCATTCCGTGGCTATCTTCAGGAGATGCTGGCTCTCGTTGAAAGG
GAAAGAAAGGAACGTGAAGCCTTGGGAGCTCTACCACTCTACCAGCGCACGTTCCCTTAA
GCACATCCTTTTTCCCTATCTTCTGATAAACTCTACTTCTCTGCATCAATCTCCTCTCCA
GATGGGAATTAATTTTTGATATTTTGGAAACCACATTCCTGAACAGAGCTATTTACTTCC
TCAAAAGCCCAAGTCTTTTGTGATTCTTTTCCTAAATGGGATGATATGTTGCTTGCTACA
TTTTTCACTTTCTGCTGGCATGAATAAAATCGACGACACAACACTGAGTCTGGTTCAA
CG

QA 2 659 2 659
DS 

RD RR3AU51TF 660 0 0
GGGGCAACCGGTGGAGAGAGAGAGAGAGAGA**CGCACACGCGGAGAGAAAATGTCGACG
CTTCTGCAATCGCTCATCGATCCGAAGAAGAACTTCCTAGCTCGTATGCATATGAAAGCC
GTATCAACTCGCCTTCGTAGATACGGTCTCAGGTACGATGATCTACACGATCAGTATGAA
AATCTGGACATTAAGGAAGCTCTGAACAGATTGCCCAGGGAGGTCGTTGACGCTCGTAAC
CAGCGTCTCAAGCGTGCCATGGACCTCTCCATGAAGCACGAGTACCTTCCCAAGGATCTT
CAGGCGGTGCAGACCCCATTCCGTGGCTATCTTCAGGAGATGCTGGCTCTCGTTGAAAGG
GAAAGAAAGGAACGTGAAGCCTTGGGAGCTCTACCACTCTACCAGCGCACGTTCCCTTAA
GCACATCCTTTTTCCCTATCTTCTGATAAACTCTACTTCTCTGCATCAATCTCCTCTCCA
GATGGGAATTAATTTTTGATATTTTGGAAACCACATTCCTGAACAGAGCTATTTACTTCC
TCAAAAGCCCAAGTCTTTTGTGATTCTTTTCCTAAATGGGATGATATGTTGCTTGCTACA
TTTTTCACTTTCTGCTGGCATGAATAAAATCGACGACACAACACTGAGTCTGGTTCAA
TG

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3AP20JQ 661 0 0
GGGGGCAACCGGTGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACGCACACGCGGAGAGAAAATGTCGAC
GCTTCTGCAATCGCTCATCGATCCGAAGAAGAACTTCCTAGCCCGTATGTATATGAAAGC
CGTATCAACTCGCCTTCGTAGATACGGTCTCAGGTACGATGATCTACACGATCAGTATGA
AAATCTGGACATTAAGGAAGCTCTGAACAGATTGCCCAGGGAGGTCGTTGACGCTCGTAA
CCAGCGTCTCAAGCGTGCCATGGACCTCTCCATGAAGCACGAGTACCTTCCCAAGGATCT
TCAGGCGGTGCAGACCCCATTCCGTGGCTATCTTCAGGAGATGCTGGCTCTCGTTGAAAG
GGAAAGAAAGGAACGTGAAGCCTTGGGAGCTCTACCACTCTACCAGCGCACGTTCCCTTA
AGCACATCCTTTTTCCCTATCTTTTGATAAACTCTACTTCTCTGCATCAATCTCCTCTCC
AGATGGGAATTAATTTTTGATATTTTGGAAACCACATTCCTGAACAGAGCTATTTACTTC
CTCAAAAGCCCAAGTCTTTTGTGATTCTTTTCCTAAATGGGATGATATGTTGCTTGCTAC
ATTTTTCACTTTCTGCTGGCATGAATAAAATGGACGACACAACACTGAGTCTGGTTCAAC
G

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 6

CO CL1387Contig1 688 6 7 U
GGCTTCTCGTTTGGCCGCCATGGTGAAATACTCCCAAGAACCGGACAATTCGACCAAATC
TTGCAAGGCAAGGGGAGCAGATCTCAGGGTCCACTTCAAGAACACTAGGGAAACAGCGCA
TGCCATACGGAAGCTGCCACTGATCAAGGCGAAAAGGTACTTGGAAGATGTGATAGCCCA
CAAGCAAGCTATTCCCTTCACACGTTTCTGTCGTGGTGTTGGACGAACTGCTCAAGCAAA
GAACAGACATTCAAACGGTCAAGGTCGTTGGCCTGCCAAATCTGCTCAGTTCGTTCTTGA
TCTCCTCAAGAATGCTGAGAGCAATGCTGAGGTCAAAGGTTTGGATGTTGATGCCCTTTT
CATTTCTCACATTCAAGTTAACCAAGCAGCAAAACAGAGGCGGAGGACATATCGTGCCCA
TGGAAGAATCAATCCATACATGTCAAACCCATGTCACATTGAGTTGATTTTGTCAGAGAA
GGAAGAGTCTGTGAAGAAAGAGCCTGAGACTCAGCTGGCTGCCAAGTCAAAGAAAGGTGC
CTCGTCTTGAGTCTAGATACAGTAGCTATCTTGTGGTCACGTTGGGTGATACATTTTGTT
CACTTTCATTTGTTTGTGGATCCTTTTTAAAAAAAA**ACACAAATGATCTTTTGTTTGT
CAACACCAGAAGCGTTGAATTTATTTGC


BQ
10 10 10 10 10 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 35 35 35 35 35 35 35 20 5 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 0 
15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DU83TF U 1
AF RR3DU83JQ C 10
AF RR3D652JQ C 1
AF RR3D652TF U 1
AF RR3CZ27JQ C 4
AF RR3CZ27TF U 4
BS 1 5 RR3D652JQ
BS 6 637 RR3D652TF
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BS 664 682 RR3D652TF
BS 683 688 RR3CZ27JQ

RD RR3DU83TF 650 0 0
GGCTT
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AGGCAAGGGGAGCAGATCTCAGGGTCCACTTCAAGAACACTAGGGAAACAGCGCATGCCT
TACGGAAGCTGCCACTGATCAAGGCGAAAAGGTACTTGGAAGATGTGATAGCCCACAAGC
AAGCTATTCCCTTCACACGTTTCTGTCGTGGTGTTGGACGAACTGCTCAAGCAAAGAACA
GACATTCAAACGGTCAAGGTCGTTGGCCTGCCAAATCCGCTCAGTTCGTTCTTGATCTCC
TCAAGAATGCTGAGAGCAATGCTGAGGTCAAAGGTTTGGATGTTGATGCCCTTTTCATTT
CTCACATTCAAGTTAACCAAGCAGCAAAACAGAGGCGGAGGACATATCGTGCCCATGGAA
GAATCAATCCATACATGTCAAACCCATGTCACATTGAGTTGATTTTGTCAGAGAAGGAAG
AGTCTGTGAAGAAAGAGCCTGAGACTCAGCTGGCTGCCAAGTCAAAAAAAGGTGCCTCGT
CTTGAGTCTAGATACAGTAGCTATCTTGTGGTCACGTTGGGTGATACATTTTGTTCACTT
TCATTTGTTTGTGGATCCTTTTTAAAAAAAAA*ACACA
CAAATGA

QA 6 643 6 643
DS 

RD RR3DU83JQ 619 0 0
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AAGGGGAGCAGATCTCAGGGTCCACTTCAAGAACACTAGGGAAACAGCGCATGCCTTACG
GAAGCTGCCACTGATCAAGGCGAAAAGGTACTTGGAAGATGTGATAGCCCACAAGCAAGC
TATTCCCTTCACACGTTTCTGTCGTGGTGTTGGACGAACTGCTCAAGCAAAGAACAGACA
TTCAAACGGTCAAGGTCGTTGGCCTGCCAAATCCGCTCAGTTCGTTCTTGATCTCCTCAA
GAATGCTGAGAGCAATGCTGAGGTCAAAGGTTTGGATGTTGATGCCCTTTTCATTTCTCA
CATTCAAGTTAACCAAGCAGCAAAACAGAGGCGGAGGACATATCGTGCCCATGGAAGAAT
CAATCCATACATGTCAAACCCATGTCACATTGAGTTGATTTTGTCAGAGAAGGAAGAGTC
TGTGAAGAAAGAGCCTGAGACTCAGCTGGCTGCCAAGTCAAAAAAAGGTGCCTCGTCTTG
AGTCTAGATACAGTAGCTATCTTGTGGTCACGTTGGGTGATACATTTTGTTCACTTTCAT
TTGTTTGTGGATCCTTTTT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3D652JQ 682 0 0
GGCTTCTCGTTTGGCCGCCATGGTGAAATACTCCCAAGAACCGGACAATTCGACCAAATC
TTGCAAGGCAAGGGGAGCAGATCTCAGGGTCCACTTCAAGAACACTAGGGAAACAGCGCA
TGCCATACGGAAGCTGCCACTGATCAAGGCGAAAAGGTACTTGGAAGATGTGATAGCCCA
CAAGCAAGCTATTCCCTTCACACGTTTCTGTCGTGGTGTTGGACGAACTGCTCAAGCAAA
GAACAGACATTCAAACGGTCAAGGTCGTTGGCCTGCCAAATCTGCTCAGTTCGTTCTTGA
TCTCCTCAAGAATGCTGAGAGCAATGCTGAGGTCAAAGGTTTGGATGTTGATGCCCTTTT
CATTTCTCACATTCAAGTTAACCAAGCAGCAAAACAGAGGCGGAGGACATATCGTGCCCA
TGGAAGAATCAATCCATACATGTCAAACCCATGTCACATTGAGTTGATTTTGTCAGAGAA
GGAAGAGTCTGTGAAGAAAGAGCCTGAGACTCAGCTGGCTGCCAAGTCAAAGAAAGGTGC
CTCGTCTTGAGTCTAGATACAGTAGCTATCTTGTGGTCACGTTGGGTGATACATTTTGTT
CACTTTCATTTGTTTGTGGATCCTTTTTAAAAAAAAACACACAAATGATCTTTTGTTTGT
CAACACCAGAAGCGTTGAATTT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3D652TF 682 0 0
GGCTT
CTCGTTTGGCCGCCATGGTGAAATACTCCCAAGAACCGGACAATTCGACCAAATCTTGCA
AGGCAAGGGGAGCAGATCTCAGGGTCCACTTCAAGAACACTAGGGAAACAGCGCATGCCA
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AAGCTATTCCCTTCACACGTTTCTGTCGTGGTGTTGGACGAACTGCTCAAGCAAAGAACA
GACATTCAAACGGTCAAGGTCGTTGGCCTGCCAAATCTGCTCAGTTCGTTCTTGATCTCC
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CTCACATTCAAGTTAACCAAGCAGCAAAACAGAGGCGGAGGACATATCGTGCCCATGGAA
GAATCAATCCATACATGTCAAACCCATGTCACATTGAGTTGATTTTGTCAGAGAAGGAAG
AGTCTGTGAAGAAAGAGCCTGAGACTCAGCTGGCTGCCAAGTCAAAGAAAGGTGCCTCGT
CTTGAGTCTAGATACAGTAGCTATCTTGTGGTCACGTTGGGTGATACATTTTGTTCACTT
TCATTTGTTTGTGGATCCTTTTTAAAAAAAA*CACACAAATGATCTTTTGTTTGTCA*CA
CCAGAAGCGTTGAATTT

QA 6 682 6 682
DS 

RD RR3CZ27JQ 685 0 0
GG
CTCGTTTGGCCGCCATGGTGAAGTACTCCCAAGAACCGGACAATTCGACCAAATCTTGCA
AGGCAAGGGGAGCAGATCTCAGGGTCCACTTCAAGAACACTAGGGAAACAGCGCATGCCA
TACGGAAGCTGCCACTGATCAAGGCGAAAAGGTACTTGGAAGATGTGATAGCCCACAAGC
AAGCTATTCCCTTCACACGTTTCTGTCGTGGTGTTGGACGAACTGCTCAAGCAAAGAACA
GACATTCAAACGGTCAAGGTCGTTGGCCTGCCAAATCTGCTCAGTTCGTTCTTGATCTCC
TCAAGAATGCTGAGAGCAATGCTGAGGTCAAAGGTTTGGATGTTGATGCCCTTTTCATTT
CTCACATTCAAGTTAACCAAGCAGCAAAACAGAGGCGGAGGACATATCGTGCCCATGGAA
GAATCAATCCATACATGTCAAACCCATGTCACATTGAGTTGATTTTGTCAGAGAAGGAAG
AGTCTGTGAAAAAAGAGCCTGAGACTCAGCTGGCTGCCAAGTCAAAGAAAGGTGCCTCGT
CTTGAGTCTAGATACAGTAGCTATCGTGTGGTCACGTTGGGTGATACATTTTGTTCACTT
TCATTTGTTTGTGGATCCTTT**AAAAAAAA***CACAAATGATCTTTTGTTTTTGGACC
CCAGAAGCGTTGAATTTATTTGC

QA 3 685 3 685
DS 

RD RR3CZ27TF 685 0 0
GG
CTCGTTTGGCCGCCATGGTGAAGTACTCCCAAGAACCGGACAATTCGACCAAATCTTGCA
AGGGAAGGGGAGCAGATCTCAGGGTCCACTTCAAGAACACTAGGGAAACAGCGCATGCCA
TACGGAAGCTGCCACTGATCAAGGCGAAAAGGTACTTGGAAGATGTGATAGCCCACAAGC
AAGCTATTCCCTTCACACGTTTCTGTCGTGGTGTTGGACGAACTGCTCAAGCAAAGAACA
GACATTCAAACGGTCAAGGTCGTTGGCCTGCCAAATCTGCTCAGTTCGTTCTTGATCTCC
TCAAGAATGCTGAGAGCAATGCTGAGGTCAAAGGTTTGGATGTTGATGCCCTTTTCATTT
CTCACATTCAAGTTAACCAAGCAGCAAAACAGAGGCGGAGGACATATCGTGCCCATGGAA
GAATCAATCCATACATGTCAAACCCATGTCACATTGAGTTGATTTTGTCAGAGAAGGAAG
AGTCTGTGAAAAAAGAGCCTGAGACTCAGCTGGCTGCCAAGTCAAAGAAAGGTGCCTCGT
CTTGAGTCTAGATACAGTAGCTATCGTGTGGTCACGTTGGGTGATACATTTTGTTCACTT
TCATTTGTTTGTGGATCCTTT**AAAAAAA****CACAAATGATCTTTTGTTTTTGGACA
CCAGAAGCGTTGAATTT
ATTTGC

QA 3 679 3 679
DS 



AS 1 5

CO CL1388Contig1 1309 5 12 U
GTTTAAGCTTGCCACAGACTCAGAATCTTTTATTATATATGAAAAGTTGGAAATCAATAA
ACAACATAATGATAATTTGAGTAGTAATCAAATAGATATGTTTAAATTACACTTGCACAT
TGGACATCGTGTGTCAAGTATATATACTGAAAAATATTACTTCCTTTGATTATATTCTGG
AATCTAACGCCATGATCGTGCTAAGGTTCATGGGGTTCATGTACTCAACCGAACCAGTCA
TGATCTGTTGGACGATGAGTCGGGTAGCTTTCTCAGTCGGGTGGAAAGGGTCCCAAAATG
CATAGGCGTTACGGTCTGGACATAAGCTTGACAACGGGGTGCAAACACCTTGCCCGTTGT
ATGCCCCTTGTCCGCAGCACGCTACCTTGGATGTCACGAAACCAAATCTCTGGGGGTTGT
TTATGAAATCTGCATTCATATTGAACGCATTAGCCCCAATGAAAACATCAGAACCGATTT
CGCGGTTAAGTCCTTGAAGCATTTGATCCAAAAGCGGATTAAATATGGCTGCAGCCTGTT
GTGCCTCGGGAGCACATTCTCCGTTTGCGCTTCTAGATGAAGCAAGCTCTGCCGGTACGC
AACCCAACGGTCCTGTTCCTGTAACCATGACCCTCCTCGCTCCCAACTCATACAGTCTCA
TGAGTATTTTCCTGTATTCGGAGATGAGAAGCTGGCTAAATTCGCTGAGAGATGACTGTC
GACCTCTAGCAGAGAATGGCAAGAAGTAGTTGTTGACAAAATCGTTGCCACCAAGAGTCA
TGAGGACTAAAGCTCCATTTACAAGCTGTTGTGTTTTGTCTGAACCTATAATCTCACTCA
CTCTCTCTTGATACTCTTGGAACAGCTCGAATTGCCTACCGATCCTTAGTATGTTCAAAA
ACTGAACACCGGTGTCGTTGAGAATTCCGATGCCGGCAGAGGCAAAATTAGCTCCGATCA
ATAACTTCTCTCCAGTGAGCTCAGGGCTAAGGATTGGTAGCGTTGGCTCGGATCCAATTT
GCTCACTGATGATGTCAGGGAGGTTCAAGCCGTTGGAGAAACGCCCCGTTGGAAGACCAG
TCGGATAATCGATTCCGTACGGCGGAGAGTCGGCACGAGCGGTGGTGACTAAGTAATTGT
TATTACCACTGTCCACGAGTGAGTCGCCAAAGACGTAGAACGCTCGAGCCGCGTTTGTTT
TTTTGCGGCATAAGAAATAGCATTCCCCATAACGCGGTGGACAGAAATATGGATGTTAGA
AGAGTGGACATTATGTGAAGTGATACTTCGTAATATATGAAAAGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3AF78JQ U 1
AF RR3B754JQ U 17
AF RR3BK15JQ U 17
AF RR3B754TF C 403
AF RR3AF78TF C 622
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BS 208 882 RR3B754JQ
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ACAACATAATGATAATTTGAGTAGTAATCAAATAGATATGTTTAAATTACACTTGCACAT
TGGACATCGTGTGTCAAGTATATATACTGAAAAATATTACTTCCTTTGATTATATTCTGG
AATCTAACGCCATGATTGTGCTAAGGT

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CGTGCTAAGGTTCATGGGGTTCATGTACTCAACCGAACCAGTCATGATCTGTTGGACGAT
GAGTCGGGTAGCTTTCTCAGTCGGGTGGAAAGGGTCCCAAAATGCATAGGCGTTACGGTC
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TGGCAAGAAGTAGTTGTTGACAAAATCGTTGCCACCAAGAGTCATGAGGACTAAAGCTCC
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TTGGAACAGCTCGAATTGCCTACCGA

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DS 

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TTGAGTAGTAATCAAATAGATATGTTTAAATTACACTTGCACATTGGACATCGTGTGTCA
AGTATATATACTGAAAAATATTACTTCCTTTGATTATATTCTGGAATCTAACGCCATGAT
CGTGCTAAGGTTCATGGGGTTCATGTACTCAACCGAACCAGTCATGATCTGTTGGACGAT
GAGTCGGGTAGCTTTCTCAGTCGGGTGGAAAGGGTCCCAAAATGCATAGGCGTTACGGTC
TGGACATAAGCTTGACAACGGGGTGCAAACACCTTGCCCGTTGTATGCCCCTTGTCCGCA
GCACGCTACCTTGGATGTCACGAAACCAAATCTCTGGGGGTTGTTTATGAAATCTGCATT
CATATTGAAC**ATTAGCCCCAATGAAAACATCAGAACCGATTTCGCGGTTAAGTCCTTG
AAGCATTTGATCCAAAAGCGGATTAAATATGGCTGCAGCCTGTTGTGCCTCGGGAACACA
TTCTCCGTTTGCGCTTCTAGATGAAGCAAGCTCAGCCGGTACGCAACCCAACGGTCCTGT
TCCTGTAACCATGACTCTCCTCGCTCCCAACTCATACAGTCTCATGAGTATTTTCCTGTA
TTCGGAGATGAGAAGCTGGCTAAATTCGCTGAGAGATGACTGTCGACCTCTAGCAGAGAA
TGGCAAGAAGTAGTTGTTGACGAAATCGTTGCCACCAAGAGTCATGAGGACTAAAGCTCC
ATTTACAAGCTGTTGTGTTTTGTCTGAACCTATAATCTCACTCACTCTCTCTTGATACTC
TTGGAACAGCTCGA

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DS 

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ATATGGCTGCAGCGTGTTGTGCCTCGGGAGCACATTCTCCGTTTGCGCTTCTAGATGAAG
CAAGCTCTGCCGGTACGCAACCCAACGGTCCTGTTCCTGTAACCATGACCCTCCTCGCTC
CCAACTCATACAGTCTCATGAGTATTTTCCTGTATTCGGAGATGAGAAGCTGGCTAAATT
CGCTGAGAGATGACTGTCGACCTCTAGCAGAGAATGGCAAGAAGTAGTTGTTGACAAAAT
CGTTGCCACCAAGAGTCATGAGGACTAAAGCTCCATTTACAAGCTGTTGTGTTTTGTCTG
AACCTATAATCTCACTCACTCTCTCTTGATACTCTTGGAACAGCTCGAATTGCCTACCGA
TCCTTAGTATGTTCAAAAACTGAACGCCGGTGTCGTTGAGAATTCCGATGCCGGCAGAGG
CAAAATTAGCTCCGATCAATAACTTCTCTCCAGTGAGCTCAGGGCTAAGGATTGGTAGCG
TTGGCTCGGATCCAATTTGCTCACTGATGATGTCAGGGAGGTTCAAGCCGTTGGAGAAAC
GCCCCGTTGGAAGACCAGTCGGATAATCGATTCCGTACGGTGGAGAGTCGGCACGAGCGG
TGGTGACTAAGTAATTGTTATTACCACTGTCCACGAGTGAGTCGCCAAAGACGTAGAACG
CTCGAGCCGCGTTTGTTTTTT*GCGGCATAAGAAATAGCATTCCCCATAACGCGGTGGAC
AGAAATATGGATGTTAGAAGAGTGGACATTATGTGAAGTGATACTTCGTAATATATGAAA
AGTGTC

QA 1 906 1 906
DS 

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TAACCATGACTCTCCTCGCTCCCAACTCATACAGTCTCATGAGTATTTTCCTGTATTCGG
AGATGTGAAGCTGGCTAAATTCGCTGAGAGATGACTGTCGACCTCTAGCAGAGAATGGCA
AGAAGTAGTTGTTGACAAAATCGTTGCCACCAAGAGTCATGAGGACTAAAGCTCCATTTA
CAAGCTGTTGTGTTTTGTCTGAACCTATAATCTCACTCACTCTCTCTTGATACTCTTGGA
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GAATTCCGATGCCGGCAGAGGCAAAATTAGCTCCGATCAATAACTTCTCTCCAGTGAGCT
CAGGGCTAAGGATTGGTAGCGTTGGCTCGGATCCAATTTGCTCACTGATGATGTCAGGGA
GGTTCAAGCCGTTGGAGAAACGCCCCGTTGGACGACCAGTCGGATAATCGATTCCGTACG
GCGGAGAGTCGGCACGAGCGGTGGTGACTAAGTAATTGTTATTACCACTGTCCACGAGTG
AGTCGCCAAAGACGTAGAACGCTCGAGCCGCGTTTGTTTTTTTGCGGCATAAGAAATAGC
ATTCCCCATAACGCGGTGGACAGAAATATGGATGTTAGAAGAGTGGACATTATGTGAAGT
GATACTTCGTAATATATGAAAAGTGTCC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 2 6

CO CL1389Contig1 1242 4 12 U
AGGACTTAATCAACCTCTGTAGAATTGTTTTAAAAGTGTATAACACTGAGTTTGCTAGCA
TTACAAAAATCTTTCCTGATCCAGAAACTTCAGGCATCGGAACAAAACTCAAAGCCACAT
AGACATATCAAAGCTACATATTACCAAAGACAGAGAGCTATGCAGAAACTTCTGCGGATG
AACGTCTAGACTCCAACCATGTCTTTGCCGCAACACTAGTGGTCAAAAACCACCCAACCT
TATCTGGAGCTTCATGGAAAGGAGCATTAAGCTCCTTTAAGTGAGACTCAAAAACAGCTG
CCAAACCTTTGTCCGAGTACTTGTGTTTCCCATGTCCAGTGTTGATTCCTAGCAACGGAG
GGAACTCTTCTCCAGACGTCAGAACAGCCTCTGATAAATCGTTCATCCAAACATGAAGAG
CGGTTAAGGCTGCTCCAAGAGAGAGACTTTTCAGATGTAAAGACCATTGAGTAGCAGATT
TTGATTGAAGACCTGAGTATATGTCATACTCCAGCCCCAGCTGCAGGATCTCACAAGCTT
TTTCCAGCTTATTGAGATTGACACAGAGATCAATCAAGCAATTCAAATACGCTTTGTTTA
CATCAGAGCCTATGGAATCAATCAACTCAGATGCTTCCTTCTTTAACACCCCTTCCTCAC
AGTTCTCCTCCTCCTCTACCAACATCTTTACAACGCGACCAAGCTTAGGCTTAGCCTTCT
CCACACATCCAATGAGTTTACCGATCTCCTCCTTCGGTGTCTGAGTCATTACATTCAGAA
GACAACCGCAGAATCTGTCGTCTGGCTCTATACCAAGCTCCAACACTTGTTCGAATGTCC
TCACAACATCATCAACCTGCTTGGCTTTACCATAACACTGGATAAGCGACGTAAGAACAA
AAAGAGTAGGCTCAAAGCCAGCTTCTCTCATCTCACGCAGAGCCGCTTCGGCCTCTGAAA
CCCTCCCACAGCAAGAGTACACAGTGATAAGCGAAGAGAATGTCCAGCTGTCGGGTTCAC
AAGTCCCACTACTCTTCATATCTTGAAAAATCTCAAAAGCCTCATCCACATATCCAATAT
CAGCACACATGGACAGGAGAGTGTTGTAAAGAATCACAGTTAGTTCCAAACCTTTCCCCT
TCATCTGCCTGTAGATAACGAGTGCATCCTCACCATAACGAGCTCTACCATAGGCTCTAA
TAAGAACAGCATAAGTACTCCAATTGGGTTCAAATCCATTGC


BQ
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AF RR3GD23JQ U 1
AF RR3DG14JQ U 2
AF RR3FY66JQ U 1
AF RR3FY66TF C 443
BS 1 232 RR3FY66JQ
BS 233 233 RR3GD23JQ
BS 234 244 RR3FY66JQ
BS 245 245 RR3GD23JQ
BS 246 331 RR3FY66JQ
BS 332 332 RR3GD23JQ
BS 333 382 RR3FY66JQ
BS 383 384 RR3DG14JQ
BS 385 385 RR3FY66JQ
BS 386 386 RR3DG14JQ
BS 387 779 RR3FY66JQ
BS 780 1242 RR3FY66TF

RD RR3GD23JQ 337 0 0
GA
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CGTCTAGACTCCAACCATGTCTTTGCCGCAACACTAGTGGTCAAAAACCACCCAACCTTA
TCTGGAGCTTCATGGAAAGGAGCATTAAGCTCCTTTAAGTGAGACTCAAAAACAGCTGCC
AAACCTTTGTCCGAGTACTTGTGTTTCCCATGTCC

QA 3 337 3 337
DS 

RD RR3DG14JQ 473 0 0
G
GACTTAATCAACCTCTGTAGAATTGTTTTAAAAGTGTATAACACTGAGTTTGCTAGCATT
ACAAAAATCTTTCCTGATCCAGAAACTTCAGGCATCGGAACAAAACTCAAAGCCACATAG
ACATATCAAAGCTACATATTACCAAAGACAGAGAGCTATGCAGAAACTTCTGCGGATGAA
CGTCTAGACTCCAACCATGTCTTTGCCGCAACACTAGTGGTCAAAAACCACTCAACCTTA
TCTGGAGCTTCATGGAAAGGAGCATTAAGCTCCTTTAAGTGAGACTCAAAAACAGCTGCC
AAACCTTTGTCCGAGTACTTGTGTTTCCCATGTCCAGTGTTGATTCCTAGCAACGGAGGG
AACTCTTCTCCAGACGTCAGAACAGCCTCTGATAAATCGTTCATCCAAACATGAAGAGCG
GTTAAGGCTGCTCCAAGAGAGAGACTTTTCAGATGTAAGGACCATTGAGTAG

QA 2 473 2 473
DS 

RD RR3FY66JQ 779 0 0
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TTACAAAAATCTTTCCTGATCCAGAAACTTCAGGCATCGGAACAAAACTCAAAGCCACAT
AGACATATCAAAGCTACATATTACCAAAGACAGAGAGCTATGCAGAAACTTCTGCGGATG
AACGTCTAGACTCCAACCATGTCTTTGCCGCAACACTAGTGGTCAAAAACCAGCCAACCT
TATCCGGAGCTTCATGGAAAGGAGCATTAAGCTCCTTTAAGTGAGACTCAAAAACAGCTG
CCAAACCTTTGTCCGAGTACTTGTGTTTCCCGTGTCCAGTGTTGATTCCTAGCAACGGAG
GGAACTCTTCTCCAGACGTCAGCGCGGCCTCTGATAAATCGTTCATCCAAACATGAAGAG
CGGTTAAGGCTGCTCCAAGAGAGAGACTTTTCAGATGTAAAGACCATTGAGTAGCAGATT
TTGATTGAAGACCTGAGTATATGTCATACTCCAGCCCCAGCTGCAGGATCTCACAAGCTT
TTTCCAGCTTATTGAGATTGACACAGAGATCAATCAAGCAATTCAAATACGCTTTGTTTA
CATCAGAGCCTATGGAATCAATCAACTCAGATGCTTCCTTCTTTAACACCCCTTCCTCAC
AGTTCTCCTCCTCCTCTACCAACATCTTTACAACGCGACCAAGCTTAGGCTTAGCCTTCT
CCACACATCCAATGAGTTTACCGATCTCCTCCTTCGGTGTCTGAGTCATTACATTCAGA

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3FY66TF 800 0 0
AGAAAC
TTTCAGATGTAAAGACCAT*GAGTAGCAGATTT*GAT*GAAGAC*TGAGTATATGTCATA
CTCCAGCCCCAGCTGCAGGATCTCACAAGCTTTT*CCAGCTTAT*GAGAT*GACACAGAG
ATCAATCAAGCAAT*CAAATACGCTTTGTTTACATCAGAGCCTATGGAATCAATCAACTC
AGATGCTTCCTTCTTTAACACCCCTTCCTCACAGTTCTCCTCCTCCTCTACCAACATCTT
TACAACGCGACCAAGCTTAGGCTTAGCCTTCTCCACACATCCAATGAGTTTACCGATCTC
CTCCTTCGGTGTCTGAGTCATTACATTCAGAAGACAACCGCAGAATCTGTCGTCTGGCTC
TATACCAAGCTCCAACACTTGTTCGAATGTCCTCACAACATCATCAACCTGCTTGGCTTT
ACCATAACACTGGATAAGCGACGTAAGAACAAAAAGAGTAGGCTCAAAGCCAGCTTCTCT
CATCTCACGCAGAGCCGCTTCGGCCTCTGAAACCCTCCCACAGCAAGAGTACACAGTGAT
AAGCGAAGAGAATGTCCAGCTGTCGGGTTCACAAGTCCCACTACTCTTCATATCTTGAAA
AATCTCAAAAGCCTCATCCACATATCCAATATCAGCACACATGGACAGGAGAGTGTTGTA
AAGAATCACAGTTAGTTCCAAACCTTTCCCCTTCATCTGCCTGTAGATAACGAGTGCATC
CTCACCATAACGAGCTCTACCATAGGCTCTAATAAGAACAGCATAAGTACTCCAATTGGG
TTCAAATCCATTGC

QA 7 800 7 800
DS 



CO CL1389Contig2 1153 2 4 U
GGAGACGCTGAAACCCACCAGGGAAGTGATTCTGTACAATGTCACGATGAAGGTGTTCAG
GAAGTCCAAGGATCTCGAGAAGTCCGAGAAGCTGTTCGACGAAATGCTCCAGAGAGGGGT
TAAACCTGACAACGCGACGTTCACGACGCTTATCAGCTGCGCTAGGCAGTGTGGTTTACC
TAAGAGAGCCGTTGAGTGGTTTGAGAAAATGCCTTCCTTTGGTTTGGAGCCTGATAACGT
CACTCTGGCTGCTATGATCGACGCTTATGGCCGTGCTGGTAACGTTGAGATGGCTTTGAG
TTTGTATGACCGTGCGAGGACTGAGAAATGGCGCATTGACCCTGTTACTTTCTCGACTTT
GATTAGGATATATGGCTATGCTTGAAACTATGATGGGTGTCTTAATATCTATGAAGAGAT
GAAGTCTCTTGGGGTGAAGCCTAATCTGGTTATCTACAATAGGCTGTTAGATAGTATGGG
TAAAGCCAAGAGGCCTTGGCAGGCGACGATGATCCACAAGGATCTTATCAGCAATGGCTT
TGAACCCAATTGGAGTACTTATGCTGCTCTTATTAGAGCCTATGGTAGAGCTCGTTATGG
TGAGGATGCACTCGTTATCTACAGGCAGATGAAGGGGAAAGGGTTGGAACTAACTGTGAT
TCTTTACAACACTCTCTTGTCCATGTGTGCTGATATTGGATATGTGGATGAGGCTTTTGA
GATTTTTCAAGATATGAAGAGTAGTGGGACTTGTGAACCTGACAGCTGGACCTTCTCTTC
GCTGATCACTGTGTACTCTTGCTGTGGGAGGGTTTCAGAGGCTGAGGCAGCTCTACGCGA
GATGAGAGAAGCTGGATTTGAGCCTACTCTGTTTGTTCTTACGTCGCTTATACAGTGTTA
TGGCAAAGCCAAGCAGGTTGATGATGTTGTGAGGACATTCGAACAAGTGTTGGAGCTCGG
TATAGAGCCAGACGACAGATTCTGTGGTTGTCTTCTGAATGTAATGACCCAGACACCAAC
GGAGGAGATCGGTAAACTCATTGAATGTGTGGAGAAGGCTAAGCCTAAGCTTGGTCGCGT
TGTAAAGATGTTGGTAGAGGAGGAGAACTGTGAGGAAAGGGTGTTAAAGAAGAAGCATCT
GAGTTGATTGATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD23TF U 1
AF RR3DG14TF U 477
BS 1 712 RR3GD23TF
BS 713 713 RR3DG14TF
BS 714 759 RR3GD23TF
BS 760 1153 RR3DG14TF

RD RR3GD23TF 762 0 0
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GAAGTCCAAGGATCTCGAGAAGTCCGAGAAGCTGTTCGACGAAATGCTCCAGAGAGGGGT
TAAACCTGACAACGCGACGTTCACGACGCTTATCAGCTGCGCTAGGCAGTGTGGTTTACC
TAAGAGAGCCGTTGAGTGGTTTGAGAAAATGCCTTCCTTTGGTTTGGAGCCTGATAACGT
CACTCTGGCTGCTATGATCGACGCTTATGGCCGTGCTGGTAACGTTGAGATGGCTTTGAG
TTTGTATGACCGTGCGAGGACTGAGAAATGGCGCATTGACCCTGTTACTTTCTCGACTTT
GATTAGGATATATGGCTATGCTTGAAACTATGATGGGTGTCTTAATATCTATGAAGAGAT
GAAGTCTCTTGGGGTGAAGCCTAATCTGGTTATCTACAATAGGCTGTTAGATAGTATGGG
TAAAGCCAAGAGGCCTTGGCAGGCGACGATGATCCACAAGGATCTTATCAGCAATGGCTT
TGAACCCAATTGGAGTACTTATGCTGCTCTTATTAGAGCCTATGGTAGAGCTCGTTATGG
TGAGGATGCACTCGTTATCTACAGGCAGATGAAGGGGAAAGGGTTGGAACTAACTGTGAT
TCTTTACAACACTCTCTTGTCCATGTGTGCTGATATTGGATATGTGGATGAG*CTTTTGA
GATTTTTCAAGATATGAAGAGTAGTGGGACTTGTGAACC
TGA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3DG14TF 677 0 0
G
GGGTAAAGCCAAGAGGCCTTGGCAGGCGACGATGATCCACAAGGATCTTATCAGCAATGG
CTTTGAACCCAATTGGAGTACTTATGCTGCTCTTATTAGAGCCTATGGTAGAGCTCGTTA
TGGTGAGGATGCACTCGTTATCTACAGGCAGATGAAGGGGAAAGGGTTGGAACTAACTGT
GATTCTTTACAACACTCTCTTGTCCATGTGTGCTGATATTGGATATGTGGATGAGGCTTT
TGAGATTTTTCAAGATATGAAGAGTAGTGGGACTTGTGAACCTGACAGCTGGACCTTCTC
TTCGCTGATCACTGTGTACTCTTGCTGTGGGAGGGTTTCAGAGGCTGAGGCAGCTCTACG
CGAGATGAGAGAAGCTGGATTTGAGCCTACTCTGTTTGTTCTTACGTCGCTTATACAGTG
TTATGGCAAAGCCAAGCAGGTTGATGATGTTGTGAGGACATTCGAACAAGTGTTGGAGCT
CGGTATAGAGCCAGACGACAGATTCTGTGGTTGTCTTCTGAATGTAATGACCCAGACACC
AACGGAGGAGATCGGTAAACTCATTGAATGTGTGGAGAAGGCTAAGCCTAAGCTTGGTCG
CGTTGTAAAGATGTTGGTAGAGGAGGAGAACTGTGAGGAAAGGGTGTTAAAGAAGAAGCA
TCTGAGTTGATTGATT

QA 2 677 2 677
DS 



AS 1 6

CO CL1390Contig1 844 6 16 U
GGACAAATGAAGGGAAAGAAAGGAGGCCAGAGGGTAGGGAGATGACATGATGCAAAGAAA
CTCTACCAACAACAACATTTCCAATAACACATCATCGTCACATCAAGCCTGCGCTTCATG
CAAACACCAAAGAAAGAAATGCAACAACGAATGCATCTTATCTCCTTATTTTCCGGCTCG
CAAGACCAAGGAGTTTCAGGCCGTTCACAAAGTGTTTGGTGTTAGCAACGTACAGAAAAT
GGTACGGACCGTACGCGAAGAGGACCGTACCAAGCTGTCTGAATCTTTGACGTGGGAAGC
TCTATGGAGACAGAAAGATCCGGTCCTTGGCTCCTACGGAGAGTATAGGAGGGTCAGTGA
AGAGCTCAAGCTGTACAAAAGCTTGGTTCATAATCAACCTCTCATTGGTTGGG*ATAATA
ATCAACGTGTACTCAACAATAACAACAAAAACGGATTAGCGGTGAACTCAAGTGGATCTG
GTGGGTTTAGTGTTAATAACAATGGTGTTGGTGGGAATCGGGAGGTTATTAACGGTGGAT
ATACATCGAGGAGTTTGCATGGTGGCTACGAAAATTTAAGGCAAGATCAAAGGCAACAAT
GTTATGCAGTGATTAATGGGTTTAAACAGCATTATCTCCCACTATAAGCATATGGCTATT
AAGGACTAATGAAAACGAATCCTGCATGCTACATGTTAGTAGTTGCTTATGGCTTAACTA
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CATTCGTGGAGTAAAAACTTGTACGGTAATTCACAAATATTATAGGACCATCTCATTATC
TCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 0 0 0 0 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 

AF RR3CM23TF U 2
AF RR3FF18TF U 1
AF RR3B435TF U 1
AF RR3E332TF U 17
AF RR3FF18JQ C 284
AF RR3CM23JQ C 56
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GTTTCAGGCCGTTCACAAAGTGTTTGGTGTTAGCAACGTACAGAAAATGGTACGGACCGT
ACGCGAAGAGGACCGTACCAAGCTGTCTGAATCTTTGACGTGGGAAGCTCTATGGAGACA
GAAAGATCCGGTCCTTGGCTCCTACGGAGAGTATAGGAGGGTCAGTGAAGAGCTCAAGCT
GTACAAAAGCTTGGTTCATAATCAACCTCTCATTGGTTGGG*ATAATAATCAACGTGTAC
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TCTTATCTCCTTATTTTCCGGCTCGCAAGACCAAGGAGTTTCAGGCCGTTCACAAAGTGT
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TGTCTGAATCTTTGACGTGGGAAGCTCTATGGAGACAGAAAGATCCGGTCCTTGGCTCCT
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AATCGGGAGGTTATTAACGGTGGATATACATCGAGGAGTTTGCATGGTGGCTACGAAAAT
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CTTG

QA 20 780 20 780
DS 

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TT
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TGGTTGGG*ATAATAATCAACGT*TACTCAACAATAACAACAAAAACGGATTAGCGGTGA
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TTATTAACGGTGGATATACATCGAGGAGTTTGCATGGTGGCTACGAAAATTTAAGGCAAG
ATCAAAGGCAACAATGTTATGCAGTGATTAATGGGTTTAAACAGCATTATCTCCCACTAT
AAGCATATGGCTATTAAGGACTAATGAAAACGAATCCTGCATGCTACATGTTAGTAGTTG
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TGGTGTATTTTAGTGCATTCGTGGAGTAAAAACTTGTACGGTAATTCACAAATATTATAG
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AC

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DS 

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TCATGCAAACACCAAAGAAAGAAATGCAACAACGAATGCATCTTATCTCCTTATTTTCCG
GCTCGCAAGACCAAGGAGTTTCAGGCCGTTCACAAAGTGTTTGGTGTTAGCAACGTACAG
AAAATGGTACGGACCGTACGCGAAGAGGACCGTACCAAGCTGTCTGAATCTTTGACGTGG
GAAGCTCTATGGAGACAGAAAGATCCGGTCCTTGGCTCCTACGGAGAGTATAGGAGGGTC
AGTGAAGAGCTCAAGCTGTACAAAAGCTTGGTTCATAATCAACCTCTCATTGGTTGGGGA
TAATAATCAACGTGTACTCAACAATAACAACAAAAACGGATTAGCGGTGAACTCAAGTGG
ATCTGGTGGGTTTAGTGTTAATAACAATGGTGTTGGTGGGAATCGGGAGGTTATTAACGG
TGGATATACATCGAGGAGTTTGCATGGTGGCTACGAAAATTTAAGGCAAGATCAAAGGCA
ACAATGTTATGCAGTGATTAATGGGTTTAAACAGCATTATCTCCCACTATAAGCATATGG
CTATTAAGGACTAATGAAAACGAATCCTGCATGCTACATGTTAGTAGTTGCTTATGGCTT
AACTATACGTTGTTGAGTCATTTTTATATACTTTTAACTAATGCAATTTGTGGTGTATTT
TAGTGCATTCGTGGAGTAAAAACTTGTACGGTAATTCACAAATATTATAGGACCATCTCA
TTATCTCAT

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DS 



AS 1 5

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AGAAATCTGTTTTTTTT*CAGAGTATTCATGAAACGACAAAGACCATAATCGCTAGACTA
TGGAATGCGGGTGATTGCAGCATGTATAGCATCAGCAAGTTGAGGCACTGTCTTTGAACT
TAGACCTGCCATGCTTATCCTCCCATCATAAGTCATGTAAATGTGATATTCTTTGGCCAT
CCAGCGAACTTGCTTCTCATTTAATCCTGTAAAAGAAAACATCCCAATCTGTTTGATAAT
GTGACTCCAATCACCAGGTGTGCCTCTAGCTTGTATAGCTTCATATAACTGTTGGCGCAT
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GTTTTTAAGAATTTTGGTAACAATGGACGCTCCATGAATTGGTGGGCTAAGATACATAGG
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AATGGTAAGAGCCCCAATACGCTCTCCATAAAGACCCATGTTTTTGGCAAAACTTTGAGC
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GCCTTCAAAGTCGAGTCCTCTAGTTTGTGGATCATAGTAACGGAAATACTCTACAGGCAA
ACCCGCCATTGTAAAGATAGAGGGATGGTTCCCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 5 25 25 25 10 10 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TATAGCATCAGCAAGTTGAGGCACTGTCTTTGAACTTAAACCTGCCATGCTTATCCTCCC
ATCATAAGTCATGTAAATGTGATATTCTTTGGCCATCCAGCGAACTTGCTTTTCATTTAA
TCCTGTAAAAAAAAACATCCCAATCTGTTTGAAAATGTGACTCCAATCACCAGGTGTGCC
TCTAGCTTGTATAGCTTCATATAACTGTTGGCGCATGCTAATGATGCGGTCAGCCATGCC
TTTCAGCTCGATGGTCCAGTCCTTGTACATATCACTGTTTTTAAAAATTTTGGTAACAAT
GGACGCTCCATGAATTGGTGGGCTAAAATACATAGGCCTAACAACAAGTAA

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DS 

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GCATCAGCAAGTTGAGGCACTGTCTTTGAACTTAGACCTGCCATGCTTATCCTCCCATCA
TAAGTCATGTAAATGTGATATTCTTTGGCCATCCAGCGAACTTGCTTCTCATTTAATCCT
GTAAAAGAAAACATCCCAATCTGTTTGATAATGTGACTCCAATCACCAGGTGTGCCTCTA
GCTTGTATAGCTTCATATAACTGTTGGCGCATGCTAATGATGCGGTCAGCCATGCCTTTC
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GCTCCATGAATTGGTGGGCTAAGATACATAGGCCTAACAACAAGTAATAGTTGGCCGTGT
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TAAAGACCCATGTTTTTGGCAAAACTTTGAGCAATCAAACATTCACCTCCATCAGCAACA
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TTATCAAA
G

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DS 

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GCATCAGCAAGTTGAGGCACTGTCTTTGAACTTAGACCTGCCATGCTTATCCTCCCATCA
TAAGTCATGTAAATGTGATATTCTTTGGCCATCCAGCGAACTTGCTTCTCATTTAATCCT
GTAAAAGAAAACATCCCAATCTGTTTGATAATGTGACTCCAATCACCAGGTGTGCCTCTA
GCTTGTATAGCTTCATATAACTGTTGGCGCATGCTAATGATGCGGTCAGCCATGCCTTTC
AGCTCGATGGTCCAGTCCTTGTACATATCACTGTTTTTAAGAATTTTGGTAACAATGGAC
GCTCCATGAATTGGTGGGCTAAGATACATAGGCCTAACAACAAGTAATAGTTGGCCGTGT
ACTTTCCTAGCCACATCCTCCGAGGTGCATACAATGGTAAGAGCCCCAATACGCTCTCCA
TAAAGACCCATGTTTTTGGCAAAACTTTGAGCAATCAAACATTCACCTCCATCAGCAACA
AACATACGAACCGATTGTGCATCTAAGTCAAGACTACCACTAGCAAAACCCTGATATGCA
TTATCAAAGAAAGGTAGTAAGCCTTTGGATCTCACGATTTGTCGAATCTGTTCCCA
CTGC

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DS 

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TAGACCTGCCATGCTTATCCTCCCATCATAAGTCATGTAAATGTGATATTCTTTGGCCAT
CCAGCGAACTTGCTTCTCATTTAATCCTGTAAAAGAAAACATCCCAATCTGTTTAATAAT
GTGACTCCAATCACCAGGTGTGCCTCTAGCTTGTATAGCTTCATATAACTGTTGGCGCAT
GCTAATGATGCGGTCAGCCATGCCTTTCAGCTCGATGGTCCAGTCCTTGTACATATCACT
GTTTTTAAGAATTGTGGTAACAATGGATGCTCCATGAATTGGTGGGGTAAGATACATAGG
CCTAACAACAAGTAATAGTTGGCCGTGAACTTTCCTAGCCACGTCCTCTGAGGTGCATAC
AATGGTAAGAGCACCAATACGCTCTCCATAAAGACCCATGTTTTTGGCAAAACTTTGAGC
TATCAAACATTCACCTCCATCAGCAACAAACATACGAACCGATTGTGCATCTGAGTCAAG
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CGGAATAC

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DS 

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GTACATATCACTGTTTTTAAGAATTTTGGTAACAATGGACGCTCCATGAATTGGTGGGCT
AAGATACATAGGCCTAACAACAAGTAATAGTTGGCCGTGTACTTTCCTAGCCACATCCTC
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AAAACTTTGAGCAATCAAACATTCACCTCCATCAGCAACAAACATACGAACCGATTGTGC
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GCCTTTGGATCTCACGATTTGTCGAATCTGTTCCCACTGTTCCAGTGTTGGGTCAATTCC
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CTCTACAGGCAAACCCGCCATTGTAAAGATAGAGGGATGGTTCCCCCCC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 4

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AAGTTTGGATTTTTCTGTGTGGGTTTGCATATGCTTTTCAGTTTCCGTGACGTCTCTGTT
TCTGCTCCAACTAATTCAATCCAGATCTTCTTCCGAGTCTCTTCTCCAGAAGATTTGAAG
TGAAAAAGATGGAGAACGTGTCCGTGTCCACCACCTCCATTATCCACCTCCCTGACGATT
GCCTTTCCTTTATCTACCAACGACTCGATAATCTCGATGACCACGATTCATTCGGTCTAA
CTTGTCACCGCTTTCTCAACATCCAAAACACCAACCGACGCTCTCTCCAGTTCCAGTGTT
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CGGTGCTGAATGAATCGAGTCTTGCCTCGCTCAGGTATCCCGGGGCAAGACTGCATAGTC
TCCACTTAGACTGCTGCTACAGAGTTTCTGATGATGGGATCTCCACGGTTGCTAGCTTTT
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TATCAAACTGCAAGAGCATCACCGGTGTTGGCTTTAGCGGCTCTTCTCCTTCTCTAGGCT
ATGTGGATGCTGAGTCTTGTTGTCAGCTTGAGCCTAAGGGTATAGCAGGGATCGTCAGCG
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GGTCTGGGGTTGCGTCGAAGCTTAGAGTGTTGAACCTTAGGATGTGCAGAACGTTTGGTG
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CGGTTGAGATGTTTAAGTTACACAGAGGAGATGTCACACTCAGGAGTGAAGAAGTTATGG
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CTACATATTGTTGTTTCAAATATAGTAAAAGAAGAGAATCAAATAATATTTATATGAATA
CCACCAGAAATGTCTTTAT


BQ
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AAGTTTGGATTTTTCTGTGTGGGTTTGCATATGCTTTTCAGTTTCCGTGACGTCTCTGTT
TCTGCTCCAACTAATTCAATCCAGATCTTCTTCCGAGTCTCTTCTCCAGAAGATTTGAAG
TGAAAAAGATGGAGAACGTGTCCGTGTCCACCACCTCCATTATCCACCTCCCTGACGATT
GCCTTTCCTTTATCTACCAACGACTCGATAATCTCGATGACCACGATTCATTCGGTCTAA
CTTGTCACCGCTTTCTCAACATCCAAAACACCAACCGACGCTCTCTCCAGTTCCAGTGTT
CGTTATCTCTTCTCAACCATTCGAGTCTCTCTCAGACAAACCCCGCTGTGAACTCAGATC
ATCTCCACAGGCTTCTCGCTCGGTTCCAGTGGTTAGAGCATCTCTCGCTCTCTGGCTGCA
CGGTGCTGAATGATTCGAGTCTTGCCTCGCTCAGGTATCCCGGGGCAAGACTGCATAGTC
TCCACTTAGACTGCTGCTACAGAGTTTCTGATGATGGGATCTCCACGGTTGCTAGCTTTT
GTCCTAATCTGAGAGTGGTTAGTCTCTACCGTTGCGGTATCAGCGACGTTGGGTTGGAA*
CGCTGGCGAGGGCTGCTTCCTCGCGTTTGAGATGCGTGA*TCTCTCGTACTGCCCTCTGG
TGTCTGA
TCATGGAGT

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DS 

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GG
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CTCTCCAGTTCCAGTGTTCGCTATCTCTTCTCAACCATTCGAGTCTCTCTCAGACAAACC
CCGCTGTGAACTCAGATCATCTCCACAGGCTTCTCGCTCGGTTCCAGTGGTTAGAGCATC
TCTCGCTCTCTGGCTGCACGGTGCTGAATGAATCGAGTCTTGCCTCGCTCAGGTATCCCG
GGGCAAGACTGCATAGTCTCCACTTAGACTGCTGCTACAGAGTTTCTGATGATGGGATCT
CCACGGTTGCTAGCTTTTGTCCTAATCTGAGAGTGGTTAGTCTCTACCGTTGCGGTATCA
GCGACGTTGGGTTGGAAACGCTGGCGAGGGCTGCTTCCTCGCGTTTGAGATGCGTGAATC
TCTCGTACTGCCCTCTGGTGTCTGATCATGGAGTGAGAGCGTTGAGACAAGCGTGCTTGC
GGATCGAGTCGGTGAAGATATCAAACTGCAAGAGCATCACCGGTGTTGGCTTTAGCGGCT
CTTCTCCTTCTCTAGGCTATGTGGATGCTGAGTCTTGTTGTCAGCTTGAGCCTAAGGGTA
TAGCAGGGATCGTCAGCGGTGGTGGGATTGAGTTTCTGAACGTTTCAG*TGCGGTTTGTG
ACGGTTTGGTTCCCATCGGGTCTGGGGTTGCGTCGAAGCTTAGAGTGTTGAACCTTAG*A
TGTGCAGAACGTTTGGTGATGA*TCCATCAGG*CTATAGCGAG

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DS 

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CGCGTTG
AGATGCGTGAATCTCTCGTACTGCCCTCTGGTGTCTGATCATGGAGTGAGAGCGTTGAGA
CAAGCGTGCTTGCGGATCGAGTCGGTGAAGATATCAAACTGCAAGAGCATCACCGGTGTT
GGCTTTAGCGGCTCTTCTCCTTCTCTAGGCTATGTGGATGCTGAGTCTTGTTGTCAGCTT
GAGCCTAAGGGTATAGCAGGGATCGTCAGCGGTGGTGGGATTGAGTTTCTGAACGTTTCA
GGTGCGGTTTGTGACGGTTTGGTTCCCATCGGGTCTGGGGTTGCGTCGAAGCTTAGAGTG
TTGAACCTTAGGATGTGCAGAACGTTTGGTGATGAATCCATCAGGGCTATAGCGAGAGGT
TGCCCGTTGCTGCAAGAGTGGAACTTGGCTTTGTGTCATGAAGTCAGGGTTTTGGGATGG
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ATGAACGGGAATGCGAGGCTGACTCCTACGGCGGTTGAGATGTTTAAGTTACACAGAGGA
GATGTCACACTCAGGAGTGAAGAAGTTATGGTTATAGGACCAGACTGGAGACTCTATACA
CGTGAATGAAGAGCAACAATCTGTACCTCAACTACATATTGTTGTTTCAAATATAGTAAA
AGAAGAGAATCAAATAATATTTATATGAATACCAC
T

QA 8 762 8 762
DS 

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GTGAACCGTTGTAGGAACCTGTGTGATCAAGGGTTGCTTGCTATCAAAAGCGGTTGCAAG
AGTCTCCGGATGCTGTATATGAACGGGAATGCGAGGCTGACTCCTACGGCGGTTGAGATG
TTTAAGTTACACAGAGGAGATGTCACACTCAGGAGTGAAGAAGTTATGGTTATAGGACCA
GACTGGAGACTCTATACACGTGAATGAAGAGCAACAATCTGTACCTCAACTACATATTGT
TGTTTCAAATATAGTAAAAGAAGAGAATCAAATAATATTTATATGAATACCACCAGAAAT
GTCTTTAT

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DS 



AS 1 5

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GGACAAATAACTGGAAACACATCGAAACATTGATTACATACATCGAATATTCTCAGACAA
TTCGTACAAAACTCAACTTCATCGATCAAATTCATCTTCTCATATGGATCTCTTCAAATC
AGTTCTGCCCGAATACGAATACGATCACCACCACCAACAACAACCCGATTCACCAGAATC
AACTCAATCTCCTCTCAACGATACCGCAGCAACCTCTTCTTCTTCTTCATGGAGCTTCGG
CAATCTGATTAAAACCCTAGCAACCAAATCCGAATCCGTAATCGGATCCTACCGTCGTGA
ACTCGAGGAATTCGGATCCGAATTGAAGAAAGAAAGCTCCGCGATCCGACAAGTAGCTTC
CCGTGCCGTCAAAGACTTACCTGGTTCTCTCGATATAGGCGCCTCCGTCGCTCAAGAGTC
GCTCGAATCCGTCGGTCAAGCGATCGACGACATCGGCGCCACCGTGTGGAAATCAACGGC
TAAGATCATTTCTCATGGTCTCTTATCTTCTTCGTCTGGTGATGGTGGACATCTTCATCA
TCAGGGCTTATCTGTGACTGTGAAACCGTATAGTCGATTTGAGATGCAGTTGCTTGCGAT
CCAATCTGATAAAGCCACCTATGTTAGAGAACCTGATGATGATTCAGGGGAATTTGAAAA
ATGGAGTTTAAGGTTTAAGCTAGAGGAGAAACGAGACGTGATTGCTGGTTTGATCAATGA
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TTTCTGGAGGAGGTATTACTATAAAGTGCATAAGCTTGAGGAAGCTGAGGAGGCTAGAGT
TAAGCTTGTGAAGCGAGCTGTATCTGGACAAGAAGAGGAGGATTTGAGCTGGGATCTTGA
TGATGAGGTAGATGAAACTGATTCGGAGAAAGACAGGAAAGTCAGTGAGGAGAGTAGAGA
AGTCTCGTCTAAGGATAGTGATATCTCAGTGATTTCGACGCAGCCTTCTTTACCGGAGGC
CGGAGATGTTGGGTGGGATCAGATGGAAGATGTTATTAGAAGCAATGAGGAAAAGGAGAA
ATCTGATTGGCGAAGACGGGTCAGTGTAGCAGAGGAAGAAGAGGATCTAACTTGGGATAT
TGAAGCTGATGAACACTCTGGTAAACAATAAGCTATGGAAAATGCAAGATTTGCAATCAA
AAGTGTCACCAGGTCTTAGAGATATTAATGTTGAGGACGGTGAGTTTGAGCTCAAACTCG
TATCTTTGATCTTGGCAGGTAAATAAAGCATATACGATTCTTGTTAAACGTGCATATTCA
CAAACATGTTGTATAATACTCTCGTCCGGTTTAAAAAAAAACAGATTTGTATATTACTTT
GAAAAAAATAGCACAGGTTGTTGTAGGAACAAATTAGTTTTAAGTGAAACTTGTTATACG
TATACAACCTTATTTGTTTGGGGTTGCTGAGTAGTGTATATCTTACACCCTTCTGTCTAT
GAATCTATC


BQ
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AF RR3DL91TF U 1
AF RR3AD26TF U 190
AF RR3AD26JQ C 190
AF RR3EP30JQ C 716
BS 1 454 RR3DL91TF
BS 455 455 RR3AD26TF
BS 456 540 RR3DL91TF
BS 541 880 RR3AD26TF
BS 881 881 RR3AD26JQ
BS 882 946 RR3AD26TF
BS 947 1070 RR3AD26JQ
BS 1071 1509 RR3EP30JQ

RD RR3BL79TF 294 0 0
ATGGATCTCTTCAAATCAGTTCTGCCCGAATACGAATACGATCACCACCACCAACAACAA
CCCGATTCACCAGAATCAACTCAATCTCCTCTCAACGATACCGCAGCAACCTCTTCTTCT
TCTTCATGGAGCTTCGGCAATCTGATTAAAACCCTAGCAACCAAATCCGAATCCGTAATC
GGATCCTACCGTCGTGAACTCGAGGAATTCGGATCCGAATTGAAGAAAGAAAGCTCCGCG
ATCCGACAAGTAGCTTCCCGTGCCGTCAAAGACTTACCTGGTTCTCTCGATATA

QA 1 294 1 294
DS 

RD RR3DL91TF 540 0 0
GGACAAATAACTGGAAACACATCGAAACATTGATTACATACATCGAATATTCTCAGACAA
TTCGTACAAAACTCAACTTCATCGATCAAATTCATCTTCTCATATGGATCTCTTCAAATC
AGTTCTGCCCGAATACGAATACGATCACCACCACCAACAACAACCCGATTCACCAGAATC
AACTCAATCTCCTCTCAACGATACCGCAGCAACCTCTTCTTCTTCTTCATGGAGCTTCGG
CAATCTGATTAAAACCCTAGCAACCAAATCCGAATCCGTAATCGGATCCTACCGTCGTGA
ACTCGAGGAATTCGGATCCGAATTGAAGAAAGAAAGCTCCGCGATCCGACAAGTAGCTTC
CCGTGCCGTCAAAGACTTACCTGGTTCTCTCGATATAGGCGCCTCCGTCGCTCAAGAGTC
GCTCGAATCCGTCGGTCAAGCGATCGACGACATCTGCGCCACCGTGTGGAAATCAACGGC
TAAGATCATTTCTCATGGTCTCTTATCTTCTTCGTCTGGTGATGGTGGACATCTTCATCA

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR3AD26TF 757 0 0
G
CCTCTCAACGATACCGCAGCAACCTCTTCTTCTTCTTCATGGAGCTTCGGCAATCTGATT
AAAACCCTAGCAACCAAATCCGAATCCGTAATCGGATCCTACCGTCGTGAACTCGAGGAA
TTCGGATCCGAATTGAAGAAAGAAAGCTCCGCGATCCGACAAGTAGCTTCCCGTGCCGTC
AAAGACTTACCTGGTTCTCTCGATATAGGCGCCTCCGTCGCTCAAGAGTCGCTCGAATCC
GTCGGTCAAGCGATCGACGACATCGGCGCCACCGTGTGGAAATCAACGGCTAAGATCATT
TCTCATGGTCTCTTATCTTCTTCGTCTGGTGATGGTGGACATCTTCATCATCAGGGCTTA
TCTGTGACTGTGAAACCGTATAGTCGATTTGAGATGCAGTTGCTTGCGATCCAATCTGAT
AAAGCCACCTATGTTAGAGAACCTGATGATGATTCAGGGGAATTTGAAAAATGGAGTTTA
AGGTTTAAGCTAGAGGAGAAACGAGACGTGATTGCTGGTTTGATCAATGAAAACAAAGCT
GTTAAAGAGATGTACGCGAAGATTGTGCCTGTGGAAGTTGATGCTGAGACTTTCTGGAGG
AGGTATTACTATAAAGTGCATAAGCTTGAGGAAGCTGAGGAGGCTAGAGTTAAGCTTGTG
AAGCGAGCTGTATCTGGACAAGAAGAGGAG*ATTTGAGCTGGGATCTTGATGATGAGGTA
GATGAAACTGATTCGGAGAAAGACAGGAAAGTCAGT

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR3AD26JQ 881 0 0
G
CCTCTCAACGATACCGCAGCAACCTCTTCTTCTTCTTCATGGAGCTTCGGCAATCTGATT
AAAACCCTAGCAACCAAATCCGAATCCGTAATCGGATCCTACCGTCGTGAACTCGAGGAA
TTCGGATCCGAATTGAAGAAAGAAAGCTCCGCGATCCGACAAGTAGCTTCCCGTGCCGTC
AAAGACTTACCTGGTTCTCTCGATATAGGCGCCTCCGTCGCTCAAGAGTCGCTCGAATCC
GTCGGTCAAGCGATCGACGACATCGGCGCCACCGTGTGGAAATCAACGGCTAAGATCATT
TCTCATGGTCTCTTATCTTCTTCGTCTGGTGATGGTGGACATCTTCATCATCAGGGCTTA
TCTGTGACTGTGAAACCGTATAGTCGATTTGAGATGCAGTTGCTTGCGATCCAATCTGAT
AAAGCCACCTATGTTAGAGAACCTGATGATGATTCAGGGGAATTTGAAAAATGGAGTTTA
AGGTTTAAGCTAGAGGAGAAACGAGACGTGATTGCTGGTTTGATCAATGAAAACAAAGCT
GTTAAAGAGATGTACGCGAAGATTGTGCCTGTGGAAGTTGATGCTGAGACTTTCTGGAGG
AGGTATTACTATAAAGTGCATAAGCTTGAGGAAGCTGAGGAGGCTAGAGTTAAGCTTGTG
AAGCGAGCTGTATCTGGACAAGAAGAGGAGGATTTGAGCTGGGATCTTGATGATGAGGTA
GATGAAACTGATTCGGAGAAAGACAGGAAAGTCAGTGAGGAGAGTAGAGAAGTCTCGTCT
AAGGATAGTGATATCTCAGTGATTTCGACGCAGCCTTCTTTACCGGAGGCCGGAGATGTT
GGGTGGGATCAGATGGAAGATGTTATTAGAAGCAATGAGG

QA 2 881 2 881
DS 

RD RR3EP30JQ 794 0 0
TCATG
AAACAAAGCTGTTAAAGAGATGTGCGCGAAGATTGTGCCTGTGGAAGTTGATGCTGAGAC
TTTCTGGAGGAGGTATTACTATAAAGTGCATAAGCTTGAGTAAGCTGAGGAGGCTAGAGT
TAAGCTTGTGAAGCGAGCTGTATCTGGACAAGAAGAGGAGGATTTGAGCTGGGATCTTGA
TGATGAGGTAGATGAAACTGATGCGGAGAAAGACAGGAAAGTCAGTGAGGAGAGTAGAGA
AGTCTCGTCTAAGGATAGTGATATCTCAGTGATTTCGACGCAGCCTTCTTTACCGGAGGC
CGGAGATGTTGGGTGGGATCAGATGGAAGATGTTATTAGAAGCAATGAGGAAAAGGAGAA
ATCTGATTGGCGAAGACGGGTCAGTGTAGCAGAGGAAGAAGAGGATCTAACTTGGGATAT
TGAAGCTGATGAACACTCTGGTAAACAATAAGCTATGGAAAATGCAAGATTTGCAATCAA
AAGTGTCACCAGGTCTTAGAGATATTAATGTTGAGGACGGTGAGTTTGAGCTCAAACTCG
TATCTTTGATCTTGGCAGGTAAATAAAGCATATACGATTCTTGTTAAACGTGCATATTCA
CAAACATGTTGTATAATACTCTCGTCCGGTTTAAAAAAAAACAGATTTGTATATTACTTT
GAAAAAAATAGCACAGGTTGTTGTAGGAACAAATTAGTTTTAAGTGAAACTTGTTATACG
TATACAACCTTATTTGTTTGGGGTTGCTGAGTAGTGTATATCTTACACCCTTCTGTCTAT
GAATCTATC

QA 6 794 6 794
DS 



AS 1 3

CO CL1394Contig1 620 3 9 U
CTTTCAATCTTCTCTTATTACCGACAAATGGGAATCTAGGGTTTTCAATATGGGGCTGAA
ATTAGGGATTTAGGGTTTTCTAGTTTTGATTACGTTTTTGATCAATTCGATTGATTTTAT
GATTACAGGCGGCGAGAAAATCTGCGCCGACGACCGGAGGAGTCAAGAAGCCACACCGTT
ACCGTCCAGGAACCGTCGCGCTTCGTGAGATCAGAAAGTACCAGAAGAGCACGGAGCTTT
TGATCCGTAAGCTTCCCTTCCAGCGTCTGGTTCGTGAGATTGCTCAGGACTTTAAGACGG
ATCTGAGGTTCCAGAGCCACGCCGTGTTGGCTCTTCAAGAGGCGGCTGAGGCGTACCTTG
TGGGTTTGTTCGAGGATACCAATCTGTGCGCGATTCACGCCAAGAGGGTTACGATCATGC
CTAAGGACATTCAGTTGGCGAGGAGGATCCGTGGCGAACGCGCTTAAGATGTTTCTCTCT
GTTCGATTTAGGTTATGATGGTGTATTGTTATTACTAGTGTT*CTTCGGATTCTTTTCCT
TCTGTTTTTTTT*GCTTTTCTAAGTACATTGTCTTAAACTTTCAACCTGCTCGTTTAATC
AAAACAATGATATTAATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3AX46TF U 1
AF RR3FY64JQ C 159
AF RR3FY64TF U 159
BS 1 491 RR3AX46TF
BS 492 492 RR3FY64TF
BS 493 509 RR3AX46TF
BS 510 510 RR3FY64TF
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BS 553 553 RR3FY64TF
BS 554 620 RR3AX46TF

RD RR3AX46TF 620 0 0
CTTTCAATCTTCTCTTATTACCGACAAATGGGAATCTAGGGTTTTCAATATGGGGCTGAA
ATTAGGGATTTAGGGTTTTCTAGTTTTGATTACGTTTTTGATCAATTCGATTGATTTTAT
GATTACAGGCGGCGAGAAAATCTGCGCCGACGACCGGAGGAGTCAAGAAGCCACACCGTT
ACCGTCCAGGAACCGTCGCGCTTCGTGAGATCAGAAAGTACCAGAAGAGCACGGAGCTTT
TGATCCGTAAGCTTCCCTTCCAGCGTCTGGTTCGTGAGATTGCTCAGGACTTTAAGACGG
ATCTGAGGTTCCAGAGCCACGCCGTGTTGGCTCTTCAAGAGGCGGCTGAGGCGTACCTTG
TGGGTTTGTTCGAGGATACCAATCTGTGCGCGATTCACGCCAAGAGGGTTACGATCATGC
CTAAGGACATTCAGTTGGCGAGGAGGATCCGTGGCGAACGCGCTTAAGATGTTTCTCTCT
GTTCGATTTAG*TTATGATGGTGTATTGTCATTACTAGTGTTTCTTCGGATTCTTTTCCT
TCTGTTTTTTTTTGCTTTTCTAAGTACATTGTCTTAAACTTTCAACCTGCTCGTTTAATC
AAAACAATGATATTAATCTC

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3FY64JQ 462 0 0
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TACCAGAAGAGCACGGAGCTTTTGATCCGTAAGCTTCCCTTCCAGCGTCTGGTTCGTGAG
ATTGCTCAGGACTTTAAGACGGATCTGAGGTTCCAGAGCCACGCCGTGTTGGCTCTTCAA
GAGGCGGCTGAGGCGTACCTTGTGGGTTTGTTCGAGGATACCAATCTGTGCGCGATTCAC
GCCAAGAGGGTTACGATCATGCCTAAGGACATTCAGTTGGCGAGGAGGATCCGTGGCGAA
CGCGCTTAAGATGTTTCTCTCTGTTCGATTTAGGTTATGATGGTGTATTGTTATTACTAG
TGTT*CTTCGGATTCTTTTCCTTCTGTTTTTTTT*GCTTTTCTAAGTACATTGTCTTAAA
CTTTCAACCTGCTCGTTTAATCAAAACAATGATATTAATCT
T

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR3FY64TF 462 0 0
GGAGTCAAGAAGCCACACCGTTACCGTCCAGGAACCGTCGCGCTTCGTGAGATCAGAAAG
TACCAGAAGAGCACGGAGCTTTTGATCCGTAAGCTTCCCTTCCAGCGTCTGGTTCGTGAG
ATTGCTCAGGACTTTAAGACGGATCTGAGGTTCCAGAGCCACGCCGTGTTGGCTCTTCAA
GAGGCGGCTGAGGCGTACCTTGTGGGTTTGTTCGAGGATACCAATCTGTGCGCGATTCAC
GCCAAGAGGGTTACGATCATGCCTAAGGACATTCAGTTGGCGAGGAGGATCCGTGGCGAA
CGCGCTTAAGATGTTTCTCTCTGTTCGATTTAGGTTATGATGGTGTATTGTTATTACTAG
TGTT*CTTCGGATTCTTTTCCTTCTGTTTTTTTT*GCTTTTCTAAGTACATTGTCTTAAA
CTTTCAACCTGCTCGTTTAATCAAAACAATGATATTAATCT
T

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 4

CO CL1395Contig1 975 4 12 U
TTGTGTAGGGTTCCAACCAGATTATCTGCAACGAAACAATATGTCTTTGGCTGGTCGTAT
CAGATCGGGGATCTCCTTCTTCAAGACCATCTCCGTCTCAGATGCTAGATCTTCGCTTAT
CCCTTCGCTGAGAGATTATGCAACAGCTTCTGCTCAGAAAACCGGCAACGTTAAGGTGCC
TGTGGCTTTGGTTGGTGAATCTGGCAACTTTGCATCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAA
AATGAACTCCTTGGAAAAGATTGAGTCCGATCTCTCTGAGCTGGTTGAGGCTATGAAGAC
GAGCCCTACTTTTTCACAGTTCACTAAGGATCCCTCTGTTCCGAGAGAGACAAGATTGGC
TGCTATCGTTGATGTTTGTGACAAAGCAAAGTTTGCTGAACCCACCAAGAACTTCCTCTC
TTTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAACTTAGACGTGATTGTAAAAAAATTCATGCA
GCTGACGACGGCACATAGGGGAGACGTCAAGGTTTTGGTTACCACAGTCATGCCGCTACC
ACCTGCTGAGGAGAAAGAGCTTAAGGAGACACTACAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAA
AGTTACTGTGGAACAAAAGATTGATCCGAGTATATATGGAGGGCCAATAGTAGAGTTTCA
ACAAAAGGTGTTGGACATGTCTATCAGGACAAGAGCACAGCAGATGGAGAGACTCCTCCG
TGAACCTGTTGACTTCACCAACCTCTGAAGATTTCCCCTAAGAAACATGCTTTCTGATTT
GCTACAAAACCCGTTGACAAATAAAATATGACCCTCCTCCTGGGGAAACAATCAATACAA
GACACAAATTTCATTGCATTTTACAATTGTTTGCTTCAAAATAAGCTTTTGGAGATATCA
ATCAATGAGATTATTTTTTTTTGTCTTTGTTTTGTGTTTACATTAATTTTGGTAACACAA
TGATAATGAGTCACG


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CO65TF U 1
AF RR3G351TF U 4
AF RR3G351JQ C 131
AF RR3CO65JQ C 254
BS 1 663 RR3CO65TF
BS 664 667 RR3G351TF
BS 668 668 RR3G351JQ
BS 669 687 RR3G351TF
BS 688 688 RR3G351JQ
BS 689 691 RR3G351TF
BS 692 692 RR3G351JQ
BS 693 748 RR3G351TF
BS 749 749 RR3G351JQ
BS 750 783 RR3G351TF
BS 784 845 RR3G351JQ
BS 846 975 RR3CO65JQ

RD RR3CO65TF 663 0 0
TTGTGTAGGGTTCCAACCAGATTATCTGCAACGAAACAATATGTCTTTGGCTGGTCGTAT
CAGATCGGGGATCTCCTTCTTCAAGACCATCTCCGTCTCAGATGCTAGATCTTCGCTTAT
CCCTTCGCTGAGAGATTATGCAACAGCTTCTGCTCAGAAAACCGGCAACGTTAAGGTGCC
TGTGGCTTTGGTTGGTGAATCTGGCAACTTTGCATCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAA
AATGAACTCCTTGGAAAAGATTGAGTCCGATCTCTCTGAGCTGGTTGAGGCTATGAAGAC
GAGCCCTACTTTTTCACAGTTCACTAAGGATCCCTCTGTTCCGAGAGAGACAAGATTGGC
TGCTATCGTTGATGTTTGTGACAAAGCAAAGTTTGCTGAACCCACCAAGAACTTCCTCTC
TTTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAACTTAGACGTGATTGTAAAAAAATTCATGCA
GCTGACGACGGCACATAGGGGAGACGTCAAGGTTTTGGTTACCACAGTCATGCCGCTACC
ACCTGCTGAGGAGAAAGAGCTTAAGGAGACACTACAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAA
AGTTACTGTGGAACAAAAGATTGATCCGAGTATATATGGAGGGCCAATAGTAGAGTTTCA
ACA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3G351TF 787 0 0
TGTAGGGTTCCAACCAGATTATCTGCAACGAAACAATATGTCTTTGGCTGGTCGTATCAG
ATCGGGGATCTCCTTCTTCAAGACCATCTCCGTCTCAGATGCTAGATCTTCGCTTATCCC
TTCGCTGAGAGATTATGCAACAGCTTCTGCTCAGAAAACCGGCAACGTTAAGGTGCCTGT
GGCTTTGGTTGGTGAATCTGGCAACTTTGCATCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAAAAT
GAACTCCTTGGAAAAGATTGAGTCCGATCTCTCTGAGCTGGTTGAGGCTATGAAGACGAG
CCCTACTTTTTCACAGTTCACTAAGGATCCCTCTGTTCCGAGAGAGACAAGATTGGCTGC
TATCGTTGATGTTTGTGACAAAGCAAAGTTTGCTGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTT
GTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAACTTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCT
GACGACGGCACATAGGGTAGACGTCAAGGTTTTGGTTACCACAGTCATGCCGCTACCACC
TTCTGAGGAGAAAGAGCTTAAGGAGACACTACAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAAAGT
TACTGTGGAACAAAAGATTGATCCGAGTATATATGGAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAACA
AAAG*TGTTGGACATGTCTATCAG*ACA*GAGCACAGCAGATGGAGAGACTCCTCCGTGA
ACCTGTTGACTTCACCAACCTCTGA*GATTTCCCCTAAGAAACATGCTTTCTGATTTGCT
ACAAACC

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3G351JQ 727 0 0
AGAGATTATGCAACAGCTTCTGCTCAGAAAACCGGCAACGTTAAGGTGCCTGTGGCTTTG
GTTGGTGAATCTGGCAACTTTGCATCGTGGCTGTACATTGCAGCTGTGAAAATGAACTCC
TTGGAAAAGATTGAGTCCGATCTCTCTGAGCTGGTTGAGGCTATGAAGACGAGCCCTACT
TTTTCACAGTTCACTAAGGATCCCTCTGTTCCGAGAGAGACAAGATTGGCTGCTATCGTT
GATGTTTGTGACAAAGCAAAGTTTGCTGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTGTTAGCT
GAGAATGGGAAGCTGAAGAACTTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACGACG
GCACATAGGGTAGACGTCAAGGTTTTGGTTACCACAGTCATGCCGCTACCCCCTTCTGAG
GAGAAAGAGCTTAAGGAGACACTACAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAAAGTTACTGTG
GAACAAAAGATTGATCCGAGTATATATGGAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAACAAAAGGTG
TTGGACATGTCTATCAGGACAAGAGCACAGCAGATGGAGAGACTCCTCCGTGAACCTGTT
GACTTCACCAACCTCTGAAGATTTCCCCTAAGAAACATGCTTTCTGATTTGCTACAAAAC
CCGTTGACAAATAAAATATGACCCTCCTCCTGGGGAAACAATCAATACAAGACAC
AAATTTCATTGC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3CO65JQ 722 0 0
GAAAAGATTGAGTCCGATCTCTCTGAGCTGGTTGAGGCTATGAAGACGAGCCCTACTTTT
TCACAGTTCACTAAGGATCCCTCTGTTCCGAGAGAGACAAGATTGGCTGCTATCGTTGAT
GTTTGTGACAAAGCAAAGTTTGCTGAACCCACCAAGAACTTCCTCTCTTTGTTAGCTGAG
AATGGGAAGCTGAAGAACTTAGACGTGATTGTAAAAAAATTCATGCAGCTGACGACGGCA
CATAGGGGAGACGTCAAGGTTTTGGTTACCACAGTCATGCCGCTACCACCTGCTGAGGAG
AAAGAGCTTAAGGAGACACTACAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAAAGTTACTGTGGAA
CAAAAGATTGATCCGAGTATATATGGAGGGCCAATAGTAGAGTTTCAACAAAAGGTGTTG
GACATGTCTATCAGGACAAGAGCACAGCAGATGGAGAGACTCCTCCGTGAACCTGTTGAC
TTCACCAACCTCTGAAGATTTCCCCTAAGAAACATGCTTTTTGATTTGCTACAAAACCCG
TTGACAAATAAAATATGACCCTCCTCCTGGGGAAACAATCAATACAAGACACAAATTTCA
TTGCATTTTACAATTGTTTGCTTCAAAATAAGCTTTTGGAGATATCAATCAATGAGATTA
TTTTTTTTTGTCTTTGTTTTGTGTTTACATTAATTTTGGTAACACAATGATAATGAGTCA
CG

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 6

CO CL1396Contig1 899 6 11 U
GGCATTCAAGAAAATTGTTGATATTCAAAGAAGTACAAGGGGGTTCAAATATTTCTCTCT
GACTCACTAGAGTTGACTTGAGACAGAGTTGTAGTTTCTTTTT***TGCCGGTATAAAGA
CAAAACAAACAAACTGGACTTCTCATACCTGAAGTTCGAGTATAAAGACAAAAAAAAAGA
TCTGGTTTCTGTTACTTTAATCCATCACTTAGACCTGGTGGCATGCCTAAGCTCTGGGCA
AGATCACTCATTCTTTCTTTCATAGCCAGAACACTCTTTGCATGTGCGTCCTTGTATGCT
TCTGTAACCAGTAGTGATAGTTTCTCGGAACCTAATTCCATTGCTGCATCAGTGATATCA
GTGCGGATTGGTTGCTGGTTACCCGATAACGTAACCTTGACAAGCTCGCCTTCACAATAA
CCATCAAACTCAGCAACAGCTAACTCCTTCTGGACACGAACAGCCTCAACTTGGACAACC
ATTTGAGCTTTCTTCACAGTCTCATAAAGATTCTGCATATTACCAAGTATCCCTGCCTTT
GATTGGCCATCATCGTTATTGTCCTTCTTTCCACCTCCGAACAATCCATTAACACGAAGA
GACCTGTTAGGGCTCTTCCGATTCAACCATACCACGTTATTCTTCTGTCTACTACCTCCT
CGTTGCGCCACGTTCCCATTGGAGAAAGGAGAGAGGAAAGGCTTGAAGAAATCAGTTGTC
GTCGCCGTCGAAGCCATTGCTCTTCTGCTCTTCCCAGCGAGAGAGAGAGATACCTCGAAT
TCGGTCGGAGATGATAGACAGAGAGAGTAAGGAGGAGATATTTTCTATTAACGAATGATA
TAATGACACGTCATCATACGTAGGATCTTTTAATGAGCTTATTGGGCTTTGTTTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 0 40 40 40 40 
40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ32JQ U 68
AF RR3CO41TF C 120
AF RR3AN41JQ U 7
AF RR3BA08JQ U 1
AF RR3BA08TF C 1
AF RR3AN41TF C 153
BS 1 177 RR3BA08JQ
BS 178 178 RR3GZ32JQ
BS 179 179 RR3AN41JQ
BS 180 638 RR3BA08JQ
BS 639 639 RR3AN41JQ
BS 640 641 RR3BA08JQ
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BS 643 683 RR3BA08JQ
BS 684 684 RR3AN41JQ
BS 685 743 RR3BA08JQ
BS 744 899 RR3AN41TF

RD RR3GZ32JQ 393 0 0
TAA
AGTTGACTTGAGACAGAGTTGTAGTTTCTTTTTTTTTGCCGGTATAAAAACAAAACAAAC
AAACTGGACTTCTCATACCTGAAGTTCGAGTATAAAGACAAAAAAAAA*ATCTGGTT*CT
GTTACTTTAATCCATCACTTAAACCTGGGGGCATGCCTAAGCTCTGGGCAAGATCACTCA
TTCTTTCTTTCATAGCCAGAACACTCTTTGCATGTGCGTCCTTGTATGCTTCTGTAACCA
GTAGTGATAGTTTCTCGGAACCCAATTCCATTGCTGCATCAGTGATATCAGTGCGGATTG
GTTGCTGGTTACCCGATAACGTAACCTTGACAAGCTCGCCTTCACAATAACCATCAAACT
CAGCAACAGCTAACTCCTTCTGGACACGAA

QA 4 393 4 393
DS 

RD RR3CO41TF 502 0 0
GAC
AAACAAACAAACTGGACTTCTCATAC*TGAAGTTCGAGTATAAAGACAAAAAAAAAGATC
TGGTTTCTGTTACTTTAATCCATCACTTAGACCTGGTGGCATGCGTAAGCTCTGGGCAAG
ATCACTCATTCTTTCTTTCATAGCCAGA*CACTCTTTGCATGTGCGTCCTTGTATGCTTC
TGTAACCAGTAGTGATAGTTTCTCGGAACCTAATTCCATTGCTGCATCAGTGATATCAGT
GCGGATTGGTTGCTGGTTACCCGATAACGTAACCTTGACAAGCTCGCCTTCACAATAACC
ATCAAACTCAGCAACAGCTAACTCCTTCTGGACACGAACAGCCTCAACTTGGACAACCAT
TTGAGCTTTCTTCACAGTCTCATAAAGATTCTGCATATTACCAAGTATCCCTGCCTTTGA
TTGGCCATCATCGTTATTGTCCTTCTTTCCACCTCCGAACAATCCATTAACACGAAGAGA
CCTGTTAGGGCTCTTCCGA

QA 4 502 4 502
DS 

RD RR3AN41JQ 682 0 0
CG
AGAAAATTGTTGATATTTAAAGAAGTACAAGGCGGTTCAAATATTTCTCTCTGACTCATT
AGAGTTGACTTGAGACAGAGTTGCAGTTTCTTTTT***TGCCGGTATAAAGACAAAACAA
ACAAACTGGACTTCTCATACCTGAAGTTCGAGTATAAAGACAAAAAAAAAGATCTGGTT*
CTGTTACTTCAATCCATCACTTAAACCTGGTGGCATGCCTAAGCTCTGGGCAAGATCACT
CATTCTTTCTTTCATAGCCAGAACACTCTTTGCATGTGCGTCCTTGTATGCTTCTGTAAC
CAGTAGTGATAGTTTTTCGGAACCTAATTCCATAGCTGCATCAGTGATATCAGTGCGGAT
TGGTTGCTGGTTACCCGATAACGTAACCTTGACAAGCTCGCCTTCACAATAACCATCAAA
CTCAGCAACAGCCAACTCCTTCTAGACACGAACAGCCTCAACTTGGACAACCATTTGAGC
TTTCTTCACAGTCTCATAAAGATTCTGCATATTACCAAGTATCCCTGCCTTTGATTGGCC
ATCATCGTTATTGTCCTTCTTTCCACCTCCGAACAAACCATTAACACGAAGAGACCTGTT
AGGGTTCTTCCGATTCAACCATACCACGTTATTCTTCTGTCTACTACCTCCTCGTTGCGC
CACGTTCCCATTGGAGAAAG

QA 3 682 3 682
DS 

RD RR3BA08JQ 756 0 0
GGCATTCAAGAAAATTGTTGATATTCAAAGAAGTACAAGGGGGTTCAAATATTTCTCTCT
GACTCACTAGAGTTGACTTGAGACAGAGTTGTAGTTTCTTTTT***TGCCGGTATAAAGA
CAAAACAAACAAACTGGACTTCTCATACCTGAAGTTCGAGTATAAAGACAAAAAAAAG*A
TCTGGTTTCTGTTACTTTAATCCATCACTTAGACCTGGTGGCATGCCTAAGCTCTGGGCA
AGATCACTCATTCTTTCTTTCATAGCCAGAACACTCTTTGCATGTGCGTCCTTGTATGCT
TCTGTAACCAGTAGTGATAGTTTCTCGGAACCTAATTCCATTGCTGCATCAGTGATATCA
GTGCGGATTGGTTGCTGGTTACCCGATAACGTAACCTTGACAAGCTCGCCTTCACAATAA
CCATCAAACTCAGCAACAGCTAACTCCTTCTGGACACGAACAGCCTCAACTTGGACAACC
ATTTGAGCTTTCTTCACAGTCTCATAAAGATTCTGCATATTACCAAGTATCCCTGCCTTT
GATTGGCCATCATCGTTATTGTCCTTCTTTCCACCTCCGAACAATCCATTAACACGAAGA
GACCTGTTAGGGCTCTTCCGATTCAACCATACCACGTTGTTGTTCTGTCTACTACCTCCT
CGTTGCGCCACGTTCCCATTGGATAAAGGAGAGAGGAAAGGCTTGAAGAAATCAGTTGTC
GTCGCCGTCGAAGCCATTGCTCT
GTTCTTCCTCCCC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3BA08TF 756 0 0
GGCATTCA
AGAAAATTGTTGATATTCAAAGAAGTACAAGGGGGTTCAAATATTTCTCTCTGACTCACT
AGAGTTGACTTGAGACAGAGTTGTAGTTTCTTTTT***TGCCGGTATAAAGACAAAACAA
ACAAACTGGACTTCTCATACCTGAAGTTCGAGTATAAAGACAAAAAAAAG*ATCTGGTTT
CTGTTACTTTAATCCATCACTTAGACCTGGTGGCATGCCTAAGCTCTGGGCAAGATCACT
CATTCTTTCTTTCATAGCCAGAACACTCTTTGCATGTGCGTCCTTGTATGCTTCTGTAAC
CAGTAGTGATAGTTTCTCGGAACCTAATTCCATTGCTGCATCAGTGATATCAGTGCGGAT
TGGTTGCTGGTTACCCGATAACGTAACCTTGACAAGCTCGCCTTCACAATAACCATCAAA
CTCAGCAACAGCTAACTCCTTCTGGACACGAACAGCCTCAACTTGGACAACCATTTGAGC
TTTCTTCACAGTCTCATAAAGATTCTGCATATTACCAAGTATCCCTGCCTTTGATTGGCC
ATCATCGTTATTGTCCTTCTTTCCACCTCCGAACAATCCATTAACACGAAGAGACCTGTT
AGGGCTCTTCCGATTCAACCATACCACGTTGTTGTTCTGTCTACTACCTCCTCGTTGCGC
CACGTTCCCATTGGATAAAGGAGAGAGGAAAGGCTTGAAGAAATCAGTTGTCGTCGCCGT
CGAAGCCATTGCTCT
GTTCTTCCTCCCC

QA 9 743 9 743
DS 

RD RR3AN41TF 747 0 0
AGTTCGAGTATAAAGACAAAAAAAAAGATCTGGTT*CTGTTACTTCAATCCATCACTTAG
ACCTGGTGGCATGC*TAAGCTCTGGGCAAGATCACTCATTCTTTCTTTCATAGCCAGAAC
ACTCTTTGCATGTGCGTC*TTGTATGCTTCTGTAACCAGTAGTGATAGTTTTTCGGAACC
TAATTCCATAGCTGCATCAGTGATATCAGTGCGGATTGGTTGCTGGTTACCCGATAACGT
AACCTTGACAAGCTCGCCTTCACAATAACCATCAAACTCAGCAACAGCCAACTCCTTCTA
GACACGAACAGCCTCAACTTGGACAACCATTTGAGCTTTCTTCACAGTCTCATAAAGATT
CTGCATATTACCAAGTATCCCTGCCTTTGATTGGCCATCATCGTTATTGTCCTTCTTTCC
ACCTCCGAACAAACCATTAACACGAAGAGACCTGTTAGGGTTCTTCCGATTCAACCATAC
CACGTTATTCTTCTGTCTACTACCTCCTCGTTGCGCCACGTTCCCATTGGAGAAAGGAGA
GAGGAAAGGCTTGAAGAAGTCAGTTGTCGTCGCCGTCGAAGCCATTGCTCTTCTGCTCTT
CCCAGCGAGAGAGAGAGATACCTCGAATTCGGTCGGAGATGATAGACAGAGAGAGTAAGG
AGGAGATATTTTCTATTAACGAATGATATAATGACACGTCATCATACGTAGGATCTTTTA
ATGAGCTTATTGGGCTTTGTTTGATCC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 2 5

CO CL1397Contig1 611 2 8 U
GGGTGAACGTTGGAGATTTATATTTAGAAGTAATGAAATGGTAAATGTAACAAACCCAAT
GGCAAAATCTGGTGTTCTTTATACTGATTAAAAAAAAAAAAAACAAGACAAAAAGTTATT
CCGGTGGGTTTACCAAACACGGGAATATATGTGATAAATCAAACCGATCCTGCACAGGTG
GTTGAACCATGAAAGAGTCTTCAGGCCACAGATTGAACCGCTCTCTCGAAGTTATCTTCG
GCTGATGATACACGCTTCACGAGCACATGTTCTGGATGTGATAGTTTCAGCTGGCTTAAG
TAACGTGAAGATGATTTGCCAACATGAAGACTGCAGACGACAAGGTTTGCAAGAGTTTCT
GGGTCTTTAGCATCCTTGTTGAGTGCTTCAAGGAGCAGTGTTTCAGCTTCATCAAAGTTA
CCCATTTGCATACAGCAAACTGCTTTGCCATTCAAGATCAAGCATGTCATGGGATACTTC
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CCAAGCTGCTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV67JQ U 1
AF RR3B650JQ U 61
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CCGGTGGGTTTACCAAACACGGGAATATATGTGATAAATCAAACCGATCCTGCACAGGTG
GTTGAACCATGAAAGAGTCTTCAGGCCACAGATTGAACCGCTCTCTCGAAGTTATCTTCG
GCTGATGATACACGCTTCACGAGCACATGTTCTGGATGTGATAGTTTCAGCTGGCTTAAG
TAACGTGAAGATGATTTGCCAACATGAAGACTGCAGACGACAAGGTTTGCAAGAGTTTCT
GGGTCTTTAGCATCCTTGTTGAGTGCTTCAAGGAGCAGTGTTTCAGCTTCATCAAAGTTA
CCCATTTGCATACAGCAAACTGCTTTGCCATTCAAGATCAAGCATGTCATGGGATACTTC
TCACAGAAATCCTGGAAAATGAGATAAGCTTCCTGTATCTTCGAGCCACCCACTGCCAGG
TTAAACCAGGCGGTAGCAAGTTGAGTGAGAGTGTGGTCTTCGTCATATTGCTGCATAACT
CCAAGCTGCTT

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DS 



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CAATTCTATCTGGGAGCTTATCAAACGGCGATCAACAACAGCGAGATCCGTAACCTCTCG
CCGGAGGACGCCGTGGAGCGCGACTGCCTCGTCTTCCGATCTTACATCGCCCTCGGTAGC
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CTCCTCGCGATGTATCTATCGAGTCCTGCAAATAAGGAATCAACGATTTCGAGCTTGAGG
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GTTTTCATGCATGAGGAAGATTATAGTGAAGCTCTCAAGCACACTCATGCTGGAGGAACT
ATGGATCTGCATGCCTTGAACGTCCAGATATTCATTAAGATGCATAGAACAGATTATGCT
GAGAAGCAGCTTGGAGTTATGCAGCAATATGACGAAGACCACACTCTCACTCAACTTGCT
ACCGCCTGGTTTAACCTGGCAGTGGGTGGCTCGAAGATACAGGAAGCTTATCTCATTTTC
CAGGATTTCTGTGAGAAGTATCCCATGACATGCTTGATCTTGAATGGCAAAGCAGTTTGC
TGTATGCAAATGGGTAACTTTGATGAAGCTGAAAACACTACTCCTTGAAGCACTCAACAA
GGATGCTAAAGACCCAGAAACTCTTGCAAACCTTGTCGTCTGCAGTCTTCATGTTGGCAA
ATCATCTTCACGTTACTTAAGCCAGCTGAAACTATCACATCCTGAACATGTGCTCGTGAA
GCGTGTATCATCAGCCGAAGATAACTTCGAGAGAGCGGTTCAATCTGTGGCCTGAAGACT
CTTTCATGGTTCAACCTGTGCAGGATCGGTTTGATTTATCACATATATTCCCGTGTTTGG
TAAACCCACCAGAATAACTTTTTGTCTTCTCTTTTTTTTTTAATCAGTATATGAAACAGA
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GTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3GV67TF U 1
AF RR3B650TF U 54
AF RR3AP64JQ C 360
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AGAAGCAAAGCAATGGCAGGCATGGGAGCAGGGCCAGATCACCTCTTCAATCTGAGAAAC
CAATTCTATCTGGGAGCTTATCAAACGGCGATCAACAACAGCGAGATCCGTAACCTCTCG
CCGGAGGACGCCGTGGAGCGCGACTGCCTCGTCTTCCGATCTTACATCGCCCTCGGTAGC
TATCAGCTCGTCATCAGCGAGATCGATGAATCCGCCGCTACTCCACTGCAGGCAGTTAAG
CTCCTCGCGATGTATCTATCGAGTCCTGCAAATAAGGAATCAACGATTTCGAGCTTGAGG
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GTTTTCATGCATGAGGAAGATTATAGTGAAGCTCTCAAGCACACTCATGCTGGAGGAACT
ATGGATCTGCATGCCTTGAACGTCCAGATATTCATTAAGATGCATAGAACAGATTATGCT
GAGAAGCAGCTTGGAGTTATGCAGCAATATGACGAAGACCACACTCTCACTCAACTTGCT
ACCGCCTGGTTTAACCTGGCAGTGGGTGGCTCGAAGATACAG*AAGCTTATCTCATTTTC
CAGGATTTCTGTGAGAAGTATCCCATGACATGCTTGATCTTGA*TGGCAAAGCAGTTTGC
TGTATGCAA*TGGGTAACTTTGAT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3B650TF 811 0 0
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ATTCTATCTGGGAGCTTATCAAACGGCGATCAACAACAGCGAGATCCGTAACCTCTCGCC
GGAGGACGCCGTGGAGCGCGACTGCCTCGTCTTCCGATCTTACATCGCCCTCGGTAGCTA
TCAGCTCGTCATCAGCGAGATCGATGAATCCGCCGCTACTCCACTGCAGGCAGTTAAGCT
CCTCGCGATGTATCTATCGAGTCCTGCAAATAAGGAATCAACGATTTCGAGCTTGAGGGA
GTGGTTGGCAGATCCAACAATAGGAAACAATGCTACTTTGCGACTGGTTGCTGGTGTTGT
TTTCATGCATGAGGAAGATTATAGTGAAGCTCTCAAGCACACTCATGCTGGAGGAACTAT
GGATCTGCATGCCTTGAACGTCCAGATATTCATTAAGATGCATAGAACAGATTATGCTGA
GAAGCAGCTTGGAGTTATGCAGCAATATGACGAAGACCACACTCTCACTCAACTTGCTAC
CGCCTGGTTTAACCTGGCAGTGGGTGGCTCGAAGATACAGGAAGCTTATCTCATTTTCCA
GGATTTCTGTGAGAAGTATCCCATGACATGCTTGATCTTGAATGGCAAAGCAGTTTGCTG
TATGCAAATGGGTAACTTTGATGAAGCTGAAAACACTGCTCCTTGAAGCACTCAACAAGG
ATGCTAAAGACCCAGAAACTCTTGCAAACCTTGTCGTCTGCAGTCTTCATGTTGGCAAAT
CATCTTCACGTTACTTAAGCCA

QA 10 811 10 811
DS 

RD RR3AP64JQ 786 0 0
GGAGTGGTTGGCAGATCCCACAATAGGAAACAATGCGACTTTGCGACTGGTTGCTGGTAT
TGTTTTCATGCATGAGGAAGATTATAGTGAAGCTCTCAAGCACACTCATGCTGGAGGGAC
TATGGATCTGCATGCGCTGAACGTCCAGGTATTCATTAAGATGCATAGAACAGATTACGC
TGAGAAGCAGCTTGGGGTTATGCAGCAATATGACGAAGACCACACTCTCACTCAACTTGC
TACCTCGTGGTTTAACCTGGCAGTGGGTGGCTCGAAGATACAGGAAGCTTATCTCATATT
CCAGGATTTCTGTGAGAAGTATCCCATGACATGCTTGATCTTGAATGACAAAGCAGTTTG
TTGTATGCAAATGGGTAACTTTGATGAAGCTGAAA*CACTACTCCTTGAAGCACTCAACA
AGGATGCTAAGGACCCTGAAACTCTTGCAAACCTTGTCGTCTGTAGTCTTCATGTTGGCA
AATCATCTTCACGTTACTTAAGCCAGCTGAAACTATCACATCCTGAACATGTGCTCGTGA
AGCGTGTATCATCAGCCGAAGATAACTTCGAGAGAGCGGTTCAATCTGTGGCCTGAAGAC
TCTTTCATGGTTCAACCTGTGCAGGATCGGTTTGATTTATCACATATATTCCCGTGTTTG
GTAAACCCACCAGAATAACTTTTTGTCTTCTCTTTTTTTTTTAATCAGTATATGAAACAG
ATTTTGCCATTGGGTTTGTGACATTTACCATTTCATTACTTCTAAATATAAAGCTTCCAA
CGTTCT

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 5

CO CL1398Contig1 1136 5 20 U
TCAATCGGTAACTATCATAAACAACGACCATTTCGTAAGAACAACATGATTATAATACAT
ATACAAAGTATTATATCCTCTCAGAATATTTTTTAAAAAGTCTCAAGTAAAAATCTACTA
CTCAAAATAATAGAGGGATGTACTTTTTAACAGGTATTTTGGTTAAGATTTCATATAATC
TTTGCGATGGACGGAAACTATCCCAAAACAGATAAGAAGATATATTTCTAAACACAGTTG
ATGTCTCTTGGTTGCAAAGTGGACCTGTTTCTACTAGTACGGTTCCACAACACCCTCTGT
TTATCACTTCAAACCCGTAATCGGTGGGGTTTTGCAGAATCTGACTGAATGGAGAATAGA
TGTCCATGAAAACCAATTTAGAATCTGGTAGAGTTTTAGCCAGGTGACCTAAAGCAGTGG
AGAGTTTGGCATTGAAAAGCTGAGCAGCATAGTTAACATCTTCAGCACATTTTCGATGAG
GACCTCCTTTTAGAGTTCTTTGTGCTGGAATACATCCCAGTGGTGTCATTCCCGCCACTC
CTATATGTCTTGCTCCATATCCATACAATTGCATGGCAAAACTAGTGGCAGAATCAACCA
TATTAGAGGTAAACGAGTAAATATCATCTTTGACCCACTGACCACCTGGACCATAATAAG
TAATGCCCATATCGTTGCTACCTGCGATCACAATGGCTAAGCCATTGGCTATTATATGAT
CACCCTTTTCTTGTCCTACTAATTTCTTCACTCTCGCTATGTATTGTTGGAAATATGCCA
ATTGGTGCAACATCGGTATCACGTTCAAATATGTGGGTGTCAAAGGAATGTAACCACTAC
CACCCGAAGCAAAGCATACACCGGTGAGTAAATCATCTTGTTGCAATTTTGGATCCATAT
ATGCCGGTACGAGCGATTTTATCCCCAAATACTCCGCTAAAAAGTCAGAAGGAACTTTGC
CATCGGAGTACCGACCAGTGGGAACACCTTGTAAGAAATCGATACCATATGGTCGAAAAT
TACACCTGAGAGGTGTGCTTACGTTATTGTTATTTCCTGTGTCTACGAGCGAATCCCCAA
ACACAAACAATGCCGGTACGGTAACGTTCTTTGGTGGCTCTTGTCTTGGAGATGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD05JQ U 1
AF RR3D593JQ U 19
AF RR3D593TF C 19
AF RR3AJ27JQ U 37
AF RR3AJ27TF C 332
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BS 677 815 RR3AJ27JQ
BS 816 1136 RR3AJ27TF

RD RR3DD05JQ 657 0 0
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TTTGCGATGGATGGAAACTATCCCAAAACAGATAAGCAGATATATTTCTACACACAGTTG
ATGTCTCTTGGTTGCAAAGTGGACCTGTTTCTACTAGTCCGGTTCAACAACACCCTCTGT
TTATCACTTCAAACCCGTAATCGGTGGGGTTTTGCAAAATCTGACTGAATGGAGAATAGA
TGTCCATGAAAACCAATTTAGAATCTGGTAGAGTTTTAGCCAGGTGACCTAAAGCAGTGG
AGAGTTTGGCATTGAAAAGCTGAGCAGCATAGTTAACATCTTCAGCACATTTTCGATGAG
GACCTCCTTTTAGAGTTCTTTGTGCTGGAATACATCCCAGTGGTGTCATTCCCGCCACTC
CTATATGTCTTGCTCCATATCCATACAATTGCATGGCAAAACTAGTGGCAGAATCAACCA
TATTAGAGGTAAACGAGTAAATATCATCTTTGACCCACTGACCACCTGGACCATAAT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3D593JQ 659 0 0
G
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CTCAGAATATTTTTTAAAAAGTCTCAAGTAAAAATCTACTACTCAAAATAATAGAGGGAT
GTACTTTTTAACAGGTATTTTGGTTAAGATTTCATATAATCTTTGCGATGGACGGAAACT
ATCCCAAAACAGATAAGAAGATATATTTCTAAACACAGTTGATGTCTCTTGGTTGCAAAG
TGGACCTGTTTCTACTAGTACGGTTCCACAACACCCTCTGTTTATCACTTCAAACCCGTA
ATCGGTGGGGTTTTGCAGAATCTGACTGAATGGAGAATAGATGTCCATGAAAACCAATTT
AGAATCTGGTAGAGTTTTAGCCAGGTGACCTAAAGCAGTGGAGAGTTTGGCATTGAAAAG
CTGAGCAGCATAGTTAACATCTTCAGCACATTTTCGATGAGGACCTTCTTTTAGAGTTCT
TTGTGCTGGAATACATCCCAGTGGTGTCATTCCCGCCACTCCTATATGTCTTGCTCCATA
TCCATACAATTGCATGGCAAAACTAGTGGCAGAATCAACCATATTAGAGGTAAACGAGTA
AATATCATCTTTGACCCACTGACCACCTGGACCATAATAAGTAATGCCCATATCGTT
C

QA 2 658 2 658
DS 

RD RR3D593TF 659 0 0
G
AACAACGACCATTTCGTAAGAACAACATGATTATAATACATATACAAAGTATTATATCCT
CTCAGAATATTTTTTAAAAAGTCTCAAGTAAAAATCTACTACTCAAAATAATAGAGGGAT
GTACTTTTTAACAGGTATTTTGGTTAAGATTTCATATAATCTTTGCGATGGACGGAAACT
ATCCCAAAACAGATAAGAAGATATATTTCTAAACACAGTTGATGTCTCTTGGTTGCAAAG
TGGACCTGTTTCTACTAGTACGGTTCCACAACACCCTCTGTTTATCACTTCAAACCCGTA
ATCGGTGGGGTTTTGCAGAATCTGACTGAATGGAGAATAGATGTCCATGAAAACCAATTT
AGAATCTGGTAGAGTTTTAGCCAGGTGACCTAAAGCAGTGGAGAGTTTGGCATTGAAAAG
CTGAGCAGCATAGTTAACATCTTCAGCACATTTTCGATGAGGACCTCCTTTTAGAGTTCT
TTGTGCTGGAATACATCCCAGTGGTGTCATTCCCGCCACTCCTATATGTCTTGCTCCATA
TCCATACAATTGCATGGCAAAACTAGTGGCAGAATCAACCATATTAGAGGTAAACGAGTA
AATATCATCTTTGACCCACTGACCACCTGGACCATAATAAGTAATGCCCATATCGTT
C

QA 2 658 2 658
DS 

RD RR3AJ27JQ 779 0 0
G
AGAACAACATGATTATAATACATATACAAAGTATTATATCCTCTCAGAATATTTTTTAAA
AAGTCTCAAGTAAAAATCTACTACTCAAAATAATAGAGGGATGTACTTTTTAACAAGTAT
TTTGGTTAAGATTTCATATAATCTTTGCGATGGATGGAAACTATCCCAAAACAGATAAGC
AGATATATTTCTACACACAGTTGATGTCTCTTGGTTGCAAAGTGGACCTGTTTCTACTAG
TCCGGTTCCACAACACCCTCTGTTTATCACTTCAAACCCGTAATCGGTGGGGTTTTGCAG
AATCTGACTGAATGGAGAATAGATGTCCATGAAAACCAATTTAGAATCTGGTAGAGTTTT
AGCCAGGTGACCTAAAGCAGTGGAGAGTTTGGCATTGAAAAGCTGAGCAGCATAGTTAAC
ATCTTCAGCACATTTTCGATGAGGACCTCCTTTTAGAGTTCTTTGTGCTGGAATACATCC
CAGTGGTGTCATTCCCGCCACTCCTATATGTCTTGCTCCATATCCATACAATTGCATGGC
AAAACTAGTGGCAGAATCAACCATATTAGAGGTAAACGAGTAAATATCATCTTTGACCCA
CTGACCACCTGGACCATAATAAGTAATGCCCATATCGTTGCTACCTGCGATCACAATGGC
TAAGCCATTGGCTATTATATGATCACCCTTTTCTTGTCCTACTAATTTCTTCACTCTCGC
TATGTATTGTTGGAAATATGCCAATTGGTGCAACATCGGTATCACGTTCAAATATGTG

QA 2 779 2 779
DS 

RD RR3AJ27TF 805 0 0
TTGCAGAATCTGACTGAATGGAGAATAGATGTCCATGAAAACCAATTTAGAATCTGGTAG
AGTTTTAGCCAGGTGAC*TAAAGCAGTGGAGAGTTTGGCATTGAAAAGCTGAGCAGCATA
GTTAACATCTTCAGCACATTTTCGATGAGGACCTCCTTTTAGAGTTCTTTGTGCTGGAAT
ACATCCCAGTGGTGTCATTCCCGCCACTCCTATATGTCTTGCTCCATATCCATACAATTG
CATGGCAAAACTAGTGGCAGAATCAACCATATTAGAGGTAAACGAGTAAATATCATCTTT
GACCCACTGACCACCTGGACCATAATAAGTAATGCCCATATCGTTGCTACCTGCGATCAC
AATGGCTAAGCCATTGGCTATTATATGATCACCCTTTTCTTGTCCTACTAATTTCTTCAC
TCTCGCTATGTATTGTTGGAAATATGCCAATTGGTGCAACATCGGTATCACGTTCAAATA
TGTGGGTGTCAAAGGAATGTAACCACTACCACCCGAAGCAAAGCATACACCGGTGAGTAA
ATCATCTTGTTGCAATTTTGGATCCATATATGCCGGTACGAGCGATTTTATCCCCAAATA
CTCCGCTAAAAAGTCAGAAGGAACTTTGCCATCGGAGTACCGACCAGTGGGAACACCTTG
TAAGAAATCGATACCATATGGTCGAAAATTACACCTGAGAGGTGTGCTTACGTTATTGTT
ATTTCCTGTGTCTACGAGCGAATCCCCAAACACAAACAATGCCGGTACGGTAACGTTCTT
TGGTGGCTCTTGTCTTGGAGATGGC

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 4

CO CL1399Contig1 1209 4 13 U
GGCTGCATTCTTGATTTCTGTCAACATCCAACGACCTCTGAGAACTCGTTTCTTCAATAT
ACTTCTTGATCTAGCTATAACAAACGATCTTAGAAATGGCACGACAGGATCCTAATCCAT
TTGCTGATGAAGAGATCAACCCTTTTGCGAATAATACAAGTGTTCCTCCTGCAAGCAACT
CCCATCTCAAGCCGCTTCCACCTGAACCTCATGATCGTGGTGAAACAGTTGATATCCCTT
TGGGTTCCACCCAGGATCTTCGAGCTAAAGAGATAGAACTTCAGGCTAAGGAGAATGAAC
TGAAACGGAAAGAGCAGGAGCTTAAAAGAAGAGAAGATGCAATAGCACGAAGTGGAGTTG
TCATTGAGGAGAAGAATTGGCCAGAGTTTTTCCCTCTAATTCATCATGACATTTCTAACG
AGATACCTATTCACTTACAGAAGATACAATATGTCGCATTCGCCTCATTGTTAGGGTTGA
TAGCATGCCTCTTGTGGAATATTGTGGCAGTAACTGTAGCTTGGATCAACGGAGGAGGTC
CCACTATATGGCTTATGTCAATCATCTACTTCATTTCTGGTGTCCCTGGGG*CTTACGTC
TTATGGTATCGTCCTCTTTACCGCGCTACCAGAACTGATAGTGCCCTGAAGTTTGGAACT
TTCTTCTTGTTTTACGTGTTTCACATTGCATTCTGCGGCTTTGCTGCAGTTGCTCCACCA
GTCGTCTTTCGAGGAAAGTCTCTCACAGGTTTCTTGCCAGCACTTGAGTTTCTAACTAGT
AATGGTTGTGGTTGGGATATTGTATTTCATTGGGGGCGGGCTTCTTCTGCATCGAAACAC
TTCTCAATATATGGGTGATTCAGCAAGTATATGCATACTTCCGGGGGAGTGGCAAAGCTG
CACAGATGAAGCGTGAAGCTACAAACTCGGCCTTGATGCGTGCACTATGAAGCCAACACT
CTTCACTGGAAAAAAAAATGTATCAATGGTGGCTTGAGGTTAAATCTTGAATTCTCCAGA
CAACACCCTTCTCTCTGCCAAGTCTAGACTGCCAATTGTTTTTGTTTGAATTGCTTTTGT
AAAAGACTAAATCAAATACATGGGAGACCTCAAAGCTAAAACTCTGTCGTTTAACTGTAA
AAAAAAATACATCTTAATGAATGATAAAAGCAAGATCCCTAGTGGGATGGGGAACCTTTA
TAGCTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 5 20 20 5 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DP78TF U 1
AF RR3B715TF U 17
AF RR3AP06TF U 11
AF RR3B715JQ C 333
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BS 867 876 RR3AP06TF
BS 877 1209 RR3B715JQ

RD RR3DP78TF 777 0 0
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TTGCTGATGAAGAGATCAACCCTTTTGCGAATAATACAAGTGTTCCTCCTGCAAGCAACT
CCCATCTCAAGCCGCTTCCACCTGAACCTCATGATCGTGGTGAAACAGTTGATATCCCTT
TGGGTTCCACCCAGGATCTTCGAGCTAAAGAGATAGAACTTCAGGCTAAGGAGAATGAAC
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AGATACCTATTCACTTACAGAAGATACAATATGTCGCATTCGCCTCATTGTTAGGGTTGA
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TTCTTCTTGTTTTACGTGTTTCACATTGCATTCTGCGGCTTTGCTGCAGTTGCTCCACCA
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DS 

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QA 1 741 1 741
DS 

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GGGATT
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ATAACAAGCAAGCTCAAAAATGGCACGACAGGATCCTAATCCATTTGCCGATGAAGAGAT
CAACCCTTTTGCGAATAATACAAGTGTTCCTCCTGCAAGCAACTCCCATCTCAAGCCGCT
TCCACCTGAACCTCATGATCGTGGTGACACAGTTGATATCTCTTTGGGTTCCACCCAGGT
TCTTCGAGCTAAAGAGATGGAACTTGAGGCTAAGGAGAACGAACTGAAACGGAAAGAGCA
GGAGCTTAAAAGAAGAGAAGATGCAATAGCGCTAAGTGGAGTTGTCATTGAGGAGAAGAA
TTGGCCAGAGTTTTTCCCTCTAATTCATCATGACATTTCTAACGAGATTCCTATTCACTT
ACAGAAGATACAGTATGTCGCATTCGCCTCATTGTTAGGGTTGATAGCATGCCTCTTGTG
GAATATTGTGGCAGTAACCGTAGCTTGGATCAACGGAGGAGGTCCCACTATATGGCTTAT
GTCAATCATCTACTTCATTTCTGGTGTCCCTGGGGGCTTACGTCTTATGGTATCGTCCTC
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TGTTTCACATTGCGTTCTGCGGCTTTGCTGCAGTTGCTCCACCAGTCATCTTTCGAGGAA
AGTCTCTCACATGTTTCTTGCCAGCACTTGAGTTTCTAACTAGTAATGGTTGTGGTTGGG
ATATTGTATTTCATTGGGGGCGGGGTTCTTCTGCATCGAA*CACTTCTCAC*ATATGGGT
GATTCAGCA*GTATATGCAT

QA 7 866 7 866
DS 

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GTCGCATTCGCCTCATTGTTAGGGTTGATAGCATGCCTCTTGTGGAATATTGTGGCAGTA
ACTGTAGCTTGGATCAACGGAGGAGGTCCCACTATATGGCTTATGTCAATCATCTACTTC
ATTTCTGGTGTCCCTGGGG*CTTACGTCTTATGGTATCGTCCTCTTTACCGCGCTACCAG
AACTGATAGTGCCCTGAAGTTTGGAACTTTCTTCTTGTTTTACGTGTTTCACATTGCATT
CTGCGGCTTTGCTGCAGTTGCTCCACCAGTCGTCTTTCGAGGAAAGTCTCTCACAGGTTT
CTTGCCAGCACTTGAGTTTCTAACTAGTAATG*TTGTGGTTGGGATATTGTATTTCATTG
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GCATACTTCCGGGGGAGTGGCAAAGCTGCACAGATGAAGCGTGAAGCTACAAACTCGGCC
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CTTGAGGTTAAATCTTGAATTCTCCAGACAACACCCTTCTCTCTGCCAAGTCTAGACTGC
CAATTGTTTTTGTTTGAATTGCTTTTGTAAAAGACTAAATCAAATACATGGGAGACCTCA
AAGCTAAAACTCTGTCGTTTAACTGTAAAAAAAAATACATCTTAATGAATGATAAAAGCA
AGATCCCTAGTGGGATGGGGAACCTTTATAGCTCTCT

QA 1 877 1 877
DS 



AS 1 6

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ACGACTTCCAGAAACAGAGATTTATCCACACAAAGACAAACCAAATAAAATAAAAAGAAT
GAAAATAGTTTGTTTTTTTTGTTCCTTTCACTTTTTGTCACGTACAAAGATGTTTTCATA
CAAGATAAAGCAAACCGTACCATCTTGAAACGAATCAAGGCTTCGGTGGCTCAGCCACTG
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GAGCTGGAGCAGCTTCTTCCTTTTTCACTTCTTCGACGACAGGCTTCTTCTCCTCCTCCT
TTTCTACTTCAGGTTTCTTCTCCTCAACTACCGCGGTTGCGACGGTCTCTTCTTTCTTCT
CTTCAACAATCTCCTTCTCGCCACTTGTTTCTTCGGTTTTGACTGGCTCCTCGGTCTTGG
CTGGTTCTTCGGTTTTCACTTCCTCCACAGGTATTTCCCGTGTCTTAACCTCCTCGGGAA
GGAACACACATACCTTCTCGAATATGAACCCGACTGGTCCGGAGACATAGCCAGCTCCGA
AGCTAGAGGCAGCTTCTTTCACAGCCGTTGATCCGGGGAATTCTATACCGACAAGAGCCT
CGAGATATTTCAGCACAGCCGCAGAGTTTTTCTTCAAACCAGCCTCCTTAGGGTCTCTCA
CCAAAGCCTTGACTTCAGCCGACGTGGCCTCATAGGTCTCCACGACCTTTGGTTGGAGTT
CTGTCTTTTTCTCCTCAATTTCCTTGTTGATTGTTTCCTTAGACTCATCAAAGGTCTTGC
AAGCTTCAGCAGCAGCAGCCTTCTTAGCACTGTTCTTCTCGAATATCTTCTTGAACCTCG
GAACAACCTTCGAATTCCAGTAACCCATTTTGTAATTTAATTTAAATTCACCGTCTCAAC
GCGCTTGAGATGTTAAATCTCTTTGAAGATCTTCTTCTTTCTTCTCCGGAACACACAAAA
CTGATTAATCGCCTCCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3B401JQ U 73
AF RR3FL61JQ U 4
AF RR3DL38JQ U 1
AF RR3DL38TF C 790
AF RR3D163TF C 330
AF RR3FL61TF C 430
BS 1 55 RR3DL38JQ
BS 56 56 RR3FL61JQ
BS 57 332 RR3DL38JQ
BS 333 333 RR3FL61JQ
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BS 453 453 RR3FL61JQ
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BS 835 877 RR3DL38JQ
BS 878 1037 RR3D163TF

RD RR3B401JQ 523 0 0
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TTTTTTTTGTTCCTTTCACTTTTTGTCACGTACAAAGATGTTTTCATACAAGATAAAGCA
AACCGTACCATCTTGAAACGAATCATGGCTTCGGTGGCTCAGCCACTGGCGCCGGCGTTG
TCGTCTCAGCTGGTACCGTAACCGGAGTTTCAACCACCGCTGGAGCTGGAGCTGGAGCAG
CTTCTTCCTTTTTCACTTCTTCGACGACAGGCTTCTTCTCCTCCTCCTTTTCTACTTCAG
GTTTCTTCTCCTCAACTACCGCGGTTGCGACGGTCTCTTCTTTCTTCTCTTCAACAATCT
CCTTCTCGCCACTTGTTTCTTCAGTTTTGACTGGCTCCTCGGTCTTGGCTGGTTCTTCGG
TTTTCACTTCCTCCACAGGTATTTCCCGTGTCTTAACCTCCTCGGGAAGGAACACACATA
CCTTCTCGAATATGAACCCGACTGGTCCGGAGACATAGCCAGC

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR3FL61JQ 677 0 0
GC
CATCAACCAATACTTTTTTTACAAATTCAAATGAATACAAATAAACAACACATCAACGAC
TTCCAGAAACAGAGATTTATCCACACAAAGACAAACCAAATAAAATAAAAAGAATGAAAA
TAGTTTGTTTTTTTTGTTCCTTTCACTTTTTGTCACGTACAAAGATGTTTTCATACAAGA
TAAAGCAAACCGTACCATCTTGAAACGAATCAAGGCTTCGGTGGCTCAGCCACTGGCGCC
GGCGTTGTCGTCTCAGCTGGTACCGTAACCGGAGTTTCAACCACCGCTGGAGCTGGAGCT
GGAGCAGCTTCTACCTTTTTCACTTCTTCGACGACAGGCTTCTTCTCCTCCTCCTTTTCT
ACTTCAGGTTTCTTCTCCTCAACTACCGCGGTTGCGACGGTCTCTTCTTTCTTCTCTTCA
ACAATCTCCTTCTCGCCACTTGTTTCTTCGGTTTTGACTGGCTCCTCGGTCTTGGCTGGT
TCTTCGGTTTTCACTTCCTCCACAGGTATTTCCCGTGTCTTAACCTCCTCGGGAAGGAAC
ACACATACCTTCTCGAATATGAACCCGACTGGTCCGGAGACATAGCCAGCTCCGAAGCTA
GAGGCAGCTTCTTTCACAGCCGTTGATCCGGGGAATTCTATACCGACAAGAGCCTCGAGA
TATTTCAGCACAGCC

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR3DL38JQ 878 0 0
AAAAACATCAACCAATACTTTTTTTACAAATTCAAATGAATACAAATAAACAACATATCA
ACGACTTCCAGAAACAGAGATTTATCCACACAAAGACAAACCAAATAAAATAAAAAGAAT
GAAAATAGTTTGTTTTTTTTGTTCCTTTCACTTTTTGTCACGTACAAAGATGTTTTCATA
CAAGATAAAGCAAACCGTACCATCTTGAAACGAATCAAGGCTTCGGTGGCTCAGCCACTG
GCGCCGGCGTTGTCGTCTCAGCTGGTACCGTAACCGGAGTTTCAACCACCGCTGGAGCTG
GAGCTGGAGCAGCTTCTTCCTTTTTCACTTCT*CGACGACAGGCTTCTTCTCCTCCTCCT
TTTCTACTTCAGGTTTCTTCTCCTCAACTACCGCGGTTGCGACGGTCTCTTCTTTCTTCT
CTTCAACAATCTCCTTCTCGCCACTTGTTTCTCCGGTTTTGACTGGCTCCTCGGTCTTGG
CTGGTTCTTCGGTTTTCACTTCCTCCACAGGTATTTCCCGTGTCTTAACCTCCTCGGGAA
GGAACACACATACCTTCTCGAATATGAACCCGACTGGTCCGGAGACATAGCCAGCTCCGA
AGCTAGAGGCAGCTTCTTTCACAGCCGTTGATCCGGGGAATTCTATACCGACAAGAGCCT
CGAGATATTTCAGCACAGCCGCAGAGTTTTTCTTCAAACCAGCCTCCTTAGGGTCTCTCA
CCAAAGCCTTGACTTCAGCCGACGTGGCCTCATAGGTCTCCACGACCTTTGGTTGGAGTT
CTGTCTTTTTCTCCTCAATTTCCTTGTTGATTGTTTCCTTAGACTCATCAAAG*TCTTGC
AAGCTTCAGCAGCAGCAGCCTTCTTAGCACTGTTCTT
C

QA 1 877 1 877
DS 

RD RR3DL38TF 229 0 0
TCTCCTCAATTTCCTTGTTGATTGTTTCCTTAGACTCATCAAAGGTCTTGCAAGCTTCAG
CAGCAGCAGCCTTCTTAGCACTGTTCTTCTCGAATATCTTCTTGAACCTCGGAACAACCT
TCGAATTCCAGTAACCCATTTTGTAATTTAATTTAAATTCACCGTCTCAACGCGCTTGAG
ATGTTAAATCTCTTTGAAGATCTTCTTCTTTCTTCTCCGGAACACACAA

QA 1 229 1 229
DS 

RD RR3D163TF 708 0 0
CACTCTCGACGACAGGCTC
TCTCCTCCTCCTTTTCTACTTCAGGTTTCTTCTCCTCAACTGCCGCGGTTGCGACGGTCT
CTTCTTTCTTCTCTTCAACAATCTCCTTCTCGCCACTTGTTTCTTCGGTTTTGACTGGCT
CCTCGGTCTTGGCTGGTTCTCCGGTTTTCACTTCCTCCACAGGTATTTCCCGTGTCTTAA
CCTCCTCGGGAAGGAACACACATACCTTCTCGAATATGAACCCGACTGGTCCGGAGACAT
AGCCAGCTCCGAAGCTAGAGGCAGCTTCTTTCACAGCCGTTGATCCGGGGAATTCTATAC
CGACAAGAGCCTCGAGATATTTCAGCACAGCCGCAGAGTTTTTCTTCAAACCAGCCTCCT
TAGGGTCTCTCACCAAAGCCTTGACTTCAGCCGACGTGGCCTCATAGGTCTCCACGACCT
TTGGTTGGAGTTCTGTCTTTTTCTCCTCAATTTCCTTGTTGATTGTTTCCTTAGACTCAT
CAAAGGTCTCGCAAGCTTCAGCAGCAGCAGCCTTCTTAGCACTGTTCTTCTCGAATATCT
TCTTGAACCTCGGAACAACCTTCGAATTCCAGTAACCCATTTTGTAATTTAATTTAAATT
CACCGTCTCAACGCGCTTGAGATGTTAAATCTCTTTGAAGATCTTCTTCTTTCTTCTCCG
GAACACACAAAACTGATTAATCGCCTCCC

QA 20 708 20 708
DS 

RD RR3FL61TF 607 0 0
TCTCTTTCTCGCCACTTGTTTCTTCGGTTTTGACTGGCTCCTCGGTCTTGGCTGGTTCTT
CGGTTTTCACTTCCTCCACAGGTATTTCCCGTGTCTTAACCTCCTCGGGAAGGAACACAC
ATACCTTCTCGAATATGAACCCGACTGGTCCGGAGACATAGCCAGCTCCGAAGCTAGAGG
CAGCTTCTTTCACAGCCGTTGATCCGGGGAATTCTATACCGACAAGAGCCTCGAGATATT
TCAGCACAGCCGCAGAGTTTTTCTTCAAACCAGCCTCCTTAGGGTCTCTCACCAAAGCCT
TGACTTCAGCCGACGTGGCCTCATAGGTCTCCACGACCTTTGGTTGGAGTTCTGTCTTTT
TCTCCTCAATTTCCTTGTTGATTGTTTCCTTAGACTCATCAAAGGTCTTGCAAGCTTCAG
CAGCAGCAGCCTTCTTAGCACTGTTCTTGTCGAATATCTTCTTGAACCTCGGAACAACCT
TCGAATTCCAGTAACCCATTTTGTAATTTAATTTAAATTCACCGTCTCAACGCGCTTGAG
ATGTTAAATCTCTTTGAAGATCTTCTTCTTTCTTCTCCGGAACACACAAAACTGATTAAT
CGCCTCC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 6

CO CL1401Contig1 761 6 7 U
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TCTTCTCTCTCAGGCAGCTCTCTCTACTCTACCGATCGAACAATGTCGCTGGTAGCAAAC
GAGGAGTTCCAGCACATTCTGCGTGTGCTTAACACAAACGTTGATGGCAAACAAAAGATT
ATGTTTGCTCTTACCTCCATCAAGGGTATTGGAAGAAGATTGGCCAACATTGTCTGCAAG
AAAGCCGATGTCGACATGAACAAGAGGGCCGGTGAGCTGTCTGCAGCTGAGATCGATAAC
CTCATGACCATCGTTGCAAACCCAAAGCAGTACAAGATTCCAGATTGGTTCTTGAACAGA
CAGAAAGACTACAAGGATGGGAAGTACTCCCAGGTTGTTTCCAATGCACTCGACATGAAG
CTGAGGGATGATCTTGAACGTCTCAAGAAGATCAGGAACCACCGTGGTCTGAGACACTAC
TGGGGTCTCCGTGTCCGTGGACAACACACCAAGACAACTGGTCGCAGAGGAAAGACTGTT
GGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGACAATGATGCTAGCTGCAGCTGGATTGGATCTTTGACA
GTCCCGTTTTTATGTTTTTGTTATTTCGTACAATTTTGCAAGTCTCAAAGACTCGATTTT
AGGTGTTTTGTAAGACATCATTCACTTGTTTTGTTATATTTCGAGATAATATTGTTGTCA
CGTGAACTTGAGGTCAATTCTTTTGTTCTCCTTATAAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CL77TF U 1
AF RR3B064JQ C 5
AF RR3CL77JQ C 73
AF RR3CM19JQ C 11
AF RR3CM19TF U 11
AF RR3B064TF U 7
BS 1 661 RR3CL77TF
BS 662 662 RR3CM19TF
BS 663 719 RR3CL77TF
BS 720 722 RR3CM19TF
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RD RR3CL77TF 719 0 0
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TCTTCTCTCTCAGGCAGCTCTCTCTACTCTACCGATCGAACAATGTCGCTGGTAGCAAAC
GAGGAGTTCCAGCACATTCTGCGTGTGCTTAACACAAACGTTGATGGCAAACAAAAGATT
ATGTTTGCTCTTACCTCCATCAAGGGTATTGGAAGAAGATTGGCCAACATTGTCTGCAAG
AAAGCCGATGTCGACATGAACAAGAGGGCCGGTGAGCTGTCTGCAGCTGAGATCGATAAC
CTCATGACCATCGTTGCAAACCCAAAGCAGTACAAGATTCCAGATTGGTTCTTGAACAGA
CAGAAAGACTACAAGGATGGGAAGTACTCCCAGGTTGTTTCCAATGCACTCGACATGAAG
CTGAGGGATGATCTTGAACGTCTCAAGAAGATCAGGAACCACCGTGGTCTGAGACACTAC
TGGGGTCTCCGTGTCCGTGGACAACACACCAAGACAACTGGTCGCAGAGGAAAGACTGTT
GGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGACAATGATGCTAGCTGCAGCTGGATTGGATCTTTGACA
GTCCCGTTTTTATGTTTTTGTTATTTCGTACAATTTTGCAAGTCTCAAAGACTCGATTTT
ATGTGTTTTGTAAGACATCATTCACTTGTTTTGTTATATTTCGAGATAATATTGTTGTC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3B064JQ 757 0 0
GGGGAACCGATTTGCGCGA
GAGTGTTAAAGAGTGTAAAA*CGGCGAGAGCTTCGCATCTTCTCTCTCAGGCAGCTCTCT
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TGTGCTTAACACAAACGTTGATGGCAAACAAAAGATTATGTTTGCTCTTACCTCCATCAA
GGGTATTGGAAGAAGATTGGCCAACATTGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAA
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AAAGCAGTACAAGATTCCAGATTGGTTCTTGAACATACAGAAAGACTACAAGGATGGGAA
GTACTCCCAGGTTGTTTCCAATGCACTCGACATGAAGCTGAGGGATGATCTTGAACGTCT
CAAGAAGATCAGGAACCACCGTGGTCTGAGACACTACTGGGGTCTCCGTGTCCGTGGACA
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CAATGATGCTAGCTGCAGCTGGATTGGATCTTTGACAGTCCCGTTTTTATGTTTTTGTTA
TTTCGTACAATTTTGCAAGTCTCAAAGACTCGATTTTAGGTGTTTTGTAAGACATCATTC
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TGTTCTCCTTATAAAACC

QA 20 757 20 757
DS 

RD RR3CL77JQ 652 0 0
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CACATTCTGCGTGTGCTTAACACAAACGTTGATGGCAAACAAAAGATTATGTTTGCTCTT
ACCTCCATCAAGGGTATTGGAAGAAGATTGGCCAACATTGTCTGCAAGAAAGCCGATGTC
GACATGAACAAGAGGGCCGGTGAGCTGTCTGCAGCTGAGATCGATAACCTCATGACCATC
GTTGCAAACCCAAAGCAGTACAAGATTCCAGATTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTAC
AAGGATGGGAAGTACTCCCAGGTTGTTTCCAATGCACTCGACATGAAGCTGAGGGATGAT
CTTGAACGTCTCAAGAAGATCAGGAACCACCGTGGTTTGAGACACTACTGGGGTCTCCGT
GTCCGTGGACAACACACCAAGACAACTGGTCGCAGAGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAG
AAGCGTTAAGACAATGATGCTAGCTGCAGCTGGATTGGATCTTTGACAGTCCCGTTTTTA
TGTTTTTGTTATTTCGTACAATTTTGCAAGTCTCAAAGACTCGATTTTAGGTGTTTTGTA
AGACATCATTCACTTGTTTTGTTATATTTCGAGATAATATTGTTGTCACG
CG

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3CM19JQ 714 0 0
GGCTAACCGATTT
GAGTGTTAAAGAGTGTAAAAACGGCGAGAGCTTCGCATCTTCTCTCTCAGGCAGCTCTCT
CTACTCTACCGATCGAACAATGTCGCTGGTAGCAAACGAGGAGTTCCAGCACATTCTGCG
TGTGCTTAACACTAACGTTGATGGCAAACAAAAGATTATGTTTGCTCTTACCTCCATCAA
GGGTATTGGAAGAAGATTGGCCAACATTGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAA
GAGGGCCGGTGAGCTGTCTGCAGCTGAGATCGATAACCTCATGACCATCGTTGCAAACCC
AAAGCAGTACAAGATTCCAGATTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTACAAGGATGGAAA
GTACTCCCAGGTTGTTTCCAATGCACTCGACATGAAGCTGAGGGATGATCTTGAACGTCT
CAAGAAGATCAGGAACCACCGTGGTCTGAGACACTACTGGGGTCTCCGTGTCCGTGGACA
ACACACCAAGACAACTGGCCGCAGAGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGA
CAATGATGCTAGCAGCAGCTGGATTGGATCTCTGACAGTCCCGTTTTCATGTTTTTGTTA
TTTCGTACAATTTTGCAAGTCTCAAAGACTCGATTTTAGGTGTTATGTAAGACATCCTTC
ACTTGTTTTGTTATATTTCGAGATAATATTGTTGTCACG
GT

QA 14 712 14 712
DS 

RD RR3CM19TF 714 0 0
GGCTAACCGATTT
GAGTGTTAAAGAGTGTAAAAACGGCGAGAGCTTCGCATCTTCTCTCTCAGGCAGCTCTCT
CTACTCTACCGATCGAACAATGTCGCTGGTAGCAAACGAGGAGTTCCAGCACATTCTGCG
TGTGCTTAACACTAACGTTGATGGCAAACAAAAGATTATGTTTGCTCTTACCTCCATCAA
GGGTATTGGAAGAAGATTGGCCAACATTGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAA
GAGGGCCGGTGAGCTGTCTGCAGCTGAGATCGATAACCTCATGACCATCGTTGCAAACCC
AAAGCAGTACAAGATTCCAGATTGGTTCTTGAACAGACAGAAAGACTACAAGGATGGAAA
GTACTCCCAGGTTGTTTCCAATGCACTCGACATGAAGCTGAGGGATGATCTTGAACGTCT
CAAGAAGATCAGGAACCACCGTGGTCTGAGACACTACTGGGGTCTCCGTGTCCGTGGACA
ACACACCAAGACAACTGGCCGCAGAGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGA
CAATGATGCTAGCAGCAGCTGGATTGGATCTCTGACAGTCCCGTTTTCATGTTTTTGTTA
TTTCGTACAATTTTGCAAGTCTCAAAGACTCGATTTTAGGTGTTATGTAAGACATCCTTC
ACTTGTTTTGTTATATTTCGAGATAATATTGTTGTCACG
GT

QA 14 712 14 712
DS 

RD RR3B064TF 755 0 0
GGAACCGATTTGCGCGA
GAGTGTTAAAGAGTGTAAAA*CGGCGAGAGCTTCGCATCTTCTCTCTCAGGCAGCTCTCT
CTACTCTACCGATCGAACAATGTCGCTGGTAGCAAACGAGGAGTTCCAGTACATTCTGCG
TGTGCTTAACACAAACGTTGATGGCAAACAAAAGATTATGTTTGCTCTTACCTCCATCAA
GGGTATTGGAAGAAGATTGGCCAACATTGTCTGCAAGAAAGCCGATGTCGACATGAACAA
GAGGGCCGGTGAGCTGTCTGCAGCTGAGATCGATAACCTCATGACCATCGTTGCAAACCC
AAAGCAGTACAAGATTCCAGATTGGTTCTTGAACATACAGAAAGACTACAAGGATGGGAA
GTACTCCCAGGTTGTTTCCAATGCACTCGACATGAAGCTGAGGGATGATCTTGAACGTCT
CAAGAAGATCAGGAACCACCGTGGTCTGAGACACTACTGGGGTCTCCGTGTCCGTGGACA
ACACACCAAGACAACTGGTCGCAGAGGAAAGACTGTTGGTGTCTCTAAGAAGCGTTAAGA
CAATGATGCTAGCTGCAGCTGGATTGGATCTTTGACAGTCCCGTTTTTATGTTTTTGTTA
TTTCGTACAATTTTGCAAGTCTCAAAGACTCGATTTTAGGTGTTTTGTAAGACATCATTC
ACTTGTTTTGTTATATTTCGAGATAATATTGTTGTCACGTGAACTTGATGTCAATTCTTT
TGTTCTCCTTATAAAACC

QA 18 755 18 755
DS 



AS 1 4

CO CL1402Contig1 651 4 3 U
TTGCAACCATCAAATTATCCAAAATCTGATTTCATCATAATAAACACAGCAAATGATAGA
AACTTATGAACTGTTGATAAAACATCATATTTTTAAAAGACAACGAAATGAGACCAAAGA
TTCATATATAGTTTCTTTCTCTTTACTCGTCAGCCTTCTCGGCGGCGACTTCACCAGCAG
CCAAAACTTCCTCTGCCTCAGCCTTCTTCTCCTCCTCCACAACCGCGGGAGTTTCAGTCA
CCTCGTCCTTCTCTTCTGTCTTTGCCTCCTCCTCAACGACCGGAGTTTCTGTCTTCTCTT
CTTCCTCCTCTACCTTTGGCTCCTCTGGTTTCTTCTCAGTTTCTTCATCTTTTTTCTCTG
CCTCTTCCACAACCACTTCTTTTCTCGTTTCTTCGACTGATGCTTCGGATTCTTGTTCAG
TTACGGCGGCTGGAGCAGGAGCAGACTCCGTGGTGGCCACGACTTCTTCCGCTTGTTCGG
TAACCACAACTGGCTCCTCCACCGTCTTGGTTGGTACCTCAACGTTCTCTACTGCTGGAG
TAATGACTTGTTCAACCTTAACGTCGGCCATTTCTAAATGACAAAGGTAAAGAGGAAAAA
TATAAAGAAAATGAGAAGAGAAGTAAGAGTGTATGTGATGTTTTGGTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR3CE23JQ U 106
AF RR3CE23TF C 1
AF RR3AL64TF C 16
AF RR3AL64JQ U 20
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RD RR3CE23JQ 227 0 0
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DS 

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CTTCCTCCTCTACCTTTGGCTCCTCTGGTTTCTTCTCAGTTTCTTCATCTTTTTTCTCTG
CCTCTTCCACAACCACTTCTTTTCTCGTTTCTTCGACTGATGCTTCGGATTCTTGTTCAG
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CC

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CTCGTTTCTTCGACTGATGCTTCGGATTCTTGTTCAGTTACGGCGGCTGGAGCAGGAGCA
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CC

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DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DL55TF U 76
AF RR3AU66JQ C 1
AF RR3AU66TF U 1
BS 1 78 RR3AU66TF
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QA 4 220 4 220
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TCAACAATCGATTCCATGAACTCGAAGACGAAATCAAATTCGCCAAGGAGAAGTGTGATA
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AAGAGGCCACCTGCAAATCCCTTGAGAAGCTTGAGCAAGAGAAGGAATCACTGGTCTCAC
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AAGATTGATAGAATCATTACACTGCTTCCAACGAGCTTTGTGTTTTTTTCTCCAATACTC
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ATCACTAAAGGGTTC

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DS 



AS 2 4

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ACGCATTGGTGTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D272JQ U 1
AF RR3BR62TF C 113
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BS 409 595 RR3D272JQ
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TCACACAGTTTGAAAGAAAAAAAACATACAAAGACAAGAAAGGAAACGAGAAAGAAGTGT
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TGGTTTTGGAGAATGTCCAAGCATATACTCCCATCAGCATATATATTTGGATGGAACATC
CTTGAAACAAACCGAACCGTTGGTGGTTTGTTTGGATAATCTTCTGAAAACTGCAATGAG
AGTTTGAAAGTACCTCCATCCCATGGGGTATCATCAGGCCCGAAAATAACAGCATTCCAG
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QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3BR62TF 745 0 0
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AAAACAAGAGAGGAAGGTTCAATGACAATAAAAGACAAATGCTACTATTATTTTACTAGT
CAGCAGTCCAGCTTTGTTCCACAACCTCGCGGACTCTTCTGTTGTACTCTCGTTTGCTTT
CGCTGAACATTCGTGCAGCTTCCGAGTTGGCAGGAGAATTCGGATTAGGATCACAGAGTA
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CCCTTCCGACAACGAAAGGTCGGAACTTTAAGCGACGATGATGACGACAGGTGATGACAG
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GTTTCCC

QA 19 745 19 745
DS 



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ACCAACGGTTCGGTTTGTTTCAAGGATGTTCCATCCTAATATATATGCTGATGGGAGTAT
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AAGCTGGACTGCAGACTAGTAAAAATAAGTAGCGTTTGTCTTTTATTGTCAATTTGTCAT
TGAACCTTCCTCTCTTGTTTTTCATTCCAACAACACTTCTTTCTCGTTTCCTTTCTTGTC
TTTGTATGTTCTTTTTTCTTTCAAACTATGTGATTTGTTGCTTTTAATGCTTCTATGTTA
TCATCTTCATAATTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC19TF U 1
AF RR3ED15JQ C 130
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ATGCTTGGATATTCTCCAAAACTAGTGGAGTCCAATATACGATGTCGCTGCTATCCTTAC
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ACGAATGTTCAGCGAGAGCAAACGTGAGTACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACA
AAGCTGGACTGCAGACTAGTAAAAATAAGTAGCGTTTGTCTTTTATTGTCAATTTGTCAT
TGAACCTTCCTCTCTTGTTTTTCATTCCAACAACACTTCTTTCTCGTTTCCTTTCTTGTC
TTTGTATGTT
CTT

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DS 

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TG
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CATTACTCTGTGATCCTAATCCGAATTCTCCTGCCAACTCGGAAGCTGCACGAATGTTCG
GCGAGAGCAAACGTGAGTACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTG
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CTCTTGTTTTTCATTCCAACAACACTTCTTTCTCGTTTCCTTTCTTGTCTTTGTATGTTC
TTTTTTCTTTCAAACTATGTGATTTGTTGCTTTTAATGCTTCTATGTTATCATCTTCATA
ATTACC

QA 3 668 3 668
DS 



AS 2 6

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ATCTCTGTTCCGGTGGAGGAGATCGACGGCAAGCTAGCTGAGCGGGTCTCCTCCGCCACC
CCGGCGTTTCCTTCTTTCCTTCTTTTGCCTTCCTCCACCATCCTTCTCCTCTCCATCTGC
TCCGATATGCTTTTTTCCTCTGGTCCTCTCTGGTTCACCGGTGACTAATCAACGGCGAGG
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CTTTGCACAGCAGTGCGTTTGGTGCTTTTGGTTCCGGTGAGCTCCTCCTCTTCGCAGATC
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GTCTGTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H881TF U 1
AF RR3E430TF U 1
AF RR3C906TF U 37
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DS 

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GTCCACGGTTCGTCGGGAATGGAGAGCGTCGCTGCCTCTCCTGGAACCTTCCTTACTGTT
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CTTAGATCTGGGTCAGATCTAGGGGTCCACGGTTCGTCGGGAATGGAGAGCGTCGCTGCC
TCTCCTGGAACCTTCCTTACTGTTCTCCAAACTCTATGTCGTCGATTTGTTTTCCTCTGG
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GTGAGCTCCTCCTCTTCGCAGATCGGTAAGGGATCTTGGGCTGTCCCGTAGTTAAGCCGC
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GAGTTTCGTCGAGCCTTCCGACTGGTCTGTG

QA 1 751 1 751
DS 



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BQ
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AF RR3H881JQ U 1
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AF RR3E430JQ U 5
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A

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GAACCAAAAGCACCAAACGCACTGCTGTGCAAAGAGACAGATCGAGCGACAGAGAATCCT
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QA 1 729 1 729
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AS 2 4

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB22JQ U 111
AF RR3CH08JQ U 1
BS 1 334 RR3CH08JQ
BS 335 335 RR3CB22JQ
BS 336 586 RR3CH08JQ

RD RR3CB22JQ 314 0 0
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ACAAAGCTCCTTAAATTGTCTCGGGGGGAAACACTCTCAACCATTTGTTCAATGATAGGC
CCTGCATCAAGTTCCTCAGTAACAAAGTGACTTGTTGCTCCAATTAGCTTCACACCTGCA
TCAAACGCCTGTTTGGCTGGATATCCGCCCTTGAATGATGGCAAAAAACCATGGTGAATG
TTGATTACATCTTTTCCATAACCTTTCAAGAAGTTACCCGACAGAATCTGCATGTATCTG
GCGAGAACTAA
AAA

QA 1 311 1 311
DS 

RD RR3CH08JQ 586 0 0
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TCTATTAAAATACAACAGTCTTGTTTGTTCCATAAGGTAACACCCGTAGTTCGCAGTATG
ACTTTATAGCTTTTGTGAGGCATTTTTTCTCGAGGTCCTCAAATTTCTGGACAAAGCTCC
TTAAATTGTCTCGGGGGGAAACACTCTCAACCATTTGTTCAATGATAGGCCCTGCATCAA
GTTCCTCAGTAACAAAGTGACTTGTTGCTCCAATTAGCTTCACACCTGCATCAAACGCCT
GTTTGGCTGGATATCCCCCCTTGAATGATGGCAAGAAACCATGGTGAATGTTGATTACAT
CTTTTCCATAACCTTTCAAGAAGTTACCCAACAAAATCTGCATGTATCTGGCGAGAACTA
AAAAGTCAGTGTCTTTGACCAAATCCAAAATCTCATCTTCTCGTTTATTATCTTTAGTTG
TGGCTACATAATGATAGGGAATGCCATGCCTCTCAAGAAAACGCATAACGTGAGTGTTTG
AAGCTCTTTCATGATTACTTATGACACAAGTTATATCCACAGGGAG

QA 1 586 1 586
DS 



CO CL1406Contig2 773 2 9 U
GGGGAATCGGGACCGTGATTGGTCTCGTTGAGAGGCCGAGGGTGAGAGAAGAGAAACGAT
GATGACGATGATGCGAAGAATCTCGGAGAGAGCTACTGGTTTCTCTAAAAACTTGGTTCT
CAAATCCTCGGCGTCGCGGTTTCACGGCGAGTCTCTCGATTCCTCCGTCTCACCCGTTCT
CATTCCCGGCGTCCATGTCTTCCACTGCCAGGATGCAGTTGGAATCGTGGCAAAGCTATC
AGATTGTATCGCAGCTAAAGGCGGAAACATTCTCGGCTACGATGTCTTTGTTCCCGAGAA
CAACAACGTCTTCTACTCTCGCAGTGAGTTTATATTTGATCCTGTAAAATGGCCGAGACA
CCAAGTGGGTGAAGATTTTCGAGCTATTGCGCAAACATTCGGTGCCATGAACTCGGTTGT
TCGTGTTCCTTCTATAGATCCCAAGTATAAGATTGCTCTTTTACTTTCTAAACAGGATCA
TTGTTTGGTCGAGATGTTGCATAGATGGCAAGATGGAAAACTCCCTGTGGATATAACTTG
TGTCATAAGTAATCATGAAAGAGCTTCAAACACTCACGTTATGCGTTTTCTTGAGAGGCA
TGGCATTCCCTATCATTATGTAGCCACAACTAAAGATAATAAACGAGAAGATGAGATTTT
GGATTTGGTCAAAGACACTGACTTCTTAGTTCTCGCCAGATACATGCAGATTCTGTCGGG
TAACTTCTTGAAAGGTATGGAAAAGATGTAATCAACATTCACCATGGTCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CH08TF U 1
AF RR3CS95TF U 28
BS 1 84 RR3CH08TF
BS 85 85 RR3CS95TF
BS 86 406 RR3CH08TF
BS 407 407 RR3CS95TF
BS 408 716 RR3CH08TF
BS 717 717 RR3CS95TF
BS 718 722 RR3CH08TF
BS 723 723 RR3CS95TF
BS 724 773 RR3CH08TF

RD RR3CH08TF 773 0 0
GGGGAATCGGGACCGTGATTGGTCTCGTTGAGAGGCCGAGGGTGAGAGAAGAGAAACGAT
GATGACGATGATGCGAAGAATCTCTGAGAGAGCTACTGGTTTCTCTAAAAACTTGGTTCT
CAAATCCTCGGCGTCGCGGTTTCACGGCGAGTCTCTCGATTCCTCCGTCTCACCCGTTCT
CATTCCCGGCGTCCATGTCTTCCACTGCCAGGATGCAGTTGGAATCGTGGCAAAGCTATC
AGATTGTATCGCAGCTAAAGGCGGAAACATTCTCGGCTACGATGTCTTTGTTCCCGAGAA
CAACAACGTCTTCTACTCTCGCAGTGAGTTTATATTTGATCCTGTAAAATGGCCGAGACA
CCAAGTGGGTGAAGATTTTCGAGCTATTGCGCAAACATTCGGTGCCGTGAACTCGGTTGT
TCGTGTTCCTTCTATAGATCCCAAGTATAAGATTGCTCTTTTACTTTCTAAACAGGATCA
TTGTTTGGTCGAGATGTTGCATAGATGGCAAGATGGAAAACTCCCTGTGGATATAACTTG
TGTCATAAGTAATCATGAAAGAGCTTCAAACACTCACGTTATGCGTTTTCTTGAGAGGCA
TGGCATTCCCTATCATTATGTAGCCACAACTAAAGATAATAAACGAGAAGATGAGATTTT
GGATTTGGTCAAAGACACTGACTTCTTAGTTCTCGCCAGATACATGCAGATTCTGTTGGG
TA*CTTCTTGAAAGGTATGGAAAAGATGTAATCAACATTCACCATGGTCTCTT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3CS95TF 732 0 0
GG
GAGAGGCCGAGGGTGAGAGAAGAGAAACGATGATGACGATGATGCGAAGAATCTCGGAGA
GAGCTACTGGTTTCTCTAAAAACTTGGTTCTCAAATCCTCGGCGTCGCGGTTTCACGGCG
AGTCTCTCGATTCCTCCGTCTCACCCGTTCTCATTCCCGGCGTCCATGTCTTCCACTGCC
AGGATGCAGTTGGAATCGTGGCAAAGCTATCAGATTGTATCGCAGCTAAAGGCGGAAACA
TTCTCGGCTACGATGTCTTTGTTCCCGAGAACAACAACGTCTTCTACTCTCGCAGTGAGT
TTATATTTGATCCTGTAAAATGGCCGAGACACCAAGTGGGTGAAGATTTTCGAGCTATTG
CGCAAACATTCGGTGCCATGAACTCGGTTGTTCGTGTTCCTTCTATAGATCCCAAGTATA
AGATTGCTCTTTTACTTTCTAAACGGGATCATTGTTTGGTCGAGATGTTGCATAGATGGC
AAGATGGAAAACTCCCTGTGGATATAACTTGTGTCATAAGTAATCA**AAAGAGCTTCAA
ACACTCACGTTATGCGTTTTCTTGAGAGGCATGGCATTCCCTATCATTATGTAGCCACAA
CTAAAGATAATAAACGAGAAGATGAGATTTTGGATTTGGTCAAAGACACTGACTTCTTAG
TTCTCGCCAGATACATGCAGATTCTGTCGGGTAACTTCTTGAAAGGTATGGAAAAGATGT
AATCAACATT

QA 3 732 3 732
DS 



AS 2 6

CO CL1407Contig1 594 2 4 U
GCTCTTGAGAGGAACACTCGTGGACACTGGAACCAAGCGGTTAAGACTCTGACTCTAAAC
GTGAGGAAAGTGTTCTCCGACATTGACCAAGCTCTCTTCGATGAGTGTTTAGCCAAATAC
CAAGTGGAAGAAGAGAATAAGACGGAGGTTAAAGCAAACCGGGAAAAAACATGGAAGAGG
TTAGAAGATTTGGCGGCTTCGAAGACCAACGAGGCAGAGCTGGTCCCAAGATTTGTGTCC
TCGGTGAATCTTGCAAGCAGCTCTGAGTCCTAAGGGTAGGTACTGTGGTCTCTTCTCTGT
TATGTCAGCTTATACTTTTAATGGTAACGGATACAGATTCGGGTTTGAAACGGTTTTCTT
GAGGCAATCAAGAAGATATTCGAAAGAGAGAGAGAGGAGGGGGAGTATATCAGTTCTCAT
CACTGAATACTTGACAACTTTTTTTTTGTATGGGTTCTACTTGTTGGTTGCTTGTGATCT
TCTTCTTCTGGGAATGGGCAAAACAGCATATATGTACTCTGTAAGAAAACTATAGGGGAT
GGGTTCCTGAAAGACGAATGTATAATTATTTGGTTTAATTTAATCTTTTGGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3AX36TF U 1
AF RR3AX36JQ C 51
BS 1 401 RR3AX36TF
BS 402 402 RR3AX36JQ
BS 403 592 RR3AX36TF
BS 593 594 RR3AX36JQ

RD RR3AX36TF 592 0 0
GCTCTTGAGAGGAACACTCGTGGACACTGGAACCAAGCGGTTAAGACTCTGACTCTAAAC
GTGAGGAAAGTGTTCTCCGACATTGACCAAGCTCTCTTCGATGAGTGTTTAGCCAAATAC
CAAGTGGAAGAAGAGAATAAGACGGAGGTTAAAGCAAACCGGGAAAAAACATGGAAGAGG
TTAGAAGATTTGGCGGCTTCGAAGACCAACGAGGCAGAGCTGGTCCCAAGATTTGTGTCC
TCGGTGAATCTTGCAAGCAGCTCTGAGTCCTAAGGGTAGGTACTGTGGTCTCTTCTCTGT
TATGTCAGCTTATACTTTTAATGGTAACGGATACAGATTCGGGTTTGAAACGGTTTTCTT
GAGGCAATCAAGAAGATATTCGAAAGAGAGAGAGAGGAGGGTGAGTATATCAGTTCTCAT
CACTGAATACTTGACAACTTTTTTTTTGTATGGGTTCTACTTGTTGGTTGCTTGTGATCT
TCTTCTTCTGGGAATGGGCAAAACAGCATATATGTACTCTGTAAGAAAACTATAGGGGAT
GGGTTCCTGAAAGACGAATGTATAATTATTTGGTTTAATTTAATCTTTTGGA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3AX36JQ 544 0 0
GACTCTAAACGTGAGGAAAGTGTTTTCCGACATTGACCAAGCTTTTTTCGATGAGTGTTT
AGCCAAATACCAAGTGGAAGAAGAGAATAAGACGGAGGTTAAAGCAAACCGGGAAAAAAC
ATGGAAGAGGTTAGAAGATTTGGCGGCTTCGAAGACCAACGAGGCAGAGCTGGTCCCAAG
ATTTGTGTCCTCGGTGAATCTTGCAAGCAGTTTTGAGTCCTAAGGGTAGGTACTGTGGTT
TTTTTTCTGTTATGTCAGCTTATACTTTTAATGGTAACGGATACAGATTCGGGTTTGAAA
CGGTTTTCTTGAGGCAATCAAGAAGATATTCGAAAGAGAGAGAGAGGGGGGGGAGTATAT
CAGTTTTCATCACTGAATACTTGACAACTTTTTTTTTGTATGGGTTTTACTTGTTGGTTG
CTTGTGATTTTTTTTTTCTGGGAATGGGCAAAACAGCATATATGTACTCTGTAAGAAAAC
TATAGGGGATGGGTTCCTGAAAGACGAATGTATAATTATTTGGTTTAATTTAATCTTTTG
GATC

QA 1 544 1 544
DS 



CO CL1407Contig2 1327 4 11 U
GCATTCAAGTCGTCTACGAGATTCTCCTCAGGTTCGTGGCTTCTCCCATGACTGACGCTA
AGCTCGCAAAGAGATACATAGACCACTCCTTCGTCTTGAAGCTCTTGGACTTGTTTGATT
CCGAAGATCAAAGAGAGAGGGAGTATCTAAAAACAATTCTGCACCGTGTCCACGGGAAGT
TCATGGTGCATAGGCCTTACATCAGAAAGGCTATAAACAACATCTTCTACAGGTTCATCT
CCGAGACTGAGAAGCATAACGGCATTGCAGAGTTGCTAGAGATTCTCGGGAGTATAATCA
ATGGTTTTGCTTTGCCTTTAAAAGAAGAGCACAAGCTTTTCCTTGTCCGTACTTTGATCC
CTCTCCACAAGCCTAAATGCGCGTCGGTCTATCACCAGCAGCTTTCTTATTGCATAGTTC
AGTTCGTAGAGAAAGACTTTAAGCTCGCTGATTGCATCATCAGAGGCCTTTTAAAGTATT
GGCCTGTTACCAACAGCTCCAAGGAAGTGATGTTTCTTGGTGAGTTGGAAGAAGTCTTGG
AAGCTACTCAAGCTGCTGAGTTTCAACGCTGTATGGGGCCTTTGTTCCGACAGATCGCTC
GTTGTCTCAACAGTTCGCATTTCCAGGTTGCTGAGAGAGCATTGTTTCTATGGAACAACG
ATCATATAAGAAACCTGATTACTCAGAACTACAAAGTGATCTTGCCTATAGTCTTCCCAG
CTCTTGAGAGGAACACTCGTGGACATTGGAACCAAGCGGTTAAGACTCTGACTCTAAACG
TGAGGAAAGTGTTCTCGGACATAGACCAAACTCTCTTTGATGAGTGTTTAGCCAAATACC
AAGTGGAAGAAGAGAATAAGACAGAGGTTAAAGCAAACCGGGAAAAAACATGGAAGAGGT
TAGAAGATTTGGCGGCTTCAAAGACCAACGAGGCAGAGCTGGTCCCAAGATTTGTGTCCT
CAGTGAATCTTGCAAGCAGCTCTGAGTCCTAAGGGTAGGTACGGTGGTTTCTTCTCTGTT
ATGTCAGCTTATACTTTTAATGGTAACGGATACAGATTCGGGTTTGAGTTGTTGAATCGG
TTTTCTTGAGGCAACCAAGAAGATATTCGAAAGAGGGAGAGAGAGAGAGGAGGGTGAGTA
TATCAGTTCTCATCACTGAATACTTGACAACTTTTTTTTGTATGGGTTCTACTTGTTGGT
TGCTTGTGATCTTCTTCTTCTGGGAATGGGCAAAACAGCATATATGTACTACTGTAAGAA
AACTATAGGGGATGGGTTCCTGAAAGACGAATGTATAATTATTTGGTTTAATTTAATCTT
TTGGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 

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BS 1288 1327 RR3E339JQ

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TCATGGTGCATAGGCCTTACATCAGAAAGGCTATAAACAACATCTTCTACAGGTTCATCT
CCGAGACTGAGAAGCATAACGGCATTGCAGAGTTGCTAGAGATTCTCGGGAGTATAATCA
ATGGTTTTGCTTTGCCTTTAAAAGAAGAGCACAAGCTTTTCCTTGTCCGTACTTTGATCC
CTCTCCACAAGCCTAAATGCGCGTCGGTCTATCACCAGCAGCTTTCTTATTGCATAGTTC
AGTTCGTAGAGAAAGACTTTAAGCTCGCTGATTGCATCATCAGAGGCCTTTTAAAGTATT
GGCCTGTTACCAACAGCTCCAAGGAAGTGATGTTTCTTGGTGAGTTGGAAGAAGTCTTGG
AAGCTACTCAAGCTGCTGAGTTTCAACGCTGTATGGGGCCTTTGTTCCGACAGATCGCTC
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ATCATATAAGAAACCTGATTACTCAG

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DS 

RD RR3E339TF 686 0 0
G
GCCTTTAAAAGAAGAGCACAAGCTTTTCCTTGTCCGTGCTTTGATCCCTCTCCACAAGCC
TAAATGCGCGTCGGTCTATCACCAGCAGCTTTCTTATTGCATAGTTCAGTTCGTAGAGAA
AGACTTTAAGCTCGCTGATTGCATCATCAGAGGCCTTTTAAAGTATTGGCCTGTTACCAA
CAGCTCCAAGGAAGTGATGTTTCTTGGTGAGTTGGAAGAAGTCTTGGAAGCTACTCAAGC
TGCTGAGTTTCAACGCTGTATGGGGCCTTTGTTCCGACAGATCGCTCGTTGTCTCAACAG
TTCGCATTTCCAGGTTGCTGAGAGAGCATTGTTTCTATGGAACAACGATCATATAAGAAA
CCTGATTACTCAGAACTACAAAGTGATCTTGCCTATAGTCTTCCCAGCTCTTGAGAGGAA
CACTCGTGGACATTGGAACCAAGCGGTTAAGACTCTGACTCTAAACGTGAGGAAAGTGTT
CTCGGACATAGACCAAACTCTCTTTGATGAGTGTTTAGCCAAATACCAAGTGGAAGAAGA
GAATAAGACAGAGGTTAAAGCAAACCGGGAAAAA*CATGGAAGAGGTTAGAAGATTTGGC
GGCTTCAAAGACCAACGAGGCAGAGCTGGTCCCAAGATTTGTGTCCTCAGTGAATCTTGC
AAGCAGCTCTGAGTCCTAAGGGTAG

QA 2 686 2 686
DS 

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ATATAAGAAACCTGATTACTCAGAACTACAAAGTGATCTTGCCTATAGTCTTCCCAGCTC
TTGAGAGGAACACTCGTGGACATTGGAACCAAGCGGTTAAGACTCTGACTCTAAACGTGA
GGAAAGTGTTTTCGGACATAGACCAAACTCTCTTTGATGAGTGTTTAGCCAAATACCAAG
TGGAAGAAGAGAATAAGACAGAGGTTAAAGCAAACCGGGAAAAAACATGGAAGAGGTTAG
AAGATTTGGCGGCTTCAAAGACCAACGAGGCAGAGCTGGTCCCAAGATTTGTGTCCTCAG
TGAATCTTGCAAGCAGCTCTGAGTCCTAAGGGTAGGTACGGTGGTTTCTTCTCTGTTATG
TCAGCTTATACTTTTAATGGTAACGGATACAGATTCGGGTTTGAGTTGTTGAATCGGTTT
TCTTGAGGCAACCAAGAAGATATTCGAAAGAG**AGAGAGAGAGAGGAGGGTGAGTATAT
CAGTTCTCATCACTGAATACTTGACAACTTTTTTT*GTATGGGTTCTACTTGTTGGTTGC
TTGTGATCTTCTTCTTCTGGGAATGGGCAAAACAGCATATATGTACTACTGTAAGAAAAC
TATAGGGGATGGGTTCCTGAAAGGCGAATGTATAATTATTTGGTTTAATTTAATCTTTTG
GACC

QA 1 784 1 784
DS 

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TATGGAACAACGATCATATAAGAAACCTGATTACTCAGAACTACAAAGTGATCTTGCCTA
TAGTCTTCCCAGCTCTTGAGAGGAACACTCGTGGACATTGGAACCAAGCGGTTAAGACTC
TGACTCTAAACGTGAGGAAAGTGTTCTCGGACATAGACCAAACTCTCTTTGATGAGTGTT
TAGCCAAATACCAAGTGGAAGAAGAGAATAAGACAGAGGTTAAAGCAAACCGGGAAAAAA
CATGGAAGAGGTTAGAAGATTTGGCGGCTTCAAAGACCAACGAGGCAGAGCTGGTCCCAA
GATTTGTGTCCTCAGTGAATCTTGCAAGCAGCTCTGAGTCCTAAGGGTAGGTACGGTGGT
TTCTTCTCTGTTATGTCAGCTTATACTTTTAATGGTAACGGATACAGATTCGGGTTTGAG
TTGTTGAATCGGTTTTCTTGAGGCAACCAAGAAGATATTCGAAAGAGGGAGAGAGAGAGA
GGAGGGTGAGTATATCAGTTCTCATCACTGAATACTTGACAACTTTTTTTTGTATGGGTT
CTACTTGTTGGTTGCTTGTGATCTTCTTCTTCTGGGAATGGGCAAAACAGCATATATGTA
CTACTGTAAGAAAACTATAGGGGATGGGTTCCTGAAAGACGAATGTATAATTATTTGGTT
TAATTTAATCTTTTGGA
TC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 3

CO CL1408Contig1 1066 3 6 U
GACGGGGGAGGAGAAGAGCCGAGGGAGGATACAATCGTCTATCTTGGAAAACGTGGGCCG
AAGGGAGCCCAAAGAATTAAGCCCAAATTAGAGGTCCAATATGAGTTGTTTGCTTAATAG
ATACATGCGTCTTAGAATACTACTCTTTGACTAGGGCATGGGAGCTGCATATGGGACTGC
CAATACCAAGAGTGGCATCTCATGAGGCCTGAGTTGGTCATGAAGTCTATTGTCCCCGTT
GTTATGGCTGGTGTATTGGGTATCTACGGTTTGATTATTGCTGTTATCATCAGTACCGGT
ACTAAACCCCAAAGCTAAATCTTTTACTACCTCTTGTAATGAGTTTTCTCTTAACACAAT
GCCAAATAACAATTTTGATTAAAAACATATCACAACTTTGTCTCCTTCAGAATAAAACGG
AAAAGACACAAAGAAGATTACATATACACACTGCTGCAAGTAACACGAAAGTATTAAAAT
TCAAATGGTTAAAAGGGAGATAGATGGGTTAGAAAAGCGAAGGCATGCTTTTTCTCCAGC
TATGTGATCTGTGAGCTGTCAAGAAGGAAGGA*GGGGTGAAGGCCAGACCAAACATCTCC
TTCATGGCTCTCCCTTGCTCAGCGAACCTCACAAGCTTCCCTACAACATCTGCGCTCTCC
ACAACCTGACTCATGTCCTTGGGATTGCTCCAAAGCTCGTTCACAAGCTGTAAACGCCTG
CGTTTGGAGTTGACCGCAATCCCAAACTTGTGATAGATTCTTCTCCTCTCTTCTCATGAA
AACCTTTTCCCAACAAGCTTGCTCAGCATCATTCTCTCCCTGTGAAGCGCCTTACGGCTT
GAGGCCAGTGTTAAGGTTTCTCCTACTTCCAAAGTTTGGTTTCCATGAGAGAAGCGATCT
TTCATAAACAAAAGTCGTCTTAGCTCAACTCCAATGTAGATTGAATCCGCCTCATCATCT
CCTTTGAAGAGCAAGTAGAAGTATGTTCTATGCACCAAAGAGACGTTACAGGTTTGCCAT
AGCTCCAGAATCTCTTGTCGCTGTCTCTCAAATTCCATGACCAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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ATT

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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C
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AAATGATCAGAGATTCATCTTGTGTGGACATATCCAAGGAGTCACCAGTAGACAACCGGC
CAATCTTCAAATTGAGTTCCTTGAGGAGATTGGGGGTTGAGAAGGCCTGACGAAGACCAA
CTCCATACAGATCAAAAATCGGGATAGGTATTCTTCTATCATGAAAGACAACATCAGATA
CAAGGAA*TACATCTCCTATGTTGGCTCCTTTAACCTTAAAGGCACCGCAGGTTCCAGCA
TTGATGAGAATGTCAGGTTGTAAGGCTTGGATAGAAGCAAATGTAATGAGAGAAGCTGGA
ACAGTTCCCACACTATCAATCCCTAGAGCAGCATCTTTTCCGGGGCAGACAACATAGATT
CGAAGATCTTTGTGCAGCCCTTGGTAGAGAACCCAGGGCAATCCTTTCCCAAGCGGAGAA
TCAGAAGTTTCGGAGAGTCCGAACTTGTTGACCAAAGGTTGAGCCTCTGCTTGCATCGCG
ATGACGAAGACCACAGTGGAGATGGGTCGATGACTCTCCGATTCAACTTTCTCGACGTCA
CCATCTCCATGAGGACCCATACTTCTCCCGATTCCTCTTTCACTCTTCACTCGTTCGATT
TCCAGAAAGACAATACGGAAAAAA

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 3

CO CL1410Contig1 688 3 6 U
GTGAGATAAACCAAAGCGTCTTTCTAATTATTGAAAACACCAATTTATTGTAAACACCAG
TTCTGAAACAAAGGATGAACGATTTTCTTTAGTTCAAACTTGACTAAGCAATAAAGATTA
AGAAGCTCTCAAACGTCCACAGTGAGTTTGGTGTCAAGGTGAGTGAACTCTTGGAAGAAA
GCTTTGAAGTGTTCGTATGAATGCTTCACGTCGTC*GCAGCACACATCTCACGGATGCTA
TGCATCGAGAGCTGAGGAGCTCCAACATCAACCGTCCTTATCCCCACACTGCTTGCTAGG
ATTGGACCAATGGTCGATCCACAAGCCATATCATTACGTACCACGAAATCCTGAACAGGG
AGATTATGTTTCTCTGCTATCTCTCTGAACACAAATGAAGTCACTGCATTAGTTGCGTAG
CGTTGATTTGCATTGTGTTTGATGACAAGTCCTCCATGCATCTTTGGCTGATGATTCTCA
TCGTGTTTGTCCACAAAGTTTGGATGTAAAGCATGAGCCATGTCAGCGGACGCAAGCAAA
CTTTTTTGAATCGCTTTCTTGAGAACCTTAGCGTCAGAGCTGAAGCAACTTGTGATGTGT
GACATAGCATCAATCATGACAGGGGATCCAGCTCCTTGCGCTGAATTGGAACCAACTTCC
TCATGATCAAATAATGCCACCATTCTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A996JQ U 1
AF RR3A996TF C 43
AF RR3E518JQ U 8
BS 1 38 RR3A996JQ
BS 39 39 RR3E518JQ
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BS 42 477 RR3A996JQ
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RD RR3A996JQ 478 0 0
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AGAAGCTCTCAAACGTCCACAGTGAGTTTGGTGTCAAGGTGAGTGAACTCTTGGAAGAAA
GCTTTGAAGTGTTCGTATGAATGCTTCACGTCGTC*GCAGCACACATCTCACGGATGCTA
TGCATCGAGAGCTGAGGAGCTCCAACATCAACCGTCCTTATCCCCACACTGCTTGCTAGG
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AGATTATGTTTCTCTGCTATCTCTCTGAACACAAATGAAGTCACTGCATTAGTTGCGTAG
CGTTGATTTGCATTGTGTTTGATGACAAGTCCTCCATGCATCTTTGGCTGATGATTC
C

QA 1 477 1 477
DS 

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ACGAAATCCTGAACAGGGAGATTATGTTTCTCTGCTATCTCTCTGAACACAAATGAAGTC
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TTTGGCTGATGATTC
C

QA 1 435 1 435
DS 

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AGAGCTGAGGAGCTCCAACATCAACCGTCCTTATCCCCACACTGCTTGCTAGGATTGGAC
CAATGGTTGATCCACAAGCCATATCATTACGTACCACGAAATCCTGAACAGGGAGATTAT
GTTTCTCTGCTATCTCTCTGAACACAAATGAAGTCACTGCATTAGTTGAGTAGCGTTGAT
TTGCATTGTGTTTGATGACAAGTCCTCCATGCATCTTTGGCTGATGATTCTCATCGTGTT
TGTCCACAAAGTTTGGATGTAAAGCATGAGCCATGTCAGCGGACGCAAGCAAACTTTTTT
GAATCGCTTTCTTGAGAACCTTAGCGTCAGAGCTGAAGCAACTTGTGATGTGTGACATAG
CATCAATCATGACAGGGGATCCAGCTCCTTGCGCTGAATTGGAACCAACTTCCTCATGAT
CAAATAATGCCACCATTCTTA

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 6

CO CL1411Contig1 911 6 12 U
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AGTAAGCACACTGCAGTACATATTTAACAAATAACAAATGCACAACCACAAATACTAGCG
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CCAAATGCGAAGAGGAGATGGGAATGGAGAGAGCAGTTGACCAATGGAGGATAGAGTAAT
ACCACAAAGATGAAAGATGAGAGAGAGTGGCCGAGGGTTCATGCCTCCGAGCAGAGCCAT
CATGCCTGACGTGCGAAAGCCGCCACTAGAGAGGTAATCAAAACAGCCTTGCCGCATCGC
TTCTTTTGCTTCGTCCGTCGATGCAATTAGCACTTGAGAAAATGCATTTCCTAGTGTGTT
CACCGTCGCTGACATTGGCTTTCGGATGATATAAAATGACTTAATAACTTCTGAGATTTT
GTTTGCATCACCAAGGTTTTGCAATGGCTGGAGAAGCCGGCGTAGAATGAGAATGTCAGA
CAATAAAACCATCATTCCAGACGCAATTGCTGGGTGACGCATGTTGAATGCATCTCCCAA
TACAATCACTCCTTGCTTCTCGCTCAAAGTAGCTTCCATTCTCTTTGTTGGCATTGCTTT
TATTTGTGCTCCGTCATCAATTCCTTTCAAAAATATTTTGCGGAGTTCTGGAGGTACCTG
AGGAGCCATAGTATTTTTCAAATAAGCAGCCATTTCACCATTTGAAATAGAGGGAATATT
TCCGGGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D677JQ U 5
AF RR3G592JQ U 5
AF RR3G592TF C 1
AF RR3D783JQ U 5
AF RR3DI65TF C 251
AF RR3D677TF C 251
BS 1 6 RR3G592TF
BS 7 152 RR3D677JQ
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BS 666 680 RR3G592TF
BS 681 911 RR3D677TF

RD RR3D677JQ 639 0 0
CG
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ATAGCTTTTGCGATACGCAGCTGCGTATGTTGGATACAACATTTGGCTAACCCCTTCCGC
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TGACGTGCGAAAGCCGCCACTAGAGAGGTAATCAAAACAGCCTTGCCGCATCGCTTCTTT
TGCTTCGTCCGTCGACGCAATTAGCACTTGAGAAAATGCATTTCCTAGTGTGTTCACCGT
CGCTGACATTGGCTTTCGGATGATATAAAATGACTTAATAACTTCTGAGATTTTGTTTGC
ATCACCAAGGTTTTGCAATGGCTGGAGAAGCCGGCGT

QA 3 639 3 639
DS 

RD RR3G592JQ 652 0 0
CA
ACAAAACAGGGGGTCGTTTTATTATTACAATAGCGACGGGTATAAACTAATAATAGTAAG
CACACTGCAGTACATATTTAACAAATAACAAATGCACAACCACAAATACTAGCGCTCCAA
ATATGTCATAGTATTATTCGCGGTTCATATCATCGCTGCTTAAAGAGCTGTTGCAGCCAT
ATAGCTTTTGCGATACGCAGCTGCGTATGTTGGATACAACATTTGGCTAACCCCTTCCGC
CTTAAGATGAGGAACCAACATTTTCATAGACAAACCAAAAAGTCTGAGGCTATGCCAAAT
GCGAAAAGGAAATGGGAATGGAGAGAGCAGTTGACCAATGGAGGATAGAGTAATACCACA
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TGACGTGCGAAAGCCGCCACTAAAGAGGTAATCAAAACAGCCTTGCCGCATCGCTTCTTT
TGCTTCGTCCGTCGATGCAATTAGCACTTGAGAAAATGCATTTCCTAGTGTGTTCACCGT
CGCTGACATTGGCTTTCGGATGATATAAAATGACTTAATAACTTCTGAGATTTTGTTTGC
ATCACCAAGGTTTTGCAATGGCTGGAGAAGCCGGCGTAGAATGAGAATGT

QA 3 652 3 652
DS 

RD RR3G592TF 685 0 0
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AGTAAGCACACTGCAGTACATATTTAACAAATAACAAATGCACAACCACAAATACTAGCG
CTCCAAATATGTCATAGTATTATTCGCGGTTCATATCATCGCTGCTTAGAGAGCTGTTGC
AGCCATATAGCTTTTGCGATACGCAGCTGCGTATGTTGGATACAACATTTGGCTAACCCC
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CCAAATGCGAAGAGGAGATGGGAATGGAGAGAGCAGTTGACCAATGGAGGATAGAGTAAT
ACCACAAAGATGAAAGATGAGAGAGAGTGGCCGAGGGTTCATGCCTCCGAGCAGAGCCAT
CATGCCTGACGTGCGAAAGCCGCCACTAGAGAGGTAATCAAAACAGCCTTGCCGCATCGC
TTCTTTTGCTTCGTCCGTCGATGCAATTAGCACTTGAGAAAATGCATTTCCTAGTGTGTT
CACCGTCGCTGACATTGGCTTTCGGATGATATAAAATGACTTAATAACTTCTGAGATTTT
GTTTGCATCACCAAGGTTTTGCAATGGCTGGAGAAGCCGGCGTAGAATGAGAATGTCAGA
CAATAAAACCATCATTCCAG
CCCCT

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CA
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CACACTGCAGTACATATTTAACAAATAACAAATGCACAACCACAAATACTAGCGCTCCAA
ATATGTCATAGTATTATTCGCGGTTCATATCATCGCTGCTTAGAGAGCTGTTGCAGCCAT
ATAGCTTTTGCGATACGCAGCTGCGTATGTTGGATACAACATTTGGCTAACCCCTTCCGC
CTTAAGATGAGGAACCAACATTTTCATAGACAAACCAAAAAGTCTGAGGCTATGCCAAAT
GCGAAGAGGAGATGGGAATGGAGAGAGCAGTTGACCAATGGAGGATAGAGTAATACCACA
AAGATGAAAGATGAGAGAGAGTGGCCGAGGGCTCATGCCTCCGAGCAGAGCCATCATGCC
TGACGTGCGAAAGCCGCCACTAGAGAGGTAATCAAAACAGCCTTGCCGCATCGCTTCTTT
TGCTTCGTCCGTCGATGCAATTAGCACTTGAGAAAATGCATTTCCTAGTGTGTTCACCGT
CGCTGACATTGGCTTTCGGATGATATAAAATGACTTAATAACTTCTGAGATTTTGTTTGC
ATCACCAAGGTTTTGCAATGGCTGGAGAAGCCGGCGTAGAATGAGAATGTCAGACAATA

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DS 

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TCGTCCGTCGATGCAATTAGCACTTGAGAAAATGCATTTCCTAGTGTGTTCACCGTCGCT
GACATTGGCTTTCGGATGATATAAAATGACTTAATAACTTCTGAGATTTTGTTTGCATCA
CCAAGGTTTTGCAATGGCTGGAGAAGCCGGAGTAGAATGAGAACGTCAGACAATAAAACC
ATCATTCCAGACGCAATTGCTGGGTGACGCATGTTGAATGCATCTCCCAATACAATCACT
CCTTGCTTCTCGCTCAAAGTAGCTTCCATTCTCTTTGTTGGCATTGCTTTTATTTGTGCT
CCGTCATCAATTCCTTTCAAAAATATTTTGCGGAGTTCTGGAGGTACCTGAGGAGCCATA
GTATTTTTCAAATAAGCAGCCATTTCACC
C

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DS 

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AGAGGAGATGGGAATGGAGAGAGCAGTTGACCAATGGAGGATAGAGTAATACCACAAAGA
TGAAAGATGAGAGGGAGTGGCCGAGGGTTCATGCCTCCGAGCAGAGCCATCATGCCTGAC
GTGCGAAAGCCGCCACTAGAGAGGTAATCAAAACAGCCTTGCCGCATCGCTTCTTTTGCT
TCGTCCGTCGACGCAATTAGCACTTGAGAAAATGCATTTCCTAGTGTGTTCACCGTCGCT
GACATTGGCTTTCGGATGATATAAAATGACTTAATAACTTCTGAGATTTTGTTTGCATCA
CCAAGGTTTTGCAATGGCTGGAGAAGCCGGCGTAGAATGAGAATGTCAGACAATAAAACC
ATCATTCCAGACGCAATTGCTGGGTGACGCATGTTGAATGCATCTCCCAATACAATCACT
CCTTGCTTCTCGCTCAAAGTAGCTTCCATTCTCTTTGTTGGCATTGCTTTTATTTGTGCT
CCGTCATCAATTCCTTTCAAAAATATTTTGCGGAGTTCTGGAGGTACCTGAGGAGCCATA
GTATTTTTCAAATAAGCAGCCATTTCACCATTTGAAATAGAGGGAATATTTCCGGGAAAA
A

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 4

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AGTTAAAGCGAATTTTTCCAAACAATAATAACATATAACATCAACGTTCTTTCCTTGACA
ACATTTTTTCTACCCATCCATCCACACAGTACATTCAAACACAAATCAAACAAAGAACGA
TTAGCATTGCTTATGGCTCAGGATAAGTTTTTGTTTATCCTAAACCACAGTCACTTTAGG
AACTGAAATCTTCTCGAACAGTAAATAAACTTAAAAACAGAAAACATCACTGGGATGTTA
GATTTAGATTTGTGTTTATTTTTTTGTAATCAAAACCGGTTCCATGAGAATGCCACGGGA
CTTCTTACTTGGTGTTGCGGATTGCTCCAAGTGATGGATCCATACTCAGCCTTGTTCGTC
AAACTCACTCCCTTTTTGCTTATAAACGTGACCGTGTACCTCTTCTTCTCTCCCACACTT
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ACTTTATAAACCGAGTTCGCTTCACCCACGTTGGTTACCTCCCTGGTGTACCGCACAACC
CTTTTGTCACCAAACAAAACCGAGAAACTTGGGTAATTGAGCTGCCCAGGATTAGAGAAC
TTCTTCGAGCAGTTAACGCTTGGTCGCTTCACAATCGCCACGATGTGATCTACTGTGTAG
TCGAGAGAGCACAAGAACCTGATGTATTCCTCAGTCGAGATGTCGTAGACAAGACCCGGC
GAGAGAGCCTTTTGAGGATCTACGTGGCCCGAGCCGTGAGCGTGTGGGTTGGAGAGGCTG
TTATCTGCAGCATCACGGAGAGGAGAGTTG*GTGTTGTCGAGATTGTAAGCTGTGGTCAT
GAGGGCTGATTTGATGGCGCTTGGACTCCACTCAGGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 10 10 25 10 10 25 25 10 25 25 10 10 10 10 25 10 25 25 25 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E453JQ U 1
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AF RR3AT08JQ U 18
AF RR3AT08TF C 154
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GATTTAGATTTGTGTTTATTTTTTTGTAATCAAAACCGGTTCCATGAGAATGCCACGGGA
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QA 1 684 1 684
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CCATCCACACAGTACATTCAAACACAAATCAAACAAAGAACGATTAGCATTGCTTATGGC
TCAGGATAAGTTTTTGTTTATCCTAAACCACAGTCACTTTAGGAACTGAAATCTTCTCGA
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ATTTTTTTGTAATCAAAACCGGTTCCATGAGAATGCCACGGGACTTCTTACTTGGTGTTG
CGGATTGCTCCAAGTGATGGATCCATACTCAGCCTTGTTCGTCAAACTCACTCCCTTTTT
GCTTATAAACGTGACCGTGTACCTCTTCTTCTCTCCCACACTTCTAAACGCGAGCTTCGA
TGGTTTAACCGATATCCCAACACTAGGCGCTCCACTAACCACCACTTTATAAACCGAGTT
CGCTTCACCCACGTTGGTTACCTCCCTGGTGTACCGCACAACCCTTTTGTCACCAAACAA
AACCGAGAAACTTGGGTAATTGAGCTGCCCAGGATTAGAGAACTTCTTCGAGCAGTTAAC
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CCTGATGTATTCCTCAGTCGAGATGTCGTAGACAAGACCCGGCGAGAGAGCCTTTTGAGG
ATCTACGTGGCCCGAGCCGTGAGCGTGTGGGTTGGAGAGGCTGTTATCTGCAGCATCACG
GAGAGGAGAGTTG*GTGTTGTCGAGATTGTAAGCTGTGGTCATGAGGGCTGATTTGATGG
CGCTTGGACTCCAC

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR3AT08TF 726 0 0
GTTTAT
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GAAAACATCACTGGGATGTTAGATTTAGATTTGTGTTTATTTTTTTGTAATCAAAACCGG
TTCCATGAGAATGCCACGGGACTTCTTACTTGGTGTTGCGGATTGCTCCAAGTGATGGAT
CCATACTCAGCCTTGTTCGTCAAACTCACTCCCTTTTTGCTTATAAACGTGACCGTGTAC
CTCTTCTTCTCTCCCACACTTCTAAACGCGAGCTTCGATGGTTTAACCGATATCCCAACA
CTAGGCGCTCCACTAACCACCACTTTATAAACCGAGTTCGCTTCACCCACGTTGGTTACC
TCCCTGGTGTACCGCACAACCCTTTTGTCACCAAACAAAACCGAGAAACTTGGGTAATTG
AGCTGCCCAGGATTAGAGAACTTCTTCGAGCAGTTAACGCTTGGTCGCTTCACAATCGCC
ACGATGTGATCTACTGTGTAGTCGAGAGAGCACAAGAACCTGATGTATTCCTCAGTCGAG
ATGTCGTAGACAAGACCCGGCGAGAGAGCCTTTTGAGGATCTACGTGGCCCGAGCCGTGA
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GAGATTGTAAGCTGTGGTCATGAGGGCTGATTTGATGGCGCTTGGACTCCACTCAGGGCC

QA 7 726 7 726
DS 



AS 1 4

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GCTTAAATCTGAAGGCAACCAAATGTATAGCCAAGAAAAATAGGGAATCATTAGAGACAT
CAAATCTCCTGAATACTCACAGCAGAGAACTGGATCGAAGCAAAAAAAAAGAAAGATCAG
TAGCAACTTTTCTCCTCCCATTTTTTATCAATCTTCTAGCTCAATGATCTTCACCACAGA
TGCATCACCAACTTTCTGACACACCACTACTCTGTCATGCGATTTGATCACTCCTGCTTG
CTTCCCGTGGTCCAACGCAACTTTCAGGACCGACTCGTTCGTCGCACTTGTTGATTCCGC
AGGGTGACGAGGGTCAGCGAGCATGGGGAAGAGGCCTCTGACAATAAGTGACTGCCTAGC
CTCAAAGGCTCCACTAAAGCTCCATTTCAGCTGATTTGTCTTAACTCGGGGAATGACTAC
AGAAATAACCGGCATTGTTGGCCTGTATTTGGCAATCAACCTGGCTGCTCTTCCAGAAGG
GGTAAAGCATATAATGACTGATGCCTTAACCTTGATTGCTGCCCTTACAGCTGAAGAAGC
AATAGATTCGAGGTGACTCATCGGCTCTCCAACATACTTGACAGTCTTCTTGAAGTACAA
ATATTGATTGAAAACCTTCTCTGCCTCGGCACAGATCCTTCCGACAGTTGATATGGTCTC
GACAGGGTACAGACCGCGAAGGGTCTCAGCACCGAGAAGAATTGCATCACTTCCATCTAA
AACAGCATTAGCAACATCCGTTGCCTCAGCACGAGTTGGTCGTAAGTTATCAGTCATACT
ATCAACAACACGGGTAAGAACGGCTGGCTTTCCAGCCATGTTGCACTTGTAAAGAGCCGC
CTTTTGAAACAAAAACACCTTCTCCGGGGGTAGATCAATACCCAAGTTCACACGAGAAAG
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AATCTTGGCAAATATTTGCGTTTGAGAGAGGTCGCCCAACTTTTTAAGCATTTCTCGTGT
CTGGCGAACATCCTCTGCATGTCGACAATAGGACAATGAGAGAAAATCGATTTTGTTTTG
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3FG36JQ U 1
AF RR3BK18JQ U 9
AF RR3GW57JQ U 69
AF RR3FG36TF C 425
BS 1 721 RR3FG36JQ
BS 722 774 RR3BK18JQ
BS 775 775 RR3GW57JQ
BS 776 781 RR3BK18JQ
BS 782 782 RR3GW57JQ
BS 783 844 RR3BK18JQ
BS 845 1141 RR3FG36TF

RD RR3FG36JQ 721 0 0
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GCTTAAATCTGAAGGCAACCAAATGTATAGCCAAGAAAAATAGGGAATCATTAGAGACAT
CAAATCTCCTGAATACTCACAGCAGAGAACTGGATCGAAGCAAAAAAAAAGAAAGATCAG
TAGCAACTTTTCTCCTCCCATTTTTTATCAATCTTCTAGCTCAATGATCTTCACCACAGA
TGCATCACCAACTTTCTGACACACCACTACTCTGTCATGCGATTTGATCACTCCTGCTTG
CTTCCCGTGGTCCAACGCAACTTTCAGGACCGACTCGTTCGTCGCACTTGTTGATTCCGC
AGGGTGACGAGGGTCAGCGAGCATGGGGAAGAGGCCTCTGACAATAAGTGACTGCCTAGC
CTCAAAGGCTCCACTAAAGCTCCATTTCAGCTGATTTGTCTTAACTCGGGGAATGACTAC
AGAAATAACCGGCATTGTTGGCCTGTATTTGGCAATCAACCTGGCTGCTCTTCCAGAAGG
GGTAAAGCATATAATGACTGATGCCTTAACCTTGATTGCTGCCCTTACAGCTGAAGAAGC
AATAGATTCGAGGTGACTCATCGGCTCTCCAACATACTTGACAGTCTTCTTGAAGTACAA
ATATTGATTGAAAACCTTCTCTGCCTCGGCACAGATCCTTCCGACAGTTGATATGGTCTC
G

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3BK18JQ 846 0 0
ACAAGCTTATTGAATAGATTGCTAGACATTGTGTTCCTTTTTTTTGACCGTTGCTTAAAT
CTGAAGGCAACCAAATGTATAGCCAAGAAAAATAGGGAATCATTAGAGACATCAAATCTC
CTGAATACTCACAGCAGAGAACTGGATCGAAGCAAAAAAAAAGAAAGATCAGTAGCAACT
TTTCTCCTCCCATTTTTTATCAATCTTCTAGCTCAATGATCTTCACCACAGATGCATCAC
CAACTTTCTGACACACCACTACTCTGTCATGCGATTTGATCACTCCTGCTTGCTTCCCGT
GGTCCAACGCAACTTTCAGGACCGACTCGTTCGTCGCACTTGTTGATTCCGCAGGGTGAC
GAGGGTCAGCGAGCATGGGGAAGAGGCCTCTGACAATAAGTGACTGCCTAGCCTCAAAGG
CTCCACTAAAGCTCCATTTCAGCTGATTTGTCTTAACTCGGGGAATGACTACAGAAATAA
CCGGCATTGTTGGCCCGTATTTGGCAATCAACCTGGCTGCTCTTCCAGAAGAGGTAAAGC
ATATAATGACTGATGCCTTAACCTTGATTGCTGCCCTTACAGCTGAAGAAGCAATAGATT
CGAGGTGACTCATCGGCTCTCCAACATACTTGACAGTCTTCTTGAAGTACAAATCTTGAT
TGAAAACCTTCTCTGCCTCAGCACAGATCCTTCCGACAGTTGATATGGTCTCGACAGGGT
ACAGACCGCGAAGGGTCTCAGCACCGAGAAGAATTGCATCACTTCCGTCTAAA*CAGCAT
TAGCAACATCCGTTGCCTCAGCACGAGTTGGTCGTAAGTTATCAGTCATACTATCA
ACAACACGGG

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR3GW57JQ 786 0 0
CTGAAGGCAACCAAATGTATAGCCAAGAAAAATAGGGAATCATTAGAGACATCAAATCTC
CTGAATACTCACAGCAGAGAACTGGATCGAAGCAAAAAAAAAGAAAGATCAGTAGCAACT
TTTCTCCTCCCATTTTTTATCAATCTTCTAGCTCAATGATCTTCACCACAGATGCATCAC
CAACTTTCTGACACACCACTACTCTGTCATGCGATTTGATCACTCCTACTTGCTTCCCGT
GGTCCAACGCAACTTTCAGGACCGACTCGTTCGTCGCACTTGTTGATTCCGCAGGGTGAC
GAGGGTCAGCGAGCATGGGGAAGAGGCCTCTGACAATAAGTGACTGCCTAGCCTCAAAGG
CTCCACTAAAGCTCCATTTCAGCTGATTTGTCTTAACTCGGGGAATGACTACGGAAATAA
CCGGCATTGTTGGCCTGTATTTGGCAATCAACCTGGCTGCTCTTCCAGAAGAGGTAAAGC
ATATAATGACTGATGCCTTAACCTTGATTGCTGCCCTTACAGCTGAAGAAGCAATAGATT
CGAGGTGACTCATCGGCTCTCCAACATACTTGACAGTCTTCTTGAAGTACAAATCTTGAT
TGAAAACCTTCTCTGCCTCAGCACAGATCCTTCCGACAGTTGATATGGTCTCGACAGGGT
ACAGACCGCGAAGGGTCTCAGCACCGAGAAGAATTGCATCACTTCCATCTAAAACAGCAT
TAGCAACATCCGTTGCCTCAGCACGAGTTGGTCGTAAGTTATCAGTCATACTATCA
CACACGGGTA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3FG36TF 717 0 0
AAGGCTCCACTAAAGCTCCATT*CAGCTGATTTGTCTTAACTCGGGGAATGACTACAGAA
ATAACCGGCATTGTTGGCCTGTATTTGGCAATCAACCTGGCTGCTCTTCCAGAAGGGGTA
AAGCATATAATGACTGATGCCTTAACCTTGATTGCTGCCCTTACAGCTGAAGAAGCAATA
GATTCGAGGTGACTCATCGGCTCTCCAACATACTTGACAGTCTTCTTGAAGTACAAATAT
TGATTGAAAACCTTCTCTGCCTCGGCACAGATCCTTCCGACAGTTGATATGGTCTCGACA
GGATACAGACCGCGAAGGGTCTCAGCACCGAGAAGAATTGCATCACTTCCATCTAAAACA
GCATTAGCAACATCCGTTGCCTCAGCACGAGTTGGTCGTAAGTTATCAGTCATACTATCA
ACAACACGGGTAAGAACGGCTGGCTTTCCAGCCATGTTGCACTTGTAAAGAGCCGCCTTT
TGAAACAAAAACACCTTCTCCGGGGGTAGATCAATACCCAAGTTCACACGAGAAAGAATA
ATTCCATCAGCTTCTTGTAGAATCTCATCAAAGTGGGTTAGTCCCTCAACATTCTCAATC
TTGGCAAATATTTGCGTTTGAGAGAGGTCGCCCAACTTTTTAAGCATTTCTCGTGTCTGG
CGAACATCCTCTGCATGTCGACAATAGGACAATGAGAGAAAATCGATTTTGTTTTGC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 2 6

CO CL1414Contig1 768 2 11 U
GCCTTAATAAACTCTTTTTATTCATCTCAGCAATTAATAATTTATCCGAATATCCGAGAG
ATTTTTTATTTGGAATTTTTAAAATTACATTTTTTTCAATAATACATAAAATTTATTCGT
CGGTACAGATGGCAGGACAAGTAGGGTTGCAAATCGGCGACGGACAGTCTATCTTCTGGA
ATGCACTCCGGCCGTAAAACCAGTTTCCTACCGCTACGGAAATTTTCGTGTTGGCGACTT
GGGGACCTTTGGCGCCGGACCAAGAGGCGGCGCTTCCACCTTGGCAATGAGCGTGACACG
AGTCCAAGAACAATCCTCTCGACGGAGTACTGTGGACCGGAGACAAAGCACGCATCATCT
CATCTCTAAACCCTTGGACGGTTTTGAGCTGAGCGGCCGAACATTTCTTGAGATCGAGCT
TGCAGTTCGCCCACTCTTTGCGCTTATCTACTCCCGTCGGAGCCAAAACGTTCTTGATCT
GACAGGAGTCGAATGCAGCGTTAATGACAAAGAGCGGTGTTCGCATGGAAGGGACGACGT
ATTGCGGGAAGAAACAGAGTTCGGGTTTCATTTTTGAGGTACATGAAAGAGGAAGACTCT
TTGCAGATCCGTGGAGTGCAACAACTTTACTGTAGTAAGATTGTATGTATGATCCTCCTG
AGATATCTTTACCGTGGATGAAGTAACCGGCGTCCGAAACACATTTGACTCTAGCTGTCC
GGGGAAGTATGGAGCGGAAAGTGTCACAATGTAGAATTGCCGCCAATG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CN28JQ U 1
AF RR3GU52JQ U 1
BS 1 95 RR3CN28JQ
BS 96 96 RR3GU52JQ
BS 97 125 RR3CN28JQ
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BS 127 336 RR3CN28JQ
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BS 351 568 RR3CN28JQ
BS 569 569 RR3GU52JQ
BS 570 768 RR3CN28JQ

RD RR3CN28JQ 768 0 0
GCCTTAATAAACTCTTTTTATTCATCTCAGCAATTAATAATTTATCCGAATATCCGAGAG
ATTTTTTATTTGGAATTTTTAAAATTACATTTTTT*CAATAATACATAAAATTTATTCGT
CGGTAGAGATGGCAGGACAAGTAGGGTTGCAAATCGGCGACGGACAGTCTATCTTCTGGA
ATGCACTCCGGCCGTAAAACCAGTTTCCTACCGCTACGGAAATTTTCGTGTTGGCGACTT
GGGGACCTTTGGCGCCGGACCAAGAGGCGGCGCTTCCACCTTGGCAATGAGCGTGACACG
AGTCCAAGAACAATCCTCTCGACGGAGTACTGTGGATCGGAGACAAAGCTCGCATCATCT
CATCTCTAAACCCTTGGACGGTTTTGAGCTGAGCGGCCGAACATTTCTTGAGATCGAGCT
TGCAGTTCGCCCACTCTTTGCGCTTATCTACTCCCGTCGGAGCCAAAACGTTCTTGATCT
GACAGGAGTCGAATGCAGCGTTAATGACAAAGAGCGGTGTTCGCATGGAAGGGACGACGT
ATTGCGGGAAGAAACAGAGTTCGGGTTTTATTTTTGAGGTACATGAAAGAGGAAGACTCT
TTGCAGATCCGTGGAGTGCAACAACTTTACTGTAGTAAGATTGTATGTATGATCCTCCTG
AGATATCTTTACCGTGGATGAAGTAACCGGCGTCCGAAACACATTTGACTCTAGCTGTCC
GGGGAAGTATGGAGCGGAAAGTGTCACAATGTAGAATTGCCGCCAATG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3GU52JQ 751 0 0
GT
CTTAATAAACTCTTTTTATTCATCTCAGCAATTAATAATTTATCCGAATATCCGAGAGAT
TTTTTATTTGGAATTTTTAAAATTACATTTTTTTCAATAATACATAAAATTTATTCGTCG
GTACAGATGGCAGGACAAGTAGGGTTGCAAATCGGCGACGGACAGTCTATCTTCTGGAAT
GCACTCCGGCCGTAAAACCAGTTTCCTACCGCTACGGAAATTTTCGTGTTGGCGACTTGG
GGACCTTTGGCGCCGGACCAAGAGGCGGCGCTTCCACCTTGGCAATGAGCGTGACACGAG
TCCAAGAACAATCCTCTCGACGGAGTACTGTGGACCGGAGACAATGCACGCATCATCTGA
TCTCTAAACCCTTGGACGGTTTTGAGCTGCGCGGCCGAACATTTCTTGAGATCGAGCTTG
CAGTTCGCCCACTCTTTGCGCTTATCTACTCCCGTCGGAGCCAAAACGTTCTTGATCTGC
CAGGAGTCGAATGCAGCGTTAATGACAAAGAGCGGTGTTCGCATGGAAGGGACGACGTAT
TGCGGGAAGAAACAGAGTTCGGGTTTCATTTTTGAGGTACATGAAAGAGGAAGACTCTTT
GCAGATCCGTGGAGTGCAACAACTTTACTGTAGTAGGATTGTATGTATGATCCTCCTGAG
ATATCTTTACCGTGGATGAAGTAACCGGCGTCCGAAACACATTTGACTCTAGCTGTCCGG
GGAAGTATGGCGCGGAAAGTGTCACAATG

QA 3 751 3 751
DS 



CO CL1414Contig2 1094 4 25 U
GGCTCTCTATCCATTTGATAGACTCGCCACAAAAAATCAGTTTCTCTCTCTCTAAGCAAA
GAAAAACTGAAGGAACTCCATTCTCACAAGAATGGGGAAGCTTAAGCAATGCTGGTCGAG
TGTGCTAGTGTTGGCAATAGTGGTGATCGGAACAGGAGCCGTTCCCATAACTTATCTACA
AAGCGCCGTAGCTAAAGGAGCCGTGTGTTTGGATGGGAGTGCACCAGCCTACCATTTCGA
CAAAGGGTTTGGTTCGGGAGTTAACAACTGGATTGTTCACATGGAGGGAGGAGGATGGTG
TACCGATGTGGCTTCATGTATTAAGCGTAAGGGTACAATGAAGGGTTCGTCCAAATTCAT
GAACAAAGACTTTGGTTTCTCCGGTATCTTGGGTGGCAAGCAAAACACTAACCCAGATTT
TTACAATTGGAATAGAATCAAAGTACGTTATTGTGACGGATCATCTTTCACCGGCAATGT
AGAAGCTGTTAATCCGGCGAATAAGCTGTTCTTCCGCGGTGCACGAGTTTGGCGTGCGGT
GATCGATGATCTCATGGCTAAAGGAATGAAAAACGCTCAAAATGCGATACTCTCGGGTTG
TTCAGCCGGAGCATTGGCGGCAATTCTACATTGTGACACTTTCCGCGCCATACTTCCCCG
GACAGCTAGAGTCAAATGTGTTTCGGACGCCGGTTACTTCATCCACGGTAAAGATATCTC
AGAAGGATCATACATACAATCCTACTACAGTAAAGTTGTTGCACTCCACGGATCTGCAAA
GAGTCTTCCTCTTTCATGTACCTCAAAAATAAAACCCGAACTCTGTTTCTTCCCGCAATA
CGTCGTCCCTTCCATGCGAACACCGCTCTTTGTCATTAACGCTGCATTCGACTCCTGGCA
GATCAAGAACGTTTTGGCTCCGACGGGAGTAGATAAGCGCAAAGAGTGGGCGAACTGCAA
GCTCGATCTCAAGAAATGTTCGGCCGCGCAGCTCAAAACCGTCCAAAGGGTTTAGAGATC
AGATGATGCGAGCATTGTCTCCGATCCACAGTACTCCGTCGAGAGGATGTCTTGGACTCG
TGTCACGCTCATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3CN28TF U 335
AF RR3GU52TF U 344
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BS 999 1006 RR3CN28TF
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BS 1020 1020 RR3GU52TF
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BS 1060 1094 RR3GU52TF

RD RR3EQ09TF 749 0 0
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GAAAAACTGAAGGAACTCCATTCTCACAAGAATGGGGAAGCTTAAGCAATGCTGGTCGAG
TGTGCTAGTGTTGGCAATAGTGGTGATCGGAACAGGAGCCGTTCCCATAGCTTATCTACA
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CAAAGGGTTTGTTTCGGGAGTTAACAACTGGATTGTTCACATGGAGGGAGGAGGATGGTG
TACCGATGTGGCTTCATGTATTAAGCGTAAGGGTACAATGAAGGGTTCGTCCAAATTCAT
GAACAAAGACTTTGGTTTCTCCGGTATCTTGGGTGGCAAGCAAAACACTAACCCAGATTT
TTACAATTGGAATAGAATCAAAGTACGTTATTGTGACGGATCATCTTTCACCGGCAATGT
AGAAGCTGTTAATCCGGCGAATAAGCTGTTCTTCCGCGGTGCACGAGTTTGGCGTGCGGT
GATCGATGATCTCATGGCTAAAGGAATGAAAAACGCTCAAAATGCGATACTCTCGGGTTG
TTCAGCCGGAGCATTGGCGGCAATTCTACATTGTGACACTTTCCGCGCCATACTTCCCCG
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AGA**GATCATACATACA*TCCTACT
ACA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3BS43TF 737 0 0
GGAT
TTTGATAGACTCGCCACAAAAAATCAGTTTCTCTCTCTCTAAGCAAAGAAAAACTGAAGG
AACTCCATTCTCACAAGAATGGGGAAGCTTAAGCAATGTTGGTCGAGTGTGCTAGTGTTG
GCAATAGTGGTGATCGGAACAGGAGCCGTTCCCATAACTTATCTACAAAGCGCCGTAGCT
AAAGGAGCCGTGTGTTTGGATGGGAGTGCACCAGCCTACCATTTCGACAAAGGGTTTGGT
TCGGGAGTTAACAACTGGATTGTTCACATGGAGGGAGGAGGATGGTGTACCGATGTGGCT
*CATGTATTAAGCGTAAGGGTACAATGAAGGGTTCGTCCAAATTCATGAACAAAGACTTT
GGTTTCTCCGGTATCTTGGGTGGCAAGCAAAACACTAACCCAGATTTTTACAATTGGAAT
AGAATCAAAGTACGTTATTGTGACGGATCATCTTTCACCGGCAATGTAGAAGCTGTTAAT
CCGGCGAATAAGCTGTTCTTCCGCGGTGCACGAGTTTGGCGTGCGGTGATCGATGATCTC
ATGGCTAAAGGAATGAAAAACGCTCAAAATGCGATACTCTCGGGTTGTTCAGCCGGAGCA
TTGGCGGCAATTCTACATTGTGACACTTTCCGCGCCATACTTCCCCGGACAGCTAGAGTC
AAATGTGTTTCGGACGCCGGT*ACTTCATCCACGGTAAAGATATCTCAGA**GATCATAC
ATACA*TCCTACT

QA 5 737 5 737
DS 

RD RR3CN28TF 725 0 0
ACAATGAAGGGTTCGTCCAAATTCATGAACAAAGACTTTGGTTTCTCCGGTATCTTGGGT
GGCAAGCAAAACACTAACCCAGATTTTTACAATTGGAATAGAATCAAAGTACGTTATTGT
GACGGATCATCTTTCACCGGCAATGTAGAAGCTGTTAATTCGGCGAATAAGCTGTTCTTC
CGCGGTGCACGAGTTTGGCGTGCGGTGATCGATGATCTCATGGCTAAAGGAATGAAAAAC
GCTCAAAATGCGATACTCTCGGGTTGTTCAGCCGGAGCATTGGCGGCAATTCTACATTGT
GACACTTTCCGCTCCATACTTCCCCGGACAGCTAGAGTCAAATGTGTTTCGGACGCCGGT
TACTTCATCCACGGTAAAGATATCTCAGGAGGATCATACATACAATCTTACTACAGTAAA
GTTGTTGCACTCCACGGATCTGCAAAGAGTCTTCCTCTTTCATGTACCTCAAAAATAAAA
CCCGAACTCTGTTTCTTCCCGCAATACGTCGTCCCTTCCATGCGAACACCGCTCTTTGTC
ATTAACGCTGCATTCGACTCCTGTCAGATCAAGAACGTTTTGGCTCCGACGGGAGTAGAT
AAGCGCAAAGAGTGGGCGAACTGCAAGCTCGATCTCAAGAAATGTTCGGCCGCTCAGCTC
AAA*CCGTCCAA*GGGTTTAGAGATGAGATGATGCGAGCTTTGTCTCCGATCCACAGTAC
TCCGT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3GU52TF 751 0 0
GGTTCGTCCAAATTCATGAACAAAGACTTTGGTTTCTCCGGTATCTTGGGTGGCAAGCAA
AACACTAACCCAGATTTTTACAATTGGAATAGAATCAAAGTACGTTATTGTGACGGATCA
TCTTTCACCGGCAATGTAGAAGCTGTTAATCCGGCGAATAAGCTGTTCTTCCGCGGTGCG
CGAGTTTGGCGTGCGGCGATCGATGATCTCATGGCTAAAGGAATGAAAAACGCTCAAAAT
GCGATACTCTCGGGTTGTTCAGCCGGAGCATTGGCGGCAATTCTACATTGTGACACTTTC
CGCGCCATACTTCCCCGGACAGCTAGAGTCAAATGTGTTTCGGACGCCGGTTACTTCATC
CACGGTAAAGATATCTCAGGAGGATCATACATACAATCCTACTACAGTAAAGTTGTTGCA
CTCCACGGATCTGCAAAGAGTCTTCCTCTTTCATGTACCTCAAAAATGAAACCCGAACTC
TGTTTCTTCCCGCAATACGTCGTCCCTTCCATGCGAACACCGCTCTTTGTCATTAACGCT
GCATTCGACTCCTGGCAGATCAAGAACGTTTTGGCTCCGACGGGAGTAGATAAGCGCAAA
GAGTGGGCGAACTGCAAGCTCGATCTCAAGAAATGTTCGGCCGCGCAGCTCAAAACCGTC
CAAAGGGTTTAGAGATCAGATGATGCGTGCATTGTCTCCG*TCCACAGTACTCCGTCGAG
AGGATGTCTTGGACTCGTGTCACGCTCATTG

QA 1 751 1 751
DS 



AS 2 5

CO CL1415Contig1 771 2 23 U
TCATTTCTGAAACCATGAACCACATTAACTGATTCTTGTGGTTTCTTTTAATGTTGGTTT
CTAATTTTCTTTTAAGAAAAATCTTGGATATATTAACGAGTTCAAGTTTGCTCAAGTTAT
ACATAGTGTACAATGACTTAAAACTTGTTGTCACGCTCTATGCTCATAGCTTGAGTTTGC
TTAGATTGATCCGCTCGACAGGATACGTATATGCCTCACAGTTGATTTGCTGCCCTAGAC
CACTTAGCTTTGTCAATGCAGTTATCAGATCAACCTCGTAATCTGTCTGAAATACAGTTT
CACGGCTACGTTGGTACTTCTGAACCCATGGTGCAACTTGCGGGTAGCTAGCTAAGAGCT
CTTCTGTTGCGGCTTGATCAGGACCCAAGAATGCAGACATTACAGCTAACTGACGAGGAC
CCAATCCAATGGAAATGAACTTATCTTTCATCTCTTGCACAGTTGCTTTTCCCCATAATG
GGATCCTACCTTCTGGATCAGCCTCTGTTGCATCACTCCTTCCAAATTGTCTATCAAACA
AAGCCCACTGACCACTTGAACCATATGCTGTGTAGAGTAAGTTCCCTTTCTCTTCATTTC
CACCGCATTTACGTATTGCTGATGCTAAAAATGTTGCCTTCACCGCTGATTGCCCTGCGA
GTCGAATGAGATCTGCATATGAAATAGGTCCACCCTTTGAGAACGAGTCAATCTCCTTCT
TGGCTTCCTCTATGAGAGCTAACCCATCAGAAAGCCCAGCGTTCTCTGCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H514JQ U 73
AF RR3CS49JQB U 1
BS 1 96 RR3CS49JQB
BS 97 97 RR3H514JQ
BS 98 129 RR3CS49JQB
BS 130 130 RR3H514JQ
BS 131 132 RR3CS49JQB
BS 133 133 RR3H514JQ
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BS 309 345 RR3CS49JQB
BS 346 346 RR3H514JQ
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BS 360 423 RR3CS49JQB
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BS 439 523 RR3CS49JQB
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BS 533 533 RR3H514JQ
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RD RR3H514JQ 517 0 0
CG
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GACTTAAAACTTGTTGTCACGCT*TATGCTCATAGCTTGAGTTTGCTTAGATTGATCCGC
TCGACAGGATATGTATATGCCTCACAGTTGATTTGCTGCCCTAGACCACTTAGCTTTGTC
AATGCAGTTATCAGATCAACCTCGTAATCTGTCTGAAATACAGTTTCACGGCTACGTTGG
TACTTCTGAACCCATGGTGCAACTTGCGGGTAGCTAGCTAAGAGCTCTTCTGTTGCGGCT
TGATCAGGACCCAAGAATGCAGACATTACAGCTAACTGACGAGGACCCAATCCAATGGCA
ATGAACTTATCTTTCATCTCTTGCACAGTTGCTTTTCCCCATAATGGGATCCTCCCTTCT
GGATCAGCCTCTGTTGCATCACTCCTTCCAAATTGTCTATCAAACAAAGCCCACTGACCA
CTTGAACCATATGCTGTGTAGAGTAAGTTCCCTTT

QA 3 517 3 517
DS 

RD RR3CS49JQB 771 0 0
TCATTTCTGAAACCATGAACCACATTAACTGATTCTTGTGGTTTCTTTTAATGTTGGTTT
CTAATTTTCTTTTAAGAAAAATCTTGGATATATTAATGAGTTCAAGTTTGCTCAAGTTAT
ACATAGTGTGCACTGACTTAAAACTTGTTGTCACGCTCTATGCTCATAGCTTGAGTTTGC
TTAGATTGATCCGCTCGACAGGATACGTATATGCCTCATAGTTGATTTGCTGCCCTAGAC
CACTTAGCTTTGTCAATGCAGTTATCAGATCAACCTCGTAATCTGTCTGAAATACAGTTT
CACGGCTTCGTTGGTACTTCTGAACCCATGGTGCAACTTGCGGGTCGCTAGCTAAGAGTT
CTTCTGTTGCGGCTTGATCAGGACCCAAGAATGCAGACATTACAGCTAACTGACGAGGAC
CCAGTCCAATGGAAATGGACTTATCTTTCATCTCTTGCACAGTTGCTTTTCCCCATAATG
GGATCCTACCTTCTGGATCAGCCTCTGTTGCATCACTCCTTCCGAATTGTCTGTCAAACA
AAGCCCACTGACCACTTGAACCATATGCTGTGTAGAGTAAGTTCCCTTTCTCTTCATTTC
CACCGCATTTACGTATTGCTGATGCTAAAAATGTTGCCTTCACCGCTGATTGCCCTGCGA
GTCGAATGAGATCTGCATATGAAATAGGTCCACCCTTTGAGAACGAGTCAATCTCCTTCT
TGGCTTCCTCTATGAGAGCTAACCCATCAGAAAGCCCAGCGTTCTCTGCTC

QA 1 771 1 771
DS 



CO CL1415Contig2 785 3 9 U
GGCTCTCTCTCTCACACATCAGAAACAAGAAATGGGAGGAGTTTCTTTCCTCTCCACTGT
TCCCTCCTTCACCAACATCAACAATCGTCAACATCTCACACTCTCTTCTTCTCATCGCTC
TGTTCTCATTCGATGTTGCAAGATCGATCCTCAAGTTTCCGACAACACTTTATCATTTCA
CCGGCGGGATGTTCTAAAACTCGCTGGCACTGCCCTCGGAATGGAACTAACAGGTAACGG
CTTCATTAACCATGTGGGCGATGCAAAAGCTGCTGATTTGAATCAGCGCAGGCAGCGATC
CGAGTTTCAATCAAAGATCAAGCTTTCACTTTCCAAAGCGGTTAAGGCTAAACCGGAGCT
TGTACCTTCTTTACTAACTCTAGCTCTTAATGATGCTATGACTTATGATAAGGCTACAAA
ATCCGGTGGAGCCAATGGATCCATACGGTTCAGCTCTGAGATAAGCAGAGCAGAGAACGC
TGGGCTTTCTGATGGGTTAGCTCTCATAGAGGAAGCCAAGAAGGAGATTGACTCGTTCTC
AAAGGGTGGACCTATTTCATATGCAGATCTCATTCAACTCGCAGGGCAATCAGCGGTGAA
GGCAACATTTTTAGCATCAGCAATACGTAAATGCGGTGGAAATGAAGAGAAAGGGAACTT
ACTCTACACAGCATATGGTTCAAGTGGTCAGTGGGCTTTGTTTGATAGACAATTTGGAAC
GAGTGATGCAACAGAGCTGATCCAGAAGGAGGATCCCATTATGGGGAAAGCACTGTGCAG
AGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3EY63TF U 10
AF RR3EX32TF U 14
AF RR3H514TF U 1
BS 1 195 RR3H514TF
BS 196 196 RR3EY63TF
BS 197 204 RR3H514TF
BS 205 205 RR3EY63TF
BS 206 419 RR3H514TF
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BS 497 497 RR3EY63TF
BS 498 785 RR3H514TF

RD RR3EY63TF 574 0 0
GGACAC
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CATCAACAATCGTCAACATCTCACACTCTCTTCTTCTCATCGCTCTGTTCTCATTCGATG
TTGCAAGATCGATCCTCAAGTTTCCGACAACACTTTATCATTTCACCGGCGGGATGTTCT
AAAACTCGCTGGCACTGCCCTCGGAATGGAACTAACAGGTAACGGCTTCATTAACCATGT
GGGCGATGCAAAAGCTGCTGATTTGAATCAGCGCAGGCAGCGATCCGAGTTTCAATCAAA
GATCAAGCTTTCACTTTCCAAAGCGGTTAAGGCTAAACCGGAGCTTGTACCTTCTTTACT
AACTCTAGCTCTTAATGATGCTATGACTTATGATAAGGCTACAAAATCCGGTGGAGCCAA
TGGATCCATACGGTTCAGCTCTGAGATAAGCAGAGCAGAGAACGCTGGGCTTTCTGATGG
GTTAGCTCTCATAGAGGAAGCCAAGAAGGAGATTGACTCGTTCTCAAAGGGTGGACCTAT
TTCATATGCAGATCTCATTC
AACTGGCA

QA 7 566 7 566
DS 

RD RR3EX32TF 699 0 0
GG
ACATCAGAGACAAGAAATGGGAGGAGTTTCTTTCCTCTCCACTGTTCCCTCCTTCACCAA
CATCAACAATCGTCAACATCTCACACTCTCTTCTTCTCATCGCTCTGTTCTCATTCGATG
TTGCAAGATCGATCCTCAAGTTTCCGACAACACTTTATCATTTCACCGGCGGGATGTTCT
AAAACTCGCTGGCACTGCCCTCGGAATGGAACTAACAGGTAACGGCTTCATTAACCATGT
GGGCGATGCAAAAGCTGCTGATTTGAATCAGCGCAGGCAGCGATCCGAGTTTCAATCAAA
GATCAAGCTTTCACTTTCCAAAGCGGTTAAGGCTAAACCGGAGCTTGTACCTTCTTTACT
AACTCTAGCTCTTAATGATGCTATGACTTATGATAAGGCTACAAAATCCGGTGGAGCCAA
TGGATCCATACGGTTCAGCTCTGAGATAAGCAGAGCAGAGAACGCTGGGCTTTCTGATGG
GTTAGCTCTCATAGAGGAAGCCATGAAGGAGATTGACTCGTTCTCAAAGGGTGGACCTAT
TTCATATGCAGATCTCATTCAACTGGCAGGGCAATCAGCTGTGAAGGCTACATTTTTAGC
TTCAGCAATACGTAAATGCGGTGGAAATGAAGAGAAAGGGAACTTACTCTACACAGCATA
TGGTTCAAGTGGTCAGTGGGCTTTGTTTGATAGACAA

QA 3 699 3 699
DS 

RD RR3H514TF 785 0 0
GGCTCTCTCTCTCACACATCAGAAACAAGAAATGGGAGGAGTTTCTTTCCTCTCCACTGT
TCCCTCCTTCACCAACATCAACAATCGTCAACATCTCACACTCTCTTCTTCTCATCGCTC
TGTTCTCATTCGATGTTGCAAGATCGATCCTCAAGTTTCCGACAACACTTTATCATTTCA
CCGGCGGGATGTTCTCAAACTCGCCGGCACTGCCCTCGGAATGGAACTAACAGGTAACGG
CTTCATTAACCATGTGGGCGATGCAAAAGCTGCTGATTTGAATCAGCGCAGGCAGCGATC
CGAGTTTCAATCAAAGATCAAGCTTTCACTTTCCAAAGCGGTTAAGGCTAAACCGGAGCT
TGTACCTTCTTTACTAACTCTAGCTCTTAATGATGCTATGACTTATGATAAGGCTACAAG
ATCCGGTGGAGCCAATGGATCCATACGGTTCAGCTCTGAGATAAGCAGAGCAGAGAACGC
TGGGCTTTCTGATGGGCTAGCTCTCATAGAGGAAGCCAAGAAGGAGATTGACTCGTTCTC
AAAGGGTGGACCTATTTCATATGCAGATCTCATTCAACTCGCAGGGCAATCAGCGGTGAA
GGCAACATTTTTAGCATCAGCAATACGTAAATGCGGTGGAAATGAAGAGAAAGGGAACTT
ACTCTACACAGCATATGGTTCAAGTGGTCAGTGGGCTTTGTTTGATAGACAATTTGGAAC
GAGTGATGCAACAGAGCTGATCCAGAAGGAGGATCCCATTATGGGGAAAGCACTGTGCAG
AGATG

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 5

CO CL1416Contig1 1345 5 12 U
GTCTCCCTGTCCCGAACTTCGAGGCGCCGCACTAGAGAAGATGGTCTTTGACGCCGGCGG
CGGCCTAGGTCGCCGGCGTCACCGCTTTTCCTCGTCTTGCTCGGTTCTCCTCGTCAGCTG
TGTTCTTGTGATGTTCTCTGTTTCGATTCCGGTGGCTCCTCCGCCGGAGATACCACGCTC
GGCATCAAGTTCGTGGTTGAAGCCCACCATCTCGTCCACCGTTCGCTTATCCTCTCACGA
TCGTTGCTTCCACTGCGTCAATCAAGGTCGAGCCTTTGTTGTCGCCTCCCCTGCTCAACC
CGCCTCCCCGCATCCTGTGTTTGTCACCACCTCCCGCCGCCGTCACCGTCCAGATCCATC
TCCAGCTCCTCTGACTGCCGTAGCTCCACCACCGCGAGTCTATATCTCTCCTCACCTAGG
AAGATTTTTCATCAGCCGTGTGCTTGCTCCTCCGCTGTTCTGTATCACCGCTTTACCTAA
CCGAAAGGAAGCTCCGAGAATCCTTCTCGTATGGAGACACGACTGTTCTAATGGGGTTAA
ACCTCCACCAACTGAAGCGCTACGTCCCCCACCCAATGATGGCTCACGCCCACTCAATTT
GATTGTAGTTGTTGATTGGTTGCTCAGATGTAGGCCAGTAACATCTTGTTGGTCTCGGTA
CGGTAATGCCGAGGTCCTAAGTGTTTAACTGATTTCAACGTCCGCTCCGTCACCTAGCTC
TTGGTGGTATCCGTCACCCGACTATTTCAAAGCCCCCTGCCTCTTATCCGATGCTTACTC
ACACACGCTCAACATAAACGAGTACGTTGACAGTTTGCTCAAGTTTCTTCCGGTTACAAG
TTGGCCTAGACACGGTAATGTCAAAGTCCGAGCTTCTGACCCGATCAAACCGTATGCTTC
GTCACCAAACTCCATTATCCTAAGCGCTTCGAAAGTGAAGCTAGAGTTGGAAATTCACCT
AGTCTCTTTGGTAAGTATTGTGGATGTTAGAGCTGTTCATCTGCGTTTCAATGATAAACC
CAGGCTTTCAAGGCCTTTTGATACTATTGCGGTTGAGAAGGACTCTCCCGTACCCCCTTC
CCAAACTCTCATGTTTGAGTTTATTAACGTCGATTCCGACAATCTCAAGCTTGTTAACTC
AAGCGTTTTAGGAAAACAAGTGAAGAATCATTTCTACGGGTTCCTTCTCTTTGAGCAAGT
CTCTTCCTTTAACATGTCTATCTTATGTCTTTTGTACTGCATTTTGTTCATT**ACCGTC
GAGACTAGCTGCTCCGGTTGTTATCATCTTATCAGTTCTACTTGTACTCGTTTAGCCATT
TGGCCTTTAATATAAGTTCAGTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FQ61TF U 1
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AF RR3FQ61JQ C 565
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AF RR3GM80TF U 1029
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BS 704 746 RR3FQ61TF
BS 747 1010 RR3EJ68TF
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CG*TAATGCCGAGGTCCTAAGTGTTTAACTGATTTCA*CGTC*GCTCCGTCACCTAGCTC
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G
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ACCCAATGATGGCTCACGCCCACTCAATTTGATTGTAGTTGTTGATTGGTTGCTCAGATG
TAGGCCAGTAACATCTTGTTGGTCTCGGTACGGTAATGCCGAGGTCCTAAGTGTTGAACT
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AGCCCCCTGCCTCTTATCCGATGCTTACTCACACACGCTCAACATAAACGAGTACGTTGA
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AGCTGTTCATCTGCGTTTCA*TGATAAACCCAGGCTT

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AGTCCGAGCTTCTGACCCGATCAAACCGTATGTTTCGTCACCAAACTCCATTATCCTAAG
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G
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G
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CATGTTTGAGTTTATTAACGTCGATTCCGACAATCTCAAGCTTGTTAACTCAAGCGTTTT
AGGAAAACAAGTGAAGAATCATTTCTACGGGTTCCTTCTCTTTGAGCAAGTCTCTTCCTT
TAACATGTCTATCTTATGTCTTTTGTACTGCATTTTGTTCATT**ACCGTCGAGACTAGC
TGCTCCGGTTGTTATCATCTTATCAGTTCTACTTGTACTCGTTTAGCCATTTGGCCTTTA
ATATAAGTTCAGTGAC

QA 2 317 2 317
DS 



AS 1 6

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CTCGCTCACCGTCGTATTCTTCCTCTCTTCTCGCCGCCGTCTTCTCCTCCCGTCGTCTTC
TTCTCTCGCCGTCGTCGTTGTCTCCCCTCTCACCGTCACCACCACCATCGTCCCTCACCC
AGTTCTCTCTCTCACCGTTCTTCGTCTCGGGAGAAAGTTTCAAAAACTCAGATCTGAACT
CCAACACTCACTAGTCACCCTGAGTCTTTTCTCCCATTTGATTTTCCCACATCGGAAACT
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CCACCATCTCAAGATAATGAATCAGCGTCCCCAACTTCAATACTATCCACCATCTGAACC
ATCCATTATCCGGATATGCTTGAAGTGGGTATTGGAGCGATGACTAAAGACGAGTACATA
GTCCATTTCAGCATATGGGCGATCTCTAAGGCTCCTCTTCTACTTGGCTTTGACATAAGA
AACATGACCAAAGAGACTATGGAGATTGTGGCAAACAAGGAGGTCATTGCTATTAATCAA
GATCCACACGGTGTTCAAGCCAAGAAAGCTAAAATGGAAGGTGATATCCATGTTTGGGCA
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ATAAGTTCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FR71TF U 1
AF RR3FR32TF U 19
AF RR3B694TF U 67
AF RR3B694JQ C 265
AF RR3FR71JQ C 594
AF RR3FR32JQ C 522
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BS 739 755 RR3FR32TF
BS 756 792 RR3B694TF
BS 793 793 RR3B694JQ
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BS 869 941 RR3B694JQ
BS 942 942 RR3FR71JQ
BS 943 1089 RR3FR32JQ

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CTCGCTCACCGTCGTATTCTTCCTCTCTTCTCGCCGCCGTCTTCTCCTCCCGTCGTCTTC
TTCTCTCGCCGTCGTCGTTGTCTCCCCTCTCACCGTCACCACCACCATCGTCCCTCACCC
AGTTCTCTCTCTCACCGTTCTTCGTCTCGGGAGAAAGTTTCAAAAACTCAGATCTGAACT
CCAACACTCACTAGTCACCCTGAGTCTTTTCTCCCATTTGATTTTCCCACATCGGAAACT
TCCTCAGGACATTCTTTTACTGGATTTTGATAATTAATGGCGAATTCCCGTCAATATTAT
CCACCATCTCAAGATAATGAATCAGCGTCCCCAACTTCAATACTATCCACCATCTGAACC
ATCCATTATCCGGATATGCTTGAAGTGGGTATTGGAGCGATGACTAAAGACGAGTACATA
GTCCATTTCAGCATATGGGCGATCTCTAAGGCTCCTCTTCTACTTGGCTTTGACATAAGA
AACATGACCAAAGAGACTATGGAGATTGTGGCAAA

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DS 

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GG
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TCCTCTCTTCTCGCCGCCGTCTTCTCCTCCCGTCGTCTTCTTCTCTCGCCGTCGTCGTTG
TCTCCCCTCTCACCGTCACCACCACCATCGTCCCTCACCCAGTTCTCTCTCTCACCGTTC
TTCGTCTCGGGAGAAAGTTTCAAAAACTCAGATCTGAACTCCAACACTCACTAGTCACCC
TGAGTCTTTTCTCCCATTTGATTTTCCCACATCGGAAACTTCCTCGGGACATTCTTTTAC
TGGATTTTGATAATTAATGGCGAATTCCCGTCAATATTATCCACCATCTCAAGATAATGA
ATCAGCGTCCTCAACTTCAATACTATCCACCATCTTAACCATCCATTATCCGGATATGCT
TGAAGTGGGTATTGGAGCGATGACTAAAGACGAGTACATAGTCCATTTCAGCATATGGGC
GATCTCTAAGGCTCCTCTTCTACTTGGCTTTGACATAAGAAACATGACCAAAGAGACTAT
GGAGATTGTGGCAAACAAGGAGGTCATTGCTATTAATCAAGATCCACACGGCGTTCAAGC
CAAGAAAGCTAAAATGGAAGGTGATATCCATGTTTGGGCAGGACCATTGTCAG*TTACAG
GGGTAGCTTTGCTTCTGTTGAACCGTGGACCAAAACGATCTGACATTACTGCCTTT**GG
ATGATATTGAGATTC
T

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DS 

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G
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GCCGTCGTCGTTGTCTCCCCTCTCACCGTCACCACCACCATCGTCCCTCACCCAGTTCTC
TCTCTCACCGTTCTTCGTCTCGGGAGAAAGTTTCAAAAACTCAGATCTGAACTCCAACAC
TCACTAGTCACCCTGAGTCTTTTCTCCCATTTGATTTTCCCACATCGGAAACTTCCTCAG
GACATTCTTTTACTGGATTTTGATAATTAATGGCGAATTCCCGTCAATATTATCCACCAT
CTCAAGATAATGAATCAGCGTCCCCAACTTCAATACTATCCACCATCTGAACCATCCATT
ATCCGGATATGCTTGAAGTGGGTATTGGAGCGATGACTAAAGACGAGTACATAGTCCATT
TCAGCATATGGGCGATCTCTAAGGCTCCTCTTCTACTTGGCTTTGACATAAGAAACATGA
CCAAAGAGACTATGGAGATTGTGGCAAACAAGGAGGTCATTGCTATTAATCAAGATCCAC
ACGGTGTTCAAGCCAAGAAAGCTAAAATGGAAGGTGATATCCATGTTTGGGCAGGACCAT
TGTCAGGTTACAGGGGTAGCTTTGCTTCTGTTGAACCGTGGACCAAAACGATCTGACATT
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TTGTTTTCTGATGAATGCATT

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TCTAAGGCTCCTCTTCTACTTGGCTTTGACATAAGAAACATGACCAAAGAGACTATGGAG
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CATTTTTGTTGTTATATGAGAACAGCACAAGACATTGAACCAAAAGTTTGTAGGGAACTT
GACGGCAATGGTTGATT
CTC

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DS 

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AAAATCAAATGTTTTTGTTTTTTGATGAATGCATTTTTGTTGTTATATGAGAACAGCACA
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AGTTGTATGTTCTCGAACCTGTTGCATGATGTAATAACCAATTGTTCTTTTAAAAACAAT
AACTGTTTGTATCAATAAAGTGTTCCACGTTGTGA
C

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DS 

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TTCATGCTTGCAAGTTGCATGTTCTCGAACCTGTTGCATGATGTAATAACCAATTGTTCT
TTTAAAAACAATAACTGTTTGTATCAATAAAGTGTTCCACGTTGTGATAACTGTTTGTAT
CAATACAGTGTTCCACGTTATAAGTTCC

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DS 



AS 1 5

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TTATTGGAATCTGACCCAACAACAGGTAATTTTCGGGAAATGCAAAACGATGCAAGACTC
TCTATAGATCTATATCTCTATTTGAATTATCTATCCATATGCAAGCAAGAGAGGAAAAAA
ACTTTGTTTAATTTTTCTAGTCGAATTTGAACTTCCCGAAAGCAAAAATTCACTTTTTAT
CTTGTTGATAAAGGTTTACTGAGTAGTAAACAAGAATATCGATAAAAAAAGGATTCGAAA
GAAAAATGAATTTTTCAGGGTTTTCGTTTAATTCTGATAAACTAACTGTTCTATTTGATT
TCATTTTTGTTCAAAGGAAAAAAAGCATGGAGCTGAAATAACTCACTCACAACACCTTTT
AAAAGATTACGTGGTACAATTGCATCCAATAAGCCCTTACGTAATAAAGATTCAGCTGCT
TGTGAACCTTCAGGCACGGCTTTTTTCAATGTTTGTTCAATTACTCTTTTACCCGCAAAT
GCAATATAGGCATAGGGTTCGGCAATAATAATATCCCCCAACATGCCAAAACTTGCTGTC
ACCCCACCGGTAGTAGGAGATGTAAGAATTGATATATAGAATAACTTTTTACTTGATTGA
TAATCACATAAAACCGAAGAAATTTTAGCCATTTGCATCAAACTTAAACTTCCTTCTTGC
ATTCGTGCTCCTCCGGAAGAACACACTAAAATAAGAGGTAAACATTGATTGGTAGCATAC
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AAATCCATAACCCCAAGAGCTACGGGAATACCATTTAGTTGACCTGTACCTGTTTGAATA
GCGTCAGTCAACCCTGTCTTTTTTTGAGCAGAGGCAATACGCTTTTTATAAGGTTCCTCC
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TCTTCACAAACATTCATTTCGACTTTCTTATACATTAATCCCCT


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK46JQ U 1
AF RR3DK46TF C 1
AF RR3C031JQ U 6
AF RR3AU64JQ U 1
AF RR3AU64TF C 420
BS 1 74 RR3AU64JQ
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BS 306 843 RR3AU64JQ
BS 844 1124 RR3AU64TF

RD RR3DK46JQ 519 0 0
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C

QA 6 518 6 518
DS 

RD RR3DK46TF 519 0 0
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C

QA 6 518 6 518
DS 

RD RR3C031JQ 748 0 0
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GGAATCTGATCCAACAACAGGTAATTTTCGGGAAATGCAAAACGATGCAAGACTCTCTAT
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TGCTCCTCCGGAAGA*CACACTAAAATA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3AU64JQ 843 0 0
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CTTGTTGATAAAGGTTTACTGAGTAGTAAACAAGAATATCGATAAAAAAAGGTTTCGAAA
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TCATTTTTGTTCAAAGGAAAAAAAGCATGGAGCTGAAATAACTCACTCACAACACCTTTT
AAAAGATTACGTGGTACAATTGCATCCAATAAGCCCTTACGTAATAAAGATTCAGCTGCT
TGTGAACCTTCAGGCACGGCTTTTTTCAATGTTTGTTCAATTACTCTTTTACCCGCAAAT
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ACCCCACCGGTAGTAGGAGATGTAAGAATTGATATATAGAATAACTTTTTACTTGATTGA
TAATCACATAAAACCGAAGAAATTTTAGCCATTTGCATCAAACTTAAACTTCCTTCTTGC
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TCGATCAAACGAGTTATTTTTTCGCCTACTACGGATCCCATACTACCCCCCATAAACTGA
AAA

QA 1 843 1 843
DS 

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TGCAATATAGGCATAGGGTTCGGCAATAATAATATCCCCCAACATGCCAAAACTTGCTGT
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ATAATCACATAAAACCGAAGAAATTTTAGCCATTTGCATCAAACTTAAACTTCCTTCTTG
CATTCGTGCTCCTCCGGAAGAACACACTAAAATAAGAGGTAAACATTGATTGGTAGCATA
CTCGATCAAACGAGTTATTTTTTCGCCTACTACGGATCCCATACTACCCCCCATAAACTG
AAAATCCATAACCCCAAGAGCTACGGGAATACCATTTAGTTGACCTGTACCTGTTTGAAT
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CCTCGAATGAAATTTAATGGGATCCGCAGAGACCATGTCTTCATCCATAGGATTCCAAGT
ACCCGGATCAATCAAAAGCTCAATTCTCTCTGAACTGGTCATTTTCAAATAATGTCCAAA
TTCTTCACAAACATTCATTTCGACTTTCTTATACATTAATCCCCT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 2 6

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AAAACTAGAGAGTTTGACAGTAACAATGAAAAAAACATTCGTAAAACTCAAGAAAACAGT
ATTACCAAAGCAGAAAGATTGAATTAAAGTAGCCACGTTTCCCCGTTTCTCATGGTGTCG
ATTCTACGGTTGAACCACAAACAGAGGAGTGTCGAGGCTAACAGGCTTGCCGTCTTCTGC
AACGATATCCACTACGGTTCCGGTTTGATCAGACTCTATTTCATTCATTAACTTCATGGC
TTCGACGATGCATAAAACTTGCCCCTTCTGCACTTTGTCTCCAACCTTGATAAAAGGTGG
TTCACCAGGTCCTGGACTGCGGTAAAATGTGCCTGCCATGGGACTTTTAACAGTTGGAAG
CAATGATTTCGCTGGACTAGGTGGGGATGATGCGGGCAAAGAAGCTGGAGTAGAAAAAGG
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GTTTGGTTGCTGCATCATAACATAAGGCGCAGGGGCTTGTGCCTGAGGTAAGGCTTCCTT
TTTCCGGATGACAAGTTCACAGTCGAGTTGTTTCAGCTGCAACTCGACAATGTCTCTAGA
ATCCACGAGCTTGACAAGAGTTGTGACTTGGGTCAGGAACTCAGAGATAGACTCCTCTGT
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TCCTGCAGGAGCTGAAGCATTTGATGATGCACCTCCACCAACCTGGTTAGATAGGGCTTT
CACCACAGGGTAGCTACTGCGAGTAGGCTTGGAGAGAAAGCGAAGCTTAGGCTTGGCGGA
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AGAAGAAGACGCCATTCTTCACCTAGATCGGGTTTTAGGGGTCTCTCGATGAAACCAAAG
GGCTCAACAGTTCACTCCAGCTCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FB32JQ U 1
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AF RR3EA15TF C 659
AF RR3F303TF C 659
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CCTTTCCTTCA

QA 1 731 1 731
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DS 

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GTAGCTAAATCAGGTGAAGAAGAGTCA**TGATGAGTTTGTATCCTTTCCTTCAGCTGAG
GGTCCTGCAGGAGCTGAAGCATTTGATGATGCACCTCCACCAACCTGGTTAGATAGGGCT
TTCACCACAGGGTAGCTACTGCGAGTAGGCTTGGAGAGAAAGCGAAGCTTAGGCTTGGCG
GAGGAGAGACGGAAGGAAACTCTGCGAGGGAGACGAGAGCGAGTGGTTGGGAGAGGTAAC
TGCGACGAGGTTTGAGTGGCTCCTCCATAGACGGAAGCAGCCGGAGAGGTGAGGGAGAAG
GAAGAAGAAGACGCCATTCTTCACCTAGATCGGGTTTTAGGGGTCTCTCGATGAAACCAA
AGGGCTCAACAGTTCACTCCAGCTCTAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GATAGATA

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DS 



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GAGCCCTTTGGTTTCATCGAGAGTCCCCTAAAACCCGATCTAGGTGAAGAATCGCGTCTT
CTTCTTCTTCGTTCTCCCTCACCTCTCCGGCTGCTTCCGTCTATGGAGGAGCCACTCAAA
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TCCGGAAAAAGGAAGCCTTACCTCAGGCACAAGCCCCTGCGCCTTATGTTATGATGCAGC
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GTGACACCTTTTA


BQ
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H115TF U 1
AF RR3FB32TF U 1
BS 1 726 RR3FB32TF
BS 727 727 RR3H115TF
BS 728 793 RR3FB32TF

RD RR3H115TF 771 0 0
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GAGCCCTTTGGTTTCATCGAGAGTCCCCTAAAACCCGATCTAGGTGAAGAATGGCGTCTT
CTTCTTCTTCGTTCTCCCTCACCTCTCCGGCTGCTTCCGTCTATGGAGGAGCCACTCAAA
CCTCGTCGCAGTTACCTCTCCCAACCACTCGCTCTCGCCTCCCTCGCAGAGTTTCCTTCC
GTCTCTCCTCCGCCAAGCCTAAGCTTCGCTTTCTCTCCAAGCCTACTCGCAGTAGCTACC
CTGTGGTGAAAGCCCTATCTAACCAGGTTGGTGGAGGTGCATCATCAAATGCTTCAGCTC
CTGCAGGACCCTCAGCTGAAGGAAAGGATACAAACTCATCAAAAGACTCTTCTTCACCTG
ATTTAGCTACAGAGGAGTCTATCTCTGAGTTCCTGACCCAAGTCACAACTCTTGTCAAGC
TTGTGGATTCTAGAGACATTGTCGAGTTGCAGCTGAAACAACTCGACTGTGAACTTGTCA
TCCGGAAAAAGGAAGCCTTACCTCAGGCACAAGCCCCTGCGCCTTATGTTATGATGCAGC
AACCAAACCAACCATCTTATGTGCAAGCAACGGCTCCTCCTCCTTCTGCTCCTGCTGCCT
CACCTCCACCTTCTTCTACTCCAGCTTCTTTGCCCGCACCATCCCCACCTAGTCCAGCGA
AATCATCGCTTCCAACTGTTAAAGTCC*ATGGCAGCACATTTTACCGCAGT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3FB32TF 793 0 0
GGTCAGACACATCTGGTATCTATCTCTCTCTCTCTCTTTCTAGAGCTGGAGTGAACTGTT
GAGCCCTTTGGTTTCATCGAGAGTCCCCTAAAACCCGATCTAGGTGAAGAATCGCGTCTT
CTTCTTCTTCGTTCTCCCTCACCTCTCCGGCTGCTTCCGTCTATGGAGGAGCCACTCAAA
CCTCGTCGCAGTTACCTCTCCCAACCACTCGCTCTCGCCTCCCTCGCAGAGTTTCCTTCC
GTCTCTCCTCCGCCAAGCCTAAGCTTCGCTTTCTCTCCAAGCCTACTCGCAGTAGCTACC
CTGTGGTGAAAGCCCTATCTAACCAGGTTGGTGGAGGTGCATCATCAAATGCTTCAGCTC
CTGCAGGACCCTCAGCTGAAGGAAAGGATACAAACTCATCAAAAGACTCTTCTTCACCTG
ATTTAGCTACAGAGGAGTCTATCTCTGAGTTCCTGACCCAAGTCACAACTCTTGTCAAGC
TTGTGGATTCTAGAGACATTGTCGAGTTGCAGCTGAAACAACTCGACTGTGAACTTGTCA
TCCGGAAAAAGGAAGCCTTACCTCAGGCACAAGCCCCTGCGCCTTATGTTATGATGCAGC
AACCAAACCAACCATCTTATGTGCAAGCAACGGCTCCTCCTCCTTCTGCTCCTGCTGCCT
CACCTCCACCTTCTTCTACTCCAGCTTCTTTGCCCGCACCATCCCCACCTAGTCCAGCGA
AATCATTGCTTCCAACTGTTAAAGTCCCATGGCAGCACATTTTACCGCAGTCCAGGACTG
GTGACACCTTTTA

QA 1 793 1 793
DS 



AS 2 4

CO CL1420Contig1 847 2 2 U
GGGAGCTGCAGTGAGAGAGAGAACCAATCGAATCGAGAGGAAGAAATAAAGATGGTGTCA
GGGTCAGGGATATGCGCGAAGCGCGTCGTGGTCGACGCAAGGCACCACATGCTGGGCCGT
CTTGCTTCGATCATCGCCAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAGAGTCGTTGTCGTAAGATGC
GAGGAGATATGCCTGTCAGGTGGATTGGTTCGACAGAAGATGAAGTACATGAGGTTTATG
AGGAAACGCATGAACACTAAGCCTTCTCACGGTCCCATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAAG
ATCTTCTGGCGTACCGTTCGTGGGATGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGAGCTGCTGCT
CTTGCACGCTTGAAGGTCTTTGAAGGAGTCCCACCACCTTACGACAAGGTCAAGAGAATG
GTCATTCCTGATACTCTCAAGGTGTTGAGGCTCCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTG
GGACGTCTGTCTTCTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGAGGTC
AAAAGAAAGGAGAGGTCACAGGCTGTGTATGAGCGTAAGAAGCAGCTCCTCAAGCTCAGG
ACTAAGGCTGAGAAGGTTGCAGAGGAGAAGCTTGGATCCCAACTCGATGTTCTTGCACCC
ATCAAGTACTGAGAATTGGCATCTATTATTTGGTTTAATACTTGCTTTGGTGCTCGTCTC
GTTTCTACCTTTTGAATTTTGTTTTTGCTTTTTGTAGCTTGTAAACTTAAAGATTGAAAT
GAGACATTTTGGTTTTTTGGTTGAACCATCTGTTATGGTTATTATTACTCTTTTCTCTTA
AGATCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB01TF U 1
AF RR3AB01JQ C 147
BS 1 834 RR3AB01TF
BS 835 847 RR3AB01JQ

RD RR3AB01TF 839 0 0
GGGAGCTGCAGTGAGAGAGAGAACCAATCGAATCGAGAGGAAGAAATAAAGATGGTGTCA
GGGTCAGGGATATGCGCGAAGCGCGTCGTGGTCGACGCAAGGCACCACATGCTGGGCCGT
CTTGCTTCGATCATCGCCAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAGAGTCGTTGTCGTAAGATGC
GAGGAGATATGCCTGTCAGGTGGATTGGTTCGACAGAAGATGAAGTACATGAGGTTTATG
AGGAAACGCATGAACACTAAGCCTTCTCACGGTCCCATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAAG
ATCTTCTGGCGTACCGTTCGTGGGATGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGAGCTGCTGCT
CTTGCACGCTTGAAGGTCTTTGAAGGAGTCCCACCACCTTACGACAAGGTCAAGAGAATG
GTCATTCCTGATACTCTCAAGGTGTTGAGGCTCCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTG
GGACGTCTGTCTTCTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGAGGTC
AAAAGAAAGGAGAGGTCACAGGCTGTGTATGAGCGTAAGAAGCAGCTCCTCAAGCTCAGG
ACTAAGGCTGAGAAGGTTGCAGAGGAGAAGCTTGGATCCCAACTCGATGTTCTTGCACCC
ATCAAGTACTGAGAATTGGCATCTATTATTTGGTTTAATACTTGCTTTGGTGCTCGTCTC
GTTTCTACCTTTTGAATTTTGTTTTTGCTTTTTGTAGCTTGTAAACTTAAAGATTGAAAT
GAGACATTTTGGTTTTTTGGTTGAACCATCTGTTATGGTTATTATTACTCTTTT
TCTCT

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR3AB01JQ 701 0 0
GCTCAACGGACAGAGAGTCGTTGTCGTAAGATGCGAGGAGATATGCCTGTCAGGTGGATT
GGTTCGACAGAAGATGAAGTACATGAGGTTTATGAGGAAACGCATGAACACTAAGCCTTC
TCACGGTCCCATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAAGATCTTCTGGCGTACCGTTCGTGGGAT
GATTCCACACAAGACCAAGCGTGGAGCTGCTGCTCTTGCACGCTTGAAGGTCTTTGAAGG
AGTCCCACCACCTTACGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATACTCTCAAGGTGTT
GAGGCTCCAGGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGACGTCTGTCTTCTGAGGTTGGCTG
GAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGAGGTCAAAAGAAAGGAGAGGTCACAGGCTGT
GTATGAGCGTAAGAAGCAGCTCCTCAAGCTCAGGACTAAGGCTGAGAAGGTTGCAGAGGA
GAAGCTTGGATCCCAACTCGATGTTCTTGCACCCATCAAGTACTGAGAATTGGCATCTAT
TATTTGGTTTAATACTTGCTTTGGTGCTCGTCTCGTTTCTACCTTTTGAATTTTGTTTTT
GCTTTTTGTAGCTTGTAAACTTAAAGATTGAAATGAGACATTTTGGTTTTTTGGTTGAAC
CATCTGTTATGGTTATTATTACTCTTTTCTCTTAAGATCAA

QA 1 701 1 701
DS 



CO CL1420Contig2 801 2 4 U
GGGAAGAGCAGCAGTGAGAGAGAGAGAACCAATCGAATCGAGAGGAAGAAAAGATGTTGT
CCGGGTAGGGATATGCGCGAAGCGCGTCGTGGTCGACGCAAGGCACCACATGCTGGGCCG
TCTTGCCTCGATCGTCGCCAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAGAGTCGTTGTCGTCAGATG
CGAGGAGATTTGTCTGTCAGGTGGATTGGTTCGACAGAAGATGAAGTACATGAGGTTTCT
CAGGAAACGCATGAACACTAAGCCGTCTCACGGTCCCATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAA
GATCTTCTGGCGTACCGTTCGTGGTATGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGCGCTGCTGC
TCTTGCACGCTTGAAGGTCTTCGAAGGAGTCCCACCACCTTACGACAAGGTCAAGAGAAT
GGTCATTCCTGATGCTCTCAAGGTTTTGAGGCTCCAGGCTGGGCACAAGTACTGCTTGTT
GGGCCGTCTGTCTTCTGAAGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGAGGT
CAAAAGAAAGGAGAGGTCACAGGCTGTGTATGAGCGTAAGAAGCAGCTCATCAAGCTCAG
GACTAAGGCTGAAAAGGTTGCAGAGGAGAAGCTTGGAACCCAGCTCGATGTTCTTGCACC
CATCAAGTACTGAGAATTGGCATCTATTATTTGGATTAATACTTGCTTTGGCGCTCGTCT
CGATTCTACCTTTTGAATTTTGTTTGGGCTTTTGGTAGCTTGTAAACTTACAATATTGGA
ATGAGACATTTTGGTTTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB85TF U 1
AF RR3CB85JQ C 37
BS 1 740 RR3CB85TF
BS 741 741 RR3CB85JQ
BS 742 790 RR3CB85TF
BS 791 801 RR3CB85JQ

RD RR3CB85TF 790 0 0
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CCGGGTAGGGATATGCGCGAAGCGCGTCGTGGTCGACGCAAGGCACCACATGCTGGGCCG
TCTTGCCTCGATCGTCGCCAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAGAGTCGTTGTCGTCAGATG
CGAGGAGATTTGTCTGTCAGGTGGATTGGTTCGACAGAAGATGAAGTACATGAGGTTTCT
CAGGAAACGCATGAACACTAAGCCGTCTCACGGTCCCATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAA
GATCTTCTGGCGTACCGTTCGTGGTATGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGCGCTGCTGC
TCTTGCACGCTTGAAGGTCTTCGAAGGAGTCCCACCACCTTACGACAAGGTCAAGAGAAT
GGTCATTCCTGATGCTCTCAAGGTTTTGAGGCTCCAGGCTGGGCACAAGTACTGCTTGTT
GGGCCGTCTGTCTTCTGAAGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTTGAGGT
CAAAAGAAAGGAGAGGTCACAGGCTGTGTATGAGCGTAAGAAGCAGCTCATCAAGCTCAG
GACTAAGGCTGAAAAGGTTGCAGAGGAGAAGCTTGGAACCCAGCTCGATGTTCTTGCACC
CATCAAGTACTGAGAATTGGCATCTATTATTTGGATTAATACTTGCTTTGGCGCTCGTCT
CGATTCTACCTTTTGAATTT*GTTTGGGCTTTTGGTAGCTTGTAAACTTACAATATTGGA
ATGAGACATT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3CB85JQ 765 0 0
ATCGAGAGGAAGA
AAAGATGTTGTCCGGGTAGGGATATGCGCGAAGCGCGTCGTGGTCGACGCAAGGCACCAC
ATGCTGGGCCGTCTTGCCTCGATCGTCGCCAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAGAGTCGTT
GTCGTCAGATGCGAGGAGATTTGTCTGTCAGGTGGATTGGTTCGACAGAAGATGAAGTAC
ATGAGGTTTCTCAGGAAACGCATGAACACTAAGCCGTCTCACGGTCCCATTCACTTCAGG
GCTCCCTCTAAGATCTTCTGGCGTACCGTTCGTGGTATGATTCCACACAAGACCAAGCGT
GGCGCTGCTGCTCTTGCACGCTTGAAGGTCTTCGAAGGAGTCCCACCACCTTACGACAAG
GTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAGGTTTTGAGGCTCCAGGCTGGGCACAAG
TACTGCTTGTTGGGCCGTCTGTCTTCTGAAGTTGGCTGGAACCATTACGATACCATTAAG
GAGCTTGAGGTCAAAAGAAAGGAGAGGTCACAGGCTGTGTATGAGCGTAAGAAGCAGCTC
ATCAAGCTCAGGACTAAGGCTGAAAAGGTTGCAGAGGAGAAGCTTGGAACCCAGCTCGAT
GTTCTTGCACCCATCAAGTACTGAGAATTGGCATCTATTATTTGGATTAATACTTGCTTT
GGCGCTCGTCTCGATTCTACCTTTTGAATTTTGTTTGGGCTTTTGGTAGCTTGTAAACTT
ACAATATTGGAATGAGACATTTTGGTTTTTCG

QA 14 765 14 765
DS 



AS 1 6

CO CL1421Contig1 443 6 3 U
GGGTTTTACACCAATAAACGCCATTGGTGAGAACTTTTATGGAAATACATTAACACATGA
TTGTTAGACAAAGACAAAAGCACACACATAAAGCTTAACAAGTTGGAGCGTTGGGCATGT
TACATTTGCTTGGGAGTCCAGCAGCGAGCGCCGGATCAATACCGTAATAACCGAGCAATG
GAGAGTTCTTGTAGCCGCAAAGACAGCTGTAGTCAGCGTGTTTTAGATAGTCGCAGCAGA
GCGTTGACGGGTTCGTCGGATTCTCCTTGCTCACCGCTGGTTTGCACTCATTCAACTCTG
ACTGGGTCATGCCACAGATATCAATCGCCACTGACCTCTCCGCTAAAATAGCCATCACCA
CCACTATCATCATCACCATCACTCCCACCTTCTTGCTCGCCATTTTATCCTCTTTTAATT
TTGTTGATGTTTTTGTGATGTCC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 

AF RR3DO70JQ U 1
AF RR3F955JQ U 1
AF RR3F955TF C 1
AF RR3DO70TF C 1
AF RR3D146JQ U 26
AF RR3D146TF C 26
BS 1 311 RR3DO70JQ
BS 312 312 RR3F955JQ
BS 313 443 RR3DO70JQ

RD RR3DO70JQ 443 0 0
GGGTTTTACACCAATAAACGCCATTGGTGAGAACTTTTATGGAAATACATTAACACATGA
TTGTTAGACAAAGACAAAAGCACACACATAAAGCTTAACAAGTTGGAGCGTTGGGCATGT
TACATTTGCTTGGGAGTCCAGCAGCGAGCGCCGGATCAATACCGTAATAACCGAGCAATG
GAGAGTTCTTGTAGCCGCAAAGACAGCTGTAGTCAGCGTGTTTTAGATAGTCGCAGCAGA
GCGTTGACGGGTTCGTCGGATTCTCCTTGCTCACCGCTGGTTTGCACTCATTCAACTCTG
ACTGGGTCATGTCACAGATATCAATCGCCACTGACCTCTCCGCTAAAATAGCCATCACCA
CCACTATCATCATCACCATCACTCCCACCTTCTTGCTCGCCATTTTATCCTCTTTTAATT
TTGTTGATGTTTTTGTGATGTCC

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR3F955JQ 441 0 0
GGGTTTTACACCAATAAACGCCATTGGTGAGAACTTTTATGGAAATACATTAACACATGA
TTGTTAGACAAAGACAAAAGCACACACATAAAGCTTAACAAGTTGGAGCGTTGGGCATGT
TACATTTGCTTGGGAGTCCAGCAGCGAGCGCCGGATCAATACCGTAATAACCGAGCAATG
GAGAGTTCTTGTAGCCGCAAAGACAGCTGTAGTCAGCGTGTTTTAAATAGTCGCAGCAGA
ACGTTGACGGGTTCGTCGGATTCTCCTTGCTCACCGCTGGTTTGCACTCATTCAACTCTG
ACTGGGTCATGCCACAGATATCAATCGCCACTGACCTCTCCGCTAAAATAGCCATCACCA
CCACTATCATCATCACCATCACTCCCACCTTCTTGCTCGCCATTTTATCCTCTTTTAATT
TTGTTGATGTTTTTGTGAT
CC

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR3F955TF 441 0 0
GGGTTTTACACCAATAAACGCCATTGGTGAGAACTTTTATGGAAATACATTAACACATGA
TTGTTAGACAAAGACAAAAGCACACACATAAAGCTTAACAAGTTGGAGCGTTGGGCATGT
TACATTTGCTTGGGAGTCCAGCAGCGAGCGCCGGATCAATACCGTAATAACCGAGCAATG
GAGAGTTCTTGTAGCCGCAAAGACAGCTGTAGTCAGCGTGTTTTAGATAGTCGCAGCAGA
GCGTTGACGGGTTCGTCGGATTCTCCTTGCTCACCGCTGGTTTGCACTCATTCAACTCTG
ACTGGGTCATGCCACAGATATCAATCGCCACTGACCTCTCCGCTAAAATAGCCATCACCA
CCACTATCATCATCACCATCACTCCCACCTTCTTGCTCGCCATTTTATCCTCTTTTAATT
TTGTTGATGTTTTTGTGAT
CC

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR3DO70TF 443 0 0
GGGTTTTACACCAATAAACGCCATTGGTGAGAACTTTTATGGAAATACATTAACACATGA
TTGTTAGACAAAGACAAAAGCACACACATAAAGCTTAACAAGTTGGAGCGTTGGGCATGT
TACATTTGCTTGGGAGTCCAGCAGCGAGCGCCGGATCAATACCGTAATAACCGAGCAATG
GAGAGTTCTTGTAGCCGCAAAGACAGCTGTAGTCAGCGTGTTTTAGATAGTCGCAGCAGA
GCGTTGACGGGTTCGTCGGATTCTCCTTGCTCACCGCTGGTTTGCACTCATTCAACTCTG
ACTGGGTCATGTCACAGATATCAATCGCCACTGACCTCTCCGCTAAAATAGCCATCACCA
CCACTATCATCATCACCATCACTCCCACCTTCTTGCTCGCCATTTTATCCTCTTTTAATT
TTGTTGATGTTTTTGTGATGTCC

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR3D146JQ 418 0 0
GGTGAGAACTTTTATGGAAATACATTAACACATGATTGTTAGACAAAGACAAAAGCACAC
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GAGCGCCGGATCAATACCGTAATAACCGAGCAATGGAGAGTTCTTGTAGCCGCAAAGACA
GCTGTAGTCAGCGTGTTTTAAATAGTCGCAGCAGAACGTTGACGGGTTCGTCGGATTCTC
CTTGCTCACCGCTGGTTTGCACTCATTCAACTCTGACTGGGTCATGCCACAGATATCAAT
CGCCACTGACCTCTCCGCTAAAATAGCCATCACCACCACTATCATCATCACCATCACTCC
CACATTCTTGCTCGCCATTTTATCCTCTTTTAATTTTGTTGATGTTTTTGTGATGTCC

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR3D146TF 418 0 0
GGTGAGAACTTTTATGGAAATACATTAACACATGATTGTTAGACAAAGACAAAAGCACAC
ACATAAAGCTTAACAAGTTGGAGCGTTGGGCATGTTACATTTGCTTGGGAGTCCAGCAGC
GAGCGCCGGATCAATACCGTAATAACCGAGCAATGGAGAGTTCTTGTAGCCGCAAAGACA
GCTGTAGTCAGCGTGTTTTAGATAGTCGCAGCAGAGCGTTGACGGGTTCGTCGGATTCTC
CTTGCTCACCGCTGGTTTGCACTCATTCAACTCTGACTGGGTCATGCCACAGATATCAAT
CGCCACTGACCTCTCCGCTAAAATAGCCATCACCACCACTATCATCATCACCATCACTCC
CACATTCTTGCTCGCCATTTTATCCTCTTTTAATTTTGTTGATGTTTTTGTGATGTCC

QA 1 418 1 418
DS 



AS 1 2

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ACCGGCTAGGTGTTACCGTCAGATCAAGGGTAAGCCATACCCTAAATCTCGCTACTGCCG
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TGAGTTCCCTTTCTGCGTCCACCTCGTCTCATGGGAGAAGGAGAACGTCTCAAGCGAAGC
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GTTCCATCTGAGGATTAGGGTTCACCCTTTCCATGTTGAGGATCAACAAGATGCTTTCGT
GTGCTGGAGCTGATAGGCTTCAGACTGGTATGAGGGGTGCTTTTGGAAAGGCGTTGGGTA
CTTGTGCTCGTGTTGCGATTGGTCAGGTGCTTTTGTCTGTGAGGTGTAAGGATGCTCATG
GTCACCATGCTCAAAAGGCTCTGAGGAGGGCTAAGTTTAAGTTCCCTGGTCGTCAAAAGA
TTATCGTCAGCAGGAAATGGGGTTTTACTAAGTTTAACAGAGCAGACTTTACCAAGTTGA
GGCAAGAGAAGCGTGTTGTCCCTGATGGTGTTAATGCTAAGTTCCTTTCGTGTCATGGAC
CTTTGGCTAACCGTCAGCCGGGAAGTGCATTTTTGCCAGCCACCTATTGAAGTTTCAGGA
CTGTAGTCTACTCTTTCCTCTCCCGTGAAGAGTTGTATTGAGTCCGAATCATTTTACTTT
CATCCTTGAAATTATTGTTAAGTTTTTTTAGTTTGGACACATTCAGTATTATGAATCTTT
GTGAAATGATATTTTTGCTATTTTTATGTTGCTCCTTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DU67TF U 1
AF RR3DU67JQ C 246
BS 1 639 RR3DU67TF
BS 640 881 RR3DU67JQ

RD RR3DU67TF 639 0 0
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ACCGGCTAGGTGTTACCGTCAGATCAAGGGTAAGCCATACCCTAAATCTCGCTACTGCCG
TGGTGTCCCTGACCCCAAGATCAGGATCTACGATGTCGGCATGAAGAGGAAGGGTGTCGA
TGAGTTCCCTTTCTGCGTCCACCTCGTCTCATGGGAGAAGGAGAACGTCTCAAGCGAAGC
ACTCGAAGCTGCGCGTATCGCTTGCAACAAGTACATGGTCAAATCCGCGGGGAAAGATGC
GTTCCATCTGAGGATTAGGGTTCACCCTTTCCATGTTGAGGATCAACAAGATGCTTTCGT
GTGCTGGAGCTGATAGGCTTCAGACTGGTATGAGGGGTGCTTTTGGAAAGGCGTTGGGTA
CTTGTGCTCGTGTTGCGATTGGTCAGGTGCTTTTGTCTGTGAGGTGTAAGGATGCTCATG
GTCACCATGCTCAAAAGGCTCTGAGGAGGGCTAAGTTTAAGTTCCCTGGTCGTCAAAAGA
TTATCGTCAGCAGGAAATGGGGTTTTACTAAGTTTAACAGAGCAGACTTTACCAAGTTGA
GGCAAGAGAAGCGTGTTGTCCCTGATGGTGTTAATGCTA

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3DU67JQ 636 0 0
AAGCT
GCGCGTATCGCTTGCAACAAGTACATGGTCAAATCCGCGGGGAAAGATGCGTTCCATCTG
AGGATTAGGGTTCACCCTTTCCATGTTGAGGATCAACAAGATGCTTTCGTGTGCTGGAGC
TGATAGGCTTCAGACTGGTATGAGGGGTGCTTTTGGAAAGGCGTTGGGTACTTGTGCTCG
TGTTGCGATTGGTCAGGTGCTTTTGTCTGTGAGGTGTAAGGATGCTCATGGTCACCATGC
TCAAAAGGCTTTGAGGAGGGCTAAGTTTAAGTTCCCTGGTCGTCAAAAGATTATCGTCAG
CAGGAAATGGGGTTTTACTAAGTTTAACAGAGCAGACTTTACCAAGTTGAGGCAAGAGAA
GCGTGTTGTCCCTGATGGTGTTAATGCTAAGTTCCTTTCGTGTCATGGACCTTTGGCTAA
CCGTCAGCCGGGAAGTGCATTTTTGCCAGCCACCTATTGAAGTTTCAGGACTGTAGTCTA
CTCTTTCCTCTCCCGTGAAGAGTTGTATTGAGTCCGAATCATTTTACTTTCATCCTTGAA
ATTATTGTTAAGTTTTTTTAGTTTGGACACATTCAGTATTATGAATCTTTGTGAAATGAT
ATTTTTGCTATTTTTATGTTGCTCCTTTTGC

QA 6 636 6 636
DS 



AS 1 4

CO CL1423Contig1 1295 4 9 U
GGGGAAGCAACGAAGCTCGCCGAGACAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAAACCA
TGTCGAACACAAACGAACCAGCGAAGACTCTTCTGCCTTACTTGCAACGAGCCGACGAGT
TGCAGAAACATGAACCGCTTGTTGCTTATTACTGTCGGCTATACGCCATGGAACGAGGAT
TGAAAATTCCACAGAGCGAGAGAACTAAGACCACCAATTCGATCCTTATGTCCCTTATTA
ATCAGCTCGAAAAGGATAAGAAATCATTGACTCTGTCCCCAGATGACAGTATGCATGTGG
AGGGGTTTGCACTAAATGTCTTTGCAAAGGCAGACAAGCAGGATCGTGCAGGACGAGCAG
ACTTGGGCACTGCCAAAACATTTTATGCTGCAAACATCTTCTTTGAGATTCTGAGCCAGT
TCGGCCCCGTTCCTCCTGATATAGAGCAGAAACAGAAGTATGCCGCTTGGAAAGCTGCTG
ACATAAGGAAAGCAATTAAAGAAGGAAGAAAGCCCACTCCAGGTGATCCTGTTGATGATG
AAACTGATTTATCCATCCCATCAAGTGGTCCTAGTGGCTCCTATGATCTTGGTCCTACTG
ATACCAACGTACCAAGTCAACATAGAACAGAGCCTGGCCCATCCCACGACTCGAATGATG
ACTCCAGCCACCACCATTTCCCTGAAGTACCACAACATCAACTACCTCCTCCCAGGTTTC
ATGACAATCCTAACAACAATTATCCAACAGATGTCCCGCCTCCACTACCATCTTCCTACC
CT*CATAC**TTACAACCATCAATCATACCACCAAGACCCGACACAACACATGCCGCCAC
CACCACAAAACTACCCATCTCATGAGCCTTCGCCAAGCTCTCTCCCTAATTTCCAGTCTT
ACCCTAGCTTCAGTGAGAGCAGCCTCCCAGCCACTCCGTCCCACTACCCTTCTCACTTCC
AGAACCCTGAACCTTACTATTCATCATCAAACGGGCGTGTCAATGTTGCTCCCGTGCTAG
ATCCTCCGGCTCAGAAGTACCATTACGACAGCAGCTACCAGCCAGGGCCAGAGAAGATCG
CAGAGGCACACAAGGCTGCTAGATTCGCTGTAGGAGCCTTGGCTCTCGATGAAGTCTCTA
CTGCTGTAGAACATCTGAAGAAGTCACTCGAGTTGCTTACGAATCCATCAGCGGGTCACT
GATATTTCATTATGTTTTAATCTATGAACCTTGGGTTTGAGATGCGTGTATGAGCTCACA
ATCACACCATGGATTTGTTATTAACTTTTCTGGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F941TF U 1
AF RR3CA72TF U 31
AF RR3H984TF U 81
AF RR3CA72JQ C 688
BS 1 184 RR3F941TF
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BS 360 660 RR3CA72TF
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BS 690 824 RR3CA72TF
BS 825 1295 RR3CA72JQ

RD RR3F941TF 187 0 0
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TGTCGAACACAAACGAACCAGCGAAGACTCTTCTGCCTTACTTGCAACGAGCCGACGAGT
TGCAGAAACATGAACCGCTTGTTGCTTATTACTGTCGGCTATACGCCATGGAACGAGGAT
TGAA
AAT

QA 1 184 1 184
DS 

RD RR3CA72TF 794 0 0
GC
AGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAAACCATGTCGAACACAAACGAACCAGCGAAGACTCTT
CTGCCTTACTTGCAACGAGCCGACGAGTTGCAGAAACATGAACCGCTTGTTGCTTATTAC
TGTCGGCTATACGCCATGGAACGAGGATTGAAAATTCCACAGAGCGAGAGAACTAAGACC
ACCAATTCGATCCTTATGTCCCTTATTAATCAGCTCGAAAAGGATAAGAAATCATTGACT
CTGTCCCCAGATGACAGTATGCATGTGGAGGGGTTTGCACTAAATGTCTTTGCAAAGGCA
GACAAGCAGGATCGTGCAGGACGAGCTGACTTGGGCACTGCCAAAACATTTTATGCTGCA
AACATCTTCTTTGAGATTCTGAGCCAGTTCGGCCCCGTTCCTCCTGATATAGAGCAGAAA
CAGAAGTATGCCGCTTGGAAAGCTGCTGACATAAGGAAAGCAATTAAAGAAGGAAGAAAG
CCCACTCCAGGTGATCCTGTTGATGATGAAACTGATTTATCCATCCCATCAAGTGGTCCT
AGTGGCTCCTATGATCTTGGTCCTACTGATACCAACGTACCAAGTCAACATAGAACAGAG
CCTGGCCCATCCCACGACTCGAATGATGGCTCCAGCCACCACCATTTCCCTGAAGTGCCA
CAACATCAACTACCTCCTCCCAGGTTTCATGACAATCCTAACAACAATTATCCAACAGAT
GTCCCGCCTCCACTACCATCTTCCTACCCT*CATAC**TTACAACCATCAATCATACCAC
CAAGACCCGACA

QA 3 794 3 794
DS 

RD RR3H984TF 726 0 0
GCGAAGACTCTTCTGCCTTACTTGCAACGAGCCGACGAGTTGCAGAAACATGAACCGCTT
GTTGCTTATTACTGTCGGCTGTACGCCATGGAACGAGGATTGAAGATTCCACAGAGCGAG
AGAACTAAGACCACCAATTCGATCCTTATGTCCCTTATTAATCAGCTCGAAAAGGATAAG
AAATCATTGACTCTGTCCCCAGATGACAGTATGCATGTGGAGGGGTTTGCACTAA*TGTC
TTTGCAAAGGCAGACAAGCAGGATCGTGCTGGACGAGCAGACTTGGGCACTGCCAAAACA
TTTTATGCTGCAAACATCTTCTTTGAGATTCTGAGCCAGTTTGGCCCCGTTCCTCCTGAT
ATAGAGCGGAAACAGAAGTATGCCGCTTGGAAAGCTTCTGACATAAGGAAAGCGATTAAA
GAAGGAAGGAAGCCCACTCCAGGTGATCCTGTTGATGATGAAACTGATTTATCCATCCCA
TCAAGTGGTCCTAGTGGCTCCTATGATCTTGGTCCTACTGATACCAACGTACCAAGTCAA
CATAGAACAGAGCCTGGCCCATCCCACGACTCGAATGATGACTCCAGCCACCACCATTTC
CCTGAAGTACCACAACATCATCTACCTCCTCCCAGGTTTCATGACAATCCTAACAACAAT
TATCCAACAGATGTCCCGCCTCCACCACCATCTTCCTACCCTTCCAACGATTTCAATGCG
CCTCCC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3CA72JQ 608 0 0
TG
CCACAACATCAACTACCTCCTCCCAGGTTTCATGACAATCCTAACAACAATTATCCAACA
GATGTCCCGCCTCCACTACCATCTTCCTACCCT*CATAC**TTACAACCATCAATCATAC
CACCAAGACCCGACACAACACATGCCGCCACCACCACAAAACTACCCATCTCATGAGCCT
TCGCCAAGCTCTCTCCCTAATTTCCAGTCTTACCCTAGCTTCAGTGAGAGCAGCCTCCCA
GCCACTCCGTCCCACTACCCTTCTCACTTCCAGAACCCTGAACCTTACTATTCATCATCA
AACGGGCGTGTCAATGTTGCTCCCGTGCTAGATCCTCCGGCTCAGAAGTACCATTACGAC
AGCAGCTACCAGCCAGGGCCAGAGAAGATCGCAGAGGCACACAAGGCTGCTAGATTCGCT
GTAGGAGCCTTGGCTCTCGATGAAGTCTCTACTGCTGTAGAACATCTGAAGAAGTCACTC
GAGTTGCTTACGAATCCATCAGCGGGTCACTGATATTTCATTATGTTTTAATCTATGAAC
CTTGGGTTTGAGATGCGTGTATGAGCTCACAATCACACCATGGATTTGTTATTAACTTTT
CTGGCT

QA 3 608 3 608
DS 



AS 2 5

CO CL1424Contig1 775 2 19 U
GGATTTACATTTATGTTGGAAGCTCTTGGTCTTGGTCTCATTCTCTATTCGTCGCAGCTC
TCAACCCTCGAAAGCTCTTTGCAGCAAATCTGAGTTATAAAAAGTCGTGATATTGAGGGG
GCCTTCTGTTAATAACGGAGAACCTGCCATGGACAACACAAATGACTGGAGAACTCATTT
GCCATTTGATTCACGACAGAAGATCGTCAACAAGATACTGGAGACACTAAAGAAACACCT
TCCGTATTCTGGACAAGAAGGGATTAACGAGCTCAAGAGAATTGCTATCAGGTTCGAGGA
GAAAATTTTCAGCGGTGCTGTTAATCAGAATGATTACCTTCGGAAAATATCCTTCAAGAT
GCTGTCAATGGAGACTAAGGCGAGAAATGCAACTGGTTCTAGTAGCAACCTAGCCTTGGA
CAATGTCATGATCAATAATGACTGGAGAGCTCAACTGCCACCGGATTCACGCCAGAGGAT
CGTCAACAAGATAATGGATACAATAATGAAGCACCTTGTATGTTCTGGACCAGAAGGGAT
TAACGAGCTCAAGAGAATTGCTGCCAGATTCGAGGAGAGAGTTTTCAGCAGTGCTGTTAA
TCAGACGGATTACTTCCGGAAAATATCCCTGAAGATGCTGACTATGGAGAATAAAGCTCG
GAACGCTTCTTCTATCCCTGCTGATAGTAACAAACTAGCCTTAGATGAACTGGGCAATCT
TATGTTCAATGACAATTCAGTGCCTCCTCTCCCGAAAGAAGAACCTCCCGTGAAC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 
0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A820TF U 1
AF RR3C182TF U 9
BS 1 181 RR3A820TF
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BS 757 775 RR3A820TF

RD RR3A820TF 775 0 0
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TCAACCCTCGAAAGCTCTTTGCAGCAAATCTGAGTTATAAAAAGTCGTGATATTGAGGGG
GCCTTCTGTTAATAACGGAGAACCTGCCATGGACAACACAAATGACTGGAGAACTCATTT
GGCATTTGATTCACTACAGAAGATCGTCAACAAGATACTGGAGACACTAAAGAAACACCT
TCCGTATTCTGGACAAGAAGGGATTAACGAGCTCAAGAGAATTGCTATCAGGTTCGAGGA
GAAAATTTTCAGCGGTGCTGTTAATCAGAATGATTACCTTCGGAAATTATCCTTCAAGAT
GCTGTCAATGGAGACTAAGGCGAGAAATGCAACTGGTTCTAGTAGCAACCTAGCCTTGGA
CAATGTCATGATCAATAATGACTGGAGAGCTCAACTGCCACCGGATTCACGCCAGAGGAT
CGTCAACAAGATAATGGATACAATAATGAAGCACCTTGTATGTTCTGGACCAGAAGGGAT
TAACGAGCTCAAGAGAATTGCTGCCAGATTCGAGGAGAGAGTTTTCAGCAGTGCTGTTAA
TCAGACGGATTACTTCCGGAAAATATCCCTGAAGATGCTGACTATGGAGAATAAAGCTGG
TTCCGCTTCTTCTGTCCCTGCTGGTAGTAACAAACTAGCCTTAGATGAACTGGGCAGTCT
TATGTTCAATGACAATTCAGTGCCTCCTCTCCCGAGAGAAGAACCTCCCGTGAAC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3C182TF 757 0 0
ATTTATGTTGGAAGCTCTTGGTCTTGGTCTCATTCTCTATTCGTCGCAGCTCTCAACCCT
CGAAAGCTCTTTGCAGCAAATCTGAGTTATAAAAAGTCTTGATATTGAGGGGGCCTTCTG
TTAATAACGGAGAACCTGCCATGGACAACACAAATGACTGGAGAACTCATTTGCCATTTG
ATTCACGACAGAAGATCGTCAACAAGATACTGGAGACACTAAAGAAACACCTTCCGTATT
CTGGACAAGAAGGGATTAACGTGCTCAAGAGAATTGCTGTCAGGTTCGAGGAGAAAATTT
TCAGCGGTGCTGTTAATCAGAATGATTACCTTCGGAAAATATCCTTCAAGATGCTGTCAA
TGGAGACTAAGGCGAGAAATGCAACTGGTTCTAGTAGCAACCTAGCCTTGGACAATGTCA
TGATCAATAATGACTGGAGAGCTCAACTGCCACCGGATTCACGCCAGAGGATCGTCAACA
AGATAATGGATACAGTAATGAAGCACCTTGTATGTTCTGGACCAGAAGGGATTAACGAGC
TCAAGAGAATTGCTGCCAGATTCGAGGAGAGAGTTTTCAGCAGTGCTGTTAATCAGACTG
ATTACTTCCGGAAAATATCCCTGAAGATGCTGACTATGGAGAATAAAGCTCTGAACGCTT
CTTCTATCCCTGCTGATAGTAACAAACTAGCCTTGGATGAACTGGGCAATTTTATGTTCA
*TGACAATTCAGTGCCTCCTCTCCCGAAAGAAGA
GCC

QA 1 754 1 754
DS 



CO CL1424Contig2 778 3 2 U
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TTATACAAACGGAATTAACATTTTCTTTTGTTCATGCCTCTGTCCTTTGTCCTAAGGTTT
GGAGGCTTTCAAGCTCTCTTTCTTAATATTATCAATACATGGAATCGCCTAAAAGCTCCA
AACGCCACCTTCAACGCAACTTTACTTAGTCGTAGTCCTCTTCCATCATAGTCTGCATCT
TTAACGATATTTTGCGAAAGTAATCCACCTGGTTAATAGCAGTGTTGAATATTAACTCCT
CGAAGCTGATAGCAATTCTCCTGAGCTCTTCGATTCCTTCTTCCCCTGAATACGGTACAT
GTTTCTTCAGTGTTTCCAATAACTTGTCAACATGCTTATGGCGTGAATCCGGAGGCAGCT
GAATTCTCCAGTCACCTGAATTCACGGGAGGCTCTTCTTTCGGGAGAGGAGGCACTGAAT
TGTCATTGAACATAAAATTGCCCAGTTCATCCAAGGCTAGTTTGTTACTATCAGCAGGGA
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TCTTGAGCTCGTTAATCCCTTCTGGTCCAGAACATACAAGGTGCTTCATTACTGTATCCA
TTATCTTGTTGACGATCCTCTGGCGTGAATCCGGTGGCAGTTGAGCTCTCCAGTCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BL09JQ U 1
AF RR3BL09TF C 475
AF RR3C182JQ U 13
BS 1 767 RR3BL09JQ
BS 768 778 RR3C182JQ

RD RR3BL09JQ 767 0 0
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TTATACAAACGGAATTAACATTTTCTTTTGTTCATGCCTCTGTCCTTTGTCCTAAGGTTT
GGAGGCTTTCAAGCTCTCTTTCTTAATATTATCAATACATGGAATCGCCTAAAAGCTCCA
AACGCCACCTTCAACGCAACTTTACTTAGTCGTAGTCCTCTTCCATCATAGTCTGCATCT
TTAACGATATTTTGCGAAAGTAATCCACCTGGTTAATAGCAGTGTTGAATATTAACTCCT
CGAAGCTGATAGCAATTCTCCTGAGCTCTTCGATTCCTTCTTCCCCTGAATACGGTACAT
GTTTCTTCAGTGTTTCCAATAACTTGTCAACATGCTTATGGCGTGAATCCGGAGGCAGCT
GAATTCTCCAGTCACCTGAATTCACGGGAGGCTCTTCTTTCGGGAGAGGAGGCACTGAAT
TGTCATTGAACATAAAATTGCCCAGTTCATCCAAGGCTAGTTTGTTACTATCAGCAGGGA
TAGAAGAAGCGTTCAGAGCTTTATTCTCCATAGTCAGCATCTTCAGGGATATTTTCCGGA
AGTAATCAGTCTGATTAACAGCACTGCTGAAAACTCTCTCCTCGAATCTGGCAGCAATTC
TCTTGAGCTCGTTAATCCCTTCTGGTCCAGAACATACAAGGTGCTTCATTACTGTATCCA
TTATCTTGTTGACGATCCTCTGGCGTGAATCCGGTGGCAGTTGAGCT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3BL09TF 259 0 0
CACTGAATGTCA
TGAACATAAAAT*GCCCAGT*CATCCAAGGCTAGTTG**TACTATCAGCAGGGATAGAAG
AAGCGTTCAGAGCTTTATTCTCCATAGTCAGCATCTTCAGGGATATTTTCCGGAAGTAAT
CAGTCTGATTAACAGCACTGCTGAAAACTCTCTCCTCGAATCTGGCAGCAATTCTCTTGA
GCTCGTTAATCCCTTCTGGTCCAGAACATACAAGGTGCTTCATTACTGTATCCATTATCT
TGTTGAC

QA 13 259 13 259
DS 

RD RR3C182JQ 766 0 0
CCGATTGGGACTAGGCTTCATCCGCAAGAAACATATCGTCGTTACTGATTATACAAACGG
AATTAACATTTTCTTTTGTTCATGCCTCTGTCCTTTGTCCTAAGGTTTGGAGGCTTTCAA
GCTCTCTTTCTTAATATTATCAATACATGGAATCGCCTAAAAGCTCCAAACGCCACCTTC
AACGCAACTTTACTTAGTCGTAGTCCTCTTCCATCATAGTCTGCATCTTTAACGATATTT
TGCGAAAGTAATCCACCTGGTTAATAGCAGTGTTGAATATTAACTCCTCGAAGCTGATAG
CAATTCTCCTGAGCTCTTCGATTCCTTCTTCCCCTGAATACGGTACATGTTTCTTCAGTG
TTTCCAATAACTTGTCAACATGCTTATGGCGTGAATCCGGAGGCAGCTGAATTCTCCAGT
CACCTGAATTCACGGGAGGCTCTTCTTTCGGGAGAGGAGGCACTGAATTGTCATTGAACA
TAAAATTGCCCAGTTCATCCAAGGCTAGTTTGTTACTATCAGCAGGGATAGAAGAAGCGT
TCAGAGCTTTATTCTCCATAGTCAGCATCTTCAGGGATATTTTCCGGAAGTAATCAGTCT
GATTAACAGCACTGCTGAAAACTCTCTCCTCGAATCTGGCAGCAATTCTCTTGAGCTCGT
TAATCCCTTCTGGTCCAGAACATACAAGGTGCTTCATTACTGTATCCATTATCTTGTTGA
CGATCCTCTGGCGTGAATCCGGTGGCAGTTGAGCTCTCCAGTCATT

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 6

CO CL1425Contig1 1088 6 11 U
GGAAACTAAACTTGAACACCAAATAGACATAATTAATTAAAAAAAAAAAAGAAGAAGGTT
CTCTCTAACTTTGTCGCCGCTGCTCCTTTGGCTCCGATGGTTTACACAGCATCGGAGCCG
GATTTCTAGTTTTCTCTTGTACTTTGGTCTGTCTTCTCTTGTATTTTGGTCTGTTTTATC
TCTTTTCATCATCAACTCCTCTTTATTTTAGCGGATTTGGTTTTTTAGGGTTTTGATTTT
CTTTAGATCCGTAGATCTGAAGTTGTCAATCTCTTACAATCCGGTTCAGATGTTGTTGTT
CTGGGTTAGCCTTGTCTAATAGTTTCAGCTTGGTCTGTGTTTCATCATTTATCCCATCTG
AGATCTGTTTTTT*GTCAGAGTGAACGAATCTGAGACGTCTTTGGTGGGTTCTAGTGTTT
GTCCTCTGTCTAGGTGCCACTTCGGTGTAAGTGGTGGTGTGATGGTGGCGTGGTTGTGTG
GTGAGCAGTTTAGACCTATTGTGCTTCAGAAGTTTCAAGTTTCCTGTCACCTCTCTATCT
CTCAGTCTTGAAGGAGTTCTTCTCGCGACTTTTAATAAGTGTCTGTTCCGGTTGTTTTGA
TTCCCTTGTTCCTCGGTGGCTTCTGGTGAGGCAGTATAAGGAGGTTGGGGTTTTAGGCTT
CCGAAGAAGGTTTTGCTGGAGAAGGGGGCTTTAGTTTCAGGTGTTGGTTACTTCACTTTG
TGGAGTTTAGGTGTTTTGGTTCTGGCTTGGTACCGTGAACGGTGGATTCAGGTATGTTTG
GACTTGTGTTGTTGTGTTGGCCACTGCATTGCTTACTCTCTCTTGGGCTTGGTCGGTTCT
TGGCAAGAGTGCCGGCAGTTCTAGGATTGGTTGACTTACTCTTATCTTCCCCAAGGAGTG
ATTTCAGTTTCAGATGTATGAATGTAAGATTTATTTAAGTGATTGTGCTAGTTGTTGTAT
GTGTTGCCTTCTGTTTGGGCTCGAGATTTCCGTGTATGGGTTATGGTTCCGGGGATAGTA
ATATGTATCCTCCGGTTGTTGAATATCCTTGTATGTCTTTTAGTTTCATCAATCAAATTT
AGACGGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 10 10 10 

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AF RR3AW55TF U 34
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C*GAAGAAAGTTTTGCTGGA

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ATTTATCCCATCTGAGATCTGTTTTTTTGTCAGAGTGAACGAATCTGAGACGTCTTTGGT
GGGTTCTAGTGTTTGTCCTCTGTCTAGGTGCCACTTCGGTGTAAGTGGTGGTGTGATGGT
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GCTTGGTCGGTTCTTGGCAAGAGTGCCGGCAGTTCTAGGATTGGTTGACTTACTCTTATC
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GC

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DS 



AS 2 5

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG56JQ U 1
AF RR3AW94JQ U 27
AF RR3AG56TF C 235
BS 1 790 RR3AG56JQ
BS 791 838 RR3AW94JQ
BS 839 906 RR3AG56TF

RD RR3AG56JQ 790 0 0
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ACAGAAGTACTTAGGATTAAAGGGGAACTAACAAAGAACATTTTTCTTGCAACATATAAC
AGATTAAACTAATCACACCCTTGTTGCCAATAGGTAGCTGATAGGGAATTTGATTCAATT
CATCACACTACAAAAAACACTCCAAATTGGTTTTTGAACCCTATCTCCCTTTTTTTCTCG
TTCTTCTGGATCAATCAATCAGCACGAGAGCCAGCAGATCTCCGACCGCTATATTTCTGT
TTACCGATGCTGAAAGGAATGTACTTGTGCTTGATCATGTGGGAGATCTGGCGTCTCATG
GTGAGGACAAAGAGAACGATCCAGTAGCAAAGCAGTATAGGCCAGAAGACGGGAACATCA
AAAACCGAGAAGAACGTCATGAGAAAGGCAATGCAGAATGCTTTCGTCATGGAGTACCAG
AACTTGAACTCAGGGAGTCGGCGGATAAAAGGCTTGAACTCATCAGAGCCACGAGTAGGG
AGAGAAGCACCACCACCATCAGAGGCAGCGTCGAGCTCGGGGTCAACGAGGGGAGACAAG
AAGCCGATGAGGAGGTTGAGGAGGTAGATGCCGAGACCATAGGAGATGATGTAGAAACCG
TGAATGGAGAAAACTCTCAAGCAGTAGATGAGAAAGACAACGAATGTGCCAATCCACCTG
TAGGTTGAGTGAGGTGTGGTCTTGTCGAGGTAGTATTTGTAAACTCTCCATGCCTCGTGT
GCCTTCTTTT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3AW94JQ 812 0 0
GAATGTGTTTCGAAATAATAGTAAATCCATATTTACAGAAGTACTTAGGATTAAAGGGGA
ACTAACAAAGAACATTTTTCTTGCAACATATAACAGATTAAACTAATCACACCCTTGTTG
CCAATAGGTAGCTGATAGGGAATTTGATTCAATTCATCACACTACAAAAAACACTCCAAA
TTGGTTTTTGAACCCTATCTCCCTTTTTTTCTCGTTCTTCTGGATCAATCAATCAGCACG
AGAGCCAGCAGATCTCCGACCGCTATATTTCTGTTTACCGATGCTGAAAGGAATGTACTT
GTGCTTGATCATGTGGGAGATCTGGCGTCTCATGGTGAGGACAAAGAGAACGATCCAGTA
GCAAAGCAGTATAGGCCAGAAGACGGGAACATCAAAAACCGAGAAGAACGTCATGAGAAA
GGCAATGCAGAATGCTTTCGTCATGGAGTACCAGAACTTGAACTCAGGGAGTCGGCGGAT
AAAAGGCTTGAACTCATCAGAGCCACGAGTAGGGAGAGAAGCACCACCACCATCAGAGGC
AGCGTCGAGCTCGGGGTCAACGAGGGGAGACAAGAAGCCGATGAGGAGGTTGAGGAGGTA
GATGCCGAGACCGTAGGAGATGATGTAGAAACCGTGAATGGAGAAAACTCTCAAGCAGTA
GATGAGGAAGACAACGAATGTGCCAATCCACCTGTAGGTTGAGTGAGGTGTGGTCTTGTC
GAGGTAGTATTTGTAAACTCTCCATGCCTCGTGTGCCTTCTTTTGTACAGGCGTGGCCAC
GTCACCACCGTCCATTGTGATTCTTTTGAAAA

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3AG56TF 672 0 0
TTCTCGTTCTTCTGGATCAATCAATCAGCACGAGAGCCAGCAGATCTCCGACCGCTATAT
TTCTGTTTACCGATGCTGAAAGGAATGTACTTGTGCTTGATCATGTGGGAGATCTGGCGT
CTCATGGTGAGGACAAAGAGAACGATCCAGTAGCAAAGCAGTATAGGCCAGAAGACGGGA
ACATCAAAAACCGAGAAGAACGTCATGAGAAAGGCAATGCAGAATGCTTTCGTCATGGAG
TACCAGAACTTGAACTCAGGGAGTCGGCGGATAAAAGGCTTGAACTCATCAGAGCCACGA
GTAGGGAGAGAAGCACCACCACCATCAGAGGCAGCGTCGAGCTCGGGGTCAACGAGGGGA
GACAAGAAGCCGATGAGGAGGTTGAGGAGGTAGATGCCGAGACCATAGGAGATGATGTAG
AAACCGTGAATGGAGAAAACTCTCAAGCAGTAGATGAGAAAGACAACGAATGTGCCAATC
CACCTGTAGGTTGAGTGAGGTGTGGTCTTGTCGAGGTAGTATTTGTAAACTCTCCATGCC
TCGTGTGCCTTCTTTTGTACAGGCGTGGCCACGTCACCACCGTCCATTGTGATTCTTTTG
AAAAACGGAAGCTGGATAACAATGAAGGAGAGCTTCTCTGCGTCACCTCGTCGGCGAAGC
AAGCGGATCTCC

QA 1 672 1 672
DS 



CO CL1426Contig2 940 2 2 U
GGGCATTGGTGTGTCCCTTAGCTCAGAATCAGATCCGCTTACTTCGTCGAGGTGACGCAG
AGAAGCTCTCCTTCATTGTTATTCAGCTTCCGTTTTTCCAAAGAAATCACAAATGGACGG
AGGAAGCGGTGGTGGTGACATGGCGACGCCTGTACAAAAGAAGGCACACGAGGCATGGAG
GGTTTACAAGTACTACCTCGACAAGACTACGCCTCACTCAACCTACAGGTGGATTGGCAC
ATTCGTTGTCTTTCTCATCTACTGCTTGAGGGTTTTCTCCATCCACGGTTTCTACATCAT
CTCCTACGGTCTCGGCATCTACCTCCTCAACCTCCTCATCGGCTTTTTGTCCCCTCTCGT
TGATCCCGAGCTCGACGCTGCCTCTGATGGTGGTGGTGCTTCTCTCCCTACTCGTGGCTC
TGATGAGTTCAAGCCTTTTATCCGCCGACTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTACTCCATGAC
TAAGGCATTCTGCATTGCCTTTCTCATGATGTTCTTCTCGGTTTTTGATGTTCCCGTCTT
CTGGCCTATACTTCTTTGCTACTGGATCGTTCTCTTTGTCCTCACCATGAGACGCCAGAT
CTCCCACATGATCAAGCACAAGTACATTCCTTTCAGCATCGGTAAACAGAAATATAGCGG
TCGGAGATCTGCTGCTAGCAGTGGTGGCTCTCGTGCTGATTGATTGATCCAGAAGAACGA
AAAAAGAGGGAGATGGGGTTCAAACCATTTTGGAGTGTTTTTGTAGTGTGATGAATTGAA
TCAGACTCCTATCAGCTTACCTATTTGGCAACAAGGGTGTGATTAGTTTAATCTGTTATA
TGTTGCAAGAAAAATGTTCTTTGTTAGTTCCCCTTTAATCCTAAGTACTTCTGTAAATAT
GATTTACGTTTATTTCGGAACACATTCATTCCTTTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GF33TF U 1
AF RR3GF33JQ C 250
BS 1 674 RR3GF33TF
BS 675 940 RR3GF33JQ

RD RR3GF33TF 693 0 0
GGGCATTGGTGTGTCCCTTAGCTCAGAATCAGATCCGCTTACTTCGTCGAGGTGACGCAG
AGAAGCTCTCCTTCATTGTTATTCAGCTTCCGTTTTTCCAAAGAAATCACAAATGGACGG
AGGAAGCGGTGGTGGTGACATGGCGACGCCTGTACAAAAGAAGGCACACGAGGCATGGAG
GGTTTACAAGTACTACCTCGACAAGACTACGCCTCACTCAACCTACAGGTGGATTGGCAC
ATTCGTTGTCTTTCTCATCTACTGCTTGAGGGTTTTCTCCATCCACGGTTTCTACATCAT
CTCCTACGGTCTCGGCATCTACCTCCTCAACCTCCTCATCGGCTTTTTGTCCCCTCTCGT
TGATCCCGAGCTCGACGCTGCCTCTGATGGTGGTGGTGCTTCTCTCCCTACTCGTGGCTC
TGATGAGTTCAAGCCTTTTATCCGCCGACTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTACTCCATGAC
TAAGGCATTCTGCATTGCCTTTCTCATGATGTTCTTCTCGGTTTTTGATGTTCCCGTCTT
CTGGCCTATACTTCTTTGCTACTGGATCGTTCTCTTTGTCCTCACCATGAGACGCCAGAT
CTCCCACATGATCAAGCACAAGTACATTCCTTTCAGCATCGGTAAACAGAAATATAGCGG
TCGGAGATCTGCTG
CTAGCAGTGGTGGCTCTCG

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3GF33JQ 691 0 0
CTTTCTCATCTACTGCTTGAGGGTTTTCTCCATCCACGGTTTCTACATCATCTCCTACGG
TCTCGGCATCTACCTCCTCAACCTCCTCATCGGCTTTTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCGA
GCTCGACGCTGCCTCTGATGGTGGTGGTGCTTCTCTCCCTACTCGTGGCTCTGATGAGTT
CAAGCCTTTTATCCGCCGACTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTACTCCATGACTAAGGCATT
TTGCATTGCCTTTCTCATGATGTTCTTCTCGGTTTTTGATGTTCCCGTCTTCTGGCCTAT
ACTTCTTTGCTACTGGATCGTTCTCTTTGTCCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACAT
GATCAAGCACAAGTACATTCCTTTCAGCATCGGTAAACAGAAATATAGCGGTCGGAGATC
TGCTGCTAGCAGTGGTGGCTCTCGTGCTGATTGATTGATCCAGAAGAACGAAAAAAGAGG
GAGATGGGGTTCAAACCATTTTGGAGTGTTTTTGTAGTGTGATGAATTGAATCAGACTCC
TATCAGCTTACCTATTTGGCAACAAGGGTGTGATTAGTTTAATCTGTTATATGTTGCAAG
AAAAATGTTCTTTGTTAGTTCCCCTTTAATCCTAAGTACTTCTGTAAATATGATTTACGT
TTATTTCGGAACACATTCATTCCTTTGTTTT

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 5

CO CL1427Contig1 1057 5 19 U
GATTATAAACTGCAAATTCATGAAAATGTCAAAAAGATTTAACTTCTTCAAAGAAAATAG
CATCCTCATACTCAAAATCCTCAAACGAAATTAAAA*GTGAAAACAAAAGTTTAATTGCT
CAAGTCTTGCAAAAAAAGTAAAAGCTCCTACAAGAGACATCATCAGGAGACGCTGAACTT
TCCAGTGCTTTACTCTTCGTCGTCCTCATCATCATCATCACCTCCAGCCGCTCCGTTCAA
TGCCTTGACTCTCTCGATCAACTTGTTCTTCCTCTCCTCATAGGTCAACTTCTTCAAGTT
GTACCTCTTGTGTGCCTTGGGAGCAGGTTTCACAGTCTTCTTAGGGTTGGGGTCTGCACG
GATGGCAGCATGAACCTTCTTGTACAACTCCTCCATCTTCTCAGCATCAACTCCCTTCTT
CAAGTACTGACTGAAGTGAGTCTGAAACTTCTCTGGCTCATCCTCGTTCAACATCTTCAT
GTAGTTCGAGACGTGACCACCATAGATGTAGTTCCTGTGGATCTCAGCATCGAGGTTCTT
GTTCTCCTTGCTGAAACCAGCGAATCTCTTGTCACTGTGGGGGATATCAAGTCCTCCGTC
CAAGGCTCCCTTGAGTGCACCGAAGACACGGTTTCCTGTTGTGGTCCTGATAAGACCAAC
ATCAAGAAGAGCACGGAAAGGTCTCCTTGACTCAGTTGGCTCAACGGAGAAGTCCTCTCC
GGTTGCCTCAAGGTTGCCCTCGTACTCTGCATCCATCTCCAACATCTTCAGAACACGGCG
AGCCAAAAGAAGGCCAGTACAGTAAGCAGCAGCGTAGTTGGTAAGACCAACAGAGAGACC
ATACTGAGGCAACTCATGCGCGTAAGCAGAGGCCTTGACAATGTCACCGGCAATGCTTGC
GGAAACAATCTGTGCGACTATGTCCTTGTTGGTGAACCTGACAACAAAACGGTATTTGGG
AGTGTTGTACTTGCTCTTGTCCTGGTTGATGAGACGGATCCTTGCCCTGTAGTCAGTCTT
ACCAGCTCTCCTTCTCCTGAACTTGACTTGGTACCTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 10 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ67JQ U 1
AF RR3DD46JQ U 1
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TCCAGTGCTTTACTCTTCGTCGTCCCCATCATCATCATCACCTCCAGCCGCTCCGTTCAA
TGCCTTGACTCTCTCGATCAACTTGTTCTTCCTCTCCTCATAGGTCAACTTCTTCAAGTT
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TCCAGTGCTTTAATCTTCGTCGTCCTCATCATCATCATCACCTCCAGCCGCTCCGTTCAA
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GTACCTCTTGTGTGCCTTGGGAGCAGGTTTCACAGTCTTCTTAGGGTTGGGGTCTGCACG
GATGGCGGCATGAACCTTCTTGTACAACTCCTCCATCTTCTCAGCATCAACTCCCTTCTT
CAAGTACTGACTGAAGTGAGTCTGAAACTTCTCTGGCTCATCCTCGTTCAACATCTTCAT
GTAGTTCGAGACGTGACCACCATAGATGTAGTTCCTGTGGATCTCAGCATCGAGGTTCTT
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ACGCGA

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CTTCTCAGCATCAACTCCCTTCTTCAAGTACTGACTGAAGTGAGTCTGAAACTTCTCTGG
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C

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DS 

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ATGTCCTTGTTGGTGAACCTGACAACAAAACGGTATTTGGGAGTGTTGTACTTGCTCTTG
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AACTTGACTTGGTACCTC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 6

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TATAGAGACATGTCTGTCAGTAACATTCATGAACAAACGGACAAGTTCAACAGGGTAAAA
TATCCCATAAAAAAAACAAATAAGCTGAATATCATACCTCGCCGTCCCATAACTCTTCCA
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TACACCAGAGCTTGGAGGTGATGAACAACTCCTCGCGTTTCACTACACCTTTTTCACACA
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GCCATGTTCCAAGACCCACAGACGGGATCTTAGCACCGGTGTTGAGCTCGAAGAATCTGA
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GACGCACACAGCATTTCTTAAATGTGTTGGTGAGAAGTGAGAGCTACAGAGGAGGGGAGA
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ATTACATGAACGTATATCATTCGTTCATCTCATTTAGATATCCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX35JQ U 1
AF RR3FA70JQ U 31
AF RR3AK06JQ U 132
AF RR3FA70TF C 571
AF RR3CX35TF C 506
AF RR3AK06TF C 501
BS 1 228 RR3CX35JQ
BS 229 229 RR3FA70JQ
BS 230 256 RR3CX35JQ
BS 257 257 RR3FA70JQ
BS 258 485 RR3CX35JQ
BS 486 486 RR3FA70JQ
BS 487 678 RR3CX35JQ
BS 679 679 RR3FA70JQ
BS 680 779 RR3CX35JQ
BS 780 780 RR3FA70JQ
BS 781 802 RR3CX35JQ
BS 803 1095 RR3AK06TF
BS 1096 1096 RR3CX35TF
BS 1097 1126 RR3AK06TF
BS 1127 1127 RR3CX35TF
BS 1128 1308 RR3AK06TF

RD RR3CX35JQ 802 0 0
ATGATTGTAAATTATATGATTGTAAAAATTCAAAGTGAAAACAAATATGATTGTAAATAA
TATAGAGACATGTCTGTCAGTAACATTCATGAACAAACGGACAAGTTCAACAGGGTAAAA
TATCCCATAAAAAAAACAAATAAGCTGAATATCATACCTCGCCGTCCCATAACTCTTCCA
CAGACTTATAAGGGCTCAGTGTCTCGTGAGCAAAGAAGGAAGCATTCAGTAGCCTAGTCT
GTTCAATATCGGAAAATTTGGCAAACAATTCATTGGGTATAGACCAGTCAAAAACATCTA
AGTTCTCTCTGATCCTTCCTTCATTGGTACTTTTGGGAAGTACACTGTGACCCATTTGGA
GCCCCCAACAGAGCGCAACTTGAGCAGGAGATTTCCCAAGCTTTTCCGCAACCTTATTCA
GTATTGGATTCTTCAAAACATCGCTATGGGACCATCCCGGAAAACCCAATGGGAAGTATG
CACTGTGGTGAACTCCTTTGGATTTACAAAACTCTCGTAGCTTAGCTTGTCGCCAGGAAG
GATGGCATTCGACCTGATTAACAGCAGGGGGAACACGAGCTAGATCCAAGAGATTGCCTA
GTTTCTTGGTGGAGAAGTTGCTTACTCCTATGGCTCGTGCCTTACCCGAATCATAGAGTG
CCTCCATCGATTTCCATGCGTTAGGAATATCTACAGGCAAAAGGTTCTCTGGACTCACTC
CAACAGAACCTTTCTTCATCCGTACAGGCCAGTGAATCAAATACAGATCAACGTAGTCA*
GCTGCAGACTCTGTATAGTTCT

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3FA70JQ 767 0 0
CAAAGTGAAAACAAATATGATTGTAAATAATATAGAGACATGTCTGTCAGTAACATTCAT
GAACAAACGGACAAGTTCAACAGGGTAAAATATCCCATAGAAAAAACAAATAAGCTGAAT
ATTATACCTCGCCGTCCCATAACTCTTCCACAGACTTATAAGGGCTCAGTGTCTCGTGAG
CAAAGAAGGAAGCATTCAATAGCCTAGTCTGTTCAATATCGGAAAACTTGGCAAACAATT
CATTGGGTATAGACCAGTCAAAAACATCTAAGTTCTCTCTGATCCTTCCTTCATTGGTAC
TTTTGGGAAGTACACTGTGACCCATTTGGAGCCCCCAACAGAGCGCAACTTGAGCAGGAG
ATTTCCCAAGCTTTTCCGCAACCTTATTCAGTATTGGATTCTTCAAAACATCGCTATGGG
ACCATCCCGGAGAACCCAATGGGAAGTATGCACTGAGGTGAACTCCTTTGGATTTACAAA
ACTCTCGTAGCTTAGCTTGTCGCCAGGAAGGATGGCATTCGACCTGATTAACAGCAGGGG
GAACACGAGATAGATCCAAGAGATTGCCTAGTTTCTTGGTGGAGAAGTTGCTTACTCCTA
TGGCTCGTGCCTTACCCGAATCATAGAGTGCCTCCATCGATTTCCATGTGTTAGGAATAT
CTACAGGCAAAAGGTTCTCTGGACTCACTCCAACAGAACCTTTCTTCATCCGTACAGGCC
AGTGAATCAAATACAGATCAACGTAGTCAAGCTGCAGACTCTGTATA

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3AK06JQ 652 0 0
AAAAACAAATAAGCTGAATATCATACCTCGCCGTCCCATAACTCTTCCACAGACTTATAA
GGGCTCAGTGTCTCGTGAGCAAAGAAGGAAGCATTCAATAGCCTAGTCTGTTCAATATCG
GAAAACTTGGCAAACAATTCATTGGGTATAGACCAGTCAAAAACATCTAAGCTCTCTCTG
ATCCTTCCTTCATTGGTACTTTTGGGAAGTACACTGTGACCCATTTGGAGCCCCCAACAG
AGCGCAACTTGAGCAGGAGATTTCCCAAGCTTTTCCGCAACCTTATTCAGTATTGGATTC
TTCAAAACATCGCTATGGGACCATCCCGGAAAACCCAATGGGAAGTATGCACTGAGGTGA
ACTCCTTTGGATTTACAAAACTCTCGTAGCTTAACTTGTCGCCAGGAAGGATGGCATTCG
ACCTGGTTAACAGCAGGGGGAACACGAGCTAGATCCAAGAGATTGCCTAGTTTCTTGGTG
GAGAAGTTGCTTACTCCTATGGCTCGTGCCTTACCCGAATCATAGAGTGCCTCCATCGAT
TTCCATGTGTTAGGAATATCTACAGGCAAAAGGTTCTCTGGACTCACTCCAACAGAACCT
TTCTTCATCCGTACAGGCCAGTGAATCAAATACAGATCAACGTAGTCAAGCT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3FA70TF 594 0 0
GAACACGAGATAGATCCAAGAGATTGCCTAGTTTCTTGGTGGAGAAGTTGCTTACTCCTA
TGGCTCGTGCCTTACCCGAATCATAGAGTGCCTCCATCGATTTCCATGTGTTAGGAATAT
CTACAGGCAAAAGGTTCTCTGGACTCACTCCAACAGAACCTTTCTTCATCCGTACAGGCC
AGTGAATCAAATACAGATCAACGTAGTCAAGCTGCAGACTCTGTATAGTTCTGTTTAGTG
CCTCTGGTACATCTTGAGGGTCATGATCAGTACACCAGAGCTTGGAGGTGATGAACAACT
CCCCGCGTTTCACTACACCTTTTTCACACAATTTTTTCAAAGCTGTCCCAATCTCTTTTT
CGTTGCCATACAACTGAGCACAATCAATATGACGATAGCCGATCTTAACAGCAGCTGCTA
CGGCATCACCAACAACGCCAGGAGAGGCCTGCCATGTTCCAAGACCCACAGACGGGATCT
TAGCACCGGTGTTGAGCTCGAAGAATCTGAGAGCGTTCGACATTGTCAGAGATTTGGTGG
TTATGAGTTTAAGATCGCTGGTTTTGGTTTGACGCACACAGCATTTCTTAAAT
C

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3CX35TF 700 0 0
ACAAAACTCTCGTAGCTTAGCTTGTCGCCAGGAAGGATGGCATTCGAC*TGATTAACAGC
AGGGGGAACACGAGCTAGATCCAAGAGATTGCCTAGTTTCTTGGTGGAGAAGTTGCTTAC
TCCTATGGCTCGTGCCTTACCCGAATCATAGAGTGCCTCCATCGATTTCCATGCGTTAGG
AATATCTACAGGCAAAAGGTTCTCTGGACTCACTCCAACAGAACCTTTCTTCATCCGTAC
AGGCCAGTGAATCAAATACAGATCAACGTAGTCAAGCTGCAGACTCTGTATAGTTCTGTT
TAGTGCCTCTGGTACATCTTGAGGGTCATGATCAGTACACCAGAGCTTGGAGGTGATGAA
CAACTCCTCGCGTTTCACTACACCTTTTTCACACAATTTTTTCAAAGCTGTCCCAATCTC
TTTTTCGTTGCCATACAACTGAGCACAATCAATATGACGATAGCCGATCTTAACAGCAGC
TGCTACGGCATCACCAACAACGCCAGGAGAGGCCTGCCATGTTCCAAGACCCACAGACGG
GATCTTAGCACCGGTGTTGAGCTCGAAGAATCTGAGAGCGTTCGACATTGTCAGAGATTT
GGTGGTTATGAGTTTAAGATCGCTGGTTTTGGTTTGACGCACACAGCATTTCTTAAATGT
GTTGGTGGGAAGTGAGAGCTACAGAGGAGGGGAGATTC
CC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3AK06TF 808 0 0
GGA
TTACAAAACTCTCGTAGCTTAGCTTGTCGCCAGGAAGGATGGCATTCGACCTGGTTAACA
GCAGGGGGAACACGAGCTAGATCCAAGAGATTGCCTAGTTTCTTGGTGGAGAAGTTGCTT
ACTCCTATGGCTCGTGCCTTACCCGAATCATAGAGTGCCTCCATCGATTTCCATGTGTTA
GGAATATCTACAGGCAAAAGGTTCTCTGGACTCACTCCAACAGAACCTTTCTTCATCCGT
ACAGGCCAGTGAATCAAATACAGATCAACGTAGTCAAGCTGCAGACTCTGTATAGTTCTG
TTTAGTGCCTCTGGTACATCTTGAGGGTCATGATCAGTACACCAGAGCTTGGAGGTGATG
AACAACTCCTCGCGTTTCACTACACCTTTTTCACACAATTTTTTCAAAGCTGTCCCAATC
TCTTTTTCGTTGCCATACAACTGAGCACAATCAATATGACGATAGCCGATCTTAACAGCA
GCTGCTACGGCATCACCAACAACGCCAGGAGAGGCCTGCCATGTTCCAAGACCCACAGAC
GGGATCTTAGCACCGGTGTTGAGCTCGAAGAATCTGAGAGCGTTCGACATTGCCAGAGAT
TTGGTGGTTATGAGTTTAAGATCACTGGTTTTGGTTTGACGCACACAGCATTTCTTAAAT
GTGTTGGTGAGAAGTGAGAGCTACAGAGGAGGGGAGATTCGAAAGGTAACTTAATTTTTT
GCTTCAATTTTTAGTATTGCCACGTCTGATATCGACCATTACATGAACGTATATCATTCG
TTCATCTCATTTAGATATCCTCTCC

QA 4 808 4 808
DS 



AS 1 5

CO CL1429Contig1 727 5 8 U
GGAGTCGCTGCCTCGCCTCTCGCATCTCTTTTAACATTCCTCAGCGGAGAGCAGCAGCAG
CAACCGGTAGCCATGGCTGAACAGACTGAGAAGGCTTTTCTTAAGCAACCCAAGGTCTTC
CTAAGCTCCAAGACATCAGGGAAAGGAAAGAGACCTGGCAAAGGTGGTAACCGTTTCTCG
AAGAACATTGGCTTAGGTTTCAAGACTCCTCGTGAAGCCATTGAAGGAACTTACATTGAT
AGGAAATGTCCATTCACTGGAACCGTCTCTGTAAGAGGACGTATCTTAGCTGGTACTTGC
CACAGTGCTAAGATGCAGAGAACCATCATCGTTCGCAGGAACTACCTCCACTTCGTGAAG
AAGTATCAGAGGTATGAGAAGAGGCACTCCAACATCCCTGCTCACGTCTCACCCTGCTTC
CGTGTCAAAGAAGGTGATCATGTCATCATTGGCCAGTGCAGGCCCTTGTCGAAGACGGTG
AGGTTCAATGTGCTGAAGGTGATCCCAGCGGGCACGTCCGCCTTTGCAAAGAAGGCATTC
ACTGGAATGTAAGAGAGCTTTTTTGAAGTATTGGTTTTTTTGATTTTTGGAATGTTTTGT
TGAAGTCTCTGATTTGCCATTACCTACTTCCAACTTTCATCTGTTTTTATCTTCGTTATC
TCTAGAAATCAACTACTTTTTGTTTTACTTGATCAGAAAACCTTACTGCAATAAATCAAA
ATTAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3EQ34TF U 1
AF RR3FF81JQ C 31
AF RR3FF81TF U 31
AF RR3H664TF U 41
AF RR3EQ34JQ C 44
BS 1 419 RR3EQ34TF
BS 420 508 RR3FF81TF
BS 509 509 RR3H664TF
BS 510 683 RR3FF81TF
BS 684 685 RR3H664TF
BS 686 686 RR3EQ34JQ
BS 687 723 RR3H664TF
BS 724 727 RR3EQ34JQ

RD RR3EQ34TF 419 0 0
GGAGTCGCTGCCTCGCCTCTCGCATCTCTTTTAACATTCCTCAGCGGAGAGCAGCAGCAG
CAACCGGTAGCCATGGCTGAACAGACTGAGAAGGCTTTTCTTAAGCAACCCAAGGTCTTC
CTAAGCTCCAAGACATCAGGGAAAGGAAAGAGACCTGGCAAAGGTGGTAACCGTTTCTCG
AAGAACATTGGCTTAGGTTTCAAGACTCCTCGTGAAGCCATTGAAGGAACTTACATTGAT
AGGAAATGTCCATTCACTGGAACCGTCTCTGTAAGAGGACGTATCTTAGCTGGTACTTGC
CACAGTGCTAAGATGCAGAGAACCATCATCGTTCGCAGGAACTACCTCCACTTCGTGAAG
AAGTATCAGAGGTATGAGAAGAGGCACTCCAACATCCCTGCTCACGTCTCACCCTGCTT

QA 1 419 1 419
DS 

RD RR3FF81JQ 661 0 0
GG
AACATTCCTCAGCGGAGAGCAGCAGCAGCAACCGGTAGCCATGGCTGAACAGACTGAGAA
GGCTTTTCTTAAGCAACCCAAGGTCTTCCTAAGCTCCAAGACATCAGGGAAAGGAAAGAG
ACCTGGCAAAGGTGGTAACCGTTTCTCGAAGAACATTGGCTTAGGTTTCAAGACTCCTCG
TGAAGCCATTGAAGGAACTTACATTGATAGGAAATGTCCATTCACTGGAACCGTCTCTGT
AAGAGGACGTATTTTAGCTGGTACTTGCCACAGTGCTAAGATGCAGAGAACCATCATCGT
TCGCAGGAACTACCTCCACTTCGTGAAGAAGTATCAGAGGTATGAGAAGAGGCACTCCAA
CATCCCTGCTCACGTCTCACCCTGCTTCCGTGTCAAAGAAGGTGATCATGTCATCATTGG
CCAGTGCAGGCCCTTGTCGAAGACGGTGAGGTTCAATGTGCTGAAGGTGATCCCAG*GGG
CACGTCCGCCTTTGCAAAGAAGGCATTCACTGGAATGTAAGAGAGCTTTTTTGAAGTATT
GGTTTTTTTGATTTTTGGAATGTTTTGTTGAAGTCTCTGATTTGCCATTACCTACTTCCA
ACTTTCATCTGTTTTTATCTTCGTTATCTCTAGAAATCAACTACTTTTTGT
TTTACTCG

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR3FF81TF 661 0 0
GG
AACATTCCTCAGCGGAGAGCAGCAGCAGCAACCGGTAGCCATGGCTGAACAGACTGAGAA
GGCTTTTCTTAAGCAACCCAAGGTCTTCCTAAGCTCCAAGACATCAGGGAAAGGAAAGAG
ACCTGGCAAAGGTGGTAACCGTTTCTCGAAGAACATTGGCTTAGGTTTCAAGACTCCTCG
TGAAGCCATTGAAGGAACTTACATTGATAGGAAATGTCCATTCACTGGAACCGTCTCTGT
AAGAGGACGTATCTTAGCTGGTACTTGCCACAGTGCTAAGATGCAGAGAACCATCATCGT
TCGCAGGAACTACCTCCACTTCGTGAAGAAGTATCAGAGGTATGAGAAGAGGCACTCCAA
CATCCCTGCTCACGTCTCACCCTGCTTCCGTGTCAAAGAAGGTGATCATGTCATCATTGG
CCAGTGCAGGCCCTTGTCGAAGACGGTGAGGTTCAATGTGCTGAAGGTGATCCCAG*GGG
CACGTCCGCCTTTGCAAAGAAGGCATTCACTGGAATGTAAGAGAGCTTTTTTGAAGTATT
GGTTTTTTTGATTTTTGGAATGTTTTGTTGAAGTCTCTGATTTGCCATTACCTACTTCCA
ACTTTCATCTGTTTTTATCTTCGTTATCTCTAGAAATCAACTACTTTTTGT
TTTACTCG

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR3H664TF 687 0 0
GG
AGCGGAGAGCAGCAGCAGCAACCGGTATCCATGGCTGAACAGACTGAGAAGGCTTTTCTT
AAGCAACCCAAGGTCTTCCTAAGCTCCAAGACATCAGGGAAAGGAAAGAGACCTGGCAAA
GGTGGTAACCGTTTCTCGAAGAACATTGGCTTAGGTTTCAAGACTCCTCGTGAAGCCATT
GAAGGAACTTACATTGATAGGAAATGTCCATTCACTGGAACCGTCTCTGTAAGAGGACGT
ATCTTAGCTGGTACTTGCCACAGTGCTAAGATGCAGAGAACCATCATCGTTCGCAGGAAC
TACCTCCACTTCGTGAAGAAGTATCAGAGGTATGAGAAGAGGCACTCCAACATCCCTGCT
CACGTCTCACCCTGCTTCCGTGTCAAAGAAGGTGATCATGTCATCATTGGCCAGTGCAGG
CCCTTGTCGAAGACGGTGAGGTTCAATGTGCTGAAGGTGATCCCAGCGGGCGCGTCCGCC
TTTGCAAAGAAGGCATTCACTGGAATGTAAGAGAGCTTTTTTGAAGTATTGGTTTTTTTG
ATTTTTGGAACGTTTTGTTGAAGTCTCTGATTTGCCATTACCTACTTCCAACTTTCATCT
GTTTTTATCTTCGTTATCTCTAGAAATCAACTACTTTTGTTTT*ACTTGATCAGAAAACC
TTACTGCAATAAATCAAAATT
GGTT

QA 3 683 3 683
DS 

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GCGGAGAGCAGCAGCAGCAACCGGTAGCCATGGCTGAACAGACTGAGAAGGCTTTTCTTA
AGCAACCCAAGGTCTTC*TAAGCTCCAAGACATCAGGGAAAGGAAAGAGACCTGGCAAAG
GTGGTAACCGTTTCTCGAAGAACATTGGCTTAGGTTTCAAGACTCCTCGTGAAGCCATTG
AAGGAACTTACATTGATAGGAAATGTCCATTCACTGGAACCGTCTCTGTAAGAGGACGTA
TCTTAGCTGGTACTTGCCACAGTGCTAAGATGCAGAGAACCATCATCGTTCGCAGGAACT
ACCTCCACTTCGTGAAGAAGTATCAGAGGTATGAGAAGAGGCACTCCAACATCCCTGCTC
ACGTCTCACCCTGCTTCCGTGTCAAAGAAGGTGATCATGTCATCATTGGCCAGTGCAGGC
CCTTGTCGAAGACGGTGAGGTTCAATGTGCTGAAGGTGATCCCAGCGGGCGCGTCCGCCT
TTGCAAAGAAGGCATTCACTGGAATGTAAGAGAGCTTTTTTGAAGTATTGGTTTTTTTGA
TTTTTGGAATGTTTTGTTGAAGTCTCTGATTTGCCATTACCTACTTCCAACTTTCATCTG
TTTTTATCTTCGTTATCTCTAGAAATCAACTACTTTTTGTTTTACTTGGTCAGAAAACCT
TACTGCAATAAATCAAAATTAGTT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 6

CO CL1430Contig1 1427 6 9 U
GGAACAAATATCTGACTTGTCAGCTCTCCCACCTATCACGCAGAGAGAATGGAGGAGTCA
CGAGAATCTCCGGCGGAACACGGCTTCTACATGCCGGCGGAGTGGGAACCTCATGCTCAA
ACCTGGATCGGTTGGCCTGAACGGCAAGATAACTGGCGTCACAACGCTTTGCCTGCACAA
CGAGTGTTCGTAGATGTTGCAAAGGCGATTTCAATGTTCGAGCCTGTTACAGTCTGTGCA
AGCTCCGCTCAGTGGGAAAATGCAAGGAAACAACTTCCAGAGGAGATCAGAGTTGTTGAG
ATGAGCATGAATGATTCTTGGTTCCGCGACTCTGGACCTACTTTTGTAGTGCGGAAAATA
CCATTAAATCTCAGTTCCCTTACCCGAAACATCGCTGGAGTCGACTGGAATTTCAATGCC
TGGGGAGGAACTGATGATGGCTGCTATAATGATTGGAGTCATGACCTCCTAGTTTCAAAA
AAGATTCTCGCTGTTGAGCGGATTCCAAGATTTCAGCACTCGATGATTCTTGAAGGAGGC
AGCATCCATGTCGACGGGGAAGGTACCTGTCTTGTGACTGAAGAGTGTCTCTTGAACAAA
AACCGGAACCCTCACATGAGCAAAGAGCAGATAGAGGAAGAGCTCAAGAGATATCTCGGA
GTACAAACATTCATATGGCTTCCTCGTGGTCTATACGGTGATGATGACACAAACGGCCAC
ATTGATAACATGTGCTGCTTTGCTAAACCGGGAGTTGTGTTACTGTCTTGGACAGACGAT
GAAGCTGATCCTCAATACGAAAGATCGGTAGAAGCTCTTTCGGTTTTCTCAAACTCTGTT
GATGCTCGTGGCAGGAAGATTCAAGTCATCAAGCTCCACGTCCCTGGACCGCTTTATATG
ACCGAAGAAGAATCCTCTGGGATCATTCAGGAAGGTGAAGCTAAAGCAAGGCTTGCAGGG
ACAAGACTGGCAGCATCGTATGTGAACTTCTACATCGCTAACGGAGGAATAATCGTGCCC
CAGTTCGGTGACGCGAAACGCGATGAAGAAGCGATTCGCGTTCTCTCAGAGACGTATCCT
CATCACTCGGTTGTGGGGATCGAGAATGCAAGAGAGATCGTTCTAGCTGGAGGAAACATA
CATTGCATTACGCAGCAGCAACCGGCGGAGCCTAATTCCCTCGCCGTCAAAGGCCATTGA
CGGTGTTCTTCGCGGGAATGAAGATTACTGCCGTTCCCGGGCCGTTAATTATATATTCGA
TTCAGAAGAGCGAACCAGAACTGTTGTATTGTTTTCTAAAACCGTATCGGTTTAATATTA
GTAAACCATTTCTGTCGGTTTGAATACCAAAATGGAAAATAGATTTTTATTGGACCCAAA
AAAGGTGATGATTGTCTTCTTGGTACGACTTTTCCTGGTTAAATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BS24TF U 1
AF RR3H911TF U 36
AF RR3AD58TF U 29
AF RR3AD58JQ C 570
AF RR3H911JQ C 739
AF RR3BS24JQ C 749
BS 1 693 RR3BS24TF
BS 694 854 RR3AD58TF
BS 855 855 RR3AD58JQ
BS 856 889 RR3AD58TF
BS 890 890 RR3AD58JQ
BS 891 899 RR3AD58TF
BS 900 1355 RR3AD58JQ
BS 1356 1377 RR3H911JQ
BS 1378 1427 RR3BS24JQ

RD RR3BS24TF 693 0 0
GGAACAAATATCTGACTTGTCAGCTCTCCCACCTATCACGCAGAGAGAATGGAGGAGTCA
CGAGAATCTCCGGCGGAACACGGCTTCTACATGCCGGCGGAGTGGGAACCTCATGCTCAA
ACCTGGATCGGTTGGCCTGAACGGCAAGATAACTGGCGTCACAACGCTTTGCCTGCACAA
CGAGTGTTCGTAGATGTTGCAAAGGCGATTTCAATGTTCGAGCCTGTTACAGTCTGTGCA
AGCTCCGCTCAGTGGGAAAATGCAAGGAAACAACTTCCAGAGGAGATCAGAGTTGTTGAG
ATGAGCATGAATGATTCTTGGTTCCGCGACTCTGGACCTACTTTTGTAGTGCGGAAAATA
CCATTAAATCTCAGTTCCCTTACCCGAAACATCGCTGGAGTCGACTGGAATTTCAATGCC
TGGGGAGGAACTGATGATGGCTGCTATAATGATTGGAGTCATGACCTCCTAGTTTCAAAA
AAGATTCTCGCTGTTGAGCGGATTCCAAGATTTCAGCACTCGATGATTCTTGAAGGAGGC
AGCATCCATGTCGACGGGGAAGGTACCTGTCTTGTGACTGAAGAGTGTCTCTTGAACAAA
AACCGGAACCCTCACATGAGCAAAGAGCAGATAGAGGAAGAGCTCAAGAGATATCTCGGA
GTACAAACATTCATATGGCTTCCTCGTGGTCTA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3H911TF 768 0 0
GG
ACGCAGAGAGAATGGAGGAGTCACGAGAATCTCCGGCGGAACACGGCTTCTACATGCCGG
CGGAGTGGGAACCTCATGCTCAAACCTGGATCGGTTGGCCTGAACGGCAAGATAACTGGC
GTCACAACTCTTTGCCTGCACAACGAGTGTTCGTAGATGTTGCAAAGGCGATTTCAATGT
TCGAGCCTGTTACAGTCTGTGCAAGCTCCGCTCAGTGGGAAAATGCAAGGAAACAACTTC
CAGAGGAGATCAGAGTTGTTGAGATGAGCATGAATGATTCTTGGTTCCGCGACTCTGGAC
CTACTTTTGTAGTGCGGAAAATACCATTAAATCTCAGTTCCCTTACCCGAAACATCGCTG
GAGTCGACTGGAATTTCAATGCCTGGGGAGGAACTGATGATGGCTGCTATAATGATTGGA
GTCATGACCTCCTAGTTTCAAAAAAGATTCTCGCTGTTGAGCGGATTCCAAGATTTCAGC
ACTCGATGATTCTTGAAGGAGGCAGCATCCATGTCGACGGGGAAGTTACCTGTCTTGTGA
CTGAAGAGTGTCTCTTGAACAAAAACCGGAACCCTCACATGAGCAAAGAGCAGATAGAGG
AAGAGCTCAAGAGATATCTCGGAGTACAAACATTCATATGGCTTCCTCGTGGTCTATACG
*TGATGATGACACAAACGGCCACATTGATAACATGTGCTGCTTTGCTAAACCGGGAGTTG
TGTTACTGTCTTGGACAGACGATGAAGCTGATCCTCAATACGAAAG

QA 3 768 3 768
DS 

RD RR3AD58TF 871 0 0
GGACCTATC
ACGCAGAGAGAATGGAGGAGTCACGAGAATCTCCGGCGGAACACGGCTTCTACATGCCGG
CGGAGTGGGAACCTCATGCTCAAACCTGGATCGGTTGGCCTGAACGGCAAGATAACTGGC
GTCACAACGCTTTGCCTGCACAACGAGTGTTCGTAGATGTTGCAAAGGCGATTTCAATGT
TCGAGCCTGTTACAGTCTGTGCAAGCTCCGCTCAGTGGGAAAATGCAAGGAAACAACTTC
CAGAGGAGATCAGAGTTGTTGAGATGAGCATGAATGATTCTTGGTTCCGCGACTCTGGAC
CTACTTTTGTAGTGCGGAAAATACCATTAAATCTCAGTTCCCTTACCCGAAACATCGCTG
GAGTCGACTGGAATTTCAATGCCTGGGGAGGAACTGATGATGGCTGCTATAATGATTGGA
GTCATGACCTCCTAGTTTCAAAAAAGATTCTCGCTGTTGAGCGGATTCCAAGATTTCAGC
ACTCGATGATTCTTGAAGGAGGCAGCATCCATGTCGACGGGGAAGGTACCTGTCTTGTGA
CTGAAGAGTGTCTCTTGAACAAAAACCGGAACCCTCACATGAGCAAAGAGCAGATAGAGG
AAGAGCTCAAGAGATATCTCGGAGTACAAACATTCATATGGCTTCCTCGTGGTCTATACG
GTGATGATGACACAAACGGCCACATTGATAACATGTGCTGCTTTGCTAAACCGGGAGTTG
TGTTACTGTCTTGGACAGACGATGAAGCTGATCCTCAATACGAAAGATCGGTAGAAGCTC
TTTCGGTTTTCTCAAACTCTGTTGATGCTCGTGGCAG*AAGATTCAAGTCATCAAGCTCC
ACGTCCCTGGAC*GCTTTATAT

QA 10 871 10 871
DS 

RD RR3AD58JQ 786 0 0
TCTTGTGACTGAAGAGTGTCTCTTGAACAAAAACCGGAACCCTCACATGAGCAAAGAGCA
GATAGAGGAAGAGCTCAAGAGATATCTCGGAGTACAAACATTCATATGGCTTCCTCGTGG
TCTATACGGTGATGATGACACAAACGGCCACATTGATAACATGTGCTGCTTTGCTAAACC
GGGAGTTGTGTTACTGTCTTGGACAGACGATGAAGCTGATCCTCAATACGAAAGATCGGT
AGAAGCTCTTTCGGTTTTCTCAAACTCTGTTGATGCTCGTGGCAGGAAGATTCAAGTCAT
CAAGCTCCACGTCCCTGGACCGCTTTATATGACCGAAGAAGAATCCTCTGGGATCATTCA
GGAAGGTGAAGCTAAAGCAAGGCTTGCAGGGACAAGACTGGCAGCATCGTATGTGAACTT
CTACATCGCTAACGGAGGAATAATCGTGCCCCAGTTCGGTGACGCGAAACGCGATGAAGA
AGCGATTCGCGTTCTCTCAGAGACGTATCCTCATCACTCGGTTGTGGGGATCGAGAATGC
AAGAGAGATCGTTCTAGCTGGAGGAAACATACATTGCATTACGCAGCAGCAACCGGCGGA
GCCTAATTCCCTCGCCGTCAAAGGCCATTGACGGTGTTCTTCGCGGGAATGAAGATTACT
GCCGTTCCCGGGCCGTTAATTATATATTCGATTCAGAAGAGCGAACCAGAACTGTTGTAT
TGTTTTCTAAAACCGTATCGGTTTAATATTAGTAAACCATTTCTGTCGGTTTGAATACCA
AAATGG

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3H911JQ 639 0 0
TTTGCTAAACCGGGAGTTGTGTTACTGTCTTGGACAGACGATGAAGCTGATCCTCAATAC
GAAAGATCGGTAGAAGCTCTTTCGGTTTTCTCAAACTCTGTTGATGCTCGTGGCAGGAAG
ATTCAAGTCATCAAGCTCCACGTCCCTGGACCGCTTTATATGACCGAAGAAGAATCCTCT
GGGATCATTCAGGAAGGTGAAGCTAAAGCAAGGCTTGCAGGGACAAGACTGGCAGCATCG
TATGTGAACTTCTACATCGCTAACGGAGGAATAATCGTGCCCCAGTTCGGTGACGCGAAA
CGCGATGAAGAAGCGATTCGCGTTCTTTCAGAGACGTATCCTCATCACTCGGTTGTGGGG
ATCGAGAATGCAAGAGAGATCGTTCTAGCTGGAGGAAACATACATTGCATTACGCAGCAG
CAACCGGCGGAGCCTAATTCCCTCGCCGTCAAAGGCCATTGACGGTGTTCTTCGCGGGAA
TGAAGATTACTGCCGTTCCCGGGCCGTTAATTATATATTCGATTCAGAAGAGCGAACCAG
AACTGTTGTATTGTTTTCTAAAACCGTATCGGTTTAATATTAGTAAACCATTTCTGTCGG
TTTGAATACCAAAATGGAAAATAGATTTTTATTGGACCC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3BS24JQ 679 0 0
CGGGAGTTGTGTTACTGTCTTGGACAGACGATGAAGCTGATCCTCAATACGAAAGATCGG
TAGAAGCTCTTTCGGTTT*CTCAAACTCTGTTGATGCTCGTGGCAGGAAGATTCAAGTCA
TCAAGCTCCACGTCCCTGGACCGCTTTATATGACCGAAGAAGAATCCTCTGGGATCATTC
AGGAAGGTGAAGCTAAAGCAAGGCTTGCAGGGACAAGACTGGCAGCATCGTATGTGAACT
TCTACATCGCTAACGGAGGAATAATCGTGCCCCAGTTCGGTGACGCGAAACGCTATGAAG
AAGCGATTCGCGTTCTCTCAGAGACGTATCCTCATCACTCGGTTGTGGGGATCGAGAATG
CAAGAGAGATCGTTCTAGCTGGAGGAAACATACATTGCATTACGCAGCAGCAACCGGCGG
AGCCTAATTCCCTCGCCGTCAAAGGCCATTGACGGTGTTCTTCGCGGGAATGAAGATTAC
TGCCGTTCCCGGGCCGTTAATTATATATTCGATTCAGAAGAGCGAACCAGAACTGTTGTA
TTGTTTTCTAAAACCGTATCGGTTTAATATTAGTAAACCATTTCTGTCGGTTTGAATACC
AAAATGGAAAATAGATTTTTATTGGACCCAAAAAAGGTGATGATTGTCTTCTTGGTACGA
CTTTTCCTGGTTAAATTTT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 2 6

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AAGGTGTTAAGTACTTCAGCCCTGTTTACCTTTTCGATGAAGGCTCAACCATCTCGTGGA
TCCCTTGTGGTCGCAAACTCACCTGCTCGTACCCTGGCATCAAGTTCAACTACGAACCTG
ATACCTACTTCGACCATGAGGTTTCGGTTTTGGAGATGGATGGGCAATTCGATAGACTAG
ACGAGCTGATTTACGTGGAGAGTCATTTGAGCAACCTCTCGACCAAATTCTACGGTGAAG
TCACTCAACAGATGCTTAAACATGCTGACTTCCCTGGCAACAACAACGGGACTGGTCTAT
TCCAGACCATTGTTGGATTGAAGATCAGAGACCTCTATGAGCAGCTCATTGCTAACAAAG
CCACTGTTCCTGCAGAAGCTTCTAAAGCCTAAGAAAGAAAAATAAAACCCGTCGATAAAT
CCATTCTCAGTTTCTTTCCTTCTTTCTTTATGCCGCGGATGTTCATGGCGAAAAAGTACG
GTCTTGCTTGGTTTGTAATTTGTGTGGAGATGGTCAAAAAGAAAAAAATATGTAATGTAG
AGAAGTTTATATATAGCAGAGCAATAATATTCTAGTTAATAC


BQ
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AF RR3AJ35TF U 1
AF RR3AJ35JQ C 354
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GTCTTGCTTGGTTTGTAATTTGTGTGGAGATGGTCAAAAAGAAAAAAATATGTAATGTAG
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QA 1 642 1 642
DS 

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GGTT
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TAGAGAAGTTTATATATAGCAGAGCAATAATATTCTAGTTAATAC

QA 5 289 5 289
DS 



CO CL1431Contig2 1503 4 11 U
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TTTTTGACCATCTCCACATATTTTTCTTTTTGACCATCTCCACACAAATTACAAACCAAG
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GCTGCGTTGGAAGCACTTCTATCACCGCATCCGCATACTGCTTTTGTGGGTCAATGAATG
CATCGAAGTCGGGCCTTCGTGCTTCGATACTTGCTTTGATGCTCTCTAGACTGTGACCTC
TTTCAGCCATGTCCCTCTGGATTTTCAAAGCGAACTTGACCTCATTGCTAATGTCTAGGT
AGATACTGAAGTCCAATAATTCTCTTACTCTCTCATCAAACATTGGGTGAAGACCTTCAA
TGACGAGAATCTTGGGAGGCTGAATAAGCTCAGGGGCATCAAGAAGTCCAGTGACGTGAT
TATAAATGGGTTTCTCGACGGCGATACCGCTCTTGAGAGCTTTGACTTGCTCGTACATGA
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TGGAGTCAGGGTTCCCTCCTTTCGGTGGCTCGGCGGCGCCACCGAAGACACTGGTCAGCC
TCCGCATGAAGGTACTTTTACCGCATCCTGAGTCGGCTGCGAGTCCGATCACGACGGTTT
GTTGTGCAGCGCAAGTGATGATTGTGTTGAATCTACGGTTGGTTTGGGATTGATGGCGAC
GGTAGAAGAAGACTTGTTTTGAGGTGGAGGAAGAAGGAGAAGAGGTTAGGAAATGAGTTG
AGTTGAGAGCTTGTGTTGAGTAGATTGTTGAGACAGCCATTTTTGTTGATGTTTGGTTCC
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TCC


BQ
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10 10 10 

AF RR3BE44JQ U 6
AF RR3D016JQ U 1
AF RR3D016TF C 470
AF RR3BE44TF C 658
BS 1 180 RR3D016JQ
BS 181 181 RR3BE44JQ
BS 182 309 RR3D016JQ
BS 310 310 RR3BE44JQ
BS 311 743 RR3D016JQ
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BS 807 807 RR3BE44TF
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BS 1133 1503 RR3BE44TF

RD RR3BE44JQ 707 0 0
GG
CTAGAATATTATTGCTCTGCTATATATAAACTTCTCTACATTACATATTTTTCTTTTTGA
CCATCTCCACATATTTTTCTTTTTGACCATCTCCACACAAATTACAAACCAAGCAAGACC
GTCCTTTTTCGCCATGAAAATCCGCGGCATAAAGAAAGAAGGAAAGAAACTGAAAATGGA
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TTTGTTAGCAATGAGCTGCTCATAGAGATCTCTGATCTTCAATCCAACAATGGTCTGGAA
TAAACCAGTCCCGTTGTTGCTGCCAGGGAAGTCAGCATGTTTAAGCATCTGTTGAGTGAC
TTCACCGTAAAATTTGGTCGAGAGGTTGCTCAAATGACTCTCCACGTAAATCAGCTCGTC
TAGTCTATCGAATTGCCCATCCATCTCCAAAACCGAAACCTCATGGTCGAAGTAGGTATC
AGGTTCGTAGTTGAACTTGATGCCAGGGTACGAGCAGGTGAGTTTGCGACCACAAGGGAT
CCACGAGATAGTTGAGCCTTCATCGAAAAGGTAAACAGGGCTGAAGTACTTAACACCTTC
CTTCATTATCAATCTCACTCTCAACACTTTGCCTTCATTGTCATCCGGAATCAGCTGCGT
TGGAAGCACTTCTATCACCGCATCCGCATACTGCTTTTGTGGGTC

QA 3 707 3 707
DS 

RD RR3D016JQ 743 0 0
CCTTTAACTAGAATATTATTGCTCTGCTATATATAAACTTCTCTACATTACATATTTTTC
TTTTTGACCATCTCCACATATTTTTCTTTTTGACCATCTCCACACAAATTACAAACCAAG
CAAGACCGTCCTTTTTCGCCATGAAAATCCGCGGCATAAAGAAAGAAGGAAAGAAACTGA
GAATGGATTTATCGACGGGTTTTATTTTGTTTTCTTAGGCTTTAGCAGCTTCTGCAGGAG
CAGTGACTTTGTTAGCAATGAGCTGCTCATAGAGATCTCTGATCTTCAATCCAACAATGG
TCTGGAATAGACCAGTCCCGTTGTTGCTGCCAGGGAAGTCAGCATGTTTAAGCATCTGTT
GAGTGACTTCACCGTAAAATTTGGTCGAGAGGTTGCTCAAATGACTCTCCACGTAAATCA
GCTCGTCTAGTCTATCGAATTGCCCATCCATCTCCAAAACCGAAACCTCATGGTCGAAGT
AGGTATCAGGTTCGTAGTTGAACTTGATGCCAGGGTACGAGCAGGTGAGTTTGCGACCAC
AAGGGATCCACGAGATAGTTGAGCCTTCATCGAAAAGGTAAACAGGGCTGAAGTACTTAA
CACCTTCCTTCATTATCAATCTCACTCTCAACACTTTGCCTTCATTGTCATCCGGAATCA
GCTGCGTTGGAAGCACTTCTATCACCGCATCCGCATACTGCTTTTGTGGGTCAATGAATG
CATCGAAGTCGGGCCTTCGTGCT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3D016TF 664 0 0
ATGGTCGAAGTAGGTATCAGGTTCGTAGTTGAACTTGATGCCAGGGTACGAGCAGGTGAG
TTTGCGACCACAAGGGATCCACGAGATAGTTGAGCCTTCATCGAAAAGGTAAACAGGGCT
GAAGTACTTAACACCTTCCTTCATTATCAATCTCACTCTCAACACTTTGCCTTCATTGTC
ATCCGGAATCAGCTGCGTTGGAAGCACTTCTATCACCGCATCCGCATACTGCTTTTGTGG
GTCAATGAATGCATCGAAGTCGGGCCTTCGTGCTTCGATACTTGCTTTGATGCTCTCTAG
ACTGTGACCTCTTTCAGCCATGTCCCTCTGGATTTTCCAAGCGAACTTGACCTCATTGCT
AATGTCTAGGTAGATACTGAAGTCCAATAATTCTCTTACTCTCTCATCAAACAT*GGGTG
AAGACCTTCAATGACGAGAATCTTGGGAGGCTGAATAAGCTCAGGGGCATCAAGAAGTCC
AGTGACGTGATTATAAATGGGTTTCTCGACGGCGATACCGCTCTTGAGAGCTTTGACTTG
CTCGTACATGAGATCAAAGTCATTGGCGCGTGGGTCCAAAGCAGTGACTCCTTTCTCCTT
GCGACCAGTCCTGTCTAAGGAATGGTAATCATCGAGACAGATTACAGTGGTCATGTCACT
GAT
C

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3BE44TF 846 0 0
TCAGCTGCGT*GGAAGCACTTCTATCACCGCATCCGCATACTGCTTTTGTGGGTCAATGA
ATGCATCGAAGTCGGGCTTTCGTGCTTCGATACTTGCTTTGATGCTCTCTAGACTGTGAC
CTCTT*CAGCCATGTCCCTCTGGATTTTCAAAGCGAACTTGACCTCATTGCTAATGTCTA
GGTAGATACTGAAGTCCAATAATTCTCTTACTCTCTCATCAAACATTGGGTGAAGACCTT
CAATGACGAGAATCTTGGGAGGCTGAATAAGCTCAGGGGCATCAAGAAGTCCAGTGACGT
GATTATAAATGGGTTTCTCGACGGCGATACCGCTCTTGAGAGCTTTGACTTGCTCGTACA
TGAGATCAAAGTCATTGGCGCGTGGGTCCAAAGCAGTGACTCCTTTCTCCTTGCGACCAG
TCCTGTCTAAGGAATGGTAATCATCGAGACAGATTACAGTGGTCATGTCACTGATGAGTG
TGTTGGAGTCAGGGTTCCCTCCTTTCGGTGGCTCGGCGGCGCCACCGAAGACACTGGTCA
GCCTCCGCATGAAGGTACTTTTACCGCATCCTGAGTCGGCTGCGAGTCCGATCACGACGG
TTTGTTGTGCAGCGCAAGTGATGATTGTGTTGAATCTACGGTTGGTTTGGGATTGATGGC
GACGGTAGAAGAAGACTTGTTTTGAGGTGGAGGAAGAAGGAGAAGAGGTTAGGAAATGAG
TTGAGTTGAGAGCTTGTGTTGAGTAGATTGTTGAGACAGCCATTTTTGTTGATGTTTGGT
TCCTCCTCTTCCTCTTCTTCTCCGCCTAAGCTTTCTCTCTGCTTTGGTTTGAGTGATGAG
GATTCC

QA 1 846 1 846
DS 



AS 1 5

CO CL1432Contig1 1220 5 11 U
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AAAAGAATATACAAATCCAATTCCAACACATAAAAAGAACATACATCCATGGTAAAAGAT
TAAACAAATATGTAAACAAGTTTTCTTCCCTATTTTGATTTTTATCCAAAACCACCCACT
TAACATAATCTGAGTCAGTATAGCACATTGAGAAGCTGCCGTTGCTTAGCTTCATCTGAG
CGTAGTGAGTAGATATCCGGTGGAGCTGTGATGCCTCCTTGCTGTACCAGTTTACCATTC
TTCGGTTTGTGTTGATCGAGATAAACAACAACGACACTTATGTCGTCATGGAAATGTCTT
CGAACTCCTCTGGCGATTTTCTTCATATCTCCATATCTCATTTCTCTCTTCTTCGCAGCT
TCCTCGAGAGCTGCTCTTACGAGTCTTCGTGCGATTCCAGCTCTTGGGTGTTTGAGTACA
ATCTCTACGGCTGCTTCATCAGTAAGATGTTCCCAGAGACCATCTGATGCAAATATGAGA
AACAAGTCCTGTGGCTTAAGCTTCCTTACAATGATGGAGGGTTCGGCTGTCATCGCAGGT
CTCCTCAAAGGAATGGGATTCCCATGTTGCTGGAAAACCGGATCCCTGTAAAACTCTGGT
TTCTTCAAGTATACATCCCCAATTGATCTCGATACCTGAATAATGCCTTTAATCCTCCAA
ACTCCACGAATAAACATAACAATCTGCGAATCATCAGGGTTAAGCGCCTTAACCTCCTTC
CTCACTTCTTCAACAGCGACATTATGATCAGTAGACAACCTCTCAGCTACAGCAACCCCT
GAAACCAATCTCCCAAGAACCGCTCTCGAGTCTCCGAGATACGCAACGTACAGCGTCCCA
TCAGAGACAGCACCAAAGAGACAGCAAGTCCCCACAGTAGCCATCTGCGGTTTCGACGGT
AAAGATCGTTTAACCATATGACAAAAATCCTCCTCAGTTTCTTTAAATGCTTTTCTAATC
ACATCTGCTGATAGTCCTCCTTCTTCTTTAGCGAACTTGTGGATATAAGGGAAGAGATGT
CTGTTAACGAATCTAGAAGCCTCGGGTCCGCCATGTCCGTCGTGGACGCCGACGTAAGTG
GCGGAGGATGATGTGAAGACCTGACTCTGATCCTCTAGTCTCGAATTGGCTTGAACCACC
GCGATCGAATACTCACCGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C611JQ U 1
AF RR3C181JQ U 59
AF RR3E104JQ U 88
AF RR3C181TF C 238
AF RR3E104TF C 570
BS 1 86 RR3C611JQ
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BS 882 987 RR3C181TF
BS 988 1220 RR3E104TF

RD RR3C611JQ 726 0 0
CGGTACAACAAAAGTATTGATTGTCAAAAGCAAAACTGCTTTGCCCAAAAAGAAAAGGGT
AAAAGAATATACAAATCCAATTCCAATACATAAAAAGAACATACATCCATGGTAAAAGAT
TAAACAAATATGTAAACAAGTTTTCTTCCCTATTTTGATTTTTATCCAAAACCACCCACT
TAACATAATCTGAGTCAGTATAGCACATTGAGAAGCTGCCGTTGCTTAGCTTCATCTGAG
CGTAGTGAGTAGATATCCGGTGGAGCTGTGATGCCTCCTTGCTGTACCAGTTTACCATTC
TTCGGTTTGTGTTGATCGAGATAAACAACAACGACACTTATGTCGTCATGGAAATGTCTT
CGAACTCCTCTGGCGATTTTCTTCATATCTCCATATCTCATTTCTCTCTTCTTCGCAGCT
TCCTCGAGAGCTGCTCTTACAAGTCTTCGTGCGATTCCAGCTCTTGGGTGTTTGAGTACA
ATCTCTACGGCTGCTTCATCAGTAAGATGTTCCCAGAGACCATCTGATGCAAATATGAGA
AACAAGTCCTGTGGCTTAAGCTTCCTTACAATGATGGAGGGTTCGGCTGTCATCGCAGGT
CTCCTCAAAGGAATGGGATTCCCATGTTGCTGGAAAACCGGATCCCTGTAAAACTCTGGT
TTCTTCAAGTATACATCCCCAATTGATCTCGATACCTGAATAATGCCTTTAATCCTCCAA
ACTCCA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3C181JQ 689 0 0
GTAAAAGAATATACAAATCCAATTCCAACACATAAAAAGAACATACATCCATGGTAAAAG
ATTAAACAAATATGTAAACAAGTTTTCTTCCCTATTTTGATTTTTATCCAAAACCACCCA
CTTAACATAATCTGAGTCAGTATAGCACATTGAGAAGCTGCCGTTGCTTAGCTTCATCTG
AGCGTAGTGAGTAGATATCCCGTGGAGCTGTGATGCCTCCTTGCTGTACCAGTTTACCAT
TCTTCGGTTTGTGTTGATCGAGATAAACAACAACGACACTTATGTCGTCATGGAAATGTC
TTCGAACTCCTCTGGCGATTTTCTTCATATCTCCATATCTCATTTCTCTCTTCTTCGCAG
CTTCCTCGAGAGCTGCTCTTACGAGTCTTCGTGCGATTCCAGCTCTTGGGTGTTTGAGTA
CAATCTCTACGGCTGCTTCATCAGTAAGATGTTCCCAGAGACCATCTGATGCAAATATGA
GAAACAAGTCCTGTGGCTTAAGCTTCCTTACAATGATGGAGGGTTCGGCTGTCATCGCAG
GTCTCCTCAAAGGAATGGGATTCCCATGTTGCTGGAAAACCGGATCCCTGTAAAACTCTG
GTTTCTTCAAGTATACATCCCCAATTGATCTCGATACCTGAATAATGCCTTTAATCCTCC
AAACTCCACGAATAAACATAACAATCTGC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3E104JQ 710 0 0
G
CATAAAAAGAACATACATCCATGGTAAAAGATTAAACAAATGTGTAAACAAATTTTCTTC
CCTATTTTGATTTTTATCCAAAACCACCCACTTAACATAATCTGAGTCAGTATAGCACAT
TGAGAAGCTGCCGTTGCTTAGCTTCATCTGAGCGTAGTGAGTAGATATCCGGTGGAGCTG
TGATGCCTCCTTGCTGCACCAGTTCACCATTCTTCGGTTTGTGTTGATCGAGATAAACAA
CAACGACACTTATGTCGTCATGGAAATGTCTTCAAACTCCTCTGGCGATTTTCTTCATAT
CTCCATATCTCATTTCTCTCTTCTTCGCAGCTTCCTCGAGAGCTGCTCTTACAAGTCTTC
GTGCGATTCCAGCTCTTGGGTGTTTGAGTACAATCTCTACGGCTGCTTCATCAGTAAGAT
GTTCCCAGAGACCATCTAATGCAAATATGAGAAACAAGTCCTGTGGCTTAAGCTTCCTTA
CAATGATGGAGGGTTCGGCTGTCATCGCAGGTCTCCTCAAAGGAATGGGATTCCCATGTT
ACTGGAAAACCGGATCCCTGTAAAACTCTGGTTTCTTCAAGTATACATCCCCAATTGATC
TCGATACCTGAATAATGCCTTTAATCCTCCAAACTCCACGAATAAACATAACAATCTGCG
AATCATCAGGGTTAAGCGCCTTAACCTCCTTCCTCACTTCTTCAACAGC

QA 2 710 2 710
DS 

RD RR3C181TF 750 0 0
GAGCGTAGTGAGTAGATATCC*GTGGAGCTGTGATGC*TCCTTGCTGTACCAGTTTACCA
TTCTTCGGTT*GTGTTGATCGAGATAAACAACAACGACACTTATGTCGTCATGGAAATGT
CTTCGAACTCCTCTGGCGATTTTCTTCATATCTCCATATCTCATTTCTCTCTTCTTCGCA
GCTTCCTCGAGAGCTGCTCTTACGAGTCTTCGTGCGATTCCAGCTCTTGGGTGTTTGAGT
ACAATCTCTACGGCTGCTTCATCAGTAAGATGTTCCCAGAGACCATCTGATGCAAATATG
AGAAACAAGTCCTGTGGCTTAAGCTTCCTTACAATGATGGAGGGTTCGGCTGTCATCGCA
GGTCTCCTCAAAGGAATGGGATTCCCATGTTGCTGGAAAACCGGATCCCTGTAAAACTCT
GGTTTCTTCAAGTATACATCCCCAATTGATCTCGATACCTGAATAATGCCTTTAATCCTC
CAAACTCCACGAATAAACATAACAATCTGCGAATCATCAGGGTTAAGCGCCTTAACCTCC
TTCCTCACTTCTTCAACAGCGACATTATGATCAGTAGACAACCTCTCAGCTACAGCAACC
CCTGAAACCAATCTCCCAAGAACCGCTCTCGAGTCTCCGAGATTCGCAACGTACAGCGTC
CCATCAGAGACAGCACCAAAGAGACAGCAAGTCCCCACAGTAGCCATCTGCGGTTTCGAC
GGTAAAGATCGTTTAACCATATGACAAAAA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3E104TF 651 0 0
AATGATGGAGGGTTCGGCTGTCATCGCAGGTCTCCTCAAAGGAATGGGATTCCCATGTTA
CTGGAAAACCGGATCCCTGTAAAACTCTGGTTTCTTCAAGTATACATCCCCAATTGATCT
CGATACCTGAATAATGCCTTTAATCCTCCAAACTCCACGAATAAACATAACAATCTGCGA
ATCATCAGGGTTAAGCGCCTTAACCTCCTTCCTCACTTCTTCAACAGCGACATTATGATC
AGTAGACAACCTCTCAGCTACAGCAACCCCTGAAACCACTCTCCCAAGAACCGCTCTCGA
GTCTCCGAGATACGCAACGTACAGCGTCCCATCAGAGACAGCACCAAAGAGACAGCAAGT
CCCCACAGTAGCCATCTGCGGTTTCGACGGTAAAGATCGTTTAACCATATGACAAAAATC
CTCCTCAGTTTCTTTAAATGCTTTTCTAATCACATCTGCTGATAGTCCTCCTTCTTCTTT
AGCGAACTTGTGGATATAAGGGAAGAGATGTCTGTTAACGAATCTAGAAGCCTCGGGTCC
GCCATGTCCGTCGTGGACGCCGACGTAAGTGGCGGAGGATGATGTGAAGACCTGACTCTG
ATCCTCTAGTCTCGAATTGGCTTGAACCACCGCGATCGAATACTCACCGCC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 5

CO CL1433Contig1 1383 5 2 U
GGGTTGGCGTCGATGGAGAATTATCAGAGAATCGTCAGAGAAACCAAACGAAGAAGAAAA
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CTTCCTGTGAGATCGATTGCGAGGTTCCAAACCGTTTCAAAGCATTGGGAATCGGTGATT
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BQ
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15 15 15 

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A

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QA 5 741 5 741
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AS 1 6

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BQ
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 

AF RR3DK37JQ C 1
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AF RR3BE65TF U 8
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DS 



AS 1 5

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BQ
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TTCTTTAAGTTTTTTTTATATTTTCTATGGCTTCTTCTTCCCATTATCATTATCACAAAG
ATGAGGGTAACAATGATTTTAATTCCGTATTTGATGATTTATTTGAAACGGAAGATCTAT
TTCCAAAACCAAAAGAGCAAAAAAATCTATATTTATCGAGAGACACCGGGAAGAAGGTCA
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GCGACGATTCCGAATGAACAAACGATTATTCATGCGTATTCTGCATCGTCTCTCTACAGA
AGTACCGTATTTTCAACCGACACAAGATGCAACCGGACGGTCTGGTGTATCTCCGCTCCA
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ATATGTACGACTTGCTGAAACAACTGCTTGAAAATGTTTGCACCAGTTTACGGCCGGAAT
AATCCACTTGTTTGGCGATCAATATCTAAGACGTCCCACACCGGAGGATCTTCAAAGACT
GCTCTATGTCGGAGAAGAACGGGGATTTCCAGGGATGATTGGAAGCATCAACTGTATGCA
TTGGGAGTGGAAGAATTGTCCCAGCTCTTGGAA

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DS 

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G
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CCGCAGCAATTCGTCAACTGGCATATGGTGGTGGGGCTGATACAATTGACGAATCT**AC
GACTTGCTGAAACAACTGCTTGAAAATGTTTGCACCAGTTTACGGCCGGAATAATCCACT
TGTTTGGCGATCAATATCTAAGACGTCCCACACCGGAGGATCTTCAAAGACTGCTCTATG
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GGAAGAATTGTCCCAGCTCTTGGAAAGGAATGTATTCACGAGGAACCGAAAAACCAACAC
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CAGGTACTATGAACGACCTTAATATTCTTGATCGATCACTTGTTTTTGATGATATTATTG
ACGGAATAGCTCCGGAAATCAACTTCCACGTCAACGGAAGAGAATATCATTTGGCTTACT
ATCTGACTGATGGTATTTATCTGAAATGGGCGACTTTAATTCAATCTATCCGACTACCAC
AGGGTCCGAAAAAAGCTTTATTTGCTAAAACCCAAGAATCTGTGCGAAAAGATGTTGAAC
GCGCCTTTGGAGTCCTACAAGCTAGATTCGCCGTTGTTAAAAACCCATCTAATTTATGGG
ATAAAAAATTGATAAAAAATATTATAAAAGCATGTATCATACTTCATAATATGATTGTCG
AAGATGA

QA 2 788 2 788
DS 

RD RR3G067TF 652 0 0
G
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GAAAGGAATGTATTCACGAGGAACCGAAAAACCAACACTTGTGTTGGAGGCGGTAGCTTC
TTATGATCTCTGGATATGGCACACGTTTTTTAGAGTTCCAGGTACTATGAACGACCTTAA
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CTTCCACGTCAACGGAAGAGAATATCATTTGGCTTACTATCTGACTGATGGTATTTATCT
GAAATGGGCGACTTTAATTCAATCTATCCGACTACCACAGGGTCCGAAAAAAGCTTTATT
TGCTAAAACCCAAGAATCTGTGCGAAAAGATGTTGAACGCGCCTTTGGAGTCCTACAAGC
TAGATTCGCCGTTGTTAAAAACCCATCTAATTTATGGGATAAAAAATTGATAAAAAATAT
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TCTCCGTAATATTTCCGAATTTAATGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGTGTGGAGCGTTC
ATATTCCGTCGGTTTTCCTTCAAATCCCGGCAATACCATTGATCCTAA
AAA

QA 2 649 2 649
DS 

RD RR3GP25JQ 751 0 0
GAGTTCCAGGTACTATGAACGACCTTAATATTCTTGATCGATCACTTGTTTTTGATGATA
TTATTGACGGAATAGCTCCGGAAATCAACTTCCACGTCAACGGAAGAGAATATCATTTGG
CTTACTATCTGACTGATGGTATTTATCTGAAGTGGGCGACTTTAATTCAATCTATCCGAC
TACCACAGGGTCCGAAAAAAGCTTTATTTGCTAAAACCCAAGAATCTGTGCGAAAAGATG
TTGAACGCGCCTTTGGAGTCCTACAAGCTAGATTCGCCGTTGTTAAAAACCCATCTAATT
TATGGGATAAAAAATTGATAAAAAATATTATAAAAGCATGTATCATACTTCATAATATGA
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AAGGAGAAGGAGAAGGTGTGGAGCGTTCATATTCCGTCGGTTTGCCTTCAAATCCCGGCA
ATACCATTGATCCTAAGAAAAGAATTCAGGATGAACAAACCCATCAACGATTAAAACATG
ATTTGATTGAAAATATATGGAATAAATTTGGACATCTTCCAAATAACATATAATTTAAAA
GTATCTATGAATTGATTAAAATGATTGTAATTTTCATATGTTTTCTTTTTTAATGTTTGT
AATGTTTATTTTAAATTATGATGTTTGTAATTTTTTTTTTTAAAGTTTGTAATGTTTTTT
TAAAGTTTGTAATTTTTACATATTTTCAATT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3G067JQ 532 0 0
TGTGGGAAAAGATGTTGAACGCGCCTTTGGAGTCCTACAAGCTAGATTCGCCGTTGTTAA
AAACCCATTTAATTTATGGGATAAAAAATTGATAAAAAATATTATAAAAGCATGTATCAT
ACTTCATAATATGATTGTCGAAGATGAACGAGGATCATACACTTTCCGTAATATTTCCGA
ATTTAATGAAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGTGTGGAGCGTTCATATTCCGTCGGTTTTCC
TTCAAATCCCGGCAATACCATTGATCCTAA**AAAGAATTCAGGATGAACAAACCCATCA
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CATATAATTTAAAAGTATCTATGAATTGATTAAAATGATTGTAATTTTCATATGTTTTCT
TTTTTAATGTTTGTAATGTTTATTTTAAATTATGATGTTTGTAATTTTTTTTTT*AAAGT
TTGTAATGTTTTTTTAAAGTTTGTAATTTTTACATATTTTCAATTTTTTCCC

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 5

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ACGAACGATGGCAGACGCAGAGACATTCGCATTCCAGGCGGAGATCAACCAATTGCTCTC
CCTCATCATCAACACGTTCTACAGCAACAAGGAGATCTTCCTCCGTGAACTCATCAGCAA
CTCCTCCGATGCGTTGGACAAGATAAGGTTCGAGTCGTTGACGGATAAGAGCAAGCTCGA
TGGCCAGCCTGAGCTTTTCATTCACATCATCCCCGACAAGACTAACAACACCTTGACCAT
TATCGATAGTGGAATCGGTATGACCAAGGCTGATTTGGTTAACAACCTTGGAACCATTGC
TAGATCTGGCACCAAGGAGTTTATGGAGGCCTTGGCTGCTGGTGCTGATGTCAGTATGAT
TGGGCAGTTTGGTGTTGGTTTCTACTCTGCTTACTTGGTTGCTGACAAGGTTATCGTCAC
CACCAAGCACAATGACGATGAGCAGTACGTTTGGGAGTCTCAGGCTGGTGGTTCTTTCAC
CGTTACGAGAGATACCTCTGGTGAGAGTCTTGGCAGGGGTACGAAGATGGTACTTCACCT
GAAGGAGGACCAGTTGGAGTATCTTGAGGAGAGGAGGCTTAAGGATTTGGTCAAGAAGCA
CTCTGAGTTTATTAGCTACCCTATCTCCTTGTGGGTTGAGAAGACTGTTGAGAAGGAGAT
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TGAGGAGAAAGAAAAGGAGGAG


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY73TF U 4
AF RR3DG64TF U 1
AF RR3GV59TF U 1
AF RR3GV59JQ C 3
AF RR3DG64JQ C 25
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RD RR3EY73TF 554 0 0
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CTACTCTGCTTACTTGGTTGCTGACAAGGTTATCGTCACCACCAAGCACAATGACGACGA
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AT

QA 19 552 19 552
DS 

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CTCCTCCGATGCGTTGGACAAGATAAGGTTCGAGTCGTTGACGGATAAGAGCAAGCTCGA
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CGTTACGAGAGATACCTCTGGTGGGAGTCTTGGCAGGGGTACGAAGATGGTACTTCACCT
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CTT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3GV59TF 640 0 0
GG
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CCTCCGATGCGTTGGACAAGATAAGGTTCGAGTCGTTTACGGATAAGAGCAAGCTCGATG
GCCAGCCTGAGCTTTTCATTCACATCATCCCCGACAAGACTAACAACACCTTGACCATTG
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GATCTGGCACCAAGGAGTTTATGGAGGCCTTGGCTGCTGGTGCTGATGTCAGTATGATTG
GGCAGTTTGGTGTTGGTTTCTACTCTGCTTACTTGGTTGCTGACAAGGTTATCGTCACCA
CCAAGCACAATGACGATGAGCAGTACGTTTGGGAGTCTCAGGCTGGTGGTTCTTTCACCG
TTACGAGAGATACCTCTTGTGAGAGTCTTGGCAGGGGTACGAAGATGGTACTTCACCTGA
AAGAGGACCAGTTGGAGTATCTTGAGGAGAGGAGGCTT

QA 3 640 3 640
DS 

RD RR3GV59JQ 785 0 0
GCATCTAATTTCTTGACCT
AAAACCCTAAGATAGATCTCGCAACGTTAAGCACAGCAAACGAACGATGGCAGACGCAGA
GACATTCGCATTCCAGGCGGAGATCAACCAATTGCTCTCCCTCATCATCAACACGTTCTA
CAGCAACAAGGAGATCTTCCTCCGTGAACTCATCAGCAACTCCTCCGATGCGTTGGACAA
GATAAGGTTCGAGTCGTTTACGGATAAGAGCAAGCTCGATGGCCAGCCTGAGCTTTTCAT
TCACATCATCCCCGACAAGACTAACAACACCTTGACCATTGTTGATAGTGGAATCGGTAT
GACCAAGGCTGATTTGGTTAACAACCTTGGAACCATTGCTAGATCTGGCACCAAGGAGTT
TATGGAGGCCTTGGCTGCTGGTGCTGATGTCAGTATGATTGGGCAGTTTGGTGTTGGTTT
CTACTCTGCTTACTTGGTTGCTGACAAGGTTATCGTCACCACCAAGCACAATGACGATGA
GCAGTACGTTTGGGAGTCTCAGGCTGGTGGTTCTTTCACCGTTACGAGAGATACCTCTTG
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TCTTGAGGAGAGGAGGCTTAAGGATTTGGTCAAGAAGCACTCTGAGTTTATTAGCTACCC
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QA 20 785 20 785
DS 

RD RR3DG64JQ 778 0 0
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ATTCGCATTCCAGGCGGAGATCAACCAATTGCTCTCCCTCATCATCAACACGTTCTACAG
CAACAAGGAGATCTTCCTCCGTGAACTCATCAGCAACTCCTCCGATGCGTTGGACAAGAT
AAGGTTCGAGTCGTTGACGGATAAGAGCAAGCTCGATGGCCAGCCTGAGCTTTTCATTCA
CATCATCCCCGACAAGACTAACAACACCTTGACCATTATCGATAGTGGAATCGGTATGAC
CAAGGCTGATTTGGTTAACAACCTTGGAACCATTGCTAGATCTGGCACCAAGGAGTTTAT
GGAGGCCTTGGCTGCTGGTGCTGATGTCAGTATGATTGGGCAGTTTGGTGTTGGTTTCTA
CTCTGCTTACTTGGTTGCTGACAAGGTTATCGTCACCACCAAGCACAATGACGATGAGCA
GCACGTTTGGGAGTCTCAGGCTGGTGGTTCTTTCACCGTTACGAGAGATACCTCTGGTGG
GAGTCTTGGCAGGGGTACGAAGATGGTACTTCACCTGAAGGAGGACCAGTTGGAGTATCT
TGAGGAGAGGAGGCTTAAGGATTTGGTCAAGAAGCACTCTGAGTTTATTAGCTACCCTAT
CTCCTTGTGGGTTGAGAAGACTGTTGAGAAGGAGATATCTGATGACGAGGATGAAGAGGA
GAAGAAGGATGAGGAAGGTAAGGTTGAGGAAGTAGATGAGGAGAAAGAAAAGGAGGAG

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 4

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CCACAGGAAACTAGAAACAGAGAAGGGTACACGGCATACATGTCGGTCCGGTTTTGGTTT
TACAAACCGGTTACCAGTTTCACACAGTATATAATAAACTTTTTCAAAGGCTCACCACAG
CACACGAAAAGGCATTTATGCAAGAAGCTCTACGGTGATTCTTAGCCCCTCCACTGATCC
TTCTTGTTCCTGATTTCTCTGAGAGTATCGATCGGTGATTTGCAACCAAGTTTCTCCTGT
ATCTCAGGATTAGTAACACGCATAAACGGGTTTGTTTCGAGTTCTTCCCCTAGCGTTGAA
GGGATCGTGGGAAGATTTGCTTGGCGCTGTTGACGGACCCATGATAGCTTCTGCTGTATC
TTCTCGTTGTTTGGTTCCACAGTCAAAGCAAACTCCAAGTTCTTCACCGTGTACTCGTGG
CCGCAGTAAACCTGGGTGAGTTTAGGTAGTGAAGCCAGAGTCACACACAAGGACTGATGC
ATCTGTTCAGCTGTCCCTTCGAAAAACTTCCCACAGCCAGCAACGAAAAGTGTATCTCCA
GTGAACACGGCTGGACTTTCTCCATCTTTGCCAGTGACATAGTAACTAATGTGACCCTTG
GTGTGACAAGGGGTGTGAAGAGCTAAGATGTTGAGATCATGACCCAAAGACAAGGTGTCA
CCATTATCGACCGCATCAGTGCATCCCTTGACCTTATCAAGAGAACCTCCATAGACTTTG
ATTCCAGGCACCAACTGCTTCATCTTCTCGTTTCCACCAGCATGATCCCAGTGATGATGC
GTGGTGAGAACGAACTTGATTTTGGCACTGTGCTGCTCAGCCGACTGGATCACCTTCTCC
GGTTCAACTGGATCCACAACCGCCGCGTCTCCGGTGCTCTCATCGATTATCAGATAGGAG
TAGTTGTCTTCTAAACAAGGAACATGGAAGATCTTCATCGTCTTCTTCTCCGGTTGATTC
GATTCGATGATCCTCCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ71JQ U 2
AF RR3AY89JQ U 1
AF RR3AY89TF C 235
AF RR3AJ71TF C 245
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BS 920 920 RR3AJ71TF
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BS 1011 1020 RR3AY89TF
BS 1021 1037 RR3AJ71TF

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CG
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CAGGAAACTAGAAACAGAGAAGGGTACACGGCATACATGTCGGTCCGGTTTTGGTTTTAC
AAACCGGTTACCAGTTTCACACAGTATATAATAAACTTTTTCAAAGGCTCACCACAGCAC
ACGAAAAGGCATTTATGCAAGAAGCTCTACGGTGATTCTTAGCCCCTCCACTGATCCTTC
TTGTTCCTGATTTCTCTGAGAGTATCGATCGGTGATTTGCAACCAAGTTTCTCCTGTATC
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CAGTAAACCTGGGTGAGTTTAGGTAGTGAAGCCAGAGTCACACACGAGGACTGATGCATC
TGTTCAGCTGTCCCTTCGAAAAACTTCCCACAGCCAGCAACGAAAAGTGTATCTCCAGTG
AACACGGCTGGACTTTCTCCATCTTTGCCAGTGACATAGTAACTAATGTGACCCTTGGTG
TGACAAGGGGTGTGAAGAGCTAAGATGTTGAGATCATGACCCAAAGACAAGGTGTCACCA
TTATCGACCGCATCAGTGCATCCCTTGACCTTATCAAGAGAACCT

QA 3 767 3 767
DS 

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CCACAGGAAACTAGAAACAGAGAAGGGTACACGGCATACATGTCGGTCCGGTTTTGGTTT
TACAAACCGGTTACCAGTTTCACACAGTATATAATAAACTTTTTCAAAGGCTCACCACAG
CACACGAAAAGGCATTTATGCAAGAAGCTCTACGGTGATTCTTAGCCCCTCCACTGATCC
TTCTTGTTCCTGATTTCTCTGAGAGTATCGATCGGTGATTTGCAACCAAGTTTCTCCTGT
ATCTCAGGATTAGTAACACGCATAAACGGGTTTGTTTCGAGTTCTTCCCCTAGCGTTGAA
GGGATCGTGGGAAGATTTGCTTGGCGCTGTTGACGGACCCATGATAGCTTCTGCTGTATC
TTCTCGTTGTTTGGTTCCACAGTCAGAGCAAACTCCAAGTTCTTCACCGTGTACTCGTGG
CCGCAGTAAACCTGGGTGAGTTTAGGTAGTGAAGCCAGAGTCACACACAAGGACTGATGC
ATCTGTTCAGCTGTCCCTTCGAAAAACTTCCCACAGCCAGCAACGAAAAGTGTATCTCCA
GTGAACACGGCTGGACTTTCTCCATCTTTGCCAGTGACATAGTAACTAATGTGACCCTTG
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CCATTATCGACCGCATCAGTGCATCCCTTGACCTTATCAAGAGAACCTCCATAGACTTTG
ATTCCAGGCACCAACTGCTTCATCTTCT

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DS 

RD RR3AY89TF 803 0 0
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ACGAACTTGATTTTGGCACTGTGCTGCTCAGCCGACTGGATCACCTTCTCCGGTTCAACT
GGATCCACAATCGCCGCGTCTCCGGTGCTCTCATCGATTATCAGATAGGAGTAGTTGTCT
TCTAAACAAGGAACATGGAAGATCTTCATCGTCTTCTTCTTCGGTTGATTC
GATTCGATGATCCTCCC

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DS 

RD RR3AJ71TF 793 0 0
TTGTT
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TTAGTAACACGCATAAACGGGTTTGTTTCGAGTTCTTCCTCTAGCGTTGAAGGGATCGTG
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TTTGGTTCCACAGTCAAAGCAAACTCCAAGTTCTTCACCGTGTACTCGTGGCCGCAGTAA
ACCTGGGTGAGTTTAGGTAGTGAAGCCAGAGTCACACACGAGGACTGATGCATCTGTTCA
GCTGTCCCTTCGAAAAACTTCCCACAGCCAGCAACGAAAAGTGTATCTCCAGTGAACACG
GCTGGACTTTCTCCATCTTTGCCAGTGACATAGTAACTAATGTGACCCTTGGTGTGACAA
GGGGTGTGAAGAGCTAAGATGTTGAGATCATGACCCAAAGACAAGGTGTCACCATTATCG
ACCGCATCAGTGCATCCCTTGACCTTATCAAGAGAACCTCCATAGACTTTGATTCCAGGC
ACCAACTGCTTCATCTTCTCGTTTCCACCAGCATGATCCCAGTGATGATGCGTGGTGAGA
ACGAACTTGATTTTGGCACTGTGCTGCTCAGCCGACTGGATCACCTTCTCCGGTTCAACT
GGATCCACAACCGCCGCGTCTCCGGTGCTCTCATCGATTATCAGATAGGAGTAGTTGTCT
TCTAAACAAGGAACATGGAAGATCTTCATCGTCTTCTTCTCCGGTTGATTCGATTCGATG
ATCCTCCC

QA 6 793 6 793
DS 



AS 1 6

CO CL1438Contig1 962 6 12 U
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AACAAGACTTCAAATGTCACATAAAACATCCAATCTAACGGACAAAAGTGAAAGAAATCT
TCGTTTCAAAATCCGAACTAGAACAAGGCGGATAAACACATCACTCGTAATGAGAACCAT
CCTCAAAGACGACTAATGACTGCTTCAACTTCTTCTGGAGTGTAGAGATGGTAAGCTGGA
GCTACCTTGGCAATGTCCACATTATTCGGAGTCACCTTCTCTTCCATAACTTGCTTGAGG
ATAGACACCGCGATCGTCTCAGCTTCACTGAGTGACAGATCTTTGCTGAATTGCTCTTGA
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TGGTTTTGAGTTTCAACTCTTGCATGCTCAACAAGTGTACGCGCATCAGCAATCAAACCG
CTCATGGCACAACCAATATGGTCATCAATCTCCATAATCTTCTCCACACTGCTCGGCTCC
AGCAAAGGAGAGGTGATACGCTTCTCGACAGCAAGCACAACTCCTTCCTTTGTCTTGACT
CCAATTGCAGTAGAACCAAGCTTGATAGCTTCAATGGCATACTCAACTTGGAACAATCTG
CCTTCAGGAGAGAAAGTGTTGACTCCTCTGTCATACTCGGTCCTGGCGAGAAACATCTTC
TTCTTCCTCTTCCGCGACTTCGATCTGATAAACCCCTTAAATGTCAGCTGATGGATCGGC
CC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 

AF RR3CR89TF C 182
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AF RR3CR89JQ U 1
AF RR3AG45JQ U 35
AF RR3AG45TF C 280
AF RR3F916TF C 389
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BS 887 887 RR3F916TF
BS 888 962 RR3AG45TF

RD RR3CR89TF 515 0 0
CTCAAAGACGACTAATGACTGCT*CAACTTCTTCTGGAGTGTAGAGATG*TAAGCTGGAG
CTAC*TTGGCAATGTCCACATTATTCGGAGTCAC*TTCTCTTCCATAACTTGCTTGAGGA
TAGACACCGCGATCGTCTCAGCTTCACTGAGTGACAGATCTTTGCTGAATTGCTCTTGAA
GAGAACTATCAGCTCCTTCTGAGCCTGAGCCAATGGCCTTTGCGTTGCACTGCCAGAATG
TTCCTGATGGGTCCGTGTAGTACAAGCTGGGTCCGTTTTCATCATGACCAGCAATGAGAA
GAGATGCTCCAAATGGCCGAGACATTGATTCTTCATCTCCTTCGCCAAACCGTAAAGCCA
GATCACACAGCGCTTGTGTTGTG*ACTCTACAGTCATTGGCTCACCATAAGAGAATCTGT
GGTTTTGAGTTTCAACTCTTGCATGCTCAACAAGTGTACGCGCATCAGCAATCAAACCGC
TCATGGCACAACCAATATGGTCATCAATCTCCATA

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GA
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CAAGACTTCAAATGTCACATAAAACATCCAATCTAACGGACAAAAGTGAAAGAAATCTTC
GTTTCAAAATCCGAACTAGAACAAGGCGGATAAACACATCACTCGTAATGAGAACCATCC
TCAAAGACGACTAATGACTGCTTCAACTTCTTCTGGAGTGTAGAGATGGTAAGCTGGAGC
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GTTTTGAGTTTCAACTCTTGCATGCTCAACAAGTGTACGCGCATCAGCAATCAAACCGCT
CATGGCACAACCAATATGGTCATCAATCTCCATAATCTTCTCCACACTGCTCGGCTCCAG
C

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AACAAGACTTCAAATGTCACATAAAACATCCAATCTAACGGACAAAAGTGAAAGAAATCT
TCGTTTCAAAATCCGAACTAGAACAAGGCGGATAAACACATCACTCGTAATGAGAACCAT
CCTCAAAGACGACTAATGACTGCTTCAACTTCTTCTGGAGTGTAGAGATGGTAAGCTGGA
GCTACCTTGGCAATGTCCACATTATTCGGAGTCACCTTCTCTTCCATAACTTGCTTGAGG
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AGATCACACAGCGCTTGTGTTGTG*ACTCTACAGTCATTGGCTCACCATAAGAGAATCTG
TGGTTTTGAGTTTCAACTCTTGCATGCTCAACAAGTGTACGCGCATCAGCAATCAAACCG
CTCATGGCACAACCAATATGGTCATCAATCTCCATAATCTTCTCCACACTGCTCGGCTCC
AGCAAAGGAGAGGTGATACGCTTCTCGACAGCAAGCACAACTCCTTCCTTTGTCTTGACT
CCAAT*GCAGTAGAACCAAGCTTGATAGCTTCAATGGCATACTCA*CTTGGAACA
TCTGCT

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DS 

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A
GGAAATAAGAGGTTCTCTTACATAAAACAAGACTTCAAATGTCACATAAAACATCCAATC
TAACGGACAAAAGTGAAAGAAATCTTCGTTTCAAAATCCGAACTAGAACAAGGCGGATAA
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TGGAGTGTAGAGATGGTAAGCTGGAGCTACCTTGGCAATGTCCACATTATTCGGAGTCAC
CTTCTCTTCCATAACTTGCTTGAGGATAGACACCGCGATCGTCTCAGCTTCACTGAGTGA
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GGCCTTTGCGTTGCACTGCCAGAATGTTCCTGATGGGTCCGTGTAGTACAAGCTGGGTCC
GTTTTCATCATGACCAGCAATGAGAAGAGATACTCCAAATGGCCGAGACATTGATTCTTC
ATCTCCTTCGCCAAACCGTAAAGCCAGATCACACAGCGCTTGTGTTGTGGACTCTACAGT
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TGTACGCGCATCAGCAATCAAACCGCTCATGGCACAACCAATATGGTCATCAATCTCCAT
AATCTTCTCCACACTGCTCGGCTCCAGCAAAGGAGAGGTGATACGCTTCTCGACAGCAAG
CACAACTCCTTCCTTTGTCTTGACTCCAATTGCAGTAGAACCAAGCTTGATAGCTTCAAT
GGCATACTCAACTTGGAACA
AT

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TCTTTGCTGAATTGCTCTTGAAGAGAACTATCAGCTCCTTCTGAGCCTGAGCCAATGGCC
TTTGCGTTGCACTGCCAGAATGTTCCTGATGGGTCCGTGTAGTACAAGCTGGGTCCGTTT
TCATCATGACCAGCAATGAGAAGAGATACTCCAAATGGCCGAGACATTGATTCTTCATCT
CCTTCGCCAAACCGTAAAGCCAGATCACACAGCGCTTGTGTTGTGGACTCTACAGTCATT
GGCTCACCATAAGAGAATCTGTGGTTTTGAGTTTCAACTCTTGCATGCTCAACAAGTGTA
CGCGCATCAGCAATCAAACCGCTCATGGCACAACCAATATGGTCATCAATCTCCATAATC
TTCTCCACACTGCTCGGCTCCAGCAAAGGAGAGGTGATACGCTTCTCGACAGCAAGCACA
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TACTCAACTTGGAACAATCTGCCTTCAGGAGAGAAAGTGTTGACTCCTCTGTCATACTCG
GTCCTGGTGAGAAACATCTTCTTCTTCCTCTTCCGCGACTTCGATCTGATAAACCCCTTA
AATGTCAGCTGATGGATCGGCCC

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TGGGTCCGTTTTCATCATGACCAGCAATGAGAAGAGATACTCCAAATGGCCGAGACATTG
ATTCTTCATCTCCTTCGCCAAACCGTAAAGCCAGATCACACAGCGCTTGTGTTGTGGACT
CTACAGTCATTGGCTCACCATAAGAGAATCTGTGGTTTTGAGTTTCAACTCTTGCATGCT
CAACAAGTGTACGCGCATCAGCAATCAAACCGCTCATGGCACAACCAATATGGTCATCAA
TCTCCATAATCTTCTCCACACTGCTCGGCTCCAGCAAAGGAGAGGTGATACGCTTCTCGA
CAGCAAGCACAACTCCTTCCTTTGTCTTGACTCCAATTGCGGTAGAACCAAGCTTGATAG
CTTCAATGGCATACTCAACTTGGAACAATCTGCCTTCAGGAGAGAAAGTGTTGACTCCTC
TGTCATACTCGGTCCTGGCGAGAAACATCTTCTTCTTCCTCTTCCGCGACTTCGATCTGA
TAAACCCCTTAAATGTCAGCTGATGGATCGGCC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 6

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TCTCCACTTTCTCTTCTTCTTGCTCTCTAGAGATCTCTCTATCTCTATCTCCACACTGTG
ACATTTTCTCTGAACGCATCTATGGCTGCTCTGGTTCTCTCACTTCTCCTTCTAGTTCTA
GCCATGGCTGACCATTCTAGTGCCTCATGGTGTGTGTGCAAAGGCCTGAGTGATGATGTG
TTACAGAAGACCATAGACTATGCTTGTGGAAATGGAGCAGACTGTAACCCCATTCACCCA
AAAGCACCTTGCTTTAACCCTGACAATGTTAGGTCTCATTGCAACTATGCAGTCAACAGC
TTCTTCCAAAAGAAGCGTCAAGCTTCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACTGCCACTCCT
ACTAACTCCGATCCAAGTTATTCAGGATGTACCTTCCCTACTAGTGCCAGTGGCTCTGGA
GGCAGCACAACAGTGACACCTGGGACAACCAATCCAAAAGGCAGCTCAAGCACCACCACA
CTTCCTGGTGGCAACAGTCCTTATTCAGGAACCTCAACCAATGGAGTTTTTGGGAACAAT
AGCACAGGAGCCAACGGGACAGGAGTTAACCCGGACTACACGACGGAAAGCAGCGCGTTT
GGTCTCAAGAACTCAAGCAAACTGCTCACCTTCCTTGTCTTGATCGCTTCGAGTGGATTC
TGTTCTTTCTTGATGCTCTAAGGATGTTCATGTTCCCCTGGTTTTGTTGTTGCAACTTAT
TGTATTAAGGACATTGGTCTAGCTTAGTTGGTAATCTATCTGTCTGTGTGTTCTGAGTCT
CTCTCTCTCTATGTTATGTTCTTGTTGTAAGAAGATTTCAGCTCTTGCTTGTACTCTTAC
CACGTGATGGTTTCTGGTAGATTTGATCGTAGTTAAAAACTTATATATAAATGTATCTTG
TCTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 

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TGTATTAAGGACAT
GGTCTAGC

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TCCACTTTCTCTTCTTCTTGCTCTCTAGAGATCTCTCTATCTCTATCTCCACACTGTGAC
ATTTTCTCTGAACGCATCTATGGCTGCTCTGGTTCTCTCACTTCTCCTTCTAGTTCTAGC
CATGGCTGACCATTCTAGTGCCTCATGGTGTGTGTGCAAAGGCCTGAGTGATGATGTGTT
GCAGAAGACCATAGACTATGCTTGTGGAAATGGAGCAGACTGTAACCCCATTCACCCAAA
AGCACCTTGCTTTAACCCTGACAATGTTAGGTCTCATTGCAACTATGCAGTCAACAGCTT
CTTCCAAAAGAAGCGTCAAGCTTCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACTGCCACTCCTAC
TAACTCCGATCCAAGTTATTCAGGATGTACCTTCCCTACTAGTGCCAGTGGCTCTGGAGG
CAGTACAACAGTGACACCTGGGACAACCAATCCAAAAGGCAGCTCAAGCACCACCACACT
TCCTGGTGGCAACAGTCCTTATTCAGGAACCTCAACCAATGGAGTTTTTGGGAACAATAG
CACAGGAGCCAACGGGACAGGAGTTAACCCGGACTACACGACGGAAAGCAGCGCGTTTGG
TCTCAAGAACTCAAGCAAACTGCTCACCTTCCTTGTCTTGATCGCTTCGAGTGGATTCTG
TTCTTTCTTGATGCTCTAACGATGTTCATGTTCCCCTGGTTTTGTTGTTGCAACTTATTG
TATTAACGACATTGGTCTAGCTTAGT*GGTAATCTATCTGTCTGTGTGTTCTGAGTCTCT
CTCTCT

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR3BD01JQ 759 0 0
TTCTAGCCATGGCTGACCATTCTAGTGCCTCATGGTGTGTGTGCAAAGGCCTGAGTGATG
ATGTGTTACAGAAGACCATAGACTATGCTTGTGGAAATGGAGCAGACTGTAACCCCATTC
ACCCAAAAGCACCTTGCTTTAACCCTGACAATGTTAGGTCTCATTGCAACTATGCAGTCA
ACAGCTTCTTCCAAAAGAAGCGTCAAGCTTCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACTGCCA
CTCCTACTAACTCCGATCCAAGTTATTCGGGATGTACCTTCCCTACTAGTGCCAGTGGCT
CTGGAGGCAGCACAACAGTGACACCTGGGACAACCAATCCAAAAGGCAGCTCAAGCACCA
CCACACTTCCTGGTGGCAACAGTCCTTATTCAGGAACCTCAACCAATGGAGTTTTTGGGA
ACAATAGCACAGGAGCCAACGGGACAGGAGTTAACCCGGACTACACGACGGAAAGCAGCG
CGTTTGGTCTCAAGAACTCAAGCAAACTGCTCACCTTCCTTGTCTTGATCGCTTCGAGTG
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CTTATTGTATTAAGGACATTGGTCTAGCTTAGTTGGTAATCTATCTGTCTGTGTGTTCTG
AGTCTCTCTCTCTCTATGTTATGTTCTTGTTGTAAGAAGATTTCAGCTCTTGCTTGTACT
CTTACCACGTGATGGTTTCTGGTAGATTTGATCGTAGTT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3B849JQ 600 0 0
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CTCCGATCCAAGTTATTCAGGATGTACCTTCCCTACTAGTGCCAGTGGCTCTGGAGGCAG
TACAACAGTGACACCTGGGACAACCAATCCAAAAGGCAGCTCAAGCACCACCACACTTCC
TGGTGGCAACAGTCCTTATTCAGGAACCTCAACCAATGGAGTTTTTGGGAACAATAGCAC
AGGAGCCAACGGGACAGGAGTTAACCCGGACTACACGACGGAAAGCAGCGCGTTTGGTTT
CAAGAACTCAAGCAAACTGCTCCCCTTCCTTGTTTTGATCGCTTCGAGTGGATTTTGTTC
TTTCTTGATGCTCTAAGGATGTTCATGTTCCCCTGGTTTTGTTGTTGCAACTTATTGTAT
TAAGGACATTGGTCTAGCTTAGTTGGTAATCTATCTGTCTGTGTGTTTTGAGTCTCTCTC
TCTCTATGTTATGTTCTTGTTGTAAGAAGATTTCAGCTCTTGCTTGTACTCTTACCACGT
GATGGTTTTTGGTAGATTTGATCGTAGTTAAAAACTTATATATAAATGTATCTTGTCTCC

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DS 

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CCAATCCAAAAGGCAGCTCAAGCACCACCACACTTCCTGGTGGCAACAGTCCTTATTCAG
GAACCTCAACCAATGGAGTTTTTGGGAACAATAGCACAGGAGCCAACGGGACAGGAGTTA
ACCCGGACTACACGACGGAAAGCAGCGCGTTTGGTCTCAAGAACTCAAGCAAACTGCTCA
CCTTCCTTGTCTTGATCGCTTCGAGTGGATTCTGTTTTTTCTTGATGCTCTAAGGATGTT
CATGTTCCCCTGGTTTTGTTGTTGCAACTTATTGTATTAAGGACATTGGTCTAGCTTAGT
TGGTAATCTATCTGTCTGTGTGTTCTGAGTCTCTCTCTCTCTATGTTATGTTCTTGTTGT
AAGAAGATTTCAGCCCTTGCTTGTACTCTTACCACGTGATGGTTTCTGGTAGATTTGATC
GTAGTTAAAAACTTATATATAAATGTATCTTGTC
CC

QA 1 514 1 514
DS 



AS 2 5

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TGACGACGGAGTGGAAGCTCCCGAGGAGGTTCAAACCCAATCTCCTTCCTCTTCTTCTTC
TTCTGCACTCGGTAAAGACTTGAAAAAGGTGGTCAACAAGACAGCAGCAACATTTGCGCC
TAGGGCCTCCACCGCCAGTAAAAACCCAGCTCTCCCTGGAACTACTCTTTACAAAGTTTT
TGAGGTTCAAGGTTATGCATCCATGTTCCTTGGAGGTGTTCTCTCTTTCAACCTCCTCTT
TCCCTCCACCCAACCTGACTTATGGAGGTTGATGGGTATGTGGTCCATTTGGATGTTCAC
TATTCCTTCTCTTCGAGCACGTGACTGCCCTCCTAAAGAGAAAGAAGCTCTTAACTATCT
TTTTCTCATCATCCCTTTACTCAATGTTGCTATTCCCTTCTTCTGGAAATCTTTTCCTCT
TGTCTGGTCTGCTGATACCCTTGCCTTCTTTGCCATGTATGCCTGGAAGCTTGGATGGCT
GGAAAGAACCGAGTAGAGCTACTCCTGTTGGGATTAGAGTCTGGAAGACTCTATGTCTTC
TCTTCCTTACAATGAATGATTCTCCATCCAAGCTTCTCTCTTACCAAGTACAGCATATCT
AATATTCGAGGTACCTGGGTTTGAGTGAGGCAAACAAATGTGTACATTGCTAAATATTGG
CCCCCCTTAAGTAATATTCATAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS40TF U 1
AF RR3DS40JQ C 63
BS 1 685 RR3DS40TF
BS 686 746 RR3DS40JQ

RD RR3DS40TF 685 0 0
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TTCTGCACTCGGTAAAGACTTGAAAAAGGTGGTCAACAAGACAGCAGCAACATTTGCGCC
TAGGGCCTCCACCGCCAGTAAAAACCCAGCTCTCCCTGGAACTACTCTTTACAAAGTTTT
TGAGGTTCAAGGTTATGCATCCATGTTCCTTGGAGGTGTTCTCTCTTTCAACCTCCTCTT
TCCCTCCACCCAACCTGACTTATGGAGGTTGATGGGTATGTGGTCCATTTGGATGTTCAC
TATTCCTTCTCTTCGAGCACGTGACTGCCCTCCTAAAGAGAAAGAAGCTCTTAACTATCT
TTTTCTCATCATCCCTTTACTCAATGTTGCTATTCCCTTCTTCTGGAAATCTTTTCCTCT
TGTCTGGTCTGCTGATACCCTTGCCTTCTTTGCCATGTATGCCTGGAAGCTTGGATGGCT
GGAAAGAACCGAGTAGAGCTACTCCTGTTGGGATTAGAGTCTGGAAGACTCTATGTCTTC
TCTTCCTTACAATGAATGATTCTCCATCCAAGCTTCTCTCTTACCAAGTACAGCATATCT
AATATTCGAGGTACCTGGGTTTGAG

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3DS40JQ 684 0 0
ACGACGGAGTGGAAGCTCCCGAGGAGGTTCAAACCCAATCTCCTTCCTCTTCTTCTTCTT
CTGCACTCGGTAAAGACTTGAAAAAGGTGGTCAACAAGACAGCAGCAACATTTGCGCCTA
GGGCCTCCACCGCCAGTAAAAACCCAGCTCTCCCTGGAACTACTCTTTACAAAGTTTTTG
AGGTTCAAGGTTATGCATCCATGTTCCTTGGAGGTGTTCTCTCTTTCAACCTCCTCTTTC
CCTCCACCCAACCTGACTTATGGAGGTTGATGGGTATGTGGTCCATTTGGATGTTCACTA
TTCCTTCTCTTCGAGCACGTGACTGCCCTCCTAAAGAGAAAGAAGCTCTTAACTATCTTT
TTCTCATCATCCCTTTACTCAATGTTGCTATTCCCTTCTTCTGGAAATCTTTTCCTCTTG
TCTGGTCTGCTGATACCCTTGCCTTCTTTGCCATGTATGCCTGGAAGCTTGGATGGCTGG
AAAGAACCGAGTAGAGCTACTCCTGTTGGGATTAGAGTCTGGAAGACTCTATGTCTTCTC
TTCCTTACAATGAATGATTCTCCATCCAAGCTTCTCTCTTACCAAGTACAGCATATCTAA
TATTCGAGGTACCTGGGTTTGAGTGAGGCAAACAAATGTGTACATTGCTAAATATTGGCC
CCCCTTAAGTAATATTCATAGACC

QA 1 684 1 684
DS 



CO CL1440Contig2 875 3 19 U
GGATCGTGGGGTTCAAAATCATTGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGATGAG
GTTTTGCTCAATTTCTCCGCCTGTGTGTGTGTTCTCGTCGATTGCTCTTGCGCCACCCAG
TTCCAATCTCAGTCATGGTCTTCTCCGAATTTGCGCCACTGCTGACGACGGAGTGGAAGC
TCCCGAGGAGGTTCAAACCGAATCTCCTTCCTCTTCTTCTTCCTCTTCTTCTGCACTCGG
TAAAGACTTGAAAAAGGTGGTTAACAAGACAGCAGCAACCTTTGCGCCTAGGGCCTCCAC
CGCCAGTAAAAACCCAGCTCTCCCTGGAACTACTCTTTACAAAGTTTTTGAGGTTCAAGG
TTATGCATCCATGTTCCTTGGAGGTGTTCTCTCTTTCAACCTCCTCTTTCCCTCCACCCA
ACCTGACTTATGGAGGTTGATGGGTATGTGGTCCATTTGGATGTTCACTATTCCTTCTCT
TCGAGCACGTGACTGCCCTCCTAAAGAGAAAGAAGCTCTTAACTATCTTTTTCTCATCAT
CCCTTTACTCAATGTTGCTATTCCCTTCTTCTGGAAATCTTTTCCTCTTGTCTGGTCTGC
TGATACCCTTGCCTTCTTTGCCATGTATGCCTGGAAGCTTGGATGGCTGGAAAGAACCAA
GTAGGGCTACTCCTGTTGGGATTAGAGTCTGGAAGATTCTATGTCTTCTCTTCCTTAGAA
TGAATGGTTCTCCATCCAGCTTCTTTGTTACCAAGTACAGCATATCTAATATTCGAGGTA
CCTTGGTTTGAGTGAGGCAAACAAATGTGTACATTGCTAAATATTGGCAAGCCCCCCCTT
AAGTAATATTCATAGACCTCTGAGATGGTTTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E324TF U 1
AF RR3GQ81TF U 58
AF RR3GQ81JQ C 83
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RD RR3E324TF 727 0 0
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GTTTTGCTCAATTTCTCCGCCTGTGTGTG**TTCTCGTCGATTGCTCTTGCGCCACCCAG
TTCCAATCTCAGTCATGGTCTTCTCCGAATTTGCGCCACTGCTGACGACGGAGTGGAAGC
TCCCGAGGAGGTTCAAACCGAATCTCCTTCCTCTTCTTCTTCCTTTTCTTCTGCACTCGG
TAAAGACTTGAAAAAGGTGGTTAACAAGACAGCAGCAACCTTTGCGCCTAGGGCCTCCAC
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TTATGCATCCATGTTCCTTGGAGGTGTTCTCTCTTTCAACCTCCTCTTTCCCTCCACCCA
ACCTGACTTATGGAGGTTGATGGGTATGTGGTCCATTTGGATGTTCACTATTCCTTCTCT
TCGAGCACGTGACTGCCCTCCTAAAGAGAAAGAAGCTCTTAACTATCTTTTTCTCATCAT
CCCTTTACTCAATGTTGCTATTCCCTTCTTCTGGAAATCTTTTCCTCTTGTCTGGTCTGC
TGATACCCTTGCCTTCTTTGCCATGTATGCCTGGAAGCTTGGATGGCTGGAAAGAACCGA
GTAGGGCTACTCCTGTTGGGATTAGAGTCTGGAAGATTCTATGTCTTCTCTTCCTTAGAA
TGAATGG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3GQ81TF 810 0 0
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CGGTAAAGACTTGAAAAAGGTGGTTAACAAGACAGCAGCAACCTTTGCGCCTAGGGCCTC
CACCGCCAGTAAAAACCCAGCTCTCCCTGGAACTACTCTTTACAAAGTTTTTGAGGTTCA
AGGTTATGCATCCATGTTCCTTGGAGGTGTTCTCTCTTTCAACCTCCTCTTTCCCTCCAC
CCAACCTGACTTATGGAGGTTGATGGGTATGTGGTCCATTTGGATGTTCACTATTCCTTC
TCTTCGAGCACGTGACTGCCCTCCTAAAGAGAAAGAAGCTCTTAACTATCTTTTTCTCAT
CATCCCTTTACTCAATGTTGCTATTCCCTTCTTCTGGAAATCTTTTCCTCTTGTCTGGTC
TGCTGATACCCTTGCCTTCTTTGCCATGTATGCCTGGAAGCTTGGATGGCTGGAAAGAAC
CAAGTAGGGCTACTCCTGTTGGGATTAGAGTCTGGAAGATTCTATGTCTTCTCTTCCTTA
GAATGAATGGTTCTCCATCCAGCTTCTTTGTTACCAAGTACAGCATATCTA*TATTCGAG
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**TTAGTAATATTCATAGACCTCTGAGATG

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3GQ81JQ 793 0 0
G
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TCCGAATTTGCGCCACTGCTGACGACGGAGTGGAAGCTCCCGAGGAGGTTCAAACCGAAT
CTCCTTCCTCTTCTTCTTCCTCTTCTTCTGCACTCGGTAAAGACTTGAAAAAGGTGGTTA
ACAAGACAGCAGCAACCTTTGCGCCTAGGGCCTCCACCGCCAGTAAAAACCCAGCTCTCC
CTGGAACTACTCTTTACAAAGTTTTTGAGGTTCAAGGTTATGCATCCATGTTCCTTGGAG
GTGTTCTCTCTTTCAACCTCCTCTTTCCCTCCACCCAACCTGACTTATGGAGGTTGATGG
GTATGTGGTCCATTTGGATGTTCACTATTCCTTCTCTTCGAGCACGTGACTGCCCTCCTA
AAGAGAAAGAAGCTCTTAACTATCTTTTTCTCATCATCCCTTTACTCAATGTTGCTATTC
CCTTCTTCTGGAAATCTTTTCCTCTTGTCTGGTCTGCTGATACCCTTGCCTTCTTTGCCA
TGTATGCCTGGAAGCTTGGATGGCTGGAAAGAACCAAGTAGGGCTACTCCTGTTGGGATT
AGAGTCTGGAAGATTCTATGTCTTCTCTTCCTTAGAATGAATGGTTCTCCATCCAGCTTC
TTTGTTACCAAGTACAGCATATCTAATATTCGAGGTACCTTGGTTTGAGTGAGGCAAACA
AATGTGTACATTGCTAAATATTGGCAAGCCCCCCCTTAAGTAATATTCATAGACCTCTGA
GATGGTTTGTTG

QA 2 793 2 793
DS 



AS 1 5

CO CL1441Contig1 740 5 15 U
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CGATTGCAGCATTGTTATCAGCTAGCGTGACAGAACAAATGGCTCCATCTCCTTCCTCAG
GACCTTCGGTTGAACCAGACTGCATGACGAATCTGTTGAACATGACGGACTGTCTTTCGT
ACGTGCAGGTAGGAAACCGTGGTGGTGCGGCCAATCCAGACAAATCTTGTTGTCCGGAGC
TTGCCGGCCTTGTCGATAACTCGCCACAATGCCTCTGCTACCTACTCGGCGGAGATATGG
AGGTTCAGTATGGAATCAAGATTGATAAGGCAAAGGCTCTCAAGCTTCCCGGAGTTTGTG
GCGTCGTTACTCCAGATCCCTCACTATGTTCACTGTTTGGAATTCCAGTTGGAGCACCGG
AAGCTATGGGCAACGAGGAATCCTCCCCAGCCTTCGCTCCAACTTCAGGTGCTGAATCAC
CAGAAGGCTTAGCATCGGGTCCATCGGCTAGCAGGATGAGCGATGCACGAAACACTGCAC
CTTATTCTCTTTTTCTCAGTATCTTCTGCATTTCATCTATAATCCTGATTTCCTTTTCTT
TTTAGCGACTCCATTATTTGTATTGTATTTTCCTATAAAAGAAGTATTGTTGCTTTTGGT
AGGTTATTTTCCTGAATTTAATACTTTGTATTTTATGGATTATTTCATCATTCATCTTAC
TAAATAAAGATTGTCATCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3A112TF U 101
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CGATGCACGAAACACTGCACCTTATTCTCTTTTTCTCAGTATCTTCTGCATTTCATC

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DS 

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GACCTTCGGTTGAACCAGACTGCATGACGAATCTGTTGAACATGACGGACTGTCTTTCGT
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CTTATTCTCTTTTTCTCAGTATCTTCTGCATTTCATCTATAATCCTGATTTCCTTTTCTT
TTTAGCGACTCCATTATTTGTATTGTATTTTCCTATAAAAGAAGTATTGTTGCTTTTGGT
AGGT*ATTTTCCTGATTT**ATACTTTGTATTTTATGGATTATT

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DS 

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GG
AAAAACACAATGACTAACGTTGCAGTAATAGCCGCTATTCCGATTGCAGCATTGTTATCA
GCTAGCGTGACAGAACAAATGGCTCCATCTCCTTCCTCAGGACCTTCGGTTGAACCAGAC
TGCATGACGAATCTGTTGAACATGACGGACTGTCTTTCGTACGTGCAGGTAGGAAACCGT
GGTGGTGCGGCCAATCCAGACAAATCTTGTTGTCCGGAGCTTGCCGGCCTTGTCGATAAC
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ATTGATAAGGCAAAGGCTCTCAAGCTTCCCGGAGTTTGTGGCGTCGTTACTCCAGATCCC
TCACTATGTTCACTGTTTGGAATTCCAGTTGGAGCACCGGAAGCTATGGGCAACGAGGAA
TCCTCCCCAGCCTTCGCTCCAACTTCAGGTGCTGAATCACCAGAAGGCTTAGCATCGGGT
CCATCGGCTAGCAGGATGAGCGATGCACGAAACACTGCACCTTATTCTCTTTTTCTCAGT
ATCTTCTGCATTTCATCTATAATCCTGATTTCCTTTTCTTTTTAGCGACTCCATTATTTG
TATTGTATTTTCCTATAAAAGAAGTATTGTTGCTTTTGGTAGGTTATTTTCCTGAATTTA
ATACTTTGTATTTTATGGATTATTTCATCATTCATCTTACTAAATAAAGATTGTCATC
T

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DS 

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GCCAATCCAGACAAATTTTGTTGTCCGGAGCTTGCCGGCCTTGTCGATAACTCGCCACAA
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ACAAAGGCTTTCAAGCTTCCCGGAGTTTGTGGGGTCGTTACTCCAGATCCCTCACTATGT
TCACTGTTTGGAATTCCAGTTGGAGCACCGGAAGCTATGGGCAACGAGGAATCCTCCCCA
GCCTTCGCTCCAACTTCAGGTGCTGAATCACCAGAAGGCTTAGCATCGGGTCCATCGGCT
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ATTTCATCTATAATCCTGATTTCCTTTTCTTTTTAGCGACTCCATTATTTGTATTGTATT
TTCCTATAAAAGAAGTATTGTTGCTTTTGGTAGGTTATTTTCCTGAATTTAATACTTTGT
ATTTTATGGATTATTTCATCATTCATCTTACTAAATAAAGATTGTCATCTT

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DS 

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TCAAGCTTCCCGGAGTTTGTGGCGTCGTTACTCCAGATCCCTCACTATGTTCACTGTTTG
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CAACTTCAGGTGCTGAATCACCAGAAGGCTTAGCATCGGGTCCATCGGCTAGCAGGATGA
GCGATGCACGAAACACTGCACCTTATTCTCTTTTTCTCAGTATCTTCTGCATTTCATCTA
TAATCCTGATTTCCTTTTCTTTTTAGCGACTCCATTATTTGTATTGTATTTTCCTATAAA
AGAAGTATTGTTGCTTTTGGTAGGTTATTTTCCTGAATTTAATACTTTGTATTTTATGGA
TTATTTCATCATTCATCTTACTAAATAAAGATTGTCATC
GT

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DS 



AS 1 5

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AAGCGTTTGGAGACTGTCCAATACATTAAACTAGAGAAAATATATAAAACACCAAAGATC
CATAAGCTCCTGCAAAGCAGAGTAGTAGTAATAACTTGAAACAATCTCATCTGCTATTGT
TAAGAATGGAACCCAAAGTTCCCAAAACAGCAAAAGCAAGGAGAGGACTGACGTCAAGCG
TGTCAAAGACGGGAGGGATGATGTTCCTGAAGAGATTGAGATAAGGATCACAAAGATCCC
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TAACCATCAACACGCCACTGTAGATATCTAGCCACTTGGACAAACCAGCCGCGACAACCG
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CCATTTTAGTTGCTCGGAAAAA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G062JQ U 2
AF RR3F228JQ U 1
AF RR3BM70JQ U 1
AF RR3G062TF C 135
AF RR3F228TF C 125
BS 1 16 RR3BM70JQ
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BS 536 669 RR3BM70JQ
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RD RR3G062JQ 145 0 0
G
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TAAGCTCCTGCAAAG
AAAAGTAGT

QA 2 136 2 136
DS 

RD RR3F228JQ 613 0 0
GG
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GAGTCGGAGAA

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DS 

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AAGCGTTTGGAGACTGTCCAATACATTAAACTAGAGAAAATATATAAAACACCAAAGATC
CATAAGCTCCTGCAAAGCAGAGTAGTAGTAATAACTTGAAACAATCTCATCTGCTATTGT
TAAGAATGGAACCCAAAGTTCCCAAAACAGCAAAAGCAAGGAGAGGACTGACGTCAAGCG
TGTCAAAGACGGGAGGGATGATGTTCCTGAAGAGATTGAGATAAGGATCACAAAGATCCC
TAATGGCTGACAAAGGCTGACGATCCCAAGGAATGTTCGGGAACCAGCTCAGCAAAACCC
TAACCATCAACACGCCACTGTAGATATCTAGCCACTTGGACAAACCAGCCGCGACAACCG
TCAACGGAGTGTTGAGATAGCCATCAGGACGATCGCGAATCGCCGCGAAGAACAGAGGAC
CGGAGACTCGGATAGAGGCTTGAATCTGTGGAGATGAGGTTACGACAGCGTTGGGGAGCT
TCTGGACAAGGGCTTTGGTTAGGGTTCCGGCGAGAACCGCGAGGGTCGTGATTGATTTGG
TTGAGTCGGAGAAGGGAAATTGAGGAGAGGGTTTAGGGAAGAGTGTTGGAGATGTGGAGG
AGGAGGCGG

QA 1 669 1 669
DS 

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AAGA
AGAGTAGTAGTAATAACTTGAAACAATCTCATCTGCTATTGTTAAGAATGGAACCCAAAG
TTCCCAAAACAGCAAAAGCAAGGAGAGGACTGACGTCAAGCGTGTCAAAGACGGGAGGGA
TGATGTTCCTGAAGAGATTGAGATAAGGATCACAAAGATCCCTAATGGCTGACAAAGGCT
GACGATCCCAAGGAATGTTCGGGAACCAGCTCAGCAAAACCCTAACCATCAACACGCCAC
TGTAGATATCTAGCCACTTGGACAAACCAGCCGCGACAACCGTCAACGGAGTGTTGAGAT
AGCCATCAGGACGATCGCGAATCGCCGCGAAGAACAGAGGAC*GGAGACTCGGATAGAGG
CTTGAATCTGTGGAGATGAGGTTACGACAGCGTTGGAGAGCTTCTGGACAAGGGCTTTGG
TTAGGGTTCCGGCGAGAACCGCGAGGGTCGTGATTGATTTGGTTGAGTCGGAGAAGGGAA
ATTGAGGAGAGGGTTTAGGGAAGAGTGTTGGAGATGTGGAGGAGGAGGCGGCGGCGGAGA
CGGAGACGATGGTTTTAGGGTTTCTGAGGGAGAGATTGAAGGAGGGTTTGTAGGGAAAGG
AGAGACGGAGAGGGGAATTACGACGATTAAGAGGATGGTGGAATCTAGGGTTGACGAGAA
CTGAAGAGCGAAGGGGGA

QA 5 682 5 682
DS 

RD RR3F228TF 738 0 0
AAGCT
CTGCAAAGCAGAGTAGTAGTA*TAACTTGAA*CAATCTCATCTGCTATTGTTAAGAATGG
AACCCAAAGTTCCCAAAACAGCAAAAGCAAGGAGAGGACTGACGTCAAGCGTGTCAAAGA
CGGGAGGGATGATGTTCCTGAAGAGATTGAGATAAGGATCACAAAGATCCCTAATGGCTG
ACAAAGGCTGACGATCCCAAGGAATGTTCGGGAACCAGCTCAGCAAAACCCTAACCATCA
ACACGCCACTGTAGATATCTAGCCACTTGGACAAACCAGCCGCGACAACCGTCAACGGAG
TGTTGAAATAGCCATCAGGACGAT*GCGAATCGCCGCGAAGAACAGAGGACCGGAGACTC
GGATAGAGGCTTGAATCTGTGGAGATGAGGTTACGACAGCGTTGGAGAGCTTCTGGACAA
GGGCTTTGGTTAGGGTTCCGGCGAGAACCGCGAGGGTCGTGATTGATTTGGTTGAGTCGG
AGAAGGGAAATTGAGGAGAGGGTTTAGGGAAGAGTGTTGGAGATGTGGAGGAGGAGGCGG
CGGCGGAGACGGAGACGATGGTTTTAGGGTTTCTGAGGGAGAGATTGAAGGAGGGTTTGT
AGGGAAAGGAGAGACGGAGAGGGGAATTACGACGATTAAGAGGATGGTGGAATCTAGGGT
TGACGAGAACTGAAGAGCGAAGGGGGAGGGTGGTGGTGGTGGTCGCAAACGCCATTTTAG
TTGCTCGGAAAAA

QA 6 738 6 738
DS 



AS 2 6

CO CL1443Contig1 869 2 7 U
TGCAGAGAGATCCAACCAAACTTAACAGTACTGCTGTCACAACTCGAAAGACGAAGAAGC
AATAGATCTAACACAGCAACTTGTAATTTAGAGCTAAAGACTACAGGGAGAGAGAGAGAG
GATGGATAAGATGAATCAGGCATTTGAGAAGATGAAGATGTTGGTGGGTATGGAGGTTGA
AGACGAGGAACGAGCTGCCGAAGAAGAAAGCTCTCTCTCGTTCATGGAAGATCTTAATCG
CAATTGCGCTTTGACTACCAAACAGAGATTCTATGGATTTGCGATTTGCTTGTCAGCTGG
CTTGGCATGTACTCTTTTGTCAATGCTTGTTTTCTTCAATCCCATCAAGTTTGGCTTCAC
ATTCACCCTGGGAAATTTGATGGCACTTGGGAGCATTCCTTATAGGTCCACAACGACAGG
TGTCGATGATGCTTGACCCAGCTCGCATCTACGCTACTGCTTTGTATCTTGCCAGCATTA
TCATTGCCTTGTTTTGCGCTCTCTATGTTCGTAACAAGTTGCTGACACTGCTTGCTATCA
TTCTTGAGTTCTCTGGTCTAATATGGTACAGCTTGAGCTACATCCCTTTTGCAAGGACCA
TGGTTTCGAAGGTGTTCATGACTTGTTTCGACACCGAGTTTTGAGCACAGCCCCTATACA
CATCAAGGATTTGTCGTCCCAAAACCAGTGTGTTCTGTTTTAATGATTGGTCTGTGTTCA
AAGCTGGACTTGTTTGATGCACGAAGAATGCTGAAAGCTCTAATAGTCTTTGGTTTCTAC
TTTGCTTCTTAACATGAACTTCATGTCTTCACAACTCGTAGCACAGTTCGTTGTATATTT
TGCTGTGGAATATAGGTTTTGTGCGGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BA47TF U 7
AF RR3BA47JQ C 1
BS 1 13 RR3BA47JQ
BS 14 744 RR3BA47TF
BS 745 745 RR3BA47JQ
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BS 790 791 RR3BA47JQ
BS 792 820 RR3BA47TF
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RD RR3BA47TF 814 0 0
GAGATCC
AACCAAACTTAACAGTACTGCTGTCACAACTCGAAAGACGAAGAAGCAATAGATCTAACA
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CTTTTGTCAATGCTTGTTTTCTTCAATCCCATCAAGTTTGGCTTCACATTCACCCTGGGA
AATTTGATGGCACTTGGGAGCATTCCTTATAGGTCCACAACGACAGGTGTCGATGATGCT
TGACCCAGCTCGCATCTACGCTACTGCTTTGTATCTTGCCAGCATTATCATTGCCTTGTT
TTGCGCTCTCTATGTTCGTAACAAGTTGCTGACACTGCTTGCTATCATTCTTGAGTTCTC
TGGTCTAATATGGTACAGCTTGAGCTACATCCCTTTTGCAAGGACCATGGTTTCGAAGGT
GTTCATGACTTGTTTCGACACCGAGTTTTGAGCACAGCCCCTATACACATCAAGGATTTG
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TTGATGCACGA*GAATGCTGAAAGCTCTAATAGTCTTTGGTTTCTACTTTGCTTCT**AC
ATGAACTTCATGTCTTCACAACTCGTA

QA 8 814 8 814
DS 

RD RR3BA47JQ 869 0 0
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AATAGATCTAACACAGCAACTTGTAATTTAGAGCTAAAGACTACAGGGAGAGAGAGAGAG
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AGACGAGGAACGAGCTGCCGAAGAAGAAAGCTCTCTCTCGTTCATGGAAGATCTTAATCG
CAATTGCGCTTTGACTACCAAACAGAGATTCTATGGATTTGCGATTTGCTTGTCAGCTGG
CTTGGCATGTACTCTTTTGTCAATGCTTGTTTTCTTCAATCCCATCAAGTTTGGCTTCAC
ATTCACCCTGGGAAATTTGATGGCACTTGGGAGCATTCCTTATAGGTCCACAACGACAGG
TGTCGATGATGCTTGACCCAGCTCGCATCTACGCTACTGCTTTGTATCTTGCCAGCATTA
TCATTGCCTTGTTTTGCGCTCTCTATGTTCGTAACAAGTTGCTGACACTGCTTGCTATCA
TTCTTGAGTTCTCTGGTCTAATATGGTACAGCTTGAGCTACATCCCTTTTGCAAGGACCA
TGGTTTCGAAGGTGTTCATGACTTGTTTCGACACCGAGTTTTGAGCACAGCCCCTATACA
CATCAAGGATTTGTCGTCCCAAAACCAGTGTGTTCTGTTTTAATGATTGGTCTGTGTTCA
AAGCTGGACTTGTTTGATGCACGAAGAATGCTGAAAGCTCTAATAGTCTTTGGTTTCTAC
TTTGCTTCTTAACATGAACTTCATGTCTTCACAACTCGTAGCACAGTTCGTTGTATATTT
TGCTGTGGAATATAGGTTTTGTGCGGCTC

QA 1 869 1 869
DS 



CO CL1443Contig2 882 4 7 U
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CAGCAACTAGTAATTTAGAGCTAAGACTACAGGGAGAGAGAGAGAGAGGATGGATAAGAT
GAATCAGGCGTTTGAGAAGATGAAGATGTTGGTGGGTATGGAGGTTGAAGACGAGGAACG
AGCTGCCGAAGAAGAAAGCTCTCTCTCATTCATGGAAGATCTTAATCGCAATTGCGCTTT
GACTACCAAACAGAGATTCTATGGATTTGCGATTTGCTTGTCAGCTGGCTTGGCATGTAC
TCTTTTGTCAATGCTTGTTTTCTTCAATCCGATCAAGTTTGGTTTCACATTCACTCTTGG
AAATTTGATGGCACTTGGGAGCACAGCATTCCTTATTGGCCCACAGAGGCAGGTGACGAT
GATGCTTGACCCAGCTCGCATCTACGCTACTGCTTTGTATCTTGCCAGCATTATCATTGC
CTTGTTTTGCGCTCTCTATGTTCGTAACAAGCTGCTGACACTACTTGCTATCATTCTCGA
GTTCTCTGGTCTAATATGGTATAGCTTGAGCTACATCCCTTTTGCAAGGACCATGGTCTC
AAAGGTGTTCATGACTTGTTTCGACACCGAGTTTTGAGCACAGCCCCTATACACATCAAG
GATTTGTCGTCCCAAAACCAGTGTGCTCTGTTTTAATGATTGGTCTGTGTTCAAAGCTGG
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TCTTCACAACTCGTAGCACAGTTTGTTGTATATTTTGCTGTGGAATATAACGTAGATTTT
GTGCGGCTCCTTCCTTTTATCTCCTTTACACGTTTTGATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H561TF U 1
AF RR3BA38JQ C 58
AF RR3BA38TF U 62
AF RR3H561JQ C 25
BS 1 519 RR3H561TF
BS 520 520 RR3BA38TF
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BS 830 882 RR3H561JQ

RD RR3H561TF 672 0 0
AACCAAACTTAACAGTTCTGCTGTCACAACTCGAGAGACCAAGAAGCAATAGATCTAACA
CAGCAACTAGTAATTTAGAGCTAAGACTACAGGGAGAGAGAGAGAGAGGATGGATAAGAT
GAATCAGGCGTTTGAGAAGATGAAGATGTTGGTGGGTATGGAGGTTGAAGACGAGGAACG
AGCTGCCGAAGAAGAAAGCTCTCTCTCATTCATGGAAGATCTTAATCGCAATTGCGCTTT
GACTACCAAACAGAGATTCTATGGATTTGCGATTTGCTTGTCAGCTGGCTTGGCATGTAC
TCTTTTGTCAATGCTTGTTTTCTTCAATCCGATCAAGTTTGGTTTCACATTCACTCTTGG
AAATTTGATGGCACTTGGGAGCACAGCATTCCTTATTGGCCCACAGAGGCAGGTGACGAT
GATGCTTGACCCAGCTCGCATCTACGCTACTGCTTTGTATCTTGCCAGCATTATCATTGC
CTTGTTTTGCGCTCTCTATGTTCGTAACAAGCTGCTGACGCTACTTGCTATCATTCTCGA
GTTCTCTGGTC*AATATGGTATAGCTTGAGCTACATCCCTTTTGCAAGGACCATGGTCTC
AAAGGTGTTCATGACTTGTTTCGACACCGAGTTTTGAGCACAGCCCCTATACACATCAAG
GATTTGTCGTCC

QA 1 672 1 672
DS 

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GG
ACAGCAACTAGTAATTTAGAGCTAAGACTACAGGGAGAGAGAGAGAGAGGATGGATAAGA
TGAATCAGGCGTTTGAGAAGATGAAGATGTTGGTGGGTATGGAGGTTGAAGACGAGGAAC
GAGCTGCCGAAGAAGAAAGCTCTCTCTCATTCATGGAAGATCTTAATCGCAATTGCGCTT
TGACTACCAAACAGAGATTCTATGGATTTGCGATTTGCTTGTCAGCTGGCTTGGCATGTA
CTCTTTTGTCAATGCTTGTTTTCTTCAATCCGATCAAGTTTGGTTTCACATTCACTCTTG
GAAATTTGATGGCACTTGGGAGCACAGCATTCCTTATTGGCCCACAGAGGCAGGTGACGA
TGATGCTTGACCCAGCTCGCATCTACGCTACTGCTTTGTATCTTGTCAGCATTATCATTG
CCTTGTTTTGCGCTCTCTATGTTCGTAACAAGCTGCTGACACTACTTGCTATCATTCTCG
AGTTCTCTGGTCTAATATGGTATAGCTTGAGCTACATCCCTTTTGCAAGGACCATGGTCT
CAAAGGTGTTCATGACTTGTTTCGACACCGAGTTTTGAGCACAGCCCCTATACACATCAA
GGATTTGTCGTCCCAAAACCAGTGTGCTCTGTTTTAATGATTGGTCTGTGTTCAAAGCTG
GACTTGTTTGATGCACGAAGAGTCTTTGGTTTTTACTTTGCTTCTTAACATGAACTTCAT
GTCTTCACAACTCGTAGCACAGTTTGTTGTATATTTTGCTGTGGAATATA
ACGTAGATTTTGTGCGGCC

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR3BA38TF 770 0 0
AGCAACTAGTAATTTAGAGCTAAGACTACAGGGAGAGAGAGAGAGAGGATGGATAAGATG
AATCAGGCGTTTGAGAAGATGAAGATGTTGGTGGGTATGGAGGTTGAAGACGAGGAACGA
GCTGCCGAAGAAGAAAGCTCTCTCTCATTCATGGAAGATCTTAATCGCAATTGCGCTTTG
ACTACCAAACAGAGATTCTATGGATTTGCGATTTGCTTGTCAGCTGGCTTGGCATGTACT
CTTTTGTCAATGCTTGTTTTCTTCAATCCGATCAAGTTTGGTTTCACATTCACTCTTGGA
AATTTGATGGCACTTGGGAGCACAGCATTCCTTATTGGCCCACAGAGGCAGGTGACGATG
ATGCTTGACCCAGCTCGCATCTACGCTACTGCTTTGTATCTTGTCAGCATTATCATTGCC
TTGTTTTGCGCTCTCTATGTTCGTAACAAGCTGCTGACACTACTTGCTATCATTCTCGAG
TTCTCTGGTCTAATATGGTATAGCTTGAGCTACATCCCTTTTGCAAGGACCATGGTCTCA
AAGGTGTTCATGACTTGTTTCGACACCGAGTTTTGAGCACAGCCCCTATACACATCAAGG
ATTTGTCGTCCCAAAACCAGTGTGCTCTGTTTTAATGATTGGTCTGTGTTCAAAGCTGGA
CTTGTTTGATGCACGAAGAGTCTTTGGTTTTTACTTTGCTTCTTAACATGAACTTCATGT
CTTCACAACTCGTAGCACAGTTTGTTGTATATTTTGCTGTGGAATATA
AC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3H561JQ 858 0 0
CACAACTCGAGAGACCAAGAAGCAATAGATCTAACACAGCAACTAGTAATTTAGAGCTAA
GACTACAGGGAGAGAGAGAGAGAGGATGGATAAGATGAATCAGGCGTTTGAGAAGATGAA
GATGTTGGTGGGTATGGAGGTTGAAGACGAGGAACGAGCTGCCGAAGAAGAAAGCTCTCT
CTCATTCATGGAAGATCTTAATCGCAATTGCGCTTTGACTACCAAACAGAGATTCTATGG
ATTTGCGATTTGCTTGTCAGCTGGCTTGGCATGTACTCTTTTGTCAATGCTTGTTTTCTT
CAATCCGATCAAGTTTGGTTTCACATTCACTCTTGGAAATTTGATGGCACTTGGGAGCAC
AGCATTCCTTATTGGCCCACAGAGGCAGGTGACGATGATGCTTGACCCAGCTCGCATCTA
CGCTACTGCTTTGTATCTTGCCAGCATTATCATTGCCTTGTTTTGCGCTCTCTATGTTCG
TAACAAGCTGCTGACGCTACTTGCTATCATTCTCGAGTTCTCTGGTC*AATATGGTATAG
CTTGAGCTACATCCCTTTTGCAAGGACCATGGTCTCAAAGGTGTTCATGACTTGTTTCGA
CACCGAGTTTTGAGCACAGCCCCTATACACATCAAGGATTTGTCGTCCCAAAACCAGTGT
GCTCTGTTTTAATGATTGGTCTGTGTTCAAAGCTGGACTTGTTTGATGCACGAAGAGTCT
TTGGTTTTTACTTTGCTTCTTAACATGAACTTCATGTCTTCACAACTCGTAGCACAGTTT
GTTGTATATTTTGCTGTGGAATATAACGTAGATTTTGTGCGGCTCCTTCCTTTTATCTCC
TTTACACGTTTTGATACC

QA 1 858 1 858
DS 



AS 2 5

CO CL1444Contig1 818 2 4 U
ACTTCACATCTCTTTATATACTCTAATAAATAACGGTTTTACTCATCAAATGTGAACCAT
GTCCAAATATAAAAGCTATTCAATGATAGTGTTTACCAATAGCCAATCAGGTCTCATTCA
AACACACAACTTATTTCAGCATACGTCCGTGCTAAACACATTGCTTTTATTGTAACAGAA
TTATAAAAAAAAGGTGGTTAAACTCTCCATTTTTTCTCCTCAAATCTTGGCGGCGAAGGA
GATACCTTGTTTGGTAAGGTCGTCGAGGCTCTCTGCAGCAGGTCTAGCTTTAGCGACTTT
AGCCAAGGCTTTGTTCTCATCACCACTCCCTCCTTCCATGAATGCTCCAACCACTTTACC
ATCTTTAACCCAATACGCTCCAAATCTTGGTTTTGGGTTTGATGGATTGCCGTCTCCGAA
CAAGACAGAGTCTCCTACGTTGTCTCCATAGAACTGCCATGAGAGATCAAACGAGCGAGA
GTAGAAGTATGGAAGGTAGTCGTATTCCTCCACCGCACCGCCTCCTTCAGCCGCTTTGAT
CGCCTTAACAGCTTGCTCTGCGGATTTACGAGAATGGTCAACATGCTCGACCCTTCTCAT
GTCTCCATACATTTTCAAGGGAAAAGTCGCAACATCGCCAACAGCGTAAACATCAGGAAC
ACTTGTTTTGAAGAATGCATCGGTCTTAATTCCACCTTTGTCTTCTTCGACCTGTCCCTT
GAATAAGGCTGTCAATGGTTTCGCACCAACTCCAACTATCACAATGTCGGCTTCTAGTGA
CCTTCCATCCTTGAGTTGCACTTCATTCACCTCTCCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG89JQ U 1
AF RR3CB93JQ U 68
BS 1 122 RR3GG89JQ
BS 123 123 RR3CB93JQ
BS 124 523 RR3GG89JQ
BS 524 818 RR3CB93JQ

RD RR3GG89JQ 523 0 0
ACTTCACATCTCTTTATATACTCTAATAAATAACGGTTTTACTCATCAAATGTGAACCAT
GTCCAAATATAAAAGCTATTCAATGATAGTGTTTACCAATAGCCAATCAGGTCTCATTCA
AATACACAACTTATTTCAGCATACGTCCGTGCTAAACACATTGCTTTTATTGTAACAGAA
TTATAAAAAAAAGGTGGTTAAACTCTCCATTTTTTCTCCTCAAATCTTGGCGGCGAAGGA
GATACCTTGTTTGGTAAGGTCGTCGAGGCTCTCTGCAGCAGGTCTAGCTTTAGCGACTTT
AGCCAAGGCTTTGTTCTCATCACCACTCCCTCCTTCCATGAATGCTCCAACCACTTTACC
ATCTTTAACCCAATACGCTCCAAATCTTGGTTTTGGGTTTGATGGATTGCCGTCTCCGAA
CAAGACAGAGTCTCCTACGTTGTCTCCATAGAACTGCCATGAGAGATCAAACGAGCGAGA
GTAGAAGTATGGAAGGTAGTCGTATTCCTCCACCGCACCGCCT

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR3CB93JQ 751 0 0
CAT
AAAAGCTATTCAATGATAGTGTTTACCAATAGCCAATCAGGTCTCATTCAAACACACAAC
TTATTTCAGCATACGTCCGTGCTAAACACATTGCTTTTATTGTAACAGAATTATAAAAAA
AAGGTGGTTAAACTCTCCATTTTTTCTCCTCAAATCTTGGCGGCGAAGGAGATACCTTGT
TTGGTAAGGTCGTCGAGGCTCTCTGCAGCAGGTCTAGCTTTAGCGACTTTAGCCAAGGCT
TTGTTCTCATCACCACTCCCTCCTTCCATGAATGCTCCAACCACTTTACCATCTTTAACC
CAATACGCTCCAAATCTTGGTTTTGGGTTTGATGGATTGCTGTCTCCGAACAAGACAGAG
TCTCCTACGTTGTCTCCATAGAACTGCCATGAGAGATCAAACGAGCGAGAGTAGAAGTAT
GGAAGGTAGTCGTATTCCTCCACCGCACCGCCTCCTTCAGCCGCTTTGATCGCCTTAACA
GCTTGCTCTGCGGATTTACGAGAATGGTCAACATGCTCGACCCTTCTCATGTCTCCATAC
ATTTTCAAGGGAAAAGTCGCAACATCGCCAACAGCGTAAACATCAGGAACACTTGTTTTG
AAGAATGCATCGGTCTTAATTCCACCTTTGTCTTCTTCGACCTGTCCCTTGAATAAGGCT
GTCAATGGTTTCGCACCAACTCCAACTATCACAATGTCGGCTTCTAGTGACCTTCCATCC
TTGAGTTGCACTTCATTCACCTCTCCAT

QA 4 751 4 751
DS 



CO CL1444Contig2 1049 3 17 U
GGATTTTCACACAAACCAACTTCAGCGACAAGATAACAACCTTGTGAAGATCGATCGGAT
AAAAAATGGCGGAGAAGAGCTTCAAATACATCATCCTCGGCGGCGGCGTTTCAGCCGGAT
ACGCAGCTAAGGAGTTTGCTAGTCAAGGGGTTAAACCAGGAGAATTGGCGGTTATCTCCA
AAGAGGCGGTGGCTCCTTATGAACGTCCTGCTCTTAGCAAGGGATATTTGTTTCCCGAAG
GGGCGGCTAGACTCCCAGGTTTCCATTGCTGTGTTGGTAGTGGTGGAGAAAAACTGCTTC
CTGAATCATACAAACAGAAAGGGATTGAGTTGATACTAAGCACTGAAATAGTGAAAGCAG
ATCTTGCTGCCAAGAGTCTTGTCAGCGCAGCTGGAGATGTCTTCAAATATGAAACTCTCA
TAATTGCAACTGGTTCTACTGTTCTCAGATTGACTGACTTTGGTGTGAAAGGTGCTGACT
CAAAGAACATCCTCTATCTGAGGGAGATTGATGATGCTGACAAAGTGGTTGAAGCAATCA
AAGCAAAGAAAGGTGGAAAGGCTGTGGTTGTTGGCTGGAGGTTACATTGGTCTTGAGCTT
AGTGCAGCTTTGAGGATCAACAATTTTGATGTCACTAT*GGTTTTCCCTGAACCTTGGTG
CATGCCTAGGCTTTTCACTGCCGACATTGCTGCTTTCTATGAGACGTACTATACAAACAA
GGGAGTGAAGATCATTAAAGGAACAGTAGCATCTGGGTTCACAGCACATCCAAATGGAGA
GGTGAATGAAGTGCAACTCAAGGATGGAAGGTCACTAGAAGCCGACATTGTGATAGTTGG
AGTTGGTGCGAAACCATTGACAGCCTTATTCAAGGGACAGGTCGAAGAAGACAAAGGTGG
AATTAAGACCGATGCATTCTTCAAAACAAGTGTTCCTGATGTTTACGCTGTTGGTGATGT
TGCGACTTTCCCCTTGAAATGTATGGAGACATGAGAAGGGTCGAGCATGTTGGCCATTCT
CGTAATCCGCAGAGCAAGCTGTTAAGCGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 0 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG89TF U 1
AF RR3GN55TF U 157
AF RR3FG04TF U 281
BS 1 544 RR3GG89TF
BS 545 545 RR3GN55TF
BS 546 574 RR3GG89TF
BS 575 575 RR3GN55TF
BS 576 619 RR3GG89TF
BS 620 620 RR3GN55TF
BS 621 673 RR3GG89TF
BS 674 674 RR3GN55TF
BS 675 697 RR3GG89TF
BS 698 705 RR3GN55TF
BS 706 706 RR3FG04TF
BS 707 747 RR3GN55TF
BS 748 748 RR3FG04TF
BS 749 762 RR3GN55TF
BS 763 763 RR3FG04TF
BS 764 797 RR3GN55TF
BS 798 1049 RR3FG04TF

RD RR3GG89TF 697 0 0
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AAAAAATGGCGGAGAAGAGCTTCAAATACATCATCCTCGGCGGCGGCGTTTCAGCCGGAT
ACGCAGCTAAGGAGTTTGCTAGTCAAGGGGTTAAACCAGGAGAATTGGCGGTTATCTCCA
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GGGCGGCTAGACTCCCAGGTTTCCATTGCTGTGTTGGTAGTGGTGGAGAAAAACTGCTTC
CTGAATCATACAAACAGAAAGGGATTGAGTTGATACTAAGCACTGAAATAGTGAAAGCAG
ATCTTGCTGCCAAGAGTCTTGTCAGCGCAGCTGGAGATGTCTTCAAATATGAAACTCTCA
TAATTGCAACTGGTTCTACTGTTCTCAGATTGACTGACTTTGGTGTGAAAGGTGCTGACT
CAAAGAACATCCTCTATCTGAGGGAGATTGATGATGCTGACAAAGTGGTTGAAGCAATCA
AAGCTAAGAAAGGTGGAAAGGCTGTGGTTGTTGGGTGGAGGTTACATTGGTCTTGAGCTT
AGTGCAGCTTTGAGGATCA*CAATTTTGATGTCACTAT*GGTTTTCCCTGAACCTTGGTG
CATGCCTAGGCTTCTCACTGCCGACATTGCTGCTTTC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3GN55TF 641 0 0
G
AGGAGAATTGGCGGTTATCTCCAAAGAGGCGGTGGCTCCTTATGAACGTCCTGCTCTTAG
CAAGGGATATTTGTTTCCTGAAGGGGCGGCTAGACTTCCAGGTTTCCATTGCTGTGTTGG
TAGTGGTGGAGAAAAACTGCTTCCTGAATCATACAAACAGAAAGGGATTGAGTTGATACT
AAGCACAGAAATAGTGAAAGCAGATCTTGCTGCCAAGAGTCTTGTCAGCGCAGCTGGAGA
TGTCTTCAAATATGAAACTCTCATAATTGCAACTGGTTCTACTGTTCTCAGATTGACTGA
CTTTGGTGTGAAGGGTGCTGACTCAAAGAACATCCTCTATCTGAGGGAGACTGATGATGC
TGACAAAGTGGTTGAAGCAATCAAAGCAAAGAAAGGTGGAAAGGCTGTAGTTGTTGGC*G
GAGGTTACATTGGTCTTGAGCTTAGTGCAGCTTTGAGGATCAACAATTTTGATGTCACTA
T*GGTTTTCCCTGAACCTTGGTGCATACCTAGGCTTTTCACCGCCGACATTGCTGCTTTC
TATGAGACTTACTATACAAACAAGGGAGTGAAGATCATTAAAGGAACAGTGGCATCTGGG
TTCACTGCACATCCAAATGGAGAGGTGAATGAAGTGCAAC

QA 2 641 2 641
DS 

RD RR3FG04TF 769 0 0
G
GGTGGAGAAAAACTGCTTCCTGAATCATACAAACAGAAAGGGATTGAGTTGATACTAAGC
ACTGAAATAGTGAAAGCAGATCTTGCTGCCAAGAGTCTTGTCAGCGCAGCTGGAGATGTC
TTCAAATATGAAACTCTCATAATTGCAACTGGTTCTACTGTTCTCAGATTGACTGACTTT
GGTGTGAAAGGTGCTGACTCAAAGAACATCCTCTATCTGCGGGAGATTGATGATGCTGAC
AAAGTGGTTGAAGCAATCAAAGCAAAGAAAGGTGGAAGGGCTGTGGTTGTTGG*TGGAGG
TTACATTGGTCTTGAGCTTAGTGCAGCTTTGAGGATCAACAATTTTGATGTCACTATTGG
TTTTCCCTGAACCTTGGTGCATGCCTAGGCTTTTCACTTCCGACATTGCTGCTTTCTATG
AGACGTACTATACAAACAAGGGAGTGAAGATCATTAAAGGAACAGTAGCTTCTGGGTTCA
CAGCACATCCAAATGGAGAGGTGAATGAAGTGCAACTCAAGGATGGAAGGTCACTAGAAG
CCGACATTGTGATAGTTGGAGTTGGTGCGAAACCATTGACAGCCTTATTCAAGGGACAGG
TCGAAGAAGACAAAGGTGGAATTAAGACCGATGCATTCTTCAAAACAAGTGTTCCTGATG
TTTACGCTGTTGGTGATGTTGCGACTTTCCCCTTGAAATGTATGGAGACATGAGAAGGGT
CGAGCATGTTGGCCATTCTCGTAATCCGCAGAGCAAGCTGTTAAGCGA

QA 2 769 2 769
DS 



AS 1 5

CO CL1445Contig1 992 5 9 U
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AAACAGTCAAATGTTTGATAAAAATAACATTGCACGACGAGGATTATTTATTATTAAGTT
TCGCTCCGATTTTAAATTTTGACATTGAGATCCTTATATACATCGCCTGTTCTTGGTTTA
TCAATGCATACAGGTCTGCTCCAGTTCGTGAATAAACCCTTAGAGGGCCATCTCAGCCTG
TAATGCAGCAAGTTCTTCCTCCTCTGCGGTCCGCTTAGGAGTAGGACGTGCTGCTTGACG
CCCTGCAGGCACCGGAACCGAAGGCAATACTGTGGTGGGCTGAAGAAGCTGCTCTTCAAG
CTCTGCACCTTCTAGTTCTTCCAACTCTGCTTCTAGCTCATCCTCATCGAAGTCGGCTGC
TGCCCCGATAGGAGTAGACAATGCTTCTTGGATCTGTTTCATGTTCTCTGTCTGCTCATT
GATCTCATCCATGGTCTTGTCCACGTCATCGATATTTGTAGCTTTCTGCATTGCTTTCAT
TGCAGAAGCTCC*ACTCC*TTAATGCATCAACAGTTTCAGTTGTTGCTTTTGCGCCTTCC
AACATAATCATTTGATCATGAATACGGAGCTGGAAATTGCCAAGCTGTTCGACTTGTTGC
TCATATAACCTCTTTCTTTTCAAACACTGTATAGCCGCGCGTTTGTTCTTAGCACGAGTG
TATTCTTTAGCCTTCTCAACCTCTTGACCAGCCTTTTTCAAGAGTACCTTCTCCTTCTTC
TCTAGCATCTCAAGTGTCTCGTTAAGCTTGTCTAATGTCTGGAGAGCATTGTTCTCCACC
TTTGGTTTCCCGAACAGACGATTCATCATGGTTACTTAGAGGATCTTGCTTTAATTCACC
GGCTATGAAGAAAACCACACTTCGATCCCTTCTTCCCTGGGGAGGGAGATCTTAGGACTT
TGCTGGTTTGGTTTGGTTATGTTCTTCCGTCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GB66JQ U 1
AF RR3DL64JQ U 1
AF RR3BA13JQ U 54
AF RR3GB66TF C 486
AF RR3BA13TF C 254
BS 1 474 RR3DL64JQ
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BS 476 586 RR3DL64JQ
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BS 866 876 RR3BA13JQ
BS 877 992 RR3BA13TF

RD RR3GB66JQ 802 0 0
A
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AACAGTCAAATGTTTGATAAAAATAACATTGCACGACGAGGATTATTTATTATTAAGTTT
CGCTCCGATTTTAAATTTTGACATTGAGATCCTTATATACATCGCCCGTTCTTGGTTTAT
CAATGCATACAGGTCTGCTCCAGTTCGTGAATAAACCCTTAGAGGGACATCTCAGCCTGT
AATGCAGCAAGTTCTTCCTCCTCTGCGGTCCGCTTAGGAGTAGGACGTGCTGCTTGACGC
CCTGCAGGCACCGGAACCGAAGGCAATACTGTGGTGGGCTGAAGAAGCTGCTCTTCAAGC
TCTGCACCTTCTAGTCCTTCCAACTCTGCTTCTAGCTCATCCTCATCGAAGTCGGCTGCT
GCCCCGATAGGAGTAGACAATGCTTCTTGGATCTGTTTCATGTTCTCTGTCTGCTCATTG
ATCTCATCCATGGTCCTGTCCACGTCATCGATATCTGTAGCTTTCTGCATTGCTTTCATT
GCAGAAGCTCC*ACTCC*TTAATGCATCAACAGTTTCAGTTGTTGCTTTTGCGCCTTCCA
ACATAATCATTTGATCATGAATACGGAGCTGGAAATTGCCAAGCTGTTCGACTTGTTGCT
CATATAACCTCTTTCTTTTCAAACACTGTATAGCCGCGCGTTTGTTCTTAGCACGAGTGT
ATTCTTTAGCCTTCTCAACCTCTTGACCAGCCTTTTTCAAGAGTACCTTCTCCTTCTTCT
CTAGCATCTCAAGTGTCTCGT

QA 2 802 2 802
DS 

RD RR3DL64JQ 865 0 0
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TCGCTCCGATTTTAAATTTTGACATTGAGATCCTTATATACATCGCCTGTTCTTGGTTTA
TCAATGCATACAGGTCTGCTCCAGTTCGTGAATAAACCCTTAGAGGGCCATCTCAGCCTG
TAATGCAGCAAGTTCTTCCTCCTCTGCGGTCCGCTTAGGAGTAGGACGTGCTGCTTGACG
CCCTGCAGGCACCGGAACCGAAGGCAATACTGTGGTGGGCTGAAGAAGCTGCTCTTCAAG
CTCTGCACCTTCTAGTTCTTCCAACTCTGCTTCTAGCTCATCCTCATCGAAGTCGGCTGC
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GATCTCATCCATGGTCTTGTCCACGTCATCGATATTTGTAGCTTTCTGCATTGCTTTCAT
TGCAGAAGCTCC*ACTCC*TTAATGCATCAACAGTTTCAGTTGTTGATTTTGCGCCTTCC
AACATAATCATTTGATCATGAATACGGAGCTGGAAATTGCCAAGCTGTTCGACTTGTTGC
TCATATAACCTCTTTCTTTTCAAACACTGTATAGCCGCGCGTTTGTTCTTAGCACGAGTG
TATTCTTTAGCCTTCTCAACCTCTTGACCAGCCTTTTTCAAGAGTACCTTCTCCTTCTTC
TCTAGCATCTCAAGTGTCTCGTTAAGCTTGTCTAATGTCTGGAGAGCATTGTTCTCCACC
TTTGGTT*CCCGAACAGACGATTCA

QA 1 865 1 865
DS 

RD RR3BA13JQ 823 0 0
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TTAAGTTTCGCTCCGATTTTAAATTTTGACATTGAGATCCTTATATACATCGCCTGTTCT
TGGTTTATCAATGCATACAGGTCTGCTCCAGTTCGTGAATAAACCCTTAGAGGGCCATCT
CAGCCTGTAATGCAGCAAGTTCTTCCTCCTCTGCGGTCCGCTTAGGAGTAGGACGTGCTG
CTTGACGCCCTGCAGGCACCGGAACCGAAGGCAATACTGTGGTGGGCTGAAGAAGCTGCT
CTTCAAGCTCTGCACCTTCTAGTTCTTCCAACTCTGCTTCTAGCTCATCCTCATCGAAGT
CGGCTGCTGCCCCGATAGGAGTAGACAATGCTTCTTGGATCTGTTTCATGTTCTCTGTCT
GCTCATTGATCTCATCCATGGTCTTGTCCACGTCATCGATATTTGTAGCTTTCTGCATTG
CTTTCATTGCAGAAGCTCC*ACTCC*TTAATGCATCAACAGTTTCAGTTGCTGCTTTTGC
GCCTTCCAACATAATCATTTGATCATGAATACGGAGCTGGAA**TGCCAAGCTGTTCGAC
TTGTTGCTCATATAACCTCTTTCTTTTCAAACACTGTATAGCCGCGCGTTTGTTCTTAGC
ACGAGTGTATTCTTTAGCCTTCTCAACCTCTTGACCAGCCTTTTTCAAGAGTACCTTCTC
CTTCTTCTCTAGCATCTCAAGTGTCTCGTTAAGCTTGTCTAATGTCTGGAGAGCATTGTT
CTCCACCTTTGGTTTCCCGAACAGACGATTCATCATGGTTACT

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR3GB66TF 451 0 0
ATC
CCATGGTCCTGTCCACGTCATCGATATCTGTAGCTTTCTGCATTGCTTTCATTGCAGAAG
CTCCCACTCCCTTAATGCATCAACAGTTTCAGTTGTTGCTTTTGCGCCTTCCAACATAAT
CATTTGATCATGAATACGGAGCTGGAAATTGCCAAGCTGTTCGACTTGTTGCTCATATAA
CCTCTTTCTTTTCAAACACTGTATAGCCGCGCGTTTGTTCTTAGCACGAGTGTATTCTTT
AGCCTTCTCAACCTCTTGACCAGCCTTTTTCAAGAGTACCTTCTCCTTCTTCTCTAGCAT
CTCAAGTGTCTCGTTAAGCTTGTCTAATGTCTGGAGAGCATTGTTCTCCACCTTTGGTTT
CCCGAACAGACGATTCATCATGGTTACTTAGAGGATCTTGCTTTAATTCACCGGCTATGA
AGAAAACCACACTTCGATCTCTTCTTCC

QA 4 451 4 451
DS 

RD RR3BA13TF 739 0 0
TCTTCCTCCTCTGCGGTCCGCTTAGGAGTAGGACGTGCTGCTTGACGCCCTGCAGGCACG
GGAACCGAAGGCAATACTGTGGTGGGCTGAAGAAGCTGCTCTTCAAGCTCTGCACCTTCT
AGTTCTTCCAACTCTGCTTCTAGCTCATCCTCATCGAAGTCGGCTGCTGCCCCGATAGGA
GTAGACAATGCTTCTTGGATCTGTTTCATGTTCTCTGTCTGCTCATTGATCTCATCCATG
GTCTTGTCCACGTCATCGATATTTGTAGCTTTCTGCATTGCTTTCATTGCAGAAGCTCC*
ACTCC*TTAATGCATCAACAGTTTCAGTTGCTGCTTTTGCGCCTTCCAACATAATCATTT
GATCATGAATACGGAGCTGGAA**TGCCAAGCTGTTCGACTTGTTGCTCATATAACCTCT
TTCTTTTCAAACACTGTATAGCCGCGCGTTTGTTCTTAGCACGAGTGTATTCTTTAGCCT
TCTCAACCTCTTGACCAGCCTTTTTCAAGAGTACCTTCTCCTTCTTCTCTAGCATCTCAA
GTGTCTCGTTAAGCTTGTCTAATGTCTGGAGAGCATTGTTCTCCACCTTTGGTTTCCCGA
ACAGACGATTCATCATGGTTACTTAGAGGATCTTGCTTTAATTCACCGGCTATGAAGAAA
ACCACACTTCGATCCCTTCTTCCCTGGGGAGGGAGATCTTAGGACTTTGCTGGTTTGGTT
TGGTTATGTTCTTCCGTCC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 2 4

CO CL1446Contig1 755 2 5 U
ACAATCATATCATGCCTTCCTTCATAAGTTCATATAGTGTATATAGTTTTGAAACCATCA
ACAAGGTACATAGCACTCTGTTTCTTTGGATCCTTAAAGCGCAAACACAACATTTTTGCT
TTCTCTTCTCTTTATTTCAAAGCCAAAATGCGACAGTGGTACAGTACAGTCTATATATAT
ACTTACATAAAGCCTGCATCAGTTTAAATTGCATCTTCTGCAGACTGTTCAGGCTTCTCT
ACTTGCTTCTTCAGAAACTCCAGCACAGAAATACGTCGTTGCTCGAGAGCAGCAAAATCT
CCAGAGTCCAGTTTCAAAGATTCCAACAGTTTAATGCCTTCCTTGAAACCATCTGTGGCT
GCATATTCATTTTGTAAAGCCCTGTCTATATCTGCAACTTTGGCTAAGGAAACCGCCACA
TCCAGAATTTGTGAAGGAGCATTTGGGTGATGCTTCATGGCATCACGTCTAACATTTAAA
GCACGGCAGTAATACGACCTTGCAGCTTCTAGGTCTTGGCCATAATACTTGAGATCTCCT
ATTTTATTGAGCGATACAGAAAGTGTATGTGTAATCTCCAAATCATCCATCGGCAGTTTC
ATAAGGAACTCAATACTCTCTTCAAAATGATTGACTGCAGAGCTTGAGTCTCCCATTGCT
CGGCTGCAGTCGCCGAGCATACCAAGGACTGCGCCAAGCTGTGAACACAACTCTGGTGTA
TTTCCCTCCCTCCTAAGTTGATCTCGAATGTCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ43JQ U 274
AF RR3D702JQ U 1
BS 1 364 RR3D702JQ
BS 365 365 RR3FZ43JQ
BS 366 376 RR3D702JQ
BS 377 377 RR3FZ43JQ
BS 378 755 RR3D702JQ

RD RR3FZ43JQ 386 0 0
CGTCGTTGCTCGAGAGCAGCAAAATCTCCAGAGTCCAGTTTCAAAGATTCCAACAGTTTA
ATGCCTTCCTTGAAACCATCTGTGGCTGCATATTCATTTTGTAAAGCCCTGTCTATATCT
GCAACTTTGGCTAAGGAAACCGCCACATCCAGAATTTGTGAAGGAGCATTTGGGTGATGC
TTCATGGCATCACGTCTAACATTTAAAGCACGGCAGTAATACGACCTTGCAGCTTCTAGG
TCTTGGCCATAATACTTGAGATCTCCTATTTTATTGAGCGATACAGAAAGTGTATGTGTA
ATCTCCAAATCATCCATCGGCAGTTTCATAAGGAACTCAATACTCTCTTCAAAATGATTG
ACTGCAGAGCTTGAGTCTCCCATTGC

QA 1 386 1 386
DS 

RD RR3D702JQ 755 0 0
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ACAAGGTACATAGCACTCTGTTTCTTTGGATCCTTAAAGCGCAAACACAACATTTTTGCT
TTCTCTTCTCTTTATTTCAAAGCCAAAATGCGACAGTGGTACAGTACAGTCTATATATAT
ACTTACATAAAGCCTGCATCAGTTTAAATTGCATCTTCTGCAGACTGTTCAGGCTTCTCT
ACTTGCTTCTTCAGAAACTCCAGCACAGAAATACGTCGTTGCTCGAGAGCAGCAAAATCT
CCAGAGTCCAGTTTCAAAGATTCCAACAGTTTAATGCCTTCCTTGAAACCATCTGTGGCT
GCATCTTCATTTTGTAGAGCCCTGTCTATATCTGCAACTTTGGCTAAGGAAACCGCCACA
TCCAGAATTTGTGAAGGAGCATTTGGGTGATGCTTCATGGCATCACGTCTAACATTTAAA
GCACGGCAGTAATACGACCTTGCAGCTTCTAGGTCTTGGCCATAATACTTGAGATCTCCT
ATTTTATTGAGCGATACAGAAAGTGTATGTGTAATCTCCAAATCATCCATCGGCAGTTTC
ATAAGGAACTCAATACTCTCTTCAAAATGATTGACTGCAGAGCTTGAGTCTCCCATTGCT
CGGCTGCAGTCGCCGAGCATACCAAGGACTGCGCCAAGCTGTGAACACAACTCTGGTGTA
TTTCCCTCCCTCCTAAGTTGATCTCGAATGTCCTC

QA 1 755 1 755
DS 



CO CL1446Contig2 744 2 4 U
GGACACATCCTTCCTTCAATCTTTCTGACTGAGAGAAGAACAGATAAAACTCAAAGAGAA
ACAAAAGCTTTACAATAATAACAAATCTCCATCGATCATTCATTGCAGCTAAAGAGCATC
TGAATCCTACCTAGGGTTGTTGGTATCTCGTCCACAATGACGACCTCTGTTTGCCCTTTC
TCCAAAGCTGCTCGTCCCGACGACGCCTCTACTCGAAAACAAGGCGAAACTACTGCTTCT
GCTTGCCCTTTCTCCAAATCCGATCCCTCTGCTCGAAAACAAGCCGACACGACAGCCTCT
GCTTGCCCTTTCTCCAAACCTGATGACGCCTCGGCTCGTAAAGGATGTCCTGAAAACGAA
GGAAGAGTGAAGAAGGAGGAATCTACTGATTCCGCAACGGTTCCTGCCAAGTGCCCGTTT
GGTTATGACTCCCAGACGTTCAAGCTTGGGCCTTTTAGCTGTATGCTATGTCAAGCACTT
CTTTATGATAGCAGTAGATGTGTTCCTTGCACACATGTGTTCTGCAAGGTGTGCGTATCA
CGGTTTAAGGACTGCCCTTTATGTGGTGCTGACGTTGAGAGTATTGAAGCTGATGAAAGC
CTTCAGAAGATGGTTGATCAGTTTATTGAAGGCCATGCTAGGATCAAGAGGTCTGTTGTG
AACAGCACAGGTGAAGAAGAGGTCGGGAATGATAACAAGAAGTGATTTACGCTGATGTTC
CATGGAGAGAGGTCCTTTCTTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ43TF U 1
AF RR3D702TF U 5
BS 1 641 RR3FZ43TF
BS 642 642 RR3D702TF
BS 643 700 RR3FZ43TF
BS 701 744 RR3D702TF

RD RR3FZ43TF 700 0 0
GGACACATCCTTCCTTCAATCTTTCTGACTGAGAGAAGAACAGATAAAACTCAAAGAGAA
ACAAAAGCTTTACAATAATAACAAATCTCCATCGATCATTCATTGCAGCTAAAGAGCATC
TGAATCCTACCTAGGGTTGTTGGTATCTCGTCCACAATGACGACCTCTGTTTGCCCTTTC
TCCAAAGCTGCTCGTCCCGACGACGCCTCTACTCGAAAACAAGGCGAAACTACTGCTTCT
GCTTGCCCTTTCTCCAAATCCGATCCCTCTGCTCGAAAACAAGCCGACACGACAGCCTCT
GCTTGCCCTTTCTCCAAACCTGATGACGCCTCGGCTCGTAAAGGATGTCCTGAAAACGAA
GGAAGAGTGAAGAAGGAGGAATCTACTGATTCCGCAACGGTTCCTGCCAAGTGCCCGTTT
GGTTATGACTCCCAGACGTTCAAGCTTGGGCCTTTTAGCTGTATGCTATGTCAAGCACTT
CTTTATGATAGCAGTAGATGTGTTCCTTGCACACATGTGTTCTGCAAGGTGTGCGTATCA
CGGTTTAAGGACTGCCCTTTATGTGGTGCTGACGTTGAGAGTATTGAAGCTGATGAAAGC
CTTCAGAAGATGGTTGATCAGTTTATTGAAGGCCATGCTAG*ATCAAGAGGTCTGTTGTG
AACAGCACAGGTGAAGAAGAGGTCGGGAATGATAACAAGA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3D702TF 740 0 0
GG
ATCCTTCCTTCAATCTTTCTGACTGAGAGAAGAACAGATAAAACTCAAAGAGAAACAAAA
GCTTTACAATAATAACAAATCTCCATCGATCATTCATTGCAGCTAAAGAGCATCTGAATC
CTACCTAGGGTTGTTGGTATCTCGTCCACAATGACGACCTCTGTTTGCCCTTTCTCCAAA
GCTGCTCGTCCCGACGACGCCTCTACTCGAAAACAAGGCGAAACTACTGCTTCTGCTTGC
CCTTTCTCCAAATCCGATCCCTCTGCTCGAAAACAAGCCGACACGACAGCCTCTGCTTGC
CCTTTCTCCAAACCTGATGATGCCTCGGCTCGTAAAGGATGTCCTGAAAACGAAGGAAGA
GTGAAGAAGGAGGAATCTACTGATTCCGCAACGGTTCCTGCCAAGTGCCCGTTTGGTTAT
GACTCCCAGACGTTCAAGCTTGGGCCTTTTAGCTGTATGCTATGTCAAGCACTTCTTTAT
GATAGCAGTAGATGTGTTCCTTGCACACATGTGTTCTGCAAGGTGTGCGTATCACGGTTT
AAGGACTGCCCTTTATGTGGTGCTGACGTTGAGAGTATTGAAGCTGATGAA*GCCTTCAG
AAGATGGTTGATCAGTTTATTGAAGGCCATGCTAGGATCAAGAGGTCTGTTGTGAACAGC
ACAG*TGAAGAAGAGGTCGGGAATGATAACAAGAAGTGATTTACGCTGATGTTCCATGGA
GAGAGGTCCTTTCTTGGT

QA 3 740 3 740
DS 



AS 2 6

CO CL1447Contig1 969 2 2 U
TTTTTCACAGAGATAATTGCCTCAATTTCAGATATTAAATTTTCAAAGGATGGGAGATAC
ATACTTAGTCGCGATTATATGACCCTCAAGCTGTGGGACATGAACATGGATTCTGGTCCA
GTTGCATCTTACCAGGTTCATGAACATCTGAGACCCAAGTTGTGCGATCTATATGAAAAT
GACTCCATCTTTGATAAGTTCGAGTGTTGTCTGAGTGGTGATGGACTGAGGGTAGCAACA
GGCTCTTACAGCAATCTATTCCGTGTATTTGGAGCTTCTAAAGGAAGTACTGAAGCTGCA
ACTTTGGAAGCTAGCAAAAACCCGATGAGGAGGCAAATCCAGACACCTGCAAGACCTTCC
AGAGCTATTAGCAGCATGACACGTATGGTCAGACGAGAATCAGAGAGTCCAGGAGCAGAG
GCGAATGGGAACGGATATGACTTCACAAATAAGTTGCTGCATATGGCTTGGCACCCAACA
GAGAACTCGATTGCTTGTGCAGCAGCAAACAGCTTGTACATGTATTATGCATGAACTGGA
GAGAGAGATGGAAGATCGCTCCTATTTAGCTTTCCTTTTCTCATTTTTTTCAGACACTCT
CTCTTTTTCTCGCTCTCTTTTAACTACCAAAGTGATTATGTAACCAGAAAAAGGTGTAGT
AGAAACAGAGTTATGCTGTGTCCAAGACCAAAGCCTGACCAGTCACTGCAACGAAGTTCA
TCGAAGAAGCAACAGTATATTAGACGGTAAAAAATGTTGGGGTTGGGGAAGAAAAGAAGG
ATGAGACCTTTTTTACCGTGAGGGTAATTTTCTCAAAATATCTGTCCTACTTAGGTTGTC
TTTTTAGTTTCGGATCTATTGCACTCTTTTAAGAAGAAACAGCTTATGGTTAGTGGGATA
TTTTTTTTTTTAGTATGAGACGATGGGAAGGGTTTGTGTTTCAAATTTGTTTATTGATTC
TTTTGTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK70TF U 1
AF RR3EK70JQ C 584
BS 1 652 RR3EK70TF
BS 653 969 RR3EK70JQ

RD RR3EK70TF 652 0 0
TTTTTCACAGAGATAATTGCCTCAATTTCAGATATTAAATTTTCAAAGGATGGGAGATAC
ATACTTAGTCGCGATTATATGACCCTCAAGCTGTGGGACATGAACATGGATTCTGGTCCA
GTTGCATCTTACCAGGTTCATGAACATCTGAGACCCAAGTTGTGCGATCTATATGAAAAT
GACTCCATCTTTGATAAGTTCGAGTGTTGTCTGAGTGGTGATGGACTGAGGGTAGCAACA
GGCTCTTACAGCAATCTATTCCGTGTATTTGGAGCTTCTAAAGGAAGTACTGAAGCTGCA
ACTTTGGAAGCTAGCAAAAACCCGATGAGGAGGCAAATCCAGACACCTGCAAGACCTTCC
AGAGCTATTAGCAGCATGACACGTATGGTCAGACGAGAATCAGAGAGTCCAGGAGCAGAG
GCGAATGGGAACGGATATGACTTCACAAATAAGTTGCTGCATATGGCTTGGCACCCAACA
GAGAACTCGATTGCTTGTGCAGCAGCAAACAGCTTGTACATGTATTATGCATGAACTGGA
GAGAGAGATGGAAGATCGCTCCTATTTAGCTTTCCTTTTCTCATTTTTTTCAGACACTCT
CTCTTTTTCTCGCTCTCTTTTAACTACCAAAGTGATTATGTAACCAGAAAAA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3EK70JQ 386 0 0
TTTTTTTCAGACACTCTCTCTTTTTCTCGCTCTCTTTTAACTACCAAAGTGATTATGTAA
CCAGAAAAAGGTGTAGTAGAAACAGAGTTATGCTGTGTCCAAGACCAAAGCCTGACCAGT
CACTGCAACGAAGTTCATCGAAGAAGCAACAGTATATTAGACGGTAAAAAATGTTGGGGT
TGGGGAAGAAAAGAAGGATGAGACCTTTTTTACCGTGAGGGTAATTTTCTCAAAATATCT
GTCCTACTTAGGTTGTCTTTTTAGTTTCGGATCTATTGCACTCTTTTAAGAAGAAACAGC
TTATGGTTAGTGGGATATTTTTTTTTTTAGTATGAGACGATGGGAAGGGTTTGTGTTTCA
AATTTGTTTATTGATTCTTTTGTCAC

QA 1 386 1 386
DS 



CO CL1447Contig2 1042 4 11 U
GAAATTATTTGAAGAACCGGAAGCACCTGGTTCAAGATCATTTTTCACAGAGATAATTGC
CTCAATTTCAGATATTAAATTTTCAAAGGATGGGAGGTACATACTTAGTCGCGATTACAT
GACCCTCAAGCTGTGGGATATAAACATGGATTCTGGTCCGGTTGCATCTTACCAGGTTCA
TGAACATCTGAGACCCAAGTTGTGCGATCTATATGAAAATGACTCCATCTTTGATAAGTT
CGAGCGTTGTCTGAGTGGTGATGGACTGAGGGTAGCAACAGGCTCTTACAGCAATCTATT
CCGTGTACTTGGAGCTTCTAAAGGAAGTACTGAAGCTGCAACTTTGGAAGCTAGCAAAAA
CCCGATGAGAAGGCAAATCCAGACACCTGCAAGACCTTCCAGAGCTATTAGCAGCATGAC
GCGTATGGTTAGACGAGGATCAGAGAGTCCAGGAGCAGAGGCGAATGGGAACGGATATGA
CTTCACAAATAAGTTGCTACATATGGCTTGGCACCCAACAGAGAACTCAATTGCTTGTGC
AGCAGCAAACAGCTTGTACATGTATTATGCATGAACTGGAGAGAGAGAGATGGAAGAAGA
AAAAAGAACATGGAACCAGCTTGCTCCAAATTTAACTTTCCTTTTCTCATTTTTTCTCAG
ACGCTCTCTCTTTCTCTCTCGCTCTCTTTTAACTACCAAAGTGATTATGTAACCAGAAAA
AAAAGGTGTAGTAGTAACAGAGTTATGCTGTGTCCAAGACCAAAGCCTGACCAGTCACTG
CAACGAAGTTCATGGAAGAAGCAACAGTATATTAGACGATAAAAAATGTTGGGTTGGTGA
AGAAAAGAAGAATGGGACCTTTTTAACCGTGAGGGTAATTTTCTCAAAATATCTGTCCTA
CTTAGGTTGTCTTTTTAGTTTCGGATCTATTGCACTCTTTTAAGAAGAAACAGCTTATGG
TTAGTGGGATATTTTTTTTTTAGTATGAGACGATGGGAAGGGTTTGTGTTTCAAATTTGT
TTATTGATTCTTTTGTCATAGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FQ85TF U 1
AF RR3BZ21TF U 205
AF RR3FQ85JQ C 419
AF RR3BZ21JQ C 253
BS 1 281 RR3FQ85TF
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BS 283 307 RR3FQ85TF
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BS 309 589 RR3FQ85TF
BS 590 590 RR3BZ21TF
BS 591 715 RR3FQ85TF
BS 716 905 RR3BZ21TF
BS 906 906 RR3BZ21JQ
BS 907 920 RR3BZ21TF
BS 921 1042 RR3BZ21JQ

RD RR3FQ85TF 715 0 0
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CTCAATTTCAGATATTAAATTTTCAAAGGATGGGAGGTACATACTTAGTCGCGATTACAT
GACCCTCAAGCTGTGGGATATAAACATGGATTCTGGTCCGGTTGCATCTTACCAGGTTCA
TGAACATCTGAGACCCAAGTTGTGCGATCTATATGAAAATGACTCCATCTTTGATAAGTT
CGAGCGTTGTCTGAGTGGTGATGGACTGAGGGTAGCAACAGACTCTTACAGCAATCTATT
CCGTGTATTTGGAGCTTCTAAAGGAAGTACTGAAGCTGCAACTTTGGAAGCTAGCAAAAA
CCCGATGAGAAGGCAAATCCAGACACCTGCAAGACCTTCCAGAGCTATTAGCAGCATGAC
GCGTATGGTTAGACGAGGATCAGAGAGTCCAGGAGCAGAGGCGAATGGGAACGGATATGA
CTTCACAAATAAGTTGCTACATATGGCTTGGCACCCAACAGAGAACTCAATTGCTTGTGC
AGCAGCAAACAGCTTGTACATGTATTATGCATGAACTGGAGAGAGAGAGGTGGAAGAAGA
AAAAAGAACATGGAACCAGCTTGCTCCAAATTTAACTTTCCTTTTCTCATTTTTTCTCAG
ACGCTCTCTCTTTCTCTCTCGCTCTCTTTTAACTACCAAAGTGATTATGTAACCA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3BZ21TF 716 0 0
G
GATCTATATGAAAATGACTCCATCTTTGATAAGTTCGAGTGTTGTCTGAGTGGTGATGGA
CTGAGGGTAGCAACAGGCTCTTACAGCAATCTATTCCGTGTACTTGGAGCTTCTAAAGGA
AGTACTGAAGCTGCAACTTTGGAAGCTAGCAAAAACCCGATGAGAAGGCAAATCCAGACA
CCTGCAAGACCTTCCAGAGCTATTAGCAGCATGACGCGTATGGTTAGACGAGGATCAGAG
AGTCCAGGAGCAGAGGCGAATGGGAACGGATATGACTTCACAAATAAGTTGCTACATATG
GCTTGGCACCCAACAGAGAACTCAATTGCTTGTGCAGCAGCAAACAGCTTGTACATGTAT
TATGCATGAACTGGAGAGAGAGAGATGGAAGAAGAAAAAAGAACATGGAACCAGCTTGCT
CCAAATTTAACTTTCCTTTTCTCATTTTTTCTCAGACGCTCTCTCTTTCTCTCTCGCTCT
CTTTTAACTACCAAAGTGATTATGTAACCAGAAAAAAAAGGTGTAGTAGTAACAGAGTTA
TGCTGTGTCCAAGACCAAAGCCTGACCAGTCACTGCAACGAAGTTCATGGAAGAAGCAAC
AGTATATTAGACGATAAAAAATGTTGGGTTGGTGAAGAAAAGAAGAATGGGACCTTTTTA
ACCGTGAGGGTAATTTTCTCAAAATATCTGTCCTACTTAG*TTGTCTTTTTAGTT

QA 2 716 2 716
DS 

RD RR3FQ85JQ 580 0 0
ACGCGTATGGTTAGACGAGGATCAGAGAGTCCAGGAGCAGAGGCGAATGGGAACGGATAT
GACTTCACAAATAAGTTGCTACATATGGCTTGGCACCCAACAGAGAACTCAATTGCTTGT
GCAGCAGCAAACAGCTTGTACATGTATTATGCATGAACTGGAGAGAGAGAGGTGGAAGAA
GAAAAAAGAACATGGAACCAGCTTGCTCCAAATTTAACTTTCCTTTTCTCATTTTTTCTC
AGACGCTCTCTCTTTCTCTCTCGCTCTCTTTTAACTACCAAAGTGATTATGTAACCAGAA
AAAAAAGGTGTAGTAGTAACAGAGTTATGCTGTGTCCAAGACCAAAGCCTGACCAGTCAC
TGCAACGAAGTTCATGGAAGAAACAACAGTATATTAGACGATAAAAAATGTTGGGTTGGT
GAAGAAAAGAAGAATGGGACCTTTTTAACCGTGAGGGTAATTTTCTCAAAATATCTGTCC
TACTTAGGTTGTCTTTTTAGTTTCGGATCTATTGCACTCTTTTAAGAAGAAACAGCTTAT
GGTTAGTGGGATATTTTTTTTTTAGTATGAGACGATGGGA

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3BZ21JQ 790 0 0
GAGTGGTGATGGACTGAGGGTAGCAACAGGCTCTTACAGCAATCTATTCCGTGTACTTGG
AGCTTCTAAAGGAAGTACTGAAGCTGCAACTTTGGAAGCTAGCAAAAACCCGATGAGAAG
GCAAATCCAGACACCTGCAAGACCTTCCAGAGCTATTAGCAGCATGACGCGTATGGTTAG
ACGAGGATCAGAGAGTCCAGGAGCAGAGGCGAATGGGAACGGATATGACTTCACAAATAA
GTTGCTACATATGGCTTGGCACCCAACAGAGAACTCAATTGCTTGTGCAGCAGCAAACAG
CTTGTACATGTATTATGCATGAACTGGAGAGAGAGAGATGGAAGAAGAAAAAAGAACATG
GAACCAGCTTGCTCCAAATTTAACTTTCCTTTTCTCATTTTTTTTCAGACGCTCTCTCTT
TCTCTCTCGCTCTCTTTTAACTACCAAAGTGATTATGTAACCAGAAAAAAAAGGTGTAGT
AGTAACAGAGTTATGCTGTGTCCAAGACCAAAGCCTGACCAGTCACTGCAACGAAGTTCA
TGGAAGAAGCAACAGTATATTAGACGATAAAAAATGTTGGGTTGGTGAAGAAAAGAAGAA
TGGGACCTTTTTAACCGTGAGGGTAATTTTCTCAAAATATCTGTCCTACTTAGGTTGTCT
TTTTAGTTTCGGATCTATTGCACTCTTTTAAGAAGAAACAGCTTATGGTTAGTGGGATAT
TTTTTTTTTAGTATGAGACGATGGGAAGGGTTTGTGTTTCAAATTTGTTTATTGATTCTT
TTGTCATAGC

QA 1 790 1 790
DS 



AS 2 6

CO CL1448Contig1 498 2 3 U
GGAAATCGGGAATCATGGCGATGGCACCGGCAATGCAGACGACGTTCGTGTCATCGACGA
ACTTTCTGAAACAATCGAGACCTTCTTCATCACCTAGCAATGTGACTCTTCCCAAAAACA
AGAGATCGTCCTCCGTAGTTGTTGCCGCTGTCGGTGATGTCTCTTCTGACGGAACCGTAT
ATTTGATAGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACAGCTTTTCCGATCCTCTTCA
AACGCACCGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTCGTGAGGAAGGGAGGAGCCA
CTTTGAGGGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATG
GCCTCGGCAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTAACTCCTTCTTCTTCATTATT
ATCAGTATACAAACCGCTATTTCACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTCTA
AGTTTTTTCTGAAACCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BY62JQ C 1
AF RR3BY62TF U 1
BS 1 7 RR3BY62JQ
BS 8 486 RR3BY62TF
BS 487 498 RR3BY62JQ

RD RR3BY62JQ 498 0 0
GGAAATCGGGAATCATGGCGATGGCACCGGCAATGCAGACGACGTTCGTGTCATCGACGA
ACTTTCTGAAACAATCGAGACCTTTTTCATCACCTAGCAATGTGACTCTTCCCAAAAACA
AGAGATCGTCCTCCGTAGTTGTTGCCGCTGTCGGTGATGTCTCTTCTGACGGAACCGTAT
ATTTGATAGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACAGCTTTTCCGATCCTCTTCA
AACGCACCGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTCGTGAGGAAGGGAGGAGCCA
CTTTGAGGGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATG
GCCTCGGCAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTAACTCCTTCTTCTTCATTATT
ATCAGTATACAAACCGCTATTTCACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTCTA
AGTTTTTTCTGAAACCGC

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR3BY62TF 498 0 0
GGAAATC
GGGAATCATGGCGATGGCACCGGCAATGCAGACGACGTTCGTGTCATCGACGAACTTTCT
GAAACAATCGAGACCTTCTTCATCACCTAGCAATGTGACTCTTCCCAAAAACAAGAGATC
GTCCTCCGTAGTTGTTGCCGCTGTCGGTGATGTCTCTTCTGACGGAACCGTATATTTGAT
AGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACAGCTTTTCCGATCCTCTTCAAACGCAC
CGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTCGTGAGGAAGGGAGGAGCCACTTTGAG
GGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATGGCCTCGG
CAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTAACTCCTTCTTCTTCATTATTATCAGTA
TACAAACCGCTATTTCACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTCTAAGTTTT
TTCTGAAACCGC

QA 8 486 8 486
DS 



CO CL1448Contig2 725 4 18 U
GGAAATCGGGAATCATGGCGATGGCACCGGCAATGCAGACGACGTTCGTGTCATCGACGA
ACTTTCTGAAACAATCGAGACCTTCTTCATCACCTAGCAATGTGACTCTTCCCAAAAACA
AGAGATCGTCCTCCGTAGTTGTTGCCGCTGTCGGTGATGTCTCTTCTGACGGAACCGTAT
ATTTGATAGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACAGCTTTTCCGACCCTCTTCA
AACGCACCGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTCGTGAGGAAGGGAGGAGCCA
CTTTGAGGGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATG
GCCTCGGCAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTATCTC*CTTCTTCTTCATTAT
TATTACAAACCGCTATTTCACACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTGTAAG
TTTTCCCGAAACCGTAAGAGTGTGTTCGATTCGCGATAGCTTGTTTCGAGATACAATTGT
TTTGAGCTGTTCAACTTATATGCTCTGCAACTGCAAGAGATAGTCTCTGTTAAGTCTGCA
CACTGTATTTGCTCTGCAACTGCGTTAATCACATTCACCCGAACTGTGTGTTGTTGTTCA
GGTGATTTTGTATAAAAAACGTCATGTGCAGAATTTAGTGAATTCTGTAATATTTTCAGA
AACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3AV04JQ C 6
AF RR3AV04TF U 6
AF RR3CF34TF U 1
AF RR3CF34JQ C 589
BS 1 25 RR3CF34TF
BS 26 26 RR3AV04TF
BS 27 195 RR3CF34TF
BS 196 196 RR3AV04TF
BS 197 231 RR3CF34TF
BS 232 232 RR3AV04TF
BS 233 280 RR3CF34TF
BS 281 281 RR3AV04TF
BS 282 400 RR3CF34TF
BS 401 401 RR3AV04TF
BS 402 404 RR3CF34TF
BS 405 405 RR3AV04TF
BS 406 441 RR3CF34TF
BS 442 443 RR3AV04TF
BS 444 474 RR3CF34TF
BS 475 475 RR3AV04TF
BS 476 657 RR3CF34TF
BS 658 725 RR3CF34JQ

RD RR3AV04JQ 508 0 0
GG
GGGAATCATGGCGATGGCACCGGCAATGCAGACGACGTTCGTGTCATCGACGAACTTTTT
GAAACAATCGAGACCTTCTTCATCACCTAGCAATGTGACTCTTCCCAAAAACAAGAGATC
GTCCTCCGTAGTTGTTGCCGCTGTCGGTGATGTCTCTTCTGACGGAACCGTATATTTGAT
AGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACAGCTTTTCCGACCCTCTTCAAACGCAC
CGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTCGTGAGGAAGGGAGGAGCCACTTTGAG
GGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATGGCCTCGG
CAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTATCTC*CTTCTTCTTCATTATTATTACA
AACCGCTATTTCACACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTGTAAGTTTTCCC
GAAACCGTAAGAGTGTGTTCGATTCG

QA 3 508 3 508
DS 

RD RR3AV04TF 508 0 0
GG
GGGAATCATGGCGATGGCACCGGCAATGCAGACGACGTTCGTGTCATCGACGAACTTTCT
GAAACAATCGAGACCTTCTTCATCACCTAGCAATGTGACTCTTCCCAAAAACAAGAGATC
GTCCTCCGTAGTTGTTGCCGCTGTCGGTGATGTCTCTTCTGACGGAACCGTATATTTGAT
AGCCGGAGCCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACAGCTTTTCCGACCCTCTTCAAACGCAC
CGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTCGTGAGGAAGGGAGGAGCCACTTTGAG
GGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATGGCCTCGG
CAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTATCTC*CTTCTTCTTCATTATTATTACA
AACCGCTATTTCACACATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCTGTAAGTTTTCCC
GAAACCGTAAGAGTGTGTTCGATTCG

QA 3 508 3 508
DS 

RD RR3CF34TF 657 0 0
GGAAATCGGGAATCATGGCGATGGCGCCGGCAATGCAGACGACGTTCGTGTCATCGACGA
ACTTTCTGAAACAATCGAGACCTTCTTCATCACCTAGCAATGTGACTCTTCCCAAAAACA
AGAGATCGTCCTCCGTAGTTGTTGCCGCTGTCGGTGATGTCTCTTCTGACGGAACCGTAT
ATTTGATAGCCGGAGTCGCTGCCGTTGCTCTTGTCGGAACAGCTTTTCCGATCCTCTTCA
AACGCACCGACACGTGTCCGGAATGTGACGGGGCAGGATTTGTGAGGAAGGGAGGAGCCA
CTTTGAGGGCCAACGCGGCAAGGAAGGATCAAGCTCAGATCGTTTGCGCCAACTGCAATG
GCCTCGGCAAGCTTAACCAGATTGATAAATAAAATAATTAACTCTCTTCTTCTTCATTAT
TATTACAAACCGCTATTTCAC**ATTCATCTTCTTCTCTGTGTAATATATACTCGGTAAG
TTTTCCCGAAACCGTAAGAGTGTGTTCGATTCGCGATAGCTTGTTTCGAGATACAATTGT
TTTGAGCTGTTCAACTTATATGCTCTGCAACTGCAAGAGATAGTCTCTGTTAAGTCTGCA
CACTGTATTTGCTCTGCAACTGCGTTAATCACATTCACCCGAACTGTGTGTTGTTGT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3CF34JQ 137 0 0
GTTAAGTCTGCACACTGTATTTGCTCTGCAACTGCGTTAATCACATTCACCCGAACTGTG
TGTTGTTGTTCAGGTGATTTTGTATAAAAAACGTCATGTGCAGAATTTAGTGAATTCTGT
AATATTTTCAGAAACCC

QA 1 137 1 137
DS 



AS 1 6

CO CL1449Contig1 731 6 14 U
CACAGAACAAACAGAGGTTCCAACATTTTTATTATTATTAATGTTAAACAAGTCTTGGGG
GATACAAAACAAAGCCCAGTGAGACAACAACAAACACAAAAACCAAACTGAAGACTTAAA
TAAACCGCTGTTTGTCTTCACAATGGGCTTTTGAAACTCACCAACACACACACAAAAAAA
*CAGCTTTATTTACAAACTAGGTAACCAACCCATCATTCAATCACACTTCAAAAGACTCC
TCCATCCAGCATGGAGTTGATATCATCTAAGCTCCATAGCTCCATTGGGTTTCCCTCTTC
CTGAGTCACACCAGCAGCATCTACTCCGAGCATATCTTCCACTTCTAAAGGAGACTCCCA
CAAGGCATTGTCAAGGTATGCCATCAGATCATCATTGTTGCTCGTCTCGTCCTCGGAGTT
GAGTTTGACCTTCTTGGCTGCATTGGTTTCTTCAGCAAAGGTGGTAGCTTGGTTGTTATT
GACTAGCATTGAGGAGATCTCTGGTGGTGTCTTGGGGCCATGATCACTCCACCCAAACTC
AAAGCAGTCGAATGAGTGGCTGCCCTGATCAGAACTGAAATACTGTCCAACATCGAAGAA
CTGATTGTTGTACATCTGAGGCTTCTCTTCAATGAAACCAACATCACCAAAGGAGTTGTT
GCAGTACTGACTCAGATGTGGTGTTGGCTGCTGAACCAAAGCTACGGTTTGGTTTGGTTT
AGACACTGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 10 25 25 25 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AT74JQ U 14
AF RR3EC73JQ U 16
AF RR3H954JQ U 239
AF RR3EE12JQ U 19
AF RR3FE41JQ U 1
AF RR3AT74TF C 569
BS 1 180 RR3FE41JQ
BS 181 181 RR3AT74JQ
BS 182 234 RR3FE41JQ
BS 235 235 RR3AT74JQ
BS 236 240 RR3FE41JQ
BS 241 241 RR3AT74JQ
BS 242 386 RR3FE41JQ
BS 387 387 RR3AT74JQ
BS 388 393 RR3FE41JQ
BS 394 394 RR3AT74JQ
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BS 659 659 RR3EE12JQ
BS 660 722 RR3FE41JQ
BS 723 731 RR3AT74TF

RD RR3AT74JQ 532 0 0
AAGGT
TCCAACATTTTTATTATTATTAATGTTAAACAAGTCTTGGGGGATACAAAACAAAGCCCA
GTGAGACAACAACAAACACAAAAACCAAACTGAAGACTTAAATAAACCGCTGTTTGTCTT
CACAATGGGCTTTTGAAACTCACCAACACACACACAAAAAAA*CAGCTTTATTTACAAAC
TAGGTAACCAACCCATCATTCAATCACACTTCAAAAGACTCCTCCATCCAGCATGGAGTT
GATATCATCTAAGCTCCATAGCTCCATTGGGTTTCCCTCCTCCTGAGTCACACCAGCAGC
ATCTACTCCGAGCATATCTTCCACTTCTAAAGGAGACTCCCACAAGGCATTGTCAAGGTA
TGCCATCAGATCATCATTGTTGCTCGTCTCGTCCTCGGAGTTGAGTTTGACCTTCTTGGC
TGCATTGGTTTCTTCAGCAAAGGTGGTAGCTTGGTTGTTATTGACTAGCATTGAGGAGAT
CTCTGGTGGTGTCTTGAGGCCATGATCACTCCACCCAAACTC
AGAGC

QA 6 527 6 527
DS 

RD RR3EC73JQ 525 0 0
GGT
TCCAACATTTTTATTATTATTAATGTTAAACAAGTCTTGGGGGATACAAAACAAAGCCCA
GTGAGACAACAACAAACACAAAAACCAAACTGAAGACTTAAATAAACCGCTGTTTGTCTT
CACAATGGGCTTTTGAAACTCACCAACACACACACAAAAAAA*CAGCTTTATTTACAAAC
TAGGTAACCAACCCATCATTCAATCACACTTCAGAAGACTCCTCCATCCAGCATGGAGTT
GATATCATCTAAGCTCCATAGCTCCATTGGGTTTCCCTCTTCCTGAGTCACACCAGCAGC
ATCTACTCCGAGCATATCTTCCACTTCTAAAGGAGACTCCCACAAGGCATTGTCAAGGTA
TGCCATCAGATCATCATTGTTGCTCGTCTCGTCCTCGGAGTTGAGTTTGACCTTCTTGGC
TGCATTGGTTTCTTCAGCAAAGGTGGTAGCTTGGTTGTTATTGACTAGCATTGAGGAGAT
CTCTGGTGGTGTCTTGGGGCCATGATCACTCCACCCAAACTC

QA 4 525 4 525
DS 

RD RR3H954JQ 272 0 0
CCTCCATCCAGCATGGAGTTGATATCATCTAAGCTCCATAGCTCCATTGGGTTTTCCTCT
TCCTGAGTCACACCAGCAGCATCTACGCCGAGCATATCTTCCACTTCTAAAGGAGACTCC
CACATGGCGTTGTCAAGGTATGCAATCAGATCATCATTGTTGCTCGTCTCGTCCTCAGAG
TTGAGTTTGACCTTCTTGGCTGCATTGGTTTCTTCAGCAAAGGTAGTAGCTTGGTTGTTA
TTGACTAA*ATTGAGGAGATCTCTGGTGGTGT

QA 1 272 1 272
DS 

RD RR3EE12JQ 684 0 0
TCCAACATTTTTATTATTATTAATGTTAAACAAGTCTTGGGGGATACAAAACAAAGCCCA
GTGAGACAACAACAAACACAAAAACCAAACTGAAGACTTAAATAAACCGCTGTTTGTCTT
CACAATGGGCTTTTGAAACTCACCAACACACACACAAAAAAA*CAGCTTTATTTACAAAC
TAGGTAACCAACCCATCATTCAATCACACTTCAGAAGACTCCTCCATCCAGCATGGAGTT
GATATCATCTAAGCTCCATAGCTCCATTGGGTTTCCCTCTTCCTGAGTCACACCAGCAGC
ATCTACTCCGAGCATATCTTCCACTTCTAAAGGAGACTCCCACAAGGCATTGTCAAGGTA
TGCCATCAGATCATCATTGTTGCTCGTCTCGTCCTCGGAGTTGAGTTTGACCTTCTTGGC
TGCATTGGTTTCTTCAGCAAAGGTGGTAGCTTGGTTGTTATTGACTAGCATTGAGGAGAT
CTCTGGTGGTGTCTTGGGGCCATGATCACTCCACCCAAACTCAGAGCAGTCGAATGAGTG
GCTGCCCTGATCAGAACTGAAATACTGTCCAACATCGAAGAACTGATTGTTGTACATCTG
AGGCTTCTCTTCAATGAAACCAACATCACCAAAGGAGTTGTTGCAGTACTGACTCAGATG
TGGTGTTGGCTGCTGAACCAAAGC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3FE41JQ 726 0 0
CACAGAACAAACAGAGGTTCCAACATTTTTATTATTATTAATGTTAAACAAGTCTTGGGG
GATACAAAACAAAGCCCAGTGAGACAACAACAAACACAAAAACCAAACTGAAGACTTAAA
TAAACCGCTGTTTGTCTTCACAATGGGCTTTTGAAACTCACCAACACACACACAAAAAAA
ACAGCTTTATTTACAAACTAGGTAACCAACCCATCATTCAATCACACTTCAAAAAACTCC
CCCATCCAGCATGGAGTTGATATCATCTAAGCTCCATAGCTCCATTGGGTTTCCCTCTTC
CTGAGTCACACCAGCAGCATCTACTCCGAGCATATCTTCCACTTCTAAAGGAGACTCCCA
CAAGGCATTGTCAAGGTATGCCATCAAATCATCGTTGTTGCTCGTCTCGTCCTCGGAGTT
GAGTTTGACCTTCTTGGCTGCATTGGTTTCTTCAGCAAAGGTGGTAGCTTGGTTGTTATT
GACTAGCATTGAGGAGATCTCTGGTGGTGTCTTGGGGCCATGATCACTCCACCCAAACTC
AAAGCAGTCGAATGAGTGGCTGCCCTGATCAGAACTGAAATACTGTCCAACATCGAAGAA
CTGATTGTTGTACATCTGAGGCTTCTCTTCAATGAAACCAACATCACCAAAGGAGTTGCT
GCAGTACTGACTCAGATGTGGTGTTGGCTGCTGAACCAAAGCTACGGTTTGGTTTGGTTT
AG
CCAC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3AT74TF 163 0 0
TCAGAACTGAAATACTGTCCAACATCGAAGAACTGATTGTTGTACATCTGAGGCTTCTCT
TCAATGAAACCAACATCACCAAAGGAGTTGTTGCAGTACTGACTCAGATGTGGTGTTGGC
TGCTGAACCAAAGCTACGGTTTGGTTTGGTTTAGACACTGGTC

QA 1 163 1 163
DS 



AS 2 6

CO CL1450Contig1 839 2 14 U
GGAAGCTAGAACTGATTTGGTTGTGGAGTTTAGACAAAGCCTGAGAGAGAGTCTGTCGGT
GAATATCGGGGGGAAGATGGTGAAGTCTTCAGAGATCGTGAAGAAGCTCAATCTCAGGTC
TCACCAAGAAGGTGGTTTCTTCTATGAAACGTTCAGAGATTCTTCTGTCATCCTCTCCAC
CTCTCATCTCCCACCCACCTTCAAGGTGGACAGAGCTGTGAGCACAAGCATCTACTTCTT
GCTTCCTTCTGGTAACGTTTCACGTCTTCATCGCATTCCAATGGCTGAAACCTGGCACTT
CTATTTGGGTGAACCCCTCACTGTAGTGGAGATCCACGACGATGGGAAGTTGAAATTCAC
GTGTCTTGGTCCTGACTTGATTGAAGGCGACCAGAAGCCTCAGTACACTGTCCCTCCAAA
CATCTGGTTCGGTTCGTTTCCGACAAAGGATTTTCATTTCCCTCACGATGGGAATCTGCT
TAGAACTGAGCCTATAGGCTCCGAGAACCATTTCTCTCTTGTTGGATGCACCTGCGCTCC
TGGTTTCCAGTTTGAGGACTTTGAGCTTGCGAAACGCTCTCACCTCTTATCGCTGTTTCC
TCAGCACGAGTCGCTTATCACAATGCTCTCTTATCCTGAGTGAAGGAGGTTAATGATAAT
AAAAAGAATGACAACTCAGTTCACTATGTTGTTTTGTTTCTTTCAACACCTTACTTATGA
ACCATGCGAGGTTGTAATTGTACTCTTTTGATTTTACTTTTGAACTATCTTTCTTTGTGT
TTTTTTCAAGTTGTGGATTGATCAAATCATGTTCAGCAAAGAGAAAAGCTTTAGTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DU68TF U 1
AF RR3DU68JQ C 66
BS 1 720 RR3DU68TF
BS 721 721 RR3DU68JQ
BS 722 732 RR3DU68TF
BS 733 733 RR3DU68JQ
BS 734 754 RR3DU68TF
BS 755 755 RR3DU68JQ
BS 756 763 RR3DU68TF
BS 764 764 RR3DU68JQ
BS 765 785 RR3DU68TF
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BS 806 806 RR3DU68JQ
BS 807 816 RR3DU68TF
BS 817 839 RR3DU68JQ

RD RR3DU68TF 816 0 0
GGAAGCTAGAACTGATTTGGTTGTGGAGTTTAGACAAAGCCTGAGAGAGAGTCTGTCGGT
GAATATCGGGGGGAAGATGGTGAAGTCTTCAGAGATCGTGAAGAAGCTCAATCTCAGGTC
TCACCAAGAAGGTGGTTTCTTCTATGAAACGTTCAGAGATTCTTCTGTCATCCTCTCCAC
CTCTCATCTCCCACCCACCTTCAAGGTGGACAGAGCTGTGAGCACAAGCATCTACTTCTT
GCTTCCTTCTGGTAACGTTTCACGTCTTCATCGCATTCCAATGGCTGAAACCTGGCACTT
CTATTTGGGTGAACCCCTCACTGTAGTGGAGATCCACGACGATGGGAAGTTGAAATTCAC
GTGTCTTGGTCCTGACTTGATTGAAGGCGACCAGAAGCCTCAGTACACTGTCCCTCCAAA
CATCTGGTTCGGTTCGTTTCCGACAAAGGATTTTCATTTCCCTCACGATGGGAATCTGCT
TAGAACTGAGCCTATAGGCTCCGAGAACCATTTCTCTCTTGTTGGATGCACCTGCGCTCC
TGGTTTCCAGTTTGAGGACTTTGAGCTTGCGAAACGCTCTCACCTCTTATCGCTGTTTCC
TCAGCACGAGTCGCTTATCACAATGCTCTCTTATCCTGAGTGAAGGAGGTTAATGATAAT
AAAAAGAATGACAACTCAGTTCACTATGTTGTTTTGTTTCTTTCAACACCTTACTTATGA
*CCATGCGAGGT*GTAATTGTACTCTTTTGATTT*ACTTTTGA*CTATCTTTCTTTGTGT
TTTTT*CAAGTTGTGGATTGATCAA*TCATGTTCAG

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3DU68JQ 774 0 0
ATC
GGGGGAAGATGGTGAAGTCTTCAGAGATCGTGAAGAAGCTCAATCTCAGGTCTCACCAAG
AAGGTGGTTTCTTCTATGAAACGTTCAGAGATTCTTCTGTCATCCTCTCCACCTCTCATC
TCCCACCCACCTTCAAGGTGGACAGAGCTGTGAGCACAAGCATCTACTTCTTGCTTCCTT
CTGGTAACGTTTCACGTCTTCATCGCATTCCAATGGCTGAAACCTGGCACTTCTATTTGG
GTGAACCCCTCACTGTAGTGGAGATCCACGACGATGGGAAGTTGAAATTCACGTGTCTTG
GTCCTGACTTGATTGAAGGCGACCAGAAGCCTCAGTACACTGTCCCTCCAAACATCTGGT
TCGGTTCGTTTCCGACAAAGGATTTTCATTTCCCTCACGATGGGAATCTGCTTAGAACTG
AGCCTATAGGCTCCGAGAACCATTTCTCTCTTGTTGGATGCACCTGCGCTCCTGGTTTCC
AGTTTGAGGACTTTGAGCTTGCGAAACGCTCTCACCTCTTATCGCTGTTTCCTCAGCACG
AGTCGCTTATCACAATGCTCTCTTATCCTGAGTGAAGGAGGTTAATGATAATAAAAAGAA
TGACAACTCAGTTCACTATGTTGTTTTGTTTCTTTCAACACCTTACTTATGAACCATGCG
AGGTTGTAATTGTACTCTTTTGATTTTACTTTTGAACTATCTTTCTTTGTGTTTTTTTCA
AGTTGTGGATTGATCAAATCATGTTCAGCAAAGAGAAAAGCTTTAGTTTCG

QA 4 774 4 774
DS 



CO CL1450Contig2 786 4 5 U
GCTGAACATGATTTGATCAATCCACACTTGAAAAAAAAACAAAGAAAGATAGTTCAAAAG
TAAAACCAAAATAGTACAATTACAACCTCGCATGGTTCATAAGTGTTGAAGAAACAAAAC
AACTTAGCGAACTGAGTTGTCTTCTTTTTATTGTCATTAACCTCCTTCACTCAGGATAAG
AGAGCATTGTGATAAGCGACTCGTGCTGAGGAAACAGCGATAAGAGGTGAGAGCGTTTCG
CAAGCTCAAAGTCCTCGAACTGGAAACCAGGAGCGCAGGTGCATCCAACAAGAGAGAAAT
GGTTCTCGGAGTCTCTAGCCTCGGTTCTAAGCAGAGTCCCCTCGTGAGGGAAATGAAAAT
CCTTTGTCGGAAACGAACCAAACCAGATGTTTGGAGGGACAGTGTACTGAGGCTTCTGGT
CGCCTTCAATCAGGTCAGGACCAAGACACGTGAATTTTAGCTTCCCATCGTCGTGGATCT
CCACTACAGTGAGAGGTTCACCCAAATAGAAGTGCCAGGTTTCAGCCATTGGAATGCGAT
GAAGACGTGAAACGTTACCAGAAGGAAGCAAGAAGTAGATGCTTGTGCTCACAGCTCTGT
CCACCTTGAAAGTGGGTGGGAGATGAGAGGTGGAGAGGATAACAGAAGAATCTCTGAACG
TTTCATAGAAGAAACCACCTTCTTGGTGAGACCTGAGATTCAGCTTCTTCACGATTTCTG
AAGACTTCACCATCTTTCCCCCGATATTCACCGACAGACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ29JQ U 1
AF RR3CD12JQ U 51
AF RR3EJ29TF C 169
AF RR3CD12TF C 91
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AACTTAGCGAACTGAGTTGTCTTCTTTTTATTGTCATTAACCTCCTTCACTCAGGATAAG
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CAAGCTCAAAGTCCTCGAACTGGAAACCAGGAGCGCAGGTGCATCCAACAAGAGAGAAAT
GGTTCTCGGAGTCTCTAGCCTCGGTTCTAAGCAGAGTCCCCTCGTGAGGGAAATGAAAAT
CCTTTGTCGGAAACGAACCAAACCAGATGTTTGGAGGGACAGTGTACTGAGGCTTCTGGT
CGCCTTCAATCAGGTCAGGACCAAGACACGTGAATTTTAGCTTCCCATCGTCGTGGATCT
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CCACCTTGAAAGTGGGTGGGAGATGAGAGGTGGAGAGGATAACAGAAGAATCTCTGAACG
TTTCATAGAAGAAACCACCTTCTTGGTGAGACCTGAGATTCAGCT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3CD12JQ 692 0 0
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AGAGAGAAATGGTTCTCGGAGTCTCTAGCCTCGGTTCTAAGCAGAGTCCCCTCGTGAGGG
AAATGAAAATCCTTTGTCGGAAACGAACCAAACCAGATGTTTGGAGGGACAGTGTATTGA
GGCTTCTGGTCGCCTTCAATCAGGTCAGGACCAAGACACGTGAATTTTAGCTTCCCATCG
TCGTGGATCTCCACTACAGTGAGAGGTTCACCCAAATAGAAGTGCCAGGTTTCAGCCATT
GGAATGCGATGAAGACGTGAAACGTTACCAGAAGGAAGCAAGAAGTAGATGCTTGTGCTC
ACAGCTCTGTCCACCTTGAAAGTGGGTGGGAGATGAGAGGTGGAGAGGATAACAGAAGAA
TCTCTGAACGTTTCATAGAAGAAACCACCTTCTTGGTGAGACCTGAGATTCAGCTTCTTC
ACGATTTCTGAAGACTTCACCATCTTTCCCCC

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DS 

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GAGAGCGTTTCGCAAGCTCAAAGTCCTCGAACTGGAAACCAGGAGCGCAGGTGCATCCAA
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GAGGCTTCTGGTCGCCTTCAATCAGGTCAGGACCAAGACACGTGAATTTTAGCTTCCCAT
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TTGGAATGCGATGAAGACGTGAAACGTTACCAGAAGGAAGCAAGAAGTAGATGCTTGTGC
TCACAGCTCTGTCCACCTTGAAAGTGGGTGGGAGATGAGAGGTGGAGAGGATAACAGAAG
AATCTCTGAACGTTTCATAGAAGAAACCACCTTCTTGGTGAGACCTGAGATTCAGCTTCT
TCACGATTTCTGAAGACTTCACCATCTTTCCCCCGATATTCACCGACAGACTCTCTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCC

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DS 

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ACTCAGGATAAGAGAGCATTGTGATAAGCGACTCGTGCTGAGGAAACAGCGATAAGAGGT
GAGAGCGTTTCGCAAGCTCAAAGTCCTCGAACTGGAAACCAGGAGCGCAGGTGCATCCAA
CAAGAGAGAAATGGTTCTCGGAGTCTCTAGCCTCGGTTCTAAGCAGAGTCCCCTCGTGAG
GGAAATGAAAATCCTTTGTCGGAAACGAACCAAACCAGATGTTTGGAGGGACAGTGTATT
GAGGCTTCTGGTCGCCTTCAATCAGGTCAGGACCAAGACACGTGAATTTTAGCTTCCCAT
CGTCGTGGATCTCCACTACAGTGAGAGGTTCACCCAAATAGAAGTGCCAGGTTTCAGCCA
TTGGAATGCGATGAAGACGTGAAACGTTACCAGAAGGAAGCAAGAAGTAGATGCTTGTGC
TCACAGCTCTGTCCACCTTGAAAGTGGGTGGGAGATGAGAGGTGGAGAGGATAACAGAAG
AATCTCTGAACGTTTCATAGAAGAAACCACCTTCTTGGTGAGACCTGAGATTCAGCTTCT
TCACGATTTCTGAAGACTTCACCATCTTTCCCCCGATATTCACCGACAGACTCTCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCC

QA 19 696 19 696
DS 



AS 1 5

CO CL1451Contig1 1123 5 3 U
GGACGGAGAAAAAAAAAAGAAAAACATTTGCCGGCGATTCAGATGGAGACGGAGGTCGAT
AAGGAGATTGTTAAATCCGCCGGAGCTGAGCTTCTTCCCGACGGACGTCAAGGTTTACGC
ATCCATGACTGGGAGATCGAAACCATCCGCGGCACGATTCTCACTTCTCTCGCTCACGAA
CAGTGGGAAGAGAAGCTTAAGACCTCTCACTTACCTGAAATGGTGTTTGGAGAGAATGCG
TTGGTTCTTAAACACTTGAGGAGCAACACTAAGATTCATTTCAACGCGTTTGATGCACTT
GCTGGTTGGAAGCAAGAAGGGCTTCCTCCTGTTGAAGTTCCTGCTGCAGCACAATGGAAG
TTCAGGAGCAAGCCGTCCCAGCAGGTGATACTGGATTATGATTACACTTTTACTACGCCC
TACTGTGGGAGTGGAGTTGTTGAGAAAGACCAAGAAACGGTTGAGGGGGATGCTAGTCTT
AAGTGGGAGAACTGTGAAGAGCAGATTGATTTGGCTGCTCTCTCACTTAAAGAACCTATT
CTCTTCTATGATGAGGTAGTTTTGTATGAAGATGAACTGGCTGACAATGGAGTGTCACTT
CTGACTGTGAAAGTGAGAGTCATGCCAAGTTCATGGTTTCTCCTCTTACGATTTTGGCTT
AGAGTTGATGGTGTACTTATGAGGTTGAGAGAGACGAGAATGCATTATATCTTTGGCAAA
GGGGAGACACCCACAGTTCTTCGTGAAAGCTGTTGGAGGGAAACAACATTTAAGTCTCTA
TCTGCGAAAGGGTATCCAGTTGATTTAGCATTCTATAGCGACCCAGGTACCATCAGTCAG
AGGCTTCCGGTGATTAAGCAGATAACACAGAAACTGAAGATTCCTCGTAAAGTGTGAGCA
GCTAAAAAGAAAACACTTTCTCAATTATTCTATCGAGTTTGTCGTTGTAAGGAGTTACTT
AGCTGATTCATGGATTTCATTTTAACGTGAACACTCGAACCCTTTCATGTTATACTATCT
TTTTCCCTATACACTTTTCTTTTCACTGTTCAGAGTTTATGATTCGTATGACACAAATAA
TGGTCATTCCATGTCTGAAAAGTGAGAACGAAATTAAACTTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FR95TF U 11
AF RR3D088TF U 2
AF RR3B233TF U 1
AF RR3B233JQ C 225
AF RR3D088JQ C 424
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RD RR3FR95TF 246 0 0
GGAAGTGCCAAC
AACATTTGCCGGCGATTCAGATGGAGACGGAGGTCGATAAGGAGATTCTTAAATCTGCCG
GAGCTGAGCTTCTTCCCGACGGACGTAAAGGTTTACGCATCCATGACTGGGAGATCGAAA
CCATCCGCGGCACGATTCTCACTTCTCTCGCTCACGAACAGTGGGAAGAGAAGCTTAAGA
CCTCTCACTTACCTGAAATGGTGTTTGGAGAGAATGCATTGGTTCTTAAACACT

QA 13 246 13 246
DS 

RD RR3D088TF 680 0 0
GGACGGAG
AAAAAAAAAGAAAAACATTTGCCGGCGATTCAGATGGAGACGGAGGTCGATAAGGAGATT
GTTAAATCCGCCGGAGCTGAGCTTCTTCCCGACGGACGTCAAGGTTTACGCATCCATGAC
TGGGAGATCGAAACCATCCGCGGCACGATTCTCACTTCTCTCGCTCACGAACAGTGGGAA
GAGAAGCTTAAGACCTCTCACTTACCTGAAATGGTGTTTGGAGAGAATGCGTTGGTTCTT
AAACACTTGAGGAGCAACACTAAGATTCATTTCAACGCGTTTGATGCACTTGCTGGTTGG
AAGCAAGAAGGGCTTCCTCCTGTTGAAGTTCCTGCTGCAGCACAATGGAAGTTCAGGAGC
AAGCCGTCCCAGCAGGTGATACTGGATTATGATTACACTTTTACTACGCCCTACTGTGGG
AGTGGAGTTGTTGAGAAAGACCAAGAAACGGTTGAGGGGGATGCTAGTCTTAAGTGGGAG
AACTGTGAAGAGCAGATTGATTTGGCTGCTCTCTCACTTAAAGAACCTATTCTCTTCTAT
GATGAGGTAGTTTTGTATGAAGATGAACTGGCTGACAATGGAGTGTCACTTCTGACTGTG
AAAGTGAGAGTCATGCCAAGTTCATGGTTTCTCCTCTTACGATTTTGGCTTAGAGTTGAT
GGTGTACTTATG

QA 9 680 9 680
DS 

RD RR3B233TF 792 0 0
GGACGGAGAAAAAAAAAAGAAAAACATTTGCCGGCGATTCAGATGGAGACGGAGGTCGAT
AAGGAGATTGTTAAATCCGCCGGAGCTGAGCTTCTTCCCGACGGACGTCAAGGTTTACGC
ATCCATGACTGGGAGATCGAAACCATCCGCGGCACGATTCTCACTTCTCTCGCTCACGAA
CAGTGGGAAGAGAAGCTTAAGACCTCTCACTTACCTGAAATGGTGTTTGGAGAGAATGCG
TTGGTTCTTAAACACTTGAGGAGCAACACTAAGATTCATTTCAACGCGTTTGATGCACTT
GCTGGTTGGAAGCAAGAAGGGCTTCCTCCTGTTGAAGTTCCTGCTGCAGCACAATGGAAG
TTCAGGAGCAAGCCGTCCCAGCAGGTGATACTGGATTATGATTACACTTTTACTACGCCC
TACTGTGGGAGTGGAGTTGTTGAGAAAGACCAAGAAACGGTTGAGGGGGATGCTAGTCTT
AAGTGGGAGAACTGTGAAGAGCAGATTGATTTGGCTGCTCTCTCACTTAAAGAACCTATT
CTCTTCTATGATGAGGTAGTTTTGTATGAAGATGAACTGGCTGACAATGGAGTGTCACTT
CTGACTGTGAAAGTGAGAGTCATGCCAAGTTCATGGTTTCTCCTCTTACGATTTTGGCTT
AGAGTTGATGGTGTACTTATGAGGTTGAGAGAGACGAGAATGCATTATATCTTTGGCAAA
GGGGAGACACCCACAGTTCTTCGTGAAAGCTGTTGGAGGGAAACAACATTTAAGTCTCTA
TCTGCGAAAGGG

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3B233JQ 803 0 0
GTTTGGAGAGAATGCGTTGGTTCTTAAACACTTGAGGAGCAACACTAAGATTCATTTCAA
CGCGTTTGATGCACTTGCTGGTTGGAAGCAAGAAGGGCTTCCTCCTGTTGAAGTTCCTGC
TGCAGCACAATGGAAGTTCAGGAGCAAGCCGTCCCAGCAGGTGATACTGGATTATGATTA
CACTTTTACTACGCCCTACTGTGGGAGTGGAGTTGTTGAGAAAGACCAAGAAACGGTTGA
GGGGGATGCTAGTCTTAAGTGGGAGAACTGTGAAGAGCAGATTGATTTGGCTGCTCTCTC
ACTTAAAGAACCTATTCTCTTCTATGATGAGGTAGTTTTGTATGAAGATGAACTGGCTGA
CAATGGAGTGTCACTTCTGACTGTGAAAGTGAGAGTCATGCCAAGTTCATGGTTTCTCCT
CTTACGATTTTGGCTTAGAGTTGATGGTGTACTTATGAGGTTGAGAGAGACGAGAATGCA
TTATATCTTTGGCAAAGGGGAGACACCCACAGTTCTTCGTGAAAGCTGTTGGAGGGAAAC
AACATTTAAGTCTCTATCTGCGAAAGGGTATCCAGTTGATTTAGCATTCTATAGCGACCC
AGGTACCATCAGTCAGAGGCTTCCGGTGATTAAGCAGATAACACAGAAACTGAAGATTCC
TCGTAAAGTGTGAGCAGCTAAAAAGAAAACACTTTCTCAATTATTCTATCGAGTTTGTCG
TTGTAAGGAGTTACTTAGCTGATTCATGGATTTCATTTTAACGTGAACACTCGAACCCTT
TCATGTTATACTATCTTTTTCCC

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3D088JQ 700 0 0
TGTGGGAGTGGAGTTGTTGAGAAAGACCAAGAAACGGTTGAGGGGGATGCTAGTCTTAAG
TGGGAGAACTGTGAAGAGCAGATTGATTTGGCTGCTCTCTCACTTAAAGAACCTATTCTC
TTCTATGATGAGGTAGTTTTGTATGAAGATGAACTGGCTGACAATGGAGTGTCACTTCTG
ACTGTGAAAGTGAGAGTCATGCCAAGTTCATGGTTTCTCCTCTTACGATTTTGGCTTAGA
GTTGATGGTGTACTTATGAGGTTGAGAGAGACAAGAATGCATTATATCTTTGGCAAAGGG
GAGACACCCACAGTTCTTCGTGAAAGCTGTTGGAGGGAAACAACATTTAAGTCTCCATCT
GCGAAAGGGTATCCAGTTGATTTAGCATTCTATAGCGACCCAGGTACCATCAGTCAGAGG
CTTCCGGTGATTAAGCAGATAACACAGAAACTGAAGATTCCTCGTAAAGTGTGAGCAGCT
AAAAAGAAAACACTTTCTCAATTATTCTATCGAGTTTGTCGTTGTAAGGAGTTACTTAGC
TGATTCATGGATTTCATTTTAACGTGAACACTCGAACCCTTTCATGTTATACTATCTTTT
TCCCTATACACTTTTCTTTTCACTGTTCAGAGTTTATGATTCGTATGACACAAATAATGG
TCATTCCATGTCTGAAAAGTGAGAACGAAATTAAACTTGG

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 3

CO CL1452Contig1 780 3 7 U
GGAACTCTGTTTGGTTTGGCACTGAAACATTTGATCTCGTGGAGAAGACGAACAAATGGC
AATTCTCAGCAACGTCTCGTTTTCCTGCAGCAACATCTCTCTAAAACCGTCTCTCTCTAA
GTCTCTTTATTCTCGTTCTCACTGTCGTCTCATTCGCTGCTCACAGGAAGGGAAAGGAGT
GGTCAGTCCGTTGGTTTGGTCATTAGGAGAAGAGGTTTCAAAGAGAAGTTTACTTGCACT
TGTCTCTGCTTCTCTCTTCTTTGTTGATCCTGCTCTTGCTTTTAAGGGTGGAGGTCCCTA
TGGACAAGGAGTCACCAGGGGACAGGACTTATCCGGCAAGGATTTTAGTGGCCAGACTCT
GATCAGACAGGACTTCAAGACGTCAATCCTAAGGCAAGCCAATTTCAAGGGTGCTAAGTT
GTTAGGTGCTAGCTTTTTTGATGCAGACTTAACAGGTGCTGATTTATCCGAAACTGATCT
CCGAGGTGCAGATTTCTCCTTGGCTAACGTAACAAAGGTGAATTTAACTAACGCTAACTT
GGAAGGAGCAACTGCTACCGGAAACACATCATTCAAGGGTTCAAACATTACAGGCGCTGA
TTTCACTGATGTTCCTCTAAGAGATGATCAACGAGAATACCTTTGCAAAATCGCCGATGG
GGTTAATGCCACCACTGGGAATGCCACACGGGACACATTGCTCTGCAACTGAACTTGTCA
AGTGTAAACCTGTGTAAACCTTTGTATCGTTGGGGAGTCTTCTTCTTCTGAGTTTTTGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G275TF U 1
AF RR3GS89TF U 19
AF RR3F184TF U 145
BS 1 266 RR3G275TF
BS 267 267 RR3GS89TF
BS 268 609 RR3G275TF
BS 610 610 RR3GS89TF
BS 611 680 RR3G275TF
BS 681 712 RR3GS89TF
BS 713 780 RR3F184TF

RD RR3G275TF 680 0 0
GGAACTCTGTTTGGTTTGGCACTGAAACATTTGATCTCGTGGAGAAGACGAACAAATGGC
AATTCTCAGCAACGTCTCGTTTTCCTGCAGCAACATCTCTCTAAAACCGTCTCTCTCTAA
GTCTCTTTATTCTCGTTCTCACTGTCGTCTCATTCGCTGCTCACAGGAAGGGAAAGGAGT
GGTCAGTCCGTTGGTTTGGTCATTAGGAGAAGAGGTTTCAAAGAGAAGTTTACTTGCACT
TGTCTCTGCTTCTCTCTTCTTTGTTGGTCCTGCTCTTGCTTTTAAGGGTGGAGGTCCCTA
TGGACAAGGAGTCACCAGGGGACAGGACTTATCCGGCAAGGATTTTAGTGGCCAGACTCT
GATCAGACAGGACTTCAAGACGTCAATCCTAAGGCAAGCCAATTTCAAGGGTGCTAAGTT
GTTAGGTGCTAGCTTTTTTGATGCAGACTTAACAGGTGCTGATTTATCCGAAACTGATCT
CCGAGGTGCAGATTTCTCCTTGGCTAACGTAACAAAGGTGAATTTAACTAACGCTAACTT
GGAAGGAGCAACTGCTACCGGAAACACATCATTCAAGGGTTCAAACATTACAGGCGCTGA
TTTCACTGACGTTCCTCTAAGAGATGATCAACGAGAATACCTTTGCAAAATCGCCGATGG
GGTTAATGCCACCACTGGGA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3GS89TF 699 0 0
GG
ACTGAAACATTTGATCTCGTGGAGAAGACGAACAAATGGCAATTCTCAGCAACGTCTCGT
TTTCCTGCAGCAACATCTCTCTAAAACCGTCTCTCTCTAAGTCTCTTTATTCTCGTTCTC
ACTGTCGTCTCATTCGCTGCTCACAGGAAGGGAAAGGAGTGGTCAGTCCGTTGGTTTGGT
CATTAGGAGAAGAGGTTTCAAAGAGAAGTTTACTTGCACTTGTCTCTGCTTCTCTCTTCT
TTGTTGATCCTGCTCTTGCTTTTAAGGGTGGAGGTCCCTATGGACAAGGAGTCACCAGGG
GACAGGACTTATCCGGCAAGGATTTTAGTGGCCAGACTCTGATCAGACAGGACTTCAAGA
CGTCAATCCTAAGGCAAGCCAATTTCAAGGGTGCTAAGTTGTTAGGTGCTAGCTTTTTTG
ATGCAGACTTAACAGGTGCTGATTTATCCGAAACTGATCTCCGAGGTGCAGATTTCTCCT
TGGCTAACGTAACAAAGGTGAATTTAACTAACGCTAACTTGGAAGGAGCAACTGCTACCG
GAAACACATCATTCAAGGGTTCAAACATTACAGGCGCTGATTTCACTGATGTTCCTCTAA
GAGATGATCAACGAGAATACCTTTGCAAAATCGCCGATGGGGTTAATGCCACCACTGGGA
ATGCCACACGGGACACATTGCTCTGCAACTGA
CTTGT

QA 3 694 3 694
DS 

RD RR3F184TF 636 0 0
GCTCATTCGTTGCTCACAG
CAGGAAGGGAAAGGAGTGGTCAGTCCGTTGGTTTGGTCATTAGGAGAAGAGGTTTCAAAG
AGAAGTTTACTTGCACTTGTCTCTGCTTCTCTCTTCTTTGTTGATCCTGCTCTTGCTTTT
AAGGGTGGAGGTCC*TATGGACAAGGAGTCACCAGGGGACAGGACTTATCCGGCAAGGAT
TTTAGTGGCCAGACTCTGATCAGACAGGACTTCAAGACGTCAATCCTAAGGCAAGCCAAT
TTCAAGGGTGCTAAGTTGTTAGGTGCTAGCTTCTTTGATGCAGACCTAACAGGTGCTGAT
TTATCCGAAACTGATCTCCGAGGTGCAGATTTCTCCTTGGCTAACGTAACAAAGGTGAAT
TTAACTAACGCTAACTTGGAAGGAGCAACTGCTACCGGAAACACATCATTCAAGGGTTCA
AACATTACAGGCGCTGATTTCACTGATGTCCCTCTAAGAGATGATCAACGAGAATACCTT
TGCAAAATCGCTGATGGGGTTAATGCCACCACTGGGAATGCCACACGGGACACGTTGCTC
TGCAACTGAACTTGTCAAGTGTAAACCTGTGTAAACCTTTGTATCGTTGGGGAGTCTTCT
TCTTCTGAGTTTTTGTA

QA 20 636 20 636
DS 



AS 1 5

CO CL1453Contig1 879 5 15 U
ATAAAAGAGAAATAACGTTTTTTATAAAAGATTCAGCGAGGATTATAGATGACCAAAATC
TCTCAGGGGGAAACACAGATATTGTTGAAACAAAACGGATAAGAAACCTAGAAAACAAGC
TCATGGGGTTTCATTCCTTGAGACAATGAGAACCTGGCGCCGAGGTAAGTCTTGAGCTCT
GGCACTGCTTCAATGGCTTTGATCAAAGCTGCGTCCACAGTTTTCTGGTCTTCTTTCTTC
TCCTGTGGGATCTCTTTCTTCACCTCTTTCTCTGCTTCAAAGAACTCGCCTTCTCCTTTC
TTGCTCTTCTTCTCAGCAACCTTTCCGAAGTACTTGTCATCGAACTTGTCAACGTTGACT
CCGGAAATGTCAACCTTTGTGGAGGTTCCAATCACATAGGACTGGTTAACACGTCTCAGT
GGAACACCATTGATCTTGAACGGTCCAGTCACCAAAAGCAAACCAGAAGAGAGCTGCTTG
AGGAATACAACTCTCTTGCCCTTGAATCTACCGGCAAGAATGATCAACACAGTTCCTGGA
GTAATGCTTGACTTGAGCTTGGTAGGCTTAGGCTTGCGTCTGTTGGCGAGAGGCTTCTTA
ACGTCTTCAGCAGGGTAAAACTTGGGTGGCTTCTCAACGGAAGATTGGACCTTGGACTTA
GCATCGTGGCGTGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTTGATTGCCCACAAGCCTCTCTTG
TGGTACATTTGGGAACGAGAGTATTTGCCAACACCCCTTATCAGATCAGGGTTTCGGCTC
ACTTTCGGGGTCCTTTGCTTCGCCGCCGGCATCTTTGTCTTGATTCTCTTTCTCTCTCTG
TTACAACAGTGACGACGGAAGTAAACCAACAACCCCTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3H582JQ U 3
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CTTGTCATCGAACTTGTCAACGTTGACTCCGGAAATGTCAACCTTTGTGGAGGTTCCAAT
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ATGGGGTTTCATTCCTTGAGACAATGAGAACCTGGCGCCGAGGTAAGTCTTGAGCTCTGG
CACTGCTTCAATGGCTTTGATCAAAGCTGCGTCCACAGTTTTCTGGTCTTCTTTCTTCTC
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TCTCAGTGGAACACCATTGATCTTGAACGGTCCAGTCACCAAAAGCAAACCAGAAGAGAG
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CACCATTGATCTTGAACGGTCCAGTCACCAAAAGCAAACCAGAAGAGAGCTGCTTGAGGA
ATACAACTCTCTTGCCCTTGAATCTACCGGCAAGAATGATCAACACAGTTCCTGGAGTAA
TGCTTGACTTGAGCTTGGTAGGCTTAGGCTTGCGTCTGTTGGCGAGAGGCTTCTTAACGT
CTTCAGCAGGGTAAAACTTGGGTGGCTTCTCAACGGAAGATTGGACCTTGGACTTAGCAT
CGTGGCGTGGGAAAACGCCGCCGTTTTTGGCCTTGATTGCCCACAAGCCTCTCTTGTGGT
ACATTTGGGAACGAGAGTATTTGCCAACACCCCTTATCAGATCAGGGTTTCGGCTCACTT
TCGGGGTCCTTTGCTTCGCCGCCGGCATCTTTGTCTTGATTCTCTTTCTCTCTCTGTTAC
AACAGTGACGACGGAAGTAAACCAACAACCCCTCC

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DS 



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TTCCAAATTTCACAATTTATGCGTTTAATAATTAAAGAGAAAATACACAATGCGGTTGTT
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CTATTTGTTGGGCTTGTTGCAAAACATGAGTTGCCATCAAATGGTTCAATGCAGACATCT
CCACCATCTTAGTCTCCGTCTGTCTAGCACCATCTAAAAGATTACTCAGCTCTACCTGAA
GGGCTTGTGTTTCATCGTCTAGAAGCTGTTGTTGTTGTAATCTACGAGGCTGAGCCTCCT
GAATTTCATCAGGTTCTATGGACTCATTATTTGCTGGAGTTACATTAACTGGAGTAGCTT
CCTTGGTGATCCTCTTAGGTTTTCTTCTCGGCATAGCTCTGTTAATAATATCTTGGAAAC
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AAACCACTCCATGTTTGTGTGCAATAGTATCAGCATTGAAGCTATCAGCTGCGAGGCCAA
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CTTTGCAAGCTTTAATAAAAGCAGTGATTTCTTGTTCAATGCTATCTTTTTCATGTTCAG
TAGTCCTGTGCATATCAACGTAGTCCTTACGATGCTTCATCATAAACTGATCCAACTCCT
TGATGCTTTCCAGCGTTTTGAGAGCAGCCCTGGTGAAAGGGGACCTCTCCTTTGGCTTAT
GTATGATGAAAGACGCCATTGTCGACGCCACTTTAGCCTCGTTGTAGCCGTTAGAGACGG
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ACGGGATCGAAGGAGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H182JQ U 184
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AF RR3AS53TF C 486
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AAAAA
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QA 6 522 6 522
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CTATTTGTTGGGCTTGTTGCAGAACATGAGTTGCCATCAAATGGTTCAATGCAGACATCT
CCACCATCTTAGTCTCCGTCTGTCTAGCACCATCTAAAAGATTACTCAGCTCTACCTGAA
GGGCTTGTGTTTCATCGTCTAGAAGCTGTTGTTGTTGTAATCTACGAGGCTGAGCCTCCT
GAATTTCATCAGGTTCTATGGACTCATTATTTGCTGGAGTTACATTAACTGGAGTAGCTT
CCTTGGTGATCCTCTTAGGTTTTCTTCTCGGCATAGCTCTGTTAATAATATCTTGGAAAC
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AAACCACTCCATGTTTGTGTGCAATAGTATCAGCATTGAAGCTATCAGCTGCGAGGCCAA
GCCATCCTTTGGAGTTTGCTTCTTCAT
TTCC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3AS53JQ 904 0 0
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TCCAAGCTCCACGTTCTTCGTTGCCTCAACAGCCTGGTCATATAGAACTTCTATTTGTTG
GGCTTGTTGCAAAACATGAGTTGCCATCAAGTGGTTCAATGCAAACATCTCCACCATCTT
AGTCTCCGTCTGTCTAGCACCATCTAAAAGATTACTCAGCTCTACCTGAAGGGCTTGTGT
TTCATCGTCTAGAAGCTGTTGTTGTTGTAATCTACGAGGCTGAGCCTCCTGAATTTCATC
AGGTTCTATGGACTCATTATTTGCTGGAGTTGCATTAACTGGAGTAGCTTCCTTGGTGAT
CCTCTTAGGTTTTCTTCTCGGCATAGCTCTGTTAATAATATCTTGGAAACGAGTAGCTCT
AAGCTGGTCAAACTGTGCAGTGGCTGAATGAAGTTTCTCGCTCAAAATCAAAACCACTCC
ATGTTTGTGTGCAATAGTATCAGCATTGAAGCTATCAGCTGCGAGGCCAAGCCATCCTTT
GGAGTTTGCTTCTTCATTTCTAATGCTGTTTTTGAGAACATCGATCTGTTCTTTGCAAGC
TTTAATAAAAGCAGTGATTTCTTGTTCAATGCTATCTTTTTCATGTTCAGTAGTCCTGTG
CATATCAACGTAGTCCTTACGATGCTTCATCATAAACTGATCCAACTCCTTGATGCTTTC
CAGCGTTTTGAGAGCAGCCCTGGTGAAAGGGGACCTCTCCTTTGGCTTATGTATGATGAA
AGAC

QA 1 904 1 904
DS 

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GTGATCCTCTTAGGTTTTCTTCTCGGCATAGCTCTGTTAATAATATCTTGGAAACGAGTA
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CTTTCCAGCGTTTTGAGAGCAGCCCTGGTGAAAGGGGACCTCTCCTTTGGCTTATGTATG
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AGAGAAATTCAGATCGAACGGTGCTGATTTTTTTTGCTCCGGCGGAGAAACGCAAACGGG
ATCGAAGGAGCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 6

CO CL1455Contig1 1675 6 18 U
GTCTAAAATGATCTATTAAACATACTCTTTTAAAAGGAAAAGACGACGTTAAGTAGAAAG
TGAGAATTACAGAAAATCGTTCGTTTTGCCCAACAGGTATATGTATAGAATGAAATAGCA
AAAAAGAAAAAAA*GGAAGCTGGTTTATGTTTTAACCAAATCCGAATCCTTCGCTTGCTT
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GGATCTGAAACTTCTGTGCCCCTGAAATTCCTTGAAGGGCACTAAATCCTTCCAGAGGAA
CCTTGGAGGTTCCAGTCACAAACTGCAATAGACGGGCTTTGTCTTCTTTGCTCAATCCCT
GAACAACCTCCCAGAACCACTGGATAACAGGGGATCCAGGACTGTACCCAGAATATTCAG
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CCTTGTCGTTAAAAATTGATATTAGATCTTTAAGTATAAGTTCACTAAACCCTTCCAGGA
ATGCATTTATCTGAGGACGAATGGCTGTGGTTAATCGATGCTCGGCGATTAGGTCTACAT
*TTCATGCTTATTCTCCTCTGTAACTTTGATGTTCCGGCCTCCAGGGATCAGTTCATGGT
CAGTCACCTCCGTTTTCTCATACAGTATTAGCTTTTCCTCATCAGCATCAACGCTAAAAG
TGAGATCTAGGACATCGCTAATATCATTCTCCAGCATCCATTTCAGGGCTTTATAGTAAT
CGAGATCTATAGCTTCAATATCATGGTACGTGACCTTAACTCCCAAGATATGCTTGTAAA
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GGCCAACGAATTTGAAGTAAGAGAGGTGCTCTGTCTGGTAAACAGAGTTTGGATTCGGTT
GGAAAGTCGAGTCATTGCCAACGGTTGTGAACAGAAGAGCTCCTTTGTCAAAAATAACCC
TTGACAATAGCTGATACCATTCCCTGGTAAGCCCACCAGCATCAATGCTCTTCTTCTCCT
TGGAAGTGAACAGTTAATCTACCTTTCAGCTCTTGAGTTGACCTCATTCGCAATTGGTTG
TATGAATCTTCAAGAATGTAGGCTCTTCTCACTGAGATTCTCAAAGGGCTGTGGTGATGG
TCATGCTGGTGTTTTATCTTTGATCTGAAGTATGCACGTTTGTTATCAAATTCAATAAAA
CGTGGAACCTTGAGCATTAGTGAAAACGACTTCTCAAGCAGAGCAGGATTTTGTCGGATG
AATGCATTCAGAAGTTTCCTGTGCCTTTCAGAAAACTTGATAAAAGAACCATATTTCTCA
TCCACCTTGGAGCTGCTGCTGCTGCTGCTTGGTCCTGGACCCTTGGGCTGTTCCTCAACA
TCAGAAGAAGCCATGGGAACCGAGACATCACCAGACTGTGATGATGGATGCAATTTCTCA
CAGGTAACAAAAAACGACTCTACATAAGGCAAGATGTTTTGGGCACCAGCAGGAAGTGAC
TGGCTTACTCCAGCTCCCCTTGTTGTTGCTGAACTCGTCGAGGTTGTTGGAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR11TF C 139
AF RR3BR11JQ U 10
AF RR3GL75JQ U 1
AF RR3BB78JQ U 32
AF RR3GL75TF C 832
AF RR3BB78TF C 917
BS 1 186 RR3GL75JQ
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BS 189 660 RR3GL75JQ
BS 661 661 RR3BR11JQ
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BS 737 740 RR3BB78JQ
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BS 843 843 RR3GL75TF
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BS 1130 1525 RR3GL75TF
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BS 1570 1574 RR3GL75TF
BS 1575 1675 RR3BB78TF

RD RR3BR11TF 617 0 0
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GCCTCTCCTGCAGATGTTCCTTAGACGGGTACTCTGGCAGATCTAACTGATTGAAACAGG
TATGAGCAGACGGCAAGTGATTAGCGCTTCCATATGCCTTGTGGATCTGAAACTTCTGTG
CCCCTGAAATTCCTTGAAGGGCACTAAATCCTTCCAGAGGAACCTTGGAGGTTCCAGTCA
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ACTGGATAACAGGGGATCCAGGACTGTACCCAGAATATTCAGTATTCGCCCTCAGGTTAT
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ATATTAGATCTTTAAGTATAAGTTCACTAAACCCTTCCAGGAATGCATTTATCTGAGGAC
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CTGTAACTTTGATGTTCCGGCCTCCAGGGATCAGTTCATGGTCAGTCACCTCCGTTTT
CTCATACAGTATTAGCTTC

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3BR11JQ 732 0 0
GG
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GAAAATCGTTCGTTTTGCCCAACAGGTATATGTATAGAATGAAATAGCAAAAAAGAAAAA
AA*GGAAGCTGGTTTATGTTTTAACCAAATCCGAATCCTTCGCTTGCTTCATGGATTGCA
AGCAGCAGCCTCTCCTGCAGATGTTCCTTAGACGGGTACTCTGGCAGATCTAACTGATTG
AAACAGGTATGAGCAGACGGCAAGTGATTAGCGCTTCCATATGCCTTGTGGATCTGAAAC
TTCTGTGCCCCTGAAATTCCTTGAAGGGCACTAAATCCTTCCAGAGGAACCTTGGAGGTT
CCAGTCACAAACTGCAATAGACGGGCTTTGTCTTCTTTGCTCAATCCCTGAACAACCTCC
CAGAACCACTGGATAACAGGGGATCCAGGACTGTACCCAGAATATTCAGTATTCGCCCTC
AGGTTATCCAAGTCGATATCAGGAAGACCACTTATTAATAACTCCAGTTCCTTGTCGTTA
AAAATTGATATTAGATCTTTAAGTATAAGTTCACTAAACCCTTCCAGGAATGCATTTATC
TGAGGACGAATGGCTGTGGTTAATCGATGCTCGGCGATTAGGTCTACAT*TTCATGCTTA
TTCTCCTCTGTAACTTTGATGTTCCGGCCTCCAGGGATCAGTTCATGGTCAGTCACCTCC
GTTTT
CTCAT

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR3GL75JQ 804 0 0
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TGAGAATTACAGAAAATCGTTCGTTTTGCCCAACAGGTATATGTATAGAATGAAATAGCA
AAAAAGAAAAAAA*GGAAGCTGGTTTATGTTTTAACCAAATCCGAATCCTTCGCTTGCTT
CATGGA**GCAAGCAGCAGCCTCTCCTGCAGATGTTCCTTAGACGGGTACTCTGGCAGAT
CTAACTGATTGAAACAGGTATGAGCAGACGGCAAGTGATTAGCGCTTCCATATGCCTTGT
GGATCTGAAACTTCTGTGCCCCTGAAATTCCTTGAAGGGCACTAAATCCTTCCAGAGGAA
CCTTGGAGGTTCCAGTCACAAACTGCAATAGACGGGCTTTGTCTTCTTTGCTCAATCCCT
GAACAACCTCCCAGAACCACTGGATAACAGGGGATCCAGGACTGTACCCAGAATATTCAG
TATTCGCCCTCAGGTTATCCAAGTCGATATCAGGAAGACCACTTATTAATAACTCCAGTT
CCTTGTCGTTAAAAATTGATATTAGATCTTTAAGTATAAGTTCACTAAACCCTTCCAGGA
ATGCATTTATCTGAGGACGAATGGCTGTGGTTAATCGATGCTCGGCGATTAGGTCTACAT
ATTCATGCTTATTCTCCTCTGTAACTTTGATGTTCCGGCCTCCAGGGATCAGTTCATGGT
CAGTCACCTCCGTTTTG***TACAGTATTAGCTTTTCCTCATCAGCATCAACGCTAAAAG
TGAGATCTAGGACATCGCTA
TATC

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3BB78JQ 909 0 0
AAAAGGAAAAGACGACGTTAAGTAGAAAGTGAGAATTACAGAAAATCGTTCGTTTTGCCC
AACAGGTATATGTATAGAATGAAATAGCAAAAAAGAAAAAAAAGGAAGCTGGTTTATGTT
TTAACCAAATCCGAATCCTTCGCTTGCTTCATGGATTGCAAGCAGCAGCCTCTCCTGCAG
ATGTTCCTTAGACGGGTACTCTGGCAGATCTAACTGATTGAAACAGGTATGAGCAGACGG
CAAGTGATTAGCGCTTCCATATGCCTTGTGGATCTGAAACTTCTGTGCCCCTGAAATTCC
TTGAAGGGCACTAAATCCTTCCAGAGGAACCTTGGAGGTTCCAGTCACAAACTGCAATAG
ACGGGCTTTGTCTTCTTTGCTCAATCCCTGAACAACCTCCCAGAACCACTGGATAACAGG
GGATCCAGGACTGTACCCAGAATATTCAGTATTCGCCCTCAGGTTATCCAAGTCGATATC
AGGAAGACCACTTATTAATAACTCCAGTTCCTTGTCGTTAAAAATTGATATTAGATCTTT
AAGTATAAGTTCACTAAACCCTTCCAGGAATGCATTTATCTGAGGACGAATGGCTGTGGT
TAATCGATGCTCGGCGATTAGGTCTACATATTCATGCTTATTCTCCTCTGTAACTTTGAT
GTTCCGGCCTCCAGGGATCAGTTCATGGTCAGTCACCTCCGTTTTCTCATACAGTATTAG
CTTTTCCTCATCAGCATCAACGCTAAAAGTGAGATCTAGGACATCGCTAATATCATTCTC
CAGCATCCATTTCAGGGCTTTATAGTAATCGGGATCTATAGCTTCAATATCATGGTACGT
GACCTTAACTCCCAAGATATGCTTGTAAAAAGAACGAGTGAAATGGACGTCAAGTAGTTG
ACCATCAAA

QA 1 909 1 909
DS 

RD RR3GL75TF 743 0 0
TTATAGT
ATCGAGATCTATAGCTTCAATATCATGGTACGTGAC*TTAACTCCCAAGATATGCTTGTA
AAA*GAACGAGTGAAATGGACGTCAAGTAGTTGACCATCAAACAGAGCTTTTCCAACCAC
ACGGCCAACGAATTTGAAGTAAGAGAGGTGCTCTGTCTGGTAAACAGAGTTTGGATTCGG
TTGGAAAGTCGAGTCATTGCCAACGGTTGTGAACAGAAGAGCTCCTTTGTCAAAAATAAC
CCTTGACAATAGCTGATACCATTCCCTGGTAAGCCCACCAGCATCAATGC*CTTCTTCTC
CTTGGAAGTGAACAGTTAATCTACCTTTCAGCTCTTGAGTTGACCTCATTCGCAATTGGT
TGTATGAATCTTCAAGAATGTAGGCTCTTCTCACTGAGATTCTCAAAGGGCTGTGGTGAT
GGTCATGCTGGTGTTTTATCTTTGATCTGAAGTATGCACGTTTGTTATCAAATTCAATAA
AACGTGGAACCTTGAGCATTAGTGAAAACGACTTCTCAAGCAGAGCAGGATTTTGTCGGA
TGAATGCATTCAGAAGTTTCCTGTGCCTTTCAGAAAACTTGATAAAAGAACCATATTTCT
CATCCACCTTGGAGCTGCTGCTGCTGCTGCTTGGTCCTGGACCCTTGGGCTGTTCCTCAA
CATCAGAAGAAGCCATGGGAACCGAGATATCACCAGACTGTGATGATGGATGCAATTTCT
CACAGGTAACGAAAAA

QA 8 743 8 743
DS 

RD RR3BB78TF 759 0 0
GACGTCAAGTAGT*GACCATCAAACAGAGCTTTTCCAACCACACGGCCAACGAATTTGAA
GTAAGAGAGGTGCTCTGTCTGGTAAACAGAGTTTGGATTCGGTTGGAAAGTCGAGTCATT
GCCAACGGTTGTGAACAGAAGAGCTCCTTTGTCAAAAATAACCCTTGACAATAGCTGATA
CCATTCCCTGGTAAGCCCACCGGCATCAATGCTCTTCTTCTCCTTGGAAGTGAACAGTTA
ATCTACCTTTCAGCTCTTGAGTTGACCTCATTCGCAATTGGTTGTATGAATCTTCAAGAA
TGTAGGCTCTTCTCACTGAGATTCTCAAAGGGCTGTGGTGATGGTCATGCTGGTGTTTTA
TCTTTGATCTGAAGTATGCACGTTTGTTATCAAATTCAATAAAACGTGGAACCTTGAGCA
TTAGTGAAAACGACTTCTCAAGCAGAGCAGGATTTTGTCGGATGAATGCATTTAGAAGTT
TCCTGTGCCTTTCAGAAAACTTGATAAAAGAACCATATTTCTCATCCACCTTGGAGCTGC
TGCTGCTGCT***TGGTCCTGGACCCTTGGGCTGTTCCTCAACATCAGAAGAAGCCATGG
GAACCGAGACATCACCAGACTGTGATGATGGATGCAATTTCTCACAGGTAACAAAAAACG
ACTCTACATAAGGCAAGATGTTTTGGGCACCAGCAGGAAGTGACTGGCTTACTCCAGCTC
CCCTTGTTGTTGCTGAACTCGTCGAGGTTGTTGGAGACC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 6

CO CL1456Contig1 641 6 11 U
GGATACACAAATACTTCTAATAATAATTGAGTTTGTTAAGTTAGAAAATGGGATTGACTG
GTGTTCTTCATGTGGAGGTTGAGGTGAAGTCTCCAGCAGAAAAGTTCTGGGTAGCACTCG
GTGACGGTATCAATCTCTTTCCCAAAGAGTTCCCTAAGGACTACAAAACAATGCAAGTTC
TTGCCGGAGATGGCAACTCTCCTGGTTCCATTCGCCTCATTATTTATGGAGAAGGATCCA
CGCTGGTGAAGGTCTCGGCGGAAAGAATCGAAGCAGTGGATCTGGAAAACAAAAGCATGA
CGTACAGCATCATCGGCGGTGAAATGTTGGAATACTATAAGACGTTCAAAGGAACCATCA
CCGTTACTCCCAAGGGCGGTGGCAGCATTTTGAAATGGTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCG
GCCATGAGATTGAAGATCCACACGTCATCAAGGACTTTGCTGTCAAGAACTTCAAAGAGA
TCGATGAGTATCTCCTTAAGCAATCCAGCGTCTAAACTCTAGAAGCTTCTATTATATATT
TATATATAAGGGGCTTCCATCATCTCTATCAGTTTATTGTTGTCTAATTAAGAAGTTAAA
TAAAGTGGAACCTCCTTATGAATAATTATGTTTATGATTCC


BQ
10 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AX33JQ C 1
AF RR3E227JQ C 2
AF RR3E227TF U 2
AF RR3EE93TF U 1
AF RR3AX33TF U 1
AF RR3E309TF U -2
BS 1 1 RR3AX33JQ
BS 2 101 RR3E227TF
BS 102 102 RR3EE93TF
BS 103 210 RR3E227TF
BS 211 211 RR3EE93TF
BS 212 280 RR3E227TF
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BS 382 382 RR3EE93TF
BS 383 620 RR3E227TF
BS 621 641 RR3E309TF

RD RR3AX33JQ 620 0 0
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GTGTTCTTCATGTGGAGGTTGAGGTGAAGTCTCCAGCAGAAAAGTTCTGGGTAGCACTCG
GTGACGGTATCAATCTCTTTCCCAAAGAGTTCCCTAAGGACTACAAAACAATGCAAGTTC
TTGCCGGAGATGGCAACTCTCCTGGTTCCATTCGCCTCATTATTTATGGAGAAGGATCCA
CGCTGGTGAAGGTCTCGGCGGAAAGAATCGAAGCAGTGGATCTGGAAAACAAAAGCATGA
CGTACAGCATCATCGGCGGTGAAATGTTGGAATACTATAAGACGTTCAAAGGAACCATCA
CCGTTACTCCCAAGGGCGGTGGCAGCATTTTGAAATGGTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCG
GCCATGAGATTGAAGATCCACACGTCATCAAGGACTTTGCTGTCAAGAACTTCAAAGAGA
TCGATGAGTATCTCCTTAAGCAATCCAGCGTCTAAACTCTAGAAGCTTCTATTATATATT
TATATATAAGGGGCTTCCATCATCTCTATCAGTTTATTGTTGTCTAATTAAGAAGTTAAA
TAAAGTGGAACCTCCTTATG

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3E227JQ 619 0 0
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TGTTCTTCATGTGGAGGTTGAGGTGAAGTCTCCAGCAGAAGAGTTCTGGGTAGCACTCGG
TGACGGTATCAATCTCTTTCCCAAAGAGTTCCCTAAGGACTACAAAACAATGCAAGTTCT
TGCCGGAGATGGCAACTCTCCTGGTTCCAATCGCCTCATTATTTATGGAGAAGGATCCAC
GCTGGTGAAGGTCTCGGCGGAAAGAATCGAAGCAGTGGACCTGGAAAACAAAAGCATGAC
GTACAGCATCATCGGCGGTGAAATGTTGGAATACTATAAGACGTTCAAAGGAACCATCAC
CGTTACTCCCAAGGGCGGTGACAGCATTTTGAAATGGTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCGG
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CGATGAGTATCTCCTTAAGCAATCCAGCGTCTAAACTCTAGAAGCTTCTATTATATATTT
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AAAGTGGAACCTCCTTATG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3E227TF 619 0 0
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TGTTCTTCATGTGGAGGTTGAGGTGAAGTCTCCAGCAGAAGAGTTCTGGGTAGCACTCGG
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TGCCGGAGATGGCAACTCTCCTGGTTCCAATCGCCTCATTATTTATGGAGAAGGATCCAC
GCTGGTGAAGGTCTCGGCGGAAAGAATCGAAGCAGTGGACCTGGAAAACAAAAGCATGAC
GTACAGCATCATCGGCGGTGAAATGTTGGAATACTATAAGACGTTCAAAGGAACCATCAC
CGTTACTCCCAAGGGCGGTGACAGCATTTTGAAATGGTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCGG
CCATGAGATTGAAGATCCACACGTCATCAAGGACTTTGCTGTCAAGAACTTCAAAGAGAT
CGATGAGTATCTCCTTAAGCAATCCAGCGTCTAAACTCTAGAAGCTTCTATTATATATTT
ATATATAAGGGGCTTCCATCATCTCTATCAGTTTATTGTTGTCTAATTAAGAAGTTAAAT
AAAGTGGAACCTCCTTATG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3EE93TF 619 0 0
G
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TGTTCTTCATGTGGAGGTTGAGGTGAAGTCTCCAGCAGAAAAGTTCTGGGTAGCACTCGG
TGACGGTATCAATCTCTTTCCCAAAGAGTTCCCTAAGGACTACAAAACAATGCAAGTTCT
TGCCGGAGATGGCAACTCTCCTGGTTCCATTCGCCTCATTATTTATGGAGAAGGATCCAC
GCTGGTGAAGGTCTCGGCGGAAAGAATCGAAGCAGTGGATCTGGAAAACAAAAGCATGAC
GTACAGCATCATCGGCGGTGAAATGTTGGAATACTATAAGACGTTCAAAGGAACCATCAC
CGTTACTCCCAAGGGCGGTGGCAGCATTTTGAAATGGTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCGG
CCATGAGATTGAAGATCCACACGTCATCAAGGACTTTGCTGTCAAGAACTTCAAAGAGAT
CGATGAGTATCTCCTTAAGCAATCCAGCGTCTAAACTCTAGAAGCTTCTATTATATATTT
ATATATAAGGGGCTTCCATCATCTCTATCAGTTTATTGTTGTCTAATTAAGAAGTTAAAT
AAAGTGGAACCTCCTTAT

QA 2 619 2 619
DS 

RD RR3AX33TF 620 0 0
G
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TGTTCTTCATGTGGAGGTTGAGGTGAAGTCTCCAGCAGAAAAGTTCTGGGTAGCACTCGG
TGACGGTATCAATCTCTTTCCCAAAGAGTTCCCTAAGGACTACAAAACAATGCAAGTTCT
TGCCGGAGATGGCAACTCTCCTGGTTCCATTCGCCTCATTATTTATGGAGAAGGATCCAC
GCTGGTGAAGGTCTCGGCGGAAAGAATCGAAGCAGTGGATCTGGAAAACAAAAGCATGAC
GTACAGCATCATCGGCGGTGAAATGTTGGAATACTATAAGACGTTCAAAGGAACCATCAC
CGTTACTCCCAAGGGCGGTGGCAGCATTTTGAAATGGTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCGG
CCATGAGATTGAAGATCCACACGTCATCAAGGACTTTGCTGTCAAGAACTTCAAAGAGAT
CGATGAGTATCTCCTTAAGCAATCCAGCGTCTAAACTCTAGAAGCTTCTATTATATATTT
ATATATAAGGGGCTTCCATCATCTCTATCAGTTTATTGTTGTCTAATTAAGAAGTTAAAT
AAAGTGGAACCTCCTTATG

QA 2 620 2 620
DS 

RD RR3E309TF 644 0 0
GGATC
ATACACAAATACTTCTAATAATAATTGAGTTTGTTAAGTTAGAAAATGGGATTGACTGGT
GTTCTTCATGTGGAGGTTGAGGTGAAGTCTCCAGCAGAAAAGTTCTGGGTAGCACTCGGT
GACGGTATCAATCTCTTTCCCAAAGAGTTCCCTAAGGACTACGAAACAATGCAAGTTCTT
GCCGGAGATGGCAACTCTCCTGGTTCCATTCGCCTCATTATTTATGGAGAAGGATCCACG
CTGGTGAAGGTCTCGGCGGAAAGAATCGAAGCAGTGGATCTGGAAAACAAAAGCATGACG
TACAGCATCATCGGCGGTGAAATGTTGGAATACTATAAGACGTTCAAAGGAACCATCACC
GTTACTCCCAAGGGCGGTGGCAGCATTTTGAAATGGTCTGCTGAGTTTGAGAAGACCGGC
CATGAGATTGAAGATCCACACGTCATCAAGGACTTTGCTGTCAAGAACTTCAAAGAGATC
GATGAGTATCTCCTTAAGCAATCCAGCGTCTAAACTCTAGAAGCTTCTATTATATATTTA
TATATAAGGGGCTTCCATCATCTCTATCAGTTTATTGTTGTCTAATTAAGAAGTTAAATA
AAGTGGAACCTCCTTATGAATAATTATGTTTATGATTCC

QA 6 644 6 644
DS 



AS 1 6

CO CL1457Contig1 677 6 4 U
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CGCTACAATGACAAAGGGAACAGGAAGTTTTGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTCACACACT
GTGTGTGAGATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGAGTCGCTGCTCTGCTTGCGC
TTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCAGGAGGAAGAC
AACCGGAACCGGTAGGATGAGGTATCTCAAAAATGTTCCCCGCCGTTTCAAGACTGGTTT
CAGAGAAGGTACTGAAGCTAAGCCAAGGAACAAGGGAGCATCAGCTTCCTCAGCCTAAAA
GAGTATCCTCAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACTTGGCACTTTTCGCTCTTAT
CTAATTTTGAGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGTTTTTGTTTCATGTTTTGAA
CCTGGATCATCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTCTTCCTTTCTTTGCCTAATTACAT
TCATTCAAGTGCTCGTGCAGTCTTGCGGCTCTCAGCTATGAACCCAATCACGGTTAACTC
ATGTTATCAGCATGACTGCACGTACACCTCTCTCTCCATTCCACCCAAACTTATTAAGCA
AACTATTATTTCATCGA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM93JQ C 1
AF RR3AM01TF U 47
AF RR3FI48JQ C 42
AF RR3FI48TF U 42
AF RR3DM93TF U 1
AF RR3CT04TF U 42
BS 1 41 RR3DM93TF
BS 42 46 RR3FI48TF
BS 47 531 RR3AM01TF
BS 532 677 RR3CT04TF

RD RR3DM93JQ 532 0 0
GGCTCTGAAGCCGAAGAAGACGAAGAAGAATCATCCCTAGCTTTTTGGTGGCAAGCAACT
CGCTACAATGACAAAGGGAACAGGAAGTTTTGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTCACACACT
GTGTGGGAGATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGAGTCGCTGCTCTGCTTGCGC
TTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCAGGAGGAAGAC
AACCGGAACCGGTAGGATGAGGTATCTCAAAAATGTTCCCCGCCGTTTCAAGACTGGTTT
CAGAGAAGGTACTGAAGCCAAGCCAAGGAACAAGGGAGCATCAGCTTCCTCAGCCTAAAA
GAGTATCCTCAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACTTGGCACTTTTCGCTCTTAT
CTAATTTTGAGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGTTTTTGTTTCATGTTTTGAA
CCTGGATCATCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTCTTCCTTTCTTTGCC
C

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR3AM01TF 485 0 0
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AAGAGTCACACACTGTGTGTGAGATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGAGTCGC
TGCTCTGCTTGCGCTTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCA
ATCAGGAGGAAGACAACCGGAACCGGTAGGATGAGGTATCTCAAAAATGTTCCCCGCCGT
TTCAAGACTGGTTTCAGAGAAGGTACTGAAGCTAAGCCAAGGAACAAGGGAGCATCAGCT
TCCTCAGCCTAAAAGAGTATCCTCAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACTTGGCA
CTTTTCGCTCTTATCTAATTTTGAGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGTTTTTG
TTTCATGTTTTGAACCTGGATCATCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTCTTCCTTTCT
TTGCC

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR3FI48JQ 490 0 0
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GGAACAAGAGGCACACACTGTGTGTGAGATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGA
GTCGCTGCTCTGCTTGCGCTTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGA
AGGCAATCAGGAGGAAGACAACCGGAACCGGTAGGATGAGGTATCTCAAAAATGTTCCCC
GCCGTTTCAAGACTGGTTTCAGAGAAGGTACTGAAGCTAAGCCAAGGAACAAGGGAGCAT
CAGCTTCCTCAGCCTAAAAGAGTATCCTCAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACT
TGGCACTTTTCGCTCTTATCTAATTTTGAGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGT
TTTTGTTTCATGTTTTGAACCTGGATCATCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTCTTCC
TTTCTTTGCC

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR3FI48TF 490 0 0
TTTTTGGTGGCAAGCAACTCGCTACAATGACAAAGGGAACAGGAAGTTTTGGAAAGAGGA
GGAACAAGAGGCACACACTGTGTGTGAGATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGA
GTCGCTGCTCTGCTTGCGCTTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGA
AGGCAATCAGGAGGAAGACAACCGGAACCGGTAGGATGAGGTATCTCAAAAATGTTCCCC
GCCGTTTCAAGACTGGTTTCAGAGAAGGTACTGAAGCTAAGCCAAGGAACAAGGGAGCAT
CAGCTTCCTCAGCCTAAAAGAGTATCCTCAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACT
TGGCACTTTTCGCTCTTATCTAATTTTGAGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGT
TTTTGTTTCATGTTTTGAACCTGGATCATCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTCTTCC
TTTCTTTGCC

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR3DM93TF 532 0 0
GGCTCTGAAGCCGAAGAAGACGAAGAAGAATCATCCCTAGCTTTTTGGTGGCAAGCAACT
CGCTACAATGACAAAGGGAACAGGAAGTTTTGGAAAGAGGAGGAACAAGAGTCACACACT
GTGTGGGAGATGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGAGTCGCTGCTCTGCTTGCGC
TTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGAAGGCAATCAGGAGGAAGAC
AACCGGAACCGGTAGGATGAGGTATCTCAAAAATGTTCCCCGCCGTTTCAAGACTGGTTT
CAGAGAAGGTACTGAAGCCAAGCCAAGGAACAAGGGAGCATCAGCTTCCTCAGCCTAAAA
GAGTATCCTCAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACTTGGCACTTTTCGCTCTTAT
CTAATTTTGAGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGTTTTTGTTTCATGTTTTGAA
CCTGGATCATCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTCTTCCTTTCTTTGCC
C

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR3CT04TF 636 0 0
TTTTTGGTGGCAAGCAACTCGCTACAATGACAAAGGGAACAGGAAGTTTTGGAAAGAGGA
GGAACAAGAGTCACACACTGTGTGTGAGACGTGGTCGTCGTAGCTTCCACATCCAGAAGA
GTCGCTGCTCTGCCTGCGCTTACCCCGCCGCTCGCAAGAGGACCTACAACTGGAGTGTGA
AGGCAATCAGGAGGAAGACAACCGGAACCGGTAGGATGAGGTATCTCAAAAATGTTCCCC
GCCGTTTCAAGACTGGTTTCAGAGAAGGTACTGAAGCTAAGCCAAGGAACAAGGGAGCAT
CAGCTTCCTCAGCCTAAAAGAGTATCCTCAGTTCTCGAGTTTAAACGCAGGAAGAAGACT
TGGCACTTTTCGCTCTTATCTAATTTTGAGATTTTGCTATTCCTGAAATACAATTTATGT
TTTTGTTTCATGTTTTGAACCTGGATCATCCCTTCATTTTGCAACTTTCAAAAGTC***C
TTTCTTTGCCTAATTACATTCATTCAAGTGCTCGTGCAGTCTTGCGGCTCTCAGCTATGA
ACCCAATCACGGTTAACTCATGTTATCAGCATGACTGCACGTACACCTCTCTCTCCATTC
CACCCAAACTTATTAAGCAAACTATTATTTCATCGA

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 4

CO CL1458Contig1 925 4 27 U
GGATGTGCAATTGTTTGTATATATTAATGAGTTTTGTTTCTGCTAAGCTTCTATCCGGAC
CTGTAAAAAAAAAACATGAAAGGCACTATGTTTTGTGCATCACAAGCATCGACGGCTACA
ATTAACCACGACGAACAAAGCGTCATGGCACGAGCCATCGACCGTCATAATCCCATCATC
AAAGATGGTAGGAGATCTTTCACGGCACCGTGCTCTTCCGGCGACGACTACATTGAACCG
TACCGTCAGCTTTCGAAAATTACGAGAATACCCTCCTCCCCTTCCCCCTCCGGTGAAGGG
AAGATGGTTCAGGTGGATAAGGGAAGGAAGAGTACTTCAGGGTCGTTGTTGAAGCTACTT
AGTAGTAGTGATAATATTAGCTTAGCTAGGAAGAGTTTTGGCTGTTTTGACGTTACCAAA
AGTACCCCACCTGGCTCTACTAGGTATCTTCTGGGGACCGACCCGGTTTCTTTATCCGGT
TCTTCT***ACGGGTAAGGATGTGTTTGTAACGGAGGAAGGTGAACCTTCCGAGGCAAGA
AAAAGCTCTGGTGCTGCAGTGGAAGAGAAGAAGAAGAAGACTTCTTCTGGTTCAGACCAG
CAGGTGGTTGTTCTGAGAGTGTCTCTTCACTGTCAGTGCAGAGGCTGTGAAGGCAAAGTG
AAGAAACATCTATCTAGAATGCAAGGTGTGACATCCTTCAACATAGATTTGGCCTCAAAG
AAGGTGACTGTGACTGGAGACATCACTCCCTTACAAGTATTGGGCTGCCTCTCAAAGGTC
AAAAATGCTCAGTTCTGGACACCACCACCTCCATCATCACTCTCAAGTGCCAATCCGGAG
AACTAAATAAACACATTTTTGTGTATTTGTATTCTCTTTCTCTCATGTGTTTTGAATCAA
AATCAATGGTAAAAGTTTTAAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3H924TF U 1
AF RR3EK71TF U 49
AF RR3EK71JQ C 230
AF RR3DP45JQ C 278
BS 1 65 RR3H924TF
BS 66 67 RR3EK71TF
BS 68 291 RR3H924TF
BS 292 292 RR3EK71TF
BS 293 299 RR3H924TF
BS 300 300 RR3EK71TF
BS 301 413 RR3H924TF
BS 414 414 RR3EK71TF
BS 415 486 RR3H924TF
BS 487 489 RR3EK71TF
BS 490 504 RR3H924TF
BS 505 505 RR3EK71TF
BS 506 530 RR3H924TF
BS 531 532 RR3EK71TF
BS 533 533 RR3H924TF
BS 534 534 RR3EK71TF
BS 535 538 RR3H924TF
BS 539 539 RR3EK71TF
BS 540 651 RR3H924TF
BS 652 652 RR3EK71TF
BS 653 680 RR3H924TF
BS 681 723 RR3EK71TF
BS 724 724 RR3EK71JQ
BS 725 784 RR3EK71TF
BS 785 818 RR3EK71JQ
BS 819 819 RR3DP45JQ
BS 820 925 RR3EK71JQ

RD RR3H924TF 680 0 0
GGATGTGCAATTGTTTGTATATATTAATGAGTTTTGTTTCTGCTAAGCTTCTATCCGGAC
CTGTAGCAAAAAAACATGAAAGGCACTATGTTTTGTGCATCACAAGCATCGACGGCTACA
ATTAACCACGACGAACAAAGCGTCATGGCACGAGCCATCGACCGTCATAATCCCATCATC
AAAGATGGTAGGAGATCTTTCACGGCACCGTGCTCTTCCGGCGACGACTACATTGAACCG
TACCGTCAGCTTTCGAAAATTACGAGAATACCCTCCTCCCCTTCCCCCTCCAGTGAAGGC
AAGATGGTTCAGGTGGATAAGGGAAGGAAGAGTACTTCAGGGTCGTTGTTGAAGCTACTT
AGTAGTAGTGATAATATTAGCTTAGCTAGGAAGAGTTTTGGCTGTTTTGACGTCACCAAA
AGTACCCCACCTGGCTCTACTAGGTATCTTCTGGGGACCGACCCGGTTTCTTTATCCGGT
TCTTCTTCTACGGGTAAGGATGTGGTTGTAACGGAGGAAGGTGAACCTTCTAAAGCAACA
AAAAGCTCTGGTGCTGCAGTGGAAGAGAAGAAGAAGAAGACTTCTTCTGGTTCAGACCAG
CAGGTGGTTGTTCTGAGAGTGTCTCTTCACTGTCAGTGCAGAGGCTGTGAAAGCAAAGTG
AAGAAACATCTATCTAGAAT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3EK71TF 736 0 0
GGATCCGGACCTGTAGC
AAAAAAAAACATGAAAGGCACTATGTTTTGTGCATCACAAGCATCGACGGCTACGGTTAA
CCACGACGAACGAAGCGTCATGGCACGAGCCATCGACCGTCATAATCCCATCATCAAAGA
TGGTAGGAGATCTTTCACGGCACCGTGCTCTTCCGGCGACGACTACATTGAACCGTACCG
TCAGCTTTCGAAAATTACGAGAATACCCTCCTCCCCTTCCCCCTCCGGTGAAGGGAAGAT
GGTTCAGGTGGATAAGGGAAGGAAGAGTACTTCAGGGTCGTTGTTGAAGCTACTTAGTAG
TAGTGATAATATTAGCTTAGCTAGGAAGAGTTTTGGCTGTTTTGACGTTACCAAAAGTAC
CCCACCTGGCTCTACTAGGTATCTTCTGGGGACCGACCCGGTTTCTTTATCCGGTTCTTC
T***ACGGGTAAGGATGTGTTTGTAACGGAGGAAGGTGAACCTTCCGAGGCAAGAAAAAG
CTCTGGTGCTGCAGTGGAAGAGAAGAAGAAGAAGACTTCTTCTGGTTCAGACCAGCAGGT
GGTTGTTCTGAGAGTGTCTCTTCACTGTCAGTGCAGAGGCTGTGAAGGCAAAGTGAAGAA
ACATCTATCTAGAATGCAAGGTGTGACATCCTTCAACATAGATTTGGCCTCAAAGAAG*T
GACTGTGACTGGAGACATCACTCCCTTACAAGTATTGGGCTGCCTCTCAAAGGTCAAAA

QA 18 736 18 736
DS 

RD RR3EK71JQ 696 0 0
ACATTGAACCGTACCGTCAGCTTTCGAAAATTACGAGAATACCCTCCTCCCCTTCCCCCT
CCGGTGAAGGGAAGATGGTTCAGGTGGATAAGGGAAGGAAGAGTACTTCAGGGTCGTTGT
TGAAGCTACTTAGTAGTAGTGATAATATTAGCTTAGCTAGGAAGAGTTTTGGCTGTTTTG
ACGTTACCAAAAGTACCCCACCTGGCTCTACTAGGTATCTTCTGGGGACCGACCCGGTTT
CTTTATCCGGTTCTTCT***ACGGGTAAGGATGTGTTTGTAACGGAGGAAGGTGAACCTT
CCGAGGCAAGAAAAAGCTCTGGTGCTGCAGTGGAAGAGAAGAAGAAGAAGACTTCTTCTG
GTTCAGACCAGCAGGTGGTTGTTCTGAGAGTGTCTCTTCACTGTCAGTGCAGAGGCTGTG
AAGGCAAAGTGAAGAAACATCTATCTAGAATGCAAGGTGTGACATCCTTCAACATAGATT
TGGCCTCAAAGAAGGTGACTGTGACTGGAGACATCACTCCCTTACAAGTATTGGGCTGCC
TCTCAAAGGTCAAAAATGCTCAGTTCTGGACACCACCACCTCCATCATCGCTCTCAAGTG
CCAATCCGGAGAACTAAATAAACACATTTTTGTGTATTTGTATTCTCTTTCTCTCATGTG
TTTTGAATCAAAATCAATGGTAAAAGTTTTAAGACC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3DP45JQ 648 0 0
CCCCTTCCCCCTCCGGTGAAGGGAAGATGGTTCAGGTGGATAAGGGAAGGAAGAGTACTT
CAGGGTCGTTGTTGAAGCTACTTAGTAGTAGTGATAATATTAGCTTAGCTAGGAAGAGTT
TTGGCTGTTTTGACGTTACCAAAAGTACCCCACCTGGCTCTACT**GTATCTTCTGGGGA
CCGACCCGGTTTCTTTATCCGGTTCTTCT***ACGGGTAAGGATGTGTTTGTAACGGAGG
AAGGTGAACCTTCCGAGGCAAGAAAAAGCTCTGGTGCTGCAGTGGAAGAGAAGAAGAAGA
AGACTTCTTCTGGTTCAGACCAGCAGGTGGTTGTTCTGAGAGTGTCTCTTCACTGTCAGT
GCAGAGGCTGTGAAGGCAAAGTGAAGAAACATCTATCTAGAATGCAAGGTGTGACATCCT
TCAACATAGATTTGGCCTCAAAGAAGGTGACTGTGACTGGAGACATCACTCCCTTACAAG
TATTGGGCTGCCTCTCAAAGGTCAAAAATGCTCAGTTCTGGACACCACCACCTCCATCAT
CACTCTCAAGTGCCAATCCGGAGAACTAAATAAACACATTTTTGTGTATTTGTATTCTCT
TTCTCTCATGTGTTTTGAATCAAAATCAATGGTAAAAGTTTTAAGACC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 2 6

CO CL1459Contig1 325 2 2 U
CCAACTGATATTTGATTGATGAAACTTAAAAACATACAAGGGTAAAATCCAAATACCGGC
GGAAACAACTTAACATCCCCGGAAACATAGCCCACAAAAGGGAATTTCAAACCCAAACAA
CAGGTACCATACATCAACTACTAGGATCACTAAAATAATCTTCACTCTTACATCCAAATC
CATGAACAATCCTTGGTAATGAGAATAGTGCTGATACCTCTTGGTTTTAACCAGCCGGAA
CTCTTCTGAAAGCCAGACAAGAGATAGTAACGATGGAATAGCCTTCAAAACAACAAGACT
AAACTTACCCGAACCTTTAGTTCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR24JQ U 1
AF RR3DK06TF C 1
BS 1 261 RR3GR24JQ
BS 262 325 RR3DK06TF

RD RR3GR24JQ 261 0 0
CCAACTGATATTTGATTGATGAAACTTAAAAACATACAAGGGTAAAATCCAAATACCGGC
GGAAACAACTTAACATCCCCGGAAACATAGCCCACAAAAGGGAATTTCAAACCCAAACAA
CAGGTACCATACATCAACTACTAGGATCACTAAAATAATCTTCACTCTTACATCCAAATC
CATGAACAATCCTTGGTAATGAGAATAGTGCTGATACCTCTTGGTTTTAACCAGCCGGAA
CTCTTCTGAAAGCCAGACAAG

QA 1 261 1 261
DS 

RD RR3DK06TF 325 0 0
CCAACTGATATTTGATTGATGAAACTTAAAAACATACAAGGGTAAAATCCAAATACCGGC
GGAAACAACTTAACATCCCCGGAAACATAGCCCACAAAAGGGAATTTCAAACCCAAACAA
CAGGTACCATACATCAACTACTAGGATCACTAGAATAATCTTCACTCTTACATCCAAATC
CATGAACAATCCTTGGTAATGAGAATAGTGCTGATACCTCTTGGTTTTAACCAGCCGGAA
CTCTTCTGAGAGCCAGACAAGAGATAGTAACGATGGAATAGCCTTCAAAACAACAAGACT
AAACTTACCCGAACCTTTAGTTCCC

QA 1 325 1 325
DS 



CO CL1459Contig2 1098 4 3 U
GGAGAGATAAACAGAAAGGTATACGAAATTATCATAAAATAACGAGAATAGGAAAAGTCG
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TTTGTTTTTCAACAGATCTAGAAATTTTGGGGTTGGAACTTTTTAGATCTACAGATCTTG
AATTGTTTCCCTTTTAGATTTCTGTTTCAGATGGTGCTGTTTTGGGTCAGTCTGGTTTGC
TTTGGCTTGGCTTGTGCTTCATCTTTTTATTCCATTTGTTGTCTGTTCCTTGACAGAGAG
GTTGAAAATCTGAGACTTTCTTGTTGGGTTTTAGTGTTTGTTCTATGGGTTTTATTTCAG
GAACGGTCTAAGCTGTGGTGTGTTGATGGTGCGGTGGTGTTGATGGTGTAGTGGTGTGTG
GTAAGCAGAACAGGACAAACACCTTTGAGAAGAGAAGATTCAGGTTTCTTGTCGCCTCCA
TCTCTCTGTTATGAGTTCTTCTCCTGGCCTTTTAATAAGTGTGTTTTCCGGGTTGTTGTT
TGCGTCTCTCGTTCCTCGGTGCCTTCTGTTGATGGAAGCATTATAAAGAGGTTGAGGCTT
TTAGATTGTCCGATGAAGGTTCAGTTGAGAAGAGAGCTTTAGTCACAGGCGCTTGCTTGT
TTGCTTCTCAAGTTGGTTTTGGTGTTGGTCATTGTGGTTCTGGCTTGGTACCTGGAACTG
AAGGTTCGGGTAAGTTTAGCCTTGTTGTTGTGAAGGCTATTGCATCGTTACTATCTCTTG
TCTGGCTCTCGGAAGAGTTCCGGCTGGTTAAAACCAAGAGATATCAGCACTATTCTCATT
ACCAAGGATTGTTCATGGATTTGGATGTAAGAGTGAAGATTATTCTAGTGATCTTAGTAG
TTGATGTATGGTACCTGTTGTTTGGGTTTGTGATTCTCTTTTGTGGGCTATGTTTCCAGG
GATGTTAAGTTGTTTCCGTCGGCATTTGGATTTCACCCTTGTATGTTTTTAAGTTTCATC
AATCAAATATCAGTTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FR86TF U 39
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AF RR3FR86JQ C 376
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GG
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TTTGGGTCAGTCTGGTTTGCTTTGGCTTGGCTTGTGCTTCATCTTTTTATTCCATTTGTT
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CCACCGGAGTGATTTGTCCTCTTGTATTTTGTTTCTTCTTCTCCTCTTTTTCATCTCCTC
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AATTGTTTCCCTTTTAGATTTCTGTTTCAGATGGTGCTGTTTTGGGTCAGTCTGGTTTGC
TTTGGCTTGGCTTGTGCTTCATCTTTTTATTCCATTTGTTGTCTGTTCCTTGACAGAGAG
GTTGAAAATCTGAGACTTTCTTGTTGGGTTTTAGTGTTTGTTCTATGGGTTTTATTTCAG
GAACGGTCTAAGCTGTGGTGTGTTGATGGTGCGGTGGTGTTGATGGTGTAGTGGTGTGTG
GTAAGCAGAACAGGACAAACACCTTTGAGAAGAGAAGATTCAGGTTTCTTGTCGCCTCCA
TCTCTCTGTTATGAGTTCTTCTCCTGGCCTTTTAATAAGTGTGTTTTCCGGGTTGTTGTT
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DS 

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AATTTTGGGGTGGAAC
TTTTAGATCTACAGATCTTGAATTGTTTCC*TTTTAGATTTCTGTTTCAGATGGTGCTGT
TTTGGGTCAGTCTGGTTTGCTTTGGCTTGGCTTGTGCTTCATCTTTTTATTCCATTTGTT
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TTCTATGGGTTTTATTTCAGGAACGGTCTAAGCTGTGGTGTGTTGATGGTGCGGTGGTGT
TGATGGTGTAGTGGTGTGTGGTAAGCAGAACAGGACAAACACCTTTGAGAAGAGAAGATT
CAGGTTTCTTGTCGCCTCCATCTCTCTGTTATGAGTTCTTCTCCTGGCCTTTTAATAAGT
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TTATAAAGAGGTTGAGGCTTTTAGATTGTCCGATGAAGGTTCAGTTGAGAAGAGAGCTTT
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TGCATCGTTACTATCTCTTGTCTGGCTCTCGGAAGAGTTCCGGCTGGTTAAAACCAAGAG
ATATCAGCACTATTCTCATTACCAAGGATTGTTCATGGATTTGGATGTAAGAGTGAAGAT
TATTCTAGTGATCTTAGTAGTTGATGTATGGTACCTGTTGTTTGGGTTTGTGATTCTCTT
TTGTGGGCTATGTTTCCAGGGATGTTAAGTTGTTTCCG
TCGGCATTTAG

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DS 

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TCGGTGCCTTCTGTTGATGGAAGCATTATAAAGAGGTTGAGGCTTTTAGATTGTCCGATG
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GTTTTGGTGTTGGTCATTGTGGTTCTGGCTTGGTACCTGGAACTGAAGGTTCGGGTAAGT
TTAGCCTTGTTGTTGTGAAGGCTATTGCATCGTTACTATCTCTTGTCTGGCTCTCGGAAG
AGTTCCGGCTGGTTAAAACCAAGAGATATCAGCACTATTCTCATTACCAAGGATTGTTCA
TGGATTTGGATGTAAGAGTGAAGATTATTCTAGTGATCTTAGTAGTTGATGTATGGTACC
TGTTGTTTGGGTTTGTGATTCTCTTTTGTGGGCTATGTTTCCAGGGATGTTAAGTTGTTT
CCGTCGGCATTTGGATTTCACCCTTGTATGTTTTTAAGTTTCATCAATCAAATATCAGTT
GGG

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 5

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CCCAATGGGAAGTACAGAGTCGTCAGCACGAAACCTATGCCTGGTACTCGCTGGATCAAC
CTCTTGATCGACCAAGGTTGTCGCCTCGAGATATGCCATTTGAAGAAGACAATCTTGTCT
GTGGAAGACATCATTGATCTGATTGGAAACAGGTGTGATGGAGTCATCGGTCAGTTGACG
GAAGATTGGGGAGAGACACTGTTTTCAGCTCTGAGCAAAGCTGGAGGAAAAGCTTTCAGC
AACATGGCCGTAGGTTACAACAACGTCGATGTTGAAGCCGCCAATAAGTATGGTATCGCC
GTTGGTAACACTCCTGGAGTGTTGACCGAGACAACCGCTGAACTAGCTGCTTCTCTTTCC
CTTGCTGCTGCAAGAAGGATCGTTGAAGCTGATGGTTTCATGAGAGGTGGCTTGTACGAG
GGTTGGCTTCCTCATCTGTTTGTGGGGAACTTACTTAAAGGACAGACCGTGGGAGTTATT
GGAGCTGGACGTATTGGGTCTGCTTATGCTAGAATGATGGTTGAAGGGTTCAAGATGAAT
TTGATCTACTTTGATCTTTACCAATCCACTCGTCTTGAGAAATTCGTGACAGCTTATGGA
CAATTCTTGAAAGCAAATGGGGAACAACCTGTGACATGGAAACGAGCTTCTTCCATGGAG
GAGGTTCTGCGTGAGGCTGATCTGATAAGTCTTCACCCTGTGTTGGACAAAACCACTTAC
CATCTTGTCAATAAGGAGAGGCTTGCCATGACGAAAAAGGAAGCAATTCTTGTGAACTGC
AGTAGAGGTCCTGTGATCGATGAGGTAGCTCTTGTCAATCATCTAAGAGAGAACCCAATG
TTCCGAGTTGGTCTTGATGTGTTTGAGGAAGAGCCATTCATGAAGCCAGGGCTTGCTGAT
ATGAAGAATGCTATTGTTGTTCCTCACATTGCTTCTGCTTCCAAGTGGACTCGTGAAGGA
ATGGCTACGCTTGCAGCTCTCAACGTCCTCGGAAGGATCAAAGGATATCCTATTTGGAGT
GACCCGAACCGGGTCGACCCGTTCTTGAACGAAAATGCTTCACCGCCTAACGCCAGCCCA
AGCATTGTCAACTCAAAAGCCTTAGGATTGCCTGTGTCGAAGCTGTGAGTTAAAAGAGTA
TTATGAAGAAGGGGAGATTTGGAAGAATCATTTTAGTAAAAATATCTGATGGTCTCAAAA
GTTGTGTTCATGTAATGTATTGCAAAACAACCATGTCGGATCATAAATAACTCTTTTTAA
GTGTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

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GG
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CCAT

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TGATCTGATAAGT

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CTACTTTGATCTTTACCAATCCACTCGTCTTGAGAAATTCGTGACAGCTTATGGACAATT
CTTGAAAGCAAATGGGGAACAACCTGTGACATGGAAACGAGCTTCTTCCATGGAGGAGGT
TCTGCGTGAGGCTGATCTGATAAGTCTTCACCCTGTGTTGGACAAAACCACTTACCATCT
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AGGTCCTGTGATCGATGAGGTAGCTCTTGTCAATCATCTAAGAGAGAACCCAATGTTCCG
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CTTGAACGAAAATGCTTCACCGCCTAACGCCAGCCCAAGCATTGTCAACTCAAAAGCCTT
AGGATTGCCTGTGTCGAAGCTGTGAGTTAAAAGAGTATTATGAAGAAGGGGAGATTTGGA
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AAAACAACCATGTCGGATCATAAATAACTCTTTTTAAGTGTT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 6

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TAGAACATGAAATTTGACATTATGTATTCACTTGGACAATT*GTTCTTCTTTGATAGTCT
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ATTAGACTTTCCCTTTATTGTTCTCTCTTTTTGTTTCTGTCTATGAACGTCTAGAGACGG
TAACTTTCAAACCATGCGCCATAGATAAGATAGTCATCATCCGATACTTGACAGGGTGAT
TTGGCACCAAATGGAATCTATAGAATCTGCAAAGAATTGCCATTGCCATCTTCATTTGTA
GATAAGCTGAATCCTTTCCCAAGCATATCCTAGGTCCAGCCTGAAATGCTGTGAACTTGA
ATGGGGAAGCGTTCTGAAACATCCCATCTTTAAGCCATCTTTCAGGTTTAAACGTAGCTG
CATCTGATCCCCAGTTGTATTCCATGCGACCCATCGAGTAAGGAACATATGTTACCATAC
CTCCTGCTTTCACCTTTGTTCCATTAGGTAATATATCATCTTCTAACACTCCTTTTGGAT
CCTGAGGAACCGCAGGGTAGAGACGAAGTGTTTCTGTTACCACTGCGTGTAAGTAGTGTA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX94TF C 1
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AF RR3A070JQ U 10
AF RR3A070TF C 10
AF RR3EX34JQ U 33
AF RR3EX34TF C 264
BS 1 9 RR3EX94TF
BS 10 101 RR3A070JQ
BS 102 102 RR3EX94JQ
BS 103 340 RR3A070JQ
BS 341 341 RR3EX94JQ
BS 342 533 RR3A070JQ
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BS 535 785 RR3A070JQ
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BS 864 992 RR3EX34TF

RD RR3EX94TF 707 0 0
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TAGAACATGAAATTTGACATTATGTATTCACTTGGACAATT*GTTCTTCTTTGATAGTCT
AAGAACAAAGTGTTTAATAAAGTTTCGTATATCTTATCTTCTTGAATCATTCAACACTAT
ATTAGACTTTCCCTTTATTGTTCTCTCTTTTTGTTTCTGTCTATGAACGTCTAGAGACGG
TAACTTTCAAACCATGCGCCATAGATAAGATAGTCATCATCCGATACTTGACAGGGTGAT
TTGGCACCAAATGGAATCTATAGAATCTGCAAAGAATTGCCATTGCCATCTTCATTTGTA
GATAAGCTGAATCCTTTCCCAAGCATATCCTAGGTCCAGCCTGAAATGCTGTGAACTTGA
ATGGGGAAGCGTTCTGAAACATCCCATCTTTAAGCCATCTTTCAGGTTTAAACGTAGCTG
CATCTGATCCCCAGTTGTATTCCATGCGACCCATCGAGTAAGGAACATATGTTACCATAC
CTCCTGCTTTCACCTTTGTTCCATTAGGTAATATATCATCTTCTAACACTCCTTTTGGAT
CCTGAGGAACCGCAGGGTAGAGACGAAGTGTTTCTGTTACCACTGCGTGTAAGTAGTGTA
GCTTTCCTAAGGAATCATAATTTAGCATTCCTGCAAACTGTGTTACC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3EX94JQ 698 0 0
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AAATTTGACATTATGTATTCACTTGGACAATT*GTTCTTCTTTGATAGTCTAAGAACAAA
GTGTTTAATAAAGTTTCGTATATCTTATCTTCTTGAATCATTCAACACTATATTAGACTT
TCCCTTTATTGTTCTCTCTTTTTGTTTCTGTCTATGAACGTCTAGAGACGGTAACTTTCA
AACCATGCGCCATAGATAAGATAGTCATCATCCGATACTTGACAGGGTGATTTGGCACCA
AATGGAATCTATAGAATCTGCAAAGAATTGCCATTGCCATCTTCATTTGTAGATAAGCTG
AATCCTTTCCCAAGCATATCCTAGGTCCAGCCTGAAATGCTGTGAACTTGAATGGGGAAG
CGTTCTGAAACATCCCATCTTTAAGCCATCTTTCAGGTTTAAACGTAGCTGCATCTGATC
CCCAGTTGTATTCCATGCGACCCATCGAGTAAGGAACATATGTTACCATACCTCCTGCTT
TCACCTTTGTTCCATTAGGTAATATATCATCTTCTAACACTCCTTTTGGATCCTGAGGAA
CCGCAGGGTAGAGACGAAGTGTTTCTGTTACCACTGCGTGTAAGTAGTGTAGCTTTCCTA
AGGAATCATAATTTAGCATTCCTGCAAACTGTGTTACC

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DS 

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AAATTTGACATTATGTATTCACTTGGACAATTAGTTCTTCTTTGATAGTCTAAGAACAAA
GTGTTTAATAAAGTTTCGTATATCTTATCTTCTTGAATCATTCAACACTGTATTAGACTT
TCCCTTTATTGTTCTCTCTTTTTGTTTCTGTCTATGAACGTCTAGAGACGGTAACTTTCA
AACCATGCGCCATAGATAAGATAGTCATCATCCGATACTTGACAGGGTGATTTGGCACCA
AATGGAATCTATAGAATCTGCAAAGAATTGCAATTGCCATCTTCATTTGTAGATAAGCTG
AATCCTTTCCCAAGCATATCCTAGGTCCAGCCTGAAATGCTGTGAACTTGAATGGGGAAG
CGTTCTGAAACATCCCATCTTTAAGCCATCTTTCAGGTTTAAACGTAGCTGCATCTGATC
CCCAGTTGTATTCCATGCGACCCATCGAGTAAGGAACATATGTTGCCATACCTCCTGCTT
TCACCTTTGTTCCATTAGGTAATATATCATCTTCTAACACTCCTTTTGGATCCTGAGGAA
CCGCAGGGTAGAGACGAAGTGTTTCTGTTACCACTGCGTGTAAGTAGTGTAGCTTTCCTA
AGGAATCATAATTTAGCATTCCTGCAAACTGTGTTACCCTCTCGTTAAAGGACTTGAAAT
CCTCTGTATCGTAATGACACAACGGTGTGTTAGTCTCTTCCGCCTTGTCTCTTTCG
C

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3A070TF 776 0 0
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AAATTTGACATTATGTATTCACTTGGACAATT*GTTCTTCTTTGATAGTCTAAGAACAAA
GTGTTTAATAAAGTTTCGTATATCTTATCTTCTTGAATCATTCAACACTGTATTAGACTT
TCCCTTTATTGTTCTCTCTTTTTGTTTCTGTCTATGAACGTCTAGAGACGGTAACTTTCA
AACCATGCGCCATAGATAAGATAGTCATCATCCGATACTTGACAGGGTGATTTGGCACCA
AATGGAATCTATAGAATCTGCAAAGAATTGCAATTGCCATCTTCATTTGTAGATAAGCTG
AATCCTTTCCCAAGCATATCCTAGGTCCAGCCTGAAATGCTGTGAACTTGAATGGGGAAG
CGTTCTGAAACATCCCATCTTTAAGCCATCTTTCAGGTTTAAACGTAGCTGCATCTGATC
CCCAGTTGTATTCCATGCGACCCATCGAGTAAGGAACATATGTTGCCATACCTCCTGCTT
TCACCTTTGTTCCATTAGGTAATATATCATCTTCTAACACTCCTTTTGGATCCTGAGGAA
CCGCAGGGTAGAGACGAAGTGTTTCTGTTACCACTGCGTGTAAGTAGTGTAGCTTTCCTA
AGGAATCATAATTTAGCATTCCTGCAAACTGTGTTACCCTCTCGTTAAAGGACTTGAAAT
CCTCTGTATCGTAATGACACAACGGTGTGTTAGTCTCTTCCGCCTTGTCTCTTTCG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3EX34JQ 831 0 0
GAAAAGAAGTTATCTACTCACCAAATTTTAGAACATGAAATTTGACATT**GTATTCACT
TGGACAATT*GTTCTTCTTTGATAGTCTAAGAACAAAGTGTTTAATAAAGTTTCGTATAT
CTTATCTTCTTGAATCATTTAACACTGTATTAGACTTTCCCTTTATTGTTCTCTCTTTTT
GTTTCTGTCTATGAACGTCTAGAGACGG*AACTTTCAAACCATGCGCCATAGATAAGATA
GTCATCATCCGATACTTGACAGGGTGATTTGGCACCAAATGGAATCTATAGAATCTGCAA
AGAATTGCCATTGCCATCTTCATTTGTAGATAAGCTGAATCCTTTCCCAAGCATATCCTA
GGTCCAGCCTGAAATGCTGTGAACTTGAATGGAGAAGCGTTCTGAAACATCCCATCTTTA
AGCCATCTTTCAGGTTTAAACGTAGCTGCATCTGATCCCCAGTTGTATTCCATGCGACCC
ATCGAGTAAGGAACATATGTTACCATACCTCCTGCTTTCACCTTTGTTCCATTAGGTAAT
ATATCATCTTCTAACACTCCTTTTGGATCCTGAGGAACCGCAGGGTAGAGACGAAGTGTT
TCTGTTACCACTGCGTGTAAGTAGTGTAGCTTTCCTAAGGAATCATAATTTAGCATTCCT
GCAAACTGTGTTACCCTCTCGTTAAAGGACTTGAAATCCTCTGTATCGTA*TGACACAAC
GGTGTGTTAGTCTCTTCCGCCTTGTCTCTTTCGAGTTCTTTAAGCTCTGAGCAAAGCTTC
TCGGCGACATGTTCATGCGTCATTATCATGTATATAGCCCAAGTGAGAGTT

QA 1 831 1 831
DS 

RD RR3EX34TF 729 0 0
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AATCTGCAAAGAATTGCCATTGCCATCTTCATTTGTAGATAAGCTGAATCCTTTCCCAAG
CATATCCTAGGTCCAGCCTGAAATGCTGTGAACTTGAATGGAGAAGCGTTCTGAAACATC
CCATCTTTAAGCCATCTTTCAGGTTTAAACGTAGCTGCATCTGATCCCCAGTTGTATTCC
ATGCGACCCATCGAGTAAGGAACATATGTTACCATACCTCCTGCTTTCACCTTTGTTCCA
TTAGGTAATATATCATCTTCTAACACTCCTTTTGGATCCTGAGGAACCGCAGGGTAGAGA
CGAAGTGTTTCTGTTACCACTGCGTGTAAGTAGTGTAGCTTTCCTAAGGAATCATAATTT
AGCATTCCTGCAAACTGTGTTACCCTCTCGTTAAAGGACTTGAAATCCTCTGTATCGTAA
TGACACAACGGTGTGTTAGTCTCTTCCGCCTTGTCTCTTTCGAGTTCTTTAAGCTCTGAG
CAAAGCTTCTCGGCGACATGTTCATGCGTCATTATCATGTATATAGCCCAAGTGAGAGTT
GTTGCTGTTGTATCTCTTCCAGCAATAACAAAATTAAGGACTATATCTCTTAGGCTTCTC
TCAGTTGCTTTGCTGTCAGGATCGTCGCTGATCTCAATGAACCTCGAGAGTATATCATGC
TTCATCTTC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 6

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GAAGATGTCGTGGCAAACTTACGTTGATGAACATTTGATGTGTGATGTCGGAGATGGTCA
GGGTCATCACCTAGCCGCAGCCGCAATCCTCGGTCATGACGGTATTGTTTGGGCTCAGAG
CGCCAACTTCCCTCAGTTCAAGGGAGAAGAGTTCGCCAACATAATGAAAGATTTTGATGA
ACCGGGCCACTTAGCACCCACAGGGTTATTTCTAGCAGGAGCCAAATACATGGTGATCCA
AGGCGAGCCTGGCGCTGTTATCCGTGGCAAGAAGGGAGCAGGAGGCATAACCATAAAGAA
AACAGGACAGTCGTGTGTGTTTGGGCTCTACGAAGAGCCTGTGACACCAGGACAGTGCAA
CATGGTCGTCGAGAGGTTGGGTGATTACCTCATCGAACAGGATCTCTAGATCCTCACATT
CTCAAAACCTATTAGAATGTTTCACCTTCCACATTTTTATTTATAAACTTATATTTGGTA
TTGGGTTTGTGAAGCCTGATTGAGAGACTGATTTTTGAGAAATTTTTGTGTGTTTTCCTC
CTTTTTGTTTTCTTTGGTTTGCTTCATGTTTTGTCAACCATGTTTAATTAATTTGGCACT
TTTGGTTAAGTTCTCTTCTGTTTTTTTCTTCTTTTGACG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A616JQ C 1
AF RR3AN67JQ C 33
AF RR3AN67TF U 12
AF RR3B250JQ C 12
AF RR3B250TF U 12
AF RR3A616TF U 1
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TTTGGTTATTTTCTCTTCTGTTTTTTTCTTCTTTTGACG

QA 1 699 1 699
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TCGAACAGGATCTCTAGATCCTCACATTCTCAAAACCTATTAGAATGTTTCACCTTCCAC
ATTTTTATTTATAAACTTATATTTGGTATTGGGTTTGTGAAGCCTGATTGAGAGACTGAT
TTTTGAGAAATTTTTGTGTGTTTTCCTCCTTTTTGTTTTCTTTGGTTTGCTTCATGTTTT
GTCAACCATGTTTAATTAATTTGGCACTTTTGGTTAAG

QA 1 638 1 638
DS 

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GG
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QA 3 659 3 659
DS 

RD RR3B250JQ 659 0 0
GG
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CAAACTTACGTTGATGAACATTTGATGTGTGATGTCGGAGATGGTCAGGGTCATCACCTA
GCCGCAGCCGCAATCCTCGGTCATGACGGTATTGTTTGGGCTCAGAGCGCCAACTTCCCT
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GCTGTTATCCGTGGCAAGAAGGGAGCAGGAGGCATAACCATAAAGAAAACAGGACAGTCG
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AGAATGTTTCACCTTCCACATTTTTATTTATAAACTTATATTTGGTATTGGGTTTGTGAA
GCCTGATTGAGAGACTGATTTTTGAGAAATTTTTGTGTGTTTTCCTCCTTTTTGTTTTCT
TTGGTTTGCTTCATGTTTTGTCAACCATGTTTAATTAATTTGGCACTTTTGGTTAAG

QA 3 659 3 659
DS 

RD RR3B250TF 659 0 0
GG
GAACATAACATATCATAACTCAGAAAGAAAAGTTTAAGAGAGAAGAAGAAGATGTCGTGG
CAAACTTACGTTGATGAACATTTGATGTGTGATGTCGGAGATGGTCAGGGTCATCACCTA
GCCGCAGCCGCAATCCTCGGTCATGACGGTATTGTTTGGGCTCAGAGCGCCAACTTCCCT
CAGTTCAAGGGAGAAGAGTTCGCCAACATAATGAAAGATTTTGATGAACCGGGCCACTTA
GCACCCACAGGGTTATTTCTAGCAGGAGCCAAATACATGGTGATCCAAGGCGAGCCTGGC
GCTGTTATCCGTGGCAAGAAGGGAGCAGGAGGCATAACCATAAAGAAAACAGGACAGTCG
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AGAATGTTTCACCTTCCACATTTTTATTTATAAACTTATATTTGGTATTGGGTTTGTGAA
GCCTGATTGAGAGACTGATTTTTGAGAAATTTTTGTGTGTTTTCCTCCTTTTTGTTTTCT
TTGGTTTGCTTCATGTTTTGTCAACCATGTTTAATTAATTTGGCACTTTTGGTTAAG

QA 3 659 3 659
DS 

RD RR3A616TF 699 0 0
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GAAGATGTCGTGGCAAACTTACGTTGATGAACATTTGATGTGTGATGTCGGAGATGGTCA
GGGTCATCACCTAGCCGCAGCCGCAATCCTCGGTCATGACGGTAGTGTTTGGGCTCAGAG
CGCCAACTTCCCTCAGTTCAAGGGAGAAGAGTTCGCCAACATAATGAAAGATTTTGATGA
ACCGGGCCACTTAGCACCCACAGGGTTATTTCTAGCAGGAGCCAAATACATGGTGATCCA
AGGCGAGCCTGGCGCTGTGATCCGTGGCAAGAAGGGAGCAGGAGGCATAACCATAAAGAA
AACAGGACAGTCGTGTGTGTTTGGGCTCTACGAAGAGCCTGTGACACCAGGACAGTGCAA
CATGGTCGTCGAGAGGTTGGGTGATTACCTCATCGAACAGGATCTCTAGATCCTCACATT
CTCAAAACCTATTAGAATGTTTCACCTTCCACATTTTTATTTATAAACTTATATTTGGTA
TTGGGTTTGTGAAGCCTGATTGAGAGACTGATTTTTGAGAAATTTTTGTGTGTCTTCCTC
TTTTTTGTTTTCTTTGGTTTGCTTCATGTTTTGTCAACCATGTTTAATTAATTTGACACT
TTTGGTTATTTTCTCTTCTGTTTTTTTCTTCTTTTGACG

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 4

CO CL1463Contig1 1333 4 10 U
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TATGCATCAATAAACATATAACAGATCCTTTCTGCCTTCCATATGTTGTGAACTTTGGAA
GCAGTGATTGCGGTTTGTACCAAATCCTCCATGCGTGCTTGCATAGCAAGCGATCTAGTT
AAAATAACTTATTTCATCAAAGCTTAAACCTCCCTCCTCATTTTCTTAGATAAAACCTAT
GACAATTTGAAAAGTAGTACCGATTGTATGACAAGCAACCCTTACATTCATCTTTATTAA
AACGAACATTTTTAAAAATAATACAAGTAGACCCTTAAAAACAAGTAGACACCATTCTGG
GATATCATCTTCATGATTCGGGGAAATAAGAAGGAAGACTACTAATCAACTTCTTACTAG
CAAAGTCCTCGTACGCTTCTTTTATGAGATCGTCGTCGTCCCATTCATCGCGGTAGTTTT
CAGGTTTAGAGACAAGTCTCCCGTAGCCACTGTCAACTTGCTTTTTTCTCCAAGGTTCAA
CAAGCTGGCAACCACATTCTTCTGCGATCCAGTCGAGGTACTTAGACTGAATTTTACCCA
ATTTATGTGTATGTCTCTTGGGAATACCTAACGCTTCAAGCATGGTGTACGATGCAATAA
GATCTTCCATCATTATTTCTGGTGAAGGAAGTGTAACTCGTCCAGACAAAACCGCTGCTA
CCCATTTGCTTTGGATTTCAAACATAACGAATTGTATGCCCATCCCTGGTAAACCAACAA
AAGAAAGCCCTGGGGCAAGCGCTGGTGGAAAGACATGTTTGTATAAAGGCTCAACGCGGT
TATCATCAATGCTCATATAGCCATTGGTTTCAAGAAACGGAAACTTATACTTGTACCCGG
*TGCAATAGACAACGGTATCTGCATGAACTGCCTTCCCATTTTTGAAAATAATTGAGCCA
TCCTCACATGCAGTCTCTATCTCAGAATGAATCCATAGATTGTTTGTGGGCACGGAAAGC
TTCTCATACGTATCGGCTTCTTTTCCTCTAGACGCAATGTGTACTTCTTTGGCGACCTTA
GCTACGTCTCTACTAATATCGGAACCGCTATTAAACCGGATGCTCCGGCTCCGATCACCG
CCACGTGTTTCGAACTGATTGAGTTTTGAGCTGGTGCCATTTATCAAATTTCAAGAGTAT
TTCCTTTTAGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
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AF RR3GN72TF C 650
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AACGAACATTTTTAAAAATAATACAAGTAGACCCTTAAAAACAAGTAGACACCATTCTGG
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CAGGTTTAGAGACAAGTCTCCCGTAGCCACTGTCAACTTGCTTTTTTCTCCAAGGTTCAA
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AAAATAATACAAGTAGACCCTTAAAAACAAGTAGACACCATTGTGGGATATCATCTTCAT
GATTCGGGGAAATAAGAAGGAAGACTACTAATCAACTTCTTACTAGCAAAGTCCTCGTAC
GCTTCTTTTATGAGATCATCGTCGTCCCACTCATCGCGGTAGTTTTCAGGTTTAGAGACA
AGTCTCCCGTAGCCACTGTCAACTTGCTTTTTTCTCCAAGGTTCAACAAGCTGGCAACCA
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ATTTCAAACATAACGAATTGTATGCCCATCCCTGGTAAACCAACAAAAGAAAGCCCTGGG
GCAAGCGCTGGTGGAAAGACATGTTTGTATAAAGGCTCAACGCGGTTATCATCAATGCTC
ATATAGCCATTGGTTTCAAGAAACGGAAACTTATACTTGTACCCGGGTGCAATAGACAAC
GGTATCTGCATGAACTGCC

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GACCCTTAAAAACAAGTAGACACCATTCTGGGATATCATCTTCATGATTCGGGGAAATAA
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AACGCTTCAAGCATGGTGTACGACGCAATAAGATCTTCCATCATTATTTCTGGTGAAGGA
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AAGACATGTTTGTATAAAGGCTCAACGCGGTTATCATCAATGCTCATATAGCCATTGGTT
TCAAGAAACGGAAACTTATACTTGTACCCGG*TGCAATACACAACGGTATCTGCATGAAC
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AATTTTACCCAATTTATGTGTATGTCTCTTGGGAATACCTAACGCTTCAAGCATGGTGTA
CGATGCAATAAGATCTTCCATCATTATTTCTGGTGAAGGAAGTGTAACTCGTCCAGACAA
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CTTGTACCCGG*TGCAATAGACAACGGTATCTGCATGAACTGCCTTCCCATTTTTGAAAA
TAATTGAGCCATCCTCACATGCAGTCTCTATCTCAGAATGAATCCATAGATTGTTTGTGG
GCACGGAAAGCTTCTCATACGTATCGGCTTCTTTTCCTCTAGACGCAATGTGTACTTCTT
TGGCGACCTTAGCTACGTCTCTACTAATATCGGAACCGCTATTAAACCGGATGCTCCGGC
TCCGATCACCGCCACGTGTTTCGAACTGATTGAGTTTTGAGCTGGTGCCATTTATCAAAT
TTCAAGAGTATTTCCTTTTAGTTG

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DS 



AS 1 4

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ACAAATATACATTATAAGTTAAAAAAATACAACGATAGCATGCACTTGCTTGATAATACC
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ACGGCTACTAGCCCACAAACACCTGCATATATCACTGGCTCCAAACTTCTTCAAAAAAAA
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TAAAATGACCACTCCCGGGGAAAAACAATAAAAATTGCTTGATGGACGGTTATACTCTAT
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CCCACACAAGAACAATCCTTCTCGTCCGTCATGAATCCGTTTCAGCCTCAAAGCGCTTCA
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ATTAAAAGATTCGTCGCCATAGAAGCGAGATCTGAAGGAATCGATGACAAAAAAAAAAAA
GTTTAGATGAGCGCAAGAGAGGACGCGGCTGTTGTCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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DS 

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GGAACATCAAACTTTTTAGGTTGAGACTAACGACGGCTACTAGCCCACAAACACCTGCAT
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TTTTACTGTAAAAAATGAGGTAAAAATGCACAAAATATAATCATCCAAATTGTAGTTTGA
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AAAA

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DS 

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G
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TATACTTACGAGTGCCATCTTTGGGTCATGAAGAAATATGAGCGCCACAGCTCCAGGTTG
ATAAGCTAGCTTTCAACTACGTGGTGTTTCATGATAGTCTGTTTGTGTTGTGGTGCATAA
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AACACCCGTGCGAACTCCTCTCCCAACCACAAAACATTTTTTTATTAAGAATCTGTTTTT
GACCTGCCATGCAAGCGCACCTGACATGGCAAAGGTCGGATGACAAAAGATGCAACTCAA
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QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 6

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TATTCTCAAGTGTCTCGCTCAGCGTTCTACTGTCACTCCCATCACATCTCAAATGCTGCA
TCGGACCATGCAAGAATCTGTTCACGATACCTCTGCTCAAGTCATCAACCGCTCTCGTCG
TCTTCTTGTTGATGTCATCTCCCATTTTGGACATGCACTTCTCCAGCTCCGCCATCCTGA
TCCTCTCTGCATAAGCTCTCAGCTTCTTGATGGTCGGAACCGTCTCTAACGAATCCCTCC
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ACCTGTCTTCTTTATTAGCAGCCACCACTTCCTTGAGGTCGTCCACGTTGTAAACCCGCG
CTGTTTCCACTTCATTGACGCAAGACCCGACGTTTCTCGGAACAGAGATGTCAACGAACA
GCCTCACTCCTCCAATCTCCGGACTAGCTGGAGGGAGAGTCTCCACGTGCTCCTTCAAGA
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GCATCTCATCGAGAGGTCGGTAGATAACCTCAACGCCAGGGATCTCCTCGCGGATCGCTG
TAACTCTCTCCTCACTTCTGTTGACCACCACCATCTTCTTGCAACCTTTTGCTACCAAAT
GCTTTATCACAAGCTTCCCCATCTTCCCTGCACCGATGATCAGCATCCTTGCGGAGGAGG
CGTGCGAAGAAGATTCAGGAAGCTTCATCAGAGCAAGCTCGACAGCTGCTGAGCTCATTG
ACACAGCTCCGGCAGCGATGTTTGTCTCCGTTCTGACACGCTTCCCGACGGTTATGGCGT
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AGACTTCGAATATGTGCTGCGTCGCGTCCTTGTTGTAGAGTAGGAAACGGTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER89JQ U 1
AF RR3EP23JQ U 164
AF RR3G618JQ U 15
AF RR3FH17JQ U 145
AF RR3ER89TF C 455
AF RR3G618TF C 812
BS 1 27 RR3ER89JQ
BS 28 28 RR3G618JQ
BS 29 481 RR3ER89JQ
BS 482 794 RR3G618JQ
BS 795 912 RR3FH17JQ
BS 913 1074 RR3ER89TF
BS 1075 1373 RR3G618TF

RD RR3ER89JQ 481 0 0
GGAAAAGAAACACATTTCTCTATACTGTATGAACCAAAGTTTATACATTACACATGAGTA
ACGGTGCTTGGGATCAATACCGTTACACTCAGAGTCGACGAAGCATAAAACATGCAACAA
AACTCACTTATCTTCACAACACTTGGGACGATATAAAATGTTAGCTGAAGAAAACAGTCT
CTTGTACACAAATTAAATGAATCATATAAGATCCCCAGCTTATGTAATCTTTGTATGTCA
AAAGAGAGATATGTAACATCTTCTTTCTCATCTTTTACTTTTGTTGTCCTGATGTCATGG
CCTTAAGCTTCTCCTCCAAGATGTCCTTCTCCAGACCATACATTCTGTTCAAAGCATGCA
TATTCTCAAGTGTCTCGCTCAGCGTTCTACTGTCACTCCCATCACATCTCAAATGCTGCA
TCGGACCATGCAAGAATCTGTTCACGATACCTCTGCTCAAGTCATCAACCGCTCTCGTCG
T

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR3EP23JQ 426 0 0
GCTGAAGAAAACAGTCTCTTGTACACAAATTAAATGAATCATATAAGATCCCCAGCTTAT
GTAATCTTTGTATGTCAAAAGAGAGATATGTAACATCTTCTTTCTCATCTTTTACTTTTG
TTGTCCTGATGTCATGGCCTTAAGCTTCTCCTCCAAGATGTCCTTCTCCAGACCATACAT
TCTGTTCAAAGCATGCATATTCTCAAGTGTCTCGCTCAGCGTTCTACTGTCACTCCCATC
ACATCTCAAATGCTGCATCGGACCATGCAAGAATCTGTTCACGATACCTCTGCTCAAGTC
ATCAACCGCTCTCGTCGTCTTCTTGTTGATGTCATCTCCCATTTTGGACATGCACTTCTC
CAGCTCCGCCATCCTGATCCTCTCTGCATAAGCTCTCAGCTTCTTGATGGTCGGAACCGT
CTCTAA

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR3G618JQ 790 0 0
TTTCTCTATACTGCATGAACCAAAGTTTATACATTACACATGAGTAACGGTGCTTGGGAT
CAATACCGTTACACTCAGAGTCGACGAAGCATAAAACATGCAACAAAACTCACTTATCTT
CACAACACTTGGGACGATATAAAATGTTAGCTGAAGAAAACAGTCTCTTGTACACAAATT
AAATGAATCATATAAGATCCCCAGCTTATGTAATCTTTGTATGTCAAAAGAGCGATATGT
AACATCTTCTTTCTCATCTTTTACTTTTGT***CCTGATGTCATGGCCTTAAGCTTCTCC
TCCAAGATGTCCTTCTCCAGACCATACATTCTGTTCAAAGCATGCATATTCTCAAGTGTC
TCGCTCAGCGTTCTACTGTCACTCCCATCACATCTCAAATGCTGCATCGGACCATGCAAG
AATCTGTTCACGATACCTCTGCTCAAGTCATCAACCGCTCTCGTCGTCTTCTTGTTGATG
TCATCTCCCATTTTGGACATGCACTTCTCCAGCTCCGCCATCCTGATCCTCTCTGCATAA
GCTCTCAGCTTCTTGATGGTCGGAACCGTCTCTAACGAATCCCTCCACGCTTCAAACTGG
TTTGATTCCTCTGCTATTATGGTCTGAGCTTCCATCGCTTTCCTCAACCTGTCTTCTTTA
TTAGCAGCCACCACTTCCTTGAGGTCGTCCACGTTGTAAACCCGCGCTGTTTCCACTTCA
TTGACGCAAGACCCGACGTTTCTCGGAACAGAGATGTCAACGAACAGCCTCACTCCTCCA
TCTCGGACTA

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3FH17JQ 768 0 0
GGGACGATATAAAATGTTAGCTGAAGAAAACAGTCTCTTGTACACAAATTAAATGAATCA
TATAAGATCCCCAGCTTATGTAATCTTTGTATGTCAAAAGAGAGATATGTAACATCTTCC
TTCTCATCTTTTACTTTTGTTGTCCTGATGTCATGGCCTTAAGCTTCTCCTCCAAGATGT
CCTTCTCCAGACCATACATTCTGTTCAAAGCATGCATATTCTCAAGTGTCTCGCTCAGCG
TTCTACTGTCACTCCCATCACATCTCAAATGCTGCATCGGACCATGCAAGAATCTGTTCA
CGATACCTCTGCTCAAGTCATCAACCGCTCTCGTCGTCTTCTTGTTGATGTCATCTCCCA
TTTTGGACATGCACTTCTCCAGCTCCGCCATCCTGATCCTCTCTGCATAAGCTCTCAGCT
TCTTGATGGTCGGAACCGTCTCTAACGAATCCCTCCACGCTTCAAACTGGTTTGATTCCT
CTGCTATTATGGTCTGAGCTTCCATCGCTTTCCTCAACCTGTCTTCTTTATTAGCAGCCA
CCACTTCCTTGAGGTCGTCCACGTTGTAAACCCGCGCTGTTTCCACTTCATTGACGCAAG
ACCCGACGTTTCTCGGAACAGAGATGTCAACGAACAGCCTCACTCCTCCAATCTCCGGAC
TAGCTGGAGGGAGAGTCTCCACGTGCTCCTTCAAGAACAACGGGGTCTCGGAGGCTGTGC
TGGTGAAAACAACATCCGCTTCCGCAGCAGAAGCTAGCATCTCATCGA

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3ER89TF 621 0 0
GCTCAAGTCATCAACCGCTCTCGTCGTCTTCTTGTTGATGTCATCTCCCATTTTGGACAT
GCACTTCTCCAGCTCCGCCATC*TGATCCTCTCTGCATAAGCTCTCAGCTTCTTGATGGT
CGGAACCGTCTCTAACGAATCCCTCCACGCTTCAAACTGGTTTGATTCCTCTGCTATTAT
GGTCTGAGCTTCCATCGCTTTCCTCAACCTGTCTTCTTTATTAGCAGCCACCACTTCCTT
GAGGTCGTCCACGTTGTAAACCCGCGCTGTTTCCACTTCATTGACGCAAGACCCGACGTT
TCTCGGAACAGAGATGTCAACGAACAGCCTCACTCCTCCAATCTCCGGACTAGCTGGAGG
GAGAGTCTCCACGTGCTCCTTCAAGAACAACGGGGTCTCGGAGGCTGTGCTGGTGAAAAC
AACATCCGCTTCCGCAGCAGAAGCTAGCATCTCATCGAGAGGTCGGTAGATAACCTCAAC
GCCAGGGATCTCCTCGCGGATCGCTGTAACTCTCTCCTCACTTCTGTTGACCACCACCAT
CTTCTTGCAACCTTTTGCTACCAAATGCTTTATCACAAGCTTCCCCATCTTCCCTGCACC
GATGATCAGCATCCTTGCGG
C

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3G618TF 562 0 0
AGGGAGAGTCTCCACGTGCTC*TTCAAGAACAACGGGGTCTCGGAGGCTGTGCTGGTGAA
AACAACATCCGCTTCCGCAGCAGAAGCTAGCATCTCATCGAGAGGTCGGTAGATAACCTC
AACGCCAGGGATCTCCTCGCGGATCGCTGTAACTCTCTCCTCACTTCTGTTGACCACCAC
CATCTTCTTGCAACCTTTTGCTACCAAATGCTTTATCACAAGCTTCCCCATCTTCCCTGC
ACCGATGATCAGCATCCTTGCGGAGGAGGCGTGCGAAGAAGATTCAGGAAGCTTCATCAG
AGCAAGCTCGACAGCTGCTGAGCTCATTGACACAGCTCCGGCAGCGATGTTTGTCTCCGT
TCTGACACGCTTCCCGACGGTTATGGCGTGTTTGAACAGCCCGCTGATGTTCCTCCCGAA
GCCGTTCACTCCTTGGCCGACTTTAACAACTTGTTTCAACTGTGCAAGGATCTGACCTTC
TCCTAGGACGAGAGAGTCCAGACCAGCTGAGACTTCGAATATGTGCTGCGTCGCGTCCTT
GTTGTAGAGTAGGAAACGGTGC

QA 1 562 1 562
DS 



AS 2 6

CO CL1466Contig1 900 2 2 U
GGAGGCAACTCGCCGCTGTATTCGAGACGGAGAAGTAAAAAATGTTGAGAAGAGTGATCG
GTAACGTCGCAGTCCGGCGTCAATTTCAAAGAGCTCTATCCAGCAAATCAGGTGGAAGCG
GAAAGCCAAGCGACGTTTCAGCCGCCGTCGATTCGATGTTACTCCGTTCCCTAAAGGAAC
ATTACCTAGAAGTCTCCAAGATGACTCCTCCTCCCAAAGTGACACCTCCTTCACCGTTCG
AGATTTTGAAAGGATCGCTCGAGGGAACCGGCGCTGTTCTGAAGAAATCTGTCGGATACG
AAGAGATCAGTCTCTTCGTGATGAGGCTTGCTCACGGAGGTGATGATGAAGAGGATGATG
GGATTAACCAGCTGTTCCTCCACGTGGCTGTGTCGAAGCCGAACCAGGCTGAGTCTCTTC
ATTTCCTTTGCGGGCTTTACCCGGATGCGTTGGGTATTCACTCTGTTTCCATGAGGCCGG
AGCTCGAGGATTTGGAGCTGTCTGATGATCCTGCTCGTTACACTGGCCCTTCTTTTGAAG
AGCTGGATGAGAAGATGAGAGACGTATTCCATAGCTTCCTGGAGGAGCGAGGTGTGAACG
AGAGTCTCTTCCCGTTTCTTCAGGCATGGCTCTATGTAAAGGATCATCGTAACTTGCTGC
GATGGTTCAAATCAGTTGGCACGTATGTGCATGAGAACCCATTTGCGGAAAACGCCTAGG
GGGGGGGGGGGGCTCTCAATCAGAGGGACGTATCTTCTCAGTCTTTTGATAGAGGTTTAT
GCGGTTAATTGTTTTGACAAGGCACTGTACCGCTCTTATATGATACAGTTCCAGGGATCG
AGTTACTTTTGCTTCTTTCAGACCCTTCTTTCAAAAACATATGCATCAGTGATGTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DG59TF U 1
AF RR3DG59JQ C 414
BS 1 619 RR3DG59TF
BS 620 900 RR3DG59JQ

RD RR3DG59TF 619 0 0
GGAGGCAACTCGCCGCTGTATTCGAGACGGAGAAGTAAAAAATGTTGAGAAGAGTGATCG
GTAACGTCGCAGTCCGGCGTCAATTTCAAAGAGCTCTATCCAGCAAATCAGGTGGAAGCG
GAAAGCCAAGCGACGTTTCAGCCGCCGTCGATTCGATGTTACTCCGTTCCCTAAAGGAAC
ATTACCTAGAAGTCTCCAAGATGACTCCTCCTCCCAAAGTGACACCTCCTTCACCGTTCG
AGATTTTGAAAGGATCGCTCGAGGGAACCGGCGCTGTTCTGAAGAAATCTGTCGGATACG
AAGAGATCAGTCTCTTCGTGATGAGGCTTGCTCACGGAGGTGATGATGAAGAGGATGATG
GGATTAACCAGCTGTTCCTCCACGTGGCTGTGTCGAAGCCGAACCAGGCTGAGTCTCTTC
ATTTCCTTTGCGGGCTTTACCCGGATGCGTTGGGTATTCACTCTGTTTCCATGAGGCCGG
AGCTCGAGGATTTGGAGCTGTCTGATGATCCTGCTCGTTACACTGGCCCTTCTTTTGAAG
AGCTGGATGAGAAGATGAGAGACGTATTCCATAGCTTCCTGGAGGAGCGAGGTGTGAACG
AGAGTCTCTTCCCGTTTCT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3DG59JQ 487 0 0
TTTT
TTCATTTCCTTTGCGGGCTTTACCCGGATGCGTTGGGTATTCACTCTGTTTCCATGAGGC
CGGAGCTCGAGGATTTGGAGCTGTTTGATGATCCTGCTCGTTACACTGGCCCTTCTTTTG
AAGAGCTGGATGAGAAGATGAGAGACGTATTCCATAGCTTCCTGGAGGAGCGAGGTGTGA
ACGAGAGTCTCTTCCCGTTTCTTCAGGCATGGCTCTATGTAAAGGATCATCGTAACTTGC
TGCGATGGTTCAAATCAGTTGGCACGTATGTGCATGAGAACCCATTTGCGGAAAACGCCT
AGGGGGGGGGGGGGGCTCTCAATCAGAGGGACGTATCTTCTCAGTCTTTTGATAGAGGTT
TATGCGGTTAATTGTTTTGACAAGGCACTGTACCGCTCTTATATGATACAGTTCCAGGGA
TCGAGTTACTTTTGCTTCTTTCAGACCCTTCTTTCAAAAACATATGCATCAGTGATGTTG
TTT

QA 5 487 5 487
DS 



CO CL1466Contig2 1009 4 18 U
GGGAAGAAAGAAGGCAACTCGCCGCTGTATTCGAGACGGAGAAGTAAAAATGTTGAGAAG
AGTGATCGGTAACGTCGCAGTCCGGCGCCAATTTCAAAGAGCTCTATCCAGCAAATCAGG
TGGAAGCGGAAAGCCAAGCGACGTTTCAGCTGCGGTGGACTCGATGCTGCTTCGTTCCCT
AAAGGAACATTACCTAGAAGTCTCCAAGATGACTCCTCCTCCCAAAGTGACACCTCCTCC
ACCGTTCGAGATTGTGAAAGGATCTCTCGAGGGAACCGGCGCTGTTCTGAAGAAATCTGT
CGGAAACGAAGAGATCAGCCTCTTCGTGATGAGGCTTGCTCACGGAGGTGGTGATGATGA
AGACGAGGATGGGATTAACCAGCTGTTCCTCCACGTGGCTGTGTCGAAGCCGAACCAGGC
TGAGTCTCTTCATTTCCTTTGCGGGCTTTACCCGGATGCGTTGGGTATCCACTCTGTTTC
CATGAGGCCGAAGCTCGAGGATTTGGAGTTGTCTGATGATCCTGCTCGTTACACTGGCCC
TTCTTTTGAAGAGCTGGATGAGAAGATGAGAGACGTATTCCATAGCTTCCTGGAGGAGCG
AGGTGTGAACGAGAGTCTCTTCCCGTTTCTTCAGGCATGGCTCTATGTAAAGGATCATCG
TAACTTGCTGCGATGGTTCAAATCAGTTGGCACGTATGTGCATGAGAACCCATCTGCGGA
AAACGCCTAGGGGGGGGCTCTCAATCAGAGGGGCGTATCTTCTCAGTCTTTTGGTAGAAG
TTTATGCGGTTAATTGTTTCGACAAGGCACTGTACCGCTCTTATATGATACAGTTCCAGG
GATCGAGTTACTTTTGCTTCTTTCAGACCCTTCTTTCAAGAAAACATATGCATCAGTGAT
GCTGTTTAAGAAAAGTTAATTTTTGTCAATTCTATGAGCTCTCTTTAGAGGCAAAGCTGT
GACACTAATATTACGAAACAAACAAGATCACTCTTGTGATTTTTTAAAC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GA58TF U 1
AF RR3AD82TF U 2
AF RR3GA58JQ C 231
AF RR3AD82JQ C 291
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BS 241 470 RR3GA58TF
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BS 472 666 RR3GA58TF
BS 667 667 RR3AD82TF
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BS 737 737 RR3GA58JQ
BS 738 773 RR3AD82TF
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BS 780 927 RR3GA58JQ
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AAAGGAACATTACCTAGAAGTCTCCAAGATGACTCCTCCTCCCAAAGTGACACCTCTTC*
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CGGAAACGAAGAGATCAGCCTCTTCGTGATGAGGCTTGCTCACGGAGGTGGTGATGATGA
AGACGAGGATGGGATTAACCAGCTGTTCCTCCACGTGGCTGTGTCGAAGCCGAACCAGGC
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TTCTTTTGAAGAGCTGGATGAGAAGATGAGAGACGTATTCCATAGCTTCCTGGAGGAGCG
AGGTGTGAACGAGAGTCTCTTCCCGTTTCTTCAGGCATGGCTCTATGTAAAGGATCATCG
TAACTTTCTGCGATGGTTCAAATCAGTTGGCA

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3AD82TF 772 0 0
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GTGATCGGTAACGTCGCAGTCCGGCGTCAATTTCAAAGAGCTCTATCCAGCAAATCAGGT
GGAAGCGGAAAGCCAAGCGACGTTTCAGCTGCGGTGGACTCGATGCTGCTTCGTTCCCTA
AAGGAACATTACCTAGAAGTCTCCAAGATGACTCCTCCTCCTAA*GTGACACCTCCTCCA
CCGTTCGAGATTGTGAAAGGATCGCTCGAGGGAACCGGCGCTGTTCTGAAGAAATCTGTC
GGAAACGAAGAGATCAGCCTCTTCGTGATGAGGCTTGCTCACGGAGGTGGTGATGATGAA
GACGAGGATGGGATTAACCAGCTGTTCCTCCACGTGGCTGTGTCGAAGCCGAACCAGGCT
GAGTCTCTTCATTTCCTTTGCGGGCTTTACCCGGATGCGTTGGGTATCCACTCTGTTTCC
ATGAGGCCGAAGCTCGAGGATTTGGAGTTGTCTGATGATCCTGCTCGTTACACTGGCCCT
TCTTTTGAAGAGCTGGATGAGAAGATGAGAGACGTATTCCATAGCTTCCTGGAGGAGCGA
GGTGTGAACGAGAGTCTCTTCCCGTTTCTTCAGGCATGGCTCTATGTAAAGGATCATCGT
AACTTGCTGCGATGGTTCAAATCAGTTGGCACGTATGTGCATGAGAACCCATCTGCGGAA
AACGCCTAGGGGGGG*CTCTCAATCAGAGGGGCGTATCTTCTCAGTCTTTTG

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3GA58JQ 697 0 0
ACACCTCTT
CACCGTTCGAGATTGTGAAAGGATCTCTCGAGGGAACCGGCGCTGTTCTGAAGAAATCTG
TCGGAAACGAAGAGATCAGCCTCTTCGTGATGAGGCTTGCTCACGGAGGTGGTGATGATG
AAGACGAGGATGGGATTAACCAGCTGTTCCTCCACGTGGCTGTGTCGAAGCCGAACCAGG
CTGAGTCTCTTCATTTCCTTTGCGGGCTTTACCCGGATGCGTTGGGTATCCGCTCTGTTT
CCATGAGGCCGAAGCTCGAGGATTTGGAGTTGTCTGATGATCCTGCTCGTTACACTGGCC
CTTCTTTTGAAGAGCTGGATGAGAAGATGAGAGACGTATTCCATAGCTTCCTGGAGGAGC
GAGGTGTGAACGAGAGTCTCTTCCCGTTTCTTCAGGCATGGCTCTATGTAAAGGATCATC
GTAACTTTCTGCGATGGTTCAAATCAGTTGGCACGTATGTGCATGAGAACCCATCTGCGG
AAAACGCCTAGGGGGGGGCTCTCAATCAGAGGGGCGTATCTTCTCAGTCTTTTGGTAGAG
GTTTATGCGGTTAATTGTTTCGACAAGGCACTGTACCGCTCTTATATGATACAGTTCCAG
GGATCGAGTTACTTTTGCTTCTTTCAGACCCTTCTTTCAAGAAAACATATGCATCAGTGA
TGCTGTTTAAGAAAAGTTAATTTTTGTC

QA 10 697 10 697
DS 

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GTGATGATGAAGACGAGGATGGGATTAACCAGCTGTTCCTCCACGTGGCTGTGTCGAAGC
CGAACCAGGCTGAGTCTCTTCATTTCCTTTGCGGGCTTTACCCGGATGCGTTGGGTATCC
ACTCTGTTTCCATGAGGCCGAAGCTCGAGGATTTGGAGTTGTCTGATGATCCTGCTCGTT
ACACTGGCCCTTCTTTTGAAGAGCTGGATGAGAAGATGAGAGACGTATTCCATAGCTTCC
TGGAGGAGCGAGGTGTGAACGAGAGTCTCTTCCCGTTTCTTCAGGCATGGCTCTATGTAA
AGGATCATCGTAACTTGCTGCGATGGTTCAAATCAGTTGGCACGTATGTGCATGAGAACC
CATCTGCGGAAAACGCCTAGGGGGGGGCTCTCAATCAGAGGGGCGTATCTTCTCAGTCTT
TTGGTAGAAGTTTATGCGGTTAATTGTTTCGACAAGGCACTGTACCGCTCTTATATGATA
CAGTTCCAGGGATCGAGTTACTTTTGCTTCTTTCAGACCCTTCTTTCAAGAAAACATATG
CATCAGTGATGCTGTTTAAGAAAAGTTAATTTTTGTCAATTCTATGAGCTCTCTTTAGAG
GCAAAGCTGTGACACTAATATTACGAAACAAACAAGATCACTCTTGTGATTTTTTAAAC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 5

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GCGGAAAGGTCGCTTCTGATTTTATATCCAAATATATGGGAGTAAAGGAAATAGTACCCG
CATATTTAGACCAGAAACTACAACAAAACAAACTACAACGAGGCGATCTACTTACGGGCG
TCTCTTTTGCTTCGGGTGGTGCTGGCTTCGATCCTGAAACATCTGAATCAGTGGAGGTTA
TACCAATGTTGGACCAATTGTCATATTTTCAAGACTACATAAAGAGAGTGAAGAAGCTAG
TAGGAAAAAAAGAGGCTAAACGAATAGTGTCAAACGGAGTAGCCATTGTGGTCGCAGGAG
GCACCGATCTGATTTACACATATTTTGGAATTGGTGCTCAACACCTTACAACTGACGTCG
ACTCTTTCACCACTGTCATGGCTGACTCTGCTGCCAGTTTCGTTTTGCAACTGTATGGAT
TTGGAGCAAGACGTATAGGAGTGATAGGAACACCACCGCTTGGTTGTACACCATCACAAA
GGGTTAAAAACAAAAAAATATGTGATGAAGAGATAAATTATGCTGCTCAGCTTTTTAATT
CTAAGCTCGCTATAATTTTGGGTCAGTTGTCGGAAACCCTACGAAATTCGACAATGATTT
ACATGGACATCTACTCTATCTTCAGTAAAATACTAGAGAGCCCTGCGCACTATGGATTTG
AGGAGGTAAAGAAACCGTGCTGCAAAATCGGATTAACGGGAGGAGGTGTATTCTGCAAAA
AGAAGACATCAAAAATATGTCCCAATACATCGTCTTATTTGTTTTGGGACGGTGCCCACC
CCACTGAGAGAGCTTATGAAACATTAAACAAAAAACTTGTTAAAAAATACCTCCGTTATA
TCTGATTACTAACTGTCTTTATTACATTATTAATCTCACAAAAGGAAACTTTTGCACGTA
TTAATAATGTAGGCATGAGCGGTTTCTGCGACTATATCCAACACATTTGAGAATTGAGAT
AGTATGTAAGCCTTTGTTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H910TF U 1
AF RR3C519TF U 160
AF RR3C519JQ C 365
AF RR3BR27JQ C 209
AF RR3BR27TF U 191
BS 1 242 RR3H910TF
BS 243 383 RR3C519TF
BS 384 384 RR3BR27TF
BS 385 577 RR3C519TF
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BS 827 827 RR3BR27JQ
BS 828 980 RR3BR27TF

RD RR3H910TF 251 0 0
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CATATTTAGACCAGAAACTACAACAAAACAAACTACAACGAGGCGATCTACTTACGGGCG
TCTCTTTTGCTTCGGGTGGTGCTGGCTTCGATCCTGAAACATCTGAATCAGTGGAGGTTA
TACCAATGTTGGACCAATTGTCATATTTTCAAGACTACATAAAGAGAGTGAAGAAGCTAG
TA
TTAAAAAAA

QA 1 242 1 242
DS 

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CATCTGAATCAGTGGAGGTTATACCAATGTTGGACCAATTGTCATATTTTCAAGACTACA
TAAAGAGAGTGAAGAAGCTAGTAGGAAAAAAAGAGGCTAAACGAATAGTGTCAAACGGAG
TAGCCATTGTGGTCGCAGGAGGCACCGATCTGATTTACACATATTTTGGAATTGGTGCTC
AACACCTTACAACTGACGTCGACTCTTTCACCACTGTCATGGCTTACTCTGCTGCCAGTT
TCGTTTTGCAACTGTATGGATTTGGAGCAAGACGTATAGGAGTGATAGGAACACCACCGC
TTGGTTGTACACCATCACAAAGGGTTAAAAACAAAAAAATATGTGATGAAGAGATAAATT
ATGCTGCTCAGCTTTTTAATTCTAAGCTCGCTATAATTTTGGGTCAGTTGTCGGAAAC
CC

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR3C519JQ 213 0 0
TTTCACCACTGTCATGGCTTACTCTGCTGCCAGTTTGGTTTTGCAACTGTATGGATTTGG
AGCAAGACGTATAGGAGTGATAGGAACACCACCGCTTGGTTGTACACCATCACAAAGGGT
TAAAAACAAAAAAATATGTGATGAAGAGATAAATTATGCTGCTCAGCTTTTTAATTCTAA
GCTCGCTATAATTTTGGGTCAGTTGTCGGAAAC

QA 1 213 1 213
DS 

RD RR3BR27JQ 663 0 0
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GTCAAACGGAGTAGCCATTGTGGTCGCAGGAGGCACCGATCTGATTTACACATATTTTGG
AATTGGTGCTCAACACCTTACAACTGACGTCGACTCTTTCACCACTGTCATGGCTGACTC
TGCTGCCAGTTTCGTTTTGCAACTGTATGGATTTGGAGCAAGACGTATAGGAGTGATAGG
AACACCACCGCTTGGTTGTACACCATCACAAAGGGTTAAAAACAAAAAAATATGTGATGA
AGAGATAAATTATGCTGCTCAGCTTTTTAATTTTAAGCTCGCTATAATTTTGGGTCAGTT
GTCGGAAACCCTACGAAATTCGACAATGATTTACATGGACATCTACTCTATCTTCAGTAA
AATACTAGAGAGCCCTGCGCACTATGGATTTGAGGAGGTAAAGAAACCGTGCTGCAAAAT
CGGATTAACGGGAGGAGGTGTATTTTGCAAAAAGAAGACATCAAAAATATGTCCCAATAC
ATCGTCTTATTTGTTTTGGGACGGTGCCCACCCCACTGAGAGAGCTTATGAAACATTAAA
CAAAAAACTTGTTAAAAAATACCTCCGTTATATCTGATTACTAACTGTCTTTATTACATT
ATT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3BR27TF 790 0 0
GGACCAATTGTCATATTTTCAAGACTACATAAAGAGAGTGAAGAAGCTAGTAGGAAAAAA
AGAGGCTAAACGAATAGTGTCAAACGGAGTAGCCATTGTGGTCGCAGGAGGCACCGATCT
GATTTACACATATTTTGGAATTGGTGCTCAACACCTTACAACTGACGTCGACTCTTTCAC
CACTGTCATGGCTGACTCTGCTGCCAGTTTCGTTTTGCAACTGTATGGATTTGGAGCAAG
ACGTATAGGAGTGATAGGAACACCACCGCTTGGTTGTACACCATCACAAAGGGTTAAAAA
CAAAAAAATATGTGATGAAGAGATAAATTATGCTGCTCAGCTTTTTAATTCTAAGCTCGC
TATAATTTTGGGTCAGTTGTCGGAAACCCTACGAAATTCGACAATGATTTACATGGACAT
CTACTCTATCTTCAGTAAAATACTAGAGAGCCCTGCGCACTATGGATTTGAGGAGGTAAA
GAAACCGTGCTGCAAAATCGGATTAACGGGAGGAGGTGTATTCTGCAAAAAGAAGACATC
AAAAATATGTCCCAATACATCGTCTTATTTGTTTTGGGACGGTGCCCACCCCACTGAGAG
AGCTTATGAAACATTAAACAAAAAACTTGTTAAAAA*TACCTCCGTTATATCTGATTACT
AACTGTCTTTATTACATTATTAATCTCACAAAAGGAAACTTTTGCACGTATTAATAATGT
AGGCATGAGCGGTTTCTGCGACTATATCCAACACATTTGAGAATTGAGATAGTATGTAAG
CCTTTGTTTT

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 5

CO CL1468Contig1 1059 5 25 U
GGAATAACAATCTCACATCATCATCCATCAGAACACAACAGGGAAGAGAGAGAGAGAATG
AAGGGGGGCACGAAAAGTCCGATCCAGGCGGTGTGGTCATGGGTGAGGAGGCAACCACCG
AAGGTGAAGGCTTTTCTGGCGGTGGTCTCAGGCATGGCTGCTTTGGTTCTGCTGAGATTC
ATTGTCCACGATCACGACAATCTCTTCGTGGCCGCCGAAGCTGTTCACTCCATCGGGATC
TGTGTGCTCATCTACAAACTTATGAAAGAAAAGACCTGCGCCGGATTGTCACTGAAATCT
CAGGAGCTCACGGCCATATTTCTAGCAGTTAGACTGTATTGCAGCTTTGTAATGGAGTAT
GATATACACACCATCCTGGATCTGGCTACTCTTGGAACAACTCTCTGGGTTATATTTATG
ATCCGTTTTAAGTTAAGGCCTAGTTACATGCAGGACAAAGACAACTTTGCTCTCTATTAT
CTGCTTGTGCCCTGTGTTGTCTTAGCCGTGTTGATCCATCCATCGACCTCTCACAACATA
TTGAACAGGATTTCTTGGGCATTATGTGTGTACCTCGAAGCTGTTTCAGTACTGCCTCAG
CTGCGCGTGATGCAGAACACCAAGATTGTTGAACCGTTCACAGCGCATTATGTATTTGCA
CTAGGAGTAGCAAGGTTCCTTAGCTGTGCACACTGGGTTTTACAGGTTGTGGACACGAGA
GGAAGATTGCTGGTAGCATTGGGATATGGATTGTGGCCATCGATGGTTCTCATCTCAGAG
ATTGTTCAAACTTTCATTCTTGCTGATTTCTGTTACTACTACGTCAAAAGTGTATTCGGA
GGGCAGCTTGTTCTCCGTCTTCCGTCTGGAGTAGTTTAAAGTTACAAAGATAGAAAATAC
TCCAATGGTGTAGCTTGCCCAAGTCAGGAAAGGCAGACAGCTTCTTTACCAAACTGCCCT
TATACAGTTTTATGTATCAGAAGGTGACTCTTGTTACGAATTAATTTTACTGTGTTGTAT
ATTTATGATTATTGAAGGTGGTTTTCACTTCTTTGTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E134TF U 1
AF RR3FM14TF U 34
AF RR3FJ58TF U 69
AF RR3DD86TF U 323
AF RR3FM14JQ C 282
BS 1 170 RR3E134TF
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BS 721 975 RR3DD86TF
BS 976 1059 RR3FM14JQ

RD RR3E134TF 657 0 0
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AAGGGGGGCACGAAAAGTCCGATCCAGGCGGTGTGGTCATGGGTGAGGAGGCAACCACCG
AAGGTGAAGGCTTTTCTGGCGGTGGTCTCAGGCATGGCTGCTTTGGTTCTACTGAGATTC
ATTGTCCACGATCACGACAATCTCTTCGTGGCCGCCGAAGCTGTTCACTCCATCGGGATC
TGTGTGCTCATCTACAAACTTATGAAAGAAAAGACCTGCGCCGGATTGTCACTGAAATCC
CAGGAGCTCACGGCCATATTTCTAGCAGTTAGGCTGTATTGCAGCTTTGTGATGGAGTAT
GATATACACACCATCCTGGATCTGGCTACTCTTGGAACAACTCTCTGGGTTATATTTATG
ATCCGTTTTAAGCTAAGGCCTAGTTACATGCAGGACAAAGACAACTTTGCTCTCTATTAT
GTGCTTGTGCCCTGTGTTGTCTTAGCCGTGTTGATCCATCCATCGACCTCTCACAACATA
TTGAACAGGATGTCTTGGGCATTGTGTGTGTACCTCGAAGCTGTTTCAGTACTGCCTCAG
CTGCGCGTGATGCAGAACACCAAGATTGTTGAACCGTTCACAGCGCATTATGTATTT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3FM14TF 627 0 0
GGAGGGAAGAGAG
AGAGAGAGAGAATGAAGGGGGGCACGAAAAGTCCGATCCAGGCGGTGTGGTCATGGGTGA
GGAGGCAACCACCGAAGGTGAAGGCTTTTCTGGCGGTGGTCTCAGGCATGGCTGCTTTGG
TTCTGCTGAGATTCATTGTCCCCGATCACGACAATCTCTTCGTGGCCGCCGAAGCTGTTC
ACTCCATCGGGATCTGTGTGCTCATCTACAAACTTATGAAAGAAAAGACCTGCGCCGGAT
TGTCACTGAAATCTCAGGAGCTCACGGCCATATTTCTAGCAGTTAGACTGTATTGCAGCT
TTGTAATGGAGTATGATATACACACCATCCTGGATCTGGCTACTCTTGGAACAACTCTCT
GGGTTATATTTATGATCCGTTTTAAGTTAAGGCCTAGTTACATGCAGGACAAAGACAACT
TTGCTCTCTATTATCTGCTTGTGCCCTGTGTTGTCTTAGCCGTGTTGATCCATCCATCGA
CCTCTCACAACATATTGAACAGGATTTCTTGGGCATTATGTGTGTACCTCTAAGCTGTTT
CAGTACTGCCTCAGCTGCGCGTGATGCAGAACACCAAGATTGTTTAACCGTTCACAGCGC
ATTATGTATTTGCA

QA 14 627 14 627
DS 

RD RR3FJ58TF 633 0 0
CACGAAAAGTCCGATCCAGGCGGTGTGGTCATGGGTGAGGAGGCAACCACCGAAGGTGAA
GGCTTTTCTAGCGGTGGTCTCAGGCATGGCTGCTTTGGTTCTGCTGAGATTCATTGTCCA
CGATCACGACAATCTCTTCGTGGCCGCCGAAGCTGTTCACTCCATCGGGATCTGTGTGCT
CATCTACAAACTTATGAAAGAAAAGACCTGCGCCGGATTGTCACTGAAATCTCAGGAGCT
CACGGCCATATTTCTAGCAGTTAGGCTGTATTGCAGCTTTGTAATGGAGTATGATATACA
CACCATCCTGGATCTGGCTACTCTTGGAACAACTCTCTGGGTTATATTTATGATCCGTTT
TAAGTTAAGGCCTAGTTACACGCAGGACAAAGACAACTTTGCTCTCTATTATCTGCTTGT
GCCCTGTGTTGTCTTAGCCGTGTTGATCCATCCATCGACCTCTCACAACATATTGAACAG
GATTTCTTGGGCATTATGTGTGTACCTCGAAGCTGTTTCAGTACTGCCTCAGCTGCGCGT
GATGCAGAACACCAAGATTGTTGAACCGTTCACAGCGCATTATGTATTTGCACTAGGAGT
AGCAAG*TTCCTTAGCTGTGCACACTGGGTTTT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3DD86TF 656 0 0
G
AGCAGTTAGGCTGTATTGCAGCTTTGTGATGGAGTATGATATACACACCATCCTGGATCT
GGCTACTCTTGGAACAACTCTCTGGGTTATATTTATGATCCGTTTTAAGCTAAGGCCTAG
TTACATGCAGGACAAAGACAACTTTGCTCTCTATTATGTGCTTGTGCCCTGTGTTGTCTT
AGCCGTGTTGATCCATCCATCGACCTCTCACAACATATTGAACAGGATGTCTTGGGCATT
GTGTGTGTACCTCGAAGCTGTTTCAGTACTGCCTCAGCTGCGCGTGATGCAGAACACCAA
GATTGTTGAACCGTTCACAGCGCATTATGTATTTGCACTAGGAGTAGCAAGGTTCCTTAG
CTGTGCACACTGGGTTTTACAGGTTGTGGACACGAGGGGAAGATTGCTGGTAGCATTGGG
ATATGGATTGTGGCCATCGATGGTTCTCATCTCAGAGATTGTTCAAACTTTCATTCTTGC
TGATTTCTGTTACTACTACGTCAAAAGTGTATTCGGAGGGCAGCTTGTTCTCCGTCTTCC
GTCTGGAGTAGTTTAAAGTTACAAAGATAGAAAATACTCCAATGGTGTAGCTTGCCCAAG
TCAGGAAAGGCAGACAGCTTCTTTACCAAACTGCCCTTATACAGTTTTATGT
GTC

QA 2 653 2 653
DS 

RD RR3FM14JQ 778 0 0
CCGGA
TGTCACTGAAATCTCAGGAGCTCACGGCCATATTTCTAGCAGTTAGACTGTATTGCAGCT
TTGTAATGGAGTATGATATACACACCATCCTGGATCTGGCTACTCTTGGAACAACTCTCT
GGGTTATATTTATGATCCGTTTTAAGTTAAGGCCTAGTTACATGCAGGACAAAGACAACT
TTGCTCTCTATTATCTGCTTGTGCCCTGTGTTGTCTTAGCCGTGTTGATCCATCCATCGA
CCTCTCACAACATATTGAACAGGATTTCTTGGGCATTATGTGTGTACCTCTAAGCTGTTT
CAGTACTGCCTCAGCTGCGCGTGATGCAGAACACCAAGATTGTTTAACCGTTCACAGCGC
ATTATGTATTTGCACTAGGAGTAGCAAGGTTCCTTAGCTGTGCACACTGGGTTTTACAGG
TTGTGGACACGAGAGGAAGATTGCTGGTAGCATTGGGATATGGATTGTGGCCATCGATGG
TTCTCATCTCAGAGATTGTTCAAACTTTCATTCTTGCTGATTTCTGTTACTACTACGTCA
AAAGTGTATTCGGAGGGCAGCTTGTTCTCCGTCTTCCGTCTGGAGTAGTTTAAAGTTACA
AAGATAGAAAATACTCCAATGGTGTAGCTTGCCCAAGTCAGGAAAGGCAGGCAGCTTCTT
TACCT**CTTCCCTTATACAGTTTTATGTATCAGAAGGTGACTCTTGTTACGAATTAATT
TTACTGTGTTGTATATTTATGATTATTGAAGGTGGTTTTCACTTCTTTGTGAC

QA 6 778 6 778
DS 



AS 2 6

CO CL1469Contig1 1240 4 5 U
GGACGCAAATCAATCTTCTTCTCAGTCCTCCATTGATTTACGATAAGCAAAGAACCTTTT
TCTCGAGGGGAGTTTTTTTTTGTATACCTTTTCTTCTCATTTCACCAAAAATCTCTCTTC
TCTCTGTTCCATAATTGCTCTTGGAAATGTCTAAAACTGATTAGATTGACAAAAAAGAAA
AACAGAGCTTGTGTGTGGTGTAGAGTAGTTATGAATCATTCACTGTTCTTCTAAGAAGAA
ACACTCACTGGATCTCAGTATAACTAGCTGAGAAATGCAGGATGAAGCAGCTTCCATCGA
TCTATCAGTCAACACAAAGAATGTCTTCTCGTCGGCTCTCCGTTTCGCCATGTCCCTCGA
CACGCTGAACAACTTCCCCGAGCTCAAAGCCTCTGCTCAAGAGCAAGTCGAGTTCATGCT
TTCCCAAGACGAACACGTACGCTTACTCGTTTCTCAAGAGGAGGAACTTAAATCCGTCGT
CAGATTAGGCATCTCGAATCTCGTATCTCTGCTTCTTCCCGGAGAGCTTGATGTCCTTGA
CACACTCTGTGATATCGAGTGGCTGTGCAAAGTGTTGCCGAGGATGGGACTGATGAAAGA
TCTTGTTTTTAAATGGGCCGATGTGTCCAACGAGATACTTGTGATTGCTCAGAGCTGTGA
GTTAGGTGTGAAAGTGAAGCTGGTTGAGGTTACAGGGAAGGTTCTAGAAGCGGTTGGTTA
TGGTGTTGTGATTGTTCCTTCTAGAAGCAGAGCTTGTCTTCTGAAGCTGTGGTTGCCTTT
CGTAAGGAGGTTAAAGACTCTGGTTGATGCACAAGGTTCTTCTGAGTCTGAGTACAGAAT
GGATGAAGATCTCTGTGAGTTGTTAGAAGGGTCTATGGTGTCTTTGGTTTTGACACTGCC
TTCGAGTGACCAAGCGGAAGTGTTTGGGGAATGGATGAGAGGGGTTGCGTTGGAAGGAGT
CAAGTTTCCGGATTTGAGTGAAGCCTTTGAGGTTTGGTGTTATAGAAGTAAGTCTGCAAA
GAGAAGGTTGTTGGAAAAATGTGATCGACTTGCAACTGAAAACCTTGCCCTTTGATTGTT
AACATAAGGAGACTCTATCATGTAATGTTGTACCATCTTTACTCGCTTTGATTGCTAGCT
GATTGATTGTAATCCTGGATTGTATTAGGAATGACAGAAAGCTTCTGATTCTTGTAGTGG
CTCTATGCTGATTTATGTTATCAACCAAGCTAAACTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BP15TF U 1
AF RR3BP15JQ C 553
AF RR3A155JQ C 611
AF RR3A155TF U 611
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CTC

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DS 



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CTCTGTGAGTTGTTAGAAGGGTCTATGGCGTTTTTGGTTTTGACATTGCCTTCGAGTGAC
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TGTATTAGGAATGACAGAAAGCTTCTGATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H808TF U 1
AF RR3H808JQ C 202
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GTTATGAATCATTCACTGTTCTTCTAAGAAGAAACACTCACTGGATCTCAATATAACTAG
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AAGTGAAGCTGGTTGAGGTTACAGGGAAGGTTCTAGAAGCGGTGGTTTTATGGGGTTGTG
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QA 1 652 1 652
DS 

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C
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AGGGTTCTTCTGAGTCTGAGTACAGAATGGATGAAGTTCTCTGTGAGTTGTTAGAAGGGT
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TTCTGATT

QA 2 849 2 849
DS 



AS 1 5

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TAAGAAATGTTGGCTTCACCTTTAACAAGCTGTTTAGCACTGCCAAAGTCACAGATCTTA
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CCAGCAACATTGTGAACGTAGGCGAGACCTCAGAAGATCTGGTACATATAGAGTTTAACG
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TCAGGGACATACTCCATGACCAGATTGAGGAAGCTCGTCTTTACTCGTGGTGGAAAAAAA


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3G337JQ U 26
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AF RR3DE27JQ U 1
AF RR3G337TF C 285
AF RR3DE27TF C 495
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AAAAAAGTTCTAGTCTTTTGATCGTTTTTTAAGTTCCAGACTGATTCACGAAGCTTAGAC
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CT

QA 4 523 4 523
DS 

RD RR3CN56JQ 792 0 0
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AGCTTTCCTTGCAGATTTTGGGGGAACAATGTTTACATAGAAGCTCTGTCTTTTTTGACC
ATCAAACTCGTCTTTGAAAAGGAACGTTCTTTAGGACGAGTCTGATTAACTTCTAACTGT
GTCCTCCACGTTGTCTTCAACTACCTTCTGGCTCTGAGTAATGGTACATTTATATATTTA
AAAAAAGTTCTAGTCTTTTGATCGTTTTTTAAGTTCCAGACTGATTCACGAAGCTTAGAC
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DS 

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TCTGAGTAATGGTACATTTATATATTTAAAAAAAGTTCTAGTCTTTTGATCGTTTTTTAA
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AAATCAATGGCTTCTGGAGGCATCCTTTTGTGGAAAATCTTGTGCCAAGGATGTGCCTTT
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AGTGGCTGACCAAGAA*AAGCTCAGCAAGA*CACA*CCAGCAGAC*AGATAT**ATGGA*
GTTGTGTACTC

QA 1 851 1 851
DS 

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GTGGTGGGAAAGGCCGTCCATTTGGTAAACGAGCATTTGGTTCTCTGAGTTCATCAAAGA
AGGGATGTGCACAAGCTTCAAGCGCTGTGCATCTAAGACTTGGAGAGTACTGAAGCAGCC
TTGATACAAAATCAATGGCTTCTGGAGGCATCCTTTTGTGGAAAATCTTGTGCCAAGGAT
GTGCCTTTATCTGCGGAAACCTAAAGTCTGTGTAATGTGGATTCATACAACGGATCTCTT
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CAGGGAACAGTGGCTGACCAAGAAGAAGCTCAGCAAGAACACAACCAGCAGACCAGATAT
CGATGGAAGTTGTGTACTCCGTGGCACCGAATATGAGTTCAGGTGCACGGTAAAATCGCG
AACATATGTAAGAAATGTTGGCTTCACCTTTAACAAGCTGTTTAGCGCTGCCAAAGTCAC
AGATCTTTACTTGATGAGTAAGAGGATCAACCAGAAGATTTTGAGGCTTTAGATCTCTGT
GACAGACTCCAGCAACATTGTGAACGTA
C

QA 9 756 9 756
DS 

RD RR3DE27TF 706 0 0
TGGTAAACGAGCATTTGGT*CTCTGAGT*CATCAAAGAAGGGATGTGCACAAGCTTCAAG
CGCTGTGCATCTAAGACTTGGAGAGTACTGAAGCAGC*TTGATGCAAAATCAATGGCTTC
TGGAGGCATCCTTTTGTGGAAAATCTTGTGCCAAGGATGTGCCTTTATCTGCGGAAACCT
AAAGTCTGTGTAATGTGGATTCA**CAACGGATCTCTTCTCTAGTTGGTGTACCAAGAAC
TTTGATGATTTCAACGAGCTGATCCACAGCATTTTCTCCAGGGAACAGTGGCTGACCAAG
AAGAAGCTCAGCAAGAACACAACCAGCAGACCAGATAT**ATGGAAGTTGTGTACTCCGT
GGCACCGAATATGAGTTCAGGTGCACGGTAAAATCGCGAACATATGTAAGAAATGTTGGC
TTCACCTTTAACAAGCTGTTTAGCACTGCCAAAGTCACAGATCTTAACTTGATGAGTAAG
AGGATCAACCAGAAGATTTTGAGGCTTTAGATCTCTGTGACAGACTCCAGCAACATTGTG
AACGTAGGCGAGACCTCAGAAGATCTGGTACATATAGAGTTTAACGTAGACAAGCGGCAT
CCTCTGGTTAGCAGTGCTGTAATGTTTAAGAACACGGTACAAGCTCTCAGGGACATACTC
CATGACCAGATTGAGGAAGCTCGTCTTTACTCGTGGTGGAAAAAAA

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 6

CO CL1471Contig1 507 6 6 U
GGCCAGTTGCTACCTCTCTTAGGGTTTTCACATATTCGGCGTCTTCTCTCCCCGGATTCG
AAATGGCGAAGAGGACGAAGAAGGTTGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGTTATGGAG
CAAGTATCAGGAAGCAGATTAAGAAGATGGAGGTCAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGCG
AGTTCTGCGGCAAGTACGGTGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATTTGGGGATGCAAGGACT
GCGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCTTACACCATGAACACCGCTAGTGCCGTCACCGTTA
GAAGCACAATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAATTTGTCTCAGTCATAATTT
TGCTTATTTGCTGTGACAATTGTGGTTTTCAAGTACTACTATGCTTTTCTGTTTTTGATT
CAAGACAGTTGTTTACATTTAGCCGTTAATCAAGTTGTTCTGTGACAACTATGTTTTTAC
TCTGCTATTACATTACTCATTACTCTG


BQ
10 10 10 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D414JQ C 1
AF RR3D414TF U 1
AF RR3CY51JQ C 2
AF RR3FT95JQ C 4
AF RR3FT95TF U 4
AF RR3CY51TF U 2
BS 1 3 RR3D414JQ
BS 4 446 RR3D414TF
BS 447 447 RR3FT95TF
BS 448 470 RR3D414TF
BS 471 485 RR3FT95TF
BS 486 507 RR3CY51TF

RD RR3D414JQ 470 0 0
GGCCAGTTGCTACCTCTCTTAGGGTTTTCACATATTCGGCGTCTTCTCTCCCCGGATTCG
AAATGGCGAAGAGGACGAAGAAGGTTGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGTTATGGAG
CAAGTATCAGGAAGCAGATTAAGAAGATGGAGGTCAGCCAGCACAGCAAGTACTTTTGCG
AGTTTTGCGGCAAGTACGGTGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATTTGGGGATGCAAGGACT
GCGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCTTACACCATGAACACCGCTAGTGCCGTCACCGTTA
GAAGCACAATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAATTTGTCTCAGTCATAATTT
TGCTTATTTGCTGTGACAATTGTGGTTTTCAAGTACTACTATGCTTTTCTGTTTTTGATT
CAAGACAGTTGTTTACATTTAGCCGTGAATCAAGTTGTTCTGTGACAACT

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR3D414TF 470 0 0
GGC
CAGTTGCTACCTCTCTTAGGGTTTTCACATATTCGGCGTCTTCTCTCCCCGGATTCGAAA
TGGCGAAGAGGACGAAGAAGGTTGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGTTATGGAGCAA
GTATCAGGAAGCAGATTAAGAAGATGGAGGTCAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGCGAGT
TCTGCGGCAAGTACGGTGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATTTGGGGATGCAAGGACTGCG
GCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCTTACACCATGAACACCGCTAGTGCCGTCACCGTTAGAA
GCACAATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAATTTGTCTCAGTCATAATTTTGC
TTATTTGCTGTGACAATTGTGGTTTTCAAGTACTACTATGCTTTTCTGTTTTTGATTCAA
GACAGTTGTTTACATTTAGCCGTGAATCAAGTTGTTCTGTGACAACT

QA 4 470 4 470
DS 

RD RR3CY51JQ 506 0 0
GG
CAGTTGCTACCTTTCTTAGGGTTTTCACATATTCGGCGTCTTCTCTCCCCGGATTCGAAA
TGGCGAAGAGGACGAAGAAGGTTGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGTTATGGAGCAA
GTATCAGGAAGCAGATTAAGAAGATGGAGGTCAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGCGAGT
TTTGCGGCAAGTACGGTGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATTTGGGGATGCAAGGACTGCG
GCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCTTACACCATGAACACCGCTAGTGCCGTCACCGTTAGAA
GCACAATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAATTTGTCTCAGTCATAATTTTGC
TTATTTGCTGTGACAATTGTGGTTTTCAAGTACTACTATGCTTTTCTGTTTTTGATTCAA
GACAGTTGTTTACATTTAGCCGTTAATCAAGTTGTTCTGTGACAACTATGTTTTTACTCT
GCTATTACATTACTCATTACTCTG

QA 3 506 3 506
DS 

RD RR3FT95JQ 482 0 0
GG
GTTGCTACCTCTCTTAGGGTTTTCACATATTCGGCGTCTTCTCTCCCCGGATTCGAAATG
GCGAAGAGGACGAAGAAGGTTGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGTTATGGAGCAAGT
ATCAGGAAGCAGATTAAGAAGATGGAGGTCAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGCGAGTTC
TGCGGCAAGTACGGTGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATTTGGGGATGCAAGGACTGCGGC
AAGGTCAAGGCTGGTGGTGCTTACACCATGAACACCGCTAGTGTCGTCACCGTTAGAAGC
ACAATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAATTTGTCTCAGTCATAATTTTGCTT
ATTTGCTGTGACAATTGTGGTTTTCAAGTACTACTATGCTTTTCTGTTTTTGATTCAAGA
CAGTTGTTTACATTTAGCCGTTAATCAAGTTGTTCTGTGACAACTATGTTTTTACTCTGC

QA 3 482 3 482
DS 

RD RR3FT95TF 482 0 0
GG
GTTGCTACCTCTCTTAGGGTTTTCACATATTCGGCGTCTTCTCTCCCCGGATTCGAAATG
GCGAAGAGGACGAAGAAGGTTGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGTTATGGAGCAAGT
ATCAGGAAGCAGATTAAGAAGATGGAGGTCAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGCGAGTTC
TGCGGCAAGTACGGTGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATTTGGGGATGCAAGGACTGCGGC
AAGGTCAAGGCTGGTGGTGCTTACACCATGAACACCGCTAGTGTCGTCACCGTTAGAAGC
ACAATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAATTTGTCTCAGTCATAATTTTGCTT
ATTTGCTGTGACAATTGTGGTTTTCAAGTACTACTATGCTTTTCTGTTTTTGATTCAAGA
CAGTTGTTTACATTTAGCCGTTAATCAAGTTGTTCTGTGACAACTATGTTTTTACTCTGC

QA 3 482 3 482
DS 

RD RR3CY51TF 506 0 0
GG
CAGTTGCTACCTCTCTTAGGGTTTTCACATATTCGGCGTCTTCTCTCCCCGGATTCGAAA
TGGCGAAGAGGACGAAGAAGGTTGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGTTATGGAGCAA
GTATCAGGAAGCAGATTAAGAAGATGGAGGTCAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGCGAGT
TCTGCGGCAAGTACGGTGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATTTGGGGATGCAAGGACTGCG
GCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCTTACACCATGAACACCGCTAGTGCCGTCACCGTTAGAA
GCACAATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAATTTGTCTCAGTCATAATTTTGC
TTATTTGCTGTGACAATTGTGGTTTTCAAGTACTACTATGCTTTTCTGTTTTTGATTCAA
GACAGTTGTTTACATTTAGCCGTTAATCAAGTTGTTCTGTGACAACTATGTTTTTACTCT
GCTATTACATTACTCATTACTCTG

QA 3 506 3 506
DS 



AS 1 6

CO CL1472Contig1 807 6 2 U
TTTTTTTCTCGAAACAGAGATTATATTGACATGATGGTGGAATACATTGTTGGGACACTG
ATATAAGTCATTGTTTATCGTTAGTTTGATATAAGTCATTGTTTATCGTTAGTTTGATAT
AAGTCATTATATATACATTGTTGGGACACATGATGGTGGAATACAAACGTTAGTTTGATA
TAAGTCATTGTTTATCGAAGGAACTTTGATCGATATAGTTATTGCTTTGATTATAACTAA
ATAGGATATTCTTTTGTTGCTATAATAAGGTTAAGTCATAAATGTTAGTTGTATATAATA
GATTAGTAATGACCATATGTACACATATATAAATGTATTTTATATTATACTAAAACTGTA
TAGAAAAAAAA*TAGAGAAATCTTACGTCCAGTAACGTGAGTGAAATGAGCAAACATGGT
AGCAATTTCACGCCTAGTAACGGAATTAGCAAATTTGGAAAAAGTATTAGCGGCGTGGAT
AAAAGAGTCACGAGTGTAAAATCTTTTTCCGGCGCATCCACTACCAACGTTTTTGATAAT
GTCGTTAAAGAATTGTTGGGTCACAATGCTACTGACCACGGTACCACCACCGATTGGTGT
TTCAGTGACTTTACAGGGACCTGATATGCATCCAGCACCGCAATGAGCATCGTTGGTACC
ACAATAACCAAACTGACTGCAACAAAGGTTGGGAGCGCAACCGCAGTTTTGAGACTTGAC
TGTTACAGAGTATAAACATAAGAAGCAGAGGAAAAGGATTAAGGAATTTTTTCTGAAAGT
CATGTCTAGGTTTATTTTTGTGGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR3CN19TF C 1
AF RR3CN19JQ U 8
AF RR3GD78JQ U 7
AF RR3BS42JQ U 7
AF RR3BS42TF C 75
AF RR3GD78TF C 11
BS 1 7 RR3CN19TF
BS 8 807 RR3BS42JQ

RD RR3CN19TF 739 0 0
TTTTTTTCTCGAAACAGAGATTATATTGACATGATGGTGGAATACATTGTTGGGACACTG
ATATAAGTCATTGTTTATCGTTAGTTTGATATAAGTCATTGTTTATCGTTAGTTTGATAT
AAGTCATTATATATACATTGTTGGGACACATGATGGTGGAATACAAACGTTAGTTTGACA
TAAGTCATTGTTTATCGAAGGAACTTTGATCGATATAGTTATTGCTTTGATTATAACTAA
ATAGGATATTCTTTTGTTGCTATAATAAGGTTAAGTCATAAATGTTAGTTGTATATAATA
GATTAGTAATGACCATATGTACACATATATAAATGTGTTTTATATTATACTAAAACTGTA
TAGAAAAAAAAATAGAGAAATCTTACGTCCAGTAACGTGAGTGAAATGAGCAAACATGGT
AGCAATTTCACGCCTAGTAACGGAATTAGCAAATTTGGAAAAAGTATTAGCGGCGTGGAT
AAAAGAGTCACGAGTGTAAAATCTTTTTCCGGCGCATCCACTACCAACGTTTTTGATAAT
GTCGTTAAAGAATTGTTGGGTCACAATGCTACTGACCACGGTACCACCACCGATTGGTGT
TTCAGTGACTTTACAGGGACCTGATATGCATCCAGCACCGCAATGAGCATCGTTGGTACC
ACAATAACCAAACTGACTGCAACAAAGGTTGGGAGCGCAACCGCAGTTTTGAGACTTGAC
TGTTACAGAGTATAAACAT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3CN19JQ 732 0 0
CTCGAAACAGAGATTATATTGACATGATGGTGGAATACATTGTTGGGACACTGATATAAG
TCATTGTTTATCGTTAGTTTGATATAAGTCATTGTTTATCGTTAGTTTGATATAAGTCAT
TATATATACATTGTTGGGACACATGATGGTGGAATACAAACGTTAGTTTGACATAAGTCA
TTGTTTATCGAAGGAACTTTGATCGATATAGTTATTGCTTTGATTATAACTAAATAGGAT
ATTCTTTTGTTGCTATAATAAGGTTAAGTCATAAATGTTAGTTGTATATAATAGATTAGT
AATGACCATATGTACACATATATAAATGTGTTTTATATTATACTAAAACTGTATAGAAAA
AAAAATAGAGAAATCTTACGTCCAGTAACGTGAGTGAAATGAGCAAACATGGTAGCAATT
TCACGCCTAGTAACGGAATTAGCAAATTTGGAAAAAGTATTAGCGGCGTGGATAAAAGAG
TCACGAGTGTAAAATCTTTTTCCGGCGCATCCACTACCAACGTTTTTGATAATGTCGTTA
AAGAATTGTTGGGTCACAATGCTACTGACCACGGTACCACCACCGATTGGTGTTTCAGTG
ACTTTACAGGGACCTGATATGCATCCAGCACCGCAATGAGCATCGTTGGTACCACAATAA
CCAAACTGACTGCAACAAAGGTTGGGAGCGCAACCGCAGTTTTGAGACTTGACTGTTACA
GAGTATAAACAT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3GD78JQ 733 0 0
C
CTCGAAACAGAGATTATATTGACATGATGGTGGAATACATTGTTGGGACACTGATATAAG
TCATTGTTTATCGTTAGTTTGATATAAGTCATTGTTTATCGTTAGTTTGATATAAGTCAT
TATATATACATTGTTGGGACACATGATGGTGGAATACAAACGTTAGTTTGATATAAGTCA
TTGTTTATCGAAGGAACTTTGATCGATATAGTTATTGCTTTGATTATAACTAAATAGGAT
ATTCTTTTGTTGCTATAATAAGGTTAAGTCATAAATGTTAGTTGTATATAATAGATTAGT
AATGACCATATGTACACATATATAAATGTATTTTATATTATACTAAAACTGTATAGAAAA
AAAA*TAGAGAAATCTTACGTCCAGTAACGTGAGTGAAATGAGCAAACATGGTAGCAATT
TCACGCCTAGTAACGGAATTAGCAAATTTGGAAAAAGTATTAGCGGCGTGGATAAAAGAG
TCACGAGTGTAAAATCTTTTTCCGGCGCATCCACTACCAACGTTTTTGATAATGTCGTTA
TAGAATTGTTGGGTCACAATGCTACTGACCACGGTACCACCACCGATTGGTGTTTCAGTG
ACTTTACAGGGACCTGATATGCATCCAGCACCGCAATGAGCATCGTTGGTACCACAATAA
CCAAACTGACTGCAACAAAGGTTGGGAGCGCAACCGCAGTTTTGAGACTTGACTGTTACA
GAGTATAAACAT

QA 2 733 2 733
DS 

RD RR3BS42JQ 801 0 0
C
CTCGAAACAGAGATTATATTGACATGATGGTGGAATACATTGTTGGGACACTGATATAAG
TCATTGTTTATCGTTAGTTTGATATAAGTCATTGTTTATCGTTAGTTTGATATAAGTCAT
TATATATACATTGTTGGGACACATGATGGTGGAATACAAACGTTAGTTTGATATAAGTCA
TTGTTTATCGAAGGAACTTTGATCGATATAGTTATTGCTTTGATTATAACTAAATAGGAT
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AAAA*TAGAGAAATCTTACGTCCAGTAACGTGAGTGAAATGAGCAAACATGGTAGCAATT
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AAGAATTGTTGGGTCACAATGCTACTGACCACGGTACCACCACCGATTGGTGTTTCAGTG
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GAGTATAAACATAAGAAGCAGAGGAAAAGGATTAAGGAATTTTTTCTGAAAGTCATGTCT
AGGTTTATTTTTGTGGTTCC

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DS 

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ACATTGTTGGGACACATGATGGTGGAATACAAACGTTAGTTTGATATAAGTCATTGTTTA
TCGAAGGAACTTTGATCGATATAGTTATTGCTTTGATTATAACTAAATAGGATATTCTTT
TGTTGCTATAATAAGGTTAAGTCATAAATGTTAGTTGTATATAATAGATTAGTAATGACC
ATATGTACACATATATAAATGTATTTTATATTATACTAAAACTGTATAGAAAAAAAA*TA
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TAGTAACGGAATTAGCAAATTTGGAAAAAGTATTAGCGGCGTGGATAAAAGAGTCACGAG
TGTAAAATCTTTTTCCGGCGCATCCACTACCAACGTTTTTGATAATGTCGTTAAAGAATT
GTTGGGTCACAATGCTACTGACCACGGTACCACCACCGATTGGTGTTTCAGTGACTTTAC
AGGGACCTGATATGCATCCAGCACCGCAATGAGCATCGTTGGTACCACAATAACCAAACT
GACTGCAACAAAGGTTGGGAGCGCAACCGCAGTTTTGAGACTTGACTGTTACAGAGTATA
AACATAAGAAGCAGAGGAAAAGGATTAAGGAATTTTTTCTGAAAGTCATGTCTAGGTTTA
TTTTTGTG
GTTCC

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DS 

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TGATATAAGTCATTGTTTATCGTTAGTTTGATATAAGTCATTATATATACATTGTTGGGA
CACATGATGGTGGAATACAAACGTTAGTTTGATATAAGTCATTGTTTATCGAAGGAACTT
TGATCGATATAGTTATTGCTTTGATTATAACTAAATAGGATATTCTTTTGTTGCTATAAT
AAGGTTAAGTCATAAATGTTAGTTGTATATAATAGATTAGTAATGACCATATGTACACAT
ATATAAATGTATTTTATATTATACTAAAACTGTATAGAAAAAAAA*TAGAGAAATCTTAC
GTCCAGTAACGTGAGTGAAATGAGCAAACATGGTAGCAATTTCACGCCTAGTAACGGAAT
TAGCAAATTTGGAAAAAGTATTAGCGGCGTGGATAAAAGAGTCACGAGTGTAAAATCTTT
TTCCGGCGCATCCACTACCAACGTTTTTGATAATGTCGTTATAGAATTGTTGGGTCACAA
TGCTACTGACCACGGTACCACCACCGATTGGTGTTTCAGTGACTTTACAGGGACCTGATA
TGCATCCAGCACCGCAATGAGCATCGTTGGTACCACAATAACCAAACTGACTGCAACAAA
GGTTGGGAGCGCAACCGCAGTTTTGAGACTTGACTGTTACAGAGTATAAACATAAGAAGC
AGAGGAAAAGGATTAAGGAATTTTTTCTGAAAGTCATGTCTAGGTTTATTTTTGTG
CC

QA 17 792 17 792
DS 



AS 1 4

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GCTGTAAACTTTGGACAGTACGGGTATGGGGGATACTTTCCCAACCGACCAACCACAACA
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ACTTTGGATCTTCTATCATCACATTCACCAGATGAAGAGTACCTAGGGGAAAATCCAGAA
GCTTCTTGGGCCCACGAACCTGTCATCTATGCTGCATATGAACGTTTCAAAGGCAAGCTC
CAATACCTAGAAGGAGTGATAGATGAGAGGAACGTGAATGTTTCTCTAAAGAATCGAGCT
GGAGCAGGTGTTGTTAAGTACGAGCTTTTGAAGCCTATCTCTGAACCCGGCGTTACCGGG
ATGGGTGTTCCCTACAGTGTGTCTATTTGATCTCTAATGCATTGGAAGTTATCATCTACG
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ATCTCACCCTGCTCAAGGGTACCCTGTTTGTGCTGGGAAGCTGTGAAGGATATTGATATG
TTATTTCTTTTGGGAATAAGACAATGTGTGGTCGTTTTATGTTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GW08TF U 1
AF RR3GW08JQ C 46
AF RR3BW20JQ C 358
AF RR3BW20TF U 358
BS 1 623 RR3GW08TF
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BS 625 676 RR3GW08TF
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RD RR3GW08TF 683 0 0
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ATCTCACCCTGCTCAAGGGTACCTTGTTTGTGCTGGGAAGCTGTGAAGGATATTGATATG
TTATTTCTTTTGGGAA
CAAAAAA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3GW08JQ 629 0 0
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GGGGAAAATCCAGAAGCTTCTTGGGCCCACGAACCTGTCATCTATGCTGCATATGAACGT
TTCAAAGGCAAGCTCCAATACCTAGAAGGAGTGATAGATGAGAGGAACGTGAATGTTTCT
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AAGGATATTGATATGTTATTTCTTTTGGG

QA 1 629 1 629
DS 

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G
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QA 2 347 2 347
DS 

RD RR3BW20TF 347 0 0
G
TCCAATACCTAGAAGGAGTGATAGATGAGAGGAACGTGAATGTTTCTCTAAAGAATCGAG
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GGATGGGTGTTCCCTACAGTGTGTCTATTTGATCTCTAATGCATTGGAAGTTATCATCTA
CGTTTCATCTACGTTTCTCCCAAGTTATGATCTATGTTTTTTTCTTTCGTAATAAATAAT
GAATCTCACCCTGCTCAAGGGTACCCTGTTTGTGCTGGGAAGCTGTGAAGGATATTGATA
TGTTATTTCTTTTGGGAATAAGACAATGTGTGGTCGTTTTATGTTT

QA 2 347 2 347
DS 



AS 2 6

CO CL1474Contig1 847 3 16 U
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CTCCTAAGAGGCAACCACGAGTGCGCTTCCATCAACAGAATCTACGGATTCTACGACGAG
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CCGGTGGCTGCTGTGATAGACGATAAGATATTGTGTATGCACGGTGGCCTTTCTCCCGAT
TTGACCAGCGTGGAGCAGATCAAGACTATTAAGAGACCTACCGATGTTCCGGACACGGGT
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GATAGACAGCTTGTTACTATATTCTCAGCTCCAAACTACTGTGGTGAATTCGACAATGCT
GGTGCGATGATGAGTGTTGATGAGAGTTTGATGTGCTCTTTCCAAATTCTTAAGCCTGCG
GATAGGAGGCCCCGGTTCTTATGATCGAAAAGAGTTAGAACCTGGCGGGAGAGAGGCATT
TGAAAGCTCCCTGAGACTTTATTCTGAGGCCTAAAAAAGAAAAGAAAGTCTAAATGTTAT
ATTATCGTCATCTTATTTGAACTCTTTACCATTTCTCTTCTTAAACCTTTTATGTTCTTA
TTATCTTCTTCTTATTCTTCTTCTCTGACTCATTATTAGACAGTAACAAAATAATGTCTG
CAAATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS77TF U 225
AF RR3D466TF U 1
AF RR3GS77JQ C 225
BS 1 296 RR3D466TF
BS 297 297 RR3GS77TF
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RD RR3GS77TF 253 0 0
GGGCCTT
TCTCCCGATTTGACCAGCGTGGAGCAGATCAAGACTATTAAGAGACCTACCGATGTTCCG
GACACGGGTTTGCTATGCGATCTGCTTTGGTCTGATCCGAGCAAAGATGTAAAAGGCTGG
GGGATGAACGACCGTGGTGTCTCTTACACGTTTGGGCCTGACAAAGTTGCTGAGTTTCTT
ATCAAGAACGATATGGATCTCATCTGTCGTGCCCACCAGGTTGTAGAGGATGGGTATG
GAGTTCTT

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DS 

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GGCTTGGAGACCATCTGTCTCCTCCTAGCCTACAAAATCAAATACCCTGAGAACTTCTTC
CTCCTAAGAGGCAACCACGAGTGCGCTTCCATCAACAGAATCTACGGATTCTACGACGAG
TGCAAACGCAGGTTCAGCGTGAGGCTCTGGAAAGTGTTTACGGATTCTTTTAACTGCCTC
CCGGTGGCTGCTGTGATAGACGATAAGATATTGTGTATGCACGGTGGCCTTTCTCCCGAT
TTGACCAGCGTGGAGCAGATCAAGACTATTAAGAGACCTACCGATGTTCCGGACACCGGT
TTGTTATGTGATCTGCTTTGGTCTGATCCGAGCAAAGATGTCAAAGGCTGGGGGATGAAC
GACCGTGGTGTCTCTTACACGTTTGGGCCTGACAAAGTTGCTGAGTTTCTTATCAAGAAC
GATATGGATCTCATCTGTCGTGCCCACCAGGTTGTAGAGGATGGGTATGAGTTCTTTGCA
GATAGACAGCTTGTTACTATATTCTCAGCTCCAAACTACTGTGGTGAATTCGACAATGCT
GGTGCGATGATGAGTGTTGATGAGAGTTTGATGTGCTCTTTCCAAATTCTTAAGCCTGCG
GATAGGAGGCCCTGGTTCTTATGATCGGAAAGAGTTAGAACCTGGCGGGAGAGAGGCATT
TGAA*GCTCCCTGAGACTTT
GTTC

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DS 

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GGGCCTT
TCTCCCGATTTGACCAGCGTGGAGCAGATCAAGACTATTAAGAGACCTACCGATGTTCCG
GACACGGGTTTGCTATGCGATCTGCTTTGGTCTGATCCGAGCAAAGATGTAAAAGGCTGG
GGGATGAACGACCGTGGTGTCTCTTACACGTTTGGGCCTGACAAAGTTGCTGAGTTTCTT
ATCAAGAACGATATGGATCTCATCTGTCGTGCCCACCAGGTTGTAGAGGATGGGTATGAG
TTCTTTGCAGATAGACAGCTTGTTACTATATTCTCAGCTCCCAACTACTGTGGTGAATTC
GACAATGCTGGTGCGATGATGAGTGTTGATGAGAGTTTGATGTGCTCTTTCCAAATTCTT
AAGCCTGCGGATAGGAGGCCCCGGTTCTTATGATTGAAAAGAGTTAGAACCTGGCGGGAG
AGA**CATTTGAAAGCTCCCTGAGACTTTATTCTGAGGCCTAAAAAAGAAAAGAAAGTCT
AAATGTTATATTATCGTCATCTTATTTGAACTCTTTACCATTTCTCTTCTTAAACCTTTT
ATGTTCTTATTATCTTCTTCTTATTCTTCTTCTCTGACTCATTATTAGACAGTAACAAAA
TAATGTCTGCAAATTT

QA 8 623 8 623
DS 



CO CL1474Contig2 1262 3 17 U
GGGAGGAAACAAAGGCGAAAACTTTTATGGTCCAAAGATCGAGACACAGATCATCATCTT
CTTTTTTGGCTATCTACGCGATCGATTACTGTCCGAAAGGTTGAAACTTTTTGTTGTGTA
GACAGAAGGGTGTTGTTTTGGATCGTGTTCTTTTCGAATGGCGCAGGGAAGCATGGACCC
TGCCGTTCTCGACGACATCATCCGTCGTCTGTTGGATTACAGAAACCCTAAACCCGGAAC
CAAACAGGTCATGCTCAACGAGTCCGAGATCCGACAGCTTTGTCTCGTCTCCAAAGAGAT
TTTCCTTCAGCAGCCTAACCTCCTCGAGCTCGAAGCTCCCATCAAGATCTGCGGTGATAT
ACATGGACAGTACTCAGATCTACTGAGGCTGTTTGAGTACGGAGGCTTCCCTCCCACAGC
TAACTACCTCTTCTTAGGAGACTACGTGGACCGCGGGAAGCAGAGCCTAGAGACCATCTG
CCTCCTCCTAGCCTACAAAATCAAATACCCTGAGAACTTCTTCCTCCTAAGAGGCAACCA
CGAGTGCGCTTCCATCAACAGAATCTACGGATTCTACGACGAATGCAAACGCAGGTTCAG
CGTGAGGCTCTGGAAAGTGTTCACAGACTCTTTCAACTGCCTCCCCGTGGCTGCTGTGAT
AGACGATAAGATATTGTGTATGCACGGTGGGCTCTCTCCCGATTTGACCAGCGTGGAGCA
GATCAAGACTATTAAGAGACCTACCGATGTTCCGGACACGGGTTTGCTATGTGATCTGCT
TTGGTCTGATCCGAGCAAAGATGTCAAAGGTTGGGGGATGAACGACCGTGGTGTCTCTTA
CACGTTTGGGCCTGACAAAGTTGCTGAGTTTCTTATCAAGAACGATATGGATTTCATCTG
TCGTGCCCACCAGGTTGTAGAGGATGGGTATGAGTTCTTTGCAGATAGACAGCTTGTTAC
TATATTTTCAGCTCCAAACTACTGTGGTGAATTCGACAATGCTGGTGCGATGATGAGTGT
TGATGAGAGTTTGATGTGCTCTTTCCAAATTCTTAAGCCTGCGGATCGGAGGCCCCGGTT
CTTATGATCGAAAAGAGTTAGAACCTGGCGGGAGAGAGACATTTGAAGCTCCCTGAGACT
TTGTTCAGAGGCCAAAAAAAAAAAAAAGAAAGTCTAAATGTTATATTATCATCATCTTAT
TTGAACTCTTACCATTTCTCTTCTTAAACCTTTTATGTTCTTATGATCTTCTTCTTCTCA
GA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3H572TF U 1
AF RR3C770TF U 116
AF RR3C770JQ C 599
BS 1 231 RR3H572TF
BS 232 232 RR3C770TF
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BS 554 554 RR3C770TF
BS 555 582 RR3H572TF
BS 583 583 RR3C770TF
BS 584 606 RR3H572TF
BS 607 792 RR3C770TF
BS 793 1262 RR3C770JQ

RD RR3H572TF 606 0 0
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CTTTTTTGGCTATCTACGCGATCGATTACTGTCCGAAAGGTTGAAACTTTTTGTTGTGTA
GACAGAAGGGTGTTGTTTTGGATCGTGTTCTTTTCGAATGGCGCAGGGAAGCATGGACCC
TGCCGTTCTCGACGACATCATCCGTCGTCTGTTGGATTACAGAAACCCTAAGCCCGGAAC
CAAACAGGTCATGCTCAACGAGTCCGAGATCCGACAGCTTTGTCTCGTCTCCAAAGAGAT
TTTCCTTCAGCAGCCTAACCTCCTCGAGCTCGAAGCTCCCATCAAGATCTGCGGTGATAT
TCATGGACAGTACTCAGATCTACTGAGGCTGTTTGAGTACGGAGGCTTCCCTCCCACAGC
TAACTACCTCTTCTTAGGAGACTACGTGGACCGCGGGAAGCAGAGCTTGGAGACCATCTG
TCTCCTCCTAGCCTACAAAATCAAATACCCTGAGAACTTCTTCCTCCTAAGAGGCAACCA
CGAGTGCGCTTCCGTCAACAGAATCTACGGATTCTACGACGAGTGCAAACGCAGGTTCAG
CGTGAG

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3C770TF 686 0 0
GG
GTAGACAGAAGGGTGTTGTTTTGGATCGTGTTCTTTTTGAATGGCGCAGGGAAGCATGGA
CCCTGCCGTTCTCGACGACATCATTCGTCGTCTGTTGGATTACAGAAACCCTAAACCTGG
AACCAAACAGGTCATGCTCAACGAGTCTGAGATCCGACAGCTTTGTCTCGTCTCCAAAGA
GATTTTCCTTCAGCAGCCTAACCTCCTTGAGCTCGAAGCTCCCATCAAGATCTGCGGTGA
TATACATGGACAGTACTCAGATCTACTGAGGCTGTTTGAGTACGGAGGCTTCCCTCCCAC
AGCTAACTACCTCTTCTTAGGAGACTACGTGGACCGCGGGAAGCAGAGCCTAGAGACCAT
CTGCCTCCTCCTCGCCTACAAAATCAAATACCCTGAGAACTTCTTCCTCCTAAGAGGCAA
CCACGAGTGCGCTTCCATCAACAGAATCTACGGATTCTACGACGAATGCAAACGCAGGTT
CAGCGTGAGGCTCTGGAAAGTGTTCACAGACTCTTTCAACTGCCTCCCCGTGGCTGCTGT
GATAGACGATAAGATATTGTGTATGCACGGTGGGCTCTCTCCCGATTTGACCAGCGTGGA
GCAGATCAAGACTATTAAGAGACCTACCGATGTTCCGGACACGGGTTTGCTATGTGATCT
GCTTTGGTCTGATCC
AACAAAGAT

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR3C770JQ 664 0 0
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ATAGACGATAAGATATTGTGTATGCACGGTGGGCTCTCTCCCGATTTGACCAGCGTGGAG
CAGATCAAGACTATTAAGAGACCTACCGATGTTCCGGACACGGGTTTGCTATGTGATCTG
CTTTGGTCTGATCCGAGCAAAGATGTCAAAGGTTGGGGGATGAACGACCGTGGTGTCTCT
TACACGTTTGGGCCTGACAAAGTTGCTGAGTTTCTTATCAAGAACGATATGGATTTCATC
TGTCGTGCCCACCAGGTTGTAGAGGATGGGTATGAGTTCTTTGCAGATAGACAGCTTGTT
ACTATATTTTCAGCTCCAAACTACTGTGGTGAATTCGACAATGCTGGTGCGATGATGAGT
GTTGATGAGAGTTTGATGTGCTCTTTCCAAATTCTTAAGCCTGCGGATCGGAGGCCCCGG
TTCTTATGATCGAAAAGAGTTAGAACCTGGCGGGAGAGAGACATTTGAAGCTCCCTGAGA
CTTTGTTCAGAGGCCAAAAAAAAAAAAAAGAAAGTCTAAATGTTATATTATCATCATCTT
ATTTGAACTCTTACCATTTCTCTTCTTAAACCTTTTATGTTCTTATGATCTTCTTCTTCT
CAGA

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 6

CO CL1475Contig1 1163 6 10 U
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AAGATACTCCTAAATAATACTAACAAAAGTAAAACCAACGAAAGACTCAACAGCTTAAAA
ACCCCATTAAAAAAAGAACAGAGTTCAGAGTTTCCAAAGAAGAAAACCAAATCATGACCT
TCTCTCTGCTTCTACAAACCTCAAATCATAATGTTTTCAGAAACTAAAGCCAAATCCAGA
CCATACATACTTAGAAATGTCCTGCTCGCTCCCTTACTGAGGTCACTTCAACGTCTACGC
TTGTTTTCCTTCTTCAGGCTCGTCTTTTGACGCCTCCTTGATCTCATCACCACCCACCTC
ATCATTGAGGTCAGAAGTCCAGAGGGTCAGATTATCACGGAGAAGTTGCATTATCAGTGT
ACTGTCTTTGTATGATTCTTCTCCTAATGTGTCCAGCTCAGAGATTGCTTCATCAAAAGC
CTGTTTGGCGAGACTGCAAGCGCGATCAGGTGAGTTGAGAATCTCATAGTAGAAGACAGA
GAAGTTGAGAGCAAGTCCCAATCTAATCGGATGAGTAGGAGGCAAATCAGCAAGTGCAAT
ATCCTGAGCAGACTTGTAAGCCAAGAGAGTACTCTCAGCAGCATCCTTCCTCTCAGCACC
AGTCTTAAACTCAGCAAGGTACCTATGGTAATCTCCCTTCATCTTCAGGTAAAACACTTT
GGACTCAGCCAAGGACGCAGCGGGAACAAGGTGAGAATCCAAAAGGTTCAGTATCCCATC
ACAGATCTTCCCAAGCTCGGTTTCAATCTTCCCTCTGTAGTCCTTGATGAGCGAAACGTG
ATCCTCGTTTCCTCTGCTTTCTTCCTTCTGTTCAATGGAAGAAATGATCCTCCAGGAAGC
TCCCCTAGCACCAATCACGTTCTTGTAAGCAACGGACAAGAGGTTCCTCTCTTCGACAGT
AAGCTCCTCGGTGTCAACAGTCTTGGCAACTTTCTCCATGAACTCAACCATCTCCTCGTA
ACGTTCAGCTTGCTCGGCCAACTTGGCTAAGTACACATTCTCTTCACGAGTACACGACAT
CGTTTCTTAATCACACTCTTGCTACAGATCCGAGGAGGGGGGGGGGAGTTTTGGAATTAG
GGTTTGTGGAATCCGAAGCACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3EI60JQ U 1
AF RR3BL61JQ U 104
AF RR3EF43JQ U 103
AF RR3EI60TF C 396
AF RR3BL61TF C 481
AF RR3EF43TF C 486
BS 1 459 RR3EI60JQ
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BS 1101 1159 RR3EI60TF
BS 1160 1163 RR3EF43TF

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ACCCCATTAAAAAAAGAACAGAGTTCAGAGTTTCCAAAGAAGAAAACCAAATCATGACCT
TCTCTCTGCTTCTACAAACCTCAAATCATAATGTTTTCAGAAACTAAAGCCAAATCCAGA
CCATACATACTTAGAAATGTCCTGCTCGCTCCCTTACTGAGGTCACTTCAACGTCTACGC
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ATCATTGAGGTCAGAAGTCCAGAGGGTCAGATTATCACGGAGAAGTTGCATTATCAGTGT
ACTGTCTTTGTATGATTCTTCTCCTAATGTGTCCAGCTC

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DS 

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AAACCAAATCATGACCTTCTCTCTGCTTCTACAAACCTCAAATCATAATGTTTTCAGAAA
CTAAAGCCAAATCCAGACCATACATACTTAGAAATGTCCTGCTCGCTCCCTTACTGAGGT
CACTTCAACGTCTACGCTTGTTTTCCTTCTTCAGGCTCGTCTTTTGACGCCTCCTTGATC
TCATCACCACCCACCTCATCATTGAGGTCAGAAGTCCAGAGGGTCAGATTATCACGGAGA
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TCATAGTAGAAGACAGAGAAGTTGAGAGCAAGTCCCAATCTAATCGGATGAGTAGGAGGC
AAATCAGCAAGTGCAATATCCTGAGCAGACTTGTAAGCCAAGAGAGTACTCTCAGCAGCA
TCCTTCCTCTCAGCACCAGTCTTAAACTCAGCAAGGTACCTATGGTAATCTCCCTTCATC
TTCAGGTAAAACACTTTGGACTCAGCCAAGGACGCAACGGGAACAAGGTGAGAATCCAAA
AGGTTCAGT

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DS 

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A
GACTCAACAGCTTAAAAACCCCATTAAAAAAAGAACAGAGTTCAGAGTTTCCAAAGAAGA
AAACCAAATCATGACCTTCTCTCTGCTTCTACAAACCTCAAATCATAATGTTTTCAGAAA
CTAAAGCCAAATCCAGACCATACATACTTAGAAATGTCCTGCTCGCTCCCTTACTGAGGT
CACTTCAACGTCTACGCTTGTTTTCCTTCTTCAGGCTCGTCTTTTGACGCCTCCTTGATC
TCATCACCACCCACCTCATCATTGAGGTCAGAAGTCCAGAGGGTCAGATTATCACGGAGA
AGTTGCATTATCAGTGTACTGTCTTTGTATGATTCTTCTCCTAATGTGTCCAGCTCAGAG
ATTGCTTCATCAAAAGCCTGTTTGGCGAGACTGCAAGCGCGATCAGGTGAGTTGAGAATC
TCATAGTAGAAGACAGAGAAGTTGAGAGCAAGTCCCAATCTAATCGGATGAGTAGGAGGC
AAATCAGCAAGTGCAATATCCTGAGCTGACTTGTAAGCCAAGAGAGTACTCTCAGCAGCA
TCCTTCCTCTCGGCACCAGTCTTAAACTCAGCAAGGTACCTATGGTAATCTCCCTTCATC
TTCAGGTAAAACACTTTGGACTCAGCCAAGGACGCAGCGGGAACAAGGTGAGAATCCAAA
AGGTTCAGTATCCCATCACAGATCTTCCCAAGCTCGGTTTCAATCTTCCCTCTGTAGTCC
TTGATGAGCGAAACGTGATCCTCGTTTCCTCTGCTTTCTTCCTTCTGTTCAATGGAAGAA
ATGATCCTCCAGGAAGCTCCCCTAGCACCAATCACGTTCTTGTAAGCA
CG

QA 2 829 2 829
DS 

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TGAGAATCTCATAGTAGAAGACAGAGAAGTTGAGAGCAAGTCCCAATCTAATCGGATGAG
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CAGCAGCATCCTTCCTCTCAGCACCAGTCTTAAACTCAGCAAGGTACCTATGGTAATCTC
CCTTCATCTTCAGGTAAAACACTTTGGACTCAGCCAAGGACGCAGCGGGAACAAGGTGAG
AATCCAAAAGGTTCAGTATCCCATCACAGATCTTCCCAAGCTCGGTTTCAATCTTCCCTC
TGTAGTCCTTGATGAGCGAAACGTGATCCTCGTTCCCTCTGCTTTCTTCCTTCTGTTCAA
TGGAAGAAATGATCCTCCAGGAAGCTCTCCTAGCACCAATCACGTTCTTGTAAGCAACGG
ACAAGAGGTTCCTCTCTTCGACAGTAAGCTCCTCGGTGTCAACAGTCTTGGCAACTTTCT
CCATGAACTCAACCATCTCCTCGTAACGTTCAGCTTGCTCGGCCAACTTGGCTAAGTACA
CATTCTCTTCACGAGTACACGACATCGTTTCTTAATCACACTCTAGCTACAGATCCGAGG
AGGGGGGGGGGAGTTTTGGAATTAGGGTTTGTGGAATCCGAAGC
ACCC

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DS 

RD RR3BL61TF 682 0 0
GCTG
TTGGCGAGACTGCAAGCGCGATCAGGTGAGTTGAGAATCTCATAGTAGAAGACAGAGAAG
TTGAGAGCAAGTCCCAATCTAATCGGATGAGTAGGAGGCAAATCAGCAAGTGCAATATCC
TGAGCAGACTTGTAAGCCAAGAGAGTACTCTCAGCAGCATCCTTCCTCTCAGCACCAGTC
TTAAACTCAGCAAGGTACCTATGGTAATCTCCCTTCATCTTCAGGTAAAACACTTTGGAC
TCAGCCAAGGACGCAACGGGAACAAGGTGAGAATCCAAAAGGTTCAGTATCCCATCACAG
ATCTTCCCAAGCTCGGTTTCAATCTTCCCTCTGTAGTCCTTGATGAGCGAAACGTGATCC
TCGTTCCCTCTGCTTTCTTCCTTCTGTTCAATGGAAGAAATGATCCTCCAGGAAGCTCTA
CTAGCACCAATCACGTTCTTGTAAGCAACGGACAAGAGGTTCCTCTCTTCGACAGTAAGC
TCCTCGGTGTCAACAGTCTTGGCAACTTTCTCCATGAACTCAACCATCTCCTCGTAACGT
TCAGCTTGCTCGGCCAACTTGGCTAAGTACACATTCTCTTCACGAGTACACGACATCGTT
TCATAATCACACTCTTGCTACAGATCCGAGGAGGGGGGGGG*AGTTTTGGAATTAGGGTT
TGTGGAATCCGAAGC
CCC

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DS 

RD RR3EF43TF 678 0 0
TGGCGAGACTGCAAGCGCGATCAGGTGAGTTGAGAATCTCATAGTAGAAGACAGAGAAGT
TGAGAGCAAGTCCCAATCTAATCGGATGAGTAGGAGGCAAATCAGCAAGTGCAATATC*T
GAGCTGACTTGTAAGCCAAGAGAGTACTCTCAGCAGCATCCTTCCTCTCGGCACCAGTCT
TAAACTCAGCAAGGTACCTATGGTAATCTCCCTTCATCTTCAGGTAAAACACTTTGGACT
CAGCCAAGGACGCAGCGGGAACAAGGTGAGAATCCAAAAGGTTCAGTATCCCATCACAGA
TCTTCCCAAGCTCGGTTTCAATCTTCCCTCTGTAGTCCTTGATGAGCGAAACGTGATCCT
CGTTTCCTCTGCTTTCTTCCTTCTGTTCAATGGAAGAAATGATCCTCCAGGAAGCTCCCC
TAGCACCAATCACGTTCTTGTAAGCAACGGACAAGAGGTTCCTCTCTTCGACAGTAAGCT
CCTCGGTGTCAACAGTCTTGGCAACTTTCTCCATGAACTCAACCATCTCCTCGTAACGTT
CAGCTTGCTCGGCCAACTTGGCTAAGTACACATTCTCTTCACGAGTACACGACATCGTTT
CTTAATCACACTCTTGCTACAGATCCGAGGGGGGGGGGGGG***TTTGGAATTAGGGTTT
GTGGAATCCGAAGCACCC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 6

CO CL1476Contig1 801 6 6 U
AAAACTCGCTTGATATTATTATTAAAAGCCAACAAAATACAACAATTTCAATAAGAGAAA
ATAAAAACACTCAAGAAAAAATTACTCAAGAAAACCCTTTTTGTCTTTACTGTTTGTTTC
TTTATCTCTTCGCCTTGTGAATTCCAATCAGGCGGCCCTACAAAAGCATATTATATAGAG
AGATAACAGAAGATTACTCTTCGATAGAGAGAGGAAATCTCTAGTGCTGGTACTTCATCT
CAGACATGAGAAATCCAGGCATCTCATAGGAGGCAGCGAACTTCTCAACATCAGCCTTGA
GCTCCTCGATCTCTTTGTTGTTCACCAAACCCTTGTTGAAGTCCTTCAACAGCTTACCAT
GCTCCTTCTGGATGTTCAATGTCAGCGTCACTAATCGGCTCAAGAACTCTCCTATCATCT
CAAAGTCCTTCTCCACCAATCCCCTTGATGTCATAGCAGGAGTACCGATTCTTACACCTC
CAGGAGCAAGAGCACTGCTGTCTCCAAAGACAGCATTCTTGTTCAAAGTAATGTCGCATA
GATCGCACAGCTTCTCAACCTTGTTACCGGTCAATCCAAGAGGGCGAAGATCCCAAAGAA
CAAGATGGTTCTCAGTTCCACCGGTTACAATACTGTATCCCTTGCCCATCAGGTAGTTTG
CAGGGGCAACAGCATTAGCTTTCACCTGCTTCGCATAGACCTTGAAACCAGGAGTATTAG
CCTGCTTCAATGCAACAGCTAGAGCACCAATCTGGTGGTTGTGAGGACCACCTTGAAGCG
CAGGGAACACAGCAAAGTTGC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H742TF C 1
AF RR3H742JQ U 1
AF RR3B043JQ U 140
AF RR3FG74JQ U 1
AF RR3B043TF C 84
AF RR3FG74TF C 139
BS 1 242 RR3FG74JQ
BS 243 243 RR3H742JQ
BS 244 249 RR3FG74JQ
BS 250 250 RR3H742JQ
BS 251 754 RR3FG74JQ
BS 755 801 RR3B043TF

RD RR3H742TF 283 0 0
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ATAAAAACACTCAAGAAAAAATTACTCAAGAAAACCCTTTTTGTCTTTACTGTTTGTTTC
TTTATCTCTTCGCCTTGTGAATTCCAATCAGGCGGCCCTACAAAACCATATTATATAGAG
AGATAACAGAAGATTACTCTTCGATAGAGAGAGGAAATCTCTAGTGCTGGTACTTCATCT
CAGACATGAGAAATCCAGGCATCTCATAGGAGGCAGCGAACTT

QA 1 283 1 283
DS 

RD RR3H742JQ 374 0 0
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ATAAAAACACTCAAGAAAAAATTACTCAAGAAAACCCTTTTTGTCTTTACTGTTTGTTTC
TTTATCTCTTCGCCTTGTGAATTCCAATCAGGCGGCCCTACAAAACCATATTATATAGAG
AGATAACAGAAGATTACTCTTCGATAGAGAGAGGAAATCTCTAGTGCTGGTACTTCATCT
CAGACATGAGAAATCCAGGCATCTCATAGGAGGCAGCGAACTTCTCAACATCAGCCTTGA
GCTCCTCGATCTCTTTGTTGTTCACCAAACCCTTGTTGAAGTCCTTCAACAGCTTACCAT
GCTCCTTCTGGAT
C

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR3B043JQ 400 0 0
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TTTGATAGAGAGAGGAAATCTCTAGTTCTGGTACTTCATCTCAGACATGAGAAATCCAGG
CATCTCATAGGAGGCAGCGAACTTCTCAACATCAGCCTTGAGCTCCTCGATCTCTTTGTT
GTTCACCAAACCCTTGTTGAAGTCCTTCAACAGCTTACCATGCTCCTTCTGGATGTTCAA
TGTCAGCGTCACTGATCGGCTCAAGAACTCTCCTATCATCTCAAAGTCCTTCTCCACCAA
TCCCCTTGATGTCATCGCAGGAGTACCGATTCTTACACCTCCAGGAGCAAGAGCACTGCT
GTCTCCAAAGACAGCATTCTTGTTCAAAGTAATGTCGCAT

QA 1 400 1 400
DS 

RD RR3FG74JQ 754 0 0
AAAACTCGCTTGATATTATTATTAAAAGCCAACAAAATACAACAATTTCAATAAGAGAAA
ATAAAAACACTCAAGAAAAAATTACTCAAGAAAACCCTTTTTGTCTTTACTGTTTGTTTC
TTTATCTCTTCGCCTTGTGAATTCCAATCAGGCGGCCCTACAAAAGCATATTATATAGAG
AGATAACAGAAGATTACTCTTCGATAGAGAGAGGAAATCTCTAGTGCTGGTACTTCATCT
CAAACATGAAAAATCCAGGCATCTCATAGGAGGCAGCGAACTTCTCAACATCAGCCTTGA
GCTCCTCGATCTCTTTGTTGTTCACCAAACCCTTGTTGAAGTCCTTCAACAGCTTACCAT
GCTCCTTCTGGATGTTCAATGTCAGCGTCACTAATCGGCTCAAGAACTCTCCTATCATCT
CAAAGTCCTTCTCCACCAATCCCCTTGATGTCATAGCAGGAGTACCGATTCTTACACCTC
CAGGAGCAAGAGCACTGCTGTCTCCAAAGACAGCATTCTTGTTCAAAGTAATGTCGCATA
GATCGCACAGCTTCTCAACCTTGTTACCGGTCAATCCAAGAGGGCGAAGATCCCAAAGAA
CAAGATGGTTCTCAGTTCCACCGGTTACAATACTGTATCCCTTGCCCATCAGGTAGTTTG
CAGGGGCAACAGCATTAGCTTTCACCTGCTTCGCATAGACCTTGAAACCAGGAGTATTAG
CCTGCTTCAATGCAACAGCTAGAGCACCAATCTG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3B043TF 718 0 0
G
CTCAAGAAAACCCTTTTTGTTTTTACTGTTTGTTTCTTTAGCTCTTCGCCTTGTGAATTC
CAATCAGGCGGCCCTACAAAAGCATATTATATAGAGAGATAACAGAAGATTACTCTTTGA
TAGAGAGAGGAAATCTCTAGTTCTGGTACTTCATCTCAGACATGAGAAATCCAGGCATCT
CATAGGAGGCAGCGAACTTCTCAACATCAGCCTTGAGCTCCTCGATCTCTTTGTTGTTCA
CCAAACCCTTGTTGAAGTCCTTCAACAGCTTACCATGCTCCTTCTGGATGTTCAATGTCA
GCGTCACTGATCGGCTCAAGAACTCTCCTATCATCTCAAAGTCCTTCTCCACCAATCCCC
TTGATGTCATCGCAGGAGTACCGATTCTTACACCTCCAGGAGCAAGAGCACTGCTGTCTC
CAAAGACAGCATTCTTGTTCAAAGTAATGTCGCATAGATCGCACAGCTTCTCAACCTTGT
TACCGGTCAATCCAAGAGGGCGAAGATCCCAAAGAACAAGATGGTTCTCAGTTCCACCGG
TTACAATACTGTATCCCTTGCCCATCAGGTAGTTTGCAAGGGCAACAGCATTAGCTCTCA
CCTGCTTCGCATAGACCTTGAAACCAGGAGTATTAGCCTGCTTCAATGCAACAGCTAGAG
CACCAATCTGGTGGTTGTGAGGACCACCTTGAAGCGCAGGGAACACAGCAAAGTTGC

QA 2 718 2 718
DS 

RD RR3FG74TF 647 0 0
GAATTCCAATCAGGCGGCCCTACAAAAGCATATTATATAGAGAGATAACAGAAGATTACT
CTTCGATAGAGAGAGGAAATCTCTAGTGCTGGTACTTCATCTCAGACATGAGAAATCCAG
GCATCTCATAGGAGGCAGCGAACTTCTCAACATCAGCCTTGAGCTCCTCGATCTCTTTGT
TGTTCACCAAACCCTTGTTGAAGTCCTTCAACAGCTTACCATGCTCCTTCTGGATGTTCA
ATGTCAGCGTCACTAATCGGCTCAAGAACTCTCCTATCATCTCAAAGTCCTTCTCCACCA
ATCCCCTTGATGTCATAGCAGGAGTACCGATTCTTACACCTCCAGGAGCAAGAGCACTGC
TGTCTCCAAAGACAGCATTCTTGTTCAAAGTAATGTCGCATAGATCGCACAGCTTCTCAA
CCTTGTTACCGGTCAATCCAAGAGGGCGAAGATCCCAAAGAACAAGATGGTTCTCAGTTC
CACCGGTTACAATACTGTATCCCTTGCCCATCAGGTAGTTTGCAGGGGCAACAGCATTAG
CTTTCACCTGCTTCGCATAGACCTTGAAACCAGGAGTATTAGCCTGCTTCAATGCAACAG
CTAGAGCACCAATCTGGTGGTTGTGAGGACCACCTTGAAGCGCAGG
C

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 4

CO CL1477Contig1 945 4 22 U
AGCAGAAATGATGCATTTACTCACATAGTGGAAAGATCAATGTGTAAGGCACGACAATAA
GCACGAGATATGTCTTAATTTGAGAGACATCAGTCTTGCACCTTTTTGACTTTCAAAGAT
GGTGGTGGTACAAGAAGAGATATATATTTTTATTTTCATTTACGGTGAAAACGTATGAGC
CACATTCCCCAGTTTTCTCAATCAAATTCCAAA*TGGAAACAAAAATGGGAGCTGTCCGA
ACCAGTGTGCGTGTGTGTATATATTGTTCATCAGTCATATAGACCATCTTGTTCCCAAAT
CTCCACAAGAAAATCCACCATTTCATTGAGAGGTATGGGTTGGGGAAATAACTTGTTGCT
CCCCAGCAAGTTATCATAAGATGCTGCGTTCCAATTTATCTTGGATCCATGATTGCGATC
CGGTGGGTTGTTATTACGTCTTTCCTTGCCCACCCAACGCTCTCTTGTCTGATTCCAAAG
AAGAAGACCTTGGTTAACAAACTCAGGAGGGGGGTTTGAGTTTCTGGCAACAGATTGAGA
ATCAAAAGTCTGGTTTGATGATGATATGCTTCCTCCCTGAGAAGGAAACGCGATGTTGTC
CATATCAACCGTGCTTGTTGACCAGAAATCTTCAGAGACGCTCGGTTTCTTAACGGTTTG
AGCTATGGGATTGGAAAGTGGATCCTTTATAGTTTCAGGTTCTCTGTAGCAAGCCAAGCA
GCCA*****CCCATCGATTGGATTAAAGGAGAGTGGATCAGCTCCGATAGATCTGGACTT
TCAATGACCCCAGATGATGATAAGATTTAAACAAAGTCGTTTCCTTTTTCTTTTTTTCTG
AGGCTGCAACAGCTTCTTCACGAGGAAGAAGTAGGGCTCCTCCTCCACCTCTGCCCTTTT
GCTTTGGCTTTGAAATTATTGCTTTTTGTCAAGGGATGGGGGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3FM32JQ U 1
AF RR3A955JQ U 132
AF RR3A955TF C 173
AF RR3GZ34TF C 226
BS 1 213 RR3FM32JQ
BS 214 214 RR3A955JQ
BS 215 306 RR3FM32JQ
BS 307 307 RR3A955JQ
BS 308 438 RR3FM32JQ
BS 439 439 RR3A955JQ
BS 440 462 RR3FM32JQ
BS 463 463 RR3A955JQ
BS 464 495 RR3FM32JQ
BS 496 496 RR3A955JQ
BS 497 526 RR3FM32JQ
BS 527 527 RR3A955JQ
BS 528 585 RR3FM32JQ
BS 586 586 RR3A955JQ
BS 587 588 RR3FM32JQ
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BS 590 608 RR3FM32JQ
BS 609 609 RR3A955JQ
BS 610 654 RR3FM32JQ
BS 655 655 RR3A955JQ
BS 656 671 RR3FM32JQ
BS 672 945 RR3A955JQ

RD RR3FM32JQ 671 0 0
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GCACGAGATATGTCTTAATTTGAGAGACATCAGTCTTGCACCTTTTTGACTTTCAAAGAT
GGTGGTGGTACAAGAAGAGATATATATTTTTATTTTCATTTACGGTGAAAACGTATGAGC
CACATTCCCCAGTTTTCTCAATCAAATTCCAAAATGGAAACAAAAATGGGAGCTGTCCGA
ACCAGTGTGCGTGTGTGTATATATTGTTCATCAGTCATATAGACCATCTTGTTCCCAAAT
CTCCACTAGAAAATCCACCATTTCATTGAGAGGTATGGGTTGGGGAAATAACTTGTTGCT
CCCCAGCAAGTTATCATAAGATGCTGCGTTCCAATTTATCTTGGATCCATGATTGCGATC
CGGTGGGTTGTTATTACGCCTTTCCTTGCCCACCCAACGCTCCCTTGTCTGATTCCAAAG
AAGAAGACCTTGGTTTACAAACTCAGGAGGGGGGTTTGAGTTTCTGACAACAGATTGAGA
ATCAAAAGTCTGGTTTGATGATGATATGCTTCCTCCCTGAGAAGGGAAGGCGATGTTGTC
CATATCAATCGTGCTTGTTGACCAGAAATCTTCAGAGACGCTCGGTTTCTTAACAGTTTG
AGCTATGGGAT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3A955JQ 814 0 0
ACAAGAAGAGATATA
TTTTTTTTTTCATTTACGGTGAAAACGTATGAGCCACATTCCCCAGTTTTCTCAATCAAA
TTCCAAA*TGGAAACAAAAATGGGAGCTGTCCGAACCAGTGTGCGTGTGTGTATATATTG
TTCATCAGTCATATAGACCATCTTGTTCCCAAATCTCCACAAGAAAATCCACCATTTCAT
TGAGAGGTATGGGTTGGGGAAATAACTTGTTGCTCCCCAGCAAGTTATCATAAGATGCTG
CGTTCCAATTTATCTTGGATCCATGATTGCGATCCGGTGGGTTGTTATTACGTCTTTCCT
TGCCCACCCAACGCTCTCTTGTCTGATTCCAAAGAAAAAGACCTTGGTTAACAAACTCAG
GAGGGGGGTTTGAGTTTCTGGCAACAGATTGAGAATCAAAAGTCTGGTTTGATGATGATA
TGCTTCCTCCCTGAGAAGGAAACGCGATGTTGTCCATATCAACCGTGCTTGTTGACCAGA
AATCTTCAGAGACGCTCGGTTTCTTAACGGTTTGAGCTATGGGATTGGAAAGTGGATCCT
TTATAGTTTCAGGTTCTCTGTAGCAAGCCAAGCAGCCA*****CCCATCGATTGGATTAA
AGGAGAGTGGATCAGCTCCGATAGATCTGGACTTTCAATGACCCCAGATGATGATAAGAT
TTAAACAAAGTCGTTTCCTTTTTCTTTTTTTCTGAGGCTGCAACAGCTTCTTCACGAGGA
AGAAGTAGGGCTCCTCCTCCACCTCTGCCCTTTTGCTTTGGCTTTGAAATTATTGCTTTT
TGTCAAGGGATGGGGGAGC

QA 16 814 16 814
DS 

RD RR3A955TF 773 0 0
GTATGAGCCACATTCCCCAGTTTTCTCAATCAAATTCCAAA*TGGAAACAAAAATGGGAG
CTGTCCGAACCAGTGTGCGTGTGTGTATATATTGTTCATCAGTCATATAGACCATCTTGT
TCCCAAATCTCCACAAGAAAATCCACCATTTCATTGAGAGGTATGGGTTGGGGAAATAAC
TTGTTGCTCCCCAGCAAGTTATCATAAGATGCTGCGTTCCAATTTATCTTGGATCCATGA
TTGCGATCCGGTGGGTTGTTATTACGTCTTTCCTTGCCCACCCAACGCTCTCTTGTCTGA
TTCCAAAGAAGAAGACCTTGGTTAACAAACTCAGGAGGGGGGTTTGAGTTTCTGGCAACA
GATTGAGAATCAAAAGTCTGGTTTGATGATGATATGCTTCCTCCCTGAGAAGGAAACGCG
ATGTTGTCCATATCAACCGTGCTTGTTGACCAGAAATCTTCAGAGACGCTCGGTTTCTTA
ACGGTTTGAGCTATGGGATTGGAAAGTGGATCCTTTATAGTTTCAGGTTCTCTGTAGCAA
GCCAAGCAGCCA*****CCCATCGATTGGATTAAAGGAGAGTGGATCAGCTCCGATAGAT
CTGGACTTTCAATGACCCCAGATGATGATAAGATTTAAACAAAGTCGTTTCCTTTTTCTT
TTTTTCTGAGGCTGCAACAGCTTCTTCACGAGGAAGAAGTAGGGCTCCTCCTCCACCTCT
GCCCTTTTGCTTTGGCTTTGAAATTATTGCTTTTTGTCAAGGGATGGGG
AGCC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3GZ34TF 697 0 0
ATGGGAGCTGTCCGAACCAGTGTGCGTGTGTGTATATATTGTTCATCAGTCATATAGACC
ATCTTGTTCCCAAATCTCCACAAGAAAATCCACCATTTCATTGAGAGGTATGGGTTGGGG
AAATAACTTGTTGCTCCCCAGCAAGTTATCATAAGATGCTGCGTTCCAATTTATCTTGGA
TCCATGATTGCGATCCGGTGGGTTGTTATTACGTCTTTCCTTGCCCACCCAACGCTCTCT
TGTCTGATTCCAAAGAAGAAGACCTTGGTTAACAAACTCAGGAGGGGGGTTTGAGTTTCT
GGCAACAGATTGAGAATCAAAAGTCTGGTTTGATGATGATATGCTTCCTCCCTGAGAAGG
AAACGCGATGTTGTCCATATCAACCGTGCTTGTTGACCAGAAATCTTCAGAGACGCTCGG
TTTCTTAACGGTTTGAGCTATGGGATTGGAAAGTGGATCCTTTATAGTTTCAGGTTCTCT
GTAGCAAGCCAAGCAGCCACTGCTCCCATCGATTGGATTAAAGGAGAGTGGATCAGCTCC
GATAGATCTGGACTTTCAATGACCCCAGATGATGATAAGATTTAAACAAAGTCGTTTCCT
TTTTCTTTTTTTCTGAGGCTGCAACAGCTTCTTCACGAGGAAGAAGTAGGGCTCCTCCTC
CACCTCTGCCCTTTTGCTTTGGCTTTGAAATTATT
CC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 6

CO CL1478Contig1 757 6 2 U
GGATCGCTCGTGAAATCTCCAGAGAAAATGATCCGATTCATATTATTGCAGAACAGGCAA
GGGAAGACTCGGGGAGAGAGAGAGAGATCTGAATCGAAAGAAATTGGGTTACATCTCCGG
TCTGATCGCTCGTGAAATCTCCAGAGAAAATGATCCGATTCATATTATTGCAGAACAGGC
AAGGGAAGACTCGGCTTGCCAAGTACTATGTCCCTCTCGAAGAATCCGAGAAACACAAAG
TCGAATACGAGGTTCATAGGTTAGTGGTGAACCGCGACGCAAAATTCACCAATTTCGTTG
AGTTTAGAACACACAAGGTGATATACAGGCGTTACGCTGGACTGTTCTTCTCCGTGTGCG
TGGATATAACGGACAACGAGTTGGCTTACCTTGAGTGCATCCATTTGTTTGTGGAGATTT
TGGATCATTTCTTCAGCAATGTCTGTGAGCTTGATCTCGTCTTCAACTTCCACAAGGTGT
ACTTGATACTTGATGAATTCATTCTTGCTGGAGAGCTCCAAGAAACCAGCAAAAGGGCGA
TCATCGAGAGGATGTCAGAGCTTGAGAAGCTAGAGTGATATGATTGTTTCTCAAAAAGCT
GGGGTTATTGTTTAACA**TGTTTTGGTCTTTCTTTTCCTTGGCGTGTCCAGAGATTTGA
TATTCTTTGTTGAGTTGAAGACGACAATGGTGATGTTAAGATTATTTGTAAAAGGATATA
AAACGATTCTGTTGAGATCACTATCCAAAATTTGCTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EC61TF U 1
AF RR3DS48TF U 1
AF RR3DS48JQ C 55
AF RR3EC61JQ C 93
AF RR3AS42TF U 74
AF RR3AS42JQ C 225
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BS 711 757 RR3AS42TF

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TGGATCATTTCTTCAGCAATGTCTGTGAGCTTGATCTCGTCTTCAACTTCCACAAGGTGT
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QA 1 597 1 597
DS 

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GGGAAGACTCGGGGAGAGAGAGAGAGATCTGAATCGAAAGAAATTGGGTTACATCTCCGG
TCTGATCGCTCGTGAAATCTCCAGAGAAAATGATCCGATTCATATTATTGCAGAACAGGC
AAGGGAAGACTCGGCTTGCCAAGTACTATGTCCCTCTCGAAGAATCCGAGAAACACAAAG
TCGAATACGAGGTTCATAGGTTAGTGGTGAACCGCGACGCAAAATTCACCAATTTCGTTG
AGTTTAGAACACACAAGGTGATATACAGGCGTTACGCTGGACTGTTCTTCTCCGTGTGCG
TGGATATAACGGACAACGAGTTGGCTTACCTTGAGTGCATCCATTTGTTTGTGGAGATTT
TGGATCATTTCTTCAGCAATGTCTGTGAGCTTGATCTCGTCTTCAACTTCCACAAGGTGT
ACTTGATACTTGATGAATTCATTCTTGCTGGAGAGCTCCAAGAAACCAGCAAAAGGGCGA
TCATCGAGAGGATGTCAGAGCTTGAGAAGCTAGAGTGATATGATTGTTTCTCAAAAAGCT
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ACAGGCAAGGGAAGACTCGGCTTGCCAAGTACTATGTCCCTCTCGAAGAATCCGAGAAAC
ACAAAGTCGAATACGAGGTTCATAGGTTAGTGGTGAACCGCGACGCAAAATTCACCAATT
TCGTTGAGTTTAGAACACACAAGGTGATATACAGGCGTTACGCTGGACTGTTCTTCTCCG
TGTGCGTGGATATAACGGACAACGAGTTGGCTTACCTTGAGTGCATCCATTTGTTTGTGG
AGATTTTGGATCATTTCTTCAGCAATGTCTGTGAGCTTGATCTCGTCTTCAACTTCCACA
AGGTGTACTTGATACTTGATGAATTCATTCTTGCTGGAGAGCTCCAAGAAACCAGCAAAA
GGGCGATCATCGAGAGGATGTCAGAGCTTGAGAAGCTAGAGTGATATGATTGTTTCTCAA
AAAGCTGGGGTTATTGTTTAACA**TGTTTTGGTCTTTCTTTTCCTTGGCGTGTCCAGAG
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GATATAAAACGATTCTGTTGAGATC

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DS 

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CGCGACGCAAAATTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAACACACAAGGTGATATACAGGCGT
TACGCTGGACTGTTCTTCTCCGTGTGCGTGGATATAACGGACAACGAGTTGGCTTACCTT
GAGTGCATCCATTTGTTTGTGGAGATTTTGGATCATTTCTTCAGCAATGTCTGTGAGCTT
GATCTCGTCTTCAACTTCCACAAGGTGTACTTGATACTTGATGAATTCATTCTTGCTGGA
GAGCTCCAAGAAACCAGCAAAAGGGCGATCATCGAGAGGATGTCAGAGCTTGAGAAGCTA
GAGTGATATGATTGTTTCTCAAAAAGCTGGGGTTATTGTTTAACA**TGTTTTGGTCTTT
CTTTTCCTTGGCGTGTCCAGAGATTTGATATTCTTTGTTGAGTTGAAGACGACAATGGTG
ATGTTAAGATTATTTGTAAAAGGATATAAAACGATTCTGTTGAGATC

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DS 

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GG
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AATCTCCAGAGAATATGATCCGATTCATATTATTGCAGAACAGACAAGGGAAGACTCGTC
TTGCCAAGTACTATGTCCCTCTCGAAGAATCCGAGAAACACAAAGTCGAATACGAGGTTC
ATAGGTTAGTGGTGAACCGCGACGCAAAATTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAACACACA
AGGTGATATACAGGCGTTACGCTGGACTGTTTTTCTCCGTGTGCGTGGATATAACGGACA
ATGAGTTGGCTTACCTTGAGTGCATCCATTTGTTTGTGGAGATTTTGGATCATTTCTTCA
GCAATGTCTGTGAGCTTGATCTGGTCTTCAACTTTCACAAGGTGTACTTGATACTTGATG
AATTCATTCTTGCTGGAGAGCTCCAAGAAACCAATAAAAGGGCGATCATCGAGAGGATGT
CAGAGCTCGAGAAGCTAGAGTGATATGATTGTTTCTCAAAGAGCTGGGGTTATTGTTTAA
TAGATGTCTTGGTCACTCTTTTCCTTGGCGTGTCCAGAGATTTGATATTCTTTGTTGAGT
TGAAGACGACAATGGTGATGTTAAGATTATTTGTAAAAGGATATAAAACGATTCTGTTGA
GATCACTATCCAAAATTTGCTT

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DS 

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TTCACCAATTTCGTTGAGTTTAGAACACACAAGGTGATATACAGGCGTTACGCTGGACTG
TTTTTCTCCGTGTGCGTGGATATAACGGACAATGAGTTGGCTTACCTTGAGTGCATCCAT
TTGTTTGTGGAGATTTTGGATCATTTTTTCAGCAATGTCTGTGAGCTTGATCTGGTCTTC
AACTTTCACAAGGTGTACTTGATACTTGATGAATTCATTCTTGCTGGAGAGCTCCAAGAA
ACCAATAAAAGGGCGATCATCGAGAGGATGTCAGAGCTCGAGAAGCTAGAGTGATATGAT
TGTTTCTCAAAGAGCTGGGGTTATTGTTTAATAGATGTCTTGGTCACTCTTTTCCTTGGC
GTGTCCAGAGATTTGATATTCTTTGTTGAGTTGAAGACGACAATGGTGATGTTAAGATTA
TTTGTAAAAGGATATAAAACGATTCTGTTGAGATCACTATCCAAAATTTGCTT

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DS 



AS 1 5

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TAACTT*GGTTCTCAAGTATCTCTAGTACTACTTTATTTTCACACATCATAATTATTTTA
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TTGGACTCACTTCGTAGGATAGCTTGCAAGCATAGCAATACCACACTTACCCGTCTCTTC
ACTATAACCACGTTCCATCCTTACATACCCCTGTTCACCCCAAGCAGTTCCCCACGAATT
CTTCACAATCCAGTACTTTTGCCCATCTTCTTCTCCATATCCAACAACAGTCACTCCATG
GTTGAGATGATTTCCACAGTAGCCTGTGAACACACCAAAAGAGTAAAGCTGAAAGATGAA
ACCAGCAGCGTCTATTCCAACTGATACCGGTTGTTGAGCGGTAGCAGCTTGTAAACTCGC
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TTGGTCGCATGCACCCTGTGTAGCTGTGTATGGATAGTCAGCCTCGGTCACTAGTCCACC
ATTGGCTATGAGGTATTCATATGCTGTTGTCATTAATCCACCGCTGCAGCCTTTGTTGAA
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TATCTTGTTGATGCCTTCAATAGCTGCCACTGCAGTGAACGCCCAGCAACCTCCGCATCT
TCCTTGGTTTCTAACAGGAGTCACTGCACCTTCTTTCCTCCAGTCCACAGCGTCAGGCAC
GTTACCTACCGCGTCACAGACCGGCCTTTGGTCCCTGTTTAACCTCAGGGAAGACGTGTT
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TAACTTAAAGGGCAAGTGGAGAGAATTGATGTAGTCTATCAGCTGGAGATTAGACTGGTA
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CCACTTATTGAACCGCTCTCTCAAGGTTGTGATTGGGTCGTACACAGAGGAGTCCACAGA
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TCTAAGTGCATTCAGCATTTTTTTTTGTTTTGTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3FU83JQ U 1
AF RR3DM70JQ U 4
AF RR3DZ54JQ U 39
AF RR3DM70TF C 532
AF RR3DZ54TF C 653
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BS 778 797 RR3DM70JQ
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BS 860 918 RR3DM70TF
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BS 920 1103 RR3DM70TF
BS 1104 1104 RR3DZ54TF
BS 1105 1165 RR3DM70TF
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BS 1167 1169 RR3DM70TF
BS 1170 1170 RR3DZ54TF
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BS 1226 1226 RR3DZ54TF
BS 1227 1238 RR3DM70TF

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TATCTTGTTGATGCCTTCAATAGCTGCCACTGCAGTGAACGCCCAGCAACCTCCGCA

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DS 

RD RR3DM70JQ 797 0 0
GG
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T*GGTTCTCAAGTATCTCTAGTACTACTTTATTTTCACACATCATAATTATTTTATCTGC
GCTATTGCAGATTTTCATACAGAGATAAAAGGCTCTTTAAAGTTTCTAGAAAATCTTGGA
CTCACTTCGTAGGATAGCTTGCAAGCATAGCAATACCACACTTACCCGTCTCTCCACTAT
AACCACGTTCCATCCTTACATACCCCTGTTCACCCCAAGCAGTTCCCCACGAATTCTTCA
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CAGCGTCTATTCCAACTGATACCGGTTGTTGAGCGGTAGCAGCTTGTAAACTCGCCTCGT
TCTGTGCTACCTTTGTGTATCCTTGTATTGTAACCACCTTATTTTTGGACTTCTCTTGGT
CGCATGCACCCTGTGTAGCTGTGTATGGATAGTCAGCCTCGGTCACTAGTCCACCATTGG
CTATGAGGTATTCATATGCTGTTGTCATTAATCCACCGCTGCAGCCTTTGTTGAAAGCGC
CGACGTCACAATCTATGAGCTGTTGTTCTGAGAGAGATACTAAGTTCCCTGTCTTTATCT
TGTTGATGCCTTCAATAGCTGCCACTGCAGTGAACGCCCAGCAACCTCCGCATCTTCCTT
GGTTTCTAACAG
AGT

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DS 

RD RR3DZ54JQ 821 0 0
CC
TTGGAATCATGTTAGCATTATAACTTAGGTTCTCAAGTATCTCTAGTACTACTTTATTTT
CACACATCATAATTATTTTATCTGCGCTATTGCAGTTTTTCATACAGAGATAAAAGACTC
TTTAGAGTTTCTAGAAAATCTTGGACTCACTTCGTAGGATAGCTTGCAAGCATAGCAATA
CCACACTTACCCGTCTCTTCACTATAACCACGTTCCATCCTTACATACCCCTGTTCACCC
CAAGCAGTTCCCCACGAATTTTTCACAATCCAGTACTTTTGCCCATCTTCTTCTCCATAT
CCAACAACAGTCACTCCATGGTTGAGATGATTTCCACAGTAGCCTGTGAACACACCAAAA
GAGTAAAGCTGAAAGATGAAACCAGCAGCGTCTATTCCAACTGATACCGGTTGTTGAGCG
GTAGCGGCTTGTAAACTCGCCTCGTTATGTGCCACCTTTGTGTATCCTTGTATTGTAACC
ATCTTGTTTTTGGACTTCTCTGGATCGCATGCACCCTGTGTGGCTGTGTATGGATAGTCA
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CCGCTGCAGCCTTTGTTGAAAGCGCCGACGTCACAGTCTATGAGCTGTTGTTCTGAGAGA
GATACTAAGTTCCCTGTCTTTATCTTGTTGATGCCTTCAATAGCTGCCACTGCAGTGAAC
GCCCAGCAACCTCCGCATTTTCCTTGGTTTCTAACAG*AGTCACTGCACCTTCTTTCCTC
*AGTCCACAGCGTCAGGCACGTTACCTACCGCGTCACAG

QA 3 821 3 821
DS 

RD RR3DM70TF 707 0 0
TTTGACTCTCTGG
TCGCATGCACC*TGTGTAGCTGTGTATGGATAGTCAGC*TCGGTCACTAGTCCACCATTG
GCTATGAGGTATTCATATGCTGT*GTCATTAATCCACCGCTGCAGC*TTTGTTGAAAGCG
CCGACGTCACAATCTATGAGCTGTTGTTCTGAGAGAGATACTAAGTTCCCTGTCTTTATC
TTGTTGATGCCTTCAATAGCTGCCACTGCAGTGAACGCCCAGCAACCTCCGCATCTTCCT
TGGTTTCTAACAGGAGTCACTGCACCTTCTTTCCTCCAGTCCACAGCGTCAGGCACGTTA
CCTACCGCGTCACAGACCGGCCTTTGGTCCCTGTTTAACCTCAGGGAAGACGTGTTCAAA
CCAAGAAAATGAGCTCTAAACTCAGCATTAGTCATGTCCGCAAATCTGTTGTCTGTTAAC
TTAAAGGGCAAGTGGAGAGAATTGATGTAGTCTATCAGCTGGAGATTAGACTGGTATATC
CCAAACCGTAGCATCCACTCCTCCTTTCCTCCATATAATATGCTATGCGTTTGAAGCCAC
TTATTGAACCGCTCTCTCAGGGTTGTGATTGGGTCGTACACAGAGGAGTCCACAGAGCAT
AGCCTTGAGGCTATCAGGACAGAGCTGATCAAAATGATAAGGGTCAGGTTAGAGTTTCTA
AGTGCATTCAGCATTTTTTTT*GTTTTGTTTTCC

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DS 

RD RR3DZ54TF 586 0 0
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CCTGTCTTTATCTTGTTGATGCCTTCAATAGCTGCCACTGCAGTGAACGCCCAGCAACCT
CCGCATTTTCCTTGGTTTCTAACAGGAGTCACTGCACCTTCTTTCCTCCAGTCCACAGCG
TCAGGCACGTTACCTACCGCGTCACAGACCGGCCTTTGGTCCCTGTTTAACCTCAGGGAA
GACGTGTTCAAACCGAGAAAATGAGCCTTAAACTCAGCATTGGTCATGTCCGCAAATCTG
TTGTCTGTTAACTTAAAGGGTAAGTGGAGGGAGTTGATGTAGTCTATCAGCTGGAGATTA
GACTGGTATATCCCAAACCGTAGCATCCACTCCTCTTTTCCTCCATATAATATGCTATGC
GTTTGAAGCCACTTATTGAACCGCTCTCTCAAGGTTGTGATTGGGTCGTACACAGAGGAG
TCCACAGAGCATAGCCTTGAGGCTATCAGGACAAAGCAGATCAAAATGATAAGGGTTAGG
TTAGAGTTTCTAAGTGTATTCAGCATTTTTTTTTGTTTTGTTTTCC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 6

CO CL1480Contig1 819 6 9 U
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TTTCTCGTTGCGTTCCTGTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGCCTTGAAGAGGTGAAG
GACTCCAACGGAAATCCAGTTAGGGTCGGTGCACAATACTTCATCCAGCCGGTTAAGACC
GAGAGTAACAACGGGGGAGGTCTTGTTCCAGCTGCCACTAACATACTTCCGTTTTGTCCA
CTTGGCATCACTCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTGCCGGTTAGCTTCGGATAT
CATCCGAACATTCTCGGCCGAGACACCATTGACACATCTGCCGATATAAACATCGAGTTC
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TCCGCATCCAATGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACCGAAGAGCCCAAATAGCGCG
TTTAAGATAGAAAAAGCTGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATCTGGAACC
GTCGGAACCACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGTG
GCTAAGACCTTATTCGTCAAGTTTGTGAAGGTTGATAATGATGCTACTACGGCTACTACT
TCTACTTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGTCTAAGAATGTTCCCATTCTACTAGTCAAGATCA
AGATCATGAAAAATAATGGTTGAGATAATACCCTCACGCATGTATGTGAACTCGCCTTTA
CTTTCATAAAAATCATATAAATTTGTGTTTCCAGCGCTT


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3FX69TF U 3
AF RR3A778TF U 1
AF RR3AL30TF U 1
AF RR3A701TF U 2
AF RR3A778JQ C 122
AF RR3FX69JQ C 265
BS 1 685 RR3A778TF
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RD RR3FX69TF 646 0 0
GG
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TCGTTGCGTTCCTGTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGCCTTGAAGAGGTGAAGGACT
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CATCCAATGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACCGAAGAGCCCAAATAGCGCGTTTA
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GAACCACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGTGGCTA
AGACCTTATTCGTCAAGTTTGTGAAGGTTGATAATGATGCTACT

QA 3 646 3 646
DS 

RD RR3A778TF 787 0 0
GGACAACTCAACTCACTCAAACCCCAAAACACATACAAAACAATCAAAATGAAGACTTCT
TTTCTCGTTGCGTTCCTGTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGCCTTGAAGAGGTGAAG
GACTCCAACGGAAATCCAGTTAGGGTCGGTGCACAATACTTCATCCAGCCGGTTAAGACC
GAGAGTAACAACGGGGGAGGTCTTGTTCCAGCTGCCACTAACATACTTCCGTTTTGTCCA
CTTGGCATCACTCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTGCCGGTTAGCTTCGGATAT
CATCCGAACATTCTCGGCCGAGACACCATTGACACATCTGCCGATATAAACATCGAGTTC
AGGTCCCCTATATGGCCTGTCTGCACCGAGTTTTCTAAGTTGTGGGCAGTCGATTCCTCA
TCCGCATCCAATGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACCGAAGAGCCCAAATAGCGCG
TTTAAGATAGAAAAAGCTGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATCTGGAACC
GTCGGAACCACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGTG
GCTAAGACCTTATTCGTCAAGTTTGTGAAGGTTGATAATGATGCTACTACGGCTACTACT
TCTACTTCTCGTGTTGAGAAGTTAGC*CTAAGAATGTTCCCATTCTACTAGTCGAGATCA
AGATCATGAAAAATAATGGTTGAGATAATACCCTCACGCATGTATGTGAACTCGCCTTTA
CTTTCAT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3AL30TF 787 0 0
GGAC
AACTCAACTCACTCAAACCCCAAAACACATACAAAACAATCAAAATGAAGACTTCTTTTC
TCGTTGCGTTCCTGTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGCCTTGAAGAGGTGAAGGACT
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GCATCACTCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTGCCGGTTAGCTTCGGATATCATC
CGAACATTCTCGGCCGAGACACCATTGACACATCTGCCGATATAAACATCGAGTTCGGGT
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GAACCACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGTGGCTA
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CTTCTCGTGTTGAGAGGTTAGGTCTAAGAATGTTCCCATTCTACTAGTCAAGATCAAGAT
CATGAAAAATAATGGTTGAGATAATACCCTCACGCATGTATGTGAACTCGCCTTTACTTT
CAT

QA 5 787 5 787
DS 

RD RR3A701TF 807 0 0
GAC
AACTCAACTCACTCAAACCCCAAAACACATGCAAAACAATCAAAATGAAGACTTCTTTTC
TCGTTGCGTTCCTGTTGGCTGCAGCTGTCTGCACCCACGGCCTTGAAGAGGTGAAGGACT
CCAACGGAAATCCAGTTAGGGTCGGTGCACAATACTTCATCCAGCCGGTTAAGACCGAGA
GTAACAACGGGGGAGGTCTTGTTCCAGCTGCCACTAACATACTTCCGTTTTGTCCACTTG
GCATCACTCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTGCCGGTTAGCTTCGGATATCATC
CGAACATTCTCGGCAGAGACACCATTGACGCATCTGCCGATATAAACATCGAGTTCAGGT
CCCCTATATGGCCTGTCTGCACCGAGTTTTCTAAGTTGTGGGCAGTCGATTCCTCATCCG
CATCCAATGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACCGAAGAGCCCAAATAGCGCGTTTA
AGATAGAAAAAGCTGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATTTGGAACCGTCG
GAACCACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGTGGCTA
AGACCTTATTCGTCAAGTTTGTGAAGGTTGATAATGATGCTACTACGGCTACTACTTCTA
CTTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGTCTAAGAATGTTCCCATTCTACTAGTCAAGATCAAGAT
CATGAAAAATAATGGTTGAGATAATACCCTCACGCACGTATGTGAACTCGCCTTTACTTT
CATAAAA*TCATATAAATTTGTGT

QA 4 807 4 807
DS 

RD RR3A778JQ 698 0 0
ACTCCAACGGAAATCCAGTTAGGGTCGGTGCACAATACTTCATCCAGCCGGTTAAGACCG
AGAGTAACAACGGGGGAGGTCTTGTTCCAGCTGCCACTAACATACTTCCGTTTTGTCCAC
TTGGCATCACTCAAACACTTCTTCCCTACCAACCGGGCCTGCCGGTTAGCTTCGGATATC
ATCCGAACATTTTCGGCCGAGACACCATTGACACATCTGCCGATATAAACATCGAGTTCA
GGTCCCCTATATGGCCTGTCTGCACCGAGTTTTTTAAGTTGTGGGCAGTCGATTCCTCAT
CCGCATCCAATGAGCCTGCCGTTATCATCGGTGGTGAACCGAAGAGCCCAAATAGCGCGT
TTAAGATAGAAAAAGCTGCAGGAGCACACACTTACAAGTTGACCACCTCATCTGGAACCG
TCGGAACCACCCCAGGGGCTTGGTTGAGTGCACCACAGCTACTTGTCACCAATGATGTGG
CTAAGACCTTATTCGTCAAGTTTGTGAAGGTTGATAATGATGCTACTACGGCTACTACTT
CTACTTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGCCTAAGAATGTTCCCATTCTACTAGTCGAGATCAA
GATCATGAAAAATAATGGTTGAGATAATACCCTCACGCATGTATGTGAACTCGCCTTTAC
TTTCATAAAAATCATATAAATTTGTGTTTCCAGCGCTT

QA 1 698 1 698
DS 

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ACCATTGACACATCTGCCGATATAAACATCGAGTTCAGGTCCCCTATATGGCCTGTCTGT
ACCGAGTTTTTTAAGTTGTGGGCAGTCGATTCCTCATCCGCATCCAATGAGCCTGCCGTT
ATCATCGGTGGTGAACCGAAGAGCCCAAATAGGGCGTTTAAGATAGAAAAAGCTGCAGGA
GCACACACTTACAAGTTGACCCCCTCATCTGGAACCGTCGGAACCCCCCCAGGGGCTTGG
TTGAGTGCCCCACAGCTACTTGTCACCAATGATGTGGCTAAGACCTTATTCGTCAAGTTT
GTGAAGGTTGATAATGATGCTACTACGGCTACTACTTTTACTTCTCGTGTTGAGAAGTTA
GGTTTAAGAATGTTCCCATTTTACTAGTCAAGATCAAGATCATGAAAAATAATGGTTGAG
ATAATACCCTCACGCATGTATGTGAACTCGCCTTTACTTTCATAAAAATCATATAAATTT
GTGTTTCCAGCGCTT

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 6

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ATGGCGTTATCGGTTTCAAACCTCGCCTCTTCACTCTCCTCTCTCTCTTTCTCCTCCCAG
GTCTCTCAGGGACCAACCATCCTCTCCTTCCCCAGGGCGAACTCGGCGTTCTCACTACCG
ACGAAATCAGCTCGTCGCGCCTCTCTCTCAATCACTGCCACGGTGGAAGCTCCTCCCGCG
GAGGTATCGGAGGAGGGTGATACGATGGAGCTAAAGAAGTACGTGAAATCGAGGCTTCCG
GGAGGTTTCGCAGCTCAGAAAATCATAGGCACGGGTCGGCGCAAGTGCGCCATCGCTCGT
GTCGTTCTCCAAGAAGGCACCGGCAAAGTTATTATAAACTATCGCGATGCCAAGGAGTAC
CTTCAGGGGAACCCACTGTGGCTTCAGTACGTTAAAGTGCCATTAGTGACACTGGGTTAC
GAGAACAGCTACGACGTGTTTGTCAAAGCCCATGGTGGCGGTCTCTCTGGTCAAGCTCAA
GCCATTACTCTCGGAGTTGCTCGTGCCCTCTTGAAGGTAAGTGCGGACCATAGATCGCCG
TTGAAGAAGGAAGGTTTGCTCACCAGAGACGCGAGAGTCGTTGAGAGAAAGAAGGTTGGG
*CTCAAGAAGGCCCGTAAAGCACCACAGTTCTCCAAGCGTTAACGAGGGCTTCTTTTGTC
TTGTTATAATTGTTGTTGGATATCAACTCTTCTAAGTACGCTTCTTTGCCTCTATTTCCT
TTTAAAAGTTGACGTGTGTAGATGAACCAGTCTCTGCGTTGTTGATTGAATAGAATGCAA
TGTTGTTATGATTGTGACTCGTATTCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AF72TF U 1
AF RR3BC89TF U 25
AF RR3AQ62TF U 25
AF RR3AQ62JQ C 37
AF RR3BC89JQ C 54
AF RR3AF72JQ C 64
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BS 589 769 RR3AF72TF
BS 770 786 RR3AQ62TF
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RD RR3AF72TF 769 0 0
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ACGAAATCAGCTCGTCGCGCCTCTCTCTCAATCACTGCCACGGTGGAAGCTCCTCCCGCG
GAGGTATCGGAGGAGGGTGATACGATGGAGCTAAAGAAGTACGTGAAATCGAGGCTTCCG
GGAGGTTTCGCAGCTCAGAAAATCATAGGCACGGGTCGGCGCAAGTGCGCCATCGCTCGT
GTCGTTCTCCAAGAAGGCACCGGCAAAGTTATTATAAACTATCGCGATGCCAAGGAGTAC
CTTCAGGGGAACCCACTGTGGCTTCAGTACGTTAAAGTGCCATTAGTGACACTGGGTTAC
GAGAACAGCTACGACGTGTTTGTCAAAGCCCATGGTGGCGGTCTCTCTGGTCAAGCTCAA
GCCATTACTCTCGGAGTTGCTCGTGCCCTCTTGAAGGTAAGTGCGGATCATAGATCGCCG
TTGAAGAAGGAAGGTTTGCTCACCAGAGACGCGAGAGTCGTTGAGAGAAAGAAGGTTGGG
*CTCAAGAAGGCCCGTAAAGCACCACAGTTCTCCAAGCGTTAACGAGGGCTTCTTTTGTC
TTGTTATAATTGTTGTTGGATATCAACTCTTCTAAGTACGCTTCTTTGC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3BC89TF 751 0 0
GG
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CTCTTCACTCTCCTCTCTCTCTTTCTCCTCCCAGGTCTCTCAGGGACCAACCATCCTCTC
CTTCCCCAGGGCGAACTCGGCGTTCTCACTACCGACGAAATCAGCTCGTCGCGCCTCTCT
CTCAATCACTGCCACGGTGGAAGCTCCTCCCACGGAGGTATCGGAGGAGGGTGATACGAT
GGAGCTAAAGAAGTACGTGAAATCGAGGCTTCCGGGAGGTTTCGCAGCTCAGAAAATCAT
AGGCACGGGTCGGCGCAAGTGCGCCATCGCTCGTGTCGTTCTCCAAGAAGGCACCGGCAA
AGTTATTATAAACTATCGCGATGCCAAGGAGTACCTTCAGGGGAACCCACTGTGGCTTCA
GTACGTTAAAGTGCCATTAGTGACACTGGGTTACGAGAACAGCTACGACGTGTTTGTCAA
AGCCCATGGTGGCGGTCTCTCTGGTCAAGCTCAAGCCATTACTCTCGGAGTTGCTCGTGC
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AGTTCTCCAAGCGTTAACGAGGGCTTCTTTTGTCTTGTTATAATTGTTGTTGGATATCAA
CTCTTCTAAGTACGCTTCTTTGCCTCTAT

QA 3 751 3 751
DS 

RD RR3AQ62TF 790 0 0
GG
ATCCTCTTCTTCTCTAAGCTTTCCTCCAGCGACAATGGCGTTATCGGTTTCAAACCTCGC
CTCTTCACTCTCCTCTCTCTCTTTCTCCTCCCAGGTCTCTCAGGGACCAACCATCCTCTC
CTTCCCCAGGGCGAACTCGGCGTTCTCACTACCGACGAAATTAGCTCGTCGCGCCTCTCT
CTCAATCACTGCCACGGTGGAAGCTCCTCCCGCGGAGGTATCGGAGGAGGGTGATACGAT
GGAGCTAAAGAAGTACGTGAAATCGAGGCTTCCGGGAGGTTTCGCAGCTCAGAAAATCAT
AGGCACGGGTCGGCGCAAGTGCGCCATCGCTCGTGTCGTTCTCCAAGAAGGCACCGGCAA
AGTTATTATAAACTATCGCGATGCCAAGGAGTACCTTCAGGGGAACCCACTGTGGCTTCA
GTACGTTAAAGTGCCATTAGTGACACTGGGTTACGAGAACAGCTACGACGTGTTTGTCAA
AGCCCATGGTGGCGGTCTCTCTGGTCAAGCTCAAGCCATTACTCTCGGAGTTGCTCGTGC
CCTCTTGAAGGTAAGTGCGGACCATAGATCGCCGTTGAAGAAGGAAGGTTTGCTCACCAG
AGACGCGAGAGTCGTTGAGAGAAAGAAGGTTGGGGCTCAAGAAAGCCCGTAAAGCACCAC
AGTTCTCCAAGCGTTAACGAGGGCTTCTTTTGTCTTGTTATAATTGTTGTTGGATATCAA
CTCTTCTAAGTACGCTTCTTTGCCTCTATTTCCTTTTAAA*GTTGACGTGTGTAGATGAA
CCAGTCT
C

QA 3 789 3 789
DS 

RD RR3AQ62JQ 814 0 0
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TCCTCTCTCTCTTTCTCCTCCCAGGTCTCTCAGGGACCAACCATCCTCTCCTTCCCCAGG
GCGAACTCGGCGTTCTCACTACCGACGAAATTAGCTCGTCGCGCCTCTCTCTCAATCACT
GCCACGGTGGAAGCTCCTCCCGCGGAGGTATCGGAGGAGGGTGATACGATGGAGCTAAAG
AAGTACGTGAAATCGAGGCTTCCGGGAGGTTTCGCAGCTCAGAAAATCATAGGCACGGGT
CGGCGCAAGTGCGCCATCGCTCGTGTCGTTCTCCAAGAAGGCACCGGCAAAGTTATTATA
AACTATCGCGATGCCAAGGAGTACCTTCAGGGGAACCCACTGTGGCTTCAGTACGTTAAA
GTGCCATTAGTGACACTGGGTTACGAGAACAGCTACGACGTGTTTGTCAAAGCCCATGGT
GGCGGTCTCTCTGGTCAAGCTCAAGCCATTACTCTCGGAGTTGCTCGTGCCCTCTTGAAG
GTAAGTGCGGACCATAGATCGCCGTTGAAGAAGGAAGGTTTGCTCACCAGAGACGCGAGA
GTCGTTGAGAGAAAGAAGGTTGGG*CTCAAGAAGGCCCGTAAAGCACCACAGTTCTCCAA
GCGTTAACGAGGGCTTCTTTTGTCTTGTTATAATTGTTGTTGGATATCAACTCTTCTAAG
TACGCTTCTTTGCCTCTATTTCCTTTTAAAAGTTGACGTGTGTAGATGAACCAGTCTTTG
CGTTGTTGATTGAATAGAATGCAATGTTGTTA
CG

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3BC89JQ 797 0 0
AGCGACAATGGCGTTATCGGTTTCAAACCTCGCCTCTTCACTCTCCTCTCTCTCTTTCTC
CTCCCAGGTCTCTCAGGGACCAACCATCCTCTCCTTCCCCAGGGCGAACTCGGCGTTCTC
ACTACCGACGAAATCAGCTCGTCGCGCCTCTCTCTCAATCACTGCCACGGTGGAAGCTCC
TCCCACGGAGGTATCGGAGGAGGGTGATACGATGGAGCTAAAGAAGTACGTGAAATCGAG
GCTTCCGGGAGGTTTCGCAGCTCAGAAAATCATAGGCACGGGTCGGCGCAAGTGCGCCAT
CGCTCGTGTCGTTCTCCAAGAAGGCACCGGCAAAGTTATTATAAACTATCGCGATGCCAA
GGAGTACCTTCAGGGGAACCCACTGTGGCTTCAGTACGTTAAAGTGCCATTAGTGACACT
GGGTTACGAGAACAGCTACGACGTGTTTGTCAAAGCCCATGGTGGCGGTCTCTCTGGTCA
AGCTCAAGCCATTACTCTCGGAGTTGCTCGTGCCCTCTTGAAGGTAAGTGCGGACCATAG
ATCGCCGTTGAAGAAGGAAGGTTTGCTCACCAGAGACGCGAGAGTCGTTGAGAGAAAGAA
GGTTGGG*CTCAAGAAGGCCCGTAAAGCACCACAGTTCTCCAAGCGTTAACGAGGGCTTC
TTTTGTCTTGTTATAATTGTTGTTGGATATCAACTCTTCTAAGTACGCTTCTTTGCCTCT
ATTTCCTTTTAAAAGTTGATGTGTGTAGATGAACCAGTCTCTGCGTTGTTGATTGAATAG
AATGCAATGTTGTTA
TG

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3AF72JQ 806 0 0
GCGTTATCGGTTTCAAACCTCGCCTCTTCACTCTCCTCTCTCTCTTTCTCCTCCCAGGTC
TCTCAGGGACCAACCATCCTCTCCTTCCCCAGGGCGAACTCGGCGTTCTCACTACCGACG
AAATCAGCTCGTCGCGCCTCTCTCTCAATCACTGCCACGGTGGAAGCTCCTCCCGCGGAG
GTATCGGAGGAGGGTGATACGATGGAGCTAAAGAAGTACGTGAAATCGAGGCTTCCGGGA
GGTTTCGCAGCTCAGAAAATCATAGGCACGGGTCGGCGCAAGTGCGCCATCGCTCGTGTC
GTTCTCCAAGAAGGCACCGGCAAAGTTATTATAAACTATCGCGATGCCAAGGAGTACCTT
CAGGGGAACCCACTGTGGCTTCAGTACGTTAAAGTGCCATTAGTGACACTGGGTTACGAG
AACAGCTACGACGTGTTTGTCAAAGCCCATGGTGGCGGTCTCTCTGGTCAAGCTCAAGCC
ATTACTCTCGGAGTTGCTCGTGCCCTCTTGAAGGTAAGTGCGGATCATAGATCGCCGTTG
AAGAAGGAAGGTTTGCTCACCAGAGACGCGAGAGTCGTTGAGAGAAAGAAGGTTGGG*CT
CAAGAAGGCCCGTAAAGCACCACAGTTCTCCAAGCGTTAACGAGGGCTTCTTTTGTCTTG
TTATAATTGTTGTTGGATATCAACTCTTCTAAGTACGCTTCTTTGCCTCTATTTCCTTTT
AAAAGTTGATGTGTGTAGATGAACCAGTCTCTGCGTTGTTGATTGAATAGAATGCAATGT
TGTTATGATTGTGACTCGTATTCACT

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 6

CO CL1482Contig1 704 6 9 U
GGCTCTTCTCTTCTCTCAGCATTTGATCCTTGGTTATCATCTGAGGAAGAGAGAAAGATC
CTCGCTTCAGCGATCAGATGGCGGCACCTTTCACGTTAAGGAAGATCGGCGTACCTCCGA
ACTCAGCGAACCTAACGGAAGCTCGCCGCCGTGTATTCGATTACTTCAGAGCTGCCTGTA
GATCCATCCCTACAATCATGGACATTTACAATCTCCAAGACGTTGTCGCGCCTTCTCAGC
TCCGTTTCGCAATCTCTGCTCAGATTCGTAAAAACGCTCACGTCACTGACCCTAAGGTGA
TTGATCTTCTTCTATTCAAGGGAATGGAAGAGCTGACTGACATAGTGGATCACGCAAAGC
AGCGTCACCACATCATCGGTCAATACGTGAACGGTGAAGGGCTCGTCCAGAATACCGGAA
GCAAGGATCAAGGAAAGTCTGATTTTCTCAAAAATTTCTACACCACCAACTACTTCTGAA
CTCCTCGTGTTTCCTTTTCGAGTTTCACATAAGCCTTTCCAGTATTGTATTTCATGACTT
TGAACAAGTCTTCTTCCCGCAAAATAATTAGACCTTTTTTCATTTGTATGAGTTTGGTCA
AACCTCTCTCTAAGTTTTATCTGTGACAGTGTTTGTTGTGCAGATATTGCTATGATTTGA
CTCTCAAATATAAACTGATATTGGTCTGTTTGATTATGGTCATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FE75JQ C 1
AF RR3F147JQ C 52
AF RR3F147TF U 52
AF RR3FE75TF U 1
AF RR3H486JQ C 49
AF RR3H486TF U 49
BS 1 52 RR3FE75TF
BS 53 214 RR3F147TF
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GATCCATCCCTACAATCATGGACATTTACAATCTCCAAGACGTTGTCGCGCCTTTTCAGC
TCCGTTTCGCAATCTCTGCTCAGATTCGTAAAAACGCTCACGTCACTGACCCTAAGGTGA
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TGAACAAGTCTTCTTCCCGCAAAATAATTAGACCTTTTTTCATTTGTATGAGTTTGGTCA
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DS 

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G
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TGCCTGTAGATCCATCCCTACAATCATGGACATTTACAATCTTCAAGACGTTGTCGCGCC
TTCTCAGCTCCGTTTCGCAATCTCTGCTCAGATTCGTAAAAACGCTCACGTCACTGACCC
TAAGGTGATTGATCTTCCTCTATTCAAGGGAATGGAAGAGCTGACTGACATAGTGGATCA
CGCAAAGCAGCGTCACCACATCATCGGTCAATACGTGAACGGTGAAGGGCTCGTCCAGAA
TACCGGAAGCAAGGATCAAGGAAAGTCTGATTTTCTCAAAAATTTCTACACCACCAACTA
CTTCTGAACTCCTCGTGTTTCCTTTTCGAGTTTCACATAAGCCTTTCCAGTATTGTATTT
CATGACTTTGAACAAGTCTTCTTCCCGCAAAATAATTAGACCTTTTTTCATTTGTATGAG
TTTGGTCAAACCTCTCTCTAAGTTTTATCTGTGACAGTGTTTGTTGTGCAGATATTGCCA
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DS 

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G
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ACCTCCGAACTCAGCGAACCTAACGGAAGCTCGCCGCCGTGTATTCGATTACTTCAGAGC
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TTCTCAGCTCCGTTTCGCAATCTCTGCTCAGATTCGTAAAAACGCTCACGTCACTGACCC
TAAGGTGATTGATCTTCCTCTATTCAAGGGAATGGAAGAGCTGACTGACATAGTGGATCA
CGCAAAGCAGCGTCACCACATCATCGGTCAATACGTGAACGGTGAAGGGCTCGTCCAGAA
TACCGGAAGCAAGGATCAAGGAAAGTCTGATTTTCTCAAAAATTTCTACACCACCAACTA
CTTCTGAACTCCTCGTGTTTCCTTTTCGAGTTTCACATAAGCCTTTCCAGTATTGTATTT
CATGACTTTGAACAAGTCTTCTTCCCGCAAAATAATTAGACCTTTTTTCATTTGTATGAG
TTTGGTCAAACCTCTCTCTAAGTTTTATCTGTGACAGTGTTTGTTGTGCAGATATTGCCA
TGATTTGACTCTCAAATATAAACTGATATTGGTCTGTT

QA 2 639 2 639
DS 

RD RR3FE75TF 704 0 0
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CTCGCTTCAGCGATCAGATGGCGGCACCTTTCACGTTAAGGAAGATCGGCGTACCTCCGA
ACTCAGCGAACCTAACGGAAGCTCGCCGCCGTGTATTCGATTACTTCAGAGCTGCCTGTA
GATCCATCCCTACAATCATGGACATTTACAATCTCCAAGACGTTGTCGCGCCTTCTCAGC
TCCGTTTCGCAATCTCTGCTCAGATTCGTAAAAACGCTCACGTCACTGACCCTAAGGTGA
TTGATCTTCTTCTATTCAAGGGAATGGAAGAGCTGACTGACATAGTGGATCACGCAAAGC
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GCAAGGATCAAGGAAAGTCTGATTTTCTCAAAAATTTCTACACCACCAACTACTTCTGAA
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TGAACAAGTCTTCTTCCCGCAAAATAATTAGACCTTTTTTCATTTGTATGAGTTTGGTCA
AACCTCTCTCTAAGTTTTATCCGTGACAGTGTTTGTTGTGCAGATATTGCTATGATTTGA
CTCTCAAATATAAACTGATATTGGTCTGTTTGATTATGGTCATT

QA 1 704 1 704
DS 

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GG
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CCTTCTCAGCTCCGTTTCGCAATCTCTGCTCAGATTCGTAAAAACGCTCACGTCACTGAC
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TTCATGACTTTGAACAGGTCTTCTTCCCGCAAAATAATTAGACCTTTTTTCATTTGTATG
AGTTTGGTCAAACCTCTCTCTAAGTTTTATCTGTGACAGTGTTTGTTGTGCAGATATTGC
TATGATTTGACTCTCAAATATAAACTGATATTGGTCTG

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DS 

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GG
GAGAAAGATCCTCGCTTCAGCGATCAGATGGCGGCACCTTTCACGTTAAGGAAGATCGGC
GTACCTCCGAACTCAGCGAACCTAACGGAAGCTCGCCGCCGTGTATTCGATTACTTCAGA
GCTGCCTGTAGATCCATCCCTACAATCATGGACATTTACAATCTCCAAGACGTTGTCGCG
CCTTCTCAGCTCCGTTTCGCAATCTCTGCTCAGATTCGTAAAAACGCTCACGTCACTGAC
CCTAAGGTGATTGATCTTCTTCTATTCAAGGGAATGGAAGAGCTGACTGACATAGTGGAT
CACGCAAAGCAGCGTCACCACATCATCGGTCAATACGTGAACGGTGAAGGGCTCGTCCAG
AATACCGGAAGCAAGGATCAAGGAAAGTCTGATTTTCTCAAAAATTTCTACACCACCAAC
TACTTCTGAACTCCTCGTGTTTCCTTTTCGAGTTTCACATAAGCCTTTCCAGTATTGTAT
TTCATGACTTTGAACAGGTCTTCTTCCCGCAAAATAATTAGACCTTTTTTCATTTGTATG
AGTTTGGTCAAACCTCTCTCTAAGTTTTATCTGTGACAGTGTTTGTTGTGCAGATATTGC
TATGATTTGACTCTCAAATATAAACTGATATTGGTC

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DS 



AS 1 6

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TAGATGTCTATTTGCCGGGTTGTCCACCTAAACCAGAGGCTGTTATAGACGCTATAACAA
AGCTTCGTAAGAAAATAGCTAGAGAAATCTATAAGGATCGAATTAGACCTCAACGGGGTA
ATCGGTGTTTTACTACCAATCACAAGTTTTTTGTTGTACGCAGTACGCAGACTGGAAATT
ATGATCAAGAATTACTCTATCCACCATCATCTACTTCAGAGATCTCTACTGAAACATTTT
TTAAATACAAAAGCCCAGTATCTTCCCACGAATTAGTGAATTAGGGAGGATTTGAGAGAA
TAAGAAAAAAATCTTCATAAATTAGAACTCTGGTAAATGTGAAAGACTTAAATTTATATA
AAAAAGGTGTGGGGGAAATAAAAAA*GATGCAGGGCACTTTGTCCGTTTGGCTAGCCAAA
CGGGGG*CTGGTTCATAGATCGTTGGGCTTCGATTACCAAGGAATAGAGACTTTACAAAT
AAAGCCCGAAGATTGGCATTCTATTGCTGTAATTTTATATGTATATGGTTACAATTATTT
ACGTTCCCAATGTGCCTATGATGTGGCACCAGGTGGCCTCTTAGCCAGTGTGTATCATCT
TACGAGAATAGAATATGGTGTCAATCAAGCGGAAGAAGTTTGCATAAAAGTATTTACTCA
CAGGAGTAATCCCAGAATTCCATCTGTTTTCTGGGTTTGGAAAAGTACGGATTTTCAAGA
ACGGGAATCTTATGATATGTTAGGAATCACTTATGATAGCCATCCTCGGATGAAACGGAT
CTTAATGCCCGAAAGTTGGATAGGGTGGCCTTTACGTAAGGATTATATTGCCCCCAATTT
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GACCTTCGCGGAATATTTTTAATTCGATTCGTTTTTAGATCAAACAAACAGAAGAATAAA
GGTCTTATTCATATTATTATAGATAGCTTAATCTCCAATTTGAAAGATACTTTTTTCCTA
AAAGCCGAGCCAATAGGATGAACTAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DZ92TF U 1
AF RR3DZ92JQ C 376
AF RR3A587JQ C 413
AF RR3G846JQ C 800
AF RR3G846TF U 803
AF RR3A587TF U 413
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RD RR3DZ92TF 691 0 0
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TAAGAAAAAAATCTTCATAAATTAGAACTCTGGTAAATGTGAAAGACTTAAATTTATATA
AAAAAGGTGTGGGGGAAATAAAAAA*GATGCAGGGCACTTTGTCCGTTTGGCTAGCCAAA
CGGGGG*CTGGTTCATAGATCGTTGGGCTTCGATTACCAAGGAATAGAGACTTTACAAAT
AAAGCCCGAAGATTGGCATTCTATTGCTGTAATTTTATATGTATATGGTTACAATTATTT
ACGTTCCCAATGTGCCTATGATGTGGCACCAGGTGGCCTCTTAGCCAGTGTGTATCATCT
TACGAGAATAGAATATGGTGTCAATCAAGCG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3DZ92JQ 729 0 0
CATAAATTAGAACTCTGGTAAATGTGAAAGACTTAAATTTATATAAAAAAGGTGTGGGGG
AAATAAAAAAAGATGCAGGGCACTTTGTCCGTTTGGCTAGCCAAACGGGGG*CTGGTTCA
TAGATCGTTGGGCTTCGATTACCAAGGAATAGAGACTTTACAAATAAAGCCCGAAGATTG
GCATTCTATTGCTGTAATTTTATATGTATATGGTTACAATTATTTACGTTCCCAATGTGC
CTATGATGTGGCACCAGGTGGCCTTTTAGCCAGTGTGTATCATCTTACGAGAATAGAATA
TGGTGTCAATCAAGCGGAAGAAGTTTGCATAAAAGTATTTACTCACAGGAGTAATCCCAG
AATTCCATCTGTTTTCTGGGTTTGGAAAAGTACGGATTTTCAAGAACGGGAATCTTATGA
TGTGTTAGGAATCACTTATGATAGCCATCCTCGGATGAAACGGATCTTAATGCCCGAAAG
TTGGATAGGGTGGCCTTTACGTAAGGATTATATTGCCCCCAATTTTTATGAAATACAAGA
TGCTTATTGAATGATAAAAAATGAGTCTTAGTTTCTACAACTACGGACCTTCGCGGAATA
TTTTTAATTCGATTCGTTTTTAGATCAAACAAACAGAAGAATAAAGGTCTTATTCATATT
ATTATAGATAGCTTAATCTCCAATTTGAAAGATACTTTTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATA
GGATG
AACC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3A587JQ 695 0 0
TTTATATAAAAAAGGTGTGGGGGAAATAAAAAA*GATGCAGGGCACTTTGTCCGTTTGGC
TAGCCAAACGGGGGGCTGGTTCATAGATCGTTGGGCTTCGATTACCAAGGAATAGAGACT
TTACAAATAAAGCCCGAAGATTGGCATTCTATTGCTGTAATTTTATATGTATATGGTTAC
AATTATTTACGTTCCCAATGTGCCTATGATGTGGCACCAGGTGGCCTCTTAGCCAGTGTG
TATCATCTTACGAGAATAGAATATGGTGTCAATCAAGCGGAAGAAGTTTGCATAAAAGTA
TTTACTCACAGGAGTAATCCCAGAATTCCATCTGTTTTCTGGGTTTGGAAAAGTACGGAT
TTTCAAGAACGGGAATCTTATGATATGTTAGGAATCACTTATGATAGCCATCCTCGGATG
AAACGGATCTTAATGCCCGAAAGTTGGATAGGGTGGCCTTTACGTAAGGATTATATTGCC
CCCAATTTTTATGAAATACAAGATGCTTATTGAATGATAAAAAATGAGTCTTAGTTTCTA
CAACTACGGACCTTCGCGGAATATTTTTAATTCGATTCGTTTTTAGATCAAACAAACAGA
AGAATAAAGGTCTTATTCATATTATTATAGATAGCTTAATCTCCAATTTGAAAGATACTT
TTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATAGGATGAACTAAA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3G846JQ 301 0 0
G
TAGGAATCACTTATGATAGCCATCCTCGGATGAAACGGATCTTAATGCCCGAAAGTTGGA
TAGGGTGACCTTTACGTAAGGATTATATTGCCCCCAATTTTTATGAAATACAAGATGCTT
ATTGAATGATAAAAAATGAGTCTTAGTTTCTACGACTATGGACCTTCGCGGAATATTTTT
AATTCGATTCGTTTTTAGATCAAACAAACAGAAGAATAAAGGTCTTATTCATATTATTAT
AGATAGCTTAATCTCCAATTTGAAAGATACTTTTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATAGGATG

QA 2 301 2 301
DS 

RD RR3G846TF 298 0 0
GGAATCACTTATGATAGCCATCCTCGGATGAAACGGATCTTAATGCCCGAAAGTTGGATA
GGGTGACCTTTACGTAAGGATTATATTGCCCCCAATTTTTATGAAATACAAGATGCTTAT
TGAATGATAAAAAATGAGTCTTAGTTTCTACGACTATGGACCTTCGCGGAATATTTTTAA
TTCGATTCGTTTTTAGATCAAACAAACAGAAGAATAAAGGTCTTATTCATATTATTATAG
ATAGCTTAATCTCCAATTTGAAAGATACTTTTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATAGGATG

QA 1 298 1 298
DS 

RD RR3A587TF 692 0 0
TTTATATAAAAAAGGTGTGGGGGAAATAAAAAA*GATGCAGGGCACTTTGTCCGTTTGGC
TAGCCAAACGGGGG*CTGGTTCATAGATCGTTGGGCTTCGATTACCAAGGAATAGAGACT
TTACAAATAAAGCCCGAAGATTGGCATTCTATTGCTGTAATTTTATATGTATATGGTTAC
AATTATTTACGTTCCCAATGTGCCTATGATGTGGCACCAGGTGGCCTCTTAGCCAGTGTG
TATCATCTTACGAGAATAGAATATGGTGTCAATCAAGCGGAAGAAGTTTGCATAAAAGTA
TTTACTCACAGGAGTAATCCCAGAATTCCATCTGTTTTCTGGGTTTGGAAAAGTACGGAT
TTTCAAGAACGGGAATCTTATGATATGTTAGGAATCACTTATGATAGCCATCCTCGGATG
AAACGGATCTTAATGCCCGAAAGTTGGATAGGGTGGCCTTTACGTAAGGATTATATTGCC
CCCAATTTTTATGAAATACAAGATGCTTATTGAATGATAAAAAATGAGTCTTAGTTTCTA
CAACTACGGACCTTCGCGGAATATTTTTAATTCGATTCGTTTTTAGATCAAACAAACAGA
AGAATAAAGGTCTTATTCATATTATTATAGATAGCTTAATCTCCAATTTGAAAGATACTT
TTTTCCTAAAAGCCGAGCCAATAGGATG
AACT

QA 1 688 1 688
DS 



AS 2 6

CO CL1484Contig1 922 4 21 U
GGGAGAGAGAGAGAGCTTTCGCATTACAGCAGATTTGAGAAGAGCGAAAAATCTAAGATG
GCATTTCTGAGATCCCTCTGCCGCACCGCTGCGGCGGCCTCCGTCGCTACGCTCCGATCA
TCCAGATCCGCCGCTCCCAGTCAGCTGTTGCGCCATCGTTTCCTCTCAACGCGAGGATTC
TTCGCTGTTTCTTCATTTCCTTCGAATCGAACTCCTCACGATTCTCGGTATCCTCGAGCG
ATGGATATTGGACAAGTGCGCAGCTTTAGCGAAGATGTGTCCCACATGCCTGAAATCAAA
GACAGTGATGTTCTGAAATCTTTCAGAGATTTGATGGCGGCAGATTGGGCAGCGCTACCT
TCTGCTGTTGTTAAAGACGCCAAAAACGCAGTCTCGAAAAACACAGATGACAAGGAAGGG
CAAGAGGCCTTGATGAATGTGTTCAGAGCAGCTGAGGCTGTTGAGGAATTTGGTGGGATT
CTCACTTCCTTAAAGATGGAGATCGATGATAGCATTGGAATGAGTGGGGAGAATGTGAAG
ACATTACCAGAAGATATAACCAAAGCGCTGCGTCTTGCTTATCAAAGGTATACTACCTAC
CTAGATGCTTTTGGACCTGAAGAAGTTTACTTGAAGAAGAAGGTTGAGATGGAGTTGGGA
ACAAAGATGATCCACTTGAAGATGAGATGCAGCGGGCTTGGTTCAGAATGGGGAAAGGTT
ACCGTTCTTGGAACCTCAGGACTCTCGGGGTCTTACGTGGAGCAAAGGGCATAAAACAAA
TTTTATATGTTTTTTTTTCTGCGTTATTGTGTCCTTGAGACAATAAAGGTCAATAACTGA
CCAAAGACCTATCTAAGGTGAGTTTGTTGTTTCCTCCAAAACAAAGCTTTTGAAAGTTAG
AGCTTAAAAACAGCACCAATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3FW86TF U 1
AF RR3FH62TF U 21
AF RR3FH62JQ C 223
AF RR3FW86JQ C 244
BS 1 83 RR3FW86TF
BS 84 84 RR3FH62TF
BS 85 194 RR3FW86TF
BS 195 195 RR3FH62TF
BS 196 203 RR3FW86TF
BS 204 204 RR3FH62TF
BS 205 239 RR3FW86TF
BS 240 241 RR3FH62TF
BS 242 281 RR3FW86TF
BS 282 282 RR3FH62TF
BS 283 476 RR3FW86TF
BS 477 477 RR3FH62TF
BS 478 542 RR3FW86TF
BS 543 543 RR3FH62TF
BS 544 556 RR3FW86TF
BS 557 558 RR3FH62TF
BS 559 635 RR3FW86TF
BS 636 714 RR3FH62TF
BS 715 852 RR3FH62JQ
BS 853 853 RR3FW86JQ
BS 854 922 RR3FH62JQ

RD RR3FW86TF 635 0 0
GGGAGAGAGAGAGAGCTTTCGCATTACAGCAGATTTGAGAAGAGCGAAAAATCTAAGATG
GCATTTCTGAGATCCCTCTGCCGTACCGCTGCGGCGGCCTCCGTCGCTACGCTCCGATCA
TCCAGATCCGCCGCTCCCAGTCAGCTGTTGCGCCATCGTTTCCTCTCAACGCGAGGATTC
TTCGCTGTTTCTTCGTTTCCTTCTAATCGAACTCCTCACGATTCTCGGTATCCTCGAGCA
GTGGATATTGGACAAGTGCGCAGCTTTAGCGAAGATGTGTCTCACATGCCTGAAATCAAA
GACAGTGATGTTCTGAAATCTTTCAGAGATTTGATGGCGGCAGATTGGGCAGCGCTACCT
TCTGCTGTTGTTAAAGACGCCAAAAACGCAGTCTCGAAAAACACAGATGACAAGGAAGGG
CAAGAGGCCTTGATGAATGTGTTCAGAGCAGCTGAGGCTGTTGAGGAATTTGGTGGTATT
CTCACTTCCTTAAAGATGGAGATCGATGATAGCATTGGAATGAGTGGGGAGAATGTGAAG
ACCTTACCAGAAGATA**ACCAAAGCGCTGCGTCTTGCTTATCAAAGGTATACTACCTAC
CTAGATGCTTTTGGACCTGAAGAAGTTTACTTGAA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3FH62TF 694 0 0
GG
ATTACAGCAGATTTGAGAAGAGCGAAAAATCTAAGATGGCATTTCTGAGATCCCTCTGCC
GCACCGCTGCGGCGGCCTCCGTCGCTACGCTCCGATCATCCAGATCCGCCGCTCCCAGTC
AGCTGTTGCGCCATCGTTTCCTCTCAACGCGAGGATTCTTCGCTGTTTCTTCATTTCCTT
CGAATCGAACTCCTCACGATTCTCGGTATCCTCGAGCGATGGATATTGGACAAGTGCGCA
GCTTTAGTGAAGATGTTTCCCACATGCCTGAAATCAAAGACAGTGATGTTCTGAAATCTT
TCAGAGATTTGATGGCGGCAGATTGGGCAGCGCTACCTTCTGCTGTTGTTAATGACGCCA
AAAACGCAGTCTCTAAAAACACGGATGACAAGGAAGGGCAAGAGGCCTTGATGAATGTGT
TCAGAGCAGCTGAGGCTGTTGAGGAATTTGGTGGGATTCTCACTTCCTTAAAGATGGAGA
TCGATGATAGCATTGGAATGAGTGGGGAGAATGTGAAGACATTACCTGAAGATATAACCA
AAGCGCTGCGTCTTGCTTATCAAAGGTATACTACCTACCTAGATGCTTTTGGACCTGAAG
AAGTTTACTTGAAGAAGAAGGTTGAGATGGAGTTGGGAACAAAGATGATCCACTTGAAGA
TGAGATGCAGCGGGCTTGGTTCAGAATGGGGA

QA 3 694 3 694
DS 

RD RR3FH62JQ 700 0 0
TCTCGGTATCCTCGAGCGATGGATATTGGACAAGTGCGCAGCTTTAGTGAAGATGTTTCC
CACATGCCTGAAATCAAAGACAGTGATGTTCTGAAATCTTTCAGAGATTTGATGGCGGCA
GATTGGGCAGCGCTACCTTCTGCTGTTGTTAATGACGCCAAAAACGCAGTCTCTAAAAAC
ACGGATGACAAGGAAGGGCAAGAGGCCTTGATGAATGTGTTCAGAGCAGCTGAGGCTGTT
GAGGAATTTGGTGGGATTCTCACTTCCTTAAAGATGGAGATCGATGATAGCATTGGAATG
AGTGGGGAGAATGTGAAGACATTACCTGAAGATATAACCAAAGCGCTGCGTCTTGCTTAT
CAAAGGTATACTACCTACCTAGATGCTTTTGGACCTGAAGAAGTTTACTTGAAGAAGAAG
GTTGAGATGGAGTTGGGAACAAAGATGATCCACTTGAAGATGAGATGCAGCGGGCTTGGT
TCAGAATGGGGAAAGGTTACCGTTCTTGGAACCTCAGGACTCTCGGGGTCTTACGTGGAG
CAAAGGGCATAAAACAAATTTTATATGTTTTTTTTTCTGCGTTATTGTGTCCTTGAGACA
ATAAAGGTCAATAACTGACCAAAGACCTATTTAAGGTGAGTTTGTTGTTTCCTCCAAAAC
AAAGCTTTTGAAAGTTAGAGCTTAAAAACAGCACCAATTG

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3FW86JQ 679 0 0
GATATTGGACAAGTGCGCAGCTTTAGCGAAGATGTGTCTCACATGCCTGAAATCAAAGAC
AGTGATGTTCTGAAATCTTTCAGAGATTTGATGGCGGCAGATTGGGCAGCGCTACCTTCT
GCTGTTGTTAAAGACGCCAAAAACGCAGTCTCGAAAAACACAGATGACAAGGAAGGGCAA
GAGGCCTTGATGAATGTGTTCAGAGCAGCTGAGGCTGTTGAGGAATTTGGTGGTATTCTC
ACTTCCTTAAAGATGGAGATCGATGATAGCATTGGAATGAGTGGGGAGAATGTGAAGACC
TTACCAGAAGATA**ACCAAAGCGCTGCGTCTTGCTTATCAAAGGTATACTACCTACCTA
GATGCTTTTGGACCTGAAGAAGTTTACTTGAAGAAGAAGGTTGGGATGGAGTTGGGAACA
AAGATGATCCACTTGAAGATGAGATGCAGCGGGCTTGGTTCAGAATGGGGAAAGGTTACC
GTTCTTGGAACCTCAGGACTCTCGGGGTCTTACGTGGAGCAAAGGGCATAAAACAAATTT
*ATATGTTTTTTT**CTGCGTTATTGTGTCCTTGAGACAATAAAGGTCAATAACTGACCA
AAGACCTATCTAAGGTGAGTTTGTTGTTTCCTCCAAAACAAAGCTTTTGAAAGTTAGAGC
TTAAAAACAGCACCAATTG

QA 1 679 1 679
DS 



CO CL1484Contig2 910 2 2 U
GAATCTAAGATGGCATTTCTGAGATCCCTCTGCCGTACCGCTGCGGCGGCCTCCGTCGCT
ACGCTCCGATCATCCAGATCCGCCGCTCCCAGTCAACTGTTGCGCCACCGTTTCCTCTCA
ACGCGAGGATTCTTCGCTGTTTCCTCGTTTCCTTCTAATCGAACTCCTCACGATTCTCGG
TATCCTCGAGAAATGAATATTGGACAAGTGCGCAGCTTTAGCGAAGATGTGTCTCACATG
CCTGAAATCAAAGACAGTGATATTCTGAAAGCTTTCAGAGAATTGATGGCGGCAGATTGG
GCAGCGCTACCTTCTGCTGTTGTTAAAGACGCCAAAAACGCAGTCTCGAAAAACACAGAT
GACAAGGAAGGGCAAGAGGCCTTATGAATGTGTTCAGAGCAGCTGAGGCTGTTGAGGAAT
TTGGTGGGATTCTCACTTCCTTAAAGATGGAGATCGATGATAGCATTGGAATGAGTGGGG
AGAATGTGAAGACCCTACCAGAAGATATAACCAAAGCGCTGCGTCTTGCTTATCAAAGGT
ACACTACCTACCTAGATGCTTTCGGACCTGAAGAAGTTTACTTGAAGAAGAAGGTTGAGA
TGGAGTTGGGAACAAAGATGATCCACTTGAAGATGAGATGCAGCGGGCTTGGTTCAGAAT
GGGGAAAGGTTACCGTTCTTGGAACCTCAGGACTCTCGGGGTCTTACGTGGAGCAAAGGG
CATAAAACAAATTTTATATGTTTTTATCTGCGTTATTGTGCCCTTGAGACAATAAAGGTC
AATAACTGACCAAAGACCTATGTAAGGTGAGTTTGTTGTCTCCTCCAAAACGAAGCTTTT
GAAAGTTAGAGCTTAAAAACAGCACCAATTGAAAAATAAATTCACAGCTCCGACAATTTT
TAAACAGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GO50TF U 1
AF RR3GO50JQ C 172
BS 1 654 RR3GO50TF
BS 655 910 RR3GO50JQ

RD RR3GO50TF 654 0 0
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ACGCTCCGATCATCCAGATCCGCCGCTCCCAGTCAACTGTTGCGCCACCGTTTCCTCTCA
ACGCGAGGATTCTTCGCTGTTTCCTCGTTTCCTTCTAATCGAACTCCTCACGATTCTCGG
TATCCTCGAGAAATGAATATTGGACAAGTGCGCAGCTTTAGCGAAGATGTGTCTCACATG
CCTGAAATCAAAGACAGTGATATTCTGAAAGCTTTCAGAGAATTGATGGCGGCAGATTGG
GCAGCGCTACCTTCTGCTGTTGTTAAAGACGCCAAAAACGCAGTCTCGAAAAACACAGAT
GACAAGGAAGGGCAAGAGGCCTTATGAATGTGTTCAGAGCAGCTGAGGCTGTTGAGGAAT
TTGGTGGGATTCTCACTTCCTTAAAGATGGAGATCGATGATAGCATTGGAATGAGTGGGG
AGAATGTGAAGACCCTACCAGAAGATATAACCAAAGCGCTGCGTCTTGCTTATCAAAGGT
ACACTACCTACCTAGATGCTTTCGGACCTGAAGAAGTTTACTTGAAGAAGAAGGTTGAGA
TGGAGTTGGGAACAAAGATGATCCACTTGAAGATGAGATGCAGCGGGCTTGGTT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3GO50JQ 739 0 0
CGA
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CACATGCCTGAAATCAAAGACAGTGATATTCTGAAAGCTTTCAGAGAATTGATGGCGGCA
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ACAGATGACAAGGAAGGGCAAGAGGCCTTATGAATGTGTTCAGAGCAGCTGAGGCTGTTG
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GTGGGGAGAATGTGAAGACCCTACCAGAAGATATAACCAAAGCGCTGCGTCTTGCTTATC
AAAGGTACACTACCTACCTAGATGCTTTCGGACCTGAAGAAGTTTACTTGAAGAAGAAGG
TTGAGATGGAGTTGGGAACAAAGATGATCCACTTGAAGATGAGATGCAGCGGGCTTGGTT
CAGAATGGGGAAAGGTTACCGTTCTTGGAACCTCAGGACTCTCGGGGTCTTACGTGGAGC
AAAGGGCATAAAACAAATTTTATATGTTTTTATCTGCGTTATTGTGCCCTTGAGACAATA
AAGGTCAATAACTGACCAAAGACCTATGTAAGGTGAGTTTGTTGTCTCCTCCAAAACGAA
GCTTTTGAAAGTTAGAGCTTAAAAACAGCACCAATTGAAAAATAAATTCACAGCTCCGAC
AATTTTTAAACAGGCC

QA 4 739 4 739
DS 



AS 1 4

CO CL1485Contig1 1098 4 10 U
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TCATTCATCTGCCTTCTCTCGACTACAGATCTTCGTTGTCTCTCGAAAAGCCCTTTCCCC
TCTTTCTCACCCCGCCGGCGAGCCCTTCCCTCGTAGATTCTGAAGATGCGTATGACGATG
ATGGAGGATTGGGGAGTAATCTCAGCTTTGAAATCGTTGAATTAGCGAATCTAATCAATC
GTAGCAGTAGTAAGCTTCTTCGTCGTCTTCTAGGGCTTTACTTGAGTCATCTGTAAATGG
GCTGTTTACATTCCACGGCTGCGAGAGAGTATCAGGGACATGAGAACCCTGTCAAGCTAG
CTTCTGAGACTGCTTTTAGTGTGAGTGAGGTTGAAGCATTGTATGAGTTATTCAAGGGCA
TAAGCAGCTCTGTTGTTGACGATGGCTTGATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTTGCTTTGT
TCAAGAACAGAAAGAAGGAAAATTTGTTTGCCAATAGGATATTCGATTTGTTCGATGTTA
AACGAAAAGGTGTTATTGATTTTGGAGACTTTGTGAGATCACTCAATGTATTCCATCCCA
ATGCTTCTCTAGAGGAGAAAACAGATTTCACGTTTAGGCTTTATGACATGGACTGCACGG
GCTACATTGAGCGCCAAGAGGTGAAGCAAATGCTGATTGCCCTTCTCTGCGAATCTGAAA
TGAAACTAGCTGATGATACCATAGAAGTGATACTCGATCAGACATTTGAAGACGCAGATG
TGGATAGGGATGGAAAGATTGGGAAGACAGAGTGGAGCGATTTCGTAATCAAGAACCCAT
CGTTGCTTAAGATAATGACACTTCCATATCTGAGGGACATAACGACCACGTTTCCAAGTA
TTGTCTTTAACTCGGAGGTGGATGAGATTGCGACGTGACAAAACAAGTTGGCTTATAGAG
ACCAAGTTGTAGGCTGGACCAAGAACAAGAGCGATTGGAACAGTGTTTATGTAGTACCAT
TCTCTTGAACTTTTTTCGTTTCTGGTATTCTATTTTAGTGTCACTTCAATTCTTAATATA
TTAAGTTGTAGTTCCACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CJ13TF U 1
AF RR3E472TF U 43
AF RR3CJ13JQ C 366
AF RR3E472JQ C 438
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RD RR3CJ13TF 633 0 0
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TCTTTCTCACCCCGCCGGCGAGCCCTTCCCTCGTAGATTCTGAAGATGCGTATGGCGATG
ATGGAGGATTGGGGAGTAATCTCAGCTTTGAAATCGTTGAATTAGCGAATCTAATCAATC
GTAGCAGTAGTAAGCTTCTTCGTCGTCTTCTAGGGCTTTACTTGAGTCATCTGTAAATGG
GCTGTTTACATTCCACGGCTGCGAGAGAGTATCAGGGACATGAGAACCCTGTCAAGCTAG
CTTCTGAGACTGCTTTTAGTGTGAGTGAGGTTGAAGCATTGTATGAGTTATTCAAGGGCA
TAAGCAGCTCTGTTGTTGACGATGGCTTGATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTTGCTTTGT
TCAAGAACGGAAAGAAGGAAAATTTGTTTGCCAATAGGATATTTGATTTGTTCGATGTTA
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ATGCTTCTCTAGAGGAGAAAACAGATTTCACGT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3E472TF 591 0 0
GG
AATCTCAGCCGTCGGATCATTCATCTGCCTTCTCTCGACTACAGATCTTCGTTGTCTCTC
GAAAAGCCCTTTCCCCTCTTTCTCACCCCGCCGGCGAGCCCTTCCCTCGTAGATTCTGAA
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GCGAATCTAATCAATCGTAGCAGTAGTAAGCTTCTTCGTCGTCTTCTAGGGCTTTACTTG
AGTCATCTGTAAATGGGCTGTTTACATTCCACGGCTGCGAGAGAGTATCAGGGACATGAG
AACCCTGTCAAGCTAGCTTCTGAGACTGCTTTTAGTGTGAGTGAGGTTGAAGCATTGTAT
GAGTTATTCAAGAGCATAAGCAGCTCTGTTGTTGACGATGGCTTGATAAACAAGGAAGAG
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GATTTGTTCGATGTTAAACGAAAAGGTGTTATTGATTTTGGAGACTTTGTGAGATCACTC
AATGTATTCCATCC*AATGCTTCTCTAGAGGGGAAAACAGATTTCACGT

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DS 

RD RR3CJ13JQ 733 0 0
GAGACTGCTTTTAGTGTG
AGTGAGGTTGAAGCATTGTATGAGTTATTCAAGGGCATAAGCAGCTCTGTTGTTGACGAT
GGCTTGATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTTGCTTTGTTCAAGAACGGAAAGAAGGAAAAT
TTGTTTGCCAATAGGATATTTGATTTGTTCGATGTTAAACGAAAAGGTGTTATTGATTTT
GGAGACTTTGTGAGATCACTCAATGTATTCCATCCCAATGCTTCTCTAGAGGAGAAAACA
GATTTCACGTTTAGGCTTTATGACATGGACTGCACGGGCTACATTGAGCGCCAAGAGGTG
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GAAGTGATACTCGATCAGACATTTGAAGACGCAGATGTGGATAGGGATGGAAAGATTGGG
AAGACAGAGTGGAGCGATTTCGTAATCAAGAACCCATCGTTGCTTAAGATAATGACACTT
CCATATCTGAGGGACATAACGACCACGTTTCCAAGTATTGTCTTTAACTCGGAGGTGGAT
GAGATTGCGACGTGACAAAACAAGTTGGCTTATAGAGACCAAGTTGTAGGCTGGACCAAG
AACAAGAGCGATTGGAACAGTGTTTATGTAGTACCATTCTCTTGAACTTTTTTCGTTTCT
GGTATTCTATTTTAGTGTCACTTCAATTCTTAATATATTAAGTTGTAGTTCCACG

QA 19 733 19 733
DS 

RD RR3E472JQ 661 0 0
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GAAAATTTGTTTGCCAATAGGATATTCGATTTGTTCGATGTTAAACGAAAAGGTGTTATT
GATTTTGGAGACTTTGTGAGATCACTCAATGTATTCCATCC*AATGCTTCTCTAGAGGGG
AAAACAGATTTCACGTTTAGGCTTTATGACATGGACTGCACGGGCTACATTGAGCGCCAA
GAGGTGAAGCAAATGCTGATTGCCCTTTTCTGCGAATCTGAAATGAAACTAGCTGATGAT
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ATTGGGAAGACAGAGTGGAGCGATT*CGTAATCAAGAACCCATCGTTGCTTAAGATAATG
ACACTTCCATATCTGAGGGACATAACGACCACGTTTCCAAGTTTTGTCTTTAACTCGGAG
GTGGATGAGATTGCGACGTGACAAAACAAGTTGGCTTATAGAGACCAAGTTGTAGGCTGG
ACCAAGAACAAGAGCGATTGGAACAGTGTTTATGTAGTACCATTCTCTTGAACTTTTTTC
GTTTCTGGTATTCTATTTTAGTGTCACTTCAATTCTTAATATATTAAGTTGTAGTTCCAC
G

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 6

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TAGAAACACTTGACGGCTTCAGAAGTGGAGAGTATAAATACATAGTGTGATTAGAGTTTT
GAGTATTTGGGGGGGAAGAGATAGAGACAATGGAACATAACAAGTTCTTGAGATTCTGAT
GAATGTTTTTACAGTAACCTGAAAACTCACTCAAGGAGGTGGTGAATCCATTCTTTTGCA
ATAACCGGTGAACCATACCAAGGTCTGGTTTCATCGTCTGAACCAACAGGCGAGTGGTAA
ACACCTTCGAAGCTAACGTTAAGTGCACCTTCAAGATGAGCTGAAACCTCAGGTACCACG
CCATCACCCCACACATCAGCTCTCCCACATACTTGCTTGTATCCTTGCCCTACAAAACGA
GCACGGAAACTAGGCCCTGAAGAAACCTGCGAATCCCCAGTCTTGTTGCTTGCTATAGCC
AGCTCTGAGATGGTTTCACCACCCTCGATTCCAACAGTCACATTAGAATCAAGATTTGCA
TCTGCCTTATCTACTAAAGGAGCTCCACGAATGTATCTCCCGGCGATGCAGACATATCTC
AGCTCAGGAGTATAAACAGCTTTTGCACAATTCTCTTCGACATAATAAAGAAGACCTCTT
GTTTGATCAATAACACCTGATAGTCCTCTCGGTGGTGGTAAGTGAGGCGTACCAAGTGTC
AGCAACAAGGAGATATCAGCGTTTCCGTATTCTTCCATGTAAACTCTAGCAAGCCATCCT
CCAGCCGAGTGTCCAATCAAAGACAATCCTTTACCTTGGGATAACTCATTGGCTTCACGG
ACGGCATCATCGATTCTTTTCAAATACCAATCAAGAACAGGACGAGGGCGTGGAGTGCCG
CGCCAGTAGGCAGGATCAACCAAACCGGCTGCATTTCTAAACCAATCGAGCCTTGATACA
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CCTGAATTGTTGCCTAAACCCGGGAGAATGACGGCGGGACGGGGTTTGAAATCGCCGGAG
GATAGTGACGTGGCGGAGGAGACGATGGGCCTTAGCCTGAGCGTTGGAAAAATCGCGGAG
GCCATCCTTTTTGTTGTTCAGTGGATGTGATGTGAGTAAAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AAAG

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TG

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DS 

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TCTCTTCGACATAATAAAGAAGACCTCTTGTTTGATCAATAACACCTGATAGTCCTCTCG
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TCTCGGTGGTGGTAAGTGAGGCGTACCAAGTGTCAGCAACAAGGAGATATCAGCGTTTCC
GTATTCTTCCATGTAAACTCTAGCAAGCCATCCTCCAGCCGAGTGTCCAATCAAAGACAA
TCCTTTACCTTGGGATAACTCATTGGCTTCACGGACGGCATCATCGATTCTTTTCAAATA
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GGGCCTTAGCCTGAGCGTTGGAAAAATCGCGGAGGCCATCCTTTTTGTTGTTCAGTGGAT
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CC

QA 6 732 6 732
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TCTTCGACATAATAAAGAAGACCTCTTGTTTGATCAATAACACCTGATAGTCCTCTCGGT
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CCTTGGGATAACTCATTGGCTTCACGGACGGCATCATCGATTCTTTTCAAATACCAATCA
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AGTGTTGCCTCCAGCTTCTTGTAGTCTCCTGAATTGTTGCCTAAACCCGGGAGAATGACG
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AGCCTGAGCGTTGGAAAAATCGCGGAGGCCATCCTTTTTGTTGTTCAGTGGATGTGATGT
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DS 

RD RR3CG66TF 719 0 0
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AAGATTTGCATCTGCCTTATCTACTAAAGGAGCTCCACGAATGTATCTCCCGGCGATGCA
GACATATCTCAGCTCAGGAGTATAAACAGCTTTTGCACAATTCTCTTCGACATAATAAAG
AAGACCTCTTGTTTGATCAATAACACCTGATAGTCCTCTCGGTGGTGGTAAGTGAGGCGT
ACCAAGTGTCAGCAACAAGGAGATATCAGCGTTTCCGTATTCTTCCATGTAAACTCTAGC
AAGCCATCCTCCAGCCGAGTGTCCAATCAAAGACAATCCTTTACCTTGGGATAACTCATT
GGCTTCACGGACGGCATCATCGATTCTTTTCAAATACCAATCAAGAACAGGACGAGGGCG
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AATCGCGGAGGCCATCCTTTTTGTTGTTCAGTGGATGTGATGT
CC

QA 15 717 15 717
DS 



AS 2 5

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TCCGACCAAACCTCCTGACGACGAGGGATGTCCTCCTTTGTCACCTACGAAGTTCAACTC
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ATCGGTGTTGGGACTTTCA


BQ
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C

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BQ
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GCAGCAAATCAGTACCGTGCAAAGGAGTCAGCGTCGTTGATGTGGAGTTGAACTTGGTAG
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AACAAATCAAAAGTTTCCACAAACATTTTTGGTTTTTGTTTGTGAGTTAGTTTGTGAGTT
TATCAACTATAATTGGAATATATATGACTTT

QA 1 871 1 871
DS 



AS 1 6

CO CL1488Contig1 1423 6 17 U
GGTATTGGAGGAATAGCGGCGGATTTACCTTATGGTTGGGTAGATAAATGCTTGGATTTT
TGTGATTATTTTTTAACAGAGGTTGTTGAATATCAAAAACTTATTACACGAAATCCTATT
TTTTTAGAACGAGTTGAAGGCGTTGGGATTATTGGTGGGGAAGAAGCAATAAATTGGGGT
TTATCCGGACCAATGTTACGCGCATCCGGAATACCATGGGATCTTCGTAAAGTTGATCGT
TATGAGTCTTACGATGAATTTGAATGGGAAATTCAGTGGCAAAAACAAGGAGATTCATTA
GCTCGTTATTTAGTACGACTTAGCGAAATGACAGAATCCATCAAAATTATTCAACAGGCT
CTGGAAGGACTTCCGGGGGGTCCCTATGAAAATTTAGAAAGTAGAGGCTTTGATAAAAAA
AGGAATCCAGAGTGGAATGATTTTGAATATCGATTCATTAGTAAAAAACCTTCCCCTACT
TTTGAATTATCGAAACAAGAACTTTATGTAAGAGTTGAAGCTCCAAAAGGGGAATTGGGA
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ACGATACTCGGTAGCATAGATATAATTACGGGAGAAGTTGATCGTTAAAATGATAATTTA
TGCAACAGAAGTACAAACTATAAATTCTTTTGTTAGATTGGAATCTTTAAAAGAGGTCTA
TGGACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATCATAACTGGTGT
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AGCGGATCTCAATATCGGTATTTTTTTATGGATTGCCATCTCAAGTGTTGCTCCGATCGG
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TGCTGCCCAAGCAATTAGTTATGAAATACCATTAACTCTATGTGTTTTATCAATATCTCT
ACGTGCGATTCGTTGAAACAGAAAGGTTTATTCCGTTCCGTTTTTTCTAGATAAAAAAAA
AATGAAAAAACGGAATATATATATTTATCTTTGGGGTTAATCTTAATAAAAGGAATTTGA
TAGTTATATATGAGTGAAAAAAAACTGCTCAGAAATTAGCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX07TF U 1
AF RR3FE53TF U 542
AF RR3GX07JQ C 569
AF RR3FE53JQ C 576
AF RR3CX09JQ C 904
AF RR3CX09TF U 904
BS 1 709 RR3GX07TF
BS 710 710 RR3FE53TF
BS 711 736 RR3GX07TF
BS 737 737 RR3FE53TF
BS 738 758 RR3GX07TF
BS 759 759 RR3FE53TF
BS 760 761 RR3GX07TF
BS 762 762 RR3FE53TF
BS 763 775 RR3GX07TF
BS 776 776 RR3FE53TF
BS 777 792 RR3GX07TF
BS 793 1081 RR3FE53TF
BS 1082 1082 RR3CX09TF
BS 1083 1150 RR3FE53TF
BS 1151 1303 RR3CX09TF
BS 1304 1304 RR3FE53JQ
BS 1305 1423 RR3CX09TF

RD RR3GX07TF 792 0 0
GGTATTGGAGGAATAGCGGCGGATTTACCTTATGGTTGGGTAGATAAATGCTTGGATTTT
TGTGATTATTTTTTAACAGAGGTTGTTGAATATCAAAAACTTATTACACGAAATCCTATT
TTTTTAGAACGAGTTGAAGGCGTTGGGATTATTGGTGGGGAAGAAGCAATAAATTGGGGT
TTATCCGGACCAATGTTACGCGCATCCGGAATACCATGGGATCTTCGTAAAGTTGATCGT
TATGAGTCTTACGATGAATTTGAATGGGAAATTCAGTGGCAAAAACAAGGAGATTCATTA
GCTCGTTATTTAGTACGACTTAGCGAAATGACAGAATCCATCAAAATTATTCAACAGGCT
CTGGAAGGACTTCCGGGGGGTCCCTATGAAAATTTAGAAAGTAGAGGCTTTGATAAAAAA
AGGAATCCAGAGTGGAATGATTTTGAATATCGATTCATTAGTAAAAAACCTTCCCCTACT
TTTGAATTATCGAAACAAGAACTTTATGTAAGAGTTGAAGCTCCAAAAGGGGAATTGGGA
ATTTTTCTAATAGGAGATCAAAGTGGTTTTCCTTGGAGATGGAAAATCCGACCACCAGGT
TTTATTAATTTGCAAATTCTTCCTGAACTAGTTAAAAGAATGAAATTGGCTGATATTATG
ACGATACTCGGTAGCATAGATATAATTACGGGAGAAGTTGATCGTTAAA*TGATAATTTA
TGCAACAGAAGTACAA*CTATAAATTCTTTTGTTAGAT*GGGATCTTTAAAAGAG*TCTA
TGGACTCATATG

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3FE53TF 609 0 0
TTTTTCTAATAGGAGATCAAAGTGGTTTTCCTTGGAGATGGAAAATCCGACCACCAGGTT
TTATTAATTTGCAAATTCTTCCTTAACTAGTTAAAAGAATGAAATTGGCTGATATTATGA
CGATACTCGGTAGCATAGATATAATTATGGGAGAAGTTGATCGTTAAAATGATAATTTAT
GCAACAGAAGTACAAACTATAAATTCTTTTGTTAGATTGGAATCTTTAAAAGAGGTCTAT
GGACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTCTTGTATTGGGAATCATAACTGGTGTA
CTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTGCAGGGATACAACAACGTATTGGACCT
GAATACGCCGGCCCGTTAGGAATTCTTCAAGCTTTAGCCGACGGGACAAAACTACTTTTC
AAAGAAGACCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATTGGACCATCTATA
GCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAATCACCTTGTTTTA
ACGGATCTCAATATCGGTATTTTTTTATGGATTGCCATCTCAAGTGTTGCTCCGATCGGA
CTTCTTATG

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3GX07JQ 744 0 0
TTCCTTG
GAGATGGAAAATCCGACCACCAGGTTTTATTAATTTGCAAATTCTTCCTGAACTAGTTAA
AAGAATGAAATTGGCTGATATTATGACGATACTCGGTAGCATAGATATAATTACGGGAGA
AGTTGATCGTTAAAATGATAATTTATGCAACAGAAGTACAAACTATAAATTCTTTTGTTA
GATTGGAATCTTTAAAAGAGGTCTATGGACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTC
TTGTATTGGGAATCATAACTGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATCTG
CAGTGATACAACAACGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTAGGAATTCTTCAAGCTT
TAGCCGACGGGACAAAACTACTTTTCAAAGAAGACCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTC
CTTTATTTAGTATTGGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAA
TTCCCTTTAGCAATCACCTTGTTTTAGCGGATCTCAATATCGGTATTTTTT*ATGGATTG
CCATCTCAAGTGTTGCTCCGATCGGACTTCTTATGTCAGGATATGGATCAAATAATAAAT
ATTCTTTTTTAGGTGGTCTGCGAGCTGCTGCCCAAGCAATTAGTTATGAAATACCATTAA
CTCTATGTGTTTTATCAATATCTCTACGTGCGATTCGTTGAAACAGAAAGGTCTATTCCG
TTCCGTTT
CTTCTAGAT

QA 8 735 8 735
DS 

RD RR3FE53JQ 735 0 0
GAGATGGAAAATCCGACCACCAGGTTTTATTAATTTGCAAATTCTTCCTTAACTAGTTAA
AAGAATGAAATTGGCTGATATTATGACGATACTCGGTAGCATAGATATAATTATGGGAGA
AGTTGATCGTTAAAATGATAATTTATGCAACAGAAGTACAAACTATAAATTCTTTTGTTA
GATTGGAATCTTTAAAAGAGGTCTATGGACTCATATGGATATTTGTCCCTATATTTTCTC
TTGTATTGGGAATCATAACTGGTGTACTAGTAATTGTGTGGTTAGAAAGAGAAATATTTG
CAGGGATACAACAACGTATTGGACCTGAATACGCCGGCCCGTTAGGAATTTTTCAAGCTT
TAGCCGACGGGACAAAACTACTTTTCAAAGAAGACCTTCGTCCATTTAGAGGAAATACTC
CTTTATTTAGTATTGGACCATCTATAGCAGTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAA
TTCCCTTTAGCAATCACCTTGTTTTAACGGATCTCAATATCGGTATTTTTTTATGGATTG
CCATCTCAAGTGTTGCTCCGATCGGACTTCTTATGTCAGGATATGGATCAAATAATAAAT
ATTCTTTTT*AGGTGGTTTGCGAGCTGCTGCCCAAGCAATTAGTTATGAAATACCATTAA
CTCTATGTGTTTTATCAATATCTCTACGTGCGATTCGTTGAAACAGAAAGGTTTATTCCG
TTCCGTTTTTT
CTAG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3CX09JQ 481 0 0
G
TACGCCGGCCCGTTAGGAATTCTTCAAGCTTTAGCCGACGGGACAAAACTACTTTTCAAA
GAAGACCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATTGGACCATCTATAGCA
GTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAATCACCTTGTTTTAGCG
GATCTCAATATCGGTATTTTTTTATGGATTGCCATTTCAAGTGTTGCTCCGATCGGACTT
CTTATGTCAGGATATGGATCAAATAATAAATATTCTTTTTTAGGTGGTTTGCGAGCTGCT
GCCCAAGCAATTAGTTATGAAATACCATTAACTCTATGTGTTTTATCAATATCTTTACGT
GGGATTCGTTGAAACAGAAAGGTTTATTCCGTTCCGTTTTTTTTAGATAAAAAAAAAATG
AAAAAACGGAATATATATATTTATCTTTGGGGTTAATCTTAATAAAAGGAATTTGATAGT

QA 2 481 2 481
DS 

RD RR3CX09TF 520 0 0
G
TACGCCGGCCCGTTAGGAATTCTTCAAGCTTTAGCCGACGGGACAAAACTACTTTTCAAA
GAAGACCTTCGTCCATCTAGAGGAAATACTCCTTTATTTAGTATTGGACCATCTATAGCA
GTTATCTCTATTTTACTAAGTTATTCAGTAATTCCCTTTAGCAATCACCTTGTTTTAGCG
GATCTCAATATCGGTATTTTTTTATGGATTGCCATCTCAAGTGTTGCTCCGATCGGACTT
CTTATGTCAGGATATGGATCAAATAATAAATATTCTTTTTTAGGTGGTCTGCGAGCTGCT
GCCCAAGCAATTAGTTATGAAATACCATTAACTCTATGTGTTTTATCAATATCTCTACGT
GCGATTCGTTGAAACAGAAAGGTTTATTCCGTTCCGTTTCTTCTAGATAAAAAAAAAATG
AAAAAACGGAATATATATATTTATCTTTGGGGTTAATCTTAATAAAAGGAATTTGATAGT
TATATATGAGTGAAAAAAAACTGCTCAGAAATTAGCAGT

QA 2 520 2 520
DS 



AS 1 5

CO CL1489Contig1 1539 5 20 U
GGGAGTTCTCTCTCTGTTACCAAACCTCAGTGAGAGAGTGAGAAAACAACGGAACCATGG
CGGCTACGACGACTCCTCATGGCTTTGTCTTGCCGACGGGTTTATCTCCCCGTCGCGGTG
GATTCAGGTTTTCACTCGTCCGATGCTCCGCCTCTCCTCTCACTTCATCCACCGCCTCTG
GTATAGTGGAGAAGCCGTGGAGTTCGTATAACGCTAGGCTTGTGTTGGAAGACGGTTCCA
TCTGGCCTGCTAAGTCCTTTGGTGCTCCTGGAACCCGTGTCGCTGAATTGGTCTTTAACA
CCTCCTTGACAGGGTATCAAGAGATTCTGACTGATCCTAGTTATGCTGGACAGTTTGTGC
TTATGACAAACCCACAAATTGGTAACACCGGTGTCAATCTCGATGATGAAGAATCTGAGC
AGTGCTTCCTTGCTGGTTTGGTCATAAGAAGTCTAAGCATCAGTACATCGAACTGGAGAT
GCAAGAAGACACTTGCTGACTATCTAACCGAGAGGAACCTCATGGGAATCTATGATCTTG
ACACTCGAGCAATAACTCGTCGACTAAGAGAAGAAGGTAGTCTTAACGGTGTGCTAAGCA
CAGAGCAAACCAAAACAGACGATGAGCTTCTGCAAATGTCCCGTTCTTGGGATATCGTAG
*TATTGATCTAATAAGTGATGTCTCCTGCAAGTCACCCTACGAGTGGGTCGACAAA*CAG
ACTCTGAATGGGATTTTAATACTAACACACGCGATGGGAAGTCCTACAGAGTTATCGCAT
ACGATTTTGGCATCAAGCATAACATCCTAAGACGCCTGTCCTCTTACGGATGCCAAATCA
CCGTTGTCCCGTCGACATTTCCAGCTTCCGAGGCTCTTAAAATGAATCCAGACGGGATCT
TGTTCAGCAACGGACCTGGAGACCCTTCTGCTGTTCCGTATGCTGTTGAGACGGTCAAGG
AGCTTCTTGGTAAAGCTCCTGTCTACGGGATCTGTATGGGCCATCAGTTGCTCGGACAAG
CTTTGGGTGGTAAGACCTTCAAGATGAAGTTTGGTCATCATGGAGGGAACCACCCAGTTC
GTAATAACAGAACTGGCCAGGTGGAGATCAGTGCTCAGAACCACAACTATGCGGTTGACC
CGGCTTCACTTCCAGGAGGTGTAGAAGTGACACATGTCAATCTCAATGATGGAAGCTGTG
CGGGTTTGTCTTTCCCGGCGATGAATGTCATGTCTCTACAGTACCACCCTGAAGCCTCCC
CTGGACCTCACGACTCTGACAACGCATTTAGAGAGTTCATAGAGCTTATGAAGAGGTCGA
AACAGAGCTCCTGAGATTAAAATGGGAAGCAAACAAGAACTGTTTCTTTGTTTTGTAGTA
CTATTTAATGTTTCAACCATTTCGCACTTATGTTAAACCCAAGTCTTTTGTCAGTGACAA
TGGAGTGATATTCTTGTTCTGTCTGTGACTATGTGGAGGAATCATCCCACACCTCTTAAA
TAATTATGAATTTGTAGTAAGAGTGGGAACCCTTTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EI73TF U 10
AF RR3FS56TF U 1
AF RR3EZ75TF U 311
AF RR3FS56JQ C 737
AF RR3EZ75JQ C 933
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BS 732 732 RR3EI73TF
BS 733 738 RR3FS56TF
BS 739 739 RR3EI73TF
BS 740 759 RR3FS56TF
BS 760 760 RR3EI73TF
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BS 773 773 RR3EZ75TF
BS 774 787 RR3FS56TF
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BS 1519 1539 RR3EZ75JQ

RD RR3EI73TF 769 0 0
GG
CTCTGTTACCAAACCTCAGTGAGAGAGTGAGAAAACAACGGAACCATGGCGGCTACGACG
ACTCCTCATGGCTTTGTCTTGCCGACGGGTTTATCTCCCCGTCGCGGTGGATTCTGGTTT
TCACTCGTCCGATGCTCCGCCTCTCCTCTCACTTCATCCACCGCCTCTGGTATAGTGGAG
AAGCCGTGGAGTTCGTATAACGCTAGGCTTGTGTTGGAAGACGGTTCCATCTGGCCTGCT
AAGTCCTTTGGTGCTCCTGGAACCTGTGTCGCTGAATTGGTCTTTAACACCTCCTTGACA
GGGTATCAAGAGATTCTGACTGATCCTAGTTATGCTGGACAGTTTGTGCTTATGACAAAC
CCACAAATTGGTAACACCTGTGTCAATCTCGATGATGAAGAATCTGAGCAGTGCTTCCTT
GCTGGTTTGGTCATAAGAAGTCTAAGCATCAGTACATCGAACTGGAGATGCAAGAAGACA
CTTGCTGACTATCTAACCGAGAGGAACCTCATGGGAATCTATGATCTTGACACTCGAGCA
ATAACTCGTCGACTAAGAGAAGAAGGTAGTCTTAACGGTGTGCTAAGCACAGAGCAAACC
AAAACAGACGATGAGCTTCTGCAAATGCCCCGTTCTTGGGATATCGTAG*TATTGATCTA
ATAAGTGATGTCTCCTGCAAGTCACCCTACGAGTGGGTCGACAAA*CAGACTCTGAATGG
GGTTTTAATACCAACACACGCGATGGGAAGTC
TACAGAGTATAGCAT

QA 3 754 3 754
DS 

RD RR3FS56TF 788 0 0
GGGAGTTCTCTCTCTGTTACCAAACCTCAGTGAGAGAGTGAGAAAACAACGGAACCATGG
CGGCTACGACGACTCCTCATGGCTTTGTCTTGCCGACGGGTTTATCTCCCCGTCGCGGTG
GATTCAGGTTTTCACTCGTCCGATGCTCCGCCTCTCCTCTCACTTCATCCACCGCCTCTG
******TGGAGAAGCCGTGGAGTTCGTATAACGCTAGGCTTGTGTTGGAAGACGGTTCCA
TCTGGCCTGCTAAGTCCTTTGGTGCTCCTGGAACCCGTGTCGCTGAATTTGTCTTTAACA
CCTCCTTGACAGGGTATCAAGAGATTCTGACTGATCCTAGTTATGCTGGACAGTTTGTGC
TTATGACAAACCCACAAATTGGTAACACCGGTGTCAATCTCGATGATGAAGAATCTGAGC
AGTGCTTCCTTGCTGGTTTGGTCATAAGAAGTCTAAGCATCAGTACATCGAACTGGAGAT
GCAAGAAGACACTTGATGACTATCTAACCGAGAGGAACCTCATGGGAATCTATGATCTTG
ACACTCGAGCAATAACTCGTCGACTAAGAGAAGAAGGTAGTCTTAACGGTGTGCTAAGCA
CAGAGCAAACCAAAACAGACGATGAGCTTCTGCAAATGTCCCGTTCTTGGGATATCGTAG
*TATTGATCTAATAAGTGATGTCTCCTGCAAGTCACCCTACGAGTGGGTCGACAAA*CAG
ACTCTGAATGGAATTTTA*TACTAACACACGCGATGGGA*GTCCTACAGAGT*ATCGCAT
ACGATTT
G

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3EZ75TF 645 0 0
G
GGGTATCAAGAGATTCTGACTGATCCTAGTTATGCTGGACAGTTTGTGCTTATGACAAAC
CCACAAATTGGTAACACCGGTGTCAATCTCGATGATGAAGAATCTGAGCAGTGCTTCCTT
GCTGGTTTGGTCATAAGAAGTCTAAGCATCAGTACATCGAACTGGAGATGCAAGAAGACA
CTTGCTGACTATCTAACCGAGAGGAACCTCATGGGAATCTATGATCTTGACACTCGAGCA
ATAACTCGTCGACTAAGAGAAGAAGGTAGTCTTAACGGAGTGCTAAGCACAGAGCAAACC
AAAACAGACGATGAGCTTCTGCAAATGTCCCGTTCTTGGGATATCGTAGGTATTGATCTA
ATAAGTGATGTCTCCTGCAAGTCACCCTACGAGTGGGTCGACAAAACAGACTCTGAATGG
GATTTTAATACTAACACACGCGATGGGAAGTCCTACAGAGTTATCGCATACGATTTTGGC
ATCAAGCATAACATCCTAAGACGCCTGTCCTCTTACGGATGCCAAATCACCGTTGTCCCG
TCGACATTTCCAGCTTCCGAGGCTCTTAAAATGAATCCAGACGGGATCTTGTTCAGCAAC
GGACCTGGAGACCCTTCTGCTGTTCCGTATGCTGTTGAGACGGT

QA 2 645 2 645
DS 

RD RR3FS56JQ 782 0 0
TAATACTAACACACGCGATGGGAAGTCCTACAGAGTTATCGCATACGATTTTGGCATCAA
GCATAACATCCTAAGACGCCTGTCCTCTTACGGATGCCAAATCACCGTTGTCCCGTCGAC
ATT*CCAGCTTCCGAGGCTCTTAAAATGAATCCAGACGGGATCTTGTTCAGCAACGGACC
TGGAGACCCTTCTGCTGTTCCGTATGCTGTTGAGACGGTCAAGGAGCTTCTTGGTAAAGC
TCCTGTCTACGGGATCTGTATGGGCCATCAGTTGCTCGGACAAGCTTTGGGTGGTAAGAC
CTTCAAGATGAAGTTTGGTCATCATGGAGGGAACCACCCAGTTCGTAATAACAGAACTGG
CCAGGTGGAGATCAGTGCTCAGAACCACAACTATGCGGTTGACCCGGCTTCACTTCCAGG
AGGTGTAGAAGTGACACATGTCAATCTCAATGATGGAAGCTGTGCGGGTTTGTCTTTCCC
GGCGATGAATGTCATGTCTCTACAGTACCACCCTGAAGCCTCCCCTGGACCTCACGACTC
TGACAACGCATTTAGAGAGTTCATAGAGCTTATGAAGGGGTCGAAACAGAGCTCCTGAGA
TTAAAATGGGAAGCAAACAAGAACTGTTTCTTTGTTTTGTAGTACTATTTAATGTTTCAA
CCATTTCGCACTTATGTTAAACCCAAGTCTTTTGTCAGTGACAATGGAGTGATATTCTTG
TTCTGTCTGTGACTATGTGGAGGAATCATCCCACACCTCTTAAATAATTATGAATTTGTA
GT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3EZ75JQ 607 0 0
GTTCCGTATGCTGTTGAGACGGTCAAGGAGCTTCTTGGTAAAGCTCCTGTTTACGGGATC
TGTATGGGCCATCAGTTGTTCGGACAAGCTTTGGGTGGTAAGACCTTCAAGATGAAGTTT
GGTCATCATGGAGGGAACCACCCAGTTCGTAATAACAGAACTGGCCAGGTGGAGATCAGT
GTTCAGAACCACAACTATGCGGTTGACCCGGCTTCACTTCCAGGAGGTGTAGAAGTGACA
CATGTCAATCTCAATGATGGAAGCTGTGCGGGTTTGTCTTTCCCGGCTATGAATGTCATG
TCTCTACAGTACCACCCTGAAGCCTCCCCTGGACCTCACGACTCTGACAACGCATTTAGA
GAGTTCATAGAGCTTATGAAGAGGTCGAAACAGAGCTCCTGAGATTAAAATGGGAAGCAA
ACAAGAACTGTTTCTTTGTTTTGTAGTACTATTTAATGTTTCAACCATTTCGCACTTATG
TTAAACCCAAGTCTTTTGTCAGTGACAATGGAGTGATATTCTTGTTCTGTCTGTGACTAT
GTGGAGGAATCATCCCACACCTCTTAAATAATTATTAATTTGTAGTAAGAGTGGGAACCC
TTTGACC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 2 5

CO CL1490Contig1 934 3 5 U
GGGAAGCAAGTCTTGAAGGAAAGAAGTTGGCATCGTTCACGAGGATCTCCTCAACCGTTC
AGGGAGCAATGGAGGATGCTCTGATTCGCATATTGACTCCGAGACGCTCCATTGATATAA
TGAGAGACGTTCATGCTGCCAAAGAACAGAGGAGGCCTTATGTGGTCGTGTTTGTTGGAG
TCAACGGAGTTGGGAAATCCACCAATCTTGCCAAAGTTGCGTATTGGCTTCAGCAGCATA
AGGTCAGTGTAATGATGGCTGCTTGTGACACATTCCGTTCTGGTGCTGTTGAGCAGTTGA
GGACTCATGCTCGTAGGTTACAGATACCGATCTTTGAGAAGGGTTATGAGAAGGATCCAG
CAGTAGTTGCAAAGGAAGCCATACAGGAAGCAACCCGGAACGGATCGGATGTTGTTCTTG
TTGACACAGCTGGTCGGATGCAGGATAATGAACCTTTGACGAGAGCTCTCTCAAAGCTCA
TTAACCTCAATAAACCAGACCTGGTCTTGTTTGTCGGTGAAGCTCTTGTTGGAAACGATG
CAGTTGATCAGCTCTCAAAGTTTAATCAGAAACTTTCGGATCTCTCCAATTCTGGGACCA
CAAGATTGATTGATGGAATCTTACTGACAAAGTTCGATACCATTGACGATAAGGTTGGAG
CAGCGTTATCGATGGTTCACATATCGGGAGCACCGGTTATGTTCGTGGGTTGTGGCCAGT
CTTACACTGACCTGAAGAAGCTCAATGTCAAAGCCATAGTCAAGACACTTCTCAAATGAT
CTTCTCATCACCATCATCATCATCACTATCTTCATCAACCAAATCATCATTTCTATCAAT
GTCTTATCCATCATACTTTATCTTGAGTTTTTGTTATGGTTTTTGATGTTGTTTCCTTAA
AACTCGAAAATACTATTTCGTTGGAGTCGCTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F170TF U 1
AF RR3DT44TF U 150
AF RR3F170JQ C 161
BS 1 649 RR3F170TF
BS 650 667 RR3DT44TF
BS 668 668 RR3F170JQ
BS 669 793 RR3DT44TF
BS 794 934 RR3F170JQ

RD RR3F170TF 649 0 0
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TCAACGGAGTTGGGAAATCCACCAATCTTGCCAAAGTTGCGTATTGGCTTCAGCAGCATA
AGGTCAGTGTAATGATGGCTGCTTGTGACACATTCCGTTCTGGTGCTGTTGAGCAGTTGA
GGACTCATGCTCGTAGGTTACAGATACCGATCTTTGAGAAGGGTTATGAGAAGGATCCAG
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CAGTTGATCAGCTCTCAAAGTTTAATCAGAAACTTTCGGATCTCTCCAATTCTGGGACCA
CAAGATTGATTGATGGAATCTTACTGACAAAGTTCGATACCATTGACGA

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3DT44TF 657 0 0
G
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CCAAAGTGGCGTATTGGCTTCAGCAGCATAAGGTCAGTGTAATGATGGCTGCTTGTGACA
CATTCCGTTCTGGTGCTGTTGAGCAGTTGAGGACCCATGCTCGTAGGTTACAGATACCGA
TCTTTGAGAAGGGTTATGAAAAGGATCCAGCAGTAGTTGCTAAGGAAGCCATACAGGAAG
CAACTCGGAATGGATCGGATGCTGTTCTTGTTGACACAGCTGGTCGGATGCAGGATAATG
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TTGTCGGTGAAGCTCTTGTTGGAAACGATGCAGTTGATCAGCTCTCAAAGTTTAATCAGA
AACTTTCGGATCTCTCCAATTCTGGGACCACAAGATTGATTGATGGAATCTTACTGACAA
AGTTCGATACCATTGACGATAAGGTTGGAGCAGCGTTGTCGATGGTTCACATATCGGGAG
CACCGGTTATGTTCGTGGGTTGTGGCCAGTCTTACACTGACCTGAAGAAGCTCAATGTCA
AAGCCATAGTCAAGACACTTCTCAAATGATCTTCTCATCACCA
CTACCTTCATCAA

QA 2 644 2 644
DS 

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GTATTGGCTTCAGCAGCATAAGGTCAGTGTAATGATGGCTGCTTGTGACACATTCCGTTC
TGGTGCTGTTGAGCAGTTGAGGACTCATGCTCGTAGGTTACAGATACCGATCTTTGAGAA
GGGTTATGAGAAGGATCCAGCAGTAGTTGCAAAGGAAGCCATACAGGAAGCAACCCGGAA
CGGATCGGATGTTGTTCTTGTTGACACAGCTGGTCGGATGCAGGATAATGAACCTTTGAC
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AGCTCTTGTTGGAAACGATGCAGTTGATCAGCTCTCAAAGTTTAATCAGAAACTTTCGGA
TCTCTCCAATTCTGGGACCACAAGATTGATTGATGGAATCTTACTGACAAAGTTCGATAC
CATTGACGATAAGGTTGGAGCAGCGTTATCGATGGTTTACATATCGGGAGCACCGGTTAT
GTTCGTGGGTTGTGGCCAGTCTTACACTGACCTGAAGAAGCTCAATGTCAAAGCCATAGT
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AAATCATCATTTCTATCAATGTCTTATCCATCATACTTTATCTTGAGTTTTTGTTATGGT
TTTTGATGTTGTTTCCTTAAAACTCGAAAATACTATTTCGTTGGAGTCGCTACC

QA 1 774 1 774
DS 



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CCATCATACTTTATCTTGAGTTCTTGTTTATGGTTTTTGATGTTGTTTCCTTAAAACTCG
AAAATACTATTTCGTTGGAGTCGCTACTATCACATCCCATGTCTTTATAATATGATGCAA
CTTCTGTTTTGAACT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GQ57JQ C 1
AF RR3GQ57TF U 1
BS 1 1 RR3GQ57JQ
BS 2 615 RR3GQ57TF

RD RR3GQ57JQ 615 0 0
GCCAGCAGTAGTTGCTAAGGAAGCCATACTGGAAGCAACTCGGAATGGATCGGATGTTGT
TCTTGTTGACACAGCTGGTCGGATGCAGGATAATGAACCTTTGATGAGAGCTCAAAGCTC
ATTAACCTCAACAAACCAGACCTGGTCTTGTTTGTCGGTGAAGCTCTTGTTGGAAACGAT
GCAGTTGATCAGCTCTCAAAGTTTAATCAGAAACTTTCGGATCTCTCCAATTCTGGGACC
ACAAGATTGATCGATGTAATCTTACTGACAAAGTTCGATACCATTGACGATAAGGTTGGA
GCAGCGTTATCGATGGTTTACATATCGGGAGCACCGGTTATGTTCGTGGGTTGTGGCCAG
TCTTACACTGACCTGAAGAAGCTCAATGTCAAAGCCATAGTCAAGACACTTCTCAAATGA
TCTTCTCATCACCATCATCACTATCTTCATCAACCACCATCATTTCTATCAATGTCTTAT
CCATCATACTTTATCTTGAGTTCTTGTTTATGGTTTTTGATGTTGTTTCCTTAAAACTCG
AAAATACTATTTCGTTGGAGTCGCTACTATCACATCCCATGTCTTTATAATATGATGCAA
CTTCTGTTTTGAACT

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3GQ57TF 615 0 0
G
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CTTGTTGACACAGCTGGTCGGATGCAGGATAATGAACCTTTGATGAGAGCTCAAAGCTCA
TTAACCTCAACAAACCAGACCTGGTCTTGTTTGTCGGTGAAGCTCTTGTTGGAAACGATG
CAGTTGATCAGCTCTCAAAGTTTAATCAGAAACTTTCGGATCTCTCCAATTCTGGGACCA
CAAGATTGATCGATGTAATCTTACTGACAAAGTTCGATACCATTGACGATAAGGTTGGAG
CAGCGTTATCGATGGTTTACATATCGGGAGCACCGGTTATGTTCGTGGGTTGTGGCCAGT
CTTACACTGACCTGAAGAAGCTCAATGTCAAAGCCATAGTCAAGACACTTCTCAAATGAT
CTTCTCATCACCATCATCACTATCTTCATCAACCACCATCATTTCTATCAATGTCTTATC
CATCATACTTTATCTTGAGTTCTTGTTTATGGTTTTTGATGTTGTTTCCTTAAAACTCGA
AAATACTATTTCGTTGGAGTCGCTACTATCACATCCCATGTCTTTATAATATGATGCAAC
TTCTGTTTTGAACT

QA 2 615 2 615
DS 



AS 1 6

CO CL1491Contig1 1089 6 18 U
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CGTCGGTTGCCCCAGTGACGGACATAATCCGACAGGGTCGTAGCACACTTGTGACGACTC
TTCAGATGTTCAAAATTCTCGGTCTCAACTGTCTCGCCACAGCTTATGTCCTAAGTGTCA
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CTGCGTTTTTCCTCTTCATATCTCACGCTCGACCGCTTCAAACCCTCTCTGCAGAGCGAC
CCCACCCGAGTGTCTTCTCCGTGTACCTCTTCCTCTCTCTCCTTGGACAGTTTGCTGTTC
ACATAACCTTCCTGATCTACTCCGTGAAGGAAGCTGAGAAGCACATGCCAGAGGAATGCA
TCGAACCAGATGCCACATTCCATCCTAACCTGGTGAACACCGTGTCCTACATGGTGAGCA
TGATGCTTCAGGTGGCAACTTTTGCTGTGAACTACATGGGACACCCGTTTAACCAGAGTA
TAAGGGAGAACAAACCTTTCTTCTACGCGCTCATTGCTGGGGCAGGGTTCTTCACGGTGA
TTGCATCTGATCTGTTCAGGGACCTGAACGATTCGCTAAAGCTGGTTCCTCTGCCTGAAG
GCATGAGGGACAAGCTCCTCCTCTGGGCTTTGCTTATGTTCGTCATTTGCTACTCGTGGG
AGAGGTTGCTCAGGTGGGCTTTCCCTGGTAAAATTCCTTCGTGGAAGCATAAGCAGAGAA
GTGTCAGTGCTAATCTGGAGAAGAAGAAGAAGGTATAATAATAAGGAGAGCCAAAACGGG
TTTAGGTTCAAAACAATCAAATACAATTTTAACTCAGAGAGATGTTGGGTTTTTTTTGGG
ATCTTGTTTTTGGCTGAAGCTTGGAAGAAGACATGAGCATAGGTCTCTCTTTTGGTTACT
TTATAACGGTCCTTCTCATTTCTTAACTTTTTTTGGGGTTACTCTCCTAGAAGGAAGAAG
CACACATTTCTCATATACTTGAATTAAAATGTTAAGAGGGTTACATTATTAGTCAGTCTC
TACGTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3D968TF U 1
AF RR3C885TF U 30
AF RR3CR76TF U 202
AF RR3D968JQ C 372
AF RR3C885JQ C 337
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BS 356 620 RR3D968TF
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BS 661 724 RR3C885TF
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BS 735 747 RR3C885TF
BS 748 812 RR3CR76TF
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BS 814 852 RR3CR76TF
BS 853 853 RR3C885JQ
BS 854 896 RR3CR76TF
BS 897 1089 RR3C885JQ

RD RR3D968TF 663 0 0
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CGTCGGTTGCCCCAGTGACGGACATAATCCGACAGGGTCGTAGCACACTTGTGACGACTC
TTCAGATGTTCAAAATTCTCGGTCTCAACTGTCTCGCCACAGCTTATGTCCTAAGTGTCA
TGTACTTGGACGGTGTGAAGCTCGGTGATGTCCAGGCAACAATCAGCGGCGTGTTAACAG
CTGCGTTTTTCCTCTTCATATCTCACGCTCGACCGCTTCAAACCCTCTCTGCAGAGCGAC
CCCACCCGAGTGTCTTCTCCGTGTACCTCTTCCTCTCTCTCCTTGGACAGTTTGTTGTTC
ACATAACCTTCCTGATCTACTCCGTGAAGGAAGCTGAGAAGCACATGCCAGAGGAATGCA
TCGAACCAGATGCCACATTCCATCCTAACCTGGTGAACACCGTGTCCTACATGGTGAGCA
TGATGCTTCAGGTGGCAACTTTTGCTGTGAACTACATGGGACACCCGTTTAACCAGAGTA
TAAGGGAGAACAAACCTTTCTTCTACGCGCTCATTGCTGGGGCAGGGTTCTTCACGGTGA
TTGCATCTGATCTGTTCAGG*ACCTGAACGAT*CGCTAAAGCTGGTTCCTCTGCCTGAAG
CAT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3C885TF 718 0 0
G
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GTCTCGCCACAGCTTATGTCCTAAGTGTCATGTACTTGGACGGTGTGAAGCTCGGTGATG
TCCAGGCAACAATCAGCGGCGTGTTAACAGCTGCGTTTTTCCTCTTCATATCTCACGCTC
GACCGCTTCAAACCCTCTCTGCAGAGCGACCCCACCCGAGTGTCTTCTCCGTGTACCTCT
TCCTCTCTCTCCTTGGACAGTTTGCTGTTCACATAACCTTCCTGATCTACTCCGTGAAGG
AAGCTGAGAAGCACATGCCAGAGGAATGCATCGAACCAGATGCCACATTCCATCCTAACC
TGGTGAACACCGTGTCCTACATGGTGAGCATGATGCTTCAGGTGGCAACTTTTGCTGTGA
ACTACATGGGACACCCGTTTAACCAGAGTATATGGGAGAACAAACCTTTCTTCCACGCGC
TCATTGCTGGGGCAGGGTTCTTCACGGTGATTGCATCTGATCTGTTCAGGGACCTGAACG
ATTCGCTAAAGCTGGTTCCTCTGCCTGAAAGCATGAGGGACAAGCTCCTCCTCTGGGCTT
TGCTTATGTTCGTCATTTGCTACTCGTGGGAGAG*TTGCTCAG*TGGGCTTTCCCTG

QA 2 718 2 718
DS 

RD RR3CR76TF 703 0 0
GG
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CACGCTCGACCGCTTCAAACCCTCTCTGCAGAGCGACCCCACCCGAGTGTCTTCTCCGTG
TACCTCTTCCTCTCTCTCCTTGGACAGTTTGCTGTTCACATAACCTTCCTGATCTACTCC
GTGAAGGAAGCTGAGAAGCACATGCCAGAGGAATGCATCGAACCAGATGCCACATTCCAT
CCTAACCTGGTGAACACCGTGTCCTACATGGTGAGCATGATGCTTCAGGTGGCAACTTTT
GCTGTGAACTACATGGGACACCCGTTTAACCAGAGTATAAGGGAGAACAAACCTTTCTTC
TACGCGCTCATTGCTGGGGCAGGGTTCTTCACGGTGATTGCATCTGATCTGTTCAGGGAC
CTGAACGATTCGCTCAAGCTGGTTCCTCTGCCTGAAGGCATGAGGGACAAGCTCCTCCTC
TGGGCTTTGCTTATGTTCGTCATTTGCTACTCGTGGGAGAGGTTGCTCAGGTGGGCTTTC
CCTGGTAAAATTCCTTCGTGGAAGCATAAGCAGAGAAGTGTCAGTGCTAATCTGGAGAAG
AAGAAGAAG*TATAATAATAAGGAGAGCCAAAACGGGTTTAGGTTCAAA*CAATCAAATA
CAATTTTAACTCAGAGAGATGTTGGGTTTTTTT
GGGATCTT

QA 3 695 3 695
DS 

RD RR3D968JQ 703 0 0
CTGATCTACTCCGTGAAGGAAGCTGAGAAGCACATGCCAGAGGAATGCATCGAACCAGAT
GCCACATTCCATCCTAACCTGGTGAACACCGTGTCCTACATGGTGAGCATGATGCTTCAG
GTGGCAACTTTTGCTGTGAACTACATGGGACACCCGTTTAACCAGAGTATAAGGGAGAAC
AAACCTTTCTTCTACGCGCTCATTGCTGGGGCAGGGTTCTTCACGGTGATTGCATCTGAT
CTGTTCAGGGACCTGAACGATTCGCTAAAGCTGGTTCCTCTGCCTGAAGGCATGAGGGAC
AAGCTCCTCCTCTGGGCTTTGCTT**GTTCGTCATTTGCTACTCGTGGGAGAGGTTGCTC
AGGTGGGCTTTCCCTGGTAAAATTCCTTCGTGGAAGCATAAGCAGAGAAGTGTCAGTGCT
AATCTGGAGAAGAAGAAGAAGGTATAATAATAAGGAGAGCCAAAACGGGTTTAGGTTCAA
AACAATCAAATACAATTTTAACTCAGAGAGATGTTGGGTTTTTTTTGGGATCTTGTTTTT
GGCTGAAGCTTGGAAGAAGACATGAGCATAGGTCTCTCTTTTGGTTACTTTATAACGGTC
CTTCTCATTTCTTAACTTTTTTTGGGGTTACTCTCCTAGAAGGAAGAAGCACACATTTCT
CATATACTTGAATTAAAATGTTAAGAGGGTTACATTATTAGTC

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DS 

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CTCTCCTTGGACAGTTTGCTGTTCACATAACCTTCCTGATCTACTCCGTGAAGGAAGCTG
AGAAGCACATGCCAGAGGAATGCATCGAACCAGATGCCACATTCCATCCTAACCTGGTGA
ACACCGTGTCCTACATGGTGAGCATGATGCTTCAGGTGGCAACTTTTGCTGTGAACTACA
TGGGACACCCGTTTAACCAGAGTATATGGGAGAACAAACCTTTCTTCCACGCGCTCATTG
CTGGGGCAGGGTTCTTCACGGTGATTGCATCTGATCTGTTCAGGGACCTGAACGATTCGC
TAAAGCTGGTTCCTCTGCCTGAAGGCATGAGGGACAAGCTCCTCCTCTGGGCTTTGCTTA
TGTTCGTCATTTGCTACTCGTGGGAGAGGTTGCTCAGGTGGGCTTTCCCTGGTAAAATTC
CTTCGTGGAAGCATAAGCAGAGAAGTGTCAGTGCTAATCTGGAGAAGAAGAAGAAGGTAT
AATAATAAGGAGAGCCAAAACGGGTTTAGGTTCAAAACAATCAAATACAATTTTAACTCA
GAGAGATGTTGGGTTTTTTTTGGGATCTTGTTTTTGGCTGAAGCTTGGAAGAAGACATGA
GCATAGGTCTCTCTTTTGGTTACTTTATAACGGTCCTTCTCATTTCTTAACTTTTTTTGG
GGTTACTCTCCTAGAAGGAAGAAGCACACATTTCTCATATACTTGAATTAAAATGTTAAG
AGGGTTACATTATTAGTCAGTCTCTACGTCTCC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3CR76JQ 503 0 0
GGTTCTTCACGGTGATTGCATCTGATCTGTTCAGGGACCTGAACGATTCGCTCAAGCTGG
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TTTGCTACTCGTGGGAGAGGTTGCTCAGGTGGGCTTTCCCTGGTAAAATTCCTTCGTGGA
AGCATAAGCAGAGAAGTGTCAGTGCTAATCTGGAGAAGAAGAAGAAGGTATAATAATAAG
GAGAGCCAAAACGGGTTTAGGTTCAAAACAATCAAATACAATTTTAACTCAGAGAGATGT
TGGGTTTTTTTTGGGATCTTGTTTTTGGCTGAAGCTTGGAAGAAGACATGAGCATAGGTC
TCTCTTTTGGTTACTTTATAACGGTCCTTCTCATTTCTTAACTTTTTTTGGGGTTACTCT
CCTAGAAGGAAGAAGCACACATTTCTCATATACTTGAATTAAAATGTTAAGAGGGTTACA
TTATTAGTCAGTCTCTACGTC
CC

QA 1 501 1 501
DS 



AS 1 4

CO CL1492Contig1 1302 4 17 U
GCTGAATTAACATTGACTATTGATTTATGAAGCTACAAAATCTCATATATTCTATAAGAA
AGAAGACGCAACAATCTGAACTCTTTATAAAATTGTAGACGTAGAGACGAAACAAAAACA
AAAAATAAACTTATGTCTCCGCAGAATACATTTTTTTCATCCATCTTAGTACAACAACAA
GCAAAGACAATAAATAAAGCAAGAATCCAAATTCAAACTTGGTTTGTTTGTACCTTAACA
GCCTTGAACGCTGGATGAAGCAATCCAAGCTCGTCTTTCATCTCAAGTGGATTGCTAGTC
TCGTTCCTCACTCTCTTGACTTTGCGACTAGCCAATGATTTGTGAGTGAAACCATATATT
TGCAGAATCTGGTTATCCCCAAAGTTAAAGGCTCTGTCCATTTGCTTTAGACACCGTTCC
ACGGGGTAATCCCCAAACTTCCCGCATGGTTTGCAACCCACAAAGTGAGTCACCAATGGC
CATCTGTGATCGCCTAGACCCGGGTGGTAGTTCTCTATCATTTCTTCGTATTTGTCGACA
AGTATTCCCCAGTAGCCGTGAAGATAGTATCCATTTTCAAGGAATACCTTATTACCCCAA
GTGTCACGCTGAGTAGCCAAGAGATAAACCATAGCAGACTGATCATCAGCTTCGAAAACA
GGCCTACCCTTGAGCTCACGGGTCAAAACCTTACCGACTTCCTCACGGATCTTCCCTTTA
GGACCCATAGGAGCCCAAGTATCAAGCAAATCAAGCGCCCATTGATTGTTCCTAAGCAAG
AAACTCCCAGTGTTCAACCCAATCCAATTCTTCTCATCGTAAACCATCTCATTCCACCAG
TGCATCACCAAGTTGTAATCTTTATACCTCTCCCACGGAAGCTCAAACGCCATGTCAGTA
AACATCGCATCACTATCCATCCACCAGAGAAACTCAATCTCAGGGTGAGATAGCAACAGC
TTCCTGATCAACGGCAACTTCGCCCAGAAACCAGCCATCTCGGCATAGTAAAGCCATGTT
GTAGAAGATCTCGATCCCGTGAAGCCTACAGTAATCGATCTTGTTCTTGATCGACTTCAA
CAGGTAATGGTCTCCGACGGGATTCTCACACGGCTTCGGAGCAGAACCAGTCACCAAGAG
GACACGTGGCTTGCTCGGTCCGATGAAGTTGGGGAAGGTCGGGTTCTTAGCTAACCAGTC
GGATCTCTGTTCGTCCCAATCGGATATCTTGGGTCCGAGAGTGTACGGTTTATTCGGGTC
GGGTTTCTCTTCTTCTCCTTCGTCAACGAATATCTTGTTGAC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F432JQ U 1
AF RR3EV94JQ U 2
AF RR3AS04JQ U 47
AF RR3AS04TF C 459
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BS 718 936 RR3AS04JQ
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AAAAATAAACTTATGTCTCCGCAGAATACATTTTTT*CATCCATCTTAGTACAACAACAA
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GCCTTGAACGCTGGATGAAGCAATCCAAGCTCGTCTTTCATCTCAAGTGGATTGCTAGTC
TCGTTCCTCACTCTCTTGACTTTGCGACTAGCCAATGATTTGTGAGTGAAACCATATATT
TGCAGAATCTGGTTATCCCCAAAGTTAAAGGCTCTGTCCATTTGCTTTAGACACCGTTCC
ACGGGGTAGTCCCCAAACTTCCCGCATGGTTTGCAACCCACAAAGTGAGTCACCAAGGGC
CATCTGTGATCGCCTAGACCCGGGTGGTAGTTCTCTATCATTTCTTCGTATTTGTCGACA
AGTATCCCCCAGTAGCCGTGAAGATAGTATCCATTTTCTAGGAATACCTTATTACCCCAA
GTGTCACGCTGAGTAGCCAAGAGATAAACCATAGCAGACTGATCATCAGCTTCGAAAACA
GGCCTACCCTTGAGCTCACGGGTCAAAACCTTACCGGCTTCCTCACGGATCTTCCCT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3EV94JQ 716 0 0
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GAAGACGCAACAATCTGAACTCTTTATAAAATTGTAGACGTAGAGACGAAACAAAAACAA
AAAATAAACTTATGTCTCCGCAGAATACATTTTTTTCATCCATCTTAGTACAACAACAAG
CACAGACAATAAATAAAGCAAGAATCCAAATTCAAACTTGGTTTGTTTGTACCTTAACAG
CCTTGAACGCTGGATGAAGCAATCCAAGCTCGTCTTTCATCTCAAGTGGATTGCTAGTCT
CGTTCCTCACTCTCTTGACTTTGCGACTAGCCAATGATTTGTGAGTGAAACCATATATTT
GCAGAATCTGGTTATCCCCAAAGTTAAAGGCTCTGTCCATTTGCTTTAGACACCGTTCCA
CGGGGTAATCCCCAAACTTCCCGCATGGTTTGCAACCCACAAAGTGAGTCACCAAGGGCC
ATCTGTGATCGCCTAGACCCGGGTGGTAGTTCTCTATCATTTC**CGTATTTGTCGACAA
GTATCCCCCAGTAGCCGTGAAGATAGTATCCATTTTCTAGGAATACCTTATTACCCCAAG
TGTCACGCTGAGTAGCCAAGAGATAAACCATAGCAGACTGATCATCAGCTTCGAAAACAG
GCCTACCCTTGAGCTCACGGGTCAAAACCTTACCGGCTTCCTCACAGATCTTCCCT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3AS04JQ 905 0 0
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ACGAAACAAAAACAAAAAATAAACTTATGTCTCCGCAGAATACATTTTTTTCATCCATCT
TAGTACAACAACAAGCAAAGACAATAAATATAGCAAGAATCCAAATTCAAACTTGGTTTG
TTTGTACCTTAACAGCCTTGAACGCTGGATGAAGCAATCCAAGCTCGTCTTTCATCTCAA
GTGGATTGCTAGTCTCGTTCCTCACTCTCTTGACTTTGCGACTAGCCAAAGATTTGTGAG
TGAAACCATATATTTGCAGAATCTGGTTATCCCCAAAGTTAAAGGCTCTGTCCATTTGCT
TTAGACACCGTTCCACGGGGTAATCCCCAAACTTCCCGCATGGTTTGCAACCCACAAAGT
GAGTCACCAATGGCCATCTGTGATCGCCTAGACCCGGGTGGTAGTTCTCTATCATTTCTT
CGTATTTGTCGACAAGTATTCCCCAGTAGCCGTGAAGATAGTATCCATTTTCAAGGAATA
CCTTATTACCCCAAGTGTCACGCTGAGTAGCCAAGAGATAAACCATAGCAGACTGATCAT
CAGCTTCGAAAACAGGCCTACCCTTGAGCTCACGGGTCAAAACCTTACCGACTTCCTCAC
GGATCTTCCCTTTAGGACCCATAGGAGCCCAAGTATCAAGCAAATCAAGCGCCCATTGAT
TGTTCCTAAGCAAGAAACTCCCAGTGTTCAACCCAATCCAATTCTTCTCATCGTAAACCA
TCTCATTCCACCAGTGCATCACCAAGTTGTAATCTTTATACCTCTCCCACGGAAGCTCAA
ACGCCATGTCAGTAAACATCGCATCACTATCCATCCACCAGAGAAACTCA
TCTCAGGTGAGATAG

QA 1 890 1 890
DS 

RD RR3AS04TF 844 0 0
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CATTTCTTCGTATTTGTCGACAAGTATTCCCCAGTAGCCGTGAAGATAGTATCCATTTTC
AAGGAATACCTTATTACCCCAAGTGTCACGCTGAGTAGCCAAGAGATAAACCATAGCAGA
CTGATCATCAGCTTCGAAAACAGGCCTACCCTTGAGCTCACGGGTCAAAACCTTACCGAC
TTCCTCACGGATCTTCCCTTTAGGACCCATAGGAGCCCAAGTATCAAGCAAATCAAGCGC
CCATTGATTGTTCCTAAGCAAGAAACTCCCAGTGTTCAACCCAATCCAATTCTTCTCATC
GTAAACCATCTCATTCCACCAGTGCATCACCAAGTTGTAATCTTTATACCTCTCCCACGG
AAGCTCAAACGCCATGTCAGTAAACATCGCATCACTATCCATCCACCAGAGAAACTCAAT
CTCAGGGTGAGATAGCAACAGCTTCCTGATCAACGGCAACTTCGCCCAGAAACCAGCCAT
CTCGGCATAGTAAAGCCATGTTGTAGAAGATCTCGATCCCGTGAAGCCTACAGTAATCGA
TCTTGTTCTTGATCGACTTCAACAGGTAATGGTCTCCGACGGGATTCTCACACGGCTTCG
GAGCAGAACCAGTCACCAAGAGGACACGTGGCTTGCTCGGTCCGATGAAGTTGGGGAAGG
TCGGGTTCTTAGCTAACCAGTCGGATCTCTGTTCGTCCCAATCGGATATCTTGGGTCCGA
GAGTGTACGGTTTATTCGGGTCGGGTTTCTCTTCTTCTCCTTCGTCAACGAATATCTTGT
TGAC

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 6

CO CL1493Contig1 1062 6 30 U
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TTGGTAAGAGAGAAGCAAAAGTGATAAATCTCTGAGCTTTTTTATCTGATTCTTTAGAGA
TGGCGGTTGCTCCGGCGAGAGCTCGTTCTGACTATGATTACCTCATCAAGCTCCTTCTCA
TCGGAGACAGCGGTGTGGGGAAGAGTTGCTTGTTGCTGCGTTTCTCAGATGATACTTTCA
CTACAAGTTTCATTACTACCATTGGAATTGACTTCAAGATAAGAACCGTTGAGCTTGATG
GGAAGCGTATCAAATTGCAGATATGGGACACTGCTGGTCAAGAACGTTTCAGAACTATCA
CCACAGCGTATTACAGAGGAGCGATGGGTATACTGCTTGTCTACGACGTAACCGATGAGT
CATCCTTCAACAACATTAGGAACTGGATGAAGAACATAGAGCAGCATGCCTCAGATAACG
TCAACAAAATACTGGTCGGTAACAAAGCTGACATGGATGAGAGCAAAAGGGCTATCCCAA
CAGCAAAGGGCCAAGCTTTAGCTGATGAATATGGAATCAAATTCTTTGAAACGAGTGCAA
AAACAAACCTCAATGTTGAGTCGGTTTTCCTCTCTATTGCAAAAGACATCAAACAAAGAT
TGACAGAAACCGATACAAAGGCAGAGCCTCAAGGCATCAAGATCACTAAACAAGATGCTG
CTTCATCGTCTTCTACTACAGCTGAGAAATCAGCTTGCTGTAGTTATGTTTAGGAGTTTG
ATGATCGCTCTTCTTTCGCCTGCACTGGTTTTCTTTAAGTCTCTAGCCATCTGATGTTAC
ATCTCTTACTGTCTCAAATCAGAGATCGTTCTTGTTTTGTGTAACATAGGACGAGTAGGA
TATCTCTCATTGATGGTTGTGATCTTGTATGTCTTGTCTAATTTGTTATCTTTGTGATTC
TG**TACAATTGATCTTCCTGATATGGAA*GACAATGTTGGTCAAAAACAATGTTTAAAG
ACTTTTGAATTTATGAAATGAAACTGTTGTAGTGTGTAAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 35 35 35 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3H031TF U 59
AF RR3BF46TF U 1
AF RR3B333TF U 39
AF RR3B333JQ C 167
AF RR3BF46JQ C 176
AF RR3H031JQ C 273
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BS 98 289 RR3BF46TF
BS 290 290 RR3H031TF
BS 291 625 RR3BF46TF
BS 626 626 RR3H031TF
BS 627 727 RR3BF46TF
BS 728 728 RR3B333TF
BS 729 838 RR3BF46TF
BS 839 889 RR3B333TF
BS 890 890 RR3B333JQ
BS 891 898 RR3B333TF
BS 899 899 RR3B333JQ
BS 900 910 RR3B333TF
BS 911 911 RR3B333JQ
BS 912 917 RR3B333TF
BS 918 918 RR3B333JQ
BS 919 925 RR3B333TF
BS 926 926 RR3B333JQ
BS 927 934 RR3B333TF
BS 935 935 RR3B333JQ
BS 936 946 RR3B333TF
BS 947 947 RR3B333JQ
BS 948 958 RR3B333TF
BS 959 962 RR3B333JQ
BS 963 964 RR3BF46JQ
BS 965 1057 RR3B333JQ
BS 1058 1062 RR3BF46JQ

RD RR3H031TF 629 0 0
TTTTT
GTAAGAGAGAAGCAAAAGTGATAAATCTCTGAGCTTTTTTATCTGATTCTTTAGAGATGG
CGGTTGCTCCGGCGAGAGCTCGTTCTGACTATGATTACCTCATCAAGCTCCTTCTCATCG
GAGACAGCGGTGTGGGGAAGAGTTGCTTGTTGCTGCGTTTCTCAGATGATACTTTCACTA
CAAGTTTCATTACTACCATTGGAATTGACTTCAAGATAAGAACCGTTGAGCTTGATGGGA
AGCGTATCAAATTGCAGATATGGGACACTGCTGGTCAAGAACGTTTCAGAACTATCACCA
CAGCGTATTACAGAGGAGCGATGGGTATACTGCTTGTCTACGACGTAACCGATGAGTCAT
CCTTCAACAACATTAGGAACTGGATGAAGAACATAGAGCAGCATGCTTCAGATAACGTCA
ACAAAATACTGGTCGGTAACAAAGCTGACATGGATGAGAGCAAAAGGGCTATCCCAACAG
CAAAGGGCCAAGCTTTAGCTGATGAATATGGAATCAAATTCTTTGAAACGAGTGCAAAAA
CAAACCTCAATGTTGAGTCGGTTTTCCTCTCTATTGCAAAAGACATCAAACAAAGATTGA
CAGAAACCGATACAAAGGCAGAGC

QA 6 629 6 629
DS 

RD RR3BF46TF 838 0 0
GGATATATACCATTTCAATCTCTTCTGGAAAACAGAAAAGAAGAAGAAGCAGAGCTAGCT
TTTGTAAGAGAGAAGCAAAAGTGATAAATCTCTGAT*TTTTTTATCTGATTCTTTAGAGA
TGGCGGTTGCTCCGGCGAGAGCTCGTTCTGACTATGATTACCTCATCAAGCTCCTTCTCA
TCGGAGACAGCGGTGTGGGGAAGAGTTGCTTGTTGCTGCGTTTCTCAGATGATACTTTCA
CTACAAGTTTCATTACTACCATTGGAATTGACTTCAAGATAAGAACCGTGGAGCTTGATG
GGAAGCGTATCAAATTGCAGATATGGGACACTGCTGGTCAAGAACGTTTCAGAACTATCA
CCACAGCGTATTACAGAGGAGCGATGGGTATACTGCTTGTCTACGACGTAACCGATGAGT
CATCCTTCAACAACATTAGGAACTGGATGAAGAACATAGAGCAGCATGCCTCAGATAACG
TCAACAAAATACTGGTCGGTAACAAAGCTGACATGGATGAGAGCAAAAGGGCTATCCCAA
CAGCAAAGGGCCAAGCTTTAGCTGATGAATATGGAATCAAATTCTTTGAAACGAGTGCAA
AAACAAACCTCAATGTTGAGTCGGTCTTCCTCTCTATTGCAAAAGACATCAAACAAAGAT
TGACAGAAACCGATACAAAGGCAGAGCCTCAAGGCATCAAGATCACTAAACAAGATGCTG
CTTCATCCTCTTCTACTACAGCTGAGAAATCAGCTTGCTGTAGTTATGTTTAGGAGTTTG
ATGATCGCTCTTCTTTCGCCTGCACTGGTTTTCTTTAAGTCTCTAGCCATCTGATGTT

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR3B333TF 921 0 0
G
GAAGAAGAAGCAGAGCTAGCTTTGGTAAGAGAGAAGCAAAAGTGATAAATCTCTGAGCTT
TTT*ATCTGAT*CTTTAGAGATGGCGGTTGCTCCGGCGAGAGCTCGTTCTGACTATGATT
ACCTCATCAAGCTCCTTCTCATCGGAGACAGCGGTGTGGGGAAGAGTTGCTTGTTGCTGC
GTTTCTCAGATGATACTTTCACTACAAGTTTCATTACTACCATTGGAATTGACTTCAAGA
TAAGAACCGTTGAGCTTGATGGGAAGCGTATCAAATTGCAGATATGGGACACTGCTGGTC
AAGAACGTTTCAGAACTATCACCACAGCGTATTACAGAGGAGCGATGGGTATACTGCTTG
TCTACGACGTAACCGATGAGTCATCCTTTAACA***TTAGGAACTGGATGAAGAACATAG
AGCAGCATGCCTCAGATAACGTCAACAAAATACTGGTCGGTAACAAAGCTGACATGGATG
AAAGCAAAAGGGCTATCCCAACAGCAAAGGGCCAAGCTTTAGCTGATGAATATGGAATCA
AATTCTTTGAAACGAGTGCAAAAACAAACCTCAATGTTGAGTCGGTTTTCCTCTCTATCG
CAAAAGACATCAAACAAAGATTGACAGAAACCGATACAAAGGCAGAGCCCCAAGGCATCA
AGATCACTAAACAAGATGCTGCTTCATCGTCTTCTACTACAGCTGAGAAATCAGCTTGCT
GTAGTTATGTTTAGGAGTTTGATGATCGCTCTTCTTTCGCCTGCACTGGTTTTCTTTAAG
TCTCTAGCCATCTGATGTTACATCTCTTACTGTCTCAAATCAGAGATCGTTCTTGTTTTG
TGTAACATAG*ACGAGTAG*ATATCTCTCAT*GATGGT*GTGATCT*GTATGTCT*GTCT
AATTTGT*ATCTTTGTGAT
C

QA 2 920 2 920
DS 

RD RR3B333JQ 894 0 0
TCAAGCT
CTTCTCATCGGAGACAGCGGTGTGGGGAAGAGTTGCTTGTTGCTGCGTTTCTCAGATGAT
ACTTTCACTACAAGTTTCATTACTACCATTGGAATTGACTTCAAGATAAGAACCGTTGAG
CTTGATGGGAAGCGTATCAAATTGCAGATATGGGACACTGCTGGTCAAGAACGTTTCAGA
ACTATCACCACAGCGTATTACAGAGGAGCGATGGGTATACTGCTTGTCTACGACGTAACC
GATGAGTCATCCTTTAACA***TTAGGAACTGGATGAAGAACATAGAGCAGCATGCCTCA
GATAACGTCAACAAAATACTGGTCGGTAACAAAGCTGACATGGATGAAAGCAAAAGGGCT
ATCCCAACAGCAAAGGGCCAAGCTTTAGCTGATGAATATGGAATCAAATTCTTTGAAACG
AGTGCAAAAACAAACCTCAATGTTGAGTCGGTTTTCCTCTCTATCGCAAAAGACATCAAA
CAAAGATTGACAGAAACCGATACAAAGGCAGAGCCCCAAGGCATCAAGATCACTAAACAA
GATGCTGCTTCATCGTCTTCTACTACAGCTGAGAAATCAGCTTGCTGTAGTTATGTTTAG
GAGTTTGATGATCGCTCTTCTTTCGCCTGCACTGGTTTTCTTTAAGTCTCTAGCCATCTG
ATGTTACATCTCTTACTGTCTCAAATCAGAGATCGTTCTTGTTTTGTGTAACATAGGACG
AGTAGGATATCTCTCATTGATGGTTGTGATCTTGTATGTCTTGTCTAATTTGTTATCTTT
GTGATTCTGAGTACAATTGATCTTCCTGATATGGAA*GACAATGTTGGTCAAAAACAATG
TTTAAAGACTTTTGAATTTATGAAATGAAACTGTTGTAGTGTGT
AAC

QA 8 891 8 891
DS 

RD RR3BF46JQ 887 0 0
TCTCATCGGAGACAGCGGTGTGGGGAAGAGTTGCTTGTTGCTGCGTTTCTCAGATGATAC
TTTCACTACAAGTTTCATTACTACCATTGGAATTGACTTCAAGATAAGAACCGTGGAGCT
TGATGGGAAGCGTATCAAATTGCAGATATGGGACACTGCTGGTCAAGAACGTTTCAGAAC
TATCACCACAGCGTATTACAGAGGAGCGATGGGTATACTGCTTGTCTACGACGTAACCGA
TGAGTCATCCTTCAACAACATTAGGAACTGGATGAAGAACATAGAGCAGCATGCCTCAGA
TAACGTCAACAAAATACTGGTCGGTAACAAAGCTGACATGGATGAGAGCAAAAGGGCTAT
CCCAACAGCAAAGGGCCAAGCTTTAGCTGATGAATATGGAATCAAATTCTTTGAAACGAG
TGCAAAAACAAACCTCAATGTTGAGTCGGTCTTCCTCTCTATTGCAAAAGACATCAAACA
AAGATTGACAGAAACCGATACAAAGGCAGAGCCTCAAGGCATCAAGATCACTAAACAAGA
TGCTGCTTCATCCTCTTCTACTACAGCTGAGAAATCAGCTTGCTGTAGTTATGTTTAGGA
GTTTGATGATCGCTCTTCTTTCGCCTGCACTGGTTTTCTTTAAGTCTCTAGCCATCTGAT
GTTTCATCTCTTACTGTCTCAAATCAGAGATCGTTCTTGTTTTGTGTAACATAGGACGGG
TAGGATATATCTCATTGATGGTTGTGATCTTGTATGTCTTGTCTAATTTGTTATCTTTGT
GATTCTG**TACAATTGATCTTCCTTTTACGGAA*GACAATGTTGGTCAAAAACAATGTT
TAAAGACTTTTGAATTTATGAAATGAAACTGTTGTAGTGTGTAAAAT

QA 1 887 1 887
DS 

RD RR3H031JQ 785 0 0
TTCAAGATAAGAACCGTTGAGCTTGATGGGAAGCGTATCAAATTGCAGATATGGGACACT
GCTGGTCAAGAACGTTTCAGAACTATCACCACAGCGTATTACAGAGGAGCGATGGGTATA
CTGCTTGTCTACGACGTAACCGATGAGTCATCCTTCAACAACATTAGGAACTGGATGAAG
AACATAGAGCAGCATGCTTCAGATAACGTCAACAAAATACTGGTCGGTAACAAAGCTGAC
ATGGATGAGAGCAAAAGGGCTATCCCAACAGCAAAGGGCCAAGCTTTAGCTGATGAATAT
GGAATCAAATTCTTTGAAACGAGTGCAAAAACAAACCTCAATGTTGAGTCGGTTTTCCTC
TCTATTGCAAAAGACATCAAACAAAGATTGACAGAAACCGATACAAAGGCAGAGCCTCAA
GGCATCAAGATCACTAAACAAGATGCTGCTTCATCGTCTTCTACTACAGCTGAGAAATCA
GCTTGCTGTAGTTATGTTTAGGAGTTTGATGATCGCTCTTCTTTCGCCTGCACTGGTTTT
CTTTAAGTCTCTAGCCATCTGATGTTTCATCTCTTACTGTCTCAAATCAGAGATCGTTCT
TGTTTTGTGTAACATAGGACGAGTAGGATATATCTCATTGATGGTTGTGATCTTGTATGT
CTTGTCTAATTTATTATCTTTGTGATTCTG**TACAATTGATCTTCCTGATATGGAAAGA
CAATGTTGGTCAAAAACAATGTT*ATAGACTTTTGAATTTATGAAATGAAACTGTTGTAG
TGTGT

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 5

CO CL1494Contig1 966 5 24 U
GCAGAGTAACGAAAGTACCGAGACCATTGAGTCTTTTCATAAATGTGATAGACAACAACA
ACAACAGTAAACAACGTTATGGGTTTATTTTTTTATTTTCAATAATTTACCACAGAACAA
CAGCTTTACAAGAAGGTAAAAAACCTCGGAGAATGAGATAAACTGG*TGGTCAGAGAGCA
AAGGTAAAA*GAATCCTTTTAGCATTCACATCCTGCTGACCTCTGTGGGTTGCTGGTTCC
GACATCGATTGTGTCCGGCAAGTACATTTCATCCTCTTCTCCACTCTTCATTGCATTCTT
GGTAATACAAAAGAATGCGTCTTCAACATTGGTGCCTTCTTTAGCAGAAGTTTCATAGTA
TGGGATGTTTCCTTTTGAAGCACACCAAGCTCGAGCCTTCTTCTCTGAAACCACACGGCT
GTTTCCACCATCTACATCGATTTTGTTACCGATGACAACAAAGGGGAAGTTCTCTGGATC
AGATGGACTCGCCTGGATCAGAAACTCTTCCCTCCAGTTATTGAGATCCTCAAATGATTT
GGCGGAGTTGACATCATAGACAAGTACACAGCAATCAGCACCGCGATAAAAAGCTACCCC
AAGGCTCTGGAACCTTTCCTGACCAGCGGTGTCCCATATCTGTAAAGTGAAAAGGCGGTC
TTCATAGTGCACTTCCTTAGTCAAGAAATCGGCACCAATGGTGGCCTTGTACTGGTTGCT
AAACTTCTTATTAACATATTGATTCATCAAAGAGGTCTTCCCCACCCCGCTATCGCCGAG
GATGATGACTTTGAGGAGAGTTCTTCTACGGGAAGTCATCGAAACTCGGACTAGAGATGA
AATCAACGATTCACGGATGGATCTCGGCTATCTCTCTCTCTCTCCCCCTCTCTCTCTCTA
AGTAAAGTCGGTGTTTTGTTTTCTTCTTCCCTTCTCTTCTCGCTTGTAAAGCTGTTGCTG
CTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3FL27JQ U 1
AF RR3FS24JQ U 29
AF RR3AK49JQ U 105
AF RR3AK49TF C 217
AF RR3FL27TF C 231
BS 1 154 RR3FL27JQ
BS 155 156 RR3FS24JQ
BS 157 166 RR3FL27JQ
BS 167 167 RR3FS24JQ
BS 168 189 RR3FL27JQ
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BS 191 353 RR3FL27JQ
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BS 651 669 RR3FS24JQ
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RD RR3FL27JQ 650 0 0
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ACAACAGTAAACAACGTTATGGGTTTATTTTTTTATTTTCAATAATTTACCACAGAACAA
CAGCTTTACAAGAAGGTAAAAAACCTCGGAGAATAGGATAAACTGGGTGGTCAGAGAGCA
AAGGTAAAAAGAATCCTTTTAGCATTCACATCCTGCTGACCTCTGTGGGTTGCTGGTTCC
GACATCGATTGTGTCCGGCAAGTACATTTCATCCTCTTCTCCACTCTTCATTGCATTCTT
GGTAATACAAAAGAATGCGTCTTCAACATTGGTGCCTTCTTTAGCAGAAGTTT**TAGTA
TGGGATGTTTCCTTTTGAAGCACGCCAAGCTCGAGCCTTCTTCTCTGAAACCACACGGCT
GTTTCCACCATCTACATCGATTTTGTTACCGATGACAACAAAGGGGAAGTTCTCTGGATC
AGATGGACTCGCCTGGATCAGAAACTCTTCCCTCCAGTTATTGAGATCCTCAAATGATTT
GGCGGAGTTGACATCATAGACAAGTACACAGCAATCAGCACCGCGATAAAAAGCTACCCC
AAAGCTCTGGAACCTTTCCTGACCAGCGGTGTCCCATATCTGTAAAGTGA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3FS24JQ 690 0 0
GAGTCTTTTCATAAATGTGATAGACAACAACAACAACAGTAAACAACGTTATGGGTTTAT
TTTTTTATTTTCAATAATTTACCACAGAACAACAGCTTTACAAGAAGGTAAAAAACCTCG
GAGAATGAGATAAACTGG*TGGTCAGAGAGCAAAGGTAAAA*GAATCCTTTTAGCATTCA
CATCCTGCTGACCTCTGTGGGTTGCTGGTTCCGACATCGATTGTGTCCGGCAAGTACATT
TCATCCTCTTCTCCACTCTTCATTGCATTCTTGGTAATACAAAAGAATGCGTCTTCAACA
TTGGTGCCTTCTTTAGCAGAAGTTTCATAGTAGGGGATGTTTCCTTTTGAAGCACACCAA
GCTCGAGCCTTCTTCTCTGAAACCACACGGCTGTTTCCACCATCTACATCGATTTTGTTA
CCGATGACAACAAAAGGGAAGGTCTCTGGATCAGATGGGCTCGCCTGAATCAGAAACTCT
TCCCTCCAGTTATTGAGATCCTCAAATGATTTCGCGGAGTTGACATCATAGACAAGTACA
CAGCAATCAGCACCGCGATAAAAAGCTACCCCAAGGCTCTGGAACCTTTCCTGACCAGCG
GTGTCCCATATCTGTAAAGTGAAAAGGCGGTCTTCATAGTGTACTTCCTTAGTCAAGAAA
TCGGCACCAATGGTGGCCTTGTACTGGTTG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3AK49JQ 574 0 0
ATTTACCACAGAACAACAGATTTACAAAAAGGTAAAAAACCTCGGAAAATGAAATAAACT
GG*TGGTCAAAGAGCAAAGGTAAAA*GAATCCTTTTAGCATTCACATCCTGCTGACCTCT
GGGGGTTGCTGGTTCCGACATCGATTGTGTCCGGCAAGTACATTTCATCCTCTTCTCCAC
TCTTCATTGCATTCTTGGTAATACACAAAAATGCGTCTTCAACATTGGTGCCTTCTTTAG
CAAAAGTTTCATAGTATGGGATGTTTCCTTTTGAAGCACACCAAGCTCGAGCCTTCTTCT
CTGAAACCACACGGCTGTTTCCACCATCCACATCGATTTTGTTACCGATGACAACAAAGG
GGAAGTTCTCTGGATCAAATGGACTCGCCTGGATCAAAAACTCTTCCCTCCAGTTATTGA
GATCATCAAATGATTTGGCGGAGTTGACATCATAGACAAGTACACAGCAATCAGCACCGC
GATAAAAAGCTACCCCAAGGCTCTGGAACCTTTCCTGACCAGCGGTGTCCCATATCTGTA
AAGTGAAAAGGCGGTCTTCATAGTGCACTTCCTT

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3AK49TF 745 0 0
TGACCTCTGTGGGTTGCTGGTTCCGACATCGATTGTGTCCGGCAAGTACATTTCATCCTC
TTCTCCACTCTTCATTGCATTCTTGGTAATACACAAGAATGCGTCTTCAACATTGGTGCC
TTCTTTAGCAGAAGTTTCATAGTATGGGATGTTTCCTTTTGAAGCACACCAAGCTCGAGC
CTTCTTCTCTGAAACCACACGGCTGTTTCCACCATCCACATCGATTTTGTTACCGATGAC
AACAAAGGGGAAGTTCTCTGGATCAGATGGACTCGCCTGGATCAGAAACTCTTCCCTCCA
GTTATTGAGATCATCAAATGATTTGGCGGAGTTGACATCATAGACAAGTACACAGCAATC
AGCACCGCGATAAAAAGCTACCCCAAGGCTCTGGAACCTTTCCTGACCAGCGGTGTCCCA
TATCTGTAAAGTGAAAAGGCGGTCTTCATAGTGCACTTCCTTAGTCAAGAAATCGGCACC
AATGGTGGCCTTGTACTGGTTGCTAAACTTCTTATTAACATATTGATTCATCAAAGAGGT
CTTCCCCACCCCGCTATCGCCGAGGATGATGACTTTGAGGAGAGTTCTTCTACGGGAAGT
CATCGAAACTCGGACTAGAGATGAAATCAACGATTCACGGATGGATCTCGGCTATCTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAGTAAAGTCGGTGTTT*GTTTTCTTCTTCCCTTCTC
TTCTCGCTTGTAAAGCTGTTGCT
CC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3FL27TF 736 0 0
GTGCTGG
TCCGACATCGATTGTGTC*GGCAAGTACATTTCATCCTCTTCTCCACTCTTCATTGCATT
CTTGGTAATACAAAAGAATGCGTCTTCAACATTGGTGCCTTCTTTAGCAGAAGTTT**TA
GTATGGGATGTTTCCTTTTGAAGCACGCCAAGCTCGAGCCTTCTTCTCTGAAACCACACG
GCTGTTTCCACCATCTACATCGATTTTGTTACCGATGACAACAAAGGGGAAGTTCTCTGG
ATCAGATGGACTCGCCTGGATCAGAAACTCTTCCCTCCAGTTATTGAGATCCTCAAATGA
TTTGGCGGAGTTGACATCATAGACAAGTACACAGCAATCAGCACCGCGATAAAAAGCTAC
CCCAAGGCTCTGGAACCTTTCCTGACCAGCGGTGTCCCATATCTGTAAAGTGAAAAGGCG
GTCTTCATAGTGTACTTCCTTAGCCAAGAAATCAGCCCCAATAGTCGCCTTATACTGGTT
GCTAAACTTCTTATTAACATATTGGTTCATCAAAGAGGTCTTCCCCACCCCGCTATCGCC
GAGGATGATGACTTTGAGGAGAGTTCTTCTACGGGAAGTCATCGAACCTCGGACTAGAGA
TGAAATCAACGATTCACGGATGGATCTCGGCTATCTCTTTCTCTCTCCCCCT********
**AAGTAAAGTCGGTGTTTTGTTTTCTTCTTCCCTTCTCTTCTCGCTTGTAAAGCTGTTG
CTGCTCTCC

QA 8 736 8 736
DS 



AS 2 5

CO CL1495Contig1 927 2 4 U
GAGTAATGGAAACAGATCAACTCAAGCCTATCATACTGGCACAGGGGCAGTTTGAGTTCT
TTGCAGACATGTTTCAGAAACGAGATGGTGAAGTGAAAGGAGAGAATAAATACACATACA
GATTTTTATTTTATAGCAATTTTGATAGATAACAGTACCACCAAATGTCTTGAAGACTTT
GCAGCAGCAGCTCTAGCTCTAACTCCCACGGTATGTGGTGAAAGAAAAGGGTGAAAGTAA
CAGCGGGACGTGGAAATGCTCCCATTTCTGAGATTCAGTGACCTCAAACGCAATGGAAAC
ATAAGGGAAGAAGCCTCCTGGGCAATACTTCCCAGTGTTGAAGCTTATCCTATACGTCCC
TGGCTTCAAAGCCTCGACCAAATCCATCAGTGGCCCGCTACGCCCATCTTTATCAGTAGC
TGAAGTTCCCACCATGGACCAGTCCCCACGACCTTCATAACCAAAGGAAGGACTCGTAGT
ACCATTCCACACCTCCAAGTGGACTTCAACACCTACAGCTGGAGCACCACGTGAGACGTC
TAAGACATGAGTGGTGATGGGTGGCCTACTTCTCTTGGGAGCTTCTGCAACATTCAAATG
CCCTCCTATGATTCTCAGACGATCTTGAGGTTTTGTGGACTCGGTTTGTGAAACACCTTT
GGCCTTCTCGGAGAAGAGCTTTGCCATGCGGAGCTCAGTTATTTTCATCTGCTCCTTAGC
AGCAACCTCGAGCTCCACTATTGGTCTGTTTGCATACCTTCCCTTTAACTCGGCGAGCAT
CTGAGCGCGAGTCCTGCCGGAAGCGCAAACAAATGAAGATAAAAACCAAACTTTTGTCTG
TAGAGTACATTCCACTCTGCAAGCTCCTAAGAAAGAGAAGACAAATTCATCAGAAGTAAA
CTTTTAAAAGATCTGGAGCTCTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS11JQ U 1
AF RR3BI55TF C 497
BS 1 725 RR3GS11JQ
BS 726 726 RR3BI55TF
BS 727 778 RR3GS11JQ
BS 779 927 RR3BI55TF

RD RR3GS11JQ 778 0 0
GAGTAATGGAAACAGATCAACTCAAGCCTATCATACTGGCACAGGGGCAGTTTGAGTTCT
TTGCAGACATGTTTCAGAAACGAGATGGTGAAGTGAAAGGAGAGAATAAATACACATACA
GATTTTTATTTTATAGCAATTTTGATAGATAACAGTACCACCAAATGTCTTGAAGACTTT
GCAGCAGCAGCTCTAGCTCTAACTCCCACGGTATGTGGTGAAAGAAAAGGGTGAAAGTAA
CAGCGGGACGTGGAAATGCTCCCATTTCTGAGATTCAGTGACCTCAAACGCAATGGAAAC
ATAAGGGAAGAAGCCTCCTGGGCAATACTTCCCAGTGTTGAAGCTTATCCTATACGTCCC
TGGCTTCAAAGCCTCGACCAAATCCATCAGTGGCCCGCTACGCCCATCTTTATCAGTAGC
TGAAGTTCCCACCATGGACCAGTCCCCACGACCTTCATAACCAAAGGAAGGACTCGTAGT
ACCATTCCACACCTCCAAGTGGACTTCAACACCTACAGCTGGAGCACCACGTGAGACGTC
TAAGACATGAGTGGTGATGGGTGGCCTACTTCTCTTGGGAGCTTCTGCAACATTCAAATG
CCCTCCTATGATTCTCAGACGATCTTGAGGTTTTGTGGACTCGGTTTGTGAAACACCTTT
GGCCTTCTCGGAGAAGAGCTTTGCCATGCGGAGCTCAGTTATTTTCATCTGCTCCTTAGC
AGCAATCTCGAGCTCCACTATTGGTCTGTTTGCATACCTTCCCTTTAACTCGGCGAGC

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3BI55TF 431 0 0
AAGTGGACTTCAACACCTACAGCTGGAGCACCACGTGAGACGTCTAAGACATGAGTGGTG
ATGGGTGGCCTACTTCTCTTGGGAGCTTCTGCAACATTCAAATGCCCTCCTATGATTCTC
AGACGATCTTGAGGTTTTGTGGACTCGGTTTGTGAAACACCTTTGGCCTTCTCGGAGAAG
AGCTTTGCCATGCGGAGCTCAGTTATTTTCATCTGCTCCTTAGCAGCAACCTCGAGCTCC
ACTGTTGGTCTGTTTGCATACCTTCCCTTTAACTCGGCGAGCATCTGAGCGCGAGTCCTG
CCGGAAGCGCAAACAAATGAAGATAAAAACCAAACTTTTGTCTGTAGAGTACATTCCACT
CTGCAAGCTCCTAAGAAAGAGAAGACAAATTCATCAGAAGTAAACTTTTAAAAGATCTGG
AGCTCTGATCC

QA 1 431 1 431
DS 



CO CL1495Contig2 787 3 2 U
GGAACAGACTTTCGTCTCCCACCAGCTAACAGCAGAACTAGGATCAGTGAAAGAAACCAA
AAATGGCGATGGCGATGACGATGAAGATCAGGGAAGAAGACTGGATGGTTTGCTGCGGAA
GCTCCGATTTCGCGAAGCTAATGGTGAAAGCTTCTCCCTTTAGCTCTTTAGAAGCATCCA
TCGAATCCGCAAGAGACATCTGGTTCAACCAAGTCAACGTCGCGGCTTGGCTCGAAGCCT
TCGCTGCTCATCCTCAGATCGGGAAGTCTCCTTCGCCTTCTAGCAACTCCGATTTCGCTC
GCAGGAGCGTGACGGAGCAGTCCACTGCCTTTGCCACAACCTCTGCTTCTGCCTTAGAGG
AGCTTGCAGAGTGGAATGTACTCTACAGACAAAAGTTTGGTTTTATCTTCATTGTTTGCG
CTTCCGGCAGGACTCACGCCCAGATGCTCGCCGAGTTAAAGGGAAGGTATGCAAACAGAC
CAATAGTGGAGCTCGAGATTGCTGCTAAGGAGCAGATGAAAATAACTGAGCTCCGCATGG
CAAAGCTCTTCTCCGAGAAGGCCAAAGGTGTTTCACAAACCGAGTCCACAAAACCTCAAG
AAGCTCCCAAGAGAAGTAGGCCACCCATCACCACTCATGTCTTAGACGTCTCACGTGGTG
CTCCAGCTGTAGGGTGTTGAAGTCCACTTGGAGGTGTGGGATGGTACTACGAGTCCTTCC
TTTGGTTATGAAAGTCGTGGGGACTGGTCCATGGTGGGAACTTCAGCTACTGATAAAGAT
GGGCGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS11TF U 1
AF RR3H510TF U 28
AF RR3FH74TF U 22
BS 1 601 RR3GS11TF
BS 602 787 RR3FH74TF

RD RR3GS11TF 615 0 0
GGAACAGACTTTCGTCTCCCACCAGCTAACAGCAGAACTAGGATCAGTGAAAGAAACCAA
AAATGGCGATGGCGATGACGATGAAGATCAGGGAAGAAGACTGGATGGTTTGCTGCGGAA
GCTCCGATTTCGCGAAGCTAATGGTGAAAGCTTCTCCCTTTAGCTCTTTAGAAGCATCCA
TCGAATCCGCAAGAGACATCTGGTTCAACCAAGTCAACGTCGCGGCTTGGCTCGAAGCCT
TCGCTGCTCATCCTCAGATCGGGAAGTCTCCTTCGCCTTCTAGCAACTCCGATTTCGCTC
GCAGGAGCGTGACGGAGCAGTCCACTGCCTTTGCCACAACCTCTGCTTCTGCCTTAGAGG
AGCTTGCAGAGTGGAATGTACTCTACAGACAAAAGTTTGGTTTTATCTTCATTGTTTGCG
CTTCCGGCAGGACTCACGCCCAGATGCTCGCCGAGTTAAAGGGAAGGTATGCAAACAGAC
CAATAGTGGAGCTCGAGATTGCTGCTAAGGAGCAGATGAAAATAACTGAGCTCCGCATGG
CAAAGCTCTTCTCCGAGAAGGCCAAAGGTGTTTCACAAACCGAGTCCACAAAACCTCAAG
A
TCGTCTGAGAATCA

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3H510TF 585 0 0
GGG
AGCAGAACTAGGATCAGTGAAAGAAAACAAAAATGGCGATGGCGATGACGATGAAGATCA
GGGAAGAAGACTGGATGGTTTGCTGCGGGAGCTCAGATTTCGCGAAGCTGATGGTGAAAG
CTTCTCCCTTTAGCTCTTTAGAAGCATCCATCGAATCCGCAAGAGACATCTGGTTCAACC
AAGTCAACGTCGCGGCTCGGCTCGAAGCCTTCGCTGCTCATCCTCAGATCGGGAAGTCTC
CTTCGCCTTCCAGCAACTCCGATTTCGCTCGCAGGAGCGTGACGGAGCAGTCCACTGCCT
TTGCCACAACCTCTGCTTCTGCCTTAGAGGAGCTTGCAGAGTGGAATGTACTGTACAGAC
AAAAGTTTGGTTTTATCTTCATTATTTGCGCTTCCGGCAGGACTCACGCCGAGATGCTCG
CCGAGTTAAAGGGAAGGTATGCAAACAGACCAATAGTGGAGCTCGAGATTGCTGCTAAGG
AGCAGATGAAAATAACTGAGCTCCGGATGGCAAAGCTCTTCTCCGAGAAGGCCAAAGGTG
TTTCACAAACTGAGTCCACAAAACCTCAAGA
AGCTCCTCCCA

QA 4 574 4 574
DS 

RD RR3FH74TF 766 0 0
GGAGCTAAC
AGCAGAACTAGGATCAGTGAAAGAGACCAAAAATGGCGGTGGCGATGACGATGAAGATCA
GGGAAGAAGACTGGATGGTTTGCTGCGGAAGCTCCGATTTCGTGAAGCTAATGGTGAAAG
CTTCTCCCTTTAGCTCTTTAGAAGCATCCATCGAATCCGCAAGAGACATCTGGTTCAACC
AAGTCAACGTCGCGGCTTGGCTCGAAGCCTTCGCTGCTCATCCTCAGATCGGGAAGTCTC
CTTCGCCTTCTAGCAACTCCGATTTCGCTCGCAGGAGCGTGACGGAGCAGTCCACTGCCT
TTGCCACAACCTCTGCTTCTGCCTTAGAGGAGCTTGCAGAGTGGAATGTACTCTACAGAC
AAAAGTTTGGTTTTATCTTCATTGTTTGCGCTTCCGGCAGGACTCACGCCCAGATGCTCG
CCGAGTTAAAGGGAAGGTATGCAAACAGACCAATAGTGGAGCTCGAGATTGCTGCTAAGG
AGCAGATGAAAATAACTGAGCTCCGCATGGCAAAGCTCTTCTCCGAGAAGGCCAAAGGTG
TTTCACAAACCGAGTCCACAAAACCTCAAGAAGCTCCCAAGAGAAGTAGGCCACCCATCA
CCACTCATGTCTTAGACGTCTCACGTGGTGCTCCAGCTGTAGGGTGTTGAAGTCCACTTG
GAGGTGTGGGATGGTACTACGAGTCCTTCCTTTGGTTATGAAAGTCGTGGGGACTGGTCC
ATGGTGGGAACTTCAGCTACTGATAAAGATGGGCGTA

QA 10 766 10 766
DS 



AS 1 6

CO CL1496Contig1 766 6 13 U
GGATCGAGGGAGGAAATGGTCTGTTATACACTGGATCTCTTCATCGTCGTCAGTGGAGAT
GAGATTGAAATCGAAGCACTCACACAGACAGAACGAAGATCAAGAATGGCTCTCGAGGCA
TGGTTAATGGATGATAGCAATGAAGATCAGAGACTTCCTCATCATCCTAACCCCAAAGAG
CTCCTCCCTATGGATTACTTGGCTGAACTGGGAGTATTGTACTGGAAGTTGAACCCTGAG
AACTACGAGAATGATTCCGAGCTAGCCAAGATTAGAGATGAAAGGGGTTACGATTACATG
GATTTGCTGGATCTGTGTCCCGAGAAAGTCAGCAACTACGAGGAGAAGCTGAAGAACTTT
TTCACAGAACACATTCACCAGGACGAAGAGATTCGCTACTGCCTAGCAGGAAGTGGCTAT
TTTGATGTCAGGGACAAGGATGACCGTTGGATCCGAATTTGGATGAAACCGGGCGATCTA
ATTGTTCTTCCTGCTGGGATCTACCACCGGTTCACACTCGACACCAGCAACTACATCAAG
CTGATGAGGCTGTTTGTGGGAGAACCGGTTTGGACACCATATAACCGACCTCAGGAAGAT
CACCCGGTTAGGAAGGAGTATATAAAGAGCTTAACCCACAAGTTTGGAGAAAGCATTCAA
GCTCATTAAGCAGATAGCATTGTGGTGCATTTCTATGTATTGTTTACTCAGTTCTTGTCA
CATATTTGTGCTTTTGTTCAAATAAAGAAATAATATTTGTCACCCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR3EJ55TF U 1
AF RR3B489JQ C 55
AF RR3EJ55JQ C 503
AF RR3E069JQ C 55
AF RR3E069TF U 55
AF RR3B489TF U 55
BS 1 54 RR3EJ55TF
BS 55 56 RR3E069TF
BS 57 202 RR3EJ55TF
BS 203 203 RR3E069TF
BS 204 210 RR3EJ55TF
BS 211 211 RR3E069TF
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BS 245 245 RR3E069TF
BS 246 258 RR3EJ55TF
BS 259 259 RR3E069TF
BS 260 378 RR3EJ55TF
BS 379 764 RR3E069TF
BS 765 766 RR3B489TF

RD RR3EJ55TF 378 0 0
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GAGATTGAAATCGAAGCACTCACACAGACAGAACGAAGATCAAGAATGGCTCTCGAGGCA
TGGTTAATGGATGATAGCAATGAAGATCAGAGACTTCCTCATCATCCTAACCCCAAAGAG
CTCCTCCCTATGGATTACTTGGTTGAACTGTGAGTATTGTACTGGAAGTTGAACCCTGAG
AACTGCGAGAATGATTCCAAGCTAGCCAAGATTAGAGATGAAAGGGGTTACGATTACATG
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TTCACAGAACACATTCAC

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR3B489JQ 711 0 0
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GAGGCATGGTTAATGGATGATAGCAATGAAGATCAGAGACTTCCTCATCATCCTAACCCC
AAAGAGCTCCTCCCTATGGATTACTTGGCTGAACTGGGAGTATTGTACTGGAAGTTGAAC
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TACATGGATTTGCTGGATCTGTGTCCCGAGAAAGTCAGCAACTACGAGGAGAAGCTGAAG
AACTTTTTCACAGAACACATTCACCAGGACGAAGAGATTCGCTACTGCCTAGCAGGAAGT
GGCTATTTTGATGTCAGGGACAAGGATGACCGTTGGATCCGAATTTGGATGAAACCGGGC
GATCTAATTGTTCTTCCTGCTGGGATCTACCACCGGTTCACACTCGACACCAGCAACTAC
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TTGTCACATATTTGTGCTTTTGTTCAAATAAAGAAATAATATTTGTCACC
C

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3EJ55JQ 223 0 0
ACCACCGGTTCACACTCGACACCAGCAACTACATCAAGCTGATGAGGCTGTTTGTGGGAG
AACCGGTTTGGACACCATATAACCGACCTCAGGAAGATCACCCGGTTAGGAAGGAGTATA
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TGGTGCATTTTTATGTATTGTTTACTCAGTTCTTGTCACATAT

QA 1 223 1 223
DS 

RD RR3E069JQ 711 0 0
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GAGGCATGGTTAATGGATGATAGCAATGAAGATCAGAGACTTCCTCATCATCCTAACCCC
AAAGAGCTCCTCCCTATGGATTACTTGGCTGAACTGGGAGTATTGTACTGGAAGTTGAAC
CCTGAGAACTACGAGAATGATTCCGAGCTAGCCAAGATTAGAGATGAAAGGGGTTACGAT
TACATGGATTTGCTGGATCTGTGTCCCGAGAAAGTCAGCAACTACGAGGAGAAGCTGAAG
AACTTTT*CACAGAACACATTCACCAGGACGAAGAGATTCGCTACTGCCTAGCAGGAAGT
GGCTATTTTGATGTCAGGGACAAGGATGACCGTTGGATCCGAATTTGGATGAAACCGGGC
GATCTAATTGTTCTTCCTGCTGGGATCTACCACCGGTTCACACTCGACACCAGCAACTAC
ATCAAGCTGATGAGGCTGTTTGTGGGAGAACCGGTTTGGACACCATATAACCGACCTCAG
GAAGATCACCCGGTTAGGAAGGAGTATATAAAGAGCTTAACCCACAAGTTTGGAGAAAGC
ATTCAAGCTCATTAAGCAGATAGCATTGTGGTGCATTTCTATGTATTGTTTACTCAGTTC
TTGTCACATATTTGTGCTTTTGTTCAAATAAAGAAATAATATTTGTCACC
T

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3E069TF 711 0 0
GGAGATGAGATTGAAATCGAAGCACTCACACAGACAGAACGAAGATCAAGAATGGCTCTC
GAGGCATGGTTAATGGATGATAGCAATGAAGATCAGAGACTTCCTCATCATCCTAACCCC
AAAGAGCTCCTCCCTATGGATTACTTGGCTGAACTGGGAGTATTGTACTGGAAGTTGAAC
CCTGAGAACTACGAGAATGATTCCGAGCTAGCCAAGATTAGAGATGAAAGGGGTTACGAT
TACATGGATTTGCTGGATCTGTGTCCCGAGAAAGTCAGCAACTACGAGGAGAAGCTGAAG
AACTTTT*CACAGAACACATTCACCAGGACGAAGAGATTCGCTACTGCCTAGCAGGAAGT
GGCTATTTTGATGTCAGGGACAAGGATGACCGTTGGATCCGAATTTGGATGAAACCGGGC
GATCTAATTGTTCTTCCTGCTGGGATCTACCACCGGTTCACACTCGACACCAGCAACTAC
ATCAAGCTGATGAGGCTGTTTGTGGGAGAACCGGTTTGGACACCATATAACCGACCTCAG
GAAGATCACCCGGTTAGGAAGGAGTATATAAAGAGCTTAACCCACAAGTTTGGAGAAAGC
ATTCAAGCTCATTAAGCAGATAGCATTGTGGTGCATTTCTATGTATTGTTTACTCAGTTC
TTGTCACATATTTGTGCTTTTGTTCAAATAAAGAAATAATATTTGTCACC
T

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3B489TF 712 0 0
GGAGATGAGATTGAAATCGAAGTACTCACACAGACAGAACGAAGATCAAGAATGGCTCTC
GAGGCATGGTTAATGGATGATAGCAATGAAGATCAGAGACTTCCTCATCATCCTAACCCC
AAAGAGCTCCTCCCTATGGATTACTTGGCTGAACTGGGAGTATTGTACTGGAAGTTGAAC
CCTGAGAACTACGAGAATGATTCCGAGCTAGCCAAGATTAGAGATGAAAGGGGTTACGAT
TACATGGATTTGCTGGATCTGTGTCCCGAGAAAGTCAGCAACTACGAGGAGAAGCTGAAG
AACTTTTTCACAGAACACATTCACCAGGACGAAGAGATTCGCTACTGCCTAGCAGGAAGT
GGCTATTTTGATGTCAGGGACAAGGATGACCGTTGGATCCGAATTTGGATGAAACCGGGC
GATCTAATTGTTCTTCCTGCTGGGATCTACCACCGGTTCACACTCGACACCAGCAACTAC
ATCAAGCTGATGAGGCTGTTTGTGGGAGAACCGGTTTGGACACCATATAACCGACCTCAG
GAAGATCACCCGGTTAGGAAGGAGTATATAAAGAGCTTAACCCACAAGTTTGGAGAAAGC
ATTCAAGCTCATTAAGCAGATAGCATTGTGGTGCATTTCTATGTATTGTTTACTCAGTTC
TTGTCACATATTTGTGCTTTTGTTCAAATAAAGAAATAATATTTGTCACCCA

QA 1 712 1 712
DS 



AS 2 5

CO CL1497Contig1 644 2 1 U
GGGTGTGTTCTTGCTGAGTTGCTCCTTGGACAGCCTCTGTTTCCGGGTGGGAGTGGAGTC
GACCAACTAGTAGAGATCATAAAGGTTCTTGGAACGCCAACTCGAGAAGAAATCAAATGT
ATGAATCCAAACTACACTGAATTCAAGTTCCCTCAGATAAAGGCTCACCCTTGGCACAAA
ATATTCCATAAGCGTACACCTCCAGAAGCTGTAGATCTCGCCTCAAGACTTCTCCAGTAT
TCCCCAAACCTCAGATCAACCGCTATGGAGGCAATAGTTCACCCGTTCTTCGATGAGCTA
CGTGATCCCAATACACGTCTACCTAATGGTCGTCCCTTGCCTCCTCTCTTCAACTTCAAA
CCGCAAGAGCTTAAAGGAGCAAGCGTAGAGCTGTTGTCCAAGCTTATACCTGAACACGCC
CGAAAGCAGTGTTCCTTCCTCGCTGTCTGAGTGACTAAACCTCTCTGTGTGTATGTATGT
ATGTATGTATGTACACATGCGTATGCTTAAGTAATGGAGTTAGCCCTTTCTCAAGATTAT
TATTGTTAGCTTTTCATCTTTTATGAATGTAGTCTCTGTCGTTTATGTCAGGGTCCCACG
GATGATCAAACATTATTTATTTATCAAAAAAAAACTATGTTCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AS54JQ C 1
AF RR3AS54TF U 1
BS 1 644 RR3AS54TF

RD RR3AS54JQ 644 0 0
GGGTGTGTTCTTGCTGAGTTGCTCCTTGGACAGCCTCTGTTTCCGGGTGGGAGTGGAGTC
GACCAACTAGTAGAGATCATAAAGGTTCTTGGAACGCCAACTCGAGAAGAAATCAAATGT
ATGAATCCAAACTACACTGAATTCAAGTTCCCTCAGATAAAGGCTCACCCTTGGCACAAA
ATATTCCATAAGCGTACACCTCCAGAAGCTGTAGATCTCGCCTCAAGACTTCTCCAGTAT
TCCCCAAACCTCAGATCAACCGCTATGGAGGCAATAGTTCACCCGTTCTTCGATGAGCTA
CGTGATCCCAATACACGTCTACCTAATGGTCGTCCCTTGCCTCCTCTCTTCAACTTCAAA
CCGCAAGAGCTTAAAGGAGCAAGCGTAGAGCTGTTGTCCAAGCTTATACCTGAACACGCC
CGAAAGCAGTGTTCCTTCCTCGCTGTCTGAGTGACTAAACCTCTCTGTGTGTATGTATGT
ATGTATGTATGTACACATGCGTATGCTTAAGTAATGGAGTTAGCCCTTTCTCAAGATTAT
TATTGTTAGCTTTTCATCTTTTATGAATGTAGTCTCTGTCGTTTATGTCAGGGTCCCACG
GATGATCAAACATTATTTATTTATCAAAAAAAAACTATGTTCTC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3AS54TF 644 0 0
GGGTGTGTTCTTGCTGAGTTGCTCCTTGGACAGCCTCTGTTTCCGGGTGGGAGTGGAGTC
GACCAACTAGTAGAGATCATAAAGGTTCTTGGAACGCCAACTCGAGAAGAAATCAAATGT
ATGAATCCAAACTACACTGAATTCAAGTTCCCTCAGATAAAGGCTCACCCTTGGCACAAA
ATATTCCATAAGCGTACACCTCCAGAAGCTGTAGATCTCGCCTCAAGACTTCTCCAGTAT
TCCCCAAACCTCAGATCAACCGCTATGGAGGCAATAGTTCACCCGTTCTTCGATGAGCTA
CGTGATCCCAATACACGTCTACCTAATGGTCGTCCCTTGCCTCCTCTCTTCAACTTCAAA
CCGCAAGAGCTTAAAGGAGCAAGCGTAGAGCTGTTGTCCAAGCTTATACCTGAACACGCC
CGAAAGCAGTGTTCCTTCCTCGCTGTCTGAGTGACTAAACCTCTCTGTGTGTATGTATGT
ATGTATGTATGTACACATGCGTATGCTTAAGTAATGGAGTTAGCCCTTTCTCAAGATTAT
TATTGTTAGCTTTTCATCTTTTATGAATGTAGTCTCTGTCGTTTATGTCAGGGTCCCACG
GATGATCAAACATTATTTATTTATCAAAAAAAAACTATGTTCTC

QA 1 644 1 644
DS 



CO CL1497Contig2 1029 3 35 U
TTTTTCTCAACGACCGAGAGAGACGAGCTGTATCTCAACTTGGTCCTTGAATACGTTCCT
GAGACTGTCTACCGCGTCTCAAAGCACTACAGTCGAGCAAACCAGAGGATGCCCATGATA
TATGTCAAACTCTATACATATCAGACTTGCAGAGCTTTGACATACATTCATGGAGGAGTA
GGAGTCTGCCACAGAGACATAAAACCACAGAATCTTCTGGTTAATCCTCATACACATCAG
GTCAAGCTCTGCGACTTTGGTAGCGCTAAAGTTCTGGTGAAAGGCGAACCAAACATCTCA
TACATCTGTTCCCGTTACTACCGAGCACCTGAGCTTATATTTGGAGCTACAGAATACACA
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CTCGCTTCAAGACTTCTCCAGTATTCCCCAAACCTCAGATCAACCGCTATGGAGGCAATA
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TCCAAGCTTATACCTGAACACGCCCGAAAGCAGTGTTCCTTCCTCGCTGTCTGAGTGACT
AAACCTCTCTGTGTGTATGTATGTATGTATGTATGTACACATGCGTATGCTTAAGTAATG
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TGTCGTTTATGTCAGGGTCCCACGGATGATCAAACATTATTTATTTATCAAAAAAAAACT
ATGTTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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DS 

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G
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DS 

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GG
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ACTTTGGTAGCGCTAAAGTTCTGGTGAAAGGCGAACCAAACATCTCATACATCTGTTCCC
GTTACTACCGAGCACCTGAGCTTATATTTGGAGCTACAGAATACACAACAGCTATTGACA
TATGGTCTGCAGGGTGTGTTCTTGCTGAATTGCTCCTTGGACAGCCTCTGTTTCCAGGTG
AGAGTGGAGTCGACCAGCTAGTCGAGATCATTAAGGTCCTTGGAACACCAACACGAGAGG
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CTTGGCACAAAATATTCCATAAGCGTACACCTCCAGAAGCTGTAGATCTCGCTTCAAGAC
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TCGATGAGCTACGTGATCCCAATACACGTGTACCTAATGGTCGTCCCTTGCCTCCTCTCT
TCAACTTCAAACCTCAAGAGCTTAAAGGAGCAAGCGTAGAGCTGTTGTCCAAGCTTATAC
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TGTATGTATGTATGTATGTATGTACACATGCGTATGCTTAAGTAATGGAGTTAGCCCGTT
CCCAAGATTATTATTGTTAGCTTTTCATCTTTTATGAATGTAGTCTCTGTCGTTTATGTC
AGGGTCCCACGGATGATCAAACATTATTTATTTATCAAAAAAAAACTATGTTCTCT

QA 3 838 3 838
DS 



AS 1 6

CO CL1498Contig1 913 6 27 U
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CAATGAAACTCCCCCGAGTAACAACCAAACCCCAAGAAGAAAACGCACTAGGAGAACCTC
CAACAACGAAACCGGTTCTTCTTCCTCTCCGAGGCCTAAACCAGACCCTGATGCTCCCTT
AATCACAGAGCCATGCAAAGTATGTGGCAGAAAGTTCTGGTCTTCCAAGGCACTCCATGG
ACACATGAGATCTCACCCTGAGCGTCAATGGCGTGGCATCAACCCTC*CTCCTAACCACC
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AAGCTTCGACTGGTATCGATCTCAATGTTCCTGCGTCGTCGACCAACTTGCAGCCCGGTT
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ATATCTTATGGGTATTGTTTTTTTTCTCTTTATGAAACTCTCTATTTTATGTGTGTGAGT
CACACAGTATGACGATTTGTACGATGAATTTATACCATTGGGGGTATTGCAATAATCTTA
TTTAAAACTTATT


BQ
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40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB84TF U 1
AF RR3D671TF U 1
AF RR3GH41TF U 1
AF RR3GM70TF U 1
AF RR3GH41JQ C 298
AF RR3D671JQ C 182
BS 1 439 RR3AB84TF
BS 440 440 RR3D671TF
BS 441 452 RR3AB84TF
BS 453 453 RR3D671TF
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AATCACAGAGCCATGCAAAGTATGTGGCAGAAAGTTCTGGTCTTCCAAGGCACTCCATGG
ACACATGAGATCTCACCCTGAGCGTCAATGGCGTGGCATCAACCCTC*CTCCTAACCACC
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CTATTGCCTCCACGACCGGTTCAAGTGTAGTAGGAGTTGAATGTGGAGGTTGTAAGAAAG
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AAGATCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCAAGAGGTCGTTGATGAGAGTAGGA
GTGTGATGTCGGCGTCAAGGATGAATCATCGATGTGACATCTGTTCTAAAGTGTTTTACA
GTGGTCAGGCTTTGGGTGGTCACATGAGGTGTCATTGGGT

QA 1 640 1 640
DS 

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CAACAACGAAACCGGTTCTTCTTCCTCTCCGAGGCCTAAACCAGACCCTGATGCTCCCTT
AATCACAGAGCCATGCAAAGTATGTGGCAGAAAGTTCTGGTCTTCCAAGGCACTCCATGG
ACACATGAGATCTCACCCTGAGCGTCAATGGCGTGGCATCAACCCTC*CTCCTAACCACC
AACCAACCGTGACGGCAGCACCCCCGGTGTCTGTTACAGCGGAAGGCGGTCAAGTGTTGG
CTATTGCCTCCACGACCGGTTCAAGTGTAGTAGGAGTTGAATGTGGAGGTTGTAAGAAAG
TGTTTGAGTCACGTCAAGCATTAGATGGACATGTATGTTCCGCCATTTTGAACTTAAACG
AAGATCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCAAGAGGTCGTTGATGAGAGTAGGA
GTGTTATGTCGGCGTCAAGGATGAATCATCGATGTGACATCTGTTCTAAAGTGTTTTATA
GTGGT

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3GH41TF 780 0 0
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CAACAACGAAACCGGTTCTTCTTCCTCTCCGAGGCCTAAACCAGACCCTGATGCTCCCTT
AATCACAGAGCCATGCAAAGTATGTGGCAGAAAGTTCTGGTCTTCCAAGGCACTCCATGG
ACACATGAGATCTCACCCTGAGCGTCAATGGCGTGGCATCAACCCTC*CTCCTAACCACC
AACCAACCGTGACGGCAGCACCCCCGGTGTCTGTTACAGCGGAAGGCGGTCAAGTGTTGG
CTATTGCCTCCACGACCGGTTCAAGTGTAGTAGGAGTTGAATGTGGAGGTTGTAAGAAAG
TGTTTGAGTCACGTCAAGCATTAGATGGACATGTATGTTCCGCCATTTTGAACTTAAACG
AAGATCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTC***AAGAGGTCGTTGATGAGAGTAGGA
GTGTGATGTCGGCGTCAAGGATGAATCATCGATGTGACATCTGTTCTAAAGTGTTTTATA
GTGGTCAGGCTTTGGGTGGTCACATGAGGTGTCATTGGGTTGAGGATAAAGAGAAGAAAC
AAGCTTCGACTGGTATCGATCTCA*TGTTCCTGCGTCGTCGAC*AACTTGCAGCCCGGT*
CTTCTTCAGACGCAGTGC*AGAGTCTTCTTTGGATCT*AAGT*ACGACTCTGACAT
ATAT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3GM70TF 791 0 0
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CAATGAAACTCCCCCGAGTAACAACCAAACCCCAAGAAGAAAACGCACTAGGAGAACCTC
CAACAACGAAACCGGTTCTTCTTCCTCTCCGAGGCCTAAACCAGACCCTGATGCTCCCTT
AATCACAGAGCCATGCAAAGTATGTGGCAGAAAGTTCTGGTCTTCCAAGGCACTCCATGG
ACACATGAGATCTCACCCTGAGCGTCAATGGCGTGGCATCAACCCTC*CTCCTAACCACC
AACCAACCGTGACGGCAGCACCCCCGGTGTCTGTTACAGCGGAAGGCGGTCAAGTGTTGG
CTATTGCCTCCACGACCGGTTCAAGTGTAGTAGGAGTTGAATGTGGAGGTTGTAAGAAAG
TGTTTGAGTCACGTCAAGCGTTAGATGGACATATATGTTCCGCCATTTTGAACTTAAACG
AAGATCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCAAGAGGTCGTTGATGAGAGTAGGA
GTGTGATGTCGGCGTCAAGGATGAATCATCGATGTGACATCTGTTCTAAAGTGTTTTACA
GTGGTCAGGCTTTGGGTGGTCACATGAGGTGTCATTGGGTTAAGGATAAGGAGAAGAAAC
AAGCTTCGACTGGTATCGATCTCAATGTTCCTGCGTCGTCGACCAACTTGCAGCCCGGTT
CTTCTTCAGACGCAGTGCCAGAGTCTTCTTTGGATCTTAAGTTACGACTCTGACAT*ATA
ATATCTTAT
TG

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3GH41JQ 598 0 0
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AAGTGTTTGAGTCACGTCAAGCATTAGATGGACATGTATGTTCCGCCATTTTGAACTTAA
ACGAAGATCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTC***AAGAGGTCGTTGATGAGAGTA
GGAGTGTGATGTCGGCGTCAAGGATGAATCATCGATGTGACATCTGTTCTAAAGTGTTTT
ATAGTGGTCAGGCTTTGGGTGGTCACATGAGGTGTCATTGGGTTGAGGATAAGGAGAAGA
AACAAGCTTCGACTGGTATCGATCTCAATGTTCCTGCGTCGTCGACCAACTTGCAGCCCG
GTTCTTCTTCAGACGCAGTGCCAGAGTCTTCTTTGGATCTTAAGTTACGACTCTGACATT
ATAATATCTTATGGGTATTGTTTTTTTTCTCTTTATGAAACTCTCTATTTTATGTGTGTG
AGTCACACAGTATGACGATTTGTACGATGAATTTATACCATTGGGGGTATTGCAATAA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3D671JQ 732 0 0
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CACATGAGATCTCACC*TGAGCGTCAATGGCGTGGCATCAACCCTCTCCCCTAACCACCA
ACCAACCGTGACGGCAGCACCCCCGGTGTCTGTTACAGCGGAAGGCGGTCAAGTGTTGGC
TATTGCCTCCACGACCGGTTCAAGTGTAGTAGGAGTTGAATGTGGAGGTTGTAAGAAAGT
GTTTGAGTCACGTCAAGCATTAGATGGACATGTATGTTCCGCCATTTTGAACTTAAACGA
AGATCCTCCTCCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCAAGAGGTCGTTGATGAGAGTAGGAG
TGTTATGTCGGCGTCAAGGATGAATCATCGATGTGACATCTGTTCTAAAGTGTTTTATAG
TGGTCAGGCTTTGGGTGGTCACATGAGGTGTCATTGGGTTAAGGATAAGGAGAAGAAACA
AGCTTCGACTGGTATCGATCTCAATGTTCCTGCGTCGTCGACCAACTTGCAGCCCGGTTC
TTCTTCAGACGCAGTGCCAGAGTCTTCTTTGGATCTTAAGTTACGACTCTGACATTATAA
TATCTTATGGGTATTGTTTTTTTTCTCTTTATGAAACTCTCTATTTTATGTGTGTGAGTC
ACACAGTATGACGATTTGTACGATGAATTTATACCATTGGGGGTATTGCAATAATCTTAT
TTAAAACTTATT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 4

CO CL1499Contig1 1016 4 13 U
GACTCTCTGAACAAGTCCCATTGTAAAATTGTGAAAATTCAATTTTATCCTTAGGTGAAG
AATCAAGAGTTTAGTAACAAGTATTGTTCAACTATCTATAACACGATGGTAGTCTCCCAA
TGCAACAACGCCTGTGTCCTTTGACCAAAATGTACAGACGTTGCTACCATATTCATTTAG
CATCTCTTTCAATAAATTCAAGAAGAAGCATATATGACCACTATTCTTCTTATTGTCATC
TTAAGGACAAGACCAAAGCTCAGCTCACGTTATGGTATGAGTCAATAATGGCATCAGCAA
GGTACTCGCATTTCGCCATAGACAATCCAGCCAACGATATCCTCCCATCTTTAGTCATGT
ACACATGCCACTTGTTCGTCATGTTATCACTCTGAGCTTTGTTGAGGCCAGTGAATGAGA
ACATGCCAATCTGCTTCAGAATGAAAGACCAGTCCTTACCACTCTTGTCTTTCGAAACAA
GGCTATCGTACAGCTTCTGTCTCACAGTCTTTATCCTCCCCGCCATCATTTCCATCTCAG
CTTTCCACTCACCAAACATAGCTGCATCTCCCACCACATTAGCCACGATCCTCGCCCCGT
GAACCGGTGGGTTCGAGTACATAGGCCGAGCAATCCCTTTCAACTGGCTCTTCACCCTTG
TAGCAGCATCTGATGATGAGCAGACAACATTGATAGCACCAATTCTTTCAGCATAAAGAC
CCAAGTTTTTACTGTACGACTGAGCAACAAAAAAACTCCATCCCACGCTCAGCAAATAAT
CTCACAGATGCTGCATCTTCATCAAGGCTTCCACTAACAAAGCCCTGGTATGCAACATCG
AAAAACGGGATATGGTTCTTCTCCTGAATGACATCAGCTATTTTCACCCATTGTTCTGGT
GTTGGGTCGATTCCAGTTGGGTTGTGAGCACATACGTGTAGCAAAATGAAAGATCCTTCT
GGTGCTTCCTTAATATCTTGTATCATCCCATCAAAGTCCAAACCAATAGTTTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3C223JQ U 17
AF RR3CK94JQ U 1
AF RR3CK94TF C 209
AF RR3C223TF C 281
BS 1 153 RR3CK94JQ
BS 154 154 RR3C223JQ
BS 155 449 RR3CK94JQ
BS 450 450 RR3C223JQ
BS 451 636 RR3CK94JQ
BS 637 637 RR3C223JQ
BS 638 748 RR3CK94JQ
BS 749 754 RR3CK94TF
BS 755 755 RR3C223TF
BS 756 816 RR3CK94TF
BS 817 817 RR3C223TF
BS 818 992 RR3CK94TF
BS 993 1016 RR3C223TF

RD RR3C223JQ 663 0 0
TTTT
TTGTAAAATTGTGAAAATTCAATTTTATCCTTAGGTGAAGAATCAAGAGTTTAGTAACAA
GTATTGTTCAACTATCTATAACACGATGGTAGTCTCCCAATGCAACAACGCCTGTGTCCT
TTGACCAAAATGTATAGACGTTGCTACCATATTCATTTAGCATCTCTTTCAATAAATTCA
AGAAGAAGCATATATGACCACTATTCTTCTTATTGTCATCTTAAGGACAAGACCAAAGCT
CAGCTCACGTTATGGTATGAGTCAATAATGGCATCAGCAAGGTACTCGCATTTCGCCATA
GACAATCCAGCCAACGATATCCTCCCATCTTTAGTCATGTACACATGCCACTTGTTCGTC
ATGTTATCACTCTGAGCTTTGTTGAGGCCAGTGAATGAGAACATGCCAATCTGCTTCAGA
ATGAAAGACCAGTCCTTACCACTCTTGTCTTTCGAAACAAGGCTATCGTACAGCTTCTGT
CTCACAGTCTTTATCCTCCCCGCCATCATTTCCATCTCAGCTTTCCACTCACCAAACATA
GCTGCATCTCCCACCACATTAGCCACGATCCTCGCCCCGTGAACCGGTGGGTTCGAGTAC
ATAGGCCGAGCAATCCCTTTCAACTGGCTCTTCACCCTTGTAGCAGCATCTGATGATGA

QA 5 663 5 663
DS 

RD RR3CK94JQ 748 0 0
GACTCTCTGAACAAGTCCCATTGTAAAATTGTGAAAATTCAATTTTATCCTTAGGTGAAG
AATCAAGAGTTTAGTAACAAGTATTGTTCAACTATCTATAACACGATGGTAGTCTCCCAA
TGCAACAACGCCTGTGTCCTTTGACCAAAATGTCCAGACGTTGCTACCATATTCATTTAG
CATCTCTTTCAATAAATTCAAGAAGAAGCATATATGACCACTATTCTTCTTATTGTCATC
TTAAGGACAAGACCAAAGCTCAGCTCACGTTATGGTATGAGTCAATAATGGCATCAGCAA
GGTACTCGCATTTCGCCATAGACAATCCAGCCAACGATATCCTCCCATCTTTAGTCATGT
ACACATGCCACTTGTTCGTCATGTTATCACTCTGAGCTTTGTTGAGGCCAGTGAATGAGA
ACATGCCAATCTGCTTCAGAATGAAAGAC*AGTCCTTACCACTCTTGTCTTTCGAAACAA
GGCTATCGTACAGCTTCTGTCTCACAGTCTTTATCCTCCCCGCCATCATTTCCATCTCAG
CTTTCCACTCACCAAACATAGCTGCATCTCCCACCACATTAGCCACGATCCTCGCCCCGT
GAACCGGTGGGTTCGAGTACATAGGCCGAGCAATCCTTTTCAACTGGCTCTTCACCCTTG
TAGCAGCATCTGATGATGAGCAGACAACATTGATAGCACCAATTCTTTCAGCATAAAGAC
CCAAGTTTTTACTGTACGACTGAGCAAC

QA 1 748 1 748
DS 

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GTTATGGTATGAGTCAATAATGGCATCAGCAAGGTACTCGCATTTCGCCATAGACAATCC
AGCCAACGATATCCTCCCATCTTTAGTCATGTACACATGCCACTTGTTCGTCATGTTATC
ACTCTGAGCTTTGTTGAGGCCAGTGAATGAGAACATGCCAATCTGCTTCAGAATGAAAGA
C*AGTCCTTACCACTCTTGTCTTTCGAAACAAGGCTATCGTACAGCTTCTGTCTCACAGT
CTTTATCCTCCCCGCCATCATTTCCATCTCAGCTTTCCACTCACCAAACATAGCTGCATC
TCCCACCACATTAGCCACGATCCTCGCCCCGTGAACCGGTGGGTTCGAGTACATAGGCCG
AGCAATCCTTTTCAACTGGCTCTTCACCCTTGTAGCAGCATCTGATGATGAGCAGACAAC
ATTGATAGCACCAATTCTTTCAGCATAAAGACCCAAGTTTTTACTGTACGACTGAGCAAC
AAAAAA*CTCCATCCCACGCTCAGCAAATAATCTCACAGATGCTGCATCTTCATCAAGGC
TTCCACTAGCAAAGCCCTGGTATGCAACATCGAAAAACGGGATATGGTTCTTCTCCTGAA
TGACATCAGCTATTTTCACCCATTGTTCTGGTGTTGGGTCGATTCCAGTTGGGTTGTGAG
CACATACGTGTAGCAAAATGAAAGATCCTTCTGGTGCTTCCTTAATATCTTGTATCATCC
CATC
C

QA 1 784 1 784
DS 

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GTCAATAATGGCATCAGCAAGGTACTCGCATTTCGCCATAGACAATCCAGCCAACGATAT
CCTCCCATCTTTAGTCATGTACACATGCCACTTGTTCGTCATGTTATCACTCTGAGCTTT
GTTGAGGCCAGTGAATGAGAACATGCCAATCTGCTTCAGAATGAAAGACCAGTCCTTACC
ACTCTTGTCTTTCGAAACAAGGCTATCGTACAGCTTCTGTCTCACAGTCTTTATCCTCCC
CGCCATCATTTCCATCTCAGCTTTCCACTCACCAAACATAGCTGCATCTCCCACCACATT
AGCCACGATCCTCGCCCCGTGAACCGGTGGGTTCGAGTACATAGGCCGAGCAATCCCTTT
CAACTGGCTCTTCACCCTTGTAGCAGCATCTGATGATGAGCAGACAACATTGATAGCACC
AATTCTTTCAGCATAAAGACCCAAGTTTTTACTGTACGACTGAGCAACAAAAAAACTCCA
TCCCACGCTCAGCAAATAATCTCACAGATGCTGCATCTTCATCAAGGCTTCCACTAACAA
AGCCCTGGTATGCAACATCGAAAAACGGGATATGGTTCTTCTCCTGAATGACATCGGCTA
TTTTCACCCATTGTTCTGGTGTTGGGTCGATTCCAGTTGGGTTGTGAGCACATCCGTGTA
GCAAAATGAAAGATCCTTCTGGTGCTTCCTTAATATCTTGTATCATCCCATCAAAGTCCA
AACCAATAGTTTTTGC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 5

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AAAGGTAAATAAACTAATAAAGAAGATCCCAAAACTCTCTCTCTCTCACTCTGTTTGAGG
CGAGTCGGTGGCGGACTCAATGGGTCAGGAATCGTTCATCTACAGCTTCGTGGCGAGAGG
CACTATGATCCTGGCGGAGTACACGGAGTTCACAGGCAACTTCCCGTCGATAGCAGCTCA
GTGTCTCCAGAAGCTTCCTT*CCTCCAGCAACAGCAAGTTCACTTACAACTGCGATCACC
ACACCTTCAACTTCCTCGTCGAAGATGGCTTCGCATATTGTGTTGTGGCGAAAGATGCTC
TAAGCAAGCAAATCTCGATCGCATTTCTGGAGAGGGTGAAAGCTGATTTCAATAAACGGT
ATGGGGGCGGAAAAGCAAGTACAGCTATCCCCAAAAGTCTCAACAAGGAGTTCGGGCCGG
TGATGAAAGAACACATGAAGTATATTGTTGACCACGCAGAGGAGATTGAAAAGCTAATCA
AAGTCAAGGCTCAAGTTTCGGAAGTCAAAAGCATAATGTTGGAAAATATTGACAAGGCAA
TCGACAGAGGAGAAAATCTTGCGGTTCTTACTGACAAGACCGAGAATCTACGCTCTCAGG
CGCAAGAGTACAAGAAACAAGGGACACAAGTGAGGAGGAAACTGTGGTACCAGAACATGA
AGATAAAACTTGTGGTTCTCGGGATCTTGCTACTACTTGTTCTCGTTATCTGGCTTTCTG
TTTGTCACGGTTTTAATTGCACTGATTGAAGACAACTTCAGAATGTGATGTTAGAGACTT
TGGCGAGGAATGGTGTCTGAGACAAAAGTCTCCGGTAGAGGAGGGGCAGTAGGAGACTGA
GGGAGAGGGACAAAATGATATTTACTTTGGATGTTGTATGATTAAAAGTTCTTTTTTTAG
CTATGGACCAGGACCATTTGCAACTTGCACGTTGCGTAGCAATCAGTTGCAATGAAATGT
ATTCTTTACTTTCATCCTTCCAGAACAACTTATATTTACCGCGCAATGAAATGTTAGTGA
AATGTATTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3GD71TF U 1
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AF RR3A154TF U 55
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CACTATGATCCTGGCGGAGTACACGGAGTTCACAGGCAACTTCCCGTCGATAGCAGCTCA
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QA 1 532 1 532
DS 

RD RR3CV33TF 586 0 0
GG
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ATTGACAAGGCAATCGACAGAGGAGAAAATCTTGCGGTTCTTACTGACAAGACCGAGAAT
CTACGCTCTCACGCGCAAGAGTACAAGAAACAAGGGACACAAGT

QA 3 586 3 586
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RD RR3A154TF 765 0 0
GG
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GAGGCACTATTATCCTGGCGGAGTACACGGAGTTCACAGGCAACTTCCCGTCGATAGCAG
CTCAGTGTCTCCAGAAGCTTCCTT*CCTCCAGCAACAGCAAGTTCACTTACAACTGCGAT
CACCACACCTTCAACTTCCTCGTCGAAGATGGCTTCGCATATTGTGTTGTGGCGAAAGAT
GCTCTAAGCAAGCAAATCTCGATCGCATTTCTGGAGAGGGTGAAAGCTGATTTCAATAAA
CGGTATGGGGGCGGAAAAGCAAGTACAGCTATCCCCAAAAGTCTCAACAAGGAGTTCGGG
CCGGTGATGAAAGAACACATGAAGTATATTGTTGACCACGCAGAGGAGATTGAAAAGCTA
ATCAAAGTCAAGGCTCAAGTTTCGGAAGTCAAAAGCATAATGTTGGAAAATATTGACAAG
GCAATCGACAGAGGAGAAAATCTTGCGGTTCTTACTGACAAGACCGAGAATCTACGCTCT
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ATGAAGATAAAACTTGTGGTTCTCGGGATCTTGCTACTACTTGTTCTCGTTATCTGGCTT
TCTGTTTGTCACGGTTTTAATTGCACTGATTGAAGACAACTTCAGAATGTGATGTTAGAG
ACTTTGGCGAGGAATGGTGTCTGAGACAAAAGTCTCCGGTAGA

QA 3 765 3 765
DS 

RD RR3A154JQ 734 0 0
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GTATGGGGGCGGAAAAGCAAGTACAGCTATCCCCAAAAGTCTCAACAAGGAGTTCGGGCC
GGTGATGAAAGAACACATGAAGTATATTGTTGACCACGCAGAGGAGATTGAAAAGCTAAT
CAAAGTCAAGGCTCAAGTTTCGGAAGTCAAAAGCATAATGTTGGAAAATATTGACAAGGC
AATCGACAGAGGAGAAAATCTTGCGGTTCTTACTGACAAGACCGAGAATTTACGCTTTCA
GGCGCAAGAGTACAAGAAACAAGGGACACAAGTGAGGAGGAAACTGTGGTACCAGAACAT
GAAGATAAAACTTGTGGTTCTCGGGATCTTGCTACTACTTGTTCTCGTTATCTGGCTTTC
TGTTTGTCACGGTTTTAATTGCACTGATTGAAGACAACTTCAGAATGTGATGTTAGAGAC
TTTGGCGAGGAATGGTGTCTGAGACAAAAGTCTCCGGTAGAGGAGGGGCAGTAGGAGACT
GAGGGAGAGGGACAAAATGATATTTACTTTGGATGTTGTATGATTAAAAGTTCTTTTTTT
AGCTATGGACCAGGACCATTTGCAACTTGCACGTTGCGTAGCAATCAGTTGCAATGAAAT
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GAAATGTATTCTCC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3EN24JQ 688 0 0
GATTTCAATAAACGGTATGGGGGCGGAAAAGCAAGTACAGCTATCCCCAAAAGTCTCAAC
AAGGAGTTCGGGCCGGTGATGAAAGAACACATGAAGTATATTGTTGACCACGCAGAGGAG
ATTGAAAAGCTAATCAAAGTCAAGGCTCAAGTTTCGGAAGTCAAAAGCATAATGTTGGAA
AATATTGACAAGGCAATCGACAGAGGAGAAAATCTTGCGGTTCTTACTGACGAGACCGAG
AATTTACGCTCTCAGGCGCAAGAGTACAA*AAACAAGGGACACAAGTGAGGAGGAAACTG
TGGTACCAGAACATGAAGATAAAACTTGTGGTTCTCGGGATCTTGCTACTACTTGTTCTC
GTTATCTGGCTTTCTGTTTGTCACGGTTTTAATTGCACTGATTGAAGACAACTTCAGAAT
GTGATGTTAGAGACTTTGGCGAGGAATGGTGTTTGAGACAAAAGTCTCCGGTAGAGGAGG
GGCAGTAGGAGACTGAGGGAGAGGGACAAAATGATATTTACTTTGGATGTTGTATGATTA
AAAGTTCTTTTTTTAGCTATGGGCCAGGACCATTTGCAACTTGCACGTTGCGTAGCAATC
AGTTGCAATGAAATGTATTCTTTACTTTCATCCTTCCAGAACAACTTATATTTACCGCGC
AATGAAATGTTAGTGAAATGTATTCT
TT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 6

CO CL1501Contig1 1318 6 10 U
GGATAAAAGGGCAAAGTTTGGCTTCTCTATGATCATATCTCAACACGAAGCATTATATCA
CTCCTCTCTATTATCTATCTCCTCTATATTTCTCTATCTGTTTTCTTGACTTGTTGGATA
TGGGAGAAGCCGTAGAGATCATGTTCGGAAATGGGTTCCCGGAGATTCACAAAGATACTT
CACCCATTCAAACCCTCCTCTCCAACCAGCAGGACTGCCATTGGTATGAAGAAACCATTG
ATGATGATCTCAAATGGTCTTTTGCCCTCAACAGTGTGCTCCATACAGGAACTAGTGAGT
ACCAAGAAATTGCACTTCTGGACACAAAACATTTCGGCAAGGTACTTGTGATTGACGGGA
AAATGCAAAGTGCAGAGAGAGATGAGTTTATCTACCATGAATGTTTGATCCACCCAGCCC
TCCTTTTCCACCCCAACCCAAAGACTGTGTTCATAATGGGAGGAGGTGAAGGCTCTGCTG
CAAGAGAAATACTAAAACACAAGACAATCGAGAAAGTGGTCATGTGTGATATTGATCAGG
AAGTCGTTGATTTTTGCAAGAGATTTCTGACCGTTAACAGCGAGGCTTTTTGTAACAAGA
AGCTTGAACTTGTGATCAAAGATGCAAAGGCTGAACTGGAGAAAAGGGAAGAGAAGTTTG
ATATCATAGTGGGTGATTTAGCAGACCCAGTAGAAGGTGGACCATGTTATCAGCTCTACA
CGAAATCCTTCTACCAAAACATCCTCAAACCCAAGCTTACCCCTAATGGCATTTTTGTGA
CCCAGGCTGGACCAGCAGGAATATTCACTCATAAAGAGGTCTTTACATCAATCTACAACA
CCATGAAACAAGTCTTCAAGCACGTGAAGGCTTACACAGCACATGTGCCGTCGTTTGCTG
ACACGTGGGGATGGGTGATGGCATCGGACCAAGAGTTTGAAGTTGAAGTGAATGAAATAG
ATAAACGAATCGAAGAGAGAGTGAAAGGAGAGTTGATGTATCTGAATGCTCCTTCTTTCC
TTTCAGCTGCTACTCTCAACAAGACCATCTCTCTCGCGCTGGAGAAGGAGACGGAAGTTT
ATAGCGAAGAGAACGCGAGATTCATTCATGGACATGGTGTGGCGTACCGGCATACTTGAA
GAAGAACCGGTGTCAACTTCAAGATTAATACCATACACCATGTCCACACTCAAGAACCAG
TCTCTTTATTTTCTACATTGCTTGGGATTTCGTTTGCTTGTTCCTCAAGTTACTCTGGTT
TTAATTTGGTTAAGAAAACTATGTTGTTTACTAAGAAATTAGACCCATCTTCATCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
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AF RR3DN74TF U 1
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AF RR3B086TF U 35
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ACCAAGAAATTGCACTTCTGGACACAAAACATT

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ACA

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TCTGTTTTCTTGACTTGTTGGATATGGGAGAAGCCGTAGAGATCATGTTCGGAAATGGGT
TCCCGGAGACTCACAAAGATACTTCACCCATTCAAACCCTCCTCTCCAACCAGCAGGACT
GCCATTGGTATGAAGAAACCATTGATGATGATCTCAAATGGTCTTTTGCCCTCAACAGTG
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GCAAGGTGCTTGTGATTGACGGGAAAATGCAAAGTGCAGAGAGAGATGAGTTTATCTACC
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CC

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AAGTTACTCTGGTTTTAATTTGGTTAAGAAAACTATGTTGTTTACTAAGAAATTAGACCC
ATCTTCATCACC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 6

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TCTCTCTAATACGTCTCACATGAGCAAGAGCAATATCGATACATAAAAACAAAGAAAATG
AACAAGAACAAGAAGGAAGTGAATATCGAGACAAAGAAAGGGTCCACGATGGATGAGTGG
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ATCTTGGCTCAGATATCAGAGGCTTGCTGTGAGTGGGGATTCTTCCAAGTGTTGAACCAT
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ATTAAATGTTTTGGTTTGTTTCATGAAATTTACATCTGACTTGTATGTGTACAATCTTTC
AGGATCTGATTTACCTTCAAGTAAATAAATACTGAATGAGATATATTGTTATAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3H580TF U 1
AF RR3GX09TF U 45
AF RR3GE21TF U 374
AF RR3H580JQ C 639
AF RR3GX09JQ C 669
AF RR3GE21JQ C 915
BS 1 701 RR3H580TF
BS 702 733 RR3GX09TF
BS 734 761 RR3GE21TF
BS 762 762 RR3H580JQ
BS 763 1083 RR3GE21TF
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BS 1085 1119 RR3GE21TF
BS 1120 1374 RR3H580JQ

RD RR3H580TF 705 0 0
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TCTCTCTAATACGTCTCACATGAGCAAGAGCAATATCGATACATAAAAACAAAGAAAATG
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CCTGAGCCAATCGTCCGTGTCCAGGCCTTAGCCGAGAGCAACCTCTCCTCTCTCCCCGAC
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ATCTTGGCTCAGATATCAGAGGCTTGCTGTGAGTGGGGATTCTTCCAAGTGTTGAACCAT
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CTTCCTCCTCATTTGAAAGACTTCAACAAGTGGCCTTCTTTTCCTCCCACCATTAGAGAA
GTGATCGATGAGTATGGCAAGCAAGTAGTGAACCTATGCGG
AGAA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3GX09TF 692 0 0
GG
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AAACAAAGAAAATGAACAAGAACAAGAAGGAAGTGAATATCGAGACAAAGAAAGGGTCCA
CGATGGATGAGTGGCCTGAGCCAATCGTCCGTGTCCAGGCCTTAGCCGAGAGCAACCTCT
CCTCTCTCCCCGACCGCTACATCAAACCAGCATCTCAACTTCCCACCACAGTAGAGGAGG
CCTCTGCCGCGACCAACATCCCAATCATTGACCTTGAAGGACTCTTCTCGGAAGACGGGT
CGCCAGATGAGGCCATCTTGGCTCAGATATCAGAGGCTTGCTGTGAGTGGGGATTCTTCC
AAGTGTTGAACCATGGTGTGAGGCCAGAGCTGATGGACGCGGCTAGGGAGAATTGGAGAG
AGTTTTTTCACTTGCCGGTTAATGAGAAGGAGACTTACAAAAACTCACCAAAAACCTATG
AGGGCTATGGAAGCAGACTAGGAGTTGAGAAAGGATCCATTCTTGACTGGAGTGATTATT
ACTTTCTCCATCTTCTTCCTCCTCATTTGAAAGACTTCAACAAGTGGCCTTCTTTTCCTC
CCACCATTAGAGAAGTGATCGATGAGTATGGCAAGCAAGTAGTGAACCTATGCGGGAGAA
TTATGAAGGTATTATCACTAAACTTAG
ATT

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DS 

RD RR3GE21TF 746 0 0
G
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GGAGACTTACAAAAACTCACCAAAAACCTATGAGGGCTATGGAAGCAGACTAGGAGTTGA
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GAAAGACTTCAACAAGTGGCCTTCTTTTCCTCCCACCATTAGAGAAGTGATCGATGAGTA
TGGCAATCAAGTAGTGAACCTATGCGGGAGAATTATGAAGGTATTATCACTAAACTTAGG
ATTAAAGGAGGATAAGTTTCAAGATGCTTTTGGTGGTGAAAACATTGGGGCGTGTTTGAG
GGTTAATTATTATCCAAAATGCCCTAGACCGGAGCTGGCTCTCGGTCTCTCCTCCCACTC
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TAAAAATGACATGTGGATCACCGTCAAGCCTCATCCTCATGCGTTCATCGTTAATATTGG
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QA 2 746 2 746
DS 

RD RR3H580JQ 736 0 0
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TGCGTTTGGTGGTGAAAACATTGGGGCGTGTTTGAGGGTTAATTATTATCCAAAATGCCC
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CTTACCAGACGATCAGGTCTTCGGTCTTCAAGTCCGTAAAAATGACATGTGGATCACCGT
CAAGCCTCATCCTCATGCGTTCATCGTTAATATTGGTGATCAAATTCAGATACTAAGCAA
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GCTTGCTTTCTTCTACAATCCTAAAAGCGATATACCAATCCGACCATTACAAGAACTTGT
AACCACTCATAATCCTCCTTTATATCCTCCCATGACCTTTGATCAATATAGACTCTTTAT
CCGAACTCAAGGTCCACAAGGCAAATCTCATGTTGAATCTCTTGTTTCTCCTCGTTAGTT
TTTTTCTCTTCCTTTAAAGAATATTAAATGTTTTGGTTTGTTTCATGAAATTTACATCTG
ACTTGTATGTGTACAATCTTTCAGGATCTGATTTACCTTCAAGTAAATAAATACTGAATG
AGATATATTGTTATAC

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DS 

RD RR3GX09JQ 655 0 0
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CCACTCTGATCCTGGCGGTATGACTATTCTCTTACCAGACGATCAGGTTTTCGGTCTTCA
AGTCCGTAAAAATGACATGTGGATCACCGTCAAGCCTCATCCTCATGCGTTCATCGTTAA
TATTGGTGATCAAATTCAGATACTAAGCAACTCAGTGTACAAGAGTGTGGAGCATAGAGT
GATAGTGAACTCGGAGAAAGAGAGA*TTTCGCTTGCTTTTTTCTACAATCCTAAAAGCGA
TATACCAATCCAACCATTACAAGAACTTGTAACCACTCATAATCCTCCTTTATATCCTCC
CATGACCTTTGATCAATATAGACTCTTTATCCGAACTCAAGGTCCACAAGGCAAATCTCA
TGTTGAATCTCTTGTTTCTCCTCGTTAGTTTTTTTCTCTTCCTTTAAAGAATATTAAATG
TTTTGGTTTGTTTCATGAAATTTACATCTGACTTGTATGTGTACAATCTTTCAGG

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DS 

RD RR3GE21JQ 460 0 0
TAAAAATGACATGTGGATCACCGTCAAGCCTCATCCTCATGCGTTCATCGTTAATATTGG
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GAACTCGGAGAAAGAGAGAGTTTCGCTTGCTTTCTTCTACAATCCTAAAAGCGATATACC
AATCCAACCATTACAAGAACTTGTAACCACTCATAATCCTCCTTTATATCCTCCCATGAC
CTTTGATCAATATAGACTCTTTATCCGAACTCAAGGTCCACAAGGCAAATCTCATGTTGA
ATCTCTTGTTTCTCCTCGTTAGTTTTTTTCTCTTCCTTTAAAGAATATTAAATGTTTTGG
TTTGTTTCATGAAATTTACATCTGACTTGTATGTGTACAATCTTTCAGGATCTGATTTAC
CTTCAAGTAAATAAATACTGAATGAGATATATTGTTATAC

QA 1 460 1 460
DS 



AS 1 4

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CATGCCAAATCAAGAAAACAAAAATAGAAGGACAATGTAATTTCCCTCTCATTAACACAA
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TACAGTCGACGGTACAGCCACCACCTCCACCACCACCACCGTATCCTTTGCCGGAGCGGC
TAAAAGACTTGAAGCACTTGGCCGGACACCTCAGCTTCTTCATGTAACAATGACCTTTCT
CTTTACACACCACCGTTGGTCTCACCACACCTCCTTTGTTGTACCCACCGCTAGGCCCGC
CATAACCACCACCGTATCCACCACCAATGTTTCCCCAATCCTTACCAGTGAAACCCGGTA
ATCCAAAACCGGTTCCTGGTACTGATCCGGTTCCAGGCCCAAAGTATCCTCCTGAACCAT
ATCCCTTGTCATTCTTGTTATTATTACCTTTGGAGTCTTTCTTGAGCTGGTCCGAGACAG
ATTTGGGTCCGTTCGGGCGTGAGTGGGAGAGTGTTAGTGTGAGAAGCAAGAGCGTGAAGA
GGACAGTGAGTTTTGTAGTCATTCTTTTTTTTCTGAGGGGGTGTTGGATTTGATATTTTT
GATTCCC


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE33JQ U 1
AF RR3DE33TF C 1
AF RR3A463JQ U 2
AF RR3A463TF C 2
BS 1 32 RR3DE33JQ
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TAAAAGACTTGAAGCACTTGGCCGGACACCTCAGCTTCTTCATGTAACAATGACCTTTCT
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CC

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3DE33TF 480 0 0
C
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TTTACACACCACCGTTGGTCTCACCACACCTCCTTTGTTGTACCCACCGCTAGGCCCGCC
ATAACCACCACCGTATCCACCACCAATGTTTCCCCAATCCTTACCAGTGAAACCCGGTAA
TCCAAAACCGGTTCCTGGTACTGATCCGGTTCCAGGCCCAAAGTATCCTCCTGAACC
CC

QA 2 478 2 478
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ATGCCAAATCAAGAAAACAAAAATAGAAGGACAATGTAATTTCCCTCTCATTAACACAAA
AGAAAAACATATTCCGTAGACAGACAGTACATTTCAACAATAAGCCACACATTTCTTCTT
ACAGTCGACGGTACAGCCACCACCTCCACCACCACCACCGTATCCTTTGCCGGAGCGGCT
AAAAGACTTGAAGCACTTGGCCGGACACCTCAGCTTCTTCATGTAACAATGACCTTTCTC
TTTACACACCACCGTTGGTCTCACCACACCTCCTTTGTTGTACCCACCGCTAGGTCCGCC
ATAACCACCACCGTATCCACCACCAATGTTTCCCCAATCCTTACCAGTGAAACCCGGTAA
TCCAAAACCGGTTCCTGGTACTGATCCGGTTCCAGGCCCAAAGTATCCTCCTGAACCATA
TCCCTTGTCATTCTTGTTATTATTACCTTTGGAGTCTTTCTTGAGCTGGTCCGAGACAGA
TTTGGGTCCGTTCGGGCGTGAGTGGGAGAGTGTTAGTGTGAGAAGCAAGAGCGTGAAGAG
GACAGTGAGTTTTGTAGTCA

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3A463TF 666 0 0
GGTGATAATTAACCATATGACATGATAGATACATCATTTATTGCAAGATAAAATTAAAAC
ATGCCAAATCAAGAAAACAAAAATAGAAGGACAATGTAATTTCCCTCTCATTAACACAAA
AGAAAAACATATTCCGTAGACAGACAGTACATTTCAACAATAAGCCACACATTTCTTCTT
ACAGTCGACGGTACAGCCACCACCTCCACCACCACCACCGTATCCTTTGCCGGAGCGGCT
AAAAGACTTGAAGCACTTGGCCGGACACCTCAGCTTCTTCATGTAACAATGACCTTTCTC
TTTACACACCACCGTTGGTCTCACCACACCTCCTTTGTTGTACCCACCGCTAGGTCCGCC
ATAACCACCACCGTATCCACCACCAATGTTTCCCCAATCCTTACCAGTGAAACCCGGTAA
TCCAAAACCGGTTCCTGGTACTGATCCGGTTCCAGGCCCAAAGTATCCTCCTGAACCATA
TCCCTTGTCATTCTTGTTATTATTACCTTTGGAGTCTTTCTTGAGCTGGTCCGAGACAGA
TTTGGGTCCGTTCGGGCGTGAGTGGGAGAGTGTTAGTGTGAGAAGCAAGAGCGTGAAGAG
GACAGTGAGTTTTGTAGTCATTCTTTTTTTTCTGAGGGGGTGTTGGATTTGATATTTTTG
ATTCCC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 6

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CCTCATCACCTTCCCGAGAAGAAGAAGA***TTATTGAAAAAGAAGAGAGATTAGCAATG
ATGGGCAGTGTCGAGCTGAATCTGAGGGAGACTGAGTTGTGTCTTGGTCTTCCCGGCGGG
GATACGGCGGCCCCAGTGACTGGAACCAAGAGAGGATTCTCGGAGACGGTTGATCTGAAG
CTGAATCTGAACAATGAACCTGAAAGCAAGGGAGGATCTAAGCCTCATGACGTCGTGGCT
TCTGTTTCCAAGGAAAAGAGTTCATGTCCCAAAGATCCAGCCAAGCCTCCAGCCAAGGCA
CAAGTTGTGGGATGGCCACCGGTGAGATCATACCGGAAGAACGTGATGGATTCGTGCCAA
AAATCAAGCAATGGCACGGAGACGGTGGCGTTTGTGAAGGTTTCAATGGACGGAGCACCG
TACTTAAGGAAAGTCGACTTGAAGATGTATAAGAGCTACGACGAACTCTCTAATGCTTTG
TCCAACATGTTCAGCTCTTTTACCATGGGGAAAAATGGAGGAGAAGAAGGAATGATAGAC
TTCATGAATGAGAGGAAAGTAATGGATATAGTGAATAGTTGGGACTATGTTCCCTCTTAC
GAAGACAAAGACGGTGATTGGATGCTCGTCGGCGACGTCCCTTGGCCAATGTTCGTTGAT
ACATGCAAGCGTTTACGTCTCATGAAAGGATCTGACGCCATTGGTCTTGCTCCGAGAGCA
ATGGAGAAGTGCAAGAGTAGAGCTTGAAGTTAAAAGATTAAGAGGTAATGATCGTATATT
TGATTAACACATTGATGAGTGTTAATTGTGGGCTTTACTATGAAAGTATTTGTTTCATAT
CTACTATTTT*CTTTTAATTGTCTGTTTTGATCTGCATCATATGTTGGTGTGTAGATACG
ATTTATATGCTATAATTATATGTAATGAACTTAAGTTAAATATGTGAGACGTTTGTAATA
ATACATATGTAATAATTTTGAACATCTTTTGTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3AL13TF U 1
AF RR3A623TF U 39
AF RR3BD20TF U 39
AF RR3BD20JQ C 264
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BS 92 303 RR3AL13TF
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BS 308 439 RR3AL13TF
BS 440 440 RR3A623TF
BS 441 557 RR3AL13TF
BS 558 651 RR3A623TF
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BS 663 743 RR3A623TF
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BS 1056 1056 RR3A623JQ

RD RR3AL13TF 557 0 0
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CCTCATCACCTTCCCGAGAAGAAGAAGAAGATTATTGAAAAAGAAGAGAGATTAGCAATG
ATGGGCAGTGTCGAGCTGAATCTGAGGGAGACTGAGTTGTGTCTTGGTCTTCCCGGCGGG
GATACGGCGGCCCCAGTGACTGGAACCAAGAGAGGATTCTCGGAGACGGTTGATCTGAAG
CTGAATCTGAACAATGAACCTGAAAGCAAGGGAGGATCTAAGCCTCATGACGTCGTGGCT
TCTTTTCCCAAGGAAAAGAGTTCATGTCCCAAAGATCCAGCCAAGCCTCCAGCCAAGGCA
CAAGTTGTGGGATGGCCACCGGTGAGATCATACCGGAAGAACGTGATGGATTCGTGCCAA
AAATCAAGCAATGGCACGGGGACGGTGGCGTTTGTGAAGGTTTCAATGGACGGAGCACCG
TACTTAAGGAAAGTCGACTTGAAGATGTATAAGAGCTACGACGAACTCTCTAATGCTTTG
TCCAACATGTTCAGCTC

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3A623TF 705 0 0
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GTGTCTTGGTCTTCCCGGCGGGGATACGGCGGCCCCAGTGACTGGAACCAAGAGAGGATT
CTCGGAGACGGTTGATCTGAAGCTGAATCTGAACAATGAACCTGAAAGCAAGGGAGGATC
TAAGCCTCATGACGTCGTGGCTTCTGTTTCCAAGGAAAAGAGTTCATGTCCCAAAGATCC
AGCCAAGCCTCCAGCCAAGGCACAAGTTGTGGGATGGCCACCGGTGAGATCATACCGGAA
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TTGGGACTATGTTTCCTCTTACGTAGACAAAGACGGTGATTGGATGCTCGTCGGCGACGT
CCCTTGGCCAATGTTCGTTGATACATGCAAGCGTTTACGTCTCAT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3BD20TF 705 0 0
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GTGTCTTGGTCTTCCCGGCGGGGATACGGCGGCCCCAGTGACTGGAACCAAGAGAGGATT
CTCGGAGACGGTTGATCTGAAGCTGAATCTGAACAATGAACCTGAAAGCAAGGGAGGATC
TAAGCCTCATGACGTCGTGGCTTCTGTTTCCAAGGAAAAGAGTTCATGTCCCAAAGATCC
AGCCAAGCCTCCAGCCAAGGCACAAGTTGTGGGATGGCCACCGGTGAGATCATACCGGAA
GAACGTGATGGATTCGTGCCAAAAATCAAGCAATGGCACGGAGACGGTGGCGTTTGTGAA
GGTTTCAATGGACGGAGCACCGTACTTAAGGAAAGTCGACTTGAAGATGTATAAGAGCTA
CGACGAACTCTCTAATGCTTTGTCCAACATGTTCAGCTCTTTTACCATGGGGAAAAATGG
AGGAGAAGAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGGAAAGTAATGGATATAGTGAATAG
TTGGGACTATGTTCCCTCTTACGAAGACAAAGACGGTGATTGGATGCTCGTCGGCGACGT
CCCTTGGCCAATGTTCGTTGATACATGCAAGCGTTTACGTCTCAT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3BD20JQ 766 0 0
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ATGTCCCAAAGATCCAGCCAAGCCTCCAGCCAAGGCACAAGTTGTGGGATGGCCACCGGT
GAGATCATACCGGAAGAACGTGATGGATTCGTGCCAAAAATCAAGCAATGGCACGGAGAC
GGTGGCGTTTGTGAAGGTTTCAATGGACGGAGCACCGTACTTAAGGAAAGTCGACTTGAA
GATGTATAAGAGCTACGACGAACTCTCTAATGCTTTGTCCAACATGTTCAGCTCTTTTAC
CATGGGGAAAAATGGAGGAGAAGAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGGAAAGTAAT
GGATATAGTGAATAGTTGGGACTATGTTCCCTCTTACGAAGACAAAGACGGTGATTGGAT
GCTCGTCGGCGACGTCCCTTGGCCAATGTTCGTTGATACATGCAAGCGTTTACGTCTCAT
GAAAGGATCTGACGCCATTGGTCTTGCTCCGAGAGCAATGGAGAAGTGCAAGAGTAGAGC
TTGAAGTTAAAAGATTAAGAGGTAATGATCGTATATTTGATTAACACATTGATGAGTGTT
AATTGTGGGCTTTACTATGAAAGTATTTGTTTCATATCTACTATTTT*CTTTTAATTGTC
TGTTTTGATCTGCATCATATGTTGGTGTGTAGATACGATTTATATGCTATAATTATATGT
AATGAACTTAAGTTAAATATGTGAGACGTTTGTAATAATACATATG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3AL13JQ 724 0 0
AGATCCAGCCAAGCCTCCAGCCAAGGCACAAGTTGTGGGATGGCCACCGGTGAGATCATA
CCGGAAGAACGTGATGGATTCGTGCCAAAAATCAAGCAATGGCACGGGGACGGTGGCGTT
TGTGAAGGTTTCAATGGACGGAGCACCGTACTTAAGGAAAGTCGACTTGAAGATGTATAA
GAGCTACGACGAACTCTCTAATGCTTTGTCCAACATGTTCAGCTCTTTTACCATGGGGAA
AAATGGAGGAGAAGAAGGAATGATAGACTTCATGGATGAGAGGAAAGTAATGGATATAGT
GAATAGTTGGGACTATGTCCCCTCTTACGAAGACAAAGACGGTGATTGGATGCTCGTCGG
CGACGTCCCTTGGCCAATGTTCGTTGATACATGCAAGCGTTTACGTCTCATGAAAGGATC
TGACGCCATTGGTCTTGCTCCGAGAGCAATGGAGAAGTGCAAGAGTAGAGCTTGAAGTTA
AAAGATTAAGAGGTAATGATCGTATATTTGATTAACACATTGATGAGTGTTAATTGTGGG
CTTTACTATGAAAGTATTTGTTTCATATCTACTATTTTTCTTTTAATTGTCTGTTTTGAT
TTGCATCATATGTTGGTGTGTAGATACGATTTATATGCTGTAATTATATGTAATGAACTT
AAGCTAAATATGTGAGACGTTTGTAATAATACATATGTAATAATTTTGAACATCTTTTGT
GTT
G

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3A623JQ 712 0 0
GCCTCCAGCCAAGGCACAAGTTGTGGGATGGCCACCGGTGAGATCATACCGGAAGAACGT
GGTGGATTCGTGCCAAAAATCAAGCAATGGCACGGAGACGGTGGCGTTTGTGAAGGTTTC
AATGGACGGAGCACCGTACTTAAGGAAAGTCGACTTGAAGATGTATAAGAGCTACGACGA
ACTCTCTAATGCTTTGTCCAACATGTTCAGCTCTTTTACCATGGGGAAAAATGGAGGAGA
AGAAGGAATGATAGACTTCATGAATGAGAGGAAAGTAATGGATATAGTGAATAGTTGGGA
CTATGTTTCCTCTTACGTAGACAAAGACGGTGATTGGATGCTCGTCGGCGACGTCCCTTG
GCCAATGTTCGTTGATACATGCAAGCGTTTACGTCTCATGAAAGGATCTGACGCCATTGG
TCTTGCTCCGAGAGCAATGGAGAAGTGCAAGAGTAGAGCTTGAAGTTAAAAGATTAAGAG
GTAATGATCGTATATTTGATTAACACATTGATGAGTGTTAATTGTGGGCTTTACTATGAA
AGTATTTGTTTCATATCTACTATTTT*CTTTTAATTGTCTGTTTTGATCTGCATCATATG
TTGGTGTGTAGATACGATTTATATGCTATAATTATATGTAATGAACTTAAGTTAAATATG
TGAGACGTTTGTAATAATACATATGTAATAATTTTGAACATCTTTTGTGTTT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 2 6

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AGGCATAACTACGTGAGGAAGACCGCGGAGCTCGCGACGCAGTTTTATATCAACCCCGCT
ACGAGCCAGCCGAATGTCGCGGGTTTGATCCTTGCCGGTTCGGCTGATTTCAAGACCGAG
CTTAGCCAGTCTGAGCTGTTTGATCCGCGTCTTCAAGCGAAGATACTCAACGTGGTTGAT
GTTTCCTACGGAGGCGAGAACGGATTCAACCAGGCGATCGAGCTCTCTGCTGAGATTTTG
TCTAACGTGAAGTTCATTCAGGAGAAGAAACTGATCGGGAAGTACTTCGAGGAGATAAGT
CAGGACACGGGGAAGTACGTGTTCGGCGTGGAGGACACTCTGAAGGCTCTGGAGATGGGC
GCGATCGAGATTGTGGTGAAGCATTTCGGGAAAGATCAGGAGACTGATCAGAGCAACTTC
CACGACGCGGAGACTAACGCCGAGCTTGAGGTCCAGGAGAAGATGCCGCTGCTCGAGTGG
TTTGCGAACGAGTACAAACGTTTCGGATGCACGCTTGAGTTCATGACTAACAAGTCACAG
GAAGGGTCGCAGTTTTGCAGAGGGTTTGGTGGGATCGGTGGTATGCTTCGTTACCAGCTT
GACATGAGGACGTTTGATGAGTTGTCGGATGGTGACGTGTATGAGGATTCTGATTGAAGT
GAGAAAACCTTTTGGTGCTGGTTTCAGATCGATACAGTAAGATGGTCTCTTTCTTAAAAT
TTTATCTTCTCCGACAGTTTGCTAGACAGTTTATGTTGTAATTGATTCTATTTTGAAGGT
TCTGGACATCTTTTTTCGGTTCTAATTTCTGGTTTCAACTATTTTTTCACGAGAAAATCA
ATGGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3BQ01TF U 1
AF RR3BQ01JQ C 376
BS 1 643 RR3BQ01TF
BS 644 906 RR3BQ01JQ

RD RR3BQ01TF 643 0 0
AGGGAGCACGGGAGAGGAGGACAGTCCGCGCTTCGTTTCGCTAGGCTTAGGATGGAGAAG
AGGCATAACTACGTGAGGAAGACCGCGGAGCTCGCGACGCAGTTTTATATCAACCCCGCT
ACGAGCCAGCCGAATGTCGCGGGTTTGATCCTTGCCGGTTCGGCTGATTTCAAGACCGAG
CTTAGCCAGTCTGAGCTGTTTGATCCGCGTCTTCAAGCGAAGATACTCAACGTGGTTGAT
GTTTCCTACGGAGGCGAGAACGGATTCAACCAGGCGATCGAGCTCTCTGCTGAGATTTTG
TCTAACGTGAAGTTCATTCAGGAGAAGAAACTGATCGGGAAGTACTTCGAGGAGATAAGT
CAGGACACGGGGAAGTACGTGTTCGGCGTGGAGGACACTCTGAAGGCTCTGGAGATGGGC
GCGATCGAGATTGTGGTGAAGCATTTCGGGAAAGATCAGGAGACTGATCAGAGCAACTTC
CACGACGCGGAGACTAACGCCGAGCTTGAGGTCCAGGAGAAGATGCCGCTGCTCGAGTGG
TTTGCGAACGAGTACAAACGTTTCGGATGCACGCTTGAGTTCATGACTAACAAGTCACAG
GAAGGGTCGCAGTTTTGCAGAGGGTTTGGTGGGATCGGTGGTA

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3BQ01JQ 531 0 0
TAT
GTGTTCGGCGTGGAGGACACTCTGAAGGCTCTGGAGATGGGCGCGATCGAGATTGTGGTG
AAGCATTTCGGGAAAGATCAGGAGACTGATCAGAGCAACTTCCACGACGCGGAGACTAAC
GCCGAGCTTGAGGTCCAGGAGAAGATGCCGCTGCTCGAGTGGTTTGCGAACGAGTACAAA
CGTTTGGGATGCACGCTTGAGTTCATGACTAACAAGTCACAGGAAGGGTCGCAGTTTTGC
AGAGGGTTTGGTGGGATCGGTGGTATGCTTCGTTACCAGCTTGACATGAGGACGTTTGAT
GAGTTGTCGGATGGTGACGTGTATGAGGATTCTGATTGAAGTGAGAAAACCTTTTGGTGC
TGGTTTCAGATCGATACAGTAAGATGGTCTCTTTCTTAAAATTTTATCTTCTCCGACAGT
TTGCTAGACAGTTTATGTTGTAATTGATTCTATTTTGAAGGTTCTGGACATCTTTTTTCG
GTTCTAATTTCTGGTTTCAACTATTTTTTCACGAGAAAATCAATGGTG

QA 4 531 4 531
DS 



CO CL1505Contig2 1076 4 28 U
GGGGAACGCGAGAGAGGTGCTTCACAAGTTCACTGTTGATTTGCCGAAGAAGCACGGGAG
AGGAGGACAGTCCGCGCTTCGTTTCGCTAGGCTTAGGATGGAGAAGAGGCATAACTACGT
GAGGAAGACCGCCGAGCTCGCGACGCAGTTTTATATCAACCCCGCTACGAGCCAGCCGAA
TGTCGCGGGTTTGATCCTTGCCGGTTCGGCTGATTTCAAGACCGAGCTTAGCCAGTCTGA
GCTGTTTGATCCGCGTCTCCAAGCGAAGATACTCAACGTGGTTGATGTTTCCTACGGAGG
CGAGAACGGATTCAACCAAGCGATCGAGCTCTCTGCTGAGATTTTGTCTAACGTGAAGTT
CATTCAGGAGAAGAAACTGATCGGGAAGTACTTCGAGGAGATAAGTCAGGACACGGGGAA
GTACGTGTTCGGCGTGGAGGACACGCTGAAGGCTCTGGAGATGGGCGCGATCGAGACGCT
GATCGTGTGGGAGAATCTCGATATCAACAGGTACGAGCTGAAGAACAGCACGAGCGGGGA
GATTGTGGTGAAGCATTTCGGGAAAGATCAGGAGACTGATCAGAGCAACTTCCACGACGC
GGAGACTAACGCCGAGCTCGAGGTCCAGGAGAAGATGCCGCTGCTCGAGTGGTTTGCGAA
CGAGTACAAACGTTTCGGATGCACGCTTGAGTTCATGACTAACAAGTCACAAGAAGGGTC
GCAGTTTTGCAGAGGGTTTGGTGGGATCGGTGGTATGCTTCGTTACCAGCCTGACATGAG
GACGTTTGATGAGTTGTCGGATGGTGACGTGTATGAGGATTCTGATTGAAGTGAGAAAAC
CTTTTGGTGCTGGTTTCAGATCGATACAGTAAGATGGTCTCTTTCTTAAGATTTTATCTT
TCTACGACAGTTTGGTAGACAGTTTGTGTTGTAATTGATTCTATTTTGAAGGTTCTGGAC
ATCTTTTTTCGGTTCTAATTTCTGGTTTCAACTATTTTTCACGAGAAAATCAATGGTGAA
ATGTTTTATATTTGATTAGAGTCATTAGACCAATGGAGAGCTAGAGTTAAATTACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GL78TF U 1
AF RR3GE95TF U 65
AF RR3GE95JQ C 522
AF RR3GL78JQ C 321
BS 1 72 RR3GL78TF
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BS 807 1076 RR3GL78JQ

RD RR3GL78TF 708 0 0
GGGGAACGCGAGAGAGGTGCTTCACAAGTTCACTGTTGATTTGCCGAAGAAGCACGGGAG
AGGAGGACAGTCTGCGCTTCGTTTCGCTAGGCTTAGGATGGAGAAGAGGCATAACTATGT
GAGGAAGACGGCCGAGCTCGCGACGCAGTTTTATATCAACCCTGCTACGAGCCAGCCGAA
TGTCGCGGGTTTGATCCTTGCCGGTTCGGCTGATTTCAAGACCGAGCTTAGCCAGTCTGA
GCTGTTTGATCCGCGTCTCCAGGCGAAGATACTGAACGTGGTTGATGTTTCCTACGGAGG
CGAGAACGGTTTCAACCAAGCGATCGAGCTCTCTGCTGAGATTTTGTCTAACGTGAAGTT
CATTCAGGAGAAGAAACTGATCGGGAAGTACTTCGAGGAGATAAGTCAGGACACGGGGAA
GTACGTGTTCGGCGTGGAGGACACGCTGAAGGCTCTGGAGATGGGCGCGATCGAGACGCT
GATCGTGTGGGAGAATCTCGATATCAACAGGTACGAGCTGAAGAACAGCACGAGCGGGGA
GATTGTGGTGAAGCATTTCGGGAAAGATCAGGAGACTGATCAGAGCAACTTCCACGACGC
GGAGACTAACGCTGAGCTCGAG*TCCAGGAGAAGATGCCGCTGCTCGAGTGGTTTGCGAA
CTAGTACAAACGTTTTGGATGCACGCTTGAGTTC
GTGGCTACAGTCTC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3GE95TF 644 0 0
GGACAGTCCGCGCTTCGTTTCGCTAGGCTTAGGATGGAGAAGAGGCATAACTACGTGAGG
AAGACCGCGGAGCTCGCGACGCAGTTTTATATCAACCCCGCTACGAGCCAGCCGAATGTC
GCGGGTTTGATCCTTGCCGGTTCGGCTGATTTCAAGACCGAGCTTAGCCAGTCTGAGCTG
TTTGATCCGCGTCTTCAAGCGAAGATACTCAACGTGGTTGATGTTTCCTACGGAGGCGAG
AACGGATTCAACCAGGCGATCGAGCTCTCTGCTGAGATTTTGTCTAACGTGAAGTTCATT
CAGGAGAAGAAACTGATCGGGAAGTACTTCGAGGAGATAAGTCAGGACACGGGGAAGTAC
GTGTTCGGCGTGGAGGACACTCTGAAGGCTCTGGAGATGGGCGCGATCGAGACGCTGATC
GTGTGGGAGAATCTCGATATCAACAGGTACGAGCTGAAGAACAGCACGAGCGGGGAGATT
GTGGTGAAGCATTTCGGGAAAGATCAGGAGACTGATCAGAGCAACTTCCACGACGCGGAG
ACTAACGCCGAGCTTGAGGTCCAGGAGAAGATGCCGCTGCTCGAGTGGTTTGCGAACGAG
TACAAACGTTTCGGATGCACGCTTGAGTTCATGACTAACAAGTC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3GE95JQ 352 0 0
AGAACAGCACGAGCGGGGAGATTGTGGTGAAGCATTTCGGGAAAGATCAGGAGACTGATC
AGAGCAACTTCCCCGACGCGGAGACTAACGCCGAGCTTGAGGTCCAGGAGAAGATGCCGC
TGCTCGAGTGGTTTGCGAACGAGTACAAACGTTTCGGATGCACGCTTGAGTTCATGACTA
ACAAGTCACAGGAAGGGTCGCAGTTTTGCAGATGGTTTGGTGGGATCGGTGGTATGCTTC
GTTACCAGCTTGACATGAGGACGTTTGATGAGTTGTCGGATGGTGACGTGTATGAGGATT
CTGATTGAAGTGAGAAAACCTTTTGGTGCTGGTTTCAGATCGATACAGTAAG

QA 1 352 1 352
DS 

RD RR3GL78JQ 756 0 0
CGATCGAGCTCTCTGCTGAGATTTTGTCTAACGTGAAGTTCATTCAGGAGAAGAAACTGA
TCGGGAAGTACTTCGAGGAGATAAGTCAGGACACGGGGAAGTACGTGTTCGGCGTGGAGG
ACACGCTGAAGGCTCTGGAGATGGGCGCGATCGAGACGCTGATCGTGTGGGAGAATCTCG
ATATCAACAGGTACGAGCTGAAGAACAGCACGAGCGGGGAGATTGTGGTGAAGCATTTCG
GGAAAGATCAGGAGACTGATCAGAGCAACTTCCACGACGCGGAGACTAACGCTGAGCTCG
AGGTCCAGGAGAAGATGCCGCTGCTCGAGTGGTTTGCGAACTAGTACAAACGTTTTGGAT
GCACGCTTGAGTTCGTGGCTAACAAGTCTCAAGAAGGGTCGCAGTTTTGCAGAGGGTTTG
GTGGGATCGGTGGTATGCTTCGTTACCAGCCTGACATGAGGACGTTTGATGAGTTGTCGG
ATGGTTACGTGTATGAGGATTCTGATTGAAGTGAGAAAACCTTTTGGTGCTGGTTTCAGA
TCGATACAGTAAGATGGTCTCTTTCTTAAGATTTTATCTTTCTACGACAGTTTGGTAGAC
AGTTTGTGTTGTAATTGATTCTATTTTGAAGGTTCTGGACATCTTTTTTCGGTTCTAATT
TCTGGTTTCAACTATTTTTCACGAGAAAATCAATGGTGAAATGTTTTATATTTGATTAGA
GTCATTAGACCAATGGAGAGCTAGAGTTAAATTACA

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 4

CO CL1506Contig1 1550 4 11 U
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GCTAACGTTAGCAGGATCATGAAGAAGGCCTTGCCGGCGAACGCCAAGATCTCCAAAGAT
GCTAAAGAGACGATGCAGGAGTGCGTCTCCGAGTTTATAAGCTTCGTCACGGGAGAGGCG
TCGGATAAGTGCCAGAAGGAGAAGAGGAAGACGATCAACGGCGACGATTTGCTTTGGGCT
ATGACCACTCTAGGGTTCGAGGATTACGTTGAGCCGCTGAAGGTTTACTTGCAGAGGTTT
AGGGAGATCGAAGGGGAGAGGGGTGGACTTGGGAGGCCACATACAGGTGGTGAAGCTGGA
GAGCATCAGCAAGATGGAGGTGATTCTACGGTGGTGGTGGGATGCAGTATCACCAGCATC
ATCAGTTTCTTCACCAGCAGAACCATATGAATGGATCCACAGGTAGCGGTGGTGGTGGAG
CTGGCTCCGGTAGGACAAGGACTTGAAAGATTGGTGGAAGTGGATCTCTGTATATAGATA
CATTAAAAAACATGCCTATTCATACCCATAAGAGCTCGTAACATCAATATATTCAAGTAT
CATGTTGGTTATATAGGCTTTGTAAAGCGGATCAAGTGTGTCTGAAACAATAGGATTCGC
TAACGAATCTGCTCCGTCTAATCTTGTATTTAAACTATTGGATTTAGATCGCATTGAATG
CAAATGTTTTCAGATTCAAGTATTAATATGCTTACATAGAGAGGCAGCAAAGAAACCAAC
TTTGATGAAAACTGTAGGGGACTTACTTTGCTTGTTGTAAGAAAGAGGGGTTAATGGCGG
GAACGGAGGTCGCGGGTGTTGAAGTACAAGTTGCCTTGTTGATCAGGTGCAGAGACACGG
AGAGGAGTGAAGCCTTCGTAGTCACCGTTGGTTTTAGCAGAGCAAATGGCTGTCATATAT
CTTAATAGCTCATGGTTCTGTACGAATGCTTGCTTTGTGTATTCCTCCCACGGCATCCAC
TGAGCAGCCTCTATCTCAGTCTCCTGTGCGTTGATCTCCAAAGAAAGGGGCTTTAACATG
CACACGAAGAACAAATCTGACTTTTCAAAGAAAGCTTTGTGGGTCTGTCTGAAAGCCAAT
ACTTGGACAAATTCTGTATCCACTCCGGTCTCTTCTTTCACCTCTCTGACCGAGCCATCA
TGGATATATTCACCCTCATTGACTACACCGGTGGGGAACTTCCAGATACCTTGGCCTTGA
AACCTTCCTGTCTTCTCTTGAACCACCAACACCTCTTTCTTGTGGTTGAGGACAAAGGCA
CCTATGCCCAACACGGTGAGAAGCATTGGAAGGAATCGTATCGCCTACTTTGGGAATCCA
ATACACAAGCATCAAGTAGTCCTTCTCCGCGTGATGAAACCAGAATCCCTCCTTAACAGC
AGCTTCAGCAAGACCGATAAGCTGTCTCGGCAGTTTGATCCACACTCCCCTTCTTTCCCT
GAAGAGTCCAGGTAGAGAGAGAGGACTGGAGAAGAGCAGAGAAGGCAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EM25TF U 1
AF RR3EM25JQ C 324
AF RR3A140JQ U 700
AF RR3A140TF C 1297
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BS 1530 1550 RR3A140TF

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GCTAAAGAGACGATGCAGGAGTGCGTCTCCGAGTTTATAAGCTTCGTCACGGGAGAGGCG
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ATCAGTTTCTTCACCAGCAGAACCATATGAATGGATCCACAGGTAGCGGTGGTGGTGGAG
CTGGCTCCGGTAGGACAAGGACTTGAAAGATTGGTGGAAGTGGATCTCTGTATATAGATA
CATTAAAAAACATGCCTATTCATACCCATAAGAGCTCGTAACATCAATATATTCAAGTAT
CATGTTGGTTATATAGGCTTTGTAAAGCGGATCAAGTGTGTCTGAA*CAATAGGATTCGC
TAACGAATCTGCTCCGTCTAATCTTGTATTTAAACTATTGGATTTAGATCGCATTGAATG
CAA*TGTTTTCAGATTCA
GT

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3EM25JQ 695 0 0
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GGGATGCAGTATCACCAGCATCATCAGTTTCTTCACCAGCAGAACCATATGAATGGATCC
ACAGGTAGCGGTGGTGGTGGAGCTGGCTCCGGTAGGACAAGGACTTGAAAGATTGGTGGA
AGTGGATCTCTGTATATAGATACATTAAAAAACATGCCTATTCATACCCATAAGAGCTCG
TAACATCAATATATTCAAGTATCATGTTGGTTATATAGGCTTTGTAAAGCGGATCAAGTG
TGTCTGAAACAATAGGATTCGCTAACGAATCTGCTCCGTCTAATCTTGTATTTAAACTAT
TGGATTTAGATCGCATTGAATGCAAATGTTTTCAGATTCAAGTATTAATATGCTTACATA
GAGAGGCAGCAAAGAAACCAACTTTGATGAAAACTGTAGGGGACTTACTTTGCTTGTTGT
AAGAAAGAGGGGTTAATGGCGGGAACGGAGGTCGCGGGTGTTGAAGTACAAGTTGCCTTG
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GTATTCCTCCCACGGCATCC

QA 16 695 16 695
DS 

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AGAAAGAGGGGTTAATGGCGGGAACGGAGGTCGCGGGTGTTGAAGTACAAGTTGCCTTGT
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GAGCAAATGGCTGTCATATATCTTAATAGCTCATGGTTCTGTACGAATGCTTGCTTTGTG
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TTCCAGATACCTTGGCCTTGAAACCTTCCTGTCTTCTCTTGAACCACCAACACCTCTTTC
TTGTGGTTGAGGACAAAGGCACCTATGCC*AACACGGTGAGAAGCATTGGAAGGAATCGT
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CCACACTCCC*TTCTTTCCCTGAAGAGTCCAGGTAGAGAGAGAGGACTGG

QA 1 830 1 830
DS 

RD RR3A140TF 254 0 0
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GATCCACACTCCCCTTCTTTCCCTGAAGAGTCCAGGTAGAGAGAGAGGACTGGAGAAGAG
CAGAGAAGGCAGAA

QA 1 254 1 254
DS 



AS 1 6

CO CL1507Contig1 754 6 5 U
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TGAGAGAAGCCACAGCGGACGCAGCTCCTCCTCCTCAGCCACAGAAGCTCACCAACAACA
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CTTGGGAGGAAAAAAATCTCACTAAATGGGCCACTGATCGATTAAAGGAGCTGCTTGTGT
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TTGGAGATGCTTTCTTGGTCACTGTTCGGAACAAGAAAAGAGTTGGCTATACTTACGAGC
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AGTTCTTGGAGCCTATACGCCTTAAACTTGCTCAGTTCGAGCAGGAACTCAAAGATCGAT
AGTTATTGTTTCTTTTCATTTGATATCAGCAATTTTCTGTTAGCATCGAGAACTTTGTTA
AAACACAACACTCCCATCTTACAGCTTTTCTTGTATCCATGCTTCATCTGTTCTACCAAC
ATTTCCACATTTATTGTCTAAGTTCAGTTCACCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3G504TF U 1
AF RR3D368JQ C -1
AF RR3BF23TF U 3
AF RR3BU14JQ C 15
AF RR3BU14TF U 15
AF RR3BF23JQ C 77
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ACAACGACGTCGCTTCCAATGCTCCTCCTGCCCTCGGCTCCCTCTGGAATCAGGCTGGCA
CTTGGGAGGAAAAAAATCCCACTAAATGGGCCACTGATCGATTAAAGGAGCTGCTTGTGT
CAGTGGGTTCACTTCAATTCTCTTCTGGAAAAGCTGAGATTATAGATGTTAGCAGATGTG
TTGGAGATGCTTTCTTGGTCACTGTTCGGAACAAGAAAAGAGTTGGCTATACTTACGAGC
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DS 

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AGGAAAATAATGGAGGAGGAGAAGAAGAAAGAGGGATCGTATAGGTACTGGGTGAGAGAA
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GTCGCTTCCAATGCTCCTCCTGCCCTCGGCTCCCTCTGGAATCAGGCTGGCACTTGGGAG
GAAAAAAATCTCACTAAATGGGCCACTGATCGATTAAAGGAGCTGCTGGTGTCAGTGGGT
TCACTTCAATTCTCTTCTGGAAAAGCTGAGATTATAGATGTTAGCAGATGTGTTGGAGAT
GCTTTCTTGGTCACTGTTCGGAACAAGAAAAGAGTTGGCTACACTTACGGGCTTTCCCTC
AAAGTCCAAGGAGAGTGGTCTGTTAACGAGGACGCAAAAAAGGTGAAGGGGAGTCTCGAC
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CACTCCCATCTTACAGCTTTTCTTGTATCCATGCTTCATCTGTTCTACC

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DS 

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GGGGAA
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GTCGCTTCCAATGCTCCTCCTGCCCTCGGCTCCCTCTGGAATCAGGCTGGCACTTGGGAG
GAAAAAAATCTCACTAAATGGGCCACTGATCGATTAAAGGAGCTGCTTGTGTCAGTGGGT
TCACTTCAATTCTCTTCTGGAAAAGCTGAGATTATAGATGTTAGCAGATGTGTTGGAGAT
GCTTTCTTGGTCACTGTTCGGAACAAGAAAAGAGTTGGCTATACTTACGAGCTTTCCCTC
AAAGTCCAAGGAGAGTGGTCTGTTAACGAGGACGCAAAAAAGGTGAAGGGGAGTCTCGAC
ATTCCTGAGTTCTCTTTCGGCGAGCTTGATGATCTTGAGGTGAATGTGAAGCTCAGTGAA
GACAAAGAGCTTTCCCAGCAACTGAAGCAGCAAGTTCGGTTGGATATGAAGCAGTTCTTG
GAGCCTATACGCCTTAAACTTGCTCAGTTCGAGCAGGAACTCAAAGATCGATAGTTATTG
TTTCTTTTCATTTGATATCAGCAATTTTCTGTTAGCATCGAGAACTTTGTTAAAACACAA
CACTCCCATCTTACAGCTTTTCTTGTATCCATGCTTCATCTGTTCTACCAACATTTCCAC
ATTTATTGTC

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DS 

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GG
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DS 

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GG
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GGACGCAGCTCCTCCTCCTCAGCCACAGAAGCTCACCAACAACAACAACGACGTCGCTTC
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GGTCACTGTTCGGAACAAGAAAAGAGTTGGCTATACTTACGAGCTTTCCCTCAAAGTCCA
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GTTCTCTTTCGGCGAGCTTGATGATCTTGAGGTGAATGTGAAGCTCAGTGAAGACAAAGA
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TCTAAGTTCAGTTCACCA

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DS 

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CAATGCTCCTCCTGCCCTCGGCTCCCTCTGGAATCAGGCTGGCACTTGGGAGGAAAAAAA
TCTCACTAAATGGGCCACTGATCGATTAAAGGAGCTGCTTGTGTCAGTGGGTTCACTTCA
ATTCTCTTCTGGAAAAGCTGAGATTATAGATGTTAGCAGATGTGTTGGAGATGCTTTCTT
GGTCACTGTTCGGAACAAGAAAAGAGTTGGCTATACTTACGAGCTTTCCCTCAAAGTCCA
AGGAGAGTGGTCTGTTAACGAGGACGCAAAAAAGGTGAAGGGGAGTCTCGACATTCCTGA
GTTCTCTTTCGGCGAGCTTGATGATCTTGAGGTGAATGTGAAGCTCAGTGAAGACAAAGA
GCTTTCCCAGCAACTGAAGCAGCAAGTTCGGTTGGATATGAAGCAGTTCTTGGAGCCTAT
ACGCCTTAAACTTGCTCAGTTCGAGCAGGAACTCAAAGATCGATAGTTATTGTTTCTTTT
CATTTGATATCAGCAATTTTCTGTTAGCATCGAGAACTTTGTTAAAACACAACACTCCCA
TCTTACAGCTTTTCTTGTATCCATGCTTCATCTGTTCTACCAACATTTCCACATTTATTG
TCTAAGTTCAGTTCACC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 6

CO CL1508Contig1 935 6 9 U
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CACAAGAAAAAGAAAAGATAAACAGAGTTGCAAGTTCAGAAAAAAAGGGAAGGAAGATCA
AGTATTCTTCTGCTGCTTCTCTATATCATACAGTACACAGACATCTGCAGCTGTTTTCAT
CTGAATGATATTGACTGTTTGTTTCATCGACCAACCGAATATTGTCAAAGCTAGAAGAAG
AGAGAGTGGAGAAATCTGAGTTAATGTGGAAACTACGACATTCAGGAGACTTTCGGTTTG
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CCTTATGGCTGCTCTTCCCTGCTAGAAACGTACTGTACATCTGCAGCCAATGACTAGCAA
TATCTAAAGCCAGCAATGAAAGGAAGACCAAGCTAGGCCTGTAGACTTGAGAGAGAATCA
CGAGTAGACAGGCCGTGCTAACTCTATCTGTGACCATGTCGAGAACAGCCCCAAACGTTG
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AATAGAGGAGGGAGAAAAGTGGTTTGTTAGAGAAACAGACAGCAAAGGCAACACAGTTCA
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GAAGAGATCTGTAGAGAGAGAGAGAGAGTCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 20 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 20 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 20 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D515JQ U 88
AF RR3CT53JQB U 141
AF RR3GL55JQ U 1
AF RR3CH27JQ U 121
AF RR3CH27TF C 133
AF RR3GL55TF C 260
BS 1 227 RR3GL55JQ
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BS 250 250 RR3CH27JQ
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RD RR3D515JQ 453 0 0
TTGCAAGTTCATAAAAAAAGGGAAGGAAGATCAAGTATTCTTCTGCTGCTTCTCTATATC
ATACAGTACACAGACATCTGCAGCTGTTTT**TCTGAATGATATTGACTGTTTGTTTCAT
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GGAAACTACGACATTCAGGAGACTTTCGGTTTGGTTCTTTGCAATGAGAAGAAGGATGAT
ATACAGAACCTCGCAAGAAACACAGCAATAGCACATGAAGATCCGGTTGCCATAGTAGAG
TCTGAAAAGCCAGCTTGTGCTGTCTTT*CACATCCTTATGGCTGCTCTTCCCTGCTAGAA
ACGTACTGTACATCTGCAGCCAATGACTAGCAATATCTAAAGCCAGCAATGAAAGGAAGA
CCAAGCTAGGCCTGTAGACTTGAGAAAGAATCA

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR3CT53JQB 513 0 0
CTATATCATACAGTACACAGACATCTGCAGCTGTTTTCATCTGAATGATATTGACTGTTT
GTTTCATCGACCAACCGAATATTGTCAAAGCTAGAAGAAGAGAAAGTGGTGAAATCTGAG
TTAATGTGGAAAGTACGACATTCAGGAGACTTTCGGTTTGGTTCTTTGCAATGAGAAGAA
GGATGATATATAGAACCTCGCAAGAAACACAGCAATAACACATGAAGATCCGGTTTCCAT
AGTAGAGTCTGAAAAGCCAGCTTGTGCTGTCTTTTCACATCCTTATGGCTGCTCTTCCCT
GCTAGAAACGTACTGTACATCTGCAGCCAGTGACTAGCAATATCTAAAGCCAGCAATGAA
AGGAAGACCAAGCTAGGCCTGTAGACTTGAGAGAGAATCACGAGTAGACACGCCGTGCTA
ACTCTATCTGTGACCATGTCGAGAACAGCTCCAAACGTTGAAACTTGGTTGAATCTACGA
GCACACCAGCCATCCACAGCATCACAACAAA
GC

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR3GL55JQ 755 0 0
ATGTCAAAAAGGTAAATCAATATTCTTTCATCTTGTTTATAACATAGGAACATGTTTCTA
CACAAGAAAAAGAAAAGATAAACAGAGTTGCAAGTTCAGAAAAAAAGGGAAGGAAGATCA
AGTATTCTTCTGCTGCTTCTCTATATCATACAGTACACAGACATCTGCAGCTGTTTTCAT
CTGAATGATATTGACTGTTTGTTTCATCGACCAACCGAATATTGTCAGAGCTAGAAGAAG
AGAGAGTGGTGAAATCTGAGTTAATGTGGAAACTACGACATTCAGGAGACTTTCGGTTTG
GTTCTTTGCAATGAGAAGAAGGATGATATACAGAACCTCGCAAGAAACACAGCAATAGCA
CATGAAGATCCGGTTGCCATAGTAGAGTCTGAAAAGCCAGCTTGTGCTGTCTTT*CACAT
CCTTATGGCTGCTCTTCCCTGCTAGAAACGTACTGTACATCCGCAGCCAATGACTAGCAA
TATCTAAAGCCAGCAATGAAAGGAAGACCAAGCTAGGCCTGTAGACTTGAGAGAGAATCA
CGAGTAGACAGGCCGTGCTAACTCTATCTGTGACCATGTCGAGAACAGCCCCAAACGTTG
AAACTTGGTTGAATCTACGAGCACACCAGCCATCCACAGCATCACAACAAAAGCTGAAGA
AATAGAGGAGGGAGAAAAGTGGTTTGTTAGAGAAACAGACAGCAAAGGCAACACAGTTCA
AGAGAACTCTCATGTACCCAACAATGTTAGGTATA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3CH27JQ 622 0 0
AGTATTCTTCTGCTGCTTCTCTATATCATACAGTACACAGACATCTGCAGCTGTTTTCAT
CTGAATGATATTGACTGTTTGTTTCATCGACCAACCGAATATTGTCAAAGCTAGAAGAAG
AGAGAGTGGAGAAATCTGAGTTAATGTGGAAACTACGACATTCAGGAGACTTTCGGTTTG
GTTCTTTGCAATGAGAAGAAGGATGATATACAGAACCTCGCAAGAAACACAGCAATAGCA
CATGAAGATCCGGTTGCCATAGTAGAGTCTGAAAAGCCAGCTTGTGCTGTCTTT*CACAT
CCTTATGGCTGCTCTTCCCTGCTAGAAACGTACTGTACATCTGCAGCCAATGACTAGCAA
TATCTAAAGCCAGCAATGAAAGGAAGACCAAGCTAGGCCTGTAGACTTGAGAGAGAATCA
CGAGTAGACAGGCCGTGCTAACTCTATCTGTGACCATGTCGAGAACAGCCCCAAACGTTG
AAACTTGGTTGAATCTACGAGCACACCAGCCATCCACAGCATCACAACAAAAGCTGAAGA
AATAGAGGAGGGAGAAAAGTGTTTTGTTAGAGAAACAGACAGCAAAGGCAACACAGTTCA
AGAGAACTCTCATGTACCCAAC

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3CH27TF 782 0 0
GCTGC
TCTCTATATCATACAGTACACAGACATCTGCAGCTGTTT*CATCTGAATGATAT*GACTG
TTTGTT*CATCGACCA*CCGAATATTGTCAAAGCTAGAAGAAGAGAGAGTGGAGAAATCT
GAGTTAATGTGGAAACTACGACATTCAGGAGACTTTCGGTTTGGTTCTTTGCAATGAGAA
GAAGGATGATATACAGAACCTCGCAAGAAACACAGCAATAGCACATGAAGATCCGGTTGC
CATAGTAGAGTCTGAAAAGCCAGCTTGTGCTGTCTTT*CACATCCTTATGGCTGCTCTTC
CCTGCTAGAAACGTACTGTACATCTGCAGCCAATGACTAGCAATATCTAAAGCCAGCAAT
GAAAGGAAGACCAAGCTAGGCCTGTAGACTTGAGAGAGAATCACGAGTAGACAGGCCGTG
CTAACTCTATCTGTGACCATGTCGAGAACAGCCCCAAACGTTGAAACTTGGTTGAATCTA
CGAGCACACCAGCCATCCACAGCATCACAACAAAAGCTGAAGAAATAGAGGAGGGAGAAA
AGTGTTTTGTTAGAGAAACAGACAGCAAAGGCAACACAGTTCAAGAGAACTCTCATGTAC
CCAACAATGTTAGGTATATAAAGGTAAACAGACAACTTCTCAGGTCTAGGTCTCTCCTTT
TTCCCCATTTTGACCTTGATGATACACAGTTAATTTAACCCCCGATTCAACGATCCCACT
TGGAAACGGGTTAGAGTTGTGGCGATCTTGAAGTGAGAGAGAGGAAGAGATCTGT
CC

QA 6 780 6 780
DS 

RD RR3GL55TF 676 0 0
AGTT
ATGTGGAAACTACGACATTCAGGAGACTTTCGGTTTGGTTCTTTGCAATGAGAAGAAGGA
TGATATACAGAACCTCGCAAGAAACACAGCAATAGCACATGAAGATCCGGTTGCCATAGT
AGAGTCTGAAAAGCCAGCTTGTGCTGTCTTT*CACATCCTTATGGCTGCTCTTCCCTGCT
AGAAACGTACTGTACATCCGCAGCCAATGACTAGCAATATCTAAAGCCAGCAATGAAAGG
AAGACCAAGCTAGGCCTGTAGACTTGAGAGAGAATCACGAGTAGACAGGCCGTGCTAACT
CTATCTGTGACCATGTCGAGAACAGCCCCAAACGTTGAAACTTGGTTGAATCTACGAGCA
CACCAGCCATCCACAGCATCACAACAAAAGCTGAAGAAATAGAGGAGGGAGAAAAGTGGT
TTGTTAGAGAAACAGACAGCAAAGGCAACACAGTTCAAGAGAACTCTCATGTACCCAACA
ATGTTAGGTATATAAAGGTAAACAGACAACTTCTCAGGTCTAGGTCTCTCCTTTTTCCCC
ATTTTGACCTTGATGATACACAGTTAATTTAACCCCCGATTCAACGATCCCACTTGGAAA
CGGGTTAGAGTTGTGGCGATCTTGAAGTGAGAGAGAGGAAGAGATCTGTAGAGAGAGAGA
GAGAGTCAAAAA

QA 5 676 5 676
DS 



AS 1 6

CO CL1509Contig1 936 6 7 U
GGAGAGATCTTCTCTCCCTTTTCTCTCCATCTTCTCACTAGAAACTCTCGAATAAAGATA
TCTGTTTCGGTGGCCGGTGGCTTATCGTCGCCGGTCGCCACAAACACTTTTTAGTTTGTA
TTATAGTATCTTTCTATAATCGAGTTATGTTTGTTTCGCAAAGGCGATTTTCTCCTTCGC
TAGGCGAATTCTTCTTTTTGTTCTGTTTGTATCGGTTTCAAACAGGGCTAGCCTTCATGA
TATCTTTTATCCCTGATTTGAATCGATCAATAACCATCCGATCTGTATGATTGGATTCCT
GCTGATACTCGTTTCTCACTTCGAGCTTAACTTCATCCCGTTGAATACTCGATCAAATAC
CTTTTTCATCGCTCACTCTATTTTCTTTTGAGGAGAATCAGTCTCTACTCTTTTATTTAG
CCGTTTACGGCGTTCAAGTGGAGGGTCTCTAAAATAAAGGAAGAAGAGTCTGATGGTTAG
CTTGAATCGTTAAGAGGTGGATTCAGAAGAGTCGGCGTTGCTTCAATGGTCCGACAAAGG
ATCTTTGCTTCGATCTGATTCCAGTTTTCCTTGGAGTTTAATTCCGGTGGATTGAGGCCT
CTTTGTTTGAGTATCCATGGTTATAGTGAGAAGCATATGGCTGATATCAGACTTTCTATT
GGAGAAACCTTGCAATGGAAAAAGGGTGATAGAGAAGCGGAGTCGGGAAGCTTACGGTGG
CGATGCACGGTGGTGTGTCTGAAACTACCGTTTTCCACATGAACGCCACGTGTCCAAGTG
ACTCACGAAGACCATCGTCAAACACGAGGAGACAAGCTTCGGGATACTTCTCTTATGTGG
GCTGAATAATATTTTTTGTGGGGTTTTCTAATTTGTAAAATTTGATATCAGTTGTACTAA
AGCCTATTGGGCTTTATGAATGAAAATTCTGTTGAC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3AZ81TF U 1
AF RR3DI91TF U 1
AF RR3F216TF U 10
AF RR3DI91JQ C 195
AF RR3AZ81JQ C 55
AF RR3F216JQ C 123
BS 1 478 RR3AZ81TF
BS 479 682 RR3DI91TF
BS 683 683 RR3AZ81JQ
BS 684 701 RR3DI91TF
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BS 822 822 RR3DI91JQ
BS 823 936 RR3AZ81JQ

RD RR3AZ81TF 478 0 0
GGAGAGATCTTCTCTCCCTTTTCTCTCCATCTTCTCACTAGAAACTCTCGAATAAAGATA
TCTGTTTCGGTGGCCGGTGGCTTATCGTCGCCGGTCGCCACAAACACTTTTTAGTTTGTA
TTATAGTATCTTTCTATAATCGAGTTATGTTTGTTTCGCAAAGGCGATTTTCTCCTTCGC
TAGGCGAATTCTTCTTTTTGTTCTGTTTGTATCGGTTTCAAACAGGGCTAGCCTTCATGA
TATCTTTTATCCCTGATTTGAATCGATCAATAACCATCCGATCTGTATGATTGGATTCCT
GCTGATACTCGTTTCTCACTTCGAGCTTAACTTCATCCCGTTGAATACTCGATCAAATAC
CTTTTTCATCGCTCACTCTATTTTCTTTTGAGGAGAATCAGTCTCTACTCTTTTATTTAG
CCGTTTACGGCGTTCAAGTGGAGGGTCTCTAAAATAAAGGAAGAAGAGTCTGATGGTT

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3DI91TF 701 0 0
GGG
GAGATCTTCTCTCCCTTTTCTCTCCATCTTCTCACTAGAAACTCTCGAATAAAGATATCT
GTTTCGGTGGCCGGTGGCTTATCGTCGCCGGTCGCCACAAACACTTTTTAGTTTGTATTA
TAGTATCTTTCTATAATCGAGTTATGTTTGTTTCGCAAAGGCGATTTTCTCCTTCGCTAG
GCGAATTCTTCTTTTTGTTCTGTTTGTATCGGTTTCAAACAGGGCTAGCCTTCATGATAT
CTTTTATCCCTGATTTGAATCGATCAATAACCATCCGATCTGTATGATTGGATTCCTGCT
GATACTCGTTTCTCACTTCGAGCTTAACTTCATCCCGTTGAATACTCGATCAAATACCTT
TTTCATCGCTCACTCTATTTTCTTTTGAGGAGAATCAGTCTCTACTCTTTTATTTAGCCG
TTTACGGCGTTCAAGTGGAGGGTCTCTAAAATAAAGGAAGAAGAGTCTGATGGTTAGCTT
GAATCGTTAAGAGGTGGATTCAGAAGAGTCGGCGTTGCTTCAATGGTCCGACAAAGGATC
TTTGCTTCGATCTGATTCCAGTTTTCCTTGGAGTTTAATTCCGGTGGATTGAGGCCTCTT
TGTTTGAGTATCCATGGTTATAGTGAGAAGCATATGGCTGATATCAGACTTTCTATTGGA
GAAACCTTGCAATGGAAAA*GGGTGATAGAGAAGCGGA

QA 4 701 4 701
DS 

RD RR3F216TF 670 0 0
GG
CTCTCCCTTTTCTCTCCATCTTCTCACTAGAAACTCTCGAATAAAGATATCTGTTTCGGT
GGCCGGTGGCTTATCGTCGCCGGTCGCCACAAACACTTTTTAGTTTGTATTATAGTATCT
TTCTATAATCGAGTTATGTTTGTTTCGCAAAGGCGATTTTCTCCTTCGCTAGGCGAATTC
TTCTTTTTGTTCTGTTTGTATCGGTTTCAAACAGGGCTAGCCTTCATGATATCTTTTATC
CCTGATTTGAATCGATCAATAACCATCCGATCTGTATGATTGGATTCCTGCTGATACCCT
TTTCTCACTTCGAGCTTAACTTCATCCCGTTGAATACTCGATCAAATACCTTTTTCATCG
CTCACTCTATTTTCTTTTGAGGAGAATCAGTCTCTACTCTTTTATTTAGCCGTTTACGGC
GTTCAAGTGGAGGGTCTCTAAAATAAAGGAAGAAGAGTCTGATGGTTAGCTTGAATCGTT
AAGAGGTGGATTCAGAAGAGTCGGCGTTGCTTCAATGGTCCGACAAAGGATCTTTGCTTC
GATCTGATTCCAGTTTTCCTTGGAGTTTAATTCCGGTGGATTGAGGCCTCTTTGTTTGAG
TATCCATGGTTATAGTGAGAAGCATATGGCTGATATCAGACTTTCTATTGGAGAAACCTT
GCAATGGA

QA 3 670 3 670
DS 

RD RR3DI91JQ 701 0 0
TTTTTGTTCTGTTTGTATCGGTTTCAAACAGGGCTAGCCTTCATGATATCTTTTATCCCT
GATTTGAATCGATCAATAACCATCCGATCTGTATGATTGGATTCCTGCTGATACTCGTTT
CTCACTTCGAGCTTAACTTCATCCCGTTGAATACTCGATCAAATACCTTTTTCATCGCTC
ACTCTATTTTCTTTTGAGGAGAATCAGTCTCTACTCTTTTATTTAGCCGTTTACGGCGTT
CAAGTGGAGGGTCTCTAAAATAAAGGAAGAAGAGTCTGATGGTTAGCTTGAATCGTTAAG
AGGTGGATTCAGAAGAGTCGGCGTTGCTTCAATGGTCCGACAAAGGATCTTTGCTTCGAT
CTGATTCCAGTTTTCCTTGGAGTTTAATTCCGGTGGATTGAGGCCTCTTTGTTTGAGTAT
CCATGGTTATAGTGAGAAGCATATGGCTGATATCAGACTTTCTATTGGAGAAACCTTGCA
ATGGAAAAAGGGTGATAGAGAAGCGGAGTCGGGAAGCTTACGGTGGCGATGCACGGTGGT
GTGTCTGAAACTACCGTTTTCCACATGAACGCCACGTGTCCAAGTGACTCACGTAGACCA
TCGTCAAACACGAGGAGACAAGCTTCGGGATACTTCTCTTATGTGGGCTGAATAATATTT
TTTGTGGGGTTTTCTAATTTGTAAAATTTGATATCAGTTGT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3AZ81JQ 882 0 0
AAGATATCTGTTTCGGTGGCCGGTGGCTTATCGTCGCCGGTCGCCACAAACACTTTTTAG
TTTGTATTATAGTATCTTTCTATAATCGAGTTATGTTTGTTTCGCAAAGGCGATTTTCTC
CTTCGCTAGGCGAATTCTTCTTTTTGTTCTGTTTGTATCGGTTTCAAACAGGGCTAGCCT
TCATGATATCTTTTATCCCTGATTTGAATCGATCAATAACCATCCGATCTGTATGATTGG
ATTCCTGCTGATACTCGTTTCTCACTTCGAGCTTAACTTCATCCCGTTGAATACTCGATC
AAATACCTTTTTCATCGCTCACTCTATTTTCTTTTGAGGAGAATCAGTCTCTACTCTTTT
ATTTAGCCGTTTACGGCGTTCAAGTGGAGGGTCTCTAAAATAAAGGAAGAAGAGTCTGAT
GGTTAGCTTGAATCGTTAAGAGGTGGATTCAGAAGAGTCGGCGTTGCTTCAATGGTCCGA
CAAAGGATCTTTGCTTCGATCTGATTCCAGTTTTCCTTGGAGTTTAATTCCGGTGGATTG
AGGCCTCTTTGTTTGAGTATCCATGGTTATAGTGAGAAGCATATGGCTGATATCAGACTT
TCTATTGGAGAAACCTTGCAATGGAAAAAGGGTGATAGAGAAGCGGAGTCGGGAAGCTTA
CGGTGGCGATGCACGGTGGTGTGTCTGAAACTACCGTTTTCCACATGAACGCCACGTGTC
CAAGTGACTCACGAAGACCATCGTCAAACACGAGGAGACAAGCTTCGTGATACTTCTCTT
ATGTGGGCTGAATAATATTTTTTGTGGGGTTTTCTAATTTGTAAAATTTGATATCAGTTG
TACTAAAGCCTATTGGGCTTTATGAATGAAAATTCTGTTGAC

QA 1 882 1 882
DS 

RD RR3F216JQ 814 0 0
ATAGTATCTTTCTATAATCGAGTTATGTTTGTTTCGCAAAGGCGATTTTCTCCT*CGCTA
GGCGAATTCTTCTTTTTGTTCTGTTTGTATCGGTTTCAAACAGGGCTAGCCTTCATGATA
TCTTTTATCCCTGATTTGAATCGATCAATAACCATCCGATCTGTATGATTGGATTCCTGC
TGATACCCTTTTCTCACTTCGAGCTTAACTTCATCCCGTTGAATACTCGATCAAATACCT
TTTTCATCGCTCACTCTATTTTCTTTTGAGGAGAATCAGTCTCTACTCTTTTATTTAGCC
GTTTACGGCGTTCAAGTGGAGGGTCTCTAAAATAAAGGAAGAAGAGTCTGATGGTTAGCT
TGAATCGTTAAGAGGTGGATTCAGAAGAGTCGGCGTTGCTTCAATGGTCCGACAAAGGAT
CTTTGCTTCGATCTGATTCCAGTTTTCCTTGGAGTTTAATTCCGGTGGATTGAGGCCTCT
TTGTTTGAGTATCCATGGTTATAGTGAGAAGCATATGGCTGATATCAGACTTTCTATTGG
AGAAACCTTGCAATGGAAAAAGGGTGATAGAGAAGCGGAGTCGGGAAGCTTACGGTGGCG
ATGCACGGTGGTGTGTCTGAAACTACCGTTTTCCACATGAACGCCACGTGTCCAAGTGAC
TCACGAAGACCATCGTCAAACACGAGGAGACAAGCTTCGGGATACTTCTCTTATGTGGGC
TGAATAATATTTTTTGTGGGGTTTTCTAATTTGTAAAATTTGATATCAGTTGTACTAAAG
CCTATTGGGCTTTATGAATGAAAATTCTGTTGAC

QA 1 814 1 814
DS 



AS 2 6

CO CL1510Contig1 1094 4 25 U
GGAACATAGTGATTTGTAGAGGCGATCAAAGGAGAAATCAAAAGAGGCATTCCGTCGAAC
AGTTGGTGAGCAGCGCAAAAATGAAAGGAAGCAAGGCGAATCTCTCTACACTAGCGGAGA
AATGCAAAACTATAATCGTTTCGAACTGGAAAGGGTATCTAAACACCATCAAACCCGAAG
ATAAAGCTAGTATAATACATACTTCAAAGGTTAAGTACGTGATGAGACGAGGAAAGCCTT
ATCTCTGGGTTCCTGAATCTGAACCCCACAATGTCAACATAATGTTTGATGAACGTGGAT
CCTTTTCCGTTGCTCATCCCTATCCTAGTCCCCTTGCCGCTTTGTTGAAATCAGTAGGAA
AGGTTCCAAACCGGGTTGCTCTTACCGGAGAAATCATCCCTGTCAAGGAGAAAAGGATTG
AGGCGGTGAATAAATATGTGGAGGAAGCTATACAATCAGAGATGAGAGCCATTAGCGACT
CCCCATATTCGGTACGCAGTATCTTGAGTCCTTCCGACCATATGTTTGCCTCTCGGTGCG
AGAGTCTTAAAGACCTTGTTGATGGTGGCAATGAAAAATACGTTATCTACAAGTTTGTTC
CCAGCTCATGTATGTTTATCGACGCAAATGGTGCTAATAGAGAAATAGACATGAAGGTCT
TGGAGCTCTCAAAAGCAGATCCATTAGGGGCTTGGTCTACAAACATTGTGGATGGAATCA
ATAAGGACGAATCTAGAAGACGGGCATTGATCCTTTTCTGTTTATACTATCTCGACATCA
ACGCAAGGGATGCTTACATGGTATCTGTGGATACGAAAGGATTCGACTTGCTGGGGAAGG
TACCGAGTGAGGAAGAAGCTGGAGATGAGTATCAGTGGAGAGAGTTCAGGTTCCAGTTTG
AAGAAGAGGTGAAAGACGTTGAAGCTTTCTGCCACCAGCTTATGGAAATGGAACAAGAGG
TTGTGAACAAGTTCACTGACCATACCGGTTTGTGATTTCAGTTATTTTTTTTAGATTCAC
GAGCCGAGCCGGTTTACACTTTTAGTTAAATGACAGCGTGTATTATTAAAGTTCGCACCG
GTTTGATACGGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3B791TF U 1
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AF RR3ET58TF U 25
AF RR3FR69JQ C 306
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DS 

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GG
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GAGACGAGGAAAGCCTTATCTCTGGGTTCCTGAATCTGAACCCCACAATGTCAACATAAT
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GTTGAAATCAGTAGGAAAGGTTCCAAACCGGGTTGCTCTTACCGGAGAAATCATCCCTGT
CAAGGAGAAAAGGATTGAGGCGGTGAATAAATATGTGGAGGAAGCTATACAATCAGAGAT
GAGAGCCATTAGCGACTCCCCATATTCGGTACGCAGTATCTTGAGTCCTTCCGACCATAT
GTTTGCCTCTCGGTGCGAGAGTCTTAAAGACCTTGTTGATGGTGGCAATGAAAAATACGT
TATCTACAAGTTTGTTCCCAGCTCATGTATGTTTATCGACGCAAATGGTGCTAATAGAGA
AATAGACATGAAGGTCTTGGAGCTCTCAAAAGCAGATCCATTAGGGGCTTGGTCTACAAA
CATTGTGGATGGAATCA

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DS 

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GGA
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TGGATACGAAAGGAT
CGACATACTGGGGAAG

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DS 

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TATTCGGTACGCAGTATCTTGAGTCCTTCCGACCATATGTTTGCCTCTCGGTGCGAGAGT
CTTAAAGACCTTGTTGATGGTGGCAATGAAAAATACGTTATCTACAAGTTTGTTCCCAGC
TCATGTATGTTTATCGACGCAAATGGTGCTAATAGAGAAATAGACATGAAGGTCTTGGAG
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GAGGTGAAAGACGTTGAAGCTTTCTGCCACCAGCTTATGGAAATGGAACAAGAGGTTGTG
AACAAGTTCACTGACCATACCGGTTTGTGATTTCAGTTATTTTTTTTAGATTCACGAGCC
GAGCCGGTTTACACTTTTAGTTAAATGACAGCGTGTATTATTAAAGTTCGCACCGGTTTG
ATACGGTTT

QA 1 789 1 789
DS 



CO CL1510Contig2 773 2 6 U
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CACAAGATCGAAACTAAACCGTATCAAACCGGTGCAAACATTAATAATACACGCTGTCAT
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CTCATCTCCAGCTTCTTCCTCACTCGGTACCTTCCCCAGTATGTCGAATCCTTTCGTATC
CACAGATACCATGTAAGCATCCCTTGCGTTGATGTCGAGATAGTATAAACAGAAAAGAAT
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CCCTAATGGATCTGCTTTTGAGAGCTCCAAGACCTTCATGTCTATTTCTCTATTAGCACC
ATTTGCGTCGATAAACATACATGAGCTGGGAACAAACTTGTAGATAACGTATTTTTCATT
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GCTCAAAATACTGCGTACCGAATATGGGGAGTCGCTAGTGGCTCTCATCTCTGATTGTAT
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BQ
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AF RR3ET58JQ U 1
AF RR3B791JQ U 5
BS 1 11 RR3ET58JQ
BS 12 12 RR3B791JQ
BS 13 436 RR3ET58JQ
BS 437 437 RR3B791JQ
BS 438 463 RR3ET58JQ
BS 464 773 RR3B791JQ

RD RR3ET58JQ 463 0 0
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CACAAGATCGAAACTAAACCGTATCAAACCGGTGCAAACATTAATAATACACGCTGTCAT
TTAACTAAAAGTGTAAACCGGTTCGGCTCGTGAATCTAAAAAAAATAACTGAAATCACAA
ACCGGTATGGTCAGTGAACTTGTTCACAACCTCTTGTTCCATTTCCATAAGCTGGTGGCA
GAAAGCTTCAACGTCTTTCACCTCTTCTTCAAACTGGAACCTGAACTCTCTCCACTGATA
CTCATCTCCAGCTTCTTCCTCACTCGGTACCTTCCCCAGTATGTCGAATCCTTTCGTATC
CACAGATACCATGTAAGCATCCCTTGCGTTGATGTCGAGATAGTATAAACAGAAAAGAAT
CAATGCCCGTCTTCTAGATTCGTCCTTATTGATTCCATCCACA

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR3B791JQ 769 0 0
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AGATCGAAACTAAACCGTATCAAACCGGTGCAAACATTAATAATACACGCTGTCATTTAA
CTAAAAGTGTAAACCGGTTCGGCTCGTGAATCTAAAAAAAATAACTGAAATCACAAACCG
GTATGGTCAGTGAACTTGTTCACAACCTCTTGTTCCATTTCCATAAGCTGGTGGCAGAAA
GCTTCAACGTCTTTCACCTCTTCTTCAAACTGGAACCTGAACTCTCTCCACTGATACTCA
TCTCCAGCTTCTTCC**ACTCGGTACCTTCCCCAGTATGTCGAATCCTTTCGTATCCACA
GATACCATGTAAGCATCCCTTGCGTTGATGTCGAGATAGTATAAACAGAAAAGAATCAAT
GCCCGTCTTCTAAATTCGTCCTTATTGATTCCATCCACAATGTTTGTAGACCAAGCCCCT
AATGGATCTGCTTTTGAGAGCTCCAAGACCTTCATGTCTATTTCTCTATTAGCACCATTT
GCGTCGATAAACATACATGAGCTGGGAACAAACTTGTAGATAACGTATTTTTCATTGCCA
CCATCAACAAGGTCTTTAAGACTCTCGCACCGAGAGGCATACATGTGATCGGAAGAGCTC
AAAATACTGCGTACCGAATATGGGGAGTCGCTAGTGGCTCTCATCTCTGATTGTATAGCT
TCCTCCACATATTTATTCACCGCCTCAATCCTTTTCTCCTTGACAGGGA

QA 1 769 1 769
DS 



AS 2 6

CO CL1511Contig1 669 4 9 U
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GAGGAAGTTGCCGAGAAGGCCCCGGCGGAGAAGAAGCCGAAGGCCGGGAAGAAGCTGCCG
AAGGAGGCCGGGGCCATCGACAAGAAGAATAAGCGGAACAAGAAGAGCATCGAGACTTAC
AAGATCTACATCTTCAAGGTGCTGAAACAGGTCCACCCGGACATCGGGATCTCGAGCAAG
GCCATGGGGATCATGAACAGCTTCATCAACGACTTTTTCGAGAAACTCGCCCAGGAGGCG
TCCAAGCTCGCTAGGTACAACAAGAAGCCCACCATCACCTCCAGGGAGATCCAGACCGCT
GTCAGGCTTGTTCTTCCTGGAGAGCTCGCTAAGCACGCCGTCTCTGAGGGGACCAAGGCT
GTTACTAAGTTCACTAGCTCTTGAATCGTGTTTGGGTTAGGGTTTCTAGATCTGGTCGCT
TATGGTTTTTATCTACTAAGAAGAAGTCGTATTATCTAGTTTTTTTTAATGATTTGGTTT
GTAATTGTCGGAAGAACATATGTTATGGTTTTAATGAATCTCAATCCGTTTTGTTCAATA
ATTGTTTTG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3CB57TF U 1
AF RR3AP75TF U 1
AF RR3AP75JQ C 1
AF RR3CB57JQ C 1
BS 1 105 RR3CB57TF
BS 106 106 RR3AP75TF
BS 107 153 RR3CB57TF
BS 154 335 RR3AP75TF
BS 336 336 RR3AP75JQ
BS 337 407 RR3AP75TF
BS 408 463 RR3AP75JQ
BS 464 464 RR3CB57JQ
BS 465 669 RR3AP75JQ

RD RR3CB57TF 153 0 0
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GAGGAAGTTGCCGAGAAGGCCCCGGCGGAGAAG

QA 1 153 1 153
DS 

RD RR3AP75TF 407 0 0
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GAGGAAGTTGCCGAGAAGGCCCCGGCGGAGAAGAAGCCGAAGGCCGGGAAGAAGCTGCCG
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AAGATCTACATCTTCAAGGTGCTGAAACAGGTCCACCCGGACATCGGGATCTCGAGCAAG
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TCCAAGCTCGCTAGGTACAACAAGAAGCCCACCATCACCTCCAGGGA

QA 1 407 1 407
DS 

RD RR3AP75JQ 669 0 0
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GAGGAAGTTGCCGAGAAGGCCCCGGCGGAGAAGAAGCCGAAGGCCGGGAAGAAGCTGCCG
AAGGAGGCCGGGGCCATCGACAAGAAGAATAAGCGGAACAAGAAGAGCATCGAGACTTAC
AAGATCTACATCTTCAAGGTGCTGAAACAGGTCCACCCGGACATCGGGATCTCGAGCAAG
GCCATGGGGATCATGAACAGCTTCATCAACGACTTTTTCGAGAAACTCGCCCAGGAGGCG
TCCAAGCTCGCTAGGTACAACAAGAAGCCCACCATCACCTCCAGGGAGATCCAGACCGCT
GTCAGGCTTGTTCTTCCTGGAGAGCTCGCTAAGCACGCCGTCTTTGAGGGGACCAAGGCT
GTTACTAAGTTCACTAGCTCTTGAATCGTGTTTGGGTTAGGGTTTCTAGATCTGGTCGCT
TATGGTTTTTATCTACTAAGAAGAAGTCGTATTATCTAGTTTTTTTTAATGATTTGGTTT
GTAATTGTCGGAAGAACATATGTTATGGTTTTAATGAATCTCAATCCGTTTTGTTCAATA
ATTGTTTTG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3CB57JQ 669 0 0
GGATCTCAAATCCCAAAAACCTAATTCTCCACTCCCAAAAACAAAGAATCAAAGATGGCA
CCAAAGGCAGGAAAGAAGCCAGCAGAGAAGAAACCCGCCGCCGCCGCGGAGAAGCCAGCG
GAGGAAGTTGCCGAGAAGGCCCCGGCGGAGAAGAAGCCGAAGGCCGGGAAGAAGCTGCCG
AAGGAGGCCGGGGCCATCGACAAGAAGAATAAGCGGAACAAGAAGAGCATCGAGACTTAC
AAGATCTACATCTTCAAGGTGCTGAAACAGGTCCACCCGGACATCGGGATCTCGAGCAAG
GCCATGGGGATCATGAACAGCTTCATCAACGACTTTTTCGAGAAACTCGCCCAGGAGGCG
TCCAAGCTCGCTAGGTACAACAAGAAGCCCACCATCACCTCCAGGGAGATCCAGACCGCT
GTCAGGCTTGTTCTTCCTGGAGAGCTCGCTAAGCACGCCGTCTCTGAGGGGACCAAGGCT
GTTACTAAGTTCACTAGCTCTTGAATCGTGTTTGGGTTAGGGTTTCTAGATCTGGTCGCT
TATGGTTTTTATCTACTAAGAAGAAGTCGTATTATCTAGTTTTTTTTAATGATTTGGTTT
GTAATTGTCGGAAGAACATATGTTATGGTTTTAATGAATCTCAATCCGTTTTGTTCAATA
ATTGTTTTG

QA 1 669 1 669
DS 



CO CL1511Contig2 485 2 4 U
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TTCAAGGTGCTGAAACAGGTCCACCCGGACATCGGGATCTCGAGCAAGGCCATGGGGATC
ATGAACAGCTTCATCAACGACATCTTCGAGAAGCTCGCCCAGGAGGCCTCCAAGCTCGCT
AGGTACAACAAGAAGCCGACCATCACCTCGAGGGAGATCCAGACCGCTGTCAGGCTTGTT
CTGCCCGGGGAGCTCGCTAAGCACGCCGTCTCTGAGGGCACTAAGGCTGTTACTAAGTTT
ACTAGCTCTTGAATCGTGTCGTGTTGGGTTTGGCTTAGGGATCTAGATCTGGTCGCTTTT
GGTTTTTATCTACTAAGAAAAAGTCGTATTGGTTATGCTTTATCTAGTTTTTTTTTAATG
ATTTGGTTTGTAATTGTCGGAAGAACATATGTTATGGTTTTAATGAATCTCAATCCCTTT
TGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3GW91TF U 1
AF RR3G931TF U 250
BS 1 415 RR3GW91TF
BS 416 416 RR3G931TF
BS 417 425 RR3GW91TF
BS 426 485 RR3G931TF

RD RR3GW91TF 425 0 0
GCCATCGACAAGAAGAAGAAGCGGAACAAGAAGAGCATCGAGACTTACAAGATCTACATC
TTCAAGGTGCTGAAACAGGTCCACCCGGACATCGGGATCTCGAGCAAGGCCATGGGGATC
ATGAACAGCTTCATCAACGACATCTTCGAGAAGCTCGCCCAGGAGGCCTCCAAGCTCGCT
AGGTACAACAAGAAGCCGACCATCACCTCGAGGGAGATCCAGACCGCTGTCAGGCTTGTT
CTGCCCGGGGAGCTCGCTAAGCACGCCGTCTCTGAGGGCACTAAGGCTGTTACTAAGTTT
ACTAGCTCTTGAATCGTGTCGTGTTGGGTTTGGCTTAGGGATCTAGATCTGGTCGCTTTT
GGTTTTTATCTACTAAGAAAAAGTCGTATTGGTTATGCTTTATCTAGTTTTTTTT*AATG
ATTTG

QA 1 425 1 425
DS 

RD RR3G931TF 236 0 0
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TGAATCGTGTCGTGTTGGGTTTGGCTTAGGGATCTAGATCTGGTCGCTTTTGGTTTTTAT
CTACTAAGAAAAAGTCGTATTGGTTATGCTTTATCTAGTTTTTTTTTAATGATTTGGTTT
GTAATTGTCGGAAGAACATATGTTATGGTTTTAATGAATCTCAATCCCTTTTGTTC

QA 1 236 1 236
DS 



AS 2 5

CO CL1512Contig1 1180 3 4 U
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CAGAGGAGTTCATAACAACAACAACAATAACTATTTCTACGACGAAAGTTCCCGCGATAC
TCACTGGACTTCGTGGCTCGTTCCACTGATCGTTTTGGCGAATCTCGCCGTCTTTATCGC
CGTTATGTTCGTTAACGACTGTCCTAAGAAAATCACCGGACCAAACAAAGCTTGCGTCGC
AAGGTTCCTCGGAAGATTCTCTTTTCAGCCACTTAGAGAGAATCCTCTCTTCGGCCCATC
TTCTTCAACATTGGAGAGAATGGGAGCATTGGAGTGGAGGAAAGTAGTGCATGAGCATCA
AGGATGGAGACTCGTCACTTGTATGTGGCTACACGCTGGTATCATTCATCTTCTTACCAA
TATGTTGAGTTTGATCTTCATCGGTATCCGCCTTGAGCAGCAGTTTGGCTTCATAAGAGT
GGGGCTTATCTACTTAGTATCTGGTCTCTTTTCCTTCAAGAAAGTATCTCTGTTGGTGCT
TCTGGTGCTCTCTTCGGACTTCTCGGTGCTATGTTATCTGAACTTCTCACCAATTGGACT
ATCTATGCCAACAAGGCGGCTGCTCTTGTCACACTCTTATTCATCATAGCAATCAACTTA
GGACTAGGCTTGCTACCTCGGGTTGACAATTTCGCGCACATTGGAGGCTTCTTAACAGGG
TTGTGCCTCGGGTTTGTCCTCCTTGTCCGACCACAGTACGGTTGGGAAGCTTCTCGCCCC
AACACTTCTGTTACCAAACGCAAGCATAGCATGTACCAGTACGCTCTGTTCGTAGTTGCA
GCGGTTCTACTAGTGGTTGGTTTAACTGTTGGATTAGTGATGCTTTTCAAAGGAGAGAAT
GGGAACAAGCATTGCAAATGGTGTCATCGCCTCAGCTGTTTCCCTACTTCTAAATGGACC
TGTTAACCATCATCACCATCATCATACTCTCAAAGTTTCTTTATATGCGTTCTTGTAACA
TATAATCTCTTCGTTCCTTTTGCCTTTGACCTCTCTAGCCTTTTGTAACATACACATACA
TGTATATTATTACATTTGAATATTATCCTTACTCAACTATCAACTGAATAAATAGTATTG
TTTGATTGAAGGTACTTAATCTCAACTAATTTTTCATTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AA10TF U 1
AF RR3FM82TF U 572
AF RR3FM82JQ C 640
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RD RR3AA10TF 701 0 0
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CGTTATGTTCGTTAACGACTGTCCTAAGAAAATCACCGGACCAAACAAAGCTTGCGTCGC
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TTCTTCAACATTGGAGAGAATGGGAGCATTGGAGTGGAGGAAAGTAGTGCATGAGCATCA
AGGATGGAGACTCGTCACTTGTATGTGGCTACACGCTGGTATCATTCATCTTCTTACCAA
TATGTTGAGTTTGATCTTCATCGGTATCCGCCTTGAGCAGCAGTTTGGCTTCATAAGAGT
GGGGCTTATCTACTTAGTATCTGGTCTCTTTTCCTTCAAGAAAGTATCTCTGTTGGTGCT
TCTGGTGCTCTCTTCGGACTTCTCGGTGCTATGTTATCTGAACTTCTCACCAATTGGACT
ATCTATGCCAACAAGGCGGCTGCTCTTGTCACACTCTTATTCATCATAGCAATCAACTTA
G*ACTAGGCTTGCTACCTCGGGTTGACAATTTCGCGCACAT

QA 1 701 1 701
DS 

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G
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ACTCTTATTCATCATAGCAATCAACTTAGGACTAGGCTTGCTACCTCGGGTTGACAATTT
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ATTAGTGATGCTTTTCAAAGGAGAGAATGGGAACAAGCATTGCAAATGGTGTCATCGCCT
CAGCTGTTTCCCTACTTCTAAATGGACCTGTTAACCATCATCACCATCATCATACTCTCA
AAGTTTCTTTATATGCGTTCTTGTAACATATAATCTCTTCGTTCCTTTTGCCTTTGACCT
CTCTAGCCTTTTGTAACATACACATACATGTATATTATTACATTTGAATATTATCCTTAC
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TTCATTAT

QA 2 609 2 609
DS 

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TTTATATGCGTTCTTGTAACATATAATCTTTTCGTTCCTTTTGCCTTTGACCTCTCTAGC
CTTTTGTAACATACACATACATGTATATTATTACATTTGAATATTATCCTTACTCAACTA
TCAACTGAATAAATAGTATTGTTTGATTGAAGGTACTTAATCTCAACTAATTTTTCATTA
T

QA 1 541 1 541
DS 



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BQ
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AF RR3FH11JQ U 1
AF RR3EZ20JQ U 8
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RD RR3FH11JQ 718 0 0
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ATGTAATAATATACATGTATGTTATAAAAGGCTAGAGAGGTCAAAGGCAAAAGGAACGAA
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TGCTTGTTCCCATTCTCTCCTTTGAAAAGCATCACTAATCCAACAGTTAAACCAACCACT
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CCACCGAGACCAGATACTAAGTAGATAAGCCCCACTCTTATGAAGCCAAACTGCTGCT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3EZ20JQ 758 0 0
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TATGTTACAAGAACGCGTATAAGAAGCTTTGAGATGATGATGATGATGGTGATGATGATT
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TACCGATGAAGATCAAACTCAACATATTGGTAAGAAGA

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 5

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CACAACATTGCTCACCAGTTTTCCACTCTCATCCAAGGACATGGGATTCTCCACAACAAC
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GTTCATGGAGAGAGGAGCCCTTCCATTGCTCATATTAACATTAGTAACGTATTGGCAAAC
AGCACATTTAACAGATGATGCTCCATAAGGATACATGAGTATTATTCGGCAATGCCCACA
GTTGATACGCGCCGTCTGATTCGAAGGTGCTGGGACAAGGTTCAAAGTGTGACAACAAGA
ACATCTAACGCTAGTGGCAGAACGTGTATACATAAGCATAATCCCACAACCACAGCATAC
AATGCGAGCCATATCCATTCCTTGAGGAGGGCTGATGGTTCTACACAAAGCACAACACAC
ATTTGTAGCTCCTCTTGGATACATCAACGTAGTTCTACATCCACGACATACCAACTGCTC
CTGCATTTCTCTGATTCCTAGTTCCAGGAAAAACACACACACAATTGCCTCAAAATCTTT
ACTTTACAGCCAAAAAAAAAGAAGAAAAAGCAACCTTTTTGATTCGAAATACAAAAAAAT
CGGACACAGAAACTTGTGCAGCCAAATCAATCGAAGTTACAGAATAGCAGATGAAATCGA
AAAAAAAAAGATCTTTTAATCATGCGGGTTGGATGCTAATCTTTTAAATTACACACAGTT
AAGAAGTTTTTTTTGTTGGGGGAAATCGACAATGGAAAAGACAATAGATATGATTTTGTC
TTCTTCTCTTGTCTGTTTGTCTCCCACCGAATTATCGCTAGCTTTTCTTTTCTTTTTTTT
CTTTCTTTTTTCTTTTTAATTGTCTGATTATCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

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AF RR3DZ47JQ U 2
AF RR3AG33JQ U 2
AF RR3AG33TF C 451
AF RR3DZ47TF C 461
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BS 566 799 RR3AG33JQ
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GTTCATGGAGAGAGGAGCCCTTCCATTGCTCATATTAACATTAGTAACGTATTGGCAAAC
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GTTGATACGCGCCGTCTGATTCGAA

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DS 

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GTTCTCAAACTCATTAAAACAGAGATCAAGAAACCAATTCTTGGGGGTTAAAAAGAAAGG
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TTTGTAGCTCCT

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DS 

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GTTTGGGTAGTTGATGTAGAGGGCACTCTTGTTGATGGAGAAGCTGTTAAGTTAGGCCGG
TTCATGGAGAGAGGAGCCCTTCCATTGCTCATATTAACATTAGTAACGTATTGGCAAACA
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TTGATACGCGCCGTCTGATTCGAAGGTGCTGGGACAAGGTTCAAAGTGTGACAACAAGAA
CATCTAACGCTAGTGGCAGAACGTGTATACATAAGCATAATCCCACAACCACAGCATACA
ATGCGAGCCATATCCATTCCTTGAGGAGGGCTGATGGTTCTACACAAAGCACAACACACA
TTTGTAGCTCCTCTTGGATACATCAACGTAGTTCTACATCCACGACATACCAACTGCTCC
TGCATTTCTCTGATTCCT
AGTTCCAGG

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CATAAGCATAATCCCACAACCACAGCATACAATGCGAGCCATATCCATTCCTTGAGGAGG
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AATGGAAAAGACAATAGATATGATTTTGTCTTCTTCTCTTGTCTGTTTGTCTCCCACCGA
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TCC

QA 1 723 1 723
DS 

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TTAGTAACGTATTGGCAAACAGCACATTTAACAGATGATGCTCCATAAGGATACATGAGT
ATTATTCGGCAATGCCCACAGTTGATACGCGCCGTCTGATTCGAAGGTGCTGGGACAAGG
TTCAAAGTGTGACAACAAGAACATCTAACGCTAGTGGCAGAACGTGTATACATAAGCATA
ATCCCACAACCACAGCATACAATGCGAGCCATATCCATTCCTTGAGGAGGGCTGATGGTT
CTACACAAAGCACAACACACATTTGTAGCTCCTCTTGGATACATCAACGTAGTTCTACAT
CCACGACATACCAACTGCTCCTGCATTTCTCTGATTCCTAGTTCCAGGAAAAACACACAC
ACAATTGCCTCAAAATCTTTACTTTACAGCCAAAAAAAAAGAAGAAAAAGCAACCTTTTT
GATTCGAAATACAAAAAAATCGGACACAGAAACTTGTGCAGCCAAATCAATCGAAGTTAC
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CTTTTAAATTACACACAGTTAAGAAGTTTTTTTTGTTGGGGGAAATCGACAATGGAAAAG
ACAATAGATATGATTTTGTCTTCTTCTCTTGTCTGTTTGTCTCCCACCGAATTATCGCTA
GCTTTTCTTTTCTTTTTTTTCTTTCTTTTTTCTTTTTAATTGTCTGATTATCC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 6

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CCTGCTAACCATAGGTTGAATCATTAATAGGAAAGCAATTAACATTGTAATTTGACATAC
AAGATACATCACCTAACTGTTATTTATTTTAAGCAAGCACATAAATTAATGAAAGCTTAT
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TGAGCATTTGAACCGGTTATCCAATCTGTTCATTCGGGAACCACTTCTAGTTTCTTGTTG
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GTGACCCATGCTAAAATAACCGTTTGTATAAGAGTTCCACATATCATTCCCGTCCATATA
CCCTTGGCATCGAACTTAAAGTAAAACCCAAAGAGAGCCCCAAGAGGAATTCCGATAATG
TAGTAACATCCAACGTTAACTTTTGCCACAAACGTTTGCCAACCGCATCCAACCGCCACA
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CTTATCGCTGCATTGAATCCAACAGATATCATGAACACCCATCCTGAAATCGTCATGCAA
ATCGAGAGAGAATCAAGAGCAAGCTCTGGATTCTCGAGAAGTCCGGCGAGAAGCACGAGA
ATCTGAAAATACCAAGTCTCAAGGCAGAGCATCACGGCAGAGGCAGCAGAGAGTTTAAAG
AAACTCGGTAACCCCGAGAACGCTTGCACACTAAACCCTCTCCACGTCTCACGACACCGT
TCACTCGTCACAATGTAAACAAACTGAGCCACCACTATAATCCACCACGAGAGGCTGAGC
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GTGTTACCAAGAGAAGCTGCAGCGAGTTCTAGGTTCCCGAGATGGCCGGAGAAGATTTGA
GTGGACATGGACATCAGGTAGTTTATCATGTACACGATGACCGCAGGAGCAGCAAGTTTG
AAGAGAAGCTTGGATTCAATCATCGTGGCCTTACGAAGGCGGTGAAATAACGGAATTTCA
ACGTCGGAAAGCACTCTCTCTAGCTCGCCGTTGCTAGACTCCGTCGATGGAGAAAGCGGC
ACCCTTCCATCAGCCGGAGGGTGGAGAAGCGGTTGGTATACGCCATCGTTTTGAGACGAG
TACATGAAGAAGCACTCTCTCTCTCTTTTTGGGGGGTTTTCTGTTATTAGATTATCGCCT
CCT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 

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CTTCCACTTCTTTTGTCCAGTCTGTACGAAACGTGACCCATGCTAAAATAACCGTTTGTA
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C

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C

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CGGTGTTACCAA

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AGGTAGTTTATCATGTACACGATGACCGCAGGAGCAGCAAGTTTGAAGAGAAGCTTGGAT
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DS 



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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 10 10 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ87TF U 1
AF RR3FW91TF U 1
AF RR3CS59TF U 2
AF RR3AF73JQ C 96
AF RR3H783TF U 129
BS 1 13 RR3CQ87TF
BS 14 14 RR3FW91TF
BS 15 39 RR3CQ87TF
BS 40 40 RR3FW91TF
BS 41 62 RR3CQ87TF
BS 63 63 RR3FW91TF
BS 64 65 RR3CQ87TF
BS 66 66 RR3FW91TF
BS 67 76 RR3CQ87TF
BS 77 77 RR3FW91TF
BS 78 118 RR3CQ87TF
BS 119 119 RR3FW91TF
BS 120 129 RR3CQ87TF
BS 130 130 RR3FW91TF
BS 131 174 RR3CQ87TF
BS 175 175 RR3FW91TF
BS 176 267 RR3CQ87TF
BS 268 268 RR3FW91TF
BS 269 273 RR3CQ87TF
BS 274 274 RR3FW91TF
BS 275 318 RR3CQ87TF
BS 319 319 RR3FW91TF
BS 320 324 RR3CQ87TF
BS 325 325 RR3FW91TF
BS 326 329 RR3CQ87TF
BS 330 331 RR3FW91TF
BS 332 335 RR3CQ87TF
BS 336 336 RR3FW91TF
BS 337 348 RR3CQ87TF
BS 349 349 RR3FW91TF
BS 350 351 RR3CQ87TF
BS 352 352 RR3FW91TF
BS 353 381 RR3CQ87TF
BS 382 382 RR3FW91TF
BS 383 474 RR3CQ87TF
BS 475 475 RR3FW91TF
BS 476 490 RR3CQ87TF
BS 491 491 RR3FW91TF
BS 492 516 RR3CQ87TF
BS 517 517 RR3FW91TF
BS 518 573 RR3CQ87TF
BS 574 574 RR3FW91TF
BS 575 619 RR3CQ87TF
BS 620 690 RR3FW91TF
BS 691 691 RR3CS59TF
BS 692 710 RR3FW91TF
BS 711 717 RR3CS59TF
BS 718 718 RR3H783TF
BS 719 740 RR3CS59TF
BS 741 741 RR3H783TF
BS 742 754 RR3CS59TF
BS 755 788 RR3H783TF
BS 789 789 RR3AF73JQ
BS 790 803 RR3H783TF
BS 804 804 RR3AF73JQ
BS 805 819 RR3H783TF
BS 820 820 RR3AF73JQ
BS 821 842 RR3H783TF
BS 843 843 RR3AF73JQ
BS 844 853 RR3H783TF
BS 854 854 RR3AF73JQ
BS 855 880 RR3H783TF
BS 881 888 RR3AF73JQ

RD RR3CQ87TF 619 0 0
GGAATATCTCAAA*ACCTACCACAAAGCTAGAGACAAAAAGAAATACATCGGAAATACAA
AA*TATAAAAATGGATGGGCTTCTTCGCTTCCTTGTAGCCAAAGTCATCTTATTGGCTCT
AGCATCTTCATTTGTATCTTGTTACGACCCAAGTCCTCTTCAAGACTTTTGTGTCGCCGT
CGATGACGTTAATGGCGTTTTCGTGAACGGAAAATTCTGCAAAGACCCAAAATACGTGAA
GGCCGAGGATTTCTTTACTTCCGGACTAAACATTGCCGGAAACACCATGAACCGCGTCGG
TTCCAACGTTACCAACGTTAACGTTGACAAGATCCCCGGACTCAACACCCTTGGAGTCTC
TCTTGTTCGTATTGACTTTGCTCCGGGGGGTCAAAACCCGCCACACACGCATCCACGAGC
CACGGAGATCCTCGTCCTTGTTGAAGGAACGCTTTTAGTAGGGTTTGTAACATCGAACCA
AGACAACAACGGATTGTTCTCGAAGGTTCTTTATCCAGGGGATGTGTTTGTGTTTCCCAT
CGGGATGATCCATTTCCAAGTGAACATTGGGAGGACGAACGCGGTTGCGTTTGCTGGTCT
CGGAAGCCAAAACCCCGGT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3FW91TF 710 0 0
GGA
ATATCTCAAATACCTACCACAAAGCTAGAGACAAAAGGAAATACATCGGAAATACAAAAA
TACAAAAATGGATAGGCTTCTTCGCTTCCTTGTAGCCAAAGTCATCTTATTGGCTTTAGC
ATCTTCGTTTGTATCTTGTTACGACCCAAGTCCTCTTCAAGACTTTTGTGTTGCCGTCGA
TGACGTTAATGGCGTTTTCGTGAACGGAAAATTCTGCAAAGACCCAAAATACGTGAAGGC
CGAGGATTTCTTTACTTCCGGACTGAACATCGCCGGAAACACCATGAACCGCGTCGGTTC
CAACGTTACCAACGTCAACGTAGACAGAATCCACGGACTCAACACTCTCGGAGTCTCTCT
TGTTCGTATTGACTTTGCCCCGGGGGGTCAAAACCCGCCACACACGCATCCACGAGCCAC
GGAGATCCTCGTCCTTGTTGAAGGAACGCTTTTAGTAGGGTTTGTAACATCAAACCAAGA
CAACAACAGATTGTTCTCGAAGGTTCTTTATCCTGGGGATGTGTTTGTGTTTCCCATCGG
GATGATCCATTTCCAAGTGAACATTGGGAGAACGAACGCGGTTGCGTTTGCTGGTCTCGG
AAGCCAAAATCCCGGTACGATCACAATCGCAGACGCGGTTTTTGGTTCAACGCCTTTGAT
AATGCCGGAGATTCTGGCTAAAGCGTT*CAGCTGGATGTGAACGTGG

QA 4 710 4 710
DS 

RD RR3CS59TF 765 0 0
GG
ATATCTCAAATACCTACCACAAAGCTAGAGACAAAAGGAAATACATCGGAAATACAAAAA
TACAAAAATGGATAGGCTTCTTCGCTTCCTTGTAGCCAAAGTCATCTTATTGGCTTTAGC
ATCTTCGTTTGTATCTTGTTACGACCCAAGTCCTCTTCAAGACTTTTGTGTTGCCGTCGA
TGACGTTAATGGCGTTTTCGTGAACGGAAAATTCTGCAAAGACC*AAAATACGTGAAGGC
CGAGGATTTCTTTACTTCCGGACTGAACATCGCCGGAAACACCATGAACCGCGTCGGTTC
CAACGTTACCAACGTCAACGTAGACAGAATCCACGGACTCAACACTCTCGGAGTCTCTCT
TGTTCGTATTGACTTTGCCCCGGGGGGTCAAAACCCGCCACACACGCATCCACGAGCCAC
GGAGATCCTCGTCCTTGTTGAAGGAACGCTTTTAGTAGGGTTTGTAACATCAAACCAAGA
CAACAACAGATTGTTCTCGAAGGTTCTTTATCCTGGGGATGTGTTTGTGTTTCCCATCGG
GATGATCCATTTCCAAGTGAACATTGGGAGAACGAACGCGGTTGCGTTTGCTGGTCTCGG
AAGCCAAAACCCCGGTACGATCACAATCT*AGACGCGGTTTTTGGTTCAACGCCTTTGAT
AATGCCGGAGATTCTGGCTAAAGCGTTTCAGCTGGATGTGAACGTGGTTAGGTT*CTCGA
AGCAAGGTTTTCTTCTA*GTACGATCATCAT
ATATAAGATTAA

QA 3 753 3 753
DS 

RD RR3AF73JQ 793 0 0
TAGCCAAAGTCATCTTATTGGCTTTAGCATCTTCGTTTGTATCTTGTTACGACCCAAGTC
CTCTTCAAGACTTTTGTGTTGCCGTCGATGACGTTAATGGCGTTTTCGTGAACGGAAAAT
TCTGCAAAGACCCAAAATACGTGAAGGCCGAGGATTTCTTTACTTCCGGACTGAACATCG
CCGGAAACACCATGAACCGCGTCGGTTCCAACGTTACCAACGTCAACGTAGACAGAATCC
ACGGACTCAACACTCTCGGAGTCTCTCTTGTTCGTATTGACTTTGCCCCGGGGGGTCAAA
ACCCGCCACACACGCATCCACGAGCCACGGAGATCCTCGTCCTTGTTGAAGGAACGCTTT
TAGTAGGGTTTGTAACATCAAACCAAGACAACAACAGATTGTTCTCGAAGGTTCTTTATC
CTGGGGATGTGTTTGTGTTTCCCATCGGGATGATCCATTTCCAAGTGAACATTGGGAGAA
CGAACGCGGTTGCGTTTGCTGGTCTCGGAAGCCAAAACCCCGGTACGATCACAATCGTAG
ACGCGGTTTTTGGTTCAACGCCTTTGATAATGCCGGAGATTCTGGCTAAAGCGTTTCAGC
TGGATGTGAACGTGGTTAGGTTTCTCGAAGCAAGGTTTTCTTCTAAGTACGATCATCATT
ATTAATAAG*ATTAAAGGAGTGAATTAACAAAAGAAAGATAAAAGGAACGACGTGAAATG
TAAAATACGAATAAATGGTGTGATGTGATATGTAATATAGTGTGTGAAAATTGAAATAAA
ACAATTAAGGCGG

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3H783TF 752 0 0
GA
TTTGTATCTTGTTACGACCCAAGTCCTCTTCAAGACTTTTGTGTCGCCGTCGATGACGTT
AATGGCGTTTTCGTGAACGGAAAATTCTGCAAAGACCCAAAATACGTGAAGGCCGAGGAT
TTCTTTACTTCCGGACTAAACATTGCCGGAAACACCATGAACCGCGTCGGTTCCAACGTT
ACCAACGTTAACGTTGACAAGATCCCCGGACTCAACACCCTTGGAGTCTCTCTTGTTCGT
ATTGACTTTGCTCCGGGGGGTCAAAACCCTCCACACACGCATCCACGAGCCACGGAGATC
CTCGTCCTTGTTGAAGGAACGCTTTTAGTAGGGTTTGTAACATCGAACCAAGACAACAAC
AGATTGTTCTCGAAGGTTCTTTATCCAGGGGATGTGTTTGTGTTTCCCATCGGGATGATC
CATTTCCAAGTGAACATTGGGAGGACGAACGCGGTTGCGTTTGCTGGTCTCGGAAGCCAA
AACCCCGGTACGATCACAATCGCAGACGCGGTTTTTGGTTCAACGCCTTTGATAATGCCG
GAGATTTTGGCTAAAGCGTTTCAGCTGGATGTGAACGTGGTGAGGTTTCTCGAAGCAAGG
TTTTCTTCTAAGTACGATCATCATTATTAATAAATATTAAAAGAGTGAATTAACAAAATA
AAGATAAAAGGAATGACGTGAAATGTAAA*TACGAATAAATGGTGTGATGTGGTATGTAA
TATTGTGTGTGAAAATTGAAATAAAACAAT

QA 3 752 3 752
DS 



AS 2 6

CO CL1516Contig1 662 2 3 U
AAAGTAACAATTAAAACCAAAGTACTTGAGAAAACTTAATACAAATCATAACATCGGCCA
CAGTAATTTCACACAGGGAGGAAACAACACATTCGGTGTGAAAAATATTTTATTGAAGGA
GAGAAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAAACATCATCATCATCATCACATGTTGGATTTGGT
TTGTCTTGCGATCTTGAACCACTCGGTGTGGAAAGAACCTTCAACATCAGTCCTCTCATA
AGTATGAGCACCAAAGTAATCTCTCTGAGTTTGTACAAGGTTCGCTGGCAACCTCTCTCT
CCTGTAAGAATCAAAGTACGCCAGACTCGCAGACATACCGGGAGTGCTTATACCCGAGTT
GATACTCAAGCAGACCACTCTCCTCCAAGCCGACTGTCTCTCGATGATCTCTTTCGCAAA
CTCAGGATCCACCAAGAGGTTAGCCAGGTCCGCGTTCCTGTCGTAAGCTTGCTTGATCCT
GTCCAAGAAAATCGCTCTGATGATGCACCCTCCTTTCCAGATTCTCGCCAGCTCGCCTAG
CTTAAGGCCCCAGCCTTTCTCCATGCTCTTGGCGCGGATCAGGTTCATCCCTTGCGCGTA
GCTGCAGATTTTCGACGCGTAGAGAGCCTTCCTCACGTCATCGATGAGCTGTTTCTTGTC
GC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3EX19JQ U 8
AF RR3EX19TF C 1
BS 1 7 RR3EX19TF
BS 8 307 RR3EX19JQ
BS 308 662 RR3EX19TF

RD RR3EX19JQ 303 0 0
CAATTAAAACCAAAGTACTTGAGAAAACTTAATACAAATCATAACATCGGCCACAGTAAT
TTCACACAGGGAGGAAACAACACATTCGGTGTGAAAAATATTTTATTGAAGGAGAGAAAG
AAAGAGAGAGAGAGAGAGAAACATCATCATCATCATCACATGTTGGATTTGGTTTGTCTT
GCGATCTTGAACCACTCGGTGTGGAAAGAACCTTCAACATCAGTCCTCTCATAAGTATGA
GCACCAAAGTAATCTCTCTGAGTTTGTACAAGGTTCGCTGGCAACCTCTCTCTCCTGTAA
AAA

QA 1 300 1 300
DS 

RD RR3EX19TF 662 0 0
AAAGTAACAATTAGAACCAAAGTACTTGAGAAAACTTAATACAAATCATAACATCGGCCA
CAGTAATTTCACACAGGGAGGAAACAACACATTCGGTGTGAAAAATATTTTATTGAAGGA
GAGAAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAAACATCATCATCATCATCACATGTTGGATTTGGT
TTGTCTTGCGATCTTGAACCACTCGGTGTGGAAAGAACCTTCAACATCAGTCCTCTCATA
AGTATGAGCACCAAAGTAATCTCTCTGAGTTTGTACAAGGTTCGCTGGCAACCTCTCTCT
CCTGTAAGAATCAAAGTACGCCAGACTCGCAGACATACCGGGAGTGCTTATACCCGAGTT
GATACTCAAGCAGACCACTCTCCTCCAAGCCGACTGTCTCTCGATGATCTCTTTCGCAAA
CTCAGGATCCACCAAGAGGTTAGCCAGGTCCGCGTTCCTGTCGTAAGCTTGCTTGATCCT
GTCCAAGAAAATCGCTCTGATGATGCACCCTCCTTTCCAGATTCTCGCCAGCTCGCCTAG
CTTAAGGCCCCAGCCTTTCTCCATGCTCTTGGCGCGGATCAGGTTCATCCCTTGCGCGTA
GCTGCAGATTTTCGACGCGTAGAGAGCCTTCCTCACGTCATCGATGAGCTGTTTCTTGTC
GC

QA 1 662 1 662
DS 



CO CL1516Contig2 907 4 10 U
GTAAGAACCAAAATACTTGACAAACTTTTGAAGTTATACAACTCATAACAGAGGCCACAG
TAATTTCACAGGAAACAACAGATTCGGTGTGAAAAATATTATTGAAAGAGAGAAAGAGAG
CGAGAGAGAAACATCATCATCAT***CACATGTTGGATTTGGATTTGGATTGTCTTGCGA
TCTTGAACCACTCGGTGTGGAAGGAACCTTCAACATCAGTCCTTTCATAAGTATGAGCAC
CAAAGTAGTCTCTCTGAGCTTGTACAAGGTTCGCTGGCAACCTCTCTCTCCTGTAAGAAT
CAAAGTAGGCCAGACTAGCAGACATACCGGGCGTGCCGATACCCGAGTTGATACTCAAGC
AGACAACTCTCCTCCAAGCCGACTGCCTCTCGATGATCTCTTTCGCAAACTCGGGATCCA
CCAAGAGGTTAGCCAGCTCTGCGTTCCTGTCGTAAGCTTGCTTGATCCTGTCCAAGAAAA
TCGCCCTGATGATGCACCCTCCTTTCCAGATCCTCGCCAGCTCGCCTAGCTTAAGGCCCC
AGCCTTTCTCCATGCTCTTGGCGCGGATCAGGTTCATCCCTTGCGCGTAGCTGCAGATTT
TCGACGCGTAGAGCGCCTTCCTCACGTCATCGATGAGCTGTTTCTTGTCGACGGTTTGGT
CGGTTAAGACATCTCCAAATCCACCTTCCTTGAAGACCTTAGCTGCTTCCACACGCTCGT
CTTTCAGCCCGCTGAGGAACCTCGCGTCGAGAGATGACTCAATGGTGGGAGAAGGAACAG
AGAGCTCAGCAGCTTGCTGGACAGTCCATTTCCCGGTTCCTTTCATCCCGGTTTTGTCCA
AAACCTTGTCAACCAAATGCCCATCACCCTTATCGTCCTTGATCCCGAAGATATCCGCCG
TGATCTC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 0 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3GH32TF C 1
AF RR3GH32JQ U 2
AF RR3FO80JQ U 85
AF RR3FO80TF C 228
BS 1 1 RR3GH32TF
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BS 253 336 RR3GH32JQ
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TAATTTCACAGGAAACAACAGATTCGGTGTGAAAAATATTATTGAAAGAGAGAAAGAGAG
CGAGAGAGAAACATCATCATCAT***CACATGTTGGATTTGGATTTGGATTGTCTTGCGA
TCTTGAACCACTCGGTGTGGAAGGAACCTTCAACATCAGTCCTTTCATAAGTATGAGCAC
CAAAGTAGTCTTTCTGAGCTTGTACAAGGTTCGCTGGCAACCTCTCTCTCCTGTAAGAAT
CAAAGTAGGCCAGACTAGCAGACATACCGGGCGTGCTGATACCC
C

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DS 

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AATTTCACAGGAAACAACAGATTCGGTGTGAAAAATATTATTGAAAGAGAGAAAGAGAGC
GAGAGAGAAACATCATCATCAT***CACATGTTGGATTTGGATTTGGATTGTCTTGCGAT
CTTGAACCACTCGGTGTGGAAGGAACCTTCAACATCAGTCCTTTCATAAGTATGAGCACC
AAAGTAGTCTTTCTGAGCTTGTACAAGGTTCGCTGGCAACCTCTCTCTCCTGTAAGAATC
AAAGTAGGCCAGACTAGCAGACATACCGGGCGTGCTGATACCC
C

QA 1 343 1 343
DS 

RD RR3FO80JQ 820 0 0
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ATCACATGTTGGATTTGGATTTGGATTGTCTTGCGATCTTGAACCACTCGGTGTGGAAAG
AACCTTCAACATCAGTCCTTTCATAAGTATGAGCACCAAAGT***CTCTCTGAGCTTGTA
CAAGGTTCGCTGGCAACCTCTCTCTCCTGTAAGAATCAAAGTAGGCCAGACTAGCAGACA
TACCGGGCGTGCCGATACCCGAGTTGATACTCAAGCAGACAACTCTCCTCCAAGCCGACT
GCCTCTCGATGATCTCTTTCGCAAACTCGGGATCCACCAAGAGGTTAGCCAGCTCTGCGT
TCCTGTCGTAAGCTTGCTTGATCCTGTCCAAGAAAATCGCCCTGATGATGCACCCTCCTT
TCCAGATCCTCGCCAGCTCGCCTAGCTTAAGGCCCCAGCCTTTCTCCATGCTCTTGGCGC
GGATCAGGTTCATCCCTTGCGCGTAGCTGCAGATTTTCGACGCGTAGAGCGCCTTCCTCA
CGTCATCGATGAGCTGTTTCTTGTCGACGGTTTGGTCGGTTAAGACATCTCCAAATCCAC
CTTCCTTGAAGACCTTAGCTGCTTCCACACGCTCGTCTTTCAGCCCGCTGAGGAACCTCG
CGTCGAGAGATGACTCAATGGTGGGAGAAGGAACAGAGAGCTCAGCAGCTTGCTGGACAG
TCCATTTCCCGGTTCCTTTCATCCCGGTTTTGTCCAAAACCTTGTCA*CCAAATGCCCAT
CACCCTTATCGTCCTTGATCCCGA
GATATCCCCGTGATCT

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DS 

RD RR3FO80TF 680 0 0
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CTCCTGTAAGA*TCAAAGTAGGCCAGACTAGCAGACATACCGGGCGTGCCGATACCCGAG
TTGATACTCAAGCAGACAACTCTCCTCCAAGCCGACTGCCTCTCGATGATCTCTTTCGCA
AACTCGGGATCCACCAAGAGGTTAGCCAGCTCTGCGTTCCTGTCGTAAGCTTGCTTGATC
CTGTCCAAGAAAATCGCCCTGATGATGCACCCTCCTTTCCAGATCCTCGCCAGCTCGCCT
AGCTTAAGGCCCCAGCCTTTCTCCATGCTCTTGGCGCGGATCAGGTTCATCCCTTGCGCG
TAGCTGCAGATTTTCGACGCGTAGAGCGCCTTCCTCACGTCATCGATGAGCTGTTTCTTG
TCGACGGTTTGGTCGGTTAAGACATCTCCAAATCCACCTTCCTTGAAGACCTTAGCTGCT
TCCACACGCTCGTCTTTCAGCCCGCTGAGGAACCTCGCGTCGAGAGATGACTCAATGGTG
GGAGAAGGAACAGAGAGCTCAGCAGCTTGCTGGACAGTCCATTTCCCGGTTCCTTTCATC
CCGGTTTTGTCCAAAACCTTGTCAACCAAATGCCCATCACCCTTATCGTCCTTGATCCCG
AAGATATCCGCCGTGATCTC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 3

CO CL1517Contig1 837 3 1 U
GGACGAGATCATTTTTGAGTTTAGTCAAATTAAATAATATCTGAGCACGAATAATAATTT
TTCATCGAACTATTGATGATAAACATAAATTTATGATAAAAAGAGAAGTGCTTGTTGATT
ATATAATAGTAACCTTTGGGAAGGTACGTAGAATCATTTCTTGAGAAATTTAGAGATTTG
GAGAAGACAACGAAGAGATTTTCCATCGCGAAGCAGCTGAAACGCATCGTTTATCTTCTC
AAATGGAAGCTCATTGGTAATAAAAGGTTCTAATTTCACAACCCCTTTCATGCATTGTTG
AGCAAAATTTGGAAGCTGAGATTTGGGCTTGAAACCACCGAATATAGAACCGGTGATTGT
GCGGCCGTCAAAAAGCTCCATTGGATGAAGGGGCAATGTTTTTGGTGTCGGATATATTCC
TACAAGCACCGTCGATCCCCAACCAGCTGAGTGGATAAAAAGGCTTCGCGAAAAACATCG
ACGTTTCCTGTACATTCGAAGCTATAATCCACGCCTCCACTCATTAGCTCTCGAATCCTC
TCATGTACTGGCTTTGTTAAGTCTTTAGGGTTTACGAAGTCTGTTACACCCATCAGTTTA
CCTTTCTCAAATTTGGAAGCATTAGCGTCAATACCAATAATCCTAGAAGCACCTCTTGCT
CTTGCACCTTCAGCAACCGCGAGTCCAACAGAACCCAATCCAAAGACAGCAGTGGTTGTT
CCTTCCTTCACATTGGCAGTGTTCCAAGCTGCTCCCACACCAGTGGAGACACCACAGCTC
AAGAGCTCATTTGCTTGAGAGAGCATTAGATCGATCTTGACGACGCAGCAGAGTCCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CY01JQ U 63
AF RR3CY01TF C 63
AF RR3EX39JQ U 1
BS 1 837 RR3EX39JQ

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CAAAATTTGGAAGCTGAAATTTGGGCTTGAAACCACCGAATATAGAACCGGTGATTGTG

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR3CY01TF 299 0 0
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ATAATAGTAACCTTTGGGAAGGTACGTAGAATCATTTCTTGAGAAATTTAGAGATTTGGA
GAAGACAACGAAGAGATTTTCCATCGCGAAGCAGCTGAAACGCATCGTTTATCTTCTCAA
ATGGAAGCTCATTGGTAATAAAAGGTTCTAATTTCACAACCCCTTTCATGCATTGTTGAG
CAAAATTTGGAAGCTGAGATTTGGGCTTGAAACCACCGAATATAGAACCGGTGATTGTG

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR3EX39JQ 837 0 0
GGACGAGATCATTTTTGAGTTTAGTCAAATTAAATAATATCTGAGCACGAATAATAATTT
TTCATCGAACTATTGATGATAAACATAAATTTATGATAAAAAGAGAAGTGCTTGTTGATT
ATATAATAGTAACCTTTGGGAAGGTACGTAGAATCATTTCTTGAGAAATTTAGAGATTTG
GAGAAGACAACGAAGAGATTTTCCATCGCGAAGCAGCTGAAACGCATCGTTTATCTTCTC
AAATGGAAGCTCATTGGTAATAAAAGGTTCTAATTTCACAACCCCTTTCATGCATTGTTG
AGCAAAATTTGGAAGCTGAGATTTGGGCTTGAAACCACCGAATATAGAACCGGTGATTGT
GCGGCCGTCAAAAAGCTCCATTGGATGAAGGGGCAATGTTTTTGGTGTCGGATATATTCC
TACAAGCACCGTCGATCCCCAACCAGCTGAGTGGATAAAAAGGCTTCGCGAAAAACATCG
ACGTTTCCTGTACATTCGAAGCTATAATCCACGCCTCCACTCATTAGCTCTCGAATCCTC
TCATGTACTGGCTTTGTTAAGTCTTTAGGGTTTACGAAGTCTGTTACACCCATCAGTTTA
CCTTTCTCAAATTTGGAAGCATTAGCGTCAATACCAATAATCCTAGAAGCACCTCTTGCT
CTTGCACCTTCAGCAACCGCGAGTCCAACAGAACCCAATCCAAAGACAGCAGTGGTTGTT
CCTTCCTTCACATTGGCAGTGTTCCAAGCTGCTCCCACACCAGTGGAGACACCACAGCTC
AAGAGCTCATTTGCTTGAGAGAGCATTAGATCGATCTTGACGACGCAGCAGAGTCCA

QA 1 837 1 837
DS 



AS 2 6

CO CL1518Contig1 690 2 2 U
TTTAGTTTATTAATCAAATTCAAAAGACACGTTACAACGAAGATAAGAAGGAACAGTGAA
ACAAAAGGGGACGAACTTGCCGATTACACACACAAATCCATAATCCCTTGTTGCATGAGA
ACGTGACGTTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAATTACAAACACAAAAGCAATCACTG
ATTAAAAGAAATAGGAAAGCAAGACAATAAGTTCAAGCATTTGAAATCATACGATCTGTT
TGTGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTGATAAGTATACAACTTAGACGCATGGGTAT
AATGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGAGTGCGTTGACATAGATGGGAAGGTTA
AGCTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGGTACAGAGACAGGCTGCAGCCTCAAGG
TCAACCAAGCCATCAATTAATGAGCAGCATGGCTTTACAGGTGAGTATCCCAATATTATG
TTAACTACATTGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAATCTGCAGGGTATCTCTTGGACAAGTG
CCCAGAGCAGAAGTGTGAGTGAAGAAGAGGAAGTTCAGAGAAAGGAAGAGTGCAAGAGCA
ATTCTTGGAGCCATTTGTTTGTGTACCGGGAAATCTTTAAAACAAAAGCTGAGGAAGTAG
TAGTGTGTTTATATTTGTTGAGAAGGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3BT56TF C 1
AF RR3BT56JQ U 12
BS 1 11 RR3BT56TF
BS 12 690 RR3BT56JQ

RD RR3BT56TF 690 0 0
TTTAGTTTATTAATCAAATTCAAAAGACACGTTACAACGAAGATAAGAAGGAACAGTGAA
ACAAAAGGGGACGAACTTGCCGATTACACACACAAATCCATAATCCCTTGTTGCATGAGA
ACGTGACGTTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAATTACAAACACAAAAGCAATCACTG
ATTAAAAGAAATAGGAAAGCAAGACAATAAGTTCAAGCATTTGAAATCATACGATCTGTT
TGTGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTGATAAGTATACAACTTAGACGCATGGGTAT
AATGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGAGTGCGTTGACATAGATGGGAAGGTTA
AGCTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGGTACAGAGACAGGCTGCAGCCTCAAGG
TCAACCAAGCCATCAATTAATGAGCAGCATGGCTTTACAGGTGAGTATCCCAATATTATG
TTAACTACATTGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAATCTGCAGGGTATCTCTTGGACAAGTG
CCCAGAGCAGAAGTGTGAGTGAAGAAGAGGAAGTTCAGAGAAAGGAAGAGTGCAAGAGCA
ATTCTTGGAGCCATTTGTTTGTGTACCGGGAAATCTTTAAAACAAAAGCTGAGGAAGTAG
TAGTGTGTTTATATTTGTTGAGAAG
GGTCC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3BT56JQ 679 0 0
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TAGGAAAGCAAGACAATAAGTTCAAGCATTTGAAATCATACGATCTGTTTGTGGTTTAGG
CATCTCTTAATATATATGTGATAAGTATACAACTTAGACGCATGGGTATAATGTCGGAGT
TATATGGCCACAATTATTGAGGAGTGCGTTGACATAGATGGGAAGGTTAAGCTTGATGCC
AAGAATGTTAACCTTGAGTGCGGTACAGAGACAGGCTGCAGCCTCAAGGTCAACCAAGCC
ATCAATTAATGAGCAGCATGGCTTTACAGGTGAGTATCCCAATATTATGTTAACTACATT
GAGAGCATTAGCGCAAAGACCAATCTGCAGGGTATCTCTTGGACAAGTGCCCAGAGCAGA
AGTGTGAGTGAAGAAGAGGAAGTTCAGAGAAAGGAAGAGTGCAAGAGCAATTCTTGGAGC
CATTTGTTTGTGTACCGGGAAATCTTTAAAACAAAAGCTGAGGAAGTAGTAGTGTGTTTA
TATTTGTTGAGAAGGGTCC

QA 1 679 1 679
DS 



CO CL1518Contig2 716 4 12 U
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AGATAAGAAGGAACAGTGAAGCAAAAAGGGACGAACTTGCCGATTACACACACAAACCCA
TAATCCCTTGTTACATGAGAACGTGAGGTTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAATTAC
AAA*CACAAAAGCAA*TCACTGATTAAAA*GAAACATGAAAA**CAAGACAA*TAAGTTC
AAGCATTTGAAACCATACGATCTGTTTGTGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTCATA
AGTATACAACTTAGACGCATGGGTATAATGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGA
GTGCGTTGACATAGATAGGAAGGTTAAGCTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGG
TACAGAGACAGGCTGCAGCCTCAAGGTCAACCAAGCCATCAATTAATGAGCAGCATGGCT
TTACAGGTGAGTATCCCAATATTATGTTAACTACATTGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAA
TCTGCAGGGTATCTCTTGGACAAGTGCCCAGAGCAGAAGTGTGAGTGAAGAAGAGGAAGT
TCAGAGAAAGGAAGAGTGCAAGAGCAATTCTTGGAGCCATTTGTTTGTGTACCGGGAAAT
CTTTAAAACAAAAGCTCAGGAAGTAATAGTGTGTTTATATTTGTTGAGAAGGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3FJ81TF C 42
AF RR3EC35JQ U 6
AF RR3FJ81JQ U 1
AF RR3EC35TF C 29
BS 1 132 RR3FJ81JQ
BS 133 133 RR3EC35JQ
BS 134 326 RR3FJ81JQ
BS 327 327 RR3EC35JQ
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BS 377 377 RR3EC35JQ
BS 378 676 RR3FJ81JQ
BS 677 677 RR3EC35TF
BS 678 685 RR3FJ81JQ
BS 686 686 RR3EC35TF
BS 687 711 RR3FJ81JQ
BS 712 716 RR3EC35TF

RD RR3FJ81TF 551 0 0
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GATTACACACACAAACCCATAATCCCTTGTTGCATGAGAACGTGAGGTTCATCATTTATT
TTAAATCCAAGAAAATTACAAAACACAAAAGCAAATCACTGATTAAAAAGAAACATGAAA
AACAAAGACAAATAAGTTCAAGCATTTGAAACCATACGATCTGTTTGTGGTTTAGGCATC
TCTTAATATATATGTCATAAGTATACAACTTAGACGCATGGGTATGATGTCGGAGTTATA
TGGCCACAATTATTGAGGAGTGCGTTGACATAGATGGGAAGGTTAAGCTTGATGCCAAGA
ATGTTAACCTTGAGTGCGGTACAGAGACAGGCTGCAGCCTCAAGGTCAACCAAGCCATCA
ATTAATGAGCAGCATGGCTTTACAGGTGAGTATCCCAATATTATGTTAACTACATTGAGA
GCATTAGCGCAAAGACCAATCTGCAGGGTATCTCTTGGACAAGTGCCCAGAGCAGAAGTG
TGAGTGAAGAA

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3EC35JQ 600 0 0
G
GACAACACCGATTGATAGTTTTATTAATCAAATTCCAAAGAAACGTTACAACGAAGATAA
GAAGGAACAGTGAAGCAAAAAGGGACGAACTTGCCGATTACACACACAAACCCATAATCC
CTTGTTACATGAGAACGTGAGGTTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAATTACAAA*CA
CAAAAGTAA*TCACTGATTAAAA*GAAACATGAAAA**CAAGACAA*TAAGTTCAAGCAT
TTGAAACCATACGATCTGTTTGTGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTCATAAGTATA
CAACTTAGACGCATGGGTATAATGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGAGTGCGT
TGACATAGATAGGAAGGTTAAGCTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGGTACAGA
GACAGGCTGCAGCCTCAAGGTCAACCAAGCCATCGATTAATGAGCAGCATGGCTTTACAG
GTGAGTATCCCAATATTATGTTAACTACATTGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAATCTGCA
GGGTATCTCTTGGACAAGTGCCCAGAGCAGAAGTGTGAGTGAAGAAGAGGAAGTTCAGA

QA 2 600 2 600
DS 

RD RR3FJ81JQ 713 0 0
GATATAGACAACACCGATTGATAGTTTTATTAATCAAATTCCAAAGAAACGTTACAACGA
AGATAAGAAGGAACAGTGAAGCAAAAAGGGACGAACTTGCCGATTACACACACAAACCCA
TAATCCCTTGTTGCATGAGAACGTGAGGTTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAATTAC
AAA*CACAAAAGCAA*TCACTGATTAAAA*GAAACATGAAAA**CAAGACAA*TAAGTTC
AAGCATTTGAAACCATACGATCTGTTTGTGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTCATA
AGTATACAACTTAGACGCATGGGTATGATGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGA
GTGCGTTGACATAGATGGGAAGGTTAAGCTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGG
TACAGAGACAGGCTGCAGCCTCAAGGTCAACCAAGCCATCAATTAATGAGCAGCATGGCT
TTACAGGTGAGTATCCCAATATTATGTTAACTACATTGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAA
TCTGCAGGGTATCTCTTGGACAAGTGCCCAGAGCAGAAGTGTGAGTGAAGAAGAGGAAGT
TCAGAGAAAGGAAGAGTGCAAGAGCAATTCTTGGAGCCATTTGTTTGTGTACCGGGAAAT
CTTTAAAACAAAAGCTGAGGAAGTAGTAGTGTGTTTATATTTGTTGAGAAG
CC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3EC35TF 688 0 0
ATTAATCAAATTCCAAAGAAACGTTACAACGAAGATAAGAAGGAACAGTGAAGCAAAAAG
GGACGAACTTGCCGATTACACACACAAACCCATAATCCCTTGTTACATGAGAACGTGAGG
TTCATCATTTATTTTAAATCCAAGAAAATTACAAA*CACAAAAGTAA*TCACTGATTAAA
A*GAAACATGAAAA**CAAGACAA*TAAGTTCAAGCATTTGAAACCATACGATCTGTTTG
TGGTTTAGGCATCTCTTAATATATATGTCATAAGTATACAACTTAGACGCATGGGTATAA
TGTCGGAGTTATATGGCCACAATTATTGAGGAGTGCGTTGACATAGATAGGAAGGTTAAG
CTTGATGCCAAGAATGTTAACCTTGAGTGCGGTACAGAGACAGGCTGCAGCCTCAAGGTC
AACCAAGCCATCGATTAATGAGCAGCATGGCTTTACAGGTGAGTATCCCAATATTATGTT
AACTACATTGAGAGCATTAGCGCAAAGACCAATCTGCAGGGTATCTCTTGGACAAGTGCC
CAGAGCAGAAGTGTGAGTGAAGAAGAGGAAGTTCAGAGAAAGGAAGAGTGCAAGAGCAAT
TCTTGGAGCCATTTGTTTGTGTACCGGGAAATCTTTAAAACAAAAGCTCAGGAAGTAATA
GTGTGT**ATATTTGTTGAGAAGGGTCC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 2 5

CO CL1519Contig1 580 2 1 U
GGGTCTGTCGACGTTCTTCGAGCCGCAAAGGTAAGAGTTTGAACAAGTGCATCACAGGAC
AAAAGAGAAGATGTCTGAGAAAAAGGGAAGGAAAGAGGAAGTGGTGACCAGGGAGTACAC
CATCAACCTCCACAGACGCCTCCACAGCTGCACCTTTAAGAAGAAGGCACCAAAGGCCAT
TAAGGAGATAAGGAAGTTTGCAGAGAAAGCCATGGGAACCAAGGACGTTAGGGTAGACGT
GAAGTTGAACAAGCAGATATGGAGCAAAGGTATCAGAGGTCCTCCAAGGAGGATCAGGGT
CCGCGTTGCACGTAAGAGGAACGACGATGAAGACGCAAAGGAAGAGTTTTTCTCGCTTGC
CACCGTTGCTGAAATCCCCGCTGAAGGACTAAGTGGACTCGGCACAAAGGTCATCGATGA
GGAGGATTGAGAAGGGACTACTAGTCTGTGGTTTAGACAAGTTTTGGTGTTTTTCTCTTA
AATTTCTTGTTGGTTTTTCATTCAGAGAAGTCACAGATGCAGTTTATTATTGGAAAGACT
CATTTACTAGACCTTGCAATGAATCTTTTTTATCTTCTGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CL72JQ C 1
AF RR3CL72TF U 1
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QA 1 580 1 580
DS 



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BQ
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AF RR3FY52TF U 1
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TATAGACCTTGCGATG

QA 2 274 2 274
DS 



AS 1 6

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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D225JQ U 9
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GT
ATAAAAACAGCACAATTATATTTCTCTTTATTATTACATATAAGATAAGAGAGCAGTAAG
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ATAAGAGAGAAGACGTATTCGTCTTAGGAACCAAACTTAGTCGTCTTTATAGACCAAAGT
CGGGTACTCTGGACTCCACATGTTGTTTTCCACGTAAGCCATAAGCTCCTTCTCATTAAG
CTTTTTGAGCTCTCGAGAGTCCATTTCTCTGTATCCACCAACCAAATCTTCCTCAATCGC
TTCCTTAATTACTGCAGCCGCTATTCTTTTTGTTATGTCTCGTATCCTTGATATTTGAGG
GTATATAATCCCCTTTAGCACTTCTTCCTCGCTCATATATGCTGCTAGGCACTCAGCTGC
AGCCTGAAGCATCCCGTCAGAAACAATGGGAGTACCAGATAGAAGAACGCCAAGTCCAAT
ACCGGGAAATAGGTACATGTTGTTTCCCTGGTTGCAATGTCCTACATGGCCATTCCCAAG
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TCTGGTCGAGGTTGAACCTTTCATGGCTTCCAAAACCTCTTTTGAGAATAACCCTCCAAC
TGCAGACAAACCCAGAAGCAC

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AAAATGATATTGTCAC*TAATATAGAGAATGCCTCTTGAGCCGTGCATTCAGCATTTTTT
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AAAACCTCTTTTGAGAATAACCCTCCAACTGCAGACAAACCCAGAAGCACATCAGGTTTA
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TTAGTCTTCCTAGCAAATGGCAGAGCCTCTGGGTCAATATTATCTCGTCCTTCGGTGATA
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TTTCCCAACATCCGTGCCATTGTCTTCCTTGCAGTATTTAGAACACCAATTCCCGCACTT
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TCCTCAAACTGCACAATGACATGTGGCCACCTAGTAAACATTGCCTCCATAAATTCGTCG
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C

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TGGAAAATCAAGCATAGGCCGCCCCTGTGCTCTAACAGCTCCAAGAAGACCAGCAATCGC
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CCTAGTAAACACTGCCTCCATAAATTCGTCGATCACTTCTATATAGTCCTCATTCTCTAG
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ATCAAGCTTCCCAACAGAAATTCCAATTCCATGAATCCCTAGATCTCCAAGACCCAAAAT
CCGGCTTCCATCGGTAACAACAATCATATCAACCTGTTCAGCAGGCCAGTTGTAAACCAT
GGACATCATCTCACCACGATCTTCAGAGCTAAAGTACATCCCTCTAGGCCTCCTAAACAA
GCCGCTGTAGTTCTGGCAGACGAGACCAACTGTAGGCGTGTAAACTATAGGCGCAT
C

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DS 

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TAAATAAAGCTTCCCAACAGAAATTCCAATTCCATGAATCCCTAGATCTCCAAGACCCAA
AATCCGGCTTCCATCGGTAACAACAATCATATCAACCTGTTCAGCAGGCCAGTTGTAAAC
CATGGACATCATCTCACCACGATCTTCAGAGCTAAAGTACATCCCTCTAGGCCTCCTAAA
CAAGCCGCTGTAGTTCTGGCAGACGAGACCAACCGTAGGCGTGTAAACTATTGGCGCATA
TTCCTCAATATTCGCAATCAAAACCTTATAGTACATGGTCTCATTACGGTCATGCAAGCG
ATTAAGAATGCGCCATTTAGCAAGAGCATTGGGATCAGAAGGTCCATCCCTCGCTTGCTC
CTCCAGCCTCTTCAGGTCAGTCATGAAACGCTGAATTTGCTGGTCAGAGTCCATGACACT
AGGCGGAAGCAGTCCCCCTAGATCAAGACGATCTCGCTCCGTCATCGTAAACGCAGTCCC
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GTGACCTTCCGTCGTGGTGAAGGATCTGGCGGATGAGTATAGTATTCTCCGGTGGAGCAT
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QA 1 735 1 735
DS 



AS 2 6

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TTTTAATATCTACTACAAGCAGAGATTTATCTT


BQ
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AF RR3AU36JQ C 5
AF RR3EX80JQ C 1
AF RR3EX80TF U 1
AF RR3AU36TF U 5
BS 1 4 RR3EX80JQ
BS 5 79 RR3EX80TF
BS 80 80 RR3AU36TF
BS 81 271 RR3EX80TF
BS 272 273 RR3AU36TF

RD RR3AU36JQ 229 0 0
GG
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GAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGAGATCTAAGTAGAGTCTGTTGTCATCGTATTG
CCTTATCTATAAATCTCTGTGTTTCCCTTTCTTGTTTCTTGAACCAGTTATGTTTTTAAT
TTTTT*ACGTTTAAGTTGCAAACAATCTTCTGTAGAACATGTCTTGC

QA 3 229 3 229
DS 

RD RR3EX80JQ 271 0 0
GGGCGTATCAGAGTTCGGCGAATTCACCATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAG
GAGGTTGAAGAGGAAGCGCGGAAAGATGAGACAGAGATCTAAGTAGAGTCTGTTGTCATC
GTATTGCCTTATCTATAAATCTCTGTGTTTCCCTTTCTTGTTTCTTGAACCAGTTATGTT
TTTAATTTTTTTACGTTTAAGTTGCAAACAATCTTCTGTAGAACATGTCTTGCTCACTCG
TTTTAATATTTACTACAAGCAGAGATTTATC

QA 1 271 1 271
DS 

RD RR3EX80TF 271 0 0
GGGC
GTATCAGAGTTCGGCGAATTCACCATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGG
TTGAAGAGGAAGCGCGGAAAGATGAGACAGAGATCTAAGTAGAGTCTGTTGTCATCGTAT
TGCCTTATCTATAAATCTCTGTGTTTCCCTTTCTTGTTTCTTGAACCAGTTATGTTTTTA
ATTTTTTTACGTTTAAGTTGCAAACAATCTTCTGTAGAACATGTCTTGCTCACTCGTTTT
AATATCTACTACAAGCAGAGATTTATC

QA 5 271 5 271
DS 

RD RR3AU36TF 269 0 0
GG
ATCAGAGTTCGGCGAATTCACCATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTT
GAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGAGATCTAAGTAGAGTCTGTTGTCATCGTATTG
CCTTATCTATAAATCTCTGTGTTTCCCTTTCTTGTTTCTTGAACCAGTTATGTTTTTAAT
TTTTT*ACGTTTAAGTTGCAAACAATCTTCTGTAGAACATGTCTTGCTCACTCGTTTTAA
TATCTACTACAAGCAGAGATTTATCTT

QA 3 269 3 269
DS 



CO CL1521Contig2 275 2 2 U
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GAGGTTGAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGAGATCTAAGTAGAGTTTGTGTCATCG
TATGACTTATCTATAAATCTCTGTGTTTCCCTTTCTTGTTTCTTGAACCAGTTATGTTTT
TAATTTTTTACATTTTAAGTTGCAAACAAACTTCTGTAGAACTTGTCTTGCTCACTCGTT
TTAATATCATCTACTACAAGCAGAGATTTATCTTT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK90TF U 1
AF RR3GK90JQ C 2
BS 1 248 RR3GK90TF
BS 249 275 RR3GK90JQ

RD RR3GK90TF 261 0 0
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GAGGTTGAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGAGATCTAAGTAGAGTTTGTGTCATCG
TATGACTTATCTATAAATCTCTGTGTTTCCCTTTCTTGTTTCTTGAACCAGTTATGTTTT
TAATTTTTTACATTTTAAGTTGCAAACAAACTTCTGTAGAACTTGTCTTGCTCACTCGTT
TTAATATC
ATCTACTACAAGC

QA 1 248 1 248
DS 

RD RR3GK90JQ 274 0 0
GGG
GTATCAGAGTTCGGCGAATTCACCATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGG
TTGAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGAGATCTAAGTAGAGTTTGTGTCATCGTATG
ACTTATCTATAAATCTCTGTGTTTCCCTTTCTTGTTTCTTGAACCAGTTATGTTTTTAAT
TTTTTACATTTTAAGTTGCAAACAAACTTCTGTAGAACTTGTCTTGCTCACTCGTTTTAA
TATCATCTACTACAAGCAGAGATTTATCTTT

QA 4 274 4 274
DS 



AS 1 3

CO CL1522Contig1 1195 3 7 U
AACTTTGAAACAGAATCTGATATTCAACAAGAGATTATATTTGATAGGTTACAATGATGA
ATGATGCAGAAGATAATACAAACTCAAAACCATGAGAAACGATAGACTCTCTACTAACAA
TAATTATTATCTTAACGACCATAGGATGATGCCTCTAGAAGCCGAACAAATGTACATAAA
AGAAGATATTATATATTCCAGAGCATTGGAGAGCCTAAGAGAAACGACATTACAGTGTTT
TCACCCGCTTATGAGCATGTTCAGATTCCCCCCTTGATGGTGTAGAGCCTTCAGTATCAG
AGGATAATGGAATCTTATTGGATGGATCGTTATGCGTTAGTCCTTGGTTGGCTCGCTTCC
CAAGATCGATCTGCACGGAAAGTTTAGCATGAGACAGATCAACGCCTGCGTTCTGGAGTG
CTTGTGTTAATGAGCTTAATAGCTCATGCGAGTAAGCAGTAAAGATGCTAATGGTTCCAC
CTTCAATAACCAGGTCACTATTACTTTGGCCCGCCCCGTCACCTTGTTCCCCGTATACAA
ATGGATGGTTGATTGGTTGTACAGGTGGTAACTCCTTGTCTTCGTCGTGGTCTAACTCGT
GTTGACTGTCTATTGGCTTGTAAACTCTTCCTAGATCAGAGTCAACAGGGTTTTGCATTT
CCGCAACGATTGCAGGTGCGGAAGAAGGTACAGTGTTTTCTTCAAACTTTCCAGGAAATG
GTATAACTGGAACAGATCCATTACTCGCAGCAGCTACTGGAGGGTTGGCTAAACTCTGAA
CTCGCCAGTGATTATTCCTCCAAGGTGTCAACTTAGTTGGTTCTTGACTCCATCCTGGAT
ACGATCCTTCATACTTTTGCACCTTCTCTTGTAAATACTGGACGTAATCTATGACCTCTA
GAAGGAAGGAAGCAGTATCTCTTTTCTGTTCACTATTGGGAATGATTTCTCTCAATATCT
GAAACCTTTCATTGATTTTGCTTCTTCTCCGCTGCTCAGTCACCGAATGCTTAGAGCGTA
TCGCACTAGCTTTATCGTTTTCCTTTGCATCTCTGCTCGCTGCGGCGGAGTTACTGTTGG
AAGAAGGACCTTCGCGTTTGGAGCCGAAGTCCTCTTCTCCGTAATCGTCCTCCTCTTGAT
TTGATTTTCCGGCTCTCATCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCGCTCTTTTGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DJ89JQ U 1
AF RR3AV32JQ U 7
AF RR3AV32TF C 351
BS 1 268 RR3DJ89JQ
BS 269 269 RR3AV32JQ
BS 270 565 RR3DJ89JQ
BS 566 566 RR3AV32JQ
BS 567 655 RR3DJ89JQ
BS 656 734 RR3AV32JQ
BS 735 1195 RR3AV32TF

RD RR3DJ89JQ 655 0 0
AACTTTGAAACAGAATCTGATATTCAACAAGAGATTATATTTGATAGGTTACAATGATGA
ATGATGCAGAAGATAATACAAACTCAAAACCATGAGAAACGATAGACTCTCTACTAACAA
TAATTATTATCTTAACGACCATAGGATGATGCCTCTAGAAGCCGAACAAATGTACATAAA
AGAAGATATTATATATTCCAGAGCATTGGAGAGCCTAAGAGAAACGACATTACAGTGTTT
TCACCCGCTTATGAGCATGTTCAGATTCTCCCCTTGATGGTGTAGAGCCTTCAGTATCAG
AGGATAATGGAATCTTATTGGATGGATCGTTATGCGTTAGTCCTTGGTTGGCTCGCTTCC
CAAGATCGATCTGCACGGAAAGTTTAGCATGAGACAGATCAACGCCTGCGTTCTGGAGTG
CTTGTGTTAATGAGCTTAATAGCTCATGCGAGTAAGCAGTAAAGATGCTAATGGTTCCAC
CTTCAATAACCAGGTCACTATTACTTTGGCCCGCCCCGTCACCTTGTTCCCCGTATACAA
ATGGATGGTTGATTGGTTGTACAGGCGGTAACTCCTTGTCTTCGTCGTGGTCTAACTCGT
GTTGACTGTCTATTGGCTTGTAAACTCTTCCTAGATCAGAGTCAACAGGGTTTTG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3AV32JQ 728 0 0
GGAACA
GAATCTGATATTCAACAAGAGATTATATTTGATAGGTTACAATGATGAATGATGCAGAAG
ATAATACAAACTCAAAACCATGAGAAACGATAGACTCTCTACTAACAATAATTATTATCT
TAACGACCATAGGATGATGCCTCTAGAAGCCGAACAAATGTACATAAAAGAAGATATTAT
ATATTCCAGAGCATTGGAGAGCCTAAGAGAAACGACATTACAGTGTTTTCACCCGCTTAT
GAGCATGTTCAGATTCCCCCCTTGATGGTGTAGAGCCTTCAGTATCAGAGGATAATGGAA
TCTTATTGGATGGATCGTTATGCGTTAGTCCTTGGTTGGCTCGCTTCCCAAGATCGATCT
GCACGGAAAGTTTAGCATGAGACAGATCAACGCCTGCGTTCTGGAGTGCTTGTGTTAATG
AGCTTAATAGCTCATGCGAGTAAGCAGTAAAGATGCTAATGGTTCCACCTTCAATAACCA
GGTCACTATTACTTTGGCCCGCCCCGTCACCTTGTTCCCCGTATACAAATGGATGGTTGA
TTGGTTGTACAGGTGGTAACTCCTTGTCTTCGTCGTGGTCTAACTCGTGTTGACTGTCTA
TTGGCTTGTAAACTCTTCCTAGATCAGAGTCAACAGGGTTTTGCATTTCCGCAACGATTG
CAGGTGCGGAAGAAGGTACAGTGTTTTCTTCAAACTTTCCAGGAAATGGTATAACTGGAA
CA

QA 7 728 7 728
DS 

RD RR3AV32TF 845 0 0
GCTCGCTTCCCAAGATCGATCTGCACGGAAAGTTTAGCATGAGACAGATCAACGC*TGCG
TTCTGGAGTGCTTGTGTTAATGAGCTTAATAGCTCATGCGAGTAAGCAGTAGAGATGCTA
ATGGTTCCACTTTCAATAACCAGGTCACTATTACTTTGGCCCGCCCCGTCACTTTGTTCC
CCGTATACAAATGGATGGTTGATTGGTTGTACAGGTGGTAACTCCTTGTCTTCGTCGTGG
TCTAACTCGTGTTGACTGTCTATTGGCTTGTAAACTCTTCCTAGATCAGAGTCAACAGGG
TTTTGCATTTCCGCAACGATTGCAGGTGCGGAAGAGGGTACAGTGTTTTCTTCAAACTTT
CCAGGAAATGGTATAACTGGAACAGATCCATTACTCGCAGCAGCTACTGGAGGGTTGGCT
AAACTCTGAACTCGCCAGTGATTATTCCTCCAAGGTGTCAACTTAGTTGGTTCTTGACTC
CATCCTGGATACGATCCTTCATACTTTTGCACCTTCTCTTGTAAATACTGGACGTAATCT
ATGACCTCTAGAAGGAAGGAAGCAGTATCTCTTTTCTGTTCACTATTGGGAATGATTTCT
CTCAATATCTGAAACCTTTCATTGATTTTGCTTCTTCTCCGCTGCTCAGTCACCGAATGC
TTAGAGCGTATCGCACTAGCTTTATCGTTTTCCTTTGCATCTCTGCTCGCTGCGGCGGAG
TTACTGTTGGAAGAAGGACCTTCGCGTTTGGAGCCGAAGTCCTCTTCTCCGTAATCGTCC
TCCTCTTGATTTGATTTTCCGGCTCTCATCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCGCTCTTTTG
TTTCC

QA 1 845 1 845
DS 



AS 2 5

CO CL1523Contig1 783 3 10 U
AAAAAAAAACCGGAATATGTATATTATTTATCTAGATTTGTAGGAAAATCCAGGACAAAA
GTTTGTATATATATAAATATGAAAACGAGATTCATTTGAAAAGTAAGAGGAAGACAAGAA
AACACTCTTTTTTTTACAGGAAATGTATTTTCATGGTAACCTTTTTAATATATTAAAAAC
GTTACAAATCCCAAATTCCTGAAAAACCCCTATAATCCCTCCCTCTCTTCATGATGCTGC
*TGCCCTCAGTGACCATTGGAGGGCCTGAAGTCAGAGTAGCCATTAATCCCAGACGAAAA
ACTAGTCGGATTCGAAGAGTCCAAACCAAAGTATGTGTTGTTATGGTATGGTGTTGTTGT
ATCTCCCAAGTTACTATTCCTCAAACCTAGTAAAGACAAGTCCATATTCGCCATTTGCCA
CTGTGTTGTCATCGTCGGTCTCAAACCATCTG***CATATGGCCCTCCTGCTGCAGAGAG
ACCATTATGTGGCATGTAGTTGAATCCCTCTTCTCCAAAACTCCTGGACCTGCCACCAGA
CGATAACTCACCTGAGATGCCAAAATCAGCACCACTACCACCACCATGGTAAGAGTACTG
CCTGTTCAACATCTGGGGTTGTGAACTGAACATGCTTCCATTAAACACCATGTTGCTGCA
GTTCTCGTCTTCGAGCAGGTCGTTGATGATATCGAGGTGAGGGAACTCGTCGGTCATTAA
GTTTTGTGCTTGTTGTCGCCCAATCTCAATGTGGTTGCTAGTCACGGTGGGAGTGACGGT
GGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DC68JQ U 1
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AF RR3H958JQ U 47
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T

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DS 

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C
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AGTTACTATTCCTCAAACCTAGTAAAGACAAGTCCATATTCGCCATTTGCCACTGTGTTG
TCATCGTCGGTCTCAAACCATCTG***CATATGGCCCTCCTGCTGCAGAGAGACCATTAT
GTGGCATGTAGTTGAATCCCTCTTCTCCAAAACTCCTGGACCTGCCACCAGACGATAACT
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CTTGTTGTCGCCCAATCTCAATGTGGTTGCTAGTCACGGTGGGAGTG

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DS 

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AATATATTAAAAACGTTACAAATCCCAAATTCCTGAAAAACCCCTATAATCCCTCCCTCT
CTTCATGATGCTGCCTGCCCTCAGTGACCATTGGAGGGCCTGAAGTCAGAGTAGCCATTA
ATCCCAGACGAAAAACTAGTCGGATTCGAAGAGTCCAAACCAAAGTATGTGTTGTTATGG
TATGGTGTTGTTGTATCTCCCAAGTTACTATTCCTCAAACCTAGTAAAGACAAGTCCATG
TTCGCCATTTGCCACTGCGTCGTCATCGTCGGTCTCAAACCATCTGCTGCATATGGCCCT
***GCTGCAGAGAGACCATTATGTGGCATGTAGTGGAATCCCTCTTCTCCAAAACTCCTG
GACCTGCCACCAGACGATAACTCACCCGAGATACCAAAATCAGCACCACTACCACCACCA
TGGTAAGAGTACTGCCTGTTCAACATCTGGGGCTGTGAACTGAACATGCTTCCATTAAAC
ACCATGTTGCTGCAGTTCTCGTCTTCGAGCAGGTCGTTGATGATATCAAGGTGAGGGAAC
TCGTCGGTCATTAAGTTTTGTGCTTGTTGTCGCCCAATCTCAATGTGGTTCAGAGGACTA
TTGCTAGTCACGGTGGG

QA 1 737 1 737
DS 



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CAGCTGGTCGTCTAGGTCCCGACTCTTCACTACACAACCAGCAAAGTTACACCCCTCACT
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CAACCACATTTCCATCAGCATCTTACTCGCAAGCAGCGACATCATCTTATCAGTCGAGCT
TCCCGTTCAGTCAAGATGGGCTCTTCTTGGGAGGAAGGAGTTTAAATTCTACAAACATGG
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CGACTAGTTTTTCGTCTGGGATTAATGGCTACTCTGACTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DC68TF U 1
AF RR3F666TF U 350
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TCCCGTTCAGTCAAGATGGGCTCTTCTTGGGAGGAAGGAGTTTAAATTCTACAAACATGG
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QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3F666TF 652 0 0
G
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GGGCGACAACAAGCACAAAACTTAATGACCGACGAGTTCCCTCACCTCGATATCATCAAC
GACCTGCTCGAAGACGAGAACTGCAGCAACATGGTGTTTAATGGAAGCATGTTCAGTTCA
CAACCCCAGATGTTGAACAGGCAGTACTCTTACCATGGTGGTGGTAGTGGTGCTGATTTT
GGCATCTCAGGTGAGTTATCGTCTGGTGGCAGGTCCAGGAGTTTTGGAGAAGAGGGATTC
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AATAGTAACTTGGGAGATACAACAACACCATACCATAACAACACATACTTTGGTTTGGAC
TCTTCGAATCCGACTAGTTTTTCGTCTGGGATTAATGGCTACTCTGACTTC

QA 2 652 2 652
DS 



AS 1 6

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GACAGACACCTTCTCCGTCGTCTTCTCTATCGCAACCATGATTATGTCAGAGGAGAACCG
TCGCGCAATCTCCAAGTACCTCTTCCAAGAGGGAGTTCTGTTTGCGAAAAAAGATTTCAA
TTTAGCGCAGCATCCATTGGTGGAAGGTGTACCGAATCTGCAAATAATAAAATTGATGCA
GAGCTTCAAGTCTAAGGAGTACGTTCGCGAGACGTTTGCATGGATGCATTACTACTGGTT
TCTCACCAACCAAGGCATTGACTTTCTGAGGACTTACCTCAATCTCCCTTCTGAGATTGT
TCCCGCCACTTTGAAGAAACAACAGAAGCCTCTTGGTCGTCCCATTGGTGGTGACCGTCC
CCGTGGCCCACCTCGTTCTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATACCGGGG
AGTACCAAGATCAGGAGGAGAGTTTGGTGACAAGAGTGGAGCTCCTGCTGATTACCAGCC
TTCCTTCAGGGGACCTGGAGCTGGATCTAGGCCTGGGTTTGGCCGTGGAGCCGGTGGGTT
TGGTGCTGGTCCAGCTGCTGGATCAGATCTTCCTTGAAAGGGAAATGTAATCCTTGTTTC
TTTTTGGCTAAATTGTACTTCAGATTTGAGAAGAATGTCTTTTACTCAACATGATTGTTT
TTACGTACGTTTGAATTTTATAAAGGACGTTCAGTGTTTTTGATCGTTACAAAAATGTTT
CTCATATTTTGAGATTTTAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX88TF U 16
AF RR3FA35TF U 1
AF RR3CX88JQ C 10
AF RR3E171TF U 22
AF RR3E171JQ C 22
AF RR3FA35JQ C 83
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TGGATCTAGGCCTGGGTTTGGCCGTG

QA 7 572 7 572
DS 

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GACAGACACCTTCTCCGTCGTCTTCTCTATCGCAACCATGATTATGTCAGAGGAGAACCG
TCGCGCAATCTCCAAGTACCTCTTCCAAGAGGGAGTTCTGTTTGCGAAAAAAGATTTCAA
TTTAGCGCAGCATCCATTGGTGGAAGGTGTACCGAATCTGCAAATAATAAAATTGATGCA
GAGCTTCAAGTCTAAGGAGTACGTTCGCGAGACGTTTGCATGGATGCATTACTACTGGTT
TCTCACCAACCAAGGCATTGACTTTCTGAGGACTTACCTCAATCTCCCTTCTGAGATTGT
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TGGTGCTGGTCCAGCTGCTGG

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3CX88JQ 743 0 0
GCCGGGG
GGAAAGGAGAAAGAGAGAACGCCGTCACGCTAACACAACACGTGGACAGACACCTTCTCC
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TACCTCTTCCAAGAGGGAGTTCTGTTTGCGAAAAAAGATTTCAATTTAGCGCAGCATCCA
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GAGTACGTTCGCGAGACGTTTGCATGGATGCATTACTACTGGTTTCTCACCAACCAAGGC
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TCTGATGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATACCGGGGAGTACCAAGATCAGGA
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GGAGCTGGATCTAGGCCTGGGTTTGGCCGTGGAGCCGGTGGGTTTGGTGCTGGTCCAGCT
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TTTATAAAGGACGTTC

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DS 

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ACAGAAGCCTCTTGGTCGTCCCATTGGTGGTGACCGTCCCCGTGGCCCACCTCGTTCTGA
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TGGATCTAGGCCTGGGTTTGGCCGTGGAGCCGGTGGGTTTGGTGCTGGTCCAGCTGCTGG
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CTTCCAAGAGGGAGTTCTGTTTGCGAAAAAAGATTTCAATTTAGCGCAGCATCCATTGGT
GGAAGGTGTACCGAATCTGCAAATAATAAAATTGATGCAGAGCTTCAAGTTTAAGGAGTA
CGTTCGCGAGACGTTTGCATGGATGCATTACTACTGGTTTCTCACCAACCAAGGCATTGA
CTTTTTGAGGACTTACCTCAATCTCCCTTTTGAGATTGTTCCCGCCACTTTGAAGAAACA
ACAGAAGCCTTTTGGTCGTCCCATTGGTGGTGACCGTCCCCGTGGCCCACCTCGTTTTGA
TGGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATACCGGGGAGTACCAAGATCAGGAGGAGA
GTTTGGTGACAAGAGTGGAGCTCCTGCTGATTACCAGCCTTCCTTCAGGGGACCTGGAGC
TGGATCTAGGCCTGGGTTTGGCCGTGGAGCCGGTGGGTTTGGTGCTGGTCCAGCTGCTGG
ATCAGATCTTCCTTGAAAGGGAAATGTAATCCTTGTTTCTTTTTGGCTAAATTGTACTTC
AGATTTGAGAAGAATGTCTTTTACTCAACATGATTGTTTTTACGTACGTTTGAATTTTAT
AAAGGACGTTC
AGTGTGG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3FA35JQ 720 0 0
TTCTCTATCGCAACCATGATTATGTCAGAGGAGAACCGTCGCGCAATCTCCAAGTACCTC
TTCCAAGAGGGAGTTCTGTTTGCGAAAAAAGATTTCAATTTAGCGCAGCATCCATTGGTG
GAAGGTGTACCGAATCTGCAAATAATAAAATTGATGCAGAGCTTCAAGTCTAAGGAGTAC
GTTCGCGAGACGTTTGCATGGATGCATTACTACTGGTTTCTCACCAACCAAGGCATTGAC
TTTTTGAGGACTTACCTCAATCTCCCTTCTGAGATTGTTCCCGCCACTTTGAAGAAACAA
CAGAAGCCTCTTGGTCGTCCCATTGGTGGTGACCGTCCCCGTGGCCCACCTCGTTTTGAT
GGAGAGAGGAGGTTTGGTGACAGAGATGGATACCGGGGAGTACCAAGATCAGGAGGAGAG
TTTGGTGACAAGAGTGGAGCTCCTGCTGATTACCAGCCTTCCTTCAGGGGACCTGGAGCT
GGATCTAGGCCTGGGTTTGGCCGTGGAGCCGGTGGGTTTGGTGCTGGTCCAGCTGCTGGA
TCAGATCTTCCTTGAAAGGGAAATGTAATCCTTGTTTCTTTTTGGCTAAATTGTACTTCA
GATTTGAGAAGAATGTCTTTTACTCAACATGATTGTTTTTACGTACGTTTGAATTTTATA
AAGGACGTTCAGTGTTTTTGATCGTTACAAAAATGTTTCTCATATTTTGAGATTTTAATG

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 6

CO CL1525Contig1 1156 6 9 U
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CGATTAGAGAAATCTTGTACCTCTCCGAAAGAAACAAGTTTGCAGTACTAACAACAAACT
GACATCTTTCACGAACCCGTGAATGATTTGGCATATGATGATGAGTCTCATATCTCACCG
TCCCAAAGCTGTTCAAGAGTCTTATAAGGACTCGTCTGATGAACAAAAGACATGCCTCTC
ACCAACCTTCCCTGTTCAATCTCAGAAAACTTGGATAACATGTCATCGGGTATGGACCAG
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TGACCCATTTGGAGACCCCAACGTAATGCAACTTGTGCAGGTGTCTTGTCTAGCTTCTCA
GCAACCGTGGCTATAATAGGGTTCTTCAGAACATCGCTCTTGAGCCACGTTGTCCCTGGA
GAACCCAACGGAGAGTATCCAGAGAGGTGAACGCCTTTAGATTTGCAGAAATCCCTGAGA
ACAGTTTGTTGCCAAGAAGGGTGACACTCCACCTGGTTAACAGCTGGAGGGACACGAGCC
ACCTCCAAGAGATGTGCGAGTTTCTTGGTGGAGAAGTTGCTTACACCAATAGCTCGGGCC
TTACCCACATCAAAGAGTGCTTCCATAGCTTTCCATGTGCTGGGAATATCAGTCGGCAAA
ATGTTCTCTGGCTTGAAACCAGTAGAAGTACAACCTTTCGTGAGGCTAACAGGCCAGTGG
ATGAGATACAAATCGACATAGTCAAGCTGTAGATCCTGTAGAGTTCTGTTGAGAGCCTCT
GGGACATCTTGAGGATCATGATCAGTACACCAGAGTTTGGATGTGATGAAGATCTCCTCA
CGCTTTACAACTCCATCATCAAACAGTTTCTTCAGGACTAACCCTATCTCTTTTTCGTTA
CCATAGATTTGAGCACAATCAATATGGCGATAACCGATCTTAACGGCGGCATCGACAGCG
TTTCCGACGAGACCAGGATCAGACTGCCAAGTCCCGAGACCGACCGATGGTATCTTCGCA
CCGGTGTTGAGCTCGAAACATCTGATTTCCTCTGCCATGAGCTTTACTTTACGCGACAGT
ATTGGATGTGTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3B487JQ U 7
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ACCTCCAAGAGATGTGCGAGTTTCTTGGTGGAGAAGTTGCTTACACCAATAGCTCGGGCC
TTACCCACATCAAAGAGTGCTTCCATAGCTTTCCATGTGCTGGGAATATCAGTCGGCAAA
ATGTTCTCTGGCTTGAAACCAGTAGAAGTACAACCTTTC
A

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DS 

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AGTTTGCAGTACTAACAACAAACTGACATCTTTCACGAACCCGTGAATGATTTGGCATAT
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TGATGAACAAAAGACATGCCTCTCACCAACCTTCCCTGTTCAATCTCAGAAAACTTGGAT
AACATGTCATCGGGTATGGACAAGCTGAAAACATCGAAGTTCTGTTTGATCCTGTCTTCA
TGTGTGCTCTTCGGAAGAACACTTTGACCCATTTGGAAACCCCAACGTAATGCAACTTGT
GCAGGTGCCTTGCCTAGCTTCTCAGCAACCGTGGCTATAATAGGGTTCTTCAGAACATCG
CTCTTGAGCCACGTTGTCCCTGGAGAACCCAACGGAGAGTATCCAGAGAGGTGAACGCCT
TTAGATTTGCAGAAATCCCTGAGAACAGTTTGTTGCCAAGAAGGGTGACACTCCACCTGG
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TTTCACGAACCCGTGAATGATTTGGCATATGATGATGAGTCTCATATCTCACCGTCCCAA
AGCTGTTCAAGAGTCTTATAAGGACTCGTCTGATGAACAAAAGACATGCCTCTCACCAAC
CTTCCCTGTTCAATCTCAGAAAACTTGGATAACATGTCATCGGGTATGGACCAGCTGAAA
ACATCGAAGTTCTGTTTGATCCTGTCTTCATGTGTGCTCTTCGGAAGAACACTTTGACCC
ATTTGGAGACCCCAACGTAATGCAACTTGTGCAGGTGTCTTGTCTAGCTTCTCAGCAACC
GTGGCTATAATAGGGTTCTTCAGAACATCGCTCTTGAGCCACGTTGTCCCTGGAGAACCC
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AAGAGATGTGCGAGTTTCTTGGTGGAGAAGTTGCTTACACCAATAGCTCGGGCCTTACCC
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TACAAATCGACATAGTCAAGCTGTAGATCCTGTAGAGTTCTGTTGAGAGCCTCTGGGACA
TCTTGAGGATCATGATCAGTACACCAGAGTTTGGATGTGA

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AGTTTCTTGGTGGAGAAGTTGCTTACACCAATAGCTCGGGCCTTACCCACATCAAAGAGT
GCTTCCATAGCTTTCCATGTGCTGGGAATATCAGTCGGCAAAATGTTCTCTGGCTTGAAA
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TCAAACAGTTTCTTCAGGACTAACCCTATCTCTTTTTCGTTACCATAGATTTGAGCACAA
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GTGTCTCC

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ACACGAGCCACCTCCAAGAGATGTGCGAGTTTCTTGGTGGAGAAGTTGCTTACACCAATA
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GTCGGCAAAATGTTCTCTGGCTTGAAACCAGTAGAAGTACAACCTTTCGTGAGGCTAACA
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AGAGCCTCTGGGACATCTTGAGGATCATGATCAGTACACCAGAGTTTGGATGTGATGAAG
ATCTCCTCACGCTTTACAACTCCATCATCAAACAGTTTCTTCAGGACTAACCCTATCTCT
TTTTCGTTACCATAGATTTGAGCACAATCAATATGGCGATAACCGATCTTAACGGCGGCA
TCGACAGCGTTTCCGACGAGACCAGGATCAGACTGCCAAGTCCCGAGACCGACCGATGGT
ATCTTCGCACCGGTGTTGAGCTCGAAACGTCTGATTTCCTCTGCCATGAGCTTTACTTTA
CGCGACAGTATTGGAT
CC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 4

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TTCGTGTTTGCTCTTGTCAGAGAAAAAAACAAAAGACAAAA*TTAGTTCTCTTGCGTGAA
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AAAGAACGCAACTTTCTCTAACACATTATGGAGGACTATTCAAGAAACGGTGAAATATCT
CCAAAGCTGCTCCATTTGATTCCACAAGGGAGAAGAAGAAACTGGTTTCACAATGACCAA
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CCTGGTCCAGTGGTTGGTTGGCCTCCGGTTAGATCATTCAGGAAGAATTTAGCAAATGGA
AGCTCTTCAAATGGTTTTGACATCAAGAACCAGAAGTGTGGTGATGATAATGGCCGAGCA
AAGACAATAGAACCTAAGAGGCAAGGAGGTTTGTTCGTGAAGATCAACATGCATGGTGTT
CCCATTGGTCGTAAAGTCGATCTCAGTTCTCATAATAGCTACGAGCAGTTATCATTCACC
GTCGACAAGCTCTTTAGAGTTCTTCTTACAGCTCAAAGAGAATCATCATCGTTTGGAGAA
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GACAATGAAAGAGACAAGATACTCGTTGGAGATGTCCCATGGCATATGTTTGTATCTTCG
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TTACTATGTTTTGCTTTTGCTTTTTCAACTCTGATGAGTTTTGGTCTTTGGAAAGTCTAT
AATTCAAGCCTGATGTACATCTTTTGAATTTTGAGAATTTCATACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 10 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY44TF U 5
AF RR3BN25TF U 1
AF RR3BG19TF U 5
AF RR3BN25JQ C 214
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GGGACACACCAT
TTAATCTCCTCTCTCCCTCTTCTCCTTTTCAGAGTTGCAGAGACATCCTCTTTGCTCTTG
TCAGAGAAAAAA*CAAAAGACAAAA*TTAGTTCTCTTGCGTGAACAAACCTTTCCAAGTA
CCCTTTTCAAGTCTTTCCTTGTCTAAATCTCCTTCTATCGGTCAAA*GAACGCAACTTTC
TCTAACACATTATGGAGGACTATTCAAGAAACGGTGAAATATCTCCAAAGCTGCTCCATT
TGATTCCACAAGGGAGAAGAAGAAACTGGTTTCACAATGACCAAGCTTCTTTTTACAACA
AGGAAGAGAAGAATCTTGAGCTAAAGCTTGGACCACCTGGTGAAGATGATGAACACATCA
AGAAAGAACCAAAAGACAAAACCACATCTCAGAAAAGAACTGCTCCTGCTCCAGTGGTTG
GTTGGCCTCCGGTTAGATCATTCAGGAAGAATTTAGCAAACGGAAGCTCTTCAAATGGTG
TCGACATCAAGAACCAGAAGTGTGGTGATGATAATGGCCGAGCAAAGACAATAGAACCTA
AGAGGCAAGGAGGTTTGTTCGTGAAGATCAACATGTATGGTGTTCCCATTGGTCGTAAAG
TCGATCTCAGTTCTCATAATAGCTACGAGCAGTTATCATTCACCGTCGACA*GCTCTTTA
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DS 

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GTCGACAAGCTCTTTAGAGTTCTTCTTACAGCTCAA*GAGA*TCATCATCGTTTGGAGA*
*GAGAGAAAC*TATCACTGGATTATTG

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DS 

RD RR3BG19TF 832 0 0
GGACACCATTTA
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TCAGAGAAAAAAACAAAAGACAAAAATTAGTTCTCTTGCGTGAACAAACCTTTCCAAGTA
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TCTAACACATTATGGAGGACTATTCAAGAAACGGTGAAATATCTCCAAAGCTGCTCCATT
TGATTCCACAAGGGAGAAGAAGAAACTGGTTTCACAATGACCAAGCTTCTTTTTACAACA
AGGAAGAGAAGAATCTTGAGCTAAAGCTTGGACCACCTGGTGAAGATGATGAACACATCA
AGAAAGAACCAAAAGACAAAACCACATCTCAGAAAAGAACTGCTTCTGGTCCAGTGGTTG
GTTGGCCTCCGGTTAGATCATTCAGGAAGAATTTAGCAAATGGAAGCTCTTCAAATGGTT
TTGACATCAAGAACCAGAAGTGTGGTGATGATAATGGCCGAGCAAAGACAATAGAACCTA
AGAGGCAAGGAGGTTTGTTCGTGAAGATCAG*ATGTATGGTGTTCCCATTGGTCGTAAAG
TCGATCTCAGTTCTCATAATAGCTACGAGCAGTTATCATTCACCGTCGACAAGCTCTTTA
GAGGTCTTCTTACAGCTCAAAGAGAATCATCATCGTTTGGAGAAGAAGAGAAACCTATCA
CTGGATTATTGGATGGGAATGGAGAATATACTCTTACTTATGAGGACAATGAAAGAGACA
GGATACTCGTTGGAGATGTCCCATGGCA
TATGTTTGTATC

QA 13 820 13 820
DS 

RD RR3BN25JQ 853 0 0
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AGAAGAAACTGGTTTCACAATGACCAAGCTTCTTTTTACAACAAGGAAGAGAAGAATCTT
GAGCTAAAGCTTGGACCACCTGGTGAAGATGATGAACACATCAAGAAAGAACCAAAAGAC
AAAACCACATCTCAGAAAAGAACTGCTCCTGGTCCAGTGGTTGGTTGGCCTCCGGTTAGA
TCATTCAGGAAGAATTTAGCAAATGGAAGCTCTTCAAATGGTTTTGACATCAAGAACCAG
AAGTGTGGTGATGATAATGGCCGAGCAAAGACAATAGAACCTAAGAGGCAAGGAGGTTTG
TTCGTGAAGATCAACATGCATGGTGTTCCCATTGGTCGTAAAGTCGATCTCAGTTCTCAT
AATAGCTACGAGCAGTTATCATTCACCGTCGACAAGCTCTTTAGAGTTCTTCTTACAGCT
CAAAGAGAATCATCATCGTTTGGAGAAGAAGAGAAACCTATCACTGGATTATTGGATGGG
AATGGAGAATATACTCTTACTTATGAGGACAATGAAGGAGACAAGATACTCGTTGGAGAT
GTCCCATGGCATATGTTTGTATCTTCGGTGAAGAGGCTTCGTGTGATTAAAACCACTGAG
ATCTCTTCAGCGTTAGTATATGGAAATGGTAAGCAAGAGAAGATGAGGAGCTGAAGAAAA
AAACCTTTACAGCTTAAAGTAGAGACGTTACTATGTTTTGCTTTTGCTTTTTCAACTCTG
ATGAGTTTTGGTCTTTGGAAAGTCTATAATTCAAGCCTGATGTACATCTTTTGAATTTTG
AGAATTTCATACT

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 4

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ATCACTTCTCGTTAACTGTTCCGTTAATCAAGAGTAACTAACAATGGCCGAAGAGTACAA
GAACGCTACTGAGGAGTTCAAGAACGTCCCCGAACACGAGACCCCAAAGATCACCACCAC
GGAAGAACCGTCGGCTACGACGGGAGAGGTTAAGGACCGTGGATTGTTCGATTTCTTGGG
GAAAAAGGAGGAAGTGAAACCTCAAGAAACGACCACACCGCTAGCTTCGGAGGTCGAGCA
TAAAGCCCAGATCACGGGAGAGCAGGCGTTTGTGGCGAAGCACGAAGAAGAGAAGGAGCA
TAAGCCTACTCTCCTCGAGCAGCTTCACCAGAAGCATGAGGAGGAGGAAGAGAACAAGCC
AAGTCTCTTCCAGAAGCTTCACCGATCCAACAGCTCTTCTTCCTCTTCAAGCGAGGAAGA
AGGTGAAGACGGTGAGAAGAGGAAGAATGAGAAGAAGAAGATCGTTGAAGGAGACGAGAA
GAAGGGAGTGATGGAGAAGATCAAGGAGAAGCTTCCAGGTCACAGTGAAAAAACTGACGA
TTCTCAAGTCGTCAACACGGAGGCTGCAGTACCAGTGACGGAGGAAAAGGCGGAGCATCC
GGAGGAGAAGAAAGGTATTCTTGAGAAGATCAAAGAGAAGCTTCCAGGTTATCACGCTAA
GAGCACTGAAGAGGAGGAGGAGAAGAAAGAAAAGGAGTCCGATGCTTAAGAAAGATGATA
TAAATAATGTTGGAGTGGGACAGTTGCTGTGTTTCTTTCTGTGATGATTTATCTTTTATC
TTTAAGCTATACTCTGTTTTTTTTTTGTGCAACCTTTAAGCTATACTCTGTAAGATTGTG
TCTTTCGTTGGCTTGCATTCTTCACCGCTATATTGTAATTTCAGTATCTCTTTTGTAAAC
TTCGCATATGGTTAAGTAAAGTTTCGAGTTATGTGTGTAATGTTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G831TF U 1
AF RR3CF93TF U 11
AF RR3CF93JQ C 260
AF RR3G831JQ C 472
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BS 207 298 RR3G831TF
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RD RR3G831TF 703 0 0
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TAAAGCCCAGATCACGGGAGAGCAGGCGTTTGTGGCGAAGCACGAAGAAGAGAAGGAGCA
TAAGCCTACTCTCCTCGAGCAGCTTCACCAGAAGCATGAGGAGGAGGAAGAGAACAAGCC
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TTCTCAAGTCGTCAACACGGAGGCTGCAGTACCAGTGACGGATGAAAAGGCGGAGCATCC
GGAGGAGAAGAAAG*TATTCTTGAGAAGATCAAAGAGAAGCTT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3CF93TF 720 0 0
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GTTAACT*TTCCGTTAATCAAGAGTAACTAACAATGGCCGAAGAGTACAAGAACGCTACT
GAGGAGTTCAAGAACGTCCCCGAACACGAGACCCCAAAGATCACCACCACGGAAGAACCG
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GAAGTGAAACCTCAAGAAACGACCACACCGCTAGCTTCGGAGGTCGAGCATAAAGCCCAG
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CAGAAGCTTCACCGATCCAACAGCTCTTCTTCCTCTTCAAGCGGGGAAGAAGGTGAAGAC
GGTGAGAAGAGGAAGAATGAGAAGAAGAAGATCGTTGAAGGAGACGAGAAGAAGGGAGTG
ATGGAGAAGATCAAGGAGAAGCTTCCAGGTCACAGTGAAAAAACTGACGATTCTCAAGTC
GTCAACACGGAGGCTGCAGTACCAGTGACGGAGGAAAAGGCGGAGCATCCGGAGGAGAAG
AAAGGTATTCTTGAGAAGATCAA*GAGAAGCTTCCAGGT*ATCACGCTA*GAGCACTGAA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3CF93JQ 731 0 0
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GAGCAGGCGTTTGTGGCGAAGCACGAAGAAGAGAAGGAGCATAAGCCTACTCTCCTCGAG
CAGCTTCACCAGAAGCATGAGGAGGAGGAAGAGAACAAGCCAAGTCTCTTCCAGAAGCTT
CACCGATCCAACAGCTCTTCTTCCTCTTCAAGCGGGGAAGAAGGTGAAGACGGTGAGAAG
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ATCAAGGAGAAGCTTCCAGGTCACAGTGAAAAAACTGACGATTCTCAAGTCGTCAACACG
GAGGCTGCAGTACCAGTGACGGAGGAAAAGGCGGAGCATCCGGAGGAGAAGAAAGGTATT
CTTGAGAAGATCAA*GAGAAGCTTCCAGGTTATCACGCTAAGAGCACTGAAGAGGAGGAG
GAGAAGAAAGAAAAGGAGTCCGATGCTTAAGAAAGATGATATAAATAATGTTGGAGTGGG
ACAGTTGCTGTGTTTCTTTCTGTGATGATTTATCTTTTATCTTTAAGCTATACTCTGTTT
TTTTTTTGTGCAACCTTTAAGCTATACTCTGTAAGATTGTGTCTTTCGTTGGCTTGCATT
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AGTTTCGAGT
C

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3G831JQ 534 0 0
CGAGGAAGAAGGTGAAGACGGTGAGAAGAGGAAGAATGAGAAGAAGAAGATCGTTGAAGG
AGACGAGAAGAAGGGAGTGATGGAGAAGATCAA***GAAGCTTCCAGGTCACAGTGAAAA
AACTGACGATTCTCAAGTCGTCAACACGGAGGCTGCAGTACCAGTGACGGATGAAAAGGC
GGAGCATCCGGAGGAGAAGAAAGGTATTCTTGAGAAGATCAAAGAGAAGCTTCCAGGTTA
TCACGCTAAGAGCACTGAAGAGGAGGAGGAGAAGAAAGAAAAGGAGTCCGATGCTTAAGA
AAGATGATATAAATAATGTTGGAGTGGGACAGTTGCTGTGTTTCTTTCTGTGATGATTTA
TCTTTTATCTTTAAGCTATACTCTGTTTTTTTTTTGTGCAACCTTTAAGCTATACTCTGT
AAGATTGTGTCTTTCGTTGGCTTGCATTCTTCACCGCTATATTGTAATTTCAGTATCTCT
TTTGTAAACTTCGCATATGGTTAAGTAAAGTTTCGAGTTATGTGTGTAATGTTC

QA 1 534 1 534
DS 



AS 2 4

CO CL1528Contig1 1239 2 4 U
GGAAAAACAGCAAACAGTTTATGATAATAAAAGCAATGGCGATTGCCTTATCCTCTCCCG
GCGTCGCCTTTCATCTTCATTCGCCGGCGTTATCTTCGTCGTCAGGTCTATCCGCCAATA
GATTTCTCTTTCGGAACCAGAACGCTAGTCCTAGTCTTCTATCTCTTCCAACTCGTCGCC
CTTCTCGCTCTGTATTTCTTTTTGCTCGTAGGAAGAATCGAAAGGGATTCGTTTCTTCGT
CTTCGTCGTCTCCAAAGAAGAACAAAAAGAAAAGTTTTGGGGGAAATGATAATGAAGGAG
GTGAGGAGGACGATCCGTTCGAGGCACTGTTTAATCTACTTGAAGAAGATTTGAACAATG
ATAAATCGTCAATTGATGACGAGGACATAAGCGAGGAAGACTTAGATAGACTAGCAGCAG
AGTTAGCTGAAGTATTGGGTGGTGGTGACGATGTTGATGGCATCGACTTGTTCGGTTCAG
ACACTGGTGATGTTGCTGATGATGAAGAAGACGATGGACAAGATGATGATATCGAGGATG
ATGATGATGATGATGATGATGACAGCGAAGAAGAAGATGAAAGACCAACGAAGCTGAAGA
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CACCTGAGAACTCATCAAATCCTCTGGAATCATCAGCAGCCGAAGATGCTGCTGCTGTAG
AGGTCGAACCTGAGGAAAAAGTGAAAGATGAAGCAGTACATGTGATGCAACAGAGATGGT
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CAAAACGCCCCACTAATGCTGTGGTTAGCAGCATTGTTCAAGTGACCAATCTTCCAAGGA
GGCGTGTTTTGAAGTGGTTTGAGGATAGAAGAGCAGAGGATGGAGTTCCAGAGAAGCGAT
CTCCCTATCAAGCTCCGGTTTAATTTATTAATGTTTCATATTGGAAAAATATAATGAGCT
TCCGGTTCGGTTTGGTTTCCTTCCTTTTTCAAATTAAATGAATGTTTTTTCTTGTCGGCC
CAAATTTATTAATAAAGCCCAAAGGGTACTATTAAAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DB74TF U 1
AF RR3DB74JQ C 472
BS 1 613 RR3DB74TF
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BS 615 692 RR3DB74TF
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CTTCTCGCTCTGTATTTCTTTTTGCTCGTAGGAAGAATCGAAAGGGATTCGTTTCTTCGT
CTTCGTCGTCTCCAAAGAAGAACAAAAAGAAAAGTTTTGGGGGAAATGATAATGAAGGAG
GTGAGGAGGACGATCCGTTCGAGGCACTGTTTAATCTACTTGAAGAAGATTTGAACAATG
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AGTTAGCTGAAGTATTGGGTGGTGGTGACGATGTTGATGGCATCGACTTGTTCGGTTCAG
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ATTGGCAGCTTAG*AGATTGGCTTATGCATTGAAAGCTGGGCGCCGTAAGACTAGTATAA
AGAATCTGGCAGCTGAGCTCTGTCTTGACAGG
CTTA

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DS 

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CTGCTGTAGAGGTCGAACCTGAGGAAAAAGTGAAAGATGAAGCAGTACATGTGATGCAAC
AGAGATGGTCTGCTCAGAAGAGAGTGAAGAAAGCTCACATTGAAACACTAGAGAAAGTTT
ACAGGAGATCAAAACGCCCCACTAATGCTGTGGTTAGCAGCATTGTTCAAGTGACCAATC
TTCCAAGGAGGCGTGTTTTGAAGTGGTTTGAGGATAGAAGAGCAGAGGATGGAGTTCCAG
AGAAGCGATCTCCCTATCAAGCTCCGGTTTAATTTATTAATGTTTCATATTGGAAAAATA
TAATGAGCTTCCGGTTCGGTTTGGTTTCCTTCCTTTTTCAAATTAAATGAATGTTTTTTC
TTGTCGGCCCAAATTTATTAATAAAGCCCAAAGGGTACTATTAAAGTG

QA 1 768 1 768
DS 



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GGATGTAAAAGCTGCTGCTTACGTCCTTGTGCTGAAAACAGCAAACAGTTTATGATAATA
AAAGCAATGGCGATTGCCTTATCCTCTCCCGGCGTCGCCTTTCATCTTCATTCGCCGGCG
TTATCTTCGTCGTCAGGTCTATCCGCCAATAGATTTCTCTTTCGGAACCAGAACGCTAGT
CCTAGTCTTCTATCTCTTCCAACTCGTCGCCCTTCTCGCTCTGTATTTCTTTTTGCTCGT
AGGAAGAATCGAAAGGGATTCGTTTCTTCGTCTTCGTCGTCTCCAAAGAAGAACAAAAAG
AAAAGTTTTGGGGGAAATGATAATGAAGGAGGTGAGGAGGACGATCCGTTCGAGGCACTG
TTTAATCTACTTGAAGAAGATTTGAACAATGATAAATCGTCAATTGATGACGAGGACATA
AGCGAGGAAGACTTAGATAGACTAGCAGCAGAGTTAGCTGAAGTATTGGGTGGTGGTGAC
GATGTTGATGGCATCGACTTGTTCGGTTCAGACACTGGTGATGTTGCTGATGATGAAGAA
GACGATGGACAAGATGATGATATCGAGGATGATGATGACAGCGAAGAAGAAGACGAAAGA
CCAACGAAACTGAAGAATTGGCAGCTTAGAAGATTGGCTTATGCATTGAAAGCTGGGCGC
CGCAAGACTAGTATAAAGAATCTGGCAGCTGAGCTATGTCTTGACAGGGCTTATGTGCTT
GAACTGCTACGTGACCCTCCTCCAAAGCTTCTAATGCTAAGTGCTACATTACCAGATGAG
AAGCCGCCAAGAGCAGCACCTGAGAACTCATCAAATCCTCTGGAATCAGCAGCAGCAGCT
GAAGATGCTGCTGTAGAGGTCGAACCTGAGGAAAAAAAAAGATGAAGCAGTACATGTGAT
GCAACAGAGATGGTCTGCTCAGAAGAGAGTGAAGAAAGCTCACATTGAAACACTAGAGAA
AGTTTCCAGGAGATCAAAACGCCCCACTAATGCTGTGGTTAGCAGCATTGTTCAAGTGAC
CAATCTTCCAAGGAGGCGTGTTTTGAAGTGGTTTGAGGATAGAAGAGCAGAGGATGGAGT
TCCAGAGAAGCGAGCTCCCTATCAAGCTCCGGTTTAGTTTAATGTTTCATATTGGAAAAA
TATAATGAGCTTCCGGTTCGGTTTGGTTTCCTTCCTTTTTCAAATTA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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A

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 6

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**ACGGCGGAGACGGTGACGGAGAGATTCGATTGAGATGGAAGACAAAGACAAATGTTCG
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CTCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3EJ62JQ U 1
AF RR3GO38JQ U 1
AF RR3B319JQ U 21
AF RR3EJ62TF C 421
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QA 1 657 1 657
DS 

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AGAGTTGTTGTTGTTGCTGTTTCTCTTACATCTCTTGCTCTTCTCTGGCCTTTGTAATGT
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QA 1 948 1 948
DS 

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TCGCGGGACTCATCAGTCAAAGCGGTGTACTCAGATTTGAGTTTGGTGACTTCAGAAGTG
AGGTCTTTGAGCAACTGAAGAGTATCAGTGAGAATGGTAGCTTTGTCATTCTTGGGTCTT
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TTTTCACGTCCTGCTTTCTGAGACTTCCTAGCTGAAACATCCACAACCCTCCTCTCAAA*
**ACGGCGGAGACGGTGACGGAGAGATTCGATTGAGATGGAAGACAAAGACAAATGTTCG
AC
CC

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DS 

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CTCC

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ATTGTTGCTCAACGACGGTATTAGGAGGCTGCATATAGGGCATGTAAGGCGCTGGCATCA
TGCTAGGGTTCTGGTTGCCAAAGTAAGTGTAAGATGGCATAGGTGGATGATGATGCATTG
GGATTGAACCGGGAGGCATAGCCATAGGCATCGGATATGGAAAAGAAGGTGGTGGAGCCA
TCATGACGGTGTGATCCATCGCAGCTCCCCACGGAGACATTGACCCTAATCTCTGCTGGT
ACTGGAGATTGAGATTCTCTATATCTGATTTGAGCGATGTCTTTTCTTCTCTCAGGTCGT
TTTTCTCCTGTGTCAGCTCGCGGGACTCATCAGTCAAAGCGGTGTACTCAGATTTGAGTT
TGGTGACTTCAGAAGTGAGGTCTTTGAGCAACTGAAGAGTATCAGTGAGAATGGTAGCTT
TGTCATTCTTGGGTCTTTCTGGATCGAGTACATTGCCAAGTTCAACAAAATGCTCATTAA
GTTTCTCCCTCCTCAACTTTTCACGTCCTGCTTTCTGAGACTTCCTAGCTGAAACATCCA
TAACCCTCCTCTCAAA***ACGGCGGAGACGGTGACGGAGAGATTCGATTGAGATGGAAG
ACAAAGACAAATGTTCGACGAAGAAAGAAAGATTCTTCTTGTTCGTTCGTGCTAGCCCCG
CTCTCTCTCTCTGCTCTCTCCC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 6

CO CL1530Contig1 1306 6 5 U
TAAATAATGTTAACTAAAGAAAAAACAAAAGCTCTCGTCTTCCACAAAAAGTCCGGCAAT
CCCTAACTCCGGCCCGGTTTAATCCGGTGCCGGAGGAATCCCTCCTTCTCCTTTATCTGT
TTTTCCTTTTGCTCTGTGAATCTCCGTCTTGTTCATTGGCCGAGATGCTCGTTTATTCTG
GGTTAGGGAGACTCATCTGAAGCCTTGTCTCAAGACTGACGGTGGCGAATCTCGA*GAGA
TCTGGAGTGACGGCGAGGCTGACTTGACAGCGGTGGTGCACAGAGTCGGCTTTTAGGGTT
ATGGAGAAACCAGATCTGTTTTTCCCTTTTTAGATCTCTGGTGTATCCGGTGTGGCGACA
GCGCGTGAGTTGAAAAGATGCCTCCTTTCACATGGATCTAGGTCCTTACGAGGCGGTGAG
ATTTGGGGAGAAAAGATTTGAAGGCAAGTGGAAAGAGTATGGTCTCCCAATTCTCGGGCT
CCACACGAACCGTAGGCTTCGCCGATTAGGTGGAAACGGAAGAGTTGACATAGCGGCAGT
TCGTGGCGACAGTTCTAGACCCCAGCAACAAAAAAATAAAAATATTTCAACGAGGGTAAG
GACTTCGCTTCTCGGAAAACTTGAATTTGTTTTTACTTTGACTCACGTCTGTCTGTCAAG
GCCCGAATTTCATTACGGATCTATGTGTCCGATCTTTGGCTGAGGGTCGCAACTCTGAAC
ACTAAGATGATGGCTCTACCTCGAGGATGCACCGTTTGGTGAAGAAACTGCTGGCTCATG
TACTTACTTGTCGATCTTATGGAGCAGTAGATTAGCTTAATACTGTACTCGGGAGTAGTT
ATGTTAATCTCTTGCGTTAGTAAGTGTTGGTCGTACCGTTGGGTCGAATGTAGGGGTTAT
AGATTTTTGTTGGCTTAGGAGCAAAGCATTCGGACTAGTGGTGTTGTGTCCAAGCAAGAT
ATGCACCGTTAGGTGAAGAGACATTGGTCTGGTGCAGCATTCGAATCTTTGGGAGACTAA
TGTCAAGCGTCAATAAGATATTTTGGTCAGTGATGAACACTGTCAGCCACATTGTCTTTG
CTTCCTGTGGTCCAAGTAGTGGTTAAGAACCAGCTCTTACCGGGTCGTGGGAAGAGTGTT
GTGTTCACTGGGTCAGAATTGCGACAAAGGTTTCAGATTGGTAGTGTAGGATCCAAGTAG
TGATTCTAGATGATACTAATTTCCTTGTTGCAAGTGTGGTTGAACACTAGTGTGGTGTAA
AATCATGTGTACCCTTCTTTGGTTAATGAAAAGTTGAAGTTGAGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3EM47JQ C 1
AF RR3EM47TF U 1
AF RR3G043TF U 28
AF RR3G043JQ C 528
AF RR3E002JQ C 834
AF RR3E002TF U 834
BS 1 561 RR3EM47TF
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GGTTAGGGAGACTCATCTGAAGCCTTGTCTCAAGACTGACGGTGGCGAATCTCGA*GAGA
TCTGGAGTGACGGCGAGGCTGACTTGACAGCGGTGGTGCACAGAGTCGGCTTTTAGGGTT
ATGGAGAAACCAGATCTGTTTTTCCCTTTTTAGATCTCTGGTGTATCCGGTGTGGCGACA
GCGCGTGAGTTGAAAAGATGCCTCCTTTCACATGGATCTAGGTCCTTACGAGGCGGTGAG
ATTTGGGGAGAAAAGATTTGAAGGCAAGTGGAAAGAGTATGGTCTCCCAATTCTCGGGCT
CCACACGAACCGTAGGCTTCGCCGATTAGGTGGAAACGGAAGAGTTGACATAGCGGCAGT
TCGTGGCGACAGTTCTAGACC
CCAGC

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3EM47TF 561 0 0
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CCCTAACTCCGGCCCGGTTTAATCCGGTGCCGGAGGAATCCCTCCTTCTCCTTTATCTGT
TTTTCCTTTTGCTCTGTGAATCTCCGTCTTGTTCATTGGCCGAGATGCTCGTTTATTCTG
GGTTAGGGAGACTCATCTGAAGCCTTGTCTCAAGACTGACGGTGGCGAATCTCGA*GAGA
TCTGGAGTGACGGCGAGGCTGACTTGACAGCGGTGGTGCACAGAGTCGGCTTTTAGGGTT
ATGGAGAAACCAGATCTGTTTTTCCCTTTTTAGATCTCTGGTGTATCCGGTGTGGCGACA
GCGCGTGAGTTGAAAAGATGCCTCCTTTCACATGGATCTAGGTCCTTACGAGGCGGTGAG
ATTTGGGGAGAAAAGATTTGAAGGCAAGTGGAAAGAGTATGGTCTCCCAATTCTCGGGCT
CCACACGAACCGTAGGCTTCGCCGATTAGGTGGAAACGGAAGAGTTGACATAGCGGCAGT
TCGTGGCGACAGTTCTAGACC

QA 1 561 1 561
DS 

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TGCCGGAGGAATCCCTCCTTCTCCTTTATCTGTTTTTCCTTTTGCTCTGTGAGTCTCCGT
CTTGTTCATTGGCCGAGATGCTCGTTTATTCTGGGTTAGGGAGACTCATCTGAAGCCTTG
TCTCAAGACTGACGGTGGCGAATCTCGACGAGATCTGGAGTGACGGCGAGGCTGACTTGA
CAGCGGTGGTGCACAGAGTCGGCTTTTAGGGTTATGGAGAAACCAGATCTGTTTTTCCCT
TTTTAGATCTCTGGTGTATCCGGTGTGGCGACAGCGCGTGAGTTGAAAAGACGCCTCCTT
TCACATGGATCTAGGTCCTTACGAGGCGGTGAGATGTGGGGAGAAAAGATTTGAAGGCAA
GTGGAAAGAGTATGGTCTCCCAATTCTCGGGCTCCACACGAACCGTAGGCTTCGCCGATT
AGGTGGAAACGGAAGAGTTGACATAGCGGCAGTTCGTGGCGACAGTTCTAGACCCCAGCA
ACAAAAAAATAAAAATATTTCAACGAGGGTAAGGACTTCGCTTCTCGGAAAACTTGAATT
TGTTTTTACTTTGACTCACGTCTGTCTGTCAAGGCCCGAATTTCATTACGGATCTATGTG
TCCGATCTTTGGCTGAGGGTCGCAACTCTGAACACTAAGATGATGGCTCTACCTCGAGGA
TGCACCGTTTGGTGAAGAAACTGCTGGCTCATGTACTTACTTG

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3G043JQ 778 0 0
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CAACGAGGGTAAGGACTTCGCTTCTCGGAAAACTTGAATTTGTTTTTACTTTGACTCACG
TCTGTCTGTCAAGGCCCGAATTTCATTACGGATCTATGTGTCCGATCTTTGGCTGAGGGT
CGCAACTCTGAACACTAAGATGATGGCTCTACCTCGAGGATGCACCGTTTGGTGAAGAAA
CTGCTGGCTCATGTACTTACTTGTCGATCTTATGGAGCAGTAGATTAGCTTAATACTGTA
CTCGGGAGTAGTTATGTTAATCTCTTGCGTTAGTAAGTGTTGGTCGTACCGTTGGGTCGA
ATGTAGGGGTTATAGATTTTTGTTGGCTTAGGAGCAAAGCATTCGGACTAGTGGTGTTGT
GTCCAAGCAAGATATGCACCGTTAGGTGAAGAGACATTGGTCTGGTGCAGCATTCGAATC
TTTGGGAGACTAATGTCAAGCGTCAATAAGATATTTTGGTCAGTGATGAACACTGTCAGC
CACATTGTCTTTGCTTCCTGTGGTCCAAGTAGTGGTTAAGAACCAGCTCTTACCGGGTCG
TGGGAAGAGTGTTGTGTTCACTGGGTCAGAATTGCGACAAAGGTTTCAGATTGGTAGTGT
AGGATCCAAGTAGTGATTCTAGATGATACTAATTTCTTTGTTGCAAGTGTGGTTGAACAC
TAGTGTGGTGTAAAATCATGTGTACCCTTCTTTGGTTAATGAAAAGTTGAAGTTGAG
G

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3E002JQ 473 0 0
G
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CAAGATATGCACCGTTAGGTGAAGAGACATTGGTTTGGTGCAGCATTCGAATCTTTGGGA
GACTAATGTCAAGCGTCAATAAGATATTTTGGTCAGTGATGAACACTGTCAGCCACATTG
TCTTTGCTTCCTGTGGTCCAAGTAGTGGTTAAGAACCAGCTCTTACCGGGTCGTGGGAAG
AGTGTTGTGTTCACTGGGTCAGAATTGCGACAAAGGTTTCAGATTGGTAGTGTAGGATCC
AAGTAGTGATTTTAGATGATACTAATTTCCTTGTTGCAAGTGTGGTTGAACACTAGTGTG
GTGTAAAATCATGTGTACCCTTCTTTGGTTAATGAAAAGTTGAAGTTGAGTT

QA 2 473 2 473
DS 

RD RR3E002TF 473 0 0
G
GTAGTTATGTTAATCTCTTGCGTTAGTAAGTGTTGGTCGTACCGTTGGGTCGAATGTAGG
GGTTATAGATTTTTGTTGGCTTAGGAGCAAAGCATTCGGACTAGTGGTGTTGTGTCCAAG
CAAGATATGCACCGTTAGGTGAAGAGACATTGGTCTGGTGCAGCATTCGAATCTTTGGGA
GACTAATGTCAAGCGTCAATAAGATATTTTGGTCAGTGATGAACACTGTCAGCCACATTG
TCTTTGCTTCCTGTGGTCCAAGTAGTGGTTAAGAACCAGCTCTTACCGGGTCGTGGGAAG
AGTGTTGTGTTCACTGGGTCAGAATTGCGACAAAGGTTTCAGATTGGTAGTGTAGGATCC
AAGTAGTGATTCTAGATGATACTAATTTCCTTGTTGCAAGTGTGGTTGAACACTAGTGTG
GTGTAAAATCATGTGTACCCTTCTTTGGTTAATGAAAAGTTGAAGTTGAG
TT

QA 2 471 2 471
DS 



AS 1 6

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TTATTCACCAATGGCTACTGCGTGGAGAAGGTTGATCAAGAGAGAGACGATCCCACGTAT
CAGCCAAAGCACGAGGAAGCTCTTCTCCACCGAAGCATCTTCTTCTTTCGCTGAGAGACT
CAGAAACCTTCCCAAAGATTTCCCCTCCACTCAGGCTAAACGCGATGCTTCTCTGCTCAT
TGGAAGAACTCCTCTCGTGTTTCTCAACAGAGTCACTGAAGGATGTGAAGCTTATATTGC
AGCCAAGCAAGAACATTTCCAGCCTACTTGTAGCATCAAGGACAGACCAGCTTTAGCTAT
GGTTGCAGATGCAGAGAAGAAAAATCTTATCACTCCTGGAAAAACAACATTAATAGAACC
TACTTCAGGAAACATGGGAATAAGTATGGCTTTCATGGCGGCTATGAAAGGGTACAAGAT
TATAATGACAATGCCTTCTTACACCAGTTTGGAGAGGAGAGTGACTATGAGAT*CATTT*
GGTGCTGAGCTTGTCCTCACTGATCCAACCAAAGGAATGGGTGGAACCGTTAAGAAAGCT
TATGATCTCCTTGAGAGTACTCCTGATGCTCATATGTTGCAACAGTTTGCTAATCCAGCA
AACACTCAGATTCATTTTGATACAACTGGTCCTGAGATTTGGGAAGATACACTTGGGAAT
GTTGATATCTTTGTGATGGGAATTGGTAGTGGAGGCACTGTCTCTGGTGTTGGCCAATAC
CTTAAGTCTAAAAACCCTAATGTCAAGATATATGGAGTGGAGCCTGCTGAAAGCAACATA
CTCAACGGTGGCAAGCCAGGTCCACATGCTATCACAGGCAATGGGGTTGGATTTAAACCG
GATATATTGGATATGGATGTTATGGAGAGTGTTCTTGAGGTTAGTAGTGAGGATGCTATA
AAGATGGCTAGAGAATTGGCATTGAAAGAAGGTCTCATGGTTGGAATATCCTCTGGGGCT
AACACTGTGGCAGCAATTAGACTGGCCAAAATGCCAGAGAACAAAGGCAAACTAATTGTG
ACTATTCATGCGAGCTTTGGAGAGAGATATCTGTCATCTGTTCTGTTTGATGAGATTAGG
AAAGAAGCAGAAGCGATGAAGCCCGTTTCAGTGGACTGATTTGGTTTTGGTTTGGGTTGA
TATGAAGAAAAACTCTTTACTATATAATCTTCATCTTGCGGCACAAGATTGTGACACAAC
CCACCAAAAAGTGTCATAAATAATATATGCTTGTTTTATATTGATGTTGAATACTGGAAG
AATAATTATGTTAATGTTTGATATTGAAAATAAAAGCTTTTTCTGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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G
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AAGAACATTTCCAGCCTACTTGTAGCATCAAGGACAGACCAGCTTTAGCTATGGTTGCAG
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CAGAAACCTTCCCAAAGATTTCCCCTCCACTCAGGCTAAACGCGATGCTTCTCTGCTCAT
TGGAAGAACTCCTCTCGTGTTTCTCAACAGAGTCACTGAAGGATGTGAAGCTTATATTGC
AGCCAAGCAAGAACATTTCCAGCCTACTTGTAGCATCAAGGACAGACCAGCTTTAGCTAT
GGTTGCAGATGCAGAGAAGAAAAATCTTATCACTCCTGGAAAAACAACATTAATAGAACC
TACTTCAGGAAACATGGGAATAAGTATGGCTTTCATGGCGGCTATGAAAGGGTACAAGAT
TATAATGACAATGCCTTCTTACACCAGTTTGGAGAGGAGAGTGACTATGAGAT*CATTT*
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GTTGATATCT
TTGTGAT

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CTT*TCACTCCTGGAAAAACAACATTAATAGAACCTACTTCAGGAAACATGGGAATAAGT
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AGTTTGGAGAGGAGAGTGACTATGAGATTCATTTTGGTGCTGAGCTTGTCCTCACTGATC
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G
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TAATCTTCATCTTGCGGCACAAGATTGTGACACAACCCACCAAAAAGTGTCATAAATAAT
ATATGCTTGTTTTATATTGATGTTGAATACTGGAAGA*TAATTATGTTAATGTTTGATAT
TGAAA
TAAAGCTTTTTCTGGTT

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GAGTGTTCTTGAGGTTAGTAGTGAGGATGCTATAAAGATAGCTAGAGAATTGGCATTGAA
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CAAAATGCCAGAGAATAAAGGCAAACTAATTGTGACTATTCATGCGAGCTTTGGAGAGAG
ATATCTGTCGTCTGTTCTGTTTGATGAGCTTAGGAAAGAAGCAGAAGCGATGAAGCCAGT
TTCAGTGGACTGATTTGATTTTGGTTTGGATTGATAAGAAGAAAAACTCTTTACTATATA
ATCTTCATCTTGCGGCACAAGATTGTGACACAACCCACCAAAAAGTGTCATAAATAATAT
ATGCTTGTTTTATATTGATGTTGAATACTGGAAGAATAATTATGTTAATGTTTGATATTG

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TTGGATATGGATGTTATGGAGAGTGTTCTTGAGGTTAGTAGTGAGGATGCTATAAAGATG
GCTAGAGAATTGGCATTGAAAGAAGGTCTCATGGTTGGAATATCCTCTGGGGCTAACACT
GTGGCAGCAATTAGACTGGCCAAAATGCCAGAGAACAAAGGCAAACTAATTGTGACTATT
CATGCGAGCTTTGGAGAGAGATATCTGTCATCTGTTCTGTTTGATGAGATTAGGAAAGAA
GCAGAAGCGATGAAGCCCGTTTCAGTGGACTGATTTGGTTTTGGTTTGGGTTGATATGAA
GAAAAACTCTTTACTATATAATCTTCATCTTGCGGCACAAGATTGTGACACAACCCACCA
AAAAGTGTCATAAATAATATATGCTTGTTTTACATTGATGTTGAATACTGGAAGAATAAT
TATGTTAATGTTTGATATTGAAAATAAAAGCTTTTTCTGGTC

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DS 



AS 1 5

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ATTCCCTCTTATCGCCCGTCGAACTTTCCCGTCTTCTGTTAGTTACTGTCCCCTGACTCT
TCTTTCCAATGGATTCACCTACCGACTACAATCGATCATCTGTTTTTCATCGTCCGACGG
TGGCGGCGTTAGCGAATCCGATATGGTCGTTACAGAAGCTCAGGGTCCCAATTTTCTGAA
GTACAGCGACGAAGAGTTGATGAAGCAATGCAAATTCGAGACCTTTAGAGTTTCAGGTCC
AGGAGGACAGCACCGCAACAAACGTGACTCCGCCGTTAGGCTTAAACACCTCCCCACCGG
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CCGCCTTCGCACTCTCCTCGCTATCAAAGTGAGGAACAAGGTGGACATTGAAGCCTATTC
TCCTCCTCCAGAGCTTCTTCAGATTCTACCTCCCAAGTCCACCGTTAGATCTTCTTCTTC
TGGTTCTCAGATTGGTCCCAACAATCCTAAATTTGTACCTGGGATGCAAGCTTTGCTTGA
CGTTATTTCTGCTTCTGACGGTTCTATCGCTGATTCTGCCAAGTTGCTGGGCTTGAGCAC
TGGTGGTTTGTCTCGTTTGATACTCTCTCATGATGGTCTTCGTATGGCAGTCAATAGCAT
GAGGGCAGCCAAGGGAATGAAGCCTCTCAAGTAGTTGGGATGTATAGACATTTGAAGAAT
GATGGTGGGACCTTTGACCAGTCTCTACCATTTTACGCACCTTATTTTGTATACAAAACA
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GTATTTTGAGATGATATATTATTATATAGGCTGCTAAAATATTTATGGTC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3CK74TF U 1
AF RR3FU52TF U 4
AF RR3BR57TF U 5
AF RR3BR57JQ C 166
AF RR3CK74JQ C 196
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BS 14 77 RR3CK74TF
BS 78 78 RR3FU52TF
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BS 612 654 RR3CK74TF
BS 655 666 RR3FU52TF
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BS 668 713 RR3FU52TF
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BS 715 723 RR3FU52TF
BS 724 734 RR3BR57TF
BS 735 740 RR3BR57JQ
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BS 742 894 RR3BR57JQ
BS 895 895 RR3CK74JQ
BS 896 950 RR3BR57JQ

RD RR3CK74TF 654 0 0
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ATTCCCTCTTATCGCCCCTCGAACTTTCCCGTCTTCTGTTAGTTACTGTCCCCTGACTCT
TCTTTCCAATGGATTCACCTACCGACTACAATCGATCATCTGTTTTTCATCGTCCGACGG
TGGCGGCGTTAGCGAATCCGATATGGTCGTTACAGAAGCTCAGGGTCCCAATTTTCTGAA
GTACAGCGACGAAGAGTTGATGAAGCAATGCAAATTCGAGACCTTTAGAGTTTCAGGTCC
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TGGTTCTCAGATTGGTCCCAACAATCCTAAATTTGTACCTGGGATGCAAGCTTTGCTTGA
CGTTATTTCTTCTTCTGACGGTTCTATCGCTGATTCTGCCAAGTTGCTGGGCTT

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DS 

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CTTA*CGCCCGTCGAACTTTCCCGTCTTCTGTTAGTTACTGTCCCGGGACTCTTCTTTCC
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CAGCACCGCAACAAACGTGACTCCGCCGTTAGGCTTAAACACCTCCCCACCGGAATCGTG
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CGCACTCTCCTCGCTATCAAAGTGAGGAACAAGGTGGACATTGAAGGCTATTCTCCTCCT
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TCTGCTTCTGACGGTTCTATCGCCGATTCTGCGAAATTGCTGGGTTTGAGCACTGGTGGA
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DS 

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GGG
GACGTCTCTGCCATGGCGATCATGGCCGTAGCCGCGCTCTTTCACGCGAGCAGATTCCCT
CTTATCGCCCGTCGAACTTTCCCGTCTTCTGTTAGTTACTGTCCCCTGACTCTTCTTTCC
AATGGATTCACCTACCGACTACAATCGATCATCTGTTTTTCATCGTCCGACGGTGGCGGC
GTTAGCGAATCCGATATGGTCGTTACAGAAGCTCAGGGTCCCAATTTTCTGAAGTACAGC
GACGAAGAGTTGATGAAGCAATGCAAATTCGAGACCTTTAGAGTTTCAGGTCCAGGAGGA
CAGCACCGCAACAAACGTGACTCCGCCGTTAGGCTTAAACACCTCCCCACCGGGATCGTG
TCGCAGGCCGTCGAGGACCGTTCCCAGCACAAGAACCGAGCTTCCGCTCTTAACCGCCTT
CGCACTCTCCTCGCTATCAAAGTGAGGAACAAGGTGGACATTGAAGCCTATTCTCCTCCT
CCAGAGCTTCTTCAGATTCTACCTCCCAAGTCCACCGTTAGATCTTCTTCTTCTGGTTCT
CAGATTGGTCCCAACAATCCTAAATTTGTACCTGGGATGCAAGCTTTGCTTGACGTTATT
TCTGCTTCTGACGGTTCTATCGCTGATTCTGCCAAGTTGCTGGGCTTGAGCACTGGTGGT
TTGTCTCGTTTGATACTCTCTCATGATGGTCTTCGTATGGCAGTCAATAGCATGAGGGCA
GCCAAGG
AA

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DS 

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T
TCATCGTCCGACGGTGGCGGCGTTAGCGAATCCGATATGGTCGTTACAGAAGCTCAGGGT
CCCAATTTTCTGAAGTACAGCGACGAAGAGTTGATGAAGCAATGCAAATTCGAGACCTTT
AGAGTTTCAGGTCCAGGAGGACAGCACCGCAACAAACGTGACTCCGCCGTTAGGCTTAAA
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GCTTCCGCTCTTAACCGCCTTCGCACTCTCCTCGCTATCAAAGTGAGGAACAAGGTGGAC
ATTGAAGCCTATTCTCCTCCTCCAGAGCTTCTTCAGATTCTACCTCCCAAGTCCACCGTT
AGATCTTCTTCTTCTGGTTCTCAGATTGGTCCCAACAATCCTAAATTTGTACCTGGGATG
CAAGCTTTGCTTGACGTTATTTCTGCTTCTGACGGTTCTATCGCTGATTCTGCCAAGTTG
CTGGGCTTGAGCACTGGTGGTTTGTCTCGTTTGATACTCTCTCATGATGGTCTTCGTATG
GCAGTCAATAGCATGAGGGCAGCCAAGGGAATGAGGCCTCTCAAGTAGTTGGGATGTATA
GACATTTGAAGAATGATGGTGGGACCTTTGACCAGTCTCTACCATTTTACGCACCTTATT
TTGTATACAAAACAAAAGTACAAATGTTGAGTTCAGTCTAGCATTTGTTCGTCTATTATC
ATTCAGATTGTCACGTATTTTGAGATGATATATTATTATATAGGCTGCTAAAATATTTAT
GGTC

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DS 

RD RR3CK74JQ 755 0 0
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GTTGATGAAGCAATGCAAATTCGAGACCTTTAGAGTTTCAGGTCCAGGAGGACAGCACCG
CAACAAACGTGACTCCGCCGTTAGGCTTAAACACCTCCCCACCGGGATCGTGTCGCAGGC
CGTCGAGGACCGTTCCCAGCACAAGAACCGAGCTTCCGCTCTTAACCGCCTTCGCACTCT
CCTCGCTATCAAAGTGAGGAACAAGGTGGACATTGAAGCCTATTCTCCTCCTCCAGAGCT
TCTTCAGATTCTACCTCCCAAGTCCACCGTTAGATCTTCTTCTTCTGGTTCTCAGATTGG
TCCCAACAATCCTAAATTTGTACCTGGGATGCAAGCTTTGCTTGACGTTATTTCTTCTTC
TGACGGTTCTATCGCTGATTCTGCCAAGTTGCTGGGCTTGAGCACTGGTGGTTTGTCTCG
TTTGATACTCTCTCATGATGGTCTTCGTATGGCAGTCAATAGCATGAGGGCAGCCAAGGG
AATGAAGCCTCTCAAGTAGTTGGGATGTATAGACATTTGAAGAATGATGGTGGGACCTTT
GACCAGTCTCTACCATTTTACGCACCTTATTTTGTATACAAAACAAAAGTACAAATGTTG
AGTTCAGTCTAGCATTTGTTCGTCTATTATCATTCAGATCGTCACGTATTTTGAGATGAT
ATATTATTATATAGGCTGCTAAAATATTTATGGT
T

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 5

CO CL1533Contig1 941 5 7 U
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CCCTTCAAATCTATTAAATCTGATAACAAATTTGATATTCGAAACCGACACAACATTGTA
AAACTCTTAGGTTATAATCCTTTGTATAAGAACAGTCAAAGATAACCGAGAACATTTTGA
AAAATGTCCCCTGACTTCACTGACACGCAAAAACTGGCTCAAGAATTTTGCAGAAACATT
GGGAGCTAAGTTGAGTCGCCAGTGGCAGCTTCGAGGATCCTCCTGGCATCGGTGTTTACA
TCAGCTAACTCACCTGGTGTCTTCCCATACGAGTTTTTGACTGTTGGTGAAGCCCCTGAA
CCCAGTAAAAAATTAATCACGTTGACGTGCTCGCCTCTTGCTGCATGATGCAGAGGAGTG
TCGCCTTCTACATCGATTGTTTCAATCATCCTCTTCACACTTTCAGGACAACTAGCTCGG
CTGAAAAGAAGCTCTACTATCTCTAAGTATCCTCCAGCACAAGCATCATGTAGAGGAATG
GCTTCATCCTCATCTTTGACCTCCATATTAGCACCTCTTTCCAGGAGAAGCTGAACACAA
GGGAGGTGACCATAGAGACACGCCAGGTGAAGTGCAGAGTCGTTATCCTCAAGGGGCTCA
TCAACTCTCCCATTCAACTTGTCAATGGCGGTGCGCAAGGCTACGACGTCACCGGACTGA
GATGCGGCGGCTAAGTCACGGAGGTTTGAGGAAAGCTCGGGATCGCTTTCGTAGTCAACA
ACACCGTTTTCCTCGATAACAGCGTCAACATCGTCTTCTTCCATCAAACCATTGTCTCCC
CTTGGAACCGCCATTGTCTGTAGTCAACCCCTCTCTCTCTCTCCACCGCCGTGTAATAAC
TTTTTTTTTCTTGTAATAAATAACTAATCGCCGGCGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EM13JQ U 8
AF RR3FG42JQ U 1
AF RR3B004JQ U 59
AF RR3B004TF C 60
AF RR3EM13TF C 197
BS 1 697 RR3FG42JQ
BS 698 698 RR3B004JQ
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RD RR3EM13JQ 689 0 0
GG
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CCTGACTTCACTGACACGCAAAAACTGGCTCAAGAATTTTGCAGAAACATTGGGAGCTAA
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AAATTAATCACGTTGACGTGCTCGCCTCTTGCTGCATGATGCAGAGGAGTGTCGCCTTCT
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TCATCTTTGACCTCCATATTAGCACCTCTTTCCAGGAGAAGCTGAACACAAGGGAGGTGA
CCATAGAGACACGCCAGGTGAAGTGCAGAGTCGTTATCCTCAAGGGGCTCATCAACTCTC
CCATTCAACTTGTCAATGGCGGTGCGC

QA 3 689 3 689
DS 

RD RR3FG42JQ 746 0 0
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CCCTTCAAATCTATTAAATCTGATAACAAATTTGATATTCGAAACCGACACAACATTGTA
AAACTCTTAGGTTATAATCCTTTGTATAAGAACAGTCAAAGATAACCGAGAACATTTTGA
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GGGAGCTAAGTTGAGTCGCCAGTGGCAGCTTCGAGGATCCTCCTGGCATCGGTGTTTACA
TCAGCTAACTCACCTGGTGTCTTCCCATACGAGTTTTTGACTGTTGGTGAAGCCCCTGAA
CCCAGTAAAAAATTAATCACGTTGACGTGCTCGCCTCTTGCTGCATGATGCAGAGGAGTG
TCGCCTTCTACATCGATTGTTTCAATCATCCTCTTCACACTTTCAGGACAACTAGCTCGG
CTGAAAAGAAGCTCTACTATCTCTAAGTATCCTCCAGCACAAGCATCATGTAGAGGAATG
GCTTCATCCTCATCTTTGACCTCCATATTAGCACCTCTTTCCAGGAGAAGCTGAACACAA
GGGAGGTGACCATAGAGACACGCCAGGTGAAGTGCAGAGTCGTTATCCTCAAGGGGCTCA
TCAACTCTCCCATTCAACTTGTCAATGGCGGTGCGCA*GGCTACGACGTCACCGGACTGA
GATGCGGCGGCTA*GTCACGGAG
TTT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3B004JQ 837 0 0
CGC
CCTTCAAATCTATTAAATCTGATAACAAATTTGATATTCGAAACCGACACAACATTGTAA
AACTCTTAGGTTATAATCCTTTGTATAAGAACAGTCAAAGATAACCGAGAACATTTTGAA
AAATGTCCCCTGACTTCACTGACACGCAAAAACTGGCTCAAGAATTTTGCAAAAACATTG
GGAGCTAAGTTGAGTCGCCAGTGGCAGCTTCGAGGATCCTCCTGGCATCGGTGTTTACAC
CAGCTAACTCACCTGGTGTCTTCCCATACGAGTTTTTGACTGTTGGTGAAGCCCCTGAAC
CCAGTAAAAAATTAATCACGTTGACGTGCTCGCCTCTTGCTGCATGATGCAAAGGAGTGT
CGCCTTCTACATCGATTGTTTCAATCATCCTCTTCACACTTTCAGGACAACTAGCTCGGC
TGAAAAGAAGCTCTACTATCTCTAAGTATCCTCCAGCACAAGCATCATGTAGAGGAATGG
CTTCATCCTCATCTTTGACCTCCATATTAGCACCTCTTTCCAGGAGAAGCTGAACACAAG
GGAGGTGACCATAGAGACACGCCAGGTGAAGTGCAGAGTCGTTATCCTCAAGGGGCTCAT
CAACTCTCCCATTCAACTTGTCAATGGCGGTGCGCAAGGCTACGACGTCACCGGACTGAG
ATGCGGCGGCTAAGTCACGGAGGTTTGAGGAAAGCTCGGGATCGCTTTCGTAGTCAACAA
CACCGTTTTCCTCGATAACAGCGTCAACATCGTCTTCTTCCATCAAACCATTGTCTCCCC
TTGGAACCGCCATTGTCTGTAGTCAACCCCTCTCTC
CCCACCGCCGTGTAATCC

QA 4 819 4 819
DS 

RD RR3B004TF 836 0 0
CG
CCTTCAAATCTATTAAATCTGATAACAAATTTGATATTCGAAACCGACACAACATTGTAA
AACTCTTAGGTTATAATCCTTTGTATAAGAACAGTCAAAGATAACCGAGAACATTTTGAA
AAATGTCCCCTGACTTCACTGACACGCAAAAACTGGCTCAAGAATTTTGCAGAAACATTG
GGAGCTAAGTTGAGTCGCCAGTGGCAGCTTCGAGGATCCTCCTGGCATCGGTGTTTACAC
CAGCTAACTCACCTGGTGTCTTCCCATACGAGTTTTTGACTGTTGGTGAAGCCCCTGAAC
CCAGTAAAAAATTAATCACGTTGACGTGCTCGCCTCTTGCTGCATGATGCAGAGGAGTGT
CGCCTTCTACATCGATTGTTTCAATCATCCTCTTCACACTTTCAGGACAACTAGCTCGGC
TGAAAAGAAGCTCTACTATCTCTAAGTATCCTCCAGCACAAGCATCATGTAGAGGAATGG
CTTCATCCTCATCTTTGACCTCCATATTAGCACCTCTTTCCAGGAGAAGCTGAACACAAG
GGAGGTGACCATAGAGACACGCCAGGTGAAGTGCAGAGTCGTTATCCTCAAGGGGCTCAT
CAACTCTCCCATTCAACTTGTCAATGGCGGTGCGCAAGGCTACGACGTCACCGGACTGAG
ATGCGGCGGCTAAGTCACGGAGGTTTGAGGAAAGCTCGGGATCGCTTTCGTAGTCAACAA
CACCGTTTTCCTCGATAACAGCGTCAACATCGTCTTCTTCCATCAAACCATTGTCTCCCC
TTGGAACCGCCATTGTCTGTAGTCAACCCCTCTCTC
CCCACCGCCGTGTAATCC

QA 3 818 3 818
DS 

RD RR3EM13TF 745 0 0
TCACTGACACGCAAAAACTGGCTCAAGAATTTTGCAGAAACATTGGGAGCTAAGTTGAGT
CGCCAGTGGCAGCTTCGAGGATCCTCCTGGCATCGGTGTTTACATCAGCTAACTCACCTG
GTGTCTTCCCATACGAGTTTTTGACTGTTGGTGAAGCCCCTGAATCCAGTAAAAAATTAA
TCACGTTGACGTGCTCGCCTCTTGCTGCATGATGCAGAGGAGTGTCGCCTTCTACATCGA
TTGTTTCAATCATCCTCTTCACACTTTCAGGACAACTAGCTCGGCTGAAAAGAAGCTCTA
CTATCTCTAAGTATCCTCCAGCACAAGCATCATGTAGAGGAATGGCTTCATCTTCATCTT
TGACCTCCATATTAGCACCTCTTTCCAGGAGAAGCTGAACACAAGGGAGGTGACCATAGA
GACACGCCAGGTGAAGTGCAGAGTCGTTATCCTCAAGGGGCTCATCAACTCTCCCATTCA
ACTTGTCAATGGCGGTGCGCAAGGCGACGACGTCACCGGACTGAGATGCGGCGGCTAAGT
CACGGAGGTTTGAGGAAAGCTCGGGATCGCTTTCGTAGTCAACAACACCGTTTTCCTCGA
TAACAGCGTCAACATCGTCTTCTTCCATCAAACCATTGTCTCCCCTCGGAACCGCCATTG
TCTGTAGTCAACCTCTCTCTCTCTCTCCACCGCCGTGTAATAACTTTTTTTTTCTTGTAA
TAAATAACTAATCGCCGGCGTGTCC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 5

CO CL1534Contig1 707 5 9 U
GGCTCAGTCTCAAGTCTCATCAATGGCGAACACTCTAATGGCGACAACTCGTCCACTAGC
TCTCCTCTCCTCCACAAGATCGACACTTCATCTCCTTTTCAAATCCCCGAAGAGACCCTT
CTCTTCGTTTCTGCCATCTCCCGCCGCGAGAAGCTCTAGTTCGAGGCGCGTAAGCGCCGT
TTTGTCTCGTGGAGAGACTACCACGCCGTCGTCGTCGATTTACCGCAGCGGAGTTTTCAG
GGCTTCTGGGTTCGGTGCCGCTAACATTCGCAGCCGGAATCTCAGTACAAGATCCTCTCA
GATAAACGATGCCGGGTCGATTGATCAAACTCTTATGCAATCCATGGAGCAAAAGATCAA
AGAACAATTGAATGCAGAGTCGGTTTCTGTCAAGGATATGTCTGGAGATGGTCGCCACGT
TTGCATCAATGTCGTATCGTCCGCTTTTGAGGGACAATCTGCAGTGAACAGACAGAGAAT
GGTCTACAAAGCCATTTGGGAGGAGCTTCAGAACGTAGTTCATGCCGTTGATCAGATGAC
GACAAAGACTCCTTCCGAAGTTTGAAGCCTCTTAAGTTTTTTTTAACGACACGAAGCCAA
ATCTATTATTTCAACAGCGGGCAAAGCTGTTTTGTTTTATCAAAAAACAAATTTGGATGT
TTATTTTTGTTGTTGATGTTGGTGTGTTATCCCGACTATGTGACATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL95TF U 1
AF RR3BS78TF U 10
AF RR3GU70TF U 44
AF RR3GU70JQ C 215
AF RR3BS78JQ C 267
BS 1 169 RR3GL95TF
BS 170 170 RR3BS78TF
BS 171 311 RR3GL95TF
BS 312 534 RR3BS78TF
BS 535 535 RR3GU70TF
BS 536 632 RR3BS78TF
BS 633 646 RR3GU70JQ
BS 647 647 RR3BS78JQ
BS 648 707 RR3GU70JQ

RD RR3GL95TF 311 0 0
GGCTCAGTCTCAAGTCTCATCAATGGCGAACACTCTAATGGCGACAACTCGTCCACTAGC
TCTCCTCTCCTCCACAAGATCGACACTTCATCTCCTTTTCAAATCCCCGAAGAGACCCTT
CTCTTCGTTTCTGCCATCTCCCGCCGCGAGAAGCTCTAGTTCGAGGCGCTTAAGCGCCGT
TTTGTCTCGTGGAGAGACTACCACGCCGTCGTCGTCGATTTACCGCAGCGGAGTTTTCAG
GGCTTCTGGGTTCGGTGCCGCTAACATTCGCAGCCGGAATCTCAGTACAAGATCCTCTCA
GATAAACGATG

QA 1 311 1 311
DS 

RD RR3BS78TF 623 0 0
GG
AAGTCTCATCAATGGCGAACACTCTAATGGCGACAACTCGTCCACTAGCTCTCCTCTCCT
CCACAAGATCGACACTTCATCTCCTTTTCAAATCCCCGAAGAGACCCTTCTCTTCGTTTC
TGCCATCTCCCGCCGCGAGAAGCTCTAGTTCGAGGCGCGTAAGCGCCGTTTTGTCTCGTG
GAGAGACTACCACGCCGTCGTCGTCGATTTACCGCAGCGGAGTTTTCGGGGCTTCTGGGT
TCGGTGCCGCTAACATTCGCAGCCGGAATCTCAGTACAAGATCCTCTCAGATAAACGATG
CCGGGTCGATTGATCAAACTCTTATGCAATCCATGGAGCAAAAGATCAAAGAACAATTGA
ATGCAGAGTCGGTTTCTGTCAAGGATATGTCTGGAGATGGTCGCCACGTTTGCATCAATG
TCGTATCGTCCGCTTTTGAGGGACAATCTGCAGTGAACAGACAGAGAATGGTCTACAAAG
CCATTTGGGAGGAGCTTCAGAACGTAGTTCATGCCGTTGATCATATGACGACAAAGACTC
CTTCCGAAGTTTGAAGCCTCTTAAGTTTTTTTTAACGACACGAAGCCAAATCTATTATTT
CAACAGCGGGCAAAGCTGTTT

QA 3 623 3 623
DS 

RD RR3GU70TF 595 0 0
G
CAACTCGTCCACTCGCTCTCCTCTCCTCCACAAGATCGACCCTTCATCTCCTTTTCAAAT
CCCCGAAGAGACCCTTCTCTTCGTTTCTGCCATCTCCCGCCGCGAGAAGCTCTAGTTCGA
GGCGCGTAAGCGCCGTTTTGTCTCGTGGAGAGACTACCACGCCGTCGTCGTCGATTTACC
GCAGCGGAGTTTTCAGGGCTTCTGGGTTCGGTGCCGCTAACATTCGCAGCCGGAATCTCA
GTACAAGATCCTCTCAGATAAACGATGCCGGGTCGATTGATCAAACTCTTATGCAATCCA
TGGAGCAAAAGATCAAAGAACAATTGAATGCAGAGTCGGTTTCTGTCAAGGATATGTCTG
GAGATGGTCGCCACGTTTGCATCAATGTCGTATCGTCCGCTTTTGAGGGACAATCTGCAG
TGAACAGACAGAGAATGGTCTACAAAGCCATTTGGGAGGAGCTTCAGAACGTAGTTCATG
CCGTTGATCAGATGACGACAAAGACTCCTTCCGAAGTTTGAAGCCTCTTAAGTTTTTTTT
AACGACACGAAGCCAAATCTATTATTTCAACAGCGGGCAAAGCTGTTT
TGTTTT

QA 2 589 2 589
DS 

RD RR3GU70JQ 493 0 0
TCGATTTACCGCAGCGGAGTTTTCAGGGCTTCTGGGTTCGGTGCCGCTAACATTCGCAGC
CGGAATCTCAGTACAAGATCCTCTCAGATAAACGATGCCGGGTCGATTGATCAAACTCTT
ATGCAATCCATGGAGCAAAAGATCAAAGAACAATTGAATGCAGAGTCGGTTTCTGTCAAG
GATATGTCTGGAGATGGTCGCCACGTTTGCATCAATGTCGTATCGTCCGCTTTTGAGGGA
CAATCTGCAGTGAACAGACAGAGAATGGTCTACAAAGCCATTTGGGAGGAGCTTCAGAAC
GTAGTTCATGCCGTTGATCAGATGACGACAAAGACTCCTTCCGAAGTTTGAAGCCTCTTA
AGTTTTTTTTAACGACACGAAGCCAAATCTATTATTTCAACAGCGGGCAAAGCTGTTTTG
TTTTATCAAAAA*CAAATTTGGATGTTTATTTTTGTTGTTGATGTTGGTGTGTTATCCCG
ACTATGTGACATC

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR3BS78JQ 435 0 0
TTGC
CAGCCGGAATCTCAGTACAAGATCCTTTCAGATAAACGATGCCGGGTCGATTGATCAAAC
TCTTATGCAATCCATGGAGCAAAAGATCAAAGAACAATTGAATGCAGAGTCGGTTTCTGT
CAAGGATATGTCTGGAGATGGTCGCCACGTTTGCATCAATGTCGTATCGTCCGCTTTTGA
GGGACAATCTGCAGTGAACAGACAGAGAATGGTCTACAAAGCCATTTGGGAGGAGCTTCA
GAACGTAGTTCATGCCGTTGATCATATGACGACAAAGACTCCTTCCGAAGTTTGAAGCCT
CTTAAGTTTTTTTTAACGACACGAAGCCAAATCTATTATTTCAACAGCGGGCAAAGCTGT
TTTGTTTTATCAAAAAACAAATTTGGATGTTTATTTTTGTTGTTGATGTTGGTGTGTTAT
CCCGACTATGT

QA 5 435 5 435
DS 



AS 2 6

CO CL1535Contig1 708 4 5 U
GGGATGATTTTATTCCATACCTTCATTCTCTCTCTCACTCAGGAGTAAAGCTTGCTCGCT
CGCTTGAAACATGGCCTCTCGTATTGCTAAAGATGTTACCGAATTGATTGGGAACAGAAC
CCTAACGTTAAGCTGTATGGTCGTGGAGCCAATTGAAAGTGCTATTCTCTCCGGTGGGAA
GCCAGGCCCTCACAAGATTCAAGGGATAGGTGCTGGTTTTATACCAAGTGTGTTGGAAGT
TGATCTTATAGATGAAGTTGTTCAAGTTTCAAGTGATGAATCCATCGACATGGCAAGGCT
TCTTGCTCTTAAAGAAGGTCTTCTTGTGGGAATATCATCTGATGCAGCAGCAGCCGCAGC
AATCAAACTTGCAAAGAGGCCAGAAAAATGCCGGGAAGCTTTTCGTGGCGGTGTTCCCAA
GTTTTGGGGAGAGGTACCTGTCCACTGTACTATTCGATGCCACAAGGAAAGAAGCAGAAT
CAATGACCTTCGAGGCTTGAATTTGTCTCACCTGAAAATTGCTCTGTTTCTTTTCATTAA
AGACCCCAAAAATAAAAAAAAGAGAGATGTTCAGTTTTCTCATGATGAGAATCTTCATCT
TCATCTTCAGTGCGTCTTTGTGTTTGTGTTTCTGTATCTTTCTTTTGTGTGAGAATAATA
AAAATCAATCTAGATTTTCTCTGATTTTCTCTTTTGAAGAACACATTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GF63JQ C 184
AF RR3B563JQ C 1
AF RR3GF63TF U 184
AF RR3B563TF U 1
BS 1 184 RR3B563TF
BS 185 341 RR3GF63TF
BS 342 342 RR3B563TF
BS 343 678 RR3GF63TF
BS 679 708 RR3B563TF

RD RR3GF63JQ 465 0 0
G
GGCCCTCACAAGATTCAAGGGATAGGTGCTGGTTTTATACCAAGTGTGTTGGAAGTTGAT
CTTATAGATGAAGTTGTTCAAGTTTCAAGTGATGAATCCATCGACATGGCAAGGCTTCTT
GCTCTTAAAGAAGGTCTTCTTGTGGGAATATCATCTGGTGCAGCAGCAGCCGCAGCAATC
AAACTTGCAAAGAGGCCAGAAAAATGCCGGGAAGCTTTTCGTGGCGGTGTTCCCAAGTTT
TGGGGAGAGGTACCTGTCCACTGTACTATTCGATGCCACAAGGAAAGAAGCAGAATCAAT
GACCTTCGAGGCTTGAATTTGTCTCACCTGAAAATTGCTCTGTTTCTTTTCATTAAAGAC
CCCAAAAATAAAAAAAAGAGAGATGTTCAGTTTTCTCATGATGAGAATCTTCATCTTCAT
CTTCAGTGCGTCTTTGTGTTTGTGTTTCTGTATCTTTCTTTTGT

QA 2 465 2 465
DS 

RD RR3B563JQ 708 0 0
GGGATGATTTTATTCCATACCTTCATTCTCTCTCTCACTCAGGAGTAAAGCTTGCTCGCT
CGCTTGAAACATGGCCTCTCGTATTGCTAAAGATGTTACCGAATTGATTGGGAACAGAAC
CCTAACGTTAAGCTGTATGGTCGTGGAGCCAATTGAAAGTGCTATTCTCTCCGGTGGGAA
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G
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CTTATAGATGAAGTTGTTCAAGTTTCAAGTGATGAATCCATCGACATGGCAAGGCTTCTT
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TGGGGAGAGGTACCTGTCCACTGTACTATTCGATGCCACAAGGAAAGAAGCAGAATCAAT
GACCTTCGAGGCTTGAATTTGTCTCACCTGAAAATTGCTCTGTTTCTTTTCATTAAAGAC
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TCAATCTAGATTTT
CTCTG

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DS 

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CGCTTGAAACATGGCCTCTCGTATTGCTAAAGATGTTACCGAATTGATTGGGAACAGAAC
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TGATCTTATAGATGAAGTTGTTCAAGTTTCAAGTGATGAATCCATCGACATGGCAAGGCT
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AATCAAACTTGCAAAGAGGCCAGAAAA*TGCCGGGAAGCTTTTCGTGGCGGTGTTCCCAA
GTTTTGGGGAGAGGTACCTGTCCACTGTACTATTCGATGCCACAAGGAAAGAAGCAGAAT
CAATGACCTTCGAGGCTTGAATTTGTCTCACCTGAAAATTGCTCTGTTTCTTTTCATTAA
AGACCCCAAAAATAAAAAAAAGAGAGATGTTCAGTTTTCTCATGATGAGAATCTTCATCT
TCATCTTCAGTGCGTCTTTGTGTTTGTGTTTCTGTATCTTTCTTTTGTGTGAGAATAATA
AAAATCAATCTAGATTTTCTCTGATTTTCTCTTTTGAAGAACACATTG

QA 1 708 1 708
DS 



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CAAAAAAAATCTAGATTGATTTTTATTATTCTCACCCAAAAGAAAGATACAGAAACACAA
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GACAGGTACCTCTCCCCAAAACTTGGGAACACCGCCACGAAAAGCTTCCCGGCATTTTCT
GGCCTCTTTGCAAGTTTGATTGCTGCGGCTGCTGCACCAAATGATATTCCCACAAAAAAA
CCTTCTTTAAAAGCAAGAAGCCTTGCCATGTCGATGGATTCATCACTTGAAACTTGAACA
ACTTCATCAATAAAATCAACCTCCAACACACTTGGTATAAAACCAGCACCTATCCCTTGA
ATCTTGTGAGGGCCTGGCTTCCCACCGGATAGAATAGCACTTTCAATTGGCTCCACACCA
TACAGCTTAACGTTAGGGTTCTGTTCCTTGAGATACTTCCCTGCACCTGTGATGGTACCA
CCAGTACCAATCCCAGAGACAAATCCATCGATTTTTCCACCGGTGCCTTTCCATATCTCA
GGTCCAGTAGTCTCATAGTGTATCTTTGGGTTGGCAGGGTTCTCAAACTGTTGGAGCATG
TAACCGTTAGGTGTTTTGGCCAAAATCTCTTCAGCTTTGGCGATAGCGCCTTTCATGCCC
TTAGCAGGGTCAGTTAAGATCAACTCAACACCAAAAGCTAAGAGAATGATCCTCCTCTCT
ACACTCATCGAAGCTGGCATTGTAATGATAAGCTTGTAGCCCTTGGCAGCAGCCGTGAAG
GCTAACCCAACTCCGGTGTTTCCACTCGTTGGCTCAATCAGCACACTCTCTCCTGGTTTA
ATCAGACCCTTTTTCTCTGCATCAGAAATCATGCTAAAACCAATCCTGTCTTTGACACTG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI95JQ U 1
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GGCCTCTTTGCAAGTTTGATTGCTGCGGCTGCTGCACCAAATGATATTCCCACAAAAAAA
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ATCTTGTGAGGGCCTGGCTTCCCACCG

QA 1 507 1 507
DS 

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TCCTTGAGATACTTCCCTGCACCTGTGATGGTACCACCAGTACCAATCCCAGAGACAAAT
CCATCGATTTTTCCACCGGTGCCTTTCCATATCTCAGGTCCAGTAGTCTCATAGTGTATC
TTTGGGTTGGCAGGGTTCTCAAACTGTTGGAGCATGTAACCGTTAGGTGTTTTGGCCAAA
ATCTCTTCAGCTTTGGCGATAGCGCCTTTCATGCCCTTAGCAGGGTCAGTTAAGATCAAC
TCAACACCAAAAGCTAAGAGAATGATCCTCCTCTCTACACTCATCGAAGCTGGCATTGTA
ATGATAAGCTTGTAGCCCTTGGCAGCAGCCGTGAAGGCTAACCCAACTCCGGTGTTTCCA
CTCGTTGGCTCAATCAGCACACTCTCTCCTGGTTTAATCAGACCCTTTTTCTCTGCATCA
GAAATCATGCTAAAACCAATCCTGTCTTTGACACTGGAGCAAGGTTCCATCATCTCGAGC
TTAGCGGCGACACGACCAACACATCCTTCAGCCACATTGTTCAGATAAACCAAAGGGGTG
TTCCCAATCAATTCGGTAACATCTTTAGCAATACGAGAAGCCATGATTCAAGCAAGCAAG
TTTCACTCCTGAGTGAGAGAGAGAATGAACGTCC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 5

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ATCATGATAAAAAAAACAATTGTCAGAATACATAAATATTCCACTTACTGATGGATCAAG
CATAGTTTTGCTTCTTTTTCATATACATCAAAAACGAACCAAAAGATAGCAAACTAATAT
GATAATGAGACTACATCACCAAATTAGACAGACTTGGGAAAATGTGGGGACAAGAGCTTT
GCGATCTCTGTGAATCCAACTGTGTCTTTGTCACCGAAGATTGTCTTCAACTTATCGTCG
CATATGATCTGCTTCCTATTTTCTGGATTCTGGAGGTTGTTTCCCTTGATATGCTCCCAC
ACTTTCTTCACGGCGGTGGCACGAGAGAGCTCGCTTTCTCCGGCGAAGCTAGCCAGCGTC
TGTGAGACCGGAACTGTCTTGAGTATCCCTTTTCCTTCTTTACCAGCTCCACCGCTTGCT
GCCGCCGCCGCC***GCATTATTCGCCGCCTTTGCCATCAGTGTCCTGCATCCTCCGAAA
ACCCTAGAAACTGCCGACATGTCTTCTTCTTTT***TTTCCGAGAAGAGAAACAACTAAA
ACCCTAGAACCTACGAAACTTTTCC


BQ
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35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D034JQ U 88
AF RR3CE69JQ U 1
AF RR3CE69TF C 1
AF RR3F790JQ U 13
AF RR3F790TF C 51
BS 1 612 RR3CE69JQ
BS 613 625 RR3F790JQ

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TCTTTT***CTTTTT
TTTTTTTTTTTTTG

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GCGATCTCTGTGAATCCAACTGTGTCTTTGTCACCGAAGATTGTCTTCAACTTATCGTCG
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ATCATGATAAAAAAAACAATTGTCAGAATACATAAATATTCCACTTACTGATGGATCAAG
CATAGTTTTGCTTCTTTTTCATATACATCAAAAACGAACCAAAAGATAGCAAACTAATAT
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GCGATCTCTGTGAATCCAACTGTGTCTTTGTCACCGAAGATTGTCTTCAACTTATCGTCG
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GCCGCCGCCGCC***GCATTATTCGCCGCCTTTGCCATCAGTGTCCTGCATCCTCCGAAA
ACCCTAGAAACTGCCGACATGTCTTCTTCTTTT***TTTCCGAGAAGAGAAACAACTAAA
ACCCTAGAACCT
CC

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AAA*CAATTGTCAGAATACATAAATATTCCACTTACTGATGGATCAAGCATAGTTTTGCT
TCTTTTTCATATACATCAAAAACGAACCAAAAGATAGCAAACTAATATGATAATGAGACT
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GCCGCATTATTCGCCGCCTTTGCCATCAGTGTCCTGCATCCTCCGAAAACCCTAGAAACT
GCCGACATGTCTTCTTCTTTTCTTTTTCCGAGAAGAGAAACAACTAAAACCCTAGAACCT
ACGAAACTTTTCC

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DS 

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CTTATCGTCGCATATGATCTGCTTCCTATTTTCTGGATTCTGGAGGTTGTTTCCCTTGAT
ATGCTCCCACACTTTCTTCACGGCGGTGGCACGAGATAGCTCGCTTTCTCCGGCGAAGCT
AGCCAGCGTCTGTGAGACCGGAACTGTCTTGAGTATCCCTTTTCCTTCTTTACCAGCTCC
ACCGCTTGCTGCCGCCGCCGCCGCCGCATTATTCGCCGCCTTTGCCATCAGTGTCCTGCA
TCCTCCGAAAACCCTAGAAACTGCCGACATGTCTTCTTCTTTTCTTTTTCCGAGAAGAGA
AACAACTAAAACCCTAGAACCTACGAAACTTTTCC

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DS 



AS 1 6

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CTCTGGACTCCATCCCTTTGAGATACTCGATCAAGATTCGCTGCTCGTATGAACCTCCTT
CAGTTCGAATAAGCGTGCGCTCAACTCGTTTCTTTATAACAGCAGATAGCTCATCAGGTG
TTACTTCACCTTTCCCGAGTGTTAACCCTTCTAAGAAAAGCTTGTTCCACTGTTCCTCAG
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CCGCAAGCCCTGGTTTGTCTTTATCTTCTTTTGCCTGCCGTAGCTGAGCACTAACTTGTG
AAAGAAACCCTTCGTCTAATTGCCCTTCTTTTTCCCGTTGTATCATTTCCTTTTCCATTT
GATTGATGGCTTGAGGTTCTCTGGGAGGCCATGAGATTTCTTCAACTCCTTCCACAACGG
GTCTTAATATCGCTTTCAGAACATCAGTAGACGACTCTATCTTCTCCTGAGTCATATTAA
CAACGCAGTCAACTATGGTCATCACAGTTGCAGCTAACTCCTCATAGTCCTTCTTGTCAT
CATCTGATATGCAAGTATCCGACCTGGCAGCTAGTCTAAGCCAAAAAACTTCATCAA*GG
CAAGGATGTTTTCAACAACAAGCTTCTCAAGTTCTCTAGGGTTAGCATCTTTAAGAGCAT
CTATCATCATATCGAGTTCAACAGTCTTCTTAAACGCTCCTTCTGCAGCTCCCCCCTTGA
CTGCACACATCAAATGTCTCCTTCGCTTCAAATCAACTCCAGAAAGCAGAGAAATGTTAC
ACAGACTCGAAGATACTAAAACCCTAGAACCCAATCTCCAACGCGAACCACTCTGCGAGC
GTTGATGATGATAATGATGATGAGAATCGTAAGAGGATAAGCATTGAACAGAGGATATTG
CCGCCATTGAAGTGAAGTGAAAGCTCTCTCTCACGACCGTTCAAACTCTCGGTTACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3D774JQ U 1
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CAACGCA

QA 1 727 1 727
DS 

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G
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CAGCTAGTCTAAGC

QA 2 795 2 795
DS 

RD RR3AN18JQ 939 0 0
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AGTTTATGAATTGATTTTTATATAAACTTGGAAGAATAAAATATAAATTTGGAATTGATA
TTTAACCCTGAAGTAATTTCATAACATCATTTGCTCTGGACTCCATCCCTTTGAGATACT
CGATCAAGATTCGCTGCTCGTATGAACCTCCTTCAGTTCGAATCAGCGTGCGCTCAACCC
GTTTCTTTATAACAGCAGATAGCTCATCAGGTGTTACTTCACCCTTCCCGAGTGTTAGCC
CTTCTAAGAAAAGCTTGTTCCATTGTTCCTCAGGAGCTTTGATCAGAGTTTCCAGAAACT
GCTCTGCCTTTACAACTTCGTTCCCTTTCTTTGCGTAGCTACGCTTGGAGAGGACCGTAG
CAGCATAGAGTTGTAGAACTTTCTGGAGCATGGCCGCAAGCCCTGGTTTGTCTTTATCTT
CTTTTGCCTGCCGTAGCTGAGCACTAACTTGTGAAAGAAACCCTTCGTCTAGTTGCCCTT
GTTTTTCCCGTTGTATCATTTCCTTTTCCATTTGATTGATGGCATGAGGATCTCTGGGAG
GCCATGAGATTTCTTCAACTCCTTCCACAACGGGTCTTAATATCGCTTTCAGAACATCAG
TAGACGACTCTATCTTCTCCTGAGTCATATTAACAACGCAGTCAACTATGGTCATCACAG
TTGCAGCTAACTCCTCATAGTCCTTCTTGTCATCATCTGATATGCAAGTATCCGACCTGG
CAGCTAGTCTAAGCCAAAAAACTTCATCAA*GGCAAGGATGTTTTCAACAACAAGCTTCT
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TCTTAAACGCTCCTTCTGCAGCTCCCCCCTTGACTGCAC

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DS 

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AGGTTCTCTGGGAGGCCATGAGATTTCTTCAACTCCTTCCACAACGGGTCTTAATATCGC
TTTCAGAACATCAGTAGACGACTCTATCTTCTCCTGAGTCATATTAACAACGCAGTCAAC
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AGTATCCGACCTGGCAGCTAGTCTAAGCCAAAAAACTTCATCAAAGGCAAGGATGTTTTC
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GAGTTCAACAGTCTTCTTAAACGCTCCTTCTGCACCTCCTCCCTTCACTGCACACATCAA
ATGTCTCCTTCGCTTCAAATCAACTCCAGAAAGCAGAGAAATGTTACACAGACTCGAAGA
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GAGGTGAAAGCTCTCTCTCACGACCGTTCAAACTCTCGGTTACTCC

QA 1 706 1 706
DS 

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TCATTTCCTTTTCCATTTGATTGATGGCATGAGGATCTCTGGGAGGCCATGAGATTTCTT
CAACTCCTTCCACAACGGGTCTTAATATCGCTTTCAGAACATCAGTAGACGACTCTATCT
TCTCCTGAGTCATATTAACAACGCAGTCAACTATGGTCATCACAGTTGCAGCTAACTCCT
CATAGTCCTTCTTGTCATCATCTGATATGCAAGTATCCGACCTGGCAGCTAGTCTAAGCC
AAAAAACTTCATCAA*GGCAAGGATGTTTTCAACAACAAGCTTCTCAAGTTCTCTAGGGT
TAGCATCTTTAAGAGCATCTATCATCATATCGAGTTCAACAGTCTTCTTAAACGCTCCTT
CTGCAGCTCCCCCCTTGACTGCACACATCAAATGTCTCCTTCGCTTCAGATAAACTCCAG
AAAGCAGAGAAATCTTACACAGACTCGAAGATACTAAAACCCTAGAACCCAATCTCCAAC
GCGAACCACTCTGAGAGCGTTGATGATGATAATGATGATGAGAATCGTAAGAGGATAAGC
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AAACTCTCGGTTAC
CC

QA 1 674 1 674
DS 

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G
CGTAGCTGAGCACTAACTTGTGAAAGAAACC*TTCGTCTAATTGCCCTTCTTTTTCCCGT
TGTATCATTTCCTTTTCCATTTGATTGATGGCTTGAGGTTCTCTGGGAGGCCATGAGATT
CCTTCAACTCCTTCCACAACGGGTCTTAATATCGCTTTCAGAACATCAGTAGACGACTCT
ATCTTCTCCTGAGTCATATTAACAACGCAGTCAACTATGGTCATCACAGTTGCAGCTAAC
TCCTCATAGTCCTTCTTGTCATCATCTGATATGCAAGTATCCGACCTGGCAGCTAGTCTA
AGCCAAAAAACTTCATCAAAGGCAAGGATGTTTTCAACGACAAGCTTCTCAAGTTCTCTA
GGGTTAGCATCTTTAAGGGCATCTATCATCTGATCGAGTTCAACAGTCTTCTTAAACGCT
CCTTCTGCACCTCCTCCCTTCACTGCACACATCAAATGTCTCCTTCGCTTCAAATCAACT
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CAACGCGAACCACTCTGCGAGCGTTGATGATGATAATGATGATGAGAATCGTAAGAGGAT
AAGCATTGAACAGAGGATATTGCCGCCATTGAAGTGAAGTGAAAGCTCTCTC
CC

QA 2 653 2 653
DS 



AS 2 6

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GTTTAGGGTTTCTCAGGTTCACATGGAGACTCTATGGACTCTTTTGTATCTGCTGGAACC
TGCTCCAGCTACTCTCATTCTCACAGCTGTCACCGTCACATTCGCATCTGCCTTCCGTGC
ACTTAACTACTCCAAAGAGATGGAGAGAAACCGTGACTTCTCCGAAGCTTCCATTACACT
AGACACCTCTCAAGCCTTGATGATCCCTGTCATGAGCTCTTGCAGTTTGCTTCTCATGTT
CTATCTCTTCTCTTCCGTTTCTCAGCTCCTCACCGCCTTCACAGCCATCGCCTCCGTCTC
ATCTCTCTTCTTCTGGCTCTCGCCCTACGCCTTGTACGTCAAGTCCCAGCTTGGCTCTCT
GATCCTTTTCTTTCACGCTGCGGCTCTAAGTCGTTCACTAGGATCCAGGGACTGCTTCTT
GTGGCTTGTGCTGTCACGGTAGTGGCGTGGCTCGTCTCTGGTCATTGGGTGTTGAACAAC
TTGCTTGGGATCTCTATCTGTATTGCCTTCGTCAGCCATGTGCGTCTTCCTAACATCAAG
ACATGTGCTATGCTGCTCCTGTGTCTCTTTGTGTATGACATATTCTGGGTCTTCTTCTCA
GAGAGATTCTTTGGTGCTAACGTTATGGTGACCGTGGCAACCCAGCAAGCGTCAAACCCA
GTTCATACGGTAGCCAACAGTTTGAATCTTCCTGGATTGGAGTTGATCACAAAGAAACTT
GAACTGCCTGTTAAAATAGTGTTTCCGAGGAACCTATTGGGTGGTGTGGTGCCTGGTGTG
AATGCCTCAGATTTCATGATGCTTGGTCTTGGTGACATGGCTATTCCTGCAATGCTTTTG
GCTTTGATCCTCTGCTTTGACCATAGGAAAAGTAGAGATGTTGTGAATCTTTCTAATCTT
AAATCTTCCAAGGGGCACAGGTACATATGGTATGCACTTCCTGGGTACGCCATTGGCTTG
GTCTCGGCTCTAGCTGCAGGTGTCTTGACCCACTCACCGCAGCCAGCTCTGCTTTATCTG
GTACCATCTACGCTAGGACCGGTGATCTTCATGTCATGGCGGAGAAAGGATCTTGCGGAG
CTGTGGGAAGGATCAGCATTGTCCAATCCCACTGAAAAATCTCATGACATAGAGATCTGA
GTTTATTATATCAGTCTAAGATCTTAGCTCAGAAACATAAAAACAAAACCACAAAGACGT
TTAGTAGGAAAGATATCAGATCAGGTGTCTTGTATTCTCAAGTAAAAAAACAGAAGTATA
TCTCATTTTATTGCATTATATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EW85TF U 1
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BS 1 745 RR3EW85TF
BS 746 746 RR3EW85JQ
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RD RR3EW85TF 763 0 0
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CTATCTCTTCTCTTCCGTTTCTCAGCTCCTCACCGCCTTCACAGCCATCGCCTCCGTCTC
ATCTCTCTTCTTCTGGCTCTCGCCCTACGCCTTGTACGTCAAGTCCCAGCTTGGCTCTCT
GATCCTTTTCTTTCACGCTGCGGCTCTAAGTCGTTCACTAGGATCCAGGGACTGCTTCTT
GTGGCTTGTGCTGTCACGGTAGTGGCGTGGCTCGTCTCTGGTCATTGGGTGTTGAACAAC
TTGCTTGGGATCTCTATCTGTATTGCCTTCGTCAGCCATGTGCGTCTTCCTAACATCAAG
ACATGTGCTATGCTGCTCCTGTGTCTCTTTGTGTATGACATATTCTGGGTCTTCTTCTCA
GAGAGATTCTTTGGTGCTAACGTTATGGTGACCGTGGCAACCCAGCAAGCGTCAAACCCA
GTTCATACGGTAGCCAACAGTTTGA*TCTTCCTGGATTGGAGT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3EW85JQ 722 0 0
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TTATGGTGACCGTGGCAACCCAGCAAGCGTCAAACCCAGTTCATACGGTAGCCAACAGTT
TGAATCTTCCTGGATTGGAGTTGATCACAAAGAAACTTGAACTGCCTGTTAAAATAGTGT
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TTGGTCTTGGTGACATGGCTATTCCTGCAATGCTTTTGGCTTTGATCCTCTGCTTTGACC
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ACATATGGTATGCACTTCCTGGGTACGCCATTGGCTTGGTCTCGGCTCTAGCTGCAGGTG
TCTTGACCCACTCACCGCAGCCAGCTCTGCTTTATCTGGTACCATCTACGCTAGGACCGG
TGATCTTCATGTCATGGCGGAGAAAGGATCTTGCGGAGCTGTGGGAAGGATCAGCATTGT
CCAATCCCACTGAAAAATCTCATGACATAGAGATCTGAGTTTATTATATCAGTCTAAGAT
CTTAGCTCAGAAACATAAAAACAAAACCACAAAGACGTTTAGTAGGAAAGATATCAGATC
AGGTGTCTTGTATTCTCAAGTAAAAAAACAGAAGTATATCTCATTTTATTGCATTATATA
CC

QA 1 722 1 722
DS 



CO CL1538Contig2 1330 4 7 U
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AGACTCTATGGACACTTTTGTATCTGCTAGAACCTGCTCCAGCTACTCTCATCCTCACAG
CTGTCACCGTCACATTCGCATCTGCCTTCCGTGCACTCAACTACTCCAAAGATATGGAGA
GAAACCGTGACTTCTCCGAAGCTTCCATCACACTAGACACCTCTCAAGCCTTGATGATCC
CTGTCATGAGCTCTTGCAGTTTGCTTCTCATGTTCTACCTCTTCTCTTCCGTCTCTCAGC
TCCTCACCGCCTTCACAGCCGTCGCCTCCGTCTCATCTCTCTTCTTTTGGCTCTCGCCCT
ACGCCTTGTACGTCAAGTCCCAGCTTGGCCTCTCTGATCCTTCTCTTTCACGCTGCTGCT
CTAAGTCGTTCACTAGAGTCCAAGGACTGCTGCTTGTGGCTTGTGCAGTCACGGTAGTGG
CGTGGCTTGTCTCTGGTCATTGGGTGTTGAACAACTTGCTTGGGATCTCTATCTGCATTG
CTTTCGTCAGCCATGTTCGTCTTCCTAATATCAAGACATGTGCTATGCTCCTCTTGTGTC
TCTTTGTGTATGACATATTCTGGGTCTTCTTCTCCGAGAGATTCTTTGGTGCTAACGTTA
TGGTGACCGTGGCAACTCAGCAAGCGTCGAACCCGGTTCATACGGTAGCCAACAGTTTGA
ATCTTCCTGGACTGGAGTTGATCACAAAGAAACTTGAGCTGCCTGTTAAAATAGTGTTTC
CGAGGAACCTATTGGGCGGTGTGGTGCCTGGTGTGAATGCCTCAGATTTCATGATGCTTG
GTCTTGGTGACATGGCTATTCCTGCAATGCTTTTGGCTTTGATACTCTGCTTTGACCATA
GGAAAACAAGAGATGTTGTGAATCTTTTGGATCTTAAATCTTCCAAGGGGCACAAGTACA
TATGGTATGCACTTCCTGGGTACGCCATTGGCTTGGTCTCGGCTCTAGCTGCAGGTGTCT
TGACACACTCACCGCAGCCAGCTCTGCTTTATCTGGTACCATCTACGTTAGGACCGGTGA
TCTTCATGTCATGGCGGAGAAAGGATCTTGCGGAGCTGTGGGAAGGATCAGCATTGTCCA
ATCCCATTGAAAAATCTCATGAAATAGAGATCTGAGTTTATTATATCAATCGAAGATTTT
AGCTCAGAAACGTATAAACAAAACCACAAAGACGTTTAGTAGGGAAGATATCAGATCAGG
TGTCTTGTATTCTCAAGTAAAAAACAGAAGTATATCTCATTTTATTGCATTATATACCCA
CAGACTTCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3GJ50TF U 1
AF RR3DA27TF U 278
AF RR3GJ50JQ C 595
AF RR3DA27JQ C 932
BS 1 586 RR3GJ50TF
BS 587 587 RR3DA27TF
BS 588 673 RR3GJ50TF
BS 674 901 RR3DA27TF
BS 902 902 RR3GJ50JQ
BS 903 993 RR3DA27TF
BS 994 1330 RR3GJ50JQ

RD RR3GJ50TF 673 0 0
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AGACTCTATGGACACTTTTGTATCTGCTAGAACCTGCTCCAGCTACTCTCATCCTCACAG
CTGTCACCGTCACATTCGCATCTGCCTTCCGTGCACTCAACTACTCCAAAGATATGGAGA
GAAACCGTGACTTCTCCGAAGCTTCCATCACACTAGACACCTCTCAAGCCTTGATGATCC
CTGTCATGAGCTCTTGCAGTTTGCTTCTCATGTTCTACCTCTTCTCTTCCGTCTCTCAGC
TCCTCACCGCCTTCACAGCCGTCGCCTCCGTCTCATCTCTCTTCTTTTGGCTCTCGCCCT
ACGCCTTGTACGTCAAGTCCCAGCTTGGCCTCTCTGATCCTTCTCTTTCACGCTGCTGCT
CTAAGTCGTTCACTAGAGTCCAAGGACTGCTGCTTGTGGCTTGTGCAGTCACGGTAGTGG
CGTGGCTTGTCTCTGGTCATTGGGTGTTGAACAACTTGCTTGGGATCTCTATCTGCATTG
CTTTCGTCAGCCATGTTCGTCTTCCTAATATCAAGACATGTGCTATTCTCCTCTTGTGTC
TCTTTGTGTATGACATATTCTGGGTCTTCTTCTCCGAGAGATTCTTTGGTGCTAACGTTA
TGGTGACCGTGGC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3DA27TF 717 0 0
G
CTCTTCTCTTCCGTCTCTCAGCTCCTCACCGCCTTCACAGCCGTCGCCTCCGTCTCATCT
CTCTTCTTTTGGCTCTCGCCCTACGCCTTGTACGTCAAGTCCCAGCTTGGCCTCTCTGAT
CCTTTTCTTTCACGCTGCTGCTCTAAGTCGTTCACTAGAGTCCAAGGACTGCTGCTTGTG
GCTTGTGCAGTCACGGTAGTGGCGTGGCTTGTCTCTGGTCATTGGGTGTTGAACAACTTG
CTTGGGATCTCTATCTGCATTGCTTTCGTCAGCCATGTTCGTCTTCCTAATATCAAGACA
TGTGCTATGCTCCTCTTGTGTCTCTTTGTGTATGACATATTCTGGGTCTTCTTCTCCGAG
AGATTCTTTGGTGCTAACGTTATGGTGACCGTGGCAACTCAGCAAGCGTCGAACCCGGTT
CATACGGTAGCCAACAGTTTGAATCTTCCTGGACTGGAGTTGATCACAAAGAAACTTGAG
CTGCCTGTTAAAATAGTGTTTCCGAGGAACCTATTGGGCGGTGTGGTGCCTGGTGTGAAT
GCCTCAGATTTCATGATGCTTGGTCTTGGTGACATGGCTATTCCTGCAATGCTTTTGGCT
TTGATACTCTGCTTTGACCATAG*AAAACAAGAGATGTTGTGAATCTTTTGGATCTTAAA
TCTTCCAAGGGGCACAAGTACATATGGTATGCACTTCCTGGGTACGCCATTGGCT
G

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DS 

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ACGTTATGGTGACCGTGGCAACTCAGCAAGCGTCGAACCCGGTTCATACGGTAGCCAACA
GTTTGAATCTTCCTGGACTGGAGTTGATCACAAAGAAACTTGAGCTGCCTGTTAAAATAG
TGTTTCCGAGGAACCTATTGGGCGGTGTGGTGCCTGGTGTGAATGCCTCAGATTTCATGA
TGCTTGGTCTTGGTGACATGGCTATTCCTGCAATGCTTTTGGCTTTGATACTCTGCTTTG
ACCATAGGAAAACAAGAGATGTTGTGAATCTTTTGGATCTTAAATCTTCCAAGGGGCACA
AGTACATATGGTATGCACTTCCTGGGTACGCCATTGGCTTGGTCTCGGCTCTAGCTGCAG
GTGTCTTGACACACTCACCGCAGCCAGCTCTGCTTTATCTGGTACCATCTACGTTAGGAC
CGGTGATCTTCATGTCATGGCGGAGAAAGGATCTTGCGGAGCTGTGGGAAGGATCAGCAT
TGTCCAATCCCATTGAAAAATCTCATGAAATAGAGATCTGAGTTTATTATATCAATCGAA
GATTTTAGCTCAGAAACGTATAAACAAAACCACAAAGACGTTTAGTAGGGAAGATATCAG
ATCAGGTGTCTTGTATTCTCAAGTAAAAAACAGAAGTATATCTCATTTTATTGCATTATA
TACCCACAGACTTCCG

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3DA27JQ 398 0 0
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CTTGGTTTCGGCTCTAGCTGCAGGTGTCTTGACACACTCACCGCAGCCAGTTTTGCTTTA
TCTGGTCCCATCTACGTTAGGACCGGTGATCTTCATGTCATGGCGGAGAAAGGATCTTGC
GGAGCTGTGGGAAGGATCAGCATTGTCCAATCCCATTGAAAAATCTCATGAAATAGAGAT
CTGAGTTTATTATATCAATCGAAGATTTTAGCTCAGAAACGTATAAACAAAACCACAAAG
ACGTTTAGTAGGGAAGATATCAGATCAGGTGTCTTGTATTCTCAAGTAAAAAACAGAAGT
ATATCTCATTTTATTGCATTATATACCCACAGACTTCC

QA 1 398 1 398
DS 



AS 2 5

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CTTCCTCCTCATCCTTCTCCTCTGCCTTTCTCTTCTCTTTCTTCTTTTTCTTCTCAAAGG
CCTCCACCACTTTCTCTTCTCCCTCATCTTTCTTGTCAAGATTCTCCATCACTTCTTTCA
TTACATCCACATTCTTACGTGGGGCAACACCTTTGTCATAAAATTCTAGTCGTTCCTCTA
CTTGTTCCCTAAGTTTCTCACCAAAAGCCGTAGTGCTGCTATCAGCGAAACAAAAATCCG
GGAAGCAATGGAACACTTGTTTGCCAGGTAACGAGCAATACGTCCCTTGTTTTTAGCAGC
CGCGCGTCCAATGAACGAAGAATGGAATATAAGACCGTACTTGGGCGTGTTCCCACGCGT
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CTTGGCGAGATTCGTCAGGCTCCCAGCATGTGAGATCAGCCTTGCACCAACCATATCTCC
GATCAATGCCGCCAAGTTTG


BQ
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AF RR3B556JQ U 1
AF RR3B556TF C 1
AF RR3BS80JQ U 22
BS 1 287 RR3B556JQ
BS 288 740 RR3BS80JQ

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TCGTTTCCTCTTCAACTACTTTGCTTTTCTTCTTTTTCTTTGATTTCACCTCTTCTTCTA
CTTCCTCCTCATCCTTCTCCTCTGCCTTTCTCTTCTCTTTCTTCTTT
C

QA 1 287 1 287
DS 

RD RR3B556TF 288 0 0
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CATCATCTTGTGACTTAGTTTTCTTCTTCTTTTTCTTCTTGCTGTGACCATTATCTGTTG
TCGTTTCCTCTTCAACTACTTTGCTTTTCTTCTTTTTCTTTGATTTCACCTCTTCTTCTA
CTTCCTCCTCATCCTTCTCCTCTGCCTTTCTCTTCTCTTTCTTCTTT
C

QA 1 287 1 287
DS 

RD RR3BS80JQ 719 0 0
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GCAACACTACAAAAAGAAAAAAACTTGTCATGGTCTATTCATCATCTTGTGACTTAGTTT
TCTTCTTCTTTTTCTTCTTGCTGTGACCATTATCTGTTGTCGTTTCCTCTTCAACTACTT
TGCTTTTCTTCTTTTTCTTTGATTTCACCTCTTCGTCTACTTCCTCCTCATCCTTCTCCT
CTGCCTTTCTCTTCTCTTTCTTCTTTTTCTTCTCAAAGGCCTCCACCACTTTCTCTTCTC
CCTCATCTTTCTTGTCAAGATTCTCCATCACTTCTTTCATTACATCCACATTCTTACGTG
GGGCAACACCTTTGTCATAAAATTCTAGTCGTTCCTCTACTTGTTCCCTAAGTTTCTCAC
CAAAAGCCGTAGTGCTGCTATCAGCGAAACAAAAATCCGGGAAGCAATGGAACACTTGTT
TGCCAGGTAACGAGCAATACGTCCCTTGTTTTTAGCAGCCGCGCGTCCAATGAACGAAGA
ATGGAATATAAGACCGTACTTGGGCGTGTTCCCACGCGTTTTAAGCGCCCTGAAAAGTGC
CTTCTCAGCACCAAGAATCTGGAGAGTTGAAGAGGGGCACTTGGCGAGATTCGTCAGGCT
CCCAGCATGTGAGATCAGCCTTGCACCAACCATATCTCCGATCAATGCCGCCAAGTTTG

QA 1 719 1 719
DS 



CO CL1539Contig2 470 2 2 U
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TGAGGAGGAAGTAGAAGAAGAGGTGAAATCAAAGAAAAAGAAGAAAAGCAAAGTAGTTGA
AGAGGAAACGACAACAGATAATGGTCACAGCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAAACTAAGTC
ACAAGATGATGAATAGACCATGACAGTTTTTTTCTTTTTGTAGTGTTGCAAGTTTTTTTA
TCTGTTTTTTTTCTTGACTTTATTTGCAACTTAAAACTCTTAGCAGCCATTATCAGATGT
TTTTAGACTAGTATTCTGTCTTAACAGAAGAAAAGTTAAATGATGGAATCTTTTGTTGAA
TATCTCGCAATTTGATTGCGGGTTCGGAATTTGAGTAGTTTGATTCGACC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DO22JQ C 1
AF RR3DO22TF U 1
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BS 2 470 RR3DO22TF

RD RR3DO22JQ 470 0 0
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DS 

RD RR3DO22TF 470 0 0
G
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GAGGAGGAAGTAGAAGAAGAGGTGAAATCAAAGAAAAAGAAGAAAAGCAAAGTAGTTGAA
GAGGAAACGACAACAGATAATGGTCACAGCAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAAACTAAGTCA
CAAGATGATGAATAGACCATGACAGTTTTTTTCTTTTTGTAGTGTTGCAAGTTTTTTTAT
CTGTTTTTTTTCTTGACTTTATTTGCAACTTAAAACTCTTAGCAGCCATTATCAGATGTT
TTTAGACTAGTATTCTGTCTTAACAGAAGAAAAGTTAAATGATGGAATCTTTTGTTGAAT
ATCTCGCAATTTGATTGCGGGTTCGGAATTTGAGTAGTTTGATTCGACC

QA 2 470 2 470
DS 



AS 2 6

CO CL1540Contig1 747 2 3 U
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CTGCCATGACCCAGTTGGCTGCTAAGCTACAAGTTTCATCATTGCACATTACCTTCCCGT
CTGGAGCTGAGTGGAACAGTTGAACGA


BQ
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AF RR3DG16TF U 1
AF RR3E170TF U 1
BS 1 524 RR3DG16TF
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TCAAAAGTCACTCCTACGGTGAATTTGTTTTTGATCACTCTTGG*CTGATGCATACCGAA
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QA 1 747 1 747
DS 

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A
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AGGGCCAACAGTCATTTCACTTTCAGTAGTTTCTTCGATCTCAGAGATAACACCATCTGA
ATGGGATGCTTGTGCCTTGGATTCTTCACAACCTCAAAGCTTTAATCCTTTTCTTATGCA
CGGTTTTCTCTCCAGTTTAGAAGACACTGGCTGTGCCACTCGGGAAACAGGTTGGATGCC
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CAAAAGTCACTCCTACGGTGAATTTGTTTTTGATCACTCTTGGGCTGATGCATACCGAAG
TTTTGGTGGAAGATATTATCCTAAGCTCCAGTCTTGTGTTCCTTTCACCCCTGTTACTGG
ACCTAGGATTCTCATCCGTGATACTCCTTTCAAAGACCAGGTTTTTGATGCTATTGTTTC
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QA 2 738 2 738
DS 



CO CL1540Contig2 1058 4 29 U
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TTGGGAGATGGAGTATTGCTTGTTCTTGCTGAAGAAAACGAAGAACCTGTTGCAGGAGCT
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3HA42TF U 92
AF RR3DT29TF U 1
AF RR3E170JQ C 317
AF RR3DT29JQ C 431
BS 1 178 RR3DT29TF
BS 179 179 RR3HA42TF
BS 180 265 RR3DT29TF
BS 266 266 RR3HA42TF
BS 267 284 RR3DT29TF
BS 285 285 RR3HA42TF
BS 286 342 RR3DT29TF
BS 343 343 RR3HA42TF
BS 344 419 RR3DT29TF
BS 420 420 RR3E170JQ
BS 421 632 RR3DT29TF
BS 633 701 RR3E170JQ
BS 702 702 RR3DT29JQ
BS 703 728 RR3E170JQ
BS 729 729 RR3DT29JQ
BS 730 864 RR3E170JQ
BS 865 865 RR3DT29JQ
BS 866 874 RR3E170JQ
BS 875 875 RR3DT29JQ
BS 876 932 RR3E170JQ
BS 933 933 RR3DT29JQ
BS 934 939 RR3E170JQ
BS 940 940 RR3DT29JQ
BS 941 1019 RR3E170JQ
BS 1020 1020 RR3DT29JQ
BS 1021 1025 RR3E170JQ
BS 1026 1026 RR3DT29JQ
BS 1027 1056 RR3E170JQ
BS 1057 1058 RR3DT29JQ

RD RR3HA42TF 315 0 0
TTTCACCCCTGTTACTGGACCTAGGATTCTCATCCGTGATACTCCTTTCAAAGACCAGGT
TTTTGATGCTATTGTTTCTGCCATGACCCAATTGGCTGCTAAGCTGCAAGTTTCATCTTT
GCATATTACCTTTCCGTCTGGAGCTGAGTGGAACAAGTTGAAGGAGAAAGGCTTCTCTCA
GAGGATTGGAATGCAGTACCACTGGAAGAATCGTGGCTATAAAAATTTCGATGAGTTCTT
GATGGATATGAAGCAAAGCAAAAGGAAAAACATCCCGGCAGGAACGCAAAAAGATTGGTA
CCCAAAACTTAAAAA

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR3DT29TF 632 0 0
GCTACGGTGAATTTGTTCTTGATCACTCTTGGGCTGATGCATACCGAAGCTTTGGTGGAA
GATATTATCCTAAGCTCCAGTCTTGCGTTCCTTTCACCCCTGTTACTGGACCTAGGATTC
TCATCCGTGATACTCCTTTCAAAGACCAGGTTTTTGATGCTATTGTTTCTGCCATGACTC
AATTGGCTACTAAGCTACAAGTTTCATCTTTGCACATTACCTTCCCGTCTGGAGCTGAGT
GGAACAAGTTGAAGGAGAAAGGCTTTTCTCAGAGGATTGGAATGTAGTACCACTGGAAGA
ATCGTGACTATAAAAATTTCGATGAGTTCTTGATGGATATGATGCAAAGCAAAAGGAAAA
ACATCC*GGCAGGAACGCAAAAAGATTGGTACCCAAAACTTAAAAATGAGACGGTTGCGT
GGAGACGAAATAAAGGCTAGGCACTGGGATTCATTCTATGATTTCTACAGGAACACGACT
GATAACAAATGGGGAACACCTTATCTAACAAGAGAGTTTTTCCACTACATGGCATCAAAG
TTGGGAGATGGAGTATTGCTTGTTCTTGCTGAAGAAAACGAAGAACCTGTTGCAGGAGCT
TTGAATCTAATTGGTGGAGATACTCTTTTTGG

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3E170JQ 742 0 0
TTTCGATGAGTTCTTGATGGATATGAAGCAAAGCAAAAGGAAAAACATCC*GGCAGGAAC
GCAAAAAGATTGGTACCCAAAACTTAAAAATGAGACGGTTGCGAGGAGACGAAATAAAGG
CTAGGCACTGGGATTCATTCTATGATTTCTACAGGAACACGACTGATAACAAATGGGGAA
CACCTTATCTAACAAGAGAGTTTTTCCACTACATGGCATCAAAGTTGGGAGATGGAGTAT
TGCTTGTTCTTGCTGAAGAAAACGAAGAACCTGTTGCAGGAGCTTTGAATCTAATCGGTG
GAGATACTCTATTTGGGCGACTATGGGGATGTCGCCCTGACTCCTATTATCCTAGTCTCC
ACTTTGAGGCGTGCTATTACCAGGCTATCGAAGCAGCAATAGAGCTTAATCTGAAAACGG
TAGAAGCAGGAGCTCAGGGTGAGCATAAGATTCAGCGGGGCTACCTTCCAGTTAAAACAT
ATAGTTGCCATTACATTATTGATGAAGGCTTCAGGCAAGCCATAGACGAGTTTTTAGTAC
GTGAATCAGATCAGGTGGGTTATGTCATCAAGCTGTTGCATGAATCTGGACCCTTCAAAG
AGACCATAGAATAGACCCTTCACTATATGTTATTGTATATCTTATTCTTATTTACATATA
TCGGCGCTGAAGCGTTCGTCTAGACGGGAAATAGATGTTTTATTTGTGTTTACGACACTG
ATTAATTTAATGTACATGCT
AC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3DT29JQ 628 0 0
TAAAGGCTAGGCACTGGGATTCATTCTATGATTTCTACAGGAACACGACTGATAACAAAT
GGGGAACACCTTATCTAACAAGAGAGTTTTTCCACTACATGGCATCAAAGTTGGGAGATG
GAGTATTGCTTGTTCTTGCTGAAGAAAACGAAGAACCTGTTGCAGGAGCTTTGAATCTAA
TTGGTGGAGATACTCTTTTTGGGCGACTATGGGGATGTCGTCCTGACTCCTATTATCCTA
GTCTCCACTTTGAGGCGTGCTATTACCAGGCAATCGAAGCAGCAATAGAGCTTAATCTAA
AAACGGTAGAAGCAGGAGCTCAGGGTGAGCATAAGATTCAGCGGGGCTACCTTCCAGTTA
AAACATATAGTTGCCATTACATTATTGATGAAGGCTTCAGGCAAGCCATAGACGAGTTTT
TAGTACGTGAATCAAATCAGGTGGATTATGTCATCAAGCTGTTGCATGAATCTGGACCCT
TCAAAGAGACCATAGAATAGACACTTCACCATATGTTATTGTATATCTTATTCTTATTTA
CATATATCGGCGCTGAAGCGTTCGTCTAGACGGGAAATCGATGTTT*ATGTGTGTGTACG
ACACTGATTAATTTAATGTACATGCTGC

QA 1 628 1 628
DS 



AS 2 5

CO CL1541Contig1 763 2 11 U
AGGGGCCGAACCAACTACCCAACCGGGAACCCATAAAGAGAACAAAGCCTTCCTTCTTCT
TCTAGAAATCTCTTTTTCAAATTCAATTTCTCAAAAACAAAAAAAAAAAAAACAAAAATG
GTGATTAATTCTTCAAGAACCAAATCAAGCGGACCGGTGCTACGGTCCGTATCACCATCC
GGTCGTTTCTACGGCGGCGTGTCGTCTCCTTCCTCATCAGGCTTCGCTTCCTCCACAAGC
TCCAGCTTCTCCTCCACATCCTTCTTCAGCAACAGCCGTCAACAACAGCCCCACCACAGA
TCCGCGTCTCCTACACGCGTGAACCTCTTCCCATCAACGCCGTTAAACCAGTCGTTCCGT
TACTCAATCGATAACAGATCCGTAGTATCCCCGAACCAATCCGTCGCCGTTTCGAAGAAG
CCGAGCAGCAATAAGATCGCCGATTCGAGGAGGAGGACGTGTATGTGTTCGCCGACGACT
CACCCCGGATCGTTCCGGTGCGGTCTGCACAAGAACGTGGCGAATCCGCACGGCCAGGGC
GCGGCGACGTCGTATTCGTCGAATAACGGATTGAATATGCGGAGGTCGGCGATGACGAAC
TCGCTGGTGAGGATCGGTGGGGTCGAAGGGGAGTGGGTGAGAAGAGCGTTGACGACTCTG
ATAAAGGCCTTCGTCGCATCAGCTCAAGAGGCGATCTGCTTATCAGCCCAGGCCTAGCAG
CTATCGTCTATGTCAAAGCGGAAGAGATGTTTGATTTGGTTTT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AE63TF U 4
AF RR3BP76TF U 1
BS 1 60 RR3BP76TF
BS 61 63 RR3AE63TF
BS 64 176 RR3BP76TF
BS 177 177 RR3AE63TF
BS 178 330 RR3BP76TF
BS 331 331 RR3AE63TF
BS 332 664 RR3BP76TF
BS 665 665 RR3AE63TF
BS 666 713 RR3BP76TF
BS 714 714 RR3AE63TF
BS 715 763 RR3BP76TF

RD RR3AE63TF 725 0 0
GGCCGAACCAACTACCCAACCGGGAACCCATAAAGAGAACAAAGCCTTCCTTCTTCTTCT
AGAAATCTCTTTTTCAAATTCAATTTCTCAAAAACAAAAAAAAAAAAA*CAAAAATGGTG
ATTAATTCTTCAAGAACCAAATCAAGCGGACCGGTGCTACGGTCCGTATCACCATCCGGT
CGTTTCTACGGCGGCGTGTCGTCTCCTTCCTCATCAGGCTTCGCTTCCTCCACAAGCTCC
AGCTTCTCCTCCACATCCTTCTTCAGCAACAGCCGTCAACAACAGCCCCACCACAGATCC
GCGTCTCCTACACGCGTGAACCTCTTCCCATCAACGCCGTTAAACCAGTCGTTCCGTTAC
TCAATCGATAACAGATCCGTAGTATCCCCGAACCAATCCGTCGCCGTTTCGAAGAAGCCG
AGCAGCAATAAGATCGCCGATTCGAGGAGGAGGACGTGTATGTGTTCGCCGACGACTCAC
CCCGGATCGTTCCGGTGCGGTCTGCACAAGAACGTGGCGAATCCGCACGGCCAGGGCGCG
GCGACGTCGTATTCGTCGAATAACGGATTGAATATGCGGAGGTCGGCGATGACGAACTCG
CTGGTGGGGATCGGTGGGGTCGAAGGGGAGTGGGTGAGAAGAGCGTTGACGACTCTGATA
AAGGCCTTCGTCGCATCAGCTCAAGAGGCGATCTGCTTATCAGCCCAGGCCTAGC
GGCTATCGTC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3BP76TF 763 0 0
AGGGGCCGAACCAACTACCCAACCGGGAACCCATAAAGAGAACAAAGCCTTCCTTCTTCT
***AGAAATCTCTTTTTCAAATTCAATTTCTCAAAAACAAAAAAAAAAAAAACAAAAATG
GTGATTAATTCTTCAAGAACCAAATCAAGCGGACCGGTGCTACGGTCCGTATCACCGTCC
GGTCGTTTCTACGGCGGCGTGTCGTCTCCTTCCTCATCAGGCTTCGCTTCCTCCACAAGC
TCCAGCTTCTCCTCCACATCCTTCTTCAGCAACAGCCGTCAACAACAGCCCCACCACAGA
TCCGCGTCTCCTACACGCGTGAACCTCTTCTCATCAACGCCGTTAAACCAGTCGTTCCGT
TACTCAATCGATAACAGATCCGTAGTATCCCCGAACCAATCCGTCGCCGTTTCGAAGAAG
CCGAGCAGCAATAAGATCGCCGATTCGAGGAGGAGGACGTGTATGTGTTCGCCGACGACT
CACCCCGGATCGTTCCGGTGCGGTCTGCACAAGAACGTGGCGAATCCGCACGGCCAGGGC
GCGGCGACGTCGTATTCGTCGAATAACGGATTGAATATGCGGAGGTCGGCGATGACGAAC
TCGCTGGTGAGGATCGGTGGGGTCGAAGGGGAGTGGGTGAGAAGAGCGTTGACGACTCTG
ATAA*GGCCTTCGTCGCATCAGCTCAAGAGGCGATCTGCTTATCAGCCCAGGC*TAGCAG
CTATCGTCTATGTCAAAGCGGAAGAGATGTTTGATTTGGTTTT

QA 1 763 1 763
DS 



CO CL1541Contig2 1083 3 13 U
ATCGTAATATTCTTATAATTTTTCTACATTGGTTTCTTGAATTTAATTTCATGATGTGTG
CTGTCTTCCATAATAACCCGAGCTGTATAGGAAAAATAAGATTTGTACTTCGTATTTCTG
AGGGTTTCTAGCGCCAAAGTTGCCCGCCTTAATGGTTTCAAGTACCTCCTTTCGAAATAA
TAGGTCTCTGATCTACAAAATTCAATATTTATTTTGTCTTGGTTCTTTTCGAGTCTAAAA
TCATTTATGTTCAAGCTTCTTCTTGTCCCACATAAAGTACCAAGGTCAAAATGTTGAATT
TTTTTCTTACAGTCCAGTTTCTCATATGTTCAAAGTCCACAAAAACGAAAGCTGAACGTA
ACGGCTGGCCTAAGTCACGTTCTTTCTCCCCCTTCGTACGAAACCTGAAAAACACGTTAA
CACAAAAAAAAAAGAAACAGAACAAACGTTCACTAGGAAAAAAAACGGAATTAACCAATT
GAAAAATAATACATACCTCACACACGACGAACAACGCATACCTGGAAAATTGTAACGGAA
CACGTAACGAGCCACGCGACGACGGCTAACGGCAAACGGAACGAGTCTACGGCAGTGGAG
AGAACGTTGACGGAACAGATAACGATGAAGGCAAACTATGCAAAACTCAAATCCATTACC
AAGTCCCTTGTTCATCATATCCAGTTTTAATTACGCAATTCAACACTGCTGTTCGATTTT
TTTTCTTTATATTTGTTCTAAGATATTTTCTGCTTAGGGAAAACATTATCTGCTTCGTTA
TCATATGAGTCCTAGGGTACAATCTCATCTTCACCCAACATAACAAAGTCTTTTCAAGAC
GGTGTCGTTTTCGATCTCCGGTTTACATAACTCGGTCCAGTTTTACTCAGCCCAATACGA
CTCGACCCGTCCGCGCAGATCCAGCTCGCTTCAGATCCGAACTTCTTCGCCGGATCTATC
CAGATTCAACAAGAACAAAACCTGAAAAAACCAAATCAAACACCTTCTTCCGCTTTGGAC
ATAGACGATAGCCTGCTAGGCCTGGGCTGATAAGCAGATCGCCTCTTGAGCTGATGCGAC
GAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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10 10 10 

AF RR3GL07JQ U 1
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AF RR3GE64TF C 769
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DS 

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TACATACCTCACACACGACGAACAACGCATACCTGGAAAATTGTAACGGAACACGTAACG
AGCCACGCGACGACGGCTAACGGCAAACGGAACGAGTCTACGGCAGTGGAGAGAACGTTG
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TATTTGTTCTAAGATATTTTCTGCTTAGGGAAAACATTATCTGCTTCGTTATCATATGAG
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T*CGATCTCCGGTTTACATAACTCGGTCCAGTTTTACTCAGCCCAATTCGACTCGACCCG
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G

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CGAC

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DS 



AS 1 6

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GGCACACTATCTTATTCACGGATACCATCACAAGCACCCAATGGACCACCTTCGTCTCGT
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TGTATATCAATATACTTCACATCCTATAAATGTAATAGTTTTTATGTGTTTCACAACTAA
AAAGAAACTTTGTTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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AF RR3EZ02TF U 5
AF RR3G555TF U 1
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TGCAACTCCTTCAACTGCACCTGCATTGTTTGGAGGCGGCCTGTTCGGGTACGTGATGTA
CGATATCACTCACTACTACCTTCACCATGCC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3EZ02TF 692 0 0
GG
ACCTAAAGGAATTCTCAAGAATAATAAAACAAGAAAAGTAATAATTGTGTAAAAGATCAG
CAAAATGGTTGCTCAAGGGTTCACTGTAGATCTTGACAAGCCCCTTGCTTTCCAGGTTGG
TCATCTCGGAGAAGCTTACGACGAATGGGTTCACCAACCTATTGTGACCAAGGAAGGCCC
AAGGTTTTTCCAGAGTGACTTTTGGGAGTTCTTGACACTTACAGTTTGGTGGGCAGTTCC
TGTCATTTGGTTGCCAGTTGTTTCCTGGTGCATCTTCATGTCAGTAAGGATGGCATGTTC
ACTCCCCGAGGTTGTCTCTTTGGCAGCCTTGGGAATATTTATCTGGACCTTTATAGAATA
CTGTCTTCACCGTTTCCTTTTCCACATGAAGACGAAAAGTTACTGGGGAAACACGGCACA
CTATCTTATTCACGGATACCATCACAAGCACCCAATGGACCACCTTCGTCTCGTCTTTCC
TCCTGCCTTAACAGCTATTATGTGCTTTCCTCTCTGGAACCTTGCGCAACTTATTGCAAC
TCCTTCAACTGCACCTGCATTGTTTGGAGGCGGCCTGTTCAGGTACGTGATGTACGATAT
CACTCACTACTACCTTCACCATGCCAACCCAAGTATACCAGTGACCAAAA*CCTCAAGAA
ATCCCATTTGAACCATCACTTCAGGAT
CAG

QA 3 689 3 689
DS 

RD RR3G555TF 744 0 0
GGAAAC
ACCTAAAGGAATTCTCAAGAATAATAAAACAAGAAAAGTAATAATTGTGTAAAAGATCAG
CAAAATGGTTGCTCAAGGGTTCACTGTAGATCTTGACAAGCCCCTTGCTTTCCAGGTTGG
TCATCCCGGAGAAGCTTACGACGAATGGGTTCACCAACCTATTGTGACCAAGGAAGGCCC
AAGGTTTTTCCAGAGTGACTTTTGGGAGTTCTTGACACTTACAGTTTGGTGGGCAGTTCC
TGTCATTTGGTTGCCAGTTGTTTCCTGGTGCATCTTCATGTCAGTAAGGATGGCATGTTC
ACTCCCCGAGGTTGTCTCTTTGGCAGCCTTGGGAATATTTATCTGGACCTTTATAGAATA
CTGTCTTCACCGTTTCCTTTTCCACATGAAGACGAAAAGTTACTGGGGAAACACGGCACA
CTATCTTATTCACGGATACCATCACAAGCACCCAATGGACCACCTTCGTCTCGTCTTTCC
TCCTGCCTTAACAGCTATTATGTGCTTTCCTCTCTGGAACCTTGCGCAACTTATTGCAAC
TCCTTCAACTGCACCTGCATTGTTTGGAGGCGGCCTGTTCG**TACGTGATGTACGATAT
CACTCACTACTACCTTCACCATGCCAACCCAAGTATACCAGTGACCAAAAACCTCAAGAA
ATCCCATTTGAACCATCACTTCAGATT*CAGTACAAGGGATATGGTGTAACTTCGTCGCT
ATGGGACATAGTGTTTGG

QA 7 744 7 744
DS 

RD RR3EZ02JQ 710 0 0
GTTTCCTGGTGCATCTTCATGTCAGTAAGGATGGCATGTTCACTCCCCGAGGTTGTCTCT
TTGGCAGCCTTGGGAATATTTATCTGGACCTTTATAGAATACTGTCTTCACCGTTTCCTT
TTCCACATGAAGACGAAAAGTTACTGGGGAAACACGGCACACTATCTTATTCACGGATAC
CATCACAAGCACCCAATGGACCACCTTCGTCTCGTCTTTCCTCCTGCCTTAACAGCTATT
ATGTGCTTTCCTCTCTGGAACCTTGCGCAACTTATTGCAACTCCTTCAACTGCACCTGCA
TTGTTTGGAGGCGGCCTGTTCAGGTACGTGATGTACGATATCACTCACTACTACCTTCAC
CATGCCAACCCAAGTATACCAGTGACCAAAAACCTCAAGAAATCCCATTTGAACCATCAC
TTCAGGATTCAGGACAAGGGATATGGTGTAACTTCGTCGCTATGGGACATAGTGTTTGGT
ACACTTCCGACCACAAAAGCTCTCAAAAGAGAGCAACAGAAGTACTAATTAAGATGGATG
CAAAACGAAAAGGATCGATATTTGCAATACACAGTTTATCTTAAAGTATCATCAGTCTAT
GTTAATTGATCACGTTTCATTTGGACCAATGTCTTTGTATATCAATATACTTCACATCCT
ATAAATGTAATAGTTTTTATGTGTTTCACAACTATAAAGAAACTTTGTTT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3FC95JQ 494 0 0
TTTCCTCCTGCCTTAACAGCTATTATGTGCTTTCCTTTCTGGAACCTTGCGCAACTTATT
GCAACTCCTTCAACTGCACCTGCATTGTTTGGAGGCGGCCTGTTCGGGTACGTGATGTAC
GATATCACTCACTACTACCTTCACCATGCCAACCCAAGTATACCAGTGACCAAAAACCTC
AAGAAATCCCATTTGAACCATCACTTCAGGATTCAGGACAAGGGATATGGTGTAACTTCG
TCGCTATGGGACATAGTGTTTGGTACACTTCCGACCACAAAAGCTCTCAAAAGAGAGCAA
CAGAAGTACTAATTAAGATGGATGCAAAACGAAAAGGATCGATATTTGCAATACACAGTT
TATCTTAAAGTATCATCAGTCTATGTTAATTGATCACGTTTCATTTGGACCAATGTCTTT
GTATATCAATATACTTCACATCCTATAAATGTAATAGTTTTTATGTGTTTCACAACTAAA
AAGAAACTTTGTTT

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR3G555JQ 710 0 0
GTTTCCTGGTGCATCTTCATGTCAGTAAGGATGGCATGTTCACTCCCCGAGGTTGTCTCT
TTGGCAGCCTTGGGAATATTTATCTGGACCTTTATAGAATACTGTCTTCACCGTTTCCTT
TTCCACATGAAGACGAAAAGTTACTGGGGAAACACGGCACACTATCTTATTCACGGATAC
CATCACAAGCACCCAATGGACCACCTTCGTCTCGTCTTTCCTCCTGCCTTAACAGCTATT
ATGTGCTTTCCTTTCTGGAACCTTGCGCAACTTATTGCAACTCCTTCAACTGCACCTGCA
TTGTTTGGAGGCGGCCTGTTCG**TACGTGATGTACGATATCACTCACTACTACCTTCAC
CATGCCAACCCAAGTATACCAGTGACCAAAAACCTCAAGAAATCCCATTTGAACCATCAC
TTCAGGATTCAGTACAAGGGATATGGTGTAACTTCGTCGCTATGGGACATAGTGTTTGGT
ACACTTCCGACCACAAAAGCTCTCAAAAGAGAGCAACA**AGTACTAATTAAGATGGATG
CAAAACGAAAAGGATCGATATTTGCAATACACAGTTTATCTTAAAGTATCATCAGTCTAT
GTTAATTGATCACGTTTCATTTGGACCAATGTCTTTGTATATCAATATACTTCACATCCT
ATAAATGTAATAGTTTTTATGTGTTTCACAACTAAAAAGAAACTTTGTTT

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 5

CO CL1543Contig1 909 5 11 U
GGGAAGAAGACCGAAATCGAATTTGGGGAGATTCGTCAATGGCGTCGATGCTTGCTCGCA
GGTCTCTGGATACTCTCC*GTGCTCGACATCTCGTTTTGTCAGGGCAAGCTTTGCAGGGA
TCTCGTCTTTCTCCACTGCAGTCCCGTGGCATTTCTTATGGCTCCAAGAAAGATGATGAA
GAAGAGGAGCAACTTGCTAAGGAAATCTCCAAGGACTGGAATACTGTCTTTGAACGGAGC
ATAAACACCCTGTTTCTCACTGAAATGGTCCGTGGTTTATCGTTGACCCTCAAGTACTTC
TTTGATCCCAAAGTTACCATCAATTATCCATTTGAGAAGGGTCCACTGAGCCCTCGCTTC
CGTGGTGAACATGCTCTTCGACGGTATCCTACTGGGGAAGAGCGCTGCATTGCCTGCAAA
CTCTGTGAAGCTGTGTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGAAGCAGAAGAGCGAGAAGAT
GGAAGCCGCAGAACCACAAGGTATGACATCGACATGACGAAATGCATTTACTGTGGCTTC
TGCCAAGAAGCTTGCCCCGTTGATGCAATCGTCGAAGGACCTAACTTCGAATTCGCAACC
GAGACACACGAGGAGCTTCTGTATGACAAGGAAAAGCTGCTAGAGAATGGAGATCGATGG
GAGACAGAGATCGCTGAGAATCTGAAATCAGAGAGTCTCTACCGTTGAGAGCAGTCTTTT
TTCTTTTGCTTCATTGTTTTGTCTTGTTAGAAATAAAAAGACGAGTGCTTTATGCGTTTG
AGACAAACTCCTCCTTTGCTGTACACCAGCTTTGTGGCTGTGTAATTGAATTGTCTATTG
TAAACCACTTTGGTTCCGGTTCACGAATCCCGGTTTAATTGAATTATCGCATTCAGACAT
GAAATCAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C325TF U 1
AF RR3FL18TF U 67
AF RR3B073TF U 4
AF RR3B073JQ C 7
AF RR3C325JQ C 259
BS 1 211 RR3C325TF
BS 212 212 RR3B073TF
BS 213 213 RR3C325TF
BS 214 214 RR3B073TF
BS 215 263 RR3C325TF
BS 264 264 RR3B073TF
BS 265 355 RR3C325TF
BS 356 356 RR3B073TF
BS 357 685 RR3C325TF
BS 686 846 RR3B073TF
BS 847 909 RR3C325JQ

RD RR3C325TF 685 0 0
GGGAAGAAGACCGAAATCGAATTTGGGGAGATTCGTCAATGGCGTCGATGCTTGCTCGCA
GGTCTCTGGATACTCTCC*GTGCTCGACATCTCGTTTTGTCAGGGCAAGCTTTGCAGGGA
TCTCGTCTTTCTCCACTGCAGTCCCGTGGCATTTCTTATGGCTCCAAGAAAGATGATGAA
GAAGAGGAGCAACTTGCTAAGGAAATCTCCAGGTACTGGAATACTGTCTTTGAACGGAGC
ATAAACACCCTGTTTCTCACTGAGATGGTCCGTGGTTTATCGTTGACCCTCAAGTACTTC
TTTGATCCCAAAGTTACCATCAATTATCCATTTGAGAAGGGTCCACTGAGCCCTCACTTC
CGTGGTGAACATGCTCTTCGACGGTATCCTACTGGGGAAGAGCGCTGCATTGCCTGCAAA
CTCTGTGAAGCTGTGTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGAAGCAGAAGAGCGAGAAGAT
GGAAGCCGCAGAACCACAAGGTATGACATCGACATGACGAAATGCATTTACTGTGGCTTC
TGCCAAGAAGCTTGCCCCGTTGATGCAATCGTCGAAGGACCTAACTTCGAATTCGCAACC
GAGACACACGAGGAGCTTCTGTATGACAAGGAAAAGCTGCTAGAGAATGGAGATCGATGG
GAGACAGAGATCGCTGAGAATCTGA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3FL18TF 740 0 0
G
GGATACTCTCC*GTGCTCGACATCTCGTTTTGTCAGGGCAAGCTTTGCAGGGATCTCGTC
TTTCTCCACTGCAGTCCCGTGGCATTTCTTATGGCTCCAAGAAAGATGATGAAGAAGAGG
AGCAACTTGCTAAGGAAATCTCCAAGGACTGGAATACTGTCTTTGAACGGAGCATAAACA
CCCTGTTTCTCACTGAAATGGTCCGTGGTTTATCGTTGACCCTCAAGTACTTCTTTGATC
CCAAAGTTACCATCAATTATCCATTTGAGAAGGGTCCACTGAGCCCTCGCTTCCGTGGTG
AACATGCTCTTCGACGGTATCCTACTGGGGAAGAGCGCTGCATTGCCTGCAAACTCTGTG
AAGCTGTGTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGAAGCAGAAGAGCGAGAAGATGGAAGCC
GCAGAACCACAAGGTATGACATCGACATGACGAAATGCATTTACTGTGGCTTCTGCCAAG
AAGCTTGCCCCGTTGATGCAATCGTCGAAGGACCTAACTTCGAATTCGCAACCGAGACAC
ACGAGGAGCTTCTGTATGACAAGGAAAAGCTGCTAGAGAATGGAGATCGATGGGAGATAG
AGATCGCTGAGAATCTGAAATCAGAGAGTCTCTACCGTTGAGAGCAGTCTTTTTTCTTTT
GCTTCATTGTTTTGTCTTGTTAGAAATAAAA*GACGAGTGCTTTATGCGTTTGAGACAAA
CTCCTCCTTTGCTGTAC
AC

QA 2 738 2 738
DS 

RD RR3B073TF 843 0 0
GGG
AAGACCGAAATCGAATTTGGGGAGATTCGTCAATGGCGTCGATGCTTGCTCGCAGGTCTC
TGGATACTCTCC*GTGCTCGACATCTCGTTTTGTCAGGGCAAGCTTTGCAGGGATCTCGT
CTTTCTCCACTGCAGTCCCGTGGCATTTCTTATGGCTCCAAGAAAGATGATGAAGAAGAG
GAGCAACTTGCTAAGGAAATCTCCAAGGACTGGAATACTGTCTTTGAACGGAGCATAAAC
ACCCTGTTTCTCACTGAAATGGTCCGTGGTTTATCGTTGACCCTCAAGTACTTCTTTGAT
CCCAAAGTTACCATCAATTATCCATTTGAGAAGGGTCCACTGAGCCCTCGCTTCCGTGGT
GAACATGCTCTTCGACGGTATCCTACTGGGGAAGAGCGCTGCATTGCCTGCAAACTCTGT
GAAGCTGTGTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGAAGCAGAAGAGCGAGAAGATGGAAGC
CGCAGAACCACAAGGTATGACATCGACATGACGAAATGCATTTACTGTGGCTTCTGCCAA
GAAGCTTGCCCCGTTGATGCAATCGTCGAAGGACCTAACTTCGAATTCGCAACCGAGACA
CACGAGGAGCTTCTGTATGACAAGGAAAAGCTGCTAGAGAATGGAGATCGATGGGAGACA
GAGATCGCTGAGAATCTGAAATCAGAGAGTCTCTACCGTTGAGAGCAGTCTTTTTTCTTT
TGCTTCATTGTTTTGTCTTGTTAGAAATAAAAAGACGAGTGCTTTATGCGTTTGAGACAA
ACTCCTCCTTTGCTGTACACCAGCTTTGTGGCTGTGTAATTGAATTGTCTATTGTAAACC

QA 4 843 4 843
DS 

RD RR3B073JQ 840 0 0
AAGACCGAAATCGAATTTGGGGAGATTCGTCAATGGCGTCGATGCTTGCTCGCAGGTCTC
TGGATACTCTCCCGTGCTCGACATCTCGTTTTGTCAGGGCAAGCTTTGCAGGGATCTCGT
CTTTCTCCACTGCAGTCCCGTGGCATTTCTTATGGCTCCAAGAAAGATGATGAAGAAGAG
GAGCAACTTGCTAAGGAAATCTCCAAGGACTGGAATACTGTCTTTGAACGGAGCATAAAC
ACCCTGTTTCTCACTGAAATGGTCCGTGGTTTATCGTTGACCCTCAAGTACTTCTTTGAT
CCCAAAGTTACCATCAATTATCCATTTGAGAAGGGTCCACTGAGCCCTCGCTTCCGTGGT
GAACATGCTCTTCGACGGTATCCTACTGGGGAAGAGCGCTGCATTGCCTGCAAACTCTGT
GAAGCTGTGTGTCCAGCTCAAGCAATCACAATAGAAGCAGAAGAGCGAGAAGATGGAAGC
CGCAGAACCACAAGGTATGACATCGACATGACGAAATGCATTTACTGTGGCTTCTGCCAA
GAAGCTTGCCCCGTTGATGCAATCGTCGAAGGACCTAACTTCGAATTCGCAACCGAGACA
CACGAGGAGCTTCTGTATGACAAGGAAAAGCTGCTAGAGAATGGAGATCGATGGGAGACA
GAGATCGCTGAGAATCTGAAATCAGAGAGTCTCTACCGTTGAGAGCAGTCTTTTTTCTTT
TGCTTCATTGTTTTGTCTTGTTAGAAATAAAAAGACGAGTGCTTTATGCGTTTGAGACAA
ACTCCTCCTTTGCTGTACCCCAGCTTTGTGGCTGTGTAATTGAATTGTCTATTGTAAACC

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR3C325JQ 651 0 0
ACTGAGATGGTCCGTGGTTTATCGTTGACCCTCAAGTACTTCTTTGATCCCAAAGTTACC
ATCAATTATCCATTTGAGAAGGGTCCACTGAGCCCTCACTTCCGTGGTGAACATGCTCTT
CGACGGTATCCTACTGGGGAAGAGCGCTGCATTGCCTGCAAACTCTGTGAAGCTGTGTGT
CCAGCTCAAGCAATCACAATAGAAGCAGAAGAGCGAGAAGATGGAAGCCGCAGAACCACA
AGGTATGACATCGACATGACGAAATGCATTTACTGTGGCTTCTGCCAAGAAGCTTGCCCC
GTTGATGCAATCGTCGAAGGACCTAACTTCGAATTCGCAACCGAGACACACGAGGAGCTT
CTGTATGACAAGGAAAAGCTGCTAGAGAATGGAGATCGATGGGAGACAGAGATCGCTGAG
AATCTGAAATCAGAGAGTCTCTACCGTTGAGAGCAGTCTTTTTTCTTTTGCTTCATTGTT
TTGTCTTGTTAGAAATAAAAAGACGAGTGCTTTATGCGTTTGAGACAAACTCCTCCTTTG
CTGTACACCAGCTTTGTGGCTGCGTAATTGAATTGTCTATTGTAAACCACTTTGGTTCCG
GTTCACGAATCCCGGTTTAATTGAATTATCGCATTCAGACATGAAATCAGG

QA 1 651 1 651
DS 



AS 2 5

CO CL1544Contig1 719 3 8 U
GGATTACAATTCAGATTTGACTAGCGGTTATCGACGCCACTGATTTGCCGGAGAAGACAG
ATGGCGAGATCGTGCTCTATATGGACGCCGGTTTTGATCTCACTTTCTTCGACTCCGATG
ACCGGAGATTCAGCTAAAGTTTCCCGGCAACGGGTGATTTTAGCCACAAGTGAAGTTTCT
CCTCAGCCTTTACTTGAAGCAAACATTAAGGAATCGCAGAAGCTTCAAGTTCTTGATCCC
AAAGATGTCTCCAGGAGAAACACGTTGCTTTATCTAACGGCTGGAGTTCTTGGTGGGGTT
AACTTTCTCCACGGTGAAGCTGCAGAAGCTCGAGTAGGGAGAAAGGAGAACAGGAGAAAA
GCTTTAGAGAAGCTGAGAGGGAGAGCGAGAGAGTCTGAGCCCAATTCAGGAGACGAGAAG
AAGAAAGAGTTAAACGCTGAAATATTTCCTCTGCTACCTCCACCTCTCCAACCACAAGCT
CTTGGACCTGTTGTTGAAGCAAACTTGTTGCCATAAAACCCACCTCTTCTTACTTTGCAC
AATGTTGATAATCAAACTAGATTCCATTTCATCATCATCATCCAACAAAATGACACAACA
TAATGTTCCGTCATTCTGTGTTAGGACTTCTTCTATTACAAAAAGTGAAGAAATATGTAA
CCAAGAAAGACAAATTATAATGTCCTCTCGCGTATATTAATACTATCGCGGGCCAAACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3GT10TF U 1
AF RR3EF74TF U 1
AF RR3DF12JQ C 136
BS 1 280 RR3EF74TF
BS 281 281 RR3GT10TF
BS 282 414 RR3EF74TF
BS 415 415 RR3GT10TF
BS 416 643 RR3EF74TF
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BS 645 697 RR3EF74TF
BS 698 719 RR3DF12JQ

RD RR3GT10TF 586 0 0
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ATGGCGAGATCGTGCTCTATATGGACGCCGGTTTTGATCTCACTTTCTTCGACTCCGATG
ACCGGAGATTCAGCTAAAGTTTCCCGGCAACGGGTGATTTTAGCCACAAGTGAAGTTTCT
CCTCAGCCTTTACTTGAAGCAAACATTAAGGAATCGCAGAAGCTTCAAGTTCTTGATCCC
AAAGATGTCTCCAGGAGAAACACGTTGCTTTATCTAACGGCTGGAGTTCTTGGTGGGGTT
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GCTTTAGAGAAGCTGAGAGGGAGAGCGAGAGAGTCTGAGCCCAATTCAGGAGACGAGAAG
AAGAAAGAGTTAAACGCTGAAATATTTCCTCTGCTACCTCCACCTCTCCAACCACAAGCT
CTTGGACCTGTTGTTGAAGCAAACTTGTTGCCATAAAACCCACCTCTTCTTACTTTGCAC
AATGTTGATAATCAAACTAGATTCCATTTTATCATCATCATCCAAC

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3EF74TF 714 0 0
GGATTACAATTCAGATTTGACTAGCGGTTATCGACGCCACTGATTTGCCGGAGAAGACAG
ATGGCGAGATCGTGCTCTATATGGACGCCGGTTTTGATCTCACTTTCTTCGACTCCGATG
ACCGGAGATTCAGCTAAAGTTTCCCGGCAACGGGTGATTTTAGCCACAAGTGAAGTTTCT
CCTCAGCCTTTACTTGAAGCAAACATTAAGGAATCGCAGAAGCTTCAAGTTCTTGATCCC
AAAGATGTCTCCAGGAGAAACACGTTGCTTTATCTAACGGTTGGAGTTCTTGGTGGGGTT
AACTTTCTCCACGGTGAAGCTGCAGAAGCTCGAGTAGGGAGAAAGGAGAACAGGAGAAAA
GCTTTAGAGAAGCTGAGAGGGAGAGCGAGAGAGTCTGAGCCCAATTCAGGAGACTAGAAG
AAGAAAGAGTTAAACGCTGAAATATTTCCTCTGCTACCTCCACCTCTCCAACCACAAGCT
CTTGGACCTGTTGTTGAAGCAAACTTGTTGCCATAAAACCCACCTCTTCTTACTTTGCAC
AATGTTGATAATCAAACTAGATTCCATTTCATCATCATCATCCAACAAAATGACACAACA
TAATGTTCCGTCATTCTGTGTTAGGACTTCTTCTATTACAAAA*GTGAAGAAATATGTAA
CCAAGAAAGACAAATTATAATGTCCTCTCGCGTATAT
AATAATTATCGCGGGCC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3DF12JQ 584 0 0
AAAGTTTCCCGGCAACGGGTGATTTTAGCCACAAGTGAAGTTTCTCCTCAGCCTTTACTT
GAAGCAAACATTAAGGAATCGCAGAAGCTTCAAGTTCTTGATCCCAAAGATGTCTCCAGG
AGAAACACGTTGCTTTATCTAACGGCTGGAGTTCTTGGTGGGGTTAACTTGCTCCATGGT
GAAGCTGCAGAAGCTCGAGTAGGGAGAAAGGAGAACAGGAGAAAAGCTTTAGAGAAGCTG
AGAGGGTGAGCGAAAGAGTCTGAACCCAAGTCAGGAGACGAGAAGAAGAAAGAGTTAGAC
GCTGAAATATTTCCTCTACTTCCTCCACCTCTCCAACCACAAGCTCTTGGACCTCTCGTT
GAAGCAA*CTTGTTGCCATAAAACCCACCTCTTCTTACTTTGCACAATGTTGATAATCAA
ACTAGATTCCATTTCATCATCATCATCCAACAAAATGACACAACATAATGTTTCGTCATT
CTGTGTTAGGACTTCTTCTATTACAAAAAGTGAAGAAATATGTAACCAAGAAAGACAAAT
TATAATGTTCTCTCGCGTATATTAATACTATCGCGGGCCAAACC

QA 1 584 1 584
DS 



CO CL1544Contig2 576 2 3 U
GGGCCACTGATTTGCCGGAGAAGACAGATGGCGAGATCGTGCTCTATATGGACGCCGGTT
TTGATCTCACTTTCTTCGACTCCGACGACCGGAGATTCAGCTAAAGTTTCCCGGCAACGG
GTGATTTTAGCCACAAGTGAAGTTTCTCCTCAGCCTTTACTTGAAGCAAACATTAAGGAA
TCGCAGAAGCTTCAAGTTCTTGATCCCAAAGATGTCTCCAGGAGAAACACGTTGCTTTAT
CTAACGGCTGGAGTTCTTGGTGGGGTTAACTTGCTCCATGGTGAAGCTGCAGAAGCTCGA
GTAGGGAGAAAGGAGAACAGGAGAAAAGCTTTAGAGAAGCTGAGAGGGAGAGCGAAAGAG
TCTGAACCCAAGTCAGGAGACGAGAAGAAGAAAGAGTTAGACGCTGAAATATTTCCTCTA
CTTCCTCCACCTCTCCAACCACAAGCTCTTGGACCTCTCGTTGAAGCAAACTTGTTGCCA
TAAAACCCACCTCTTCTTACCTTGCACAATGTTGATAATCAAACTAGATTCCATTTCATC
ATCATCATCCAACAAAATGACACAACATAATGTTTC


BQ
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AF RR3DF12TF U 18
AF RR3GV49TF U 1
BS 1 403 RR3GV49TF
BS 404 404 RR3DF12TF
BS 405 576 RR3GV49TF

RD RR3DF12TF 397 0 0
GG
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CTCCGACGACCGGAGATTTC*CTAAAGTTTCCCGGCAACGGGTGATTTTAGCCACAAGTG
AAGTTTCTCCTCAGCCTTTACTTGAAGCAAACATTAAGGAATCGCAGAAGCTTCAAGTTC
TTGATCCCAAAGATGTCTCCAGGAGAAACACGTTGCTTTATCTAACGGCTGGAGTTCTTG
GTGGGGTTAACTTGCTCCATGGTGAAGCTGCAGAAGCTCGAGTAGGGAGAAAGGAGAACA
GGAGAAAAGCTTTAGAGAAGCTGAGAGGGTGAGCGAAAGAGTCTGAACCCAAGTCAGGAG
ACGAGAAGAAGAAAGAGTTAGACGCTGAAATATTT

QA 3 397 3 397
DS 

RD RR3GV49TF 576 0 0
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TTGATCTCACTTTCTTCGACTCCGACGACCGGAGATTCAGCTAAAGTTTCCCGGCAACGG
GTGATTTTAGCCACAAGTGAAGTTTCTCCTCAGCCTTTACTTGAAGCAAACATTAAGGAA
TCGCAGAAGCTTCAAGTTCTTGATCCCAAAGATGTCTCCAGGAGAAACACGTTGCTTTAT
CTAACGGCTGGAGTTCTTGGTGGGGTTAACTTGCTCCATGGTGAAGCTGCAGAAGCTCGA
GTAGGGAGAAAGGAGAACAGGAGAAAAGCTTTAGAGAAGCTGAGAGGGAGAGCGAAAGAG
TCTGAACCCAAGTCAGGAGACGAGAAGAAGAAAGAGTTAGACGTTGAAATATTTCCTCTA
CTTCCTCCACCTCTCCAACCACAAGCTCTTGGACCTCTCGTTGAAGCAAACTTGTTGCCA
TAAAACCCACCTCTTCTTACCTTGCACAATGTTGATAATCAAACTAGATTCCATTTCATC
ATCATCATCCAACAAAATGACACAACATAATGTTTC

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 6

CO CL1545Contig1 1067 6 11 U
GGAGCGCTCTTCATTTTAAAGTCTCTGCACAAGAACCAGAGCAAAGCTACAAAAAAAAAT
TACATATTCAAAACCTTAAAGAAAAAAAACCTGAGAAGAGCTATGAGATCGAGCAACCAT
CTAATAGGTATGGTCAACTTCCTCACCTTCCTCCTATCGATCCCAATACTAGGCGGAGGG
ATATGGCTAAGCAGCAGAGCTAACTCAACCGACTGTTTACGTTTCCTCCAGTGGCCACTC
ATCGTCATCGGAATCTCCATCATGGTCGTATCCCTAGCCGG*ATTCGCCGGAGCTTGTTA
CCGTAACAAGTTCCTCATGTGGCTGTACCTCGTGGCAATGCTTCTCATCATCGCAGCCTT
GATAGGATTCATCATCTTTGCTTATGCAGTCACCGATAAAGGATCTGGTCGAAACGTGCT
GAACAGGGGTTATCTTGACTATTATCTTCAAGATTATTCCGGTTGGTTGAAGGATAGGGT
TTCTGATGATGGATACTGGGGAAAAATCAGCTCGTGTATTAGAGATTCTGGAGCTTGTAG
GAAGATCGGAAGGAACTTTAATGGCGTCCCTGAAAGTGCTGATATGTTCTTCCAGAGAAG
CCTTAGCCCTGTTGAGTCTGGCTGTTGCAAGCCGCCATCAGATTGCGGGTATGCATATGG
TAACGAGACGTTTTGGACGCAAGGAGGAGGGCTGGTAGGATCAAACCCGGACTGTATGTT
GTGGAATAACGAACAGAGCATGCTCTGTTACCAGTGCAGTGCTTGTAAAGCGGGTGTTCT
AGGGAGCTTGAAGAAAAGCTGGAGAAAAGTGTCCGTGATCAACATCGTGGTGCTCATTAT
TCTCGTTATCTTCTACGTGATCGCTTATGCGGCTTACAGGAATGTCAAGAGGATTGATAA
CGATGAGCCGGGCGGTGAGGCTAGGATGACAAAATCACACCCTAGTCATTTCCACCTTTG
ATCAAAATTGTGGTGAAGTTTATTACATGTTAATGAAAATCTGGTGAGAAACAATGAAAC
AAAAGATTGGTGCTTTGATATATGTTTTCACTTGCTTATGATTTAGT


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG93TF U 1
AF RR3DD83TF U 47
AF RR3A613TF U 21
AF RR3CT49JQB C 732
AF RR3A613JQ C 214
AF RR3DD83JQ C 318
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BS 267 267 RR3A613TF
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BS 287 683 RR3CG93TF
BS 684 871 RR3A613TF
BS 872 1067 RR3A613JQ

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TACATATTCAAAACCTTAAAGAAAAAAAACCTGAGAAGAGCTATGAGATCGAGCAACCAT
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ATATGGCTAAGCAGCAGAGCTAACTCAACCGACTGTTTACGTTTCCTCCAGTGGCCACTC
ATCGTCATCGGAATCTCCATCATGGTGGTATCCCTAGCCGG*ATTTGCCGGAGCTTGTTA
CCGTAACAAGTTCCTCATGTGGCTGTACCTCGTGGCAATGCTTCTCATCATCGCAGCCTT
GATAGGATTCATCATCTTTGCTTATGCAGTCACCGATAAAGGATCTGGTCGAAACGTGCT
GAACAGGGGTTATCTTGACTATTATCTTCAAGATTATTCCGGTTGGTTGAAGGATAGGGT
TTCTGATGATGGATACTGGGGAAAAATCAGCTCGTGTATTAGAGATTCTGGAGCTTGTAG
GAAGATCGGAAGGAACTTTAATGGCGTCCCTGAAAGTGCTGATATGTTCTTCCAGAGAAG
CCTTAGCCCTGTTGAGTCTGGCTGTTGCAAGCCGCCATCAGATTGCGGGTATGCATATGG
TAACGAGACGTTTTGGACGCAAG
A

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DS 

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GG
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CTAGGCGGAGGGATATGGCTAAGCAGCAGAGCTAACTCAACCGACTGTTTACGTTTCCTC
CAGTGGCCACTCATCGTCATCGGAATCTCCATCATGGTCGTATCCCTAGCCGG*ATTCGC
CGGAGCTTGTTACCGTAACAAGTTCCTCATGTGGCTGTACCTCGTGGCAATGCTTCTCAT
CATCGCAGCCTTGATAGGATTCATCATCTTTGCTTATGCAGTCACCGATAAAGGATCTGG
TCGAAACGTGCTGAACAGGGGTTATCTTGACTATTATCTTCAAGATTATTCCGGTTGGTT
GAAGGATAGGGTTTCTGATGATGGATACTGGGGAAAAATCAGCTCGTGTATTAGAGATTC
TGGAGCTTGTAGGAAGATCGGAAGGAACTTTAATGGCGTCCCTGAAAGTGCTGATATGTT
CTTCCAGAGAAGCCTTAGCCCTGTTGAGTCTGGCTGTTGCAAGCTGCCATCAGATTGCGG
GTATGCATATGGTAACGAGACGTTTTGGACG

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DS 

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GG
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AAAAAAACCTGAGAAGAGCTATGAGATCGAGCAACCATCTAATAGGTATGGTCAACTTCC
TCACCTTCCTCCTATCGATCCCAATACTAGGCGGAGGGATATGGCTAAGCAGCAGAGCTA
ACTCAACCGACTGTTTACGTTTCCTCCAGTGGCCACTCATCGTCATCGGAATCTCCATCA
TGGTCGTATCCCTAGCCGG*ATTCGCCGGAGCTTGTTACCGTAACAAGTTCCTCATGTGG
CTGTACCTCGTGGCAATGCTTCTCATCATCGCAGCCTTGATAGGATTCATCATCTTTGCT
TATGCAGTCACCGATAAAGGATCTGGTCGAAACGTGCTGAACAGGGGTTATCTTGACTAT
TATCTTCAAGATTATTCCGGTCGGTTGAAGGATAGGGTTTCTGATGATGGATACTGGGGA
AAAATCAGCTCGTGTATTAGAGATTCTGGAGCTTGTAGGAAGATCGGAAGGAATTTTAAT
GGCGTCCCTGAAAGTGCTGATATGTTCTTCCTGAGAAGCCTTAGCCCTGTTGAGTCTGGC
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CTCTGTTACCAGTGCAGTGCTTGTAAAGCGGGTGTTCTAGGGAGCTTGAAGAAAAGCTGG
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GCTTATGCG
CTT

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DS 

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AGAAAAGCTGGAGAAAAGTGTCCGTGGTCAACATCGTGGTGCTTATTATTCTCGTTATCT
TCTACGTGATCGCTTATGCGGCTTACAGGAATGTCAAGAGGATTGATAACGATGAGCCGG
GCGGTGAGGCTAGGATGACAAAATCCCACCCTAGTCATTTCCCCCTTT

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DS 

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CTAGCCGGGATTCGCCGGAGCTTGTTACCGTAACAAGTTCCTCATGTGGCTGTACCTCGT
GGCAATGCTTCTCATCATCGCAGCCTTGATAGGATTCATCATCTTTGCTTATGCAGTCAC
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TTATTCCGGTCGGTTGAAGGATAGGGTTTCTGATGATGGATACTGGGGAAAAATCAGCTC
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GGTAGGATCAAACCCGGACTGTATGTTGTGGAATAACGAACAGAGCATGCTCTGTTACCA
GTGCAGTGCTTGTAAAGCGGGTGTTCTAGGGAGCTTGAAGAAAAGCTGGAGAAAAGTGTC
CGTGATCAACATCGTGGTGCTCATTATTCTCGTTATCTTCTACGTGATCGCTTATGCGGC
TTACAGGAATGTCAAGAGGATTGATAACGATGAGCCGGGCGGTGAGGCTAGGATGACAAA
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GCTTATGATTTAGT

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DS 

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TTGCTTATGCAGTCACCGATAAAGGATCTGGTCGAAACGTGCTGAACAGGGGTTATCTTG
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GGGGAAAAATCAGCTCGTGTATTAGAGATTCTGGAGCTTGTAGGAAGATCGGAAGGAACT
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GCATGCTCTGTTACCAGTGCAGTGCTTGTAAAGCGGGTGTTCTAGGGAGCTTGAAGAAAA
GCTGGAGAAAAGTGTCCGTGATCAACATCGTGGTGCTCATTATTCTCGTTATCTTCTACG
TGATCGCTTATGCGGCTTACAGGAATGTCAAGAGGATTGATAACGATGAGCCGGGCGGTG
AGGCTAGGATGACAAAATCACACCCTAGTCATTTCCACCTTTGATCAAAATTGTGGTGAA
GTTTATTACATGTTAATGAAAATCTGGTGAGAAACAATGAAACAAAAGATTGGTGCTTTG
AT

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 4

CO CL1546Contig1 1217 4 22 U
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GTTCTTAGGTCCGTGCAAGGGTCCTGTCACTTTGGAAATGCACGGCAATATGAAGGCTCC
GGCTACGGTCGGTGCCACTAAGCCTAACAGCGGATGGATTGATTTTACAAATCTTGCTGA
TTTCACTTTGAATGGAAACGGAGCCATTTTTGACGGTCAAGGCTCCCTCGCTTGGAAGGC
CAATGACTGCGCAAAAACTGGAAAATGCAACTCTCTCCCCATCAACATACGATTCACGGG
TCTCACAAACTCCAAAATTATTGGCATAACATCAACGAACAGCAAACTTTTCCACATGAA
CGTTCTCAACTGCAAGAACGTAACTCTTGAGAAAATTGGTATTGATGCACCACCGGAGAG
TCTCAACACTGATGGTATCCACATTGGAAGGTCCATCGGCGTGAACTTACTAGGGGCAAA
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GGATATCACGATGGACAATGTTAGCACTCCCGTTCTCATCGACCAAGAGTACTGTCCTTA
TGCCGACTGCAAAGTTGGGGTACCATCTAAGGTGAAATTGTCGGACGTGACCTTCAAGAA
CATTAAGGGCACATCAGCGACAAAGATTGCTGTGAAATTAATCTGCAGCTCAGGCACGCC
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TGTAGGGGCCTGTGCTAACATGAAGCCTGTTCTCACCGGACAGATGATTCCACCTGCTTG
CACTGAGATCGCTAAATCGGGTCCTTGAATTATATAGTCGCTTGTCCACCAAGCATCCAT
CTAATCTGGTTAATTAAGACACTTTGATTAATTAGGCTGCGATGGAAAAGTTTTGATATA
TCACTCTTGTATTTATTATACTTTTTTGACATATAAATGATGTGGATATCTCCAGAGAGA
GTGACACATTACTGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK48TF U 1
AF RR3FK39TF U 218
AF RR3DT93TF U 392
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BS 894 894 RR3DT93TF
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RD RR3GK48TF 680 0 0
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CAATGACTGCGCCAAAACTGGAAAATGCAACTCTCTCCCCATCAACATACGATTTACGGG
TCTCACAAACTCCAAAATTATTGGCATAACATCAACGAACAGCAAACTTTTCCACATGAA
CGTTCTCAACTGCAAGAACGTAACTCTTGAGAAAATTGGTATTGATGCACCACCGGAGAG
TCTCAACACTGATGGTATCCACATTGGAAGGTCCATCGGCGTGAACTTACTAGGGGCAAA
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TGAGCAACCAGTCAAAGGAGTCACAGTGAGGAAATGCCTCATCAAGAACACCATGAATGG
TGTTCGCATCAAGACATGGC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3FK39TF 768 0 0
G
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CCATCAACATACGATTCACGGGTCTCACAAACTCCAAAATTATTGGCATAACATCAACGA
ACAGCAAACTTTTCCACATGAACGTTCTCAACTGCAAGAACGTAACTCTTGAGAAAATTG
GTATTGATGCACCACCGGAGAGTCTCAACACTGATGGTATCCACATTGGAAGGTCCATCG
GCGTGAACTTACTAGGGGCAAAGATCAAAACAGGAGATGACTGTGTTTCCATAGGAGATG
GTACTGAGAATCTCATTGTTGAGAATGTGGAATGTGTACCGGGACACGGCATTGCCGTAG
GGAGTCTAGGAAGGTACCCTAATGAGCAACCAGTCAAAGGAGTCACAGTGAGGAAATGCC
TCATCAAGAACACCATGAATGGTGTTCGCATCAAGACATGGCCTGGATCTCCTCCTGGTA
TTGCCTCCAACATTATTTTTGAGGATATCACAATGGACAATGTTAGCACTCCCGTTCTCA
TCGACCAAGAGTACTGTCCTTATGCCGACTGCAAAGTTGGGGTACCTTCTAAGGTGAAAT
TGTCGGACGTGACCTTCAAGAACATTAAGGGCACATCAGCGACAAAGATTGCTGTGAAAT
TAATCTGCAGCTCAG*CACGCCTTGCACTAATGTTGCTCTTGCTGACATCAACTTGGTCC
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QA 2 768 2 768
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G
AAATTGGTATTGATGCACCACCGGAGAGTCTCAACACTGATGGTATCCACATTGGAAGGT
CCATCGGCGTGAACTTACTAGGGGCAAAGATTAAAACAGGAGATGACTGCGTTTCCATAG
GAGATGGTACTGAGAATCTCATTGTTGAGAATGTGGAATGTGGACCGGGACACGGCATTG
CCGTAGGGAGTCTAGGAAGGTACCCTAATGAGCAACCAGTCAAAGGAGTCACAGTGAGGA
AATGCCTCATCAAGAACACCATGAATGGTGTTCGCATCAAGACATGGCCTGGATCTCCTC
CTGGTATTGCCTCCAACATTATTTTTGAGGATATCACGATGGACAATGTTAGCACTCCCG
TTCTCATCGACCAAGAGTACTGTCCTTATGCCGACTGCAAAGTTGGGGTACCATCTAAGG
TGAAATTGTCGGACGTGACCTTCAAGAACATTAAGGGCACATCAGCGACAAAGATTGCTG
TGAAATTAATCTGCAGCTCAGGCACGCCTTGCACTAACGTTGCTCTTGCTGACATCAACT
TGGTCCACAAAGGTGCAGAAGGACCAGCTGTAGGGGCCTGTGCTAACATGAAGCCTGTTC
TCACCGGACAGATGATTCCACCTGCTTGCACTGAGATCGCTAAATCGGGTCCTTGAATTA
TATAGTCGCTTGTCCACCAAGCATCCATCTAAT
CTGGTTAAT

QA 2 694 2 694
DS 

RD RR3DT93JQ 700 0 0
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GGGAGTCTAGGAAGGTACCCTAATGAGCAACCAGTCAAAGGAGTCACAGTGAGGAAATGC
CTCATCAAGAACACCATGAATGGTGTTCGCATCAAGACATGGCCTGGATCTCCTCCTGGT
ATTGCCTCCAACATTATTTTTGAGGATATCACGATGGACAATGTTAGCACTCCCGTTTTC
ATCGACCAAGAGTACTGTCCTTATGCCGACTGCAAAGTTGGGGTACCATTTAAGGTGAAA
TTGTCGGACGTGACCTTCAAGAACATTAAGGGCACATCAGCGACAAAGATTGCTGTGAAA
TTAATTTGCAGCTCAGGCACGCCTTGCACTAACGTTGCTCTTGCTGACATCAACTTGGTC
CACAAAGGTGCAGAAGGACCAGCTGTAGGGGCCTGTGCTAACATGAAGCCTGTTCTCACC
GGACAGATGATTCCACCTGCTTGCACTGAGATCGCTAAATCGGGTCCTTGAATTATATAG
TCGCTTGTCCACCAAGCATCCATTTAATCTGGTTAATTAAGACACTTTGATTAATTAGGC
TGCGATGGAAAAGTTTTGATATATCACTCTTGTATTTATTATACTTTTTTGACATATAAA
TGATGTGGATATCTCCAGAGAGAGTGACACATTACTGAGT

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 5

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GGTGACTCATAAACAGAATATCACTCTTTACAACCATAATTTCCTAGAATGGCGGAGGTT
GCTACCGAAATTGCAAAGAAGATGGAGGAAAACGCGGAGACGCCAGTGACTGTGCCACCA
ACTAAAGCGGTGGAGGCTGCAAGGGCGGAAGAAGCTGAGACCAAGGTGACGGTGATACCT
CCTAAAACGGTCGAGGCTACAAACAAACCGGCGGAACAGGAGGTGAAGCCAACAGAGACG
TCTAGCTTGGTGGGGAAGCTTGAGACAGACGTGGAGATCAAAGCTTCTGCTGAGCAGTTC
CATCACATGTTCACCGGCAAACCACACCATGTTTCCAAAGCATCTCCAGGCAACATTCAG
GGCTGTGATCTGCACGAAGGCGATTGGGGCAAACCTGGCTCTATCATTTTCTGGAACTAC
GTTCATGATGGAGAGGCAAAGGTGGCAAAGGAGAGGATCGAGGCGGTAGAGCCGGAGAAG
AACTTGATCACGTTCAGGGTTATTGAAGGTGATCTGATGAAAGAGTACAAAAGCTTCTTG
CTCACAATCCAGGTGACCCCTAAGCACGGTGGGGCAGGAAGTATTGTGCACTGGCACCTT
GAGTACGAGAAGATTAGCGAAGAGGTTGCTCATCCCGAGACTCTCCTCCAGTTCTGTGTC
GAAGTCTCCAAAGAGATCGACGAACATCTCTTGGCCGATGAATAAATCAAAGGAATATGT
GTTGTGCCTTAAGTTACGTACTTTTACTAAGACAAAATAAAGGACTATGGAGCCCTGTCC
GAGTTTGTGAGAGATAAATTATGAGTGTGCCATGATTATGTGTGTGTATGGTAAGATCGT
TTTACGTTGTGAGTTGTAACTGTGAGAAGCGACGTGTACTAGCTATGATGAGCAGTGCCG
TCCCAAATTATTTATGAGAAAAA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI53TF U 1
AF RR3FN04TF U 3
AF RR3CV94JQB C 739
AF RR3GI53JQ C 692
AF RR3H462TF U 209
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BS 866 866 RR3GI53JQ
BS 867 923 RR3H462TF

RD RR3GI53TF 648 0 0
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GCTACCGAAATTGCAAAGAAGATGGAGGAAAACGCGGAGACGCCAGTGACTGTGCCACCA
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CCTAAAACGGTCGAGGCTACAAACAAACCGGCGGAACAGGAGGTGAAGCCAACAGAGACG
TCTAGCTTGGTGGGGAAGCTTGAGACAGACGTGGAGATCAAAGCTTCTGCTGAGCAGTTC
CATCACACGTTCACCGGCAAACCACACCATGTTTCCAAAGCATCTCCAGGCAACATTCAG
GGCTGTGATCTGCACGAAGGCGATTGGGGCAAACCTGGCTCTATCATTTTCTGGAACTAC
GTTCATGATGGAGAGGCAAAGGTGGCAAAGGAGAGGATCGAGGCGGTAGAGCCGGAGAAG
AACTTGATCACGTTCAGGGTTATTGAAGGTGATCTGATGAAAGAGTACAAAAGCTTCTTG
CTCACAATCCAGGTGACCCCTAAGCACGGTGGGGCAGGAAGTATTGTGCACTGGCACCTT
GAGTACGAGAAGAT*AGCGAAGAGGTTGCTCATCCCGAGACTCTCCTC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3FN04TF 705 0 0
G
GACTCATAAACAGAATATCACTCTTTACAACCATAATTTCCTAGAATGGCGGAGGTTGCT
ACCGAAATTGCAAAGAAGATGGAGGAAAACGCGGAGACGCCAGTGACTGTGCCACCAACT
AAAGCGGTGGAGGCTGCAAGGGCGGAAGAAGCTGAGACCAAGGTGACGGTGATACCTCCT
AAAACGGTCGAGGCTACAAACAAACCGGCGGAACAGGAGGTGAAGCCAACAGAGACGTCT
AGCTTGGTGGGGAAGCTTGAGACAGACGTGGAGATCAAAGCTTCTGCTGAGCAGTTCCAT
CACATGTTCACCGGCAAACCACACCATGTTTCCAAAGCATCTCCAGGCAACATTCAGGGC
TGTGATCTGCACGAAGGCGATTGGGGCAAACCTGGCTCTATCATTTTCTGGAACCACGTT
CATG***GAGAGGCAAAGGTGGCAAAGGAGAGGATCGAGGCGGTAGAGCCGGAGAAGAAC
TTGATCACGTTCAGGGTTATTGAAGGTGATCTGATGAAAGAGTACAAAAGCTTCTTGCTC
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TACGAGAAGATTAGCGAAGAGGTTGCTCATCCCGAGACTCTCCTCCAGTTCTGTGTCGAA
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TC

QA 2 703 2 703
DS 

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QA 1 105 1 105
DS 

RD RR3GI53JQ 203 0 0
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DS 

RD RR3H462TF 715 0 0
G
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CGTGGAGATCAAAGCTTCTGCTGAGCAGTTCCATCACATGTTCACCGGCAAACCACACCA
TGTTTCCAAAGCATCTCCAGGCAACATTCAGGGCTGTGATCTGCACGAAGGCGATTGGGG
CAAACCTGGCTCTATCATTTTCTGGAACTACGTTCATGATGGAGAGGCAAAGGTGGCAAA
GGAGAGGATCGAGGCGGTAGAGCCGGAGAAGAACTTGATCACGTTCAGGGTTATTGAAGG
TGATCTGATGAAAGAGTACAAAAGCTTCTTGCTCACAATCCAGGTGACCCCTAAGCACGG
TGGGGCAGGAAGTATTGTGCACTGGCACCTTGAGTACGAGAAGATTAGCGAAGAGGTTGC
TCATCCCGAGACTCTCCTCCAGTTCTGTGTCGAAGTCTCCAAAGAGATCGACGAACATCT
CTTGGCCGATGAATAAATCAAAGGAATATGTGTTGTGCCTTAAGTTACGTACTTTTACTA
AGACAAAATAAAGGACTATGGAGCCCTGTCCGAGTTTGTGAGAGATAAATTATGAGTGTG
CCATGATTATGTGTGTGTATGGTAAGATCGTTTTACGTTGTGAGTTGTAACTGTGATAAG
CGACGTGTACTAGCTATGATGAGCAGTGCCGTCCCAAATTATTTATGAGAAAAA

QA 2 715 2 715
DS 



AS 1 4

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ACAAGTACAAAGGAAGAGTTGCGGCGTCTGAAAATGTTGACTTATGCACAATACTGATAC
AAAATAATA***TGAACATGTTGTCCTGACACTTGCTTTCTAGAACAACCAATGTTTTCT
CTTTGGCTTCTGCTGAACTGGAACCGCTCGATTGTCGTATAAAGAGTTATAATGCACCTC
CGACCAGAAACTTAACCATAACTCACGCTTAGGTGCTTGGTCTCGAGGCATGATTTCAAT
GAAACAAGTGTCTCTGAAGGATGTCAGCAGGCATATCTTTGCTGCAAACCTATCTGCCGC
AGATTGTAGGGTAATATGGTCTCCCCATTCTCCAAGTTTTGCCATCTTCTTGTAATACCG
TTTGTATTTCATAGGAACATAACTTTCGTACATAGTGCGATTGTCCTTGAGCTGTTTAAC
AACTTCTCCCCTAACCTGCTTGTGGTACTCTGAAGATCGGTACAACTGGTCGGAAAGAGC
TCGGAACTGGCAGTTTCCATCACCAGAGACCTTCAACTCACACAAACCATAAACATTTAG
CCTTTGAAGAAGGCGTTGGTGATCCAAGGTGGCATCATTTAAGTTGGGGATATAAGAATT
TATTCGCGGAACATGGGGAACGGGAGCAAGATTGGAGAGGCGTCTGGCAACAGCACCATC
TAGGTTAGTGTACTCTTCAGATAACATAAGAGCAATCATCCGATCATCTTGAGTATCCCT
TTGACTGCTCCAAGAGGTTGAACCGGAAGAAGAGTCTCCCATCATGTTTTCTAGTAGGTG
AAACTATTTCTAGTCCTTCCGGTGCGAAGGAGACAGCAGCAAGTTGGTGTCGACGACGAT
CTTTATTTTTTTTTTCTTTTTTTTTGGTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
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AF RR3H465JQ U 1
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AF RR3AQ65JQ U 22
AF RR3AQ65TF C 150
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CTTTGGTTTCTGCTGAACTGGAACCGCTCGATTGTCGTATAAAGAGTTATAATGCACCTC
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DS 

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ACAAGTACAAAGGAAGAGTTGCGGCGTCTGAAAATGTTGACTTATGCACAATACTGATAC
AAAATAATAATATGAACATGTTGTCCTGACACTTGCTTTCTAGAACAACCAATGTTTTCT
CTTTGGCTTCTGCTGAACTGGAACCGCTCGATTGTCGTATAAAGAGTTATAATGCACCTC
CGACCAGAAACTTAACCATAGCTCACGCTTAGGTGCTTGGTCTCGAGGCATGATTTCAAT
GAAACAAGTGTCTCTGAAGGATGTCAGCAGGCATATCTTTGCTGCAAACCTATCTGCCGC
AGATTGTAGGGTAATATGGTCTCCCCATTCTCCAAGTTTTGACATCTTCTTGTAATACCG
TTTGTATTTCATAGGAACATAACTTTCGTACATAGTGCGATTGTCCTTGAGCTGTTTAAC
AACTTCTCCCCTAACCTGCTTGTGGTACTCTGAAGATCGGTACAACTGGTCGGAAAGAGC
TCGGAACTGGCAGTTTCCATCACCAGAGACCTTCAACTCACACAAACCATAAACATTCAG
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TA

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DS 

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A
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CCCCATTCTCCAAGTTTTGCCATCTTCTTGTAATACCGTTTGTATTTCATAGGAACATAA
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DS 

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C
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TCCAAGTTTTGCCATCTTCTTGTAATACCGTTTGTATTTCATAGGAACATAACTTTCGTA
CATAGTGCGATTGTCCTTGAGCTGTTTAACAACTTCTCCCCTAACCTGCTTGTGGTACTC
TGAAGATCGGTACAACTGGTCGGAAAGAGCTCGGAACTGGCAGTTTCCATCACCAGAGAC
CTTCAACTCACACAAACCATAAACATTTAGCCTTTGAAGAAGGCGTTGGTGATCCAAGGT
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ATTGGAGAGGCGTCTGGCAACAGCACCATCTAGGTTAGTGTACTCTTCAGATAACATAAG
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AGAGTCTCCCATCATGTTTTCTAGTAGGTGAAACTATTTCTAGTCCTTCCGGTGCGAAGG
AGACAGCAGCAAGTTGGTGTCGACGACGATCTTTATTTTTTTTTTCTTTTTTTTTGGTCC

QA 2 781 2 781
DS 



AS 1 6

CO CL1549Contig1 1133 6 7 U
GGGCTGTCCAAATCCAAAGGCTTGTGTTCACTGCCCCTCTCTAGCGTTTTCCTCATTCTT
TCTTGTTCTTTTGCTTCGGATTCAAGTCAGATAATATGGTGGCTGCTGCTATGGCCTCTG
CTTCTGGTTCTGCTCCTTGTTTCACTGATGCTCGCGTTATCAGACACGATGCTGGAGCTT
TCTGTCTTGCTCCTAGGACAGTCACGTTCGGTGGATTCGTCGATAAATCTATTACCAATC
TCAACAGACTAAGGTTATCTGTTTTGAAGACTAAAGCATCAAATGCTACTGCTGTTGAGA
ATGCAAATGCTGCTGATTCTGACAAAGTTCCAACACCAGTGGTCATAATCGACCAAGATT
CTGACGCTGATGCCACCGTCGTTGAAGTTACATTCGGAGACCGTCTTGGAGCTCTACTTG
ACACTATGAATGCGCTCAAGAACTTGGGTTTGAATGTCGTCAAGGCTAATGTCTACCTAG
ACTCTTCCGGCAAGCACAACAAATTTGCCATTACTAAAGCGGATAGTGGAAGAAAAGTAG
AAGACCCTGAACTGCTTGAGGCCATCCGTCTCACTGTCATCAACAACATGCTTGAGTTTC
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AACTGGTTGATGTGGACATTGCAACACACATAAGCATTGAAGATGATGGACCAGACCGCA
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TTTTATTTTACATTTTGACAAAAATAAGCTGCTTCTTTTTAGTGGCTTTTATCTCATACA
TCTGTAGTAGCAACATTCTCTGTTTCAATCATTTATCAAATTTACTTTCATTT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR3GN87TF U 53
AF RR3DI67TF U 1
AF RR3DI67JQ C 215
AF RR3B785JQ C 520
AF RR3GN87JQ C 953
AF RR3B785TF U 520
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BS 662 662 RR3B785TF
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BS 667 667 RR3B785TF
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BS 676 1129 RR3B785TF
BS 1130 1133 RR3B785JQ

RD RR3GN87TF 594 0 0
GG
ATTCTTTCTTGTTCTTTTGCTTCGGATTCAAGTCAGATAATATGGTGGCTGCTGCTATGG
CCTCTGCTTCTGGTTCTGCTCCTTGTTTCACTGATGCTCGCGTTATCAGACACGATGCTG
GAGCTTTCTGTCTTGCTCCTAGGACAGTCACGTTCGGTGGATTCGTCGATAAATCTATTA
CCAATCTCAACAGACTAAGGTTATCTGGTTTGAAGACTAAAGCATCAAATGCTACTGCTG
TTGAGAATGCAAATGCTGCTGATTCTGACAAAGTTCCAACACCAGTGGTCATAATCGACC
AAGATTCTGACGCCGATGCCACCGTCGTTGAAGTTACATTCGGAGACCGTCTTGGAGCTC
TACTTGACACTATGAATGCGCTCAAGAACTTGGGTTTGAATGTCGTCAAGGCTAATGTCT
ACCTAGACTCTTCCGGCAAGCACAACAAATTTGCCATTACTAAAGCGGATAGTGGAAGAA
AAGTAGAAGACCCTGAACTGCTTGAGGCCATCCGTCTCACTGTCATCAACAACATGCTTG
CTTTTCATCCTGAATCAAGTTCTCAATTGGCAATGGGTGCAGCTTTTGGTGT

QA 3 594 3 594
DS 

RD RR3DI67TF 675 0 0
GGGCTGTCCAAATCCAAAGGCTTGTGTTCACTGCCCCTCTCTAGCGTTTTCCTCATTCTT
TCTTGTTCTTTTGCTTCGGATTCAAGTCAGATAATATGGTGGCTGCTGCTATGGCCTCTG
CTTCTGGTTCTGCTCCTTGTTTCACTGATGCTCGCGTTATCAGACACGATGCTGGAGCTT
TCTGTCTTGCTCCTAGGACAGTCACGTTCGGTGGATTCGTCGATAAATCTATTACCAATC
TCAACAGACTAAGGTTATCTGTTTTGAAGACTAAAGCATCAAATGCTACTGCTGTTGAGA
ATGCAAATGCTGCTGATTCTGACAAAGTTCCAACACCAGTGGTCATAATCGACCAAGATT
CTGACGCTGATGCCACCGTCGTTGAAGTTACATTCGGAGACCGTCTTGGAGCTCTACTTG
ACACTATGAATGCGCTCAAGAACTTGGGTTTGAATGTCGTCAAGGCTAATGTCTACCTAG
ACTCTTCCGGCAAGCACAACAAATTTGCCATTACTAAAGCGGATAGTGGAAGAAAAGTAG
AAGACCCTGAACTGCTTGAGGCCATCCGTCTCACTGTCATCAACAACATGCTTGAGTTTC
ATCCTGAATCAAGTTCTCAATTGGCAATGGGTGCAGCTTTTGGTGTTCTTC*ACCAACTG
A*CTGGGTGATGTGG

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DS 

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AGCATCAAATGCTACTGCTGTTGAGAATGCAAATGCTGCTGATTCTGACAAAGTTCCAAC
ACCAGTGGTCATAATCGACCAAGATTCTGACGCTGATGCCACCGTCGTTGAAGTTACATT
CGGAGACCGTCTTGGAGCTCTACTTGACACTATGAATGCGCTCAAGAACTTGGGTTTGAA
TGTCGTCAAGGCTAATGTCTACCTAGACTCTTCCGGCAAGCACAACAAATTTGCCATTAC
TAAAGCGGATAGTGGAAGAAAAGTAGAAGACCCTGAACTGCTTGAGGCCATCCGTCTCAC
TGTCATCAACAACATGCTTGAGTTTCATCCTGAATCAAGTTCTCAATTGGCAATGGGTGC
AGCTTTTGGTGTTCTTCCACCAACTGAACTGGTTGATGTGGACATTGCAACACACATAAG
CATTGAAGATGATGGACCAGACCGCAGTTTACTATACATAGAAACAGCAGATAGGCCTGG
GCTGTTAGTTGAGCTGGTGAAAATCATTTCTGATATCAGCGTCGCTGTCGAATCTGGAGA
ATTTGACACCGAGGGTTTGTTGGCTAAGGTGAAGTTCCACGTAAGTTACAGAAACAAAGC
TTTAATCAAGCCTCTCCAGCAGGTTACTGTTAATAGTCTGAGGTATTTCTTGAGGCGTCC
ATCAACTGACGAGTCAAGTTTCTGAAATGCTATTTACC

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DS 

RD RR3B785JQ 614 0 0
G
GGATAGTGGAAGAAAAGTAGAAGACCCTGAACTGCTTGAGGCCATCCGTCTCACTGTCAT
CAACAACATGCTTGAGTTTCATCCTGAATCAAGTTCTCAATTGGCAATGGGTGCAGCTTT
TGGTGTTCTTC*ACCAACTGAACTGGTTGATGTGGACATTGCAACACACATAAGCATTGA
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AGTTGAGCTGGTGAAAATCATTTTTGATATCAGCGTCGCTGTCGAATCTGGAGAATTTGA
CACCGAGGGTTTGTTGGCTAAGGTGAATTTCCACGTAAGTTACAGAAACAAAGCTTTAAT
CAAGCCTTTCCAGCAGGTTACTGCTAATAGTTTGAGGTATTTCTTGAGGCGTCCATCAAC
TGACGAGTCAAGTTTTTGAAATGCTATTTACCAAAAAAAAAAAATGAAGTCACATTCCAT
ATGACTGCTTTTTACCACTTTTTTATTTTACATTTTGACAAAAATAAGCTGCTTCTTTTT
AGTGGCTTTTATCTCATACATCTGTAGTAGCAACATTCTCTGTTTCAATCATTTATCAAA
TTTACTTTCATTT

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DS 

RD RR3GN87JQ 177 0 0
TTTT
TGAAATGCTATTTACCAAAAAAAAAAAATGAAGTCACATTCCATATGACTGCTTTTTACC
ACTTTTTTATTTTACATTTTGACAAAAATAAGCTGCTTTTTTTTAGTGGCTTTTATTTCA
TACATCTGTAGTAGCAACATTTTCTGTTTCAATCATTTATCAAATTTACTTTC

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DS 

RD RR3B785TF 614 0 0
G
GGATAGTGGAAGAAAAGTAGAAGACCCTGAACTGCTTGAGGCCATCCGTCTCACTGTCAT
CAACAACATGCTTGAGTTTCATCCTGAATCAAGTTCTCAATTGGCAATGGGTGCAGCTTT
TGGTGTTCTTC*ACCAACTGAACTGGTTGATGTGGACATTGCAACACACATAAGCATTGA
AGATGATGGACCAGACCGCAGTTTACTGTACATAGAAACAGCAGATAGGCCTGGGCTGTT
AGTTGAGCTGGTGAAAATCATTTCTGATATCAGCGTCGCTGTCGAATCTGGAGAATTTGA
CACCGAGGGTTTGTTGGCTAAGGTGAATTTCCACGTAAGTTACAGAAACAAAGCTTTAAT
CAAGCCTCTCCAGCAGGTTACTGCTAATAGTCTGAGGTATTTCTTGAGGCGTCCATCAAC
TGACGAGTCAAGTTTCTGAAATGCTATTTACCAAAAAAAAAAAATGAAGTCACATTCCAT
ATGACTGCTTTTTACCACTTTTTTATTTTACATTTTGACAAAAATAAGCTGCTTCTTTTT
AGTGGCTTTTATCTCATACATCTGTAGTAGCAACATTCTCTGTTTCAATCATTTATCAAA
TTTACTTTC
ATTT

QA 2 610 2 610
DS 



AS 1 6

CO CL1550Contig1 1206 6 13 U
GCGAGAAACATCAGTGCTGCTTCTGCTCCAGCACATTCTACCGGCGAGAATGTGTCTGCT
GGGATTCAGTCTGGCGTTTCTAGTGCTATGACTGAGCAGGGTACCAACACTGTGGCTACT
TCCGCACCGGAGGAAAGGAGCTCGTTACCTGACTTACCATCTGAGAGGAGTAACTCAATT
TTTCTCAACCAGGGTGAACGCGGTAAAGAACATTGTGAAGATTTAGGGCATCCAGAGGTA
GATACTACCGGTGATACCAAATTAAATAAGAAGGCTACTCCAGAAGTTGTGACGCCACTT
GGATTGGGGCTCGGGGGTCTGGACCGTAAGAAACGAAGCAAGCAGCCTAAGACATCAGGT
AAGAATGAAGATGGTGGGACTTCTTCTGCTTCGGTTGAGGGTGTGCAACAGAGCAGTGGG
AACAGTAGTCAACAGCTTTTGCAATCTCTCCTTTCTGGTAGTTCACGTGGGCGAGGTTCT
GATGACGGTGTAGATGTCTCAAGTGCAATGTCTCAGGTGTTGGAGAGCCCTGTTTTGGAT
GGTTTGCTATCAGGGGTATCTCAACAAGCTGGTGTTGATTCACCAAACATGCTGAGAAAT
ATGTTGCAGCAGTTTACCCAGAACCCACAGATCATGGACACAGTCCAGCAAATTGCTCAA
CAGGTGGATGGTCAAGAGATAGAGAATATGATGTCAGGCGGAGCTCATGGCGAAGGAGGA
GGTGGCTTTGATCTCTCAAGAATGGTCCAGCAAATGATGCCTCTAGTCTCACGTGCTTTT
ACCCAAGGAGGACCATCATTTGGACCGCCATTACAACAGGCTGTACAAGCAAATGTTCAA
CCCATGATGCAAATGATTGAGCACTCTGATCCACCAGAAGATGTATTCCGTGCAATGGTT
GAAAATGCTGCGATGAGTCAAGAAGACCTTGCAGACGTGCTCTGCAGTGATGAAGCTCTT
GCGCATGAATACGCGGAGTTGCTAAGGCGTGATCTGGAAGGCCGGCTACAAGATAATCAT
GGTCCATAAGCTACACTTGGCAACATTTGGTTCCATATTTTTCAGTTGTTAAAAGATTTC
TCTGTTTGAATATTCTGTATGAAAAATTAGTAGTTGGGGATAGTTTTCTAAGCTGGAGAT
AATCGATACTAATTTATATGGTCTCTGAAGAACCTATTCAATTTGATATTCTCATCGTTG
AACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR13TF U 1
AF RR3EY07TF U 404
AF RR3EY07JQ C 913
AF RR3C572JQ C 749
AF RR3C572TF U 749
AF RR3GR13JQ C 456
BS 1 694 RR3GR13TF
BS 695 715 RR3EY07TF
BS 716 716 RR3GR13JQ
BS 717 993 RR3EY07TF
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BS 995 1016 RR3EY07TF
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BS 1018 1105 RR3EY07TF
BS 1106 1106 RR3C572TF
BS 1107 1141 RR3EY07TF
BS 1142 1142 RR3C572TF
BS 1143 1161 RR3EY07TF
BS 1162 1206 RR3GR13JQ

RD RR3GR13TF 694 0 0
GCGAGAAACATCAGTGCTGCTTCTGCTCCAGCACATTCTACCGGCGAGAATGTGTCTGCT
GGGATTCAGTCTGGCGTTTCTAGTGCTATGACTGAGCAGGGTACCAACACTGTGGCTACT
TCCGCACCGGAGGAAAGGAGCTCGTTACCTGACTTACCATCTGAGAGGAGTAACTCAATT
TTTCTCAACCAGGGTGAACGCGGTAAAGAACATTGTGAAGATTTAGGGCATCCAGAGGTA
GATACTACCGGTGATACCAAATTAAATAAGAAGGCTACTCCAGAAGTTGTGACGCCACTT
GGATTGGGGCTCGGGGGTCTGGACCGTAAGAAACGAAGCAAGCAGCCTAAGACATCAGGT
AAGAATGAAGATGGTGGGACTTCTTCTGCTTCGGTTGAGGGTGTGCAACAGAGCAGTGGG
AACAGTAGTCAACAGCTTTTGCAATCTCTCCTTTCTGGTAGTTCACGTGGGCGAGGTTCT
GATGACGGTGTAGATGTCTCAAGTGCAATGTCTCAGGTGTTGGAGAGCCCTGTTTTGGAT
GGTTTGCTATCAGGGGTATCTCAACAAGCTGGTGTTGATTCACCAAACATGCTGAGAAAT
ATGTTGCAGCAGTTTACCCAGAACCCACAGATCATGGACACAGTCCAGCAAATTGCTCAA
CAGGTGGATGGTCAAGAGATAGAGAATATGATGT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3EY07TF 759 0 0
G
GCAACAGAGCAGTGGGAACAGTAGTCAACAGCTTTTGCAATCTCTCCTTTCTGGTAGTTC
ACGTGGGCGAGGTTCTGATGACGGTGTAGATGTCTCAAGTGCAATGTCTCAGGTGTTGGA
GAGCCCTGTTTTGGATGGTTTGCTATCAGGGGTATCTCAACAAGCTGGTGTTGATTCACC
AAACATGCTGAGAAATATGTTGCAGCAGTTTACCCAGAACCCACAGATCATGAACACAGT
CCAGCAAATTGCTCAACAGGTGGATGGTCAAGAGATAGAGAATATGATGTCAGGCGGAGC
TCATGGCGAAG*AGGAGGTGGCTTTGATCTCTCAAGAATGGTCCAGCAAATGATGCCTCT
AGTCTCACGTGCTTTTACCCAAGGAGGACCATCATTTGGACCGCCATTACAACAGGCTGT
ACAAGCAAATGTTCAACCCATGATGCAAATGATTGAGCACTCTGATCCACCAGAAGATGT
ATTCCGTGCAATGGTTGAAAATGCTGCGATGAGTCAAGAAGACCTTGCAGACGTGCTCTG
CAGTGATGAAGCTCTTGCGCATGAATACGCGGAGTTGCTAAGGCGTGAT*TGGAAGGCCG
GCTACAAGATAACCATGGTCCATAAGCTACACTTGGCAACATTTGGTTCCATATTTTTCA
GTTGTTAAAAGATTTCTCTGTTTGAATATTCTGTATGAAAA*TTAGTAGTTGGGGATAGT
TTTCTAAGCTGGAGATA*TCGATACTAATTTATATGG
T

QA 2 758 2 758
DS 

RD RR3EY07JQ 267 0 0
ATGAGTCAAGAAGACCTTGCAGACGTGCTCTGCAGTGATGAAGCTCTTGCGCATGAATAC
GCGGAGTTGTTAAGGCGTGAT*TGGAAGGCCGGCTACAAGATAACCATGGTCCATAAGCT
ACACTTGGCAACATTTGGTTCCATATTTTTCAGTTGTTAAAAGATTTCTCTGTTTGAATA
TTCTGTATGAAAAATTAGTAGTTGGGGATAGTTTTTTAAGCTGGAGATAATCGATACTAA
TTTATATGGTCTCTGAAGAACCTATT
T

QA 1 266 1 266
DS 

RD RR3C572JQ 415 0 0
AGCAAATGATGCCTCTAGTCTCACGTGCTTTTACCCAAGGAGGACCATCATTTGGACCGC
CATTACAACAGGCTGTACAAGCAAATGTTCAACCCATGATGCAAATGATTGAGCACTCTG
ATCCAC*AGAAGATGTATTCCGTGCAATGGTTGAAAATGCTGCGATGAGTCAAGAAGACC
TTGCAGACGTGCTCTGCAGTGATGAAGCTCTTGCGCATGAATACGCGGAGTTGCTAAGGC
GTGATCTGGAAGGCCGGCTACAAGATAATCATGGTCCATAAGCTACACTTGGCAACATTT
GGTTCCATATTTTTCAGTTGTTAAAAGATTTCTCTGTTTGAATATTCTGTATGAAAAATT
AGTAGTTGGGGATAGTTTTTTAAGCTGGAGATAATCGATACTAATTTATATGG
CC

QA 1 413 1 413
DS 

RD RR3C572TF 415 0 0
AGCAAATGATGCCTCTAGTCTCACGTGCTTTTACCCAAGGAGGACCATCATTTGGACCGC
CATTACAACAGGCTGTACAAGCAAATGTTCAACCCATGATGCAAATGATTGAGCACTCTG
ATCCAC*AGAAGATGTATTCCGTGCAATGGTTGAAAATGCTGCGATGAGTCAAGAAGACC
TTGCAGACGTGCTCTGCAGTGATGAAGCTCTTGCGCATGAATACGCGGAGTTGCTAAGGC
GTGATCTGGAAGGCCGGCTACAAGATAATCATGGTCCATAAGCTACACTTGGCAACATTT
GGTTCCATATTTTTCAGTTGTTAAAAGATTTCTCTGTTTGAATATTCTGTATGAAAAATT
AGTAGTTGGGGATAGTTTTCTAAGCTGGAGATAATCGATACTAATTTATATGG
CC

QA 1 413 1 413
DS 

RD RR3GR13JQ 751 0 0
TGGTAGTTCACGTGGGCGAGGTTCTGATGACGGTGTAGATGTCTCAAGTGCAATGTCTCA
GGTGTTGGAGAGCCCTGTTTTGGATGGTTTGCTATCAGGGGTATCTCAACAAGCTGGTGT
TGATTCACCAAACATGCTGAGAAATATGTTGCAGCAGTTTACCCAGAACCCACAGATCAT
GGACACAGTCCAGCAAATTGCTCAACAGGTGGATGGTCAAGAGATAGAGAATATGATGTC
AGGCGGAGCTCATGGCGAAGGAGGAGGTGGCTTTGATCTCTCAAGAATGGTCCAGCAAAT
GATGCCTCTAGTCTCACGTGCTTTTACCTAAGGAGGACCATCATTTGGACCGCCATTACA
ACAGGCTGTACAAGCAAATGTTCAACCCATGATGCAAATGATTGAGCACTCTGATCCACC
AGAAGATGTATTCCGTGCAATGGTTGAAAATGCTGCGATGAGTCAAGAAGACCTTGCAGA
CGTGCTCTGCAGTGATGAAGCTCTTGCGCATGAATACGCGGAGTTGCTAAGGCGTGATCT
GGAAGGCCGGCTACAAGATAATCATGGTCCATAAGCTACACTTGGCAACAATTGGTTCCA
TATTTTTCAGTTGTTAAAAGATTTCTCTGTTTGAATATTCTGTATGAAAAATTAGTAGTT
GGGGATAGTTTTCTAAGCTGGAGATAATCGATACTAATTTATATGGTCTCTGAAGAACCT
ATTCAATTTGATATTCTCATCGTTGAACACC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 2 6

CO CL1551Contig1 816 2 10 U
GAGATCAGAAACGGTGTTATCTCGCCGCCGGTGCCGGAGTCCACCGTTGATTGTAGCAAC
CGAAAGCATTTAACCGGAGTTTCTCAATCCGTAATTGAGTACCAAAACGGGAATCCATTT
GACTGTTGTTTAGAAAGATGAAGAAGCTGCTGGAGTTTGGGAGAAAAGCAATGTTCTATG
TGAGAGTACTCTCTGGGTATGAAGAAAGGAGAATCCGTAATTACAGGTTGCAACTCGAGA
AGCGTATTCAGCAGGCCCAACAAAGGAAAGCAGAAATAAACAGACTCCCAGAGAAGATTG
TGTTATCTGAAGTCCGCCGCATGGTTGAACAGATGCAGAATTTGAATAAGCAGATTGAGA
ATACGGAGGCTCAGATTGAAGACTACTTCAAACCGATAGACAAGCAAGCTGGTACTATAA
TGGAGGTTCAGCTGGAATCAGAGAAGAAAACGATGGGGACAATGATGAACGCAACACAAG
AGGAAACCATCAGAAAAATTGAAGAAGCTGAGAGGCTCGCTCGGGCACATGGAAATGCAA
ATGCAACTGTAGATGCAAACATGGGAGAGAAATTCCAAGATTCACAATCCTCTGCCAATG
AGAAAGTCCAAGCAAAATAAAGTCAGTTTTTGTATTCAGAGTCTTCTGAAAAAGTCCAAT
GTTTCAGATTCTCTGTTGGATTTTAATAATATGAATTGACTGAATAGAATCAAGACCGAG
ATTGTGTTCTGTTTAGCGTGCAAGAGAACTTATAAGCTGGCTCTGGTTGAACTATCCAAC
AGCAACCTCGTTTTTGTCAATATAGTATATTGCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO26TF U 1
AF RR3EO26JQ C 95
BS 1 652 RR3EO26TF
BS 653 653 RR3EO26JQ
BS 654 742 RR3EO26TF
BS 743 743 RR3EO26JQ
BS 744 747 RR3EO26TF
BS 748 748 RR3EO26JQ
BS 749 754 RR3EO26TF
BS 755 755 RR3EO26JQ
BS 756 770 RR3EO26TF
BS 771 816 RR3EO26JQ

RD RR3EO26TF 779 0 0
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CGAAAGCATTTAACCGGAGTTTCTCAATCCGTAATTGAGTACCAAAACGGGAATCCATTT
GACTGTTGTTTAGAAAGATGAAGAAGCTGCTGGAGTTTGGGAGAAAAGCAATGTTCTATG
TGAGAGTACTCTCTGGGTATGAAGAAAGGAGAATCCGTAATTACAGGTTGCAACTCGAGA
AGCGTATTCAGCAGGCCCAACAAAGGAAAGCAGAAATAAACAGACTCCCAGAGAAGATTG
TGTTATCTGAAGTCCGCCGCATGGTTGAACAGATGCAGAATTTGAATAAGCAGATTGAGA
ATACGGAGGCTCAGATTGAAGACTACTTCAAACCGATAGACAAGCAAGCTGGTACTATAA
TGGAGGTTCAGCTGGAATCAGAGAAGAAAACGATGGGGACAATGATGAACGCAACACAAG
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ATGCAACTGTAGATGCAAACATGGGAGAGAAATTCCAAGATTCACAATCCTCTGCCAATG
AGAAAGTCCAAGCAAAATAAAGTCAGTTTTTGTATTCAGAGTCTTCTGAAAA*GTCCAAT
GTTTCAGATTCTCTGTTGGATTTTAATAATATGAATTGACTGAATAGAATCAAGACCGAG
ATTGTGTTCTGTTTAGCGTGCA*GAGA*CTTATA*GCTGGCTCTGGTTGA
CTATCCACA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3EO26JQ 722 0 0
TTGAGTACCAAAACGGGAATCCATTTGACTGTTGTTTAGAAAGATGAAGAAGCTGCTGGA
GTTTGGGAGAAAAGCAATGTTCTATGTGAGAGTACTCTCTGGGTATGAAGAAAGGAGAAT
CCGTAATTACAGGTTGCAACTCGAGAAGCGTATTCAGCAGGCCCAACAAAGGAAAGCAGA
AATAAACAGACTCCCAGAGAAGATTGTGTTATCTGAAGTCCGCCGCATGGTTGAACAGAT
GCAGAATTTGAATAAGCAGATTGAGAATACGGAGGCTCAGATTGAAGACTACTTCAAACC
GATAGACAAGCAAGCTGGTACTATAATGGAGGTTCAGCTGGAATCAGAGAAGAAAACGAT
GGGGACAATGATGAACGCAACACAAGAGGAAACCATCAGAAAAATTGAAGAAGCTGAGAG
GCTCGCTCGGGCACATGGAAATGCAAATGCAACTGTAGATGCAAACATGGGAGAGAAATT
CCAAGATTCACAATCCTCTGCCAATGAGAAAGTCCAAGCAAAATAAAGTCAGTTTTTGTA
TTCAGAGTCTTCTGAAAAAGTCCAATGTTTCAGATTTTCTGTTGGATTTTAATAATATGA
ATTGACTGAATAGAATCAAGACCGAGATTGTGTTCTGTTTAGCGTGCAAGAGAACTTATA
AGCTGGCTCTGGTTGAACTATCCAACAGCAACCTCGTTTTTGTCAATATAGTATATTGCA
CC

QA 1 722 1 722
DS 



CO CL1551Contig2 726 4 6 U
GGATGCAAGTCAAAACGAAAGAGATCAGAAACGGTGTTATCTCGCCGCCGGTGCCGGAGT
CCACCGTTGATTGTAGCAACCGAAAGTATTTAACCGGAGTTTCTCAATCCGTAATTGAGT
ACCAAAACGGGAATCCATTTGACTCTTGTTTAGAAAGATGAAGAAGCTGCCGGAGTTTGG
GAGAAAAGCAATGTTCTATGTGAGAGTACTCTCTGGGTACGAAGAAAGGAGAATCCGTAA
TTACAGGTTGCAACTCGAGAAGCGTATTCAGCAGGCCCAACAAAGGAAAGCCGAAATAAA
CAGACTCCCAGAGAAGATTGTATTATCTGAAGTCCGCCGCATGGTTGAACAGATGCAGAA
TTTGAATAAGCAGATTGAGAATACGGAGGCTCAGATTGAAGACTACTTCAAACCGATAGA
CAAACAAGCTGGTACAATAATGGAGGTTCAGCTGGAATCAGAGAAGAAAACGATGGGGAC
AATGATGAACGCAACACAAGAGGAAACCATAAGAAAAATTGAAGAAGCTGAGAGGCTCGC
TCGGGCACATGGAAATGCAAATGCAAACATGGGAGAGCAAATCCAAGATTCACAATCCTC
TGCCAATGAGAAAGCTCAAGCAAAATAAAAGTCAATTTTTGTATTCCGAGTCTTCTAAAC
AAGTCCAATGTTTCAGATTCTCTGTTGGATTTTAATAATATGAATTTACTGAATAGAATC
AAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3FK03JQ C 1
AF RR3FK03TF U 1
AF RR3BT05TF U 3
AF RR3BT05JQ C 7
BS 1 6 RR3FK03JQ
BS 7 170 RR3FK03TF
BS 171 171 RR3BT05TF
BS 172 713 RR3FK03TF
BS 714 718 RR3BT05TF
BS 719 726 RR3BT05JQ

RD RR3FK03JQ 711 0 0
GGATGCAAGTCAAAACGAAAGAGATCAGAAACGGTGTTATCTCGCCGCCGGTGCCGGAGT
CCACCGTTGATTGTAGCAACCGAAAGTATTTAACCGGAGTTTCTCAATCCGTAATTGAGT
ACCAAAACGGGAATCCATTTGACTCTTGTTTAGAAAGATGAAGAAGCTGCTGGAGTTTGG
GAGAAAAGCAATGTTCTATGTGAGAGTACTCTCTGGGTACGAAGAAAGGAGAATCCGTAA
TTACAGGTTGCAACTCGAGAAGCGTATTCAGCAGGCCCAACAAAGGAAAGCCGAAATAAA
CAGACTCCCAGAGAAGATTGTATTATTTGAAGTCCGCCGCATGGTTGAACAGATGCAGAA
TTTGAATAAGCAGATTGAGAATACGGAGGCTCAGATTGAAGACTACTTCAAACCGATAGA
CAAACAAGCTGGTACAATAATGGAGGTTCAGCTGGAATCAGAGAAGAAAACGATGGGGAC
AATGATGAACGCAACACAAGAGGAAACCATAAGAAAAATTGAAGAAGCTGAGAGGCTCGC
TCGGGCACATGGAAATGCAAATGCAAACATGGGAGAGCAAATCCAAGATTCACAATCCTC
TGCCAATGAGAAAGCTCAAGCAAAATAAAAGTCAATTTTTGTATTCCGAGTCTTCTAAAC
AAGTCCAATGTTTCAGATTCTCTGTTGGATTTTAATAATATGAATTTACTG

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3FK03TF 714 0 0
GGATGC
AAGTCAAAACGAAAGAGATCAGAAACGGTGTTATCTCGCCGCCGGTGCCGGAGTCCACCG
TTGATTGTAGCAACCGAAAGTATTTAACCGGAGTTTCTCAATCCGTAATTGAGTACCAAA
ACGGGAATCCATTTGACTCTTGTTTAGAAAGATGAAGAAGCTGCTGGAGTTTGGGAGAAA
AGCAATGTTCTATGTGAGAGTACTCTCTGGGTACGAAGAAAGGAGAATCCGTAATTACAG
GTTGCAACTCGAGAAGCGTATTCAGCAGGCCCAACAAAGGAAAGCCGAAATAAACAGACT
CCCAGAGAAGATTGTATTATCTGAAGTCCGCCGCATGGTTGAACAGATGCAGAATTTGAA
TAAGCAGATTGAGAATACGGAGGCTCAGATTGAAGACTACTTCAAACCGATAGACAAACA
AGCTGGTACAATAATGGAGGTTCAGCTGGAATCAGAGAAGAAAACGATGGGGACAATGAT
GAACGCAACACAAGAGGAAACCATAAGAAAAATTGAAGAAGCTGAGAGGCTCGCTCGGGC
ACATGGAAATGCAAATGCAAACATGGGAGAGCAAATCCAAGATTCACAATCCTCTGCCAA
TGAGAAAGCTCAAGCAAAATAAAAGTCAATTTTTGTATTCCGAGTCTTCTAAACAAGTCC
AATGTTTCAGATTCTCTGTTGGATTTTAATAATATGAATTTACTGAA
A

QA 7 713 7 713
DS 

RD RR3BT05TF 716 0 0
GGGC
AAGTCAAAACGAAAGAGATCAGAAACGGTGTTATCTCGCCGCCGGTGCCGGAGTCCACCG
TTGATTGTAGCAACCGAAAGTATTTAACCGGAGTTTCTCAATCCGTAATTGAGTACCAAA
ACGGGAATCCATTTGACTCTTGTTTAGAAAGATGAAGAAGCTGCCGGAGTTTGGGAGAAA
AGCAATGTTCTATGTGAGAGTACTCTCTGGGTACGAAGAAAGGAGAATCCGTAATTACAG
GTTGCAACTCGAGAAGCGTATTCAGCAGGCCCAACAAAGGAAAGCCGAAATAAACAGACT
CCCAGAGAAGATTGTATTATCTGAAGTCCGCCGCATGGTTGAACAGATGCAGAATTTGAA
TAAGCAGATTGAGAATACGGAGGCTCAGATTGAAGACTACTTCAAACCGATAGACAAACA
AGCTGGTACAATAATGGAGGTTCAGCTGGAATCAGAGAAGAAAACGATGGGGACAATGAT
GAACGCAACACAAGAGGAAACCATAAGAAAAATTGAAGAAGCTGAGAGGCTCGCTCGGGC
ACATGGAAATGCAAATGCAAACATGGGAGAGCAAATCCAAGATTCACAATCCTCTGCCAA
TGAGAAAGCTCAAGCAAAATAAAAGTCAATTTTTGTATTCCGAGTCTTCTAAACAAGTCC
AATGTTTCAGATTCTCTGTTGGATTTTAATAATATGAATTTACTGAATAGAA

QA 5 716 5 716
DS 

RD RR3BT05JQ 720 0 0
AAGTCAAAACGAAAGAGATCAGAAACGGTGTTATCTCGCCGCCGGTGCCGGAGTCCACCG
TTGATTGTAGCAACCGAAAGTATTTAACCGGAGTTTCTCAATCCGTAATTGAGTACCAAA
ACGGGAATCCATTTGACTCTTGTTTAGAAAGATGAAGAAGCTGCCGGAGTTTGGGAGAAA
AGCAATGTTCTATGTGAGAGTACTCTCTGGGTACGAAGAAAGGAGAATCCGTAATTACAG
GTTGCAACTCGAGAAGCGTATTCAGCAGGCCCAACAAAGGAAAGCCGAAATAAACAGACT
CCCAGAGAAGATTGTATTATCTGAAGTCCGCCGCATGGTTGAACAGATGCAGAATTTGAA
TAAGCAGATTGAGAATACGGAGGCTCAGATTGAAGACTACTTCAAACCGATAGACAAACA
AGCTGGTACAATAATGGAGGTTCAGCTGGAATCAGAGAAGAAAACGATGGGGACAATGAT
GAACGCAACACAAGAGGAAACCATAAGAAAAATTGAAGAAGCTGAGAGGCTCGCTCGGGC
ACATGGAAATGCAAATGCAAACATGGGAGAGCAAATCCAAGATTCACAATCCTCTGCCAA
TGAGAAAGCTCAAGCAAAATAAAAGTCAATTTTTGTATTCCGAGTCTTCTAAACAAGTCC
AATGTTTCAGATTCTCTGTTGGATTTTAATAATATGAATTTACTGAATAGAATCAAAACC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 5

CO CL1552Contig1 575 5 13 U
GGGGGAAATTGCGTAAGAAGCAACCTAAGAGATTTCAGAGGAAGACGATCGATGGATCCT
CGGATATGGCACAAAGTCGCCGCCGTTTCTGGCATGGCTGCTCTTGGTTTAGGAACTTAC
GGTGCTCATTTCTTTAAGCCAGAAAACCCTTCTTACAAACAGGTGTGGCAAACGGCTTCT
CTTTACCATTTGGTTCACACTGCAGCTCTTGTTTCTGCTCCTAGCACTAAATATCCCAAC
ATTTTTGGTGGCTTGTTGACTACTGGGATTGTGGCCTTTTCCGGCACGTGTTACATGGTA
GCATTGCGCGAGGACAGGAAGTTTTCTACCCTGGCACCATTCGGAGGCTTTGCGTTCATT
GCTGCATGGGCAACTCTACTTTTTTAAAGAATTTCAAATCATTTTTACTGTCAATTTGTG
GTCATTCTTCAGCCTTATCCTACCTATGAACTCAATGTTTTCCCTTCAAAGATTGCTTAA
TACTTAAATGTAATGACCAGATTATGTTAACTATATGCTTCGCTTGTTGAATTTGTTGCT
GGAAATATTATATATGTAATTGATCAGATTCATGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 20 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3CS11TF U 20
AF RR3AV88JQ C 1
AF RR3AE03JQ C 185
AF RR3AE03TF U 162
AF RR3AV88TF U 1
BS 1 19 RR3AV88TF
BS 20 38 RR3CS11TF
BS 39 39 RR3AV88TF
BS 40 69 RR3CS11TF
BS 70 70 RR3AV88TF
BS 71 161 RR3CS11TF
BS 162 204 RR3AE03TF
BS 205 205 RR3CS11TF
BS 206 489 RR3AE03TF
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BS 491 546 RR3AE03TF
BS 547 570 RR3AV88TF
BS 571 575 RR3AV88JQ

RD RR3CS11TF 489 0 0
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CCGCCGTTTCTGGCATGGCTGCTCTTGGTTTAGGAACTTACGGTGCTCATTTCTTTAAGC
CAGAAAACCCTTCTTACAAACAGGTGTGGCAAACGGCTTCTCTTTACCATTTGGTTCACA
CTGCAGCTCTTGTTTCTGCTCCTAGCACTAAATATCCCAACATTTTTGGTGGCTTGTTGA
CTACTGGGATTGTGGCCTTTTCCGGCACGTGTTACATGGTAGCATTGCGCGAGGACAGGA
AGTTTTCTACCCTGGCACCATTCGGAGGCTTTGCGTTCATTGCTGCATGGGCAACTCTAC
TTTTTTAAAGAATTTCAAATCATTTTTACTGTCAATTTGTGGTCATTCTTCAGCCTTATC
CTACCTATGAACTCAATGTTTTCCCTTCAGAGATTGCTTAATACTTAAATGTAATGACCA
GATTATGTT

QA 1 489 1 489
DS 

RD RR3AV88JQ 575 0 0
GGGGGAAATTGCGTAAGAAGCAACCTAAGAGATTTCAGAGGAAGACGATCGATGGATCCT
CGGATATGGCACAAAGTCGCCGCCGTTTCTGGCATGGCTGCTCTTGGTTTAGGAACTTAC
GGTGCTCATTTCTTTAAGCCAGAAAACCCTTCTTACAAACAGGTGTGGCAAACGGCTTCT
CTTTACCATTTGGTTCACACTGCAGCTCTTGTTTCTGCTCCTAGCACTAAATATCCCAAC
ATTTTTGGTGGCTTGTTGACTACTGGGATTGTGGCCTTTTCCGGCACGTGTTACATGGTA
GCATTGCGCGAGGACAGGAAGTTTTCTACCCTGGCATCATTCGGAGGCTTTGCGTTCATT
GCTGCATGGGCAACTCTACTTTTTTAAAGAATTTCAAATCATTTTTACTGTCAATTTGTG
GTCATTCTTCAGCCTTATCCTACCTATGAACTCAATGTTTTCCCTTCAAAGATTGCTTAA
TACTTAAATGTAATGACCAGATTATGTTAACTATATGCTTCGCTTGTTGAATTTGTTGCT
GGAAATATTATATATGTAATTGATCAGATTCATGC

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR3AE03JQ 362 0 0
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TTGGTGGCTTGTTGACTACTGGGATTGTGGCCTTTTCCGGCACGTGTTACATGGTAGCAT
TGCGCGAGGACAGGAAGTTTTTTACCCTGGCACCATTCGGAGGCTTTGCGTTCATTGCTG
CATGGGCAACTTTACTTTTTTAAAGAATTTCAAATCATTTTTACTGTCAATTTGTGGTCA
TTTTTCAGCCTTATCCTACCTATGAACTCAATGTTTTCCCTTCAAAGATTGCTTAATACT
TAAATTTAATGACCAGATTATGTTAACTATATGCTTCGCTTGTTGAATTTGTTGCTGGAA
AT

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR3AE03TF 385 0 0
GGTGTGGCAAACGGCTTCTCTTTACCATTTGGTTCACACTGCATCTCTTGTTTCTGCTCC
TAGCACTAAATATCCCAACATTTTTGGTGGCTTGTTGACTACTGGGATTGTGGCCTTTTC
CGGCACGTGTTACATGGTAGCATTGCGCGAGGACAGGAAGTTTTCTACCCTGGCACCATT
CGGAGGCTTTGCGTTCATTGCTGCATGGGCAACTCTACTTTTTTAAAGAATTTCAAATCA
TTTTTACTGTCAATTTGTGGTCATTCTTCAGCCTTATCCTACCTATGAACTCAATGTTTT
CCCTTCAAAGATTGCTTAATACTTAAATTTAATGACCAGATTATGTTAACTATATGCTTC
GCTTGTTGAATTTGTTGCTGGAAAT

QA 1 385 1 385
DS 

RD RR3AV88TF 575 0 0
GGGGGAAATTGCGTAAGAAGCAACCTAAGAGATTTCAGAGGAAGACGATCGATGGATCCT
CGGATATGGCACAAAGTCGCCGCCGTTTCTGGCATGGCTGCTCTTGGTTTAGGAACTTAC
GGTGCTCATTTCTTTAAGCCAGAAAACCCTTCTTACAAACAGGTGTGGCAAACGGCTTCT
CTTTACCATTTGGTTCACACTGCAGCTCTTGTTTCTGCTCCTAGCACTAAATATCCCAAC
ATTTTTGGTGGCTTGTTGACTACTGGGATTGTGGCCTTTTCCGGCACGTGTTACATGGTA
GCATTGCGCGAGGACAGGAAGTTTTCTACCCTGGCATCATTCGGAGGCTTTGCGTTCATT
GCTGCATGGGCAACTCTACTTTTTTAAAGAATTTCAAATCATTTTTACTGTCAATTTGTG
GTCATTCTTCAGCCTTATCCTACCTATGAACTCAATGTTTTCCCTTCAAAGATTGCTTAA
TACTTAAATGTAATGACCAGATTATGTTAACTATATGCTTCGCTTGTTGAATTTGTTGCT
GGAAATATTATATATGTAATTGATCAGATT
CATGC

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 5

CO CL1553Contig1 1284 5 3 U
AACATAAAGTAACACCATATATTTTACTATCTTTTCTTCGAATATTATATGCAAACGCAA
ACATCAAAGTTCAAAATCCCATAAAAAGCAAACCCATTTCAACTAAAAGAAAACACAGAC
CCCTCCCCTTTTCCCTTTTTCACTTGCAATGATAACAACGACTTAGTTTGACTAATCAAC
CAGAAGTAAAATAACTTAGTTGAAATAAAAGAAAACACTTTTAAGATTGTAATGATCTTG
AGAGGAAATCAAACATCAAATCTTCATCAAGGCTTGAACTGATCTTCTTGCTCCTCAACA
AACTCTTCAGGCTGTTTGGTCATCGTGTTCTTCTCCCACTTTGTATTGTACTGATCCTTG
AAGCTCTTCTCCTCCTCATTGTTGTAGTTGTTGTACGACTGGTCGTAGTTATTCTCAGTC
GCCTGAGAAGAATAGTAACCGGCAGGGCTTTTCTGATGAGGCTTCCGGTAGAAATGGCCG
TGGTTTCTGTCGTTGTAAAGGTCATAGTAGTAGTTACCCTTTTCCATGAACCTT*GTGTC
GCTCATGCCTTGTCTCTCCAAGTTGTGGCTGTAACCTTTGTAAGGCGTTTCACGCTCTAG
CTCCGTTCCGTAAGCGTTGGAGTTGTAGATACCTCTCTTGTCTTCATTGTTCTCAGAGAA
TGACCCTTCCTTGAAGTTTTCATCGTACTTGTTGTTGT***TGAACTCTTCCTTGAAGTT
TTCATCGTACTTGTTGTTGTTGTTGAACTCTTCCTTGACGTTTTCATCGTACTTGTTGT*
**TGAACTCTTCGTTGTTGTAACGGTTGTTGTCGTAGCTCTCGGTCTTCTTCGGGTAGTT
CTCCTCGTAGTTGTTGTAAGGCTCTTCGGTCTCGCTCAAGCTTGGAGTTGAGAAAGTCTC
ACCGTTGAATTTTTCATCGTACTTGTTGTTGTTGTTGTTGAACTCTTCTTTCTTGTTGTT
GTAGGTGGTCTCATGACCATATAAGCCATAGCCGTTTTCGGACTCAGGGACAAAGGTAGG
ATCTTGCTCTTGCTCTTTCTTGTTGGGAAAAGATTCTTCTACTGTGGTTTTCTCGCTAGT
CTCGAGAGGGAGGACATTGTTAGTGTTTTGGTCTTTGGGGGATTCTCGGTGGAATTTTCC
AAAGAAGTAGCTCTCTCTTGCATTGATTTGAGTGGAGAGAAGAACAAGTGTTGTGAAGCA
GACGAAGAGAGAGCTTCTAGTGGCGAAAGCCATGATGTGTAGTGTAGTGTGATTGGGAGG
AGAGAAGAGACAATGTGATAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H744JQ U 6
AF RR3EZ74JQ U 56
AF RR3A976JQ U 1
AF RR3A976TF C 523
AF RR3H744TF C 554
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BS 843 1248 RR3A976TF
BS 1249 1284 RR3H744TF

RD RR3H744JQ 652 0 0
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AAAGTTCAAAATCCCATAAAAAGCAAACCCATTTCAACTAAAAGAAAACACAGACCCCTC
CCCTTTTCCCTTTTTCACTTGCAATGATAACAACGACTTAGTTTGACTAATCAACCAGAA
GTAAAATAACTTAGTTGAAATAAAAGAAAACACTTTTAAGATTGTAATGATCTTGAGAGG
AAATCAAACATCAAATCTTCATCAAGGCTTGAACTGATCTTCTTGCTCCTCAACAAACTC
TTCAGGCTGTTTGGTCATCGTGTTCTTCTCCCACTTTGTATTGTACTGATCCTTGAAGCT
CTTCTCCTCCTCATTGTTGTAGTTGTTGTACGACTGGTCGTAGTTATTCTCAGTCGCCTG
AAAAAAATAGTAACCGGCAGGGCTTTTCTGATGAGGCTTCCGGTAAAAATGGCCGTGGTT
TCTGTCGTTGTAAAGGTCATAGTAGTAGTTACCCTTTTCCATGAACCTT*GTGTCGCTCA
TGCCTTGTCTCTCCAAGTTGTGGCTGTAACCTTTGTAAGGCGTTTCACGCTCTAGCTCCG
TTCCGTAAGCGTTGGAGTTGTAGATACCTCTCTTGTCTTCATTGTTCTCAGA

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DS 

RD RR3EZ74JQ 773 0 0
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CAGACCCCTCCCCTTTTCCCTTTTTCACTTGCAATGATAACAACGACTTAGTTTGACTAA
TCAACCAGAAGTAAAATAACTTAGTTGAAATAAAAGAAAACACTTTTAAGATTGTAGTGA
TCTTGAGAGGAAATCAAACATCAAATCTTCATCAAGGCTTGAACTGATCTCCTTGCTCCT
CAACAAACTCTTCAGGCTGTTTGTTCATCATGTTCTTCTCCCACTTGGAATTGTACTGAT
CCTTGAAGCTCTTCTCCTCCTCATTGTTGTAGTTGTTGTACGACTGGTCGTAGTTATTCT
CGGTCGCCTGAGAAGAATAATAACCGGCAGG*CTTTTCTGATGAGGCTTCCGGTAGAAAT
GGCCGTGGTTTCTGTCGTTGTAAAGATCATAGTAGTAGTTACCCTTTTCCATGAACCTT*
GTGTCACTCATGCCTTGTCTCTCCAAGTTGTGGCTGTAACCTATGTAAGGCGTTTCACGC
TCTAACTCAGTTCCGTAAGCGTTGGAGTTGTAGATACCTCTCTTGTCTTCATTGTTCTCA
GAGAATGACTCTTCCTTGAAGTTTTCGTCGTACTTGTTGTTGTTGTTGAACTCTTCCTTG
AAGTTTTCATCGTACTTGTTGTTGTTGTTGAACTCTTCCTTGACGTTTTCATCGTACTTG
TTGTTGTTGAACTCTTCGTTGTTGTAACGGTTGTTGTCGTAGCTCTCGGTCTT

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DS 

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AACATAAAGTAACACCATATATTTTACTATCTTTTCTTCGAATATTATATGCAAACGCAA
ACATCAAAGTTCAAAATCCCATAAAAAGCAAACCCATTTCAACTAAAAGAAAACACAGAC
CCCTCCCCTTTTCCCTTTTTCACTTGCAATGATAACAACGACTTAGTTTGACTAATCAAC
CAGAAGTAAAATAACTTAGTTGAAATAAAAGAAAACACTTTTAAGATTGTAATGATCTTG
AGAGGAAATCAAACATCAAATCTTCATCAAGGCTTGAACTGATCTTCTTGCTCCTCAACA
AACTCTTCAGGCTGTTTGGTCATCGTGTTCTTCTCCCACTTTGTATTGTACTGATCCTTG
AAGCTCTTCTCCTCCTCATTGTTGTAGTTGTTGTACGACTGGTCGTAGTTATTCTCAGTC
GCCTGAGAAGAATAGTAACCGGCAGGGCTTTTCTGATGAGGCTTCCGGTAGAAATGGCCG
TGGTTTCTGTCGTTGTAAAGGTCATAGTAGTAGTTACCCTTTTCCATGAACCTT*GTGTC
GCTCATGCCTTGTCTCTCCAAGTTGTGGCTGTAACCTTTGTAAGGCGTTTCACGCTCTAG
CTCCGTTCCGTAAGCGTTGGAGTTGTAGATACCTCTCTTGTCTTCATTGTTCTCAGAGAA
TGACCCTTCCTTGAAGTTTTCATCGTACTTGTTGTTGT***TGAACTCTTCCTTGAAGTT
TTCATCGTACTTGTTGTTGTTGTTGAACTCTTCCTTGACGTTTTCATCGTACTTGTTGT*
**TGAACTCTTCGTTGTTGTAACGGTTGTTGTCGTAGCTCTCGGTCTTCTTCGGGTAGTT
CT

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR3A976TF 728 0 0
TCCATGAACCTTTGTGTCGCTCATGCCTTGTCTCTCCAAGTTGTGGCTGTAACCTTTGTA
AGGCGTTTCACGCTCTAGCTCCGTTCCGTAAGCGTTGGAGTTGTAGATACCTCTCTTGTC
TTCATTGTTCTCAGAGAATGACCCTTCCTTGAAGTTTTCATCGTACTTGTTGTTGT***T
GAACTCTTCCTTGAAGTTTTCATCGTACTTGTTGTTGTTGTTGAACTCTTCCTTGACGTT
TTCATCGTACTTGTTGT***TGAACTCTTCGTTGTTGTAACGGTTGTTGTCGTAGCTCTC
GGTCTTCTTCGGGTAGTTCTCCTCGTAGTTGTTGTAAGGCTCTTCGGTCTCGCTCAAGCT
TGGAGTTGAGAAAGTCTCACCGTTGAATTTTTCATCGTACTTGTTGTTGTTGTTGTTGAA
CTCTTCTTTCTTGTTGTTGTAGGTGGTCTCATGACCATATAAGCCATAGCCGTTTTCGGA
CTCAGGGACAAAGGTAGGATCTTGCTCTTGCTCTTTCTTGTTGGGAAAAGATTCTTCTAC
TGTGGTTTTCTCGCTAGTCTCGAGAGGGAGGACATTGTTAGTGTTTTGGTCTTTGGGGGA
TTCTCGGTGGAATTTTCCAAAGAAGTAGCTCTCTCTTGCATTGATTTGAGTGGAGAGAAG
AACAAGTGTTGTGAAGCAGACGAAGAGAGAGCTTCTAGTGGCGAAAGCCATGATGTGTAG
TGTAGT
CC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3H744TF 731 0 0
CTCTCCAAGTTGTGGCTGTA**CTTTGTAAGGCGTTTCACGCTCTAGCTCCGTTC*GTAA
GCGTGGGAGTTGTAGATACCTCTCTTGTCTTCATTGTTCTCAGAGAATGACTCTTCCTTG
AAGTTTTCATCGTACTTGTTGTTGT***TGAACTCTTCCTTGAAGTTTTCATCGTACTTG
TTGTTGTTGTTGAACTCTTCCTTGACGTTTTCATCGTACTTGTTGT***TGAACTCTTCG
TTGTTGTAACGGTTGTTGTCGTAGCTCTCGGTCTTCTTCGGGTAGTTCTCCTCGTAGTTG
TTGTAAGGCTCTTCGGTCTCGCTCAAGCTTGGAGTTGAGAAAGTCTCACCGTTGAATTTT
TCATCGTACTTGTTGTTGTTGTTGTTGAACTCTTCTTTCTTGTTGTTGTAGGTGGTCTCA
TGACCATATAAGCCATAGCCGTTTTCGGACTCAGGGACAAAGGTAGGATCTTGCTCTTGC
TCTTTCTTGTTGGGAAAAGATTCTTCTACTGTGGTTTTCTCGCTAGTCTCGAGAGGGAGG
ACATTGTTAGTGTTTTGGTCTTTGGGGGATTCTCGGTGGAATTTTCCAAAGAAGTAGCTC
TCTCTTGCATTGATTTGAGTGGAGAGAAGAACAAGTGTTGTGAAGCAGACGAAGAGAGAG
CTTCTAGTGGCGAAAGCCATGATGTGTAGTGTAGTGTGATTGGGAGGAGAGAAGAGACAA
TGTGATAGTCC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

CO CL1554Contig1 996 4 11 U
AGAGAATTCTAACCAATACTCTTTCTTTCTAAGAAAAGTTGAACTCGCAAGTTGTTATCA
ACCAAACAGCTCTTTCTTTCACCAAATCTACAGACACAATAAGTTTACAAGAGATTAAAG
AGAAACAGTTTCTCTCTGAGAGGTGTATAAAAGAAAAAAAA*TGTGCACAAAATAGCGGG
AATCTCGTCATAGTATTATCCAGTGGACCTTCTGGATCCCATATCAAGACGGTTGAGATT
GGAATTAGGCCATCAAGTGTCAATTCTCCAGCCTTGGATGGACCCTGTCTATACTTGCTT
GGTTTTCTCGTCAGGGATTTCTTCATCTGCCCCAGGATTCAACGATGATATCTTCCCAAA
TGACTCTTTAACATCCCCCAAAAAGTCTT**ACTTTGTCCAACACTGTTTTTAGCTGGTC
CTGAGTTGGGAGCTCGATGACATCTGAGGTACTAAGTGCAGCTCTCATGTTCCCGTTTTC
AACAAGTTTGTAGCCATAACGAAACTCAGTGGCAGTCCGCAAGACACGATGCTGCTTAAT
CGCAGTCTTTTGTATCTCCTTCTCATCTCTGTAAATAACAGCAGCAATGTTTCTAGCAAT
GGTGTCTTTGTAGATATACTTCCCCAAGAGGTTATCTTTAGCAGCAACCATGATCTTAGC
AGTTGTACCACCAGCTATTATACTAAGCGGATACCAAAGATACACATTGGCCATACGGAT
GAAGATAACGAATCTAGGGTTTCCGTCATCTTCAATCTTAGGCATAGGAGGAGGCGTCCG
TTGATACTGTCGAGCCGCCATTCCTTTCTTCCCTTTCGCCTCCACCACGAACACCATCCG
CCGTCGTTGTTTCGGTGTTCTCAGCAGAGAGTGTCTCGCTAAACCGACCTCTTCCAGTCT
TCCTGTATTCTTCTTCAGTGGAAGCCGAGACAATGCGTTGAGAGACATACTCACCTCTAT
TTGAGCACTACTCAGTCGTGTCTTGTCTCGGGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED05JQ U 1
AF RR3EO30JQ U 57
AF RR3A085JQ U 70
AF RR3A085TF C 277
BS 1 227 RR3ED05JQ
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BS 714 757 RR3EO30JQ
BS 758 996 RR3A085TF

RD RR3ED05JQ 713 0 0
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ACCAAACAGCTCTTTCTTTCACCAAATCTACAGACACAATAAGTTTACAAGAGATTAAAG
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AACAAGTTTGTAGCCATAACGAAACTCAGTGGCAGTCCGCAAGACACGATGCTGCTTAAT
CGCAGTCTTTTGTATCTCCTTCTCATCTCTGTAAATAACAGCAGCAATGTTTCTAGCAAT
GGTGTCTTTGTAGATATACTTCCCCAAGAGGTTATCTTTAGCAGCAACCATGATCTTAGC
AGTTGTACCACCAGCTATTATACTAAGCGGATACCAAAGATACACATTGGCCA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3EO30JQ 701 0 0
AC
CAACCAAACAGCTCTTTCTTTCACCAAATCTACAGACACAATAAGTTTACAAGAGATTAA
AGAGAAACAGTTTCTCTCTGAGAGGTGTATAAAAGAAAAAAAAATGTGCACAAAATAGCG
GGAATCTCGTCATAGTATTATCCAGTGGACCTTCTGGATCCCATATCAAGACGGTTGAGA
TTGGAATTAGGCCATCAAGTGTCAATTCTCCAGCCTTGGATGGACCCTGTCTATACTTGC
TTGGTTTTCTCGTCAGGGATTTCTTCATCTGCCCCAGGATTCAACGATGATATCTTCCCA
AATGACTCTTTAGCATCCCCCAAAAAGTCTTTCACTTTGTCCAACACTGTTTTTAGCTGG
TCCTGAGTTGGGAGCTCGATGACATCTGAGGTACTAAGTGCAGCTCTCATGTTCCCGTTT
TCAACAAGTTTGTAGCCATAACGAAACTCAGTGGCAGTCCGCAAGA*ACGATGCTGCTTA
ATCGCAGTCTTTTGTATCTCCTTCTCATCTCTGTAAATAACAGCAGCAATGTTTCTAGCA
ATGGTGTCTTTGTAGATATACTTCCCCAAGAGGTTATCTTTAGCAGCAACCATGATCTTA
GCAGTTGTACCACCAGCTATTATACTAAGCGGATACCAAAGATACACATTGGCCATACGG
ATGAAGATAACGAATCTAGGGTTTCCGTCATCTTCAATC

QA 3 701 3 701
DS 

RD RR3A085JQ 688 0 0
CTCTTTCTTTCACCAAATCTACAGACACAATAAGTTTACAAGAGATTAAAGAGAAACAGT
TTCTCTCTGAGAGGTGTATAAAAGAAAAAAAA*TGTGCACAAAATAGCGGGAATCTCGTC
ATAGTATTATCCAGTGGACCTTCTGGATCCCATATCAAGACGGTTGAGATTGGAATTAGG
CCATCAAGTGTCAATTCTCCAGCCTTGGATGGACCCTGTCTATACTTGCTTGGTTTTCTC
GTCAGGGATTTCTTCATCTGCCCCAGGATTCAACGATGATATCTTCCCAAATGACTCTTT
AACATCCCCCAAAAAGTCTT**ACTTTGTCCAACACTGTTTTTAGCTGGTCCTGAGTTGG
GAGCTCGATGACATCTGAGGTACTAAGTGCAGCTCTCATGTTCCCGTTTTCAACAAGTTT
GTAGCCATAACGAAACTCAGTGGCAGTCCGCAAGACACGATGCTGCTTAATCGCAGTCTT
TTGTATCTCCTTCTCATCTCTGTAAATAACAGCAGCAATGTTTCTAGCAATGGTGTCTTT
GTAGATATACTTCCCCAAGAGGTTATCTTTAGCAGCAACCATGATCTTAGCAGTTGTACC
ACCAGCTATTATACTAAGCGGATACCAAAGATACACATTGGCCATACGGATGAAGATAAC
GAATCTAGGGTTTCCGTCATCTTCAATC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3A085TF 720 0 0
GATGGACCCTGTCTATACTTGCTTGGTTTTCTCGTCAGGGATTTCTTCATCTGCCCCAGG
ATTCAACGATGATATCTTCCCAAATGACTCTTTAACATCCCCCAAAAAGTCTT**ACTTT
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TGCAGCTCTCATGTTCCCGTTTTCAACAAGTTTGTAGCCATAACGAAACTCAGTGGCAGT
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AACAGCAGCAATGTTTCTAGCAATGGTGTCTTTGTAGATATACTTCCCCAAGAGGTTATC
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AAGATACACATTGGCCATACGGATGAAGATAACGAATCTAGGGTTTCCGTCATCTTCAAT
CTTAGGCATAGGAGGAGGCGTCCGTTGATACTGTCGAGCCGCCATTCCTTTCTTCCCTTT
CGCCTCCACCACGAACACCATCCGCCGTCGTTGTTTCGGTGTTCTCAGCAGAGAGTGTCT
CGCTAAACCGACCTCTTCCAGTCTTCCTGTATTCTTCTTCAGTGGAAGCCGAGACAATGC
GTTGAGAGACATACTCACCTCTATTTGAGCACTACTCAGTCGTGTCTTGTCTCGGGGTCC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 4

CO CL1555Contig1 970 4 27 U
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ACGGTACTGTATTCCTAAAGAAAGGTCACGGTGAAGGTGAAGAGCTCTTTGAGTTCAAAA
CTGATGAAGAGCAAGTGATCGATGGACTTGATAAAGCCGTGATGAAGATGAAGAAGGGTG
AAGTGGCATTGGTGACCATAGACCCAGAGTATGCTTTTGGTTCAACTGAGTCAAAGCAGG
AATTAGCTGTGGTGCCGCCAAACTCAACCGTCTATTATGAGGTTGACCTTGTGTCTTTCG
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AGAAGGAAGAAGGAAATGCCAAGTTCAAGGCAGGCAAATATGCGCTCGCTTCTAAGAGAT
ATGAGAAGGCTGTCAAATTCATTGAATACGACTCATCCTTCAGTGAGGAGGAGAAGAAGC
AAGCAAAAGCATTGAAAGTGGCGTGCAATCTGAACGACGCAGCTTGCAAACTGAAGCTGA
AAGAATACAGGCAGGCTGAAAAGCTATGCACAAAGGTGCTAGAGCTGGAAAGCACCAATG
TGAAAGCCCTTTACAGGAGAGCGCAGGCCTACATGGAGTTGGCTGATTTGGACTTGGCCG
AGTTTGATGTCAAGAAGGCCCTTGAAATTGATCCCGATAACAGGGAAGTGAAGGTGGAGC
AGAGAAGGTTGAAGGAGAAAATGAAGGAATTTAACAAAAGGGAGGCCAAGTTTTACGGAA
ACATGTTTGCAAAACTATCCAAGTGAAGCAGCAGCGTCATGGAGAATGGCTTACTGGCTT
TGGATGTTTTTCTCGTTTATGTATCTTTGCCTAATTTCCGTTTTAAGTTGTGTTTTTAGA
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GATACTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3FB59TF U 1
AF RR3AT32TF U 90
AF RR3A117JQ C 77
AF RR3AT32JQ C 104
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TGAAAGCCCTTTATAGGAGAGCGC

QA 1 624 1 624
DS 

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ACAAAGGTGCTAGAGCTGGAAAGCACCAATGTGAAAGCCCTTTACAGGAGAGCGCAGGCC
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TTTAACAAAAGGGAGGCCAAGTTTT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3A117JQ 894 0 0
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GAAAATGAAGGAATTTAACAAAAAGGAGGCCAAGTTTTACGGAAACATGTTTGCAAAACT
ATCCAAGTGAAGCAGCAGCGTCATGGAGAATGGCTTACTGGCTTTGGATGTTTTTCTCGT
TTATGTATCTTTGCCTAATTTCCGTTTTAAGTTGTGTTTTTAGATGAGACCTTCAAGACA
TTGTTGTTCTTTATTAAATGTTAGCTTTGATAATTTATAATCGAGATACTTACC

QA 1 894 1 894
DS 

RD RR3AT32JQ 867 0 0
GCTCTTTGAGTTCAAAACTGATGAAGAGCAAGTGATCGATGGACTTGATAAAGCCGTGAT
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TGACCTTGTGTCTTTCGACAAGGAAAGGGAATCGTGGGACATGAACACTGAGGAGAAGAT
TGAAGCTGCTGGTAAGAAGAAGGAAGAAGGAAATGCCAAGTTCAAGGCAGGCAAATATGC
GCTCGCTTCTAAGAGATATGAGAAGGCTGTCAAATTCATTGAATACGACTCATCCTTCAG
TGAGGAGGAGAAGAAGCAAGCAAAAGCATTGAAAGTGGCGTGCAATCTGAACGACGCAGC
TTGCAAACTGAAGCTGAAAGAATACAGGCAGGCTGAAAAGCTATGCACAAAGGTGCTAGA
GCTGGAAAGCACCAATGTGAAAGCCCTTTACAGGAGAGCGCAGGCCTACATGGAGTTGGC
TGATTTGGACTTGGCCGAGTTTGATGTCAAGAAGGCCCTTGAAATTGATCCCGATAACAG
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GGCCAAGTTTTACGGAAACATGTTTGCAAAACTATCCAAGTGAAGCAGCAGCGTCATGGA
GAATGGCTTACTGGCTTTGGATGTTTTTCTCGTTTATGTATCTTTGCCTAATTTCCGTTT
TAAGTTGTGTTTTTAGATGAGACCTTCAAGACATTGTTGTTCTTTATTAAATGTTAGCTT
TGATAATTTATAATCGAGATACTT
ATC

QA 1 864 1 864
DS 



AS 1 5

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CAAAAAGTCGTTTTATTATACTTTTCTTAAGCTTTCGTCTACAGGAAAATGAAACAGTCG
AAGTAAAAACCAAAGACTCCAAACACTAAAGAAAAATAACAGAATCCATTGCAGTTGTCT
AAAAATAACAGAATCCATTTCAGTCTTTTATGAGGACACTCTTAAGCAATCACCAACAGT
TGTTTCCCCAATCTTCACTGCTCATCAACATCCTCCACAGGGCTACGGTCTTCTCTAGGA
CTAGGACTAGGACTTCGGTCTTGCTCATTGGTTCCAATACCGCCATCATCGTTTCCTCTC
GGGCTCAATTCATTCTCCTTGGGGCTGTTCTTCTCACGCATTGGGCTGCCTTCTTCAGGA
GTCAAACTTCGCTTCCTATCTTTGGATGGAGGAGAGTTGTCCGCCATTAGTTCAGGGCTT
CTGCTCCTTGCAGCTTCAGGGCTTCTGCTCCTTGCAGCTTCAGGACTATGATCCTTTTCC
TTCCTAACCGGTGACCTGGAGCGACTGTAGCTACGGTCGCGGCTATAGCTTCTGCTGGGG
CTTCTTCTTCTGCGACGAGGAGACCTAGACCGAGACCGAACCGGCGATCTTGAGTAACTT
GCGTCCCGCCTGAGCTTCTTAGGACTGTTCTTGCAGTTCCTCTCGATGTGACCCCTATCT
CCACAACGATAACATTTGTTCTTCCAGTCACCAGCAGAGCAATCTCGAGCCCAGTGTCCT
TCAAGACCACAGTTGAAGCAACGACCACTTCCTGGAGGAGGGCCTCTGCTCGAGGAAAAT
TCTCGGGAACCACGAGGTGTCCCTCTGGCAAACTCCACAGTGATACGGCTTCCATCAAAG
CCTCTTCCGTCCAGTCTGTACCTCGCATCATCAGCATCTCGAGGATCACTGAATTCAATG
AAGGCATAGTCTCGCTTCATGTCCAAATCTCGAATTCTTCCGTATTTGCTGAAGAGGTGT
TCAAGATCGCGTTCCCTTGTTCGAGAGGAGAGGTGTCCCACATAGAGACGTGCGCCGCCG
TATCGGTCATTGCTGCTGTAACGATCATCGTAGCGAGGCATCTTCAAGTCTCGTGATCAG
ATAGTTCGCCGCGCTCCGCGGAAGCTTTAACCTAAACTTTCTCACTTCTCTCTTACCTCA
GATTTATAAACACACACACACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AAAAATAACAAAATCCATTTCAGTCTTTTATGAGGACACTCTTAAGCAATCACCAACAGT
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GTTCCAATACCGCCATCATCGTTTCCTCTCGGGCTCAATTCATTCTCCTTGGGGCTGTTC
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CTTGCAGCTTCAGGACTATGATCCTTTTCCTTCCTAACCGGTGACCTGGAGCGACTGTAG
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TTCACTGCTCATCAACATCCTCCACAGGGCTACGGTCTTCTCTAGGACTAGGACTAGGAC
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CTCGCTTCATGTCCAAATCTCGAATTCTTCCGTATTTGCTGAAGAGGTGTTCAAGATCGC
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CC

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DS 

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AGGACTGTTCTTGCAGTTCCTCTCGATGTGACCCCTATCTCCACAACGATAACATTTGTT
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ACGACCAATTCCTGGAGGAGGGCCTCTGCTCGAGGAAAATTCTCGGGAACCACGAGGTGT
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ACGATCATCGTAGCGAGGCATCTTCAAGTCTCGTGATCAGATAGTTCGCCGCGCTCCGCG
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CCC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 5

CO CL1557Contig1 1403 5 52 U
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AGCCAAAGGGCCAAACTGTTGGTTCTTTCAGGAAAGGACTCACTATGCTGCCAGAGGCAA
TCTCTGCAAGGTTGGGTAACAAGGTGAAAGTTTCTTGGAAGCTCTCAAGTATTACTAAGC
TGGCAAGCGGAGAATATAGCTTAACTTACGAAACTCCGGAGGGGATAGTCACTGTACAGA
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CTGATTCTGCAGCGGAAGCGCTCTCAAAACTCTACTATCCGCCGGTTGCAGCAGTATCTA
TCTCATACCCCAAAGAAGCAATCCGTAGCGAATGCTTAATAGATGGTGAACTAAAAGGGT
TCGGCCAGTTGCATCCACGCACGCAAAAAGTGGAAACTCTTGGAACAATATACAGTTCGT
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TTATATGTATAATGTATTACTAC


BQ
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25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E692TF U 1
AF RR3A184TF U 294
AF RR3BP87JQ C 979
AF RR3BP87TF U 462
AF RR3E692JQ C 737
BS 1 301 RR3E692TF
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BS 303 310 RR3E692TF
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BS 925 1113 RR3BP87TF
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BS 1251 1254 RR3BP87TF
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BS 1256 1270 RR3BP87TF
BS 1271 1403 RR3E692JQ

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GTTTGAAGGATGATTTAGTGTTGGGAGATCCTACTGCTCCGAGGTTTGTGTTGTGGAATG
GGAAGCTGAGGCCGGTTCCGTCAAAGCTAACGGACTTGCCTTTCTTTGACTTGATGAGCA
TTGGAGGAAAGATTAGAGCTGGTTTTGGTGCCATTGGCATTCGACCTTCTCCCCCGGGTC
GTGAGGAATCTGTGGAAGAGTTTGTAAGGCGTAACCTTGGTGATGAGGTTTTTGAGCGCT
TGATTGAACCTTTTTGTTCAGGTGTTTATGCGGGAGATCCTGCGAAACTGAGTATGAAAG
CAGCTTTTGGGAAGGTTTGGAAGCTAGAGGAGAATGGTGGAAGCATCATAGGTGGTGCTT
TTAAGGCAATTCAAGCGAGAAATAATGCTCCCAAGACTACCCGTGACTCGCGCCTGCCAA
AGCCAAAGGGACAAACTGTTGGTTCTTTCAGGAAAGGACTCACTATGCTGCCAGAAGCAA
TCTCTGCAAGGTTGGGTAACAAGGTGAAAGTTTCTTGGAAGCTCTCAAGTATTACTAAGC
TGGCAAGCGGAGAATATAGCTTAACTTACGAAACTCC

QA 1 637 1 637
DS 

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ATGAAAGCAGCTTTTGGGAAGGTTTGGAAGCTAGAGGAGAATGGTGGAAGCATCATAGGT
GGTGCTTTTAAGGCAATTCAAGCGAGGAATAAAGCTCCTAAGACTACCCGAGACCCGCGC
CTGCCAAAGCCAAAGGGCCAAACTGTTGGTTCTTTCAGGAAAGGACTCACTATGCTGCCA
GAGGCAATCTCTGCAAGGTTGGGTAACAAGGTGAAAGTTTCTTGGAAGCTCTCAAGTATC
ACTAAGCTGGCAAGCGGAGAATATAGCTTAACTTACGAAACTCCGGAGGGGATAGTCACT
GTACAGAGCAAAAGTGTAGTTATGACTGTGCCGTCGCATGTAGCTAGTAGTCTCTTGCGC
CCTCTTTCTGATTCTGCAGCGGAAGCGCTCTCAAAACTCTACTATCCGCCTGTTGCAGCA
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AAAGGGTTCGGCCAGTTGCATCCACGCACGCAAAAAGTGGAAACTCTTGGAACAATATAC
AGTTCATTTCTCTTTCCTAACCGAGCACCAC

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DS 

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TAT
CAAAGTCAGAAGGTGAGTTAGTGGAAGTAGTGGATAGAGACTTGAGGAAGATGCTGATAA
AGCCAAGCTCGACCGACCCACTTGTACTTGGAGTAAGAGTATG

QA 4 106 4 106
DS 

RD RR3BP87TF 814 0 0
GGAGACC
CGCGCCTGCCAAAGCCAAAGGGCCAAACTGTTGGTTCTTTCAGGAAAGGACTCACTATGC
TGCCAGAGGCAATCTCTGCAAGGTTGGGTAACAAGGTGAAAGTTTCTTGGAAGCTCTCAA
GTATTACTAAGCTGGCAAGCGGAGAATATAGCTTAACTTACGAAACTCCGGAGGGGATAG
TCACTGTACAGAGCAAAAGTATAGTGATGACTGTGCCATCTCATGTTGCTAGTAGTCTCT
TGCGCCCTCTTTCTGATTCTGCAGCTGAAGCGCTCTCAAAACTCTACTATCCGCCGGTTG
CAGCAGTATCTATCTCATACCCCAAAGAAGCAATCCGTAGCGAATGCTTAATAGATGGTG
AACTAAAAGGGTTCGGCCAGTTGCATCCACGCACGCAAAAAGTGGAAACTCTTGGAACAA
TATACAGTTCGTCACTCTTTCCTAGCCGAGCGCCACCTGGAAGAGTGTTGCTATTGAACT
ACATCGGTGGAGCTACCAACACTGGGATCTTATCAAAGTCAGAAGGTGAGTTAGTGGAAG
TAGTGGATAGAGACTTGAGGAAGATGCTGATAAAGCCAAGCTCGACCGACCCACTTGTAC
TTGGAGTAAGAGTATGGCCTCAAGCCATTCCTCAGTTCCTGATAG*TCACATTGATTTGG
TAGACGCAGCGAAAGCATCTCTCTCGTCATCTGGTCATGAGG*CATATTCTTGGGTGGAA
AT*ACGTTGCTGGTGTAGCATTGGGTCGGTGTGTGGAAG*TGCTTATGAAACCGCGACTC
A*GTGA*CGATTTCATGTCGAG
TACAC

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DS 

RD RR3E692JQ 667 0 0
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AGCAATCCGTAGCGAATGCTTAATAGATGGTGAACTAAAAGGGTTCGGCCAGTTGCATCC
ACGCACGCAAAAAGTGGAAACTCTTGGAACAATATACAGTTCGTCACTCTTTCCTAACCG
AGCGCCACCTGGAAGAGTGTTGCTATTGAACTACATCGGTGGAGCTACCAACACTGGGAT
CTTATCAAAGTCGGAAGGTGAGTTAGTGGAAGCAGTAGATAGAGACTTGAGGAAGATGCT
GATAAAGCCAAGCTCGACCGATCCACTTGTACTTGGAGTAAGAGTATGGCCTCAAGCCAT
TCCTCAGTTCCTGATAGGTCACATTGATTTGGTAGACGCAGCGAAAGCATCTCTCTCGTC
ATCTGGTCATGAGGGCATATTCTTGGGTGGAAATTACGTTGCTGGTGTAGCATTGGGTCG
GTGTGTGGAAGGTGCTTATGAAACCGCGACTCAAGTGAACGATTTCATGTCGAGGTTCAC
TTACAAGTAATGTAACCATTACGCAACAACGATTTGACTAGATTGCAGTTTTGACTTTAA
GAACACTCTGTTTGTGAAAAAGACAAGTCTATGATTGAGTAAATTTATATGTATAATGTA
TTACTAC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 6

CO CL1558Contig1 958 6 13 U
TTTTTTTTCTCTACCACAGAAGCACCTAGAACCACAGAGAGAGAACCAAAGGGGGTTTCT
TTATTTAATTGTAAGAGTAAAAGATGAAGGAGATGCAGGCGATAGAGACGTCACAGCCGA
CGGTGGCTCCTCCGGCACCGGCAGTGGTGCATAGCCGACAGCTAGGGGCACAGCTGTCGG
GAAGCATGAGTTTCAGCAGCCAAATGTCGAAGGAAGACGAGGAGATGTCGAGGACGGCTT
TGTCTGCTTTCAGGGCGAAAGAAGAGGAGATCGAGAAGAAGAAGATGGAGATTAGGGAAA
GGGTTCAAGCTCAGCTCGGTCGTGTCGAAGAAGAGACCAAGCGTCTCGCTTTGATCCGTG
AGGAGCTTGAGGGTTTAGCTGACCCCATGAGGAAAGAAGTTGCTTTGGTTAGGAAGAAGA
TTGATTCTGTCAACAAAGAGTTGAAGCCGTTGGGTCATACTGTTCAGAAAAAGGAACGAG
AGTACAAAGAAGCTCTTGAAGCATTCAACGAAAAGAACAGGGAGAAGGTGCAGCTCATCA
CCAAGCTTATGGAGCTGGTGGGAGAGAGCGAAAAGGTGAGAATGAAGAAGCTGGAAGAGC
TGAGCAAGAATATAGATTCTATACACTGACTTTGAATCCAAGACGAGAACCAAAAGAAAG
CTTCTTGGGGGCCAGAGACCATTCTCTGAGTGTTTTAACTCTACGTTTAGGTTTTGTGAT
GGTTGAATGTAATTTATATTTTTATAATCGTCGTGTGTTATATTTCCTACTACTATCTTC
TTCTGTTAGGGTTTTCTGGAGAATTTATAATGTTCTTTAGGAAGTAACTTCAAAAACAAA
ATACTCATCGAGATAGGTTTGTAACTAAACACTACTCTCTTTCTTTCTTTGAATCCTCTT
TCTCTTTGTTTGTGCCTTTATATGGTTGGACTTTACATTAATCATACGTTCTTGCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 25 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH09JQ C 240
AF RR3BM81TF U 1
AF RR3EJ35TF U 323
AF RR3BM81JQ C 160
AF RR3BH09TF U 187
AF RR3CB46TF U 341
BS 1 568 RR3BM81TF
BS 569 569 RR3BH09TF
BS 570 679 RR3BM81TF
BS 680 680 RR3BH09TF
BS 681 697 RR3BM81TF
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BS 699 710 RR3BM81TF
BS 711 711 RR3BH09TF
BS 712 758 RR3BM81TF
BS 759 828 RR3BH09TF
BS 829 829 RR3CB46TF
BS 830 914 RR3BH09TF
BS 915 958 RR3BM81JQ

RD RR3BH09JQ 443 0 0
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GCTTCTTGGGGGCCAGAGACCAT

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR3BM81TF 775 0 0
TTTTTTTTCTCTACCACAGAAGCACCTAGAACCACAGAGAGAGAACCAAAGGGGGTTTCT
TTATTTAATTGTAAGAGTAAAAGATGAAGGAGATGCAGGCGATAGAGACGTCACAGCCGA
CGGTGGCTCCTCCGGCACCGGCAGTGGTGCATAGCCGACAGCTAGGGGCACAGCTGTCGG
GAAGCATGAGTTTCAGCAGCCAAATGTCGAAGGAAGACGAGGAGATGTCGAGGACGGCTT
TGTCTGCTTTCAGGGCGAAAGAAGAGGAGATCGAGAAGAAGAAGATGGAGATTAGGGAAA
GGGTTCAAGCTCAGCTCGGTCGTGTCGAAGAAGAGACCAAGCGTCTCGCTTTGATCCGTG
AGGAGCTTGAGGGTTTAGCTGACCCCATGAGGAAAGAAGTTGCTTTGGTTAGGAAGAAGA
TTGATTCTGTCAACAAAGAGTTGAAGCCGTTGGGTCATACTGTTCAGAAAAAGGAACGAG
AGTACAAAGAAGCTCTTGAAGCATTCAACGAAAAGAACAGGGAGAAGGTGCAGCTCATCA
CCAAGCTTATGGAGCTGGTGGGAGAGAGTGAAAAGGTGAGAATGAAGAAGCTGGAAGAGC
TGAGCAAGAATATAGATTCTATACACTGACTTTGAATCCAAGACGAGAACCAAAAGAAAG
CTTCTTGGGGGCCAGAGAC*ATTCTCTGAGTGTTTTA*CTCTACGTTTAG*TTTTGTGAT
GGTTGAATGTAATTTATATTTTTATAATCGTCGTGTGT
ATATTTGCTACTGCTAT

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3EJ35TF 569 0 0
G
GTCGAAGAAGAGACCAAGCGTCTCGCTTTGATCCGTGAGGAGCTTGAGGGTTTAGCTGAC
CCCATGAGGAAAGAAGTTGCTTTGGTTAGGAAGAAGATTGATTCTGTCAACAAAGAGTTG
AAGCCTTTGGGTCATACTGTTCAGAAAAAGGAACGAGAGTACAAAGAAGCTCTTGAAGCA
TTCAACGAAAAGAACAGGGAGAAGGTGCAGCTCATCACCAAGCTTATGGAGCTGGTGGGA
GAGAGCGAAAAGGTGAGAATGAAGAAGCTGGAAGAGCTGAGCAAGAATATAGATTCTATA
CACTGACTTTGAATCCAAGACGAGAACCAAAAGAAAGCTTCTTGGGGGCCAGAGACCATT
CTCTGAGTGTTTTAACTCTACGTTTACGTTTTGTGATGGTTGAATGTAATTTATATTTTT
ATAATCGTCGTGTGTTATATTTCCTACTACTATCTTCTTCTGTTAGGGTTTTCTGGAGAA
TTTATAATGTTCTTTAGGAAGTAACTTCAAAAACAAAATACTCATCGAGATAGGTTTGTA
ACTAAACACTACTCTCTTTCTTTCTTTG

QA 2 569 2 569
DS 

RD RR3BM81JQ 799 0 0
AGCTAGGGGCACAGCTGTCGGGAAGCATGAGTTTCAGCAGCCAAATGTCGAAGGAAGACG
AGGAGATGTCGAGGACGGCTTTGTCTGCTTTCAGGGCGAAAGAAGAGGAGATCGAGAAGA
AGAAGATGGAGATTAGGGAAAGGGTTCAAGCTCAGCTCGGTCGTGTCGAAGAAGAGACCA
AGCGTCTCGCTTTGATCCGTGAGGAGCTTGAGGGTTTAGCTGACCCCATGAGGAAAGAAG
TTGCTTTGGTTAGGAAGAAGATTGATTCTGTCAACAAAGAGTTGAAGCCGTTGGGTCATA
CTGTTCAGAAAAAGGAACGAGAGTACAAAGAAGCTCTTGAAGCATTCAACGAAAAGAACA
GGGAGAAGGTGCAGCTCATCACCAAGCTTATGGAGCTGGTGGGAGAGAGTGAAAAGGTGA
GAATGAAGAAGCTGGAAGAGCTGAGCAAGAATATAGATTCTATACACTGACTTTGAATCC
AAGACGAGAACCAAAAGAAAGCTTCTTGGGGGCCAGAGACCATTCTCTGAGTGTTTTAAC
TCTACGTTTAGGTTTTGTGATGGTTGAATGTAATTTATATTTTTATAATCGTCGTGTGTT
ATATTTGCTACTGCTATCTTCTTCTGTTAGGGTTTTCTGGAGAATTTATAATGTTCTTTA
GGAAGTAACTTCAAAAA*AAAATACTCATCGAGATAGGTTTGTAACTAAACACTACTTTC
TTTCTTTCTTTGAATCCTCTTTCTCTTTGTTTGTGCCTTTATATGGTTGGACTTTACATT
AATCATACGTTCTTGCAGC

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3BH09TF 733 0 0
G
GAGTTTCAGCAGCCAAATGTCGAAGGAAGACGAGGAGATGTCGAGGACGGCTTTGTCTGC
TTTCAGGGCGAAAGAAGAGGAGATCGAGAAGAAGAAGATGGAGATTAGGGAAAGGGTTCA
AGCTCAGCTCGGTCGTGTCGAAGAAGAGACCAAGCGTCTCGCTTTGATCCGTGAGGAGCT
TGAGGGTTTAGCTGACCCCATGAGGAAAGAAGTTGCTTTGGTTAGGAAGAAGGTTGATTC
TGTCAACAAAGAGTTGAAGCCTTTGGGTCATATTGTTCAGAAAAAGGAACGAGAGTACAA
AGAAGCTCTTGAAGCATTCAACGAAAAGAACAGGGAGAAGGTGCAGCTCATCACCAAGCT
CATGGAGCTGGTGGGATAGAGCGAAAAGGTGAGAATGAAGAAGCTGGAAGAGCTGAGCAA
GAATATAGATTCTATACACTGACTTTGAATCCAAGACGAGAACCAAAAGAAAGCTTCTTG
GGGGCCAGAGACCATTCTCTGAGTGTTTTAACTCTACGTTTAGGTTTTGTGATGGTTGAA
TGTAATTTATATTTTTATAATCGTCGTGTGTTATATTTCCTACTACTATCTTCTTCTGTT
AGGGTTTTCTGGAGAATTTATAATGTTCTTTAGGAAGTAACATCAAAAACAAAATACTCA
TCGAGATAGGTTTGTAACTAAACACTACTCTCTTTCTTTCTTTGAATCCTCTTTCTCTTT
GTTTGTG
CCTTT

QA 2 728 2 728
DS 

RD RR3CB46TF 574 0 0
GCGTCTCGCTTTGATCCGTGAGGAGCTTGAGGGTTTAGCTGACCCCATGAGAAAAGAAGT
TGCTTTGGTTAGGAAGAAGATTGATTCTGTTAACAAAGAGTTGAAGCCGTTGGGTCATAC
TGTTCAGAAAAAGGAACGAGAGTACAAAGAAGCTCTTGAAGCATTCAACGAAAAGAACAG
GGAGAAGGTGCAGCTCATCACCAAGCTTATGGAGCTGGTGGGAGATAGCGAAAAGGTGAG
AATGAAGAAGCTGGAAGAGCTGAGCAAGAATATAGATTCTATACACTGACTTTGAATCCA
AGACGAGAACCAAAAGAAAGCTTCTTTGGGGCCAGAGACCATTCTCTGAGTGTTTTAACT
CTACGTTTAGGTTTTGTGATGGTTGAATGTAATTTATATTTTTATAATCGTCGTGTGTTA
TATTTCCTACTACTATCTTCTTCTGTTAGGGTTTTCTGGAGAATTTATAATGTTCTTTAG
GAAGTAACTTCAAAAACAAAATACTCATCGAGATAGGTTTGTAACTAAACACTACTCTCT
TTCTTTCTTTGAATCCTCTTTCTCTTTGTTTGTG

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

CO CL1559Contig1 754 2 15 U
GGGCCGTCTATGTGTACTATCTTCCTAGCAGCAAGTCTTTGAAGCCATTCTCAGATTCAC
GACAGCAGTTCGGTAATAAAACCTCCCTCGAGCCAAGGTCGTAAAAATTGGAACTTTAGT
TTTTTTCTGGAAGATGATTGGGAATCCTGTAATTCAAGTTCCCCCATCATCACTAATGCC
ATCGTCTTCAATGATGGCTCGCCCTCGAGTTTCTCCCAATGGGCTTCCTTATCTCCCACC
CAAACCTAGAACTAGGCATTTAGTGGTCAGAGCTGCATCCAATTCACACGGTCAACCATC
CTCTGATGAAGAAGGGAAGAGTCCTCTCACCGTTGTTTTGGATGTCCCGAGGAATATCTG
GAGACAGACTCTGAAACCTCTGAGTGATTTTGGGTTTGGTAAGAGAAGTGTTTGGGAAGG
TGGGGTCGGTTTGTTTATCGTCTCTGGAGCTACGCTTCTCGCGCTTAGCTGGGCTTGGAT
GCGAGGGTTTCAAATGCGGTCCAAGTTCAGGAAGTATCAGACCGTCTTTGAGCTTAGCCA
AGCCTCTGGTATTTGCACGGGGACACCGGTTAGGATCCGTGGTGTGACTGTTGGTACGGT
TATTCGTGTGAATCCTTCCTTGAAGAACATTGAAGCTGTTGCTGAGATTGAAGATGATAA
GATCATAATCCCTAAGAATTCACTGGTTGAGGTGAATCAGTCTGGTCTTCTGATGGAAAC
CATGATCGATATCACGCCGAGAATCCTATACCGG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D959TF U 1
AF RR3GC16TF U 1
BS 1 126 RR3D959TF
BS 127 127 RR3GC16TF
BS 128 300 RR3D959TF
BS 301 301 RR3GC16TF
BS 302 370 RR3D959TF
BS 371 371 RR3GC16TF
BS 372 643 RR3D959TF
BS 644 644 RR3GC16TF
BS 645 663 RR3D959TF
BS 664 664 RR3GC16TF
BS 665 666 RR3D959TF
BS 667 667 RR3GC16TF
BS 668 691 RR3D959TF
BS 692 692 RR3GC16TF
BS 693 754 RR3D959TF

RD RR3D959TF 754 0 0
GGGCCGTCTATGTGTACTATCTTCCTAGCAGCAAGTCTTTGAAGCCATTCTCAGATTCAC
GACAGCAGTTCGGTAATAAAACCTCCCTCGAGCCAAGGTCGTAAAAATTGGAACTTTAGT
TTTTTTTTGGAAGATGATTGGGAATCCTGTAATTCAAGTTCCCCCATCATCACTAATGCC
ATCGTCTTCAATGATGGCTCGCCCTCGAGTTTCTCCCAATGGGCTTCCTTATCTCCCACC
CAAACCTAGAACTAGGCATTTAGTGGTCAGAGCTGCATCCAATTCACACGGTCAACCATC
GTCTGATGAAGAAGGGAAGAGTCCTCTCACCGTTGTTTTGGATGTCCCGAGGAATATCTG
GAGACAGACTTTGAAACCTCTGAGTGATTTTGGGTTTGGTAAGAGAAGTGTTTGGGAAGG
TGGGGTCGGTTTGTTTATCGTCTCTGGAGCTACGCTTCTCGCGCTTAGCTGGGCTTGGAT
GCGAGGGTTTCAAATGCGGTCCAAGTTCAGGAAGTATCAGACCGTCTTTGAGCTTAGCCA
AGCCTCTGGTATTTGCACGGGGACACCGGTTAGGATCCGTGGTGTGACTGTTGGTACGGT
TATTCGTGTGAATCCTTCCTTGAAGAACATTGAAGCTGTTGCTTAGATTGAAGATGATAA
GATTATCATCCCTAAGAATTCACTGGTTGAG*TGAATCAGTCTGGTCTTCTGATGGAAAC
CATGATCGATATCACGCCGAGAATCCTATACCGG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3GC16TF 746 0 0
GGGCCGTCTATGTGTACTATCTTCCTAGCAGCAAGTCTTTGAAGCCATTCTCAGATTCAC
GACAGCAGTTCGGTAATAAAACCTCCCTCGAGCCAAGGTCGTAAAAATTGGAACTT*AGT
TTTTTTCTGGAAGATGATTGGGAATCCTGTAATTCAAGTTCCC***TCATCACTAATGCC
ATCGTCTTCAATGATGTCTCGCCCTCGAGTTTCTCCCAATGGGCTTCCTTATCTCCCACC
CAAACCTAGGACTAGGCATTTAGTGGTCAGAGCTGCATCCAATTCACATGGTCAACCATC
CTCTGATGAAGAAGGGAAGAGTCCTCTCACGGTTGTTTTGGATGTCCCGAGGAATATCTG
GAGACAGACTCTGAAACCTCTGAGTGATTTTGGGTTTGGTAAGAGAAGTGTTTGGGAAGG
TGGGGTCGGTTTGTTTATCGTCTCTGGAGCTACGCTTCTCGCGCTTAGCTGGGCTTGGAT
GCGAGGGTTTCAAATGCGGTCCAAGTTCAGGAAGTATCAGACCGTCTTTGAGCTTAGCCA
AGCCTCTGGTATTTGCACGGGGACACCGGTTAGGATCCGTGGTGTGACTGTTGGTACGGT
TATTCGTGTGAATCCTTCCTTGAAGAACATTGAAGCTGTTGCTGAGATTGAAGATGATAA
GATCATAATCCCTAAGAATTCACTGGTTGAGGTGAATCAGTCTGGTCTTCTGATGGAAAC
CATGATCGATATCACGCCGAG
GAATC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL1560Contig1 791 2 3 U
GGAATCCCAGAGCCGTCGGTCGATTCGTTTCTCATTCACTTCATCTTCTCCGTTTCCCTT
CTCGCGATCTTCATCACTACTAATAATCAAACCTCCTCTCCCATCTTTAATGTCTTTCGT
TTCACTTCCCTCTCTATCTATTTATTATAAACCTCTTCACCTTTTGTTGCTTTGTTCTGT
TCTCTCCAATCCAATCGTAGCTCAGTTGTTCTCTAATATTCTCCGGAACGAGCTCACAAA
GTACCCAGAAGCGTTGAGCTTGATCTGTGAGAAGAGGATTCATGGGTGTCACGTTTAGGA
TTTCAAAGATTGGTAGAAAGTTTGGGCAGAGGGTTTCTACTGAATCGTGTGATCCTGACT
CTCAAGTCTCAAGAGCACCTGAAGAATCCGAAAGCAATCGTTCTAACAGGGAAATCAAAG
GGCATTGTTGAAAGCCATGGTGGTGAATTTCTGTAGCCATCTTTACTTGAAATATCTCCA
GAGCATGAAGTTTCCTTCGTATTGAGTCTCTATCTGAATGTGTACTCTTTAGGAAAACCC
TCTGAGCCAGTTTTCAGAGGCAAGAAGTTTCTTTTTCAACAAAAGTTGGGTCTCTTTTAT
TTGTCAAAATATGCGACACTGCGATAGACTACTAAATCAAGTTTCATCAGATGCTGACAG
ACCTTATAACTCAGTACGCCAAGCTAGAGAGGACTACGAGATCCCACCATTTATCCAAGA
AATCTTGAGAAAGCTATCTTGCTCTCAAGAGAAGCAAGCCAAGCCAAAGACTCCAACTAC
CACTGCTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G348TF U 6
AF RR3CH80TF U 1
BS 1 26 RR3CH80TF
BS 27 27 RR3G348TF
BS 28 791 RR3CH80TF

RD RR3G348TF 574 0 0
CCCAGAGCCGTCG
GTCGATTCGTTTCTCATTCACTTCATCTTCTCCGTTTCCCTTCTCGCGATCTTCATCACT
ACTAATAATCAAACCTCCTCTCCCATCTTTAATGTCTTTCGTTTCACTTCCCTCTCTATC
TATTTATTATAAACCTCTTCACCTTTTGTTGCTTTGTTCTGTTCTCTCCAATCCAATCGT
AGCTCAGTTGTTCTCTAATATTCTCCGGAACGAGCTCACAAAGTACCCAGAAGCGTTGAG
CTTGATCTGTGAGAAGAGGATTCATGGGTGTCACGTTTAGGATTTCAAAGATTGGTAGAA
AGTTTGGGCAGAGGGTTTCTACTGAATCGTGTGATCCTGACTCTCAAGTCTCAAGAGCAC
CTGAAGAATCCGAAAGCAATCGTTCTAACAGGGAAATCAAAGGGCATTGTTGAAAGCCAT
GGTGGTGAATTTCTGTAGCCATCTTTACTTGAAATATCTCCAGAGCATGAAGTTTCCTTC
GTATTGAGTCTCTATCTGAATGTGTACTCTTTAGGAAAACCCTCTGAGCCAGTTTTCAGA
GGCAAGAAGTTTCTTTTTCAA

QA 14 574 14 574
DS 

RD RR3CH80TF 791 0 0
GGAATCCCAGAGCCGTCGGTCGATTCTTTTCTCATTCACTTCATCTTCTCCGTTTCCCTT
CTCGCGATCTTCATCACTACTAATAATCAAACCTCCTCTCCCATCTTTAATGTCTTTCGT
TTCACTTCCCTCTCTATCTATTTATTATAAACCTCTTCACCTTTTGTTGCTTTGTTCTGT
TCTCTCCAATCCAATCGTAGCTCAGTTGTTCTCTAATATTCTCCGGAACGAGCTCACAAA
GTACCCAGAAGCGTTGAGCTTGATCTGTGAGAAGAGGATTCATGGGTGTCACGTTTAGGA
TTTCAAAGATTGGTAGAAAGTTTGGGCAGAGGGTTTCTACTGAATCGTGTGATCCTGACT
CTCAAGTCTCAAGAGCACCTGAAGAATCCGAAAGCAATCGTTCTAACAGGGAAATCAAAG
GGCATTGTTGAAAGCCATGGTGGTGAATTTCTGTAGCCATCTTTACTTGAAATATCTCCA
GAGCATGAAGTTTCCTTCGTATTGAGTCTCTATCTGAATGTGTACTCTTTAGGAAAACCC
TCTGAGCCAGTTTTCAGAGGCAAGAAGTTTCTTTTTCAACAAAAGTTGGGTCTCTTTTAT
TTGTCAAAATATGCGACACTGCGATAGACTACTAAATCAAGTTTCATCAGATGCTGACAG
ACCTTATAACTCAGTACGCCAAGCTAGAGAGGACTACGAGATCCCACCATTTATCCAAGA
AATCTTGAGAAAGCTATCTTGCTCTCAAGAGAAGCAAGCCAAGCCAAAGACTCCAACTAC
CACTGCTCTCT

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 6

CO CL1561Contig1 837 6 13 U
GGATTTCGCGTTTTGTTGCGTCTTTCGTCAGATCTGCTCCATTTCTGGATAAGCATCTCT
CATCTTCTTCCCATGGACGAAGGCGGCGGAGGAGGTGATAGTGGTTCAGTGGCGACCCCG
GTTCAACAGAAAGCACACGAGGCGTGGAGAATCTACCAGCATTACCTCGACAAGACCACG
CCTCACGCTACTTACAGGTGGATCGGGACTCTCGTCGTGGCCCTCGCCTACTGTCTGAGG
GTTTACTACATCCAGGGATTCTACATCATCGCTTACGGTCTCGGGATCTACCTCTTGAAT
CTCCTCATCGGGTTCTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCGAGGCTGCTGGTGGGGGATCTGAT
GGACCTTCGCTTCCTACTAGAGGCTCTGATGAGTTCAAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCT
GAGTTCAAGTTCTGGTATTCGATGACAAAGGCGTTCTGCATTGCGTTTGTGATGACGTTC
TTCTCGGTGTTTGACGTGCCTGTGTTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTC
TTTGTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATGATCAAGTACAAGTACATCCCTTTC
AGCTTCGGCAAACAGAAATATGGTGGACGAAGCGCCAGCGGCCCACGTAATGCGGACTGA
ACTGACCAACTTTTATGATGAATGTTGGCCATTGCAAAACAACAAAACATTTGTTTTTTT
TTTTTT***AGAAAATCATTTTGGACTATTTTTACATTTGACAAAAGTTATGCAGCTACA
AGGGAAGGATTTAGAGGAAAAAACAAACGAAAGATGGAATTAAAATTTGTTTTAGCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 5 5 5 35 0 0 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
10 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E208TF U 1
AF RR3B145TF U 1
AF RR3AE88TF U 32
AF RR3E208JQ C 27
AF RR3AE88JQ C 32
AF RR3B145JQ C 202
BS 1 79 RR3B145TF
BS 80 80 RR3AE88TF
BS 81 82 RR3E208TF
BS 83 127 RR3B145TF
BS 128 128 RR3E208TF
BS 129 583 RR3B145TF
BS 584 584 RR3E208TF
BS 585 726 RR3B145TF
BS 727 729 RR3AE88TF
BS 730 760 RR3B145TF
BS 761 763 RR3AE88TF
BS 764 797 RR3E208JQ
BS 798 837 RR3B145JQ

RD RR3E208TF 694 0 0
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CATCTTCTTCCCATGGACGTAGGCGGCGGAGGAGGTGATAGTGGTTCAGTGGCGACCCCG
GTTCAACAGAAAGCACACGAGGCGTGGAGGATCTACCAGCATTACCTCGACAAGACCACG
CCTCACGCTACTTACAGGTGGATCGGGACTCTCGTCGTGGCCCTCGCCTACTGTTTGAGG
GTTTACTACATCCAGGGATTCTACATCATCGCTTACGGTCTCGGAATCTACCTCTTGAAT
CTCCTCATCGGGTTCTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCGAGGCTGCTGGTGGGGGATCTGAT
GTACCTTCGCTTCCTACTAGAGGCTCTGATGAGTTCAAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCT
GAGTTCAAGTTCTGGTATTCGATGACAAAGGCGTTCTGCATTGCGTTTGTGATGACGTTC
TTCTCGGTGTTTGACGTGCCTGTATTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTC
TTTGTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATGATCAAGTACAAGTACATCCCTTTC
AGCTTCG*CAAACAGAAATATGGTGGACGAAGCGCCAGCGGCCCACGTAATGCGGACTGA
TCTGACCAA*TTTTATGATGAATGTTGGCCATTG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3B145TF 760 0 0
GGATTTCGCGTTTTGTTGCGTCTTTCGTCAGATCTGCTCCATTTCTGGATAAGCATCTCT
CATCTTCTTCCCATGGACG***GCGGCGGAGGAGGTGATAGTGGTTCAGTGGCGACCCCG
GTTCAACGGAAAGCACACGAGGCGTGGAGAATCTACCAGCATTACCTCGACAAGACCACG
CCTCACGCTACTTACAGGTGGATCGGGACTCTCGTCGTGGCCCTCGCCTACTGTCTGAGG
GTTTACTACATCCAGGGATTCTACATCATCGCTTACGGTCTCGGGATCTACCTCTTGAAT
CTCCTCATCGGGTTCTTGTCCCCTCTCGTTGATCCCGAGGCTGCTGGTGGGGGATCTGAT
GGACCTTCGCTTCCTACTAGAGGCTCTGATGAGTTCAAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCT
GAGTTCAAGTTCTGGTATTCGATGACAAAGGCGTTCTGCATTGCGTTTGTGATGACGTTC
TTCTCGGTGTTTGACGTGCCTGTGTTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTC
TTTGTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCACATGATCAAGTGCAAGTACATCCCTTTC
AGCTTCGGCAAACAGAAATATGGTGGACGAAGCGCCAGCGGCCCACGTAATGCGGACTGA
ACTGACCAACTTTTATGATGAATGTTGGCCATTGCAAAACAACAAAACATTTGTTTTTTT
TTTTTTTTTAGAAAATCATTTTGGACTATTTTTACATTTG

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3AE88TF 732 0 0
GG
CTGCTCCATTTCTGGATAAGCATCTCTCATCTTCTTCCCCAGATGGACGGCGGCGGAGGA
GGTGATAGTGGTTCAGTGGCGACCCCGGTTCAACAGAAAGCACACGAGGCGTGGAGAATC
TACCAGCATTACCTCGACAAGACCACGCCTCACGCTACTTACAGGTGGATCGGGACTCTC
GTCGTGGCCCTCGCCTACTGTCTGAGGGTTTACTACATCCAGGGATTCTACATCATCGCT
TACGGTCTCGGGATCTACCTCTTGAATCTCCTCATCGGGTTCTTGTCCCCTCTCGTTGAT
CCCGAGGTTGCTGGTGGGGGATCTGATGGACCTTCGCTTCCTACTAGAGGCTCTGATGAG
TTCAAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTATTCGATGACAAATGCG
TTCCGCATTGCGTTTGTGATGACGTTCTTCTCGGTGTTTGACGTGCCTGTGTTCTGGCCT
ATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTTTGTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCAC
ATGATCAAGTACAAGTACATCCCTTTCAGCTTCGGCAAACAGAAATATGGTGGACGAAGC
GCCAGCGGCCCACGTAATGCGGACTGAACTGACCAACTTTTATGATGAATGTTGGCCATT
GCAAAACAACAAAACATTTGTTTTTTTTTTTTT***AGAAAATCATTTTGGACTATTTTT
ACATTTGACA

QA 3 732 3 732
DS 

RD RR3E208JQ 771 0 0
GTCAGAT
CTGCTCCATTT*TGGATAAGCATCTCTCATCTTCTTCCCATGGACGTAGGCGGCGGAGGA
GGTGATAGTGGTTCAGTGGCGACCCCGGTTCAACAGAAAGCACACGAGGCGTGGAGGATC
TACCAGCATTACCTCGACAAGACCACGCCTCACGCTACTTACAGGTGGATCGGGACTCTC
GTCGTGGCCCTCGCCTACTGTTTGAGGGTTTACTACATCCAGGGATTCTACATCATCGCT
TACGGTCTCGGAATCTACCTCTTGAATCTCCTCATCGGGTTCTTGTCCCCTCTCGTTGAT
CCCGAGGCTGCTGGTGGGGGATCTGATGTACCTTCGCTTCCTACTAGAGGCTCTGATGAG
TTCAAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTATTCGATGACAAAGGCG
TTCTGCATTGCGTTTGTGATGACGTTCTTCTCGGTGTTTGACGTGCCTGTATTCTGGCCT
ATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTTTGTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCAC
ATGATCAAGTACAAGTACATCCCTTTCAGCTTCGGCAAACAGAAATATGGTGGACGAAGC
GCCAGCGGCCCACGTAATGCGGACTGATCTGACCAA*TTTTATGATGAATGTTGGCCATT
GCAAAACAACAAAACATTTGTTTTTTTTCTT*****AGAAAATCATTT*GGACTATTTTT
ACATTTGACAAAAGTTATGCAGCTACAAGGGAAGGATTTAGAGG

QA 8 771 8 771
DS 

RD RR3AE88JQ 766 0 0
GG
CTGCTCCATTTCTGGATAAGCATCTCTCATCTTCTTCCCCAGATGGACGGCGGCGGAGGA
GGTGATAGTGGTTCAGTGGCGACCCCGGTTCAACAGAAAGCACACGAGGCGTGGAGAATC
TACCAGCATTACCTCGACAAGACCACGCCTCACGCTACTTACAGGTGGATCGGGACTCTC
GTCGTGGCCCTCGCCTACTGTTTGAGGGTTTACTACATCCAGGGATTCTACATCATCGCT
TACGGTCTCGGGATCTACCTCTTGAATCTCCTCATCGGGTTCTTGTCCCCTCTCGTTGAT
CCCGAGGTTGCTGGTGGGGGATTTGATGGACCTTCGCTTCCTACTAGAGGCTTTGATGAG
TTCAAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTTTGGTATTCGATGACAAATGCG
TTCCGCATTGCGTTTGTGATGACGTTTTTCTCGGTGTTTGACGTGCCTGTGTTCTGGCCT
ATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTTTGTTCTCACCATGAGACGCCAGATCTCCCAC
ATGATCAAGTACAAGTACATCCCTTTCAGCTTCGGCAAACAGAAATATGGTGGACGAAGC
GCCAGCGGCCCACGTAATGCGGACTGAACTGACCAACTTTTATGATGAATGTTGGCCATT
GCAAAACAACAAAACATTTGTTTTTTTTTTTTT***AGAAAATCATTTTGGACTATTTTT
ACATTTGACAAAAGTTATGCAGCTACAAGGGAAGGATTTAGAGG

QA 3 766 3 766
DS 

RD RR3B145JQ 636 0 0
ATCGGGACTCTCGTCGTGGCCCTCGCCTACTGTCTGAGGGTTTACTACATCCAGGGATTC
TACATCATCGCTTACGGTCTCGGGATCTACCTCTTGAATCTCCTCATCGGGTTCTTGTCC
CCTCTCGTTGATCCCGAGGCTGCTGGTGGGGGATCTGATGGACCTTCGCTTCCTACTAGA
GGCTCTGATGAGTTCAAGCCTTTCATCCGCCGTCTCCCTGAGTTCAAGTTCTGGTATTCG
ATGACAAAGGCGTTCTGCATTGCGTTTGTGATGACGTTCTTCTCGGTGTTTGACGTGCCT
GTGTTCTGGCCTATCCTGCTTTGCTATTGGATCGTTCTCTTTGTTCTCACCATGAGACGC
CAGATCTCCCACATGATCAAGTGCAAGTACATCCCTTTCAGCTTCGGCAAACAGAAATAT
GGTGGACGAAGCGCCAGCGGCCCACGTAATGCGGACTGAACTGACCAACTTTTATGATGA
ATGTTGGCCATTGCAAAACAACAAAACATTTGTTTTTTTTTTTTTTT*AGAAAATCATTT
TGGACTATTTTTACATTTGACAAAAGTTATGCAGCTACAAGGGAAGGATTTAGAGGAAAA
AACAAACGAAAGATGGAATTAAAATTTGTTTTAGCC

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 6

CO CL1562Contig1 1347 6 20 U
TTTTTATAAAACATCTTATTTTCCCTACTTGGGATGCCAATCCTTTTACTAATCACGTGA
GAAACCATTTAGCGTTTTTCAAGTGTCGTGAGATCTTATTAACCTTAAATACGTATGACC
TGTATTTGCGTAGCATCTAGAGGAGCCAGAGAGCGAGAGAGAGAGAAACCATTACATTGA
TCATGAGCGTCTTTGAACGCGAAGCTCTTTAACTACATAGCCGAGTGCTTCAATTAGGAA
AAAAAAGGAAAAGAAATGGAAGAAATGGTGTATATAGTCTCTGTTGTTTTCACTCGTCTT
GCTCTTCTTATCATCCCTGTTATCTTAGTAACTCGGCGTCTAAGTGTTCATCTCTCCTTC
AAAAACATCCTCAGATTCATTAAACTCGTAGCTTCTCAACTTGATGATGAGGAAGAGAAT
AACGAGAAAGGTGGTACAATGGGAGAGGAAGAGAAACGACGGAGACTGCCAAAGCACGTG
GCGATTATATTGGACGGAAACAGACGTTGGGCGGAGAAACGAGGACTCGGAACATCGGAA
GGTCACCAGGCCGGAGCGAGGAGGCTCATCGAGAATGCTAAGGACTGTTTCGCTATGGGG
ATAAACACTGTCTCACTCTTTGCTTTCTCCACCGAAAATTGGGCAAGACCTGAGGATGAA
GTTAACGGCCTGATGGCCTTGTTTGAGAAACATTTGAGGTCTGAGATGGCTTTCTTTCGG
AGTGATAAAATCAAGATCTCCGTGATTGGAAACCGAACAAAAATCTCCCAGTCGCTTCTA
GGTTTGATAAAAGAAGCAGAGGAAGCTACAAAGAGCTACGAAGAGAAGCATCTCATTATA
GCAATAGACTATAGTGGAAGATTTGATATCTTACAAGCTTGCAAAAGTCTTGCAGAAAAG
GCCAAAAACGGGCTGATCCAAGTAGAGGATATTGACGAGGATGTGATGGAGAAAGAGTTG
ATGACAAACTGCAGTGAGTTCCCAAACCCTGACCTATTGATTAGAACGAGCGGAGAGCAA
AGGATCAGTAACTTCTTCCTATGGCAATCTGCTTACACTGAGCTCTACTTTCCTAACGTT
CTATGGCCTGACTTCGGTGAGGCTGAGTATCTTGAGGCCTTGACTTGGTATCAGCAAAGG
CAGAGGCGATTCGGTCTACGAGTTTAGAATTTGAGTGTTATGTCTCACAAATAAATTGTT
TCAAGTATAGTAGTAGTGGTCCGATTGTTTCAAACATATATACTTTGCCTTTGTTTTTTT
ACGTTTACTAATTATAAGTTACTTTTTTCACACTTACAAATTATGAGAGTTGTAAATAAC
TATTTAAAACTATATCATGATTTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GZ02TF U 1
AF RR3D448TF U 245
AF RR3BW17TF U 348
AF RR3GZ02JQ C 659
AF RR3BW17JQ C 567
AF RR3D448JQ C 683
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BS 806 896 RR3D448TF
BS 897 1022 RR3BW17TF
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TGTATTTGCGTAGCATCTAGAGGAGCCAGAGAGCGAGAGAGAGAGAAACCATTACATTGA
TCATGAGCGTCTTTGAACGCGAAGCTCTTTAACTACATAGCCGAGTGCTTCAATTAGGAA
AAAAAAGGAAAAGAAATGGAAGAAATGGTGTATATAGTCTCTGTTGTTTTCACTTGTCTT
GCTCTTCTTATCATCCCTGTTATCTTAGTAACTCGGCGTCTAAGTGTTCATCTCTCCTTC
AAAAACATCCTCAGATTCATTAAACTCGTAGCTTCTCAACTTGATGATGAGGAAGAGAAT
AACGAGAAAGGTGGTACAATGGGAGAGGAAGAGAAACGACGGAGACTGCCAAAGCACGTG
GCGATTATATTGGACGGAAACAGACGTTGGGCGGAGAAACGAGGACTCGGAACATCGGAA
GGTCACCAGGCCGGAGCGAGGAGGCTCATCGAGAATGCTAAGGACTGTTTCGCTATGGGG
ATAAACACTGTCTCACTCTTTGCTTTCTCCCCCGAAGATTGGGCAAGACCTGAG
ATGAAGTT

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DS 

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G
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TCTTATCATCCCTGTTATCTTAGTAACTCGGCGTCTAAGTGTTCATCTCTCCTTCAAAAA
CATCCTCAGATTCATTAAACTCGTAGCTTCTCAACTTGATGATGAGGAAGAGAATAACGA
GAAAGGTGGTACAATGGGAGAGGAAGAGAAACGACGGAGACTGCCAAAGCACGTGGCGAT
TATATTGGACGGAAACAGACGTTGGGCGGAGAAACGAGGACTCGGAACATCGGAAGGTCA
CCAGGCCGGAGCGAGGAGGCTCATCGAGAATGCTAAGGACTGTTTCGCTATGGGGATAAA
CACTGTCTCACTCTTTGCTTTCTCCACCGAAAATTGGGCAAGACCTGAGGATGAAGTTAA
CGGCCTGATGGCCTTGTTTGAGAAACATTTGAGGTCTGAGATGGCTTTCTTTCGGAGTGA
TAAAATCAAGATCTCCGTGATTGGAAACCGAACAAAAATCTCCCAGTCGCTTCTAGGTTT
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AGACTATAGTGGAAGATTTGATATCTTACAAGCTTGCAAAAGTCTTGCAGA

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GG
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AGGAAGAGAATAACGAGAAAGGTGGTACAATGGGAGAGGAAGAGAAACGACGGAGACTGC
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GAACATCGGAAGGTCACCAGGCCGGAGCGAGGAGGCTCATCGAGAATGCTAAGGACTGTT
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CTGAGGATGAAGTTAACGGCCTGATGGCCTTGTTTGAGAAACATTTGAGGTCTGAGATGG
CTTTCTTTCGGAGTGATAAAATCAAGATCTCCGTGATTGGAAACCGAACAAAAATCTCCC
AGTCGCTTCTAGGTTTGATAAAAGAAGCAGAGGAAGCTACAAAGAGCTACGAAGAGAAGC
ATCTCATCATAGCAATAGACTATAGTGGAAGATTTGATATCTTACAAGCTTGCAAAAGTC
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AGAAAGAGTTGATGACAAACTGCAGTGAGTTCCCAAACCCTGACCTATTGATTAGAACGA
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TTCCTAACGTTCTATGGCCTGACTTCG*TGAGGCTGAGTATC

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GGAGTGATAAAATCAAGATCTCCGTGATTGGAAACCGAACAAAAATCTCCCAGTCGCTTC
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TAGCAATAGACTATAGTGGAAGATTTGATATCTTACAAGCTTGCAAAAGTCTTGCAGAAA
AGGCCAAAAACGGGCTGATCCAAGTAGAGGACATTGACGAGGATGTGATGGAGAAAGAGT
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AAAGGATCAGTAACTTCTTCCTATGGCAATCTGCTTACACTGAGCTCTACTTTCCTAACG
TTCTATGGCCTGACTTCGGTGAGGCTGAGTATCTTGAGGCCTTGACTTGGTATCAGCAAA
GGCAGAGGCGATTCGGTCTACGAGTTTAGAATTTGAGTGTTATGTCTCACAAATAAATTG
TTTCAAGTATAGTAGTAGTGGTCCGATTGTTTCAAACATATATACTTTGCCTTTGTTTTT
TTACGTTTACTAATTATAAGTT

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DS 

RD RR3BW17JQ 781 0 0
TCATCGAG
ATGCTAAGGACTGTTTCGCTATGGGGATAAACACTGTCTCACTCTTTGCTTTCTCCACCG
AAAATTGGGCAAGACCTGAGGATGAAGTTAACGGCCTGATGGCCTTGTTTGAGAAACATT
TGAGGTCTGAGATGGCTTTCTTTCGGAGTGATAAAATCAAGATCTCCGTGATTGGAAACC
GAACAAAAATCTCCCAGTCGCTTCTAGGTTTGATAAAAGAAGCAGAGGAAGCTACAAAGA
GCTACGAAGAGAAGCATCTCATCATAGCAATAGACTATAGTGGAAGATTTGATATCTTAC
AAGCTTGCAAAAGTCTTGCAGAAAAGGCCAAAAACGGGCTGATCCAAGTAGAGGATATTG
ACGAGGATGTGATGGAGAAAGAGTTGATGACAAACTGCAGTGAGTTCCCAAACCCTGACC
TATTGATTAGAACGAGCGGAGAGCAAAGGATCAGTAACTTCTTCCTATGGCAATCTGCTT
ACACTGAGCTCTACTTTCCTAACGTTCTATGGCCTGACTTCGGTGAGGCTGAGTATCTTG
AGGCCTTGACTTGGTATCAGCAAAGGCAGAGGCGATTCGGTCTACGAGTTTAGAATTTGA
GTGTTATGTCTCACAAATAAATTGTTTCAAGTATAGTAGTAGTGGTCCGATTGTTTCAAA
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TGCAAATTATGAGAGTTGTAAATAACTATTTAAAACTATATCATGATTTAAGC

QA 9 781 9 781
DS 

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TGATTGGAAACCGAACAAAAATCTCCCAGTCGCTTCTAGGTTTGATAAAAGAAGCAGAGG
AATCTACAAAGAGCTACGAAGAGAAGCATCTCATTATAGCAATAGACTATAGTGGAAGAT
TTGATATCTTACAAGCTTGCAAAAGTCTTGCAGAAAAGGCCAAAAACGGGCTGATCCAAG
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CAAACCCTGACCTATTGATTAGAACGAGCGGAGAGCAAAGGATCAGTAACTTCTTCCTAT
GGCAATCTGCTTACACTGAGCTCTACTTTCCTAACGTTCTATGGCCTGACTTCGGTGAGG
CTGAGTATCTTGAGGCCTTGACTTGGTATCAGCAAAGGCAGAGGCGATTCGGTCTACGAG
TTTAGAATTTGAGTGTTATGTCTCACAAATAAATTGTTTCAAGTATAGTAGTAGTGGTCC
GATTGTTTCAAACATATATACTTTGCCTTTGTTTTTTTACGTTTCCTAATTATAAGTTAC
TTTTTTCACACTTACAAATTATGAGAGTTGTAAATAACTATTTAAAACTATATCATGATT
TAAGC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 2 4

CO CL1563Contig1 827 2 2 U
ATGAAATTTAATTTGAATTCATGAAAACCAAAAATCATTGGCAATATATATTTGACGTCA
GCATAAACAAGAGGTACATTTAAGAAAGGTATATAATTATTCAAACTACATGGGTAGAGA
CCAAGCCAGGTTTAAAACTTTCTTGTTCTGGAAACAATCTTGAATAGGACTTCAGTTCTA
AGAAAAAGAGAGTGACGTGAATAAGAATGAACCTACGAATCACACTGTCCATCATTGATC
ACTCAGTTTGCTCTGAGATATGCAAAGACTATGGCCAGTAGAATCACAAGCATTACAATA
TAGACATTGGCAGATTGTCCTTTGTCATTAATATAAGATTTTCTGTTATGAAGGACTCCA
GTGTCTCTGCAGACTTTATGAACGGCTTCAAGTCGGTTTAACGTCGTACTGGCATTCGGA
TCGTTCTTGTCGACCTTTGTTTTTAGCATGGAAGCAAAATCATAAAAAGCTCCATAGACA
TCTTCCATTGTCTTTGTGCGATCAATGACTTTGGCAGTTAGACCTCGCCTCAGTTTCACC
ACGCCTCTAAATACTTGTACATTGTTATAGCACAATGCAAGTGTTCCAATCGCCATGATC
TGAGGGATAGCACAGAACCGAAATATAGAAGGATCACGCAACACAGCCATGTACTTCAGG
CAATCTTCAATATGCGTCAATGCATTGGTGACCATTTCATTCAAGCAATGCACTGCTTTA
GTTGAATTCTCCTCGTATTTTAAGTCCTCTAGCTTGTCAGCATACTTGCCCCAAATCTTG
CGAGGCCAAAACATGCGAGACTTTGGTATTTCATTAATGTCTTCAAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B041JQ U 1
AF RR3EI02JQ U 40
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BS 585 827 RR3EI02JQ

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AGAAAAAGAGAGTGACGTGAATAAGAATGAACCTACGAATCACACTGTCCATCATTGATC
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TAGACATTGGCAGATTGTCCTTTGTCATTAATATAAGATTTTCTGTTATGAAGGACTCCA
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TCTTCCATTGTCTTTGTGCGATCAATGACTTTGGCAGTTAGACCTCGCCTCAGTTTCACC
ACGCCTCTAAATACTTGTACATTGTTATAGCACAATGCAAGTGT

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3EI02JQ 788 0 0
GGCA
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AACTACATGGGTAGAGACCAAGCCAGGTTTAAAACTTTCTTGTTCTGGAAACAATCTTGA
ATAGGACTTCAGTTCTAAGAAAAAGAGAGTGACGTGAATAAGAATGAACCTACGAATCAC
ACTGTCCATCATTGATCACTCAGTTTGCTCTGAGATATGCAAAGACTATGGCCAGTAGAA
TCACAAGCATTACAATATAGACATTGGCAGATTGTCCTTTGTCATTAATATAAGATTTTC
TGTTATGAAGGACTCCAGTGTCTCTGCAGACTTTATGAACGGCTTCAAGTCGGTTTAACG
TCGTACTGGCATTCGGATCGTTCTTGTCGACCTTTGTTTTTAGCATGGAAGCAAAATCAT
AGAAAGCTCCATAGACATCTTCCATTGTCTTTGTGCGATCAATGACTTTGGCAGTTAGAC
CTCGCCTCAGTTTCACCACGCCTCTAAATACTTGTACATTGTTATAGCACAATGCAAGTG
TTCCAATCGCCATGATCTGAGGGATAGCACAGAACCGAAATATAGAAGGATCACGCAACA
CAGCCATGTACTTCAGGCAATCTTCAATATGCGTCAATGCATTGGTGACCATTTCATTCA
AGCAATGCACTGCTTTAGTTGAATTCTCCTCGTATTTTAAGTCCTCTAGCTTGTCAGCAT
ACTTGCCCCAAATCTTGCGAGGCCAAAACATGCGAGACTTTGGTATTTCATTAATGTCTT
CAAG

QA 5 788 5 788
DS 



CO CL1563Contig2 834 2 10 U
AATCAAAAATCATTGGCAATATATATATCTGACGTCAGCATAAACAAGAGAGATACATTT
AAGAAAGGTATATGATTATTCAAACTACATGAGTAAAGACCAAGCAAAGTTTAAAACTCT
CTTGTTCTGGAAACAATCTTGAATAGGACTTTAGTTCTAAGAAAAAGAGAGTGGCGTAAA
TAAAAATGAACCTACGAATCACACTGTCCATCATTGATCACTCAGTTTGCTCTGAGATAT
GCAAAGACTATTGCCAGTAGAATCACAAGCATTACAATATAGACATTGACAGATTGTCCT
TTGTCATTAATATAAGATTTTCTGCTATGAAGGACTCCAGTGTCTCTGCAGACTTTATGA
ACGGCTTCAAGTCGGTTTAGCGTCGTACTGGCATTCGGATCGTTCTTGTCGACCTTTGTT
TTTAGCATGGAAGCAAAATCATAGAAAGCTCCATAGACATCAGCCATCGTCTTTGTGCGA
TCAATGACTTTGGCAGTTAGACCTCGCCTCAGTTTCACCACGCCTCTAAATACTTGTACA
TTGTTATAGCACAATGCAAGTGTTCCAATCGCCATGATCTGAGGGATAGCACAGAACCGA
AATATCGAAGGATCACGCAACACAGCCATGTACTTCAGGCAATCTTCAATATGCGTCAAT
GCATTGGTGACCATTTCATTCAAGCAATGCACTGCTTTCGCTGAATTATCCTCGTATTTC
AAGTCCTCTAGCTTGTCAGCATATTTGCCCCAGATCTTGCGAGGCCAAAACATGCGGGAC
TATGGTATTTCATTTATGTCTTCAAGATATCTCTGATAATGTTTGTTTTCTGAA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3D078JQ U 1
AF RR3DM49JQ U 4
BS 1 183 RR3D078JQ
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BS 185 769 RR3D078JQ
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BS 806 833 RR3D078JQ
BS 834 834 RR3DM49JQ

RD RR3D078JQ 833 0 0
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AAGTCCTCTAGCTTGTCAGCATATTTGCCCCAGATCTTGCGAGGCCAAA*CATGCGGGAC
TTTGGTATTTCATTTATGTCTTCA*GATATCTCTGATAATGTTTGTTTTCTGA

QA 1 833 1 833
DS 

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GTTCTGGAAACAATCTTGAATAGGACTTTAGTTCTAAGAAAAAGAGAGTGGCGTAAATAA
AAATGAACCTACGAATCACACTGTCCATCATTGATCACTCAGTTTGCTCTGAGATATGCA
AAGACTATTGCCAGTAGAATCACAAGCATTACAATATAGACATTGACAGATTGTCCTTTG
TCATTAATATAAGATTTTCTGTTATGAAGGACTCCAGTGTCTCTGCAGACTTTATGAACG
GCTTCAAGTCGGTTTAGCGTCGTACTGGCATTCGGATCGTTCTTGTCGACCTTTGTTTTT
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ATGACTTTGGCAGTTAGACCTCGCCTCAGTTTCACCACGCCTCTAAATACTTGTACATTG
TTATAGCACAATGCAAGTGTTCCAATCGCCATGATCTGAGGGATAGCACAGAACCGAAAT
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TTGGTGACCATTTCATTCAAGCAATGCACTGCTTTCGCTGAATTATCCTCGTATTTCAAG
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GGTATTTCATTTATGTCTTCAAGATATCTCTGATAATGTTTGTTTTCTGAA

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 6

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TCACAGAAACATCGTCAACTCTGGTCGGCTATAAACATTGTTCTGCTCATCTTCAAGAAC
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GTACACTTCACGGACCTTGCGAGCCGGATGGAACAGACCCTGCAGACAATAGTTCAGTAT
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CGGAGAGCATGTCTCAGCGACAATAGCGATTGCCACTGTGGTGCAGACACGGTTCTGGCG
CTCTTGGACTTTGAGATTGTTCAGCAACGTGGCGAGAACGTCTTGTGGTCCAATGGCTTT
GGCGATGTATCCAAAAGTGTTGACAGTGGCACGTCGGATACCTTTCTTGTGAGCTTTGAG
CATCTCAAGAAGCTCGAAACAGATTCTCATCCATTCCCTTGCTGGAACAAACTCAGCACC
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CTTCAAAATTGGAGTCAGTCTTGGAAGCAGATCCTTAATGGGAGGAGTCATCTTTGTCAT
ACCAATCACGTTGACAATTGCTTTTAGAGCTCCAAGAATTGATCCCAAGACTTCAGGGTA
CTCTTCTCCAAGATACTCATACAAAACAACACCGAGATGTCCCATCAACTGTTCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH13JQ U 1
AF RR3D472JQ U 40
AF RR3B809JQ U 40
AF RR3GH13TF C 179
AF RR3D472TF C 297
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TTGCAACAAACCGATTACCGAATAAAACAGGAGATACTAAATTGTGTCTTAACGTTTCCT
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GTAATCCTTGCCCATCTCTCCAATGTACTCGAAGAGGAAAGAGA

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GTTCTGCTCATCTTCAAGAACCGGGTAAGCAGCAACGAGCGTGTCCTGAGCACCAATGTA
GAGCGAATTGTAAATCTTCCAGTACACTTCACGGACCTTGCGAGCCGGATGGAACAGACC
CTGCAGACAATAGTTCAGTATCACAGCTGCACCCAACGCCACTCTCATTCCTTCAATGGC
TTCCATCACAGCGTTGATCACGTGAGGAGATGTCTCGAAGATGTTCGGACAGATGAAGTT
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CACTGCTGAAGCTGCGGTTTGTCTGTGAACCAAGTCCCTGTCCATGAGCGCATCCTCCAG
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AGAGAGTGATTTCAGGACACCGTTCTGGACATTGAGCTCTGGAACACGGTACTCGTTCGT
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GGTGCAGA

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AGTATTATACAAAGCAAGCCTTTGCAACAAACCGATTACCGAATAAAACAGGAGATACTA
AATTGTGTCTTAACGTTTCCTTCACAGAAACATCGTCAACTCTGGTCGGCTATAAACATT
GTTCTGCTCATCTTCAAGAACCGGGTAAGCAGCAACGAGCGTGTCCTGAGCACCAATGTA
GAGCGAATTGTAAATCTTCCAGTACACTTCACGGACCTTGCGAGCCGGATGGAACAGACC
CTGCAGACAATAGTTCAGTATCACAGCTGCACCCAACGCCACTCTCATTCCTTCAATGGC
TTCCATCACAGCGTTGATCACGTGAGGAGATGTCTCGAAAATATTCGGCCAGATGAAGTT
GAGCAAGTGAACCAGAGCGTCTTCG*ATCCCAAACCAGCTACACCTAACGCCATGTGTTT
CACTGCTGAAGCTGCGGTTTGCCTGTGTACCAAGTCCCTGTCCATGAGCGCATCCTCCAG
CAATGGTGTGACCGCGTATATGTAATCCTTGCCCATCTCTCCAATGTACTCGAAAAGGAA
AGAGAGTGATTTCAGGACACCGTTCTGGACGTTGAGCTCTGGAACACGGTACTCGTTCAT
CAAAGCGGGCAAGACCGTAAACGGAGAGCATGTCTCAGCGACAATAGCGATTGCCACTGT
GGTGCAGACACGGTTCTGGCGCTCTTGGACTTTGAG

QA 1 756 1 756
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AC*GGGTAAGCAGCAACGAGCGTGTC*TGAGCACCAATGTAGAGCGAATTGTAAATCTTC
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ATCACAGCTGCACCCAACGCCACTCTCATTCCTTCAATGGCTTCCATCACAGCGTTGATC
ACGTGAGGAGATGTCTCGAAGATGTTCGGCCAGATGAAGTTAAGCAAGTGAACCAGAGCG
TCTTCGCATCCCAAACCAGCTACACCTAACGCCATGTGTTTCACTGCTGAAGCTGCGGTT
TGCCTGTGAACCAAGTCCCTGTCCATGAGCGCATCCTCCAGCAATGGTGTGACCGCGTAT
ATGTAATCCTTGCCCATCTCTCCAATGTACTCGAAGAGGAAAGAGAGTGATTTCAGGACA
CCGTTCTGGACGTTGAGCTCTGGAACACGGTACTCGTTCATCAAAGCGGGCAAGACCGTA
AACGGAGAGCATGTCTCAGCGACAATAGCGATTGCCACTGTGGTGCAGACACGGTTCTGG
CGCTCTTGGACTTTGAGATTGTGCAGCAACGTGGCGAGAACGTCTTGTGGTCCAATGGCT
TTGGCGATGTATCCAAAAGTGTTGACAGTGGCACGTCGGATACCTTTCTTGTGAGCTTTG
AGCATCTCAAGAAGCTCGAAACAGATTCTCATCC
C

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DS 

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ATATGTAATCCTTGCCCATCTCTCCAATGTACTCGAAGAGGAAAGAGAGTGATTTCAGGA
CACCGTTCTGGACATTGAGCTCTGGAACACGGTACTCGTTCGTCAAAGCGGGCAAGACAG
TAAACGGAGAGCATGTCTCAGCGACAATAGCGATTGCCACTGTGGTGCAGACACGGTTCT
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CTTTGGCGATGTATCCAAAAGTGTTGACAGTGGCACGTCGGATACCTTTCTTGTGAGCTT
TGAGCATCTCAAGAAGCTCGAAACAGATTCTCATCCATTCCCTTGCTGGAACAAACTCAG
CACCACGATCAGCAATCCTACCAACAAGGTCGATACAATTCTCTT
C

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DS 

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GCCAGATGAAGTTGAGCAAGTGAACCAGAGCGTCTTCG*ATCCCAAACCAGCTACACCTA
ACGCCATGTGTTTCACTGCTGAAGCTGCGGTTTGCCTGTGTACCAAGTCCCTGTCCATGA
GCGCATCCTCCAGCAATGGTGTGACCGCGTATATGTAATCCTTGCCCATCTCTCCAATGT
ACTCGAAGAGGAAAGAGAGTGATTTCAGGACACCGTTCTGGACGTTGAGCTCTGGAACAC
GGTACTCGTTCATCAAAGCGGGCAAGACCGTAAACGGAGAGCATGTCTCAGCGACAATAG
CGATTGCCACTGTGGTGCAGACACGGTTCTGGCGCTCTTGGACTTTGAGATTGTTCAGCA
ACGTGGCGAGAACGTCTTGTGGTCCAATGGCTTTGGCGATGTATCCAAAAGTGTTGACAG
TGGCACGTCGGATACCTTTCTTGTGAGCTTTGAGCATCTCAAGAAGCTCGAAACAGATTC
TCATCCATTCCCTTGCTGGAACAAACTCAGCACCACGATCAGCAATCCTACCAACAAGGT
CGATACAATTCTCTTGCACTTTCTCATGCCTGTTCTTCAAAATTGGAGTCAGTCTTGGAA
GCAGATCCTTAATGGGAGGAGTCATCTTTGTCATACCAATCACGTTGACAATTGCTTTTA
GAGCTCCAAGAATTGATCCCAAGACTTCAGGGTACTCTTCTCCAAGATACTCATACAAAA
CAACACCGAGATGTCCCATCAACTGTTCCTCC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 2 5

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GGGTTACGATGACAAAGCCGCTCTTCTCAATCATGCGATTCCATTGTATCAGCAAGTTGA
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TGATAACTTCTCTACATTTATCAAGCAAGTGTATGCGGTTGGAGCAAGGAAGATCGGTGT
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AAAGGGTTGTGTTTCAAGACTCAATACAGATGCTCAGCAATTCAACAAGAAGCTTAACGC
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CACCCCACTCTATGATCTTGTTCAGTCCCCTGCTAAATCTGGATTCACGGAAGCAACAAA
AGGATGTTGTGGAACAGGAACGGTCGAGACAACTTCGCTCTTGTGCAATCCGAAATCGTA
TGGGACATGCTCCAATGCTACTCAGTATGTGTTCTGGGACAGTGTTCATCCTTCTGAAGC
TGCCAATGAGATTCTCGCCACTTCTTTGATTGGACAGGGCTTCACTCTCATCGGTTGATC
TCCAAGTCTTATTAAATTCTCTTCTGTAATCGCTGTCAAACCTTGAGAGTCTTACACTGT
TCTTTCCATTTTGAATTTATGTATCAAAAACTACCACTATTTACTATAAACGAATTGATG
ATTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI67TF U 1
AF RR3BI67JQ C 59
AF RR3DF22TF U 511
BS 1 865 RR3BI67TF
BS 866 907 RR3DF22TF

RD RR3BI67TF 865 0 0
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TTATGTGAATCCTCTTCTTAACAAAGTCTACACTCCTGATCAGTATGGATCTATGCTTCT
TGATAACTTCTCTACATTTATCAAGCAAGTGTATGCGGTTGGAGCAAGGAAGATCGGTGT
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AGCTGCTTCAAAGCTTCAGAAGCAATACTCTGGTCTAAAGATTGTTGTCTTTGACATCTT
CACCCCACTCTATGATCTTGTTCAGTCCCCTGCTAAATCTGGATTCACGGAAGCAACAAA
AGGATGTTGTGGAACAGGAACGGTCGAGACAACTTCGCTCTTGTGCAATCCGAAATCGTA
TGGGACATGCTCCAATGCTACTCAGTATGTGTTCTGGGACAGTGTTCATCCTTCTGAAGC
TGCCAATGAGATTCTCGCCACTTCTTTGATTGGACAGGGCTTCACTCTCATCGGTTGATC
TCCAAGTCTTATTAAATTCTCTTCTGTAATCGCTGTCAAACCTTGAGAGTCTTACACTGT
TCTTTCCATTTTGAATTTATGTATC

QA 1 865 1 865
DS 

RD RR3BI67JQ 842 0 0
TCG
GGTTACGATGACAAAGCCGCTCTTCTCAATCATGCGATTCCATTGTATCAGCAAGTTGAG
TACTTCAAGGAGTACAAGAGCAAGCTCATAAAAGTTGCAGGAAGCAAACAATCTGATACG
ATCATTAAGGGAGCACTCTATCTCTTAAGTGCAGGAAGCAGAGACTTCGTTCAAAATTAT
TATGTGAATCCTCTTCTTAACAAAGTCTACACTCCTGATCAGTATGGATCTATGCTTCTT
GATAACTTCTCTACATTTATCAAGCAAGTGTATGCGGTTGGAGCAAGGAAGATCGGTGTG
ACTTCTCTGCCTCCAACGGGATGTCTTCCAGCTGCAAGAACCCTATTCGGGTTCCATGAA
AAGGGTTGTGTTTCAAGACTCAATACAGATGCTCAGCAATTCAACAAGAAGCTTAACGCA
GCTGCTTCAAAGCTTCAGAAGCAATACTCTGGTCTAAAGATTGTTGTCTTTGACATCTTC
ACCCCACTCTATGATCTTGTTCAGTCCCCTGCTAAATCTGGATTCACGGAAGCAACAAAA
GGATGTTGTGGAACAGGAACGGTCGAGACAACTTCGCTCTTGTGCAATCCGAAATCGTAT
GGGACATGCTCCAATGCTACTCAGTATGTGTTTTGGGACAGTGTTCATCCTTCTGAAGCT
GCCAATGAGATTCTCGCCACTTCTTTGATTGGACAGGGCTTCACTCTCATCGGTTGATCT
CCAAGTCTTATTAAATTCTCTTCTGTAATCGCTGTCAAACCTTGAGAGTCTTACACTGTT
CTTTCCATTTTGAATTTATGTATCAAAAACTACCACTATTTACTATAAACGAATTGATG

QA 4 842 4 842
DS 

RD RR3DF22TF 397 0 0
G
GGTCTAAAGATTGTTGTCTTTGACATCTTCACCCCACTCTATGATCTTGTTCAGTCCCCT
GCTAAATCTGGATTCACGGAAGCAACAAAAGGATGTTGTGGAACAGGAACGGTCGAGACA
ACTTCGCTCTTGTGCAATCCGAAATCGTACGGGACATGCTCCAATGCTACTCAGTATGTG
TTCTGGGACAGTGTTCATCCCTCCGAAGCTGCCAATGAGATTCTCGCCACTTCTTTGATT
GGACAGGGCTTCACTCTCATCGGTTGATCTCCAAGTCTTATTAAATTCTCTTCTGTAATC
GCTGTCAAACCTTGAGAGTCTTACACTGTTCTTTCCCTTTTGAATTTATGTATCAAAAAC
TACCACTATTTACTATAAACGAATTGATGATTTCTT

QA 2 397 2 397
DS 



CO CL1565Contig2 734 2 15 U
GGACACATACCAAAGCAAAAACATGGATCATCACCGCATGAAGTCGTGTTTACTTCTCCT
CTTGATCTCTTTTCAGATTTCATTTGCTCAAGATGCTCCAACGACTCTTTTTCCTGCAAT
CATGACATTTGGTGACTCTGTGGTCGATGTCGGAAACAACAACTACCTTCCTACCCTTTT
CAGAGCCGACTACCCTCCTTATGGCCGTGATTTTGCTGGCCACAAACCCACAGGCCGCTT
CTGCAACGGCAAACTAGCCACTGATATTACCGCTGAGACACTAGGGTTCACTAAATACCC
ACCAGCTTATCTAAGCCCCGAAGCTTCAGGCAAGAACCTTCTCATTGGTGCTAATTTCGC
TTCTGCAGCTCCAGGTTACGATGACAAAGCCGCTCTTCTCAATCATGCGATTCCATTGTA
TCAGCAAGTTGAGTACTTCAAGGAGTACAAGAGCAAGCTCATAAAAGTTGCAGGAAGCAA
ACAATCTGATACGATCACTAAGGGAGCACTCTATCTCTTAAGTGCAGGAAGCAGTGACTT
TGTTCAAAATTATTATGTGAATCCTCTTCTTAACAAAGTCTACACTCCTGATCAGTACGG
ATCTATGCTTCTTGATAACTTCTCTACATTTATCAAGCAAGTATATGCGGTTGGGGCAAG
GAAGATCGGTGCCACTTCTCTGTCTCCAACGGGATGTCTTCCAGCTGCAGAACCCTATTC
TGATCCATGAAAAA


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E473TF U 2
AF RR3GF28TF U 1
BS 1 64 RR3GF28TF
BS 65 65 RR3E473TF
BS 66 90 RR3GF28TF
BS 91 91 RR3E473TF
BS 92 231 RR3GF28TF
BS 232 232 RR3E473TF
BS 233 237 RR3GF28TF
BS 238 238 RR3E473TF
BS 239 370 RR3GF28TF
BS 371 371 RR3E473TF
BS 372 497 RR3GF28TF
BS 498 498 RR3E473TF
BS 499 617 RR3GF28TF
BS 618 618 RR3E473TF
BS 619 734 RR3GF28TF

RD RR3E473TF 644 0 0
GGG
ACATACCAAAGCAAAAACATGGATCG***CCGCATGAAGTCGTGTTTACTTCTTCTCTTG
ATCTCTTTTCAGATTTCATTTGCTCAAGATGCTCCAACGACTCTTTTTCCTGCAATCATG
ACATTTGGTGACTCTGTGGTCGATGTCGGAAACAACAACTATCTTCCTACCCTTTTCAGA
GCCGACTACCCTCCTTATGGCCGTGATTTTGCTGGCCACAAACCCACAGGCCGCTTCTGC
AACGGCAAATTAGCCACTGATATTACCGCTGAGACACTAGGGTTCACTAAATACCCACCA
GCTTATCTAAGCCCCGAAGCTTCAGGCAAGAACCTTCTCATTGGTGCTAATTTCGCTTCT
GCAGCTCCGGGTTACGATGACAAAGCCGCTCTTCTCAATCATGCGATTCCATTGTATC*G
CAAGTTGAGTACTTCAAGGAGTACAAGAGCAAGCTCATAAAAGTTGCAGGAAGCAAACAA
TCTGATACGATCACTAAGGGAGCACTCTATCTCTTAAGTGCAGGAAGCAGTGACTTTGTT
CAAAATTATTATGTGAATCCTCTTCTTAACAAAGTCTACACTCCTGATCAGTACGGCTCT
ATGCTTCTTGATAACTTCTCTACATTTATCAAGCAAGTGTA

QA 4 644 4 644
DS 

RD RR3GF28TF 734 0 0
GGACACATACCAAAGCAAAAACATGGATCATCACCGCATGAAGTCGTGTTTACTTCTCCT
CTTGGTCTCTTTTCAGATTTCATTTGCTCAGGATGCTCCAACGACTCTTTTTCCTGCAAT
CATGACATTTGGTGACTCTGTGGTCGATGTCGGAAACAACAACTACCTTCCTACCCTTTT
CAGAGCCGACTACCCTCCTTATGGCCGTGATTTTGCTGGCCACAAACCCACCGGCCGTTT
CTGCAACGGCAAACTAGCCACTGATATTACCGCTGAGACACTAGGGTTCACTAAATACCC
ACCAGCTTATCTAAGCCCCGAAGCTTCAGGCAAGAACCTTCTCATTGGTGCTAATTTCGC
TTCTGCAGCTTCAGGTTACGATGACAAAGCCGCTCTTCTCAATCATGCGATTCCATTGTA
TCAGCAAGTTGAGTACTTCAAGGAGTACAAGAGCAAGCTCATAAAAGTTGCAGGAAGCAA
ACAATCTGATACGATCATTAAGGGAGCACTCTATCTCTTAAGTGCAGGAAGCAGTGACTT
TGTTCAAAATTATTATGTGAATCCTCTTCTTAACAAAGTCTACACTCCTGATCAGTACGG
ATCTATGCTTCTTGATAGCTTCTCTACATTTATCAAGCAAGTATATGCGGTTGGGGCAAG
GAAGATCGGTGCCACTTCTCTGTCTCCAACGGGATGTCTTCCAGCTGCAGAACCCTATTC
TGATCCATGAAAAA

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 4

CO CL1566Contig1 866 4 7 U
AAAGGCCAATTTGTCTGGAACTTTATATATCGGTGTCTAAAAAAGCTGGGAAGCAGGTAG
CTCAAGTGCCAAATAATACAATCCATAGTTATGATGAGCAATGAACATCATACTAGAAAG
TGAAAAAGCTATGGTTTCTGAGTTTTGAAAATGCTACAAGAAGATCACAAGATGACAAGG
TCCCCTCATGTCAGGATTGAACAAATCACTCAAGTATCTTTTGTAGTTATCTCATCAGTG
GAAAGCAAATCCTCCGCCAGAGTGTTCAACTTCCTGAGGAGGTGGTAGAGAAGAAACCCA
ATCTGATGCATGTGTTGGAAGAAGCCCCAAAGTATTGAGCTTCCAGATACCCAAAGCTAA
GCCTCCAAGGTTAAGGGCAAGAAACACTAGTTTGGGCATAAGTAGTTCCACCTTATTATC
CTTGAATGGCTCAAAAATCTTTCCAACGCTCTGGAGGGCGCTGAGAGGCTGCCAAAGAGC
AGAGAAAGTAATACCAATGCTAAAGAGATGAACAGTGTTTCCAGCCATCCACATCATGAA
ACCCATCATCATCAGATTCTTAAATGGTGATTGCGCTACCTCCCATGCTTTCTGAAGTTT
CCAATTAGCTTCAGCGTCTTTCTTTTGGCGGCTCGTTGCTGAGTCATCCTGTTCGGGAGA
AGCACGAGAGAAGCCAGGGGGATCGAGAATGTCGCGGGAAGATGGAACGGTTGATTGGTC
CGAGAAATCGATGGCCCATCTCCGACCAGAACCCATCACGGATTTGCCTTT*GTCCATCT
AACGTTACTTCTTCGATCTGTCGGGGAAGAAGAAGAAGAGAGCTAGATCCGATCAGATGT
TTCTTTCTAATAGTTCCCTTTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FE46JQ U 1
AF RR3B545JQ U 13
AF RR3FE46TF C 81
AF RR3B545TF C 26
BS 1 600 RR3FE46JQ
BS 601 601 RR3B545JQ
BS 602 765 RR3FE46JQ
BS 766 771 RR3B545JQ
BS 772 772 RR3B545TF
BS 773 838 RR3B545JQ
BS 839 866 RR3B545TF

RD RR3FE46JQ 765 0 0
AAAGGCCAATTTGTCTGGAACTTTATATATCGGTGTCTAAAAAAGCTGGGAAGCAGGTAG
CTCAAGTGCCAAATAATACAATCCATAGTTATGATGAGCAATGAACATCATACTAGAAAG
TGAAAAAGCTATGGTTTCTGAGTTTTGAAAATGCTACAAGAAGATCACAAGATGACAAGG
TCCCCTCATGTCAGGATTGAACAAATCACTCAAGTATCTTTTGTAGTTATCTCATCAGTG
GAAAGCAAATCCTCCGCCAGAGTGTTCAACTTCCTGAGGAGGTGGTAGAGAAGAAACCCA
ATCTGATGCATGTGTTGGAAGAAGCCCCAAAGTATTGAGCTTCCAGATACCCAAAGCTAA
GCCTCCAAGGTTAAGGGCAAGAAACACTAGTTTGGGCATAAGTAGTTCCACCTTATTATC
CTTGAATGGCTCAAAAATCTTTCCAACGCTCTGGAGGGCGCTGAGAGGCTGCCAAAGAGC
AGAGAAAGTAATACCAATGCTAAAGAGATGAACAGTGTTTCCAGCCATCCACATCATGAA
ACCCATCATCATCAGATTCTTAAATGGTGATTGCGCTACCTCCCATGCTTTCTGAAGTTT
TCAATTAGCTTCAGCGTCTTTCTTTTGGCGGCTCGTTGCTGAGTCATCCTGTTCGGGAGA
AGCACGAGAGAAGCCAGGGGGATCGAGAATGTCGCGGGAAGATGGAACGGTTGATTGGTC
CGAGAAATCGATGGCCCATCTCCGACCAGAACCCATCACGGATTT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3B545JQ 834 0 0
GTCTGGAACTTTATATATCGGTGTCTAAAAAAGCTGGGAAGCAGGTAGCTCAAGTGCCAA
ATAATACAATCCATAGTTATGATGAGCAATGAACATCATACTAGAAAGTGAAAAAGCTAT
GGTTTCTGAGTTTTGAAAATGCTACAAGAAGATCACAAGATGACAAGGTCCCCTCATGTC
AGGATTGAACAAATCACTCAAGTATCTTTTGTAGTTATCTCATCAGTGGAAAGCAAATCC
TCCGCCAGAGTGTTCAACTTCCTGAGGAGGTGGTAGAGAAGAAACCCAATCTGATGCATG
TGTTGGAAGAAGCCCCAAAGTATTGAGCTTCCAGATACCCAAAGCTAAGCCTCCAAGGTT
AAGGGCAAGAAACACTAGTTTGGGCATAAGTAGTTCCACCTTATTATCCTTGAATGGCTC
AAAAATCTTTCCAACGCTCTGGAGGGCGCTGAGAGGCTGCCAAAGAGCAGAGAAAGTAAT
ACCAATGCTAAAGAGATGAACAGTGTTTCCAGCCATCCACATCATGAAACCCATCATCAT
CAGATTCTTAAATGGTGATTGCGCTACCTCCCATGCTTTCTGAAGTTTCCAATTAGCTTC
AGCGTCTTTCTTTTGGCGGCTCGTTGCTGAGTCATCCTGTTTGGGAGAAGCACGAGAGAA
GCCAGGGGGATCGAGAATGTCGCGGGAAGATGGAACGGTTGATTGGTCCGAGAAATCGAT
GGCCCATCTCCGACCAGAACCCATCACGGATTTGCCTTTTGTCCATCTAACGTTACTTCT
TCGATCTGTCGGGGAAGAAGAAGAAGAGAGCTAGATCCGATCAGAT
GTTTTTTT

QA 1 826 1 826
DS 

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AGTTT*GAAAATGCTACAAGAAGATCACAAGATGACAAGGTCCCCTCATGTCAGGATTGA
ACAAATCACTCAAGTATCTTTTGTAGTTATCTCATCAGTGGAAAGCAAATCCTCCGCCAG
AGTGTTCAACTTCCTGAGGAGGTGGTAGAGAAGAAACCCAATCTGATGCATGTGTTGGAA
GAAGCCCCAAAGTATTGAGCTTCCAGATACCCAAAGCTAAGCCTCCAAGGTTAAGGGCAA
GAAACACTAGTTTGGGCATAAGTAGTTCCACCTTATTATCCTTGAATGGCTCAAAAATCT
TTCCAACGCTCTGGAGGGCGCTGAGAGGCTGCCAAAGAGCAGAGAAAGTAATACCAATGC
TAAAGAGATGAACAGTGTTTCCAGCCATCCACATCATGAAACCCATCATCATCAGATTCT
TAAATGGTGATTGCGCTACCTCCCATGCTTTCTGAAGTTTTCAATTAGCTTCAGCGTCTT
TCTTTTGGCGGCTCGTTGCTGAGTCATCCTGTTCGGGAGAAGCACGAGAGAAGCCAGGGG
GATCGAGAATGTCGCGGGAAGATGGAACGGTTGATTGGTCCGAGAAATCGATGGCCCATC
TCCGACCAGAACCCATCACGGATTTGCCTTT*GTCCATCTAACGTTACTTCTTCGATCTG
TCGGGGAAGAAGAAGAAGAGAGCTAGATCCGATCAGAT
CC

QA 1 758 1 758
DS 

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TAGTTATGATGAGCAATGAACATCATACTAGAAAGTGAAAAAGCTATGGTTTCTGAGTTT
TGAAAATGCTACAAGAAGATCACAAGATGACAAGGTCCCCTCATGTCAGGATTGAACAAA
TCACTCAAGTATCTTTTGTAGTTATCTCATCAGTGGAAAGCAAATCCTCCGCCAGAGTGT
TCAACTTCCTGAGGAGGTGGTAGAGAAGAAACCCAATCTGATGCATGTGTTGGAAGAAGC
CCCAAAGTATTGAGCTTCCAGATACCCAAAGCTAAGCCTCCAAGGTTAAGGGCAAGAAAC
ACTAGTTTGGGCATAAGTAGTTCCACCTTATTATCCTTGAATGGCTCAAAAATCTTTCCA
ACGCTCTGGAGGGCGCTGAGAGGCTGCCAAAGAGCAGAGAAAGTAATACCAATGCTAAAG
AGATGAACAGTGTTTCCAGCCATCCACATCATGAAACCCATCATCATCAGATTCTTAAAT
GGTGATTGCGCTACCTCCCATGCTTTCTGAAGTTTCCAATTAGCTTCAGCGTCTTTCTTT
TGGCGGCTCGTTGCTGAGTCATCCTGTTTGGGAGAAGCACGAGAGAAGCCAGGGGGATCG
AGAATGTCGCGGGAAGATGGAACGGTTGATTGGTCCGAGAAATCGATGGCCCATCTCCGA
CCAGAACCCATCACGGATTTGCCTTT*GTCCATCTAACGTTACTTCTTCGATCTGTCGGG
GAAGAAGAAGAAGAGAGCTAGATCCGATCAGATGTTTCTTTCTAATAGTTCCCTTTTTCC
C

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 3

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TAATCGATGGAAAGGCGATTGCTCATACCATCCGATCAGAGATCGCCGACGAAGTTCGCC
TTTTATCTGAGAAACACGGCAAGGTCCCAGGACTAGCGGTTGTCATAGTTGGTGTACGGA
AAGATTCACAGACGTATGTGAATATGGAGAGGAAAGCATGTGCTGAGGTTGGGATCAAGT
CATTTGATGTTGACCTACCTGAAGATGTTCCTGAAGCTGAGCTTATTACCAAAGTTCATC
AACTCAATTCAGACCCCCAAGTCCATGGTATATTAGTTCAACTCCCATTGCCGAAACATA
TCAATGAGGAGAATGTTTTGGGTGCTATCAGCATTGATAAAGACGTAGATGGATTCCATC
CTTTGAATATTGGTAAGCTAGCCATGAAAGGCAGAGAACCCCTCTTCCTTCCATGCACCC
CTAAGGGATGTTTGGAGCTCTTGGTGAGGAGTGGCATAAAGATTAAGGGGCAACGAGCAG
TTATTGTAGGTCGGAGTAACATTGTTGGTTTGCCCGTTTCACTTCTATTGCTAAAGTCTG
ATGCTACTGTTACTACTGTACATTCTCACACCAAAGATCCCGAGGCTATCATAAAGGAAG
CTGACATCGTTATTGCTGCAGCTGGACAAGCCTGCATGATCAAAGGGAGACTGGATAAAG
CCAGGGGCTGCAGTGATCGACGTTGGAACTAACGCAGTCAGCGACCCGAGCAGAATCTGG
ATACCGGTTGGTTGGAGATGTTGATTTTACAGAAGCTTCTAAAGTTGCAGGTCTCATAAC
TCCGGTCCCTGGTGGTGTAGGCCCAATGACAGTGGCAATGCTGCTCAAGAACACCTTAGA
CGGCGCCAAGCGGGTCATTGACCAGTAAAACATCCCTCTGTATGTTATAAAATATCCTGG
AGTTTACCCATATCTATATGGCATTATTCCTCTCAAATAAATTTGAATTGGCATTCCATT
TGAATGTTTGTTTCCTCAAAATTAGCACACAATCATGAATGATGATGATTCAGTCTGTAT
TTTTCTTGTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB05TF U 1
AF RR3AW12TF U 317
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ATACCGGTTGGTTGGAGATGTTGATTTTACAGAAGCTTCTAAAGTTGCAG
TCTCAT

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DS 

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GATGTTGATTTTA

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DS 

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GGTGAGGAGTGGCATAAAGATTAAGGGGCAACGAGCAGTTATTGTAGGTCGGAGTAACAT
TGTTGGTTTGCCCGTTTCACTTCTATTGCTAAAGTCTGATGCTACTGTTACTACTGTACA
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CCAATGACAGTGGCAATGCTGCTCAAGAACACCTTAGACGGCGCCAAGCGGGTCATTGAC
CAGTAAAACATCCCTCTGTATGTTATAAAATATCCTGGAGTTTACCCATATCTATATGGC
ATTATTCCTCTCAAATAAATTTGAATTGGCATTCCATTTGAATGTTTGTTTCCTCAAAAT
TAGCACACAATCATGAATGATGATGATTCAGTCTGTATTTTTCTTGTCTG

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 6

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GTGCGAGATGGCGAGCTCAGTGACGCTGCTTCTGTGTAGTCTTCTTCTTCTCGGAACCCT
AAGCGCGATTCAGGCCAAGAAGTCAAAGGAGAACTTAAAGGAGATCACACACAAGGTTTT
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GACAGTCCCTAAAACTGCAGAGAATTTTCGAGCTTTGTGCACAGGGGAAAAGGGAATAGG
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TATGCTCCAGGCAGGCGATTTCACCCATGGCAATGGTATGGGAGGAGAGTCTATCTATGG
TGAGACGTTTCCTGATGAGAACTTCAAACTCAAGCATACTGGTCCAGGGCTTCTATCTAT
GGCAAACGCTGGCCAAGACACCAACGGATCTCAGTTTTTCATCACAACAGTAACAACAAG
CTGGTTGGACGGGAGACACGTAGTGTTCGGGAAGGTCGTGTCGGGAATGGACGTGGTGTA
CAAAGTCGAAGCTGAGGGTAATCAGAGTGGAACTCCTAAGAGTAAAGTTGTGATTGTCGA
CAGTGGTGAGCTTCCTCTGTAACTCAACTTTCATGTAGTTTTTCTCCATCTCATCAGCCA
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TTGATAAAAGATACTACCATTCTGCTTTTATTTCAGTTGTCTACTGCTTATAACTCAAAA
TCTGAATTAAAAATTAGAGATTTATTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 
25 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 25 40 40 40 25 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CC63JQ C 390
AF RR3E255TF U 1
AF RR3E527TF U 17
AF RR3CC63TF U 6
AF RR3E527JQ C 123
AF RR3E255JQ C 185
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BS 472 681 RR3E255TF
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BS 747 747 RR3CC63TF
BS 748 809 RR3E527JQ
BS 810 869 RR3E255JQ

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TCAAGCATACTGGTCCAGGGCTTTTATTTATGGCAAACGCTGGCCAAGACACCAACGGAT
TTCAGTTTTTCATCACAACAGTAACAACAAGCTGGTTGGACGGGAGACACGTAGTGTTCG
GGAAGGTCGTGTCGGGAATGGACGTGGTGTACAAAGTCGAA

QA 1 221 1 221
DS 

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GTGCGAGATGGCGAGCTCAGTGACGCTGCTTCTGTGTAGTCTTCTTCTTCTCGGAACCCT
AAGCGCGATTCAGGCCAAGAAGTCAAAGGAGAACTTAAAGGAGATCACACACAAGGTTTT
TTTCGATGTTGAGATTGATGGGAAAGAAGCTGGCCGTATTGTCATGGGTCTATATGGAAA
GACAGTCCCTAAAACTGCAGAGAATTTTCGAGCTTTGTGCACAGGGGAAAAGGGAATAGG
TAAGAAAGGGAAGGCTCTACATTACAAGGGGAGCTCGTTTCATAGGGTCATACCAAGCTT
TATGCTCCAGGCAGGCGATTTCACCCATGGCAATGGTATGGGAGGAGAGTCTATCTATGG
TGAGACGTTTCCTGATGAGAACTTCAAACTCAAGCATACTGGTCCAGGGCCTCTATCTAT
GGCAAACGCTGGCCAAGACACCAACGGATCTCAGTTTTTCATCACAACAGTAACAACAAG
CTGGTTGGACGGGAGACACGTAGTGTTCGGGAAGGTCGTGTCGGGAATGGACGTGGTGTA
CAAAGTCGAAGCTGAGGGTAATCAGAGTGGAACTCCTAAGAGTAAAGTTGTGATTGTCGA
CAGTGGTGAGCTTCCTCTGTA*CTCAACTTTCATGTAGTTTTTCTCCATCTCATCAGCCA
TTGATGTGAGCTAAATCTAGTGCGTG

QA 1 746 1 746
DS 

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GGG
AGAGAGAGAGAGAGAGAGTGAGACAAACACTTTGCTGAACGGTGCGAGATGGCGAGCTCA
GTGACGCTGCTTCTGTGTAGTCTTCTTCTTCTCGGAACCCTAAGCGCGATTCAGGCCAAG
AAGTCAAAGGAGAACTTAAAGGAGATCACACACAAGGTTTTTTTCGATGTTGAGATTGAT
GGGAAAGAAGCTGGCCGTATTGTCATGGGTCTATATGGAAAGACAGTCCCTAAAACTGCA
GAGAATTTTCGAGCTTTGTGCACAGGGGAAAAGGGAATAGGTAAGAAAGGGAAGGCTCTA
CATTACAAGGGGAGCTCGTTTCATAGGGTCATACCAAGCTTTATGCTCCAGGCAGGCGAT
TTCACCCATGGCAATGGTATGGGAGGAGAGTCTATCTATGGTGAGACGTTTCCTGATGAG
AACTTCAAGCTCAAGCATACTGGTCCAGTGCTTCTATCTATGGCAAACGCTGGCCAAGAC
ACCAACGGATCTCAGTTTTTCATCACAACAGTAACAACAAGCTGGTTGGACGGGAGACAC
GTAGTGTTCGGGAAGGTCGTGTCGGGAATGGACGTGGTGTACAAAGTCGAAGCTGAGGGT
AATCAGAGTGGAACTCCTAAGAGTAAAGTTGTGATTGTCGACAGTGGTGAGCTTCCTCTG
TA*CTCAACTTTCATGTAGTTTTTCTCCATCTCATCAGCCATTGATGTGAGCTAAATCTA
GTGCGT

QA 4 729 4 729
DS 

RD RR3CC63TF 750 0 0
GGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACAAACACTTTGCTGAACGGTGCGAGATGGCGAGCTCA
GTGACGCTGCTTCTGTGTAGTCTTCTTCTTCTCGGAACCCTAAGCGCGACTCAGGCCAAG
AAGTCAAAGGAGAACTTAAAGGAGATCACACACAAGGTTTTTTTCGATGTTGAGATTGAT
GGGAAAGAAGCTGGCCGTATTGTCATGGGTCTATATGGAAAGACAGTCCCTAAAACTGCA
GAGAATTTTCGAGCTTTGTGCACAGGGGAAAAGGGAATAGGTAAGAAAGGGAAGGCTCTA
CATTACAAGGGGAGCTCGTTTCATAGGGTCATACCAAGCTTTATGCTCCAGGCAGGCGAT
TTCACCCATGGCAATGGTATGGGAGGAGAGTCTATCTATGGTGA**CGTTTCCTGATGAG
AACTTCAAACTCAAGCATACTGGTCCAGGGCTTCTATCTATGGCAAACGCTGGCCAAGAC
ACCAACGGATCTCAGTTTTTCATCACAACAGTAACAACAAGCTGGTTGGACGGGAGACAC
GTAGTGTTCGGGAAGGTCGTGTCGGGAATGGACGTGGTGTACAAAGTCGAAGCTGAGGGC
AATCAGAGTGGAACTCCTAAGAGTAAAGTTGTGATTGTCTACAGTGGTGAGCTTCCTCTG
TAACTCAACTTTCATGTAGTTTTTCTCCATCTCATCAGCCATTGATGTGAGCTAA*TCTA
GTGCGTGA
GACTTTTG

QA 15 742 15 742
DS 

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GCGCGATTCAGGCCAAGAAGTCAAAGGAGAACTTAAAGGAGATCACACACAAGGTTTTTT
TCGATGTTGAGATTGATGGGAAAGAAGCTGGCCGTATTGTCATGGGTCTATATGGAAAGA
CAGTCCCTAAAACTGCAGAGAATTTTCGAGCTTTGTGCACAGGGGAAAAGGGAATAGGTA
AGAAAGGGAAGGCTCTACATTACAAGGGGAGCTCGTTTCATAGGGTCATACCAAGCTTTA
TGCTCCAGGCAGGCGATTTCACCCATGGCAATGGTATGGGAGGAGAGTCTATCTATGGTG
AGACGTTTCCTGATGAGAACTTCAAGCTCAAGCATACTGGTCCAGTGCTTCTATCTATGG
CAAACGCTGGCCAAGACACCAACGGATCTCAGTTTTTCATCACAACAGTAACAACAAGCT
GGTTGGACGGGAGACACGTAGTGTTCGGGAAGGTCGTGTCGGGAATGGACGTGGTGTACA
AAGTCGAAGCTGAGGGTAATCAGAGTGGAACTCCTAAGAGTAAAGTTGTGATTGTCGACA
GTGGTGAGCTTCCTCTGTAACTCAACTTTCATGTAGTTTTTCTCCATCTCATCAGCCATT
GATGTGAGCTAAATCTAGTGCGTGAAGACTTTTGTGTTTAAACGACTATCTTAGCCACTT
GATAAAAGATACTACCATTCTGCTTTT

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DS 

RD RR3E255JQ 685 0 0
GATGTTGAGATTGATGGGAAAGAAGCTGGCCGTATTGTCATGGGTCTATATGGAAAGACA
GTCCCTAAAACTGCAGAGAATTTTCGAGCTTTGTGCACAGGGGAAAAGGGAATAGGTAAG
AAAGGGAAGGCTCTACATTACAAGGGGAGCTCGTTTCATAGGGTCATACCAAGCTTTATG
CTCCAGGCAGGCGATTTCACCCATGGCAATGGTATGGGAGGAGAGTCTATCTATGGTGAG
ACGTTTCCTGATGAGAACTTCAAACTCAAGCATACTGGTCCAGGGCCTCTATCTATGGCA
AACGCTGGCCAAGACACCAACGGATCTCAGTTTTTCATCACAACAGTAACAACAAGCTGG
TTGGACGGGAGACACGTAGTGTTCGGGAAGGTCGTGTCGGGAATGGACGTGGTGTACAAA
GTCGAAGCTGAGGGTAATCAGAGTGGAACTCCTAAGAGTAAAGTTGTGATTGTCGACAGT
GGTGAGCTTCCTCTGTAACTCAACTTTCATGTAGTTTTTCTCCATCTCATCAGCCATTGA
TGTGAGCTAAATCTAGTGCGTGAAGACTTTTGTGTTTAAACGACTATCTTAGCCACTTGA
TAAAAGATACTACCATTCTGCTTTTATTTCAGTTGTCTACTGCTTATAACTCAAAATCTG
AATTAAAAATTAGAGATTTATTTCG

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 4

CO CL1569Contig1 1465 4 4 U
GGGCCAGAGGAACTAAACAGTAAACACAAACTCCCACTTCAATCCAGAGGAACCTCTCAT
CTTCTCTTTCTGTAACAAATAAAAAAAAAAGCTTAAACCTTTCTTTAACCATGGCGGCTA
ATTTCAAAAGGGTTAGCTTCTTGCTCGCCCTGGTAATGACAGTGGTGGTGGCTCTCGCTC
CTTCGTTCATCTCCGGCGAAAATGGGTTTTCCGATCTTAAAATCCGTACCCACTTGAAAC
GACTCAACAAGCCACCTCTCAAATCCATAAAGAGCCCAGATGGAGATGTAATAGATTGTG
TCCCAGTCACCGACCAACCAGCTCTTGCTCATCCTCTGCTCATTAACCACACTGTCCAGA
TGAGTCCAAGTTTCAACCCAGCGAGTGTCTTTAGCGAGAGCAAACTTTCATCAACCACCA
AGAAGCAGCGGTCTAATGATATAACGCAGCTATGGCATGTGAATGGGAAATGCCCTGTGA
ACACAATCCCCATCAGAAGAACGACAAAGGAAGATCTTTACCGAGCCAGTTCGGTCCAGA
GTTTCGGTATGAAGACTCAGAAAAGTATCCCTAAGCTCAAGTCTTATGACACAACTGGTG
TCCTTCCACAAAATGGTCATCAGCACGCGATAATGTATGTGGAAGATGGGGTTTTCTACG
GTGCTAAAGCCAAGATTAATGTATGGAATCCGTATGTGGAGATGCCTAATGAGTTTAGCT
TGGCTCAGATTTGGATTTTGGGTGGAAATTTCAACTCTGATCTTAATAGTATTGAAGCTG
GCTGGCAGGTGAGTCCACAACTGTATGGTGATAACCACACCAGGCTCTTCACTTATTGGA
CTAGTGATGCCTACCAAGGCACAGGCTGCTACAATCTCCTGTGCTCAGGATTTGTTCAAA
TCAATAGGGAGATTGCAATGGGTGGATCAATCTCTCCTTTATCAAGCTATGCAAACTCTC
AATATGACATCACCATACTTATCTGGAAGGACCCAAAAGAAGGACATTGGTGGTTACAAT
TTGGAGAGAAGTACATAATTGGATACTGGCCAGCTTCACTCTTCTCTTACTTATCTGAAA
GTGCATCGATGATTGAATGGGGAGGAGAAGTGGTGAACTCGCAGTCCGAGGCAGGACAAC
ATACTACTACTCAGATGGGAAGTGGTCGGTTCGCAGAGGAAGGTTGGGGCAAAGCTAGTT
ACTTCAAGAACGTTCAAGTAGTTGATGGATCTAATGAACTGAGAAACCCTGAAAATCTTC
AAGTCTTTACTGATCAAGAGAACTGTTACAATGTGAGAAGTGGCAATGGAGGTTCTTGGG
GAAGTCATTTCTACTATGGTGGTCCTGGTCGAAACCCTAATTGCCCTTGAGGATCTGTCT
ACTTACTTGCATTGCAGACCATTCTAAATTAATCATTAATTGTATAAAACATAATACTAT
ATATTATACACACATTCTTAAGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DW72TF U 1
AF RR3D564TF U 310
AF RR3DW72JQ C 728
AF RR3D564JQ C 747
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BS 986 1459 RR3DW72JQ
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CTTCTCTTTCTGTAACAAATAAAAAAAAAAGCTTAAACCTTTCTTTAACCATGGCGGCTA
ATTTCAAAAGGGTTAGCTTCTTGCTCGCCCTGGTAATGACAGTGGTGGTGGCTCTCGCTC
CTTCGTTCATCTCCGGCGAAAATGGGTTTTCCGATCTTAAAATCCGTACCCACTTGAAAC
GACTCAACAAGCCACCTCTCAAATCCATAAAGAGCCCAGATGGAGATGTAATAGATTGTG
TCCCAGTCACCGACCAACCAGCTCTTGCTCATCCTCTGCTCATTAACCACACTGTCCAGA
TGAGTCCAAGTTTCAACCCAGCGAGTGTCTTTAGCGAGAGCAAACTTTCATCAACCACCA
AGAAGCAGCGGTCTAATGATATAACGCAGCTATGGCATGTGAATGGGAAATGCCCTGTGA
ACACAATCCCCATCAGAAGAACGACAAAGGAAGATCTTTACCGAGCCAGTTCGGTCCAGA
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TCCTTCCACAAAATGGTCATCAGCACGCGATAATGTATGTGGAAGATGGGGTTTTC

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DS 

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G
CGACCAACCAGCTCTTGCTCATCCTCTGCTCATTAACCACACTGTCCGGATGAGTCCAAG
TTTCAACCCAGCGAGTGTCTTTAGCGATAGCAAACTTTCATCAACCACCAAGAAGCAGCG
GTCTAATGATATAACGCAGCTATGGCATGTGAATGGGAAATGCCCTGTGAACACAATCCC
CATCAGAAGAACGACAAAGGAAGATCTTTACCGAGCCAGTTCGGTCCAGAGTTTCGGTAT
GAAGACTCAGAAAAGTATCCCTAAGCTCAAGTCTTATGACACAACTGGTGTTCTTCCACA
AAATGGTCATCAGCACGCGATAATGTATGTGGAAGATGGGGTTTTCTACGGTGCTAAAGC
CAAGATTAATGTATGGAATCCGTATGTGGAGATGCCTAATGAGTTTAGCTTGGCTCAGAT
TTGGATTTTGGGTGGAAATTTCAACTCTGATCTTAATAGTATTGAAGCTGGCTGGCAGGT
GAGTCCACAACTGTATGGTGATAACCACACCAGGCTCTTCACTTATTGGACTAGTGATGC
CTACCAAGGCACAGGCTGCTACAATCTCCTGTGCTCAGGATTTGTTCAAATCAATAGGGA
GATTGCAATGGGTGGATCAATCTCTCCTTTATCAAGCTATGCAAACTCTCAATATGACAT
CACCATACTTATCTG

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DS 

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GATTTGGATTTTGG
GTGGAAATTTCAACTCTGATCTTAATAGTATTGAAGCTGGCTGGCAGGTGAGTCCACAAC
TGTATGGTGATAACCACACCAGGCTCTTCACTTATTGGACTAGTGATGCCTACCAAGGCA
CAGGCTGCTACAATCTCCTGTGCTCAGGATTTGTTCAAATCAATAGGGAGATTGCAATGG
GTGGATCAATCTCTCCTTTATCAAGCTATGCAAACTCTCAATATGACATCACCATACTTA
TCTGGAAGGACCCAAAAGAAGGACATTGGTGGTTACAATTTGGAGAGAAGTACATAATTG
GATACTGGCCAGCTTCACTCTTCTCTTACTTATCTGAAAGTGCATCGATGATTGAATGGG
GAGGAGAAGTGGTGAACTCGCAGTCCGAGGCAGGACAACATACTACTACTCAGATGGGAA
GTGGTCGGTTCGCAGAGGAAGGTTGGGGCAAAGCTAGTTACTTCAAGAACGTTCAAGTAG
TTGATGGATCTAATGAACTGAGAAACCCTGAAAATCTTCAAGTCTTTACTGATCAAGAGA
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GTCCTGGTCGAAACCCTAATTGCCCTTGAGGATCTGTCTACTTACTTGCATTGCAGACCA
TTCTAAATTAATCATTAATTGTATAAAACATAATACTATATATTATACACACATTCTT

QA 15 732 15 732
DS 

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AATTTC
AACTCTGATCTTAATAGTATTGAAGCTGGCTGGCAGGTGAGTCCACAACTGTATGGTGAT
AACCACACCAGGCTCTTCACTTATTGGACTAGTGATGCCTACCAAGGCACAGGCTGCTAC
AATCTCCTGTGCTCAGGATTTGTTCAAATCAATAGGGAGATTGCAATGGGTGGATCAATC
TCTCCTTTATCAAGCTATGCAAACTCTCAATATGACATCACCATACTTATCTGGAAGGAC
CCAAAAGAAGGACATTGGTGGTTACAATTTGGAGAGAAGTACATAATTGGATACTGGCCA
GCTTCACTCTTTTCTTACTTATCTGAAAGTGCATCGATGATTGAATGGGGAGGAGAAGTG
GTGAACTCGCAGTCCGAGGCAGGACAACATACTACTACTCAGATGGGAAGTGGTCGGTTC
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AATGAACTGAGAAACCCTGAAAATCTTCAAGTCTTTACTGATCAAGAGAACTGTTACAAT
GTGAGAAGTGGCAATGGAGGTTCTTGGGGAAGTCATTTCTACTATGGTGGTCCTGGTCGA
AACCCTAATTGCCCTTGAGGATCTGTCTACTTACTTGCATTGCAGACCATTCTAAATTAA
TCATTAATTGTATAAAACATAATACTATATATTATACACACATTCTTAAGTGT

QA 7 719 7 719
DS 



AS 1 4

CO CL1570Contig1 1160 4 14 U
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CGTTTAGGGTTTTTGGGTATCTCGCGAGGTTTTACAGAGATCTCTTTCTAACATGGATTC
GATGGTGACTCAAAAGACTGTTTTGGCTGTGACGGATGATGTGGTGTTGCCTGTTAGCTC
TGTTCTGACCATGATGAAGGAGCTCGCAAAGGAAGGAATTGAACGTTGTGATCCTTTGAT
CATTACTCAAGCTTCCACAATAAATAAGGTCCCTTTGGATGCTTCCTCAGTGGACTTGGT
TCTAGCCGTTTCCAGAACATCTGATTTTCCAAGTGACAAAATCTATAGCGAGTTCTCAAG
AGTTCTGAAGCCTGGTGGTTCTGTTTTTGTCTGCACGAACTCGGAAGGTGAAACTATAGA
ATTGCAACAGACCCTTCAAAGGAGAGTGACCTTGGCTGGTTTTCTGGAGCCACAGTCTCT
TGATTTGAAATCAATTAAGTTGCCTAACTTCAGCTTATCCGTTGGGATTAAGGCAAAGAA
ACCTACTTGGAAGATTGGTTCATCATTTGCTCTCAAGAAGCCTGCTGCAAAAACTCTCCC
TAAGGTTAATCTAGACGATGACTTGGATCTTATTGATGAGGACTCTCTCTTGACAGAGGA
GGACCTGGAGAAGCCACAGCTTCCTGTTGCTAGTGGTTGTGAGACCACTAAGAAGGCTTG
CAAGAACTGTGTATGTGGTAGAGCTGAGATAGAGGAGAAAGCTGTGAAGTTGGGCCTCAC
AGAGGATCAAATCGAGAATCCACAGTCAGCATGTGGCAGCTGTGGACTCGGTGATGCCTT
CCGCTGTGGTACATGCCCTTACAAGGGTCTCCCACCCTTCAAACTAGGCGAGAAGGTAAC
CCTATCTCAAAACTTCCTTGAAGCTGACATATAAGCCTGTGAAAAGGTCTTCTTCATGCC
TGCTTGTTTCTCACCGAAGCCAAAACCTTTTGTTAAACACAGAGTAGTTTGATCACTTTG
TGTCCTTTTCGTATATTTCGTTTGTTGGTACTTTCTTTATTTCTCGGCTTTTGAATGGCT
TCAGTAGACAATCGTTGGGTGTTTGCTCACAATACACATTGGAACCTTTATATCAATGAA
GAACAGCTTTTCACTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ25TF U 5
AF RR3A206TF U 1
AF RR3A206JQ C 431
AF RR3EK87JQ C 438
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RD RR3FQ25TF 650 0 0
G
GAAGGTCAGAAAATTTGATTTCTCTTATTTTACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGTTT
AGGGTTTTTGGGTATCTCGCGAGGTTTTACAGAGATCTCTTTCTAACATGGATTCGATGG
TGACTCAAAAGACTGTTTTGGCTGTGACGGATGATGTGGTGTTGCCTGTTAGCTCTGTTC
TGACCATGATGAAGGAGCTCGCAAAGGAAGGAATTGAACGTTGTGATCCTTTGATCATTA
CTCAAGCTTCCACAATAAATAAGGTCCCTTTGGATGCTTCCTCAGTGGACTTGGTTCTAG
CCGTTTCCAGAACATCTGATTTTCCAAGTGACAAAATCTATAGCGAGTTCTCAAGAGTTC
TGAAGCCTGGTGGTTCTGTTTTTGTCTGCACGAACTCGGAAGGTGAAACTATAGAATTGC
AACAGACCCTTCAAAGGAGAGTGACCTTGGCTGGTTTTCTGGAGCCACAGTCTCTTGATT
TGAAATCAATTAAGTTGCCTAACTTCAGCTTATCCGTTGGGATTAAGGCAAAGAAACCTA
CT*GGAAGATTGGTTCATCATTTGCTCTCAAGAAGCCTGCTGCAAAAACTCTCCCTAAGG
TTAATCTAGACGATGACTTGGATCTTATTGATGAGGACTCTCTCTTGAC

QA 2 650 2 650
DS 

RD RR3A206TF 857 0 0
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CGTTTAGGGTTTTTGGGTATCTCGCGAGGTTTTACAGAGATCTCTTTCTAACATGGATTC
GATGGTGACTCAAAAGACTGTTTTGGCTGTGACGGATGATGTGGTGTTGCCTGTTAGCTC
TGTTCTGACCATGATGAAGGAGCTCGCAAAGGAAGGAATTGAACGTTGTGATCCTTTGAT
CATTACTCAAGCTTCCACAATAAATAAGGTTCCTTTGGATGCTTCCTCAGTGGACTTGGT
TCTAGCCGTTTCCAGAACATCTGATTTTCCAAGTGACAAAATCTATAGCGAGTTCTCAAG
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ATTGCAACAGACCCTTCAAAGGAGAGTGACCTTGGCTGGTTTTCTGGAGCCACAGTCTCT
TGATT*GAAATCAATTAAGTTGCCTAACTTCAGCTTATCCGTTGGGATTAAGGCAAAGAA
ACCTACTTGGAAGATTGGTTCATCATTTGCTCTCAAGAAGCCTGCTGCAAAAACTCTCCC
TAAGGTTAATCTAGACGATGACTTGGATCTTATTGATGAGGACTCTCTCTTGACAGAGGA
G*ACCTGGAGAAGCCACAGCTTCCTGTTGCTAGTGGTTGTGAGACCACTAAGAAG*CTTG
CAAGAACTGTGTATGTGGTAGAGCTGAGATAGAGGAGAAAGCTGTGAAGTTGGGCCTCAC
AGAGGATCAAATCGAGAATCCACAGTCAGCATGTGGCAGCTGTGGACTCGGTGATGCCTT
C*GCTGTGGTACATGCC

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR3A206JQ 730 0 0
ACCCTTCAAAGGAGAGTGACCTTGGCTGGTTTTCTGGAGCCACAGTCTCTTGATT*GAAA
TCAATTAAGTTGCCTAACTTCAGCTTATCCGTTGGGATTAAGGCAAAGAAACCTACTTGG
AAGATTGGTTCATCATTTGCTCTCAAGAAGCCTGCTGCAAAAACTCTCCCTAAGGTTAAT
CTAGACGATGACTTGGATCTTATTGATGAGGACTCTCTCTTGACAGAGGAGGACCTGGAG
AAGCCACAGCTTCCTGTTGCTAGTGGTTGTGAGACCACTAAGAAGGCTTGCAAGAACTGT
GTATGTGGTAGAGCTGAGATAGAGGAGAAAGCTGTGAAGTTGGGCCTCACAGAGGATCAA
ATCGAGAATCCACAGTCAGCATGTGGCAGCTGTGGACTCGGTGATGCCTTCCGCTGTGGT
ACATGCCCTTACAAGGGTCTCCCACCCTTCAAACTAGGCGAGAAGGTAACCCTATCTCAA
AACTTCCTTGAAGCTGACATATAAGCCTGTGAAAAGGTTTTCTTCATGCCTGCTTGTTTC
TCACCGAAGCCAAAACCTTTTGTTAAACACAGAGTAGTTTGATCACTTTGTGTCCTTTTC
GTATATTTCGTTTGTTGGTACTTTCTTTATTTCTCGGCTTTTGAATGGCTTCAGTAGACA
ATCGTTGGGTGTTTGCTCACAATACACATTGGAACCTTTATATCAATGAAGAACAGCTTT
TCACTTTGTT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3EK87JQ 715 0 0
AAAGGAGAGTGACCTTGGCTGGTTTTCTGGAGCCACAGTCTCTTGATTTGAAATCAATTA
AGTTGCCTAACTTCAGCTTATCCGTTGGGATTAAGGCAAAGAAACCTACTTGGAAGATTG
GTTCATCATTTGCTCTCAAGAAGCCTGCTGCAAAAACTCTCCCTAAGGTTAATCTAGACG
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TCGTTTGTTGGTACTTTCTTTATTTCTCGGCTTTTGAATGGCTTCAGTAGACAATCGTTG
GGTGTTTGCTCACAATACACATTGGAACCTTTATATCAATGAAGAACAGCTTTTC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 5

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ACCTTCTCCCAGAAGGAGTCTTTGATTTCTCTGCTAAAGCTGGTCCTGAGAACCATGTTT
ATGAACTTAAACTGGAGCTTCACGATAAAGTCAATGTCGAGGAAAGTAAGATCAACATTG
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ACGATGAAGGCAACGCTGGTGCTGGAGATATGGATATGGGAGGAATGGGTGGGATGGATT
TCTCGAGCTTGGCTGGAATGGGCGGAATGGGTGGTATGGGTGGAATGGGCGGAATGGGTG
GTATGGGTGGAATGGGTGGCCTTGAAGGACTTGGCGGCATGGGTGGACTTGGTGGCATGG
CTGGACTTGAAGGACTTGGCGGCATGGGAGGTATGGGAGGCATGGGAGGCATGGGCGGTA
TGGGTGGAATGGGTGGTATGGAAGAGTTTGAAGACAGTGATGATGAAGAAGAAACCGCCC
AATCTGGAGACAAGAAAGATGAAGCTGTTGAGGAAGAAGGCAAAGCAGAAGAGCAAACAA
CGTCTGCTAAGGAAGACAAGTGAAGACACTGTTTCAGAGAGGAAACCATGTGGTTGGTAC
TATTAGCTTTCAGGGTTTATGAAACTCTTTTCTGTTTACTTTTCTCTTAAAATGTTGTCC
CTCTGTTTTGCTTTTATGGATTTGTTTTTCACTTGTTGTGTGGTT*ATATGGTTGGTTCC
AGATGATATTAGACTTGCAATTTTTGGCAGTCTGTGGAAACATTTTCTCAGTCTATTGCC
AAGCCTATCTTTTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AY23TF U 39
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AF RR3DM90JQ C 624
AF RR3DM90TF U 624
AF RR3B054JQ C 230
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GG
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QA 3 536 3 536
DS 

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TCTCGAGCTTGGCTGGAATGGGCGGAATGGGTGGTATGGGTGGAATGGGCGGAATGGGTG
GTATGGGTGGAATGGGTGGCCTTGAAGGACTTGGCGGCATGGGTGGACTTGGTGGCATGG
CTGGACTTGAAGGACTTGGCGGCATGGGAGGTATGGGAGGCATGGGAGGCATGGGCGGTA
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AATGAA

QA 1 749 1 749
DS 

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CACTTGTTGTGTGGTT*ATATGGTTGGTTCCAGA
TG

QA 7 340 7 340
DS 

RD RR3DM90TF 342 0 0
GGGGGT
GGTATGGGAGGCATGGGAGGCATGGGCGGTATGGGTGGAATGGGTGGTATGGAAGAGTTT
GAAGACAGTGATGATGAAGAAGAGACCGCCCAATCTGGAGACAAGAAAGATGAAGCTGTT
GAGGAAGAAGGCAAAGCAGAAGAGCAAACAACGTCTGCTAAGGAAGACAAGTGAAGACAC
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TTCTGTTTACTTTTCTCTTAAAATGTTGTCCCTCTGTTTTGCTTTTATGGATTTGTTTTT
CACTTGTTGTGTGGTT*ATATGGTTGGTTCCAGA
TG

QA 7 340 7 340
DS 

RD RR3B054JQ 807 0 0
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GGACAAGCTTATCCGTGGTGGGAAAGCGCCACACTATGTCAAGGTGGATTGGGACAAGTG
GGTTGATGAGGACGATGAAGGCAACGCTGGTGCTGGAGATATGGATATGGGAGGAATGGG
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AGAGCAAACAACGTCTGCTAAGGAAGACAAGTGAAGACACTGTTTCAGAGAGGAAACCAT
GTGGTTGGTACTATTAGCTTTCAGGGTTTATGAAACTCTTTTCTGTTTACTTTTCTCTTA
AAATGTTGTCCCTCTGTTTTACTTTTATGGATTTGTTTTTCACTACTTGTGTGGTTTATA
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AGTCTATTGCCAAGCCTATCTTTTCAT

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 5

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AGCTCTTCTTCAGGCATCGCCACACTTACAACCCTCGCAAACTCTCCCTTAGGAAACACC
AACACAACTCCTTTCTCCCCAACACCATGGATCGTGTAGTTCACAAAATCAGGCTTCTCT
CCTTTGATCTCAAGTTCCTCACACTTGTCAAGATTCACAAACGTTAAGTTTGCACCGTAC
GTGATAAAATCCGAAGAGCTTTTATCTTTGTCTATCATCCCCTTGATCAAACAATTCTCT
ATTCTTCTCTTGCTAGCAACCAGCCCCGCTAGTTCGGACACCTCAGTCATATCGTCTTTT
CTTTCCACTACGCTTATTACCAAGTCATCGTTCCAACATGCTGAAGACGTTTTACGGTCA
CAAATTGTTATGACATTTGTGTCGTTTTCGCCACGGATGTTAAGCATGGACCTCCATATC
AATGCATACAGAATACTAATCTCCGAGAAAGATCGGTCGTACTTGGCCATCAGACGGTCA
ATTTGCTCGAGACTAAAGTTAAAGTTATATCTCCCCATCTTGCATTTATTGTTGCTAAGC
AACCAATACTTCCCAACTGATTCAACCTTCTTAATGGAAATGGCATGACCATTATCACCA
TCTTGACCATTAGCATGAGCGGCCAGTTCGGGCTTTTTCGGGTAAACGGGTTTGGATGGG
CCATGATTTGACATTAGTTGTCCCATTCTTTTCATGAAAATTGATGCTGAAACTACATCT
CCTAGTACATGGGCCCAACTTAGCCCTATTGATAACCCACCACATTTGAACTGTGTTATC
TGGAGGTAAACGAGTGGAGAGAAGAAAAGGTCAGGACCAAGAACCTGATCGTAGACAAGG
AACCGGTGGTCGATGGAACGGTCGTCCAAGTCGAGCCACTCCTGGACCGTGAACCCTTCG
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GCTGAAGGGTCGTCGTTGTCGAGGTTCCGGATCCGACCCGTCACATGGACATAACACTGG
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TGCCGTGGCTTGTTCTCGCCTGTCATAGAAGCAGGCACAACCGACGAGATCTTCAAATCT
GTCACTGGGCTTGCCTCCATTTCGAGAGAGAAGAGAGAAATAACTGATGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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*AAA**GTTACATAATCATATTATTCACTTCAACCTTCAGCTTCGCAAGCTCTTCTTCAG
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AGC

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DS 



AS 1 5

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3A010TF U 89
AF RR3BF63TF U 1
AF RR3BH79TF U 1
AF RR3BH79JQ C 122
AF RR3BF63JQ C 173
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BS 798 809 RR3BF63TF
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G
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TCTGTACAAGTTCAATCCATGGGAGCTTCCAGACATGGCGTTGTACGGAGAGAAAGAATG
GTACTTCTTCTCACACCGAGACCGAAAATACCCAAACGGTTCGCGTCCAAACCGGGCAGC
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AGGGATCAAGAAAGCGCTCGTCTTCTACGCGGGGAAAGCCCCTAAAGGTGTGAAGACGAA
TTGGATCATGCACGAGTATCGTCTCGCTAATGTCGACCGCTCTGCTTCTTCCAACA*GAA
GAACAACTTAAGACTTGATGATTGGGTGTTATGTCGGATTTACAATAAGAAAGGAACGAT
GGAGAAGTATTATCCGGCGGATGTGAAAGAGACGGCGATGATGATGACGACTACTAC***
GACGACGTCGGATTCGAAATGCTCAAGTCACGTGATCTCACCGGACGTCACGTGTTCTTC
CGAGGTTCAGAGCGAGTCGAAGTGGGTTGATGATCTTGTTGAGGACGTAGCGTTTGACGC
GTCAGTGTTCGGCTCCTA*CTGCAAAATGACGCTTTTGTCCCTCAGTTTCCGTATCAGTC
CGACTTCGCCACTATGTTCGAGGACCCGC
GCCGGAGCA

QA 2 690 2 690
DS 

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ATCAGCGTTCCGGTGATCGCGGAGATTGATCTGTACAAGTTCAATCCATGGGAGCTTCCA
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CCAAATTGTTCGCGTCCAAACCGGGCAGCGGGAACCGGTTATTGGAAAGCGACGGGAGCT
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GGGAAAGCTCCTAAAGGTGTGAAGACGAATTGGATCATGCACGGGTATCGTCTCGCTAAT
GTCGACCGGTCTGCTTCTTCCAACAAGAAGAACAACTTAAGACTTGATGATTGGGTGTTA
TGTCGGATTTACAATAAGAAAGGAACGATGGAGAAGTATTATCCGGCGGATAAGAAAGAG
ACGGCGATGATGATGACTACTACTACAGCGACGACGTCGGATTCGAAATGCTCAAGTCAC
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GATCTTGTTGAGGACGTAGCGTTTGACGCGTCCGTGTTCGGCTCCTTGCTGCAAAATGAC
GCTTTTGTCCCTCAGTTTCCGTATCAGTCCGACTTCGCCGCTATGTTCGAGGACCCGCCT
GAGCAGAA*CCGTTCT*GAACTGGAGTTT
TGCTC

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DS 

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GGAAAAAACAAAAAAATAAAAATGAAGGCGGAGCTAAATTTACCGGCGGGATTCCGATTT
CACCCGACGGACGAAGAGCTAGTCAAGTTCTATCTCTGCCGGAGATGCGCGTCGGAGCCG
ATCAGCGTTCCGGTGATCGCGGAGATTGATCTGTACAAGTTCAATCCATGGGAGCTTCCA
GACATGGCTTTGTACGGAGAGAAAGAATGGTACTTCTTCTCACACCGAGACCGAAAATAC
CCAAATTGTTCGCGTCCAAACCGGGCAGCGGGAACCGGTTATTGGAAAGCGACGGGAGCT
GATAAACCGATCGGTAAACCGAAGACGTTAGGGATCAAGAAAGCGCTCGTCTTCTACGCG
GGGAAAGCTCCTAAAGGTGTGAAGACGAATTGGATCATGCACGGGTATCGTCTCGCTAAT
GTCGACCGGTCTGCTTCTTCCAACAAGAAGAACAACTTAAGACTTGATGATTGGGTGTTA
TGTCGGATTTACAATAAGAAAGGAACGATGGAGAAGTATTATCCGGCGGATAAGAAAGAG
ACGGCGATGATGATGACTACTACTACAGCGACGACGTCGGATTCGAAATGCTCAAGTCAC
GTGATCTCACCGGACGTCACGTGTTCTTCCGAGGTTCAGAGCGAGTCGAAGTGGGTTGAT
GATCTTGTTGAGGACGTAGCGTTTGACGCGTCCGTGTTCGGCTCCTTGCTGCAAAATGAC
GCTTTTGTCCCTCAGTTTCCGTATCAGTCCGACTTCGCCGCTATGTTCGAGGACC*GCCT
GAGCAGAAACCGTTCT*GAACTGGAGTTT
GCT

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR3BH79JQ 880 0 0
TCAGCGTTCCGGTGATCGCGGAGATTGATCTGTACAAGTTCAATCCATGGGAGCTTCCAG
ACATGGCTTTGTACGGAGAGAAAGAATGGTACTTCTTCTCACACCGAGACCGAAAATACC
CAAATTGTTCGCGTCCAAACCGGGCAGCGGGAACCGGTTATTGGAAAGCGACGGGAGCTG
ATAAACCGATCGGTAAACCGAAGACGTTAGGGATCAAGAAAGCGCTCGTCTTCTACGCGG
GGAAAGCTCCTAAAGGTGTGAAGACGAATTGGATCATGCACGGGTATCGTCTCGCTAATG
TCGACCGGTCTGCTTCTTCCAACAAGAAGAACAACTTAAGACTTGATGATTGGGTGTTAT
GTCGGATTTACAATAAGAAAGGAACGATGGAGAAGTATTATCCGGCGGATAAGAAAGAGA
CGGCGATGATGATGACTACTACTACAGCGACGACGTCGGATTCGAAATGCTCAAGTCACG
TGATCTCACCGGACGTCACGTGTTCTTCCGAGGTTCAGAGCGAGTCGAAGTGGGTTGATG
ATCTTGTTGAGGACGTAGCGTTTGACGCGTCCGTGTTCGGCTCCTTGCTGCAAAATGACG
CTTTTGTCCCTCAGTTTCCGTATCAGTCCGACTTCGCCGCTATGTTCGAGGACCCGCCTG
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CTGGGTCATACAAGTATTCATCATAATCATTGAGCCATGAGTTTATTTTTTCTTTTGATG
AAACAAAATGTACATTTTTATCTCCAAGAGAAAGGTTTAC

QA 1 880 1 880
DS 

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AGCTTCCAGACATGGCTTTGTACGGAGAGAAAGAATGGTACTTCTTCTCACACCGAGACC
GAAAATACCCAAATTGTTCGCGTCCAAACCGGGCAGCGGGAACCGGTTATTGGAAAGCGA
CGGGAGCTGATAAACCGATCGGTAAACCGAAGACGTTAGGGATCAAGAAAGCGCTCGTCT
TCTACGCGGGGAAAGCTCCTAAAGGTGTGAAGACGAATTGGATCATGCACGGGTATCGTC
TCGCTAATGTCGACCGGTCTGCTTCTTCCAACAAGAAGAACAACTTAAGACTTGATGATT
GGGTGTTATGTCGGATTTACAATAAGAAAGGAACGATGGAGAAGTATTATCCGGCGGATA
AGAAAGAGACGGCGATGATGATGACTACTACTACAGCGACGACGTCGGATTCGAAATGCT
CAAGTCACGTGATCTCACCGGACGTCACGTGTTCTTCCGAGGTTCAGAGCGAGTCGAAGT
GGGTTGATGATCTTGTTGAGGACGTAGCGTTTGACGCGTCCGTGTTCGGCTCCTTGCTGC
AAAATGACGCTTTTGTCCCTCAGTTTCCGTATCAGTCCGACTTCGCCGCTATGTTCGAGG
ACCCGCCTGAGCAGAAACCGTTCTTGAACTGGAGTTTTGCTCCACAGGGGTAAAACTGTA
AAAGAGCAGAGTCTGGAGCTTACACAGAGTGTTTAGAACTCGGTGTGGGATCCTGACCCG
GAAACCAAGCTGGGTCATACAAGTATTCATCATAATCATTGAGCCATGAGTTTATTTTTT
CTTTTGATGAAACAAAATGTACATTTTTATCTCCAAGAGAAAGGTTTAC

QA 1 829 1 829
DS 



AS 2 5

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GTCCCATCTGGTTTTTGATTAATAAAACTTGAAGAAACATACAAACGTGAAATCCTAAAA
CCAACATCAGGGGGACAAGAACCCAAACAACATGTGACTTAAACCCAAACAAAAGGTGAC
ACTTGAAACACAACAATCACAAGAGGACTCCAGACCATTATAACTAAAGCTAAAGACAAT
CTTTGAAAAGAGATAACAATATTAATCTTTCTACACTTTGAGCAGCCGGAACTCTTGACA
AAGAGGAAGCGATGCAGTTGCAGTGACCATAACAACAAAACCAAACTAAACATACATGAA
CATTCTGTTCACGGTACCAAGCCAGAACTAATAACAATAACATCAGGAACCAAACAGAGA
AGAACAACAACCGGGACCAAGCTCCCTTCTCAAGCAAACCTTCATCAGAAATCTAAAAGC
CCTCGACCTCTTTATAATGACTCAACCAGACAAAGCCATCGAGGAACACGAGAGCAGAAG
ATAGACCAGATAAAACACATATCCAAAGGCTGCGAGAATGACTCTCTCCTAGAGCGGGAC
AATCACCCTGAAACTTCTCAAAGATGTTAGACATGTTCTGCTTTCTACACACTGCCACAC
CAACATCCCAGACCACTTACACCGAAGCTAGAACAAAGGTAAAGTAAGATAAACACTGAA
ATCCAAACAAAGATGTCTCAGTTTCAGACTTTCTGAAGCAATAACCACATCTGACCCGAA
GAAGAGATCTCAAAAAATGGAGTGAGTTGATGGATTTGGCCAACAAACAACAAGATCTTC
AACGGGAGCTAAGTTAAAAACAGAGAAGAAGTAAATCTGTTAGCTCTGACCGGAGATCTT
ATCTGGGAGACCTCTTCCACCGCACCCAACAAACCACTCAGGCGAAACCTCTACCAAACA
CGAAAAACACCACAAAAAGGAAGCTAAAGGAGGGATTAAGACCGACGTCGTGGCTGTGTA
AGCCCACACACGCCGGTCTTAACCGGATCTGAGAAAAAAAACGGAGTTCTTGAAGAGATG
GGGAACTTTCTCTCTCTGTCGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A781JQ U 20
AF RR3F828JQ U 1
AF RR3A781TF C 231
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BS 63 63 RR3A781JQ
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RD RR3A781JQ 661 0 0
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AACCCAAACAACATGTGACTTAAACCCAAACAAAAGGTGACACTTGAAACACAACAATCA
CAAGAGGACTCTAGACCATTATAACTAAAGCTAAAGACAATCTTTGAAAAGAGATAACAA
TATTAATCTTTCTACACTTTGAGCAGCCGGAACTCTTGACAAAGAGGAAGCGATGCAGTT
GCAGTGACCATAACAACAAAACCAAACTAAACATACATGAACATTCTGTTCACGGTACCA
AGCCAGAACTAATAACAATAACATCAGGAACCAAACAGAGAAGAACAACAACCGGGACCA
AGCTCCCTTCTCAAGCAAACCTTCATCAGAAATCTAAAAGCCCTCGACCTCTTTATAATG
ACTCAACCAGACAAAGCCATCGAGGAACACGAGAGCAGAAGATAGACCAGATAAAACACA
TATCCAAAGGCTGCGAGAATGACTCTCTCCTAGAGCGGGACAATCACCCTGAAACTTCTC
AAAGATGTTAGACATGTTCTGCTTTCTACACACTGCCACACCAACATCCCAGACCACTTA
CACCGAAGCTAGAACAAAGGTAAAGTAAGATAAACACTGAAATCCAAACAAAGATGTCTC
A

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3F828JQ 731 0 0
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CCCACATCAGGGTGACAAGAACCCAAACAACATGTGACTTAAACCCAAACAAAAGGTGAC
ACTTGAAACACAACAATCACAAGAGGACTCCAGACCATTATAACTAAAGCTAAAGACAAT
CTTTGAAAAGAGATAACAATATTAATCTTTCTACACTTTGAGCAGCCGGAACTCTTGACA
AAGAGGAAGCGATGCAGTTGCAGTGACCATAACAACAAAACCAAACTAAACATACATGAA
CCTTCTGTTCACGGTACCAAGCCAGAACTAATAACAATAACATCAGGAACCAAACAGAGA
AGAACAACAACCGGGACCAAGCTCCCTTCTCAAGCAAACCTTCATCAGAAATCTAAAAGC
CCTCGACCTCTTTATAATGACTCAACCAGACAAAGCCATCGAGGAACACGAGAGCAGAAG
ATAGACCAGATAAAACACATATTCAAAGGCTGCGAGAATGACTCTCTCCTAGAGCGGGAC
AATCACCCTGAAACTTCTCAAAGATGTTAGACATGTTCTGCTTTCTACACACTGCCACAC
CAACATCCCAGACCACTTACACCGAAGCTAGAACAAAGGTAAAGTAAGATAAACACTGAA
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GAAGAGATCTC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3A781TF 815 0 0
ACTCTTGACAAAGAGGAAGCGATGCAGTTGCAGTGACCATAACAACAAAACCAAACTAAA
CATACATGAACATTCTGTTCACGGTACCAAGCCAGAACTAATAACAATAACATCAGGAAC
CAAACAGAGAAGAACAACAACCGGGACCAAGCTCCCTTCTCAAGCAAACCTTCATCAGAA
ATCTAAAAGCCCTCGACCTCTTTATAATGACTCAACCAGACAAAGCCATCGAGGAACACG
AGAGCAGAAGATAGACCAGATAAAACACATATCCAAAGGCTGCGAGAATGACTCTCTCCT
AGAGCGGGACAATCACCCTGAAACTTCTCAAAGATGTTAGACATGTTCTGCTTTCTACAC
ACTGCCACACCAACATCCCAGACCACTTACACCGAAGCTAGAACAAAGGTAAAGTAAGAT
AAACACTGAAATCCAAACAAAGATGTCTCAGTTTCAGACTTTCTGAAGCAATAACCACAT
CTGACCCGAAGAAGAGATCTCAAAAAATGGAGTGAGTTGATGGATTTGGCCAACAAACAA
CAAGATCTTCAACGGGAGCTAAGTTAAAAACAGAGAAGAAGTAAATCTGTTAGCTCTGAC
CGGAGATCTTATCTGGGAGACCTCTTCCACCGCACCCAACAAACCACTCAGGCGAAACCT
CTACCAAACACGAAAAACACCACAAAAAGGAAGCTAAAGGAGGGATTAAGACCGACGTCG
TGGCTGTGTAAGCCCACACACGCCGGTCTTAACCGGATCTGAGAAAAAAAACGGAGTTCT
TGAAGAGATGGGGAACTTTCTCTCTCTGTCGGTCC

QA 1 815 1 815
DS 



CO CL1574Contig2 760 2 3 U
GGAAAGAGAGAACGATGTTGTCTTAGGAGTAAGCAAGTAAACTTGTGTCGACTACCGACA
GAGAGAGAAAGTTCCCCATCTCTTCAAGAACTCAGTTTTTTTTCTCAGATCCGGTTAAGA
CCGGCGTGTGTGGGCTTACACAGCCACGACGTCGGTCTTAATCCCTCCTTTAGCTTCCTT
TTCGTGGTGTTTTTCGTGTTTGGTAGAGGTTTCGCCTGAGTGGTTTGTTGGGTGCGGTGG
AAGAGGCCTCCCAGATAAGATCTCCGGTCAGAGCTAACAGATTTACTTGTTTAAGATGAA
GAAGACGCCAGATCCGGTAGAGGTACGGAGCGGTTCACCTGAACCTGCGAGCGTCTTCTT
CTCTGTTTTTAACTTAGCTCCCGTTGAAGATCTTGTTGTTTGTTGGCCAAATCCATCAAC
TCACTCCATTTTTGAGATCTCTTCTTCGGGTCAGATGTGGTTATTGCTTCAGAAAGTCTG
AAACTGAGACATCTTTGTTTGGATTTCAGTGTTTATCTTACTTTACCTTTGTTCTAGCTT
CGGTGTAAGTGGTCTGGGATGTTGGTGTGGCAGTGTGTAGAAAGCAGAACATGTCTAACA
TCTTTGAGAAGTTTCAGGGTGATTGTCCCGCTCTAGGAGAGAGTCATTCTCGCAGCCTTT
GAATATGTGTTTTATCTGGTCTATCTTCTGCTCTCGTGTTCCTCGATGGCTTTGTCTGGT
TGAGTCATTATAAAGAGGTCGAGGGCTTTAGATTTCTGAT


BQ
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3D096TF U 52
AF RR3F828TF U 1
BS 1 182 RR3F828TF
BS 183 183 RR3D096TF
BS 184 760 RR3F828TF

RD RR3D096TF 286 0 0
GG
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GTTAAGACCGGCGTGTGTGGGCTTACACAGCCACGACGTCGGTCTTAATCCCTCCTTTAG
CTTCCTTTTCGTGGTGTTTTTCGTGTTTGGTAGAGGTTTCGCCTGAGTGGTTTGTTGGGT
GCGGTGGAAGAGGTCTCCCAGATAAGATCTCCGGTCAGAGCTAACAGATTTACTTGTTTA
AGATGAAGAAGACGCCAGATCCGGTAGAGGTACGGAGCGGTTCA

QA 3 286 3 286
DS 

RD RR3F828TF 760 0 0
GGAAAGAGAGAACGATGTTGTCTTAGGAGTAAGCAAGTAAACTTGTGTCGACTACCGACA
GAGAGAGAAAGTTCCCCATCTCTTCAAGAACTCAGTTTTTTTTCTCAGATCCGGTTAAGA
CCGGCGTGTGTGGGCTTACACAGCCACGACGTCGGTCTTAATCCCTCCTTTAGCTTCCTT
TTTGTGGTGTTTTTCGTGTTTGGTAGAGGTTTCGCCTGAGTGGTTTGTTGGGTGCGGTGG
AAGAGGCCTCCCAGATAAGATCTCCGGTCAGAGCTAACAGATTTACTTGTTTAAGATGAA
GAAGACGCCAGATCCGGTAGAGGTACGGAGCGGTTCACCTGAACCTGCGAGCGTCTTCTT
CTCTGTTTTTAACTTAGCTCCCGTTGAAGATCTTGTTGTTTGTTGGCCAAATCCATCAAC
TCACTCCATTTTTGAGATCTCTTCTTCGGGTCAGATGTGGTTATTGCTTCAGAAAGTCTG
AAACTGAGACATCTTTGTTTGGATTTCAGTGTTTATCTTACTTTACCTTTGTTCTAGCTT
CGGTGTAAGTGGTCTGGGATGTTGGTGTGGCAGTGTGTAGAAAGCAGAACATGTCTAACA
TCTTTGAGAAGTTTCAGGGTGATTGTCCCGCTCTAGGAGAGAGTCATTCTCGCAGCCTTT
GAATATGTGTTTTATCTGGTCTATCTTCTGCTCTCGTGTTCCTCGATGGCTTTGTCTGGT
TGAGTCATTATAAAGAGGTCGAGGGCTTTAGATTTCTGAT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 4

CO CL1575Contig1 1541 4 6 U
AGGGAGGAAGCGGTTGGCTGGCTTGGTCGTCCCGCAACTGGAACAAGGGACAAGGGACAT
GAGTTGAGAGAGAGAGTGAGAGTGAGTTGGTCGGACGCCAAAGACTTAAAAATTGAAACT
CGTACGGTTCAATAATCGATTTCGCAAAGCGAAAAAAGCCTGATAAGAAGATCTGGGAGG
ATTCGGAGATGAATAATAATAGGGTATTTTTCTGGGGAGATGTAACTGTGTATGAGGGAG
GAGCTTGGGCCACTGCAATTTCGATTCTCTTAATATATCTCTTTCGTATCTTGTTCAAGT
TTCGCTTCTTTTCTTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCATCCATTGCCGACTCTGTTTCCC
ATCCCCAAATCCAATCATCAAGAACACGTAGAGTTGTTTGTGATGAAGATTTGAAATGGC
TGATCCAAAACTTGGAGGGAAGCACAGAGGCGTGGGAACATGTTATCCACAAATCCAACC
ATCGCCTTTCTTACTCTGCTAAACGCTGCAAGCCAGACGATGGTGGTCCTATGAAGTACC
TAAGTGTGACTGTATTTGAGGATTGCTCCCCTGACATGTTGAAGGACTTCTACATGGACA
ACGATTTTAGGAAGCAATGGGATAAGACTGTCGTTGCTCATCACCAACTTCAGGTTGATA
GCCATACCGGAATTGAGATCGGTCGCACTATCAAAAAGTTCCCCTTGTTGACATCAAGGG
AGTACGTCCTTGCTTGGAAGTTGTGGCACGGAAACAAGGACAACTTCTACTGTTTCACTA
AAGAATGTGATCACGATTTGGTACCGCGACAGAAAAAGTATGTCCGTGTCAGTCACTTTA
GATCTGGTTGGCGGATCAGCAGAGTTCCGGGTAGAAATGCTTGTGAGATCAAAATGCTCC
ACCAGGAAAACGCAGGGTTAAATGTCGAGATGGCCAAGCTCGCTTTCTCTAAAGGCATAT
GGAGTTACGTTTCTAAGATGGACAATGCTTTTCGTAATTACGTTGCAATCAGTCACAGAC
CTCAAGGGTCTCTTTTATCTGCTCTCAGCTTAATCGCAAAGGTTCCACCAGAGTTAGAAA
GCCAGACAGTGGATGTCACAGCCTCCATGGGAACTAACGGTGGTGAAAATATATCGACTA
AAGTAGCTAAACAGAGGAAGAAGAAGTTATTGAGAAAGCCGTCAAAGAAAGTGATAGCAA
AAGGTCTGGTCCTTGTGGGCGGTGCTGCTATCTGTTTGTCTCGTGGTCACTCAGCCTTGG
GTGCTAAAGTAGCATTGGCTTACCTCTTGACCAAGCTCAACAAACGTGCTACTCCTTTGA
ACCAGCAGACCACCCACAACACCACTATTTAAAAGTAAGAACCCAACCCCCTTGTCATTG
GGGGAGGGTTTATTAATGACTCAAAACCACTTGAATTTTGATAGTTTTTTTTTTTGTCCT
ACAAAGTGTGTTGTACCCTTTAGCTGGAAGATATGCATTCATATGGATGTAATAGTTTAT
ATGTGAATCAGACAAAGCTTAAGAAGATTGGCTTTTGCTCG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G470TF U 1
AF RR3AQ02TF U 136
AF RR3G470JQ C 773
AF RR3AQ02JQ C 786
BS 1 359 RR3G470TF
BS 360 360 RR3AQ02TF
BS 361 607 RR3G470TF
BS 608 857 RR3AQ02TF
BS 858 1490 RR3G470JQ
BS 1491 1541 RR3AQ02JQ

RD RR3G470TF 607 0 0
AGGGAGGAAGCGGTTGGCTGGCTTGGTCGTCCCGCAACTGGAACAAGGGACAAGGGACAT
GAGTTGAGAGAGAGAGTGAGAGTGAGTTGGTCGGACGCCAAAGACTTAAAAATTGAAACT
CGTACGGTTCAATAATCGATTTCGCAAAGCGAAAAAAGCCTGATAAGAAGATCTGGGAGG
ATTCGGAGATGAATAATAATAGGGTATTTTTCTGGGGAGATGTAACTGTGTATGAGGGAG
GAGCTTGGGCCACTGCAATTTCGATTCTCTTAATATATCTCTTTCGTATCTTGTTCAAGT
TTCGCTTCTTTTCTTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCATCCATTGCCGACTCTGTTTCC*
ATCCCCAAATCCAATCATCAAGAACACGTAGAGTTGTTTGTGATGAAGATTTGAAATGGC
TGATCCAAAACTTGGAGGGAAGCACAGAGGCGTGGGAACATGTTATCCACAAATCCAACC
ATCGCCTTTCTTACTCTGCTAAACGCTGCAAGCCAGACGATGGTGGTCCTATGAAGTACC
TAAGTGTGACTGTATTTGAGGATTGCTCCCCTGACATGTTGAAGGACTTCTACATGGACA
ACGATTT

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3AQ02TF 722 0 0
GG
GATTTCGCAAAGCGAAAAAAGCCTGATAAGAAGATCTGGGAGGATTCGGAGATGAATAAT
AATAGGGTATTTTTCTGGGGAGATGTAACTGTGTATGAGGGAGGAGCTTGGGCCACTGCA
ATTTCGATTCTCTTAATATATCTCTTTCGTATCTTGTTCAAGTTTCGCTTCTTTTCTTCT
CCCTCTCCCTCTCCCTCTCCATCCATTGCCGACTCTGTTTCCCATCCCCAAATCCAATCA
TCAAGAACACGTAGAGTTGTTTGTGATGAAGATTTGAAATGGCTGATCCAAAACTTGGAG
GGAAGCACAGAGGCGTGGGAACATGTTATCCACAAATCCAACCATCGCCTTTCTTACTCT
GCTAAACGCTGCAAGCCAGACGATGGTGGTCCTATGAAGTACCTAAGTGTGACTGTATTT
GAGGATTGCTCCCCTGACATGTTGAAGGACTTCTACATGGACAACGATTTTAGGAAGCAA
TGGGATAAGACTGTCGTTGCTCATCACCAACTTCAGGTTGATAGCCATACCGGAATTGAG
ATCGGTCGCACTATCAAAAAGTTCCCCTTGTTGACATCAAGGGAGTACGTCCTTGCTTGG
AAGTTGTGGCACGGAAACAAGGACAACTTCTACTGTTTCACTAAAGAATGTGATCACGAT
TTGGTACCGCGACAGAAAAAGTATGTCCGTGTCAGTCACTTTAGATCTGGTTGGCGGATC

QA 3 722 3 722
DS 

RD RR3G470JQ 718 0 0
TTTCACTAAGGAATGTGATCACGATTTGGTACCGCGACAGAAAAAGTATGTCCGTGTCAG
TCACTTTAGATCTGGTTGGCGGATCAGCAGAGTTCCGGGTAGAAATGCTTGTGAGATCAA
AATGCTCCACCAGGAAAACGCAGGGTTAAATGTCGAGATGGCCAAGCTCGCTTTCTCTAA
AGGCATATGGAGTTACGTTTCTAAGATGGACAATGCTTTTCGTAATTACGTTGCAATCAG
TCACAGACCTCAAGGGTCTCTTTTATCTGCTCTCAGCTTAATCGCAAAGGTTCCACCAGA
GTTAGAAAGCCAGACAGTGGATGTCACAGCCTCCATGGGAACTAACGGTGGTGAAAATAT
ATCGACTAAAGTAGCTAAACAGAGGAAGAAGAAGTTATTGAGAAAGCCGTCAAAGAAAGT
GATAGCAAAAGGTCTGGTCCTTGTGGGCGGTGCTGCTATCTGTTTGTCTCGTGGTCACTC
AGCCTTGGGTGCTAAAGTAGCATTGGCTTACCTCTTGACCAAGCTCAACAAACGTGCTAC
TCCTTTGAACCAGCAGACCACCCACAACACCACTATTTAAAAGTAAGAACCCAACCCCCT
TGTCATTGGGGGAGGGTTTATTAATGACTCAAAACCACTTGAATTTTGATAGTTTTTTTT
TTTGTCCTACAAAGTGTGTTGTACCCTTTAGCTGGAAGATATGCATTCATATGGATGT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3AQ02JQ 756 0 0
TGTGATCACGATTTGGTACCGCGACAGAAAAAGTATGTCCGTGTCAGTCACTTTAGATCT
GGTTGGCGGATCAGCAGAGTTCCGGGTAGAAATGCTTGTGAGATCAAAATGCTCCACCAG
GAAAACGCAGGGTTAAATGTCGAGATGGCCAAGCTCGCTTTCTCTAAAGGCATATGGAGT
TACGTTTCTAAGATGGACAATGCTTTTCGTAATTACGTTGCAATCAGTCACAGACCTCAA
GGGTCTCTTTTATTTGCTCTCAGCTTAATCGCAAAGGTTCCACCAGAGTTAGAAAGCCAG
ACAGTGGATGTCACAGCCTCCATGGGAACTAACGGTGGTGAAAATATATCGACTAAAGTA
GCTAAACAGAGGAAGAAGAAGTTATTGAGAAAGCCGTCAAAGAAAGTGATAGCAAAAGGT
TTGGTCCTTGTGGGCGGTGCTGCTATCTGTTTGTTTCGTGGTCACTCAGCCTTGGGTGCT
AAAGTAGCATTGGCTTACCTCTTGACCAAGCTCAACAAACGTGCTACTCCTTTGAACCAG
CAGACCACCCACAACACCACTATTTAAAAGTAAGAACCCAACCCCCTTGTCATTGGGGGA
GGGTTTATTAATGACTCAAAACCACTTGAATTTTGATAGTTTTTTTTTT*GTCCTACAAA
GTGTGTTGTACCCTTTAGCTGGAAGATATGCATTCATATGGATGTAATAGTTTATATGTG
AATCAGACAAAGCTTAAGAAGATTGGCTTTTGCTCG

QA 1 756 1 756
DS 



AS 2 5

CO CL1576Contig1 670 2 2 U
AACAACAACAGGTTGTAATTTATTTCTATGCTTGTAAATGTAAAAACTTACTAAAGTAGT
TTTCTTATAAAACCATATATCATTGTTTTTATCCATTATACATACTACAAAAGCTAAATC
TGAAGCGGTCGGGTTAATAACTAAACCACACGACCAAAAAAAACCCCTCAGACAAGCTTT
CCTGGGGTCTTTGCATCTAACCAACCTTAAAAACTTCTTCCATACTTTTTTTGTAATAAT
AAGATAGAGAAGTTTTACTAATACCAACGGATCCACTGCTACTCTACTTTTTTCCCTTCC
TTCCTATATACCCTGGCTGCTTTTGTAGTATAACACTGGCATAAGTAGCAACATCTCTAC
TTAGTAATACAGAGACCCTTGCCACCAATTTCCTCTGGAAGCACTTCCGGAATCATCTTC
GCCTCCCTCTTTCTTCTTCTGCAAACGAAGAAAAAACACACCCAAATGGTCCAAAAAGAG
ACAATAAACTCTGAATAAGAGTAAGAGCGATAACTCTAGATTCTTCTTTAGAGACAAGAA
TCAATGAACGAGAGTATAAGTTTAAGTCCAAGACCCTTTATAGCTCATCAATTTTTTCTT
CAGACAGACAATAACCAATAACCAAGCACAGTAACTTTAGTTCTAAACCCTCTAGAACCT
CACCAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BK21JQ U 1
AF RR3CW66JQ U 67
BS 1 147 RR3BK21JQ
BS 148 670 RR3CW66JQ

RD RR3BK21JQ 147 0 0
AACAACAACAGGTTGTAATTTATTTCTATGCTTGTAAATGTAAAAACTTACTAAAGTAGT
TTTCTTATAAAACCATATATCATTGTTTTTATCCATTATACATACTACAAAAGCTAAATC
TGAAGCGGTCGGGTTAATAACTAAACC

QA 1 147 1 147
DS 

RD RR3CW66JQ 604 0 0
AC
AAAACCATATATCATTGTTTTTATCCATTATACATACTACGAAAGCTAAATCTGAAGCGG
TCGGGTTAATAACTAAACCACACGACCAAAAAAAACCCCTCAGACAAGCTTTCCTGGGGT
CTTTGCATCTAACCAACCTTAAAAACTTCTTCCATACTTTTTTTGTAATAATAAGATAGA
GAAGTTTTACTAATACCAACGGATCCACTGCTACTCTACTTTTTTCCCTTCCTTCCTATA
TACCCTGGCTGCTTTTGTAGTATAACACTGGCATAAGTAGCAACATCTCTACTTAGTAAT
ACAGAGACCCTTGCCACCAATTTCCTCTGGAAGCACTTCCGGAATCATCTTCGCCTCCCT
CTTTCTTCTTCTGCAAACGAAGAAAAAACACACCCAAATGGTCCAAAAAGAGACAATAAA
CTCTGAATAAGAGTAAGAGCGATAACTCTAGATTCTTCTTTAGAGACAAGAATCAATGAA
CGAGAGTATAAGTTTAAGTCCAAGACCCTTTATAGCTCATCAATTTTTTCTTCAGACAGA
CAATAACCAATAACCAAGCACAGTAACTTTAGTTCTAAACCCTCTAGAACCTCACCAAAA
AA

QA 3 604 3 604
DS 



CO CL1576Contig2 795 3 7 U
TTCATACAAACACGTCTCCACAGAATACAGAGAAGTGTGTTGGGGGGGTTTAGGTGTGGA
AAGAATGGAAGGAAGGAAGAAGAGCGGTTCGTCTTCTTCTCCATCGTTAACCTCTGAGCT
TTTTGGTTCCAGAGATAATCCTTCTTCTTCCTCTTCTGGGTTTTTCGGATCTATTTTTGC
TCCTCCTTCTCATAAGGTTATGGGACCAGAATCTATGCGACAAGAGACTGTGACTGGTGG
TGGCTGGAACGATAAATCCTCCAAGACTGGTGATGCTGACAGAAACAGAGAAGAGCAAGA
TAACTATGGTTCAGTTTATCATCAGGAACAAGAGAGAGTTCAACCTTGCCATCTCAGCTC
TTCCATCTATTACGGTGGCCCTGATGTTTATATCCAGCCTCAGAATTCCGGCGTCAATTC
TACGAAGAAGAAAGAGGGAGGCGAAGATGATTCCGGAAGTGCTTCCAGAGGAAATTGGTG
GCAAGGGTCTCTGTATTACTAAGTAGAGATGTTGCTACTTAAGCCAGTGTTATACTACAA
AAGCAGCCAGGGTATATAGGAAGGAAGGGAAAAAAGTAGAGTAGCAGTGGATCCGTTGGT
ATTAGTAAAACTTCTCTATCTTATTATTACAAAAAAAGTATGGAAGAAGTTTGTAAGGTT
GGTTAGATGCAAAGACACCAGGAAAGCTTGTCTGAGGGGTTTTTTTGGTCGTGTGGTTTA
GTTATTAACCCGACCGCTTCAGATTTAGCTTTCGTAGTATGTATAATGGATAAAAACAAT
GATATATGGTTTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G595TF U 1
AF RR3BK21TF U 44
AF RR3G595JQ C 120
BS 1 412 RR3G595TF
BS 413 657 RR3BK21TF
BS 658 658 RR3G595JQ
BS 659 698 RR3BK21TF
BS 699 699 RR3G595JQ
BS 700 715 RR3BK21TF
BS 716 795 RR3G595JQ

RD RR3G595TF 412 0 0
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AAGAATGGAAGGAAGGAAGAAGAGCGGTTCGTCTTCTTCTCCATCGTTAACCTCTGAGCT
TTTTGGTTCCAGAGATAATCCTTCTTCTTCCTCTTCTGGGTTTTTCGGATCTATTTTTGC
TCCTCCTTCTCATAAGGTTATGGGACCAGAATCTATGCGACAAGAGACTGTGACTGGTGG
TGGCTGGAACGATAAATCCTCCAAGACTGGTGATGCTGACAGAAACAGAGAAGAGCAAGA
TAACTATGGTTCAGTTTATCATCAGGAACAAGAGAGAGTTCAACCTTGCCATCTCAGCTC
TTCCATCTATTACGGTGGCCCTGATGTTTATATCCAGCCTCAGAATTCCGGC

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR3BK21TF 672 0 0
GGGGGTTTAGGTGTGGAAAGAATGGAAGGAAGGAAGAAGAGCGGTTCGTCTTCTTCTCCA
TCGTTAACCTCTGAGCTTTTTGGTTCCAGAGATAATCCTTCTTCTTCCTCTTCTGGGTTT
TTCGGATCTATTTTTGCTCCTCCTTCTCATAAGGTTATGGGACCAGAATCTATGCGACAA
GAGACTGTGACTGGTGGTGGCTGGAACGATAAATCCTCCAAGACTGGTGATGCTGACAGA
AACAGAGAAGAGCAAGATAACTATGGTTCAGTTTATCATCAGGAACAAGAGAGAGTTCAA
CCTTGCCATCTCAGTTCTTCCATCTATTACGGTGGCCCTGATGTTTATATCCAGCCTCAG
AATTCCGGCGTCAATTCTACGAAGAAGAAAGAGGGAGGCGAAGATGATTCCGGAAGTGCT
TCCAGAGGAAATTGGTGGCAAGGGTCTCTGTATTACTAAGTAGAGATGTTGCTACTTAAG
CCAGTGTTATACTACAAAAGCAGCCAGGGTATATAGGAAGGAAGGGAAAAAAGTAGAGTA
GCAGTGGATCCGTTGGTATTAGTAAAACTTCTCTATCTTATTATTACAAAAAAAGTATGG
AAGAAGTTTGTAAG*TTGGTTAGATGCAAAGACACCAGGAAAGCTTGTCTGAGGG*TTTT
TTTGGTCGTGTG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3G595JQ 676 0 0
TTTTTGGTTCCAGAGATAATCCTTCTTCTTCCTCTTCTGGGTTTTTCGGATCTATTTTTG
CTCCTCCTTCTCATAAGGTTATGGGACCAGAATCTATGCGACAAGAGACTGTGACTGGTG
GTGGCTGGAACGATAAATCCTCCAAGACTGGTGATGCTGACAGAAACAGAGAAGAGCAAG
ATAACTATGGTTCAGTTTATCATCAGGAACAAGAGAGAGTTCAACCTTGCCATCTCAGCT
CTTCCATCTATTACGGTGGCCCTGATGTTTATATCCAGCCTCAGAATTCCGGCGTCAATT
CTACGAAGAAGAAAGAGGGAGGCGAGGATGATTCCGGAAGTGCTTCCAGAGGAAATTGGT
GGCAAGGGTCTCTGTATTACTAAGTAGAGATGTTGCTACTTAAGCCAGTGTTATACTATA
AAAGCAGCCAGGGTATATAGGAAGGAAGGGAAAAAAGTAGAGTAGCAGTGGATCCGTTGG
TATTAGTAAAACTTCTCTATCTTATTATTACAAAAAAAGTATGGAAGAAGTTTGTAAGGT
TGGTTAGATGCAAAGACACCAGGAAAGCTTGTCTGAGGGGTTTTTTTTGTCGTGTGGTTT
AGTTATTAACCCGACCGCTTCAGATTTAGCTTTCGTAGTATGTATAATGGATAAAAACAA
TGATATATGGTTTTGT

QA 1 676 1 676
DS 



AS 2 5

CO CL1577Contig1 725 2 14 U
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TATAAGGGAAGCGACTGATCTGATCTAATCTTGGGAGAATATGAGCAACGTCACTGGAGA
CGGCCCTTCCACCGCCGTCGCACTCCCCGGTTCTACAGCAATCCAGACTTCCCCTCCGAC
TGATCGCCCCGTCCGCGTCTACGCCGATGGGATCTACGATCTGTTCCACTCCGGTCACGC
TCGATCTCTCGAACAGGCCAAGAAATCGTTTCCGAACACATACCTTCTTGTGGGATGTTG
CAACGATGAAACCACGCATAAGTACAAGGGGAGGACTGTGATGACTGCTAAAGAGCGATA
TGAATCACTTCGGCATTGCAAATGGGTGGATGAAGTCATCCCGGATGCACCATGGGTGAT
TAACCAAGAGTTTCTTGACAGTAACCGGATTGATTACGTAGCTCATGATTCCCTTCCGTA
TGCTGACACCAGCGGAGCTGGAAAGGATGTTTACGAATTTGTTAAGAAAGTTGGGAGGTT
TAAGGAGACAATGCGAACTGAAGGAATATCAACCTCGGACATAATAATGAGGATTGTGAA
AGATTACAACCAGTATGTCATGCGTAATCTAGACAGAGGATATTCGAGGGAAGATCTTGG
AGTTAGCTTTGTCAAGGAAAAGAGACTTAGAGTTAATATGCGGTTAAAGAAACTCCAGGA
GAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3CD63TF U 1
AF RR3E922TF U 49
BS 1 230 RR3CD63TF
BS 231 231 RR3E922TF
BS 232 267 RR3CD63TF
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BS 679 700 RR3CD63TF
BS 701 725 RR3E922TF

RD RR3CD63TF 706 0 0
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TATAAGGGAAGCGACTGATCTGATCTAATCTTGGGAGAATATGAGCAACGTCACTGGAGA
CGGCCCTTCCACCGCCGTCGCACTCCCCGGTTCTACAGCAATCCAGACTTCCCCTCCGAC
TGATCGCCCCGTCCGCGTCTACGCCGATGGGATCTACGATCTGTTCCACTTCGGTCACGC
TCGATCTCTCGAACAGGCCAAGAAATCTTTTCCGAACACATACCTTCTTGTGGGATGTTG
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TGAATCACTTCGGCATTGCAAATGGGTGGATGAAGTCATCCCGGATGCACCATGGGTGAT
TAACCAAGAGTTTCTTGACAGTAACCGGATTGATTACGTAGCTCATGATTCCCTTCCGTA
TGCTGACACCAGCGGAGCTGGAAAGGATGTTTATGAATTTGTTAAGAAAGTTGGGAGGTT
TAAGGAGACAATGCGAACTGAAGGAATATCAACCTCGGACATAATAATGAGGATTGTGAA
AGATTACAACCAGTATGTCATGCGTAATCTAGACAGAGGATATTCGAGGGAAGATCTTGG
AGTTAGCTTTGTCAGG**AAAGAGACTTAGAGTTAATATG
CGTTAA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3E922TF 677 0 0
GG
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CCCCTCCGACTGATCGCCCCGTCCGCGTCTACGCCGATGGGATCTACGATCTGTTCCACT
CCGGTCACGCTCGATCTCTCGAACAGGCCAAGAAATCGTTTCCGAACACATACCTTCTTG
TGGGATGTTGCAACGATGAAACCATGCATAAGTACAAGGGGAGGACTGTGATGACTGCTA
AAGAGCGATATGAATCACTTCGGCATTGCAAATGGGTGGATGAAGTCGTCCCGGATGCAC
CATGGGTGATTAACCAAGAGTTTCTTGACAGTAACCGGATTGATTACGTAGCTCATGATT
CCCTTCCGTATGCTGACACCAGCGGAGCTGGAAAGGATGTTTACGAATTTGTTAAGAAAG
TTGGGAGGTTTAAGGAGACAATGCGAACTGAAGTAATATCAACCTCGGACATAATAATGA
GGATTGTGAAAGATTACAACCAGTATGTCATGCGTAATCTAGACAGAGGATATTCGAGGG
AAGATCTTGGAGTTAGCTTTGTCAAGGAAAAGAGACTTAGAGTTAATATGCGGTTAAAGA
AACTCCAGGAGAGGG

QA 3 677 3 677
DS 



CO CL1577Contig2 1222 3 6 U
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CAACGACAAACACACACTCTCTCACTTTCTAAACATTGATATTACTACATGTTAAGTAGA
TGCATTTTACAGGTAGATAGAGAGAGTGAGAGTGAGAGACTAAGGGAGTTTAGTAAAAGT
TGTCATGAGTACACTGACCTTTGGTTTATGACAGCCAAAGTGTTCTTATTTGTTGGCTTT
TACATCCGTATTAACGGTTTCCTCTTTCTCTTCTACTTCTACTTCTTCCTCCTCGTCATA
GTATTTTTCATCTTCATCCTCGTCACTGCCCATGTCATGGTCGAAGTATTCTTCATAAAA
CTGATCGTCAGTGTCATCATCCTGACCATTCTCCAGCTTGTTTCTCGGGATTTGTTTGAT
TAACCTCTCTTGGATACTGTCTCTGATTGCTGTTCCCATCTTATGGCAGCCTTCTTCAAA
TATTTCAAGAAACCCAGCGACCCATCTATCAGCATTCTCCACCCACTCATTGCGCAGCAT
TTTTACAGTTTGGATCTTTTCTCCCACTTTTTCTTGTTGTTCTTTGACCCTCTCCTGGAG
TTTCTTTAACCTCATATTAACTCTAAGTCTCTTTTCCTTGACAAAGCTAACTCCGAGATC
TTCCCTCGAATATCCTCTATCCAGATTACGCATGACATACTGGTTGTAATCTTTCACAAT
CCTCATTATTATGTCCGAGGTTGATATTCCTTCAGTTCGCATCGTCTCCTTAAAACTCCC
AACTTTCTTAACAAATTCATAAACATCCTTTCCAGCTCCGCTGGTGTCAGCATACGGAAG
GGAATCATGGGCTACGTAATCAATCCGGTTATTGTCAAGAAACTCTTGGTTGATCACCCA
TGGTGCATCCGGGATGACTTCATCCACCCACTTGCAATGCCGAAGTGATTCATATCGCTC
TTCAGCAGTCATCACAGTCCTTCCCTTGTACTTATGCGTGGTTTCATCTTGCAACATCCC
ACAAGAAGGTAAGTGTTCGGAAACGATTTCTTGGCCTGTTCGAGAGACCGAGCGTGACCG
AAGTGGAAAAGATCGTAGATCCCATCGGCGTAGACGCGGACGGGGCGATCAGTCGGCGGC
GAACTCTGGATTGCTGTAGAACCGGGGAGTGCGACGGCGGTGGAAAGATCGTCTCCAGTG
GGATCGTCGGTGACGTTGCTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX08JQ U 9
AF RR3HA72JQ U 1
AF RR3HA72TF C 477
BS 1 175 RR3HA72JQ
BS 176 176 RR3GX08JQ
BS 177 357 RR3HA72JQ
BS 358 358 RR3GX08JQ
BS 359 678 RR3HA72JQ
BS 679 1222 RR3HA72TF

RD RR3GX08JQ 605 0 0
CGAAAGGGGAAACATTTGTATACAAAGGTCAAAAACAATGAGACAACTCCACCAACGACA
AACACACACTCTCTCACTTTCTAAACATTGATATTACTACATGTTAAGTAGATGCATTTT
ACAGGTAGATAGAGAGAGTGAGAG******ACTAAGGGAGTTTAGTAAAAGTTGTCATGA
GTACACTGACCTTTGGTTTATGACAGCCAAAGTGTTCTTATTTGTTGGCTTTTACATCCG
TATTAACGGTTTCCTCTTTCTCTTCTACTTCTACTTCTTCCTCCTCGTCATAGTATTTTT
CATCTTCATCCTCGTCACTGCCCATGTCATGGTCGAAGTATTCTTCATAAAACTGATCGT
CAGTGTCATCATCCTGACCATTCTCCAGCTTGTTTCTCGGGATTTGTTTGATTAACCTCT
CTTGGATACTGTCTCTGATTGCTGTTCCCATCTTATGGCAGCCTTCTTCAAATATTTCAA
GAAACCCAGCGACCCATCTATCAGCATTCTCCACCCACTCATTGCGCAGCATTTTTACAG
TTTGGATCTTTTCTCCCACTTTTTCTTGTTGTTCTTTGACCCTCTCCTGGAGTTTCTTTA
ACCTC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3HA72JQ 682 0 0
CCAGGTATCGAAAGGGGAAACATTTGTATACAAAGGTCAAAAACAATGAGACAACTCCAC
CAACGACAAACACACACTCTCTCACTTTCTAAACATTGATATTACTACATGTTAAGTAGA
TGCATTTTACAGGTAGATAGAGAGAGTGAGAGTGAGAGACTAAGGGAGTTTAGTAGAAGT
TGTCATGAGTACACTGACCTTTGGTTTATGACAGCCAAAGTGTTCTTATTTGTTGGCTTT
TACATCCGTATTAACGGTTTCCTCTTTCTCTTCTACTTCTACTTCTTCCTCCTCGTCATA
GTATTTTTCATCTTCATCCTCGTCACTGCCCATGTCATGGTCGAAGTATTCTTCATAGAA
CTGATCGTCAGTGTCATCATCCTGACCATTCTCCAGCTTGTTTCTCGGGATTTGTTTGAT
TAACCTCTCTTGGATACTGTCTCTGATTGCTGTTCCCATCTTATGGCAGCCTTCTTCAAA
TATTTCAAGAAACCCAGCGACCCATCTATCAGCATTCTCCACCCACTCATTGCGCAGCAT
TTTTACAGTTTGGATCTTTTCTCCCACTTTTTCTTGTTGTTCTTTGACCCTCTCCTGGAG
TTTCTTTAACCTCATATTAACTCTAAGTCTCTTTTCCTTGACAAAGCTAACTCCGAGATC
TTCCCTCGAATATCCTCT
ATCC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3HA72TF 746 0 0
TCAAATA
TTCAAGAAACCCAGCGACCCATCTATCAGCAT*CTCCACCCACTCATTGCGCAGCATTTT
*ACAGTTTGGATCTTT*CTCCCACTTTT*CTTGTTGTTCTTTGACCCTCTCCTGGAGTTT
CTTTAACCTCATATTAACTCTAAGTCTCTTTTCCTTGACAAAGCTAACTCCGAGATCTTC
CCTCGAATATCCTCTATCCAGATTACGCATGACATACTGGTTGTAATCTTTCACAATCCT
CATTATTATGTCCGAGGTTGATATTCCTTCAGTTCGCATCGTCTCCTTAAAACTCCCAAC
TTTCTTAACAAATTCATAAACATCCTTTCCAGCTCCGCTGGTGTCAGCATACGGAAGGGA
ATCATGGGCTACGTAATCAATCCGGTTATTGTCAAGAAACTCTTGGTTGATCACCCATGG
TGCATCCGGGATGACTTCATCCACCCACTTGCAATGCCGAAGTGATTCATATCGCTCTTC
AGCAGTCATCACAGTCCTTCCCTTGTACTTATGCGTGGTTTCATCTTGCAACATCCCACA
AGAAGGTAAGTGTTCGGAAACGATTTCTTGGCCTGTTCGAGAGACCGAGCGTGACCGAAG
TGGAAAAGATCGTAGATCCCATCGGCGTAGACGCGGACGGGGCGATCAGTCGGCGGCGAA
CTCTGGATTGCTGTAGAACCGGGGAGTGCGACGGCGGTGGAAAGATCGTCTCCAGTGGGA
TCGTCGGTGACGTTGCTCA

QA 8 746 8 746
DS 



AS 1 4

CO CL1578Contig1 701 4 6 U
GGAGACGAAAGCCATTTTGAACAGAAGAGGGTTTTGTCTTTCCCCTATGACAAATAACAA
AAAAGCCGATGAAAGCTTGTGGAAGCAGAAAACTAAAATCTGATCATCCTTAATAATTGA
TTTGAATCTATGGTCTTGCGCTCTCTGACTATAATCAAATACTCAAACCCCTGGCTACGA
AGGCTGATGTCTCTAACTCATCATCATACAACAAGGTCTATACATATCACCTAACTTAAT
GGTTCTGCAATTTCACCAAAGAAAATTCTTCATCCCAAGGCCATTGCAAGTAAATATCAG
CTCCTTGTACCGGTCGAATAGCTCATAATACCATGTTGCGCTCATAGATACGACGCATCC
TTTTCTTGTCGTACTCCTGCCTTTTAAACGGGTCGCTCAATACTTGATAAGCCTCGTTGA
TTTCTTGAAACCTAGACGTGGCAGAGTCCTCTTCTTTAAGTTTATCCGGATGCCACTTCA
GTGCAAGGCGGATGAAGTTAGAGCGAATCTCATCTTCGGAGGCATCGCTGTTCAGCTCAA
GGACTTTATAGTAATCCTTGTAGTTGTCTAAATCGAAATCGAAATCGAGAAAAGAGCCAT
GAACGTCTCCCCAATCGGAACACCACATCTGTGTGAACAAACAGCTCAAACTTCTTCAGT
TCACGAGCCTCTTTCTCCTCTCCTCTCACTCACGCACTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF55JQ U 19
AF RR3GC31TF C 1
AF RR3GC31JQ U 0
AF RR3FF55TF C 13
BS 1 14 RR3GC31TF
BS 15 523 RR3GC31JQ
BS 524 524 RR3FF55JQ
BS 525 559 RR3GC31JQ
BS 560 560 RR3FF55JQ
BS 561 701 RR3GC31JQ

RD RR3FF55JQ 641 0 0
GG
ACAGAAGAGGGTTTTGTCTTTCCCCTATGACAAATAACAAAAAAGCCGATGAAAGCTTGT
GGAAGCAGAAAACTAAAATCTGATCATCCTTAATAATTGATTTGAATCTATGGTCTTGCG
CTCTCTGACTATAATCAAATACTCAAACCCCTGGCTACGAAGGCTGATGTCTCTAACTCA
TCATCATACAACAAGGTCTATACATATCACCTAACTTAATGGTTCTGCAATTTCACCAAA
GAAAATTCTTCATCCCAAGGCCATTGCAAGTAAATATCAGCTCCTTGTACCGGTCGAATA
GCTC*******CATGTTGCGCTCATAGATACGACGCATCCTTTTCTTGTCGTACTCCTGC
CTTTTAAACGGGTCGCTCAATACTTGATAAGCCTCGTTGATTTCTTGAAACCTAAACGTG
GCAGAGTCCTCTTCTTTAAGTTTATCCGGATGCCACTTCAGTGCAAGGCGGATGAAGTTA
GAGCGAATCTCATCTTCGGAGGCATCGCTGTTCAGCTCAAGGACTTTATAGTAATCCTTG
TAGTTGTCTAAATCGAAATCGAAATCGAGAAAAGAGCCATGAACGTCTCCCCAATCGGAA
CACCACATCTGTGTGAACAAACAGCTCAAACTTCTTCAG

QA 3 641 3 641
DS 

RD RR3GC31TF 701 0 0
GGAGACGAAAGCCATTTTGAACAGAAGAGGGTTT*GTCTTTCCC*TATGACAAATAACAA
AAAAGCCGATGAAAGCTTGTGGAAGCAGAAAACTAAAATCTGATCATCCTTAATAATTGA
TTTGAATCTATGGTCTTGCGCTCTCTGACTATAATCAAATACTCAAACCCCTGGCTACGA
AGGCTGATGTCTCTAACTCATCATCATACAACAAGGTCTATACATATCACCTAACTTAAT
GGTTCTGCAATTTCACCAAAGAAAATTCTTCATCCCAAGGCCATTGCAAGTAAATATCAG
CTCCTTGTACCGGTCGAATAGCTCATAATACCATGTTGCGCTCATAGATACGACGCATCC
TTTTCTTGTCGTACTCCTGCCTTTTAAACGGGTCGCTCAATACTTGATAAGCCTCGTTGA
TTTCTTGAAACCTAGACGTGGCAGAGTCCTCTTCTTTAAGTTTATCCGGATGCCACTTCA
GTGCAAGGCGGATGAAGTTAGAGCGAATCTCATCTTCGGAGGCTTCGCTGTTCAGCTCAA
GGACTTTATAGTAATCCTT*TAGTTGTCTAAATCGAAATCGAAATCGAGAAAAGAGCCAT
GAACGTCTCCCCAATCGGAACACCACATCTGTGTGAACAAACAGCTCAAACTTCTTCAGT
TCACGAGCCTCTTTCTCCTCTCCTCTCACTC
ACGCACTTCC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3GC31JQ 702 0 0
GGAGACGAAAGCCAT
TTTTGAACAGAAGAGGGTTTTGTCTTTCCCCTATGACAAATAACAAAAAAGCCGATGAAA
GCTTGTGGAAGCAGAAAACTAAAATCTGATCATCCTTAATAATTGATTTGAATCTATGGT
CTTGCGCTCTCTGACTATAATCAAATACTCAAACCCCTGGCTACGAAGGCTGATGTCTCT
AACTCATCATCATACAACAAGGTCTATACATATCACCTAACTTAATGGTTCTGCAATTTC
ACCAAAGAAAATTCTTCATCCCAAGGCCATTGCAAGTAAATATCAGCTCCTTGTACCGGT
CGAATAGCTCATAATACCATGTTGCGCTCATAGATACGACGCATCCTTTTCTTGTCGTAC
TCCTGCCTTTTAAACGGGTCGCTCAATACTTGATAAGCCTCGTTGATTTCTTGAAACCTA
GACGTGGCAGAGTCCTCTTCTTTAAGTTTATCCGGATGCCACTTCAGTGCAAGGCGGATG
AAGTTAGAGCGAATCTCATCTTCGGAGGCTTCGCTGTTCAGCTCAAGGACTTTATAGTAA
TCCTT*TAGTTGTCTAAATCGAAATCGAAATCGAGAAAAGAGCCATGAACGTCTCCCCAA
TCGGAACACCACATCTGTGTGAACAAACAGCTCAAACTTCTTCAGTTCACGAGCCTCTTT
CTCCTCTCCTCTCACTCACGCACTTCC

QA 16 702 16 702
DS 

RD RR3FF55TF 682 0 0
TT
TTTTGGACAGAAGAGGGTTT*GTCTTTCCCCTATGACAAATAACAAAAAAGCCGATGAAA
GCTTGTGGAAGCAGAAAACTAAAATCTGATCATCCTTAATAATTGATTTGAATCTATGGT
CTTGCGCTCTCTGACTATAATCAAATACTCAAACCCCTGGCTACGAAGGCTGATGTCTCT
AACTCATCATCATACAACAAGGTCTATACATATCACCTAACTTAATGGTTCTGCAATTTC
ACCAAAGAAAATTCTTCATCCCAAGGCCATTGCAAGTAAATATCAGCTCCTTGTACCGGT
CGAATAGCTC*******CATGTTGCGCTCATAGATACGACGCATCCTTTTCTTGTCGTAC
TCCTGCCTTTTAAACGGGTCGCTCAATACTTGATAAGCCTCGTTGATTTCTTGAAACCTA
GACGTGGCAGAGTCCTCTTCTTTAAGTTTATCCGGATGCCACTTCAGTGCAAGGCGGATG
AAGTTAGAGCGAATCTCATCTTCGGAGGCATCGCTGTTCAGCTCAAGGACTTTATAGTAA
TCCTTGTAGTTGTCTAAATCGAAATCGAAATCGAGAAAAGAGCCATGAACGTCTCCCCAA
TCGGAACACCACATCTGTGTGAACAAACAGCTCAAACTTCTTCAGTTCACGAGCCTCTTT
CTCCTCTCCTCTCACTC
CGC

QA 3 679 3 679
DS 



AS 1 4

CO CL1579Contig1 1419 4 7 U
GGAACAACCAAGAAGCGAGACACAGAGGAGAGAGACTTCCTTGTTTTGCCTCTCTGGCTT
ATATATTCAGACACTGTCTTAACATAAACAAAACAACACAACACAAAAATTGTGTTCTTT
TGACTCTTCTTTTCTCCTTTTAAGACATCAATGGCTGGGACTGGAATTTTCACAGAGATT
CTAGACGGAGAAGTCTACAAGTACTACTCTGATGGAGAGTGGAAAACTTCTTCCTCCGGT
AAGAGTGTGGCCATCGTTAACCCAGCCACGAGGAAGACACAGTACAAGGTTCAAGCATGC
ACGCAAGAAGAAGTGAACAAGGTGATGGAGATGGCTAAATCTGCTCAGAAGTCATGGGCA
AAGACTCCTCTTTGGAAAAGAGCTGAGCTTCTTCACAAAGCTGCTGCGATCCTCAAGGAC
AACAAAGCTCCCATCGCTGAGTCTCTTGTCAAGGAAATTGCTAAACCAGCCAAAGATTCT
GTCACTGAGGTTGTGAGGTCTGGAGATTTGATCTCTTACTGTGCTGAAGAAGGTGTTAGG
ATCTTAGGTGAAGGGAAGTTCCTGCTCTCTGATAGTTTCCCCGGTAATGAACGTACCAAG
TACTGCCTCACTTCCAAGATCCCACTCGGTGTGGTTTTGGCTATTCCTCCATTCAACTAC
CCTGTCAATCTCGCTGTATCAAAGATCGCTCCTGCTTTGATAGCTGGAAACTCCCTTGTC
CTGAAACCTCCAACTCAAGGAGCTGTTTCTTGCCTTCATATGGTGCATTGCTTTCACTTG
GCTGGTTTCCCAAAAGGTCTCATTAGCTGCATCACTGGATGCTAAGGAGAAAGGAGCAAC
GTTCTGTCAAGAGTATAAAAGAGAAGGTAACTTGATTTGGCCGTTGCTTTTGGACAACGT
CAGACCGGACATGAGGATTGCTTGGGAGGAACCTTTCGGTCCTGTCTTGCCTGTCTTGAG
GATCAGTTCGGTTGAGGAAGGCATTAATCATTGCAATGCTAGTAACTTTGGCCTCCAGGG
ATGTGTATTCACTAAAGACATCAATAAGGCAATGCTGATCAGTGATGCAATGGAGACAGG
AACGGTTCAGATCAACTCTGCGCCAGCTCGTGGACCAGACCATTTCCCTTTCCAGGGACT
AAAGGACAGTGGAATAGGATCACAAGGTGTGACAAATAGCATCAATTTGATGACCAAAGT
GAAGACCACTGTCATTAACTTGCCTACCCCCTCATACTCTATGGGTTAGTTTCCCTATTT
GTGTTCTTCATCTTTCAATCGCTCGTTACTATCTCGTTTGTATCGGATTGAATCAAAAAC
TATGAATAAAATGGAGTGATTAGCGTAACTGTTATGGTTTGTAATAACTATGTAATCAGT
AAGAGATATTAATTAGTAGTAACATATATGTTGTACTGC


BQ
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GG
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AAGTTGCTAAACCAGCCAAAGATTCTGTCACTGAGGTTGTGAGGTCTGGAGATTTGATCT
CTTACTGTGCTGAAGAAGGTGTTAGGATCTTAGGTGAAGGGAAGTTCCTGCTCTCTGATA
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TTTTGGCTATTCCTCCATTCAACTACCCTGTCAATCTCGCTGTATCAAAGATCGCTCCTG
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CAGACCATTTCCCTTTCCAGGGACTAAAGGACAGTGGAATAGGATCACA*GGTGTGACAA
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ACTCTATGGGTTAGTTTCCCTATTTGTGTTCTTCATCTTTCAATCGCTCTTTACTATCTC
GTTTGTATCGGATTGAATCAAAAACTATGAATAAAATGGAGTGATTAGCGTAACTGTTAT
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TATGAATAAAATGGAGTGATTAGCGTAACTGTTATGGTTTGTAATAACTATGTAATCAGT
AAGAGATATTAATTAGTAGTAACATATATGTTGTACTGC

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DS 



AS 1 5

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AAATCAAAGTCCAAAAGAAAACAAAACGACAGAACCCTCCTCCTATCTTCTCTCTCTCGA
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ATCTTGAAAAACAAATCGTTCAAGCTGGTGGTATCGTTCCTCAAGTGGATATAAAATAAA
AGACTTGTTCCTCACTTGTGATACTCTCTGGTGGATGAAGAGAAGAACAAGATGATGATG
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AGAATGTTTGGGAGGAAAAGAGAGAGGTGATGATTCTTGTTTATAAAGCTACTTTTCCAT
TGTCAATC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 20 35 35 35 35 5 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
15 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E906TF U 1
AF RR3FB79TF U 39
AF RR3DF28TF U 64
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AF RR3DF28JQ C 279
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AAATCAAAGTCCAAAAGAAAACAAAACGACAGAACCCTCCTCCTATCTTCTCTCTCTCGA
TCTACACAATGGACTCTCTCGTTGCTCAGCTACAGATGCAATACCGTAACTATGTCCTTT
CTCTCTACCAACAGGGCTTTCTGGATGATCAGTTTACTGAGTTAAAAAGTCTACAAGATG
ATGGAAGTCCTGATTTTGTGTCTGAGGTTCTCTCTCTCTTCTTTGACGATTGTGTCAAGC
TTGTCGGTAACATGGCTAGAGCTTTGGACCAGACAGGAACTGTAGATTTTAGTCAGGTTG
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GCTTGTGTATTAACTTCAAGGAACTTTGTGAGGCTAAGAACTACGAAGGGTGTGTGAGGT
GTCTGCAGCAAGTGGATATCGAGTACAAGACGTTAAAGGCAAAGCTTCAAGATATGTTCA
ATCTTGAAAAACAAATCGTTCAAGCTGGTGGTATCGTTCCTCAAGTGGATATAAAATAAA
AGACTTGTTCCTCACTTGTGATACTCTCTGGTGGATGAAGAGAA

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DS 

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GG
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ATACCGTAACTATGTCCTTTCTCTCTACCAACAGGGCTTTCTGGATGATCAGTTTACTGA
GTTAAAAAGTCTACAAGATGATGGAAGTCCTGATTTTGTGTCTGAGGTTCTCTCTCTCTT
CTTTGACGATTGTGTCAAGCTTGTCGGTAACATGGCTAGAGCTTTGGACCAGACAGGAAC
TGTAGATTTTAGTCAGGTTGGTGCTAGTGTGCATCAGTTGAAGGGTAGTAGCTCAAGTGT
TGGTGCCAAGAGGGTTAAAGGCTTGTGTATTAACTTCAAGGAACTTTGTGAGGCTAAGAA
CTACGAAGGGTGTGTGAGGTGTCTGCAGCAAGTGGATATCGAGTATAAGACGTTAAAGGC
AAAGCTTCAAGATATGTTCAATCTTGAGAAACAAATCGTTCAAGCTGGTGGTATCGTTCC
TCAAGTGGATATAAAATAAAAGACTTGTTCCTCACTTGCAATGCTCT**GGTGGATGAAG
AGAAGAACAAGATGGTGATGGT**********TGCATTCTTCAGTTTTTTTT

QA 3 654 3 654
DS 

RD RR3DF28TF 723 0 0
GG
AAAGTCCAAAAGAAAACAAAACGACAGAACCCTCCTCCTATCTTCTCTCTCTCGATCTAC
ACAATGGACTCTCTCGTTGCTCAGCTACAGATGCAATACCGTAACTACGTCCTTTCTCTC
TACCAACAGGGCTTTCTGGATGATCAGTTTACTGAGTTAAAAAGTCTACAAGATGATGGA
AGTCCTGATTTTGTGTCTGAGGTTCTCTCTCTCTTCTTTGACGATTGTGTCAAGCTTGTC
GGTAACATGGCTAGAGCTTTGGACCAGACAGGAACTGTAGATTTTAGTCAGGTTGGTGCT
AGTGTGCATCAGTTGAAGGATAGTAGCTCAAGTGTTGGTGCCAAGAGGGTCAAAGGCTTG
TGTATTAACTTCAAGGAACTTTGTGAGGCTAAGAACTACGAAGGGTGTGTGAGGTGTCTG
CAGCAAGTGGATATCGAGTACAAGACGTTAAAGGCAAAGCTTCAAGATATGTTCAATCTT
GAAAAACAAATCGTTCAAGCTGGTGGTATCGTTCCTCAAGTGGATATAAAATAAAAGACT
TGTTCCTCACTTGTGATACTCTCTGGTGGATGAAGAGAAGAACAAGATGATGATGATGGC
TCAAATTTGCATTCTTCAGTTTTTTTT*ATTTGTTTATTTAGAAGAAACTCAAAAAGA*T
GTTTGGGAGGAAA*GAGAGAG*TGATGATTCTTGTTTATAAAGCTACTTTT
CATTGTCATC

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DS 

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TGTTGGTGCCAAGAGGGTCAAAGGCTTGTGTATTAACTTCAAGGAACTTTGTGAGGCTAA
GAACTACGAAGGGTGTGTGAGGTGTCTGCAGCAAGTGGATATCGAGTACAAGACGTTAAA
GGCAAAGCTTCAAGATATGTTCAATCTTGAAAAACAAATCGTTCAAGCTGGTGGTATCGT
TCCTCAAGTGGATATAAAATAAAAGACTTGTTCCTCACTTGTGATACTCTCTGGTGGATG
AAGAGAAGAACAAGATGATGATGATGGCTCAAATTTGCATTCTTCAGTTTTTTTTTATTT
GTTTATTTAGAAGAAACTCAAAAAGAATGTTTGGGAGGAAAAGAGAGAAGTGATGATTCT
TGTTGATAAAGCTACTTTTC
CATTTGTC

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DS 

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TTT
TTTGACGATTGTGTCAAGCTTGTCGGTAACATGGCTAGAGCTTTGGACCAGACAGGAACT
GTAGATTTTAGTCAGGTTGGTGCTAGTGTGCATCAGTTGAAGGATAGTAGCTCAAGTGTT
GGTGCCAAGAGGGTCAAAGGCTTGTGTATTAACTTCAAGGAACTTTGTGAGGCTAAGAAC
TACGAAGGGTGTGTGAGGTGTTTGCAGCAAGTGGATATCGAGTACAAGACGTTAAAGGCA
AAGCTTCAAGATATGTTCAATCTTGAAAAACAAATCGTTCAAGCTGGTGGTATCGTTCCT
CAAGTGGATATAAAATAAAAGACTTGTTCCTCACTTGTGATACTCTTTGGTGGATGAAGA
GAAGAACAAGATGATGATGATGGCTCAAATTTGCATTCTTCAGTTTTTTTTTATTTGTTT
ATTTAGAAGAAACTCAAAAAGAATGTTTGGGAGGAAAAGAGAGAGGTGATGATTCTTGTT
TATAAAGCTACTTTTCCATTGTCAATC

QA 4 510 4 510
DS 



AS 1 6

CO CL1581Contig1 859 6 6 U
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ATCAAATACACACAGAAAACTATAATTTTTTAAAGAATCAAACACATTGCAATCTTCACA
GCATAATTCACTTGTACAAAGTTTTATAAATAAACAGATTCACAGGCGTGCAAGTTTGTT
TTAAAATGGTGTGTTTCATGGATGTTTCTTAGAGGCTGTTTGTTTCTCGAGTTTCTCAAA
AA*GAGAACCATCGTAGACAGCTCTCACTGTTTCTTTGTGCAACAAACCGTTCTTGTCTT
TGCATAAATATTGCAAGATTTTCCACTCCGTATAGGCAGCAATCGCTCCTTTACGATCAT
TAGCTTCTTTGTTTGAGTCGAGGAGTTCTTGGAGTTCTTTGCCCGTCAGAGCATCGGGAT
GTGTATGTGAATGCTTCGCAAATATCTCCTCGAACTTCGATTCCACAAACCTCCCATCCT
TGTCGTAAACGCCTGAATCGCTACCATGTTTGCCAAGGTGGATATTCTTAATCTCTATCG
GAAAAGAGAGCGAGAAACCTTTTCCCGGACGAGTTTTGCTGCTAAGACCCATGTTGATGA
ACAAAGAAGCGAATGCCGACAAGAGATATCCACATCCAATTGCTCTAAACCCTTGAAATG
TCTCTGAAGGATAAACGATACCATCTTTGTTCCTGTCGAAGAAGGCGACATGTCTCTGCA
AGAAATTATCTTCTTCTGGCACAAATTTCACAGTGGATTCAGAGGAAGCCATGAACACAA
AAATGAACTGGTTGAGAGAGAGAGGTAACAGAAAATGGTGAAAAGAGAATGGAGACAACA
CCCGCTTCTTTAATCTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 
30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BM85JQ U 1
AF RR3BM85TF C 10
AF RR3BY60JQ U 92
AF RR3BY60TF C 156
AF RR3BG51JQ U 38
AF RR3BG51TF C 38
BS 1 308 RR3BM85JQ
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RD RR3BM85JQ 700 0 0
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TTAAAATGGTGTGTTTCATGGATGTTTCTTAGAGGCTGTTTGTTTCTCGAGTTTCTCAAA
AA*GAGAACCATCGTAGACAGCTCTCACTGTTTCTTTGTGCAACAAACCGTTCTTGTCTT
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TAGCTTCTTTGTTTGAGTCGAGGAGTTCTTGGAGTTCTTTGCCCGTCAGAGCATCGGGAT
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QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3BM85TF 766 0 0
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TGTGTTTCATGGATGTTTCTTAGAGGCTGTTTGTTTCTCGAGTTTCTCAAAAA*GAGAAC
CATCGTAGACAGCTCTCACTGTTTCTTTGTGCAACAAACCGTTCTTGTCTTTGCATAAAA
ATTGCAAGATTTTCCACTCCGTATAGGCAGCAATCGCTCCTTTACGATCATTAGCTTCTT
TGTTTGAGTCGAGGAGTTCTTGGAGTTCTTTGCCCGTCAGAGCATCGGGATGTGTATGTG
AATGCTTCGCAAATATCTCCTCGAACTTCGATTCCACAAACCTCCCATCCTTGTCGTAAA
CGCCTGAATCGCTACCATGTTTGCCAAGGTGGATATTCTTAATCTCTATCGGAAAAGAGA
GCGAAAAACCTTTTCCCGGACGAGTTTTGCTGCTAAGACCCATGTTGATGAACAAAGAAG
CGAATGCCGACAAGAGATATCCACATCCAATTGCTCTAAACCCTTGAAATGTCTCTGAAG
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CTTCTTCTGGCACAAATTTCACAGTGGATTCAGAGGAAGCCATGAA

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3BY60JQ 692 0 0
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TTCTTTGTGCAACAAACCGTACTTGTCTTTGCATAAATATTGCAAGATTTTCCACCCCGT
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GAGTTCTTTGCCCGTCAGAGCATCGGGATGTGTATGTGAATGCTTCGCAAATATCTCCTC
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CCTGTCGAAGAAGGCGACATGTCTCTGCAAGAAATTATCTTCTTCTGGCACAAATTTCAC
AGTGGATTCAGAGGAAGCCATGAACACAAAAA

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3BY60TF 628 0 0
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CTGTTTGTTTCTCGAGTTTCTCAAAAA*GAGAACCATCGTAGACAGCTCTCACTGTTTCT
TTGTGCAACAAACCGTACTTGTCTTTGCATAAATATTGCAAGATTTTCCACCCCGTATAG
GCAGCAATCGCTCCTTTACGATCATTAGCTTCTTTGTTTGAGTCGAGGAGTTCTTGGAGT
TCTTTGCCCGTCAGAGCATCGGGATGTGTATGTGAATGCTTCGCAAATATCTCCTCGAAC
TTCGATTCCACAAACCTCCCATCCTTGTCGTAAACGCCTGAATCGCTACCATGTTTGCCA
AGGTGGATATTCTTAATCTCTATCGGAAAAGAGAGCGAGAAACCTTTTCCCGGACGAGTT
TTGCTGCTAAGACCCATGTTGATGAACAAAGAAGCGAATGCCGACAAGAGATATCCACAT
CCAATTGCTCTAAACCCTTGAAATGTCTCTGAAGGATAAACGATACCATCTTTGTTCCTG
TCGAAGAAGGCGACATGTCTCTGCAAGAAATTATCTTCTTCTGGCACAAATTTCACAGTG
GATTCAGAGGAAGCCATGAACACAAAAA

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3BG51JQ 822 0 0
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GTTTGTTTCTCGAGTTTCTCAAAAA*GAGAACCATCGTAAACAGCTCTCACTGTTTCTTT
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GTGAAAAGAGAATGGAGACAACACCCGCTTCTTTAATCTTTA

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR3BG51TF 822 0 0
CTTTAATTTGACGTATATATTCAATCAAATACGCACAGAAAACTATAATTTTTTAAAGAA
TCAAACACATTGCAATCTTCACAGCATAATTCACTTGTACAAAGTTTTATAAATAAACAG
ATTCACAGGCGTGCAAGTTTGTTTTAAAATGGTGTGTTTCATGGATGTTTCTTAGAGGCT
GTTTGTTTCTCGAGTTTCTCAAAAAAGAGAACCATCGTAGACAGCTCTCACTGTTTCTTT
GTGCAACAAACCGTTCTTGTCTTTGCATAAATATTGCAAGATTTTCCACTCCGTATAGGC
AGCAATCGCTCCTTTACGATCATTAGCTTCTTTGTTTGAGTCGAGGAGTTCTTGGAGTTC
TTTGCCCGTCAGAGCATCGGGATGTGTATGTGAATGCTTCGCAAATATCTCCTCGAACTT
CGATTCCACAAACCTCCCATCCTTGTCGTAAACGCCTGAATCGCTACCATGTTTGCCAAG
GTGGATATTCTTAATCTCTATCGGAAAAGAGAGAGAGAAACCTTTTCCCGGACGAGTTTT
GCTGCTAAGACCCATGTTGATGAACAAAGAAGCGAATGCCGGCAAGAGATATCCACATCC
AATTGCTCTAAACCCTTGAAATGTCTCTGAAGGATAAACGATACCATCTTTGTTCCTGTC
GAAGAAGGCGACATGTCTCTGCAAGAAATTATCTTCTTCTGGCACAAATTTCACAGTGGA
TTCAGAGGAAGCCATGAACACAAAAATGAACTGGTTGAGAGAGAGAGGTAACAGAAAATG
GTGAAAAGAGAATGGAGACAACACCCGCTTCTTTAATCTTTA

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 6

CO CL1582Contig1 591 6 7 U
GGAGAGATATGAAATTTTGATGAAGCACAGATCAAATCGATTTTTTTTGGCTGCAAATAA
ACTAATGATGCATCGTGCTTTATTGCTCATGGCCTTAATCACGTCAGCGGTTTCAAGAAA
TGACGAAGAGCAGTGTAGGGACATGTTCGAGAGCTTCACTCGGGTAATGTCTCAGCGACC
ATCTCCACAGTACTGTAGGGGAGTGAGCCACTTGAATAACGTCCTCAAGCTCACGTATCC
ACTTGCTTTGCAGGTATTGGAGAAGAAGGAGAGGAAGGGACGAGTAGGGAGACCGTGTGA
ATGCATGGAGTCAGAGGTAACTTGGAAATTAAGATGTGTGAGATGCGAGCAAGATCCAAG
CACCAATGTAACTAAATATGAATCACATGTGAATGTTCTATAGATCTCTCTATATAATTG
GTATGTATCGTATGAAATATCATAGTTTTTTCTCAGTATATGTGAGCTGAGTTTCTTGTT
AGATGTGATTAATCAAAAAAGAGGGACTCCCCTAAAACTAATCACTAACTTTTGGATTAC
TATATATTTATGTGTGATTGTGGATTAATGATAAAAACCTTGATTAGACGG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 0 0 0 0 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3DR07TF U 351
AF RR3D132TF U 1
AF RR3GK60TF U 1
AF RR3H792TF U 41
AF RR3D132JQ C 41
AF RR3FE22TF U 41
BS 1 215 RR3D132TF
BS 216 216 RR3GK60TF
BS 217 247 RR3D132TF
BS 248 253 RR3GK60TF
BS 254 577 RR3D132TF
BS 578 589 RR3FE22TF
BS 590 591 RR3D132JQ

RD RR3DR07TF 176 0 0
G
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ATATAATTGGTATGTATCGTATGAAATATCATAGTTTTTTCTCAGTATATGTGAGCTGAG
TTTCTTGTTAGATGTGATTAATCAAAAAAGAGGGACTCCCCTAAAACTAATCACT

QA 2 176 2 176
DS 

RD RR3D132TF 577 0 0
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TGACGAAGAGCAGTGTAGGGACATGTTCGAGAGCTTCACTCGGGTAATGTCTCAGCGACC
ATCTCCACAGTACTGTAGGGGAGTGAGCCACTTGAGTAACGTCCTCAAGCTCACGTATCC
ACTTGCT******GTATTGGAGAAGAAGGAGAGGAAGGGACGAGTAGGGAGACCGTGTGA
ATGCATGGAGTCAGAGGTAACTTGGAAATTAAGATGTGTGAGATGCGAGCAAGATCCAAG
CACCAATGTAACTAAATATGAATCACATGTGAATGTTCTATAGATCTCTCTATATAATTG
GTATGTATCGTATGAAATATCATAGTTTTTTCTCAGTATATGTGAGCTGAGTTTCTTGTT
AGATGTGATTAATCAAAAAAGAGGGACTCCCCTAAAACTAATCACTAACTTTTGGATTAC
TATATATTTATGTGTGATTGTGGATTAATGATAAAAA

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3GK60TF 577 0 0
GGAGAGATATGAAATTTTGATGAAGCACAGATCAAATCGATTTTTTTTGGCTGCAAATAA
ACTAATGATGCATCGTGCTTTATTGCTCATGGCCTTAATCACGTCAGCGGTTTCAAGAAA
TGACGAAGAGCAGTGTAGGGACATGTTCGAGAGCTTCACTCGGGTAATGTCTCAGCGACC
ATCTCCACAGTACTGTAGGGGAGTGAGCCACTTGAATAACGTCCTCAAGCTCACGTATCC
ACTTGCTTTGCAGGTATTGGAGAAGAAGGAGAGGAAGGGACGAGTAGGGAGACCGTGTGA
ATGCATGGAGTCAGAGGTAACTTGGAAATTAAGATGTGTGAGATGCGAGCAAGATCCAAG
CACCAATGTAACTAAATATGAATCACATGTGAATGTTCTATAGATCTCTCTATATAATTG
GTATGTATCGTATGAAATATCATAGTTTTTTCTCAGTATATGTGAGCTGAGTTTCTTGTT
AGATGTGATTAATCAAAAAAGAGGGACTCCCCTAAAACTAATCACTAACTTTTGGATTAC
TATATATTTATGTGTGATTGTGGATTAATGATAAAAA

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3H792TF 501 0 0
TTTTTTTTGGCTGCAAATAAACTAATGATGCATCGTGCTTTATTGCTCATGGCCTTAATC
ACGTCAGCGGTTTCAAGAAATGACGAAGAGCAGTGTAGGGACATGTTCGAGAGCTTCACT
CGGGTAATGTCTCAGCGACCATCTCCACAGTACTGTAGGGGAGTGAGCCACTTGAATAAC
GTCCTCAAGCTCACGTATCCACTTGCTTTGCAGGTATTGGAGAAGAAGGAGAGGAAGGGA
CGAGTAGGGAGACCGTGTGAATGCATGGAGTCAGAGGTAACTTGGAAATTAAGATGTGTG
AGATGCGAGCAAGATCCAAGCACCAATGTAACTAAATATGAATCACATGTGAATGTTCTA
TAGATCTCTCTATATAATTGGTATGTATCGTATGAAATATCATAGTTTTTTCTCAGTATA
TGTGAGCTGAGTTTCTTGTTAGATGTGATTAATCAAAAAAGAGGGACTCCCCTAAAACTA
ATCACTAACTTTTGGATTACT

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR3D132JQ 551 0 0
TTTTTTTTGGCTGCAAATAAACTAATGATGCATCGTGCTTTATTGCTCATGGCCTTAATC
ACGTCAGCGGTTTCAAGAAATGACGAAGAGCAGTGTAGGGACATGTTCGAGAGCTTCACT
CGGGTAATGTCTCAGCGACCATCTCCACAGTACTGTAGGGGAGTGAGCCACTTGAGTAAC
GTCCTCAAGCTCACGTATCCACTTGCT******GTATTGGAGAAGAAGGAGAGGAAGGGA
CGAGTAGGGAGACCGTGTGAATGCATGGAGTCAGAGGTAACTTGGAAATTAAGATGTGTG
AGATGCGAGCAAGATCCAAGCACCAATGTAACTAAATATGAATCACATGTGAATGTTCTA
TAGATCTCTCTATATAATTGGTATGTATCGTATGAAATATCATAGTTTTTTCTCAGTATA
TGTGAGCTGAGTTTCTTGTTAGATGTGATTAATCAAAAAAGAGGGACTCCCCTAAAACTA
ATCACTAACTTTTGGATTACTATATATTTATGTGTGATTGTGGATTAATGATAAAAACCT
TGATTAGACGG

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3FE22TF 549 0 0
TTTTTTTTGGCTGCAAATAAACTAATGATGCATCGTGCTTTATTGCTCATGGCCTTAATC
ACGTCAGCGGTTTCAAGAAATGACGAAGAGCAGTGTAGGGACATGTTCGAGAGCTTCACT
CGGGTAATGTCTCAGCGACCATCTCCACAGTACTGTAGGGGAGTGAGCCACTTGAATAAC
GTCCTCAAGCTCACGTATCCACTTGCTTTGCAGGTATTGGAGAAGAGGGAGAGGAAGGGA
CGAGTAGGGAGACCGTGTGAATGCATGGAGTCAGAGGTAACTTGGAAATTAAGATGTGTG
AGATGCGAGCAAGATCCAAGCACCAATGTAACTAAATATGAATCACATGTGAATGTTCTA
TAGATCTCTCTATATAATTGGTATGTATCGTATGAAATATCATAGTTTTTTCTCAGTATA
TGTGAGCTGAGTTTCTTGTTAGATGTGATTAATCAAAAAAGAGGGACTCCCCTAAAACTA
ATCACTAACTTTTGGATTACTATATATTTATGTGTGATTGTGGATTAATGATAAAAACCT
TGATTAGAC

QA 1 549 1 549
DS 



AS 2 5

CO CL1583Contig1 950 3 10 U
AGTCGAACCCTAGGAAGGGATTATAAGAAATGATTTCAATTTCACCCAAGACGCTTAAGT
TGTTACAACAAGAGTCATTTCCAGTGATGGTAGATACATGTTTTTAGAGCGATGCTAACC
CGCTTTGCACAAACTTGTGGCTCGCAAGTGGAGCATTTGCTTAGTGGCCAAAACTGATTA
TAATACTCGTTCAGTGACTTGATGCTAATGCCGTCACGAATATACCGAGCACCAAGAATG
GCTGTGCACTGGCCTGGTACTTGACGTCGTATTTGACAGGGTCCTTAAGAAAGTATTTAA
ACTGGAAAACAATCTGGGGAATGATCAAAGCAAGCAGCGCCAACGCATAGTATGGTTTCC
CAGATGCTAATAGATATCCGGCAACAGAGAGCTGAGTAACGTCTATAGCACTAACGCATA
TCCATTTGGCAGCCTCAGTGCCAAAAGCTACTGGGAGAGACTGAAGTCCCATTGCTCTGT
CTCCTTCGACACTTTTAAAGTCATTAACAATCGCTATTCCCAACCCAGCTATACTGTACA
AGAGTGTTAGAACAACAACGTCTGGAGTAAGAGTGCCAAACAATGCTTGCCCAGCCCACC
ATGGCAAACTGATATAGCTTGCTCCAAGCGCAAAATTTCCAGCCCATCCATTTTGTTTCA
GCTTAAGAGGTGGAGCAGAGTATATATAAGACAACAAGGATCCTCCCAAAGCAAGGTAGA
ACAAAGTGGGAGTGGTATGTCCTGCCCACACATCTAAGACTCCAGCAATTCCAAGACCTC
CCAGTAATAGCACCCAGACTTGTGTAATAACCTCTTGCTCTGATATTGCTCCGGATGGGA
TTGGGCGATATGGCTCATTAATTGCATCAATCTCTCGATCATACCAGTCGTTGATTGTCT
GTGTATAGCCAGTAAGACATGGGCCAGACATCATCATGCAAAGAATCGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FJ41JQ U 1
AF RR3D478JQ U 23
AF RR3D478TF C 225
BS 1 288 RR3FJ41JQ
BS 289 289 RR3D478JQ
BS 290 372 RR3FJ41JQ
BS 373 373 RR3D478JQ
BS 374 458 RR3FJ41JQ
BS 459 459 RR3D478JQ
BS 460 641 RR3FJ41JQ
BS 642 642 RR3D478JQ
BS 643 711 RR3FJ41JQ
BS 712 950 RR3D478TF

RD RR3FJ41JQ 711 0 0
AGTCGAACCCTAGGAAGGGATTATAAGAAATGATTTCAATTTCACCCAAGACGCTTAAGT
TGTTACAACAAGAGTCATTTCCAGTGATGGTAGATACATGTTTTTAGAGCGATGCTAACC
CGCTTTGCACAAACTTGTGGCTCGCAAGTGGAGCATTTGCTTAGTGGCCAAAACTGATTA
TAATACTCGTTCAGTGACTTGATGCTAATGCCGTCACGAATATACCGAGCACCAAGAATG
GCTGTGCACTGGCCTGGTACTTGACGTCGTATTTGACAGGGTCCTTAAAAAAGTATTTAA
ACTGGAAAACAATCTGGGGAATGATCAAAGCAAGCAGCGCCAACGCATAGTATGGTTTCC
CAGATGCTAATAAATATCCGGCAACAGAGAGCTGAGTAACGTCTATAGCACTAACGCATA
TCCATTTGGCAGCCTCAGTGCCAAAAGCTACTGGGAGAAACTGAAGTCCCATTGCTCTGT
CTCCTTCGACACTTTTAAAGTCATTAACAATCGCTATTCCCAACCCAGCTATACTGTACA
AGAGTGTTAGAACAACAACGTCTGGAGTAAGAGTGCCAAACAATGCTTGCCCAGCCCACC
ATGGCAAACTGATATAGCTTGCTCCAAGCGCAAAATTTCCAACCCATCCATTTTGTTTCA
GCTTAAGAGGTGGAGCAGAGTATATATAAGACAACAAGGATCCTCCCAAAG

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3D478JQ 689 0 0
ATAAGAAATGATTTCAATTTCACCCAAGACGCTTAAGTTGTTACAACAAGAGTCATTTCC
AGTGATGGTAGATACATGTTTTTAGAGCGATGCTAACCCGCTTTGCACAA*CTTGTGGCT
CGCAAGTGGAGCATTTGCTTAGTGGCCAAAACTGATTATAATACTCGTTCAGTGACTTGA
TGCTAATGCCGTCACGAATATACCGAGCACCAAGAATGGCTGTGCACTGGCCTGGTACTT
GACGTCGTATTTGACAGGGTCCTTAAGAAAGTATTTAAACTGGAAAACAATCTGGGGAAT
GATCAAAGCAAGCAGCGCCAACGCATAGTATGGTTTCCCAGATGCTAATAGATATCCGGC
AACAGAGAGCTGAGTAACGTCTATAGCACTAACGCATATCCATTTGGCAGCCTCAGTGCC
AAAAGCTACTGGGAGAGACTGAAGTCCCATTGCTCTGTCTCCTTCGACACTTTTAAAGTC
ATTAACAATCGCTATTCCCAACCCAGCTATACTGTACAAGAGTGTTAGAACAACAACGTC
TGGAGTAAGAGTGCCAAACAATGCTTGCCCAGCCCACCATGGCAAACTGATATAGCTTGC
TCCAAGCGCAAAATTTCCAGCCCATCCATTTTGTTTCAGCTTAAGAGGTGGAGCAGAGTA
TATATAAGACAACAAGGATCCTCCCAAAG

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3D478TF 726 0 0
CCGAGCACCAAGA*TGGCTGTGCACTGGC*TGGTACT*GACGTCGTATTTGACAGGGTC*
TTAAGAAAGTATTTAAACTGGAAAACAATCTGGGGAATGATCAAAGCAAGCAGCGCCAAC
GCATAGTATGGTTTCCCAGATGCTAATAGATATCCGGCAACAGAGAGCTGAGTAACGTCT
ATAGCACTAACGCATATCCATTTGGCAGCCTCAGTGCCAAAAGCTACTGGGAGAGACTGA
AGTCCCATTGCTCTGTCTCCTTCGACACTTTTAAAGTCATTAACAATCGCTATTCCCAAC
CCAGCTATACTGTACAAGAGTGTTAGAACAACAACGTCTGGAGTAAGAGTGCCAAACAAT
GCTTGCCCAGCCCACCATGGCAAACTGATATAGCTTGCTCCAAGCGCAAAATTTCCAGCC
CATCCATTTTGTTTCAGCTTAAGAGGTGGAGCAGAGTATATATAAGACAACAAGGATCCT
CCCAAAGCAAGGTAGAACAAAGTGGGAGTGGTATGTCCTGCCCACACATCTAAGACTCCA
GCAATTCCAAGACCTCCCAGTAATAGCACCCAGACTTGTGTAATAACCTCTTGCTCTGAT
ATTGCTCCGGATGGGATTGGGCGATATGGCTCATTAATTGCATCAATCTCTCGATCATAC
CAGTCGTTGATTGTCTGTGTATAGCCAGTAAGACATGGGCCAGACATCATCATGCAAAGA
ATCGAC

QA 1 726 1 726
DS 



CO CL1583Contig2 784 2 2 U
GGGATACTACTGCCACCATAGACGATTCCCTCCGCCCCCGCCGCTTCTATGACTTCCATT
CTCAACACCGTCTCCCCCATCCTCTCCTCCAGAGTTTACTCCGCGGAACGTTTCGGAGCT
CTCTCGCTCCGAAATCCCGTCGAGTTCACTCGTCGACGTCCCGGTTGGTCCACGCCGGAC
TTTGAGTCTTCTGGGCGGAGATTGGTTGTGCGTGCTGCGGAGACTGATACTGATAAAGTT
AAATCTCAGGTACCGGACAAGGCACCAGCCGGTGGTTCAAGCATTAACCAGCTTCTTGGT
ATCAAAGGAGCTGCTCAAGAGACTAATAAATGGAAGATTCGTCTTCAGCTTACAAAGCCA
GTCACTTGGCCTCCATTAGTCTGGGGAGTGGTCTGTGGTGCTGCTGCTTCAGGGAACTTC
CACTGGACTCCAGAGGACGTTGCTAAGTCGATTCTTTGCATGTTGATGTCTGGCCCATGT
CTTACTGGTTATACACAGACTATCAACGACTGGTATGATCGAGATATTGATGCTATTAAT
GAGCCGTATCGTCCAATTCCATCCGGAGCCATTTCAGAGCAAGAGGTTATCACACAAGTC
TGGGTGTTGTTACTGGGAGGTCTCGGAATTGCTGGAGTCTTAGATGTGTGGGCCGGGCAT
ACTACTCCCACTTTGTTCTATCTTGCTTTGGGAGGATCCTTGCTGTCATATATATACTCT
GCTCCGCCTTTGAAGCTAAAACAAAATGGATGGGTTGGAAACTTTGCACTGGGGGCGAGC
TATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3G396TF U 1
AF RR3AS34TF U 136
BS 1 500 RR3G396TF
BS 501 784 RR3AS34TF

RD RR3G396TF 501 0 0
GGGATACTACTGCCACCATAGACGATTCCCTCCGCCCCCGCCGCTTCTATGACTTCCATT
CTCAACACCGTCTCCCCCATCCTCTCCTCCAGAGTTTACTCCGCGGAACGTTTCGGAGCT
CTCTCGCTCCGAAATCCCGTCGAGTTCACTCGTCGACGTCCCGGTTGGTCCACGCCGGAC
TTTGAGTCTTCTGGGCGGAGATTGGTTGTGCGTGCTGCGGAGACTGATACTGATAAAGTT
AAATCTCAGGTACCGGACAAGGCACCAGCCGGTGGTTCAAGCATTAACCAGCTTCTTGGT
ATCAAAGGAGCTGCTCAAGAGACTAATAAATGGAAGATTCGTCTTCAGCTTACAAAGCCA
GTCACTTGGCCTCCATTAGTCTGGGGAGTGGTCTGTGGTGCTGCTGCTTCAGGGAACTTC
CACTGGACTCCAGAGGACGTTGCTAAGTCGATTCTTTGCATGTTGATGTCTGGCCCATGT
CTTACTGGTTATACACAGAC
T

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR3AS34TF 649 0 0
G
CCGTCGAGTTCACTCGTCGACGTCCCGGTTGGTCCACGCCGGACTTTGAGTCTTCTGGGC
GGAGATTGGTTGTGCGTGCTGCGGAGACTGATACTGATAAAGTTAAATCTCAGGTACCGG
ACAAGGCACCAGCCGGTGGTTCAAGCATTAACCAGCTTCTTGGTATCAAAGGAGCTGCTC
AAGAGACTAATAAATGGAAGATTCGTCTTCAGCTTACAAAGCCAGTCACTTGGCCTCCAT
TAGTCTGTGGAGTGGTCTGTGGTGCTGCTGCTTCAGGGAACTTCCACTGGACTCCAGAGG
ACGTTGCTAAGTCGATTCTTTGCATGTTGATGTCTGGCCCATGTCTTACTGGTTATACAC
AGACTATCAACGACTGGTATGATCGAGATATTGATGCTATTAATGAGCCGTATCGTCCAA
TTCCATCCGGAGCCATTTCAGAGCAAGAGGTTATCACACAAGTCTGGGTGTTGTTACTGG
GAGGTCTCGGAATTGCTGGAGTCTTAGATGTGTGGGCCGGGCATACTACTCCCACTTTGT
TCTATCTTGCTTTGGGAGGATCCTTGCTGTCATATATATACTCTGCTCCGCCTTTGAAGC
TAAAACAAAATGGATGGGTTGGAAACTTTGCACTGGGGGCGAGCTATA

QA 2 649 2 649
DS 



AS 1 3

CO CL1584Contig1 1080 3 6 U
AAACAGAAAACAATGATATTATACAAGGTGGAGCACAGAAGCAAGAGCTACAACAGTCAT
GGGAACTTTTGTTTTTTGTTTCTTTGGTTTTTAGTTGCATTGATAAAGATTAAAGTTTGC
TTGTTCCCTAAGTTAACAGAAGATGATAAATACACTCACACAGACACTCTGAAGATCCGT
CCTTTTTCCCTCTTCAGCCTCCCTACCCAACAAACTCAAATAAACCGATAAACCTGTATA
ACCGGTTATCAGCTTTATAGTACACAACCATGAGGCCTGAGCGGTGGACTGAAACCGCCA
CCTAGTAAGAGTTTTGCCATAGGTGCTGCTGCGGTGTTTGCTTTGAGGGCTGGCCTTGCG
AGCCACCTTCCCTTGGGTTTCGCTGTTGGTGCTCTATTGACATTCCGGTTTGTGACTGAT
AGTAGTTTGGGTAACCGAGCGATCCATACTGCTGTTGCGCCTGTTGCTGAGCTTGTCGGA
GTTGCTGAGCTTGCTGTTGTGCTTGAAGGTTGTAGTACGCATTGCTCTGGACACTCGACA
TTGTTTGAGAACCAGGTCCATGAAGCCACACAGCCGAGTTTTCATTCTGCTGTTGTTGTT
GTTGGTGTTGTTGCTGAAGTGACAAAAGATGGCTGTTCTGTTTGTATTGTAGACTAAGAG
CGTCTTCATAACTAAGTGTTGCACCGGTAGGAGCTGCCTGTTGTTGTTGTTGGTTAAGAG
AGAAGTTTACGGCTCCAACATTGCTCGAATTCCCGAATCCATATGGGGAGGAGATGGGGG
CGGACTGAGGCAAACTACTGGGGGAAATGTTGTTTTTGTACTGAGGAAGCAAAGCGGCAG
GTGACTGGTGGTATGAGCTATTACCAGAAAATGCTTGCTGGAAAGCCGAGGGCATGTATG
GGTAGCCCTGAGGCATCAAAGGGTAACTGATCATGTTGGCAAAGTGAGTTAGAGGCACAG
TATGCTGAGAATAAGGGTGCATTGGAAGCTGTTGAGGTCCTTGAGGAAGAGCTGGTCCAG
TAGCAACATTGGCACCGGGTAAGTTCTGCTGCTGGCTTGGCTGCGTTGTTTGAATACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE84JQ U 93
AF RR3C520JQ U 1
AF RR3C520TF C 375
BS 1 112 RR3C520JQ
BS 113 113 RR3EE84JQ
BS 114 231 RR3C520JQ
BS 232 232 RR3EE84JQ
BS 233 727 RR3C520JQ
BS 728 1080 RR3C520TF

RD RR3EE84JQ 218 0 0
AGTTGCATTGATAAAGATTAAAGTTTGCTTGTTCCCTAAGTTAACAGAAGATGATAAATA
CACTCACAGAGACACTGTGAAGATCCGTCCTTTTTCCCTCTTCAGCCTCCCTACCCAACA
AACTCAAATAAACCGATAAACCTGTATAACCGGTTATCAGCTTTGTAGTACACAACCATG
AGGCCTGAGCGG**GACTGAA
TCCACCTCCTAATAAGA

QA 1 201 1 201
DS 

RD RR3C520JQ 727 0 0
AAACAGAAAACAATGATATTATACAAGGTGGAGCACAGAAGCAAGAGCTACAACAGTCAT
GGGAACTTTTGTTTTTTGTTTCTTTGGTTTTTAGTTGCATTGATAAAGATTAGAGTTTGC
TTGTTCCCTAAGTTAACAGAAGATGATAAATACACTCACACAGACACTCTGAAGATCCGT
CCTTTTTCCCTCTTCAGCCTCCCTACCCAACAAACTCAAATAAACCGATAA*CCTGTATA
ACCGGTTATCAGCTTTATAGTACACAACCATGAGGCCTGAGCGGTGGACTGAAACCGCCA
CCTAGTAAGAGTTTTGCCATAGGTGCTGCTGCGGTGTTTGCTTTGAGGGCTGGCCTTGCG
AGCCACCTTCCCTTGGGTTTCGCTGTTGGTGCTCTATTGACATTCCGGTTTGTGACTGAT
AGTAGTTTGGGTAACCGAGCGATCCATACTGCTGTTGCGCCTGTTGCTGAGCTTGTCGGA
GTTGCTGAGCTTGCTGTTGTGCTTGAAGGTTGTAGTACGCATTGCTCTGGACACTCGACA
TTGTTTGAGAACCAGGTCCATGAAGCCACACAGCCGAGTTTTCATTCTGCTGTTGTTGTT
GTTGGTGTTGTTGCTGAAGTGACAAAAGATGGCTGTTCTGTTTGTATTGTAGACTAAGAG
CGTCTTCATAACTAAGTGTTGCACCGGTAGGAGCTGCCTGTTGTTGTTGTTGGTTAAGAG
AGAAGTT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3C520TF 706 0 0
GGGTTTCGCTGTTGGTGCTCTATTGACATTCCGGTTTGTGACTGATAGTAGTTTGGGTAA
CCGAGCGATCCATACTGCTGTTGCGCCTGTTGCTGAGCTTGTCGGAGTTGCTGAGCTTGC
TGTTGTGCTTGAAGGTTGTAGTACGCATTGCTCTGGACACTCGACATTGTTTGAGAACCA
GGTCCATGAAGCCACACAGCCGAGTTTTCATTCTGCTGTTGTTGTTGTTGGTGTTGTTGC
TGAAGTGACAAAAGATGGCTGTTCTGTTTGTATTGTAGACTAAGAGCGTCTTCATAACTA
AGTGTTGCACCGGTAGGAGCTGCCTGTTGTTGTTGTTGGTTAAGAGAGAAGTTTACGGCT
CCAACATTGCTCGAATTCCCGAATCCATATGGGGAGGAGATGGGGGCGGACTGAGGCAAA
CTACTGGGGGAAATGTTGTTTTTGTACTGAGGAAGCAAAGCGGCAGGTGACTGGTGGTAT
GAGCTATTACCAGAAAATGCTTGCTGGAAAGCCGAGGGCATGTATGGGTAGCCCTGAGGC
ATCAAAGGGTAACTGATCATGTTGGCAAAGTGAGTTAGAGGCACAGTATGCTGAGAATAA
GGGTGCATTGGAAGCTGTTGAGGTCCTTGAGGAAGAGCTGGTCCAGTAGCAACATTGGCA
CCGGGTAAGTTCTGCTGCTGGCTTGGCTGCGTTGTTTGAATACCCC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL1585Contig1 591 2 11 U
GCATCGATGCTTGATAGTACACATGAAAACTGTGAATCCACAGTATAGTTAGCAGAAAAA
GAGTGGACAGTAAACAATGATAAAAATTTACAAATAACAGGAAAATTGTATTTTAAATTC
GCAAACAAATAAGAGGAAAAGAAATATTATTATTAATCTCACTTACGTAATGATCTCAGA
CACTGTCACAGCAGCAAACACGAGAAACAAAACTCCTCCGACATAAGCTATTGCCTTCTC
TGACAAGAAGTTTCCCAGCAAAGAACCTCCCAAAACTGCAAGCAGAGTCGCAGCACCGTG
ACCCGCCAATGCTCCAGCGATGACACCCAATGGCGATGACGCAGCCGCAAGAGCAATTGT
TGAAAAGAAGGATTTATCACCCCATTCGGCAACAAAAACCAACGCGAAAGTGCTGATGAT
GGTGTTAGCGGCTGCTGCTATCCCGGCTCCGTTACCTGAAAGCTCTGAAACCGCTAGCTC
TGCTTCTTTCTGTTCTTCTTCAGCTTTAAGTCCATCGTCAGAAATAGCATCTGCTAACGT
TGAAACACCGAAGTACACCAGAAGACAAACTGCTGCAATATCATCTATAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH28JQ U 1
AF RR3EV19JQ U 17
BS 1 136 RR3DH28JQ
BS 137 137 RR3EV19JQ
BS 138 303 RR3DH28JQ
BS 304 304 RR3EV19JQ
BS 305 348 RR3DH28JQ
BS 349 349 RR3EV19JQ
BS 350 401 RR3DH28JQ
BS 402 403 RR3EV19JQ
BS 404 511 RR3DH28JQ
BS 512 512 RR3EV19JQ
BS 513 591 RR3DH28JQ

RD RR3DH28JQ 591 0 0
GCATCGATGCTTGATAGTACACATGAAAACTGTGAATCCACAGTATAGTTAGCAGAAAAA
GAGTGGACAGTAAACAATGATAAAAATTTACAAATAACAGGAAAATTGTATTTTAAATTC
GCAAACAAATAAGAGGGAAAGAAATATTATTATTAATCTCACTTACGTAATGATCTCAGA
CACTGTCACAGCAGCAAACACGAGAAACAAAACTCCTCCGACATAAGCTATTGCCTTCTC
TGACAAGAAGTTTCCCAGCAAAGAACCTCCCAAAACTGCAAGCAGAGTCGCAGCACCGTG
ACCGGCCAATGCTCCAGCGATGACACCCAATGGCGATGACGCAGCCGCGAGAGCAATTGT
TGAAAAGAAGGATTTATCACCCCATTCGGCAACAAAAACCAGTGCGAAAGTGCTGATGAT
GGTGTTAGCGGCTGCTGCTATCCCGGCTCCGTTACCTGAAAGCTCTGAAACCGCTAGCTC
TGCTTCTTTCTGTTCTTCTTCAGCTTTAAGTTCATCGTCAGAAATAGCATCTGCTAACGT
TGAAACACCGAAGTACACCAGAAGACAAACTGCTGCAATATCATCTATAGG

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3EV19JQ 543 0 0
GTACACATGAAAACTGTGAATCCACAGTATAGTTAGCAGAAAAAGAGTGGACAGTAAACA
ATGATAAAAATTTACAAATAACAGGAAAATTGTATTTTAAATTCGCAAACAAATAAGAGG
AAAAGAAATATTATTATTAATCTCACTTACGTAATGATCTCAGACACTGTCACAGCAGCA
AACACGAGAAACAAAACTCCTCCGACATAAGCTATTGCCTTCTCTGACAAGAAGTTTCCC
AGCAAAGAACCTCCCAAAACTGCAAGCAGAGTCGCAGCACCGTGACCCGCCAATGCTCCA
GCGATGACACCCAATGGCGATGACGCAGCCGCAAGAGCAATTGTTGAGAAGAAGGATTTA
TCACCCCATTCGGCAACAAAAACCAACGCGAAAGTGCTGATGATGGTGTTAGCGGCTGCT
GCTATCCCGGCTCCGTTACCTGAAAGCTCTGAAACCGCTAGTTCTGCTTCTTTCTGTTCT
TCTTCAGCTTTAAGTCCATCGTCAGAGATAGCATCTGCTAACGTTGAAACACCGAAGTAC
ACC

QA 1 543 1 543
DS 



AS 2 6

CO CL1586Contig1 793 2 10 U
GGATTACTAAAAGGGCAAAACCCTTCACCGCCGCTTGGATCTATCTCTCTCCCTATCTCT
CTGTCTTAGCGTCTTCTTATACCCTTCGTCGGAGGAAGAACCCTAGAAATCGAATTAACA
AGATGAATAGGGAGAAGTTAATGAAGATGGCTAACACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGAA
CAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTTCACAAGACGAACACGACCGATGACAAGAAGCTAC
AGAGCACTCTTAAGAGAGTTGGAGTCAACTCCATTCCCGGTATTGAGGAAGTTAACATCT
TCAAGGATGATGTTGTCATTCAGTTCATTAACCCTAAGGTTCAAGCCTCTGTTGCTGCTA
ACACATGGGCTGTGAGCGGTACACCACAGACCAAAAAACTGCAAGACATACTTCCTCAGA
TTATCAGCCAACTCGGGACTGATAACTTGGAAAACCTGAAGAAGCTAGCTGAGCAATTCC
AGAAACAATCACCAGGTGGAGCTGATATTCCAGCAACTATCCAAGAAGAGGACGACGATG
ATGATGTCCCTGATCTTGTCGTGGGAGAGACGTTCGAGACTCCAGCTGCTGAAGAAGCTG
CTCAGCCCAAAGCTCCTGCTTCTTAAGAGGAAGAATAAGAAGAGAAGAGCTCACCCCTCC
ACCTTTTTTTGAGCACCTTTCAGATTCTTGTTTTTTTTTAAATCTTTTTTTGCGAACAGA
AAGACTGATGTTTTTGTTTATTATCACTTGTCCAGACACCAATGATCCTTTTATTAAGGT
TAGATCGGTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK42TF U 1
AF RR3DK42JQ C 221
BS 1 290 RR3DK42TF
BS 291 291 RR3DK42JQ
BS 292 340 RR3DK42TF
BS 341 341 RR3DK42JQ
BS 342 379 RR3DK42TF
BS 380 380 RR3DK42JQ
BS 381 397 RR3DK42TF
BS 398 398 RR3DK42JQ
BS 399 430 RR3DK42TF
BS 431 793 RR3DK42JQ

RD RR3DK42TF 438 0 0
GGATTACTAAAAGGGCAAAACCCTTCACCGCCGCTTGGATCTATCTCTCTCCCTATCTCT
CTGTCTTAGCGTCTTCTTATACCCTTCGTCGGAGGAAGAACCCTAGAAATCGAATTAACA
AGATGAATAGGGAGAAGTTAATGAAGATGGCTAACACTGTCCGCACTGGCGGAAAGGGAA
CAGTAAGAAGAAAGAAGAAGGCTGTTCACAAGACGAACACGACCGATGACAAGAAGCTAC
AGAGCACTCTTAAGAGAGTTGGAGTCAACTCCATTCCCGGTATTGAGGAA*TTAACATCT
TCAAGGATGATGTTGTCATTCAGTTCATTAACCCTAAGGT*CAAGCCTCTGTTGCTGCTA
ACACATGGGCTGTGAGCGG*ACACCACAGACCAAAAA*CTGCAAGACATACTTCCTCAGA
TTATCAGCCA
CTCGGGAC

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR3DK42JQ 573 0 0
G
ACCGATGACAAGAAGCTACAGAGCACTCTTAAGAGAGTTGGAGTCAACTCCATTCCCGGT
ATTGAGGAAGTTAACATCTTCAAGGATGATGTTGTCATTCAGTTCATTAACCCTAAGGTT
CAAGCCTCTGTTGCTGCTAACACATGGGCTGTGAGCGGTACACCACAGACCAAAAAACTG
CAAGACATACTTCCTCAGATTATCAGCCAACTCGGGACTGATAACTTGGAAAACCTGAAG
AAGCTAGCTGAGCAATTCCAGAAACAATCACCAGGTGGAGCTGATATTCCAGCAACTATC
CAAGAAGAGGACGACGATGATGATGTCCCTGATCTTGTCGTGGGAGAGACGTTCGAGACT
CCAGCTGCTGAAGAAGCTGCTCAGCCCAAAGCTCCTGCTTCTTAAGAGGAAGAATAAGAA
GAGAAGAGCTCACCCCTCCACCTTTTTTTGAGCACCTTTCAGATTCTTGTTTTTTTTTAA
ATCTTTTTTTGCGAACAGAAAGACTGATGTTTTTGTTTATTATCACTTGTCCAGACACCA
ATGATCCTTTTATTAAGGTTAGATCGGTTTTT

QA 2 573 2 573
DS 



CO CL1586Contig2 769 4 8 U
GAAGGTTATGTGCAAGACTTGATTTAAAAGACAGAACATAGAAACCGATCTAACCTTAAT
AAAAGGATCATTGGTGTCTGGACAAGTGATAATAAACAAAAACATCAGTCTTTCTGTTCG
CAAAAAAGATTTAAGAGAAAACAAGAATCTGAAAGGTGCTCAAAAAAGGTGGAGGGGTGA
GCTCTTCTTATTCTTCTTCTTAAGAAGCAGCAGCTTCTTCAGCAGCTGGAGTCTCGAAAG
TCTCTCCCACGACAAGATCAGGGACATCATCATCATCCTCTTCTTGGATAGTTGCTGGAA
TATCAGCTCCACCTGGTGGCTGTTTCTGGAATTGCTCAGCTAGCTTCTTCAGGTTTTCCA
AGTTATCAGTCCCAAGTTGGCTGATAATCTGAGGAAGTATGTCTTGCAGTTTTTTGGTCT
GTGGTGTACCGCTCACAGCCCATGTGTTAGCAGCAACAGAGGCTTGAACCTTAGGGTTAA
TGAACTGAATGACAACATCATCCTTAAAGATGTTAACTTCCTCAATCCCGGGAATGGAGT
TGACTCCAACTCTCTTAAGAGTGCTCTGTAGCTTCTTGTCATCGGTTGTGTTCGTCTTGT
GAACAGCCTTCTTCTTCCTTCTTACTGTTCCCTTTCCGCCAGTGCGGACAGTGTTAGCCA
TCTTCATTAACTTCTCCCTATCCATCTTGTTAATTCGATTTCTAGGGTTCTTCCTCCGAC
AAAGGGTATAGGAAGACGATAAGAAAGTGAGAGAAAGGGAGAGAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3D530JQ U 37
AF RR3H139TF C 1
AF RR3H139JQ U 11
AF RR3D530TF C 67
BS 1 16 RR3H139TF
BS 17 238 RR3H139JQ
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RD RR3D530JQ 680 0 0
CAT
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AAACATCATTCTTTCTGTTCGCAAAAAAAATTTAAAAAAAAACAAAAATCTGAAAGGTGC
TCAAAAAAGGTGGAGGGGTGAGCTCTTCTTATTCTTCTTCTTAAAAAGCAGCAGCTTCTT
CAGCAGCTGGAGTCTCGAAAGTCTCTCCCACGACAAGATCAGGGACATCATCATCATCCT
CTTCTTGGATAGTTGCTGGAATATCAGCTCCACCTGGTGGCTGTTTCTGGAATTGCTCAC
CTAGCTTCTTCAGGTTTTCCAAGTTATCAGTCCCAAGTTGGCTGATGATCTGAGGAAGTA
TGTCTTGCAGTTTTTTGGTCTGTGGTGTACCGCTCACAGCCCATGTGTTAGCAGCAACAA
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CCTCAATCCCGGGAATGGAGTTGACTCCAACTCTCTTAAGAGTGCTCTGTAGCTTCTTGT
CATCGGTTGTGTTCGTCTTGTGAACAGCCTTCTTCTTCCTTCTTACTGTTCCCTTTCCGC
CAGTGCGGACAGTGTTAGCCATCTTCATTAACTTCTCCCTATCCATCTTGTTAATTCGAT
TTCTAGGGTTCTTCCTC

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CAAAAAAGATTTAAGAGAAAACAAGAATCTGAAAGGTGCTCAAAAAAGGTGGAGGGGTGA
GCTCTTCTTATTCTTCTTCTTAAGAAGCAGCAGCTTCTTCAGCAGCTGGAGTCTCGAACG
TCTCTCCCACGACAAGATCAGGGACATCATCATCATCCTCTTCTTGGATAGTTGCTGGAA
TATCAGCTCCACCTGGTGGCTGTTTCTGGAATTGCTCAGCTAGCTTCTTCAGGTTTTCCA
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TGAACTGAATGACAACATCATCCTTAAAGATGTTAACTTCCTCGATCCCGGGAATGGAGT
TGACTCCAACTCTCTTAAGAGTGCTCTGTAGCTTCTTGTCATCGGTTGTGTTCGTCTTGT
GAACAGCCTTCTTCTTCCTTCTTACTGTTCCCTTTCCGCCAGTGCGGACAGTGTTAGCCA
TCTTCATTAACTTCTCCCTATTCATCTTGTTAATTCGATTTCTAGGGTTCTTCCTCCGAC
AAAGGGTATAGGAAGACGATAAGAAAGTGAGAGAAAGGGAGAGAGAT
CC

QA 1 767 1 767
DS 

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GCAAGA
ACTTGATTTAAAAGACAGAACATAGAAACCGATCTAACCTTAATAAAAGGATCATTGGTG
TCTGGACAAGTGATAATAAACAAAAACATCAGTCTTTCTGTTCGCAAAAAAGATTTAAGA
GAAAACAAGAATCTGAAAGGTGCTCAAAAAAGGTGGAGGGGTGAGCTCTTCTTATTCTTC
TTCTTAAGAAGCAGCAGCTTCTTCAGCAGCTGGAGTCTCGAACGTCTCTCCCACGACAAG
ATCAGGGACATCATCATCATCCTCTTCTTGGATAGTTGCTGGAATATCAGCTCCACCTGG
TGGCTGTTTCTGGAATTGCTCAGCTAGCTTCTTCAGGTTTTCCAAGTTATCAGTCCCAAG
TTGGCTGATAATCTGAGGAAGTATGTCTTGCAGTTTTTTGGTCTGTGGTGTACCGCTCAC
AGCCCATGTGTTAGCAGCAACAGAGGCTTGAACCTTAGGGTTAATGAACTGAATGACAAC
ATCATCCTTAAAGATGTTAACTTCCTCGATCCCGGGAATGGAGTTGACTCCAACTCTCTT
AAGAGTGCTCTGTAGCTTCTTGTCATCGGTTGTGTTCGTCTTGTGAACAGCCTTCTTCTT
CCTTCTTACTGTTCCCTTTCCGCCAGTGCGGACAGTGTTAGCCATCTTCATTAACTTCTC
CCTATTCATCTTGTTAATTCGATTTCTAGGGTTCTTCCTCCGACAAAGGGTATAGGAAGA
CGATAAGAAAGTGAGAGAAAGGGAGAGAGATCC

QA 7 759 7 759
DS 

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AGATTTAAGAGAAAACAAGAATCTGAAAGGTGCTCAAAAAAGGTGGAGGGGTGAGCTCTT
CTTATTCTTCTTCTTAAGAAGCAGCAGCTTCTTCAGCAGCTGGAGTCTCGAAAGTCTCTC
CCACGACAAGATCAGGGACATCATCATCATCCTCTTCTTGGATAGTTGCTGGAATATCAG
CTCCACCTGGTGGCTGTTTCTGGAATTGCTCAGCTAGCTTCTTCAGGTTTTCCAAGTTAT
CAGTCCCAAGTTGGCTGATGATCTGAGGAAGTATGTCTTGCAGTTTTTTGGTCTGTGGTG
TACCGCTCACAGCCCATGTGTTAGCAGCAACAGAGGCTTGAACCTTAGGGTTAATGAACT
GAATGACAACATCATCCTTAAAGATGTTAACTTCCTCAATCCCGGGAATGGAGTTGACTC
CAACTCTCTTAAGAGTGCTCTGTAGCTTCTTGTCATCGGTTGTGTTCGTCTTGTGAACAG
CCTTCTTCTTCCTTCTTACTGTTCCCTTTCCGCCAGTGCGGACAGTGTTAGCCATCTTCA
TTAACTTCTCCCTATCCATCTTGTTAATTCGATTTCTAGGGTTCTTCCTCCGACAAAGGG
TATAGGAAGACGATAAGAAAGTGAGAGAAAGGGAGAGAGAT

QA 1 701 1 701
DS 



AS 2 4

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TTCAAGAAGTAGCCCTATTTGAGCACACAACACCATCGGTGAGACGATTCCACGCAAACT
CTCAATGCAAAACTCATTTCACTTAATCACACCCTAACGTATTTATCATATCGTACGTCT
GTATATATAATCATACGACCGCTACGGCGGCCGGACGGCCCATTCCGGCGGATACATTTT
CAAAAATACCATAATTCAACATAGAAACTCTCTGTTTAGCTTTAGCAATCATATCACTCT
CCCCAGTCTCCGTCTCAGTCTCAGCAACCAGCTTCATTGATTTTCTCTCGCAGGTGCCGA
GCCATTTGGCTTGCATGTACTTGTGTTTTCTCCAAGGACCCATGTGCATCTTCTTGTCTT
TCATGCACTTTTTCGCCGCCGTGCACAATATTTTTATCAGTGTTCTTAGCCTCCCTGTTT
TCCCGACGTACACTTCCGGCAATATTCCAACGAGTCGCTTGTACTCATCACTACCCCTCG
CCATCTCGAACTCAGCCCTGAAAGATAGCTCGATCACCACACGCATCTCGACTTTCTTCG
ATCCCGATTGGTCCACGATTTCCAAATATTCATGCTCACCTGCAAGGATCTCATGATTAC
TTCTCCACTTGGATTTACAGCTGACGCAATCGTATCCGGCCTCTCGGAGAAGGCGAGACA
CTTCGCCGCGTAGACAGCTACGGCAACCGCCGGACACGGGTT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3E441JQ U 1
AF RR3DC90JQ U 5
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RD RR3E441JQ 762 0 0
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CTCAATGCAAAACTCATTTCACTTAATCACACCCTAACTTATTTATCATATCGTACGTCT
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CAAAAATACCATAATTCAACATAGAAACTCTCTGTTTAGCTTTGGCAATCATATCACTCT
CCCCAGTCTCCGTCTCAGTCTCAGCATCCAGCTTCATTGATTTTCTCTCGCAGGTGCCGA
GCCATTTGGCTTGCATGTACTTGTGTTTTCTCCAAGGACCCATGTGCATTTTCTTGTCTT
TCATGCACTTTTTCGCCGCCGTGCACAATATTTTTATCAGTGTTCTTAGCCTCCCTGTTT
TCCCGACGTACACTTCCGGCAATATTCCGACGAGTCGCTTGTACTCATCACTACCTCTCG
CCATCTCGAACTCAGCCCTGAAAGATAGCTCGATCACCACACGCATCTCGACTTTCTTTG
ATCCCGATTGGTCCACGATTTCCAAATATTCATGCTCACCTGCAAGGATCTCATGATTAC
TTCTCCACTTGGATTTACAGCTGACGCAATCGTATCCGGCCTCTCGGAGAAGGCGAGACA
CTTCGCCGCGTAGACAGCTACG*CAACCGCCGGTCACGGGTT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3DC90JQ 755 0 0
AAACAGTGGAATATAATTTTATTTAATTCAAATAACACTGCGTATAATACAATGGGTTCA
AGAAGTAGCCCTATTTGAGCACACAACAC*ATCGGTGAGACGATTCCACGCAAACTCTCA
ATGCAAAACTCATTTCACTTAATCACACCCTAACGTATTTATCATATCGTACGTCTTTAT
CTATAATCATACGACCGCTACGGCGGCCGGACGGCCCATTCCGGCGGATACATTTTCAAA
AATACCATAATTCAACATAGAAACTCTCTGTTTAGCTTTAGCAATCATATCACTCTCCCC
AGTCTCCGTCTCAGTCTCAGCAACCAGCTTCATTGATTTTCTCTCGCAGGTGCTGAGCCA
TTTGGCTTGCATGTACTTGTGTTTTCTCCAAGGACCCATGTGCATCTTCTTGTCTTTCAT
GCACTTTTTCGCCGCCGTGCACAATATTTTTATCAGTGTTCTTAGCCTCTCTGTTTTCCC
GACGTACACTTCCGGTAATATTCCAACGAGTCGCTTGTACTCATCACTACCCCTCGCCAT
CTCGAACTCAGCCCTGAAAGATAGCTCGATCACCACACGCATCTCGACTTTCTTCGGTCC
CGATTGGTCCACGATTTCCAAATATTCATGCTCACCTGCAAGGATCTCATGATTACTTCT
CCACTTGGATTTACAGCTGACGCAATCGTATCCGGCCTCTCGGAGAAGGCGAGACACTTC
GCCGCGTAGACAGCTACGGCAACCGCCGGACACGG

QA 1 755 1 755
DS 



CO CL1587Contig2 734 2 18 U
GGATACCAAAAAAACAAAAAAACAAAAGTAACAATTAGAGAAAATAAAACAATTTTCATC
TTCCTCTCCATCTCTCTATCTCTCTTCTTCCTTAAAGCAATGGATCGACAAGATTCCGAT
GACATCATGAAGTTTCTCGACGGCATGGCTAGCTCCGACGATGTTTTATTTGGTTTTCTC
GACGGAGGAAACCATTCACCGGAGATTTACCATGACTCCGGTAATTTCACCGCCGGTGAA
GAATCCGATGCTGACAACGATGCAGCAGGTAGCAATTCCGAAGAGAACAAAACCTTTTGG
CTTGAACAAGAACAACTTCTCCAGGCGACACTGTATAGGACAAGTTCAATTGAGACAAAG
ATTCGACAAGCAACGAAACAAGCCTTGAAAGAAGTGAGATCAAAGGGTACGAAATGTGTC
TGCCGAAAACCCGTGACCGGCGGTTGCCGTAGCTGTCTACGCGGCGAAGTGTCTCGCCTT
CTCCGAGAGGCCGGATACGATTGCGTCAGCTGTAAATCCAAGTGGAGAAGTAATCATGAG
ATCCTTGCAGGTGAGCATGAATATTTGGAAATCGTGGACCAATCGGGACCAAAGAAAGTC
GAGATGCGTGTGGTGATCGAGCTATCTTTCAGGGCTGAGTTCGAGATGGCGAGGGGTAGT
GATGAGTACAAGCGACTCGTTGGATATTACCGGAAGTGTACGTCTGGAAACAGAGAGCTA
GACACTGATAAAAA


BQ
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DS 

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DS 



AS 1 5

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ATGTCAGGCAGTTTAGTGCTCTTGCCTCCAAAATAGTTATACAAGTGTAGCATGCAAACA
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ATCATTCAACGACTGTAACTCACTCTCAAGCGAGTTGATATCTCCACGAGCCAAGGTGAC
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TGAATCTTTTGCGTTAAATGCCTTTTTGCAGCCGCAAGGGTGGCTGAAACTTGCTCCAGA
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GTTTTTTTTTCACTCCGCCGCCGACGACTCCC


BQ
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BS 728 730 RR3CN06JQ
BS 731 731 RR3FY25JQ
BS 732 754 RR3CN06JQ
BS 755 930 RR3EV85TF
BS 931 1232 RR3CN06TF

RD RR3EV85JQ 548 0 0
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ATGTCAATAAACAAACTCCAAGTTCGAGTAAATACTCCCGAAGTACAAACCAGACATAGT
TTAGAGGGGAGGAGAGACAAACCAAGCCAACGAATATAAATATAAGAGAGCCTTTCTACC
GTGAGCTCACGAGACAATTTTGTATTAA*AGTTTTGTTGTTATATACATCCCGCAAGCTA
ACCACCATCAGGAAATTTCCACATCAACACCCAGCTGAAGTGACCCTTGATAAGACTGGC
CTAGACTTGTCATTGGCCTTGGCTATACCAATTCTTCTAACCGTGGTTGCTCCTCCCCCT
GTGTCATTGCTTATAAGCAGTTGTTCAGCAAAGTTTTTCAGCCCCTTGGTTCCAACATCT
CCAAGCAAATTACGAGCTTTCTGGTTTACAGGAAGTTGAAGCTGCTCCATGTCAGGCAGT
TTAGTGCTCTTGCCTCCAAAATAGTTATACAAGTGTAGCATGCAAACATTTGTGACATCC
TGCTTGTA

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3FY25JQ 732 0 0
GACACTAATCCTCCACATCAACTTTATTTTATTTGCTTCAAAGGTCCAAAAAAGCGGACA
CAACACATGCCCATGTCAATAAACAAACTCCAAGTTCAAGTAAATACTCCCAAAGTACAA
ACCAGACATAGTTTAGAGGGGAGGAGAGACAAACCAAGCCAACGAATATAAATATAAGAG
AGCCTTTCTACCGTGAGCTCACGAGACAATTTTGTATAAAGAGTTTTGTTGTTATATACA
TCCCGCAAGCTAACCACCATCAGGAAACTTCCACATCAACACCCAGCTGAAGTGACCCTT
GATAAGACTGGCCTAGACTTGTCATTGGCCTTGGCTATACCAATTCTTCTAACCGTGGTT
GCTCCTCCCTCTGTGTCATTGCTTATAAGCAGTTGTTCAGCAAAGTTTTTCAGCCCCTTA
GTTCCAACATCTCCAAGCAAATTACGGGCTTTCTGGTTTACAGGAAGTTGAAGCTGCTCC
ATGTCAGGCAGTCTAGTGCTCTTGCCTCCAAAATAGTTATACAAGTGTAGCATGCAAACA
TTTGTGACATCCTGCTTGTATTCCAGCGTGTCCAACTTCCCATCC*AGACCACTAATCAA
ATCATTCAACGACTGTAACTCACTCTCAAGCGAGTTGATATCTCCACGAGCCAAGGTGAC
CTGGTTCTTGATTTCCTTGGAGAGATCAATCTGCTGCTCTACCTTGCTGAAGCTAGCTGT
CGAACCTCCCGA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3CN06JQ 748 0 0
AATCCT
CCACATCAACTTTATTTTATTTGCTTCAAAGGTCCAAAAAAGCGGACACAACACATGCCC
ATGTCAATAAACAAACTCCAAGTTCGAGTAAATACTCCCGAAGTACAAACCAGACATAGT
TTAGAGGGGAGGAGAGACAAACCAAGCCAACGAATATAAATATAAGAGAGCCTTTCTACC
GTGAGCTCACGAGACAATTTTGTATTA*GAGTTTTGTTGTTATATACATCCCGCAAGCTA
ACCACCATCAGGAAATTTCCACATCAACACCCAGCTGAAGTGACCCTTGATAAGACTGGC
CTAAACTTGTCATTGGCCTTGGCTATACCAATTCTTCTAACCGTGGTTGCTCCTCCCTCT
GTGTCATTGCTTATAAGCAGTTGTTCAGCAAAGTTTTTCAGCCCCTTGGTTCCAACATCT
CCAAGCAAATTACGAGCTTTCTGGTTTACAGGAAGTTGAAGCTGCTCCATGTCAGGCAGT
TTAGTGCTCTTGCCTCCAAAATAGTTATACAAGTGTAGCATGCAAACATTTGTGACATCC
TGCTTGTATTCCAGCGTGTCCAACTTCCCATCC*AGACCACTAATCAAATCATTCAACGA
CTGTAACTCACTCTCAAGCGAGTTGATATCTCCACGAGCCAAGGTGACCTGGTTCTTGAT
TTCCTTGGAGAGATCAATCTGCTGCTCTACCTTATC**ATCCATATTCTGAATCTTTTGC
GTTAAATGCCTTTTTGCAGCCG

QA 7 748 7 748
DS 

RD RR3EV85TF 703 0 0
TTGTTATATACATCCCGCAAGCTAACCACCATCAGGAAATTTCCACATCAACACCCAGCT
GAAGTGACCCTTGATAAGACTGGCCTAGACTTGTCATTGGCCTTGGCTATACCAATTCTT
CTAACCGTGGTTGCTCCTCCCCCTGTGTCATTGCTTATAAGCAGTTGTTCAGCAAAGTTT
TTCAGCCCCTTGGTTCCAACATCTCCAAGCAAATTACGAGCTTTCTGGTTTACAGGAAGT
TGAAGCTGCTCCATGTCAGGCAGTTTAGTGCTCTTGCCTCCAAAATAGTTATACAAGTGT
AGCATGCAAACATTTGTGACATCCTGCTTGTATTCAAGCGTGTCCAACTTCCCATCC*AG
ACCACTAATCAAATCATTCAACGACTGTAACTCACTCTCAAGCGAGTTGATATCTCCACG
AGCCAAGGTGACCTGGTTCTTGAGTTCCTTGGAGAGATCAATCTGCTGCTCTACCTTATC
**ATCCATATTCTGAATCTTTTGCGTTAAATGCCTTTTTGCAGCCGCAAGGGTGGCTGAA
ACTTGCTCCAGATTCTTAGTCAAGTTAGCCACAGCGGTAGCCATGTTGGCTTTTGTCACA
TACATAAGGTCAGTGAATGAAAGTCCCTTCCACCACATATAACCATATCCTAAAGCTCCC
AACGCCGCAGCAGGAACAGCAAGAGCTTGCAAGTTTGCACCA
C

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3CN06TF 759 0 0
CTGCTCCATGTCAGGCAGTTTAGTGCTCT*GCCTCCAAAATAGTTATACAAGTGTAGCAT
GCAAACATTTGTGACATC*TGCTTGTATTCCAGCGTGTCCAACTTCCCATCCCAGACCAC
TAATCAAATCATTCAACGACTGTAACTCACTCTCAAGCGAGTTGATATCTCCACGAGCCA
AGGTGACCTGGTTCTTGATTTCCTTGGAGAGATCAATCTGCTGCTCTACCTTATC**ATC
CATATTCTGAATCTTTTGCGTTAAATGCCTTTTTGCAGCCGCAAGGGTGGCTGAAACTTG
CTCCAGATTCTTAGTCAAGTTAGCCACAGCGGTAGCCATGTTGGCTTTTGTCACATACAT
AAGGTCAGTGAATGAAAGTCCCTTCCACCACATATAACCATATCCTAAAGCTCCCGACGC
CGCAGCAGGAACAGCAAGAGCTTGCAAGTTTGCACCAGAAACTCCATTCATGACGGTTAT
CTGCCTTGCTGAAGCTAGCTGTCGAACCTCCATAGCCAGCCGACGAACCTGAGCAGCTAT
AGCATCGGACACATCAGAATCTCCCTCATCTCCGGATCTCTCCATACCTTTCACCAGAGA
CTGCAATTCACCCAATATATCAGATAATTTGCCGTTCTTCATCATGATCGTACCAGTATA
ACCTGCTCCGGCTAAGAGAAAGATCCTTGATAAGCCGATTCCGGTTTGCATCGCCATAGC
TCCGACTGTTTTTTTTTCACTCCGCCGCCGACGACTCCC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 2 6

CO CL1589Contig1 814 2 5 U
AAGATGAAGAAGTAGCATGTTTTCAGAGTTGTTTAATAATCCAAAGTACCCAATATAGTC
TCGTCTCTCCGGAAGCTTATAAACTCTCTCAGTATTACGCACCACCCAAAAAAAAAAGGC
ATAAACGGAGAGCCCTCACAGAGTCAGTAAAAATCTTAAACATACACACACAGAGAAAGC
CAATAGTTTGCGATAAAGAGCCTCTCTCACCAGAACCCCAAGTTCATATATCCCAGAAAA
ACAAAATAAGAAGCCACTCCAAGGGGGATCATGATGAGCCCTGATACTGCTCCTTCACGG
CTCTTGCTGCTGCACTGAACCATCCTGCTGCGGCCATTGCACCTGGATCTGGAACTGTTG
CCAGCATCTCTGCAGACACATAGCTGGATCTCCCAGCCTGAGCTTGCATCTGTATGGTTG
ATTCCGCTCCTTTAGTTGCTGCTCCAGCTGACAGAATGAAAGCAGATATTGGATCCTCTC
CAGCGCTCAGCTTCTCTTCAAGAACTTGTGAAGCTGGGATGAGGGCATCTAGCATCGTCC
TGTATCCAGCAGTTGCTCCACCATATTTGCTGACAGATGCTATTGATGACTTGAGTGCTT
CGGACCAGTATTTGGCAGTGACTTCTGACCCAGTGTTAGCTTTTAGCTCCGCGTACGCTG
CCTTGCAGAGGAGATTGTATATAATTCCACTTGTTCCCCCCATGGCTCTGCTGATTGATG
CACCAATCTCATTCACTGTTTCCGCAGCATCGTTGAGCGGATAATAGTGTTTCATGTCTT
CCAGAATAGCTGTTGCACCTCTGTGCATTGTTGA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU10JQ U 6
AF RR3BS88JQ U 1
BS 1 116 RR3BS88JQ
BS 117 117 RR3EU10JQ
BS 118 237 RR3BS88JQ
BS 238 238 RR3EU10JQ
BS 239 814 RR3BS88JQ

RD RR3EU10JQ 700 0 0
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TCTCCGGAAGCTTATAAACTCTCTCAGTATTACGCACCACCCAAAAAAAAAAGGCATAAA
CGGAGAGCCCTCACAGAGTCAGTAAAAATCTTAAACATACACACACAGAGAAAGCCAATA
GTTTGCGATAAAGAGCCTCTCTCACCAGAACCCCAAGTTCATATATCCCAGAAAAACAAA
ATAAGAAGCCACTCCAAGGGGGATCATGATGAGCCCTGATACTGCTCCTTCACGGCTCTT
GCTGCTGCACTGAACCATCCTGCTGCGGCCATTGCACCTGGATCTGGAACTGTTGCCAGC
ATCTCTGCAGACACATAGCTGGATCTCCCAGCCTGAGCTTGCATCTGTATGGTTGATTCC
GCTCCTTTAGTTGCTGCTTCAGCTGACAGAATGAAAGCAGATATTGGATCCTCTCCAGCG
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CCAGCAGTTGCTCCACCATATTTGCTGACAGATGCTATTGATGACTTGAGTGCTTCGGAC
CAGTATTTGGCAGTGACTTCTGACCCAGTGTTAGCTTTTAGCTCCGCGTACGCTGCCTTG
CAGAGGAGATTGTATATAATTCCACTTGTTCCCCCCATGG

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3BS88JQ 814 0 0
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ATAAACGGAGAGCCCTCACAGAGTCAGTAAAAATCTTAAACATACACACACAGAGAAAGC
CAATAGTTTGCGATAAAGAGCCTCTCTCACCAGAACCCCAAGTTCATATATCCCAGAGAA
ACAAAATAAGAAGCCACTCCAAGGGGGATCATGATGAGCCCTGATACTGCTCCTTCACGG
CTCTTGCTGCTGCACTGAACCATCCTGCTGCGGCCATTGCACCTGGATCTGGAACTGTTG
CCAGCATCTCTGCAGACACATAGCTGGATCTCCCAGCCTGAGCTTGCATCTGTATGGTTG
ATTCCGCTCCTTTAGTTGCTGCTCCAGCTGACAGAATGAAAGCAGATATTGGATCCTCTC
CAGCGCTCAGCTTCTCTTCAAGAACTTGTGAAGCTGGGATGAGGGCATCTAGCATCGTCC
TGTATCCAGCAGTTGCTCCACCATATTTGCTGACAGATGCTATTGATGACTTGAGTGCTT
CGGACCAGTATTTGGCAGTGACTTCTGACCCAGTGTTAGCTTTTAGCTCCGCGTACGCTG
CCTTGCAGAGGAGATTGTATATAATTCCACTTGTTCCCCCCATGGCTCTGCTGATTGATG
CACCAATCTCATTCACTGTTTCCGCAGCATCGTTGAGCGGATAATAGTGTTTCATGTCTT
CCAGAATAGCTGTTGCACCTCTGTGCATTGTTGA

QA 1 814 1 814
DS 



CO CL1589Contig2 1335 4 8 U
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GGCCAAGAGAAGATGGAACTCGGGCTTGGAATCCATGGAGAACCTGGTGCTGCTGTGGTT
GACGTTCAACCTGTGGATGTGGTGGTTTCACATGTTCTTCAGCAGATACTGAGTCCTGAG
ACCAATTATGTTCCAATTACACGCGGTAACAGAGTGGTTCTCATGGTTAATGGCTTAGGA
GGCACCCCTTTGATGGAACTTATGATTGCTGCTGGAAAAGCTGTCCCTAAATTGCAGTTG
GAATTTGGACTTGCTGTTGATAGGGTGTATACAGGGCTTTTTATGACTTCTCTCGATATG
GCAGGATTCTCGATTTCAATCATGAAGGCTGACCAGTCAATCTTAGACCGATTAGATGCT
CCAACTAAGGCTCCAAATTGGCCTGTTGGCACTGATGGCAACCGGCCACCTGCAAAGATC
CCTGTTCCTATTCCCCCTTCTCGATCAACAAAAAGCACTGAGTCTCACGCTCGACCTCAA
GAGCTGAGTCAACAAGGTCGAGTTCTTGAGGCAGCTATTCAAGCAGCAGCAACTGTGATC
ATTGGTCTAAAGGATAGCTTGAACGATTGGGATGGAAAAGTAGGCGATGGTGATTGTGGA
TCAACAATGCACAGAGGTGCAACAGCTATTCTGGAAGACATGAAACACTATTATCCGCTC
AACGATGCTGCGGAAACAGTGAATGAGATTGGTGCATCAATCAGCAGAGCCATGGGGGGA
ACAAGTGGAATTATATACAATCTCCTCTGCAAGGCAGCGTACGCGGAGCTAAAAGCTAAC
ACTGGGTCAGAAGTCACTGCCAAATACTGGTCCGATGCACTCAAGTCATCAATAGCATCT
GTCAGCAAATATGGTGGAGCAACTGCTGGATACAGGACGATGCTAGATGCCCTCATCCCA
GCTCCACAAGTTCTTGAAGAGAAGCTGAGCGCTGGAGAGGATCCAATATCTGCTTTCACT
CTGTCAGCTGAAGCAGCAACTAAAGGAGCAGTATCAGGGCTCATCATGATCCCCCTTGGA
GTGGCTTCTTATTTTGTTTCTCTGGGATATATGAACTTGGGGTTCTGGTGAGAGAGGCTC
TTTATCGCAAACTTGGCTTTCTCTGTGTGTGTATGTTTAAGATTTTTACTGACTCTGTGA
GGGCTCTCCGTTTATGCCTTTTTTTTTTGGGTGGTGCGTAATACTGAGAGAGTTTATAAG
CTTCCGGAGAGACGAGACTATATTGGGTACTTTGGATTATTAAACAACTCTGAAAACATG
CTACTTCTTCATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BS88TF U 1
AF RR3EU10TF U 63
AF RR3CX56TF U 342
AF RR3CX56JQ C 513
BS 1 160 RR3BS88TF
BS 161 161 RR3EU10TF
BS 162 641 RR3BS88TF
BS 642 761 RR3EU10TF
BS 762 1089 RR3CX56TF
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BS 1091 1099 RR3CX56TF
BS 1100 1335 RR3CX56JQ

RD RR3BS88TF 641 0 0
GCCATGGGTGTTGCACTATCTGTTTGTACGCTTCCTGGCCAGGTTACATCAGACCGCCTG
GGCCAAGAGAAGATGGAACTCGGGCTTGGAATCCATGGAGAACCTGGTGCTGCTGTGGTT
GACGTTCAACCTGTGGATGTGGTGGTTTCACATGTTCTTCGGCAGATACTGAGTCCTGAG
ACCAATTATGTTCCAATTACACGCGGTAACAGAGTGGTTCTCATGGTTAATGGCTTAGGA
GGCACCCCTTTGATGGAACTTATGATTGCTGCTGGAAAAGCTGTCCCTAAATTGCAGTTG
GAATTTGGACTTGCTGTTGATAGGGTGTATACAGGGCTTTTTATGACTTCTCTCGATATG
GCAGGATTCTCGATTTCAATCATGAAGGCTGACCAGTCAATCTTAGACCGATTAGATGCT
CCAACTAAGGCTCCAAATTGGCCTGTTGGCACTGATGGCAACCGGCCACCTGCAAAGATC
CCTGTTCCTATTCCCCCTTCTCGATCAACAAAAAGCACTGAGTCTCACGCTCGACCTCAA
GAGCTGAGTCAACAAGGTCGAGTTCTTGAGGCAGCTATTCAAGCAGCAGCAACTGTGATC
ATTGGTCTAAAGGATAGCTTGAACGATTGGGATGGAAAAGT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3EU10TF 699 0 0
G
CAAGAGAAGATGGAACTCGGGCTTGGAATCCATGGAGAACCTGGTGCTGCTGTGGTTGAC
GTTCAACCTGTGGATGTGGTGGTTTCACATGTTCTTCAGCAGATACTGAGTCCTGAGACC
AATTATGTTCCAATTACACGCGGTAACAGAGTGGTTCTCATGGTTAATGGCTTAGGAGGC
ACCCCTTTGATGGAACTTATGATTGCTGCTGGAAAAGCTGTCCCTAAATTGCAGTTGGAA
TTTGGACTTGCTGTTGATAGGGTGTATACAGGGCTTTTTATGACTTCTCTCGATATGGCA
GGATTCTCGATTTCAATCATGAAGGCTGACCAGTCAATCTTAGACCGATTAGATGCTCCA
ACTAAGGCTCCAAATTGGCCTGTTGGCACTGATGGCAACCGGCCACCTGCAAAGATCCCT
GTTCCTATTCCCCCTTCTCGATCAACAAAAAGCACTGAGTCTCACGCTCGACCTCAAGAG
CTGAGTCAACAAGGTCGAGTTCTTGAGGCAGCTATTCAAGCAGCAGCAACTGTGATCATT
GGTCTAAAGGATAGCTTGAACGATTGGGATGGAAAAGTAGGCGATGGTGATTGTGGATCA
ACAATGCACAGAGGTGCAACAGCTATTCTGGAAGACATGAAACACTATTATCCGCTCAAC
GATGCTGCGGAAACAGTGAATGAGATTGGTGCATCAAT

QA 2 699 2 699
DS 

RD RR3CX56TF 764 0 0
G
ATGACTTCTCTCGATATGGCAGGATTCTCGATTTCAATCATGAAGGCTGACCAGTCAATC
TTAGACCGATTAGATGCTCCAACTAAGGCTCCAAATTGGCCTGTTGGCACTGATGTCAAC
CGGCCACCTGCAAAGATCCCTGTTCCTATTCCCCCTTCTCGATCAACAAAAAGCACTGAG
TCTCACGCTCGACCTCAAGAGCTGAGTCAACAAGGTCGAGTTCTTGAGGCAGCTATTCAA
GCAGCAGCAACTGTGATCATTGGTCTAAAGGATAGCTTGAACGATTGGGATGGAAAAGTA
GGCGATGGTGATTGTGGATCAACAATGCACAGAGGTGCAACAGCTATTCTGGAAGACATG
AAACACTATTATCCGCTCAACGATGCTGCGGAAACAGTGAATGAGATTGGTGCATCAATC
AGCAGAGCCATGGGGGGAACAAGTGGAATTATATACAATCTCCTCTGCAAGGCAGCGTAC
GCGGAGCTAAAAGCTAACACTGGGTCAGAAGTCACTGCCAAATACTGGTCCGATGCACTC
AAGTCATCAATAGCATCTGTCAGCAAATATGGTGGAGCAACTGCTGGATACAGGACGATG
CTAGATGCCCTCATCCCAGCTCCACAAGTTCTTGAAGAGAAGCTGAGCGCTGGAGAGGAT
CCAATATCTGCTTTCACTCTGTCAGCTGAAGCAGCAACTAAAGGAGCAGTATCAGGGCTC
ATCATGATCCCCCTTGGAGTGGCTTCT*ATTTTGTTT
TCTGGG

QA 2 758 2 758
DS 

RD RR3CX56JQ 823 0 0
AAGCACTGAGTCTCACGCTCGACCTCAAGAGCTGAGTCAACAAGGTCGAGTTCTTGAGGC
AGCTATTCAAGCAGCAGCAACTGTGATCATTGGTCTAAAGGATAGCTTGAACGATTGGGA
TGGAAAAGTAGGCGATGGTGATTGTGGATCAACAATGCACAGAGGTGCAACAGCTATTCT
GGAAGACATGAAACACTATTATCCGCTCAACGATGCTGCGGAAACAGTGAATGAGATTGG
TGCATCAATCAGCAGAGCCATGGGGGGAACAAGTGGAATTATATACAATCTCCTCTGCAA
GGCAGCGTACGCGGAGCTAAAAGCTAACACTGGGTCAGAAGTCACTGCCAAATACTGGTC
CGATGCACTCAAGTCATCAATAGCATCTGTCAGCAAATATGGTGGAGCAACTGCTGGATA
CAGGACGATGCTAGATGCCCTCATCCCAGCTCCACAAGTTCTTGAAGAGAAGCTGAGCGC
TGGAGAGGATCCAATATCTGCTTTCACTCTGTCAGCTGAAGCAGCAACTAAAGGAGCAGT
ATCAGGGCTCATCATGATCCCCCTTGGAGTGGCTTCTTATTTTGTTTCTCTGGGATATAT
GAACTTGGGGTTCTGGTGAGAGAGGCTCTTTATCGCAAACTTGGCTTTCTCTGTGTGTGT
ATGTTTAAGATTTTTACTGACTCTGTGAGGGCTCTCCGTTTATGCCTTTTTTTTTTGGGT
GGTGCGTAATACTGAGAGAGTTTATAAGCTTCCGGAGAGACGAGACTATATTGGGTACTT
TGGATTATTAAACAACTCTGAAAACATGCTACTTCTTCATCCT

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 4

CO CL1590Contig1 733 4 5 U
GGGTCATCTTTGTGGTGAGAGAAAACTAGGCAACAATGGCGGAACCTCCGGTGAAAGTCA
ATCTTATCCCGACCGAAGGTACACCTGAAAGCTTCGCGGATTATGGCCAAGTCATCGAAG
CCACTTCCGACGGTGATCGCTTCGGTCCTAACGATGCCCAGTTAGATCTCTCCAGAGGAA
TCCCACGATTCTATATCATGCGGCTCGAAGATCGAACTTTAGGCTTCTCCACGATCACGC
ACCACGCGAACGTGACGCAGTGTTTGGGATCGATAGGAGGTCACGTTTGGTATCTAGGCG
TAGCTAAGCCATCTCTTATCGAAGACGTTGCTGATAGAGAAAGAGTTGGTGATAATAATG
TAGAGTCAGGGTCCGGTGGTCACTTGTACGCTCCTCCTACGGTTGAAGAAGTGCGCGTCT
TCAGGTTTTCAGGACCCAAGTTTGTTAAGCTGAACCGTGGCACGTGGCATGCTGGACCGT
TGTTCAGTGACAGCTCCATGGACTTCTACAACTTAGAGCTCAGCAACACAAATGAGGTGG
ATCACACCACACATGATTTCAAGAAGAAGAATGGGGTCACCTTCCGGTTTGAGGATAGCA
CATCTTCCTAAGTCAATTCCTATATGGTGATCAGTGTCTTGTAAGCAAAACAGAGTGAGA
AACGTTTTCTTGTATTCAATGTGCCAGGACTGTCTGTGTGTACAAACTGTAACTCCTCTA
AATCTCTTCATCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3E871TF U 3
AF RR3AM95TF U 1
AF RR3EL79TF U 4
AF RR3EL79JQ C 89
BS 1 157 RR3AM95TF
BS 158 158 RR3EL79TF
BS 159 647 RR3AM95TF
BS 648 731 RR3EL79TF
BS 732 733 RR3EL79JQ

RD RR3E871TF 579 0 0
GTC
ATCTTTGTGGTGAGAGAAAACTAGGCAACAATGGCGGAACCTCCGGTGAAAGTCAACCTG
ATCCCGACCGAAGGTACACCTGAAAGCTTCGCGGATTATGGCCAAGTCATCGAAGCCACT
TCCGACGGTGATCGCTTCGGTCCTAACGATGCTCAGTTAGATCTCTCCAGAGGAATCCCA
CGATTCTATATCATGCGGCTCCGAGATCGATCCTTGGGCTTCTCCACGATCACGCACCAC
GCGAACGTGACGCAGTGTCTGGGATCAATAGGAGGTCACGTTTGGTATCTAGGAGTAGCG
AAGCCATCTCTCATCGAAGATGTTGCTGAGAGAGAAAGAGTTGGAGATAATAATGTAGAG
TCAGGATCCGGTGGTCACTTGTACGCTCCTCCTACGGTTGAAGAAGTGCGCGTCTTCAGG
TTTTCAGGACCCAAGTTTGTCAAACTGAACCGTGGCACGTGGCATGCTGGACCGTTGTTC
AGTGAGAGTTCCATGGACTTCTACAACTTAGAGCTCAGCAACACAAATGAGGTGGATCAC
ACCACACATGATTTCAAGAAGAAGAATGGGGTCACC

QA 4 579 4 579
DS 

RD RR3AM95TF 649 0 0
GGGTCATCTTTGTGGTGAGAGAAAACTAGGCAACAATGGCGGAACCTCCGGTGAAAGTCA
ATCTTATCCCGACCGAAGGTACACCTGAAAGCTTCGCGGATTATGGCCAAGTCATCGAAG
CCACTTCCGACGGTGATCGCTTCGGTCCTAACGATGCTCAGTTAGATCTCTCCAGAGGAA
TCCCACGATTCTATATCATGCGGCTCGAAGATCGAACTTTAGGCTTCTCCACGATCACGC
ACCACGCGAACGTGACGCAGTGTTTGGGATCGATAGGAGGTCACGTTTGGTATCTAGGCG
TAGCTAAGCCATCTCTTATCGAAGACGTTGCTGATAGAGAAAGAGTTGGTGATAATAATG
TAGAGTCAGGGTCCGGTGGTCACTTGTACGCTCCTCCTACGGTTGAAGAAGTGCGCGTCT
TCAGGTTTTCAGGACCCAAGTTTGTTAAGCTGAACCGTGGCACGTGGCATGCTGGACCGT
TGTTCAGTGACAGCTCCATGGACTTCTACAACTTAGAGCTCAGCAACACAAATGAGGTGG
ATCACACCACACATGATTTCAAGAAGAAGAATGGGGTCACCTTCCGGTTTGAGGATAGCA
CATCTTCCTAAGTCAATTCCTATATGGTGATCAGTGTCTTGTAAGCA
GA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3EL79TF 728 0 0
GG
ATCTTTGTGGTGGGAGAAAACTAGGCAACAATGGCGGAACCTCCGGTGAAAGTCAATCTT
ATCCCGACCGAAGGTACACCTGAAAGCTTCGCGGATTATGGCCAAGTCATCGAAGCCACT
TCCGACGGTGATCGCTTCGGTCCTAACGATGCCCAGTTAGATCTCTCCAGAGGAATCCCA
CGATTCTATATCATGCGGCTCGAAGATCGAACTTTAGGCTTCTCCACGATCACGCACCAC
GCGAACGTGACGCAGTGTTTGGGATCGATAGGAGGTCACGTTTGGTATCTAGGCGTAGCT
AAGCCATCTCTTATCGAAGACGTTGCTGATAGAGAAAGAGTTGGTGATAATAATGTAGAG
TCAGGGTCCGGTGGTCACTTGTACGCTCCTCCTACGGTTGAAGAAGTGCGCGTCTTCAGG
TTTTCAGGACCCAAGTTTGTTAAGCTGAACCGTGGCACGTGGCATGCTGGACCGTTGTTC
AGTGACAGCTCCATGGACTTCTACAACTTAGAGCTCAGCAACACAAATGAGGTGGATCAC
ACCACACATGATTTCAAGAAGAAGAATGGGGTCACCTTCCGGTTTGAGGATAGCACATCT
TCCTAAGTCAATTCCTATATGGTGATCAGTGTCTTGTAAGCAAAACAGAGTGAGAAACGT
TTTCTTGTATTCAATGTGCCAGGACTGTCTGTGTGTACAAACTGTAACTCCTCTAAATCT
CTTCAT

QA 3 728 3 728
DS 

RD RR3EL79JQ 645 0 0
AAGCTTCGCGGATTATGGCCAAGTCATCGAAGCCACTTCCGACGGTGATCGCTTCGGTCC
TAACGATGCCCAGTTAGATCTCTCCAGAGGAATCCCACGATTCTATATCATGCGGCTCGA
AGATCGAACTTTAGGCTTCTCCACGATCACGCACCACGCGAACGTGACGCAGTGTTTGGG
ATCGATAGGAGGTCACGTTTGGTATCTAGGCGTAGCTAAGCCATCTCTTATCGAAGACGT
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CGCTCCTCCTACGGTTGAAGAAGTGCGCGTCTTCAGGTTTTCAGGACCCAAGTTTGTTAA
GCTGAACCGTGGCACGTGGCATGCTGGACCGTTGTTCAGTGACAGCTCCATGGACTTCTA
CAACTTAGAGCTCAGCAACACAAATGAGGTGGATCACACCACACATGATTTCAAGAAGAA
GAATGGGGTCACCTTCCGGTTTGAGGATAGCACATCTTCCTAAGTCAATTCCTATATGGT
GATCAGTGTCTTGTAAGCAAAACAGAGTGAGAAACGTTTTCTTGTATTCAATGTGCCAGG
ACTGTCTGTGTGTACAAACTGTAACTCCTCTAAATCTCTTCATCC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 4

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TGCTGCACTGTTCCGACCAAAGCTTATAATTGCTGGAGCTAGTGCATACAGCCGAGATTT
TGACTATCCTCGCATGAGGAAGATCGCAGATTCAGTTGGTGCTTTTCTGATGATGGATAT
GGCTCATATCAGTGGACTTGTGGCTGCCTCTGTGGTAGCTGATCCTTTTGAGTATTGTGA
TATCGTCACAACAACCACTCACAAGTCTTTGAGAGGTCCGAGAGGTGGCATGATCTTCTT
CAAGAAGGATCCAGTTAATGGGGTTGAACTTGAATCTGCCATTAACAATGCTGTCTTCCC
TGGTCTGCAGGGTGGCCCTCATAACCACACAATTGGAGGATTAGCAGTCTGCTTGAAACA
TGCACAATCGCCGGAGTTCAAAGCTTACCAGAAAAGAGTTGTGGCTAACTGTAGGGCTCC
AGCTAACCGATTGGTTGAACTTGGGTTTGATCTGGTGTCTGGCGGCAGCGACAATCATCT
GGTCCTTGTCGATCTTAGACCATTGGGCATGGATGGTGCTCGGGTAGAGAAAATCTTAGA
CATGGCATCGATTACACTCAACAAGAACTCTGTCCCTGGGGATAAGAGTGCGTTGGTTCC
AGGGGGAATAAGGATAGGAACGCCTGCGATGACGACAAGAGGACTGACAGAGAAAGACTT
TGTGGTGGTTGCTGACTTGATCAAGGAAGGAGTTGAGATAACAATGGAAGCGAAGAAGCT
GGTCTCGGGATCAAAGCTTGGAGAGTTCACCAAGCTGGTGACATCTCCTGATTTCGCGTT
GAAAGAGAAAGTGGAGAGTCTCAAGGAGAGAGTCGAATCCTTCACCTCTCGTTTCCCCAT
TCCTGGAGTTTGATTGAAGTTATTCAAAAGTTCAAAACAGATGGTGGTGTCTTGTTGTAC
CCTTTTCTTAAAAAAAAGATTTGAGGGTTTGATCAGGTTGCCTGTGACCCAAGGCAATAA
AAATAACGGTGTCAAAAAAATTATTAAAATAATGTTTAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AZ10TF U 1
AF RR3FN11TF U 169
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RD RR3AZ10TF 729 0 0
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GGCTCATATCAGTGGACTTGTGGCTGCCTCTGTGGTAGCTGATCCTTTTGAGTATTGTGA
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CAAGAAGGATCCAGTTAATGGGGTTGAACTTGAATCTGCCATTAACAATGCTGTCTTCCC
TGGTCTGCAGGGTGGCCCTCATAACCACACAATTGGAGGATTAGCAGTCTGCTTGAAACA
TGCACAATCGCCGGAGTTCAAAGCTTACCAGAAAAGAGTTGTGGCTAACTGTAGGGCTCC
AGCTAACCGATTGGTTGAACTTGGGTTTGATCTGGTGTCTGGCGGCAGCGACAATCATCT
GGTCCTTGTCGATCTTAGACCATTGGGCATGGATGGTGCTCGGGTAGAGAAAATCTTAGA
CATGGCATCGATTACACTCAACAAGAACTCTGTCCCTGGGGATAAGAGTGCGTTGGTTCC
AGGGGGAAT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3FN11TF 640 0 0
G
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ATGATCTTCTTCAAGAAGGATCCAGTTAATGGGGTTGAACTTGAATCTGCCATTAACAAT
GCTGTCTTCCCTGGTCTGCAGGGTGGCCCTCATAACCACACAATTGGAGGATTAGCAGTC
TGCTTGAAACATGCACAATCGCCGGAGTTCAAAGCTTACCAGAAAAGAGTTGTGGCTAAC
TGTAGGGCTCTAGCTAACCGATTGGTTGAACTTGGGTTTGATCTGGTGTCTGGTGGCAGC
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GCGTTGGTTCCAGGGGGAATAAGGATAGGAACGCCTGCGATGACGACAAGAGGACTGACA
GAGAAAGACTTTGTGGTGGTTGCTGACTTGATCAA
AGAA

QA 2 636 2 636
DS 

RD RR3EK33TF 721 0 0
G
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AATGGGGTTGAACTTGAATCTGCCATTAACAATGCTGTCTTCCCTGGTCTGCAGGGTGGC
CCTCATAATCACACAATTGGTGGATTAGCAGTCTGCTTGAAACATGCACAGTCGCCGGAA
TTCAAATCGTACCAGAAAAGAGTTGTGGCTAACTGTAGGGCTCTAGCTAACCGATTGGTT
GAACTTGGGTTTGAGCTGGTTTCTGGTGGCAGCGACAATCATCTGGTCCTCGTCGATCTT
AGACCATTGGGCATGGATGGTGCTCGGGTAGAGAAAATCTTAGACATGGCATCGATTACA
CTCAACAAGAACTCTGTCCCTGGGGATAAGAGTGCGTTGGTTCCAGGGGGAATAAGGATA
GGAACTCCTGCGATGACGACAAGAGGACTGACAGAGAAAGACTTTGTGGTGGTTGCTGAC
TTGATCAAGGAAGGAGTTGAGATAACAATGGAAGCGAAGAAGCTGGTCTCGGGGTCTAAG
CTTGGAGAGTTCACCAAGCTGGTGGCATCTCCTGATTTCGCGTTGAAAGAGAAAGTGGGG
AGTCTCAAGGAGAGAGTCGAATCCTTCACCTCTCGTTTCCCCATTCCTGGAGTTTGATTG
AAGTTATTCAAAAGTTCAAAACAGATGGTGGTGTCTTGTTGTATC*TTTTCTTAAAAAAA

QA 2 721 2 721
DS 

RD RR3AZ10JQ 833 0 0
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CATGATCTTCTTCAAGAAGGATCCAGTTAATGGGGTTGAACTTGAATCTGCCATTAACAA
TGCTGTCTTCCCTGGTCTGCAGGGTGGCCCTCATAACCACACAATTGGAGGATTAGCAGT
CTGCTTGAAACATGCACAATCGCCGGAGTTCAAAGCTTACCAGAAAAGAGTTGTGGCTAA
CTGTAGGGCTCCAGCTAACCGATTGGTTGAACTTGGGTTTGATCTGGTGTCTGGCGGCAG
CGACAATCATCTGGTCCTTGTCGATCTTAGACCATTGGGCATGGATGGTGCTCGGGTAGA
GAAAATCTTAGACATGGCATCGATTACACTCAACAAGAACTCTGTCCCTGGGGATAAGAG
TGCGTTGGTTCCAGGGGGAATAAGGATAGGAACGCCTGCGATGACGACAAGAGGACTGAC
AGAGAAAGACTTTGTGGTGGTTGCTGACTTGATCAAGGAAGGAGTTGAGATAACAATGGA
AGCGAAGAAGCTGGTCTCGGGATCAAAGCTTGGAGAGTTCACCAAGCTGGTGACATCTCC
TGATTTCGCGTTGAAAGAGAAAGTGGAGAGTCTCAAGGAGAGAGTCGAGTCCTTCACCTC
TCGTTTCCCCATTCCTGGAGTTTGATTGAAGTTATTCAAAAGTTCAAAACAGATGGTGGT
GTCTTGTTGTACCCTTTTCTTAAAAAAAAGATTTGAGGGTTTGATCAGGTTGCCTGTGAC
CCAAGGCAATAAAAATAACGGTGTCAAAAAAATTATTAAAATAATGTTTAAAC

QA 1 833 1 833
DS 



AS 2 5

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TATATTGGTGAAGCCCTATATATAGAGATAAGATCAAAAGAACCGAGAATATCCACTCTT
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CTCGTTTCTCTTCAAAACCCGACGTTTTCACACGAAGCTTCTCAACAAAAACTTCTTCTT
CATCTTCAAAACCCATCTTGACAAGAAGTTTCACAACAAAACCTACATCATATCCTTCCT
CGGAACCCATCTTTAGACGGAGTTTCTCTGCTAAACCCACTTCTTCAAAATCTCCGTTTC
TGTCAAGAAGTGGCTCCACGAAATGCCAAGCTGACACATCTTCCACGAAGTGTTCCATCT
CTCGCAGCTTGTCTCATAAAGGCGCTTCCGTGACCCGAAAGTGTCGTGATGTGGCGAAGG
AGCACAAGTCTCGGTTCTACATCATGAAGCGCTGCATTTTGATGCTCGTTTGTTGGCACA
AACACGCCTAAGATTCACTGTAGACGTGAAAGAAGATTCTGTTAATTATTTACAGTGTAT
TTAATTACTGGTTTTATCTTTTCATCTTTTCACTCATCCATTATTGTTATTTTATATATT
TTGTATTAATATACACTTCATCTGTTTCAAGCAGTTTGGTTTCAAGTTAAATGTATTTTG
GTTTTTTTTTACTTTACAAAAGTGTTGTGATATATTTTTAGTAATTTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FY02JQ C 237
AF RR3FY02TF U 109
AF RR3A963TF U 1
BS 1 373 RR3A963TF
BS 374 374 RR3FY02TF
BS 375 770 RR3A963TF

RD RR3FY02JQ 456 0 0
TCTTCATCTTCAAAACCCATCTTGACAAGAAGTTTCACAACAAAACCTACATCATATCCT
TCCTCGGAACCCATCTTTAGACGGAGTTTTTCTGCTAAACCCACTTCTTCAAAATCTCCG
TTTCTGTCAAGAAGTGGCTCCACGAAATGCCAAGCTGACACATCTTCCACGAAGTGTTCC
ATCTCTCGCAGCTTGTCTCATAAAGGCGCTTCCGTGACCCGAAAGTGTCGTGATGTGGCG
AAGGAGCACAAGTCTCGGTTCTACATCATGAAGCGCTGCATTTTGATGCTCGTTTGTTGG
CACAAACACGCCTAAGATTCACTGTAGACGTGAAAGAAGATTCTGTTAATTATTTACAGT
GTATTTAATTACTGGTTTTATCTTTTCATCTTTTCACTCATCCATTATTGTTATTTTATA
TATTTTGTATTAATATACACTTCATCTGTTTCAAGC

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR3FY02TF 578 0 0
GGATC
CACTCTTGATCAATGGATGATGAAAAATTGTGGAGAGTTTCCAAGAAAGATTCCATCTCC
GAAACGACTCGTTTCTCTTCAAAACCCGACGTTTTCACACGAAGCTTCTCAACAAAAACT
TCTTCTTCATCTTCAAAACCCATCTTGACAAGAAGTTTCACAACAAAACCTACATCATAT
CCTTCCTCGGAACCCATCTTTAGACGGAGTTTCTCTGCTAAACCCACTTCTTCAAAATCT
CCGTTTCTGTCAAGAAGTGGCTCCACGAAATGCCAAGCTGACACATCTTCCACGAAGTGT
TCCATCTCTCGCAGCTTGTCTCATAAAGGCGCTTCCGTGACCCGAAAGTGTCGTGATGTG
GCGAAGGAGCACAAGTCTCGGTTCTACATCATGAAGCGCTGCATTTTGATGCTCGTTTGT
TGGCACAAACACGCCTAAGATTCACTGTAGACGTGAAAGAAGATTCTGTTAATTATTTAC
AGTGTATTTAATTACTGGTTTTATCTTTTCATCTTTTCACTCATCCATTATTGTTATTTT
ATATATTTTGTATTAATATACACTTCATCTGTT

QA 6 578 6 578
DS 

RD RR3A963TF 770 0 0
GAAGCTCTCTATCATTTCTTAGCTCTTATCTATAAACATCAAACACACGCACGCACATTC
TATATTGGTGAAGCCCTATATATAGAGATAAGATCAAAAGAACCGAGAATATCCACTCTT
GATCAATGGATGATGAAAAATTGTGGAGAGTTTCCAAGAAAGATTCCATCTCCAAAACGA
CTCGTTTCTCTTCAAAACCCGACGTTTTCACACGAAGCTTCTCAACAAAAACTTCTTCTT
CATCTTCAAAACCCATCTTGACAAGAAGTTTCACAACAAAACCTACATCATATCCTTCCT
CGGAACCCATCTTTAGACGGAGTTTCTCTGCTAAACCCACTTCTTCAAAATCTCCGTTTC
TGTCAAGAAGTGGTTCCACGAAATGCCAAGCTGACACATCTTCCACGAAGTGTTCCATCT
CTCGCAGCTTGTCTCATAAAGGCGCTTCCGTGACCCGAAAGTGTCGTGATGTGGCGAAGG
AGCACAAGTCTCGGTTCTACATCATGAAGCGCTGCATTTTGATGCTCGTTTGTTGGCACA
AACACGCCTAAGATTCACTGTAGACGTGAAAGAAGATTCTGTTAATTATTTACAGTGTAT
TTAATTACTGGTTTTATCTTTTCATCTTTTCACTCATCCATTATTGTTATTTTATATATT
TTGTATTAATATACACTTCATCTGTTTCAAGCAGTTTGGTTTCAAGTTAAATGTATTTTG
GTTTTTTTTTACTTTACAAAAGTGTTGTGATATATTTTTAGTAATTTTGA

QA 1 770 1 770
DS 



CO CL1592Contig2 806 2 2 U
GGATTCCAAGCTCTCTATCATTTCTTAGCTCTTATCTATAAACATCAAACACACGCACGC
ACATTCTATATTGGTGCAGCCCTATATATAGAGTTAGATCAAAAGAACCGAGAATATACA
CTCTTGATCAATGGATGATGAAAAGTTATGGAGAGTTTCCAAGAAAGATTCCATCTTCGA
AACGACTCATTTCTCTTCAAAACCCGACGTTTTCACACGAAGCTTCTCAACAAAAACTTC
TTCTTCATCTTCAAAACCCATCTTGACAAGAAGTTTCACAACAAAACCTACTTCATATCC
TTCCTCGGAACCCATCTTTAGACGGAGTTTCTCTGCTAAACCCACTTCTTCAAAATCTCC
GTTTCTGTCAAGAAGTGGTTCCACTAAATGCCAAGCTGACACATCTTCCACGAAGTGTTC
CATCTCTCGCAGCTTGTCTCATAAAGGCGCTTCCGTGACCCGAAAGTGTCGTGATGTGGC
GAAGGAGCACAAGTCTCGGTTCTACATCATGAAGCGCTGCATTTTGATGCTCGCTTGTTG
GCACAAACACGCCTAAGATTCACTATAGACGTGAAAGAAGATTCTCTTAATTATTTACAG
TGTATTTAATTACTGGTTTTATCTTTTCATCTTTTCACTCATCCATTATTGTTATTTTAT
ATATTTTGTATTAATATACACTTCATCTGTTTCAAGCAGTTTGGTTTCAAGCAGTTTGGT
TTCAAGTTAAATGTATTTTGTTTTTTTTACTTTACAAAAGTGTTGTGATATATTTTTAGT
AAATTTGAAGAGAATACAAGTTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK35TF U 1
AF RR3GK35JQ C 48
BS 1 755 RR3GK35TF
BS 756 806 RR3GK35JQ

RD RR3GK35TF 755 0 0
GGATTCCAAGCTCTCTATCATTTCTTAGCTCTTATCTATAAACATCAAACACACGCACGC
ACATTCTATATTGGTGCAGCCCTATATATAGAGTTAGATCAAAAGAACCGAGAATATACA
CTCTTGATCAATGGATGATGAAAAGTTATGGAGAGTTTCCAAGAAAGATTCCATCTTCGA
AACGACTCATTTCTCTTCAAAACCCGACGTTTTCACACGAAGCTTCTCAACAAAAACTTC
TTCTTCATCTTCAAAACCCATCTTGACAAGAAGTTTCACAACAAAACCTACTTCATATCC
TTCCTCGGAACCCATCTTTAGACGGAGTTTCTCTGCTAAACCCACTTCTTCAAAATCTCC
GTTTCTGTCAAGAAGTGGTTCCACTAAATGCCAAGCTGACACATCTTCCACGAAGTGTTC
CATCTCTCGCAGCTTGTCTCATAAAGGCGCTTCCGTGACCCGAAAGTGTCGTGATGTGGC
GAAGGAGCACAAGTCTCGGTTCTACATCATGAAGCGCTGCATTTTGATGCTCGCTTGTTG
GCACAAACACGCCTAAGATTCACTATAGACGTGAAAGAAGATTCTCTTAATTATTTACAG
TGTATTTAATTACTGGTTTTATCTTTTCATCTTTTCACTCATCCATTATTGTTATTTTAT
ATATTTTGTATTAATATACACTTCATCTGTTTCAAGCAGTTTGGTTTCAAGCAGTTTGGT
TTCAAGTTAAATGTATTTTGTTTTTTTTACTTTAC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3GK35JQ 759 0 0
AACACACGCACGCACATTCTATATTGGTGCAGCCCTATATATAGAGTTAGATCAAAAGAA
CCGAGAATATACACTCTTGATCAATGGATGATGAAAAGTTATGGAGAGTTTCCAAGAAAG
ATTCCATCTTCGAAACGACTCATTTCTCTTCAAAACCCGACGTTTTCACACGAAGCTTCT
CAACAAAAACTTCTTCTTCATCTTCAAAACCCATCTTGACAAGAAGTTTCACAACAAAAC
CTACTTCATATCCTTCCTCGGAACCCATCTTTAGACGGAGTTTTTCTGCTAAACCCACTT
CTTCAAAATCTCCGTTTCTGTCAAGAAGTGGTTCCACTAAATGCCAAGCTGACACATCTT
CCACGAAGTGTTCCATCTCTCGCAGCTTGTCTCATAAAGGCGCTTCCGTGACCCGAAAGT
GTCGTGATGTGGCGAAGGAGCACAAGTCTCGGTTCTACATCATGAAGCGCTGCATTTTGA
TGCTCGCTTGTTGGCACAAACACGCCTAAGATTCACTATAGACGTGAAAGAAGATTCTCT
TAATTATTTACAGTGTATTTAATTACTGGTTTTATCTTTTCATCTTTTCACTCATCCATT
ATTGTTATTTTATATATTTTGTATTAATATACACTTCATCTGTTTCAAGCAGTTTGGTTT
CAAGCAGTTTGGTTTCAAGTTAAATGTATTTTGTTTTTTTTACTTTACAAAAGTGTTGTG
ATATATTTTTAGTAAATTTGAAGAGAATACAAGTTTTGC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 5

CO CL1593Contig1 965 5 8 U
TTTTTGTAACAAAATGGCTATCAATAGAATTGCGATTGGTTCGCCCGGAGAAGCTAGCCG
TCCAGATGCGATCCGAGCGGCTCTTGCTGAGTTTTTCTCCATGGTTATATTCGTTTTCGC
CGGTCAAGGTTCCGGTATGGCTTACGGAAAGCTAACGGGAGACGGTCCAGCCACACCTTC
CGGTCTAGTGGCCGCGTCTTTGTCACATGCGTTTGCGTTGTTCGTGGCGGTTTCCGTTGG
AGCAAACGTTTCAGGCGGTCACGTGAATCCTGCAGTTACGTTTGGAGCTTTTATAGGTGG
GAACATAACGTTGTTTAGAGCTATTCTTTATTGGATCGCTCAGTTACTTGGAGCAGTCGT
AGCTTGCTTGTTGCTCAAGGTAAGTACTGGCGGGATGGAAACGGCAGCGTTTTCGCTCTC
TTACGGAGTCACACCGTGGAATGCCGTCGTTTTCGAGATTGTGATGACGTTTGGGTTGGT
TTACACTGTTTATGCTACTGCCATGGATCCCAAGAAAGGTGATATTGGAATCATTGCTCC
TTTAGCGATTGGGTTAATTGTTGGAGCTAATATTCTCGTTGGTGGTGCGTTTGATGGTGC
GTCGATGAACCCAGCGGTTTCGTTCGGTCCTGCCGTGGTTAGCTGGACGTGGACGAACCA
TTGGGTCTATTGGGTTGGTCCATTTATTGGTGCAGCC*ATTGCAGCTATCGTTTATGACA
CTATCTTTATTGATAGTAATGGACATGAACCACTTCCTTCAAGTGATTTCTAAGTTAGGG
TGTTGCTGATTTCTTCAGAAGCAAGAAAACTGATGTTGTACTGATTACCGGTATTGTGAG
AGAGGTGTATGTTTTTAACTCTCATGCGTGTTTTTCTTTTAAAATATGGTTTTAGTCAAG
TGGCTAAAGATGTTACTTTTTACTACTTTGTTTTTTAAGTGATTAATAAATTAAATCTTG
GAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3G851JQ C 514
AF RR3G851TF U 57
AF RR3GM49TF U 1
AF RR3GM49JQ C 181
AF RR3DT85TF U 189
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DS 

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TCTCTTACGGAGTCACACCGTGGAATGCCGTCGTTTTCGAGATTGTGATGACGTTTGGGT
TGGTTTACACTGTTTATGCTACCGCCATGGATCCCAAGAAAGGTGATATTGGAATCATTG
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GA

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TTGGGTCTATTGGGTTGGTCCATTTATTGGTGCAGCC*ATTGCAGCTATCGTTTATGACA
C

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DS 

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AGCTTGCTTGTTGCTCAAGGTAAGTACTGGCGGGATGGAAACGGCAGCGTTTTCGCTCTC
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TTACACTGTTTATGCTACTGCCATGGATCCCAAGAAAGGTGATATTGGAATCATTGCTCC
TTTAACGATTGGGTTAATTGTTGGAGCTAATATTCTCGTTGGTGGTGCGTTTGATGGTGC
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TTGGGTCTATTGGGTTGGTCCATTTATTGGTGCAGCC*ATTGCAGCTATCGTTTATGACA
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DS 

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G
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TTCAGGCGGTCACGTGAATCCCGCAGTTACGTTTGGAGCTTTTATAGGTGGGAACATAAC
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CACACCGTGGAATGCCGTCGTTTTCGAGATTGTGGTGACGTTTGGGTTGGTTTACACTGT
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TTGGGTTGGTCCATTTATTGGTGCAGCC*ATTGCAGCTATCGTTTATGACACTATCTTTA
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QA 2 777 2 777
DS 



AS 1 6

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TACTGCTCCTACACCACCTGCTTGACGAACAGCTGCTACTGGAGCTCCAATTCGAAATCT
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AAGACGAACCAGGTTTATTGAGAGAGAGCACCGAACAAACT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

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AF RR3H391JQ U 6
AF RR3H750JQ U 1
AF RR3H391TF C 329
AF RR3D790TF C 363
AF RR3H750TF C 385
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A
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CCTGCTTAATAAAACACGTAAAGCTAACTGCTACTTGTCAGTGGCATTCTTTTCAAAACA
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AAAAA

QA 2 606 2 606
DS 

RD RR3H391JQ 700 0 0
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CCAAGAGAGTCAGGGATCCAAAGATCATCATCCACAAAAA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3H750JQ 800 0 0
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ATAAAGCTAACTGCTACTTGTCAGTGGCATTCTTTTCAAAACATACGGGATGATTGAAAA
ACGAAGGAATCGGAGAGTTCAGTCGGTGAGACGATATGATCGACCTCTGAATGCTGTGTT
GGTGGAGCTCTCTGGTGGGGCACGAGCGCTTGAATAAGCTCCTCCTCCAGTTCCGGATCC
TACTGCTCCTACACCACCTGCTTGACGAACAGCTGCTACTGGAGCTCCAATTCGAAATCT
TGCCACCAGTTTATTAACCCATTTAGGGGTTTTCAGGTAGTTCTTTCCGGTGGCGAGAGG
GTGAAGGACTGTTAGGAAGTAGTAAAGATGTCCAGCTATGATGCCAAGAAGATCTGGCAT
GATCTTAGAACCGAAGATAACGTCGAGTGCTAGCATTGCCCATGGGAGGTAGAAAGCCTT
AAGATTGACAAGACCGTAGAGGCTGATGTTGGTATTTGGAAACTCTCGGCTCCAGAGATA
CAGAAGCATGAACACAAGTGAAACTCCAAGGAAGGGTGTCCAGAAAAACGGTATGGTTGA
TAAAACCAAGAGAGTCAGGGATCCAAAGATCATCATCCACAAAAAGTCTGCTGTCCGCCT
TTCGAAAGGCCCTTCCTCGAGCAGAACTCCATACCTTGCTATCATCAAAAGACGTATCCC
GAAATTGATAGAGAAGCCAC

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3H391TF 733 0 0
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GTTT*CAGGTAGT*CTTTCCGGTGGCGAGAGGGTGAAGGACTGTTAGGAAGTAGTAAAGA
TGTCCAGCTATGATGCCAAGAAGATCTGGCATGATCTTAGAACCGAAGATAACGTCGAGT
GCTAGCATTGCCCATGGGAGGTAGAAAGCCTTAAGATTGACAAGACCGTAGAGGCTGATG
TTGGCATTTGGAAACTCTCGGCTCCAGAGATACAGAAGCATGAACACAAGTGAAACTCCA
AGGAAGGGTGTCCAGAAAAACGGTATGGTTGATAAAACCAAGAGAGTCAGGGATCCAAAG
ATCATCATCCACAAAAAGTCTGCTGTCCGCCTTTCGAAAGGCCCTTTCTCGAGCAGAACT
CCATACCTTGCTATCATCAAAAGACGTATCCCGAAATTGATAGAGAAGCCACCAAGGAAA
AACAAGTTCGTTATAAGCCTCCAAACCTGGAAGTGCTTAAAGACAAGTTCAGGAATCAAA
GCAATGTGAATAGGAGCAACTAAGCCAAGCTGGGATAGAGTTGTAGCCAGGAGGCACAAA
GTACCATAAGCCTTGGTTATTGGAGGAAGTGGGTTGTAGTATTCGCCGGGAGAAGACATG
TTCGTCAAGATCCGATCGATTCAGAAGCAGAGAAGACGAACCAGGTTTATTGAGAGAGAG
CACCGAACAAAC
C

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3D790TF 699 0 0
CCACCAGTTTATTAACCCATTTAGGGGTTT*CAGGTAGTTCTTTCCGGTGGCGAGAGGGT
GAAGGACTGTTAGGAAGTAGTAAAGATGTCCAGCTATGATGCCAAGAAGATCTGGCATGA
TCTTAGAACCGAAGATAACGTCGAGTGCTAGCATTGCCCATGGGAGGTAGAAAGCCTTAA
GATTGACAAGACCGTAGAGGCTGATGTTGGCATTTGGAAACTCTCGGCTCCAGAGATACA
GAAGCATGAACACAAGTGAAACTCCAAGGAAGGGTGTCCAGAAAAACGGTATGGTTGATA
AAACCAAGAGAGTCAGGGATCCAAAGATCATCATCCACAAAAAGTCTGCTGTCCGCCTTT
CGAAAGGCCCTTTCTCGAGCAGAACTCCATACCTTGCTATCATCAAAAGACGTATCCCGA
AATTGATAGAGAAGCCACCAAGGAAAAACAAGTTCGTTATCAGCCTCCAAACCTGGAAGT
GCTTAAAGACAAGTTCAGGAATCAAAGCAATGTGAATAGGAGCAACTAAGCCAAGCTGGG
ATAGAGTTGTAGCCAGGAGGCACAAAGTACCATAAGCCTTGGTTATTGGAGGAAGTGAGT
TGTAGTATTCGCCGGGAGAAGACATGTTCGTCAAGATCCGATCGATTCAGAAGCAGAGAA
GACGAACCAGGTTTATTGAGAGAGAGCACCGAACAAACT

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3H750TF 663 0 0
TTAGGG
TTTCAGGTAGT*CTTTCCGGTGGCGAGAGGGTGAAGGACTGTTAGGAAGTAGTAAAGATG
TCCAGCTATGATGCCAAGAAGATCTGGCATGATCTTAGAACCGAAGATAACGTCGAGTGC
TAGCATTGCCCATGGGAGGTAGAAAGCCTTAAGATTGACAAGACCGTAGAGGCTGATGTT
GGTATTTGGAAACTCTCGGCTCCAGAGATACAGAAGCATGAACACAAGTGAAACTCCAAG
GAAGGGTGTCCAGAAAAACGGTATGGTTGATAAAACCAAGAGAGTCAGGGATCCAAAGAT
CATCATCCACAAAAAGTCTGCTGTCCGCCTTTCGAAAGGCCCTTCCTCGAGCAGAACTCC
ATACCTTGCTATCATCAAAAGACGTATCCCGAAATTGATAGAGAAGCCACCAAGGAAAAA
CAAGTTCGTTATCAGCCTCCAAACCTGGAAGTGCTTAAAGACAAGTTCAGGAATCAAAGC
AATGTGAATAGGAGCAACTAAGCCAAGCTGGGATAGAGTTGTAGCCAGGAGGCACAAAGT
ACCATAAGCCTTGGTTATTGGAGGAAGTGAGTTGTAGTATTCGCCGGGAGAAGACATGTT
CGTCAAGATCCGATCGATTCAGAAGCAGAGAAGACGAACCAGGTTTATTGAGAGAGA

QA 7 663 7 663
DS 



AS 1 6

CO CL1595Contig1 675 6 13 U
GGGTTGTGTTGTTGCTCTAGAAACACAAACACTAGAAACAAAAATCTCAGATTGAAGAGA
GTTTGTACTTGTGTTGAAGCAAAAGAAAATGGCTAGCTTCACTGCCTCTGCTTCCACCGT
CTCTGTCGCTCGTCCTGCTCTCATTCTCAAGCCCACCGTCTCCCTCTCCGCTCCTGTTCT
TGGTTTGCCTCCAATGAGTAAGAGGAAGGGAGGAGTGAAATGCTCAATGGAGTCAAAGCA
AGGAAACGTCTCAGCCGTTGGAGCAGGAGTTTCCGCTGCTGCGACTGCAGCTTTGACGGC
TGTGATGAGCAACCCGGCCATGGCTTTGGTGGATGACAGGATGTCCACGGAAGGAACAGG
ATTACCATTTGGGCTGAGCAACAACCTCTTGGGTTGGATTCTTTTGGGAGTGTTTGGTTT
GATCTGGACTTTCTACTTTACCTACACTTCATCTCTCGACGAGGATGAAGAGTCTGGTCT
CTCTCTCTGAATATGTACTACTACTAT**GTCTCTTTTAGCCTTCATCAGTGTTCATCTC
TCTCGTTTACATTCTCATGTCAGGACATGAATCAACAATATGATCTTCTGGTTTCTTGTT
TTTAAATGAACACAAAAAAAAATCATGTGTATATCTTATTTGAATGTTTCATGTTAATCA
ACCACTTTCTTGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
0 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 0 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GD83TF U 1
AF RR3BT26JQ C 17
AF RR3BT26TF U 17
AF RR3A454TF U 106
AF RR3FB18JQ C 10
AF RR3FB18TF U 10
BS 1 120 RR3GD83TF
BS 121 121 RR3BT26TF
BS 122 142 RR3GD83TF
BS 143 143 RR3BT26TF
BS 144 263 RR3GD83TF
BS 264 266 RR3BT26TF
BS 267 445 RR3GD83TF
BS 446 446 RR3BT26TF
BS 447 496 RR3GD83TF
BS 497 548 RR3BT26TF
BS 549 549 RR3FB18TF
BS 550 579 RR3BT26TF
BS 580 675 RR3FB18TF

RD RR3GD83TF 496 0 0
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GTTTGTACTTGTGTTGAAGCAAAAGAAAATGGCTAGCTTCACTGCCTCTGCTTCCACCGT
GTCTGTCGCTCGTCCTGCTCTCCTTCTCAAGCCCACCGTCTCCCTCTCCGCTCCTGTTCT
TGGTTTGCCTCCAATGAGTAAGAGGAAGGGAGGAGTGAAATGCTCAATGGAGTCAAAGCA
AGGAAACGTCTCAGCCGTTGGAG***GAGTTTCCGCTGCTGCGACTGCAGCTTTGACGGC
TGTGATGAGCAACCCGGCCATGGCTTTGGTGGATGACAGGATGTCCACGGAAGGAACAGG
ATTACCATTTGGGCTGAGCAACAACCTCTTGGGTTGGATTCTTTTGGGAGTGTTTGGTTT
GATCTGGACTTTCTACTTTACCTACCCTTCATCTCTCGACGAGGATGAAGAGTCTGGTCT
CTCTCTCTGAATATGT

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3BT26JQ 563 0 0
GG
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GCAAAAGAAAATGGCTAGCTTCACTGCCTCTGCTTCCACCGTCTCTGTCGCTCGTCCTGC
TCTCATTCTCAAGCCCACCGTCTCCCTCTCCGCTCCTGTTCTTGGTTTGCCTCCAATGAG
TAAGAGGAAGGGAGGAGTGAAATGCTCAATGGAGTCAAAGCAAGGAAACGTTTCAGCCGT
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CATGGCTTTGGTGGATGACAGGATGTCCACGGAAGGAACAGGATTACCATTTGGGCTGAG
CAACAACCTCTTGGGTTGGATTCTTTTGGGAGTGTTTGGTTTGATCTGGACTTTCTACTT
TACCTACACTTCATCTCTCGATGAGGATGAAGAGTCTGGTCTTTCTCTCTGAATATGTAC
TACTACTAT**GTCTCTTTTAGCCTTCATCAGTGTTCATCTCTCTCGTTTTCATTCTCAT
GTCAGGACATGAATCAACAAT

QA 3 563 3 563
DS 

RD RR3BT26TF 563 0 0
GG
AGAAACACAAACACTAGAAACAAAAATCTCAGATTGAAGAGAGTTTGTACTTGTGTTGGA
GCAAAAGAAAATGGCTAGCTTCACTGCCTCTGCTTCCACCGTCTCTGTCGCTCGTCCTGC
TCTCATTCTCAAGCCCACCGTCTCCCTCTCCGCTCCTGTTCTTGGTTTGCCTCCAATGAG
TAAGAGGAAGGGAGGAGTGAAATGCTCAATGGAGTCAAAGCAAGGAAACGTCTCAGCCGT
TGGAGCAGGAGTTTCCGCTGCTGCGACTGCAGCTTTGACGGCTGTGATGAGCAACCCGGC
CATGGCTTTGGTGGATGACAGGATGTCCACGGAAGGAACAGGATTACCATTTGGGCTGAG
CAACAACCTCTTGGGTTGGATTCTTTTGGGAGTGTTTGGTTTGATCTGGACTTTCTACTT
TACCTACACTTCATCTCTCGATGAGGATGAAGAGTCTGGTCTTTCTCTCTGAATATGTAC
TACTACTAT**GTCTCTTTTAGCCTTCATCAGTGTTCATCTCTCTCGTTTTCATTCTCAT
GTCAGGACATGAATCAACAAT

QA 3 563 3 563
DS 

RD RR3A454TF 448 0 0
CTCTGCTTCCACCGTCTCTGTCGCTCGTCCTGCTCTCATTCTCAAGCCCACCGTCTCCCT
CTCCGCTCCTGTTCTTGGTTTGCCTCCAATGAGTAAGAGGAAGGGAGGAGTGAAATGCTC
AATGGAGTCAAAGCAAGGAAACGTCTCAGCCGTTGGAGCAGGAGTTTCCGCTGCTGCGAC
TGCAGCTTTGACGGCTGTGATGAGCAACCCGGCCATGGCTTTGGTGGATGACAGGATGTC
CACGGAAGGAACAGGATTACCATTTGGGCTGAGCAACAACCTCTTGGGTTGGATTCTTTT
GGGAGTGTTTGGTTTGATCTGGACTTTCTACTTTACCTACACTTCATCTCTCGATGAGGA
TGAAGAGTCTGGTCTTTCTCTCTGAATATGTACTACTACTAT**GTCCCTTTTAGCCTTC
ATCAGTGTTCATCTCTCTCGTTT
TCACT

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR3FB18JQ 666 0 0
TGTTGCTCT
AGAAACACAAACACTAGAAACAAAAATCTCAGATTGAAGAGAGTTTGTACTTGTGTTGAA
GCAAAAGAAAATGGCTAGCTTCACTGCCTCTGCTTCCACCGTGTCTGTCGTTCGTCCTGC
TCTCCTTCTCAAGCCCACCGTCTCCCTCTCCGCTCCTGTTCTTGGTTTGCCTCCAATGAG
TAAGAGGAAGGGAGGAGTGAAATGCTCAATGGAGTCAAAGCAAGGAAACGTCTCAGCCGT
TGGAG***GAGTTTCCGCTGCTGCGACTGCAGCTTTGACGGCTGTGATGAGCAACCCGGC
CATGGCTTTGGTGGATGACAGGATGTCCACGGAAGGAACAGGATTACCATTTGGGCTGAG
CAACAACCTCTTGGGTTGGATTCTTTTGGGAGTGTTTGGTTTGATCTGGACTTTCTACCT
TACCTACACTTCATCTCTCGACGAGGATGAAGAGTCTGGTCTCTCTCTCTGAATATGTAC
TACTACTATATGTCTCTTTTAGCCTTAATCAGTGTTCATCTCTGTCGTTTACATTCTCAT
GTCAGGACATGAATCAACAATATGATCTTCTGGTTTCTTGTTTTTAAATGAACACAAAAA
AAAATCATGTGTATATCTTATTTGAATGTTTCATGTTAATCAACCACTTTCTTGAGC

QA 10 666 10 666
DS 

RD RR3FB18TF 666 0 0
TGTTGCTCT
AGAAACACAAACACTAGAAACAAAAATCTCAGATTGAAGAGAGTTTGTACTTGTGTTGAA
GCAAAAGAAAATGGCTAGCTTCACTGCCTCTGCTTCCACCGTGTCTGTCGTTCGTCCTGC
TCTCCTTCTCAAGCCCACCGTCTCCCTCTCCGCTCCTGTTCTTGGTTTGCCTCCAATGAG
TAAGAGGAAGGGAGGAGTGAAATGCTCAATGGAGTCAAAGCAAGGAAACGTCTCAGCCGT
TGGAG***GAGTTTCCGCTGCTGCGACTGCAGCTTTGACGGCTGTGATGAGCAACCCGGC
CATGGCTTTGGTGGATGACAGGATGTCCACGGAAGGAACAGGATTACCATTTGGGCTGAG
CAACAACCTCTTGGGTTGGATTCTTTTGGGAGTGTTTGGTTTGATCTGGACTTTCTACCT
TACCTACACTTCATCTCTCGACGAGGATGAAGAGTCTGGTCTCTCTCTCTGAATATGTAC
TACTACTATATGTCTCTTTTAGCCTTAATCAGTGTTCATCTCTGTCGTTTACATTCTCAT
GTCAGGACATGAATCAACAATATGATCTTCTGGTTTCTTGTTTTTAAATGAACACAAAAA
AAAATCATGTGTATATCTTATTTGAATGTTTCATGTTAATCAACCACTTTCTTGAGC

QA 10 666 10 666
DS 



AS 2 6

CO CL1596Contig1 824 2 12 U
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ACACATACATAAGACTCTGAACAAGGTCTAGAAAAAAAAGTAAGAAAGTGATAAAATTAA
GTAGGAAGAGAAAAAAGAAGAAAAATAGATAGAAAAAAAGCATCTCATCAGAGATCCAAG
AGACCAGAGTATATTACTGGTAGTACATGAGCTGCTGATGCGCCGCAGCTACATTCTGAA
ACCCACCATCGTACATAGCTGCACTTGCTCCAGCTGCATTTACATGCCTCAGAAAATGTT
GAGCCTGAGGATGCATCCTGGCTAGAGCCAGTTGCCTCTCATAAGCTAAGAGGTCCATTG
GGGACAAACCAGGGACTGGAACCGGCGCTGGTGGTGGAAGTGGGTTTGAGGCTGTGCCTG
TTGGAGTTGGTTTACTTCCCCATGAACACTTTATGGGTCTGCTAAAGAGGAAAGGCTGAG
AGTTGCCCATTTGAATAGCAAGAGCAGCCTCGTCATGAGTGTTATATCTCACAAAACCAA
AGCCTTTGTCTCGCTGGACACGAACCTCTTCAATCACTCCAGCGCCAAGTGCATGGAACA
TGCGGTGTAAATCAAGCTGAGTCACTTCTGGAGCGAGGTTTCCTACATACACAGTTGTAT
ACTGAGGATTGTTTTCAGGAGCTTCTTCGTTTGAGATTGAGATCTCTCTACCATCCTCTG
AGCCGTTTGTAAGTTCAACAACACTTTTTCCATCAGAGCTATGTTTGTCCTCCCCAAAAG
TAGCACCCTTTGTCGCCCAGTTGCATCTGATTTGTCTGCTACTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AR53JQ U 1
AF RR3DI16JQ U 1
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TGCGGTG

QA 1 607 1 607
DS 

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ACACATACATAAGACTCTGAACAAGGTCTAGAAAAAA**GTAAGAAAGTGATAAAATTAA
GTAGGAAGAGAAAAAAGAAGAAAAATAGATAGAAAAAA*GCATCTCATCAGAGATCCAAG
AGACCAGAGTATATTACTGGTAGTACATGAGCTGCTGATGCGCCGCAGCTACATTCTGAA
ACCCACCATCGTACATAGCTGCACTTGCTCCAGCTGCATTTACATGCCTCAGAGAATGTT
GAGCCTGAGGATGCATCTTGGCTAGTGCCAGTTGCCTCTCATAAGCTAAGAGGTCCATTG
GGGACAAACTAGGGACTGGAACCGGCGCTGGTGGTGGAAGTGGGTTTGAGGCTGTGCCTG
TTGGAGTTGGTTTACTTCCCCATGAACACTTTATGGGTCTGCTAAAGAGGAAAGGCTGAG
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AGCCTTTGTCTCGCTGGACACGAACCTCTTCAATCACTCCAGCGCCAAGTGTATGGAACA
TGCGGTGTAAATCAAGCTGAGTCACTTCTGGAGCGAGGTTTCCTACATACACAGTTGTAT
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AGCCGTTTGTAAGTTCAACAACACTTTTTCCATCAGAGCTATGTTTGTCCTCCCCAAAAG
TAGCACCCTTTGTCGCCCAGTTGCATCTGATTTGTCTGCTACTT

QA 1 824 1 824
DS 



CO CL1596Contig2 1480 4 28 U
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TGATCCCAGCACTTGCCGTAGTGTGTATGCTGGAAACATCCATACGCAGGTCACTGAGGT
TCTTCTTCAAGAGATTTTTGCTAGCACCGGCCCTGTTGAAAGCTGTAAACTCATCAGAAA
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ACAAATCAGATGCAACTGGGCGACAAAGGGTGCTACTTTTGGGGAGGACAAACATAGCTC
TGATGGAAAAAGTGTCGTTGAACTTACAAACGGCTCAGAGGATGGTAGAGAGATCTCAAT
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TCTATCTATTTTTTTTCTTTTTCTCTTCCTACTTAATTTATCACTTTCTTGCTTTTTTTC
TAGACCTTTTTCAGAGTCTTATGTATGTGTGTCTGTCATTTGAAGTCGTTGATTCTATAT
ATGCTTAGAATGACATGAAATAAAAGGGATGTTTGTTTGG


BQ
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5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D426TF U 1
AF RR3DI16TF U 269
AF RR3AR53TF U 377
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RD RR3D426TF 574 0 0
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GGCTCCTCCTCCTCCTCCTCAGATGGAGCCTCTGCCAAGTGGAAACCTTCCTCCTGGTTT
TGATCCCAGCACTTGCCGTAGTGTGTATGCTGGAAACATCCATACGCAGGTCACTGAGGT
TCTTCTTCAAGAGATTTTTGCTAGCACCGGCCCTGTTGAAAGCTGTAAACTCATCAGAAA
GGATAAGTCATCATATGGATTTGTCCACTACTTTGATCAAAGATCTGCTGGTTTGGCTAT
CATGTCTCTTAACGGAAGGCATCTATTTGGACAGCCTATCAAAGTTAATTGGGCGTATGC
CACTGGTCAGAGGGAAGATACATCAAGTCATTTCAACATTTTTGTTGGTGATCTCAGTCC
AGAGGTTACTGATGCAGCACTGTTTGAGAGCTTTTCTGGCTTTAACACTTGCTCGGATGC
AAGAGTGATGTGGGATCAGAAAACTGGACGCTCG

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3DI16TF 778 0 0
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TACTTTGATCAGAGATCTGCTGGTTTGGCTATCATGTCTCTTAACGGAAGGCATCTATTT
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CATTTCAACATTTTTGTTGGTGATCTCAGTCCAGAGGTTACTTATGCAGCACTCTTTGAG
AGCTTTTCTGGCTTTAACACTTGCTCGGATGCAAGAGTGATG**GGATCAGAAAACTGGA
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GGTGCTACTTTTGGGGAGGACAAACATAGCTCTGATGGAAAAAGTGTTGTTGAACTTACA
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CCTCAGTATACAACTGTGTATGTAGGAAACCTCGCTCCAGAAGTGACTCAGCTTGATTTA
CACCGCATGTTCCATACACTTGGCGCTGGAGTGATTGAAGAG*TTCGTGTCCAGCGAGAC
AAAG*CTTTGGTTTTGTGAGATATAACACTCATGACGAGGCTGCCCTTGCTAT*CAAATG
GGCA*CTCTCAGCCTTTC*TCTTTAGCAGACC*ATAAAGTGTTCATGGGGA
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QA 1 771 1 771
DS 

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G
GGCATCTATTTGGACAGCCTATCAAAGTTAATTGGGCGTATGCCACTGGTCAGAGGGAAG
ATACATCAAGCCATTTCAACATTTTTGTTGGTGATCTCAGTCCAGAGGTTACTGATGCAG
CACTGTTTGAGAGCTTTTCTGGCTTTAACACTTGCTCGGACGCAAGAGTGATGTGGGATC
AGAAAACCGGACGCTCGAGAGGCTTTGGGTTTGTTTCCTTCCGCAATCAGCAGGATGCTC
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GGGCGACAAAGGGTGCTACTTTTGGGGAGGACAAACATAGCTCTGATGGAAAAAGTGTCG
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CTGAAAACAATCCTCAGTATACCACTGTGTATGTAGGAAACCTCGCTCCAGAAGTGACTC
AGCTCGATCTACACCGCATGTTCCATGCACTTGGCGCTGGAGTGATTGAAGAGGTTCGTG
TCCAGCGAGACAAAGGCTTTGGTTTTGTGAGATATAACACTCATGACGAGGCTGCTCTTG
CTATTCAAATGGGCAACTCTCAGCCTTTCCTCTTTAGCAGACCCATAAAGTGTTCATGGG
GAAGTAAACCAACACCAACAGGCACAGCCTCAAACCCACTTCCACCACCAGCGCCCGTTC
CAGTCCCTGGTTTGTCCCCAATGGACCTCTTAGCGTATGAGAGGCAACTGGCTCTAGCCA
GGATGCATCCTCAGGCTCAACATTCTCTGAG*CATGTAAATGCA

QA 2 825 2 825
DS 

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CCACCACCAGCGCCGGTTCCAGTCCCTGGTTTGTCCCCAATGGACCTCTTAGCGTATGAG
AGACAACTGGCTCTAGCCAAGATGCATCCTCAGGCTCAACATTCTTTGAGGCATGTAAAT
GCAGCTGGGGCAAGTGCAGCTATGTACGATGGTGGGTTTCAGAATGTAGCTGCGGCCCAT
CAGCAGCTCATGTACTACCAGTAATATACTCTGGTCTCTTTGACCTGATGAGATGCTTTT
TTTCTATCTATTTTTTTTCTTTTTCTCTTCCTACTTAATTTATCACTTTCTTGCTTTTTT
TCTAGACCTTTTTCAGAGTCTTATGTATGTGTGTCTGTCATTTGAAGTCGTTGATTCTAT
ATATGCTTAGAATGACATGAAATAAAAGGGATGTTTGTTTGG

QA 1 462 1 462
DS 



AS 1 6

CO CL1597Contig1 1218 6 34 U
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AATTTTGACTTTTGATAAGAGTTTACATGAGAAGAGGTTCTAAGAGCTCAGAACTACTAA
AAGCCCTGTCGCCAATCAGAATGGGAACAAAGTCAGATTGGGAGCTAGTGCTGTATTCAT
TTTGCAGTTTCAGGTCTGTTGCTTCTTCTTGATAGTCTTCGGTTTTGCCCCAGAGAACAA
TATAGAGACCAACGATGATAGCCAAAGCCCCCAGCAAGCTCCCAAGGTAAGTCTGCTCGT
TTAGATACAGAGCGCCGAAGAAAGTGACAATGACCGTAGAAAGAGGGTTGAAGAGTGCAG
AGAAAAGAGGTCCTTTCCGCGACACGCACCAAGCTTGTAGAAAGAAAGAAACCGCGAGTT
GAAGTCCAGAGTATATGCAGCAGGAGAGTTTCAATGAGGAATCAAGCTTCCAGGACGTTA
AGTCAGTGTTGCCTAAGGCGAGAGCCATGAAGAAAGAGGCTATGGTAGCCAAGAAACAAG
TCCAGGAGGAAGTGTACAAGTGATCATGACAATGATTAGCAATTGGAACCTGAAGGATCA
ACCAGGAGGACCAAGAAAATGTGCTGACGAGAAGACATAAGCAACCGAGTAACCAAGTGG
TGTCGTTGTCTTGGTTTAACAGGGCGTTGAGCAGTTTAGGTCCTCTTAGAAAAGTCATTG
CCATGGCTCCTCCCACACACACACCTGTTCCTATTATCTTTGCTACACTTTTCAAACTTC
TACTCTTTATCCTCTCGAATCCAACAATGATGGAGATGATGAAGGTGACAGCAGGAATAA
GATTGGTCATGGCACAAGCCATGGATGAAGAAGATAAGTCAAGCCCTTTAAAATAAGCGT
TCTGATTCACAGTAACACCAAAAACAGCTGTGAAAGCCACCCACCAAAAGCCTCTTAGTC
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GAGTAGCGATAGCTTGACGGTAAACTACGAAGACAGTGGGGTTGAGTCCTTCCATGAAAG
CAGCTTTGGTGAAGAGTGCAACTCCTGCAGATGTGAACTGTAGCAGCACTAACGCCATCA
CCGGCTTGTACTTCTCCATCTCCATCTCTTGCGCACCTTTCTCTCTATCTCTCTTTCTTA
TTTTAAGATTTAATGTCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 5 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 5 30 5 5 30 
30 5 30 30 30 30 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 10 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3C381JQ U 43
AF RR3C381TF C 68
AF RR3G263JQ U 1
AF RR3BY25JQ U 2
AF RR3G263TF C 423
AF RR3BY25TF C 591
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BS 1101 1218 RR3G263TF

RD RR3C381JQ 711 0 0
G
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TCTTAGAAAAGTCATTGCCATGGCTCCTCCTACACACACACCTGTTCCT
C

QA 2 710 2 710
DS 

RD RR3C381TF 686 0 0
GAC
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GCCAATCAGAATGGGAACAAAGTCAGATTGGGAGCTAGTGCTGTATTCATTTTGCAGTTT
CAGGTCTGTTGCTTCTTCTTGATAGTCTTCGGTTTTGCCCCAGAGAACAATATAGAGACC
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TCCTTTCCGCGACACGCACCAAGCTTGTAGAAAGAAAGAAACCGCGAGTTGAAGTCCAGA
GTATATGCAGCAGGAGAGTTTCAACGAGGAATCAAGCTTCCAGGACGTTAAGTCAGTGTT
GCCTAAGGCGAGGGCCATGAAGAAAGAGGCTATGGTAGCCAAGAAACAAGTCCAGGAGGA
AGTGTACAAGTGATCATGACAATGATTAGCAATTGGAACCTGAAGGATCAACCAAGAAGA
CCAAGAAAATGTGCTGACGAGAAGACATAAGCAACCGAGTAACCAAGTGGTGTCGTTGTC
TTGGTTTAACATGGCGTTGAGCAGTTTAGGTCCTCTTAGAAAAGTCATTGCCATGGCTCC
TCCTACACACACACCTGTTCCT
C

QA 4 685 4 685
DS 

RD RR3G263JQ 796 0 0
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AATTTTGACTTTTGATAAGAGTTTACATGAGAAGAGGTTCTAAGAGCTCAGAACTACTAA
AAGCCCTGTCGCCAATCAGAATGGGAACAAAGTCAGATTGGGAGGTAGTGCTGTATTCAT
TTTGCAGTTTCAGGTCTGTTGCTTCTTCTTGATAGTCTTCGGTTTTGCCCCATAGAACAA
CGTAGAGACCAAAGATGATAGCCAAAGCCCCCAGCAAGCTCCCAAGGTAAGTCTTCTCTT
TTAGATACAGAGCGCCGAAGAAAGTGACAATGACAGTAGAAAGAGGGTTGAAGAGTGCAG
AGAAAAGAGGTCCTTTCCGCGACACGCACCAAGCTTGTAGAAAGAAAGACACTGCCAACT
GGAGTCG*GAGTATATGCAGCAGGAGAGTTTCAATGAGGAATCAAGCTTTCAGGACGTTA
AGTCAGTGTTGCCTAAGGCGAGAGCCATGAAGAAAGAGGCTATGGTAGCCAAGAAACAAG
TCCAGGAGGAAGTGTACAAGTGATCATGACAATGATTAGCAATTGGAACCTGAAGGATCA
ACCAGGAGGACCAAGAAAATGTGCTGACGAGAAGACATAAGCAACCGAGTAACCAAGTGG
TGTCGTTGTCTTGGTTTAACAGGGCGTTGAGCAGTTTAGGTCCTCTTAGAAAAGTCATTG
CCATGGCTCCTCCCACACACACACCTGTTCCTATTATCTTTGCTACACTTTTCAAACTTC
TACTCTTTATCCTCT
C

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3BY25JQ 794 0 0
GA
AAACAAGTGCCCATTTCATTTTTACTCTGTCAAAAACTTATCCTTACAACCATCTAGAAT
TTTGACTTTTGATAAGAGTTTACATGAGAAGAGGTTCTAAGAGCTCAGAACTACTAAAAG
CCCTGTCGCCAATCAGAATGGGAACAAAGTCAGATTGGGAGGTAGTGCTGTATTCATTTT
GCAGTTTCAGGTCTGTTGCTTCTTCTTGATAGTCTTCGGTTTTGCCCCATAGAACAACGT
AGAGACCAAAGATGATAGCCAAAGCCCCCAGCAAGCTCCCAAGGTAAGTCTTCTCTTTTA
GATACAGAGCGCCGAAGAAAGTGACAATGACAGTAGAAAGAGGGTTGAAGAGTGCAGAGA
AAAGAGGTCCTTTCCGCGACACGCACCAAGCTTGTAGAAAGAAAGACACTGCCAACTGGA
GTCCAGAGTATATGCAGCAGGAGAGTTTCAATGAGGAATCAAGCTTCCAGGACGTTAAGT
CAGTGTTGCCTAAGGCGAGAGCCATGAAGAAAGAGGCTATGGTAGCCAAGAAACAAGTCC
AGGAGGAAGTGTACAAGTGATCATGACAATGATTAGCAATTGGAACCTGAAGGATCAACC
AGGAGGACCAAGAAAATGTGCTGACGAGAAGACATAAGCAACCGAGTAACCAAGTGGTGT
CGTTGTCTTGGTTTAACAGGGCGTTGAGCAGTTTAGGTCCTCTTAGAAAAGTCATTGCCA
TGGCTCCTCCCACACACACACCTGTTCCTATTATCTTTGCTACACTTTTCAAACTTCTAC
TCTTTATCCTCT

QA 3 794 3 794
DS 

RD RR3G263TF 796 0 0
GAGTCG
GAGTATATGCAGCAG*AGAGTTTCAATGAGGAATCAAGCTTCCAGGACGTTAAGTCAGTG
TTGC*TAAGGCGAGAGCCATGAAGAAAGAGGCTATGGTAGCCAAGAAACAAGTCCAGGAG
GAAGTGTACAAGTGATCATGACAATGATTAGCAATTGGAAC*TGAAGGATCAACCAGGAG
GACCAAGAAAATGTGCTGACGAGAAGACATAAGCAACCGAGTAACCAAGTGGTGTCGTTG
TCTTGGTTTAACAGGGCGTTGAGCAGTTTAGGTCCTCTTAGAAAAGTCATTGCCATGGCT
CCTCCCACACACACACCTGTTCCTATTATCTTTGCTACACTTTTCAAACTTCTACTCTTT
ATCCTCTCGAATCCAACAATGATGGAGATGATGAAGGTGACAGCAGGAATAAGATTGGTC
ATGGCACAAGCCATGGATGAAGAAGATAAGTCAAGCCCTTTAAAATAAGCGTTCTGATTC
ACAGTAACACCAAAAACAGCTGTGAAAGCCACCCACCAAAAGCCTCTTAGTCCAAGAGAA
GGTTTGCTTGTTTTGCTCCAAGCGGAGAAGAAAGAGATGGGACAGATGAAGAGAGTAGCG
ATAGCTTGACGGTAAACTACGAAGACAGTGGGGTTGAGTCCTTCCATGAAAGCAGCTTTG
GTGAAGAGTGCGACTCCTGCAGATGTGAACTGTAGCAGCACTAACGCCATCACCGGCTTG
TACTTCTCCATCTCCATCTCTTGCGCACCTTTCTCTCTATCTCTCTTTCTTATTTTAAGA
TTTAATGTCC

QA 7 796 7 796
DS 

RD RR3BY25TF 628 0 0
TGAT
GGATCAACCAGGAGGACCAAGAAAATGTGCTGACGAGAAGACATAAGCAACCGAGTAACC
AAGTGGTGTCGTTGTCTTGGTTTAACAGGGCGTTGAGCAGTTTAGGTCCTCTTAGAAAAG
TCATTGCCATGGCTCCTCCCACACACACACCTGTTCCTATTATCTTTGCTACACTTTTCA
AACTTCTACTCTTTATCCTCTCGAATCCAACAATGATGGAGATGATGAAGGTGACAGCAG
GAATAAGATTGGTCATGGCACAAGCCATGGATGAAGAAGATAAGTCAAGCCCTTTAAAAT
AAGCGTTCTGATTCACAGTAACACCAAAAACAGCTGTGAAAGCCACCCACCAAAAGCCTC
TTAGTCCAAGAGAAGGTTTGCTTGTTTTGCTCCAAGCGGAGAAGAAAGAGATGGGACAGA
TGAAGAGAGTAGCGATAGCTTGACGGTAAACTACGAAGACAGTGGGGTTGAGTCCTTCCA
TGAAAGCAGCTTTGGTGAAGAGTGCAACTCCTGCAGATGTGAACTGTAGCAGCACTAACG
CCATCACCGGCTTGTACTTCTCCATCTCCATCTCTTGCGCACCTTTCTCTCTATCTCTCT
TTCTTATTTTAAGATTTAATGTCC

QA 5 628 5 628
DS 



AS 2 5

CO CL1598Contig1 637 2 3 U
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GTTATTACCTTTGTCCAAACATGCTAGTTTTGACAATGCCGCTTGTTCCGACAATACCAA
TGGCAGATCAGAGCTTGATTCAGAGTGTTCGGTGTCATGTCTGAAGTCAAATTCCATGGA
ATATTGTGAAAATGAGATTGAGATGAAAGAGGAATCATCTGGATCTTGCAGTGAAGACAA
GATGATCTCATTTGAAAGCCATCTTGATTTCATCTATGGCACTCAAAACCTAGAGGATTT
TTCAGACAAAGACATTGAAAACATTCTCTACCTTGATGATGATGAAGAAGAAGAAGACGA
AGCTAATGGGTGTAGTAATGCTGCTAAGTATGTTCTGTCTTCTGGGAGATGGACTGTTGA
CCAAGATTCTCCTCAGCATGTCATAAAGAAGCCTACTATTGATCAAGAGTTCGAGCAATA
CTTCTCAACGCTGATGCTGTGACGAATTAATGTTTGACTCAAAAACATATATGGGAGATG
TATATAGAAAACTGTATTGTTTATGTAGTCTCTTATGGTTTTTGATTCTTGTGAACAATG
AAAACCTTCATCTCAAATTAATTAGAGACGTTTTTTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3D654JQ C 1
AF RR3D654TF U 1
BS 1 1 RR3D654JQ
BS 2 634 RR3D654TF
BS 635 637 RR3D654JQ

RD RR3D654JQ 637 0 0
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TGGCAGATCAGAGCTTGATTCAGAGTGTTCGGTGTCATGTCTGAAGTCAAATTCCATGGA
ATATTGTGAAAATGAGATTGAGATGAAAGAGGAATCATCTGGATCTTGCAGTGAAGACAA
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TTCAGACAAAGACATTGAAAACATTCTCTACCTTGATGATGATGAAGAAGAAGAAGACGA
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CCAAGATTCTCCTCAGCATGTCATAAAGAAGCCTACTATTGATCAAGAGTTCGAGCAATA
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TATATAGAAAACTGTATTGTTTATGTAGTCTCTTATGGTTTTTGATTCTTGTGAACAATG
AAAACCTTCATCTCAAATTAATTAGAGACGTTTTTTT

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3D654TF 637 0 0
G
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TTATTACCTTTGTCCAAACATGCTAGTTTTGACAATGCCGCTTGTTCCGACAATACCAAT
GGCAGATCAGAGCTTGATTCAGAGTGTTCGGTGTCATGTCTGAAGTCAAATTCCATGGAA
TATTGTGAAAATGAGATTGAGATGAAAGAGGAATCATCTGGATCTTGCAGTGAAGACAAG
ATGATCTCATTTGAAAGCCATCTTGATTTCATCTATGGCACTCAAAACCTAGAGGATTTT
TCAGACAAAGACATTGAAAACATTCTCTACCTTGATGATGATGAAGAAGAAGAAGACGAA
GCTAATGGGTGTAGTAATGCTGCTAAGTATGTTCTGTCTTCTGGGAGATGGACTGTTGAC
CAAGATTCTCCTCAGCATGTCATAAAGAAGCCTACTATTGATCAAGAGTTCGAGCAATAC
TTCTCAACGCTGATGCTGTGACGAATTAATGTTTGACTCAAAAACATATATGGGAGATGT
ATATAGAAAACTGTATTGTTTATGTAGTCTCTTATGGTTTTTGATTCTTGTGAACAATGA
AAACCTTCATCTCAAATTAATTAGAGACGTTTT
TTT

QA 2 634 2 634
DS 



CO CL1598Contig2 707 3 24 U
AAAACGTCTCTAATTAATTTGAGATGAAGGGTTTCATTGTTCACAAGAATCAAAAACCAT
AAGAGACAACATAAACAATACAGTTTTCTATATACATCTCCATATATGTTTTTTGAGACT
AACATCAATTCGTCACAGCATCAGCGTTGAGAAGTATTGCTCGAACTCTTGATCAATCGT
AGGTTTCTTTATGACATGCTGAGGAGAATCTTGGTCAACAGTCCATCTCCCAGAAAACAG
AACATACTTAGCAGCATTACTACACCCATTAGCTTCGTCTTCTTCTTCTTCATCATCATC
AAGGTAGAGAATGTTTTCAATGTCTTTGTCTGAAAAATCCTCTAGGTTTTGGGTGCCATA
GATGAAATCAAGATGGCTTTCAAATGAGATAATCTTGTCTTCACTGCAAGATCCAGATGA
TTCCTCTTTCATCTCAATCTCATTTTCACAATATTCCATGGAAGGTGACTTCAGACATGA
CACCGAACACTCTGAATCAAGCTCTGATCTACCATTGGTATTGTCGGAACAAGCGGCATT
GTCAAAACAAGCATGTTTGGACAAAGGTAATAACGATAACTCCGATTGATCTGTCTGAAA
CTTCCTCTTCTTGCTCACCTCAACTTCTTCCATATCTCAACAAAATTTTAGTACTGTTAG
GCTCAGACAATGGCTTCTTCTTATCAACTTCCTCTTCAGGCAGGCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ66JQ U 1
AF RR3D550JQ U 22
AF RR3D550TF C 57
BS 1 30 RR3GZ66JQ
BS 31 31 RR3D550JQ
BS 32 55 RR3GZ66JQ
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BS 446 446 RR3D550JQ
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BS 681 693 RR3GZ66JQ
BS 694 707 RR3D550TF

RD RR3GZ66JQ 693 0 0
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AGGTTTCTTTATGACATGCTGAGGAGAATCTTGGTCAACAGTCCATCTCCCAGAAGACAG
AACATACTTAGCAGCATTACTACACCCATTAGCTTCGTCTTCTTCTTCTTCATCATCATC
AAGGTAGAGAATGTTTTCAATGTCTTTGTCTGAAAAATCCTCTAGGTTTTGGGTGCCATA
GATGAAATCAAGATGGCTTTCAAATGAGATAATCTTGTCTTCACTGCAAGATCCAGATGA
TTCCTCTTTCATCTCAATCTCATTTCCACAATATTCCATGGAAGGTGACTTTAGACATGA
CACCGAACACTCTGAATCAAGCTCTGATCTGCCATTGGTATTGTCGGAACAAGCGGCATT
GTCAAAACAAGCGTGTTTGGACAAAGGTAATAATGATAACTCCGATTGATCTGTCTGAAA
CTTCCTCTTCTTGCTCACCTCAACTTCTTCCATATCTCAACAAAATTTTAGTACTGTTAG
GCTCAGACAATGGCTTCTTGTTATCAACTTCCT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3D550JQ 640 0 0
G
GATGAAGGGTTTCATTGTTCACAAGAATCAAAAACCATAAGAGACAACATAAACAATACA
GTTTTCTATATACATCTCCATATATGTTTTTTGAGACTAACATCAATTCGTCACAGCATC
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GGAGAATCTTGGTCAACAGTCCATCTCCCAGAAAACAGAACATACTTAGCAGCATTACTA
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TCTTTGTCTGAAAAATCCTCTAGGTTTTGGGTGCCATAAATGAAATCAAGATGGCTTTCA
AATGAGATAATCTTGTCTTCACTGCAAGATCCAGATGATTCCTCTTTCATCTCAATCTCA
TTTTCACAATATTCCATGGAAGGTGACTTCAGACATGACACCGAACACTCTGAATCAAGC
TCTGATCTACCATTGGTATTGTCGGAACAAGCGGCATTGTCAAAACAAGCATGTTTGGAC
AAAGGTAATAACGATAACTCCGATTGATCTGTCTGAAACTTCCTCTTCTTGCTCACCTCA
ACTTCTTCCATATCTCAACAAAATTTTAGTACTGTTAGG

QA 2 640 2 640
DS 

RD RR3D550TF 651 0 0
CCATAAGAGACAACATAAACAATACAGTTTTCTATATACATCTCCATATATGTTTTT*GA
GACTAACATCAATTCGTCACAGCATCAGCGTTGAGAAGTATTGCTCGAACTCTTGATCAA
TCGTAGGTTTCTTTATGACATGCTGAGGAGAATCTTGGTCAACAGTCCATCTCCCAGAAA
ACAGAACATACTTAGCAGCATTACTACACCCATTAGCTTCGTCTTCTTCTTCTTCATCAT
CATCAAGGTAGAGAATGTTTTCAATGTCTTTGTCTGAAAAATCCTCTAGGTTTTGGGTGC
CATAGATGAAATCAAGATGGCTTTCAAATGAGATAATCTTGTCTTCACTGCAAGATCCAG
ATGATTCCTCTTTCATCTCAATCTCATTTTCACAATATTCCATGGAAGGTGACTTCAGAC
ATGACACCGAACACTCTGAATCAAGCTCTGATCTACCATTGGTATTGTCGGAACAAGCGG
CATTGTCAAAACAAGCATGTTTGGACAAAGGTAATAACGATAACTCCGATTGATCTGTCT
GAAACTTCCTCTTCTTGCTCACCTCAACTTCTTCCATATCTCAACAAAATTTTAGTACTG
TTAGGCTCAGACAATGGCTTCTTCTTATCAACTTCCTCTTCAGGCAGGCAT

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 5

CO CL1599Contig1 842 5 32 U
GGGAATTCTCAAATCTCTAGAGTTTCAAGCTCGATCTTCTCTATCACCATCATCATCGTC
CATGGCCTCGAATTCGCAAGCTATCCTTCTCCTTCAGAAACAACTGAAAGATCTGTGTAA
GCATCCTGTCGATGGATTCTCCGCGGGACTCGTCGACGAGAAGAATATATTCGAGTGGAA
CGTTACCATCATCGGACCTCCAGATACTCTCTATGAAGGAGGATTCTTTAACGCTATAAT
GAGCTTCCCTCAGAATTATCCTAATAGTCCACCAACTGTTAGGTTTACTTCAGATATGTG
GCATCCTAATGTTTATTCTGATGGTCGTGTTTGCATTTCTATCCTGCATCCTCCTGGTGA
TGATCCAAGTGGTTATGAGCTTGCTAGCGAGCGCTGGACCCCTGTTCATACTGTTGAAAG
TATTATGTTGAGTATTATATCTATGCTTTCTGGTCCAAACGATGAGTCTCCTGCAAACGT
TGAAGCTGCTAAAGAATGGCGTGAGAAGAGAGACGAGTTCAAGAAGAAAGTGAGTCGGTG
TGTGAGAAAGTCTCAAGAAATGTTATGAACAACAACTACGAACTTT*CCACGCTTATGAT
ATCCCTCTCTGGAGTTTCATCAAAGTTCTTCATGTTCCCCTTATCTGAAACCCTTAAAAA
AAAACTGCCCAAACACAACCTGGTTTTACATTTTTATTTTTCTTGCGTTGGAGATCCAGA
GCTTTCTGAAATGTGTTGTTGAATTCTCGAGTAACTGGTTATCATAATGATAAAAACTTG
TATTCGTTAAGAGTAATGCTTCTTTGCTCTTAACCTTTAAACGTGACAGACTCATTTGCT
CT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 0 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR3G180TF U 1
AF RR3AS32TF U 2
AF RR3AS32JQ C 150
AF RR3A831TF U 2
AF RR3A831JQ C 97
BS 1 63 RR3G180TF
BS 64 64 RR3A831TF
BS 65 144 RR3G180TF
BS 145 145 RR3A831TF
BS 146 147 RR3G180TF
BS 148 148 RR3A831TF
BS 149 261 RR3G180TF
BS 262 262 RR3A831TF
BS 263 276 RR3G180TF
BS 277 277 RR3A831TF
BS 278 339 RR3G180TF
BS 340 340 RR3A831TF
BS 341 342 RR3G180TF
BS 343 343 RR3A831TF
BS 344 348 RR3G180TF
BS 349 349 RR3A831TF
BS 350 417 RR3G180TF
BS 418 418 RR3A831TF
BS 419 531 RR3G180TF
BS 532 532 RR3A831TF
BS 533 534 RR3G180TF
BS 535 535 RR3A831TF
BS 536 572 RR3G180TF
BS 573 574 RR3A831TF
BS 575 586 RR3G180TF
BS 587 587 RR3A831TF
BS 588 591 RR3G180TF
BS 592 593 RR3A831TF
BS 594 603 RR3G180TF
BS 604 605 RR3A831TF
BS 606 639 RR3G180TF
BS 640 842 RR3A831TF

RD RR3G180TF 639 0 0
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CATAGCCTCGAATTCGCAAGCTATCCTTCTCCTTCAGAAACAACTGAAAGATCTGTGTAA
GCATCCTGTCGATGGATTCTCCGCAGGGCTCGTCGACGAGAAGAATATATTCGAGTGGAA
CGTTACCATCATCGGACCTCCAGATACTCTCTATGAAGGAGGATTCTTTAACGCTATAAT
GAGCTTCCCTCAGAATTATCCGAATAGTCCACCAACCGTTAGGTTTACTTCAGATATGTG
GCATCCTAATGTTTATTCTGATGGTCGTGTTTGCATTTCGATTCTGCACCCTCCTGGTGA
TGATCCAAGTGGTTATGAGCTTGCTAGCGAGCGCTGGACCCCTGTTCATACTGTTGAGAG
TATTATGTTGAGTATTATATCTATGCTTTCTGGTCCAAACGATGAGTCTCCTGCAAACGT
TGAAGCTGCTAAAGAATGGCGTGAGAAGAGAGACGAGTTCAAGAAGAAAGTTAGCCGGTG
TGTGAGAAAGTCTCAAGAAATGTTATGAACAA**ACTACGAACTTTTCCACAATTATGAT
ATC**TCTCTGGAGTTTCATCAAAGTTCTTCATGTTCCC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3AS32TF 702 0 0
GGAATTCTCAAATCTCTAGAGTTTCAAGCTCGATCTTCTCTATCACCATCATCATCGTCC
ATGGCCTCGAATTCGCAAGCTATCCTTCTCCTTCAGAAACAACTGAAAGATCTGTGTAAG
CATCCTGTCGATGGATTCTCCGCGGGACTCGTCGACGAGAAGAATATATTCGAGTGGAAC
GTTACCATCATCGGACCTCCAGATACTCTCTATGAAGGAGGATTCTTTAACGCTATAATG
AGCTTCCCTCAGAATTATCCTAATAGTCCACCAACTGTTAGGTTTACTTCAGATATGTGG
CATCCTAATGTTTATTCTGATGGTCGTGTTTGCATTTCTATCCTGCATCCTCCTGGTGAT
GATCCAAGTGGTTATGAGCTTGCTAGCGAGCGCTGGACCCCTGTTCATACTGTTGAAAGT
ATTATGTTGAGTATTATATCTATGCTTTCTGGTCCAAACGATGAGTCTCCTGCAAACGTT
GAAGCTGCTAAAGAATGGCGTGAGAAGAGAGACGAGTTCAAGAAGAAAGTGAGTCGGTGT
GTGAGAAAGTCTCAAGAAATGTTATGAACAACAACTACGAACTTT*CCACGCTTATGATA
TCTCTCTCTGGAGTCTCATCAAAGTTCTTCATGTTCCCCTTATCTGAAACCCTTAAAAAA
AAACTGCCCAAACACAACCTGGTTTTACATTTTTATTTTTCT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3AS32JQ 611 0 0
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TCTATGAAGGAGGATTCTTTAACGCTATAATGAGCTTCCCTCAGAATTATCCTAATAGTC
CACCAACTGTTAGGTTTACTTCAGATATGTGGCATCCTAATGTTTATTCTGATGGTCGTG
TTTGCATTTCTATCCTGCATCCTCCTGGTGATGATCCAAGTGGTTATGAGCTTGCTAGCG
AGCGCTGGACCCCTGTTCATACTGTTGAAAGTATTATGTTGAGTATTATATCTATGCTTT
CTGGTCCAAACGATGAGTCTCCTGCAAACGTTGAAGCTGCTAAAGAATGGCGTGAGAAGA
GAGACGAGTTCAAGAAGAAAGTGAGTCGGTGTGTGAGAAAGTCTCAAGAAATGTTATGAA
CAACAACTACGAACTTT*CCACGCTTATGATATCTCTCTCTGGAGTCTCATCAAAGTTCT
TCATGTTCCCCTTATCTGAAACCCTTAAAAAAAAACTGCCCAAACACAACCTGGTTTTAC
ATTTTTATTTTTCTTGCGTTGGAGATCCAGAGCTTTCTGAAATGTGTTGTTGAATTCTCG
AGTAACTGGTT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3A831TF 841 0 0
GGAATTCTCAAATCTCTAGAGTTTCAAGCTCGATCTTCTCTATCACCATCATCATCGTCC
ATGGCCTCGAATTCGCAAGCTATCCTTCTCCTTCAGAAACAACTGAAAGATCTGTGTAAG
CATCCTGTCGATGGATTCTCCGCGGGACTCGTCGACGAGAAGAATATATTCGAGTGGAAC
GTTACCATCATCGGACCTCCAGATACTCTCTATGAAGGAGGATTCTTTAACGCTATAATG
AGCTTCCCTCAGAATTATCCTAATAGTCCACCAACTGTTAGGTTTACTTCAGATAT*TGG
CATCCTAATGTTTATTCTGATGGTCGTGTTTGCATTTCTATCCTGCATCCTCCTGGTGAT
GATCCAAGTGGTTATGAGCTTGCTAGCGAGCGCTGGACCCCTGTTCATACTGTTGAAAGT
ATTATGTTGAGTATTATATCTATGCTTTCTGGTCCAAACGATGAGTCTCCTGCAAACGTT
GAAGCTGCTAAAGAATGGCGTGAGAAGAGAGACGAGTTCAAGAAGAAAGTGAGTCGGTGT
GTGAGAAAGTCTCAAGAAATGTTATGAACAACAACTACGAACTTT*CCACGCTTATGATA
TCCCTCTCTGGAGTTTCATCAAAGTTCTTCATGTTCCCCTTATCTGAAACCCTTAAAAAA
AAACTGCCCAAACACAACCTGGTTTTACATTTTTATTTTTCTTGCGTTGGAGATCCAGAG
CTTTCTGAAATGTGTTGTTGAATTCTCGAGTAACTGGTTATCATAATGATAAAAACTTGT
ATTCGTTAAGAGTAATGCTTCTTTGCTCTTAACCTTTAAACGTGACAGACTCATTTGCTC
T

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR3A831JQ 746 0 0
GAAACAACTGAAAGATCTGTGTAAGCATCCTGTCGATGGATTCTCCGCGGGACTCGTCGA
CGAGAAGAATATATTCGAGTGGAACGTTACCATCATCGGACCTCCAGATACTCTCTATGA
AGGAGGATTCTTTAACGCTATAATGAGCTTCCCTCAGAATTATCCTAATAGTCCACCAAC
TGTTAGGTTTACTTCAGATAT*TGGCATCCTAATGTTTATTCTGATGGTCGTGTTTGCAT
TTCTATCCTGCATCCTCCTGGTGATGATCCAAGTGGTTATGAGCTTGCTAGCGAGCGCTG
GACCCCTGTTCATACTGTTGAAAGTATTATGTTGAGTATTATATCTATGCTTTCTGGTCC
AAACGATGAGTCTCCTGCAAACGTTGAAGCTGCTAAAGAATGGCGTGAGAAGAGAGACGA
GTTCAAGAAGAAAGTGAGTCGGTGTGTGAGAAAGTCTCAAGAAATGTTATGAACAACAAC
TACGAACTTT*CCACGCTTATGATATCCCTCTCTGGAGTTTCATCAAAGTTCTTCATGTT
CCCCTTATCTGAAACCCTTAAAAAAAAACTGCCCAAACACAACCTGGTTTTACATTTTTA
TTTTTCTTGCGTTGGAGATCCAGAGCTTTCTGAAATGTGTTGTTGAATTCTCGAGTAACT
GGTTATCATAATGATAAAAACTTGTATTCGTTAAGAGTAATGCTTCTTTGCTCTTAACCT
TTAAACGTGACAGACTCATTTGCTCT

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 6

CO CL1600Contig1 750 6 1 U
GGAGCTCTTAGCTCTTCTGTCTCCTCTTCGGCTGATCTCTCCGTTGAAAATGGTTGCTTT
CCGGTTTCACCAATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAACAGAGAAAGATGTGCAGCC
TAAGATTTACAGGATGAAGCTTTGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAAGTCCAAGTTTTG
GTACTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGGACAAATGCTTGCCATCAA
TGAGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATTAAGAACTACGGCATCTGGCTCCGTTACCA
GAGCAGAACCGGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGC
AGTGGAGCAGATGTACACCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTTCCCTTGCATTCA
GATCATCAAGACCGCCACAGTCCCCGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTT
CCACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCAACCAGGAA
GCTCAAGACTACGTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGTAATAAAAAAATCCAAA
ATCTTTACATGATTCTCCTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTTAGGCTTCTTGTTCCTCAG
TCTGATCAAAACAATCTTCTCTTGGAATTTCAAATTTTTGCATCTTTTATCAACTTTTGT
TTTCTAGATATATGATAAGATATTCAGAGG


BQ
30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3FD05TF U 1
AF RR3BT67TF U 1
AF RR3BT67JQ C 1
AF RR3A363TF U 1
AF RR3FD05JQ C 7
AF RR3A363JQ C 32
BS 1 750 RR3A363TF

RD RR3FD05TF 689 0 0
GGAGCTCTTAGCTCTTCTGTCTCCTCTTCGGCTGATCTCTCCGTTGAAAATGGTTGCTTT
CCGGTTTCACCAATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAACAGAGAAAGATGTGCAGCC
TAAGATTTACAGGATGAAGCTTTGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAAGTCCAAGTTTTG
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TGAGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATTAAGAACTACGGCATCTGGCTCCGTTACCA
GAGCAGAACCGGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGC
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GATCATCAAGACCGCCACAGTCCCCGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTT
CCACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCAACCAGGAA
GCTCAAGACTACGTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGTAATAAAAAAATCCAAA
ATCTTTACATGATTCTCCTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTTAG*CTTCTTGTTCCTCAG
TCTGATCAAAACAATCTTCTCTTGGAATT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3BT67TF 710 0 0
GGAGCTCTTAGCTCTTCTGTCTCCTCTTCGGCTGATCTCTCCGTTGAAAATGGTTGCTTT
CCGGTTTCACCAATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAACAGAGAAAGATGTGCAGCC
TAAGATTTACAGGATGAAGCTTTGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAAATCCAAGTTTTG
GTACTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGGACAAATGCTTGCCATCAA
TGAGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATTAAGAACTACGGCATCTGGCTCCGTTACCA
GAGCAGAACCGGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGC
AGTGGAGCAGATGTACGCCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTTCCCTTGCATTCA
GACCATCAAGACCGCCACAGTCCCCGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTT
CCACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCAACCAGGAA
GCTCAAGACTACGTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGTAATAAAAAA*TCCAAA
ATCTTTACATGATTCTCCTTATCCTTTTTCA*CCATCAGCTTAGGCTTCTTGTTCCTCAG
TCTGATCAAA*CAATCTTCTCTTGGAATTTCAAATTTTTGCATCTTTTA
A

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3BT67JQ 708 0 0
GGAGCTCTTAGCTCTTCTGTCTCCTCTTCGGCTGATCTCTCCGTTGAAAATGGTTGCTTT
CCGGTTTCACCAATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAACAGAGAAAGATGTGCAGCC
TAAGATTTACAGGATGAAGCTTTGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAAATCCAAGTTTTG
GTACTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGGACAAATGCTTGCCATCAA
TGAGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATTAAGAACTACGGCATCTGGCTCCGTTACCA
GAGCAGAACCGGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGC
AGTGGAGCAGATGTACGCCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTTCCCTTGCATTCA
GACCATCAAGACCGCCACAGTCCCCGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTT
CCACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCAACCAGGAA
GCTCAAGACTACGTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGTAATAAAAAAATCCAAA
ATCTTTACATGATTCTCCTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTTAGGCTTCTTGTTCCTCAG
TCTGATCAAAACAATCTTCTCTTGGAATTTCAAATTTTTGCATCTTTT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3A363TF 750 0 0
GGAGCTCTTAGCTCTTCTGTCTCCTCTTCGGCTGATCTCTCCGTTGAAAATGGTTGCTTT
CCGGTTTCACCAATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAACAGAGAAAGATGTGCAGCC
TAAGATTTACAGGATGAAGCTTTGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAAGTCCAAGTTTTG
GTACTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGGACAAATGCTTGCCATCAA
TGAGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATTAAGAACTACGGCATCTGGCTCCGTTACCA
GAGCAGAACCGGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGC
AGTGGAGCAGATGTACACCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTTCCCTTGCATTCA
GATCATCAAGACCGCCACAGTCCCCGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTT
CCACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCAACCAGGAA
GCTCAAGACTACGTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGTAATAAAAAAATCCAAA
ATCTTTACATGATTCTCCTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTTAGGCTTCTTGTTCCTCAG
TCTGATCAAAACAATCTTCTCTTGGAATTTCAAATTTTTGCATCTTTTATCAACTTTTGT
TTTCTAGATATATGATAAGATATTCAGAGG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3FD05JQ 744 0 0
CTTAGCTCTTCTGTCTCCTCTTCGGCTGATCTCTCCGTTGAAAATGGTTGCTTTCCGGTT
TCACCAATACCAAGTGGTTGGGAGAGCACTTCCAACAGAGAAAGATGTGCAGCCTAAGAT
TTACAGGATGAAGCTTTGGGCCACCAATGAAGTCCGCGCCAAGTCCAAGTTTTGGTACTT
CTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTTAAGAAAAGCAACGGACAAATGCTTGCCATCAATGAGAT
TTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATTAAGAACTACGGCATCTGGCTCCGTTACCAGAGCAG
AACCGGGTACCACAACATGTACAAGGAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGCAGTGGA
GCAGATGTACACCGAGATGGCTTCTCGCCATAGAGTGAGGTTCCCTTGCATTCAGATCAT
CAAGACCGCCACAGTCCCCGCAAAGCTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAA
CTCCAAGATCAAGTTCCCTCTTGTTTTCAGGAAGGTCAGGCCACCAACCAGGAAGCTCAA
GACTACGTACAAGGCCTCAAAGCCTAACCTTTTCATGTAATAAAAAAATCCAAAATCTTT
ACATGATTCTCCTTATCCTTTTTCAACCATCAGCTTAGGCTTCTTGTTCCTCAGTCTGAT
CAAAACAATCTTCTCTTGGAATTTCAAATTTTTGCATCTTTTATCAACTTTTGTTTTCTA
GATATATGATAAGATATTCAGAGG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3A363JQ 719 0 0
CTGATCTCTCCGTTGAAAATGGTTGCTTTCCGGTTTCACCAATACCAAGTGGTTGGGAGA
GCACTTCCAACAGAGAAAGATGTGCAGCCTAAGATTTACAGGATGAAGCTTTGGGCCACC
AATGAAGTCCGCGCCAAGTCCAAGTTTTGGTACTTCTTGAGGAAGCTGAAGAAGGTTAAG
AAAAGCAACGGACAAATGCTTGCCATCAATGAGATTTTCGAGAAGAACCCCACGAAGATT
AAGAACTACGGCATCTGGCTCCGTTACCAGAGCAGAACCGGGTACCACAACATGTACAAG
GAGTTCCGTGACACCACGCTCAACGGTGCAGTGGAGCAGATGTACACCGAGATGGCTTCT
CGCCATAGAGTGAGGTTCCCTTGCATTCAGATCATCAAGACCGCCACAGTCCCCGCAAAG
CTGTGCAAGAGAGAGAGCACCAAGCAGTTCCACAACTCCAAGATCAAGTTCCCTCTTGTT
TTCAGGAAGGTCAGGCCACCAACCAGGAAGCTCAAGACTACGTACAAGGCCTCAAAGCCT
AACCTTTTCATGTAATAAAAAAATCCAAAATCTTTACATGATTCTCCTTATCCTTTTTCA
ACCATCAGCTTAGGCTTCTTGTTCCTCAGTCTGATCAAAACAATCTTCTCTTGGAATTTC
AAATTTTTGCATCTTTTATCAACTTTTGTTTTCTAGATATATGATAAGATATTCAGAGG

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 5

CO CL1601Contig1 800 5 2 U
GGTTCTAAAGAGAGGCAATATATATATGAATTCAAGTT*CCAAGAGAAACCATTATACAC
AACATGACCAGATGAACAGCAAAGAGGAAGGAGAGAGAGTTCAAGTGAAAAAAA*CATAC
AACAACGCAGAACAATCAATGGTTTGCTGCTAAACAACTTGAGAATCATTTTTTTCTTCT
CTCTTTTTTTTT*GACTAAGACACTGCAGAGGAGACGCCGACACATCTGGAAGCACAAAT
ACTATCACTCCTCACTAGACAGGCTGACCGTTTAACCGGAGTTGCTGCTGCTTTGTCTGC
TTGTGCTGTCTTCTTTGATGATAACCCAGTCTCTGTGTTTGGACTCTGTGGTGGTGTAAA
CACCACTGAAGCTGAAGACGGTTGGGCGTGGGCGTGAACCGAATCACCACCCTCGTCCTC
CGATGAGCACACCCGTTCTCTTGGAAGTGAAGTGTACTTCCTCTGGACTGGTGGGGAGTT
ACGTTCCTCTTCATTATCCTCGTGTTCTTCGAGTCTTGCAAACTCTTGTTTGAACTGGTC
AACTCCGCTCGGGTACATAAAATGAGAGTTGATGTTCTCTTCTCCTTGTAGATACTCTTG
CAACATCTGTGG*ATGGTACTCCAAAATCTCTCTGTACATGAGCTCCCTCACATCATCCC
GAGTCAACTTCCTCCTTTCAAACTCAAACTCGAGCTTCGAGATAGGTTGCCTCGAAGGTT
CGTAATCCACATTTGCCAATCCTTGAAAATACGGATCAGCCAATGCCTCTTCAGCAGAGG
GACGGTCCTTTGGGTCAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B872TF C 447
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AF RR3AX16TF C 7
AF RR3AW73JQ U 11
BS 1 756 RR3AX16JQ
BS 757 800 RR3AW73JQ

RD RR3B872TF 191 0 0
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CTTCGAGTCTTGCAAACTCTTGTTTGAACTGGTCAACTCCGCTCGGGTACATAAAATGAG
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A
ATCTCTATGG

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DS 

RD RR3C301JQ 702 0 0
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QA 1 702 1 702
DS 

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CTCTTTTTTTTT*GACTAAGACACTGCAGAGGAGACGCCGACACATCTGGAAGCACAAAT
ACTATCACTCCTCACTAGACAGGCTGACCGTTTAACCGGAGTTGCTGCTGCTTTGTCTGC
TTGTGCTGTCTTCTTTGATGATAACCCAGTCTCTGTGTTTGGACTCTGTGGTGGTGTAAA
CACCACTGAAGCTGAAGACGGTTGGGCGTGGGCGTGAACCGAATCACCACCCTCGTCCTC
CGATGAGCACACCCGTTCTCTTGGAAGTGAAGTGTACTTCCTCTGGACTGGTGGGGAGTT
ACGTTCCTCTTCATTATCCTCGTGTTCTTCGAGTCTTGCAAACTCTTGTTTGAACTGGTC
AACTCCGCTCGGGTACATAAAATGAGAGTTGATGTTCTCTTCTCCTTGTAGATACTCTTG
CAACATCTGTGG*ATGGTACTCCAAAATCTCTCTGTACATGAGCTCCCTCACATCATCCC
GAGTCAACTTCCTCCTTTCAAACTCAAACTCGAGCTTCGAGATAGGTTGCCTCGAAGGTT
CGTAATCCACATTTGCCAATCCTTGAAAATACGGAT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3AX16TF 789 0 0
AAAG
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AACAATCAATGGTTTGCTGCTAAACAACTTGAGAATCATTTTTTTCTTCTCTCTTTTTTT
TT*GACTAAGACACTGCAGAGGAGACGCCGACACATCTGGAAGCACAAATACTATCACTC
CTCACTAGACAGGCTGACCGTTTAACCGGAGTTGCTGCTGCTTTGTCTGCTTGTGCTGTC
TTCTTTGATGATAACCCAGTCTCTGTGTTTGGACTCTGTGGTGGTGTAAACACCACTGAA
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ACCCGTTCTCTTGGAAGTGAAGTGTACTTCCTCTGGACTGGTGGGGAGTTACGTTCCTCT
TCATTATCCTCGTGTTCTTCGAGTCTTGCAAACTCTTGTTTGAACTGGTCAACTCCGCTC
GGGTACATAAAATGAGAGTTGATGTTCTCTTCTCCTTGTAGATACTCTTGCAACATCTGT
GG*ATGGTACTCCAAAATCTCTCTGTACATGAGCTCCCTCACATCATCCCGAGTCAACTT
CCTCCTTTCAAACTCAAACTCGAGCTTCGAGATAGGTTGCCTCGAAGGTTCGTAATCCAC
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TGGG
C

QA 5 788 5 788
DS 

RD RR3AW73JQ 790 0 0
AGAGGCAATATATATATGAATTCAAGTT*CCAAGAGAAACCATTACACACAACATGACCA
GATGAACAGCAAAGAGGAAGGAGAGAGAGTTCGAGTGAAAAAAA*CATACAACAACGCAA
AACAATCAATGGTTTGCTGCTAAACAACTTGAGAATCATTTTTTTCTTCTCTCTTTTTTT
TTTGACTAAAACACTGCAGAGGAGACGCCGACACATCTGGAAGCACAAATACTATCACTC
CTCACTAGACAGGCTGACCGTTTAACCGGAGTTGCTGCTGCTTTGTCTGCTTGTGCTGTC
TTCTTTGATGATAACCCAGTCTCTGTGTTTGGACTCTGTGGTGGTGTAAACACCACTGAA
GCTGAAGACGGTTGGGCGTGGGCGTGAACCGAATCACCACCCTCGTCCTCTGATGAGCAC
ACCCGTTCTCTTGGAAGTGAAGTGTACTTCCTCTGGACTGGTGGGGAGTTACGTTCCTCT
TCATTATCCTCGTGTTCTTCGAGTCTTGCAAACTCTTGTTTGAACTGGTCAACTCCGCTC
GGGTACATAAAATGAGAGTTGATGTTCTCTTCTCCTTGTAGATACTCTTGCAACATCTGT
GG*ATGGTACTCCAAA*TCTCTCTGTACATGAGCTCCCTCACATCATCCCGAGTCAACTT
CCTCCTTTCAAACTCAAACTCGAGCTTCGAGATAGGTTGCCTCGAAGGTTCGTAATCCAC
ATTTGCCAATCCTTGAAAATACGGATCAGCCAATGCCTCTTCAGCAGAGGGACGGTCCTT
TGGGTCAAAA

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 5

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AGACTTCTTTCTGGCCTGGCAAGTATTCATTAGAGCTAAGTTCAGACGTCTATGGTAAAC
TATGGAGGTTCGACAAGGAAGCTTTACCTGCAGACCTCATCAACAGGGGGCTGGCTGTGG
AAGATGAGAACGCGGAACATGGGGTGCGGCTGACAATACCAGACTACCCATTTGCGAATG
ACGGTCTAATTCTGTGGGATGCACTAAAGGAATGGGTCACAGACTATGTGAAGCACTATT
ATCCAGATGCAGGACTGATCGTGTCGGATGAGGAACTCCAAGCATGGTGGAGTGAAGTGA
AGAACATTGGGCATGGAGACAAGAAAGACGAACCATGGTGGCCTGAGCTCAAAACACAAG
ATGACTTGATTGGCGTGGTGACTACGATTGCGTGGGTGGCTTCAGGTCACCATGCAGCCG
TAAACTTTGGACAGTACGGGTATGGAGGGTACTTTCCCAACCGACCAACCACTACAAGGA
TAAAAATGCCAGTGGAAGAGCCGACAGGGGAAGAACTTAAAGAGTTCTATGAGGAACCAG
AGAAGGTGTTGCTCAAGACATTCCCGTCGAGGAAGCAGGCGACGCAAGTGATGGTGACTC
TGGATCTACTATCGACCCATTCACCAGACGAAGAGTACTTGGGAGAAGAGCCAGAAGCAT
CTTGGATAGACGAACCTGTCATCTTTGCTGCATATGAAAAATTCAAAGGCAGGCTCCAAT
ATCTAGAAGGCGTAATAGATGAGAGGAACGTGGATGTTTCTCTAAAGAACAGAGCTGGAG
CAGGTGTTGTCAAGTACGAGCTTTTGAAGCCCATCTCTGAACCTGGTCTTACCGGAATGG
GTGTTCCCTACAGTGTGTCTATATGAACATCAGAACATGTATTTACTTGCTAAGTCATTT
GAGTGTCAACAATAAGAAATAAAACAACCAGATCTTTTGCTTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3ES87TF U 1
AF RR3G932TF U 39
AF RR3G932JQ C 178
AF RR3BV28TF U 298
AF RR3ES87JQ C 361
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TAAAAATGCCAGTGGAAGAGCCGACAGGGGAAGAACTTAAAGAGTTCTATGAGGAACCAG
AGAAGGTGTTGCTCAAGACATTCCCGTCGAGGAAGCAGGCGACGCAAGTGATGGTGACTC
TGGATCTACTATCGACCCATTCACCAGACGAAGAGTACTTGGGAGA
GAGCCAG

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DS 

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AGTTCAGACGTCTATGGTAAACTATGGAGGTTCGACAAGGAAGCTTTACCTGCAGACCTC
ATCAACAGGGGGCTGGCTGTGGAAGATGAGAACGCGGAACATGGGGTGCGGCTGACAATA
CCAGACTACCCATTTGCGAATGACGGTCTAATTCTGTGGGATGCACTAAAGGAATGGGTC
ACAGACTATGTGAAGCACTATTATCCAGATGCAGGACTGATCGTGTCGGATGAGGAACTC
CAAGCATGGTGGAGTGAAGTGAAGAACATTGGGCATGGAGACAAGAAAGACGAACCATGG
TGGCCTGAGCTCAAAACACAAGATGACTTGATTGGCGTGGTGACTACGATTGCGTGGGTG
GCTTCAGGTCACCATGCAGCCGTAAACTTTTGACAGTACGGGTATGGAGGGTACTTTTCC
AACCGACCAACCACTACAAGGATAAAAATGCCAGTGGAAGAGCCGACAGGGGAAGAACTT
AAAGAGTTCTATGAGGAACCAGAGAAGGTGTTGCTCAAGACATTCCCGTCGAGGAAGCAG
GCGACGCAAGTGATGGTGACTCTGGATCTACTATCGACCCATTCACCAGACGAAGAGTAC
TTGGGAGAAG

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DS 

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ATGACGGTCTAATTCTGTGGGATGCACTAAAGGAATGGGTCACAGACTATGTGAAGCACT
ATTATCCAGATGCAGGACTGATCGTGTCGGATGAGGAACTCCAAGCATGGTGGAGTGAAG
TGAAGAACATTGGGCATGGAGACAAGAAAGACGAACCATGGTGGCCTGAGCTCAAAACAC
AAGATGACTTGATTGGCGTGGTGACTACGATTGCGTGGGTGGCTTCAGGTCACCATGCAG
CCGTAAACTTTTGACAGTACGGGTATGGAGGGTACTTTCCCAACCGACCAACCACTACAA
GGATAAAAATGCCAGTGGAAGAGCCGACAGGGGAAGAACTTAAAGAGTTTTATGAGGAAC
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CATCTTGGATAGACGAACCTGTCATCTTTGCTGCATATGAAAAATTCAAAGGCAGGCTCC
AATATCTAGAAGGCGTAATAGATGAGAGGAACGTGGATGTTTCTCTAAAGAACAGAGCTG
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TTTGAGTGTCAACAATAAGAAATAAAACAACCAGATCTTTTGCT

QA 1 824 1 824
DS 

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G
TTATCCAGATGCAGGACTGATCGTGTCGGATGAGGAACTCCAAGCATGGTGGAGTGAATT
GAAGAACATTGGGCATGGAGACAAGAAAGACGAACCATGGTGGCCTGAGCTCAAAAC*CA
AGATGACTTGATTGGCGTGGTGACTACGATTGCGTGGGTGGCTTCAGGTCACCATGCAGC
CGTAAACTTTGGACAGTACGGGTATGGAGGGTACTTTCCCAACCGACCAACCACTACAAG
GATAAAAATGCCAGTGGAAGAGCCGACAGGGGAAGAACTTAAAGAGTTCTATGAGGAACC
AGAGAAGGTGTTGCTCAAGACATTCCCGTCGAGGAAGCAGGCGACGCAAGTGATGGTGAC
TCTGGATCTACTATCGACCCATTCACCAGACGAAGAGTACTTGGGAGAAGAGCCAGAAGC
ATCTTGGATAGACGAACCTGTCATCTTTGCTGCATATGAAAAATTCAAAGGCAGGCTCCA
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GGGTGTTCCCTACAGTGTGTCTATATGAACATCAGAACATGTATTTACTTGCTAAGTCAT
TTGAGTGTCAACAATAAGAA
TA

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DS 

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ATGACTTGATTGGCGTGGTGACTACGATTGCGTGGGTGGCTTCAGGTCACCATGCAGCCG
TAAACTTTGGACAGTACGGGTATGGAGGGTACTTTCCCAACCGACCAACCACTACAAGGA
TAAAAATGCCAGTGGAAGAGCCGACAGGGGAAGAACTTAAAGAGTTCTATGAGGAACCAG
AGAAGGTGTTGCTCAAGACATTCCCGTCGAGGAAGCAGGCGACGCAAGTGATGGTGACTC
TGGATCTACTATCGACCCATTCACCAGACGAAGAGTACTTGGGAGAAGAGCCAGAAGCAT
CTTGGATAGACGAACCTGTCATTTTTGCTGCATATGAAAAATTCAAAGGCAGGCTCCAAT
ATCTAGAAGGCGTAATAGATGAGAGGAACGTGGATGTTTCTCTAAAGAACAGAGCTGGAG
CAGGTGTTGTCAAGTACGAGCTTTTGAAGCCCATTTCTGAACCTGGTCTTACCGGAATGG
GTGTTCCCTACAGTGTGTCTATATGAACATCAGAACATGTATTTACTTGTTAAGTCATTT
GAGTGTCAACAATAAGAAATAAAACAACCAGATCTTTTGCTTACAC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 6

CO CL1603Contig1 751 6 8 U
TTTCAGATTATAAGAGTAAAAATTTAATTTAATCTTGTGAGTACTAAATTAGTAACAACA
AGACTGACTAGGGAGAGAGAACAAAGATCTCTGTTTCATGTTCGGAAATTTAATAAATAG
AATAATATTTCAGATTAAAGTTTCTCTCTCAGAAGAAGGCCCAGAATCCAAGAAGAAGCC
CAACGACACCC*AAGAAGCTGGTGAGCTTAGCAGCGCCACTAGTAGGCGCGACGGCGGGA
CCGTCGGACGGTGAAGGAGCCGGAGAGAAAGCAGAGACATGAGGAATGTAAACGACAAGG
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GGTTGGTCTAGCTTCACCTTGGTGTTCCCATCTGCTGTGTAGCTGGCTTTCGGGCTCGTG
GTGTTGCATTTCTCGTAAGCCTCTCTCGTCACTTGCAGAACTGAGTCTTTACCGGCTTCG
TAGCTGAAAACGAGAAAGTCGCCGATTATGAAACGAGACTTGTCACCCCATTCGTTGAAA
GAGAAAGAAGAGGAAGATGGGATCTTCCAGCCACCGGACTTTCCACCAACGGTAACCTCA
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ATAGCTAACAAATATTTTTGTACTGTTCAACCAAAAAAATATATTTTTGTACTGAATGTT
AGTGTGAGCGTGTTGAATGAGTTGAAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3FZ72JQ U 13
AF RR3FF43JQ U 4
AF RR3FZ72TF C 35
AF RR3BB01TF C 1
AF RR3BB01JQ U 4
AF RR3FF43TF C 96
BS 1 6 RR3BB01TF
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RD RR3FZ72JQ 450 0 0
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GAGAGAGAACAAAGGTCTCTGTTTCATGTTCGGAAATTTAATAAATAGAATAATATTTCA
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TCGTAAGCCTCTCTCGTCACTTGCAGAACT

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DS 

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GTG
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ATTTCAGATTAAAGTTTCTCTCTCTGAAGAAGGCCCAGAATCCAAGAAGAAGCCCAACGA
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CATTTCTCGTAAGCCTCTCTCGTCACTTGCAGAA***AGTCTTTACCGGCTTCGTAGCTG
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GAAGAGGA

QA 4 551 4 551
DS 

RD RR3FZ72TF 644 0 0
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TTCATGTTCGGAAATTTAATAAATAGAATAATATTTCAGATTAAAGTTTCTCTCTCAGAA
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CGCCACTAGTAGGCGCGACGGCGGGACCGTCGGACGGTGAAGGAGCAGGAGAGAAAGCAG
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TTCCACTGATGAAGTAGAC*GGACCGGGTTGGTCTAGCTTCACCTTGGTGTTCCCATCTG
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GCAGAACTGAGTCTTTACCGGCTTCGTAGCTGAAAACGAGAAAGTCGCCGATTATGAAAC
GAGACTTGTCACCCCATTCGTTGAAAGAGAAAGAAGAGGAAGATGGGATCTTCCAGCCAC
CGGACTTTCCACCAACGGTAACCTCATTGGCATTTACGGACAAGAAGAAAATGGAGAGGC
AGATGGTTACCAGAAGAGAAGGAGACATAGCTAACAAATATTT
C

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DS 

RD RR3BB01TF 751 0 0
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GGACTGACTAGGGAGAGAGAACAAAGATCTCTGTTTCATGTTCGGAAATTTAATAAATAG
AATAATATTTCAGATTAAAGTTTCTCTCTCAGAAGAAGGCCCAGAATCCAAGAAGAAGCC
CAACGACACCC*AAGAAGCTGATGAGCTTAGCAGCGCCACTAGTAGGCGCGACGGCGGGA
CCGTCGGACGGTGAAGGAGCCGGAGAGAAAGCAGAGACATGAGGAATGTAAACGACAAGG
CGAAGCTTCTGACCCTTTTGACAGTGGCCTTGCGTTCCACTGATGAAGTAGACCGGACCG
GGTTGGTCTAGCTTCACCTTGGTGTTCCCATCTGCTGTGTAGCTGGCTTTCGGGCTCGTG
GTGTTGCATTTCTCGTAAGACTCTCTCGTCACTTGCAGAACTGAGTCTTTACCGGCTTCG
TAGCTGAAAACGAGAAAGTCGCCGATTATGAAACGAGACTTGTCACCCCATTCGTTGAAA
GAGAAAGAAGAGGAAGATGGGATCTTCCAGCCACCGGACTTTCCACCAACGGTAACCTCA
TTGGCATTTACGGACAAGAAGAAAATGGAGAGGCAGATGGTTACCAGAAGAGAAGGAGAC
ATAGCTAACAAATATTTTTGTACTGTTCAACCAAAAAAATATATTTTTGTACTGAATGTT
AGTGTGAGCGTGTTGAATGAGTTGAAGATCC

QA 1 751 1 751
DS 

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CAA
ATTATAAGAGTAAAAATTTAATTTAATCTTGTGAGTACTAAATTAGTAACAACAGGACTG
ACTAGGGAGAGAGAACAAAGATCTCTGTTTCATGTTCGGAAATTTAATAAATAGAATAAT
ATTTCAGATTAAAGTTTCTCTCTCAGAAGAAGGCCCAGAATCCAAGAAGAAGCCCAACGA
CACCC*AAGAAGCTGATGAGCTTAGCAGCGCCACTAGTAGGCGCGACGGCGGGACCGTCG
GACGGTGAAGGAGCCGGAGAGAAAGCAGAGACATGAGGAATGTAAACGACAAGGCGAAGC
TTCTGACCCTTTTGACAGTGGCCTTGCGTTCCACTGATGAAGTAGACCGGACCGGGTTGG
TCTAGCTTCACCTTGGTGTTCCCATCTGCTGTGTAGCTGGCTTTCGGGCTCGTGGTGTTG
CATTTCTCGTAAGACTCTCTCGTCACTTGCAGAACTGAGTCTTTACCGGCTTCGTAGCTG
AAAACGAGAAAGTCGCCGATTATGAAACGAGACTTGTCACCCCATTCGTTGAAAGAGAAA
GAAGAGGAAGATGGGATCTTCCAGCCACCGGACTTTCCACCAACGGTAACCTCATTGGCA
TTTACGGACAAGAAGAAAATGGAGAGGCAGATGGTTACCAGAAGAGAAGGAGACATAGCT
AACAAATATTTTTGTACTGTTCAACCAAAAAAATATATTTTTGTACTGAATGTTAGTGTG
AGCGTGTTGAATGAGTTGAAGATCC

QA 4 748 4 748
DS 

RD RR3FF43TF 656 0 0
TTCATG
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CAGAATCCAAGAAGAAGCCCAACGACACCCCAAGAAGCTGGTGAGCTTAGCAGCGTCACT
AGTAGGCGCGACGGCGGGACCGTCGGACGGTGAAGGAGCCGGAGAGAAAGCAGAGACATG
AGGAATGTAAACGACAAGGCGAAGCTTCTGACCCTTTTGACAGTGGCCTTGCGTTCCACT
GATGAAGTAGACCGGACCGGGTTGGTCTAGCTTCACCTTGGTGTTCCCATCTGCTGTGTA
GCTGGCTTTCGGGCTCGTGGTGTTGCATTTCTCGTAAGCCTCTCTCGTCACTTGCAGAA*
**AGTCTTTACCGGCTTCGTAGCTGAAAACGAGAAAGTCGCCGATTATGAAACGAGACTT
GTCACCCCATTCGTTGAAAGAGAAAGAAGAGGAAGATGGGATCTTCCAGCCACCGGACTT
TCTACCAACGGTAACCTCATTGGCATTTACGGACAAGAAGAAAATGGAGAGGCAGATGGT
TACCAGAAGAGAAGGAGACATAGCTAACAAATATTTTTGTACTGTTCAACCAAAAAAATA
TATTTCTGTACTGAATGTTAGTGTGAGCGTGTTGAATGAGTTGAAGATCC

QA 7 656 7 656
DS 



AS 1 6

CO CL1604Contig1 1056 6 7 U
GGGAGACGAACGTGAGATCGAGAAGGAAAGAGGAGGAGAGCAAGATGATGACCGGCGGGA
ACTACACGACTATCGACAGCCAGAAAGTCTCTGGATCTGTACCTTCTGTTCCAGATCCAG
GCCACACTACCGTCAAATTCGCAGAATCAAATCTTCAAACCTTTCCTCCTTCTGCTGCTC
AGGGCAAAATCTCTGGTGGTAGTAATCCCCCTCGTGATGCTGACGATACATTTTCTGGAC
CTGGTAACGGTAGTAGTAGTAGAGATGAACCTCAGAGTGGTGGCTGGCTTCATAAATTCA
CTGTTGGTGCTTACAAGCCGTTCTTCGATGTGGACACTTCGGATGTTGTAGACAGACTCA
AAGAGTCTCTCTTCCCGTTCCGTGGAACGTTTACTGAGAAGACTGCTGATAAGCCTGACT
TGTACGGTCCGTTTTGGATATGCACGACTTTGATATTCGTGGCGGCATCTATCGGCACGT
TTGTCACGTACGTGGCACACAAATGGAAGAAACAAGAGTGGAACTACGATATCAATCTTG
TGACTTGGTCCGCAGGAGTGTTCTATGGCTATGTCACGCTTGTTCCTCTCGCGTTGTATG
TTGTTCTCAAGTACTTCTCTGCGCCTTCAGGGCTAGTCCAGCTCTTCTGCCTCTACGGCT
ATTCCCTGTTCATCTTCATCCCTGCATTGTGCCTCTCGGTGGTGCCGGTGGAGATCTTCA
GATGGGTCATCGCGGGTGTGGCAGGGTTCATGTCTGCGACCTTTGTGGCTTTGAACCTCA
AAGCGCATATCAATTCAGCTGGAGAGAGATCAATCCTGATAATCGCAAGTATATTTCTTT
TGCAGCTGGGGCTTGCGGTTGTGCTGAAGCTATATCTATTTACTGTCACCGTATGATTTT
TGATTCAAAAAGGTATTCAGAACAAATATGATTTGATTCATAAAGGTTTTCAGAAAATTT
GTTCTTAAAACAAAAAGGTGATGTGTTTTATGATAATATATCTACAGATTCATCCATAAA
CATTCTCTCAAAATTGTGATGTGTTTTATGCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 5 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL25TF U 1
AF RR3CR18TF U 200
AF RR3G946TF U 22
AF RR3G930TF U 7
AF RR3AS01TF U 7
AF RR3G946JQ C 621
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RD RR3EL25TF 704 0 0
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AGGGCAAAATCTCTGGTGGTAGTAATCCCCCTCGTGATGCTGACGATACATTTTCTGGAC
CTGGTAACGGTAGTAGTAGTAGAGATGAACCTCAGAGTGGTGGCTGGCTTCATAAATTCA
CTGTTGGTGCTTACAAGCCGTTCTTCGATGTGGACACTTCGGATGTTGTAGACAGACTCA
AAGAGTCTCTCTTCCCGTTCCGTGGAACGTTTACTGAGAAGACTGCTGATAAGCCTGACT
TGTACGGTCCGTTTTGGATATGCACGACTTTGATATTCGTGGCGGCATCTATCGGCACGT
TTGTCACGTACGTGGCACACAAATGGAAGAAACAAGAGTGGAACTACGATATCAATCTTG
TGACTTGGTCCGCAGGAGTGTTCTATGGCTATGTCACGCTTGTTCCTCTCGCGTTGTATG
TTGTTCTCAAGTACTTCTCTGCGCCTTCAGGGCTAGTCCAGCTCTTCTGCCTCTACG*CT
ATTCCCTGTTCATCTTCATCCCTGCATTGTGCCTCTCGGTGGTG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3CR18TF 505 0 0
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TAGAGATGAACCTCAGAGTGGTGGCTGGCTTCATAAATTCACTGTTGGTGCTTACAAGCC
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CCGTGGAACGTTTACTGAGAAGACTGCCGATAAGCCTGACTTGTACGGTCCGTTTTGGAT
ATGCACGACTTTGATATTCGTGGCGGCATCTATCGGCACGTTTGTCACGTACGTGGCACA
CAAATAGAAGAAACAAGAGTGGAACTACGATATCAATCTTGTGACTTGGTCCGCAGGAGT
GTTCTATGGCTATGTCACGCTTGTTCCTCTCGCGTTGTATGTTGTTCTCAAGTACTTCTC
TGCGCCTTCAGGGCTAGTCCAGCTCTTCTGCCTCTACG*CTATTCCCTGTTCATCTTCAT
CCCTGCATTGTGCCTCTCGGTGGTG

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR3G946TF 696 0 0
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GTAATCCCCCTCGTGATGCTGACGATACATTTTCTGGACCTGGTAACGGTAGTAGTAGTA
GAGATGAACCTCAGAGTGGTGGCTGGCTTCATAAATTCACTGTTGGTGCTTACAAGCCGT
TCTTCGATGTGGACACTTCGGATGTTGTAGACAGACTCAAAGAGTCTCTCTTCCCGTTCC
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GCACGACTTTGATATTCGTGGCGGCATCTATCGGCACGTTTGTCACGTACGTGGCACACA
AATGGAAGAAACAAGAGTGGAACTACGATATCAATCTTGTGACTTGGTCCGCAGGAGTGT
TCTATGGCTATGTCACGCTTGTTCCTCTCGCGTTGTATGTTGTTCTCAAGTACTTCTCTG
CGCCTTCAGGGCTAGTCCAGCTCTTCTGCCTCTACGGCTATTCCCTGTTCATCTTCATCC
CTGCATTGTGCCTCTCGGTGGCGCCGGTGGAGATCT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3G930TF 781 0 0
G
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GACTATCGACAGCCAGAAAGTCTCTGGATCTGTACCTTCTGTTCCAGATCCAGGCCACAC
TACCGTCAAATTCGCAGAATCAAATCTTCAAACCTTTCCTCCTTCTGCTGCTCAGGGCAA
AATCTCTGGTGGTAGTAATCCCCCTCGTGATGCTGACGATACATTTTCTGGACCTGGTAA
CGGTAGTAGTAG***AGATGAACCTCAGAGTGGTGGCTGGCTTCATAAATTCACTGTTGG
TGCTTACAAGCCGTTCTTCGATGTGGACACTTCGGATGTTGTAGACAGACTCAAAGAGTC
TCTCTTCCCGTTCCGTGGAACGTTTACTGAGAAGACTGCTGATAAGCCTGACTTGTACGG
TCCGTTTTGGATATGCACGACTTTGATATTCGTGGCGGCATCTATCGGCACGTTTGTCAC
GTACGTGGCACACAAATGGAAGAAACAAGAGTGGAACTACGATATCAATCTTGTGACTTG
GTCCGCAGGAGTGTTCTATGGCTATGTCACGCTTGTTCCTCTCGCGTTGTATGTTGTTCT
CAAGTACTTCTCTGCGCCTTCAGGGCTAGTCCAGCTCTTCTGCCTCTACGGCTATTCCCT
GTTCATCTTCATCCCTGCATTGTGCCTCTCGGTGGTGCCGGTGGAGATCTTCAGATGGGT
CATCGCGGGTGTGGCAGG*TTCATGTCTGCGACCTTTGTGGCTTTGA
CCTCAAGCGCATA

QA 2 768 2 768
DS 

RD RR3AS01TF 846 0 0
G
GAACGTGAGATCGAGAAGGAAAGAGGAGGAGAGCAAGATGATGACCGGCGGGAACTACAC
GACTATCGACAGCCAGAAAGTCTCTGGATCTGTACCTTCTGTTCCAGATCCAGGCCACAC
TACCGTCAAATTCGCAGAATCAAATCTTCAAACCTTTCCTCCTTCTGCTGCTCAGGGCAA
AATCTCTGGTGGTAGTAATCCCCCTCGTGATGCTGACGATACATTTTCTGGACCTGGTAA
CGGTAGTAGTAGTAGAGATGAACCTCAGAGTGGTGGCTGGCTTCATAAATTCACTGTTGG
TGCTTACAAGCCGTTCTTCGATGTGGACACTTCGGATGTTGTAGACAGACTCAAAGAGTC
TCTCTTCCCGTCCCGTGGAACGTTTACTGAGAAGACTGCTGATAAGCCTGACTTGTACGG
TCCGTTTTGGATATGCACGACTTTGATATTCGTGGCGGCATCTATCGGCACGTTTGTCAC
GTACGTGGCACACAAATGGAAGAAACAAGAGTGGAACTACGATATCAATCTTGTGACTTG
GTCCGCAGGAGTGTTCTATGGCTATGTCACGCTTGTTCCTCTCGCGTTGTATGTTGTTCT
CAAGTACTTCTCTGCGCCTTCAGGGCTAGTCCAGCTCTTCTGCCTCTACGGCTATTCCCT
GTTTATCTTCATCCCTGCATTATGCCTCTCGGTGGTGCCGGTGGAGATCTTCAGATGGGT
CATCGCGGGTGTGGCAGGGTTCATGTCTGCGACCTTTGTGGCTTTGAACCTCAAAGCGCA
TATCAATTCAGCTGGAGAGAGATCAATCCTGATAATCGCAAGTATATTTCTTTTGCAGCT
GGGGC

QA 2 846 2 846
DS 

RD RR3G946JQ 436 0 0
GCGCCTTCAGGGCTAGTCCAGCTCTTCTGCCTCTACGGCTATTCCCTGTTCATCTTCATC
CCTGCATTGTGCCTCTCGGTGGCGCCGGTGGAGATCTTCAGATGGGTCATCGCGGGTGTG
GCAGGGTTCATGTTTGCGACCTTTGTGGCTTTGAACCTCAAAGCGCATATCAATTCAGCT
GGAGAGAGATCAATCCTGATAATCGCAAGTATATTTCTTTTGCATCTGGGGCTTGCGGTT
GTGCTGAAGCTATATCTATTTACTGTCACCGTATGATTTTTGATTCAAAAAGGTATTCAG
AACAAATATGATTTGATTCATAAAGGTTTTCAGAAAATTTGTTCTTAAAACAAAAAGGTG
ATGTGTTTTATGATAATATATCTACAGATTCATCCATAAACATTCTCTCAAAATTGTGAT
GTGTTTTATGCAAAAA

QA 1 436 1 436
DS 



AS 2 5

CO CL1605Contig1 920 3 2 U
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AACGATCCGGAAAGAAGAAAAACAGAAAACAAGATAGGTGAATAAAGGATTCACTTGACT
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GTTACTCTTCTTCATCCCATTCATCGCTCTTGTATGAGACGAGGGTGTCCACTTTGTGAA
TCTTGGTATCAAAACCGTGTAGCTTAACCATCTGTGGATTAGCAATCAGCTTCGGATCGC
TTTCCACCCACGTGAATGGAACAGCCACATCCGTGTCCGTATACGCCAACACATCAAACA
CACAAGGCTCATCAAGACAAGGCAAGTAAGTAATGCTGGAAGCAACCTGTCTCATGATAG
CTTGGATCTCCCTCATGATCTCCTTATCACTCTTCTCCCTCGACACACCTTTGTCAACAA
CTTGAGAATCAGTCTCAATACGGAAGTTCCACCTCTCCAAGACTTCACCTGTAGCTTTGC
TCATTATCACCAACACCACTCTTTGCAACTTCCCGGCTTCAGCCACTCGGAGATCTGAGA
AGAGAGATTGGATAAGAAGGATTTGACGGATTCGTCTCGAGTAAGCAGCATGGGAAGACC
ATACTTCTTCACTTTCACAAAGCTCTCTTCTGGGTATACTGCTCTATTATACAGTATACT
GTTGGCAGCGTAGCAGAGGAACTCGCTGACGATGGCGGCGGATCCGTGGAGAGTGATGAT
GCCATTAGCAGCCGCGGTTTTGGAAGCCATTTGAAGCAAACGAAAGGATCTGTAAATTTT
GAAAATTTGTATTTGTGTTCTGTTGTAATCAAATCGGATTCGGAGAGCGTCGATTAGGGT
TTTTGGATGATTTGATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3CM88JQ U 223
AF RR3B136JQ U 1
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BS 631 920 RR3B136TF

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GGGG
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ACCTTTGTCAACAACTTGAGAA

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DS 

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AGCCACATCCGTGTCCGTATACGCCAACACATCAAACACACAAGGCTCATCAAGACAAGG
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CTTATCACTCTTCTCCCTCGACACACCTTTGTCAACAACTTGAGAATCAGTCTCAATACG
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DS 



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TCTGTTTTTCTTCTTTCCGGATCGTTTCAGAAT


BQ
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AF RR3EG33JQ C 1
AF RR3EG33TF U 1
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BS 605 633 RR3EG33JQ

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TCTGTTTTTCTTCTTTCCGGATCGTTTCAGAAT

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DS 

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ATGTGGCTGTTCCATTCACGTGGGTGGAAAGCGATCCGAAGCTGATTGCTAATCCACAGA
TGGTTAAGCTACACGGTTTTGATACCAAGATTCACAAAGTGGACACCCTCGTCTCATACA
AGAACGATGAATGGGATGAAGAAGAGTAACTAACACAAGTCTCATGCTCAGCTCAACCAC
CGTTTTCCTTTTCTCATGTTCTTGAATGTCAAGTGAATCCTTTACTCACCTATCTTGTTT
TCTG
TTTT

QA 1 604 1 604
DS 



AS 2 6

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GACACAATGGCGGCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAGCGCAAATCTCAATGAGGG
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ACTCGTAGAACATGTTTGTTTTTCTTGTCTCAATAATACATGTCCTCACATGGAGAGTGT
TTTGAATTGAATTTGAAAGAAACCCAATAATGAAATGGTAAATCTTGGC


BQ
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AF RR3GZ03TF U 1
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TTTGCCTGGAAATACTCTAGGAGCCCGCGTGGTGCTGCATTGTCCTTCTTAGGAGGAGGT
GTTTTTGGTTGGACCTTTGGGCAAGAAGTTGCGAACCACACTTTGCAACTCTATAAGCTG
GACACAATGGCGGCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAGCGCAAATCTCAATGAGGG
TCATGAATCCAAAATAACAAATACGGTTGCTACTTTCTCCATCAGAGTATCTATATTGCA
ATCAGCTTGGAATGTGATAAAAGTTAAATCCATTTCCAGACCTTTTTTTATTATGTTCTC
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TCTTG

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TTCATGGACCCACCCTGAAAACAGCCAGGGAAGCTGCGACTTTTGGTGTTGCCGGAGCTG
CACTTGGAGCTCTATCTACTGCCGCTTTTGCCTGGAAATACTCTAGGAGCCCGCGTGGTG
CTGCATTGTCCTTCTTAGGAGGAGGTGTTTTTGGTTGGACCTTTGGGCAAGAAGTTGCGA
ACCACACTTTGCAACTCTATAAGCTGGACACAATGGCGGCTCAAGTTAAGTTCATGGAAT
GGTGGGAGCGCAAATCTCAATGAGGGTCATGAATCCAAAATAACAAATACGGTTGCTACT
TTCTCCATCAGAGTATCTATATTGCAATCAGCTTGGAATGTGATAAAAGTTAAATCCATT
TCCAGACCTTTTTTTATTATGTTCTCACTCGTAGAACATGTTTGTTTTTCTTGTCTCAAT
AATACATGTCCTCACATGGAGAGTGTTTTGAATTGAATTTGAAAGAAACCCAATAATGAA
ATGGTAAATCTTGGC

QA 1 615 1 615
DS 



CO CL1606Contig2 1228 4 5 U
GGGATCTGAGGAAAGAAGAGAAAAAAAGAGAAGTGCGAAGAATCATTAATCGTAGATGGG
AGAATCGAGGTCGTTTGCGGAGGGATTCAAGGGGTTCTGGGAGGAGAGGTTGTCGTTCCT
GGAGAATTACACGAGGTTCACCAAACGCGACACGCCTCTTCCTTCTTGGTCTTCCTCCGA
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AGCTGCGACTTTTGGTGTTGCCGGAGCTGCACTCGGAGCTCTATCTACTGCCGCTTTTGC
CTGGAAATATTCTAGGAGTCCGCATGGTGCTGCATTGTCCTTCTTAGGAGGAGGTGTTTT
TGGTTGGACCTTTGGGCAGGAAGTTGCGAACCACACCTTGCAACTCTATAAGCTGGACAC
AATGGCGGCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAGCGCAAATCTCAATGAAGGTCTTG
AATCCAAAATAACAAAGACTGTTGCTACTTTTTCCATCGAAGTATCTATATTGCAATCAG
CTTGAAATGTGATAAAAGTTAAATCCATTTCCAGACCTTTTTTATTATGTTATCACTCGT
TGAACATGTTTGTTTTTCTTGTCTCAATAATACATGTCCTCACATGGAGAGTGTTTTTTT
GTGGAACCGAATTTGAAAGAAACCCAATAATGAAATGGTCTCAAAATATTGGGACTTGAA
GATGATAAGTAAATAATTAGCCTTTGAAGCATATATATAGCATACAACAAGCTGCGAGAT
CCAGGGGTAAGGTGTACTCCACTCTATTTGAAAGAATTGAAGAAGCTCACAGTGTCTGCA
AGTGCAACGATGAAGGAGTCAACGTCTTCCTTTGTGTTGCAAAAGTAAAGGCTGGCGCGT
GCACTTGCATTCACTCCAAGATACCGGTGTAGTGGCTGCGCGCAGTGGTGTCCTGACCTT
ATCGCAACTCCATGCTGTTGATCAAGAAAGGTTGCCAAATCAGTTGGGTGCAGTCCCTCC
ACATTGAAGGAACAAAGAGCTGCCCTTCGAACACTTTCAGAAGGCCTTGGGCCGTATATC
CGAACATCAGGCACTGAAGACAGTTTCTCGTACAAATAGTTAGCAAGCTCTACCTCATAT
TCATGGATTTTCGGCATGCCAATATCTGACAAGTAATCACATGCTGCTCCAAGGGCAATT
GCTTCACCAATTGCAGGTGTTCCAGCTT


BQ
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AF RR3H125TF U 1
AF RR3AF50JQ C 6
AF RR3AF50TF U 6
AF RR3DH74TF C 578
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AGAATCGAGGTCGTTTGCGGAGGGATTCAAGGGGTTCTGGGAGGAGAGGTTGTCGTTCCT
GGAGAATTACACGAGGTTCACCAAACGCGACACGCCTCTTCCTTCTTGGTCTTCCTCCGA
CGTTGAGGAGTTCATAGCTTCCGATCCCGTTCATGGACCCACCCTGAAAACAGCTAGGGA
AGCTGCGACTTTTGGTGTTGCCGGAGCTGCACTCGGAGCTCTATCTACTGCCGCTTTTGC
CTGGAAATATTCTAGGAGTCCGCATGGTGCTGCATTGTCCTTCTTAGGAGGAGGTGTTTT
TGGTTGGACCTTTGGGCAGGAAGTTGCGAACCACACCTTGCAACTCTATAAGCTGGACAC
AATGGCGGCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAGCGCAAATCTCAATGAAGGTCTTG
AATCCAAAATAACAAAGACTGTTGCTACTTTTTCCATCGAAGTATCTATATTGCAATCAG
CTTGAGATGTGATAAAAGTTAAATCCATTTCCAGACCTTTTTTATTATGTTATCACTCGT
TGAACATGTTTGTTTTTCTTGTCTCAATAATACATGTCCTC

QA 1 641 1 641
DS 

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GG
GAGGAAAGAAGAGAAAAAAAGAGAAGTGCGAAGAATCATTAATCGTAGATGGGAGAATCG
AGGTCGTTTGCGGAGGGATTCAAGGGGTTCTGGGAGGAGAGGTTGTCGTTCCTGGAGAAT
TACACGAGGTTCACCAAACGCGACACGCCTCTTCCTTCTTGGTCTTCCTCCGACGTTGAG
GAGTTCATAGCTTCCGATCCCGTTCATGGACCCACCCTGAAAACAGCTAGGGAAGCTGCG
ACTTTTGGTGTTGCCGGAGCTGCACTCGGAGCTCTATCTACTGCCGCTTTTGCCTGGAAA
TATTCTAGGAGTCCGCATGGTGCTGCATTGTCCTTCTTAGGAGGAGGTGTTTTTGGTTGG
ACCTTTGGGCAGGAAGTTGCGAACCACACCTTGCAACTCTATAAGCTGGACACAATGGCG
GCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAGCGCAAATCTCAATGAAGGTCTTGAATCCAA
AATAACAAAGACTGTTGCTACTTTTTCCATCGAAGTATCTATATTGCAATCAGCTTGAAA
TGTGATAAAAGTTAAATCCATTTCCAGACCTTTTTTATTATGTTATCACTCGTTGAACAT
GTTTGTTTTTCTTGTCTCAATAATACATGTCCTCACATGGAG

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DS 

RD RR3AF50TF 644 0 0
GG
GAGGAAAGAAGAGAAAAAAAGAGAAGTGCGAAGAATCATTAATCGTAGATGGGAGAATCG
AGGTCGTTTGCGGAGGGATTCAAGGGGTTCTGGGAGGAGAGGTTGTCGTTCCTGGAGAAT
TACACGAGGTTCACCAAACGCGACACGCCTCTTCCTTCTTGGTCTTCCTCCGACGTTGAG
GAGTTCATAGCTTCCGATCCCGTTCATGGACCCACCCTGAAAACAGCTAGGGAAGCTGCG
ACTTTTGGTGTTGCCGGAGCTGCACTCGGAGCTCTATCTACTGCCGCTTTTGCCTGGAAA
TATTCTAGGAGTCCGCATGGTGCTGCATTGTCCTTCTTAGGAGGAGGTGTTTTTGGTTGG
ACCTTTGGGCAGGAAGTTGCGAACCACACCTTGCAACTCTATAAGCTGGACACAATGGCG
GCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAGCGCAAATCTCAATGAAGGTCTTGAATCCAA
AATAACAAAGACTGTTGCTACTTTTTCCATCGAAGTATCTATATTGCAATCAGCTTGAAA
TGTGATAAAAGTTAAATCCATTTCCAGACCTTTTTTATTATGTTATCACTCGTTGAACAT
GTTTGTTTTTCTTGTCTCAATAATACATGTCCTCACATGGAG

QA 3 644 3 644
DS 

RD RR3DH74TF 651 0 0
TTTTTTATTATGTTATCACTCGTTGAACATGTTTGTTTTTCTTGTCTCAATAATACATGT
CCTCACATGGAGAGTGTTTTTTTGTGGAACCGAATTTGAAAGAAACCCAATAATGAAATG
GTCTCAAAATATTGGGACTTGAAGATGATAAGTAAATAATTAGCCTTTGAAGCATATATA
TAGCATACAACAAGCTGCGAGATCCAGGGGTAAGGTGTACTCCACTCTATTTGAAAGAAT
TGAAGAAGCTCACAGTGTCTGCAAGTGCAACGATGAAGGAGTCAACGTCTTCCTTTGTGT
TGCAAAAGTAAAGGCTGGCGCGTGCACTTGCATTCACTCCAAGATACCGGTGTAGTGGCT
GCGCGCAGTGGTGTCCTGACCTTATCGCAACTCCATGCTGTTGATCAAGAAAGGTTGCCA
AATCAGTTGGGTGCAGTCCCTCCACATTGAAGGAACAAAGAGCTGCCCTTCGAACACTTT
CAGAAGGCCTTGGGCCGTATATCCGAACATCAGGCACTGAAGACAGTTTCTCGTACAAAT
AGTTAGCAAGCTCTACCTCATATTCATGGATTTTCGGCATGCCAATATCTGACAAGTAAT
CACATGCTGCTCCAAGGGCAATTGCTTCACCAATTGCAGGTGTTCCAGCTT

QA 1 651 1 651
DS 



AS 2 6

CO CL1607Contig1 700 3 2 U
GGAGATCAGATCTCAGTATCCTACATTCATATAACATAACCAATAATGGCTCGCTGCGAC
ATTCTCCTCCTCTCCGTCCTCCTCGTCATCGCCACCTTCTCCTCAGTCTCATTCGGCGAC
GATGATGCAGAATGTGTCTACACATTCTACCTCAGGACCGGATCGATCTGGAAAGCCGGC
ACTGAATCGATCATAAGCGCTAGAATCTACGACAAATACGGAGACTACATTGGGATCCGA
AACCTAGAGGCATGGGGTGGGTTAATGGGACCAGGTTACAAGTACTACGAGAGGGGTAAT
CTGGACATTTTCAGTGGGAAAGCACCGTGTCTTCCTAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTG
ACCTCCGATGGCTCCGGCGACCACCACGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACG
GCAGGAGTCCACGCTAAGTGCTCGCAGCAAAGCTTTGAAGTTGAGCAGTGGCTTGCGACC
GATACTTCGCCTTATAATCTCACTGCTGTTAGGAATAACTGCCCGGTTTCTCTTAGGGAG
AGTGTTGGTCGGGTCGGGTCTGAGATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTGTGGATTGAT
AGATGAATGAATGTGTGTGTTTTTGGAGACTTGTTCTATGTTGTCTTGTGAACGTGTGAT
TGCAATAAAGAAAAATGATTCGATCAAATAAAATTTTCAG


BQ
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3BS70TF U 1
AF RR3ET23TF U 16
AF RR3BS70JQ C 153
BS 1 669 RR3BS70TF
BS 670 700 RR3ET23TF

RD RR3BS70TF 669 0 0
GGAGATCAGATCTCAGTATCCTACATTCATATAACATAACCAATAATGGCTCGCTGCGAC
ATTCTCCTCCTCTCCGTCCTCCTCGTCATCGCCACCTTCTCCTCAGTCTCATTCGGCGAC
GATGATGCAGAATGTGTCTACACATTCTACCTCAGGACCGGATCGATCTGGAAAGCCGGC
ACTGAATCGATCATAAGCGCTAGAATCTACGACAAATACGGAGACTACATTGGGATCCGA
AACCTAGAGGCATGGGGTGGGTTAATGGGACCAGGTTACAAGTACTACGAGAGGGGTAAT
CTGGACATTTTCAGTGGGAAAGCACCGTGTCTTCCTAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTG
ACCTCCGATGGCTCCGGCGACCACCACGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACG
GCAGGAGTCCACGCTAAGTGCTCGCAGCAAAGCTTTGAAGTTGAGCAGTGGCTTGCGACC
GATACTTCGCCTTATAATCTCACTGCTGTTAGGAATAACTGCCCGGTTTCTCTTAGGGAG
AGTGTTGGTCGGGTCGGGTCTGAGATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTGTGGATTGAT
AGATGAATGAATGTGTGTGTTTTTGGAGACTTGTTCTATGTTGTCTTGTGAACGTGTGAT
TGCAATAAA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3ET23TF 685 0 0
GG
ATCCTACATTCATATAACATAACCAATAATGGCTCGCTGCGACATTCTCCTCCTCTCCGT
CCTCCTCGTCATCGCCACCTTCTCCTCAGTCTCATTCGGCGACGATGATGCAGAATGTGT
CTACACATTCTACCTCAGGACCGGATCGATCTGGAAAGCCGGCACTGAATCGATCATAAG
CGCTAGAATCTACGACAAATACGGAGACTACATTGGGATCCGAAACCTAGAGGCATGGGG
TGGGTTAATGGGACCAGGTTACAAGTACTACGAGAGGGGTAATCTGGACATTTTCAGTGG
GAAAGCACCGTGTCTTCCTAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTGACCTCCGATGGCTCCGG
CGACCACCACGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTCCACGCTAA
GTGCTCGCAGCAAAGCTTTGAAGTTGAGCAGTGGCTTGCGACCGATACTTCGCCTTATAA
TCTCACTGCTGTTAGGAATAACTGCCCGGTTTCTCTTAGGGAGAGTGTTGGTCGGGTCGG
GTCTGAGATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTGTGAATTGATAAATGAATGAATGTGTG
TGTTTTTGGAGACTTGTTCTATGTTGTCTTGTGAACGTGTGATTGCAATAAAGAAAAATG
ATTCGATCAAATAAAATTTTCAG

QA 3 685 3 685
DS 

RD RR3BS70JQ 530 0 0
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CAAATACGGAGACTACATTGGGATCCGAAACCTAGAGGCATGGGGTGGGTTAATGGGACC
AGGTTACAAGTACTACGAGAGGGGTAATCTGGACATTTTCAGTGGGAAAGCACCGTGTCT
TCCTAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTGACCTCCGATGGCTCCGGCGACCACCACGGTTG
GTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTCCACGCTAAGTGCTCGCAGCAAAG
CTTTGAAGTTGAGCAGTGGCTTGCGACCGATACTTCGCCTTATAATCTCACTGCTGTTAG
GAATAACTGCCCGGTTTTTTTTAGGGAGAGTGTTGGTCGGGTCGGGTTTGAGATCCGGAA
GACTCTCTCTTGGATCGTGTGGATTGATAGATGAATGAATGTGTGTGTTTTTGGAGACTT
GTTCTATGTTGTCTTGTGAACGTGTGATTGCAATAAAGAAAAATGATTCG

QA 1 530 1 530
DS 



CO CL1607Contig2 697 3 6 U
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GCCCTCCTCGTCATCGCCACCTTCTCCTCAGTCTCATTCGCCGACGATGATGCAGAATGT
GTGTACACATTCTACCTCAGGACCGGATCGATCTGGAAAGCCGGCACTGAATCGATCATA
AGCGCTAGAATCTACGACAAATACGGAGACTACATTGGGATCCGAAATCTAGAGGCATGG
GGTGGGCTAATGGGACCAGGTTACAAGTACTACGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGT
GGGAAAGCACCGTGTCTTCCAAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTGACCTCCGACGGCTCT
GGCGACCACCACGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTCCACGCT
AAGTGCTCGCAGCAAAGCTTTGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACCGATACTTCGCCTTAT
AATCTCACTGCTGTTAGGAATAACTGCCCGGTTTCTCTTAGGGAGAGTGCCGGTCTGGTC
GGGTCTGAGATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTGTGAATTGATAAATGAATGAATGTG
TGTGTTTAGAGAGACTTGTTCTATGTTGTCTTGTGAACGTGTGATTGCAATAAAGAAAAA
TGATTCGATCAAATAAAATTTTCAGTTTTTGTCGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3EO38TF U 1
AF RR3EO38JQ C 10
AF RR3FP05TF U 110
BS 1 522 RR3EO38TF
BS 523 523 RR3FP05TF
BS 524 659 RR3EO38TF
BS 660 660 RR3FP05TF
BS 661 685 RR3EO38TF
BS 686 697 RR3FP05TF

RD RR3EO38TF 692 0 0
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GCCCTCCTCGTCATCGCCACCTTCTCCTCAGTCTCATTCGCCGACGATGATGCAGAATGT
GTGTACACATTCTACCTCAGGACCGGATCGATCTGGAAAGCCGGCACTGAATCGATCATA
AGCGCTAGAATCTACGACAAATACGGAGACTACATTGGGATCCGAAATCTAGAGGCATGG
GGTGGGCTAATGGGACCAGGTTACAAGTACTACGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGT
GGGAAAGCACCGTGTCTTCCAAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTGACCTCCGACGGCTCT
GGCGACCACCACGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTCCACGCT
AAGTGCTCGCAGCAAAGCTTTGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACCGATACTTCGCCTTAT
AATCTCACTGCTGTTAGGAATAACTGCCCGGTTTCTCTTAGG*AGAGTGCCGGTCTGGTC
GGGTCTGAGATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTGTGAATTGATAAATGAATGAATGTG
TGTGTTTAGAGAGACTTGTTCTATGTTGTCTTGTGAACGTGTGATTGCAATAAAGAAAA*
TGATTCGATCAAATAAAATTTTCAG
TTTTTGT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3EO38JQ 685 0 0
ATTCACATAATAA
AACCAATAATGGCTCGCCGCGACGTTCTCCTCCTCTCCGCCCTCCTCGTCATCGCCACCT
TCTCCTCAGTCTCATTCGCCGACGATGATGCAGAATGTGTGTACACATTCTACCTCAGGA
CCGGATCGATCTGGAAAGCCGGCACTGAATCGATCATAAGCGCTAGAATCTACGACAAAT
ACGGAGACTACATTGGGATCCGAAATCTAGAGGCATGGGGTGGGCTAATGGGACCAGGTT
ACAAGTACTACGAGAGGGGTAATCTCGACATTTTCAGTGGGAAAGCACCGTGTCTTCCAA
GCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTGACCTCCGACGGCTCTGGCGACCACCACGGTTGGTATG
TTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGGAGTCCACGCTAAGTGCTCGCAGCAAAGCTTTG
AAGTTGAGCAATGGCTTGCGACCGATACTTCGCCTTATAATCTCACTGCTGTTAGGAATA
ACTGCCCGGTTTCTCTTAGGGAGAGTGCCGGTCTGGTCGGGTCTGAGATCCGGAAGACTC
TCTCTTGGATCGTGTGAATTGATAAATGAATGAATGTGTGTGTTTAGAGAGACTTGTTCT
ATGTTGTCTTGTGAACGTGTGATTGCAATAAAGAAAAATGATTCGATCAAATAAAATTTT
CAGTTTTTGT
CG

QA 14 683 14 683
DS 

RD RR3FP05TF 588 0 0
G
TGCAGAATGTGTGTACACATTCTACCTCAGGACCGGATCGATCTGGAAGGCCGGCACTGA
ATCGATCATAAGCGCTAGAATCTACGACAAATACGGAGACTACATTGGGATCCGAAATCT
AGAGGCATGGGGTGGGCTAATGGGACCAGGTTACAAGTACTACGAGAGGGGTAATCTCGA
CATTTTCAGTGGGAAAGCACCGTGTCTTCCAAGCCCAGTCTGTTCGTTGAATCTGACCTC
CGACGGCTCTGGCGACCACCACGGTTGGTATGTTAACTACGTGGAGGTCACGACGGCAGG
AGTCCACGCTAAGTGCTCGCAGCAAAGCTTTGAAGTTGAGCAATGGCTTGCGACCGATAC
TTCGCCTTATAATCTCACTGCTGTTAGGAATAACTGCCCGGTTTCTCTTAGGGAGAGTGT
CGGTCTGGTCGGGTCTGAGATCCGGAAGACTCTCTCTTGGATCGTGTGAATTGATAAATG
AATGAATGTGTGTGTTTTTAGAGACTTGTTCTATGTTGTCTTGTGAACGTGTGATTGCAA
TAAAGAAAAATGATTCGATCAAATAAAATTTTCAGTTTTTGTCGATT

QA 2 588 2 588
DS 



AS 2 6

CO CL1608Contig1 839 2 6 U
AGGCATTGAGATGTTCACCACTGAAGACATTGCAGATGGTTTCGTCATGCTCCTAGAGTC
TGCAGAAGACACAGCTCTTGACATCCTGGATGCTTCCAACGAACTTGCTCTCTTCCTAGC
TAGAGCTGTGATCGATGATGTTTTATCACCTTTTAGCCTCGAGGAGATCTCTAGTAGACT
GCCACCAAACTCAAGCGGGACTGAAACCGTGAAGATGGCTAGGTCACTTATCTTTGCACG
CCACGCAGGGGAGAGGCTTCTGCGTTGCTGGGGAGGTGGAACAGGATGGGCAGTGGAAGA
CGCTAAAGACAAGATCTTGAATCTTCTAGAGGAATATGAAAGCTCAGGGCTCGTATCAGA
AGCTTGCAAATGCATCCGTGAGCTAGGCATGCCTTTCTTCAACCACGAGGTGGTGAAAAA
GGCGCTGGTCATGGCCATGGAGAAGAAGAAGGACAAGATTGTGCTTGAGCTTCTCCAGGA
GAGTTTCGGTGAAGGGCTCATAACCACAAACCAGATGACCAAAGGGTTTACTAGAGTCAA
AGACGGGCTTGAAGATCTTGCCTTGGACATCCCAAACGCAAAGGAGAAGTTCAGTGAGTA
TGTGGAGCATGCGAAGAAGAGTGGTTGGGTCTCCTCCTCGTTTGTAACTTCACTTACCGA
AGATGCTAGGCTAGCCTAAACCAATGTACAAGTTTGTTGAGCATCATCCCTTTTGTTGTT
TCTTTGCACTTTTATGCTTTGAGAATTCTACAAGGGAGAGAGCTATAATCTTTTCACGGA
TGATTAAAAACGTTTGTTTCTTCAGGGACCAGTTTTTAAAAATAAAGAACTTTTGGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ44TF U 1
AF RR3FQ44JQ C 192
BS 1 646 RR3FQ44TF
BS 647 647 RR3FQ44JQ
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BS 683 741 RR3FQ44TF
BS 742 839 RR3FQ44JQ

RD RR3FQ44TF 741 0 0
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TGCAGAAGACACAGCTCTTGACATCCTGGATGCTTCCAACGAACTTGCTCTCTTCCTAGC
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GCCACCAAACTCAAGCGGGACTGAAACCGTGAAGATGGCTAGGTCACTTATCTTTGCACG
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AGACGGGCTTGAAGATCTTGCCTTGGACATCCCAAACGCAAAGGAGAAGTTCAGTGAGTA
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QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3FQ44JQ 648 0 0
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AGATCTTGAATCTTCTAGAGGAATATGAAAGCTCAGGGCTCGTATCAGAAGCTTGCAAAT
GCATCCGTGAGCTAGGCATGCCTTTCTTCAACCACGAGGTGGTGAAAAAGGCGCTGGTCA
TGGCCATGGAGAAGAAGAAGGACAAGATTGTGCTTGAGCTTCTCCAGGAGAGTTTCGGTG
AAGGGCTCATAACCACAAACCAGATGACCAAAGGGTTTACTAGAGTCAAAGACGGGCTTG
AAGATCTTGCCTTGGACATCCCAAACGCAAAGGAGAAGTTCAGTGAGTATGTGGAGCATG
CGAAGAAGAGTGGTTGGGTCTCCTCCTCGTTTGTAACTTCACTTACCGAAGATGCTAGGC
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TTATGCTTTGAGAATTCTACAAGGGAGAGAGCTATAATCTTTTCACGGATGATTAAAAAC
GTTTGTTTCTTCAGGGACCAGTTTTTAAAAATAAAGAACTTTTGGGGC

QA 1 648 1 648
DS 



CO CL1608Contig2 1180 4 14 U
CTCTCTCCCTTGTAGAATTCTCAAAGCATAAAAGTGCAAAGAAACGACAAAAGGGATGAT
GATGCTCAAAGAGAGAAACAAGCTTGTACATTGGTTTTAGCCTAGCTTAGCATCTTCGGT
AAGTGAAGTTACAAACGAGGAGGAGACCCAACCATTCTTCTTTGCATGCTCCACATACTC
ACTGAACTT**CCTTTGCGTTTGGGATGTCCAAGGCAAGATCTTCAAGCCCGTCTTTGAC
TCTAGTAAACCCTTTGGTCATCTGGTTTGTGGTTATGAGCCCTTCACCGAAACTCTCCTG
GAGAAGCTCAAGCACAATCTTGTCCTTCTTCTTCTCCATGGCCATGACCAGCGCCTTTTT
CACCACCTCGTGGTTGAAGAAAGGCATGCCTAGCTCACGGATGCATTTGCAAGCTTCTGA
TACGAGCCCTGAGCTTTCATATTCCTCCAGGAGATTCAAGATCTTGTCTTTAGCGTCTTC
TACTGCCCATCCCGTTCCACCTCCCCAGCAACGCAGAAGCCTCTCCCCTGCATGGAGTGC
AAAGATAAGTGACCTAGCCATCTTCACGGTTTCAGTCCCGCTTGAGTTTGGTGGCAGTCT
GCTAGAGATCTCCTCGAGGCTAAAAGGTGATAAAACATCATCGATCACAGCTCTAGCTAG
GAAGAGAGCAAGTTCGTTGGAAGCATCCAGGATGTCAAGAGCTGTGTCTTCTGCAGACTC
TAGGAGCATGACGAAACCATCTGCGACATCTTCAGTGGTGAACAGCTCAATGTGAAGTGA
AGAGAGGAGAGTAGATGCCATCTCTTTCTCACGATTCTTCCTGTCTAGAGCAAGTGTTAC
CAGCTTCTTTAGAAAGATTGGGTTGTACTCAGGTGCTCCCAAGTCCTCAAGACTGCGTAT
GAGCTCAGGTATGTCATCGGAATTGAAATACTCATGAATGATGGTCACAACCTCTTCCTT
GAACCGCTTGAGTTTCTCATTCTCCATCTCCTGTCGTCCACTTTCACCAGAGGGATCACT
AAACGAAGCATCAAGCCAACCACCAGAGACAGCCTTTGGCACAATCGAATCAAATTTGGT
TTTAGCTGAAGGAATGTCAAGAGCAAGATCATCGAGGCTTTCCCTTAACCTTGAGAACCC
CTTCACCATTTGACTAGAGCTTATCAGGTTCTCCGAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GM31JQ U 103
AF RR3DS10JQ U 61
AF RR3GM31TF C 1
AF RR3DS10TF C 394
BS 1 76 RR3GM31TF
BS 77 102 RR3DS10JQ
BS 103 302 RR3GM31JQ
BS 303 303 RR3DS10JQ
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BS 448 452 RR3DS10JQ
BS 453 453 RR3GM31TF
BS 454 512 RR3DS10JQ
BS 513 535 RR3GM31TF
BS 536 536 RR3DS10TF
BS 537 618 RR3GM31TF
BS 619 619 RR3DS10TF
BS 620 675 RR3GM31TF
BS 676 1180 RR3DS10TF

RD RR3GM31JQ 357 0 0
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TGCATGCTCCACATACTCACTGAACTT**CCTTTGCGTTTGGGATGTCCAAGGCAAGATC
TTCAAGCCCGTCTTTGACTCTAGTAAACCCTTTGGTCATCTGGTTTGTGGTTATGAGCCC
TTCACCGAAACTCTCCTGGAAAAGCTCAAGCACAATCTTGTCCTTCTTCTTCTCCATGGC
CATGACCAGCGCCTTTTTCACCACCTCGTGGTTGAAGAAAGGCATGCCTAGCTCACGGAT
GCATTTGCAAGCTTCTGATACGAGCCCTGAGCTTTCATATTCCTC
CAGGAAATTCAA

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DS 

RD RR3DS10JQ 452 0 0
GATGCTCAAAGAGAGA
AACAAGCTTGTACATTGGTTTTAGCCTAGCTTAGCATCTTCGGTAAGTGAAGTTACAAAC
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GCGTTTGGGATGTCCAAGGCAAGATCTTCAAGCCCGTCTTTGACTCTAGTAAACCCTTTG
GTCATCTGGTTTGTGGTTATGAGCCCTTCACCGAAACTCTCCTGGAGAAGCTCAAGCACA
ATCTTGTCCTTCTTCTTCTCCATGGCCATGACCAGCGCCTTTTTCACCACCTCGTGGTTG
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TCATATTCCTCCAGGAAATTCAAGATCTTGTCTTTAGCGTCTTCTACTGCCCATCCCGTT
CCACCTCCCCAGCAAC

QA 17 452 17 452
DS 

RD RR3GM31TF 676 0 0
CTCTCTCCCTTGTAGAATTCTCAAAGCATAAAAGTGCAAAGAAACGACAAAAGGGATGAT
GATGCTCAAAGAGAGAAACAAGCTTGTACATTGGTTTTAGCCTAGCTTAGCATCTTCGGT
AAGTGAAGTTACAAACGAGGAGGAGACCCAACCATTCTTCTTTGCATGCTCCACATACTC
ACTGAACTT**CCTTTGCGTTTGGGATGTCCAAGGCAAGATCTTCAAGCCCGTCTTTGAC
TATAGTAAACCCTTTGGTCATCTGGTTTGTGGTTATGAGCCCTTCACCGAAACTCTCCTG
GAGAAGCTCAAGCACAATCTTGTCCTTCTTCTTCTCCATGGCCATGACCAGCGCCTTTTT
CACCACCTCGTGGTTGAAGAAAGGCATGCCTAGCTCACGGATGCATTTGCAAGCTTCTGA
TACGAGCCCTGAGCTTTCATATTCCTCCAGGAGATTCAAGATCTTGTCTTTAGCGTCTTC
TACTGCCCATCCCGTTCCACCTCCCCAGCAACGCAGAAGCCTCTCCCCTGCATGGCGTGC
AAAGATAAGTGACCTAGCCATCTTCACGGTTTCAGTCCCGCTTGAGTTTGGTGGCAGTCT
GCTAGAGATCTCCTCGAG*CTAAAAGGTGATAAAACATCATCGATCACAGCTCTAGCTAG
GAAGAGAGCAAGTTC
C

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3DS10TF 787 0 0
CTCACGGATGCATT*GCAAGCTTCTGATACGAGCC*TGAGCTTTCATATTCCTCCAGGAG
ATTCAAGATCTTGTCTTTAGCGTCTTCTACTGCCCATCCCGTTCCACCTCCCCAGCAACG
CAGAAGCCTCTCCCCTGCATGGAGTGCAAAGATAAGTGACCTAGCCATCTTCACGGTTTC
AGTCCCGCTTGAGTTTGGTGGCAGTCTGCTAGAGATCTCCTCGAGGCTAAAAGGTGATAA
AACATCATCGATCACAGCTCTAGCTAGGAAGAGAGCAAGTTCGTTGGAAGCATCCAGGAT
GTCAAGAGCTGTGTCTTCTGCAGACTCTAGGAGCATGACGAAACCATCTGCGACATCTTC
AGTGGTGAACAGCTCAATGTGAAGTGAAGAGAGGAGAGTAGATGCCATCTCTTTCTCACG
ATTCTTCCTGTCTAGAGCAAGTGTTACCAGCTTCTTTAGAAAGATTGGGTTGTACTCAGG
TGCTCCCAAGTCCTCAAGACTGCGTATGAGCTCAGGTATGTCATCGGAATTGAAATACTC
ATGAATGATGGTCACAACCTCTTCCTTGAACCGCTTGAGTTTCTCATTCTCCATCTCCTG
TCGTCCACTTTCACCAGAGGGATCACTAAACGAAGCATCAAGCCAACCACCAGAGACAGC
CTTTGGCACAATCGAATCAAATTTGGTTTTAGCTGAAGGAATGTCAAGAGCAAGATCATC
GAGGCTTTCCCTTAACCTTGAGAACCCCTTCACCATTTGACTAGAGCTTATCAGGTTCTC
CGAAGCC

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 6

CO CL1609Contig1 704 6 2 U
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AAGAGAAACAAAATGGCGGCCATGAACTCGAGTGTTCTCACATGCAGCTACGCAATCTCT
GGTGGTAGCTCGGCAGAGCTGAACCAGAGAGTGGGTTTAGTGAATTCATCAGTTGGGTTT
GGTCAAAAGAAACAAACGCTTCCTGTGATCAAAGCTCAACAACGAGATGGTGGTGATGAT
GTTAATGGAAGAAGATCAGCCATGGTAATCTTAGCTGCTACACTCTTCTCCTCTGCTTCT
GCTAATGCTGGTGTCATCGATGAGTATCTTGAGAAGAGCAAAGCCAACAAAGAACTGAAT
GATAAGAAGAGATTGGCAACAAGTGGAGCAAACTTTGCGAGAGCATTTACTGTCCAGTTC
GGAAGCTGCAAGTTCCCTGAGAATTTCACTGGTTGCCAAGATCTTGCCAAGCAAAAGAAA
GTACCATTCATCTCAGAAGATTTGGCGTTGGAATGCGAAGGCAAAGACAAGTACAAGTGT
GGTTCCAATGTTTTCTGGAAATGGTGATCATGTTTTGTTGTCTTTTTTAAATCCATTCTT
TGTATAAACTCAACAGTGTATCTCTCTCTCTCTCTTTATTCATCAAAGTTCTCATACTCA
TTTGAATCTATAAAGTGAATATTGAGAGAATAATATTATTGCAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG39JQ C 1
AF RR3GG39TF U 1
AF RR3FB16TF U 39
AF RR3FB16JQ C 121
AF RR3CR74TF U 48
AF RR3CR74JQ C 48
BS 1 653 RR3GG39TF
BS 654 704 RR3CR74JQ

RD RR3GG39JQ 643 0 0
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GATAAGAAGAGATTGGCAACAAGTGGAGCAAACTTTGCGAGAGCATTTACTGTCCAGTTC
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TGTATAAACTCAACAGTGTATCTCTCTCTCTCTCTTTATTCAT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3GG39TF 653 0 0
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GGTCAAAAGAAACAAACGCTTCCTGTGATCAAAGCTCAACAACGAGATGGTGGTGATGAT
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GCTAATGCTGGTGTCATCGATGAGTATCTTGAGAAGAGCAAAGCCAACAAAGAACTGAAT
GATAAGAAGAGATTGGCAACAAGTGGAGCAAACTTTGCGAGAGCATTTACTGTCCAGTTC
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TGTATAAACTCAACAGTGTATCTCTCTCTCTCTCTTTATTCATCAAAGTTCTC

QA 1 653 1 653
DS 

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GG
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CACTCTTCTCCTCTGCTTCTGCTAATGCTGGTGTCATCGATGAGTATCTTGAGAAGAGCA
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CATCAAAGTTCTC
AC

QA 3 615 3 615
DS 

RD RR3FB16JQ 535 0 0
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GGTCAAAAGAAACAAACGCTTCCTGTGATCAAAGCTCAACAACGAGATGGTGGTGATGAT
GTTAATGGAAGAAGATCAGCCATGGTAATCTTAGCTGCTACACTCTTTTCCTCTGCTTCT
GCTAATGCTGGTGTCATCGATGAGTATCTTGAGAAGAGCAAAGCCAACAAAGAACTGAAT
GATAAGAAGAGATTGGCAACAAGTGGAGCAAACTTTGCGAGAGCATTTACTGTCCAGTTC
GGAAGCTGCAAGTTCCCTGAGAATTTCACTGGTTGCCAAGATCTTGCCAAGCAAAAGAAA
GTACCATTCATCTCAGAAGATTTGGCGTTGGAATGCGAAGGCAAAGACAAGTACAAGTGT
GGTTCCAATGTTTTCTGGAAATGGTGATCATGTTTTGTTGTCTTTTTTAAATCCATTCTT
TGTATAAACTCAACAGTGTATCTCTCTCTCTCTCTTTATTCATCAAAGTTCTC
AC

QA 1 533 1 533
DS 

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GG
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CCTCTGCTTCTGCTAATGCTGGTGTCATCGATGAGTATCTTGAGAAGAGCAAAGCCAACA
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CTGTCCAGTTCGGAAGCTGCAAGTTCCCTGAGAATTTCACTGGTTGCCAAGATCTTGCCA
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AGTACAAGTGTGGTTCCAATGTTTTCTGGAAATGGTGATCATGTTTTGTTGTCTTTTTTA
AATCCATTCTTTGTATAAACTCAACAGTGTACCTCTCTCTCTCT
TTATTCA

QA 3 586 3 586
DS 

RD RR3CR74JQ 657 0 0
GG
GAACAAAGCAAAAGAGAAACAAAATGGCGGCCATGAACTCGAGTGTTCTCACATGCAGCT
ACGCAATCTCTGGTGGTAGCTCGGCAGAGCTGAACCAGAGAGTGGGTTTAGTGAATTCAT
CAGTTGGGTTTGGTCAAAAGAAACAAACGCTTCCTGTGATCAAAGCTCAACAACGAGATG
GTGGTGATGATGTTAATGGAAGAAGATCAGCCATGGTAATCTTAGCTGCTACACTCTTCT
CCTCTGCTTCTGCTAATGCTGGTGTCATCGATGAGTATCTTGAGAAGAGCAAAGCCAACA
AAGAACTGAATGATAAGAAGAGATTGGCAACAAGTGGAGCAAACTTTGCGAGAGCATTTA
CTGTCCAGTTCGGAAGCTGCAAGTTCCCTGAGAATTTCACTGGTTGCCAAGATCTTGCCA
AGCAAAAGAAAGTACCATTCATCTCAGAAGATTTGGCGTTGGAATGCGAAGGCAAAGACA
AGTACAAGTGTGGTTCCAATGTTTTCTGGAAATGGTGATCATGTTTTGTTGTCTTTTTTA
AATCCATTCTTTGTATAAACTCAACAGTGTACCTCTCTCTCTCT**TTATTCATCAAAGT
TCTCATACTCATTTGAATCTATAAAGTGAATATTGAGAGAATAATATTATTGCAC

QA 3 657 3 657
DS 



AS 1 6

CO CL1610Contig1 822 6 6 U
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GTTAATTGTTTTCCTT*AAAATAGATAAGCATGAACCCAAACGAACTAGAACATAACATA
TTTAGATAGTGAACAAAAGATAGACCAGACCATCCATCGTCTTCAGAGCATCATCAAGAC
AGAAAACAAGCAGAGGAACAAAGTGTTGGAATTACGCAGCACGAAACCGGTGCTTTCGTT
TGAGTAATCCGGGTTTAACCCGGTTCCGGTAGCATCAGTGATATTGCCTCCTAGCAGTCC
GGTGGTTGGTGTGCCAGTGAATGGACTGCCAGTGTATGGACTGTTTCCACCGGGAAATGT
CGTGATAGAGTTGTTTCCCTTTGGACTGCTTTTACCTGGCGTCACGGTGCTGCTGCTACC
ACCTCCAGTGCCACTAACACTAGAAGGGAATGGACATCCTGAATAGCTGGGATCAGTGGT
GGTAGGAGTGGCAGTACCAGTGAAGTTACAAGACTCAGAAGCTTGCCTTTTCTTCTGAAA
GAAGCTATTGACAGCATAGTTACAATGAGCTCTAACATTGTCAGGGTTGAAGCAAGACCC
TTTTGGGTGAGTTGGGTTACAGTCAGCTCCATTTCCACAAGCATAGTCCAATGTCCTTTG
TAGCACTGAGTCACTCAGCCCTGTTTTGCACACACACCATGTGGCGCTACAATGGCCAGC
CATGAGGAGACTGAGAAGATAGAGAAACAGAACAGCCATGAGAGGAATGCAGATACACAA
ATGTTCACTGTTGATTAGTCGAAACAGAGAGGGATAGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F934JQ U 145
AF RR3FS94JQ U 1
AF RR3AM90JQ U 7
AF RR3AM90TF C 7
AF RR3FS94TF C 53
AF RR3F934TF C 84
BS 1 612 RR3FS94JQ
BS 613 613 RR3AM90JQ
BS 614 722 RR3FS94JQ
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BS 793 815 RR3FS94TF
BS 816 822 RR3F934TF

RD RR3F934JQ 365 0 0
CCAA
ACCATCCATCGTCTTCAGAGCATCATCAAGACAGAAAACAAGCAGAGGAACAAAGTGTTG
GAATTACCCAGCACGAAACCGGTGCTTTCGTTTGAGTAATCCGGGTTTAACCCGGTTCCG
GTAGCATCAGTGATATTGCCTCCTAACAGTCCGGTGGTTGGTGTGCCAGTGAATGGACTG
CCAGTGTATGGACTGTTTCCACCGGGAAATGTCGTGATAGAGTTGTTTCCCTTTGGACTG
CTTTTACCTGGCGTCACGGTGCTGCTGCTACCACCTCCAGTGCCACTAACACTAGAAGGG
AATGGACATCCTGAATAGCTGGGATCAGTGGTGGTAGGAGTGGCAGTACCAGTGAAGTTA
C

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DS 

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GTTAATTGTTTTCCTT*AAAATAGATAAGCATGAACCCAAACGAACTAGAACATAACATA
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GGTAGGAGTGGCAGTACCAGTGAAGTTACAAGACTCAGAAGCTTGCCTTTTCTTCTGAAA
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TTTTGGGTGAGTCGGGTTACAGTCAGCTCCATTTCCACAAGCATAGTCCAATGTCCTTTG
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CA

QA 1 722 1 722
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ATTGACAGCATAGTTACAATGAGCTCTAACATTGTCAGGGTTGAAGCAAGACCCTTTTGG
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TGTTTTCCTTTAAAATAGATAAGCATGAACCCAAACGAACTAGAACATAACATATTTAGA
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CAAGCAGAGGAACAAAGTGTTGGAATTACGCAGCACGAAACCGGTGCTTTCGTTTGAGTA
ATCCGGGTTTAACCCGGTTCCGGTAGCATCAGTGATATTGCCTCCTAGCAGTCCGGTGGT
TGGTGTGCCAGTGAATGGACTGCCAGTGTATGGACTGTTTCCACCGGGAAATGTCGTGAT
AGAGTTGTTTCCCTTTGGACTGCTTTTACCTGGCGTCACGGTGCTGCTGCTACCACCTCC
AGTGCCACTAACACTAGAAGGGAATGGACATCCTGAATAGCTGGGATCAGTGGTGGTAGG
AGTGGCAGTACCAGTGAAGTTACAAGACTCAGAAGCTTGCCTTTTCTTCTGAAAGAAGCT
ATTGACAGCATAGTTACAATGAGCTCTAACATTGTCAGGGTTGAAGCAAGACCCTTTTGG
GTGAGTTGGGTTACAGTCAGCTCCATTTCCACAAGCATAGTCCAATGTCCTTTGTAGCAC
TGAGTCACCCAGCCCTGTTTTGCACACACACCATGTGGCGCTACAATGGCCAGCCATGAG
GAGACTGAGAAGATAGAGAAACAGAACAGCCATGAGAGGAATGCAGATACACAAATGTTC
ACTGTT
CC

QA 1 786 1 786
DS 

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TCAGTTTACATGTAATG
TTTCCTT*AAAATAGATAAGCATGAACCCAAACGAACTAGAACATAACATATTTAGATAG
TGAACAAAAGATAGACCAGACCATCCATCGTCTTCAGAGCATCATCAAGACAGAAAACAA
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CGGGTTTAACCCGGTTCCGGTAGCATCAGTGATATTGCCTCCTAGCAGTCCGGTGGTTGG
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GTTGTTTCCCTTTGGACTGCTTTTACCTGGCGTCACGGTGCTGCTGCTACCACCTCCAGT
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GGCAGTACCAGTGAAGTTACAAGACTCAGAAGCTTGCCTTTTCTTCTGAAAGAAGCTATT
GACAGCATAGTTACAATGAGCTCTAACATTGTCAGGGTTGAAGCAAGACCCTTTTGGGTG
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GTTGATTAGTCGAAACAGAGAGGGAT
CC

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CATCGTCT*CAGAGCATCATCAAGACAGAAAACAAGCAGAGGAACAAAGTGTTGGAATTA
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TCAGTGATATTGCCTCCTAGCAGTCCGGTGGTTGGTGTGCCAGTGAATGGACTGCCAGTG
TATGGACTGTTTCCACCGGGAAATGTCGTGATAGAGTTGTTTCCCTTTGGACTGCTTTTA
CCTGGCGTCACGGTGCTGCTGCTACCACCTCCAGTGCCACTAACACTAGAAGGGAATGGA
CATCCTGAATAGCTGGGATCAGTGGTGGTAGGAGTGGCAGTACCAGTGAAGTTACAAGAC
TCAGAAGCTTGCCTTTTCTTCTGAAAGAAGCTATTGACAGCATAGTTACAATGAGCTCTA
ACATTGTCAGGGTTGAAGCAAGACCCTTTTGGGTGAGTTGGGTTACAGTCAGCTCCATTT
CCACAAGCATAGTCCAATGTCCTTTGTAGCACTGAGTCACTCAGCCCTGTTTTGCACACA
CACCATGTGGCGCTACAATGGCCAGCCATGAGGAGACTGAGAAGATAGAGAAACAGAACA
GCCATGAGAGGAATGCAGATACACAAATGTTCACTGTTGATTAGTCGAAACAGAGAGGGA
TAGATTCC

QA 12 739 12 739
DS 



AS 2 6

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CCACATATTTCTAGAGCTCAAGTTTTGACAGTACAAATGTACAGAAAAATCAAAAGTATA
CAGATTCATTACCTAAACAGAAGCTGGTGTTGGTGTAAATGTTGGGGTTGAGGCAGGAAC
TCGGTTTTCAGGCGGGATCTCGGTGAACTCGGAAAAAATTGCTCGGAACTCGTCCCCTCC
AATTGTTTCTTTCTCTAAAAGCACTTCAACTATCTTATCCATGGCCTCACGGTTGTTCCT
TATGTGGCTTAAAGCTATCTCGTATGCACTGTCTGATAGTTTCTTCACAGCTGAATCGAT
GTCTTCAGCAAGCTTCTCAGACATGGAGTTTCTTGCCATCATCCTCATGATCACATCGCT
TTGTGCCGATGAATCCATCAACGACCATGGTCCAATTTCAGACATTCCAAATGTTGTTAC
CATCTGCAGAGAGTAAATAACCAGTAGTCTCATTTATGTACGAGTATGAACAATGCGAAG
CTGAAAGTGTTTAGCCAAACCGGTGATCTGTTGCAAGTCACCAACCGCGCCAGTAGTAAC
CTCAGGCTCACCGAATATGATTTCTTCAGCGGCTCTACCACCGAGTCCACCAACTATTCT
TGCAAAGAGTTGTTGCTTGGAGATGAGGGTAGGGTCATCTGATGGAATGAACCAAGTAAG
ACCTCTCGCTTGTCCTCTTGGTACCAATGTTACCTTTTGCACAGCGTCATGTCCTGGAGT
CAATGTTCCACACACGGCATGACCAACTTCATGGTAAGCAACCAAGCTTTTGCTCTTGCT
ATCAGTCATCACAGTTCCTTCCATGCCAGCAACGATTCTGTCAATAGAGTCATCAATCTC
TTTCGACGATATCGCCGTCTTGGCACGTCGTCCAGCCAATATGGCAGCCTCATTCAAGAG
GTTAGCAAGATCTGCTCCGCTAAATCCAGGTGTTCTCATTGCTATCACTTCAAGTGATAC
ATCATTTTCAGACTTCTTATTACCAGCATGAACCTTGAGGATATCTGTTCTCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT08JQ U 9
AF RR3D147JQ U 1
AF RR3D147TF C 359
BS 1 39 RR3D147JQ
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TTACCTAAACAGAAGCTGGTGTTGGTGTAAATGTTGGGGTTGAGGCAGGAACTCGGTTTT
CAGGGGGGATCTCGGTGAACTCGGAAAAAATTGCTCGGAACTCGTCCCCTCCAATTGTTT
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TTAAAGCTATCTCGTATGCACTGTCTGATAGTTTCTTCACAGCTGAATCGATGTCTTCAG
CAAGCTTCTCAAACATGGAGTTTCTTGCCATCATCCTCATGA

QA 1 402 1 402
DS 

RD RR3D147JQ 588 0 0
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CCACATATTTCTAGAGCTCAAGTTTTGACAGTACAAATGTACAGAAAAATCAGAAGTATA
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TCGGTTTTCAGGCGGGATCTCGGTGAACTCGGAGAGAATTGCTCGGAACTCGTCGCCTCC
AATTGTTTCTTTCTCTAGAAGCACTTCAACTATCTTATCCATGGCCTCACGGTTGTTCCT
TATGTGGCTTAAAGCTATCTCGTATGCACTGTCTGATAGTTTCTTCACAGCTGAATCGAT
GTCTTCAGCAAGCTTCTCAGACATGGAGTTTCTTGCCATCATCCTCATGATCACATCGCT
TTGTGCCGATGAATCCATCAACGACCATGGTCCAATTTCAGACATTCCAAATGTTGTTAC
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QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3D147TF 718 0 0
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CTTTGTGCCGATGAATCCATCAACGACCATGGTCCAATTTCAGACATTCCAAATGTTGTT
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CTTGCAAAGAGTTGTTGCTTGGAGATGAGGGTAGGGTCATCTGATGGAATGAACCAAGTA
AGACCTCTCGCTTGTCCTCTTGGTACCAATGTTACCTTTTGCACAGCGTCATGTCCTGGA
GTCAATGTTCCACACACGGCATGACCAACTTCATGGTAAGCAACCAAGCTTTTGCTCTTG
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TCTTTCGACGATATCGCCGTCTTGGCACGTCGTCCAGCCAATATGGCAGCCTCATTCAAG
AGGTTAGCAAGATCTGCTCCGCTAAATCCAGGTGTTCTCATTGCTATCACTTCAAGTGAT
ACATCATTTTCAGACTTCTTATTACCAGCATGAACCTTGAGGATATCTGTTCTCCCCC

QA 1 718 1 718
DS 



CO CL1611Contig2 936 3 6 U
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TGCAAAAGGTAACATTGGTACCAAGAGGACAAGCGAGAGGTCTTACTTGGTTCATTCCAT
CAGATGACCCTACCCTCATCTCCAAGCAACAACTCTTTGCAAGAACAGTTGGTGGACTCG
GTGGTAGAGCCGCTGAAGAAATCATATTCGGTGAGCCTGAGGTTACTACTGGCGCGGTTG
GTGACTTGCAACAGATCACCGGTTTGGCTAAGCAGATGGTAACAACATTTGGAATGTCTG
AAATTGGACCATGGTCGTTGATGGATTCATCGGCACAAAGCGATGTGATCATGAGGATGA
TGGCAAGAAACTCCATGTCTGAGAAGCTTGCTGAAGACATCGATTCAGCTGTGAAGAAAC
TATCAGACAGTGCATACGAGATAGCTCTAAGCCACATAAGGAACAACCGTGAGGCCATGG
ATAAGATAGTTGAAGTGCTTCTAGAGAAAGAAACAATTGGAGGCGACGAGTTCCGAGCAA
TTCTCTCCGAGTTCACCGAGATCCCGCCTGAAAACCGAGTTCCTGCCTCAACCCCAACAT
CTACACCAACACCAGCTTCTGTCTAGGTAATGAATCTGTATACTTCTGATTTTTCTGTAC
ATTTGTACTGTCAAAACTTGAGCTCTAGAAATATGTGGTGATGTCCCAATACTGTGTAAC
ACAAGTAAATGTTATAAGTGGAATTGGTATATTCACCTAAGCTGTGTTCCAAGCTTGAAC
AACCTTCTATAGGATTGAATGTTTGAACATTACTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT08TF U 1
AF RR3FA55TF U 528
AF RR3DE24TF U 304
BS 1 795 RR3DT08TF
BS 796 796 RR3DE24TF
BS 797 838 RR3DT08TF
BS 839 841 RR3DE24TF
BS 842 842 RR3FA55TF
BS 843 936 RR3DE24TF

RD RR3DT08TF 844 0 0
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ACAGAATCGTTGCTGGCATGGAAGGAACTGTGATGACTGATAGCAAGAGCAAAAGCTTGG
TTGCTTACCATGAAGTTGGTCATGCCGTGTGTGGAACATTGACTCCAGGACATGACGCTG
TGCAAAAGGTAACATTGGTACCAAGAGGACAAGCGAGAGGTCTTACTTGGTTCATTCCAT
CAGATGACCCTACCCTCATCTCCAAGCAACAACTCTTTGCAAGAACAGTTGGTGGACTCG
GTGGTAGAGCCGCTGAAGAAATCATATTCGGTGAGCCTGAGGTTACTACTGGCGCGGTTG
GTGACTTGCAACAGATCACCGGTTTGGCTAAGCAGATGGTAACAACATTTGGAATGTCTG
AAATTGGACCATGGTCGTTGATGGATTCATCGGCACAAAGCGATGTGATCATGAGGATGA
TGGCAAGAAACTCCATGTCTGAGAAGCTTGCTGAAGACATCGATTCAGCTGTGAAGAAAC
TATCAGACAGTGCATACGAGATAGCTCTAAGCCACATAAGGAACAACCGTGAGGCCATGG
ATAAGATAGTTGAAGTGCTTCTAGAGAAAGAAACAATTGGAGGCGACGAGTTCCGAGCAA
TTCTCTCCGAGTTCACCGAGATCCCGCCTGAAAACCGAGTTCCTGCCTCAACCCCAACAT
CTACACCAACACCAGCTTCTGTCTAGGTAATGAATCTGTATACTTCTGATTTTTCTGTAC
ATTTGTACTGTCAAA*CTTGAGCTCTAGAAATATGTGGTGATGTCCCAATACTGTGTA
GCACAA

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR3FA55TF 351 0 0
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CGTGAGGCCATGGATAAGATAGTTGAAGTGCTTCTAGAGAAAGAAACAATTGGAGGCGAC
GAGTTCCGAGCAATTCTCTCCGAGTTCACCGAGATCCCGCCTGAAAACCGAGTTCCTGCC
TCAACCCCAACATCTACACCAACACCAGCTTCTGTCTAGGTAATGAATCTGTATACTTCT
GATTTTTCTGTACATTTGTACTGTCAAAACTTGAGCTCTAGAAATATGTGGTGATGTCCC
AATACTGTGTAACACAAGTAAATGTTATAAGTGGAATTGGTATATTCACCT

QA 1 351 1 351
DS 

RD RR3DE24TF 633 0 0
GTAGAGCCGCTGAAGAAATCATATTCGGTGAGCCTGAGGTTACTACTGGCGCGGTTGGTG
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TTGGACCATGGTCGTTGATGGATTCATCGGCACAAAGCGATGTGATCATGAGGATGATGG
CAAGAAACTCCATGTCTGAGAAGCTTGCTGAATACATCGATTCAGCTGTGAAGAAACTAT
CAGACAGTGCATACGAGATAGCTCTAAGCCACATAAGGAACAACCGTGAGGCCATGGATA
AGATAGTTGAAGTGCTTCTAGAGAAAGAAACAATTGGAGGCGACGAGTTCCGAGCAATTC
TCTCCGAGTTCACCGAGATCCCGCCTGAAAACCGAGTTCCTGCCTCAACCCCAACATCTA
CACCAACACCAGCTTCTGTCTAGGTAATGAATCTGTATACTTCTGATTTTTCTGTACATT
TGTGCTGTCAAAACTTGAGCTCTAGAAATATGTGGTGATGTCCCAATACTGTGTAACATA
AGTAAATGTTATAAGTGGAATTGGTATATTCACCTAAGCTGTGTTCCAAGCTTGAACAAC
CTTCTATAGGATTGAATGTTTGAACATTACTTA

QA 1 633 1 633
DS 



AS 2 6

CO CL1612Contig1 582 2 2 U
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AGTTTAGTTTTTGAGACAGTTCGAGTCAAAATAGGGTAATACATCCATTTAAACCATCTC
AAATTTGGTCAAGTATTGAACTCATATATACGAATCCTAACACAGATCTTGTGTCTTGAG
TACATGTGTACGGTATTCTACAAGATCAGGCACGTCGGTACTCGTCTCCACAGTCACCAA
TCACTTGGAGAAGATTTTTACCTTTCTTTGTAGCCTCTTTTATGCTATTCACATCTTCTT
CATCCAATACCAATGAGAATATAGCGTTTGCATCTTGTATATGTTCCGCTAACCCTAGCC
TCACCCCAATCATTGATCCACCAACTCCTTGCTGATCTAGTACGTATCTCACGGCCACAG
TCGGAATAGAAACTCCATGTTTTGTGGCTATGCTCTTCATCGTGCGAAGCAAACCTTGGA
ATAGATTCCACCCTCCCCATGCATCAACCATCCTTTTGTACTTTTGGAGAGAAGGAGTAT
TCAAACTAGGGCCAGCAAAAGGGATGGTTAGATTGGCATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DH43TF C 1
AF RR3DH43JQ U 23
BS 1 26 RR3DH43TF
BS 27 582 RR3DH43JQ

RD RR3DH43TF 582 0 0
TTTTTTTTAAATTTAATATATTTTTAAGGTTTTAGCCCATGTAACAATAGTACAATACAT
AGTTTAGTTTTTGAGACAGTTCGAGTCAAAATAGGGTAATACATCCATTTAAACCATCTC
AAATTTGGTCAAGTATTGAACTCATATATACGAATCCTAACACAGATCTTGTGTCTTGAG
TACATGTGTACGGTATTCTACAAGATCAGGCACGTCGGTACTCGTCTCCACAGTCACCAA
TCACTTGGAGAAGATTTTTACCTTTCTTTGTAGCCTCTTTTATGCTATTCACATCTTCTT
CATCCAATACCAATGAGAATATAGCGTTTGCATCTTGTATATGTTCCGCTAACCCTAGCC
TCACCCCAATCATTGATCCACCAACTCCTTGCTGATCTAGTACGTATCTCACGGCCACAG
TCGGAATAGAAACTCCATGTTTTGTGGCTATGCTCTTCATCGTGCGAAGCAAACCTTGGA
ATAGATTCCACCCTCCCCATGCATCAACCATCCTTTTGTACTTTTGGAGAGAAGGAGTAT
TCAAACTAGGGCCAGCAAAAGGGATGGTTAGATTGGCATCTC

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3DH43JQ 560 0 0
TTTA
AGGTTTTAGCCCATGTAACAATAGTACAATACATAGTTTAGTTTTTGAGACAGTTCGAGT
CAAAATAGGGTAATACATCCATTTAAACCATCTCAAATTTGGTCAAGTATTGAACTCATA
TATACGAATCCTAACACAGATCTTGTGTCTTGAGTACATGTGTACGGTATTCTACAAGAT
CAGGCACGTCGGTACTCGTCTCCACAGTCACCAATCACTTGGAGAAGATTTTTACCTTTC
TTTGTAGCCTCTTTTATGCTATTCACATCTTCTTCATCCAATACCAATGAGAATATAGCG
TTTGCATCTTGTATATGTTCCGCTAACCCTAGCCTCACCCCAATCATTGATCCACCAACT
CCTTGCTGATCTAGTACGTATCTCACGGCCACAGTCGGAATAGAAACTCCATGTTTTGTG
GCTATGCTCTTCATCGTGCGAAGCAAACCTTGGAATAGATTCCACCCTCCCCATGCATCA
ACCATCCTTTTGTACTTTTGGAGAGAAGGAGTATTCAAACTAGGGCCAGCAAAAGGGATG
GTTAGATTGGCATCTC

QA 5 560 5 560
DS 



CO CL1612Contig2 1073 4 2 U
GAGAGAAGAGAAGATAGAGGGTAGAGACGACCACAATGCCTGTGTCCGTACATTCCGTTA
TCGCCACGAACCTAGTAGCAGCAGCTTCATCATCTAATCGGTTTTACCGCAATGTTTCGC
GCCGTCGAATCGGTTCCAGCTCCGTGAGCTGCTCGGTGGAGACGAAGGAGGCTGAACGGT
GGGCGAAGCTGAAAAACGGGAACGACTCGCTCGAGGTTTGCAGAGTGGTTAATGGAATGT
GGCAGACGAGCGGAGGATGGGGAAAGATCGATCGAAACGACGCCGTCTAAGCTATGCTCC
GATACGCCGACGCAGGTCTCTCTACTTTCGACATGGCCGATCACTATGGTCCTGCAGAAG
ATCTCTACGGCATTTTTATCAATAGGGTTCGTAGAGAGCGTCCACCAGAGTATTTGGAAA
AGGTTAAAGGTTTGACAAAATGGGTGCCTCCTCCAGTGAAGATGACGAGCAGCTATGTTC
GTCAAAACATTGACATATCTCGGAAGAGAATGGATGTGGCTTCTCTTGATATGCTTCAGT
TTCACTGGTGGGATTACGCGAATGACGGTTATCTTGATGCACTGAAACACCTTACTGACT
TAAAAGAAGAAAGTAAGATCAAGACTGTTGCTTCGCACGATGAAGAGCATAGCCACAAAA
CATGGAGTTTCTATTCCGACCGTGGCCGTGAGATACGTACTAGATCAGCAAGGAGTTGGT
GGATCAATGATTGGGGTGAGGCTAGGGTTAGCTGAACACATACAAGATGCAAACGCTATA
TTCTCATTGGTATTGGATGATGAAGATGTGAATAGCATACAAGAGGCTACCAAGAAAGGT
AAAAATCTTCTTCAAGTGATTGGTGACTGTGGAGACGAGTACCGACGTGCCTGATCTTGT
AGAATACCGTACACATGTACTCAAGACACAAGATCTGTGTTAGGATTCGTATATATGAGT
TCAATACTTGACCAAATTTGAGATGGTTTAAATGGATGTATTACCCTATTTTGTCTCAAA
CTGTCTCAAAAACTAAACTATGTATTGTACTGTTGTTACATGGGCTAAAACCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E137TF U 1
AF RR3E137JQ C 241
AF RR3F518JQ C 701
AF RR3F518TF U 701
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TTCACTGGTGGGATTACGCGAATGACGGTTATCTTGATGCACTGAAACACCTTACTGACT
TAAAAGAAGAAGGTAAGATCAAGACTGTTGCTTCGCACGATGAAGAGCATAGCCACAAAA
CATGGAGTTTCTATTCCGACCGTGGCCGTGAGATACGTACTAGATCAGCAAGGAGTTGGT
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CGACGTGCCTGATCTTGTAGAATACCGTACACATGTACTCAAGACACAAGATCTGTGTTA
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GGCTAAAACCT

QA 3 373 3 373
DS 



AS 1 5

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BQ
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AF RR3GQ78TF U 6
AF RR3AZ79TF U 1
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AF RR3AZ79JQ C 194
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GGACTCAT
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AGGTACCAAGTCAAGTTCAGGAGAAGGAGAGCTGGAAAGACTGATTACAGAGCAAGAATC
CGTCTCATCAACCAAGACAAGAACAAGTACAACACCCCCAAGTACCGTTTTGTTGTTCGT
TTCACCAACAAAGACATCGTCGCCCAAATCGTGTCCGCGAGCATAGCTGGCGACATTGTC
AAGGCTTCTGCCTATGCACATGAGCTGCCTCAATATGGGCTCACTGTTGGGCTCTCCAAC
TATGCTGCAGCTTACTGTACTGGCCTTCTCTTGGCTCGCCGTGTTTTGAAGATGTTGGAA
ATGGATGCTGAGTATGAAGGCAACGT*GAGGCCACTGGGGAAGACTTCTCTGTGGAACCA
ACTGAGTCGAGGAGACCTTTCCGTGCTCTTCTTGATGTCGGTCTTATCAGGACCACAACA
GGAAACCGCGTCTTCGGTGCACTCAAGGGTGCATTGGACGGAGGTCTTGATATCCCTCAC
AGTGACAAGAGATTTGCCGGTTTCAACAAAGAAAACAAACAGCTTGATGCTGAGATCCAC
AGGAACTACATATATGGTGGCCATGTCTCGAACTATATGAAGATGTTGAATGAAGATGAG
CCGGA*AAGTTTCAAACTCACTTCAGCCAGTACTTGAAGAAAGGAGT
G

QA 9 715 9 715
DS 

RD RR3AZ79TF 806 0 0
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TGCTTACTTCAAGAGGTACCAAGTCAAGTTCAGGAGAAGGAGAGCTGGAAAGACTGATTA
CAGAGCAAGAATCCGTCTCATCAACCAAGACAAGAACAAGTACAACACCCCCAAGTACCG
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TGGCGACATTGTCAAGGCCTCTGCTTATGCACATGAGCTGCCTCACTATGGGCTCACTGT
TGGGCTCTCCAACTACGCTGCAGCTTACTGTACTGGCCTTCTCTTGGCTCGCCGTGTGTT
GAAGATGTTGGAAATGGATGCAGAGTATGAAGGCAACGTAGAGGCCTCTGGAGAAGACTT
TTCTGTGGAACCAACTGAGTCGAGGAGACCTTTCCGTGCTCTTCTTGATGTCGGTCTTAT
CAGGACCACAACAGGAAACCGTGTCTTCGGTGCACTCAAGGGTGCATTGGACGGAGGTCT
TGATATCCCTCACAGTGACAAGAGGTTTGCCGGTTTCAACAAAGAAAACAAACAGCTTGA
TGCTGAGATCCACAGGAACTACATCTATGGTGGCCATGTATCAAACTATATGAAGATGTT
GAACGAAGATGAGCCAGAGAAGTTTCAGACTCACTTCAGTCAGTACTTGAAGAAAGGAGT
TGATGCCGAGAGCATGGAGGAGTTGTACAAGAAAGTTCATGCAGCCATCTGCGCTGACCC
CAACCCAAAGAAGACTGAGAAAC
CTG

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3AV56TF 780 0 0
GG
ATCTCACATAGCTAAACAATGGTGTTTGTGAAGCCATCCAAGTCGAATGCTTACTTCAAG
AGGTACCAAGTCAATTTCAGGAGAAGGAGAGCTGGAAAGACTGATTACAGAGCAAGAATC
CGTCTCATCAACCAAGACAAGAACAAGTACAACACCCCCAAGTACCGTTTTGTCGTCCGT
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AAGGCCTCTGCTTATGCACATGAGCTGCCTCACTATGGGCTCACTGTTGGGCTCTCCAAC
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ATGGATGCAGAGTATGAAGGCAACGTAGAGGCCTCTGTAGAAGACTTTTCTGTGGAACCA
ACTGAGTCGAGGAGACCTTTCCGTGCTCTTCTTGATGTCGGTCTTATCAGGACCACAACA
**AAACCGTGTCTTCGGTGCACTCAAGGGTGCATTGGACGGAGGTCTTGATATCCCTCAC
AGTGACAAGAGGTTTGCCGGTTTCAACAAAGAAAACAAACAGCTTGATGCTGAGATCCAC
AGGAACTACATCTATGGTGGCCATGTATCAAACTATATGAAGATGTTGAACGAAGATGAG
CCAGAGAAGTTTCAGACTCACTTCAGTCAGTACTTGAAGAAAGGAGTTGATGCCGAGAGC
ATGGAGGAGTTGTACAAGAATGTTCATGCAGCCATCCGCGCTGACCCCAACCCAAAGA

QA 3 780 3 780
DS 

RD RR3AZ79JQ 872 0 0
TTCACCAACAAAGACATCGTCGCGCAAATCGTGTCCGCGAGCATAGCTGGCGACATTGTC
AAGGCCTCTGCTTATGCACATGAGCTGCCTCACTATGGGCTCACTGTTGGGCTCTCCAAC
TACGCTGCAGCTTACTGTACTGGCCTTCTCTTGGCTCGCCGTGTGTTGAAGATGTTGGAA
ATGGATGCAGAGTATGAAGGCAACGTAGAGGCCTCTGGAGAAGACTTTTCTGTGGAACCA
ACTGAGTCGAGGAGACCTTTCCGTGCTCTTCTTGATGTCGGTCTTATCAGGACCACAACA
GGAAACCGTGTTTTCGGTGCACTCAAGGGTGCATTGGACGGAGGTCTTGATATCCCTCAC
AGTGACAAGAGGTTTGCCGGTTTCAACAAAGAAAACAAACAGCTTGATGCTGAGATCCAC
AGGAACTACATTTATGGTGGCCATGTATCAAACTATATGAAGATGTTGAACGAAGATGAG
CCAGAGAAGTTTCAGACTCACTTCAGTCAGTACTTGAAGAAAGGAGTTGATGCCGAGAGC
ATGGAGGAGTTGTACAAGAAGGTTCATGCAGCCATTTGCGCTGACCCCAACCCAAAGAAG
ACTGAGAAACCTGCTCCCAAGGCACACAAGAGGTACAATTTGAAGAAGTTGACCTATGAA
GAAAGGAAGAACAAGTTGATTGAGAGAGTTAAGGCATTGAATGGAGCAGCTGGTGGTGAT
GACGATGATGAGGAGGATGAAGAGTAATTCAGTGCAACTATTGTTGTCTCATGATGTCTC
TTGTAGTTTTTTTACTGTTTTGAGCTTAATGCCTCATTTTTACTATTTTCAAGACTAAAA
CACTCAGTTTTTGTTTTCACATTTGAAATGGG

QA 1 872 1 872
DS 

RD RR3AV56JQ 496 0 0
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ATGAGCCAGAGAAGTTTCAGACTCACTTCAGTCAGTACTTGAAGAAAGGAGTTGATGCCG
AGAGCATGGAGGAGTTGTACAAGAAGGTTCATGCAGCCATCCGCGCTGACCCCAACCCAA
AGAAGACTGAGAAACCTGCTCCCAAGGCACACAAGAGGTACAATTTGAAGAAGTTGACCT
ATGAAGAAAGGAAGAACAAGTTGATTGAGAGAGTTAAGGCATTGAATGGAGCAGCTGGTG
GTGATGACGATGATGAGGAGGATGAAGAGTAATTCAGTGCAACTATTGTTGTCTCATGAT
GTCTCTTGTAGTTTTTTTACTGTTTTGAGCTTAATGCCTCATTTTTACTATTTTCAAGAC
TAAAACACTCAGTTTTTGTTTTCACATTTGAAATGGGTTATCCGAGGATTTACTTCTTTT
TTCTTTTAAGAAGTTA

QA 1 496 1 496
DS 



AS 2 6

CO CL1614Contig1 1236 4 3 U
GGATCAGCAAATATGAAAAACAAATCCCAAATCGAAGCAGCTCCGGCTCAGCAGCAGGGA
AGTATGTTTTCTTTTTTCAATTTGTTCCCTTTTCTCCTCCCGACATTTGAGGTTATCAAG
ATGGTTGTTGCTTCCGTCGCCTCAGCAGTCTATTTAGGCTTCGCCGGTGTAACACTCAGT
GGTTCAGCCGTGGCATTAGCCGTATCTACCCCCCTTTTCATCATATTCAGTCCGATTCTC
TTACCTGCCATTGCAGCCACTACTGTCCTAGCCGCTGGGCTCGGCGGTAAAAAAGCGGAT
CAGCAGGCTCAGGCAGGTTCGCCGTCCCTATCTCTGTTGGGCATACCAGAGGCTATTAAA
CCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAACCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAA
CCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAACCAAGTAATATTAAGGACAAAATCAAGGAA
ACGATAGGCAAAGTCAAGAATAAGATCAAAGAGAAAAAGGAAGAAAAATCTAAAGAAAAA
GGTAAATCTGGAGGTGGAGGTTCTCCTAAGGGTGAAGATTCGTCTCCTTCGGATGAGAGT
AAACACAAGAGTGAAGGTAAACACGGAAAGGGTGAGAGTAAACACGAAGGCGGAGGTAAA
CATGGAGGTGGAGGTTCGTCAATGGATAAAGGTAAGCACGGAAGCGGAGGTAAAATGGAA
GTGGAGGTTCGTCGACGGATGAAGCTAAGCATGGAGGTGGAGGTAAACACGGAAGTGGAG
GTTCATCAATGGGTGAAGGTAAACACGGAAGTGGAGGCAAACACGGAAGTGGAGACAAAC
ACGGAAGTGGAGGCAAACACGGAAGTGGAGACAAACACGGAAGTGGAGGCAAACACGAGA
GTGGAGGCAAACACGAGAGTGGAGGCAAACATGGAAGTGGAGACAAACACGGAAGTGGAG
GTTCGTCAATGGGGTGAAGGTAAACACGGGGGGTGGGAGGCTCTTTCTAAAAAAGGAGAA
AAAAGAATTCCATTATGCAGGTTCATCTATGGATGCAAGTAGTTCAAGTGAAAGTCAGAT
GGAAGTCAGATGGAAGTTCAGATGGGTGAAAGTCACATGGGGAGGGGGTGGTAAACACAT
GTGAGTAAACGTGATTTCATGGAAGATAAAAGACATTGGTGGACCTATTCCAATGTTTAG
CATATGACGTGTCATGAATTGTACGGCATTGTAAGG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB40JQ C 1
AF RR3AB40TF U 1
AF RR3BE13TF U 1
AF RR3BA78TF U 447
BS 1 509 RR3AB40TF
BS 510 714 RR3BE13TF
BS 715 1236 RR3BA78TF

RD RR3AB40JQ 511 0 0
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CCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAACCAAGTAATATTAAGGACAAAATCAAGGAA
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AG

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR3AB40TF 511 0 0
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AGTATGTTTTCTTTTTTCAATTTGTTCCCTTTTCTCCTCCCGACATTTGAGGTTATCAAG
ATGGTTGTTGCTTCCGTCGCCTCAGCAGTCTATTTAGGCTTCGCCGGTGTAACACTCAGT
GGTTCAGCCGTGGCATTAGCCGTATCTACCCCCCTTTTCATCATATTCAGTCCGATTCTC
TTACCTGCCATTGCAGCCACTACTGTCCTAGCCGCTGGGCTCGGCGGTAAAAAAGCGGAT
CAGCAGGCTCAGGCAGGTTCGCCGTCCCTATCTCTGTTGGGCATACCAGAGGCTATTAAA
CCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAACCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAA
CCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAACCAAGTAATATTAAGGACAAAATCAAGGAA
ACGATAGGCAAAGTCAAGAATAAGATCAA
AG

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR3BE13TF 723 0 0
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AGTATGTTTTCTTTTTTCAATTTGTTCCCTTTTCTCCTCCCGACATTTGAGGTTATCAAG
ATGGTTGTTGCTTCCGTCGCCTCAGCAGTCTATTTAGGCTTCGCCGGTGTAACACTCAGT
GGTTCAGCCGTGGCATTAGCCGTATCTACCCCCCTTTTCATCATATTCAGTCCGATTCTC
TTACCTGCCATTGCAGCCACTACTGTCCTAGCCGCTGGGCTCGGCGGTAAAAAAGCGGAT
CAGCAGGCTCAGGCAGGTTCGCCGTCCCTATCTCTGTTGGGCATACCAGAGGCTATTAAA
CCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAACCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAA
CCAAGTAATATTATACCAGAGGCTGTTAAACCAAGTAATATTAAGGACAAAATCAAGGAA
ACGATAGGCAAAGTCAAGAATAAGATCAAAGAGAAAAAGGAAGAAAAATCTAAAGAAAAA
GGTAAATCTGGAGGTGGAGGTTCTCCTAAGGGTGAAGATTCGTCTCCTTCGGATGAGAGT
AAACACAAGAGTGAAGGTAAACACGGAAAGGGTGAGAGTAAACACGAAGGCGGAGGTAAA
CATGGAGGTGGAGGTTCGTCAATGGATAAAGGTAAGCACGGAAGCGGAGGTAAA
CATGGAAGT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3BA78TF 790 0 0
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CAAGGAGAAAAAGGAAGAAAAATCTAAAGAAAAAGGTAAATCTGGAGGTGGAGGTTCTCC
TAAGGGTGAAGATTCGTCTTCTTCGGATGAGAGTAAACACAAGAGTGAAGGTAAACACGG
AAAGGGTGAGAGTAAACACGAAGGCGGAGGTAAACATGGAGGTGGAGGTTCGTCAATGGA
TAAAGGTAAGCACGGAAGCGGAGGTAAAATGGAAGTGGAGGTTCGTCGACGGATGAAGCT
AAGCATGGAGGTGGAGGTAAACACGGAAGTGGAGGTTCATCAATGGGTGAAGGTAAACAC
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GGAGACAAACACGGAAGTGGAGGCAAACACGAGAGTGGAGGCAAACACGAGAGTGGAGGC
AAACATGGAAGTGGAGACAAACACGGAAGTGGAGGTTCGTCAATGGGGTGAAGGTAAACA
CGGGGGGTGGGAGGCTCTTTCTAAAAAAGGAGAAAAAAGAATTCCATTATGCAGGTTCAT
CTATGGATGCAAGTAGTTCAAGTGAAAGTCAGATGGAAGTCAGATGGAAGTTCAGATGGG
TGAAAGTCACATGGGGAGGGGGTGGTAAACACATGTGAGTAAACGTGATTTCATGGAAGA
TAAAAGACATTGGTGGACCTATTCCAATGTTTAGCATATGACGTGTCATGAATTGTACGG
CATTGTAAGG

QA 1 790 1 790
DS 



CO CL1614Contig2 830 2 5 U
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TATATTTTCACTATACATTGTATCATAATAGTCTTTCTGTCTTATCATATTAATCAGTTT
TAACCATTACATATATTAACATAAAAATTGTAAAAAGTTTTTTTTCCCTTACAATGCCGT
ACAATTCATGACACGTCATATGCTAAACATTGGAATAGGTCCACCAATGTCTTTTATTCT
TCCATGAATTCACGTTTACTCACATGTGTTTACCACCACTCCCATGTGAACTTTCACCAT
CTGAACTTCCATCTGAACTTCCATCTGAACTTTCACTTGAACTACTTGCATCCATAGATG
AACCTGCATAATGGAATTCTTTTTTCTCCTTTTTAGAAAAGCCTCCACCCCCGTGTTTAC
CTTCACCCATTGACGAACCTCCACTTCCGTGTTTGTCTCCACTTCCATGTTTGCCTCCAC
TCTCGTGTTTGCCTCCACTATCGTGTTTGCCTCCACTTCCGTGTTTGTCTCCACTTCCGT
GTTTGCCTCCACTTCCGTGTTTGTCTCCACTTCCGTGTTTGCCTCCACTTCCGTGTTTAC
CTTCACCCATTGATGAACCTCCACTTCCGTGTTTACCTCCACCTCCATGCTTAGCTTCAT
CCGTCGACGAACCTCCACTTCCATGTTTACCTCCGCTTCCGTGCTTACCTTTATCCATTG
ACGAACCTCCACCTCCATGTTTACCTCCGCCTTCGTGTTTACTCTCACCCTTTCCGTGTT
TACCTTCACTCTTGTGTTTACTCTCATCCGAAGAAGACGAATCTTCACCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BA78JQ U 1
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QA 1 830 1 830
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TGAACTTCCATCTGAACTTCCATCTGAACTTTCACTTGAACTACTTGCATCCATAGATGA
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QA 1 780 1 780
DS 



AS 2 6

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BQ
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AF RR3A217TF U 1
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QA 1 628 1 628
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QA 3 587 3 587
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QA 3 587 3 587
DS 

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GCGCTTGCTTGGAGCTACCATCTCTCTGAAACCTTACTGCCTCGGTCTACTATGTACATT
CTTTCTATTTCTCGCTGCTTTGTTATGTCTGAAGCTATGGAACTTGCTTTGTTATGAACT
TATCAACATATAATCCTCTCTTGTACTC

QA 1 628 1 628
DS 



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TTACTTTGCTTTG


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FS64JQ C 1
AF RR3FS64TF U 1
BS 1 3 RR3FS64JQ
BS 4 613 RR3FS64TF

RD RR3FS64JQ 613 0 0
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TTCAGCGAAACGCGTGCAATTATGGCGATCAGTTCCTTCAAGCAAGAGCATCCTCTCGAA
AAGAGACAGGCTGAAGCTGCTCGTATCAGGGACAAGTATCCAGATAGAATACCCGTCATT
GTCGAAAGAGCCGAGAAGAGTGATGTCCCTGATATTGATAAGAAAAAGTACTTGGTCCCA
GCTGATCTGACTGTTGGTCAGTTTGTTTATGTTGTCCGCAAGAGGATCAAGCTCAGTCCT
GAGAAAGCCATCTTCATTTTCGTCAAGAACATTCTTCCCCCTACTGCTGCGATTATGTCG
TCGATTTATGAAGAGCACAAAGACGAAGATGGGTTTCTCTACATGAGTTACAGTGGCAAG
AACACATTCGGGATCTTTTAATGTGCTTGGAGCTCTACCATATCTCTGAACCTAAAGATC
CATCGGTCTACTATGTACATTCTTTCTATTTCTTTCTGCTTTGTTATGTCTGAAGCTATG
GAACTTGCTTTGTTATGAACTTATCAACATATAATCCTCTCTTGTACTCTTCGCTTTGCT
TTACTTTGCTTTG

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3FS64TF 613 0 0
GGG
GATATCCTAATCCGACGTTTAGCAAACCCTCCTCCTCAATTTTCTTCATCTTCCCTTCTC
AGCGAAACGCGTGCAATTATGGCGATCAGTTCCTTCAAGCAAGAGCATCCTCTCGAAAAG
AGACAGGCTGAAGCTGCTCGTATCAGGGACAAGTATCCAGATAGAATACCCGTCATTGTC
GAAAGAGCCGAGAAGAGTGATGTCCCTGATATTGATAAGAAAAAGTACTTGGTCCCAGCT
GATCTGACTGTTGGTCAGTTTGTTTATGTTGTCCGCAAGAGGATCAAGCTCAGTCCTGAG
AAAGCCATCTTCATTTTCGTCAAGAACATTCTTCCCCCTACTGCTGCGATTATGTCGTCG
ATTTATGAAGAGCACAAAGACGAAGATGGGTTTCTCTACATGAGTTACAGTGGCAAGAAC
ACATTCGGGATCTTCTAATGTGCTTGGAGCTCTACCATATCTCTGAACCTAAAGATCCAT
CGGTCTACTATGTACATTCTTTCTATTTCTCTCTGCTTTGTTATGTCTGAAGCTATGGAA
CTTGCTTTGTTATGAACTTATCAACATATAATCCTCTCTTGTACTCTTCGCTTTGCTTTA
CTTTGCTTTG

QA 4 613 4 613
DS 



AS 1 3

CO CL1616Contig1 616 3 28 U
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GTATTTGATAATAACAAAACAAAGTTATTATTCTTATTTCCCAACAAGAGTGGTGTAGCA
AATAGTAGACAACGTTAAAACAAAGACGATAAGCAATTTAGCCTATCAAATGAACAGAGA
ATAAGAAAATTTATTGTAAAGACGCAAAGAAGATTTCAGTGCCCTTCGTTGTGCTTCACC
TCAAAGAGACCGTCTGGACCCCAAGGAAACTCCTTGTTGCGGATGTGCATATATGGATAG
GCAGGAGGATCCTCGCCGTGATGATGACCCTTAGATAAAACATAGGCGGCTAGAGCAGTG
CAACTAGCAATTCCCAGATATGCTATCTTCTCCCACTTCGCTGCTTCATAAGCATCGTCA
TGGCCAGCAGAAGATGAAAATCTTCTCTTTGGGGCAACGGATGTCCTCGGAGCTGCGCCG
ATCGCTGCTCGTGAAAGTGCTGAACGTACTATCGCCGTCGCCATTCTTCCGGATCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTCTGAAAATGTTGTG
GAAGAGTCTCTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AH11JQ U 1
AF RR3DV42JQ U 13
AF RR3DV42TF C 13
BS 1 39 RR3AH11JQ
BS 40 40 RR3DV42JQ
BS 41 127 RR3AH11JQ
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BS 129 178 RR3AH11JQ
BS 179 179 RR3DV42JQ
BS 180 182 RR3AH11JQ
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BS 434 571 RR3AH11JQ
BS 572 616 RR3DV42TF

RD RR3AH11JQ 572 0 0
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GTATTTGATAATAACAAAACAAAGTTATTATTCTTATTTCCCAACAAGAGTGGTGTAGCA
AATAGTAAACAACGTTAAAACAAAGACGATAAGCAATTTAGCCTATCAAATGAACAGAAA
ATGAAAAAATTTATTGTAAAGACGCAAAGAAAATTTCAGTGCCCTTCGTTGTGCTTCACC
TCAAAAAGACCGTCTGGACCCCAAGGAAACTCCTTGTTGCGGATGTGCATATATGGATAG
GCAGGAGGATCCTCGCCGTGATGATGACCCTTAAATAAAACATAGGCGGCTAGAGCAGTG
CGACTAGCAATTCCCAAATATGTTATCTTCTCCCACTTCGCTGCTTCATAAGCATCGTCA
TGGCCAGCAAAAAATGAAAATCTTCTCTTTGGGGCAACGGATGTCCTCGGAGCTGCGCCG
ATCGCTGCTCGTGAAAGTGCTGAACGTACTATCGCCGTCGCCATTCTTCCGGATCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
C

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3DV42JQ 541 0 0
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ATTGTAAAGACGCAAAGAAGATTTCAGTGCCCTTCGTTGTGCTTCACCTCAAAGAGACCG
TCTGGACCCCAAGGAAACTCCTTGTTGCGGATGTGCATATATGGATAGGCAGGAGGATCC
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GATGAAAATCTTCTCTTTGGGGCAACGGATGTCCTCGGAGCTGCGCCGATCGCTGCTCGT
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C

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3DV42TF 604 0 0
CATTTTTATTGAGATTGAATCGCAAGAGATTTGAGGAACCACAAGTACGTATTTGATAAT
AACAAAACAAAGTTATTATTCTTATTTCCCAACAAGAGTGGTGTAGCAAATAGTAGACAA
CGTTAAAACAAAGACGATAAGCAATTTAGCCTATCAAATGAACAGAGAATAAGAAAATTT
ATTGTAAAGACGCAAAGAAGATTTCAGTGCCCTTCGTTGTGCTTCACCTCAAAGAGACCG
TCTGGACCCCAAGGAAACTCCTTGTTGCGGATGTGCATATATGGATAGGCAGGAGGATCC
TCGCCGTGATGATGACCCTTAGATAAAACATAGGCGGCTAGAGCAGTGCAACTAGCAATT
CCCAGATATGCTATCTTCTCCCACTTCGCTGCTTCATAAGCATCGTCATGGCCAGCAGAA
GATGAAAATCTTCTCTTTGGGGCAACGGATGTCCTCGGAGCTGCGCCGATCGCTGCTCGT
GAAAGTGCTGAACGTACTATCGCCGTCGCCATTCTTCCGGATCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTCTGAAAATGTTGTGGAAGAGTCTCTC
TCCC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 5

CO CL1617Contig1 1329 5 18 U
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CCAAAATGGCGTTTTAGACAAACAAATCAAAGAAGAGAACACATATAGTGAGAAACTTGA
CGAAAAAATATTCAGGATTGAAGATTATTTATCGTTAAAAACATTGAAACATTCAGGATT
GCGCCACTGCGGCAGCATCAATGGAACGAAGCGCTTGGTTTGCAAAATAGCGAACATCGA
CATCAGGGTCCTCGCTCAGGTCCACCAAACACTGACGGATTGTTTTGTCCACCACTGATT
GGTCGACTATGGGGATGAGGGATTGCAGAAGCTTAGCAACATTGAACTTGATGTTTGGAA
CTCTGTCTTTGGATGCCTCAACCACCACAGGAAGAAACTTGGAGCACGTGATTTCTGATC
CCATTACAGGAGCCATGAGAGAGATTGCACGTAGAGCCATCATCCTATGTAGGTAGTGAG
GATTGTTGACCATGTCCAACACCTGGGGAACTATGTGCTGCATTGCCCATTCAGAACCAA
ACTCCTCTGCAAGACACTTTAGGTTGTTTGCTGCAGCTTCACGGATAGAGTAGACCTTGT
CTTGCATCCATTGCATGCAAAGGGCTCCGAGCTTGTCATCGAAAAACCCTATACCTAACT
GGCTAGCCAACAGAGGAACGTACTCAATTATAGCAAGTCGGACTCTCCAGTGACGATCCT
CAGCAAGCTCTACAATCGCAGGCAACAGGGACTGTGATAGCAGATCGATTCCAATCACCT
GGTTGAATTGGTCTAGCTTGCTTATGATGTTGAGGCGTACATCAGGAAATTCATCTTTCA
AAAGGGAAAGAAAAATTGGTAGAAGATGCTCAATGGTTGAATCCTTGCCAAGGATAGGAG
CCATCCCCATTATTACTGAAGCCAGAGCAGAGCGGACATGTTGGGAAGAATCAGATGATA
ATTCCTTCACACAAGGAAGGATGTGCTGGATCGCAAGTTCTGGATTCAAAAGCTGACAGA
ACTTAGTCACTTTTCCCGCTGCTGCTATTAGCACTTCAGCCTCATTGTCACGTAGCAATC
TCACATATGCAGGAACCAAATCCGTCTTGATGCAATCAGGACCCACTGCCTCACAAAGTT
CGTATAGCTGGTTAGCAACCATGTAGCGCACCCTCCAAGATTTATCCTGAGAGAAATTAA
CAATAACAGGTAAAATGCGTGCAACACAATCCTGAGGTTCCAACAACTTTCCAAGAGCTG
CACAGCCTTCCACAGCCAACAGTCTAACAGAATCCTGCTCATCTTTAGTAAGACCATCGA
ACATAGTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H944JQ U 1
AF RR3H944TF C 1
AF RR3D845JQ U 4
AF RR3G414JQ U 10
AF RR3G414TF C 589
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BS 557 643 RR3D845JQ
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BS 714 730 RR3D845JQ
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BS 732 736 RR3D845JQ
BS 737 786 RR3G414JQ
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BS 788 825 RR3G414JQ
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CCAAAATGGCGTTTTAGACAAACAAATCAAAGAAGAGAACACATATAGTGAGAAACTTGA
CGAAAAAATATTCAGGATTGAAGATTATTTATCGTTAAAAACATTGAAACATTCAGGATT
GCGCCACTGCGGCAGCATCAATGGAACGAAGCGCTTGGTTTGCAAAATAGCGAACATCGA
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C

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DS 

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AAC
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AAATGGCGTTTTAGACAAACAAATCAAAGAAGAGAACACATATAGTGAGAAACTTGACGA
AAAAATATTCAGGATTGAAGATTATTTATCGTTAAAAACATTGAAACATTCAGGATTGCG
CCACTGCGGCAGCATCAATGGAACGAAGCGCTTGGTTTGCAAAATAGCGAACATCGACAT
CAGGGTCCTCGCTCAGGTCCACCAAACACTGACGGATTGTTTTGTCCACCACTGATTGGT
CGACTATGGGGATGAGGGATTGCAGAAGCTTAGCAACATTGAACTTGATGTTTGGAACTC
TGTCTTTGGATGCCTCAACCACCACAGGAAGAAACTTGGAGCACGTGATTTCTGATCCCA
TTACAGGAGCCATGAGAGAGATTGCACGTAGAGCCATCATCCTATGTAGGTAGTGAGGAT
TGTTGA

QA 4 489 4 489
DS 

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AACAAT

QA 8 733 8 733
DS 

RD RR3G414JQ 820 0 0
G
ATGAAAACAAATTTTACTAAAATATGACAAATGCAGTTCATAACCATCAACCAAAATGGC
GTTTTAGACAAACAAATCAAAGAAGAGAACACATATAGTGAGAAACTTGACGAAAAAATA
TTCAGGATTGAAGATTATTTATCGTTAAAAACATTGAAACATTCAGGATTGCGCCACTGC
GGCAGCATCAATGGAACGAAGCGCTTGGTTTGCAAAATAGCGAACATCGACATCAGGATC
CTCGCTCAGGTCCACCAAACACTGACGGATTGTTTTGTCCACCACTGATTGGTCGACTAT
GGGGATGAGGGATTGCAAAAGCTTAGCAACATTGAACTTGATGTTTGGAACTCTGTCTTT
GGATGCCTCAACCACCACAGGAAGAAACTTAGAGCAAGTGATTTCTGATCCCATTACAGG
AGCCATGAGAGAGATTGCACGTAGAGCCATCATCCTATGTAGGTAGTGCGGATTGTTGAC
CATGTCCAACACCTGGGGTACTATGTGCTGCATTGCCCATTCAGAACCAAACTCCTCTGC
AAGACACTTTAGGTTGTTTGCTGCAGCTTCACGGATAGAGTAGACCTTGTCTTGCATCCA
TTGCATGCAAAGGGCTCCGAGCTTGTCATCGAAAAACCCTATACCTAACTGGCTAGCCAA
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AAAT

QA 2 816 2 816
DS 

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CTATACCTAACTGGCTAGCCAACAGAGGAACGTACTCAATTATAGCAAGTCGGACTCTCC
AGTGACGATCCTCAGCAAGCTCTACAATCGCAGGCAACAGGGACTGTGATAGCAGATCGA
TTCCAATCACCTGGTTGAATTGGTCTAGCTTGCTTATGATGTTGAGGCGTACATCAGGAA
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CCTCACAAAGTTCGTATAGCTGGTTAGCAACCATGTAGCGCACCCTCCAAGATTTATCCT
GAGAGAAATTAACAATAACAGGTAAAATGCGTGCAACACAATCCTGAGGTTCCAACAACT
TTCCAAGAGCTGCACAGCCTTCCACAGCCAACAGTCTAACAGAATCCTGCTCATCTTTAG
TAAGACCATCGAACATAGTCC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 2 6

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GTCTGTTTTGGAATATGTATAGATTAATAAAATGTAAAGAGAGTTGGTTTGATATGTTGA
GAAACTGGTAATCAATCATCTTCTTTGGAAATTGAAGGTTTTAATGGAGAAAGCAAAGAC
GACCGAGAAGAAGACGCAAAAGGCCACGACCATAATAGCAGAGACACCAAGGAAGTCATG
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CGCCACCGGGTTTGCCCAATAGTACCATCTCCACCATAACGGTATCCTCTTGTAAGGGAT
CATGAAACCGCTGAAGAGGTTCCAGAGCATGTAGAAAGGGGCAGCTATAATGGAGGCAAC
GTTGTGGTTTGGGGTGATGGCTGTGGTCATCATCCCGTAGAATGTGAAGTACATAATGGA
AAAGTACATGAAGAATAAGTACCACAAGAACTTCACAGCCGACCATTCGAATGAGGCCAT
CGCATAGAATATGCTACTGTATATAGTTGACTGGGCCAGCACGTAAGGAAACTCTATAAA
CACCTGTGCAAATGCAAAGGGAAGTGCAGAGTACATTCCAGCTGCTCTCTCGCGGTATGA
AACAAATCTTTCAATGGAAACAACTGGCTGTGCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3E622JQ U 1
AF RR3E634JQ U 1
AF RR3GK82JQ U 4
AF RR3GK82TF C 72
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BS 707 759 RR3E634JQ
BS 760 760 RR3GK82JQ
BS 761 771 RR3E634JQ
BS 772 772 RR3GK82JQ
BS 773 777 RR3E634JQ
BS 778 778 RR3GK82JQ
BS 779 793 RR3E634JQ
BS 794 813 RR3GK82JQ
BS 814 814 RR3GK82TF

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CAATACCCCCAACATTTTTGGAGGTATGAATCTCCAATATACAAATAAATAAATAGGCTG
GTCTGTTTTGGTATATGTATAGATTAATAAAATGTAAAGAGAGTTGGTTTGATATGTTGA
GAAACTGGTAATCAATCATCTTCTTTGGAAATTGAAGGTTTTAATGGAGAAAGCAAAGAC
GACCGAGAAGAAGACGCAAAAGGCCACGACCATAATAGCAGAGACACCAAAGAAGTCATG
TTTGTACCCCATCACTTCCTCTAGTAGTTGTTTCACCATGACTTTATGAACACCGTCCGA
TAGCTTCACCTCTCTCTCATCATCACCGTACTGTGACACCAATAAACCGTACAGTGTCCA
CGCCACCGGGTTTGCCCAATAGTACCATCTCCACCATAACGGTATCCTCTTGTAAGGGAT
CATGAAACCGC

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR3E634JQ 793 0 0
CCCAC
ACAACACAAAGCTCTTATTGATCCTTACATGTAAGAGTGGAAGAAAGTTATACAGCAATA
CCCCCAACATTTTTGGAGGTATGAATCTCCAATATACAAATAAATAAATAGGCTGGTCTG
TTTTGGTATATGTATAGATTAATAAAATGTAAAGAGAGTTGGTTTGATATGTTGAGAAAC
TGGTAATCAATCATCTTCTTTGGAAATTGAAGGTTTTAATGGAGAAAGCAAAGACGACCG
AGAAGAAGACGCAAAAGGCCACGACCATAATAGCAGAGACACCAAAGAAGTCATGTTTGT
ACCCCATCACTTCCTCTAGTAGTTGTTTCACCATGACTTTATGAACACCGTCCGATAGCT
TCACCTCTCTCTCATCATCACCGTACTGTGACACCAATAAACCGTACAGTGTCCACGCCA
CCGGGTTTGCCCAATAGTACCATCTCCACCATAACGGTATCCTCTTGTAAGGGATCATGA
AACCGCTGAAGAGGTTCCAGAGCATGTAGAAAGGGGCAGCTATAATAGAGGCAACGTTGT
GGTTTGGGGTGATGGCTGTGGTCATCATCCCGTAGAATGTGAAGTACATAATGGAAAAGT
ACATGAAGAATAAGTACCACAAGAACTTCACAGCCGACCATTCGAATGAGGCCATCGCAT
AGAATATGCTACTGTATATAGTGGATTGGGCTAGCACGTACGGAAACTCTATAAACACCT
GTGCAAATGCAAAGGGAAGTGCAGAGTACATTCCCGCTGCTCTCTCCCGGTACGAAACAA
ATCTTTCA

QA 6 793 6 793
DS 

RD RR3GK82JQ 810 0 0
AT
ACAACACAAAGCTCTTATTGATCCTTACATGTAAGAGTGGAAGAAAGTTATACAGCAATA
CCCCCAACATTTTTGGAGGTATGAATCTCCAATATACAAATAAATAAATAGGCTGGTCTG
TTTTGGAATATGTATAGATTAATAAAATGTAAAGAGAGTTGGTTTGATATGTTGAGAAAC
TGGTAATCAATCATCTTCTTTGGAAATTGAAGGTTTTAATGGAGAAAGCAAAGACGACCG
AGAAGAAGACGCAAAAGGCCACGACCATAATAGCAGAGACACCAAGGAAGTCATGTTTGT
ACCCCATCACTTCCTCTAGTAGTTGTTTCACCGTGACTTTATGAACACCGTCCGATAGCT
TCACCTCTCTCTAATCATCACCGTACTGTGACACCAATAAACCGTACAGTGTCCACGCCA
CCGGGTTTGCCCAATAGTACCATCTCCACCATAACGGTATCCTCTTGTAAGGGATCATGA
AACCGCTGAAGAGGTTCCAGAGCATGTAGAAAGGGGCAGCTATAATGGAGGCAACGTTGT
GGTTTGGGGTGATGGCTGTGGTCATCATCCCGTAGAATGTGAAGTACATAATGGAAAAGT
ACATGAAGAATAAGTACCACAAGAACTTCACAGCCGACCATTCGAATGAGGCCATCGCAT
AGAATATGCTACTGTATATAGTTGACTGGGCCAGCACGTAAGGAAACTCTATAAACACCT
GTGCAAATGCAAAGGGAAGTGCAGAGTACATTCCAGCTGCTCTCTCGCGGTATGAAACAA
ATCTTTCAATGGAAACAACTGGCTGTGC

QA 3 810 3 810
DS 

RD RR3GK82TF 743 0 0
AACA
TTTTGGAGGTATGAATCTCCAATATACAAATAAATAAATAGGCTGGTCTGTTTTGGAATA
TGTATAGATTAATAAAATGTAAAGAGAGTTGGTTTGATATGTTGAGAAACTGGTAATCAA
TCATCTTCTTTGGAAATTGAAGGTTTTAATGGAGAAAGCAAAGACGACCGAGAAGAAGAC
GCAAAAGGCCACGACCATAATAGCAGAGACACCAAGGAAGTCATGTTTGTACCCCATCAC
TTCCTCTAGTAGTTGTTTCACCGTGACTTTATGAACACCGTCCGATAGCTTCACCTCTCT
CTAATCATCACCGTACTGTGACACCAATAAACCGTACAGTGTCCACGCCACCGGGTTTGC
CCAATAGTACCATCTCCACCATAACGGTATCCTCTTGTAAGGGATCATGAAACCGCTGAA
GAGGTTCCAGAGCATGTAGAAAGGGGCAGCTATAATGGAGGCAACGTTGTGGTTTGGGGT
GATGGCTGTGGTCATCATCCCGTAGAATGTGAAGTACATAATGGAAAAGTACATGAAGAA
TAAGTACCACAAGAACTTCACAGCCGACCATTCGAATGAGGCCATCGCATAGAATATGCT
ACTGTATATAGTTGACTGGGCCAGCACGTAAGGAAACTCTATAAACACCTGTGCAAATGC
AAAGGGAAGTGCAGAGTACATTCCAGCTGCTCTCTCGCGGTATGAAACAAATCTTTCAAT
GGAAACAACTGGCTGTGCC

QA 5 743 5 743
DS 



CO CL1618Contig2 764 2 1 U
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CTGCACCATTCATCAGCCTAGCATTGATATTTTCGAATCATTCGACGAGCTTTTGTTCAT
GAAACGTGGGGGTGAACTTATATACGCCGGTCCACTTGGCCAGAGGTCTTGTGACCTTAT
CAAGTACTTCGAGTGTATTGAAGGGGTGCAAAAGATCAAACCCGGCCATAATCCCGCAGC
ATGGATGCTTGATGTCACCTCAACGACAGAGGAGGAACGACTTGGTCTTGATTTTGCTGA
AATTTACAAGAACTCAAATCTGTGTCGACGCAACAAGGAGCTGGTGGAAGGCCTCAGCAA
GCCAAGTAATATATCAAAAGAACTCGAGTTTCCGACCAGATACTCTCAGTCCTTCTACAG
TCAGTTTGTTGCTTGCCTGTGGAAACAAAACCTGTCTTATTGGAGAAACCCGCAGTACAC
AGCGGTCCGGTTCTTTTACACGGTGGTCATCTCTCTCATGCTTGGCACAATCTGTTGGAA
ATTTGGCGCCAAGAGGGACACTCAACAAGAGTTATTCAACTCAATGGGATCGATGTACGC
TGCGGTTCTCTTCATTGGAATCACCAACGCAACTGCTGCACAGCCAGTTGTTTCCATTGA
AAGATTTGTTTCGTACCGGGAGAGAGCAGCGGGAATGTACTCTGCACTTCCCTTTGCATT
TGCACAGTGTTTATAGAGTTTCGTACGTGCTAGCCCATCACTAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E622TF U 1
AF RR3E634TF U 1
BS 1 764 RR3E622TF

RD RR3E622TF 764 0 0
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AATTTACAAGAACTCAAATCTGTGTCGACGCAACAAGGAGCTGGTGGAAGGCCTCAGCAA
GCCAAGTAATATATCAAAAGAACTCGAGTTTCCGACCAGATACTCTCAGTCCTTCTACAG
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ATTTGGCGCCAAGAGGGACACTCAACAAGAGTTATTCAACTCAATGGGATCGATGTACGC
TGCGGTTCTCTTCATTGGAATCACCAACGCAACTGCTGCACAGCCAGTTGTTTCCATTGA
AAGATTTGTTTCGTACCGGGAGAGAGCAGCGGGAATGTACTCTGCACTTCCCTTTGCATT
TGCACAGTGTTTATAGAGTTTCGTACGTGCTAGCCCATCACTAT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3E634TF 763 0 0
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GAAACGTGGGGGTGAACTTATATACGCCGGTCCACTTGGCCAGAGGTCTTGTGACCTTAT
CAAGTACTTCGAGTGTATTGAAGGGGTGCAAAAGATCAAACCCGGCCATAATCCCGCAGC
ATGGATGCTTGATGTCACCTCAACGACAGAGGAGGAACGACTTGGTCTTGATTTTGCTGA
AATTTACAAGAACTCAAATCTGTGTCGACGCAACAAGGAGCTGGTGGAAGGCCTCAGCAA
GCCAAGTAATATATCAAAAGAACTCGAGTTTCCGACCAGATACTCTCAGTCCTTCTACAG
TCAGTTTGTTGCTTGCCTGTGGAAACAAAACCTGTCTTATTGGAGAAACCCGCAGTACAC
AGCGGTCCGGTTCTTTTACACGGTGGTCATCTCTCTCATGCTTGGCACAATCTGTTGGAA
ATTTGGCGCCAAGAGGGACACTCAACAAGAGTTATTCAACTCAATGGGATCGATGTACGC
TGCGGTTCTCTTCATTGGAATCACCAACGCAACTGCTGCACAGCCAGTTGTTTCCATTGA
AAGATTTGTTTCGTACCGGGAGAGAGCAGCGGGAATGTACTCTGCACTTCCCTTTGCATT
TGCACAGTGTTTATAGAGTTTCGTACGTGCTAGCCCA
TCACTA

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 6

CO CL1619Contig1 810 6 10 U
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TCCAAACAACACAAGACACAAGAAAGACCAAACTGGTAGACAATTTTAATAGGTGGACGG
ACGAAACACAGAACACATAAAAAGACACATAAACTTAAAGAGAGTCGCTGCGACCCGACC
ATAGTAAAACCCGACAAGAGCTTCTCTCTCACTCAGCACTTGACTTCCTTCAAACCATGT
GCAAAGTACAAAAATGTTGGGTTAGTTGCACCCTCCTTGTAGTAAGCAAAGACAATAGTG
CTGTCATCGTGCATGCCCTCCCCAACAAAGAATTGGAAGTCCTTGAGCTTGGGGAGCAAA
AACTTGGTAGCTCCCTCAATACCCTTCTTGAACTCTTCTTGCTGCTCCGGGGTGAGCTTG
GGAGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATATAGGCAATGAAGCCCTTCTTGTCGTAAGTA
GGCTGCTCCTGAAGTCTGAAGGTGTCGACAATGTCAACAACCTTTTCAACAGAGTCGTCA
ACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCAGCAGATGGGTTGGCACCGATGTTAACCTCTACG
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GTCGCTTTATTTGTTTTTTGTTTTTTTTT**AAATCGCTCACGAATCTATCTAGAGATTG
CGGGAGAGAGACGCAGCGACGTGAGGGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H535JQ U 1
AF RR3A617JQ U 15
AF RR3A617TF C 16
AF RR3CR62JQ U 21
AF RR3CR62TF C 39
AF RR3H535TF C 110
BS 1 248 RR3H535JQ
BS 249 249 RR3A617JQ
BS 250 709 RR3H535JQ
BS 710 723 RR3A617JQ
BS 724 724 RR3CR62JQ
BS 725 749 RR3A617JQ
BS 750 751 RR3CR62JQ
BS 752 795 RR3A617JQ
BS 796 802 RR3A617TF
BS 803 810 RR3CR62TF

RD RR3H535JQ 709 0 0
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TCCAAACAACACAAGACACAAGAAAGACCAAACTGGTAGACAATTTTAATAGGTGGACGG
ACGAAACACAGAACACATAAAAAGACACATAAACTTAAAGAGAGTCGCTGCGACCCGACC
ATAGTAAAACCCGACAAGAGCTTCTCTCTCACTCAGCACTTGACTTCCTTCAAACCATGT
GCAAAGTAAAAAAATGTTGGGTTAGTTGCACCCTCCTTGTAGTAAGCAAAGACAATAGTG
CTGTCATCGTGCATGCCCTCCCCAACAAAGAATTGGAAGTCCTTGAGCTTGGGGAGCAAA
AACTTGGTAGCTCCCTCAATACCCTTCTTGAACTCTTCTTGCTGCTCCGGGGTGAGCTTG
GGAGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATATAGGCAATGAAGCCCTTCTTGTCGTAAGTA
GGCTGCTCCTGAAGTCTGAAGGTGTCGACAATGTCAACAACCTTTTCAACAGAGTCGTCA
ACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCAGCAGATGGGTTGGCACCGATGTTAACCTCTACG
CATCCCTTGGTAGTCCACTTTCCTTCAACTTCCCAGAGAATACCATTCTCAATCTCCTTG
TATGGGAAAGAGTCAGAGAGAAGCTCATCACCGGTGAGAAGATCGGTGT

QA 1 709 1 709
DS 

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GTAATTGA
TAAACCGTTGTATTCGGGATCATATAACTTGAACAATCTCCAAACAACACAAGACACAAG
AAAGACCAAACTGGTAGACAATTTTAATAGGTGGACGGACGAAACACAGAACACATAAAA
AGACACATAAACTTAAAGAGAGTCGCTGCGACCCGACCATAGTAAAACCCGACAAGAGCT
TCTCTCTCACTCAGCACTTGACTTCCTTCAAACCATGTGCAAAGTACAAAAATGTTGGGT
TAGTTGCACCCTCCTTGTAGTAAGCAAAGACAATAGTGCTGTCATCGTGCATGCCCTCCC
CAACAAAGAATTGGAAGTCCTTGAGCTTGGGGAGCAAAAACTTGGTAACTCCCTCAATAC
CCGTCTTGAACTCTTCTTGCTGCTCCGGGGTGAGCTTGGGAGTCAAAAGCTTGATGTACT
TCTTGATATAGGCAATGAAGCCCTTCTTGTCGTAAGTAGGCTGCTCCTGAAGTCTGAAGG
TGTCGACAATGTCAACAACCTTTTCAACAGAGTCGTCAACACCCTCGTTCTCACCACCTT
CTTCAGCAGATGGGTTGGCACCGATGTTAACCTCTACGCATCCCTTGGTAGTCCACTTTC
CTTCAACTTCCCAGAGAATACCATTCTCAATCTCCTTGTATGGGAAAGAGTCAGAGAGAA
GCTCATCACCGGTGAGAAGATCGGTGTACACCAACATGGTCACTTTATTTGTTTTTTGTT
TTTTTTTTTAAATCGCTCACGAATCTATCTAGAGATTGCGGGAGAGAGACGCA

QA 9 781 9 781
DS 

RD RR3A617TF 793 0 0
GTAATTGAT
AACCGTTGTATTCGGGATCATATAACTTGAACAATCTCCAAACAACACAAGACACAAGAA
AGACCAAACTGGTAGACAATTTTAATAGGTGGACGGACGAAACACAGAACACATAAAAAG
ACACATAAACTTAAAGAGAGTCGCTGCGACCCGACCATAGTAAAACCCGACAAGAGCTTC
TCTCTCACTCAGCACTTGACTTCCTTCAAACCATGTGCAAAGTACAAAAATGTTGGGTTA
GTTGCACCCTCCTTGTAGTAAGCAAAGACAATAGTGCTGTCATCGTGCATGCCCTCCCCA
ACAAAGAATTGGAAGTCCTTGAGCTTGGGGAGCAAAAACTTGGTAACTCCCTCAATACCC
GTCTTGAACTCTTCTTGCTGCTCCGGGGTGAGCTTGGGAGTCAAAAGCTTGATGTACTTC
TTGATATAGGCAATGAAGCCCTTCTTGTCGTAAGTAGGCTGCTCCTGAAGTCTGAAGGTG
TCGACAATGTCAACAACCTTTTCAACAGAGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCT
TCAGCAGATGGGTTGGCACCGATGTTAACCTCTACGCATCCCTTGGTAGTCCACTTTCCT
TCAACTTCCCAGAGAATACCATTCTCAATCTCCTTGTATGGGAAAGAGTCAGAGAGAAGC
TCATCACCGGTGAGAAGATCGGTGTACACCAACATGGTCACTTTATTTGTTTTTTGTTTT
TTTTTTTAAATCGCTCACGAATCTATCTAGAGATTGCGGGAGAGAGACGCAGCGACGT
GAGGCC

QA 10 787 10 787
DS 

RD RR3CR62JQ 765 0 0
GGTA
AACCGTTGTATTCGGGATCATATAACTTGAACAATCTCCAAACAACACAAGACACAAGAA
AGACCAAACTGGTAGACAATTTTAATAGGTGGACGGACGAAACACAGAACACATAAAAAG
ACACATAAACTTAAAGAGAGTCGCTGCGACCCGACCATAGTAAAACCCGACAAGAGCTTC
TCTCTCACTCAGCACTTGACTTACTTCAAACCATGTGCAAAGTACAAAAATGTTGGGTTA
GTTGCACCCTCCTTGTAGTAAGCAAAGACAATAGTGCTGTCATCGTGCATGCCCTCCCCA
ACAAAGAATTGGAAGTCCTTGAGCTTGGGGAGCAAAAACTTGGTAGCTCCCTCAATACCC
TTCTTGAACTCTTCTTGCTGCTCCGGGGTGAGCTTGGGAGTCAAAAGCTTGATGTACTTC
TTGATATAGACAATGAAGCCCTTCTTGTCGTAAGTAGGCTGCTCCTGAAGTCTGAAGGTG
TCGACAATGTCAACAACCTTTTCAACAGAGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCT
TCAGCAGATGGGTTGGCACCGATGTTAACCTCTACGCATCCCTTGGTAGTCCACTTTCCT
TCAACTTCCCAGAGAATACCATTCTCAATCTCCTTGTATGGGAAAGAGTCAGAGAGAAGC
TCATCACCGGTGAGAAGATCGGTGTACACCGACATGGTCGCTTTATTTGTTTTTTGTTTT
TTTT***AAATCGCTCACGAATCTATCTAGAGATTGCGGGA

QA 5 765 5 765
DS 

RD RR3CR62TF 772 0 0
GGATCATATAACTTGAACAATCTCCAAACAACACAAGACACAAGAAAGACCAAACTGGTA
GACAATTTTAATAGGTGGACGGACGAAACACAGAACACATAAAAAGACACATAAACTTAA
AGAGAGTCGCTGCGACCCGACCATAGTAAAACCCGACAAGAGCTTCTCTCTCACTCAGCA
CTTGACTTACTTCAAACCATGTGCAAAGTACAAAAATGTTGGGTTAGTTGCACCCTCCTT
GTAGTAAGCAAAGACAATAGTGCTGTCATCGTGCATGCCCTCCCCAACAAAGAATTGGAA
GTCCTTGAGCTTGGGGAGCAAAAACTTGGTAGCTCCCTCAATACCCTTCTTGAACTCTTC
TTGCTGCTCCGGGGTGAGCTTGGGAGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATATAGACAAT
GAAGCCCTTCTTGTCGTAAGTAGGCTGCTCCTGAAGTCTGAAGGTGTCGACAATGTCAAC
AACCTTTTCAACAGAGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCAGCAGATGGGTT
GGCACCGATGTTAACCTCTACGCATCCCTTGGTAGTCCACTTTCCTTCAACTTCCCAGAG
AATACCATTCTCAATCTCCTTGTATGGGAAAGAGTCAGAGAGAAGCTCATCACCGGTGAG
AAGATCGGTGTACACCGACATGGTCGCTTTATTTGTTTTTTGTTTTTTTTT**AAATCGC
TCACGAATCTATCTAGAGATTGCGGGAGAGAGACGCAGCGACGTGAGGGGCC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3H535TF 695 0 0
TAGGTGGACGGACGAAACACAGAACACATAAAAAGACACATAAACTTAAAGAGAGTCGCT
GCGACCCGACCATAGTAAAACCCGACAAGAGCTTCTCTCTCACTCAGCACTTGACTTCCT
TCAAACCATGTGCAAAGTAAAAAAATGTTGGGTTAGTTGCACCCTCCTTGTAGTAAGCAA
AGACAATAGTGCTGTCATCGTGCATGCCCTCCCCAACAAAGAATTGGAAGTCCTTGAGCT
TGGGGAGCAAAAACTTGGTAGCTCCCTCAATACCCTTCTTGAACTCTTCTTGCTGCTCCG
GGGTGAGCTTGGGAGTCAAAAGCTTGATGTACTTCTTGATATAGGCAATGAAGCCCTTCT
TGTCGTAAGTAGGCTGCTCCTGAAGTCTGAAGGTGTCGACAATGTCAACAACCTTTTCAA
CAGAGTCGTCAACACCCTCGTCCTCACCACCTTCTTCAGCAGATGGGTTGGCACCGATGT
TAACCTCTACGCATCCCTTGGTAGTCCACTTTCCTTCAACTTCCCAGAGAATACCATTCT
CAATCTCCTTGTATGGGAAAGAGTCAGAGAGAAGCTCATCACCGGTGAGAAGATCGGTGT
ACACCAACATGGTCGCTTTATTTGTTTTTTGTTTTTTTTT**AAATCGCTCACGAATCTA
TCTAGAGATTGCGGGAGAGAGACGCAGCGACGT
CC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 2 6

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GGAATCGAATCGCTGAAACTCAAGTTACTGAGTGTGGTTTCGGGGTTGAACAGAGGACTC
GTGGCGAGTGTGGATGATTCTAGAAAGAGCTGAAACTGCTGCTAAACAGCTTGAATCGGC
TGGTGGACCCGTGGATCTTACGGAGGTGGGTCTTGATAAGCTCCAAGGGAAGTGGAGGCT
CTTGTATAGCAGCGCCTTCTCTTCTCGCTCTCTAGGTGGTAGCCGTCCTGGTTTACCCAC
TGGTCGTTTGATTCCTGTCACTCTTGGCCAGGTTTTTCAAAGGATTGATGTGTTTAGCAA
AGATTTCGATAACATAGCGGAAGTGGAGATAGGAGCTCCTTGGCCGCTTCCGCCTCTGGA
AGCCACTGCCACATTGGCACACAAATTTGAACTCTTAGGTACTTGCAAGATCAAGATCAC
ATTTGAGAAAACAACTGTGAAGACGTCTGGAAACTTAGCGCAGATTCCTCCCTTTGACAT
CCCTAGGCTTCCTGATAGTTTCAGGCCACCTTCAAACCCCGGTACCGGAGATTTTGAAGT
CACCTATGTTGATGAGAACATGCGCATAACTCGTGGGGACAGGGGTGAACTTAGGGTGTT
TGTCATTGCTTAAGTTCAACATGTAAAGATTTAAGTACTCTACTTGTGAGTTTTGCACAA
ATCGTTTTAACGATTATAGAACTAAAGTATTTTATAATGAAAAGAATATCCTGCTTAGTG
AGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3C466TF U 49
AF RR3C466JQ C 1
BS 1 48 RR3C466JQ
BS 49 458 RR3C466TF
BS 459 459 RR3C466JQ
BS 460 490 RR3C466TF
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BS 566 616 RR3C466TF
BS 617 785 RR3C466JQ

RD RR3C466TF 568 0 0
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AACAGAGGACTCGTGGCGAGTGTGGATGATTCTAGAAAGAGCTGAAACTGCTGCTAAACA
GCTTGAATCGGCTGGTGGACCCGTGGATCTTACGGAGGTGGGTCTTGATAAGCTCCAAGG
GAAGTGGAGGCTCTTGTATAGCAGCGCCTTCTCTTCTCGCTCTCTAGGTGGTAGCCGTCC
TGGTTTACCCACTGGTCGTTTGATTCCTGTCACTCTTGGCCAGGTTTTTCAAAGGATTGA
TGTGTTTAGCAAAGATTTCGATAACATAGCGGAAGTGGAGATAGGAGCTCCTTGGCCGCT
TCCGCCTCTGGAAGCCACTGCCACATTGGCACACAAATTTGAACTCTTAG*TACTTGCAA
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TCCCTTTGACATCCCTAG*CTTCCTGATAGTTTCAG*CCACCTTCAAACCCCGGTACCGG
AGATTTTGAAGTCACCTATGTTGATGAG

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3C466JQ 785 0 0
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TGGTGGACCCGTGGATCTTACGGAGGTGGGTCTTGATAAGCTCCAAGGGAAGTGGAGGCT
CTTGTATAGCAGCGCCTTCTCTTCTCGCTCTCTAGGTGGTAGCCGTCCTGGTTTACCCAC
TGGTCGTTTGATTCCTGTCACTCTTGGCCAGGTTTTTCAAAGGATTGATGTGTTTAGCAA
AGATTTCGATAACATAGCGGAAGTGGAGATAGGAGCTCCTTGGCCGCTTCCGCCTCTGGA
AGCCACTGCCACATTGGCACACAAATTTGAACTCTTAGGTACTTGCAAGATCAAGATCAC
ATTTGAGAAAACAACTGTGAAGACGTCTGGAAACTTAGCGCAGATTCCTCCCTTTGACAT
CCCTAGGCTTCCTGATAGTTTCAGGCCACCTTCAAACCCCGGTACCGGAGATTTTGAAGT
CACCTATGTTGATGAGAACATGCGCATAACTCGTGGGGACAGGGGTGAACTTAGGGTGTT
TGTCATTGCTTAAGTTCAACATGTAAAGATTTAAGTACTCTACTTGTGAGTTTTGCACAA
ATCGTTTTAACGATTATAGAACTAAAGTATTTTATAATGAAAAGAATATCCTGCTTAGTG
AGACC

QA 1 785 1 785
DS 



CO CL1620Contig2 1000 4 11 U
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ATTTGTATAAAACTCAAAAGGAAAGTACTTAAATCTTTACATGTCAAACATCCTTTGAAC
TTAAGCAATGACAAACACCCTAAGTTCACCTCTATCTCCACGAGTTATGCGCATGTTCTC
ATCAACATAGGTGACTTCAAAATCTCCAGTTCCAGGATTTGACGGGGGCCTGAAACTATC
AGGAAGCCTAGGGATCTCAAAGGGAGGAATCTGCGCTAAGTTCCCAGACGTCTTCACAGT
TGTTTTCTCAAATGTGATCTTGATCTTGCAAGTACCTAAGAGTTCAAACTTGTGTGCCAG
TGTGGCAGTGGCTTCCAGAGGCGGAAACGGCCATGGAGCTCCTATCTCCACCTCAGCTAT
GTTATCGAAATCTTTGCTAAACACATCAATCCTTTGAAACACCTGGCCAAGAGTGACAGG
AATCAAGCGACCAGTGGGTAAACCAGGACGGCTACCACCAAGAGAGCGAGAAGAGAAGGC
GCTGCTATACAAGAGCCTCCACTTCCCCTGGAGCTTATCAAGACCCACCTCCGTAAGATC
CACGGGTCCACCAGCCGATTCAAGTTGTTTAGCAGCAGTCTCAGCACGTTGTAGATCATC
CACACTCGCCACGAGTCCTCTGTTCAACCCCGAAACCACACTCAGTAACTTGAGTTTCAG
CGGTTCGATTCCCTCCTTGTCTCCCGATCCTGATGTCTCCGGTTCGCGAAAGGACACCTC
TCCCACCGTTGATTTCACCACCAGGCTTCTCCTCCTCTCAGGTTTTGTCAAGCTCAAACG
AGACGATCTGGGAGTAGCGATGAGCACCGGAGAGGAAGAGATGGAGCAGCATGTTGTTGG
CTGAGAGCGGTTGTTGTTGGAGAGAAGTGCCGGTGAGAAGAAGGTAGAAAAAGAAGCCGC
CATGGGACAAGAGAAAGGAAGAAAAGTTTTAGAGATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

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AF RR3BI26TF C 259
AF RR3F062TF C 350
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CTTGATCTTGCAAGTACATAAGAGTTCAAACTTGTGTGCCAGTGTGGCAGTGGCTTCCAG
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AAAGAAGCCGCCATGGGACAAGAGAAAGGAAGAAAAGTTTTAGAGAT
CC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 6

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GTTCTGTATGTGTCCACTGCAGCAATAGCCATGGCCAGAAACCTTGGAGAGGAATCTAGT
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CTATATAGTTTGAAGCTGTTGATTTTGATGTTGG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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AF RR3DE92JQ C 53
AF RR3G956JQ C 4
AF RR3B387TF U 2
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TTGATCAATGTCTATGCTTTCAAGCATTGAAAAATGTT****TAAGTTTGGTCTCGAGGA
CTTCATGAGTTTCTTTTTATACTTTTGGATTTGGTTTGTATTGTGTTTTCAAGAAATGTG
TTTTTGTTT

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TGTGCTTTCAATTTCTGTTTTTTTACGCAAGCCAGATCAAGAAGCGGCCACTACAGCTCG
CGGAGACAGCGCTTGCCGTTAGCATTGCCCGAGCAAAGTCAGCCAAAACCTATATTTCGG
ACATGACTGACTACAAAGGAATCACAAAGAGGCAGCACGAGGCTGTGTTGGACTGTGTTG
AAGAGATGGGAGATACTGTTGACAGGTTGAGCAAGTCGCTGAAGGAATTGAAGAATTTGG
AGGAAGGAGAGAGCAAAGAAGACTTTTGGTTCTGTTTGAGCAATGTCAGGACATGGACAA
GCGCGGCGCTTACAGATGAGACCACTTGTCTTGATGGGTTTGGAGGGAAAGGCATGGATG
GGGAGCTGAAAAGCTTAGTCAGAGCACACATTGTGCGTGTGGCGCAAGATACCAGCAATG
CCTTGGCTTTGATCAATGTCTATGCTTTCAAGCATTGAAAAATGTT****TAAGTTTGGT
CTCGAGGACTTCATGAGTTTCTTTTTATACTTTTGGATTTGGTTTGTATTGTGTTTTCAA
GAAATGTGTTTTTGTTT
GATT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3G956JQ 755 0 0
GGA
TTGTGTTTGGAACCCAAAATGGCGAAATGTTTAGATCTATCTCTGATTCTCTTTGTTCTG
TATGTGTCCACTGCAGCAATAGCCATGGCCAGAAACCTTGGAGAGGAATCTAGTGAAGAT
ACAGAGTTCATTAAAGCCTCCTGTGAGACAGCAACGTACCCGAAACTGTGCTTTCAATCT
CTGTCTTCTTACGCAAGCCAGATCAAGAAGCGGCCACTACAGCTCGCGGAGACAGCGCTT
TCCGTTAGCATGGCCCGAGCAAAGTCAGCCAAAACCTATATTTCGGACATGACTGACC*C
AAAGGAATCACAAAGAGGCAGCATGAGGCTGTGTTGGACTGTGTTGAAGAGATGGGAGAT
ACTGTTGACAGGTTGAACAAGTCGCTGAAGGAATTGAAGAATCTGGAGGAAGGAGAGAGC
AAAGAAGACTTCTGGTTCTGTTTGAGCAATGTCAGGACGTGGACAAGCGCGGCGCTTACC
GATGAGACCACTTGTCTTGATGGGTTTGGAGGGAAAGGCATGGATGGCGAGCTGAAAAGC
TTGGTCAGAGCACACATTGTGCGTGTGGTGCAAGATACCAGCAATGCCTTGGCTTTGATC
AATGTCTATGCTTCCAAGCATTGAAAAATGTTTGCATAAGTTTGGCCTCGATGAGGACTT
GAGTTTCTTTTTATACTTTTGGATTTGGTTTGTATTGTGTTTTCAAGAAATGTGTTTTGG
TTTTGTTCAGAGTCATACCAGTTTCTCTTGCC

QA 4 755 4 755
DS 

RD RR3B387TF 813 0 0
GGACA
TTGTGTTTGGAACCCAAAATGGCGAAATGTTTAGATCTATCTCTGATTCTCTTTGTTCTG
TATGTGTCCACTGCAGCAATAGCCATGGCCAGAAACCTTGGAGAGGAATCTAGTGAAGAT
ACAGAGTTCATTAAAGCCTCCTGTGAGACAGCAACGTACCCGAAACTGTGCTTTCAATCT
CTGTCTTCTTACGCAAGCCAGATCAAGAAGCGGCCACTACAGCTCGCGGAGACAGCGCTT
GCCGTTAGCATGGCCCGAGCAAAGTCAGCCAAAACCTATATCTCGGACATGACTGACCGC
AAAGGAATCACAAAGAGGCAGCACGAGGCTGTGTTGGACTGTGTTGAAGAGATGGGAGAT
ACTGTTGACAGGTTGAACAAGTCGCTGAAGGAATTGAAGAATCTGGAGGAAGGAGAGAGC
AAAGAAGACTTCTGGTTCTGTTTGAGCAATGTCAGGACGTGGACAAGCGCGGCGCTTACC
GATGAGACCACTTGTCTTGATGGGTTTGGAGGGAAAGGCATGGATGGCGAGCTGAAAAGC
TTGGTCAGAGCACACATTGTGCGTGTGGCGCAAGATACCAGCAATGCCTTGGCTTTGATC
AATGTCTATGCTTCCAAGCATTGAAAAATGTTTGCATAAGTTTGGTCTCGATGAGGACTT
GAGTTTCTTTTTATACTTTTGGATTTGGTTTGTATTGTGTTTTCAAGAAATGTGTTTTGG
TTTTGTTCAGAGTCATACCAGTTTCTCTTGCCACCTTGTTATATCATCTACG*TCTATAT
AGTTTGAAGCTGTTGATTTTGATGTTGG

QA 6 813 6 813
DS 

RD RR3B387JQ 785 0 0
GAAATGTTTAGATCTATCTCTGATTCTCTTTGTTCTGTATGTGTCCACTGCAGCAATAGC
CATGGCCAGAAACCTTGGAGAGGAATCTAGTGAAGATACAGAGTTCATTAAAGCCTCCTG
TGAGACAGCAACGTACCCGAAACTGTGCTTTCAATCTCTGTCTTCTTACGCAAGCCAGAT
CAAGAAGCGGCCACTACAGCTCGCGGAGACAGCGCTTGCCGTTAGCATGGCCCGAGCAAA
GTCAGCCAAAACCTATATCTCGGACATGACTGACCGCAAAGGAATCACAAAGAGGCAGCA
CGAGGCTGTGTTGGACTGTGTTGAAGAGATGGGAGATACTGTTGACAGGTTGAACAAGTC
GCTGAAGGAATTGAAGAATCTGGAGGAAGGAGAGAGCAAAGAAGACTTCTGGTTCTGTTT
GAGCAATGTCAGGACGTGGACAAGCGCGGCGCTTACCGATGAGACCACTTGTCTTGATGG
GTTTGGAGGGAAAGGCATGGATGGCGAGCTGAAAAGCTTGGTCAGAGCACACATTGTGCG
TGTGGCGCAAGATACCAGCAATGCCTTGGCTTTGATCAATGTCTATGCTTCCAAGCATTG
AAAAATGTTTGCATAAGTTTGGTCTCGATGAGGACTTGAGTTTCTTTTTATACTTTTGGA
TTTGGTTTGTATTGTGTTTTCAAGAAATGTGTTTTGGTTTTGTTCAGAGTCATACCAGTT
TCTCTTGCCACCTTGTTATATCATCTACGGTCTATATAGTTTGAAGCTGTTGATTTTGAT
GTTGG

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 6

CO CL1622Contig1 828 6 10 U
GGGAAGATAATAAGAATTGGGGAGAAAATTAGGGCTCTTTTTCTCTCGCATAGTCTCAGT
CTCGATTGTCCCCGATCCAGCGATGGAAAGATCTGATCCTCCTTCACCGAAGCGTCAGAA
GAAGACGGAGGAGGAAACAACCCGCTATAATGGCCGTCCCGAGGGTTTCGAATCCGACGA
GTGCTCCGACGAGGAGATGGAGTTGTTCGACCAAGAGTTGGATAGGAGCGGCGGTTATGA
AATCGACTTCAAGAAATTTCGTTACTGTTTTGGTTGGAAATCACTGGATCTGGACGATAG
TACAATGGTTGATGAGCCTGAAACTAACAGAGATTTCGTAGCTACTTTGGTGAACCTCGC
TCTCACCAAAACAAACACAGAAAGAGGAACAAGTTTGGAACTGGGCAAGATTTTGATTGC
AAACTATCATCCATCCTGCGCAGTCACTTTCTACCTCTCATTCGAAGTCAATGATCCTTC
AGATGGTAATCAGACAAAACCCTATCGTGCAGTGGTTCGCTACTTCCCGGGAGACATTGA
AGTTGTCTCTTGCAATCCCAAAGAGTGACTTCTCTCAGAGATCCACCACCAGTCTCATGG
ATTTGAAGACTGAAGAATGGTTTGTTTGTCTATGTATCCTACTCTATGAAATTTGCTATG
CTAGCTTAAAAGGGAAAAAAAAAAAAGAAGAGTTTCCAGCTTCTTCTTTTTTCCTCTGTT
TATGTATCAACTTGTTTGATATTTCTTCTTTCGGCTATTGTTGTTTTAAGTGTATTGTAT
AACCTTAAGTTATATGAATAATTTACTAGTTACTTTTTACTTCCAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 10 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D907TF U 1
AF RR3C278TF U 7
AF RR3C278JQ C 38
AF RR3AB42TF U 48
AF RR3AB42JQ C 98
AF RR3D907JQ C 448
BS 1 93 RR3D907TF
BS 94 94 RR3C278TF
BS 95 136 RR3D907TF
BS 137 137 RR3C278TF
BS 138 419 RR3D907TF
BS 420 420 RR3C278TF
BS 421 674 RR3D907TF
BS 675 683 RR3C278TF
BS 684 818 RR3AB42TF
BS 819 828 RR3D907JQ

RD RR3D907TF 674 0 0
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CTCGATTGTCCCCGATCCAGCGATGGAAAGATCCGATCCTCCTTCACCGAAGCGTCAGAA
GAAGACGGAGGAGGAAGCAACCCGCTATAATGGCCGTCCCGAGGGTTTCGAATCCGACGA
GTGCTCCGACGAGGAGATGGAGTTGTTCGACCAAGAGTTGGATAGGAGCGGCGGTTATGA
AATCGACTTCAAGAAATTTCGTTACTGTTTTGGTTGGAAATCACTGGATCTGGACGATAG
TACAATGGTTGATGAGCCTGAAACTAACAGAGATTTCGTAGCTACTTTGGTGAACCTCGC
TCTCACCAAAACAAACACAGAAAGAGGAACAAGTTTGGAACTGGGCAAGATTTTGATTGT
AAACTATCATCCATCCTGCGCAGTCACTTTCTACCTCTCATTCGAAGTCAATGATCCTTC
AGATGGTAATCAGACAAAACCCTATCGTGCAGTGGTTCGCTACTTCCCGGGAGACATTGA
AGTTGTCTCTTGCAATCCCAAAGAGTGACTTCTCTCAGAGATCCACCACCAGTCTCATGG
ATTTGAAGACTGAAGAATGGTTTGTTTGTCTATGTATCCTACTCTATGAAATTTGCTATG
CTAGCTTAAAAGGG

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3C278TF 677 0 0
GG
AATAAGAATTGGGGAGAAAATTAGGGCTCTTTTTCTCTCGCATAGTCTCAGTCTCGATTG
TCCCCGATCCAGCGATGGAAAGATCTGATCCTCCTTCACCGAAGCGTCAGAAGAAGACGG
AGGAGGAAACAACCCGCTATAATGGCCGTCCCGAGGGTTTCGAATCCGACGAGTGCTCCG
ACGAGGAGATGGAGTTGTTCGACCAAGAGTTGGATAGGAGCGGCGGTTATGAAATCGACT
TCAAGAAATTTCGTTACTGTTTTGGTTGGAAATCACTGGATCTGGACGATAGTACAATGG
TTGATGAGCCTGAAACTAACAGAGATTTCGTAGCTACTTTGGTGAACCTCGCTCTCACCA
AAACAAACACAGAAAGAGGAACAAGTTTGGAACTGGGCAAGATTTTGATTGCAAACTATC
ATCCATCCTGCGCAGTCACTTTCTACCTCTCATTCGAAGTCAATGATCCTTCAGATGGTA
ATCAGACAAAACCCTATCGTGCAGTGGTTCGCTACTTCCCGGGAGACATTGAAGTTGTCT
CTTGCAATCCCAAAGAGTGACTTCTCTCAGAGATCCACCACCAGTCTCATGGATTTGAAG
ACTGAAGAATGGTTTGTTTGTCTATGTATCCTACTCTATGAAATTTGCTATGCTAGCTTA
AAAGGGAAAAAAAAA

QA 3 677 3 677
DS 

RD RR3C278JQ 781 0 0
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CCTCCTTCACCGAAGCGTCAGAAGAAGACGGAGGAGGAAACAACCCGCTATAATGGCCGT
CCCGAGGGTTTCGAATCCGACGAGTGCTCCGACGAGGAGATGGAGTTGTTCGACCAAGAG
TTGGATAGGAGCGGCGGTTATGAAATCGACTTCAAGAAATTTCGTTACTGTTTTGGTTGG
AAATCACTGGATCTGGACGATAGTACAATGGTTGATGAGCCTGAAACTAACAGAGATTTC
GTAGCTACTTTGGTGAACCTCGCTCTCACCAAAACAAACACAGAAAGAGGAACAAGTTTG
GAACTGGGCAAGATTTTGATTGCAAACTATCATCCATCCTGCGCAGTCACTTTCTACCTC
TCATTCGAAGTCAATGATCCTTCAGATGGTAATCAGACAAAACCCTATCGTGCAGTGGTT
CGCTACTTCCCGGGAGACATTGAAGTTGTCTCTTGCAATCCCAAAGAGTGACTTCTCTCA
GAGATCCACCACCAGTCTCATGGATTTGAAGACTGAAGAATGGTTTGTTTGTCTATGTAT
CCTACTCTATGAAATTTGCTATGCTAGCTTAAAAGGGAAAAAAAAA**AGAAGAGTTTCC
AGCTTCTTCTTTTTTCCTCTGTTTATGTATCAACTTGTTTGATATTTCTTCTTTCGGCTA
TTGTTGTTTTAAGTGTATTGCATAACCTTAAGTTATATGAATAATTTACTAGTTACTTTT
T

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3AB42TF 771 0 0
GG
ATAGTCTCAGTCTCGATTGTCCCCGATCCAGCGATGGAAAGATCCGATCCTCCTTCACCG
AAGCGTCAGAAGAAGACGGAGGAGGAAACAACCCGCTATAATGGCCGTCCCGAGGGTTTC
GAATCCGACGAGTGCTCCGACGAGGAGATGGAGTTGTTCGACCAAGAGTTGGATAGGAGC
GGCGGTTATGAAATCGACTTCAAGAAATTTCGTTACTGTTTTGGTTGGAAATCACTGGAT
CTGGACGATAGTACAATGGTTGATGAGCCTGAAACTAACAGAGATTTCGTAGCTACTTTG
GTGAACCTCGCTCTCACCAAAACAAACACAGAAAGAGGAACAAGTTTGGAACTGGGCAAG
ATTTTGATTGCAAACTATCATCCATCCTGCGCAGTCACTTTCTACCTCTCATTCGAAGTC
AATGATCCTTCAGATGGTAATCAGACAAAACCCTATCGTGCAGTGGTTCGCTACTTCCCG
GGAGACATTGAAGTTGTCTCTTGCAATCCCAAAGAGTGACTTCTCTCAGAGATCCACCAC
CAGTCTCATGGATTTGAAGACTGAAGAATGGTTTGTTTGTCTATGTATCCTACTCTATGA
AATTTTCCATGCTAGCTTAGAAGGGAAAAAAAAAAAAGAAGAGTTTCCAGCTTCTTCTTT
TTTCCTCTGTTTATGTATCAACTTGTTTGATATTTCTTCTTTCGGCTATTGTTGTTTTAA
GTGTATTGTATAACCTTAAGTTATATGAATAATTTACTAGTTACTTTTT

QA 3 771 3 771
DS 

RD RR3AB42JQ 721 0 0
CCC
CCTTCACCGAAGCGTCAGAAGAAGACGGAGGAGGAAACAACCCGCTATAATGGCCGTCCC
GAGGGTTTCGAATCCGACGAGTGCTCCGACGAGGAGATGGAGTTGTTCGACCAAGAGTTG
GATAGGAGCGGCGGTTATGAAATCGACTTCAAGAAATTTCGTTACTGTTTTGGTTGGAAA
TCACTGGATCTGGACGATAGTACAATGGTTGATGAGCCTGAAACTAACAGAGATTTCGTA
GCTACTTTGGTGAACCTCGCTCTCACCAAAACAAACACAGAAAGAGGAACAAGTTTGGAA
CTGGGCAAGATTTTGATTGCAAACTATCATCCATCCTGCGCAGTCACTTTTTACCTTTCA
TTCGAAGTCAATGATCCTTCAGATGGTAATCAGACAAAACCCTATCGTGCAGTGGTTCGC
TACTTCCCGGGAGACATTGAAGTTGTCTCTTGCAATCCCAAAGAGTGACTTCTCTCAGAG
ATCCACCACCAGTCTCATGGATTTGAAGACTGAAGAATGGTTTGTTTGTCTATGTATCCT
ACTCTATGAAATTTTCCATGCTAGCTTAGAAGGGAAAAAAAAAAAAGAAGAGTTTCCAGC
TTCTTCTTTTTTCCTCTGTTTATGTATCAACTTGTTTGATATTTCTTCTTTCGGCTATTG
TTGTTTTAAGTGTATTGTATAACCTTAAGTTATATGAATAATTTACTAGTTACTTTTT

QA 4 721 4 721
DS 

RD RR3D907JQ 381 0 0
TTTT
TACCTTTCATTGGAAGTCAATGATCCTTCAGATGGTAATCAGACAAAACCCTATCGTGCA
GTGGTTCGCTACTTCCCGGGAGACATTGAAGTTGTTTCTTGCAATCCCAAAGAGTGACTT
CTTTCAGAGATCCACCCCCAGTCTCATGGATTTGAAGACTGAAGAATGGTTTGTTTGTCT
ATGTATCCTACTCTATGAAATTTGCTATGCTAGCTTAAAAGGGAAAAAAAAAA*AGAAGA
GTTTCCAGCTTCTTCTTTTTTCCTCTGTTTATGTATCAACTTGTTTGATATTTCTTCTTT
CGGCTATTGTTGTTTTAAGTGTATTGCATAACCTTAAGTTATATGAATAATTTACTAGTT
ACTTTTTACTTCCAAGC

QA 5 381 5 381
DS 



AS 2 6

CO CL1623Contig1 629 2 4 U
TCTTCGCCGGAATCTCAAGCCCCGCCGTCATAAACTCCACGATGGGTTCTGCCGTGACGG
GAGCCAACGTGGAGAAGATCCCAGGACTCAACACTCTCTCAGTTTCCCTGGCACGTATAG
ACTACGCGCCGGGTGGCTTAAACCCACCTCACACTCACCCACGTGCCACTGAAGTCGTTT
TTGTCCTCGAAGGAGAGCTCGAAGTTGGGTTTATCACGACGGCAAACAAGCTTTTCTCTA
AAACCATTAAACTTGGTGAAGTTTTTGTGTTCCCAAGAGGGCTTGTGCATTTTCAAAAGA
ACAATGGAAAATCTCCAGCATCTGTTTTGTGTGCGTTTAACAGTCAGTTACCGGGAACGG
TGTCTGTTGCGACGACGCTTTTTGCGACGGAGCCTGCTTTGCCGGAAGATGTGTTGACAA
AGACTTTTCAGGTGGGATCTAAGATGGTTGACAAGATTAAAGAAAGGCTTTCTACCAAAA
AATAATTCAATTATATGTAATTGGTTCATGATGAAAACCTTTGAATTTTTTTTCTTATAA
ATGTTGTGGTAACTAACTAAAAATAAATTATTACTGTAATTGACTGGTTTATGTTGGTTT
TGCAAAATAAAATTTATCCTTTATAAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3BI58JQ C 1
AF RR3AU32TF U 118
BS 1 118 RR3BI58JQ
BS 119 375 RR3AU32TF
BS 376 376 RR3BI58JQ
BS 377 629 RR3AU32TF

RD RR3BI58JQ 629 0 0
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GAGCCAACGTGGAGAAGATCCCAGGACTCAACACTCTCTCAGTTTCCCTGGCACGTATAG
ACTACGCGCCGGGTGGCTTAAACCCACCTCACACTCACCCACGTGCCACTGAAGTCGTTT
TTGTCCTCGAAGGAGAGCTCGAAGTTGGGTTTATCACGACGGCAAACAAGCTTTTCTCTA
AAACCATTAAACTTGGTGAAGTTTTTGTGTTCCCAAGAGGGCTTGTGCATTTTCAAAAGA
ACAATGGAAAATCTCCAGCATCTGTTTTGTGTGCGTTTAACAGTCAGTTACCGGGAACGG
TGTCTGTTGCGACGACGCTTTTTGCGACGGAGCCTGCTTTGCCGGAAGATGTGTTGACAA
AGACTTTTCAGGTGGGATCTAAGATGGTTGACAAGATTAAAGAAAGGCTTTCTACCAAAA
AATAATTCAATTATATGTAATTGGTTCATGATGAAAACCTTTGAATTTTTTTTCTTATAA
ATGTTGTGGTAACTAACTAAAAATAAATTATTACTGTAATTGACTGGTTTATGTTGGTTT
TGCAAAATAAAATTTATCCTTTATA
AGCC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3AU32TF 512 0 0
G
AGACTACGCGCCGGGTGGCTTAAACCCACCTCACACTCACCCACGTGCCACTGAAGTCGT
TTTTGTCCTCGAAGGAGAGCTCGAAGTTGGGTTTATCACGACGGCAAACAAGCTTTTCTC
TAAAACCATTAAACTTGGTGAAGTTTTTGTGTTCCCAAGAGGGCTTGTGCATTTTCAAAA
GAACAATGGAAAATCTCCAGCATCTGTTTTGTGTGCGTTTAACAGTCAGTTACCGGGAAC
GGTGTCTGTTGCGACGATGCTTTTTGCGACGGAGCCTGCTTTGCCGGAAGATGTGTTGAC
AAAGACTTTTCAGGTGGGATCTAAGATGGTTGACAAGATTAAAGAAAGGCTTTCTACCAA
AAAATAATTCAATTATATGTAATTGGTTCATGATGAAAACCTTTGAATTTTTTTTCTTAT
AAATGTTGTGGTAACTAACTAAAAATAAATTATTACTGTAATTGACTGGTTTATGTTGGT
TTTGCAAAATAAAATTTATCCTTTATAAGCT

QA 2 512 2 512
DS 



CO CL1623Contig2 834 4 28 U
AGCATATAAAGGATAAATTTTATTTTGCAAACCAACATAAACCAGTCAATTACAGTAATA
ATTTACTTTTAGTTACCACAACATTTATAAGAAAAAAATTTCAAAGGTTTTCATCATGAA
CCAATTACATATAATTGAATTATTTTTTGGTAGAAAGCCTTTCTTTAATCTTGTCAACCA
TCTTAGATCCCACCTGAAAAGTCTTTGTCAACACATCTTCCGGCAAAGCAGGCTCCGTCG
CAAAAAGCGTCGCCGCAACAGACACCGTTCCCGGTAACTGACTATTAAACGCACACAAAA
CAGATGCTGGAGATTTACCATTGTTCTTTTGAAAATGCACAAGCCCTCTTGGGAACACAA
AAACTTCACCAAGTTTAATGGTTTTAGAGAAAAACTTGTTTGCCGTCGTGATAAACCCAA
CTTCGAGCTCTCCTTCGAGGACAAAAACGACTTCGGTGGCACGTGGGTGAGTGTGAGGTG
GGTTTAAGCCACCCGGCGCGTAGTCCATACGTGCTAGGGAAACTGAGAGAGTATTGAGTC
CTGGGATCTTTTCCACGTTGGCTCCCGTCACGGCAGAGCCCATCGTGGAGTTTATGACGG
CGGGGCTTGAGATTCCGGCGAAGAAGAAGTCGGACGATGTGATGTTTGACATTTCTTTGC
ATGGGAACCCGTTCAACTTGGTTCCATGAGATTTATCAGCAACGCAGAGATCTTGAAGGG
CATCGGGATCATATGCATGAATCGAAGCGATAATGCAGGATAATAAGATGGCAATGAAAA
TTCTTGAATTCGTCATGATTCGAAAAGGTGAAGAATTATATGATTATGATTTCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GV05JQ U 1
AF RR3FE13JQ U 1
AF RR3CS38TF C 92
AF RR3GV05TF C 198
BS 1 64 RR3FE13JQ
BS 65 65 RR3GV05JQ
BS 66 79 RR3FE13JQ
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RD RR3GV05JQ 616 0 0
AGCT
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ATTTTTAGTTACCACAACATTTATAAGAAAAAAATTTCAAAGGTTTTCATCATGAACCAA
TTACATATATTTGAATTATTTTTTGGTAGAAAGCCTTTCTTTAATCTTGTCAACCATCTT
AAATCCCACCTGAAAAGTCTTTGTCAACACATCTTCCGGCAAAGCAGGCTCCGTCGCAAA
AAGCGTCCCCGCAACAAACACCGTTCCCGGTAACTGACTATTAAACGCACACAAAACAGA
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GAGCTCTCCTTCGAGGACAAAAACGACTTCGGTGGCACGTGGGTGAGTGTGAGGTGGGTT
TAAGCCACCCGGCGCGTAGTCCATACGTGCTAGGGAAACTGAGAGAGTATTGAGTCCTGG
GATCTTTTCCACGTTGGCTCCCGTCACGGCAGAGCCCATCGTGGAGTTTATGACGGCGGG
GCTTGAGATTCC

QA 5 616 5 616
DS 

RD RR3FE13JQ 680 0 0
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CCAATTACATATAATTGAATTATTTTTTGGTAGAAAGCCTTTCTTTAATCTTGTCAACCA
TCTTAGATCCCACCTGAAAAGTCTTTGTCAACACATCTTCCGGCAAAGCAGGCTCCGTCG
CAAAAAGCGTCGCCGCAACAGACACCGTTCCCGGTAACTGACTGTTAAACGCACACAAAA
CAGATGCTGGAGATTTTCCATTGTTCTTTTGAAAATGCACAAGCCCTCTTGGGAAAACAA
AAACTTCACCAAGTTTAATGGTTTTAGAGAAAAGCTTATTTGCCGTCGTGATAAACCCAA
CTTCGAGCTCTCCTTCGAGGACAAAAACGACTTCAGTGGCACGTGGGTGAGTGTGAGGTG
GGTTTAAGCCACCCGGCGCGTAGTCTATACGTGCTAGGGAAACTGAGAGAGTATTGAGTC
CTGGGATCTTTTCCGCGTTGGCTCCCGTCACGGCAGAGCCCATCGTGGCGTTTATGACGG
CGGGGCTTGAGATTCCGGCGAAGAAGAAGTCGGACGATGTGATGTTTGACATTTCTTTGC
ATGGGAACCCGTTCAACTTG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3CS38TF 743 0 0
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AGAAAGCCTTTCTTTAATCTTGTCAACCATCTTAGATCCCAC*TGAAAAGTCTTTGTCAA
CACATCTTCCGGCAAAGCAGGCTCCGTCGCAAAAAGCGTCGCCGCAACAGACACCGTTCC
CGGTAACTGACTATTAAACGCACACAAAACAGATGCTGGAGATTTACCATTGTTCTTTTG
AAAATGCACAGGCCCTCTTGGGAACACAAAAACTTCACCAAGTTTAATGGTTTTAGAGAA
AAGCTTGTTTGCCGTCGTGATAAACCCAACTTCGAGCTCTCCTTCGAGGACAAAAACGAC
TTCGGTGGCACGTGGGTGAGTGTGAGGTGGGTTTAAGCCACCCGGCGCGTAGTCTATACG
TGCTAGGGAAACTGAGAGAGTATTGAGTCCTGGGATCTTTTCCACGTTGGCTCCCGTCAC
GGCAGAGCCCATCGTGGAGTTTATGACGGCGGGGCTTGAGATTCCGGCGAAGAAGAAGTC
GGACGATGTGATGTTTGACATTTCTTTGCATGGGAACCCGTTCAACTTGGTTCCATGAGA
TTTATCAGCAACGCAGAGATCTTGAAGGGCATCGGGATCATATGCATGAATCGAAGCGAT
AATGCAGGATAATAAGATGGCAATGAAAATTCTTGAATTCGTCATGATTCGAAAAGGTGA
AGAATTATATGATTATGATTTCC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3GV05TF 637 0 0
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ACAGACACCGTTCCCGGTAACTGACTATTAAACGCACACAAAACAGATGCTGGAGATTTA
CCATTGTTCTTTTGAAAATGCACAAGCCCTCTTGGGAACACAAAAACTTCACCAAGTTTA
ATGGTTTTAGAGAAAAACTTGTTTGCCGTCGTGATAAACCCAACTTCGAGCTCTCCTTCG
AGGACAAAAACGACTTCGGTGGCACGTGGGTGAGTGTGAGGTGGGTTTAAGCCACCCGGC
GCGTAGTCCATACGTGCTAGGGAAACTGAGAGAGTATTGAGTCCTGGGATCTTTTCCACG
TTGGCTCCCGTCACGGCAGAGCCCATCGTGGAGTTTATGACGGCGGGGCTTGAGATTCCG
GCGAAGAAGAAGTCGGACGATGTGATGTTTGACATTTCTTTGCATGGGAACCCGTTCAAC
TTGGTTCCATGAGATTTATCAGCAACGCAGAGATCTTGAAGGGCATCGGGATCATATGCA
TGAATCGAAGCGATAATGCAGGATAATAAGATGGCAATGAAAATTCTTGAATTCGTCATG
ATTCGAAAAGGTGAAGAATTATATGATTATGATTTCC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 6

CO CL1624Contig1 929 6 13 U
GGATCACCTTCACATTCAACAGCAAACAAATCACATTTCAAAGACTTTCTTTGTGATCAA
TTCAATGGCAGGTATCAAGGTTTTCGGACACCCTGCTTCCACTGCCACCAGGAGAGTCCT
CCTCACCCTCCACGAGAAAAACCTCGACTTTGAGCTCGTTCATGTCGAGCTCAAAGACGG
TGAGCACAAGAAAGAGCCCTTCCTCTCCCGCAACCCTTTTGGTAAAGTTCCCGCCTTTGA
AGATGGAGACCTCAAGCTCTTCGAATCAAGAGCGATTACTCAGTACATAGCTCACCGATA
TGAAGAGGAAGGAACCAACCTTCTCCCAGCCGACTCCAAGAACATATCCCACTACGCAAT
CATGGCCATTGGAATGGAAGTAGAAGCTCACCACTTCGACCCAGTGGCTTCAAAGCTTGC
CTGGGAACAAGTGTTCAAGCTCTTCTATGGCATGACCACAGACCAAGCCGTTGTTGAAGA
AGAAGAGGCTAAGTTAGCCGCGGTCCTTGATGTGTACGAGGCTAGGCTCAAGGAGTTCAA
GTATTTGGCTGGTGAAACTTTTACTTTGACCGATCTTCACCACATTCCCGTTATTCAATA
CTTGCTTGGAACTCCCACCAAAAAGCTTTTCGCCGAGCGTCCACATGTCAACGAGTGGGT
GGAAGAGATCACCAACAGGCCAGCTTCCCAGAAGATCCTTCAGTGAGAAATTTTTGAATA
AGGGAAAAGAAAATGATTCTGCTTCAGCCACAGTAATAATAATAATGCTCAAAGTAAATA
AGTGGCTGCCTCATTGCCCAATTTCTCAGTGCTCTATTTTGTCTTTCTTTTGTGTCCTCT
GTTTTTATTCTCCCTTTTATATGTATGTGTTTGTGTTCTTGAGAGATTTTTGTTGAATCA
AAAGCTATTTATCTAATGTTCAAACTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF01TF U 4
AF RR3D502TF U 1
AF RR3AX30TF U 11
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AF RR3D502JQ C 303
AF RR3AX30JQ C 459
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BS 710 713 RR3AX30TF
BS 714 929 RR3D502JQ

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GGACCTT
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AAAGAGCCCTTCCTCTCCCGCAACCCTTTTGGTAAAGTTCCCGCCTTTGAAGATGGAGAC
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GGAATGGAAGTAGAAGCTCACCACTTCGACCCAGTGGCTTCAAAGCTTGCCTGGGAACAA
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AAGTTAGCCGCGGTCCTTGATGTGTACGAGGCTAGGCTCAAGGAGTTCAAGTATTTGGCT
GGT

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DS 

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TTCAATGGCAGGTATCAAGGTTTTCGGACACCCTGCTTCCACTGCCACCAGGAGAGTCCT
CCTCACCCTCCACGAGAAAAACCTCGACTTTGAGCTCGTTCATGTCGAGCTCAAAGACGG
TGAGCACAAGAAAGAGCCCTTCCTCTCCCGCAACCCTTTTGGTAAAGTTCCCGCCTTTGA
TGATGGAGACCTCAAGCTCTTCGAATCAAGAGCGATTACTCAGTACATAGCTCACCGATA
TGAAGAGGAAGGAACCAACCTTCTCCCAGCCGACTCCAAGAACATATCCCACTACGCAAT
CATGGCCATTGGAATGGAAGTAGAAGCTCACCACTTCGACCCAGTGGCTTCAAAGCTTGC
CTGGGAACAAGTGTTCAAGCTCTTCTATGGCATGACCACAGACCAAGCCGTTGTTGAAGA
AGAAGAGGCTAAGTTAGCCGCGGTCCTTGATGTGTACGAGGCTAGGCTCAAGGAGTTCAA
GTATTTGGCTGGTGAAACTTTTACTTTGACCGATCTTCACCGCATTCCCGTTATTCAATA
CTTGCTTGGAACTCCCACCAAAAAGCTCTTCGCCGAGCGTCCACATGTCAACGAGTGGGT
GGAAGAGATCACCAACAG*CCAGCTTCCCAGA*GATCCTTCAGTGAGAA
TTTCTGAT

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DS 

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GGTATCAAGGTTTTCGGACACCCTGCTTCCACTGCCACCAGGAGAGTCCTCCTCACCCTC
CACGAGAAAAACCTCGACTTTGAGCTCGTTCATGTCGAGCTCAAAGACGGTGAGCACAAG
AAAGAGCCCTTCCTCTCCCGCAACCCTTTTGGTAAAGTTCCCGCCTTTGAAGATGGAGAC
CTCAAGCTCTTCGAATCAAGAGCGATTACTCAGTACATAGCTCACCGATATGAAGAGGAA
GGAACCAACCTTCTCCCAGCCGACTCCAAGAACATATCCCACTACGCAATCATGGCCATT
GGAATGGAAGTAGAAGCTCACCACTTCGACCCAGTGGCTTCAAAGCTTGCCTGGGAACAA
GTGTTCAAGCTCTTCTATGGCATGACCACAGACCAAGCCGTTGTTGAAGAAGAAGAGGCT
AAGTTAGCCGCGGTCCTTGATGTGTACGAGGCTAGGCTCAAGGAGTTCAAGTATTTGGCT
GGTGAAACTTTTACTTTGACCGATCTTCACCACATTCCCGTTATTCAATACTTGCTTGGA
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ACCAACAGGCCAGCTTCCCAGAAGATCCTTCAGTGAGAAATTT
C

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DS 

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TTCACCACATTCCCGTTATTCAATACTTGCTTGGAACTCCCACCAAAAAGCTTTTCGCCG
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TCCTTCAGTGAGAAATTTTTGAATAAGGGAAAAGAAAATGATTCTGCTTCAGCCACAGTA
ATAATAATAATGCTCAAAGTAAATAAGTGGCTGCCTCATTGCCCAATTTCTCAGTGCTCT
ATTTTGTCTTTCTTTTGTGTCCTCTGTTTTTATTCTCCCTTTTATATGTATGTGTTTGTG
TTCTTGAGAG

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DS 

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GGGAACAAGTGTTCAAGCTCTTCTATGGCATGACCACAGACCAAGCCGTTGTTGAAGAAG
AAGAGGCTAAGTTAGCCGCGGTCCTTGATGTGTACGAGGCTAGGCTCAAGGAGTTCAAGT
ATTTGGCTGGTGAAACTTTTACTTTGACCGATCTTCACCGCATTCCCGTTATTCAATACT
TGCTTGGAACTCCCACCAAAAAGCTTTTCGCCGAGCGTCCACATGTCAACGAGTGGGTGG
AAGAGATCACCAACAGGCCAGCTTCCCAGAAGATCCTTCAGTGAGAAATTTTTGAATAAG
GGAAAAGAAAATGATTCTGCTTCAGCCACAGTAATAATAATAATGCTCAAAGTAAATAAG
TGGCTGCCTCATTGCCCAATTTCTCAGTGCTCTATTTTGTCTTTCTTTTGTGTCCTCTGT
TTTTATTCTCCCTTTTATATGTATGTGTTTGTGTTCTTGAGAGATTTTTGTTGAATCAAA
AGCTATTTATCTAATGTTCAAACTCAC

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DS 

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AGGCTAGGCTCAAGGAGTTCAAGTATTTGGCTGGTGAAACTTTTACTTTGACCGATCTTC
ACCACATTCCCGTTATTCAATACTTGCTTGGAACTCCCACCAAAAAGCTTTTCGCCGAGC
GTCCACATGTCAACGAGTGGGTGGAAGAGATCACCAACAGGCCAGCTTCCCAGAAGATCC
TTCAGTGAGAAATTTCTGAATAAGGGAAAAGAAAATGATTCTGCTTCAGCCACAGTAATA
ATAATAATGCTCAAAGTAAATAAGTGGCTGCCTCATTGCCCAATTTCTCAGTGCTCTATT
TTGTCTTTCTTTTGTGTCCTCTGTTTTTATTCTCCCTTTTATATGTATGTGTTTGTGTTC
TTGAGAGATTTTTGTTGAATCAAAAGCTATTTATC
C

QA 1 455 1 455
DS 



AS 1 2

CO CL1625Contig1 996 2 2 U
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TCGTTAGACTTGCTGAATGAAGCAAAGGCTTATTGTGAGAAGGCAATCAAGAACGATCCG
GGGAATGAGGATATGAAGAAGCTTCTAAAGGTGGTTACTTTGAAGAAGCGAGAGAAAGAG
GAACATGAGGCTCGAGTCTCAGAGGCTGTGGTGGAAGCTAAGGCTTGTCTCTCTGCTTTT
GAAAACAGAGGAGTTAAGATTGGCAAGGCAATGTACCGGGAACTCACGGGTCTGAAGAAG
CCAGTGTTGGATCGAAACAACATCTTGCATTGGCCTGTACTGCTTCTTTACGCAGAGGCC
ATGACAAGTGACTTTGTTGAGGACTTTTGTGAAACAGACATGTTTGCAACTCATCTTGAT
ATGATGTTTTCAGATGATAGCCCACCTCTGCCATGGGATAAAAACAATGAGTACACGCGT
GAAGCAATCGAGCTTTACTACGAGGCGAGTTCGGGAACTCCATTGCCTAGGAGTAGAGTT
CTACAGTATCTTCTAGAAGGGACAAAAGGTTCTCAAGCTGAAACCACTGGAGATGAGGAC
ACAACCTTAACTAAAACACCTTACAACGTGAAAGGAGGAAAGGGTTCGTCTGGTATGGTT
AAAGTGAACGAGCGAAGAACATTGCATGACGTGTTGAAAGAACCTAACTTTGTCGTCCCT
GAGATCCCAGTCTTCTACATTGTATCGAAGAGGTCCAGGTTCTACAAGGACTTTGCCGCC
GGAAAATGGAGTCCGCCAAGCTGAGCAGCGAGTTACAGTTTGGATACTTTTTACTTTTGA
ATGAAACCTCGAACTTGTGTACTTGTAAGAGTAATAAACATTCTGTGGCATCGATTTTGA
TACTTTGAGAAGATTATTGTTAACACTTCACAGATTTAGAAAGTTTTACCTCTGTTCTCA
GTCTGAGTGTTATATATAAGATCAAACGTCTTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS63TF U 1
AF RR3DS63JQ C 167
BS 1 745 RR3DS63TF
BS 746 996 RR3DS63JQ

RD RR3DS63TF 745 0 0
GCAATCAGGCTATGTCCTGATAACGTCAAGGCGGTGTATCGAGCTGCAAAGGCGTCGTTG
TCGTTAGACTTGCTGAATGAAGCAAAGGCTTATTGTGAGAAGGCAATCAAGAACGATCCG
GGGAATGAGGATATGAAGAAGCTTCTAAAGGTGGTTACTTTGAAGAAGCGAGAGAAAGAG
GAACATGAGGCTCGAGTCTCAGAGGCTGTGGTGGAAGCTAAGGCTTGTCTCTCTGCTTTT
GAAAACAGAGGAGTTAAGATTGGCAAGGCAATGTACCGGGAACTCACGGGTCTGAAGAAG
CCAGTGTTGGATCGAAACAACATCTTGCATTGGCCTGTACTGCTTCTTTACGCAGAGGCC
ATGACAAGTGACTTTGTTGAGGACTTTTGTGAAACAGACATGTTTGCAACTCATCTTGAT
ATGATGTTTTCAGATGATAGCCCACCTCTGCCATGGGATAAAAACAATGAGTACACGCGT
GAAGCAATCGAGCTTTACTACGAGGCGAGTTCGGGAACTCCATTGCCTAGGAGTAGAGTT
CTACAGTATCTTCTAGAAGGGACAAAAGGTTCTCAAGCTGAAACCACTGGAGATGAGGAC
ACAACCTTAACTAAAACACCTTACAACGTGAAAGGAGGAAAGGGTTCGTCTGGTATGGTT
AAAGTGAACGAGCGAAGAACATTGCATGACGTGTTGAAAGAACCTAACTTTGTCGTCCCT
GAGATCCCAGTCTTCTACATTGTAT

QA 1 745 1 745
DS 

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CGGGTCTGAAGAAGCCAGTGTTGGATCGAAACAACATCTTGCATTGGCCTGTACTGCTTC
TTTACGCAGAGGCCATGACAAGTGACTTTGTTGAGGACTTTTGTGAAACAGACATGTTTG
CAACTCATCTTGATATGATGTTTTCAGATGATAGCCCACCTCTGCCATGGGATAAAAACA
ATGAGTACACGCGTGAAGCAATCGAGCTTTACTACGAGGCGAGTTCGGGAACTCCATTGC
CTAGGAGTAGAGTTCTACAGTATCTTCTAGAAGGGACAAAAGGTTCTCAAGCTGAAACCA
CTGGAGATGAGGACACAACCTTAACTAAAACACCTTACAACGTGAAAGGAGGAAGGGGTT
CGTCTGGTATGGTTAAAGTGAACGAGCGAAGAACATTGCATGACGTGTTGAAAGAACCTA
ACTTTGTCGTCCCTGAGATCCCAGTCTTCTACATTGTATCGAAGAGGTCCAGGTTCTACA
AGGACTTTGCCGCCGGAAAATGGAGTCCGCCAAGCTGAGCAGCGAGTTACAGTTTGGATA
CTTTTTACTTTTGAATGAAACCTCGAACTTGTGTACTTGTAAGAGTAATAAACATTCTGT
GGCATCGATTTTGATACTTTGAGAAGATTATTGTTAACACTTCACAGATTTAGAAAGTTT
TACCTCTGTTCTCAGTCTGAGTGTTATATATAAGATCAAACGTCTTTGAT

QA 1 830 1 830
DS 



AS 2 5

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AATAGAAAGAAAGAGAGAGAGAGATCTGAAAGATGAAGGCGGAGAAGAGTCCGATTCAGA
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CGGCAATGACGATCCTCGTCTTCCTTAGGGTGATTGTACACGAGCACGACAACCTTTTCA
TCGCGTCCGAGGCTGTCCATGCTGTTGGGATCTCTGTTCTTATCTACAAACTCACCAAGG
AGAAGACATGCGCTGGGATATCTCTCAAGACGCAGGAGCTAACGGCTTTGTTTCTGGCTG
TGCGGTTGTATTGTAGCTTTGTAATGGAGTTTGATCTTCACATCATAAACAGGCTCTTTT
GGGCCTTCTGTGTTTATCTTGAAGCTGTTTCAGTTCTTCCTCAACTAAGAGTCATGCAGA
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GGATACCAGAGGGAGGTTGCTGACTGCATTAGGGTATGGATTATGGCCTTTAATGGTCCT
CCTCTCTGAAATTATCCAAACTTTCATCCTTGCAGATTTTTGCTATTACTATGTTCAGAG
TTTAATGGGTGGACAGCTCGTTCTTCGTCTTCCTTCTGGTGTGGTGTAAGAAGCTTTATT
AAAGGATTGCTTGAGCTTTTTTAAAAACTTTTAATTTTACTAGACTTTGAGATGTAATTT
AATACTTTTGCTAGCAAACAACCCTTGGCTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP83TF U 1
AF RR3AP83JQ C 23
BS 1 723 RR3AP83TF
BS 724 812 RR3AP83JQ

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AAA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3AP83JQ 790 0 0
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AGGTTCTTGAGTTGTGCACACTGGATCCTTCAGGTGTTGGATACCAGAGGGAGGTTGCTG
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TTCATCCTTGCAGATTTTTGCTATTACTATGTTCAGAGTTTAATGGGTGGACAGCTCGTT
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AAAAACTTTTAATTTTACTAGACTTTGAGATGTAATTTAATACTTTTGCTAGCAAACAAC
CCTTGGCTGG

QA 1 790 1 790
DS 



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TTTCATCGCGTCCGAGGCTGTCCATGCCGTTGGGATCTCCGTTCTTATCTACAAACTCAC
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GGCTGTGCGGTTGTATTGTAGCTTTGTAATGGAGTTTGATCTTCACACGTTACTTGATTC
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CTGTGTTTATCTTGAAGCTGTTTCAGTTCTTCCTCAACTAAGAGTCATGCAGAACACTAA
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TTGTGCACACTGGATCCTTCAGGTGTTGGATACCAGAGGGAGGTTGCTGACTGCATTAGG
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AACTAGTTTTTATAATAATAATGGCAACTCGAGGATCATATAATTGGGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM85TF U 1
AF RR3AS49TF U 65
AF RR3FM85JQ C 320
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GGCTGTGCGGTTGTATTGTAGCTTTGTAATGGAGTTTGATCTTCACACGTTACTTGATTC
TGCTACTTTGGCTACCACCCTTTGGGTCATTTATATGATCCGTTTCAATCTTAGACCTAC
TTATATGGAAGATAAGGACAACTTTCCCATCTACTACGTTGTAGTCCCATGTGCTGTTGT
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CTGTGTTTATCTTGAAGCTGTTTCAGTTCTTCCTCAACTAAGAGTCATGCAGAACACTAA
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QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3AS49TF 674 0 0
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AGAGAGAAAGATCTGAAAGATGAAGGCGGAGAAGAGCCCGATTCAGACCGTGACGTCGTG
GATTCGCCGGCAGCCACCGAAGGTTAAGGCGTTTCTTTGCGTTGTTACGGCAATGACGAT
CCTCGTCTTCCTCAGGATCATTGTACATGAGCACGACAACCTTTTCATCGCGTCCGAGGC
TGTCCATGCCGTTGGGATCTCCGTTCTTATCTACAAACTCACCAAGGAGAAGACACGTGC
TGGGATATCTCTCAAGACGCAGGAGCTAACGGCTTTGTTTCTGGCTGTGAGGTTGTATTG
TAGCTTTGTAATGGAGTTCGATCTTCACACGTTACTTGATTCTGCTACTTTGGCCACCAC
CCTTTGGGTCATTTATATGATCCGTTTCAATCTTAGACCTACTTATATGGAAGATAAGGA
CAACTTTCCCATCTACTACGTTGTAGTCCCATGTGCTGTTGTATCTTTGCTGATTCATCC
ATCAACACGTCACCACATTATAAACAGGCTCTTTTGGGCCTTCTGTGTTAATCTTGAAGC
TGTGTCAGTTCTTCCTCAATTAAGAGTCATGCAGAACACTAAGATCGTGGAACCATTCAC
AGCACATTACGTATTTGCTTTGGGAATCGCTAGGTTCTTGAGTTGTGCACACTGGATCCT

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DS 

RD RR3FM85JQ 752 0 0
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AGCTTTGTAATGGAGTTTGATCTTCACACGTTACTTGATTCTGCTACTTTGGCTACCACC
CTTTGGGTCATTTATATGATCCGTTTCAATCTTAGACCTACTTATATGGAAGATAAGGAC
AACTTTCCCATCTACTACGTTGTAGTCCCATGTGCTGTTGTATCTTTGCTCATTCATCCA
TCAACACGTCACCACATCATAAACAGGCTCTTTTGGGCCTTCTGTGTTTATCTTGAAGCT
GTTTCAGTTCTTCCTCAACTAAGAGTCATGCAGAACACTAAGATCGTGGAACCGTTTACA
GCACATTACGTATTTGCTTTGGGAATCGCTAGGTTCTTGAGTTGTGCACACTGGATCCTT
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ATGGTCCTCCTCTCTGAAATTATCCAAACTTTCATCCTTGCAGATTTTTGTTATTACTAT
GTTCAGAGTTTAATGGGTGGACAGCTCGTTCTTCGTCTTCCTTCTGGTGTGGTGTAAGAA
GCTTTATTAAAGGATTGCTTGAGCTTTTTTAAAAACTTTTAATTTTACTAGACTTTGAGA
TGTAATTTAATACTTTTGCTAGCAAACAACCCTTGGCTAGAAACTAGTTTTTATAATAAT
AATGGCAACTCGAGGATCATATAATTGGGGGC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 3

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CGTAATCAATCATTTAGAGCTAATAACCTATACAAATTCCGTTTATTACAGTAAAAGCTT
GGACGCGAATGAAGTATACCAGATTGTATGAACAAAAACAAATAAGGGACAACAGATTCA
AAAGAATCTAATCATTTTCTACACATTCAGAGCTTGCATTTCCAGGTGTTATGATACTCC
ACAGCTTAGAGGGAAGCTTTACTTTACTTTTCTTTCCTTTTTTTTTTGGTGGTTGTTGTT
TTCTTCTGTACCTAAAGAGTTGAGGATGGTCCGTATGATACATGTCTTGCTCCCTTTACA
AAATGGTGCATGTGCATATAACCGCCTTTGGTGCTTTATCGACCTTCTTCTCTGATTTAG
TTTTAGCTGGAGAAGGCTGTACAACAACATGCATCACGGTGACTCCACCACCTGCAGTCT
CTCCAAAAGGAGTCTTACACTGGCCAACAGTCTTGTTGTTCTCCAAGATCTTACCCGAGC
TGATCAGCTTTACTTCGTTTATCCCCTTTGGAACAACTGTTTTGCCTTTGGGCCAATCAG
AGACGACCCTTTGCTTCAAAAAATCAACAGTAGAGGCAGCTGAATAGCGAAAGGGTCCGA
TGTCGGAGCCATCGTAGAGCCTGAATTTGATATCTATCGACTCCTCCTCCGGCATCTCCG
TTGAACTTCTCTCAGACGACCTCCGTTAACCCAAATCCCGATTCTCCAACAAAAAAAAAA
ACAGACTTCAACACAACTGTCTTCAGATCTGAAACAGTTCCAATCAAAAAAGTAGAATCA
GAGGTTGTTACTTCGACAAGGACAGAGAAACATTAATTAAAAGACAATCAAGGGGGAGGG
GAAGGGGAGGGAATCAAAATACAGAACAGTAGCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTTTCTTT
CGATTTCGACTTTGGGATCGTTGAAAAAGTTGAAGGAAGGAAGGAGAAAAGCTTTTGACA
ATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3C750JQ U 1
AF RR3FU26JQ U 306
AF RR3FU26TF C 319
BS 1 457 RR3C750JQ
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BS 967 1025 RR3FU26TF

RD RR3C750JQ 759 0 0
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TGTCGGAGCCATCGTAGAGCCTGAATTTGATATCTACCGACTCCTCCTCCGGCATCTCCG
TTGAACTTCTCTCAGACGACCTCCGTTAACCCAAATCCC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3FU26JQ 661 0 0
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AAAGGAGTCTTACACTGGCCAACAGTCTTGTTGTTCTCCAAGATCTTACCCGAGCTGATC
AGCTTTACTTCGTTTATCCCCTTTGGAACAACTGTTTTGCCTTTGGGCCAATCAGAGACG
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TGTTACTTCGACAAGGACAGAGAAACATTAATTAAAAGACAATCAAGGGGGAGGGGAAGG
GGAGGGAATCAAAATACAGAACAGTAGCTCTCTCTCTCTCTCTGTCTCTTTCTTTCGATT
T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3FU26TF 707 0 0
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TAACCGC*TTTGGTGCTTTATCGACCTTCTTCTCTGATTTAGTTTTAGCTGGAGAAGGCT
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AAAAATCAACAGTAGAGGCAGCTGAATAGCGAAAGGGTCCGATGTCGGAGCCATCGTAGA
GCCTGAATTTGATATCTATCGACTCCTCCTCCGGCATCTCCGTTGAACTTCTCTCAGACG
ACCTCCGTTAACCCAAATCCCGATTCTCCAACAAAAAAAAAAACAGACTTCAACACAACT
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CGTTGAAAAAGTTGAAGGAAGGAAGGAGAAAAGCTTTTGACAATTCC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 5

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AAAACACAAATAGAAAATTTCACTTTTATCAATCACTCTGGTCTTCAACAGAAAAATTGT
CTTACATAGACAACGCTGAGTAACACACTTTCTTACAAAACCCAATACCCACAGACCAAA
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AATGGTAGCAACGGATAGAGCCATGAGGAGAAAATTGAACAACCAGGCACTCATCAATGC
TTTCTTGATTGATGATGCAGCACTCAAACCGCGAGCACTATGATGACAATCAGGAGCACG
ATACCAAAAATCACCAAGGGCAAGCACGTCAGGGAAGAGTTCGATCTTTGCGTCTTTGAG
GCTTTTGCGAGATGGGATTTTCCTTGTGCAGTTGCAGCGTGGGAGTTATCAATGTGAGTA
CTGATATCATCAATCATGGTTCCTTGATCATGTACCAACACTGCCAAGTCTTTGAAGATT
TCATGCACCTCGCCAATTTGTTGCTGGATTTCTTCTATCCCTTGCTCTCTTTCTTCAATA
ACAGCCTCATTAAACGCAATCTCATTGTCCAACAGTACAAGTTCTTGTCTATTTGATTCA
ACAAGAAGCGCACGCTGCTCTTGATGCTTATCTGCATTCGCACCTATCTCACTGGCTGTA
TAGCTAGAAGGAGGAGATGGTAGGGTCACAAGAGGAGCATACACGGTTTCTCTTTCAGCA
GCGAGACGCTGAGCCTTTTGAAACTCTTTCAATACAGATTGAAAGTCTTTTGCAAGCTTA
GCATCCACAATCTTCTTCTTTTGATTAACACCTCTTTGATGATCAGTTTCACTAGCTTCT
CTAAGTTTAGCTGCTGTGTCTTTCACTAACTGTCCGATATATAGTCTTGTGTTGTGCAGC
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CTAGAGACGCTTGTGTTGATCTGAAAAATACCGGAGGCTACGGCTTGCGTCGTGTCTTGT
CCTCCTCCTCCTCCATCGATGTTCCGTGACGAAGCTAATGATCTTCCTCTTCCCGCCTCT
AAATCTCGAAAACTCATCTCTTTCTCCAAGTCTCGGGAAACCCACCACGAAAGTATCTTC
CTTTTTTGACGGTGAGTATCGAGTCTCTCTCTCTCTCTCCGACAGAGAGATTGAGAAAAG
CGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3FR10JQ U 3
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AF RR3C851JQ U 10
AF RR3C851TF C 64
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GCAACGCTGAGTAACACACTTTCTTACAAAACCCAATACCCACAGACCAAACCAACCAAA
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AACGGATAGAGCCATGAGGAGAAAATTGAACAACCAGGCACTCATCAATGCTTTCTTGAT
TGATGATGCAGCACTCAAACCGCGAGCACTATGATGACAATCAGGAGCACGATACCAAAA
ATCACCAAGAGCAAGCACGTCAGGGAAGAGTT

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CCAACCAAAGGGAACTATTCTATATACTCAATAACAAGAGACAAAAGGACCAACAGACTA
AATGGTAGCAACGGATAGAGCCATGAGGAGAAAATTGAACAACCAGGCACTCATCAATGC
TTTCTTGATTGATGATGCAGCACTCAAACCGCGAGCACTATGATGACAATCAGGAGCACG
ATACCAAAAATCACCAAGAGCAAGCCCGTCAGGGAAAAGTTCGATCTTTGCGTCTTTGAG
GCTTTTGCGAGATGGGATTTTCCTTGGGCAGTTGCAGCGGGGGAGTTATCAATGTGAGTA
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TCATGCACCTCGCCAATTTGTTGCTGGATTTCTTCTATCCCTTGCTCTCTTTCTTCAATA
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GGGAACTATTCTATATACTCAATAACAAGAGACAAAAGGACCAACAGACTAAATGGTAGC
AACGGATAGAGCCATGAGGAGAAAATTGAACAACCAGGCACTCATCAATGCTTTCTTGAT
TGATGATGCAGCACTCAAACCGCGAGCACTATGATGACAATCAGGAGCACGATACCAAAA
ATCACCAAGGGCAAGCACGTCAGGGAAGAGTTCGATCTTTGCGTCTTTGAGGCTTTTGCG
AGATGGGATTTTCCTTGTGCAGTTGCAGCGTGGGAGTTATCAATGTGAGTACTGATATCA
TCAATCATGGTTCCTTGATCATGTACCAACACTGCCAAGTCTTTGAAGATTTCATGCACC
TCGCCAATTTGTTGCTGGATTTCTTCTATCCCTTGCTCTCTTTCTTCAATAACAGCCTCA
TTAAACGCAATCTCATTGTCCAACAGTACAAGTTCTTGTCTATTTGATTCAACAAGAAGC
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GGAGGAGATGGTAGGGTCACAAGAGGAGCATACACGGTTTCTCTTTCAGCAGCGAGACGC
TGAGCCTTTTGAAACTCTTTCAATACAGATTGAAAGTCTTTTGCAAGCTTAGCATCCACA
ATCTTCTTCTTTTGAT*AACACCTCTTTGATGATCAGTTTCACTAGCTTCTCTAAGTTTA
GCTGCTGTGTCTT
CACTC

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ACCAAAGGGAACTATTCTATATACTCAATAACAAGAGACAAAAGGACCAACAGACTAAAT
GGTAGCAACGGATAGAGCCATGAGGAGAAAATTGAACAACCAGGCACTCATCAATGCTTT
CTTGATTGATGATGCAGCACTCAAACCGCGAGCACTATGATGACAATCAGGAGCACGATA
CCAAAAATCACCAAGGGCAAGCACGTCAGGGAAGAGTTCGATCTTTGCGTCTTTGAGGCT
TTTGCGAGATGGGATTTTCCTTGTGCAGTTGCAGCGTGGGAGTTATCAATGTGAGTACTG
ATATCATCAATCATGGTTCCTTGATCATGTACCAACACTGCCAAGTCTTTGAAGATTTCA
TGCACCTCGCCAATTTGTTGCTGGATTTCTTCTATCCCTTGCTCTCTTTCTTCAATAACA
GCCTCATTAAACGCAATCTCATTGTCCAACAGTACAAGTTCTTGTCTATTTGATTCAACA
AGAAGCGCACGCTGCTCTTGATGCTTATCTGCATTCGCACCTATCTCACTGGCTGTATAG
CTAGAAGGAGGAGATGGTAGGGTCACAAGAGGAGCATACACGGTTTCTCTTTCAGCAGCG
AGACGCTGAGCCTTTTGAAACTCTTTCAATACAGATTGAAAGTCTTTTGCAAGCTTAGCA
TCCACAATCTTCTTCTTTTGATTAACACCTCTTTGATGATCAGTTTCACTAGCTTCTCTA
AGTTTAGCTGCTGTGTCTT
TCACTC

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DS 

RD RR3AM39TF 757 0 0
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TTTCTTCTATCCCTTGCTCTCTTTCTTCAATAACAGCCTCATTAAACGCAATCTCATTGT
CCAACAGTACAAGTTCTTGTCTATTTGATTCAACAAGAAGCGCACGCTGCTCTTGATGCT
TATCTGCATTCGCACCTATCTCACTGGCTGTATAGCTAGAAGGAGGAGATGGTAGGGTCA
CAAGAGGAGCATACACGGTTTCTCTTTCAGCAGCGAGACGCTGAGCCTTTTGAAACTCTT
TCAATACAGATTGAAAGTCTTTTGCAAGCTTAGCATCCACAATCTTCTTCTTTTGATTAA
CACCTCTTTGATGATCAGTTTCACTAGCTTCTCTAAGTTTAGTTGCTGTGTCTTTCACTA
ACTGTCCGATATATAGTCTTGTGTTGTGCAGCTTATCTCGGAGCTCGGGGGTGTCTTTGG
GAGTACCGAGAGTGTTGACGAGTCGTTGGAAGCTAGAGACGCTTGTGTTGATCTGAAAAA
TACCGGAGGCTACGGCTTGCGTCGTGTCTTGTCCTCCTCCTCCTCCATCGATGTTCCGTG
ACGAAGCTAATGATCTTCCTCTTCCCGCCTCTAAATCTCGAAAACTCATCTCTTTCTCCA
AGTCTCGGGAAACCCACCACGAAAGTATCTTCCTTTTTTGACGGTGAGTATCGAGTCTCT
CTCTCTCTCTCCGACAGAGAGATTGAGAAAAGCGTCC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

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ATAAATTATGAATAAACAAGATGTTATGAAGCTTCAGACTTGTGTTCTGAAAGTGAATGT
ACACTGTGAGGGCTGTAAGCATAAAGTGAAAAAACAGTTGCAGAAAATCGAAGGAGTGTA
CTCTGTAAAAGCAGATGTAGAACAGGGGAAAGTCACTGTCACAGGAAACGTCGACCCAGC
CATTCTCGTTAAGAAGCTGAGCAAATCAGGGAAACACGCCGAGATTATAGGCGGTGGTGG
TGGCGGTGACGGAGGAAAAGGTGGAAAAGAGAGCAACGGGAAAGCTAATGGTGGTGGTAG
TGGTGGTGGTGGACATGGTCAACCTATGCAATTGACTCCTCAGCAGATTCAACAATTGAT
GATGATGAAGGCTGCTCACGGTGGTGGTAATGGCGGGAAGGATATGAAGATGATGATGCC
TCCTGTGGCATCTAAGGATCAGAAGAAGTCTGCTAAGTTTGAGGAAGAGGAGGATGACGA
TGAGTTTAGTGATGATGATAATGGGCCTAAAAAGGGAGGAGGTAAGTCGAAAGGAGGAGC
CCATGGGGCCCATGATATCGATGAGATCATGAAACATGTCAAAGCAGGCGGAGGAGGTAA
CAAGGTGAAGGGGATGGGTGGCCCAGTTGGTCAAGGAGGTCCTATGGGTATGATGGCTCC
AATGGGACACCAAGGAGGTGGCGCATTCCCGGCAGTTCAAGGGCTACCGATGAGTGGAGG
CGCAGGATATTATCCACCACCGCCTCAGGCAATGAACCAACAACAGTATACGCAAATGAT
GATGCAACAACAACATCAACAACAACAGGCTGCATTTCACGGAGGATATGGTGGTGGTGG
TCACGGTGCAGACATGTACCATCCGATGATGTATGCTCGGCCTTATCCGGCAGTAAATTA
TGCTCATCCACCTCCAATGCCGCCTCCACACTCGGGTCTTTATACTGATGTGTTCAGCGA
TGAGAATCCAGCTGGTTGTAGTATCATGTGATCTTTTGATAATGGTAATTATAAAACGAA
TATGAATATGTTTGTCTAAGAAGTCTTATGTTTTTTTCTGGGGCTGTCTTTTTCTTTTGT
GAACTCAATCGAGGAATGGCAACAACATGTGCTTTAATTTGGTTAGTGGGAATGATGTTT
ATAGTATCTCTATTTCTGAAAAGATATGGTTGCAAAATAAGATGTTCGTTCAGTTTCG


BQ
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY26TF U 1
AF RR3DY26JQ C 461
BS 1 647 RR3DY26TF
BS 648 1258 RR3DY26JQ

RD RR3DY26TF 658 0 0
GGAAAGGAGAAAGAAGAGTTCAGACAGAAACTCTCTCTCTACTATACCCACAAATCTTAG
ATAAATTATGAATAAACAAGATGTTATGAAGCTTCAGACTTGTGTTCTGAAAGTGAATGT
ACACTGTGAGGGCTGTAAGCATAAAGTGAAAAAACAGTTGCAGAAAATCGAAGGAGTGTA
CTCTGTAAAAGCAGATGTAGAACAGGGGAAAGTCACTGTCACAGGAAACGTCGACCCAGC
CATTCTCGTTAAGAAGCTGAGCAAATCAGGGAAACACGCCGAGATTATAGGCGGTGGTGG
TGGCGGTGACGGAGGAAAAGGTGGAAAAGAGAGCAACGGGAAAGCTAATGGTGGTGGTAG
TGGTGGTGGTGGACATGGTCAACCTATGCAATTGACTCCTCAGCAGATTCAACAATTGAT
GATGATGAAGGCTGCTCACGGTGGTGGTAATGGCGGGAAGGATATGAAGATGATGATGCC
TCCTGTGGCATCTAAGGATCAGAAGAAGTCTGCTAAGTTTGAGGAAGAGGAGGATGACGA
TGAGTTTAGTGATGATGATAATGGGCCTAAAAAGGGAGGAGGTAAGTCGAAAGGAGGAGC
CCATGGGGCCCATGATATCGATGAGATCATGAAACATGTCAAAGCAG
CGGAGAGTAAC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3DY26JQ 798 0 0
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GAGGAAGAGGAGGATGACGATGAGTTTAGTGATGATGATAATGGGCCTAAAAAGGGAGGA
GGTAAGTCGAAAGGAGGAGCCCATGGGGCCCATGATATCGATGAGATCATGAAACATGTC
AAAGCAGGCGGAGGAGGTAACAAGGTGAAGGGGATGGGTGGCCCAGTTGGTCAAGGAGGT
CCTATGGGTATGATGGCTCCAATGGGACACCAAGGAGGTGGCGCATTCCCGGCAGTTCAA
GGGCTACCGATGAGTGGAGGCGCAGGATATTATCCACCACCGCCTCAGGCAATGAACCAA
CAACAGTATACGCAAATGATGATGCAACAACAACATCAACAACAACAGGCTGCATTTCAC
GGAGGATATGGTGGTGGTGGTCACGGTGCAGACATGTACCATCCGATGATGTATGCTCGG
CCTTATCCGGCAGTAAATTATGCTCATCCACCTCCAATGCCGCCTCCACACTCGGGTCTT
TATACTGATGTGTTCAGCGATGAGAATCCAGCTGGTTGTAGTATCATGTGATCTTTTGAT
AATGGTAATTATAAAACGAATATGAATATGTTTGTCTAAGAAGTCTTATGTTTTTTTCTG
GGGCTGTCTTTTTCTTTTGTGAACTCAATCGAGGAATGGCAACAACATGTGCTTTAATTT
GGTTAGTGGGAATGATGTTTATAGTATCTCTATTTCTGAAAAGATATGGTTGCAAAATAA
GATGTTCGTTCAGTTTCG

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 6

CO CL1630Contig1 937 6 7 U
GGGTTCGACTCGAGAGCAAAAGAAAGAATGAAGAGAGGAGGATTAAAGAGAAGAAGACGT
TTCGGAAGAAGAGCTTAAAACAAAAAAAAAAGTCGCTTCTCTCCCGCGGCGGGCGGTTAT
CCTGTCACCAATTGCAATCGATAAATAATAATGATTAAGGTATGGAGATGGTACCAGCGA
TGCCTGAGCGTTCATCCGTTGAAAACGCAGGTGATAAGCTCCGGCTTTCTTTGGGGATTC
GGAGACGTCACCGCTCAATGCATCACTCATTCCACTGCCAAACCTCCTCCTCCTCCTCTT
CTTCGTCTTACTGACACAAATAAAGTTACAGACGCAGAAGCAGATTTCAAGCTCAACTGG
AAGCGAGTAGCTATCACAAGCATCTTTGGTCTTGGTTTTGTCGGTCCTGTTGGTCACTTC
TGGTACGGAGGCTTGGATAAATTCATAAAACTGAAGCTTCGATACATACCAAAGTCAACA
CGTTTCGTGGCAGCCAAAGTTGCAATGGACGGTCTTATCTTTGGCCCCATTGATCTGCTT
GTGTTCTTCACGTACATGGGATACGCCACGGGAAAGAACACGTCTCAAGTGAAAGAAGGA
CTCAAGCGAGATTTTCTACCGGCTCTAGCTCTTGAAGGCGGAGCATGGCCGCTTCTTCAG
ATCGCTAACTTCAGATACGTTCCCGTTCAGTACCAGCTGCTTTACGTCAACATCTTTTGC
CTTATAGACAGCGCTTTTCTCTCCTGGGTCGACCAACAGATGGATGCAGCTTGGAAGCAA
TGGTTTACTAGTTCGTTTCTAACGCTTAAAGAACGAGGTGGCACTGGTGGATTATGAAGA
TCATTTTCGCTTTTTTTTTTTACATGTCATAACAACTTTGAAGGAAAACAGAACAGAGTG
TAATAGGCGATTTTTAATCAAATATTGTTTCGTTTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 15 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EF54TF U 1
AF RR3BJ31TF U 1
AF RR3AQ35TF U 48
AF RR3AQ35JQ C 299
AF RR3BJ31JQ C 309
AF RR3EF54JQ C 369
BS 1 773 RR3BJ31TF
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TTCGGAAGAAGAGCTTAAAACAAAAAAAAAAGTCGCTTCTCTCCCGCGGCGGGCGGTTAT
CCTGTCACCAATTGCAATCGATAAATAATAATGATTAAGGTATGGAGATGGTACCAGCGA
TGCCTGAGCGTTCATCCGTTGAAAACGCAGGTGATAAGCTCCGGCTTTCTTTGGGGATTC
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CTTCGTCTTACTGACACAAATAAAGTTACAGACGCAGAAGCAGATTTCAAGCTCAACTGG
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GTGTTCTTCACGTACATGGGATACGCCACGGGAAAGAACACGTCTCAAGTGAAAGAAGGA
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ATCGCTAACTTCAGATACGTTCCCGTTCAGTAC*AGCTGCTTTACGTCA*CATCTTT*GC
CTTATAGACAGCGCTTTTCTCTCT**GGTCGAC*AACAGATGGATGCAGCT
GAAGCAT

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DS 

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GGGTTCGACTCGAGAGCAAAAGAAAGAATGAAGAGAGGAGGATTAAAGAGAAGAAGACGT
TTCGGAAGAAGAGCTTAAAACAAAAAAAAAAGTCGCTTCTCTCCCGCGGCGGGCGGTTAT
CCTGTCACCAATTGCAATCGATAAATAATAATGATTAAGGTATGGAGATGGTACCAGCGA
TGCCTGAGCGTTCATCCGTTGAAAACGCAGGTGATAAGCTCCGGCTTTCTTTGGGGATTC
GGAGACGTCACCGCTCAATGCATCACTCATTCCACTGCCAAACCTCCTCCTCCTCCTCTT
CTTCGTCTTACTGACACAAATAAAGTTACAGACGCAGAAGCAGATTTCAAGCTCAACTGG
AAGCGAGTAGCTATCACAAGCATCTTTGGTCTTGGTTTTGTCGGTCCTGTTGGTCACTTC
TGGTACGGAGGCTTGGATAAATTCATAAAACTGAAGCTTCGATACATACCAAAGTCAACA
CGTTTCGTGGCAGCCAAAGTTGCAATGGACGGTCTTATCTTTGGCCCCATTGATCTGCTT
GTGTTCTTCACGTACATGGGATACGCCACGGGAAAGAACACGTCTCAAGTGAAAGAAGGA
CTCAAGCGAGATTTTCTACCGGCTCTAGCTCTTGAAGGCGGAGCATGGCCGCTTCTTCAG
ATCGCTAACTTCAGATACGTTCCCGTTCAGTACCAGCTGCTTTACGTCAACATCTTTTGC
CTTATAGACAGCGCTTTTCTCTCCTGGGTCGACCAACAGATGGATGCAGCTTG*AAGCAA
TGGTTTACTAGTTCGTTTCTAACGCTTAA

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR3AQ35TF 807 0 0
GG
GAAGAAGACGTTTCGGAAGAAGAGCTTAAAACAAAAAAAA**GTCGCTTCTCTCCCGCGG
CGGGCGGTTATCCTGTCACCAATTGCAATCGATAAATAATAATGATTAAGGTATGGAGAT
GGTACCAGCGATGCCTGAGCGTTCATCCGTTGAAAACGCAGGTGATAAGCTCCGGCTTTC
TTTAGGGATTCGGAGACGTCACCGCTCAATACATCACTCATTCCACTGCCAAACCTCCTC
CTCCTCCTCTTCTTCGTCTTACTGACACAAATAAAGTTACAGACTCAGAAGCAGATTTCA
AGCTCAACTGGAAGCGAGTAGCTATCACAAGCATCTTTGGTCTTGGTTTTGTCGGTCCTG
TTGGTCACTTCTGGTACGAAGGCTTGGATAAATTCATAAAACTGAAGCTTCGATACGTAC
CAAAGTCAACACGTTTCGTGGCAGCCAAAGTTGCAATGGACGGTCTTATCTTTGGCCCCA
TTGATCTGCTTGTGTTCTTCACGTACATGGGATACGCCACGGGAAAGAACACGTCTCAAG
TGAAAGAAGGACTCAAGCGAGATTTTCTACCGGCTCTAGCTCTTGAAGGCGGAGCATGGC
CGCTTCTTCAGATCGCTAACTTCAGATACGTTCCCGTTCAGTACCAGCTGCTTTACGTCA
ACATCTTTTGCCTTATAGACAGCGCTTTTCTCTCCTGGGTCGACCAACAGAAAGATGCAG
CTTGGAAGCAATGGTTTACTAGTTCGTTTCTAACGCTTAAAGAACGAGGTGGCACTGGTG
GATTATGAAGATCATTTTCGCTTTT

QA 3 807 3 807
DS 

RD RR3AQ35JQ 639 0 0
TTCTTCGTCTTACTGACACAAATAAAGTTACAGACTCAGAAGCAGATTTCAAGCTCAACT
GGAAGCGAGTAGCTATCACAAGCATCTTTGGTCTTGGTTTTGTCGGTCCTGTTGGTCACT
TCTGGTACGAAGGCTTGGATAAATTCATAAAACTGAAGCTTCGATACGTACCAAAGTCAA
CACGTTTCGTGGCAGCCAAAGTTGCAATGGACGGTCTTATCTTTGGCCCCATTGATCTGC
TTGTGTTCTTCACGTACATGGGATACGCCACGGGAAAGAACACGTCTCAAGTGAAAGAAG
GACTCAAGCGAGATTTTCTACCGGCTCTAGCTCTTGAAGGCGGAGCATGGCCGCTTTTTC
AGATCGCTAACTTCAGATACGTTCCCGTTCAGTACCAGCTGCTTTACGTCAACATCTTTT
GCCTTATAGACAGCGCTTTTCTCTCCTGGGTCGACCAACAGAAGGATGCAGCTTGGAAGC
AATGGTTTACTAGTTCGTTTCTAACGCTTAAAGAACGAGGTGGCACTGGTGGATTATGAA
GATCATTTTCGCTTTTTTTTTT*ACATGTCATAACAACTTTGAAGGAAAACAGAACAGAG
TGTAATAGGCGATTTTTAATCAAATATTGTTTCGTTTTT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3BJ31JQ 627 0 0
TACTGACACAAATAAAGTTACAGACGCAGAAGCAGATTTCAAGCTCAACTGGAAGCGAGT
AGCTATCACAAGCATCTTTGGTCTTGGTTTTGTCGGTCCTGTTGGTCACTTCTGGTACGG
AGGCTTGGATAAATTCATAAAACTGAAGCTTCGATACATACCAAAGTCAACACGTTTCGT
GGCAGCCAAAGTTGCAATGGACGGTTTTATCTTTGGCCCCATTGATTTGCTTGTGTTTTT
CACGTACATGGGATACGCCCCGGGAAAGAACACGTCTCAAGTGAAAGAAGGACTCAAGCG
AGATTTTTTACCGGCTCTAGCTCTTGAAGGCGGAGCATGGCCGCTTTTTCAGATCGCTAA
CTTCAGATACGTTCCCGTTCAGTACCAGCTGCTTTACGTCAACATCTTTTGCCTTATAGA
CAGCGCTTTTCTTTCCTGGGTCGACCAACAGATGGATGCAGCTTGGAAGCAATGGTTTAC
TAGTTCGTTTTTAACGCTTAAAGAACGAGGTGGCACTGGTGGAGTATGAAGATCATTTTC
GCTTTTTTTTTTTACATGTCATAACAACTTTGAAGGAAAACAGAACAGAGTGTAATAGGC
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QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3EF54JQ 567 0 0
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AGGCTTGGATAAATTCATAAAACTGAAGCTTCGATACATACCAAAGTCAACACGTTTCGT
GGCAGCCAAAGTTGCAATGGACGGTTTTATCTTTGGCCCCATTGATTTGCTTGTGTTTTT
CACGTACATGGGATACGCCACGGGAAAGAACACGTTTCAAGTGAAAGAAGGACTCAAGCG
AGATTTTTTACCGGCTCTAGCTCTTGAAGGCGGAGCATGGCCGCTTTTTCAGATCGCTAA
CTTCAGATACGTTCCCGTTCAGTACCAGCTGCTTTACGTCAACATTTTTTGCCTTATAGA
CAGCGCTTTTTTTTCCTGGGTCGACCAACAGATGGATGCAGCTTGGAAGCAATGGTTTAC
TAGTTCGTTTTTAACGCTTAAAGAACGAGGTGGCACTGGTGGAGTATGAAGATCATTTTC
GCTTTTTTTTTTTACATGTCATAACAACTTTGAAGGAAAACAGAACAGAGTGTAATAGGC
GATTTTTAATCAAATATTGTTTCGTTT

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 5

CO CL1631Contig1 992 5 20 U
GGAAGACACACCTCTCCTTCGCATCTTTCTTCTTTTTACTAAACAGAAAGGGAGGGAGAG
AGAGAGAGATCGGAGAATACAATGGCGTCGAACTCGCTCATGAGCTGCGGCATCGCCGCC
GTCTACCCTTCCCTTCTTTCTTCTTCAAAGTCTAAATTCGTCTCCTCCGGATTTGCCCTC
CCAAACGCCGGCAACGTTGGCCGTATCAGAATGGCTGCTCACTGGATGCCCGGCGAGCCA
CGTCCAGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCAGGTGACTTTGGGTTTGACCCTCTTGGACTT
GGAGAGGTTCCAGAGAATCTTGAGAGATACAAAGAATCAGAGCTCATCCACTGTAGATGG
GCTATGCTTGCTGTCCCAGGGATTTTGGTACCAGAGGCTTTGGGATACGGAAACTGGGTG
AAGGCTCAAGAATGGGCAGCAGTACCTGGAGGACAAGCCACTTACTTGGGTAACCCGGTC
CCATGGGGTACTCTGCCCACAATCTTGGCTATAGAGTTCTTAGCTATTGCCTTTGTTGAG
CACCAGAGGAGCATGGAGAAAGACCCTGAGAAAAAGAAGTACCCTGGAGGTGCATTTGAC
CCTCTTGGATACTCCAAAGACCCCAAGAAGTTTGAGGAGTTGAAAGTTAAGGAGATCAAG
AACGGGAGGCTTGCGTTGTTGGCCTTTGTAGGCTTCTGTGTGCAGCAATCGGCTTACCCA
GGGACAGGACCATTGGAGAACTTGGCTACTCACTTGGCTGATCCATGGCACAAAAACATT
GGCGATATTGTTATCCCTCTGAACTAGTGACTTGTAAAAAAAATGGTAGTAATGTGTCCT
ATGAGCTGCATGTGTATCAAAACTCTCTGTAATGAAAAGACAGATTGTGAAACCTATGAT
GTTTTGTCTTGGTGATCGACTGCTTCGTGTGAGCTTGAATTCTATGTGGTTTTACTATTT
GTAATATCATATTCCTGATGTTTCATTGAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3BU27TF U 1
AF RR3E155TF U 95
AF RR3CV11TF U 696
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RD RR3BU27TF 685 0 0
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AGAGAGAGATCGGAGAATACAATGGCGTCGAACTCGCTCATGAGCTGCGGCATCGCCGCC
GTCTACCCTTCCCTTCTTTCTTCTTCAAAGTCTAAATTCGTCTCCTCCGGATTTGCCCTC
CCAAACGCCGGCAACGTTGGCCGTATCAGAATGGCTGCTCACTGGATGCCCGGCGAGCCA
CGTCCAGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCAGGTGACTTTGGGTTTGACCCTCTTGGACTT
GGAGAGGTTCCAGAGAATCTTGAGAGATACAAAGAATCAGAGCTCATCCACTGTAGATGG
GCTATGCTTGCTGTCCCAGGGATTTTGGTACCAGAGGCTTTGGGATATGGAAACTGGGTG
AAGGCTCAAGAATGGGCAGCAGTACCTGGAGGACAAGCCACTTACTTGGGTAACCCGGTC
CCATGGGGTACTCTGCCCACAATCTTGGCTATAGAGTTCTTAGCTATTGCCTTTGTTGAG
CACCAGAGGAGCATGGAGAAAGACCCTGAGGAAAAGAAGTACCCTGGAGGTGCATTTGAC
CCTCTTGGATACTCCAAAGACCCCAAGAATTTTGAGGAGTTGAAAGTTAAG*AGATCAAG
A*CGGGAGGCTTGCGTTGTTGGCCT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3E155TF 725 0 0
G
GCTCATGAGCTGCGGCATCGCCGCCGTCTACCCTTCCCTTCTTTCTTCTTCAAGGTCTAA
ATTCGTCTCCTCCGGATTTGCCCTCCCAAACGCCGGCAACGTTGGCCGTATCAGAATGGC
TGCTCACTGGATGCCCGGCGAGCCACGTCCAGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCAGGTGA
CTTTGGGTTTGACCCTCTTGGACTTGGAGAGGTTCCAGAGAATCTTGAGAGATACAAAGA
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GGCTTTGGGATACGGAAACTGGGTGAAGGCTCAAGAATGGGCAGCAGTACCTGGAGGACA
AGCCACTTACTTGGGTAACCCGGTCCCATGGGGTACTCTGCCCACAATCTTGGCTATAGA
GTTCTTAGCTATTGCCTTTGTTGAGCACCAGAGGAGCATGGAGAAAGACCCTGAGAAAAA
GAAGTACCCTGGAGGTGCATTTGACCCTCTTGGATACTCCAAATACCCCAAGAAGTTTGA
GGAGTTGAAAGTTAAGGAGATCAAGAACGGGAGGCTTGCGTTGTTGGCCTTTGTAGGCTT
CTGTGTGCAGCAATCGGCTTACCCAGGGACAGGACCATTGGAGAACTTGGCTACTCACTT
GGCTGATCCATGGCACAAAA*CATTGGCGATATTGTTATCCCTCTGA*CTAGTGACTTGT
AAAA

QA 2 725 2 725
DS 

RD RR3CV11TF 199 0 0
CTGTGTGCAGCAATCGGCTTACCCAGGGACAGGACCATTGGAGAACTTGGCTACTCACTT
GGCGGATCCATGGCACAAAAACATTGGCGATATTGTTATCCCTCTGAACTAGTGACTTGT
AAAAAAAATGATAGTAATGTGTCCTATGAGCTGCATGTGTATCAAAACTCTCTGTAATGA
AAAGACAGATTGTGAAACC

QA 1 199 1 199
DS 

RD RR3BU27JQ 777 0 0
TG
CTCACTGGATGCCCGGCGAGCCACGTCCAGCTTACCTCGACGGTTCTGCTCCAGGTGACT
TTGGGTTTGACCCTCTTGGACTTGGAGAGGTTCCAGAGAATCTTGAGAGATACAAAGAAT
CAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCTATGCTTGCTGTCCCAGGGATTTTGGTACCAGAGG
CTTTGGGATATGGAAACTGGGTGAAGGCTCAAGAATGGGCAGCAGTACCTGGAGGACAAG
CCACTTACTTGGGTAACCCGGTCCCATGGGGTACTCTGCCCACAATCTTGGCTATAGAGT
TCTTAGCTATTGCCTTTGTTGAGCACCAGAGGAGCATGGAGAAAGACCCTGAGGAAAAGA
AGTACCCTGGAGGTGCATTTGACCCTCTTGGATACTCCAAAGACCCCAAGAATTTTGAGG
AGTTGAAAGTTAAGGAGATCAAGAACGGGAGGCTTGCGTTGTTGGCCTTTGTAGGCTTCT
GTGTGCAGCAATCGGCTTACCCAGGGACAGGACCATTGGAGAACTTGGCTACTCACTTGG
CTGATCCATGGCACAAAAACATTGGCGATATTGTTATCCCTCTGAACTAGTGACTTGTAA
AAAAAATGGTAGTAATGTGTCCTATGAGCTGCATGTGTATCAAAACTCTCTGTAATGAAA
AGACAGATTGTGAAACCTATGATGTTTTGTCTTGGTGATCGACTGCTTCGTGTGAGCTTG
AATTCTATGTGGTTTTACTATTTGTAATATCATATTCCTGATGTTTCATTGAAAC

QA 3 777 3 777
DS 

RD RR3E155JQ 689 0 0
GAGGTTCCAGAGAATCTTGAGAGATACAAAGAATCAGAGCTCATCCACTGTAGATGGGCT
ATGCTTGCTGTTCCAGGGATTTTGGTACCAGAGGCTTTGGGATACGGAAACTGGGTGAAG
GCTCAAGAATGGGCAGCAGTACCTGGAGGACAAGCCACTTACTTGGGTAACCCGGTCCCA
TGGGGTACTCTGCCCACAATCTTGGCTATAGAGTTCTTAGCTATTGCCTTTGTTGAGCAC
CAGAGGAGCATGGAGAAAGACCCTGAGAAAAAGAAGTACCCTGGAGGTGCATTTGACCCT
CTTGGATACTCCAAATACCCCAAGAAGTTTGAGGAGTTGAAAGTTAAGGAGATCAAGAAC
GGGAGGCTTGCGTTGTTGGCCTTTGTAGGCTTCTGTGTGCAGCAATCGGCTTACCCAGGG
ACAGGACCATTGGAGAACTTGGCTACTCACTTGGCTGATCCATGGCACAAAAACATTGGC
GATATTGTTATCCCTCTGAACTAGTGACTTGTAAAAAAA*TGGTAGTAATGTGTCCTATG
AGCTGCATGTGTATCAAAACTCTCTGTAATGAAAAGACAGATTGTGAAACCTATGATGTT
TTGTCTTGGTGATCGACTGCTTCGTGTGAGCTTGAATTCTATGTGGTTTTACTATTTGTA
ATATCATATTCCTGATGTTTCATTGAAAC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 6

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GGATCCTCAACAGAACCAATCGTCCATTTGTTCTTCTGCACAATCTCTCACACTTCTATT
TCTCCCTCTCTTTTCACAAGGGAAGGGTGTAGAAGAAACCAAAAAAAAA***AACTTAAA
CAAAAGAGTAATAATATAACTCAAAAACCAAAAAAATAATAATACAGAATGGGTGGTGTC
AAGTTGTTATTCATCTTTGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTAAATCCGTCAAAGCG
ACCTACCCATTGACTAAATCTTGCATCAATGGAGAAGGTTGCATCGGAGATGATGATGAA
CTTGAATCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGTCGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTAC
ATTGGCTATGATGCTCTCAAAAAGAACAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTAC
TACGATTGCAAGAAGAGGAGAAGGAACAATCCTTACAGGCGTGGATGCAGTGCGATCACG
CATTGTTATAGGTACGCTAAGTGAGAACAAAATGATAGAGAGAGGATGATTTGATTCAAC
AACGTTCTATCTTTATTCTGCATTCTTGATCGCTAATGATTTCCTTTCTTAACGTACCCT
ATGTTATACGTACGATTTCTTATGTCTTTTTTTATTTAATCATCATCATGATGCATATAA
GCTTTTGATTCGTTGATATATCGCCTATTTCCTTTGTTGTTGTTCTTCCATTCCGTTTCG
TTCTATATTAAGTTCCGTTTGTCTATTATATACATCATGATGTTTTTGTATTTCTACAAT
TAAGCATTTGCTTATATATACGCCTTAATTGGACC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
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40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF31TF U 1
AF RR3GV08JQ C 1
AF RR3GV08TF U 1
AF RR3C007JQ C 76
AF RR3C007TF U 76
AF RR3FF31JQ C 49
BS 1 112 RR3FF31TF
BS 113 114 RR3GV08TF
BS 115 401 RR3FF31TF
BS 402 402 RR3GV08TF
BS 403 442 RR3FF31TF
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BS 459 743 RR3GV08TF
BS 744 815 RR3FF31JQ

RD RR3FF31TF 459 0 0
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TCTCCCTCTCTTTTCACAAGGGAAGGGTGTAGAAGAAACCAAAAAAAAA*****CTTAAA
CAAAAGAGTAATAATATAACTCAAAAACCAAAAAAATAATAATACAGAATGGGTGGTGTC
AAGTTGTTATTCATCTTTGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTAAATCCGTCAAAGCG
ACCTACCCATTGACTAAATCTTGCATCAATGGAGAAGGTTGCATCGGAGATGATGATGAA
CTTGAATCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGTCGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTAC
ATTGGCTATGATGCTCTCAAAAAGAACAATGTGCCTTGCAACAGACGTGGCCGGTCTTAC
TACGATTGCAAGAAGAGGAGAAAGAACAATCCTTACAG
C

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR3GV08JQ 744 0 0
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TCTCCCTCTCTTTTCACAAGGGAAGGGTGTAGAAGAAACCAAAAAAAAA***AACTTAAA
CAAAAGAGTAATAATATAACTCAAAAACCAAAAAAATAATAATACAGAATGGGTGGTGTC
AAGTTGTTATTCATCTTTGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTAAATCCGTCAAAGCG
ACCTACCCATTGACTAAATCTTGCATCAATGGAGAAGGTTGCATCGGAGATGATGATGAA
CTTGAATCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGTCGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTAC
ATTGGCTATGATGCTCTCAAAAAGAACAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTAC
TACGATTGCAAGAAGAGGAGAAGGAACAATCCTTACAGGCGTGGATGCAGTGCGATCACG
CATTGTTATAGGTACGCTAAGTGAGAACAAAATGATAGAGAGAGGATGATTTGATTCAAC
AACGTTCTATCTTTATTCTGCATTCTTGATCGCTAATGATTTCCTTTCTTAACGTACCCT
ATGTTATACGTACGATTTCTTATGTCTTTTTTTATTTAATCATCATCATGATGCATATAA
GCTTTTGATTCGTTGATATATCGCCTATTTCCTTTGTTGTTGTTCTTCCATTCCGTTTCG
TTCTATATTAAGTTCCGTTTGTC
T

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3GV08TF 751 0 0
GGATCCTCAACAGAACCAATCGTCCATTTGTTCTTCTGCACAATCTCTCACACTTCTATT
TCTCCCTCTCTTTTCACAAGGGAAGGGTGTAGAAGAAACCAAAAAAAAA***AACTTAAA
CAAAAGAGTAATAATATAACTCAAAAACCAAAAAAATAATAATACAGAATGGGTGGTGTC
AAGTTGTTATTCATCTTTGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTAAATCCGTCAAAGCG
ACCTACCCATTGACTAAATCTTGCATCAATGGAGAAGGTTGCATCGGAGATGATGATGAA
CTTGAATCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGTCGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTAC
ATTGGCTATGATGCTCTCAAAAAGAACAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTAC
TACGATTGCAAGAAGAGGAGAAGGAACAATCCTTACAGGCGTGGATGCAGTGCGATCACG
CATTGTTATAGGTACGCTAAGTGAGAACAAAATGATAGAGAGAGGATGATTTGATTCAAC
AACGTTCTATCTTTATTCTGCATTCTTGATCGCTAATGATTTCCTTTCTTAACGTACCCT
ATGTTATACGTACGATTTCTTATGTCTTTTTTTATTTAATCATCATCATGATGCATATAA
GCTTTTGATTCGTTGATATATCGCCTATTTCCTTTGTTGTTGTTCTTCCATTCCGTTTCG
TTCTATATTAAGTTCCGTTTGTC
TAAAAAAA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3C007JQ 669 0 0
GG
AAGGGAAGGGTGTAGAAGAAACCAAAAAAAAAAAAAACTTAAACAAAAGAGTAATAATAT
AAAA*AAAACCAAAAAAAATAATAATACAGAATGGGTGGTGTCAAGTTGTTATTCACCTT
TGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTAAATCCGTCAAAGCGACCTACCCATTGACTAA
ATCTTGCATCAATGGAGAAGGTTGCATCGGAGATGATGATGAACTTGAATCTCTAATGGA
TTCAGAGACAAACCGTCGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGCTATGATGCTCT
CAAAAAGAACAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACGATTGCAAGAAGAG
GAGAAGGAACAATCCTTACAGGCGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGTTATAGGTACGC
TAAGTGAGAACAAAATGATAGAGAGAGGATGATTTGATTCAACAACGTTCTATCTTTATT
CTGCATTCTTGATCGCTAATGATCTCCTTTCTTAACGTACCCTATGTTATACGTACGATT
TCTTATGTCTTTTTTTATTTAATCATCATCATGATGCATATAAGCTTTTGATTCGTTGAT
ATATCGCCTATTTCCTTTGTCGTTGTTCTTCCATTCCGTTTCGTTCTGTATTAAGTTCCG
TTTGTC
G

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR3C007TF 668 0 0
GG
AAGGGAAGGGTGTAGAAGAAACCAAAAAAAAAAAAAACTTAAACAAAAGAGTAATAATAT
AAAA*AAAACCAAAAAAAATAATAATACAGAATGGGTGGTGTCAAGTTGTTATTCACCTT
TGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTAAATCCGTCAAAGCGACCTACCCATTGACTAA
ATCTTGCATCAATGGAGAAGGTTGCATCGGAGATGATGATGAACTTGAATCTCTAATGGA
TTCAGAGACAAACCGTCGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGCTATGATGCTCT
CAAAAAGAACAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACGATTGCAAGAAGAG
GAGAAGGAACAATCCTTACAGGCGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGTTATAGGTACGC
TAAGTGAGAACAAAATGATAGAGAGAGGATGATTTGATTCAACAACGTTCTATCTTTATT
CTGCATTCTTGATCGCTAATGATCTCCTTTCTTAACGTACCCTATGTTATACGTACGATT
TCTTATGTCTTTTTTTATTTAATCATCATCATGATGCATATAAGCTTTTGATTCGTTGAT
ATATCGCCTATTTCCTTTGTCGTTGTTCTTCCATTCCGTTTCGTTCTGTATTAAGTTCCG
TTTGTC

QA 3 668 3 668
DS 

RD RR3FF31JQ 767 0 0
CACACTTCTATTTCTCCCTCTCTTTTCACAAGGGAAGGGTGTAGAAGAAACCAAAAAAAA
A*****CTTAAACAAAAGAGTAATAATATAACTCAAAAACCAAAAAAATAATAATACAGA
ATGGGTGGTGTCAAGTTGTTATTCATCTTTGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTAAA
TCCGTCAAAGCGACCTACCCATTGACTAAATCTTGCATCAATGGAGAAGGTTGCATCGGA
GATGATGATGAACTTGAATCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGTCGTCAACTCGCTAGA
GGACGTCGTTACATTGGCTATGATGCTCTCAAAAAGAACAATGTGCCTTGCAACAGACGT
GGCCGGTCTTACTACGATTGCAAGAAGAGGAGAAGGAACAATCCTTACAGGCGTGGATGC
AGTGCGATCACGCATTGTTATAGGTACGCTAAGTGAGAACAAAATGATAGAGAGAGGATG
ATTTGATTCAACAACGTTCTATCTTTATTCTGCATTCTTGATCGCTAATGATTTCCTTTC
TTAACGTACCCTATGTTATACGTACGATTTCTTATGTCTTTTTTTATTTAATCATCATCA
TGATGCATATAAGCTTTTGATTCGTTGATATATCGCCTATTTCCTTTGTTGTTGTTCTTC
CATTCCGTTTCGTTCTATATTAAGTTCCGTTTGTCTATTATATACATCATGATGTTTTTG
TATTTCTACAATTAAGCATTTGCTTATATATACGCCTTAATTGGACC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

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CAATGTACCTAGTGAGAAAGATGCATTCTCAAGAGAGTTTTTGAATTTTTCTGAGTTTAG
CATTTGAAGCCGTGGCAAACTGAGAGGACGATAATGAGAATCAAGGGGACAATGATGGCG
AGAACTATGAGTTTTATCTTCATGTTTTGAAGCCACATCTTTCTTCTCATCTGCGTCCCC
GTTGTTCTGAAATCTTGTGCCTGCGAACGAAGGTTCTCGGTTTTGTCCACCAAAAGCTCA
ATCTTCTCACCTCGGTCAAGAACCTTCTCGATGTTCTCCATCATAACACCCTTAACTTCA
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TGCATGTGCTCTTTCAGCTTAAACCCAAACTCTTTATTCAAGCTGTTTGCTAGAGCAGTG
GCAGCCTTCCCACCACCATATCTCTTGTTAAAATCCTCCTTCACTCTCTCCAAGAACGCC
ATCGGGATCTGCCTCCCAGCAGATTCAACCGCAACCACACAATACGTGAATCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BU01JQ U 353
AF RR3AB74JQ U 1
BS 1 412 RR3AB74JQ
BS 413 413 RR3BU01JQ
BS 414 501 RR3AB74JQ
BS 502 502 RR3BU01JQ
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BS 533 533 RR3BU01JQ
BS 534 561 RR3AB74JQ
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BS 563 589 RR3AB74JQ
BS 590 591 RR3BU01JQ
BS 592 716 RR3AB74JQ

RD RR3BU01JQ 299 0 0
GCGTCCCCGTTGTTCTGAAATCTTGTGCCTGTGAACGAAGGTTCTCGGTTTTGTCCACCA
AAAGCTCAATCTTCTCACCTCGGTCAAGAACCTTCTCGATGTTCTCCATCATAACACCCT
TAACTTCAGACACTTGAGCCTTCACCTTAACAAGCTTGCTAATCTCATCAGGATGATCCA
CACAATACTGCATGTGCTCTTTCAGCTTAAACCCAAACTCTTTATTCAAGCTGTTTGCTT
GAGCAGTGGCAGCCTTCCCACCACCATATCTCTTGTTAAAATCCTCCTTCACTCTCTCC

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR3AB74JQ 716 0 0
GGCAAAAATCATTTAATAGTTTTCATTCTATTGGCGAATACTGATTCGCATGGGATCAGG
TGCAAGCAATATAGCAAAATATGAAGCATACATATATATGTCTATCTATACAAAAACAAA
TTCAAGGGGCAAACATTAGAATGATAATGATGATAGGACAATAAAAGCAAAAGGCAGTAC
CAATGTACCTAGTGAGAAAGATGCATTCTCAAGAGAGTTTTTGAATTTTTCTGAGTTTAG
CATTTGAAGCCGTGGCAAACTGAGAGGACGATAATGAGAATCAAGGGGACAATGATGGCG
AGAACTATGAGTTTTATCTTCATGTTTTGAAGCCACATCTTTCTTCTCATCTGCGTCCCC
GTTGTTCTGAAATCTTGTGCCTGCGAACGAAGGTTCTCGGTTTTGTCCACCAGAAGCTCA
ATCTTCTCACCTCGGTCAAGAACCTTCTCGATGTTCTCCATCATAACACCCTTAACTTCA
GACACTTGAGCCTTCACCTTAGCAAGCTTGCTAATCTCATCAGGATGATCCATACAATAC
TGCATGTGCTCTTTCAGCTTAGACCCAAACTCTTTATTCAAGCTGTTTG**AGAGCAGTG
GCAGCCTTCCCACCACCATATCTCTTGTTAAAATCCTCCTTCACTCTCTCCAAGAACGCC
ATCGGGATCTGCCTCCCAGCAGATTCAACCGCAACCACACAATACGTGAATCCATC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 5

CO CL1634Contig1 1603 5 18 U
GGTCCCAAGACAATCCCCAACTTTCTGGAAATGTACATTTT*AAAAGTACAACAAATAGA
GTTACACAACAGAACAGCTTCGAAGTCTCTCTCTTTTCTTGTCGGTATGAAATCTAACCA
ATACGGTATATAACAGATTATTTTATGCAAGTTTCTTTTTATTTTGAAATTTTTATTGTA
TCAAAGCAATGAATCGAGATAAGAGTAGTCTCTGGTTCGACCATACTCCAAGAGACTTCC
ATAAGTCCGGTCCCAAACACCGATGAAGAGAGATTCAGTGTCTGGGCTAAACGAGATCCC
AGAAATCTCTCCAAAGAAATCAATCTCTTGCTCCTTTCTGTAACCTGTTTTTGTATCATA
CACATGGACAAAATCTGCTGGCTCTGCCATCGCAATGTACCGTCCGTCTGATGTGAATCT
AATTGACCGGATCGCTCCAAGGTTACCTCTCAGTACAGCGACTGACTCCGAGGTTTTCCT
TGTGTCCCAAATGCGACAGGTCTTGTCTTGGTTTCCTGTGGCAAATGTCACACCGTTGGG
ATGCCAAGCCGATGCAAATGAATAATCTAAGTGACCTTTTAGCGTCCCAATCGTCTGTCC
GTTGCTTGAGTCTACCAATAGACCATTTGGGTCATCTCCAACGACTGCTACTAGTTTTCC
ATCAGGACTTAAGGAGCTATGGTTGACGGGCCAAAGATAACGGAAGAGTTGGACAAGCTG
ATACCTCTCCATGTCAAAGTCCCTGACTCCACAGTCATTATTT**GGCCATAAAGTGAAG
AGCGCCACTGGAGTTTCTATATATATCTACTGCGTTGGTGATAGCGTTTTCCGTGTAAGT
TGTGCGTGAGCAGAAACTCACACCAGGTCTATCAAGACGCTTGCAAATGAGCTCTCCTTG
AAACCCACCAGCAACTAGCAACCTTTCTTTTACTGCAAGAGTGCTAACTTGAGTTTCTGT
AAATCCTTCCAACAAGCTCTCCGGATGTTTCTCAGAAGGAGCTACATGACCTTTAACGTT
AAGAATTTCATTCCTGGAACCAGTCAAAGAAGACCAGTGGCTGATAGAGTAGTTGGACAA
GAGGTAAACATCATGTTTCGATGTAGCCCAGACCAAATTCCTCAACTGGAAATGAAGAAT
GGTCGATCTCACCGATCTAGAATTGCTCCTGAACGTATAGAAAGAGCTGCCTTTCTCGGT
ATCCGTGCAATGCTTCCCAGCTTCCTCTCCGGAATGAGGGACATTCTCATGGTTCTTATA
CTGTTCAAGCCTAGTTTTTCTGTAGTCTTTTCTAGTAACGCTAAGTCTATCCCATGGTAT
ACCCTGAATGTCCTTCCCATTCCGAGCTTGAGCTGCAGAAGTATCCGCAGCCTTGTTCAA
TTGTTCTAAATCTTCGACTTCTGAATCAGATGCATCGATGTCTCTAGCATCAAACTCCGC
ATTCATCTCATCCTCCAGGTCATCCATGTCGTACTCATCAGCCATATATTCATCAAAGTC
AGCCATGGTAGACCTCTGATCACGAATCTAACTTCCAGCCCAATCTGAAGGAAAAAACTG
GTTGAGAATTAGGTAAATCACCTGCCCCGGATCTGAGCATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C488JQ U 1
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AF RR3AS66JQ U 25
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AATTGAACGGATCGCTCCAAGGTTACCTCTCAGTACAGCGACTGACTCCGAGGTTTTCCT
TGTGTCCCAAATGCGACAGGTCTTGTCTTGGTTTCCTGTGGCAAATGTCACACCGTTGGG
ATGCCAAGCCGATGCAAATGAATAATCTAAGTGACCTTTTAGCGTCCCAATCGTCTGTCC
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ATACCTCTCCATGTCAAAGTCCCTGACTCCACAGTCATTATTT**GGCCATAAAGTGAAG
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AGTCTCTGGTTCGACCATACTCCAAGAGACTTCCATAAGTCCGGTCCCAAACACCGATGA
AGAGAGATTCAGTGTCTGGGCTAAACGAGATCCCAGAAATCTCTCCAAAGAAATCAATCT
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CTTGGTTTCCTGTGGCAAATGTCACACCGTTGGGATGCCAAGCCGATGCAAATGAATAAT
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CTACTGCGTTGGTGATAGCGTTT
CCGTG

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CT
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CTCTCTCTTTTCTTGTCGGTATGAAATCTAACCAATACGGTATATAACAGATTATTTTAT
GCAAGTTTCTTTTTATTTTGAAATTTTTATTGTATCAAAGCAATGAATCGAGATAAGAGT
AGTCTCTGGTTCGACCATACTCCAAGAGACTTCCATAAGTCCGGTCCCAAACACCGACGA
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CTTGCTCCTTTCTGTAACCTGTTTTTGTATCATACACATGGACAAAATCTGCTGGCTCTG
CCATCGCAATGTACCGTCCGTCTGATGTGAATCTAATTGACCGGATCGCTCCAAGGTTAC
CTCTCAGTACAGCGACTGACTCCGAGGTTTTCCTTGTGTCCCAAATGCGACAGGTCTTGT
CTTGGTTTCCTGTGGCAAATGTCACACCGTTGGGATGCCAAGCCGATGCAAATGAATAAT
CTAAGTGACCTTTTAGCGTCCCAATCGTCTGTCCGTTGCTTGAGTCTACCAATAGACCAT
TTGGGTCATCTCCAACGACTGCTACTAGTTTTCCATCAGGACTTAAGGAGCTATGGTTGA
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CTACTGCGTTGGTGATAGCGTTTTCCGTGTAAGTTGTGCGTGAGCAGAAACTCAC

QA 3 837 3 837
DS 

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C
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TGAGTCTACCAATAGACCATTTGGGTCATCTCCAACGACTGCTACTAGTTTTCCATCAGG
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CTCCATGTCAAAGTCCCTGACTCCACAGTCATTATTT**GGCCATAAAGTGAAGAGCGCC
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AGC

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CGGTATCCGTGCAATGCTTCCCAGCTTCCTCTCCGGAATGAGGTACATTCTCATGGTTCT
TATACTGTTCAAGCCTAGTTTTTCTGTAGTCTTTTCTAGTAACGCTAAGTCTATCCCATG
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AGTCAGCCATGGTAGACCTCTGATCACGAATCTAACTTCCAGCCCAATCTGAAGGAAAAA
ACTGGTTGAGAATTAGGTAAATCACCTGCCCCGGATCTGAGCATTCC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 2 5

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TCTGGTTCTCGTCGAGCTGGCTCGATCCGCTTCTGGGTGGTTCGACCGGTACAAGATCCA
ACCCAAAGTAAACTACTCCTTGTCCGACATGTTCGGATGTTACAAAGACGTCATGAAGAT
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CTTCTTGATAGAAGACTACACAAACTATTGGGTACATAGATTTTTCCACAGTAAGTGGGG
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TGCTCCTGGTCACATGATAACCTTTTGGTTGTGGATAGCTTTAAGGCAAATTGGGGCTAT
AGAGAGCACAATATGATTTTCCATGGAGTCCAACAAAATACATCCCTTTCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CK52TF U 1
AF RR3EX12TF U 1
AF RR3AZ09TF U 43
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CTATCTCTACTGCCACAACATTCTCTTCCTATTCCTCGTCTTTTCTCTAGCTCCTCTCCC
TCTGGTTCTCGTCGAGCTGGCTCGATCCGCTTCTGGGTGGTTCGACCGGTACAAGATCCA
ACCCAAAGTAAACTACTCCTTGTCCGACATGTTCGGATGTTACAAAGACGTCATGAAGAT
GTTCATCCTCGTCGTTGGTCCATTACAACTCGTTTCTTATCCTTCCATTCAGATGATTGG
GATACGATCTGGTTTACCATTACCAACATTTTCAGAAATGCTGCCACAGTTGTTCGTCTA
CTTCTTGATAGAAGACTACACAAACTATTGGGTACATAGATTTTTCCACAGTAAGTGGGG
ATACGAGAACATTCATCGCGTTCATCACGAGTACACAGCTCCTATTGGATACGCTGCACC
TTATGCAC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3AZ09TF 789 0 0
GG
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CTTCCTTCGCGCTCGGAAGAAACCTCACGTGGTTGGAGACAGTTTGGTTCGATTACTCCG
CCACAAAGTCCGACTACTATCTCTACTGCCACAACATTCTCTTCCTATTCCTCGTCTTTT
CTCTAGCTCCTCTCCCTCTGGTTCTCGTCGAGCTGGCTCGATCCGCTTCTGGGTGGTTCG
ACCGGTACAAGATCCAACCCAAAGTAAACTACTCCTTGTCCGACATGTTCGGATGTTACA
AAGACGTCATGAAGATGTTCATCCTCGCCGTTGGTCCATTACAACTCGTTTCTTATCCTT
CCATTCAGATGATTGGGATACGATCTGGTTCACCATTACCAACATTTTCAGAAATGCTGC
CACAGTTGTTCGTCTACTTCTTGATAGAAGACTACACAAACTATTGGGTGCATAGATTTT
TCCACAGTAAGTGGGGATACGAGAACATTCATCGCGTTCATCACGAGTACACAGCTCCTA
TTGGATACGCTGCACCTTATGCACACTGGGCTGAAGTGTTGCTTCTTGGAATCCCAACGT
TTATGGGACCAGCGATTGCTCCTGGTCACATGATAACCTTTTGGTTGTGGATAGCTTTAA
GGCAAATTGGGGCTATAGAGAGCACAATATGATTTTCCATGGAGTCCAACAAAATACATC
CCTTTCT

QA 3 789 3 789
DS 



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TACATTTTAATAAGAACAAACACGGCTTTGATGACATGTCAATTCCTTCTCCATGACAAA
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TCATGACCCACATTTGTCCGAAGTAGCAGTTTTCATGTGAGCTTAAGAAAAAAAGCAGTT
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BQ
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EX12JQ U 1
AF RR3CK52JQ U 149
BS 1 629 RR3EX12JQ
BS 630 630 RR3CK52JQ
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RD RR3EX12JQ 682 0 0
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ATAACTTCTTCATCAGGACCATATTTTAATTTACTAATCGGACTTGATACCTCCGTTCTG
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QA 1 682 1 682
DS 

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C
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TTTACTAATCGGACTTGATACCTCCGTTCTGCTTGTTGCTCTTCTTGGACGACTCTTTGA
TCTGCTCAAGAAGCTTCTTTTGGAATCGGTAGCCCTTGTCAGTTCCATAAATGTAGTCAC
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AGTCTTCTATCAAGAAGTAGACGAACAACTGTGGCAGCATTTCTGAAAATGTTGGTATGG
TAAACCAGATCGTATCCAATCATCTG

QA 2 807 2 807
DS 



AS 1 6

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AAGCATTTCCTAGACTGGTCCAGAGGCTGGATGGCGTTGATGACGAGAGAGTGTTCGCTG
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GATTCTGTACTCTACTTTTAGAAACGAAACCACAGGAGAAAGATCGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGCGGCGCAGAGAGTAGTGAGGAAGAAGAAGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 10 10 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AJ14JQ U 20
AF RR3AJ14TF C 20
AF RR3GI31JQ U 1
AF RR3GI31TF C 1
AF RR3FU36TF C 12
AF RR3FU36JQ U 20
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BS 678 695 RR3FU36JQ

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AACATTCCAGATAAACTTAGCAAAACACCATTAAAGTAGACACATAAAAAGAAGGAAGAA
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GAGCATTACCTTCCTTTTTGTTATTACCTTCTTCCTTGGAATCGTCCTGCTTCCTTAGCC
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GAGCATTACCTTCCTTTTTGTTATTACCTTCTTCCTTGGAATCGTCCTGCTTCCTTAGCC
TGATCTGATACTTGGCTTCAAACTCACTCATATCTTTCTTCTTCTTCTCCAACGTCTCGT
AAAGCTTCCTCACAACCTCCTCGAGCCCTTCCTTGTTGCGCTGGACAGCTGGGAGCACCT
CTCTGACGGTTCTCTCCACAAGAACGCCTCCTATCATGCGGAAGCATTTCCTAGACTGGT
CCAGAGGCTGGATGGCGTTGA***CGAGAGAGTGTTCGCTGACTTGCATCTCGAGATCGG
TAATGTTGGAATAGATCTGGCTCAGCTCTGATCTCATGGACTCGTAGATGTTC

QA 1 533 1 533
DS 

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AGAGCGGCGCAGAGAGT
CC

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DS 

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ATATAAAAAGAAGGAAGAAAGTTTTACTGGCTGGAAGTGGCAGCGGCAGCAGCAGCAGCA
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TTCTTCTCCAACGTCTCGTAAAGCTTCCTCACAACCTCCTCGAGCCCTTCCTTGTTGCGC
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AAGCATTTCCTAGACTGGTCCAGAGGCTGGATGGCGCTGATGACGAGAGAGTGTTCGCTG
ACTTGCATCTCGAGATCGGTAATGTTGGAATAGATCTGGCTCAGCTCTGATCTCATGGAC
TCGTAGATGTTCAGAACCGCTTGCTCGTTCGGTGGTTCTCTCAAGCCACCGCTCGCCATT
GATTCTGTACTC***TTTTAGAAACGAAACCACAGGAGAAAGATCGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGCGGCGCAGAGAGT
CC

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DS 

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TTTTTTT
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AAACATTCCAGATAAACTTAGCAAAACACCATTAAAGTAGACACATAAAAAGAAGGAAGA
AAGTTTTACTGGCTGGAAGTGGCAGCGGCAGCAGCAGCAGCAGCGCCGACAAGAACACCT
TGAGCATTACCTTCCTTTTTGTTATTACCTTCTTCCTTGGAATCGTCCTGCTTCCTTAGC
CTGATCTGATACTTGGCTTCAAACTCACTCATATCTTTCTTCTTCTTCTCCAACGTCTCG
TAAAGCTTCCTCACAACCTCCTCGAGCCCTTCCTTGTTGCGCTGGACAGCTGGGAGCACC
TCTCTGACGGTTCTCTCCACAAGAACGCCTCCTATCATGCGGAAGCATTTCCTAGACTGG
TCCAGAGGCTGGATGGCGTTGATGACGAGAGAGTGTTCGCTGACTTGCATCTCGAGATCG
GTAATGTTGGAATAGATCTGGCTCAGCTCTGATCTCATGGACTCGTAGATGTTCAGAACC
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GTGAGGAAGAAGAAGCC

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AACATTCCAGATAAACTTAGCAAAACACCATTAAAGTAGACACATAAAAAGAAGGAAGAA
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GAGCATTACCTTCCTTTTTGTTATTACCTTCTTCCTTGGAATCGTCCTGCTTCCTTAGCC
TGATCTGATACTTGGCTTCAAACTCACTCATATCTTTCTTCTTCTTCTCCAACGTCTCGT
AAAGCTTCCTCACAACCTCCTCGAGCCCTTCCTTGTTGCGCTGGACAGCTGGGAGCACCT
CTCTGACGGTTCTCTCCACAAGAACGCCTCCTATCATGCGGAAGCATTTCCTAGACTGGT
CCAGAGGCTGGATGGCGTTGATGACGAGAGAGTGTTCGCTGACTTGCATCTCGAGATCGG
TAATGTTGGAATAGATCTGGCTCAGCTCTGATCTCATGGACTCGTAGATGTTCAGAACCG
CTTGCTCGTTCGGTGGTTCTCTCAAGCCACCGCTCGCCATTGATTCTGTACTCTACTTTT
AGAAACGAAACCACAGGAGAAAGATCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGGCGCAGAGAGTAG
TGAGGAAGAAGAAGCC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 5

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TTTCCTCGGCCGGTTCAAAACCATTGCTATTTTCTCAACAATTCAAGCTTTGGGAACCGG
TGCACTAGCGGTGGCAACAAAGCTGCCAGAACTGCGTCCGCCAACATGCCACCACGGCGA
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CATTAGCGTGGGGACATTAATGGCTGTGACTGTTTTGGTTTACATACAAGATGAAGTGGG
AAGATCTTGGGCTTATGGAATCTGCACTGTATCTATGGGCATAGCTATTGCGGTTTTCTT
GTTTGGAACTAAGAGTTACCGTTATAAGAAGAGCCAAGGAAGTCCCGTTGTGCAAATTTT
TCAAATTATTGCAGCTGCGAGTAGGAAGAGAAAAGCGGAACTGCCTCAAAGCATTGTCTA
TCTTTGAAGATACTCCGGAGGGCTTGAGAATTGAACATACTGATCAGTTTCGCATGTTGG
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GAACCCTTGGAAGCTAAGCTCGGTGACCAGAGTTGAGGAAGTGAAAATGATGGTTAGACT
TTTGCCTATTTGGGCAACCACTATAATTTTCTGGACAACATATGCCCAAATGATTACATT
CTCAGTTGAGCAAGCATCGACCATGAGACGCAACGTTGGAAACTTCCAGATCCCGGCAGG
TTCTCTCACCGTGTTTTTCGTCGCGGCTATTCTCATAACTTTGGCTTTCTACGACCGTGT
CATCATGCCTTTTTGGAAGAAATGGAAAGGAAAACCAGGATTCTCTAGCCTGCAAAAAAT
AGCTATTGGATTGGTCTTATCAACCGCTGGAATGGCAGCTGCGGCCATAGTTGAGCAAGA
GCGTCTATCAGTGGCGAAAACTAGTACACAGAAAACATTGCCCATAAGTGTTTTCCTACT
CGTTCCACAATTCTTCCTAGTAGGAGCTGGGGAAGCCTTTATATACACTGGCCAACTTGA
TTTCTTCATAACCCAATCGCCCAAGGGAATGAAAACAATGAGCACTGGACTTTTCTTGAC
TACTTTGTCACTAGGCTTCTTCGTCAGCAGTTTCTTGGTTTCAATCGTCAAAAAGGTCAC
TGCAACTTCTGTAAGTGAGGGACGGTTGGCTGATAACATCAACCATGGCCGGCTCGATCT
CTTTTATTGGCTTTTGGTCATTCTCAGCGGAATCAACTTTGTTGTTTATGTCATATGTGC
CTTATGGTTCAAGCCAACAAAGGGTAAAGACTCGGAGGAGAAGGAAAATGGTAAGAGTTT
TTCAGTTGAAGACTGCTAGTTTTCTTTTTCAGTCACGTTTCTGGTGTATCATATTATCAT
GCAACAAAGCCGGCCCATCATGTTTCTTGTATTCCACGTAATTCGGCTGTGTGACTTGTA
TCTAAATTCCTACTTGTCAAAATTATTGTGCCTTCGCCAGTTACGTTTTTAACGTTTGTA
ACCTTTGTCACCTTTTCTCTTCTTGTATTGGTATCCATCAGATTGAAAAGAGAAAATAGT
TTTAATTAAGCTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C125TF U 1
AF RR3ED16TF U 683
AF RR3FK15JQ C 1064
AF RR3FK15TF U 1001
AF RR3ED16JQ C 1000
BS 1 690 RR3C125TF
BS 691 691 RR3ED16TF
BS 692 731 RR3C125TF
BS 732 732 RR3ED16TF
BS 733 747 RR3C125TF
BS 748 748 RR3ED16TF
BS 749 773 RR3C125TF
BS 774 1310 RR3ED16TF
BS 1311 1657 RR3FK15TF
BS 1658 1754 RR3ED16JQ

RD RR3C125TF 784 0 0
GACTGACTTTATGGGCACTTCCTTCCTCCTCTGCTTACTCGGTGGCTTTCTAGCTGACTC
TTTCCTCGGCCGGTTCAAAACCATTGCTATTTTCTCAACAATTCAAGCTTTGGGAACCGG
TGCACTAGCGGTGGCAACAAAGCTGCCAGAACTGCGTCCGCCAACATGCCACCACGGCGA
AGCCTGTACGCCTGCCACCGCTTTCCAAATGACGTTTCTCTACATTGCACTTTACCTTAT
AGCCCTTGGAACTGGGGGCCTTAAGTCTAGCATCTCCGGCTTTGGGTCTGACCAATTTGA
TGACAAGGATCCTAAAGAAAAAGCTCAGATGGCTTACTTCTTCAACAGATTCTTCTTCAT
CATTAGCGTGGGGACATTAATGGCTGTGACTGTTTTGGTTTACATACAAGATGAAGTGGG
AAGATCTTGGGCTTATGGAATCTGCACTGTATCTATGGGCATAGCTATTGCGGTTTTCTT
GTTTGGAACTAAGAGTTACCGTTATAAGAAGAGCCAAGGAAGTCCCGTTGTGCAAATTTT
TCAAATTATTGCAGCTGCGAGTAGGAAGAGAAAAGCGGAACTGCCTCAAAGCATTGTCTA
TCTTTGAAGATACTCCGGAGGGCTTGAGAATTGAACATACTGATCAGTTTCGCATGTTGG
ACAAGCGGCCGTAGTTACCGAAAGAGATTTTGAACAAACCCTAGATGGCATCGCAATTCC
GAACCCTTGGA*GCTAAGCTCGGTGAC*AGAGTTGAGGAAGTGAAAATGATGG
GTAAGCTTTTG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3ED16TF 628 0 0
G
GAGATTTAGAACAAACCCTAGATGGCATCGCAATTCCGAACCCTTGGAAGCTAAGCTCGG
TGACCAGAGTTGAGGAAGTGAAAATGATGGTTAGACTTTTGCCTATTTGGGCAACCACTA
TAATTTTCTGGACAACATATGCCCAAATGATTACATTCTCAGTTGAGCAAGCATCGACCA
TGAGACGCAACGTTGGAAACTTCCAGATCCCGGCAGGTTCTCTCACCGTGTTTTTCGTCG
CGGCTATTCTCATAACTTTGGCTTTCTACGACCGTGTCATCATGCCTTTTTGGAAGAAAT
GGAAAGGAAAACCAGGATTCTCTAGCCTGCAAAAAATAGCTATTGGATTGGTCTTATCAA
CCGCTGGAATGGCAGCTGCGGCCATAGTTGAGCAAGAGCGTCTATCAGTGGCGAAAACTA
GTACACAGAAAACATTGCCCATAAGTGTTTTCCTACTCGTTCCACAATTCTTCCTAGTAG
GAGCTGGGGAAGCCTTTATATACACTGGCCAACTTGATTTCTTCATAACCCAATCGCCCA
AGGGAATGAAAACAATGAGCACTGGACTTTTCTTGACTACTTTGTCACTAGGCTTCTTCG
TCAGCAGTTTCTTGGTTTCAATCGTCA

QA 2 628 2 628
DS 

RD RR3FK15JQ 595 0 0
GCCATAGTTGAGCAAGAGCGTCTATCAGTGTCGAAAACTAGTACACAGAAAACATTGCCC
ATAAGTGTTTTCCTACTCGTTCCACAATTCTTCCTAGTAGGAGCTGGGGAAGCCTTTATA
TACACTGGCCAACTTGATTTTTTCATAACCCAATCGCCCAAGGGAATGAAAACAATGAGC
ACTGGACTTTTCTTGACTACTTTGTCACTAGGCTTTTTCGTCAGCAGTTTCTTGGTTTCA
ATCGTCAAAAAGGTCACTGCAACTTCTGTAAGTGAGGGACGGTTGGCTGATAACATCAAC
CATGGCCGGCTCGATCTCTTTTATTGGCTTTTGGTCATTTTCAGCGGAATCAACTTTGTT
GTTTATGTCATATGTGCCTTATGGTTCAAGCCAACAAAGGGTAAAGACTCGGAGGAGAAG
GAAAATGGTAAGAGTTTTTCAGTTGAAGACTGCTAGTTTTCTTTTTCAGTCACGTTTCTG
GTGTATCATATTATCATGCAACAAAGCCGGCCCATCATGTTTCTTGTATTCCACGTAATT
CGGCTGTGTGACTTGTATCTAAATTCCTACTTGTCAAAATTATTGTGCCTTCGC
C

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3FK15TF 658 0 0
G
TCTCTAGCCTGCAAAAAATAGCTATTGGATTGGTCTTATCAACCGCTGGAATGGCAGCTG
CGGCCATAGTTGAGCAAGAGCGTCTATCAGTGTCGAAAACTAGTACACAGAAAACATTGC
CCATAAGTGTTTTCCTACTCGTTCCACAATTCTTCCTAGTAGGAGCTGGGGAAGCCTTTA
TATACACTGGCCAACTTGATTTCTTCATAACCCAATCGCCCAAGGGAATGAAAACAATGA
GCACTGGACTTTTCTTGACTACTTTGTCACTAGGCTTCTTCGTCAGCAGTTTCTTGGTTT
CAATCGTCAAAAAGGTCACTGCAACTTCTGTAAGTGAGGGACGGTTGGCTGATAACATCA
ACCATGGCCGGCTCGATCTCTTTTATTGGCTTTTGGTCATTCTCAGCGGAATCAACTTTG
TTGTTTATGTCATATGTGCCTTATGGTTCAAGCCAACAAAGGGTAAAGACTCGGAGGAGA
AGGAAAATGGTAAGAGTTTTTCAGTTGAAGACTGCTAGTTTTCTTTTTCAGTCACGTTTC
TGGTGTATCATATTATCATGCAACAAAGCCGGCCCATCATGTTTCTTGTATTCCACGTAA
TTCGGCTGTGTGACTTGTATCTAAATTCCTACTTGTCAAAATTATTGTGCCTTCGC
C

QA 2 657 2 657
DS 

RD RR3ED16JQ 755 0 0
AT
TCTCTAGCCTGCAAAAAATAGCTATTGGATTGGTCTTATCAACCGCTGGAATGGCAGCTG
CGGCCATAGTTGAGCAAGAGCGTCTATCAGTGGCGAAAACTAGTACACAGAAAACATTGC
CCATAAGTGTTTTCCTACTCGTTCCACAATTCTTCCTAGTAGGAGCTGGGGAAGCCTTTA
TATACACTGGCCAACTTGATTTCTTCATAACCCAATCGCCCAAGGGAATGAAAACAATGA
GCACTGGACTTTTCTTGACTACTTTGTCACTAGGCTTCTTCGTCAGCAGTTTCTTGGTTT
CAATCGTCAAAAAGGTCACTGCAACTTCTGTAAGTGAGGGATGGTTGGCTGATAACATCA
ACCATGGCCGGCTCGATCTCTTTTATTGGCTTTTGGTCATTCTCATCGGAATCAACTTTG
TTGTTTATGTCATATGTGCCTTATGGTTCAAGCCAACAAAGGGTAAAGACTCGGAGGAGA
AGAAAAATGGTAAGAGTTTTTCAGTTGAAGACTGCTAGTTTTCTTTTTCAGTCACGTTTC
TGGTGTATCATATTATCATGCAACAAAGCCGGCCCATCATGTTTCTTGTATTCCACGTAA
TTCGGCTGTGTGACTTGTATCTAAATTCCTACTTGTCAAAATTATTGTGCCTTCGCCAGT
TACGTTTTTAACGTTTGTAACCTTTGTCACCTTTTCTCTTCTTGTATTGGTATCCATCAG
ATTGAAAAGAGAAAATAGTTTTAATTAAGCTCG

QA 3 755 3 755
DS 



AS 2 5

CO CL1638Contig1 1052 2 2 U
GGAAGCACAGCAGAGAATTTCAACGAGAACGATGAAGATTATGTCAAGTCTAGTGTACTT
GAATCTGCTGAGGTAAGAAGTGGACCAGATGGTTTTGTGGTGAAGATGAGAGACGGTAGG
CAACTTCGTTGTGTTCACAATAATCCTCAGGGTGGGAATCTTCCTAGTTATGCTCCACAC
TCTGCTATTGTGCTGAAGATGGAAGATGGAACTGGTCTTCTTCTTCCTATCATCGTCTTG
GAGATGCCAAGTGTATTACTGATGGCAGCATTGACTAATGTGAAAATAGCAAGGCCAACT
ATGTATGAAGTGGTGATGGAGATGGTAGGTAAAATGGGTTACGAGGTTAGGCTTGTTCGA
GTTACCACAAGAGTTCACGAGGCGTATTACGCACAGTTATTCCTTTCAAAGGTGGGTGAT
AAGTCAGATTGTGTCAGCTTCGATCTTCGTCCTTCTGATGCTATTAATATAGCTGTCAGG
TGCAAGGTACCCATCCAAGTCAACAAGTTTCTAGCTTATAGTGATGGAATGAGAGTCATC
GAGTCTGGAAAGCTGCCAAAGCAAACACCTGCTTCTGATGGTTTATTACATACTGAACTA
GACCGGCCAAATGGTCAGCCTTGTCTTGATACAAAAGAGTTTGATCTCTTGAACAACATG
ATGCAAGCTGTTAATGAAGAACGGTATGATGAAGCAGCTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGC
CAGTTTCAAGCGAAACGCAAACTAAGGAAATACACATGATCGACAGCAGTTCCGAGACAA
ATGTATTTATAAAATTAGTAGTATTATTAAATAATAAAGAAGCCATTGCTTAGAAGCTGC
GATCAAAGTGATGGAAATGGACACGCTTCCAACTTGCAAAAAGAAATAATCTCTTCAGTG
TGATGGAGAATGCTCGTCTATCATACACTTGTGCACGTTGTTAGTAAGTTCCCCGAAGAT
GAAAAAAAAAGACATAATATCTTGTATGTAGTTTGTTATCGTGTGAAACCAATCAGTGAT
GTGTAACATAATCATACATTTATCATCTCTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO24TF U 1
AF RR3DO24JQ C 448
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BS 678 1052 RR3DO24JQ

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TCTGCTATTGTGCTGAAGATGGAAGATGGAACTGGTCTTCTTCTTCCTATCATCGTCTTG
GAGATGCCAAGTGTATTACTGATGGCAGCATTGACTAATGTGAAAATAGCAAGGCCAACT
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GTTACCACAAGAGTTCACGAGGCGTATTACGCACAGTTATTCCTTTCAAAGGTGGGTGAT
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GAGTCTGGAAAGCTGCCAAAGCAAACACCTGCTTCTGATGGTTTATTACATACTGAACTA
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ATGCAAGCTGTTAATGA

QA 1 677 1 677
DS 

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CCTGCTTCTGATGGTTTATTACATACTGAACTAGACCGGCCAAATGGTCAGCCTTGTCTT
GATACAAAAGAGTTTGATCTCTTGAACAACATGATGCAAGCTGTTAATGAAGAACGGTAT
GATGAAGCAGCTGAGTGGAGAGACAAGCTTGGCCAGTTTCAAGCGAAACGCAAACTAAGG
AAATACACATGATCGACAGCAGTTCCGAGACAAATGTATTTATAAAATTAGTAGTATTAT
TAAATAATAAAGAAGCCATTGCTTAGAAGCTGCGATCAAAGTGATGGAAATGGACACGCT
TCCAACTTGCAAAAAGAAATAATCTCTTCAGTGTGATGGAGAATGCTCGTCTATCATACA
CTTGTGCACGTTGTTAGTAAGTTCCCCGAAGATGAAAAAAAAAGACATAATATCTTGTAT
GTAGTTTGTTATCGTGTGAAACCAATCAGTGATGTGTAACATAATCATACATTTATCATC
TCTCG

QA 1 605 1 605
DS 



CO CL1638Contig2 777 3 8 U
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TACGAAAAAATTTAAGAAGATGAGGTCGCTTCAATCACCGATTGTTTGCCCTAGTGTTCG
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ATCTGCTGAGGTAAGAAGTGGACCAGATGGTTTTGTGGTGAAGATGAGAGACGGTAGGCA
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BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F852TF U 1
AF RR3G302TF U 1
AF RR3G119TF U 1
BS 1 145 RR3F852TF
BS 146 146 RR3G302TF
BS 147 488 RR3F852TF
BS 489 489 RR3G302TF
BS 490 642 RR3F852TF
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BS 644 705 RR3F852TF
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RD RR3F852TF 705 0 0
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TACGAAAAAATTTAAGAAGATGAGGTCGCTTCAATCACCGATTGTTTGCCCTAGTGTTCG
TCCCAGACAAGTGAGTGTGTCTGCTCCGCTTGTCAACTGCACTGTTACGAGACCTAGGCT
TCTCAGAAACCAGTTTTGGGGTAATCAGACCAAAAACGTCAAGTCTCATGTTGCTACAGT
GATGGTACGGAGGTGTAAGGGTATACAGTGTCTTTTCAGCTCTCATTCAGATGGTAATGG
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GCTTCGTTGTGCTCACAATAATCCTCAGGGTGGTAATCTTCCAAGTTATGCTCCACACTC
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TACCACAAGAGTTCACGAG*CTTATTACGCACAGTTATTCCTTTC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3G302TF 705 0 0
GA
GTACAAGATCATACTTTCCCTTTTAGTCCTCTCTGTTGAGAATCATCCAATTGAATCTTA
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CTATTGTGCTGAAAATGGAAGATGGAACTGGTCTTCTTCTTCCTATCATCGTCTTGGAGA
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CCACAAGAGTTCACGAG*CTTATTACGCACAGTTATTCCTTTC

QA 3 705 3 705
DS 

RD RR3G119TF 777 0 0
GG
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CGAAAAAATTTAAGAAGATGAGGTCGCTTCAATCACCGATTGTTTGCCCTAGTGTTCTTC
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TCAGAAACCAGTTTTGGGGTAATCAGACCAAAAACGTCAAGTCTCATGTTGCTACAGTGA
TGGTACGGAGGTGTAAGGGTATACAGTGTCTTTTCAGCTCTCATTCAGATGGTAATGGCA
GCACAGCAGAGAATTTCAACGAGAACGATGAAGATTATGTCAAGTCTAGTGTACTTGAAT
CTGCTGAGGTAAGAAGTGGACCAGATGGTTTTGTGGTGAAGATGAGAGACGGTAGGCAGC
TTCGTTGTGCTCACAATAATCCTCAGGGTGGTAATCTTCCAAGTTATGCTCCACACTCTG
CTATTGTGCTGAAAATGGAAGATGGAACTGGTCTTCTTCTTCCTATCATCGTCTTGGAGA
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QA 3 777 3 777
DS 



AS 2 6

CO CL1639Contig1 453 2 2 U
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CTTCTTTTTGAACTATAAATGAGGATATTTTTC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B115JQ C 1
AF RR3B115TF U 1
BS 1 1 RR3B115JQ
BS 2 453 RR3B115TF

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AAGAAGTGATGCATATTGGTCAGTCGATGTACAACCAGCCTGGAGCAGGAGCAGCAGGTG
CAGGTCCTTCCCCTGGAGGCGAAGATGCTTCATCAGCTGATTCAACCGGGAAAGATGGTG
ATGATGTGATTGACGCTGACTTCACAGACAGCAGCAAATGATGAAAGAAATACGGTTTTG
AATTCATATATCCGATGAAACACAATGATTTTGTAGGGTTGATTGGGTTGAGAAACAACG
CATGTGAACACGAAATGTTTTTACAGAATGTGTTGTTACGTTATTCCTGCATGTTATTGC
CTTCTTTTTGAACTATAAATGAGGATATTTTTC

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR3B115TF 453 0 0
G
CGGTGAGAAGATTCCAGGTGAAGTGAAAGAGAAGGTGGAGGCCAAGCTGCAAGAGCTGAA
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AGAAGTGATGCATATTGGTCAGTCGATGTACAACCAGCCTGGAGCAGGAGCAGCAGGTGC
AGGTCCTTCCCCTGGAGGCGAAGATGCTTCATCAGCTGATTCAACCGGGAAAGATGGTGA
TGATGTGATTGACGCTGACTTCACAGACAGCAGCAAATGATGAAAGAAATACGGTTTTGA
ATTCATATATCCGATGAAACACAATGATTTTGTAGGGTTGATTGGGTTGAGAAACAACGC
ATGTGAACACGAAATGTTTTTACAGAATGTGTTGTTACGTTATTCCTGCATGTTATTGCC
TTCTTTTTGAACTATAAATGAGGATATTTTTC

QA 2 453 2 453
DS 



CO CL1639Contig2 831 4 10 U
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GACTGCTGCTGATGGACAGACAAGTGTTGAGATTAATGTGTTGCAGGGTGAGAGGGAGTT
TGTCCGGGATAACAAGTCTCTTGGCAGCTTCCGTCTAGATGGTATCCCACCAGCACCACG
TGGAGTTCCACAAATCGAAGTCAAATTTGACATCGATGCCAATGGTATTCTATCTGTCAG
TGCCAGTGACAAAGGCACTGGAAAGAAACAAGACATCACCATTACTGGTGCCAGTACATT
GCCCAAGGACGAGGTAGAGCAAATGGTCCAAGAAGCAGAAAGGTTTGCAAAGGACGATAA
GGAGAAGAGAGACGCAATTGACACAAAGAACCAGGCGGATTCAGTGGTGTACCAGACAGA
GAAGCAACTCAAAGAACTCGGTGAGAAGATTCCAGGTGAAGTGAAAGAGAAGGTGGAGGC
CAAGCTACAAGAGCTTAAAGACAAGATTGCAAGTGGAACCACTCAAGAGATCAAGGACAC
GATGGCTGCTCTTAACCAAGAAGTGATGCAGATTGGTCAGTCGATGTACAACCAGCCTGG
AGCAGGAGCAGCAGGTGCAGGTCCTTCCCCTGGAGGCGAAGATGCTTCATCAGCAGATTC
AACCGGGAAAGATGGTGATGATGTGATTGACGCTGACTTCACAGACAGCAGCAAATGATT
CACGGTTTTGAATTCATATATCCGATGAAACACATGATTTTGTAGGCTTGATTGGGTTGA
GAAACAACGAATGTGAACACGAAATGTTTTTACAGAATGTGTTGTTACGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B829TF U 112
AF RR3CI83JQ C 1
AF RR3CG19JQ C 217
AF RR3CG19TF U 217
BS 1 111 RR3CI83JQ
BS 112 217 RR3B829TF
BS 218 490 RR3CG19TF
BS 491 491 RR3B829TF
BS 492 688 RR3CG19TF
BS 689 689 RR3B829TF
BS 690 714 RR3CG19TF
BS 715 715 RR3B829TF
BS 716 817 RR3CG19TF
BS 818 831 RR3CI83JQ

RD RR3B829TF 653 0 0
GAGGGAGTTTGTCCGGGATAACAAGTCTCTTGGCAGCTTCCGTCTAGATGGTATCCCACC
AGCACCACGTGGAGTTCCACAAATCGAAGTCAAATTTGACATCGATGCCAATGGTATTCT
ATCTGTCAGTGCCAGTGACAAAGGCACTGGAAAGAAACAAGACATCACCATTACTGGTGC
CAGTACATTGCCCAAGGACGAGGTAGAGCAAATGGTCCAAGAAGCAGAAAGGTTTGCAAC
GGACGATAAGGAGAAGAGAGACGCAATTGACACAAAGAACCAGGCGGATTCAGTGGTGTA
CCAGACAGAGAAGCAACTCAAAGAACTCGGTGAGAAGATTCCAGGTGAAGTGAAAGAGAA
GGTGGAGGCCAAGCTACAAGAGCTTAAAGACAAGATTGCAAGTGGAACCACTCAAGAGAT
CAAGGACACGATGGCTGCTCTTAACCAAGAAGTGATGCAGATTGGTCAGTCGATGTACAA
CCAGCCTGGAGCAGGAGCAGCAGGTGCAGGTCCTTCCCCTGGAGGCGAAGATGCTTCATC
AGCAGATTCAACCGGGAAAGATGGTGATGATGTGATTGACGCTGACTTCACAGACAGCAG
CAAATGATTCACGGTTTTGAATTCATATATCCGATGAAACACATGATTTTGTA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3CI83JQ 831 0 0
GTGTATGACCAAGATATCCAAGGAACTCAACTCTCCTACTTCTAAGTCAGAAGTCTTCTC
GACTGCTGCTGATGGACAGACAAGTGTTGAGATTAATGTGTTGCAGGGTGAGAGGGAGTT
TGTCCGGGATAACAAGTCTCTTGGCAGCTTCCGTCTAGATGGTATCCCACCAGCACCACG
TGGAGTTCCACAAATCGAAGTCAAATTTGACATCGATGCCAATGGTATTCTATCTGTCAG
TGCCAGTGACAAAGGCACTGGAAAGAAACAAGACATCACCATTACTGGTGCCAGTACATT
GCCCAAGGACGAGGTAGAGCAAATGGTCCAAGAAGCAGAAAGGTTTGCAAAGGACGATAA
GGAGAAGAGAGACGCAATTGACACAAAGAACCAGGCGGATTCAGTGGTGTACCAGACAGA
GAAGCAACTCAAAGAACTCGGTGAGAAGATTCCAGGTGAAGTGAAAGAGAAGGTGGAGGC
CAAGCTACAAGAGCTTAAAGACAAGATTGCAAGTGGAACCACTCAAGAGATCAAGGACAC
GATGGCTGCTCTTAACCAAGAAGTGATGCAGATTGGTCAGTCGATGTACAACCCTCCTGG
AGCAGGAGCAGCAGGTGCAGGTCCTTCCCCTGGAGGCGAAGATGCTTCATCAGCAGATTC
AACCGGGAAAGATGGTGATGATGTGATTGACGCTGACTTCACAGACAGCAGCAAATGATT
CACGGTTTTGAATTCATATATCCGATGAAACACATGATTTTGTAGGCTTGATTGGGTTGA
GAAACAACGAATGTGAACACGAAATGTTTTTACAGAATGTGTTGTTACGTT

QA 1 831 1 831
DS 

RD RR3CG19JQ 599 0 0
G
GCCAATGGTATTCTATCTGTCAGTGCCAGTGACAAAGGCACTGGAAAGAAACAAGACATC
ACCATTACTGGTGCCAGTACATTGCCCAAGGACGAGGTAGAGCAAATGGTCCAAGAAGCA
GAAAGGTTTGCAAAGGACGATAAGGAGAAGAGAGACGCAATTGACACAAAGAACCAGGCG
GATTCAGTGGTGTACCAGACAGAGAAGCAACTCAAAGAACTCGGTGAGAAGATTCCAGGT
GAAGTGAAAGAGAAGGTGGAGGCCAAGCTACAATAGCTTAAAGACAAGATTGCAAGTGGA
ACCACTCAAGAGATCAAGGACACGATGGCTGCTTTTAACCAAGAAGTGATGCAGATTGGT
CAGTCGATGTACAACCAGCCTGGAGCAGGAGCAGCAGGTGCAGGTCCTTCCCCTGGAGGG
GAAGATGCTTCATCAGCAGATTCAACCGGGAAAGATGGTGATGATGTGATTTACGCTGAC
TTCACAGACAGCAGCAAGTGATTCACGGTTTTGAATTCATATATCCGATGAAACACATGA
TTTTGTAGGCTTGATTGGGTTGAGAAACAACGAATGTGAACACGAAATGTTTTTACAG

QA 2 599 2 599
DS 

RD RR3CG19TF 608 0 0
G
GCCAATGGTATTCTATCTGTCAGTGCCAGTGACAAAGGCACTGGAAAGAAACAAGACATC
ACCATTACTGGTGCCAGTACATTGCCCAAGGACGAGGTAGAGCAAATGGTCCAAGAAGCA
GAAAGGTTTGCAAAGGACGATAAGGAGAAGAGAGACGCAATTGACACAAAGAACCAGGCG
GATTCAGTGGTGTACCAGACAGAGAAGCAACTCAAAGAACTCGGTGAGAAGATTCCAGGT
GAAGTGAAAGAGAAGGTGGAGGCCAAGCTACAATAGCTTAAAGACAAGATTGCAAGTGGA
ACCACTCAAGAGATCAAGGACACGATGGCTGCTCTTAACCAAGAAGTGATGCAGATTGGT
CAGTCGATGTACAACCAGCCTGGAGCAGGAGCAGCAGGTGCAGGTCCTTCCCCTGGAGGC
GAAGATGCTTCATCAGCAGATTCAACCGGGAAAGATGGTGATGATGTGATTTACGCTGAC
TTCACAGACAGCAGCAAGTGATTCACGGTTTTGAATTCATATATCCGATGAAACACATGA
TTTTGTAGGCTTGATTGGGTTGAGAAACAACGAATGTGAACACGAAATGTTTTTACAGAA
AAAAAAA

QA 2 601 2 601
DS 



AS 2 6

CO CL1640Contig1 763 2 2 U
GGAGCAAATATCAGATTGCGTCATAAACATTTACAGCAAATCAAATCAAATCCAAGATAA
CATTTGAATATTAAATCAAACTATGATCCAATCTTCAAGTGTCCAAAACCAAAAGACTTG
ATCTAGGACACTTGGAATACAAAGCAAAACACTAAACAGTTCCTTTATTAGTTTGTCTCT
CCTCAAGCGCTGCTCACAAGCACGTTACTAGCCTTACTGGTCGCAGTCGCTGGGCTTCGG
GTGAAAGCTTTTACACTTAACGGACTGTTTGCCTTCATTCTACAAGTACCATCCTTCGCA
CAGACAGGGTATAACCGAGGGCAGCAGCTAGAGCCGTTCTCACAGCAAGTGGCTGACTCA
AACGGACAACATCCCCAACTATCACATTTTCCTTTGTTCTCACTGACGCAACAACAAGTG
GACTCGTCTGGACAACTGTAAGACTTGTCACAAACAACAGATCTGGTAGGGTAAGAAGCC
AACATCGCCACACCACATTTCCCTGCCGAATCATTGACGTTACGTTGAAGCTTAATGTAT
CCGCTCTCTCCCCAGTTCGATCCCACTGAGTCACGGATGATCCAGTAGTCTTGACCTTCT
GATGAAGTTCCGTATCCCACAGCTAACGCAGCATGGTCCAAAGCTGTTCCGCATGCTCCT
GTGAACACACCTGATTTGTAAAGCTGGAATTCTCGTCCACCGGCTTCAATTGCAACACTA
ACAGGTTGATGAGCAACAGCTTTCTTCAAAGACTTCTCGTCGT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H694JQ U 1
AF RR3BM24JQ U 2
BS 1 745 RR3H694JQ
BS 746 763 RR3BM24JQ

RD RR3H694JQ 745 0 0
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CATTTGAATATTAAATCAAACTATGATCCAATCTTCAAGTGTCCAAAACCAAAAGACTTG
ATCTAGGACACTTGGAATACAAAGCAAAACACTAAACAGTTCCTTTATTAGTTTGTCTCT
CCTCAAGCGCTGCTCACAAGCACGTTACTAGCCTTACTGGTCGCAGTCGCTGGGCTTCGG
GTGAAAGCTTTTACACTTAACGGACTGTTTGCCTTCATTCTACAAGTACCATCCTTCGCA
CAGACAGGGTATAACCGAGGGCAGCAGCTAGAGCCGTTCTCACAGCAAGTGGCTGACTCA
AACGGACAACATCCCCAACTATCACATTTTCCTTTGTTCTCACTGACGCAACAACAAGTG
GACTCGTCTGGACAACTGTAAGACTTGTCACAAACAACAGATCTGGTAGGGTAAGAAGCC
AACATCGCCACACCACATTTCCCTGCCGAATCATTGACGTTACGTTGAAGCTTAATGTAT
CCGCTCTCTCCCCAGTTCGATCCCACTGAGTCACGGATGATCCAGTAGTCTTGACCTTCT
GATGAAGTTCCGTATCCCACAGCTAACGCAGCATGGTCCAAAGCTGTTCCGCATGCTCCT
GTGAACACACCTGATTTGTAAAGCTGGAATTCTCGTCCACCGGCTTCAATTGCAACACTA
ACAGGTTGATGAGCAACAGCTTTCT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3BM24JQ 762 0 0
GAGCAAATATCAGATTGCGTCATAAACATTTACAGCAAATCAAATCAAATCCAAGATAAC
ATTTGAATATTAAATCAAACTATGATCCAATCTTCAAGTGTCCAAAACCAAAAGACTTGA
TCTAGGACACTTGGAATACAAAGCAAAACACTAAACAGTTCCTTTATTAGTTTGTCTCTC
CTCAAGCGCTGCTCACAAGCACGTTACTAGCCTTACTGGTCGCAGTCGCTGGGCTTCGGG
TGAAAGCTTTTACACTTAACGGACTGTTTGCCTTCATTCTACAAGTACCATCCTTCGCAC
AGACAGGGTATAACTGAGGGCAGCAGCTAGAGCCGTTCTCACAGCAAGTGGCTGACTCAA
ACGGACAACATCCCCAACTATCACATTTTCCTTTGTTCTCACTGACGCAACAACAAGTGG
ACTCGTCTGGACAACTGTAAGACTTGTCACAAACAACAGATCTGGTAGGGTAAGAAGCCA
ACATCGCCACACCACATTTCCCTGCCGAATCATTGACGTTACGTTGAAGCTTAATGTATC
CGCTCTCTCCCCAGTTCGATCCCACTGAGTCACGGATGATCCAGTAGTCTTGACCTTCTG
ATGAAGTTCCGTATCCCACAGCTAACGCAGCATGGTCCAAAGCTGTTCCGCATGCTCCTG
TGAACACACCTGATTTGTAAAGCTGGAATTCTCGTCCACCGGCTTCAATTGCAACACTAA
CAGGTTGATGAGCAACAGCTTTCTTCAAAGACTTCTCGTCGT

QA 1 762 1 762
DS 



CO CL1640Contig2 1147 4 24 U
GGAAGAAGATGGAGAGGAGGACTAGGGTTCCGGTGGAGTCAGAGAGGTATCTACACAAGG
TTGGAGATAGCTTGCCTGATGAAGTTGACTGGAGAGCCAAAGGTGCCGTTGTTCCCGTCA
GAGATCAAGGAGAATGTGGAAGTAGTTGGGCGTTTTCGACGACTGGAGCGATTGAAGGAA
TGCACCAGATCAAGACAGGGGAGTTAGTATCTCTGTCGGCGCAAGAACTTATTGATTGTG
ACAAAAA*TTACAATGAGGGATGTGGTGGTGGTCTCATGGACGCTGCTTTTATCTTCATT
ATTGACAATGGTGGTCTTGACACAGAGGAAGATTACCCTTACACGGCCACTGATACTAAC
ACATGCAATTCCGACAAGAAGAACACTCACGTTGTTACAATCGATGGTTATGAGGATGTT
CCTTGGAACGACGAGAAGTCTTTGAAGAAAGCTGTTGCTCATCAACCTGTTAGTGTTGCA
ATTGAAGCCGGTGGACGAGAATTCCAGCTTTACAAATCAGGTGTGTTCACAGGAGCATGC
GGAACAGCGTTGGACCATGCTGCGCTAGCTGTGGGATACGGAACCTCATCAGAAGGTCAA
GACTACTGGATCATCCGCGACTCAGTGGGATCGAACTGGGGAGAGAGCGGATACATTAAG
CTTCAACGTAACGTCAATGATTCGGCAGGGAAATGTGGTGTGGCGATGTTGGCTTCTTAC
CCTACCAGATCTGTTGTTTGTGACAAGTCTTACAGTTGTCCAGACAAGTCCACTTGTTGT
TGCGTCAGTGAGAACAAAGGAAAATGTGATAGCTGGGGATGTTGTCCGTTTGAGTCAGCC
ATTTGCTGTGAGAACGGCTCTAGCTGCTGCCCTCAGTTATACCCTGTCTGTGCGAAGGAT
GGTACTTGTAGAATGAAGGCAAACAGTCCGTTAAGTGTAAAAGCTTTAACCCGAAGCCCA
GCGACTGCGACCAGTAAGGCTAGTGACGTGCTTGTGAGCAGCGCTTGAGGAGAGACAAAC
GAATAAAGTAACTGTTTAGTGTGTTGAGCTTTGTAGTCCAAGTGTCCTAGATCAAGTCTT
TTGTTTTTGGAAACTTGAAGATTGGATCATAGTTTGATTTAATATTCAAATGTTATCTTG
GATTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

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ACATGCAATTCCGACAAGAAGAACACTCGCGTTGTTACAATCGATGGTTATGAGGATGTT
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CTTCAACGTAACGTCAATGATTCG

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GCGATTGAAGGAATGCACCAGATCAAGACAGGGGAGTTAGTACCTCTGTCGGCGCAAGAA
CTTATTGATTGTGACAAAAA*TTACAATGAGGGATGTGGTGGTGGTCTCATGGACGCGGC
TTTTATCTTCATTATTGACAATGGTGGTCTTGACACAGAGGAAGATTACCCTTACACGGC
CACTGATACTAACAGATGCAATTCCGACAAGAAGAACACTCACGTTGTTACAATCGATGG
TTATGAGGATGTTCCTTGGAACGACGAGAAGTCTTTGAAGAAAGCTGTTGCTCATCAACC
TGTTAGTGTTGCAATTGAAGCCGGTGGACGAGAATTCCAGCTTTACAAATCAGGTGTGTT
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CGGATACATTAAGCTTCAACGTAACGTCAATGATTCGGCAGG*AAATGTGGTGTGGCGAT
GTTGGCTTCTTACCCTACCAGATCTGTTGTTTGTGACAAGTCTTACA

QA 1 647 1 647
DS 

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GGTG
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GCAAGAACTTATTGATTGTGACAAAAAATTACAATGAGGGATGTGGTGGTGGTCTCATGG
ACGCTGCTTTCATCTTCATTATTGACAATGGTGGTCTTGACACAGAGGAAGATTACCCTT
ACACGGCCACTGATACTAACACATGCAATTCCGACAAGAAGAACACTCACGTTGTTACAA
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GTTGTCCGTTTGAGTC

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DS 

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GGTGTGTTCACAGGAGCATGCGGAACAGCGTTGGACCATGCTGCGCTAGCTGTGGGATAC
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GGAGAGAGCGGATACATTAAGCTTCAACGTAACGTCAATGATTCGGCAGGGAAATGTGGT
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TGTTGTCCGTTTGAGTCAGCCATTTGCTGTGAGAACGGCTCTAGCTGCTGCCCTCAGTTA
TACCCTGTCTGTGCGAAGGATGGTACTTGTAGAATGAAGGCAAACAGTCCGTTAAGTGTA
AAAGCTTTAACCCGAAGCCCAGCGACTGCGACCAGTAAGGCTAGTGACGTGCTTGTGAGC
AGCGCTTGAGGAGAGACAAACGAATAAAGTAACTGTTTAGTGTGTTGAGCTTTGTAGTCC
AAGTGTCCTAGATCAAGTCTTTTGTTTTTGGAAACTTGAAGATTGGATCATAGTTTGATT
TAATATTCAAATGTTATCTTGGATTTGG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 5

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CCTTAACTTTCTGAAATCATCATTGTGAATCAAAAACGGTTACAAAAATGTCTCTAGTCA
GATTTTTTCTCTACTTGGTCATATGATCAAACATTATAAAAACCATTTCTTTTTGTCACA
TTTAAAAATAATAGCTCGACAAGTGCCATTGTGACAATTCATAAGGTAGAGATACGTTGC
AAACTCAACACTAGCAGAACAGAAATGAAAATCAAGATGCAGAGCTTTGAATTTGGAGGT
CATTTGCTTCAGAAGTCTTGAGCCATTTCTGAGAGCGCACGAATTGTATTGCTTGCCACG
TCCAGAAGCTGCAGATACTCATCCGCACCATCTACAAGTCGCTTATCTGTTTCAGCTAGA
CATTTGCAGATCTTAGCCTTCTGATTGTCTGTTATGTCATCACCAGCCTCAACGACTATA
TCAAATAACTGATTGGTGATTTGAGATGCAGGATATCCTTCTGCAACTATGTTGTCTACT
TCCTTGTTTGCAATATCGAAATCACCACTTTTGCATGCTGTAAAAAATTTCTCGACCACC
TCCAGAGGCACTACCCCAGACACATCGAGTAAATCTCTAGAAGTTATTGTTGATCCAAAC
AACCGAGCACCACTCTGCAGATACGTGATGGCTCTACGAAGATCACCTTGTGATATGGAG
CTCAAAGTTGAAAGAGACTCTCCCTCAAGGTTGAGACCTTCTTCATTACATATATGCAAT
ATACGGTTACTCATGACTTCTTCAGAAAGTGGTTTGAACCTGAACTTTGCACATCTTGAA
GCTAGGGGCTCTATGATCCTGCTGATATAGTTACAGATGAAAAAGAATCTGGTGACTTTG
GAGTAAGTTTCCATTGTGCGCCTCAAGGCGTTCTGTGCATCTTCAGTCATAGAATCAGCC
TCATCTAGGATGATGATCTTAAACGATGGGCAAGGATAACCGCCTTGACGGTAGTTAGAG
CCAACAGCAACAGCAGCAAAATCCTTGATCTTAGTGCGAACAACATTAATCCCTCTGTCG
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GGACAGTTAGCAGTCTCGAGGGTGTTGGTGAGGACACGAACCACCTCCTCCTGATGCGCC
ACGTCCTTCACCTGCTTCGGCCGGTATTTCTCAACCCATGGCTGTGTGCTCTCTACAACT
CGCGCCATTCCTCTCTCTTCCTTCTTTACAATAATAAAACTTCTCCGTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF57JQ U 1
AF RR3B540JQ U 56
AF RR3FY65JQ U 99
AF RR3B540TF C 500
AF RR3EF57TF C 702
BS 1 101 RR3EF57JQ
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BS 1055 1306 RR3B540TF
BS 1307 1312 RR3EF57TF

RD RR3EF57JQ 777 0 0
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TTTAAAAATAATAGCTCGACAAGTGCCATTGTGACAATTCATAAGGTAGAGATACGTTGC
AAACTCAACACTAGCAGAACAGAAATGAAAATCAAGATGCAGAGCTTTGAATTTGGAGGT
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TCCAGAAGCTGCAGATACTCATCCGCACCATCTACAAGTCGCTTATCTGTTTCAGCTAGA
CATTTGCAGATCTTAGCCTTCTGATTGTCTGTTATGTCATCACCAGCCTCAACGACTATA
TCAAATAACTGATTGGTGATTTGAGATGCAGGATATCCTTCTGCAACTATGTTGTCTACT
TCCTTGTTTGCAATATCGAAATCACCACTTTTGCATGCTGTAAAAAATTTCTCGACCACC
TCCAGAGGCACTACCCCAGACACATCGAGTAAATCTCTAGAAGTTATTGTTGATCCAAAC
AACCGAGCACCACTCTGCAGATACGTGATGGCTCTACGAAGATCACCTTGTGATATGGAG
CTCAAAGTTGAAAGAGACTCTCCCTCAAGGTTGAGACCTTCTTCATTACATATATGCAAT
ATACGGTTACTCATGACTTCTTCAGAAAGTGGTTTGAACCTGAACTTTGCACATCTT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3B540JQ 825 0 0
G
GTCAGATTTTTTCTCTACTTGGTCATATGATCAAACATTATAAAAACCATTTCTTTTTGT
CACATTTAACAATAATAGCTCGACAAGTGCCATTGTGACAATTCATAAGGTAGAGATACG
TTGCAAACTCAACACTAGCAGAACAGAAATGAAAATCAAGATGCAGAGCTTTGAATTTGG
AGGTCGTTTGCTTCAGAAGTCTTGAGCCATTTCTGAGAGCGCACGAATTGTATTGCTTGC
CACGTCCAGGAGCTGCAGATACTCATCCGCACCATCTACAAGTCGCTTATCTGTTTCAGC
TAGACATTTGCAGATCTTAGCCTTCTGATTGTCTGTTATGTCATCACCAGCCTCAACGAC
TATATCAAATAACTGATTGGTGATTTGAGATGCAGGATATCCTTCTGCAACTATGTTGTC
TACTTCCTTGTTTGCAATATCGAAATCACCACTTTTGCATGCTGTAAAAAATTTCTCGAC
CACCTCCAGAGGCACTACCCCAGACACATCGAGTAAATCTCTAGAAGTTATTGTTGATCC
AAACAACCGAGCACCACTCTGCAGATACGTGATGGCTCTACGAAGATCACCTTGTGATAT
GGAGCTCAAAGTTGAAAGAGACTCTCCCTCAAGGTTGAGACCTTCTTCATTACATATATG
CAATATACGGTTACTCATGACTTCTTCAGAAAGTGGTTTGAACCTGAACTTTGCACATCT
TGAAGCTAGGGGCTCTATGATCCTGCTGATATAGTTACAGATGAAAAAGAATCTGGTGAC
TTTGGAGTAAGTTTCCATTGTGCGCCTCAAGGCGTTCTGTGCAT

QA 2 825 2 825
DS 

RD RR3FY65JQ 765 0 0
AAAA
CCATTTCTTTTTGTCACATTTAATAATAATAGCTCGACAAGTGCCATTGTGACAATTCAT
AAGGTAGAGATACGTTGCAAACTCAACACTAGCAGAACAGAAATGAAAATCAAGATGCAG
AGCTTTGAATTTGGAGGTCATTTGCTTCAGAAGTCTTGAGCCATTTCTGAGAGCGCACGA
ATTGTATTGCTTGCCACGTCCAGAAGCTGCAGATACTCATCCGCACCATCTACAAGTCGC
TTATCTGTTTCAGCTAGACATTTGCAGATCTTAGGCTTTTGATTGTCTGTTATGTCATCA
CCAGCCTCAACGACTATATCAAATAACTGATTGGTGATTTGAGATGCAGGATATCCTTCT
GCAACTATGTTGTCAACTTCCTTGTTTGCAATATCGAAATCACCACTTTTGCATGCTGTA
AAAAATCTCTCGACTACCTCCAGAGGAACTACCCCAGACACATCGAGTAAATCTCTAGAA
GTTATTGTTGATCCAAACAACCGAGCACCACTCTGCAGATACGTGATGGCTCTACGGAGA
TCACCTTGTGATATGGAGCTCAGAGTTGAAAGACCCTCTCCCCCAAGGTTGAGACCTTCT
TCATTACATATATGCAATATACGGTTACTCATGACTTCTTCAGAAAGTGGTTTGAACCTG
AACTTTGCACATCTTGAAGCAAGGGGCTCTATGATCCTGCTGATATAGTTACATATGAAA
AAGAATCTGGTGACTTTGGAGTAAGTTTCCATTGTGCGCCT

QA 5 765 5 765
DS 

RD RR3B540TF 809 0 0
AATCACCACTTTTGCATGCTGTAAAAAATTTCTCGACCAC*TCCAGAGGCACTACCCCAG
ACACATCGAGTAAATCTCTAGAAGTTATTGTTGATCCAAACAACCGAGCACCACTCTGCA
GATACGTGATGGCTCTACGAAGATCACCTTGTGATATGGAGCTCAAAGTTGAAAGAGACT
CTCCCTCAAGGTTGAGACCTTCTTCATTACATATATGCAATATACGGTTACTCATGACTT
CTTCAGAAAGTGGTTTGAACCTGAACTTTGCACATCTTGAAGCTAGGGGCTCTATGATCC
TGCTGATATAGTTACAGATGAAAAAGAATCTGGTGACTTTGGAGTAAGTTTCCATTGTGC
GCCTCAAGGCGTTCTGTGCATCTTCAGTCATAGAATCAGCCTCATCTAGGATGATGATCT
TAAACGATGGGCAAGGATAACCGCCTTGACGGTAGTTAGAGCCAACAGCAACAGCAGCAA
AATCCTTGATCTTAGTGCGAACAACATTAATCCCTCTGTCGTCACTAGCATTCAGCTCCA
ACACCCTAGACTTGTACAATTCAGGTCCAAAGAGCTGGTGGGCGATGGCAAGTGCAGTAG
TGGTCTTTCCAGTGCCTGGCGGTCCATAAAAGAGCATGTGCGGACAGTTAGCAGTCTCGA
GGGTGTTGGTGAGGACACGAACCACCTCCTCCTGATGCGCCACGTCCTTCACCTGCTTCG
GCCGGTATTTCTCAACCCATGGCTGTGTGCTCTCTACAACTCGCGCCATTCCTCTCTCTT
CCTTCTTTACAATAATAAAACTTCTCC
CC

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DS 

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TTCATTACATATATGCAATATACGGTTACTCATGACTTCTTCAGAAAGTGGTTTGAACCT
GAACTTTGCACATCTTGAAGCTAGGGGCTCTATGATCCTGCTGATATAGTTACAGATGAA
AAAGAATCTGGTGACTTTGGAGTAAGTTTCCATTGTGCGCCTCAAGGCGTTCTGAGCATC
TTCAGTCATAGAATCAGCCTCATCTAGGATGATGATCTTAAACGATGGGCAAGGATAACC
GCCTTGACGGTAGTTAGAGCCAACAGCAACAGCAGCAAAATCCTTGATCTTAGTGCGAAC
AACATTAATCCCTCTGTCGTCACTAGCATTCAGCTCCAACACCCTAGACTTGCACAATTC
AGGTCCAAAGAGCTGGTGGGCGATGGCAAGTGCAGTAGTGGTCTTTCCAGTGCCTGGCGG
TCCATAAAAGAGCATGTGCGGACAGTTAGCAGTCTCGAGGGTGTTGGTGAGGACACGAAC
CACCTCCTCCTGATGCGCCACGTCCTTCACCTGCTTCGGCCGGTATTTCTCAACCCATGG
CTGTGTGCTCTCTACAACTCGCGCCATTCCTCTCTCTTCCTTCTTTACAATAATAAAACT
TCTCCGTCCCC

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 4

CO CL1642Contig1 707 4 7 U
GGTGGACCCATCCTTGAACCCGGACCACGTTCCTCACATGCTACACAAGTGTCCCGACTC
CATCCCTGACCCAAAGGCGGTTCAGTACGTGCGTAATGACCGTGGTACACCCATGGTATT
AGACAACAACTACTACCGTAACATCCTAGACAACAAGGGTTTGCTCCTTGTGGACCACCA
GCTCGCACACGACAAACGAACCAGACCAATTGTTAAGAAGATGGCTAAGGACCAGGCTTA
CTTCTTCAAGGAGTTCACTAGAGCCATTCAGATCTTGTCAGAGAACAACCCTTTGACTGG
TTCCAAGGGTGAGATCAGGAAGCAGTGCAATCTCGCAAACAAGATTCACTGAGATTGCAA
AGAGTGACAAGAGAGAGAGAGCCTCTCTGTGTTTTGGGTTCTCTCTGCACTTTCTTGGCA
TCGAACCAAGATGAATAATATTATATTTTAAGAAGTTAAAAATGAAATGAAGGGTGATGA
TGATGATGTATGCATCATAGTGGTGACCACATATGCACTCTTCTTTTTGTGTGTTGTTGT
AGCCTTAATGCTTTAATTATGGTGGTAGTCGCCTTTTGAGTTAATTAATCTGTATGTTGT
TTCTTTGTTGATTTTGGGTTTGTGGTGGGGTTGATGATGTGAATGGATGTATGATATGAT
GGACTGTGTGTTATGTAATAATAAGAGGTGAAATCGTACTTTAATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E474TF U 126
AF RR3GF57JQ C 1
AF RR3CQ29JQ C 134
AF RR3CQ29TF U 313
BS 1 126 RR3GF57JQ
BS 127 379 RR3E474TF
BS 380 381 RR3CQ29TF
BS 382 398 RR3E474TF
BS 399 399 RR3CQ29TF
BS 400 587 RR3E474TF
BS 588 707 RR3CQ29TF

RD RR3E474TF 462 0 0
G
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ACACGACAAACGAACCAGACCAATTGTTAAGAAGATGGCTAAGGACCAGGCTTACTTCTT
CAAGGAGTTCACTAGAGCCATTCAGATCTTGTCAGAGAACAACCCTTTGACTGGTTCCAA
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CAAGATGAATAATATTATATTTTAAGAAGTTAAAAATGAAATGAAGGGTGATGATGATGA
TGTATGCATCATAGTGGTGACCACATATGCACTCTTCTTTTTGTGTGTTGTTGTAGCCTT
AATGCTTTAATTATGGTGGTAGTCGCCTTTTGAGTTAATTA

QA 2 462 2 462
DS 

RD RR3GF57JQ 697 0 0
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CATCCCTGACCCAAAGGCGGTTCAGTACGTGCGTAATGACCGTGGTACACCCATGGTATT
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TGATGATGTATGCATCATAGTGGTGACCACATATGCACTCTTCTTTTTGTGTGTTGTTGT
AGCCTTAATGCTTTAATTATGGTGGTAGTCGCCTTTTGAGTTAATTAATCTGTATGTTGT
TTCTTTGTTGATTTTGGGTTTGTGGTGGGGTTGATGATGTGAATGGATGTATGATATGAT
GTACTGTGTGTTATGTAACAATAAGAGGTGAAATC
AC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3CQ29JQ 574 0 0
G
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AACGAACCAGACCAATTGTTAAGAAGATGGCTAAGGACCAGGCTTACTTCTTCAAGGAGT
TCACTAGAGCCATTCAGATCTTGTCAGAGAACAACCCTTTGACTGGTTCCAAGGGTGAGA
TCAGGAAGCAGTGCAATCTCGCAAACAAGATTCACTGAGATTGCAAAGAGTGACAAGAGA
GAGAGAGCCTCTCTGTGTTTTGGGTTCTCTCTGCACTTTCTTGGCATCGAACCAAGATGA
ATAATATTATATTTTAAGAAGTTAAAAATGAAATGAAGGGTGATGATGATGATGTATGCA
TCATAGTGGTGACCACATATGCACTCTTCTTTTTGTGTGTTGTTGTAGCCTTAATGCTTT
AATTATGGTGGTAGTCGCCTTTTGAGTTAATTAATCTGTATGTTGTTTCTTTGTTGATTT
TGGGTTTGTGGTGGGGTTGATGATGTGAATGGATGTATGATATGATGGACTGTGTGTTAT
GTAATAATAAGAGGTGAAATCGTACTTTAATCG

QA 2 574 2 574
DS 

RD RR3CQ29TF 395 0 0
GATCAGGAAGCAGTGCAATCTCGCAAACAAGATTCACTGAGATTGCAAAGAGTGACAAGA
GAGAGAGAGCCTCTCTGTGTTTTGGGTTCTCTCTGCACTTTCTTGGCATCGAACCAAGAT
GAATAATATTATATTTTAAGAAGTTAAAAATGAAATGAAGGGTGATGATGATGATGTATG
CATCATAGTGGTGACCACATATGCACTCTTCTTTTTGTGTGTTGTTGTAGCCTTAATGCT
TTAATTATGGTGGTAGTCGCCTTTTGAGTTAATTAATCTGTATGTTGTTTCTTTGTTGAT
TTTGGGTTTGTGGTGGGGTTGATGATGTGAATGGATGTATGATATGATGGACTGTGTGTT
ATGTAATAATAAGAGGTGAAATCGTACTTTAATCG

QA 1 395 1 395
DS 



AS 1 5

CO CL1643Contig1 557 5 5 U
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CCTCCCATCAACTTCCGCAAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTTCTTGCTAGCCGTTCTGAG
CGGAAAAGCTTGCCCAACCAGTGCTGATATCAAGGGTATCCTCAATTCAGTTGGTGCTGA
GACAGAGGATTCTCAGATTGAGCTTTTGTTAAAGGAAGTCAATGGGAAAGACGTGGCTGA
GCTGATTGCTGTCGGAAGGGAGAAGTTAGCTTCAGTACCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCAT
GGCTTCTGCTCCATCTGCTGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCTCCTGCTGCTGAGTCCAAGAA
AGAAGAGAAGAAAGAGGAAAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGCCTGTTCGA
GTAAGGCGCGTTTGCTTGGATGTTATCTGTTTTTGTAACGTTTTGGAACCTCTTTGAAAC
CATGTTGTTGTTTTCTAGTTTGTTCTCGGTCAGTATCTTTGACATTCCTGAAATTCTCAA
GAGATTTTACGCAAAAT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR3AN69TF U 1
AF RR3ET83TF U 212
AF RR3AN69JQ C 87
AF RR3FY58JQ C 1
AF RR3FY58TF U 1
BS 1 32 RR3AN69TF
BS 33 33 RR3FY58TF
BS 34 117 RR3AN69TF
BS 118 118 RR3FY58TF
BS 119 557 RR3AN69TF

RD RR3AN69TF 557 0 0
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CGGAAAAGCTTGCCCAACCAGTGCTGATATCAAGGGTATCCTCAATTCAGTTGGTGCTGA
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GCTGATTGCTGTCGGAAGGGAGAAGTTAGCTTCAGTACCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCAT
GGCTTCTGCTCCATCTGCTGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCTCCTGCTGCTGAGTCCAAGAA
AGAAGAGAAGAAAGAGGAAAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGCCTGTTCGA
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GAGATTTTACGCAAAAT

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3ET83TF 341 0 0
G
AGGAAGTCAATGGGAAAGACGTGGCTGAGCTGATTGCTGTCGGAAGGGAGAAGTTAGCTT
CAGTACCAAGTGGTGGTGGTGTTGCCATGGCTTCTGCTCCATCTGCTGGTGGTGGAGGAG
GTGCTGCTCCTGCTGCTGAGTCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAGGAAAAGGAAGAATCCG
ATGATGACATGGGTTTCAGCCTGTTCGAGTAAGGCGCGTTTGCTTGGATGTTATCTGTTT
TTGTAACGTTTTGGAACCTCTTTGAAACCATGTTGTTGTTTTCTAGTTTGTTCTCGGTCA
GTATCTTTGACATTCCTGAAATTCTCAAGAGATTTTAC
AC

QA 2 339 2 339
DS 

RD RR3AN69JQ 466 0 0
AGGTTGTCGCCGCGTTCTTGCTAGCCGTTCTTAGCGGAAAAGCTTGCCCAACCAGTGCTG
ATATCAAGGGTATCCTCAATTCAGTTGGTGCTGAGACAGAGGATTCTCAGATTGAGCTTT
TGTTAAAGGAAGTCAATGGGAAAGACGTGGCTGAGCTGATTGCTGTCGGAAGGGAGAAGT
TAGCTTCAGTACCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCATGGCTTCTGCTCCATCTGCTGGTGGTG
GAGGAGGTGCTGCTCCTGCTGCTGAGTCCAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAGGAAAAGGAAG
AATCCGATGATGACATGGGTTTCAGCCTGTTCGAGTAAGGCGCGTTTGCTTGGATGTTAT
CTGTTTTTGTAACGTTTTGGAACCTCTTTGAAACCATGTTGTTGTTTTTTAGTTTGTTTT
CGGTCAGTATCTTTGACATTCCTGAAATTCTCAAGAGATTTTACGC

QA 1 466 1 466
DS 

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CCTCCCATCAACTTCCGCAAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTTCTTGCTAGCCGTTCTGAG
CGGAAAAGCTTGCCCAACCAGTGCTGATATCAAGGGTATCCTCAATTCAGTTGGTGCTGA
GACAGAGGATTCTCAGATTGAGCTTTTGTTAAAGGAAGTCAATGGGAAAGACGTGGCTGA
GCTGATTGCTGTCGGAAGGGAGAAGTTAGCTTCAGTACCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCAT
GGCTTCTGCTCCATCTGCTGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCTCCTGCTGCTGAGTCCAAGAA
AGAAGAGAAGAAAGAGGAAAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGCCTGTTCGA
GTAAGGCGCGTTTGCTTGGATGTTATCTGTTTTTGTAACGTTTTGGAACCTCTTTGAAAC
CATGTTGTTGTTTTCTAGTTTGTTCTCGGTCAGTATCTTTGACATTCCTGAAATTCTCAA
GAGATTTTACGC

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR3FY58TF 552 0 0
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CCTCCCATCAACTTCCGCAAAAATGAAGGTTGTCGCCGCGTTCTTGCTAGCCGTTCTGAG
CGGAAAAGCTTGCCCAACCAGTGCTGATATCAAGGGTATCCTCAATTCAGTTGGTGCTGA
GACAGAGGATTCTCAGATTGAGCTTTTGTTAAAGGAAGTCAATGGGAAAGACGTGGCTGA
GCTGATTGCTGTCGGAAGGGAGAAGTTAGCTTCAGTACCAAGCGGTGGTGGTGTTGCCAT
GGCTTCTGCTCCATCTGCTGGTGGTGGAGGAGGTGCTGCTCCTGCTGCTGAGTCCAAGAA
AGAAGAGAAGAAAGAGGAAAAGGAAGAATCCGATGATGACATGGGTTTCAGCCTGTTCGA
GTAAGGCGCGTTTGCTTGGATGTTATCTGTTTTTGTAACGTTTTGGAACCTCTTTGAAAC
CATGTTGTTGTTTTCTAGTTTGTTCTCGGTCAGTATCTTTGACATTCCTGAAATTCTCAA
GAGATTTTACGC

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 6

CO CL1644Contig1 1335 6 10 U
CACTCCAAAATCATTACAACAAGACAAGAAAAAGAGGTTTCTTGGTTACAAGTGAGTGTG
TTGGAGATGTGATTAAGAACAACATCATTATATTACTACACATTTACAAGAGAGATCTCT
CACCTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTAATTATATTTGATAATATTTCATTCATCACCACCT
GCATACACCGGGCTCTGTAGTTTTGCTGAGAGCTAGAATCTCATCATACTTTGAGCCATA
TACAAATCCCCATAGCTCCACTTCTTTAACGTCAAAGTCCTGAGTGTTTGCAAGACAAGC
GTTCCCGTATGTCTCCGAGTAAGCACTTGATCCGCT*AGCAGCTCACTGTCTAGATAGAG
AGCAAAACGTCCATCACCACCGAGAGCTAGAAAATCCTTGGAGCATAAGGTGTAAAACCG
GTTTGCTCCTGTTGGACGGTATATAGTGGGTTGTCCAGACTTATCAGTGAAAACAAATGT
ACTGTTGGTTCCCTGATACTTCTTATCAGTTGGTATCAAAGGTGCCTCCACAAGTCCACC
AAAAACCGAACCTTTCCTGTCTCCAACAACCAGTAAACTGAGACCAGGCCAGAGGAGGCT
TTTCCTGTACAGCGTTGACAGTGATATACCGTGCCTCCATGTACTGTAAAGCAAAATCCA
TTCCCTGCCTTGAACAAGAGCAGGAAGTGAAGAATAAAGGGAACGTCTTGACTGATCCGT
TAAAAGCAAAGAAGGCTCTGAAATTTCAGGTATAACAATTGCTTGTTGTCCTATCTTTGC
AGCTTCCTCTTTGTTCTGCAACTGCTTCATCTCCAAGCCATCATCATATCCTTTAGTCTC
TTCTTTATCATCATCAGTTTTATTAACAACCTCAGGGAAGTTTGCCTTTCGATCCTTGGA
GGAGAACTTAACAGCGTGGTAAAAGTTCTTAAAATGCTGTTTATACTTGGAGAACAAGCT
CTTCTTTGCACCACCAGAAACAGTAGTAATAGTTTTTCATTGTTCCAGAGGATGAGGACG
ATGATGATGATGATGTATCGCTTGATTCAGCCTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTT
CCTGATCCTGGTTGGTGGTTTGTTTGTTCTTGGGGTCTGAGGATAAGAGGGAACCAAGAA
AGCAGAGAAAGAAGAAGTGTCAGGCTCGTCTACCAAATCTTTCTCAGTGATGGACTCTTC
TAGTTGATCTTTCTTGGACTCATTTTCCTCATCATCCGGAGGAGGAGGAGAGGAGGAGGG
TTTATCAGAGATGGGATTAAGGAGACCGGTGGTGAGATCGCTGACAAAGTGAACTGCTTT
GCTTCTCAACGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3DM11JQ U 145
AF RR3E038JQ U 1
AF RR3BR17JQ U 145
AF RR3E038TF C 302
AF RR3DM11TF C 606
AF RR3BR17TF C 673
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BS 271 271 RR3BR17JQ
BS 272 687 RR3E038JQ
BS 688 688 RR3BR17JQ
BS 689 708 RR3E038JQ
BS 709 709 RR3BR17JQ
BS 710 744 RR3E038JQ
BS 745 902 RR3BR17JQ
BS 903 915 RR3E038TF
BS 916 1335 RR3DM11TF

RD RR3DM11JQ 234 0 0
C
AATTATATTTGATAATATTTCATTCATCACCACCTGCATACACCGGGCTCTGTAGTTTTG
CTGAGAGCTAGAATCTCATCATACTTTGAGCCATATACAAATCCCCATAGCTCCACTTCT
TTAACGTCAAAGTCCTGAGTGTTTGCAAGACAAGCGTTCCCGTATGTCTCCAAGTAAGCA
CTTGATCCGCTTAGCAGCTCACTGTCTAGATAGAGAGCAAAGCGTCCACCACC

QA 2 234 2 234
DS 

RD RR3E038JQ 744 0 0
CACTCCAAAATCATTACAACAAGACAAGAAAAAGAGGTTTCTTGGTTACAAGTGAGTGTG
TTGGAGATGTGATTAAGAACAACATCATTATATTACTACACATTTACAAGAGAGATCTCT
CACCTCTTTTTCTTTTTCTTTTTTTAATTATATTTGATAATATTTCATTCATCACCACCT
GCATACACCGGGCTCTGTAGTTTTGCTGAGAGCTAGAATCTCATCATACTTTGAGCCATA
TACAAATCCCCATAGCTCCACTTCTTTAACATCAAAGTCCTGAGTGTTTGCAAGACAAGC
GTTCCCGTATGTCTCCGAGTAAGCACTTGATCCGCT*AGCAGCTCACTGTCTAGATAGAG
AGCAAAACGTCCATCACCACCGAGAGCTAGAAAATCCTTGGAGCATAAGGTGTAAAACCG
GTTTGCTCCTGTTGGACGGTATATAGTGGGTTGTCCAGACTTATCAGTGAAAACAAATGT
ACTGTTGGTTCCCTGATACTTCTTATCAGTTGGTATCAAAGGTGCCTCCACAAGTCCACC
AAAAACCGAACCTTTCCTGTCTCCAACAACCAGTAAACTGAGACCAGGCCAGAGGAGGCT
TTTCCTGTACAGCGTTGACAGTGATATACCGTGCCTCCATGTACTGTAAAGCAAAATCCA
TTCCCTGCCTTGAACAAGAGCAGGAAGGGAAGAATAAAGGGAACGTCTAGACTGATCCGT
TAAAAGCAAAGAAGGCTCTGAAAT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3BR17JQ 758 0 0
C
AATTATATTTGATAATATTTCATTCATCACCACCTGCATACACCGGGCTCTGTAGTTTTG
CTGAGAGCTAGAATCTCATCATACTTTGAGCCATATACAAATCCCCATAGCTCCACTTCT
TTAACGTCAAAGTCCTGAGTGTTTGCAAGACAAGCGTTCCCGTATGTCTCCGAGTAAGCA
CTTGATCCGCTTAGCAGCTCACTGTCTAGATAGAGAGCAAAGCGTCCACCACCACCGAGA
GCTAGAAAGTCCTTGGAGCATAAAGTGTAAAACCGGTTTGCTCCTGTGGGACGGTATATA
GTGGGTTGTCCAGACTTATCAGTGAAAACAAACGTACTGTTGGTTCCCTGATACTTCTTA
TCAGTTGGTATCAAAGGTGCCTCCACAAGTCCACCAAAAACCGAACCTTTCCTGTCTCCA
ACAACCAGTAAACTGAGACCAGGCCAGAGGAGGCTTTTCCTGTACAGCGTTGACAGTGAT
ATACCGTGCCTCCATGTACTGTAAAGCAAAATCCATTTCCTGCCTTGAACAAGAGCAGGA
AGTGAAGAATAAAGGGAACGTCTTGACTGATCCGTTAAAAGCAAAGAAGGCTCTGAAATT
TCAGGTATAACAATTGCTTGTTGTCCTATCTTTGCAGCTTCCTCTTTGTTCTGCAACTGC
TTCATCTCCAAGCCATCATCATATCCTTTAGTCTCTTCTTTATCATCATCAGTTTTATTA
ACAACCTCAGGGAAGTTTGCCTTTCGATCCTTGGAGG

QA 2 758 2 758
DS 

RD RR3E038TF 615 0 0
TTCCCGTATGTCTCCGAGTAAGCACTTGATCCGCT*AGCAGCTCACTGTCTAGATAGAGA
GCAAAACGTCCATCACCACCGAGAGCTAGAAAATCCTTGGAGCATAAGGTGTAAAACCGG
TTTGCTCCTGTTGGACGGTATATAGTGGGTTGTCCAGACTTATCAGTGAAAACAAATGTA
CTGTTGGTTCCCTGATACTTCTTATCAGTTGGTATCAAAGGTGCCTCCACAAGTCCACCA
AAAACCGAACCTTTCCTGTCTCCAACAACCAGTAAACTGAGACCAGGCCAGAGGAGGCTT
TTCCTGTACAGCGTTGACAGTGATATACCGTGCCTCCATGTACTGTAAAGCAAAATCCAT
TCCCTGCCTTGAACAAGAGCAGGAAGGGAAGAATAAAGGGAACGTCTAGACTGATCCGTT
AAAAGCAAAGAAGGCTCTGAAATTTCAGGTATAACAATTGCTTGTTGTACTATCTTTGCA
GCTTCCTCTTTGTTCTGCAACTGCTTCATCTCCAAGCCATCATCATATCCTTTAGTCTCT
TCTTTATCATCA***GTTTTATTAACAACCTCAGGGAAGTTTGCCTTTCGATCCTTGGAG
GAGAACTTAACAGC
C

QA 1 614 1 614
DS 

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TGTACAGCGTTGACAGTGATATACCGTGCCTCCATGTACTGTAAAGCAAAATCCATTTCC
TGC*TTGAACAAGAGCAGGAAGTGAAGAATAAAGGGAACGTCTTGACTGATCCGTTAAAA
GCAAAGAAGGCTCTGAAATTTCAGGTATAACAATTGCTTGTTGTCCTATCTTTGCAGCTT
CCTCTTTGTTCTGCAACTGCTTCATCTCCAAGCCATCATCATATCCTTTAGTCTCTTCTT
TATCATCATCAGTTTTATTAACAACCTCAGGGAAGTTTGCCTTTCGATCCTTGGAGGAGA
ACTTAACAGCGTGGTAAAAGTTCTTAAAATGCTGTTTATACTTGGAGAACAAGCTCTTCT
TTGCACCACCAGAAACAGTAGTAATAGTTTTTCATTGTTCCAGAGGATGAGGACGATGAT
GATGATGATGTATCGCTTGATTCAGCCTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCCTGA
TCCTGGTTGGTGGTTTGTTTGTTCTTGGGGTCTGAGGATAAGAGGGAACCAAGAAAGCAG
AGAAAGAAGAAGTGTCAGGCTCGTCTACCAAATCTTTCTCAGTGATGGACTCTTCTAGTT
GATCTTTCTTGGACTCATTTTCCTCATCATCCGGAGGAGGAGGAGAGGAGGAGGGTTTAT
CAGAGATGGGATTAAGGAGACCGGTGGTGAGATCGCTGACAAAGTGAACTGCTTTGCTTC
TCAACGATCC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3BR17TF 663 0 0
AACAAGAGCAGGAAGTGAAGAATAAAGGGAACGTCTTGACTGATCCGTTAAAAGCAAAGA
AGGCTCTGAAATTTCAGGTATAACAATTGCTTGTTGTCCTATCTTTGCAGCTTCCTCTTT
GTTCTGCAACTGCTTCATCTCCAAGCCATCATCATATCCTTTAGTCTCTTCTTTATCATC
ATCAGTTTTATTAACAACCTCAGGGAAGTTTGCCTTTCGATCCTTGGAGGAGAACTTAAC
AGCGTGGTAAAAGTTCTTAAAATGCTGTTTATACTTGGAGAACAAGCTCTTCTTTGCACC
ACCAGAAACAGTAGTAATAGTTTTTCATTGTTCCAGAGGATGAGGACGATGATGATGATG
ATGTATCGCTTGATTCAGCCTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCCTGATCCTGGT
TGGTGGTTTGTTTGTTCTTGGGGTCTGAGGATAAGAGGGAACCAAGAAAGCAGAGAAAGA
AGAAGTGTCAGGCTCGTCTACCAAATCTTTCTCAGTGATGGACTCTTCTAGTTGATCTTT
CTTGGACTCATTTTCCTCATCATCCGGAGGAGGAGGAGAGGAGGAGGGTTTATCAGAGAT
GGGATTAAGGAGACCGGTGGTGAGATCGCTGACAAAGTGAACTGCTTTGCTTCTCAACGA
TCC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 5

CO CL1645Contig1 1476 5 7 U
GGACGAATATTTTCAGAGTTAGCACAAGCTCATTATTCTTTTTCTACAACCTCTGAAAAT
AGAATCGAACAATAACATTTCATCTTAAGAGTTTCAGTTTGGTGCACACGAAGCTCATAC
AACATTTGTCATGGCTCTTCGCTGCTTATCTCAATCTTCGACAACTTTCTCTTATCTCTC
TAAGATCTGTGGATTTCGTATGCATGGGACCAAGGCAGCAGCTTCGGTTGTAGAAGAACA
TGTTTCGGAGATGGTGGGGACAGAGCGTGTGGATGAAGATTATGCTGATGTGGATTGGGA
CAACCTCGGATTCAGTCTTGTACGGACAGATTACATGTTTGCCACCAGAAGTTGCAGAGA
AGGAAACTTCAAACAAGGTTGCCTTAGCCGTTACGGCAACATCGAGCTCAACCCTGCTGC
TGGAATTCTCAACTACGGCCAGGGACTAATCGAGGGGATGAAAGCTTACAGAAGAGAAGA
CGGTAGGGTTCTTCTCTTTCGTCCAGAGTTAAATGCCGTGCGTATGAAGAAAGGAGCAGA
GAGAATGTGCATGCATTCTCCTTCTGTTCAACAGTTTATTGAAGGTGTTAAGCAGACCGT
TCTTGCAAACAGACGTTGGGTTCCTCCTCCGGGAAAAGGCTCCTTGTATCTAAGACCATT
GTTGTTTGGAAGTGGAGCAAGCTTGGGTTTGTCAGCAGCATCAGAGTTTACGTTTCTTGT
GTTTGGTTCTCCTGTTCAAAACTACTTTAAGGAAGGTACAGCAGCATTGAATCTCTACGT
TGAGGAG*TGATTCCACGCGCGTATCTTGGAGGAAGTGGTGGCGTTAAGTCCATTTCTAA
TTATGGTCCAGTGCTTGAAGTGATGAGAAGAGCGAAAGCGAGAGGGTTTTCGGATGTATT
GTATCTGGATGCAGAAACTAAGAAGAACATAGAGGAAGTTTCTGCTTCTAATATATTCCT
TGTTAAGGGGAATACAATAGTGACTCCAGCTACAAACGGGACGATTCTCGGAGGGATCAC
GCGTAAGAGCGTAATCGAAATTGCTATTGATCTTGGTTACAAGGTGGAAGAACGAGTAGT
TCCTGTAGAAGAACTAAAGGATGCAGAAGAGGTTTTCTGCACTGGAACTGCCACTGGAGT
TGCTTCTGTTGGGAGCATCACGTTTCAGAACACAAGGACTGAGTACAAAGTGGGGGATGG
GCTTGTTACGCAACAACTTGGATCTATTCTTGTCGGAACACAAACTGGTTCTATCCAAGA
CATTAAGAATTGGGTGGTGGAGATAGATTAATTTGAGAGAAAAATAAATAAATTGTTATG
TTGCGCTTCACAAATGTGTTTTTTTTTCCCACCATTCCTTGCATCTCTTCCACAGTACAA
TAGTATCACAACAATTAGTTCGGTTTGCTTTTTTCTTTTTATAACATTGGGTAAATCATG
CATTGCATTATCGTATAATCTTTAGCTTTCAGATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB61TF U 542
AF RR3AV33TF U 1
AF RR3B223TF U 3
AF RR3AV33JQ C 671
AF RR3B223JQ C 750
BS 1 755 RR3AV33TF
BS 756 756 RR3AV33JQ
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BS 813 1346 RR3AV33JQ
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BS 1348 1468 RR3AV33JQ
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CTTGCAAACAGACGTTGGGTTCCTCCTCCGGGAAAAGGCTCCTTGTATCTAAGACCATTG
TTGTTTGGAAGTGGAGCAAGCTTGGGTGTGTCAGCAGCATCAGAGTTTACGTTTCTTGTG
TTTGGTTCTCCTGTTCAAAACTACTTTAAG
GAAGGGACA

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DS 

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AGAATCGAACAATAACATTTCATCTTAAGAGTTTCAGTTTGGTGCACACGAAGCTCATAC
AACATTTGTCATGGCTCTTCGCTGCTTATCTCAATCTTCGACAACTTTCTCTTATCTCTC
TAAGATCTGTGGATTTCGTATGCATGGGACCAAGGCAGCAGCTTCGGTTGTAGAAGAACA
TGTTTCGGAGATGGTGGGGACAGAGCGTGTGGATGAAGATTATGCTGATGTGGATTGGGA
CAACCTCGGATTCAGTCTTGTACGGACAGATTACATGTTTGCCACCAGAAGTTGCAGAGA
AGGAAACTTCAAACAAGGTTGCCTTAGCCGTTACGGCAACATCGAGCTCAACCCTGCTGC
TGGAATTCTCAACTACGGCCAGGGACTAATCGAGGGGATGAAAGCTTACAGAAGAGAAGA
CGGTAGGGTTCTTCTCTTTCGTCCAGAGTTAAATGCCGTGCGTATGAAGAAAGGAGCAGA
GAGAATGTGCATGCATTCTCCTTCTGTTCAACAGTTTATTGAAGGTGTTAAGCAGACCGT
TCTTGCAAACAGACGTTGGGTTCCTCCTCCGGGAAAAGGCTCCTTGTATCTAAGACCATT
GTTGTTTGGAAGTGGAGCAAGCTTGGGTTTGTCAGCAGCATCAGAGTTTACGTTTCTTGT
GTTTGGTTCTCCTGTTCAAAACTACTTTAAGGAAG*TACAGCAGCATTGAATCTCTACGT
TGAGGAG*TGATTCCACGCGCGTATCTTGGAG
AAGTGGT

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GGGAATATT
TTCAGAGTTAGCACAAGCTCATTATTCTTTTTCTATAACCTCTGAAAATAGAATCGAACA
ATAACATTTCATCTTAAGAGTTTCAGTTTGGTGCACACGAAGCTCATACAACATTTGTCA
TGGCTCTTCGCTGCTTATCTCAATCTTCGACAACTTTCTCTTATCTCTCTAAGATCTGTG
GATTTCGTATGCATGGGACCGAGGCAGCAGCTTCGGTTGTAGAAGAACATGTTTCGGAGA
TGGTGGGGACAGAGCGTGTGGATGAAGATTATGCTGATGTGGATTGGGACAACCTCGGAT
TCAGTCTTGTACGGACAGATTACATGTTTGCCACCAGAAGTTGCAGAGAAGGAAACTTCG
AACAAGGTTGCCTTAGCCGTTACGGCAACATCGAGCTCAACCCTGCTGCTGGAATTCTCA
ACTACGGCCAGGGACTAATCGAGGGGATGAAAGCTTACAGAAGAGAAGACGGTAGGGTTC
TTCTCTTTCGTCCAGAGTTAAATGCCGTGCGTATGAAGAAAGGAGCAGAGAGAATGTGCA
TGCATTCTCCTTCTGTTCAACAGTTTATTGAAGGTGTTAAGCAGACCGTTCTTGCAAACA
GACGTTGGGTTCCTCCTCCGGGAAAAGGCTCCTTGTATCTAAGACCATTGTTGTTTGGAA
GTGGAGCAAGCTTGGGTTTGTCAGCAGCATCAGAGTTTACGTTTCTTGTGTTTGGTTCTC
CTGTTCAAAACTACTTTAAG*AAG*TACAGCAGCATTGAATCTCTACGTTGAGGAG*TGA
TTCCACGCGCGTATCTTGGAG
AG

QA 10 810 10 810
DS 

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CCTGTTCAAAACTACTTTAAGGAAGGTACAGCAGCATTGAATCTCTACGTTGAGGAG*TG
ATTCCACGCGCGTATCTTGGAGGAAGTGGTGGCGTTAAGTCCATTTCTAATTATGGTCCA
GTGCTTGAAGTGATGAGAAGAGCGAAAGCGAGAGGGTTTTCGGATGTATTGTATCTGGAT
GCAGAAACTAAGAAGAACATAGAGGAAGTTTCTGCTTCTAATATATTCCTTGTTAAGGGG
AATACAATAGTGACTCCAGCTACAAACGGGACGATTCTCGGAGGGATCACGCGTAAGAGC
GTAATCGAAATTGCTATTGATCTTGGTTACAAGGTGGAAGAACGAGTAGTTCCTGTAGAA
GAACTAAAGGATGCAGAAGAGGTTTTCTGCACTGGAACTGCCACTGGAGTTGCTTCTGTT
GGGAGCATCACGTTTCAGAACACAAGGACTGAGTACAAAGTGGGGGATGGGCTTGTTACG
CAACAACTTGGATCTATTCTTGTCGGAACACAAACTGGTTCTATCCAAGACATTAAGAAT
TGGGTGGTGGAGATAGATTAATTTGAGAGAAAAATAAATAAATTGTTATGTTGCGCTTCA
CAAATGTGTTTTTTTT*CCCACCATTCCTTGCATCTCTTCCACAGTACAATAGTATCACA
ACAATTAGTTCGGTTTGCTTTTTTCTTTTTATAACATTGGGTAAATCATGCATTGCATTA
TCGTATAATCTTTAGCTT
CC

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DS 

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GTGGTGGCGTTAAGTCCATTTCTAATTATGGTCCAGTGCTTGAAGTGATGAGAAGAGCGA
AAGCGAGAGGGTTTTCGGATGTATTGTATCTGGATGCAGAAACTAAGAAGAACATAGAGG
AAGTTTCTGCTTCTAATATATTCCTTGTTAAGGGGAATACAATAGTGACTCCAGCTACAA
ACGGGACGATTCTCGGAGGGATCACGCGTAAGAGCGTAATCGAAATTGCTATTGATCTTG
GTTACAAGGTGGAAGAACGAGTAGTTCCTGTAGAAGAACTAAAGGATGCAGAAGAGGTTT
TTTGCACTGGAACTGCCACTGGAGTTGCTTCTGTTGGGAGCATCACGTTTCAGAACACAA
GGACTGAGTACAAAGTGGGGGATGGGCTTGTTACGCAGCAACTTGGATCTATTCTTGTCG
GAATACAAACTGGTTCTATCCAAGACATTAAGAATTGGGTGGTGGAGATAGATTAATTTG
AGAGAAAAATAAATAAATTGTTATGTTGCGCTTCACAAATGTGTTTTTTTTTCCCACCAT
TCCTTGCATCTCTTCCACAGTACAATAGTATCACAACAATTAGTTCGGTTTGCTTTTTTC
TTTTTATAACATTGGGTAAATCATGCATTGCATTATCGTATAATCTTTAGCTTTCAGATC
G

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DS 



AS 1 4

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CAAAATCTGGATTCTCAACACCTCAATGACCAATATGAGTTGACAAAAAAAAAACAATGA
CCAATAAGAACAAAAAGCTGAAAGAAACATAAAACGCCAGAGCAAGAGCAAGAGCAAGAG
CTCAAACTTGTGAACCAAGAAGCTGCAAAGAAAAAGATAGTGGCGATCTAACAGATGAAG
CAGAGGATCAAAAGGGTCTGACGAAATCAAGGCTTGAAGGCAGAAAAAGCGACGACTGAG
TTATGTCCACCGAAACCAAACGAGTTTGATATGGCAACATTCACCTCATGCTGCTTCTTC
TCGTTTGCGACCGTATCAAAGTCCACCGCTGGTTCTGGGTTAAATTGGTTGATAGAGGGA
TGAAGCCATCCAGTGTTGATAGCCTTCACGGTGGCGATGGCTTCAAGACCTCCAGCTGCA
CCGAGGCAGTGACCTATCATAAACTTGGTGGCATTGATTTTGATCCCTGATGTGCTCTTG
AATACCTTTTTAATGGCATTAATCTCAGCAAGATCACCAGCCAGAGTGGAAGTTGCATGC
GCATTGATGTAATTTACCTCCTCAGGTGATACACCAGCATCTTCAAGGCAGCTCTCAATG
CAGGAAGAGACACCAAGTCCATCAGCTCTTGGATCAGTCATATGATGAGCATCACAGTTA
ACAGCACCTCCAAGATACTCTGCTACAATTGGAGCACCACGCTTCATCGCATGCCCCAAA
CTTTCCATCACCAGAACACCAGCTCCTTCACCCATGACAAACCCATCTCTCTGTTTATCC
CATGGCCTCGAAGCAGTTTGAGGGTCATCATTTCACTGCGACAAAGCCCTACAAGCAACA
AAACCTCCCAAACCAATAGGAATAATAGCAGCCTCAGTTCCACCAGCAATCATCATATCA
GCTTCACCACGTCGAATGTGGTTCGCAGCAGCGTAAAAGCAGTAGTTAGAAGTGGCACAA
GCGGTCGAAATCGAGTAGTTAGGACCCATAAGACCGAGATCAATCGCCAACAAAGCAGAA
CCCATGTTTGTTATAGCATAAGGAATAAAGAAAGGAGAAATCCTCCTGTGACCTTTCTCA
ATAAGAGCTTGAACACCGTCTGAAAACACAGTCAAACAACCCATACCAGTCCCAACTAGT
ACTCCGGCTTTCTGCTTATCAATCGTGTTGAGCTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED53JQ U 1
AF RR3DJ40JQ U 218
AF RR3ED53TF C 547
AF RR3C471TF C 580
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RD RR3ED53JQ 639 0 0
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CAAAATCTGGATTCTCAACACCTCAATGACCAATATGAGTTGACAAAAAAAAAACAATGA
CCAATAAGAACAAAAAGCTGAAAGAAACATAAAACGCCAGAGCAAGAGCAAGAGCAAGAG
CTCAAACTTGTGAACCAAGAAGCTGCAAAGAAAAAGATAGTGGCGATCTAACAGATGAAG
CAGAGGATCTAAAGGGTCTGACGAAATCAAGGCTTGAAGGCAGAAAAAGCGACGACTGAG
TTATGTCCACCGAAACCAAACGAGTTTGATATGGCAACATTCACCTCATGCTGCTTCTTC
TCGTTTGCGACCGTATCAAAGTCCACCGCTGGTTCTGGGTTAAATTGGTTGATAGAGGGA
TGAAGCCATCCAGTGTTGATAGCCTTCACGGTGGCGATGGCTTCAAGACCTCCAGCTGCA
CCGAGGCAGTGACCTATCATAGACTTGGTGGCATTGATTTTGATCCCTGATGTGCTCTTG
AATACCTTTTTAATGGCATTAATCTCAGCAAGATCACCAGCCAGAGTGGAAGTTGCATGC
GCATTGATGTAATTTACCTCCTCAGGTGATACACCAGCA

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3DJ40JQ 559 0 0
TAGC
GGCGATCTAACAGATGAAGCAGAGGATCAAAAGGGTCTGACGAAATCAAGGCTTGAAGGC
AGAGAAAGCGACGACTGAGTTATGTCCACCGAAACCAAACGAGTTTGATATGGCAACATT
CACCTCATGCTGCTTCTTCTCGTTTGCGACCGTATCAAAGTCCACCGCTGGTTCTGGGTT
AAATTGGTTGATAGAGGGATGAAGCCATCCAGTGTTGATAGCCTTCACGGTGGCGATGGC
TTCAAGACCTCCAGCTGCACCGAGGCAGTGACCTATCATAAACTTGGTGGCATTGATTTT
GATTCCTGATGTGCTCTTGAATACCTTTTTAATGGCATTAATCTCAGCAAGATCACCAGC
CAGAGTGGAAGTTGCATGCGCATTGATGTAATTTACCTCCTCAGGTGATACACCAGCATC
TTCAAGGCAGCTCTCAATGCAGGAAGAGGCACCAAGTCCATCAGCTCTTGGACCAGTCAT
ATGATGAGCATCACAGTTAACAGCACCTCCAAGATACTCTGCTACAATTGGAGCACCACG
CTTCATCGCATGC
TC

QA 5 557 5 557
DS 

RD RR3ED53TF 651 0 0
TTTTTAATGGCATTAATCTCAGCAAGATCACCAGCCAGAGTGGAAGTTGCATGCGCATTG
ATGTAATTTACCTCCTCAGGTGATACACCAGCATCTTCAAGGCGGCTCTCAATGCAGGAA
GAGACACCAAGTCCATCAGCTCTTGGATCAGTCATATGATGAGCATCACAGTTAACAGCA
CCTCCAAGATACTCTGCTACAATTGGAGTACCACGCTTCATCGCATGCTCCAAGCTTTCC
ATCACCAGAACACCAGCTCCTTCACCCATGACAAACCCATCTCTCTGTTTATCCCATGGC
CTTGAAGCAGTTTGAGGGTCATCATTTCACTGCGACAATGCCCTACAAGCAACGAAACCT
CCCAAACCAATAGGAATAATAGCAGCCTCAGTTCCACCAGCAATCATCATATCAGCTTCA
CCACGTCGAATGTGGTTCGCAGCCGCGTAAAAGCAGTAGTTAGAAGTGGCACAAGCGGTC
GAGATCGAGTAGTTAGGACCCATAAGACCGAGATCAATCGCCAACAAAGCAGAACCCATG
TTTGTTATAGCATAAGGAATAAAGAAAGGAGAAATCCTCCTGTGACCTTTCTCAATAAGA
GCTTGAACACCGTCTGAAAACACAGTCAAACAACCCATACCAGTCCCAAC
C

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3C471TF 658 0 0
CAGCTAGAGGGAAG
TGCATGCGCAT*GATGTAATT*ACCTCCTCAGGTGATACACCAGCATCTTCAAGGCAGCT
CTCAATGCATGAAGAGACACCAAGTCCATCAGCTCTTGGATCAGTCATATGATGAGCATC
ACAATTAACAGCACCTCCAAGATACTCTGCTACAATTGGAGCACCACGCTTCATCGCATG
CCCCAAACTTTCCATCACCAGAACACCAGCTCCTTCACCCATGACAAACCCATCTCTTTG
TTTATCCCATGGCCTCGAAGCGGTTTGAGGGTCATCGTTTCTCTGCGACAAAGCCCTACA
AGCAACAAAACCTCCCAAACCAATAGGAATAATAGCAGCCTCAGTTCCACCAGCAATCAT
CATATCAGCTTCACCACGTCGAATGTGGTTCGCAGCAGCGTAAAAGCAGTAGTTAGAAGT
GGCACAAGCGGTCGAAATCGAGTAGTTAGGACCCATAAGACCGAGATCAATCGCCAACAA
AGCAGAACCCATGTTTGTTATAGCATAAGGAGTAAAGAAAGGAGAAATCCTCCTGTGACC
TTTCTCAATAAGAGCTTGAACACCGTCTGAAAACACAGTCAAACCACCCATACCAGTCCC
AACTAGTACTCCGGCTTTCTGCTTATCAATCGTGTTGAGCTTAT

QA 15 658 15 658
DS 



AS 1 6

CO CL1647Contig1 1188 6 11 U
GGGGTCTTGGTGAAGTAGTAGAACCAAACTTCAAACATGATGCTTAATTGAAACCCTAGG
TTTTGCCAAAAAAAACGTTGTCTATGCTTTTGAACAGAGTATCTGATATTAAAAAACGCC
GCCTCTCTCTACGTTTTTTCCCTTTCATCTCTACAAACCCTAAAGCTTGAATCTCTTGCC
TCTGGTCCGGCTCTAGTCCGGTACCGCAGGGCTCCTCTCTCCCTTTTCCTCCTTTTCTTT
TTGCCTCCTTCCGTTTGGTTTCTGTCTCAAATCGATATACTGGCTGTTCTGGTTCGTCGA
GGCCTCGTCGGAGACTTATGGGTCAAAGGTGTCAGCTTGTGGCGTTTCTGGAGGAGCGGT
GAGGCTTGAACGAAGCTTTAGCGAAGGAGGTCGGCTTTTAGGGTCGAGGGGAGCCGCCAG
ATCAATTTTCCTTTTCCAGATCTACGGGGCTCTCTTCACGACAGGGGCGCGTGGCTCAGT
GGGAGACCTCCTCTACCATGGATCTATCGTCTGGAGTGACGGTGAGATTTCCGGAGGAGT
GGTGCTTCGGTTGGTGGAAGAAGGTCTGGTCCTCGGTTCTCGAGGTCAGCGCGTCGTAGG
AATAGTCTCACGGAGGAGTCTACCGGAGAGACGAAGCCTGCAGTGGGTACACGGTGACTC
TCCATATCCCGACGCCGGAGTCTATTCGGCGATGGAGCCTCACGCCTTTGAAAACTGATA
TTGCTGTTCCGGCTGCGGTGTCGTCGTCAAGGCCCGACTTTCCAGTGCGGGTTCATCCCG
TCTTTGTGGCTTAGGAGCGGACATTTGATCTTGGAGGTCTGGTCGGAACACCGGCTAGGC
GCCGTAAGGTGAAGAGGTATTGGGCCGGGTCTGTCATTCCTATCATATGGAGCCCAATTC
AATGAGCTTCTCAAGACACTGGTATTACGGCCCGTCTATCTTGGGCTCTCAAGTGTTGTC
GTCTCTTTGGGTCTAATTTAGGGGTTTAAGAGACTGCTTTCCTTGAGTCGTGAGGAAGGT
ATGTTCTCATTGGGAAGAAAGTGCATCTGAGTTTCATGTCGGGTAGCTTAGGATCCAAAT
AAGTGATACTATGCGATACTAGACTACTCAGTATGTAAGTGTGGTCGAACCGCTAGTGTG
GTGAAATCATGTATTCCTTTGTTGGTGAATGAAAGTTGAAGTTGAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 10 40 40 40 40 40 40 25 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3DM92TF U 1
AF RR3GS71TF U 48
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AF RR3DM92JQ C 369
AF RR3GS71JQ C 570
AF RR3C943JQ C 407
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BS 601 688 RR3DM92TF
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BS 690 713 RR3DM92TF
BS 714 725 RR3GS71TF
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BS 746 1185 RR3DM92JQ
BS 1186 1188 RR3C943JQ

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TTTTGCCAAAAAAAACGTTGTCTATGCTTTTGAACAGAGTATCTGATATTAAAAAACGCC
GCCTCTCTCTACGTTTTTTCCCTTTCATCTCTACAAACCCTAAAGCTTGAATCTCTTGCC
TCTGGTCCGGCTCTAGTCCGGTACCGCAGGGCTCCTCTCTCCCTTTTCCTCCTTTTCTTT
TTGCCTCCTTCCGTTTGGTTTCTGTCTCAAATCGATATACTGGCTGTTCTGGTTCGTCGA
GGCCTCGTCGGAGACTTATGGGTCAAAGGTGTCAGCTTGTGGCGTTTCTGGAGGAGCGGT
GAGGCTTGAACGAAGCTTTAGCGAAGGAGGTCGGCTTTTAGGGTCGAGGGGAGCCGCCAG
ATCAATTTTCCTTTTCCAGATCTACGGGGCTCTCTTCACGACAGGGGCGCGTGGCTCAGT
GGGAGACCTCCTCTACCATGGATCTATCGTCTGGAGTGACGGTGAGATTTCCGGAGGAGT
GGTGCTTCGGTTGGTGGAAGAAAGTCTGGTCCTCGGTTCTCGAGGTCAGCGCGTCGTAG*
AATAGTCTCACGGAGGAGTCTACCGGAGAGACGAAGCCTGCAGTGGGTACACGGTGACTC
TCCATATCCCGACGCCGGAGTCTATTCG*CGATGGAGCCTCACGCCTTTGAAA
CTGATATT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3GS71TF 678 0 0
GG
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TAAAAAACGCCGCCTCTCTCTACGTTTTTTCCCTTTCATCTCTACAAACCCTAAAGCTTG
AATCTCTTGCCTCTGGTCCGGCTCTAGTCCGGTACCGCAGGGCTCCTCTCTCCCTTTTCC
TCCTTTTCTTTTTGCCTCCTTCCGTTTGGTTTCTGTCTCAAATCGATATACTGGCTGTTC
TGGTTCGTCGAGGCCTCGTCGGAGACTTATGGGTCAAAGGTGTCAGCTTGTGGCGTTTCT
GGAGGAGCGGTGAGGCTTGAACGAAGCTTTAGCTAAGGAGGTCGGCTTTTAGGGTCGAGG
GGAGCCGCCAGATCAATTTTCCTTTTCCAGATCTACGGGGCTCTCTTCACGACAGGGGCG
CGTGGCTCAGTGGGAGACCTCCTCTACCATGGATCTATCGTCTGGAGTGACGGTGAGATT
TCCGGAGGAGTGGTGCTTCGGTTGGTGGAAGAAGGTCTGGTCCTCGGTTCTCGAGGTCAG
CG**TCGTAGGAATAGTCTCACGGAGGAGTCTACCGGAGAGACGAAGCCTGCAGTGGGTA
CACGGTGACTCTCCATATCCCGACGCCGGAGTCTATTCGGCGATGGAGCCTCACGCCTTT
GAAAACTGATATTGCT

QA 3 678 3 678
DS 

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GG
GCCGCCTCTCTCTACGTTTTCTCCCTTCCATCTCTACAAACCCTAAAGCTTGAATCTCTT
GCCTCTGGTCCGGCTCTAGTCCGGTACCGCAGGGCTCCTCTCTCCCTTTTCCTCCTTTTC
TTTTTGCCTCCTTCCGTTTGGTTTCTGTCTCAAATCGATATACTGGCTGTTCTGGTTCGT
CGAGGCCTCGTCGGAGACTTATGGGTCAAAGGTGTCAGCTTGTGGCGTTTCTGGAGGAGC
GGTGAGGCTTGAACGAAGCTTTAGCGAAGGAGGTCGGCTTTTAGGGTCGAGGGGAGCCGC
CAGATCAATTTTCCTTTTCCAGATCTACGGGGCTCTCTTCACGACAGGGGCGCGTGGCTC
AGTGGGAGACCTCCTCTACCATGGATCTATCGTCTGGAGTGACGGTGAGATTTCCGGAGG
AGTGGTGCTTCGGTTGGTGGAAGAAGGTCTGGTCCTCGGTTCTCGAGGTCAGCGCGTCGT
AGGAATAGTCTCACGGAGGAGTCTACCGGAGAGACGAAGCCTGCAGTGGGTACACGGTGA
CTCTCCATATCCCGACGCCGGAGTCTATTCGGCGATGGAGCCTCACGCCTTTGAAAACTG
ATATTGCTGTTCCGGCTGCGGTGTCGTC

QA 3 630 3 630
DS 

RD RR3DM92JQ 819 0 0
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TCCTTTTCCAGATCTACGGGGCTCTCTTCACGACAGGGGCGCGTGGCTCAGTGGGAGACC
TCCTCTACCATGGATCTATCGTCTGGAGTGACGGTGAGATTTCCGGAGGAGTGGTGCTTC
GGTTGGTGGAAGAAGGTCTGGTCCTCGGTTCTCGAGGTCAGCGCGTCGTAGGAATAGTCT
CACGGAGGAGTCTACCGGAGAGACGAAGCCTGCAGTGGGTACACGGTGACTCTCCATATC
CCGACGCCGGAGTCTATTCGGCGATGGAGCCTCACGCCTTTGAAAACTGATATTGCTTTT
CCGGCTGCGGTGTCGTCGTCAAGGCCCGACTTTCCAGTGCGGGTTCATCCCGTCTTTGTG
GCTTAGGAGCGGACATTTGATCTTGGAGGTCTGGTCGGAACACCGGCTAGGCGCCGTAAG
GTGAAGAGGTATTGGGCCGGGTCTGTCATTCCTATCATATGGAGCCCAATTCAATGAGCT
TCTCAAGACACTGGTATTACGGCCCGTCTATCTTGGGCTCTCAAGTGTTGTCGTCTCTTT
GGGTCTAATTTAGGGGTTTAAGAGACTGCTTTCCTTGAGTCGTGAGGAAGGTATGTTCTC
ATTGGGAAGAAAGTGCATCTGAGTTTCATGTCGGGTAGCTTAGGATCCAAATAAGTGATA
CTATGCGATACTAGACTACTCAGTATGTAAGTGTGGTCGAACCGCTAGTGTGGTGAAATC
ATGTATTCCTTTGTTGGTGAATGAAAGTTGAAGTTGA
GC

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DS 

RD RR3GS71JQ 618 0 0
TCCTCGGTTCTCGAGGTCAGCG**TCGTAGGAATAGTCTCACGGAGGAGTCTACCGGAGA
GACGAAGCCTGCAGTGGGTACACGGTGACTCTCCATATCCCGACGCCGGAGTCTATTCGG
CGATGGAGCCTCACGCCTTTGAAAACTGATATTGCTTTTCCGGCTGCGGTGTCGTCGTCA
AGGCCCGACTTTCCAGTGCGGGTTCATCCCGTCTTTGTGGCTTAGGAGCGGACATTTGAT
CTTGGAGGTCTGGTCGGAACACCGGCTAGGCGCCGTAAGGTGAAGAGGTATTGGGCCGGG
TCTGTCATTCCTATCATATGGAGCCCAATTCAATGAGCTTCTCAAGACACTGGTATTACG
GCCCGTCTATCTTGGGCTCTCAAGTGTTGTCGTCTCTTTGGGTCTAATTTAGGGGTTTAA
GAGACTGCTTTCCTTGAGTCGTGAGGAAGGTATGTTCTCATTGGGAAGAAAGTGCATCTG
AGTTTCATGTCGGGTAGCTTAGGATCCAAATAAGTGATACTATGCGATACTAGACTACTC
AGTATGTAAGTGTGGTCGAACCGCTAGTGTGGTGAAATCATGTATTCCTTTGTTGGTGAA
TGAAAGTTGAAGTTGA
GC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3C943JQ 782 0 0
AGGGGAGCCGCCAGATCAATTTTCCTTTTCCAGATCTACGGGGCTCTCTTCACGACAGGG
GCGCGTGGCTCAGTGGGAGACCTCCTCTACCATGGATCTATCGTCTGGAGTGACGGTGAG
ATTTCCGGAGGAGTGGTGCTTCGGTTGGTGGAAGAAGGTCTGGTCCTCGGTTCTCGAGGT
CAGCGCGTCGTAGGAATAGTCTCACGGAGGAGTCTACCGGAGAGACGAAGCCTGCAGTGG
GTACACGGTGACTCTCCATATCCCGACGCCGGAGTCTATTCGGCGATGGAGCCTCACGCC
TTTGAAAACTGATATTGCTGTTCCGGCTGCGGTGTCGTCGTCAAGGCCCGACTTTCCAGT
ACGGGTTCATCCCGTCTTTGTGGCTTAGGAGCGGACATTTGATCTTGGAGGTCTGGTCGG
AACACCGGTTATGCGCCGTAAGGTGAAGAGGTATTGGGCCGGGTCTGTCATTCCTATCAT
ATGGAGCCCAATGCAATGAGCTTCTCAAGACACTGGTATTACGGTCCGTCTATCTTGGGC
TCTCAAGTGTTGTCGTCTCTTTGGGTCTAATTTAGGGGTTTAAGAGACTGTTTTCCTTGA
GTCGTGAGGAAGGTATGTTCTCATTGGGAAGAAAGTGCATCTGAGTTTCATGTCGGGTAG
CTTAGGATCCAAATAAGTGATACTATGCAATACTAGACTACTCAGTATGTAAGTGTGATC
GAACCGCTAGTGTGGTGAAATCATGTATTCCTTTGTTGGTGAATGAAAGTTGAAGTTGAA
TT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 6

CO CL1648Contig1 822 6 8 U
TTTTTTTTGGCAAACGCAATCCTTGAGATAAGCAAACACTAGTCTACTCTGCATTACACA
ATACTGAAAACTTATCAATCTCCAAACAAAAGGAAAATTACAACAAAATAGAAAGGAGAG
ACTTAAAAGTTAAAACTACACTTCAAATTAATACCAAAAACATAGTTAGACATTAGAAGA
TAACAGTAAACAGCAGACGAACTTGATTAACACTTTACTGCTTCCGCAGAAAAATATAAG
TGTAATGGTGTCACACTCTACCATTTCTCATTTCATTTCTGTCTTCATTATTATAAATAA
TCGAAACATCCGAAGAACACCTCATGGAGATTCCTCATCGTCTCTATTATAAAAGATAAT
TAAGCTTTAACGCAGCAGTTGAAGCAGCTGAAGATTCCTCTCCTCGTAGATGGAGAAAGT
GGCTGGTGGTGAGAGAATTCAGTGTTGGTTCTGTTGTTGTCGCTATGAACAGTCGTGAGT
TTAGGCTTAGTATTACCAACTGAAGTAGGTTGGTTATGAAAAGGGTTAATGAGGTCTTCT
TCGTTGCCAAGACTGGCTCGAGAAGGATCTCTCTTGTTCTGTTTCCTCATCTCTCTGATC
TTTGTGAAATCCATTGAGTAGTCAGGAATGGTTCCTCCTTTCTGATCCCAGTCTCCAAAC
TGTGGTACTGATAGCCATGGCGAGTTCTTGTTCTCCTTTGGATCATCCATATGATCAAAG
CTGTAGTGAGAAGAGAGCGCTACTGTATCTTGTTTTCTTGAAAAATATGAAGTTAGGAGC
AAGGAAGATGGTAATAGAGAGAAATTATATAAAGAAAGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FA13JQ U 61
AF RR3F640JQ U 6
AF RR3FA13TF C 1
AF RR3GZ16JQ U 124
AF RR3GZ16TF C 124
AF RR3F640TF C 126
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BS 766 822 RR3F640TF

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DS 

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GG
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TAAGCTTTAACGCAGCAGTTGAAGCAGCTGAAGATTCCTCTCCTCGTAGATGGAGAAAGT
GGCTGGTGGTGAGAGAATTCAGTGTTGGTTCTGTTGTTGTCGCTATGAACAGTCGTGAGT
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C
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GCTTAGTATTACCAACTGAAGTAGGTTGGTTATGAAAAGGGTTAATGAGGTCTTCTTCGT
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DS 

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C
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ATGGTGTCACACTCTACCATTTCTCATTTCATTTCTGTCTTCATTATTATAAATAATCGA
AACATCCGAAGAACACCTCATGGAGATTCCTCATCGTCTCTATTATAAAAGATAATTAAG
CTTTAACGCAGCAGTTGAAGCAGCTGAAGATTCCTCTCCTCGTAGATGGAGAAAGTGGCT
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GCTTAGTATTACCAACTGAAGTAGGTTGGTTATGAAAAGGGTTAATGAGGTCTTCTTCGT
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QA 2 642 2 642
DS 

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CTTAGTATTACCAACTGAAGTAGGTTGGTTATGAAAAGGGTTAATGAGGTCTTCTTCGTT
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GAAATCCATTGAGTAGTCAGGAATGGTTCCTCCTTTCTGATCCCAGTCTCCAAACTGTGG
TACTGATAGCCATGGCGAGTTCTTGTTCTCCTTTGGATCATCCATATGATCAAAGCTGTA
GTGAGAAGAGAGCGATACTGTATCTTGTTTTCTTGAAAAATATGAAGTTAGGAGCAAGGA
AGATGGTAATAGAGAGAAATTATATAAAGAAAGCTCC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 5

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GCAGTCTTCTGCTTCTGCTCATCATCAAGAAGCTTCATGGCCTCTCTCTCACGCTTCTCA
TTAGCAACCACCTGGAGGTAAGCTTCCTTCTCCACCTTGTACCTCTCCTCGTAAGGCTTC
TTCTCTTCCGCGCTAAGAGACTCCCATTTCGCGCCGAGAATGTTCGAAGTCTCCTTAAAG
TCAGCTTCAGGATTCTCCTTCTTGATTTCATCCCTCTGCTCCTTGCACCACAGAATGTAT
GACGACGATGGTCGCTTCGTCTCGGGACAATCCTTCTTCTTCTTCTTCTTGTTCATCTTT
TCTTCCTCACCTTGTGTGAGAGACTGTCCACAAGCAAACGTCATGTTAGGTTTGAACTCC
TTCATCTTCTGAAGCTTCTTCAGCTCCGTCTTGAGCCTCTCCTGCTCAGCGTCTCTCGTC
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TTATCCTTCTCGATCGTCATCTTCTCCAGCATCGCCTGCATCTCCAACAGATCTTTCTCG
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GGAGATCTCAGATGTTTTTAGAGATTGTGGATTAGGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GJ93JQ U 1
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AF RR3F866JQ U 432
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TCAAGTTCCTTCTTGTATGCTTCCATCAACTTTGCTGCTTTGTTGTTGTAACTTTGCTTC
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TTCGTTCTCTTGTACTCCTCCATCGCTTCCAGGTATGTCTCCTTGTTCTTCTTTGCCACC
TC

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DS 

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GTTCAACAGGACTTGAATATTATTTCAATTTCAAAGAGAGATAGATAATTCTTCTAGCTA
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TTTGGGTCTACGTTTTCGTTCTTCTTCTTCTTGGTCTCTTTTTCCTTCTTGATCAGATTG
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C

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DS 

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AG
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ATAATTCTTCTAGCTACTGGTCGTAGCCGCAGCAGCACTCTTCTTGTTGTAATCTTCAAG
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AGGACGTTCTTCTGTCAAAGTCTTCCTTGCATCTTTGCTGAAGAGAAGGAATGACGAAGC
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CTTCTTGATCAGATTGTCTGTTTTCTCCTTCTTCTTAAGAAGCTGGAGAGCTTCCTGTTT
GTGGAGTTTCAAGAGCTCCTCTTCTTCTTTCTTCTGGCTCATCGCATCTTCTTCCTTCGT
TCTCTTGTACTCCTCCATCGCTTCCAGGTATGTCTCCTTGTTCTTCTTTGCCACCTCTTC
GAAGGGTGCTTTTTGTTTATCTGACAACTTCTTCCACTCTTCTCCTGTCATCTTTGCTAC
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GTTATCCTGTTCACCTTCCTGCACAAACTGAAGATACTGAT
TT

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TTTCAAGAGCTCCTCTTCTTCTTTCTTCTGGCTCATCGCCTCTTCTTCCTTCGTTCTCTT
GTACTCCTCCATCGCTTCCAGGTATGTCTCCTTGTTCTTCTTTGCCACCTCTTCGAAGGG
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AACGTTCTTGTTCTCTTCACGTAACTCAGCTCTCCTCTGGTTGGAATAAACCAGGAAGGC
AGATATGGGATGCTTTGGCTTCCGAGGATCCTTCTGCTTCTTGCTCTTCCTCTTTATATC
CTGTTCACCTTCCTGCACAAACTGCAGATACTGATCAAGCAAATCCATAGCAGTCTTCTG
CTTCTGCTCATCATCAAGAAGCTTCATGGCCTCTCTCTCACGCTTCTCCTTAGCAACCAC
CTGGAGGTAAGCTTCCTTCTCCACCTTGTACCTCTCCTCGTAAGGCTTCTTCTCTTCCGC
GCTAAGAGACTCCCATTTCGCGCCGAGAATG

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TGAACTCCTTCATCTTCTGAAGCTTCTTCAGCTCCGTCTTGAGCCTCTCCTGCTCAGCGT
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CCTCCGTCTTATCCTTCTCGATCGTCATCTTCTCCAGCATCGCCTGCATCTCCAACAGAT
CTTTCTCGAACGACGACTTCTTCCCCTTCCCCTTGGCGGCGGAGAGAGGCGACGACGGAG
TCTCCGCCGTCGCCACGATCTCGTTCTTCTGCTTCAACGCCTTTCTGCTGTTTCTCGATT
TCTTCGTCGGAGCTGGAGATGCGGTGGTGGCCATGTCTAACTAACTCGGAGCGCACACAG
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DS 



AS 1 6

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CCAGCAAAAGCCGCAGGGTTTTCGAGAAGCGTCTCAGCGGAAAGAACACCTTCAACACCC
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CCGTCTTTCTCATCTCTCGTCCGGCCGTGAACCGCTAGTAATGAGCAGCCGGCTTCTTCC
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ACGGGAACAATGAGGTTCTGAGCTAACTTCTCAACGAGTGACTTCACCAAAGGAAGGTTA
TCCATCAGGAATGCACCATAGTTCCCTCGCTTAGCAATACGTTGAGGACGCCCTAAATTG
ATATCAACATAATCGCAGTAAGGTTCGACTCTCTTGGCAGCTTCCAAGAGCGTATCAGGA
TCATTAGCACAGAACTGCACAAACAACGGCCTGTCCTCCTTACAAGTGGTGAACTCTTGG
TTACGATACTTCTCGGTCTCGGTGAAGATCCTGGAGTGAAGCATGGGCGTGTAGGCAGCT
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CTATCATCAACGATGCTCAAGCTCTCCGGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCGACGGATCA
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TTTCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3FF16JQ U 1
AF RR3AK55JQ U 31
AF RR3D506JQ U 210
AF RR3AK55TF C 204
AF RR3FF16TF C 668
AF RR3D506TF C 551
BS 1 212 RR3FF16JQ
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AATCAAAAGTGACAGTTTTATACTCCGAAAATATTTGGACACTAATACAACGTAAAAAAT
CTCAATAAATCAAAAACGTATATAGACTCAACTCACTAAACCTTTTGTGGAAACTCTAAT
AAAGTATCTATCTTCCTTTTCCTTTTCTTGTAAAGTGGAACTCGTCCTCCAAGCTCTTTC
AGCTGATCCACAAGCCCGTATAAAAACTCAAACGTTAATATGTTCTGAGCATTAAACTCC
TCCCTAACCTGGGGATGAACCCTAAACCAATCTCCCAGCATCTTATGCACGTGAGATCGA
ATCATCCTCCATGGAACCGGATGCTTCTCACACAACTTCAAATACTCAACAACTAAATCT
CCCTGGTCTAATCCTCCATCGACGTATCCCTCTTCTTTAGCCCATTCAGCTGTTCTAAAC
CCAGCAAAAGCCGCAGGGTTTTCAAGAAGC

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DS 

RD RR3AK55JQ 567 0 0
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ATATTTGGACACTAATACAACGTAAAAGATCTCAATAAATCAAGAACGTATATAGACTCA
ACTCACTAAACCTTTTGTGGAGACTCTAATAGAGTATCTATCTTCCTTTTCCTTTTCTTG
TAGAGTGGAACTCGTCCTCCAAGCTCTTTCAGCTGATCCACAAGCCCGTATAGAAACTCA
AACGTTAATATGTTCTGAGCATTAAACTCCTCCCTAACCTGTGGATGAACCCTAAACCAA
TCTCCCAGCATCTTATGCACGTGAGATCGAATCATCCTCCATGGAACCGGATGCTTCTCA
CACAACTTCAAATACTCAACAACTAAATCTCCCTGGTCTAATCCTCCATCGACGTATCCC
TCTTCTTTAGCCCATTCAGCTGTTCTAAACCCAGCAAAAGCCGCAGGGTTTTCGAGAAGC
GTCTCAGCGGAAAGAACACCTTCAACACCCGTCTCTCTGATGCACTCATCCACATCCTCA
ACGCATCTCACGTTCCCATTGGCTAAA

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DS 

RD RR3D506JQ 745 0 0
GTAG
AGTGGAACTCGTCCTCCAAGCTCTTTCAGCTGATCCACAAGCCCGTATAGAAACTCAAAC
GTTAATATGTTCTGAGCATTAAACTCCTCCCTAACCTGTGGATGAACCCTAAACCAATCT
CCCAGCATCTTATGCACGTGAGATCGAATCATCCTCCATGGAACCGGATGCTTCTCACAC
AACTTCAAATACTCAACAACTAAATCTCCCTGGTCTAATCCTCCATCGACGTATCCCTCT
TCTTTAGCCCATTCAGCTGTTCTAAACCCAGCAAAAGCCGCAGGGTTTTCGAGAAGCGTC
TCAGCGGAAAGAACACCTTCAACACCCGTCTCTCTGATGCACTCATCCACATCCTCAACG
CATCTCACGTTCCCATTGGCTAAAACAGGGATCCTCATAGCCTTCCTCACCTCCTTGATG
GCTCCCCAATCAGCTCTAAACTTTTTCCCGTCTTTCTCATCTCTCGTCCGGCCGTGAACC
GCTAGTAATGAGCAGCCGGCTTCTTCCAACATCTTGGCGTAGTTGAGTGTATCTTGAAGG
TCTGGGAATATCCGGATCTTGCAGGAGACGGGAACAATGAGGTTCTGAGCTAACTTCTCA
ACGAGTGACTTCACCAAAGGAAGGTTATCCATCAGGAATGCACCATAGTTCCCTCGCTTA
GCAATACGTTGAGGACGCCCTAAATTGATATCAACATAATCGCAGTAAGGTTCGACTCTC
TTGGCAGCTTCCAAGAGCGTA

QA 5 745 5 745
DS 

RD RR3AK55TF 799 0 0
TTTCTT
GTAGAGTGGAACTCGTCCTCCAAGCTCTTTCAGCTGATCCACAAGCCCGTATAGAAACTC
AAACGTTAATATGTTCTGAGCATTAAACTCCTCCCTAACCTGTGGATGAACCCTAAACCA
ATCTCCCAGCATCTTATGCACGTGAGATCGAATCATCCTCCATGGAACCGGATGCTTCTC
ACACAACTTCAAATACTCAACAACTAAATCTCCCTGGTCTAATCCTCCATCGACGTATCC
CTCTTCTTTAGCCCATTCAGCTGTTCTAAACCCAGCAAAAGCCGCAGGGTTTTCGAGAAG
CGTCTCAGCGGAAAGAACACCTTCAACACCCGTCTCTCTGATGCACTCATCCACATCCTC
AACGCATCTCACGTTCCCATTGGCTAAAACAGGGATCCTCATAGCCTTCCTCACCTCCTT
GATGGCTCCCCAATCAGCTCTAAACTTTTTCCCGTCTTTCTCATCTCTCGTCCGGCCGTG
AACCGCTAGTAATGAGCAGCCGGCTTCTTCCAACATCTTGGCGTAGTTGAGTGTATCTTG
AAGGTCTGGGAATATCCGGATCTTGCAGGAGACGGGAACAATGAGGTTCTGAGCTAGCTT
CTCAACGAGTGACTTCACCAAAGGAAGGTTATCCATCAGGAATGCACCATAGTTCCCTCG
CTTAGCAATACGTTGAGGACACCCTAAATTGATATCAACATAATCGCAGTAAGGTTCGAC
TCTCTTGGCAGCTTCCAAGAGCGTATCAGGATCATTAGCACAGAACTGCACAAACAACGG
CCTGTCCTCCTT
C

QA 7 798 7 798
DS 

RD RR3FF16TF 652 0 0
TCTCATCTCTCGTCCGGCCGTGAACCGCTAGTAATGAGCAGCCGGCTTCTTCCAACATCT
TGGCGTAGTTGAGTGTATCTTGAAGGTCTGGGAATATCCGGATCTTGCAGGAGACGGGAA
CAATGAGGTTCTGAGCTAACTTCTCAACGAGTGACTTCACCAAAGGAAGGTTATCCATCA
GGAATGCACCATAGTTCCCTCGCTTAGCAATACGTTGAGGACACCCTAAATTGATATCAA
CATAATCGCAGTAAGGTTCGACTCTCTTGGCAGCTTCCAAGAGCGTATCAGGATCATTAG
CACAGAACTGCACAAACAACGGCCTGTCCTCCTTACAAGTGGTGAACTCTTGGTTACGAT
ACTTCTCGGTCTCGGTGAAGATCCTGGAGTGAAGCATGGGCGTGTAGGCAGCTTGAGCTC
CGTATTTCTGGCAGAGCAATCGAAAGGGAAGCTCGGAGTTATCCACCATCGGAGCCACGA
TGTACTTTGGTCTACCTAGTTTCTTCCAGTGTTCCCAAGCTTTCTCCACCCTCCTATCAT
CAACGATGCTCAAGCTCTCCGGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCGACGGATCAGGGTTTG
TTGGATCCGTGTTTTGGGTCATTTTTTGAATTTTAGGGTCCGAAAAGATT
CC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3D506TF 775 0 0
TGCACTCATCCACATCCTCA*CGCATCTCACGT*CCCATTGGCTAAA*CAGGGATC*TCA
TAGC**TCCTCACCTC*TTGATGGCTCCCCAATCAGCTCTAAACTTTT*CCCGTCTTTCT
CATCTCTCGTCCGGCCGTGAACCGCTAGTAATGAGCAGCCGGCTTCTTCCAACATCTTGG
CGTAGTTGAGTGTATCTTGAAGGTCTGGGAATATCCGGATCTTGCAGGAGACGGGAACAA
TGAGGTTCTGAGCTAACTTCTCAACGAGTGACTTCACCAAAGGAAGGTTATCCATCAGGA
ATGCACCATAGTTCCCTCGCTTAGCAATACGTTGAGGACGCCCTAAATTGATATCAACAT
AATCGCAGTAAGGTTCGACTCTCTTGGCAGCTTCCAAGAGCGTATCAGGATCATTAGCAC
AGAACTGCACAAACAACGGCCTGTCCTCCTTACAAGTGGTGAACTCTTGGTTACGATACT
TCTCGGTCTCGGTGAAGATCCTGGAGTGAAGCATGGGCGTGTAGGCAGCTTGAGCTCCGT
ATTTCTGGCAGAGCAATCGAAAGGGAAGCTCCGAGTTATCCACCATCGGAGCCACGATGT
ACTTTGGTCTACCTAGTTTCTTCCAGTGTTCCCAAGCTTTCTCCACCCTCCTATCATCAA
CGATGCTCAAGCTCTCCGGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCGACGGATCAGGGTTTGTTG
GATCCGTGTTTTGGGTCATTTTTTGAATTTTAGGGTCCGAAAAGATTAGGTTTCC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 6

CO CL1651Contig1 985 6 15 U
GGGACTGGCTAGTATTCAACGTTCATTTTCCATCTTACACACCCAACTCGTGTTCTCCCT
GTTTTTTTATTCTTACCAACTGTTTCTTGATTTCTTGAAGTTAGTTTTCCCCTTTCATCC
CAAAAAGAGGGAAAAGTTTCGATCTTGTTGTTTGGAGTAATGGTGGGTGCTCTGTTTGTT
GTTGGCTCATCGGTGATGGATTCATGTTTATGTCTGGATGCTCACACTAGGACCAGGAGC
AAGAAGAAGATCCTTGGCAGTGCCAGTGCAAGAAAGATGGAACTAGGGAGCTCCTTTACT
GGTTCAGGCATTGTTTTCAGGATTTCTTCCAAGAAGCGTGTCCCAAGGATTGCGAATCGA
AGAAAGAAGCTCTTGATTGTGAGTGAGGACGTTGCTGGGAACTACGATGATACCTTCGGC
GATGTCAAAACGAACCTTGTTAACTATTTCACGTACAAAGCTGTGAGGACGGTTCTTCAT
CAGCTCTACGAGATGAATCCTCCTCAATACACTTGGTTCTATAATTACGTCGTATCGAAC
AGACCAACCGATGGTAAACGATTCCTCCGCAAACTCGGCAAGGAAAATCAGGAGCTTGCA
GAAAGAGTGATGATCACGCGTCTCCACTTGTATGGCAAGTGGATCAAGAAATGCGACCAT
GGGAAGATATACCAAGATATATCGGATGAGAACTTGGCGTTGATGCGTGAACGCCTCATG
GAGACCGTGATATGGCCTTCCGATGACTCGAGCTCAGAGGTTATTGGCTGAAGAAGGCTG
TGTCACAAACGCAGCATTTACTTTGCTTTCGTCAACTCGCTTCACAATTTTAGGATCTTG
AGTTTCTTTTAGTTTGATTTACATATAATGAATCATTAATGATACAGTCATTGAGCATTG
TGTATATCAGTATATGTATCTATTCTTTCTTGGCATGTACTATTTATGACAATAGGGAAA
AAAAAACTATACCCTTCTTGTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 25 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 
40 40 40 40 40 0 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 40 10 40 40 40 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET08TF U 1
AF RR3FN76TF U 73
AF RR3B828TF U 72
AF RR3ET08JQ C 360
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AF RR3FN76JQ C 426
BS 1 87 RR3ET08TF
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BS 89 300 RR3ET08TF
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BS 727 755 RR3ET08TF
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BS 777 829 RR3B828TF
BS 830 985 RR3B828JQ

RD RR3ET08TF 755 0 0
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GTTTTTTTATTCTTACCAACTGTTTCTCGATTTCTTGAAGTTAGTTTTCCCCTTTCATCC
CAAAAAGAGGGAAAAGTTTCGATCTTGTTGTTTGGAGTAATGGTGGGTGCTCTGTTTGTT
GTTGGCTCATCGGTGATGGATTCATGTTTATGTCTGGATGCTCACACTAGGACCAGGAGC
AAGAAGAAGATCCTTGGCAGTGCCAGTGCAAGAAAGATGGAACTAGGGAGCTCCTTTACT
AGTTCAGGCATTGTTTTCAGGATTTCTTCGAAGAAGCGTGTCCCAAGGATTGCGAATCGA
AGAAAGAAGCTCTTGATTGTGAGTGAGGACGTTGCTGGGAACTACGATGATACCTTCGGC
GATGTCAAAACGAACCTTGTTAACTATTTCACGTACAAAGCTGTGAGGACGGTTCTTCAT
CAGCTCTACGAGATGAATCCTCCTCAATACACTTGGTTCTATAATTACGTCGTATCGAAC
AGACCAACCGATGGTAAACGATTCCTCCACAAACTCGGCAAGGAAAATCAGGAGCTTGCA
GAAAGAGTGATGATCACGCGTCTCCACTTGTATGGCAAGTGGATCAAGAAATGCGACCAT
GGGAAGATATACCAAGATATATCGGATGAGAACTTGGCGTTGATGCGTGAACGCCTCATG
GAGAC*GTGATATGGCCTTCCGATGACTCGAGCTC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3FN76TF 683 0 0
GG
ACCAACTGTTTCTTGATTTCTTGAAGTTAGTTTTCCCCTTTCATCCCAAAAAGAGGGAAA
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TGGCAGTGCCAGTGCAAGAAGGATGGAACTAGGGAGCTCCTTTACTAGTTCAGGCATTGT
TTTCAGGATTTCTTCGAAGAAGCGTGTCCCAAGGATTGCGAATCGAAGAAAGAAGCTCTT
GATTGTGAGTGAGGACGTTGCTGGGAACTACGATGATACCTTCGGCGATGTCAAAACGAA
CCTTGTTAACTATTTCACGTACAAAGCTGTGAGGACGGTTCTTCATCAGCTCTACGAGAT
GAATCCTCCTCAATACACTTGGTTCTATAATTACGTCGTATCGAACAGACCAACCGATGG
TAAACGATTCCTCCGCAAACTCGGCAAGGAAAATCAGGAGCTTGCAGAAAGAGTGATGAT
CACGCGTCTCCACTTGTATGGCAAGTGGATCAAGAAATGCGACCATGGGAAGATATACCA
AGATATATCGGATGAGAACTTGGCGTTGATGCGTGAACGCCTCATGGAGAC*GTGATATG
GCCTTCCGATGACTCGAGCTC

QA 3 683 3 683
DS 

RD RR3B828TF 758 0 0
GGG
ACCAACTGTTTCTTGATTTCTTGAAGTTCGTTTTCCCCTTTCATCCCAAAAAGAGGGAAA
AGTTTCGATCTTGTTGTTTGGAGTAATGGTGGGTGCTCTGTTTGTTGTTGGCTCATCGGT
GATGGATTCATGTTTATGTCTGGATGCTCACACTAGGACCAGGAGCAAGAAGAAGATCCT
TGGCAGTGCCAGTGCAAGAAAGATGGAACTAGGGAGCTCCTTTACTGGTTCAGGCATTGT
TTTCAGGATTTCTTCCAAGAAGCGTGTCCCAAGGATTGCGAATCGAAGAAAGAAACTCTT
GATTGTGAGTGAGGACGTTGCTGGGAACTACGATGATACCTTCGGGGATGTCAAAACGAA
CCTTGTTAACTATTTCACATACAAAGCTGTGAGGACGGTTCTTCATCAGCTCTACGAAAT
GAATCCTCCTCAATACACTTGGTTCTATAATTACGCCGTATCGAACAGACCAACCGATGG
TAAACGATTCCTCCGCAAACTCGGAAAGGAAAATCAGGAGCTTGCAGAAAGAGTGATGAT
CACGCGTCTCCACTTGTATGGCAAGTGGATCAAGAAATGCGACCATGGGAAGATATACCA
AGATATATCGGATGAGAACTTGGCGTTGATGCGTGAACGCCTCATGGAGACCGTGATATG
GCCTTCCGATGACTCGAACTCAGAGGTTATTGGCTGAAGAAAGCTGTGTCACAAACGCAG
CATTTACTTTGCTTTCGTCAACTCGCTTCACAATT

QA 4 758 4 758
DS 

RD RR3ET08JQ 598 0 0
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CGATGTCAAAACGAACCTTGTTAACTATTTCACGTACAAAGCTGTGAGGACGGTTCTTCA
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AGAAAGAGTGATGATCACGCGTCTCCACTTGTATGGCAAGTGGATCAAGAAATGCGACCA
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GGAGACGGTGATATGGCCTTCCGATGACTCGAGCTCCGAGGTTATTGGCTGAAGAAGGCT
GTGTCACAAACGCAGCATTTACTTTGCTTTCGTCAACTCGCTTCACAATTTTAGGATCTT
GAGTTTCTTTTAGTTTGATTTACATATAATGAATCATTAATGATACAGTCATTGAGCATT
GTGTATATCAGTATATGTATCTATTCTTTCTTGGCATGTACTATTTATGACAATAGGG

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GGATTTCTTCCAAGAAGCGTGTCCCAAGGATTGCGAATCGAAGAAAGAAACTCTTGATTG
TGAGTGAGGACGTTGCTGGGAACTACGATGATACCTTCGGGGATGTCAAAACGAACCTTG
TTAACTATTTCACATACAAAGCTGTGAGGACGGTTCTTCATCAGCTTTACGAAATGAATC
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GTCTCCACTTGTATGGCAAGTGGATCAAGAAATGCGACCATGGGAAGATATACCAAGATA
TATCGGATGAGAACTTGGCGTTGATGCGTGAACGCCTCATGGAGACCGTGATATGGCCTT
CCGATGACTCGAACTCAGAGGTTATTGGCTGAAGAAGGCTGTGTCACAAACGCAGCATTT
ACTTTGCTTTCGTCAACTCGCTTCACAATTTTAGGATCTTGAGTTTCTTTTAGTTTGATT
TACATATAATGAATCATTAATGATACAGTCATTGAGCATTGTGTATATCAGTATATGTAT
CTATTCTTTCTTGGCATGTACTATTTATGACAATAGGGAAAAAAAAACTATACCCTTCTT
GTGCCC

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AACCGATGGTAAACGATTCCTCCGCAAACTCGGCAAGGAAAATCAGGAGCTTGCAGAAAG
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CTTTTAGTTTGATTTACATATAATGAATCATTAATGATACAGTCATTGAGCATTGTGTAT
ATCAGTATATGTATCTATTCTTTCTTGGCATGTACTATTTATGACAATAGGGAAAAAAA
CCTATACC

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DS 



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GCTCACTCTTGGTTCCTTCACCGGTGTCACTTTCTTCGCCGAGGACTCCGCGAGAACTTT
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CTTCTCTAGCAGGAAGAGATAATCTCTGTTGTTACCACATGGTCCATTGGCTGTCGCAAT
TTGTCTTGCCATGTCTTCTAATGGCGCAGGTCCAAGGTAATACTTGTTGGAGACCTTGTC
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GTAAAAGTCTACACATGTCTTGAGATCATATTCACACTCTCTACGTTCCAGGTACTCCAT
AGCCAGACGTTCTTCTTCGGGCCCTCCACGGACACAGAAAGCAGCACCCCAGCATATGGC
TTCTTCATCTTTCTCGAGTGTGCAAGTTCTTGCAGGGTGTTCTGGTGTACCTCTGTGATC
AATGCAAGCAAGATCAAAGACACGTTTATATCCCTTGATGAAACCCAACACTTTCTCATC
GTAATGAAATCCTGGGTTCCACACAAGAGAGCCATAACCAAAGACCCACATCACCATCTT
CTGCAGTTAACGTCAGGGACGATCTTTGTGAAGAGAAAAACGCAATCCCACGGGTAGACA
AGATCTCCTCTCGTAAATTAAAACCCGAAAAAAAAGCTGAGAGAAACTGGTGGGAGGAGA
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GATGAGACCACTTATAGCTCCTTTCTCCCTCCTTTCTCTCTGAATCCCCCTCTCTCTTAT
TTTTTTTCTCTCTCTCTCTGCTTTCGAGTTGAGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 5 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3BE06JQ U 4
AF RR3F078JQ U 1
AF RR3C132JQ U 10
AF RR3BE06TF C 399
AF RR3F078TF C 406
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BS 1147 1176 RR3BE06TF

RD RR3BE06JQ 813 0 0
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DS 

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GTA
TGAAATC

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DS 

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TCGAAGTTTGTTAAAAGAGAAGCAAAACGATCTGCTTTCACAAGTCACTTGCCTCTAAAG
CCAATTAAAAGACAGCTAAAAGAGCTATATCGTAGTGGCAACAGCTTCAGGTTGATGAGG
AAGTATCTTATGAGCCGTGGGGACATTGTTCTTGGACTTGTTAGCTACACGGCTCACTCT
TGGTTCCTTCACCGGTGTCACTTTCTTCGCCGAGGACTCCGCGAGAACTTTCCTCACCTC
GTTCGCCAGCTCTATTACATAATCCTCCTCATGCCCGATGTCGTGCATTGTCTTCTCTAG
CAGGAAGAGATAATCTCTGTTGTTACCACATGGTCCATTGGCTGTCGCAATTTGTCTTGC
CATGTCTTCTAATGGCGCAGGTCCAAGGTAATACTTGTTGGAGACCTTGTCTGGAGTAGA
AGTGAATACTATCACTCCAGTTACAGATGGCTTCAGGTGATCATCTTCCTTGTAAAAGTC
TACACATGTCTTGAGATCATATTCACACTCTCTACGTTCCAGGTACTCCATAGCCAGACG
TTCTTCTTCGGGCCCTCCACGGACACAGAAAGCAGCACCCCAGCATATGGCTTCTTCATC
TTTCTCGAGTGTGCAAGTTCTTGCAGG*TGTTCTGGTGTACCTCTGTGATCA*TGCAAGC
AAGATCAAAGACACGTTTATATCC*TTGATGAA*CCCAACACTTTCTCATCGT

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DS 

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AATACTTGTTGGAGACCTTGTCTGGAGTAGAAGTGAATACTATCACTCCAGTTACAGATG
GCTTCAGGTGATCATCTTCCTTGTAAAAGTCTACACATGTCTTGAGATCATATTCACACT
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AAGCAGCACCCCAGCATATGGCTTCTTCATCTTTCTCGAGTGTGCAAGTTCTTGCAGGGT
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GAGAGAAACTGGTGGGAGGAGAGATTGCAGAGGATGGTAGAGGGAACGACGTCGTTTATG
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TCTGAATCCCCCTCTCTCTTATTTTT**TCTCTCTCTCTCTGCTTTCGAGTTGAGGCC

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DS 

RD RR3F078TF 770 0 0
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ATTGGCTGTCGCAATTTGTCTTGCCATGTCTTCTAATGGCGCAGGTCCAAGGTAATACTT
GTTGGAGACCTTGTCTGGAGTAGAAGTGAATACTATCACTCCAGTTACAGATGGCTTCAG
GGGATCATCTTCCTTGTAAAATTCTACACATGTCTTGAGATCATATTCACACTCTCTACG
TTCCAAGTACTCCATGGCCAGACGTTCTTCTTCGGGCCCTCCACGGACACAGAAAGCAGC
ACCCCAGCATATGGCTTCTTCATCTTTCTCGAGTGTGCAAGTTCTTGCAGGGTGTTCTGG
TGTACCTCTGTGATCAATGCAAGCAAGATCAAAGACACGTTTATATCCCTTGATGAAACC
CAACACTTTCTCATCGTAATGAAATCCTGGGTTCCACACAAGAGAGCCATAACCAAAGAC
CCACATCACCATCTTCTGCAGTTAACGTCAGGGACGATCTTTGTGAAGAGAAAAACGCAA
TCCCACGGGTAGACAAGATCTCCTCTCGTAAATTAAAACCCGAAAAAAAAGCTGAGAGAA
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GGAGCTGGTAATGGTGATGAGACCACTTATAGCTCCTTTCTCCCTCCTTTCTCTCTGAAT
CCCCCTCTCTCTTATTTTTTTTCTCTCTCTCTCTGCTTTCGAGTTGAG
CC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 2 6

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CTCTTCGGATTCCCAACAAGGTTCGGTATGATGGCTGCTCAGTTCAAGGCCTTCTTGGAC
GCGACCGGTGGACTCTGGAGGACTCAGTCGCTCGCTGGCAAACCAGCTGGTATCTTCTAC
AGCACTGGCTCTCAAGGTGGTGGCCAAGAAACCACCGCATTGACGGCGATAACTCAGCTG
GTTCACCACGGGATGGTGTTTGTGCCCATCGGGTACACGTTTGGGGCGGGAATGTTTGAG
ATGGAGAATGTGAAAGGAGGTAGCCCTTATGGAGCTGGAACATTTGCAGGAGATGGGTCG
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ATCACCAAGAAGCTCAAGGGCTCTAATTCTGCTTAGAGCTTTTTGAAAAAGAAAAAAAAA
ACTACATATCAATAAGAAAAAAGAAAACAAGACCGGTTTGGTTCTGTTTTTTTTTTTATA
ATAATAGATTCTTTCTCTCTTTTGTGATTTTTTTCGGGTTTAATTATGTATCAGTTACAT
GGTATTATTTCACAGCTTGTCTTTGTTTTACGTATAGAGAGAGATGTAATGATTTGTGCT
TGTGTTGTACTCCAAACAATACTTTCAAAGCAATTATGTATGTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB58TF U 1
AF RR3AB58JQ C 175
BS 1 696 RR3AB58TF
BS 697 706 RR3AB58JQ

RD RR3AB58TF 706 0 0
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ATGGAGAATGTGAAAGGAGGTAGCCCTTATGGAGCTGGAACATTTGCAGGAGATGGGTCG
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ATCACCAAGAAGCTCAAGGGCTCTAATTCTGCTTAGAGCTTTTTGAAAAAGAAAAAAAAA
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GGTATTATTTCACAGCTTGTCTTTGTTTTACGTATAGAGAGAGATGTAATGATTTGTGCT
TGTGTTGTACTCCAAACAATACTTTCAAAGCAATTA
TGTATGTTAT

QA 1 696 1 696
DS 

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GCTACCATCACCAAGAAGCTCAAGGGCTCTAATTTTGCTTAGAGCTTTTTGAAAAAGAAA
AAAAAAACTACATATCAATAAGAAAAAAGAAAACAAGACCGGTTTGGTTCTGTTTTTTTT
TTTATAATAATAGATTCTTTCTCTCTTTTGTGATTTTTTTCGGGTTTAATTATGTATCAG
TTACATGGTATTATTTCACAGCTTGTCTTTGTTTTACGTATAGAGAGAGATGTAATGATT
TGTGCTTGTGTTGTACTCCAAACAATACTTTCAAAGCAATTATGTATGTTAT

QA 1 532 1 532
DS 



CO CL1653Contig2 933 4 5 U
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TGAAGAGATAAGGAAAGGTGCTGCTTCTGTTGAAGGTGTTGAAGCCAAACTCTGGCAGGT
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GAGGACTCAGTCGCTCGCTGGCAAACCAGCTGGTATCTTCTACAGCACTGGCTCTCAAGG
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GTTTGTGCCCATCGGTTACACTTTTGGTGCGGGAATGTTCGAGATGGAGAATGTGAAAGG
AGGTAGCCCTTATGGAGCTGGAACATTTGCAGGAGATGGGTCGAGGCAGCCAACGGAGCT
GGAGCTACAGCAAGCGTTTCACCAAGGCAAGTACATTGCTACCATCACCAAGAAGCTCAA
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CTTTCTTTTACGTATAGAGAGAGATGTAATGATTTGTGCTTGTGTTGTACTCCAAACAAT
ACTTTCAAAGCAATTAAGTTATATGTTTGGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B661TF U 1
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AF RR3B661JQ C 177
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GGATTCCCAACAAGGTTCGGTATGATGGCTGCTCAGTTCAAGGTCTTCTTGGACGCTACC
GGTGGACTCTGGAGGACTCAGTCGCTCGCTGGCAAACCAGCTGGTATCTTCTACAGCACT
GGCTCTCAAGGTGGTGGCCAAGAAACCACCGCATTGACTGCGATAACTCAGCTGGTTCAC
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GAAAAA

QA 1 637 1 637
DS 

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GG
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GACACTTCCGGAAGAAGTACTCTCTAAGATGAGCGCACCACCGAAGAGTGAATCACCAAT
CATCACACCCAACGAGCTAACCGAAGCTGATGGCTTCCTCTTCGGATTCCCAACAAGGTT
CGGTATGATGGCTGCTCAGTTCAAGGCCTTCTTGGACGCTACCGGTGGACTCTGGAGGAC
TCAGTCGCTCGCTGGCAAACCAGCTGGTATCTTCTACAGCACTGGCTCTCAAGGTGGTGG
CCAAGAAACCACCGCATTGACTGCGATAACTCAGCTGGTTCACCACGGGATGGTGTTTGT
GCCCATCGGTTACACTTTTGGTGCGGGAATGTTCGAGATGGAGAATGTGAAAGGAGGTAG
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QA 3 719 3 719
DS 

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AATCACCAATCATCACACCCAACGAGCTAACCGAAGCTGATGGCTTCCTCTTCGGATTCC
CAACAAGGTTCGGTATGATGGCTGCTCAGTTCAAGGCCTTCTTGGACGCTACCGGTGGAC
TCTGGAGGACTCAGTCGCTCGCTGGCAAACCAGCTGGTATCTTCTACAGCACTGGCTCTC
AAGGTGGTGGCCAAGAAACCACCGCATTGACTGCGATAACTCAGCTGGTTCACCACGGGA
TGGTGTTTGTGCCCATCGGTTACACTTTTGGTGCGGGAATGTTCGAGATGGAGAATGTGA
AAGGAGGTAGCCCTTATGGAGCTGGAACATTTGCAGGAGATGGGTCGAGGCAGCCAACGG
AGCTGGAGCTACAGCAAGCGTTTCACCAAGGCAAGTACATTGCTACCATCACCAAGAAGC
TCAAGGGCTCTACTTCTGCTTAGAGCTTTTTGAAAAAAGAGAAAAAAATACATATCAATA
AGAAAAAGAAAACAAGACTGGTTTGGTTTTGTTTTTTTTATACAAAAATAGATTCTTTCT
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CAATACTTTCAAAGCAATTAAGTTATATGTTTGGTTC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 6

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TGAGATCGATGCATCAAAGAGGAAAATCAAACAATCGTAGATCAAGGAGCTTCTCTAGAT
CAAGACTCGCCGTTGAAGGCCACTGAAATTCACCCACATTACATTTCTCCGACGACCTAA
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TATTGGATGGAGCACTCAAGTGATTTGACTGTTGAGGCTATGATGCTTGACTCCAAAGCC
TCTGATCTTGACAAAGAAGAACGTCCTGAGGTACTCTCTTTAATCCCACCATATGAAGGG
AAAACGGTGCTAGAACTTGGAGCTGGCATCGGTCGTTTCACTGGTGAACTGGCTCAAAAG
GCTGGTGAAGTCATCGCCCTTGACTTCATCGAAAGCGCTATTAAAAAGAATGAAAGTGTG
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ATTGAAGATGGGTCCGTTGACTTGATTTTCTCAAACTGGTTGCTCATGTATCTCTCTGAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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CACTACCGTGA

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GG
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AAGAGGTGGAACTTTTGGCAGAAAGAATGCTTGGATGGGTGAAGCCAGGAGGATACATTT
TCTTCAGAGAATCTTGCTTCCATCAATCTGGAGACAGCAAGCGTAAATCAAACCCCACCC
ACTACCGTGAACCAAGATTCTATACCAAGGTTTTCCAGGAATGCCAGGCACGTGATGCTT
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TG

QA 3 656 3 656
DS 

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TT
ATTGGATGGAGCACTCAAGTGACTTGACTGTTGAGGCTATGATGCTTGACTCCAAAGCCT
CTGATCTTGACAAAGAAGAACGTCCTGAGGTACTCTCTTTAATCCCACCATATGAAGGGA
AAACGGTGCTAGAACTTGGGGCTGGCATCGGTCGTTTCACCGGTGAACTGGCTCAAAAGG
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TCGAAGATGCATCCGTTGACTTGATTTTCTCAAACTGGTTGCTCATGTATCTCTCTGATA
AAGAGGTGGAACTTTTGGCAGAAAGAATGCTTGGATGGGTGAAGCCAGGAGGATACATTT
TCTTCAGAGAATCTTGCTTCCATCAATCTGGAGACAGCAAGCGAAAATCAAACCCCACCC
ACTATCGTGAACCAAGATTCTATACAAAGGTTTTCCAGGAATGCCAAGCACGTGATGCTT
CTGGCAAATCGTTTGAGCTCACTATGGTTGGTTGCAAATGCATTGGAGCGTACGTGAAGA
ACAAGAAGAATCAAAATCAGATATGCTGGATTTGGCAAAAAGTAAGCGTGGAGAATGACA
AGGACTTCCAGCGTTTCTTGGACAATGTTCAGTACAAGTCCAATGGGATCTTGCGCTACG
AGCGTGTCTTTGGGCA*GGATATGTGAGCACTGGTGGTTT*GAGACA*CTAAAGAGTT*G
TGGCGATGATGGAGCTGAA
CCA

QA 3 801 3 801
DS 

RD RR3BW80TF 756 0 0
G
CAAACTGGTTGCTCATGTATCTCTCTGATAAAGAGGTGGAACTTTTGGCAGAAAGAATGC
TTGGATGGGTGAAGCCAGGAGGATACATTTTCTTCAGAGAATCTTGCTTCCATCAATCTG
GAGACAGCAAGCGTAAATCAAACCCCACCCACTACCGTGAACCAAGATTCTATACCAAGG
TTTTCCAGGAATGCCAGGCACGTGATGCTTCTGGCAAATCATTTGAGCTCACTATGGTTG
GTTGCAAATGCATTGGGGCGTATGTGAAGAACAAGAAGAATCAAAATCAGATATGCTGGA
TTTGGCAAAAAGTAAGCATGGAGAATGACAAGGACTTCCAGCGTTTCTTGGACAATGTTC
AATACAAGTCCAATGGGATCTTGCGCTACGAGCGTGTCTTTGGACAAGGATATGTGAGCA
CTGGCGGTTTTGAGACAACTAAAGAGTTTGTGGCGATGATGGAGCTGAAACCAGGACAGA
AAGTCCTAGATGTTGGTTGTGGTATCGGTGGAGGTGACTTCTACATGGCTGAGACTTTCG
ATGTTCATGTTGTTGGTATCGATCTATCTGTCAACATGATATCTTTCGCCTTGGAGCGTG
CTATTGGACTCAAATGCTCAGTCGAGTTTGAAGTCGCGGACTGCACCACAAAGACGTATC
CTGATA*CTCTTTCGACGTCATTTACAGCCGTGACACTATTCTCCACATCCAAGACAAGC
CG*CTCTGTTCAGG*CATTCTTCA*GTGGCTTAAA

QA 2 756 2 756
DS 

RD RR3BY45JQ 693 0 0
AGAAGAATCAAAATCAGATATGCTGGATTTGGCAAAAAGTAAGCATGGAGAATGACAAGG
ACTTCCAGCGTTTCTTGGACAATGTTCAATACAAGTCCAATGGGATCTTGCGCTACGAGC
GTGTCTTTGGACAAGGATATGTGAGCACTGGCGGTTTTGAGACAACCAAAGAGTTTGTGG
CGATGATGGAGCTGAAACCAGGACAGAAAGTCCTAGATGTTGGTTGTGGTATCGGTGGAG
GTGACTTCTACATGGCTGAGACTTTCGATGTTCATGTTGTTGGTATCGATCTATCTGTCA
ACATGATATCTTTCGCCTTGGAGCGTGCTATTGGACTCAAATGCTCAGTCGAGTTTGAAG
TCGCGGACTGCACCACAAAGACGTATCCTGATAACTCTTTCGACGTCATTTACAGCCGTG
ACACTATTCTCCACATCCAAGACAAGCCGGCTCTGTTCAGGGCATTCTTCAAGTGGCTTA
AACCAGGTGGAAGAGTTCTCATCACGGACTATTGCAAGAGTGCTGAAACTCCATCTCCAG
TATTCGCGGAGTACATCAAACAAAGAGGATATGATCTCCATGATGTTCAAGCTTATGGAC
AGATGCTGAAAGACGCAGGCTTTGAGGATGTGATCGCAGAGGACCGTACTGATCAGTTTG
TACAAGTCCTGAGGCGGGAGTTAGAGAAAGTGG

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3BW80JQ 571 0 0
ATTCTCCACATCCAAGACAAGCCGGCTCTGTTCAGGGCATTCTTCAAGTGGCTTAAACCA
GGTGGAAGAGTTCTCATCACGGACTATTGCAAGAGTGCTGAAACTCCATTTCCAGTATTC
GCGGAGTACATCAAACAAAGAGGATATGATTTCCATGATGTTCAAGCTTATGGACAGATG
CTGAAAGACGCAGGCTTTGAGGATGTGATCGCAGAGGACCGTACTGATCAGTTTGTACAA
GTCCTGAGGCGTGAGTTAGAGAAAGTGGAGAAAGAAAAAGAAGAATTCATCAGCGACTTC
TCACAAGAGGATTACAATGACATTGTGGGAGGATGGAAAGCAAAGCTTGAAAGGTTTGAC
GAACAGAAATGGGGATTATTCATCGCCAACAATAAGTAAAAAAAACAAAAACAAAGTCCA
ATTGTGTTACCCCAAAGCGATAAACTTATTTTTTTACCGTTCAATAAAAAGTGTTCCTTG
GGAGGACAAACACTTGCTTGTTTTTACTATCATGGAACCGTAAATTATAACAAAAAAAAA
ACTCATGTGTTGTTTCTGTTTCTTAATCCAC

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 5

CO CL1655Contig1 1115 5 20 U
GGAAAACACAACATTCATGGAGGGAATCGATCATAGAATGGTGAGCATCAATGGCATCAC
AATGCACATTGCCGAGAAAGGTCCCAAAGAAGGAACCGTGGTGCTTCTCCTCCACGGATT
CCCTGATCTCTGGTACACATGGCGTCACCAGATCACTGCGTTGGCATCTCTAGGTTACCG
AGCCGTAGCTCCAGACCTCCGAGGCTACGGAGACTCCGAGTCGCCAGAGTCTTTCTCAGA
GTACACGTGTCTTCACCTCGTTGGTGACCTCGTGGCTCTTCTTGACAGTGTTGCTGGAGT
TCAAGAGAAGGTGTTTCTGGTGGGTCATGACTGGGGAGCTATTGTCGGATGGTATCTCTG
TTTGTTCCGACCGGAGAAGATCAAGGGCTTTGTGTGTTTGAGTGTGCCGTATAAGCCAAG
AAACCCTAAGGTCAAGCCTGTTGAAGGTTTTAAGGCTGTGTTTGGAGATGATTACTACAT
TTGTAGATTTCAGGAACCTGGGAAGGCTGAAAGAGAGATTGCATGTGCGGATCCAAGAAG
AGTTCTGAGGAACATCTTCACAGGGAGGGAACTCGGCCCACCGATTCTACCTAAGGATAA
CCCCTTTGGAGCAAACCCTAACCCTAACTGCGAACAAGTTGAACTTCCCGACTGGTTTTC
GAAGGAGGATCTCGATTTCTATGTCTCCAAATTCAAGAAGACAGGATTTACCGGTAGACT
GAACTACTACAGAGCCATGGATCTGACATGGGAACTCACTGCACCATGGACGGGGGCAAA
GATTCAAGTTCCGGTAAAGTTCATGACC*GGTGATTTGGACATGGTCTACACCACGCCGG
GGGTTAAAGAGTATATTCACGGTGGTGGGTTTGCTGTAGATGTTCCAAATCTTCTAGAGG
TAGTTGTGATTGAAGATGCTGGTCACTTTGTCAACCAAGAGAAACCTCAAGAGGTCACTG
CTCACATCAATGATTTCTTTATCAAGCTTCAGGACAAGTACAAAAGCTTTTAGAGTTCTT
GGTGAAGTCTGTATTTCGTTGAAACTCAAATAACAATCTCGTTCTTGCAAGTGTTTTGTA
CTTCAAACAGATTATGAATAAGACTTTGAAATTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3E282TF U 1
AF RR3A505TF U 113
AF RR3D473TF U 331
AF RR3A505JQ C 421
AF RR3D473JQ C 445
BS 1 293 RR3E282TF
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BS 295 333 RR3E282TF
BS 334 334 RR3A505TF
BS 335 580 RR3E282TF
BS 581 664 RR3A505TF
BS 665 665 RR3D473TF
BS 666 775 RR3A505TF
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BS 810 833 RR3A505TF
BS 834 1076 RR3D473TF
BS 1077 1077 RR3A505JQ
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BS 1088 1114 RR3D473TF
BS 1115 1115 RR3D473JQ

RD RR3E282TF 580 0 0
GGAAAACACAACATTCATGGAGGGAATCGATCATAGAATGGTGAGCATCAATGGCATCAC
AATGCACATTGCCGAGAAAGGTCCCAAAGAAGGAACCGTGGTGCTTCTCCTCCACGGATT
CCCTGATCTCTGGTACACATGGCGTCACCAGATCACTGCGTTGGCATCTCTAGGTTACCG
AGCCGTAGCTCCAGACCTCCGAGGCTACGGAGACTCCGAGTCGCCAGAGTCTTTCTCAGA
GTACACGTGTCTTCACCTCGTTGGTGACCTCGTGGCTCTTCTTGACAGTGTTGTTGGAGT
TCAAGAGAAGGTGTTTCTGGTGGGTCATGACTGTGGAGCTATTGTCGGATGGTATCTCTG
TTTGTTCCGACCGGAGAAGATCAAGGGCTTTGTGTGTTTGAGTGTGCCGTATAAGCCAAG
AAACCCTAAGGTCAAGCCTGTTGAAGGTTTTAAGGCTGTGTTTGGAGATGATTACTACAT
TTGTAGATTTCAGGAACCTGGGAAGGCTGAAAGAGAGATTGCATGTGCGGATCCAAGAAG
AGTTCTGAGGAACATCTTCACAGGGAGGGAACTCGGCCCA

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3A505TF 721 0 0
CACGGATTCCCTGATCTCTGGTACACATGGCGTCACCAGATCACTGCGTTGGCATCTCTA
GGTTACCGAGCCGTAGCTCCAGACCTCCGAGGCTACGGAGACTCCGAGTCGCCAGAGTCT
TTCTCAGAGTACACGTGTCTTCACCTCGTTGGTGACCTCGTGGCTCTTCTTGACAGTGTT
GCTGGAGTTCAAGAGAAGGTGTTTCTGGTGGGTCATGACTGGGGAGCTATTGTCGGATGG
TATCTCTGTTTGTTCCGACCGGAGAAGATCAAGGGCTTTGTGTGTTTGAGTGTGCCGTAT
AAGCCAAGAAACCCTAAGGTCAAGCCTGTTGAAGGTTTTAAGGCTGTGTTTGGAGATGAT
TACTACATTTGTAGATTTCAGGAACCTGGGAAGGCTGAAAGAGAGATTGCATGTGCGGAT
CCAAGAAGAGTTCTGAGGAACATCTTCACAGGGAGGGAACTCGGCCCACCGATTCTACCT
AAGGATAACCCCTTTGGAGCAAACCCTAACCCTAACTGCGAACAAGTTGAACTTCCCGAC
TGGTTTTCGAAG*AGGATCTCGATTTCTATGTCTCCAAATTCAAGAAGACAGGATTTACC
GGTAGACTGAACTACTACAGAGCCATGGATCTGACATGGGAACTCACTGCACCATGGACG
GGG*CAAAGATTCAAGTTCCCGTAAAGTTCATGACCCGGTGATTTGGACATGGTCTACAC
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3D473TF 784 0 0
GTGG
GGAGCTATTGTCGGATGGTATCTCTGTTTGTTCCGACCGGAGAAGATCAAGGGCTTTGTG
TGTTTGAGTGTGCCGTATAAGCCAAGAAACCCTAAGGTCAAGCCTGTTGAAGGTTTTAAG
GCTGTGTTTGGAGATGATTACTACATTTGTAGATTTCAGGAACCTGGGAAGGCTGAAAGA
GAGATTGCATGTGCGGATCCAAGAAGAGTTCTGAGGAACATCTTCACAGGGAGGGAACTC
GGCCCACCGATTCTACCTAAGGATAACCCCTTTGGAGCAAACCCTAACCCTAACTGCGAA
CAAGTTGAACTTCCCGACTGGTTTTCGAAGGAGGATCTCGATTTCTATGTCTCCAAATTC
AAGAAGACAGGATTTACCGGTGGACTGAACTACTACAGAGCCATGGATCTGACATGGGAA
CTCACTGCACCATGGACGGGGGCAAAGATTCAAGTTCCGGTGAAGTTCATGACC*GGTGA
TTTGGACATGGTCTACACCACGCCGGGGGTTAAAGAGTATATTCACGGTGGTGGGTTTGC
TGTAGATGTTCCAAATCTTCTAGAGGTAGTTGTGATTGAAGATGCTGGTCACTTTGTCAA
CCAAGAGAAACCTCAAGAGGTCACTGCTCACATCAATGATTTCTTTATCAAGCTTCAGGA
CAAGTACAAAAGCTTTTAGAGTTCTTGGTGAAGTCTGTATTTCGTTGAAACTCAAATAAC
AATCTCGTTCTTGCAAGTGTTT*GTACTTCAA*CAGATTATGAATAAGACTTTGAAATTA

QA 5 784 5 784
DS 

RD RR3A505JQ 694 0 0
AAACCCTAAGGTCAAGCCTGTTGAAGGTTTTAAGGCTGTGTTTGGAGATGATTACTACAT
TTGTAGATTTCAGGAACCTGGGAAGGCTGAAAGAGAGATTGCATGTGCGGATCCAAGAAG
AGTTCTGAGGAACATCTTCACAGGGAGGGAACTCGGCCCACCGATTCTACCTAAGGATAA
CCCCTTTGGAGCAAACCCTAACCCTAACTGCGAACAAGTTGAACTTCCCGACTGGTTTTC
GAAGGAGGATCTCGATTTTTATGTCTCCAAATTCAAGAAGACAGGATTTACCGGTAGACT
GAACTACTACAGAGCCATGGATTTGACATGGGAACTCACTGCACCATGGACGGGGGCAAA
GATTCAAGTTCCGGTAAAGTTCATGACC*GGTGATTTGGACATGGTCTACACCACGCCGG
GGGTTAAAGAGTATATTCACGGTGGTGGGTTTGCTGTAGATGTTCCAAATCTTCTAGAGG
TAGTTGTGATTGAAGATGCTGGTCACTTTGTCAACCAAGAGAAACCTCAAGAGGTCACTG
CTCACATCAATGATTTCTTTATCAAGCTTCAGGACAAGTACAAAAGCTTTTAGAGTTCTT
GGTGAAGTCTGTATTTCGTTGAAACTCAAATAACAATCTCGTTCTTGCAAGTGTTTTGTA
CTTCAAACAGATTATGAATAAGACTTTGAAATTA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3D473JQ 671 0 0
AGGTTTTAAGGCTGTGTTTGGAGATGATTACTACATTTGTAGATTTCAGGAACCTGGGAA
GGCTGAAAGAGAGATTGCATGTGCGGATCCAAGAAGAGTTCTGAGGAACATCTTCACAGG
GAGGGAACTCGGCCCACCGATTCTACCTAAGGATAACCCCTTTGGAGCAAACCCTAACCC
TAACTGCGAACAAGTTGAACTTCCCGACTGGTTTTCGAAGGAGGATCTCGATTTTTATGT
CTCCAAATTCAAGAAGACAGGATTTACCGGTGGACTGAACTACTACAGAGCCATGGATCT
GACATGGGAACTCACTGCACCATGGACGGGGGCAAAGATTCAAGTTCCGGTGAAGTTCAT
GACC*GGTGATTTGGACATGGTTTACACCACGCCGGGGGTTAAAGAGTATATTCACGGTG
GTGGGTTTGCTGTAGATGTTCCAAATCTTCTAGAGGTAGTTGTGATTGAAGATGCTGGTC
ACTTTGTCAACCAAGAGAAACCTCAAGAGGTCACTGCTCACATCAATGATTTCTTTATCA
AGCTTCAGGACAAGTACAAAAGCTTTTAGAGTTCTTGGTGAAGTCTGTATTTCGTTGAAA
CTCAAATAACAATCTCGTTCTTGCAAGTGTTTTGTACTTCAAACAGATTATGAATAAGAC
TTTGAAATTAT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 5

CO CL1656Contig1 984 5 17 U
GTAACATAATTAATTTTATACTGTGCTAATATAAGTTTATAAAAAGTAATCAAATTTTGT
CAAAGTTTTCGACAATACAGGATCATAGTTGCGTTAAGAAAGAAAAAAGAACATAACATT
TAAGTTTTGACGCAGTTAAAGAGGATAAAGCCTAAAAGAC**AGCCTGAGGCTAGATCAC
CGCAAGGTCGAGCCACTTTGGTTCCGGCTTTCGATAAGCCTTTGCCAAACCATCTTTCCA
CAATGCAGAAGAGTCAGTAATGCCACAAGGAAAAGAAGAGGAACGCCAATCATACAGCCT
TCCGATGCAAAATTCACCAATGTCAACATTCCAGCAGAAAGGTGTATGACTGGAACTATA
ACTTGATCTACTTTGTTCCCTTTTGCATACCCTTCGAAAGCAATGACCATCGAGAATGTG
TGGATCGTGACAAATGCAAGAGCAATGATTGCAGAGATGAGAAAGAATGGGACTTTCGAA
CATCTGTCGACATAGAACGTGGCTGGACCAAAAGCGGGAGTTAAGAGACTCAAACAAAAG
AAGACAGCATGAGCCACACCATGACCTAAACCACCAGCTAGAGCAATCTGAAGCTTATCA
GTGAGAAACAAGCGGGGCCTAGAGATCCGATCCGCAAAGGAATCCAAGACATCTTCAAGC
CTCATGTAAAGCTTCCAGAAAAGAAAGCGAAGAGCTTCCTGGAAGCAAACAGAGGAGAGA
ACAAGTAAAGCATAAGGCCACACCACATTGGCTTTCAGAGGAAGGAAAGGCCTCCACAGT
CCTGACAAGACGATCAAACTCACAAGCCACACCAACGTACTGGAGAGAAGAGTGAGGATG
AGAAAGGGCTTTCTGGAGATGACGGAGACGAAGAGTGAAAGAGACGGTCCCAGAGCAAGA
AGCGCGTACCCTATCCCCGCCGCGACCGTCATCACTTCCCGATGATCTCTCAAAGGATCT
GAAACTTGACCGTCGAAATCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI52JQ U 1
AF RR3BK39JQ U 21
AF RR3B491JQ U 40
AF RR3BI52TF C 303
AF RR3B491TF C 224
BS 1 25 RR3BI52JQ
BS 26 26 RR3BK39JQ
BS 27 258 RR3BI52JQ
BS 259 259 RR3B491JQ
BS 260 270 RR3BI52JQ
BS 271 271 RR3B491JQ
BS 272 687 RR3BI52JQ
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BS 689 831 RR3BI52JQ
BS 832 839 RR3BK39JQ
BS 840 842 RR3B491TF
BS 843 843 RR3BI52TF
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BS 938 938 RR3BI52TF
BS 939 984 RR3B491TF

RD RR3BI52JQ 831 0 0
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CCTGACAAGACGATCAAACTCACAAGCCACACCAACGTACTGGAGAGAAGA

QA 1 831 1 831
DS 

RD RR3BK39JQ 822 0 0
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GTTCCGGCTTTCGATAAGCCTTTGCCAAACCATCTTTCCACAATGCAGAAGAGTCAGTGA
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TGTCAACATTCCAGCAGAAAGGTGTATGACTGGAACTATAACTTGATCTACTTTGTTCCC
TTTTGCATACCCTTCGAAAGCAATGACCATCGAGAATGTGTGGATCGTGACAAATGCAAG
AGCAATGATTGCAGAGATGAGAAAGAATGGGACTTTCGAACATCTGTCGACATAGAACGT
GGCTGGACCAAAAGCGGGAGTTAAGAGACTCAAACAAAAGAAGACAGCATGAGCCACACC
ATGACCTAAACCACCAGCTAGAGCAATCTGAAGCTTATCAGCGAGAAACAAGCGGGGCCT
AGAGATCCGATCCGCAAAGGAATCCAAGACATCTTCAAGCCTCATGTAAAGCTTCCAGAA
AAGAAAGCGAAGAGCTTCCTGGAAGCAAACAGAGGAGAGAACAAGTAAAGCATAAGGCCA
CACCACATTGGCTTTCAGAGGAAGGAAAGGCCTCCACAGTCCTGACAAGACGATCAAACT
CACAAGCCACACCAACGTACTGGAGAGA*GAGTGAGGAT
GAG

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DS 

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GAACATAACATTTAAGTTTTGACGCAGTTAAAGAGGATAAAGCCTAAAAGACTGAGCCTG
AGGCTAGATCACCGTAAGGTCGAGCCACTTTGGCTCCGGCTTTCGATAAGCCTTTGCCAA
ACCATCTTTCCACAATGCAGAAGAGTCAGTAATGCCACAAGGAAAAGAAGAGGAACGCCA
ATCATACAGCCTTCCGATGCAAAATTCACCAATGTCAACATTCCAGCAGAAAGGTGTATG
ACTGGAACTATAACTTGATCTACTCTGTTTCCTTTTGCATACCCTTCGAAAGCAATGACC
ATCGAGAATGTGTGGATCGTGACAAATGCAAGAGCAATGATTGCAGAGATGAGAAAGAAT
GGGACTTTCGAACATCTGTCGACGTAAAATGTGGCTGGACCAAATGCGGGAGTTAAGAGA
CTCAAACAAAAGAAGACAGCATGAGCCACACCATGACCTAAACCACCAGCGAGAGCAATC
TGGAGCTTATCAGTGAGAAACAAGCGGGGCCTAGAGATCCGATCCGCAAAGGAATCCAAG
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ACAGAGGAGAGAACAAGTAAAGCATAAGGCCACACCACATTGGCTTTCAGAGGGAGGAAC
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AGAGTGAGGAT

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DS 

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TCTGTCGACATAGAACGTGGCTGGACCAAAAGCGGGAGTTAAGAGACTCAAACAAAAGAA
GACAGCATGAGCCACACCATGACCTAAACCACCAGCTAGAGCAATCTGAAGCTTATCAGT
GAGAAACAAGCGGGGCCTAGAGATCCGATCCGCAAAGGAATCCAAGACATCTTCAAGCCT
CATGTAAAGCTTCCAGAAAAGAAAGGGAAGAGCTTCCTGGAAGCAAACAGAGGAGAGAAC
AAGTAAAGCATAAGGCCACACCACATTGGCTTTCAGAGGAAGGAAAGGCCTCCACAGTCC
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AAAGGGCTTTCTGGAGATGACGGAGACGAAGAGTGAAAGAGACGGTCCTAGAGCAAGAAG
CGCGTACCCTATCCCCGCCGCGACCGTCATCACTTCCCGATGATCTC
AAGGGATCTATTT

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DS 

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GTATGACTGGAACTATAACTTGATCTACTCTGTTTCCTTTTGCATACCCTTCGAAAGCAA
TGACCATCGAGAATGTGTGGATCGTGACAAATGCAAGAGCAATGATTGCAGAGATGAGAA
AGAATGGGACTTTCGAACATCTGTCGACGTAGAATGTGGCTGGACCAAATGCGGGAGTTA
AGAGACTCAAACAAAAGAAGACAGCATGAGCCACACCATGACCTAAACCACCAGCGAGAG
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AGGGTCCCAGAGCAAGAAGCGCGTACCCTATCCCCGCCGCGACCGTCATCACTTTCCGAT
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QA 1 761 1 761
DS 



AS 2 6

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BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3BT51JQ C 1
AF RR3BT51TF U 1
BS 1 2 RR3BT51JQ
BS 3 591 RR3BT51TF
BS 592 592 RR3BT51JQ

RD RR3BT51JQ 592 0 0
GGGAGGTAGACGTGGAGATCAAATCTCCGGCTAATAAGTTCCACATGTTCGTCGGAAGAT
TACAACATCTGCCCAAAGCCACTCGCTATATTCAGGGATGTGATTTGCTCGGAGGGGACT
GGGGCATGGTTGGAAGCATAGTCTTGTGGAAACTACTTTTTGATGGAGAGGAAATAGTGT
CAAAAGATATGATCGAGGCGATGGATTTTGAGAAGAATGTTATTCAGTTGAGAGTGTTAG
AGGGACCTCTTAAGACAGTGTACAACAGCCTCTTGAAAACGATGAAGGTGAGCCCTAACC
ATGGAGGACCAGGAAGCACGGTAAAGTGGAACGTGAAGTACGAGAGGATTGATGAGAACG
TTGCTCACCCTGAGAGGCAGCTCCAGTTCTTGGTCGAAGTGACTAAACAGGTCGACGGAT
ACCTCTTATTTGAGGAATAAAGCCTCTTCGGGTTGGCGATATCTAAATAATTAATGCTTC
ACATACAACATGTTTGTGTGGAAGAGTTATCCCCTGTATATTAATCTTCGAACATTACAA
CATGTTTTGTAGACACGTGTCATCACTAAGATGATTTTCATAAATCCTTAGA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3BT51TF 591 0 0
GG
GAGGTAGACGTGGAGATCAAATCTCCGGCTAATAAGTTCCACATGTTCGTCGGAAGATTA
CAACATCTGCCCAAAGCCACTCGCTATATTCAGGGATGTGATTTGCTCGGAGGGGACTGG
GGCATGGTTGGAAGCATAGTCTTGTGGAAACTACTTTTTGATGGAGAGGAAATAGTGTCA
AAAGATATGATCGAGGCGATGGATTTTGAGAAGAATGTTATTCAGTTGAGAGTGTTAGAG
GGACCTCTTAAGACAGTGTACAACAGCCTCTTGAAAACGATGAAGGTGAGCCCTAACCAT
GGAGGACCAGGAAGCACGGTAAAGTGGAACGTGAAGTACGAGAGGATTGATGAGAACGTT
GCTCACCCTGAGAGGCAGCTCCAGTTCTTGGTCGAAGTGACTAAACAGGTCGACGGATAC
CTCTTATCTGAGGAATAAAGCCTCTTCGGGTTGGCGATATCTAAATAATTAATGCTTCAC
ATACAACATGTTTGTGTGGAAGAGTTATCCCCTGTATATTAATCTTCGAACATTACAACA
TGTTTTGTAGACACGTGTCATCACTAAGATGATTCTCATAAATCCTTAG

QA 3 591 3 591
DS 



CO CL1657Contig2 664 4 3 U
TTTTTCCGATAAATGTCACATTAATACATTATTGAGAAACACATACAAACACACAAGAGG
AGTCCTCTATTACGTA**AATAACTCTTCCACACAAACATGTTGTATGTGAAGCATTAAT
TATTTAGATATTGCCAACCCGAAGAGGCTTTATTCCTCAGATAAGAGGTATCCGTCGACC
TGTTTAGTCACTTCGACCAAGAACTGGAGCTGCCTCTCAGGGTGAGCAACGTTCTCATCA
ATCCTCTCGTACTTCACGTTCCACTTTACCGTGCTTCCTGGTCCTCCATGGTTAGGGCTC
ACCTTCATCGTTTTCAAGAGGCTGTTGTACACTGTCTTAAGAGGTCCCTCTAACACTCTC
AACTGAATAACATTCTTCTCAAAATCCATCGCCTCAATCATATCTTTTGACACTATTTCC
TCTCCATCAAAAAGTAGTTTCCACAAGACTATGCTTCCAACCACGCCCCAGTCCCCTTCG
AGCAAATCACATCCCTGAATATAGCGAGTGGCTTTGGGCAGATGTTGTAATCTTCCGACG
AACATGTGGAACTTATTAGCCGGAGATTTGATCTCCACGTCTACCTCAATTTCCTCCGTT
ACCATTATTTGTCCCGTTGTTTTCTTTCTCAAGGTCACCTATTAGATTGTCTGGTGAGAC
TTCC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 

AF RR3BJ40JQ U 194
AF RR3GK65JQ U 6
AF RR3GK65TF C 1
AF RR3BJ40TF C 5
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BS 6 627 RR3GK65JQ
BS 628 664 RR3GK65TF

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CCTGAATATAGCGAG

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR3GK65JQ 622 0 0
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TATTTGTCCCGTTGTTTTCTTT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3GK65TF 664 0 0
TTTTTCCGATAAATGTCACATTAATACATTATTGAGAAACACATACAAACACACAAGAGG
AGTCCTCTATTACGTA**AATAACTCTTCCACACAAACATGTTGTATGTGAAGCATTAAT
TATTTAGATATTGCCAACCCGAAGAGGCTTTATTCCTCAGATAAGAGGTATCCGTCGACC
TGTTTAGTCACTTCGACCAAGAACTGGAGCTGCCTCTCAGGGTGAGCAACGTTCTCATCA
ATCCTCTCGTACTTCACGTTCCACTTTACCGTGCTTCCTGGTCCTCCATGGTTAGGGCTC
ACCTTCATCGTTTTCAAGAGGCTGTTGTACACTGTCTTAAGAGGTCCCTCTAACACTCTC
AACTGAATAACATTCTTCTCAAAATCCATCGCCTCAATCATATCTTTTGACACTATTTCC
TCTCCATCAAAAAGTAGTTTCCACAAGACTATGCTTCCAACCACGCCCCAGTCCCCTTCG
AGCAAATCACATCCCTGAATATAGCGAGTGGCTTTGGGCAGATGTTGTAATCTTCCGACG
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ACCATTATTTGTCCCGTTGTTTTCTTTCTCAAGGTCACCTATTAGATTGTCTGGTGAGAC
TTCC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3BJ40TF 660 0 0
C
CCGATAAATGTCACATTAATACATTATTGAGAAACACATACAAACACACAAGAGGAGTCC
TCTATTACGTAACAATAACTCTTCCACACAAACATGTTGTATGTGAAGCATTAATTATTT
AGATATTGCCAACCCGAAGAGGCTTTATTCCTCAGATAAGAGGTATCCGTCGACCTGTTT
AGTCACTTCGACCAAGAACTGGAGCTGCCTCTCAGGGTGAGCAACGTTCTCATCAATCCT
CTCGTACTTCACGTTCCACTTTACCGTGCTTCCTGGTCCTCCATGGTTAGGGCTCACCTT
CATCGTTTTCAAGAGGCTGTTGTACACTGTCTTAAGAGGTCCCTCTAACACTCTCAACTG
AATAACATTCTTCTCAAAATCCATCGCCTCAATCATATCTTTTGACACTATTTCCTCTCC
ATCAAAAAGTAGTTTCCACAAGACTATGCTTCCAACCATGCCCCAGTCCCCTTCGAGCAA
ATCACATCCCTGAATATAGCGAGTGGCTTTGGGCAGATGTTGTAATCTTCCGACGAACAT
GTGGAACTTATTAGCCGGAGATTTGGTCTCCACGTCTACCTCAATTTCCTCCGTTACCAT
TATTTGTCCCGTTGTTTTCTTTCTCAAGGTCACCTATTAGATTGTCTGGTGAGACTTCC

QA 2 660 2 660
DS 



AS 1 6

CO CL1658Contig1 1450 6 14 U
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ACAACAGCGTATCTCACAGATAATATCTAAGATTCACTCAAAGATACAAGATTTATATAG
TCAGAAATTTCATATTCACTCGGTGAGGGAAAAGATAGGAAT*AACCCTTTTGCCATAAG
TGATCCAGAGCAGAAGAAGATGACAGTTTGATTGATGATTAATAACATTCAGCTCAAGCA
GCAAAGTGTCTTGAGCCAGGAAACATGATTTTGTCTTTCAACCTTTTCCACCACCCTTGC
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AAGCTTTAAGGATTTGAAAAGAGCATGTCAAGGAATCATCCACGCTCATCATCGCACCTG
CGTTGTCAAACTCTCCGCAGTAGTTTGGTGCCGAGAATATCGTAACTAGCTGCCTGTTTG
CAAAGAACTCATACCCATCTTCCACAACCTGATGAGCTCTGCAGATTAGGTCAAGGTCAT
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TCTCCCCCCACCCTTCAATATCCTTGTCCGGATCAGACCACAACAGATCACACAGCAGCC
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CGTCGTAGAACCCGTAGATACGGTTTATAGAGGCGCACTCATGGTTCCCACGCAAGAGGA
AGAAGTTCTCTTTGTATTTGATCTTGTAGGCGAGGAGGAGGCATATGGTCTCAACGCTCT
GCTTGCCACGGTCTACGTAGTCCCCGAGGAAGAGATAGTTTGCAGCGGGTGGGTAGCCAC
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TGGGAGCCTCGAGTTCGAGGAGATTAGGTTGACTGAGGAAGATTTGCTTGGCGGTGGAGC
AGAGGTGTTTGATCTCGTCGTCCGTCAACTGCACCTGCTTCGTCGTTTTGCCGTTTTTGG
CCCCTAATAACCTCTTTATCACATCATCCACCACACTATCTTCCATCAAAAGGAACAAAC
GCCACCTCGATGAAGAGTTTCGGTTTCCGACGACCTCCGGGGTGTGATGATGATGATAAC
GTCTCCGATCAAATAGTCTGTGTAGGTAAGGTAGGTAAGAGGCAGAGAGAATTGAGTTTT
GCGAAAGGTAAAGAAGAGGGAGGAGACCTAGATAGATAGACAGAATCGGATTTAATCGAA
GCACGCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 5 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CN70JQ U 11
AF RR3G873JQ U 1
AF RR3F293JQ U 75
AF RR3G873TF C 628
AF RR3CN70TF C 862
AF RR3F293TF C 700
BS 1 30 RR3G873JQ
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RD RR3CN70JQ 703 0 0
G
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TCTCACAGATAATATCTAAGATTCACTCAAAGATACAAGATTTATATAGTCAGAAATTTC
ATATTCACTCGGTGAGGGAAAAGATAGGAAT*AACCCTTTTGCCATAAGTGATCCAGAGC
AGAAGAAGATGACAGTTTGATTGATGATTAATAACATTCAGCTCAAGCAGCAAAGTGTCT
TGAGCCAGGAAACATGATTTTGTCTTTCAACCTTTTCCACCACCCTTGCGAGGTGGGGTT
CCTCGCCTACTACCATTCTTGCCAAACCCGAAGTTTCCTTTCTTTTCAGAAGCTTTAAGG
ATTTGAAAAGAGCATGTCAAGGAATCATCCACGCTCATCATCGCACCTGCGTTGTCAAAC
TCTCCGCAGTAGTTTGGTGCCGAGAATATCGTAACTAGCTGCCTGCTTGCAAAGAACTCA
TACCCATCTTCCACAACCTGATGAGCTCTGCAGATTAGGTCAAGGTCATGCTTCTGAAGA
AACTCCTCAACCTTATCAACTCCAAAAGTGTAAGAAACCCCCCTGTCATTCTCCCCCCAC
CCTTCAATATCCTTGTCCGGATCAGACCACAACAGATCACACAGCAGCCCATGATCAGGA
ATATCGATAGGACGAGCAATGTTCCTGATCTCATCCAAATGC

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DS 

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TCAGAAATTTCATATTCACTCGGTGAGGGAAAAGATAGGAAT*AACCCTTTTGCCATAAG
TGATCCAGAGCAGAAGAAGATGACAGTTTGATTGATGATTAATAACATTCAGCTCAAGCA
GCAAAGTGTCTTGAGCCAGGAAACATGATTTTGTCTTTCAACCTTTTCCACCACCCTTGC
GAGGTGGGGTTCCTCGCCTACTACCATTCTTGCCAAACCCGAAGTTTCCTTTCTTTTCAG
AGGCTTTAAGGATTTGAAAAGAGCATGTCAAGGAATCATCCACGCTCATCATCGCACCTG
CGTTGCCAAACTCTCCGCAGTAGTTTGGTGCCGAGAATATCGTAACTAGCTGCCTGTTTG
CAAAGAACTCATACCCATCTTCCACAACCTGATGAGCTCTGCAGATTAGGTCAAGGTCAT
GCTTCTGAAGAAACTCCTCAACCTTATCAACTCCAAAAGTGTAAGAAACCCCCCTGTCAT
TCTCCCCCCACCCTTCAATATCCTTGTCCGGATCAGACCACAACAGATCACACAGCAGCC
CATGATCAGGAATATCGATAGGACGAGCAATGTTCCTGATCTCATCCAAATGCTTCAACT
CAGGGGACGGCCCACCGTGCATACACAGTATCTTCTCATCGATGAAAGCAGCGACAGGG
GAGA

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DS 

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CG
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CACTCGGTGAGGGAAAAGATAGGAATTAACCCTTTTGCCATAAGTGATCCAGAGCAGAAG
AAGATGACAGTTTGATTGATGATTAATAACATTCAGCTCAAGCAGCAAAGTGTCTTGAGC
CAGGAAACATGATTTTGTCTT*CAGCCTTTTCCACCACCCTTGCGAGGTGGGGTTCCTCG
CCTACTACCATTCTTGCCAAACCCGAAGTTTCCTTTCTTTTCAGAAGCTTTAAGGATTTG
AAAAGAGCATGTCAAGGAATCATCCACGCTCATCATCGCACCCGCGTTGTCAAACTCTCC
ACAGTAGTTTGGTGCCGAGAATATCGTAACTAGCTGCCTGTTTGCAAAGAACTCATACCC
ATCTTCCACAACCTGATGAGCTCTGCAGATTAGGTCAAGGTCATGCTTCTGAAGAAACTC
CTCAACCTTATCAACTCCAAAAGTGTAAGAAACCCCCCTGTCATTCTCCCCCCACCCTTC
AATACCCTTGTCCGGATCAGACCACAACAGATCACACAGCAGCCCATGATCAGGAATATC
GATAGGACGAGCAATGTTCCTGATCTCATCCAAATGCTTCAACTCAGGGGACAGCCCACC
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GGTGAACACCTTCCACATTTTAACGCTATATCTCTTCTTGCACTCGTCGTAGAACCCGTA
GA

QA 3 784 3 784
DS 

RD RR3G873TF 760 0 0
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CAATGT*CCTGATCTCATCCAAATGCTTCAACTCAGGGGACGGCCCACCGTGCATACACA
GTATCTTCTCATCGATGAAAGCAGCGACAGGGAGACAGTTAAAACAGTCGGTGAACACCT
TCCACATTTTAACGCTATATCTCTTCTTGCACTCGTCGTAGAACCCGTAGATACGGTTTA
TAGAGGCGCACTCATGGTTCCCACGCAAGAGGAAGAAGTTCTCTTTGTATTTGATCTTGT
AGGCGAGGAGGAGGCATATGGTCTCAACGCTCTGCTTGCCACGGTCTACGTAGTCCCCGA
GGAAGAGATAGTTTGCAGCGGGTGGGTAGCCACCGTACTCAAACAGCCTCAAGAGATCTG
AGAACTGTCCATGTGTATCTCCACAAATCTTGATGGGAGCCTCGAGTTCGAGGAGATTAG
GTTGACTGAGGAAGATTTGCTTGGCGGTGGAGCAGAGGTGTTTGATCTCGTCGTCCGTCA
ACTGCACCTGCTTCGTCGTTTTGCCGTTTTTGGCCCCTAATAACCTCTTTAGCACATCAT
CCACCACACTATCTTCCATCAAAAGGAACAAACGCCACCTCGATGAAGAGTTTCGGTTTC
CGACGACCTCCGGGGTGTGATGATGATGATAACGTCTCCGATCAAATAGTCTGTGTAGGT
AAGGTAGGTAAGAGGCAGAGAGAATTGAGTTTTGC
GACCC

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DS 

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TCTTGTAGGCGAGGAGGAGGCATATGGTCTCAACGCTCTGCTTGCCACGGTCTACGTAGT
CCCCGAGGAAGAGATAGTTTGCAGCGGGTGGGTAGCCACCGTACTCAAACAGCCTCAAGA
GATCTGAGAACTGTCCATGTGTATCTCCACAAATCTTGATGGGAGCCTCGAGTTCGAGGA
GATTAGGTTGACTGAGGAAGATTTGCTTGGCGGTGGAGCAGAGGTGTTTGATCTCGTCGT
CCGTCAACTGCACCTGCTTCGTCGTTTTGCCGTTTTTGGCCCCTAATAACCTCTTTATCA
CATCATCCACCACACTATCTTCCATCAAAAGGAACAAACGCCACCTCGATGAAGAGTTTC
GGTTTCCGACGACCTCCGGGGTGTGATGATGATGATAACGTCTCCGATCAAATAGTCTGT
GTAGGTAAGGTAGGTAAGAGGCAGAGAGAATTGAGTTTTGC
CC

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DS 

RD RR3F293TF 751 0 0
TCTCATCCAAATGCTTCAACTCAGGGGACAGCCCACCGTGCATACACAGTATCTTCTCAT
CGATGAGAGCAGCGACAGGGAGACAGTTAAAACAGTCGGTGAACAC*TTCCACATTTTAA
CGCTATATCTCTTCTTGCACTCGTCGTAGAACCCGTAGATACGGTTTATAGAGGCGCACT
CATGGTTCCCACGCAAGAGGAAGAAGTTCTCTTTGTATTTGATCTTGTAGGCGAGGAGGA
GGCATATGGTCTCAACGCTCTGCTTGCCACGGTCTACGTAGTCCCCGAGGAAGAGATAGT
TTGCAGCGGGTGGGTAGCCACCGTACTCAAACAGCCTCAAGAGATCTGAGAACTGTCCAT
GTGTATCTCCACAAATCTTGATGGGAGCCTCGAGTTCGAGGAGATTAGGTTGACTGAGGA
AGATTTGCTTGGCGGTGGAGCAGAGGTGTTTGATCTCGTCGTCCGTCAACTGCACCTGCT
TCGTCGTTTTGCCGTTTTTGGCCCCTAATAACCTCTTTATCACATCATCCACCACACTAT
CTTCCATCAAAAGGAACAAACGCCACCTCGATGAAGAGTTTCGGTTTCCGACGACCTCCG
GGGTGTGATGATGATGATAACGTCTCCGATCAAATAGTCTGTGTAGGTAAGGTAGGTAAG
AGGCAGAGAGAATTGAGTTTTGCGAAAGGTAAAGAAGAGGGAGGAGACCTAGATAGATAG
ACAGAATCGGATTTAATCGAAGCACGCGTCC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 5

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GCGATGATCCCCAGCGAGTGAAGAAGATAGCGGCGGCAGCATACGACTACGATAACGACG
CTCGGTGGACGGATTACTGGTCGAATATCCTGATCCCTCCTCACATGGCTTCTCGCCCCG
AGGTCGTCGACCACTACAAGCGCAAATTCTACCAACGCTACATGGATCCTGATCTTGTTG
TGGAGCCTATGTCGTCCAATTCATCTGCAAGACCATCTGCTACTCCTGCAACTGCTACTA
ATGCAAATGAACAACAAGCTCGTTCACGGAACTCTGGATCGGTTCCTCGAAGTACTGGGC
CGTCTGCTTCGACTGGTGCAAGCCCAAGTTCAGTGCGCTGGGATCAGCAGACTATTCACT
TCTCTGTCAATGCTTGGGTTTTCGTTATTGCTGTGCTGGCAGTGTTACCTCTAGTTCCAA
AGAACCTCTCTAGTAGGGCTTATCGTCTATCTTTCATGGGAACTGCGTGCTCCTCTCTAT
ATTCCTTGTACTCTCTTTACGGGAGGCCAAGGGCATGGAATATGCAAGGGATGCAAGTTT
ATTTTCAGTCAATTGTGGGAGCAAAGGACTTCATCTATTTCATCTACTGCCTTACGTTTG
TCACTTCACATCTCTGTCTCAAGTTTGCTTTGATTCCCATCTTGTGTCGAGCACTTGAAC
AAGTAGCCAAGTTCTTGAGACGTAACTTCACTCGCTCCACCATATACAGGAAGTACTTGT
AAGACCCTTGTGTTTGGGTGGAGTCAAACACAACTACCCTCAACATCCTCTCATCGCAAG
CTGAGATAGCCATTGGCTTCCTTCTGATTATCTCTCTGCTCTCATGGCAACGCAACTTTA
TACAGACATTCATGTACTGGCAGCTATTGAAGCTGATGTATCAAGCACCGGTGACAGCAG
GATACCACCAGAGCAATTGGAGCAAAATAGGGAGGACGGTGAATCCGATGATCCAACGTT
ACGCTCCCTTCTTGAATACTCCGGTGACTGCCGTTCAGAGATGGTGGTTCAGGTGAAGAA
CAAACAAATTGCAGAGTTGACTTTTGAAACCCTTAAAAGAAACTAAAGTTTTAGCTTTCA
TGTTCAACAGTCCTCTTTACCTGTTTCAGCTTTCAGCGTAAAGTAGATTCTTCTTCTCTT
TGTACCTCTCTATGGGTTATGAAATATTACTGTGTTGCTACGAAAGATTTTGGCTTTCAA
TTTGGTTACC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN37TF U 1
AF RR3CQ74TF U 2
AF RR3DO59TF U 408
AF RR3EN37JQ C 567
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BS 1088 1270 RR3DO59JQ

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GCGATGATCCCCAGCGAGTGAAGAAGATAGCGGCGGCATCATACGACTACGATAACGACG
CTCGGTGGACGGATTACTGGTCGAATATCCTGATCCCTCCTCACATGGCTTCTCGCCCCG
AGGTCGTCGACCACTACAAGCGCAAATTCTACCAACGCTACATGGATCCTGATCTTGTTG
TGGAGCCTATGTCGTCCAATTCATCTGCAAGACCATCTGCTACTCCTGCAACTGCTACTA
ATGCAAATGAACAACAAGCTCGTTCACGGAACTCTGGATCGGTTCCTCGAAGTACTGGGC
CGTCTGCTTCGACTGGTGCAAGCCCAAGTTCAGTGCGCTGGGATCAGCAGACTATTCACT
TCTCTGTCAATGCTTGGGTTTTCGTTATTGCTGTGCTGGCAGTGTTACCTCTAGTTCCAA
AGAACCTCTCTAGTAGGGCTTATCGTCTATCTTTCATGGGAACTGCGTGCTCCTCTCTAT
ATTCCTTGTACTCTCTTTACGGGAGGCCAAGGGCATGGAATATGCAAGGGATGCAAGTTT
ATTTTCAGTCAATTGTGGGAGCAAAGGACTTCATCTATTTCATCTACTGCCTTACGTTTG
TCACTTCACATCTCTGTCTCAAGTTTGCTTTGATTCCCATCTTGTGTCGAGCACTTGAAC
AAGTAGCCAAGTTCTTGAGACGTAA
TTT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3CQ74TF 779 0 0
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CGATGATCCCCAGCGAGTGAAGAAGATAGCGGCGGCAGCATACGACTACGATAACGACGC
TCGGTGGACGGATTACTGGTCGAATATCCTGATCCCTCCTCACATGGCTTCTCGCCCCGA
GGTCGTCGACCACTACAAGCGCAAATTCTACCAACGCTACATGGATCCTGATCTTGTTGT
GGAGCCTATGTCGTCCAATTCATCTGCAAGACCATCTGCTACTCCTGCAACTGCTACTAA
TGCAAATGAACAACAAGCTCGTTCACGGAACTCTGGATCGGTTCCTCGAAGTACTGGGCC
GTCTGCTTCGACTGGTGCAAGCCCAAGTTCAGTGCGCTGGGATCAGCAGACTATTCACTT
CTCTGTCAATGCTTGGGTTTTCGTTATTGCTGTGCTGGCAGTGTTACCTCTAGTTCCAAA
GAACCTCTCTAGTAGGGCTTATCGTCTATCTTTCATGGGAACTGCGTGCTCCTCTCTATA
TTCCTTGTACTCTCTTTACGGGAGGCCAAGGGCATGGAATATGCAAGGGATGCAAGTTTA
TTTTCAGTCAATTGTGGGAGCAAAGGACTTCATCTATTTCATCTACTGCCTTACGTTTGT
CACTTCACATCTCTGTCTCAAGTTTGCTTTGATTCCCATCTTGTGTCGAGCACTTGAACA
AG*AGCCAAGTTCTTGAGACGTAATTTCACTCGCTCCACCATATACAGGA
GTACTTGGA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3DO59TF 679 0 0
G
AGACTATTCACTTCTCTGTCAATGCTTGGGTTTTCGTTATTGCTGTGTTGGCAGTGTTAC
CTCTAGTTCCAAAGAACCTCTCTAGTAGGGCTTATCGTCTATCTTTCATGGGAACTGCGT
GCTCCTCTCTATATTCCTTGTACTCTCTTTACGGGAGGCCAAGGGCATGGAATATGCAAG
GGATGCAAGTTTATTTTCAGTCAATTGTGGGAGCAAAGGATTTCATCTATTTCATCTACT
GCCTTACATTTGTCACTTCACATCTCTGTCTCAAGTTTGCTTTGATTCCCATCTTGTGTC
GAGCACTTGAACAAGTAGCCAAGTTCTTGAGACGTAACTTCACTCGCTCCACCATATACA
GGAAGTACTTGTAAGACCCTTGTGTTTGGGTGGAGTCAAACACAACTACCCTCAACATCC
TCTCATCGCAAGCTGAGATAGCCATTGGCTTCCTTCTGATTATCTCTCTGCTCTCATGGC
AACGCAACTTTATACAGACATTCATGTACTGGCAGCTATTGAAGCTGATGTATCAAGCAC
CGGTGACAGCAGGATACCACCAGAGCAATTGGAGCAAAATAGGGAGGACGGTGAATCCGA
TGATCCAACGTTACGCTCCCTTCTTGAATACTCCGGTGACTGCCGTTCAGAGATGGTGGT
TCAG
TGAGACAACAGATT

QA 2 665 2 665
DS 

RD RR3EN37JQ 692 0 0
CCAAGGGCATGGAATATGCAAGGGATGCAAGTTTATTTTCAGTCAATTGTGGGAGCAAAG
GACTTCATCTATTTCATCTACTGCCTTACGTTTGTCACTTCACATCTCTGTCTCAAGTTT
GCTTTGATTCCCATCTTGTGTCGAGCACTTGAACAAGTAGCCAAGTTCTTGAGACGTAAT
TTCACTCGCTCCACCATATACAGGAAGTACTTGGAAGACCCTTGTGTTTGGGTGGAGTCA
AACACAACTACCCTCAACATCCTCTCATCGCAAGCTGAGATAGCCATTGGCTTCCTTCTG
ATTATCTCTCTGCTCTCATGGCAACGCAACTTTATACAGACATTCATGTACTGGCAGCTA
TTGAAGCTGATGTATCAAGCACCGGTGACAGCAGGATACCACCAGAGCAATTGGAGCAAA
ATAGGGAGGACGGTGAATCCGATGATCCAACGTTACGCTCCCTTCTTGAATACTCCGGTG
ACTGCCGTTCAGAGATGGTGGTTCAGGTGAAGAACAAACAAATTGCAGAGTTGACTTTTG
AAACCCTTAAAAGAAACTAAAGTTTTAGCTTTCATGTTCAACAGTCCTCTTTACCTGTTT
CAGCTTTCAGCGTAAAGTAGATTCTTCTTCTCTTTGTACCTCTCTATGGGTTATGAAATA
TTACTGTGTTGCTACGAAAGATTTTG
ACTTCC

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3DO59JQ 737 0 0
TCTCTATATTCCTTGTACTCTCTTTACGGGAGGCCAAGGGCATGGAATATGCAAGGGATG
CAAGTTTATTTTCAGTCAATTGTGGGAGCAAAGGATTTCATCTATTTCATCTACTGCCTT
ACATTTGTCACTTCACATCTCTGTCTCAAGTTTGCTTTGATTCCCATCTTGTGTCGAGCA
CTTGAACAAGTAGCCAAGTTCTTGAGACGTAACTTCACTCGCTCCACCATATACAGGAAG
TACTTGTAAGACCCTTGTGTTTGGGTGGAGTCAAACACAACTACCCTCAACATCCTCTCA
TCGCAAGCTGAGATAGCCATTGGCTTCCTTCTGATTATCTCTCTGCTCTCATGGCAACGC
AACTTTATACAGACATTCATGTACTGGCAGCTATTGAAGCTGATGTATCAAGCACCGGTG
ACAGCAGGATACCACCAGAGCAATTGGAGCAAAATAGGGAGGACGGTGAATCCGATGATC
CAACGTTACGCTCCCTTCTTGAATACTCCGGTGACTGCCGTTCAGAGATGGTGGTTCAGG
TGAAGAACAAACAGATTGCAGAGTTGACTTTTGAAACCCTTAAAAGAAACTAAAGTTTTA
GCTTTCATGTTCAACAGTCCTCTTTACCTGTTTCAGCTTTCAGCGTAAAGTAGATTCTTC
TTCTCTTTGTACCTCTCTATGGGTTATGAAATATTACTGTGTTGCTACGAAAGATTTTGG
CTTTCAATTTGGTTACC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL1660Contig1 878 2 12 U
GGAGATCGGTCCAAAATTGACATTCACATCATCTTCTTGCTCTCCATTATCATATCCCAT
TGTGAAATCTCTTCATCAACATTCAATGGCGGCCAAGAAGGCAGGAGTGATCGCTTTGTT
CGACGTGGACGGGACTCTCACAGCTCCAAGGAAGGAAGCTACTCCAGAACTTCTCGATTT
CATCCGAGAATTGCGCAAGGTCGTCACTGTTGGAGTCGTTGGTGGATCTGATCTAACCAA
GATATCTGAGCAGCTTGGCAAAACAGTCACTACCGACTATGATTATTGTTTCTCTGAGAA
TGGTCTTGTTGCTCATAAAGATGGAAAACCCATTGGGATCCAGAGCCTGAAGCTGCACCT
GGGAGAAGATAAACTCAAGGAGTTGATAAAATTCACGCTGCACTACATTGCAGACTTGGA
TATTCCAATCAAAAGGGGAACATTCATAGAGTTCCGAAATGGCATGCTCAATGTATCACC
TATTGGTCGCAACTGCAGCCAAGAAGAAAGAGACGAATTCGAGAGATATGATAAGGTTCA
AAACATAAGACCAAAGATGGTGGCTGAACTTCGTGAGCGGTTTGCGCATCTGAACCTTAC
TTTCTCCATTGGAGGACAGATTAGCTTCGATGTCTTTCCTAAAGGTTGGGATAAGACTTA
CTGCTTGCAATACCTTGAAGACTTTACTGAAATCCATTTCTTCAGTGACAAAACCAATGA
GGGAGGAAACGATTATGAGATCTATGAATCACCAAAAACAATAGGCCATTCAGTTACGAG
TCCAGATGACACAATGGCAAATGCAAGCTCTGTTCATGTCTTGAAACACTATCCATCTCA
GACACAGTGTCAGAGTTGATTATTCTTGGTGGATTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT59TF U 1
AF RR3GD81TF U 110
BS 1 281 RR3DT59TF
BS 282 282 RR3GD81TF
BS 283 402 RR3DT59TF
BS 403 403 RR3GD81TF
BS 404 413 RR3DT59TF
BS 414 414 RR3GD81TF
BS 415 508 RR3DT59TF
BS 509 509 RR3GD81TF
BS 510 644 RR3DT59TF
BS 645 645 RR3GD81TF
BS 646 703 RR3DT59TF
BS 704 878 RR3GD81TF

RD RR3DT59TF 707 0 0
GGAGATCGGTCCAAAATTGACATTCACATCATCTTCTTGCTCTCCATTATCATATCCCAT
TGTGAAATCTCTTCATCAACATTCAATGGCGGCCAAGAAGGCAGGAGTGATCGCTTTGTT
CGACGTGGACGGGACTCTCACAGCTCCAAGGAAGGAAGCTACTCCAGAACTTCTCGATTT
CATCCGAGAATTGCGCAAGGTCGTCACTGTTGGAGTCGTTGGTGGATCTGATCTAACCAA
GATATCTGAGCAGCTTGGCAAAACAGTCACTACCGACTATGCTTATTGTTTCTCTGAGAA
TGGTCTTGTTGCTCATAAAGATGGAAAACCCATTGGGATCCAGAGCCTGAAGCTGCACCT
GGGAGAAGATAAACTCAAGGAGTTGATAAAATTCACGCTGCATTACATTGCAGGCTTGGA
TATTCCAATCAAAAGGGGAACATTCATAGAGTTCCGAAATGGCATGCTCAATGTATCACC
TATTGGTCGCAACTGCAGCCAAGAAGAATGAGACGAATTCGAGAGATATGATAAGGTTCA
AAACATAAGACCAAAGATGGTGGCTGAACTTCGTGAGCGGTTTGCGCATCTGAACCTTAC
TTTCTCCATTGGAGGACAGATTAGCTTCGATGTCTTTCCTAAAG*TTGGGATAAGACTTA
CTGCTTGCAATACCTTGAAGACTTTACTGAAATCCATTTCTTCG
TGA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3GD81TF 769 0 0
G
TCGCTTTGTTCGACGTGGACGGGACTCTCACAGCTCCAAGGAAGGAAGCTACTCCAGAAC
TTCTCGATTTCATCCGAGAATTGCGCAAGGTCGTCACTGTTGGAGTCGTTGGTGGATCTG
ATCTAACCAAGATATCTGAGCAGCTTGGCAAAACAGTCACTACCGACTATGATTATTGTT
TCTCTGAGAATGGTCTTGTTGCTCATAAAGATGGAAAACCCATTGGGATCCAGAGCCTGA
AGCTGCATTTGGGAGAAGATAAACTCAAGGAGTTGATAAAATTTACGCTGCACTACATTG
CAGACTTGGATATTCCAATCAAAAGGGGAACATTCATAGAGTTCCGAAATGGCATGCTCA
ATGTATCACCTATTGGTCGCAACTGCAGCCAAGAAGAAAGAGACGAATTCGAGAGATATG
ATAAGGTTCACAACATTAGACCAAAGATGGTGGCTGAACTTCGTGAGCGGTTTGCGCATC
TGAACCTTACTTTCTCCATTGGAGGACAGATTAGCTTCGATGTCTTTCCTAAAGGTTGGG
ATAAGACTTACTGCTTGCAATACCTTGAAGACTTTACTGAAATCCATTTCTTCAGTGACA
AAACCAATGAGGGAGGAAACGATTATGAGATCTATGAATCACCAAAAACAATAGGCCATT
CAGTTACGAGTCCAGATGACACAATGGCAAATGCAAGCTCTGTTCATGTCTTGAAACACT
ATCCATCTCAGACACAGTGTCAGAGTTGATTATTCTTGGTGGATTTCT

QA 2 769 2 769
DS 



AS 1 5

CO CL1661Contig1 1140 5 3 U
GGTTTAAAACTTGAGATGGATTTGATTCAAATGTACAAGAGTTTCCTAAACACACAAACA
AAGAAAGTCATTATCTGTTCATTTATTTAGTTTGTTTGACTATTAATTCATGTTTTTTTT
TTAATCATGGAGGGCACAACACACGGTGGCTTTGTGATGACCTTGGTAGACCTTCACTTC
TTTTCCCGCTGGCATAGACCACAACCTAGCCGTCATGTCCGATGATGCTGTTACAAGAAA
CTCTCCATCCACTGAGAAGACACAGTCCCATACCCATCTTTGATGTCCTGTTAAAACTTT
CTCTAGTTTGAAACCATCGACGTTCCATATCTTGACAGTTTTATCAGATGATGCAGTCGC
TAGATATTTGTTTGCAGGAGAGAGTAGGCATTTAAGGATGTGGCCATTATGAGCTTGTAG
CTTATGAAGTGGCTCAAACTCTGTCATTGTCTGTTTTCCGCGCAACAAGCGCCATACATA
ACATGTTCCACGATTGTTAGCAGCAACAACCATAGTCCCATCCCACATGACCGTTAGAGA
CCGTACAGGTGTATCAACTTCTGGTACCAGTTCACAGCTACACGAATTTGCTCTAAGGTC
CCATACACGGATATTCCCGTTTTGGTCTCCAGATATCAATTCAGTCTGGTTTGGATGTAA
AACAACAGTGTTAACAGCGGCAACACTCTCATACTCCCTTTGGCAACCTGGAGCCCTCAA
GTCCCAGATCTTGACAGTACCATCCTCTGATCCAGAATACATCCATTTTCCATCACACTG
GAACCCCACTGCCATAACATTGTTGGTGTGTGAATCATACGTCATCACAGGTTGAGGGCT
GTTGGAATTGACATCAAAGAGACGTATATGAGGATTGCAAGCTGCAGCTAGATGACGCTT
GTCTGGCGTTATCTCCAGCCTATTCACATGCGAGTCAGGATACTGAATGGTACGGTAACA
GCGACCGCTCTCGGCTTCCCAGAATCGGATCGTGTGATCATAGCTCGCCGTTGCGAGAAC
TACACATGGCTGACTCATTCTCGACGAACACAAAGACTAACGATCCTCACAACTAGGGTT
TCGCGATTGAGGAGGATCCAAGACCTGAGAATTACAGAAGAAAATATTAAGAAGAATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F765JQ U 6
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G
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TTTGTTTGCAGGAGAGAGTA

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TTAATCATGGAGGGCACAACACACGGTGGCTTTGTGATGACCTTGGTAGACCTTCACTTC
TTTTCCCGCTGGCATAGACCACAACCTAGCCGTCATGTCCGATGATGCTGTTACAAGAAA
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CTCTAGTTTGAAACCATCGACGTTCCATATCTTGACAGTTTTATCAGATGATGCAGTCGC
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ACATGTTCCACGATTGTTAGCAGCAACAACCATAGTCCCATCCCACATGACCGTTAGAGA
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AACAACAGTGTTAACAGCGGCAACACTCTCATACTCCCTTTGGCAACCTGGAGCCCTCAA
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GAACCCCACTGCCATA

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TTCCCGCTGGCATAGACCACAACCTAGCCGTCATGTCCGATGATGCTGTTACAAGAAACT
CTCCATCCACTGAGAAGACACAGTCCCATACCCATCTTTGATGTCCTGTTAAAACTTTCT
CTAGTTTGAAACCATCGACGTTCCATATCTTGACAGTTTTATCAGATGATGCAGTCGCTA
GATATTTGTTTGCAGGAGAGAGTAGGCATTTAAGGATATGGCCATTATGAGCTTGTAGCT
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ATGTTCCACGGTTGTTAGCAGCAACAACCATAGTCCCATCCCACATGACCGTTAGAGACC
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DS 

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ATAGTCCCATCCCACATGACCGTTAGAGACCGTACAGGTGTATCAACTTCTGGTACCAGT
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GATATCAATTCAGTCTGGTTTGGATGTAAAACAACAGTGTTAACAGCGGCAACACTCTCA
TACTCCCTTTGGCAACCTGGAGCCCTCAAGTCCCAGATCTTGACAGTACCATCCTCTGAT
CCAGAATACATCCATTTTCCATCACACTGGAACCCCACTGCCATAACATTGTTGGTGTGT
GAATCATACGTCATCACAGGTTGAGGGCTGTTGGAATTGACATCAAAGAGACGTATATGA
GGATTGCAAGCTGCAGCTAGATGACGCTTGTCTGGCGTTATCTCCAGCCTATTCACATGC
GAGTCAGGATACTGAATGGTACGGTAACAGCGACCGCTCTCGGCTTCCCAGAATCGGATC
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AAAGACTAACGATCCTCACAACTAGGGTTTCGCGATTGAGGAGGATCCAAGACCTGAGAA
TTACAGAAGAAAATATTAAGAAGAATCCC

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TTTTGGTCTCCAGATATCAATTCAGTCTGGTTTGGATGTAAAACAACAGTGTTAACAGCG
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CAGAATCGGATCGTGTGATCATAGCTCGCCGTTGCGAGAACTACACATGGCTGACTCATT
CTCGACGAACACAAAGACTAACGATCCTCACAACTAGGGTTTCGCGATTGAGGAGGATCC
AAGACCTGAGAATTAC
CC

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 5

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TTAGGCTTCGATTCAACCCCAAATCAGTAAAAATAGGGTTACCAGAAGAACCCCACAGGG
ATTCCACAGAGGAACTGCATCACTCGCGTTCCTGCTGCGGCTTGAGGAAGAAGAAGAAGA
GTAACGGTAACAGAGACCAACACAAGGAGGAAGAGAAACCAAAGATGCAGCCAACAGAGC
CTCCTGCTCAGCCTCAGAGTCAGCAGATGGTGAGCTTGAGCTTTAGCAGTCAGATGTCGA
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AAGAGACCCGACGTCTCGCTAACATCCGCGAGGAGCTTGAGACTATGGCAGATCCCATGA
GGAAAGAAGTTTCTTTGGTTCGAAAGAAGATTGATAGCGTCAACAAAGAACTCAAACCAT
TAGGCGCAACAGTTCAAAAGAAGGAAAGGGAATACAAAGAAGCATTGGATACATTCAACG
AGAAAAACCGTGAGAAAGTTCAGCTAATCACCAAGCTAATGGAGTTGGTTAGAGAAAGCG
AGAAGCTGAGGTTAAAGAAGCTTGAAGAGCTTAGCAAGAGCATAGAAAACGAGTGAAGAC
TCTATCTCACAGACAAAAGACCAAGAACTAATTGGGCTTAGGATTATGGTTCTGTCTGAT
GTATTTATTTATTTATTTTTCATCAAGTTGGTGTGTTTTTTCGTGGGTGTTTTAGTTTTC
ATTTTCTTTTCCTAAGTGGATTGATTTGTAGACTTATGATGGGGTGTTTTATGTTTTTGA
TTAACCAAATTAGGGAAGGTTAATGGGATAATGGGATAATGCTTAGGCTACTGAATGCTA
AAGGGTTTGTAAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C511TF U 4
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AF RR3AT81TF U 1
AF RR3C511JQ C 234
AF RR3AT81JQ C 245
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GG
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GAAGTTTCTTTGGTTCGAAAGAAGATTGATAGCGTCAACAAAGAACTCAAAC

QA 3 534 3 534
DS 

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GGAGT
GAAGAGAAGAGACCTTTTAGCCACACACAAACTCTCTCTCTCAATCCAAAAAGCTTTAGG
CTTCGATTCAACCCCAAATCAGTAAAAATAGGGTTACCAGAAGAACCCCACAGGGATTCC
ACAGAGGAACTGCATCACTCGCGTTCCTGCTGCGGCTTGAGGAAGAAGAAGAAGAGTAAC
GGTAACAGAGACCAACACAAGGAGGAAGAGAAACCAAAGATGCAGCCAACAGAGCCTCCT
GCTCAGCCTCAGAGTCAGCAGATGGTGAGCTTGAGCTTTAGCAGTCAGATGTCGAGAGAA
GACGAGGAGATGGCTCGCTCTGCTCTCTCTGCTTTTAGGGCTAAAGAGGATGAGATTGAG
AAGAAAAAAATGGAGGTTCGTGAACGGGTCAAGGCTCAGCTGGGTCGGGTTGAGGAAGAG
ACCCGACGTCTCGCTAACATCCGCGAGGAGCTTGAGACTATGGCAGATCCCATGAGGAAA
GAAGTTTCTTTGGTTCGAAAGAAGATTGATAGCGCCAACAAAGAACTCAAACCATTAGGC
GCAACAGTTCAAAAGAAGGAAAGGGAATACAAAGAAGCATTGGATACATTCAACGAGAAA
AACCGTGAGAAAGTTCAGCTAATCACCAAGCTAA
ATG

QA 6 639 6 639
DS 

RD RR3AT81TF 736 0 0
GGAGTGAAGAGAAGAGACCTTTTAGCCACACACAAACTCTCTCTCTCAATCCAAAAAGCT
TTAGGCTTCGATTCAACCCCAAATCAGTAAAAATAGGGTTACCAGAAGAACCCCACAGGG
ATTCCACAGAGGAACTGCATCACTCGCGTTCCTGCTGCGGCTTGAGGAAGAAGAAGAAGA
GTAACGGTAACAGAGACCAACACAAGGAGGAAGAGAAACCAAAGATGCAGCCAACAGAGC
CTCCTGCTCAGCCTCAGAGTCAGCAGATGGTGAGCTTGAGCTTCAGCAGTCAGATGTCGA
GAGAAGACGAGGAGATGGCTCGCTCTGTTCTCTCTGCTTTTAGGGCTAAAGAGGATGAGA
TTGAGAAGAGAAAAATGGAGGTTCGTGAACGGGTCAAGGCTCAGCTGGGTCGGGTTTAGG
AAGAGACCCGACGTCTCGCTAACATCCGCGAGGAGCTTGAGACTATGGCAGATCCCATGA
GGAAAGAAGTTTCTTTGGTTCGAAAGAAGATTGATAGCGTCAACAAAGAACTCAAACCAT
TAGGCGCAACAGTTCAAAAGAAGGAAAGGGAATACAAAGAAGCATTGGATACATTCAACG
AGAAAAACCGTGAGAAAGTTCAGCTAATCACCAAGCTAATGGAGTTGGTTAGAGAAAGCG
AGAAGCTGAG*TTAAAGAAGCTTGAAGAGCTTAGCAAGAGCATAGAAAACGAGTGAAGAC
TCTATCTCACAGACAA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3C511JQ 694 0 0
ACAGAGCCTCCTGCTCAGCCTCAGAGTCAGCAGATGGTGAGCTTGAGCTTTAGCAGTCGG
ATGTCGAGAGAAGACGAGGAGATGGCTCGCTCTGCTCTCTCTGCTTTTAGGGCTAAAGAG
GATGAGATTGAGAAGAGAAAAATGGAGGTTCGTGAACGGGTCAAGGCTCAGCTGGGTCGG
GTTGAGGAAGAGACCCGACGTCTCGCTAACATCCGCGAGGAGCTTGAGACTATGGCAGAT
CCCATGAGGAAAGAAGTTTCTTTGGTTCGAAAGAAGATTGATAGCGTCAACAAAGAACTC
AAACCATTAGGCGCAACAGTTCAAAAGAAGGAAAGGGAATACAAAGAAGCATTGGATACA
TTCAACGAGAAAAACCGTGAGAAAGTTCAGCTAATCACCAAGCTAATGGAGTTGGTTGGA
GAAAGCGAGAAGCTGAGGTTAAAGAAGCTTGAAGAGCTTAGCAAGAGCATAGAAAACGAG
TGAAGACTCTATCTCACAGACAAAAGACCAGGAACTAATTGGGCTTAGGATTATGGTTCT
GTCTGATGTATTTATTTATTTATTTTTCATCAAGTTGGTGTGTTTTTTCGTGGGTGTTTT
AGTTTTCATTTTCTTTTCCTAAGTGGATTGATTTGTAGACTTATGATGGGGTGTTTTATG
TTTTTGATTAACCAAATTAGGGAAGGTTAATGGG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3AT81JQ 732 0 0
TGCTCAGCCTCAGAGTCAGCAGATGGTGAGCTTGAGCTTCAGCAGTCAGATGTCGAGAGA
AGACGAGGAGATGGCTCGCTCTGTTCTCTCTGCTTTTAGGGCTAAAGAGGATGAGATTGA
GAAGAGAAAAATGGAGGTTCGTGAACGGGTCAAGGCTCAGCTGGGTCGGGTTTAGGAAGA
GACCCGACGTCTCGCTAACATCCGCGAGGAGCTTGAGACTATGGCAGATCCCATGAGGAA
AGAAGTTTCTTTGGTTCGAAAGAAGATTGATAGCGTCAACAAAGAACTCAAACCATTAGG
CGCAACAGTTCAAAAGAAGGAAAGGGAATACAAAGAAGCATTGGATACATTCAACGAGAA
AAACCGTGAGAAAGTTCAGCTAATCACCAAGCTAATGGAGTTGGTTAGAGAAAGCGAGAA
GCTGAGGTTAAAGAAGCTTGAAGAGCTTAGCAAGAGCATAGAAAACGAGTGAAGACTCTA
TCTCACAGACAAAAGACCAAGAACTAATTGGGCTTAGGATTATGGTTCTGTCTGATGTAT
TTATTTATTTATTTTTCATCAAGTTGGTGTGTTTTTTCGTGGGTGTTTTAGTTTTCATTT
TCTTTTCCTAAGTGGATTGATTTGTAGACTTATGATGGGGTGTTTTATGTTTTTGATTAA
CCAAATTAGGGAAGGTTAATGGGATAATGGGATAATGCTTAGGCTACTGAATGCTAAAGG
GTTTGTAAGTTT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 5

CO CL1663Contig1 677 5 11 U
GGGAAGAGGACAAGGAACAATGGCGAAGTCACTCCTTTGTTCTTCAGCGCTAACCTCATT
CTTCTCCTCCACTCTCTCTTCATCAACTTCTACCAGGAACAACCAAATCGCATGCTCAGG
AAACATCAAGTACCAGACATCGTCTTTGTCATGGAACAGACGAGAGTTGTCGCTTGGTTT
TATGAGCACCTTTCTCGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAAGCCGCGACGCGAA
TGCAGCGATTCTCGAAGCTGATGACGATGAGGAGCTTCTGGAGAAAGTGAAGCAAGACCG
GAAAAAGAGGATTGAGAGACAAGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAGAAAAGGGGTATTT
GCAGGATCTTGTTTACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCAATTGAGAACAATGATCTACC
AGCTGCAGGTTTGGTTTTGGGAAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTT
GGCTTTCACAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAATACAGAGGTGGAAACATTTAATTC
ATCTCTAGCTTCTCTTGTTACATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGC
CTTCGTGTCATCGGCTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTTAGGACA
GCTCAAGGGCATCTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 5 25 25 25 
25 25 25 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FS89TF U 1
AF RR3GR75TF U 1
AF RR3A502JQ C 1
AF RR3A502TF U 1
AF RR3E410JQ C 275
BS 1 130 RR3FS89TF
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BS 132 134 RR3FS89TF
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BS 147 251 RR3FS89TF
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BS 253 656 RR3FS89TF
BS 657 657 RR3A502JQ
BS 658 677 RR3A502TF

RD RR3FS89TF 663 0 0
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CTTCTCCTCCACTCTCTCTTCATCAACTTCTACCAGGAACAACCAAATCGCATGCTCAGG
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TATGAGCACCTTTCTCGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAAGCCGCGACGCGAA
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GAAAAAGAGGATTGAGAGACAAGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAGAAAAGGGGTATTT
GCAGGATCTTGTTTACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCAATTGAGAACAATGATCTACC
AGCTGCAGGTTTGGTTTTGGGAAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTT
GGCTTTCACAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAATACAGAGGTGGAAACATTTAATTC
ATCTCTAGCTTCTCTTGTTACATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGC
CTTCGTGTCATCGGCTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTTAG
GACAGCT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3GR75TF 653 0 0
GGGAAGT
GGACAAGGAACAATGGCGAAGTCACTCCTTTGTTCTTCAGCGCTAACCTCATTCTTCTCT
TCCACTCTCTCTTCATCAACTTCTTCCAGGAACAACCAAATCGCATGCTCAGGAAACATC
AAGAACCAGACATCGTCTCTGTCATGGAACAGACGAGAGTTGTCGCTTGGTTTTATGAGC
AGCTTTCTCGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAAGCCGCGACGCGAATGCAGCG
ATTCTCGAAGCTGATGACGATGAAGAGCTTCTGGAGAAAGTGAAGCAAGACCGGAAAAAG
AGGATTGAGAGACAGGCTGTTCTTAACTCTGCTGTCAAAGAAAAGGGGTATTTGCAGGGT
CTTGTTTACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCCATTGAGAACAATGATCTACCAGCTGCT
GGTTTGGTTTTGGGGAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACCGCTAACTTGGCTTTC
ACAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAATACAGAGGTGGAAACATTTAATTCATCTCTA
GCTTCTCTTGTTACATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCGTTCGTG
TCATCGGCTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTT

QA 8 653 8 653
DS 

RD RR3A502JQ 667 0 0
GGGAGGA
GGACAAGGAACAATGGCGAAGTCACTCCTTTGTTCTTCAGCGCTAACCTCATTCTTCTCC
TCCACTCTCTCTTCATCAACTTCTACCAGGAACAACCAAATCGCATGCTCAGGAAACATC
AAGTACCAGACATCGTCTTTGTCATGGAACAGACGAGAGTTGTCGCTTGGTTTTATGAGC
ACCTTTCTCGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAAGCCGCGACGCGAATGCAGCG
ATTCTCGAAGCTGATGACGATGAGGAGCTTCTGGAGAAAGTGAAGCAAGACCGGAAAAAG
AGGATTGAGAGACAAGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAGAAAAGGGGTATTTGCAGGAT
CTTGTTTACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCAATTGAGAACAATGATCTACCAGCTGCA
GGTTTGGTTTTGGGAAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGGCTTTC
ACAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAATACAGAGGTGGAAACATTTAATTCATCTCTA
GCTTCTCTTGTTACATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCCTTCGTG
TCATCGGCTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTTAGGACAGCT
CAAG

QA 8 663 8 663
DS 

RD RR3A502TF 677 0 0
GGGAGGA
GGACAAGGAACAATGGCGAAGTCACTCCTTTGTTCTTCAGCGCTAACCTCATTCTTCTCC
TCCACTCTCTCTTCATCAACTTCTACCAGGAACAACCAAATCGCATGCTCAGGAAACATC
AAGTACCAGACATCGTCTTTGTCATGGAACAGACGAGAGTTGTCGCTTGGTTTTATGAGC
ACCTTTCTCGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAAGCCGCGACGCGAATGCAGCG
ATTCTCGAAGCTGATGACGATGAGGAGCTTCTGGAGAAAGTGAAGCAAGACCGGAAAAAG
AGGATTGAGAGACAAGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAGAAAAGGGGTATTTGCAGGAT
CTTGTTTACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCAATTGAGAACAATGATCTACCAGCTGCA
GGTTTGGTTTTGGGAAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGGCTTTC
ACAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAATACAGAGGTGGAAACATTTAATTCATCTCTA
GCTTCTCTTGTTACATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCCTTCGTG
TCATCGGCTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTTAG*ACAGCTCAAG
GGCATCTGAT

QA 8 677 8 677
DS 

RD RR3E410JQ 403 0 0
CTTT
TGGAGAAAGTGAAGCAAGACCGGAAAAAGAGGATTGAGAGACAAGCTGTTCTTAACTCTG
CTGTTAAAGAAAAGGGGTATTTGCAGGATCTTGTTTACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAG
CAATTGAGAACAATGATCTACCAGCTGCAGGTTTGGTTTTGGGAAATGGCAGTGATACCG
AATGGGTCAAAACAGCTAACTTGGCTTTCACAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAATA
CAGAGGTGGAAACATTTAATTCATCTCTAGCTTCTCTTGTTACATCAGTGAACAAGAACG
ATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCCTTCGTGTCATCGGTTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGA
GCTTGACTGGTCTTTTAGGACAGCTCAGGGGCATCTGAT

QA 5 403 5 403
DS 



AS 1 4

CO CL1664Contig1 1409 4 22 U
GGACATTCAATTCGCTTCGCTTTCTCAGATTCTATCCCGTGATCCTGTGCTCCTGCTCGT
ATAATATAACTAAGTTGATAGATACTAAAAGAGGAATACTATTTGATCAGATTGCATTGA
TTTGGAAGAAAAAAA*TGGACAAGTATGAGGTTGTGAAGGATCTAGGAACTGGAAACTTC
GGCGTGGCTCGTCTTCTGAAGCACAAGGAGACCAATGAGCTCGTTGCCATGAAATACATC
GAGAGAGGCCGAAAGATAGATGAGAACGTGGCTAGAGAGATTATCAATCACAGATCACTT
AAGCATCCTAATATCATCCGCTTCAAGGAGGTGATTCTGACACCTACTCATCTTGCTATC
GTGATGGAGTATGCTGCTGGAGGAGAGCTCTTTGATCGAATCTGCACTTCTGGTAGATTC
AGTGAAGCTGAGGCTAAGTACTTCTTTCAACAGCTGATTTGTGGCGTCGACTACTGCCAC
TCCTTGCAAATATGCCACAGAGAT*CTGAAGCTTGAAAACACACTGCTTGATGGGAGCCC
TGCTCCGCTTTTGAAAATCTGTGACTTTGGTTACTCTAAGTCATCTATACTACACTCTAG
GCCTAAATCAACCGTTGGAACTCCAGCGTACATAGCACCTGAAGTTCTTTCCCGGAGAGA
ATATGATGGCAAGCACGCTGATGTGTGGTCATGTGGAGTAACCCTTTATGTGATGCTGGT
TGGAGCTTACCCATTTGAGGATCCTAATGATCCAAAGAACTTCAGGAAAACAATCCAACG
TATAATGGCTACACAATACAAGATCCCGGACTACGTTCACTTATCTCAGGAATGCAAACA
CCTTCTCTCTCGCATATTCGTCACTAACCCCGCTAAGAGAATTACGCTTAAGGAGATCAA
GAATCATCCATGGTACACGAAGAATTTGCCAAAGGAGCTGGTAGAGTCGGCTCAAGCGGT
GTATTACAAGAGAGACAACACGAGCTATTCTCTTCAAAGCGTAGAGGACATAATGAAGAT
AGTTGGAGAAGCTAGGAATCTACCTTCATCTTCTAGTGTTAGCAAAAGCTTGGGATCAGG
GGCTGAGGAAGAAGATGCAGATGGAGAGGAAGAGGACGTTGAAGCAGAAGAAGATGAATA
CGAGAAGCATGTCAAAGAGGCACATTCTTCTTGTCAAGAGCCTGATAAAGCTCAAGAAGA
AAGAAAATGATCTGTTGCTCTAAACTACTTCGTACATGTTATTTCACTTTTCGATTTGAT
GTCTGCATACGTTCTCGTTTTCTTCAACTGTCTAGTGGTTCTGAACATAACTCAAAAAAT
GCTGTCGGATCTTCAGAGAGTGCTCTCAAGTGATTAAGACAAGGGGTCAAAAATATTATG
ATGATAATAAAATGATCTCTCTGTTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AA24TF U 1
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TGATCGAATCTGCACTTCTGGTAGATTCAGTGAAGCTGAGGCTAAGTACTTCTTTCAACA
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TAGCACCTGAAGTTCTTTCCCGGAGAGAATATGATGGCAAGCACGCTGATGTGTGGTCAT
GTGGAGTAACCCTTTATGTGATGCTGGTTGGAGCTTACCCATTTGAGGATCCTAATGATC
CAAAGAACTTCAG**AAACAATCCAACGTATAATGGCTACACAATACAAGATCCCGGACT
ACGTT

QA 1 725 1 725
DS 

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GG
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AAACTTCGGCGTGGCTCGTCTTCTGAAGCACAAGGAGACCAATGAGCTCGTTGCCATGAA
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TGCTATCGTGATGGAGTATGCTGCTGGAGGAGAGCTCTTTGATCGAATCTGCACTTCTGG
TAGATTCAGTGAAGCTGAGGCTAAGTACTTCTTTCAACAGCTGATTTGTGGCGTCGACTA
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TCCAACGTATAATGGCTACACAATACAAGATCCCGGACTACGTTCACTTATCTC

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DS 

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TGGTTGGAGCTTACCCATTTGAGGATCCTAATGATCCAAAGAACTTCAGGAAAACAATCC
AACGTATAATGGCTACACAATACAAGATCCCGGACTACGTTCACTTATCTCAGGAATGCA
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TCAAGAATCATCCATGGTACACGAAGAATTTGCCAAAGGAGCTGGTAGAGTCGGCTCAAG
CGGTGTATTACAAGAGAGACAACACGAGCTATTCTCTTCAAAGCGTAGAGGACATAATGA
AGATAGTTGGAGAAGCTAGGAATCTACCTTCATCTTCTAGTGTTAGCAAAAGCTTGGGAT
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AATACGAGAAGCATGTCAAAGAGGCACATTCTTCTTGTCAAGAGCCTGATAAAGCTCAAG
AAGAAAGAAAATGATCTGTTGCTCTAAACTACTTCGTACATGTTATTTCACTTTTCGATT
TGATGTCTGCATACGTTCTCGTTTTCTTCAACTGTCTAGTGGTTCTGAACATAACTCAAA
AAATGCTGTCGGATCTTCAGAGAGTGCTCTCAAGTGATTAAGACAAGGGGTCAAAAATAT
TATGATGATAATAAAATGATCTCTCTGTTAAGC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 4

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AAAAAAAAAAGACTTGAGATCGTAGTCATAAGTTACACAAAATTCGTAATACAAAAAAAA
A*GAAGACGTGAAAAGTATAATTAGAATCACAGAATATCAAGAAACTTTTTGAGCCTACC
CTGTTTTTTTTTT**CAGGTGAATGAATCATATCATCATTCAAAACCATCAGGGAAGCTA
TCAAGCGCGTCTTGCTTACCGTTTACATAGAACTCAACCACAGCTTGCATTCTATTAAGC
TTATCCGGATGGTAATTCACATGAACAATCACCGGTTTAACCTTCTTCTTCAGCTCCTGA
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TCTATCGAAGGAACGGTAGGTCTCAGATAGAAAAAACCAGAGTTGAAAACCCATATCCTC
ATGGTGTGAGCGTACCGAGCCCATCCCATGGCCGGTTCGTCAAACACATCGTTGAAACCA
TAAGCCGTCATGTTGCTGTGCCCATCGCTCATCGACTCCACGTCAGAGTCTCGGTACAGA
TGCCTAAACGGGTTCTGCAAGAAGACAATGTCCACGTCCGAGAGGAGAACGCCGTAACCG
AGCTGCAAGAACTCTCTCAACACACGGAACTTCAGTCCGGAGACGGCGTGGTTCCCTCCG
GTTTCCCGACCGTGTCCACGTCCTTGTCCGGATCCCTCTTGTAATAAGCGACGTCGTTCG
ATTTACAGAAATTCTAATGTAATCGTCCAAAGCGACGACCC


BQ
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AF RR3DC19JQ U 57
AF RR3DW79JQ U 1
AF RR3G619JQ U 59
AF RR3G619TF C 240
BS 1 193 RR3DW79JQ
BS 194 195 RR3DC19JQ
BS 196 367 RR3DW79JQ
BS 368 368 RR3G619JQ
BS 369 604 RR3DW79JQ
BS 605 605 RR3G619JQ
BS 606 745 RR3DW79JQ
BS 746 781 RR3G619JQ
BS 782 941 RR3G619TF

RD RR3DC19JQ 470 0 0
AAAGA
AAAAAAAAAGACTTGAGATCGTAGTCATAAGTTACACAAAATTCGTAATACAAAAAAAAA
*GAAGACGTGAAAAGTATAATTAGAATCACAGAATATCAAGAAACTTTTTGAGCCTACCC
TGTTTTTTTTTT**CAGGTGAATGAATCATATCATCATTCAAAACCATCAGGGAAGCTAT
CAAGCGCGTCTTGCTTACCGTTTACATAGAACTCAACCACAGCTTGCATTCTATTAAGCT
TATCCGGATGGTAATTCACATGAACAATCACCGGTTTAACCTTCTTCTTCAGCTCCTGAT
CCTTCCTAACAGTCTTGAAAAGCACCTTACTGTTCATAAACTCATACATATCCATCACCC
TCTTCGAAGCATGCAGCCCAACGTAGTCAGGATGCGAGGGATAAAACAACTCCTCGTTGA
GAACCGCTTGGTCCCACAGCTTAGCCTTGGAGAGCCTATCCGCCA

QA 6 470 6 470
DS 

RD RR3DW79JQ 745 0 0
ACAGAGAGAACAATGTGGAAGAAAAAGGGTTCATCATGTAACAAGAACAGAGATGTAAAG
AAAAAAAAAAGACTTGAGATCGTAGTCATAAGTTACACAAAATTCGTAATACAAAAAAAA
A*GAAGACGTGAAAAGTATAATTAGAATCACAGAATATCAAGAAACTTTTTGAGCCTACC
CTGTTTTTTTTTTTTCAGGTGAATGAATCATATCATCATTCAAAACCATCAGGGAAGCTA
TCAAGCGCGTCTTGCTTACCGTTTACATAGAACTCAACCACAGCTTGCATTCTATTAAGC
TTATCCGGATGGTAATTCACATGAACAATCACCGGTTTAACCTTCTTCTTCAGCTCCTGA
TCCTTCCTAACAGTCTTGAAAAGCACCTTACTGTTCATAAACTCATACATATCCATCACC
CTCTTCGAAGCATGCAGCCCAACGTAGTCAGGATGCGAGGGATAAAACAACTCCTCGTTG
AAAACCGCTTGGTCCCACAGTTTAGCCTTGGAGAGCCTATCCGCCACACGATCAAGCAGC
TCTATCGAAGGAACGGTAGGTCTCAGATAGAAAAAACCAGAGTTGAAAACCCATATCCTC
ATGGCGTGAGCGTACCGAGCCCATCCCATGGCCGGTTCGTCAAACACATCGTTGAAACCA
TAAGCCGTCATGTTGCTGTGCCCATCGCTCATCGACTCCACGTCAGAGTCTCGGTACAGA
TGCCTAAACGGGTTCTGCAAGAAGA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3G619JQ 723 0 0
GGG
AAAAAAAAAGACTTGAGATCGTAGTCATAAGTTACACAAAATTCGTAATACAAAAAAAAA
AGAAGACGTGAAAAGTATAATTAGAATCACAGAATATCAAGAAACTTTTTGAGCCTACCC
TGTTTTTTTTTT**CAGGTGAATGAATCATATCATCATTCAAAACCATCAGGGAAGCTAT
CAAGCGCGTCTTGCTTACCGTTTACATAGAACTCAACCACAGCTTGCATTCTATTAAGCT
TATCCGGATGGTAATTCACATGAACAATCACCGGTTTAACCTTCTTCTTCAGCTCCTGAT
CCTTCCCAACAGTCTTGAAAAGCACCTTACTGTTCATAAACTCATACATATCCATCACCC
TCTTCGAAGCATGCAGCCCAACGTAGTCAGGATGCGAGGGATAAAACAACTCCTCGTTGA
AAACCGCTTGGTCCCACAGTTTAGCCTTGGAGAGCCTATCCGCCACACGATCAAGCAGCT
CTATCGAAGGAACGGTAGGTCTCAGATAGAAAAAACCAGAGTTGAAAACCCATATCCTCA
TGGTGTGAGCGTACCGAGCCCATCCCATGGCCGGTTCGTCAAACACATCGTTGAAACCAT
AAGCCGTCATGTTGCTGTGCCCATCGCTCATCGACTCCACGTCAGAGTCTCGGTACAGAT
GCCTAAACGGGTTCTGCAAGAAGACAATGTCCACGTCCGAGAGGAGAACGCCGTAACCGA

QA 4 723 4 723
DS 

RD RR3G619TF 702 0 0
ATCAAGCGCGTCTTGCTTACCGTTTACATAGAACTCAACCACAGCTTGCATTCTATTAAG
CTTATCCGGATGGTAATTCACATGAACAATCACCGGTTTAAC*TTCTTCTTCAGCTC*TG
ATCCTTCCCAACAGTCTTGAAAAGCACCTTACTGTTCATAAACTCATACATATCCATCAC
CCTCTTCGAAGCATGCAGCCCAACGTAGTCAGGATGCGAGGGATAAAACAACTCCTCGTT
GAAAACCGCTTGGTCCCACAGTTTAGCCTTGGAGAGCCTATCCGCCACACGATCAAGCAG
CTCTATCGAAGGAACGGTAGGTCTCAGATAGAAAAAACCAGAGTTGAAAACCCATATCCT
CATGGTGTGAGCGTACCGAGCCCATCCCATGGCCGGTTCGTCAAACACATCGTTGAAACC
ATAAGCCGTCATGTTGCTGTGCCCATCGCTCATCGACTCCACGTCAGAGTCTCGGTACAG
ATGCCTAAACGGGTTCTGCAAGAAGACAATGTCCACGTCCGAGAGGAGAACGCCGTAACC
GAGCTGCAAGAACTCTCTCAACACACGGAACTTCAGTCCGGAGACGGCGTGGTTCCCTCC
GGTTTCCCGACCGTGTCCACGTCCTTGTCCGGATCCCTCTTGTAATAAGCGACGTCGTTC
GATTTACAGAAATTCTAATGTAATCGTCCAAAGCGACGACCC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 5

CO CL1666Contig1 719 5 13 U
GGGGTGAAATCTAAGTCAGAGAAGACATATAATTTGGTGGAAGAGGAGGGTCTTTTACGG
CAAATGGCAGGAGCGGAAGATACGAAGGTTTCGAAGGCGGATTCGTTCGGTGCGGTCGTT
CTCGGCGGTACGTTTGATCGATTACACGATGGTCATCGCACTTTCCTCAAGGCGGCGGCG
GAGCTAGCGAGGGATCGAATAGTGGTGGGAGTTTGTGATGGCCCCATGTTGAAGAACAAG
CTATTTGCTGAGATGATACAACCCATTGAAGAAAGGATGCTTAATGTCCAGACCTTTGTC
AAGTCTATCAAACCTGATCTGGTTGTGCAAACCGAACCCATTACCGATCCATATGGTCCT
TCAATTGTCGATGAAGCATTGGAAGCTATAGTTGTCAGCAAAGAGACATTACCAGGTGGC
TTATCAGTAAACAGAAAAAGAGCAGAAAGAGGTCTTTCTCAACTCAAGATTGAGGTTGTG
GAAATAGTTTCTGATGGATCGAGTGGGAATAAGATAAGTTCGAGTACTCTGAGGAAGTTA
GAGGCAGAGAAAGCTGAGAAACTAAAACAACAAGACGCATCATCAACTTGAACTAGTCAT
ATGTAAAGTCAACTTTGTTTTGTAACTTTTAATACCCTTGTTGATGACCAAAAAAAGAAA
ACCCTTGTTTGTATATTGACCGAAACTGATCAATAACAGGTCAACGCTTTGTGTCTAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 
30 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR3CY23TF U 1
AF RR3E391TF U 55
AF RR3BD56JQ C 57
AF RR3BD56TF U 57
AF RR3AG90TF U 60
BS 1 67 RR3CY23TF
BS 68 68 RR3E391TF
BS 69 125 RR3CY23TF
BS 126 126 RR3BD56TF
BS 127 274 RR3CY23TF
BS 275 275 RR3E391TF
BS 276 655 RR3CY23TF
BS 656 656 RR3E391TF
BS 657 695 RR3CY23TF
BS 696 699 RR3E391TF
BS 700 700 RR3BD56TF
BS 701 714 RR3E391TF
BS 715 719 RR3BD56TF

RD RR3CY23TF 695 0 0
GGGGTGAAATCTAAGTCAGAGAAGACATATAATTTGGTGGAAGAGGAGGGTCTTTTACGG
CAAATGGGAGGAGCGGAAGATACGAAGGTTTCGAAGGCGGATTCGTTCGGTGCGGTCGTT
CTCGGTGGTACGTTTGATCGATTACACGATGGTCATCGCACTTTCCTCAAGGCGGCGGCG
GAGCTAGCGAGGGATCGAATAGTGGTGGGAGTTTGTGATGGCCCCATGTTGAAGAACAAG
CTATTTGCTGAGATGATACAACCCATTGAAGAAATGATGCTTAATGTCCAGACCTTTGTC
AAGTCTATCAAACCTGATCTGGTTGTGCAAACCGAACCCATTACCGATCCATATGGTCCT
TCAATTGTCGATGAAGCATTGGAAGCTATAGTTGTCAGCAAAGAGACATTACCAGGTGGC
TTATCAGTAAACAGAAAAAGAGCAGAAAGAGGTCTTTCTCAACTCAAGATTGAGGTTGTG
GAAATAGTTTCTGATGGATCGAGTGGGAATAAGATAAGTTCGAGTACTCTGAGGAAGTTA
GAGGCAGAGAAAGCTGAGAAACTAAAACAACAAGACGCATCATCAACTTGAACTAGTCAT
ATGTAAAGTCAACTTTGTTTTGTAACTTTTAATACCCTTGTTGATGACCAAAAAA*GAAA
ACCCTTGTTTGTATATTGACCGAAACTGATCAATA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3E391TF 661 0 0
GGAC
GGCAAATGGCAGGAGCGGAAGATACGAAGGTTTCGAAGGCGGATTCGTTCGGTGCGGTCG
TTCTCGGTGGTACGTTTGATCGATTACACGATGGTCATCGCACTTTCCTCAAGGCGGCGG
CGGAGCTAGCGAGGGATCGAATAGTGGTGGGAGTTTGTGATGGCCCCATGTTGAAGAACA
AGCTATTTGCTGAGATGATACAACCCATTGAAGAAAGGATGCTTAATGTCCAGACCTTTG
TCAAGTCTATCAAACCTGATCTGGTTGTGCAAACCGAACCCATTACCGATCCATATGGTC
CTTCAATTGTCGATGAAGCATTGGAAGCTATAGTTGTCAGCAAAGAGACATTACCAGGTG
GCTTATCAGTAAACAGAAAAAGAGCAGAAAGAGGTCTTTCTCAACTCAAGATTGAGGTTG
TGGAAATAGTTTCTGATGGATCGAGTGGGAATAAGATAAGTTCGAGTACTCTGAGGAAGT
TAGAGGCAGAGAAAGCTGAGAAACTAAAACAACAAGACGCATCATCAACTTGAACTAGTC
ATATGTAAAGTCAACTTTGTTTTGTAACTTTTAATACCCTTGTTGATGACCAAAAAAAGA
AAACCCTTGTTTGTATATTGACCGAAACTGATCGATAACAG*TCAACGCTTTGTGT
T

QA 5 660 5 660
DS 

RD RR3BD56JQ 660 0 0
GG
GGCAAATGGCAGGAGCGGAAGATACGAAGGTTTCGAAGGCGGATTCGTTCGGTGCGGTCG
TTCTCGGCGGTACGTTTGATCGATTACACGATGGTCATCGCACTTTCCTCAAGGCGGCGG
CGGAGCTAGCGAGGGATCGAATAGTGGTGGGAGTTTGTGATGGCCCCATGTTGAAGAACA
AGCTATTTGCTGAGATGATACAACCCATTGAAGAAAGGATGCTTAATGTCCAGACCTTTG
TCAAGTCTATCAAACCTGATCTGGTTGTGCAAACCGAACCCATTACCGATCCATATGGTC
CTTCAATTGTCGATGAAGCATTGGAAGCTATAGTTGTCAGCAAAGAGACATTACCAGGTG
GCTTATCAGTAAACAGAAAAAGAGCAGAAAGAGGTCTTTCTCAACTCAAGATTGAGGTTG
TGGAAATAGTTTCTGATGGATCGAGTGGGAATAAGATAAGTTCGAGTACTCTGAGGAAGT
TAGAGGCAGAGAAAGCTGAGAAACTAAAACAACAAGACGCATCATCAACTTGAACTAGTC
ATATGTAAAGTCAACTTTGTTTTGTAACTTTTAATACCCTTGTTGATGACCAAAAAAAGA
AAACCCTTGTTTGTATATTGACCGAAACTGATCAATAACAGGTCAACGCTTTGTGT
CT

QA 3 658 3 658
DS 

RD RR3BD56TF 663 0 0
GG
GGCAAATGGCAGGAGCGGAAGATACGAAGGTTTCGAAGGCGGATTCGTTCGGTGCGGTCG
TTCTCGGCGGTACGTTTGATCGATTACACGATGGTCATCGCACTTTCCTCAAGGCGGCGG
CGGAGCTAGCGAGGGATCGAATAGTGGTGGGAGTTTGTGATGGCCCCATGTTGAAGAACA
AGCTATTTGCTGAGATGATACAACCCATTGAAGAAAGGATGCTTAATGTCCAGACCTTTG
TCAAGTCTATCAAACCTGATCTGGTTGTGCAAACCGAACCCATTACCGATCCATATGGTC
CTTCAATTGTCGATGAAGCATTGGAAGCTATAGTTGTCAGCAAAGAGACATTACCAGGTG
GCTTATCAGTAAACAGAAAAAGAGCAGAAAGAGGTCTTTCTCAACTCAAGATTGAGGTTG
TGGAAATAGTTTCTGATGGATCGAGTGGGAATAAGATAAGTTCGAGTACTCTGAGGAAGT
TAGAGGCAGAGAAAGCTGAGAAACTAAAACAACAAGACGCATCATCAACTTGAACTAGTC
ATATGTAAAGTCAACTTTGTTTTGTAACTTTTAATACCCTTGTTGATGACCAAAAAAAGA
AAACCCTTGTTTGTATATTGACCGAAACTGATCAATAACAGGTCAACGCTTTGTGTCTAA
C

QA 3 663 3 663
DS 

RD RR3AG90TF 657 0 0
GG
AAATGGCAGGAGCGGAAGATACGAAGGTTTCGAAGGCGGATTCGTTCGGTGCGGTCGTTC
TCGGTGGTACGTTTGATCGATTACACGATGGTCATCGCACTTTCCTCAAGGCGGCGGCGG
AGCTAGCGAGGGATCGAATAGTGGTGGGAGTTTGTGATGGCCCCATGTTGAAGAACAAGC
TATTTGCTGAGATGATACAACCCATTGAAGAAAGGATGCTTAATGTCCAGACCTTTGTCA
AGTCTATCAAACCTGATCTGGTTGTGCAAACCGAACCCATTACCGATCCATATGGTCCTT
CAATTGTCGATGAAGCATTGGAAGCTATAGTTGTCAGCAAAGAGACATTACCAGGTGGCT
TATCAGTAAACAGAAAAAGAGCAGAAAGAGGTCTTTCTCAACTCAAGATTGAGGTTGTGG
AAATAGTTTCTGATGGATCGAGTGGGAATAAGATAAGTTCGAGTACTCTGAGGAAGTTAG
AGGCAGAGAAAGCTGAGAAACTAAAACAACAAGACGCATCATCAACTTGAACTAGTCATA
TGTAAAGTCAACTTTGTTTTGTAACTTTTAATACCCTTGTTGATGACCAAAAAAAGAAAA
CCCTTGTTTGTATATTGACCGAAACTGATCAATAACATGTCAACGCTTTGTGT
TT

QA 3 655 3 655
DS 



AS 1 3

CO CL1667Contig1 915 3 8 U
GTCAAATTATTTTTTTAAAACGTGTATTAATGCAACCACACAGTTTCGCTTGAGCTATAA
CACAAAGACCAAATAGAGACGGTGTAGGTTTGTTTCAGACAACCTTATAAGAAAAAAAAA
AAACAAAGCCGAGCTGGGATCGGGGTCCTCTCTTTTATGTTATTATTTGCAACGAACTCA
CTAGCATTCCTTCTCATAAACTTCGCTTGCGTAGTTCCAGTTGATAACCTTCCAGACGTT
CTTCAGATAATCAGGCCTCACATTCTTGTACTGCAAGTAGTAGGCGTGCTCCCAAACATC
TATACCCACCAGAGGAACCAAGCTTCCTCCTTTTGTCACTAGTGGATCCTGATTGGCGGT
TGTGTCAACCACAAGCTTCTTAAGTTCCTTGTCTAAACCGAGCCACACCCATCCTGAGCC
TTGAAGAGCAGCACCTTCAGCACTCATCTTTTTCACCAAACCTTCAAGAGAGCCAAAGTT
AGTGTCAATAGCTCCAGCAAGAGCTCCCTTCGGTGGCTCTCCACCACCTTGGTTGACAGG
AGCAAGATTCTTCCAGAAAATCGAGTGGTTCACATGACCTCCGCCGTTGAACTTGATGGC
GCTATGGAGCTTGACGACAGTGGAAGCGTCTCCCTTGTTAACGGCCTGATCAAGCTGCTC
GAGGGCATTGTTGTAATTAGTGACGTACGTCTGGTGATGCTTCTGGTGATGAATCTGCAT
AATCTCGCCGCTGATCGCCGGCTCCAGCGCGCTGTAATCATATGGAAGATCAGGAAGCGT
GGAAGTCTGGATCCCTCTCCATCCCACAAGCCTCGAAGACGTCTCCTTTAGACCGCCTAG
GGTTCTTCTACTCGCTACAGAACGAATCGCCATTTGTTGTTGATAGATAATGAAATGCTT
TCGTTCTCCGCTCCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS15JQ U 1
AF RR3CJ45JQ U 2
AF RR3AE34TF C 124
BS 1 121 RR3FS15JQ
BS 122 123 RR3CJ45JQ
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BS 547 756 RR3FS15JQ
BS 757 915 RR3AE34TF

RD RR3FS15JQ 766 0 0
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A**CAAAGCCGAGCTGGGATCGGGGTCCTCTCTTTTATGTTATTATTTGCAACGAACTCA
CTAGCATTCCTTCTCATAAACTTCGCTTGCGTAGTTCCAGTTGATAACCTTCCAGACGTT
CTTCAGATAATCAGGCCTCACATTCTTGTACTGCAAGTAGTAGGCGTGCTCCCAAACATC
TATACCCACCAGAGGAACCAAGCTTCCTCCTTTTGTCACTAGTGGATCCTGATTGGCGGT
TGTGTCAACCACAAGCTTCTTAAGTTCCTTGTCTAAACCGAGCCACACCCATCCTGAGCC
TTGAAGAGCAGCACCTTCAGCACTCATCTTTTTCACCAAACCTTCAAGAAAGCCAAAGTT
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AGCAAAATTCTTCCAGAAAATCGAGTGGTTCACATGACCTCCGCCGTTGAACTTGATGGC
GCTATGGAGCTTGACGACAGTGGAAGCGTCTCCCTTGTTAACGGCCTGATCAAGCTGCTC
GAGGGCATTGTTGTAATTAGTGACGTACGTCTGGTGATGCTTCTGGTGATGAATCTGCAT
AATCTCGCCGCTGATCGCCGGCTCCAGCGCGCTGTA
TCATACGGAA

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DS 

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G
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CAAAGACCAAATAGAGACGGTGTAGGTTTGTTTCAGACAACCTTATAAGAAAAAAAAAAA
ACAAAGCCGAGCTGGGATCGGGGTCCTCTCTTTTATGTTATTATTTGCAACGAACTCACT
AGCATTCCTTCTCATAAACTTCGCTTGCGTAGTTCCAGTTGATAACCTTCCAGACGTTCT
TCAGATAATCAGGCCTCACATTCTTGTACTGCAAGTAGTAGGCGTGCTCCCAAACATCTA
TACCCACCAGAGGAACCAAGCTTCCTCCTTTTGTCACTAGTGGATCCTGATTGGCGGTTG
TGTCAACCACAAGCTTCTTAAGTTCCTTGTCTAAACCGAGCCACACCCATCCTGAGCCTT
GAAGAGCAGCACCTTCAGCACTCATCTTTTTCACCAAACCTTCAAGAGAGCCAAAGTTAG
TGTCAATAGCTCCAGCAAGAGCTCCCTTCGGTGGCTCTCCACCACCTTGGTTGACAGGAG
CAAGATTCTTCCAGAAAATCGAGTGGTTCACATGACCTCCGCCGTTGAACTTGATGGCGC
TATGGAGCTTGACGACAGTGGAAGCGTCTCCCTTGTTAACGGCCTGATCAAGCTGCTCGA
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TCTCGCCGCTGAT

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DS 

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CAGATAATCAGGCCTCACATTCTTGTACTGTAAGTAGTAGGCGTGCTCCCAAACATCTAT
ACCCACCAGAGGAACCAAGCTTCCTCCCTTTGTCACAAGTGGATCCTGATTGGCGGTTGT
GTCAACCACAAGCTTCTTAAGTTCCTTGTCTAAACCGAGCCACACCCATCCTGAGCCTTG
AAGAGCAGCACCTTCAGCACTCATCTTTTTCACCAAACCTTCAAGAGAGCCAAAGTGAGT
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AAGATTCTTCCAGAAAATCGAGTGGTTCACATGACCTCCGCCGCTGAACTTGATGGCGCT
ATGGAGCTTGACGACAGTGGAAGCGTCTCCGTTGTTAACGGCCTGATCAAGCTGCTCGAG
GGCATTGTTGTAATTAGTGACGTACGTCTGGTGATGCTTCTGGTGATGAATCTGCATAAT
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AGTCTGGATCCCTCTCCATCCCACAAGCCTCGAAGACGTCTCCTTTAGACCGCCTAGGGT
TCTTCTACTCGCTACAGAACGAATCGCCATTTGTTGTTGATAGATAATGAAATGCTTTCG
TTCTCCGCTCCC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 2 5

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AATTCATGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C758TF U 1
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BS 1 659 RR3C758TF
BS 660 670 RR3C758JQ

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CAGTGGCCTGTCATCATCCCTGAGGAAGAGATTCACCAAGAAGCTCCTGGTGTCAAGCCG
AGGAAAGCAGAAGACAAGAAGCAATGATGCTCTCGCTTGATTTGTGTTTACTCTTGTTCT
GTTGGCATGTCTAGCTTTGGGAATTTATAACTCTTGATTGGGATAGATACATCTGCATTG
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TAATTCATGTC

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DS 

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TCTTGCGTCGAATTCTTGGCTCAGTGCAACGCGAGGAAGGCCAAAGAGTCGAACCCTAAC
TGTCAGGTTCTGGTGAAACGCAGAACGGACGATCAGCCGCCGCAGATCAGCGTCACGTTC
GTTAATGGTGTTGAGGAAGCTTTCGATGCGGCTGCCACGTCGGCTCAGTCCATCAGGAAG
ATGATTCTTGATAAAGGGCAGTATCTCGAGACTGAACAGATGTTCCGTGAAGCCGGGGAG
CAGTGGCCTGTCATCATCCCTGAGGAAGAGATTCACCAAGAAGCTCCTGGTGTCAAGCCG
AGGAAAGCAGAAGACAAGAAGCAATGATGCTCTCGCTTGATTTGTGTTTACTCTTGTTCT
GTTGGCATGTCTAGCTTTGGGAATTTATAACTCTTGATTGGGATAGATACATCTGCATTG
TTTCTTTTTTATGTGAACCTGAAGTGTATTAACTTTTTGATCAGAAGCCATGAAGTTTAT
AATTCATGTC

QA 1 610 1 610
DS 



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TGGGTTTACTCTTGTTGTTCTGTTGGCATGTTTAGCTTTGGGAATGTATAACTCTTGATT
GGGATAGATACATCTGTATTGTTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTTG
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TTTGTTTCAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H190TF U 1
AF RR3GO71JQ C 5
AF RR3GO71TF U 5
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BS 122 122 RR3GO71TF
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BS 199 199 RR3GO71TF
BS 200 620 RR3H190TF
BS 621 670 RR3GO71TF

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TGGGTTTACTCTTGTTGTTCTGTTGGCATGTTTAGCTTTGGGAATGTATAACTCTTGATT
GGGATAGATACATCTGTATTGTTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTTG
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A

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3GO71JQ 666 0 0
GGGGCT
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CCGGGGAGCAGTGGCCTGTTATCATCCCTGAGGAAGAGATTCACCAAGAAGCTCCTGGTG
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CATCTGTATTGTTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTTGATCAGAAGCC
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QA 7 666 7 666
DS 

RD RR3GO71TF 666 0 0
GGGGCT
TTCTTCTGCATTTTCCCTTTAACCGATTCTCGCCGGAGAGCTCCCGTCGACCTGTGTTTG
AGAAGAGGATGTTGAAGTTCCTATCAAAAGTAAAGATTGAGTTCAACACATCGGATCCAA
GACTCGCCTCATGCGTCGAGTTCTTGGCTCAGTGCAACGCGAGGAAGGCCAAAGAGTCCA
ACCCTAACAGTCAGGTTCTGGTGAAACGCAGAACAGACGATCAGCCGCCGCAGATCAGCG
TCACGTTCGTTAACGGTGTTGAGGAAGCTTTCGATGCGGCTGCCACGTCGGCCCAGTCCA
TCAGGAAGATGATTCTTGATAAAGGTCAGTATCTTGAGACAGAGCAGATGTTCCGTGAAG
CCGGGGAGCAGTGGCCTGTTATCATCCCTGAGGAAGAGATTCACCAAGAAGCTCCTGGTG
TCAAGCCGAGGAAAGCAGAAGACAAGAAGCAATGATGCTCTCGCTTGATTTGGGTTTACT
CTTGTTGTTCTGTTGGCATGTTTAGCTTTGGGAATGTATAACTCTTGATTGGGATAGATA
CATCTGTATTGTTTCTTTCTTTATGTGAACCTGAAATGTATGAACTTTTGATCAGAAGCC
ATGAAGTTTAATTCATGTCTTTTCTTTTCTCAATAAGTGGCTGGTGGGGCTTTGTTTCAC

QA 7 666 7 666
DS 



AS 1 4

CO CL1669Contig1 1235 4 13 U
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CGCAATATAAATGACAGTTGTGGTAATTGAAAGAAAAATAGAGCTATATTTAGTCTCATG
AATCTAAAAAATCCATTTAATGGACAAATTAAGACTGTATTTCAAAAATGAAAGGTAAAT
TGAGATTTATGTTGCTAAAAGCCGCCCACATTATTATCTAACAAAGATGATGTACAAAGA
AATAGTGTAGCGACCGTAAGTTCTGCTTTTTTGGTTGTCTGTGAGCTTTGGATGTCATGA
GCGTCCATCTTTATCCAACTCCTGTGTTTATCTGTCAGACCCTGTCACTGCATCAAACAA
ACCGCAGCAACTTAACCATGAAGTTCGGACAGCTGGTGGGGCAGGCAACAAAAGACGATT
TTCCTCAGAGGATACTGGAGCTTCAGATTCTCTTACACTCTCTGCTTTTCTGCCTGTTCC
ATCAGCAGACCCTGGAAGAGTATCCACCTTACCGTTTTCTTTCTCCAGAGATTGATACTC
TTTCTTGTCATCAGACTTCTGTTTGACCAAATTAGAGTGTGTTGAGGTCTCAGCATGCTC
ACTCTTATCAGGAATCACTACTTCAGAGACAGAATCGACAACAGGAGCGATTTCCTCAAC
TGAATCACCAGAAGAATCCTGAGTAGAGTTGCCATTAGAGGAAATGGGAGATTTCTCCAG
AGTATTGTTCTTGTTACCCGTTCCTCTTTCAACAGCGACGTCATTTCCAGTTTTGGGTCC
TAGTCCCTGATGAGTAACATCTGATATCTCTTTAGCAGTAGTGTCCTTCTCCTTCAGCAC
CAAAGAAGATGATGAATCTTTGGTGAGACCAAATTCTTGATTCCCATGAGAAACAGGGGA
ACTCAAAGGGCTATCACTTTCCCTATCATCTTGGCTTCCTTGTTCATCATCTCCGTGAAG
ATTATCGCCATTGAAGCTCTTATTGTTCGTACTCGTTCCAATCGCTTCTTGCTGCTGCTG
CTGCTGCTTCTTCTTCAACGCCTTTCTCTTCTTCGCACCGGGAGGCATGATCAATCGATC
GAAACAACGGAGGATTGATTCTCTCTCGCCTTGAGAATTGAGTAAAAAGTTTCGTTCGCA
GTTTGTTTCTCTCTCTTTCTCTATCTCGCTCGCTCGCTACAGTGTGAGTTGGTTTGGTGT
GTGTGGACTGCGTTTTCTTTTTGTCTCCACGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV89JQ U 1
AF RR3EN91JQ U 89
AF RR3EN91TF C 530
AF RR3B441TF C 471
BS 1 355 RR3DV89JQ
BS 356 356 RR3EN91JQ
BS 357 771 RR3DV89JQ
BS 772 839 RR3EN91JQ
BS 840 854 RR3B441TF
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BS 1110 1110 RR3EN91TF
BS 1111 1123 RR3B441TF
BS 1124 1124 RR3EN91TF
BS 1125 1235 RR3B441TF

RD RR3DV89JQ 771 0 0
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CGCAATATAAATGACAGTTGTGGTAATTGAAAGAAAAATAGAGCTATATTTAGTCTCATG
AATCTAAAAAATCCATTTAATGGACAAATTAAGACTGTATTTCAAAAATGAAAGGTAAAT
TGAGATTTATGTTGCTAAAAGCCGCCCACATTATTATCTAACAAAGATGATGTACAAAGA
AATAGTGTAGCGACCGTAAGTTCTGCTTTTTTGGTTGTCTGTGAGCTTTGGATGTCATGA
GCGTCCATCTTTATCCAACTCCTGTGTTTATCTGTCAGACCCTGTCACTGCATCATACAA
ACCGCAGCAACTTAACCATGAAGTTCGGACAGCTGGTGGGGCAGGCAACAAAAGACGATT
TTCCTCAGAGGATACTGGAGCTTCAGATTCTCTTACACTCTCTGCTTTTCTGCCTGTTCC
ATCAGCAGACCCTGGAAGAGTATCCACCTTACCGTTTTCTTTCTCCAGAGATTGATACTC
TTTCTTGTCATCAGACTTCTGTTTGACCAAATTAGAGTGTGTTGAGGTCTCAGCATGCTC
ACTCTTATCAGGAATCACTACTTCAGAGACAGAATCGACAACAGGAGCGATTTCCTCAAC
TGAATCACCAGAAGAATCCTGAGTAGAGTTGCCATTAGAGGAAATGGGAGATTTCTCCAG
AGTATTGTTCTTGTTACCCGTTCCTCTTTCAACAGCGACGTCATTTCCAGT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3EN91JQ 751 0 0
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TTAAGACTGTATTTCAAAAATGAAAGGTAAATTGAGATTTATGTTGCTAAAAGCCGCCCA
CATTATTATCTAACAAAGATGATGTACAAAGAAATAGTGTAGCGACCGTAAGTTCTGCTT
TTTTGGTTGTCTGTGAGCTTTGGATGTCATGAGCGTCCATCTTTATCCAACTCCTGTGTT
TATCTGTCAGACCCTGTCACTGCATCAAACAAACCGCAGCAACTTAACCATGAAGTTCGG
ACAGCTGGTGGGGCAGGCAACAAAAGACGATTTTCCTCAGAGGATACTGGAGCTTCAGAT
TCTCTTACACTCTCTGCTTTTCTGCCTGTTCCATCAGCAGACCCTGGAAGAGTATCCACC
TTACCGTTTTCTTTCTCCAGAGATTGATACTCTTTCTTGTCATCAGACTTCTGTTTGACC
AAATTAGAGTGTGTTGAGGTCTCAGCATGCTCACTCTTATCAGGAATCACTACTTCAGAG
ACAGAATCGACAACAGGAGCGATTTCCTCAACTGAATCACCAGAAGAATCCTGAGTAGAG
TTGCCATTAGAGGAAATGGGAGATTTCTCCAGAGTATTGTTCTTGTTACCCGTTCCTCTT
TCAACAGCGACGTCATTTCCAGTTTTGGGTCCTAGTCCCTGATGAGTAACATCTGATATC
TCTTTAGCAGTAGTGTCCTTCTCCTTCAGCA

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3EN91TF 599 0 0
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TCAGCATGCTCACTCTTATCAGGAATCACTACTTCAGAGACAGAATCGACAACAGGAGCG
ATTTCCTCAACTGAATCACCAGAAGAATCCTGAGTAGAGTTGCCATTAGAGGAAATGGGA
GATTTCTCCAGAGTATTGTTCTTGTTACCCGTTCCTCTTTCAACAGCGACGTCATTTCCA
GTTTTGGGTCCTAGTCCCTGATGAGTAACATCTGATATCTCTTTAGCAGTAGTGTCCTTC
TCCTTCAGCACCAAAGAAGATGATGAATCTTTTGTGAGACCAAATTCTTGATTCTCATGA
GAAACAGGGGAACTCAAAGTGCTATCACTTTCCCTATCATCTTGGCTTCCTTGTTCATCA
TTTCCGTGAAGATTATCGCCATTGAAGCTCTTGTTGTTCGTACTTGTTCCAATCGCTTCT
TGCTGCTGCTGCTGCTGCTTCTTCTTCAACGCCTTTCTCTTCTTCGCACCGGGAGGCATG
ATCGATCGATCGATACAATGGAGGATTGATTCTCTCTCGCCTTGAGAATTGAGTAAAAA

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR3B441TF 765 0 0
TCTGTGTTTATCTGT
CAGACCCTGGAAGAGTATCCACCTTACCGTTTTCTTTCTCCAGAGATTGATACTCTTTCT
TGTCATCAGACTTCTGTTTGACCAAATTTGAGTGTGTTGAGGTCTCAGCATGCTCACTCT
TATCAGGAACCACTACTTTAGAGACAGAATCGACAACAGGAGCGATTTCCTCAACTGAAT
CACCACAAGAATCCTGAGTGGAATTGCCATTAGAGGAAATGGGAGATTTCTCCAGAATAT
TGCTCTTGTCATCCGTTCCTCTTTCAACAGCGACGTCATTTCCAGTTTTGGGTGCTAGTC
CCTGATGAGTAACATCTGATATCTCTTTAGCAGTAGTGTCCTTCTCCTTCAGCACCAAAG
AAGATGATGGATCTTTGGTGAGACCAAATTCTTGATTCCCTTGAGAAACAGGGGAACTCA
AAGGGCTATCACTTTCCCTATCATCTTGGCTTCCTTGTTCATCATCTCCGTGAAGATTAT
CGCCATTGAAGCTCTTATTGTTCGTACTCGTTCCAATCGCTTCTTGCTGCTGCTGCTGCT
GCTTCTTCTTCAACGCCTTTCTCTTCTTCGCACCGGGAGGCATGATCAATCGATCGAAAC
AACGGAGGATTGATTCTCTCTCGCGTTGAGAATTGAGTGAAAAGTTTCGTTCGCAGTTTG
TTTCTCTCTCTTTCTCTATCTCGCTCGCTCGCTACAGTGTGAGTTGGTTTGGTGTGTGTG
GACTGCGTTTTCTTTTTGTCTCCACGTTCC

QA 16 765 16 765
DS 



AS 1 4

CO CL1670Contig1 1287 4 46 U
AATTGCAAAGTCTTTGAAGATTTATTGTTACTTACCATCAAGCGACAAAGTTTGAAGCTT
GAAGCACACATGCAAATGATACACTTTGAATTAAATATGATCTGAAAAGAATGTCTTAAG
GTTACATTACATGTTTTCTTTTGGTGGCTGTATTTCTTGGAGTTGAAGGAGCAACCCCAG
GAAGGCTGTTCCTCTTTGGTGGTAGTTTTGCTTCACCAAAGTTGCTTCTTGAAGTTGAAG
GAGCAGTCCCAAGAAGGCTGTTGTTCCTCTTAGGAGGTAGATTCCCTTCACCACTTCTCG
AAGTTGAAGGAGCAGTCCCAAGAAGGCTGTTGATCCTCTTTGGAGGTAGATTCCCTTCAC
CACTTCTCGAAGTTGAAGGAGCAGTCCCAGGAAAGCTGTTGATCCTCCTAGGGGCAGAAA
TACTGAAACTCTTCTGGATTGTGTTCCTTTTAACTGCAGTGAGATTCTTCTCTTGTTCGC
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GAGAACT***GAAACCCTTCTGAATACTGTTCCTCTTAATTGCAGTGAGATTCTTCACTT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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DS 



AS 1 4

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GE83JQ C 634
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GGATACTGCAACTCACCCACATCAAAGCTTCTTCTCTATGATTACCTTCCTGGTGGTAGC
CTTGACCAAGCTCTTCACGAGAGAGGCGACCAACTGGATTGGGATTCACGAGTAAATATT
ATAGTAGGAGCAGCAAAAGGGTTAGCATACTTGCATCATGATTGTTCTCCTAGGATTATA
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GACTTTGGACTTGCCAAGCTGCTAGAGGACGAAGAGTCTCATATTACAACCATTGTTGCA
G*CACATTCG*TTACTTGGCTCCAGAGTATATGCAAAGCGGTAGAGCGACTGAGAAGACC
GATGTTTACAGTTTCGGAGTTTTGGTTC

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G
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GCAACTCACCCACATCAAAGCTTCTTCTCTATGATTACCTTCCTGGTGGTAGCCTTGACC
AAGCTCTTCACGAGAGAGGCGACCAACTGGATTGGGATTCACGAGTAAATATTATAGTAG
GGGCAGCAAAAGGGTTAGCATACTTGCATCATCATTGTTCTCCTAGGATTATACACCGTG
ATATCAAATCAAGCAACATATTACTCGATGGGAATCTCGAGGCTCGTGTATCGGACTTTG
GACTTGCCAAGCTGCTAGAGGACGAAGAGTCTCATATTACAACCATTGTTGCAGGCACAT
TCGGTTACTTGGCTCCAGAGTATATGCAAAGCGGTAGAGCGACTGAGAAGACCGATGTTT
ACAGTTTCGGAGTTTTGGTTCTTGAAGTCTTGAGTGGTAAGATCCCCACGGATACCTCAT
TCATCGAGAAAGGCTACAACGTTGTTGGTTGGCTAAACTT
TTTTAATC

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CTTGAAGTCTTGAGTGGTAAGATCCCCACGGATACCTCATTCATCGAGAAAGGCTACAAC
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GTGTCTTCTAGTCCAGACGAGCGGCCAACTATGCTCAGAGTTGTTCAGTTACTTGAATCT
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TTGTGTTTTTTTTGGCTCTGAGTCTTTTTT*ATTTTTATATATGATCTTTCCTTGTATTT
GGTTAAACCCTTTCATTTGTTCTGAATGTGGAACTAAAATGTATATGATTATTGTAGAAA
ACACTGTAATATTTTTATAAGAAGGATCTGAATAAATTTCTGT

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DS 

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GAGTCTCATATTACAACCATTGTTGCAGGCACATTCGGTTACTTGGCTCCAGAGTATATG
CAAAGCGGTAGAGCGACTGAGAAGACCGATGTTTACAGTTTCGGAGTTTTGGTTCTTGAA
GTCTTGAGTGGTAAGATCCCCACGGATACCTCATTCATCGAGAAAGGCTACAACGTTGTT
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TCTAGTCCAGACGAGCGGCCAACTATGCTCAGAGTTGTTCAGTTACTTGAATCTGAAGTT
ATGACTCCTTGCCCTAGTGACTTCTACGATTCCGGTTCTGATTGATCCCATTCACAAGTC
CATTTTCTGTTTTATATCACAAAGGTACAATCCATTCATTTTCGGTTTCTCTTTTTGTGT
TTTTTTTGGCTCTGAGTCTTTTTTTATTTTTATATATGATCTTTCCTTGTATTTGGTTAA
ACCCTTTCATTTGTTCTGAATGTGGAACTAAAATGTATATGATTATTGTAGAAAACACTG
TAATATTTTTATAAGAAGGATCTGAATAAATTTCTGTAATTTCCCATGC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 5

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GGGACACCATCAAACAACAACAATCAACATGGCTCCATTTCTCTCCATCTCCCTCGCCCT
TGTCGCCATTTTCTTCATTACAGTCTCCGCAGATCCCGACATGCTCCAAGACCTCTGTGT
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CACACCACTCGATTTCTTCTCGCAAGGAATAGCCAATCCAGGTCTCACCAACAACACATT
CGGCTCCTTAGTCACAGGCGCGAACGTGATGGCCATCCCGGGACTCAACACCCTCGGCGT
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CGCCACCGAAGTCGTCTACGTCCTCGAAGGAGCCCTCGACGTCGGGTTCCTCACCACGGC
CAACAAGCTCATCTCTCAGTCTCTCAAGAAAGGCGACGTCTTTGCTTTCCCCAAGGGGCT
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CCAGCTTCCCGGGACTCAGTCTCTTGGTGCTACTTTGTTCGGTTCTACGCCTCCTGTTCC
TGATCAGATCTTGGCTCAAGCATTTCAGACGTCTCCGGGGACTGTTAAACACATCAAAAC
CAAGTTCCAACCCAAGAAGTAGTGATATGATCTTCTTGGTTCTGTTTTTCTCCTTTATTT
GTCCTTTGTGTAATAAAACCAAATAACTGATCTTTGAGTGTGCATTTGAGCTTTCGTTGT
CTCATGTATTAGTTGATTTTTCTTTTTTTTTTTTTTAGTTTCACGTTAACTATATTTGGG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F991TF U 2
AF RR3DR93TF U 2
AF RR3DR93JQ C 63
AF RR3CD20TF U 1
AF RR3F991JQ C 436
BS 1 39 RR3CD20TF
BS 40 40 RR3DR93TF
BS 41 176 RR3CD20TF
BS 177 177 RR3DR93TF
BS 178 325 RR3CD20TF
BS 326 326 RR3DR93TF
BS 327 542 RR3CD20TF
BS 543 543 RR3DR93TF
BS 544 621 RR3CD20TF
BS 622 622 RR3DR93TF
BS 623 808 RR3CD20TF
BS 809 840 RR3F991JQ

RD RR3F991TF 615 0 0
GGG
CACCATCAAACAACAACAATCAACATGGCTCCATTTCTCTCCATCTCCCTCGCCCTTGTC
GCCATTTTCTTCATTACAGTCTCCGCAGATCCCGACATGCTCCAAGACCTCTGTGTCGCT
GATCTCTCCTCCGGAATCAAAGTCAATGGCTTCCCTTGCAAAGACGCAGCCAACGTCACA
CCACTCGATTTCTTCTCGCAAGGAATAGCCAATCCAGGTCTCACCAACAACACATTCGGC
TCCTTAGTCACAGGCGCGAACGTGATGGCCATCCCGGGACTCAACACCCTCGGCGTCTCC
CTCGCACGCATCGACTACGCGCCGGGAGGCTTAAACCCGCCTCACACTCACCCTCGCGCC
ACCGAAGTCGTCTACGTCCTCGAAGGAGCCCTCGACGTCGGGTTCCTCACCACGGCCAAC
AAGCTCATCTCTCAGTCTCTCAAGAAAGGCGACGTCTTTGCTTTCCCCAAGGGGCTTGTT
CATTTCCAGAAGAACAACGGTCGCGTCCCTGCTTCTGTCATCGCTGCTTTCAACAGCCAG
CTTCCCGGGACTCAGTCTCTTGGTGCTACTTTGTTCGGTTCTACGCCTCCTGTTCCTGAT
CAGATCTTGGCT

QA 4 615 4 615
DS 

RD RR3DR93TF 736 0 0
GGA
CACCATCAAACAACAACAATCAACATGGCTCCATTTCTCTCCATCTCCCTCGCCCTTGTC
GCCATTTTCTTCATTACAGTCTCCGCAGATCCCGACATGCTCCAAGACCTCTGTGTCGCT
GATCTCTCCTCCGGAATCAAAGTCAATGGCTTCCCTTGCAAAGACGCAGCCAGCGTCACA
CCACTCGATTTCTTCTCGCAAGGAATAGCCAATCCAGGTCTCACCAACAACACATTCGGC
TCCTTAGTCACAGGCGCGAACGTGATGGCCATCCCGGGACTCAACACCCTCGGCGTCTCC
CTCGCACGCATCGACTACGCGCCGGGAGGCTTAAACCCGCCTCACACTCACCCTCGCGCC
ACCGAAGTCGTCTACGTCCTCGAAGGAGCCCTCGACGTCGGGTTCCTCACCACGGCCAAC
AAGCTCATCTCTCAGTCTCTCAAGAAAGGCGACGTCTTTGCTTTCCCCAAGGGGCTTGTT
CATTTCCAGAAGAACAACGGTCGCGTCCCTGCTTCTGTCATCGCTGCTTTCAACAGCCAG
CTTCCCGGGACTCAGTCTCTTGGTGCTACTTTGTTCGGTTCTACGCCTCCTGTTCCTGAT
CAGATCTTGGCTCAAGCATTTCAGACGTCTCCGGGGACTGTTAAACACATCAAAACCAAG
TTCCAACCCAAGAAGTAGTGATATGATCTTCTTGGTTCTGTTTTTCTCCTTTATTTGTCC
TTTGTGT
AATAAA

QA 4 730 4 730
DS 

RD RR3DR93JQ 669 0 0
TCGCCATTTTCTTCATTACAGTCTCCGCAGATCCCGACATGCTCCAAGACCTCTGTGTCG
CTGATCTCTCCTCCGGAATCAAAGTCAATGGCTTCCCTTGCAAAGACGCAGCCAGCGTCA
CACCACTCGATTTCTTCTCGCAAGGAATAGCCAATCCAGGTCTCACCAACAACACATTCG
GCTCCTTAGTCACAGGCGCGAACGTGATGGCCATCCCGGGACTCAACACCCTCGGCGTCT
CCCTCGCACGCATCGACTACGCGCCGGGAGGCTTAAACCCGCCTCACACTCACCCTCGCG
CCACCGAAGTCGTCTACGTCCTCGAAGGAGCCCTCGACGTCGGGTTCCTCACCACGGCCA
ACAAGCTCATCTCTCAGTCTCTCAAGAAAGGCGACGTCTTTGCTTTCCCCAAGGGGCTTG
TTCATTTCCAGAAGAACAACGGTCGCGTCCCTGCTTCTGTCATCGCTGCTTTCAACAGCC
AGCTTCCCGGGACTCAGTCTCTTGGTGCTACTTTGTTCGGTTCTACGCCTCCTGTTCCTG
ATCAGATCTTGGCTCAAGCATTTCAGACGTCTCCGGGGACTGTTAAACACATCAAAACCA
AGTTCCAACCCAAGAAGTAGTGATATGATCTTCTTGGTTCTGTTTTTCTCCTTTATTTGT
CCTTTGTGT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3CD20TF 808 0 0
GGGACACCATCAAACAACAACAATCAACATGGCTCCATTCCTCTCCATCTCCCTCGCCCT
TGTCGCCATTTTCTTCATTACAGTCTCCGCAGATCCCGACATGCTCCAAGACCTCTGTGT
CGCTGATCTCTCCTCCGGAATCAAAGTCAATGGCTTCCCTTGCAAAGACGCAGCCAACGT
CACACCACTCGATTTCTTCTCGCAAGGAATAGCCAATCCAGGTCTCACCAACAACACATT
CGGCTCCTTAGTCACAGGCGCGAACGTGATGGCCATCCCGGGACTCAACACCCTCGGCGT
CTCCCTCGCACGCATCGACTACGCGTCGGGAGGCTTAAACCCGCCTCACACTCACCCTCG
CGCCACCGAAGTCGTCTACGTCCTCGAAGGAGCCCTCGACGTCGGGTTCCTCACCACGGC
CAACAAGCTCATCTCTCAGTCTCTCAAGAAAGGCGACGTCTTTGCTTTCCCCAAGGGGCT
TGTTCATTTCCAGAAGAACAACGGTCGCGTCCCTGCTTCTGTCATCGCTGCTTTCAACAG
CCGGCTTCCCGGGACTCAGTCTCTTGGTGCTACTTTGTTCGGTTCTACGCCTCCTGTTCC
TGATCAGATCTTGGCTCAAGCGTTTCAGACGTCTCCGGGGACTGTTAAACACATCAAAAC
CAAGTTCCAACCCAAGAAGTAGTGATATGATCTTCTTGGTTCTGTTTTTCTCCTTTATTT
GTCCTTTGTGTAATAAAACCAAATAACTGATCTTTGAGTGTGCATTTGAGCTTTCGTTGT
CTCATGTATTAGTTGATTTTTCTTTTTT

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3F991JQ 405 0 0
TCAGTCTTTCAAGAAAGGGGACGTCTTTGCTTTCCCCAAGGGGCTTGTTCATTTCCAGAA
GAACAACGGTCGCGTCCCTGCTTCTGTCATCGCTGCTTTCAACAGCCAGCTTCCCGGGAC
TCAGTCTCTTGGTGCTACTTTGTTCGGTTTTACGCCTCCTGTTCCTGATCAGATCTTGGC
TCAAGCGTTTCAGACGTCTCCGGGGACTGTTAAACACATCAAAACCAAGTTCCAACCCAA
GAAGTAGTGATATGAT**TCTTGGTTCTGTTTTTCTCCTTTATTTGTCCTTTGTGTAATA
AAACCAAATAACTGATCTTTGAGTGTGCATTTGAGCTTTCGTTGTCTCATGTATTAGTTG
ATTTTTCTTTTTTTTTTTTTTAGTTTCACGTTAACTATATTTGGG

QA 1 405 1 405
DS 



AS 2 4

CO CL1673Contig1 740 2 6 U
GAAATTGTAATGGACTCTGTATTTCACATAAAAGAATTCAAAAGACAATGAAAAGAAGAA
TATCAAATGACTCAATCCAAGAGGGATGTATCAGGCAATAACAACATCAGAGGTCACTCG
GCATATACCAACAATGTGAATGTGTTTTAAAAGGAAGAAAAAATAGAAGTCTCCCGAGAC
GGAAGAGAAACCACGCAAAGAGGAATTACTTTGGGTAAGACTGAGGAGGATAAGCTGGAC
CTGGAGGATACTGAGGATAAGCTGGAGGGTTCTGAGGATAGCCAGAAGGTGGATAACCTT
GTGGAGGGTGTTGCGGATAGCCAGAAGGTGGATAACCTTGTGGTGGGTGTTGCGGACAAC
CAGAAGGCGGGTAGCCTTGTGGAGGATAACCGATTGCGGGTGGAGTTGCTTGATCAATTC
GTGACATTACCTGAGGGGGAGGCACTGCCATTGGCTGTGGACCGAACTTACCATCTCTCT
TGTCCATTTCCACCTTGTGTTGTGTCTGCATACAAGCGCAAACAGTGCAGTAAACCATGT
CAGCTAAGCAAGAGAGCAGCTGAGAAGCTTCAGAAAGCTCATCAATGCCGACGATACATG
CAACTATGGAGAATATGCAAGCCACTTGGCTGAGGCAAACCATAAATCCGATGATGCAGT
TGTCACATTGCGTCGTCTGAATTTGGAACTCATCTTGAAGAAGAAAACGAGTGGATGCGA
CAGAGGTTCCAAAGCAGCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BT70JQ U 1
AF RR3BV90JQ U 11
BS 1 356 RR3BT70JQ
BS 357 357 RR3BV90JQ
BS 358 415 RR3BT70JQ
BS 416 416 RR3BV90JQ
BS 417 655 RR3BT70JQ
BS 656 740 RR3BV90JQ

RD RR3BT70JQ 655 0 0
GAAATTGTAATGGACTCTGTATTTCACATAAAAGAATTCAAAAGACAATGAAAAGAAGAA
TATCAAATGACTCAATCCAAGAGGGATGTATCAGGCAATAACAACATCAGAGGTCACTCG
GCATATACCAACAATGTGAATGTGTTTTAAAAGGAAGAAAAAATAGAAGTCTCCCGAGAC
GGAAGAGAAACCACGCAAAGAGGAATTACTTTGGGTAAGACTGAGGAGGATAAGCTGGAC
CTGGAGGATACTGAGGATAAGCTGGAGGGTTCTGAGGATAGCCAGAAGGTGGATAACCTT
GTGGAGGGTGTTGCGGATAGCCAGAAGGTGGATAACCTTGTGGTGGGTGTTGCGGATAAC
CAGAAGGCGGGTAGCCTTGTGGAGGATAACCGATTGCGGGTGGAGTTGCTTGATCTATTC
GTGACATTACCTGAGGGGGAGGCACTGCCATTGGCTGTGGACCGAACTTACCATCTCTCT
TGTCCATTTCCACCTTGTGTTGTGTCTGCATACAAGCGCAAACAGTGCAGTAAACCATGT
CAGCTAAGCAAGAGAGCAGCTGAGAAGCTTCAGAAAGCTCATCAATGCCGACGATACATG
CAACTATGGAGAATATGCAAGCCACTTGGCTGAGGCAAACCATAAATCCGATGAT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3BV90JQ 730 0 0
TGGACTCTGTATTTCACATAAAAGAATTCAAAAGACAATGAAAAGAAGAATATCAAATGA
CTCAATCCAAGAGGGATGTATCAGGCAATAACAACATCAGAGGTCACTCGGCATATACCA
ACAATGTGAATGTGTTTTAAAAGGAAGAAAAAATAGAAGTCTCCCGAGACGGAAGAGAAA
CCACGCAAAGAGGAATTACTTTGGGTAAGCCTGAGGAGGATAAGCTGGACCTGGAGGATA
CTGAGGATAAGCTGGAGGGTTCTGAGGATAGCCAGAAGGTGGATAACCTTGTGGAGGGTG
TTGCGGATAGCCAGAAGGTGGATAACCTTGTGGTGGGTGTTGCGGACAACCAGAAGGCGG
GTAGCCTTGTGGAGGATAACCGATTGCGGGTGGAGTTGCTTGATCAATTCGTGACATTAC
CTGAGGGGGAGGCACTGCCGTTGGCTGTGGACCGAACTTACCATCTCTCTTGTCCATTTC
CACCTTGTGTTGTGTCTGCATACAAGCGCAAACAGTGCAGTAAACCATGTCAGCTAGGCA
AGAGAGCAGCTGAGAAGCTTCAGAAAGCTCATCAATGCCGACGATACATGCAACTATGGA
GAATATGCAAGCCACTTGGCTGAGGCAAACCATAAATCCGATGATGCAGTTGTCACATTG
CGTCGTCTGAATTTGGAACTCATCTTGAAGAAGAAAACGAGTGGATGCGACAGAGGTTCC
AAAGCAGCAA

QA 1 730 1 730
DS 



CO CL1673Contig2 901 2 22 U
GGAAGTCAGAAACGCGTTTGTGTGGAAAAAAAAAGAGAGGGAGAAGCTGTAGATGTGACT
TTGATCAGATCCTCTTTCGAGTCTCTGATCCCTTCTTCCTCTCCAGATTGAGTCAGTTGG
TAATTCGAAAAGATGGCGCCGAAATTCGATACGGAGAAGATGCAGGAACGCCAGAACTTC
CGCAACGTCTGGCACACGGATCTCACCCACAGCATCCAGGGCGATACTCCTTATTGCTGC
TTTGCGTTGTGGTGTGCCCCTTGTGCATCATACTTGCTTCGCAAGCGTGCGCTTTACAAT
GACATGTCAAGGTACACTTGCTGCGCCGGGTACATGCCTTGTAGTGGCAGGTGTGGAGAA
ACCAAATGTCCTCAACTCTGTCTTGCCACTGAGGTCTTTTGCTGCTTTGGAACCTCTGTC
GCATCCACTCGTTTTCTTCTGCAAGATGAGTTCCAAATTCAGACAACCCAATGTGACAAC
TGCATCATCGGATTTATGGTTTGCCTCAGCCAAGTGGCTTGCATATTCTCCATAGTTGCA
TGTATCGTCGGCATTGATGAGCTTTCAGAAGCTTCTCAGCTGCTCTCTTGCTTAGCTGAC
ATGGTTTACTGCACGGTTTGCGCGTGTATGCAGACACAACACAAGGTAGAAATGGACAAG
AGAGATGGTAAGTTCGGTCCACAGCCAATGGCAGTGCCTCCCCCTCAGGTAATGTCACGA
ATAGATCAAGCAACTCCACCCGCAATCGGTTATCCTCCACAAGCTACCCACCTTCTGGTT
ATCCTCAACACCCACCACAAGTTATCCACCTTCTGGCTATCCTCACACCCTCCACAAGTT
ATCCACCTTCTGGCTATCCTCAGAACCCTCCAGCTTATCCTCAGTACCTCCAGGTCAGCT
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3BT70TF U 1
AF RR3CJ77TF U 167
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GACATGTCAAGGTACACTTGCTGCGCCGGTTACATGCCTTGTAGTGGCAGGTGTGGAGAA
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GCATCCACTCGTTTTCTTCTTCAAGATGAGTTCCAAATTCAGACGACGCAATGTGACAAC
TGCATCATCGGATTTATGGTTTGCCTCAGCCAAGTGGCTTGCATATTCTCCATAGTTGCA
TGTATCGTCGGCATTGATGAGCTTTCTGAAGCTTCTCAGCTGCTCTCTTGCTTAGCTGAC
ATGGTTTACTGCACTGTTTGCGCTTGTATGCAGACACAACACAAGGTGGAAATGGACAAG
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ATAGATCAAGCA*CTCCACCCGCA

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DS 

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G
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TCCTTATTGCTGCTTTGCGTTGTGGTGTGCCCCTTGTGCATCATACTTGCTTCGCAAGCG
TGCGCTTTACAATGACATGTCAAGGTACACTTGCTGCGCTGGGTACATGCCTTGTAGTGG
CAGGTGTGGAGAAACCAAATGTCCTCAACTCTGTCTTGCCACTGAGGTCTTTTGCTGCTT
TGGAACCTCTGTCGCATCCACTCGTTTTCTTCTGCAAGATGAGTTCCAGATTCAGACAAC
CCAATGTGACAACTGCATCATTGGATTTATGGTTTGCCTCAGCCAAGTGGCTTGCATATT
CTCCATAGTTGCATGTATCGTCGGCATTGATGAGCTTTCAGAAGCTTCTCAGTTGCTCTC
TTGTTTAGCTGACATGGTTTACTGCACGGTTTGCGCGTGTATGCAGACACAACACAAGGT
AGAAATGGACAAGAGAGATGGTAAGTTCGGTCCACAGCCAATGGCAGTGCCTCCCCCTCA
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CCCTCCACAAGTTATCCACCTTCTGGCTATCCTCAGAACCCTCCAGCTTATCCTCAGTAC
CTCCAGGTCAGCTA

QA 2 735 2 735
DS 



AS 2 5

CO CL1674Contig1 1467 3 8 U
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TTTTGAAATAAAAGAAGCAAAGGAAATAAAGAGATATATAGACACCTACATTAGTAGACT
CCTCTACTTACTAATCTCTCAAGACAATGAAACTGATAACCTTACACAAACATCAGAGCC
ACAAACATTCTAAGAATGTGTCGGCAAATGGATTGATAAATGAACCAAAAATGGTCTCAC
CTCAACAGAACTTCCAGTGGTTGTCGCAGTTAACACACGTAACATAAGTCGTCATCGGCT
CATCAGCACTCCTCGTCTGCATCTGATAGTAAGTGCATTTCCTCTGACCACACCTCCCAC
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TCTCCTTGATCTGGTTGGTCTCCTGTTTCCTCTTGTCGCTCGCCATCTCTTCACCAGACA
GCGTAATGAGTTTCTCCGGCGACACCTCCCCCGTGAGCACTCTCCTCCTCAGGTCCGGAT
TGTTACTGTCCCTCAGGTTGAACATTATAGACCTGTACTTCACCTTCTGAGCTCCCGTCG
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ATCCAACAACTCTGGCTCTATCGTAATCATCAGATTCGTCATGGACCTTGGACATGGCGT
CCACAAGCAGCTCGCGGATTTTGTCACGCACGGGGTCGTTGCATTTGACCATCGCAGTCA
GCTTCGGTGCACCATTAGTTGGTGGTGCCTTAGCGGGAGCCTTTCCATCTTTGACACCAG
TCTGACCACGATGCTCTATCTTAACTCCGTTGTTGACTGGTTCTTTTCTCTCTACCTTGA
TGCTCTTAGCTGAATCACCCCTCTGAAGCTTCTGGACTTTCACAGGCGCGGGATTTGCAT
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CCTGAGTCGCGAGGCATGTCGTATGTGATGGGAAACTTCTTGAGCTGTTTAAGGGCATCG
AGAGATCGAGAAACCTCCGGACCTGAGGAGGCTACACCGTCGATCGCCGCCGCATCGGCT
GCCTTCTTCGCCGCCTCGAACAATTCGACCAATTCGCTTTCCATCGTCCTTCGAAAAATC
GCCAACTTTCCAAATAGCCCCCGACAGATCCAAGCCGAGTTAGAACAGAAAGAGAGAGAA
AAAATAAACTGAAAGATTGCAACTTGCGATTGATGAAGAAAGAATGAGATGTGTTCGGGG
CGGAACTTGGTTCTTGTCGGGACGGAGAAGATAGAGGGAGAGATTACGTAGTGAAACAGT
GTTGTTATTTGGCTTGATCAACGGTCC


BQ
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AF RR3CK66JQ U 9
AF RR3AN62JQ U 1
AF RR3AN62TF C 600
BS 1 229 RR3AN62JQ
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BS 799 1467 RR3AN62TF

RD RR3CK66JQ 683 0 0
AAAC
TTCAAAACTTTGATAAAAGTTGCAAAGAGAGTTGACAAGTTTGACATGTTTTGAAATAAA
AGAAGCAAAGGAAATAAAGAGATATATAGACACCTACATTAGTAGACTCCTCTACTTACT
AATCTCTCAAGACAATGAAACTGATAACCTTACACAAACATCAGAGCCACAAACATTCTA
AGAATGTGTCGGCAAATGGATTGATAAATGAACCAGAAATGGTCTCACCTCAACAGAACT
TCCAGTGGTTGTCGCAGTTAACACACGTAACATAAGTCGTCATCGGCTCATCAGCACTCC
TCGTCTGCATCTGATAGTAAGTGCATTTCCTCTGACCACACCTCCCACACTTGAACTGAT
CCGTACTCGCTTTCGGCGCCTGACCACGCTCACAATCGAACAGAAACTTCTCCTTGATCT
GGTTGGTCTCCTGTTTCCTCTTGTCGCTCGCCATCTCTTCACCAGACAGCGTAATGAGTT
TCTCCGGCGACACCTCCCCCGTGAGCACTCTCCTCCTCAGGTCCGGATTGTTACTGTCCC
TCAGGTTGAACATTATAGACCTGTACTTCACCTTCTGAGCTCCCGTCGACCGTCCCAGCT
TCTCAAACATGTGAGACTCCACAGCCACAGCTACGCGGATCGGATCGCATCCAACAACTC
TGGCTCTATCGTAATCATC

QA 5 683 5 683
DS 

RD RR3AN62JQ 799 0 0
CTTATAGTAAACTTCAAAACTTTGATAAAAGTTGCAAAGAGAGTTGACAAGTTTGACATG
TTTTGAAATAAAAGAAGCAAAGGAAATAAAGAGATATATAGACACCTACATTAGTAGACT
CCTCTACTTACTAATCTCTCAAGACAATGAAACTGATAACCTTACACAAACATCAGAGCC
ACAAACATTCTAAGAATGTGTCGGCAAATGGATTGATAAATGAACCAAAGATGGTCTCAC
CTCAACAGAACTTCCAGTGGTTGTCGCAGTTAACACACGTAACATAAGTCGTCATCGGCT
CATCAGCACTCCTCGTCTGCATCTGATAGTAAGTGCATTTCCTCTGACCACACCTCCCAC
ACTTGAACTGATCCGTACTCGCTTTCGGCGCCTGACCACGCTCACAATCGAACAGAAACT
TCTCCTTGATCTGGTTGGTCTCCTGTTTCCTCTTGTCGCTCGCCATCTCTTCACCAGACA
GCGTAATGAGTTTCTCCGGCGACACCTCCCCTGTGAGCACTCTCCTCCTCAGGTCCGGAT
TGTTACTGTCCCTCAGGTTGAACATTATAGACCTGTACTTCACCTTCTGAGCTCCCGTCG
ACCGTCCCAGCTTCTCAAACATGTGAGACTCCACAGCCACAGCTACGCGGATCGGATCGC
ATCCAACAACTCTGGCTCTATCGTAATCATCAGATTCGTCATGGACCTTGGACATGGCGT
CCACAAGCAGCTCGCGGATTTTGTCACGCACGGGGTCGTTGCATTTGACCATCGCAGTCA
GCTTCG*TGCACCATTAG
T

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3AN62TF 868 0 0
GACCGTCCCAGCTTCTCAAACATGTGAGACTCCACAGCCACAGCTACGCGGATCGGATCG
CATCCAACAACTCTGGCTCTATCGTAATCATCAGATTCGTCATGGAC*TTGGACATGGCG
TCCACAAGCAGCTCGCGGATTTTGTCACGCACGGGGTCGTTGCATTTGACCATCGCAGTC
AGCTTCGGTGCACCATTAGTTGGTGGTGCCTTAGCGGGAGCCTTTCCATCTTTGACACCA
GTCTGACCACGATGCTCTATCTTAACTCCGTTGTTGACTGGTTCTTTTCTCTCTACCTTG
ATGCTCTTAGCTGAATCACCCCTCTGAAGCTTCTGGACTTTCACAGGCGCGGGATTTGCA
TCCTTCTTAGACTTGGATGTCTCTTCGATGACAAGCTTCTTCCATATATCGAGAAGATCA
GTAGCTACGGTTTTGATTTCGTCGATAGGATGTTTTGAAAGAGACCTCAGCTTCTTACCT
ACCTGAGTCGCGAGGCATGTCGTATGTGATGGGAAACTTCTTGAGCTGTTTAAGGGCATC
GAGAGATCGAGAAACCTCCGGACCTGAGGAGGCTACACCGTCGATCGCCGCCGCATCGGC
TGCCTTCTTCGCCGCCTCGAACAATTCGACCAATTCGCTTTCCATCGTCCTTCGAAAAAT
CGCCAACTTTCCAAATAGCCCCCGACAGATCCAAGCCGAGTTAGAACAGAAAGAGAGAGA
AAAAATAAACTGAAAGATTGCAACTTGCGATTGATGAAGAAAGAATGAGATGTGTTCGGG
GCGGAACTTGGTTCTTGTCGGGACGGAGAAGATAGAGGGAGAGATTACGTAGTGAAACAG
TGTTGTTATTTGGCTTGATCAACGGTCC

QA 1 868 1 868
DS 



CO CL1674Contig2 827 2 8 U
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GACAAAATCCGCGAGCTGCTTGTTGACGCCATGTCCAAGGTTCATGACGAATCTGATGAC
TACGACAGAGCCAGAGTTGTTGGATGCGATCCGATCCGCGTCGCTGTCGCTGTGGAGTCT
CACATGTTTGAGAAGTTGGGACGGTCGACGGGAGCTCAGAAGGTGAAGTACAGATCTATC
ATGTTCAACCTGAGGGACAGTAACAATCCGGACCTGAGGAGGAGAGTGCTCACAGGGGAG
GTGTCGCCGGAGAAACTCATCACTCTGTCTGGTGAAGAGATGGCGAGCGATAAGAGGAAA
CAGGAGACCAACCAGATCAAGGAGAAGTTTTTGTTCGATTGTGAGCGTGGTCAGGCGCCG
AAAGCGAGTACGGATCAGTTCAAGTGTGGGAGGTGTGGTCAGAGGAAATGCACTTACTAT
CAGATGCAGACGAGGAGTGCTGATGAGCCGATGACGACTTATGTTACGTGTGTTAACTGC
GACAACCACTGGAAGTTCTGTTGAGGTGAGACCATGTTTTTAAGACATAAGAGGCTCTGG
TTGATTTATCAATCCATTTGCCGAATACATTCTTAGAATGTTGTGGCTCTGATGTTTGTG
TAAGGTTATCAGTTTCATTGTCTTGAGAGATTAGTAAGTAGAGGAGTCTACTAATGTAGG
TGTCTATAACTCTTTATCTCATTTGCTTCTTTTATTTCCAAACTTGTCAAAACTTGTCAA
CTGTCCTGCAATTTTTATCAAAGTTTTGAATTTTATTATAATTCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ40TF U 1
AF RR3CJ40JQ C 31
BS 1 664 RR3CJ40TF
BS 665 665 RR3CJ40JQ
BS 666 691 RR3CJ40TF
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BS 693 719 RR3CJ40TF
BS 720 720 RR3CJ40JQ
BS 721 743 RR3CJ40TF
BS 744 827 RR3CJ40JQ

RD RR3CJ40TF 744 0 0
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GACAAAATCCGCGAGCTGCTTGTTGACGCCATGTCCAAGGTTCATGACGAATCTGATGAC
TACGACAGAGCCAGAGTTGTTGGATGCGATCCGATCCGCGTCGCTGTCGCTGTGGAGTCT
CACATGTTTGAGAAGTTGGGACGGTCGACGGGAGCTCAGAAGGTGAAGTACAGATCTATC
ATGTTCAACCTGAGGGACAGTAACAATCCGGACCTGAGGAGGAGAGTGCTCACAGGGGAG
GTGTCGCCGGAGAAACTCATCACTCTGTCTGGTGAAGAGATGGCGAGCGATAAGAGGAAA
CAGGAGACCAACCAGATCAAGGAGAAGTTTTTGTTCGATTGTGAGCGTGGTCAGGCGCCG
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GACAACCACTGGAAGTTCTGTTGAGGTGAGACCATGTTTTTAAGACATAAGAGGCTCTGG
TTGATTTATCAATCCATTTGCCGAATACATTCTTAGAATGTTGTGGCTCTGATGTTTGTG
TAAG*TTATCAGTTTCATTGTCTTGAGAGAT*AGTAAGTAGAGGAGTCTACTAATGTAG*
TGTCTATAACTCTTTATCTCATT
G

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3CJ40JQ 797 0 0
GCC
ATGGTCAAATGCAACGACCCCGTGCGTGACAAA*TCCGCGAGCTGCTTGTTGACGCCATG
TCCAAGGTTCATGACGAATCTGATGACTACGACAGAGCCAGAGTTGTTGGATGCGATCCG
ATCCGCGTCGCTGTCGCTGTGGAGTCTCACATGTTTGAGAAGTTGGGACGGTCGACGGGA
GCTCAGAAGGTGAAGTACAGATCTATCATGTTCAACCTGAGGGACAGTAACAATCCGGAC
CTGAGGAGGAGAGTGCTCACAGGGGAGGTGTCGCCGGAGAAACTCATCACTCTGTTTGGT
GAAGAGATGGCGAGCGATAAGAGGAAACAGGAGACCAACCAGATCAAGGAGAAGTTTTTG
TTCGATTGTGAGCGTGGTCAGGCGCCGAAAGCGAGTACGGATCAGTTCAAGTGTGGGAGG
TGTGGTCAGAGGAAATGCACTTACTATCAGATGCAGACGAGGAGTGCTGATGAGCCGATG
ACGACTTATGTTACGTGTGTTAACTGCGACAACCACTGGAAGTTCTGTTGAGGTGAGACC
ATGTTTTTAAGACATAAGAGGCTCTGGTTGATTTATCAATCCATTTGCCGAATACATTCT
TAGAATGTTGTGGCTCTGATGTTTGTGTAAGGTTATCAGTTTCATTGTCTTGAGAGATTA
GTAAGTAGAGGAGTCTACTAATGTAGGTGTCTATAACTCTTTATCTCATTTGCTTCTTTT
ATTTCCAAACTTGTCAAAACTTGTCAACTGTCCTGCAATTTTTATCAAAGTTTTGAATTT
TATTATAATTCTAG

QA 4 797 4 797
DS 



AS 1 5

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ATGGGCGCATCATGACATCGTGAGATGTCTCGCCCGAACGAATTAGTTGGTACTAGAAAT
GTGAGAAAAAGTAAACGAAAAGAGTAATAAGAAGTGAAAAGGACAGAAATACTTCCCAAC
CAGAAAGCAAAGTTCCCACTGATGGTATACTTAGTGTAAGCGAGCTCTAAGATCACATCT
TTGGAATAAAATCCAGTTAGAAAAGGAAATCCAATTAGAGATAAGCTGCCTATGAGCATC
ATGGCATAGGTCAAAGGGAAGGAGGAGGCAAGCCCCCCCATCTTCCGCATATCTTGCTCA
TCCGACATGGCATGAATCACCGAACCAGCACTCAGGAATAGTAATGCTTTGAAAAAGGCG
TGATTCATTAAGTGAAAGACGCTAACCGAATAGTTAGAGATGCCGCAAGCAAAGATCATA
TAGCCTAATTGACTACAAGTTGAATAAGCGATGACCCTCTTTAGATCGTTCTGTAATATT
CCAGTGGTTGCCGCAAGGAATGACGTCATAGCTCCTGCAAAAGTAATAACAATCAAAGCT
GTAGGTGAGTATTCAAATAAAGGGGAGCACCTTGCTATCATAAAAACGCCAGCTGTTACC
ATAGTAGCTGAATGAATCAAAGCGGATACTGGAGTGGGAC*CCTCCATAGCATCGGGTAA
CCAAGTATGCAATCCTATCTGTGCAGATTTCCCAACAGCACCAATAAAAAGTAAAATACA
AATAAGACTTATAGCATTAAATCTCATATTGCAAAAAATCCAAGAATTTCTGGGGACACT
AGCACAAGCAAAAATGGTTGAAAAGTCTACTGTTTGAAAGAGAGTAAAACAACCCAAAAT
CCCAAGAGCTAATCCAAAATCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC83JQ U 1
AF RR3EW61JQ U 1
AF RR3CD90JQ U 1
AF RR3CD90TF C 280
AF RR3DC83TF C 233
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G
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AGAAAGCAAAGTTCCCACTGATGGTATACTTAGTGTAAGCGAGCTCTAAGATCACATCTT
TGGAATAAAATCCAGTTAGAAAAGGAAATCCAATTAGAGATAAGCTGCCTATGAGCATCA
TGGCATAGGTCAAAGGGAAGGAGGAGGCAAGCCCCCCAATCTTCCGCATATCTTGCTCAT
CCGACATGGCATGAATCACCGAACCAGCACTCAGGAATAGTAATGCTTTGAAAAA

QA 2 476 2 476
DS 

RD RR3EW61JQ 660 0 0
A
GTAGTACGAGGAGGGAATTGGCCCAAAAATTGGTACCTAAACCAATCATCATATCTTTGG
CCAAGTATCCTACAAAGAGACTCCCGAGAGCCAGAAGTATTAAAGGAATGGCCATAGGAA
TGGGCGCATCATGACATCGTGAGATGTCTCGCCCGAACGAATTAGTTGGTACTAGAAATG
TGAGAAAAAGTAAACGAAAAGAGTAATAAGAAGTGAAAAGGACAGAAATACTTCCCAACC
AGAAAGCAAAGTTCCCACTGATGGTATACTTAGTGTAAGCGAGCTCTAAGATCACATCTT
TGGAATAAAATCCAGTTAGAAAAGGAAATCCAATTAGAGATAAGCTGCCTATGAGCATCA
TGGCATAGGTCAAAGGGAAGGAGGAGGCAAGCCCCCCCATCTTCCGCATATCTTGCTCAT
CCGACATGGCATGAATCACCGAACCAGCACTCAGGAATAGTAATGCTTTGAAAAGGGCGT
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AGCCTAATTGACTACAAGTTGAATAAGCGATGACCCTCTTTAGATCGTTCTGTAATATTC
CAGTGGTTGCCGCAAGGAATGACGTCATAGCTCATGCAAAAGTAATAACAATCAAAGC
C

QA 2 659 2 659
DS 

RD RR3CD90JQ 825 0 0
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GCCAAGTATCCTACAAAGAGACTCCCGAGAGCCAGAAGGATTAAAGGAATGGCCATAGGA
ATGGGCGCATCATGACATCGTGAGATGTCTCGCCCGAACGAATTAGTTGGTACTAGAAAT
GTGAGAAAAAGTAAACGAAAAGAGTAATAAGAAGTGAAAAGGACAGAAATACTTCTCAAC
CAGAAAGCAAAGTTCCCACTGATGGTATACTTAGTGTAAGCGAGCTCTAAGATCACATCT
TTGGAATAAAATCCAGTTAGAAAAGGAAATCCAATTAGAGATAAGCTGCCTATGAGCATC
ATGGCATAGGTCAAAGGGAAGGAGGAGGCAAGCCCCCCCATCTTCCGCATATCTTGCTCA
TCCGACATGGCATGAATCACCGAACCAGCACTCAGGAATAGTAATGCTTTGAAAAAGGCG
TGATTCATTAAGTGAAAGACGCTAACCGAATAGTTAGAGATGCCGCAAGCAAAGATCATA
TAGCCTAATTGACTACAAGTTGAATAAGCGATGACCCTCTTTAGATCGTTCTGTAATATT
CCAGTGGTTGCCGCAAGGAATGACGTCATAGCTCCTGCAAAAGTAATAACAATCAAAGCT
GTAGGTGAGTATTCAAATAAAGGGGAGCACCTTGCTATCATAAAAACGCCAGCTGTTACC
ATAGTAGCTGAATGAATCAAAGCGGATACTGGAGTGGGAC*CCTCCATAGCATCGGGTAA
CCAAGTATGCAATCCTATCTGTGCAGATTTCCCA
CAGCACCATAA

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR3CD90TF 595 0 0
GCGAGCTCTAAGATCACATCTTTGGAATAAA*TCCAGTTAGAAAAGGAAATCCAATTAGA
GATAAGCTGC*TATGAGCATCATGGCATAGGTCAAAGGGAAGGAGGAGGCAAGCCCCCCC
ATCTTCCGCATATCTTGCTCATCCGACATGGCATGAATCACCGAACCAGCACTCAGGAAT
AGTAATGCTTTGAAAAAGGCGTGATTCATTAAGTGAAAGACGCTAACCGAATAGTTAGAG
ATGCCGCAAGCAAAGATCATATAGCCTAATTGACTACAAGTTGAATAAGCGATGACCCTC
TTTAGATCGTTCTGTAATATTCCAGTGGTTGCCGCAAGGAATGACGTCATAGCTCCTGCA
AAAGTAATAACAATCAAAGCTGTAGGTGAGTATTCAAATAAAGGGGAGCACCTTGCTATC
ATAAAAACGCCAGCTGTTACCATAGTAGCTGAATGAATCAAAGCGGATACTGGAGTGGGA
CTCCTCCATAGCATCGGGTAACCAAGTATGCAATCCTATCTGTGCAGATTTCCCAACAGC
ACCAATAAAAAGTAAAATACAAATAAGACTTATAGCATTAAATCTCATATTGCAA

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3DC83TF 750 0 0
TTCC
CAACCAGAAAGCAAAGTTCCCACTGATGGTATACTTAGTGTAAGCGAGCTCTAAGATCAC
ATCTTTGGAATAAAATCCAGTTAGAAAAGGAAATCCAATTAGAGATAAGCTGCCTATGAG
CATCATGGCATAGGTCAAAGGGAAGGAGGAGGCAAGCCCCCCAATCTTCCGCATATCTTG
CTCATCCGACATGGCATGAATCACCGAACCAGCACTCAGGAATAGTAATGCTTTGAAAAA
GGCGTGATTCATTAAGTGAAAGACGCTAACCGAATAGTTAGAGATGCCGCAAGCAAAGAT
CATATAGCCTAATTGACTACAAGTTGAATAAGCGATGACCCTCTTTAGATCGTTCTGTAA
TATTCCAGTGGTTGCCGCAAGGAATGACGTCATAGCTCCTGCAAAAGTAATAACAATCAA
AGCCGTAGGTGAGTATTCAAATAAAGGGGAGCACCTTGCTATCATGAAAACGCCAGCTGT
TACCATAGTAGCTGCATGAATCAAAGCGGATACTGGAGTGGGAC*CCTCCATAGCATCGG
GTAACCAAGTATGCAATCCTATCTGTGCAGATTTCCCAACAGCACCAATAAAAAGTAAAA
TACAAATAAGACTTATGGCATTAAATCTCATATTGCAAAAAATCCAAGAATTTCTGGGGA
CACTAGCACAAGCAAAAATGGTTGAAAAGTCTACTGTTTGAAAGAGAGTAAAACAACCCA
AAATCCCAAGAGCTAATCCAAAATCC

QA 5 750 5 750
DS 



AS 1 3

CO CL1676Contig1 846 3 6 U
AACTGTAGAAACTAATTGTTTGTAGGAATCATCCAAAGATATGTGTTATTACAACTACAA
TCAAATGGGAGTAACACTTGTTTGTTGAAAATGATCTGTAAACAATCAAATGGGAATAAC
AACAATTGTCATCATGTATAAAAAGACTGGAACTTGCATAAAAAGAAAAGGGTGATGGAG
A**ATCTATTCGTCTATCCAATGATCCTGATTAGTACTACCTCCAGGTTTGTCCTGAAGC
AACACATCTTTCTGCTGTTTCAACTGGTTAACTAGCCTGCGGACGCTAGGAGGATCCGCA
GGTGCTTTCTTCTCTTGAGTTTGCATCCCCTTTTTGGTACTAAGATAGGGTTTAGGAGGC
GGAGCATTGTCTTGCAGAAAAGCAAGCTCCTTTAGGCGCTTGTATGCTTTCTTCTTT*CC
TTTCTCTCCGCAAGATACTCCATATTAGCTACAGACATGGCGTCATCCTCGCTGATGCCA
TTTTTGGTCAGTTCAAGAACCCGGCAACCATAAAAGCGTGCTGGATCTGGAATAAACGCC
GAAACCTTGTTGGGGTCGACGAGTTTAGCTTCAGGATGCTTACGAGCGAATCTGCGAACG
TAGGGATCTTCAGGGAGAACAATCTTCTTGAGGTTCCCATTAGAGCGAGGGAAGACAGGA
GGTGGTGATGCTTCCATGGCTTTAAGCCAAACAGGCTCTCTTGTAGCGAGCCCACCAACA
AGCCTCCTGGTTTTGGAAAGTAAATCTCCTTTCATCCACGACATTGTTGCTTCACCTGAC
CTTTTGCTTCTTCGCCTTGATCTGTAACACGAGCCACGACGACGAGGGTTTAGAAATGGC
TCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 

AF RR3FV06JQ U 1
AF RR3FI29JQ U 30
AF RR3FV06TF C 49
BS 1 376 RR3FV06JQ
BS 377 377 RR3FI29JQ
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BS 808 817 RR3FV06JQ
BS 818 846 RR3FV06TF

RD RR3FV06JQ 817 0 0
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A**ATCTATTCGTCTATCCAATGATCCTGATTAGTACTACCTCCAGGTTTGTCCTGAAGC
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GAAACCTTGTTGGGGTCGACGAGTTTAGCTTCAGGATGCTTACGAGCGAATCTGCGAACG
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AGCCTCCTGGTTTTGGAAAGTAAATCTCCTTTCATCCACGACATTGTTGCTTCACCTGAC
CTTTTGCTTCTTCGCCTTGATCTGTA*CACGAGCCAC

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3FI29JQ 773 0 0
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*AACTTGCATAAAAAGAAAAGGGTGATGGAGAGAATCTATTCGTCTATCCAATGATCCTG
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AACTAGCCTGCGGACGCTAGGAGGATCCGCTGATGCTTTCTTCTCTTGAGTTTGCATCTC
CTTTTTGGTACTAAGATAGGGTTTAGGAGGAGGAGCCTTGTCTTGCAGTACCGCAAGCTC
CTTTAGGCGTTAGTATGCTTTCTTCTTTTCCTTTCTCTCCGCAAGATACTCCATATTAGC
TACAGACATGGCGTCATCCTCGCTGATGCCATTCTTGGTGAGTTCAAGAACCCGGCAACC
ATAAAAGCGTGCTGGATCTGGAATAAACGCCGAAACCTTGTTGGGGTCGACGAGTTTGGC
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GAGGTTCCCATTAGAGCGAGGAAAGACAGGAGGTGGTGATGCTTCCATGGCTTTGAGCCA
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TTCGTTCGCTTC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3FV06TF 798 0 0
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AGGGTGATGGAGA**ATCTATTCGTCTATCCAATGATC*TGATTAGTACTACCTCCAGGT
TTGTCCTGAAGCAACACATCTTTCTGCTGTTTCAACTGGTTAACTAGCCTGCGGACGCTA
GGAGGATCCGCAGGTGCTTTCTTCTCTTGAGTTTGCATCCCCTTTTTGGTACTAAGATAG
GGTTTAGGAGGCGGAGCATTGTCTTGCAGAAGAGCAAGCTCCTTTAGGCGCTTGTATGCT
TTCTTCTTT*CCTTTCTCTCCGCAAGATACTCCATATTAGCTACAGACATGGCGTCATCC
TCGCTGATGCCATTTTTGGTCAGTTCAAGAACCCGGCAACCATAAAAGCGTGCTGGATCT
GGAATAAACGCCGAAACCTTGTTGGGGTCGACGAGTTTAGCTTCAGGATGCTTACGAGCG
AATCTGCGAACGTAGGGATCTTCAGGGAGAACAATCTTCTTGAGGTTCCCATTAGAGCGA
GGGAAGACAGGAGGTGGTGATGCTTCCATGGCTTTAAGCCAAACAGGCTCTCTTGTAGCG
AGCCCACCAACAAGCCTCCTGGTTTTGGAAAGTAAATCTCCTTTCATCCACGACATTGTT
GCTTCACCTGACCTTTTGCTTCTTCGCCTTGATCTGTAACACGAGCCACGACGACGAGGG
TTTAGAAATGGCTCGTCC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 3

CO CL1677Contig1 798 3 4 U
GTTGACAAGTATTCTACATGGTCTTGCATGAGCCAAAAGTTGAAATGAAAGAGGAGCCAA
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CCTCGGGAAGCCAGAAAACAACATATATTATTACCTTTTCCGTTTTAGGTAGAGCAGCAA
CCTCGTTTCACGCCACCAGACGTGTCATCGACGTTAATCGTAGTCCCCTGCCCCGGAATC
GCCGAGTTAGCTGCAGCTGCTTCTTGTGCAGCCAGTGCCTTCTTGCTTATGATGTGGTAG
ATCTCTCCCAAGATGGTCTGAAACGCTTTCTCCACGTTTGTAGCTTCGAGAGCAGACGTC
TCCAGGAAAGAGAGACCTTCCTTCTCGGCCAGGTTCTGACCATCCTCCTCAGCAACGGAT
CTCAGGTGGTTGAGATCGGATTTGTTCCCAGCCATCATGATGACGATGTTGGAATCAGCA
TGGTCTCTGAGCTCGCGCAGCCACCTCAGGGCGTTGTCGAATGTCTGCCTCTTGGTGATG
TCGTAGACAAGGAGTGCACCCACCGCGCCTCTGTAGTAAGCGCTGGTGATGGCTCTGTAC
CTCTCCTGACCTGCAGTGTCCCAGATCTGAGCTTTGATCGTCTTTCCTTCCACCTGAGTA
GTTCTGGTGGCGAATTCGACACCGATGGTGGATTTGGATTCCAAGCAAAACTCATTCCTC
GTGAATCTGGACAAGATGTTCGATTTCCCCACACCCGAGTCTCCGATCAACACGATCTTA
AACAAATAATCGTATTCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB83JQ U 1
AF RR3DR18JQ U 1
AF RR3FJ77TF C 242
BS 1 535 RR3CB83JQ
BS 536 536 RR3DR18JQ
BS 537 681 RR3CB83JQ
BS 682 798 RR3FJ77TF

RD RR3CB83JQ 681 0 0
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TGAAAACAAAAGTTCGAATCTTGGGATAAGGAATAAGGCAATGAAAACAAAAGTTCTGAA
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CCTCGTTTCACGCCACCAGACGTGTCATCGACGTTAATCGTAGTCCCCTGCCCCGGAATC
GCCGAGTTAGCTGCAGCTGCTTCTTGTGCAGCCAGTGCCTTCTTGCTTATGATGTGGTAG
ATCTCTCCCAAGATGGTCTGAAACGCTTTCTCCACGTTTGTAGCTTCGAGAGCAGACGTC
TCCAGGAAAGAGAGACCTTCCTTCTCGGCCAGGTTCTGACCATCCTCCTCAGCAACGGAT
CTCAGGTGGTTGAGATCGGATTTGTTCCCAGCCATCATGATGACGATGTTGGAATCAGCA
TGGTCTCTGAGCTCGCGCAGCCACCTCAGGGCGTTGTCGAATGTCTGCCTCTTGGCGATG
TCGTAGACAAGGAGTGCACCCACCGCGCCTCTGTAGTAAGCGCTGGTGATGGCTCTGTAC
CTCTCCTGACCTGCAGTGTCCCAGATCTGAGCTTTGATCGTCTTTCCTTCCACCTGAGTA
GTTCTGGTGGCGAATTCGACA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3DR18JQ 671 0 0
GTTGACAAGTATTCTACATGGTCTTGCATGAGCCAAAAGTTGAAATGAAAGAGGAGCCAA
TGAAAACAAAAGTTCGAATCTTGGGATAAGGAATAAGGCAATGAAAACAAAAGTTCTGAA
TCTCGGGAAGCCAGAAAACAACATATATTATTACCTTTTCCGTTTTAGGTAGAGCAGCAA
CCTCGTTTCACGCCACCAGACGTGTCATCGACGTTAATCGTAGTTCCCTGCCCCGGAATC
GCCGAGTTAGCTGCAGCTGCTTCTTGTGCAGCCAGTGCCTTCTTGCTTATGATGTGGTAG
ATCTCTCCCAAGATGGTCTGAAACGCTTTCTCCACGTTTGTAGCTTCGAGAGCAGACGTC
TCCAGGAAAGAGAGACCTTCCTTCTCGGCCAGGTTCTGACCATCCTCCTCAGCAACGGAT
CTCAGGTGGTTGAGATCGGATTTGTTCCCAGCCATCATGATGACGATGTTGGAATCAGCA
TGGTCTCTGAGCTCGCGCAGCCACCTCAGGGCGTTGTCGAATGTCTGCCTCTTGGTGATG
TCGTAGACAAGGAGTGCACCCACCGCGCCTCTGTAGTAAGCGCTGGTGATGGCTCTGTAC
CTCTCCTGACCTGCAGTGTCCCAGATCTGAGCTTTGATCGTCTTTCCTTCCACCTGAGTA
GTTCTGGTGGC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3FJ77TF 557 0 0
CG
GAGTTAGCTGCAGCTGCTTCTTGTGCAGCCAGTGC*TTCTTGCTTATGATGTGGTAGATC
TCTCCCAAGATGGTCTGAAACGCTTTCTCCACGGTTGTGGCTTCGAGGGCAGACGTCTCG
AGGAAAGAGAGACCTTCCTTCTCGGCCAGGTTCTGACCATCCTCCTCAGCAACGGATCTC
AGGTGGTTGAGATCGGATTTGTTCCCAGCCATCATGATGACGATGTTGGAATCAGCATGG
TCTCTGAGTTCGCGGAGCCACCTCAGGGCGTTGTCAAATGTCTGCCTCTTGGTGATGTCG
TAGACAAGGAGTGCACCCACCGCGCCTCTGTAGTAAGCGCTGGTGATGGCTCTGTACCTC
TCCTGGCCTGCAGTGTCCCAGGTCTGAGCTTTGATCGTCTTTCCTTCCACCTGAGTAGTT
CTGGTGGCGAATTCGACACCGATGGTGGATTTGGATTCCAAGCAAAACTCATTCCTCGTG
AATCTGGACAAGATGTTCGATTTCCCCACACCCGAGTCTCCGATCAACACGATCTTAAAC
AAATAATCGTATTCC

QA 3 557 3 557
DS 



AS 1 4

CO CL1678Contig1 838 4 3 U
GGGATGAATAAAAAAAAAAAAAAAACAATTCTGATTTGACTTTTGCACTTCAATTTTTTG
AGTCTCAGATCTCAAAAGATGGCGACGAAAATCTCTCAGCTTGCGTGTTTCTCCTCCACC
ACCAATCGCCAATTCCACTTCCAAAACCGACCGAGGTCTCGCCCCGAGTCTTTTGTAGTT
AGAAGCGTTGATGGGAACAGCTCAGAAACAACACCAGCTTCTCTGAGCTACACAGCTGAG
GTTTCGAAAACACGAGAACCGGTAGAGGAACATGTTGTTGCCACGGCACAGCCGAAAAGA
GCAGCAAAGATCCACGACTTCTGTTTCGGCATTCCTTATGGTGGTCTCGTTATGAGTGGA
GGGTTGCTTGGATTTGCGTTTTCACGGAACCTAACAAGTTTAAGTACTGGGGTCCTCTAC
GGTGGTGGCCTTCTAGCTCTTAGTACATTGAGCTTAAAGATTTGGCGTCAGGGACAATCT
AGTTTCCCTTATATACTTGGTCAAGCAGTGCTTTCAGCTGTCGTCTTCTGGAAGAACTTC
ACAGCTTATTCTATGAATAAGAAGCTGTTTCCTGCTGGGATTTTTGCTGTCGTCAGTGCT
GCCATGTTGTGTTTCTATTCATATGTGGTGCTCTCTGGAGGAAACCCACCTCCAAAGAAA
TTGAAACCCTCATCTGGTAGCCCTTCATACTGAAGAAGCTTCCCATAGGTTAGATTAAAG
ACATGGGAGATCTCAGTCTTTTATGACTGGTGTGTTGGATTCCTGGTGTAATTTTATATA
CTTAATAATAGAGGCGACTCCTTCTTTACAGTGTCATATTACAAAATATTTGAAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3FF33TF U 1
AF RR3D392TF U 69
AF RR3FF33JQ C 59
AF RR3B008JQ C 214
BS 1 693 RR3FF33TF
BS 694 723 RR3D392TF
BS 724 838 RR3FF33JQ

RD RR3FF33TF 693 0 0
GGGATGAATAAAAAAAAAAAAAAAACAATTCTGATTTGACTTTTGCACTTCAATTTTTTG
AGTCTCAGATCTCAAAAGATGGCGACGAAAATCTCTCAGCTTGCGTGTTTCTCCTCCACC
ACCAATCGCCAATTCCACTTCCAAAACCGACCGAGGTCTCGCCCCGAGTCTTTTGTAGTT
AGAAGCGTTGATGGGAACAGCTCAGAAACAACACCAGCTTCTCTGAGCTACACAGCTGAG
GTTTCGAAAACACGAGAACCGGTAGAGGAACATGTTGTTGCCACGGCACAGCCGAAAAGA
GCAGCAAAGATCCACGACTTCTGTTTCGGCATTCCTTATGGTGGTCTCGTTATGAGTGGA
GGGTTGCTTGGATTTGCGTTTTCACGGAACCTAACAAGTTTAAGTACTGGGGTCCTCTAC
GGTGGTGGCCTTCTAGCTCTTAGTACATTGAGCTTAAAGATTTGGCGTCAGGGACAATCT
AGTTTCCCTTATATACTTGGTCAAGCAGTGCTTTCAGCTGTCGTCTTCTGGAAGAACTTC
ACAGCTTATTCTATGAATAAGAAGCTGTTTCCTGCTGGGATTTTTGCTGTCGTCAGTGCT
GCCATGTTGTGTTTCTATTCATATGTGGTGCTCTCTGGAGGAAACCCACCTCCAAAGAAA
TTGAAACCCTCATCTGGTAGCCCTTCATACTGA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3D392TF 655 0 0
GG
CTCAAAAGATGGCGACGAAAATCTCTCAGCTTGCGTGTTTCTCCTCCACCACCAATCGCC
AATTCCACTTCCAAAACCGACCGAGGTCTCGCCCCGAGTCTTTTGTAGTTAGAAGCGTTG
ATGGGAACAGCTCAGAAACAACACCAGCTTCTCTGAGCTACACAGCTGAGGTTTCGAAAA
CACGAGAACCGGTAGAGGAACATGTTGTTGCCACGGCACAGCCGAAAAGAGCAGCAAAGA
TCCACGACTTCTGTTTCGGCATTCCTTATGGTGGTCTCGTTATGAGTGGAGGGTTGCTTG
GATTTGCGTTTTCACGGAACCTAACAAGTTTAAGTACTGGGGTCCTCTACGGTGGTGGCC
TTCTAGCTCTTAGTACATTGAGCTTAAAGATTTGGCGTCAGGGACAATCTAGTTTCCCTT
ATATACTTGGTCAAGCAGTGCTTTCAGCTGTCGTCTTCTGGAAGAACTTCACAGCTTATT
CTATGAATAAGAAGCTGTTTCCTGCTGGGATTTTTGCTGTCGTCAGTGCTGCCATGTTGT
GTTTCTATTCATATGTGGTGCTCTCTGGAGGAAACCCACCTCCAAAGAAATTGAAACCCT
CATCTGGTAGCCCTTCATACTGAAGAAGCTTCCCATAGGTTAGATTAAAGACA

QA 3 655 3 655
DS 

RD RR3FF33JQ 780 0 0
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CCACCAATCGCCAATTCCACTTCCAAAACCGACCGAGGTCTCGCCCCGAGTCTTTTGTAG
TTAGAAGCGTTGATGGGAACAGCTCAGAAACAACACCAGCTTCTCTGAGCTACACAGCTG
AGGTTTCGAAAACACGAGAACCGGTAGAGGAACATGTTGTTGCCACGGCACAGCCGAAAA
GAGCAGCAAAGATCCACGACTTCTGTTTCGGCATTCCTTATGGTGGTCTCGTTATGAGTG
GAGGGTTGCTTGGATTTGCGTTTTCACGGAACCTAACAAGTTTAAGTACTGGGGTCCTCT
ACGGTGGTGGCCTTCTAGCTCTTAGTACATTGAGCTTAAAGATTTGGCGTCAGGGACAAT
CTAGTTTCCCTTATATACTTGGTCAAGCAGTGCTTTCAGCTGTCGTCTTCTGGAAGAACT
TCACAGCTTATTCTATGAATAAGAAGCTGTTTCCTGCTGGGATTTTTGCTGTCGTCAGTG
CTGCCATGTTGTGTTTCTATTCATATGTGGTGCTCTCTGGAGGAAACCCACCTCCAAAGA
AATTGAAACCCTCATCTGGTAGCCCTTCATACTGAAGAAGCTTCCCATAGGTTAGATTAA
AGACATGGGAGATCTCAGTCTTTTATGACTGGTGTGTTGGATTCCTGGTGTAATTTTATA
TACTTAATAATAGAGGCGACTCCTTCTTTACAGTGTCATATTACAAAATATTTGAAGTTT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3B008JQ 614 0 0
CCAGCTTCTCTGAGCTACACAGCTGAGGTTTCGAAAACACGAGAACCGGTAGAGGAACAT
GTTGTTGCCACGGCACAGCCGAAAAGAGCAGCAAAGATCCACGACTTCTGTTTCGGCTTT
CCTTATGGTGGTCTCGTTATGAGTGGAGGGTTGCTTGGATTTGCGTTTTCACGGAACCTA
ACAAGTTTAAGTACTGGGGTCCTTTACGGTGGTGGCCTTCTAGCTCTTAGTACATTGAGC
TTAAAGATTTGGCGTCAGGGACAATCTAGTTTCCCTTATATACTTGGTCAAGCAGTGCTT
TCAGCTGTCGTCTTCTGGAAGAACTTCACAGCTTATTCTATGAATAAGAAGCTGTTTCCT
GCTGGGATTTTTGCTGTCGTCAGTGCTGCCGTGTTGTGTTTCTATTCATATGTGGTGCTC
TCTGGAGGAAACCCCCCTCCAAAGAAATTGAAACCCTCATCTGGTAGCCCTTCATACTGA
AGAAGCTTCCCATAGGTTAGATTAAAGACATGGGAGATCTCAGTCTTTTATGACTGGTGT
GTTGGATTCCTGGTGTAATTTTATATACTTAATAATAGAGGCGACTCCTTCTTTACGGTG
TCATATTACAAAA
C

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 5

CO CL1679Contig1 1047 5 11 U
GGGTTTAGATTTACGGATATTCTCTCTCTTCCTCCCACATCTCTCTAGAAACCCAGATCC
AAGCGAATCTCGTCCGCTGGCTCCGGTGGCTACCATAGCACCGGAGCTGGGCTCTTTTCT
GTTTATAGTTTGTCTTTTTCTCGTGTAGCTCTGTTTCGTCGCTGTTTTTGTAGGGGTGAA
GCAACGGCTTCGTAGGCTTCGTTCGTCTGAAGCAGCGCTCCGGCTCCGCCTCCGTTTTGA
CAGTCGACGGTCTTTAGTCCTCAGTTTCTTCCTTTGTTACTGTTCAAGCTCCTCGTTTGT
GGCGATTGAGAAGTGTTTTTGCGTTCTGAGTTTTCAGATCTGGTTTCTCTTTGGAGCTAT
GGCTCAGGGTTTGGCCTATTTTCACGGTGTTTGGATTGCCCCATGTCTTGTGTTTGCCCT
TGCTGATGTATCGCTTGATGGTTTTGTCGATGCTGGTGTTTGGGTGTGACTTCCTGGGTT
CCGCTTCTTCCGCTCGTGAAAGATCGTGTTTTTATGGATATGCTTATCGTGAGGAAAGCT
TTCTTAGTTTCCTCCACTTTGCCGTTGTTGATCTTTGCCGGCCTGGGTTCTATCCGCAAT
CTTTCGTTCGTCCAATTGCGGTTGCCGGTAGCGTTATGTGAGGCGGATCTGTCTTGGTGG
TTTCTCTTTGCCCCTAAAGTTCTAGCTTTTGTTTGTGATTCGTGATAGTTCTTGCAAGAA
TTGTTGGTTACCCACAACTATCATTGTGGCCTCGCCAGGTCATACAATGTTGGGGTCCTT
CTATGTTCTTAATTTCTGCTGGTCCTGTCTTTTAGAGCATTAATTTGATTGTCTCCAGCG
ATCCTTTGCCTTGGTTTATGAAGGGAGTGTTGTGGCTTTTGACTGAGCGTTTATGTATTT
GCTTTTAGTTTCTTCTGTCTCCTTGTGTGGAGCTTTTAGTCTCAGGAGATAATATATTAT
CTGCCTGCATAGTTTCTCAATCTTTTGAACTCTGTATTTCCTGTTGTAAGTTCAGGGTGA
AGTTCTAATGAAATTATTGTTCAGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3C836TF U 1
AF RR3DN51TF U 5
AF RR3G318TF U 5
AF RR3DN51JQ C 165
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GTTTATAGTTTGTCTTTTTCTCGTGTAGCTCTGTTTCGTCGCTGTTTTTGTAGGGGTGAA
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CAGTCGACGGTCTTTAGTCCTCAGTTTCTTCCTTTGGTACTGTTCAAGCTCCTCGTTTGT
GGCGATTGAGAAGTGTTTTTGCGTTCTGAGTTTTCAGATCTGGTTTCTCTTTGGAGCTAT
GGCTCAGGGTTTGGCCTATTTTCACGGTGTTTGGATTGCCCCATGTCTTGTGTTTGCCCT
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CCGCTTCTTCCGCTCGTGAAAGATCGTGTTTTTATGGATATGCTTATCGTGAGGAAAGCT
TTCTTAGTTTCCTCCACTTT*CCGTTGTTGA

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DS 

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GG
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AGTTTGTCTTTTTCTCGTGTAGCTCTGTTTCGTCGCTGTTTTTGTAGGGGTGAAGCAACG
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GGGTTTGGCCTATTTTCACGGTGTTTGGATTGCCCCATGTCTTGTGTTTGCCCTTGCTGA
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GG
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ATCTCGTCCGCTGGCTCCGGTGGCTACCATAGCACCGGAGCTGGGCTCTTTTCTGTTTAT
AGTTTGTCTTTTTCTCGCGTAGCTCTGTTTCGTCGCTGTTTTTGTAGGGGTGAAGCAACG
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TGAGAAGTGTTTTTGCGTTCTGAGTTTTCAGATCTGGTTTCTCTTTGGAGCTATGGCTCA
GGGTTTGGCCTATTTTCACGGTGTTTGGATTGCCCCATGTCTTGTGTTTGCCCTTGCTGA
TGTATCGCTTGATGGTTTTGTCGATGCTGGTGTTTGGGTGTGACTTCCTGGGTTCCGCTT
CTTCCGCTCGTGAAAGATCGTGTTTTTATGGATATGCTTATCGTGAGGAAAGCTTTCTTA
GTTTCCTCCACTTTGCCGTTGTTGATCTTTGCCGGCCTGGGTTCTATCCGCAATCTTTCG
TTCGTCCAATTGCGGTTGCCGGTAGCGTTATGTGAGGCGGATCTGTCTTGGTGGTTTCTC
TTTGCCCCTAAAGTTCTAGCTTTTGTTTGTGATTCGTGATAGTTCTTGCAAGAATTGTTG
G

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DS 

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TCCGCCTCCGTTT*GACAGTCGACGGTCTTTAGTCCTCAGTTTCTTCCTTTGTTACTGTT
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GTCTTGTGTTTGCCCTTGCTGATGTATCGCTTGATGGTTTTGTCGATGCTGGTGTTTGGG
TGTGACTTCCTGGGTTCCGCTTCTTCCGCTCGTGAAAGATCGTGTTTTTATGGATATGCT
TATCGTGAGGAAAGCTTTCTTAGTTTCCTCCACTTTGCCGTTGTTGATCTTTGCCGGCCT
GGGTTCTATCCGCAATCTTTCGTTCGTCCAATTGCGGTTGCCGGTAGCGTTATGTGAGGC
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ATAGTTCTTGCAAGAATTGTTGGTTACCCACAACTATCATTGTGGCCTCGCCAGGTCATA
CAATGTTGGGGTCCTTCTATGTTCTTAATTTCTGCTGGTCCTGTCTTTTAGAGCTTTAAT
TTGATTGTCTCCAGCGATCCTTTGCCTTGGTTTATGAAGGGAGTGTTGTGGCTTTTGACT
GAGCGTTTATGTATTTGCTTTTAGTTTCTTCTGTCTCCTTGTGTGGAGCTTTTAGTCTCA
GGAGATAATATATTATCTGCCTGCATAGTTTCTCAATCTTTTGAACTCTGTATTTCCTGT
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QA 1 882 1 882
DS 

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TTGTCGATGCTGGTGTTTGGGTGTGACTTCCTGGGTTCCGCTTCTTCCGCTCGTGAAAGA
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GTTGTTGATCTTTGCCGGCCTGGGTTCTATCCGCAATCTTTCGTTCGTCCAATTGCGGTT
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TTGTGGCCTCGCCAGGTCATACAATGTTGGGGTCCTTCTATGTTCTTAATTTCTGCTGGT
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GGAGTGTTGTGGCTTTTGACTGAGCGTTTATGTATTTGCTTTTAGTTTCTTCTGTCTCCT
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TTTGAACTCTGTATTTCCTGTTGTAAGTTCAGGGTGAAGTTCTAATGAAATTATTGTTCA
GAGG

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 4

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GAAGAGTTCATCTTCTCCCTCCTATACAAATAAAAACCTAAATTATTCTTCCCACCTAAA
AATACTCTAAAACCATGGCTATCTTCAACACTCAAAACACATGGGCCTTCGCCTTCGGCT
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GGAATCTGTGTCGGATTCTCTGTCTGCGTTTTCGCTGCGCCGCTTAGCATTATCAGAACG
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TGCAAAACGCCGTCGGATTTGGTGGAGAAAGAACTCGAAGCCGCTAAGTTGCCGGAGGTG
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GTC


BQ
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10 10 10 

AF RR3DQ13TF U 1
AF RR3F719TF U 381
AF RR3F719JQ C 497
AF RR3DQ13JQ C 436
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GAAGAGTTCATCTTCTCCCTCCTATACAAATAAAAACCTAAATTATTCTTCCCACCTAAA
AATACTCTAAAACCATGGCTATCTTCAACACTCAAAACACATGGGCCTTCGCCTTCGGCT
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TTTGGAAGAAAAAAACCACAGAAGATTTTCAATCTCTTCCCTATGTGGTGGCGCTCTTGC
GCGATGCTTTGGCTCTACTACGCTACTCAGAAGAAAGATGTCTTCCTTCTCGTCACAATC
AACTCCTTTGGTTGCTTCATAGAAACCATATACATCGCCATATTCGTTGCCTTCGCCACC
AAGAAAGCACGAATGTTAACGGTGAAGCTCTTGTTGCTAATGAACTTTGGAGGATTCTGT
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AGTGCGGTCGTA
CGCTT

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DS 

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G
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GTCTGCGTTTTCGCTGCGCCGCTTAGCATTATCAGAACGGTGATAAAGACAAAAAGTGTG
GAGTACATGCCGTTTAGCTTATCCTTGACACTTACAATCAGTGCGGTCGTATGGCTTCTT
TATGGTCTTGCTCTTAGGGATATCTACGTTGCTTTCCCGAACGTGATTGGGTTTGTTCTC
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GTGGAGAAAGAACTCGAAGCCGCTAAGTTGCCGGAGGTGAGTATTGATATGCTGAAGCTA
GGGACATTGGCATCTCCTGAAGCAGCAGAGATCACAGTCGTACCAACTGCGAACAAGTGT
ATATGTAATGATCGGAAGACTGAAACTGAAAATGGACAGCAAGTTAAAAA

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DS 

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TCTCTGTCTGCGTTTTCGCTGCGCCGCTTAGCATTATCAGAACGGTGATAAAGACAAAAA
GTGTGGAGTACATGCCGTTTAGCTTATCCTTGACACTTACAATCAGTGCGGTCGTATGGC
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TTCTCGGTGCACTTCAAATGATACTTTACGTGGTTTTCAAATACTGCAAAACGCCGTCGG
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AGCTAGGGACATTGGCATCTCCTGAAGCAGCAGAGATCACAGTCGTACCAACTGCGAACA
AGTGTATATGTAATGATCGGAAGACTGAAACTGAAAATGGACAGCAAGTTAAAAACGGCA
AACACTCCACTGCGGCTTGTTAAAAAACAATAAACTGTTTGCCTATCTTTTGCATTGTTG
AATTTGTACTCTATCTTAATATCATCGTCTACGTGTGCCAAGTCGAGGATTAATTATCTC
GGGATTTACATTATCCTGAGTTGATTTTTCCCTTCTTCTTTTAATTACTAGTGAAACTAA
ATTATCTGTTGGATATGAATATCACCTTATTTTCCCGTT

QA 1 699 1 699
DS 

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TGCCAATTCTTAGCAAAAGGTTCCACACGTGCGAAGATTATCGGAGGAATCTGTGTCGGA
TTCTCTGTCTGCGTTTTCGCTGCGCCGCTTAGCATTATCAGAACGGTGATAAAGACAAAA
AGTGTGGAGTACATGCCGTTTAGCTTATCCTTGACACTTACAATCAGTGCGGTCGTACGG
CTTCTTTATGGTCTTGCTCTTAGGGATATCTACGTTGCTTTCCCGAACGTGATTGGGTTT
GTTCTCGGTGCACTTCAAATGATACTTTACGTGGTTTTCAAATACTGCAAAACGCCGTCG
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AAGCTAGGGACATTGGCATCTCCTGAAGCAGCAGAGATCACAGTCGTACCAACTGCGAAC
AAGTGTATATGTAATGATCGGAAGACTTAAACTGAAAATGGACAGCGAGTTAAAAACGGC
AAACACTCCACTGCAGCTTGTTAAAAAACAATAAACTGTTTGCCTATCTTTTGCATTGTC
GAATTTGTACTCTATCTTAATATCATCGTCTACGTGTGCCAAGTCGAGGATTAATTATCT
CGGGATTTACATTATCCTGAGTTGATTTTCCCCTTCTTCTTTTAATTACTAGTGTAACTA
AATTATCTGTTGGATATGAATATCACCTTATTTTCCCGTTGAAAGGTC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 4

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CTCCGACGAAACCTCTCCGAATCAAAACCCTAATTCCCCAAAACCCGATCCTTCCCCTCT
CGATCTTCTTCTTAGTCGAATCTCACATCAGCAGCGAAGATGGTTTTAGCGGAGCTCGGC
GGGCAGATCGCCAGCGCCTTGCAGAAGATGAGCAACGTGACGATCATCGACGAGAAGGCT
CTCAACGAGTGCTTGAAAGAGATCACTCGCGCTCTTCTCCATTCCGATGTCTCTTTCCCT
CTCGTGAGGGAGATGCAGAACAATATCAAGAAGATCGTTAACCTCGAGGAGCTAGCCGCT
GGCCACAACAAGCGACGGATCATTGAGCAGGCTATCTTTAGTGAACTGTGTAAGATGTTA
GATCCAGGAAAGCCTGCGTTTTCGCCCAAGAAGGCTAAACCTAGTGTTGTTATGTTCGTT
GGATTACAAGGTGCTGGTAAAACGACAACGTGTACCAAATATGCTTATTATCACCAGAAG
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CCTGTGAAAATTGCTGTTGAGGGAGTTGATACGTTTAAGAAAGAAAACTGTGATCTTATT
ATTGTTGACACCAGTGGTCGACAAACAAGAAGCTACTCTCTTTGAAGAAATGCGTCAAGT
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TAAGATGGACGGTCATGCCAAGGGTGGTGGTGCTCTTAGCGCTGTTGCAGCGACAAAGAG
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ACCGTTTGTCAGCCGTCTCTTAGGAATGGGTGATTGGTCTGGATTCGTGGATAAACTACA
AGATGTGGTACCTAAAGATCAACAGCCTGAACTTCTGGAAAAGCTCTCTCAGGGTAACTT
CACGTTGAGAATTATGTACGACCAGTTCCAGAACTTACTGAACATGGGCCCACTTAGTGA
GGTTTTCTCAATGCTGCCTGGAGCTGCTGCTCAAATGATGCCTAAAGGACACGAGAAAGA
AAGCCAAGCCAAGATAAAGCGATACATGACAATGATGGATTCCATGACAAACGAAGAACT
GGACAGCTCGAACCCGAAGATGTTTAACGAATCAAGGATGATGAGGATAGCGAGAGGGTC
TGGGAGGATGGTAAGAGAAGTGATGGAGATGTTGGAAGAGTACAAGAGGCTAGCAAAGAT
GTGGAGCAAGATGAAAGGGCTCAAGATCCCAAAGAATGGAGACATGAGCGCACTCTCGAG
AAACATGAACGCTCAGCACATGAGTAAGGTCCTTCCTCCTCAGATGCTCAAGCAGTTTGG
AGGCATGGGCGGTCTGCAGAGTCTCATGAAACAGATGGGTTCTGGCAAAGACATGATGGG
TATGTTTGGTGGCGGCAAAGACAAATAGTTTCTTTCTTCCTTTCTTACACCCAAAATCTA
CACCTTCCCCATTTGTCGTTTACTAGTTTTTTTTTTTCCTGTGAAAATATCAACGATTTC
CCTTTTTTTAATTTTCCTGTATTTCCATTCGCCTTTCAGTTTATCTTTCTTTGTATTTTT
CCTTTCTCGAAGTAAAAGATTTTCAACTATGTTTTTTTCAAAG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EM36TF U 1
AF RR3BD67TF U 513
AF RR3BD67JQ C 1032
AF RR3EO46JQ C 1120
BS 1 577 RR3EM36TF
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BS 1290 1318 RR3BD67JQ
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BS 1320 1350 RR3BD67JQ
BS 1351 1351 RR3EO46JQ
BS 1352 1573 RR3BD67JQ
BS 1574 1574 RR3EO46JQ
BS 1575 1590 RR3BD67JQ
BS 1591 1591 RR3EO46JQ
BS 1592 1687 RR3BD67JQ
BS 1688 1688 RR3EO46JQ
BS 1689 1748 RR3BD67JQ
BS 1749 1749 RR3EO46JQ
BS 1750 1843 RR3BD67JQ

RD RR3EM36TF 577 0 0
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CTCCGACGAAACCTCTCCGAATCAAAACCCTAATTCCCCAAAACCCGATCCTTCCCCTCT
CGATCTTCTTCTTAGTCGAATCTCACATCAGCAGCGAAGATGGTTTTAGCGGAGCTCGGC
GGGCAGATCGCCAGCGCCTTGCAGAAGATGAGCAACGTGACGATCATCGACGAGAAGGCT
CTCAACGAGTGCTTGAAAGAGATCACTCGCGCTCTTCTCCATTCCGATGTCTCTTTCCCT
CTCGTGAGGGAGATGCAGAACAATATCAAGAAGATCGTTAACCTCGAGGAGCTAGCCGCT
GGCCACAACAAGCGACGGATCATTGAGCAGGCTATCTTTAGTGAACTGTGTAAGATGTTA
GATCCAGGAAAGCCTGCGTTTTCGCCCAAGAAGGCTAAACCTAGTGTTGTTATGTTCGTT
GGATTACAAGGTGCTGGTAAAACGACAACGTGTACCAAATATGCTTATTATCACCAGAAG
AAAGGTTACAAACCTGCTCTGGTGTGTGCCGATACTT

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3BD67TF 777 0 0
G
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ACTTTCAGGGCTGGTGCTTTTGATCAGCTCAAACAGAATGCTACCAAGGCTAGGATTCCC
TTTTATGGAAGCTACACGGAATCCGATCCTGTGAAAATTGCTGTTGAGGGAGTTGATACG
TTTAAGAAAGAAAACTGTGATCTTATTATTGTTGACACCAGTGGTCGACAAACAAGAAGC
TACTCTCTTTGAAGAAATGCGTCAAGTTGCTGAAGCAACGAAACCAGATCTTGTTATATT
TGTCATGGACAGCAGTATTGGTCAAGCTGCATTTGACCAAGCTCAAGCATTCAAGCAAAG
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TCTTAGCGCTGTTGCAGCGACAAAGAGTCCTGTGATATTCATCGGAACAGGAGAGCATAT
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TTGGTCTGGATTCGTGGATAAACTACAAGATGTGGTACCTAAAGATCAACAGCCTGAACT
TCTGGAAAAGCTCTCTCAGGGTAACTTCACGTTGAGAATTATGTACGACCAGTTCCAGAA
CTTACTGAACATGGGCCCACTTAGTGAGGTTTTCTCAATGCTGCCTGGAGCTGCTGCTCA
AATGATGCCTAAAGGACACGAGAAAGAAAGCCAAGCCAAGATAAAGCGATACATGA

QA 2 777 2 777
DS 

RD RR3BD67JQ 812 0 0
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CTAAAGATCAACAGCCTGAACTTCTGGAAAAGCTCTCTCAGGGTAACTTCACGTTGAGAA
TTATGTACGACCAGTTCCAGAACTTACTGAACATGGGCCCACTTAGTGAGGTTTTCTCAA
TGCTGCCTGGAGCTGCTGCTCAAATGATGCCTAAAGGACACGAGAAAGAAAGCCAAGCCA
AGATAAAGCGATACATGACAATGATGGATTCCATGACAAACGAAGAATTGGACAGCTCGA
ACCCGAAGATGTTTAACGAGTCAAGGATGATGAGGATAGCGAGAGGGTCTGGGAGGATGG
TAAGAGAAGTGATGGAGATGTTGGAAGAGTACAAGAGGCTAGCAAAGATGTGGAGCAAGA
TGAAAGGGCTCAAGATCCCAAAGAATGGAGACATGAGCGCACTCTCGAGAAACATGAACG
CTCAGCACATGAGTAAGGTCCTTCCTCCTCAGATGCTCAAGCAGTTTGGAGGCATGGGCG
GTTTGCAGAGTCTCATGAAGCAGATGGGTTCTGGCAAAGACATGATGGGTATGTTTGGTG
GCGGCAAAGACAAATAGTTTCTTTCTTCCTTTCTTACACCCAAAATCTACACCTTCGCCA
TTTGTCGTTTACTAGTTTTTTTTTTTCCTGTGAAAATATCAACGATTTCCCTTTTTT*AA
TTTTCCTGTATTTCCATTCGCCTTTCAGTTTATCTTTCTTTGTATTTTTCCTTTCTCGAA
GTAAAAGATTTTCAACTATGTTTTTTTCAAAG

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3EO46JQ 705 0 0
AAAGCTCTCTCAGGGTAACTTCACGTTGAGAATTATGTACGACCAGTTCCAGAACTTACT
GAACATGGGCCCACTTAGTGAGGTTTTCTCAATGCTGCCTGGAGCTGCTGCTCAAATGAT
GCCTAAAGGACACGAGAAAGAAAGCCAAGCCAAGATAAAGCGATACATGACAATGATGGA
TTCCATGACAAACGAAGAACTGGACAGCTCGAATCCGAAGATGTTTAACGAATCAAGGAT
GATGAGGATAGCGAGAGGGTCTGGGAGGATGGTAAGAGAAGTGATGGAGATGTTGGAAGA
GTACAAGAGGCTAGCAAAGATGTGGAGCAAGATGAAAGGGCTCAAGATCCCAAAGAATGG
AGACATGAGCGCACTCTCGAGAAACATGAACGCTCAGCACATGAGTAAGGTCCTTCCTCC
TCAGATGCTCAAGCAGTTTGGAGGCATGGGCGGTCTGCAGAGTCTCATGAAACAGATGGG
TTCTGGCAAAGACATGATGGGTATGTTTGGTGGCGGCAAAGACAAATAGTTTCTTTCTTC
CTTTCTTACACCCAAAATCTACACCTTCCTCATTTGTCGTTTACTAGTTTTTTTTT**CC
TGTGAAAATATCAACGTTTTCCCTTTTTTTAATTTTCCTGTATTTCCATTCGCCTTTCAG
TTTATCTTTCTTTGTATTTTTCCTTTCTCGAAGTAAAAGATTTTC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 2 5

CO CL1682Contig1 889 3 6 U
ATTAGGACAAACAAACATAATACTGGAAGCAGCAAATTTATAAGTCTTATGAAAATCAAA
AGGTACATCCAACCGAAAAAAATAAGTTAATAGAAGCAAGACTTATTGCAATAAATAGCA
CAATCTTTATAAAAATTCAAACAGTCCAACCCTTTATGAAGTTGAGGAACCTCTGAATCT
GATTTGAGCTACTTCTTCTTGACAAGGATCCATAACCTAGGGCTGGTGATCAAATCACTT
TAGTGATTATTGCCCTTGCCGACCCAAACCATACCCTCCTTGTGACGGGTCATAACCTCC
CATGTAGCCACCACCAGGATTGTTCAAACCCCCAACACTAGGTCTCCCTCCAACCGCACC
ATACGCAGCTTGACTTCCGTAACCAGTATCACCGCTCCCACTGTACCCTCCATACCCATA
CTGTGGCTGAGCCGAAGGAGCTCCATATCCACTCTGAGCAGCACCATTCCCATACCCTCC
TGGGTGGTTCCCATAACCACCAGGAGCTGATGGAGTGTCCCATGAGTTTCTCGGAGCAAC
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AACGCCATAACCTGAAGAACCATAAGAAGGCAAACCATTCCCCACATTCTGAGGCTGCAT
ATACCTATTGAAATCCATACGCCCGTCAAAACCGCCTTCACTCCCACCACCAAAACCCTG
GTAACCACCACCGCCGACGCCGCCACCACCCACGGCTCGTCCAGCACCACCTGGATTAGC
ATCTTTAGGAAGAGCACGCTTCACTTCAACTTGCTTACCATTCAAATCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HA09JQ U 1
AF RR3B717JQ U 1
AF RR3A829TF C 225
BS 1 191 RR3B717JQ
BS 192 192 RR3HA09JQ
BS 193 671 RR3B717JQ
BS 672 672 RR3HA09JQ
BS 673 799 RR3B717JQ
BS 800 889 RR3A829TF

RD RR3HA09JQ 684 0 0
GC
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GTACATCCAACCGAAAAAAATAAGTTAATAGAAGCAAGACTTATTGTAATAAATAGCACA
ATCTTTATAAAAATTCAAACAGTCCAACCCTTTATGAAGTTGAGGAACCTCTGAATCTGA
TTTGAGCTACTTCTTCTTGACAAGGATCCATAACCTAGGGCTGGTGATCAAATCACTTTA
GTGATTATTGCCCTTGCCGACCCAAACCATACCCTCCTTGTGACGGGTCATAACCTCCCA
TGTAGCCACCACCAGGATTGTTCAAACCCCCAACACTAGGTCTCCCTCCAACCGCACCAT
ACGCAGCTTGACTTCCGTAACCAGTATCACCGCTCCCACTGTACCCTCCATACCCATACT
GTGGCTGAGCCGAAGGAGCTCCATATCCACTCTGAGCAGCACCATTCCCATACCCTCCTG
GGTGGTTCCCATAACCACCAGGAGCTGATGGAGTGTCCCATGAGTTTCTCGGAGCAACAC
TACTTCCATAACCAGCACCCGGCATGCTCGTTGCTCCGTATGCAGCAGCACCAGCACCGT
AACCTCCGTATCCACCAAGTCCAGCACCGTTACTACCATTCCCATACCCACCAACACCAA
CGCCATAACCTGAAGAACCATA

QA 3 684 3 684
DS 

RD RR3B717JQ 799 0 0
ATTAGGACAAACAAACATAATACTGGAAGCAGCAAATTTATAAGTCTTATGAAAATCAAA
AGGTACATCCAACCGAAAAAAATAAGTTAATAGAAGCAAGACTTATTGCAATAAATAGCA
CAATCTTTATAAAAATTCAAACAGTCCAACCCTTTATGAAGTTGAGGAACCTCTGAATCT
GATTTGAGCTATTTCTTCTTGACAAGGATCCATAACCTAGGGCTGGTGATCAAATCACTT
TAGTGATTATTGCCCTTGCCGACCCAAACCATACCCTCCTTGTGACGGGTCATAACCTCC
CATGTAGCCACCACCAGGATTGTTCAAACCCCCAACACTAGGTCTCCCTCCAACCGCACC
ATACGCAGCTTGACTTCCGTAACCAGTATCACCGCTCCCACTGTACCCTCCATACCCATA
CTGTGGCTGAGCCGAAGGAGCTCCATATCCACTCTGAGCAGCACCATTCCCATACCCTCC
TGGGTGGTTCCCATAACCACCAGGAGCTGATGGAGTGTCCCATGAGTTTCTCGGAGCAAC
ACTACTTCCATAACCAGCACCCGGCATGCTCGTTGCTCCGTATGCAGCAGCACCAGCACC
GTAACCTCCGTATCCACCAAGTCCAGCACCGTTACTACCATTCCCATACCCACCAACACC
AACGCCATAACATGAAGAACCATAAGAAGGCAAACCATTCCCCACATTCTGAGGCTGCAT
ATACCTATTGAAATCCATACGCCCGTCAAAACCGCCTTCACTCCCACCACCAAAACCCTG
GTAACCACCACCGCCGACG

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3A829TF 665 0 0
GGTGATCAAATCACTTTAGTGATTATTGCCCTTGCCGACCCAAACCATACCCTCCTTGTG
ACGGGTCATAACCTCCCATGTAGCCACCACCAGGATTGTTCAAACCCCCAACACTAGGTC
TCCCTCCAACCGCACCATACGCAGCTTGACTTCCGTAACCAGTATCACCGCTCCCACTGT
ACCCTCCATACCCATACTGTGGCTGAGCCGAAGGAGCTCCATATCCACTCTGAGCAGCAC
CATTCCCATACCCTCCTGGGTGGTTCCCATAACCACCAGGAGCTGATGGAGTGTCCCATG
AGTTTCTCGGAGCAACACTACTTCCATAACCAGCACCCGGCATGCTCGTTGCTCCGTATG
CAGCAGCACCAGCACCGTAACCTCCGTATCCACCAAGTCCAGCACCGTTACTACCATTCC
CATACCCACCAACACCAACGCCATAACCTGAAGAACCATAAGAAGGCAAACCATTCCCCA
CATTCTGAGGCTGCATATACCTATTGAAATCCATACGCCCGTCAAAACCGCCTTCACTCC
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AATCC

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DS 



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AGACCACTAGCCGTCCTCGCGGGTTTGGATTCGTCTCCTTCGACTCCGAAGACGCCGTGG
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GCGGTGGTGGTTAC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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QA 1 728 1 728
DS 

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GCGGTGGTGGTTAC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 5

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BQ
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GGATT
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TGGATCTGAAACGAGCTTATGATGTTGAACAAGCATGCTCTATTATGCCAAACACATTCG
AAGATGATGATGATGATGGTGATGATCTATGGCCGCTTGGCGAGATTGATCCCAAAAAGC
TGAAATTCCCTTGCTGTATAGTCTGGACTCCTCTCCCTGTTGTCTCTTGGTTGGCTCCTT
TCATTGGCCATGTTGGTCTTTGCAGAGAAGACGGAGTCATCTTGG*CTTTGCTGGTTCTA
ACTTCATCAGTGTTGATGATTTCGCTTTTGGTCCTCCTGCTCGCTATCTCCAACTCGATC
GGAAACAGTGTTGCATGCCACCGAACTTGGGTGGGCACACTTGCAAGTACGGGTACAAAC
ACACGGAGTTTGGGACCTCGGTCACATGGGA

QA 6 576 6 576
DS 

RD RR3DX20TF 769 0 0
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TACAAAATCTCCTCTC**TTTTACACTACAAATACAC**CCCTCTTTCTTCGACCTGTCG
GTGATTTTGTTTCTCTTC*GCCGCGGATCCATTT*GACAGGCAGGAAGCTGCAAAGAATC
TAAATGTCCCGGGGAAGAGTTCCTTACATGGATCTGAAACGTGCTTATGATGTTGAACAA
GCATGCTCTATTATTCCAAACACATTCCAAGATGATGATGATGATGGTGATGATCTATGG
CCGCTTGGCGAGATTGATCCCAAAAAGCTGAAATTCCCTTGCTGTATAGTCTGGACTCCT
CTCCCTGTTGTCTCTTGGTTGGCTCCTTTCATTGGCCATGTTGGTCTTTGCAGAGAAGAC
GGAGTCATCTTGGACTTTGCTGGTTCTAACTTCATCAGTGTTGATGATTTCTCTTTTGGT
CCTCCTGCTCGCTATCTCCAACTCGATCGAAAACAGTGTTGCATGCCACCGAACTTGGGT
GGGCACACTTGCAAGTACGGGTACAAACACACAGAGTTTGGGACCTCGGTTACATGGGAT
GATGCACTGAGCGCGAGCGCGCGTAGCTGTGAACATAAAACTTACAACCTCTTCACCTGT
AACTGCCATTCGTTCGTTGCTAACTGTCTCA*CCGTCTTTGCTACGCGG*TTCGATGGAG
TGGA*GATGGTGAATGTTGCTGTTCTGAT*CTCACGAGAGGGAA
TGGGT

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3C818TF 819 0 0
GG
GCACCTTGCAGAAGTAGAAGAAACGTCTAATTTACAAAATCTCCTCTC**TTTTACACTA
CAAATACACACCTCTCTTTCTTCGACCTGTCGGTGATTTTGTTTCTCTTCCGCCGTGGAT
CCATTT*GACAGGCAGGAAGCTGCAAAGAATCTAAATGTCCCGTGGAAGAGTTCCTTACA
TGGATCTGAAACGAGCTTATGATGTTGAACAAGCATGCTCTATTATGCCAAACACATTCG
AAGATGATGATGATGATGGTGATGATCTATGGCCGCTTGGCGAGATTGATCCCAAAAAGC
TGAAATTCCCTTGCTGTATAGTCTGGACTCCTCTCCCTGTTGTCTCTTGGTTGGCTCCTT
TCATTGGCCATGTCGGTCTTTGCAGAGAAGACGGAGTCATCTTGGACTTTGCTGGTTCTA
ACTTCATCAGTGTTGATGATTTCGCTTTTGGTCCTCCTGCTCGCTATCTCCAACTCGATC
GAAAACAGTGTTGCATGCCACCGAACTTGGGTGGGCACACTTGCAAGTACGGGTACAAAC
ACACAGAGTTTGGGACCTCGGTCACATGGGATGATGCACTGAGCGCGAGCGCGCGTAGCT
GTGAACATAAAACTTACAACCTCTTCACCTGTAACTGCCATTCGTTCGTTGCTAACTGTC
TCAACCGTCTTTGCTACGGGGGTTCGATGGAGTGGAAGATGGTGAATGTTGCTGTTCTGA
TTCTCACGAGAGGGAAATGGGTCAGCGCGTCATCGGTAGTCCGGTCGTTTCTGCCCTGTG
CTGTG*TTACGTGTCTTG
TGTGTACTTTTGGGTGGCC

QA 3 800 3 800
DS 

RD RR3C818JQ 825 0 0
CTGCAAAGAATCTAAATGTCCCGTGGAAGAGTTC*TTACATGGATCTGAAACGAGCTTAT
GATGTTGAACAAGCATGCTCTATTATGCCAAACACATTCGAAGATGATGATGATGATGGT
GATGATCTATGGCCGCTTGGCGAGATTGATCCCAAAAAGCTGAAATTCCCTTGCTGTATA
GTCTGGACTCCTCTCCCTGTTGTCTCTTGGTTGGCTCCTTTCATTGGCCATGTCGGTCTT
TGCAGAGAAGACGGAGTCATCTTGGACTTTGCTGGTTCTAACTTCATCAGTGTTGATGAT
TTCGCTTTTGGTCCTCCTGCTCGCTATCTCCAACTCGATCGAAAACAGTGTTGCATGCCA
CCGAACTTGGGTGGGCACACTTGCAAGTACGGGTACAAACACACAGAGTTTGGGACCTCG
GTCACATGGGATGATGCACTGAGCGCGAGCGCGCGTAGCTGTGAACATAAAACTTACAAC
CTCTTCACCTGTAACTGCCATTCGTTCGTTGCTAACTGTCTCAACCGTCTTTGCTACGGG
GGTTCGATGGAGTGGAAGATGGTGAATGTTGCTGTTCTGATTCTCACGAGAGGGAAATGG
GTCAGCGCGTCATCGGTAGTCCGGTCGTTTCTGCCCTGTGCTGTGGTTACGTGTCTTGGT
GTGTTACTTTTGGGGTGGCCTTTCTTGATCGGCCTCTTCTCTTTCTCGATGTTACTCGTT
GCCTGGTTCATAATTGCTACTTACTGTTTTAAGAACATAATGTCTT*GAACCAGTAGAAA
AAAAACTATACATATTTATATTATCTTTGAGTTGTTCTCTTTTC
C

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR3DX20JQ 625 0 0
TCTCTTGGTTGGCTCCTTTCATTGGCCATGTTGGTCTTTGCAGAGAAGACGGAGTCATCT
TGGACTTTGCTGGTTCTAACTTCATCAGTGTTGATGATTTCTCTTTTGGTCCTCCTGCTC
GCTATCTCCAACTCGATCGAAAACAGTGTTGCATGCCACCGAACTTGGGTGGGCACACTT
GCAAGTACGGGTACAAACACACAGAGTTTGGGACCTCGGTTACATGGGATGATGCACTGA
GCGCGAGCGCGCGTAGCTGTGAACATAAAACTTACAACCTCTTCACCTGTAACTGCCATT
CGTTCGTTGCTAACTGTCTCAACCGTCTTTGCTACGGCGGTTCGATGGAGTGGAAGATGG
TGAATGTTGCTGTTCTGATTCTCACGAGAGGGAAATGGGTCAGCGCGTCATCGGTAGTCC
GGTCGTTTCTGCCCTGTGCTGTGGTTACGTGTCTTGGTGTGTTCCTTGTGGGGTGGCCCT
TCTTGATCGGCCTCTTCTCTTTCTCGATGTTACTCGTTGCCTGGTTCATAATTGCTACTT
ACTGTTTTAAGAACATAATGGGTTAGAACCAGTAGAAAAAAAAA***ACTCATTTATATT
ATCTTTGAGTTGTTCTCTTTTCGTT

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 5

CO CL1684Contig1 936 5 9 U
GGGTCCAAGAGGCCGTGGAGCCGTGCTGGCCGTCCCACCGAAGAAGAGAAATGGACACCA
GTCACCAAGCTCGGTCGTCTCGTACGAGACGGCAAAATCAAGCAGCTAGAGCAGATCTAT
CTCCACTCTCTCCCCGTCAAGGAGTACCAAATCATAAACCTCCTCGTCGGACCTTCGTTG
AAAGACGAGGTTATGAAAATCATGCCTGTCCAGAAACAGACGAGAGCTGGTCAGAGGACG
AGGTTCAAGGCCTTTGTCGTTGTCGGAGATGGTAATGGACATGTCGGGCTGGGAGTGAAG
TGCTCGAAGGAGGTTGCGACTGCTATTAGAGGTGGGATTATTCTTGCGAAGCTGTCTGTG
ATTCCGGTGAGGAGAGGTTATTGGGGTAATAAGATTGGGAAGCCGCATACGGTTCCTTGT
AAGGTTACGGGGAAGTGTGGTTCCGTTACTGTGAGGATGGTTCCAGCTCCGAGAGGTGCT
GGTATTGTGGCGGCTAGGGTTCCTAAGAAGGTTCTTCAGTTTGCTGGTATTGATGATGTC
TTCACTTCCTCCAGAGGATCTACCAAAACCCTCGGAAACTTTGTTAAGGCTACATTTGAT
TGTCTACAGAAGACATATGGTTTCCTTACACCAGAGTTCTGGAAAGAGACGTCATTCAAG
AAATCTCCATACCAAGAGTACACTGATTTCTTGTCTAGTAAGACTGATTCTGTGGCCAAG
GTTATTACCGAGGTTGAAGACCAAGCTTAAAGATTGTACTACCTTAATGAGTTTTGAGTA
TTATCAGTTTAAGACATGGTTTTATTATAGGTTTGGTTGTTGCAAATGTTTTT*CCCCTC
TTATCTGCTTTGGCTAGAGATTTTGTTCGACATAACTATGATTGGTCTGTCATAAATCAT
AATACACAATTTTCATTAATAGCTTTTTTATTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR3F484TF U 129
AF RR3F471TF U 1
AF RR3F471JQ C 179
AF RR3FA19JQ C 321
AF RR3FA19TF U 321
BS 1 156 RR3F471TF
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GGTTATGAAAATCATGCCTGTCCAGAAACAGACGAGAGCTGGTCAGAGGACGAGGTTCAA
GGCCTTT

QA 1 127 1 127
DS 

RD RR3F471TF 715 0 0
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GTCACCAAGCTCGGTCGTCTCGTACGAGACGGCAAAATCAAGCAGCTAGAGCAGATCTAT
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AAAGACGAGGTTATGAAAATCATGCCTGTCCAGAAACAGACGAGAGCTGGTCAGAGGACG
AGGTTCAAGGCCTTTGTCGTTGTCGGAGATGGTAATGGACATGTCGGGCTGGGAGTGAAG
TGCTCGAAGGAGGTTGCGACTGCTATTAGAGGTGGGATTATTCTTGCGAAGCTGTCTGTG
ATTCCGGTGAGGAGAGGTTATTGGGGTAATAAGATTGGGAAGCCGCATACGGTTCCTTGT
AAGGTTACTGGGAAGTGTGGTTCCGTTACTGTGAGGATGGTTCCAGCTCCGAGAGGTGCT
GGTATTGTGGCGGCTAGGGTTCCTAAGAAGGTTCTTCAGTTTGCTGGTATTGATGATGTC
TTCACTTCCTCCAGAGGATCTACCAAAACCCTCGGAAACTTTGTTAAGGCTACATTTGAT
TGTCTACAGAAGACATATGGTTTCCTTACACCAGAGTTCTGGAAAGAGACGTCATTCAAG
AAATCTCCATACCAAGAGTACACTGATTTCTTGTCTAGTA*GACTGATTCTGTGG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3F471JQ 754 0 0
TGAAAGACGAGGTTATGAAAATCATGCCTGTCCAGAAACAGACGAGAGCTGGTCAGAGGA
CGAGGTTCAAGGCCTTTGTCGTTGTCGGAGATGGTAATGGACATGTCGGGCTGGGAGTGA
AGTGCTCGAAGGAGGTTGCGACTGCTATTAGAGGTGGGATTATTCTTGCGAAGCTGTCTG
TGATTCCGGTGAGGAGAGGTTATTGGGGTAATAAGATTGGGAAGCCGCATACGGTTCCTT
GTAAGGTTACTGGGAAGTGTGGTTCCGTTACTGTGAGGATGGTTCCAGCTCCGAGAGGTG
CTGGTATTGTGGCGGCTAGGGTTCCTAAGAAGGTTCTTCAGTTTGCTGGTATTGATGATG
TCTTCACTTCCTCCAGAGGATCTACCAAAACCCTCGGAAACTTTGTTAAGGCTACATTTG
ATTGTCTACAGAAGACATATGGTTTCCTTACACCAGAGTTCTGGAAAGAGACGTCATTCA
AGAAATCTCCATACCAAGAGTACACTGATTTCTTGTCTAGTAAGACTGATTCTGTGGCCA
AGGTTATTACCGAGGTTGAAGACCAAGCCTAAAGATTGTACTACCTTAATGAGTTTTGAG
TATTATCAGTTTAAAACATGGTTTTATTATAGGTTTGGTTGTTGCAAATGTTTTTTCCCC
TCTTATCTGCTTTGGCTAGAGATTTTGTTCGACATAACTATGATTGGTCTGTCATAAATC
ATAATACACAATTTCCATGAATAGCTTTTTTATT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3FA19JQ 616 0 0
G
GCTATTAGAGGTGGGATTATTCTTGCGAAGCTGTCTGTTATTCCGGTGAGGAGAGGTTAT
TGGGGTAATAAGATTGGGAAGCCGCATACGGTTCCTTGTAAGGTTACGGGGAAGTGTGGT
TCCGTTACTGTGAGGATGGTTCCAGCTCCGAGAGGTGCTGGTATTGTGGCTGCTAGGGTT
CCTAAGAAGGTTCTTCAGTTTGCTGGTATTGATGATGTCTTCACTTCCTCCAGAGGATCT
ACCAAAACGCTCGGAAACTTTGTTAAGGCTACATTTGATTGTCTACAGAAGACATATGGT
TTCCTTACACCAGAGTTCTGGAAAGAGACGTCATTCAAGAAATCTCCATACCAAGAGTAC
ACTGATTTCTTGTCTAGTAAGACTGATTCTGTGGCCAAGGTTATTACCGAGGTTGAAGAC
CAAGCTTAAAGATTGTACTACCTTAATGAGTTTTGAGTATTATCAGTTTAAGACATGGTT
TTATTATAGGTTTGGTTGTTGCAAATGTTTTT*CCCCTCTTATCTGCTTTGGCTAGAGAT
TTTGTTCGACATAACTATGATTGGTCTGTCATAAATCATAATACACAATTTTCATTAATA
GCTTTTTTATTAATT

QA 2 616 2 616
DS 

RD RR3FA19TF 616 0 0
G
GCTATTAGAGGTGGGATTATTCTTGCGAAGCTGTCTGTTATTCCGGTGAGGAGAGGTTAT
TGGGGTAATAAGATTGGGAAGCCGCATACGGTTCCTTGTAAGGTTACGGGGAAGTGTGGT
TCCGTTACTGTGAGGATGGTTCCAGCTCCGAGAGGTGCTGGTATTGTGGCTGCTAGGGTT
CCTAAGAAGGTTCTTCAGTTTGCTGGTATTGATGATGTCTTCACTTCCTCCAGAGGATCT
ACCAAAACGCTCGGAAACTTTGTTAAGGCTACATTTGATTGTCTACAGAAGACATATGGT
TTCCTTACACCAGAGTTCTGGAAAGAGACGTCATTCAAGAAATCTCCATACCAAGAGTAC
ACTGATTTCTTGTCTAGTAAGACTGATTCTGTGGCCAAGGTTATTACCGAGGTTGAAGAC
CAAGCTTAAAGATTGTACTACCTTAATGAGTTTTGAGTATTATCAGTTTAAGACATGGTT
TTATTATAGGTTTGGTTGTTGCAAATGTTTTT*CCCCTCTTATCTGCTTTGGCTAGAGAT
TTTGTTCGACATAACTATGATTGGTCTGTCATAAATCATAATACACAATTTTCATTAATA
GCTTTTTTATT
AATT

QA 2 612 2 612
DS 



AS 1 5

CO CL1685Contig1 774 5 16 U
GGACGAACACGTGGAACTCCTTTTGCTCTCCTCTCTCTCTCAAACCCTACGATCTTCCTC
AAGATTAGATAATGAAAGG***TAAATCAAAGACCGAGACCAGGAGCTCTAAGCTCTCTG
TGACCAAGAAGCCTGCGAAGGCAGCAGGCCGTAGCAAAGCGGCTGCTAAGGATCCAAACA
AACCAAAGAGGCCTGCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAAGATTTCCGTCAGACTTTCA
AGAAGGAACACCCCAAGAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGGAAAGCTGCTGGAGACAAGT
GGAAATCCTTATCAGACGCTGAGAAGGCACCTTACGTTGCTAAGGCTGAGCAGCGCAAGG
TCGACTACGAGAAGAACATGAAGGCGTACAACAAGAAACAGGAGGAAGGTCCGAAGGAAG
ATGAGGAATCTGACAAGTCAGTCTCAGAAGTTAATGATGAAGATGATGCTGAGGATGGTA
GTGATGAGGAGGAGGACGATGACTAATAAGGTTGAAGTTTGTAACATTAGTATAGATGGC
TGCAAATATCTCTCTCTGTTTTCTTTAATCTTAAAATGTTTATGGGGCTGATTAAAAGGT
GTCTTTATCTTTCTTTCCGTTTTGGTACTTCCCACAACCTCTCCCATGTTACCAAGCCCT
TTGTATGGAGAAAGCGAATTGTAGAATGTTTAGATGGTGAAAGAGAGACATGCAGCTCTG
TAGTCTTGTGTTCTATAAAACGATTTACCTTCTCTCAGTCTATTTTTTTCTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D079TF U 1
AF RR3A601TF U 8
AF RR3GU53JQ C 23
AF RR3GU53TF U 23
AF RR3D079JQ C 211
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BS 80 82 RR3GU53TF
BS 83 275 RR3D079TF
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BS 277 357 RR3D079TF
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BS 741 753 RR3GU53TF
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AAGATTAGATAATGAAAGGAGGTAAATCAAAGACCGAGACCAGGAGCTCTAAGCTCTCTG
TGACCAAGAAGCCTGCGAAGGCAGCAGGCCGTAGCAAAGCGGCTGCTAAGGATCCAAACA
AACCAAAGAGGCCTGCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAAGATTTCCGTCAGACTTTCA
AGAAGGAACACCCCAAGAACAAATCTGTTGCTGCTTTTGGGAAAGCTGCTGGAGACAAGT
GGAAATCCTTATCAGACGCTGAGAAGGCACCTTACGTTGCTAAGGCTGAGCAGCGCAGGG
TCGACTACGAGAAGAACATGAAGGCGTACAACAAGAAACAGGAGGAAGGTCCGAAGGAAG
ATGAGGAATCTGACAAGTCAGTCTCAGAAGTTAATGATGAAGATGATGCTGAGGATGGTA
GTGATGAGGAGGAGGACGATGACTAATAAGGTTGAAGTTTGTAACATTAGTATAGATGGC
TGCAAATATCTCTCTCTGTTTTCTTTAATCTTAAAATGTTTATGGGGCTGATTA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3A601TF 722 0 0
G
ACGTGGAACTCCTTTTGCTCTCCTCTCTCTCTCAAACCCTACGATCTTCCTCAAGATTAG
ATAATGAAAGGAGGTAAATCAAAGACCGAGACCAGGAGCTCTAAGCTCTCTGTGACCAAG
AAGCCTGCGAAGGCAGCAGGCCGTAGCAAAGCGGCTGCTAAGGATCCAAACAAACCAAAG
AGGCCTGCCAGTGCCTTCTTCGTTTTCATGGAAGATTTCCGTCAGACTTTCAAGAAGGAA
CACCCCAAGAACAAATCTGTTGCTGCTGTTGGGAAAGCTGCTGGAGACAAGTGGAAATCC
TTATCAGACGCTGAGAAGGCACCTTACGTTGCTAAGGCTGAGCAGCGCAAGGTCGACTAC
GAGAAGAACATGAAGGCGTACAACAAGAAACAGGAGGAAGGTCCGAAGGAAGATGAGGAA
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GAGGAGGACGATGACTAATAAGGTTGAAGTTTGTAACATTAGTATAGATGGCTGCAAATA
TCTCTCTCTGTTTTCTTCAATCTTAAAATGTTTATGGGGCTGATTAAAAGGTGTCTTTAT
CTTTCTTTTCGTTTTGGTACTTCCCACAACCTCTCCCATGTTACCAAGCCCTTTGTATGG
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CTCTGTG

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DS 

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TCTTCGTTTTCATGGAAGATTTCCGTCAGACTTTCAAGAAGGAACACCCCAAGAACAGAT
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QA 3 731 3 731
DS 

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GG
GCTCTCCTCTCTCTCTCAAACCCTACGATCTTCCTCAAGATTAGATAATGAAAGG***TA
AATCAAAGACCGAGACCAGGAGCTCTAAGCTCTCTGTGACCAAGAAGCCTGCGAAGGCAG
CAGGCCGTAGCAAAGCGGCTGCTAAGGATCCAAACAAACCAAAGAGGCCTGCCAGTGCCT
TCTTCGTTTTCATGGAAGATTTCCGTCAGACTTTCAAGAAGGAACACCCCAAGAACAGAT
CTGTTGCTGCTGTTGGGAAAGCTGCTGGAGACAAGTGGAAATCCTTATCAGACGCTGAGA
AGGCACCTTACGTTGCTAAGGCTGAGCAGCGCAAGGTCGACTACGAGAAGAACATGAAGG
CGTACAACAAGAAACAGGAGGAAGGTCCGAAGGAAGATGATGAATCTGACAAGTCAGTCT
CAGAAGTTAATGATGAAGATGATGCTGAGGATGGTAGTGATGAGGAGGAGGACGATGACT
AATAAGGTTGAAGTTTGTAACATTAGTATAGATGGCTGCAAATATCTCTCTCTGTTTTCT
TTAATCTTAAAATGTTTATGGGGCTGATTAAAAGGTGTCTTTATCTTTCTTTCCGTTTTG
GTACTTCCCACAACCTCTCCCATGTTACCAAGCCCTTTGTATGGAGAAAGCGAATTGTAG
AATGTTTAGATGGTGAAAG*GAGACATGCAGCTCTGTAGTCTTGTGTTCTATAAA*CGAT
TTACCTTCT

QA 3 731 3 731
DS 

RD RR3D079JQ 564 0 0
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CTGCTTTTGGGAAAGCTGCTGGAGACAAGTGGAAATCCTTATCAGACGCTGAGAAGGCAC
CTTACGTTGCTAAGGCTGAGCAGCGCAGGGTCGACTACGAGAAGAACATGAAGGCGTACA
ACAAGAAACAGGAGGAAGGTCCGAAGGAAGATGAGGAATCTGACAAGTCAGTCTCAGAAG
TTAATGATGAAGATGATGCTGAGGATGGTAGTGATGAGGAGGAGGACGATGACTAATAAG
GTTGAAGTTTGTAACATTAGTATAGATGGCTGCAAATATCTCTCTCTGTTTTCTTTAATC
TTAAAATGTTTATGGGGCTGATTAAAAGGTGTCTTTATCTTTCTTTTCGTTTTGGTACTT
CCCACAACCTCTCCCATGTTACCAAGCCCTTTGTATGGAGAAAGTGAATTGTAGAATGTT
TAGATGGTGAAAGAGAGACATGCAGCTCTGTACTCTTTTGTTCTATAAAACGATTTACCT
TCTCTCAGTCTATTTTTTTCTGTT

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 5

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GGGAAACAAGAACGTGTGAACGACTCAAAGGTGGGGGATCCATGCCGACATGGTTACGTC
GTGGACTCGTGGTCGTCTCACGTGGTATTTACTATAGGACCCACTTGCTTGCGACTCCAT
TAATGGCTCCTCCCTTCCCTCAATTCTCCATGATCTGAGATTTTACTCACAGTCTCTCAT
CGTCTCTTCTTCAGCTCCTCTTCTTCTCTGGTTTTTAGGGGTTTTAAGCATTTGCAATGA
TGGACCTAACGAAGCTGAAGCCTCCACAGATCACTTTCTACTGCTCTGCCTTCTCCGTCT
TCATCACAGTTCTGTTGACGTTACAGCTTGTATCTCAGCATCTCTCTCACTGGAAGAACC
CCAAGGAGCAAAAGGCGATCCTCATCATTGTTCTCATGGCTCCTATCTACGCCGTTGTCT
CCTTTGTTGGGTTGTTAGATGTCAAAGGAAGTGAAATCTTCTTCCTCTTCCTTGAATCCA
TCAAAGAATGCTACGAAGCACTCGTCATTGCTAAGTTCTTGGCGTTGATGTATAGTTACT
TGAACATTTCTATCAGCAAAAACATTGTCCCTGATGGAATCAAAGGAAGAGAGATTCACC
ATTCTTTTCCTATGACTTTCTTCCAGCCTCATGTAGTTCGTCTGGATCATCGCACTCTGA
GACTCTTGAAATACTGGACGTGGCAATTCGTGGTCATCAGACCCGTGTGCTCCATCTTGA
TGATAGCTTTACAAATCATCGGGTTCTATCCTTCTTGGTTGAGCTGGACGTTCACTATCG
TTCTCAACCTCTCTGTCTCTCTGGCGCTTTATTCACTTGTGGTATTCTACCACGTGTTTG
CTAAGGAGCTTGCTCCTCACAATCCACTCGCAAAGTTCCTCTGCATCAAAGGGATTGTCT
TCTTCTGCTTCTGGCAGGGGATAGCACTAGACATTCTGGTGGCAATGGGAGTGATCAAGT
CTCACCATTTCTGGTTGGAGGTGGAACAGATCCAGGAGGCTATCCAGAATGTGTTGGTAT
GTTTAGAGATGGTTATTTTCGCTGCGGTTCAGAAGCATGCTTATCATGTTGGTCCTTATA
GCGGCGAGACCAAGAAGAAGCTCGATAAAAAGACAGAGTGATCTTTTGTTCCTGTGTTAG
AACGGGAAATCGACTGGTTTTTTTGTTCAGGTGTTTTTGGAGACTTGAAACTTTTGCTTG
TCACGATTAGGATAAGAGACGATAAAATAATGTTTTGAGATATCATCATCAGACAATAAT
GTTAAACCACC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY10TF U 1
AF RR3AY29TF U 148
AF RR3E024TF U 148
AF RR3AY29JQ C 815
AF RR3E024JQ C 815
BS 1 434 RR3GY10TF
BS 435 597 RR3AY29TF
BS 598 598 RR3E024TF
BS 599 841 RR3AY29TF
BS 842 875 RR3E024TF
BS 876 1208 RR3AY29JQ
BS 1209 1209 RR3E024JQ
BS 1210 1245 RR3AY29JQ
BS 1246 1271 RR3E024JQ

RD RR3GY10TF 434 0 0
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GTGGACTCGTGGTCGTCTCACGTGGTATTTACTATAGGACCCACTTGCTTGCGACTCCAT
TAATGGCTCCTCCCTTCCCTCAATTCTCCATGATCTGAGATTTTACTCACAGTCTCTCAT
CGTCTCTTCTTCAGCTCCTCTTCTTCTCTGGTTTTTAGGGGTTTTAAGCATTTGCAATGA
TGGACCTAACGAAGCTGAAGCCTCCACAGATCACTTTCTACTGCTCTGCCTTCTCCGTCT
TCATCACAGTTCTGTTGACGTTACAGCTTGTATCTCAGCATCTCTCTCACTGGAAGAACC
CCAAGGAGCAAAAGGCGATCCTCATCATTGTTCTCATGGCTCCTATCTACGCCGTTGTCT
CCTTTGTTGGGTTG

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR3AY29TF 694 0 0
GG
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GGTTTTTAGGGGTTTTAAGCATTTGCAATGATGGACCTGACGAAGCTGAAGCCTCCACAG
ATCACTTTCTACTGCTCTGCCTTCTCCGTCTTCATCACAGTTCTGTTGACGTTACAGCTT
GTATCTCAGCATCTCTCTCACTGGAAGAACCCCAAGGAGCAAAAGGCGATCCTCATCATT
GTTCTCATGGCTCCTATCTACGCCGTTGTCTCCTTTGTTGGGTTGTTAGATGTCAAAGGA
AGTGAAATCTTCTTCCTCTTCCTTGAATCCATCAAAGAATGCTACGAAGCACTCGTCATT
GCTAAGTTCTTGGCGTTGATGTATAGTTACTTGAACATTTCTATCAGCAAAAACATTGTC
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CATGTAGTTCGTCTGGATCATCGCACTCTGAGACTCTTGAAATACTGGACGTGGCAATTC
GTGGTCATCAGACCCGTGTGCTCCATCTTGATGATAGCTTTACAAATCATCGGGTTCTAT
CCTTCTTGGTTGAGCTGGACGTTCACTATCGTTCTCAACCTCTCTGTCTCTCTGGCGCTT
TATTCACTTGTGGTATTCTACCACGTGTTTGC

QA 3 694 3 694
DS 

RD RR3E024TF 728 0 0
GG
ATGATCTGAGATTTTACTCACAGTCTCTCATCGTCTCTTCTTCAGCTCCTCTTCTTCTCT
GGTTTTTAGGGGTTTTAAGCATTTGCAATGATGGACCTAACGAAGCTGAAGCCTCCACGT
ATCACTTTCTACTGCTCTGCCTTCTCCGTCTTCATCACAGTTCTGTTGACGTTACAGCTT
GTATCTCAGCATCTCTCTCACTGGAAGAACCCCAAGGAGCAAAAGGCGATCCTCATCATC
GTTCTCATGGCTCCTATCTACGCCGTTGTCTCCTTTGTTGGGTTGTTAGATGTCAAAGGA
AGTGAAATCTTCTTCCTCTTCCTTGAATCCATCAAAGAATGCTACGAAGCACTCGTCATT
GCTAAGTTCTTGGCGTTGATGTATAGTTACTTGAACATTTCTATCAGCAAAAACATTGTC
CCTGATGGAATCAAAGGAAGAGAGATTCACCATTCTTTTCCTATGACTTTCTTCCAGCCT
CATGTAGTTCGTCTGGATCATCGCACTCTGAGACTCTTGAAATACTGGACGTGGCAATTC
GTGGTCATCAGACCCGTGTGCTCCATCTTGATGATAGCTTTACAAATCATCGGGTTCTAT
CCTTCTTGGTTGAGCTGGACGTTCACTATCGTTCTCAACCTCTCTGTCTCTCTGGCGCTT
TATTCACTTGTGGTATTCTACCACGTGTTTGCTAAGGAGCTTGCTCCTCACAATCCACTC
GCAAAG

QA 3 728 3 728
DS 

RD RR3AY29JQ 433 0 0
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TCTGGTGGCAATGGGAGTGATCAAGTCTCACCATTTCTGGTTGGAGGTGGAACAGATCCA
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GCATGCTTATCATGTTGGTCCTTATAGCGGCGAGACCAAGAAGAAGCTCGATAAAAAGAC
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TTTTGGAGACTTGAAACTTTTGCTTGTCACGATTGGGATAAGAGACGATAAAATAATGTT
TTGAGATATCA
CC

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR3E024JQ 457 0 0
ACTTGTGGTATTCTACCACGTGTTTGCTAAGGAGCTTGCTCCTCACAATCCACTCGCAAA
GTTCCTCTGCATCAAAGGGATTGTCTTCTTCTGCTTCTGGCAGGGGATAGCACTAGACAT
TCTGGTGGCAGTGGGAGTGATCAAGTCTCACCATTTCTGGTTGGAGGTGGAACAGATCCA
GGAGGCTATTCAGAATGTGTTGGTATGTTTAGAGATGGTTATTTTCGCTGCGGTTCAGAA
GCATGCTTATCATGTTGGTCCTTATAGCGGCGAGACCAAGAAGAAGCTCGATAAAAAGAC
AGAGTGATCTTTTGTTCCTGTGTTAGAACGGGAAATCGACTGGTTTTTTTGTTCAGGTGT
TTTTGGAGACTTGAAACTTTTGCTTGTCACGATTAGGATAAGAGACGATAAAATAATGTT
TTGAGATATCATCATCAGACAATAATGTTAAACCACC

QA 1 457 1 457
DS 



AS 1 5

CO CL1687Contig1 1128 5 6 U
GGCTAAGGTCCCTGAAACCATATAGTATATACAATACATGATTTTGTCCTGTTGAACTTT
TCTCCCGGTCCCGGTAAGTCAATTATCTCTTTGGGGGGCTATATTTTCAGGGAGTAAAAT
GGGTATATTCCCCGAGTTTGGTGCCTGGATCAGTCAGAACACACAACATCCTACAAAATC
TGAAGAAAATGTTAAATCCAAGCCAATGGCACAGCCAAAAACTCACGAGGAGAGAAATGA
GTTGAAGGAGCAATTAAAACTATGGAGAGATGCAAATAAGAAGGAACAATATCACGAAAC
TCCTCCTACCGTGAAGAAGGTGCGTACAGACCATAATTCTGGCATTTCCTATATGAAAAT
GGAATTTACATTAGGATTGCCACCTCAAGCAGCTTACGGCTTTTTAACTAATGAAGACAA
CATAGCATACTCCAGAGAAATCAAAGGCCGCCCACTTCTGAAATCCGTATCAAGAAAAGT
TAAACAAGAGAAGGATGTAGGTGATCAAGGGAGTATGCTGGACGTGGAGGTTGAGAAAGA
GTTGGCATGGAACTTCCTTTTCTTGTCAGGAACTATCCCAATACGTCTAAATGTCCTCGA
ATACCCAAACAAACTTGACGTGCACTACATGAAACAGCAAAATGGAATAAGGTCAATGGA
ATCGTTCGAGGGTTGGTATACAGTGGAGCCAGTGTATGTTGATGCAGAACGCTTGTGCAA
GCACATGAAGCCAAAGAGTCAAGAAGAATACAGAAAATGTAGTGGCGGAAAAGGATTAAC
TGCGTCCAAGGTTAAAGTGTTCCAGACTTTTAGGCCTGCTTCTCCTTGGGATCTGCCACT
GCTGTCTTCGTACGTTCGCCGGTTAACTGTCGAGACCACTAAGAAAGTGGCTAAATATCT
TCAAATGCGGGCTGGCGATATCGGAGGTTTTTGAAATGCACCAAAATCACATTATTATAA
ATTCCAATAGCATAATTTTCAAAGTTAAAATTTCGTTATTTTCACCAAACAATGTAAGTA
TAACAAGTAAGCATGTTTAATTTGTCGTCTCTCATACTTCTCTGGCATGTCCAAATATAT
GTCTTTGAGAAATATGGTTAATCTATATTATATTAAAAGAAAAGTCAT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 15 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET96TF U 1
AF RR3DK08TF U 3
AF RR3CP71TF U 3
AF RR3DK08JQ C 589
AF RR3ET96JQ C 499
BS 1 569 RR3ET96TF
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BS 571 629 RR3ET96TF
BS 630 765 RR3ET96JQ
BS 766 766 RR3DK08JQ
BS 767 1128 RR3ET96JQ

RD RR3ET96TF 636 0 0
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TCTCCCGGTCCCGGTAAGTCAATTATCTCTTTGGGGGGCTATATTTTCAGGGAGTAAAAT
GGGTATATTCCCCGAGTTTGGTGCCTGGATCAGTCAGAACACACAACATCCTACAAAATC
TGAAGAAAATGTTAAATCCAAGCCAATGGCACAGCCAAAAACTCACGAGGAGAGAAATGA
GTTGAAGGAGCAATTAAAACTATGGAGAGATGCAAATAAGAAGGAACAATATCACGAAAC
TCCTCCTACCGTGAAGAAGGTGCGTACAGACCATAATTCTGGCATTTCCTATATGAAAAT
GGAATTTACATTAGGATTGCCACCTCAAGCAGCTTACGGCTTTTTAACTAATGAAGACAA
CATAGCATACTCCAGAGAAATCAAAGGCCGCCCACTTCTGAAATCCGTATCAAGAAAAGT
TAAACAAGAGAAGGATGTAGGTGATCAAGGGAGTATGCTGGACGTGGAGGTTGAGAAAGA
GTTGGCATGGAACTTCCTTTTCTTGTCAG*AACTATCCCAATACGTCTAAATGTCCTCGA
ATACCCAAACAAACTTGACGTGCACTACA
TGAAACA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3DK08TF 627 0 0
GG
AAGGTCCCTGAAACCATATAGTATATACAATACATGATTTTGTCCTGTTGAACTTTTCTC
CCGGTCCCGGTAAGTCAATTATCTCTTTGGGGGGCTATATTTTCAGGGAGTAAAATGGGT
ATATTCCCCGAGTTTGGTGCCTGGATCAGTCAGAACACACAACATCCTACAAAATCTGAA
GAAAATGTTAAATCCAAGCCAATGGCACAGCCAAAAACTCACGAGGAGAGAAATGAGTTG
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CCTACCGTGAAGAAGGTGCGTACAGACCATAATTCTGGCATTTCCTATATGAAAATGGAA
TTTACGTTAGGATTGCCACCTCAAGCAGCTTACGGCTTTTTAACTAATGAAGACAACATA
GCATACTCCAGAGAAATCAAAGGCCGCCCACTTCTGAAATCCGTATCAAGAAAAGTTAAA
CAAGAGAAGGATGTAGGTGATCAAGGGAGTATGCTGGACGTGGAGGTTGAGAAAGAGTTG
GCATGGAACTCCCTC**CTTGTCAG*AACTATCCCAATACGTCTAAATGTCCTCGAATAC
CCAAACAAACTTGACGTGCACTACA

QA 3 627 3 627
DS 

RD RR3CP71TF 627 0 0
GG
AAGGTCCCTGAAACCATATAGTATATACAATACATGATTTTGTCCTGTTGAACTTTTCTC
CCGGTCCCGGTAAGTCAATTATCTCTTTGGGGGGCTATATTTTCAGGGAGTAAAATGGGT
ATATTCCCCGAGTTTGGTGCCTGGATCAGTCAGAACACACAACATCCTACAAAATCTGAA
GAAAATGTTAAATCCAAGCCAATGGCACAGCCAAAAACTCACGAGGAGAGAAATGAGTTG
AAGGAGCAATTAAAACTATGGAGAGATGCAAATAAGAAGGAACAATATCACGAAACTCCT
CCTACCGTGAAGAAGGTGCGTACAGACCATAATTCTGGCATTTCCTATATGAAAATGGAA
TTTACATTAGGATTGCCACCTCAAGCAGCTTACGGCTTTTTAACTAATGAAGACAACATA
GCATACTCCAGAGAAATCAAAGGCCGCCCACTTCTGAAATCCGTATCAAGAAAAGTTAAA
CAAGAGAAGGATGTAGGTGATCAAGGGAGTATGCTGGACGTGGAGGTTGAGAAAGAGTTG
GCATGGAACTTCCTTTTCTTGTCGGGAACTATCCCAATACGTCTAAATGTCCTCGAATAC
CCAAACAAACTTGACGTGCACTACA

QA 3 627 3 627
DS 

RD RR3DK08JQ 449 0 0
AAATGTCCTCGAATACCCAAACAAACTTGACGTGCACTACATGAAACAGCAAAATGGAAT
AAGGTCAATGGAATCGTTCGAGGGTTGGTATACAGTGGAGCCAGTGTATGTTGATGCAGA
ACGCTTGTGCAAGCACATGAAGCCAAAGAGTCAAGAAGAATACAGAAAATGTAGTGGCGG
AAAAGGATTAACTGCGTCCAAGGTTAAAGTGTTCCAGACTTTTAGGCCTGCTTTTCCTTG
GGATTTGCCACTGCTGTTTTCGTACGTTCGCCGGTTAACTGTCGAGACCACTAAGAAAGT
GGCTAAATATTTTCAAATGCGGGCTGGGGATATCGGAGGTTTTTGAAATGCACCAAAATC
ACATTATTATAAATTCCAATAGCATAATTTTCAAAGTTAAAATTTCGTTATTTTCACCAA
ACAATGTAAGTATAACAAGTAAGCATGTT

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR3ET96JQ 630 0 0
AGGTGATCAAGGGAGTATGCTGGACGTGGAGGTTGAGAAAGAGTTGGCATGGAACTTCCT
TTTCTTGTCAGGAACTATCCCAATACGTCTAAATGTCCTCGAATACCCAAACAAACTTGA
CGTGCACTACATGAAACAGCAAAATGGAATAAGGTCAATGGAATCGTTCGAGGGTTGGTA
TACAGTGGAGCCAGTGTATGTTGATGCAGAACGCTTGTGCAAGCACATGAAGCCAAAGAG
TCAAGAAGAATACAGAAAATGTAGTGGTGGAAAAGGATTAACTGCGTCCAAGGTTAAAGT
GTTCCAGACTTTTAGGCCTGCTTCTCCTTGGGATCTGCCACTGCTGTCTTCGTACGTTCG
CCGGTTAACTGTCGAGACCACTAAGAAAGTGGCTAAATATCTTCAAATGCGGGCTGGCGA
TATCGGAGGTTTTTGAAATGCACCAAAATCACATTATTATAAATTCCAATAGCATAATTT
TCAAAGTTAAAATTTCGTTATTTTCACCAAACAATGTAAGTATAACAAGTAAGCATGTTT
AATTTGTCGTCTCTCATACTTCTCTGGCATGTCCAAATATATGTCTTTGAGAAATATGGT
TAATCTATATTATATTAAAAGAAAAGTCAT

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 3

CO CL1688Contig1 787 3 8 U
GGATTCAAAGGAACCTGCTCTCTCTCAAAAAGTGGCGATAACACAGGTTTAACAACAATG
TCAGGCATTCACGGGGCTCATGATTTATGTCCTTTGGTAAAGAACATTCTTCTCCTGGAC
TCTGAAGGGAAGCGTGTGGCTGTCAAGTATTACTCCGATGACTGGCCAACTAATGCTGCC
AAGTTGAGTTTTGAGAAGTACGTTTTCTCCAAGACCTCTAAGACCAATGCTCGCACTGAA
GCTGAGATCACACTCATGGACAGTAATATTATTGTCTATAAGTTCGCCCAGGACCTTCAC
TTCTTTGTTACGGGAGGCGACAATGAAAACGAGCTAGTCTTATCCTCTGTTCTTCAAGGC
TTTTTCGATGCTGTTGCACTTCTTCTAAGGAACAATGTGGAAAAGATGGAGGCCCTTGAG
AACTTGGATCTCATCTTTCTGTGCCTCGATGAAATGGTCGATCAGGGGGTGGTTCTTGAA
ACAGACCCGAGTGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCAGAGCACAGAAGCTAGTGGTTCA
CTTTCTGAACAGACACTAACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGGGAACATCTCGCTAGAAGT
CTGCTTACATGAGAGTTTCCTCACCTCATATGCATTATGCATAATAATTGTTGTGGGATT
TATCTCATAAAGTGTGAAAG*CTTTCTAATAATTTATGCACTTTGCTTACGTCGTTTCTG
CATACTTAATCTGAAGTTTTGGGTATTATATAGCTGTGTGCAATGCTGGAATTGTTTTTC
TGGAGTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3F608TF U 1
AF RR3F969TF U 1
AF RR3F969JQ C 14
BS 1 255 RR3F608TF
BS 256 256 RR3F969TF
BS 257 359 RR3F608TF
BS 360 360 RR3F969TF
BS 361 694 RR3F608TF
BS 695 695 RR3F969TF
BS 696 749 RR3F608TF
BS 750 787 RR3F969JQ

RD RR3F608TF 750 0 0
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TTTTTCGATGCTGTTGCACTTCTTCTAAGGAACAATGTGGAAAAGATGGAGGCCCTTGAG
AACTTGGATCTCATCTTTCTGTGCCTCGATGAAATGGTCGATCAGGGGGTGGTTCTTGAA
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CTTTCTGAACAGACACTAACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGGGAACATCTCGCTAGAAGT
CTGCTTACATGAGAGTTTCCTCACCTCATATGCATTATGCATAATAATTGTTGTGGGATT
TATCTCATAAAGTGTGAAAG*CTTTCTAATAATTCATGCACTTTGCTTACGTCGTTTCTG
CATACTTAATCTGAAGTTTTGGGTATTAT
T

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3F969TF 737 0 0
GGATTCAAAGGAATCTGCTCTCTCTCAAAAAGTGGCGATAACACAGGTTTAACAACAATG
TCAGGCATTCACGGGGCTCATGATTTATGTCCTTTGGTAAAGAACATTCTTCTCCTGGAC
TCTGAAGGGAAGCGTGTGGCTGTCAAGTATTACTCCGATGACTGGCCAACTAATGCTGCC
AAGTTGAGTTTTGAGAAGTACGTTTTCTCCAAGACCTCTAAGACCAATGCTCGCACTGAA
GCTGAGATCACACTCATGGACAGTAATATTATTGTCTATAAGTTCGCCCAGGACCTTCAC
TTCTTTGTTACGGGAGGCGACAATGAAAACGAGCTAGTCTTATCCTCTGTTCTTCAAGGC
TTTTTCGATGCTGTTGCACTTCTTCTAAGGAACAATGTGGAAAAGATGGAGGCCCTTGAG
AACTTGGATCTCATCTTTCTGTGCCTCGATGAAATGGTCGATCAGGGGGTGGTTCTTGAA
ACAGACCCGAGTGTCATTGCGGGGAAAGTAGCAATGCAGAGCACAGAAGCTAGTGGTTCA
CTTTCTGAACAGACACTAACTCAAGCACTGGCAACAGCTCGGGAACATCTCGCTAGAAGT
CTGCTTACATGAGAGTTTCCTCACCTCATATGCATTATGCATAATAATTGTTGTGGGATT
TATCTCATAAAGTGTGAAAG*CTTTCTAATAATTTATGCACTTTGCTTACGTCGTT*CTG
CATACTTAATCTGAAGT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3F969JQ 774 0 0
TCTGCTCTCTCTCAA
AAAGTGGCGATAACACAGGTTTAACAACAATGTCAGGCATTCACGGGGCTCATGATTTAT
GTCCTTTGGTAAAGAACATTCTTCTCCTGGACTCTGAAGGGAAGCGTGTGGCTGTCAAGT
ATTACTCCGATGACTGGCCAACTAATGCTGCCAAGTTGAGTTTTGAGAAGTACGTTTTCT
CCAAGACCTCTAAGACCAATGCTCGCACTGAAGCTGAGATCACACTCATGGACAGTAATA
TTATTGTCTATAAGTTCGCCCAGGACCTTCACTTCTTTGTTACGGGAGGCGACAATGAAA
ACGAGCTAGTTTTATCCTCTGTTTTTCAAGGCTTTTTCGATGCTGTTGCACTTTTTTTAA
GGAACAATGTGGAAAAGATGGAGGCCCTTGAGAACTTGGATTTCATCTTTTTGTGCCTCG
ATGAAATGGTCGATCAGGGGGTGGTTCTTGAAACAGACCCGAGTGTCATTGCGGGGAAAG
TAGCAATGCAGAGCACAGAAGCTAGTGGTTCACTTTTTGAACAGACACTAACTCAAGCAC
TGGCAACAGCTCGGGAACATCTCGCTAGAAGTCTGCTTACATGAGAGTTTCCTCACCTCA
TATGCATTATGCATAATAATTGTTGTGGGATTTATCTCATAAAGTGTGAAAGGCTTTCTA
ATAATTTATGCACTTTGCTTACGTCGTTTCTGCATACTTAATCTGAAGTTTTGGGTATTA
TATAGCTGTGTGCAATGCTGGAATTGTTTTTCTGGAGTT

QA 16 774 16 774
DS 



AS 2 5

CO CL1689Contig1 787 3 8 U
GTCATGACCGCAGACAGAACATGGCGGCTTCATCTCATCTCTTTGCAATCCCTTCGCGTC
TTCAGACAGCTTCTTCTCCGTTTATCTCCGCACCAAACCGGAATCGAGTTCGTATCCTCG
CCAAATCATGCCCGGACAATCAGAGCCTCGGTTCCAACGATTCGGATACTTCACCGGAGA
CAACCAACGAAACCCAGGGGGATCAGAAATCGATGTCAAGGAGACAGTGGATGATGACAT
GTGCGTGCTTATCTCCAGCTTTAATTACCAATGCTTATACCTTTGTCTCTGTACAAAACG
CAGCCGCTTTAGACAAGAAACCAGGCGTTTGCCGTAACTGTCAGGGCATTGGTGCTGTTC
TCTGTGATATGTGTGGAGGTACCGGAAAATGGAAGGCTCTCAACCGAAAACGAGCGAAAG
ATGTATATGAGTTTACAGAATGTCCAAACTGTTACGGTAGAGGCAAACTTGTTTGCCCGG
TCTGTTTAGGTACAGGTTTACCAAACAACAAAGGACTCCTTAGAAGGCCTGGGGCTCGTG
AGCTACTCGACAAGATGTACAATGGTCGTCTTCTTCCCAATTCATGAGCAGATTGTTACT
GCAAAATTGCTTTTAAGCACAGAGGCAATAGTTATGAATTATAGAAGAGGAAGCTAATAC
ATTGTGGACGCATGGGAAGCTATAGGAGAACATGTTTTTGTAATGCTGCTAGCTTTGTGT
TGTAAATTCGAGTTAAAAATACCCCATGCCATAATGTAAGATGTTAGGCATAAAAAGCAT
ATTAAAG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CO50TF U 1
AF RR3AD67TF U 2
AF RR3AD67JQ C 107
BS 1 325 RR3CO50TF
BS 326 326 RR3AD67TF
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BS 704 733 RR3CO50TF
BS 734 787 RR3AD67JQ

RD RR3CO50TF 734 0 0
GTCATGACCGCAGACAGAACATGGCGGCTTCATCTCATCTCTTTGCAATCCCTTCGCGTC
TTCAGACAGCTTCTTCTCCGTTTATCTCCGCACCAAACCGGAATCGAGTTCGTATCCTCG
CCAAATCATGCCCGGACAATCAGAGCCTCGGTTCCAACGATTCGGATACTTCACCGGAGA
CAACCAACGAAACCCAGGGGGATCAGAAATCGATGTCAAGGAGACAGTGGATGATGACAT
GTGCGTGCTTATCTCCAGCTTTAATTACCAATGCTTATACCTTTGTCTCTGTACAAAACG
CAGCCGCTTTAGACAAGAAACCAGGTGTTTGCCGTAACTGTCAGGGCATTGGTGCTGTTC
TCTGTGATATGTGTGGAGGTACCGGAAAATGGAAGGCTCTCAACCGAAAACGAGCGAAAG
ATGTATATGAGTTTACAGAATGTCCAAACTGTTACGGTAGAGGCAAACTTGTTTGCCCGG
TCTGTTTAGGTACAGGTTTACCAAACAACAAAGGACTCCTTAGAAGGCCTGGGGCTCGTG
AGCTACTCGACAAGATGTACAATGGTCGTCTTCTTCCCAATTCATGAGCAGATTGTTACT
GCAAAATTGCTTTTAAGCACAGAGGCAATAGTTATGAATTATAGAAGAGGAAGCTAATAC
ATTGTGGACGCATGGGA*GCTATAGGAGAACATGTTTTTGTA*TGCTGCTAGCTTTGTGT
TGTAAATTCGAGT
A

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3AD67TF 733 0 0
GGAT
GACCGCAGACAGAACATGGCGGCTTCATCTCATCTCTTTGCAATCCCTTCGCGTCTTCAG
ACAGCTTCTTCTCCGTTTATCTCCGCACCAAACCGGAATCGAGTTCGTATCCTCGCCAAA
TCATGCCCGGACAATCAGAGCCTCGGTTCCAACGATTCGGATACTTCACCGGAGACAACC
AACGAAACCCAGGGGGATCAGAAATCGATGTCAAGGAGACAGTGGATGATGACATGTGCG
TGCTTATCTCCAGCTTTAATTACCAATGCTTATACCTTTGTCTCTGTACAAAACGCAGCC
GCTTTAGACAAGAAACCAGGCGTTTGCCGTAACTGTCAGGGCATTGGTGCTGTTCTCTGT
GATATGTGTGGAGGTACCGGAAAATGGAAGGCTCTCAACCGAAAACGAGCGAAAGATGTA
TATGAGTTTACAGAATGTCCAAACTGTTACGGTAGAGGCAAACTTGTTTGCCCGGTCTGT
TTAGGTACAGGTTTACCAAACAACAAAGGACTCCTTAGAAGGCCTGGGGCTCGTGAGCTA
CTCGACAAGATGTACAATGGTCGTCTTCTTCCCAATTCATGAGCAGATTGTTACTGCAAA
ATTGCTTTTAAGCACAGAGGCAATAGTTATGAATTATAGAAGAGGAAGCTAATACATTGT
GGACGCATGGGAAGCTATAGGAGAACATGTTTTTGTAATGCTGCTAGCTTTGTGTTGTAA
ATTCGAGT
T

QA 5 732 5 732
DS 

RD RR3AD67JQ 681 0 0
AGTTCGTATCCTCGCCAAATCATGCCCGGACAATCAGAGCCTCGGTTCCAACGATTCGGA
TACTTCACCGGAGACAACCAACGAAACCCAGGGGGATCAGAAATCGATGTCAAGGAGACA
GTGGATGATGACATGTGCGTGCTTATCTCCAGCTTTAATTACCAATGCTTATACCTTTGT
CTCTGTACAAAACGCAGCCGCTTTAGACAAGAAACCAGGCGTTTGCCGTAACTGTCAGGG
CATTGGTGCTGTTCTCTGTGATATGTGTGGAGGTACCGGAAAATGGAAGGCTCTCAACCG
AAAACGAGCGAAAGATGTATATGAGTTTACAGAATGTCCAAACTGTTACGGTAGAGGCAA
ACTTGTTTGCCCGGTCTGTTTAGGTACAGGTTTACCAAACAACAAAGGACTCCTTAGAAG
GCCTGGGGCTCGTGAGCTACTCGACAAGATGTACAATGGTCGTCTTCTTCCCAATTCATG
AGCAGATTGTTACTGCAAAATTGCTTTTAAGCACAGAGGCAATAGTTATGAATTATAGAA
GAGGAAGCTAATACATTGTGGACGCATGGGAAGCTATAGGAGAACATGTTTTTGTAATGC
TGCTAGCTTTGTGTTGTAAATTCGAGTTAAAAATACCCCATGCCATAATGTAAGATGTTA
GGCATAAAAAGCATATTAAAG

QA 1 681 1 681
DS 



CO CL1689Contig2 779 2 2 U
GGGACCGCAGACAGAACATGGCGGCTTCATCTCATCTCTTTGCAATCCCTTCGCGTCTTC
AGACAGCTTCTTCTCCGTTTATCTCCGCACCAAACCGGAATCGAGTTCGTATCCTCACCA
AATCATGCCCGGGCAATCAGATCTTCGGTTCCAACGATTCGGATACTTCACCGGAGACAA
CCAACGAAACCCAGGGGGATCAGAAATCGATGTCAAGGAGACAGTGGATGATGACATGCG
CGTGCTTATCTCCAGCTTTAATTACCAATGCTTATACCTTTGTCTCTGTACAAAACGCAG
CCGCTTTAGACAAGAAACCAGGTGTTTGCCGTAACTGTCAGGGCATTGGTGCTGTTCTCT
GTGATATGTGTGGAGGTACAGGAAAATGGAAAGCTCTCAACCGAAAACGTGCCAAAGATG
TATATGAGTTTACAGAATGTCCAAACTGTTACGGTCGAGGCAAACTAGTTTGTCCGGTCT
GTTTAGGTACAGGTTTACCAAACAACAAAGGACTTCTTAGAAGGCCTGGTGCTCGTGAGC
TACTTGACAAGATGTACAATGGTCGTTTTTTTCCCAATTCATGAGCAGATTGTTACTGCA
AAATTGCTTTTAAGCACAATAGTTATGAATTATAGAAGAGGAAGAAAGCTAATACATTGT
GGACGCATGGGAAGCTATAGGAGAACATGTTTTTTGTAATGCTGCTAGCTTTGTGTTGTA
AATTCGAGTTAAAAATACTCCATGCCATAATGTAAGATGTTAGGCATAAAAAGCATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY32TF U 1
AF RR3EY32JQ C 252
BS 1 519 RR3EY32TF
BS 520 779 RR3EY32JQ

RD RR3EY32TF 519 0 0
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AGACAGCTTCTTCTCCGTTTATCTCCGCACCAAACCGGAATCGAGTTCGTATCCTCACCA
AATCATGCCCGGGCAATCAGATCTTCGGTTCCAACGATTCGGATACTTCACCGGAGACAA
CCAACGAAACCCAGGGGGATCAGAAATCGATGTCAAGGAGACAGTGGATGATGACATGCG
CGTGCTTATCTCCAGCTTTAATTACCAATGCTTATACCTTTGTCTCTGTACAAAACGCAG
CCGCTTTAGACAAGAAACCAGGTGTTTGCCGTAACTGTCAGGGCATTGGTGCTGTTCTCT
GTGATATGTGTGGAGGTACAGGAAAATGGAAAGCTCTCAACCGAAAACGTGCCAAAGATG
TATATGAGTTTACAGAATGTCCAAACTGTTACGGTCGAGGCAAACTAGTTTGTCCGGTCT
GTTTAGGTACAGGTTTACCAAACAACAAAGGACTTCTTA

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR3EY32JQ 528 0 0
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AAGAAACCAGGTGTTTGCCGTAACTGTCAGGGCATTGGTGCTGTTTTTTGTGATATGTGT
GGAGGTACAGGAAAATGGAAAGCTTTCAACCGAAAACGTGCCAAAGATGTATATGAGTTT
ACAGAATGTCCAAACTGTTACGGTCGAGGCAAACTAGTTTGTCCGGTCTGTTTAGGTACA
GGTTTACCAAACAACAAAGGACTTTTTAGAAGGCCTGGTGCTCGTGAGCTACTTGACAAG
ATGTACAATGGTCGTTTTTTTCCCAATTCATGAGCAGATTGTTACTGCAAAATTGCTTTT
AAGCACAATAGTTATGAATTATAGAAGAGGAAGAAAGCTAATACATTGTGGACGCATGGG
AAGCTATAGGAGAACATGTTTTTTGTAATGCTGCTAGCTTTGTGTTGTAAATTCGAGTTA
AAAATACTCCATGCCATAATGTAAGATGTTAGGCATAAAAAGCATATT

QA 1 528 1 528
DS 



AS 1 4

CO CL1690Contig1 753 4 4 U
AAAACCGGTGGACCATGCTCATATGTATCGGCAATAACATTGTAAACCATGTTCAAGAAG
AAACATCTCTTTTGCAGCCTTACATATCAATTGTTAATAATGTATTCGTTTCCCCAAATC
ATTTTTCATTACATTTCACAGAAAACGAGTAATAACCCGAAAAGAAAGCAAAGAGAGGAT
CATCCTTTCTTGGGCATAGCGGCGAGGCGTGTGTACATGCGTGCCATTGAATTGAAGCCT
CTGACATCCCCAGACCTTAAAAGGTTTCCTGAGTCGCAGTTGAGAGGACTGTCTGCCTCA
GGATGAGCCATCAATGCTATGATAGCTCTACACACCGACTGAAGCGTCCACGCAGGGCTC
CACGCGTTCTTCAATATGTCAAGACATATTTCCCCAGTCTTGAAATGCACATTGGGATGG
AATATTTTGGTCAAGAACCGCACTTGAGGAGGCTGCAGAGGATACGGTTCAGGAACAGCA
AATGCAAGCTGAAACACTCCGCCTTCATAAGGAGTCTCCGATGGTCCCTTGATAAGTGCA
GTCCACTTAAAAATGTTGGTATCATCACAGACCAATTGAATATCAGGATCAGCTACTTTC
TCTCGCTGAACCTCTTTGTACTCCTTGAACAGTCTAGCTCGTGATTGCTGCATGTCTGAA
TTTGCACAAAGAAGTCGATCACGCCAACTTCAAGCGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAGCGGAGAAACAAACGGCGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3FW32JQ U 1
AF RR3FW32TF C 53
AF RR3FG92JQ U 54
AF RR3FG92TF C 85
BS 1 277 RR3FW32JQ
BS 278 278 RR3FG92JQ
BS 279 459 RR3FW32JQ
BS 460 753 RR3FG92JQ

RD RR3FW32JQ 459 0 0
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AAACATCTCTTTTGCAGCCTTACATATCAATTGTTAATAATGTATTCGTTTCCCCAAATC
ATTTTTCATTACATTTCACAGAAAACGAGTAATAACCCGAAAAGAAAGCAAAGAGAGGAT
CATCCTTTCTTGGGCATAGCGGCGAGGCGTGTGTACATGCGTGCCATTGAATTGAAGCCT
CTGACATCCCCAGACCTTAAAAGGTTTCCTGAGTCGCGGTTGAGAGGACTGTCTGCCTCA
GGATGAGCCATCAATGCTATGATAGCTCTACACACCGACTGAAGCGTCCACGCAGGGCTC
CACGCGTTCTTCAATATGTCAAGACATATTTCCCCAGTCTTGAAATGCACATTGGGATGG
AATATTTTGGTCAAGAACCGCACTTGAGGAGGCTGCAGA

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR3FW32TF 701 0 0
TCA
AGAAGAAACATCTCTTTTGCAGC*TTACATATCAATTGTTAATAATGTATTCGTTTCCCC
AAATCATTTTTCATTACATTTCACAGAAAACGAGTAATAACCCGAAAAGAAAGCAAAGAG
AGGATCATCCTTTCTTGGGCATAGCGGCGAGGCGTGTGTACATGCGTGCCATTGAATTGA
AGCCTCTGACATCCCCAGACCTTAAAAGGTTTCCTGAGTCGCGGTTGAGAGGACTGTCTG
CCTCAGGATGAGCCATCAATGCTATGATAGCTCTACACACCGACTGAAGCGTCCACGCAG
GGCTCCACGCGTTCTTCAATATGTCAAGACATATTTCCCCAGTCTTGAAATGCACATTGG
GATGGAATATTTTGGTCAAGAACCGCACTTGAGGAGGCTGCAGAGGATACGGTTCAGGAA
CAGCAAATGCAAGCTGAAACACTCCGCCTTCATAAGGAGTCTCCGATGGTCCCTTGATAA
GTGCAGTCCACTTGAAAATGTTGGTATCATCACAGACCAATTGAATATCAGGATCAGCTA
CTTTCTCTCGCTGAACCTCTTTGTACTCCTTGAACAGTCTAGCTCGTGATTGCTGCATGT
CTGAATTTGCACAAAGAAGTCGATCACGCCAACTTCAAGCGACAGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGA**GCGGAGAAACAAACGGCGATCC

QA 4 701 4 701
DS 

RD RR3FG92JQ 700 0 0
CG
AGAAAAAACATCTCTTTTGCAGCCTTACATATCAATTGTTAATAATGTATTCGTTTCCCC
AAATCATTTTTCATTACGTTTCACAGAAAACGAGTAATAACCCGAAAAGAAAGCAAAGAG
AGGATCATCCTTTCTTGGGCATAGCGGCGAGGCGTGTGTACATGCGTGCCATTGAATTGA
AGCCTCTGACATCCCCAGACCTTAAAAGGTTTCCTGAGTCGCAGTTGAAAGGACTGTCTG
CCTCAGGATGAGCCATCAATGCTATGATAGCTCTACACACCGACTGAAGCGTCCACGCAG
GGCTCCACGCGTTCTTCAATATGTCAAGACATATTTCCCCAGTCTTGAAATGCACATTGG
GATGGAATATTTTGGTCAAGAACCGCACTTGAGGAGGCTGCAAAGGATACGGTTCAGGAA
CAGCAAATGCAAGCTGAAACACTCCGCCTTCATAAGGAGTCTCCGATGGTCCCTTGATAA
GTGCAGTCCACTTAAAAATGTTGGTATCATCACAGACCAATTGAATATCAGGATCAGCTA
CTTTCTCTCGCTGAACCTCTTTGTACTCCTTGAACAGTCTAGCTCGTGATTGCTGCATGT
CTGAATTTGCACAAAGAAGTCGATCACGCCAACTTCAAGCGACAGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGCGGAGAAACAAACGGCGATCC

QA 3 700 3 700
DS 

RD RR3FG92TF 669 0 0
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ACGAGTAATAACCCGAAAAGAAAGCAAAGAGAGGATCATCCTTTCTTGGGCATAGCGGCG
AGGCGTGTGTACATGCGTGCCATTGAATTGAAGCCTCTGACATCCCCAGACCTTAAAAGG
TTTCCTGAGTCGCAGTTGAGAGGACTGTCTGCCTCAGGATGAGCCATCAATGCTATGATA
GCTCTACACACCGACTGAAGCGTCCACGCAGGGCTCCACGCGTTCTTCAATATGTCAAGA
CATATTTCCCCAGTCTTGAAATGCACATTGGGATGGAATATTTTGGTCAAGAACCGCACT
TGAGGAGGCTGCAGAGGATACGGTTCAGGAACAGCAAATGCAAGCTGAAACACTCCGCCT
TCATAAGGAGTCTCCGATGGTCCCTTGATAAGTGCAGTCCACTTAAAAATGTTGGTATCA
TCACAGACCAATTGAATATCAGGATCAGCTACTTTCTCTCGCTGAACCTCTTTGTACTCC
TTGAACAGTCTAGCTCGTGATTGCTGCATGTCTGAATTTGCACAAAGAAGTCGATCACGC
CAACTTCAAGCGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCGGAGAAACAAA
CGGCGATCC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 5

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AAAGACAAAAAAACTAAGTGAAATAGACAAAACATCATGAGAAAGATGAAGATAGGTAGT
GTTATGTTGTAGAACGTCAATGATCTGAAAACATCATCAGGAAAAACATTAAGATTAAAA
AAAAA*TTACACCTTTTCAGTGTTTAGAGCTAAAGACGCTTGCTGTCTTCGGTTTATGAT
TTAGGATGCACCAAGAGCCGTTTCTCTTTTCACAGACAGATTCAGGATTCATTTCTCTTC
TTGAGGCTCATCACCTTTGGATGGCTCGTCTCCTTCCTCTGGGAGGTCAGAAGTCCACAA
AGTGAGATTGTCTCTAAGTAGCTGCATGATAAGAGTGCTGTCCTTGTATGATTCCTCGTT
TAGACTATCAAGCTCAGCGATTCCATCGTCAAATGCTTGTTTAGCCAATTGGCATGCGCT
TTCAGGAGAGTTCAAGATCTCATAGTAGAAAACTGAAAAGTTCAGCGCCAGGCCAAGTCT
AACTGGATGCGTGGGTGCTAAACCAGTCTCTGCAGCAGCAACAGCAGCCTTATATGCCTC
AAGAGACTGATCTGCAGCTTCCTTGCGTTCATCACCAGAA*CTAAACTCTGCCAGATACC
GATAATAATCTCCTTTCATTTTGTAGAAAAAGACTGTAGATTCGACAGCCTTAGACGAAG
GGATGAGATGCTTATCGATGACAGACAAGATGTCATTACAAACATTAGCAAGCTCATCTT
CAACGCTCTTGCGATAGTTCTTGATCCTCTTGACGTTCTCCTCGTTCCCCTTGGACTCTT
CCTTCTGCTCGATGGAAGATAGTATTCTCCACGAAGCTCTCTTTGCGCCGATCGCGTTCT
TGTACCCAACGGAGACGAGATCCCTCTCCTCCACCGTGAGCTCCACGTCAAGCTGAGCAA
CTTTCTTCATCGCTTCAACCATCTCATCGTATCGTTCGGTTTGCTCGGAGAGCTTCGCTA
ATTATATTTGTTTTTCTCTGTCGTTCTCCATGGCTGCTGCTTTTGTCTTCTTCTTCTTCT
CTTTCAGACAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
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AF RR3FH76JQ U 1
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AF RR3AW84JQ U 60
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AAAAAATTACACCTTTTCAGTGTTTAGAGCTAAAGACGCTTGCTGTCTTCGGTTTATGAT
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TAGACTATCAAGCTCAGCGATTCCATCGTCAAATGCTTGTTTAGCCAATTGGCATGCGCT
TTCAGGAGAGTTCAAGATCTCATAGTAGAAAACTGAAAAGTTCAGCGCCAGGCCAAGTCT
AACTGGATGCGTGGGTGCTAAACCAGTCTCTGCAGCAGCAACAGCAGCCTTATATGCCTC
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G
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AGAGCTAAAGACGCTTGCTGTCTTCGGTTTATGATTTAGGATGCACCAAGAGCCGTTTCT
CTTTTCACAGACAGATTCAGGATTCATTTCTCTTCTTGAGGCTCATCACCTTTGGATGGC
TCGTCTCCTTCCTCTGGGAGGTCAGAAGTCCACAAAGTGAGATTGTCTCTAAGCAGCTGC
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TCGTCAAATGCTTGTTTAGCCAATTGGCATGCGCTTTCAGGAGAGTTCAAGATCTCATAG
TAGAAAAATGAAAAGTTCAGCGCCAGGCCAAGTCTAACTGGATGCGTGGGTGCTAAACCA
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AAAAAA*TTACACCTTTTCAGTGTTTAGAGCTAAAGACGCTTGCTGTCTTCGGTTTATGA
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CTTGAGGCTCATCACCTTTGGATGGCTCGTCTCCTTCCTCTGGGAGGTCAGAAGTCCACA
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TTAGACTATCAAGCTCAGCGATTCCATCGTCAAATGCTTGTTTAGCCAATTGGCATGCGC
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TAACTGGATGCGTGGGTGCTAAACCAGTCTCTGCAGCAGCAACAGCAGCCTTATATGCCT
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CGATAATAATCTCCTTTCATTTTGTAGAAAAAGACTGTAGATTCGACAGCCTTAGACGAA
GGGATGAGATGCTTATCGATGACAGACAAGATGTCATTACAAACATTAGCAAGCTCATCT
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TCCTTCTGCTCGATGGAAGATA

QA 1 802 1 802
DS 

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TCTC
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GTCTCCTTCCTCTGGGAGGTCAGAAGTCCACAAAGTGAGATTGTCTCTAAGTAGCTGCAT
GATAAGAGTGCTGTCCTTGTATGATTCCTCGTTTAGACTATCAAGCTCAGCGATTCCATC
GTCAAATGCTTGTTTAGCCAATTGGCATGCGCTTTCAGGAGAGTTCAAGATCTCATAGTA
GAAAACTGAAAAGTTCAGCGCCAGGCCAAGTCTAACTGGATGCGTGGGTGCTAAACCAGT
CTCTGCAGCAGCAACAGCAGCCTTATATGCCTCAAGAGACTGATCTGCAGCTTCCTTGCG
TTCATCACCAGAA*CTAAACTCTGCCAGATACCGATAATAATCTCCTTTCATTTTGTAGA
AAAAGACTGTAGATTCGACAGCCTTAGACGAAGGGATGAGATGCTTATCGATGACAGACA
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TCTTGACGTTCTCCTCGTTCCCCTTGGACTCTTCCTTCTGCTCGATGGAAGATAGTATTC
TCCACGAAGCTCTCTTTGCGCCGATCGCGTTCTTGTACCCAACGGAGACGAGATCCCTCT
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CCATGGCTGCTGCTTTTGTCTTCTTCTTCTTCTCTTTCAGACAA

QA 5 828 5 828
DS 



AS 1 5

CO CL1692Contig1 1465 5 14 U
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ACACTTTTTTCATAACACATATCAAATATAAAAATAACTTAGGTTCTTTTTTCAACACAC
ACACACAAGAGCTTCTTTTATTGTAGATTAACATGATACATAAACAAATCCACCTTAAAA
TTCAGGTTCAGGTTCTTCTTCAACTGCAGCAATGACCCATTCACCATTTTCATCCTTGAC
CATTCCTTTGTTCTTCTCCACCCACCAAGAACCTGGAACTAAACACTCATCTTTCAAGAA
CTCACATGACTTGTTCACTAATGCAATACTTCTCTTCACCATCAGCTTAAACTCTCCTTT
CTTCCCATTCCATCCTGCAACCACATGGAGCATTGCCTGAAGATTGTGCCAGTCCCCTGG
ATTCCTTGAATCCTTCAGGTAAGGTGACTTCTTTGTATCGATCACAAAGTTGGTTCCTAT
ATCAACATACCCCAAGAGTCCTCCTGGATATCGAGTCAAGAGATCAATCGTGTTCCTCAC
ATGAAGGATCTTCAAGTTCTTGTGACGCGTTACTTCGTCCTTGAACTCCCTGTTACCCAC
CTGTGGACAGCCAAACACGATCCCAGTGACCGGAACATCATCACCGGAAGCGTTCTCAGC
TATGTCATAGGCCGCGAGAACAGCCTCAGTGGCTCCCAAGCTATGTCCAGTCAACACAAT
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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CAAAA
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GACCATTCCTTTGTTCTTCTCCACCCACCAAAAACCTGGAACTAAACACTCATCTTTCAA
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ACACACAAGAGCTTCTTTTATTGTAGATTAACATGATACATAAACAAATCCACCTTAGAA
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CTTCCCATTCCATCCTGCAACCACATGGAGCATTGCCTGAAGATTGTGCCAGTCCCCTGG
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ATCAACATACCCCAAGAGTCCTCCTGGATATCGAGTCAAGAGATCAATCGTGTTCCTCAC
ATGAAGGATCTTCAAGTTCTTGTGACGCGTTACTTCGTCCTTGAACTCCCTGTTACCCAC
CTGTGGACAGCCAAACACGATCCCAGTGACCGGAACATCATCACCGGAAGCGTTCTCAGC
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GCTCGGTTTCTCGTCCTTATACT

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GCTTCTTTTATTGTAGATTAACATGATACATAAACAAATCCACCTTAAAATTCAGGTTCA
GGTTCTTCTTCAACTGCAGCAATGACCCATTCACCATTTTCATCCTTGACCATTCCTTTG
TTCTTCTCCACCCACCAAGAACCTGGAACTAAACACTCATCTTTCAAGAACTCACATGAC
TTGTTCACTAATGCAATACTTCTCTTCACCATCAGCTTAAACTCTCCTTTCTTCCCATTC
CATCCTGCAACCACATGGAGCATTGCCTGAAGATTGTGCCAGTCCCCTGGATTCCTTGAA
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CCCAAGAGTCCTCCTGGATATCGAGTCAAGAGATCAATCGTGTTCCTCACATGAAGGATC
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CCAAACACGATCCCAGTGACCGGAACATCATCACCGGAAGCGTTCTCAGCTATGTCATAG
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ACCTTACACCCTTCCTCGTCTTCACTGTCGCTACCAAA*GTACTACCAGCTTCA*CTAAC
TTCGAAC*AGAACCGTTCGGT
C

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CAGAAGCTGACTCGAGCATGACCTTGTCGAAGAAGGAAGACTTGCCGTAACGGCTGGCTC
C
CC

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DS 

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GATCCACTCATAGTTCCTACTCGTCCCTCTAAGAGCCACGTAGATCTCACGGCGTCCCAA
AACCTTGGTACGTTCGTCAGTCGTCACAGCGATGTAACCGAACCAGTTAGACTCACGGTC
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C

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DS 



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AAAACCCGCCGGCTCTTAACCCGGTCTCCGGGTCGGGTCATGTGGAGAAGCTGGGTGGGC
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ATGTTTTTGGGTATGAAGCTCCAAACTTGAGGTCGCTTGCGGATAAGGTTGCAACTTCTG
GATTCTATGTCGTGGTTCCTGATTACTTCTACGGAGATCCTTTTGATCCTTCTAATCAAG
AGAGACCCATCCCTCTCTGGCTCAAAGACCATGGCGCTGATAAGGGATTTGAAGACACAA
AGCCAGTAATTGAAGCCTTAAAGAGCAAAGGCATAACTGCTATTGGAGCTGCAGGGATGT
GTTGGGGTGCAAAAGTAGTGGTGGAATTGTCTAAGCAAGAGCTTGTTCAAGCAGCTGTTC
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GATGCTGAACATCTATAAAAAACGTATTTTGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C071TF U 1
AF RR3FT10TF U 2
AF RR3DD89TF U 2
AF RR3DD89JQ C 214
AF RR3FT10JQ C 287
BS 1 7 RR3C071TF
BS 8 8 RR3FT10TF
BS 9 398 RR3C071TF
BS 399 399 RR3FT10TF
BS 400 582 RR3C071TF
BS 583 583 RR3FT10TF
BS 584 710 RR3C071TF
BS 711 895 RR3DD89JQ
BS 896 933 RR3FT10JQ

RD RR3C071TF 710 0 0
TTTTTTGCCTGTCTGTCTCTAAACTCAGTGAAGAACACATGTCGGGACCTCAGTGCTGCG
AAAACCCGCCGGCTCTTAACCCGGTCTCCGGGTCGGGTCATGTGGAGAAGCTGGGTGGGC
TTGATGCTTACGTCTCTGGCTCTCCCGATTCCTCCAAGTTGTGCGTCATCCTCATCTCTG
ATGTTTTTGGGTATGAAGCTCCAAACTTGAGGTCGCTTGCGGATAAGGTTGCAACTTCTG
GATTCTATGTCGTGGTTCCTGATTACTTCTACGGAGATCCTTTTGATCCTTCTAATCAAG
AGAGACCCATCCCTCTCTGGCTCAAAGACCATGGCGCTGATAAGGGATTTGAAGACACAA
AGCCAGTAATTGAAGCCTTAAAGAGCAAAGGCATAACTACTATTGGAGCTGCAGGGATGT
GTTGGGGTGCAAAAGTAGTGGTGGAATTGTCTAAGCAAGAGCTTGTTCAAGCAGCTGTTC
TGCTTCATCCTTCTTTGGTCACGGTCGACGATATCAAGGGTGTGAAGGTGCCAATTGCTA
TACTAGGAGCTGAGATTGATCAGTTGTCTCCACCTGCGCTCT*GAAGCAATTTGAGGAGA
TTCTTGCTGCCAAACCTGAGGTGAATAGTTATGTGAAGATACACCCGAAAGTAGCACACG
GTTGGACAGTTAGGTACAAGACGGATGACCCAGAGGCGGTTAAAGCTGCA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3FT10TF 685 0 0
TTTTTGTCTGTCTGTCTCTAAACTCAGTGAAGAACACATGTCGGGACCTCAGTGCTGCGA
AAACCCGCCGGCTCTTAACCCGGTCTCCGGGTCGGGTCATGTGGAGAAGCTGGGTGGGCT
TGATGCTTACGTCCCTGGCTCTCCCGATTCCTCCAAGTTGTGCGTCATCCTCATCTCTGA
TGTTTTTGGGTATGAAGCTCCAAACTTGAGGTCGCTTGCGGATAAGGTTGCAACTTCTGG
ATTCTATGTCGTGGTTCCTGATTACTTCTACGGAGATCCTTTTGATCCTTCTAATCAAGA
GAGACCCATCCCTCTCTGGCTCAAAGACCATGGCGCTGATAAGGGATTTGAAGACACAAA
GCCAGTAATTGAAGCCTTAAAGAGCAAAGGCATAACTGCTATTGGAGCTGCAGGGATGTG
TTGGGGTGCAAAAGTAGTGGTGGAATTGTCTAAGCAAGAGCTTGTTCAAGCAGCTGTTCT
GCTTCATCCTTCTTTGGTCACGGTCGACGATATCAAGGGTGTGAAGGTGCCAATTGCTAT
ACTAGGAGCTGAGATTGATCAGTTGTCTCCACCTGCGCTCTTGAAGCAATTTGAGGAGAT
TCTTGCTGCCAAACCTGAGGTGAATAGTTATGTGAAGATACACCCGAAAGTAGCACACGG
TTGGACAGTTAGGTACAAGACGGAT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3DD89TF 687 0 0
TTTTTGTCTGTCTGTCTCTAAACTCAGTGAAGAACACATGTCGGGACCTCAGTGCTGCGA
AAACCCGCCGGCTCTTAACCCGGTCTCCGGGTCGGGTCATGTGGAGAAGCTGGGTGTGCT
TGATGCTTACGTCTCTGGCTCTCCCGATTCCTCCAAGTTGTGCGTCATCCTCATCTCTGA
TGTTTTTGGGTATGAAGCTCCAAACTTGAGGTCGCTTGCGGATAAGGTTGCAACTTCTGG
ATTCTATGTCGTGGTTCCTGATTACTTCTACGGAGATCCTTTTGATCCTTCTAATCAAGA
GAGACCCATCCCTCTCTGGCTCAAAGACCATGGCGCTGATAAGGGATTTGAAGACACAAA
GCCAGTAATTGAAGCCTTAAAGAGCAAAGGCATAACTGCTATTGGAGCTGCAGGGATGTG
TTGGGGTGCAAAAGTAGTGGTGGAATTGTCTAAGCAAGAGCTTGTTCAAGCAGCTGTTCT
GCTTCATCCTTCTTTGGTCACGGTCGACGATATCAAGGGTGTGAAGGTGCCAATTGCTAT
ACTAGGAGCTGAGATTGATCAGTTGTCTCCACCTGCGCTCTTGAAGCAATTTGAGGAGAT
TCTTGCTGCCAAACCTGAGGTGAATAGTTATGTGAAGATACACCCGAAAGTAGCACACGG
TTGGACAGTTAG*TACAAGACG
ATGAC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3DD89JQ 684 0 0
CGCTTGCGGATAAGGTTGCAACTTCTGGATTCTATGTCGTGGTTCCTGATTACTTCTACG
GAGATCCTTTTGATCCTTCTAATCAAGAGAGACCCATCCCTCTCTGGCTCAAAGACCATG
GCGCTGATAAGGGATTTGAAGACACAAAGCCAGTAATTGAAGCCTTAAAGAGCAAAGGCA
TAACTGCTATTGGAGCTGCAGGGATGTGTTGGGGTGCAAAAGTAGTGGTGGAATTGTCTA
AGCAAGAGCTTGTTCAAGCAGCTGTTCTGCTTCATCCTTCTTTGGTCACGGTCGACGATA
TCAAGGGTGTGAAGGTGCCAATTGCTATACTAGGAGCTGAGATTGATCAGTTGTCTCCAC
CTGCGCTCTTGAAGCAATTTGAGGAGATTCTTGCTGCCAAACCTGAGGTGAATAGTTATG
TGAAGATACACCCGAAAGTAGCACACGGTTGGACAGTTAGGTACAAGACGGATGACCCAG
AGGCGGTTAAAGCTGCAGAAGAAGCTCACAAAGAGATGCTTGATTGGTTTGTGACTTACG
TTAAATGAATGATCAAATTGGCTACTACTACTAGTAGTAGTGTTTATAAATGAAAAATAA
AGAGAGAGACTTAAGTATGAAACTCTTTGTTGGTGTCTTCACTCACTATACCTCTTTGGA
AGTTGCTATGTTGTGAGTTTGG
AC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3FT10JQ 647 0 0
TCCTTCTAATCAAGAGAGACCCATCCCTCTCTGGCTCAAAGACCATGGCGCTGATAAGGG
ATTTGAAGACACAAAGCCAGTAATTGAAGCCTTAAAGAGCAAAGGCATAACTGCTATTGG
AGCTGCAGGGATGTGTTGGGGTGCAAAAGTAGTGGTGGAATTGTCTAAGCAAGAGCTTGT
TCAAGCAGCTGTTCTGCTTCATCCTTCTTTGGTCACGGTCGACGATATCAAGGGTGTGAA
GGTGCCAATTGCTATACTAGGAGCTGAGATTGATCAGTTGTCTCCACCTGCGCTCTTGAA
GCAATTTGAGGAGATTCTTGCTGCCAAACCTGAGGTGAATAGTTATGTGAAGATACACCC
GAAAGTAGCACACGGTTGGACAGTTAGGTACAAGACGGATGACCCAGAGGCGGTTAAAGC
TGCAGAAGAAGCTCACAAAGAGATGCTTGATTGGTTTGTGACTTACGTTAAATGAATGAT
CAAATTGGCTACTACTACTAGTAGTAGTGTTTATAAATGAAAAATAAAGAGAGAGACTTA
AGTATGAAACTCTTTGTTGGTGTCTTCACTCTCTATACCTCTTTGGAAGTTGCTATGTTG
TGAGTTTGGTCTATGATGCTGAACATCTATAAAAAACGTATTTTGGC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 2 5

CO CL1694Contig1 642 3 4 U
GGAAAGAAGCAAAAACACAATGGGGGAGAAGGAAGCAAAGATCTACACTCTCTCAGAAGT
TTCAGAGCACAATCACGCTCATGACTGCTGGATCGTCATCAATGCGAAGGTGTACAATGT
AACCAAGCTCCTTGAAGACCATCCAGGTGGAGATGAAGTTCTCCTGTCTTCAACAGGCAA
GGATGCAACGGATGATTTTGAGGACGTGGGGCATAGCGAGAGCGCAAGAGAGATGATGGA
ACAATACTACGTTGGAGAGATTGATCCGACAACAATCCCGAAGAAAACCAAGTACACACC
TCCGAAACAGCCTCACTACAACCAAGACAAGACCTCTGAGTTCATTATCAAGATCCTCCA
GTTCCTCGTTCCCCTTGCAATTCTCGGTTTGGCAGTTGGGATTCGTATCTACACCAAGTC
AGCATAGTAGTCTTCTTTTTCATATCTTCTATATATAGAGAGAGTTAGAGATAATAAGTT
CTTTTGAGAAGACAAATCTCGAAGTCTCTCCCTTTGTTCCTATCTTTTGTTGTGTGAACG
TGTTTTGTATTGTTTCTTACGTGTTGTGATGAAGTCGCATCTAAACAAGCAGTCTTGCAG
AAATGCAGCTGATATCGATCTAATATAATTCATGTTGCGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3FN80TF U 1
AF RR3CN30TF U 39
AF RR3GK53JQ C 456
BS 1 615 RR3FN80TF
BS 616 616 RR3CN30TF
BS 617 641 RR3FN80TF
BS 642 642 RR3CN30TF

RD RR3FN80TF 641 0 0
GGAAAGAAGCAAAAACACAATGGGGGAGAAGGAAGCAAAGATCTACACTCTCTCAGAAGT
TTCAGAGCACAATCACGCTCATGACTGCTGGATCGTCATCAATGCGAAGGTGTACAATGT
AACCAAGCTCCTTGAAGACCATCCAGGTGGAGATGAAGTTCTCCTGTCTTCAACAGGCAA
GGATGCAACGGATGATTTTGAGGACGTGGGGCATAGCGAGAGCGCAAGAGAGATGATGGA
ACAATACTACGTTGGAGAGATTGATCCGACAACAATCCCGAAGAAAACCAAGTACACACC
TCCGAAACAGCCTCACTACAACCAAGACAAGACCTCTGAGTTCATTATCAAGATCCTCCA
GTTCCTCGTTCCCCTTGCAATTCTCGGTTTGGCAGTTGGGATTCGTATCTACACCAAGTC
AGCATAGTAGTCTTCTTTTTCATATCTTCTATATATAGAGAGAGTTAGAGATAATAAGTT
CTTTTGAGAAGACAAATCTCGAAGTCTCTCCCTTTGTTCCTATCTTTTGTTGTGTGAACG
TGTTTTGTATTGTTTCTTACGTGTTGTGATGAAGTCGCATCTAAACAAGCAGTCTTGCAG
AAATGCAGCTGATATTGATCTAATATAATTCATGTTGCGAA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3CN30TF 604 0 0
GGATCTAC
ACTCTCTCAGAAGTTTCAGAGCACAATCACGCTCGTGACTGCTGGATCGTCATCAATGCG
AAGGTGTACAATGTAACCAAGTTCCTTGAAGACCATCCAGGTGGAGATGAAGTTCTCCTG
TCTTCAACAGGCAAGGATGCAACGGATGATTTTGAGGACGTGGGGCATAGCGAGAGCGCA
AGAGAGATGATGGAACAATACTACGTTGGAGAGATTGATCCGACAACAATCCCGAAGAAA
ACCAAGTACACACCTCCGAAACAGCCTCACTACAACCAAGACAAGACCTCTGAGTTCATT
ATCAAGATCCTCCAGTTCCTCGTTCCCCTTGCAATTCTCGGTTTGGCAGTTGGGATTCGT
ATCTACACCAAGTCAGCATAGTAGTCTTCTTTTTCATATCTTCTATATATAGAGAGAGTT
AGAGATAATAAGTTCTTTTGAGAAGACAAATCTCGAAGTCTCTCCCTTTGTTCCTATCTT
TTGTTGTGTGAACGTGTTTTGTATTGTTTCTTACGTGTTGTGATGAAGTCGCATCTAAAC
AAGCAGTCTTGCAGAAATGCAGCTGATATCGATCTAATATAATTCATGTTGCGAAA

QA 9 604 9 604
DS 

RD RR3GK53JQ 165 0 0
TAGAGAGAGTTAGAGATAATAAGTTCTTTTGGGAAGACAAATCTCGAAGTCTCTCCCTTT
GTTCCTATCTTTTGTTGTGTGAACGTGTTTTGTATTGTTTCTTACGTGTTGTGATGAAGT
CGCATCTAAACAAGCAGTCTTGCAGAAATGCAGCTGATAT
TGATT

QA 1 160 1 160
DS 



CO CL1694Contig2 1127 2 2 U
GGAAAGAAGCAAAAAAAAACAATGGGGGAGAAGGAAGCAAAGATCTTTACTCTCTCAGAA
GTTTCAGAGCACAATCACGCTCATGACTGTTGGATCGTCATCAATACAAAGGTTTCTCTC
TTCTTTCTCCTTACTCTCAGCTCTGAAACTAAGGATCTGAAGTCTTGGTGATTAGATTCT
GAAGTCTCACACTTTCTGAGTTTGAAAGCACCAAACATATGCTTAGGACTCAGCTCTTTT
GATCTATTTTACCTGATCTTGAACTGAAGATGGATAAATGTAAAAAAAAACATCTCTTCT
TACATCTCTGTTGGGAAATGAATAGCTAACACGTGTCTATCAGTAGTTGGCTTTGAAGAT
CCATCATTGTGGTTTTGTTATTAACTTGTTAATGAATCTGTAGCGCAAGAATCTTGCTAT
GTACATGATTCATAGATGTAGAGGCTAGTGGAGTATTTTGTTTCAAGTTGTTACTATTAG
TCTTTTTTTATTCATAAAGGGAGCAAGAACCTTATGAACTTTCTCTCTGTGTCTCCATTG
TTTCTTGCATTGGAATCATAAGAATTGGTGATGTACTTTTGCAAACATCGCAGGTGTACA
ATGTAACCAAGTTCCTTGAAGACCATCCAGGTGGAGATGAAGTTCTCCTGTCTTCAACAG
GTAAGGATGCAACGGATGATTTTGAGGACGTGGGGCATAGCGAGAGCGCCAGAGAGATGA
TGGAACAATACTACGTTGGAGAGATTGATCCGACAACAATCCCAAAGAAAACCAAGTACA
CACCTCCGAAACAGCCACACTACAACCAAGACAAGACCTCTGAGTTCATTATCAAGATCC
TCCAGTTCCTCGTTCCCCTTGCCATTCTCGGTTTGGCAGTTGGGATTCGTATCTACACCA
AGTCAGCATAGTAGTCTTCTTTTCCATATCTACTATATATAGAGAGAGAGAAAGATTTAA
GTCTTTTGAGAAGACAAATCTCGAAGTCTCTCCCCTTTGTTCCTATCTTTTGTTGTGTGA
ACGTGTTTTGTATTGTTTCTTACGTGTTGTGATGAAGCCGCATCTAAACAAGCAGTCTTG
CAGAAATGCAGCTGATATTGATCTAATATAATTCATGTTGCGAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GU41TF U 1
AF RR3GU41JQ C 353
BS 1 591 RR3GU41TF
BS 592 1127 RR3GU41JQ

RD RR3GU41TF 591 0 0
GGAAAGAAGCAAAAAAAAACAATGGGGGAGAAGGAAGCAAAGATCTTTACTCTCTCAGAA
GTTTCAGAGCACAATCACGCTCATGACTGTTGGATCGTCATCAATACAAAGGTTTCTCTC
TTCTTTCTCCTTACTCTCAGCTCTGAAACTAAGGATCTGAAGTCTTGGTGATTAGATTCT
GAAGTCTCACACTTTCTGAGTTTGAAAGCACCAAACATATGCTTAGGACTCAGCTCTTTT
GATCTATTTTACCTGATCTTGAACTGAAGATGGATAAATGTAAAAAAAAACATCTCTTCT
TACATCTCTGTTGGGAAATGAATAGCTAACACGTGTCTATCAGTAGTTGGCTTTGAAGAT
CCATCATTGTGGTTTTGTTATTAACTTGTTAATGAATCTGTAGCGCAAGAATCTTGCTAT
GTACATGATTCATAGATGTAGAGGCTAGTGGAGTATTTTGTTTCAAGTTGTTACTATTAG
TCTTTTTTTATTCATAAAGGGAGCAAGAACCTTATGAACTTTCTCTCTGTGTCTCCATTG
TTTCTTGCATTGGAATCATAAGAATTGGTGATGTACTTTTGCAAACATCGC

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3GU41JQ 775 0 0
TTGAAGATCCATCATTGTGGTTTTGTTATTAACTTGTTAATGAATCTGTAGCGCAAGAAT
CTTGCTATGTACATGATTCATAGATGTAGAGGCTAGTGGAGTATTTTGTTTCAAGTTGTT
ACTATTAGTCTTTTTTTATTCATAAAGGGAGCAAGAACCTTATGAACTTTCTCTCTGTGT
CTCCATTGTTTCTTGCATTGGAATCATAAGAATTGGTGATGTACTTTTGCAAACATCGCA
GGTGTACAATGTAACCAAGTTCCTTGAAGACCATCCAGGTGGAGATGAAGTTCTCCTGTC
TTCAACAGGTAAGGATGCAACGGATGATTTTGAGGACGTGGGGCATAGCGAGAGCGCCAG
AGAGATGATGGAACAATACTACGTTGGAGAGATTGATCCGACAACAATCCCAAAGAAAAC
CAAGTACACACCTCCGAAACAGCCACACTACAACCAAGACAAGACCTCTGAGTTCATTAT
CAAGATCCTCCAGTTCCTCGTTCCCCTTGCCATTCTCGGTTTGGCAGTTGGGATTCGTAT
CTACACCAAGTCAGCATAGTAGTCTTCTTTTCCATATCTACTATATATAGAGAGAGAGAA
AGATTTAAGTCTTTTGAGAAGACAAATCTCGAAGTCTCTCCCCTTTGTTCCTATCTTTTG
TTGTGTGAACGTGTTTTGTATTGTTTCTTACGTGTTGTGATGAAGCCGCATCTAAACAAG
CAGTCTTGCAGAAATGCAGCTGATATTGATCTAATATAATTCATGTTGCGAAACC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 4

CO CL1695Contig1 960 4 28 U
GGAACATGAAGAAGTTGCCAAGCGCGGTCGAGGTTGAGAGCTACCACCCCAAGAAAGAAC
TTGAACTTGTTCAAGAAGACAAGGAGATGAAGTCTTGTTTCTTGACGGTTTTTGACCCAC
CGCCAAGAGGGGAAGATTACACAATACTACAAGCATTGTTAAGCCTTGACATGATCATCT
TATTTGTAGCCACTTTCTGCGGTTTATGGTCGAGCTTGACGGCTGTGGACAACCTAGGAC
AGATAGGGGAATCCCTAGGTTACCCTAACCATACGGTTAGCTCATTTGTGTCTCTAGTTA
GCATATGGAACTACTTCGGTCGAGTCTTCTCCGGTTTTGTCTCGGAATACTTGCTTGCCA
AGTATAAACTACCTCGACCGCTCATGATGACGTTAGTCCTTTTATTGAGCTGCGCGGGAC
ACCTTCTCATCGCGTTCCCTGTCCCTGGCTCGGTGTACATAGCGTCCGTTCTAATGGGAT
TCTCTTTCGGTGCGCAGCTTCCTTTGCTCTTTGCCATCATCTCGGAGCTTTTCGGGCTCA
AGTACTTCTCTACGTTGTTCAACTGCGGACAGCTCGCTAGCCCGCTCGGGTCTTACATCT
TGAACGTTCGTGTCACGGGGATGCTTTACGATAGAGAGGCCTTGAAGCAGCTAAAAGCTA
GAGGGCTAACGAGAAAAGATGTCAAAGACTTGACTTGCTTAGGAAGTCAATGTTATAAAC
TGCCGTTTGTGATTTTGGCTTCAGTGACCTTCTTTGGAGCGCTTGTGTCTTTGGGACTAG
CGATACGGACGAGAAAGTTTTACAAAGGTGATATTTACAAGAAGTTTAGGGAGAGTCCTG
AATCTGAATCTGAATCTGTATTGGTCTCTGATTCAAGAAAGTCTTGATGAGGAACACAAC
AAAAGCTGTTTAATTTGCTTGTAATCATTTTCTGTTGAATTATAGATGAATATATTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 0 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
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25 25 25 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GW55TF U 1
AF RR3FP21TF U 219
AF RR3GW55JQ C 169
AF RR3FP21JQ C 219
BS 1 229 RR3GW55TF
BS 230 230 RR3FP21TF
BS 231 256 RR3GW55TF
BS 257 257 RR3FP21TF
BS 258 289 RR3GW55TF
BS 290 290 RR3FP21TF
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BS 399 436 RR3GW55TF
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BS 748 843 RR3FP21TF
BS 844 949 RR3GW55JQ
BS 950 960 RR3FP21JQ

RD RR3GW55TF 747 0 0
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TTGAACTTGTTCAAGAAGACAAGGAGATGAAGTCTTGTTTCTTGACGGTTTTTGACCCAC
CGCCAAGAGGGGAAGATTACACAATACTACAAGCATTGTTAAGCCTTGACATGATCATCT
TATTTGTAGCCACTTTCTGCGGTTTATGGTCGAGCTTGACGGCTGTGGATAACCTAGGAC
AGATAGGGGAATCCCTCGGTTACCCTAACCATACGGTTAGCTCATTTGTTTCTCTAGTTA
GCATATGGAACTACTTCGGTCGAGTCTTCTCCGGTTTTGTCTCGGAATACTTGCTTGCCA
AGTATAAACTACCTCGACCGCTCATGATGACGTTAGTGCTTTTATTGAGCTGCGCGGGAC
ACCTTCTCATCGCGTTTCCTGTCCCTGGCTCGGTGTACATAGCGTCCGTTCTAATGGGAT
TCTCTTTCGGTGCGCAGCTTCCTTTGCTCTTTGCCATCATCTCGGAGCTTTTCGGGCTCA
AGTACTTCTCTACGTTGTTCAACTGCGGACAGCTCGCTAGCCCGCTCGGGTCTTACATCT
TGAACGTTCGTGTCACGGGGATGCTTTACGATAGAGAGGCCTTGAAGCAGCTAAATGCTA
GAGGGCTAACGAGAAA*GATGTCA*GGACTTGACTTGCTTAG**AGTCA*TGTTATAA*C
TGCCGTTTGTGATTT*GGCTTCAGTGA

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3FP21TF 625 0 0
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AGCTCATTTGTGTCTCTAGTTAGCATATGGAACTACTTCGGTCGAGTCTTCTCCGGTTTT
GTCTCGGAATACTTGCTTGCCAAGTATAAACTACCTCGACCGCTCATGATGACGTTAGTC
CTTTTATTGAGCTGCGCGGGACACCTTCTCATCGCGTTCCCTGTTCCTGGCTCGGTGTAC
ATAGCGTCCGTTCTAATGGGATTCTCTTTCGGTGCGCAGCTTCCTTTGCTCTTTGCCATC
ATCTCGGAGCTTTTCGGGCTCAAGTACTTCTCTACGTTGTTCAACTGCGGACAGCTCGCT
AGCCCGCTCGGGTCTTACATCTTGAACGTTCGTGTCACGGGGATGCTTTACGATAGAGAG
GCCTTGAAGCAGCTAAAAGCTAGAGGGCTAACGAGAAAAGATGTGAAAGACTTGACTTGC
TTAGGAAGTCAATGTTATAAACTGCCGTTTGTGATTTTGGCTTCGGTGACCTTCTTTGGA
GCGCTTGTGTCTTTGGGACTAGCGATACGGACGAGAAAGTTTTACAAAGGTGATATTTAC
AAGAAGTTTAGGGAGAGTCCTGAAT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3GW55JQ 781 0 0
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ATAACCTAGGACAGATAGGGGAATCCCTCGGTTACCCTAACCATACGGTTAGCTCATTTG
TTTCTCTAGTTAGCATATGGAACTACTTCGGTCGAGTCTTCTCCGGTTTTGTCTCGGAAT
ACTTGCTTGCCAAGTATAAACTACCTCGACCGCTCATGATGACGTTAGTGCTTTTATTGA
GCTGCGCGGGACACCTTCTCATCGCGTTTCCTGTCCCTGGCTCGGTGTACATAGCGTCCG
TTCTAATGGGATTCTCTTTCGGTGCGCAGCTTCCTTTGCTCTTTGCCATCATCTCGGAGC
TTTTCGGGCTCAAGTACTTCTCTACGTTGTTCAACTGCGGACAGCTCGCTAGCCCGCTCG
GGTCTTACATCTTGAACGTTCGTGTCACGGGGATGCTTTACGATAGAGAGGCCTTGAAGC
AGCTAAATGCTAGAGGGCTAACGAGAAAAGATGTCAAGGACTTGACTTGCTTAGGAAGTC
AATGTTATAAACTGCCGTTTGTGATTTTGGCTTCAGTGACCTTCTTTGGAGCGCTTGTGT
CTTTGGGTCTAGCGATAAGGACGAGAAAGTTTTACAAAGGTGATATTTACAAGAAGTTTA
GGGGGACTCCTGAATCTGAATCTGAATCTGTATTGGTCTCTGATTCAAGAAAGTCTTGAT
GAGGAACACAACAAAAGCTGTTTAATTTGCTTGTAATCATTTTCTGTTGAATTATAGATG
A

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3FP21JQ 742 0 0
ACGGCTGTGGACAACCTAGGACAGATAGGGGAATCCCTAGGTTACCCTAACCATACGGTT
AGCTCATTTGTGTCTCTAGTTAGCATATGGAACTACTTCGGTCGAGTCTTCTCCGGTTTT
GTCTCGGAATACTTGCTTGCCAAGTATAAACTACCTCGACCGCTCATGATGACGTTAGTC
CTTTTATTGAGCTGCGCGGGACACCTTCTCATCGCGTTCCCTGTTCCTGGCTCGGTGTAC
ATAGCGTCCGTTCTAATGGGATTCTCTTTCGGTGCGCAGCTTCCTTTGCTCTTTGCCATC
ATCTCGGAGCTTTTCGGGCTCAAGTACTTCTCTACGTTGTTCAACTGCGGACAGCTCGCT
AGCCCGCTCGGGTCTTACATCTTGAACGTTCGTGTCACGGGGATGCTTTACGATAGAGAG
GCCTTGAAGCAGCTAAAAGCTAGAGGGCTAACGAGAAAAGATGTGAAAGACTTGACTTGC
TTAGGAAGTCAATGTTATAAACTGCCGTTTGTGATTTTGGCTTCGGTGACCTTCTTTGGA
GCGCTTGTGTCTTTGGGACTAGCGATACGGACGAGAAAGTTTTACAAAGGTGATATTTAC
AAGAAGTTTAGGGAGAGTCCTGAATCTGGATCTGGATCTGTATTGGTCTCTGATTCAAGA
AAGTCTTGATGAGGAACACAACAAAAGCTGTTTAATTTGCTTGTAATCATTTTCTGTTGA
ATTATAGATGAATATATTTTTT

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL1696Contig1 676 2 4 U
GACCGCGGTGCTCAAGGGTCATGTTGCACTTGGAAATGCTAGGTTTCCTAAAGGAACAAA
CGGTTATACACTTGATATTCTTGCAAGAGCTCCTCTGTGGAAGTATGGTTTGGATTATCG
ACATGGTACTGGTCATGGAGTTGGCTCTTACCTTTTCGTTCATGAAGGACCTCACCAAGT
TAGTTTCAGACCTAGTGCTAGAAATGTTCCTCTTCAAGTTACCATGACTGTAACAGATGA
ACCTGGTTACTATGAAGATGGGAACTTTGGTATTAGGCTAGAGAATGTTCTTGTTGTCAA
TAATGCTGAAACTGACTTTAACTTTGGTGACAAGGGCTATTTGCAGTTCGAGCATATCAC
TTGGGCACCGTATCAAGTGAAACTTATCGATCTAAAGCAGTTGACAGGAGAAGAGATCGA
TTGGTTAAACACGTACCATTTGAAATGCAAGGATATCTTAGCTCCGTTCATGAACCACAC
CGAAATGGAATGGCTCAAGAAAGCTACCGAGCCTGTAAGTGTATCGGTTTGAAATTCCTG
CACGGATGTAGATGTTTAGCAAATGGCTTCTTCGGTTGTTTCGCTGTTAAACCAAACATA
ATTGTACGTCAACAACACAGATGCTTCTCCTTGGTTTACATTCAGACATCCACAAAATAA
AGGCTCATGTTTCTTG


BQ
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G
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DS 



AS 1 5

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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DF35JQ U 253
AF RR3FD95JQ U 5
AF RR3BD43JQ U 1
AF RR3BD43TF C 646
AF RR3FD95TF C 1116
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T
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DS 

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CTTGTCACAGCCAAAAAAAAACTGGTGACATTTTTCAAATCTCAGGTTTCCTTTTAATAT
TCAGGATTTTGATGCCAAAGAATCACACACACACACAC**TGTGATGATCTTCTGTAGAC
TATACCGAAAAATATAATAATAAGAGAGACAAAGAAGAATCAATAGGTTTGAAGATAACC
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TCACCCGGTTTCAAGGTGATTGGTTTCTCAATGGCTGCACCATCAACACACAGCATTTGT
TTGTACTCTTCATCTCCTAAATCTGGCAATGCTTTAGCTTTCTTGTCCCATGGATTCCAC
ACCACAACATCAGGTAGACCTTCTTTCTCGATGAGGAATGTACGTTTTCTCTCATGGTCA
AAAACAGCAACCACGTCTTTAGAGTTTAAGTACACTCTATCAATTTCGGATTCAAAGGTT
AATGCATCGCCTTGCTCAGTGAACCGCTCTTTATCAAGCAAGTTATCAAGATAGTCAAGA
GTTTCAAGTCCTTCAAGTCTTACTTCACTGATATCGGAGATGGAGAAGTAAGTGTGGTAA
GCAATGGAGAAGCT

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DS 

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GGATCTTGTCACAGCCAAAAAAAA*CTGGTGACTTTTTTCAAATCTCAGGTTTCCTTTTA
ATATTCAGGATTTTGATGCCAAAGAATCACACACACACACACACTGTGATGATCTTCTAT
AGACTAAACCGAAAAATATAATAATAAGAGAGACAAAGAAGAATCAATAGGTTTGAAGAT
AACCGGTACCGGTTTTTTTCAGGTGGAAAGGACAAGGGAGAGATTTAATTTCCCGGTCCA
TTCTTCACCCGGTTTCAAGGTGATTGGTTTCTCAATGGCTGCTCCATCAACACAAAGCAT
TTGTTTGTACTCTTCATCTCCCAAATCTGGCAATGCTTTAGCTTTCTTGTCCCATGGATT
CCACACCACAACATCAGGCAGACCTTCTTTCTCGATGAGGAATGTACGTTTTCTCTCGTG
GTCAAAAACAGCAACCACGTCTTTAGAGTTTAGGTACACTCTATCGATCTCGGATTCAAA
GGTTAATGCATCGCCTTGCTCAGTAAACCGCTCTTTATCAAGCAAGTTATCAAGATAGTC
AAGAGTTTCAAGTCCTTCAAGTCTTACTTCACTGATATCGGAGATGGAGAAGTAAGTGTG
GTAAGCAATGGAGAAGCTAAAAGGCTTTGAGTTGATGTTTCTGACTCGTGATATCAGCGC
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CCTTGTTGTGTCTTCATCAGAGGACTTAAGTACCAAATC

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DS 

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T
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CTGTAAGGCCAGATCCTTGTTGTGTCTTCATCAGAGGACTTAAGTACCAAATCCAAATAG
GCTTTGCCGGTTGAGTCGAATGAAGGTAAAGCAGGAGGATCATTTTCCACAAGCCACATC
TTGTTTCTCGCAAAACCGTGTTGCTCAAGTGATCCTCGAGTTCCAAACTGAGGAAAGCAT
ATAGGGATTCCTCCTCGTACCGGTTGGGGAGGCTTTGAGTTAGCCTTGGCACTGGTGAAT
AACAATTCATCACCTCTCTCAGTCTTCCAAGAAAGAACTTGTCCTCCATGTAAACTAATC
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AGAGAGAGACTTTGATGTTTTATTTATTTATTTTTTTGGTCTCCCCACCTCTGCTTTCTT
AAATCGAGGAAAATAGGTTAGGCGAAGAAGTCACAAGAAGAAGAAAGAAAGAAAACTTTC
TTGTGGGGAACAACAAGAAACCCTAAGTTATCTCGTGAGATTGAGAACCAAACACCCAAC
CAACACTTCAACTGCTATGTCCTTTTCTTACACCGATAAAGCGAAATCAAGAACTCAGAA
ATCAAAAGGTACAACTTTTCGAACCGGAGCAAGAATCTGAATTAT
TCACC

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DS 

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TTTTTGT
CTTGATCAAGTCAACCATAGGTCTCTTCTCATCATCACTAGATGCTTCCATTGTTTGACA
AAAGAGAGAGA**CTTTGATGTTTTATTTATTTATTTATTTGGTCTCCCCACCTCTGCTT
TCTTAAATCGAGGAAAATAGGTTAGGCGAAGAAGTCACAAGAAGAAGAAAGAAAGAAAAC
TTTCTTGTGGGGAACAACAAGAAACCCTAAGTTATCTCGTGAGATTGAGAACCAAACACC
CAACCAACACTTCAACTGCTATGTCCTTTTCTTACACCGATAAAGCGAAATCAAGAACTC
AGAAATCAAAAGATACAACTTTTCGAACCAGAGCAAGAATCTGAATTATCTCTTATTCAG
ATGAGAATAAAAGAAGATGGAGATATTTAAAAGAGAGGGAGAGAGAGAAGTCAGAATAAT
TAGGCAATACAATGTTGAAAAGTTGCACATAATCAAAAGCCCCTGCAAATTGTATTTTAA
AAATGTTTTATTTTTAAAAAGGAGCATTCATCAATCACTGAATAATTCTTCACTAGAATT
ATATTTTCTGGGTATAATTGACGATTTTTAATAATGTCATGTTACGTATTCTCC

QA 8 601 8 601
DS 



AS 1 3

CO CL1698Contig1 1160 3 15 U
GAGGGGACCTGAAGAAAGGGTTGAACCCACTCTCTGTGTCTGATCTTGTCTTCACTTCGC
CTTACATGTCAACAGCTCTCAAAACTGGCCTCATCACTGGGATCATAGCTCTTGCAGAAG
GGATCGCTGTGGGAAGGAGCTTTGCCATGTTCAAGAACTACAACATAGACGGTAACAAAG
AAATGATAGCGTTTGGAATGATGAATATCGTTGGTTCCTTCACATCCTGTTACCTCACAA
CTGGACCGTTTTCAAGATCGGCCGTGAACTTCAATGCGGGTTGCAAGACTGCGGTGTCGA
ACATAGTAATGGCCATTGCGGCTATGTTCACATTGCTCTTCCTCACGCCGTTTTTCTACT
ACACGCCCCTCGTCGTCCTCTCCTCCATCATCATGGTCGCAATGCTCGGACTCATCGACT
ACCAAGCAGCCTTTCATCTTTGGAAGGTTGACAAATTTGATTTCCTCGTCTGCATGAGTG
CCTACTTTGGGGTCGTGTTTGGTAGTGTCTAGATCGGACTTGTTGTCGCAGTGGTGATAT
CGATAGCAAGGTTGCTGCTATTCGTGTCTAGACCGAGGACTGCGGTGAAGGGAAACATAC
CAAACACCATGATCTATAGGAACACTGACCAGTATCCTTACTCAAGAATTGTTCCTGGTC
TTCTCATCCTGGAGATTGATGCTCCCATCTACTTTGCCAACGCTGGTTACTTGCGTGAGA
GAATCACAAGGTGGATCGATGAAGAGGAAGACAGGATCAAAGCATCAGGAGAGAGTAGTT
TACAATATGTTATACTCGATATGTCAGCTGTTGGTAATATCGACACGAGTGGTATCAGCA
TGATGGAGGAAATTAAGAAAATCATGGACAGAAGAGCGTTAAAGTTAGTATTGGCAAATC
CAAAAGGAGAGGTCGTGAAGAAACTAACAAGATCCAAATTCATCGATGACAATTTGGGCA
AAGAGTGGATGTTCTTAACAGTTGGAGAAGCCGTGGAAGCGTGTAGTTTCATGCTTCACA
CGTCAAAAACCGAACCGGCCTCCAAAGAAGAACCTTGGAACAATGTTTAGCAGCCTTTTT
TTAAGACTTTTCGTTATCAAATAGTATGATGTAATCTCAGATAAAAGGAAAAATATATAA
GAAAAACGCATTATTAATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM86TF U 1
AF RR3FS84TF U 187
AF RR3FS84JQ C 389
BS 1 431 RR3DM86TF
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BS 433 463 RR3DM86TF
BS 464 464 RR3FS84TF
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BS 483 485 RR3DM86TF
BS 486 486 RR3FS84TF
BS 487 509 RR3DM86TF
BS 510 510 RR3FS84TF
BS 511 586 RR3DM86TF
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BS 892 1160 RR3FS84JQ

RD RR3DM86TF 586 0 0
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AAATGATAGCGTTTGGAATGATGAATATCGTTGGTTCCTTCACATCCTGTTACCTCACAA
CTGGACCGTTTTCAAGATCGGCCGTGAACTTCAATGCGGGTTGCAAGACTGCGGTGTCGA
ACATAGTAATGGCCATTGCGGCTATGTTCACATTGCTCTTCCTCACGCCGTTTTTCTACT
ACACGCCCCTCGTCGTCCTCTCCTCCATCATCATGGTCGCAATGCTCGGACTCATCGACT
ACCAAGCAGCCATTCATCTTTGGAAGGTTGACAAATTTGATTTTCTCGTCTGCATGAGTG
CTTACCTTGGGGTCGTGTTTGGTAGTGTCGAGATCGGACTTGTTGTCGCAGTGGTGATAT
CGATAGCAAGGTTGCTGCTATTCGTGTCTAGACCGAGGACTGCGGT

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3FS84TF 711 0 0
G
AGCGTTTGGAATGATGAATATCGTTGGTTCCTTCACATCTTGTTACCTCACAACTGGACC
GTTTTCAAGATCGGCCGTGAACTTCAATGCGGGTTGCAAGACTGCGGTGTCGAACATGGT
AATGGCCATTGCGGTTATGTTCACATTGCTCTTCCTCACGCCGTTTTTCTACTACACGCC
CCTCGTCGTCCTCTCCTCCATCATCATGGTCGCAATGCTCGGACTCATCGACTACCAAGC
AGCCTTTCATCTTTGGAAGGTTGACAAATTTGATTTCCTCGTCTGCATGAGTGCCTACTT
TGGGGTCGTGTTTGGTAGTGTCTAGATCGGACTTGTTGTCGCAGTGGTGATATCGATAGC
AAGGTTGCTGCTATTCGTGTCTAGACCGAGGACTGCGGTGAAGGGAAACATACCAAACAC
CATGATCTATAGGAACACTGACCAGTATCCTTACTCAAGAATTGTTCCTGGTCTTCTCAT
CCTGGAGATTGATGCTCCCATCTACTTTGCCAACGCTGGTTACTTGCGTGAGAGAATCAC
AAGGTGGATCGATGAAGAGGAAGACAGGATCAAAGCATCAGGAGAGAGTAGTTTACAATA
TGTTATACTCGATATGTCAGCTGTTGGTAATATCGACACGAGTGGTATCAGCATGATGGA
G*AAATTAAGAAAATCATGGACAGAAGAGCGTTAAAGTTAGTAT
GGCAAT

QA 2 705 2 705
DS 

RD RR3FS84JQ 772 0 0
CATCATGGTCGCAATGCTCGGACTCATCGACTACCAAGCAGCCTTTCATCTTTGGAAGGT
TGACAAATTTGATTTCCTCGTCTGCATGAGTGCCTACTTTGGGGTCGTGTTTGGTAGTGT
CTAGATCGGACTTGTTGTCGCAGTGGTGATATCGATAGCAAGGTTGCTGCTATTCGTGTC
TAGACCGAGGACTGCGGTGAAGGGAAACATACCAAACACCATGATCTATAGGAACACTGA
CCAGTATCCTTACTCAAGAATTGTTCCTGGTCTTCTCATCCTGGAGATTGATGCTCCCAT
CTACTTTGCCAACGCTGGTTACTTGCGTGAGAGAATCACAAGGTGGATCGATGAAGAGGA
AGACAGGATCAAAGCATCAGGAGAGAGTAGTTTACAATATGTTATACTCGATATGTCAGC
TGTTGGTAATATCGACACGAGTGGTATCAGCATGATGGAGGAAATTAAGAAAATCATGGA
CAGAAGAGCGTTAAAGTTAGTATTGGCAAATCCAAAAGGAGAGGTCGTGAAGAAACTAAC
AAGATCCAAATTCATCGATGACAATTTGGGCAAAGAGTGGATGTTCTTAACAGTTGGAGA
AGCCGTGGAAGCGTGTAGTTTCATGCTTCACACGTCAAAAACCGAACCGGCCTCCAAAGA
AGAACCTTGGAACAATGTTTAGCAGCCTTTTTTTAAGACTTTTCGTTATCAAATAGTATG
ATGTAATCTCAGATAAAAGGAAAAATATATAAGAAAAACGCATTATTAATAG

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 5

CO CL1699Contig1 685 5 4 U
GGATGTAAGAATACGTTTTAGAAGCACTATCCAAGAGTAAACAAAATCAAACCCCAAGTT
TCATTAAGAATAATATGGGAGAAACAGAAGAGAAAGAAGTGAAGAAGAATCATGGTGATA
AAGAAGAGGAACACAACAAGGCTGAGAAAGCAGATAAGAAGGAGAAGAAGAAGGATAAAG
ATAAGAAGGATAAGAATGAGGACGATAAAAAAGGTGGAGGAGAAGAAGGAGAAGATCAAG
AGAAGAAGAGCAAGAAGAAAGATAAGAAGACGAAGAAAGAGAAGAACCCTGAAGATAAGA
AAGATCCAGAGAAGTTGAAGATGAAACTTCAGAAGATTGAAGAAAAGATTCAAGCTATGG
TCTTAAAGAAAGATGAGATCGTTAAGCTTATTCATGATGCTGAACAAGCTAAAGGTAGTG
CCGTAGCAGCAGCAGCACCACCAACTAATTAACTCAATTTCCAAACACAAATGGATATAT
ACTACAATATATAATTCTATATTTTGGTTTTCTTGGGGATCTCGATAAGAAGTGCTGATG
AATGTTGTTTTCATCGTATTTTTGGTAGGATTTTCTCATTTCTATTTTTTCGTTTGTTTA
ATTTATATGTTTGTATATATTGTACAGAAACCATCTGTTTTAAATATAATACTTATCAGC
TTGGTGATTCTGATTTAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BE38TF U 1
AF RR3DS57TF U 31
AF RR3DS57JQ C 31
AF RR3DF08JQ C 15
AF RR3DF08TF U 15
BS 1 307 RR3BE38TF
BS 308 308 RR3DS57TF
BS 309 673 RR3BE38TF
BS 674 685 RR3DF08TF

RD RR3BE38TF 680 0 0
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TCATTAAGAATAATATGGGAGAAACAGAAGAGAAAGAAGTGAAGAAGAATCATGGTGATA
AAGAAGAGGAACACAACAAGGCTGAGAAAGCAGATAAGAAGGAGAAGAAGAAGGATAAAG
ATAAGAAGGATAAGAATGAGGACGATAAAAAAGGTGGAGGAGAAGAAGGAGAAGATCAAG
AGAAGAAGAGCAAGAAGAAAGATAAGAAGACGAAGAAAGAGAAGAACCCTGAAGATAAGA
AAGATCCCGAGAAGTTGAAGATGAAACTTCAGAAGATTGAAGAAAAGATTCAAGCTATGG
TCTTAAAGAAAGATGAGATCGTTAAGCTTATTCATGATGCTGAACAAGCTAAAGGTAGTG
CCGTAGCAGCAGCAGCACCACCAACTAATTAACTCAATTTCCAAACACAAATGGATATAT
ACTACAATATATAATTCTATATTTTGGTTTTCTTGGGGATCTCGATAAGAAGTGCTGATG
AATGTTGTTTTCATCGTATTTTTGGTAGGATTTTCTCATTTCTATTTTTTCGTTTGTTTA
ATTTATATGTTTGTATATATTGTACAGAAACCATCTGTTTTAAATATAATACTTATCAGC
TTGGTGATTCTGA
TTTATAC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3DS57TF 645 0 0
GG
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GATAAGAAGGAGAAGAAGAAGGATAAAGATAAGAAGGATAAGAATGAGGACGATAAAAAA
GGTGGAGGAGAAGAGGGAGAAGATCAAGAGAAGAAGAGCAAGAAGAAAGATAAGAAGACG
AAGAAAGAGAAGAACCCTGAAGATAAGAAAGATCCAGAGAAGTTGAAGATGAAACTTCAG
AAGATTGAAGAAAAGATTCAAGCTATGGTCTTAAAGAAAGATGAGGTCGTTAAGCTTATT
CATGATGCTGAACAAGCTAAAGGTAGTGCCGTAGCAGCAGCAGCACCACCAACTAATTAA
CTCAATTTCCAAACACAAATGGATATATACTACAATATATAATTCTATATTTTGGTTTTC
TTGGGGATCTCGATAAGAAGTGCTGATGAATGTTGTTTTCATCGTATTTTTGGTAGGATT
TTCTCATTTCTATTTTTTCGTTTGTTTAATTTATATGTTTGTATATATTGTACAGAAACC
ATCTGTTTTAAATATAATACTTATCAGCTTGGTGATTCTGA
AA

QA 3 643 3 643
DS 

RD RR3DS57JQ 642 0 0
GG
AAGAGTAAACAAAATCAAACCCCAAGTTTCATTAAGAATAATATGGGAGAAACAGAGGAG
AAAGAAGTGAAGAAGAACCATGGTGATAAAGAAGAGGAACACAACAAGGCTGAGAAAGCA
GATAAGAAGGAGAAGAAGAAGGATAAAGATAAGAAGGATAAGAATGAGGACGATAAAAAA
GGTGGAGGAGAAGAGGGAGAAGATCAAGAGAAGAAGAGCAAGAAGAAAGATAAGAAGACG
AAGAAAGAGAAGAACCCTGAAGATAAGAAAGATCCAGAGAAGTTGAAGATGAAACTTCAG
AAGATTGAAGAAAAGATTCAAGCTATGGTTTTAAAGAAAGATGAGGTCGTTAAGCTTATT
CATGATGCTGAACAAGCTAAAGGTAGTGCCGTAGCAGCAGCAGCACCACCAACTAATTAA
CTCAATTTCCAAACACAAATGGATATATACTACAATATATAATTCTATATTTTGGTTTTC
TTGGGGATCTCGATAAGAAGTGCTGATGAATGTTGTTTTCATCGTATTTTTGGTAGGATT
TTCTCATTTCTATTTTTTCGTTTGTTTAATTTATATGTTTGTATATATTGTACAGAAACC
ATCTGTTTTAAATATAATACTTATCAGCTTGGTGATT
TTG

QA 3 639 3 639
DS 

RD RR3DF08JQ 662 0 0
T
TTTTAGAAGCACTATCCAAGAGTAAACAAAATCAAACCCCAAGTTTCATTAAGAATAATA
TGGGAGAAACAGAAGAGAAAGAAGTGAAGAAGAATCATGGTGATAAAGAAGAGGAACACA
ACAAGGCTGAGAAAGCAGATAAGAAGGAGAAGAAGAAGGATAAAGATAAGAAGGATAAGA
ATGAGGACGATAAAAAAGGTGGAGGAGAAGAAGGAGAAGATCAAGAGAAGAAGAGCAAGA
AGAAAGATAAGAAGACGAAGAAAGAGAAGAACCCTGAAGATAAGAAAGATCCAGAGAAGT
TGAAGATGAAACTTCAGAAGATTGAAGAAAAGATTCAAGCTATGGTCTTAAAGAAAGATG
AGATCGTTAAGCTTATTCATGATGCTGAACAAGCTAAAGGTAGTGCCGTAGCAGCAGCAG
CACCACCAACTAATTAACTCAATTTCCAAACACAAATGGATATATACTACAATATATAAT
TCTATATTTTGGTTTTCTTGGGGATCTCGGTAAGAAGTGCTGATGAATGTTGTTTTCATC
GTATTTTTGGTAGGATTTTCTCATTTCTATTTTTTCGTTTGTTTAATTTATATGTTTGTA
TATATTGTACAGAAACCATCTGTTTTAAATATAATACTTATCAGCTTGGTGATTCTGA
TTT

QA 2 659 2 659
DS 

RD RR3DF08TF 671 0 0
T
TTTTAGAAGCACTATCCAAGAGTAAACAAAATCAAACCCCAAGTTTCATTAAGAATAATA
TGGGAGAAACAGAAGAGAAAGAAGTGAAGAAGAATCATGGTGATAAAGAAGAGGAACACA
ACAAGGCTGAGAAAGCAGATAAGAAGGAGAAGAAGAAGGATAAAGATAAGAAGGATAAGA
ATGAGGACGATAAAAAAGGTGGAGGAGAAGAAGGAGAAGATCAAGAGAAGAAGAGCAAGA
AGAAAGATAAGAAGACGAAGAAAGAGAAGAACCCTGAAGATAAGAAAGATCCAGAGAAGT
TGAAGATGAAACTTCAGAAGATTGAAGAAAAGATTCAAGCTATGGTCTTAAAGAAAGATG
AGATCGTTAAGCTTATTCATGATGCTGAACAAGCTAAAGGTAGTGCCGTAGCAGCAGCAG
CACCACCAACTAATTAACTCAATTTCCAAACACAAATGGATATATACTACAATATATAAT
TCTATATTTTGGTTTTCTTGGGGATCTCGGTAAGAAGTGCTGATGAATGTTGTTTTCATC
GTATTTTTGGTAGGATTTTCTCATTTCTATTTTTTCGTTTGTTTAATTTATATGTTTGTA
TATATTGTACAGAAACCATCTGTTTTAAATATAATACTTATCAGCTTGGTGATTCTGATT
TAAAAAAAAA

QA 2 671 2 671
DS 



AS 1 5

CO CL1700Contig1 818 5 32 U
AGCTGAAATTGATTTCTCTAGATAACCAAACAAAACCAGTTCCATATGTAGATCTATAAA
GTAACATTTCAATCATTACAAGGCAAAAACTTTAAAAAAGTATAGCAAACCGAAACCGGT
AATATAAACCGGACCCAGCAACATAAAGCAATAAAAGTATGTTTGCAATTTTGGTGCAGA
GGTGATCTCAAAGATCAGCTCTTCCAGGATAACGAGGGAAGGGAATAACGTCTCTGATGT
TGTCCATTCCTGTAGCAAACAGAACCATACGCTCGAACCCAAGTCCAAATCCTGAATGCT
TCGCCGTTCCGTAACGTCTCAAGTCCAAGTACCACTCGTATGGCTCCAATGGTAGACCAA
TCTCCTCCAGCCTTTCCATGATGACATCAATACGTTCTTCCCTTTTGCTTCCACCAATGA
GTTCTCCAACCTTTGGAACGAGGACATCCATGGCAGCAACAGTCTTTCCATCGTCGTTAA
GTCTCATGTAGAAAGCTTTGATTCCTTTCGGGTAGTTGTAGACAATAAGTGGCTTCTGAA
ACACAACCTCTGTCAAGTATCTTTCGTGCTCAGATGCTAAGTCGATACCCCATTCCACAT
CGTTATCAAATTTCTTTCCTTTAGCGACAGCTTCCTCAAGTATCTTTATCGCTTCCGTGT
ATGTTAGACGACCAAACGGAGTCGAGGCAACGAGTTTCAGCCTGTCAATGCAGCCTTTGT
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TGTATTTCACATATGCCTCTGCGCAGTTCATATCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AM82TF C 1
AF RR3FU80JQ U 180
AF RR3AX68TF C 48
AF RR3AX68JQ U 48
AF RR3FI04JQ U 42
BS 1 47 RR3AM82TF
BS 48 83 RR3FI04JQ
BS 84 84 RR3AX68JQ
BS 85 247 RR3FI04JQ
BS 248 248 RR3AX68JQ
BS 249 304 RR3FI04JQ
BS 305 305 RR3AX68JQ
BS 306 348 RR3FI04JQ
BS 349 349 RR3AX68JQ
BS 350 367 RR3FI04JQ
BS 368 368 RR3AX68JQ
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BS 387 400 RR3FI04JQ
BS 401 401 RR3AX68JQ
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BS 435 472 RR3FI04JQ
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BS 474 550 RR3FI04JQ
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BS 552 598 RR3FI04JQ
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TGTCCA
C

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DS 

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DS 

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AATCCTGAATGCTTCGCCGTTCCGTAACGTCTCAAGTCCAAGTACCACTCGTATGGCTCC
AATGGTAGACCAATCTCCTCCAGCCTTTCCATGATGACATCAATACGTTCTTCCCTTTTG
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CCCCATTCCACATCGTTATCAAATTTCTTTCCTTTAGCGACAGCTTCCTCAAGTATCTTT
ATCGCTTCCGTGTATGTTAGACGACCAAACGGAGTCGAGGCAACGAGTTTCAGCCTGTCA
AT

QA 1 662 1 662
DS 

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ATTTTGGTGCAGAGGTGATCTCAAAGATCAGCTCTTCCAGGATAACGAGGGAAGGGAATA
ACATCTCTGATGTTGTCCATTCCTGTAGCAAACAGAACCATACGCTCGAACCCAAGTCCA
AATCCTGAATGCTTCGCCGTTCCGTAACGTCTCAAGTCCAAGTACCACTCGTATGGCTCC
AATGGTAGACCAATCTCCTCCAGCCTTTCCATGATGACATCAATACGTTCTTCCCTTTTG
CTTCCACCAATGAGTTCTCCAACCTTTGGAACGAGGACATCCATGGCAGCAACAGTCTTT
CCATCGTCGTTAAGTCTCATGTAGAAAGCTTTGATTCCTTTCGGGTAGTTGTAGACAATA
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CCCCATTCCACATCGTTATCAAATTTCTTTCCTTTAGCGACAGCTTCCTCAAGTATCTTT
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ATGCAGCCTTTGTCGAAGTTCTTAGCCATC

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DS 

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ATTTTGGTGCAGAGGTGATCTCAAAGATCAGCTCTTCCAGGATAACGAGGGAAGGGAATA
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AATCCTGAATGCTTCGCTGTTCCGTAACGTCTCAAGTCCAAGTACCACTCGTATGGCTCC
ACTGGTAGACCAATCTCCTCGAGCCTTTCCATGATGACGTCAATACGTTCTTCTCTTTGG
CTTCCACCAATCAGTTCTCCCACCTTCGGAACGAGGACATCCATGGCAGCAACAGTCTTT
CCATCATCGTTAAGTCTCATGTAGAAAGCTTTGATTCCTTTCGGGTAGTTGTAGACAATA
AGTGGCTTCTGAAACACAACCTCCGTCAAGTATCTTTCGTGCTCAGATGCTAAGTCGATA
CCCCATTCCACGTCGTTATCAAATTTCTTTCCTTTAGCCACAGCTTCCTCAAGTATCTTT
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ATGCAGCCTTTGTCGAAGTTCTTAGCCATCAGTTCCATATCATCATAACGCTTCTCAAGC
AGCCACTTGCACATGTATTTCACATATGCCTCTGCGCAGTTCATATCATCC

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DS 



AS 1 5

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ATTTCTCATCAAGCTTCTGGTGATTCCTTAATCGCGCTTTAACTTTGTCACGATCTGAGA
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TTGACTCACTCACACAATGGACCGTATAGTAGTACATGAGAACGAATCTTCGAAAGAGAC
ACAAACGTCGCTTATAAGCGGAGTCCCTGACGATATCTTGAATCTCTGCTTAGCCAGAGT
TCCTAGAGAACACCACATGGCGATGAAATGCGTTTCCAGGAGATGGAGAGATTCCGTTTG
CAGTGATGGCTTCTGTGATTATCGCAACAAGTCTAACATGGCTGAATCTTGGATCTACGC
CTTGTGCCGCCACACATCAGGCCGTGTCTACTTGCACGTGCTGATTCCTTCGAGAAGGTC
ATGGAGAAGAGTCAATCAGATTCCTCGGCATATCACTTTTAGAGACGGTATGGGTTTTGC
AGTGTTGGGTAAGAGACTGTTTGTGTTGGGTGGGTGTGGCTGGGTGGAAGATGCTAGTGA
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AACTAAAA*GATGCTTCTTTGCTTGTGAGACGCTGGATGTGAAAGTTATGGCCATTGGTG
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ATGGGAAGGTTTATGTTCGTGGTGCTGCTGGATCTTCAGCTGCAGTCTATGATGGGTCTA
CCAAGGTTTGGGAACGAGTGGACGATGATATGGCATCAGGATGGCTAGGTCCAGCAGTTG
TTGTAGGAGATGATCTCTATGTTTTGGATCAGAGTTTTGGAGCTACGCTTACAATGTGGT
GCAAGGAGCCGAGGATGTGGATTCGTATAGGGAAGCTATCTCAGTTTGTGATGACGCAGC
AATGTCGGCTTGTTTGTGTTGGGAGTAATATATTTGTGATTGGTAAAGATTGCTCTACTG
TGGTGATTGATGTGGAGAATGCGTGGAAGACGACGATGAATGGAGTAATGGTGTGTTCTT
CTATACCCAAGACTTGGGATGATCATATTTATGTTATTAGCTGTAAATCTATAGCTATAT
AGTGTTTTAACACTCTACTGTTGAACCTTGCAAACTGTTTCTGTTGCTCGTGTAAAATCA
CAAGCCTGTCTGCCTGTGTGAATCATGCGATACTGTAACAGCCAGCTTCGTCGTCCACTA
AGTCTGATCTTTTAACAAAATCTATTGAAAATACAATATTGTTGTCAATGTTCGGCAACT
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ82TF U 1
AF RR3CG64TF U 291
AF RR3A006TF U 699
AF RR3CG64JQ C 639
AF RR3EQ82JQ C 838
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BS 1375 1395 RR3CG64JQ
BS 1396 1441 RR3EQ82JQ

RD RR3EQ82TF 776 0 0
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TCTATAAGAAGACTCTACTCGCCAAGCTCCGAAAATTCGGATCTATCTATCCTTTGCTGA
TTGACTCACTCACACAATGGACCGTATAGTAGTACATGAGAACGAATCTTCGAAAGAGAC
ACAAACGTCGCTTATAAGCGGAGTCCCTGACGATATCTTGAATCTCTGCTTAGCCAGAGT
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CAGTGATGGCTTCTGTGATTATCGCAACAAGTCTAACATGGCTGAATCTTGGATCTACGC
CTTGTGCCGCCACACATCAGGCCGTGTCTACTTGCACGTGCTGATTCCTTCGAGAAGGTC
ATGGAGAAGAGTCAATCAGATTCCTCGGCATATCACTTTTAGAGACGGTATGGGTTTTGC
AGTGTTGGGTAAGAGACTGTTTGTGTTGGGTGGGTGTGGCTGGGTGGAAGATGCTAGTGA
TGATGTTTATTGCTATGATGCTGCTATGAACACTTGGCTTCACTTACTCCCTCCTCTTTC
AACTAAAA*GATGCTTCTTTGCTTGTGAGACGCTGGATGGGAAAGT*ATGGCCATTGGTG
GGTTAGGAGTGAACTCAAAAGCTTCACAGACTTGGGACATCTATGATC
TATAACAA

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3CG64TF 610 0 0
G
AGCCAGAGTTCCTAGAGAACACCACATGGCGATGAAATGCGTTTCCAGGAGATGGAGAGA
TTCCGTTTGCAGTGATGGCTTCTGTGATTATCGCAACAAGTCTAACATGGCTGAATCTTG
GATCTACGCCTTGTGCCGCCACACATCAGGCCGTGTCTACTTGCACGTGCTGATTCCTTC
GAGAAGGTCATGGAGAAGAGTCAATCAGATTCCTCGGCATATCACTTTTAGAGACGGTAT
GGGTTTTGCAGTGTTGGGTAAGAGACTGTTTGTGTTGGGTGGGTGTGGCTGGGTGGAAGA
TGCTAGTGATGATGTTTATTGCTATGATGCTGCTATGAACACTTGGCTTCACTTACTCCC
TCCTCTTTCAACTAAAA*GATGCTTCTTTGCTTGTGAGACGCTGGATGTGAAAGTTATGG
CCATTGGTGGGTTAGGAGTGAACTCAAAAGCTTCACAGACTTGGGACATCTATGATCCTA
TAACAAGAGCATGTGTATCGTGTTCAGACGCGAGTATTGTCCCTGAAATCGAGGATTCAT
TTGTGATGGATGGGAAGGTTTATGTTCGTGGTGCTGCTGGATCTTCAGCTGCAGTCTATG
ATGGGTCTA

QA 2 610 2 610
DS 

RD RR3A006TF 676 0 0
GGGAAAGT
TATGGCCATTGGTGGGTTAGGAGTGAACTCAAAAGCTTCACAGACTTGGGACATCTATGA
TCCTATAACAAGAGCATGTGTATCGTGTTCAGACGCGAGTATTGTCCCTGAAATCGAGGA
TTCATTTGTGATGGATGGGAAGGTTTATGTTCGTGGTGCTGCTGGATCTTCAGCTGCAGT
CTATGATGGGTCTACCAAGGTTTGGGAACGAGTGGACGATGATATGGCATCAGGATGGCT
AGGTCCAGCAGTTGTTGTAGGAGATGATCTCTATGTTTTGGATCAGAGTTTTGGAGCTAC
GCTTACAATGTGGTGCAAGGAGCCGAGGATGTGGATTCGTATAGGGAAGCTATCTCAGTT
TGTGATGACGCAGCAATGTCGGCTTGTTTGTGTTGGGAGTAATATATTTGTGATTGGTAA
AGATTGCTCTACTGTGGTGATTGATGTGGAGAATGCGTGGAAGACGACGATGAATGGAGT
AATGGTGTGTTCTTCTATACCCAAGACTTGGGATGATCATATTTATGTTATTAGCTGTAA
ATCTATAGCTATATAGTGTTTTAACACTCTACTGTTGAACCTTGCAAACTGTTTCTGTTG
CTCGTGTAAAATCACAAGCCTGTCTGCCTGTGTGAATCATGCGATACTGTAACAGCCAGC
TTCGTCGT

QA 9 676 9 676
DS 

RD RR3CG64JQ 757 0 0
TTCACTTACTCCCTCCTCTTTCAACTAAAAAGATGCTTCTTTGCTTGTGAGACGCTGGAT
GTGAAAGTTATGGCCATTGGTGGGTTAGGAGTGAACTCAAAAGCTTCACAGACTTGGGAC
ATCTATGATCCTATAACAAGAGCATGTGTATCGTGTTCAGACGCGAGTATTGTCCCTGAA
ATCGAGGATTCATTTTTGATGGATGGGAAGGTTTATGTTCGTGGTGCTGCTGGATCTTCA
GCTGCAGTCTATGATGGGTCTACCAAGGTTTGGGAACGAGTGGACGATGATATGGCATCA
GGATGGCTAGGTCCAGCAGTTGTTGTAGGAGATGATCTCTATGTTTTGGATCAGAGTTTT
GGAGCTACGCTTACAATGTGGTGCAAGGAGCCGAGGATGTGGATTCGTATAGGGAAGCTA
TCTCAGTTTGTGATGACGCAGCAATGTCGGCTTGTTTGTGTTGGGAGTAATATATTTGTG
ATTGGTAAAGATTGCTCTACTGTGGTGATTGATGTGGAGAATGCGTGGAAGACGACGATG
AATGGAGTAATGGTGTGTTCTTCTATACCCAAGACTTGGGATGATCATATTTATGTTATT
AGCTGTAAATCTATAGCTATATAGTGTTTTAACACTCTACTGTTGAACCTTGCAAACTGT
TTCTGTTGCTCGTGTAAAATCCCAAGCCTGTCTGCCTGTGTGAATCATGCGATACTGTAA
CAGCCAGCTTCGTCGTCCACTAAGTCTGATCTTTTAA

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3EQ82JQ 604 0 0
TGGATGGGAAGGTTTATGTTCGTGGTGCTGCTGGATCTTCAGCTGCAGTCTATGATGGGT
CTACCAAGGTTTGGGAACGAGTGGACGATGATATGGCATCAGGATGGCTAGGTCCAGCAG
TTGTTGTAGGAGATGATCTCTATGTTTTGGATCAGAGTTTTGGAGCTACGCTTACAATGT
GGTGCAAGGAGCCGAGGATGTGGATTCGTATAGGGAAGCTATCTCAGTTTGTGATGACGC
AGCAATGTCGGCTTGTTTGTGTTGGGAGTAATATATTTGTGATTGGTAAAGATTGCTCTA
CTGTGGTGATTGATGTGGAGAATGCGTGGAAGACGACGATGAATGGAGTAATGGTGTGTT
CTTCTATACCCAAGACTTGGGATGCTCATATTTATGTTATTAGCTGTAAATCTATAGCTA
TATAGTGTTTTAACACTCTACTGTTGAACCTTGCAAACTGTTTCTGTTGCTCGTGTAAAA
TCACAAGCCTGTCTGCCTGTGTGAATCATGCGATACTGTAACAGCCAGCTTCGTCGTCCA
CTAAGTCTGATCTTTTAACAAAATCTATTGAAAATACAATATTGTTGTCAATGTTCGGCA
ACTG

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 5

CO CL1702Contig1 853 5 9 U
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GTTGCTTTCAAGTCTAGGGAAGACCATAGGAAGCAAATCGAGCTAGAGGAGGCTCGTAAA
GCTGGGCTTGCACCAGCTGAGGTAGATGAGGATGGAAAGGAAATCAATCCTCACATTCCC
CAGTACATGTCCTCTGCTCCATGGTATCTCAACTCTGAGAAGCCGAGTCTGAAGCATCAA
AGGAAATGGAAGAGTGATCCCAATTACACTAAGTCATGGTATGACAGAGGTGCAAAGATC
TACCAAGCTGAAAAGTACCGCAAGGGAGCATGTCAAAACTGTGGTGCAATGACGCATACT
GCGAAGGCGTGTATGGATAGACCTCGCAAGATTGGAGCGAAGTACACGAACAAGAACATT
GCACCTGATGAGAAAATTGAGAGTTTTGAACTCGACTATGACGGCAAGAGGGACAGATGG
AATGGGTACGATACTTCAACCTACCACCGTGTGATAGACCTTTATGAAGCAAAAGAGGAT
GCACGGAAGAAGTATCTCAAGGAGCAGCAGATTAAGAAACTAGAGGACAAGAACAATAAC
CAGGAAGGTAATGATGCTGCAACCAGTGATGGGGACGAAGAAGAAGATGACTTGAGGGTC
GATGAAGCTAAAGTTGATGAGAGCAG*CAGATGGACTTTGCAAAGGTTGAGAAACGTGTG
CGAACAACTGGGTGGTGGTAGTACAGGAACTGTAAGAAATCTGCGTATCAGAGAAGACAC
AGCAAAATACCTGTTGAACCTTGATATCAATTCGGCTCATTATGACCCTAAAACGCGATC
CATGCGTGAAGAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 5 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA64TF U 1
AF RR3DT11TF U 1
AF RR3DZ49TF U 20
AF RR3GV43TF U 29
AF RR3AI23TF U 19
BS 1 372 RR3CA64TF
BS 373 373 RR3DT11TF
BS 374 557 RR3CA64TF
BS 558 615 RR3DT11TF
BS 616 618 RR3AI23TF
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BS 673 703 RR3DT11TF
BS 704 853 RR3AI23TF

RD RR3CA64TF 557 0 0
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GCACCTGATGAGAAAATTGAGAGTTTTGAACTCGACTATGACGGCAAGAGGGACAGATGG
AATGGGTACGATACTTCAACCTACCACCGTGTGATAGACCTTTATGAAGCAAAAGAGGAT
GCACGGAAGAAGTATCT

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3DT11TF 708 0 0
GGGTTGCCTGAGATAGGAGTCGAAAGATAAACACATTCGATAACCATGGCGACGGCTTCA
GTTGCTTTCAAGTCTAGGGAAGACCATAGGAAGCAAATCGAGCTAGAGGAGGCTCGTAAA
GCTGGGCTTGCACCAGCTGAGGTAGATGAGGATGGAAAGGAAATCAATCCTCACATTCCC
CAGTACATGTCCTCTGCTCCATGGTATCTCAACTCTGAGAAGCCGAGTCTGAAGCATCAA
AGGAAATGGAAGAGTGATCCCAATTACACTAAGTCATGGTATGACAGAGGTGCAAAGATC
TACCAAGCTGAAAAGTACCGCAAGGGAGCATGTCAAAACTGTGGTGCAATGACGCATACT
GCGAAGGCGTGTATGGATAGACCTCGCAAGATTGGATCGAAATACACGAACAAGAACATT
GCACCTGATGAGAAAATTGAGAGTTTTGAACTCGACTATGACGGCAAGAGGGACAGATGG
AATGGGTACGATACTTCAACCTACCACCGTGTGATAGACCTTTATGAAGCAAAAGAGGAT
GCACGGAAGAAGTATCTCAAGGAGCAGCAGATTAAGAAACTAGAGGACAAGAACAATAAC
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GATGAAGCTAA*GTTGATGAGAGCAG*CAGATGGACTTTGCAA
GTTGA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3DZ49TF 645 0 0
GGGAAAGATAAAC
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CTCTGAGAAGCCGAGTCTGAAGCATCAAAGGAAATGGAAGAGTGATCCCAATTACACTAA
GTCATGGTATGACAGAGGTGCAAAGATCTACCAAGCTGAAAAGTACCGCAAGGGAGCATG
TCAAAACTGTGGTGCAATGACGCATACTGCGAAGGCGTGTATGGATAGACCTCGCAAGAT
TGGAGCGAAGTACACGAACAAGAACATTGCACCTGATGAGAAAATTGAGAGTTTTGAACT
CGACTATGACGGCAAGAGGGACAGATGGAATGGGTACGATACTTCAACCTACCACCGTGT
GATAGACCTTTATGAAGCAAAAGAGGATGCACGGAAGAAGTATCTCAAGGAGCAGCAGAT
TAAGAAACTAGAGGACAAGAACAATAACCAGGAAGGTAATGAT***GCAACCAGTGATGG
GGACGAAGAAGAAGATGACTTGAGGGTCGATG

QA 14 645 14 645
DS 

RD RR3GV43TF 715 0 0
GGAA
ACATTCGATAACCATGGCGACGGCTTCAGTTGCTTTCAAGTCTAGGGAAGACCATAGGAA
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TGGAAAGGAAATCAATCCTCACATTCCCCAGTATATGTCCTCTGCTCCATGGTATCTCAA
CTCTGAGAAGCCGAGTCTGAAGCATCAAAGGAAATGGAAGAGTGATCCCAATTACACTAA
GTCATGGTACGACAGAGGTGCAAAGATCTACCAAGCTGAAAAGTACCGCAAGGGAGCATG
TCAAAACTGTGGTGCGATGACGCATACTGCGAAGGCGTGTATGGATAGACCTCGCAAGAT
TGGAGCAAAGTACACGAACAAGAACATTGCACCTGATGAGAAAATCGAGAGTTTTGAACT
CGACTATGACGGCAAGAGGGACAGATGGAATGGGTACGATACTTCAACCTACCACCGTGT
GATAGACCTTTATGAAGCAAAAGAGGATGCACGGAAGAAGTATCTCAAGGAGCAGCAGAT
TAAGAAACTAGAGGACAAGAACAATAACCAGGAAGGTAATGATGCTGCAACCAGTGATGG
GGACGAAGAAGAAGATGACTTGAGGGTTGATGAAGCTAAAGTTGATGAGAGCAG*CAGAT
GGACTTTGCAAAG*TTGAGAAACGTGTGCGAACAACTGG*TGGTGGTAGTA

QA 5 715 5 715
DS 

RD RR3AI23TF 835 0 0
GGGTCGAAAGATAA
ACATTCGAAAACCATGGCGACGGCTTCAGTTGCTTTCAAGTCTAGGGAAGACCATAGGAA
GCAAATCGAGTTAGAGGAGGCTCGTAAAGCCGGGCTTGCACCAGCTGAGGTAGATGAGGA
TGGAAAGGAAATCAATCCTCACATTCCCCAGTACATGTCCTCTGCTCCATGGTATCTCAA
CTCTGAGAAGCCGAGTCTGAAGCATCAAAGGAAATGGAAGAGTGATCCCAATTACACTAA
GTCATGGTATGACAGAGGTGCAAAGATCTACCAAGCTGAAAAGTACCGCAAGGGAGCATG
TCAAAACTGTGGTGCGATGACGCATACTGCGAAGGCGTGTATGGATAGACCTCGCAAGAT
TGGAGCAAAGTACACGAACAAGAACATTGCACCTGATGAAAAAATCGAGAGTTTTGAACT
CGACTATGACGGCAAGAGG*ACAGATGGAATGGGTACGATACTTCAACCTACCACCGTGT
GATAGACCTTTATGAAGCAAAAGAGGATGCACGGAAGAAGTATCTCAAGGAGCAGCAGAT
TAAGAAACTAGATGACAAGAACAATAACCAGGAAGGTAATGATGCTGCAACCAGTGATGG
GGACGAAGAAGAAGATGACTTGAGGGTTGATGAAGCTAATGTTGATGAGAGCAGGCAGAT
GGACTTTGCAAAGGTTGAGAAACGTGTGCGAACAACTGGGTGGTGGTAGTACAGGAACTG
TAAGAAATCTGCGTATCAGAGAAGACACAGCAAAATACCTGTTGAACCTTGATATCAATT
CGGCTCATTATGACCCTAAAACGCGATCCATGCGTGAAGAC

QA 15 835 15 835
DS 



AS 2 5

CO CL1703Contig1 911 3 7 U
AGAAATCAGTTGTAGGATCAGTGAACCCAACCCAACCAAGAACTTGCCTCTTTAACATGA
AATTACAAGGAACAATTAATGTTAATATTGGACAATGGATTAAATATACTGAACATGTAT
AGAAACAAGCATCATGTCAGACGGTATTGTGGGATGAAAATTCCCTGAGAAGTAACTCAA
CCTCTTCAACAACACCAAGCTTCTTAAACCACCGAGCCAACACAGCAGAAGCTTCTTTAC
CGACCATGATCGAGTCTTTCTCGAGCTCAACTAAGAACCCTAACGCTTCATTCAGCTTTT
CTTCCATTTCATAAGCAGACAACACAAGAGCCACACACTTGTCAGTAGCTTTGATTCCGG
CTTTTCTCATATTCTCAAAAGCCAAACGAGCATTCTGGCTCTGACCCGAGACACTGTAAG
CGTTGATGAGCAGTCCACATAGCTTCGCATCAGGAGTGATCCCGGCGATTTGAAGAGCAT
CAAAAACACGCTTGGATCCTTGGGAATCTCCAGACATAGAGTAGGATCTCAACAAGGCCT
TGTAAACCTCTCTCCCGGCACAGATATCTAGGGAGTCCATTTCTCGGAGCAAAGCCTCTC
CTTTCTCCGGAGTGCCAGCTCTAATGTAGGCCATTATCATGGAACCGTAGGAACGATAGT
CGAGTGGTTCCCCAAGCAATTTGACATCGTTGAAAGTGTCTTCAGCCAAGCGGTGATAGC
CTGACTTGCTGTACGACTGAAGCATGGCAGTTAAAGTGACTTGATCAATGAGAAAGCCAC
GGTTTTTCATAGCAACAAGAGTATTCTCAGCGTCTTGAATTTGGTTAAGCTTGCCATAGT
AATGGATGATCTTGGTATAATCACGGGGGTTGGCTTCAAAGATCTTCGAGCGGCGCATAT
TCAGCCCCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DG02JQ U 1
AF RR3CF90JQ U 34
AF RR3EV32JQ U 58
BS 1 474 RR3DG02JQ
BS 475 475 RR3CF90JQ
BS 476 605 RR3DG02JQ
BS 606 607 RR3CF90JQ
BS 608 608 RR3EV32JQ
BS 609 751 RR3CF90JQ
BS 752 911 RR3EV32JQ

RD RR3DG02JQ 605 0 0
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AATTACAAGGAACAATTAATGTTAATATTGGACAATGGATTAAATATACTGAACATGTAT
AGAAACAAGCATCATGTCAGACGGTATTGTGGGATGAAAATTCCCTGAGAAGTAACTCAA
CCTCTTCAACAACACCAAGCTTCTTAAACCACCGAGCCAACACAGCAGAAGCTTCTTTAC
CGACCATGATCGAGTCTTTCTCGAGCTCAACTAAGAACCCTAACGCTTCATTCAGCTTTT
CTTCCATTTCATAAGCAGACAACACAAGAGCCACACACTTGTCAGTAGCTTTGATTCCGG
CTTTTCTCATATTCTCAAAAGCCAAACGAGCATTCTGGCTCTGACCCGAGACACTGTAAG
CGTTGATGAGCAGTCCACATAGCTTCGCATCAGGAGTGATCCCGGCGATTTGAAAAGCAT
CAAAAACACGCTTGGATCCTTGGGAATCTCCAGACATAGAGTAGGATCTCAACAAGGCCT
TGTAAACCTCTCTCCCGGCACAGATATCTAGGGAGTCCATTTCTCGGAGCAAAGCCTCTC
CTTTC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3CF90JQ 718 0 0
G
ACCAAGAACTTGCCTCTTTAACATGAAATTACAAGGAACAATTAATGTTAATATTGGACA
ATGGATTAAATATACTGAACATGTATAGAAACAAGCATCATGCCAGACGGTATTGTGGGA
TGAAAATTCCCTGAGAAGTAACTCAACCTCTTCAACAACACCAAGCTTCTTAAACCACCG
AGCCAACACAGCAGAAGCTTCTTTACCGACCATGATCGAGTCTTTCTCGAGCTCAACTAA
GAACCCTAACGCTTCATTCAGCTTTTCTTCCATTTCATAAGCAGACAACACAAGAGCCAC
ACACTTGTCAGTAGCTTTGATTCCGGCTTTTCTCATATTCTCAAAAGCCAAACGAGCATT
CTGGCTCTGACCCGAGACACTGTAAGCGTTGATGAGCAGTCCACATAGCT**GCATCAGG
AGTGATACCCGCGATTTGAAGAGCATCAAAAACACGCTTGGATCCTTGGGAATCTCCAGA
CATAGAGTAGGATCTCAACAAGGCCTTGTAAACCTCTCTCCCGGCACAGATATCTAGGGA
GTCCATTTTTCGGAGCAAAGCCTCTCCTTTCTCGGGAGTGCCAGCTCTAATGTAGGCCAT
TATCATGGAACCGTAGGAACGATAGTCGAGTGGTTCCCCAAGCAATTTGACATCGTTGAA
AGTGTCTTCAGCCAAGCGGTGATAGCCTGACTTGCTGTACGACTGAAGCATGGCAGT

QA 2 718 2 718
DS 

RD RR3EV32JQ 854 0 0
TGAAATTACAAGGAACAATTAATGTTAATATTGGACAATGGATTAAATATACTGAACATG
TATAGAAACAAGCATCATGTCAGACGGTATTGTGGGATGAAAATTCCCTGAGAAGTAACT
CAACCTCTTCAACAACACCAAGCTTCTTAAACCACCGAGCCAACACAGCAGAAGCTTCTT
TACCGACCATGATCGAGTCTTTCTCGAGCTCAACTAAGAACCCTAACGCTTCATTCAGCT
TTTCTTCCATTTCATAAGCAGACAACACAAGAGCCACACACTTGTCAGTAGCTTTGATTC
CGGCTTTTCTCATATTCTCAAAAGCCAAACGAGCATTCTGGCTCTGACCCGAGACACTGT
AAGCGTTGATGAGCAGTCCACATAGCTTCGCATCAGGAGTGATCCCGGCGATTTGAAGAG
CATCAAAAACACGCTTGGATCCTTGGGAATCTCCAGACATAGAGTAGGATCTCAACAAGG
CCTTGTAAACCTCTCTCCCGGCACAGATATCTAGGGAGTCCATTTCTCGGAGCAAAGCCT
CTCCTTTCTCCGGAGTGCCAGCTCTAATGTAGGCCATTATCATTGAACCGTAGGAACGAT
AGTCGAGTGGTTCCCCAAGCAATTTGACATCGTTGAAAGTGTCTTCGGCCAAGCGGTGAT
AGCCTGCCTTGCTGTACGACTGAAGCATGGCAGTTAAAGTGACTTGATCAATGAGAAAGC
CACGGTTTTTCATAGCAACAAGAGTATTCTCAGCGTCTTGAATTTGGTTAAGCTTGCCAT
AGTAATGGATGATCTTGGTATAATCACGGGGGTTGGCTTCAAAGATCTTCGAGCGGCGCA
TATTCAGCCCCTTG

QA 1 854 1 854
DS 



CO CL1703Contig2 787 2 6 U
GGACCTTCAGTGCCACAATTTCAATGATCCTTTGGCTCTGAGAGAGAGAGAGTGGGTCTA
ATGATGGGATTTTATAGCAGTAATGCAGTGTTGAACTCCGCCTTCTCCCCATGTGTTAGT
AGTGGAAGCTTCTACTTTAGTACAAGAAGAAGAAGAACCCCATTCTTCTTTGTACAAGAA
TCTCCTCTTCGTTTTTGTCGCAAATGCACTACTACGATGGTGGTTGTAGACAAGGAAGAA
AAGGGCCCCAATTGGGTTGATCTGAATCATCTGAATCATCATCATATTACAGAAGAACAA
GAGGAGGCAATTAGTCAGATTCCTGTTAACATGTCTAAACGATGTCAAGCGCTTATGAAG
CAGATAATAATTTGCTTGGAGGATAGCTTTTGCTGCGATGATATGTTAGCTGCTTGGGTC
AGGAGGATGAAACCCATTCGAGCTGACTGGCTTTCCCTTCTTAAACACCTCAACACTCTT
GACTCTCCCTTTTATATCAAGGTGGCTGAATATGCGCCGCTCGAAGATTCTTTTGAAGCC
AACCCCCGTGATTATACCAAGATCATCCATTACTATGGCAAGCTTAACCAAATTCAAGAC
GCTGAGAATACTCTTGTTGCTATGAAAAACCGTGGCTTTCTCATTGATCAAGTCACCTTA
ACTGCCATGCTTCAGTCGTACAGCAAGGCAGTTATCACCGCTTGGCCGAAGACACTTTCA
ACGATGTCAAATTGCTTGGGGACCACTCGACTATCGTTCCTACGTTCATGATAATGGCCT
ACATAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV32TF U 1
AF RR3DG02TF U 40
BS 1 154 RR3EV32TF
BS 155 157 RR3DG02TF
BS 158 194 RR3EV32TF
BS 195 196 RR3DG02TF
BS 197 548 RR3EV32TF
BS 549 787 RR3DG02TF

RD RR3EV32TF 548 0 0
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ATGATGGGATTTTATAGCAGTAATGCAGTGTTGAACTCCGCCTTCTCCCCATGTGTTAGT
AGTGGAAGCTTCTACTTTAGTACAAGAAGAAGAA***CCCCATTCTTCTTTGTACAAGAA
TCTCCTCTTCGTTT**GTCGCAAATGCACTACTACGATGGTGGTTGTAGACAAGGAAGAA
AAGGGCCCCAATTGGGTTGATCTGAATCATCTGAATCATCATCATATTACAGAAGAACAA
GAGGAGGCAATTAGTCAGATTCCTGTTAACATGTCTAAACGATGTCAAGCGCTTATGAAG
CAGATAATAATTTGCTTGGAGGATAGCTTTTGCTGCGATGATATGTTAGCTGCTTGGGTC
AGGAGGATGAAACCCATTCGAGCTGACTGGCTTTCCCTTCTTAAACACCTCAACACTCTT
GACTCTCCCTTTTATATCAAGGTGGCTGAATATGCGCCGCTCGAAGATTCTTTTGAAGCC
AACCCCCG

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3DG02TF 748 0 0
GG
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CTTCTCCCCATGTGTTAGTAGTGGAAGCTTCTACTTTAGTACAAGAAGAAGAAGAACCCC
ATTCTTCTTTGTACAATAATCTCCTCTTCGTTTTTGTCGCAAATGCACTACTACGATGGT
GGTTGTAGACAAGGAAGAAAAGGGCCCCAATTGGGTTGATCTGAATCATCTGAATCATCA
TCATATTACAGAAGAACAAGAGGAGGCAATTAGTCAGATTCCTGTTAACATGTCTAAACG
ATGTCAAGCGCTTATGAAGCAGATAATAATTTGCTTGGAGGATAGCTTTTGCTGCGATGA
TATGTTAGCTGCTTGGGTCAGGAGGATGAAACCCATTCGAGCTGACTGGCTTTCCCTTCT
TAAACACCTCAACACTCTTGACTCTCCCTTTTATATCAAGGTGGCTGAATATGCGCTGCT
CGAAGATTCTTTTGGAGCCAACCCCCGTGATTATACCAAGATCATCCATTACTATGGCAA
GCTTAACCAAATTCAAGACGCTGAGAATACTCTTGTTGCTATGAAAAACCGTGGCTTTCT
CATTGATCAAGTCACCTTAACTGCCATGCTTCAGTCGTACAGCAAGGCAGTTATCACCGC
TTGGCCGAAGACACTTTCAACGATGTCAAATTGCTTGGGGACCACTCGACTATCGTTCCT
ACGTTCATGATAATGGCCTACATAGA

QA 3 748 3 748
DS 



AS 1 3

CO CL1704Contig1 1036 3 5 U
ATTCAAGAATTTTCAGCATAATCTTATCTCATCTCTCTATAACACACAAAAAGTATCTAT
AGTTTCCTCAGGCGAGCCTCACTAAAAATGCCCATTACAAGAAGATCGAAGATAAAAAAG
AAGGCGATAGACCCAAAATGTTTGCCTCTTATAGTCCCTCCGATGGGGTGCGTAATTCTC
TTTCACGAGAAGCGCATCTACATATCGTTTTCTCTCTCTCTGGTTATGATCCGTTGATGT
AGTCAAGCAGAAGACGATCTAGCTCAAAATGTTGACACAGAAGTTTCTTGGTTACGGGTA
AAGCCGGTGCAGCGTCAACATAAAAGTCTGGGAAACGAGAAACTTCTACACCCTTTTCAA
ACAATATGTATGTGGGAAGCTGAGACATTCCACCGACGAGAGAGATTCCAAACTTTGATG
CAGCATTAGGGAAAAGTCCAAGATCGATGGTTCCAAAAGACAAAAGACTATTCGAGTACG
TGATGGAGAGCTCAGGAAAGCAGCGGCTTGAACGAACACACTTAGCTGAACTGCATGCAT
AGAATTCTACCAGTATTTAGTTGTGGACCCATCTGATAGCAAATCCTCCAACTGCATAGG
TGTTAGCTTCTTCGCAGTTCCTAACTTACTAAACGCTGGTTGTTGAGCTAATAGATACAC
CACTGAAAAAATGACACAGAACCAGATCGCAACTCGATAATCCATAACCAACGCAACCGC
AATGAGAAAGATCTTAGCATAGAGAAAGCTATCAGCAACAAAAGCCTCCCATGTTTCCTC
CCTAACCATCTTGATAGCTGAGAACATGAGGAAGGCTAGAAAGGCTTGGACTTCTCTGTC
GAAGAGACGATGAGAAGTGTACTGTGCGACGGAGGTGCGGATCGGAAGGTAGGAGAAGAA
GGCCATGAAGTGGAGGAAGTAGTATGGATCTGACACGATCTGGCTCGTTCTTTCCATTAC
TCCTTCACGCTTCTTCTCCATTTTTTTCTTTCCTGATCTCGAGTTCCAAAGGGAATCGTG
AAGATGTAAGAGTTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E222JQ U 1
AF RR3H658JQ U 1
AF RR3H658TF C 269
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BS 183 702 RR3H658JQ
BS 703 1036 RR3H658TF

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TT

QA 1 182 1 182
DS 

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AGTTTCCTCAGGCGAGCCTCACTAAAAATGCCCATTACAAGAAGATCGAAGATAAAAAAG
AATGCGATAGACCCAAAATGTTTGCCTCTTATAGTCCCTCCGATGGTGTGCGTAATTCTC
TTTCACGAGAAGCGCATCTACATATCGTTTTCTCTCTCTCTGGTTATGATCCGTTGATGT
AGTCAAGCAGAAGACGATCTAGCTCAAAATGTTGACACAGAAGTTTCTTGGTTACGGGTA
AAGCCGGTGCAGCGTCAACATAAAAGTCTGGGAAACGAGAAACTTCTACACCCTTTTCAA
ACAATATGTATGTGGGAAGCTGAGACATTCCACCGACGAGAGAGATTCCAAACTTTGATG
CAGCATTAGGGAAAAGTCCAAGATCGATGGTTCCAAAAGACAAAAGACTATTCGAGTACG
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AGAATTCTACCAGTATTTAGTTGTGGACCCATCTGATAGCAAATCCTCCAACTGCATAGG
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CACTGAAAAAATGACACAGAACCAGATCGCAACTCGATAATC

QA 1 702 1 702
DS 

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TGGGAAACGAGAAACTTCTACACCCTTTTCAAACAATATGTATGTGGGAAGCTGAGACAT
TCCACCGACGAGAGAGATTCCAAACTTTGATGCAGCATTAGGGAAAAGTCCAAGATCGAT
GGTTCCAAAAGACAAAAGACTATTCGAGTACGTGATGGAGAGCTCAGGAAAGCAGCGGCT
TGAACGAACACACTTAGCTGAACTGCATGCATAGAATTCTACCAGTATTTAGTTGTGGAC
CCATCTGATAGCAAATCCTCCAACTGCATAGGTGTTAGCTTCTTCGCAGTTCCTAACTTA
CTAAACGCTGGTTGTTGAGCTAATAGATACACCACTGAAAAAATGACACAGAACCAGATC
GCAACTCGATAATCCATAACCAACGCAACCGCAATGAGAAAGATCTTAGCATAGAGAAAG
CTATCAGCAACAAAAGCCTCCCATGTTTCCTCCCTAACCATCTTGATAGCTGAGAACATG
AGGAAGGCTAGAAAGGCTTGGACTTCTCTGTCGAAGAGACGATGAGAAGTGTACTGTGCG
ACGGAGGTGCGGATCGGAAGGTAGGAGAAGAAGGCCATGAAGTGGAGGAAGTAGTATGGA
TCTGACACGATCTGGCTCGTTCTTTCCATTACTCCTTCACGCTTCTTCTCCATTTTTTTC
TTTCCTGATCTCGAGTTCCAAAGGGAATCGTGAAGATGTAAGAGTTCC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 5

CO CL1705Contig1 1011 5 28 U
AAACGCAAATGCATACATGTTTTCCATCATCATATTGACAAGACACAATACTTGCTAACA
AACACAAGACAAAGCTTAGACAAATCAAAGAGAACATGAATTATCCATGAGTGAGAGAGA
TAGAGGAAAGAAGGAGACAATGACAATCACAAATCTCTCCCTCGCTCACTCTTAATCCCC
ACATTAAAAAAAA***GAGTTTACAAGTCAAACAAAAAA*CAAAACAAAAACAAACAAAA
ACAATTTTAAGTTTTTATTGAACAAAAGAAGGCAAAGGCACGCACATGGCTAAGTGTGTT
GTCCACCACAGAGTTATGAGTGAATATGAGTACTAAAAAGCCTGCCTTCTTTTACATTTT
TGTCCTCCTTCGAGTTTTGGGCCAGACAGAGATGATGATGATTCAGATCATGTTGTTGTC
GTCGCTCCAGAGATGTCTCTGCTGGATCTATTGTATTTCATGTGACTCCTCACAAGTTGT
CCAGCTGCTATTGCTGACATAAGTGATAACTCTCCTGCCAAAACTGCTCCTGCCACTATC
GTCGCTAGCCTCCTCGAGTTCATCCCCGGCGACTCCTTGCTCGCTCCTTTAACTCCGAGC
AAGTTCAAACACGCTGATTGTGACGCAAGCTGTGTTCCTCCTCCCACTGTCCCCACCTCA
ATAGATGGCATAGTGACCGAGATATGGATATCTTTCCCACCATTAATGGCTTCCATCATT
GTGATACACTGAGAGCTCTCAACGTTTTGAGCTGGATCTTGACCAGTTGCTAAGAAAACA
GCAGAGACAATGTTGCTGGCGTGAGCGTTGAATCCACCTAGAGAGCCTGCAATAGCAGAG
CCCGTAAGGTTCTTGAGCATATTGAGAGTCTTGCGACGATCGTCGTCATCGGAACGGTTA
TCGAGGAACCGGTTTGAGTTAACCGGCGGTTTAGGAGGCCTCCGTCGGATATCCATAATG
AATGAATATCTGAAGCTAGAGAGGGGGTGATGAGGTGGCGTGATAAGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E809JQ U 1
AF RR3FS44JQ U 38
AF RR3D655TF C 136
AF RR3D655JQ U 54
AF RR3FS44TF C 358
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RD RR3E809JQ 624 0 0
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ACATTAAAAAAAAAGAGAGTTTACAAGCCAAACAAAAAA*CAAAACAAAAACAAACAAAA
ACAATTTTAAGTTTTTATTGAACAAAAGAAGGCAAAGGCACGCACATGGCTAAGTGTGTT
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TGTCCTCCTTCGAGTTTTGGGCCAGACAGAGATGATGATGATTCAGATCATGTTGTTGTC
GTCGCTCCAGAGACGTCTCTGCTGGATCTATTGTATTTCATGTGACTCCTCACAAGTCGT
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GTCGCTAGCCTCCTCGAGTTCATCCCCGGCGACTCCTTGCTCGCTCCTTTAACTCCGAGC
AAGTTCAAACACGCTGATTGTGAC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3FS44JQ 830 0 0
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AA*CAAAACAAAAACAAACAAAAACAATTTTAAGTTTTTATTGAACAAAAGAAGGCAAAG
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ATGATTCAGATCATGTTGTTGTCGTCGCTCCAGAGATGTCTCTGCTGGATCTATTGTATT
TCATGTGACTCCTCACAAGTTGTCCAGCTGCTATTGCTGACATAAGTGATAACTCTCCTG
CCAAAACTGCTCCTGCCACTATCGTCGCTAGCCTCCTCGAGTTCATCCCCGGCGACTCCT
TGCTCGCTCCTTTAACTCCGAGCAAGTTCAAACACGCTGATTGTGACGCAAGCTGTGTTC
CTCCTCCCACTGTCCCCACCTCAATAGATGGCATAGTGACCGAGATATGGATATCTTTCC
CACCATTAATGGCTTCCATCATTGTGATACACTGAGAGCTCTCCACGTTTTGAGCTGGAT
CTTGACCAGTTGTTAAGAACACAGCAGAGACAATGTTGCTGGCGTGAGCGTTGA*TCCAC
CTAGAGAGC*TGCA*TAGCAGAGCCCGTAAG
TCTGAGCATATTGAGAGTC

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3D655TF 729 0 0
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*GAGTTTACAAGTCAAACAAAAAA*CAAAACAAAAACAAACAAAAACAATTTTAAGTTTT
*ATTGAACAAAAGAAGGCAAAGGCACGCACATGGCTAAGTGTGTTGTCCACCACAGAGTT
ATGAGTGAATATGAGTACTAAAAAGCCTGCCTTCTTTTACATTTTTGTCCTCCTTCGAGT
TTTGGGCCAGACAGAGATGATGATGATTCAGATCATGTTGTTGTCGTCGCTCCAGAGATG
TCTCTGCTGGATCTATTGTATTTCATGTGACTCCTCACAAGTTGTCCAGCTGCTATTGCT
GACATAAGTGATAACTCTCCTGCCAAAACTGCTCCTGCCACTATCGTCGCTAGCCTCCTT
GAGTTCATCCCCGGCGACTCCTTGCTTGCTCCTTTAACTCCGAGCAAGTTTAAACACGCT
GATTGTGACGCAAGCTGTGTTCCTCCTCCCACTGTCCCCACCTCAATAGATGGCATAGTG
ACCGAGATATGGATATCTTTCCCGTCATTAATGGCTTCCATCATTGTGATACACTGAGAG
CTCTCAACGTTTTGAGCTGGATCTTGACCAGTTGCTAAGAAAACAGCAGAGACAATGTTG
CTGGCGTGAGCGTTGAATCCACCTAGAGAGCCTGCAATAGCAGAGCCCGTAAG
GTTCTTGAGCTTATTC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3D655JQ 810 0 0
GCTAACAAACACAAGACAAAGCTTAAACAAATCAAAGAGAACATGAATTATCCATGAGTG
AGAGAGATAGAGGAAAGAAGGAGACAATGACAATCACAAATCTCTCCCTCGCTCACTCTT
AATCCCCACATTAAAAAAAA***GAGTTTACAAGTCAAACAAAAAAACAAAACAAAAACA
AACAAAAACAATTTTAAGTTTTTATTGAACAAAAGAAGGCAAAGGCACGCACATGGCTAA
GTGTGTTGTCCACCACAGAGTTATGAGTGAATATGAGTACTAAAAAGCCTGCCTTCTTTT
ACATTTTTGTCCTCCTTCGAGTTTTGGGCCAGACAGAGATGATGATGATTCAGATCATGT
TGTTGTCGTCGCTCCAGAAATGTCTCTGCTGGATCTATTGTATTTCATGTGACTCCTCAC
AAGTTGTCCAGCTGCTATTGCTGACATAAGTGATAACTCTCCTGCCAAAACTGCTCCTGC
CACTATCGTCGCTAGCCTCCTTGAGTTCATCCCCGGCGACTCCTTGCTTGCTCCTTTAAC
TCCGAGCAAGTTTAAACACGCTGATTGTGACGCAAGCTGTGTTCCTCCTCCCACTGTCCC
CACCTCAATAGATGGCATAGTGACCGAGATATGGATATCTTTCCCGTCATTAATGGCTTC
CATCATTGTGATACACTGAGAGCTCTCAACGTTTTGAGCTGGATCTTGACCAGTTGCTAA
GAAAACAGCAGAGACAATGTTGCTGGCGTGAGCGTTGAATCCACCTAGAGAGCCTGCA*T
AGCAGAGCCCGTA
GGTTCTTGAGCTTATTC

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3FS44TF 654 0 0
TACATTTTGTCTCTCGAG
TTTGGGCCAGACAGAGATGATGATGATTCAGATCATGTTGT*GTCGTCGCTCCAGAGATG
TCTCTGCTGGATCTATTGTATTTCATGTGACTCCTCACAAGTTGTCCAGCTGCTATTGCT
GACATAAGTGATAACTCTCCTGCCAAAACTGCTCCTGCCACTATCGTCGCTAGCCTCCTC
GAGTTCATCCCCGGCGACTCCTTGCTCGCTCCTTTAACTCCGAGCAAGTTCAAACACGCT
GATTGTGACGCAAGCTGTGTTCCTCCTCCCACTGTCCCCACCTCAATAGATGGCATAGTG
ACCGAGATATGGATATCTTTCCCACCATTAATGGCTTCCATCATTGTGATACACTGAGAG
CTCTCCACGTTTTGAGCTGGATCTTGACCAGTTGTTAAGAACACAGCAGAGACAATGTTG
CTGGCGTGAGCGTTGAATCCACCTAGAGAGCCTGCAATAGCAGAGCCCGTAAGGTTCTTG
AGCATATTGAGAGTCTTGCGACGATCGTCGTCATCGGAACGGTTATCGAGGAACCGGTTT
GAGTTAACCGGCGGTTTAGGAGGCCTCCGTCGGATATCCATAATGAATGAATATCTGAAG
CTAGAGAGGGGGTGATGAGGTGGCGTGATAAGTGTC

QA 19 654 19 654
DS 



AS 1 4

CO CL1706Contig1 1271 4 10 U
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TGCATTGTTCCTGACAGAGAAGAGTACAGCAAAGAGGATTTCCCAGTTGATTATGAGAAT
GCTATGTTCTTTGTCATCAAGTCCTACAGTGAAGATGATGTGCACAAGAGCATCAAATAC
AATGTTTGGGCTAGCACACCAAATGGAAACAAGAAGCTTGCTGCAGCATACGAGGATGCT
CAGAAGAAGCCTGGCGGCTGTCCTATCTTTCTCTTTTTCTCGGTCAATGCAAGTGGACAA
TTTGTAGGGCTTGCTGAAATGACTGGACCAGTTGATTTCAATACGAATGTGGAGTACTGG
CAGCAAGACAAGTGGACTGGCTCATTCCCTCTCAAGTGGCATATTGTGAAGGATGTTCCA
AACAGTTTGCTGAAACATATTACCCTCGAGAACAACGAGAACAAGCCTGTCACCAACAGT
AGAGATACACAAGAGGTCAAGTTGGACCAAGGTTTGAAGATTGTGAAAATCTTCAAGGAG
CATACTAGCAAGACTTGCATTTTGGATGACTTCTCCTTCTACGAGGTTAGACAAAAGACG
ATCTTGGAGAAGAAAGCCAAGCAGCAGCAGACTCAGAAACAGGTAAGTGAGGAGAAGACT
GCAATCGATGAGAAAAAGGAATCCTCAAATGCTGATAAGGAATCTCAAACTACCGGTGAT
GCCAAGGTTGATGAGAATGGGTCAGTTGCTAAACCAGTTGGTGTGGTTGCAAATGGTTGC
TAGGTTAGTCCATGTAGCTCACGGCTTGAGCATAGAGGGAACAAGAGAGCAGAAGGTGAC
ATTCCCATTTACACTTTCTCTTGAGAACAAGAAGTGCCGTGAGCTTTGAAGCATGGAGGG
AAGGAGCTTTAGTACCTGAGATCCGTTTCTTTACCCTTTAGGAGTTCAAATCCATAGTTA
TTTTTTTCCATCTTTTCGTCTTCTCATTTTCCCCTCGTCTTCACAATTTTCAGTTTTTTT
TTTGGTTCCTTTTTCAATTTTCAGTTGATCCTCCCTACCCTGTAAAAATGCTTATAGGAC
CTAGAGAAAAGGACGCAACAGCAGGGTGGGATTTGTTTTCATTTCTCTTGGATTTTAGGC
TGTTTTTTTTGTTCTTCTGTTTCTTGTCTTTGGTTCAGATTTGACTCTGTTTTGAGTTTT
TTTATTTGTCCGAGACTTGGCCTTTGCCTCTTTTCACCTTTCTTGCTTTGGAAGTTAATT
GAATCATTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX07TF U 1
AF RR3B347TF U 484
AF RR3BY46JQ C 620
AF RR3BY46TF U 620
BS 1 671 RR3EX07TF
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BS 711 711 RR3BY46TF
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BS 814 1265 RR3BY46TF
BS 1266 1271 RR3BY46JQ

RD RR3EX07TF 673 0 0
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TGCATTGTTCCTGACAGAGAAGAGTACAGCAAAGAGGATTTCCCAGTTGATTATGAGAAT
GCTATGTTCTTTGTCATCAAGTCCTACAGTGAAGATGATGTGCACAAGAGCATCAAATAC
AATGTTTGGGCTAGCACACCAAATGGAAACAAGAAGCTTGCTGCAGCATACGAGGATGCT
CAGAAGAAGCCTGGCGGCTGTCCTATCTTTCTCTTTTTCTCGGTCAATGCAAGTGGACAA
TTTGTAGGGCTTGCTGAAATGACTGGACCAGTTGATTTCAATACGAATGTGGAGTACTGG
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AGAGATACACAAGAGGTCAAGTTGGACCAAGGTTTGAAGATTGTGAAAATCTTCAAGGAG
CATACTAGCAAGACTTGCATTTTGGATGACTTCTCCTTCTACGAGGTTAGACAAAAGACG
ATCTTGGAGAAGAAAGCCAAGCAGCAGCAGACTCAGAAACAGGTAAGTGAGGAGAAGACT
GCAATCGATGA
AA

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3B347TF 330 0 0
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ACTAGCAAGACTTGCATTTTGGATGACTTCTCCTTCTACGAGGTTAGGCAAAAGACGATC
TTGGAGAAGCAAGCCAAGCAGTAGCAGACTCAGAAACAGGTAAGTGAGGAGAAGACTGCA
ATCGATGAGAAAAAGGAATCCTCAAATGCTGATAAGGAATCTCAAACAACCGGTGATGCC
AAGGTTGATGAGAATGGGTCAGTTGCTAAACCAGTTGGTGCGGTGGCAAATGGTTGCTAG
GTTAGTCCATGTAGCTCACGGCTTGAGCAT

QA 1 330 1 330
DS 

RD RR3BY46JQ 652 0 0
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AATCCTCAAATGCTGATAAGGAATCTCAAACTACCGGTGATGCCAAGGTTGATGAGAATG
GGTCAGTTGCTAAACCAGTTGGTGTGGTTGCAAATGGTTGCTAGGTTAGTCCATGTAGCT
CACGGCTTGAGCATAGAGGGAACAAGAGAGCAGAAGGTGACATTCCCATTTACACTTTTT
CTTGAGAACAAGAAGTGCCGTGAGCTTTGAAGCATGGAGGGAAGGAGCTTTAGTACCTGA
GATCCGTTTCTTTACCCTTTAGGAGTTCAAATCCATAGTTATTTTTTTCCATCTTTTCGT
CTTCTCATTTTCCCCTCGTCTTCACAATTTTCAGTTTTTTTTTTGGTTCCTTTTTCAATT
TTCAGTTGATCCTCCCTACCCTGTAAAAATGCTTATAGGACCTAGAGAAAAGGACGCAAC
AGCAGGGTGGGATTTGTTTTCATTTCTCTTGGATTTTAGGCTGTTTTTTTTGTTCTTCTG
TTTCTTGTCTTTGGTTCAGATTTGACTCTGTTTTGAGTTTTTTTATTTGTCCGAGACTTG
GCCTTTGCCTCTTTTCACCTTTCTTGCTTTGGAAGTTAATTGAATCATTCTC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3BY46TF 646 0 0
AGCAGCAGCAGACTCAGAAACAGGTAAGTGAGGAGAAGACTGCAATCGATGAGAAAAAGG
AATCCTCAAATGCTGATAAGGAATCTCAAACTACCGGTGATGCCAAGGTTGATGAGAATG
GGTCAGTTGCTAAACCAGTTGGTGTGGTTGCAAATGGTTGCTAGGTTAGTCCATGTAGCT
CACGGCTTGAGCATAGAGGGAACAAGAGAGCAGAAGGTGACATTCCCATTTACACTTTCT
CTTGAGAACAAGAAGTGCCGTGAGCTTTGAAGCATGGAGGGAAGGAGCTTTAGTACCTGA
GATCCGTTTCTTTACCCTTTAGGAGTTCAAATCCATAGTTATTTTTTTCCATCTTTTCGT
CTTCTCATTTTCCCCTCGTCTTCACAATTTTCAGTTTTTTTTTTGGTTCCTTTTTCAATT
TTCAGTTGATCCTCCCTACCCTGTAAAAATGCTTATAGGACCTAGAGAAAAGGACGCAAC
AGCAGGGTGGGATTTGTTTTCATTTCTCTTGGATTTTAGGCTGTTTTTTTTGTTCTTCTG
TTTCTTGTCTTTGGTTCAGATTTGACTCTGTTTTGAGTTTTTTTATTTGTCCGAGACTTG
GCCTTTGCCTCTTTTCACCTTTCTTGCTTTGGAAGTTAATTGAATC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 2 5

CO CL1707Contig1 939 3 4 U
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TATCTCGCTTTTCACGGTTGGAACACAATCGTTTCCAAATGAGTTTAATGTATGATACAA
GAACCCACTATGAGTAACAACTGCAATTTCCTTTTCTTTCCTTGTACTCAACCAGTTCAT
GAATTTCACGCCTCTGGCTGCGAGATCTTTGTCCTCCTCTCTGAACTCAGGCTTCCACAA
GACATCTTCGTCAGTTTCTACCAATGAAAAATCAACTGCAGGGAATAAGTCGCGGTACTT
GGTGATACTGCTTCTTCTGTCACAAGGATGAACACCCTGAAACCAAACCAATAACATGGC
AAAAAGGTTTTCTATCAAGCAACTGCAATATGTGTGTGAAAAGTAAAAACATACCAAATG
TTCTCGGCAAGATTCAACTACAATGAATGGTGGACGATTTAAGCTTGATATAGCAGGACG
GTCGCTGCTTCCTGCACCAGTCGTCATAAGCGGAGGTGCGTCAACGCCATCTGTGTAACC
CTCCCCTCCAAAAGTTCCAACAGCAGTTTGCAAAGTCCTGAGCAGAGGCGACACAACAAC
CAACTCAATCCTGTTAGAGATCCCACTTGCCTTAACATGCTTGCGTAGGTTATCAACCTG
TTGCCATCCGAGAGGGGTAAGATGTGCGTCAAAGAGATCCTCAGATAAGTAAGCATCATG
ATTCTTCTCTCCTTCTACGTTATGAACCCCTTGAGCATGTCTTACCAGATGTATAGTTTC
GCAACGATGAAGTGGGTAAAGGCCTTGACTTGGTTTTGCCTCCATATCTTGAGAAGGAAT
AGAGTTGCAACAACGAGGAGAGAGAGTCCTAGGCGATGGAAGAGGAGAAACGGAGGAAAT
GGAAATGAAGTGGGGAAATGAAAGAGCTGAGTTCATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3H720JQ U 63
AF RR3BO31JQ U 1
AF RR3BO31TF C 156
BS 1 86 RR3BO31JQ
BS 87 87 RR3H720JQ
BS 88 536 RR3BO31JQ
BS 537 939 RR3BO31TF

RD RR3H720JQ 138 0 0
TCTCGCTTTTCACGGTTGGAACACAATCGTTTCCAAATGAGTTTAATGTATGATACAAGA
ACCCCCTATGAGTAACAACTGCAATTTCCTTTTCTTTCCTTGTACTCAACCAGTTCATGA
ATTTTACGCCTCTGGCTG

QA 1 138 1 138
DS 

RD RR3BO31JQ 536 0 0
GTTCATGCATTTATCCACAAGAACTACCGAACGAAGCTCACAGTTAGCGAAATGTGAAGA
TATCTCGCTTTTCACGGTTGGAACACGATCGTTTCCAAATGAGTTTAATGTATGATACAA
GAACCCACTATGAGTAACAACTGCAATTTCCTTTTCTTTCCTTGTACTCAACCAGTTCAT
GAATTTCACGCCTCTGGCTGCGAGATCTTTGTCCTCCTCTCTGAACTCAGGCTTCCACAA
GACATCTTCGTCAGTTTCTACCAATGAAAAATCAACTGCAGGGAATAAGTCGCGGTACTT
GGTGATACTGCTTCTTCTGTCACAAGGATGAACACCCTGAAACCAAACCAATAACATGGC
AAAAAGGTTTTCTATCAAGCAACTGCAATATGTGTGTGAAAAGTAAAAACATACCAAATG
TTCTCGGCAAGATTCAACTACAATGAATGGTGGACGATTTAAGCTTGATATAGCAGGACG
GTCGCTGCTTCCTGCACCAGTCGTCATAAGCGGAGGTGCGTCAACGCCATCTGTGT

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR3BO31TF 784 0 0
TTTTT
CTTGTACTCAACCAGTTCATGA*TTTCACGC*TCTGGCTGCGAGATCTTTGTCC*CCTCT
CTGATCTCAGGCTTCCACAAGACATCTTCGTCAGTTTCTACCAATGAAAAATCAACTGCA
GGGAATAAGTCGCGGTACTTGGTGATACTGCTTCTTCTGTCACAAGGATGAACACCCTGA
AACCAAACCAATAACATGGCAAAAAGGTTTTCTATCAAGCAACTGCAATATGTGTGTGAA
AAGTAAAAACATACCAAATGTTCTCGGCAAGATTCAACTACAATGAATGGTGGACGATTT
AAGCTTGATATAGCAGGACGGTCGCTGCTTCCTGCACCAGTCGTCATAAGCGGAGGTGCG
TCAACGCCATCTGTGTAACCCTCCCCTCCAAAAGTTCCAACAGCAGTTTGCAAAGTCCTG
AGCAGAGGCGACACAACAACCAACTCAATCCTGTTAGAGATCCCACTTGCCTTAACATGC
TTGCGTAGGTTATCAACCTGTTGCCATCCGAGAGGGGTAAGATGTGCGTCAAAGAGATCC
TCAGATAAGTAAGCATCATGATTCTTCTCTCCTTCTACGTTATGAACCCCTTGAGCATGT
CTTACCAGATGTATAGTTTCGCAACGATGAAGTGGGTAAAGGCCTTGACTTGGTTTTGCC
TCCATATCTTGAGAAGGAATAGAGTTGCAACAACGAGGAGAGAGAGTCCTAGGCGATGGA
AGAGGAGAAACGGAGGAAATGGAAATGAAGTGGGGAAATGAAAGAGCTGAGTTCATTCC

QA 6 784 6 784
DS 



CO CL1707Contig2 824 2 4 U
GGAACATACACAAATTTCAGATAATATTATTAAACTTCACCAATGAACTCAGCTCTTTCA
TTTCCCCACTTCATTTCCATTTCCTCCGTTTCTCCTCTTCCATCGCCTAGGACTCTCTCT
CCTCGTTGTTGCAACTCTATTCCTTCTCAAGATATGGAGGCAAAACCAAGTCAAGGCCTT
TACCCACTTCATCGTTGCAAAACTATACACCTGGTAAGACATGCTCAAGGGGTTCATAAC
GTAGAAGGAGAGAAGAATCATGATGCTTACTTATCTGAGGATCTCTTTGACGCACATCTT
ACCCCTCTCGGATGGCAACAGGTTGATAACCTACGCAAGCATGTTAAGGCAAGTGGGATC
TCTAACAGGATTGAGTTGGTTGTTGTGTCGCCTCTGCTCAGGACTTTGCAAACTGCTGTT
GGAACTTTTGGAGGGGAGGGTTACACAGATGGCGTTGACGCACCTCCGCTTATGACGACT
GGTGCAGGAAGCAGCGACCGTCCTGCTATATCAAGCTTAAATCGTCCACCATTCATTGCA
GTTGAATCTTGCCGAGAACATTTGGGTGTTCATCCTTGTGACAGAAGAAGCAGTATCACC
AAGTACCGCGACTTATTCCCTGCAGTTGATTTTTCATTGGTAGAAACTGACGAAGATGTC
TTGTGGAAGCCTGAGATCAGAGAGGAGGACAAAGATCTCGCAGCCAGAGGCGTGAAATTC
ATGAACTGGTTGAGTACAAGAAAGAAAAGGAATTGCAGTTGTACTCATAGTGGGTTCTTG
TATCATACATTAAACTCATTTGGAAACGATTGTGTTCCAACCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H720TF U 1
AF RR3DF71TF U 66
BS 1 554 RR3H720TF
BS 555 555 RR3DF71TF
BS 556 705 RR3H720TF
BS 706 824 RR3DF71TF

RD RR3H720TF 705 0 0
GGAACATACACAAATTTCAGATAATATTATTAAACTTCACCAATGAACTCAGCTCTTTCA
TTTCCCCACTTCATTTCCATTTCCTCCGTTTCTCCTCTTCCATCGCCTAGGACTCTCTCT
CCTCGTTGTTGCAACTCTATTCCTTCTCAAGATATGGAGGCAAAACCAAGTCAAGGCCTT
TACCCACTTCATCGTTGCAAAACTATACACCTGGTAAGACATGCTCAAGGGGTTCATAAC
GTAGAAGGAGAGAAGAATCATGATGCTTACTTATCTGAGGATCTCTTTGACGCACATCTT
ACCCCTCTCGGATGGCAACAGGTTGATAACCTACGCAAGCATGTTAAGGCAAGTGGGATC
TCTAACAGGATTGAGTTGGTTGTTGTGTCGCCTCTGCTCAGGACTTTGCAAACTGCTGTT
GGAACTTTTGGAGGGGAGGGTTACACAGATGGCGTTGACGCACCTCCGCTTATGACGACT
GGTGCAGGAAGCAGCGACCGTCCTGCTATATCAAGCTTAAATCGTCCACCATTCATTGCA
GTTGAATCTTGCCGGGAACATTTGGGTGTTCATCCTTGTGACAGAAGAAGCAGTATCACC
AAGTACCGCGACTTATTCCCTGCAGTTGATTTTTCATTGGTAGAAACTGACGAAGATGTC
TTGTGGAAGCCTGAGATCAGAGAGGAGGACAAAGATCTCGCAGCC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3DF71TF 759 0 0
GG
ACTTCATTTCCATTTCCTCCGTTTCTCCTCTTCCATCGCCTAGGACTCTCTCTCCTCGTT
GTTGCAACTCTATTCCTTCTCAAGATATGGAGGCAAAACCAAGTCAAGGCCTTTACCCAC
TTCATCGTTGCAAAACTATACATCTGGTAAGACATGCTCAAGGGGTTCATAACGTAGAAG
GAGAGAAGAATCATGATGCTTACTTATCTGAGGATCTCTTTGACGCACATCTTACCCCTC
TCGGATGGCAACAGGTTGATAACCTACGCAAGCATGTTAAGGCAAGTGGGATCTCTAACA
GGATTGAGTTGGTTGTTGTGTCGCCTCTGCTCAGGACTTTGCAAACTGCTGTTGGAACTT
TTGGAGGGGAGGGTTACACAGATGGCGTTGACGCACCTCCGCTTATGACGACTGGTGCAG
GAAGCAGCGACCGTCCTGCTATATCAAGCTTAAATCGTCCACCATTCATTGCAGTTGAAT
CTTGCCGAGAACATTTGGGTGTTCATCCTTGTGACAGAAGAAGCAGTATCACCAAGTACC
GCGACTTATTCCCTGCAGTTGATTTTTCATTGGTAGAAACTGACGAAGATGTCTTGTGGA
AGCCTGAGATCAGAGAGGAGGACAAAGATCTCGCAGCCAGAGGCGTGAAATTCATGAACT
GGTTGAGTACAAGAAAGAAAAGGAATTGCAGTTGTACTCATAGTGGGTTCTTGTATCATA
CATTAAACTCATTTGGAAACGATTGTGTTCCAACCGT

QA 3 759 3 759
DS 



AS 2 5

CO CL1708Contig1 602 3 2 U
GGGCTCAGCCTCTAATAACGAAAAAAAACAGTTTTGGTTTTAAAAAAAAAGGATCAGAAA
AGGAGTTTCATTGTTGGCTCCACAGTTCTTCCCATTGTAACTTGTCTTTGTTTTAAGCAG
ATTCTTTCATTCAACACCATGGGAGGCTGTGCGAGCAAACCTAAGGAGTCTGATATCCTT
GAAACCCCTGCCGTGACAGAAAACGTCGTCGTGGAGTCCAAGAATGTGGAATCCGAAGCC
GTTACTCAGGAGAAGGCAGATGAAGTTGTTGCAGAGAAGGAAGAGTCTGCTGTAGATGGA
GCAGAGACACAGAAGGAAGCTGAACCAGCCAAACCAGCTGAGGCTGAGGCTGAGGCAGCT
CCAGAGGCTGTGAAGACCGAAGCAACCGTCGAAGCTGTTGATGAGACTGAGCCACCAAAA
CAAGAGGAGGTTGCACCAGCCAGTGACACCAAAACCAACGAAGAGCCTCTTGTAACCCTT
TAATTTTCAAATATCATTTCGTTGTAATCAAAACTCTTATTATATTTGTATGTTTCTCAC
CGCTGTTGTTGTAATGCTATTGTTGTCACACATGCACCTTATGAAATGACCAACTTCTTG
GG


BQ
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10 10 

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CG

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TG

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GG

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BQ
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AF RR3G727JQ U 5
AF RR3G727TF C 1
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BS 479 647 RR3G727TF

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QA 1 474 1 474
DS 

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QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 4

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3GY03TF U 104
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C*TCCTCCTCCTCCAAAACTTGGCTGATCTCTCTC**ACAAAATCGCCGATCAACCATGA
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TCAGTGTGACCAAACCAGATGCTTCCGCTTCCATTATATTGGGAGACAAAGGAGACTCAA
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TTTACAGGAAGTTCTCGACTAATGAGAACACGATAACTGTTGGTGGGTC
AT

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DS 

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GGAAC
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TTCAGTATCTCCACTTACAGTGCCTCCGGCGTGGCCCTTACGTCTACTGCTCTCAAGAAA
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GTCAAAGTCGACACTGATTCTACTATTTTGACAACTGTCACTTTCACTGAGATCCTCCCT
TCGACCAAAGCCATCGTCTCCTTCAAAGTCCCTGGCAACAGTTCTGGCAAGCTCGAGGTC
CAGTACTTCCACGACCACGCCACGGTTACCGCTGCTGCAGCTTTGAAGCAGAACCCATTG
ATCGACATAACAGCCACTCTAGGTACACCTGTCATCTCATTTGGTGCTGAAGCTGGATAC
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GCTAA*TTCA*CAGCCGTGGCACACTCGGTGCT
CTTCT

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DS 

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GGGCC
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TGTTGACGAGAGACTACACCTCCGATCACAAATTCAGTATCTCCACTTACAGTGCCTCCG
GCGTGGCCCTTACGTCTACTGCTCTCAAGAAAGGAGGCGTGCATGCTGCTGATGTTGCCA
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TCCCTGACAACAGTTCTGACAAGCTTGAGGTCCAGTACTTCCACGACCACGCCACTGTTA
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CAGTTGGTGAGGTTTACAGGAAATTCTCGACTAATGAGAACACGATAACTGTTGGTGGGT
CGTACGCGATCGATCCCTTGACTTCAGTGAAAGCTAAATTCAACAGCCGTGGCACACTCG
GTGCTCTTCTTCAGCACGAGGTCTTGCC*AAATCGCTAGTGACTGTTTCCAGTGAGATCG
ACACTAGGGC
TTAGACAGCA

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DS 

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CA
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AACGCTGGAATCAGTGTGACCAAACCAGATGCTTCCGCTTCCATTATTTTGGGAGACAAA
GGAGACTCAATCAAAGCATCTTATCTTCATCACCTCGACGAGTCCAAGAGAAGTGCTGCA
GTTGGTGAGGTTTACAGGAAATTCTCGACTAATGAGAACACGATAACTGTTGGTGGGTCG
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GCTCTTCTTCAGCACGAGGTCTTGCCCAAATCGCTAGTGACTGTTTCCAGTGAGATCGAC
ACTAGGGCCTTAGACAAGCATCCAAGGTTTGGTCTTTCACTTGCTCTCAAACCTTGAGAG
AACACACACACGCAACACATGAGATGAGTCTCCGTACCATTCTTCTATTGTCTCTCATTT
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AGCGGAATTGACGGTTAATTCTTTTACGAATATGGTTCTTCTTATTGACATTTTCAAAAA
GTAATTTTCTTGGTATGTTACCCC

QA 3 626 3 626
DS 



AS 1 5

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TACCGGAAGTTGGCAATACGCGGTGGTGAAGGAGGAAGTGAATGGGACGATGATGTATAC
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GATGCTCAAGGTGGTACAGAGGGACGTGTTTGGAATGATGGCTCTTTCGACGCCGTTAAA
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CTTGATTTCCCGGATGAATACATCAAATCGGTGGCTGCAACCTATGATAAGCCAAACCTT
TTTCAAAATACCGTCATCACGTCGCTTACCATCCAAACATCAAAAGGGAGAACATCATCC
TTTGGGTATACAAAGGGAAATAAGTTTGTTCTTGAGCAAAAGGATTGTCGCCTTGTCGGA
TTCCATGGACAACAAGGTGACGCTATTGATGCTCTAGGAGCATATTTTGCACCTTTTATA
CCAGCCAAGAAACTACCGTCGGTAGGCGGCAACGGAGGAGTTGCATGGGATGATGGTGTT
TACGACGGTGTAAGAAAGATATACGTAGGACAAGGTAACAACGGTGTATCCTTTGTCAAG
TTTGAGTACACTAAGGGAACAGACTTGGTACCTGGAGATGAACATGGCAAAGAGACGGTA
CTTGGAGCTGAAGAGTTTGTCCTTGAGGATGGTGAGTATCTCACGGCCTTGGTAGGATAC
TACGATAAGATCTTTGGAGTGGATGAACCAGCTATTATCTCACTTCAGTTCAAGACGAAC
AAAAGGGAGTCAACTCCGTTTGGAATGGATGCGGGTGAGAAGTTCACTCTCGGGGAGAAT
GGCCACAAGATCGTCGGGTTCCACGGGAAAGCTAGTGATGTAATCCACAGCGTTGGAGTC
ACTATCGTGCCCATCACCGAGTGAAATAAGCCTTCTACTATCTTAATAAACCAGCCAGTC
ATGTCGGTTGAGGAATAAAACTTTCAATAAGGCATGTGTGTGTGTGTTCTTTGTATTTCG
CTCAATGTGATTTTATCCATATAAGCTCCTTTTCTCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E628TF U 1
AF RR3D661TF U 557
AF RR3D036TF U 738
AF RR3E628JQ C 801
AF RR3D036JQ C 977
BS 1 661 RR3E628TF
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BS 663 693 RR3E628TF
BS 694 813 RR3D661TF
BS 814 814 RR3D036TF
BS 815 880 RR3D661TF
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BS 1121 1121 RR3D036TF
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BS 1424 1518 RR3E628JQ
BS 1519 1537 RR3D036JQ

RD RR3E628TF 693 0 0
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TACCGGAAGTTGGCAATACGCGGTGGTGAAGGAGGAAGTGAATGGGACGATGATGTATAC
AAAGGTGTAAGAAAAGTCTACGTAGGGCAAGATCTCACACGTATTACTTACATCAAATTT
GACTACGTGAAGGTTGATGGCCAACTAGTAACACGTGAACATGGGACAAAAGATCAAAAC
CCTAAAGAGTTTGTTGTAGCTCAACACCCTGATGAATACATCATAGCGGTGGAGGGAAGC
TACAACAAAGTGGGTCTCATTGGCACAGAAGTGATCACATCTCTCGTCTTCAAGACTTCA
AAGGGTAGAAAGTCTCCAACGTTTGGTCCAAACTTGCTCGGACTTGTGAATGGTACAAAG
TTCGAGTTTGAGGATCACGGAAAGAAAGTCGTAGGGTTTCATGGGCGTGCGGGTGATGCC
CTCGACGCCATTGGAGTTTACTTTGTAATTCCTCCTCTCACACCTTTATTGTACAAGCTG
GATGCTCAAGGTGGTACAGAGGGACGTGTTTGGAATGATGGCTCTTTCGACGCCGTTAAA
AGGCTGAGCATTGGTCAAGATGATCATCGTATCACTTATTTAGAGTTCGAGTATGCCAAA
G*TGGCAAGTCAGAGAAACTTCACCATGGAGTG

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3D661TF 688 0 0
G
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AGATGATCATCGTATCACTTATTTAGAGTTCGAGTATGCCAAAGGTGGCAAGTCAGAGAA
ACTTCACCATGGAGTGAAAGGAGGAACAACAAACGAGTTTGTGCTTGATTTCCCGGATGA
ATACATCAAATCGGTGGCTGCAACCTATGATAAGCCAAACCTTTTTCAAAATACCGTCAT
CACGTCGCTTACCATCTAAACATCAAAAGGGAGAACATCATCCTTTGGGTATACAAAGGG
AAATAAGTTTGTTCTTGAGCAAAGGGATTGTCGCCTTGTCGGATTCCATGGACAACAAGG
TGACGCTATTGATGCTCTAGGAGCATATTTTGCACCTTTTATACCAGCCAAGAAACTACC
GTCGGTAGGCGGCAACGGAGGAGTTGCATGGGATGATGGTGTTTACGACGGTGTAAGAAA
GATATACGTAGGACAAGGTAACAACGGTGTATCCTTTGTCAAGTTTGAGTACACTAAGGG
AACAGACTTGGTACCTGGAGATGGACATGGCAAAGAGACGGTACTTGGAGCTGAAGAGTT
TGTCCTTGAGGATGGTGAGTATCTCACGGCCTTGGTAGGATACTACGATAAGATCTTTGG
AGTGGATGAACCAGCTATTATCTCACT

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DS 

RD RR3D036TF 686 0 0
G
TACATCAAATCGGTGGCTGCAACCTATGATAAGCCAAACCTTTTTCAAAATACCGTCATC
ACGTCGCTTACCATCCAAACATCAAAAGGGAGAACATCATCCTTTGGGTATACAAAGGGA
AATAAGTTTGTTCTTGAGCAAAAGGATTGTCGCCTTGTCGGATTCCATGGACAACAAGGT
GACGCTATTGATGCTCTAGGAGCATATTTTGCACCTTTTATACCAGCCAAGAAACTACCG
TCGGTAGGCGGCAACGGAGGAGTTGCATGGGATGATGGTGTTTACGACGGTGTAAGAAAG
ATATACGTAGGACAAGGTAACAACGGTGTATCCTTTGTCAAGTTTGAGTACACTAAGGGA
ACTGACTTGGTACCTGGAGATGAACATGGCAAAGAGACGGTACTTGGAGCTGAAGAGTTT
GTCCTTGAGGATGGTGAGTATCTCACGGCCTTGGTAGGATACTACGATAAGATCTTTGGA
GTGGATGAACCAGCTATTATCTCACTTCAGTTCAAGACGAACAAAAGGGAGTCAACTCCG
TTTGGAATGGATGCGGGTGAGAAGTTCACTCTCGGGGAGAATGGCCACAAGATCGTCGGG
TTCCACGGGAAAGCTAGTGATGTAATCCACAGCGTTGGAGTCACTATCGTGCCCATCACC
GAGTGAAATAAGCCTTCTACTATCT

QA 2 686 2 686
DS 

RD RR3E628JQ 718 0 0
GTCGCTTACCATCCAAACATCAAAAGGGAGAACATCATCCTTTGGGTATACAAAGGGAAA
TAAGTTTGTTCTTGAGCAAAAGGATTGTCGCCTTGTCGGATTCCATGGACAACAAGGTGA
CGCTATTGATGCTCTAGGAGCATATTTTGCACCTTTTATACCAGCCAAGAAACTACCGTC
GGTAGGCGGCAACGGAGGAGTTGCATGGGGTGATGGTGTTTACGACGGTGTAAGAAAGAT
ATACGTAGGACAAGGTAACAACGGTGTATCCTTTGTCAAGTTTGAGTACACTAAGGGAAC
AGACTTGGTACCTGGAGATGAACATGGCAAAGAGACGGTACTTGGAGCTGAAGAGTTTGT
CCTTGAGGATGGTGAGTATCTCACGGCCTTGGTAGGATACTACGATAAGATCTTTGGAGT
GGATGAACCAGCTATTATCTCACTTCAGTTCAAGACGAACAAAAGGGAGTCAACTCCGTT
TGGAATGGATGCGGGTGAGAAGTTCACTCTCGGGGAGAATGGCCACAAGATCGTCGGGTT
CCACGGGAAAGCTAGTGATGTAATCCACAGCGTTGGAGTCACTATCGTGCCCATCACCGA
GTGAAATAAGCCTTCTACTATCTTAATAAACCAGCCAGTCATGTCGGTTGAGGAATAAAA
CTTTCAATAAGGCATGTGTGTGTGTGTTCTTTGTATTTCGCTCAATGTGATTTTATCC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3D036JQ 561 0 0
CGTCGGTAGGCGGCAACGGAGGAGTTGCATGGGATGATGGTGTTTACGACGGTGTAAGAA
AGATATACGTAGGACAAGGTAACAACGGTGTATCCTTTGTCAAGTTTGAGTACACTAAGG
GAACTGACTTGGTACCTGGAGATGAACATGGCAAAGAGACGGTACTTGGAGCTGAAGAGT
TTGTCCTTGAGGATGGTGAGTATCTCACGGCCTTGGTAGGATACTACGATAAGATCTTTG
GAGTGGATGAACCAGCTATTATCTCACTTCAGTTCAAGACGAACAAAAGGGAGTCAACTC
CGTTTGGAATGGATGCGGGTGAGAAGTTCACTCTCGGGGAGAATGGCCACAAGATCGTCG
GGTTCCACGGGAAAGCTAGTGATGTAATCCACAGCGTTGGAGTCACTATCGTGCCCATCA
CCGAGTGAAATAAGCCTTCTACTATCTTAATAAACCAGCCAGTCATGTCGGTTGAGGAAT
AAAACTTTCAATAAGGCATGTGTGTGTGTGTTCTTTGTATTTCGCTCAATGTGATTTTAT
CCATATAAGCTCCTTTTCTCC

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 3

CO CL1711Contig1 1079 3 4 U
GGAACCTCACCTTCCATTTTCTGCAACTTCTCCAAATCTCATACTTTCCAGAAAATCATT
TTCCCAAGAGAAATAAAACTTTCCTCTTTGTTCATCTCTCCCCCCCAACAGGAGCAGCAA
ACATGGCGTACCAGATGGAGGTAGGAGGAGATTCCTCTCCACAGAGGAAAGCTGGGAGAG
GGAAGATCGAAATCAAACGGATCGAGAACACAACAAATCGTCAAGTTACTTTCTGCAAAC
GCAGAAATGGTTTGCTCAAGAAAGCTTACGAACTCTCTGTTCTTTGCGATGCTGAAGTCG
CACTCATCGTCTTCTCTAGCCGTGGCCGTCTCTATGAGTACTCAAACAACAGTGTAAAAG
GGACAATTGAGAGGTACAAGAAAGCAATATCGGATAATACTAACACCGGATCCGTGGCAG
AAATTAATGCACAGTATTATCAACAAGAATCTGCCAAATTGCGTCAACAAATTATCAGCA
TACAAAACTCGAACAGGCAATTGATGGGTGAGACTATTGGATCAATGTCTCCCAAAGAAC
TTAGGAACTTGGAAGGCAGATTAGACAGAAGTGTTAATCGAATCCGATCCAAGAAGAATG
AACTCTTATTCGCCGAAATTGACTACATGCAGAAGAGATCTGTGCAGGAAGTTGATTTGC
ATAACGATAACCAGCTTCTTCGTGCTAAGATAGCTGAAAATGAGAGGAACAATCCAAGTA
TGAGTCTGATGCCAGGAGGATCTAACTACGAGCAGATTATGCCACCGCCTCAAACGCAGC
CTCAACCGTTTGACTCACGGAACTATTTCCAAGTGGCGGCACTGCAACCTAACAATCATC
ATTACTCATCCGCAGGTCGCGAAGACCAAACCGCTCTTCAGTTAGTATAATATTGGCTGA
AACATGAAGGAGCAAGGACTGAATAAAAACCAGGATTGGGTTTAAGGAATGAGCAATATA
AAGCTGATGCATTGTTATATAAATATTTATATATTTATTTCACGAATGTTCTGTGGATGA
TTTCTACATTTTATTTAAATTGCTTATGTTGATGTGAAATTAATATCTTAAAAGACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD13TF U 1
AF RR3C158TF U 302
AF RR3EF80JQ C 360
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BS 543 543 RR3C158TF
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RD RR3GD13TF 702 0 0
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ACATGGCGTACCAGATGGAGGTAGGAGGAGATTCCTCTCCACAGAGGAAAGCTGGGAGAG
GGAAGATCGAAATCAAACGGATCGAGAACACAACAAATCGTCAAGTTACTTTCTGCAAAC
GCAGAAATGGTTTGCTCAAGAAAGCTTACGAACTCTCTGTTCTTTGCGATGCTGAAGTCG
CACTCATCGTCTTCTCTAGCCGTGGCCGTCTCTATGAGTACTCAAACAACAGTGTAAAAG
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AAATTAATGCACAGTATTATCAACAAGAATCTGCCAAATTGCGTCAACAAATTATCAGCA
TACAAAACTCGAACAGGCAATTGATGGGTGAGACTATTGGATCAATGTCTCCCAAAGAAC
TTGGGAACTTGGAAGGCAGATTAGACAGAAGTGTTAATCGAATCCGATCCAAGAAGAATG
AACTCTTATTCGCCGAAATTGACTACATGCAGAAGAGATCTGTGCAGGAAGTTGATTTGC
ATAACGATAACCAGCTTCTTCGTGCTAAGATAGCTGAAA
ATG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3C158TF 778 0 0
G
CTCATCGTCTTCTCTAGCCGTGGCCGTCTCTATGAGTACTCAAACAACAGTGTAAAAGGG
ACAATTGAGAGGTACAAGAAAGCAATATCGGATAATACTAACACCGGATCCGTGGCAGAA
ATTAATGCACAGTATTATCAACAAGAATCTGCCAAATTGCGTCAACAAATTATCAGCATA
CAAAACTCGAACAGGCAATTGATGG*TGAGACTATTGGATCAATGTCTCCCAAAGAACTT
AGGAACTTGGAAGGCAGATTAGACAGAAGTGTTAATCGAATCCGATCCAAGAAGAATGAA
CTCTTATTCGCCGAAATTGACTACATGCAGAAGAGA*********GAAGTTGATTTGCAT
AACGATAACCAGCTTCTTCGTGCTAAGATAGCTGAAAATGAGAGGAACAATCCAAGTATG
AGTCTGATGCCAGGAGGATCTAACTACGAGCAGATTATGCCACCGCCTCAAACGCAGCCT
CAACCGTTTGACTCACGGAACTATTTCCAAGTGGCGGCACTGCAACCTAACAATCATCAT
TACTCATCCGCAGGTCGCGAAGACCAAACCGCTCTTCAGTTAGTATAATATTGGCTGAAA
CATGAAGGAGCAAGGACTGAATAAAAACCAGGATTGGGTTTAAGGAATGAGCAATATAAA
GCTGATGCATTGTTATATAAATATTTATATATTTATTTCACGAATGTTCTGTGGATGATT
TCTACATTTTATTTAAATTGCTTATGTTGATGTGAAATTAATATCTTAAAAGACATG

QA 2 778 2 778
DS 

RD RR3EF80JQ 697 0 0
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ATACAAAACTCGAACAGGCAATTGATGGGTGAGACTATTGGATCAATGTCTCCCAAAGAA
CTTAGGAACTTGGAAGGCAGATTAGACAGAAGTGTTAATCGAATCCGATCCAAGAAGAAT
GAACTCTTATTCGCCGAAATTGACTACATGCAGAAGAGATCTGTGCAGGAAGTTGATTTG
CATAACGATAACCAGCTTCTTCGTGCTAAGATAGCTGAAAATGAGAGGAACAATCCAAGT
ATGAGTCTGATGCCAGGAGGATCTAACTACGAGCAGATTATGCCACCGCCTCAAACGCAG
CCTCAACCGTTTGACTCACGGAACTATTTCCAAGTGGCGGCACTGCAACCTAACAATCAT
CATTACTCATCCGCAGGTCGCGAAGACCAAACCGCTCTTCAGTTAGTATAATATTGGCTG
AAACATGAAGGAGCAAGGACTGAATAAAAACCAGGATTGGGTTTAAGGAATGAGCAATAT
AAAGCTGATGCATTGTTATATAAATATTTATATATTTATTTCACGAATGTTCTGTGGATG
ATTTCTACATTTTATTTAAATTGCTTATGTTGATG
CG

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 5

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GGATAGTTGAAGTTATAGTTGTTTGGTTTTATCTCTCTCCCTCTCTTAGCTTCCTCGGTT
TCATCGTCAACTGCATTTCATCTGTCTCAACAATGGCGTCATTTTCTGTATCTTACGCCA
AGATCTGTGCTCCGAACCAGCGGTTCGGATCTTTTCCTGGAACCCGACGGCAGCCGCAAC
TCAATGGCGTATCCTTTCCCTCCGATGTATCTCAGAATCAATCTACAATCTGGAAGTTGC
GTGCGACAACCAATGAGGTTGTCTCTAACTCAACCCCAATGACAAACGGTAACGGGAAAG
TGAAGAGCAATGTTCCTGAACCTGCCGAACTCTCTGACTTTATGGCCAAAGTCTCTGGTC
TTCTTAAGCTTGTGGATTCAAGAGATATAGTGGAACTTGAACTGAAGCAACTCGACTGTG
AGATTGTTATTCGCAAGAAGGAAGCTTTACAGCAGCAGCAACCTGCACCAACAGCAGCTC
CAGTTTACCACTCCATGCCTCCTCCAGTGACAGGATATCCAATGCCTCCATCTCAACCAG
CTGCTCCTCCTGCTTCTCCTACTCCCTCCTCAGCCCCTAAAACAGCAAAACCAACAACCC
CACCTGCCTCTTCTCATCCTCCACTCAAGAGTCCTATGGCTGGTACTTTCTACAGATCTC
CTGGACCTGGTGAACCCCCTTTTGTCAAGGTTGGTGATAAGGTGCAGAAGGGTCAAGTTG
TTTGCATTATCGAAGCTATGAAACTAATGAATGAGATTGAGGCTGAGAAATCAGGAACCA
TCACTGAACTACTAGCTGAAGATGGAAAACCGGTTAGCGTCGACACGCCTCTGTTTACCA
TCGTGCCTTGAAGCGTCATTTTAGCTGGTTCAGAACATCTTCAAAGTCTTGGTTTAGCTA
ATTCTGACATGCTGAAAATCATTCAAGTGGTTGTTCCGGTCTGATTGTTTTTCCTAAACT
GTCATCTTTTGTGAGAATCACGTAACGTATTACTATGCGTGTCTTTTAGAATAATTTCGA
CAAAACTATTCAGTTTATTATGTGTTGCACTATCTCCCCTTGTTTTAGTAATTCAATAAA
TTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3DM06TF U 29
AF RR3B876TF U 1
AF RR3CQ36TF U 81
AF RR3DM06JQ C 327
AF RR3B876JQ C 321
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BS 821 1084 RR3B876JQ

RD RR3DM06TF 388 0 0
GG
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CTTTTCCTGGAACCCGACGGCAGCCGCAACTCAATGGCGTATCCTTTCCCTCCGATGTAT
CGCAGAATCAATCTACAATCTGGAAGTTGCGTGCGACAACCAATGAGGTTGTCTCTAACT
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TCTCTGACTTTATGGCCAAAGTCTCTGGTCTTCTTAAGCTTGTGGATTCAAGAGATATAG
TGGAACTTGAACTGAAGCAACTCGAC

QA 3 388 3 388
DS 

RD RR3B876TF 697 0 0
GGATAGTTGAAGTTATAGTTGTTTGGTTTTATCTCTCTCCCTCTCTTAGCTTCCTCGGTT
TCATCGTCAACTGCATTTCATCTGTCTCAACAATGGCGTCATTTTCTGTATCTTACGCCA
AGATCTGTGCTCCGAACCAGCGGTTCGGATCTTTTCCTGGAACCCGACGGCAGCCGCAAC
TCAATGGCGTATCCTTTCCCTCCGATGTATCTCAGAATCAATCTACAATCTGGAAGTTGC
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AGATTGTTATTCGCAAGAAGGAAGCTTTACAGCAGCAGCAACCTGCACCAACAGCAGCTC
CAGTTTACCACTCCATGCCTCCTCCAGTGACAGGATATCCAATGCCTCCATCTCAACCAG
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CACCTGCCTCTTCTCATCCTCCACTCAAGAGTCCTATGGCTGGTACTTTCTACAGATCTC
CTGGACCTGGTGAACCCCCTTTTGTCAAGGTTGGTGA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3CQ36TF 743 0 0
TG
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CTCTAACTCAACCCCAATGACAAACGGTAACGGGAAAGTGAAGAGCAATGTTCCTGAACC
TGCCGAACTCTCTGACTTTATGGCCAAAGTCTCTCGTCTTCTTAAGCTTGTGGATTCAAG
AGATATAGTGGAACTTGAACTGAAGCAACTCGACTGTGAGATTGTTATTCGCAAGAAGGA
AGCTTTACAGCAGCAGCAACCTGCACCAACAGCAGCTCCAGTTTACCACTCCATGCCTCC
TCCAGTGACAGGATATCCAATGCCTCCTTCTCAACCAGCTGCTCCTCCTGCTTCTCCTAC
TCCCTCCTCAGCCCCTGAAACAGCAAAACCAGCAACCCCACCTGCCTCTTCTCATCCTCC
ACTCAAGAGTCCTATGGCTGGTACTTTCTACAGATCTCCTGGACCTGGTGAACCCCCTTT
TGTCAAGGTTGGTGATAAGGTGCAGAAGGGTCAAGTTGTTTGTATTATCGAAGCTATGAA
ACTAATGAATGAGATTGAGGCTGAGAAATCAG*AACCATCACTGAACTACTAGCTGAAGA
TGGAAAACCGATTAGCGT
TGA

QA 3 740 3 740
DS 

RD RR3DM06JQ 752 0 0
GAACTCTCTGACTTTATGGCCAAAGTCTCTGGTCTTCTTAAGCTTGTGGATTCAAGAGAT
ATAGTGGAACTTGAACTGAAGCAACTCGACTGTGAGATTGTTATTCGCAAGAAGGAAGCT
TTACAGCAGCAGCAACCTGCACCAACAGCAGCTCCAGTTTACCACTCCATGCCTCCTCCA
GTGACAGGATATCCAATGCCTCCATCTCAACCAGCTGCTCCTCCTGCTTCTCCTACTCCC
TCCTCAGCCCCTAAAACAGCAAAACCAACAACCCCACCTGCCTCTTCTCATCCTCCACTC
AAGAGTCCTATGGCTGGTACTTTCTACAGATCTCCTGGACCTGGTGAACCCCCTTTTGTC
AAGGTTGGTGATAAGGTGCAGAAGGGTCAAGTTGTTTGCATTATCGAAGCTATGAAACTA
ATGAATGAGATTGAGGCTGAGAAATCAGGAACCATCACTGAACTACTAGCTGAAGATGGA
AAACCGGTTAGCGTCGACACGCCTCTGTTTACCATCGTGCCTTGAAGCGTCATTTTAGCT
GGTTCAGAACATCTTCAAAGTCTTGGTTTAGCTAATTCTGACATGCTGAAAATCATTCAA
GTGGTTGTTCCGGTCTGATTGTTTTTCCTAAACTGTCATCTTTTGTGAGAATCACGTAAC
GTATTACTATGCGTGTCTTTTAGAATAATTTCGACAAAACTATTCAGTTTATTATGTGTT
GCACTATCTCCCCTTGTTTTAGTAATTCAATA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3B876JQ 764 0 0
CCTGCCGAACTCTCTGACTTTATGGCCAAAGTCTCTGGTCTTCTTAAGCTTGTGGATTCA
AGAGATATAGTGGAACTTGAACTGAAGCAACTCGACTGTGAGATTGTTATTCGCAAGAAG
GAAGCTTTACAGCAGCAGCAACCTGCACCAACAGCAGCTCCAGTTTACCACTCCATGCCT
CCTCCAGTGACAGGATATCCAATGCCTCCATCTCAACCAGCTGCTCCTCCTGCTTCTCCT
ACTCCCTCCTCAGCCCCTAAAACAGCAAAACCAACAACCCCACCTGCCTCTTCTCATCCT
CCACTCAAGAGTCCTATGGCTGGTACTTTCTACAGATCTCCTGGACCTGGTGAACCCCCT
TTTGTCAAGGTTGGTGATAAGGTGCAGAAGGGTCAAGTTGTTTGCATTATCGAAGCTATG
AAACTAATGAATGAGATTGAGGCTGAGAAATCAGGAACCATCACTGAACTACTAGCTGAA
GATGGAAAACCGGTTAGCGTCGACACGCCTCTGTTTACCATCGTGCCTTGAAGCGTCATT
TTAGCTGGTTCAGAACATCTTCAAAGTCTTGGTTTAGCTAATTCTGACATGCTGAAAATC
ATTCAAGTGGTTGTTCCGGTCTGATTGTTTTTCCTAAACTGTCATCTTTTGTGAGAATCA
CGTAACGTATTACTATGCGTGTCTTTTAGAATAATTTCGACAAAACTATTCAGTTTATTA
TGTGTTGCACTATCTCCCCTTGTTTTAGTAATTCAATAAATTAA

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 5

CO CL1713Contig1 631 5 14 U
TTTTTTTGGTTTAAAAAAATGATGAAGAATCTCATATTTTTTGTATCAGTTACTGCTATG
TATGCTGGATTGAGTGAGGCGCTACCACCAACAAAAAATTGCAACATAGGCATGATAGAA
GTTCAAAACAAACTCGGTTCTAGTCAGAATCTGGGATATATGTGTGATAAGTATAAAGAA
GGTCGTACTTTTTCTATAAGAGGAACCTTAAAATTTAATGAAAAATATGTAAATCGTGAC
GGAGCGAACGTTCCAAAATGGAATTGTATTCTGCTTAAAGGACTTTATATTTATCCATTG
GTAGTAGAATTATCAGCTCCGACACCTCCATGTAAAAATGGATTGCGCTCATGGATTGCT
AAAAACGATGGAATTTATTTTGAGAGAAATGGAAAAAAACCTATGAAACTAGTTGGTCGA
TGGCAAAACAATGGTGGCGATTAACGTGATTTTTTTTCCTTCTGTTTTCCCTTAAAACTA
ATTAATGTTTATGAAACTTGAGTTTTTTTCTTCTTGTCATTTCAGCCAAGTTATCTTTCG
AGCTTGGTATTAGAAGCTATACATATACACCAGATTATTGTAATAAGATATGAGTCTCAT
GTATATTTATGTATACTATATTTGATTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR3GJ74TF U 1
AF RR3CP60TF U 1
AF RR3GJ74JQ C 1
AF RR3BA52TF U 8
AF RR3CP60JQ C 450
BS 1 120 RR3CP60TF
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BS 122 129 RR3CP60TF
BS 130 130 RR3GJ74TF
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BS 143 192 RR3CP60TF
BS 193 193 RR3GJ74TF
BS 194 257 RR3CP60TF
BS 258 258 RR3GJ74TF
BS 259 517 RR3CP60TF
BS 518 518 RR3BA52TF
BS 519 629 RR3CP60TF
BS 630 631 RR3CP60JQ

RD RR3GJ74TF 338 0 0
TTTTTTT
GGTTTAAAAAAATGATGAAGAATCTCATATTTTTTGTATCAGTTACTGCTATGTATGCTG
GATTGAGTGAGGCGCTACCACCAACAAAAAATTGCAACATAGGCATGATAGAAGTTCAAA
ACAAACTCGGTTCTAGTCAGAATCTGGGATATATGTGTGATAAGTATAAAGAAGGTCGTA
CTTTTTCTATAAGAGGAACCTTAAAATTTAATGAAAAATATGTAAATCGTGACGGAGCGA
ACGTTCCAAAATGGAATTGTATTCTGCTTAAAGGACTTTATATTTATCCATTGGTAGTAG
AATTATCAGCTCCGACACCTCCATGTAAAAA

QA 8 338 8 338
DS 

RD RR3CP60TF 630 0 0
TTTTTTTGGTTTAAAAAAATGATGAAGAATCTCATATTTTTTGTATCAGTTACTGCTATG
TATGCTGGATTGAGTGAGGCGCTACCACCAACAAAAAATTGCAACATAGGCATGATAGAA
TTTCAAAACGAACTCGGTTCTGGTCAGAATCTGGGATATATGTGTGATAAGTATAAAGAA
GGTCGTACTTTTCCTATAAGAGGAACCTTAAAATTTAATGAAAAATATGTAAATCGTGAC
GGAGCGAACGTTCCAAA*TGGAATTGTATTCTGCTTAAAGGACTTTATATTTATCCATTG
GTAGTAGAATTATCAGCTCCGACACCTCCATGTAAAAATGGATTGCGCTCATGGATTGCT
AAAAACGATGGAATTTATTTTGAGAGAAATGGAAAAAAACCTATGAAACTAGTTGGTCGA
TGGCAAAACAATGGTGGCGATTAACGTGATTTTTTTTCCTTCTGTTTTCCCTTAAAACTA
ATTAATGTTTATGAAACTTGAGTTTTTTTCTTCTTGTTATTTCAGCCAAGTTATCTTTCG
AGCTTGGTATTAGAAGCTATACATATACACCAGATTATTGTAATAAGATATGAGTCTCAT
GTATATTTATGTATACTATATTTGATTCT
T

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3GJ74JQ 631 0 0
TTTTTTT
GGTTTAAAAAAATGATGAAGAATCTCATATTTTTTGTATCAGTTACTGCTATGTATGCTG
GATTGAGTGAGGCGCTACCACCAACAAAAAATTGCAACATAGGCATGATAGAAGTTCAAA
ACAAACTCGGTTCTAGTCAGAATCTGGGATATATGTGTGATAAGTATAAAGAAGGTCGTA
CTTTTTCTATAAGAGGAACCTTAAAATTTAATGAAAAATATGTAAATCGTGACGGAGCGA
ACGTTCCAAAATGGAATTGTATTCTGCTTAAAGGACTTTATATTTATCCATTGGTAGTAG
AATTATCAGCTCCGACACCTCCATGTAAAAATGGATTGCGCCCATGGATTGCTAAAA*CG
ATGGAATTTATTTTGAGAGAAATGGAAAAAAACCTATGAAACTAGTTGGTCGATGGCAAA
ACAATGGTGGCGATTAACGTGATTTTTTTTCCTTCTGTTTTCCCTTAAAACTAATTAATG
TTTATGAAACTTGAGTTTTTTTCTTCTTGTCATTTCAGCCAAGTTATCTTTCGAGCTTGG
TATTAGAAGCTATACATATACACCAGATTATTGTAATAAGATATGAGTCTCATGTATATT
TATGTATACTATATTTGATTCT
TT

QA 8 629 8 629
DS 

RD RR3BA52TF 622 0 0
GGTTTAAAAAAATGATGAAGAATCTCATGTTTTTTGTATCAGTTACTGCTATGTATGCTG
GATTGAGTGAGGCGCTACCACCAACAAAAAATTGCAACATAGGCATGATAGAAGTTCAAA
ACAAACTCGGTTCTGGTCAGAATCTGGGATATATGTGTGATAAGTATAAAGAAGGTCGTA
CTTTTCCTATAAGAGGAACCTTAAAATTTAATGAAAAATATGTAAATCGTGACGGAGCGA
ACGTTCCAAAATGGAATTGTATTCTGCTTAAAGGACTTTATATTTATCCATTGGTAGTAG
AATTATCAGCTCCGACACCTCCATGTAAAAATGGATTGCGCTCATGGATTGCTAAAAACG
ATGGAATTTATTTTGAGAGAAATGGAAAAAAACCTATGAAACTAGTTGGTCGATGGCAAA
ACAATGGTGGCGATTAACGTGATTTTTTTTCCTTCTGTTTTCCCTTAAAACTAATTAATG
TTTATGAAACTTGAGTTTTTTTCTTCTTGTCATTTCAGCCAAGTTATCTTTCGAGCTTGG
TATTAGAAGCTATACATATGCACCAGATTATTGTAATAAGATATGAGTCTCATGTATATT
TATGTATACTATATTTGATTCT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3CP60JQ 182 0 0
TTTTTTTTCCTTCTGTTTTCCCTTAAAACTAATTAATGTTTATGAAACTTGAGTTTTTTT
TTTCTTGTTATTTCAGCCAAGTTATTTTTCGAGCTTGGTATTAGAAGCTATACATATACC
CCAGATTATTGTAATAAGATATGAGTCTCATGTATATTTATGTATACTATATTTGATTCT
TT

QA 1 182 1 182
DS 



AS 1 4

CO CL1714Contig1 1133 4 24 U
GATGCAGACCGTAACATGATCCTTGGTAAAAGGTTCTTTGTAACTCCTTCTGATTCAGTT
GCCATAATTGCTGCAAATGCCATTGAAGCCATACCGTACTTCAGCTCTGGTTTGAAAGGT
GTTGCAAGGAGCATGCCGACCTCAGCTGCTCTAGATGTCGTTGCAAAAAGCTTGAATTTG
AAGTTCTTTGAGGTTCCAACGGGCTGGAAGTTTTTTGGTAATCTGATGGATGCCGGGATG
TGTTCCGTCTGTGGGGAAGAAAGTTTTGGAACTGGCTCCGATCATATCCGTGAGAAAGAT
GGGATATGGGCAGTTCTTGCGTGGATGTCCATACTAGCTCACAAGAACAAGGATAGCATT
GACGGTGACACTAAACTGGTGACGGTTGAAGACATTGTCCGCCAGCACTGGGCTACCTAT
GGCCGTCACTACTACACTCGTTACGACTACGAGAATGTGGACGCAGGTAAAGCTAAGGAG
CTGATGGAGCATTTGGTCAAATTGCAATCTTCAATTCCTGAAGTCAACAAGATTGTGAAA
GGAATCCGCTCGGACGTGGCGAATGTATCCAGTGCCGATGAGTTCGAGTACAAAGATCCA
GTTGATGGTTCCGTCTCAAAGCACCAGGGAATCCGTTACCTGTTTGAGGATGGATCACGA
CTTGTTTTCCGTCTGTCTGGAACTGGCTCGGAAGGAGCAACCATCAGACTCTACATTGAA
CAGTACGAGAA*GGATGCTTCTAAGATAGGACGAGAGTCCCAGGAAGCTCTGTCTCCTCT
GGTTGACATAGCTCTGAAGCTGTCCAAGATGGAGGAGTTCACGGGCCGATCAGCCCCCAC
CGTCATAACTTAAGAAGGCAACGAACCCAAATCATACACTTCTGTCTTGCGTCTAATGGG
ATACACTCTCTGTTCTCTCACTATATGAAATAATAATGTCTCTTGATAACTTCATATTTT
CTTTTCGGAATCTTGAACAATCATGCTTGCCGAGTTCCTGAATTATCGTGAAGAGCTTTA
TACTTGTATGGATTTTGTCTTTCTCGGTTTTGTTCTCTCTTGTTTTACATCTATTACTAC
ATGATATAAGATTTTGTTATACACAAACGTTATTGCAAGTTTAGTCTATTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 5 5 
5 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BJ81TF U 1
AF RR3FG91TF U 149
AF RR3G458JQ C 250
AF RR3BJ81JQ C 344
BS 1 170 RR3BJ81TF
BS 171 171 RR3FG91TF
BS 172 731 RR3BJ81TF
BS 732 732 RR3FG91TF
BS 733 808 RR3BJ81TF
BS 809 857 RR3FG91TF
BS 858 860 RR3G458JQ
BS 861 864 RR3FG91TF
BS 865 865 RR3G458JQ
BS 866 885 RR3FG91TF
BS 886 886 RR3G458JQ
BS 887 896 RR3FG91TF
BS 897 897 RR3G458JQ
BS 898 899 RR3FG91TF
BS 900 902 RR3G458JQ
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BS 904 904 RR3G458JQ
BS 905 907 RR3FG91TF
BS 908 908 RR3G458JQ
BS 909 913 RR3FG91TF
BS 914 914 RR3G458JQ
BS 915 927 RR3FG91TF
BS 928 1027 RR3G458JQ
BS 1028 1133 RR3BJ81JQ

RD RR3BJ81TF 808 0 0
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GCCATAATTGCTGCAAATGCCATTGAAGCCATACCGTACTTCAGCTCTGGTTTGAAAGGT
GTTGCAAGGAGCATGCCGACCTCAGCTGCTCTAGATGTCGTTGCAAAAAGTTTGAATTTG
AAGTTCTTTGAGGTTCCAACGGGCTGGAAGTTTTTTGGTAATCTGATGGATGCCGGGATG
TGTTCCGTCTGTGGGGAAGAAAGTTTTGGAACTGGCTCCGATCATATCCGTGAGAAAGAT
GGGATATGGGCAGTTCTTGCGTGGATGTCCATACTAGCTCACAAGAACAAGGATAGCATT
GACGGTGACACTAAACTGGTGACGGTTGAAGACATTGTCCGCCAGCACTGGGCTACCTAT
GGCCGTCACTACTACACTCGTTACGACTACGAGAATGTGGACGCAGGTAAAGCTAAGGAG
CTGATGGAGCATTTGGTCAAATTGCAATCTTCAATTCCTGAAGTCAACAAGATTGTGAAA
GGAATCCGCTCGGACGTGGCGAATGTATCCAGTGCCGATGAGTTCGAGTACAAAGATCCA
GTTGATGGTTCCGTCTCAAAGCACCAGGGAATCCGTTACCTGTTTGAGGATGGATCACGA
CTTGTTTTCCGTCTGTCTGGAACTGGCTCGGAAGGAGCAACCATCAGACTCTACATTGAA
CAGTACGAGAAAGGATGCTTCTAAGATAGGACGAGAGTCCCAGGAAGCTCTGTCTCCTCT
GGTTGACATAGCTCTGAAGCTGTCCAAG

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3FG91TF 779 0 0
AGGG
AGATGTCGTTGCAAAAAGCTT*AATTTGAAGTTCTTTGAGGTTCCAACGGGCTGGAAGTT
TTTTGGTAATCTGATGGATGCCGGGATGTGTTCCGTCTGTGGGGAAGAAAGTTTTGGAAC
TGGCTCCGATCATATCCGTGAGAAAGATGGGATATGGGCAGTTCTTGCTTGGATGTCCAT
ACTGGCTCACAAGAACAAGGATAGCATTGACGGTGACACTAAACTGGTGACGGTTGAAGA
CATTGTCCGCCAGCACTGGGCTACCTATGGCCGTCACTACTACACTCGTTACGACTACGA
GAATGTGGACGCAGGTAAAGCTAAGGATCTGATGGAGCATTTGGTCAAATTGCAATCTTC
AATTCCTGAAGTCAACAAGATTGTGAAAGGAATTCGCTCGGACGTGGCGAATGTCTCCAG
TGCGGATGAGTTCGAGTACAAAGATCCAGTTGATGGTTCCATCTCGAAGCACCAGGGAAT
CCGTTACTTGTTTGAGGATGGATCACGACTTGTTTTCCGTCTGTCTGGAACGGGCTCGGA
AGGAGCAACCATCAGACTGTACATTGAACAGTACGAGAA*GGATGCTTCTAAAATAGGAC
GAGAGTCCCAGGAAGCTCTGTCTCCTCTGGTTGACATAGCTCTGAAGCTGTCCAAGATGG
AGGAGTTCACGGGCCGATCAGCCCCCACCGTCATAACTTAAGAAG**CACGATCCCAAAT
CATACACTTCTGT*TTGCGTCTAA*GGATAATACTTTCTGT*CTCTCACTATATG

QA 5 779 5 779
DS 

RD RR3G458JQ 778 0 0
TGTGGGGAAGAAAGTTTTGGAACTGGCTCCGATCATATCCGTGAGAAAGATGGGATATGG
GCAGTTCTTGCGTGGATGTCCATACTAGCTCACAAGAACAAGGATAGCATTGACGGTGAC
ACTAAACTGGTGACGGTTGAAGACATTGTCCGCCAGCACTGGGCTACCTATGGCCGTCAC
TACTACACTCGTTACGACTACGAGAATGTGGACGCAGGTAAAGCTAAGGAGCTGATGGAG
CATTTGGTCAAATTGCAATCTTCAATTCCTGAAGTCAACAAGATTGTGAAAGGAATCCGC
TCGGACGTGGCGAATGTATCCAGTGCCGATGAGTTCGAGTACAAAGATCCAGTTGATGGT
TCCGTCTCAAAGCACCAGGGAATCCGTTACCTGTTTGAGGATGGATCACGACTTGTTTTC
CGTCTGTCTGGAACTGGCTCGGAAGGAGCAACCATCAGACTCTACATTGAACAGTACGAG
AA*GGATGCTTCTAAGATAGGACGAGAGTCCCAGGAAGCTCTGTCTCCTCTGGTTGACAT
AGCTCTGAAGCTGTCCAAGATGGAGGAGTTCACGGGCCGATCAGCCCCCACCGTCATAAC
TTAAGAAGGCAACGAACCCAAATCATACACTTCTGTCTTGCGTCTAATGGGATACACTCT
CTGTTCTCTCACTATATGAAATAATAATGTCTCTTGATAACTTCATATTTTCTTTTCGGA
ATCTTGAACAATCATGCTTGCCGAGTTCCTGAATTATCGTGAAGAGCTTTATACTTGT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3BJ81JQ 790 0 0
AGAACAAGGATAGCATTGACGGTGACACTAAACTGGTGACGGTTGAAGACATTGTCCGCC
AGCACTGGGCTACCTATGGCCGTCACTACTACACTCGTTACGACTACGAGAATGTGGACG
CAGGTAAAGCTAAGGAGCTGATGGAGCATTTGGTCAAATTGCAATCTTCAATTCCTGAAG
TCAACAAGATTGTGAAAGGAATCCGCTCGGACGTGGCGAATGTATCCAGTGCCGATGAGT
TCGAGTACAAAGATCCAGTTGATGGTTCCGTCTCAAAGCACCAGGGAATCCGTTACCTGT
TTGAGGATGGATCACGACTTGTTTTCCGTCTGTCTGGAACTGGCTCGGAAGGAGCAACCA
TCAGACTCTACATTGAACAGTACGAGAA*GGATGCTTCTAAGATAGGACGAGAGTCCCAG
GAAGCTCTGTCTCCTCTGGTTGACATAGCTCTGAAGCTGTCCAAGATGGAGGAGTTCACG
GGCCGATCAGCCCCCACCGTCATAACTTAAGAAGGCAACGAACCCAAATCATACACTTCT
GTCTTGCGTCTAATGGGATACACTCTCTGTTCTCTCACTATATGAAATAATAATGTCTCT
TGATAACTTCATATTTTCTTTTCGGAATCTTGAACAATCATGCTTGCCGAGTTCCTGAAT
TATCGTGAAGAGCTTTATACTTGTATGGATTTTGTCTTTCTCGGTTTTGTTCTCTCTTGT
TTTACATCTATTACTACATGATATAAGATTTTGTTATACACAAACGTTATTGCAAGTTTA
GTCTATTTAC

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 4

CO CL1715Contig1 940 4 8 U
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GAACTTATTCGGCGAACAACAATGGCCACTCAAGCTGCCTCATTCACTGGCAACTTAAAG
AAAGCTGTGGCGGGTATAAAGCGTATCAATCTCGACGGTCTTCGTTGGCGAGTTTTTGAT
GTCAAAGGCCAGGTACTGGGTAGACTAGCATCTCAGATATCAACAGTGCTTCAAGCCAAA
GATAAGCCTACTTATTGTCCCAACCGCGACGATGGCGATATTTGCATTGTTCTCAATGCT
AAGGATATCGGCATCACTGGTAGAAAGCTCACTGACAAGTTCTACCGCTGGCACACCGGA
TATGTTGGACACCTGAAAGAACGGAGTCTGAAAGATCAGATGGCCAAAGACCCCACTGAG
GTCATCCGCAAGGCTGTCTGGCGCATGCTTCCTAGTAACAATTTGCGTGATGACAGAGAT
CGGAAGTTGAGGATATTTGAAGGCAATGAACATCCTTTTGGGGACAAGCCACTCGAACCA
TTCGTGATGCCGCCTCGTACAGTGAGAGAGATGCGACCCCGCGCTAGGCGAGCAATGATC
CGTGCCCAGAAGAAGGCTGAGCAGGCAGAAAATGGTGGAGGAGAGGTTAAGAAAGGCAAG
AAGAGGACTCCTCCTTCTCAAAGTGCAACTGCGTAGAAGAAAAGCTTCACAGATGTGACT
CAGTCTTATTAAGCAACGATCATAATGCAGTCGTGGTGTAAGTTCTTTTTGGTTGTTGAG
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TCGTTTCTGGTTTAACTGTTAAGCTCTGTGTTCTTCTGCTGCCAGCCTAGATAAGTGAAT
ACTTTTTGAGGAATGTTAGTAGAATTAAGCATTTATGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3EG12TF U 38
AF RR3EG12JQ C 173
AF RR3A993JQ C 183
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QA 1 703 1 703
DS 

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QA 14 730 14 730
DS 

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QA 1 658 1 658
DS 

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TGCCCAGAAGAAGGCTGAGCAGGCAGAAAATGGTGGAGGAGAGGTTAAGAAAGGCAAGAA
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QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 5

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AGATATCGTTGTCTGTAACGCCGCTGCTAATCCATCTACGGACCCGATCTTGTCCACCAA
AGAAGCTGTCCTCGACAAGCTTTGGGAAATCAATGTCAAATCCTCTATACTTCTCCTTCA
GGATATGGCTCCTCACTTAGAGAAGGGTTCTTCTGTTATCTTCATTACTTCCATCGCTGG
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AACCAAGGCTCTTGCTGCTGAGATGGGTCCGGACACACGTGTCAACGCGGTTGCTCCCGG
TTTTGTGCCCACACACTTTGCTTCTTTCATCACCGGAAACTCCCAAGTGAGGGAGAGCAT
CGAAGAGAAGACTCTGCTTAACAGGTTGGGAACAACAGGAGACATGGCTGCTGCTGCGGC
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AATGCCCTCAAGGCTCTAAACCAAGTAATAGTGTGCAAGAATAACCTAATTATAATGAAA
GTCATTTTATTTTCAGTTTTCACGAAATAAGATTTTAAGAAAAACAAAAGAAGTTATAAT
AATATATCATAAAACCCATTATACCTTTGTTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AAGACAAGAGAGAGAGAAAAGAGAGAGAGAAATGGAGGGGAAGAAGATAGGGAGGAGATT
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GGAAGCAGTAGAAAAGCTCAAATCCAAAGGGATCGATGCTTATGGAATCGTCTGTCATGT
TTCCAATGCTCAACATCGCCGAGATCTTGTCGAAAAAACTGTTCAGAAATATGGAAAGAT
AGATATCGTTGTCTGTAACGCCGCTGCTAATCCATCTACGGACCCGATCTTGTCCACCAA
AGAAGCTGTCCTCGACAAGCTTTGGGAAATCAATGTCAAATCCTCTATACTTCTCCTTCA
GGATATGGCTCCTCACTTAGAGAAGGGTTCTTCTGTTATCTTCATTACTTCCATCGCTGG
ATTTCAACCACAAGGTTCCATGGCTATGTATGGTGTCACTAAGACTGCTCTTCTCGGACT
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CGAAGAGAAGACTCTGCTTA

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DS 

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CGTCTGTCATGTTTCCAATGCTCAACATCGCCGAGATCTTGTCGAAAAAACTGTTCAGAA
ATATGGAAAGATAGATATCGTTGTCTGTAACGCCGCTGCTAATCCATCTACGGACCCGAT
CTTGTCCACCAAAGAAGCTGTCCTCGACAAGCTTTGGGAAATCAATGTCAAATCCTCTAT
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TTCCATCGCTGGATTTCAACCACAAGGTTCCATGGCTATGTATGGTGTCACTAAGACTGC
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G
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TGTTCAGAAATATGGAAAGATAGATATCCTTGTCTGTAACGCCGCTGCTAATCCATCTAC
AGACCCAATCTTGTCCACCAAAGAAGCTGTCCTCGACAAGCTTTGGGAAATCAATGTTAA
ATCCTCTATACTTCTCCTTCAGGATATGGCTCCTCACTTAGAGAAGGGTTCTTCTGTTAT
CTTCATTACTTCCATCGCTGGATTTCAACCACAAGGATCCATGGCTATGTATGGTGTCAC
TAAGACTGCTCTTCTCGGACTAACCAAGGCTCTTGCTGCTGAGATGGGTCCGGACACACG
TGTCAACGCGGTTGCTCCCGGTTTTGTGCCCACACACTTTGCTTCTTTCATCACCGGAAA
CTCCCAAGTGAGGGAGAGCATCGAAGAGAAGACTCTGCTTAATAGGTTGGGAACAACAGG
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AACTTTGGTCGTCGCTGGAGGAATGCCCTCAAGACTCTAAACCAAGTAATAGTCT**AAG
AAAAAC*TAATTATAAGGAAAGTCATTTTATTTTCAGTTTTCACGAAATAAGATTTT
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DS 

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GTCGAAAAAACTGTTCAGAAATATGGAAAGATAGATATCGTTGTCTGTAACGCCGCTGCT
AATCCATCTACGGACCCGATCTTGTCCACCAAAGAAGCTGTCCTCGACAAGCTTTGGGAA
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TCTTCTGTTATCTTCATTACTTCCATCGCTGGATTTCAACCACAAGGTTCCATGGCTATG
TATGGTGTCACTAAGACTGCTCTTCTCGGACTAACCAAGGCTCTTGCTGCTGAGATGGGT
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ATCACCGGAAACTCCCAAGTGAGGGAGAGCATCGAAGAGAAGACTCTGCTTAACAGGTTG
GGAACAACAG*AGACATGGCTGCTGCTGCGGCTTTCTTAGCATCTGATGATTCTTCTTAC
ATCACCGGTGAAACTTTGGTCGTCGCTGGAGGAATGCCCTCAAGGCTCTAAACCAAGTAA
TAGTGTGCAAGAATAACCTAATTATAATGAAAGTCATTTTATTTTCAGTTTTCACGAAAT
AAGATTTTAAGAAAAACAAAGGAAGTTATAATAATATATCATAAAACCCATTATACCTTT
GTTTGATC

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DS 

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TGCGGCTTTCTTAGCATCTGATGATTCTTCTTACATCACCGGTGAAACTTTGGTCGTCGC
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ATGAAAGTCATTTTATTTTCAGTTTTCATGAAATAAGATTTTAAGAAAAACAAAAGAAGT
TATAATAATATATCATAAAACCC

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DS 



AS 1 3

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TTTGGTTCTATTCTTAATAATTAATCATGGTGGAGCCTTACGAGACACGTAACAACAACA
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TTGATCCAGACTCTCTTCTCGAGATCAACGGTGTGAGAATGAGCATTCACTCCGAAGGCG
TCTCCTCTCAGCTAAGGCGAGACCGTGTTGATAAAAAAACAGAGGAAGCCACTTTTATCA
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ATTTCTTGAAGGAGAAACACATTGGTTGTTCTGAGTTATCATCTCCGTTGCCAAGTATTG
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GCTATAAGCAAGACTATGAAGGAGAATACGGAGACATGTATTTGGGAAGAGAGTACGGAG
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GTCTTGGTGTATGTGTAGGTCTGGGCATTGGGGTTGGCCTGCTTGTGCGTACCTATCAAT
CAACCACCAGGAACTTCAGAAGAAGGATTATCTAATTAATCTTCACTGAAATCACCATTA
AGCTTATTCACCTTCTCTTAACTCCCACTCCATTGCAGATCTCTTTTTTTGGCTGATAGT
CTAATTAAAATACCTAATCATGCTGTGTAGCATCATAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FU82TF U 1
AF RR3AY82TF U 187
AF RR3AY82JQ C 516
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TTTGGTTCTATTCTTAATAATTAATCATGGTGGAGCCTTACGAGACACGTAACAACAACA
ACGGTGAAGCTTATCAGATGGTCAGGTATCAGAGTTATAACCATCACAATCCAATGATAT
CAACAACATCAT***TACCAGCATTGCCATTGCTGGATTTGAGAGTGTTCTATGTCAGAA
TCATCAACTTCAAGGTGGATGATTCCACACCCGAGGTCCTCACAATCACTCACATCCCTC
TTGATCCGGACTCTCTTCTCGAGATCAACGGTGTGAGGATGATCATTCACTCCGAAGGCG
TCTCCTCTCAGCTAAGGCGAGACCGTGTTGATAAGAAAACAGAGGAAGCCACTTTTATCA
GCACAGACAATATCAGGTTATCTGGTAGTGTTAAGTTTGAGGTATGTGACAAAGACGAGC
TTGTTTTGTCTGGAACGCTGGAGATGTCCGGTAGTAATGGTTTC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3AY82TF 675 0 0
GGTTCTATTCTTAAATC
ATCATGGTGGAGCCTTACGAGACACGTAACAACAAT***GGTGAAGCTTATCAGATGGTC
AGGTATCAGAGTTATAACCATCACAATCCAATGATATCAACAACATCATCATTACCAGCA
TTGCCATTGCTGGATTTGAGAGTGTTCTATGTCAGAATCAGCAACTTCAAGGTGGATGAT
TCCACACCAGAGGTCCTCACAATCACTCACATCCCTCTTGATCCAGACTCTCTTCTCGAG
ATCAACGGTGTGAGAATGAGCATTCACTCTGAAGGCGTTTCCTCTCAGCTAAGGCGAGAC
CGTGTTGATAAAAAGTCAGAGGAAGCCACTTTTATCAGCACAGACAATATCAGGTTATCT
GGTAGTGTTAAGTTTGAGGTATGTGACAAAGACGAGCTTGTTTTGTCTGGAACGTTGGAG
ATGTCCGGTAGTAATGGTTTCACAGGGGAGTCTGCTGCTAAGCATAGCGTGAAGCGGTGG
GGAATGAACTGTGAAGCTGAGATCACTGCAGGGTCTGATTTCTTGAAGGAGAAACACATT
GGTTGTTCTGAGTTATCATCTCCGTTGCCAAGTATTGAAGTGTACGTCACTGGTTGCTTC
TCTGGAACACCTATCATTTTGACCAAGACGCTGCAGCTTGGTTTCAGAAAGA
AGCACA

QA 18 669 18 669
DS 

RD RR3AY82JQ 784 0 0
AAGT
CAGAGGAAGCCACTTTTATCAGCACAGACAATATCAGGTTATCTGGTAGTGTTAAGTTTG
AGGTATGTGACAAAGACGAGCTTGTTTTGTCTGGAACGTTGGAGATGTCCGGTAGTAATG
GTTTCACAGGGGAGTCTGCTGCTAAGCATAGCGTGAAGCGGTGGGGAATGAACTGTGAAG
CTGAGATCACTGCAGGGTCTGATTTCTTGAAGGAGAAACACATTGGTTGTTTTGAGTTAT
CATCTCCGTTGCCAAGTATTGAAGTGTACGTCACTGGTTGCTTCTCTGGAACACCTATCA
TTTTGACCAAGACGCTGCAGCTTGGTTTCAGAAAGAAGCACAGTAGGACGAGTGCGTTAG
ATTCGATTCCAGAGTATGAAAGCGGTGAATCACAGAAAGGCAGCTCTTTTGAGCTTGATT
TTCGGGTGACAGAATACGGAAGCTATAAGCAAGACTATGAAGGAGAATACGGAGACATGT
ATTTGGGAAGAGAGTACGGAGATGGTGAAGATGGCGAAATGTCGTGGTTCAATGCGGGTG
TGAGGGTTGGTGTGGGAATTGGTCTTGGTGTATGTGTAGGTCTGGGCATTGGGGTTGGCC
TGCTTGTGCGTACCTATCAATCAACCACCAGGAACTTCAGAAGAAGGATTATCTAATTAA
TCTTCACTGAAATCACCATTAAGCTTATTCACCTTCTCTTAACTCCCACTCCATTGCAGA
TCTCTTTTTTTGGCTGATAGTCTAATTAAAATACCTAATCATGCTGTGTAGCATCATAAG

QA 5 784 5 784
DS 



AS 1 5

CO CL1718Contig1 1240 5 14 U
GAAGTGTGATTCTAATTCTCTTATGAACGAGATTGCAAGGGCTTCTTTGACTCCAGAACT
AAGCTACATAGCTAAGCCAGCTGCTTCATGGGTCGATGACTTTCTTGTGTGGTTATCTCC
CGAGGCATTTGGCTGCTGCCGGAAGTTTACAAATGGTACCTTTTGTCCCCCCGATGACCA
GCCTCCTTGTTGCCCTGCTGATCAAGGGAGCTGTGGCCTAAGTGAAGTTTGCAAAGACTG
CACAACGTGCTTTCGTCATGCAGATTTAAGTAGTGACCGCCCATCCACAGTCCAATTCAG
AGAGAAGCTTCCTTGGTTCCTTAGCGCACTTCCTTCTGCTGATTGTGCTAAAGGTGGCCA
TGGTGCTTATTCTACTAGTGTTGATT*GCAAGGATATAAAAATGGTATCATCCAAGCTTC
ATCGTTCCGCACTTATCACACACCTCTTAACAAGCAGGCTGACTTTGTTAATTCAATGAG
AGCGGCTCAAGAGTTTAGTTCCAAAGTTTCTCGTTCTTTAAAGATGGAGATATATCCATA
CTCAGTGTTTTATATGTTCTTTGAGCAATATCTCGACATATGGAAAACTGCATTAATCAA
CCTCTCCATAGCCATCGCTGCCGTCTTTGCGGTGTGTTTAATCATCACATGCAGTTTTTG
GAGCTCTGCTATTATCCTGCTGGTGATTGCAATGCTCATCATTGATCTCCTGGGAGTAAT
GGCAGTCTTTCATATCCAGCTAAACGCACTATCTGTTGTAAATCTAATCATGTCAGTGGG
CATAGCGGTTGAGTTCTGTGTACACATAACACATGCTTTCTCGACAAGCTCTGGGAACAG
GAACCAAAGGATGAAAGAGGCGCTTGGTGGGATGGGAGCTTCAGTTTTCAGTGGAATTAC
ATTGACAAAGCTAGTTGGAGTGATTGTGCTTGGCTTCTCAAAATCGGAAGTGTTTGTGGT
CTACTACTTCAAGATGTATTTGGCACTAGTCCTCCTCGGTTTCTTGCACGGCCTTGTATT
CTTACCGGTGTTCTTGAGCATGTTTGGCCCAGCTCCAAGACATGTAGCAGGGGATAATAA
GCAAGATCCTCAACCTTCGGTTTCATCGCTGCCGTAGAGGCTCAATTAGGGGTTTTTGAT
TCTTTATTTACAAAGGTTTTGTTTTGGATACATCTTCTATTTGTAAATGGTTAAAGATTT
GTTTCACCCATAGCCACATAGAAAAGCTAAGTTCAGTGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B123TF U 1
AF RR3DH38TF U 303
AF RR3B123JQ C 368
AF RR3CP31JQ C 759
AF RR3CP31TF U 929
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BS 888 888 RR3B123JQ
BS 889 995 RR3DH38TF
BS 996 1039 RR3CP31TF
BS 1040 1040 RR3B123JQ
BS 1041 1116 RR3CP31TF
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BS 1193 1203 RR3CP31TF
BS 1204 1240 RR3CP31JQ

RD RR3B123TF 831 0 0
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AAGCTACATAGCTAAGCCAGCTGCTTCATGGGTCGATGACTTTCTTGTGTGGTTATCTCC
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GCCTCCTTGTTGCCCTGCTGATCAAGGGAGCTGTGGCCTAAGTGAAGTTTGCAAAGACTG
CACAACGTGCTTTCGTCATGCAGATTTAAGTAGTGACCGCCCATCCACAGTCCAATTCAG
AGAGAAGCTTCCTTGGTTCCTTAGCGCACTTCCTTCTGCTGATTGTGCTAAAGGTGGCCA
TGGTGCTTATTCTACTAGTGTTGATT*GCAAGGATATAAAAATGGTATCATCCAAGCTTC
ATCGTTCCGCACTTATCACACACCTCTTAACAAGCAGGCTGACTTTGTTAATTCAATGAG
AGCGGCTCAAGAGTTTAGTTCCAAAGTTTCTCGTTCTTTAAAGATGGAGATATATCCATA
CTCAGTGTTTTATATGTTCTTTGAGCAATATCTCGACATATGGAAAACTGCATTAATCAA
CCTCTCCATAGCCATCGCTGCCGTCTTTGCGGTGTGTTTAATCATCACATGCAGTTTTTG
GAGCTCTGCTATTATCCTGCTGGTGATTGCAATGCTCATCATTGATCTCCTGGGAGTAAT
GGCAGTCTTTCATATCCAGCTAAACGCACTATCTGTTGTAAATCTAATCATGTCAGTGGG
CATAGCGGTTGAGTTCTGTGTACACATAACACATGCTTTCTCGACA
GCTCT

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR3DH38TF 693 0 0
G
GAAGCTTCCTTGGTTCCTTAGCGCACTTCCTTCTGCTGATTGTGCTAAAGGTGGCCATGG
TGCTTATTCTACTAGTGTTGATTTGCAAGGATATAAAAATGGTATCATCCAAGCTTCATC
GTTCCGCACTTATCACACACCTCTTAACAAGCAGGCTGACTTTGTTAATTCAATGAGAGC
GGCTCAAGAGTTTAGTTCCAAAGTTTCTCGTTCTTTAAAGATGGAGATATATCCATACTC
AGTGTTTTATATGTTCTTTGAGCAATATCTCGACATATGGAAAACTGCATTAATCAACCT
CTCCATAGCCATCGCTGCCGTCTTTGCGGTGTGTTTAATCATCACATGCAGTTTTTGGAG
CTCTGCTATTATCCTGCTGGTGATTGCAATGCTCATCATTGATCTCCTGGGAGTAATGGC
AGTCTTTCATATCCAGCTAAACACACTATCTGTTGTAAATCTAATCATGTCAGTGGGCAT
AGCGGTTGAGTTCTGTGTACACATAACACATGCTTTCTCGACAAGCTCTGGGAACAGGAA
CCAAAGGATGAAAGAGGCGCTTGGTGGGATGGGAGCTTCAGTTTACAGTGGAATTACATT
GACAAAGCTAGTTGGAGTGATTGTGCTTGGCTTCTCAAAATCGGAAGTGTTTGTGGTCTA
CTACTTCAAGATGTATTTGGCACTAGTCCTCC

QA 2 693 2 693
DS 

RD RR3B123JQ 843 0 0
TATTCTACTAGTGTTGATT*GCAAGGATATAAAAATGGTATCATCCAAGCTTCATCGTTC
CGCACTTATCACACACCTCTTAACAAGCAGGCTGACTTTGTTAATTCAATGAGAGCGGCT
CAAGAGTTTAGTTCCAAAGTTTCTCGTTCTTTAAAGATGGAGATATATCCATACTCAGTG
TTTTATATGTTCTTTGAGCAATATCTCGACATATGGAAAACTGCATTAATCAACCTCTCC
ATAGCCATCGCTGCCGTCTTTGCGGTGTGTTTAATCATCACATGCAGTTTTTGGAGCTCT
GCTATTATCCTGCTGGTGATTGCAATGCTCATCATTGATCTCCTGGGAGTAATGGCAGTC
TTTCATATCCAGCTAAACGCACTATCTGTTGTAAATCTAATCATGTCAGTGGGCATAGCG
GTTGAGTTCTGTGTACACATAACACATGCTTTCTCGACAAGCTCTGGGAACAGGAACCAA
AGGATGAAAGAGGCGCTTGGTGGGATGGGAGCTTCAGTTTTCAGTGGAATTACATTGACA
AAGCTAGTTGGAGTGATTGTGCTTGGCTTCTCAAAATCGGAAGTGTTTGTGGTCTACTAC
TTCAAGATGTATTTGGCACTAGTCCTCCTCGGTTTCTTGCACGGCCTTGTATTCTTACCG
GTGTTCTTGAGCATGTTTGGCCCAACTCCAAGACATGTAGCAGGGGATAATAAGCAAGAT
CCTCAACCTTCGGTTTCATCGCTGCCGTAGAGGCTCAATTAGGGGTTTTTGATTCTTTAT
TTACAAAGGTTTTGTTTTGGATACATCTTCTATTTGTAAATGGTTAAAGATTTGTT
TCACCCG

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR3CP31JQ 482 0 0
G
AAATCTAATCATGTCAGTGGGCATAGCGGTTGAGTTCTGTGTACACATAACACATGCTTT
CTCGACAAGCTCTGGGAACAGGAACCAAAGGATGAAAGAGGCGCTTGGTGGGATGGGAGC
TTCAGTTTTCAGTGGAATTACATTGACAAAGCTAGTTGGAGTGATTGTGCTTGGCTTCTC
AAAATCGGAAGTGTTTGTGGTCTACTACTTCAAGATGTATTTGGCACTAGTCCTCCTCGG
TTTCTTGCACGGCCTTGTATTCTTACCGGTGTTCTTGAGCATGTTTGGCCCAGCTCCAAG
ACATGTAGCAGGGGATAATAAGCAAGATCCTCAACCTTCGGTTTCATCGCTGCCGTAGAG
GCTCAATTAGGGGTTTTTGATTCTTTATTTACAAAGGTTTTGTTTTGGATACATCTTCTA
TTTGTAAATGGTTAAAGATTTGTTTCACCCATAGCCACATAGAAAAGCTAAGTTCAGTGC
G

QA 2 482 2 482
DS 

RD RR3CP31TF 287 0 0
CTTGGCTTCTCAAAATCGGAAGTGTTTGTGGTCTACTACTTCAAGATGTATTTGGCACTA
GTCCTCCTCGGTTTCTTGCACGGCCTTGTATTCTTACCGGTGTTCTTGAGC*TGTTTGGC
CCAGCTCCAAGACATGTAGCAGGGGATAATAAGCAAGATCCTCAACCTTCGGTTTCATCG
CTGCCGTA*AGG*TCAATTAGGGGTTTTTGATTCTTTATTTACAAAGGTTTTGTTTTGGA
TACATCTTCTATTTGTAAATGGT*AAAGATTTGTT
CACCCATACCAC

QA 1 275 1 275
DS 



AS 2 5

CO CL1719Contig1 923 2 2 U
GAAACTGCTTGGACGTATTCTCAGATCCGTCAAGTGTAGTTTGATCGATCTCGAGGAATC
AATGGCTCCAGTATCGGCACTCGCAAAGTATAAGCTGGTGTTTCTGGGAGATCAATCGGT
GGGGAAGACGAGTATCATCACTCGATTCATGTACGACAAATTCGACAACACTTACCAGGC
CACAATTGGTATTGATTTTCTATCCAAGACTATGTACCTTGAAGATCGAACTGTCAGACT
TCAGTTGTGGGATACAGCTGGGCAAGAGAGATTCAGGAGTCTTATTCCTAGCTATATCAG
GGACTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTATGATGTTGCAAGCAGGCAATCGTTTCTAAACAC
TGCTAAGTGGATCGATGAGGTTAGGACAGAGCGTGGTAGTGATGTCATAGTTGTGCTCGT
GGGGAATAAGACCGACCTTGTAGACAAAAGGCAAGTGTCAATAGAGGAAGCAGAAGCCAA
GGCTCGTGAGCTTAATGTAATGTTCATCGAAACCAGTGCCAAAGCGGGCTTCAACATAAA
GGCTCTTTTCCGCAAGATAGCAGCAGCTTTGCCCGGAATGGAAACACTGTCTTCAACAAA
GCAAGAGGATATGGTTGATGTTAATCTCAAGTCGTCCAACGCCAATGCATCTTCGGGTCA
GCAGCAATCAGGAGGATGCTCTTGTTAAAAACAAAATAGGCAACAAAACTTTATAGAGAA
CAAAAGAACATACTCAGAAAAAGCCGCCCTCGCATCATCTGATCCGCTATTATCTTCTTC
TGTGTGTAAAATTTTTGCCTTCTCCTTCATCAGATTGTTTTTTTAAAAAAGAGAGTCTAC
TTGCAAAGTTTATGGTTTGTCCCTAACTCTTAAAACTGTTTTCGTCTTTTGGAGTTTTAA
ATACTGTGATTTTGTGTGTCGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH19TF U 1
AF RR3BH19JQ C 54
BS 1 737 RR3BH19TF
BS 738 923 RR3BH19JQ

RD RR3BH19TF 737 0 0
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CAAAAGAACATACTCAG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3BH19JQ 870 0 0
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ATATCAGGGACTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTATGATGTTGCAAGCAGGCAATCGTTTC
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CGGGTCAGCAGCAATCAGGAGGATGCTCTTGTTAAAAACAAAATAGGCAACAAAACTTTA
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CTTCTTCTGTGTGTAAAATTTTTGCCTTCTCCTTCATCAGATTGTTTTTTTAAAAAAGAG
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GTTTTAAATACTGTGATTTTGTGTGTCGCC

QA 1 870 1 870
DS 



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TCTTGTTAAAACCAAAATTTCGTAACAAAACATTATAGAGAACAAAAGAACATACTCAGA
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CTCTCTCCTTCATCAGATTGTTTTTAAAAAAGAGTCTACTTTCAAAGTTTATGGTTTGCC
CCTAACTTTGAACTGTTTTCGTCTTTGGAGTTTTAAATACTGTGATTTTGTGTGTCGCCA
AAATTGAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER77TF U 1
AF RR3GN36TF U 230
AF RR3ER77JQ C 311
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RD RR3ER77TF 436 0 0
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GTAGACAAAAGGCAAG

QA 1 436 1 436
DS 

RD RR3GN36TF 553 0 0
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QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3ER77JQ 600 0 0
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CATCAGATTGTTTTTAAAAAAGAGTCTACTTTCAAAGTTTATGGTTTGCCCCTAACTTTG
AACTGTTTTCGTCTTTGGAGTTTTAAATACTGTGATTTTGTGTGTCGCCAAAATTGAATT

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 3

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CCACTCCTCACAATTGTCTTCCCCTTCTTCTTCTTCCTGTCGCGAAGATCGAAAAATCAT
CTCAAACCTTCTCCGATTATTCTTTGGATTGATGAATTAAGGGTTAAAAGCTGAGTAACC
CATACACAGCATTTCAAGTCGTTAGTGAATTAAAAAAAAAAGATGGCTTGTAGAGGTTGT
TTGGAGTGTTTGCTTAAGTTACTCAACTTCCTTCTGGCTGTTGCTGGACTTGGCATGATT
GGTTATGGTATCTACTTATTTGTTGAGTACCAGAGAGCAACTGATCATCACTCTGTTTCA
TTCATTCCCACAAATGTCAACGACCAAAGTTACGTCTCTTCTGGGAGGCCCATGCTTATG
TCTCTCGCACTCTCTTCCAATTTCTTTGACAATCTCCCCAAAGCTTGGTTCATCTACTTG
TTCATTGGTATCGGCGTGACTCTCTTTGTTATTTCATGTTGTGGCTGTGTTGGTACTTGT
TCGAGGAGCATCTGCTGCTTATCTTGTTACTCTCTGCTTCTCATCTTGTTGATCTTGGCT
GAGCTTGGAGCTGCAGCTTTTATATTCTTCGACAACAGCTGGAGAGATCAAATTCCTTCT
GACAAGACTGGAAACTTCGACACCATCTATCATTTCCTGAGAGAAAACTGGGATATTGTC
AGATGGGTAGCTCTAGGAGCCGTTGTTTTTGACGCTATGCTTTTCTCTCTTGCCCTTATG
GTTAGGGCAGCTAATACACCAGATGAGTATGACAGTGATGATGAGTTTATTGCTCCTCCT
AGGCAAATCAGGCAGCCATTCATTAACCGCCAACCCGCCCCTGTTACGGGTGTCCCAGTT
GCTCCTACTTTGGACCAACGCCCGAGCCGCAGTGACCCTTGGAGCGCACGTATGAGGGAG
AAGTATGGGCTAGACACATCTGAGTTCACATACAATCCCTCAGAGTCACACCGGTTCCAG
CAAATGCCCACTCAACCAAATGAAGAAAAAGGCCGATGCACCATCATGTGGACGTCTTTA
AAAAAAAAAATTCAGTCTTTTCCTATTTTTATTTCTGCGTGTGTATCAATCAAGAGTGTC
AGTGAAATTAGAAGTGTTCCTGGGTTGATGATGATGACTCCAGCATTGGAGATCAACCTG
GTCACGTTTTATGATGACTCTTTTTGTTGCGTTTGTGTAGTCTTTTTGTAAGTACTTTAC
CATCATGAATATTTATCTTGGTTGTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED43TF U 1
AF RR3AW74TF U 147
AF RR3ED43JQ C 510
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RD RR3ED43TF 765 0 0
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CTCAAACCTTCTCCGATTATTCTTTGGATTGATGAGTTAAGGGTTAAAAGCTGAGTAACC
CATACACAGCATTTCAAGTCGTTAGTGAATTAAAAAAAAAAGATGGCTTGTAGAGGTTGT
TTGGAGTGTTTGCTTAAGTTACTCAACTTCCTTCTGGCTGTTGCTGGACTTGGCATGATT
GGTTATGGTATCTACTTATTTGTTGAGTACCAGAGAGCAACTGATCATCACTCTGTTTCA
TTCATTCCCACAAATGTCAACGACCAAAGTTACGTCTCTTCTGGGAGGCCCATGCTTATG
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TTCATTGGTATCGGCGTGGCTCTCTTTGTTATTTCATGTTGTGGCTGTGTTGGTACTTGT
TCGAGGAGCATCTGCTGCTTATCTTGTTACTCTCTGCTTCTCATCTTGTTGATCTTGGCT
GAGCTTGGAGCTGCAGCTTTTATATTCTTCGACAACAGCTGGAGAGATCAAATTCCTTCT
GACAAGACTGGAAACTTCGACACCATCTATCATTTCCTGAGAGAAA*CTGGGATATTGTC
AGATGGGTAGCTCTAGGAGCCGTTGTTTT
GAGCTATGCTTTCTCT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3AW74TF 700 0 0
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GAATTAAAAAAAAAAGATGGCTTGTAGAGGTTGTTTGGAGTGTTTGCTTAAGTTACTCAA
CTTCCTTCTGGCTGTTGCTGGACTTGGCATGATTGGTTATGGTATCTACTTATTTGTTGA
GTACCAGAGAGCAACTGATCATCACTCTGTTTCATTCATTCCCACAAATGTCAACGACCA
AAGTTACGTCTCTTCTGGGAGGCCCATGCTTATGTCTCTCGCACTCTCTTCCAATTTCTT
TGACAATCTCCCCAAAGCTTGGTTCATCTACTTGTTCATTGGTATCGGCGTGACTCTCTT
TGTTATTTCATGTTGTGGCTGTGTTGGTACTTGTTCGAGGAGCATCTGCTGCTTATCTTG
TTACTCTCTGCTTCTCATCTTGTTGATCTTGGCTGAGCTTGGAGCTGCAGCTTTTATATT
CTTCGACAACAGCTGGAGAGATCAAATTCCTTCTGACAAGACTGGAAACTTCGACACCAT
CTATCATTTCCTGAGAGAAAACTGGGATATTGTCAGATGGGTAGCTCTAGGAGCCGTTGT
TTTTGACGCTATGCTTTTCTCTCTTGCCCTTATGGTTAGGGCAGCTAATACACCAGATGA
GTATGACAGTGATGATGAGTTTATTGCTCCTCCTAG
CAAA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3ED43JQ 779 0 0
TT
TTTCATGTTGTGGCTGTGTTGGTACTTGTTCGAGGAGCATCTGCTGCTTATCTTGTTACT
CTCTGCTTCTCATCTTGTTGATCTTGGCTGAGCTTGGAGCTGCAGCTTTTATATTCTTCG
ACAACAGCTGGAGAGATCAAATTCCTTCTGACAAGACTGGAAACTTCGACACCATCTATC
ATTTCCTGAGAGAAAACTGGGATATTGTCAGATGGGTAGCTCTAGGAGCCGTTGTTTTTG
AGGCTATGCTTTTCTCTCTTGCCCTTATGGTTAGGGCAGCTAATACACCAGATGAGTATG
ACAGTGATGATGAGTTTATTGCTCCTCCTAGGCAAATCAGGCAGCCATTCATTAACCGCC
AACCCGCCCCTGTTACGGGTGTCCCAGTTGCTCCTACTTTGGACCAACGCCCGAGCCGCA
GTGACCCTTGGAGCGCACGTATGAGGGAGAAGTATGGGCTAGACACATCTGAGTTCACAT
ACAATCCCTCAGAGTCACACCGGTTCCAGCAAATGCCCACTCAACCAAATGAAGAAAAAG
GCCGATGCACCATCATGTGGACGTCTTTAAAAAAAAAAATTCAGTCTTTTCCTATTTTTA
TTTCTGCGTGTGTATCAATCAAGAGTGTCAGTGAAATTAGAAGTGTTCCTGGGTTGATGA
TGATGACTCCAGCATTGGAGATCAACCTGGTCACGTTTTATGATGACTCTTTTTGTTGCG
TTTGTGTAGTCTTTTTGTAAGTACTTTACCATCATGAATATTTATCTTGGTTGTCTG

QA 3 779 3 779
DS 



AS 2 5

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TGGTTTGATGTTCGTACGGGAGACGCCGCAAATGTTGAAAAGGTCGCTTGTAACGATCAA
GTGGAAGCTAAAAGAGAACAGGCTAGTCTCCTTGGTGGGTTAAATGGTGGTGGACGCCGT
CCGGTCCATCGATCTTCTATGTAATTAATCTAAACAGAGAATAATCAGTTTGTTTTCTAC
TAACTCTCGTTCTTGTGCTTAGACCTACTTTATAGTAACAAATAAAATTATTTGGGTAAA
AAGAAATCAAATGTGTAATAAATAATTACTACTGGTACTAAATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A315JQ C 1
AF RR3A315TF U 43
BS 1 42 RR3A315JQ
BS 43 526 RR3A315TF

RD RR3A315JQ 526 0 0
GCACTTGAGATGCTAAGAACGAGCATGAACCTGGAAGACACTCTCCACGAGATCACACTA
CCTTTCTTTGTTCTCCACGGTGAAGCAGACACAGTGACCGATCCAGAGATAAGCAAAGCT
CTGTTCGAGAAAGCGAGCACACGTGACAAAACCATCAAACTTTACCCAGGGATGTGGCAT
GGGTTGACTTCTGGTGAGCCTGACGCTAACGTTGACCTCGTTTTTGATGACATCATTAGC
TGGTTTGATGTTCGTACGGGAGACGCCGCAAATGTTGAAAAGGTCGCTTGTAACGATCAA
GTGGAAGCTAAAAGAGAACAGGCTAGTCTCCTTGGTGGGTTAAATGGTGGTGGACGCCGT
CCGGTCCATCGATCTTCTATGTAATTAATCTAAACAGAGAATAATCAGTTTGTTTTCTAC
TAACTCTCGTTCTTGTGCTTAGACCTACTTTATAGTAACAAATAAAATTATTTGGGTAAA
AAGAAATCAAATGTGTAATAAATAATTACTACTGGTACTAAATTAC

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR3A315TF 484 0 0
CTCCACGAGAACACACTACCTTTCTTTGTTCTCCACGGTGAAGCAGACACAGTGACCGAT
CCAGAGATAAGCAAAGCTCTGTTCGAGAAAGCGAGCACACGTGACAAAACCATCAAACTT
TACCCAGGGATGTGGCATGGGTTGACTTCTGGTGAGCCTGACGCTAACGTTGACCTCGTT
TTTGATGACATCATTAGCTGGTTTGATGTTCGTACGGGAGACGCCGCAAATGTTGAAAAG
GTCGCTTGTAACGATCAAGTGGAAGCTAAAAGAGAACAGGCTAGTCTCCTTGGTGGGTTA
AATGGTGGTGGACGCCGTCCGGTCCATCGATCTTCTATGTAATTAATCTAAACAGAGAAT
AATCAGTTTGTTTTCTACTAACTCTCGTTCTTGTGCTTAGACCTACTTTATAGTAACAAA
TAAAATTATTTGGGTAAAAAGAAATCAAATGTGTAATAAATAATTACTACTGGTACTAAA
TTAC

QA 1 484 1 484
DS 



CO CL1721Contig2 1264 3 15 U
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AAATAGAAGAATATTTCCAAACATATATTTATATACACACGGAGCATGACGAAGTTAATG
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TCTT


BQ
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TT

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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP56TF U 1
AF RR3FB57TF U 7
AF RR3G550TF U 9
AF RR3FP56JQ C 184
AF RR3FB57JQ C 407
BS 1 60 RR3FP56TF
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BS 654 702 RR3FP56TF
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RD RR3FP56TF 705 0 0
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AGCGGTAGTAAAACGACAGAGAGATTATGCGTTTGACTCCGACGCTCTAATGACAGCTCA
GAAACGGAGGTCCGTCGCGTTTTCCCCGACGGCGTCTCTAATCGAGACACAGCTCGTTTC
TCAGATGCAGCAGCAACAATCAGATATCAATAGCTTCGTCGCTCAACAAACGCAAACGCT
CAGGTTGGAGTTGGAAGCGAGGCAGAGAACGCTAACGTGTTCCTTAGCGTCAGCGGTTCA
GTCGGCGATTGTCAAAAAGCTGAAACAGAGAGAAGACGAGATTGTCCGAATGGAGAAACT
AAACTATGTTTTGCAAGAACGAGCCAAGAGTCTCTACGTCGAGAATCAGATCTTGCGTGA
TCTCGCTCAGACCAGCGAAGCTACAGCTAACACTCTCCGGTCAAATCTTGAACATGTTCT
CGCTCAAGTCGGCGAGTTACAGGCGACGGTAACAACCGG*CGGAGACGTTTT*CATCCTC
CGGTAGAAGAGGATGCGGTATCGAGCTGCGGAAGCTGCGACG
TGC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3FB57TF 712 0 0
GGAC
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AAACGACAGAGAGATTATGCGTTTGACTCCGACGCTCTAATGACAGCTCAGAAACGGAGG
TCCGTCGCGTTTTCCCCGACGGCGTCTCTAATCGAGACACAGCTCGTTTCTCAGATGCAG
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TTGCAAGAACGAGCCAAGAGTCTCTACGTCGAGAATCAGATCTTGCGTGATCTCGCTCAG
ACCAGCGAAGCTACAGCTAACACTCTCCGGTCAAATCTTGAACATGTTCTCGCTCAAGTC
GGCGAGTTACAGGCGACGGTAACAACCGGGCGGAGACGTTTTTCATCCTCCGGTAGAAGA
GGATGCGGTATCGAGCTGCGGAAGCTGCGACG*TGCTGATGG
TGGCGA

QA 5 706 5 706
DS 

RD RR3G550TF 714 0 0
GG
AACCCTCTCTCCTCTCTAAACTTCATCTCCTAACATATGAACAATCAAATCATCGCCGAC
GGTTTTCCGGTGACATTCAGAGACCGGCAGTTACAGCACATGCAGCCTCTCGCCATAGAT
CCTATTCAAACCGCACCGAGCTTCAACAAATACCATTTCAACCAATCTCCAGCGGTAGTA
AAACGACAGAGAGATTATGCGTTTGACTCCGACGCTCTAATGACAGCTCAGAAACGGAGG
TCCGTCGCGTTTTCCCCGACGGCGTCTCTAATCGAGACTCAGCTCGTTTCTCAGATGCAG
CAGCAACAATCAGATATCAATAGCTTCGTCGCTCAACAAACGCAAACGCTCAGGTTGGAG
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GTCAAAAAGCTGAAACAGAGAGAAGGCGAGATTGTCCGAATGGAGAAACTAAACTATGTT
TTGCAAGAACGAGCCAAGAGTCTCTACGTCGAGAATCAGATCTTGCGTGATCTCGCTCAG
ACCAGCGAAGCTACAGCTAACACTCTCCGGTCAAATCTTGAACATGTTCTCGCTCAAGTC
GGCGAGTTACAGGCGACGGTAACAACCGG*CGGAGACGTTTTTCATCCTCCGGTAGA*GA
GGATGCGGTATCGAGCTGCGGAAGCTGCGACGGTGCTGATGG
GTGGTGATGT

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DS 

RD RR3FP56JQ 844 0 0
CGGTAGT
AAACGACAGAGAGATTATGCGTT*GACTC*GACGCTCTAATGACAGCTCAGAAACGGAGG
TCCGTCGCGTTT**CCCGACGGCGTCTCTAATCGAGACACAGCTCGTTTCTCAGATGCAG
CAGCAACAATCAGATATCAATAGCTTCGTCGCTCAACAAACGCAAACGCTCAGGTTGGAG
TTGGAAGCGAGGCAGAGAACGCTAACGTGTTCCTTAGCGTCAGCGGTCCAGTCGGCGATT
GTCAAAAAGCTGAAACAGAGAGAAGACGAGATTGTCCGAATGGAGAAACTAAACTATGTT
TTGCAAGAACGAGCCAAGAGTCTCTACGTCGAGAATCAGATCTTGCGTGATCTCGCTCAG
ACCAGCGAAGCTACAGCTAACACTCTCCGGTCAAATCTTGAACATGTTCTCGCTCAAGTC
GGCGAGTTACAGGCGACGGTAACAACCGG*CGGAGACGTTTTTCATCCTCCGGTAGAAGA
GGATGCGGTATCGAGCTGCGGAAGCTGCGACGGTGCTGATGGTGGTGATGTCACGGTGGT
GACAGGAGGATGTAAACGATGCGGTGAAAGGACGGCTAGTGTGTTGGTGCTGCCTTGCCG
TCACTTGTGTTTGTGTACAATTTGTGGATCGGCTCTGTTACAGGCGTGCCCCGTATGCGA
TACGGTCATGAATGCTAGTGTTCATGTCAACATGTCATGAGACCCATGAGTCATGACCCA
TATTTTTAATTTTTTTCATTTCCTTTTTAGTGAAGGATTTAATAGCAAAATAAAAGAAAT
ATGACTCTTTTTGTTATAACCTTTTTTGGGATATATATTTAGTTATGGAATTGAT
CC

QA 8 842 8 842
DS 

RD RR3FB57JQ 711 0 0
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CGAATGGAGAAACTAAACTATGTTTTGCAAGAACGAGCCAAGAGTCTCTACGTCGAGAAT
CAGATCTTGCGTGATCTCGCTCAGACCAGCGAAGCTACAGCTAACACTCTCCGGTCAAAT
CTTGAACATGTTCTCGCTCAAGTCGGCGAGTTACAGGCGACGGTAACAACCGG*CGGAGA
CGTTTTTCATCCTCCGGTAGAAGAGGATGCGGTATCGAGCTGCGGAAGCTGCGACGGTGC
TGATGGTGGCGATGTCACGGTGGTGACAGGAGGATGTAAACGATGCGGTGAAAGGACGGC
TAGTGTGTTGGTGCTGCCTTGCCGTCACTTGTGTTTGTGTACAATTTGTGGATCGGCTCT
GTTACAGGCGTGCCCCGTATGCGATACGGTCATGAATGCTAGTGTTCATGTCAACATGTC
ATGAGACCCATGAGTCATGACCCATATTTTTAATTTTTTTCATTTCCTTTTTAGTGAAGG
ATTTAATAGCAAAATAAAAGAAATATGACTCTTTTTGTTATAACCTTTTTTGGGATATAT
ATTTAGTTATGGAATTGATTCATTTGTTTAAAGCGTTGTACGATTATTAGTAATTTCTTC
GTTCGTACGGATGTATATTACTCTTTATCTGTTTTCAAAATTTTTGTTCAG

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 5

CO CL1723Contig1 705 5 9 U
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TGAATCTTTTAGAGCTACTCATCACTTCCTCACGTCTCTTCTCATAACGGTAGCCATAAC
CATAACCACACTCAAGTCGGTCCATACAACAGCAACAAACACAGAGTTCGTAAAATCATC
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CATCCAAACCAGCCACAAGCTTATGGCTCACGCGGCTCTCAACATCACATTAGCCTCGGC
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ATCAATTGGTGAGATGGGTCAGCTAAGTGGCTCGAGCTATGAGGTATACATGAGTGATAT
TCAGACATGGGTTAGTGCGGCTCTGACCGATGAGAACACGTGCACCGACGGATTTGAAGG
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TTTAACGAGTAATGCTTTAGCTTTGATTAATCACTTTGCTTCTCTTCATGGTAAGAGAGA
CTGAAATATTTTTAGTTTCTATTGATGAAAAACATCCCACATCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 5 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 

AF RR3DK75TF U 7
AF RR3EW77JQ C 1
AF RR3B739TF U 2
AF RR3EW77TF U 1
AF RR3DK75JQ C 520
BS 1 8 RR3EW77JQ
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RD RR3DK75TF 388 0 0
GG
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TTAGAGCTACTCATCACTTCCTCACGTCTCTTCTCATAACGGTAGCCATAACCATAACCA
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CATCAGTAATGATGGTGCGTCTCTCGAGTAGTAGACGG*TCAAGCCAA*AGAAGTCTCGG
C*ATGAGAGACTGCGTCGAGGAGT
AG

QA 3 386 3 386
DS 

RD RR3EW77JQ 705 0 0
GGCAACACATATATCATAACATTATCATAAAGCTCATAACATATATTTTAAAGAGATGGC
TGAATCTTTTAGAGCTACTCATCACTTCCTCACGTCTCTTCTCATAACGGTAGCCATAAC
CATAACCACACTCAAGTCGGTCCATACAACAGCAACAAACACAGAGTTCGTAAAATCATC
ATGCACAGTCACAACATATCCAAGACTCTGTGTCACTTCACTCTCAACTCATGCCAGTTT
CATCCAAACCAGCCACAAGCTTATGGCTCACGCGGCTCTCAACATCACATTAGCCTCGGC
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AGTCTCGACCATGAGAGACTGCGTCGAGGAGTTAGGTGACACGTTGGATGAGCTTAGGAA
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TCAGACATGGGTTAGTGCGGCTCTGACCGATGAGAACACGTGCACCGACGGATTTGAAGG
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TTTAACGAGTAC*GCTTTAGCTTTGATTAATCACTTTGCTTCTCTTCATGGTAAGAGAGA
CTGAAATATTTTTAGTTTCTATTGATGAAAAACATCCCACATCGG

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3B739TF 662 0 0
GGAACAC
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TTAGAGCTACTCATCACTTCCTCACGTCTCTTCTCATAACGGTAGCCATAACCATAACCA
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TCACAACATATCCAAGACTCTGTGTCACTTCACTCTCAACTCATGCCAGTCTCATCCAAA
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QA 8 662 8 662
DS 

RD RR3EW77TF 705 0 0
GGCAACAC
ATATATCATAACATTATCATAAAGCTCATAACATATATTTTAAAGAGATGGCTGAATCTT
TTAGAGCTACTCATCACTTCCTCACGTCTCTTCTCATAACGGTAGCCATAACCATAACCA
CACTCAAGTCGGTCCATACAACAGCAACAAACACAGAGTTCGTAAAATCATCATGCACAG
TCACAACATATCCAAGACTCTGTGTCACTTCACTCTCAACTCATGCCAGTCTCATCCAAA
CCAGCCACAAGCTTATGGCTCACGCGGCTCTCAACATCACATTAGCCTCGGCAAAAGCTA
CATCAGTAATGATGGTGCGTCTCTCGAGTAGTAGACGGCTCAAGCCAAGAGAAGTCTCGA
CCATGAGAGACTGCGTCGAGGAGTTAGGTGACACGTTGGATGAGCTTAGGAAATCAATTG
GTGAGATGGGTCAGCTAAGTGGCTCGAGCTATGAGGTATACATGAGTGATATTCAGACAT
GGGTTAGTGCGGCTCTGACCGATGAGAACACGTGCACCGACGGATTTGAAGGAGATGACA
TGAATGGGAAAGTTAAGGTTTTTGTTAGAGAAAGGATTTTGGTTATTGCTCATTTAACGA
GTAC*GCTTTAGCTTTGATTAATCACTTTGCTTCTCTTCATGGTAAGAGAGACTGAAATA
TTTTTAGTTTCTATTGATGAAAA*CATCCCACATCGG

QA 9 705 9 705
DS 

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TTCTTTTCATGGTAAGAGAGACTGAAATATTTTTAGTTTTTATTGATGAAAAACATCCCC
CATCGG

QA 1 186 1 186
DS 



AS 1 4

CO CL1724Contig1 1017 4 5 U
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AGACTACCGTGTACACAGATCTGGAAGGAGAGACGACCAGGTAGGGCTGCGTTAAGTTCA
GCATTCACCGGAACCACCACCACCAATTCAGCTTCTCTCTCTTCTTCTAAGAACACCTCC
TCCACGAGGGAGATATGGAGTTGGGTGAAGAAATCGAAGACAGCTGTTGGACATGGAAGG
AGGAGGAGGAGTCAAGTGAGGGCGGAGATGTTTGGTCAGTTGACTAGTGGCCTCGAGGCT
GCTTGGACCAAACTCAAAGGAGAAGAGGTTTTGACAAAGGAGAATATTGCTGAGCCAATG
AGGGATATCAGAAGAGCTCTCCTTGAAGCTGATGTGAGCCTCCCAGTTGTTAGAAGATTT
GTTCAGTCTGTTAGTGACCAAGCCGTTGGACTTGGTGTCATTCGAGGAGTCAAACCAGAC
CAGCAGTTGGTCAAGATTGTACATGATGAGCTAGTGAAGCTGATGGGTGGAGAAGTATCT
GAGCTCCAGTTTTCGAAGTCAGGTCCTACTGTTATACTGCTTGCTGGGCTCCAAGGGGTC
GGGAAGACAACGGTTTGCGCTAAACTAGCTTGTTACCTAAAGAAGCAGGGAAAATCTTGC
ATGCTTATTGCTGGAGATGTGTACCGACCTGCCGCTATCGATCAACTTGTCATTTTAGGT
GAACAGGTTAGTGTACCGGTTTATACAGCAGGGACTGAAGTAAAACCTGCAGATATAGCT
AAGGAAGGTCTACAAGAAGCTAAGAAGAACAATGTGGATGTTGTTATTATGGATACTGCA
GGGAGACTTCAGATAGATAAAGGGATGATGGATGAGTTAAAAGACGTGAAGAAGTTCTGA
CCCCACAGAAGTGTTGCTAGTTGTTGATGCCATGACTGGACAGAAGCTGCAGCCTTGGTG
ACGACATCATGTAGAGAGAGAAAGAGTTGCTGAGATCAGAAAACAGACACAGTGAGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ60TF U 1
AF RR3G254TF U 1
AF RR3A189TF U 23
AF RR3FM63TF U 252
BS 1 145 RR3CZ60TF
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GTTCAGTCTGTTAGTGACCAAGCCGTTGGACTTGGTGTCATTCGAGGAGTCAAACCAGAC
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GAGCTCCAGTTTTCGAAGTCAGGTCCTACTGTTATACTGCTTGCTGGGCTCCAAGGGGTC
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QA 1 643 1 643
DS 

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AGACTACCGTGTACACAGATCTGGAAGGAGAGACGACCAGGTAGGGCTGCGTTAAGTTCA
GCATTCACCGGAACCACCACCACCAATTCAGCTTCTCTCTCTTCTTCTAAGAACACCTCC
TCCACGAGGGAGATATGGAGTTGGGTGAAGAAATCGAAGACAGCTGTTGGACATGGAAGG
AGGAGGAGGAGTCAAGTGAGGGCGGAGATGTTTGGTCAGTTGACTAGTGGCCTCGAGGCT
GCTTGGACCAAACTCAAAGGAGAAGAGGTTTTGACAAAGGAGAATATTGCTGAGCCAATG
AGGGATATCAGAAGAGCTCTCCTTGAAGCTGATGTGAGCCTCCCAGTTGTTAGAAGATTT
GTTCAGTCTGTTAGTGACCAAGCCGTTGGACTTGGTGTCATTCGAGGAGTCAAACCAGAC
CAGCAGTTGGTCAAGATTGTACATGATGAGCTAGTGAAGCTGATGGGTGGAGAAGTATCT
GAGCTCCAGTTTTCGAAGTCAGGTCCTACTGTTATACTGCTTGCTGGGCTCCAAGGGGTC
GGGAAGACAACGGTTTGCGCTAAACTAGCTTGTTACCTAAAGAAGCAGGGAAAATCTTGC
ATGCTTATTGCTGGAGATGTGTACCGACCTGCCGCTATCGATCAACTTGTCATT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3A189TF 694 0 0
G
GGAGGCTCTGCAACTTTCGAGCCGTTTCTCTGTGAACAGACTACCGTGTACACAGATCTG
GAAGGAGAGACGACCAGGTAGGGCTGCGTTAAGTTCAGCATTCACCGGAACCACCACCAC
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GGTGAAGAAATCGAAGACAGCTGTTGGACATGGAAGGAGGAGGAGGAGTCAAGTGAGGGC
GGAGATGTTTGGTCAGTTGACTAGTGGCCTCGAGGCTGCTTGGACCAAACTCAAAGGAGA
AGAGGTTTTGACAAAGGAGAATATTGCTGAGCCAATGAGGGATATCAGAAGAGCTCTCCT
TGAAGCTGATGTGAGCCTCCCAGTTGTTAGAAGATTTGTTCAGTCTGTTAGTGACCAAGC
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CCGACCTGCCGCTATTGATCAACTTGTCATT
TT

QA 2 692 2 692
DS 

RD RR3FM63TF 766 0 0
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ACTCAAAGGAGAAGAGGTTTTGACAAAGGAGAATATTGCTGAGCCAATGAGGGATATCAG
AAGATCTCTCCTTGAAGCTGATGTGAGCCTCCCAGTTGTTAGAAGATTTGTTCAGTCTGT
CAGTGACCAAGCCGTTGGACTTGGTGTCATTCGAGGAGTCAAACCAGACCAGCAGTTGGT
CAAAATTGTACATGATGAGCTAGTGAAGCTGATGGGTGGAGAAGTATCCGAGCTCCAGTT
TTCTAAGTCAGGTCCTACTGTTATATTGCTTGCTGGGCTCCAAGGGGTCGGGAAGACAAC
GGTCTGCGCTAAACTAGCTTGTTACCTAAAGAAGCAGGGAAAATCTTGCATGCTTATTGC
TGGAGATGTGTACCGACCTGCCGCTATCGATCAACTTGTCATTTTAGGTGAACAGGTTAG
TGTACCGGTTTATACAGCAGGGACTGAAGTAAAACCTGCAGATATAGCTAAGGAAGGTCT
ACAAGAAGCTAAGAAGAACAATGTGGATGTTGTTATTATGGATACTGCAGGGAGACTTCA
GATAGATAAAGGGATGATGGATGAGTTAAAAGACGTGAAGAAGTTCTGACCCCACAGAAG
TGTTGCTAGTTGTTGATGCCATGACTGGACAGAAGCTGCAGCCTTGGTGACGACATCATG
TAGAGAGAGAAAGAGTTGCTGAGATCAGAAAACAGACACAGTGAGC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 4

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GGCCCATTCCATACTGACAATAAAATAATGACAAACTACGGCGCTATTCCGACGTCGTCT
CACGGCTCTCCGGTGGTAGACCTCGACTCAATCTCACGCGTCAAGCAACAAATCAAAGAC
GGACTCGCCACGCGCCGCCCATGGAGAGTGATGTTCGACTTCCACTCCATGAGGCT*CCC
TCGCGGCCTCTCCGACGCTTTCTCGAGAATCAAGAAGAACCTCGTCTACTTCCAGACGAA
CTACGCGATCGTCTTCTTGGTCGTGATCTTCTTCAGCCTTATCGAGCATCCCACGTCGCT
CATCGTCTTGACCGCGTTGGTCTTTGTCTGGATCTTTCTCTACTTCCTCCGCGACGAGCC
TATCAAGCTGTTTAGTTATCAGGTCGATGATAAGACGGTGTTGGTTTGCTTGTCGGTGAT
AACTCTTGTTTTGCTGTTCTTGACGAACGCGACGCTGAATATAGCTGGTGCGTTGTTGGT
CGGAGCTGTGTTGGTTTTGATCCATGCGGTTGTTAGGAAGACGGAGGATCTCTTCTTGGA
TGAAGAGGCGGCGATGGCTGAGACTCTCGCCTGACGTCATGTCCGTCGACTTGAACCGAC
TGATTGATCTGGAACTTTCATTTGTCGATTTTAGTTTTGTATATTATATTGTTTTTTTTT
TCTGTTTTATCATTTGATGTGTGATAATAACTTTTAATTTATTATATTGGGTGTGAGTTT
GGTTTGGGAGTTGGGACTCTTCCTTATCATTTGTTTTTGAGTTTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK34TF U 113
AF RR3A445TF U 1
AF RR3HB92TF U 54
AF RR3CO57TF U 30
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BS 177 177 RR3CO57TF
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GGCT*CCCTCGCGGCCTCTCCGACGCTTTCTCAAGAATCAAGAAGAACCTCGTCTACTTC
CAGACGAACTACGCGATCGTCTTCTTGGTCGTGATCTTCTTCAGCCTTATCGAGCATCCC
ACGTCGCTCATCGTCTTGACCGTGTTGGTCTTTGTCTGGATCTTCCTCTACTTCCTCTGC
GACGAGCCTATCAAGCTGTTTAGGTATCAGGTCGATGATAAGACGGTGTTGGTTTGCTTA
TCGGTGATAACTCTTGTTTTGCTGTTCTTGACGAACGCGACGCTGAATATAGCTGGTGCG
TTGTTGGTC

QA 1 369 1 369
DS 

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CACGGCTCTCCGGTGGTAGACCTCGACTCAATCTCACGCGTCAAGCAACAAATCAAAGAC
GGACTCGCCACGCGCCGCCCATGGAGAGTGATGTTCGACTTCCACTCCATGAGGCTTCCC
TCGCGGCCTCTCCGACGCTTTCTCGAGAATCAAGAAGAACCTCGTCTACTTCCAGACGAA
CTACGCGATCGTCTTCTTGGTCGTGATCTTCTTCAGCCTTATCGAGCATCCCACGTCGCT
CATCGTCTTGACCGCGTTGGTCTTTGTCTGGATCTTTCTCTACTTCCTCCGCGACGAGCC
TATCAAGCTGTTTAGTTATCAGGTCGATGATAAGACGGTGTTGGTTTGCTTGTCGGTGAT
AACTCTTGTTTTGCTGTTCTTGACGAACGCGACGCTGAATATAGCTGGTGCGTTGTTGGT
CGGAGCTGTGTTGGTTTTGATCCATGCGGTTGTTAGGAAGACGGAGGATCTCTTCTTGGA
TGAAGAGGCGGCGATGGCTGAGACTCTCGCCTGACGTCATGTCCGTCGACTTGAACCGAC
TGATTGATCTGGAACTTTCATTTGTCGATTTTAGTTTTGTATATTATATTGTTTTTTTTT
TCTGTTTTATCATTTGATGTGTGATAATAAC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3HB92TF 661 0 0
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CAAAGACGGACTCGCCACGCGCCGCCCATGGAGAGTTATGTTCGACTTCCACTCCATGAG
GCT*CCCTCGCGGCCTCTCCGACGCTTTCTCGAGAATCAAGAAGAACCTCGTCTACTTCC
AGACGAACTACGCGATCGTCTTCTTGGTCGTGATCTTCTTCAGCCTTATCGAGCATCCCA
CGTCGCTCATCGTCTTGACCGCGTTGGTCTTTGTCTGGATCTTTCTCTACTTCCTCCGCG
ACGAGCCTATCAAGCTGTTTAGTTATCAGGTCGATGATAAGACGGTGTTGGTTTGCTTGT
CGGTGATAACTCTTGTTTTGCTGTTCTTGACGAACGCGACGCTGAATATAGCTGGTGCGT
TGTTGGTCGGAGCTGTGTTGGTTTTGATCCATGCGGTTGTTAGGAAGACGGAGGATCTCT
TCTTGGATGAAGAGGCGGCGATGGCTGAGACTCTCGCCTGACGTCATGTCCGTCGACTTG
AACCGACTGATTGATCTGGAACTTTCATTTGTCGATTTTAGTTTTGTATATTATATTGTT
TTTTTTTTCTGTTTTATCATTTGATGTGTGATAATAACTTTTA*TTTATTATATTGGGTG
T

QA 1 661 1 661
DS 

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AATCTCACGCGTCAAGCAACAAATCAAAGACGGACTCGCCACGCGCCTCCCATGGAGAGT
GATGTTCGACTTCCACTCCATGAGGCT*CCCTCGCGGCCTCTCCGACGCTTTCTCGAGAA
TCAAGAAGAACCTCGTCTACTTCCAGACGAACTACGCGATCGTCTTCTTGGTCGTGATCT
TCTTCAGCCTTATCGAGCATCCCACGTCGCTCATCGTCTTGACCGCGTTGGTCTTTGTCT
GGATCTTTCTCTACTTCCTCCGCGACGAGCCTATCAAGCTGTTTAGTTATCAGGTCGATG
ATAAGACGGTGTTGGTTTGCTTGTCGGTGATAACTCTTGTTTTGCTGTTCTTGACGAACG
CGACGCTGAATATAGCTGGTGCGTTGTTGGTCGGAGCTGTGTTGGTTTTGATCCATGCGA
TTGTTAGGAAGACGGAGGATCTCTTCTTGGATGAAGAGGCGGCGATGGCTGAGACTCTCG
CCTGACGTCATGTCCGTCGACTTGAACCGACTGATTGATCTGGAACTTTCATTTGTCGAT
TTTAGTTTTGTATATTATATTGTTTTTTTTTTCTGTTT*ATCATTTGATGTGTGATAATA
ACTTTTAATTTATTATATTGGGTGTGAGTTTGGTTTGGGAGTTGGGACTCTTCCTTATCA
TTTGTTTTTGAGTTTTGTTT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 5

CO CL1726Contig1 1148 5 5 U
CATAAGTTGAACGATACATATAAGAACATATAGAAGGTACATAAAGACCACAAAGTTACA
TCATCACCATGTCATTGTACGAATATAAAACCAAAGAGTACAAAAGTGCATATCATCACA
CCAACTTATTAGTTCTGAAGGTAAATAGATAGAGAGATAGATGTACTCAATTTATTCAAA
GCTACTGCAGCAGCAATGTAGAGACACTGAACTTAGGTTGTAAGGATTGGAGGCAGGTAG
TCTACTTTGTTTCCGAGGATACGAGCCTTTGTGTCGGGGAAGAACTCAAATCCTGGAAGC
TCACTGATATTACCTTCATTGTCCACAGTAATCGGGTAGCGCAGCAAGTGGCCAGGAAGG
TCATGTTCCAGTGACTCGCTTGAGTAAAAGTCCCAGTACTTCTCAGCAATGCGGTTAACT
TTCTCAATGCATTCCAAGCTTGAGGGATCAAGGAATGTCTCATCAAGCATTCCCAAGTGT
TCGTACCAGAGTGACATACGGAAGCCATGGACTTGGCCACGAGCTGGTTGTCTATGTGAC
AAGTGATGTGGTTGATACCCTCCCATTGCTATCTCAGAGTCCCTTGCACCATCCATTGAC
CTCTGGTTGATGTTAGCAGACCCAACGATAATGTACTCATCATCAACGATCATCATTTTG
CTATGGACGTAGATCATGAAGCGACGTGCTTCTTGCGCCCTCATATAGTCCGTGTCACGG
TCTGGTCTCTCAGCAGGCTCATACTCTCCTTCTTTCTTGACCTCACGGTTTCCAAGGCAG
AATAATGTCAGATAGTTTCTAGGATCCTCCTCAAGCCCCTGTGCCCTGAGAGCCTGAGTA
ACATCCTTGTACATCATCTCCAAGGTCCTCCTCTGCCAATCCAATATAGCTTGCACCGAC
GCACTCTCCGGGATACCTTCAGGCCACGTCGGAACCACAACATAAACCCTAAACTTCTCT
CCTTTCTCGATCTTGTCAACGATCTTGAGAGACAACTCTTTTGGGATCAGATGCAGCGCA
TTGATCTCCTCAGGAGTGATACCATCAGCAGCCCATGCAAAAGAGCTCCCAAGGAAGTAC
TGGTTCTCGATATAGATGAAGTCTTTAGCACGTCTTATGGCGTGAATGTAAGCGTCCTGG
ATACTCCC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AS74JQ U 5
AF RR3AS74TF C 5
AF RR3GZ48JQ U 1
AF RR3GE42JQ U 13
AF RR3D215TF C 361
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C

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3AS74TF 561 0 0
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CACCATGTCATTGTACGAATATAAAACCAAAGAGTACAAAAGTGCATATCATCACACCAA
CTTATTAGTTCTGAAGGTAAATAGATAGAGAGATAGATGTACTCAATTTATTCAAAGCTA
CTGCAGCAGCAATGTAGAGACACTGAACTTAGGTTGTAAGGATTGGAGGCAGGTAGTCTA
CTTTGTTTCCGAGGATACGAGCCTTTGTGTCGGGGAAGAACTCAAATCCTGGAAGCTCAC
TGATATTACCTTCATTGTCCACAGTAATCGGGTAGCGCAGCAAGTGGCCAGGAAGGTCAT
GTTCCAGTGACTCGCTTGAGTAAAAGTCCCAGTACTTCTCAGCAATGCGGTTAACTTTCT
CAATACATTCCAAGCTTGAGGGATCAAGGAATGTCTCATCAAGCATTCCCAAGTGTTCGT
ACCAGAGTGACATACGGAAGCCATGGACTTGGCCACGAGCTGGTTGTCTATGTGACAAGT
GATGTGGTTGATACCCTCCC
C

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3GZ48JQ 669 0 0
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TCTACTTTGTTTCCGAGGATACGAGCCTTTGTGTCGGGGAAGAACTCAAATCCTGGAAGC
TCACTGATATTACCTTCATTGTCCACAGTAATCGGGTAGCGCAGCAAGTGGCCAGGAAGG
TCATGTTCCAGTGACTCGCTTGAGTAAAAGTCCCAGTACTTCTCAGCAATGCGGTTAACT
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AAGTGATGTGGTTGATACCCTCCCATTGCTATCTCAGAGTCCCTTGCACCATCCATTGAC
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CTATGGACG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3GE42JQ 720 0 0
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CCGAGGATACGAGCCTTTGTGTCGGGGAAGAACTCAAATCCTGGAAGCTCACTGATATTA
CCTTCATTGTCCACAGTAATCGGGTAGCGCAGCAAGTGGCCAGGAAGGTCATGTTCCAGT
GACTCGCTTGAGTAAAAGTCCCAGTACTTCTCAGCAATGCGGTTAACTTTCTCAATGCAT
TCCAAGCTTGAGGGATCAAGGAATGTCTCATCAAGCATTCCCAAGTGTTCGTACCAGAGT
GACATACGGAAGCCATGGACTTGGCCACGAGCTGGTTGTCTATGTGACAAGTAATGTGGT
TGATACCCTCCCATTGCTATCTCAGAGTCCCTTGCACCATCCATTGACCTCTGGTTGATG
TTAGCAGACCCAACGATAATGTACTCATCATCAACGATCATCATTTTGCTATGGACGTAG
ATCATGAAGCGACGTGCTTCTTGCGCCCTCATATAGTCCGTGTCACGGTCTGGTCTCTCA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3D215TF 788 0 0
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T*CTCAATGCATTCCAAGCTTGAGGGATCAAGGAATGTCTCATCAAGCATTCCCAAGTGT
TCGTACCAGAGTGACATACGGAAGCCATGGACTTGGCCACGAGCTGGTTGTCTATGTGAC
AAGTGATGTGGTTGATACCCTCCCATTGCTATCTCAGAGTCCCTTGCACCATCCATTGAC
CTCTGGTTGATGTTAGCAGACCCAACGATAATGTACTCATCATCAACGATCATCATTTTG
CTATGGACGTAGATCATGAAGCGACGTGCTTCTTGCGCCCTCATATAGTCCGTGTCACGG
TCTGGTCTCTCAGCAGGCTCATACTCTCCTTCTTTCTTGACCTCACGGTTTCCAAGGCAG
AATAATGTCAGATAGTTTCTAGGATCCTCCTCAAGCCCCTGTGCCCTGAGAGCCTGAGTA
ACATCCTTGTACATCATCTCCAAGGTCCTCCTCTGCCAATCCAATATAGCTTGCACCGAC
GCACTCTCCGGGATACCTTCAGGCCACGTCGGAACCACAACATAAACCCTAAACTTCTCT
CCTTTCTCGATCTTGTCAACGATCTTGAGAGACAACTCTTTTGGGATCAGATGCAGCGCA
TTGATCTCCTCAGGAGTGATACCATCAGCAGCCCATGCAAAAGAGCTCCCAAGGAAGTAC
TGGTTCTCGATATAGATGAAGTCTTTAGCACGTCTTATGGCGTGAATGTAAGCGTCCTGG
ATACTCCC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 4

CO CL1727Contig1 951 4 13 U
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CAATCTTCAAATCAAAAGGAAACATTCGTGTGGCCACGTACTTCCCTTCTGTAAACTTGA
GGAGATCCTCACAAGACGGCGAAACCGATCCCGCGGCATGTTTGGCAATGTTTGGTTCCT
TGGAGCTGCAGCCTGCACTGAATGCAGTTGTTGAATCAATGGTTGAGAGGTTAAGGACTC
ATAGCAGGAAATCAGGTGGCCGTTTCATAGCGGTAGACCTTAGAGTTGACGTACTTGATA
AGAAAAATTGCCATTCAACTGGTGTAGTAGGGTCCAAGACATGTTACAACGCGCAAGAGA
TTGCTGTATTCTTAAGGAAGCTTGGATTTGCTGGTGACACAACTATCTATCTCACTCAGC
CGAGATGGGACAGTAGCCTCAACATCCTTAAGGACATCTTCCCAAAAACGTTCACAAAGG
AGGCGATAATGCCAGCAAGTAAGAAATCAAAGTACCTTGAATCAGAGAGTTCAGAGTACG
AAAATGTTATTGACTTCTACATAAGCTCGAGAAGCGATGTGTTTGTTCCAGCCATATCAA
GTTTGTTTTATGCAAACATAGTTAGGAAGAGGATAGCTTTAGGTAAACCACAAGTGCTAG
TTCCAGCAGAAATCTCAGAGACATCTGGTCTTGCTACAGATTTCATCTCTCCTTACATCT
CAAAAAAGAACCATTTGGCTTATTCCTGCTTTTGTTGACCTTCTCACATTTCCAAATTGA
TCTTTAAGCATGGCCTTTCTCAGTTTTCACCAAATGTATGCAATTTAATTTTATTTCTGT
TCTTGTCTTTTTTTGTTATGTAAGGTGGTTGTTTCAGTATAAGTTGTTTTTCTTTCCAGG
TGAGTTTATCTTTGTTTGCCTTGTGTAGGAAAGAAAACTATTAAGGTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3FX01JQ C 284
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GAC
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GCCGAGATGGGACAGTAGCCTCAACATCCTTAAGGACATCTTCCCAAAAACGTTCACAAA
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CGAAAATGTTATTGACTTCTACATAAGCTCGAGAAGCGATGTGTTTGTTCCAGCCATATC
AAGTTTGTTTTATGCAAACATAGTTAGGAAGAGGATAGCTTTAGGTAAACCACAAGTGCT
ATTTCCAGCAGAAATCTCAGAGACATCTGGTCTTGCTACAGATTTCATCTCTCCTTACAT
CTCAAAAAAGAACCATTTGGCTTATTCCTGCTTTTGTTGACCTTCTCACATTTCCAAATT
GATCTTTAAGCATGGCCTTTCTCAGTTTTCACCAAATGTATGCAATTTAATTTTATTTCT
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AAG

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TTTAATTTTATTTCTGTTCTTGTCTTTTTTTGTTATGTAAGGTGGTTGTTTCAGTATAAG
TTGTTTTTCTTTCCAGGTGAGTTTATCTTTGTTTGCCATGTGTAGGAAAGAAAACTATTA
AGGTTTAC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 5

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AAAAACCTAATTTTTTCTCTCCCAAATCTATCAGCCGCCGTCGAACTTTCTTGACAGATC
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TTTTTTATCCTAATAAAAACAGTGTTAAGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3CS12TF U 1
AF RR3DS53TF U 2
AF RR3AJ88TF U 39
AF RR3AJ88JQ C 326
AF RR3DS53JQ C 592
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BS 98 100 RR3DS53TF
BS 101 708 RR3CS12TF
BS 709 797 RR3AJ88TF
BS 798 1110 RR3AJ88JQ

RD RR3CS12TF 708 0 0
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AAAAACCTAATTTTTTCTCTCCCAAATCTATCAGCCG***TCGAACTTTCTTGACAGATC
CTTGCTTCTCCGGCGTTCGGCGCTCCTCGCCGTCGTCTGGAGAGGCTTCTCTCAATCTCA
GTTATCCTTGTTCGCCTGCTTTAATCCTTTTTGCTGTTCTCCTGCTTTAGAGGAAGAAGC
TTTTCTATTTCTCCGGTTGGGTTTATGGTGTGGCTTATGTTGATTTTTATGTGTTTTGGT
TGTTTCTCTGCCATGAATGTCGTTCTCTGGGTGAAGCTTGACGGTATTCAGACCCGGTGG
CCCTCATACAGATCTGGCGGTGTAGAGCAACGGATGTTTATGGAGTTTAAGAATTGTGTT
CTTCTCCGGCTTCCGTATGTGTCTCTATTCGAGCAGATGGTTCTGTTTCGATCCTGTTTC
TGTAAGTTTTGGGTCCATTCGTGGTGGTTCTGATGTGGAAAGTGTGTTGGTTTTCTCGGT
ATTGGAGTAGCTTCTCTTCTATCCGCTTGTTTTTGGAGAATGCTCCGTCTGGAGCGTATA
TCTGCTTCAGTTCTCGTTCTCCTTGCTCGACATTCATCATGATGTGTTGTTGTCGGTTTG
TTTAGTTTTAGTTCTTTCTAAGAGTGGTGATTAGTCATGTCTTGGAAG

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3DS53TF 701 0 0
GG
GCAAATAAAAATGGATTAAATCCCATATGCTTTCAATAAAATATATTGTTGGTCGACAAA
AACCTAATTTTTTCTCTCCCAAATCTATCAGCCGCCGTCGAACTTTCTTGACAGATCCTT
GCTTCTCCGGCGTTCGGCGCTCCTCGCCGTCGTCTGGAGAGGCTTCTCTCAATCTCAGTT
ATCCTTGTTCGCCTGCTTTAATCCTTTTTGCTGTTCTCCTGCTTTAGAGGAAGAAGCTTT
TCTATTTCTCCGGTTGGGTTTATGGTGTGGCTTATGTTGATTTTTATGTGTTTTGGTTGT
TTCTCTGCCATGAATGTCGTTCTCTGGGTGAAGCTTGACGGTATTCAGACCCGGTGGTCC
TCATACAGATCTGGCGGTGTAGAGCAACGGATGTTTATGGAGTTTAAGAATTGTGTTCTT
CTCCGGCTTCCGTATGTGTCTCTATTCGAGCAGATGGTTCTGTTTCGATCCTGTTTCTGT
AAGTTTTGGGTCCATTCGTGGTGGTTCTGATGTGGAAAGTGTGTTGGTTTTCTCGGTATT
GGAGTAGCTTCTCTTCTATCCGCTTGTTTTTGGAGAATGCTCCGTCTGGAGCGTATATCT
GCTTCAGTTCTCGTTCTCCTTGCTCGACATTCATCATGATGTGTTGTTGTCGGTTTGTTT
AGTTTTAGTTCTTTCTAAGAGTGGTGATTAGTCATGTCT

QA 3 701 3 701
DS 

RD RR3AJ88TF 759 0 0
GA
AAAATATATTGTTGGTCGACAAAAACCTAATTTTTTCTCTCCCAAATCTATCAGCCGCCG
TCGAACTTTCTTGACAGATCCTTGCTTCTCCGGCGTTCGGCGCTCCTCGCCGTCGTCTGG
AGAGGCTTCTCTCAATCTCAGTTATCCTTGTTCGCCTGCTTTAATCCTTTTTGCTGTTCT
CCTGCTTTAGAGGAAGAAGCTTTTCTATTTCTCCGGTTGGGTTTATGGTGTGGCTTATGT
TGATTTTTATGTGTTTTGGTTGTTTCTCTGCCATGAATGTCGTTCTCTGGGTGAAGCTTG
ACGGTATTCAGACCCGGTGGCCCTCATACAGATCTGGCGGTGTAGAGCAACGGATGTTTA
TGGAGTTTAAGAATTGTGTTCTTCTCCGGCTTCCGTATGTGTCTCTATTCGAGCAGATGG
TTCTGTTTCGATCCTGTTTCTGTAAGTTTTGGGTCCATTCGTGGTGGTTCTGATGTGGAA
AGTGTGTTGGTTTTCTCGGTATTGGAGTAGCTTCTCTTCTATCCGCTTGTTTTTGGAGAA
TGCTCCGTCTGGAGCGTATATCTGCTTCAGTTCTCGTTCTCCTTGCTCGACATTCATCAT
GATGTGTTGTTGTCGGTTTGTTTAGTTTTAGTTCTTTCTAAGAGTGGTGATTAGTCATGT
CTTGGAAGTAAGGAATAATGCAGCTAATCTTTTGCTACTAAAGGTCATTGATTTCAATCA
TATGTAGCTGTGGGAGTTCTGCGTTGGCCCTCTCATA

QA 3 759 3 759
DS 

RD RR3AJ88JQ 785 0 0
TCTGGGTGAAGCTTGACGGTATTCAGACCCGGTGGCCCTCATACAGATCTGGCGGTGTAG
AGCAACGGATGTTTATGGAGTTTAAGAATTGTGTTCTTCTCCGGCTTCCGTATGTGTCTC
TATTCGAGCAGATGGTTCTGTTTCGATCCTGTTTCTGTAAGTTTTGGGTCCATTCGTGGT
GGTTCTGATGTGGAAAGTGTGTTGGTTTTCTCGGTATTGGAGTAGCTTCTCTTCTATCCG
CTTGTTTTTGGAGAATGCTCCGTCTGGAGCGTATATCTGCTTCAGTTCTCGTTCTCCTTG
CTCGACATTCATCATGATGTGTTGTTGTCGGTTTGTTTAGTTTTAGTTCTTTCTAAGAGT
GGTGATTAGTCATGTCTTGGAAGTAAGGAATAATGCAGCTAATCTTTTGCTACTAAAGGT
CATTGATTTCAATCATATGTAGCTGTGGGAGTTCTGCGTTGGCCCTCTCATATCAGGAAT
CATCTTCATTTAAGATGTCACAGCTTGGTTATCTAACGGGTCTATCGAGCATTCTCTGTT
CTGTCTCGACTCTTAGGTTTGTGAGACTCTGGGATCTCTTCTACCCCTCTATTGAGGATG
GTTTGTGAGACTCTGGGATATTTTTCTACCCTTCTATTGAGGATGGTTGTATGAATGCCT
ACTGGCGTTTTTCATTATTTATGTTTCGTCTTCAGTTCTTCTTCTCTAATTTTAGTACTG
TGTGCCATATGCGCATTTACTTTGAGTTGTAGTCCTTTTTTATCCTAATAAAAACAGTGT
TAAGC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3DS53JQ 515 0 0
GAGCGTATATCTGCTTCAGTTCTCGTTCTCCTTGCTCGACATTCATCATGATGTGTTGTT
GTCGGTTTGTTTAGTTTTAGTTCTTTCTAAGAGTGGTGATTAGTCATGTCTTGGAAGTAA
GGAATAATGCAGCTAATCTTTTGCTACTAAAGGTCATTGATTTCAATCATATGTAGCTGT
GGGAGTTCTGCGTTGGCCCTCTCATATCAGGAATCATCTTCATTTAAGATGTCACAGCTT
GGTTATCTAACGGGTCTATCGAGCATTCTCTGTTCTGTCTCGACTCTTAGGTTTGTGAGA
CTCTGGGATCTCTTCTACCCCTCTATTGAGGATGGTTTGTGAGACTCTGGGATATTTTTC
TACCCTTCTATTGAGGATGGTTGTATGAATGCCTACTGGCGTTTTTCATTATTTATGTTT
CGTCTTCAGTTCTTCTTCTCTAATTTTAGTACTGTGTGCCATATGCGCATTTACTTTGAG
TTGTAGTCCTTTTTTATCCTAATAAAAACAGTGTT

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 4

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ATACATATAACAATTGTCTTTAGAATTACAGTAACAATCTGAGCTCTTTAGGTAAAGGTC
AGAGAGAGAACAGTGGGAACCTTTTTTTCAAAGTGTTAAATAGACAAAAGCAGAGGATCC
TAATGTAACTACTTACACACAAGATTTACAATTTTGTTTTGTCTCTTCGAAATGGCATTG
ATCCTTGATCAACTTTCTTCCACCAAGTTGGTAGGCTCGCTTAGAACATACTTAGGTAAC
TCATACTTAGCACCTCTTTCGTCATAGCAGACAGTAAGATCATTGTTCTGAACAACGACT
CCTGCACTGTCCACGATTGCTTGCGCTAGAGATATGTCAGCTTCAGCGGCAGCACGAAGT
GCATCCCATATCTCTTTCGTACCACCATAGTGAGGAGCAGTGTCCCAAAACTCCTCTCTC
AGTTTCATAAGCTCAGCTTTACTGATCGGTTGAGTATGCTTCCACGGTTTAGGCTTCCTA
ATTTTCTTCACTGGCCCTTCTGCTTGAGACTGTGTCGATCCAGCACAACCCATCTCTGTT
CTTCCTTCTTCTTTCAATCGTTCAAGTACGGAAACAGAGAGACCACAAATGATGATTCAG
ACAAAACCCTTCATCGAAGCCAATCAAAGTCGTAAACTTTCCTTTTTAAAAATGAGAAAT
TTATCGAATCTTTAAGATCAAGACCGAGTTGGGGGATGAAGAAGATGATGAATCTGGGTG
GTGGTGTTAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G746JQ U 1
AF RR3D101JQ U 14
AF RR3G746TF C 124
AF RR3D101TF C 14
BS 1 36 RR3G746JQ
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BS 38 150 RR3G746JQ
BS 151 151 RR3D101JQ
BS 152 192 RR3G746JQ
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BS 646 699 RR3D101TF
BS 700 700 RR3G746TF
BS 701 733 RR3D101TF

RD RR3G746JQ 652 0 0
ATACATATAACAATTGTCTTTAGAATTACAGTAACATTCTGAGCTCTTTAGGTAAAGGTC
AGAGAGAGAACAGTGGGAACCTTTTTTTCAAAGTGTTAAATAGACAAAAGCAGAGGATCC
TAATGTAACTACTTACACACAAGATTTACA*TTTTGTTTTGTCTCTTCGAAATGGCATTG
ATCCTTGATCAATTTTCTTCCACCAAGTTGGTAGGCTCGCTTAGAACATACTTAGGTAAC
TCATACTTAGCACCTCTTTCGTCATAGCAGACAGTAAGATCATTGTTCTGAACAATGACT
CCTGCACTGTCCACGATTGCTTGCGCTAGAGATATGTCAGCTTCAGCGGCAGCACGAAGT
GCATCCCATATCTCTTTCGTACCACCATAGTGAGGAGCAGTGTCCCAAAACTCTTCTCTC
AGTTTCATAAGCTCAGCTTTACTGATCGGTTGAGTATGCTTCCACGGTTTAGGCTTCCTA
ATTTTCTTCACTGGCCCTTCTGCTTGAGACTGTGTCGATCCAGCACAACCCATCTCTGTT
CTTCCTTCTTCTTTCAATCGTTCAAGTACGGAAACAGAGAGACCACAAATGATGATTCAG
ACAAAACCCTTCATCGAAGCCAATCAAAGTCGTAAACTTTCCTTT
TTAAAAA

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3D101JQ 619 0 0
TTGTCTTTAGAATTACAGTAACAATCTGAGCTCTTTAGGTAAAGGTCAGAGAGAGAACAG
TGGGAACCTTTTTT*CAAAGTGTTAAATAGACAAAAGCAGAGGATCCTAATGTAACTACT
TACACACAAGATTTACAATTTTGTTTTGTCTTTTCGAAATGGCATTGATCCTTGATCAAC
TTTCTTCCACCAAGTTGGTAGGCTCGCTTAGAACATACTTAGGTAGCTCATACTTAGCAC
CTCTTTCGTCATAGCAGACAGTGAGATCATTGTTCTGAACAACGACTCCTGCACTGTCCA
CGATTGCTTGCGCTAGAGATATGTCAGCTTCAGCGGCAGCACGAAGTGCATCCCATATCT
CTTTGGTACCACCATAGTGAGGAGCAGTGTCCCAAAACTCCTCTCTCAGTTTCATAAGCT
CAGCTTTACTGATCGGTTGAGTATGCTTCCACGGTTTTGGCTTCCTAATTTTCTTCACTG
GCCCTTCTGCTTGAGATTGTGTCGATCCAGCACAACCCATCTCTGTTCTTCCTTCTTCTT
TCAATCGTTCAAGTACGGAAACAGAGAGACCACAAATGATGATTCAGACAAAACCCTTCG
TCGAAGCCAATCAAAGTCG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3G746TF 593 0 0
TGTAACTACTTACACACAAGATTTACA*TTTTGTTTTGTCTCTTCGAAATGGCATTGATC
CTTGATCAATTTTCTTCCACCAAGTTGGTAGGCTCGCTTAGAACATACTTAGGTAACTCA
TACTTAGCACCTCTTTCGTCATAGCAGACAGTAAGATCATTGTTCTGAACAATGACTCCT
GCACTGTCCACGATTGCTTGCGCTAGAGATATGTCAGCTTCAGCGGCAGCACGAAGTGCA
TCCCATATCTCTTTCGTACCACCATAGTGAGGAGCAGTGTCCCAAAACTCTTCTCTCAGT
TTCATAAGCTCAGCTTTACTGATCGGTTGAGTATGCTTCCACGGTTTAGGCTTCCTAATT
TTCTTCACTGGCCCTTCTGCTTGAGACTGTGTCGATCCAGCACAACCCATCTCTGTTCTT
CCTTCTTCTTTCAATCGTTCAAGTACGGAAACAGAGAGACCACAAATGATGATTCAGACA
AAACCCTTCATCGAAGCCAATCAAAGTCGTAAACTTTCCTTTTTAAAAATGAGAAATTTT
TCGAATCTTTAAGATCAAGACCGAGTTGGGGGATGAAGATGATGATGAATCT
C

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3D101TF 720 0 0
TTGTCTTTAGAATTACAGTAACAATCTGAGCTCTTTAGGTAAAGGTCAGAGAGAGAACAG
TGGGAAC**TTTTTTCAAAGTGTTAAATAGACAAAAGCAGAGGATCCTAATGTAACTACT
TACACACAAGATTTACAATTTTGTTTTGTCTTTTCGAAATGGCATTGATCCTTGATCAAC
TTTCTTCCACCAAGTTGGTAGGCTCGCTTAGAACATACTTAGGTAGCTCATACTTAGCAC
CTCTTTCGTCATAGCAGACAGTGAGATCATTGTTCTGAACAACGACTCCTGCACTGTCCA
CGATTGCTTGCGCTAGAGATATGTCAGCTTCAGCGGCAGCACGAAGTGCATCCCATATCT
CTTTGGTACCACCATAGTGAGGAGCAGTGTCCCAAAACTCCTCTCTCAGTTTCATAAGCT
CAGCTTTACTGATCGGTTGAGTATGCTTCCACGGTTTTGGCTTCCTAATTTTCTTCACTG
GCCCTTCTGCTTGAGATTGTGTCGATCCAGCACAACCCATCTCTGTTCTTCCTTCTTCTT
TCAATCGTTCAAGTACGGAAACAGAGAGACCACAAATGATGATTCAGACAAAACCCTTCG
TCGAAGCCAATCAAAGTCGTAAACTTTCCTTTTTAAAAATGAGAAATTTATCGAATCTTT
AAGATCAAGACCGAGTTGGGGGATGACGAAGATGATGAATCTGGGTGGTGGTGTTAATCC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 3

CO CL1730Contig1 1113 3 21 U
GGCAGCGAAACATCGAATCCAGCTTAGGAGAATGGCGATGTAAAACTATTTGTTCTCACA
GACCACAAAATTTTTTTTAAAAAAAAAACTTGACAGAGAGAGAGAGAGAGTTGGACTTGT
TTACCATCCTACAGAGCTAATGAAGCATCATAGTTCCATTCATAGAAGCAAAGCATAATA
CTCTCATGAAAACTTTTAAAATTAAAAAAAAAAAGAAATGACAAGTGACAAGAAGACAAG
AGTGAGAGAGGGTCCCAATGCTAGTTGTGTCCTCCTGGTTCATCATCATCAGCATCATCA
TCGTGAAAGTGTTTGAGGGCATTGAGAATCCGAGATTCCATTTTCCTGACACGAGCAAGC
AACCGATTGCAAGATGTAAGGTAACCCTTAACCTTGTCCTTCTGGCATTGATCCACATAA
ACCTCCATATCCCTCAGGAGATCCATCAGCTCGTCAACCACCTGAGAATACTCCATGACC
CGACCCGGGTCTCTCTCCACCACCTCCTCCAACTCTCTCCTCGCCCTTTCTAGCCACTCG
GCCGACAGGCGAATCCGTGCTTTCAGGGATTCGTAGCTACCATCATCAGAGGAGTAGAGT
TTGAAGACAGTACCTGGCTTGGTTTTGTAAAAGTGGAGAGCTTTGACATGACCCCGCGGC
TTGTGCTTCAAAGGTAGCTCTTTGACCGCACCTTCTTCCTCCAGTTCTAGATCAACTGGA
GCGGTGATGATTGGAGGGTATCGGTGGAGGCGAAGGAAGAACCAGCCGGAAGCTGCGACT
GCCACGGCGGGAACGATCAAGTGGCCACCGAATTGGATTTTGAAACCATTACTATTACTA
GGAGGAGGAGGAGGAGAAGGGTCAGAGGGTGAAATGGATGGAGAAGTGATGGCGAAGAGA
GAAATAGGGTTGGAAGGTCTGTAATAATGGCGAAAGGAGGAGGGCATCTTGTACTGACAA
TACGCCTTCACCACGCTTCCCATCTTGTAAAATGTTTTTTCGACTAATTCAATTTACTAC
CAACAACCCTAAACCCCCAATTTTCATCCTTTTGCTGCACCCCGCCACCACAATCAATCT
TCTTCTCTCCAGGTTCGTTCAACCGGCGACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DQ71JQ U 1
AF RR3BI04JQ U 80
AF RR3BI04TF C 396
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TTGTGCTTCAAAGGTAGCTCTTTGACCGCACCT

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ATGAAGCATCATAGTTCCATTCATAGAAGCAAAGCATAATACTCTCATGAAAACTTTTAA
AATTAAAAAAAAAAAGAAATGACAAGTGACAAGAAGACAAGAGTGAGAGAGGGTCC*AAT
GCTAGTTGTGTCCTCCTGGTTCATCGTCATCAGCATCATCATCGTGAAAGTGTTTGAGGG
CATTGAGAATCCGAGATTCCATTTTCCTGACACGAGCAAGCAACCGATTGCAAGATGTAA
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CCACCTCCTCCAACTCTCTCCTCGCCCTTTCTAGCCACTCGGCCGACAGGCGAATCCGTG
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AGTGGCCACCGAATTGGATTTTGAAACCATTACTATTACTAGGAGGAGGAGG
GGGGAG

QA 1 772 1 772
DS 

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TCTCCTCGCCCTTTCTAGCCACTCGGCCGACAGGCGAATCCGTGCTTTCAGGGATTCGTA
GCTACCATCATCAGAGGAGTAGAGTTTGAAGACAGTACCTGGCTTGGTTTTGTAAAAGTG
GAGAGCTTTGACATGACCCCGCGGCTTGTGCTTCAAAGGTAGCTCTTTGACCGCACCTTC
TTCCTCCAGTTCTAGATCAACTGGAGCGGTGATGATTGGAGGGTATCGGTGGAGGCGAAG
GAAGAACCAGCCGGAAGCTGCGACTGCCACGGCGGGAACGATCAAGTGGCCACCGAATTG
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GGATGGAGAAGTGATGGCGAAGAGAGAAATAGGGTTGGAAGGTCTGTAATAATGGCGAAA
GGAGGAGGGCATCTTGTACTGACAATACGCCTTCACCACGCTTCCCATCTTGTAAAATGT
TTTTTCGACTAATTCAATTTACTACCAACAACCCTAAACCCCCAATTTTCATCCTTTTGC
TGCACCCCGCCACCACAATCAATCTTCTTCTCTCCAGGTTCGTTCAACCGGCGACTCC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 4

CO CL1731Contig1 1646 4 16 U
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AATCACCTGTAACCGCTGCCGTGAAAGTTTACCCATCTCTACGCGAAGTAACTGGAACTC
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AGATGAGAGGAAGACCTTCTGGTTCTAGCAATTGGCAAAAGCGTCAAGCTTTAGGGTCGA
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CTGTGCCTGAGGATGCTTTGGAGACGTTTGATCAGATCAAGTGCTCTGCTGAACCTGAGT
CTGAAGGAAAAGTTAAAGATGGTTCGTCTTCTACCGATAATAAGCAGATGAAATTGACGC
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GGAATGATGCTGTTACTGGCCACATCATTTCTACTACTATTGGAAGCAAAAACGGTGAAC
CTAAACAGATCAAGTGCTCTGCTGAACCTGAGTCTGAAGGAAAAGTTAAAGATGGTTCGT
CTTCTCCCGATAATAAGCGGATGAAATTGACGCCTCTTGCAGATGCAAGCAACCCAATCA
TGGCTCACGATATGTCTGCTGCTGTTATAGAGGGGAATGATGCTGTTACCGGCCACATCA
TTTCTACTACTATTGGAGGCAAAAACGGTGAACCTAAACAGTTCCTGTTGTTGGTGGCTC
AAAAGAATCACAACACCAAGTTTTTCATGACAAACTCTCCTGACAACGTTCCTTCAGTTG
AACCGATCTGCTTTGCTCACTTGGCAGCTGCTCAGCTAGGAACGTTCATGAAGTTTGAAG
ATCAGTCTGAGACGTCCTCAAGCCATGGTGGGGTGACAGCTCCAGGACCAATCTCTGTTG
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AAGTATCTTTCGTATGTGCAGCAGTCTGTTTTTCTGAAGCTCGTTTAATTACTCTTTTAT
CGTTGGGATCTTTTCTTTTGAAGTGGTTAAAAGGCAACTAAACAATAGGCAACTATAATT
CACGTTCAACTTTTGTCTGCGTTTTCTTATTTTAAGATGTAGTTGCTGTCTTTCTTGATC
TTTGATTATAGTTGCTATCTTTGCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3GO41TF U 1
AF RR3DG86TF U 331
AF RR3H303TF U 871
AF RR3DG86JQ C 999
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BS 1339 1646 RR3DG86JQ

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AATCACCTGTAACCGCTGCCGTGAAAGTTTACCCATCTCTACGCGAAGTAACTGGAACTC
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GAGGAGCGCAC
AAAATTTG

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DS 

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CGGG
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CGGAGGGGGAGCGCCTACTGTTAAGAAGATGAGAGGAAGACCTTCTGGTTCTAGCAATTG
GCAAAAGCGTCAAGCTTTAGGGTCGACCGAAGTGGGATTCGCGCCTCATGTTCTTACCGT
GGGGACTGGAGAGGTCTCTCTATCTAACGACTCAGAGAGAGCTTTGGCTGAAGTGGAATC
TCTGGTTGAGAAGGAAGAGAAAGAAGTAGAAGGAGCCATCAGAGAGATTGTAGAAGAAGA
GGATGGAAACGGCTTCAGTGCGGTAGGAGGAGCGCACTAAAATTTGAAACGCGCGGAGAA
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CGATAATAAGCAGATGAAATTGACGCCTCTTGCAGAAGCAAGCAACCCAATCATGGCTCA
GGATATGTCTGCTGCTGTTATAGGGGGGAATGATGCTGTTACTGGCCACATCATTTCTAC
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TGAAG**AAAGTTAAAGATGGTTCGTCTTCTCCCGATA*TAAGCGGATGAAATTGACGCC
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GAATGATGC

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G
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TACTACTATTGGAAGCAAAAACGGTGAACCTAAACAGATCAAGTGCTCTGCTGAACCTGA
GTCTGAAGGAAAAGTTAAAGATGGTTCGTCTTCTCCCGATAATAAACGGATGAAATTGAC
GCCTCTTGCAGATGCAAGCAACCCAATCATGGCTCACGATATGTCTGCTGCTGTTATAGA
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AAACTCTCCTGACAACGTTCCTTCAGTTGAACCGATCTGCTTTGCTCACTTGGCAGCTGC
TCAGCTAGGAACGTTCATGAAGTTTGAAGATCAGTCTGAGACGTCCT

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DS 

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GCAGATGCAAGCAACCCAATCATGGCTCAGGATATGTCTGCTGCTGTTATAGAGGGGAAT
GATGCTGTTACTGGCCACATCATTTCTACTACTATTGGAGGCAAAAACGGTGAACCTAAA
CAGTTCCTGTTGTTGGTGGCTCAAAAGAATCACAACACCAAGTTTTTCATGACAAACTCT
CCTGACAACGTTCCTTCAGTTGAACCGATCTGCTTTGCTCACTTGGCAGCTGCTCAGCTA
GGAACGTTCATGAAGTTTGAAGATCAGTCTGAGACGTCCTCAAGCCATGGTGGGGTGACA
GCTCCAGGACCAATCTCTGTTGCGCAGCTCCCTAAACTCAAAGACAACATCGCCAATTCC
ATGTTCTTCTGTTAGGTGGAAGAAGTATCTTTCGTATGTGCAGCAGTCTGTTTTTCTGAA
GCTCGTTTAATTACTCTTTTATCGTTGGGATCTTTTCTTTTGAAGTGGTTAAAAGGCAAC
TAAACAATAGGCAACTATAATTCACGTTCAACTTTTGTCTGCGTTTTCTTATTTTAAGAT
GTAGTTGCTGTCTTTCTTGATCTTTGATTATAGTTGCTATCTTTGCCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 5

CO CL1732Contig1 1958 5 14 U
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TACAACAAGCACCTCGATCCGCGGCTAACATGCTGCTAACACCACATGACTAAAAATACT
TATTTTGGTTTTACTGATTTCAGATATTATACTTCTACAACTTAATCCAGATGAAGTAAA
ACTAAACATCTGCAACATCTTTTAACTCCTCTGATTTGCTCTCCTCGGAAACCAAGGAAT
TTGATGGTTCAGAACTTGCTTCAGTAGCAGCAGAGATGGAGTTCACCGACTCTGGCGGTG
CCTCTGAATCCACATAAGCTGCTTTGTCACTTTCGACACATTTCTTACCATCTCCTTTAA
TGTCAGATTCTGAGACAGAGCACTTGGGCGCCGGTTCGTCTAAACCACCAACTGTTGGAT
CCTCAGTTTGCAAGCTTTCCGCATTCTCTTTGTCGGAAGTTAATGCTGAAGATAAATGGT
CTTGTTGCTCCTTTGCTTCTTCTTTCTCTCCCAAGACGCCGAGAGTCGCATTATCTTCAG
AACTGTTACTAGCATTACCAACTTCCCCCAGGGGCGTGGGCTCCTTAGTTTCATCTAGAT
TTGGGGACAAATTCTCTGGCTGAGCCAGAACATTTATACCGCTGGCTTCACCACCAATGA
TGTCTCTATCGTCCGATGGGTCCTCAGCCTTTTTCTCTTCCTCTGAACTTAAGGCTGAAG
ATACATGCTCTTGTTGATCCTTTGATTCTTCTTTTTCCTCCAAGACACCAATGGCCACAT
TATCTTCAGACTGGCCGCTTGCATTACCAACTTCCTCCATCTGTGTGGGCACCTCAGTTT
CAACTAAATTCATGGACGAATCCTCTGGCTGAACCGAAACATTAATACCGCTGGCTTCAC
CTTCGGTCATGTTTATCTCTTCCGGTGGGTTATCGGCCTTAGTCTCTTCCTCAGAACCTA
ATGCTGAAAAATCTTTTTGATCCTTTGATTCTTCTTTCTCCTCCAAGGCCACATTATCTT
CAGACTTGTCGCCTGCTTTACCAACTTCCCTCATCTGTATGGACTCCTCAGTTTCAACTA
AATTCCTGGACAGATCCTCTGGCTCAACTGAAACATTTATACCGCTGGCTTCACAATCAA
TCATGTCTGTATCGTCCGATGGGTTCTCAGCTTTGTTCTCTTCCTCTGAACTTAATGCTG
AAGACAAAGGCTCCTGTTGATCCTTTGGTTCTTCTTTTTCATCCAAGACACCAACGGCAA
CGTTGTCTTCAACCAGGTCGCTAGCATTACCAACTTCCCCTACCTGTATTGGCTCCTCAG
TTTCAACTAGATTCATGGACAAATCCTCGGGCTGAACCGAAACATTAATACCGCTGGCTT
CACCATCAATCATGTTTCCCTCGTCCTGTGGGTTCTCGGCCTTAATATCTTCCTCTGAAC
TTAATGCAGCAGGCAAGTCCTCTCCTTGATCATTTGATTCTTCTTTTTCCTTGTCTTCAG
ACTGGTCGCTTGCATTACCAACTTCCCCTACCTGTGTGGGCTCCTCAGTTTCAACTAGGT
TCATAGACAAATCCTCTGGATGAGCCAAAACATTTATACCGCTGGCATCACCATCAATCA
TGTCTCTATCATCCGATGGATTCTCAGCTTTGTTCTCTTCCTCTGAACTTAATGCTATAG
ACGAATGCTCTTGCTGATCCTTTGATTCTTCTTTTTCTCCCAAGACACTAACGGCCACAT
TCTCAGAATGGTCACTTGCATCACCGACTTTTCCCATCTCTGCAGGCTCCTCAGTTTCAA
CTAGATTACCGACTTTTTCCATCTCTGCAGGCTCCTCAGTTTCAACTAGATTCATGGACA
AATCCTCTGGCTGAGCCGAAGCATTCACACCGCTAGCTTCACCATCAATCATGTTTCCCT
CGTCCGATGGGTTATCGGCCTTAGTATCGTCCCGCTTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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TATTTTGGTTTTACTGATTTCAGATATTATACTTCTACAACTTAATCCAGATGAAGTAAA
ACTAAACATCTGCAACATCTTTTAACTCCTCTGATTTGCTCTCCTCGGAAACCAAGGAAT
TTGATGGTTCAAAACTTGCTTCAGTAGCAGCAGAAATGGAGTTCACCGACCCTGGCGGTG
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CTTGTTGCTCCTTTGCTTCTTCTTTCTCTCCCAAGACGCCGAGAGTCGCATTATCTTCAG
AACTGTTACTAGCATGACCAACTTCCCCCAGGGGCGTGGGCTCCTTAGTTTCATCTAGAT
TTGGGGACAAATTCTCTGGCTGAGCCAGAACATTTATACCGCTGGCTTCACCACCAATGA
TGTCTCTATCGTCCGATGGGTCCTCAGCCTTTTTCTCTTCCTCTGAACTTAAGGCTGAAG
ATACATGCTCTTGTTGATCCTTTGATTCTT
AT

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DS 

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G
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GAAACCAAGGAATTTGATGGTTCAGAACTTGCTTCAGTAGCAGCAGAGATGGAGTTCACC
GACTCTGGCGGTGCCTCTGAATCCACATAAGCTGCTTTGTCACTTTCGACACATTTCTTA
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CCAACTGTTGGATCCTCAGTTTGCAAGCTTTCCGCATTCTCTTTGTCGGAAGTTAATGCT
GAAGATAAATGGTCTTGTTGCTCCTTTGCTTCTTCTTTCTCTCCCAAGACGCCGAGAGTC
GCATTATCTTCAGAACTGTTACTAGCATTACCAACTTCCCCCAGGGGCGTGGGCTCCTTA
GTTTCATCTAGATTTGGGGACAAATTCTCTGGCTGAACCAGAACATTTATACCGCTGGCT
TCACCACCAATGATGTCTCTATCGTCCGATGGGTCCTCAGCCTTTTTCTCTTCCTCTGAA
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CCAATGGCCACATTATCTTCAGACTGGCCGCTTGCATTACCAACTTCCTCCATCTGTGTG
GGCACCTCAGTTTCAACTAAATTCATGGACGAATCCTCTGGCTGAACCGAAACATTAATA
CCGCTGGCTTCACC

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TGTCACTTTCGACACATTTCTTACCATCTCCTTTAATGTCAGATTCTGAGACAGAGCACT
TGGGCGCCGGTTCGTCTAAACCACCAACTGTTGGATCCTCAGTTTGCAAGCTTTCCGCAT
TCTCTTTGTCGGAAGTTAATGCTGAAGATAAATGGTCTTGTTGCTCCTTTGCTTCTTCTT
TCTCTCCCAAGACGCCGAGAGTCGCATTATCTTCAGAACTGTTACTAGCATTACCAACTT
CCCCCAGGGGCGTGGGCTCCTTAGTTTCATCTAGATTTGGGGACAAATTCTCTGGCTGAG
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CAGCCTTTTTCTCTTCCTCTGAACTTAAGGCTGAAGATACATGCTCTTGTTGATCCTTTG
ATTCTTCTTTTTCCTCCAAGACACCAATGGCCACATTATCTTCAGACTGGCCGCTTGCAT
TACCAACTTCCTCCATCTGTGTGGGCACCTCAGTTTCAACTAAATTCATGGACGAATCCT
CTGGCTGAACCGAAACATTAATACCGCTGGCTTCACCTTCGGTCATGTTTATCTCTTCCG
GTGGGTTATCGGCCTTAGTCTCTTCCTCAGAACCTAATGCTGAAGAATCTTTTTGATCC
C

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DS 

RD RR3CZ06JQ 629 0 0
GCATTACCAACTTCCTCCATCTGTGTGGGCACCTCAGTTTCAACTGGATTCATGGACGAA
TCCTCTGGCTGAACCGAAACATTAATACCGCTGGCTTCACCTTCGGTCATGTTTATCTCT
TCCGGTGGGTTATCGGCCTTAGTCTCTTCCTCAGAACCTAATGCTGAAAAATCTTTTTGA
TCCTTTGATTCTTCTTTCTCCTCCAAGGCCACATTATCTTCAGACTTGTCGCCTGCTTTA
CCAACTTCCCTCATCTGTATGGACTCCTCAGTTTCAACTAAATTCCTGGACAGATCCTCT
GGCTCAACTGAAACATTTATACCGCTGGCTTCACAATCAATCATGTCTGTATCGTCCGAT
GGGTTCTCAGCTTTGTTCTCTTCCTCTGAACTTAATGCTGAAGACAAAGGCTCCTGTTGA
TCCTTTGGTTCTTCTTTTTCATCCAAGACACCAACGGCAACGTTGTCTTCAACCAGGTCG
CTAGCATTACCAACTTCCCCTACCTGTATTGGCTCCTCAGTTTCAACTAGATTCATGGAC
AAATCCTCGGGCTGAACCGAAACATTAATACCGCTGGCTTCACCATCAATCATGTTTCCC
TCGTCCTGTGGGTTCTCGGCCTTAATATC

QA 1 629 1 629
DS 

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CCCCTACCTGTATTGGCT
CTCAGTTTCAACTAGATTCATGGACAA*TCCTCGGGCTGAACCGAAACATTTATACCGCT
GGCTTCACCATCAATCATGTTTCCCTCGTCCTGTGGGTTCTCGGCCTTAATATCTTCCTC
TGAACTTAATGCAGCAGGCAAGTCCTCTCCTTGATCATTTGATTCTTCTTTTTCCTTGTC
TTCAGACTGGTCGCTTGCATTACCAACTTCCCCTACCTGTGTGGGCTCCTCAGTTTCAAC
TAGGTTCATAGACAAATCCTCTGGATGAGCCAAAACATTTATACCGCTGGCATCACCATC
AATCATGTCTCTATCATCCGATGGATTCTCAGCTTTGTTCTCTTCCTCTGAACTTAATGC
TATAGACGAATGCTCTTGCTGATCCTTTGATTCTTCTTTTTCTCCCAAGACACTAACGGC
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TTCAACTAGATTACCGACTTTTTCCATCTCTGCAGGCTCCTCAGTTTCAACTAGATTCAT
GGACAAATCCTCTGGCTGAGCCGAAGCATTCACACCGCTAGCTTCACCATCAATCATGTT
TCCCTCGTCCGATGGGTTATCGGCCTTAGTATCGTCCCGCTTC

QA 19 661 19 661
DS 



AS 1 4

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CAATTCCATCTGGTAAAATTTCAATCCTGATCCGGGAGGCTCGATTATTATTTTTGGGAA
ATGGTGTTGGTATTGGCATTGGGGGATATTCATGTACCCCAAAGAGCGGCTGATCTACCC
CCAAAGTTCAAATCCATGCTTGTTCCTGGCAAGATTCAACACATCTTCTGCACTGGCAAC
CTCTCCATCAAAGAAATACATGACTACTTGAAGACAATCTGCTCTGATTTGCATATAGTT
AGAGGCGAGTTTGACGAAGATGCACGTTACCCCGACACTAAAACCTTGTCTATTGGCCAA
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GCCATGCTTCAGAGACAGCTCGACGTGGACATACTTGTCACTGGACATACCCACCAGTTC
ACTGCCTACAAACACGAGGGAGGTGTCGTCATCAACCCCGGCTCTGCTACTGGAGCTTAC
AGCACCATTAACCAAGATGTTAACCCCAGCTTTGTTCTTATGGATATCGATGGCCTTCGT
GTTGTCGTCTATGTCTACGAGCTCATCGATGGTGAGGTTAAAGTCGACAAGATCGATTTC
AAGAAGGCCTCTTCCACTTCTGCTCCTTAATAAAATTTAAACCCGTTTTGGAACTTTCTT
TAGCTTCAATAATCTTTTTAAATACTTTGAACCCACTGAGAACAATCAATGTTTTATTTG
TAATGTTGACACTCATCATAAAAGACTTTT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3CF24TF U 1
AF RR3DD50TF U 8
AF RR3CF24JQ C 111
AF RR3DD50JQ C 287
BS 1 662 RR3CF24TF
BS 663 728 RR3DD50TF
BS 729 729 RR3CF24JQ
BS 730 738 RR3DD50TF
BS 739 739 RR3CF24JQ
BS 740 760 RR3DD50TF
BS 761 810 RR3CF24JQ

RD RR3CF24TF 662 0 0
GGATCAGACAGAACTACAAGAAAAAAATCAAGGATCTCCCATGGACGATCTCTGAGAAAC
CAATTCCATCTGGTAAAATTTCAATCCTGATCCGGGAGGCTCGATTATTATTTTTGGGAA
ATGGTGTTGGTATTGGCATTGGGGGATATTCATGTACCCCAAAGAGCGGCTGATCTACCC
CCAAAGTTCAAATCCATGCTTGTTCCTGGCAAGATTCAACACATCTTCTGCACTGGCAAC
CTCTCCATCAAAGAAATACATGACTACTTGAAGACAATCTGCTCTGATTTGCATATAGTT
AGAGGCGAGTTTGACGAAGATGCACGTTACCCCGACACTAAAACCTTGTCTATTGGCCAA
TTCAAGCTCGGTCTCTGCCACGGCCACCAGGTGATCCCATGGGGCGATTTAGACTCACTA
GCCATGCTTCAGAGACAGCTCGACGTGGACATACTTGTCACTGGACATACCCACCAGTTC
ACTGCCTACAAACACGAGGGAGGTGTCGTCATCAACCCCGGCTCTGCTACTGGAGCTTAC
AGCACCATTAACCAAGATGTTAACCCCAGCTTTGTTCTTATGGATATCGATGGCCTTCGT
GTTGTCGTCTATGTCTACGAGCTCATCGATGGTGAGGTTAAAGTCGACAAGATCGATTTC
AA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3DD50TF 753 0 0
GG
AGAACTACAAGAAAAAAATCAAGGATCTCCCATGGACGATCTCTGAGAAACCAATTCCAT
CTGGTAAAATTTCAATCCTGATCCGGGAGGCTCGATTATTATTTTTGGGAAATGGTGTTG
GTATTGGCATTGGGGGATATTCATGTACCCCAAAGAGCGGCTGATCTACCCCCAAAGTTC
AAATCCATGCTTGTTCCTGGCAAGATTCAACACATCCTCTGCACTGGCAACCTCTCCATC
AAAGAAATACATGACTACTTGAAGACAATCTGCTCTGATTTGCATATAGTTAGAGGCGAG
TTTGACGAAGATGCACGTTACCCCGACACTAAAACCTTGTCTATTGGCCAATTCAAGCTC
GGTCTCTGCCACGGCCACCAGGTGATCCCATGGGGCGATTTAGACTCACTAGCCATGCTT
CAGAGACAGCTCGACGTGGACATACTTGTCACTGGACATACCCACCAGTTCACTGCCTAC
AAACACGAGGGAGGCGTCGTCATCAACCCCGGCTCTGCTACTGGAGCTTACAGCACCATT
AACCAAGATGTTAACCCCAGCTTTGTTCTTATGGATATCGATGGCCTTCGTGTTGTCGTC
TATGTCTACGAGCTCATCGATGGTGAGGTTAAAGTCGACAAGATCGATTTCAAGAAGGCC
TCTTCCACTTCTGCTCCTTAATAAAATTTAAACCCGTTTTGGAACTTTCTTTAGCTTCA*
TAATCTTTT*AAATACTTTGAACCCACTGAG

QA 3 753 3 753
DS 

RD RR3CF24JQ 700 0 0
TTTTTGGGAAATGGTGTTGGTATTGGCATTGGGGGATATTCATGTACCCCAAAGAGCGGC
TGATCTACCCCCAAAGTTCAAATCCATGCTTGTTCCTGGCAAGATTCAACACATCTTCTG
CACTGGCAACCTCTCCATCAAAGAAATACATGACTACTTGAAGACAATCTGCTCTGATTT
GCATATAGTTAGAGGCGAGTTTGACGAAGATGCACGTTACCCCGACACTAAAACCTTGTC
TATTGGCCAATTCAAGCTCGGTCTCTGCCACGGCCACCAGGTGATCCCATGGGGCGATTT
AGACTCACTAGCCATGCTTCAGAGACAGCTCGACGTGGACATACTTGTCACTGGACATAC
CCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGTGTCGTCATCAACCCCGGCTCTGCTAC
TGGAGCTTACAGCACCATTAACCAAGATGTTAACCCCAGCTTTGTTCTTATGGATATCGA
TGGCCTTCGTGTTGTCGTCTATGTCTACGAGCTCATCGATGGTGAGGTTAAAGTCGACAA
GATCGATTTCAAGAAGGCCTCTTCCACTTCTGCTCCTTAATAAAATTTAAACCCGTTTTG
GAACTTTCTTTAGCTTCAATAATCTTTTTAAATACTTTGAACCCACTGAGAACAATCAAT
GTTTTATTTGTAATGTTGACACTCATCATAAAAGACTTTT

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DS 

RD RR3DD50JQ 524 0 0
ATTTGCATATAGTTAGAGGCGAGTTTGAGGAAGATGCACGTTACCCCGACACTAAAACCT
TGTTTATTGGCCAATTCAAGCTCGGTTTTTGCCACGGCCACCAGGTGATCCCATGGGGCG
ATTTAGACTCACTAGCCATGCTTCAGAGACAGCTCGACGTGGACATACTTGTCACTGGAC
ATACCCACCAGTTCACTGCCTACAAACACGAGGGAGGGGTCGTCATCAACCCCGGTTTTG
CTACTGGAGCTTACAGCACCATTAACCAAGATGTTAACCCCAGCTTTGTTTTTATGGATA
TCGATGGCCTTCGTGTTGTCGTCTATGTTTACGAGCTCATCGATGGTGAGGTTAAAGTCG
ACAAGATCGATTTCAAGAAGGCCTCTTCCACTTTTGCTCCTTAATAAAATTTAAACCCGT
TTTGGAACTTTCTTTAGCTTCAATAATCTTTTTAAATACTTTGAACCCACTGAGAACAAT
CACTGTTTTATTTGTAATGTTGACACTCATCATAAAAGACTTTT

QA 1 524 1 524
DS 



AS 1 4

CO CL1734Contig1 768 4 7 U
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CATCATCACCATCTCCAGCTTCTTCGTCTCAGCAAGAAACTAGTTTGATTCAGCCATGGC
TAATGCAGCGTCAGGAATGGCGGTCCACGACGACTGCAAACTCAAGTTTCTTGAATTGAA
GGCCAAGAGGACATACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAGCAAGTGGT
CGTTGAGAAACTCGGAGAGCCTGGTCAATCCCATGACGACTTTGCAGCGAGTCTTCCAGC
TGATGAATGCCGATACGCCATCTTCGATTTTGATTTCGTCACTGCTGAGAACTGCCAAAA
GAGCAAGATCTTCTTCGTTGCATGGTCTCCGGACACGGCAAGAGTGAGAAGCAAGATGAT
CTACGCGAGCTCTAAGGACAGGTTCAAGAGAGAGCTAGACGGGATTCAAGTAGAGCTTCA
AGCTACCGATCCAACCGAGATGGATCTTGATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAATTGAGGAAC
GGTTGAACCGAACTTATTTTCTCTATTGTTACCGAGTGATATGCTTTTACCTAAGGTTTG
CTGTGACAGCAACTGCCAAAAACAGCTACATTTTATCAGTCTCTGTCTTTATTTTGTTTT
GGTCCTTACAGTCTTGTCTTAAAACTAAAGAGATCTGGCGTGTGCTCTTTTACCTTTGTG
TAAAACCCTTTATCAAAGATGAATCCTATAGGCACGCTTCGTCTTTGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A451TF U 1
AF RR3AM64TF U 1
AF RR3EZ70TF U 36
AF RR3EZ70JQ C 37
BS 1 54 RR3A451TF
BS 55 55 RR3EZ70TF
BS 56 486 RR3A451TF
BS 487 607 RR3AM64TF
BS 608 608 RR3EZ70TF
BS 609 724 RR3AM64TF
BS 725 768 RR3EZ70JQ

RD RR3A451TF 486 0 0
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TAATGCAGCGTCAGGAATGGCGGTCCACGACGACTGCAAACTCAAGTTTCTTGAATTGAA
GGCCAAGAGGACATACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAGCAAGTGGT
CGTTGAGAAACTCGGAGAGCCTGGTCAATCCCATGACGACTTTGCAGCGAGTCTTCCAGC
TGATGAATGCCGATACGCCATCTTCGATTTTGATTTCGTCACTGCTGAGAACTGCCAAAA
GAGCAAGATCTTCTTCGTTGCATGGTCTCCGGACACGGCAAGAGTGAGAAGCAAGATGAT
CTACGCGAGCTCTAAGGACAGGTTCAAGAGAGAGCTAGACGGGATTCAAGTAGAGCTTCA
AGCTAC

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR3AM64TF 731 0 0
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CATCATCACCATCTCCAGCTTCTTCGTCTCAGCAAGAAACTAGTTTGATTCAGCCATGGC
TAATGCAGCGTCAGGAATGGCGGTCCACGACGACTGCAAACTCAAGTTTCTTGAATTGAA
GGCCAAGAGGACATACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAGCAGAAGCAAGTGGT
CGTTGAGAAACTCGGAGAGCCTGGTCAATCCCATGACGACTTTGCAGCGAGTCTTCCAGC
TGATGAATGCCGATACGCCATCTTCGATTTTGATTTCGTCACTGCTGAGAACTGCCAAAA
GAGCAAGATCTTCTTCGTTGCATGGTCTCCGGACACGGCAAGAGTGAGAAGCAAGATGAT
CTACGCGAGCTCTAAGGACAGGTTCAAGAGAGAGCTAGACGGGATTCAAGTAGAGCTTCA
AGCTACCGATCCAACCGAGATGGATCTTGATGTTTTCAAAAGCCGAGCCAATTGAGGAAC
GGTTGAACCGAACTTATTTTCTCTATTGTTACCGAGTGATATGCTTTTACCTAAGGTTTG
CTGTGACGGCAACTGCCAAAAACAGCTACATTTTATCAGTCTCTGTCTTTATTTTGTTTT
GGTCCTTACAGTCTTGTCTTAAAACTAAAGAGATCTGGCGTGTGCTCTTTTACCTTTGTG
TAAA
ACCCTTT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3EZ70TF 703 0 0
GACAC
CGAATAAAAAAAAAAGACTTCATCATCACCATCTCCAGCTTCTTCGTCTCAGCAAGAAAC
TAGTTTGATTCAGCCATGGCTAATGCAGCGTCAGGAATGGCGGTCCACGACGACTGCAAA
CTCAAGTTTCTTGAATTGAAGGCCAAGAGGACATACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAG
GAGCAGCAGAAGCAAGTGGTCGTTGAGAAACTCGGAGAGCCTGGTCAATCCCATGACGAC
TTTGCAGCGAGTCTTCCAGCTGATGAATGCCGATACGCCATCTTCGATTTTGATTTCGTC
ACTGCTGAGAACTGCCAAAAGAGCAAGATCTTCTTCGTTGCATGGTCTCCGGACACGGCA
AGAGTGAGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGACAGGTTCAAGAGAGAGCTAGAC
GGGATTCAAGTAGAGCTTCAAGCTACCGATCCAACCGAGATGGATCTTGATGTTTTCAAA
AGCCGAGCCAATTGAGGAACGGTTGAACCGAACTTATTTTCTCTATTGTTACCGAGTGAT
ATGCTTTTACCTAAAGTTTGCTGTGACAGCAACTGCCAAAAACAGCTACATTTTATCAGT
CTCTGTCTTTATTTTGTTTTGGTCCTTACAGTCTTGTCTTAAA*CTAAAGAGATCTGGCG
TGTGCTCTTT*ACCTTTGTGTAAA
CCCTTTATCAAAGA

QA 6 689 6 689
DS 

RD RR3EZ70JQ 732 0 0
GACACGAATA
AAAAAAAAAGACTTCATCATCACCATCTCCAGCTTCTTCGTCTCAGCAAGAAACTAGTTT
GATTCAGCCATGGCTAATGCAGCGTCAGGAATGGCGGTCCACGACGACTGCAAACTCAAG
TTTCTTGAATTGAAGGCCAAGAGGACATACCGTTTCATCGTTTACAAGATCGAGGAGCAG
CAGAAGCAAGTGGTCGTTGAGAAACTCGGAGAGCCTGGTCAATCCCATGACGACTTTGCA
GCGAGTCTTCCAGCTGATGAATGCCGATACGCCATCTTCGATTTTGATTTCGTCACTGCT
GAGAACTGCCAAAAGAGCAAGATCTTCTTCGTTGCATGGTCTCCGGACACGGCAAGAGTG
AGAAGCAAGATGATCTACGCGAGCTCTAAGGACAGGTTCAAGAGAGAGCTAGACGGGATT
CAAGTAGAGCTTCAAGCTACCGATCCAACCGAGATGGATCTTGATGTTTTCAAAAGCCGA
GCCAATTGAGGAACGGTTGAACCGAACTTATTTTCTCTATTGTTACCGAGTGATATGCTT
TTACCTAAGGTTTGCTGTGACAGCAACTGCCAAAAACAGCTACATTTTATCAGTCTCTGT
CTTTATTTTGTTTTGGTCCTTACAGTCTTGTCTTAAAACTAAAGAGATCTGGCGTGTGCT
CTTTTACCTTTGTGTAAAACCCTTTATCAAAGATGAATCCTATAGGCACGCTTCGTCTTT
GC

QA 11 732 11 732
DS 



AS 1 5

CO CL1735Contig1 1173 5 9 U
GGACTTCAGATCTGTCCGTTTACGCTCTTCTCAATTTGCTCCGTCGTCGCAGAAGTGATG
AGTAGGAGATACAGTCCGCCTTATTACAGTCCTCCGAGGAGAGGATACGGTGGTCGTGGC
AGAAGCCCTCCTCCTCCTCCGCGACGTGGATACGGTGGTGGTGGTGGTGGACGTAAGGGA
TCTAGCCATGGAAGTCTTTTGGTTCGAAACATTCCTCTCGATTGCAGACCAGAAGAGCTT
CGTGTTCCCTTTGAGAGGTTTGGACCTGTTAGGGATGTCTATATCCCCAGAGACTATTAC
TCAGGGGAACCTCGGGGGTTTGCTTTTGTGGAGTTTGTCGATGCATATGATGCTGGGGAG
GCTCAAAGAAGCATGAACAGAAGAGTATTTGGTGGGAGAGAGATAACCGTCGTTGTTGCT
TCAGAGTCCAGGAAAAGGCCTGAGGAGATGCGTGTCAAGACTAGGACTCGTAGCAGGGAA
CCTTCTGGCTCTAGAGGTCGTTCTCATGGACGGTCTCGTTCACGTTCAATCTCTAGATCA
CGCTCTCCCCGTCGTCCATCGGATTCTAGAAGCAGACGCCGATCAAGGTCTTACTCTCCT
GCACCGAGAAGAAGAGGAGCAGACTATTCAGCATCGCCAAGGAGAAGACAAGAGGAACGT
CCACGCTCGCCACTAAGAAGTCCTCCTCGAGGAGAAGGAGATGCAAAATACAGTCGCAGG
TCCTATTCCCCTGGCTATGAAGGTGCTACTGCTGCTGAAGACCGAGACACAAATGGAGAC
AATGAGACTAGAGAGAAACCGGACTATGAACCAGAGGAAAGGCGTAGTGGAGGAAGAGAG
GTTTCAAGGTCTCCATCAGGATCCAGGTCCAGATCTGTGGAAGCGTCTCCAAGATGAAAA
CTTGTGTTAAGAAGGGTTCTCTTTCTCAGAACAAAACTTTGTGCAACTCTCTCTCTCTAT
GGTGTTTATTTGTTTCTCTAGTAGTGAACTCTCTGTGTGCTCAAGAAACTCCTTTACTCT
GGCTTGTTAAAAAGATTCATCTCGTCATGTGGGATGATTCTTAAGATCATTCTCAGTTTT
TTTTCTTTTTTTTTATATTTGTATGAAGTCTTATGCTCCTATGAATCTCCATTTGATGAA
GTCAAGGTTGACGACAATATATTTTATTTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CR50TF U 1
AF RR3AO95TF U 6
AF RR3EU73TF U 139
AF RR3EU73JQ C 810
AF RR3CR50JQ C 501
BS 1 696 RR3CR50TF
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BS 810 825 RR3CR50JQ
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BS 1072 1072 RR3EU73JQ
BS 1073 1173 RR3CR50JQ

RD RR3CR50TF 713 0 0
GGACTTCAGATCTGTCCGTTTACGCTCTTCTCAATTTGCTCCGTCGTCGCAGAAGTGATG
AGTAGGAGATACAGTCCGCCTTATTACAGTCCTCCGAGGAGAGGATACGGTGGTCGTGGC
AGAAGCCCTCCTCCTCCTCCGCGACGTGGATACGGTGGTGGTGGTGGTGGACGTAAGGGA
TCTAGCCATGGAAGTCTTTTGGTTCGAAACATTCCTCTCGATTGCAGACCAGAAGAGCTT
CGTGTTCCCTTTGAGAGGTTTGGACCTGTTAGGGATGTCTATATCCCCAGAGACTATTAC
TCAGGGGAACCTCGGGGGTTTGCTTTTGTGGAGTTTGTCGATGCATATGATGCTGGGGAG
GCTCAAAGAAGCATGAACAGAAGAGTATTTGGTGGGAGAGAGATAACCGTCGTTGTTGCT
TCAGAGTCCAGGAAAAGGCCTGAGGAGATGCGTGTCAAGACTAGGACTCGTAGCAGGGAA
CCTTCTGGCTCTAGAGGTCGTTCTCATGGACGGTCTCGTTCACGTTCAATCTCTAGATCA
CGCTCTCCCCGTCGTCCATCGGATTCTAGAAGCAGACGCCGATCAAGGTCTTACTCTCCT
GCACCGAGAAGAAGAGGAGCAGACTATTCAGCATCGCCAAGGAGAAGACAAGAGGAACGT
CCACGCTCGCCACTAAGAAGTCCTCCTCGAGGAGAA
GTGATGCAAATACAGTC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3AO95TF 710 0 0
GG
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CTCCTCCTCCTCCGCGACGTGGATACGGTGGTGGTGGTGGTGGACGTAAGGGATCTAGCC
ATGGAAGTCTTTTGGTTCGAAACATTCCTCTCGATTGCAGACCAGAAGAGCTTCGTGTTC
CCTTTGAGAGGTT*GGACCTGTTAGGGATGTCTATATCCCCAGAGACTATTACTCAGGGG
AACCTCGGGGGTTTGCTTTTGTGGAGTTTGTCGATGCATATGATGCTGGGGAGGCTCAAA
GAAGCATGAACAGAAGAGTATTTGGTGGGAGAGAGATAACCGTCGTTGTTGCTTCAGAGT
CCAGGAAAAGGCCCGAGGAGATGCGTGTCAAGACTAGGACTCGTAGCAGGGAACCTTCTG
GCTCTAGAGGTCGTTCTCATGGACGGTCTCGTTCACGTTCAATCTCTAGATCACGCTCTC
CCCGTCGTCCATCGGATTCTAGAAGCAGACGCCGATCAAGGTCTTACTCTCCTGCACCGA
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CGCCACTAAGAAGTCCTCCTCGAGGAGAA
AGAGATGCAAAGTACAGTC

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DS 

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GGTGGATACGGTGGT
GGTGGAGGTGGTGGTGGACGTAAGGGATCTAGCCATGGAAGTCTTTTGGTTCGAAACATT
CCTCTCGATTGCAGACCAGAAGAGCTTCGTGTTCCCTTTGAGAGGTTTGGACCTGTTAGG
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GGGAGAGAGATAACAGTGGTTGTTGCTTCAGAGTCCAGGAAAAGGCCTGAGGAGATGCGT
GTCAAGACTAGGACTCGTAGCAGGGAACCTTCTGGCTCTAGAGGTCGTTCTCATGGACGG
TCTCGTTCACGTTCAATCTCTAGATCACGCTCTCCCCGTCGTCCATCGGATTCTAGAAGC
AGACGCCGATCAAGGTCTTACTCACCTGCACCGAGAAGAAGAGGA*CAGACTATTCAGCA
TCCCCCAGGAGAAGACAAGAGGAACGTCCACGCTCGCCACTAAGAAGTCCTCCTCGAGGA
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GCTGAAGACCGAGACACAAATGGAGACAATGAGACTAGAGAGAAACCGGACTATGA

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DS 

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AACAAAACTTTGTGCAACTCTCTCTCTCTATGGTGTTTATTTGTTTCTCTAGTAGTGAAC
TCTCTGTGTGCTCAAGAAACTCCTTTACTCTGGCTTGTTAAAAAGATTCATCTCGTCATG
TGGGATGATTCTTAAGATCATTCTCAGTTTTTTTTCTTTTTTTT

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DS 

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TTCTCATGGACGGTCTCGTTCACGTTCAATCTCTAGATCACGCTCTCCCCGTCGTCCATC
GGATTCTAGAAGCAGACGCCGATCAAGGTCTTACTCTCCTGCACCGAGAAGAAGAGGAGC
AGACTATTCAGCATCGCCAAGGAGAAGACAAGAGGAACGTCCACGCTCGCCACTAAGAAG
TCCTCCTCGAGGAGAAGGTGATGCAAAATACAGTCGCAGGTCCTATTCCCCTGGCTATGA
AGGTGCTACTGCTGCTGAAGACCGAGACACAAATGGAGACAATGAGACTAGAGAGAAACC
GGACTATGAACCAGAGGAAAGGCGTCGTGGAGGAAGAGAGGTTTCAAGGTCTCCATCAGG
ATCCAGGTCCAGATCTGTGGAAGCGTCTCCAAGATGAAAACTTGTGTTAAGAAGGGTTCT
CTTTCTCGGAACAAAACTTTGTGCAACTCTCTCTCTCTATGGTGTTTATTTGTTTCTCTA
GTAGTGAACTCTCTGTGTGCTCAAGAAACTCCTTTACTCTGGCTTGTTAAAAAGATTCAT
CTCGTCATGTGGGATGATTCTTAAGATCATTTTCAGTTTTTTTTCTTTTTTTTTATATTT
GTATGAAGTCTTATGCTCCTATGAATCTCCATTTGATGAAGTCAAGGTTGACGACAATAT
ATTTTATTTAAGC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 2 5

CO CL1736Contig1 678 2 7 U
AAATAAAGGTAAACTAATTTGGTGCTCTGTTTTGTTCTTCTAAAAATACGAAGTAGAACA
AGAGATGAATACTATAGATACTGATGTTAAGATGATCACAAAGAAGTATACAGTACTCTT
GTATCACAGCTCTAAGGATAACCTCTGATGAAGCTTCTTCCTTCCGAGCCTTATGATGTC
TCTGTAGTATCGTATCTATGGCACATGTCTTTCAACTACACATTACATTACAAGCCAAAC
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AAGCGACGTATATGTCCTCGATTGAAGCAGCTTCGTACAAGGAAGTAAGTTCTTTAATGC
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AGGCGTTGGACTTGAGTTCAGCTTCATGTCTCATAAGAAGAGTTCGCTTTGCACGGTCCA
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CTGCTTTGTATACCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A751JQ U 37
AF RR3A751TF C 1
BS 1 36 RR3A751TF
BS 37 211 RR3A751JQ
BS 212 212 RR3A751TF
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BS 247 491 RR3A751JQ
BS 492 678 RR3A751TF

RD RR3A751JQ 455 0 0
CTTCTAAAAATACGAAGTAGAACAAGAGATGAATACTATAGATACTGATGTTAAGATGAT
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CTTCCTTCCGAGCCTTATGATGTCTCTGTAGTATCGTATCTATGGCACATGTCTT*CAAC
TACACATTACATTACAAGCCAAACCTGTGGATCAGGTTGTTGGTCTTGTGGTCATAGACG
AGCCTCGTCCCACAGGAAGAACTCCTGAGAATGAATCTTCTGGTTCTTCCTCTTCTGAAA
GAGCGGTAACGTCTTCGCCAGCTTGAGCTCCAGCAATTCCGATGCAGGAGTACAAAGAGT
CCTCGTCCACTTTCAATTGATTATAAGCGACGTATATGTCCTCGATTGAAGCAGCTTCGT
ACAAGGAAGTAAGTTCTTTAATGCATGACAGTTCC

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR3A751TF 678 0 0
AAATAAAGGTAAACTAATTTGGTGCTCTGTTTTGTTCTTCTAAAAATACGAAGTAGAACA
AGAGATGAATACTATAGATACTGATGTTAAGATGATCACAAAGAAGTATACAGTACTCTT
GTATCACAGCTCTAAGGATAACCTCTGATGAAGCTTCTTCCTTCCGAGCCTTATGATGTC
TCTGTAGTATCGTATCTATGGCACATGTCTTTCAACTACACATTACATTACAAGCCAAAC
CTGTGAATCAGGTTGTTGGTCTTGTGGTCATAGACGAGCCTCGTCCCACAGGAAGAACTC
CTGAGAATGAATCTTCTGGTTCTTCCTCTTCTGAAAGAGCGGTAACGTCTTCGCCAGCTT
GAGCTCCAGCAATTCCGATGCAGGAGTACAAAGAGTCCTCGTCCACTTTCAATTGATTAT
AAGCGACGTATATGTCCTCGATTGAAGCAGCTTCGTACAAGGAAGTAAGTTCTTTAATGC
ATGACAGTTCCTTCCTCGGAACAGAGGACGCCTGCAAGTGAGCTAATAGATTAAGCCAAT
AGGCGTTGGACTTGAGTTCAGCTTCATGTCTCATAAGAAGAGTTCGCTTTGCACGGTCCA
ACTCCCTAGGAGCAATTTGATTGCTATGCAAACCTCTAAGAACGCTCTTGCAGGCATCAA
CTGCTTTGTATACCTTGC

QA 1 678 1 678
DS 



CO CL1736Contig2 771 3 17 U
GCATCTTGGGTGGTATGTGATATCTGTGACTTCCACTCCCGACAAGGTATACAAAGCAGT
TGATGCCTGCAAGAGCGTTCTTAGAGGTTTGCATAGCAATCAAATTGCTCCTAGGGAGTT
GGATCGGGCAAAGCGAACTCTTCTTATGAGACATGAAGCTGAACTCAAGTCCAACGCCTA
TTGGCTTAATCTATTAGCTCACTTGCAGGCGTCCTCTGTTCCGAGGAAGGAACTGTCATG
CATTAAAGAACTTACTTCCTTATACGAAGCTGCTTCAATCGAGGACATATACGTCGCTTA
TAATCAATTGAAAGTGGACGAGGACTCTTTGTACTCCTGCATCGGAATTGCTGGAGCTCA
AGCTGGCGAAGACGTTACCGCTCTTTCAGAAGAGGAAGAACCAGAAGATTCTTTCTCAGG
AGTTCTTCCTGTAGGACGAGGCTCGTCTATGACCACAAGACCAACAACCTGATCCACAGG
TTTGG*CTTGTAATGTAATGTGTAGTTGAAGACATGTGCCATAGATACGAAACTACAGAA
ACATTCATAAGGCTGGGAAGAAGCTTCATCAGAGGTTATCCTTAGAGCTGTGATACAAGA
GTACTACTGTATACTTCTTTGTGATCATCTTAACCTCAGTATCTATAGTATTCATCTCTT
GGACTACTTCGTATTTGTAGAAGAACAAAACAGTACCAAATTAGTTTACCTATATTTTTA
CTGGATCGTTACTAGTACGGTGCAAAATTTATGCAGCTGTTAACGTTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BE14TF U 1
AF RR3DC75TF U 9
AF RR3DC75JQ C 442
BS 1 288 RR3BE14TF
BS 289 289 RR3DC75TF
BS 290 294 RR3BE14TF
BS 295 295 RR3DC75TF
BS 296 447 RR3BE14TF
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BS 487 530 RR3BE14TF
BS 531 531 RR3DC75TF
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BS 556 556 RR3DC75TF
BS 557 667 RR3BE14TF
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BS 671 709 RR3BE14TF
BS 710 739 RR3DC75TF
BS 740 771 RR3DC75JQ

RD RR3BE14TF 709 0 0
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CATTAAAGAACTTACTTCCTTATACGAAGCTGCTTCAATCGAGGACATCTACGTGGCTTA
TAATCAATTGAAAGTGGACGAGGACTCTTTGTACTCCTGCATCGGAATTGCTGGAGCTCA
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AGTTCTTCCTGTAGGACGAGGCTCGTCGATGACCACAAGACCAACAACCTGATCCACAGG
TTTGGGCTTGTAATGTAATGTGTAGTTGAAGACATGTGCCATAGATACGACACTACAGAA
ACATTCATAAGGCTGAGAAGAAGCTTCATCAGAGGTTATCCTTAGAGCTGTGATACAAGA
GTACTACTGTATACTTCTTTGTGATCATCTTAACCTCAGTATCTATAGTATTCATCTCTT
GGACTAC***GTATTTGTAGAAGAACAAAACAGTACCAAATTAGTTTAC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3DC75TF 740 0 0
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GCAAGAGCGTTCTTAGAGGTTTGCATAGCAATCAAATTGCTCCTAGGGAGTTGGATCGGG
CAAAGCGAACTCTTCTTATGAGACATGAAGCTGAACTCAAGTCCAACGCCTATTGGCTTA
ATCTATTAGCTCACTTGCAGGCGTCCTCTGTTCCGAGGAAGGAACTTTCATGCATTAAAG
AACTTACTTCCTTATACGAAGCTGCTTCAATCGAGGACATATACGTCGCTTATAATCAAT
TGAAAGTGGACGAGGACTCTTTGTACTCCTGCATCGGAATTGCTGGAGCTCAAGCTGGCG
AAGACTTTACCGCTCTTTCAGAAGAGGAAGAACCAGAAGATTCTTTCTCAGGAGTTCTTC
CTGTGGGACGAGGCTCTTCTATGACCACAAGACCAACAACCTGATCCACAGGTTTGG*CT
TGTAATGTAATGTGTAGTTGAAGACATGTGCCATAGATACGAAACTACAGAAACATTCAT
AAGGCTGGGAAGAAGCTTCATCAGAGGTTATCCTTAGAGCTGTGATACAAGAGTACTACT
GTATACTTCTTTGTGATCATCTTAACCTCAGTATCTATAGTATTCATCTCTTGGACTACT
TCGTATTTGTAGAAGAACAAAACAGTACCAAATTAGTTTACCTATATTTTTACTGGATCG
TTACTAGTACG
TGCAAATTT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3DC75JQ 330 0 0
TTTTTT
TATGACCACAAGACCAACAACCTGATCCACAGGTTTGG*CTTGTAATGTAATGTGTAGTT
GAAGACATGTGCCATAGATACGAAACTACAGAAACATTCATAAGGCTGGGAAGAAGCTTC
ATCAGAGGTTATCCTTAGAGCTGTGATACAAGAGTACTACTGTATACTTCTTTGTGATCA
TTTTAACCTCAGTATCTATAGTATTCATTTCTTGGACTACTTCGTATTTGTAGAAGAACA
AAACAGTACCAAATTAGTTTACCTATATTTTTACTGGATCGTTACTAGTACGGTGCAAAA
TTTATGCAGCTGTTAACGTTATTT

QA 7 330 7 330
DS 



AS 1 5

CO CL1737Contig1 941 5 9 U
GGACACAAAATCCAAGCATTTATATGAATGATTTATGATTCAGCAAGAACATTATATCAA
AAAAAAAACATTATATTAGAATCAGTCATGAAATCACAACCATAAAATATAACTCAGTAA
AAAAAATATATGAAATGTGAAAAAACAATTAATTAGAAAAGGTCGAAATGTATGTTGTAA
ATACGATAACGGCAAAGAGTGTCAGTGTTGAAACTAGGAGCTGGTTGGTGCCCGAACTTG
AGGGAGATGGTGCCGTCATTTCAGGTGACTCTGGTAAAGATGTCGGTGACCCGTCTGATG
TTGGCGATGTTGGTGACTCGTCTGATGTTGGCGATGTTGGTGACTCGTCTGATTTTGGCG
ATGTGGGTGACCCGTCTGATGTTGGCGATGTTGGTGACTGGTCTGATTTTGGCGATGATG
TTGGTGACTTGTCTGAAGATGGTGAAGTCATAGGTGTTCCAGCTGATGGCGAAACAGGAG
TAGATGCACCCGGTGCTGACGCGCCCGGTATAGCACAGTGCGGAGCAGCAATGGGGAGCT
TGCACGTCGTAGGCATGGAATGGGCTCTAGTATTATTAATTTCAATCCCCATATCTTTGC
TACTGGCTAAGCCGACACAAATACAGTTAGGATTATATTGTAAAACAGATAGGATTCCCC
CACAACACACTTTCGTAGGTCTAGTATCATTTGATCCGGGGGTGATGTACGATAGACAGT
CCATCATGTTATATATTACGCTCGAGCAATCAGAATTTGATGGTCCTGGCGCCGGAGTTG
CTACCGGTGAGGGAGACATTGCGGAATGTGACTTCTTGCGGGCGTGGATGGGTGCAAATG
AAGAGGATAGTAGTACCAAGACAGAAAGAAATATATATTGCTTCATTATTGATATATTGT
TTTTTTGAAAGTGCGTATACTACTTCTTTTGTTAGGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3G336JQ U 1
AF RR3BV11JQ U 59
AF RR3CS13JQB U 12
AF RR3BV11TF C 249
AF RR3G336TF C 361
BS 1 179 RR3G336JQ
BS 180 180 RR3CS13JQB
BS 181 546 RR3G336JQ
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RD RR3G336JQ 546 0 0
GGACACAAAATCCAAGCATTTATATGAATGATTTATGATTCAGCAAGAACATTATATCAA
AAAAAAAACATTATATTAGAATCAGTCATGAAATCACAACCATAAAATATAACTCAGTAA
AAAAAATATATGAAATGTGAAAAAACAATTAATTAGAAAAGGTCGAAATGTATGTTGTAG
ATACGATAACGGCAAAGAGTGTCAGTGTTGAAACTAGGAGCTGGTTGGTGCCCGAACTTG
AGGGAGATGGTGCCGTCATTTCAGGTGACTCTGGTAAAGATGTCGGTGACCCGTCTGATG
TTGGCGATGTTGGTGACTCGTCTGATGTTGGCGATGTTGGTGACTCGTCTGATTTTGGCG
ATGTGGGTGACCCGTCTGATGTTGGCGATGTTGGTGACTGGTCTGATTTTGGCGATGATG
TTGGTGACTTGTCTGAAGATGGTGAAGTCATAGGTGTTCCAGCTGATGGCGAAACAGGAG
TAGATGCACCCGGTGCTGACGCGCCCGGTATAGCACAGTGCGGAGCAGCAATGGGGAGCT
TGCACG

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3BV11JQ 712 0 0
C
AAAAAAAAACATTATATTAAAATCAGTCATGAAATCACAACCATAAAATATAACTCAGTA
AAAAAAATATATGAAATGTGAAAAAACAATTAATTAAAAAAGGTCGAAATGTATGTTGTA
AATACGATAACGGCAAAGAGTGTCAGTGTTGAAACTAGGAGCTGGTTGGTGCCCGAACTT
GAGGGAGATGGTGCCGTCATTTCAGGTGACTCTGGTAAAGATGTCGGTGACCCGTCTGAT
GTTGGCGATGTTGGTGACTCGTCTGATGTTGGCGATGTTGGTGACTCGTCTGATTTTGGC
GATGTGGGTGACCCGTCTGATGTTGGCGATGTTGGTGACTGGTCTGATTTTGGCGATGAT
GTTGGTGACTTGTCTGAAGATGGTGAAGTCATAGGTGTTCCAGCTGATGGCGAAACAGGA
GTAGATGCACCCGGTGCTGACGCGCCCGGTATAGCACAGTGCGGAGCAGCAATGGGGAGC
TTGCACGTCGTAGGCATGGAATGGGCTCTAGTATTATTAATTTCAATCCCCATATCTTTG
CTACTGGCTAAGCCGACACAAATACA***AGGATTATATTGTAAAACAGATAGGATTCCC
CCACAACACACTTTCGTAGGTCTAGTATCATTTGATCCGGGGGTGATGTACGATAGACAG
TCCATCATGTTATATATTACGCTCGAGCAATCAGAATTTGATGGTCCTGGC

QA 2 712 2 712
DS 

RD RR3CS13JQB 858 0 0
CCAAGCATTTATATGAATGATTTATGATTCAGCAAGAACATTATATCAAAAAAAAA*CAT
TATATTAGAATCAGTCATGAAATCACAACCATAAAATATAACTCAGTAAAAAAAATATAT
GAAATGTGAAAAAACAATTAATTAGAAAGGGTCGAAATGTATGTTGTAAATACGATAACG
GCAAAGAGTGTCAGTGTTGAAACTAGGAGCTGGTTGGTGCCCGAACTTGAGGGAGATGGT
GCCGTCATTTCAGGTGACTCTGGTAAAGATGTCGGTGACCCGTCTGATGTTGGCGATGTT
GGTGACTCGTCTGACGTTGGCGATGTTGGTGACTCGTCTGATTTTGGCGATGTGGGTGAC
CCGTCTGATGTTGGCGATGTTGGTGACTGGTCTGATTTTGGCGATGATGTTGGTGACTTG
TCTGAAGATGGTGAAGTCATAGGTGTTCCAGCTGATGGCGAAACAGGAGTAGATGCACCC
GGTGCTGACGCGCCCGGTATAGCACAGTGCGGAGCAGCAATGGGGAGCTTGCACGTCGTA
GGCATGGAATGGGCTCTAGTATTATTAATTTCAATCCCCATATCTTTGCTACTGGCTAAG
CCGACACAAATACAGTTAGGATTATATTGTAAAACAGATAGGATTCCCCCACAACACACT
TTCGTAGGTCTAGTATCATTTGATCCGGGGGTGATGTACGATAGACAGTCCATCATGTTA
TATATTACGCTCGAGCAATCAGAATTTGATGGTCCTGGCGCCGGAGTTGCTACCGGTGAG
GGAGACATTGCGGAATGTGACTTCTTGCGGACGTGGATGGGTGCAAATGAAGAGGATAGT
AGTAC*AAGACAGAA
GAA

QA 1 855 1 855
DS 

RD RR3BV11TF 693 0 0
GGTGCCGTCATTTCAGGTGACTCTGGTAAAGATGTCGGTGACCCGTCTGATGTGGGCGAT
GTTGGTGACTCGTCTGATGTGGGCGATGTTGGTGACTCGTCTGATTTTGGCGATGTGGGT
GACCCGTCTGATGTTGGCGATGTTGGTGACTGGTCTGATTTTGGCGATGATGTTGGTGAC
TTGTCTGAAGATGGTGAAGTCATAGGTGTTCCAGCTGATGGCGAAACAGGAGTAGATGCA
CCCGGTGCTGACGCGCCCGGTATAGCACAGTGCGGAGCAGCAATGGGGAGCTTGCACGTC
GTAGGCATGGAATGGGCTCTAGTATTATTAATTTCAATCCCCATATCTTTGCTACTGGCT
AAGCCGACACAAATACA***AGGATTATATTGTAAAACAGATAGGATTCCCCCACAACAC
ACTTTCGTAGGTCTAGTATCATTTGATCCGGGGGTGATGTACGATAGACAGTCCATCATG
TTATATATTACGCTCGAGCAATCAGAATTTGATGGTCCTGGCGCCGGAGTTGCTACCGGT
GAGGGAGACATTGCGGAATGTGACTTCTTGCGGGCGTGGATGGGTGCAAATGAAGAGGAT
AGTAGTACCAAGACAGAAAGAAATATATATTGCTTCATTATTGATATATTGTTTTTTTGA
AAGTGCGTATACTACTTCTTTTGTTAGGTTTCC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3G336TF 580 0 0
ATGTGGGTGACCCGTCTGATGTTGGCGATGTTGGTGACTGGTCTGATTTTGGCGATGATG
TTGGTGACTTGTCTGAAGATGGTGAAGTCATAGGTGTTCCAGCTGATGGCGAAACAGGAG
TAGATGCACCCGGTGCTGACGCGCCCGGTATAGCACAGTGCGGAGCAGCAATGGGGAGCT
TGCACGTCGTAGGCATGAAATGGGCTCTAGTATTATTAATTTCAATCCCCATATCTTTGC
TACTGGCTAAGCCGACACAAATACAGTTAGGATTATATTGTAAAACAGATAGGATTCCCC
CACAACACACTTTCGTAGGTATAGTATCATTTGATCCGGGGGTGATGTACGATAGACAGT
CCATCATGTTATATATTACGCTCGAGCAATCAGAATTTGATGGTCCTGGCGCCGGAGTTG
CTACCGGTGAGGGAGACATTGCGGAATGTGACTTCTTGCGGGCGTGGATGGGTGCAAATG
AAGAGGATAGTAGTACCAAGACAGAAAGAAATATATATTGCTTCATTATTGATATATTGT
TTTTTTGAAAGTGCGTATACTACTTCTTTTGTTAGGTTTC

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 3

CO CL1738Contig1 1028 3 5 U
CAAATTCAAGTCTTTATTTCAGATTATGATCATGCCGTCTATGAAAAAAATTCCACAATT
GGGATACAAATTTGCAAGTTACAAAGAAAGATATAAACTAAGAAAGGATAGCCATCACAT
CTGAAGATCTCAGGGCAATGTAGTTTGAACCATCCTTGCCCTTGAAGTCGTTTCCAGCAT
ACTTGGAGTAGAGAACCGTGCTTCCAGTCGATATCGATAGTGGCTGAACCTTACCTTCCT
CATCTAGAGTACCTGGTCCAACTGCTATCACCGTGCCAATAGAAGGCTTCTCTTTGGTGG
TCTCGGTAAGCAACAACCCTCCAGCTGTTTTCTCCTCTGCCTCAGCAACCTTAATGAAGA
CACGGTCATTCAAGGGCTTGAGATCCTTGATGTCCTCTGTCTCAAGAAGACCAACAATGT
CAACTTCCTTGAGAATGAGATGCTTCACATCGTTGAACTCCACCTCAGTGCCTGCGTACT
TGGAGTAAATGATTTGTGCTCCAGTAGGGATAGTGATATCAACTTTGGTCTTCCCAATAG
TTCTTCCTTCACCTACAGCAATGACTTCACCTCCTTGAGGCTTTGATTGAGCAGTGGATG
GAAGTAAGATACCTCCCATAGTCTTTTCCTCTGCCTCCTTGATCTTCACCAAAACTCTAT
CTCCCAGTGGCTTAATTGAAGTATACTTAGGAGCAACGACAGAAGCAGCCCTGACAACCA
AAGAACGGAACTGGCTCTGCTTAAGGGTCCCTGGTTTCAAAGTTCCAAACTTGATGACAC
TCGAAGCTCTGAGACCATCCAGTGAGGCTAAGCTCCTGGCTGACACGGTCACTGGTGATG
CTGTGAGTTGTGTCGCCGCCATTTCTGCTATCAGTCAAATTAGTTAGATTCCACCCAGAT
TTGCACATAAAACACAGTAACCCATTTACTTTCTCCGCCCAAAGTTTAGACCTTTATATT
CAATTCTCGTTGTGAACCGTAAAAGACAGTGAAGAGACAGAGAGAGAGAGAAGAGATTCA
TACCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D111JQ U 1
AF RR3GG90JQ U 8
AF RR3GG90TF C 360
BS 1 422 RR3D111JQ
BS 423 423 RR3GG90JQ
BS 424 665 RR3D111JQ
BS 666 782 RR3GG90JQ
BS 783 1028 RR3GG90TF

RD RR3D111JQ 665 0 0
CAAATTCAAGTCTTTATTTCAGATTATGATCATGCCGTCTATGAAAAAAATTCCACAATT
GGGATACAAATTTGCAAGTTACAAAGAAAGATATAAACTAAGAAAGGATAGCCATCACAT
CTGAAGATCTCAGGGCAATGTAGTTTGAACCATCCTTGCCCTTGAAGTCGTTTCCAGCAT
ACTTGGAGTAGAGAACCGTGCTTCCAGTCGATATCGATAGTGGCTGAACCTTACCTTCCT
CATCTAGAGTACCTGGTCCAACTGCTATCACCGTGCCAATAGAAGGCTTCTCTTTGGTGG
TCTCGGTAAGCAACAACCCTCCAGCTGTTTTCTCCTCTGCCTCAGCAACCTTAATGAAGA
CACGGTCATTCAAGGGCTTGAGATCCTTGATGTCCTCTGTCTCAAGAAGACCAACAATGT
CATCTTCCTTGAGAATGAGATGCTTCACATCGTTGAACTCCACCTCAGTGCCTGCGTACT
TGGAGTAAATGATTTGTGCTCCAGTAGGGATAGTGATATCAACTTTGGTCTTCCCAATAG
TTCTTCCTTCACCTACAGCAATGACTTCACCTCCTTGAGGCTTTGATTGAGCAGTGGATG
GAAGTAAGATACCTCCCATAGTCTTTTCCTCTGCCTCCTTGATCTTCACCAAAACTCTAT
CTCCC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3GG90JQ 775 0 0
GG
GTCTTTATTTCAGATTATGATCATGCCGTCTATGAAAAAAATTCCACAATTGGGATACAA
ATTTGCAAGTTACAAAGAAAGATATAAACTAAGAAAGGATAGCCATCACATCTGAAGCTC
TCAGGGCAATGTAGTTTGAACCATCCTTGCCCTTGAAGTCGTTTCCAGCATACTTGGAGT
AGAGAACTGTGCTTCCAGTCGATATCGATAGTGGCTGAACCTTACCTTCCTCATCTAGAG
TACCTGGTCCAACTGCTATCACCGTGCCAATAGAAGGCTTCTCTTTGGTGGTCTCGGTAA
GCAACAACCCTCCAGCTGTTTTCTCCTCTGCCTCAGCAACCTTAATGAAGACACGGTCAT
TCAAGGGCTTGAGATCCTTGATGTCCTCTGTCTCAAGAAGACCAACAATGTCAACTTCCT
TGAGAATGAGATGCTTCACATCGTTGAACTCCACCTCAGTGCCTGCGTACTTGGAGTAAA
TGATTTGTGCTCCAGTAGGGATAGTGATATCAACTTTGGTCTTCCCAATAGTTCTTCCTT
CACCTACAGCAATGACTTCACCTCCTTGAGGCTTTGATTGAGCAGTGGATGGAAGTAAGA
TACCTCCCATAGTCTTTTCCTCTGCCTCCTTGATCTTCACCAAAACTCTATCTCCCAGTG
GCTTAATTGAAGTATACTTAGGAGCAACGACAGAAGCAGCCCTGACAACCAAAGAACGGA
ACTGGCTCTGCTTAAGGGTCCCTGGTTTCAAAGTTCCAAACTTGATGACACTC

QA 3 775 3 775
DS 

RD RR3GG90TF 669 0 0
ACACGGTCATTCA*GGGCTTGAGATCTTTGATGTCCTCTGTCTCAAGAAGACCAACAATG
TCAACTTCCTTGAGAATGAGATGCTTCACATCGTTGAACTCCACCTCAGTGCCTGCGTAC
TTGGAGTAAATGATTTGTGCTCCAGTAGGGATAGTGATATCAACTTTGGTCTTCCCAATA
GTTCTTCCTTCACCTACAGCAATGACTTCACCTCCTTGAGGCTTTGATTGAGCAGTGGAT
GGAAGTAAGATACCTCCCATAGTCTTTTCCTCTGCCTCCTTGATCTTCACCAAAACTCTA
TCTCCCAGTGGCTTAATTGAAGTATACTTAGGAGCAACGACAGAAGCAGCCCTGACAACC
AAAGAACGGAACTGGCTCTGCTTAAGGGTCCCTGGTTTCAAAGTTCCAAACTTGATGACA
CTCGAAGCTCTGAGACCATCCAGTGAGGCTAAGCTCCTGGCTGACACGGTCACTGGTGAT
GCTGTGAGTTGTGTCGCCGCCATTTCTGCTATCAGTCAAATTAGTTAGATTCCACCCAGA
TTTGCACATAAAACACAGTAACCCATTTACTTTCTCCGCCCAAAGTTTAGACCTTTATAT
TCAATTCTCGTTGTGAACCGTAAAAGACAGTGAAGAGACAGAGAGAGAGAGAAGAGATTC
ATACCTTCC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 5

CO CL1739Contig1 1470 5 12 U
CCATGGGTTTAATTTAACATTTAGGTATTGATGAATCTAAGTTTTCAGAGAGCAACAAAA
TAAAAAGAAAACCCACCAAAGC**CCTCCCAGAGAAACTACAAGTATCACCAAAAACACA
CACACATACAA*TTTCAGTTCAGTACGAAGTGATACCTTGAATCCACATGACTCTCAACA
TCCCAAAGGAACGAACCAAACGTCACAGCCTCCAACACAAGACTCTTCAGTCCCTTGAAA
CTGATCTTTATATGCTCGTCCCTGGACGAATCAATCCCTTGCGGTGTTATCACAATCTAC
GGCCTCCCAAACAAGGCCTCCGTGTGCTTCTCAATGATCCCAACCGCTTCTCTCGATCTA
ATCGTAGCGTATCTCTGAAGGGTTTCTCCATCGAAGGACATGACGTACGTCTTTTAGCCG
GGACTGTTTCGTTGTCTCGCTGCTGGAACCACCACTGGCATTAATCCCTCCCATTGAGGA
TACAGCTTGATAAGTCTCTTCTTCTGCTTCTTCATAGAAGCTTCTCTCTGATTCCCTCCC
CGCTTGCTCAATGCTAGTAGTCTCACCTCCTTCATCTGACCCACCAGGAAGGATCTTCAT
CGTCTTCTCGAGCTGAAACCTCTGGTCAATCCGCTTCAGGAAATAACCATACATGACGGA
AGCAGCATAGACCTGTCCAACACCGAGCTTGCTTATCTGCGCCACGGTGGAGAGATCACC
CTCACGGTTTTTAAGAATGATGGAGAGATGATTCTGAATCATCTCGTAGACCTCGGGGGA
GTGAAGCTGCTCGAGGTCCCGTCTTGGGTGGGCCAAGTATCAACTCTCCCAGAGGAGGAG
GTAATGGAAGGTACAAGTGAAACATTAGCGTCCATGAACTTCTGAACAACTAAAGCATAT
AAAATCTCTTCCAAAGCTCTTCTTCTCTCTTTCTCCTTAACCTCAACTATTCTCCTGTAA
AGAACAATGTCTGTTGTAGGAGGAAGAGAGGAGGAGGAAGAGTCTTTGTTGATCTGTTGC
TCAGCTTCTCGGTCGATTTGAAGCTGTTCAAGCTGTTGTTCGACAGCTGCTGGGACGAGA
TGAGGATGGCTGACGAGTATCTGCGACAGAAACTGCCCCACGGGAGACTTCAACTGAAGC
GGCGCGATTGAGTCGGAGGACGCATCACCGGAACCGGAAGCTGAAGCTGAAGCTTTGAGG
ACAAAGCTTGTCCGAGACTTGAGAGAAGTTGTTCGGCTTTGCGATGGTCTCGAGAGTTTA
AGACAAGAGCTGTTTCTGTGGCGAAATTGAGGTCCGGAATCGAATCGGATGAAGCCAGGG
GAGCTTGACGTCAGGAGAATCGAACCAGAGGCGGTTTTGGGAGTTGGACGAAGAAAGGAG
GGAGATTGAGCGAAACTCGATGCCACGGCGTTCATGATTACGCTCTCTCTCTCTTTGATG
GAGAAGGATAATGAATGAGAGAGCTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 5 
5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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CTTGGACGAATCAATCCCTTGCGGTGTTATCACAATCTCAGGCCTCCCAAACAAGGCCTC
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GCTGACGAGTATCTGCGACAGAAACTGCCCCACGGGAGACTTCAACTGAAGCGGCGCGAT
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GCTGTTTCTGTGGCGAAATTGAGGTCCGGAATCGAATCGGATGAAGCCAGGGGAGCTTGA
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TAATGAATGAGAGAGCTTTTCC

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TCGATGTGTATGAAGACGGATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGG
AATGGATGGGG*TGGGAAGGTGCAGGAACAAGAGACTACTCTTCTCACGTCAACCCTTAT
GCTTGAAGAACAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAACTGATGTTAAT
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A


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH55TF U 48
AF RR3A716TF U 3
AF RR3FH55JQ C 1
AF RR3E421JQ C 23
AF RR3E421TF U 1
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BS 48 417 RR3FH55TF
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BS 419 468 RR3FH55TF
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BS 700 700 RR3E421JQ
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RD RR3FH55TF 430 0 0
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GCCACGTGGG

QA 1 430 1 430
DS 

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TCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGACCAGATT
CATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGATG
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QA 7 486 7 486
DS 

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CATAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTT
CTCGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAG
AACTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCG
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CCAATCATGTGAATCAGTCAATAATTACCATTACTTTTA
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QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3E421JQ 691 0 0
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AACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTCCTCGGGTCAATCCGTATCAAAA
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TCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGACCAGATTCATCTGAATACGAG
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AATTACCATTACTTTTAAGACTGTCAATGTC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3E421TF 721 0 0
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TCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGACCAGATT
CATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGATG
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TGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAATATGAGCC*ATTCGATGTG
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QA 9 721 9 721
DS 



AS 2 4

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ATGGAGTTTGTATTGGAGATGATAACAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DS75JQ C 1
AF RR3DS75TF U 1
BS 1 628 RR3DS75TF

RD RR3DS75JQ 628 0 0
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ATGGAGTTTGTATTGGAGATGATAACAT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3DS75TF 628 0 0
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GGATCAACTCTGTGAGTCTGTGCACTCACAGATATTTACATTGCCAAAGGACACATTGAT
CTATCCGGCTCATGACTACAAAGGTTACGAGGTAAGCACAGTTGGAGAAGAGATGCAACA
CAACCCTCGTTTAACTAAAGATAAAGAAACATTCAAATCCATCATGTCAAATCTGAATCT
GGCGTATCCGAAGATGATCGATGTTGCAGTTCCAGCAAACATGGTATGTGGATTACAAGA
TTTGCCTGCTCAAGCCAACTTATAACTCTCTACACAAATCTCTCTCTCTCTCTCGCACTC
TTGAGAGTTTGTTTATTTGTCCAATAAGGTCTTGTCTTATTAGATAAAAAACCATTAGAA
GATTGTGTAAGTTTTTCTTTTTTCTTGCTAAATAAGATTTGTGTAAGTTACATTGAACAT
ATGGAGTTTGTATTGGAGATGATAACAT

QA 1 628 1 628
DS 



CO CL1741Contig2 652 2 3 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GO67TF C 1
AF RR3GO67JQ U 17
BS 1 32 RR3GO67TF
BS 33 642 RR3GO67JQ
BS 643 652 RR3GO67TF

RD RR3GO67TF 652 0 0
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CTTTGGTTAAACGAGGGTTGTGTTACATCTCTTCTCCAACTGTACTTACCTCGTAACCTT
TGTAGTCATGAGCTGGATAGATCAATGTGTCCTTTGGCAATGTAAATATCTGTGAGTGCA
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TCACATATGTAACACATCCTGCAGTATGTCCAGGTGTAGCACGAACCTCAAGGTATATAT
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TCGAAATGACTGATTTCACACCTGGGACCTTTGTCTTAAGAAGTCCAGTGCCAGTGACGT
GATCGGCATGAACATGAGTGTTCATAGCATAGACAAGCTTCAAGCCTAGCTC

QA 1 652 1 652
DS 

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TCTCAAGAGTGTGTGG
GAGAGAGACATTTGTGTAGAGAGTTATAAGTTGGCTTGAGCAGGCAAATCTTGTAATCCA
CATACCATGTTTGCTGGAACTGCAACATCAATCATCTTCGGATACGCCAGATTCAGATTT
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TCTCCAACTGTACTTACCTCGTAACCTTTGTAGTCATGAGCTGGATAGATCAATGTGTCC
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GGTTGGGGCTGATTCGCGTCCTCTCCAGTCACATATGTAACACATCCTGCAGTATGTCCA
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GTCTTAAGAAGTCCAGTGCCAGTGACGTGATCGGCATGAACATGAGTGTTCATAGCATAG
ACAAGCTTCA
GCCTAGC

QA 17 626 17 626
DS 



AS 1 5

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AAACTCTCTCTCTGCGAACAAACAATCGCAATCTCCGTCTTGCTCCGGCGCCGGATTCGA
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CGACCTACTCATGAGGTTTCGTTGGTGGCGAAGCTCGTCAGTCTTTGGAGTCCCGGCGAG
GCTTGTAAGATTGGTCAGTTCAGGGAGTCGGTTTTTAGGGATTGAGGGTTGTCAGATCTC
GTTTTCCGTTTGGAGATCTCTGGTGTTCCTCTCTGTTAGGCAGCGCGTGAATCGGTTGAG
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CCGCCGGTATCGTTCCAGCTTGTTTCGTTTGCGGCTGTCTTTCAATCCCGAGTGTCGTAG
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TTGTTGTCGTATCTTGGTTCAAAAAAAAGTACTTTAGTGTTTTGGTGGTTTCTTGGAACA
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GCCTCTACAAAGGTTTAAAATCTGCTAATTATCTTCTCTTTCGCTTTTTGGTTTTATGCC
TTGTCTAGTTTTTACTGTCATTTTAGTTTCTTGGTACTATATGCTACCCCTGTGTGGGTA
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TGGATTCTTGTAGCCAACTTCATTTGGCATCTTGTATGTTTTCTTTGAATGAAATAAATT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3CU25TF U 1
AF RR3AM44TF U 8
AF RR3CP36TF U 372
AF RR3AM44JQ C 555
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CGACCTACTCATGAGGTTTCGTTGGTGGCGGAGCTCGTCAGTCTTTGGAGTCCCGGCGAG
GCTTGTAAGATTGGTCAGTTCAGGGAGTCGGTTTTTAGGGATTGAGGGTTGTCAGATCTC
GTTTTCCGTTTGGAGATCTCTGGTGTTCCTCTCTGTTAGGCAGCGCGTGAATCGGTTGAG
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TTTGACCTGTCTTAGTTGTGGTTGTGCTGGTTTGCTGTTGTTGTT*AGTACTTGGTTGTG
TTGTTGTCGTATCTTGGTTCAAAAAA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3AM44TF 719 0 0
GG
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ACGCGCCTCCCCTAACCTGTAGCTCTCGTCTTTGTTTGCTCTCTGCTTCTGTTTCCTCTC
TTGCGTCCGATATGCAGGGGGCTCTGGTTTCTTCCGGCTTCACTTCTCCGGCGACCTACT
CATGAGGTTTCGTTGGTGGCGAAGCTCGTCAGTCTTTGGAGTCCCGGCGAGGCTTGTAAG
ATTGGTCAGTTCAGGGAGTCGGTTTTTAGGGATTGAGGGTTGTCAGATCTCGTTTTCCGT
TTGGAGATCTCTGGTGTTCCTCTCTGTTAGGCAGCGCGTGAATCGGTTGAGGATGTTCCT
CTCACCGGCCTATGTGTGTTATGGCTCTATCCGTCGTTTAAAGGCCCGGTGGAAGAGGTT
GGTGGCGCGTGAGAAGTTCTGTTTCTTGGTATCTTGCGACAGAGTCTCACCCCGCCGGTA
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TGTAGTCCTTGTTGTTTCTTTCGTGTCGGCGTTGTTATTTTTGTGCGTGTTTTTGACCTG
TCTTAGTTGTGGTTGTGCTGGTTTGTTGTTGTTGTTTAGTACTTGGTTGTGTTGTTG

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DS 

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TGGCGCGTGAGAAGTTCTGTTTCTTGGTATCTTGCGACAGAGTCTCACCCCGCCGGTATC
GTTCCAGCTTGTTTCGTTTGCGGCTGTCTTTCAATCCCGAGTGTCGTAGTTCTAGTCTTG
TAGTCCTTGTTGTTTCTTTCGTGTCGGCGTTGTTATTTTTGTGCGTGTTTTTGACCTGTC
TTAGTTGTGGTTGTGCTGGTTTGTTGTTGTTGTTTAGTACTTGGTTGTGTTGTTGTCGTA
TCTTGGTTCAAAAAAAAGTACTTTAGTGTTTTGGTGGTTTCTTGGAACAGTTTGTGGTGG
TAGGGTTAAAGCGTGGTGAGATTTGGGTTAGCAGAGTTTTCTCGTAGAGTGGTAGGTCAG
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CTCGTCTTAGTTGGGATTGTGTCTGGGCTTCTTTCTAGAGTAAATGGGCGCAGAGAGCGT

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DS 

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GTTGTGGTTGTGCTGGTTTGTTGTTGTTGTTTAGTACTTGGTTGTGTTGTTGTCGTATCT
TGGTTCAAAAAAAAGTACTTTAGTGTTTTGGTGGTTTCTTGGAACAGTTTGTGGTGGTAG
GGTTAAAGCGTGGTGAGATTTGGGTTAGCAGAGTTTTCTCGTAGAGTGGTAGGTCAGTGA
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ATTTGTATCCGAAGGATGTGTTCCTGTCGGGTCTTGAAGTCGCAGGGTTTTGGGTTCTTG
GACGGTATCGTTTGGCGTGCGTGTGCAGCAGCGATGAGTCGTGGTGCAGGAGGTGGAGAT
TATCGGGTGGCGAGCTATGGGCAGCAGCGGCAATTCCCGTTCATTGGCCTCTACAAAGGT
TTAAAATCTGCTAATTATCTTCTCTTTCGCTTTTTGGTTTTATGCCTTGTCTAGTTTTTA
CTGTCATTTTAGTTTCTTGGTACTATATGCTACCCCTGTGTGGGTACTTTTGTTTCTTAG
ACTATATGCTACCCCGGTGTAGGTTTAAGTGGCCGCATTTATTTGGGCTTTTGTGTATGG
AGATTGCCCACTCGTCTCCTAGTTTATGTTTTAAGTCATCCCGGTGTGGATTCTTGTAGC
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QA 1 896 1 896
DS 

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AGAGTGGTAGGTCAGTGATCGCTTATCGATTCGGTTCTTAGACAGAGTGTTTCAGGAGAG
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GGGCGCAGAGAGCGTCGCATTTGTATCCGAAGGATGTGTTCCTGTCGGGTCTTGAAGTCG
CAGGGTTTTGGGTTCTTGGACGGTATCGTTTGGCGTGCATGTGCAGCAGCGATGAGTCGT
GGTGCAGGAGGTGGAGATTATCGGGTGGCGAGCTATGGGCAGCAGCGACAATTCCCGTTC
ATTGGCCTCTACAAAGGTTTAAAGTCTGCTAATTATCTTCTCTTTCGCTTTTTGGTTTTA
TGCCTTGTCTAGTTTTTACTGTCATTTTAGTTTCTTGGTACTATATGCTACCCCTGTGTG
GGTACTTTTGTTTCTTAGACTATATGCTACCCCGGTGTAGGTTTAAGTGGCCGCATTTAT
TTGGGCTTTTGTGTATGGAGATTGCTCACTCGTCTCCTAGTTTATGTTTTAAGTCATCCC
GGTGTGGATTCTTGTAGCCAACTTCATTTGGCATCTTGTATGTTTTCTTTGAATGAAATA
AATTACTTTCGG

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 5

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TTCGTCTCGGGTTTTGTTTTGTTGATTGAGAGAAAACATGGGAGGTGACGAAGAGAAAGA
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AGCTGGATACCCACCACATCAAGCTTACCCTCCTCCACCACCACCACATGGTGCCTACCC
ACCTGCACCTGGTTATCCTCCGGGTGCTTACCCACCTCCACCTGGTGCCTACCCTCCTGC
TCCTGGCTACGGTGGTTATCCTCCTGCGCCTGGTCATTCTGGTTATCCTCCTGCTGGCTA
TCCTGCTCATCACTCAGGACACGCAGCTGGAATAGGGGGTATGATTGCAGGTGCTGCAGC
TGCCTATGGAGCTCACCACATAGCTCATAGCTCTCACGGCCCTTACGGACACGCTGCATA
TGGTCACGGATTTGGCCATGGTCATGGTCCTGGCTATGGTTATGGTTATGGTCATGGTAA
GTTCAAGCACGGGAAGTTCAAGCATCATGGAGGCAAACATGGGAGGCATGGGATGTTTGG
AGGAGGTAAGTTCAAGAAGTGGAAGTGATCTAAAACCTCCTTTTGATCTACCTCTCGTCC
GACGAAATGTTTCAAATAAACCCCAAAAGGTTAACTTTCGTCGGGAGACTTTAATAATCA
GTATGATATTACATGGTGTACTATGAAGCTATCTCTATGGTTATATGATGACAAACTCTG
TTTTAATATAATTGACATTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 0 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H593TF U 28
AF RR3CD67TF U 1
AF RR3FV69TF U 17
AF RR3FV69JQ C 59
AF RR3CD67JQ C 160
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GG
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CTGGCTATGGTTATGGTTATGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAAGTTCAAGCATCATG
GAGGCAAACATGGGAGGCATGGGATGTTTGGAGGAGGTAAGTTCAAGAAGTGGGAGTGAT
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DS 

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TCCTGCTCATCACTCAGGACACGCAGCTGGAATAGGGGGTATGATCGCAGGTGCTGCAGC
TGCCTATGGAGCTCACCACATAGCTCATAGCTCTCACGGCCCTTACGGACACGCTGCATA
TGGTCACGGATTTGGCCATGGTCATGGTCCTGGCTATGGTTATGGTTATGTTCATGGTAA
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AGGAGGTAAGTTCAAGAAGTGGAAGTGATCTAAAACCTCCTTTTGATCTACCTCTCGTCC
GACGAAATGTTTCAAATAAACCCCAAAAG*TTAACTTTCGTCGG*AGACTTTAATAATCA
GTATGATATTACATGGTGTACTATGAAGCTATC**TATGGT*ATATGATGA
TAAACTCTGTTT

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DS 

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TT
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TTGTTGATTGAGAGAAAACATGGGAGGTGACGAAGAGAAAGACAAAGGTTTTTT*GGGTA
CCCACCCGCTGGATACCCGTCGGGTCATGGAGCTTATCCACCAGCTGGATACCCACCACA
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TCCGGGTGCTTACCCACCTCCACCTGGTGCCTACCCTCCTGCTCCTGGCTACGGTGGGTA
TCCTCCTGCGCCTGGTCATGCTGGTTATCCTCCTGCTGGCTATCCTGCTCATCACTCAGG
ACACGCAGCTGGAATAGGGGGTATGATTGCAGGTGCTGCAGCTGCCTATGGAGCTCACCA
CATAGCTTATAGCTCTCACGGCCCTTACGGACACGCTGCATATGGTCACGGATTTGGACA
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GTGGAAGTGATCTAAAACCCCCTTTTGATCTACCTCTCGTCTGACGAAATGTTTCAAATA
AACCCCAAAAG*TTA*CTTTCGTCGG*AGACTTTAT**ATGAGTATGATATTACATGGTG
TACTATGA*GCTATCTCTATGGT*ATATGATGA
CAACTCTGTTT

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR3FV69JQ 743 0 0
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GACAAAGGTTTTTT*GGGTACCCACCCGCTGGATACCCGTCGGGTCATGGAGCTTATCCA
CCAGCTGGATACCCACCACATCAAGCTTACCCTCCTCCACCACCACCACATGGTGCCTAC
CCACCTGCACCTGGTTATCCTCCGGGTGCTTACCCACCTCCACCTGGTGCCTACCCTCCT
GCTCCTGGCTACGGTGGGTATCCTCCTGCGCCTGGTCATGCTGGTTATCCTCCTGCTGGC
TATCCTGCTCATCACTCAGGACACGCAGCTGGAATAGGGGGTATGATTGCAGGTGCTGCA
GCTGCCTATGGAGCTCACCACATAGCTTATAGCTCTCACGGCCCTTACGGACACGCTGCA
TATGGTCACGGATTTGGACATGGTCATGGTCCTGGCTATGGTTATGGTTATGGTCATGGT
AAGTTCAAGCACGGGAAGTTCAAGCATCATGGAGGCAAACATGGGAGGCATGGGATGTTT
GGAGGAGGTAAGTTCAAGAAGTGGAAGTGATCTAAAACCCCCTTTTGATCTACCTCTCGT
CTGACGAAATGTTTCAAATAAACCCCAAAAGGTTAACTTTCGTCGGGAGACTTTAATAAT
GAGTATGATATTACATGGTGTACTATGAAGCTATCTCTATGGTTATATGATGACAAACTC
TGTTTTAATATAATTGACATTGC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3CD67JQ 625 0 0
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ACCACCACATGGTGCCTACCCACCTGCACCTGGTTATCCTCCGGGTGCTTACCCACCTCC
ACCTGGTGCTTACCCTCCTGCTCCTGGCTACGGTGGTTATCCTCCTGCGCCTGGTCATTC
TGGTTATCCTCCTGCTGGCTATCCTGCTCATCACTCAGGACACGCAGCTGGAATAGGGGG
TATGATCGCAGGTGCTGCAGCTGCCTATGGAGCTCACCACATAGCTCATAGCTCTCACGG
CCCTTACGGACACGCTGCATATGGTCACGGATTTGGCCATGGTCATGGTCCTGGCTATGG
TTATGGTTATGTTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAAGTTCAAGCATCATGGAGGCAAACA
TGGGAGGCATGGGATGTTTGGAGGAGGTAAGTTCAAGAAGTGGAAGTGATCTAAAACCTC
CTTTTGATCTACCTCTCGTCCGACGAAATGTTTCAAATAAACCCCAAAAGGTTAACTTTC
GTCGGGAGACTTTAATAATCAGTATGATATTACATGGTGTACTATGAAGCTATC**TATG
GTTATATGATGATAAACTCTGTTT
T

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 5

CO CL1744Contig1 978 5 7 U
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GGAAGCAAAAGAAATCGAGTAATCGTGGAATATATATACAGATCAAAATGCAAACAAGAA
TACAAATACTTGGTTACTACTTCTGTTTTGTTTTTTTTTTAAAAGACTACAAACAACAGA
TTCCTCCTTTTCTTGAGGAAAACAAACAAGTGGAGAGCTAGCTACTTCAATCCTCATGTT
GGTTTCTCTTTGGAATCACAATATAGAACAACCTTTCTGAGACTTTCTCTTCTTCCTCTT
CTTGTTCTTGGGTGGTTGGAGAACTACCTTGATAGCCGCATCAAACACCGCTTTTACATT
CTGTTGTGTTTTTGCACTGCATTCAATATAAGCAGGTGCCCCAATGAGCTTCTTCAGTTC
TTCACCCTGAGCAGTAGAGATAGGCACAGCACCAGGGTGCTCAACCAAGAATTGCTTGTC
ATCTCGAAGATCAAGCTTGGTTCCAACGAGGATGATTGGTACACCAGGAGCATAATGTCT
CAGTTCAGGTACCCACTTTTTAGAAACATTTTCATAGCTAGCTTTGCTGACGAGAGAGAA
GGCAAGTAAGAAGACATCTGCACCTCGATAGCTCAAAGGTCTTAGTCTATTGTAGTCTTC
TTGTCCTGCAGTATCCCACAATCCCAAGTTGATAGTGTTTCCATCCACAATCACATTGGC
GCTGAAATTATCAAACACAGTAGGCACGTAATCCGTGGGGAAAGTGTTGCTAGTGTAGGA
GATGAGCAGACAAGTCTTTCCAACAGCGCCATCGCCGACTGTGACACACTTTATAAACCT
TGAAGCACTCATCTCTCTCTCAAATTTCAAACCCTAAAACTTTTCAAGATTTGGGGATTA
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GW21JQ U 11
AF RR3FL94JQ U 1
AF RR3CX44JQ U 76
AF RR3GW21TF C 238
AF RR3FL94TF C 331
BS 1 573 RR3FL94JQ
BS 574 574 RR3GW21JQ
BS 575 742 RR3FL94JQ
BS 743 743 RR3CX44JQ
BS 744 754 RR3FL94JQ
BS 755 873 RR3CX44JQ
BS 874 978 RR3GW21TF

RD RR3GW21JQ 585 0 0
GTGAAGAGCTTACATTATTGGATGATAAAAAATAATCAGGTGCAAGTCTAGGAAGCAAAA
GAAATCGAGTAATCGTGGAATATATATACAGATCAAAATGCAAACAAGAATACAAATACT
TGGTTACTACTTCTGTTTTGTTTTTTTTTTAAAAGACTACAAACAACAGATTCCTCCTTT
TCTTGAGGAAAACAAACAAGTGGAGAGCTAGCTACTTCAATCCTCATGTTGGTTTCTCTT
TGGAATCACAATATAGAACAACCTTTCTGAGACTTTCTCTTCTTCCTCTTCTTGTTCTTG
GGTGGTTGGAGAACTACCTTGATAGCCGCATCAAACACCGCTTTTACATTCTGTTGTGTT
TTTGCACTGCATTCAATATAAGAAGGTGCCCCAATGAGCTTCTTCAGTTCTTCACCCTGA
GCAGTAGAGATAGGCACAGCACCAGGGTGCTCAACCAAGAATTGCTTGTCATCTCGAAGA
TCAAGCTTGGTTCCAACGAGGATGATTGGTACACCAGGAGCATAATGTCTCAGTTCAGGT
ACCCACTTTTTAGAAACATTTTCATAGCTAGCTTTGCTGACGAGA

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3FL94JQ 754 0 0
GAGAAGGCAAGTGAAGAGCTTACATTATTGGATGATAAAAAATAATCAGGTGCAAGTCTA
GGAAGCAAAAGAAATCGAGTAATCGTGGAATATATATACAGATCAAAATGCAAACAAGAA
TACAAATACTTGGTTACTACTTCTGTTTTGTTTTTTTTTTAAAAGACTACAAACAACAGA
TTCCTCCTTTTCTTGAGGAAAACAAACAAGTGGAGAGCTAGCTACTTCAATCCTCATGTT
GGTTTCTCTTTGGAATCACAATATAGAACAACCTTTCTGAGACTTTCTCTTCTTCCTCTT
CTTGTTCTTGGGTGGTTGGAGAACTACCTTGATAGCCGCATCAAACACCGCTTTTACATT
CTGTTGTGTTTTTGCACTGCATTCAATATAAGCAGGTGCCCCAATGAGCTTCTTCAGTTC
TTCACCCTGAGCAGTAGAGATAGGCACAGCACCAGGGTGCTCAACCAAGAATTGCTTGTC
ATCTCGAAGATCAAGCTTGGTTCCAACGAGGATGATTGGTACACCAGGAGCATAATGTCT
CAGTTCAGGTACCCACTTTTTAGAAACATTTTCGTAGCTAGCTTTGCTGACGAGAGAGAA
GGCAAGTAAGAAGACATCTGCACCTCGATAGCTCAAAGGTCTTAGTCTATTGTAGTCTTC
TTGTCCTGCAGTATCCCACAATCCCAAGTTGATAGTGTTTCCATCCACAATCACATTGGC
GCTGAAATTATCAAACACAGTACGCACGTAATCC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3CX44JQ 798 0 0
CGAGTAATCGTGGAATATATATACAGATCAAAATGCAAACAAGAATACAAATACTTGGTT
ACTACTTCTGTTTTGTTTTTTTTTTAAAAGACTACAAACAACAGATTCCTCCTTTTCTTG
AGGAAAACAAACAAGTGGAGAGCTAGCTACTTCAATCCTCATGTTGGTTTCTCTTTGGAA
TCACAATATAGAACAACCTTTCTGAGACTTTCTCTTCTTCCTCTTCTTGTTCTTGGGTGG
TTGGAGAACTACCTTGATAGCCGCATCAAACACCGCTTTTACATTCTGTTGTGTTTTTGC
ACTGCATTCAATATAAGCAGGTGCCCCAATGAGCTTCTTCAGTTCTTCACCCTGAGCAGT
AGAGATAGGCACAGCACCAGGGTGCTCAACCAAGAATTGCTTGTCATCTCGAAGATCAAG
CTTGGTTCCAACGAGGATGATTGGTACACCAGGAGCATAATGTCTCAGTTCAGGTACCCA
CTTTTTAGAAACATTTTCATAGCTAGCTTTGCTGACGAGAGAGAAGGCAAGTAAGAAGAC
ATCTGCACCTCGATAGCTCAAAGGTCTTAGTCTATTGTAGTCTTCTTGTCCTGCAGTATC
CCACAATCCCAAGTTGATAGTGTTTCCATCCACAATCACATTGGCGCTGAAATTATCAAA
CACAGTAGGCACGTAATCCGTGGGGAAAGTGTTGCTAGTGTAGGAGATGAGCAGACAAGT
CTTTCCAACAGCGCCATCGCCGACTGTGACACACTTTATAAACCTTGAAGCACTCATCTC
TCTCTCAAATTTCAAACC

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3GW21TF 741 0 0
TGTT
GTTTCTCTTTGGAATCACAATATAGAACAAC**TTCTGAGACTTTCTCTTCT*CCTCTTC
TTGTTCTTGGGTGGTTGGAGAACTAC*TTGATAGCCGCATCAAACACCGCTTTTACATTC
TGTTGTGTTTTTGCACTGCATTCAATATAAGAAGGTGCCCCAATGAGCTTCTTCAGTTCT
TCACCCTGAGCAGTAGAGATAGGCACAGCACCAGGGTGCTCAACCAAGAATTGCTTGTCA
TCTCGAAGATCAAGCTTGGTTCCAACGAGGATGATTGGTACACCAGGAGCATAATGTCTC
AGTTCAGGTACCCACTTTTTAGAAACATTTTCATAGCTAGCTTTGCTGACGAGAGAGAAG
GCAAGTAAGAAGACATCTGCACCTCGATAGCTCAAAGGTCTTAGTCTATTGTAGTCTTCT
TGTCCTGCAGTATCCCACAATCCCAAGTTGATAGTGTTTCCATCCACAATCACATTGGCG
CTGAAATTATCAAACACAGTAGGCACGTAATCCGTGGGGAAAGTGTTGATAGTGTAGGAG
ATGAGCAGACAAGTCTTTCCAACAGCGCCATCGCCGACTGTGACACACTTTATAAACCTT
GAAGCACTCATCTCTCTCTCAAATTTCAAACCCTAAAACTTTTCAAGATTTGGGGATTAT
TTTTGTAATGGAGAGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTGTGAGGTTCTTAAAGAGGT
ACAAGACAACGCAATCC

QA 5 741 5 741
DS 

RD RR3FL94TF 648 0 0
GATAGCCGCATCAAACACCGCTTTTACATTCTGTTGTGTTTTTGCACTGCATTCAATATA
AGCAGGTGCCCCAATGAGCTTCTTCAGTTCTTCACCCTGAGCAGTAGAGATAGGCACAGC
ACCAGGGTGCTCAACCAAGAATTGCTTGTCATCTCGAAGATCAAGCTTGGTTCCAACGAG
GATGATTGGTACACCAGGAGCATAATGTCTCAGTTCAGGTACCCACTTTTTAGAAACATT
TTCGTAGCTAGCTTTGCTGACGAGAGAGAAGGCAAGTAAGAAGACATCTGCACCTCGATA
GCTCAAAGGTCTTAGTCTATTGTAGTCTTCTTGTCCTGCAGTATCCCACAATCCCAAGTT
GATAGTGTTTCCATCCACAATCACATTGGCGCTGAAATTATCAAACACAGTAGGCACGTA
ATCCGTGGGGAAAGTGTTGCTAGTGTAGGAGATGAGCAGACAAGTCTTTCCAACAGCGCC
ATCGCCGACTGTGACACACTTTATAAACCTTGAAGCACTCATCTCTCTCTCAAATTTCAA
ACCCTAAAACTTTTCAAGATTTGGGGATTATTTTTGTAATGGAGAGAAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGACTGTGAGGTTCTTAAAGAGGTACAAGACAACGCAATCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 2 4

CO CL1745Contig1 545 2 5 U
GGCTTTGAAGTTCAAACTTTCGATTAGGTTCAAATTTAGCGAAGCAATTACTAAAGCGCA
ATGTAATGATACATAAAGAGTTAAAAAAGTAGGAAAGAGCTCATCGACTTGTGTGTTTCT
CATTGTATCTTCTGCCGGAAACACACAAGAAAAAGAGAAGAAAAAAGGAAGCATATCAAA
CAAAAGATTACAGATAGGGTGAGGAGAGAAAGGACATTCAAGCCCGTTTGCCGCTGCTAG
GGTTGGACTTAGGGCAGAAATTCCAACGACCCTTGGCACGTCGGCGCTTGATGGTGGCTC
TACCACTGGTGGTTCTCATCCTCAAACGGAAACCATGAGTCCTAACCAGAGATTTTCTTG
ACCTGCTCCTCTTAGTTTGACACAGAGCAGCTTTTCCAGCTCTCACCACAAGCCCTCTGC
GTTTCTGGCTACTCAGACCACTGGTTCCACTGCTGAGATCAAACGCAATGGACAAACCAG
AAAATGTGGAAGAGAGGGAAAGAGGTGAAGAGAGAAAGGAGCAATGGAGCAGCTGAAAAG
AAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3FG54JQ U 56
AF RR3AO18JQ U 1
BS 1 258 RR3AO18JQ
BS 259 259 RR3FG54JQ
BS 260 344 RR3AO18JQ
BS 345 345 RR3FG54JQ
BS 346 545 RR3AO18JQ

RD RR3FG54JQ 295 0 0
GT
GCAATGTAATGATACATAAAGAGTTAAAAAAGTAGGAAAGAGCTCATCGACTTGTGTGTT
TCTCATTGTATCTTCTGCCGGAAACACACAAGAAAAAGAGAAGAAAAAAGGAAGCATATC
AAACAAAAGATTACAGATAGGGTGAGGAGAGAAAGGACATTCAAGCCCGTTTGCCGCTGC
TAGGGTTGGACTTAGGGCAGAAATTCCAACGACCCTTGGCACGTCGGCGCTTGATGGTGG
CTCTACCACTGGTGGTTCTCATCCTCAAACGGAAACCATGTGTCCTAACCAGA

QA 3 295 3 295
DS 

RD RR3AO18JQ 545 0 0
GGCTTTGAAGTTCAAACTTTCGATTAGGTTCAAATTTAGCGAAGCAATTACTAAAGCGCA
ATGTAATGATACATAAAGAGTTAAAAAAGTAGGAAAGAGCTCATCGACTTGTGTGTTTCT
CATTGTATCTTCTGCCGGAAACACACAAGAAAAAGAGAAGAAAAAAGGAAGCATATCAAA
CAAAAGATTACAGATAGGGTGAGGAGAGAAAGGACATTCAAGCCCGTTTGCCGCTGCTAG
GGTTGGACTTAGGGCAGAGATTCCAACGACCCTTGGCACGTCGGCGCTTGATGGTGGCTC
TACCACTGGTGGTTCTCATCCTCAAACGGAAACCATGAGTCCTAGCCAGAGATTTTCTTG
ACCTGCTCCTCTTAGTTTGACACAGAGCAGCTTTTCCAGCTCTCACCACAAGCCCTCTGC
GTTTCTGGCTACTCAGACCACTGGTTCCACTGCTGAGATCAAACGCAATGGACAAACCAG
AAAATGTGGAAGAGAGGGAAAGAGGTGAAGAGAGAAAGGAGCAATGGAGCAGCTGAAAAG
AAGCT

QA 1 545 1 545
DS 



CO CL1745Contig2 635 2 2 U
GGAAGTAAAAAAAATTCAATGGCCTCTTCCTTATCCATCTCCATTGGAGCTTCGGCTTCG
TCGCGTTTACGTCATCCTTCTTCATCGAACGGGAAGATTAGCGTCCCTTCCGCCACGCTT
TCTCTCGGCACTGGTTCGAGACGGGGAGCGTTTACTCTCAGCTCTTCAAAATCCACATCA
GCTTCTTCTCAGCTGCTCCATTGCTCCTTTCTCTCTTCATCTCTCTCCCTCGCATCTTCG
TTTTCTGGTTTGTCCATTGCGTTTGATCTCAGCAGTGGAACAAGTGGTCTGAGTAGCCAG
AAACGGAGAGGGCTTGTGGTGAGAGCTGGAAAAGCTGCTCTGTGTCAAACGAAGAGGAGC
AGGTCAAGAAAATCTCTGGCTAGGACTCATGGTTTCCGTTTGAGGATGAGAACCACCAGT
GGTAGAGCCACCATCAAGCGCCGACGTGCAAAGGGACGTTGGAATCTCTGTCCTAAGTCC
AACCCTAGCAGCGGCAAACGTGCTTGAATGTCCTTTCTCTCCTCACCCTATCTGTAATCT
TTTGTTTGATATGCATCTTTTTTTTTTCTTTTTCTTGTGTGTTTCCGGCAGAAGATACAA
TGAGAAAACACAAGTCGATGAGGCTCTTTCCTGAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3BH85JQ C 1
AF RR3BH85TF U 1
BS 1 632 RR3BH85TF
BS 633 635 RR3BH85JQ

RD RR3BH85JQ 635 0 0
GGAAGTAAAAAAAATTCAATGGCCTCTTCCTTATCCATCTCCATTGGAGCTTCGGCTTCG
TCGCGTTTACGTCATCCTTCTTCATCGAACGGGAAGATTAGCGTCCCTTCCGCCACGCTT
TCTCTCGGCACTGGTTCGAGACGGGGAGCGTTTACTCTCAGCTCTTCAAAATCCACATCA
GCTTCTTCTCAGCTGCTCCATTGCTCCTTTCTCTCTTCATCTCTCTCCCTCGCATCTTCG
TTTTCTGGTTTGTCCATTGCGTTTGATCTCAGCAGTGGAACAAGTGGTCTGAGTAGCCAG
AAACGGAGAGGGCTTGTGGTGAGAGCTGGAAAAGCTGCTCTGTGTCAAACGAAGAGGAGC
AGGTCAAGAAAATCTCTGGCTAGGACTCATGGTTTCCGTTTGAGGATGAGAACCACCAGT
GGTAGAGCCACCATCAAGCGCCGACGTGCAAAGGGACGTTGGAATCTCTGTCCTAAGTCC
AACCCTAGCAGCGGCAAACGTGCTTGAATGTCCTTTCTCTCCTCACCCTATCTGTAATCT
TTTGTTTGATATGCATCTTTTTTTTTTCTTTTTCTTGTGTGTTTCCGGCAGAAGATACAA
TGAGAAAACACAAGTCGATGAGGCTCTTTCCTGAC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3BH85TF 635 0 0
GGAAGTAAAAAAAATTCAATGGCCTCTTCCTTATCCATCTCCATTGGAGCTTCGGCTTCG
TCGCGTTTACGTCATCCTTCTTCATCGAACGGGAAGATTAGCGTCCCTTCCGCCACGCTT
TCTCTCGGCACTGGTTCGAGACGGGGAGCGTTTACTCTCAGCTCTTCAAAATCCACATCA
GCTTCTTCTCAGCTGCTCCATTGCTCCTTTCTCTCTTCATCTCTCTCCCTCGCATCTTCG
TTTTCTGGTTTGTCCATTGCGTTTGATCTCAGCAGTGGAACAAGTGGTCTGAGTAGCCAG
AAACGGAGAGGGCTTGTGGTGAGAGCTGGAAAAGCTGCTCTGTGTCAAACGAAGAGGAGC
AGGTCAAGAAAATCTCTGGCTAGGACTCATGGTTTCCGTTTGAGGATGAGAACCACCAGT
GGTAGAGCCACCATCAAGCGCCGACGTGCAAAGGGACGTTGGAATCTCTGTCCTAAGTCC
AACCCTAGCAGCGGCAAACGTGCTTGAATGTCCTTTCTCTCCTCACCCTATCTGTAATCT
TTTGTTTGATATGCATCTTTTTTTTTTCTTTTTCTTGTGTGTTTCCGGCAGAAGATACAA
TGAGAAAACACAAGTCGATGAGGCTCTTTCCT
GAC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 5

CO CL1746Contig1 1186 5 8 U
GCTCAAATTTTAAGTGATATATCTCTTTAAAATGAACTCAAAAACAATTTTTTTTTATTA
GTGCTCTCTTTTGGTTCTCAGTACATAAAACTAATGAAAACTAGGTTTAACCAAAGCTCA
AATAGAGTGAACAACAACTTTTATATTGGTTAAATATGCCATGTTGGTAAGTAGAATTTC
ACTGGACGCTGGTTTTGACGTTGAAGCGGTCTAGCATTCGAATTAAATTGATCATGTACA
GTCACACGAAGCAGGCTCAACTGTTTCAACGTTACAGTCCTCGTCTCTCTGGAAATGGAC
CAAGTAACATTTTCAGAACAGGGGGGAGTTGTGAGTGATCCTAAATATCTGTAATAGAAT
CTTGATTTGAAATTGATCATTCTAGGATCAATCATACTGATAAATTCCTCGGACTCATGT
CTATCAGTTATCCTCTTCAATTGTCTTTCCAACGAAAGGAGAAAAGGGTCAGGTCTTCCC
AAATTGTAGAGGAACGCCACAACGGCGAAGCGTCCATCTTTGCTCTGATGAACCATGTGT
TCCTCGAGAACAAACCTTTTACCGTTGATCGTGTGTTCGGAAGGAGAGTGCCAATGAAGC
TGTTGAAGTTGATATACAGTACCATTGATAGTTATACCCATACCTGCATTTCCTCCTTCG
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GACTGCATCGTGCCGTTTCCACACATTTTCCATTCTGGCTTTAGTGTTCCCCATTTCTCT
GGCCCCTTCTCTCCTCCCTTCTCGTAGTTAAACTCCGTTTCGTCCTCAACTTCTCCATGG
TCTGGTGAACTCGAAACAATGGTAATAGAGATGGCGATAAAGAAAACGACGCATACAATT
GATGGTATCTTCATTGTCTTATGTTGTGTATAAACCAGGGAGTGAAATATCGAAAGAAGT
GTTTCGAGAGAAAAGAAATATTGAAAGAAGATTAGACACTTTAGGGGGGTTATGGTGATA
AACAATTGTATTTGTTCTCGTCTATTTCTCTCAGTCAAGATAGCATATCTTAAATGCCTC
TAATTTGCTCCTGACTTCACCTTAATTTTCTCTAGTTTCCTTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CCC

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GACTGCATCGTGCCGTTTC
ACA

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ATTCCTCGGACTCATGTCTATCAGTTATCCTCTTCAATTGTCTTTCCAACGAAAGGAGAA
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TCTGATGAACCATGTGTTCCTCGAGAACAAACCTTTTACCGTTGATCGTGTGTTCGGAAG
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CC

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GGAGAGTGCCAATGAAGCTGTTGAAGTTGATATACAGTACCATTGATAGTTATACCCATA
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TTAGAAGGTAGATAATGGCTGTGTAACGATCCAATCTTATGATCAATGAAGACTCTATTG
TCCGTAAGATCAATAGGTGACTGCATCGTGCCGTTTCCACACATTTTCCATTCTGGCTTT
AGTGTTCCCCATTTCTCTGGCCCCTTCTCTCCTCCCTTCTCGTAGTTAAACTCCGTTTCG
TCCTCAACTTCTCCATGGTCTGGTGAACTCGAAACAATGGTAATAGAGATGGCGATAAAG
AAAACGACGCATACAATTGATGGTATCTTCATTGTCTTATGTTGTGTATAAACCAGGGAG
TGAAATATCGAAAGAAGTGTTTCGAGAGAAAAGAAATATTGAAAGAAGATTAGACACTTT
AGGGGGGTTATGGTGATAAACAATTGTATTTGTTCTCGTCTATTTCTCTCAGTCAAGATA
GCATATCTTAAATGCCTCTAATTTGCTCCTGACTTCACCTTAATTTTCTCTAGTTTCCTT
TCAC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 3

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CTCCTTGCTTCACCTTTCCTCCAAGTTGCTTTGTGTCAGTCGGATTCGGAGGACTCTGGG
TTTGAAGTTTTCCGAAGAAGAGAGCGAAACAGAAGAAGTGTTTGGTTTGGAGCTTACCTC
AGCTCCTGGAATCGAAACCCTCTGCGTTTTCCCCAAAAACAGAGCAAAAATAATTAAAGC
TGGAACTGAGACTGAGGTGCTCGTTGGAATAAAAAATGATGGTCAATCCAATATAGACAT
CGTTGCGGTTAAAGGCAGTCTACATCTTCCCTTCGATCAAAAGCCTCTTGTTCAGAATCT
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CTAAACTTGTAACTCCATAAAATCTTTAAATGCTTTTTTTTGGTTACTGTAGTAGATGTT
AAACTTGTTACCTTTGTTAAGAATGTCAA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CE12TF U 1
AF RR3C475TF U 1
AF RR3C475JQ C 336
BS 1 135 RR3CE12TF
BS 136 136 RR3C475TF
BS 137 153 RR3CE12TF
BS 154 154 RR3C475TF
BS 155 330 RR3CE12TF
BS 331 331 RR3C475TF
BS 332 427 RR3CE12TF
BS 428 428 RR3C475TF
BS 429 435 RR3CE12TF
BS 436 436 RR3C475TF
BS 437 518 RR3CE12TF
BS 519 519 RR3C475TF
BS 520 521 RR3CE12TF
BS 522 522 RR3C475TF
BS 523 669 RR3CE12TF
BS 670 670 RR3C475TF
BS 671 702 RR3CE12TF
BS 703 720 RR3C475TF
BS 721 721 RR3C475JQ
BS 722 767 RR3C475TF
BS 768 770 RR3C475JQ
BS 771 795 RR3C475TF
BS 796 989 RR3C475JQ

RD RR3CE12TF 702 0 0
GGATCACAAAAAATCATCATGAAGACGATTGTTATTAGACTTCTCTTCCTCGCTTTCCTT
CTCCTTGCTTCACCTTTCCTCCAAGTTGCTTTGTGTCAGTCGGATTCGGAGGACTCTGGG
TTTGAAGTTTTCCGATGAAGAGAGCGAAACAGAGGAAGTGTTTGGTTTGGAGCTTACCTC
AGCTCCTGGAATCGAAACCCTCTGCGTTTTCCCCAAAAACAGAGCAAAAATAATTAAAGC
TGGAACTGAGACTGAGGTGCTCGTTGGAATAAAAAATGATGGTCAATCCAATATAGACAT
CGTTGCGGTTAAAGGCAGTCTACATCTTCCTTTCGATCAAAAGCCTCTTGTTCAGAATCT
CACCGCTCTGAGCTTTGGCAACGCTTCTGTGCCTGTTTCATCTCAAGCCACCTTCCCATA
TATCTTTGCTGTCAGCAAGTTCCTGCAGGCTGGTGGTTTTGATCTAGTTGGAACCATTGT
CTATGAGATAGATGGTAAGCCCTACCAAAGCACATTTTACAATGGAACCATCGAGGTTGT
TGAAGACGGTCCTCTCTTCAGGATGGAGTCAGTCTTCCTTAGTGGTCTTTTGATTTCGCT
AATCGTTCTTCTTATGATCTATATCAAAAATGGTCTGAGGCATATGACCAAGAAAACAAA
GAGAGCAACAAAAGCAAAAGTTGAAGTTGGAACCGCAGCTAA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3C475TF 795 0 0
GGATCT
CAAAAAATCATCATGAAGACGATTGTTATTAGACTTCTCTTCCTCGTTTTCCTTCTCCTT
GCTTCACCTTTCCTCCAAGTTGCTTTGTGTCAGTCGGATTGGGAGGACTCTGGGTTTGAA
GTTT*CCGAAGAAGAGAGCGAAACAGAAGATGTGTTTGGTTTGGAGCTTGCCTCAGCTCC
TGGAATCGAAACCCTCTGCGTTTTCCCCAGAAACAGAGCAAAAATAATTAAAGCTGGAAC
TGAGACTGAGGTGCTCGTTGGAATAAAAAATGATGGTCAATCCAATATAGACATCGTTGC
GGTTAAAGGCAGTCTACATCTTCCCTTCGATCAAAAGCCTCTTGTTCAGAATCTCACCGC
TCTGAGCTTTGGCAACGCTTCTGTGCCTGTTTCATCTCAAGCCACCTTCCCATATATCTT
TTCTGTCAGTAAGTTCCTGCAGGCTGGTGGTTTTGATCTAGTTGGAACCATTGTCTATGA
GATAGATGGTAAGCCCTACCAAAGCACATTTTGCAGTGGAACCATCGAGGTTGTTGAAGA
CGGTCCTCTCTTCAGGATGGAGTCAGTCTTCCTTAGTGGTCTTTTGATTTCGCTAATCGT
TCTTCTTATGATCTATATCAAAAATGGTCTGAG*CATATGACCAAGAAAACAAAGAGAGC
AACTAAAGCAAAAGTTGAAGTTGGAACCGCAGCTAAAGATGCTTCACTTGATGA*TGGCT
TGAGGGTACTGCCTATACTCACTCTTCGAGTAAGTCAAAGAG**AGAAGTAGATCAGACC
AAATCTCAC

QA 7 795 7 795
DS 

RD RR3C475JQ 654 0 0
ATCAAAAGCCTCTTGTTCAGAATCTCACCGCTCTGAGCTTTGGCAACGCTTCTGTGCCTG
TTTCATCTCAAGCCACCTTCCCATATATCTTTTCTGTCAGTAAGTTCCTGCAGGCTGGTG
GTTTTGATCTAGTTGGAACCATTGTCTATGAGATAGATGGTAAGCCCTACCAAAGCACAT
TTTGCAGTGGAACCATCGAGGTTGTTGAAGACGGTCCTCTCTTCAGGATGGAGTCAGTCT
TCCTTAGTGGTCTTTTGATTTCGCTAATCGTTCTTCTTATGATCTATATCAAAAATGGTC
TGAGGCATATGACCAAGAAAACAAAGAGAGCAACTAAAGCAAAAGTTGAAGTTGGAACCG
CAGCTAAAGATGCTTCACTTGATGAATGGCTTGAGGGTACTGCCTATACTCACTCTTCGA
GTAAGTCAAAGAAGAAGAAGTAGATCAGACCAAATCTCACAGGCTTTATCTGTATCTCTA
GTGACTTGTGAAACCAAAAGCACACGAACCATAGTAATTATAGATAGAGAGTGAGAGAGA
GAGTTGTTGGTCGAGATCCTCCTTCCTAAACTTGTAACTCCATAAAATCTTTAAATGCTT
TTTTTTGGTTACTGTAGTAGATGTTAAACTTGTTACCTTTGTTAAGAATGTCAA

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 4

CO CL1748Contig1 757 4 5 U
GGGAGTAAGATTCACACTCCATAGAAAAATTGGCGATCAGATTCAGCAAAAAGAAGACGA
AAATCGACGACCAAAATGGCGACGGAAACGCCGCCGGTACACCCCTTCGTGGCACCGTTA
TCGTATCTATTGGGAACATGGAGAGGACAAGGCGAAGGTGAATATCCAACGATACCTTCC
TTCCGCTACGGCGAAGAGATCTGTTTCTCACATTCCGGCAAGCCGGTGATAGCTTACACG
CAGAAGACATGGAAGTTAGAAACAGGAGACCCGATGCACGCAGAGAGCGGTTTCTTTCGT
CCGAAGCCAGACGGTTCAATCGAAGTCGTTATTGCTCAGAGCTCTGGTCTCGTTGAAGTC
CAGAAAGGAGCTTACAATGTCGATAAGCAAACGATCACACTCAAGAGTGAGCTTGTCGGA
AACGCATCCAAGGTGAAGGAGACAAGCAGAGGATTTGAATTGGTTGATGGAAAGCTATCG
TACGTTGTTCATATGAGTACAACCACACAGCATCTTCAACCTCATCTCAAAGCCACTCTC
GAAAAGCTTTGAAACACTTGCTTGCTGCTGATTCTGTTGACTTTCACCACCGTTTAAGAA
CATTTTGATTTGATACTCCTTTAGTATTGAGTCGGACAATTTTAGAGCTTAATGGTCCTT
TTTTAAAACAGTGAAAATGACCTTTAAATTACTCTATAAGGTCAAAAGTGATTTGAGTCT
GTTCTGTTAGGCCCGGCCCATATTCTTCAGTTCATTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ59JQ C 1
AF RR3GZ59TF U 1
AF RR3GF69TF U 28
AF RR3GF69JQ C 395
BS 1 580 RR3GZ59TF
BS 581 581 RR3GF69TF
BS 582 637 RR3GZ59TF
BS 638 696 RR3GF69TF
BS 697 757 RR3GF69JQ

RD RR3GZ59JQ 637 0 0
GGGAGTAAGATTCACACTCCATAGAAAAATTGGCGATCAGATTCAGCAAAAAGAAGACGA
AAATCGACGACCAAAATGGCGACGGAAACGCCGCCGGTACACCCCTTCGTGGCACCGTTA
TCGTATCTATTGGGAACATGGAGAGGACAAGGCGAAGGTGAATATCCAACGATACCTTCC
TTCCGCTACGGCGAAGAGATCTGTTTCTCACATTCCGGCAAGCCGGTGATAGCTTACACG
CAGAAGACATGGAAGTTAGAAACAGGAGACCCGATGCACGCAGAGAGCGGTTTCTTTCGT
CCGAAGCCAGACGGTTCAATCGAAGTCGTTATTGCTCAGAGCTCTGGTCTCGTTGAAGTC
CAGAAAGGAGCTTACAATGTCGATAAGCAAACGATCACACTCAAGAGTGAGCTTGTCGGA
AACGCATCCAAGGTGAAGGAGACAAGCAGAGGATTTGAATTGGTTGATGGAAAGCTATCG
TACGTTGTTCATATGAGTACAACCACACAGCATCTTCAACCTCATCTCAAAGCCACTCTC
GAAAAGCTTTGAAACACTTGCTTGCTGCTGATTCTGTTGATTTTCACCACCGTTTAAGAA
CATTTTGATTTGATACTCCTTTAGTATTGAGTCGGAC

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3GZ59TF 637 0 0
GGGAGTAAGATTCACACTCCATAGAAAAATTGGCGATCAGATTCAGCAAAAAGAAGACGA
AAATCGACGACCAAAATGGCGACGGAAACGCCGCCGGTACACCCCTTCGTGGCACCGTTA
TCGTATCTATTGGGAACATGGAGAGGACAAGGCGAAGGTGAATATCCAACGATACCTTCC
TTCCGCTACGGCGAAGAGATCTGTTTCTCACATTCCGGCAAGCCGGTGATAGCTTACACG
CAGAAGACATGGAAGTTAGAAACAGGAGACCCGATGCACGCAGAGAGCGGTTTCTTTCGT
CCGAAGCCAGACGGTTCAATCGAAGTCGTTATTGCTCAGAGCTCTGGTCTCGTTGAAGTC
CAGAAAGGAGCTTACAATGTCGATAAGCAAACGATCACACTCAAGAGTGAGCTTGTCGGA
AACGCATCCAAGGTGAAGGAGACAAGCAGAGGATTTGAATTGGTTGATGGAAAGCTATCG
TACGTTGTTCATATGAGTACAACCACACAGCATCTTCAACCTCATCTCAAAGCCACTCTC
GAAAAGCTTTGAAACACTTGCTTGCTGCTGATTCTGTTGATTTTCACCACCGTTTAAGAA
CATTTTGATTTGATACTCCTTTAGTATTGAGTCGGAC

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3GF69TF 669 0 0
GATTGGCGATCAG
ATTCAGCAAAAAGAAGACGAAAATCGACGACCAAAATGGCGACGGAAACGCCGCCGGTAC
ACCCCTTCGTGGCACCGTTATCGTATCTATTGGGAACATGGAGAGGACAAGGCGAAGGTG
AATATCCAACGATACCTTCCTTCCGCTACGGCGAAGAGATCTGTTTCTCACATTCCGGCA
AGCCGGTGATAGCTTACACGCAGAAGACATGGAAGTTAGAAACAGGAGACCCGATGCACG
CAGAGAGCGGTTTCTTTCGTCCGAAGCCAGACGGTTCAATCGAAGTCGTTATTGCTCAGA
GCTCTGGTCTCGTTGAAGTCCAGAAAGGATCTTACAATGTCGATAAGCAAACGATCACAC
TCAAGAGTGAGCTTGTCGGGAACGCATCCAAGGTGAAGGAGACAAGCAGAGGATTTGAAT
TGGTTGATGGAAAGCTATCGTACGTTGTTCATATGAGTACAACCACACAGCATCTTCAAC
CTCATCTCAAAGCCACTCTCGAAAAGCTTTGAAACACTTGCTTGCTGCTGATTCTGTTGA
CTTTCACCACCGTTTAAGAACATTTTGATTTGATACTCCTTTAGTATTGAGTCGGACAAT
TTTAGAGCTTAATGGTCCTTTTTTAAAACAGTGAAAATGACCTTTAAATTACTCTA

QA 14 669 14 669
DS 

RD RR3GF69JQ 363 0 0
TCACACTCAAGAGTGAGCTTGTCGGGAACGCATCCAAGGTGAAGGAGACAAGCAGAGGAT
TTGAATTGGTTGATGGAAAGCTATCGTACGTTGTTCATATGAGTACAACCACACAGCATT
TTCAACCTCATTTCAAAGCCACTCTCGAAAAGCTTTGAAACACTTGCTTGCTGCTGATTC
TGTTGACTTTCACCCCCGTTTAAGAACATTTTGATTTGATACTCCTTTAGTATTGAGTCG
GACAATTTTAGAGCTTAATGGTCCTTTTTTAAAACAGTGAAAATGACCTTTAAATTACTC
TATAAGGTCAAAAGTGATTTGAGTCTGTTCTGTTAGGCCCGGCCCATATTCTTCAGTTCA
TTC

QA 1 363 1 363
DS 



AS 1 3

CO CL1749Contig1 2210 3 3 U
GGGGAAAAAAAAGTTTCCATCACGATCGCAATTTTTTTGTACATCGTGCAAAACCTTTTT
CCAAATAAAATAAAATTCCAAGTATAAAAAGCTTTGCCGAAGAAGCTAAGCATTTATTTT
TCTTGTACTTGCAAAGTAAAACCTGAAGTTGTGATGCTCTCTTTGAATCCCAAAGAGAAA
AGCTATCTCAGTTTTCACGACGTTGCTCCAAAGATATGAATGCGCTGCTGAACCACAGCT
CTGCAGCAAGGACAGGTGACTTTGCCTCCGCCACTGTTATTGCTCGAGAAGAAATTATCG
CTGCAACTACCGCACGCAACTTGATGCGCACACGGAAGAAACACCACCGAGACTTCATCT
TTCATACAGACTATGCATTCTCTATCACTGTTTGCTTCACTCTCATAAGACCCTTCAAGC
TTATCGAGTTCTTCAAGCAGCTTAGCGATGTTTTCTCCTTGAGATTTTGCAGGTTCCCAA
ACATTGTTGGATAAGTGGCTTGAGTCGGTATCTGAAGAGGCTTTGAGCCGAGAGAGCTAT
TGCTCAAGCCTTTGGTGATCGTCTTTGTGTCGTTGGAAGTCTAGTTCGATTTTTAACCTG
AGAGTCTCCAGCTTTCTCTTGTTGTGTGCCTCAGCTGCTTCTTTTGAGCGTTGTTCTTCC
TCCACTTGTGCCACAGCTTGCTCCTTTGCTTCTCCCATGCCAAAAGCTTCTTCAAGCATT
TCTTCTCCTTCTTTGATTCTTCCATGCACGCTTTAAGCGATTCTGATGCACTTAATTTGA
GACCTTCCCTCTCTGCTCGGATCTCTGCATTTTGATTCTCAAGCGTTCTAACAATTGCAT
TTGCTGTGTCACGCTGACAAGTAGCTTTTCTAACAGCGTTTTCCAACTCGGACAACATCT
TCACGGTCGATTCGTCAACAGCTTGTTTCCCCTTTTTCAACATCTGTATACTCTCTCTTT
CGCTGTTCAGATTTTTCAGCTCGGTCAGTTCATCGCTGACCTTTTGGGCGGCTTGCATCG
CCTTCTTCTGAGCCCACTCTTTCCTTTCCTTTAACTTCTTCTCGAGATCCTTGACCTGAT
GAAGCAGCGTCACAATCACACCATCCTTATCATCCTCACCAACAGATTCAAGATTATCAT
CAAGGTTCATCTCACGAAACTTCTCCAACACCGAACCAACACTCTCTTCACTCTCCACAT
GCGCAGGATCAACGCTCTCACCACCAGTCCCATCATCTATCTGCTTCTGCTTCATACTAG
CACGAAAACCCGCAGCAAAGGCGGCAACGTTCCGCTTCAACAACGACTTCATGGTTGGAG
AAAGATTAAACCTCCTGGGACACTCAATCTCCCTCTGCAATTTCAACTCACCATTGCTCA
CAGAAAACCCTTTACCAGAAAACTCAAGCCCTCCTCCGTTCCCAAAATCCCAACCTCCAT
GGAAACGACACAACGCCGGCGCCATAAAACCAGCAATATCCAATGCACCTTCTCCACTTC
CATCTTCCTTAGCACCACAACCTCCCCTGTTTGGTATCTCCAAAGTACTTGCCTTACCAA
CATGAAGCTCACTCACCAACAAACACCACATAGCATCACCTTTACTCAAACTAGGCCTAA
CTTGCTGCAGCAAGTAAACCATACCAGCAAGCGTATACTCCTCCAAATCTCTCAAATCCG
TAAAACCAGTCTCCGACCGATCCCGCCACCATTGCTGCTATTCAAATACGACAAAGAGTT
GTTCACAATGTTCTTCAACACATCGGATTCGCCGTAACAATGGCCGTTACTCAAAACGGC
TCTCATCGCCACGCTTTCATCGCAGCCCAGATCAATAAGCTTGGAAACAGCTTGGTCGTA
CACAAACTCCAAATGCTTGAGCAGGATCTCCTCGAGATTCTCCTCCGTGCAGAAGCCCCA
CGTGCTCTCCTCGAAACCACTACTCCCGCTATGGTTCGAGTGGACGCAACAAGTCCCTGA
GGTGGAGGAGCCAGTGAGACCTGGGTGGTAGACTAGGTTTTTGAGGCTTGACTCCACGAT
GGATTTTGATAGGGAAACCCTATCGAGATCCAGCTCGGATTTGTAACCGGGTCGGATCTT
CCGTGCCGCTCTCACATGCTTATCTCTAACCGTACAGCCCATCTGATTACTCCTTTCCTC
TCTTCTATTGATCGGCGGTGGCTCGGCTGAGAAGATTAGAGAAAAGAGGC


BQ
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AF RR3CI82JQ U 1
AF RR3AV47JQ U 739
AF RR3AV47TF C 1469
BS 1 795 RR3CI82JQ
BS 796 1580 RR3AV47JQ
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CCAAATAAAATAAAATTCCAAGTATAAAAAGCTTTGCCGAAGAAGCTAAGCATTTATTTT
TCTTGTACTTGCAAAGTAAAACCTGAAGTTGTGATGCTCTCTTTGAATCCCAAAGAGAAA
AGCTATCTCAGTTTTCACGACGTTGCTCCAAAGATATGAATGCGCTGCTGAACCACAGCT
CTGCAGCAAGGACAGGTGACTTTGCCTCCGCCACTGTTATTGCTCGAGAAGAAATTATCG
CTGCAACTACCGCACGCAACTTGATGCGCACACGGAAGAAACACCACCGAGACTTCATCT
TTCATACAGACTATGCATTCTCTATCACTGTTTGCTTCACTCTCATAAGACCCTTCAAGC
TTATCGAGTTCTTCAAGCAGCTTAGCGATGTTTTCTCCTTGAGATTTTGCAGGTTCCCAA
ACATTGTTGGATAAGTGGCTTGAGTCGGTATCTGAAGAGGCTTTGAGCCGAGAGAGCTAT
TGCTCAAGCCTTTGGTGATCGTCTTTGTGTCGTTGGAAGTCTAGTTCGATTTTTAACCTG
AGAGTCTCCAGCTTTCTCTTGTTGTGTGCCTCAGCTGCTTCTTTTGAGCGTTGTTCTTCC
TCCACTTGTGCCACAGCTTGCTCCTTTGCTTCTCCCATGCCAAAAGCTTCTTCAAGCATT
TCTTCTCCTTCTTTGATTCTTCCATGCACGCTTTAAGCGATTCTGATGCACTTAATTTGA
GACCTTCCCTCTCTG

QA 1 795 1 795
DS 

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GGATCTCTGCATTTTGATTCTCAAGCGTTCTAACAATTGCATTTGCTGTGTCACGCTGAC
AAGTAGCTTTTCTAACAGCGTTTTCCAACTCGGACAACATCTTCACGGTCGATTCGTCAA
CAGCTTGTTTCCCCTTTTTCAACATCTGTATACTCTCTCTTTCGCTGTTCAGATTTTTCA
GCTCGGTCAGTTCATCGCTGACCTTTTGGGCGGCTTGCATCGCCTTCTTCTGAGCCCACT
CTTTCCTTTCCTTTAACTTCTTCTCGAGATCCTTGACCTGATGAAGCAGCGTCACAATCA
CACCATCCTTATCATCCTCACCAACAGATTCAAGATTATCATCAAGGTTCATCTCACGAA
ACTTCTCCAACACCGAACCAACACTCTCTTCACTCTCCACATGCGCAGGATCAACGCTCT
CACCACCAGTCCCATCATCTATCTGCTTCTGCTTCATACTAGCACGAAAACCCGCAGCAA
AGGCGGCAACGTTCCGCTTCAACAACGACTTCATGGTTGGAGAAAGATTAAACCTCCTGG
GACACTCAATCTCCCTCTGCAATTTCAACTCACCATTGCTCACAGAAAACCCTTTACCAG
AAAACTCAAGCCCTCCTCCGTTCCCAAAATCCCAACCTCCATGGAAACGACACAACGCCG
GCGCCATAAAACCAGCAATATCCAATGCACCTTCTCCACTTCCATCTTCCTTAGCACCAC
AACCTCCCCTGTTTGGTATCTCCAAAGTACTTGCCTTACCAACATGAAGCTCACTCACCA
AC

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR3AV47TF 742 0 0
ACCAGCAATATCCAATGCACTTTCTCCACTTCCATCTTCTTTAGCACCACAACCTCCCCT
GTTTGGTATCTCCAAAGTACTTGCCTTACCAACATGAAGCTCACTCACCAACAAACACCA
CATAGCATCACCTTTACTCAAACTAGGCCTAACTTGCTGCAGCAAGTAAACCATACCAGC
AAGCGTATACTCCTCCAAATCTCTCAAATCCGTAAAACCAGTCTCCGACCGATCCCGCCA
CCATTGCTGCTATTCAAATACGACAAAGAGTTGTTCACAATGTTCTTCAACACATCGGAT
TCGCCGTAACAATGGCCGTTACTCAAAACGGCTCTCATCGCCACGCTTTCATCGCAGCCC
AGATCAATAAGCTTGGAAACAGCTTGGTCGTACACAAACTCCAAATGCTTGAGCAGGATC
TCCTCGAGATTCTCCTCCGTGCAGAAGCCCCACGTGCTCTCCTCGAAACCACTACTCCCG
CTATGGTTCGAGTGGACGCAACAAGTCCCTGAGGTGGAGGAGCCAGTGAGACCTGGGTGG
TAGACTAGGTTTTTGAGGCTTGACTCCACGATGGATTTTGATAGGGAAACCCTATCGAGA
TCCAGCTCGGATTTGTAACCGGGTCGGATCTTCCGTGCCGCTCTCACATGCTTATCTCTA
ACCGTACAGCCCATCTGATTACTCCTTTCCTCTCTTCTATTGATCGGCGGTGGCTCGGCT
GAGAAGATTAGAGAAAAGAGGC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 4

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TCTGTGGAACTTTCTGTTTCTTTCTATAAGAATAAGAGGGAAGAAGGCATATAACATAAG
AGGAAGAGACATATCTGGTCTTCTGATGCTTTTCAAGACCCAGTAATAACAATAATGTTT
CTAATGTAATGGCTTGAGATGGAAGATTTGACAAGCTGGTGTGTATGAAACCTTGGTAGC
TGCTTTTTCGAACTTCTTGCTCGCTGCTTCGTTTTCCTCTAGATTCGTCTGTGAGAAGAA
ACGGTTCCACCACGACGAGCTTCGCATTTTAGCAGGTCTTCCAAACTTCGACAGTTCCGC
AACTTTAGCCTTTTGCTTACCAGGATTACCTGCAAAGAGAAGGAGACCATCTGAAGAAAC
ACGTGCAAGTTCAGGAACGGTCTTGTTGAGATACTTGGGCGAGAGGTAATCCAGAGCATC
CGAGACGATGACGAGAGAAAACGACTTTGCCCGGTAAGGAAGAGGGAACTTGATGTCAGC
CACACGTACAAAGCCTTTACGCAAAAGACTTTTGCAGCTGGAGTCTGCATCCTCAACATC
GTACGGTTCAACACCCCAAGCTTCAGCCTCATCTTCCTTCAACAGAGTAGAGACCACCGC
ACATGTGTCAGGACCCACGTGCAAGACTTTCCGCATGCTGTCTCCGTAAGCGGTCTTGAG
AAGAGGGATGGCTCTTTGAACTTCTGATGTGCAAGAATAGTCACCTGTGATCTTGCTGAC
CTCTCTGATACTCTTAAACATACCTGGACCACTGAAAGCATAACCAATGAGAAGGCATGC
TCCAAGGAGAACAAGGCAAATAGATAAGAGAGGAGAGGAACGTGATTTAGAGTGCAAAGC
TCCTACGAAAGGGAAGCTTCCACTATCCCCTACACGCCTCGCCGAACCTACTTGCCTTCT
TGCCATCACTCTAAAATAGATTTTTCTGTTTGACCTCGAGAATTAACGATGCTCGGATCC
AAAGATCTCAGATCCGAGAATGTTCCGTTCGTTCGTGTGTGAAAGAAAATTTTACTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 0 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT83JQ U 1
AF RR3D519JQ U 17
AF RR3CU89TF C 237
AF RR3D519TF C 260
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AGGAAGAGACATATCTGGTCTTCTGATGCTTTTCAAGACCCAGTAATAACAATAATGTTT
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AACTTTAGCCTTTTGCTTACCAGGATTACCTGCAAAGAGAAGGAGACCATCTGAAGCAAC
ACGTGCAAGTTCAGGAACGGTCTTGTTGAGATACTTGGGCGAGAGGTAATCCAGAGCATC
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GTACGGTTCAACACCCCATGCTTCAGTCTCATCTTCCTTCAACAGAGTAGAGACCACCGC
ACATGTGTCAGGACCCACGTGCAAGACTTTC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3D519JQ 810 0 0
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TTTCTTTCTATTATAATAAGAGGGAAGAAGGCATATAACATAAGAGGA***GACATATCT
GGTCTTCTGATGCTTTTCAAGACCCAGTAATAACAATAATGTTTCTAATGTAATGGCTTG
AGATGGAAGATTTGACAAGCTGGTGTGTATGAAACCTTGGTAGCTGCTTTTTCGAACTTC
TTGCTCGCTGCTTCGTTTTCCTCTAGATTCGTCTGTGAGAAGAAACGGTTCCACCACGAC
GAGCTTCGCATTTTAGCAGGTCTTCCAAACTTCGACAGTTCCGCAGCTTTGGCCTTTTGC
TTACCAGGATTACCTGCAAAGAGAAGGAGACCATCTGAAGAAACACGTGCAAGTTCAGGA
ACGGTCTTGTTGAGATACTTGGGCGAGAGGTAATCCAGAGCATCCGAAACGATGACGAGA
GAAGACGACTTTGCGCGGTAAGGCAGCGGGAACTTGATGTCAGCCACACGTACAAGGCCT
TTACGCAAAAGACTTTTGCAGCTGGAGTCTGCATCCTCAACATCGTACGGTTCAACACCC
CAAGCTTCGGCCTCATCTTCCTTCAACAGAGTAGAGACCACCGCACATGTGTCAGGACCC
ACGTGCAAGACTTTCCGCATGCTGTCTCCGTAAGCGGTCTTGAGAAGAGGGATGGCTCTT
TGAACTTCTGATGTGCAAGAATAGTCACCTGTGATCTTGCTGACCTCTCTGATACTCTTA
AACATACCTGGACCACTGAAAGCATAACCA

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3CU89TF 696 0 0
GTAGCTGC
TTTTCGAACTTCTTGCTCGCTGCTTCGTTTTCCTCTAGATTCGTCTGTGAGAAGAAACGG
TTCCACCACGACGAGCTTCGCATTTTAGCAGGTCTTCCAAACTTCGATAGTTCTGCAACT
TTAGCCTTTTGCTTACCAGGATTACCTGCAAAGAGAAGGAGACCATCTGAAGCAACACGT
GCAAGTTCAGGAACGGTCTTGTTGAGATACTTGGGCGAGAGGTAATCCAGAGCATCCAAG
ACGATGACGAGAGAAAACGACTTTGCCCGGTAAGGAAGAGGGAACTTGATGTCAGCCACA
CGTACCAAGCCTTTACGCAAAAGACTTTTGCAGCTGGAGTCTGCATCCTCAACATCGTAC
GGTTCAACACCCCATGCTTCAGTCTCATCTTCCTTCAACAGAGTAGAGACCACCGCACAT
GTGTCAGGACCCACGTGCAAGACTTTCCGCATGCCGTCTCCGTAAGCGGTCTTGAGAAGA
GGGATGGCTCTTTGAACTTCTGATGTGCAAGAATAGTCACCTGTGATCTTGCTGACCTCT
CTGATACTCTTAAACATACCTGGACCACTGAAAGCATAACCAATGAGAAGGCATGCTCCA
AGGAGAACAAGGCAAATAGATAAGAGAGGAGAGGAACGTGATTTAGAGTGCAAAGCTCCT
ACGAAAGGGAAGCTTCCACTATCCCCT
C

QA 9 695 9 695
DS 

RD RR3D519TF 820 0 0
TGCTCGCTGCTCG
TTTCCTCTAGAT*CGTCTGTGAGAAGAAACGGT**CACCACGACGAGCT*CGCATTT*AG
CAG*TCT*CCAAACTTCGACAGTTCCGCAGCTTTGGC*TTTTGCTTACCAGGATTAC*TG
CAAAGAGAAGGAGACCATCTGAAGAAACACGTGCAAGTTCAGGAACGGTCTTGTTGAGAT
ACTTGGGCGAGAGGTAATCCAGAGCATCCGAGACGATGACGAGAGAAGACGACTTTGCGC
GGTAAGGCAGCGGGAACTTGATGTCAGCCACACGTACAAGGCCTTTACGCAAAAGACTTT
TGCAGCTGGAGTCTGCATCCTCAACATCGTACGGTTCAACACCCCAAGCTTCGGCCTCAT
CTTCCTTCAACAGAGTAGAGACCACCGCACATGTGTCAGGACCCACGTGCAAGACTTTCC
GCATGCTGTCTCCGTAAGCGGTCTTGAGAAGAGGGATGGCTCTTTGAACTTCTGATGTGC
AAGAATAGTCACCTGTGATCTTGCTGACCTCTCTGATACTCTTAAACATACCTGGACCAC
TGAAAGCATAACCAATGAGAAGGCATGCTCCAAGGAGAACAAGGCAAATAGATAAGAGAG
GAGAGGAACGTGATTTAGAGTGCAAAGCTCCTACGAAAGGGAAGCTTCCACTATCCCCTA
CACGCCTCGCCGAACCTACTTGCCTTCTTGCCATCACTCTAAAATAGATTTTTCTGTTTG
ACCTCGAGAATTAACGATGCTCGGATCCAAAGATCTCAGATCCGAGAATGTTCCGTTCGT
TCGTGTGTGAAAGAAAATTTTACTCAC

QA 14 820 14 820
DS 



AS 1 4

CO CL1751Contig1 1595 4 12 U
GGAGCCTTGGGAGATAAACTCCGAAAACGGCAAACCTTTTACGAGTTTTGGTCCTTACTG
GAAGAAATGCTTAGACATGTCGGTTGAATCCGTTATGCTTCCACCTCCTTGGCGGTTGTT
GCCTCTGTCCGCAGGCGAAGAGGTGTGGGCATGTTCGATAGAAGAGCTAGGGCTAGAAAA
GAGGCGGAGAAACCAAGCAACGCGCTGTTGACCAGAGCTTGGTCACCAGGTTGGAGCAAC
GGTGATAAGACGCTAACCGAGTTCGTCGAGAAACAGTTGATAGATTACGCGAAGAACAGC
AAGAAAGTTGTAGGAAACTCGACCTCGATGCTCTCTCCCTATCTCCACTTCGGGGAAGTA
AGCGTCAGATGCGTTTTCCAGTGTGTACGTATGAAGAAAATCATATGGGCGTGAGATAAG
AACGGGGAAGGAGAAGAGAGCGCTGATCTTTTTCTCAGAGGGATCGGGCAGAGAGAGTAC
TCTCGGTACATTTGTTTCAACTTCCCTTTTACTCACGAGCAGTCTTTGTTGAGTCATCTT
CGTTTCTTTCCCTGGGATGCTGACGTGGACAAGTTCAAGGCGTGGAGTCAAGGGAGGACT
GGGTATCCGTTGGTGGATGCGGGGATGAGGGAGCTTTGGGCTACTGGGTGGATGCATAAC
AAGATAAGAGTGATTGTTTCGAGCCTTGCTGTAAAGTTTCTGCTTCTTCCGTGGAAATGG
GGGATGAAGTATTTTTGGGATACTCTTTTGGATGCTGATTTGGAATGTGACATCATTGGG
TGGCAGTATATCTCCGGGAGCTTACCTGATGGCCACGAGCTTGATCGCTTGGACAATCCC
GCGATACAAGGAGCAAAGTACGATCCGGAAGGCGAGTACATAAGGCAATGGCTTCCCGAG
CTGGCGAGAATGCCAACGGAATGGATCCATCATCCATGGGACGCTCCTTCAACTGTACTC
AAAGCTTCCGGAGTAGAACTCGGAGCAAACTATGCGAAACCCATTGTAGATATCGACACA
GCTCGTGAGCTGCTTACCAAAGCCATATCAAGAACCCGTGAGGCACAGATCATGATTGGA
GCAGCGCCTGATGAGGTTGTAGCTGATAGCTACGAGGTCTTAGAGGGTAATACCGTGAAA
GTACCCGGTGTTTGCCCGTCTGCGTCTTCTAATGACCAGCGAGTACCTTCGGATGTTCGT
TACAATGGGTCAAAGAGAGTGAAACCTGCGGAAGAGGAAGATGAAGAAGAGAGGGAGATG
AAGAGATGTAGAGAAGAAAGGGACTTGTTTTCCACTGCCGAGTCTTCTTCTTCTGATGGT
TAGAAGCGTGTTCTTGGGTTCGCATTCTTGCTCGTTGGTATCAGAAGGGAAGAATTTGGA
AGAAGGTATACAAGATTCTTCTGATCAGATTACTACTAGAAGCTTTGAAAAAAAAATGGT
TAGAAGCTGTTATTACAAAACCTAACACGTTGTATATCTTAAGTGTGTATGTGTGTCTCT
TGATTCGTTATTACATCGCTGATAACTACGGTCTGTCAACGGATATGTAAGGATGAAGAC
ATAAAAGGTTGTTTTATGTGCATGTGGTATTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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G
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C

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DS 



AS 1 3

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GGGATGAAGTGAGGCAGCAAAGTGATTGTGGAGCCACACAGACACGCGGGTGTGTTCATT
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AATCCTTTCCGTTCTAAGCTTGCGGCTGCTATTCTTGGTGGTGTTGATAACATTTGGATT
AAACCTGGTGCTAAAGTTCTTTACCTTGGTGCTGCTTCTGGAACCACAGTCTCTCATGTG
TCTGATCTTGTTGGACCCGAGGGATGTGTCTACGCAGTTGAGTTTTCTCACAGGAGTGGT
AGGGATTTGGTGAACATGGCGAAGAAGAGGACCAACGTTATCCCAATCATTGAAGATGCT
AGACACCCTGCTAAGTACAGAATGCTTGTTGGCATGGTTGATGTTATCTTCTCTGATGTT
GCACAGCCAGATCAGGCTAGGATTGTGGCCTTGAATGCAAGCTTCTTCCTCAAAACTGGA
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CY22TF U 1
AF RR3CY22JQ C 116
AF RR3EH69TF U 256
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AAACCTGGTGCTAAAGTTCTTTACCTTGGTGCTGCTTCTGGAACCACAGTCTCTCATGTG
TCTGATCTTGTTGGACCCGAGGGATGTGTCTACGCAGTTGAGTTTTCTCACAGGAGTGGT
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AGACACCCTGCTAAGTACAGAATGCTTGTTGGCATGGTTGATGTTATCTTCTCTGATGTT
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GGTCACTTTGTGATCTC
AATC

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DS 

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TTCA
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GAATCCTTTCCGTTCTAAGCTTGCGGCTGCTATTCTTGGTGGTGTTGATAACATTTGGAT
TAAACCTGGTGCTAAAGTTCTTTACCTTGGTGCTGCTTCTGGAACCACAGTCTCTCATGT
GTCTGATCTTGTTGGACCCGAGGGATGTGTCTACGCAGTTGAGTTTTCTCACAGGAGTGG
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TAGACACCCTGCTAAGTACAGAATGCTTGTTGGCATGGTTGATGTTATCTTCTCTGATGT
TGCACAGCCAGATCAGGCTAGGATTGTGGCCTTGAATGCAAGCTTCTTCCTCAAAACTGG
AGGTCACTTTGTGATCTCAATCAAGGCAAACTGTATCGACTCGACAGTTCCAGCTGAAGC
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GACGCTTGAGCCATTTGAGCGTGACCATGCTTGTGTCGTTGGTTCCTACCGTGCCCCTAA
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TTTCAGTTTCTGCTATTGTCTTGTTTTCTCTTTTAGAATCTGTAGTGTTTTAGATTCTGT
TAAACCAGACTTGGAACTCATCAGTTGTTAAATCAGATTTTGCTTGTTGAGAAAGTTTT

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DS 

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G
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TTCTTTACCTTGGTGCTGCTTCTGGAACCACAGTCTCTCATGTGTCTGATCTTGTTGGAC
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ACAGAATGCTTGTTGGCATGGTTGATGTTATCTTCTCTGATGTTGCACAGCCAGATCAGG
CTAGGATTGTGGCTTTGAATGCAAGCTTCTTCCTCAAAACTGGAGGTCACTTTGTGATCC
CAATCAAGGCAAACTGTATCGACTCGACAGTTCCAGCTGAAGCTGTGTTTCAGAGCGAAG
TGAAGAAGCTCCAACAAGAGCAGTTCAAGCCAGCAGAGCAAGTGACGCTTGAGCCATTTG
AGCGTGACCATGCTTGTGTCGTTGGTTCCTACCGTGCCCCTAAGAAGGCCAAGGCTGCTA
CTGCCGCTTAGAAACTCCTTTTGTGTTGTGGAGTTTGTTTGTTTTTCAGTTTCTGCTATT
GTCTTGTTTTCTCTTTTAGAATCTGTAGTGTTTTAGATTCTGTTAAACCAGACTTGGAAC
TCATCAGTTGTTAAATCAGAT

QA 2 682 2 682
DS 



AS 1 4

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CTGCGTTTTTCCCAGAGAGATTCACGGTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3E008JQ U 1
AF RR3CD95JQ U 14
AF RR3CD95TF C 50
AF RR3E008TF C 50
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ATTTGACCAAATTTCATCCAAACAGAGTCGTAGACTGGTGCTACTACAGAGAGGTTTTTA
AGGGTTCTACTTGCGAGGAGCTTTCTTCTTTCCAGCGATAGCAACTCTCTTTCCCTTTTT
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TAAGTCTCTGGCGAGCTTGTTGGTGAGACCGAGCCCACAGAGAACCTGGTGAGACTTGCG
GCGTCCTATTCCGTAAACTTCTTGAAGACCGGTCTTGAGGGGGCTTGTGGTTCGGAACCT
CTGCGTTTCCCACACGGATTCCTTGCACACGCACTCCATGAAAGGATAGATTACGAAGCA
GAGACTGACTGTGATCGAATAAGGTCGCCGCGGATCTGCGTAAACCACCCAGCATCGTAG
TAGGAAAGAAACTGCGTTTTTCCCAGAGAGATTCACGGT
CC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 5

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GGATCAGAGAATGGACCAAGGAACTCTCCTCCTACTTACGGCCTGTGATCTCTAATCTCT
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TGAATACGTCTCTGTTTTTTTTTTT*CCTTTCTTTTTCTGTATGTCATCTCGCTTTCGCA
GTGCTTCTACGTGTCTGTACATATTTGCTGGAGTGATAATAAAAATACGTAGATGCCCG


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EI75TF U 2
AF RR3CT93TF U 1
AF RR3BF93TF U 1
AF RR3BW18TF U 1
AF RR3BF93JQ C 81
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DS 

RD RR3CT93TF 594 0 0
G
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ATTTGATTCATGGGCTTACTAGATCATCTCTGGGATGATACCGTCGCTGGTCCTCGGCCA
GATAACGGCCTTGGCAAGCTTCGGAGACACCATACCTTCAGTTTCCGGCCTAGCTCCGGC
AATGATCAATCGGACGGTGGAAGCGTGAGATCGTACGGTGAAGTATCACCAGAGGAGGCC
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CCGGTTTCACCGGCTGGTTCAACTCCACCGGTATCTCCTTTCTCTGAGCAAACGCAGGAG
GAAAGGAACCCTTTCGGTTTAGGAGAAGGTCGACGTCGGATGCGTTCGATAAGGGAGCAG
GATCAGAGAATGGACCAAGGAACTCTCCTCCTACTTACGGCCTGTGATCTCTAATCTCTA
ACTCAAATGAGAGAAGGAAGAAAAAAGAACAGAGTAGCTCCCCAACACGCTTTCGTTTAG
ACGACACATCAAGTGGTCCTTCCTTGCATGCAGAGTTCGTGTTTCTTCCGTTT

QA 2 594 2 594
DS 

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AGATAACGGCCTTGGCAAGCTTCGGAGACACCATACCTTCAGTTTCCGGCCTAGCTCCGG
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GGATCAGAGAATGGACCAAGGAACTCTCCTCCTACTTACGGCCTGTGATCTCTAATCTCT
AACTCAAATGAGAGAAAGAAGAAAAAAGAACAGAGTAGCTCCCCAACACGCTTTCGTTTA
GACGACACATCAAGTGGTCCTTCCTTGCATGCAGAGTTCGTGTTTCTTCCGTTTGTAGGC
CAAACGAGGTTCTCTTTTTGTGTGTTTGTGCGTGTATGAGTTTTTTCTGTGTGTGTGTTG
TGAATACGTCTCTGTTTTTTTTTTTTCCTTTCTTTTTCTGTATGTCATCTCGCT

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DS 

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G
GGAAAGAAACATAACTCGCGACCAAAAAAATTTGCAGATTCTTGAAAACTATTAGGGTTG
ATTTGATTCATGGGCTTACTAGATCATCTCTGGGATGATACCGTCGCTGGTCCTCGGCCA
GATAACGGCCTTGGCAAGCTTCGGAGACACCATACCTTCAGTTTCCGGCCTAGCTCCGGC
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CCGGTTTCACCGGCTGGTCCAACTCCACCGGTATCTCCTTTCTCTGAGCAAACGCAGGAG
GAAAGGAACCCTTTCGGTTTAGGAGAAGGTCGACGTCGGATGCGTTCGATAAGGGAGCAG
GATCAGAGGATGGACCAAGGAACTCTCCTCCTACTTACGGCCTGTGATCTCTAATCTCTA
ACTCAAATGAGAGAAAGAAGAAAAAAGAACAGAGTAGCTCCCCAACACGCTTTCGTTTAG
ACGACACATCAAGTGGTCCTTCCTTGCATGCAGAGTTCGTGTTTCTTCCGTTTGTAGGCC
AAACGAGGTTCTCTTTTTGTGTGTTTGCGCGTGTATGAGTTTTT*CTGTGTGTGTGTTGT
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DS 

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CAACTCCACCGGTATCTCCTTTCTTTG***********GAGGAAAGGAACCCTTTCGGTT
TAGGAGAAGGTCGACGTCGGATGCGTTCGATAAGGGAGCAGGATCAGAGAATGGACCAAG
GAACTCTCCTCCTACTTACGGCCTGTGATCTCTAATCTCTAACTCAAATGAGAGAAAGAA
GAAAAAAGAACAGAGTAGCTCCCCAACACGCTTTCGTTTAGACGACACATCAAGTGGTCC
TTCCTTGCATGCAGAGTTCGTGTTTCTTCCGTTTGTAGGCCAAACGAGGTTCTCTTTTTG
TGTGTTTGTGCGTGTATGAGTTTTTTCTGTGTGTGTGTTGTGAATACGTCTCTGTTTTTT
TTTTT*CCTTTCTTTTTCTGTATGTCATCTCGCTTTCGCAGTGCTTCTACGTGTCTGTAC
ATATTTGCTGGAGTGATAATAAAAATACGTAGATGCCCG

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 5

CO CL1755Contig1 1102 5 12 U
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TGACTGGAACATCCTAAACCAGCTCAAAGGAGGCAAGCCAACCACAACCACCAGCCAAAA
CGGCGTAGGATCCTTGAAAGTATCAAACCTAAACGGATACTGCGAGAGCTGGAGAGTCAA
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AGTCGGTTACCACGGCTGGTCTAACCTTCTACTCAGGGGAGAAGAGGAAGAGAAGAAGAG
CGTGAGCCAATACAAAGCAGATGTGAGGACATGGCTTACAAGTCTTGGATACAGAGTTTG
GGGAGTAATGGGTGCACAATGGAACAGCTTTGCAGGTTGCCCAGTTCCCAAGAGAACCTT
CAAGCTCCCTAACTCCATCTACTACATTGCTTGATCAAATCATATTTACTACTCTAACCA
AAAAAAAAAGATCAGAGATTCAATCTGATTCTTGAGTCTGCTTATCATCTCCCTTCTTTT
CTTTTTGTCATTTTTGGTTTATTTAAAATGCTTATGAGTGATATTATGAACCACGATCAT
CTTTGGTTCTGTTGAATTCAGCTGTTTCTCTTTCATTGTATTACAATTTTGGGCCTTTGT
GAAATTGATTATGGGCTCTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AN01TF U 1
AF RR3DB21TF U 1
AF RR3DH76TF U 1
AF RR3AN01JQ C 197
AF RR3C790TF U 638
BS 1 94 RR3AN01TF
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BS 663 664 RR3DH76TF
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RD RR3AN01TF 277 0 0
GGGCCAAAACAAGTAAATCTTCTTCATCGGTCAACTTGATCAAGTCATCATCGACATGGC
TAGATCTTTGTTGCTCTCGCTAACCCTCGCGTGCTTCTTCACCGCAATGGTCTCAGCTCG
TGACTGGAACATCCTAAACCAGCTCAAAGGAGGCAAGCCAACCACAACCACCAGCCAAAA
CGGCGTAGGATCCTTGAAAGTATCAAACCTAAACGGATACTGCGAGAGCTGGAGAGTCAA
CGTGGAGCTTCACAACATCAGAGACTTCACGGTGGTG

QA 1 277 1 277
DS 

RD RR3DB21TF 662 0 0
GGGCCAAAACAAGTAAATCTTCTTCATCGGTCAACTTGATCAAGTCATCATCGACATGGC
TAGATCTTTGTTGCTCTCGCTAACCCTCGCGTGCGTCTTCACCGCAATGGTCTCAGCTCG
TGACTGGAACATCCTAAACCAGCTCAAAGGAGGCAAGCCAACCACAACCACCAGCCAAAA
CGGCGTAGGATCCTTGAAAGTATCAAACCTAAACGGATACTGCGAGAGCTGGAGAGTCAA
CGTGGAGCTTCACAACATCAGAGACTTCACGGTGGTGCCACAAGAGTGCGTCTGGTTCGT
CCAAAAGTACATGACGTCATCTCAATACGAGGATGACGTGGAGAGAGCCGTTGATGAAGC
CATCCTATACCTCGGAAAAACTTGTTGCGAGAAGAAGAAATGTGATGGCATGGATGCTTG
GATCTTTGACATTGATGACACTCTTCTCTCAACCATTCCTTACCACAAGAGCAACGGATG
CTTCGGTGGTGAGCAACTAAACGCGACCAAGTTCGAGGAATGGCAAAATTTGGGAAAGGC
ACCAGCGGTTCCAAGCATGGTGAAGCTGTTCCACGAGATCAGAGAGAGAGGCTTCAAAAT
CTTTTTGGTCTCTTCTCGTAAAGAGTATCTCAGATCCGCCACCGTCGAAAACCTTATTGA
AG

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3DH76TF 701 0 0
GGGCCAAAACAAGTAAATCTTCTTCATCGGTCAACTTGTTCAAGTCATCATCGACATGGC
TAGATCTTTGTTGCTCTCGCTAACCCTCGCGTGCGTCTTCACCGCAATGGTCTCAGCTCG
TGACTGGAACATCCTAAACCAGCTCAAAGGAGGCAAGCCAACCACAACCACCAGCCAAAA
CGGCGTAGGATCCTTGAAAGTATCAAACCTAAACGGATACTGCGAGAGCTGGAGAGTCAA
CGTGGAGCTTCACAACATCAGAGACTTCACGGTGGTGCCACAAGAGTGCGTCTGGTTCGT
TCAAAAGTACATGACGTCATCTCAATACGAGGATGACGTGGAGAGAGCCGTTGATGAAGC
CATCCTATACCTCGGAAAAACTTGTTGCGAGAAGAAGAAATGTGATGGCATGGATGCTTG
GATCTTTGACATTGATGACACTCTTCTCTTAACCATTCCTTACCACA*GAGCAACGGATG
CTTCGGTGGTGAGCAACTAAACGCGACCAAGTTCGAGGAATGGCAAAATTTGGGAAAGGC
ACCAGCGGTTCCAAGCATGGTGAAGCTGTTCCACGA*ATCAGAGAGAGAGGCTTCAAAAT
CTTTTTGGTCTCTTCTCGTAAAGAGTATCTCAGATCCGCCACCGTCGAAA*CCTTATTGA
AGTCTGTTACCGCGGCTGGTCTAACCTTCTACTCAGGG
AGA

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3AN01JQ 703 0 0
AAAGTATCAAACCTAAACGGATACTGCGAGAGCTGGAGAGTCAACGTGGAGCTTCACAAC
ATCAGAGACTTCACGGTGGTGCCACAAGAGTGCGTCTGGTTCGTCCAAAAGTACATGACG
TCATCTCAATACGAGGATGACGTGGAGAGAGCCGTTGATGAAGCCATCCTATACCTCGGA
AAAACTTGTTGCGAGAAGAAGAAATGTGATGGCATGGATGCTTGGATCTTTGACATTGAT
GACACTCTCCTCTCCACCATTCCTTACCACAAGAGCAACGGATGCTTCGGTGGTGAGCAA
CTAAACACGACCAAGTTCGAGGAATGGCAAAATTTGGGAAAGGCACCAGCGGTTCCAAGC
ATGGTGAAGCTGTTCCACGAGATCAGAGAGAGAGGCTTCAAAATCTTTTTGGTCTCTTCT
CGTAAAGAGTATCTCAGATCCGCCACCGTCGAAAACCTTATTGAAGTCGGTTACCACGGC
TGGTCTAACCTTCTACTCAGGGGAGAAGAGGAAGAGAAGAAGAGCGTGAGCCAATACAAA
GCAGATGTGAGGACATGGCTTACAAGTCTTGGATACAGAGTTTGGGGAGTAATGGGTGCA
CAATGGAACAGCTTTGCAGGTTGCCCAGTTCCCAAGAGAACCTTCAAGCTCCCTAACTCC
ATCTACTACATTGCTTGATCAAATCATATTTACTACTCTAACC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3C790TF 465 0 0
GCCACCGTCGAAAACCTTATTGAAGTCGGTTACCACGGCTGGTCTAACCTTCTACTCAGG
GGAGAAGAGGAAGAGAAGAAGAGCGTGAGCCAATACAAAGCAGATGTGAGGACATGGCTT
ACAAGTCTTGGATACAGAGTTTGGGGAGTGATGGGTGCACAATGGAACAGCTTTGCAGGT
TGCCCAGTTCCCAAGAGAACCTTCAAGCTCCCTAACTCCATCTACTACATTGCTTGATCA
AATCATATTTACTACTCTAACCAAAAAAAAAAGATCAGAGATTCAATCTGATTCTTGAGT
CTGCTTATCATCTCCCTTCTTTTCTTTTTGTCATTTTTGGTTTATTTAAAATGCTTATGA
GTGATATTATGAACCACGATCATCTTTGGTTCTGTTGAATTCAGCTGTTTCTCTTTCATT
GTATTACAATTTTGGGCCTTTGTGAAATTGATTATGGGCTCTTTT

QA 1 465 1 465
DS 



AS 1 2

CO CL1756Contig1 714 2 3 U
CAGTTGCTATGGGTGAACATGATCATGGACACACTTGGAGCTCTTGCTTTAGCTACAGAG
CCACCAAACAACGAGCTGATGAAACGCTTGCCCGTTGGAAGGAGAGGAAACTTCATCACC
AATGCCATGTGGAGGAACATTCTAGGACAGTCTGTGTATCAGTTCATTGTCATTTGGTTT
CTCCAAGCCAAAGGGAAATCTGTGTTTGGTCTTGATGGTCCTGACTCAACTCTCACGTTA
AACACTCTTATCTTCAACTGTTTCGTCTTCTGTCGGGTGTTTAATGAGATAAGCTCGCGA
GAGATGGAAGAGATTGATGTTTTCAAGGGAATACTAGACAACTATGTCTTTGTGGTTGTG
ATCGGTGCAACAGTCTTCTTTCAGATCATAATCATTGAGTTCTTGGGAACATTTGCAAGC
ACCACACCACTCACAATAGTCCAATGGATCTTCAGTATCATCATAGGTTTCTTGGGTATG
CCAATAGCTGCAGGACTGAAGATGATTCCTGTCTGATCCATCCATCAAATTTAGCGCAAA
AACCGCTCTTTAAAGAGAGCTATTCTCATCTGTTAGAACACTGTCTTTCAAATTTTAGAA
TAGAAAGTCTTTTTACTAAGTTTTTGCCTTTTGCAATAACTCTTTTTTTTCATTATTAAG
GACAAGCAACTGATTTATGTATTCTCTATTTTTGTAAAACGCACTGTTTTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL70TF U 22
AF RR3GL70JQ C 1
BS 1 24 RR3GL70JQ
BS 25 647 RR3GL70TF
BS 648 714 RR3GL70JQ

RD RR3GL70TF 636 0 0
ATC
ATGGACACACTTGGAGCTCTTGCTTTAGCTACAGAGCCACCAAACAACGAGCTGATGAAA
CGCTTGCCCGTTGGAAGGAGAGGAAACTTCATCACCAATGCCATGTGGAGGAACATTCTA
GGACAGTCTGTGTATCAGTTCATTGTCATTTGGTTTCTCCAAGCCAAAGGGAAATCTGTG
TTTGGTCTTGATGGTCCTGACTCAACTCTCACGTTAAACACTCTTATCTTCAACTGTTTC
GTCTTCTGTCGGGTGTTTAATGAGATAAGCTCGCGAGAGATGGAAGAGATTGATGTTTTC
AAGGGAATACTAGACAACTATGTCTTTGTGGTTGTGATCGGTGCAACAGTCTTCTTTCAG
ATCATAATCATTGAGTTCTTGGGAACATTTGCAAGCACCACACCACTCACAATAGTCCAA
TGGATCTTCAGTATCATCATAGGTTTCTTGGGTATGCCAATAGCTGCAGGACTGAAGATG
ATTCCTGTCTGATCCATCCATCAAATTTAGCGCAAAAACCGCTCTTTAAAGAGAGCTATT
CTCATCTGTTAGAACACTGTCTTTCAAATTTTAGAATAGAAAGTCTTTTTACTAAGTTTT
TGCCTTTTGCAATAACTCTTTTT
TTCATTATTA

QA 4 626 4 626
DS 

RD RR3GL70JQ 714 0 0
CAGTTGCTATGGGTGAACATGATCATGGACACACTTGGAGCTCTTGCTTTAGCTACAGAG
CCACCAAACAACGAGCTGATGAAACGCTTGCCCGTTGGAAGGAGAGGAAACTTCATCACC
AATGCCATGTGGAGGAACATTCTAGGACAGTCTGTGTATCAGTTCATTGTCATTTGGTTT
CTCCAAGCCAAAGGGAAATCTGTGTTTGGTCTTGATGGTCCTGACTCAACTCTCACGTTA
AACACTCTTATCTTCAACTGTTTCGTCTTCTGTCGGGTGTTTAATGAGATAAGCTCGCGA
GAGATGGAAGAGATTGATGTTTTCAAGGGAATACTAGACAACTATGTCTTTGTGGTTGTG
ATCGGTGCAACAGTCTTCTTTCAGATCATAATCATTGAGTTCTTGGGAACATTTGCAAGC
ACCACACCACTCACAATAGTCCAATGGATCTTCAGTATCATCATAGGTTTCTTGGGTATG
CCAATAGCTGCAGGACTGAAGATGATTCCTGTCTGATCCATCCATCAAATTTAGCGCAAA
AACCGCTCTTTAAAGAGAGCTATTCTCATCTGTTAGAACACTGTCTTTCAAATTTTAGAA
TAGAAAGTCTTTTTACTAAGTTTTTGCCTTTTGCAATAACTCTTTTTTTTCATTATTAAG
GACAAGCAACTGATTTATGTATTCTCTATTTTTGTAAAACGCACTGTTTTTTTG

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 5

CO CL1757Contig1 977 5 13 U
TTGTCCCTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCACACTTCTTCCTCTGCAATGGCTTCATCA
ATAGTAACCTCAAGCTTCAAGCCTTTAGTCATGGCGGACTCTTCCTCTTCCTTTTCCACC
ATCTTCCCCCACCCTTCACTCTCCACTATCCACCCTCGCTGCTCCCTCCTCACCAACCTC
CCGCTCGCTTTCTCCCGCGTCTCCCTATCTCTCAAAGCCAAAACCAACCTAAAGAAGGAG
GCGACTTCCCAGAGCCGCCGGAGGAAGCGAAACTCTTCGTCGGAAACTTGGCTTACGATG
TTGACAGTCAAGCCTTGGCTATGCTCTTTGAGCAAGCCGGTACTGTTGAAATCGCTGAGG
TTATCTACAATAGGGAGACAGACCAGAGTCGTGGGTTTGGATTTGTGACGATGAGTACAG
TGGAGGAAGCTGAGACTGCTGTTGAGAAGTTCAACCGTTATGATCTGAACGGACGGCTTC
TGACAGTAAACAAGGCAGCACCAAGAGGGTCACGTCCAGAACGCCAACCTAGGGTATATG
AACCTGCGTTCAGAGTCTATGTGGGAAACCTACCGTGGGATGTGGACAACGGTCGTCTAG
AACAAGTTTTCAGTGAGCATGGCAAAGTTGTGGAAGCTCGAGTGGTTTATGACCGTGAGA
CGGGTCGTTCACGTGGGTTCGGTTTTGTCACAATGTCTAACGAGACTGAACTCAACGACG
CTATTGCTGCTCTTGATGGACAGAACATGGAGGGTAGAGCAATCAGGGTGAATGTAGCGG
AGGAGCGTCCGAGGCGTGGATTTTAAGGATTGAGATTATCTCTTCTGCCAGTTTCCTCTC
TCTCTGTCTCTCTTATCGCTTTGCATTTTGTTTAGACGAGATTCTTACACTCTTTGATGA
TTTTTTTTGTTGTGTCTGAACACCTTTGATGATTTTTTTGTTGTCTGAACTAATGCTTAT
ACTATAGCAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS43TF U 1
AF RR3HA55JQ C 283
AF RR3AB51TF U 218
AF RR3HA55TF U 261
AF RR3AB51JQ C 283
BS 1 525 RR3FS43TF
BS 526 526 RR3AB51TF
BS 527 681 RR3FS43TF
BS 682 683 RR3AB51TF
BS 684 692 RR3FS43TF
BS 693 693 RR3AB51TF
BS 694 699 RR3FS43TF
BS 700 700 RR3AB51TF
BS 701 714 RR3FS43TF
BS 715 715 RR3AB51TF
BS 716 732 RR3FS43TF
BS 733 969 RR3AB51TF
BS 970 977 RR3HA55TF

RD RR3FS43TF 732 0 0
TTGTCCCTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCACACTTCTTCCTCTGCAATGGCTTCATCA
ATAGTAACCTCAAGCTTCAAGCCTTTAGTCATGGCGGACTCTTCCTCTTCCTTTTCCACC
ATCTTCCCCCACCCTTCACTCTCCACTATCCACCCTCGCTGCTCCCTCCTCACCAACCTC
CCGCTCGCTTTCTCCCGCGTCTCCCTATCTCTCAAAGCCAAAACCAACCTAAAGAAGGAG
GCGACTTCCCAGAGCCGCCGGAGGAAGCGAAACTCTTCGTCGGAAACTTGGCTTACGATG
TTGACAGTCAAGCCTTGGCTATGCTCTTTGAGCAAGCCGGTACTGTTGAAATCGCTGAGG
TTATCTACAATAGGGAGACAGACCAGAGTCGTGGGTTTGGATTTGTGACGATGAGTACAG
TGGAGGAAGCTGAGACTGCTGTTGAGAAGTTCAACCGTTATGATCTGAACGGACGGCTTC
TGACAGTAAACAAGGCAGCACCAAGAGGGTCACGTCCAGAACGCCTACCTAGGGTATATG
AACCTGCGTTCAGAGTCTATGTGGGAAACCTACCGTGGGATGTGGACAACGGTCGTCTAG
AACAAGTTTTCAGTGAGCATGGCAAAGTTGTGGAAGCTCGAGTGGTTTATGACCGTGAGA
CGGGTCGTTCACGTGGGTTCG**TTTGTCACA*TGTCTA*CGAGACTGAACTCA*CGACG
CTATTGCTGCTC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3HA55JQ 543 0 0
GAAACTTGGCTTACGATGTTGACAGTCAAGCCTTGGCTATGCTCTTTGAGCAAGCCGGTA
CTGTTGAAATCGCTGAGGTTATCTACAATAGGGAGACAGACCTGAGTCGTGGGTTTGGAT
TTGTGACGATGAGTACAGTGGAGGAAGCTGAGACTGCTGTTGAGAAGTT*AACCGTTGTG
ATCTGAACGGACGGCTTCTGACAGTAAACAAGGCAGCACCAAGAGGGTCACGTCCAGAAC
GCCAACCTAGGGTATATGAACCTGCGTTCAGAGTCTATGTGGGAAACCTACCGTGGGATG
TGGACAACGGTCGTCTAGAACAAGTTTTCAGTGAGCATGGCAAAGTTGTGGAAGCTCGAG
TGGTTTATGACCGTGAGACGAGTCGTTCACGTGGGTTCGGTTTTGTCACAATGTCTAACG
AGACTGAACTCAACGACGCTATTGCTGCTCTTGATGGACGGAACATGGAGGGTAGAGCAA
TCAGGGTGAATGTAGCGGAGGAGCGTCCGAGGCGTGGATTTTAAGGATTGAGATTATTTC
TTC

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR3AB51TF 753 0 0
GGGAGATGTGGGCGGC
GAAGGAGGCGACTTCCCAGAGCCGCCGGAGGAAGCGAAACTCTTCGTCGGAAACTTGGCT
TACGATGTTGACAGTCAAGCCTTGACTATGCTCTTTGAGCAAGCCGGTACTGTTGAAATC
GCTGAGGTTATCTACAATAGGGAGACAGACCAGAGTCGTGGGTTTGGATTTGTGACGATG
AGTACAGTGGAGGAAGCTGAGACTGCTGTTGAGAAGTTCAACCGTTATGATCTGAACGGA
CGGCTTCTGACAGTAAACAAGGCAGCACCAAGAGGGTCACGTCCAGAACGCCAACCTAGG
GTATATGAACCTGCGTTCAGAGTCTATGTGGGAAACCTACCGTGGGATGTGGACAACGGT
CGTCTAGAACAAGTTTTCAGTGAGCATGGCAAAGTTGTGGAAGCTCGAGTGGTTTATGAC
CGTGAGACGGGTCGTTCACGTGGGTTCGGTTTTGTCACAATGTCTAACGAGACTGAACTC
AACGACGCTATTGCTGCTCTTGATGGACAGAACATGGAGGGTAGAGCAATCAGGGTGAAT
GTAGCGGAGGAGCGTCCGAGGCGTGGATTTTAAGGATTGAGATTATCTCTTCTGCCAGTT
TCCTCTCTCTCTGTCTCTCTTATCGCTTTGCATTTTGTTTAGACGAGATTCTTACACTCT
TTGATGATTTTTTTTGTTGTGTCTGAACACCTTTGATGATTTTTTTGTTGTCTGAACTAA
TGCTTATACTATAGCA
C

QA 17 752 17 752
DS 

RD RR3HA55TF 717 0 0
GAGGAAGCGAAACTCTTCGTCGGAAACTTGGCTTACGATGTTGACAGTCAAGCCTTGGCT
ATGCTCTTTGAGCAAGCCGGTACTGTTGAAATCGCTGAGGTTATCTACAATAGGGAGACA
GACCTGAGTCGTGGGTTTGGATTTGTGACGATGAGTACAGTGGAGGAAGCTGAGACTGCT
GTTGAGAAGTT*AACCGTTGTGATCTGAACGGACGGCTTCTGACAGTAAACAAGGCAGCA
CCAAGAGGGTCACGTCCAGAACGCCAACCTAGGGTATATGAACCTGCGTTCAGAGTCTAT
GTGGGAAACCTACCGTGGGATGTGGACAACGGTCGTCTAGAACAAGTTTTCAGTGAGCAT
GGCAAAGTTGTGGAAGCTCGAGTGGTTTATGACCGTGAGACGAGTCGTTCACGTGGGTTC
GGTTTTGTCACAATGTCTAACGAGACTGAACTCAACGACGCTATTGCTGCTCTTGATGGA
CGGAACATGGAGGGTAGAGCAATCAGGGTGAATGTAGCGGAGGAGCGTCCGAGGCGTGGA
TTTTAAGGATTGAGATTATCTCTTCTGCCAGTTTCCTCTCTCTCTGTCTCTCTTATCGCT
TTGCATTTTGTTTAGACGAGATTCTTACACTCTTTGATGATTTTTTTTGTTGTGTCTGA*
CACCTTTGATGATTTTTTTGTTGTCTGAACTAATGCTTATACTATAGCAAAAAAAAA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3AB51JQ 688 0 0
GAAACTTGGCTTACGATGTTGACAGTCAAGCCTTGACTATGCTCTTTGAGCAAGCCGGTA
CTGTTGAAATCGCTGAGGTTATCTACAATAGGGAGACAGACCAGAGTCGTGGGTTTGGAT
TTGTGACGATGAGTACAGTGGAGGAAGCTGAGACTGCTGTTGAGAAGTTCAACCGTTATG
ATCTGAACGGACGGCTTCTGACAGTAAACAAGGCAGCACCAAGAGGGTCACGTCCAGAAC
GCCAACCTAGGGTATATGAACCTGCGTTCAGAGTCTATGTGGGAAACCTACCGTGGGATG
TGGACAACGGTCGTCTAGAACAAGTTTTCAGTGAGCATGGCAAAGTTGTGGAAGCTCGAG
TGGTTTATGACCGTGAGACGGGTCGTTCACGTGGGTTCGGTTTTGTCACAATGTCTAACG
AGACTGAACTCAACGACGCTATTGCTGCTCTTGATGGACAGAACATGGAGGGTAGAGCAA
TCAGGGTGAATGTAGCGGAGGAGCGTCCGAGGCGTGGATTTTAAGGATTGAGATTATCTC
TTCTGCCAGTTTCCTCTCTCTCTGTCTCTCTTATCGCTTTGCATTTTGTTTAGACGAGAT
TCTTACACTCTTTGATGATTTTTTTTGTTGTGTCTGAACACCTTTGATGATTTTTTTGTT
GTCTGAACTAATGCTTATACTATAGCA
C

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 4

CO CL1758Contig1 471 4 1 U
GGATCGTCATTTCGTTTTCTAAGGATCTTTGTGTTGTGGGGCTTAAACTCCGATTCGATA
GCGAAAACTAGAGATCGAAGCAGTTAGTTATGCCAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGCGCTCA
AGTCCTTGAAACCAAAGATCCAATCCGTGGATATCCAAGCCGCCGCGGGATGGGGTATCG
CCGCCGCAGCCGGCGCCATCTGGGTCGTCCAACCTTTTGATTGGATAAAGAAGACATTCA
TTGATAAACCAGCGGAAGAGAACTGAGTGAGAGAGATCATCAAAGACTCACTAACAAAGT
GCCAATTTCTAAGTTTGTCATCGCATCTCTGCGATGAAGCTGAATAAAATTTTGTTCTTT
TCTGGGGGCTTTGTGATTTCATCTTAAGACTTTTTGTTTCTCAAATGCTGTAACACAAGA
AAAAAAGCATACACTCCAAAATTATCAGAAAAGAGGATTCATTTTGCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D023JQ C 72
AF RR3A336TF U 1
AF RR3D023TF U 72
AF RR3A336JQ C 21
BS 1 471 RR3A336TF

RD RR3D023JQ 125 0 0
AGGGG
GAAGCAGTTAGTTATGCCAGGAGGAGGAGGAGG***TGCGCTCAAGTCCTTGAAACCAAA
GATCCAATCCGTGGATATCCAAGCCGCCGCGGGATGGGGTATCGCCGCCGCAGCCGGCGC

QA 6 125 6 125
DS 

RD RR3A336TF 471 0 0
GGATCGTCATTTCGTTTTCTAAGGATCTTTGTGTTGTGGGGCTTAAACTCCGATTCGATA
GCGAAAACTAGAGATCGAAGCAGTTAGTTATGCCAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGCGCTCA
AGTCCTTGAAACCAAAGATCCAATCCGTGGATATCCAAGCCGCCGCGGGATGGGGTATCG
CCGCCGCAGCCGGCGCCATCTGGGTCGTCCAACCTTTTGATTGGATAAAGAAGACATTCA
TTGATAAACCAGCGGAAGAGAACTGAGTGAGAGAGATCATCAAAGACTCACTAACAAAGT
GCCAATTTCTAAGTTTGTCATCGCATCTCTGCGATGAAGCTGAATAAAATTTTGTTCTTT
TCTGGGGGCTTTGTGATTTCATCTTAAGACTTTTTGTTTCTCAAATGCTGTAACACAAGA
AAAAAAGCATACACTCCAAAATTATCAGAAAAGAGGATTCATTTTGCTTTT

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR3D023TF 377 0 0
AGGGG
GAAGCAGTTAGTTATGCCAGGAGGAGGAGGAGG***TGCGCTCAAGTCCTTGAAACCAAA
GATCCAATCCGTGGATATCCAAGCCGCCGCGGGATGGGGTATCGCCGCCGCAGCCGGCGC
CATCTGGGTCGTCCAACCTTTTGATTGGATAAAGAAGACATTCATTGATAAACCAGCGGA
AGAGAACTGAGTGAGAGAGATCATCAAAGACTCACTAACAAAGTGCCAATTTCTAAGTTT
GTCATCGCATCTCTGCGATGAAGCCGAATAAAATTTTGTTCTTTTCTGGGGGCTTTGTGA
TTTCATCTTA*GACTTTTTGTTTCTCAAATGCTGTAACACAAGAAAAAA*GCATACACTC
CAAAATTATCA
C

QA 6 376 6 376
DS 

RD RR3A336JQ 451 0 0
AAGGATC
TTTGTGTTGTGGGGCTTAAACTCCGATTCGATAGCGAAAACTAGAGATCGAAGCAGTTAG
TTATGCCAGGAGGAGGAGGAGGAGGTGCGCTCAAGTCCTTGAAACCAAAGATCCAATCCG
TGGATATCCAAGCCGCCGCGGGATGGGGTATCGCCGCCGCAGCCGGCGCCATTTGGGTCG
TCCAACCTTTTGATTGGATAAAGAAGACATTCATTGATAAACCAGCGGAAGAGAACTGAG
TGAGAGAGATCATCAAAGACTCACTAACAAAGTGCCAATTTCTAAGTTTGTCATCGCATC
TTTGCGATGAAGCTGAATAAAATTTTGTTCTTTTCTGGGGGCTTTGTGATTTCATCTTAA
GACTTTTTGTTTCTCAAATGCTGTAACACAAGAAAAAAAGCATACACTCCAAAATTATCA
GAAAAGAGGATTCATTTTGCTTTT

QA 8 451 8 451
DS 



AS 1 3

CO CL1759Contig1 638 3 1 U
AACTCAACTTGTAGTCTATAACTATAACAAGACGTTTATAATCTTTCAGAACAGATTACA
AGATTCATAAAAATGGAAATTGAAGTGCTTGCTTACAACACATGAGTGAGAGTATGACAG
AGGATAGTGTTTTATCAATTCTTGTTCAAACTAAGATTGAACCTAGAGTTCAGCTTTTGT
GGAAACACCGAGAAGTTTGGCCAGTTCTCCGCTCTCATGCGCTTCTACGGTATCGTCTGA
TCCTCCGATGTGCTTTCCGTGAATGAAAACCTGTGGTACTGTTCGCCTTCCAACAATCTC
TCCAAGTGCACTCTGAACGCTCCAACCATCTTCTCTTTGGTCAAGCTCGACAACATGAGG
AACCTGATCCAGCTCAATGAACACAGATTTAGCTCTCCTGCAATACGGGCAGTAGGATTT
GGAGAAAATGACGATCTTGTGGGAAGAGATGGTCTTCTGAACAAAGTCTGCTTCTGGGGA
AGAAACAACAATAGAAAATATGGATGAAACAACTAGTGAGACGAGCAACATTGCCATCGA
GAAAGATCTTATCATTGTCATGCCCTCCCTTCTCCTTCTTCTTCTCCTTCTTCTCACTCA
GATTTGCAAGGATCAAAGCTGACACTGTAGATGTGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EN30JQ U 47
AF RR3G602JQ U 1
AF RR3G602TF C 1
BS 1 638 RR3G602JQ

RD RR3EN30JQ 485 0 0
CAGAACAGATTACAAGATTCATAAAAATGGAAATTGAAGTGCTTGCTTACAACACATGAG
TGAGAGTATGACAGAGGATAGTGTTTTATAAATTCTTGTTCAAACTAAGATTGAACCTAG
AGTTCAGCTTTTGTGGAAACACCGAGAAGCTTGGCCAGTTCCCCGCTCTCATGCGCTTCT
ACGGTATCGTCAGATCCTCCGATGTGCTTTCCGTTAATGAAAACCTGTGGTACAGTTCGC
CTTCCAACAATCTCTCCAAGTGCACTCTGAACGCTCCAACCATCTTCTCTTTGGTCAAGC
TCGACAACATGAGGAACCTGATCCAGCTCAATGAATACAGATTTAGCTCTCCTGCAATAC
AGGCAGTAGGATTTGGAGAAAATGACGATCTTGTGGGAAGAGATGGTCTTCTGAACAAAG
TCTGCTTCTGGGGAAGAAACAACAATAGAAAATATGGATGAAACAACTAGTGAGACGAGC
AACAT

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR3G602JQ 638 0 0
AACTCAACTTGTAGTCTATAACTATAACAAGACGTTTATAATCTTTCAGAACAGATTACA
AGATTCATAAAAATGGAAATTGAAGTGCTTGCTTACAACACATGAGTGAGAGTATGACAG
AGGATAGTGTTTTATCAATTCTTGTTCAAACTAAGATTGAACCTAGAGTTCAGCTTTTGT
GGAAACACCGAGAAGTTTGGCCAGTTCTCCGCTCTCATGCGCTTCTACGGTATCGTCTGA
TCCTCCGATGTGCTTTCCGTGAATGAAAACCTGTGGTACTGTTCGCCTTCCAACAATCTC
TCCAAGTGCACTCTGAACGCTCCAACCATCTTCTCTTTGGTCAAGCTCGACAACATGAGG
AACCTGATCCAGCTCAATGAACACAGATTTAGCTCTCCTGCAATACGGGCAGTAGGATTT
GGAGAAAATGACGATCTTGTGGGAAGAGATGGTCTTCTGAACAAAGTCTGCTTCTGGGGA
AGAAACAACAATAGAAAATATGGATGAAACAACTAGTGAGACGAGCAACATTGCCATCGA
GAAAGATCTTATCATTGTCATGCCCTCCCTTCTCCTTCTTCTTCTCCTTCTTCTCACTCA
GATTTGCAAGGATCAAAGCTGACACTGTAGATGTGTCC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3G602TF 638 0 0
AACTCAACTTGTAGTCTATAACTATAACAAGACGTTTATAATCTTTCAGAACAGATTACA
AGATTCATAAAAATGGAAATTGAAGTGCTTGCTTACAACACATGAGTGAGAGTATGACAG
AGGATAGTGTTTTATCAATTCTTGTTCAAACTAAGATTGAACCTAGAGTTCAGCTTTTGT
GGAAACACCGAGAAGTTTGGCCAGTTCTCCGCTCTCATGCGCTTCTACGGTATCGTCTGA
TCCTCCGATGTGCTTTCCGTGAATGAAAACCTGTGGTACTGTTCGCCTTCCAACAATCTC
TCCAAGTGCACTCTGAACGCTCCAACCATCTTCTCTTTGGTCAAGCTCGACAACATGAGG
AACCTGATCCAGCTCAATGAACACAGATTTAGCTCTCCTGCAATACGGGCAGTAGGATTT
GGAGAAGATGACGATCTTGTGGGAAGAGATGGTCTTCTGAACAAAGTCTGCTTCTGGGGA
AGAAACAACAATAGAAAATATGGATGAAACAACTAGTGAGACGAGCAACATTGCCATCGA
GAAAGATCTTATCATTGTCATGCCCTCCCTTCTCCTTCTTCTTCTCCTTCTTCTCACTCA
GATTTGCAAGGATCAAAGCTGACACTGTAGATGTGTCC

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 5

CO CL1760Contig1 913 5 2 U
GGGTCTCTCTCCTCTTTAGAGAGAGAGAGAGAGCTCTATCTCTTTCCTTCCCTGTTCTCA
CTTTCATATCTTTTACAGGGAGAAAGAGACTTGTTTAGTTTTATTGTAAAATACTGTATT
TCGATCTAAGGATCGATCTTTTGCTTTCCGCTTCGTCGGAATTTTTGTTTTTCGCAAGGC
GATAACTCTTTCGTTAGGCGAGTCTTTTGCAGTGTTTTCTCAACCAGATCAAAGCAGTAT
CTCATATTGTTTTCACTTCTTCTCTTTGATTGAGTTGAGACTGTATATAGTCTCCGATCT
TTAGTTCGGAGTTATAGGCGGTGCTCTGGGAAATCTCTTCTCTATTCCTTCTTCATTCCA
AGCGGTGTATCCTTTCAGCTTCAAAGGGAGTAATATCGAGGCTTCGTCAATCCGTAATCC
TTATTGGGACGGTTAAAATTTCTTGTGTCGTTTGTACCAAGGAGCGGGCTTCGCTTCCCT
AGCGGTAAGGAGAAGGTGTGAAGGATTGAAAGAAGGCGAAAACGGAAGCACAGCCAGAGA
TTGGATCAGAAAATACAGCTTCGAAGATAGTTGCAGTAGCTTAACCGTAATCTTCAGTGG
ACGGTTGAGATCTTCGGAAAGTTAACCGGAGATGGAGACACTTCAGAGGCGGACGGGTTA
AAGGTTTCAATCCGATTTAGGATTTCACGGCGGAGCTAGGTGAACGGGAGAAACATCACG
GTGGAGAGAAGGAAGCTTGTCAATGATGGACGCGTGTCATGCGATGTGGCATCTTTTTCT
TCCGCAACCAAGCACGTGTAAACTTGAGTCGGTTTTATTGTAAACCTTTAATATGTCTTA
AGTTATTTTAAAATTCTGATCCATCCTTGTATGCCCATTGGGCTTTTCATTTCAATGAAA
TGAAAAAGTTGAC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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CTTTCATATCTTTTACAGGGAGAAAGAGACTTGTTTAGTTTTATTGTAAAATACTGTATT
TCGATCTAAGGATCGATCTTTTGCTTTCCGCTTCGTCGGAATTTTTGTTTTTCGCAAGGC
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CTCATATTGTTTTCACTTCTTCTCTTTGATTGAGTTGAGACTGTATATAGTCTCCGATCT
TTAGTTCGGAGTTATAGGCGGTGCTCTGGGAAATCTCTTCTCTATTCCTTCTTCATTCCA
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TTATTGGGACGGTTAAAATTTCTTGTGTCGTTTGTACCAAGGAGCGGGCTTCGCTTCCCT
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T
AAA

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AATCCGATTTAGGATTTCACGGCGGAGCTAGGTGAACGGGAGAAACATCACGGTGGAGAG
AAGGAAGCTTGTCAATGATGGACGCGTGTCATGCGATGTGGCATCTTTTTCTTCCGCAAC
CAAGCACGTGTAAACTTGAGTCGGTTTTATTGTAAACCTTTAATATGTCTTAAGTTATTT
TAAAATTCTGATCCATCCTTGTATGCCCATTGGGCTTTTCATTTCAATGAAATGAAAAAG
TTGAC

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DS 



AS 1 5

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TTCATCGTTAACCACCTCACGAAGCTCTTCGAAGAAGATCTCATATCAATCGTCGATCTC
CATCTCTCTCCCTGGGGTAACACCAAGCTCCGCTCCTCCACCGATAATAATGTCACTGCC
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BQ
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AF RR3BU40TF U 44
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AF RR3GK11JQ C 112
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RD RR3BU40TF 523 0 0
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TTGTAGATGGTCAGCCACTTTATGAGGATTATGAAAA*CTTCATAACCTACATCTGCAAA
GCTTACAAAGGTAATAAAAAGCCTGACGCATGTGCCAAATACT

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR3BV18TF 709 0 0
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TTCATCGTTAACCACCTCACGAAGCTCTTCGAAGAAGATCTCACATCAATCGTCGATCTC
CATCTCTCTCCCTGGGGTAACACCAAGCTCCGCTCCTCCACCGATAATAATGTCACTGCC
GTTTGCCAGCACGGTGCGTTTGAATGCTTATTGGATACAGTTGAGGCTTGTGCGATCGAT
GCTTGGCCTAAATTGAGCGATCATTTCCCGTTTATCCTCTGCGTTGAGGGTTTGGTGACT
GAGCACAAGTACGACAAGTGGGAGACTTGTTATGAGAAGCTCAATCTTAACTCTAAACCT
GTTGACGATTGTCTCAGTAGTGGACATGGAGACAAGCTTGAGTTGCAGTATGCTGCAGAA
ACGAGTGCACTTCAGCCGCCTCATCAATACGTGCCCTGGGTGGTTGTAGATGGTCAGCCA
CTTTATGAGGATTATTAAAAACTTCATAACCTACATCTGCAAAGCTTACAAAGGTAATAA
AAAGCCTGACGCATGTGCCAAATACTCATCCAGCAACTTCATTCTAAGTGCCAAAGTGAA
TCGCTTCCCACTGGTTTGCCGGAAAGGAGTCAATAATATGTGGGATTTGTTGGA*CGTAT
CAAAACCTCTTTGTTGTCGTACATCGACGTCACA*GCCTGCTATAAACA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3GK11TF 712 0 0
GT
GTCCCTACTGCTCATCCTTCATCGTCAACCACCTCACGAAGCTCTTCGAAGAAGATCTCA
TATCAATCGTCGATCTCCATCTCTCTCCCTGGGGTAACACCAAGCTCCGCTCCTCCACCG
ATAATAATGTCACTGCCGTTTGCCAGCACGGTGCGTTTGAATGCTTATTGGATACAGTTG
AGGCTTGTGCGATCGATGCTTGGCCTAAATTGAGCGATCATTTCCCGTTTATCCTCTGCG
TTGAGGGTTTGGTGACTGAGCACAAGTACGACAAGTGGGAAACTTGTTATGAGAAGCTCA
ATCTTAACTCTAAACCTGTTGACGATTGTCTCAGTAGTGGACATGGAGACAAGCTTGAGT
TGCAGTATGCTGCAGAAACGAGTGCACTTCAGCCGCCTCATCAATACGTGCCCTGGGTGG
TTGTAGATGGTCAGCCACTTTATGAGGATTATGAAAA*CTTCATAACCTACATCTGCAAA
GCTTACAAAGGTAATAAAAAGCCTGACGCATGTGCCAAATACTCATCCAGTAACTTCATT
CGAAGTGCCAAAGTGAATCGCTTCCCACTGGTTTGCCGGAAAGGAGTCAATAATATGTGG
GATTTGTTGGAACGTATCAAAACCTCTTTGTTGTCGTACATCGACGTCACACGCCTGCTA
TAAACATCCTTCTCTTTATTTTATGATATGTAGCATGATTACTCTAAAAA

QA 3 712 3 712
DS 

RD RR3GK11JQ 757 0 0
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GTCACTGCCGTTTGCCAGCACGGTGCGTTTGAATGCTTATTGGATACAGTTGAGGCTTGT
GCGATCGATGCTTGGCCTAAATTGAGCGATCATTTCCCGTTTATCCTCTGCGTTGAGGGT
TTGGTGACTGAGCACAAGTACGACAAGTGGGAAACTTGTTATGAGAAGCTCAATCTTAAC
TCTAAACCTGTTGACGATTGTCTCAGTAGTGGACATGGAGACAAGCTTGAGTTGCAGTAT
GCTGCAGAAACGAGTGCACTTCAGCCGCCTCATCAATACGTGCCCTGGGTGGTTGTAGAT
GGTCAGCCACTTTATGAGGATTATGAAAA*CTTCATAACCTACATCTGCAAAGCTTACAA
AGGTAATAAAAAGCCTGACGCATGTGCCAAATACTCATCCAGTAACTTCATTCGAAGTGC
CAAAGTGAATCGCTTCCCACTGGTTTGCCGGAAAGGAGTCAATAATATGTGGGATTTGTT
GGAACGTATCAAAACCTCTTTGTTGTCGTACATCGACGTCACAGGCCTGCTATAAACATC
CTTCTCTTTATTTTATGATATGTAGCATGATTACTCTAAAAATCTATATGGCTTCTGAGA
TATGATGAATATATATATGTATGTATTATCACAAAGTGTATGGCTGTTACTGTTGCCTGT
TAGGTTGTGTGAAAGACCGGTTGATAATAAAGTCTCG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3BU40JQ 574 0 0
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GACGATTGTCTCAGTAGTGGACATGGAGACAAGCTTGAGTTGCAGTATGGTGCAGAAACG
AGTGCACTTCAGCCGCCTCATCAATACGTGCCCTGGGTGGTTGTAGATGGTCAGCCACTT
TATGAGGATTATGAAAA*CTTCATAACCTACATTTGCAAAGCTTACAAAGGTAATAAAAA
GCCTGACGCATGTGCCAAATACTCATCCAGCAACTTCATTTGAAGTGCCAAAGTGAATCG
CTTCCCACTGGTTTGCCGGAAAGGAGTCAATAATATGTGGGATTTGTTGGAACGTATCAA
AACCTCTTTGTTGTCGTACATGGACGTCACAGGCCTGCCATAAACATCCTTCTCTTTATT
TTATGATATGTAGCATGATTACTCTAAAAATCTATATGGCTTTTGAGATATGATGAATAT
ATATATGTATGTATTATCACAAAGTGTATGGCTGTTACTGTTGCCTGTTAGGTTGTGTGA
AAGACCGGTTGATAATAAAGTCTCGAGGCCTTTG

QA 1 574 1 574
DS 



AS 2 5

CO CL1762Contig1 614 2 1 U
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GTTTCAAGGTGTCCCTACTTATCCACCACCGTTGCATCCTCGCCCTCCGCATCATCATCC
GGTCTCAGGATTCCCGCAGCCATCTCAGCCTCCAGGAGCAGCACATCATGACCTTTCCGT
TCATCAATACATTCAAGAACATCAAACCGTTCCTGGATATGCTGTTGATGAAGGAAGTCA
TGTAAGACAAGAACCTCTACCTTGTTGTGGTATTGGAATCGGTTGGTTCTTGTTCATAAC
TGGTTTCATCTTTGGTGCAATCCCATGGTACATAGGAATATTCATCCTAGTATGTGCTAA
GATCAACCCACGTGAGAAACCAGGATACATAGCTTGCGCCATCGCTGCCGTTCTTGCTAC
AATTGCTATAGTTTTTGGTTTCGTGGGAGGGAGAGAAGTCTGGTCGTGAGAGTGTATCAT
CAATGATCAAACGAGAAAACTATACAACTGTTCATCAAGTTGTTATTCTTTTGTAATTAA
TACCATTTTAAGTCTGTGCGTTTGTACAAGAATCAAAAAGCATATTGGCCTTCAATAAGA
CTGGATATTTCATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A918JQ C 1
AF RR3A918TF U 1
BS 1 614 RR3A918TF

RD RR3A918JQ 614 0 0
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GTTTCAAGGTGTCCCTACTTATCCACCACCGTTGCATCCTCGCCCTCCGCATCATCATCC
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TGTAAGACAAGAACCTCTACCTTGTTGTGGTATTGGAATCGGTTGGTTCTTGTTCATAAC
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GATCAACCCACGTGAGAAACCAGGATACATAGCTTGCGCCATCGCTGCCGTTCTTGCTAC
AATTGCTATAGTTTTTGGTTTCGTGGGAGGGAGAGAAGTCTGGTCGTGAGAGTGTATCAT
CAATGATCAAACGAGAAAACTATACAACTGTTCATCAAGTTGTTATTCTTTTGTAATTAA
TACCATTTTAAGTCTGTGCGTTTGTACAAGAATCAAAAAGCATATTGGCCTTCAATAAGA
CTGGATATTTCATT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3A918TF 614 0 0
GGAGAAAATGAGCAAAGAAGAAGACAAGGACGGAGCAGCTTCTCCGACATCTTACGGCAC
GTTTCAAGGTGTCCCTACTTATCCACCACCGTTGCATCCTCGCCCTCCGCATCATCATCC
GGTCTCAGGATTCCCGCAGCCATCTCAGCCTCCAGGAGCAGCACATCATGACCTTTCCGT
TCATCAATACATTCAAGAACATCAAACCGTTCCTGGATATGCTGTTGATGAAGGAAGTCA
TGTAAGACAAGAACCTCTACCTTGTTGTGGTATTGGAATCGGTTGGTTCTTGTTCATAAC
TGGTTTCATCTTTGGTGCAATCCCATGGTACATAGGAATATTCATCCTAGTATGTGCTAA
GATCAACCCACGTGAGAAACCAGGATACATAGCTTGCGCCATCGCTGCCGTTCTTGCTAC
AATTGCTATAGTTTTTGGTTTCGTGGGAGGGAGAGAAGTCTGGTCGTGAGAGTGTATCAT
CAATGATCAAACGAGAAAACTATACAACTGTTCATCAAGTTGTTATTCTTTTGTAATTAA
TACCATTTTAAGTCTGTGCGTTTGTACAAGAATCAAAAAGCATATTGGCCTTCAATAAGA
CTGGATATTTCATT

QA 1 614 1 614
DS 



CO CL1762Contig2 639 3 1 U
GGGCGTAATGAAATAACCAGTCTTATTGAAAGCCAATATGCTTTTTGATTCTTGTGCAAA
CGCACAGACTTAAATGGTATTAATTACAAAAGAATTACAACTTGATGAACACAGTTGTAT
AGTTTTCTCGTTTGATCATTGATGATACACTCTCACGACCAGACTTCTCTTCCTCCCACG
AAACCAAACACTATAGCAATTGTAGCAAGAACTGCAGCGATGGCGCAAGCTATGTATCCT
GGTTTCTCTCGTGGGTTGATCTTAGCACATACTAGGATGAATATTCCTATGTACCATGGG
ATTGCACCAAAGATGAAACCAGTTATGAACAAGAACCAACCGATTCCAATACCACAACAA
GGAAGAGGTTCTTGTCTTACATGCCTTCCTTCATCGACATCATATCCAGGAACGGTTTGA
TGTTCTTGAATGTATTGATGAACGGAAAGATCATGATGAGTTGCTCCGGGAGGCTGAGAC
GGCTGAGGGAATCCGGAGACCGGATGATGCTGCGGAGGACGAGGATGCAACGGTGGTGGA
TAAGTAGGGACACCTTGAAACGTGCCGTAAGATGTCGGAGAAGCTGCTCCGTCCTTGTCT
TTTTCTTTGCTCATTTTCTCCTCTTCTTCTCAAACCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB90JQ U 1
AF RR3F573JQ U 1
AF RR3AB90TF C 1
BS 1 639 RR3AB90JQ

RD RR3AB90JQ 639 0 0
GGGCGTAATGAAATAACCAGTCTTATTGAAAGCCAATATGCTTTTTGATTCTTGTGCAAA
CGCACAGACTTAAATGGTATTAATTACAAAAGAATTACAACTTGATGAACACAGTTGTAT
AGTTTTCTCGTTTGATCATTGATGATACACTCTCACGACCAGACTTCTCTTCCTCCCACG
AAACCAAACACTATAGCAATTGTAGCAAGAACTGCAGCGATGGCGCAAGCTATGTATCCT
GGTTTCTCTCGTGGGTTGATCTTAGCACATACTAGGATGAATATTCCTATGTACCATGGG
ATTGCACCAAAGATGAAACCAGTTATGAACAAGAACCAACCGATTCCAATACCACAACAA
GGAAGAGGTTCTTGTCTTACATGCCTTCCTTCATCGACATCATATCCAGGAACGGTTTGA
TGTTCTTGAATGTATTGATGAACGGAAAGATCATGATGAGTTGCTCCGGGAGGCTGAGAC
GGCTGAGGGAATCCGGAGACCGGATGATGCTGCGGAGGACGAGGATGCAACGGTGGTGGA
TAAGTAGGGACACCTTGAAACGTGCCGTAAGATGTCGGAGAAGCTGCTCCGTCCTTGTCT
TTTTCTTTGCTCATTTTCTCCTCTTCTTCTCAAACCTCC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3F573JQ 633 0 0
GAGCGT
AATGAAATATCCAGTCTTATTGAAAGCCAATATGCTTTTTGATTCTTGTGCAAACGCACA
GACTTAAATGGTATTAATTACAAAAGAATTACAACTTGATGAACA**GTTGTATAGTTTT
CTCGTTTGATCATTGATGATACACTCTCACGACCAGACTTCTCTTCCTCCCACGAAACCA
AACACTATAGCAATTGTAGCAAGAACAGCAGCGATGGCGCAAGCTGTGTATCCTGGTTTC
TCTCGTGGGTTGATCTTAGCACATACTAGGATGAATATTCCTATGTACCATGGGATTGCA
CCAAAGATGAAACCAGTTATGAACAAGAACCAACCGATTCCAATACCACAACAAGGTAGA
CGTTCTTGTCTTACATGCCTTCCTTCATCAACAGCATATCCAGGAACGGTTTGATGTTCT
TGAATGTATTCATGAACGGAAAGGTCATGATGAGTTGCTCCGGGAGGCTGAGATGGCTGA
GGGAATCCGGAGACCGGATGATGCTGCGGAGGACGAGGATGCAACGGTGGTGGATAAGTA
GGGACACCTTGAAACGTGCCGTAAGATGTAGGAGAAGCTGCTCTGTCCTTGTCGCTTTCT
TTGCTCATTTTCTCCTCTTCTTCTC
CC

QA 7 631 7 631
DS 

RD RR3AB90TF 639 0 0
GGGCGT
AATGAAATAACCAGTCTTATTGAAAGCCAATATGCTTTTTGATTCTTGTGCAAACGCACA
GACTTAAATGGTATTAATTACAAAAGAATTACAACTTGATGAACACAGTTGTATAGTTTT
CTCGTTTGATCATTGATGATACACTCTCACGACCAGACTTCTCTTCCTCCCACGAAACCA
AACACTATAGCAATTGTAGCAAGAACTGCAGCGATGGCGCAAGCTATGTATCCTGGTTTC
TCTCGTGGGTTGATCTTAGCACATACTAGGATGAATATTCCTATGTACCATGGGATTGCA
CCAAAGATGAAACCAGTTATGAACAAGAACCAACCGATTCCAATACCACAACAAGGAAGA
GGTTCTTGTCTTACATGCCTTCCTTCATCGACATCATATCCAGGAACGGTTTGATGTTCT
TGAATGTATTGATGAACGGAAAGATCATGATGAGTTGCTCCGGGAGGCTGAGACGGCTGA
GGGAATCCGGAGACCGGATGATGCTGCGGAGGACGAGGATGCAACGGTGGTGGATAAGTA
GGGACACCTTGAAACGTGCCGTAAGATGTCGGAGAAGCTGCTCCGTCCTTGTCTTTTTCT
TTGCTCATTTTCTCCTCTTCTTCTC
AAACCTCC

QA 7 631 7 631
DS 



AS 1 3

CO CL1763Contig1 866 3 8 U
CATAAGCATTTGTTATTCACATGTCAATTTTCTGCCAAGGTATGAGAAGATCTTGCTCAA
GAGATATTGAAAGATATATATATACTGATGACGGGAAATCCAAAAAAAA*CAATTTGATA
CATATATTTTTAGTAAACCGAATTCAAACAAAGCCGGTTTGGATTGAGTTTGAGAGAGAG
GAGACCATGAACATGAGAAGAAGCTTATACATTTGGTAAGGAACGTACTAGTTTGAAGAT
GATTTTACGGCACCGTTTTGGTGATTCTTGCCAAGCAATTATCCTTGGGTCTTGTGCGAG
GCAAAAACATCACCTGACAACCAGGATTGCTCCTCTCCACCCGGTATTTGAGGAGGAAAT
GATGAAGGAAAATGGAAATCTCGAGCTTGGCAAGATCGTTTCCTGGACAAAGATGGCTTC
CTAAACCAAAAGGAAGGAACGTGCCTGCCTTTGGTATGTATCCCTCCCATCTTGAAGGAT
CAAATTTCTTTGGATCAGGGTAGATCTCAGGATCCAGGTGAACGTCCCTGAACCATGTCA
GAACCTTCCACCCTTTTGGTATGATATACCCATTCATTTGGACATCACTCTTTGCTTCAC
GGAAGGCCGTTAGAGAGAATGTTATTACTCGAAGTGTCTCATCAATAACCTGAGAAAGAT
ACTCCATTTCACGTGTCTCTTTAAGAGTCAAACTCTGTCCCGGTGCTCTCTTTTTAACAA
TCCTCTCTAGTTCTTCCTTTGCCTTTTGTAGAATCTCAGGGTGTTCCTGCAAGAAAATGG
TAGCCCACATAATGGTGTGTCCAGAGGATTCATGACCCGCATTAAGATACATCAACAAAA
CGTCTATAATCTCCTCATCCTCTAGA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G769TF U 1
AF RR3AY67TF U 6
AF RR3AY67JQ C 511
AF RR3G769JQ C 498
BS 1 238 RR3G769TF
BS 239 239 RR3AY67TF
BS 240 256 RR3G769TF
BS 257 257 RR3AY67TF
BS 258 621 RR3G769TF
BS 622 624 RR3AY67TF
BS 625 717 RR3G769TF
BS 718 736 RR3AY67JQ
BS 737 737 RR3G769JQ
BS 738 770 RR3AY67JQ
BS 771 771 RR3G769JQ
BS 772 790 RR3AY67JQ
BS 791 791 RR3G769JQ
BS 792 934 RR3AY67JQ
BS 935 935 RR3G769JQ
BS 936 1190 RR3AY67JQ
BS 1191 1282 RR3G769JQ

RD RR3G769TF 717 0 0
TTTTTCCTTCTCTGTGTGGCCGTGTCTTGTCTACCGTCGCCCTTGTGCAGCCGTGACCGT
CTCCCATCAAGCTCTCTATTTTTCCCTTGTTGTCATCTTCTGGCTGTTTCTGAACAAGTA
TGATGGAGGAGATTAAAAAACCGGGACTTGTCGAAACAATAAAGAGAGAAGCTCCACAGC
TAGCATCCGTGTTGAGAGAAATGAAGGAAGGTCTAGATGTGGTTAGGAGCAAAGTTGAGG
CTCTCACCGCAAAGGTGAAAGCAGACAGTTATCCGACAGCGGATGGGATGAGTTATCTGG
AGGCAAAGCATCTGTTACTTTTAAGTTATTGCCAGTGTCTCGTATATTATCTGCTAAGGA
AGGCCAAAGGATTCTCTATCGATGGCCATCCTGTTGTAAAGAGTCTTGTAGAGATACGAA
TGTTTCTTGAAAAGATTCGTCCCATAGACAAGAAGCTTCAGTACCAAATTCAGAAGCTCA
CCACAGCCGGTGTTGGTTCAGTGGCTAAACAAGCCCTCTCTGAGGGAAAGGAAGCCCAAC
AATCTGAAGATGTTTCTAACTATAAGCCCAAGCCAGACTTGCTTGCTGACAAAATGGTGG
ATGAATCAATGGAGGATGGAG***TTTATCGGCCTCCTAAATTCGCTCCTATGTCTATGG
ACGACAAGACGTCGAAACAGGAGAGAGATGCTGCCAGAAAAGGGAAGCACTTTTTAA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3AY67TF 673 0 0
CCTTCTCTGTGTGGCCGTGTCTTGTCTACCGTCGCCCTTGTGCAGCCGTGACCGTCTCCC
ATCAAGCTCTCTATTTTTCCCTTGTTGTCATCTTCTGGCTGTTTCTGAACAAGTATGATG
GAGGAGATTAAAAAACCGGGACTTGTCGAAACAATAAAGAGAGAAGCTCCACAGCTAGCA
TCCGTGTTGAGAGAAATGAAGGAAGGTCTAGATGTGGTTAGGAGCAAAGTTGAAGCTCTC
ACCGCAAAGGTAAAAGCAGACAGTTATCCGACAGCGGATGGGATGAGTTATCTGGAGGCA
AAGCATCTGTTACTTTTAAGTTATTGCCAGTGTCTCGTATATTATCTGCTAAGGAAGGCC
AAAGGATTCTCTATCGATGGCCATCCTGTTGTAAAGAGTCTTGTAGAGATACGAATGTTT
CTTGAAAAGATTCGTCCCATAGACAAGAAGCTTCAGTACCAAATTCAGAAGCTCACCACA
GCCGGTGTTGGTTCAGTGGCTGAACAAGCCTTCTCTGAGGGAAAGGAAGCCCAACAATCT
GAAGATGTTTCTAACTATAAGCCCAAGCCAGACTTGCTTGCTGACAAGATGGTGGATGAA
TCAATGGAGGATGGAGGAGTTTATCGGCCTCCTAAATTCGCTCCTATGTCTATGGACGAC
AAGACGTCGAAAC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3AY67JQ 680 0 0
AAGCCTTCTCTGAGGGAAAGGAAGCCCAACAATCTGAAGATGTTTCTAACTATAAGCCCA
AGCCAGACTTGCTTGCTGACAAGATGGTGGATGAATCAATGGAGGATGGAGGAGTTTATC
GGCCTCCTAAATTCGCTCCTATGTCTATGGACGACAAGACGTCGAAACAGGAGAGAGATG
CTGCCAGAAAAGAGAAGCACTTTTTAAGACAAGCCACTGAGAACACGTACATGAAAGATG
TGTTGGACGAGCTCGAGGACCGGCCTGAAGAGATCAGAGATTATTATGGGCCTGAGAGCA
AGGAACAGAGGAAGTTCATGGCACGGTACGAGAGGCAACAAGAGGTAGAGGAAGAACTCT
TTGTCCGAGCACCTCGCACTAAGGAGGATAAGAAGAGAGAGAAGCGCCTGAAGTCGCGCA
GTGGGCTGCATGGACTTACCGAGAGTTTTGACAACGAGTTCAAGTTCTTGGATGAAGATG
GTGAAAAACCATCCTCAAGCTTTAGTAGTAGAGGCAAATCCAAGAGAAGAAAGATGAGGC
ATTGATATGGATGGATACATCACTCTGTTGCTACACTGTCGTTTTGCTTTGTGATTGTAT
TGAGATTTTTTTTGTTTAATGTGGAGAACGAACACACACACGGTCAAGCACTTGCCGTAA
TATTCGGAAAGACCTTTTCT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3G769JQ 785 0 0
TCAGTGGCTAAACAAG
CCCTCTCTGAGGGAAAGGAAGCCCAACAATCTGAAGATGTTTCTAACTATAAGCCCAAGC
CAGACTTGCTTGCTGACAAAATGGTGGATGAATCAATGGAGGATGGAG***TTTATCGGC
CTCCTAAATTCGCTCCTATGTCTATGGACGACAAGACGTCGAAACAGGAGAGAGATGCTG
CCAGAAAAGGGAAGCACTTTTTAAGACAAGCCACTGAGAATACATACATGAAAGATGTGT
TGGACGAGCTCGAGGACAGGCCTGAAGAGATCAGAGACTATTATGGGCCTGAGAGCAAGG
AACAGAGGAAGTTCATGGCACGGTACGAGAGGCAACAAGAGGTAGAGGAAGAACTCTTTG
TCCGAGCACCTCGCACTAAGGAGGATAAGAAGAGAGATAAGCGCTTGAAGTCGCGCAGTG
GACTGCATGGACTTACCGAGAGTTTTGACAACGAGTTCAAGTTCTTGGATGAAGATGGTG
AAAAACCATCCTCAAGCTTTAGTAGTAGAGGCAAATCCAAGAGAAGAAAGATGAGGCATT
GATATGGATGGATACATCACTCTGTTGCTACACTGTCGTTTTGCTTTGTGATTGTATTGA
GATTTTTTTTGTTTAATGTGGAGAACGAACACACACACGGTCAAGCACTTGCCGTAATAT
TCGGAAAGACCTTTTCTCTTTCGCTATATTTAGCTTCGTTTTCATTTAAGTAAGTGATGT
AACAAAAAAATCTGATTTTGAGTTAAAAAAAAAAGCAATCAGCCATGGG

QA 17 785 17 785
DS 



AS 1 3

CO CL1765Contig1 680 3 6 U
GGACAAGCCATAACTCACAAAAAAAAATCAAGAAAACATCTCTAAGTCTTCTAAGCACAT
AAAAAAATGGCCTCAACAGCTCTCTCAAGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCCTCCGCCGT
CAAACAGCTCCTATCAGCCTCCGTTCCCTCCCCTTAGCCAACACTCAATCCCTCTTCGGT
CTCAAATCTGGCACAGCACGCGGTGGACGCGTCACAGCCATGGCTACATACAAGGTCAAG
TTCATCACTCCTGAAGGAGAGCAAGAGGTTGAGTGCGACGACG***TCTACGTCCTCGAC
GCTGCTGAGGAAGCAGGAATCGACTTGCCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCTTGCTCGAGC
TGTGCAGGTAAAGTTGTGTCTGGATCTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGAT
GACCAGATTGCTGAAGGATTCGTTCTCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACC
ATTGAGACCCACAGAGAAGAAGACATTGTTTAAGACAAAAGCTCCGTAACATGCTGCTTT
TGATGGTTTGATAATCATTGTCTTTACATTTTGGGTTGAGTGTGTTACTACTTAGTCAAA
TCTATTGTTATCTTCTGTAATTGTTCTTGGTTTGGCCAACCTTTTGGTAAGATCAATGGA
TATTAAAATTATGATCATGC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C820TF U 1
AF RR3G009TF U 3
AF RR3G009JQ C 175
BS 1 283 RR3C820TF
BS 284 286 RR3G009TF
BS 287 586 RR3C820TF
BS 587 587 RR3G009TF
BS 588 662 RR3C820TF
BS 663 680 RR3G009JQ

RD RR3C820TF 673 0 0
GGACAAGCCATAACTCACAAAAAAAAATCAAGAAAACATCTCTAAGTCTTCTAAGCACAT
AAAAAAATGGCCTCAACAGCTCTCTCAAGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCCTCCGCCGT
CAAACAGCTCCTATCAGCCTCCGTTCCCTCCCCTTAGCCAACACTCAATCCCTCTTCGGT
CTCAAATCTGGCACAGCACGCGGTGGACGCGTCACAGCCATGGCTACATACAAGGTCAAG
TTCATCACTCCTGAAGGAGAGCAAGAGGTTGAGTGCGACGACGACGTCTACGTCCTCGAC
GCTGCTGAGGAAGCAGGAATCGACTTGCCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCTTGCTCGAGC
TGTGCAGGTAAAGTTGTGTCTGGATCTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGAT
GACCAGATTGCTGAAGGATTCGTTCTCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACC
ATTGAGACCCACAGAGAAGAAGACATTGTTTAAGACAAAAGCTCCGTAACATGCTGCTTT
TGATGGTTTGATAATCATTGTCTTTACATTTTGGGTTGAGTGTGTTGCTACTTAGTCAAA
TCTATTGTTATCTTCTGTAATTGTTCTTGGTTTGGCCAACCTTTTGGTAAGATCAATGGA
TA
TTAAAATTATG

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3G009TF 659 0 0
GG
AAGCCATAACTCACAAAAAAAAATCAAGAAAACATCTCTAAGTCTTCTAAGCACATAAAA
AAATGGCCTCAACAGCTCTCTCAAGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCCTCCGCCGTCAAA
CAGCTCCTATCAGCCTCCGTTCCCTCCCCTTAGCCAACACTCAATCCCTCTTCGGTCTCA
AATCTGGCACAGCACGCGGTGGACGCGTCACAGCCATGGCTACATACAAGGTCAAGTTCA
TCACTCCTGAAGGAGAGCAAGAGGTTGAGTGCGACGACG***TCTACGTCCTCGACGCTG
CTGAGGAAGCAGGAATCGACTTGCCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCTTGCTCGAGCTGTG
CAGGTAAAGTTGTGTCTGGATCTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGACC
AGATTGCTGAAGGATTCGTTCTCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTG
AGACCCACAGAGAAGAAGACATTGTTTAAGACAAAAGCTCCGTAACATGCTGCTTTTGAT
GGTTTGATAATCATTGTCTTTACATTTTGGGTTGAGTGTGTTACTACTTAGTCAAATCTA
TTGTTATCTTCTGTAATTGTTCTTGGTTTGGCCAACCTTTTGGTAAGATCAATGGAT

QA 3 659 3 659
DS 

RD RR3G009JQ 506 0 0
TTCGGTCTCAAATCTGGCACAGCACGCGGTGGACGCGTCACAGCCATGGCTACATACAAG
GTCAAGTTCATCACTCCTGAAGGAGAGCAAGAGGTTGAGTGGGACGACG***TCTACGTC
CTCGACGCTGCTGAGGAAGCAGGAATCGACTTGCCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCTTGC
TCGAGCTGTGCAGGTAAAGTTGTGTCTGGATCTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTC
GATGATGACCAGATTGCTGAAGGATTCGTTCTCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGAT
GTTACCATTGAGACCCACAGAGAAGAAGACATTGTTTAAGACAAAAGCTCCGTAACATGC
TGCTTTTGATGGTTTGATAATCATTGTCTTTACATTTTGGGTTGAGTGTGTTACTACTTA
GTCAAATCTATTGTTATCTTCTGTAATTGTTCTTGGTTTGGCCAACCTTTTGGTAAGATC
AATGGATATTAAAATTATGATCATGC

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 5

CO CL1766Contig1 960 5 4 U
GGGAACTTTTCAATTCCTCTCATCCAATCGCACGGTGAGATCGAGCCTAGAACCGACCCA
TCTGTTCCTCTGGTCATCATCGCGACACAAGATGTTCGCTTGACGGGACCTTTTTCTCGC
CGCGCGATCTTTGCCTCTTCCCTGTAATTCGCCGTCTTTTGCTTAAATAAACGAGATCTG
TTTTTCCACGACTTTGAAGGAGTATGTCGACGCCAGCAAGGAAGAGGTTGATGAGGGATT
TCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCTGGTATCAGCGGTGCTCCCCAGGACAACAATA
TCATGCTCTGGAATGCTGTCATATTCGGGCCTGATGACACCCCGTGGGATGGAGGTACTT
TCAAACTCTCACTGCAGTTCTCTGAGGATTATCCAAATAAACCACCAACAGTTCGCTTTG
TGTCACGGATGTTCCATCCGAATATTTATGCAGATGGGAGTATTTGCTTGGACATTCTAC
AAAACCAGTGGAGTCCAATATATGATGTTGCTGCTATACTTACCTCCATCCAGTCATTGC
TCTGTGACCCTAATCCGAATTCTCCTGCAAATTCGGAAGCCGCTCGGATGTACAGCGAAA
ACAAGCGTGAGTACAACAGAAAAGTGCGTGATGTTGTCGAGCAAAGCTGGACTGCTGACT
AAGTATTAGTTACTTGTAAGCTCTGCTGCAACTCATCACTCAATCTCCACCCATTAAGCA
ACGGCTTTCTTATCTTTTCCCATTCATGTCCTTTTGTGTGTTTCAAAACTCTAAAATGAT
TGGGATGCTGTGATGGCTTCTATGAAAGTCTAACATCCTTGTAAAA*CTTTGTACCAAAC
CTTCTGAATTATTCACCTTTTTTTTTTCTTGTATATATGTATTAAGTTTCTTGCTAGGTG
CCAAAACAACATTGTACCAAAATGATTAAAAACTTGTAATATATTAAAGGATTTGTGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BY11TF U 42
AF RR3AF66TF U 1
AF RR3BZ88TF U 145
AF RR3AF66JQ C 135
AF RR3BY11JQ C 225
BS 1 678 RR3AF66TF
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BS 839 857 RR3AF66JQ
BS 858 960 RR3BY11JQ

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GGGAGCC
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CCTTTTTCTCGCCGCGCGATCTTTGCCTCTTCCCTGTAATTCGCCGTCTTTTGCTTAAAT
AAACGAGATCTGTTTTTCCACGACTTTGAAGGAGTATGTCGACGCCAGCAAGGAAGAGGT
TGATGAGGGATTTCA*GAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCTGGTATCAGCGGTGCCCCCC
AGGACAACAATATCATGCTCTGGAATGCTGTCATATTCGGGCCTGATGACACCCCGTGGG
ATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTCTCTGAGGATTATCCAAATAAACCACCAA
CAGTTCGCTTTGTGTCACGGATGTTCCATCCGAATATTTATGCAGATGGGAGTATTTGCT
TGGACATTCTACAAAACCAGTGGAGTCCAATATATGATGTTGCTGCTATACTTACCTCCA
TCCAGTCATTGCTCTGTGACCCTAATCCGAATTCTCC

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DS 

RD RR3AF66TF 678 0 0
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TCTGTTCCTCTGGTCATCATCGCGACACAAGATGTTCGCTTGACGGGACCTTTTTCTCGC
CGCGCGATCTTTGCCTCTTCCCTGTAATTCGCCGTCTTTTGCTTAAATAAACGAGATCTG
TTTTTCCACGACTTTGAAGGAGTATGTCGACGCCAGCAAGGAAGAGGTTGATGAGGGATT
TCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCTGGTATCAGCGGTGCTCCCCAGGACAACAATA
TCATGCTCTGGAATGCTGTCATATTCGGGCCTGATGACACCCCGTGGGATGGAGGTACTT
TCAAACTCTCACTGCAGTTCTCTGAGGATTATCCAAATAAACCACCAACAGTTCGCTTTG
TGTCACGGATGTTCCATCCGAATATTTATGCAGATGGGAGTATTTGCTTGGACATTCTAC
AAAACCAGTGGAGTCCAATATATGATGTTGCTGCTATACTTACCTCCATCCAGTCATTGC
TCTGTGACCCTAATCCGAATTCTCCTGCAAATTCGGAAGCCGCTCGGATGTACAGCGAAA
ACAAGCGTGAGTACAACAGAAAAGTGCGTGATGTTGTCGAGCAAAGCTGGACTGCTGACT
AAGTATTAGTTACTTGTA

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DS 

RD RR3BZ88TF 699 0 0
G
AATTCGCCGTCTTTTGCTTAAATAAACGAGATCTGTTTTTCCACGACTTTGAAGGAGTAT
GTCGACTCCAGCAAGGAAGAGGTTGATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACC
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CGGGCCTGATGACACCCCGTGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTCTCTGA
GGATTATCCAAATAAACCACCAACAGTTCGCTTTGTGTCACGGATGTTCCATCCGAATAT
TTGTGCAGATGGGAGTATTTGCTTGGACATTCTACAAAACCAGTGGAGTCCAATATATGA
TGTTGCTGCTATACTTACCTCCATCCAGTCATTGCTCTGTGACCCTAATCCGAATTCTCC
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GCGTGATGTTGTCGAGCAAAGCTGGACTGCTGACTAAGTATTAGTTACTTGTAAGCTCTG
CTGCAACTCATCACTCAATCTCCACCCATTAAGCAACGGCTTTCTTATCTTTTCCCATTC
ATGTCCTTTTGTGTGTTTCAAAACTCTAAAATGATTGGGATGCTGTGATGGCTTCTATGA
AAGTCTAACATCCTTGTAAAA*CTTTGTACCAA
CCTTC

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DS 

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CTCTTCCCTGTAATTCGCCGTCTTTTGCTTAAATAAACGAGATCTGTTTTTCCACGACTT
TGAAGGAGTATGTCGACGCCAGCAAGGAAGAGGTTGATGAGGGATTTCAAGAGGTTGCAG
CAAGACCCACCTGCTGGTATCAGCGGTGCTCCCCAGGACAACAATATCATGCTCTGGAAT
GCTGTCATATTCGGGCCTGATGACACCCCGTGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTG
CAGTTCTCTGAGGATTATCCAAATAAACCACCAACAGTTCGCTTTGTGTCACGGATGTTC
CATCCGAATATTTATGCAGATGGGAGTATTTGCTTGGACATTCTACAAAACCAGTGGAGT
CCAATATATGATGTTGCTGCTATACTTACCTCCATCCAGTCATTGCTCTGTGACCCTAAT
CCGAATTCTCCTGCAAATTCGGAAGCCGCTCGGATGTACAGCGAAAACAAGCGTGAGTAC
AACAGAAAAGTGCGTGATGTTGTCGAGCAAAGCTGGACTGCTGACTAAGTATTAGTTACT
TGTAAGCTCTGCTGCAACTCATCACTCAATCTCCACCCATTAAGCAACGGCTTTCTTATC
TTTTCCCATTCATGTCCTTTTGTGTGTTTCAAAACTCTAAAATGATTGGGATGCTGTGAT
GGCTTCTATGAAAGTCTAACATCCTTGTAAAA*CTTTGTACCAAACCTTCTGAATTATTC
ACC
CT

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DS 

RD RR3BY11JQ 736 0 0
AGGTTGATGAGGGATTTCA*GAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCTGGTATCAGCGGTGCC
CCCCAGGACAACAATATCATGCTCTGGAATGCTGTCATATTCGGGCCTGATGACACCCCG
TGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTCTCTGAGGATTATCCAAATAAACCA
CCAACAGTTCGCTTTGTGTCACGGATGTTCCATCCGAATATTTATGCAGATGGGAGTATT
TGCTTGGACATTCTACAAAACCAGTGGAGTCCAATATATGATGTTGCTGCTATACTTACC
TCCATCCAGTCATTGCTCTGTGACCCTAATCCGAATTCTCCTGCAAATTCGGAAGCCGCT
CGGATGTACAGCGAAAACAAGCGTGAGTACAACAGAAAAGTGCGTGATGTTGTCGAGCAA
AGCTGTACTGCTGACTAAGTATTAGTTACTTGTAAGCTCTGCTGCAACTCATCACTCAAT
CTCCACCCATTAAGCAACGGCTTTTTTATCTTTTCCCATTCATGTCCTTTTGTGTGTTTC
AAAACTCTAAAATGATTGGGATGCTGTGATGGCTTCTATGAAAGTCTAACATCCTTGTAA
AAACTTTGTACCAAACCTTCTGAATTATTCACCTTTTTTTTTTCTTGTATATATGTATTA
AGTTTCTTGCTAGGTGCCAAAACAACATTGTACCAAAATGATTAAAAACTTGTAATATAT
TAAAGGATTTGTGGCC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 4

CO CL1767Contig1 979 4 4 U
GGGAGATCCCATTTCCTTTTGTTCGGACTTGTCTCTCGCTCGCAGGAAGGTTAGTCGAGA
TACTGCTTTCGATTCAGACGATGGCTTCCACGGCTCTTCTCCGATCGCTTCGCCGACGCG
ACGTCGTCTCTGCTCCTCTTTCCGTCTACAAATCTCTTGCTGGTAACGCTCAACCTTCTT
TGGGTAGTGGTCAAAACTATGCAAGTTTGTGTAGAGCTTTCGGATCGAAATCTGGTTTGA
ACGACAATTTTGGGACTGGTTTTGGAACTACTAACATAAGCAATGCCTTAAGAGAGGAGA
GAGAGCACTCAAGAGCTACTGTGAATGCTATGGGAGCTCATTTGAGAGCTCTTGGTGTGG
GAACACCGAGACGCGTCTTGTCTACAGTCGCAGAGGGTATCAAGATGACAGAGGAAGATC
AGACTTCTCCTAAACCCCAAAGCTTTCGCCCTTTATCTCCTCACCTCACTGTTTACCAGC
CTCAGAAGAACTCAATGTTATCCATTTTCAATAGAATCTCGGGGATTTACTTGACCGGAG
TCTTTTATGGCGGATACCTTCTCTACCTGAAGATGGGTATGATCTGCCTCACTTACCCAA
GCTTCTACCAGGTTCATTACCTTGTACAGCAGCAACTCCCTGTCATCACCTCGGTTACTG
CTTTAGCCGCGCTTTACCATACTATCAAGAGTATTCACTCGCTCTTGACCCATTGAAAAC
AACCTCCTCCTCCCAAAGCTCTTTCGTTGTTTGGTTAAAAGCCGCCAAAGTCTCCAGTAA
GAGTTTCCTTGAGATGCACAAGATTTAATAAAAGAGAGTAGAAACGTTTTGTCAAACTCT
CATCGTCTTTTTGACAAAGCAAGTGTCTTAGCTTTTGTTTTGGGATTTCAGGCTTCGAAA
GCTTTATGTTTGTTTGCTTTTTCTTTGTTATAAGACCTAATTGAAGGGGTTGGAATGTAA
TAAAATGTTTACCAGTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP68TF U 5
AF RR3DC01TF U 1
AF RR3CU13TF U 4
AF RR3HA68JQ C 397
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BS 449 649 RR3DC01TF
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CAAAACTATGCAAGTTTGTGTAGAGCTTTCGGATCGAAATCTGGTTTGAACGACAATTTT
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CGCGTCTTGTCTACAGTCGCAGAGGGTATCAAGATGACAGAGGAAGATCAGACTTCTCCT
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QA 8 468 8 468
DS 

RD RR3DC01TF 652 0 0
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TACTGCTTTCGATTCAGACGATGGCTTCCACGGCTCTTCTCCGATCGCTTCGCCGACGCG
ACGTCGTCTCTGCTCCTCTTTCCGTCTACAAATCTCTTGCTGGTAACGCTCAACCTTCTT
TGGGTAGTGGTCAAAACTATGCAAGTTTGTGTAGAGCTTTCGGATCGAAATCTGGTTTGA
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TCTTTTATGGCGGATACCTTCTCTACCTGAAGATGGGTATGATCTGCCTCACTTACCCAA
GCTTCTACCAGGTTCATTACCTTGTACAGCAGCAACTCCCTGTCATCAC
CTC

QA 1 649 1 649
DS 

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GGATCCCA
TTTCCTTTTGTTCGGACTTGTCTCTCGCTCGCAGGAAGGTTAGTCGAGATACTGCTTTCG
ATTCAGACGATGGCTTCCACGGCTCTTCTCCGATCGCTTCGCCGACGCGACGTCGTCTCT
GCTCCTCTTTCCGTCTACAAATCTCTTGCTGGTAACGCTCAACCTTCTTTGGGTAGTGGT
CAAAACTATGCAAGTTTGTGTAGAGCTTTCGGATCGAAATCTGGTTTGAACGACAATTTT
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AGAGCTACTGTGAATGCTATGGGAGCTCATTTGAGAGCTCTTGGTGTGGGAACACCGAGA
CGCGTCTTGTCTACAGTCGCAGAGGGTATCAAGATGACAGAGGAAGATCAGACTTCTCCT
AAACCCCAAAGCTTTCGCCCTTTATCTCCTCACCTCACTGTTTACCAGCCTCAGAAGAAC
TCAATGTTATCCATTTTCAATAGAATCTCGGGGATTTACTTGACCGGAGTCTTTTATGGC
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GTTCATTACCTTGTACAGCAGCAACTCCCTGTCATCAC

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DS 

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TCTCGGGGATTTACTTGACCGGAGTCTTTTATGGCGGATACCTTCTCTACCTGAAGATGG
GTATGATCTGCCTCACTTACCCAAGCTTCTACCAGGTTCATTACCTTGTACAGCAGCAAC
TCCCTGTCATCACCTCGGTTACTGCTTTAGCCGCGCTTTACCATACTATCAAGAGTATTC
ACTCGCTCTTGACCCATTGAAAACAACCTCCTCCTCCCAAAGCTCTTTCGTTGTTTGGTT
AAAAGCCGCCAAAGTCTCCAGTAAGAGTTTCCTTGAGATGCACAAGATTTAATAAAAGAG
AGTAGAAACGTTTTGTCAAACTCTCATCGTCTTTTTGACAAAGCAAGTGTCTTAGCTTTT
GTTTTGGGATTTCAGGCTTCGAAAGCTTTATGTTTGTTTGCTTTTTCTTTGTTATAAGAC
CTAATTGAAGGGGTTGGAATGTAATAAAATGTTTACCAGTTCT

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 5

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AAAAAAAAACAGAGTGAGAGGAACCTCAAACAAAGAAAGACGGAGGAGGAGAAAGAAGAG
TTACCGCCGCCATCCATGGCGGGTCTTCAGAGATCCAACATCTCCTTCCGACGACAGGGC
TCTTCTGGTATAGTCTGGGACGACCGTCTCATCGCGGAGCTTAACAAACAGGCCAACGAG
CACAAAGGCGAAACTGAAGAACAGGAAGGTCAGGAGGACCAAACAGCTGGAGGCGTAATC
AAGCCGATAAGAACGGAAGGTGGAATCGAGAGGAGTCGTTCCAACGGAGGAGGAGGAGCA
AACCGCCACCATAGAAACACGGGAAGAGTGTCTCCGGCGGTGGATCCCCCGTCGCCGAGA
TTGTCGGCGTTTGGATGTTGCTCTGCTTTCGGGAAGAAACCGGTTAAACAGAGGAAAAGG
CCACCGAAACGGAGATCCAGGTAGGGAGTTACCAGAGGATGAAAAGGGAGCAACGTCAAA
GAAGACAGACACACAAAGAAAAAGAGCATTAATACATATACATAACATACTTAGCAATGT
TAATGAATACTCATGTCTTTTTTATTTTCTATTTGTGCTTCTTCTGCTGCTTCTTTCTTA
ATTTAAACTTGTCTGGACTTAGACGATGTTTGTATTTGCTTGGTTTCAGTTTGTTTCCGT
TCATCTTACTTCCCTACCTTGATGCCTATTTTGGTTCTTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AZ38TF U 30
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G

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DS 

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GGACT

QA 1 545 1 545
DS 

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AACCGCCACCATAGAAACACGGGAAGAGTGTCTCCGGCGGTGGATCCCCCGTCGCCGAGA
TTGTCGGCTTTTGGATGTTGCTCTGCTTTCGGGAAGAAACCGGTTAAACAGAGGAAAAGG
CCACCGAAACGGAGATCCAGGTAGGGAGTTACCAGAGGATGAAAAGGGAGCAACGTCAAA
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ATTTAAACTTGTCTGGACTTAGACGATGTTTGTATCTGCTTGGTTTCAGTTTGTTTCCGT
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AGACACACAAAGAAAAAGAGCATTAATACATATACATAACATACTTAGCAATGTTAATGA
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AATACATATACATAACATACTTAGCAATGTTAATGAATACTCATGTTTTTTTTATTTTCT
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DS 



AS 1 5

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3D932JQ U 1
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AF RR3BJ30TF C 197
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RD RR3D932JQ 727 0 0
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CATCTGTAGTCCTTACGATCTTTCGACGAACCAAAATGCAAGAAGAGTAAAAAAATACCA
TTACCATTTGTCCCCTACATATCTAATCAAATACTTAAAATGAAACTATTTTGTAGCTCC
GCCGAAACCAAAGTGTGCCTTAAAAATGAAATTAAATTTTCATATAAAAAACCGACGCAC
TTATTTTAACTTTTTAATTGGCCTTTTCCTTTTTCCCCCAGATTTATCCTTAAGATTTCT
ACAAGAACAGTTCAGATTGGAGCAACGCGTAATAATTAGCAGCTTCATCTTCAAGCTCCC
AAAACGCATCACCAAACCCATCTAACAAATTATCTCCATAAACATAATCTTGACTAATTT
CATTCTTAATCATCTCATAATGACTCTCGCCAAATTCGTTGTTAGGGAGCTCAAGTTCGT
CGTCAGAAGCTTCCAAAAGATGCTGCATCACTGTCTCCTTGGTCTCTTCAACAACATCGT
CTTCCTTCGAGGAAACACACGAAGTCGACGAATCTTCCACGTTAGAGACTCTAGAAAGGA
CACCGTTTTGGTCATCTGATGAGATATCTTGCTGGAGAGAGTTTAAAAATGAAGTTAGGT
CATTGTTAGGTTGGTTAAGTTCGTCTGAATCGTTGAGGAGACTGAGGATCTTGTCGCTGT
GTGAGGA

QA 1 727 1 727
DS 

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TTACGATCTTTCGACGAACCAAAATGCAAGAAGAGTAAAAAA*TACCATTACCATTTGTC
CCCTACATATCTAATCAAATACTTAAAATGAAACTATTTTGTAGCTCCGCCGAAACCAAA
GTGTGCCTTAAAAATGAAATTAAATTTTCATATAAAAAACCGACGCACTTATTTTAACTT
TTTAATTGGCCTTTTCCTTTTCCCCCAAGATTTATCCTTAAGATTTCTACAAGAACAGTT
CAGATTGGAGCAACGCGTAATAATTAGCAGCTTCATCTTCAAGCTCCCAAAACGCATCAC
CAAACCCATCTAACAAATTATCTCCACAAACATAATCTTGACTAATTTCATTCTTAATCA
TCTCATAATTACTCTCGCCAAATTCGTTGCTAGGGAGCCCAAGTTCGTCGTCAGAAGCTT
CCAAAAGATGCTGCATCACTGTCTCCTTGGCCTCTTCATCAACATCGTCTTCCTTCGAGG
AAACACACGAAGTCGACGAATCTTCCACGTTAGAGACTCTAGAAAGGACACCGTTTTGGT
CATCTGATGAGATATCTTGCTGGAGAGAGTTTAAAAATGAAGTTAGGTCATTGTTAGGTT
GGTTAAGTTCGTCTGAATCGTTGAGGAGACTGAGGATCTGGTCGTTGTGTGAGGAAAAGG
ATGATGTAGAGGGCTTTTGTCTTTTATTGGTTTCTTCTTCAG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3D932TF 729 0 0
ACTTAAAATGAAACTATTT*GTAGCTCCGC*GAAACCAAAGTGTGC*TTAAAAATGAAAT
TAAATTTTCATATAAAAAACCGACGCACTTATTTTAACTTTTTAATTGGCCTTTTCCTTT
TTCCCCCAGATTTATCCTTAAGATTTCTACAAGAACAGTTCAGATTGGAGCAACGCGTAA
TAATTAGCAGCTTCATCTTCAAGCTCCCAAAACGCATCACCAAACCCATCTAACAAATTA
TCTCCATAAACATAATCTTGACTAATTTCATTCTTAATCATCTCATAATGACTCTCGCCA
AATTCGTTGTTAGGGAGCTCAAGTTCGTCGTCAGAAGCTTCCAAAAGATGCTGCATCACT
GTCTCCTTGGTCTCTTCAACAACATCGTCTTCCTTCGAGGAAACACACGAAGTCGACGAA
TCTTCCACGTTAGAGACTCTAGAAAGGACACCGTTTTGGTCATCTGATGAGATATCTTGC
TGGAGAGAGTTTAAAAATGAAGTTAGGTCATTGTTAGGTTGGTTAAGTTCGTCTGAATCG
TTGAGGAGACTGAGGATCTTGTCGCTGTGTGAGGAAAAGGATGATGTAGAGGGCTTTTGT
CTTTTATTGGTTTCTTCTTCAGCTAGGCATTCTTCTTCTCGGTGGCGCTTTAATGGAGTT
GTTTCAGCCATTGTATTCAAGAAAAAGAGGGGGAGAAAGAAGCTGTTATAAAATAGTGAG
GTGTGGTCC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3BJ30JQ 685 0 0
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ATTGGCCTTTTCCTTTTTCCCCCAGATTTATCCTTAAGATTTCTACAAGAACAGTTCAGA
TTGGAGCAACGCGTAATAATTAGCAGCTTCATCTTCAAGCTCCCAAAACGCATCACCAAA
CCCATCTAACAAATTATCTCCATAAACATAATCTTGACTAATTTCATTCTTAATCATCTC
ATAATGACTCTCGCCAAATTCGTTGTTAGGGAGCCCAAGTTCGTCGTCAGAAGCTTCCAA
AAGATGCTGCATCACTGTCTCCTTGGTCTCTTCATCAACATCGTCTTCCTTCGAGGAAAC
ACACGAAGTCGACGAATCTTCCACGTTAGAGACTCTAGAAAGGACACCGTTTTGGTCATC
TGATGAGATATCTTGCTGGAGAGAGTTTAAAAATGAAGTTAGGTCATTGTTAGGTTGGTT
AAGTTCGTCTGAATCGTTGAGGAGACTGAGGATCTTGTCGTTGTGTGAGGAAAAGGATGA
TGTAGAGGGCTTTTGTCTTTTATTGGTTTCTTCTTCAGCTAGGCATTCTTCTTCTCGGTG
GCGCTTTAATGGAGTTGTTTCAGCCATTGTATTCAAGAAAAAGAGGGGGAGAAAGAAGCT
GTTATAAAATAGTGAGGTGTGGTCC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3BJ30TF 685 0 0
GCCTTAAAAATGAAATTAAATTTTCATATAAAAAACCGACGCACTTATTTTAACTTTTTA
ATTGGCCTTTTCCTTTTTCCCCCAGATTTATCCTTAAGATTTCTACAAGAACAGTTCAGA
TTGGAGCAACGCGTAATAATTAGCAGCTTCATCTTCAAGCTCCCAAAACGCATCACCAAA
CCCATCTAACAAATTATCTCCATAAACATAATCTTGACTAATTTCATTCTTAATCATCTC
ATAATGACTCTCGCCAAATTCGTTGTTAGGGAGCCCAAGTTCGTCGTCAGAAGCTTCCAA
AAGATGCTGCATCACTGTCTCCTTGGTCTCTTCATCAACATCGTCTTCCTTCGAGGAAAC
ACACGAAGTCGACGAATCTTCCACGTTAGAGACTCTAGAAAGGACACCGTTTTGGTCATC
TGATGAGATATCTTGCTGGAGAGAGTTTAAAAATGAAGTTAGGTCATTGTTAGGTTGGTT
AAGTTCGTCTGAATCGTTGAGGAGACTGAGGATCTTGTCGTTGTGTGAGGAAAAGGATGA
TGTAGAGGGCTTTTGTCTTTTATTGGTTTCTTCTTCAGCTAGGCATTCTTCTTCTCGGTG
GCGCTTTAATGGAGTTGTTTCAGCCATTGTATTCAAGAAAAAGAGGGGGAGAAAGAAGCT
GTTATAAAATAGTGAGGTGTGGTCC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 5

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TACTCTCAAGAGTGCTATTATCTTCTACAAAATTGCGATGCATTCGTTGATGCTGTCATC
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TGATTAGTTACTACTTATAAATATTTAATATGTTTATGTATGTTTCAATAAAATTAGTAG
TATTCAAAATATTTGTAAGTTTTATTTGGCAACGAATGCTTCAATGATATTTTATACTAG
TTATTAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 
30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF01TF U 1
AF RR3BE80TF U 13
AF RR3FO16JQ C 13
AF RR3BE80JQ C 83
AF RR3FO16TF U 13
BS 1 599 RR3GF01TF
BS 600 602 RR3BE80TF
BS 603 609 RR3FO16JQ

RD RR3GF01TF 599 0 0
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DS 

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DS 

RD RR3FO16JQ 597 0 0
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TACTGAGACAACGGATTCTATCACTGAGAAAGCTAAAGGATCTGTATCTGGAGTTTTGGG
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QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3BE80JQ 520 0 0
TTT
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TTGGCAACGAATGCTTCAATGATATTTTATACTAGTT

QA 4 520 4 520
DS 

RD RR3FO16TF 597 0 0
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AGCGTCAAGGCCCTTACAAGGAAAAGAAGAGGCAGAGCAATGCCAAAAGGTGAAAGAAGC
AGCAGAGGCGGTGAAAGAAGGAGCACAGGCGGTGAAAGAAACCACCGAGTATATCCACGA
TGTCGCTTCTACTACGGCTAACCGTGTGACTAAGATGACAAATGATGTGACCGAGAAAGT
TACTGAGACAACGGATTCTATCACTGAGAAAGCTAAAGGATCTGTATCTGGAGTTTTGGG
CACAGCCAAAAACGCCACTGATATCATCAAAAAAAAAATTCTTGGTGGTGATTAGTTACT
ACTTATAAATATTTAATATGTTTATGTATGTTTCAATAAAATTAGTATTATTCAAAATAT
TTGTAAGTTTTATTTGGCAACGAATGCTTCAATGATATTTTATACTAGTT
ATTAGTT

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 5

CO CL1771Contig1 695 5 4 U
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CAAATGGCTGCAGCTTTGGCTTCCAGATTATCTCGTGGACGCTCATTGCTTGGAGGTCTT
AAAAATGATTTCTCCGGATCAATGATTACTTCCACTGGAATGATGAATGAGAGTATCCTC
TCTCAGCAGCAGCAACAGCGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTCTGAAAGTGGTG
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AGGCTTGGGGACACGATAGTCGCTTCGGTGAAAGAAGCGATGCCAAACGGTAAAGTGAAG
AAAGGAGCGGTTGTGTATGGTGTGGTTGTGCGAGCTGCGATGCAGAGAGGTCGTGTTGAT
GGGAGCGAAGTTAGGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTCGTTGATAATAAAGACAAGAAG
ACTAAAACCGATCGCCAGCCGATTGGTACTCGAGTGTTTGGTCCTGTTCCTCACGAGCTC
CGTAAGAAGAAGCATCTCAAGATTCTCGCTTTGGCTCAACACATTGCTTGAGACAACCAA
CCAACATCAAGCGCTAGAACCAGCTACTACTTTTGTGTTCTTTTGTAAACTCTCATCAAT
AATCTTTTTTTTTTGGTTGAGTCTTCGTTAAGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AR74TF U 1
AF RR3DQ77JQ C 314
AF RR3DK12TF U 6
AF RR3DQ77TF U 6
AF RR3DK12JQ C 67
BS 1 472 RR3AR74TF
BS 473 603 RR3DK12TF
BS 604 632 RR3DQ77TF
BS 633 695 RR3DK12JQ

RD RR3AR74TF 472 0 0
GGGAGTCACTACTGATCTGATTCTTCCTCCTCCGACAAATCTGTTTCTCCTTCAATAAAT
CAAATGGCTGCAGCTTTGGCTTCCAGATTATCTCGTGGACGCTCATTGCTTGGAGGTCTT
AAAAATGATTTCTCCGGATCAATGATTACTTCCACTGGAATGATGAATGAGAGTATCCTC
TCTCAGCAGCAGCAACAGCGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTCTGAAAGTGGTG
GACAACTCAGGAGCCAAGAAAGTGATGTGTATTCAAGCGCTAAAGGGTAAAAAGGGAGCT
AGGCTTGGGGACACGATAGTCGCTTCGGTGAAAGAAGCGATGCCAAACGGTAAAGTGAAG
AAAGGAGCGGTTGTGTATGGTGTGGTTGTGCGAGCTGCGATGCAGAGAGGTCGTGTTGAT
GGGAGCGAAGTTAGGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTCGTTGATAATAAAG

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3DQ77JQ 204 0 0
CGATAGTCGTTTCGGTGAAAGAAGGGATGCCAAACGGTAAAGTGAAGAAAGGAGCGGTTG
TGTATGGTGGGGTTGTGCGAGCTGCGATGCAGAGAGGTCGTGTTGATGGGAGGGAAGTTA
GGTTCGATGATAACGCCGTTGTTTTCGTTGATAATAAAGACAAGAAGACTAAAACCGATC
CCCAGCCGATTGGTACTCGAGTGT

QA 1 204 1 204
DS 

RD RR3DK12TF 598 0 0
GG
ACTACTGATCTGATTCTTCCTCCTCCGACAAATCTGTTTCTCCTTCAATAAATCAAATGG
CTGCAGCTTTGGCTTCCAGATTATCTCGTGGACGCTCATTGCTTGGAGGTCTTAAAAATG
ATTTCTCCGGATCAATGATTACTTCCACTGGAATGATGAATGAGAGTATCCTCTCTCAGC
AGCAGCAACAGCGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTCTGAAAGTGGTGGACAACT
CAGGAGCCAAGAAAGTGATGTGTATTCAAGCGCTAAAGGGTAAAAAGGGAGCTAGGCTTG
GGGACACGATAGTCGCTTCGGTGAAAGAAGCGATGCCAAACGGTAAAGTGAAGAAAGGAG
CGGTTGTGTATGGTGTGGTTGTGCGAGCTGCGATGCAGAGAGGTCGTGTTGATGGGAGCG
AAGTTAGGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTCGTTGATAATAAAGACAAGAAGACTAAAA
CCGATCGCCAGCCGATTGGTACTCGAGTGTTTGGTCCTGTTCCTCACGAGCTCCGTAAGA
AGAAGCATCTCAAGATTCTCGCTTTGGCTCAACACATTGCTTGAGACAACCAACCA

QA 3 598 3 598
DS 

RD RR3DQ77TF 627 0 0
GG
ACTACTGATCTGATTCTTCCTCCTCCGACAAATCTGTTTCTCCTTCAATAAATCAAATGG
CTGCAGCTTTGGCTTCCAGATTATCTCGTGGACGCTCATTGCTTGGAGGTCTTAAAAATG
ATTTCTCCGGATCAATGATTACTTCCACTGGAATGATGAATGAGAGTATCCTCTCTCAGC
AGCAGCAACAGCGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTCTGAAAGTGGTGGACAACT
CAGGAGCCAAGAAAGTGATGTGTATTCAAGCGCTAAAGGGTAAAAAGGGAGCTAGGCTTG
GGGACACGATAGTCGCTTCGGTGAAAGAAGCGATGCCAAACGGTAAAGTGAAGAAAGGAG
CGGTTGTGTATGGTGTGGTTGTGCGAGCTGCGATGCAGAGAGGTCGTGTTGATGGGAGCG
AAGTTAGGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTCGTTGATAATAAAGACAAGAAGACTAAAA
CCGATCGCCAGCCGATTGGTACTCGAGTGTTTGGTCCTGTTCCTCACGAGCTCCGTAAGA
AGAAGCATCTCAAGATTCTCGTTTTGGCTCAACACATTGCTTGAGACAACCAACCAACAT
CAAGCGCTAGAACCAGCTACTACTT

QA 3 627 3 627
DS 

RD RR3DK12JQ 629 0 0
GCTGCAGCTTTGGCTTCCAGATTATCTCGTGGACGCTCATTGCTTGGAGGTCTTAAAAAT
GATTTCTCCGGATCAATGATTACTTCCACTGGAATGATGAATGAGAGTATCCTCTCTCAG
CAGCAGCAACAGCGAAGGACATTCATTCAAATGGGAACGGTTCTGAAAGTGGTGGACAAC
TCAGGAGCCAAGAAAGTGATGTGTATTCAAGCGCTAAAGGGTAAAAAGGGAGCTAGGCTT
GGGGACACGATAGTCGCTTCGGTGAAAGAAGCGATGCCAAACGGTAAAGTGAAGAAAGGA
GCGGTTGTGTATGGTGTGGTTGTGCGAGCTGCGATGCAGAGAGGTCGTGTTGATGGGAGC
GAAGTTAGGTTCGATGATAACGCCGTTGTTCTCGTTGATAATAAAGACAAGAAGACTAAA
ACCGATCGCCAGCCGATTGGTACTCGAGTGTTTGGTCCTGTTCCTCACGAGCTCCGTAAG
AAGAAGCATCTCAAGATTCTCGCTTTGGCTCAACACATTGCTTGAGACAACCAACCAACA
TCAAGCGCTAGAACCAGCTACTACTTTTGTGTTCTTTTGTAAACTCTCATCAATAATCTT
TTTTTTTTGGTTGAGTCTTCGTTAAGCTT

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 5

CO CL1772Contig1 694 5 6 U
GGACATTCAAATCACTAACAATGGCTCGTCAAGACTTTCTCTTCCTCTCCGTCCTCATTG
CCACCATCTCCATCGTTGCATCCGCGGCGGAAAACTGCCAATACTCAATATATGTCCAAA
CTGGAACAAGAGAGGACTCCGGCACAAATTCGCTCATAGGGGTTGAATTCGCCGACAAAG
ACAAAAATTACATCGAAACTACAGACCTAGTGAGTTGGGGTGGGACTACGCCAAGTAAAG
ACTATTTCGAGAATGGTAATCTGGATGTTTTCATTGGGACAGAGCTGTGTCTTCCCAACC
CAGTATGTTTTATGAGACTATTCTCTGATGGCTCCGGCTATAAGCCCGGCTGGTATGTTG
AGTATGTGAAAATAACGACGACCCAGGCTGGAACTCCGAGCAAGACTCATCAGTTCACTG
TGGAGCAATGGCTTGCCCTCAGTGCGGAACCGTATCAGCTATATGCCGAACGAGACGACT
GCCCTCATGTGATCAAAAAGGGTGCCTATGCCTATTCAATTGCGTGAATGAATGAAACCA
TGAGGGTGTTTGAAGACTTGTTCCATATCTTTTTATGAATGTTTAATGGTGATATGTATT
TCAAATAAAATTGTAGTCTTGTGTGCTTTTGACATATGTAAGTTAAATAAAGCATGCATG
GCAATAATATCTAATGGAATAAAATTTAAACTTT


BQ
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN23TF U 1
AF RR3AX40JQ C 1
AF RR3GC44JQ C 2
AF RR3GC44TF U 2
AF RR3AX40TF U 1
BS 1 1 RR3AX40JQ
BS 2 379 RR3EN23TF
BS 380 380 RR3GC44TF
BS 381 568 RR3EN23TF
BS 569 687 RR3GC44TF
BS 688 694 RR3AX40JQ

RD RR3EN23TF 568 0 0
G
GACATTCAAATCACTAACAATGGCTCGTCAAGACTTTCTCTTCCTCTCCGTCCTCATTGC
CACCATCTCCATCGTTGCATCCGCGGCGGAAAACTGCCAATACTCAATATATGTCCAAAC
TGGAACAAGAGAGGACTCCGGCACAAATTCGCTCATAGGGGTTGAATTCGCCGACAAAGA
CAAAAATTACATCGAAACTACAGACCTAGTGAGTTGGGGTGGGACTACGCCAAGTAAAGA
CTATTTCGAGAATGGTAATCTGGATGTTTTCATTGGGACAGAGCTGTGTCTTCCCAACCC
AGTATGTTTTATGAGACTATTCTCTGATGGCTCCGGCTATAAGCCCGGCTGGTATGTTGA
GTATGTGAAAATAACGACTACCCAGGCTGGAACTCCGAGCAAGACTCATCAGTTCACTGT
GGAGCAATGGCTTGCCCTCAGTGCGGAACCGTATCAGCTATATGCCGAACGAGACGACTG
CCCTCATGTGATCAAAAAGGGTGCCTATGCCTATTCAATTGCGTGAATGAATGAAACCAT
GAGGGTGTTTGAAGACTTGTTCCATAT

QA 2 568 2 568
DS 

RD RR3AX40JQ 694 0 0
GGACATTCAAATCACTAACAATGGCTCGTCAAGACTTTCTCTTCCTCTCCGTCCTCATTG
CCACCATCTCCATCGTTGCATCCGCGGCGGAAAACTGCCAATACTCAATATATGTCCAAA
CTGGAACAAGAGAGGACTCCGGCACAAATTCGCTCATAGGGGTTGAATTCGCCGACAAAG
ACAAAAATTACATCGAAACTACAGACCTAGTGAGTTGGGGTGGGACTACGCCAAGTAAAG
ACTATTTCGAGAATGGTAATCTGGATGTTTTCATTGGGACAGAGCTGTGTCTTCCCAACC
CAGTATGTTTTATGAGACTATTCTCTGATGGCTCCGGCTATAAGCCCGGCTGGTGTGTTG
AGTATGTGAAAATAACGACGACCCAGGCTGGAACTCCGAGCAAGACTCATCAGTTCACTG
TGGAGCAATGGCTTGCCCTCAGTGCGGAACCGTATCAGCTATATGCCGAACGAGACGACT
GCCCTCATGTGATCAAAAAGGGTGCCTATGCCTATTCAATTGCGTGTATGAATGAAACCA
TGAGGGTGTTTGAAGACTTGTTCCATATCTTTTTATGAATGTTTAATGGTGATATGTATT
TCAAATAAAATTGTAGTCTTGTGTGCTTTTGACATATGTAAGTTAAATAAAGCATGCATG
GCAATAATATCTAATGGAATAAAATTTAAACTTT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3GC44JQ 686 0 0
GACATTCAAATCACTAACAATGGCTCGTCAAGACTTTCTCTTCCTCTCCGTCCTCATTGC
CACCATCTCCATCGTTGCATCCGCGGCGGAAAACTGCCAATACTCAATATATGTCCAAAC
TGGAACAAGAGAGGACTCCGGCACAAATTCGCTCATAGGGGTTGAATTCGCCGACAAAGA
CAAAAATTACATCGAAACTACAGACCTAGTGAGTTGGGGTGGGACTACGCCAAGTAAAGA
CTATTCCTAGGATGGTAATCTGGATGTTTTCATTGGGACAGAGCTGTGTCTTCCCAACCC
AGTATGTTTTATGAGACTATTCTCTGATGGCTCCGGCTATAAGCCCGGCTGGTATGTTGA
GTATGTGAAAATAACGACGACCCAGGCTGGAACTCCGAGCAAGACTCATCAGTTCACTGT
GGAGCAATGGCTTGCCCTCAGTGCGGAACCGTATCAGCTATATGCCGAACGAGACGACTG
CCCTCATGTGATCAAAAAGGGTGCCTATGCCTATTCAATTGCGTGAATGAATGAAACCAT
GAGGGTGTTTGAAGGCTTGTTCCATATCTTTTTATGAATGTTTAATGGTGATATGTATTT
CAAATAAAATTGTAGTCTTGTGTGCTTTTGACATATGTAAGTTAAATAAAGCATGCATGG
CAATAATATCTAATGGAATAAAATTT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3GC44TF 686 0 0
GACATTCAAATCACTAACAATGGCTCGTCAAGACTTTCTCTTCCTCTCCGTCCTCATTGC
CACCATCTCCATCGTTGCATCCGCGGCGGAAAACTGCCAATACTCAATATATGTCCAAAC
TGGAACAAGAGAGGACTCCGGCACAAATTCGCTCATAGGGGTTGAATTCGCCGACAAAGA
CAAAAATTACATCGAAACTACAGACCTAGTGAGTTGGGGTGGGACTACGCCAAGTAAAGA
CTATTCCTAGGATGGTAATCTGGATGTTTTCATTGGGACAGAGCTGTGTCTTCCCAACCC
AGTATGTTTTATGAGACTATTCTCTGATGGCTCCGGCTATAAGCCCGGCTGGTATGTTGA
GTATGTGAAAATAACGACGACCCAGGCTGGAACTCCGAGCAAGACTCATCAGTTCACTGT
GGAGCAATGGCTTGCCCTCAGTGCGGAACCGTATCAGCTATATGCCGAACGAGACGACTG
CCCTCATGTGATCAAAAAGGGTGCCTATGCCTATTCAATTGCGTGAATGAATGAAACCAT
GAGGGTGTTTGAAGGCTTGTTCCATATCTTTTTATGAATGTTTAATGGTGATATGTATTT
CAAATAAAATTGTAGTCTTGTGTGCTTTTGACATATGTAAGTTAAATAAAGCATGCATGG
CAATAATATCTAATGGAATAAAATTT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3AX40TF 694 0 0
G
GACATTCAAATCACTAACAATGGCTCGTCAAGACTTTCTCTTCCTCTCCGTCCTCATTGC
CACCATCTCCATCGTTGCATCCGCGGCGGAAAACTGCCAATACTCAATATATGTCCAAAC
TGGAACAAGAGAGGACTCCGGCACAAATTCGCTCATAGGGGTTGAATTCGCCGACAAAGA
CAAAAATTACATCGAAACTACAGACCTAGTGAGTTGGGGTGGGACTACGCCAAGTAAAGA
CTATTTCGAGAATGGTAATCTGGATGTTTTCATTGGGACAGAGCTGTGTCTTCCCAACCC
AGTATGTTTTATGAGACTATTCTCTGATGGCTCCGGCTATAAGCCCGGCTGGTGTGTTGA
GTATGTGAAAATAACGACGACCCAGGCTGGAACTCCGAGCAAGACTCATCAGTTCACTGT
GGAGCAATGGCTTGCCCTCAGTGCGGAACCGTATCAGCTATATGCCGAACGAGACGACTG
CCCTCATGTGATCAAAAAGGGTGCCTATGCCTATTCAATTGCGTGTATGAATGAAACCAT
GAGGGTGTTTGAAGACTTGTTCCATATCTTTTTATGAATGTTTAATGGTGATATGTATTT
CAAATAAAATTGTAGTCTTGTGTGCTTTTGACATATGTAAGTTAAATAAAGCATGCATGG
CAATAATATCTAATGGAATAAAATTT
AAACTTT

QA 2 687 2 687
DS 



AS 2 5

CO CL1773Contig1 544 3 3 U
GAGTGTAGATTAACGGCTAGCTCTGATCTTGCTCCGGTAAAAGGATCTGTGAAGACGTAC
CTTGGACGGCCGTGGAAGTTGTACTCGAGGACAGTGATCATGCAGTCATTCATCGACAGC
CACATTGACCCGGCCGGTTGGTTCCCATGGGACGGTGATTTTGCGCTCTCCACATTGTAC
TACGGAGAGTATGCCAATAGTGGGCCTGGAGCTGATACGAGCAAGAGAGTGACATGGAAG
GGATATAGAGTTATTAAAGACTCAAAAGAGGCCGATCAGTTTACTGTCGCAAAGCTTATC
CAAGGAGGATTATGGCTGAAGCCCACTGGAGTTACTTTCCAAGAGGGGCTTTGAGTTGAT
GTCTTATTCTCATAATTTATGTTGTATTACGCGTTATTCTCTGTTTTCCTTTGATTTCTT
TCTCTGTTATCTCTGGACGTAAACCAGCGACATGTTATGTTTCATGAAGTTATGATTAAT
AATAAAAAAAAATCTTGTGATCTGGTATGTCATGATCACGAGATTTCTGCAGTATTAAGC
TTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3D411JQ C 1
AF RR3D411TF U 1
AF RR3E789TF U 351
BS 1 3 RR3D411JQ
BS 4 530 RR3D411TF
BS 531 544 RR3E789TF

RD RR3D411JQ 530 0 0
GAGTGTAGATTAACGGCTAGCTCTGATCTTGCTCCGGTAAAAGGATCTGTGAAGACGTAC
CTTGGACGGCCGTGGAAGTTGTACTCGAGGACAGTGATCATGCAGTCATTCATCGACAGC
CACATTGACCCGGCCGGTTGGTTCCCATGGGACGGTGATTTTGCGCTCTCCACATTGTAC
TACGGAGAGTATGCCAATAGTGGGCCTGGAGCTGATACGAGCAAGAGAGTGACATGGAAG
GGATATAGAGTTATTAAAGACTCAAAAGAGGCCGATCAGTTTACTGTCGCAAAGCTTATC
CAAGGAGGATTATGGCTGAAGCCCACTGGAGTTACTTTCCAAGAGGGGCTTTGAGTTGAT
GTCTTATTCTCATAATTTATGTTGTATTACGCGTTATTCTCTGTTTTCCTTTGATTTCTT
TTTCTGTTATCTCTGGACGTAAACCAGCGACATGTTATGTTTCATGAAGTTATGATTAAT
AATAAAAAAAAATCTTGTGATCTGGTATGTCATGATCACGAGATTTCTGC

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR3D411TF 530 0 0
GAG
TGTAGATTAACGGCTAGCTCTGATCTTGCTCCGGTAAAAGGATCTGTGAAGACGTACCTT
GGACGGCCGTGGAAGTTGTACTCGAGGACAGTGATCATGCAGTCATTCATCGACAGCCAC
ATTGACCCGGCCGGTTGGTTCCCATGGGACGGTGATTTTGCGCTCTCCACATTGTACTAC
GGAGAGTATGCCAATAGTGGGCCTGGAGCTGATACGAGCAAGAGAGTGACATGGAAGGGA
TATAGAGTTATTAAAGACTCAAAAGAGGCCGATCAGTTTACTGTCGCAAAGCTTATCCAA
GGAGGATTATGGCTGAAGCCCACTGGAGTTACTTTCCAAGAGGGGCTTTGAGTTGATGTC
TTATTCTCATAATTTATGTTGTATTACGCGTTATTCTCTGTTTTCCTTTGATTTCTTTCT
CTGTTATCTCTGGACGTAAACCAGCGACATGTTATGTTTCATGAAGTTATGATTAATAAT
AAAAAAAAATCTTGTGATCTGGTATGTCATGATCACGAGATTTCTGC

QA 4 530 4 530
DS 

RD RR3E789TF 194 0 0
AGGG
GTTGATGTCTTATTCTCATAATTTATGTTGTATTACGCGTTATTCTCTGTTTTCCTTTGA
TTTCTTTCTCTGTTATCTCTGGACGTAAACCAGCGACATGTTATGTTTCATGAAGTTATG
ATTAATAATAAAAAAAAATCTTGTGATCTGGTATGTCATGATCACGAGATTTCTGCAGTA
TTAAGCTTCC

QA 5 194 5 194
DS 



CO CL1773Contig2 981 2 2 U
AAGAAGAAGAACTTAATGCTTGTTGGCGATGGCAAAGACGTAACGATCATAACCGGTAGT
TTAAATGTCGTTGACGGATCCACCACCCTCAGATCTGCAACAGTAGCTGCCAATGGTGAT
GGGTTTATGGCACAAGACATATGGTTCCAGAACACGGCCGGACCATCAAAGCATCAGGCT
GTGGCTCTCCGCGTGAGTGCTGACCAATCGGTCATAAACCGTTGCCGCATAGACGCGTAT
CAAGACACGCTCTACACTCACACCCTACGACAATTCTACCGCGACAGCTTCATAACGGGT
ACCGTAGACTTTATATTCGGAAACTCAGCGGTTGTATTTCAAAACTGCGACATCGTAGCG
CGGAAGCCCGGTGCTGGGCAGAAGAACATGCTGACGGCTCAGGGACGGGAGGATCCTAAC
CAGAACACAGCCATCTCGTTCCAAAAATGTAAATTAACTGCTAGCTCTGATCTTGCTCCG
GTGAAAGGATCTGTGAAGACGTACCTTGGACGGCCGTGGAAGTTGTACTCGAGGACAGTG
ATCATGCAGTCTTTCATCGACAGCCACATTGATCCGGCCGGTTGGTTCCCATGGGACGGT
GATTTTGCGCTCTCCACATTGTACTACGGTGAGTATGCGAATAATGGGCCTGGAGCTGAT
ACGAGCAAGAGAGTGACATGGAAGGGATATAGAGTTATTAAAGACTCAAAAGAGGCTGAT
AAGTTTACTGTCGCAAAGCTTATCCAAGGAGGATTATGGCTGAAGCCCACTGGAGTTACT
TTCCAAGAGGGGCTTTGAGTTGATGTCTTATTCTCGTAATTTATGTTGTATTACGTGTTA
TGCTCTGTTTTCGTTTGATGTCTTCCTCTGTTATCTCTGGACGTAAACCAGCGACATGTT
ATGTTTCATGAGTTATGATTAATAATAAAAGAAAATCTTGTGATCTGGTCTGGTATGTCA
TGATCACGAGATTTCTGCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G295TF U 1
AF RR3G295JQ C 336
BS 1 661 RR3G295TF
BS 662 981 RR3G295JQ

RD RR3G295TF 661 0 0
AAGAAGAAGAACTTAATGCTTGTTGGCGATGGCAAAGACGTAACGATCATAACCGGTAGT
TTAAATGTCGTTGACGGATCCACCACCCTCAGATCTGCAACAGTAGCTGCCAATGGTGAT
GGGTTTATGGCACAAGACATATGGTTCCAGAACACGGCCGGACCATCAAAGCATCAGGCT
GTGGCTCTCCGCGTGAGTGCTGACCAATCGGTCATAAACCGTTGCCGCATAGACGCGTAT
CAAGACACGCTCTACACTCACACCCTACGACAATTCTACCGCGACAGCTTCATAACGGGT
ACCGTAGACTTTATATTCGGAAACTCAGCGGTTGTATTTCAAAACTGCGACATCGTAGCG
CGGAAGCCCGGTGCTGGGCAGAAGAACATGCTGACGGCTCAGGGACGGGAGGATCCTAAC
CAGAACACAGCCATCTCGTTCCAAAAATGTAAATTAACTGCTAGCTCTGATCTTGCTCCG
GTGAAAGGATCTGTGAAGACGTACCTTGGACGGCCGTGGAAGTTGTACTCGAGGACAGTG
ATCATGCAGTCTTTCATCGACAGCCACATTGATCCGGCCGGTTGGTTCCCATGGGACGGT
GATTTTGCGCTCTCCACATTGTACTACGGTGAGTATGCGAATAATGGGCCTGGAGCTGAT
A

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3G295JQ 646 0 0
ATTTCAAAACTGCGACATCGTAGCGCGGAAGCCCGGTGCTGGGCAGAAGAACATGCTGAC
GGCTCAGGGACGGGAGGATCCTAACCAGAACACAGCCATCTCGTTCCAAAAATGTAAATT
AACTGCTAGCTCTGATCTTGCTCCGGTGAAAGGATCTGTGAAGACGTACCTTGGACGGCC
GTGGAAGTTGTACTCGAGGACAGTGATCATGCAGTCTTTCATCGACAGCCACATTGATCC
GGCCGGTTGGTTCCCATGGGACGGTGATTTTGCGCTCTCCACATTGTACTACGGTGAGTA
TGCGAATAATGGGCCTGGAGCTGATACGAGCAAGAGAGTGACATGGAAGGGATATAGAGT
TATTAAAGACTCAAAAGAGGCTGATAAGTTTACTGTCGCAAAGCTTATCCAAGGAGGATT
ATGGCTGAAGCCCACTGGAGTTACTTTCCAAGAGGGGCTTTGAGTTGATGTCTTATTCTC
GTAATTTATGTTGTATTACGTGTTATGCTCTGTTTTCGTTTGATGTCTTCCTCTGTTATC
TCTGGACGTAAACCAGCGACATGTTATGTTTCATGAGTTATGATTAATAATAAAAGAAAA
TCTTGTGATCTGGTCTGGTATGTCATGATCACGAGATTTCTGCAGT

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 4

CO CL1774Contig1 745 4 11 U
GGGAATTGATTGATCTTCCTTTCTCCTGTGGCCGTGATCGTCGCCGTCCCCGTTTTCTAT
CTCCGGTCGGATTATATTGTCACCATGTTTCTCACGAGATTTATCGGGAGGAGGTTCTTG
GCGGTAGCTGCATCCGCTAGATCCGAGTCCACTACTGCAGCAGCAGCTACCTCCTCGACT
GTTAAGATTACCAAAAACCCTCTGGAAGAGTTCTTTGAGTTCGACAGAAGCCAGGACGAA
GACAAACCTGTTGTCTACGGTCGAGGTTGGAAAGCTTCAGAACTGCGGCTCAAGTCATGG
GATGATCTTCAGAAGCTGTGGTACGTTCTCCTCAAAGAGAAAAACATGTTGATGACTCAG
CGTCAGATGCTTCGAGCTCAGAACATGATGTTTCCTAACCCTGAACGCATTCCAAAGGTG
AGGAGATCAATGTGTCGTATAAAACATGTGTTGACAGAGAGAGCGATTGAAGAACCTGAT
CCCAGAAGATCAGCTGAGATGAAGAGAATGGTCAATGCTATGTGATCATCCCCTTGTGCT
TCTTTTCCCAACCAACCGATTAGAGTCAGTGTTTGGGACTGTTGTGTCTGGTAGTAAAAA
ATTGTTTGTTCGGGTAGCTCTATGCACGTACGTTTCTTGTAAAACCATGGTTGATGTTTA
TTTCGGGACACAATGTTGGTCAGTTGATTCAGAGTTTTTTGTCTTGGAATATAATTCAGA
GAGCAAATAAAATGCTACTTTCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B308TF U 23
AF RR3AZ33JQ C 26
AF RR3AZ33TF U 26
AF RR3DO80TF U 1
BS 1 189 RR3DO80TF
BS 190 190 RR3AZ33TF
BS 191 269 RR3DO80TF
BS 270 270 RR3B308TF
BS 271 373 RR3DO80TF
BS 374 374 RR3AZ33TF
BS 375 459 RR3DO80TF
BS 460 463 RR3B308TF
BS 464 664 RR3DO80TF
BS 665 666 RR3AZ33TF
BS 667 745 RR3DO80TF

RD RR3B308TF 641 0 0
TGGGG
GTGGCCGTGATCGTCGCCGTCCCCGTTTTCTATCTCCGGTCGGATTATATTGTCACCATG
TTTCTCACGAGATTTATCGGGAGGAGGTTCTTGGCGGTAGCTGCATCCGCTAGATCCGAG
TCTACTACTGCAGCAGCAGCTACCTCCTCGACTGTTAAGATTGCCAAAAACCCTCTGGAA
GAGTTCTTTGAGTTCGACAGAAGCCAGGACGAAGACAAACCTGTTGTCTACGGTCGAGGT
TGGAAAGCTTCAGAACTGCGGCTCAAGTCATGGGATGATCTTCAGAAGCTGTGGTACGTT
CTCCTCAAAGAGAAAAACATGTTGATGACTCAGCGTCAGATGCTTCAAGCTCAGAACATG
ATGTTTCCTAACCCTGAACGCATTCCAAAGGTGAGGAGATCAATGTGTCGTATAAAACAT
GTGTTGACAGAGAGAGCGATTGAAGAACCTGATCCCAGAAGATCAGCTGAGATGAAGAGA
ATGGTCAATGCTATGTGATCATCCCCTTGTGCTTCTTTTCCCAACCAACCGATTAGAGTC
AGTGTTTGGGACTGTTGTGTCTGGTAGTAAAAAATTGTTTGTTCGGGTAGCTCTATGCAC
GTACGTTTCTTGTAAAACCATGGTTGATGTTTATTT

QA 6 641 6 641
DS 

RD RR3AZ33JQ 687 0 0
GG
GTGGCCGTGATCGTCGCCGTCCCCGTTTTCTATCTCCGGTCGGATTATATTGTCACCATG
TTTCTCACGAGATTTATCGGGAGGAGGTTCTTGGCGGTAGCTGCATCCGCTAGATCCGAG
TCCACTACTGCAGCAGCAGCTACCTCCTCGACTGTTAAGATTACCAAAAACCCTCTGGAA
GAGTTCTTTGAGTTCGACAGAAGCCAGGACGAAGACAAACCTGTTGTCTACGGTCGAGGT
TGGAAAGCTTCAGAACTGCGGCTCAAGTCATGGGATGATCTTCAGAAGCTGTGGTACGTT
CTCCTCAAAGAGAAAAACATGTTGATGACTCAGCGTCAGATGCTTCGAGCTCAGAACATG
ATGTTTCCTAACCCTGAACGCATTCCAAAGGTGAGGAGATCAATGTGTCGTATAAAACAT
GTGTTGACAGAGAGAGCGATTGAAGAACCTGATCCCAGAAGATCAGCTGAGATGAAGAGA
ATGGTCAATGCTATGTGATCATCCCCTTGTGCTTCTTTTCCCAACCAACCGATTAGAGTC
AGTGTTTGGGACTGTTGTGTCTGGTAGTAAAAAATTGTTTGTTCGGGTAGCTCTATGCAC
GTACGTTTCTTGTAAAACCATGGTTGATGTTTATTTCGGGACACAATGTTGGTCAGTTGA
TTCAGAGTTTTTTGTCTTGGAATAT

QA 3 687 3 687
DS 

RD RR3AZ33TF 687 0 0
GG
GTGGCCGTGATCGTCGCCGTCCCCGTTTTCTATCTCCGGTCGGATTATATTGTCACCATG
TTTCTCACGAGATTTATCGGGAGGAGGTTCTTGGCGGTAGCTGCATCCGCTAGATCCGAG
TCCACTACTGCAGCAGCAGCTACCTCCTCGACTGTTAAGATTACCAAAAACCCTCTGGAA
GAGTTCTTTGAGTTCGACAGAAGCCAGGACGAAGACAAACCTGTTGTCTACGGTCGAGGT
TGGAAAGCTTCAGAACTGCGGCTCAAGTCATGGGATGATCTTCAGAAGCTGTGGTACGTT
CTCCTCAAAGAGAAAAACATGTTGATGACTCAGCGTCAGATGCTTCGAGCTCAGAACATG
ATGTTTCCTAACCCTGAACGCATTCCAAAGGTGAGGAGATCAATGTGTCGTATAAAACAT
GTGTTGACAGAGAGAGCGATTGAAGAACCTGATCCCAGAAGATCAGCTGAGATGAAGAGA
ATGGTCAATGCTATGTGATCATCCCCTTGTGCTTCTTTTCCCAACCAACCGATTAGAGTC
AGTGTTTGGGACTGTTGTGTCTGGTAGTAAAAAATTGTTTGTTCGGGTAGCTCTATGCAC
GTACGTTTCTTGTAAAACCATGGTTGATGTTTATTTCGGGACACAATGTTGGTCAGTTGA
TTCAGAGTTTTTTGTCTTGGAATAT

QA 3 687 3 687
DS 

RD RR3DO80TF 745 0 0
GGGAATTGATTGATCTTCCTTTCTCCTGTGGCCGTGATCGTCGCCGTCCCCGTTTTCTAT
CTCCGGTCGGATTATATTGTCACCATGTTTCTCACGAGATTTATCGGGAGGAGGTTCTTG
GCGGTAGCTGCATCCGCTAGATCCGAGTCCACTACTGCAGCAGCAGCTACCTCCTCGACT
GTTAAGATTGCCAAAAACCCTCTGGAAGAGTTCTTTGAGTTCGACAGAAGCCAGGACGAA
GACAAACCTGTTGTCTACGGTCGAGGTTGCAAAGCTTCAGAACTGCGGCTCAAGTCATGG
GATGATCTTCAGAAGCTGTGGTACGTTCTCCTCAAAGAGAAAAACATGTTGATGACTCAG
CGTCAGATGCTTCAAGCTCAGAACATGATGTTTCCTAACCCTGAACGCATTCCAAAGGTG
AGGAGATCAATGTGTCGTATAAAACATGTGTTGACAGAG****CGATTGAAGAACCTGAT
CCCAGAAGATCAGCTGAGATGAAGAGAATGGTCAATGCTATGTGATCATCCCCTTGTGCT
TCTTTTCCCAACCAACCGATTAGAGTCAGTGTTTGGGACTGTTGTGTCTGGTAGTAAAAA
ATTGTTTGTTCGGGTAGCTCTATGCACGTACGTTTCTTGTAAAACCATGGTTGATGTTTA
TTTCACGACACAATGTTGGTCAGTTGATTCAGAGTTTTTTGTCTTGGAATATAATTCAGA
GAGCAAATAAAATGCTACTTTCATC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 4

CO CL1775Contig1 1332 4 13 U
GGATCCATTGTAAGGAAGAAAAACACAATCTTCACCAACAAAAGCGGCGTTGATTCTCCG
ATTTCACGAGGCAAGAAAATCTCAAAGTTTCTCGTTGTTAGGGTTTGTCGAGATACATTT
GGGTTTTTTTTGTTGAGTCATGGGTTTAGAGAAGAAATCCGCATTGTTGGAAGATTTGAT
AGAGAAATGCGGCGGCTGTGCGGTGGTCAACGGCGGTTTCGCAACCCAGCTCGAGATTCA
CGGCGCCGCCATTAACGACCCTCTGTGGAGTGCCCTATCTCTCATCAAAGATCCTGAACT
CATCAAGCGGGTTCATATGGAATATTTGGAGGCTGGTTCAGACATTGTGGTTACTTCATC
TTATCAGGCTACAATCCCTGGCTTTCTCTCAAGAGGACTGTCGATGGAAGAGAGCGAGTC
TTTGCTACAAAAGAGCGTGAAACTAGCTGCTGAAGCCCGTGATAGATTCTGGGACAAAAT
CAGCAAAACCTCAGGACACAGCTATAACCGAGCTCTTGTAGCTGCTTCTATTGGTAGCTA
TGGAGCTTATCTCGCTGATGGCTCTGAGTACAGTGGAAGCTATGGCGAGGATGTAAGCTT
GGACAAACTAAAAGACTTCCACAGGAGGAGAATCCAAGTCCTAGTGGAAGCTAGTCCAGA
TCTTCTCGCTTTCGAAACCATACCTAATAAACTCGAGGCTCAGGCGTGCGTTGAGGTGCT
GGAGGAAGAGAATGTGCAAATCCCAGCGTGGATCTGCTTCACATCTGTAGATGGTGAGAA
TGCTCCTTCAGGTGAGAGCTTTGAGGAATGCCTTGAAACCCTTAACAAAAGCAACAACAT
TTGCGCTGTTGGCATTAACTGCGCACCTCCTCAGTTCATGGACCATCTCATTCGCAAATT
CTCCAAGCTAACCAAGAAGGCCATCGTTGTGTACCCAAATAGTGGAGAGGTTTGGGACGG
CAAAGCCAAAAAATGGCTGCCATCGCAATGCTTTGGTGATGCTGAGTTTGAGATGTTTGC
ACCGAAATGGCGTGACCTTAGAGCTAAACTTATAGGAGGATGCTGCAGGACTACACCTTC
CACCATCAGAGCTATCTCCAGAGATTTGAAACGAAGATGAGTTTCCTCAGGGAAGAAAAG
ATTGAAAGATTTCACTTCTTTAATTCGTTTGACGACTCATTCTTAGGGCTTTTTTTTTAT
TTATGGACTGTGTTGTTTTCTTGCCTCTCAAGTTTCCTTTGTTGTTTAATGATATGTATA
CGTAAACTAGGCCTTGGGCTTTCTCGTATGAGTGCCCATATATGATAATTTTTTTCCTTT
CCATAGAGCCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG54TF U 1
AF RR3D492TF U 67
AF RR3D492JQ C 566
AF RR3AG54JQ C 536
BS 1 106 RR3AG54TF
BS 107 107 RR3D492TF
BS 108 146 RR3AG54TF
BS 147 147 RR3D492TF
BS 148 256 RR3AG54TF
BS 257 257 RR3D492TF
BS 258 694 RR3AG54TF
BS 695 791 RR3D492TF
BS 792 792 RR3AG54JQ
BS 793 802 RR3D492TF
BS 803 956 RR3AG54JQ
BS 957 957 RR3D492JQ
BS 958 1332 RR3AG54JQ

RD RR3AG54TF 694 0 0
GGATCCATTGTAAGGAAGAAAAACACAATCTTCACCAACAAAAGCGGCGTTGATTCTCCG
ATTTCACGAGGCAAGAAAATCTCAAAGTTTCTCGTTGTTAGGGTTTTTCGAGATACATTT
GGGTTTTTTTTGTTGAGTCATGGGTT*AGAGAAGAAATCCGCATTGTTGGAAGATTTGAT
AGAGAAATGCGGCGGCTGTGCGGTGGTCAACGGCGGTTTCGCAACCCAGCTCGAGATTCA
CGGCGCCGCCATTAACTACCCTCTGTGGAGTGCCCTATCTCTCATCAAAGATCCTGAACT
CATCAAGCGGGTTCATATGGAATATTTGGAGGCTGGTTCAGACATTGTGGTTACTTCATC
TTATCAGGCTACAATCCCTGGCTTTCTCTCAAGAGGACTGTCGATGGAAGAGAGCGAGTC
TTTGCTACAAAAGAGCGTGAAACTAGCTGCTGAAGCCCGTGATAGATTCTGGGACAAAAT
CAGCAAAACCTCAGGACACAGCTATAACCGAGCTCTTGTAGCTGCTTCTATTGGTAGCTA
TGGAGCTTATCTCGCTGATGGCTCTGAGTACAGTGGAAGCTATGGCGAGGATGTAAGCTT
GGACAAACTAAAAGACTTCCACAGGAGGAGAATCCAAGTCCTAGTGGAAGCTAGTCCAGA
TCTTCTCGCTTTCGAAACCATACCTAATAAACTC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3D492TF 736 0 0
GGAGGCAAG
AAAATCTCAAAGTTTCTCGTTGTTAGGGTTTG*CGAGATACATTTGGGTTTTTTTTGTTG
AGTCATGGGTTTAGAGAAGAAATCTGCATTGTTGGAAGATTTGATAGAGAGATGCGGCGG
CTGTGCGGTGGTCGACGGCGGTTTCGCAACCCAGCTCGAGATTCACGGCGCCGCCATTAA
CGACCCTCTGTGGAGTGCCCTATCTCTCATCAAAGATCCTGAACTCATCAAGCGGGTTCA
TATGGAATATTTGGAGGCTGGTTCAGACATTGTGGTTACTTCATCTTATCAGGCTACAAT
CCCTGGCTTTCTCTCAAGAGGACTGTCGATGGAAGAGAGCGAGTCTTTGCTACAAAAGAG
CGTGAAACTAGCTGTTGAAGCCCGTGATAGATTCTGGGACAAAATCAGCAAAACCTCAGG
ACACAGCTATAACCGAGCTCTTGTAGCTGCTTCTATTGGTAGCTATGGAGCTTATCTCGC
TGATGGCTCTGAGTACAGTGGAAGCTATGGCGAGGATGTAAGCTTGGACAAACTAAAAGA
CTTCCACAGGAGGAGAATCCAAGTCCTAGTGGAAGCTAGTCCAGATCTTCTCGCTTTCGA
AACCATACCTAATAAACTCGAGGCTCAGGCGTGCGTTGAGGTGCTGGAGGAAGAGAATGT
GCAAATCCCAGCGTGGATCTGCTTCACATCTGTAGATGGTGAGAATGCTCCTTCAG*TGA
GAGCTTT

QA 10 736 10 736
DS 

RD RR3D492JQ 756 0 0
GAGTACAGTGGAAGCTATGGCGAGGATGTAAGCTTGGACAAACTAAAAGACTTCCACAGG
AGGAGAATCCAAGTCCTAGTGGAAGCTAGTCCAGATCTTCTCGCTTTCGAAACCATACCT
AATAAACTCGAGGCTCAGGCGTGCGTTGAGGTGCTGGAGGAAGAGAATGTGCAAATCCCA
GCGTGGATCTGCTTCACATCTGTAGATGGTGAGAATGCTCCTTCAGGTGAGAGCTTTGAG
GAATGCCTTGAAACCCTTAACAAAAGCAACAACATTTGCGCTGTTGGCATTAACTGCGCA
CCTCCTCAGTTCATGGACCATCTCATTCGCAAATTCTCCAAGCTAACCAAGAAGGCCATC
GTTGTGTACCCAAATAGTGGAGAGGTTTGGGACGGCAAAGCCAAAAAATGGCTGCCATCG
CAATGCTTTGGTGATGCTGAGTTTGAGATGTTTGCACCGAAATGGCGTGACCTTGGAGCT
AAACTTATAGGAGGATGCTGCAGGACTACACCTTCCACCATCAGAGCTATCTCCAGAGAT
TTGAAACGAGGATGAGTTTCCTCAGGGAAGAAAAGATTGAAAGATTTCACTTCTTTAATT
CGTTTGACGACTCATTCTTAGGGCTTTTTTTT*ATTTATGGACTGTGTTGTTTTCTTGCC
TCTCAAGTTTCCTTTGTTGTTTAATGATATGTATACGTAAACTAGGCCTTGGGCTTTCTC
GTATGAGTGCCCATATATGATAATTTTTTTCCTT
CC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3AG54JQ 797 0 0
AGCTATGGAGCTTATCTCGCTGATGGCTCTGAGTACAGTGGAAGCTATGGCGAGGATGTA
AGCTTGGACAAACTAAAAGACTTCCACAGGAGGAGAATCCAAGTCCTAGTGGAAGCTAGT
CCAGATCTTCTCGCTTTCGAAACCATACCTAATAAACTCGAGGCTCAGGCGTGCGTTGAG
GTGCTGGAGGAAGAGAATGTGCAAATCCCAGCGTGGATCTGCTTCACATCTGTAGATGGT
GAGAATGCTCCTTCAGGTGAGAGCTTTGAGGAATGCCTTGAAACCCTTAACAAAAGCAAC
AACATTTGCGCTGTTGGCATTAACTGCGCACCTCCTCAGTTCATGGACCATCTCATTCGC
AAATTCTCCAAGCTAACCAAGAAGGCCATCGTTGTGTACCCAAATAGTGGAGAGGTTTGG
GGCGGCAAAGCCAAAAAATGGCTGCCATCGCAATGCTTTGGTGATGCTGAGTTTGAGATG
TTTGCACCGAAATGGCGTGACCTTAGAGCTAAACTTATAGGAGGATGCTGCAGGACTACA
CCTTCCACCATCAGAGCTATCTCCAGAGATTTGAAACGAAGATGAGTTTCCTCAGGGAAG
AAAAGATTGAAAGATTTCACTTCTTTAATTCGTTTGACGACTCATTCTTAGGGCTTTTTT
TTTATTTATGGACTGTGTTGTTTTCTTGCCTCTCAAGTTTCCTTTGTTGTTTAATGATAT
GTATACGTAAACTAGGCCTTGGGCTTTCTCGTATGAGTGCCCATATATGATAATTTTTTT
CCTTTCCATAGAGCCCG

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 4

CO CL1776Contig1 1314 4 16 U
GGGAGTCGTCTCCCTCTTGTAGCAGCAACAGCAATGGCTCCTTCTGCCGTCGTTAGGGTT
TACTCTACTACCACTCCCGCCTCTCCTTCGGAAGTTTCCGTAAAGAAAGTTGGTACTCAC
AATGGAAGCTTTCACTGCGACGAGGCTCTCGGTTGCTTCATGATCCGCCTCTCCGATAAA
TTCTCCGGCGCCGATATCGTCCGTACTCGTGACCCTAAGATATTGGGAGAGCTTGATGCA
GTGCTTGACGTTGGAGGTGTTTATGACCCCGACCATGACCGTTATGATCATCACCAGAAA
GGCTTCCAAGAGGTGTTTGGACATGGATTCAACACTAAACTCAGCAGTGCTGGCCTCGTT
TACAAGCATTTTGGAAAGGAGATCATTGCTAAGGAACTTAACGTAGACCAAGATCACCCT
GATGTCCTTCGCTTGTTTCTAGCTGTCTACAAGAGCTTCATGGAGGCGATTGATGCTGTG
GACAATGGAGTTAATCGGTATGATACTGATCAGCCTCCAAGATATGTGAACAACACACAT
TTGTCTTCGAGGGTTGGAAGATTGAATCTTGATTGGATTGACCCTGACCAGTC**AGGAG
AAGGAGAATGAGGCTTTCCAGCTTGCCATGGCTCTTGCTGGCAAAGAGTTCCTCGATAGT
GTAAGATTTCATGCAAGGTCGTGGTTACCGGCTCGATCAATCGTGATGCAGTGTCTTGAA
GAAAGGTTCAAGACTGACCCTAGTGGCGAGATCATGGAACTGAAAAATTTCTGCCCTTGG
AAGCTTCATTTGTTCGAGCTTGAGCAAGAGATGAAGATCGAACCCCTCGTCAAATACGTC
ATATATCAGGACGAGCGAGGAAAGCAGTGGAGAGTTCAAGCAGTGGCGGTAGCACCAGAC
AGGTTTGAGAACCGAAAGGCTCTTCCTGAGCAATGGAGAGGCCTTAGAGACGAGGAACTC
TCCAAAGCTGCTGAGATCCCCGGTTGCGTTTTTGTCCACATGAGCGGCTTTATTGGGGGA
AACCAGTCCTATGATGGCGCTTTGTCCATGGCTCGAACTGCCCTCACTCTCTAATTCACT
GCATCTTCTTTGGCACCAGAAGAATCCTTTGCCGATTTTTAACCGATAGAGAGAGAGTTT
AACAATGCTTCATTCTGTTTTCAATTGAGTGACCATTTCGTGATTTCTTTTATCGAATGG
AATCAATCGTATTTCAATATATTTTGAATTCTTGTTTCATTATTTGGAGAAGAAATATGA
GTTAACGATTGTATGCGACACAATTATATCGGGAAAATCGCATAAAATTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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G

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GG
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GCAGT

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DS 



AS 1 3

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CCACCAGAGATATGGCGACGGAGCTAGAAGAGCTTGTCGAGTTTCTATCATCTCCTTCTC
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CAAAAGCAGAGTCTTAAAGGTTACAATACATGTGTTGTTTCTTTGCTCTTGCCCCCCATT
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TTGATATGGCACATGAGTCATGACAAGTTCATCTTGTGCACTAGGCTTGTTGTGCCAATA
GATTCCTTATTTACTTGTTTTTTCAGTGTGATTTTATTTTGGTATTAGACATTTATATCT
TAAGACTACTGTATTTGTTTGTAGTATTATCCAACATTTTGCTATAT


BQ
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AF RR3H315TF U 1
AF RR3D471TF U 193
AF RR3D471JQ C 598
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ATGTTGGCTCAATCCTAGTGAACATATCGAAAACAGAAGATGGGAGGAAAATGTTACTGG
AGCCAAAGAGAGGACTACTTAACC
AGATCAT

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DS 

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GG
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DS 

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C
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CTTTGATATGGCACATGAGTCATGACAAGTTCATCTTGTGCACTAGGCTTGTTGTGCCAA
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CTTAAGACTACTGTATTTGTTTGTAGTATTATCCAACATTTTGCTATAT

QA 2 770 2 770
DS 



AS 1 5

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TGAGCTCTAATAAGACAGAGTAAAGAGGATCAAAAA


BQ
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AF RR3CN61TF U 1
AF RR3CN61JQ C 1
AF RR3BV47JQ C 211
AF RR3F058TF U 524
AF RR3BV47TF U 211
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RD RR3CN61TF 639 0 0
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TCGGAATCACCGCCATTAGTCTCATCTTGGGGCTGATCAAGACAGCGGAAGGAACTTCGT
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QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3CN61JQ 725 0 0
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CCGGTTCAGCCGTGGCATTAGTTGTATCCACACCGCTTTTCCTCATATTCAGTCCAATTC
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TCGGAATCACCGCCATTAGTCTCATCTTGGGGCTGATCAAGACAGCGGAAGGAACTTCGT
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TG
AGC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3BV47JQ 546 0 0
G
AGCCTCTGGGCTAACGGCCGGTGCCACCCTCGGAATCACCGCCATTAGTCTCATCTTGGG
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GTTTAAGTTTTCAGGTGGCTTTGGAGGATCATGGGGAGGAAAATCATTTTCTGGAACATT
TGGAAATAAACCAGGTGGTGGAGTTCAGACGTCCGGAAATATCCCAGAATGGTTAAAAAA
TCTACTCAAAGGTGTACCAACGGGTGGGGCGGTACCTGCGGCAGGAGGAGCAGCACCTGC
ACCCGCAGCAGGAGGAGCTGCACCTGCGGGAGGAGCTACACCCCCAGGATAAGGGAGATT
AGCCGAGCATGGTCCAAACATATAGCATATATTCTAATTGTGTATAACTTAATAGTTTTA
TCAAACTAAAAGGAAAAAGTCTTTTTATTAATACATTTTATGTAATGGTGAAAAATATGT
GGCTACATATATATATATGGATAATTTCCTGAGCTCTAATAAGACAGAGTAAAGAGGATC
AAAAA

QA 2 546 2 546
DS 

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G
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AAAAAGTCTTTTTATTAATACATTTTATGTAATGGTGAAAAATATGTGGCTACATATATA
TATATGGATAATTTCCTG

QA 2 199 2 199
DS 

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G
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GCTGATCAAGACAGCGGAAGGAACTTCGTTGGCCCGCTTAGCCCAAACACCATTGAAAAT
GTTTAAGTTTTCAGGTGGCTTTGGAGGATCATGGGGAGGAAAATCATTTTCTGGAACATT
TGGAAATAAACCAGGTGGTGGAGTTCAGACGTCCGGAAATATCCCAGAATGGTTAAAAAA
TCTACTCAAAGGTGTACCAACGGGTGGGGCGGTACCTGCGGCAGGAGGAGCAGCACCTGC
ACCCGCAGCAGGAGGAGCTGCACCTGCGGGAGGAGCTACACCCCCAGGATAAGGGAGATT
AGCCGAGCATGGTCCAAACATATAGCATATATTCTAATTGTGTATAACTTAATAGTTTTA
TCAAACTAAAAGGAAAAAGTCTTTTTATTAATACATTTTATGTAATGGTGAAAAATATGT
GGCTACATATATATATATGGATAATTTCCTGAGCTCTAATAAGACAGAGTAAAGAGGATC

QA 2 541 2 541
DS 



AS 1 4

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CTTCCTCCTTTCAATGGCGACTCTAAGCTTCAACACCACTCGTATGCGAACACCTTCACT
CCCCAGAATCTCCAGATCATCTTCTTTCACCAAACCCATCAAAACCCATCTCTCCTCCTC
CCAAACCTTATCCAAACGCCACCGTTTCGTCTCACGTTCCTTACCGGAGAGCTTCACAAA
AGAAGAGGAGACCGTCGTCATCGCTGAAGACGACGACGATCCTACATCGGAGCTGAGTTA
TCTTGATCCGGAAACAGATGCAGAGAGCATAAAAGAGTGGGAGTTAGATTTCTGCTCGAG
GCCGATTCTTGATTCACGAGGGAAGAAGATATGGAAGCTTGTGGTTTGCGATGCTTCCCT
CTCGCTTCAAGTCACCAAGTACTTCCCAAACAATGTCATCAACAGTATCACGCTCAAAGA
CGCTATTGTTTCCATCACACAAGACTTGGGTGTTCCTCTCCCTGAGAAGATTCGTTTCTT
TAGGTCGCAGATGCAAACCATTATCACAAAAGCTTGCAAAGAGCTTGCTATTAAGGAAGT
GCCTAGTAAACGGTGTCTGTCTCTGTTTCTATGGTTGCAAGAACGTTATGACACTGTGTA
CACGCGTCATCCCGGTTTCCAGAAGGGATCACTGCCTCTTCTGTCTCTAGACAACCCCTT
TCCAATGAATCTTCCTGAGAATTTGTTTGGGGAGAAATGGGCGTTTGTTCAGTTACCTTA
CTCAGCTGTTAGAGAAGAGATCTCAGACTTTGAGGAGAAGTTTGTGTTTGGTGCAACCTT
AGACTTGGATTTGCTTGGCATTGACGTTGATGAGAACACACTGATCCCTGGTCTCTCTGT
TGCTTCTTCACGTGCAAAACCTCTAGCAGCTTGGATGAATGGTCTTGAGGTGTGTTCTAT
CGAAGCAGACAGTACAAAAGGATGTTTGATTCTGGCCGTTGGGATCTCGACAAGGTATGT
CTACGCAACGTACAAGAAAACACCTGTTACTACTGATGAAGCTGAAGCTTGGGAGTCCGC
GAAGAAAGCAAGTGGAGGTTTGCATTTTCTTGCAATTCAAGATGACTTGGATTCTGATGA
CTGTGTTGGCTTTTGGCTTCTTATTGATTTGCCACCACCTCCTGTTTAATTTCACGTTGG
TAAATTGGTAATAACCATGTTTTGCTATTTAGAAACCGAGTAGAACTGTGGGTTTGTCTC
ACTCTTGAAAGAAATAGTTTACATGAGTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3H606TF U 1
AF RR3BB50TF U 54
AF RR3B983JQ C 526
AF RR3H606JQ C 531
BS 1 394 RR3H606TF
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BS 730 875 RR3BB50TF
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BS 1120 1292 RR3B983JQ

RD RR3H606TF 729 0 0
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CTTCCTCCTTTCAATGGCGACTCTAAGCTTCAACACCACTCGTATGCGAACACCTTCACT
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CCAAACCTTATCCAAACGCCACCGTTTCGTCTCACGTTCCTTACCGGAGAGCTTCACAAA
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GCCTAGTAAACGGTGTCTGTCTCTGTTTCTATGGTTGCAAGAACGTTATGACACTGTGTA
CACGCGTCATCCCGGTTTCCAGAAGGGATCACTGCCTCTTCTGTCTCTAGACAACCCCTT
TCCAATGAA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3BB50TF 845 0 0
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CTTCCTCCTTTCAATGGCGACTCTAAGCTTCAACACCACTCGTATGCGAACACCTTCACT
CCCCAGAATCTCCAGATCATCTTCTTTCACCAAACCCATCAAAACCCATCTCTCCTCCTC
CCAAACCTTATCCAAACGCCACCGTTTCGTCTCACGTTCCTTACCGGAGAGCTTCACAAA
AGAAGAGGAGACCGTCGTCATCGCTGAAGACGACGACGATCCTACATCGGAGCTGAGTTA
TCTTGATCCGGAAACAGATGCAGAGAGCATAAAAGAGTGGGAGTTAGATTTCTGCTCGAG
GCCGATTCTTGATTCACGAGGGAAGAAGATATGGAAGCTTGTGGTTTGCGATGCTTCCCT
CTCGCTTCAAGTCACCAAGTACTTCCCAAACAATGTCATCAACAGTATCACGCTCAAAGA
CGCTATTGTTTCCATCACACGAGACTTGGGTGTTCCTCTCCCTGAGAAGATTCGTTTCTT
TAGGTCGCAGATGCAAACCATTATCACAAAAGCTCGCAAAGAGCTTGCTATTAAGGAAGT
GCCTGGTAAACGGTGTCTGTCTCTGTTTCTATGGTTGCAAGAACGTTATGACACTGTGTA
CACGCGTCATCCCT*TTTCCAGAAGGGATCACTGCCTCTTCTGTCTCTAGACAACCCCTT
TCCAATGAATCTTCCTGAGAATTTGTTTGGGGAGAAATGGGCGTTTGTTCAGTTACCTTA
CTCAGCTGTTAGAGAAGAGATCTCAGACTTTGAGGAGAAGTTTGTGTTTGGTGCAACCTT
AGACTTGGATTTGCTTGGCATTGACGTTGATGAGA*CACACTGATCCCTGGTCT
CTCT

QA 8 841 8 841
DS 

RD RR3B983JQ 767 0 0
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TGCTATTAAGGAAGTGCCTAGTAAACGGTGTCTGTCTCTGTTTCTATGGCTGCAAGAACG
TTATGACACTGTGTATACGCGTCATCCCGGTTTCCAGAAGGGATCATTGCCTCTTCTGTC
TCTAGACAACCCTTTTCCAATGAATCTTCCTGAGAATTTGTTTGGGGAGAAATGGGCGTT
TGTTCAGTTACCTTACTCAGCTGTTAGAGAAGAGATCTCAGACCTTGAGGAGAAGTTTGT
GTTTGGTGCAACCTTAGACTTGGATTTGCTTGGCATTGACGTTGATGAGAACACACTGAT
CCCTGGTCTTTCTGTTGCTTCTTCACGTGCAAAACCTCTAGCAGCTTGGATGAATGGTCT
TGAGGTGTGTTCTATCGAAGCAGACAGTACAAAAGGATGTTTGATTCTGGCCGTTGGGAT
CTCGACAAGGTATGTTTACGCAACGTACAAGAAAACACCTGTTACTACTGATGAAGCTGA
AGCTTGGGAGTCCGCGAAGAAAGCAAGTGGAGGTTTGCATTTTCTTGCAATTCGAGATGA
CTTGGATTCTGATGACTGTGTTGGCTTTTGGCTTCTTATTGATTTGCCACCACCTCCTGT
TTAATTTCACGTTGGTAAATTGGTAATAACCATGTTTTGCTATTTAGAAACCGAGTAGAA
CTGTGGGTTTGTCTCACTCTTGAAAGAAATAGTTTACATGAGTTTGC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3H606JQ 762 0 0
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TTAAGGAAGTGCCTAGTAAACGGTGTCTGTCTCTGTTTCTATGGTTGCAAGAACGTTATG
ACACTGTGTACACGCGTCATCCCGGTTTCCAGAAGGGATCACTGCCTCTTCTGTCTCTAG
ACAACCCCTTTCCAATGAATCTTCCTGAGAATTTGTTTGGGGAGAAATGGGCGTTTGTTC
AGTTACCTTACTCAGCTGTTAGAGAAGAGATCTCAGACTTTGAGGAGAAGTTTGTGTTTG
GTGCAACCTTAGACTTGGATTTGCTTGGCATTGACGTTGATGAGAACACACTGATCCCTG
GTCTCTCTGTTGCTTCTTCACGTGCAAAACCTCTAGCTGCTTGGATGAATGGTCTTGAGG
TGT*TTCTATCGAAGCAGACAGTACAAAAGGATGTTTGATTCTGGCCGTTGGGATCTCGA
CAAGGTATGTCTACGCAACGTACAAGAAAACACCTGTTACTACTGATGAAGCTGAAGCTT
GGGAGTCTGCGAAGAAAGCAAGTGGAGGTTTGCATTTTCTTGCAATTCAAGATGACTTGG
ATTCTGATGACTGTGTTGGCTTTTGGCTTCTTATTGATTTGCCACCACCTCCTGTTTAAT
TTCACGTTGGTAAATTGGTAATAACCATGTTTTGCTATTTAGAAACCGAGTAGAACTGTG
GGTTTGTCTCACTCTTGAAAGAAATAGTTTACATGAGTTTGC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 5

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TTCGTTTCGTTTCGTCCGAAGAAGAAGATGCCAGGCCCCGTCGTCGACGAAGTGAAGGTT
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GACAACGTCGATGGAGCTGGTGAGAATGAGAGCTCTAAGCAAAGTAGAAGCGAGAAGAAA
AGCCGCAAAGCAATGCTCAAACTTGGAATGAAACCTGTTACTGATGTTAGCAGAGTCACA
ATCAAGAGATCCAAGAATGTTTTGTTTGTCATCTCGAAGCCGGATGTTTTCAAGAGCCCA
AACTCGGACACCTATGTGATATTCGGTGAGGCGAAGATTGATGATATGAGCTCTCAGCTA
CAAGCTCAGGCTGCTCAGAGGTTCAAGATGCCAGACGTTGCATCTATGATCCCTAACGCT
GATGCTTCGGAAGCAGCCGCGGCTGCGCAAGAGGAGGAGGAAGATGAAGATGTTGATGAG
ACTGGTGTTGAAGCCAAGGATGTTGAGCTCGTGATGACTCAAGCTGGTGTCTCAAAGGCC
AAAGCCACTAAGGCTCTTAAAGCCAATGATGGAGATATCGTTTCTGCCATTATGGAGCTC
ACCACATAG*TTGAGTTGCAGAAGCTCGCAATTGTTCTCGTTTCTTAGTTCACTTCTCGT
TTCTTAATTCACTTCTCGTTTCTCGAATATTGTTTGTGTTCTCCATTATTTTAAGGCTAT
TTTTCTTTATAATATGAGCCATTCATGTCTTATTTTAATAAGACAGTTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 10 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT32TF U 1
AF RR3G659TF U 57
AF RR3HA28TF U 65
AF RR3EZ96TF U 57
AF RR3EZ96JQ C 103
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BS 78 131 RR3FT32TF
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BS 133 141 RR3FT32TF
BS 142 142 RR3EZ96TF
BS 143 209 RR3FT32TF
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BS 544 544 RR3EZ96TF
BS 545 605 RR3FT32TF
BS 606 672 RR3EZ96TF
BS 673 673 RR3HA28TF
BS 674 791 RR3EZ96TF
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AGCCGCAAAGCAATGCTCAAACTTGGAATGAAACCTGTTACTGATGTTAGCAGAGTCACA
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AACTCGGACACCTATGTGATATTCGGTGAGGCGAAGATTGATGATATGAGCTCTCAGCTA
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ACTGG
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GCCA

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ACGTCGATGGAGCTGGTGAGAATGAGAGCTCTAAGCAAAGTAGAAGCGAGAAGAAAAGCC
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AGAGACCCAAGAATGTTTTGTTTGTCATCTCGAAGCCGGATGTGTTCAAGAGCCCAAACT
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DS 

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GAGCTGTTGAAGGACGCCATCAAAGAGCAAACGAAGCTCGAGAAGGAAGATGATGTTGTC
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AACGTCGATGGAGCTGGTGAGAATGAGAGCTCTAAGCAAAGTAGAAGCGAGAAGAAAAGC
CGCAAAGCAATGCTCAAACTTGGAATGAAACCTGTTACTGATGTTAGCAGAGTCACAATC
AAGAGATCCAAGAATGTTTTGTTTGTCATCTCGAAGCCGGATGTTTTCAAGAGCCCAAAC
TCGGACACCTATGTGATATTCGGTGAGGCGAAGATTGATGATATGAGCTCTCAGCTACAA
GCTCAGGCTGCTCAGAGGTTCAAGATGCCAGACGTTGCATCTATGATCCCTAACGCTGAT
GCTTCGGAAGCAGCCGCGGCTGCGCAAGAGGAGGAGGAAGATGAAGATGTTGATGAGACT
GGTGTTGAAGCCAAGGATGTTGAGCTCGTGATGACTCAAGCTGGTGTCTCAAAGGCCAAA
GCCACTAAG*CTCTTAAAGCCAATGATGGAGATATCGTTTCTGCCATTATGGAGCTCACC
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TTAATTCA

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DS 

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GATGACGATGAGGACGATGACAACGTCGATGGAGCTGGTGAGAATGAGAGCTCTAAGCAA
AGTAGAAGCGAGAAGAAAAGCCGCAAAGCAATGCTCAAACTTGGAATGAAACCTGTTACT
GATGTTAGCAGAGTCACAATCAAGAGATCCAAGAATGTTTTGTTTGTCATCTCGAAGCCG
GATGTTTTCAAGAGCCCAAACTCGGACACCTATGTGATATTCGGTGAGGCGAAGATTGAT
GATATGAGCTCTCAGCTACAAGCTCAGGCTGCTCAGAGGTTCAAGATGCCAGACGTTGCA
TCTATGATCCCTAACGCTGATGCTTCGGAAGCAGCCGCGGCTGCGCAAGAGGAGGAGGAA
GATGAAGATGTTGATGAGACTGGTGTTGAAGCCAAGGATGTTGAGCTCGTGATGACTCAA
GCTGGTGTCTCAAAGGCCAAAGCCACTAAGGCTCTTAAAGCCAATGATGGAGATATCGTT
TCTGCCATTATGGAGCTCACCACATAGGTTGAGTTGCAGAAGCTCGCAATTGTTCTCGTT
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CCATTATTTTAAGGCTATTTTTCTTTATAATATGAGCCATTCATGTCTTATTTTAATAAG
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DS 



AS 1 2

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GACAGTCACTTGCTTCACATTCAAGTAGTTATCAAGTCCCCATTCTCCTAATTCGCGTCC
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AGATATCACTGCAGCTCCTAATCCGTAATGGGAATCATTTGCTAGCTCAATTGCCTCATC
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CTCAGGCCGGGAACCACCATGTAAAATCGTTGCCCCTTCACTTTTAGCCGTTGAGATAAA
CTTCAATATTTTCTCGTACTGTCCTTCGCTGACAACAGGACCAAGCCTGCATCCTTCTTC
CAAGGGGTCAGAAACTTTAATGTTCTTGCTCCATTTTACAAGCTTTTCTATGAACTCAGA
TGCGATGTTTTCATGAACAAGAAGGCGGGAAGTTGCACTGCAGATATGACCATTTGTCCA
GAAGCAACCGAAGAGAGCCCATTCAGCAGCTTTATCAAGATCAACATCATCAAACACAAT
GAGAGGGCTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CR60JQ U 15
AF RR3AM30JQ U 1
BS 1 256 RR3AM30JQ
BS 257 257 RR3CR60JQ
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BS 332 332 RR3CR60JQ
BS 333 456 RR3AM30JQ
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BS 547 547 RR3CR60JQ
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RD RR3CR60JQ 695 0 0
TTATTCATATCGTCTTTACTTTTTTACTCAAAAGGTTCCACAAATAGACAGACTGATAAA
AACAAAAGCACACAGATAGCATTTGGTTTTCCGTTTTCATGACAATGTATTCATCCATTA
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TCACATTCAAGTAGTTATCAAGTCCCCATTCTCCTAATTCGCGTCCAAACCCACTGCGTT
TGACTCCACCCCATGGAGCTTGAGTAAAGCT*GGCTGTGAGCAGTTAATCCACACAATCC
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CTCCTAATCCGTAATGGGAATCATTTGCTAGCTCAATTGCCTCATCCTCACTGGAGAATG
TTTTCACGCAAAGAACAGGCCCAAAGACTTCTTCTCTCCAAATTTGCATTGAAGTGGTTA
CATCAGTTATGATGGTTGGTTCAATGAAGAAGCCCTTTTTCAGATGCTCAGGCCGGGAAC
CACCATGTAAAATCGTTGCCCCTTCACTTTTAGCCGTTGAGATAAACTTCAATATTTTCT
CGTACTGTCCTTCGCTGACAACAGGACCAAGCCTGCATCCTTCTTCCAAGGGGTCAGAAA
CTTTAATGTTCTTGCTCCATTTTACAAGCTTTTCT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3AM30JQ 853 0 0
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GACAGACTGATAAAAACAAAAGCACACAGACAGCATTTGGTTTTCCGTTTTCATGACAAT
GTATTCATCCATTACTTAGCAAGGGGGTTTGTACCATCCCCACGGGTCGTTTGATGTGTA
GACAGTCACTTGCTTCACATTCAAGTAGTTATCAAGTCCCCATTCTCCTAATTCGCGTCC
AAACCCACTGCGTTTGGCTCCACCCCATGGAGCTTGAGTAAAGCAAGGCTGTGAGCAGTT
AATCCACACAATCCCAGCTTCGAAGTCCTGGCTTATGCGGTCACATCTTTCAGCGTCATT
AGATATCACTGCAGCTCCTAATCCGTAATGGGAATCATTTGCTAGCTCAATTGCCTCATC
CTCACTGGAGAATGTTTTCACGCAAAGAACAGGCCCGAAAACTTCTTCTCTCCAAATTTG
CATTGAAGTGGTTACATCAGTTATGATGGTTGGTTCAATAAAGAAGCCCTTTTTCAGATG
CTCAGGTCGGGAACCACCATGTAAAATCGTTGCCCCTTCACTTTTAGCCGTTGAGATAAA
CTTCAATATTTTCTCGTACTGTCCTTCGCTGACAACAGGACCAAGCCTGCATCCTTCTTC
CAAGGGGTCAGAAACTTTAATGTTCTTGCTCCATTTTACAAGCTTTTCTATGAACTCAGA
TGCGATGTTTTCATGAACAAGAAGGCGGGAAGTTGCACTGCAGATATGACCATTTGTCCA
GAAGCAACCGAAGAGAGCCCATTCAGCAGCTTTATCAAGATCAACATCATCAAACACAAT
GAGAGGGCTCTTC

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 2

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GATCGGAAGGTTGATTTTGGGGGGGGAATTGCTTCTTCTCTCTCCGTCCAGCTCAATTCT
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GAACGAGAGACTTATTTAGATAGAAAGTTTCAAATCTTTGTTCTGAGGTTAAGAAATCAT
AGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGATGGGATGTGTTTCATCTTGCTTTCGAGTCCA
AGACATTGATGAGTACATGAATCCAAATAGCTCTGTCTATAGGAACTGTCCCTGCATAAG
ATGCCTTGCTCGTAACTTCCTTAACCTGTATGTATCCATGTTCGGAAGAGGGGAAACCCG
CGCTCTACCATCTTCCGTTCAAGCTACTACTCCATCGATTACTTCCTCTTCTTCACACGA
TAACTTCCTGTCTGAAGCCTTCCGCTCTACTCCAAGGCCTCTGCCTTACGATGCTGATCC
TAGGCACTTTCGTTCGCTCGTCTCAAGACGGGAGAAGGGTTCTAGTCACTCCCACGAGGA
AGCTGAGCCTCTAAGGAGTGATAGCGATGCGGATTCTGAATCTTTCGGATGCAAATGGGC
AAATAACAAATCGGTTGTCTCTGACAAAGATCCCAAAGAAGAGTACTCTAGTAAATCCAG
TCTTAGGATTATGAAATCAAAGTCAGCGTCTGGAAACATATGGGATTTTCCTTTGTCTGA
AGATGAAGATGCATGTCCAACTTGTCTTGAAGAATATACATCAGAGAACCCAAAGATTGT
AACAAAATGTTCTCACCATTTCCACCTTGGTTGCATTTATGAATGGATGGAGAGAAGTGA
GAACTGTCCTGTCTGCGGAAAGGTGATGGAATTCAATGAAACACCATGAACATCAATCAT
CGATCATCTATCTGTGTGTCATGTATCTGAACTGAAACCAGGGAAGATGACAAGGCAATT
GCAGAGGGGATGTTTCTGTAAATTTGGCTTGTTGGTTTTTTGTGAATATTGTCATTTTAC
AATGTTAAAATATATGAAGCAGAAAGGGTGAAAATGTACCTCTGCAACATTTTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BK52TF U 1
AF RR3BK52JQ C 495
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RD RR3BK52TF 771 0 0
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GAACGAGAGACTTATTTAGATAGAAAGTTTCAAATCTTTGTTCTGAGGTTAAGAAATCAT
AGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGATGGGATGTGTTTCATCTTGCTTTCGAGTCCA
AGACATTGATGAGTACATGAATCCAAATAGCTCTGTCTATAGGAACTGTCCCTGCATAAG
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AGCTGAGCCTCTAAGGAGTGATAGCGATGCGGATTCTGAATCTTTCGGATGCAAATGGGC
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TCTTAGGAT*ATGAAATCAAAGTCAGCGTCTGGAAA*ATATGGGATTTTC
T

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3BK52JQ 643 0 0
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TGAAGCAGAAAGGGTGAAAATGTACCTCTGCAACATTTTAAGC

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 5

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GGGAGCAAACGCTTTCGGTTTAGACTTTCATCCATCGAAGAATCTTGTAGCTGCTGGTCT
CATCGATGGACACTTGCATCTATACCGTTACGACACAGAGTCTTCACTTGTCAGGGAGCG
TAAAGTTCGTGCTCATAAGGAGTCTTGCAGAGCTGTTCGGTTCATTGATGACGGCCAAAG
AATCGTCACAGCTTCAGCTGATTGCTCTATTCTAGCCACTGATGTGGAGACTGGTGCTAG
TGTTGCACGTCTTGAGAATGCTCACGAGGATGCTGTTAATACTTTGATAACTGTCACTGA
GACAACCATCGCTTCAGGGGATGATAAAGGCTGTGTTAAGATTTGGGATACAAGACAACG
CTCTTGCTCTCACGAGTTTAATGTACACGAGGATTACATTTCTAGCATGGCCTTTGCATC
TGATTCAATGAAGCTAGTGGCAACAAGTGGAGATGGGACTCTATCTGTCTGTAATCTCAG
AACGAATAAAGTCCAAGCTCAGTCCGAGTTTTCTGAAGACGAACTGCTTTCTGTTGTTAT
AATGAAGAATGGCCGTAAAGCAATCTGTGGAACTCAAAATGGTATTCTCATGTTGTATTC
ATGGGGATTTTTCAAAGATTGTAGTGATCGGTTTGTTGATCTATCTCCAAACTCAGTTGA
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CCTCGTTGGAATACTACCCAACAGAATCATACAGCCAATTGGGTCTCACGAGTTCCCTAT
CGAAGATCTTGCTCTCTCGCATGATAACAAGTTTCTTGGTAGCACAGCTCATGACAGTAT
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TTGAGTTATCTATATTTGGATTCTGACAGTGTTGTTTACCGACATTATCTTTTGCTCAAT
GTTTTACCATTACGTTTATATGG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 20 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FV78TF U 1
AF RR3CC50TF U 668
AF RR3FV78JQ C 393
AF RR3FF59JQ C 579
AF RR3FF59TF U 579
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BS 1155 1158 RR3CC50TF
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BS 1174 1174 RR3FF59TF
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BS 1178 1182 RR3CC50TF
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BS 1194 1208 RR3FF59TF
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GGGAGCAAACGCTTTCGGTTTAGACTTTCATCCATCGAAGAATCTTGTAGCTGCTGGTCT
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AACGAATAAAGTCCAAGCTCAGTCCGAGTTTTCTGAAGACGAACTGCTTTCTGTTGTTAT
AATGAAGAATGGCCGTAAAGCAATCTGTGGAACTCAAAATGGTATTCTCATGTTGTATTC
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GACATGTAGCTTTTGTTTCAGATTTATCTGGAAAAAATATACCAGATTCATACTTGAGTT
ATCTATGTTTG*ATTCTGACAGTGTTCTTAACCGATATTATCTTTT
CCCC

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DS 

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CATT*CTAGCATGGC*TTTGCATCTGATTCAATGAAGCTAGTGGCAACAAGTGGAGATGG
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AGACGAACTGCTTTCTGTTGTTATAATGAAGAATGGCCGTAAAGCAATCTGTGGAACTCA
AAATGGTATTCTCATGTTGTATTCATGGGGATTTTTCAAAGATTGTAGTGATCGGTTTGT
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TGGATGTGATAATGGAATAATCAGCCTCGTTGGAATACTACCCAACAGAATCATACAGCC
AATTGGGTCTCACGAGTTCCCTATCGAAGATCTTGCTCTCTCGCATGATAACAAGTTTCT
TGGTAGCACAGCTCATGACAGTATGCTCAAGCTGTGGGATCTAGACGAGATTATAGAAGG
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TACCGACATTATCTTTTGCTCAATGTTTTACCATTACGTTTATATGG

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DS 

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G
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TGGGTCTCACGAGTTCCCTATCGAAGATCTTGCTCTCTCGCATGATAACAGGTTTCTTGG
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TGACAATGATCCCAAGCCTTCCAAAGGTAGCAAGAGGAAAACAAAAAGCAAAGCTGCTAA
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AAAA*TATACCAGATTCATACTTGAGTTATCTATATTTGGATTCTGACAGTGTTGTTTAC
CGACATTATCTTTTGCTCAATGTTTTACC

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DS 

RD RR3FF59TF 630 0 0
G
CGAACTGCTTTCTGTTGTTATAATGAAGAATGGCCGTAAAGCAATCTGTGGAACTCAAAA
TGGTATTCTCATGTTGTATTCATGGGGATTTTTCAAAGATTGTAGTGATCGGTTTGTTGA
TCTATCTCCAAACTCAGTTGATGTCCTATTAAAGCTTGATGAGGATAGACTTATCGCTGG
ATGTGATAATGGAATAATCAGCCTCGTTGGAATACTACCCAACAGAATCATACAGCCAAT
TGGGTCTCACGAGTTCCCTATCGAAGATCTTGCTCTCTCGCATGATAACAGGTTTCTTGG
TAGCACAGCTCATGACAGTATGCTCAAGCTGTGGGATCTAGACGAGATTATAGAAGGTGC
TAATGGAAACGCATCGGGAGCTGCAGAAGACAGCGACAGCGACAACGATGGAATGGACCT
TGACAATGATCCCAAGCCTTCCAAAGGTAGCAAGAGGAAAACAAAAAGCAAAGCTGCTAA
CCCAGTGGACAACAGAGCTTTCTTTGCAGACATGTAGCTTTTGTTTCAGATTCATCTGGA
AAAA*TATACCAGATTCATACTTGAGTTATCTATATTTGGATTCTGACAGTGTTGTTTAC
CGACATTATCTTTTGCTCAATGTTTTACC

QA 2 630 2 630
DS 



AS 1 5

CO CL1784Contig1 911 5 9 U
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GCTAATCCCGTGTCTTTGCCGCCGATGGACGTAGCTGATCCCGTTTCGACGCAGCCGCCG
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AAAGAAATGGTTGAGCAGACAACTACACCTCAAGTGAATCTTCAAGGAGAGATCCCATCA
TCTTCCTCTGATGATGAAGGTGCTACCAGTTTGCTCAGGATCCCACAAGCACAACTATGA
TAACATATTTATTCCCACGAAATATTAGCTAATCTTATTTGGGCCTTCTGTTTAGGGTAT
TTCTTTCAATGTAAAAGATTATTATCTGGTTAAACCTCTGGGCCTTCTGTTTAGGGCTTT
CTTTCTAAGTAAAAAGATTATGATCTGGTTAAACCTTCTAAGCTTTTCCAATATTATAAA
AAACATTGAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D210TF U 1
AF RR3AN82TF U 1
AF RR3CB21TF U 1
AF RR3AN82JQ C 196
AF RR3CB21JQ C 194
BS 1 80 RR3AN82TF
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GGATCGGAAAAAGAAATACTCTTTCTCTACAACCCTGCGCAGATGGAGCCTGAATATGAA
GCTAATCCCGTGTCTTTGCCGCCGATGGACGTAGCTGATCCCGTTTCGACGCAGCCGCCG
CCGCCG***GTAAACATTTCCTCAGCGGAAGAGACTTTCCAGTTGACAGTATCACTTCCT
CCAGGGTTCCTTTTTCGACCTACTGATGAGCAAACGCTGTTCTATTACCTCAAGGGGAAA
GTCTTGAGCGAGGAGGTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCTACAAGCACGATCCC
TGGGACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGTACTTTTTTACCAAC
CTACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACTCCCCACGGGAGATGG
AGACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAAGGGCACAAAG
ATGCCGTATAGCTTCTTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGGCGAATG
GAGGAATTCAAGCTGGAAAACCATTCTGAGATGTGTGTCTCCAAGGTTTTTAGGAAGAAG
AAAGA

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3AN82TF 675 0 0
GGATCGGAAAAAGAAATACTCTTTCTCTACAACCCTGCGCAGATGGAGCCTGAATATGAA
GCTAATCCCGTGTCTTTGCCACCGATGGACGTAGCTGATCCCGTTTCGACGCAGCCGCCG
CCGCCGCCGGTAAACATTTCCTCAGCGGAAGAGACTTTCCAGTTGACAGTATCACTTCCT
CCAGGGTTCCTTTTTCGACCTACTGATGAGCAAACGCTGTTCTATTACCTCAAGGGGAAA
GTCTTGAGCGAAGAGGTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCTACAAGCACGATCCC
TGGGACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGTACTTTTTTACCAAC
CTACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACTCCCCACGGGAGATGG
AGACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAAGGGCACAAAG
ATGCCGTATAGCTTCTTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGGCGAATG
GAGGAATTCAAGCTGGAAAACCATTCTGAGATGTGTGTCTCCAAGGTTTTTAGGAAGAAG
AAAGAAATGGTTGAGCAGACAACTACACCTCAAGTGAATCTTCAAGGAGAGATCCCATCA
TCTTCCTCTGATGAT

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3CB21TF 771 0 0
GGATCGGAAAAAGAAATACTCTTTCTCTACAACCCTGCGCAGATGGAGCCTGAATATGAA
GCTAATCCCGTGTCTTTGCCGCCGATGGACGTAGTTGATCCCGTTTCGACGCAGCCGCCG
CCGCCGCCGGTAAACATTTCCTCAGCGGAAGAGACTTTCCAGTTGACAGTATCACTTCCT
CCAGGGTTCCTTTTTCGACCTACTGATGTGCAAACGCTGTTCTATTACCTCAAGGGGAAA
GTCTTGAGCGAAGAGGTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCTACAAGCACGATCCC
TGGGACTTAGCAGGTCATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGTACTTTTTTACCAAC
CTACAGAGTAGGTACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACTCCCCACGGGAGATGG
AGACGAGGTAGTCGCAAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAAGGGCACAAAG
ATGCCGTATAGCTTCTTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGGCGAATG
GAGGAATTCAAGCTGGAAAACCATTCTGAGATGTGTGTCTCCAAGGTTTTTAG*AAGAAG
AAAGAAATGGTTGAGCAGACGACTACACCTCAAGTGAATCTTCAAGGAGAGATCCCATCA
TCTTCCTCTGATGATGAATGTGCTACCAGTTTGCTCAG*ATCCCACAAGCACAACTATGA
TAACATATTTATTCCCACGAAATATTAGCTAATCTTATTTGGGCCTTCTGT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3AN82JQ 684 0 0
CGACCTACTGATGAGCAAACGCTGTTCTATTACCTCAAGGGGAAAGTCTTGAGCGAAGAG
GTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCTACAAGCACGATCCCTGGGACTTAGCAGGT
CATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGTACTTTTTTACCAACCTACAGAGTAGGTAC
AAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACTCCCCACGGGAGATGGAGACGAGGTAGTCGC
AAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAAGGGCACAAAGATGCCGTATAGCTTC
TTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGGCGAATGGAGGAATTCAAGCTG
GAAAACCATTCTGAGATGTGTGTCTCCAAGGTTTTTAGGAAGAAGAAAGAAATGGTTGAG
CAGACAACTACACCTCAAGTGAATCTTCAAGGAGAGATCCCATCATCTTCCTCTGATGAT
GAAGGTGCTACCAGTTTGCTCAGGATCCCACAAGCACAACTATGATAACATATT*ATTCC
CACGAAATATTAGCTAATCTTATTTGGGCCTTCTGTTTAGGGTATTTCTTTCAATGTAAA
AGATTATTATCTGGTTAAACCTCTGGGCCTTCTGTTTAGGGCTTTCTTTCTAAGTAAAAA
GATTATGATCTGGTTAAACCTTCT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3CB21JQ 718 0 0
TTCGACCTACTGATGTGCAAACGCTGTTCTATTACCTCAAGGGGAAAGTCTTGAGCGAAG
AGGTGACTGATGCCATTGCAGATCTTGACATCTACAAGCACGATCCCTGGGACTTAGCAG
GTCATTCCAAGCTCAAATCCACAGAGGAGTGGTACTTTTTTACCAACCTACAGAGTAGGT
ACAAAAGTGGCCCTCGTACCAAGCGCGACACTCCCCACGGGAGATGGAGACGAGGTAGTC
GCAAGAAAGAGTTCAAAGACCCCAACAGTGATCTCAAGGGCACAAAGATGCCGTATAGCT
TCTTCTTGAAGAACGGCACAAAGGAAGAGCCAAGTGAATGGCGAATGGAGGAATTCAAGC
TGGAAAACCATTTTGAGATGTGTGTCTCCAAGGTTTTTAG*AAGAAGAAAGAAATGGTTG
AGCAGACGACTACACCTCAAGTGAATCTTCAAGGAGAGATCCCATCATCTTCCTCTGATG
ATGAAGGTGCTACCAGTTTGCTCAGGATCCCACAAGCACAACTATGATAACATATTTATT
CCCACGAAATATTAGCTAATCTTATTTGGGCCTTCTGTTTAGGGTATTTCTTTCAATGTA
AAAGATTATTATCTGGTTAAACCTCTGGGCCTTCTGTTTAGGGCTTTCTTTCTAAGTAAA
AAGATTATGATCTGGTTAAACCTTCTAAGCTTTTCCAATATTATAAAAAACATTGAGG

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 5

CO CL1785Contig1 657 5 12 U
GGCTCTCGGAACAAGCCAAAAGCAAAGGATAAAAGAGAGATGGAGTCTAGCAGAGGTCAA
GGTGGGATCCAGCAGTTGCTTGCTGCTGAACAAGAAGCTCAACACATCGTCAATGCTGCA
AGGACCGCAAAGATGGGAAGGCTGAAGCAAGCAAAGGAAGAGGCTGAGAAGGAGATAGGT
GAATACAAAGCTAAAACAGAGCAAGACTTCCAGAGGAAACTTGAGGAGACAAGTGGAGAC
TCGGGTGCGAATGTGAAGAGGCTGGAGCAAGAGACTGATGAGAAGATCGAACAGCTCAAA
AGCGAAGCAGCCAGGATTTCCAACGATGTTGTGGAGATGCTCCTCAAACATGTCACCACT
GTCAAGAACTGAGAGAGAGATTCCTGTAATAATAATAAAAAAATGTCATTTATGAATATT
TATGCTCCTCCTATGTTTCTCTTTCTCTCATTCACGCGTGTGGTGTTAGTGTTACTGGAC
GGGGATCTCAGTGACTCTAATCTCTCATATGAAATGTGTTGCTTGTTTTTCTTTTTGTTG
TAATTTATTCTCTACCATCTTCTGTTGTTGTTGTTTGTTGTGGTTGTATTCATCATTTCC
CTTTTGAGGATTGTAATAAAAAAAACATTGAAATCTAATAAGATTTACATAAATACC


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GW84TF U 1
AF RR3GW84JQ C 1
AF RR3C095JQ C 4
AF RR3FM44TF U 123
AF RR3C095TF U 4
BS 1 5 RR3GW84JQ
BS 6 105 RR3GW84TF
BS 106 106 RR3C095TF
BS 107 120 RR3GW84TF
BS 121 121 RR3C095TF
BS 122 331 RR3GW84TF
BS 332 332 RR3FM44TF
BS 333 478 RR3GW84TF
BS 479 481 RR3FM44TF
BS 482 584 RR3GW84TF
BS 585 625 RR3FM44TF
BS 626 657 RR3C095JQ

RD RR3GW84TF 584 0 0
GGCTC
TCGGAACAAGCCAAAAGCAAAGGATAAAAGAGAGATGGAGTCTAGCAGAGGTCAAGGTGG
GATCCAGCAGTTGCTTGCTGCTGAACAAGAAGCTCAACACGTCGTCAATGCTGCAGGGAC
CGCAAAGATGGGAAGGCTGAAGCAAGCAAAGGAAGAGGCTGAGAAGGAGATAGGTGAATA
CAAAGCTAAAACAGAGCAAGACTTCCAGAGGAAACTTGAGGAGACAAGTGGAGACTCGGG
TGCGAATGTGAAGAGGCTGGAGCAAGAGACTGATGAGAAGATCGAACAGCTCAAAAGCGA
AGCAGCCAGGATTTCCAACGATGTTGCGGAGATGCTCCTCAAACATGTCACCACTGTCAA
GAACTGAGAGAGAGATTCCTGTAATAATAATAAAAAAATGTCATTTATGAATATTTATGC
TCCTCCTATGTTTCTCTTTCTCTCATTCACGCGTGTGGTGTTAGTGTTACTGG***GGGA
TCTCAGTGACTCTAATCTCTCATATGAAATGTGTTGCTTGTTTTTCTTTTTGTTGTAATT
TATTCTCTACCATCTTCTGTTGTTGTTGTTTGTTGTGGT

QA 6 584 6 584
DS 

RD RR3GW84JQ 625 0 0
GGCTCTCGGAACAAGCCAAAAGCAAAGGATAAAAGAGAGATGGAGTCTAGCAGAGGTCAA
GGTGGGATCCAGCAGTTGCTTGCTGCTGAACAAGAAGCTCAACACGTCGTCAATGCTGCA
GGGACCGCAAAGATGGGAAGGCTGAAGCAAGCAAAGGAAGAGGCTGAGAAGGAGATAGGT
GAATACAAAGCTAAAACAGAGCAAGACTTCCAGAGGAAACTTGAGGAGACAAGTGGAGAC
TCGGGTGCGAATGTGAAGAGGCTGGAGCAAGAGACTGATGAGAAGATCGAACAGCTCAAA
AGCGAAGCAGCCAGGATTTCCAACGATGTTGCGGAGATGCTCCTCAAACATGTCACCACT
GTCAAGAACTGAGAGAGAGATTCCTGTAATAATAATAAAAAAATGTCATTTATGAATATT
TATGCTCCTCCTATGTTTCTCTTTCTCTCATTCACGCGTGTGGTGTTAGTGTTACTGG**
*GGGATCTCAGTGACTCTAATCTCTCATATGAAATGTGTTGCTTGTTTTTCTTTTTGTTG
TAATTTATTCTCTACCATCTTCTGTTGTTGTTGTTTGTTGTGGTTGTATTCATCATTTCC
CCTTTGAGGATTGTAATAAAAAAAA

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3C095JQ 654 0 0
GG
TCGGAACAAGCCAAAAGCAAAGGATAAAAGAGAGATGGAGTCTAGCAGAGGTCAAGGTGG
GATCCAGCAGTTGCTTGCTGCTGAACAAGAAGCTCAACACATCGTCAATGCTGCAAGGAC
CGCAAAGATGGGAAGGCTGAAGCAAGCAAAGGAAGAGGCTGAGAAGGAGATAGGTGAATA
CAAAGCTAAAACAGAGCAAGACTTCCAGAGGAAACTTGAGGAGACAAGTGGAGACTCGGG
TGCGAATGTGAAGAGGCTGGAGCAAGAGACTGATGAGAAGATCGAACAGCTCAAAAGCGA
AGCAGCCAGGATTTCCAACGATGTTGTGGAGATGCTCCTCAAACATGTCACCACTGTCAA
GAACTGAGAGAGAGATTCCTGTAATAATAATAAAAAAATGTCATTTATGAATATTTATGC
TCCTCCTATGTTTCTCTTTCTCTCATTCACGCGTGTGGTGTTAGTGTTACTGGACGGGGA
TCTCAGTGACTCTAATCTCTCATATGAAATGTGTTGCTTGTTTTTCTTTTTGTTGTAATT
TATTCTCTACCATCTTCTGTTGTTGTTGTTTGTTGTGGTTGTATTCATCATTTCCCTTTT
GAGGATTGTAATAAAAAAAACATTGAAATCTAATAAGATTTACATAAATACC

QA 3 654 3 654
DS 

RD RR3FM44TF 503 0 0
GACCGCAAAGATGGGAAGGCTGAAGCAAGCAAAGGAAGAGGCTGAGAAGGAGATAGGTGA
ATACAAAGCTAAAACAGAGCAAGACTTCCAGAGGAAACTTGAGGAGACAAGTGGAGACTC
GGGTGCGAATGTGAAGAGGCTGGAGCAAGAGACTGATGAGAAGATCGAACAGCTCAAAAG
CGAAGCAGCCAGGATTTCCAACGATGTTGTGGAGATGCTCCTCAAACATGTCACCACTGT
CAAGAACTGAGAGAGAGATTCCTGTAATAATAATAAAAAAATGTCATTTATGAATATTTA
TGCTCCTCCTATGTTTCTCTTTCTCTCATTCGCGCGTGTGGTGTTAGTGTTACTGGACGG
GGATCTCAGTGACTCTAATCTCTCATATGAAATGTGTTGCTTGTTTTTCTTTTTGTTGTA
ATTTATTCTCTACCATCTTCTGTTGTTGTTGTTTGTTGTGGTTGTATTCATCATTTCCCT
TTTGAGGATTGTAATAAAAAAAA

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR3C095TF 622 0 0
GG
TCGGAACAAGCCAAAAGCAAAGGATAAAAGAGAGATGGAGTCTAGCAGAGGTCAAGGTGG
GATCCAGCAGTTGCTTGCTGCTGAACAAGAAGCTCAACACATCGTCAATGCTGCAAGGAC
CGCAAAGATGGGAAGGCTGAAGCAAGCAAAGGAAGAGGCTGAGAAGGAGATAGGTGAATA
CAAAGCTAAAACAGAGCAAGACTTCCAGAGGAAACTTGAGGAGACAAGTGGAGACTCGGG
TGCGAATGTGAAGAGGCTGGAGCAAGAGACTGATGAGAAGATCGAACAGCTCAAAAGCGA
AGCAGCCAGGATTTCCAACGATGTTGTGGAGATGCTCCTCAAACATGTCACCACTGTCAA
GAACTGAGAGAGAGATTCCTGTAATAATAATAAAAAAATGTCATTTATGAATATTTATGC
TCCTCCTATGTTTCTCTTTCTCTCATTCACGCGTGTGGTGTTAGTGTTACTGGACGGGGA
TCTCAGTGACTCTAATCTCTCATATGAAATGTGTTGCTTGTTTTTCTTTTTGTTGTAATT
TATTCTCTACCATCTTCTGTTGTTGTTGTTTGTTGTGGTTGTATTCATCATTTCCCTTTT
GAGGATTGTAATAAAAAAAA

QA 3 622 3 622
DS 



AS 1 4

CO CL1786Contig1 1085 4 18 U
GTACAAATTCGTGAACATATACACGACCGTGGGAAATACAGATTGAATAAGACTTGTTTC
TTGCACACGCAGCGACATTCTTCTCACAGTAATGAGAGAGAAGGCACAAAAGAGGAAACA
ATACAAATATATTGATAATAACAACCACTCTCGCATAGAGGAGAGGCAGAAAGAAGGAGA
AGAGGTACACATTTTTTCATTGCTTATATATATCAAATTCATTCATCGTCACATTGGTGG
TGGTGGGAGATCAGATTTAGAGGTACTTAACCAGCAGCCAAATGACAAGAGCAAGACCAA
CGATTCCAAGCACTGACAATAGCATTGACATGCACGAGCAACCTCCTTTCATATTCTTGT
TCATCACCGCTAGGTTCTTCTGCACCCGCCGTAAGCGAGAGCCAGTAACATCCACATGGT
AGTCTAAGTCTTCAATAAGCCTTGTCTGCAGAGTGAGCTCTTCATTGACAGCGAGAGCAA
TGTGTTTGGTACTCATCACTGTTTCCTCCAACTTCCCCAGCCCTTCGTCTTGTTCTCTCA
TAACTTGTCTTTGAAATCCAACAATGCCTTGGTTGTCCATGCCAGAGACTCTGTTCATTG
CATCATCAGGCTTTGTATCTGGCCCAAGCAAGCTGTCTCTATTCGCAAAGTTTGACATGT
TCAAAGCAGACGCCACCTGGTTCGCCTTTGATCTCAAGTTCCCAACCATATCCTTGCGAC
GATTCACCCCCTTCTCTGACACATGTTGCTTCCCAACAAGAAGGGATTGAAGAGTGTCTA
ATCGAGTCCCCAAAATGGTGATCTTTCTTCGAATAGCAGAAGCACGACGCTGAGCATCAG
GCCCCGTTACACCAGACGAGTTCCTTTCAGACATCATGCCATTGATATCCTCAGAGAGCT
TTAAAGCCTCATTGTACTCTCTCATCCATGCATCAGAAGAAGACCCCATTTTGACCCTTT
TTTCAATCAAACCCTTTTTTTATTGATTTTCAAAAGACAAGATCCCGGTGCTGAATTTGC
AAGGCGCTGGCGGAACGGAATCACCACGGGACCGTCGTCGAAAAGGAAAATTATCACGCG
ACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3FR27JQ U 1
AF RR3CS91JQB U 112
AF RR3FR27TF C 224
AF RR3EG47TF C 382
BS 1 403 RR3FR27JQ
BS 404 404 RR3CS91JQB
BS 405 433 RR3FR27JQ
BS 434 434 RR3CS91JQB
BS 435 496 RR3FR27JQ
BS 497 497 RR3CS91JQB
BS 498 583 RR3FR27JQ
BS 584 584 RR3CS91JQB
BS 585 625 RR3FR27JQ
BS 626 626 RR3CS91JQB
BS 627 764 RR3FR27JQ
BS 765 765 RR3CS91JQB
BS 766 790 RR3FR27JQ
BS 791 791 RR3CS91JQB
BS 792 804 RR3FR27JQ
BS 805 937 RR3CS91JQB
BS 938 947 RR3FR27TF
BS 948 1085 RR3EG47TF

RD RR3FR27JQ 804 0 0
GTACAAATTCGTGAACATATACACGACCGTGGGAAATACAGATTGAATAAGACTTGTTTC
TTGCACACGCAGCGACATTCTTCTCACAGTAATGAGAGAGAAGGCACAAAAGAGGAAACA
ATACAAATATATTGATAATAACAACCACTCTCGCATAGAGGAGAGGCAGAAAGAAGGAGA
AGAGGTACACATTTTTTCATTGCTTATATATATCAAATTCATTCATCGTCACATTGGTGG
TGGTGGGAGATCAGATTTAGAGGTACTTAACCAGCAGCCAAATGACAAGAGCAAGACCAA
CGATTCCAAGCACTGACAATAGCATTGACATGCACGAGCAACCTCCTTTCATATTCTTGT
TCATCACCGCTAGGTTCTTCTGCACCCGCCGTAAGCGAGAGCCTGTAACATCCACATGGT
AGTCTAAGTCTTCGATAAGCCTTGTCTGCAGAGTGAGCTCTTCATTGACAGCGAGAGCAA
TGTGTTTGGTACTCATGACTGTTTCCTCCAACTTCCCCAGCCCTTCGTCTTGTTCTCTCA
TAACTTGTCTTTGAAATCCAACAATGCCTTGGTTGTCCATGCCGGAGACTCTGTTCATTG
CATCATCAGGCTTTGTATCTGGCCCGAGCAAGCTGTCTCTATTCGCAAAGTTTGACATGT
TCAAAGCAGACGCCACCTGGTTCGCCTTTGATCTCAAGTTCCCAACCATATCCTTGCGAC
GATTCACCCCCTTCTCTGACACATGTTGCTTCCCAACAAGAAGG*ATTGAAGAGTGTCTA
ATCGAGTCCC*AAAATGGTGATCT

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3CS91JQB 826 0 0
GAGGAAACAATACAAATATATTGATAATAACAACCACTCTCGCATAGAGGAGAGGCAGAA
AGAAGGGGAAGAGGTACACATTTTTTCATTGCTTATATATATCAAATTCATTCATTGTCA
TATTGGTGGTGGTGGGGGATCAGATTTAGAGGTACTTAACCAGCAGCCAAATGACAAGAG
CAAGACCAACGATTCCAAGCACTGACAATAGCATTGACATGCACGAGCAACCTCCTTTCA
TATTCTTGTTCATCGCCGCTAGGCTCTTCTGCACCCGCCGTAAGCGGGAGTCAGTAACAT
CCACGTGGTAGTCCAAGTCTTCAATAAGCCTTGTCTGCAGAGTGAGCTCTTCATTGACAG
CGAGAGCAATGTGTTTGGTACTCATCACTGTTTCCTCCAACTTCTCCAGCCCTTCGTTTT
GTTCTCTCATAACTTGTCTTTGAAATCCAACAATGCCTTGGTTGTCCATGCCAGAGACTC
TGTTCATTGCATCATCAGGCTTTGTATCTGGCCCAAGCAAGCTGTCTCTATTCGCAAAGT
TTGACATGTTCAAAGCAGACGCCACCTGGTTCGCCTTTGATCTCAAGTTCCCAACCATAT
CCTTGCGACGATTCACCTCCTTCTCTGACACATGTTGCTTCCCAACAAGAAGGGATTGAA
GAGTGTCTAATCGAGTCCCCAAAATGGTGATCTTTCTTCGAATAGCAGAAGCACGACGCT
GAGCATCAGGCCCCGTTACACCAGACGAGTTCCTTTCAGACATCATGCCATTGATATCCT
CAGAGAGCTTTAAAGCCTCATTGTACTCTCTCATCCATGCATCAGA

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR3FR27TF 724 0 0
TCATCGTCACA
TGGTGGTGGTGGGAGATCAGATTTAGAGGTACTTAACCAGCAGCCAAATGACAAGAGCAA
GACCAACGATTCCCAGCACTGACAATAGCATTGACATGCACGAGCAACCTCCTTTCATAT
TCTTGTTCATCACCGCTAGGTTCTTCTGCACCCGCCGTAAGCGAGAGCCTGTAACATCCA
CATGGTAGTCTAAGTCTTCGATAAGCCTTGTCTGCAGAGTGAGCTCTTCATTGACAGCGA
GAGCAATGTGTTTGGTACTCATGACTGTTTCCTCCAACTTCCCCAGCCCTTCGTCTTGTT
CTCTCATAACTTGTCTTTGAAATCCAACAATGCCTTGGTTGTCCATGCCGGAGACTCTGT
TCATTGCATCATCAGGCTTTGTATCTGGCCCGAGCAAGCTGTCTCTATTCGCAAAGTTTG
ACATGTTCAAAGCAGACGCCACCTGGTTCGCCTTTGATCTCAAGTTCCCAACCATATCCT
TGCGACGATTCACCCCCTTCTCTGACACATGTTGCTTCCCAACAAGAAGGGATTGAAGAG
TGTCTAATCGAGTCCCCAAAATGGTGATCTTTCTTCGAATAACAGAAGCACGACGCTGAG
CATCAGGCCCCGTTACACCAGACGAGTTCCTTTCAGACATCATGCCATTGATATCCTCAG
AGAGCTTTAAAGCCTCATTGTACTCTCTTATCCATGCATCAGAAGAAGACCCC

QA 12 724 12 724
DS 

RD RR3EG47TF 704 0 0
GCACCCGTCTTAAGCGGGAGTCAGTAACATCCACGTGGTAGTCTAAGTCTTCAATAAGC*
TTGTCTGCAGAGTGAGCTCTTCATTGACAGCGAGAGCAATGTGTTTGGTACTCATCACTG
TTTCCTCCAACTTCTCCAGCCCTTCGTCTTGTTCTCTCATAACTTGTCTTTGAAATCCAA
CAATGCCTTGGTTGTCCATGCCAGAGACTCTGTTCATTGCATCATCAGGCTTTGTATCTG
GCCCAAGCAAGCTGTCTCTATTCGCAAAGTTTGACATGTTCAAAGCAGACGCCACCTGGT
TCGCCTTTGATCTCAAGTTCCCAACCATATCCTTGCGACGATTCACCTCCTTCTCTGACA
CATGTAGCTTCCCAACAAGAAGGGATTGAAGAGTGTCTAATCGAGTCCCCAAAATGGTGA
TCTTTCTTCGAATAGCTGAAGCACGACGCTGAGCATCAGGCCCCGTTACACCAGACGAGT
TCCTTTCAGACATCATGCCATTGATATCCTCAGAGAGCTTTAAAGCCTCATTGTACTCTC
TCATCCATGCATCAGAAGAAGACCCCATTTTGACCCTTTTTTCAATCAAACCCTTTTTTT
ATTGATTTTCAAAAGACAAGATCCCGGTGCTGAATTTGCAAGGCGCTGGCGGAACGGAAT
CACCACGGGACCGTCGTCGAAAAGGAAAATTATCACGCGACCCC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 5

CO CL1787Contig1 635 5 9 U
GGGGGCGGCTTCTAGCAGTTTCACTTGTTCGCACGGGAAAAAATGCCGGCAGGACATGGA
GTTCGTGCTCGAATGAGGGATCTGTTCGCTAGAGGGTTCAGGAAGAAGGGTACAATCCCA
TTGTCCACGTACCTCAGAACCTTCAAGGTCGGAGATTACGTCGATGTTAAAGTGAATGGT
GCGATCCACAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCATGGTCGTACTGGTCGCGTCTGGAAC
GTCACCAAACGCGCCGTTGGTGTCGAAGTTAACAAACAGATCGGAAACAGGATCATAAAG
AAGAGGCTTCACGTGCGTGTGGAGCATGTGCAGCAGTCTAGATGTGCAGAGGAGTTCAAA
CTAAGGAAGAAGAAGAACGATGAGCTGAAAGCTGCAGCCAAAGCCAGAGGAGAGACGATA
AGCACCAAGAGGCAGCCTAAAGGACCTAAACCAGGATTCATGGTTGAAGGTATGACCTTG
GAGACAGTCACCCCAATCTCCTACGACGTCGTCAACGATCTCAAAGGAGGCTATTAGTTC
TTACTTTTCTTCCCTATTCTTACTGTGTGTTTTGGAACTCTGCATTTGTACCGACTTAAA
ACTCTTATCTAAGAATTTATTTGAGAAATTTTTGC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 5 5 5 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3GJ84JQ C 230
AF RR3GJ84TF U 1
AF RR3BW28TF U 189
AF RR3F057JQ C 2
AF RR3F057TF U 2
BS 1 73 RR3GJ84TF
BS 74 74 RR3F057TF
BS 75 127 RR3GJ84TF
BS 128 128 RR3F057TF
BS 129 357 RR3GJ84TF
BS 358 361 RR3BW28TF
BS 362 498 RR3GJ84TF
BS 499 499 RR3F057TF
BS 500 635 RR3GJ84TF

RD RR3GJ84JQ 273 0 0
GCGTCTGGAACGTCACCAAACGCGCCGTTGGTGTCGAAGTTAACAAACAGATCGGAAACA
GGATCATAAAGAAGAGGCTTCACGTGCGTGTGGAGCATGTGCAGCAGTCTAGATGTGCAG
AGGAGTTT****TAAGGAAGAAGAAGAACGATGAGCTGAAAGCTGCAGCCAAAGCCAGAG
GAGAGACGATAAGCACCAAGAGGCAGCCTAAAGGACCTAAACCAGGATTCATGGTTGAAG
GTATGACCTTGGAGACAGTCACCCCAATC
CCCT

QA 1 269 1 269
DS 

RD RR3GJ84TF 635 0 0
GGGGGCGGCTTCTAGCAGTTTCACTTGTTCGCACGGGAAAAAATGCCGGCAGGACATGGA
GTTCGTGCTCGAACGAGGGATCTGTTCGCTAGAGGGTTCAGGAAGAAGGGTACAATCCCA
TTGTCCAGGTACCTCAGAACCTTCAAGGTCGGAGATTACGTCGATGTTAAAGTGAATGGT
GCGATCCACAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCATGGTCGTACTGGTCGCGTCTGGAAC
GTCACCAAACGCGCCGTTGGTGTCGAAGTTAACAAACAGATCGGAAACAGGATCATAAAG
AAGAGGCTTCACGTGCGTGTGGAGCATGTGCAGCAGTCTAGATGTGCAGAGGAGTTC***
*TAAGGAAGAAGAAGAACGATGAGCTGAAAGCTGCAGCCAAAGCCAGAGGAGAGACGATA
AGCACCAAGAGGCAGCCTAAAGGACCTAAACCAGGATTCATGGTTGAAGGTATGACCTTG
GAGACAGTCACCCCAATCCCCTACGACGTCGTCAACGATCTCAAAGGAGGCTATTAGTTC
TTACTTTTCTTCCCTATTCTTACTGTGTGTTTTGGAACTCTGCATTTGTACCGACTTAAA
ACTCTTATCTAAGAATTTATTTGAGAAATTTTTGC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3BW28TF 446 0 0
G
AAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCATGGTCGTACTGGTCGCGTCTGGAACGTCACCAAA
CGCGCCGTTGGTGTCGAAGTTAACAAACAGATCGGAAACAGGATCATAAAGAAGAGGCTT
CACGTGCGTGTGGAGCATGTGCAGCAGTCTAGATGTGCAGAGGAGTTCAAACTAAGGAAG
AAGAAGAACGATGAGCTGAAAGCTGCAGCCAAAGCCAGAGGAGAGACGATAAGCACCAAG
AGGCAGCCTAAAGGACCTAAACCAGGATTCATGGTTGAAGGTATGACCTTGGAGACAGTC
ACCCCAATCCCCTACGACGTCGTCAACGATCTCAAAGGAGGCTATTAGTTCTTACTTTTC
TTCCCTATTCTTACTGTGTGTTTTGGAACTCTGCATTTGTACCGACTTAAAACTCTTATC
TAAGAATTTATTTGAGAAATTTTTG

QA 2 446 2 446
DS 

RD RR3F057JQ 622 0 0
GGGGCGGCTTCTAGCAGTTTCACTTGTTCGCACGGGAAAAAATGCCGGCAGGACATGGAG
TTCGTGCTCGAATGAGGGATCTGTTCGCTAGAGGGTTCAGGAAGAAGGGTACAATCCCAT
TGTCCACGTACCTCAGAACCTTCAAGGTCGGAGATTACGTCGATGTTAAAGTGAATGGTG
CGATCCACAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCATGGTCGTACTGGTCGCGTCTGGAACG
TCACCAAACGCGCCGTTGGTGTCGAAGTTAACAAACAGATCGGAAACAGGATCATAAAGA
AGAGGCTTCACGTGCGTGTGGAGCATGTGCAGCAGTCTAGATGTGCAGAGGAGTTCAAAC
TAAGGAAGAAGAAGAACGATGAGCTGAAAGCTGCAGCCAAAGCCAGAGGAGAGACGATAA
GCACCAAGAGGCAGCCTAAAGGACCTAAACCAGGATTCATGGTTGAAGGTATGACCTTGG
AGACAGTCACCCCAATCTCCTACGACGTCGTCAACGATCTCAAAGGAGGCTATTAGTTCT
TACTTTTCTTCCCTATTCTTACTGTGTGTTTTGGAACTCTGCATTTGTACCGACTTAAAA
CTCTTATCTAAGAATTTATTTG

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3F057TF 622 0 0
GGGGCGGCTTCTAGCAGTTTCACTTGTTCGCACGGGAAAAAATGCCGGCAGGACATGGAG
TTCGTGCTCGAATGAGGGATCTGTTCGCTAGAGGGTTCAGGAAGAAGGGTACAATCCCAT
TGTCCACGTACCTCAGAACCTTCAAGGTCGGAGATTACGTCGATGTTAAAGTGAATGGTG
CGATCCACAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCATGGTCGTACTGGTCGCGTCTGGAACG
TCACCAAACGCGCCGTTGGTGTCGAAGTTAACAAACAGATCGGAAACAGGATCATAAAGA
AGAGGCTTCACGTGCGTGTGGAGCATGTGCAGCAGTCTAGATGTGCAGAGGAGTTCAAAC
TAAGGAAGAAGAAGAACGATGAGCTGAAAGCTGCAGCCAAAGCCAGAGGAGAGACGATAA
GCACCAAGAGGCAGCCTAAAGGACCTAAACCAGGATTCATGGTTGAAGGTATGACCTTGG
AGACAGTCACCCCAATCTCCTACGACGTCGTCAACGATCTCAAAGGAGGCTATTAGTTCT
TACTTTTCTTCCCTATTCTTACTGTGTGTTTTGGAACTCTGCATTTGTACCGACTTAAAA
CTCTTATCTAAGAATTTATTTG

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 3

CO CL1788Contig1 1201 3 8 U
GGAAGTTTCTTCTCTTCTATTACACGACCAATCCCAATGGAAGGCGATCAAGACACATCG
GGTTTCACTTTGGTAACAAGGAAGCCTCGCTTTGGACTCCCAACAGCTTGCCCTAACTGC
CTCCCCGCTTACATATACCTGAAACTAGCCCAGCTTCCTTTTCAACTCGCCTTCAATTCC
ATCTTCCCTGATTCAGATGAGCTTCCGTACTTTGAAACGGGTACATATGTTGCATACAAC
AATGAAGACGGAGGTGTGATTGAGAAGCTGAAGAAAGATGGGGTTGTTAATCTTGACTCT
CAGCTTCAGTCTCTTCCTGATTATCTTTCCTTGAAGGCTCTTATCTTATCATGGCTGGAA
GAAGCTCTTGCGTATGAACTGTGGGTTGGTACTGATAAAGTATCTGCGTGGAAGATCTAC
TACGCGGACCTTCCTTGGGTGATTAGCAAGGTCCTGTTCTATAAGCAGACTTACATGGCC
AAGACCCGTTTAGGACTCACAAAAGAAAACGCAGAGGAAAGAAAGAAACAGATATACAAG
AGGGCTGGTGATGCGTATGAAGCTTTGTCGACTAGGTTAGGCGACCACAAGTTTCTTTTT
GAAGACAGGCCATCGAGTTTGGATGCTTTCCTTCTCTCGCACATACTTTTTATAATCCAA
GTGCTACCTGAAACATCAGTGCTTCAGCGCAAACTTCTAGAACATGGTATTCTTGTCAGA
TATTCTGAGAAACTCAGGTTAGAGTTCCTTAAAGCCCCTTCTTCATCTTCTACGCCTCCG
CTTCACTCATTCCCTTCCTCATTTTCAAGAAAGAGTTCAAAGCCAAAGAACAAACCAAAG
ACAGAAAAGACTGAAGAGGAGAAAACATTCAAGAAAAGAGCAAAGTTCTTTCTAGCTGCT
CAGTTTCTAGCGGTGGTTATCTACTTATCCGTGATGGGAGGAGTTAGTAACGATGAACTG
GAGTATGAAGATGATGATTAGTACAACTAAAGCTTCTCTTGTTACATGAACCAGTAACTC
TCTTCTTCCTAGACACAATAATCTCTCTGCTATTTCTTAAATTTTTGGTTAAAGAGAGGC
TAATGATGTGAGGTTAGTCCCACATTATAATCATTTTTTCATTCCGAAGGAGATTCATTG
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T


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 

AF RR3AP26TF U 1
AF RR3AZ36TF U 20
AF RR3AZ36JQ C 453
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GAAGACAGGCCATCGAGTTTGGATGCTTTCCTTCTCTCGCACATACTTTTTATAATCCAA
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TATTCTGAGAAACTC

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DS 

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GG
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AAGCCTCGCTTTGGACTCCCAACAGCTTGCCCTAACTGCCTCCCCGCTTACATATACCTG
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CTTCCGTACTTTGAAACGGGTACATATGTTGCATACAACAATGAAGACGGAGGTGTGATT
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TATCTTTCCTTGAAGGCTCTTATCTTATCATGGCTGGAAGAAGCTCTTGCGTATGAACTG
TGGGTTGGTACTGATAAAGTATCTGCGTGGAAGATCTACTACGCGGACCTTCCTTGGGTG
ATTAGCAAGGTCCTGTTCTATAAGCAGACTTACATGGCCAAGACCCGTTTAGGACTCACA
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GATGCTTTCCTTCTCTCGCACATACTTTTTATAATCCAAGTGCTACCTGAAACATCAGTG
CTTCAGCGCAAACTTCTAGAACATGGTATTCTTGTCAGATATTCTGAGAAAC

QA 3 714 3 714
DS 

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TCTCTCGCACATACTTTTTATAATCCAAGTGCTACCTGAAACATCAGTGCTTCAGCGCAA
ACTTCTAGAACATGGTATTCTTGTCAGATATTCTGAGAAACTCAGGTTAGAGTTCCTTAA
AGCCCCTTCTTCATCTTCTACGCCTCCGCTTCACTCATTCCCTTCCTCATTTTCAAGAAA
GAGTTCAAAGCCAAAGAACAAACCAAAGACAGAAAAGACTGAAGAGGAGAAAACATTCAA
GAAAAGAGCAAAGTTCTTTCTAGCTGCTCAGTTTCTAGCGGTGGTTATCTACTTATCCGT
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ATTTTTTCATTCCGAAGGAGATTCATTGGCTTTGGAAAGACTCTTTGTTGTTCATCCTCA
AAATCAACTGAACTAACTCTGTTTTGTCT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 5

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CTGCGTTTCCGGCCGACGGTTCCGGCTCTCCGAGTCACCGTCGGTCGGATTTTGTTTTGT
GTGTTTAGATGTTCTCTTCTTGTTTTAGTTTGTATGCATCTTAGTCAAGTTTGAAGATTA
TCCGATTGTAGATCTAGATCTAGATTTCAAGATCTGGGTTTTGGTGTTGAGCTCCGCCGG
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CGATGGATCTGCTTATGGTTTTGTTTGCTTCTTGTGGCGGATCAACCAGTTGAGGAAAGT
TGTGCTTATCCTTGTCTCTCCTGCAACGGGTCAATCTGGAAAGGTGTTCGTTGTCCTGAT
CTGGATCTGTTTACTCCGGCTCGTTTACAAGGATTTGGAGCTGTGGCTCATGGCACCTAG
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AGTTTCTCTTGGCTCGGCTAGTGAAAGTCGGAGCATTGTAATGAGAAGTAGTTCTTCCCC
TAATAAGTTTCGCTCTTTGGTGTGCGCTTATTTCTTCGGTCCTCATCTGGTGTATCTGGT
TACTTTGGGTGTTTTGTTGAATTGATCTAGTATCTTTGATTGGGTTCTCTTTTAACTTTT
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CAATGGAATGTTTCTGAGG


BQ
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AF RR3EX67JQ C 204
AF RR3A354TF U 3
AF RR3E980JQ C 130
BS 1 464 RR3EX67TF
BS 465 465 RR3A354TF
BS 466 705 RR3EX67TF
BS 706 780 RR3A354TF
BS 781 859 RR3E980JQ

RD RR3E980TF 447 0 0
G
GGACAGTTCCTCTCTCTAAAAACCCTCTGTCTTCTCTCTAGATCAACTCAGACTGAAACT
GCGTTTCCGGCCGACGGTTCCGGCTCTCCGAGTCACCGTCGGTCGGATTTTGTTTTGTGT
GTTTAGATGTTCTCTTCTTGTTTTAGTTTGTATGCATCTTAGTCAAGTTTGAAGATTATC
CGATTGTAGATCTAGATCTAGATTTCAAGATCTGGGTTTTGGTGTCGAGCTCCGCCGGTG
GGTTATACGGCTCTGTTCGTGTTACCTCTGTTCTGGTTCTGTCTCGCCCTTTTAAATCCG
ATGGATCTGCTTATGGTTTTGTTTGCTTCTTGTGGCGGATCAACCAGTTGAGGAAAGTTG
TGCTTATCCTTGTCTCTCCTGCAACGGGTCAATCTGGAAAGGTGTTCGT*GCCCTGATCT
GGATCTGTT*ACTCCGGCTCGTT
ACA

QA 2 444 2 444
DS 

RD RR3EX67TF 721 0 0
GGGGACAGTTCCTCTCTCTAAAAACCCTCTGTCTTCTCTCTAGATCAACTCAGACTGAAA
CTGCGTTTCCGGCCGACGGTTCCGGCTCTCCGAGTCACCGTCGGTCGGATTTTGTTTTGT
GTGTTTAGATGTTCTCTTCTTGTTTTAGTTTGTATGCATCTTAGTCAAGTTTGAAGATTA
TCCGATTGTAGATCTAGATCTAGATTTCAAGATCTGGGTTTTGGTGTTGAGCTCCGCCGG
TGGGTTATACGGCTCTGTTCGTGTTACCTCTGTTCTGGTTCTGTCTCGCCCTTTTAAATC
CGATGGATCTGCTTATGGTTTTGTTTGCTTCTTGTGGCGGATCAACCAGTTGAGGAAAGT
TGTGCTTATCCTTGTCTCTCCTGCAACGGGTCAATCTGGAAAGGTGTTCGTTGTCCTGAT
CTGGATCTGTTTACTCCGGCTCGTTTACAAGGATTTGGAGCTGTTGCTCATGGCACCTAG
CGTTGAGGTTTGATGGTTAAAAAGCTGGGTCTTCATCATCCTCTGGGGTTTGTGTTCTGC
AGTTTCTCTTGGCTCGGCTAGTGAAAGTCGGAGCATTGTAATGAGAAGTAGTTCTTCCCC
TAATAAGTTTCGCTCTTTGGTGTGCGCTTATTTCTTCGGTCCTCATCTGGTGTATCTGGT
TACTTTGGGTGTTTTGTTGAATTGATCTAGTATCTTTGATTGGGT
CTCTTTTACTTTGTTA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3EX67JQ 521 0 0
ATTTCAAGATCTGGGTTTTGGTGTTGAGCTCCGCCGGTGGGTTATACGGCTCTGTTCGTG
TTACCTCTGTTCTGGTTCTGTCTCGCCCTTTTAAATCCGATGGATCTGCTTATGGTTTTG
TTTGCTTCTTGTGGCGGATCAACCAGTTGAGGAAAGTTGTGCTTATCCTTGTCTCTCCTG
CAACGGGTCAATCTGGAAAGGTGTTCGTTGTCCTGATCTGGATCTGTTTACTCCGGCTCG
TTTACAAGGATTTGGAGCTGTTGCTCATGGCACCTAGCGTTGAGGTTTGATGGTTAAAAA
GCTGGGTCTTCATCATCCTCTGGGGTTTGTGTTCTGCAGTTTCTCTTGGCTCGGCTAGTG
AAAGTCGGAGCATTGTAATGAGAAGTAGTTCTTCCCCTAATAAGTTTCGCTCTTTGGTGT
GCGCTTATTTCTTCGGTCCTCATCTGGTGTATCTGGTTACTTTGGGTGTTTTGTTGAATT
GATCTAGTATCTTTGATTGGGT
TCTCTTTTAACTTTTGTTA

QA 1 502 1 502
DS 

RD RR3A354TF 778 0 0
GGACAGTTCCTCTCTCTAAAAACCCTCTGTCTTCTCTCTAGATCAACTCAGACTGAAACT
GCGTTTCCGGCCGACGGTTCCGGCTCTCCGAGTCACCGTCGGTCGGATTTTGTTTTGTGT
GTTTAGATGTTCTCTTCTTGTTTTAGTTTGTATGCATCTTAGTCAAGTTTGAAGATTATC
CGATTGTAGATCTAGATCTAGATTTCTAGATCTGGGTTTTGGTGTTGAGCTCCGCCGGTG
GGTTATACGGCTCTGTTCGTGTTACCTCTGTTCTGGTTCTGTCTCGCCCTTTTAAATCCG
ATGGATCTGCTTATGGTTTTGTTTGCTTCTTGTGGCGGATCAACCAGTTGAGGAAAGTTG
TGCTTATCCTTGTCTCTCCTGCAACGGGTCAATCTGGAAAGGTGTTCGTTGTCCTGATCT
GGATCTGTTTACTCCGGCTCGTTTACAAGGATTTGGAGCTGTGGCTCATGGCACCTAGCG
TTGAGGTTTGATGGTTAAAAAGCTGGGTCTTCATCATCCTCTGGGGTTTGTGTTCTGCAG
TTTCTCTTGGCTCGGCTAGTGAAAGTCGGAGCATTGTAATGAGAAGTAGTTCTTCCCCTA
ATAAGTTTCGCTCTTTGGTGTGCGCTTATTTCTTCGGTCCTCATCCGGTGTATCTGGTTA
CTTTGGGTGTTTTGTTGAATTGATCTAGTATCTTTGATTGGGTTCTCTTTTAACTTTTGT
TAATTATGGTTTGTTTAAGCTTCCAGAGTGCGATCTTGTGTACTGCTGGCTTTAGTCT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3E980JQ 730 0 0
TGTTCTCTTCTTGTTTTAGTTTGTATGCATCTTAGTCAAGTTTGAAGATTATCCGATTGT
AGATCTAGATCTAGATTTCAAGATCTGGGTTTTGGTGTCGAGCTCCGCCGGTGGGTTATA
CGGCTCTGTTCGTGTTACCTCTGTTCTGGTTCTGTCTCGCCCTTTTAAATCCGATGGATC
TGCTTATGGTTTTGTTTGCTTCTTGTGGCGGATCAACCAGTTGAGGAAAGTTGTGCTTAT
CCTTGTCTCTCCTGCAACGGGTCAATCTGGAAAGGTGTTCGTTGCCCTGATCTGGATCTG
TTTACTCCGGCTCGTTTACAAGGATTTGGAGCTGTGGCTCATGGCACCTAGCGTTGAGGT
TTGATGGTTAAAAAGCTGGGTCTTCATCATCCTCTGGGGTTTGTGTTCTGCAGTTTCTCT
TGGCTCGGCTAGTGAAAGTCGGAGCATTGTAATGAGAAGTAGTTCTTCCCCTAATAAGTT
TCGCTCTTTGGTGTGCGCTTATTTCTTCGGTCCTCATCTGGTGTATCTGGTTACTTTGGG
TGTTTTGTTGAATTGATCTAGTATCTTTGATTGGGTTCTCTTTTAACTTTTGTTAATTAT
GGTTTGTTTAAGCTTCCAGAGTGCGATCTTGTGTACTGCTGGCTTTAGTCTCTAGGAGTT
TAATAACTCGCTAGCTTTGGTTGTGTATCATGTAAGGTTCCGGCCTTTCATCAATGGAAT
GTTTCTGAGG

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 5

CO CL1790Contig1 1030 5 23 U
GAGCGAGATGGAGACGGAGACGAATCCTAGCTTTACTGAGCTGGATGGTGGTTTCTCCGG
TGTGAAAGAGAAGATGGTTGTGGTTGGTCAGAGTCCAAGGCCTCAACGACATTTCAGGAG
GATGTCTACTAAAGAAGTTAGGACTGATGCTTATGTTGAGTCTCCTAGGAAAGTGGCTAA
TGATGATTCGTCTGATATAGGAGATGATGACATGAGTGATAGAGTCTACACCATTGATTC
TGTACATCATCATAGTGGTGGAACTGAGCAGAAGAAGCTTGAGGCGGAGACTTCTGAGGG
CAATGTGGTTTTCCCGAGAGAAGAAGAGATGGAGGATCTTGGTGGTGATCCTGATATAAC
GAAACTCTACATGAGGCTTCAAGCGCTGGAAGCTGACAGGGAATCGATGAAGCAGGCGCT
TGTTTCTATGAGGACCGAGAAGGCTCAGATGGTGCTGTTGAAAGAGATTGCTCAACATTT
GTCAAAGGAAGTTGTCCCTCAACGGAGGTTGCCTCTACGGAAAGCATCCGCTGATGGGCC
ATTGCCTTTCACGCCAGTCTTTAAGTGGATCACATCTTTTGTTTCCTGGAGAAGAAAGGC
TCGTCGAAGCAAGTACATGTATGGGATGTCAGCAAACAACATGGGACTGCAAATGCTACT
AGAGAAGGTCCCTAGATCAAGGAAATGGCGATGCCTCAGGAGCACGCAAGTATGAAACAG
ATCCAGTCCTCTACAAAGCCAAGATCATTAATCTCCTGACACTCTAGATTTCCAAAACCA
CATAAGTATCAGTT*ACTGATGAATTACATTTCGTGAAGTGTGTTGTGTTTTTCTCCAAC
TCGAATTGGGGTTCCTGTTCTTGGGTTGCTGAGAAAAATGTTTGTCCTATGCGGTTTTTT
TATTCATTCTGTTTTCCCTCCAATGTTTTAATTGTTTGTATAAAAAATAATGGGGTTGCA
GAATGATTTATAACTCAGAGGCTATTCAATATTTGTTGTATGATTTATAACTCAGAGAGG
CTATACAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C908TF U 1
AF RR3BQ62TF U 229
AF RR3D483TF U 355
AF RR3D483JQ C 511
AF RR3C908JQ C 265
BS 1 243 RR3C908TF
BS 244 244 RR3BQ62TF
BS 245 666 RR3C908TF
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BS 701 755 RR3C908TF
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BS 896 900 RR3BQ62TF
BS 901 901 RR3D483TF
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BS 915 915 RR3D483TF
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BS 948 954 RR3C908JQ
BS 955 955 RR3D483JQ
BS 956 1030 RR3C908JQ

RD RR3C908TF 816 0 0
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TGTGAAAGAGAAGATGGTTGTGGTTGGTCAGAGTCCAAGGCCTCAACGACATTTCAGGAG
GATGTCTACTAAAGAAGTTAGGACTGATGCTTATGTTGAGTCTCCTAGGAAAGTGGCTAA
TGATGATTCGTCTGATATAGGAGATGATGACATGAGTGATAGAGTCTACACCATTGATTC
TGTCCATCATCATAGTGGTGGAACTGAGCAGAAGAAGCTTGAGGCGGAGACTTCTGAGGG
CAATGTGGTTTTCCCGAGAGAAGAAGAGATGGAGGATCTTGGTGGTGATCCTGATATAAC
GAAACTCTACATGAGGCTTCAAGCGCTGGAAGCTGACAGGGAATCGATGAAGCAGGCGCT
TGTTTCTATGAGGACCGAGAAGGCTCAGATGGTGCTGTTGAAAGAGATTGCTCAACATTT
GTCAAAGGAAGTTGTCCCTCAACGGAGGTTGCCTCTACGGAAAGCATCCGCTGATGGGCC
ATTGCCTTTCACGCCAGTCTTTAAGTGGATCACATCTTTTGTTTCCTGGAGAAGAAAGGC
TCGTCGAAGCAAGTACATGTATGGGATGTCAGCAAACAACATGGGACTGCAAATGCTACT
AGAGAAAGTCCCTAGATCAAGGAAATGGCGATGCCTCAG*AGCACGCAAGTATGAAACAG
ATCCAGTCCTCTACAAAGCCAAGATCATTAATCTC*TGACACTCTAGATTTCCAAAACCA
CATAAGTATCAGTT*ACTGATGAATTACATTTCGTG

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3BQ62TF 720 0 0
G
ACCATTGATTCTGTACATCATCATAGTGGTGGAACTGAGCAGAAGAAGCTTGAGGCGGAG
ACTTCTGAGGGCAATGTGGTTTTCCCGAGAGAAGAAGAGATGGAGGATCTTGGTGGTGAT
CCTGATATAACGAAACTATACATGAGGCTTCAAGCGCTGGAAGCTGACAGGGAATCGATG
AAGCAGGCGCTTGTTTCTATGAGGACCGAGAAGGCTCAGATGGTGCCGTTGAAAGAGATT
GCTCAGCATTTGTCAAAGGAAGTTGTCCCTCAACGGAGGTTGCCTCTACGGAAAGCATCC
GCTGATGGGACATTGCCTTTCACGCCAGTCTTTAAGTGGATCACATCTTTTGTTTCCTGG
AGAAGAAAGGCTCGTCGAAGCAAGTACATGTATGGGATGTCATCAAACAACATGGGACTG
CAAATGCTACTAGAGAAGGTCCCTAGATCAAGGAAATGGCGGTGCCTCAGGAGCACGCAA
GTATGAAACAGATCCAGTCCTCTACAAAGCCAAAATCATTAATCTCCTGACACTCTAGAT
TTCCAAAACCACATAAGTATCAGTTTACTGATGAATTACATTTCGTGAAGTGTGTTGTGT
TTTTCTCCAACTCGAATTGGGGTTCCTGTTCTTGGGTTGCTGAGAAAA*TGTTTGTCCTA
TGCGGGTTTTT*ATTCATTCTGTTT*CCCTCCAATGTTTTA*TTGTTTGTATAAAAAA
A

QA 2 719 2 719
DS 

RD RR3D483TF 584 0 0
G
ATAACGAAACTCTACATGAGGCTTCAAGCGCTGGAAGCTGACAGGGAATCGATGAAGCAG
GCGCTTGTTTCTATGAGGACCGAGAAGGCTCAGATGGTGCTGTTGAAAGAGATTGCTCAA
CATTTGTCAAAGGAAGTTGTCCCTCAACGGAGGTTGCCTCTACGGAAAGCATCCGCTGAT
GGGCCATTGCCTTTCACGCCAGTCTTTAAGTGGATCACATCTTTTGTTTCCTGGAGAAGA
AAGGCTCGTCGAAGCAAGTACATGTATGGGATGTCAGCAAACAACATGGGACTGCAAATG
CTACTAGAGAAGGTCCCTAGATCAAGGAAATGGCGATGCCTCAGGAGCACGCAAGTATGA
AACAGATCCAGTCCTCTACAAAGCCAAGATCATTAATCTCCTGACACTCTAGATTTCCAA
AACCACATAAGTATCAGTT*ACTGATGAATTACATTTCGTGAAGTGTGTTGTGTTTTTCT
CCAACTCGAATTGGGGTTCCTGTTCTTGGGTTGCTGAGAAAAATGTTTGTCCTATGCGGT
TTTTTTATTCATTCTGTTTTCCCTCCAATGTTTTA
ATTGTTTG

QA 2 576 2 576
DS 

RD RR3D483JQ 477 0 0
GCCTCTACGGAAAGCATCCGCTGATGGGCCATTGCCTTTCACGCCAGTCTTTAAGTGGAT
CACATCTTTTGTTTCCTGGAGAAGAAAGGCTCGTCGAAGCAAGTACATGTATGGGATGTC
AGCAAACAACATGGGACTGCAAATGCTACTAGAGAAGGTCCCTAGATCAAGGAAATGGCG
ATGCCTCAGGAGCACGCAAGTATGAAACAGATCCAGTCCTCTACAAAGCCAAGATCATTA
ATCTCCTGACACTCTAGATTTCCAAAACCACATAAGTATCAGTT*ACTGATGAATTACAT
TTCGTGAAGTGTGTTGTGTTTTTCTCCAACTCGAATTGGGGTTCCTGTTCTTGGGTTGCT
GAGAAAAATGTTTGTCCTATGCGGTTTTTTTATTCATTCTGTTTTCCCTCCAATGTTTTA
ATTGTTTGTATAAAAAATAATGGGGTTGCAGAATGATTTATAACTCAGAGGCTATTC

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR3C908JQ 766 0 0
TGAGCAGAAGAAGCTTGAGGCGGAGACTTCTGAGGGCAATGTGGTTTTCCCGAGAGAAGA
AGAGATGGAGGATCTTGGTGGTGATCCTGATATAACGAAACTCTACATGAGGCTTCAAGC
GCTGGAAGCTGACAGGGAATCGATGAAGCAGGCGCTTGTTTCTATGAGGACCGAGAAGGC
TCAGATGGTGCTGTTGAAAGAGATTGCTCAACATTTGTCAAAGGAAGTTGTCCCTCAACG
GAGGTTGCCTCTACGGAAAGCATCCGCTGATGGGCCATTGCCTTTCACGCCAGTCTTTAA
GTGGATCACATCTTTTGTTTCCTGGAGAAGAAAGGCTCGTCGAAGCAAGTACATGTATGG
GATGTCAGCAAACAACATGGGACTGCAAATGCTACTAGAGAAGGTCCCTAGATCAAGGAA
ATGGCGATGCCTCAGGAGCACGCAAGTATGAAACAGATCCAGTCCTCTACAAAGCCAAGA
TCATTAATCTCCTGACACTCTAGATTTCCAAAACCACATAAGTATCAGTT*ACTGATGAA
TTACATTTCGTGAAGTGTGTTGTGTTTTTTTCCAACTCGAATTGGGGTTCCTGTTCTTGG
GTTGCTGAGAAAAATGTTTGTCCTATGCGGTTTTTTTATTCATTCTGTTTTCCCTCCAAT
GTTTTAATTGTTTGTATAAAAAATAATGGG*TTGCAGAATGATTTATAACTCAGAGGCTA
TTCAATATTTGTTGTATGATTTATAACTCAGAGAGGCTATACAATC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 2 5

CO CL1791Contig1 1092 2 8 U
GAACGAAGAGATTGGAAGTATGATTGCTGAAGCAATGAGCAGAGTGGGCAGGAAGGGTGT
GGTGACACTTGAGGAGGGTAGAAGTGCCGAGAACGCACTCTACGTTGTGGAAGGAATGCA
GTTTGACCGTGGTTACATCTCCCCTTACTTTGTGACAGACAGTGAGAAAATGTCAGTTGA
GTTCGACAATTGCAAGTCGCTTCTTGTTGACAAGAAAATTACCAATGCAAGAGATCTTGT
TGGTGTTCTGGAGGATGCGATTAGAGGAGGATACCCAATTTTAATTATTGCAGAAGACAT
TGAGCAGGAGGCTTTAGCGACCCTTGTTGTTAACAAGCTTAGAGGCACACTGAAGATTGC
TGCTCTCAAAGCTCCAGGTTTTGGGGAGCGCAAGAGCCAGTACCTTGATGATATTGCCAT
TCTCACTGGAGCAACTGTGATCCGTGAGGAAGTTGGTCTTTCACTTGACAAAGCTGGAAA
GGAGGTTCTTGGTAATGCGGCAAAGGTCGTCCTCACGAAGGAGACTTCGACCATTGTAGG
TGATGGGACAACACAAGACGCAGTGCAAAAGCGTGTTGCACAGATTAAGAATCTTATTGA
GCAAGCAGAGCAAGACTATGAGAAGGAAAAATTGAATGAGAGAATTGCAAAGCTCTCTGG
TGGAGTTGCTGTTATTCAGGTGGGAGCGCAAACGGAAACAGAACTCAAAGAGAAGAAACT
GAGAGTTGAAGATGCTCTTAATGCTACAAAGGCTGCTGTTGAAGAAGGTATTGTTGTTGG
TGGTGGTTGTACTCTCCTTCGGCTTGCTTCCAAGGTTGATGCCATTAAAGCCGCCCTTGA
AAATGATGAAGAAAAGGTAGGAGCGGATATCGTGAAAAGAGCACTGAGTTATTCTCTGAA
ACTTATTGCCAAGAATGCTGGAGTTAATGGAAGCGTAGTTAGCGAGAAGGTGCTTTCTAA
CGATAACGTGAAATACGGCTACATGCTGCAACCGGCGAGTACGAGATTTAATGGCTGCAG
AATCATTGATCCAACAAAGTTGTGAGATGTTGCTTGGAACACGTAGCTTCGTTGCAAAGA
CATTCTTGATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B472TF U 1
AF RR3DZ86TF U 343
BS 1 499 RR3B472TF
BS 500 500 RR3DZ86TF
BS 501 562 RR3B472TF
BS 563 563 RR3DZ86TF
BS 564 615 RR3B472TF
BS 616 616 RR3DZ86TF
BS 617 672 RR3B472TF
BS 673 1092 RR3DZ86TF

RD RR3B472TF 675 0 0
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GGTGACACTTGAGGAGGGTAGAAGTGCCGAGAACGCACTCTACGTTGTGGAAGGAATGCA
GTTTGACCGTGGTTACATCTCCCCTTACTTTGTGACAGACAGTGAGAAAATGTCAGTTGA
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TGGTGTTCTGGAGGATGCGATTAGAGGAGGATACCCAATTTTAATTATTGCAGAAGACAT
TGAGCAGGAGGCTTTAGCGACCCTTGTTGTTAACAAGCTTAGAGGCACACTGAAGATTGC
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TCTCACTGGAGCAACTGTGATCCGTGAGGAAGTTGGTCTTTCACTTGACAAAGCTGGAAA
GGAGGTTCTTGGTAATGCGTCAAAGGTCGTCCTCACGAAGGAGACTTCGACCATTGTAGG
TGATGGGACAACACAAGACGCATTGCAAAAGCGTGTTGCACAGATTAAGAATCTTATTGA
GCAAGCAGAGCAAGATTATGAGAAGGAAAAATTGAATGAGAGAATTGCAAAGCTCTCTGG
TGGAGTTGCTGT
TAT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3DZ86TF 750 0 0
G
GGCACACTGAAGATTGCTGCTCTCAAAGCTCCAGGTTTTGGGGAGCGCAAGAGCCAGTAC
CTTGATGATATTGCCATTCTCACTGGAGCAACTGTGATCCGTGAGGAAGTTGGTCTTTCA
CTTGACAAAGCTGGAAAGGAGGTTCTTGGTAATGCGGCAAAGGTCGTCCTCACGAAGGAG
ACTTCGACCATTGTAGGTGATGGGACAACACAAGACGCAGTGCAAAAGCGTGTTGCACAG
ATTAAGAATCTTATTGAGCAAGCAGAGCAAGACTATGAGAAGGAAAAATTGAATGAGAGA
ATTGCAAAGCTCTCTGGTGGAGTTGCTGTTATTCAGGTGGGAGCGCAAACGGAAACAGAA
CTCAAAGAGAAGAAACTGAGAGTTGAAGATGCTCTTAATGCTACAAAGGCTGCTGTTGAA
GAAGGTATTGTTGTTGGTGGTGGTTGTACTCTCCTTCGGCTTGCTTCCAAGGTTGATGCC
ATTAAAGCCGCCCTTGAAAATGATGAAGAAAAGGTAGGAGCGGATATCGTGAAAAGAGCA
CTGAGTTATTCTCTGAAACTTATTGCCAAGAATGCTGGAGTTAATGGAAGCGTAGTTAGC
GAGAAGGTGCTTTCTAACGATAACGTGAAATACGGCTACATGCTGCAACCGGCGAGTACG
AGATTTAATGGCTGCAGAATCATTGATCCAACAAAGTTGTGAGATGTTGCTTGGAACACG
TAGCTTCGTTGCAAAGACATTCTTGATGT

QA 2 750 2 750
DS 



CO CL1791Contig2 735 3 17 U
AATACTAAGGAATCATGATTTATTCATATGACCGGTTCAAAATTTTCAGTACAAAGCACA
TTCTCTTGTTCAAAATCATTACACTTGCTCATCCATTACAAAGCTAAAAGGAATCAAAGT
TTCTGGCAGTGTTACTTTATTCCCCTATCACCTCAGTATCCATAACCTGAGTTGTCCATT
GGGTTGCCTACAGGAACTGGCTCAGGCTCCTTGATCTCAACAACGACACAGTCAGACATC
AAGAATGTCTTTGCAACCGAAGCTGCGTGTTCCAAGCAACATCTCACAACCTTAGTTGGA
TCGATGATTCCTGCAGCCATTAGATCCTCGTACTTACCGGTTGCAGCATTGTAACCGTAC
TTCACATTATCGTTAGAAAGCACCTTCTCGCTAACTACGCTTCCATTGACTCCGGCGTTC
TTGGCAATCAGTTTCAGAGGGTAACTCAGTGCTCTTTTCACGATATCCGCTCCAACCTTT
TCTTCATCATTGTCAAGACCAGCTTTAATGGCATCCACCTTGGAAGCAAGACGAAGCAGA
GTACAGCCACCACCAACGACAATACCTTCCTCAACAGCAGCCTTTGTAGCATTAAGAGCA
TCTTCAACTCTCAGTTTCTTCTCTTTGAGTTCTGTTTCCGTTTGTGCTCCGACCTGAATC
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TGCTCTGCTTGCTCA


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G356JQ U 4
AF RR3G356TF C 4
AF RR3DD70JQ U 1
BS 1 167 RR3DD70JQ
BS 168 168 RR3G356JQ
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BS 193 335 RR3DD70JQ
BS 336 336 RR3G356JQ
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BS 501 501 RR3G356JQ
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BS 559 635 RR3DD70JQ
BS 636 636 RR3G356JQ
BS 637 735 RR3DD70JQ

RD RR3G356JQ 652 0 0
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TCTTGTTCAAAATCATTACACTTGCTCATCCATTACAAAGCTAAAAGGAATCAAAGTTTC
TGGCAGTGTTACTTTATTCCCCTATCACCTCAGTATCCATAACCTGAGTTGTCCATTGGG
TTGCCTACAGGAACTGGCTCAGGCTCCTTGATCTCAACAACGACACAGTCAGACATCAAG
AATGTCTTTGCAACCGAAGCTGCGTGTTCCAAGCAACATCTCACAACCTTAGTTGGATCG
ATGATTCCTGCAGCCATTAGATCCTCGTACTTACCGGTTGCAGCATTGTAACCGTACTTC
ACATTATCGTTAGAAAGCACCTTCTCGCTAACTACGCTTCCATTGACTCCGGCGTTCTTG
GCAATCAGTTTCAGAGGGTAACTCAGTGCTCTTTTCACGATATCCGCTCCAACCTTTTCT
TCATCATTGTCAAGACCAGCTTTAATGGCATCCACCTTGGAAGCAAGACGAAGCAGAGTA
CAGCCACCACCAACGACAATACCTTCCTCAACAGCAGCCTTTGTAGCATTAAGAGCATCT
TCAACTCTCAGTTTCTTCTCTTTGAGTTCTGTTTCCGTTTGTGCTCC
GACCC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3G356TF 652 0 0
ACTAAGGAATCATGATTTATTCATATGACCGGTTCAAAATTTTCAGTACAAAGCACATTC
TCTTGTTCAAAATCATTACACTTGCTCATCCATTACAAAGCTAAAAGGAATCAAAGTTTC
TGGCAGTGTTACTTTATTCCCCTATCACCTCAGTATCCATAACCTGAGTTGTCCATTGGG
TTGCCTACAGGAACTGGCTCAGGCTCCTTGATCTCAACAACGACACAGTCAGACATCAAG
AATGTCTTTGCAACCGAAGCTGCGTGTTCCAAGCAACATCTCACAACCTTAGTTGGATCG
ATGATTCCTGCAGCCATTAGATCCTCGTACTTACCGGTTGCAGCATTGTAACCGTACTTC
ACATTATCGTTAGAAAGCACCTTCTCGCTAACTACGCTTCCATTGACTCCGGCGTTCTTG
GCAATCAGTTTCAGAGGGTAACTCAGTGCTCTTTTCACGATATCCGCTCCAACCTTTTCT
TCATCATTGTCAAGACCAGCTTTAATGGCATCCACCTTGGAAGCAAGACGAAGCAGAGTA
CAGCCACCACCAACGACAATACCTTCCTCAACAGCAGCCTTTGTAGCATTAAGAGCATCT
TCAACTCTCAGTTTCTTCTCTTTGAGTTCTGTTTCCGTTTGTGCTCC
GACCC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3DD70JQ 735 0 0
AATACTAAGGAATCATGATTTATTCATATGACCGGTTCAAAATTTTCAGTACAAAGCACA
TTCTCTTGTTCAAAATCATTACACTTGCTCATCCATTACAAAGCTAAAAGGAATCAAAGT
TTCTGGCAGTGTTACTTTATTCCCCTATCACCTCAGTATCCATAACCGGAGTTGTCCATT
GGGTTGCCTACGGGAACTGGCTCAGGCTCCTTGATCTCAACAACGACACAGTCAGACATC
AAGAATGTCTTTGCAACCGAAGCTGCGTGTTCCAAGCAACATCTCACAACCTTAGTTGGA
TCGATGATTCCTGCAGCCATTAGATCCTCGTACTTGCCGGTTGCAGCATTGTAACCGTAC
TTCACATTATCGTTAGAAAGCACCTTCTCGCTAACTACGCTTCCATTGACTCCAGCGTTC
TTGGCAATCAGTTTCAGAGGGTAAATCAGTGCTCTTTTCACGATATCCGCTCCAACCTTT
TCTTCATCATTGTCAAGACCGGCTTTAATGGCATCCACCTTGGAAGCAAGACGAAGCAGA
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TCTTCAACTCTCAGTTTCTTCTCTTTGAGTTCTGTCTCCGTTTGTGCTCCGACCTGAATC
ACAGCAACTCCACCAGAGAGCTTTGCAATTCTCTCATTCAGTTTTTCCTTCTCATAATCT
TGCTCTGCTTGCTCA

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 5

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TTATTCTCAAAAACCCTCGATGAGAGAATTGAACTAAATTAAAGATAACAAACAACACAA
GACATCCGGCTTTCGGATAGAGCTTGGCAACGTCCATCCCACAACAAAACCCAACCAATT
AAAACAAATAAAACCCCCAATTTACATACACTTAGAGACAACAAACCAAATGCTGAGTTG
GACTTGAGTGGGTACACAGGCCGTATTGCGACTCCACAATTCCCTGTTGAGTTGTGGAAG
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CCATACCAATGATCACATGGTCCTGTAAACACACCAGATTTGTAGAGTTTCATATTTTCG
GCTTCAATCATAACACTAATAGGTTGATGTGCAACAGCCTTCTTCAAAGACATCTCATCG
TTATGTGGAGCATCCTCATAACTATCAATGGTAACATACCGAGTGGTAACCATCTCAATG
GCCTTGCACGCGGCGGTATCATTCTCAGTATAAGGGTAAACTTTATCCGTTACAATACCA
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CCCGAATCTTCCCCTCTGTCGCAATCCAAGAGTTCTTGTTCCGACAAAGATACTAACTCT
CCTGTCTTGATCTTGTTTAAACCCTCTACGGCTCCAACCGACGCGAACGCCCAACAACCT
CCACAGTCTCCTTGGTTTTTGACCGGAACAACTGCACCTTTCTCTCTCCAGTCAACTTCC
TCGGGCAAAGCGTCTCCTTCTTCGTACAAGTACCTATCTCCTATCACTGGATCGCTTGTC
CTTACCATCTTCCCCCTTAAGTGAATAGCTCGAAACTCATCGTCGGTTAGATCTGCAAAC
CGGGTCAATCCGAGTTCGTAAGTCCGGTCCGGGACCGAGTTGTGTGCTTCTATCAACTTC
AAGTTGTCTTTGAAGATATTGAAACGTCTCTCTTTCTCTCCAAGAGCGTTATAGTTCTTC
CGGTTCTCCACAAGCCACAGCTCGTACGTCCGGCGCACTTCCGCCTCATTGCCTTTCGTC
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TCACTTGAGAACTGTAGCGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GB65JQ U 269
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AF RR3CU87JQB U 66
AF RR3GD61TF C 566
AF RR3GB65TF C 655
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CGGCTGCGTTACCTCCTAAACATCCAAAGTTTCCCG

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DS 

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AAAACAAATAAAACCCCCAATTTACATACACTTAGAGACACCAAACCAAATGCTGAGTTG
GACTTGAGTGGGTACACAGGCCGTATTGCGACTCCACAATTCCCTGTTGAGTTGTGGAAG
TTACGTTGGAGCTTAATGTATCCACTTTCACCCCAGTTTGCTCCCCATGAGTTACGAATA
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CCATACCAATGATCACATGGTCCTGTAAACACACCAGATTTGTAGAGTTTCATATTTTCG
GCTTCAATCATAACACTAATAGGTTGATGTGCAACAGCCTTCTTCAAAGACATCTCATCG
TTATGTGGAGCATCCTCATAACTATCAATGGTAACATACCGAGTGGTAACCATCTCAATG
GCCTTGCACGCGGCGGTATCATTCTCAGTATAAGGGTAAACTTTATCCGTTACAATACCA
TCGTTATCCACAATGAACTCAAAAGCATCGGCTGCGTTACCTCCTAAACATCCAAAGTTT
CCCGAATCTTCCCCTCTGTCGCAATCCAAGAGTTCTTGTTCCGACAAAGATACTAACTCT
CCTGTCTTGATCTTGTTTAA
CCCTCT

QA 1 800 1 800
DS 

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CCGGCTTTCGGATAGAGCTTGGCAACGTCTATCTCACAACAAAACCCAACCAATTAAAAC
AAATAAAACCCCCAATTTACATACACTTAGAGACAACAAACCAAATGCTGAGTTGGACTT
GAGTGGGTACACAGGCCGTATTGCGACTCCACAATTCCCAGTTGAGTTGTGGAAGTTACG
CTGAAGCTTAATGTATCCACTTTCACCCCAGTTTGCTCCCCATGAGTTACGGATAATCCA
GTAGTCTTCACCTCTTTCTGTCGTTCCATACCCCACAACTACCACATTGTGGTTTCCATA
CCAATGATCACATGGCCCTGTAAACACACCAAATTTGTAGAGTTTCGTATTTTCGGCTTC
AATCATAACACTAATAGGTTGATGCGCAACAGCCTTCTTCAAGGACATCTCATCGTTATG
TGGAGCATCCTCATAACTATCAATGGTAACATACCGAGTGGTAACCATCTCAATGGCCAT
GCACGCGGCGGTATCATTCTCAGTATAAGGGTAAACTTTATCCGTTACAATACCATCGTT
ATCCACAATGAACTCAAAAGCATCGGCTGCGTTACCTCCTAAACATCCAAAGTTTCCCGA
ATCTTCCCCTCTGTCGCAATCCAAGAGTTCTTGTTCCGACAAAGATACTAACTCTCCTGT
CTTGATCTTGTTTAAACCCTCCACGGCTCCAACCGCCGCGAACGCCCAACAACCTCCACA
GTCTCCTTGATTTTTGACCGGAACAACTGCACCTTTCTCTCTC
AGTCACTTCATCGGGCAAA

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR3GD61TF 778 0 0
TCAATGGT
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GCGTTAC*TCCTAAACATCCAAAGTTTCCCGAATCTTCCCCTCTGTCGCAATCCAAGAGT
TCTTGTTCCGACAAAGATACTAACTCTCCTGTCTTGATCTTGTTTAAACCCTCTACGGCT
CCAACCGACGCGAACGCCCAACAACCTCCACAGTCTCCTTGGTTTTTGACCGGAACAACT
GCACCTTTCTCTCTCCAGTCAACTTCCTCGGGCAAAGCGTCTCCTTCTTCGTACAAGTAC
CTATCTCCTATCACTGGATCGCTTGTCCTTACCATCTTCCCCCTTAAGTGAATAGCTCGA
AACTCATCGTCGGTTAGATCTGCAAACCGGGTCAATCCGAGTTCGTAAGTCCGGTCCGGG
ACCGAGTTGTGTGCTTCTATCAACTTCAAGTTGTCTTTGAAGATATTGAAACGTCTCTCT
TTCTCTCCAAGAGCGTTATAGTTCTTCCGGTTCTCCACAAGCCACAGCTCGTACGTCCGG
CGCACTTCCGCCTCATTGCCTTTCGTCTCCGTCGCTGTAACGCCGCCGAGAGACGAGGAA
AGTAGTAACGCGGAGAGGATCACGAGAGCTATAGTCAAAAATCTTATAGGAATAGCCATT
TTTTTTGCTTCTTTCTGTTGCTTTGTTTCACTTGAGAACTGTAGCGTCCC

QA 9 778 9 778
DS 

RD RR3GB65TF 689 0 0
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AAGTTTCCCGAATCTTCCCCTCTGTCGCAATCCAAGAGTTCTTGTTCCGACAAAGATACT
AACTCTCCTGTCTTGATCTTGTTTAAACCCTCTACGGCTCCAACCGACGCGAACGCCCAA
CAACCTCCACAGTCTCCTTGGTTTTTGACCGGAACAACTGCACCTTTCTCTCTCCAGTCA
ACTTCCTCGGGCAAAGCGTCTCCTTCTTCGTACAAGTACCTATCTCCTATCACTGGATCG
CTTGTCCTTACCATCTTCCCCCTTAAGTGAATAGCTCGAAACTCATCGTCGGTTAGATCT
GCAAACCGGGTCAATCCGAGTTCGTAAGTCCGGTCCGGGACCGAGTTGTGTGCTTCTATC
AACTTCAAGTTGTCTTTGAAGATATTGAAACGTCTCTCTTTCTCTCCAAGAGCGTTATAG
TTCTTCCGGTTCTCCACAAGCCACAGCTCGTACGTCCGGCGCACTTCCGCCTCATTGCCT
TTCGTCTCCGTCGCTGTAACGCCGCCGAGAGACGAGGAAAGTAGTAACGCGGAGAGGATC
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TTTGTTTCACTTGAGAACTGTAGCGTCCC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 5

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ATCAAAGGCGATCACGCGATACCTAGCAGAACAATACAAAGATGTTGGAACAGACCTATT
ACCAAATGATCCCAAAGAGAGGGCAATAGTATCGATGTGGATGGAAATATATACAAATCA
GTTTCTTCCTTTAGCATCAACTCTCATCAACGAACTCGTCATAAAACCATATCAAGGTTT
AGCTACTGACTTTACACCGCTTCAAGAAAACAAAGAGAAGTTATCACAAATCCTCAACAT
CTACGAGGCTCGTTTAGGCGAGTCTCCTTACTTAGCCGGAGAAAGCTTCACTTTGGCGGA
TCTTCATCATCTTTCACCCATTCACTACATGTTGAAAATGGAAGAAGAAGGCGTGAAAGA
CTTGATCTATTCACGTCCCAATGTAACCGCATGGGTTGAGAAGATGAAGTCGAGACCCGC
CTGGCCTAAAACAGTCGTCAAAGCCGATCACATCTTTGAGTTGATGAAGCAACGTCGTCT
GCCTAGACAGTTAGATTCGTCATGTCACGAGGTCACCACTGAAGCTCAGAAAACTGCGAT
GGTGACTGGGAACAATTAAGTGAAGAGTGAATCATCATGGTCCATTGTCTGATCCATTAT
GTGTGTTTTCTTTTTCTTTTCCAAAAATATCAGCGTGTCGTTATGTCTTTGTATCAAAAT
AATATTCCACCTTGCGATGTAAGTTTTTATTATTATGTGATTGTACTAAAAAAAAATTAT
AACTCACCTTGTGATTTAAGTTTGTAACTATTTTATTTTACCAGAAAATAATGCGGATAG
AATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3EK86TF U 1
AF RR3E343TF U 8
AF RR3CS20TF U 54
AF RR3EK86JQ C 234
AF RR3E343JQ C 245
BS 1 68 RR3EK86TF
BS 69 69 RR3E343TF
BS 70 313 RR3EK86TF
BS 314 314 RR3E343TF
BS 315 624 RR3EK86TF
BS 625 625 RR3CS20TF
BS 626 742 RR3E343TF
BS 743 762 RR3CS20TF
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BS 910 947 RR3EK86JQ
BS 948 1025 RR3E343JQ

RD RR3EK86TF 625 0 0
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CTTTGAACTTGTTTTCGTCGATTGGGTTGCTGGTGAAACTAGAACAAAAACTTTTCTCTC
TAATCTCAACCCATTTGGTCAAGTCCCGGTTCTTGAAGATGGTGATCTTAAGCTTTTTGA
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ACCAAATGATCCCGAAGAGAGGGCAATAGTATCGATGTGGATGGAAATATATACAAATCA
GTTTCTTCCTTTAGCATCAACTCTCATCAACGAACTCGTCATAAAACCATATCAAGGTTT
AGCTACTGACTTTACACCGCTTCAAGAAAACAAAGAGAAGTTATCACAAATCCTCAACAT
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TCTTCATCATCTTTCACCCATTCACTACATGTTGAAAATGGAAGAAGAAGGCGTGAAAGA
CTTGATCTATTCACGTCCCAATGT
A

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DS 

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GG
AAGTGAATAGACAAAGAAACCAAACATGGAAGATCGGAAGATGAAGCTTCACTGTGGCCT
TTTCTTTTCTGGGTTGCCACCAATATTATGTCTGTATGAAAAAGATCTTGACTTTGAACT
TGTTTTCGTCGATTGGGTTGCTGGTGAAACTAGAACAAAAACTTTTCTCTCTAATCTCAA
CCCATTTGGTCAAGTCCCGGTTCTTGAAGATGGTGATCTTAAGCTTTTTGAATCAAAGGC
GATCACGCGATACCTAGCAGAACAATACAAAGATGTTGGAACGGACCTATTACCAAATGA
TCCCAAAGAGAGGGCAATAGTATCGATGTGGATGGAAATATATACAAATCAGTTTCTTCC
TTTAGCATCAACTCTCATCAACGAACTCGTCATAAAACCATATCAAGGTTTAGCTACTGA
CTTTACACCGCTTCAAGAAAACAAAGAGAAGTTATCACAAATCCTCAACATCTACGAGGC
TCGTTTAGGCGAGTCTCCTTACTTAGCCGGAGAAAGCTTCACTTTGGCGGATCTTCATCA
TCTTTCACCCATTCACTACATGTTGAAAATGGAAGAAGAAGGCGTGAAAGACTTGATCTA
TTCACGTCCCAATGTGACCGCATGGGTTGAGAAGATGAAGTCGAGACCCGCCTGGCCTAA
AACAGTCGTCAAAGCCGATCACATCTTTGAGTTGATGAAGCAACGTCGTCTGCCTAGACA
GTTAGATTCGTCA
TGT

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DS 

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TTCTCTCTAATCTCAACCCATTTGGTCAAGTCCCGGTTCTTGAAGATGGTGATCTTAAGC
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GTCGTCTGCCTAGACAGTTAGATTCGTCATGTCACGAGGTCACCACTGA
GCT

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DS 

RD RR3EK86JQ 714 0 0
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ACCTATTACCAAATGATCCCGAAGAGAGGGCAATAGTATCGATGTGGATGGAAATATATA
CAAATCAGTTTCTTCCTTTAGCATCAACTCTCATCAACGAACTCGTCATAAAACCATATC
AAGGTTTAGCTACTGACTTTACACCGCTTCAAGAAAACAAAGAGAAGTTATCACAAATCC
TCAACATCTACGAGGCTCGTTTAGGCGAGTCTCCTTACTTAGCCGGAGAAAGCTTCACTT
TGGCGGATCTTCATCATCTTTCACCCATTCACTACATGTTGAAAATGGAAGAAGAAGGCG
TGAAAGACTTGATCTATTCACGTCCCAATGTAACCGCATGGGTTGAGAAGATGAAGTCGA
GACCCGCCTGGCCTAAAACAGTCGTCAAAGCCGATCACATCTTTGAGTTGATGAAGCAAC
GTCGTCTGCCTAGGCAGTTAGATTCGTCA*GTCACGAGGTCACCACTGAAGCTCAGAAAA
CTGCGATGGTGACTGGGAACAATTAAGTGAAGAGTGAATCATCATGGTCCATTGTCTGAT
CCATTATGTGTGTTTTCTTTTTCTTTTCCAAAAATATCAGCGTGTCGTTATGTCTTTGTA
TCAAAATAATATTCCCCCTTGCGATGTAAGTTTTTATTATTATGTGATTGTACT

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DS 

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AATGATCCCAAAGAGAGGGCAATAGTATCGATGTGGATGGAAATATATACAAATCAGTTT
CTTCCTTTAGCATCAACTCTCATCAACGAACTCGTCATAAAACCATATCAAGGTTTAGCT
ACTGACTTTACACCGCTTCAAGAAAACAAAGAGAAGTTATCACAAATCCTCAACATCTAC
GAGGCTCGTTTAGGCGAGTCTCCTTACTTAGCCGGAGAAAGCTTCACTTTGGCGGATCTT
CATCATCTTTCACCCATTCACTACATGTTGAAAATGGAAGAAGAAGGCGTGAAAGACTTG
ATCTATTCACGTCCCAATGTGACCGCATGGGTTGAGAAGATGAAGTCGAGACCCGCCTGG
CCTAAAACAGTCGTCAAAGCCGATCACATCTTTGAGTTGATGAAGCAACGTCGTCTGCCT
AGACAGTTAGATTCGTCATGTCACGAGGTCACCACTGAAGCTCAGAAAACTGCGATGGTG
ACTGGGAACAATTAAGTGAAGAGTGAATCATCATGGTCCATTGTCTGATCCATTATGTGT
GTTTTCTTTTTCTTTTCCAAAAATATCAGCGTGTCGTTATGTCTTTGTATCAAAATAATA
TTCCACCTTGCGATGTAAGTTTTTATTATTATGTGATTGTACTAAAAAAAAATTATAACT
CACCTTGTGATTTAAGTTTGTAACTATTTTATTTTACCAGAAAATAATGCGGATAGAATC
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 4

CO CL1794Contig1 698 4 10 U
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AGATACATATTATAGAAATATTCAGCGAGTATCTATTCCTCAAGCAGAAGCATTTCGTCA
ATGTCCTTGAACAATTCAACACCAGTTTGGAGCAAAGTCTCTGGGTGAGCCACGTTTTCA
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GTCACCTGGATCGTGATTAAAAAGCTCTTGAACTCTTCCGTAAGATCTCCCTCTATCACT
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GGTCTCCCATCAAGAACATAGTTCCAAGTGATGAGAGTGCCAATTCTTCCCATCTCTCCC
CCTTGCACACGACATCCCTGGACGGTTTCAGGAGAGGCTTTAGAAACATCTTGTGGTCTC
ACTGCGAACATGTGAAAGAATTTCTTGGCAG*AGCTTTAATCTCCACATCTGCCTCAACC
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TGATCTAGTTTATTTTTAGAACGAGAGTAAGTGAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3FR54TF C 77
AF RR3FR54JQ U 1
AF RR3DZ01JQ U 29
AF RR3DZ01TF C 29
BS 1 569 RR3FR54JQ
BS 570 570 RR3DZ01JQ
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BS 698 698 RR3DZ01JQ

RD RR3FR54TF 108 0 0
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AATATTCAGCGAGTATCTATTC*TCAAGCAGAAGCATTTCGTCAATGT

QA 1 108 1 108
DS 

RD RR3FR54JQ 697 0 0
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ACATCTCTTTAGATCTAGAGAGAGCATTATTTGATACAGACCACCCAGATACATACAGAT
AGATACATATTATAGAAATATTCAGCGAGTATCTATTCCTCAAGCAGAAGCATTTCGTCA
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TCAATCCTCTCATATGTCATTTTCAATTTCGCCACGCCTCCATGTCCTCCTTGCTTTGGA
GTCACCTGGATCGTGATTAAAAAGCTCTTGAACTCTTCCGTAAGATCTCCCTCTATCACT
TTCAGCTTTATCATGTTCTTCTTCGGATCCACTGCCTCGATCCTCTCCTTGGCCACATTT
GGTCTCCCATCAAGAACATAGTTCCAAGTGATGAGAGTGCCAATTCTTCCCATCTCTCCC
CCTTGCACACGACATCCCTGGACGGTTTCAGGAGAGGCTTTAGAAACATCTTGTGGTCTC
ACTGCGAACATGTGAAAGAATTTCTTGGCCGGAGCTTTAATCTCCACATCTGCCCCAGCC
TCTCCGTGTAAAGAAGAATTCAACATCGCCTGTGCCAGTTTTCTCTAGATGATTAAATGC
TGATCTAGTTTATTTTTAGAACGAGAGTAAGTGAGTC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3DZ01JQ 670 0 0
GATATTAATGATAACACACTTTCATATCACTCACATCTCTTTAGATCTAGAGAGAGCATT
ATTTGATACAGACCACCCAGATACATACAGATAGATACATATTATAGAAATATTCAGCGA
GTATCTATTCCTCAAGCAGAAGCATTTCGTCAATGTCCTTGAACAATTCAACACCAGTTT
GGAGCAAAGTCTCTGGGTGAGCCACGTTTTCATCAATCCTCTCATATGTCATTTTCAATT
TCGCCACGCCTCCATGTCCTCCTTGCTTTGGAGTCACCTGGATCGTGATTAAAAAGCTCT
TGAACTCTTCCGTAAGATCTCCCTCTATCACTTTCAGCTTTATCATGTTCTTCTTCGGAT
CCACTGCCTCGATCCTCTCCTTGGCCACATTTGGTCTCCCATCAAGAACATAGTTCCAAG
TGATGAGAGTGCCAATTCTTCCCATCTCTCCCCCTTGCACACGACATCCCTGGACGGTTT
CAGGAGAGGCTTTAGAAACATCTTGTGGTCTCACTGCGAACATGTGAAAGAATTTCTTGG
CAG*AGCTTTAATCTCCACATCTGCCTCAACCTCTCCGTGTAAAGAAGAATTCAACATCG
CCTGTGCCAGTTTTCTCTAGATGATTAAATGCTGATCTAGTTTATTTTTAGAACGAGAGT
AAGTGAGTCC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3DZ01TF 670 0 0
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ATTTGATACAGACCACCCAGATACATACAGATAGATACATATTATAGAAATATTCAGCGA
GTATCTATTCCTCAAGCAGAAGCATTTCGTCAATGTCCTTGAACAATTCAACACCAGTTT
GGAGCAAAGTCTCTGGGTGAGCCACGTTTTCATCAATCCTCTCATATGTCATTTTCAATT
TCGCCACGCCTCCATGTCCTCCTTGCTTTGGAGTCACCTGGATCGTGATTAAAAAGCTCT
TGAACTCTTCCGTAAGATCTCCCTCTATCACTTTCAGCTTTATCATGTTCTTCTTCGGAT
CCACTGCCTCGATCCTCTCCTTGGCCACATTTGGTCTCCCATCAAGAACATAGTTCCAAG
TGATGAGAGTGCCAATTCTTCCCATCTCTCCCCCTTGCACACGACATCCCTGGACGGTTT
CAGGAGAGGCTTTAGAAACATCTTGTGGTCTCACTGCGAACATGTGAAAGAATTTCTTGG
CAG*AGCTTTAATCTCCACATCTGCCTCAACCTCTCCGTGTAAAGAAGAATTCAACATCG
CCTGTGCCAGTTTTCTCTAGATGATTAAATGCTGATCTAGTTTATTTTTAGAACGAGAGT
AAGTGAGTC
C

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 4

CO CL1795Contig1 1102 4 8 U
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TTTGGTCTCTCCGTCTTCTTCAAACCAGGAGATAAGTTTAAGGATCTTGTTGGAAGTGCG
TACTATGTTGCTCCGGAGGTTTTGAAACGGAACTATGGACCAGAGGCTGATATCTGGAGT
GCCGGTGTGATTCTCTTCATCCTTCTCAGTGGTGTCCCACCTTTTTGGGGAGAAAATGAG
ACAGGGATCTTTGATGCCATTCTACAAGGACAGCTTGATTTTTCAGCTGACCCGTGGCCT
GCTGTATCTGATGGTGCCAAAAATCTTGTGAAGAAAATGCTGACTTATGACCCTAAAGAC
CGGCTTACAGCTAGTGAAGTGCTAAACCATCCATGGATTAAAGAAGACGGAGAGGCGTCA
GACAAACCGCTTGACAATGCTGTGTTATCCAGGATGAAACAGTTCCGAGCGATGAACAAA
CTCAAGAAAATGGCACTCAAGGTCATCGCAGAGAACCTGTCGGAAGAAGAAATCATTGGT
CTGAAAGAGATGTTCAAAGCTCTAGACACTGATAAAAACGGAATAGTCACATTGGAGGAG
TTGAGAACTGGTCTCCCCAAACTTGGCAATAAGATCTCTGAGGCTGAAATCAAACAGTTA
ATGGAAGCAGCTGATATGGATGG*AGATGGATCAATAGATTACTTGGAGTTTATATCAGC
GACAATGCATATGAACAGAATCGAACGTGAGGATCACTTGTACACTGCTTTCCAATACTT
CGACGAGGACAACAGCGGCTACATAACGATGGACGAGCTAGAGCAAGCCATGAAGAAATA
CAACATGGGTGATGACAAGTCCATCAAAGAGATCATTGCTGAAGTAGACACCGATCGTGA
TGGAAAAATCAACTACGAAGAATTCGTGGCGATGATGAAGAAGGGACATCCAGAGTTGGT
GACAAACCGACGCAGAGTCAATATGTAAAACGACAACAAACCTCTTTCTCTATGTTTATC
TGACGAGAGATCTTTTTATGTTTGGTTTTGGTTTGTTTTGCTTCTTTTTACTTTGGTTTT
TGTTAACAATAAATACAGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO96TF U 1
AF RR3G056TF U 55
AF RR3G056JQ C 334
AF RR3DO96JQ C 641
BS 1 678 RR3DO96TF
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RD RR3DO96TF 678 0 0
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TACTATGTTGCTCCGGAGGTTTTGAAACGGAACTATGGACCAGAGGCTGATATCTGGAGT
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ATGGAAGCAGCTGATATG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3G056TF 721 0 0
G
CAGACTTTGGTCTCTCCGTCTTCTTCAAACCAGGAGATAAGTTTAAGGATCTTGTTGGAA
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GGAGTGCCGGTGTGATTCTCTTCATCCTTCTCAGTGGTGTCCCACCTTTTTGGGGAGAAA
ATGAGACAGGGATCTTTGATGCCATTCTACAAGGACAGCTTGATTTTTCAGCTGACCCGT
GGCCTGCTGTATCTGATGGTGCCAAAAATCTTGTGAAGAAAATGCTGACTTATGACCCTA
AAGACCGGCTTACAGCTAGTGAAGTGCTAAACCATCCATGGATTAAAGAAGACGGAGAGG
CGTCAGACAAACCGCTTGACAATGCTGTGTTATCCAGGATGAAACAGTTCCGAGCGATGA
ACAAACTCAAGAAAATGGCACTCAAGGTCATCGCAGAGAACCTGTCGGAAGAAGAAATCA
TTGGTCTGAAAGAGATGTTCAAAGCTCTAGACACTGATAAAAACGGAATAGTCACATTGG
AGGAGTTGAGAACTGGTCTCCCCAAACTTGGCAATAAGATCTCTGAGGCTGAAATCAAAC
AGTTAATGGAAGCAGCTGATATGGATGGGAGATGGATCAATAGATTACTTGGAGTTTATA
TCAGCGACAATGCATATGAACAGAATCGAACGTGAGGATCACTTGTACACTGCTTTCCAA

QA 2 721 2 721
DS 

RD RR3G056JQ 769 0 0
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TGGATTAAAGAAGACGGAGAGGCGTCAGACAAACCGCTTGACAATGCTGTGTTATCCAGG
ATGAAACAGTTCCGAGCGATGAACAAACTCAAGAAAATGGCACTCAAGGTCATCGCAGAG
AACCTGTCGGAAGAAGAAATCATTGGTCTGAAAGAGATGTTCAAAGCTCTAGACACTGAT
AAAAACGGAATAGTCACATTGGAGGAGTTGAGAACTGGTCTCCCCAAACTTGGCAATAAG
ATCTCTGAGGCTGAAATCAAACAGTTAATGGAAGCAGCTGATATGGATGG*AGATGGATC
AATAGATTACTTGGAGTTTATATCAGCGACAATGCATATGAACAGAATCGAACGTGAGGA
TCACTTGTACACTGCTTTCCAATACTTCGACGAGGACAACAGCGGCTACATAACGATGGA
CGAGCTAGAGCAAGCCATGAAGAAATACAACATGGGTGATGACAAGTCCATCAAAGAGAT
CATTGCTGAAGTAGACACCGATCGTGATGGAAAAATCAACTACGAAGAATTCGTGGCGAT
GATGAAGAAGGGACATCCAGAGTTGGTGACAAACCGACGCAGAGTCAATATGTAAAACGG
CAACAAACCTCTTTCTCTATGTTTATCTGACGAGAGATCTTTTTATGTTTGGTTTTGGTT
TGTTTTGCTTCTTTTTACTTTGGTTTTTGTTAACA
ATAAATACAGTATT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3DO96JQ 462 0 0
AGGCTGAAATCAAACAGTTAATGGAAGCAGCTGATATGGATGG*AGATGGATCAATAGAT
TACTTGGAGTTTATATCAGCGACTATGCATATGAACAGAATCGAACGTGAGGATCACTTG
TACACTGCTTTCCAATACTTCGACGAGGACAACAGCGGCTACATAACGATGGACGAGCTA
GAGCAAGCCATGAAGAAATACAACATGGGTGATGACAAGTCCATCAAAGAGATCATTGCT
GAAGTAGACACCGATCGTGATGGAAAAATCAACTACGAAGAATTCGTGGCGATGATGAAG
AAGGGACATCCAGAGTTGGTGACAAACCGACGCAGAGTCAATATGTAAAACGACAACAAA
CCTCTTTCTCTATGTTTATCTGACGAGAGATCTTTTTATGTTTGGTTTTGGTTTGTTTTG
CTTCTTTTTACTTTGGTTTTTGTTAACAATAAATACAGTATT

QA 1 462 1 462
DS 



AS 2 5

CO CL1796Contig1 854 2 10 U
GTTGTAATTTCTCTTGCCAAATATTATTTTCATTCTTTTGGTCATGTATATACAAATTTA
TAACAGTTGCTGCAAATATCACAAGTGGTACCAGTTTCACAGCAAGATCAAATAGAAAAA
GATGCGGTTGGAGTGTGAGTGAGAAAATCTGATATTATCACAAGTCAAGTCTGATGTGAG
GGAGTCCATACCAGAAACATGTGTCCTTCACACTATACCCGTTAGGGGGAAACAGAAAAT
TGTAAAAGAATACGTAAAAAACACCATCGCATTTAGAAAATTTTCTTCCTTTTTCTTTTT
CAAAAGCCAGATTATCTCCTTCGATGATGGTGTAAGGGACCAGTTTTCTACTAACCACAA
CATGCTGATTTCTGAGTAGCTTGAGATGTCCCTGCACCCTGATCGGTTTGGTTGATTTTG
ATTGTTTGTGGCTCAGCCTTTGCATCGGTATCTGCAAGTCTTTGCTTAATGTCTTTACCA
ATTGAAAAGAAAACTTCCTCAACGTTTAGGTTAGTCTTGGCACTAGTCTCGAAAAACTTC
ATTCCGTATTCATCTGCAAGAACTTGGCCCTTCGCTTTTGGCACAGCTCGTTTGCTTTCA
TCCATATCAGCCTTGTTCCCCACAAGAATCTTGTTGACATTATCAGAAGCGTGCTGCTCA
ATGTTACGGATCCAATTCCTGATACTGTTGAAAGATGATTCATCAGTGACATCATACACA
AGCAAGATGCCCATGGCTCCACGGTAGTATGCAGTTGTGATAGTCCTGAACCGCTCCTGT
CCAGCAGTATCCCAGATTTGCAGCTTGATTCTCTTCCCATCAAGCTCAATAGTCCGTATC
TTGAAATCAATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AA55JQ U 1
AF RR3B769JQ U 114
BS 1 326 RR3AA55JQ
BS 327 327 RR3B769JQ
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BS 661 772 RR3AA55JQ
BS 773 854 RR3B769JQ

RD RR3AA55JQ 772 0 0
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GATGCGGTTGGAGTGTGAGTGAGAAAATCTGATATTATCACAAGTCAAGTCTGATGTGAG
GGAGTCCATACCAGAAACATGTGTCCTTCACACTATACCCGTTAGGGGGAAACAGAAAAT
TGTAAAAGAATACGTAAAAAACACCATCGCATTTAGAAAATTTTCTTCCTTTTTCTTTTT
CAAAAGCCAGATTATCTCCTTCGATGGTGGTGTAAGGGACCAGTTTTCTACTAACCACAA
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ATTGAAAAGAAAACTTCCTCAACGTTTAGGTTAGTCTTGGCACTAGTCTCGAAAAACTTC
ATTCCGTATTCATCTGCAAGAACTTGGCCCTTCGCTTTTGGCACAGCTCGTTTGCTTTCA
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ATGTTACGGATCCAATTCCTGATACTGTTGAAAGATGATTCATCAGTGACATCATACACA
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DS 

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G
GAAAAAGATGCGGTTGGAGTGTGAGTGAGAAAATCTGATATTATCACAAGTCAAGTCTGA
TGTGAGGGAGTCCATACCAGAAACATGTGTCCTTCACACTATACCCGTTAGGGGGAAACA
GAGAATTGTAAAAGAATACGTAGAAAACACCATCGCATTTAGAAGATTTTCTTCCTTTTT
CTTTTTCAGAAGCCAGATTATCTCCTTCGATGATGGTGTAAGGGACCAGTTTTCTACTAA
CCACAACATGCTGATTTCTGAGTAGCTTGAGATGTCCCTGCACCCTGATCGGTTTGGTTG
ATTTTGATTGTTTGTGGCTCAGCCTTTGCATCGGTATCTGCAAGTCTTTGCTTAATGTCT
TTACCAATTGAAAAGAAAACTTCCTCAACGTTTAGGTTAGTCTTGGCACTAGTCTCGAAA
AACTTCATTCCGTATTCATCTGCAAGAGCTTGGCCCTTCGCTTTTGGCACAGCTCGTTTG
CTTTCATCCATATCAGCCTTGTTCCCCACAAGAATCTTGTTGACATTATCAGAAGCGTGC
TGCTCAATGTTACGGATTCAATTCCTGATATTGTTGAAAGATGATTCATCAGTGACATCA
TACACAAGCAAGATGCCCATGGCTCCACGGTAGTATGCAGTTGTGATAGTCCTGAACCGC
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CGTATCTTGAAATCAATACC

QA 2 741 2 741
DS 



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TGTGAATTGATTCTCGTCTATTACTACTCATTCACGCGATGGCTGCTCCTCCTGCTAGAG
CCCGTGCTGATTACGATTACCTCATCAAACTTCTCTTGATCGGAGACAGCGGTGTGGGTA
AAAGTTGCCTCCTTCTACGTTTCTCTGATGGCTCATTCACCACCAGTTTCATTACAACTA
TTGGTATTGATTTCAAGATACGGACTATTGAGCTTGATGGGAAGAGAATCAAGCTGCAAA
TCTGGGATACTGCTGGACAGGAGCGGTTCAGGACTATCACAACTGCATACTACCGTGGAG
CCATGGGCATCTTGCTTGTGTATGATGTCACTGATGAATCATCTTTCAACAATATCAGGA
ATTGGATCCGTAACATTGAGCAGCACGCTTCTGATAATGTCAACAAGATTCTTGTGGGGA
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CCCAGAAATCAGCATGTTGTGGTTAGTAGAAAACTGGTCCCTCACACCACCATCGAAGGA
GAGAATCTGGCTTTTGAGAAAGAAAATCTTCTAAATGCGATGGTGTTTTCTACGTATTAT
TTTTACAATTCTCTGTTTCCCCCTAACGGGTATAGTGTGAAGGACACATGTTTCTGGTAT
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CCGCATCTTTTTCTATTTGATCTTGCTGTGAAACTGTTACCACTTGTGATATTTGCAGCA
ACTGTTATGAATTTGTATATACATGACCG


BQ
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AF RR3B769TF U 1
AF RR3AA55TF U 2
AF RR3CS93JQB C 215
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RD RR3B769TF 680 0 0
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CCCGTGCTGATTACGATTACCTCATCAAACTTCTCTTGATCGGAGACAGCGGTGTGGGTA
AAAGTTGTCTCCTTCTACGTTTCTCTGATGGCTCATTCACCACCAGTTTCATTACAACTA
TTGGTATTGATTTCAAGATACGGACTATTGAGCTTGATGGGAAGAGAATCAAGCTGCAAA
TCTGGGATACTGCTGGACAGGAGCGGTTCAGGACTATCACAACTGCATACTACCGTGGAG
CCATGGGCATCTTGCTTGTGTATGATGTCACTGATGAATCATCTTTCAACAATATCAGGA
ATTGGATCCGTAACATTGAGCAGCACGCTTCTGATAATGTCAACAAGATTCTTGTGGGGA
ACAAGGCTGATATGGATGAAAGCAAACGAGCTGTGCCAAAAGCGAAGGGCCAAGCTCTTG
CAGATGAATACGGAATGAAGTTTTTCGAGACTAGTGCCAAGACTAACCTAAACGTTGAGG
AAGTTTTCTTTTCAATTGGTAAAGACATTAAGCAAAGACTTGCAGATACCGATGCAAAGG
CTGAGCCACAAACAATCAAA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3AA55TF 758 0 0
GGAGGAAACAAAAAAAAATCAACGGCCGATTCTGACGATTCATCTCCGCCGAGCAGATCT
GTGAATTGATTCTCGTCTATTACTACTCATTCACGCGATGGCTGCTCCTCCTGCTAGAGC
CCGTGCTGATTACGATTACCTCATCAAACTTCTCTTGATCGGAGACAGCGGTGTGGGTAA
AAGTTGCCTCCTTCTACGTTTCTCTGATGGCTCATTCACCACCAGTTTCATTACAACTAT
TGGTATTGATTTCAAGATACGGACTATTGAGCTTGATGGGAAGAGAATCAAGCTGCAAAT
CTGGGATACTGCTGGACAGGAGCGGTTCAGGACTATCACAACTGCATACTACCGTGGAGC
CATGGGCATCTTGCTTGTGTATGATGTCACTGATGAATCATCTTTCAACAGTATCAGGAA
TTGGATCCGTAACATCGAGCAGCACGCTTCTGATAATGTCAACAAGATTCTTGTGGGGAA
CAAGGCTGATATGGATGAAAGCAAACGAGCTGTGCCAAAAGCGAAGGGCCAAGCTCTTGC
AGATGAATACGGAATGAAGTTTTTCGAGACTAGTGCCAAGACTAACCTAAACGTTGAGGA
AGTTTTCTTTTCAATTGGTAAAGACATTAAGCAAAGACTTGCAGATACCGATGCAAAGGC
TGAGCCACAAACAATCAAAATCAACCAAACCGATCAGGGCGCAGGGACATCTCAAGCTAC
CCAGAAATCAGCATGTTGTGGTTAGTAGAAAACTGGTC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3CS93JQB 835 0 0
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GGATGGGAAGAGAATCAAGCTGCAAATCTGGGATACTGCTGGACAGGAGCGGTTCAGGAC
TATCACAACTGCATACTACCGTGGAGCCATGGGCATCTTGCTTGTGTATGATGTCACTGA
TGAATCATCTTTCAACAATATCAGTAATTGGATCCGTAACATTGAGCAGCACGCTTCTGA
TAATGTCAACAAGATTCTTGTGGGGAACAAGGCTGATATGGATGAAGGCAAACGAGCTGT
GCCAAAAGCGAAGGGCCAAGCTCTTGCAGATGAATACGGAATGAAGTTTTTCGAGACTAG
TGCCAAGACTAACCTAAACGTTGAGGAAGTTTTCTTTTCAATTGGTAAAGACATTAAGCA
AAGACTTGCAGATACCGATGCAAAGGCTGAGCCACAAACAATCAAAATCAACCAAACCGA
TCAGGGTGCAGGGACATCTCAAGCTACTCAGAAATCAGCATGTTGTGGTTAGTAGAAAAC
TGGTCCCTCACACCACCATCGAAGGAGAGAATCTGGCTTTTGAGAAAGAAAATCTTCTAA
ATGCGATGGTGTTTTCTACGTATTATTTTTACAATTCTCTGTTTCCCCCTAACGGGTATA
GTGTGAAGGACACATGTTTCTGGTATGGACTCCCTCACATCAGACTTGACTTGTGATAAT
ATCAGATTTTCTCACTCACACTCCAACCGCATCTTTTTCTATTTGATCTTGCTGTGAAAC
TGTTACCACTTGTGATATTTGCAGCAACTGTTATGAATTTGTATATACATGACCG

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 5

CO CL1797Contig1 982 5 19 U
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TTTACTTGACCAACAAGACGGACAATCATGTGGCTTTCAAGGTTAAGACAACGAATCCGA
AAAAGTATTGCGTAAGGCCTAACACTGGAGTTGTTCTTCCAAGGTCCACTTGTGAAGTTC
TCGTGACAATGCAAGCTCAAAAGGAAGCTCCTTCCGATATGCAATGCAAGGACAAGTTTC
TACTTCAAGGTGTGATTGCTAGTCCTGGTGTCACGCCCAAGGATGTCACTCCTGAGATGT
TTAGCAAAGAGGCTGGGCATTTAGTTGAGGAGACTAAGCTGAGAGTTACTTATGTTGCTC
CACCACAACCACCATCACCGGTTCACGAAGGTTCAGAAGAGGGTTCTTCTCCACGGGCTT
CTGTTTCTGATAACGGCACACAGGCTTCTGAGTTTTCTTCTCAGAGACATATAGCGGACA
AGGTTGAACCTCAAGAAAACACATCTGAGGCAAGGGCTCTCATCACAAAGCTAACCGAGG
AAAAACAGTCTGCCCTTCAACTAAACAACAAACTTCAAAGAGAACTGGACCAGTTGAGAC
GTGACAGTAAGAGAGGCCAAAGTGGTATGCCTTTGATGTACGTTCTTCTGGTCGGACTAA
TCGGTCTAATTCTGGGATACATTATGAAGAGCACATAACCACCTGAGTTCTACGTGCCAC
ACAGGAAAAAGAACAAAGGAAACAGACTATTTCTTTTATTTTTGTATTTGAAAATTTCAC
CTGAAAGGTCTCTGATTGATTTGTAGTGAAAATGTCAATAACTCATTTTGCTTTGTTTTT
ATTTAAACTTTTTTATTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3EA02TF U 56
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GG
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A

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TAGCAAAGAGGCTGGGCATTTAGTTGAGGAGACTAAGCTGAGAGTTACTTATGTTGCTCC
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QA 1 741 1 741
DS 

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GTAGTGAAAATGTCAATAACTCATTTTGCTTTGTTTTTATTTAAACTTTTTTATT
CT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 5

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ATCGCAATGTCTCTCCCTAGTAACCGCCTCCTGATTCTCCCGACTTCCCCTCGCTCTTCC
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GGCTTCCGTGGATCGGCTCTGACTCGGTGCAATCCGACCCTTTCGAATCGCCGCCGACTC
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TCGGTAAGCTAAGTACGACTCTGTGGCGATTGTGGGAGGACTTTATCACTGTCGGTGGAC
TCTCCGTTCTTCCTCAAGTAATGTGGTCAACTTTTGTCCCTCTTGTACCAAACAGTATCT
TGCCTGGGACTACTGCTTTTGTGATTGCTGTAGCCGCTGTATTTATGTCTCGAACGGGGA
AACTCCCAGAGGAAGGTGTTAAGTTTGTCGAGTCTTTATCTGGATGGACAGCGACACTTA
TGTTCATGTGGATGCCAGTTTCCCAAATGTGGACTAATTTCCTAAGTCCAGACAACCTAA
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CTCATGGTCACAACTCGCCGTTTAGATCACTGAAGGAACTGGTTTTTGGATCATAACTGA
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TAAAACATCTATAAATTTGTTAATTCCTACC


BQ
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5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3GR03TF U 2
AF RR3EO50TF U 1
AF RR3FG25TF U 208
AF RR3FG25JQ C 791
AF RR3GR03JQ C 1018
BS 1 419 RR3EO50TF
BS 420 420 RR3FG25TF
BS 421 454 RR3EO50TF
BS 455 455 RR3FG25TF
BS 456 617 RR3EO50TF
BS 618 934 RR3FG25TF
BS 935 1420 RR3FG25JQ
BS 1421 1423 RR3GR03JQ
BS 1424 1471 RR3FG25JQ

RD RR3GR03TF 390 0 0
GGG
ACAGAGGCGTGAAGTAGAGAGAATAGTTCTCCAAACTCCCAATGGAAGCTAAAACCATCG
CAATGTCTCTCCCTAGTAACCGCCTCCTGATTCTCCCGACTTCCCCTCGCTCTTCCTTCG
TTTCTACATCTCGGTTCTCCCGCCTCCCACTGAAGCGTGCTTGTATAGGCGTAGACGGCT
TCCGTGGATCGGCTCTGACTCGGTGCAATCCGACCCTTTCGAATCGCCGCCGACTCATCC
CTGTTCGTGCAATTGACTCGGAAGTGAGGGATCTCCAGGTCTAGAGAAGGTTAAGGAATA
CGAAGAATGGGATTCATGGACGGCTAAATTCTCCGGTGGAGCGAATATTCCGTTTCTGAT
GCTCCAGTTGCCACAAATCATCCTCAA

QA 4 390 4 390
DS 

RD RR3EO50TF 624 0 0
GACAACAGAGGCGTGAAGTAGAGAGAATAGTTCTCCAAACTCCCAATGGAAGCTAAAACC
ATCGCAATGTCTCTCCCTAGTAACCGCCTCCTGATTCTCCCGACTTCCCCTCGCTCTTCC
TTCGTTTCTACATCTCGGTTCTCCCGCCTCCCACTGAAGCGTGCTTGTATAGGCGTAGAC
GGCTTCCGTGGATCGGCTCTGACTCGGTGCAATCCGACCCTTTCGAATCGCCGCCGACTC
GTCCCTGTTCGTGCAATTGACTCGGAAG*****GATCTCCAGGTCTAGAGAAGGTTAAGG
AATACGAAGAATGGGATTCATGGACGGCTAAATTCTCCGGTGGAGCGAATATTCCGTTTC
TGATGCTCCAGTTGCCACAAATCATCCTCAATGCTCAGAATCTTTTGGCGGGAAACAACG
CCGCACTCTCTGCTGTCCCATGGCTGGGGATGTT*ACTGGTTTGTTAGGGAACCTGTCGT
TGCTTTCGTATTTCGTAAAGAAGAGAGAGAAAGAAGCAGCTGTGGTGCAAACACTCGGTG
TCATCTCCACTTACGTTGTCCTTGCGCAGCTCACAGTGGCTGGAGCTATGCCTATGCAGT
ACTTTGTTGCTACTTCG
CCGTTGT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3FG25TF 727 0 0
G
GCAATCCGACCCTTTCGAATCGCCGCCGACTCGTCCCTGTTCGTGCAATTGACTCGGAAG
*****GATCTCCAGGTCTAGAGAAGGTTAAGGAATACGAAGAATGGGATTCATGGACGGC
TAAATTCTCCGGTGGAGCGAATATTCCGTT***GATGCTCCAGTTGCCACAAATCATCCT
CAATGCTCAGAATCTTTTGGCGGGAAACAACACCGCACTCTCTGCTGTCCCATGGCTGGG
GATGTTGACTGGTTTGTTAGGGAACCTGTCGTTGCTTTCGTATTTCGTAAAGAAGAGAGA
GAAAGAAGCAGCTGTGGTGCAAACACTCTGTGTCATCTCCACTTACGTTGTCCTTGCGCA
GCTCACAGTGGCTGGAGCTATGCCTATGCAGTACTTTGTTGCTACTTCGGCCGTTGTCAC
GGTTGGTATTATATTGAACGCTTTGTTCTATTTCGGTAAGCTAAGTACGACTCTGTGGCG
ATTGTGGGAGGACTTTATCACTGTCGGTGGACTCTCCGTTCTTCCTCAAGTAATGTGGTC
AACTTTTGTCCCTCTTGTACCAAACAGTATCTTGCCTGGGACTACTGCTTTTGTGATTGC
TGTAGCCGCTGTATTTATGTCTCGAACGGGGAAACTCCCAGAGGAAGGTGTTAAGTTTGT
CGAGTCTTTATCTGGATGGACAGCGACACTTATGTTCATGTGGATGCCAGTTTCCCAAAT
GTGGAC

QA 2 727 2 727
DS 

RD RR3FG25JQ 681 0 0
TACTGCTTTTGTGATTGCTGTAGCCGCTGTATTTATGTCTCGAACGGGGAAACTCCCAGA
GGAAGGTGTTAAGTTTGTCGAGTCTTTATCTGGATGGACAGCGACACTTATGTTCATGTG
GATGCCAGTTTCCCAAATGTGGACTAATTTCCTAAGTCCAGACAACCTAAAAGGCTTATC
ACCAATCACAATGTTGCTTTCGATGCTGGGGAACGGGCTTATGCTGCCTAGAGCATTATT
TATCCGTGACTTGATGTGGTTCACTGGTTCAATATGGGCAACTCTCTTTTATGGATATGG
AAACATTCTGTGCTTATACCTGTCTAACTGCACCAGCAAGTCATTCTTTGCAGCATCCAC
AATTGGTTTGATCTCATGGATAGGACTTGCTTTATGGAGAGATTCAGCAGCTCATGGTCA
CAACTCGCCGTTTAGATCACTGAAGGAACTGGTTTTTGGATCATAACTGAAAGAGCTTAA
ACGCACTGTTTGCTTCAAAGCAAGCAAGCAAGCACATAGGGAGGGATTACTTGTTTGTAT
CAAGGACCAAGCCATATGTATTATTTATGTTAGTGTTATTTGTAATTTGTCCCAAGTTCC
TACATAAAACGCCTATTTAGTGCCACATTA***CTTGAGCTGAATCACACTAAAACATCT
ATAAATTTGTTAATTCCTACC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3GR03JQ 454 0 0
CTAGAGCATTATTTATCCGTGACTTGATGTGGTTCACTGGTTCAATATGGGCAACTCTCT
TTTATGGATATGGAAACATTCTGTGCTTATACCTGTCTAACTGCACCAGCAAGTCATTCT
TTGCAGCATCCACAATTGGTTTGATCTCATGGATAGGACTTGCTTTATGGAGAGATTCAG
CAGCTCATGGTCACAACTCGCCGTTTAGATCACTGAAGGAACTGGTTTTTGGATCATAAC
TGAAAGAGCTTAAACGCACTGTTTGCTTCAAAGCAAGCAAGCAAGCACATAGGGAGGGAT
TACTTGTTTGTATCAAGGACCAAGCCATATGTATTATTTATGTTAGTGTTATTTGTAATT
TGTCCCAAGTTCCTACATAAAACGCCTATTTAGTGCCACATTATTACTTGAGCTGAATCA
CACTAAAACATCTATAAATTTGTTAATTCCTAC
G

QA 1 453 1 453
DS 



AS 1 4

CO CL1799Contig1 1082 4 24 U
GGAATCTATCACTAACCTGATTTACTCAACCTTCCCCCTCACTCCTCTGGAACAATCTTA
TCCTCCTTCTCTTTCCTGTTAGAACTGCTGAACTGCTGAAAAAAGAAGAAGCAATATGGC
ACTTACTTGGACTCACAAAGACAGAGGTGAAATTAAGCTTCATGAGGATTTGGAGGAACT
AAGCATAGACTTGGTAGATTATATAGCTGAGATATCAGAAGCCTCCATCAAAGAACATAG
TGCTTTCTGCATTGTGTTATCAGGAGGCTCTCTCATCAACTTGATGGGAAAATTGGTCGA
GCCGCCTTACAACAAGATTGTAGATTGGTCTAAATGGTATGTTTTTTGGGCTGATGAACG
TGTGGTAGGTAAGAACCATGACGATAGCAACTACAAGCTCGCCAAGGATAATCTCCTCTC
TAAGGTAAATGTGTTTCCAAGGCATATATGTTCCATTAACAACCATACGGTCTCGGCTGA
AGAAGCTGCAACAGAGTATGAATTCGCCATCAGACAGATGGTAAAAGCACGAACGGTGAC
TGCGTCTGAAAATAGCGACTCTCCCAAGTTTGATCTCATTTTGCTTGGGATGGGCTCTGA
TGGACATGTAGCCTCGCTCTTCCCCAACCACCCGGCACTTGAGGTGAAGGACGATT*GGG
TTACGTTACTAACCGACTCACCTGAACCGCCACCAGAGAGAATCACATTCACTTTGCCAG
TTATAAACTCAGCTGCTAGTGTTGTTGTAGTTGCAACCGGCGAATCCAAAGCCAATGCTG
TTCACTTAGCGATAGATGATTTGCCTTCTCTAGAAAGCACTCTTTCCCTGCCTGCTAGGC
TGGTCCACCCAACCAGTGGGAATCTGATCTGGTTTATGGATAAACCAGCAGGATCTAAAC
TTGACAGGTTTAAATTCTCTGAGTAGAATTTAGATTATCTTCTTTGTTCCAAAAGCAAAT
GGTTCTTTAACGTCAGTGAAGACCCATTTTGTATGAAGAGCATCCGGTTTAGATACATTG
ATTTTTGTTTTTACTTTTTAAAGATACCAGATCTAGTAAAGTATAACAATAACATGGTTA
AT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3CE14TF U 1
AF RR3AT96TF U 52
AF RR3CP63TF U 616
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TCCTCCTTCTCTTTCCTGTTAGAACTGCTGAACTGCTGAAAAAAGAAGAAGCAATATGGC
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TGCTTTCTGCATTGTGTTATCAGGAGGCTCTCTCATCAACTTGATGGGAAAATTGGTCGA
GCCGCCTTACAACAAGATTGTAGATTGGTCTAAATGGTATGTTTTTTGGGCTGATGAACG
TGTGGTAGGTAAGAACCATGACGATAGCAACTACAAGCTCGCCAAGGATAATCTCCTCTC
TAAGGTAAATGTGTTTCCAAGGCATATATGTTCCATTAACAACCATACGGTCTCGGCGGA
AGAAGCTGCAACAGAGTATGAATTCGCCATCAGACAGATGGTAAAAGCACGAACGGTGAC
TGCGTCTGAAAATAGCGACTCTCCCAAGTTTGATCTCATTTTGCTTGGGATGGGCTCTGA
TGGACATGTAGCCTCGCTCTTCCCCAACCACCCGGCACTTGAG*TGAAG*ACGATT*GGG
TTACGTTCCTA*CCGACTCACCTGAACCGCA**CAGAGAGA*TCACATTCACTTTGCCAG
T*ATAA*CTCAGCTGCTAGTG

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GG
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ATATGGCACTTACTTGGACTCACAAAGACAGAGGTGAAATTAAGCTTCATGAGGATTTGG
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AACATGGTGCTTTCTGCATTGTGTTATCAGGAGGCTCTCTCATCAACTTGATGGGAAAAT
TGGTCTAGCCGCCTTACAACAAGATTGTAGATTGGTCTAAATGGTATGTTTTTTGGGCTG
ATGAACGTGTGGTAGGTAAGAACCATGACGATAGCAACTACAATCTCGCCAAGGATAATC
TCCTCTCTAAGGTAAATGTGTTTCCAAGGCATATATGTTCCATTAACAACCATACGGTCT
CGGCTGAAGAAGCTGCAACAGAGTATGAATTCGCCATCAGACAGATGGTAAAAGCACGAA
CGGTGACTGCGTCTGAAAATAGCGACTCTCCCAAGTTTGATCTCATTTTGCTTGGGATGG
GCTCTGATGGACATGTAGCCTCGCTCTTCCCCAACCACCCGGCACTTGAGGTGAAGGACG
ATT*GGGTTACGTTACTAACCGACTCACCTGAACCGCCACCAGAGAGAATCACATTCACT
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CTAGTGTTGTTGTAGTTGCAACCGGCGAATCCAAAGCCAATGCTGTTCACTTAGCGATAG
ATGATTTGCCTTCTCTAGAAAGCACTCTTTCCCTGCCTGCTAGGCTGGTCCACCCAACCA
GTGGGAATCTGATCTGGTTTATGGATAAACCAGCAG*ATCTAAACTTGACAGGTTTAAAT
TCTCTGAGTAGAATTTAGATTATCTTCTTTGTT

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DS 

RD RR3AT96JQ 659 0 0
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GTCTGAAAATAGCGACTCTCCCAAGTTTGATCTCATTTTGCTTGGGATGGGCTCTGATGG
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CGTTACTAACCGACTCACCTGAACCGCCACCAGAGAGAATCACATTCACTTTGCCAGTTA
TAAACTCAGCTGCTAGTGTTGTTGTAGTTGCAACCGGCGAATCCAAAGCCAATGCTGTTC
ACTTAGCGATAGATGATTTGCCTTTTCTAGAAAGCACTCTTTCCCTGCCTGCTAGGCTGG
TCCACCCAACCAGTGGGAATCTGATTTGGTTTATGGATAAACCAGCAGGATCTAAACTTG
ACAGGTTTAAATTCTTTGAGTAGAATTTAGATTATTTTCTTTGTTCCAAAAGCAAATGGT
TCTTTAACGTCAGTGAAGACCCATTTTGTATGAAGAGCATCCGGTTTAGATACATTGATT
TTTGTTTTTACTTTTTAAAGATACCAGATCTAGTAAAGTATAACAATAACATGGTTAAT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 4

CO CL1800Contig1 1206 4 13 U
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AAAAGGAAGACGCAACCAAATACTCAAAGGTGCTGAGATGTGTCTATTGATTGCTTCTGG
TCTATGGGTTCCTGCGACATTCTGAGTGTGTTGTTCGGTTTAGGTGTTTGGTGCATTGCT
TATATATCAGTCGCCGTTTTCGCATCTTTTAGAATCCTTCACTCTGTTTTCTCCCTTTGA
CTTTTTTTCTTTCTGGAAGATTTTTGCTTTGTTACAATGGGTTATGCTCAGCTCGTTATC
GGTCCAGCAGGCAGCGGAAAGTCAACTTATTGCTCATCTTTGTATGAACACTGTGAAACC
GTCGGCAGAACAATGAATGTTGTTAACTTGGATCCTGCTGCTGAAATCTTTAACTATCCT
GTGGCTATGGATATCAGAGAGCTTGTTTCTTTGGAAGATGTAATGGAGGAGCTTGGGCTT
GGTCCTAATGGTGCCCTCATGTACTGCATGGAATACCTTGAGGATAGCTTACATGATTGG
GTGGATGAAGAATTGGAGAACTACAGGGACGATGATTACCTTATATTTGATTGTCCAGGC
CAGATAGAACTGTTTACACATGTTCCTGTGCCCAAGAACTTTGTGGCGCATTTGCAACAG
AAGAACTTCAACGTCTGTGTTGTTTATCTGCTTGATTCACAGTTCATAACAGATATCACC
AAGTTTATCAGCGGTTGCATGTCGTCTCTCTCTGCAATGATCCAGCTTGAATTACCACAC
ATCAACATCCTCTCAAAGATGGATCTCTTGCAGGATAAAAGCAACATTGATAACTACTTG
GATCCGGAGCCTCGCACATTGTTGGCAGAGTTAAACGAAAAGATGGGTCCACGATACGCG
AAATTGAACAAAGCCCTGATTGAGATGGTGGGAGAATATGGGATGGTGAATTTCATTCCG
CTTGACATAAGGAAAGAACGAAGTATTCAGTATGTTCTGTCTCAGATTGATGTCTGCATC
CAGTTTGGAGAAGACGCTGACGTTAAGATCAAAGATGAGGATGAAGATTTTGGTGATGAT
CAGTGATTTGTTACTCTGATTCACGGACGTTTCTCTTAAACTTCTGAACAATCTTAGTCT
TATCAAAGGCCAATGAACTTGTGAAAACTATTTTATTTGCTGAATACCAAAACCTTAACT
AGTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX73TF U 1
AF RR3A984TF U 302
AF RR3BX93JQ C 495
AF RR3CX73JQ C 486
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RD RR3CX73TF 783 0 0
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TCTATGGGTTCCTGCGACATTCTGAGTGTGTTGTTCGGTTTAGGTGTTTGGTGCATTGCT
TATATATCAGTCGCCGTTTTCGCATCTTTTAGAATCCTTCACTCTGTTTTCTCCCTTTGA
CTTTTTTTCTTTCTGGAAGATTTTTGCTTTGTTACAATGGGTTATGCTCAGCTCGTTATC
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GTCGGCGGAACAATGAATGTTGTTAACTTGGATCCTGCTGCTGAAATCTTTAACTATCCT
GTGGCTATGGATATCAGAGAGCTTGTTTCTTTGGAAGATGTAATGGAGGAGCTTGGGCTT
GGTCCTAATGGTGCCCTCATGTACTGCATGGAATACCTTGAGGATAGCTTACATGATTGG
GTGGATGAAGAGTTGGAGAACTACAGGGATGATGATTACCTTATATTTGATTGTCCAGGC
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AAGAACTTCAACGTCTGTGTTGTTTATCTGCTTGATTCACAGTTCATAACAGATATCACC
AAGTTTATCAGCGGTTGCATGTCGTCTCTCTCTGCA*TGATCCAGCTTGA
TTACACACATCAC

QA 1 770 1 770
DS 

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GC
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GGCAGAACAATGAATGTTGTTAACTTGGATCCTGCTGCTGAAATCTTTAACTATCCTGTG
GCTATGGATATCAGAGAGCTTGTTTCTTTGGAAGATGTAATGGAGGAGCTTGGGCTTGGT
CCTAATGGTGCCCTCATGTACTGCATGGAATACCTTGAGGATAGCTTACATGATTGGGTG
GATGAAGAATTGGAGAACTACAGGGACGATGATTACCTTATATTTGATTGTCCAGGCCAG
ATAGAACTGTTTACACATGTTCCTGTGCTCAAGAACTTTGTGGCGCATTTGCAACAGAAG
AACTTCAACGTCTGTGTTGTTTATCTGCTTGATTCACAGTTCATAACAGATGTCACCAAG
TTTATCAGCGGTTGCATGTCGTCTCTCTCTGCAATGATCCAGCTTGAATTACCACACATC
AACATCCTCTCAAAGATGGATCTCTTGCAGGATAAAAGCAACATTGATAACTACTTGGAT
CCGGAGCCTCGCACATTGTTGGCAGAGTTAAACGAAAAGATGGGTCCACGATACGCGAAA
TTGAACAAAGCCCTGATTGAGATGGTGGGAGAATATGGGATGGTGAATTTCATTCCGCTT
GACATAAAGAAAGAACGAAGTATTCAGTATGTTCTGTCTCAGATTGATGTCTGCATCCAG
TTTG

QA 3 726 3 726
DS 

RD RR3BX93JQ 706 0 0
CCTCATGTACTGCATGGAATACCTTGAGGATAGCTTACATGATTGGGTGGATGAAGAATT
GGAGAACTACAGGGACGATGATTACCTTATATTTGATTGTCCAGGCCAGATAGAACTGTT
TACACATGTTCCTGTGCTCAAGAACTTTGTGGCGCATTTGCAACAGAAGAACTTCAACGT
CTGTGTTGTTTATCTGCTTGATTCACAGTTCATAACAGATGTCACCAAGTTTATCAGCGG
TTGCATGTCGTCTCTCTCTGCAATGATCCAGCTTGAATTACCACACATCAACATCCTGTC
AAAGATGGATCTCTTGCAGGACAAAAGCAACATTGATAACTACTTGGATCCGGAGCCTCG
CACATTGTTGGCAGAGTTAAACGAAAAGATGGGTCCACGATACGCGAAATTGAACAAAGC
CCTGATTGAGATGGTGGGAGAGTATGGGATGGTGAATTTCATTCCCCTTGACATAAGGAA
AGAACGAAGTATTCAGTATGTTCTGTCTCAGATTGATGTCTGCATCCAGTTTGGAGAAGA
CGCTGACGTTAAGATCAAAGATGAGGATGAAGATTTTGGTGATGATCAGTGATTTGTTAC
TCTGATTCACGGACGTTTCTCTTAAACTTCTGAACAATCTTAGTCTTATCAAAGGCCAAT
GAACTTGTGAAAACTATTTTATTTGCTGAATACCAAAACCTTAAC
C

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3CX73JQ 721 0 0
TAATGGTGCCCTCATGTACTGCATGGAATACCTTGAGGATAGCTTACATGATTGGGTGGA
TGAAGAGTTGGAGAACTACAGGGATGATGATTACCTTATATTTGATTGTCCAGGCCAGAT
AGAACTGTTTACACATGTTCCTGTGCCCAAGAACTTTGTGGCGCATTTGCAACAGAAGAA
CTTCAACGTCTGTGTTGTTTATCTGCTTGATTCACAGTTCATAACAGATATCACCAAGTT
TATCAGCGGTTGCATGTCGTCTCTCTCTGCAATGATCCAGCTTGAATTACCACACATCAA
CATCCTCTCAAAGATGGATCTCTTGCAGGATAAAAGCAACATTGATAACTACTTGGATCC
GGAGCCTCGCACATTGTTGGCAGAGTTAAACGAAAAGATGGGTCCACGATACGCGAAATT
GAACAAAGCCCTGATTGAGATGGTGGGAGAATATGGGATGGTGAATTTCATTCCGCTTGA
CATAAGGAAAGAACGAAGTATTCAGTATGTTCTGTCTCAGATTGATGTCTGCATCCAGTT
TGGAGAAGACGCTGACGTTAAGATCAAAGATGAGGATGAAGATTTTGGTGATGATCAGTG
ATTTGTTACTCTGATTCACGGACGTTTCTCTTAAACTTCTGAACAATCTTAGTCTTATCA
AAGGCCAATGAACTTGTGAAAACTATTTTATTTGCTGAATACCAAAACCTTAACTAGTGA
G

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 5

CO CL1801Contig1 597 5 9 U
GGGCGACACTTGGGAGTTGGAGCAAACGACGAAGCAAAGCTCACGATGGCAAGGATTAAG
GTTCATGAGCTTAGAGAGAGATCGAAGACGGATCTTCAGAGCCAGCTTCAGGAGTTCAAG
GCTGAGCTCGCCCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGCCCCTAACAAGCTTTCC
AAAATCAAGGTCGTGAGGAAATCCATTGCTCAGGTATTGACAGTGATCTCACAGAAGCAG
AAATTAGCACTAAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCTTGCCTCTCGATCTTCGTCCC
AAGAAGACACGTGCTATCCGTAGACGTCTCACCAAGCATCAGTCTTCTTTGAAGACAGAG
CGTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCAAAGTCTAGTTT
CAATGTTTCATTCTCCAGGATTCCTTACTAGGAATGATTCAGCTTTTTGATTGTTCACTT
ATTTTGTCCACCTTTGTTTTTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCAAATCTATCTCT
CACTCCTCGAAAACATTGTTTCGTAATAATTGAAATTGAACCAGTTCTCGACAAAAA


BQ
10 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CR66JQ C 1
AF RR3F175TF U 1
AF RR3CG37JQ C 2
AF RR3EF96TF U -2
AF RR3CG37TF U 2
BS 1 1 RR3CR66JQ
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BS 591 597 RR3CG37TF

RD RR3CR66JQ 592 0 0
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AAATTAGCACTAAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCTTGCCTCTCGATCTTCGTCCC
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CAATGTTTCATTCTCCAGGATTCCTTACTAGGAATGATTCAGCTTTTTGATTGTTCACTT
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CACTCCTCGAAAACATTGTTTCGTAATAATTGAAATTGAACCAGTTCTCG
GC

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3F175TF 592 0 0
G
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TTTTGTCCACCTTTGTTTTTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCAAATCTATCTCTC
ACTCCTCGAAAACATTGTTTCGTAATAATTGAAATTGAGCCAGTTCTCG
GC

QA 2 590 2 590
DS 

RD RR3CG37JQ 591 0 0
GGCGACACTTGGGAGTTGGAGCAAACGACGAAGCAAAGCTCACGATGGCAAGGATTAAGG
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TTTTGTCCACCTTTGTTTTTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCAAATCTATCTCTC
ACTCCTCGAAAACATTGTTTCGTAATAATTGAAATTGAACCAGTTCTCG
AC

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3EF96TF 568 0 0
GGTTT
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TCATGAGCTTAGAGAGAGATCGAAGACGGATCTTCAGAGCCAGCTTCAGGAGTTCAAGGC
TGAGCTCGCCCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGCCCCTAACAAGCTTTCCAA
AATCAAGGTCGTGAGGAAATCCATTGCTCAGGTATTGACAGTGATCTCACAGAAGCAGAA
ATTAGCACTAAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCTTGCCTCTCGATCTTCGTCCCAA
GAAGACACGTGCTATCCGTAGACGTCTCACCAAGCATCAGTCTTCTTTGAAGACAGAGCG
TGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCAAAGTCTAGTTTCA
ATGTTTCATTCTCCAGGATTCCTTACTAGGAATGATTCAGCTTTTTGATTGTTCACTTAT
TTTGTCCACCTTTGTTTTTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCAAATCTATCTCTCA
CTCCTCGAAAACATTGTTTCGTA

QA 6 568 6 568
DS 

RD RR3CG37TF 596 0 0
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TTCATGAGCTTAGAGAGAGATCGAAGACGGATCTTCAGAGCCAGCTTCAGGAGTTCAAGG
CTGAGCTCGCCCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGCCCCTAACAAGCTTTCCA
AAATCAAGGTCGTGAGGAAATCCATTGCTCAGGTATTGACAGTGATCTCACAGAAGCAGA
AATTAGCACTAAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCTTGCCTCTCGATCTTCGTCCCA
AGAAGACACGTGCTATCCGTAGACGTCTCACCAAGCATCAGTCTTCTTTGAAGACAGAGC
GTGAGAAGAAGAAAGAGATGTATTTCCCTCTGAGGAAGTATGCTATCAAAGTCTAGTTTC
AATGTTTCATTCTCCAGGATTCCTTACTAGGAATGATTCAGCTTTTTGATTGTTCACTTA
TTTTGTCCACCTTTGTTTTTTTACTCAAGTTTTGTCATGTAACAGTCAAATCTATCTCTC
ACTCCTCGAAAACATTGTTTCGTAATAATTGAAATTGAACCAGTTCTCGACAAAAA

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 5

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GAAGACACATCCAAGCCACTTGTTGTTGTTGCGGAAGAAGCGAACCCTAACCCTACAGAC
CAACCGATCGATCGATACCATGAACAAGGCGACGATGCTGAGGAAGGAGAGATCGGAGAC
GGAGACGAATCGAGCAAATCCGCCGTTCCTCAGTCGCATCCGTTGGAGCATTCGTGGACT
TTCTGGTTCGATAACCCTTCTGTTAAATTAAAGCAGACGGCTTGGGGAAGCTCTCTGCGA
TCCGTCTTCACTTTCTCCACCGTCGAGGAGTTCTGGGGTCTGTACAATAACATGCGGGTT
CCGAGCAAGTTAGTTACCGGAGCTGACTTCTACTGTTTCAAACACAATATCGAACCTAAG
TGGGAGGATCCTATTTGTGCTAATGGTGGCAAATGGACTATGAACTTCCCCAAGGAGAAG
TCTGATAAGCCCTGGCTTTACACTTTGCTTGCGTTGATTGGAGAACAGTTTGACCATGGA
GATGAGATATGCGGAGTTGTTGTCAATGTTAGAGTAAAGCAAGAGAGGATATCCATTTGG
ACCAAAAACGCTACCAATGAAGCTGCTCAGGTGAGCATTGGGAGACAATGGAAGGAGATT
ATTGATTACAACAACAGCATTGGTTTCATCATCCATGAGGATGCCAAGAAGCTGGACAGA
GGCGCGAGGAGCGCTTACACCGCTTGAAACCTCAACGACTCTCTCAAATCTCTACACCGT
TTCAAATTCAGTTTTGTATGTGAGAGATCTCTATTTATATTACCAAAACATGACTTGATC
ACCAGTATTTTTAATATTTTAGTATGTTCTTCATAAAATTTACCTTCTATAAAATCAGAC
AATGATGTTCCATCGGTTTTCATGTGGAGGAACTATATGTTGAAAAAAAATATTCCTTAT
AAATAGTGTAATTTAAAAAAATCTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB19TF U 28
AF RR3BU08TF U 18
AF RR3B253TF U 1
AF RR3B253JQ C 345
AF RR3BU08JQ C 148
BS 1 32 RR3B253TF
BS 33 33 RR3BU08TF
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BS 884 988 RR3BU08JQ

RD RR3FB19TF 569 0 0
GGGAGA
AAGGCAAAAGTTTTAACAATGGCGGTAGAAGACACATCCAAGCCACTTGTTGTTGTTGCG
GAAGAAGCGAACCCTAACCCTACAGACCAACCGATCGATCGATACCATGAACAAGGCGAC
GATGCTGAGGAAGGAGAGATCGGAGACGGAGACGAATCGAGCAAATCCGCCGTTCCTCAG
TCGCATCCGTTGGAGCATTCGCGGACTTTCTGGTTCGATAACCCTTCTGTTAAATTAAAG
CAGACGGCTTGGGGAAGCTCTCTGCGATCCGTCTTCACTTTCTCCACCGTCGAGGAGTTC
TGGGGTCTGTACAATAACATGCGGGTTCCGAGCAAGTTAGTTACCGGAGCTGACTTCTAC
TGTTTCAAACACAATATCGAACCTAAGTGGGAGGATCCTATTTGTGCTAATGGTGGCAAA
TGGACTATGAACTTCCCCAAGGAGAACTCTGATAAGCCCTGGCTTTACACTTTGCTTGCG
TTGATTGGAGAACAGTTTGACCATGGAGATGAGATATGCGGAGTTGTTGTCAATGTTAGA
GTAAAGCAAGAGAGGATATCCAT

QA 7 569 7 569
DS 

RD RR3BU08TF 591 0 0
GG
GGAGAGAAAAGAGAAAGGCAAAAGTTTTAACAATGGCGGTAGAAGACACATCCAAGCCAC
TTGTTGTTGTTGCGGAAGAAGCGAACCCTAACCCTACAGACCAACCGATCGATCGATACC
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CCGTCGAGGAGTTCTGGGGTCTGTACAATAACATGCGGGTTC*GAGCAAGTTAGTTACCG
GAGCTGACTTCTACTGTTTCAAACACAATATCGAACCTAAGTGGGAGGATCCTATTTGTG
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ACACTTTGCTTGCGTTGATTGGAGAACAGTTTGACCATGGAGATGAGATATGCGGAGTTG
TTGTCAATGTTAGAGTAAAGCAAGAGAGGATATCCATTTGGACCAAAAA

QA 3 591 3 591
DS 

RD RR3B253TF 884 0 0
GGACATCCATCCATCGTTTGGAGAGAAAAGAGGAAGGCAAAAGTTTTAACAATGGCGGTA
GAAGACACATCCAAGCCACTTGTTGTTGTTGCGGAAGAAGCGAACCCTAACCCTACAGAC
CAACCGATCGATCGATACCATGAACAAGGCGACGATGCTGAGGAAGGAGAGATCGGAGAC
GGAGACGAATCGAGCAAATCCGCCGTTCCTCAGTCGCATCCGTTGGAGCATTCGTGGACT
TTCTGATTCGATAACCCTTCTGTTAAATTAAAGCAGACGGCTTGGGGAAGCTCTCTGCGA
TCCGTCTTCACTTTCTCCACCGTCGAGGAGTTCTGGGGTCTGTACAATAACATGCGGGTT
CCGAGCAAGTTAGTTACCGGAGCTGACTTCTACTGTTTCAAACACAATATCGAACCTAAG
TGGGAGGATCCTATTTGTGCTAATGGTGGCAAATGGACTATGAACTTCCCCAAGGAGAAG
TCTGATAGGCCCTGGCTTTACACTTTGCTTGCGTTGATTGGAGAACAGTTTGACCATGGA
GATGAGATATGCGGAGTTGTTGTCAATGTTAGAGTAAAGCAAGAGAGGATATCCATTTGG
ACCAAAAACGCTACCAATGAAGCTGCTCAGGTGAGCATTGGGAGACAATGGAAGGAGATT
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TTCAAATTCAGTTTTGTATGTGAGAGATCTCTATTTATATTACCAAAACATGACTTGATC
ACCAGTATTTTTAATATTTTAGTATGT*CTTCATAAAATTTAC
T

QA 1 883 1 883
DS 

RD RR3B253JQ 544 0 0
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CAATATCGAACCTAAGTGGGAGGATCCTATTTGTGCTAATGGTGGCAAATGGACTATGAA
CTTCCCCAAGGAGAAGTCTGATAGGCCCTGGCTTTACACTTTGCTTGCGTTGATTGGAGA
ACAGTTTGACCATGGAGATGAGATATGCGGAGTTGTTGTCAATGTTAGAGTAAAGCAAGA
GAGGATATCCATTTGGACCAAAAACGCTACCAATGAAGCTGCTCAGGTGAGCATTGGGAG
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CAAGAAGCTGGACAGAGGCGCGAGGAGCGCTTACACCGCTTGAAACCTCAACGACTCTCT
CAAATCTCTACACCGTTTCAAATTCAGTTTTGTATGTGAGAGATCTCTATTTATATTACC
AAAACATGACTTGATCACCAGTATTTTTAATATTTTAGTATGTTCTTCATAAAATTTAC
CTTCT

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR3BU08JQ 841 0 0
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CCTCAGTCGCATCCGTTGGAGCATTCGTGGACTTTCTGGTTCGATAACCCTTCTGTTAAA
TTAAAGCAGACGGCTTGGGGAAGCTCTCTGCGATCCGTCTTCACTTTCTCCACCGTCGAG
GAGTTCTGGGGTCTGTACAATAACATGCGGGTTC*GAGCAAGTTAGTTACCGGAGCTGAC
TTCTACTGTTTCAAACACAATATCGAACCTAAGTGGGAGGATCCTATTTGTGCTAATGGT
GGCAAATGGACTATGAACTTCCCCAAGGAGAAGTCTGATAAGCCCTGGCTTTACACTTTG
CTTGCGTTGATTGGAGAACAGTTTGACCATGGAGATGAGATATGCGGAGTTGTTGTCAAT
GTTAGAGTAAAGCAAGAGAGGATATCCATTTGGACCAAAAACGCTACCAATGAAGCTGCT
CAGGTGAGCATTGGGAGACAATGGAAGGAGATTATTGATTACAACAACAGCATTGGTTTC
ATCATCCATGAGGATGCCAAGAAGCTGGACAGAGGCGCGAGGAGCGCTTACACCGCTTGA
AACCTCAACAACTCTCTCAAATCTCTACACCGTTTCAAATTCAGTTTTGTATGTGAGAGA
TCTCTATTTATATTACCAAAACATGACTTGATCACCAGTATTTTTAATATTTTAGTATGT
TCTTCATAAAATTTACCTTCTATAAAATCAGACAATGATGTTCCATCGGTTTTCATGTGG
AGGAACTATATGTTGAAAAAAAATATTCCTTATAAATAGTGTAATTTAAAAAAATCTTGA
C

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 5

CO CL1803Contig1 1234 5 20 U
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GACACTGAGGCAAAGGAGAAAGAAGAGTCTTCTTCTCAAGAGGAATCTAGAAATGGAGAA
AACGAGACAAAGGAGAAAGAAGAAGAGTCTTCATCTCAAGGGGAAAGTAAAGATGGAGAA
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GAGGCAAAGGAGAAAGAAGAAGAGTCTTCATCACAAGAGGAAAGTAAAGACAAAGAAAAC
AAGACAGAGGAGAAAGAAGAGCCTTCATCTCAAGAGGAGTCTAAAGAGAAAGAACCAGAG
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GAGGCAAAGGAGAAAGAAGAGCCTTCATCTCAAGAGGAAACTAAAGATGGAGAAACAGAG
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ACAAAAGAGAAAGAGGAGTCTTTGTTGCAAGAGAAGAAAGAAGACAACAAGGAAATCCAG
AAAGTTGTGAAAGAGGAAGAGACTTCCTCCCAAGAAGAAAATAAAGAGAAAGAAACAGAG
GAGACAAAGGAGAAAGAAGAGTCTTCGTCACAAGAGAAAACAAAAGAGGAGAAGCCCGAA
ACAAAGGAGAAAGAGGAGTCTACGTCCCAAGAGGAGGAAACTAAAGAGAAAGAAGAGTCT
TCTTCATCCAACGATAATTCACAGGGAAATGAAGCTACTGAGAGTGAGAAGAAGGAAGGA
GTTGAGGAAACCGAGAAGAAGTCTGACGAGGGCACTAGTGAAACTGGCAGTACTGAGACT
GAACAAAAGCAACCAGAGGATACTACACAAACAGAGTCAGAGAAAGAGGAAAGCAACAAG
AATGGTGAGACAGAGGTGGTGGTGACTGAGAACGATCAACAACATTCTGACAATAGTCTT
CCTCAAGAAGTAAAAGATGTTCGTACCGATCTTGAAACTCTGCCAGATTCTGGTAATGGA
GGTAACAGTGATAACGTTGCGGCTGAGTAGATCAAATTCTTTCATTCATATGTTGTTTAG
TAGAGATTTTGAATTTGTGTCATGTAATCTGTTGTAACCTTTCTATTACTACACATATGG
GCTCTAGTCACATTTATTTTATTGTTTTCTCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DQ50TF U 1
AF RR3AH25TF U 98
AF RR3AH25JQ C 439
AF RR3H863TF U 774
AF RR3DQ50JQ C 520
BS 1 206 RR3DQ50TF
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BS 1212 1234 RR3AH25JQ

RD RR3DQ50TF 381 0 0
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GACACTGAGGCAAAGGAGAAAGAAGAGTCTTCTTCTCAAGAGGAATCTAGAAATGGAGAA
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GAGGCAAAGGAGAAAGAAGAAGAGTCTTCATCACAAGAGGAAAGTAAAGACAAAGAAA*C
AAGACAGAGGAGAAAGAAGAGCCTTCATCTCAAGAGGAGTCTAA*GAGAAG**ACCAGAG
GAGACAAAG*AGAAAGAAGAG

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR3AH25TF 733 0 0
G
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AGGGGAAAGTAAAGATGGAGAAACTGAAACAAAGGAGAAAGAAGAGTCCTCATCTCAAGA
GGAGTCTAAAGAGAAAGAAACAGAGGCAAAGGAGAAAGAAGAAGAGTCTTCATCACAAGA
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GTCTAAAGAGAAAGAAACAGAGGAGGCAAAGGAGAAAGAAGAGCCTTCATCTCAAGAGGA
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AAATAAAGAGAAAGAAACAGAGGAGACAAAGGAGAAAGAAGAGTCTTCGTCACAAGAGAA
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AACTAAAGAGAAAGAAGAGTCTTCTTCATCCAACGATAATTCACAGGGAAATGAAGCTAC
TGAGAGTGAGAA

QA 2 733 2 733
DS 

RD RR3AH25JQ 796 0 0
GAGCCTTCATCTCAAGAGGAAACTAAAGATGGAGAAACAGAGACAAAGGAGAAAGAAGAA
GAGTCTTCGTCCCAAGATGAATCCAAAGACAAAAAAACTGAGACAAAAGAGAAAGAGGAG
TCTTTGTTGCAAGAGAAGAAAGAAGACAACAAGGAAATCCAGAAAGTTGTGAAAGAGGAA
GAGACTTCCTCCCAAGAAGAAAATAAAGAGAAAGAAACAGAGGAGACAAAGGAGAAAGAA
GAGTCTTCGTCACAAGAGAAAACAAAAGAGGAGAAGCCCGAAACAAAGGAGAAAGAGGAG
TCTACGTCCCAAGAGGAGGAAACTAAAGAGAAAGAAGAGTCTTCTTCATCCAACGATAAT
TCACAGGGAAATGAAGCTACTGAGAGTGAGAAGAAGGAAGGAGTTGAGGAAACCGAGAAG
AAGTCTGACGAGGGCACTAGTGAAACTGGCAGTACTGAGACTGAACAAAAGCAACCAGAG
GATACTACACAAACAGAGTCAGAGAAAGAGGAAAGCAACAAGAATGGTGAGACAGAGGTG
GTGGTGACTGAGAACGATCAACAACATTCTGACAATAGTCTTCCTCAAGAAGTAAAAGAT
GTTCGTACCGATCTTGAAACTCTGCCAGATTCTGGTAATGGAGGTAACAGTGATAACGTT
GCGGCTGAGTAGATCAAATTCTTTCATTCATATGTTGTTTAGTAGAGATTTTGAATTTGT
GTCATGTAATCTGTTGTAACCTTTCTATTACTACACATATGGGCTCTAGTCACATTTATT
TTATTGTTTTCTCATT

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3H863TF 438 0 0
G
GAGTCTTCTTCATCCAACGATAATTCACAGGGAAATGAAGCTACTGAGAGTGAGAAGAAG
GAAGGAGTTGAGGAAACCGAGAAGAAGTCTGACGAGGGCACTAGTGAAACTGGCAGTACT
GAGACTGAACAAAAGCAACCAGAGGATACTACACAAACAGAGTCAGAGAAAGAGGAAAGC
AACAAGAATGGTGAGACAGAGGTGGTGGTGACTGAGAACGATCAATAACATTCTGACAAT
AGTCTTCCTCAAGAAGTAAAAGATGTTCGTACCGATCTTGAAACCCTGCCAGATTCTGGT
AATGGAGGTAACAGTGATAACGTTGCGGCTGAGTAGATCAAATTCTCTCATTCATATGTT
GTTTAGTAGAGATTTTGAATTTGTGTCATGTAATCTGTTGTAACCTTTCTATTACTACAC
ATATGGGCTCTAGTCAC

QA 2 438 2 438
DS 

RD RR3DQ50JQ 701 0 0
TCCAAAGACAAAAAAACTGAGACAAAAGAGAAAGAGGAGTCTTTGTTGCAAGAGAAGAAA
GAAGACAACAAGGAAATCCAGAAAGTTGTGAAAGAGGAAGAGACTTCCTCCCAAGAAGAA
AATAAAGAGAAAGAAACAGAGGAGACAAAGGAGAAAGAAGAGTTTTCGTCACAAGAGAAA
ACAAAAGAGGAGGAGCCCGAAACAAAGGAGAAAGAGGAGTTTACGTCCCAAGAGGAGGAA
ACTAAAGAGAAAGAAGAGTTTTCTTCATCCAACGATAATTCACAGGGAAATGAAGCTACT
GAGAGTGAGAAGAAGGAAGGATTTGAGGAAACCGAGAAGAAGTCTGACGAGGGCACTAGT
GAAACTGGCAGTACTGAGACTGAACAAAAGCAACCAGAGGATACTACACAAACAGAGTCA
GAGAAAGAGGAAAGCAACAAGAATGGTGAGACAGAGGTGGTGGTGACTGAGAACGATCAA
CAACATTCTGACAATAGTCTCCCTCAAGAAGTAAAAGATGTTCGTACCGATCTTGAAACT
TTGCCAGATTCTGGTAATGGAGGTAACAGTGATAACGTTGCGGCTGAGTAGATCAAATTC
TTTCATTCATATGTTGTTTAGTAGAGATTTTGAATTTGTGTCATGTAATCTGTTGTAACC
TTTCTATTACTACACATATGGGCTCTAGTCACATTTATTTT

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 4

CO CL1804Contig1 698 4 6 U
TGAGCAAACTGCAAAGATTTTATAAATTATCAAACTTAGAAAGTTGGATCTGAAGAGAAA
CCAAACCCCAAATTACATAAATAAAACTTAAAAGAAAAAAAGCTAAGAGATTTTCTACAT
ATGCATTAACCAATCTTCAACACAAAGAACACAAATAAAAAACCAACACTCGTGTGGCTT
AAGCCTTCTTAGGAGACTTAGCCGGTGACTTGGACGCAGGTTCCTCGGTCGACTTAGCAG
AAGACTTCTTAGGCAGCAAAACAGAGTTGATGTTAGGCAACACACCACCGTGAGCGATCG
TGACACCACTCAGAAGCTTCCCCAACTCCTCATCGTTCCTAATCGCCAAAAGAAGATGCC
TCGGGATGATCCTCGACTTCTTGTTGTCCCTCGCCGCGTTACCAGCAAGCTCCAAAACTT
CGGCTGCGAGGTACTCGAGCACGGCGGCCATGTAAACCGGAGCTCCACCGCCGAGTCTCT
GTGCGTACCGTCCCTTCTTCAGGAAACGAGTGATTCTTCCGACCGGGAATTGGAGACCGG
CTTTGATCGATTTCGAAACCGATTTGGTTTTTGGTCCGCCGGCTTTCCTTCCTCCGAATG
CCTTCTTCACTTTTCCGGTGGTTTCCATCGCGGCGAAGATCGATTTAGACGAGTGATATG
ATCCTAATGCAGTGAAGAGGTTATGAGATTTGTGATCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3H022JQ U 22
AF RR3D135JQ U 2
AF RR3D135TF C 1
AF RR3H022TF C 22
BS 1 1 RR3D135TF
BS 2 22 RR3D135JQ
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BS 663 663 RR3H022TF
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RD RR3H022JQ 616 0 0
G
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TTCCAT
CGCGGCGAA

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DS 

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CAAACCCCAAATTACATAAATAAAACTTAAAAGAAAAAAAGCTAAGAGATTTTCTACATA
TGCATTAACCAATCTTCAACACAAAGAACACAAATAAAAAACCAACACTCGTGTGGCTTA
AGCCTTCTTAGGAGACTTAGCCGGTGACTTGGACGCAGGTTCCTCGGTCGACTTAGCAGA
AGACTTCTTAGGCAGCAAAACAGAGTTGATGTTAGGCAACACACCACCGTGAGCGATCGT
GACACCACTCAGAAGCTTCCCCAACTCCTCATCGTTCCTAATCGCCAAAAGAAGATGCCT
CGGGATGATCCTCGACTTCTTGTTGTCCCTCGCCGCGTTACCAGCAAGCTCCAAAACTTC
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CTTCTTCACTTTTCCGGTGGTT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3D135TF 698 0 0
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CCAAACCCCAAATTACATAAATAAAACTTAAAAGAAAAAAAGCTAAGAGATTTTCTACAT
ATGCATTAACCAATCTTCAACACAAAGAACACAAATAAAAAACCAACACTCGTGTGGCTT
AAGCCTTCTTAGGAGACTTAGCCGGTGACTTGGACGCAGGTTCCTCGGTCGACTTAGCAG
AAGACTTCTTAGGCAGCAAAACAGAGTTGATGTTAGGCAACACACCACCGTGAGCGATCG
TGACACCACTCAGAAGCTTCCCCAACTCCTCATCGTTCCTAATCGCCAAAAGAAGATGCC
TCGGGATGATCCTCGACTTCTTGTTGTCCCTCGCCGCGTTACCAGCAAGCTCCAAAACTT
CGGCTGCGAGGTACTCGAGCACGGCGGCCATGTAAACCGGAGCTCCACCGCCGAGTCTCT
GTGCGTACCGTCCCTTCTTCAGGAAACGAGTGATTCTTCCGACCGGGAATTGGAGACCGG
CTTTGATCGATTTCGAAACCGATTTGGTTTTTGGTCCGCCGGCTTTCCTTCCTCCGAATG
CCTTCTTCACTTTTCCGGTGGTTTCCATCGCGGCGAAGATCGATTTAGACGAGTGATATG
ATTCTAATGCAGTGAAGAGGTTATGAGATTTGTGATCC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3H022TF 677 0 0
G
TAAATTATCAAACTTAGAAAGTTGGATCTGAAGAGAAACCAAACCCCAAATTACATAAAT
AAAACTTAAAAGAAAAAAAGCTAAGAGATTTTCTACATATGCATTAACCAATCTTCAACA
CAAAGAACACAAATAAAAAACCAACACTCGTGTGGCTTAAGCCTTCTTAGGAGACTTAGC
CGGTGACTTGGACGCAGGTTCCTCGGTCGACTTAGCAGAAGACTTCTTAGGCAGCAAAAC
AGAGTTGATGTTAGGCAACACACCACCGTGAGCGATCGTGACACCACTCAGAAGCTTCCC
CAACTCCTCATCGTTCCTAATCGCCAAAAGAAGATGCCTCGGGATGATCCTCGACTTCTT
GTTGTCCCTCGCCGCGTTACCAGCAAGCTCCAAAACTTCGGCTGCGAGGTACTCGAGCAC
GGCGGCCATGTAAACCGGAGCTCCACCGCCGAGTCTCTGTGCGTACCGTCCCTTCTTCAG
GAAACGAGTGATTCTTCCGACCGGGAATTGGAGACCGGCTTTGATCGATTTCGAAACCGA
TTTGGTTTTTGGTCCGCCGGCTTTCCTTCCTCCGAATGCCTTCTTCACTTTTCCGGTGGT
TTCCATCGCGGCGAAGATCGATTTAGACGAGTGATATGATCCTAATGCAGTGAAGAGGTT
ATGAGATTTGTGATCC

QA 2 677 2 677
DS 



AS 1 2

CO CL1805Contig1 882 2 18 U
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TCCCTCCTGCTCCACGTAGCGTCCCTCAGATCACAGTCTGCTTTGACATTGACGCAAATG
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CCAACGACAAGGGTCGCTTGTCTAAAGACGAGATAGAGAAGATGGTGCAAGAGGCTGAGA
AGTACAAGTCTGAGGACGAAGAGCATAAGAAGAAGGTTGAGGCCAAGAACGCGCTTGAGA
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CCGCAGACAAGAAGAAGATTGAGGATTCGGTTGAGGAGGCAATCCAGTGGCTTGATGGGA
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TTGCGATGGACTCTCTCTATTATCTTGTGAACCTTTTTTTTATTTATTTCTAATCAAGTT
GCAGTTTCGAACTTGAACTATATTAGTCTGTCCACTCTGTTTTTATGGCTTTGCTGATGT
AGCTTCATAGAAAACATATTAAAGAACGATTAGAGTTGTGTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F390TF U 1
AF RR3DU16JQ C 106
BS 1 133 RR3F390TF
BS 134 134 RR3DU16JQ
BS 135 139 RR3F390TF
BS 140 140 RR3DU16JQ
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BS 567 567 RR3DU16JQ
BS 568 579 RR3F390TF
BS 580 882 RR3DU16JQ

RD RR3F390TF 581 0 0
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CCAACGACAAGGGTCGCTTGTCTAAAGACGAGATTGAGAAGATGGTGCAAGAGGCTGAGA
AGTACAAGTCTGAGGACGAGGAGCATAAGAAGAAGGTTGAGGCCAAGAACGCGCTTGAGA
ACTATGCTTACAACATGAGAAACACGATCCGGGATGAGAAGATTGGCGAGAAGCTTCCTG
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ACCAGACGGCTGAAGCTGACGAGTTTGAAGACAAGATGAAAGAGTTGGAGAGTGTCTGCA
ATCCCATCATAGCTAAGATGTATCAAGGAGCTGGTGGTG
AT

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3DU16JQ 777 0 0
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ACATTGATGCAAATGGAATCCTGAACGTCTCTGCTGAGGACAAGACCACTGGCCAGAAGA
ACAAGATCACCATCACCAACGACAAGGGTCGTTTGTCTAAAGACGAGATAGAGAAGATGG
TGCAAGAGGCTGAGAAGTACAAGTCTGAGGATGAAGAGCATAAGAATAAGGTTGAGGCCA
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AGTGGCTTGATGGGAACCAGACGGCTGAAGCAGACGAGTTTGAAGACAAGATGAAGGAGT
TGGAGAGTGTCTGCAATCCCATCATAGCTAAGATGTATCAAAGAGCTGGTGGTGGTGAAG
CAGGTGGAATGGATGATGATGAAGCTCCTCCTTCTACCGGAGGTGCTGGCCCCAAGATTG
AGGAAGTCGATTAAGCTCTGGTGCATTCTTTAAGCCTTTGATGGTCTAAATTTCTGTGTT
TTTTTTTGTGTTTGCTTGCGATGGACTCTCTCTATTATCTTGTGAACCTTTTTTTTATTT
ATTTCTAATCAAGTTGCAGTTTCGAACTTGAACTATATTAGTCTGTCCACTCTGTTTTTA
TGGCTTTGCTGATGTAGCTTCATAGAAAACATATTAAAGAACGATTAGAGTTGTGTG

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 4

CO CL1806Contig1 726 4 4 U
GGAATAACAATTACTTGGACGGTCTCTTCTTCCTCAGATTACGAGAAAATCTCTAAAATG
GCGTCAGTTTCTGCAAGTTTGCCTCCTCCATTGCTGCTCACTCAGAGAAAACCTAATCTC
ACATCAGTTCAGAAACTCCCATTTTCTCTTATTCGAGATAGAAGAAGCCCTAGCATGGGT
GTTATGGTGAAAGCTAATGGTAAAAGTTCTGAATCATCGACTGATCTTGACGTCATTAGT
TCAATTCAGAATGTTTGGGATAAGTCTGAAGATCGTTTAGGTCTTATTGGTTTGAGTTTT
GCTGCTATTGTAGCTCTTTGGGCGTCACTTAACATAATCACGGCAATCGACAAATTGCCT
GTTATCTCCTCTGGGTTTGAACTAGTTGGTATCTTGTTCTCCACGTGGTTTACATATCGA
TATCTCTTGTTCAAACCCGACAGAGAGGAGCTATCCCAAATTGTCAAGAAATCAGTGACG
AATATACTTGGCCAGTAGAAAACCCTTTCTCAAAAGGAAAAAAAAAATATACTTGGCCAG
TAAGGCAGTAAATGCATGTGGTATCCTGAGATGATTTGTGTTTGTGACATGATAGATGTT
GTTATCTCTGGTTCATGTTCATGTTCTGAACCTGTAAATACTGTATTTGGGTTTTGGTTG
CTGTTTCTTGTGAACAAATCAATCATTTCATATAAAGAATTAAGACATCAAGATCAGTTT
TTGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 

AF RR3BV67TF U 1
AF RR3BV67JQ C 37
AF RR3AX43TF U 34
AF RR3AX43JQ C 35
BS 1 526 RR3BV67TF
BS 527 527 RR3AX43TF
BS 528 709 RR3BV67TF
BS 710 726 RR3AX43TF

RD RR3BV67TF 709 0 0
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GCGTCAGTTTCTGCAAGTTTGCCTCCTCCATTGCTGCTCACTCAGAGAAAACCTAATCTC
ACATCAGTTCAGAAACTCCCATTTTCTCTTATTCGAGATAGAAGAAGCCCTAGCATGGGT
GTTATGGTGAAAGCTAATGGTAAAAGTTCTGAATCATCGACTGATCTTGACGTCATTAGT
TCAATTCAGAATGTTTGGGATAAGTCTGAAGATCGTTTAGGTCTTATTGGTTTGAGTTTT
GCTGCTATTGTAGCTCTTTGGGCGTCACTTAACATAATCACGGCAATCGACAAATTGCCT
GTTATCTCCTCTGGGTTTGAACTAGTTGGTATCTTGTTCTCCACGTGGTTTACATATCGA
TATCTCTTGTTCAAACCCGACAGAGAGGAGCTATCCCAAATTGTCAAGAAATCAGTGACG
AATATACTTGGCCAGTAGAAAACCCTTTCTCAAAAGGAAAAAAAAA*TATACTTGGCCAG
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GTTATCTCTGGTTCATGTTCATGTTCTGAACCTGTAAATACTGTATTTGGGTTTTGGTTG
CTGTTTCTTGTGAACAAATCAATCATTTCATATAAAGAATTAAGACATC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3BV67JQ 673 0 0
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CTCACTCAGAGAAAACCTAATCTCACATCAGTTCAGAAACTCCCATTTTCTCTTATTCGA
GATAGAAGAAGCCCTAGCATGGGTGTTATGGTGAAAGCTAATGGTAAAAGTTCTGAATCA
TCGACTGATCTTGACGTCATTAGTTCAATTCAGAATGTTTGGGATAAGTCTGAAGATCGT
TTAGGTCTTATTGGTTTGAGTTTTGCTGCTATTGTAGCTCTTTGGGCGTCACTTAACATA
ATCACGGCAATCGACAAATTGCCTGTTATCTCCTCTGGGTTTGAACTAGTTGGTATCTTG
TTCTCCACGTGGTTTACATATCGATATCTCTTGTTCAAACCCGACAGAGAGGAGCTATCC
CAAATTGTCAAGAAATCAGTGACGAATATACTTGGCCAGTAGAAAACCCTTTCTCAAAAG
GAAAAAAAAA*TATACTTGGCCAGTAAGGCAGTAAATGCATGTGGTATCCTGAGATGATT
TGTGTTTGTGACATGATAGATGTTGTTATCTCTGGTTCATGTTCATGTTCTGAACCTGTA
AATACTGTATTTGGGTTTTGGTTGCTGTTTCTTGTGAACAAATCAATCATTTCATATAAA
GAATTAAGACATC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3AX43TF 693 0 0
GGA
GATTACGAGAAAATCTCTAAAATGGCGTCAGTTTCTGCAAGTTTGCCTCCTCCATTGCTG
CTCACTCAGAGAAAACCTAATCTCACATCAGTTCAGAAACTCCCATTTTCTCTTATTCGA
GATAGAAGAAGCCCTAGCATGGGTGTTATGGTGAAAGCTAATGGTAAAAGTTCTGAATCA
TCGACTGATCTTGACGTCATTAGTTCAATTCAGAATGTTTGGGATAAGTCTGAAGATCGT
TTAGGTCTTATTGGTTTGAGTTTTGCTGCTATTGTAGCTCTTTGGGCGTCACTTAACATA
ATCACGGCAATCGACAAATTGCCTGTTATCTCCTCTGGGTTTGAACTAGTTGGTATCTTG
TTCTCCACGTGGTTTACATATCGATATCTCTTGTTCAAACCCGACAGAGAGGAGCTATCC
CAAATTGTCAAGAAATCAGTGACGAATATACTTGGCCAGTAGAAAACCCTTTCTCAAAAG
GAAAAAAAAAATATACTTGGCCAGTAAGGCAGTAAATGCATGTGGTATCCTGAGATGATT
TGTGTTTGTGACATGATAGATGTTGTTATCTCTGGTTCATGTTCATGTTCTGAACCTGTA
AATACTGTATTTGGGTTTTGGTTGCTGTTTCTTGTGAACAAATCAATCATTTCATATAAA
GAATTAAGACATCAAGATCAGTTTTTGCTT

QA 4 693 4 693
DS 

RD RR3AX43JQ 692 0 0
GA
GATTACGAGAAAATCTCTAAAATGGCGTCAGTTTCTGCAAGTTTGCCTCCTCCATTGCTG
CTCACTCAGAGAAAACCTAATCTCACATCAGTTCAGAAACTCCCATTTTTTTTTATTCGA
GATAGAAGAAGCCCTAGCATGGGTGTTATGGTGAAAGCTAATGGTAAAAGTTCTGAATCA
TCGACTGATCTTGACGTCATTAGTTCAATTCAGAATGTTTGGGATAAGTCTGAAGATCGT
TTAGGTCTTATTGGTTTGAGTTTTGCTGCTATTGTAGCTCTTTGGGCGTCACTTAACATA
ATCACGGCAATCGACAAATTGCCTGTTATTTCCTCTGGGTTTGAACTAGTTGGTATCTTG
TTCTCCACGTGGTTTACATATCGATATTTCTTGTTCAAACCCGACAGAGAGGAGCTATCC
CAAATTGTCAAGAAATCAGTGACGAATATACTTGGCCAGTAGAAAACCCTTTCTCAAAAG
GAAAAAAAAAATATACTTGGCCAGTAAGGCAGTAAATGCATGTGGTATCCTGAGATGATT
TGTGTTTGTGACATGATAGATGTTGTTATTTCTGGTTCATGTTCATGTTCTGAACCTGTA
AATACTGTATTTGGGTTTTGGTTGCTGTTTCTTGTGAACAAATCAATCATTTCATATAAA
GAATTAAGACATCAAGATCAGTTTTTGCTT

QA 3 692 3 692
DS 



AS 1 5

CO CL1807Contig1 629 5 21 U
ATGGTAACACTAAACAGAATTAAATAGAGTGTGATATTTTTTATTAATACAGATTTGGAA
ATATCGAAAGTAAACAAAAATAAGCGAAAAAATTGAGTGAAATACGTATCTATTGTCCAT
AATTAATTAATAACGCCTAGGGTCTAATTGGTGACCATCACACTCTGTGTTGACCATGAA
CACTAGAAACAAATATTATTGCCTTTACTAAGAAGAAGAATACCATTAGATTACCACCAT
TGCTTATCTATGTGTCACCACCATAAACTCTGTTACGCATCTGGCACACAATCACCGGGA
ACAGCTCTGAAACAATTGCAGATATGTCCGGGGTGTTCCTTCTTGTGTAAATCGGTTTGT
AGGTTTTCAGGTGATTTGAATGGTTCCCGGTTTATACAGTTGCAACTAAGAAAACGCCGT
GTTATGTTCGCAGAAAGCATGTCTTTGAAGCATTTCTTGTCTCCATGTTTGCTGCATTTT
TCAGGGAACGGGATTTGATCATAACAGTCCCCGTCTTTACCATGACTCAGAACGAAACAT
ATGAAAACACAAGAAACCATAACCAAAGTAGTACCCTTCATGATTCAAAAATTGATAAAG
ATTATGACTTGGAGAAAACGTTTTGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HA86JQ U 1
AF RR3EM81JQ U 6
AF RR3HA86TF C 1
AF RR3BH88JQ U 26
AF RR3BH88TF C 26
BS 1 121 RR3HA86JQ
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BS 592 620 RR3BH88JQ
BS 621 629 RR3HA86TF

RD RR3HA86JQ 591 0 0
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CACTAAAAACAAATATTATTGCCTTTACTAAGAAGAAAAATACCATTAGATTACCACCAT
TGCTTATCTATGTGTCACCACCATAAACTCTGTTACGCATCTGGCACACAATCACCGGGA
ACAGCTCTGAAACAATTACAGATATGTCCGGGGTGTTCCTTCTTGTGTAAATCGGTTTGT
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TCAGGGAACGGGATTTGATCATAACAGTCCCCGTCTTTACCATGACTCAGAACGAAACAT
ATGAAAACACAAGAAACCATAACCAAAGTAGTACCCTTCATGATTCAAAAA

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3EM81JQ 586 0 0
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ATTAATAACGCCTAGGGTCTAATTGGTGACCATCACACTCTGTGTTGACCATGAACACTA
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QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3HA86TF 629 0 0
ATGGT
AACACTAAACAGAATTAAATAGAGTGTGATATTTTTTATTAATACAGATTTGGAAATATC
GAAAGTAAACAAAAATAAGCGAAAAAATTGAGTGAAATACGTATCTATTGTCCATAGTTA
ATTAATAACGCCTAGGGTCTAATTGGTGACCATCACACTCTGTGTTGACCATGAACACTA
GAAACAAATATTATTGCCTTTACTAAGAAGAAGAATACCATTAGATTACCACCATTGCTT
ATCTATGTGTCACCACCATAAACTCTGTTACGCATCTGGCACACAATCACCGGGAACAGC
TCTGAGACAATTACAGATATGTCCGGGGTGTTCCTTCTTGTGTAAATCGGTTTGTAGGTT
TTCAGGTGATTTGAATGGTTCCCGGTTTATACAGTTGCAACTAAGAAAACGCCGTGTTAT
GTTCGCAGAAAGCATGTCTTTGGAGCATTTCTTGTCTCCATATTTGCTGCATTTTTCAGG
GAACGGGATTTGATCATAACAGTCCCCGTCTTTACCATGACTCAGAACGAAACATATGAA
AACACAAGAAACCATAACCAAAGTAGTACCCTTCATGATTCAAAAATTGATAAAGATTAT
GACTTAGAGAAAACGTTTTGTCCC

QA 6 629 6 629
DS 

RD RR3BH88JQ 602 0 0
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TACTAAAAAAAAAAATACCATTAGATTACCACCATTGCTTATCTATGTGTCACCACCATA
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GTCCGGGGTGTTCCTTCTTGTGTAAATCGGTTTGTGGGTTTTCAGGTGATTTGAATGGTT
CCCGGTTTATACAGTTGCAACTAAAAAAACGCCGTGTTATGTTCGCAAAAAGCATGTCTT
TGAAGCATTTCTTGTCTCCATGTTTGCTGCATTTTTCAGGGAACGGGATTTGATCATAAC
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DS 

RD RR3BH88TF 602 0 0
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TACTAAGAAGAAGAATACCATTAGATTACCACCATTGCTTATCTATGTGTCACCACCATA
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GTCCGGGGTGTTCCTTCTTGTGTAAATCGGTTTGTGGGTTTTCAGGTGATTTGAATGGTT
CCCGGTTTATACAGTTGCAACTAAGAAAACGCCGTGTTATGTTCGCAGAAAGCATGTCTT
TGAAGCATTTCTTGTCTCCATGTTTGCTGCATTTTTCAGGGAACGGGATTTGATCATAAC
AGTCCCCGTCTTTACCATGACTCAGAACGAAACATATGAAAACACAAGA**CCATAACCA
AAGTAGTACCCTTCATGATTCAAAAATTGATAAAGATTATGACTTGGAGAAAACG
CTGTCCC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 5

CO CL1808Contig1 1009 5 20 U
GGAACTTAGCTCAGGCACTAGTGAACCCAAGCACTGGAGAAAGTAGTCAGCAGCTTATAC
AGCGGATTTGGGGTATCATCCAGAAGAAGATCTTCAAGGCTAAAGAGTTATTCAAGGATG
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AGCCATTCAAGAGTAAGAAGTCAGGTGTTGATCCTTCCAAGAAGAAGCAGTCTGCTGCGT
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TAATTAACTCGAGAAAGTTCTCAGAAACCGAACTGAAGAAGATCTTGGATATATTTAGGA
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AAGTGTTTAGAAGGAAACCGCGGATTGCACACCAACTGTTTGGGGTTCTTCTGGAGAAAG
GTGCGAGTCCTAAAGTAGAGTATCGTAGAGTGGAAGCCCTTGAACTGATCTCTGAAGCTT
TAAGAACGTCGGTTCCCATAAGCAGCGAAGAGACCCAAGAAGAGTCGAAGAAGAAAATGG
AGAGCCATCTGGTGAAACTGAGTTATTTGATCAAAGGGCTTGTTGGAAATATGCCTGATA
AGCAAGCAAGACGAGCTAAGGTGCGCAAGTTCTGTGGCAGGGTCTTTAAATTGATCTCGT
CGTTGAAACTCACCAAGTCTCTCCTGGAGGGTTTGGGAGAAGATGGTCAAACAGCTTGCG
AAACTGTACTTGGTGATCTGTTTATGAGACTCAAGAACACTGAGGATTAAATCACCATAG
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TTTTTGCTGAATGAAAGACTTGAAGGAACTTGAAATCAAAGTTTGAATTGGATTTTCCTT
ATTTATTTGATTTTCTACATTACTTTACCATGATATATTTGCATTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

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C
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GGAAATATGCCTGATAAGCAAGCAAGACGATCTAAGGTGCGCAAGTTCTGTGGCAGGGTC
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GAATTGGATTTTCCTTAT

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G
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CTTTTTTGTTTTTGTTTTTGCTGAATGAAAGACTTGAAGGAACTTGAAATCAAAGTTTGA
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GTT

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G
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AGAATTTCTTGAGGAAGTGTTTAGAAGGAAACCGCGGATTGCACACCAACTGTTTGGGGT
TCTTCTGGAGAAAGGTGCGAGTCCTAAAGTAGAGTATCGTAGAGTGGAATCCCTTGAACT
GATCTCTGAAGCTTTAAGAACGTCGGTTCCCATAAGCAGCGAAGAGACCCAAGAAGAGTC
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AAATATGCCGGATAAGCAAGCAAGACGAGCTAAGGTGCGCAAGTTTTGTGGCAGGGTCTT
TAAATTGATCTCGTCGTTGAAACTCACCAAGTCTCTCCTGGAGGGTTTGGGAGAAGATGG
TCAAACAGCTTGCGAAACTGTACTTGGTGATCTGTTTATGAGACTCAAGAACACTGAGGA
TTAAATCACCATAGGCTGATCTTCTGGTGAAAACCATCTTCTTTTGTCATGTTTTTTTGT
CTTTTTTGTTTTTGTTTTTGCTGAATGAAAGACTTGAAGGAACTTGAAATCAAAGTTTGA
ATTGGATTTTCCTTATTTATTTGATTTTCTACATTACTTTACCATGATATATTTGC

QA 2 657 2 657
DS 



AS 1 5

CO CL1809Contig1 1192 5 12 U
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TCTTAGAGATGTACAGTTATCAATAAAAAAAGTTTGTCTTCTTTATTTATTTGTGGGAGA
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AAACAACAGAGAGCATACTCAAAGCTTTTCAAAATGCTGACTTATCTTGATTTCTGTTGG
CTGTAACGTTGTATTCCATGAACATCAACGATTCCTGGAGGGAACACCGGATCAGTAGCC
GCTCTAACCGCAACTTTGGCAACCGATTCAACGTTCACCGGAGGCGTGAACAAAGGTCCG
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AAGACTCCCAATGGGATCTTCATGTTCCCAACGCTGCGAGTTCCATATATAAAACCAGGC
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TTGAAGGGCTCATCGATTTTGTTGGAGTCTGTCGAGAGATACCTCCCACCGCCACTTGAT
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ATCGTCCTCATTTTTTGGAGAGAAAAGCGATTCAATTCGACGCAGAGATGAGCAAACCAA
ATTTTTTTTTCTACTTTAGGAGAAGAGAGTCCGGTGGCGATGGAGACGGACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H648JQ U 123
AF RR3AI93JQ U 1
AF RR3FS19JQ U 45
AF RR3H648TF C 380
AF RR3AI93TF C 485
BS 1 214 RR3AI93JQ
BS 215 215 RR3H648JQ
BS 216 724 RR3AI93JQ
BS 725 828 RR3FS19JQ
BS 829 829 RR3H648TF
BS 830 840 RR3FS19JQ
BS 841 907 RR3H648TF
BS 908 908 RR3AI93TF
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BS 950 950 RR3AI93TF
BS 951 1123 RR3H648TF
BS 1124 1192 RR3AI93TF

RD RR3H648JQ 585 0 0
GGG
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ACAGAGAGCATACTCAAAGCTTTTCAAAATGCTGACTTATCTTGATTTCTGTTGGCTGTA
ACGTTGTATTCCATGAACATCAACGATTCCTGGAGGGAACACCGGATCAGTAGCCGCTCT
AACCGCAACTTTGGCAACCGATTCAACGTTCACCGGAGGCGTGAACAAAGGTCCGACTAG
TGGGAGCTGGTTCAGTGGTTTTGCTTGTTGAAGAACCATCTCCATGGGTGAACCAAAGAC
TCCCAATGGGATCTTCATGTTCCCAACGCTGCGAGTTCCATATATAAAACCAGGCCTCAA
GATTATCCCTCCATAGGCAAATCTTGTGAGAAGCTCAGTCTCAGCAGCTCGCTTTCCCTC
ATAGTAACCGCTCAACAAGTACTTGGCTGGTCCGAAATCAGCAACGGAGATATAGACAAA
TCTTTTGACACCTTTCTCAGAGGCAGCTCTAATTGCGTTGATGTTTGCAGTCCCGTTAAT
CTTATACATATACGAGTTTGAACCAAAACCACCAACACACGA

QA 4 585 4 585
DS 

RD RR3AI93JQ 724 0 0
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TCTTAGAGATGTACAGTTATCAATAAAAAAAGTTTGTCTTCTTTATTTATTTGTGGGAGA
GGGGAAACATAAATTTTCCCACCATTGAAACTGAACAGAGTATAGCAGCCAAACTCTACA
AAACAACAGAGAGCATACTCAAAGCTTTTCAAAACGCTGACTTATCTTGATTTCTGTTGG
CTGTAACGTTGTATTCCATGAACATCAACGATTCCTGGAGGGAACACCGGATCAGTAGCC
GCTCTAACCGCAACTTTGGCAACCGATTCAACGTTCACCGGAGGCGTGAACAAAGGTCCG
ACTAGTGGGAGCTGGTTCAGTGGTTTTGCTTGTTGAAGAACCATCTCCATGGGTGAACCA
AAGACTCCCAATGGGATCTTCATGTTCCCAACGCTGCGAGTTCCATATATAAAACCAGGC
CTCAAGATTATCCCTCCATAGGCAAATCTTGTGAGAAGCTCAGTCTCAGCAGCTCGCTTT
CCCTCATAGTAACCGCTCAACAAGTACTTGGCTGGTCCGAAATCAGCAGCGGAGATATAG
ACAAATCTTTTGACACCTTTCTCAGAGGCAGCTCTAATTGCGTTGATGTTTGCAGTCCCG
TTAATCTTATACATATACGAGTTTGAACCAAAACCACCAACACACGAGATCACAGAAGTG
ACTC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3FS19JQ 796 0 0
G
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TTTATTTGTGGGAGAGGGGAAACATAAATTTTCCCACCATTGAAACTGAACAGAGTATAG
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CTTGATTTCAGTTGGCTGTAACGTTGTATTCCATGAACATCAACGATTCCTGGAGGGAAC
ACCGGATCAGTAGCCGCTCTAACCGCAACTTTGGCAACCGATTCAACGTTCACCGGAGGC
GTGAACAAAGGTCCGACTAGTGGGAGCTGGTTCAGTGGTTTTGCTTGTTGAAGAACCATC
TCCATGGGTGAACCAAAGACTCCCAATGGGATCTTCATGTTCCCAACGCTGCGAGTTCCA
TATATAAAACCAGGCCTCAAGATTATCCATCCATAGGCAAATCTTGTGAGAAGCTCAGTC
TCAGCAGCTCGCTTTCCCTCATAGTAACCGCTCAACAAGTACTTGGCTGGTCCGAAATCA
GCAGCGGAGATATAGACAAATCTTTTGACACCTTTCTCAGAGGCAGCTCTAATTGCGTTG
ATGTTTGCAGTCCCGTTAATCTTATACATATATGAATTTGAACCAAAACCACCAACACAC
GAGATCACAGAAGTGACTCCATCAAGAGCATCTTTCAATAAATCAGATGATAGAAGGTTT
CCTTGATGCCATGTAACTCTGGAAGCCCATGACTCTTGTAAAGACGACCTACCTGACCTG
CTA*GGCTAGAGACA

QA 2 796 2 796
DS 

RD RR3H648TF 746 0 0
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TCATGTTCCCAACGCTGCGAGTTCCATATATAAAACCAGGCCTCAAGATTATCCCTCCAT
AGGCAAATCTTGTGAGAAGCTCAGTCTCAGCAGCTCGCTTTCCCTCATAGTAACCGCTCA
ACAAGTACTTGGCTGGTCCGAAATCAGCAACGGAGATATAGACAAATCTTTTGACACCTT
TCTCAGAGGCAGCTCTAATTGCGTTGATGTTTGCAGTCCCGTTAATCTTATACATATACG
AGTTTGAACCAAAACCACCAACACACGAGATCACAGAAGTGACTCCATCAAGAGCATCTT
TCAATAAATCAGATGATAGAAGGTTTCCTTGATGCCATGTAACTCTGGAAGCCCATGACT
CTTGTAAAGACGACCTACCTGACCTGCTAAGGCTAGAGACAGATAAGCCGCGATCTAAAG
CTTCTTTACAGACGTGTGATCCCACAAACCCATTTCCACCAAGGACAAGCAGCTTTTCAG
TTGGGGGTGGAGGCACATGAACAGTCTCTGCTTCTTCAACATTGAAGGGCTCATCGATTT
TGTTGGAGTCTGTCGAGAGATACCTCCCACCGCCACTTGATGATGCAGAAACGAACCGTG
ACTGTGGAATTGACGATTTGTGACGGATCAAACGCGAAACGATCGTCCTCATTTTTTGGA
GAGAAAAGCGATTCAATTCGACGC
CC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3AI93TF 708 0 0
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CATAGTAACCGCTCAACAAGTACTTGGCTGGTCCGAAATCAGCAGCGGAGATATAGACAA
ATCTTTTGACACCTTTCTCAGAGGCAGCTCTAATTGCGTTGATGTTTGCAGTCCCGTTAA
TCTTATACATATACGAGTTTGAACCAAAACCACCAACACACGAGATCACAGAAGTGACTC
CATCAAGAGCATCTTTCAATAAATCAGATGATAGAAGGTTTCCTTGATGCCATGTAACTC
TGGAAGCCCATAACTCTTGTAAAGACGACCTACCTGACCTGCTAAGGCTAGAGACAGATA
AGCCGCGATCTAAAGCTTCTTTACAGACGTGTGATCCCACAAACCCATTTCCACCAAGGA
CAAACAGCTTTTCAGTTGGGGGTGGAGGCACATGAACAGTCTCTGATTCTTCAACATTGA
AGGGCTCATCGATTTTGTTGGAGTCTGTCGAGAGATACCTCCCACCGCCACTTGATGATG
CAGAAACGAACCGTGACTGTGGAATTGACGATTTGTGACGGATCAAACGCGAAACGATCG
TCCTCATTTTTTGGAGAGAAAAGCGATTCAATTCGACGCAGAGATGAGCAAACCAAATTT
TTTTTTCTACTTTAGGAGAAGAGAGTCCGGTGGCGATGGAGACGGACA

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 5

CO CL1810Contig1 698 5 6 U
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GTGATGACAATAACAGACGGTAACTTCGCCGTCACTGACGTCAACGGAAACCTCCTTTTC
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AATCCGATTCTGACCTTGAGAGAAAATAGGGTGAGCCTGCACGATAGGTGGCAAGTATTT
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CAAACATGATTAAGCCAAAACTAGATGTGTTTTTGGCTCAAAACAAGGAAATGAAGGTAT
GCGACTTCCATGTTAAAGGAAGTTGGATCGACCGGTCATGTGTCGTCTACGCCGGGAAAT
CTGATGCCATTGTTGCTCAGATGCACAAAAACCATACCGCACAAAGCATATTAATAGGAA
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TTGTAATTCTCGATGACATTAACCGAGAAGATTCTGATGACTAAACTAATGCTTTTTAAC
TAATGATTCTTGATTTTAATATGAAATAAGAATTAATG


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CW29TF U 1
AF RR3GH55JQ C 1
AF RR3GH55TF U 1
AF RR3AS70JQ C 6
AF RR3AS70TF U 6
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RD RR3CW29TF 658 0 0
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AATCCGATTCCGACCTTGAGAGAAAATAGGGTGAGCCTGCACGATAGGTGGCAAGTATTT
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CAAACATGATTAAGCCAAAACTAGATGTGTTTTTGGCTCAAAACAAGGAAATGAAGGTAT
GCGACTTCCATGTTAAAGGAAGTTGGATCGACCGGTCATGTGTCGTCTACGCCGGGAAAT
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TTGTAATTCTCGATGACATTAACCGAGAAGATTCTGATGACTAAACTAATGCTTTTTA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3GH55JQ 664 0 0
TTTTT
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ATTCTCGATGACATTAACCGAGAAGATTCTGATGACTAAACTAATGCTTTTTA
ACTAAT

QA 6 658 6 658
DS 

RD RR3GH55TF 668 0 0
TTTTT
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GATTCTGACCTTGAGAGAAAATAGGGTGAGCCTGCACGATAGGTGGCAGGTATTTAGAGG
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ATGATTAAGCCAAAACTAGATGTGTTTTTGGCTCAAAACAAGGAAATGAAGGTATGCGAC
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GCCATTGTTGCTCAGATGCACAAAAACCATACCGCACAAAGCATATTAATAGGAAAGAGT
AACTTCTCGGTCACTGTTTATCCGAATGTCGATTATGCGTTTATAATATCCCTCATTGTA
ATTCTCGATGACATTAACCGAGAAGATTCTGATGACTAAACTAATGCTTTT
AACTAATGATCT

QA 6 656 6 656
DS 

RD RR3AS70JQ 693 0 0
CAAGAATCGTAAAAGGAAAAGAGAGAGACAGAGATTCATAAATAAATAAAAAATGGCGAT
CGTGGGTCCTCAATTTTGCGCACCGTACCCAGTAGATTTGGGTATCGTACGTAAGGTGAT
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GAAAGAACCATTGTTTAGCCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTTGATGCTTCAGACAATCC
GATTCTGACCTTGAGAGAAAATAGGGTGAGCCTGCACGATAGGTGGCAAGTATTTAGAGG
AAAGAGCACAGACCAAAATGATTTGGTGTTCACGTTGAAACGATCGTCAATGATTCAAC*
*TGATTAAGCCAAAACTAGATGTGTTTTTGGCTCAAAACAAGGAAATGAAGGTATGCGAC
TTCCATGTTAAAGGAAGTTGGATCGACCGGTCATGTGTCGTTTACGCCGGGAAATCTGAT
GCCATTGTTGCTCAGATGCACAAAAACCATACCGCACAAAGCATATTAATAGGAAAGAGT
AACTTCTCGGTCACTGTTTATCCGAATGTCGATTATGCGTTTATAGTATCCCTCATTGTA
ATTCTCGATGACATTAACCGAGAAGATTCTGATGACTAAACTAATGCTTTTTAACTAATG
ATTCTTGATTTTAATATGAAATAAGAATTAATG

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3AS70TF 693 0 0
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CGTGGGTCCTCAATTTTGCGCACCGTACCCAGTAGATTTGGGTATCGTACGTAAGGTGAT
GACAATAACAGACGGTAACTTCGCCGTCACTGACGTCAACGGAAACCTCCTTTTCAAAGT
GAAAGAACCATTGTTTAGCCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTTGATGCTTCAGACAATCC
GATTCTGACCTTGAGAGAAAATAGGGTGAGCCTGCACGATAGGTGGCAAGTATTTAGAGG
AAAGAGCACAGACCAAAATGATTTGGTGTTCACGTTGAAACGATCGTCAATGATTCAAC*
*TGATTAAGCCAAAACTAGATGTGTTTTTGGCTCAAAACAAGGAAATGAAGGTATGCGAC
TTCCATGTTAAAGGAAGTTGGATCGACCGGTCATGTGTCGTCTACGCCGGGAAATCTGAT
GCCATTGTTGCTCAGATGCACAAAAACCATACCGCACAAAGCATATTAATAGGAAAGAGT
AACTTCTCGGTCACTGTTTATCCGAATGTCGATTATGCGTTTATAGTATCCCTCATTGTA
ATTCTCGATGACATTAACCGAGAAGATTCTGATGACTAAACTAATGCTTTTTAACTAATG
ATTCTTGATTTTAATATGAAATAAGAATTAATG

QA 1 693 1 693
DS 



AS 2 5

CO CL1811Contig1 681 2 2 U
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ACGAACTGTACGAAATGAGATTTAACATGAAAACGGGCTCAGCTTCCCAGAATAAATTAT
CGGCATCTGCAGTTGATTTCCCCAGAATCAACGAGTGCTACACTGGAAAGAAACAGCGAT
ATGTATATGGAACAATCCTGGACAGTATCGCTAAGGTTACAGGAATTATCAAGTTTGATC
TGCATGCGGAAGCTGAGACAGGTAAAACAATGCTGGAAGTAGGAGGCAATATCAAGGGAA
TCTATGATCTGGGTCAAGGCAGATTCGGTTCAGAGGCTATATTTGTCCCTCGTGAGGCGG
GGGAGGAAGATGATGGTTACTTGATCTTCTTTGTTCATGATGAAAACACAGGGAAATCAT
GTGTGAATGTTATAGACGCAAAAACAATGTCGGCTGAGCCAGTGGCGGTGGTGGATCTGC
CGCATAGGGTCCCATATGGCTTCCATGCCCTTCTTTTGTTACAGAGGAACAACTCCAGGA
ACAATCTCTTACATAAAGACAAGTTGTGAGCATATTTTTATATATGTATTACCCTGGAGA
TTGGATGATTCGGACACTAGTATTACACATACTATGGCATCATGTATGTTCATTTGTTGA
ATGCCTCGTGTCTCTTTACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C464JQ C 1
AF RR3C464TF U 374
BS 1 389 RR3C464JQ
BS 390 681 RR3C464TF

RD RR3C464JQ 681 0 0
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CGGCATCTGCAGTTGATTTCCCCAGAATCAACGAGTGCTACACTGGAAAGAAACAGCGAT
ATGTATATGGAACAATCCTGGACAGTATCGCTAAGGTTACAGGAATTATCAAGTTTGATC
TGCATGCGGAAGCTGAGACAGGTAAAACAATGCTGGAAGTAGGAGGCAATATCAAGGGAA
TCTATGATCTGGGTCAAGGCAGATTCGGTTCAGAGGCTATATTTGTCCCTCGTGAGGCGG
GGGAGGAAGATGATGGTTACTTGATCTTCTTTGTTCATGATGAAAACACAGGGAAATCAT
GTGTGAATGTTATAGACGCAAAAACAATGTCGGCTGAGCCAGTGGCGGTGGTGGATCTGC
CGCATAGGGTCCCATATGGCTTCCATGCC*TTCTTT*GTTACAGAGGAACAACTCCAGGA
ACAATTTCTTACATAAAGACAAGTTGTGAGCATATTTTTATATATGTATTACCCTGGAGA
TTGGATGATTCGGACACTAGTATTACACATACTATGGCATCATGTATGTTCATTTGTTGA
ATGCCTCGTGTCTCTTTACTT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3C464TF 308 0 0
TTACTTTGATTCTTCT
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TCGGCTGAGCCAGTGGCGGTGGTGGATCTGCCGCATAGGGTCCCATATGGCTTCCATGCC
CTTCTTTTGTTACAGAGGAACAACTCCAGGAACAATCTCTTACATAAAGACAAGTTGTGA
GCATATTTTTATATATGTATTACCCTGGAGATTGGATGATTCGGACACTAGTATTACACA
TACTATGGCATCATGTATGTTCATTTGTTGAATGCCTCGTGTCTCTTTACTT

QA 17 308 17 308
DS 



CO CL1811Contig2 1164 3 15 U
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CTACCGGTGAAATGTTTACATTTGGCTATTCGCAAACGCCACCTTATCTCACATACAGAG
TGATCTCGGAAGATGGCATTATGCATGACCCTGTCCCAATTACTATATCAGAGCCAGTCA
TGATGCACAATTTCGCTATTACCGAGTCTTACGCAATCTTCATGGATCTTCCTATGCACT
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AGCTTCCCAACTGCTTTATACTCCATAACGCCAATGCTTGGGAAGAAGAGGATGAAGTCG
TCCTCATCACTTGTCGCCTTGAGAATCCAGATCTTGACATGGTCAGCGGG*AATGTGAAA
GAAAAACTCGAGAATTTTAGCAACGAACCGTACGAAATGAGATTTAACATGAAAACGGGC
TCAGCTTCCCAGAAAAAATTATCGGCATCTGCAGTTGACTTCCCCAGAATCAACGAGTGC
TACACTGGAAAGAAACAGCGATATGTATATGGAACAATCCTGGACAGTATCGCTAAGGTT
ACAGGAATTATCAAGTTTGATCTGCATGCGGAAGCTGAGACAGGTAAAACAATGTTGGAA
GTAGGAGGCAATATCAAGGGAATCTATGATCTGGGTCAAGGCAGATTCGGTTCAGAGGCT
ATATTTGTCCCTCGTGAGGCCGGGGAAGAAGATGATGGTTATTTGATCTTCTTTGTTCAT
GATGAAAACACAGGGAAATCATGTGTGAATGTGATAGACGCAAAAACAATGTCGGCTGAG
CCAGTGGCGGTGGCGGATCTGCCGCATAGGGTCCCATATGGCTTCCATGCCTTCTTTGTT
ACAGAGGAACAACTCCAGGAACAATCTCTTACATAAAGATAAGTTGTGAGCATATTTTTA
TATATATACTGCCCTGGAGATGTGGAAAACTGGGAAATTGGATGATTCGGACACTAGTAT
TACACATACTATGGCATCATGTATGTTCATTTGTTGAATGCCTCGTGTCTGTTTACTTCA
AAAAAAATTACATTTCATCATTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FE27TF U 1
AF RR3C219TF U 391
AF RR3FE27JQ C 442
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BS 1116 1164 RR3FE27JQ

RD RR3FE27TF 715 0 0
GGATGGATTATGACAAGAGATTGACCCACTCCTTCACTGCCCACCCAAAAGTTGACCCAG
CTACCGGTGAAATGTTTACATTTGGCTATTCGCAAACGCCACCTTATCTCACATACAGAG
TGATCTCGGAAGATGGCATTATGCATGACCCTGTCCCAATTACTATATCAGAGCCAGTCA
TGATGCACAATTTCGCTATTACCGAGTCTTACGCAATCTTCATGGATCTTCCTATGCACT
TCAGGCCAAAGGAAATGGTGAAAGAGAAGAAAATGGTATACTCATTTGATCCAACAAAAA
AGGCTCGTTTTGGTGTTCTTCCACGCTATGCCAAGGATGAACTCTTGATTAGATGGTTTG
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TCCTCATCACTTGTCGCCTTGAGAATCCAGATCTTGACATGGTCAGCGGGGAATGTGAAA
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QA 2 725 2 725
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QA 1 723 1 723
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BQ
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DS 

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CACAATGAACCTAATGTTATCATTCACCGAGTTCTTAAACCGAGGAACGTTCTTCTGGTT
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CAAAACTCTCATGATGTCTACAAA*TGACTGGAGAA

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DS 

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G
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CTCTCAGATGATAGACTGGTTATTCAGGACTTCAGGCATGAGGTTGATTTGCTAGTTAAG
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TTAATCACTGAATACTTACGCGGGGGAGATCTTCACCAATACCTCAAAGAAAAGGGTGGT
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CACAATGAACCTAATGTTATCATTCACCGAGATCTTAAACCGAGGAACGTTCTTCTGGTT
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TTAAGAGAGTTAATAGTGAA*TGCTGGGACGCAGACAT

QA 2 699 2 699
DS 

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GTTAACTTTGCCTTGGACATCGCTAGAGGAATGACATATCTTCACAATGAACCTAATGTT
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*GTTGCGACATAAAAAAAGAAAGAAAAAAGAGACTTTTGTTGTTC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3E713JQ 730 0 0
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ATCTTCACAATGAACCTAATGTTATCATTCACCGAGTTCTTAAACCGAGGAACGTTCTTC
TGGTTAATTCGAGTGCAGACCACTTGAAAGTTGGAGACTTTGGGCTTAGTAAGCTCATAA
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CACAGTAAACGACTAAAAAAAAAGGTTGCGACATAAAAAA*GAAAGAAAAAAGAGACTTT
TGTTGTTCCG

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 5

CO CL1813Contig1 1187 5 3 U
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AAGTATCAGCCCAAATATTAGAGAAGGTTTATTGGAGGCATTCTACGGTGTTTATGAGAA
GGACCCTGATAAGGTCATTCAAGCAATGGTTCAAATGGGTGTGCTTGTACCTACTGGAGA
CTTGACATCGATCAGAAGAACAGCGCTGTTTTTTCTCGACAGTTTCGAAGAGCGGCTTGC
TGCACAAAGAAAGAGAAAGAAGAACTAGCAGCAGCAGAACAGCTTGGGTTCAAGAAGCCA
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TTATTAGCCATTGCAGCTGATCAACCTTTCCGGTTCCCAGCCACATTCACATTTGTTGTT
AGAGCCTTTTCAGTATTGGATGGCATCGGCAAAGGTCTTGACCCCCGGTTTGATATAACA
GAGATCGCAAAACCCTATGCTTTGGAATTGCTACGGTTCCGTGAAGCTGGAGTAGAAGTT
GTAGTGAAGGACCTGAGAACGAGATGGGACAGACAGTCACAAGCATTCTACAATCTATTT
AGGCAAGCTGATAGAGTTGAAAAGCTAGCTGTGATCATCCAACGACTTGAGCAAGGTGAT
TTGAAGCTTAGAGTCCGAGCATTGGAGTCTGAGAGGGCATTTCAACGTGTAGCAACTGTT
CAAAAAA*CAATTGGAAGTGCTGTTGCTGCAGGAAGTTTAGTCAATCTCGCAACGATTTT
GTATCTGAATTCTTTAAAAACACCAGCTAATATAGCATACATAGTATGTGCTTTCTTCAG
TCTCCAAGTTCTAATCGGAGTTATAAAAGTCAAGAAGTTCGACCAACGTGAAAAACTGAT
CACTGGAACAGCTTAAAGAAACCTTGTTTGTAAAGCTATTTTGTGCTTAGAAGCCACAAT
GAATCTCCCATAGAAGCTTTCCACTGGAGTGATGATGATTTCTTTGGTCTACCAAGTGAA
GATATTTCTTATGGAAGCTTTAGAGGCAAGAGATGGTATAAACAGTGAACGACCAGTTTC
TATATCTCCTGTTTTTTTTTTCTTTCTGAAAGTTTGATTTTTGGGCATTTTATCAACAGA
GCCACTTGTAATGGTGGTAGAGATGTAGTAGTCATTAGGTAAACTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3EL02TF U 1
AF RR3GK81TF U 309
AF RR3EL02JQ C 499
AF RR3GK81JQ C 524
AF RR3AW44TF U 695
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BS 724 1104 RR3GK81TF
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RD RR3EL02TF 723 0 0
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TGCACAAAGAAAGAGAAAGAAGAACTAGCAGCAGCAGAACAGCTTGGGTTCAAGAAGCCA
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AGAGCCTTTTCAGTATTGGATGGCATCGGCAAAGGTCTTGACCCCCGGTTTGATATAACA
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GTAGTGAAGGACCTGAGAACGAGATGGGACAGACAGTCACAAGCATTCTACAATCTATTT
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TTGAAGCTTAGAGTCCGAGCATTGGAGTCTGAGAGGGCATTTCAACGTGTAGCAACTGTT
CAA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3GK81TF 796 0 0
G
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TCTAATCGGAGTTATAAAAGTCAAGAAGTTCGACCAACGTGAAAAACTGATCACTGGAAC
AGCTTAAAGAAACCTTGTTTGTAAAGCTATTTTGTGCTTAGAAGCCACAATGAATCTCCC
ATAGAAGCTTTCCACTGGAGTGATGATGATTTCTTTGGTCTACCAAGTGAAGATATTTCT
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TGTTTTTTTTTTCTT

QA 2 796 2 796
DS 

RD RR3EL02JQ 689 0 0
GCTTTGGAATTGCTACGGTTCCGTGAAGCTGGAGTAGAAGTTGTAGTGAAGGACCTGAGA
ACGAGATGGGACAGACAGTCACAAGCATTCTACAATCTATTTAGGCAAGCTGATAGAGTT
GAAAAGCTAGCTGTGATCATCCAACGACTTGAGCAAGGTGATTTGAAGCTTAGAGTCCGA
GCATTGGAGTCTGAGAGGGCATTTCAACGTGTAGCAACTGTTCAAAAAA*CAATTGGAAG
TGCTGTTGCTGCAGGAAGTTTAGTCAATCTCGCAACGATTTTGTATCTGAATTCTTTAAA
AACACCAGCTAATATAGCATACATAGTATGTGCTTTCTTCAGTCTCCAAGTTCTAATCGG
AGTTATAAAAGTCAAGAAGTTCGACCAACGTGAAAAACTGATCACTGGAACAGCTTAAAG
AAACCTTGTTTGTAAAGCTATTTTGTGCTTACAAGCCACAATGAATCTCCCATAGAAGCT
TTCCACTGGAGTGATGATGATTTCTTTGGTCTGCCAAGTGAAGATATTTCTTATGGAAGC
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TTTCTTTCTGAAAGTTTGATTTTTGGGCATTTTATCAACAGAGCCACTTGTAATGGTGGT
AGAGATGTAGTAGTCATTAGGTAAACTCT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3GK81JQ 664 0 0
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CATTCTACAATCTATTTAGGCAAGCTGATAGAGTTGAAAAGCTAGCTGTGATCATCCAAC
GACTTGAGCAAGGTGATTTGAAGCTTAGAGTCCGAGCATTGGAGTCTGAGAGGGCATTTC
AACGTGTAGCAACTGTTCAAAAAA*CAATTGGAAGTGCTGTTGCTGCAGGAAGTTTAGTC
AATCTCGCAACGATTTTGTATCTGAATTCTTTAAAAACACCAGCTAATATAGCATACATA
GTATGTGCTTTCTTCAGTCTCCAAGTTCTAATCGGAGTTATAAAAGTCAAGAAGTTCGAC
CAACGTGAAAAACTGATCACTGGAACAGCTTAAAGAAACCTTGTTTGTAAAGCTATTTTG
TGCTTAGAAGCCACAATGAATCTCCCATAGAAGCTTTCCACTGGAGTGATGATGATTTCT
TTGGTCTACCAAGTGAAGATATTTCTTATGGAAGCTTTAGAGGCAAGAGATGGTATAAAC
AGTGAACGACCAGTTTCTATATCTCCTGTTTTTTTTTTCTTTCTGAAAGTTTGATTTTTG
GGCATTTTATCAACAGAGCCACTTGTAATGGTGGTAGAGATGTAGTAGTCATTAGGTAAA
CTCT

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3AW44TF 493 0 0
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AGTTTAGTCAATCTCGCAACGATTTTGTATCTGAATTCTTTAAAAACACCAGCTAATATA
GCATACATAGTATGTGCTTTCTTCAGTCTCCAAGTTCTAATCGGAGTTATAAAAGTCAAG
AAGTTCGACCAACGTGAAAAACTGATCACTGGAACAGCTTAAAGAAACCTTGTTTGTAAA
GCTATTTTGTGCTTAGAAGCCACAATGAATCTCCCATAGAAGCTTTCCACTGGAGTGATG
ATGATTTCTTTGGTCTGCCAAGTGAAGATATTTCTTATGGAAGCTTTAGAGGCAAGAGAT
GGTATAAACAGTGAACGACCAGTTTCTATATCTCCTGTTTTTTTTTTCTTTCTGAAAGTT
TGATTTTTGGGCATTTTATCAACAGAGCCACTTGTAATGGTGGTAGAGATGTAGTAGTCA
TTAGGTAAACTCT

QA 1 493 1 493
DS 



AS 1 5

CO CL1814Contig1 1050 5 10 U
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TTCCGCCGGATTTGATTTCATCGATCCTGCTCCGGCTTAACACGATTCAGATACTGCAGA
AAGCTCAGAAAGTATGTAGATCGTGGCGCCGCGTCTGCAAAGACCCCTCGATGTGGCGGA
AGATTGACATGTACAACCACGGAGACTTGGGAAGCATTGGTTTCGACCTAGAGATCATGT
GCCGTCACGCAGTTGATCGTAGCCAAGGCGGTTTGCTTGAGATCGACATTTGGTACTTCG
GTACTGATGAGCTACTCAACTACATAGCCGACAGGTCAAGTAATCTGAGGAGCCTTAAAC
TGATAATGTGTTATCAAATAGGAGACAATGGCTTTGTAGAAGCAGTTGCGAAACTGCCAT
TGCTTGAATACCTCGAGGTTACATACGGCTCTTTGTCAATAAAGTCTCTGAAAGCTGCAG
GACAGTCTTGTCCTAACCTGAAGAAATTGAGGCTAAACTCCGACTTTGAACCCCCCAAAT
CTTATAACTTTGAGTTTAATGACAAACAAGCCCTAGGGATTGCGGAGAGCATGCCTGAGC
TACGCCACCTCCAGCTTGTTGGGAATACACTAACCAACACGGGCTTGAACGCTATTCTTG
ATGGTTGTCCTCACCTGGAACACCTTGATTTACGCAAGTGTTTCAACGTAAGACTTGCAG
GGGATCTGGAGAAGAGATGTTCCGAGATGATCAAGGAGTTGAGACGCCCGGATGACTCAA
CCGCTGATCACCCATATGGATTTAAGTTCAACATTGAAGATTTATTAGGCCCCAGCTCCA
ACGACTAGGACTGGGATGAGTTCGATAGATACTGAGCAATGCAGAGTACAATGTGGTTTT
CGCTTCCCTTGTTTTCAACCTTATGGACCTGTTCATATTCCTCCTATTTTTCTCTCTGTT
TCCTAGTCTTTAATCTTGGTGGATGATTTGAGCTTTAACTCTCGTTTGAAGAATGTGATG
ATGCTTTTCTTAACTGGATCTCCTCTTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
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AF RR3GZ01TF U 24
AF RR3AL11TF U 1
AF RR3HB48TF U 73
AF RR3HB48JQ C 190
AF RR3AL11JQ C 211
BS 1 52 RR3AL11TF
BS 53 53 RR3GZ01TF
BS 54 307 RR3AL11TF
BS 308 308 RR3GZ01TF
BS 309 716 RR3AL11TF
BS 717 752 RR3HB48TF
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GG
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CCTGCTCCGGCTTAACACGATTCAGATACTGCAGAAAGCTCAGAAAGTATGTAGATCGTG
GCGCCGCGTCTGCAAAGACCCCTCGATGTGGCGGAAGATTGACATGTACAACCACGGAGA
CTTGGGAAGCATTGGTTTCGACCTAGAGATCATGTGCCGTCACGCAGTTGATCGTAGCCA
AGGCGGTTTGCTTGAGATCGACATTTGGTACTTCGGTACTGATGAGCTACTCAACTACAT
AGCCGACAGGTCAAGTAATCTGAGGAGCCTTAAACTGATAATGTGTTATCAAATAGGAGA
CAATGGCTTTGTAGAAGCAGTTGCGAAACTGCCATTGCTTGAATACCTCGAGGTTACATA
CGGCTCTTTGTCAATAAAGTCTCTGAAAGCTGCAGGACAGTCTTGTCCTAACCTGAAGAA
ATTGAGGCTAAACTCCGACTTTGAACCCCCCAGATCTTATAACTTTGAGTTTAATGACAA
ACAAGCCCTAGGGATTGCGGAGAGCATGCCTGAGCTCCGCCACCTCCAGCTTGTTGGGAA
TACACT

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DS 

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TTCCGCCGGATTTGATTTCATCGATCCTGCTCCGGCTTAACACGATTCAGATACTGCAGA
AAGCTCAGAAAGTATGTAGATCGTGGCGCCGCGTCTGCAAAGACCCCTCGATGTGGCGGA
AGATTGACATGTACAACCACGGAGACTTGGGAAGCATTGGTTTCGACCTAGAGATCATGT
GCCGTCACGCAGTTGATCGTAGCCAAGGCGGTTTGCTTGAGATCGACATTTGGTACTTCG
GTACTGACGAGCTACTCAACTACATAGCCGACAGGTCAAGTAATCTGAGGAGCCTTAAAC
TGATAATGTGTTATCAAATAGGAGACAATGGCTTTGTAGAAGCAGTTGCGAAACTGCCAT
TGCTTGAATACCTCGAGGTTACATACGGCTCTTTGTCAATAAAGTCTCTGAAAGCTGCAG
GACAGTCTTGTCCTAACCTGAAGAAATTGAGGCTAAACTCCGACTTTGAACCCCCCAAAT
CTTATAACTTTGAGTTTAATGACAAACAAGCCCTAGGGATTGCGGAGAGCATGCCTGAGC
TACGCCACCTCCAGCTTGTTGGGAATACACTAACCAACACGGGCTTGAACGCTATTCTTG
ATGGTTGTCCTCACCTGGAACACCTTGATTTACGCAAGTGTTTCAACGTAAGACTT

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DS 

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G
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ATGTAGATCGTGGCGCCGCGTCTGCAAAGACCCCTCGATGTGGCGGAAGATTGACATGTA
CAACCACGGAGACTTGGGAAGCATTGGTTTCGACCTAGAGATCATGTGCCGTCACGCAGT
TGATCGTAGCCAAGGCGGTTTGCTTGAGATCGACATTTGGTACTTCGGTACTGATGAGCT
ACTCAACTACATAGCCGACAGGTCAAGTAATCTGAGGAGCCTTAAACTGATAATGTGTTA
TCAAATAGGAGACAATGGCTTTGTAGAAGCAGTTGCGAAACTGCCATTGCTTGAATACCT
CGAGGTTACATACGGCTCTT*GTCAATAAAGTCTCTGAAAGCTGCAGGACAGTCTT**CC
TAACCTGAAGAGATTGAGGCTAAACTCCGACTTTGAACCCCCCAAATCTTATAACTTTGA
GTTTAATGACAAACAAGCCCTAGGGATTGCGGAGAGCATGCCTGAGCTACGCCACCTCCA
GCTTGTTGGGAATACACTAACCAACACGGGCTTGAACGCTATTCTTGATGGTTGTCCTCA
CCTGGAACACCTTGATTTACGCAAGTGTTTCAACGTAAGACTTGCAGGGGATCTGGAGAA
GAGATGTTCCGAGATGATC

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DS 

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CAGTTGATCGTAGCCAAGGCGGTTTGCTTGAGATCGACATTTGGTACTTCGGTACTGATG
AGCTACTCAACTACATAGCCGACAGGTCAAGTAATCTGAGGAGCCTTAAACTGATAATGT
GTTATCAAATAGGAGACAATGGCTTTGTAGAAGCAGTTGCGAAACTGCCATTGCTTGAAT
ACCTCGAGGTTACATACGGCTCTT*GTCAATAAAGTCTCTGAAAGCTGCAGGACAGTCTT
**CCTAACCTGAAGAGATTGAGGCTAAACTCCGACTTTGAACCCCCCAAATCTTATAACT
TTGAGTTTAATGACAAACAAGCCCTAGGGATTGCGGAGAGCATGCCTGAGCTACGCCACC
TCCAGCTTGTTGGGAATACACTAACCAACACGGGCTTGAACGCTATTCTTGATGGTTGTC
CTCACCTGGAACACCTTGATTTACGCAAGTGTTTCAACGTAAGACTTGCAGGGGATCTGG
AGAAGAGATGTTCCGAGATGATCAAGGAGTTGAGACGCCCGGATGACTCAACCGCTGATC
ACCCATATGGATTTAAGTTCAACATTGAAGATTTATTAGGCCCCAGCTCCAACGACTAGG
ACTGGGATGAGTTCGATAGATACTGAGCAATGCAGAGTACAATGTGGTTTTCGCTTCCCT
TGTTTTCAACCTTATGGACTTGTTCATATTCCTCCTATTTTTCTCTCTGTTTCCTAGTCT
TTAATCTTGGTGGATGATTTGAGCTTTAACTCTCGTTTGAAGAATGTGATGATGCTTTTC
TT

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR3AL11JQ 840 0 0
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GTTTGCTTGAGATCGACATTTGGTACTTCGGTACTGACGAGCTACTCAACTACATAGCCG
ACAGGTCAAGTAATCTGAGGAGCCTTAAACTGATAATGTGTTATCAAATAGGAGACAATG
GCTTTGTAGAAGCAGTTGCGAAACTGCCATTGCTTGAATACCTCGAGGTTACATACGGCT
CTTTGTCAATAAAGTCTCTGAAAGCTGCAGGACAGTCTTGTCCTAACCTGAAGAAATTGA
GGCTAAACTCCGACTTTGAACCCCCCAAATCTTATAACTTTGAGTTTAATGACAAACAAG
CCCTAGGGATTGCGGAGAGCATGCCTGAGCTACGCCACCTCCAGCTTGTTGGGAATACAC
TAACCAACACGGGCTTGAACGCTATTCTTGATGGTTGTCCTCACCTGGAACACCTTGATT
TACGCAAGTGTTTCAACGTAAGACTTGCAGGGGATCTGGAGAAGAGATGTTCCGAGATGA
TCAAGGAGTTGAGACGCCCGGATGACTCAACCGCTGATCACCCATATGGATTTAAGTTCA
ACATTGAAGATTTATTAGGCCCCAGCTCCAACGACTATGACTGGGATGAGTTCGATAGAT
ACTGAGCAATGCAGAGTACAATGTGGTTTTCGCTTCCCTTGTTTTCAACCTTATGGACCT
GTTCATATTCCTCCTATTTTTCTCTCTGTTTCCTAGTCTTTT*TCTTGGTGGATGATTTG
AGCTTTAACTCTCGTTTGAAGAATGTGATGATGCTTTTCTTAACTGGATCTCCTCTTATG

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 5

CO CL1815Contig1 1082 5 7 U
GTCATCTGATAAATTAATATTGATTTTCAACACCAAATTACACACAAAGCCGGCTGGGAA
TACATTCCCACCAGAACCAAGGGCTGACAAGGACCTAGATCCCTCCAGAATTAAGTTCAA
ACACAGCAACAAACGCCTAACTAGAAACAACAAAAGACCAGCTTTAGTACAGGTAAAGCC
AAAGAAAACCAGAGCTCGGGTGAAACACAATCAAACTCAACCTCAACAACACGCAAAGCC
TACAAGGCGAGAGCTCAATACCAATGAAAACCAGCTTGAAAGGAGGCCAAATAATGCACA
CATTGCGCACAACACCAAAGCATAGAATGAATTCAGAGAAGTTAAACTCCTTAACCGTTG
CTGTAACACCCTTCAATTCCAACTAAGACTCGCCATTGGACCTTGATCGGGCTCTCTACA
CGCTCATTTGTAGCGTCACATACTCACCACCACACTACGGCCAAGCCTAGAAAGGCTTCC
CGAAGTCTCTTTATTAAAACAGCCGGTAGCCGAGATTAACTACTCCAAATCCACGAAACA
ATTAACAACAAGGTGGCAATTTACAGATCAAGAGAGCACAAGCTCCCAAGACCCAATCCT
AAACTTCGCCAATAATCCTTTCAAAACACAAGATGAGCTCACTGTAGGTCAAAGCTCTGG
CCATCAAGACTCATCCGCACAAACAAAGCAAACTGAGAGACTATTTGAAAGGGGAAAATC
AAATCGACTCATGAAAACCTTAAGAACCGACCACCACCACCAGAAACCCCTCCTACCACC
TCGCCGTGGAGCCAGAGACAGCAGAAACACCACCGGTAACGAAACTCCTAGCGAACGGAG
CTGTCACCGGAGCTATCCCCAAAACCAGAACCACAAGCATGTCAGAGGAGGAGAGGAGAC
AGAGCGGGAGCAAAGGAGAAGACAATGAAAAGTAGAAGGAGTACCTCCGACGCCGTCACT
CGCGCTTACGCGCTCGCCGGACGTCGGAGCGGACGTGAAACGCAGATTAAAGCAAGGAGA
GAGGAGAGGGACGAAGGTAAAGTTCGTCGCGAGTCTATATTTCCCAGCTTTTAGTTTCAC
CC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3E840JQ U 1
AF RR3D126JQ U 1
AF RR3F853JQ U 1
AF RR3F853TF C 406
AF RR3D126TF C 307
BS 1 247 RR3D126JQ
BS 248 248 RR3E840JQ
BS 249 508 RR3D126JQ
BS 509 509 RR3E840JQ
BS 510 641 RR3D126JQ
BS 642 719 RR3F853JQ
BS 720 1082 RR3D126TF

RD RR3E840JQ 513 0 0
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TACATTCCCACCAGAACCAAGGGCTGACAAGGACCTAGATCCCTCCAGAATTAAGTTCAA
ACACAGCAACAAACGCCTAACTAGAAACAACAAAAGACCAGCTTTAGTACAGGCAAAGCC
AAAGAAAACCAGAGCTCGGGTGAAACACAATCAAACTCGACCTCAACAACACGCAAAGCC
TACAAGGCGAGAGCTCAATACCAATGAAAACCAGCTTGAAAGGAGGCCAAATAACGCACA
CATTGCGCACAACACCAAACCATAGAATGAATTCAAAGAAGTTAAGCTCCTTAACCGTTG
CTGTAACACCCTTCAATTCCAACTAAGACTCGCCATTGGACCT*GATCGGGCTCTCCACA
CGCTCATTTGTAGCGTCACATACTCACCACCACACTACGGCCAAGCCTAGAAAGACTTCC
CGAAATCTCTTTATTAAAACAGCCGGTAGCCGA

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3D126JQ 641 0 0
GTCATCTGATAAATTAATATTGATTTTCAACACCAAATTACACACAAAGCCGGCTGGGAA
TACATTCCCACCAGAACCAAGGGCTGACAAGGACCTAGATCCCTCCAGAATTAAGTTCAA
ACACAGCAACAAACGCCTAACTAGAAACAACAAAAGACCAGCTTTAGTACAGGTAAAGCC
AAAGAAAACCAGAGCTCGGGTGAAACACAATCAAACTCAACCTCAACAACACGCAAAGCC
TACAAGGGGAGAGCTCAATACCAATGAAAACCAGCTTGAAAGGAGGCCAAATAATGCACA
CATTGCGCACAACACCAAAGCATAGAATGAATTCAGAGAAGTTAAACTCCTTAACCGTTG
CTGTAACACCCTTCAATTCCAACTAAGACTCGCCATTGGACCTTGATCGGGCTCTCTACA
CGCTCATTTGTAGCGTCACATACTCACCACCACACTACGGCCAAGCCTAGAAAGGCTTCC
CGAAGTCTCTTTATTAAAACAGCCGGTAACCGAGATTAACTACTCCAAATCCACGAAACA
ATTAACAACAAGGTGGCAATTTACAGATCAAGAGAGCACAAGCTCCCAAGACCCAATCCT
AAACTTCGCCAATAATCCTTTCAAAACACAAGATGAGCTCA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3F853JQ 719 0 0
GTCATCTGATAAATTAATATTGATTTTCAACACCAAATTACACACAAAGCCGGCTGGGAA
TACATTCCCACCAGAACCAAGGGCTGACAAGGACCTAGATCCCTCCAGAATTAAGTTCAA
ACACAGCAACAAACGCCTAACTAGAAACAACAAAAGACCAGCTTTAGTACAGGTAAAGCC
AAAGAAAACCAGAGCTCGGGTGAAACACAGTCAAACTCAACCTCAACAACACGCAAAGCC
TACAAGGCGAGAGCTCAATACCAATGAAAACCAGCTTGAAAGGAGGCCAAATAATGCACA
CATTGCGCACAACACCAAAGCATAAAATGAATTCAGAGAAGTTAAACTCCTTAACCGTTG
CTGTAACACCCTTCAATTCCAACTAAGACTCGCCATTGGACCTTGATCGGGCTCTCTACA
CGCTCATTTGTAGCGTCACATACTCACCACCACACTACGGCCAAGCCTAAAAAGGCTTCC
CGAAGTCTCTTTATTAAAACAGCCGGTAGCCGAGATTAACTACTCCAAATCCACGAAACA
ATTAACAACAAGGTGGCAATTTACAGATCAAGAGAGCACAAGCTCCCAAGACCCAATCCT
AAACTTCGCCAATAATCCTTTCAAAACACAAGATGAGCTCACTGTAGGTCAAAGCTCTGG
CCATCAAGACTCATCCGCACAAACAAAGCAAACTGAGAGACTATTTGAAAGGGGAAAAT

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3F853TF 655 0 0
ATCGGGCTCTCTACACGCTCATTTGTAGCGTCACATACTCACCACCACACTACGGCCAAG
CCTAGAAAGGCTTCCCGAAGTCTCTTTATTAAAACAGCCGGTAGCCGAGATTAACTACTC
CAAATCCACGAAACAATTAACAACAAGGTGGCAATTTACAGATCAAGAGAGCACAAGCTC
CCAAGACCCAATCCTAAACTTCGCCAATAATCCTTTCAAAACACAAGATGAGCTCACTGT
AGGTCAAAGCTCTGGCCATCAAGACTCATCCGCACAAACAAAGCAAACTGAGAGACTATT
TGAAAGGGGAAAATCAAATCGACTCATGAAAACCTTAAGAACCGACCACCACCACCAGAA
ACCCCTCCTACCACCTCGCCGTGGAGCCAGAGACAGCAGAAACACCACCGGTAACGAAAC
TCCTAGCGAACGGAGCTGTCACCGGAGCTATCCCCAAAACCAGAACCACGAGCATGTCAG
AGGAGGAGAGGAGACAGAGCGGGAGCAAAGGAGAAGACAATGAAAAGTAGAAGGAGTACC
TCCGACGCCGTCACTCGCGCTTACGCGCTCGCCGGACGTCGGAGCGGACGTGAAACGCAG
ATTAAAGCAAGGAGAGAGGAGAGGGACGAAGGTAAAGTTCGTCGCGAGTCTAT
CC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3D126TF 776 0 0
CGCAC
ACACCAAAGCATAGAATGAAT*CAGAGAAGT*AAACTC*TTAACCGTTGCTGTAACACC*
TTCAATTCCAACTAAGACTCGCCATTGGAC*TTGATCGGGCTCTCTACACGCTCATTTGT
AGCGTCACATACTCACCACCACACTACGGCCAAGCCTAGAAAGGCTTCCCGAAGTCTCTT
TATTAAAACAGCCGGTAACCGAGATTAACTACTCCAAATCCACGAAACAATTAACAACAA
GGTGGCAATTTACAGATCAAGAGAGCACAAGCTCCCAAGACCCAATCCTAAACTTCGCCA
ATAATCCTTTCAAAACACAAGATGAGCTCACTGTAGGTCAAAGCTCTGGCCATCAAGACT
CATCCGCACAAACAAAGCAAACTGAGAGACTATTTGAAAGGGGAAAATCAAATCGACTCA
TGAAAACCTTAAGAACCGACCACCACCACCAGAAACCCCTCCTACCACCTCGCCGTGGAG
CCAGAGACAGCAGAAACACCACCGGTAACGAAACTCCTAGCGAACGGAGCTGTCACCGGA
GCTATCCCCAAAACCAGAACCACAAGCATGTCAGAGGAGGAGAGGAGACAGAGCGGGAGC
AAAGGAGAAGACAATGAAAAGTAGAAGGAGTACCTCCGACGCCGTCACTCGCGCTTACGC
GCTCGCCGGACGTCGGAGCGGACGTGAAACGCAGATTAAAGCAAGGAGAGAGGAGAGGGA
CGAAGGTAAAGTTCGTCGCGAGTCTATATTTCCCAGCTTTTAGTTTCACCC

QA 6 776 6 776
DS 



AS 2 5

CO CL1816Contig1 926 2 10 U
GGGTTTAGTCCTTAATAGGTTTGATCAAAAAAAAAAAGTCCTTAATAGGTCTCTAGTTAC
TTCTTGGCGAGACAAAGCCCACTAAATTTAAAATTCGACCGGATCGAGAGGATTTAGGGT
TTGTGAAAAGAAATGGCGTAGCAGCAGCAATCGTTGATCTACAGCTTCGTGGCTCGCGGC
ACCGTGATCCTGGTGGAGTTCACTGATTTCAAAGGAAACTTCACCTCCGTCGCCGCACAG
TGCCTCCAGAAGCTCCCTTCTTCCAACAACAAGTTCACCTACAACTGCGACGGTCACACC
TTCAACTATCTCGTCGAAGATGGCTTCACGTACTGTGTTGTTGCTGTTGATGCTGCTGGG
AGGCAGATACCGATGGCGTTTTTGGAGAGAGCGAAAGAGGATTTTAATAAGAGATATGGT
GGTGGAAAGGCTGCTACTGCTCAGCCTAACAGTTTGAATAAAGAGTTTGGGTCTAAGCTG
AAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAAGGTG
AAGGCTCAAGTCTCTGAAGTTAAGGGTGTTATGATGGAAAACATCGAGAAAGTTCTTGAC
CGTGGTGAGAAAATTGAGCTTCTGGTTGACAAAACCGAGAACCTTCGCTCTCAGGCACAA
GACTTCAGAACAACGGGGACACAGATGAGGAGGAAGATGTGGCTTCAGAACATGAAGATA
AAGCTCATAGTTCTCGCCATCATCGTCGCACTGATTCTTATAATCGTGCTCTCAGTTTGC
CATGGCTTCAAGTGTTAGAGGCACATAAAAAAAATCAAAACCACTCTTTGAGATCTTTCT
CACTCGGTCATCATATTGATTCTAGTGTTACCGCTTGAATTGGTTTTGTATAGATAGACA
CATATATTTATGCTTCTTCATTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CE53TF U 1
AF RR3CE53JQ C 317
BS 1 654 RR3CE53TF
BS 655 655 RR3CE53JQ
BS 656 694 RR3CE53TF
BS 695 695 RR3CE53JQ
BS 696 758 RR3CE53TF
BS 759 759 RR3CE53JQ
BS 760 762 RR3CE53TF
BS 763 763 RR3CE53JQ
BS 764 777 RR3CE53TF
BS 778 926 RR3CE53JQ

RD RR3CE53TF 777 0 0
GGGTTTAGTCCTTAATAGGTTTGATCAAAAAAAAAAAGTCCTTAATAGGTCTCTAGTTAC
TTCTTGGCGAGACAAAGCCCACTAAATTTAAAATTCGACCGGATCGAGAGGATTTAGGGT
TTGTGAAAAGAAATGGCGTAGCAGCAGCAATCGTTGATCTACAGCTTCGTGGCTCGCGGC
ACCGTGATCCTGGTGGAGTTCACTGATTTCAAAGGAAACTTCACCTCCGTCGCCGCACAG
TGCCTCCAGAAGCTCCCTTCTTCCAACAACAAGTTCACCTACAACTGCGACGGTCACACC
TTCAACTATCTCGTCGAAGATGGCTTCACGTACTGTGTTGTTGCTGTTGATGCTGCTGGG
AGGCAGATACCGATGGCGTTTTTGGAGAGAGCGAAAGAGGATTTTAATAAGAGATATGGT
GGTGGAAAGGCTGCTACTGCTCAGCCTAACAGTTTGAATAAAGAGTTTGGGTCTAAGCTG
AAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAAGGTG
AAGGCTCAAGTCTCTGAAGTTAAGGGTGTTATGATGGAAAACATCGAGAAAGTTCTTGAC
CGTGGTGAGAAAATTGAGCTTCTGGTTGACAAAACCGAGAACCTTCGCTCTCAG*CACAA
GACTTCAGAACAACGGGGACACAGATGAGGAGGA*GATGTGGCTTCAGAACATGAAGATA
AAGCTCATAGTTCTCGCCATCATCGTCGCACTGATTCT*ATA*TCGTGCTCTCAGTT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3CE53JQ 610 0 0
AAGATGGCTTCACGTACTGTGTTGTTGCTGTTGATGCTGCTGGGAGGCAGATACCGATGG
CGTTTTTGGAGAGAGCGAAAGAGGATTTTAATAAGAGATATGGTGGTGGAAAGGCTGCTA
CTGCTCAGCCTAACAGTTTGAATAAAGAGTTTGGGTTTAAGCTGAAAGAGCACATGCAGT
ATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAAGGTGAAGGCTCAAGTCTCTG
AAGTTAAGGGTGTTATGATGGAAAACATCGAGAAGGTTCTTGACCGTGGTGAGAAAATTG
AGCTTCTGGTTGACAAAACCGAGAACCTTCGCTTTCAGGCACAAGACTTCAGAACAACGG
GGACACAGATGAGGAGGAAGATGTGGCTTCAGAACATGAAGATAAAGCTCATAGTTCTCG
CCATCATCGTCGCACTGATTCTTATAATCGTGCTCTCAGTTTGCCATGGCTTCAAGTGTT
AGAGGCACATAAAAAAAATCAAAACCACTCTTTGAGATCTTTCTCACTCGGTCATCATAT
TGATTCTAGTGTTACCGCTTGAATTGGTTTTGTATAGATAGACACATATATTTATGCTTC
TTCATTTGCC

QA 1 610 1 610
DS 



CO CL1816Contig2 850 3 36 U
GGATTAATTTAAAATTCGAACGGATCGAGAGGATTTAGGGTTTGTGAAAGAAATGGCGCA
GCAGCAGCAATCGTTGATCTACAGCTTCGTCGCTCGCGGCACCGTGATCCTCGTGGAGTT
CACCGATTCCAAAGGAAACTTCACCCCCGTCGCCGCACAGTGCCTCCAGAAGCTCCCTTC
TTCCAACAACAAGTTCACCTACAACTGCGACGGCCACACCTTCAACTACCTCGTCGAAGA
TGGCTTCACGTACTGTGCTGTTGCGGTTGATTCTGCTGGGAGGCAGATACCGATGGCGTT
TTTGGAGAGAGTGAAGGAGGATTTTAACAAGAGATATGGTGGTGGAAAGGCTGCTACTGC
TCAGCCTAACAGTTTGAATAAAGAGTTTGGGTCTAAGCTGAAAGAGCACGTGCAGTATTG
TATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAAGGTGAAGGCTCAAGTCTCTGAAGT
TAAGGGTGTCATGATGGAAAACATCGAGAAGGTTCTTGACCGTGGTGAGAAAATTGAGCT
TCTGGTTGACAAAACCGAGAACCTTCGCTCTCAGGCACAAGACTTCAGAACAACGGGGAC
ACAGATGAGAAGGAAGATGTGGCTTCAGAACATGAAGATAAAGCTCATAGTTCTCGCCAT
CATCGTCGCACTCATTCTTATAATCGTGCTCTCAGTTTGCCATGGCTTCAAGTGTTAGAA
GCACATAAAAAAAAAAAATCAAAAACACTCTTTGAGATCTTTCTCACTCGGTCATCATAT
TGATTCTAATGTTACCGCTTGAATTGGTTTTGTATAGATAGGCACATATATTTATGCTTC
TTCATTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E165TF U 1
AF RR3GU16TF U 16
AF RR3GU16JQ C 248
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TCTGGTTGATAAAACCGAGAACCTTCGCTCTCAGGCACAAGACTTCAGAACAACGGGGAC
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CATCGTCGCACTCATTCTTATAATCGTGCTCTCAGTTTGC*ATGGCTTCAAGTGTTAGAA
GCACAT

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DS 

RD RR3GU16TF 711 0 0
GGGAC
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TTGCGGTTGATTCTGCTGGGAGGCAGATACCGATGGCGTTTTTGGAGAGAGTGAAGGAGG
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AAGAGTTTGGGTCTAAGCTGAAAGAGCACGTGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGA
TTAGCAAGCTTGCTAAGGTGAAGGCTCAAGTCTCTGAAGTTAAGGGTGTCATGATGGAAA
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TAATCGTGCTCTCAGTTTGCCATGGCTTCAAGTGTTAGAAGCACAT

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DS 

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AGAAGGAAGATGTGGCTTCAGAACATGAAGATAAAGCTCATAGTTCTCGCCATCATCGTC
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AAAAAAAAAAATCAAAAACACTCTTTGAGATCTTTCTCACTCGGTCATCATATTGATTCT
AATGTTACCGCTTGAATTGGTTTTGTATAGATAGGCACATATATTTATGCTTCTTCATTT
GCC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 5

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AGGAAGACTCTCTGAAGAAGAAGCTTGGGCTTACATAGACAATGCTGCTTCTAAACCTCT
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TTTCT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 

AF RR3F615TF U 1
AF RR3DE08TF U 4
AF RR3G277TF U 72
AF RR3DE08JQ C 448
AF RR3F615JQ C 523
BS 1 211 RR3F615TF
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AGGAAGACTCTCTGAAGAAGA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3DE08TF 677 0 0
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ATCTGCTTTCCTCAACCCTCTTACTAGTCCCAGTGATCAATCTCACATGTGTTTCTACAG
AATCACGCTTGAGCAGTTCAACGATGTTCTGTTTCAGGAAAACGGCATGAAAGTGGATTC
TGAGACTCCCCTCTTTGATCTATCTGCTCTGCAGTTAGTACAGAACAATGGATCCATCCC
ACTTGCTAAATCTGGTTGGTATGGTAACGTTGTCTGCGTGGGAAAAGAATCAGGCATACC
TATACTTACAATGACATGCACTCTTTCTGTTCTTGAGAAGTTTATATCAGGTGAGGTCCC
ATTAAGACCTCCTGCAAAAGCCTATGCCAACAGTTTGGTAATGGGACTTGTTGAA*GAG*
AAGACTCTCTGAAGAAG

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DS 

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GG
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ATGTGGAAACCGAGGTTCCTTTGCTATATCCAAGGAGGACAAGCGGCGGGAATGAAGAAG
GCATGTGTTGGTGCAATGGATAAAACTCCACCGAAGGAAACAACGTGGAGAACGTTTCCA
AACAGGTTGTTCTTTGGCCGTGAATCCACAGTTACTTGGGGTAAAGGAGGATCTGCTTTC
CTCAACCCTCTTACTAGTCCCAGTGATCAATCTCACATGTGTTTCTACAGAATCACGCTT
GAGCAGTTCAACGATGTTCTGTTTCAGGAAAACGGCATGAAAGTGGATTCTGAGACTCCC
CTCTTTGATCTATCTGCTCTGCAGTTAGTACAGAACAATGGATCCATCCCACTTGCTAAA
TCTGGTTGGTATGGTAACGTTGTCTGCGTGGGAAAAGAATCAGGCATACCTATACTTACA
ATGACATGCACTCTTTCTGTTCTTGAGAAGTTTATATCAGGTGAGGTCCCATTAAGACCT
CCTGCAAAAGCCTATGCCAACAGTTTGGTAATGGGACTTGTTGAAGGAGGAAGACTCTCT
GAAGAAGAAGCTTGGGCTTACATAGACAATGCTGCTTCTAAACCTCTCTAAGATTGTTTG
GAGCTTTGTTTGTTTACTACTAAAACCACATGGTTTAATAAAGATTGTCTTCTCTTTCAG
TGTGGTGTTATGCAAAACTATGTATGTA

QA 3 750 3 750
DS 

RD RR3DE08JQ 458 0 0
TGCTCTGCAGTTAGTACAGAACAATGGATCCATCCCACTTGCTAAATCTGGTTGGTATGG
TAACGTTGTCTGCGTGGGAAAAGAATCAGGCATACCTATACTTACAATGACATGCACTCT
TTCTGTTCTTGAGAAGTTTATATCAGGTGAGGTCCCATTAAGACCTCCTGCAAAAGCCTA
TGCCAACAGTTTGGTAATGGGACTTGTTGAAGGAGGAAGACTCTCTGAAGAAGAAGCTTG
GGCTTACATAGACAATGCTGCTTCTAAACCTCTCTAAGATTGTTTGGAGCTTTGTTTGTT
TGCTACTAAAACCACATGGTTTAATAAAGATTGTCTTCTCTTTCAGTGTGGTGTTATGCA
AAACTATGTATGTATCTTTGTTGTCATATCAGACCACAACCGTAGCTGAAACAATCTCAA
GCTACAAAACTATTTTATGCAAAAGCAGATTGTTTTCT

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DS 

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GTTTATATCAGGTGAGGTCCCATTAAGACCTCCTGCAAAAGCCTATGCCAACAGTTTGGT
AATGGGACTTGTTGAAGGAGGAAGACTCTCTGAAGAAGAAGCTTGGGCTTACATAGACAA
TGCTGCTTCTAAACCTCTCTAAGATTGTTTGGAGCTTTGTTTGTTTACTACTAAAACCAC
ATGGTTTAATAAAGATTGTCTTCTCTTTCAGTGTGGTGTTATGCAAAACTATGTATGTAT
CTTTGTTGTCATATCAGACCACAACCGTAGCTGAAACAATCTCAAGCTACAAAACTATTT
TATGCAAAAGCAGATTGTTTTC
C

QA 1 382 1 382
DS 



AS 1 4

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AAAACAAAAAGTTATTTGATTAAATGGTAAATCATACAAATACTTGCAAATTTTACATCT
AAACAACATCTCTTTCTCCCCTTAACACAAAGCAAATACTGAAGCAAATTACAGATAAAA
ACTTTGCCAACTTTCCGGGAACAAAGTTGGTAGCAAAAGCCCATGCATTGTTGTTGACTG
GATCAGCCAAATGGTCAGCAAGATTCTCCAAAGGTCCCTTACCAGTGACAATAGCTTGAA
CAAAGAATCCAAACATAGAGAACATAGCCAATCTTCCGTTCTTGATCTCCTTCACCTTCA
ACTCCGCAAAGGCCTCTGGGTCAGTAGCCAAACCCAACGGGTCAAAGCTACCACCTGGGT
AAAGCAAGTCCTCGGCCTCTCCCAACGGCCCATCACCTGCGACTCTGTAACCTTCAACGG
CTCCCATCAAGATCACTTGAGTAGCCCAAATAGCCAAGATGCTCTGAGCATGAACCAAGC
TAGGGTTTCCCAAGTAATCAAGTCCTCCTTCGCTGAAGATCTGCGAACCGGCCTTGAACC
AAACCGCTTCTCCGAACTTGACACCGTTCCTGGCCAACAGCTCCGGGAAGACGCAGCCTA
GGGCTCCGAGCATGGCCCATCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCACGGTTCCTTGCGAACG
TCTCGGGATCGGCTGAGAGACCGGCGGTGTCCCATCCGTAGTCTCCGGGGAACTCTCCGG
TAAGGTAGCTCGGTGGCTCGCCGGAGAATGGACCCAAGTACTTGACTCTCTCGGATCCGT
ACCATGGGCTGCCTGATGGGCCCTTTGGTTTGGCTACGGTCTTCCTCATTGTCACACGGC
CGCTTCCAAGGACTTCTGATGCTGCTGGGGAAAGCTTAACGGCCTTTCCGGCGAAGGCAG
GGGAGGAGAGAGCCATTGTTGAGGCGGCCATTGCGGTTTGAGTGCTGAGCAAAAAGTAAA
ACATTTATTTGTTGTTGTTTGTGAGCCAAGAGATGGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3EV09JQ U 1
AF RR3FT13JQ U 2
AF RR3A059TF C 211
AF RR3EV09TF C 401
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BS 261 305 RR3EV09JQ
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BS 820 836 RR3FT13JQ
BS 837 1000 RR3A059TF

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AAACAACATCTCTTTCTCCCCTTAACACAAAGCAAATACTGAAGCAAATTACAGATAAAA
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ACTCCCCAAAGGCCTCTGGGTCAGTAGCCAAACCCAACGGGTCAAAGCTACCACCTGGGT
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DS 

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AGTTATTTGATTAAATGGTAAATCATACAAATACTTGCAAATTTTACATCTAAACAACAT
CTCTTTCTCCCCTTAACACAAAGCAAATACTGAAGCAAATTACAGATAAAAACTTTGCCA
ACTTTCCGGGAACAAAGTTGGTAGCAAAAGCCCATGCATTGTTGTTGACTGGATCAGCCA
AATGGTCAGCAAGATTCTCCAAAGGTCCCTTACCAGTGACAATAGCTTGAACAAAGAATC
CAAACATAGAGAACATAGCCAATCTTCCGTTCTTGATCTCCTTCACCTTCAACTCCGCAA
AGGCCTCTGGGTCAGTAGCCAAACCCAACGGGTCAAAGCTACCACCTGGGTAAAGCAAGT
CCTCGGCCTCTCCCAACGGCCCATCACCTGCGACTCTGTAACCTTCAACGGCTCCCATCA
AGATCACTTGAGTAGCCCAAATAGCCAAGATGCTCTGAGCATGAACCAAGCTAGGGTTTC
CCAAGTAATCAAGTCCTCCTTCGCTGAAGATCTGCGAACCGGCCTTGAACCAAACCGCTT
CTCCGAACTTGACACCGTTCCTGGCCAACAGCTCCGGGAAGACGCAGCCTAGGGCTCCGA
GCATGGCCCATCTGCAGTGGATAACTTCTAGCTCACGGTTCCTTGCGAACGTCTCGGGAT
CGGCTGAGAGACCGGCGGTGTCCCATCCGTAGTCTCCGGGGAACTCTCCGGTAAGGTAGC
TCGGTGACTCGCCGGAGAATGGACCCAAGTACTTGACTCTCTCGGATCCGTACCATGGGC
TGCCTGATGGGCCCTTTGGTTTGGCTACG*TCTTCCTCATTGTCACA

QA 9 835 9 835
DS 

RD RR3A059TF 790 0 0
AAGGTCCCTTACCAGTGACAATAGCT*GAACAAAGAATCCAAACATAGAGAACATAGCCA
ATCTTCCGTTCTTGATCTCCTTCACGTTCAACTCCGCAAAGGCCTCTGGGTCAGTAGCCA
AACCCAACGGGTCAAAGCTACCACCTGGGTAAAGCAAGTCCTCGGCCTCTCCCAACGGCC
CATCACCTGCGACTCTGTAACCTTCAACGGCTCCCATCAAGATCACTTGAGTAGCCCAAA
TAGCCAAGATGCTCTGAGCATGAACCAAGCTAGGGTTTCCCAAGTAATCAAGTCCTCCTT
CGCTGAAGATCTGCGAACCGGCCTTGAACCAAACCGCTTCTCCGAACTTGACACCGTTCC
TGGCCAACAGCTCCGGGAAGACGCAGCCTAGGGCTCCGAGCATGGCCCATCTGCAGTGGA
TAACTTCTAGCTCACGGTTCTTTGCGAACGTCTCGGGATCGGCTGAGAGACCGGCGGTGT
CCCATCCGTAGTCTCCGGGGAACTCTCCGGTAAGGTAGCTCGGTGGCTCGCCGGAGAATG
GACCCAAGTACTTGACTCTCTCGGATCCGTACCATGGGCTGCCTGATGGGCCCTTTGGTT
TGGCTACGGTCTTCCTCATTGTCACACGGCCGCTTCCAAGGACTTCTGATGCTGCTGGGG
AAAGCTTAACGGCCTTTCCGGCGAAGGCAGGGGAGGAGAGAGCCATTGTTGAGGCGGCCA
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AGATGGGTCC

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DS 

RD RR3EV09TF 600 0 0
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GCTCTGAGCATGAACCAAGCTAGGGTTTCCCAAGTAATCAAGTCCTCCTTCGCTGAAGAT
CTGCGAACCGGCCTTGAACCAAACCGCTTCTCCGAACTTGACACCGTTCCTGGCCAACAG
CTCCGGGAAGACGCAGCCTAGGGCTCCGAGCATGGCCCATCTGCAGTGGATAACTTCTAG
CTCACGGTTCCTTGCGAACGTCTCGGGATCGGCTGAGAGACCGGCGGTGTCCCATCCGTA
GTCTCCGGGGAACTCTCCGGTAAGGTAGCTCGGTGGCTCGCCGGAGAATGGACCCAAGTA
CTTGACTCTCTCGGATCCGTACCATGGGCTGCCTGATGGGCCCTTTGGTTTGGCTACGGT
CTTCCTCATTGTCACACGGCCGCTTCCAAGGACTTCTGATGCTGCTGGGGAAAGCTTAAC
GGCCTTTCCGGCGAAGGCAGGGGAGGAGAGAGCCATTGTTGAGGCGGCCATTGCGGTTTG
AGTGCTGAGCAAAAAGTAAAACGTTTATTTGTTGTTGTTTGTGAGCCAAGAGATGGGTCC

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 4

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GGACTTTCGTGTGTGCCGTGCCTCTGCTTCGACAGGTTTTTACGTGATATACGATGGCTT
CAAGTTCAGACAACACTCGTGATGAGAAAAACGATTCCAAGAGCAAGAGCCCTAAACAGG
GATCTGGCTCAGGAGGTTCTCCTTCACCCTCACCTGCTGATTTTGGTATTGACTTCAATG
CTTTCGATTTCTCAAGCATGGCGGGTATTCTCAATGACCCAAGCATCAAGGAATTGGCTG
AGCAAATAGCCAAAGATCCCACCTTTAACCAGTTAGCAGAGCAGCTTCAGAAATCTGTTC
CAAGTGCATCAGGCGAAGGAGGAGGTCTCCCTAACTTTAATCCGGAACAGTACATGGCCA
CAATGAATCAGGTTATGGGAAACCCTGAGTTCAGAACCATGGCTGAGAAACTCGGCAACG
CCTTGGTACAGGATCCACAAATGTCTTCGTTTATGGAGGCTTTTGCTAACCCTGAAGCAA
CAGAGCAGTTTACTGAGCGTATGGCACAGATGAAAGAAGATCCTACCTTGAAACCTATAT
TAGCTGAGATAGATGCTGATCCTTCCGCCATGATGAAGTACTGGAATGATAAAGATGTTT
TGAAGAAGCTGGGCGAAGCAATGGGCATAGCTGTTGGAGCTGAGCAGAATGTTGCAGCTG
AACCTGAACCTGAGGAGGCGGAAGAAGGAGAAGATGAATAAGAGTCTATTGTTCATCAGA
CTGCTAGTCTTGGTGATGTTGAGGGACTGAAAGCTGCGTTAGCATCTGGTGGTAACAAAG
ATGGAGAAGACTCTGAGGGAAGAACAGCATTGCATTTTGCATGTGGATATGGCGAGGTGA
AATGTGCTCAAGTTCTTGTGGATGCTGGAGCAAATGTCAATGCAGTTGACAAAAACAAAA
ACACTCCATTGCATTATGCCGCTGGTTACGGACGGAAAGAGTGTGTAAGCCTTCTCTTAG
AGAATGGTGCTGCAGTCACTCTGCAAAACACAGACAGTAAAACTCCGGTTGATGTGGCAA
AGCTTAACAATCAGCTCGAAGTTGTGAAGCTCCCTGAGAAGGATGCATTCCTCTAAGAGA
TTTGAGAACATGTCTTGTGGCTCTTCTGTGTTCTGTAATAGTTTCACAGGCCATTACTCT
CTACAACCTTCGACTTGGTCTTTTTCAATATTACCTTTGGAAAAAAGAAAAAATTAAGAA
AGAGTAAATGGATATTTTCTTTTATGGTTTTGCAATGAAGTATTTTTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV07TF U 1
AF RR3DI72TF U 138
AF RR3EV07JQ C 598
AF RR3DI72JQ C 568
BS 1 148 RR3EV07TF
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BS 150 474 RR3EV07TF
BS 475 475 RR3DI72TF
BS 476 674 RR3EV07TF
BS 675 841 RR3DI72TF
BS 842 842 RR3DI72JQ
BS 843 873 RR3DI72TF
BS 874 874 RR3DI72JQ
BS 875 888 RR3DI72TF
BS 889 987 RR3DI72JQ
BS 988 988 RR3EV07JQ
BS 989 1135 RR3DI72JQ
BS 1136 1136 RR3EV07JQ
BS 1137 1251 RR3DI72JQ

RD RR3EV07TF 682 0 0
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CAAGTTCAGACAACACTCGTGATGAGAAAAACGATTCCAAGAGCAAGAGCCCTAAACAGG
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CTTTCGATTTCTCAAGCATGGCGGGTATTCTCAATGACCCAAGCATCAAGGAATTGGCTG
AGCAAATAGCCAAAGATCCCACCTTTAACCAGTTAGCAGAGCAGCTTCAGAAATCTGTTC
CAAGTGCATCAGGCGAAGGAGGAGGTCTCCCTAACTTTAATCCGGAACAGTACATGGCCA
CAATGAATCAGGTTATGGGAAACCCTGAGTTCAGAACCATGGCTGAGAAACTCGGCAACG
CCTTGGTACAGGATCCACAAATGTCTTCGTTTATGGAGGCTTTTGCTAACCCTGGAGCAA
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TAGCTGAGATAGATGCTGATCCTTCCGCCATGATGAAGTACTGGAATGATAAAGATGTTT
TGAAGAAGCTGGGCGAAGCAATGGGCATAGCTGTTGGAGCTGAGCAGAATGTTGCAGCTG
AACCTGAACCTGAG
AGGCGGAA

QA 1 674 1 674
DS 

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GCT
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GCGGGTATTCTCAATGACCCAAGCATCAAGGAATTGGCTGAGCAAATAGCCAAAGATCCC
ACCTTTAACCAGTTAGCTGAGCAGCTTCAGAAATCTGTTCCAAGTGCATCAGGCGAAGGA
GGAGGTCTCCCTAACTTTAATCCGGAACAGTACATGGCCACAATGAATCAGGTTATGGGA
AACCCTGAGTTCAGAACCATGGCTGAGAAACTCGGCAACGCCTTGGTACAGGATCCACAA
ATGTCTTCGTTTATGGAGGCTTTTGCTAACCCTGAAGCAACAGAGCAGTTTACTGAGCGT
ATGGCACAGATGAAAGAAGATCCTACCTTGAAACCTATATTAGCTGAGATAGATGCTGAT
CCTTCCGCCATGATGAAGTACTGGAATGATAAAGATGTTTTGAAGAAGCTGGGTGAAGCA
ATGGGTATAGCTGTTGGAGCTGAGCAGAATGTTGCAGCTGAACCTGAACCTGAGGAGGCG
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GAGGGACTGAAAGCTGCGTTAGCATCTGGTGGTAACAAAGATGGAGAAGACTCTGAGGGA
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GATGCTGGAGCAA*TGTCAATGCAGTTG

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DS 

RD RR3EV07JQ 562 0 0
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AGACTGCTAGTCTTGGTGATGTTGAGGGTCTGAAAGCTGCGTTAGCATCTGGTGGTAACA
AAGATGAAGAAGACTCTGAGGGAAGGACAGCATTGCATTTTGCATGTGGATATGGCGAGG
TGAAATGTGCTCAAGTTCTTGTGGATGCTGGAGCAAATGTCAATGCAGTTGACAAAAACA
AAAACACTCCATTGCATTATGCCGCTGGTTACGGACGGAAAGAGTGTGTAAGCCTTCTCT
TAGAGAATGGTGCTGCAGTCACTCTGCAAAACACAGACAGTAAAACTCCGGTTGATGTGG
CAAAGCTTAACAATCAGCTCGAAGTTGTGAAGCTCCTTGAGAAGGATGCATTCCTCTAAG
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TTTCTACAACCTTCGACTTGGT

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3DI72JQ 684 0 0
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TAGCTGTTGGAGCTGAGCAGAATGTTGCAGCTGAACCTGAACCTGAGGAGGCGGAAGAAG
GAGAAGATGAATAAGAGTCTATTGTTCATCAGACTGCTAGTCTTGGTGATGTTGAGGGAC
TGAAAGCTGCGTTAGCATCTGGTGGTAACAAAGATGGAGAAGACTCTGAGGGAAGAACAG
CATTGCATTTTGCATGTGGATATGGCGAGGTGAAATGTGCTCAAGTTCTTGTGGATGCTG
GAGCAAATGTCAATGCAGTTGACAAAAACAAAAACACTCCATTGCATTATGCCGCTGGTT
ACGGACGGAAAGAGTGTGTAAGCCTTCTCTTAGAGAATGGTGCTGCAGTCACTCTGCAAA
GCACAGACAGTAAAACTCCGGTTGATGTGGCAAAGCTTAACAATCAGCTCGAAGTTGTGA
AGCTCCCTGAGAAGGATGCATTCCTCTAAGAGATTTGAGAACATGTCTTGTGGCTCTTCT
GTGTTCTGTAATAGTTTCACAGGCCATTGCTCTCTACAACCTTCGACTTGGTCTTTTTCA
ATATTACCTTTGGAAAAAAGAAAAAATTAAGAAAGAGTAAATGGATATTTTCTTTTATGG
TTTTGCAATGAAGTATTTTTCTTC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 4

CO CL1820Contig1 724 4 12 U
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TTAGAAAACCAGCTTTCAAAAAAAAACACACCAAATTTTAGCAGAAAAACAAATTTATTC
TTGAAACAACAGACTCGATTTTTGAATTCTCTCTAAAGAGGTGAATTGGTCCAAACAATA
AATGGATCGATATACACCGATTTAGCAGGAGGAAGTTTCGGAAGGATTAAACTTAAGAGA
AACACTGTTGACGCAGTGACGCTCATCTTTAGCCGTGGGGAAACCTTCTCCTTTGAAAAC
ATGACCTAAATGTACATCACATTTTGCGCATGTGATCTCAACTCTTCACCCATCTGGCTC
CAGAGTTTGTTTAATGGCACCGGGAATAGCATCGAAAAAAGCAGGCCAGCCACAGCCAGA
ATCGAACTTGGTGGTGGACTTATAAAGAGGAGTTGCACAGCCAGCACACGCATACGTTCC
TTCGTCGAACAGTTTATTATATTCTCCTTTGAATCGGGCTTCTGTGCCCTTTTCCCTGAG
AACTCTAAATTGTTCAGGAGACAGAACCGCACGCCACTCATCATCTGGTTTTTGGACAGA
TCCAGCTAATGGAGCTGCCAATGTTGCTGTCGTGGCCATGATAACTTGATAAGAAGAGGC
TTTTAAGGCGACGGAGAGATGTTCTGATTTCTAAGAAATGAAGAATTGATTTTTGAGTGA
GTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 

AF RR3GJ86JQ U 38
AF RR3GJ86TF C 1
AF RR3G632TF C 23
AF RR3G632JQ U 23
BS 1 22 RR3GJ86TF
BS 23 37 RR3G632JQ
BS 38 313 RR3GJ86JQ
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BS 315 347 RR3GJ86JQ
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BS 421 421 RR3G632JQ
BS 422 639 RR3GJ86JQ
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RD RR3GJ86JQ 602 0 0
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TTAGCAGAAAAACAAATTTATTCTTGAAACAACAGACTCGATTTTTGAATTCTCTCTAAA
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GCTTCTGTGCCCTTTTCCCTGAGAACTCTAAATTGTTCAGGAGACAGAACCGCACGCCAC
TCATCATCTGGTTTTTGGACAGATCCAGCTAATGGAGCTGCCAATGTTGCTGTCGTGGCC
AT

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3GJ86TF 719 0 0
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T*AGAAAACCAGCTTTCAAAAAAAAACACACCAAATTT*AGCAGAAAAACAAATTTATTC
TTGAAACAACAGACTCGATTTTTGAATTCTCTCTAAAGAGGTGAATTGGTCCAAACAATA
AATGGATCGATATACACCGATTTAGCAGGAGGAAGTTTCGGAAGGATTAAACTTAAGAGA
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ATGACCTAAATGTCCATCACATTTTGCGCATGTGATCTCAACTCTTCTCCCATCTGGCTC
CAGAGTTTGTTTAATGGCACCGGGAATAGCGTCGAAAAAAGCAGGCCAGCCACAGCCAGA
GTCGAACTTGGTGGTGGACTTATAAAGAGGAGTTGCACAGCCAGCACACGCATACGTTCC
TTCGTCGAACAGTTTATTATATTCTCCTTTGAATCGGGCTTCTGTGCCCTTTTCCCTGAG
AACTCTAAATTGTTCAGGAGACAGAACCGCACGCCACTCATCATCTGGTTTTTGGACAGA
TCCAGCTAATGGAGCTGCCAATGTTGCTGTCGTGGCCATGATAACTTGATAAGAAGAGGC
TTTTAAGGCGACAGAGAGATGTTCTGATTTCTAAGAAATGAAGAATTGATTTTTGAGT
C

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3G632TF 702 0 0
CGGCAAAGGTACAATTTATTCATGAAACACACCAA*TTTTAGAAAACCAGCTTTCAAAAA
AA**CACACCAAATTTTAGCAGAAAAACAAATTTATTCTTGAAACAACAGACTCGATTTT
TGAATTCTCTCTAAAGAGGTGAATTGGTCCAAACAATAAATGGATCGATATACACCGATT
TAGCAGGAGGAAGTTTCGGAAGGATTAAACTTAAGAGAAACACTGTTGACGCAGTGACGC
TCATCTTTAGCCGTGGGGAAACCTTCTCCTTTGAAAACATGACCTAAATGTACATCACAT
TTTGCGCATGTGATCTCAACTCTTCACCCATCTGGCTCCAGAGTTTGTTTAATGGCACCG
GGAATAGCATCGAAAAA*GCAGGC*AGCCACAGCCAGAATCGAACTTGGTGGTGGACTTA
TATAGAGGAGTTGCACAGCCAGCACACGCATACGTTCCTTCGTCGAACAGTTTATTATAT
TCTCCTTTGAATCGGGCTTCTGTGCCCTTTTCCCTGAGAACTCTAAATTGTTCAGGAGAC
AGAACCGCACGCCACTCATCATCTGGTTTTTGGACAGATCCAGTTAATGGAGCTGCCAAT
GTTGCTGTCGTTGCCATGATAACTTGATAAGAAGAGGCTTTTAAGGCGACGGAGAGATGT
TCTGATTTCTAAGAAATGAAGAATTGATTTTTGAGT
GAGTCC

QA 1 696 1 696
DS 

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AAA*CACACCAAATTTTAGCAGAAAAACAAATTTATTCTTGAAACAACAGACTCGATTTT
TGAATTCTCTCTAAAGAGGTGAATTGGTCCAAACAATAAATGGATCGATATACACCGATT
TAGCAGGAGGAAGTTTCGGAAGGATTAAACTTAAGAGAAACACTGTTGACGCAGTGACGC
TCATCTTTAGCCGTGGGGAAACCTTCTCCTTTGAAAACATGACCTAAATGTACATCACAT
TTTGCGCATGTGATCTCAACTCTTCACCCATCTGGCTCCAGAGTTTGTTTAATGGCACCG
GGAATAGCATCGAAAAA*GCAGGC*AGCCACAGCCAGAATCGAACTTGGTGGTGGACTTA
TATAGAGGAGTTGCACAGCCAGCACACGCATACGTTCCTTCGTCGAACAGTTTATTATAT
TCTCCTTTGAATCGGGCTTCTGTGCCCTTTTCCCTGAGAACTCTAAATTGTTCAGGAGAC
AGAACCGCACGCCACTCATCATCTGGTTTTTGGACAGATCCAGTTAATGGAGCTGCCAAT
GTTGCTGTCGTTGCCATGATAACTTGATAAGAAGAGGCTTTTAAGGCGACGGAGAGATGT
TCTGATTTCTAAGAAATGAAGAATTGATTTTTGAGTGAGTCC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 4

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CTTACTCGATTTGTATTTCGATCTCAACTCAGACATTCTGTCTCTGTTCGTCAGTGTGCT
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CCAAGAAATGACTGGAGTAAAGATGAAATCAAAGCCGTCTATGACTCCCCTGTTCTTGAC
CTCCTCTTCCACGGAGCACAGGTTCATAGGCATGTTCATAACTTCAGGGAAGTGCAGCAG
TGTACTCTCCTCTCCATAAAGACTGGAGGGTGCAGTGAGGACTGTTCTTACTGTCCTCAG
TCCTCCAGATATGACACTGGAGTCAAGGCCCAAAGACTCATGTCCAAGGACGCTGTCATT
*GTTGCTGCTAAGAAGGCAAAAGAAGCTGGTAGCACAAGGTTTTGCATGGGTGCTGCGTG
GCGAGATACAATAGGACGCAAAACCAATTT*CAACCAGATACTTGACTACATCAAAGAGA
TTAGAGGCATGGGG*ATGGAAGTTTGCTGCACATTGGGCATGATTGAGAAGCAGCAAGCG
TTAGAGCTAAAGAAAGCTGGCCTCACTGCTTACAACCATAATCTTGATACTTCGAGAGAG
TACTACCCCAATGTCATCACTACAAGAAGTTATGACGAACGTCTTGAAACTCTTGACCAT
GTGCGTGAAGCTGGTATCAACGTCTGTTCAGGAGGAATAATAGGGCTTGGAGAGGCAGAA
GAGGACAGAGTAGGTTTGTTACACACATTGGCAACACTTCCTTCTCACCCTGAGAGTGTT
CCCATCAATGCTCTGCTTGCAGTTAAAGGCACTCCTCTTGAAGACCAGAAGCCGGTTGAG
ATATGGGGAGATGAATCAGGATGATTGGAACAGCAAGAATCGTGATGCCAAAAGCAAATG
GTGAGGCTATCTGCTGGTAGAGTCCGGTTCTCGATGCCAGAGCAAGCCCTGTGTTTTCTC
GCTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3DP10TF U 1
AF RR3AQ11TF U 18
AF RR3BG43TF U 75
AF RR3BG43JQ C 495
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RD RR3DP10TF 723 0 0
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TACTATCCCAATGTCATCACTACAAGAAGTTATGACGAACGTCTTGAAACTCTTGACCAT
TTT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3AQ11TF 730 0 0
GG
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AAGATGAAATCAAAGCCGTCTATGACTCCCCTGTTCTTGACCTCCTCTTCCACGGAGCAC
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GAGTCAAGGCCCAAAGACTCATGTCCAAGGACGCTGTCATT*GTTGCTGCTAAGAAGGCA
AAAGAAGCTGGTAGCACAAGGTTTTGCATGGGTGCTGCGTGGCGAGATACAATAGGGCGC
AAAACCAATTT*CAACCAGATACTTGACTACATCAAAGAGATTAGAGGCATGGGG*ATGG
AAGTTTGCTGCACATTGGGCATGATTGAGAAGCAGCAAGCGTTAGAGCTAAAGAAAGCTG
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ACGTCTGT

QA 3 730 3 730
DS 

RD RR3BG43TF 676 0 0
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TGCATCGGCAGCTTCAGCCGAAGCTGAAAGAACGATCCGTGAAGGTCCAAGAAATGACTG
GAGTAAAGATGAAATCAAAGCCGTCTATGACTCCCCTGTTCTTGACCTCCTCTTCCACGG
AGCACAGGTTCATAGGCATGTTCATAACTTCAGGGAAGTGCAGCAGTGTACTCTCCTCTC
CATAAAGACTGGAGGGTGCAGTGAGGACTGTTCTTACTGTCCTCAGTCCTCCAGATATGA
CACTGGAGTCAAGGCCCAAAGACTCATGTCCAAGGACGCTGTCATTTGTTGCTGCTAAGA
AGGCAAAAGAAGCTGGTAGCACAAGGTTTTGCATGGGTGCTGCGTGGCGAGATACAATAG
GACGCAAAACCAATTTTCAACCAGATACTTGACTACATCAAAGAGATTAGAGGCATGGGG
GATGGAAGTTTGCTGCACATTGGGCATGATTGAGAAGCAGCAAGCGTTAGAGCTAAAGAA
AGCTGGCCTCACTGCTTACAACCATAATCTTGATACTTCGAGAGAGTACTACCCCAATGT
CATCACTACAAGAAGTTATGACGAACGTCTTGAAACTCTTGACCATGTGCGTGAAGCTGG
TATCAACGTCTGT
TCA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3BG43JQ 532 0 0
ACGCAAAAC
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TTGCTGCACATTGGGCATGATTGAGAAGCAGCAAGCGTTAGAGCTAAAGAAAGCTGGCCT
CACTGCTTACAACCATAATCTTGATACTTCGAGAGAGTACTACCCCAATGTCATCACTAC
AAGAAGTTATGACGAACGTCTTGAAACTCTTGACCATGTGCGTGAAGCTGGTATCAACGT
CTGTTCAGGAGGAATAATAGGGCTTGGAGAGGCAGAAGAGGACAGAGTAGGTTTGTTACA
CACATTGGCAACACTTCCTTCTCACCCTGAGAGTGTTCCCATCAATGCTCTGCTTGCAGT
TAAAGGCACTCCTCTTGAAGACCAGAAGCCGGTTGAGATATGGGGAGATGAATCAGGATG
ATTGGAACAGCAAGAATCGTGATGCCAAAAGCAAATGGTGAGGCTATCTGCTGGTAGAGT
CCGGTTCTCGATGCCAGAGCAAGCCCTGTGTTTTCTCGCTGGT

QA 10 532 10 532
DS 



AS 1 3

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AAAAATCATTTTAAAGAGACAACATGTCGGGTGAAGAGGCTGCTCCCGTTGTTGTTCCTC
CCGTTGCTGAGCCAGCGGCCGTCATCCCAGAGGACATGGACTTGTTGACCGCATTGGAGC
TGACTCTTAGGAAAGCTCGTGCTCACGGTGGTGTTGTACGTGGTCTCCATGAGAGCGCTA
AGCTTATTGAGAAGCGTGTGGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGACTGCAACCAGCCTG
ATTACGTCAAGCTTGTTAAGGCTCTCTGCGCTGATCACAGCATCAACTTGCTTACTGTTC
CAAGTGCCAAGACCCTTGGTGAATGGGCTGGTCTCTGTAAGATTGACTCTGAGGGCAATG
CCAGAAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTTGTAGTCAAGGACTACGGTGAGGATACAACTG
CACTCAATATCGTCAAGAAGCACATTGAATCTAACTAAGTTTTAAGGAGCATTTCGAATC
TCGAATTTCCCAAATGCCTGTTTTATCTTGGTTTTAATATTTTAGCAGACAGCTCTCGAG
GCTTGTTTGGAACATGATTAGTTTTGCTGTTATGT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3ED40TF U 1
AF RR3ET94JQ C 1
AF RR3ET94TF U 1
BS 1 94 RR3ED40TF
BS 95 95 RR3ET94TF
BS 96 167 RR3ED40TF
BS 168 168 RR3ET94TF
BS 169 181 RR3ED40TF
BS 182 182 RR3ET94TF
BS 183 205 RR3ED40TF
BS 206 206 RR3ET94TF
BS 207 225 RR3ED40TF
BS 226 226 RR3ET94TF
BS 227 355 RR3ED40TF
BS 356 356 RR3ET94TF
BS 357 377 RR3ED40TF
BS 378 630 RR3ET94TF
BS 631 635 RR3ET94JQ

RD RR3ED40TF 377 0 0
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QA 1 377 1 377
DS 

RD RR3ET94JQ 635 0 0
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AGCTTATTGAGAAGCGTGTGGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGACTGCAACCAGCCTG
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DS 

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AGCTTATTGAGAAGCGTGTGGCTCAGCTCTGTGTCTTGGCTGAAGACTGCAACCAGCCTG
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CAAGTGCCAAGACCCTTGGTGAATGGGCTGGTCTCTGTAAGATTGACTCTGAGGGCAATG
CCAGAAAGGTTGTTGGATGCTCATGTCTTGTAGTCAAGGACTACGGTGAGGATACAACTG
CACTCAATATCGTCAAGAAGCACATTGAATCTAACTAAGTTTTAAGGAGCATTTCGAATC
TCGAATTTCCCAAATGCCTGTTTTATCTTGGTTTTAATATTTTAGCAGACAGCTCTCGAG
GCTTGTTTGGAACATGATTAGTTTTGCTGT

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 4

CO CL1823Contig1 1238 4 9 U
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ATTACTCTGTGGTTCTTTCGTGTGTCTGGAGAGAACCACAACAAAGTCTAAGCAACATCA
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CATCACAAAGCCCTTAACGAACCAACGTAAACAATAAGTCAGAAAGCAATACTGTCTCTC
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TATTTGTTGATGGATCATACTTCAGCAACTTCTCAACATAAGTTAACTGGTCCTTGAGTT
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GAGCAGGTTTCTTCGCTTCAGAGAAGGTAATGTTCTTGTCTGCAGCACGACCAGTGCTCT
TCTTCACTTGAGAAAACGATGGCTTCAAGGGAGCAGGAGGACGAGACCCGTCAGCACGCA
GTCTATGTATTTCCTCCAATGCTAACTCTTTCCCTTTCTCTTCTTCTTCCTCATCTGAAG
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TACTCGAGCTCGGTTCAAACTTACTATCTCCCTTCATTGTCAAACTCAGAACCAGACACA
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GAGGAGGAGGAGTGATGAAAATAACAGCAGGGGAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3C284JQ U 1
AF RR3BJ36JQ U 559
AF RR3BJ36TF C 513
AF RR3C284TF C 597
BS 1 682 RR3C284JQ
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BS 1227 1238 RR3BJ36TF

RD RR3C284JQ 682 0 0
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TTATTGAATAATAATCGTATTGAAATCGTGGTAGACTTTTGGTCCAACAAAACTATATTG
ATTACTCTGTGGTTCTTTCGTGTGTCTGGAGAGAACCACAACAAAGTCTAAGCAACATCA
GTACTTGATATGGCTCAATCAAGCACACAAAAAAACAAGTACCATTTGGATTTCAATTCT
CATCACAAAGCCCTTAACGAACCAACGTAAACAATAAGTCAGAAAGCAATACTGTCTCTC
TCTATTGCTCTGAAGCACCGGCTCGACGATAGGGCATGTACCTATGATCCTTCGTTGCAT
TCTTCTTCCTCCGTTTGTCAAGAAACGATGAAAGCTTACCAGATTCCTTGAGACTGTTGT
ACTTTTCGATGAGTTCTTGTTTACGGATCTCAGATTGTTTGAGATAGTAAGGCTTTTTGC
CCATCTTAGCGGCTTCTCTTTCTTTCTTTTTGTGTTCTGTTAGTATTGACTTTCCTTTGC
TATTTGTTGATGGATCATACTTCAGCAACTTCTCAACATAAGTTAACTGGTCCTTGAGTT
CGTCGACCTCTTCTGGATTCTTTGTTTTCTTTAACTTCTTTTTCAATTCCTCTCTTTCTA
CAGGAAGTTTCTCCTCGAAAAA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3BJ36JQ 470 0 0
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TCTTTGTTTTCTTTAACTTCTTTTTCAATTCCTCTCTTTCTACAGGAAGTTTCTCCTCGA
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AACGAGGATCGCGAACCACCTTCTTTGGAGCTTGAATAACCTCTCTATAACGACTCACGG
GTCTTCTAGAACTTAACTCTACTGGCCTATTCTTGTTTGCACGAGCAGGTTTCTTCGCTT
CAGAGAAGGTAATGTTCTTGTCTGCAGCACGACCAGTGCTCTTCTTCACTTGAGAAAACG
ATGGCTTCAAGGGAGCAGGAGGACGAAACCCGTCAGCACGCAGTCTATGTATTTCCTCCA
ATGCTAACTCTTTCCCTTTCTCTTCTTCTTCCTCATCTGAAGAAGACAGA

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR3BJ36TF 726 0 0
C
GTTCTGTTAGTATTGACTTTCCTTTGCTATTTGTTGATGGATCATACTTCAGCAACTTCT
CAACATAAGTTAACTGGTCCTTGAGTTCGTCGACCTCTTCTGGATTCTTTGTTTTCTTTA
ACTTCTTTTTCAATTCCTCTCTTTCTACAGGAAGTTTCTCCTCGAAAAAGAAACTGTATC
GCTTCCTGAACCCCTCAGGATCAGCGTTTCCAGCCAATGAGTCAAAACGAGGATCGCGAA
CCACCTTCTTTGGAGCTTGAATAACCTCTCTATAACGACTCACGGGTCTTCTAGAACTTA
ACTCTACTGGCCTATTCTTGTTTGCACGAGCAGGTTTCTTCGCTTCAGAGAAGGTAATGT
TCTTGTCTGCAGCACGACCAGTGCTCTTCTTCACTTGAGAAAACGATGGCTTCAAGGGAG
CAGGAGGACGAGACCCGTCAGCACGCAGTCTATGTATTTCCTCCAATGCTAACTCTTTCC
CTTTCTCTTCTTCTTCCTCATCTGAAGAAGACAGAGACGATAAGGATTGATCTTCGTCAT
CATCTTCACTGTCGTCAAACACAATCTTACTCGAGCTCGGTTCAAACTTACTATCTCCCT
TCATTGTCAAACTCAGAACCAGACACAATCTGTAAAAGTAACGACGGTTACGAGAACGAT
GAAATACGGCGCGACAAGTTGAGGACGGAGGAGGAG***TGATGAAAATAACGGCAGGGG
AATCC

QA 2 726 2 726
DS 

RD RR3C284TF 642 0 0
AGTTCGTCGACCTCTTCTGGATTCTTTGTTTTCTTTAACTTCTTTTTCAATTCCTCTCTT
TCTACAGGAAGTTTCTCCTCGAAAAAGAAACTGTATCGCTTCCTGAACCCCTCAGGATCA
GCGTTTCCAGCCAATGAGTCAAAACGAGGATCGCGAACCACCTTATTTGGAGCTTGAATA
ACCTCTCTATAACGACTCACGGGTCTTCTAGAACTTAAATCTACTGGTCTATTCTTGTTT
GCACGAGCAGGTTTCTTCGCTTCAGAGAAGGTAATGTTCTTGTCTGCAGCACGACCAGTG
CTCTTCTTCACTTGAGAAAACGATGGCTTCAAGGGAGCAGCAGGACGAGACCCGTCAGCA
CGCAGTCTATGTATTTCCTCCAATGTTAACTCTTTCCCTTTCTCTTCTTCTTCCTCATCT
GAAGAAGACAGAGACGATAAGGATTGATCTTCGTCATCATCTTCACTGTCGTCAAACACA
ATCTTACTCGAGCTCGGTTCAAACTTACTATCTCCCTTCATTGTCAAACTCAGAACCAGA
CACAATCTGTAAAAGTAACGACGGTTACGAGAACGATGAAATACGGCGCGACAAGTTGAG
GACGGAGGAGGAGGAGTGATGAAAATAACAGCAGGGGAATCC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

CO CL1824Contig1 1109 2 2 U
GGTACCCTGACCGCATGATGCTGACCTTCTCTGTGTTCCCTTCGCCTAAGGTCTCTGACA
CTGTCGTTGAGCCTTACAACGCTACTTTGTCTGTTCACCAGCTTGTTGAGAATGCTGATG
AGTGCATGGTTCTTGACAACGAGGCCTTGTACGATATTTGTTTCAGGACTCTCAAACTCA
CTACCCCTAGCTTTGGTGACTTGAACCATTTGATATCTGCAACAATGTCTGGTGTCACAT
GCTGTCTGAGATTCCCTGGTCAGCTTAACTCTGACCTCCGTAAGCTTGCTGTCAATCTGA
TCCCGTTCCCTCGTCTTCACTTCTTCATGGTGGGTTTTGCTCCTCTCACCTCAAGAGGAT
CTCAGCAGTACCGCTCCCTCACTGTCCCTGAACTCACCCAGCAAATGTGGGACTCCAAGA
ACATGATGTGTGCTGCTGACCCAAGGCACGGGCGTTACCTCACAGCCTCCGCCATGTTCC
GTGGCAAGATGAGCACAAAGGAAGTCGACGAGCAGATGCTGAACGTGCAGAACAAGAACT
CCTCCTACTTTGTTGAGTGGATCCCCAACAATGTGAAATCAACAGTCTGTGACATCCCTC
CCACCGGTCTGAAGATGGCATCCACTTTCATTGGGAACTCAACATCGATCCAAGAGATGT
TCAGGCGTGTGAGTGAGCAGTTCACAGCTATGTTCAGGAGGAAGGCTTTCTTGCATTGGT
ACACAGGTGAAGGAATGGACGAGATGGAGTTCACAGAAGCAGAGAGCAACATGAACGATC
TTGTCTCAGAGTACCGGCAATACCAAGACGCAACTGCAGATGAAGAAGGTGAGTACGAGG
ATGAGGAGGAAGGAGATTACCAACAGGAGGAGGAGTACTGAGAGTAAGTGTGTACCCTCT
TCTCAACCAATTTAGTCATTCGTTTTTTTTCTCTTTTCTGTTTTTTTTTATCAAAAAGGA
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BQ
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A
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CTTTTCTGTTTTTTTTTATCAAAAAGGAAACCTCAACTACCAGTTGCAGGTTTTCTTGTA
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TTAGTTCTTAAATTTGGTTCGGTTTTTACATTTCGTCTTTAGTATGAAGCTTCTATC

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DS 



AS 1 5

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TCAAGTCTGCTCAAAATCC


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AF RR3A036TF U 417
AF RR3EL84JQ C 399
AF RR3BE53JQ C 614
AF RR3BE53TF U 614
BS 1 646 RR3EL84TF
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BS 648 687 RR3EL84TF
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BS 1079 1090 RR3BE53TF
BS 1091 1099 RR3BE53JQ

RD RR3EL84TF 687 0 0
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CATCTTTATTTCATGTTAATTCGTCACTACAACACTCATTTGCATTGAATCCACCTCTTT
CTCTTCCGAAGTTGCTGAGTAGAGCTTCGGGTGCGGTTGTTGCGTTTCTGGGAGGCTAGA
AATGTGAGGAAGGGGGAGAGCTGATGAGTGTTGATATGCTATTTGTTGATGAAAATTCCA
CTGTTATGCAAGGTTCTATTGGGGCTAACCGACAGCTTAGGTTCAGGAATCGTCCCAGTG
AAGGCTCTCTGTACACGTTGACCGGGTTTGACGTCACACGCAGCAACACCAATTTCCGTT
TGGCTGATGCTCCTTTCTCGATTCGGTTAAATGAAGGAACCGAGCTTGAGAAGATCCCGA
CTTCTGTCAGGCCCATCCCCAGAGAGGTTTTCAGATTCATGCCATATTCCCAGATACTTG
AGCTTGCAAACACGGGGAAACAGCTTCCCGGTATGTCTCAGATTGACACGGATCTTCCTC
GGTCCCTTGCTGAGATTGTTGGACGCACCTACACTTTCCAGCTGAAATTGAACGATTACA
ATTTCTCCTCGAAACACCAAACCTTCACTATCTCCCGCATCTATCCCGGAACGCGTGCTC
GCCCCTACGCCCGCCTTTGTCGTAGCT

QA 1 687 1 687
DS 

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G
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TTGAGCTTGCAAACACGGGGAAACAGCTTCCCGGTATGTCTCAGATTGACACGGATCTTC
CTCGGTCCCTTGCTGAGATTGTTGGACGCACCTACACTTTCCAGCTGAAATTGAACGATT
ACAATTTCTCCTCGAAACACCAAACCTTCACTATCTCCCGCATCTATCC*GGAACGCGTG
CTCGCCCCTACGCCCGCCTTTGTCGTAGCTGAAGGTGCAAATGATCCCGACGATGCACTT
CCTAAAGATGTGGGTCAGGCAACAAATGTCAACGCTGGGACCTCCTCCTCTGGATCAGAC
AGGCCAGGAGCATATGATGTTTCCGTTGGTAAACGTCCACCACCGTCCAAGGCTGCCATG
AAGACTGCCATGTCGAGAAGACTGCCATGAAGAAGGCACGTGTGGGATGAGTCCACCTTC
CCAGATTGAACAACCACATCTGCTTCTATATTCAATAATGCTCAGCTTTTTCATTTACCC
TCTAGAACTATTTCCCTTTGTCTTTTAAAGTAATGTTTCAAGCTTTAGTCTTTTCCATCT
GGTTGTGAACTTCTTCTCTTTCGGTGTTGGATCAAATGTGGTTGTTGTTTTATTTTAATA
A

QA 2 662 2 662
DS 

RD RR3EL84JQ 694 0 0
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ATGCCATATTCCCAGATACTTGAGCTTGCAAACACGGGGAAACAGCTTCCCGGTATGTCT
CAGATTGACACGGATCTTCCTCGGTCCCTTGCTGAGATTGTTGGACGCACCTACACTTTC
CAGCTGAAATTGAACGATTACAATTTCTCCTCGAAACACCAAACCTTCACTATCTCCCGC
ATCTATCC*GGAACGCGTGCTCGCCCCTACGCCCGCCTTTGTCGTAGCTGAAGGTGCAAA
TGATCCCGACGATGCACTTCCTAAAGATGTGGGTCAGGCAACAAATGTCAACGCTGGGAC
CTCCTCCTCTGGATCAGACAGGCCAGGAGCATATGATGTTTCCGTTGGTAAACGTCCACC
ACCGTCCAAGGCTGCCTTGAAGACTGCCATGTCGAGAAGACTGCCATGAAGAAGGCACGT
GTGGGATGAGTCCACCTTCCCAGACTGAACAACCACATCTGCTTCTATATTCAATAATGC
TCAGCCTTTTCATTTACCCTCTAGAACTATTTCCCTTTGTCTTTTAAAGTAATGTTTCAA
GCTTTAGTCTTTTCCATCTGGTTGTGAACTTCTTCTCTTTCGGTGTTGGATCAAATGTGG
TTGTTGTTTTATTTTAATAAATTCAAGTCTGC
CC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3BE53JQ 486 0 0
G
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CTTTGTCGTAGCTGAAGGTGCAAATGATCCCGACGATGCACTTCCTAAAGATGTGGGTCA
GGCAACAAATGTCAACGCTGGGACCTCCTCCTCTGGATCAGACAGGCCAGGAGCATATGA
TGTTTCCGTTGGTAAACGTCCACCACCGTCCAAGGCTGCCATGAAGACTGCCATGTCGAG
AAGACTGCCATGAAGAAGGCACGTGTGGGATGAGTCCACCTTCCCAGATTGAACAACCAC
ATCTGCTTCTATATTCAATAATGCTCAGCTTTTTCATTTACCCTCTAGAACTATTTCCCT
TTGTCTTTTAAAGTAATGTTTCAAGCTTTAGTCTTTTCCATCTGGTTGTGAACTTCTTCT
CTTTCGGTGTTGGATCAAATGTGGTTGTTGTTTTATTTTAATAAATTCAAGTCTGCTCAA
AATCC

QA 2 486 2 486
DS 

RD RR3BE53TF 486 0 0
G
CACCAAACCTTCACTATCTCCCGCATCTATCC*GGAACGCGTGCTCGCCCCTACGCCCGC
CTTTGTCGTAGCTGAAGGTGCAAATGATCCCGACGATGCACTTCCTAAAGATGTGGGTCA
GGCAACAAATGTCAACGCTGGGACCTCCTCCTCTGGATCAGACAGGCCAGGAGCATATGA
TGTTTCCGTTGGTAAACGTCCACCACCGTCCAAGGCTGCCATGAAGACTGCCATGTCGAG
AAGACTGCCATGAAGAAGGCACGTGTGGGATGAGTCCACCTTCCCAGATTGAACAACCAC
ATCTGCTTCTATATTCAATAATGCTCAGCTTTTTCATTTACCCTCTAGAACTATTTCCCT
TTGTCTTTTAAAGTAATGTTTCAAGCTTTAGTCTTTTCCATCTGGTTGTGAACTTCTTCT
CTTTCGGTGTTGGATCAAATGTGGTTGTTGTTTTATTTTAATAAATTCAAGTCTGC
TCAAAATCC

QA 2 477 2 477
DS 



AS 1 3

CO CL1826Contig1 1033 3 9 U
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ACGAAAATTCTTAAACAAAATGTATATGTTTTTCAGGCAGAGCCAACACACAAGACGAAA
ATCAAACTGAAGGTTTTTCATATCCACCTATAACAATAGTAAAACTAATCAAATAGGAAA
AACTAGTCCTCGTCGTCAGAATCAGCGAACGTGATCGTAGTAGCTTTTGGAGCATCAGCT
GCTATTTCTTTGAAATGAGCTCCATACAGTTTTGATTCCTTTTTCTTTACATGAGTGCCA
AACTTCGTAAGATCAGTAGGCACGACTTGTCCAGCTTCCCTGAGAACATTCACAAGCTCT
CCAGCAAGACCCTTGTTCTGTTGTGTGAAGAAGGTGTGGGCAACGCCCTTTTTGCCCGCT
CTACCCGTCCTCCCGATTCTGTGTACATAATCCTCTGTTGTTAAAGGGAAACTGTAGTTT
ATCACAACTTCCACGTCCGGGATATCAAGCCCTCTTGCTGCCACATCAGTAGCCACCAGC
AACGGACTTGATCCATCTTTGAACGATGCCAAAGATCTGGTACGTTCGCTCTGTGCTTTG
TTTCCGTGTATGGATACAGCTTTCCAGCCTCTTTGCTGAAGAAAACGCTCAAGACGTTCA
GCTTCAATCTTGTACAAGGCAAATACCAAAACCCTGTTCTTTTGTGATTTATGGTATTTT
TCTAGTAAAGCAATAAGGCGCTGATCACGAGCACGATCGTCTATGACCTCGACGATTTGC
ATAACGTCGTGGTTGGCAGCCAAGTCTTCAGAACCTATGACTATCTTGACAGGGTTTGGA
TCCATGAATTCCTGTGCCAATTTGTGAACATCTATAGGCCAAGTTGCACTGAACATAACC
ATCTGACGAACTTTATTCGTTTTGCTCAGAATAAACCGGACTGGTTCCTCGAAACCCATA
TCAAGCATTCGATCTGCTTCATCCAATACCACAAAGGAAACATCTGAGAGACGAAGCACA
TTAGACTCAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E408JQ U 1
AF RR3DF45JQ U 74
AF RR3F959TF C 377
BS 1 216 RR3E408JQ
BS 217 217 RR3DF45JQ
BS 218 598 RR3E408JQ
BS 599 599 RR3DF45JQ
BS 600 733 RR3E408JQ
BS 734 830 RR3DF45JQ
BS 831 831 RR3F959TF
BS 832 847 RR3DF45JQ
BS 848 1033 RR3F959TF

RD RR3E408JQ 733 0 0
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ACGAAAATTCTTAAACAAAATGTATATGTTTTTCAGGCAGAGCCAACACACAAGACGAAA
ATCAAACTGAAGGTTTTTCATATCCACCTATAACAATAGTAAAACTAATCAAATAGGAAA
AACTAGTCCTCGTCGTCAGAATCAGCGAACGTGATCTTAGTAGCTTTTGGAGCATCAGCT
GCTATTTCTTTGAAATGAGCTCCATACAGTTTTGATTCCTTTTTCTTTACATGAGTGCCA
AACTTCGTAAGATCAGTAGGCACGACTTGTCCAGCTTCCCTGAGAACATTCACAAGCTCT
CCAGCAAGACCCTTGTTCTGTTGTGTGAAGAAGGTGTGGGCAACGCCCTTTTTGCCCGCT
CTACCCGTCCTCCCGATTCTGTGTACATAATCCTCTGTTGTTAAAGGGAAACTGTAGTTT
ATCACAACTTCCACGTCCGGGATATCAAGCCCTCTTGCTGCCACATCAGTAGCCACCAGC
AACGGACTTGATCCATCTTTGAACGATGCCAAAGATCTGGTACGTTCGCTCTGTGCTTCG
TTTCCGTGTATGGATACAGCTTTCCAGCCTCTTTGCTGAAGAAAACGCTCAAGACGTTCA
GCTTCAATCTTGTACAAGGCAAATACCAAAACCCTGTTCTTTTGTGATTTATGGTATTTT
TCTAGTAAAGCAA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3DF45JQ 774 0 0
AACAAAATGTATATGTTTTTCAGGCAGAGCCAACACACAAGACGAAAATCAAACTGAAGG
TTTTTCATATCCACCTATAACAATAGTAAAACTAATCAAATAGGAAAAACTAGTCCTCGT
CGTCAGAATCAGCGAACGTGATCGTAGTAGCTTTTGGAGCATCAGCTGCTATTTCTTTGA
AATGAGCTCCATACAGTTTTGATTCCTTTTTCTTTACATGAGTGCCAAACTTCGTAAGAT
CAGTAGGCACGACTTGTCCAGCTTCCCTGAGAACATTCACAAGCTCTCCAGCAAGACCCT
TGTTCTGTTGTGTGAAGAAGGTGTGGGCAACGCCCTTTTTGCCCGCTCTACCCGTCCTCC
CGATTCTGTGTACATAATCCTCTGTTGTTAAAGGGAAACTGTAGTTTATCACAACTTCCA
CGTCCGGGATATCAAGCCCTCTTGCTGCCACATCAGTAGCCACCAGCAACGGACTTGATC
CATCTTTGAACGATGCCAAAGATCTGGTACGTTCGCTCTGTGCTTTGTTTCCGTGTATGG
ATACAGCTTTCCAGCCTCTTTGCTGAAGAAAACGCTCAAGACGTTCAGCTTCAATATTGT
ACAAGGCAAATACCAAAACCCTGTTCTTTTGTGATTTATGGTATTTTTCTAGTAAAGCAA
TAAGGCGCTGATCACGAGCACGATCGTCTATGACCTCGACGATTTGCATAACGTCGTGGT
TGGCAGCCAAGTCTTCAGAACCTATGACTATCTTGACCGGGTTTGGATCCATGA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3F959TF 657 0 0
TCTGTTGTGTGAAGAAGGTGTGGGCAACGCCCTTTTTACCCGCTCTTCCCGTCCTCCCGA
TTCTGTGTACATAATCCTCTGTTGTTAAAGGGAAACTGTAGTTTATCACAACTTCCACGT
CCGGGATATCAAGCCCTCTTGCTGCTACATCAGTAGACACCAGCAACGGACATGATCCTT
CTTTGAACAATGACAAAGATCTGGTACGTTCGCTCTGTGCTTTGTTTCCGTGTATGGATA
CAGCTTTCCAGCCTCTTTGCTGAAGAAGACGCTCAAGACGTTCAGCTTCAATCCTGTACA
AGGCAAATACCAAAACCCTGTTCTTCTGTGATTTATGGTATTTTTCTAGTAAAGCAATAA
GGCGCTGATCACGAGCACGATCGTCTATGACCTCGACGATTTGCATAACGTCGTGGTTGG
CAGCCAAGTCTTCAGAACCTATGACTATCTTGACAGGGTTTGGATCCATGAATTCCTGTG
CCAATTTGTGAACATCTATAGGCCAAGTTGCACTGAACATAACCATCTGACGAACTTTAT
TCGTTTTGCTCAGAATAAACCGGACTGGTTCCTCGAAACCCATATCAAGCATTCGATCTG
CTTCATCCAATACCACAAAGGAAACATCTGAGAGACGAAGCACATTAGACTCAATCC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 4

CO CL1827Contig1 1551 4 24 U
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GGGGAAACCCGTCTGATAGCGCTTATGCGCGAACTTCGAAAGGGGAGAGTAAGGAGTATG
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GTGAGAAGCAGGTTGTTTGGATGAGTCATGGTGATGAGGCTGTTGAGGTTCTGCAAGGGT
TTGAGGTTGTCGCGAGGAGTTCTCAGGGTGCTGTTGCTGCTTTGGAGAATCGGGAGAGGA
TGATTTATGGTTTGCAGTATCATCCTGAGGTGACACATTCACCAAAAGGAATGGAGACAC
TGAAGCACTTCCTCTTTGATGTGTGTGGGGTATCTGCGGACTGGAAGATGGAGGATCTGA
TGGAAGAAGAGATCAAAGTGATTAACAAAACCGTTGCAGCTGATGAACACGTCATCTGCG
CTTTGTCTGGTGGTGTCGACTCTACTGTTGCCGCAACTCTTGTTCACAAGGCTATTGGAG
ATAGGCTTCATTGCATCTTTGTCGACAACGGCCTATTAAGGTATAAGGAGCAAGAACGTG
TGATGGATACTTTTCAGAGAGACTTGCATCTACCTGTTACTTGTGTTGACGCATCTGAGC
AGTTTCTGAGTGAACTCAAAGGCGTAGTGGATCCAGAGACCAAGAGGAAGATAATCGGAA
AAGAGTTCATCAACATTTTCGATCAGTTTGCCCAGGAGTTAGAGAAGAAGCATGGGAAGA
AACCTGCTTTTCTAGTTCAAGGGACTCTGTACCCTGATGTGATTGAGTCGTGCCCTCCTC
CC*GGTACTGACAGGACTCATTCACACACCATCAAGAGTCATCATAACGTAGGTGGGCTC
CCTAAAGACATGAAACTGAAGCTCATTGAACCACTCAAGCTTCTCTTCAAAGACGAGGTC
CGTGAGCTGGGAAGAATCTTGAATGTTCCCGTAGGATTCTTGAAGCGTCACCCGTTCCCT
GGTCCAGGGCTCGCTGTTAGAGTCTTGGGGGATGTTACTCAAGGAAACGCCCTTGAGGTT
CTTCGTCAGGTTGATGAGATATTCATTCAATCAATCAGAGATGCTGGTCTCTATGATTCG
ATCTGGCAAGCTTTCGCAGTGTTCTTGCCTGTAAGATCAGTCGGAGTCCAAGGTGACAAG
AGAACACATTCTCATGTGGTTGCTCTTCGTGCAGTTACTAGCCAAGATGGAATGACTGCA
GATTGGTTCAATTTTGAGCACAAGTTTCTGGATGATGTTTCCCGGAAAATCTGCAATAGT
GTTCAAGGAGTAAACCGTGTGGTTCAAGACATTACATCAAAGCCTCCTTCAACGATCGAA
TGGGAATAAAAGAATCAGATCAATTTGGGTTTGTTTTGTTTATTGATGTCCGCAAATTTT
TAGAGATCATTTAAAACGATTGTTGTGGTCACCACTCACCCATCATCTACCATTGATGCT
TATTACTATTACGAGCGGAATATAGTTTTCTGATAAAATATTTATTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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G
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TGAGTGAACTCAAAGGCGTAGTGGATCCAGAGACCAAGAGGAAGATAATCGGAAAAGAGT
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CTTTTCTAGTTCAAGGGACTCTGTACCCTGATGTGATTGAGTCGTGCCCTCCTCCC*GGT
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GACATGAAACTGAAGCTCATTGAACCACTCAAGCTTCTCTTCAAAGACGAG*TCCGTGAG
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AAGGGACTCTGTACCCTGATGTGATTGAGTCGTGCCCTCCTCCC*GGTACTGACAGGACT
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AAGCTCATTGAACCACTCAAGCTTCTCTTCAAAGACGAGGTCCGTGAGCTGGGAAGAATC
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AGAGTCTTGGGGGATGTTACTCAAGGAAACGCCCTTGAGGTTCTTCGTCAGGTTGATGAG
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TGAAACTGAAGCTCATTGAACCACTCAAGCTTCTCTTCAAAGACGAGGTCCGTGAGCTGG
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TCGCTGTTAGAGTCTTGGGGGATGTTACTCAAGGAAACGCCCTTGAGGTTCTTCGTCAGG
TTGATGAGATATTCATTCAATCAATCAGAGATGCTGGTCTCTATGATTCGATCTGGCAAG
CTTTCGCAGTGTTCTTGCCTGTAAGATCAGTCGGAGTCCAAGGTGACAAGAGAACACATT
CTCATGTGGTTGCTCTTCGTGCAGTTACTAGCCAAGATGGAATGACTGCAGATTGGTTCA
ATTTTGAGCACAAGTTTCTGGATGATGTTTCCCGGAAAATCTGCAATAGTGTTCAAGGAG
TAAACCGTGTGGTTCAAGACATTACATCAAAGCCTCCTTCAACGATCGAATGGGAATAAA
AGAATCAGATCAATTTGGGTTTGTTTTGTTTATTGATGTCCGCAAATTTTTAGAGATCAT
TTAAAACGATTGTTGTGGTCACCACTCACCCATCATCTACCATTGATGCTTATTACTATT
ACGAGCGGAATATAGTTTTCTGATAAAATATTTATTGATCC

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DS 



AS 1 4

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TAAAGAAAAAGGTCTAAGAGAGAGAGAGATAGGTCTAGCAGAGGTTTCAAGGAGAGAGAG
GGAGAGGGAGAGAGACATATAAATCCAAGAGCTAACAGGAAAATAAGATAAGACAAAGAG
ATCATCAATCACGGACAGTGCCCTCGAAATCATCATCATCACGGACGTGTCTTCCAGAAC
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TTGAAATCAAATCCAGATTTACTAGGAGCAATAGTAAACAAAGCATCGTGGGCCTGTTCA
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GGCTCGTCATAGCTCCCATCTGGACCCGGGGTTCGAAACGAGTCAATCTTTGCATCCAAG
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GTGTTGATTTCCCAAGTTGGTTCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E754JQ U 1
AF RR3BX33JQ U 83
AF RR3GC60JQ U 90
AF RR3BX33TF C 165
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DS 

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TCATCATCATCACGGACGTGTCTTCCAGAACTCAATCTGGTCCATGAGAGAAGGTCCAGC
AAATTGCCTAAGCGTGGCGAGGACAGTGAGCACACTAATTGCAGCTTTGGATGCATCTTT
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TTGTTGGGGCTGATGCCAGTAGGAGACCCAAGACCACTGCAAGAGCTGAACGAGTTTGGA
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ATGCTTCGAGACAAGCATTGTATGCC
TCGAA

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DS 

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TAGGTCTAGCAGAGGTTTCAAGGAGAGAGAGGGAGAGGGAGAGAGACATATAAATCCAAG
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TCATCATCATCACGGACGTGTCTTCCAGAACTCAATCTGGTCCATGAGAGAAGGTCCAGC
AAATTGCCTAAGCGTGGCGAGGACAGTGAGCACACTAATTGCAGCTTTGGATGCATCTTT
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AATAGTAAACAAAGCATCGTGGGCCTGTTCAAGCGCACCTAGAAGATCGCGGAGAACCAA
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ATGCTT

QA 1 666 1 666
DS 

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GA
TTAATTTAAAGTACTAAAGAAAAAGGTCTAAGAGAGAGAGAGATAGGTCTAGCAGAGGTT
TCAAGGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAGACATATAAATCCAAGAGCTAACAGGAAAATAA
GATAAGACAAAGAGATCATCAATCACGGACAGTGCCCTCGAAATCATCATCATCACGGAC
GTGTCTTCCAGAACTCAATCTGGTCCATGAGAGAAGGTCCAGCAAATTGCCTAAGCGTGG
CGAGGACAGTGAGCACACTAATTGCAGCTTTGGATGCATCTTTTCTTGGTGATTCCCATA
AGATGTATCCGTGGTTGAAATCAAATCCAGATTTACTAGGAGCAATAGTAAACAAAGCAT
CGTGGGCCTGTTCAAGCGCACCTAGAAGATCGCGGAGAACCAATTGTTGGGGCTGATGCC
AGTAGGAGACCCAAGACCACTGCAAGAGCTGAACGAGTTTGGATGTCTCGATAAAGACAG
CGGTTACAATATCTGGCTCGTCATAGCTCCCATCTGGACCCGGGGTTCGAAACGAGTCAA
TCTTTGCATCCAAGGCCAGTTTTTT*GGTTTCACATCTATTCCATGCTTCGAGACAAGCA
TTGTATGCCTCGAAGTGTTGATTTCCCAAGTTGGTTCC

QA 3 640 3 640
DS 



AS 1 4

CO CL1829Contig1 955 4 11 U
GTCTCCTCGGTGAAATTCATTGATTCATAACAACATTACAAGGTAGAATAACAAAGCCAG
CGAGCCTACAAAGCCCCCGGAGACAACAGCTAGCGGAATACAACTTCCCTAGAGACTAAG
CCGGCGGACAAAGAACAAGTCCCCAGAAACTATAAACAGTCATACAAGCTAATACCTTAA
AAATACAGTTCAGATCTAACCACAAACAGCAACTAAAAGGCTAAGAACAAACGGGATAAG
GAGGAAATGAAGGAACACCACCTTCCCAAGTCGTAATTATTGATGGAGACCAAACGCAAG
ACTCTTATTAATGCTCCAACCCACACTAACCCACAATAGGAGCCCTGAGCCAAACCGAAC
TGGAACTCCAAGGAAATCTCAGAGAAGACCTTTCTTTTACCTGACGACTTCCAAACGACG
AGATGATCAAAGAGCATAAGCTCCACATCCAAAGAAAGAAGCCGGAGATCCTCTGTAACA
GAAGAAGAAACCGGCAAACGAGATAACCGAACCGTTGCAACGATTCAAGGATGAGCGTTC
CTCCTGAACCCGTTTTCTTCACCAACAGCGCTGACAATAACACCGGCGAAACTAGAGAGG
ATTAACATGGAGAAAGAGGCGGAGCAGACCAAGAAACCCTAGATCTCAGATCCGATGACC
TAAAGCCAAGGATAATCAACAATAGCAATGAAGCGAGGTCTCAGAATGGATGCAACCAAA
CCACAACCCAAAGAACCACTCTCACGGAATCGATCCAGATCTAGATTTGAAATTTTTAAA
AGCAAAGCTTGATCAAAAGGATATAAACAAACTAAAAAGGAAACAGAGCAAAGAAATAAA
CAAGATCCGACCGACGCCGTTGCTAAGAGAGCCAACCAACGTCGGTCAGACAACAGATAA
TTTGATCGGAGGCAAGGAGAGAAGACAGAGCTTTTCTAGAGAGAGGTAAGTTCCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ06JQ U 1
AF RR3B465JQ U 5
AF RR3B465TF C 180
AF RR3BE61TF C 225
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DS 

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CCTACAAAGCCCCCGGAGACAACAGCTAGCGGAATACAACTTCCCTAGAGACTAAGCCGG
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TTATTAATGCTCCAACCCACACTAACCCACAATAGGAGCCCTGAGCCAAACCGAACTGGA
ACTCCAAGGAAATCTCAGAGAAGACCTTTCTTTTACCTGGCGACTTCCAAACGACGAGAT
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AAGCTTGATCAAAAGGATATAAACAAACTAAAAAGGAAACAGAGCAA*GAAATAAACAAG
ATCCGACCGACGCCGTTGCTAAGAGAGCCAACCAACG

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DS 

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CCTCCTGAACCCGTTTTCTTCACCAACAGCGCTGACAATAACACCGGCGAAACTAGAGAG
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CTAAAGCCAAGGATAATCAACAATAGCAATGAAGCGAGGTCTCAGAATGGATGCAACCAA
ACCACAACCCAAAGAACCACTCTCACGGAATCGATCCAGATCTAGATTTGAAATTTTTAA
AAGCAAAGCTTGATCAAAAGGATATAAACAAACTAAAAAGGAAACAGAGCAAAGAAATAA
ACAAGATCCGACCGACGCCGTTGCTAAGAGAGCCAACCAACGTCGGTCAGACAACAGATA
ATTTGATCGGAGGCAAGGAGAGAAGACAGAGCTTTTCTAGAGAGAGGTAAGTTCCC

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DS 

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GGAGACCAAACGCAAGACTCTTATTAATGCTCCAAACCAAACTAACCCACAATAGGAGCC
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CGACTTCCAAACGACGAGATGATCAAAGAGCATAAGCTCCACATCCAAAGAAAGGAGCCG
GAGATCCTCTGTAACAGAAGAAGAAACCGGCAAACGAGATAACCGAACCGTTGCAACGAT
TCAAGGATGAGCGTTCCTCCTGAACCCGTTTTCTTCACCAACAGCGCTGACAATAACACC
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CTCAGATCCGATGACCTAAAGCCAAGGATAATCAACAATAGCAATGAAGCGAGGTCTCAG
AATGGATGCAACCAAACCACAACCCAAAGAACCACTCTCACGGAATCGATCCAGATCTAG
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AGAGCAAAGAAATAAACAAGATCCGACCGACGCCGTTGCTAAGAGAGCCAACCAACGTCG
GTCAGACAACAGATAATTTGATCGGAGGCAAGGAGAGAAGACAGAGCTTTTCTAGAGAGA
GGTAAG
C

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 5

CO CL1830Contig1 1418 5 12 U
GGACACTTCAATGGCGACAATGAGCAAAGCTCAGAGGACCTCCAAACCCTCTCCTGGATC
TCGCCGTCTTGTTCTCTTCTTACTCATCCTCTTCGCATTCCTCCTCCTTCTCTCCTCCTC
CGTGATCTCTACCGGAAAATTGGGTCTACCGTATCAACAGACCCTAATCGATTACTTCGT
TGCATCTCCTCGTGGCAAGAGACACCACACGCTTTCGGACAAGTACTTGTATTGGGGAAA
CAGAATCGATTGTCCTGGGAAGAACTGCGAGACTTGTGCAGGCTTAGGTCACCAAGAATC
TAGCCTAAGGTGTGCACTTGAAGAAGCCTTGTTCCTCAACAGGACCTTTGTAATGCCTTC
TGGAATGTGTATCAATCCAATACATAATAAGAAAGGTATTCTCGATCGGTCTGATGACAA
AGCTACAGAGGATGGTTGGGTAGGGAGCTCTTGTGCAATGGACTCCTTGTACGACATTGA
CCTCATATCCGAGAAGATACCTGTGATATTGGACGACTCCAAGACATGGCATCTTGTTCT
ATCAACAAGTATGAAGTTGGGAGGAAGAGGGATTGCGCATGTTTACGGAGTTAGTCGCCA
TAGGTTAACAGAGAGTCACTACTCTAATCTCTTGATTATTAACCGAACCGCAAGTCCTCT
TGCTTGGTTTGTTGAGTGCAAAGATAGAGGCAACCGTAGCGACGTCATGCTTCCTTACTC
CTTTCTCCCTAATATGGCAGCTGCAAGTTTGAGAAACGCAGCAGAAAAGATAAAAGCACA
ACTTGGTGATTATGATGCTATCCACGTTCGCCGAGGGGACAAACTGAAAACCAGAAAAGA
CAGGTTCGGAGTTGAGAGGATTCAGTTTCCTCATCTAGACAGAGATACACGACCAGAGTT
TATCCTTCACAGGATAGAGAAGCGTGTCCCACCAGGGAGGACTCTTTTCATTGGTTCTAA
TGAGAGAACTCCTGGATTCTTCTCTCCTCTCGCCGTCAGGTACAAACTGGCTTACTCATC
GAACTTTAGTGAGATTCTGGATCCTATAATCAAGAATAACTACCAGTTATTCATGGTGGA
GAGATTGGTAATGATGGGAGCAAAAACATTCTTTAAGACATTTAAAGAGTATGAAACGGA
TCTCACCTTAACTGATGATCCCAAGAAGAACAAGAACTGGGAGATACCGGTGTATACCAT
GGAAGATGAAAGAAAAGAATCAATGAGCTAAAGTTTGTGCCTTCGCAAGGTTAGGTCTTA
TCACTTGCCACTATCTTGGAGTCAAATGCTGGATTAGAGTGTTATGTATAAAAAAAGAGC
ATAGTTATTCTGGTTCTAGGCGGTTCTTGTGTAAATGTGTTATACAAGAAGAACAGATGT
AATAAGATCTGTAATGTTTTCAAATTAGGAACCTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3EC78TF U 133
AF RR3F978TF U 1
AF RR3AW39TF U 8
AF RR3AW39JQ C 456
AF RR3EC78JQ C 733
BS 1 164 RR3F978TF
BS 165 165 RR3AW39TF
BS 166 689 RR3F978TF
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BS 691 715 RR3F978TF
BS 716 852 RR3AW39TF
BS 853 1103 RR3AW39JQ
BS 1104 1104 RR3EC78JQ
BS 1105 1173 RR3AW39JQ
BS 1174 1174 RR3EC78JQ
BS 1175 1413 RR3AW39JQ
BS 1414 1418 RR3EC78JQ

RD RR3EC78TF 232 0 0
G
GGAAAATTGGGTCTACCGTATCAACAGACCCTAATCGATTACTTCGTTGCATCTCCTCGT
GGCAAGAGACACCACACGCTTTCGGACAAGTACTTGTATTGGGGAAACAGAATCGATTGT
CCTGGGAAGAACTGCGAGACTTGTGCAGGCTTAGGTCACCAAGAATCTAGCCTAAGGTGT
GCACTTGAAGAAGCCTTGTTCCTCAACAGGACCTTTGTAATGCCTTCTGGA

QA 2 232 2 232
DS 

RD RR3F978TF 715 0 0
GGACACTTCAATGGCGACAATGAGCAAAGCTCAGAGGACCTCCAAACCCTCTCCTGGATC
TCGCCGTCTTGTTCTCTTCTTACTCATCCTCTTCGCATTCCTCCTCCTTCTCTCCTCCTC
CGTGATCTCTACCGGAAAATTGGGTCTACCGTATCAACAGACCCAAATCGATTACTTCGT
TGCATCTCCTCGTGGCAAGAGACACCACACGCTTTCGGACAAGTACTTGTATTGGGGAAA
CAGAATCGATTGTCCTGGGAAGAACTGCGAGACTTGTGCAGGCTTAGGTCACCAAGAATC
TAGCCTAAGGTGTGCACTTGAAGAAGCCTTGTTCCTCAACAGGACCTTTGTAATGCCTTC
TGGAATGTGTATCAATCCAATACATAATAAGAAAGGTATTCTCGATCGGTCTGATGACAA
AGCTACAGAGGATGGTTGGGTAGGGAGCTCTTGTGCAATGGACTCCTTGTACGACATTGA
CCTCATATCCGAGAAGATACCTGTGATATTGGACGACTCCAAGACATGGCATCTTGTTCT
ATCAACAAGTATGAAGTTGGGAGGAAGAGGGATTGCGCATGTTTACGGAGTTAGTCGCCA
TAGGTTAACAGAGAGTCACTACTCTAATCTCTTGATTATTAACCGAACCGCAAGTCCTCT
TGCTTGGTTTGTTGAGTGCAAAGATAGAG*CAACCGTAGCGACGTCATGCTTCCT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3AW39TF 845 0 0
GG
AATGGCGACAATGAGCAAAGCTCAGAGGACCTCCAAACCCTCTCCTGGATCTCGCCGTCT
TGTTCTCTTCTTACTCATCCTCTTCGCATTCCTCCTCCTTCTCTCCTCCTCCGTGATCTC
TACCGGAAAATTGGGTCTACCGTATCAACAGACCCTAATCGATTACTTCGTTGCATCTCC
TCGTGGCAAGAGACACCACACGCTTTCGGACAAGTACTTGTATTGGGGAGACAGAATCGA
TTGTCCTGGGAAGAACTGCGAGACTTGTGCAGGCTTAGGTCACCAAGAATCTAGCCTAAG
GTGTGCACTTGAAGAAGCCTTGTTCCTCAACAGGACCTTTGTAATGCCTTCTGGAATGTG
TATCAATCCAATACATAATAAGAAAGGTATTCTCGATCGGTCTGATGACAAAGCTACAGA
GGATGGTTGGGTAGGGAGCTCTTGTGCAATGGACTCCTTGTACGACATTGACCTCATATC
CGAGAAGATACCTGTGATATTGGACGACTCCAAGACATGGCATCTTGTTCTATCAACAAG
TATGAAGTTGGGAGGAAGAGGGATTGCGCATGTTTACGGAGTTAGTCGCCATAGGTTAAC
AGAGAGTCACTACTCTAATCTCTTGATTATTAACCGAACCGCAAGTCCTCTTGCTTGGTT
TGTTGAGTGCAAAGATAGAGGCAACCGTAGCGACGTCATGCTTCCTTACTCCTTTCTCCC
TAATATGGCAGCTGCAAGTTTGAGAAACGCAGCAGAAAAGATAAAAGCACAACTTGGTGA
TTATGATGCTATCCACGTTCGCCGAGGGGACAAACTGAAAACCAGAAAAGACAGGTTCGG
AGT

QA 3 845 3 845
DS 

RD RR3AW39JQ 958 0 0
CAATGGACTC*TTGTACGACATTGAC*TCATATCCGAGAAGATAC*TGTGATATTGGACG
ACTCCAAGACATGGCATCTTGTTCTATCAACAAGTATGAAGTTGGGAGGAAGAGGGATTG
CGCATGTTTACGGAGTTAGTCGCCATAGGTTAACAGAGAGTCACTACTCTAATCTCTTGA
TTATTAACCGAACCGCAAGTCCTCTTGCTTGGTTTGTTGAGTGCAAAGATAGAGGCAACC
GTAGCGACGTCATGCTTCCTTACTCCTTTCTCCCTAATATGGCAGCTGCAAGTTTGAGAA
ACGCAGCAGAAAAGATAAAAGCACAACTTGGTGATTATGATGCTATCCACGTTCGCCGAG
GGGACAAACTGAAAACCAGAAAAGACAGGTTCGGAGTTGAGAGGATTCAGTTTCCTCATC
TAGACAGAGATACACGACCAGAGTTTATCCTTCACAGGATAGAGAAGCGTGTCCCACCAG
GGAGGACTCTTTTCATTGGTTCTAATGAGAGAACTCCTGGATTCTTCTCTCCTCTCGCCG
TCAGGTACAAACTGGCTTACTCATCGAACTTTAGTGAGATTCTGGATCCTATAATCAAGA
ATAACTACCAGTTATTCATGGTGGAGAGATTGGTAATGATGGGAGCAAGAACATTCTTTA
AGACATTTAAAGAGTATGAAACGGATCTCACCTTAACTGATGATCCCAAGAAGAACAATA
ACTGGGAGATACCGGTGTATACCATGGAAGATGAAAGAAAAGAATCAATGAGCTAAAGTT
TGTGCCTTCGCAAGGTTAGGTCTTATCACTTGCCACTATCTTGGAGTCAAATGCTGGATT
AGAGTGTTATGTATAAAAAAAGAGCATAGTTATTCTGGTTCTAGGCGGTTCTTGTGTAAA
TGTGTTATACAAGAAGAACAGATGTAATAAGATCTGTAATGTTTTCAAATTAGGAACC

QA 1 958 1 958
DS 

RD RR3EC78JQ 686 0 0
TATGGCAGCTGCAAGTTTGAGAAACGCAGCAGAAAAGATAAAAGCACAACTTGGTGATTA
TGATGCTATCCACGTTCGCCGAGGGGACAAACTGAAAACCAGAAAAGACAGGTTCGGAGT
TGAGAGGATTCAGTTTCCTCATCTAGACAGAGATACACGACCAGAGTTTATCCTTCACAG
GATAGAGAAGCGTGTCCCACCAGGGAGGACTCTTTTCATTGGTTCTAATGAGAGAACTCC
TGGATTCTTCTCTCCTCTCGCCGTCAGGTACAAACTGGCTTACTCATCGAACTTTAGTGA
GATTCTGGATCCTATAATCAAGAATAACTACCAGTTATTCATGGTGGAGAGATTGGTAAT
GATGGGAGCAAAAACATTCTTTAAGACATTTAAAGAGTATGAAACGGATCTCACCTTAAC
TGATGATCCCAAGAAGAACAAGAACTGGGAGATACCGGTGTATACCATGGAAGATGAAAG
AAAAGAATCAATGAGCTAAAGTTTGTGCCTTCGCAAGGTTAGGTCTTATCACTTGCCACT
ATCTTGGAGTCAAATGCTGGATTAGAGTGTTATGTATAAAAAAAGAGCATAGTTATTCTG
GTTCTAGGTGGTTCTTGTGTAAATGTGTTATACAAGAAGAACAGATGTAATAAGATCTGT
AATGTTTTCAAATTAGGAACCTTTTC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 5

CO CL1831Contig1 1196 5 10 U
TTTTTAGGAGGGATTTTTTAATTTCAACTCCCGAAAAAGTTCTGCATTTATCTTCTTCGC
CTGTAGAGGTTTTCGAGGAGCTTTCATTACCAAGTCCTTCTCTATCCACTAACCTTTGCC
TTGGATTGCTCGG*GAAGTAGAAAGAGATTACTTAATGGCTCCCGCATTCGGCAAATGTT
TCACGTTCTGCTGCGCTAAGACCTCTCCGGAAGGAGACGAAATGGCCACGGATGCGTACG
AAGCCGCCATCAAAGGACTTAAGGATCTTCTCAGTAAGAAGGCAGATCTAGGGAACGTGG
CCGCGGAGAAGATCAAAGAGTTGACTCAGGAGCTTAAGGAGCTTGATTCCAGCAACTCTG
ACGCCGTTGAACGTATCAAATCCGGTTTCACCCACTTCAAAACTCAGAAATACTTGAAAG
ATAGTGCTCGGTTCAATGATCTCGCCAAGGGTCAGAGCCCAAAGTTTCTGGTATTCGCCT
GTTCTGATTCTCGAGTGTGTCCATCTCACATATTGAATTTCCAACCTGGAGAAGCCTTTG
TTGTCAGAAACATTGCAAACATGGTTCCACCTTTCGACCAGAAGAGACATTCTGGCGTTG
GTGCCGCCGTTGAATACGCAGTTGTACATCTCAAGGTGGAGAATATTCTGGTGATAGGCC
ATAGCCGTTGCGGTGGGATTAAGGGACTCATGTCCATTGAAGATGATGCTGCACCAACTA
AGAGCGACTTTATAGAAAATTGGGTGAAGATCGGTGCATCAGCAAGGAACAAGATCAAGG
AGGAACATCAAGGCCTAGACGATGAAGCTAAATGCACCGAGTGTGAGAAGGAAGCTGTGA
ATGTGTCGCTTGGAAACTTGCTTTCATACCCATTTGTGAGAGCTGAAGTAGTGAAGAACA
CATTGGCGATAAGAGGAGCTCACTACAATTTCGTCAAAGGAACCTTCGATCTCTGGGAGC
TCGATTTCAAGACCACTCCTGCTTATGCCTTCTCTTGAACATAACTCTTGTGAGATTTGC
GCTTTTCTCTCACAAAAGCTTTGACTGCATCCTTTCTTTCTTCTCATGTTGATTCTGATC
TCAACTTTTTTTTTTATCATTTCCTTATTTCAGACTTTCAACTTTGCTGCTTCTGTTTCA
AAAAGCTGTAAACAATAATACTCTGAACAACCTCTTAAGCTTTGTTTATTTCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EI09TF U 1
AF RR3AE90TF U 75
AF RR3CJ85TF U 76
AF RR3CJ85JQ C 483
AF RR3EI09JQ C 516
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BS 763 766 RR3CJ85TF
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CTGTAGAGGTTTTCGAGGAGCTTTCATTACCAAGTCCTTCTCTATCCACTAACCTTTGCC
TTGGATTGCTCGG*GAAGTAGAAAGAGATTACTTAATGGCTCCCGCATTCGGCAAATGTT
TCACGTTCTGCTGCGCTAAGACCTCTCCGGAAGGAGACGAAATGGCCACGGATGCGTACG
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CCGCGGAGAAGATCAAAGAGTTGACTCAGGAGCTTAAGGAGCTTGATTCCAGCAACTCTG
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GTTCTGATTCTCGAGTGTGTCCATCTCACATATTGAATTTCCAACCTGGAGAAGCCTTTG
TTGTCAGAAACATTGCAAACATGGTTCCACCTTTCGACCAGAAGAGACATTCTGGCGTTG
GTGCCGCCGTTGAATACGCAGTTGTACATCTCAAGGTGGAGAATATTCTGGTGATAGGCC
ATAGCCGTTGCGGTGGGAT

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DS 

RD RR3AE90TF 688 0 0
GG
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AGTAGAAAGAGATTACTTAATGGCTCCCGCATTCGGCAAATGTTTCACGTTCTGCTGCGC
TAAGACCTCTCCGGAAGGAGACGAAATGGCCACGGATGCGTACGAAGCCGCCATCAAAGG
ACTTAAGGATCTTCTCAGTAAGAAGGCAGATCTAGGGAACGTGGCCGCGGATAAGATCAA
AGAGTTGACTCAGGAGCTTAAGGAGCTTGCTTCCAGCAACTCTGACGCCGTTGAACGTAT
CAAATCCGGTTTCACCCACTTCAAAACTCAGAAATACTTGAAAGACAGTGCTCGGTTCAA
TGATCTCGCCAAGGGTCAGAGCCCAAAGTTTCTGGTATTCGCCTGTTCTGATTCTCGAGT
GTGTCCATCTCACATACTGAATTTCCAACCTGGAGAAGCCTTTGTTGTCAGAAACATTGC
AAACATGGTTCCACCTTTCGACCAGAAGAGACATTCTGGCGTTGGTGCCGCCGTTGAATA
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G
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TAAGACCTCTCCGGAAGGAGACGAAATGGCCACGGATGCGTACGAAGCCGCCATCAAAGT
ACTTAAGGATCTTCTCAGTAAGAAGGCAGATCTAGGGAACGTGGCCGCGGAGAAGATCAA
AGAGTTGACTCAGGAGCTTAAGGAGCTTGATTCCAGCAACTCTGACGCCGTTGAACGTAT
CAAATCCGGTTTCACCCACTTCAAAACTCAGAAATACTTGAAAGATAGTGCTCGGTTCAA
TGATCTCGCCAAGGGTCAGAGCCCAAAGTTTCTGGTATTCGCCTGTTCTGATTCTCGAGT
GTGTCCATCTCACATATTGAATTTCCAACCTGGAGAAGCCTTTGTTGTCAGAAACATTGC
AAACATGGTTCCACCTTTCGACCAGAAGAGACATTCTGGCGTTGGTGCCGCCGTTGAATA
CGCAGTTGTACATCTCAAGGTGGAGAATATTCTGGTGATAGGCCATAGCCGTTGCGGTGG
GATTAAAG*ACTCATGTCCATTGAAGATGATGCTGCACCAACTAAGAGCGACTTTATAGA
AAATTGGGTGAAGATCGGTGCATCAGCAAG
AACAGATCAAGAGAACATC

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DS 

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GCCGCCGTTGAATACGCAGTTGTACATCTCAAGGTGGAGAATATTCTGGTGATAGGCCAT
AGCCGTTGCGGTGGGATTAAGG*ACTCATGTCCATTGAAGATGATGCTGCACCAACTAAG
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TTGGCGATAAGAGGAGCTCACTACAATTTCGTCAAAGGAACCTTCGATCTCTGGGAGCTC
GATTTCAAGACCACTCCTGCTTATGCCTTCTCTTGAACATAACTCTTGTGAGATTTGCGC
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AACTTTTTTTTTTATCATTTCCTTATTTCAGACTTTCAACTTTGCTGCTTCTGTTTCAAA
AAGCTGTAAACAATAATACTCTGAACAACCTCTTAAGCTTTGTTTATTTCGTCC

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DS 

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ATTGAAGATGATGCTGCACCAACTAAGAGCGACTTTATAGAAAATTGGGTGAAGATCGGT
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GTGAGAGCTGAAGTAGTGAAGAACACATTGGCGATAAGAGGAGCTCACTACAATTTCGTC
AAAGGAACCTTCGATCTCTGGGAGCTCGATTTCAAGACCACTCCTGCTTATGCCTTCTCT
TGAACATAACTCTTGTGAGATTTGCGCTTTTCTCTCACAAAAGCTTTGACTGCATCCTTT
CTTTCTTCTCATGTTGATTCTGATCTCAACTTTTTTTTT*ATCATTTCCTTATTTCAGAC
TTTCAACTTTGCTGCTTCTGTTTCAAAAAGCTGTAAACAATAATACTCTGAACAACCTCT
TAAGCTTTGTTTATTTCGTC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 2 4

CO CL1832Contig1 780 2 4 U
CAACAACAATACCAACAAAGTCCACTCACACAACAATAACAACAGAAACAAACAAAAACA
AAAGATACAAAACAAAATGCATTCCGCTAGTAAACAAACCACGCCACGAACATTTTATTC
ATTTTGCGTTTGGTCACTCATTTGTTGCCCTCATAAACAGATTTATCAAGAACCCAAACG
GCTGGCCAATACACAGACCCGATCCATAACTTCCCATCTTCCCTCTCATAAGCTTCACTA
ACATACTTCATCGTTGTCCCTTCACTATCCTCAAGCATCTCAATAATCTCTCCCGTCTCT
CCAGAGAGTTTCAAGATTATTCCATGAGGCTTCCCTCCGTTCATGAGATGAACCACTGTC
TCCAACTTCAATGTATGCATGAAAAACTTTCCAACCCAAGAGTGAATAAAAAACAACCGA
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ACTTTGTCCCCGGATATAGACACGTAAAATACTTCTCCGAAATGGTATTTGTCGCTGCTA
TCATTGAAATAGAAGACGTCTTCTTCTTCGTCTATGTCCATTTGGTTCGCAAACATAACT
TTGCGGCCTTCGGCTTCATCAACGACTAACTCGGCCAAGCCTCCTTCTGGTCCGACCTTC
ATGACCCCAAAGTACATCACAAATGTACAAGTCTCCTGTTTTCCTGTGGAAGCTAAGTCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC40JQ U 1
AF RR3FE17JQ U 1
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RD RR3FC40JQ 758 0 0
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QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3FE17JQ 780 0 0
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AAAGATACAAAACAAAATGCATTCCGCTAGTAAACAAACCACGCCACGAACATTTTATTC
ATTTTGCGTTTGGTCACTCATTTGTTGCCCTCATAAACAGATTTATCAAGAACCCAAACG
GCTGGCCAATACACAGACCCGATCCATAACTTCCCATCTTCCCTCTCATAAGCTTCACTA
ACATACTTCATCGTTGTCCCTTCACTATCCTCAAGCATCTCAATAATCTCTCCCGTCTCT
CCAGAGAGTTTCAAGATTATTCCATGAGGCTTCCCTCCGTTCATGAGATGAACCACTGTC
TCCAACTTCAATGTATGCATGAAAAACTTTCCAACCCAAGAGTGAATAAAAAACAACCGA
GTGAACAAATTGTTCTTGCAGTGCAACGCGACCCAAAAATCGCCCGTAGGGGTACGTCGG
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ACTTTGTCCCCGGATATAGACACGTAAAATACTTCTCCGAAATGGTATTTGTCGCTGCTA
TCATTGAAATAGAAGACGTCTTCTTCTTCGTCTATGTCCATTTGGTTCGCAAACATAACT
TTGCGGCCTTCGGCTTCATCAACGACTAACTCGGCCAAGCCTCCTTCTGGTCCGACCTTC
ATGACCCCAAAGTACATCACAAATGTACAAGTCTCCTGTTTTCCTGTGGAAGCTAAGTCC

QA 1 780 1 780
DS 



CO CL1832Contig2 736 2 4 U
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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC40TF U 1
AF RR3FE17TF U 1
BS 1 681 RR3FC40TF
BS 682 682 RR3FE17TF
BS 683 702 RR3FC40TF
BS 703 736 RR3FE17TF

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GAAGAAAGAGCCAAAGTTATA*TGGACATATCCGACGTACCC

QA 1 702 1 702
DS 

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GCTATTTATTCTGGTCAACTATCATCGAGCCGGACCGTTTAAAGGGTACGAAACACGTTC
TTCGAGTGGCTAAGACCATTCCTCTCCCCGGCGTTGGACCAGAGAGCTTAGAGTTTGATT
CACAAGGTGAAGGCCCTTATGTCGGTGTCACCGACGGTCGCATCCTCAAATGGCGCGGCG
AAGAACTTGGCTGGGTCGACTTCGCCTACACTTCTCCTCACAGAGATAACTGTTCGAGGA
ATCAAGTAGTACCAAGTTGTGGAAGGCCCTTGGGACTTAGCTTCCACAGGAAAACAGGAG
ACTTGTACATTTGTGATGTTACTTTGGGGTCATGAAGGTCGGACCAGAAGGAGGCTTGGC
CGAGTTAGTCGTTGATGAAGCCGAAGGCCGCAAAGTTATGTTTGCGAACCAAATGGACAT
AGACGAAGAAGAAGACGTCTTCTATTTCAATGATAGCAGCGACAAATACCATTTCGGAGA
AGTATTTTACGTGTCTATATCCGGGGACAAAGTGGGAAGAGTAATTTGATACGATATGAA
GAAGAAAGAGCCAAAGTTATAATGGACATATCCGACGTACCCTACGGCGATTTTGGGTCG
CGTTGCACTGCAAGAC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 5

CO CL1833Contig1 655 5 5 U
GGAATCTCTCAACAATTTATCATTTCGTGGTCATCTCTCTAATCACACAAAAACAAAAAT
GGGTCGCCGTAGCTCAGGAGGAAGATCTGCACCTCGTCCCCGTCCTGCTGCTGCACGCAG
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TTCTTTTATCTAAGAAACTATTCAGCTGTGAATGCTGAGAATTTGGATGCCCTCAAGCCA
ACCATACTTTATTTCCAGAACCATAATTTGAATTTGGGTTATTTTCCCATTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3DL06TF U 1
AF RR3C690TF U 1
AF RR3DL06JQ C 1
AF RR3C543TF U 6
AF RR3C690JQ C 89
BS 1 429 RR3C690TF
BS 430 430 RR3DL06TF
BS 431 505 RR3C690TF
BS 506 506 RR3C543TF
BS 507 655 RR3C690TF

RD RR3DL06TF 493 0 0
GGAATCT
CTCAACAATTTATCATTTCGTGGTCATCTCTCTAATCACACAAAAACAAAAATGGGTCGC
CGTAGCTCAGGAGGAAGATCTGCACCTCGTCCCCGTCCTGCTGCTGCACGCAGCCCCCCT
CCTCAAACTGTAAACCGTGCACCTCCTCCAGCACCAGCAGCTCAGGCTAGCGGTGGCGGT
GGCATGCTTTCAGGCATCGGTTCAACTATCGCTCAGGGTATGGCTTTTGGTACCGGAAGC
GCTGTTGCGCATAGGGCTGTTGATGCTGTGATGGGCCCACGAACCATTCAGCATGAAGGT
GTTGAGACCGCCTCTGCTTCTGCTGCTCCTGCTGCAGGCAACGTGTTTTCCAGCTCCTGT
GACCTTCATGCTAAGGCTTTCCAAGATTGCGTCAGCAGCTATGGAAGCGATATTAGCAAG
TGTCAGTTTTACATGGACATGTTGTCTGAGTGCAGGAAGAACTCCGCCTCCACTATTGGT
GCCTGA

QA 8 493 8 493
DS 

RD RR3C690TF 655 0 0
GGAATCTCTCAACAATTTATCATTTCGTGGTCATCTCTCTAATCACACAAAAACAAAAAT
GGGTCGCCGTAGCTCAGGAGGAAGATCTGCACCTCGTCCCCGTCCTGCTGCTGCACGCAG
CCCCCCTCCTCAAACTGTAAACCGTGCACCTCCTCCAGCACCAGCAGCTCAGGCTAGCGG
TGGCGGTGGCATGCTTTCAGGCATCGGTTCAACTATCGCTCAGGGTATGGCTTTTGGTAC
CGGAAGCGCTGTTGCGCATAGGGCTGTTGATGCTGTGATGGGCCCACGAACCATTCAGCA
TGAAGGTGTTGAGACCGCCTCTGCTTCTGCTGCTCCTGCTGCAGGCAACGTGTTTTCCAG
CTCCTGTGACCTTCATGCTAAGGCTTTCCAAGATTGCGTCAGCAGCTATGGAAGCGATAT
TAGCAAGTGCCAGTTTTACATGGACATGTTGTCTGAGTGCAGGAAGAACTCCGCCTCCAC
TATTGGTGCCTGATCAAGAAGGCTCGTCATGCTTCTTCTTTTCTTTTATTTGCCTTTTTC
TTCTTTTATCTAAGAAACTATTCAGCTGTGAATGCTGAGAATTTGGATGCCCTCAAGCCA
ACCATACTTTATTTCCAGAACCATAATTTGAATTTGGGTTATTTTCCCATTTTTT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3DL06JQ 647 0 0
GGAATCT
CTCAACAATTTATCATTTCGTGGTCATCTCTCTAATCACACAAAAACAAAAATGGGTCGC
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C

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GG
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DS 



AS 1 4

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3B016TF C 411
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TTCTT
CTGGG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3CS80JQB 783 0 0
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*TACAATATAGTTAACAAGACCACACGTATAAAGATCATCACTGACAATAAGTTGACCTT
ACACTGATTTAACTTTCTCAGCGATTCAAGCACAGTTGATAAACTACAGCTTCCTTACAG
AAACTGTTGAGCTCTTGAACTTGCTTGATGATGATGGTGTTTTAGACAATGATGAAGGTT
TGAATCCTCCACTCAATAAGCTCGACGCTGACCCTGCGCATATCTTCCTTCTCTTTGCCT
CTAGCTCCAATCTTTTCTTGCTCGATGACGACATAGAGTAAGATGACTCCGGAAAGATGG
AAGATGCATGGATCAGCGCTCGTTTATCCTTTCGGTTCTTATCAAACTTGGTCTTGAACT
TCACGTTTGACGCAGCTGCAATATCTTCTTCGCTCTTTGGAAGAAGTCTTATCCCCAAGC
CTAGCTTCCTTGAAGCAGCCTCTTCTTCAGCTACGCGTTTCCTTTGTCCCCTAATCTGTG
CACGTAGAGCTTTGTTTAGGGAGTAGTCATCTGCATGTCTTGCATCCGAAACTCGCTGGA
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CGC

QA 1 783 1 783
DS 

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CCTTTT
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CAAAGATCATCACCGACAATAAGTTGACCTTACACTGATTTAACTTTCTCAAAGATTCAA
GCACAGTTGATAAACTACAGCTTCCTTACAGAAACTGTTGAGCTCTTGAACTTGCTTGAT
GATGATGGGGTTTTAGACAATGATGAAGCTCTGAATCCTCCACTCAATAAACTTGACGCT
GACCCTGCGCATATCTTCCTTCTCTTCGCCTCTAGCTCCAATCTTTTCTTGCTCGACGAT
GACATAGAGTAAGATGACTCCGGAAAGATGGAAGATGCATGGATCAGCGCTCGTTTATCC
TTTCGGTTCTTATCAAACTTGGTCTTGAACTTCACGTGTGACGCAGCTGCAATATCTTCT
TCGTTCTTGGGGAGAAGTCTTATCCCCAAGCCCAGCTTCCTTGAAGCAGCCTCTTCTTCA
GCTACGCGTTTCCTTTGTCCCCTAATCTGTGCACGTAGAGCTTTGTTCAGGGAGTAGTCA
TCTGCATGTCTTGCATCCGAGACTCGCTGGAGACGGACCAAAAGCGGTTCTGCCGCTTTC
TTCTTCTGCAAATCAACTTCTTGGTGTTCTAAACGATAAAATGGGTCTGCAAGCTTTCCC
TTCTCTTCCTCAGCAGTGAGTTCCATGGTTTCAGCGTCTTCAACGTCATATTCCTCGACC
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ATCTCCTGTTTGCAGCACGGTGCTTTCATCGCAA*GCTCCATATCTTTGTAGAATAATAG
TTGCCAACTTGCTTCTTTTCAGCATTGA

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DS 

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TGGTGTTCTAAACGATAAAATGGGTCTGCAAGCTTTCCCTTCTCTTCCTCAGCAGTGAGT
TCCATGGTTTCAGCGTCTTCAACGTCATATTCCTCGACCTTCTTTTGAGCACCACTAGTA
ATCACATACTCGCAGTTCTGAGGATCTGTCTGAATGACTATCTCCTGTTTGCAGCACGGT
GCTTTCATCGCAAAGCTCCATATCTTTGTAGAATAATAGTTGCCAACTTGCTTCTTTTCA
GCATTGAAACGAACACCCTCGGCAATCATCGAATTGCAGCCACCACACCATATATTATAC
GGCATCTCGAACCTTATGATGAGAATCCCTTCGCCTAGCTTCCTAGCCCTCTCTCTGAGA
GGATGTTGTCCTTGGAACTTGTTCAAGGAACCTTGGTCGGGTGTCCATTCTGGGGGATAG
TAAAAGTTGTCTGCCCTCGCAGCTGAAAGAGTCGACATCTTCTTCAATCGAGATTGATCG
AATCCTTCTTCCTAATACCTCTTTGGTCTCTCTCGCCCTTTGAGTAGTACAAGAGTTGTA
AATTTGGGAAGTTTTGTTCTATTATCC

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DS 



AS 1 5

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AAGCATGTAGGTTCGGATTCCGTTTCCTTAGACGTCCCCATACCTGAGTCCGAACGAAAG
CCTCGGAAATTCAGCTCAAAGCTGAATCGCTGGAACAGAGCACGAACCTTAAGATCCGGC
GTGAAGCTGGACCGTACGATTAATAATGAGTCGAGCAGTACGACCGGTCCGATCGTGAAT
TTGAATCTCCCTGATACTTCAACGGTGGAAAGTGACGTGTCATCAAGCGACGGAGATCAC
GAGACGGATTTCACGGCGGCGAAGTCGATTTATATAGTCTCTGACGGAACTGG*TTGGAC
GGCGGAACACGCCGTTAACGCAGCTTTGGGCCAGTTCGATTATTGTTTGGTCGACCGTGG
CTGTCCGGTTAATACACATCTCTTCTCAGGGATCGAGGATAGAGAGACGTTGATGGAGAT
CATAAAGCAAGCTGCAATAGAAGATGCAATGGTAATGTACACATTAGCTGATCCATCAAT
GGCGGAAGCAGCCATGAGAGCTTGCAAGCTATGGAGCATCTCTTCACTAGACATCCTAGG
ACCTATCACAGACGCAATCTCCTCTCACTTAGGAGCCAACCCTTCAGGTCTTTCACGTGG
CGTCACAAACTCATCTCTCAACGAAGACTACTTCAAAAGAATCGAAGCAATCGAATTCAC
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AGGCGTCTCCAGGACAGGGAAGACACCACTCTCTACTTACTTGGCTCAAAAGGGTTACAA
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
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C

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C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 2 4

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FO61TF U 1
AF RR3ES66TF U 4
BS 1 113 RR3FO61TF
BS 114 114 RR3ES66TF
BS 115 608 RR3FO61TF
BS 609 609 RR3ES66TF
BS 610 693 RR3FO61TF
BS 694 765 RR3ES66TF

RD RR3FO61TF 694 0 0
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TTGACTCTTCTTCTTCCTCTCCCTCTCTCGCCGTCCCTTGCTTCTTCTCTCGGGTTCCAC
GGTTCCTCAATCTTCGAATCGCGACAAGTTTTAAATCAACAACCTCCACGTATCATCCTC
GGAGTCTAACGTCTCCACTCGCCGCCCTAATGTTTCCGGAAAACTCAGTACTCTCAGATG
TCTGCGCGACTGGAATCTCCGGCGTCGTTGCGTTCTCGTGTCTCGGTTTCTGGGGAGAGA
TTGGCAAGCGCGGCATCTTCGACCAGAAACTCATCAGGAAGCTTGTGCACATAAACATTG
GCTTTGTTTTTATGCTTTGCTGGCCGCTCTTTAGTTCTGGACTCCAAGGAGCGCTTTTCG
CTTCTCTTATACCTGGACTTAATATAATAAGGATGCTGCTCCTGGGCCTTGGTGTCTACC
AAGACGAAGGAACTATCAAGTCTATGAGCAGACACGGTGATCACAGGGAACTACTCAAGG
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CAATAGCCGTTGCAGTGATATGCAACCTCTGTGCTGGAGATGGCATGGCTGACATTGTTG
GGAGACGGCTTGGAACAGAGAAGCTTCCTTACA
C

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3ES66TF 762 0 0
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ACTCTTCTTCTTCCTCTCCCTCTCTCGCCGTCCCTTGCTTCTTCTCTCGGATTCCACGGT
TCCTCAATCTTCGAATCGCGACAAGTTTTAAATCAACAACCTCCACGTATCATCCTCGGA
GTCTAACGTCTCCACTCGCCGCCCTAATGTTTCCGGAAAACTCAGTACTCTCAGATGTCT
GCGCGACTGGAATCTCCGGCGTCGTTGCGTTCTCGTGTCTCGGTTTCTGGGGAGAGATTG
GCAAGCGCGGCATCTTCGACCAGAAACTCATCAGGAAGCTTGTGCACATAAACATTGGCT
TTGTTTTTATGCTTTGCTGGCCGCTCTTTAGTTCTGGACTCCAAGGAGCGCTTTTCGCTT
CTCTTATACCTGGACTTAATATAATAAGGATGCTGCTCCTGGGCCTTGGTGTCTACCAAG
ACGAAGGAACTATCAAGTCTATGAGCAGACACGGTGATCACAGGGAACTACTCAAGGGAC
CGCTTTATTATGCACTCTCCATCACATCGGCATGTATCTTCTACTGGAAGACATCCCCAA
TAGCCATTGCAGTGATATGCAACCTCTGTGCTGGAGATGGCATGGCTGACATTGTTGGGA
GACGGCTTGGAACAGAGAAGCTTCCTTACACAGAAACAAATCAATAGCTGGTAGCATTGG
GATGGCCATCGCAGGTTCTCAGCATCCGTTGCGTATATGTAC

QA 1 762 1 762
DS 



CO CL1836Contig2 1226 2 2 U
GGAGATTAGAAAAAGGCTGTTCGTTGGGATTTACAGAGAAAATGTATACAAAGAAGAGCT
TCTCTCTCATTTCATCATCTCCCCTTGCCGTTGACTCTTCTTCTTCTTCCTCTCTCGCCG
TCCCTTGCTTCTTCTCTCGGATTCCACGGTTCCTCAATCTTCGAATCGCGACAAGTTTTA
AATCAACAACCTCCACGTATCATCCTCGGAGTCTAACGTCTCCACTCGCCGCCCTAATGT
TTCCGGAAAACACAGTACTCTCAGATGTCTGCGCCACCGGAATCTCCGGCGTCGTCGCTT
TCTCGTGCCTCGGTTTCTGGGGAGAGATTGGCAAGCGCGGCATCTTCGACCAGAAACTCA
TCAGGAAGCTTGTGCACATAAACATTGGCCTTGTTTTTATGCTTTGCTGGCCGCTCTTCA
GTTCTGGACTCCAAGGAGCGCTTTTCGCTTCTCTTATACCTGGACTTAATATAATAAGGA
TGCTGCTCCTGGGCCTTGGTGTCTACCAAGACGAAGGAACTATCAAGTCTATGAGCAGAC
ACGGTGATCGCAGGGAATTACTCAAGGGACCGCTTTATTATGCACTCTCCATCACATCGG
CGTGTATCTTCTATTGGAAGACATCTCCAATAGCCATTGCAGTGATATGCAACCTCTGCG
CTGGAGATGGTATGGCTGACATTGTTGGGAGGCGGCTTGGAACAGAGAAGCTTCCTTACA
ACAGAAACAAATCAGTAGCTGGTAGCATTGGGATGGCGATCGCAGGGTTCTCAGCATCCG
TTGCGTATATGTACTACTTTGCTTCATTTGGTTACATCCAGAATAGCGGGTGGGATATGA
TTATTCGCTTCTTCATCATCTCTATAGCATCGGCTTTTGTGGAATCACTCCCTATAAGCA
CCGACATTGACGACAATCTCACTGTTTCCTTAACATCTGCCTTGCTCGGTACTCTACTCT
TCTAATAGCAGCACTGAGTCTCTTCCCCTGTATCATCAACTACAGAGTCATCGAGTTTGA
CTGCCTCTGAAGTAAATCTACATTCTTAGTTCCCACTTGTTAGTGAATAACCTCATATTG
TTGTTGTTGTTGTTGTTTCTGTAGACGATCTTATTTTTTCAGCTGTAACTGCAGTTGGGT
GCAATGTTGTAATGTACTGAGAAATATAGTGTGACTATGCTTCTACAATTTCTACTAGAA
ACTCAATACATATGCTTGTTTGCAAA


BQ
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AF RR3H073TF U 1
AF RR3H073JQ C 496
BS 1 691 RR3H073TF
BS 692 1226 RR3H073JQ

RD RR3H073TF 695 0 0
GGAGATTAGAAAAAGGCTGTTCGTTGGGATTTACAGAGAAAATGTATACAAAGAAGAGCT
TCTCTCTCATTTCATCATCTCCCCTTGCCGTTGACTCTTCTTCTTCTTCCTCTCTCGCCG
TCCCTTGCTTCTTCTCTCGGATTCCACGGTTCCTCAATCTTCGAATCGCGACAAGTTTTA
AATCAACAACCTCCACGTATCATCCTCGGAGTCTAACGTCTCCACTCGCCGCCCTAATGT
TTCCGGAAAACACAGTACTCTCAGATGTCTGCGCCACCGGAATCTCCGGCGTCGTCGCTT
TCTCGTGCCTCGGTTTCTGGGGAGAGATTGGCAAGCGCGGCATCTTCGACCAGAAACTCA
TCAGGAAGCTTGTGCACATAAACATTGGCCTTGTTTTTATGCTTTGCTGGCCGCTCTTCA
GTTCTGGACTCCAAGGAGCGCTTTTCGCTTCTCTTATACCTGGACTTAATATAATAAGGA
TGCTGCTCCTGGGCCTTGGTGTCTACCAAGACGAAGGAACTATCAAGTCTATGAGCAGAC
ACGGTGATCGCAGGGAATTACTCAAGGGACCGCTTTATTATGCACTCTCCATCACATCGG
CGTGTATCTTCTATTGGAAGACATCTCCAATAGCCATTGCAGTGATATGCAACCTCTGCG
CTGGAGATGGTATGGCTGACATTGTTGGGAG
CGGC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3H073JQ 731 0 0
TTGGTGTCTACCAAGACGAAGGAACTATCAAGTCTATGAGCAGACACGGTGATCGCAGGG
AATTACTCAAGGGACCGCTTTATTATGCACTCTCCATCACATCGGCGTGTATCTTCTATT
GGAAGACATCTCCAATAGCCATTGCAGTGATATGCAACCTCTGCGCTGGAGATGGTATGG
CTGACATTGTTGGGAGGCGGCTTGGAACAGAGAAGCTTCCTTACAACAGAAACAAATCAG
TAGCTGGTAGCATTGGGATGGCGATCGCAGGGTTCTCAGCATCCGTTGCGTATATGTACT
ACTTTGCTTCATTTGGTTACATCCAGAATAGCGGGTGGGATATGATTATTCGCTTCTTCA
TCATCTCTATAGCATCGGCTTTTGTGGAATCACTCCCTATAAGCACCGACATTGACGACA
ATCTCACTGTTTCCTTAACATCTGCCTTGCTCGGTACTCTACTCTTCTAATAGCAGCACT
GAGTCTCTTCCCCTGTATCATCAACTACAGAGTCATCGAGTTTGACTGCCTCTGAAGTAA
ATCTACATTCTTAGTTCCCACTTGTTAGTGAATAACCTCATATTGTTGTTGTTGTTGTTG
TTTCTGTAGACGATCTTATTTTTTCAGCTGTAACTGCAGTTGGGTGCAATGTTGTAATGT
ACTGAGAAATATAGTGTGACTATGCTTCTACAATTTCTACTAGAAACTCAATACATATGC
TTGTTTGCAAA

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 5

CO CL1837Contig1 724 5 10 U
GGAACAGAGACAAGAAGTAACAGAAAGGATAGAGCGATGGGTAGAGTGACGGAAGTTAAA
GGCAGACCTCAAGCTGACGGTGAATGGTCCACCGGTTTCTGCGGTTGCTGCTCGGATTGC
TCCAGCTGTTGTTTGACATGTTGGTGTCCTTGCGTTACCGTTGGCCGAATCGCAAATATT
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ACGGTCTTTGGAAGTGCGTGCATCTCGTGCAAATACCGAGCTAGAATGAGAAGACAATAC
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TTGC


BQ
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

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AF RR3BM07JQ C 1
AF RR3BM07TF U 1
AF RR3GG28TF U 2
AF RR3D050JQ C 1
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C

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GG
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T*CTTCCCTTCGCTCTTGTGTTTGATAGGGATTTTATGAAAGTTCATATAGTACGTGTGA
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DS 

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GGAAACGTTGCACGTCACAATGCCGGCGTTGCAATGGGTGCCCCGGTTGTGGAGGGCGGC
ATGAGGAGATGAATTATATATTATATATTTGCAGAACTTTTATATTTTGTTTTCCTCTCT
GAATTTTCTTTCATGATATTGCTGTCTTCAAAATAAATGTGGTTATTCGGTTTGTGTTTT
TTTT*CTTCCCTTCGCTCTTGTGTTTGATAGGGATTTTATGAAAGTTCATATAGTACGTG
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TTGC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 4

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ACTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3EL68TF U 1
AF RR3DO68TF U 116
AF RR3B887TF U 163
AF RR3B887JQ C 351
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BS 173 210 RR3EL68TF
BS 211 211 RR3DO68TF
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BS 277 277 RR3DO68TF
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BS 290 296 RR3EL68TF
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BS 301 327 RR3EL68TF
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BS 823 929 RR3B887TF
BS 930 1266 RR3B887JQ

RD RR3EL68TF 701 0 0
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TTGGTACGTACAAGACAAACAATGGTCTCCCCCGCCTGTAGCCGCCGGCGAGGAGAAGAT
TAAGAGTGTTCCTTTCTTTGGAGAAATAATTGGTGCTTTTAGAGTCATGGAACGTCCCAT
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CGATACTGATTGGATGGGTCGTGAAGTGTACGGTGGAGACTCGGAAGGAAACGATAGGTT
GAAGTAAATATACAATAAGGGAGTACAGTCTGGTGCATTGGGGCTTATGTTTAACTCTAT
CGTTCTTGGTTTCATGTCACTTGGTGTTGAGTGGATTGGTAAAAAAGTGGGTGGAGCTAA
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TCACGAAATTGGCTGCGGATTACCGGAAAGTTGCGGGTCCT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3DO68TF 707 0 0
G
TCACTAACCTACATAAAATGTTCCCTTTCGCAATGACCAATGCATGCGATATTTATTGCG
CTAATCTCAAGAGCTGCTTCTTCTTGTCCATCACACTCCTCCTCCTCGTCACCATCACGT
CTCTTTGGTACGTACAAGACAAACAATGGTCTCCCCCGCCGGTAGCCGCCGGAGAGGAGA
C***TAAGAGTGTTCCTTTCTTTGGAGAAATCTTTGGTGCTTTTAGAGTCATGGAACGTC
CCATGTGGATGCTTCTTATCGTCACGGCGCTAAACTGGATCGCATGGTTCCCGTTTCTTT
TGTTCGATACTGATTGGATGGGTCGTGAAGTGTATGGTGGAGACTCAGAAGGAAACGATA
GGTTGAAGCAAATATACAACAAGGGAGTGCAGTCTGGTGCATTGGGTCTTATGTTTAACT
CTATCGTTCTTGGTTTCATGTCACTTGGTGTTGAGTGGATTGGTAAGAAAGTGGGTGGAG
CTAAACGGCTTTGGGG*TATTGTTAATTTCATTCTTGCCGTTGGTTTAGCCATGACGGTT
CTCGTCACGAAATTGGCCGCGGATTACCGGAAAGTTGCGGGTCCTTATGCCGGACCGTCG
CCTGGTATTAGAGCTGGAGCTTTAAGTCTCTTTGCTGTTCTTGGTATTCCATTAGCTATT
ACCTTCAGTATTCCTTTTGCACTAGCATCCATTTTTTCAAGCAGCT

QA 2 707 2 707
DS 

RD RR3B887TF 767 0 0
G
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GTCACCATCACGTCTCTTTGGTACGTACAAGACAAACAATGGTCTCCCCCGCCGGTAGCC
GCCGGAGAGGAGAC***TAAGAGTGTTCCTTTCTTTGGAGAAATCTTTGGTGCTTTTAGA
GTCATGGAACGTCCCATGTGGATGCTTCTTATCGTCACGGCGCTAAACTGGATCGCATGG
TTCCCGTTTCTTTTGTTCGATACTGATTGGATGGGTCGTGAAGTGTATGGTGGAGACTCA
GAAGGAAACGATAGGTTGAAGCAAATATACAACAAGGGAGTGCAGTCTGGTGCATTGGGT
CTTATGTTTAACTCTATCGTTCTTGGTTTCATGTCACTTGGTGTTGAGTGGATTGGTAAG
AAAGTGGGTGGAGCTAAACGGCTTTGGGG*TATTGTTAATTTCATTCTTGCCGTTGGTTT
AGCCATGACGGTTCTCGTCACGAAATTGGCCGCGGATTACCGGAAAGTTGCGGGTCCTTA
TGCCGGACCGTCGCCTGGTATTAGAGCTGGAGCTTTAAGTCTCTTTGCTGTTCTTGGTAT
TCCATTAGCTATTACTTTCAGTATTCCTTTTGCACTAGCATCCATTTTTTCAAGCAGCTC
CGGCGCCGGCCAAGGACTGTCGTTAGGAGTTTTGAATTTGGCAATTGTGATACCCCAAAT
GATAGTATCACTAGGAGGAGGACCTTTCGACGCCCTTTTTGGCGGT

QA 2 767 2 767
DS 

RD RR3B887JQ 916 0 0
AACGTCCCATGTGGATGCTTCTTATCGTCACGGCGCTAAACTGGATCGCATGGTTCCCGT
TTCTTTTGTTCGATACTGATTGGATGGGTCGTGAAGTGTATGGTGGAGACTCAGAAGGAA
ACGATAGGTTGAAGCAAATATACAACAAGGGAGTGCAGTCTGGTGCATTGGGTCTTATGT
TTAACTCTATCGTTCTTGGTTTCATGTCACTTGGTGTTGAGTGGATTGGTAAGAAAGTGG
GTGGAGCTAAACGGCTTTGGGG*TATTGTTAATTTCATTCTTGCCGTTGGTTTAGCCATG
ACGGTTCTCGTCACGAAATTGGCCGCGGATTACCGGAAAGTTGCGGGTCCTTATGCCGGA
CCGTCGCCTGGTATTAGAGCTGGAGCTTTAAGTCTCTTTGCTGTTCTTGGTATTCCATTA
GCTATTACTTTCAGTATTCCTTTTGCACTAGCATCCATTTTTTCAAGCAGCTCCGGCGCC
GGCCAAGGACTGTCGTTAGGAGTTTTGAATTTGGCAATTGTGATACCCCAAATGATAGTA
TCACTAGGAGGAGGACCTTTCGACGCCCTTTTTGGCGGTGGAAACTTACCGGCGTTTATA
GTCGGAGCAATCGCAGCGGCGGTCAGTGGAGTATTAGCTATAACTGTTTTACCTTCACCA
CCACCGGACGCACCTAGCTTGAAGACAGGAGCCATGGGATTCCATTAGTTTATATTATGT
TTTATTTTCTTTATGAAACTCGTGACCAAATACAGTACTATTGCGCAAAACTGCAAGACC
CAAAAGCAAAAAATAGAAAAGAACAGAAGATGATAAAGTCTAATAAGCTTGGGTTGTCTG
TATTTCACCTTTTCTTTTAGTTTCTTGTTTTTGTTACCGATATCAAATTGAACAAGATTT
TCTTTTTTTGACTCGC

QA 1 916 1 916
DS 



AS 2 5

CO CL1839Contig1 748 3 39 U
GGATACTAGTGGGTCACTCGTTTCCATACCCGTGAAAAAA*CCCTAGCTCGCAAATATGA
CGAACCTCTCGAGATCCGTCGCATTGATCTCACTATTTCTTCTCCCATTGCTCAGCTTCT
CTTTCTCCGTCGATAATCCGACGGATCGGCGGGTTCTGGTTCTTCTCGACGATTTATCAC
TCAAATCCTCTCATTCTATCTTCTTCAACACTCTCAAATCCCGTGGATTCGATCTCGATT
TCAAGCTAGCGGAAGATTCGAAGCTCGCGCTTCAACGGTACGGCCAGTACTTGTACGACG
GGCTCATCATTTTCGCCCCGTCCACAGAGCGGTTTGGAGGATCATTGGATTCGAAATCCA
TAGCTGATTTCGTTGATTCGGGTCGTGACTTGATCTTATCGGCGGATACTTCTGCTTCTG
ATCTGATTCGGGGGATTGCCTTGGAGTGTGGGGTTGATTTTGATGAGGATTCTTCGGCGA
TGGTTATTGATCACTCCAGCTTCTCTGTCTCCGATGTTGATGGAGACCACACCTTGATTG
CTGCTGACGATTTAGTTAAATCAAATGTCATTGTAGGAAAAACCAAGATCGAGGCTCCTG
TGCTCTTCAGAGGGGTTGCACATTCATTGAACCCTACCAACAATCTGGTTTTGAAAGTTC
TTTCAGCTTCTCCCTCCGCTTATTCTGCTAACCCGAGCTCGAAGTTGTCGAGTCCCCTCA
GCTCACTGGGTCTGCTATTTCGCTAGTG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3G891TF U 2
AF RR3D703TF U 1
AF RR3D042TF U 27
BS 1 47 RR3D703TF
BS 48 48 RR3D042TF
BS 49 103 RR3D703TF
BS 104 104 RR3D042TF
BS 105 133 RR3D703TF
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BS 225 250 RR3D703TF
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BS 254 254 RR3D042TF
BS 255 343 RR3D703TF
BS 344 344 RR3D042TF
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BS 706 706 RR3D042TF
BS 707 748 RR3D703TF

RD RR3G891TF 698 0 0
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TTTCTCCGTCGATAATCCGACGGATCGGCGGGTTCTGGTTCTTCTCGACGATTTATCACT
CAAATCCTCTCATTCTATCTTCTTCAACACTCTCAAATCCCGTGGATTCGATCTCGATTT
CAAGCTAGCGGAAGATTCGAAGCTCGCGCTTCAACGGTACGGCCAGTACTTGTACGACGG
GCTCATCATTTTCGCCCCGTCCACAGAGCGGTTTGGAGGATCATTGGATTCGAAATCCAT
AGCTGATTTCGTTGATTCGGGTCGTAACTTGATCTTATCGGCGGATACTTCTGCTTCTGA
TCTGATTCGGGGGATTGCCTTGGAGTGTGGGGTTGATTTTGATGAGGATTCTTCGGCGAT
GGTTATTGATCACTCCAGCTTCTCTGTCTCCGATGTTGATGGAGACCACACCTTGATTGC
TGCTGACGATTTAGTTAAATCAAATGTCATTGTAGGAAAAACCAAGATCGAGGCTCCTGT
GCTCTTCAGAGGGGTTGCACATTCATTGAACCCTACCAACAATCTGGTTTTGAA*GTTCT
TTCAGCTTCTCCCTCCGCTTATTCTGCTA
CCCGAGCTC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3D703TF 748 0 0
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CGAACCTCTCGAGATCCGTCGCATTGATCTCACTATTTCTTCTACCATTGCTCAGCTTCT
CTTTCTCCGTCGACAATCCGACGGATCGGCGGGTTCTGGTTCTTCTCGACGATCTATCAC
TCAAATCCTCTCATTCTATCTTCTTCAACACTCTCAAATCCCGCGGATTCGATCTCGATT
TCAAGCTAGCTGATGATTCGAAGCTCGCGCTTCAACGGTACGGCCAGTACTTGTACGACG
GGCTCATCATTTTCGCCCCGTCCACAGAGCGGTTTGGAGGATCGTTGGATTCGAAATCGA
TAGCTGATTTCGTTGATTCGGGTCGTGACTTGATCTTATCGGCGGATACTTCTGCTTCCG
ATCTGATTCGGGGGATTGCCACAGAGTGTGGGGTTGATTTTGATGAGGATTCTTCGGCTA
TGGTTATTGATCATTCCAGCTTCTCTGTCTCTGATGTTGATGGAGACCACACCTTGATTG
CTGCTGACGATTTAGTTAACTCAAATGTCATTGTAGGAAAAACCAAGATCGAGGCTCCAG
TGCTCTTCAGAGGGGTTGCACATTCATTGAACCCTACCAACAATCTGGTTTTGAAAGTTC
TTTCAGCTTCTCCCTCAGCTTATTCTGCTAACC*GAGCTCGAAGT*GTCGAGTCCCCTCA
GCTCACTGGGTCTGCTATTTCGCTAGTG

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3D042TF 721 0 0
GGCCGTGA
AAAAAA*CCCTAGCTCGCAAATATGACGAACCTCTCGAGATCCGTCGCATTGATCTCACT
ATTTCTTCTCCCATTGCTCAGCATCTCTTTCTCCGTCGATAATCCGACGGATCGGCGGGT
TCTGGTTCTTCTCGACGATTTATCACTCAAATCCTCTCATTCTATCTTCTTCAACACTCT
CAAATCCCGTGGATTCGATCTCGATTTCAAGCTAGCGGAAGATTCGAAGCTCGCGCTTCA
ACGATACGGCCAGTACTTGTACGACGGGCTCATCATTTTCGCCCCGTCCACAGAGCGGTT
TGGAGGATCATTGGATTCGAAATCCATAGCTGATTTCGTTGATTCGGGTCGTGACTTGAT
CTTATCGGCGGATACTTCTGCTTCTGATCTGATTCGGGGGATTGCCTTGGAGTGTGGGGT
TGATTTTGATGAGGATTCTTCGGCGATGGTTATTGATCACTCCAGCTTCTCTGTCTCCGA
TGTTGATGGAGACCACACCTTGATTGCTGCTGACGATTTAGTTAAATCAAATGTCATTGT
AGGAAAAACCAAGATCGAGGCTCCTGTGCTCTTCAGAGGGGTTGCACATTCATTGAACCC
TACCAACAATCTGGTTTTGAAAGTTCTTTCAGCTTCTCCCTCCGCTTATTCTGCTAACCC
GAGCTCGAAGTTGTCGAGTCCCCTCAGCTCACTGGGTCTGCTATTTCGCTAGT

QA 9 721 9 721
DS 



CO CL1839Contig2 1094 2 10 U
GATCGGCGGATACTTCTGCTTCTGATCTGATTCGTGGAATTGCCTTGGAGTGTGGGGTTG
ATTTTGATGAGGATTCTTCGGCTATGGTTATTGATCATTCCAGCTTCTCTGTCTCCGATG
TTGATGGAGACCACACCTTGATTGCTGCTGACGATTTAGTTAAATCAAATGTCATTGTAG
GAAAAACCAAGATCGAGGCTCCTGTGCTCTTCAGAGGGGTTGCACATTCATTGAACCCTA
CCAACAATCTGGTTTTGAAAGTTCTTTCAGCTTCTCCCTCAGCGTATTCTGCTAACCCGA
CCTCGAAGTTGTCAAGTCCTCCCCAGCTCACTGGGTCTGCCATTTCGCTAGTGTCGGTCA
TGCAGGCCAGGAACAATGCTAGGGTTGTGATTTCAGGCTCGTTGCAGATGTTTAGTGACA
GGTTATTCAGATCTGGTGTCCAGAAAGCTGGGAGTCCAAACAAATATGAAAAATCTGGCA
ACGAACAGTTTGTGACTGAACTAAGCAAATGGGTCTTCCACGAAAGAGGCCATCTAGGCT
GGTAGTCTTGTACACCATAGGGTTGGAGAAGCAGATGAGCCAGCAATATATAGGATAAAG
GATGACCTGGAATTTTCTGTGGAGATACTTGAGTGGTCAGGGAAGAGCTGGGAACCGTAT
GTCGCTGATGATGTGCAGGTTCAATTTTACATGATGAGCCCATATGTTCTGAAAACCTTG
TCAACAGACAAGAAGGGTCTATTTCATACATCATTCAAGGTTCCTGATGTGTATGGTGTA
TTCCAGTTTAAGGTTGAATATGAAAAGCTCGGCTACACTACATTAGCTCTTTCAAAACAG
GTTCCCGTGAGGCCTTACAGACACAATGAGTATGAGAGATTTATACCAACTGCGTATCCT
TATTATGGAGCCTGCTTTACCACTATGGCGGGTTTCTTTGTCTTCAGCTTCGTCTACCTC
TACCATAAGTAGAAAACTCTCTTAAACGGTTCTCCAGTCGGATAGAGTAAAATAAGCCCG
ACCTTCATATTTAGATGAGAGAAGAGAAAAACATTTCAATCTTGTTTTTGGTTATTTTCT
GCCAACAAGCATTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ23TF U 1
AF RR3GZ23JQ C 438
BS 1 678 RR3GZ23TF
BS 679 679 RR3GZ23JQ
BS 680 714 RR3GZ23TF
BS 715 715 RR3GZ23JQ
BS 716 730 RR3GZ23TF
BS 731 731 RR3GZ23JQ
BS 732 736 RR3GZ23TF
BS 737 737 RR3GZ23JQ
BS 738 752 RR3GZ23TF
BS 753 1094 RR3GZ23JQ

RD RR3GZ23TF 752 0 0
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ATTTTGATGAGGATTCTTCGGCTATGGTTATTGATCATTCCAGCTTCTCTGTCTCCGATG
TTGATGGAGACCACACCTTGATTGCTGCTGACGATTTAGTTAAATCAAATGTCATTGTAG
GAAAAACCAAGATCGAGGCTCCTGTGCTCTTCAGAGGGGTTGCACATTCATTGAACCCTA
CCAACAATCTGGTTTTGAAAGTTCTTTCAGCTTCTCCCTCAGCGTATTCTGCTAACCCGA
CCTCGAAGTTGTCAAGTCCTCCCCAGCTCACTGGGTCTGCCATTTCGCTAGTGTCGGTCA
TGCAGGCCAGGAACAATGCTAGGGTTGTGATTTCAGGCTCGTTGCAGATGTTTAGTGACA
GGTTATTCAGATCTGGTGTCCAGAAAGCTGGGAGTCCAAACAAATATGAAAAATCTGGCA
ACGAACAGTTTGTGACTGAACTAAGCAAATGGGTCTTCCACGAAAGAGGCCATCTAGGCT
GGTAGTCTTGTACACCATAGGGTTGGAGAAGCAGATGAGCCAGCAATATATAGGATAAAG
GATGACCTGGAATTTTCTGTGGAGATACTTGAGTGGTCAGGGAAGAGCTGGGAACCGTAT
GTCGCTGATGATGTGCAG*TTCAATTTTACATGATGAGCCCATATGTTCTGAAA*CCTTG
TCAACAGACA*GAAGG*TCTATTTCATACATC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3GZ23JQ 657 0 0
GTCCAGAAAGCTGGGAGTCCAAACAAATATGAAAAATCTGGCAACGAACAGTTTGTGACT
GAACTAAGCAAATGGGTCTTCCACGAAAGAGGCCATCTAGGCTGGTAGTCTTGTACACCA
TAGGGTTGGAGAAGCAGATGAGCCAGCAATATATAGGATAAAGGATGACCTGGAATTTTC
TGTGGAGATACTTGAGTGGTCAGGGAAGAGCTGGGAACCGTATGTCGCTGATGATGTGCA
GGTTCAATTTTACATGATGAGCCCATATGTTCTGAAAACCTTGTCAACAGACAAGAAGGG
TCTATTTCATACATCATTCAAGGTTCCTGATGTGTATGGTGTATTCCAGTTTAAGGTTGA
ATATGAAAAGCTCGGCTACACTACATTAGCTCTTTCAAAACAGGTTCCCGTGAGGCCTTA
CAGACACAATGAGTATGAGAGATTTATACCAACTGCGTATCCTTATTATGGAGCCTGCTT
TACCACTATGGCGGGTTTCTTTGTCTTCAGCTTCGTCTACCTCTACCATAAGTAGAAAAC
TCTCTTAAACGGTTCTCCAGTCGGATAGAGTAAAATAAGCCCGACCTTCATATTTAGATG
AGAGAAGAGAAAAACATTTCAATCTTGTTTTTGGTTATTTTCTGCCAACAAGCATTA

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 4

CO CL1840Contig1 824 4 16 U
ACTATAAAAATCTACAAGTTCGTTTCATAAAAATTACAACTGATAAAACTATTTTTCAAG
ATAATATTGTTATTTATAGTCCTCCACACTCCTCTCCCTAGAGGTGAAGGAAAGCTCAAG
TAACCAAAATGAGATGAAACATTATCAATTACACAATTCC*ATAAACCCAATTGTTCAAC
TTTAGATCCAAAAGATTTTGCTTTTTATTCAAAGAGACAGAAACAAACAACCAATAACTC
AGAGAGATTCTCAAAGAGTGTAAACCAGAGCTCTCACATTCTTACTTGGTCTTGGTGGGT
ACCCATGGTTGGTACCTAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGTCCTTTGGAA
TGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAGTTCTCCTTATGCTCAATCCCATACCTT
TTTGGTTTCTGACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGATCAGTGATGAAATGAAGCCATCCG
TGCCACTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATCCTTGGATGCGTACTCTACCCAT
CTGTGTCTACCGTATTGAGTATCACCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTACCGAACTTGTCG
ACACCAACAAGTGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTAGTTTGCAAGAGGTTCCCATCTGGT
AGGCATCTCAGGAAGCCTTCTTCACGGATCATCCTGAGGAAACCTCCGAGACCTTTCTCT
CTAATCGTCTCTAACGCACTCTTAGCCACCGTCAAAGCCATCGCTTTTTCTCCTCTTCAC
CTCTCTCACTCGGATTCGCCTGGATATTCGATTTCGACGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G191TF C 132
AF RR3G191JQ U 303
AF RR3DC63JQ U 1
AF RR3B450TF C 57
BS 1 222 RR3DC63JQ
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BS 601 727 RR3DC63JQ
BS 728 728 RR3G191JQ
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BS 772 784 RR3DC63JQ
BS 785 824 RR3B450TF

RD RR3G191TF 629 0 0
AGATGAAACATTATCAATTACACAATTCC*ATAAACCCAATTGTTCAACTTTAGATCCAA
AAGATTTTGCTTTTTATTCAAAGAGACAGAAACAAACAACCAATAACTCAGAGAGATTCT
CAAAGAGTGTAAACCAGAGCTCTCACATTCTTACTTGGTCTTGGTGGGTACCCATGGTTG
GTACCTAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGTCCTTTGGAATGGTAAATGTA
TGCATCACCTTCTCCAGAGAAGTTCTCCTTATGCTCAATCCCATACCTTTTTGGTTTCTG
ACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGATCAGTGATGAAATGAAGCCATCCGTGCCACTCGGC
TGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATCCTTGGATGCGTACTCTACCCATCTGTGTCTACC
GTATTGAGTATCACCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTACCGAACTTGTCGACACCAACAAG
TGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTAGTTTGCAAGAGGTTCCCATCTGGTAGGCATCTCAG
GAAGCCTTCTTCACGGATCATCCTGAGGAAACCTCCGAGACCTTTTTCTCTAATCGTCTC
TAACGCACTCTTAGCCACCGTCAAAGCC
C

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3G191JQ 454 0 0
CCATGGTTGGTACCTAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGTCCTTTGGAATG
GTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAAAAAAGTTCTCCTTATGCTCAATCCCATACCTTTT
TGGTTTCTGACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGATCAGTGATGAAATGAAGCCATCCGTG
CCACTCGGCTGGTACTTGAAATGCGTTGTAACGATCCTTGGATGCGTACTCTACCCATCT
GTGTCTACCGTATTGAGTATCACCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTACCGAACTTGTCGAC
ACCAACAAGTGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTAGTTTGCAAGAGGTTCCCATCTGGTAG
GCATCTCAGGAAGCCTTCTTCACGGATCATCCTGAGGAAACCTCCGAGACCTTTTTCTCT
AATCGTCTCTAACGCACTCTTAGCCACCGTCAAA

QA 1 454 1 454
DS 

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ATAATATTGTTATTTATAGTCCTCCACACTCCTCTCCCTAGAGGTGAAGGAAAGCTCAAG
TAACCAAAATGAGATGAAACATTATCAATTACACAATTCC*ATAAACCCAATTGTTCAAC
TTTAGATCCAAAAGATTTTGCTTTTTATTCAAAGAGACAGAAGCAAACAACCAATAACTC
AAAGAGATTCTCAAAGAGTGTAAACCAAAGCTCTCACATTCTTACTTGGTCTTGGTGGGT
ACCCATGGTTGGTACCTAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGTCCTTTGGAA
TGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAGTTCTCCTTATGCTCAATCCCATACCTT
TTTGGTTTCTGACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGATCAGTGATGAAATGAAGCCATCCG
TGCCACTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATCCTTGGATGCGTACTCTACCCAT
CTGTGTCTACCGTATTGAGTATCACCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTACCGAACTTGTCC
ACACCAACAAGTGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTAGTTTGCAAGAGGTTCCCATCTGGT
AGGCATCTCAGGAAGCCTTCTTCACGGATCATCCTGAGGAAACCTCCGAGACCTTTCTCT
CTAATCGCCTCTAACGCACTCTTCGCCACCGTCAAAGCCATCGCTTTTTC*CCTCTTCAC
CTCT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3B450TF 768 0 0
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CAAGTAACCAAAATGAGATGAAACATTATCAATTACACAATTCCCATAAACCCAATTGTT
CAACTTTAGATCCAAAGGATTTTGGTTTTTATTCAAAGAGACAGAAACAAACAACCAATA
ACTCAGAGAGATTCTCAAAGAGCATAAACCAGAGCTCTCACATTCTTACTTGGTCTTGGT
GGGTACCCATGGTTGGTACCTAGTCCAGTTCTTTTGCCCCGGGTTCAAGGTATGTCCTTT
GGAATGGTAAATGTATGCATCACCTTCTCCAGAGAAGTTCTCCTTATGCTCAATCCCATA
CCTTTTTGGTTTCTGACTCAACAGCTCATCTCCAGTGTGATCAGTGATGAAATGAAGCTA
TCCGTGCCATTCGGCTGGTACTTGAGATGCGTTGTAACGATCCTTGGATGCGTACTCTAC
CCATCTGTGTCTACCGTATTGAGTATCACCCAGCTTCTGGTAGTATTTGTTACCGAACTT
GTCGACACCAACAAGTGTTGCTCCTATGTTGTGTATTTTAGTTTGCAAGAGGTTCCCATC
TGGTAGGCATCTCAGGAAGCAT*CTTCACGGATCATCCTGAGGAAACCGCCGAGACCTTT
CTCTCTAATCGTCTCTAACGCACTCTTCGCCACCGTCAAAGCCATCGCTTTTTTTCCTCT
TCACCTCTCTCACTCGGATTCGCCTGGATATTCGATTTCGACGTTCCC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 5

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TTTTTGGGGGAGAAGAAAGAAGAAATGGCGCCGCCTTATGTGTACGCTTACCCACCAGGC
ACGGCTCCTAGGCCTCCGGGAGCGTTCGTGCATCCAAGGTTCTGTGTTGCGGGCCCCGTG
GATCTGACGATGGTTCGGGATAAGATTGACAGAAAATGGGGTAGTTTCGATATACTGGAC
GCTAACATGAACCTGCGGTTCCACGTGAAGAAGCCGGGTTTGGCTTATGGTTTTGGCAAG
AAAATGATTTTATTGGATGGTTCTGGATCTCCGATCTTGACTATGAAAGAGAAGAGGATG
ACCGGGAGCTTCCGTGAGGAGTGGGAAGTACTTATAGGGGATCAAGCGGCATACAAGGTG
AAGGGATCGTCGATTTTTTCGAGCAGTAAGAAACTTGATGGTCTTCATGTGTTTTTGGCT
CGAAACCATGAAGAGAATATACCAGATTTCAGAGTTGAAGGGACAAATGGCCTTGTACTC
TCTTGCGCCGTCTACGCCGGTGAATCTGACACCATTGTTGCCCAAATGCAGCCCATAAAG
CGCACGCCGGGGAAGACCGACGTTTTCACGGTGACGATTAATCCAAATGTCGATCATGCC
TTCATTGCCTCTCTCCTAATCATTCTCGATGTTTATAACCGAGAAGATACAGAGTTGGTT
AACAGGGCCGAGGCTGCACACCATGCTGCACACCGTCTGCATCCGGGTGCACACTCTGCT
ACACACGCTCTTATAAGCGCTGGCGCTTGCACTATAGTCTAAAGTGAAATTCCCACAACC
TTCACATCTTTTGTGTGTGTGGCTACTTACCAATTAATGAGTTTAAATATATATTTGGTC
GTTGTAATGCACTTGCTTTCATAAATTTTTCCAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC33TF U 1
AF RR3AD02TF U 18
AF RR3CC42TF U 184
AF RR3AD02JQ C 119
AF RR3CC42JQ C 259
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RD RR3DC33TF 721 0 0
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GATCTGACGTTGGTTCGGGATAAGATTGACAGAAAATGGGGTAGTTTCGATATACTGGAC
GCTAACATGAACCTGCGGTTCCATGTGAAGAAGCCGGGTTTGGCTTATGGTTTTGGCAAG
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AAGGGATCGTCGATTTTTTCGAGCAGTAAGAAACTTGATGGTCTTCATGTGTTTTTGGCT
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TCTTGCGCCGTCTACGCCGGTGAATCTGACACCATTGTTGCCCAAATGCAGCCCATAAAG
TGCACGCCGGGGAAGACCGACGTTTTCACGGTGACGATTAATCCAAATGTCGATCATGCC
TTCATTGCCTCTCTCCTA*TCATTCTCGATGTTTATAACCGAGA*GATACAGAGTTGGTT
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3AD02TF 711 0 0
GG
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AAGAAATGGCGCCGCCTTATGTGTACGCTTACCCACCAGGCACGGCTCCTAGGCCTCCGG
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ATAAGATTGACAGAAAATGGGGTAGTTTCGATATACTGGACGCTAACATGAACCTGCGGT
TCCACGTGAAGAAGCCGGGTTTGGCTTATGGTTTTGGCAAGAAAATGATTTTATTGGATG
GTTCTGGATCTCCGATCTTGACTATGAAAGAGAAGAGGATGACCGGGAGCTTCCGTGAGG
AGTGGGAAGTACTTATAGGGGATCAAGCGGCATACAAGGTGAAGGGATCGTCGATTTTTT
CGAGCAGTAAGAAACTTGATGGTCTTCATGTGTTTTTGGCTCGAAACCATGAAGAGAATA
TACCAGATTTCAGAGTTGAAGGGACAAATGGCCTTGTACTCTCTTGCGCCGTCTACGCCG
GTGAATCTGACACCATTGTTGCCCAAATGCAGCCCATAAAGCGCACGCCGGGGAAGACCG
ACGTTTTCACGGTGACGATTAATCCAAATGTCGATCATGCCTTCATTGCCTCTCTCCTAA
TCATTCTCGATGTTTATAACCGAGAAGATACAGAGTTGGTTAACAGG
GC

QA 3 709 3 709
DS 

RD RR3CC42TF 612 0 0
CTGACGATGGTTCGGGATAAGATTGACAGAAAATGGGGTAGTTTCGATATACTGGACGTT
AACATGAACCTGCGGTTCCACGTGAAGAAGCCGGGTTTGGCTTATGGTTTTGGCAAGAAA
ATGATTTTATTGGATGGTTCTGGATCTCCGATCTTGACTATGAAAGAGAAGAGGATGACC
GGGAGCTTCCGTGAGGAGTGGGAAGTACTTATAGGGGATCAAGCGGCATACAAGGTGAAG
GGATCGTCGATTTTTTCGAGCAGTAAGAAACTTGATGGTCTTCATGTGTTTTTGGCTCGA
AACCATGAAGAGAATATACCAGATTTCAGAGTTGAAGGGACAAATGGCCTTGTACTCTCT
TGCGCCGTCTACGCCGGTGAATCTGACACCATTGTTGCCCAAATGCAGCCCATAAAGCGC
ACGCCGGGGAAGACCGACGTTTTCACGGTGACGATTAATCCAAATGTCGATCATGCCTTC
ATTGCCTCTCTCCTA*TCATTCTCGATGTTTATAACCGAGA*GATACAGAGTTGGTTAAC
AGG*CCGAGGCTGCACAC*ATGCTGCACAC*GTCTGCATCCGG*TGCACACTCTGCTACA
CACGCTCTTATA

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3AD02JQ 817 0 0
GCACGGCTCCTAGGCCTCCGGGAGCGTTCGTGCATCCAAGGTTCTGTGTTGCGGGCCCCG
TGGATCTGACGATGGTTCGGGATAAGATTGACAGAAAATGGGGTAGTTTCGATATACTGG
ACGCTAACATGAACCTGCGGTTCCACGTGAAGAAGCCGGGTTTGGCTTATGGTTTTGGCA
AGAAAATGATTTTATTGGATGGTTCTGGATCTCCGATCTTGACTATGAAAGAGAAGAGGA
TGACCGGGAGCTTCCGTGAGGAGTGGGAAGTACTTATAGGGGATCAAGCGGCATACAAGG
TGAAGGGATTGTCGATTTTTTCGAGCAGTAAGAAACTTGATGGTTTTCATGTGTTTTTGG
CTCGAAACCATGAAGAGAATATACCAGATTTCAGAGTTGAAGGGACAAATGGCCTTGTAC
TTTCTTGCGCCGTTTACGCCGGTGAATTTGACACCATTGTTGCCCAAATGCAGCCCATAA
AGCGCACGCCGGGGAAGACCGACGTTTTCACGGTGACGATTAATCCAAATGTCGATCATG
CCTTCATTGCCTCTCTCCTAATCATTCTCGATGTTTATAACCGAGAAGATACAGAGTTGG
TTAACAGGGCCGAGGCTGCACACCATGCTGCACACCGTTTGCATCCGGGTGCACACTTTG
CTACACACGCTTTTATAAGCGCTGGCGCTTGCACTATAGTTTAAAGTGAAATTCCCACAA
CCTTCACATCTTTTGTGTGTGTGGCTACTTACCAATTAATGAGTTTAAATATATATTTGG
TCGTTGTAATGCACTTGCTTTCATAAATTTTTCCAAG

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3CC42JQ 658 0 0
TTCCACGTGAAGAAGCCGGGTTTGGCTTATGGTTTTGGCAAGAAAATGATTTTATTGGAT
GGTTCTGGATCTCCGATCTTGACTATGAAAGAGAAGAGGATGACCGGGAGCTTCCGTGAG
GAGTGGGAAGTACTTATAGGGGATCAAGCGGCATACAAGGTGAAGGGATCGTCGATTTTT
TCGAGCAGTAAGAAACTTGATGGTCTTCATGTGTTTTTGGCTCGAAACCATGAAGAGAAT
ATACCAGATTTCAGAGTTGAAGGGACAAATGGCCTTGTACTCTCTTGCGCCGTCTACGCC
GGTGAATCTGACACCATTGTTGCCCAAATGCAGCCCATAAAGCGCACGCCGGGGAAGACC
GACGTTTTCACGGTGACGATTAATCCAAATGTCGATCATGCCTTCATTGCCTCTCTCCTA
ATCATTCTCGATGTTTATAACCGAGAAGATACAGAGTTGGTTAACAGGGCCGAGGCTGCA
CACCATGCTGCACACCGTCTGCATCCGGGTGCACACTCTGCTACACACGCTCTTATAAGC
GCTGGCGCTTGCACTATAGTCTAAAGTGAAATTCCCACAACCTTCACATCTTTTGTGTGT
GTGGCTACTTACCAATTAATGTGTTTAAATATATATTTGGTCGTTGTAATGCACTTGC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 2 5

CO CL1842Contig1 522 2 2 U
GGTTCGTGTAAGGAATATCGAGGTTCTGAATTCTATGGCTAGTTTCCACAGATACATGGC
CATACATTACTTGATCCCATTAAAGGGACTTGCATTGTTAAACATTGTATTTTGCAAGCT
TTTGGACAATAGTTTGAAGGATTTTCATAGGAAGATCAATTTTGCATTTCGGCTCGTTGA
TCTCTACCAGCCCTACCTCTTTTTCCGTGGAGTATTTGATGACACAAACACAGTAAAGCT
GCAAGGAATTGTGTTGAAGACAGAAGCCGAAACCGAGATGTTCTATTTTGATCCAAAGAC
GATCAATTGGGACGACTATTTTGTGAATATACATGTTCCTGGACTGGTTAAATACGTTTT
CTAATGATCTCACGTGTGTAGCCTTTGTTCCTACGAGTATAAACTGTGTGGAAAAATTTA
GTACTCGTGATCCGTTTTTATTCGACTCTGTTTTCAAACTTGAGATATGGCTCTTTATAT
TTATTGTTTCACCATTTGCATCTTTGTAATGGAACTATTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN18JQ C 1
AF RR3DN18TF U 1
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RD RR3DN18JQ 522 0 0
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GCAAGGAATTGTGTTGAAGACAGAAGCCGAAACCGAGATGTTCTATTTTGATCCAAAGAC
GATCAATTGGGACGACTATTTTGTGAATATACATGTTCCTGGACTGGTTAAATACGTTTT
CTAATGATCTCACGTGTGTAGCCTTTGTTCCTACGAGTATAAACTGTGTGGAAAAATTTA
GTACTCGTGATCCGTTTTTATTCGACTCTGTTTTCAAACTTGAGATATGGCTCTTTATAT
TTATTGTTTCACCATTTGCATCTTTGTAATGGAACTATTTTT

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR3DN18TF 522 0 0
GGTTCGTGTAAGGAATATCGAGGTTCTGAATTCTATGGCTAGTTTCCACAGATACATGGC
CATACATTACTTGATCCCATTAAAGGGACTTGCATTGTTAAACATTGTATTTTGCAAGCT
TTTGGACAATAGTTTGAAGGATTTTCATAGGAAGATCAATTTTGCATTTCGGCTCGTTGA
TCTCTACCAGCCCTACCTCTTTTTCCGTGGAGTATTTGATGACACAAACACAGTAAAGCT
GCAAGGAATTGTGTTGAAGACAGAAGCCGAAACCGAGATGTTCTATTTTGATCCAAAGAC
GATCAATTGGGACGACTATTTTGTGAATATACATGTTCCTGGACTGGTTAAATACGTTTT
CTAATGATCTCACGTGTGTAGCCTTTGTTCCTACGAGTATAAACTGTGTGGAAAAATTTA
GTACTCGTGATCCGTTTTTATTCGACTCTGTTTTCAAACTTGAGATATGGCTCTTTATAT
TTATTGTTTCACCATTTGCATCTTTGTAATGGAAC
TATTTTT

QA 1 515 1 515
DS 



CO CL1842Contig2 702 3 2 U
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ACGGAAAAAGAGGTAGGGCTTGTAAAGATCAACGAGTCGAAATGCAAAATTGATCTTCCT
ATGAAAATCCTTCAAACTATTGTCCAAAAGCTTGCAAAATACAATGTTTAACAATGCAAG
TCCCTTTAATGGGATCAAGTAATGTATGGCCATGTATCTGTGGAAACTAGCCATAGAATT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CP13JQ U 32
AF RR3F354TF C 1
AF RR3F354JQ U 10
BS 1 9 RR3F354TF
BS 10 702 RR3F354JQ

RD RR3CP13JQ 502 0 0
ATCTTAAATATG
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GAAAACATAGTCAAATAAAAACGGATCACGAGTACTAAATGTTTCCACACAGTTTATACT
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AGTCCAGGAACATGTATATTCACAAAATAGTCGTCCCAATTGATCGTCTTTGGATCAAAA
TAAAACATCTCGGTTTCGGCTTCTGTCTTCAACACAATTCCTTGCAGCTTTACCGTGTTT
GTATCATCAAATACTCCACGGAAAAAGAGGTAGGGCTTGTAAAGATCAACGAGTCGAAAT
GCAAAATTGATCTTCCTATGAAAATCCTTCAAACTATTGTCCAAAAGCTTGCAAAATACA
ATGTTTAACAATGCAAGTCCCTTTAATGGGATCAAGTAATGTATGGCCATGTATCTGTGG
AAACTAGCCA

QA 13 502 13 502
DS 

RD RR3F354TF 702 0 0
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AAAACGGATCACGAGTACTAAATGTTTCCACACAGTTTATACTCGTAGGAACATGATAAA
ACAAAGGCTACACACGTGAGATCATTAGAAAACGTACTTAACCAGTCAAGGAACATGTAT
ATTCACAAAATAGTCGTCCCAATTGATCGTCTTTGGATCAAAATAGAACATCTCGGTTTC
GGCTTCTGTCTTCAACACAATTCCTTGCAGCTTTACCGTGTTTGTATCATCAAATACTCC
ACGGAAAAAGAGGTAGGGCTTGTAGAGATCAACGAGTCGAAATGCAAAATTGATCTTCCT
ATGAAAATCCTTCAAACTATTGTCCAAAAGCTTGCAAAATACAATGTTTAACAATGCAAG
TCCCTTTAATGGGATCAAGTAATGTATGGCCATGTATCTGTGGAAACTAGCCATAGAATT
CAGAACATCGATATTCCTTACACGAACCAGCTTCCCTTCTTTGTTAGTCCATGGTTTGGT
AGTAAAACAATGGTATGCTATCTGAGGAAGTTTCTCATTCTTCAAGGGATTTCTTAGCGA
GGAGCCCACATGATAAATAGTTTCTTTTTGTTTTCCAGCTTC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3F354JQ 693 0 0
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AAACAATAAATATAAAGAGCCACATCTCAAGTTTGAAAACATAGTCGAATAAAAACGGAT
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ATAGTCGTCCCAATTGATCGTCTTTGGATCAAAATAAAACATCTCGGTTTCGGCTTCTGT
CTTCAACACAATTCCTTGCAGCTTTACCGTGTTTGTATCATCAAATACTCCACGGAAAAA
GAGGTAGGGCTTGTAAAGATCAACGAGTCGAAATGCAAAATTGATCTTCCTATGAAAATC
CTTCAAACTATTGTCCAAAAGCTTGCAAAATACAATGTTTAACAATGCAAGTCCCTTTAA
TGGGATCAAGTAATGTATGGCCATGTATCTGTGGAAACTAGCCATAGAATTCAGAACATC
GATATTCCTTACACGAACCAGCTTCCCTTCTTTGTTAGTCCATGGTTTGGTAGTAAAACA
ATGGTATGCTATCTGAGGAAGTTTCTCATTCTTCAAGGGATTTCTTAGCGAGGAGCCCAC
ATGATAAATAGTTTCTTTTTGTTTTCCAGCTTC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 5

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TCATGTGTAGAGACATTGGTGTGTTTGTGCAAGATGGGATGAGAAGACTGGTTCTTAGTG
ATGTTCCACTAAAAGTTATGTTCAGAAGAGCATAGATTACATATAAATTCCACACTATGT
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BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 20 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AQ23TF U 1
AF RR3CF30JQ C 3
AF RR3CF30TF U 1
AF RR3CM76JQ C 9
AF RR3CM76TF U 9
BS 1 704 RR3AQ23TF
BS 705 720 RR3CM76TF

RD RR3AQ23TF 709 0 0
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CGGTGGAGCCAGTAACCGACATCTACGGTCAACGTCTCAGAACAGGCACCAAATACTACA
TCTTGCCAGTAGTTCGCGGTCGCGGTGGGGGACTAACCATGTCCAAAGCCGAAAACAAAA
CCTGTCCTAAAAGTGTTATCCAAGAACGGTTCGAAGTCTCTAACGGCATGCCGTTGACAT
TCTCACCATCAGACAAATCAAGAATCATCCGCGTCTCAACTGATCTAAACTTCAAATTCT
CAGCTACTTCGATCTGGAACTTGGACAACGTCGACGAGAAGACGAATCAATGGTTCATTG
GAACTTGTGGCGTTGAAGGGAATCCAGGCAGGACAACTGTTGGTAACTGGTTCAAGATTG
ACAAGTACGAAGACCACTACAAGATCGTGTTTTGTCCTTCTGTATGCGATATCTGCAAAG
TCATGTGTAGAGACATTGGTGTGTTTGTGCAAGATGGGATGAGAAGACTGGTTCTTAGTG
ATGTTCCACTAAAAGTTATGTTCAGAAGAGCATAGATTACATATAAATTCCACACTATGT
ACAATGTTTTCTACGTCACTTTCAATAATAAATAAACAATGAAC
TTTAT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3CF30JQ 704 0 0
AATTCAAT
ACTCAAAAAGGTTTCCACTTAAAGAAAGCTTACTAAAATGTCATCACTGCTCAACATCTT
CCTCCTCTTAGCCGTCTTCACCAGCCACCGTGGAGTCACCACCGAAGCCGCGGTGGAGCC
AGTAACCGACATCCACGGTCAACGTCTCAGAACAGGCACCAAATACTACATCTTGCCAGT
ATTTCGCGGTCGCGGCGGGGGACTAACCATGTCCAAAGCCGAAAACAAAACCTGTCCGAA
AAGTGTTATCCAAGAACGGTTCGAAGTCTCTAACGGCATGCCGTTGACATTCTCACCATC
AGACAAATCAAGAATCATCCGTGTCTCAACCGATCTAAACTTCAAATTTTCAGCTACTTC
GATCTGGAACTTGGACAATGTCGACGAGAAGACGAATCAATGGTTCATTGGAACTTGTGG
CGTCCAAGGGAATCCAGGTAGGACAACTGTTGGTAACTGGTTCAAGATCGACAAGTACGA
AGATCACTACAAGATCGTATTTTGTCCTTCGGTATGCGATATCTGCAAAGTCATGTGTAG
AGACATTGGTGTGTTTGTGCAAGATGGGATGAGAAGACTCGTTTTGAGTGATGTTCCACT
AAAAGTTATGTTCAGAAGAGCATAGATTACATATAAATTCCACAATATGTACAATGTTTT
CTACACCACTTTCAATAATAAATAAACAATGAAC
CT

QA 9 702 9 702
DS 

RD RR3CF30TF 703 0 0
GG
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QA 3 703 3 703
DS 

RD RR3CM76JQ 703 0 0
GG
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CCTCCTCTTAGCCGTCTTCACCAGCCACCGTGGAGTCACCACCGAAGCCGCGGTGGAGCC
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QA 3 696 3 696
DS 

RD RR3CM76TF 712 0 0
GG
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CCTCCTCTTAGCCGTCTTCACCAGCCACCGTGGAGTCACCACCGAAGCCGCGGTGGAGCC
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GATCTGGAACTTGGACAACGTCGACGAGAAGACGAATCAATGGTTCATTGGAACTTGTGG
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AAAAGTTATGTTCAGAAGAGCATAGATTACATATAAATTCCACACTATGTACAATGTTTT
CTACGTCACTTTCAATAATAAATAAACAATGAACTTTATCTAAAAAAAAA

QA 3 712 3 712
DS 



AS 1 5

CO CL1844Contig1 1237 5 24 U
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AGAGGAAGTTTCTTGAGGAGAAATTTGGAGATTTCTGGCCATTCATTGCGTCAAATTTTC
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CAAGAAAATTCTATCCTCGCTTTAACATTGAGGATACTTCAAGTTTCCAGGATTTGGATG
ATCACAGCAAAAATGTTCTGAAGAGACTGTACTATGACTACTATTTCCATCACCAAGAGG
ATCTATGGAGGAAAAACGCTTTGAAAACCTTGCCTGCTCTGTTAAATTCATCTAATATGC
TGGCGTGTGGGGAGGATCTTGGTCTCGTTCCAGCTTGCGTACATCCTGTTATGAAAGAAC
TGGCTTTGGTCGGTCTCCGCATCCAGCGCATGCCTAGTGAGTCTGATGTGGAGTTTGGGA
TTCCGTCTAACTATGACTATATGACGGTCTGTGCTCCTTCATGCCACGACTGCTCTACAC
TACGAGCTTGGTGGGAAGAGGACGACGAGAGAAGACAACGGTACTTCAAGGAAGTGATTG
GCGTAGATGAAATCCCTCCAAGTCAGTGTGTTCCGGAGATAACCCATTTCATTCTGAGGC
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TGAAATCAACCATCAAGAAACTCGTTGCAGGCAGCGGAAGATCTGTTCCGGCTTCTGGTG
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GTTATTACCGCTCAAGATAGTATTTAAACTTTCAACTTCGTTATGTATTCGTAATTTGTT
GTTACCTATCCAAAATAAAGTCTCGTGTTAAAAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 5 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3BY44TF U 1
AF RR3FO45TF U 293
AF RR3GV25TF U 520
AF RR3BY44JQ C 507
AF RR3GV25JQ C 520
BS 1 363 RR3BY44TF
BS 364 364 RR3FO45TF
BS 365 411 RR3BY44TF
BS 412 412 RR3FO45TF
BS 413 611 RR3BY44TF
BS 612 612 RR3FO45TF
BS 613 620 RR3BY44TF
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BS 622 697 RR3BY44TF
BS 698 698 RR3FO45TF
BS 699 712 RR3BY44TF
BS 713 713 RR3FO45TF
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BS 782 782 RR3GV25TF
BS 783 859 RR3FO45TF
BS 860 1087 RR3GV25TF
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BS 1191 1237 RR3BY44JQ

RD RR3BY44TF 759 0 0
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AGAGGAAGTTTCTTGAGGAGAAATTTGGAGATTTCTGGCCATTCATTGCGTCAAATTTTC
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TTGCAGCAAAGCTGAAGTCATTAGCCGCAAAGTCTCTGTTGCTAGAAGATGAAGACAAAG
TTCGTCGTGATGTCTTTGACATTTTACGGAATGTTGTTCTGATTAGAGATCCAGAGGATG
CAAGAAAATTCTATCCTCGCTTTAACATTGAGGATACTTCAAGTTTCCAGGATTTGGATG
ATCGCAGCAAAAATGTTCTGAAGAGACTGTACTATGACTACTATTTCCATCGCCAAGAGG
ATCTATGGAGGAAAAACGCTTTGAAAACCTTGCCTGCTCTGTTAAATTCATCTAATATGC
TGGCGTGTGGGGAGGATCTTGGTCTCGTTCCAGCTTGCGTACATCCTGTTATGAAAGAAC
TGGCTTTGGTCGGTCTCCGCATCCAGCGCATGCCTAGTGAGTCTGATGTGGAGTTTGGGA
TTCCGTCTAACGATGACTATGTGACGGTCTGTGCTCCTTCATGCCACGACTGCTCTACAC
TACGAGCTTGGTGGGAAGAGGACGACGAGAGAAGACA*CGGTACTTCAAGGA*GCGATTG
GCGTAGATGAA*TCCCTCCAAGTCAGTGTGT
CCGAGATA

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3FO45TF 567 0 0
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TTTGGATGATCACAGCAAAAATGTTCTGAAGAGACTGTACTATGACTACTATTTCCATCA
CCAAGAGGATCTATGGAGGAAAAACGCTTTGAAAACCTTGCCTGCTCTGTTAAATTCATC
TAATATGCTGGCGTGTTGGGAGGATCTTGGTCTCGTTCCAGCTTGCGTACATCCTGTTAT
GAAAGAACTGGCTTTGGTCGGTCTCCGCATCCAGCGCATGCCTAGTGAGTCTGATGTGGA
GTTTGGGATTCCGTCTAACTATGACTATATGACGGTCTGTGCTCCTTCATGCCACGACTG
CTCTACACTACGAGCTTGGTGGGAAGAGGACGACGAGAGAAGACAACGGTACTTCAAGGA
AGTGATTGGCGTAGATGAAATCCCTCCAAGTCAGTGTGTTCCGGAGATAACCCATTTCAT
TCTGAGGCA*CATGTTGAAGCTCCATCCATGTGGGCTATTTTCCCACTTCAGGATATGTT
GGCTCTAAAAGAAGAGTACACTGCTCG

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3GV25TF 568 0 0
G
ACATCCTGTTATGAAAGAACTGACTTTGGTCGGTCTCCGCATCCAGCGCATGCCTAGTGA
GTCTGATGTGGAGTTTGGGATTCCGTCTAACTATGACTATATGACGGTCTGTGCTCCTTC
ATGCCACGACTGCTCTACACTACGAGCTTGGTGGGAAGAGGACGACGAGAGAAGACAACG
GTACTTCAAGGAAGTGATTGGCGTAGATGAAATCCCTCCAAGTCAGTGTGTTCCGGAGAT
AACCCATTTTATTCTGAGGCAACATGTTGAAGCTCCATCCATGTGGGCTATTTTCCCACT
TCAGGATATGTTGGCTCTAAAAGAAGAGTACACTGCTCGTCCTGCAAAAGAAGAGACGAT
CAATGACCCCACCAACCCCAAGCATTACTGGAGATACCGCGTACACTTGACGTTGGACTC
GCTTATGAAGGACATAGACTTGAAATCAACCATCAAGAAACTCGTTGCAGGCAGCGGAAG
ATCTGTTCCGGCTTCTGGTGCAGATGATAACAACAAGAAAGGAGTTATAGCCAACGGTTC
AACAAAGCCAAACCCATGAAAAAAAAA

QA 2 568 2 568
DS 

RD RR3BY44JQ 731 0 0
GTTCCAGCTTGCGTACATCCTGTTATGAAAGAACTGGCTTTGGTCGGTCTCCGCATCCAG
CGCATGCCTAGTGAGTCTGATGTGGAGTTTGGGATTCCGTCTAACGATGACTATGTGACG
GTCTGTGCTCCTTCATGCCACGACTGCTCTACACTACGAGCTTGGTGGGAAGAGGACGAC
GAGAGAAGACAACGGTACTTCAAGGAAGCGATTGGCGTAGATGAAATCCCTCCAAGTCAG
TGTGTTCCGGAGATAACCCATTTCATTCTGAGGCAACATGTTGAAGCTCCATCCATGTGG
GCTATTTTCCCACTTCAGGATATGTTGGCTCTAAAAGAAGAGTACACTGCTCGTCCTGCA
AAAGAAGAGACGATCAATGACCCCACCAACCCCAAACATTACTGGAGATACCGCGTACAC
GTGACGTTGGACTCGCTTATGAAGGACATAGACTTGAAATCAACCATCAAGAAACTCGTT
GCAGGCAGCGGAAGATCTGTTCCGGCTTCTGGTGCAGATGATAACAACAAGAAAGGAGTT
ATAGCCAACGGTTCAACAAAGCCAAACCCATGAAAAAAAAAACAAGTCTTCTGATATATG
GCTAAATCTTTGTTGCATAAATGTTTGCTTATTCGTTATTACCGCTCAAGATAGTATTTA
AACTTTCAACTTCGTTATGTATTTGTAATTTGTTGTTACCTATCCAAAATAAAGTCTCGT
GTTAAAAGACC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3GV25JQ 718 0 0
G
ACATCCTGTTATGAAAGAACTGACTTTGGTCGGTCTCCGCATCCAGCGCATGCCTAGTGA
GTCTGATGTGGAGTTTGGGATTCCGTCTAACTATGACTATATGACGGTCTGTGCTCCTTC
ATGCCACGACTGCTCTACACTACGAGCTTGGTGGGAAGAGGACGACGAGAGAAGACAACG
GTACTTCAAGGAAGTGATTGGGGTAGATGAAATCCCTCCAAGTCAGTGTGTTCCGGAGAT
AACCCATTTTATTCTGAGGCAACATGTTGAAGCTCCATCCATGTGGGCTATTTTCCCACT
TCAGGATATGTTGGCTCTAAAAGAAGAGTACACTGCTCGTCCTGCAAAAGAAGAGACGAT
CAATGACCCCACCAACCCCAAGCATTACTGGAGATACCGCGTACACTTGACGTTGGACTC
GCTTATGAAGGACATAGACTTGAAATCAACCATCAAGAAACTCGTTGCAGGCAGCGGAAG
ATCTGTTCCGGCTTCTGGTGCAGATGATAACAACAAGAAAGGAGTTATAGCCAACGGTTC
AACAAAGCCAAACCCATGAAAAAAAAA*CAAGTCTTCTGATATATGGCTAAATCTTTGTT
GCATAAATGTTTGCTTATTCGTTATTACCGCTCAAGATAGTATTTAAACTTTCAACTTCG
TTATGTATTCGTAATTTGTTGTTACCTATCCAAAATAAAGTCTCGTGTTAAAAGACC

QA 2 718 2 718
DS 



AS 1 2

CO CL1845Contig1 566 2 2 U
GGAGAAGCGAATCACCACCAAAGACCACAGAGAAGTAGGAAGCGATGGGGAGAAAGAAGG
GATTACCGGAGTTCGAAGAGACGGCGCCGGATGGCTTCGATCCGGCGAATCCTTACAAGG
ATCCGGTGGCGCTGGTGGAGATGAGAGAGCACATCGTCCGTGAGAAGTGGATCCAGATCG
AGAAGGCGAAGATCATGCGGGAGAAGGTCAAATGGTGTTACCGCGTCGAAGGCGTCAACC
ATTACCAGAAATGCCGTCATCTCGTCCAGCAGTACCTCGACTCCACTCGCGGCGTCGGCT
GGGGAAAAGACCACCGTCCTGTCTCCCTCCACGGTCCCAAGCCTGAGGCTGTTGAAGCTG
AATAATGCTTTTGGTTGCGCCTGATCAAATCTGAGGTGACCGAGCTTTTAATACAAGACA
TGATGAAATGGTCTTTGGACTGTGCAGATTTGTTCTTGTTTGTTCTTTTCTTGTTTTGTT
GAAACATGTCAGTCTTTGGACTGGCGGATCCATGGAAGGTTTTATAAACTTCAGTAATGT
ATTGAAGAAACTACACTTAACATTTC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H741JQ C 1
AF RR3H741TF U 1
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GGA
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GAAGAAACTACACTTAACATTTC

QA 4 566 4 566
DS 



AS 1 5

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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G707TF U 1
AF RR3A936TF U 1
AF RR3DG10TF U 6
AF RR3G707JQ C 1
AF RR3DG10JQ C 43
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T*AAAAGTGTTCAATGATATGAAGCTACTAACAATGGTTTAAT

QA 8 650 8 650
DS 

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AAAAAGATCAAAAGTGTTCAATGATATGAAGCTATTAACAATGGTTTAATAGTTGGTTTT
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CACTCCATTGGCGGAAGCTACAAGAAAGTCTGTCGTTCTGGGAGGGAAGTCAGATGTTCC
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G

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CCTAATGGAAGAGAGTGAGCAAGGAAACGCAGCATCCATTGCGGACACCGCCGTGTTGAA
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DS 

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GGTTTAATAGTTGGTTTT*TAATGTTTCACGTTGTTCATAATGAAGACAAAAGATGTTAT
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QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 5

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TATCCAAAAGTGTTTCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3FB31TF U 11
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AF RR3FB31JQ C 455
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GG
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CTCCGAACAACGGACTCAGATTCATTCCTTGAAGCGTTCGAACCTCCCTCTTCAGTACTC
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CGTTTCATCGCCCAGTGTTGAGCTCCGTACTGGACCCGATGATCTCATTTCATCCCTTCT
CTCTAAGGTTGCGAACAGTGATGGAGGTGTGACACTCACCCCTGAGGAACACAAGGAAGT
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TATTTTCGGAGATTGGGACGTGGTGTACTGTTCTAGACCGACCTCTCCTGGAGGAGGCTA
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DS 

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AGG
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GCGAACAGTGATGGAGGTGTGACACTCACCCCTGAGGAACACAGGGAAGTGGCACAAGTA
GCTGGGGAGCTTCAGAAGTATTGTGTGAGCGAGCCTGTTAAATGCCCTCTTATTTTCGGA
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AAGGTGGGATCTTTGGAGTTTAAAT

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DS 

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TGCATCGTCCTTCTCCGAACAACGGACTCAGATTCATTCCTTGAAGCGTTCGAACCTCCC
TCTTCAGTACTCCCTTCCGTATAAGGTCAATTCACGGAGCAGAAGTAGAAGGTTGCGACT
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TTCATCCCTTCTCTCTAAGGTTGCGAACAGTGATGGAGGTGTGACACTCACCCCTGAGGA
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TGGAGGAGGCTACAGAAGCGTGATAGGCCGTCTCTTCTTCAGAACTAAAGAGATGATCCA
AGGCATTGATTCTCCTGATACCGTGAGGAACAGAGTTTCCTTCACCGCTCTTGGTTTTCT
CGACGGAGATGTCTCTTTGACAGGGAAGCTGAACGTGTTGGACAGTGAGTGGGTTCAGGT
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CGATGATCTCATTTCATCCCTTCTCTCTAAGGTTGCGAACAGTGATGGAGGTGTGACACT
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ACCGACCTCTCCTGGAGGAGGCTACAGAAGCGTGATAGGCCGTCTCTTCTTCAGAACTAA
AGAGATGATCCAAGGCATTGATTCTCCTGATACCGTGAGGAACAGAGTTTCCTTCACCGC
TCTTGGTTTTCTCGACGGAGATGTCTCTTTGACAGGGAAGCTGAACGTGTTGGACAGTGA
GTGGGTTCAGGTGATATTCGAGCCTCCGGAACTGAAGGTGGGATCTTTGGAGTTTAAATA
CGGTTTCGAAAGCGAAGTGAAGCTTCGGATCACATACGTTGATGAGAAACTTAGGTTGGG
AATAGGCTCTAGAGGATCACTGTTCGTCTTTAGGAGGCGTCAATAATTAATACATTATAT
GAACTTCCATGTCTCTTCTCTCCCAGTTCTGTATCAATCAATGCAAATTCACTACAGAAA
AGAAGAAACAACAAATGGGTGTACCTGCGAGTGTTTTTTTAGATGGAAACATTGTTGTGT
AATGTAAACTTCTATCCAAAAGTGTTTCTAG

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DS 

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GTTTCCTTCACCGCTCTTGGTTTTCTCGACGGAGATGTCTCTTTGACAGGGAAGCTGAAC
GTGTTGGACAGTGAGTGGGTTCGGGTGGTATTCGAGCCTCCGGAACTGAAGGTGGGATCT
TTGGAGTTTAAATACGGTTTCGAAAGCGAAGTGAAGCTTCGGATCACATACGTTGATGAG
AAACTTAGGTTGGGAATAGGCTCTAGAGGATCACTGTTCGTCTTTAGGAGGCGTCAATAA
TTAATACATTATATGAACTTCCATGTCTCTTCTCTCCCAGTTCTGTATCAATCAATGCAA
ATTCACTACAGAAAAGAAGAAACAACAAATGGGTGTACCTGCGAGTGTGTTTTAAGATGG
AAACATTGTTGTGTAATGTAAACTTCTATCC

QA 1 451 1 451
DS 



AS 1 3

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AAGACTAAATAGAAGCGTGGTGCTTCAAGCCTTTGCATAAGGGCGGACCAAAGAAGCAAT
ATGACTCAAGAGCTGACGACGAGACTTGGTGGTGTCACTGTCAGGTAATGGAGACGCCCA
TTCTTGATATTTATGGAGGCTACCGGTGAAATCGGTAAAGAGTCCATCAACTCCAATCTC
TTTGATCCAGTACTCGTATTCTTGATATGGATCTTGGCTGAAGTTAAAGTGTAAGAACTG
GTTTTCATTTCTGTACGTGTATGGATGCACCTGTAGTTTATGGGCGTGAGCTCTTTTGAC
CAAATCTGTAGGGGTTAGCATATAGTTGTTCTTTACTGGAACTATTGTATCCTTCCACGG
TCCAATCCCAACCACATAATCCTTAATGTAGGTGAAATAAGCATCTGAGGTGATCTCTGC
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GTCTGTCAAGTTTGATATGTACACGAGTGAAGATGGTGCAAATGACTGAATAAACAAGGG
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TGGATTCTTAATCTCAGGATAGATCCCGACAACTCTTGGAGCATCCCGAGCAATGGCAAG
GAATTCTTCAAATGTGATGATAGGGTACTTTCCGTTGTATTGCTGGTCCCGGAAAGCATA
TCTCTGTTTTGCCCGTAGTGTCTTCAGTTCTTTAAGAGTAAAATCAAAAGTGAAAAAGCC
AGTGATGTTGAAACCTTGGACCTGATATGACCTCTTACGATCAGCGAACTCCTTGTGACT
CACAACATCGGTTGTTAAGTCTAGGCCGACATCATGGAAACAGATAAGCTCACCATCTTT
GGATGATAAGATATCTGTTTCTATGAAGTCTGCACCTTCTTCAATTGCTCTCAAGTATGC
AGCTTTAGTTTCTTCTGGGATCTCTCCGTTGGAACCTCTGTGTGCGATGTTAAAAGGACG
TGAAGTCTGAATCGGCTGCTTAGTATCATCTTTGACTCCTTTACCAGGGAGTTGGTATAA
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AAGAATCATGACAATTTCTTGGATCCC


BQ
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AF RR3DO49JQ U 1
AF RR3F940JQ U 1
AF RR3DO49TF C 558
BS 1 24 RR3DO49JQ
BS 25 25 RR3F940JQ
BS 26 39 RR3DO49JQ
BS 40 41 RR3F940JQ
BS 42 178 RR3DO49JQ
BS 179 179 RR3F940JQ
BS 180 674 RR3DO49JQ
BS 675 737 RR3F940JQ
BS 738 738 RR3DO49TF
BS 739 768 RR3F940JQ
BS 769 1287 RR3DO49TF

RD RR3DO49JQ 674 0 0
GATAAAAGCTGTGTCTTTCACTTTTTATTTAAAATCTTC**AGACTCTTCTGTTAGATTA
AAGACTAAATAGAAGCGTGGTGCTTCAAGCCTTTGCATAAGGGCGGACCAAAGAAGCAAT
ATGACTCAAGAGCTGACGACGAGACTTGGTGGTGTCACTGTCAGGTAATGGAGACGCC*A
TTCTTGATATTTATGGAGGCTACCGGTGAAATCGGTAAAGAGTCCATCAACTCCAATCTC
TTTGATCCAGTACTCGTATTCTTGATATGGATCTTGGCTGAAGTTAAAGTGTAAGAACTG
GTTTTCATTTCTGTACGTGTATGGATGCACCTGTAGTTTATGGGCGTGAGCTCTTTTGAC
CAAATCTGTAGGGGTTAGCATATAGTTGTTCTTTACTGGAACTATTGTATCCTTCCACGG
TCCAATCCCAACCACATAATCCTTAATGTAGGTGAAATAAGCATCTGAGGTGATCTCTGC
GTATGTCTGGTTAGTATCTTGAGTTGGCATAACACTATCTATTAACAAGACTTTCGGTGA
GTCTGTCAAGTTTGATATGTACACGAGTGAAGATGGTGCAAATGACTGAATAAACAAGGG
TTTGTTCAACCACTTCTTGGACAAATACGCGCCTCCGTACCCATGCTTCTTAAGAGTCTC
CACAACTTTATCCT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3F940JQ 768 0 0
GATAAAAGCTGTGTCTTTCACTTTCTATTTAAAATCTTCAAAGACTCTTCTGTTAGATTA
AAGACTAAATAGAAGCGTGGTGCTTCAAGCCTTTGCATAAGGGCGGACCAAAGAAGCAAT
ATGACTCAAGAGCTGACGACGAGACTTGGTGGTGTCACTGTCAGGTAATGGAGACGCCCA
TTCTTGATATTTATGGAGGCTACCGGTGAAATCGGTAAAGAGTCCATCAACTCCAATCTC
TTTGATCCAGTACTCGTATTCTTGATATGGATCTTGGCTGAAGTTAAAGTGTAGGAACTG
GTTTTCATTTCTGTACGTGTATGGATGCACCTGTAGTTTATGGGCGTGAGCTCTTTTGAC
CAAATCTGTAGGGGTTAGCATATAGTTGTTCTTTACTGGAACTATTGTATCCTTCCACGG
TCCAATCCCAACCACATAATCCTTAATGTAGGTGAAATAGGCATCTGAGGTGATCTCTGC
GTATGTCTGGTTAGTATCTTGAGTTGGCATAACACTATCTATTAACAAGACTTTCGGTGA
GTCTGTCAAGTTTGATATGTACACGAGTGAAGATGGTGCAAATGACTGAATAAACAAGGG
TTTGTTCAACCACTTCTTGGACAAATACGCGCCTCCGTACCCATGCTTCTTAAGAGTCTC
CACAACTTTATCCTCAAATCTCTTACCACCAGGCCATTTGACATGTTGGTTCATTAAAAC
TGGATTCTTAATCTCAG*ATAGATCCCGACAACTCTTGGAGCATCCCG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3DO49TF 730 0 0
TGTACACGAGTGAAGATGGTGCAAATGACTGAATAAACAAGGGTTTGTTCAACCACTTCT
TGGACAAATACGCGCCTCCGTACCCATGCTTCTTAAGAGTCTCCACAACTTTATCCTCAA
ATCTCTTACCACCAGGCCATTTGACATGTTGGTTCATTAAAGCTGGATTCTTAATCTCAG
GATAGATCCCGACAACTCTTGGAGCATCCCGAGCAATGGCAAGGAATTCTTCAAATGTGA
TGATAGGGTACTTTCCGTTGTATTGCTGGTCCCGGAAAGCATATCTCTGTTTTGCCCGTA
GTGTCTTCAGTTCTTTAAGAGTAAAATCAAAAGTGAAAAAGCCAGTGATGTTGAAACCTT
GGACCTGATATGACCTCTTACGATCAGCGAACTCCTTGTGACTCACAACATCGGTTGTTA
AGTCTAGGCCGACATCATGGAAACAGATAAGCTCACCATCTTTGGATGATAAGATATCTG
TTTCTATGAAGTCTGCACCTTCTTCAATTGCTCTCAAGTATGCAGCTTTAGTTTCTTCTG
GGATCTCTCCGTTGGAACCTCTGTGTGCGATGTTAAAAGGACGTGAAGTCTGAATCGGCT
GCTTAGTATCATCTTTGACTCCTTTACCAGGGAGTTGGTATAATGTTCTCCCACCAGCAC
ACAGAGTGACTAGAGATAGCCATATCAATGGCAAGCATTTTGTAAGAATCATGACAATTT
CTTGGATCCC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 5

CO CL1849Contig1 1574 5 7 U
GCAAGGAAGAGAATTGGAAGTATCTCCAAGTCTGCCAAGATGATTGCTTGTATAAAAGAA
TTGTCCAACGTTAAAGAAGAAGTATACGGAGCGCTTGACTCCTTCATTGCCTGGGAGTTA
GAGTTCCCTCTTGTCATAGTCAAGAAGGCTTTAGCTATTCTTGAAGATGAAAGAGAGTGG
AAGAAGATTATTCAGGTGACAAAATGGATGCTGAGCAAAGGTCAAGGAAGAACAATGGGA
ACTTACCTCTCATTACTAAACGCTCTAGCTGAAGATAACCGGCTCGACGAAGCTGAGGAA
CTGTGGAACAAATTGTTCATGGAGCATTTAGAAGGAACTCCGAGAAAGTTCTTCAACAAG
ATGATCTCTATCTATTACAAGAGACATGCACCACAAACTCTTTGAGGTGTTTGCTGACAT
GGAAGAACTTGGAGTGAAACCTAACACTACGATTGTGGATATGGTTGGGAAAGTGTTTTT
GAAACTTGGGATGAATGATAAGTACGAGAAGCTGATGAAGAAGTATCCTCCACCACAGTG
GGAGTTCAGATATATCAAAGGAAGACGTGTTAAGGTCAAGGCGAAGCAGCTGAATGAGCT
AAGCGAAGGTGAAGGAGGTTTAAGCAGCGACGAAGACAAGATTGAGAGTAAATCTGATAT
GTTATCAGTTGAGGAAGCAAACCAAGATGGTGATGATTTCAGTGAAGAGGAAGAAGAAGG
TTTGGGGGCGAATCAAAGACAGATTGGAACATCTAGAGAACCATGTCTTGATCATTTGGA
CTCTTCTTGACTTATAAGTGTTCACTTAATGAGCCTTTGAGATTTTGTATATACTATTGG
ATCATGCATGGAAACATTTTGAGTCATGTTTCTGTCAGAAACTCAAGCTCAGTCCAAGAA
AACTTAGGAAAAGTCAAAACAAGACACCAACTAATGTCAAAACGATAAAGAAACTCAGCA
AAGAATCTTACTGAGTATCATCAGTGTGTAAAGCTTTGAAGCAAAAACTAATGTATTTCA
GATCAAAGTTAAAACTCCCTTTCGTTTATTCAATCTTCCTCTGATCCTGACTCTTCAGAA
CTCGATTCCTTCTTGTTTACTTTCTTCTTTGATCCTCTCTTCTTATCTTCCTCGTCCTCA
CTGTACTCACTTTCATAACCCTCCTCTTCAATCTCATCTTCGTCTTCCTCCTCATCCTCC
ATACCTTCTCCTCCAGCCTCACCATCCACATCACGGGTTCTTTTCAAAACCTCCACTTTC
AGTGACGTCTTCTGGTCACAACCAATCCAAGCATCGCTTAGGCAGAGGCATGTCAAGTTA
TAAGTACCTTCCCGAGGTGCCAAGACTCTCCCCATCACCAATCTTGATCCACTTTTAACC
TTCTCAACAGCTTCTTCAACTGCATTGTTCTTTGCCCCAACGCTTGCTCCTGAACTCTCC
ATTGTCTCGCTAATAGCAATCGAAGCAGTGCTTATAGCTTCAGCTTCATCCATGAAACTA
ACCTTCTGGAAGAACCAGACATTGTTTGAATCCGCAAGAAGAACCCAAAAGTTCTCCTCC
TTGTGGAAAGGGAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AZ35TF U 1
AF RR3D739TF U 1
AF RR3D739JQ C 336
AF RR3AZ35JQ C 399
AF RR3EV10JQ U 874
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AT

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DS 

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GAGTTCCCTCTTGTCATAGTCAAGAAGGCTTTAGCTATTCTTGAAGATGAAAGAGAGTGG
AAGAAGATTATTCAGGTGACAAAATGGATGCTGAGCAAAGGTCAAGGAAGAACAATGGGA
ACTTACCTCTCATTACTAAACGCTCTAGCTGAAGATAACCGGCTCGACGAAGCTGAGGAA
CTGTGGAACAAATTGTTCATGGAGCATTTAGAAGGAACTCCGAGAAAGTTCTTCAACAAG
ATGATCTCTATCTATTACAAGAGACATGCACCACAAACTCTTTGAGGTGTTTGCTGACAT
GGAAGAACTTGGAGTGAAACCTAACACTACGATTGTGGATATGGTTGGGAAAGTGTTTTT
GAAACTTGGGATGAATGATAAGTACGAGAAGCTGATGAAGAAGTATCCTCCACCACAGTG
GGAGTTCAGATATATCAAAGGAAGACGTGTTAAGGTCAAGGCGAAGCAGCTGAATGAGCT
AAGCGAAGGTGAAGGAGGTTTAAGCAGCGACGAAGACAAGATTGAGAGTAAATCTGATAT
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DS 

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AACTCTTTGAGGTGTTTGCTGACATGGAAGAACTTGGAGTGAAACCTAACACTACGATTG
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QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3AZ35JQ 649 0 0
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TCAGTGAAGAGGAAGAAGAAGGTTTGGGGGGGAATCAAAGACAGATTGGAACATCTAGAG
AACCATGTCTTGATCATTTGGACTCTTCTTGACTTATAAGTGTTCACTTAATGAGCCTTT
GAGATTTTGTATATACTATTGGATCATGCATGGAAACATTTTGAGTCATGTTTCTGTCAG
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AAGCAAAAACTAATGTATTTCAGATCAAAGTTAAAACTCCCTTTCGTTT

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DS 

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CTTTGAAGCAAAAACTAATGTATTTCAGATCAAAGTTAAAACTCCCTTTTGTTTATTCAA
TCTTCCTCTGATCCTGACTCTTCAGAACTCGATTCCTTCTTGTTTACTTTCTTCTTTGAT
CCTCTCTTCTTATCTTCCTCGTCCTCACTGTACTCACTTTCATAACCCTCCTCTTCAATC
TCATCTTCGTCTTCCTCCTCATCCTCCATACCTTCTCCTCCAGCCTCACCATCCACATCA
CGGGTTCTTTTCAAAACCTCCACTTTCAGTGACGTCTTCTGGTCACAACCAATCCAAGCA
TCGCTTAGGCAGAGGCATGTCAAGTTATAAGTACCTTCCCGAGGTGCCAAGACTCTCCCC
ATCACCAATCTTGATCCACTTTTAACCTTCTCAACAGCTTCTTCAACTGCATTGTTCTTT
GCCCCAACGCTTGCTCCTGAACTCTCCATTGTCTCGCTAATAGCAATCGAAGCAGTGCTT
ATAGCTTCAGCTTCATCCATGAAACTAACCTTCTGGAAGAACCAGACATTGTTTGAATCC
GCAAGAAGAACCCAAAAGTTCTCCTCCTTGTGGAAAGGGAA

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 5

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TTTCTTTTCAATGGTTGCACAGCCAACAAAGTGGCAGATTCTTTGATTCAAAATTCTTGC
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GCATCTCTCAAAGAGAATCTGAAGAGCCAAAAAGCAAGAAATCTCGGTGATTTGACTATG
GTAGGAGCAAATAACGCCATATCAAATTTAACGAACGTGAAAAGAATGGTGGAGAAGATT
ATAAAAGAAAAAAAATATAAAAATAATCTTACTAAAAAGTTGTTGGAAGAATGCCTTAAG
CTTTACTCCAATAGCTTTAAATTGCTAACTTCGGGTTTGAATTACGTCAAAATGCGGAAT
TTTGATAAGGCTGCAGATGATTTTATGGATGCAGAGGATGGGCCAGTATTTTGCGGATTG
AAATTTAACGGCGACAATCAACAAATATCTCCTGTGAGAGAAGAGAATATTTTTCTCATA
ACAATGTTCCAAATTCCTAAGACGTTTGCTCGGGACGTCTCGTACGAACAAAGAAATAAT
AAAAACAAAAAGGAAGAAACAAACTAGGGGAGTATCTCGTTAGAAATAAATTAGGTTTGT
GAAGATGCTCAGCCAGACTAGCGTCCAGTTAAATAAAAGGGTGCTACGTGAGTTCTACTG
AGCAACAGTTATGAAAAATATAGTTAGTTCTCGTTAATAATTTTGTTTGTGTGTTATTTT
TTTGTTTGGATCGTGTAGTTAAATGATATTTACTAGTTATATTATTCTGCTTATTGTTTT
ATTAATTACTAGGGTAGGCCTGGGTTACGCCTGGGTTTTCTATTTAAAATTTTAACTTAA
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3DZ08TF U 10
AF RR3B195TF U 1
AF RR3CO64TF U 6
AF RR3DZ08JQ C 60
AF RR3B195JQ C 219
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GG
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QA 3 580 3 580
DS 

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QA 1 650 1 650
DS 

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TAGCTTTAAATTGCTAACTTCGGGTTTGAATTACGTCAAAATGCGGAATTTTGATAAGGC
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AATTCCTAAGACGTTTGCTCGGGACGTCTCGTACGAACAAAGAAATAATAAAAACAAAAA
GGAAGAAACAAACTAGGGGAGTATCTCGTTAGAAATAAA

QA 7 645 7 645
DS 

RD RR3DZ08JQ 764 0 0
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CAAAAACGCTTCAAAGTCTCCAGGTCCGGACATGATTCCACATTTCGAAGAAGTTTGCAT
TGCATCTCTCAAAGAGAATCTGAAGAGCCAAAAAGCAAGAAATCTCGGTGATTTGACTAT
GGTAGGAGCAAATAACGCCATATCAAATTTAACGAACGTGAAAAGAATGGTGGAGAAGAT
TATAAAAGAAAAAAAATATAAAAATAATCTTACTAAAAAGTTGTTGGAAGAATGCCTTAA
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TTTTGATAAGGCTGCAGATGATTTTATGGATGCAGAGGATGGGCCAGTATTTTGCGGATT
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AACAATGTTCCAAATTCCTAAGACGTTTGCTCGGGACGTCTCGTACGAACAAAGAAATAA
TAAAAACAAAAAGGAAGAAACAAACTAGGGGAGTATCTCGTTAGAAATAAATTAGGTTTG
TGAAGATGCTCAGCCAGACTAGCGTCCAGTTAAATAAAAGGGTGCTACGTGAGTTCTACT
GAGCAACAGTTATGAAAA*TATAGTTAGTTCTCGTTAATAATTTTGTTTGTGTGTTATTT
TTTTGTTTGGATCGTGTAGTTAAATGATATTTACTAGTTATA
GC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3B195JQ 684 0 0
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GGGTGCTACGTGAGTTCTACTGAGCAACAGTTATGAAAAATATAGTTAGTTCTCGTTAAT
AATTTTGTTTGTGTGTTATTTTTTTGTTTGGATCGTGTAGTTAAATGATATTTACTAGTT
ATATTATTCTGCTTATTGTTTTATTAATTACTAGGGTAGGCCTGGGTTACGCCTGGGTTT
TCTATTTAAAATTTTAACTTAATC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 3

CO CL1851Contig1 1108 3 11 U
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AATCACATTGATCGACATGTATAAAACATTATACAAAGTTCTACATAAGTTTCACCTATT
CCGATCAAACAAAATACAAAATGAATAAGAAGAAAATGCATCACTGATCTAAAACCGTAT
TTGATCATTGGCCGTATTGATCCTACGGTCCACACAGAAAAACAGCACCCTTAAGGTTTC
TCCTTCAAGCTTCTTTACGCGTGATCCTGAAGCAGTAGATTCCAAGAGCAGCAGGGATCT
CATGGATGACAGATGTCGCAAAGTGCAAGTATAACGACACTGTGAATACACAGTAGCCAA
GAAGAACCCATAACTCATCGACTAGAGGAACCCCAGCATTCAATCTTGCGGTTAAAGCGT
TTGCAAGTGCAAAGGGAAGATAGACTAGAGACAAGCACATGTTTGTTTTCAGTCCTTTCG
GCTCATCACACAAGTGAGCAAGAATCATTCTTCCCACTAGAAAGCCAAATGCAAGTCCAG
TTCCAAGAACAACCAAGTGAGGGTATGTTTCTATGAGATTGATTGGAGACAAGTAATCCC
ATATCAAAACACCTCCAAGAAGAACCACGAAAGGATACAGCATAGCTAATGCTAACACCA
TGCTCCCTTTTCTTGATTGTACAACTTTGTAGACATTTGACACATTGAATGCCACTGTTG
GTATAACAGCGAACGCTATCATCATGTAAAGGACTGCTCTGGAAGTTTGAATCTCATTAA
CAAATGGCACCCAACTAAACAATGGTATGGACTGCCCCAATTGCTGAGCCCACCATTCAG
CACCGACAATGGCTGTGAAGAAGTGGCTGACGAATATAAGTGCAAGACCCTCTGTAGGTC
CATTGATGACCGGAAGAATAAGTGTGTTGGTGAAATAGTGCTCCCATGTTGCTCCATAGA
AGGGGATAGCTGAAATAACCCAGAACCAGAAAGTATCTCTTCCACACATTGCAGTGCTCC
CAAATGCCATGGCTTCAAACGCACAAGCAAGTGCATCACAACCGTGATCGAAGAGCTCTC
CCAATGGGCTAGAGGAATTTGTCCTTCC


BQ
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AF RR3DB32JQ U 1
AF RR3F609JQ U 54
AF RR3F609TF C 480
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DS 

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GT
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CGTATTTGATCATTGGCCGTATTGATCCTACGGTCCACACAGAAAAACAGCACCCTTAAG
GTTTCTCCTTCAAGCTTCTTTACGCGTGATCCTGAAGCAGTAGATTCCAAGAGCAGCAGT
GATCTCATGGATGACAGATGTCGCAAAGTGCAAGTATAACGACACTGTGAATACACAGTA
GCCAAGAAGAACCCATAACTCATCGACTAGAGGAACCCCAGCATTCAATCTTGCGGTTAA
AGCGTTTGCAAGTGCAAAGGGAAGATAGACTAGAGACAAGCACATGTTTGTTTTCAGTCC
TTTCGGCTCATCACACAAGTGAGCAAGAATCATTCTTCCCACTAGAAAGCCAAATGCAAG
TCCAGTTCCAAGAACAACCAAGTGAGGGTATGTTTCTATGAGATTGATTGGAGACAAGTA
ATCCCATATCAAAACACCTCCAAGAAGAACCACGAAAGGATACAGCATAGCTAATGCTAA
CACCATGCTCCCTTTTCTTGATTGTACAACTTTGTAGACATTTGACACATTGAATGCCAC
TGTTGGTATAACAGCGAACGCTATCATCATGTAAAGGACTGCTCTGGAAGTTTGAATCTC
ATTAACAAATGGCACCCAACTAAACAATGGTATGGACTGCCCCAATTGCTGAGCCCACCA
TTCAGCACCGACA*TGGCTGTGAAGA
GTGGCTGA

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DS 

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GGCTCATCACACAAGTGAGCAAGAATCATTCTTCCCACTAGAAAGCCAAATGCAAGTCCA
GTTCCAAGAACAACCAAGTGAGGGTATGTTTCTATGAGATTGATTGGAGACAAGTAATCC
CATATCAAAACACCTCCAAGAAGAACCACGAAAGGATACAGCATAGCTAATGCTAACACC
ATGCTCCCTTTTCTTGATTGTACAACTTTGTAGACATTTGACACATTGAATGCCACTGTT
GGTATAACAGCGAACGCTATCATCATGTAAAGGACTGCTCTGGAAGTTTGAATCTCATTA
ACAAATGGCACCCAACTAAACAATGGTATGGACTGCCCCAATTGCTGAGCCCACCATTCA
GCACCGACAATGGCTGTGAAGAAGTGGCTGACGAATATAAGTGCAAGACCCTCTGTAGGT
CCATTGATGACCGGAAGAATAAGTGTGTTGGTGAAATAGTGCTCCCATGTTGCTCCATAG
AAGGGGATAGCTGAAATAACCCAGAACCAGAAAGTATCTCTTCCACACATTGCAGTGCTC
CCAAATGCCATGGCTTCAAACGCACAAGCAAGTGCATCACAACCGTGATCGAAGAGCTCT
CCCAATGGGCTAGAGGAATTTGTCCTTCC

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 3

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AAAACCCTTATTCAGCGAAAGTTACGGTTGTTTAGTTGGTAATGATGATGAGTGGATGCG
GCACGTTAACTTCACATGTTCTGACAAGCTCTTGGGGGTTCAAGCCTTCTTCATACAGAG
CTACAACAACATCAGGACAATCTCAACGTTATCTTGCTCCAAGTTCATTGTCTGTCATAA
AGAACTCTTTGGCCTCACCTTTACCATTTAATGGGCTTCAAGCTAGTGTACAAAGAGGTG
TGCCTTTGTCATATCTCTCAGCCTCGTCTTCTTGCCTTCTGAATGGGGAACAAGGTAGTC
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CAAAAGATGTACCTTCCAGCTTCCGGTTTCCTCCAATGACCAAAAAGCCACAATGGTGGT
GGAGAACTTTGGCATGCCTGCCTTACCTGATGCCGCTTCACGAAACCTGGATGTACGCAG
AAACCGCTTACCATCTCCGCCCTTTCCTAGAAGATTTCGAGTTCTTGACCTACCCGTTTC
TAAGCGCCTTAGGGAAGTTACCGGGCTGGTTCCTCATGGCTTACTTCTTTGTAGCTTACC
TTGGGGTTGTGAGAAGAAAAGAATGGCCTCACTTCTTCAGGTTCCATGTGGTGATGGGTA
TGCTGCTTGAAATCGCTCTTCAGGTGGTGGGAACTGTCAGCAAGTGGATGCCTCTTGGAC
TCTATTGGGGTAAGTTTGGGATGCATTTCTGGACTGCTGTTGCGTTTGCATATCTGTTTA
CCGTCCTTGAGAGCATAAGGTGTGCACTCGCGGTCATGTACGCAGACATCCCATTTGTCT
GTGATGCTGCGTATATCCAGATTCCGTACGACTAATACGAAGATATTGTCGCATTTTAGA
TCGTTGTCGCTCTTCATTTTAATAATCTGTTTGCTAGACCTTTGTATCTGCAACAACTAT
GTTTCTTGTTAAATGACAGTTATGTTTCAAACC


BQ
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AF RR3F396TF U 1
AF RR3B258TF U 1
AF RR3B258JQ C 245
BS 1 700 RR3B258TF
BS 701 701 RR3B258JQ
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BS 745 788 RR3B258TF
BS 789 1053 RR3B258JQ

RD RR3F396TF 676 0 0
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AAAACCCTTATTCAGCGAAAGTTACGGTTGTTTAGTTGGTAATGATGATGAGTGGATGCG
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CTACAACAACATCAGGACAATCTCAACGTTATCTTGCTCCAAGTTCATTGTCTGTCATAA
AGAACTCTTTGGCCTCACCTTTACCATTTAATGGGCTTCAAGCTAGTGTACAAAGAGGTG
TGCCTTTGTCATATCTCTCAGCCTCGTCTTCTTGCCTTCTGAATGGGGAACAAGGTAGTC
TGTCTAGTACATTACCCGTGTTACCCGTCCGCAGGAAAAGCCTTTTGTCCCCAAGAGCAT
CAAAAGATGTACCTTCCAGCTTCCGGTTTCCTCCAATGACCAAAAAGCCACAATGGTGGT
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AAACCGCTTACCATCTCCACCCTTTCCTAGAAGATTTCGAGTTCTTGACCTACCCGTTTC
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TTGGGGTTGTGAGAAG

QA 1 676 1 676
DS 

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AAAACCCTTATTCAGCGAAAGTTACGGTTGTTTAGTTGGTAATGATGATGAGTGGATGCG
GCACGTTAACTTCACATGTTCTGACAAGCTCTTGGGGGTTCAAGCCTTCTTCATACAGAG
CTACAACAACATCAGGACAATCTCAACGTTATCTTGCTCCAAGTTCATTGTCTGTCATAA
AGAACTCTTTGGCCTCACCTTTACCATTTAATGGGCTTCAAGCTAGTGTACAAAGAGGTG
TGCCTTTGTCATATCTCTCAGCCTCGTCTTCTTGCCTTCTGAATGGGGAACAAGGTAGTC
TGTCTAGTACATTACCCGTGTTACCCGTCCGCAGGAAAAGCCTTTTGTCCCCAAGAGCAT
CAAAAGATGTACCTTCCAGCTTCCGGTTTCCTCCAATGACCAAAAAGCCACAATGGTGGT
GGAGAACTTTGGCATGCCTGCCTTACCTGATGCCGCTTCACGAAACCTGGATGTACGCAG
AAACCGCTTACCATCTCCGCCCTTTCCTAGAAGATTTCGAGTTCTTGACCTACCCGTTTC
TAAGCGCCTTAGGGAAGTTACCGGGCTGGTTCCTCATGGCTTACTTCTTTGTAGCTTACC
TTGGGGTTGTGAGAAGAAAAGAATGGCCTCACTTCTTCAG*TTCCATGTGGTGATGGGTA
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TCTATTGG

QA 1 788 1 788
DS 

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TTTGTCATATCTCTCAGCCTCGTCTTCTTGCCTTCTGAATGGGGAACAAGGTAGTCTGTC
TAGTACATTACCCGTGTTACCCGTCCGCAGGAAAAGCCTTTTGTCCCCAAGAGCATCAAA
AGATGTACCTTCCAGCTTCCGGTTTCCTCCAATGACCAAAAAGCCACAATGGTGGTGGAG
AACTTTGGCATGCCTGCCTTACCTGATGCCGCTTCACGAAACCTGGATGTACGCAGAAAC
CGCTTACCATCTCCGCCCTTTCCTAGAAGATTTCGAGTTCTTGACCTACCCGTTTTTAAG
CGCCTTAGGGAAGTTACCGGGCTGGTTCCTCATGGCTTACTTCTTTGTAGCTTACCTTGG
GGTTGTGAGAAGAAAAGAATGGCCTCACTTCTTCAGGTTCCATGTGGTGATGGGTATGCT
GCTTGAAATCGCTCTTCAGGTGGTGGGAACTGTCAGCAAGTGGATGCCTCTTGGACTCTA
TTGGGGTAAGTTTGGGATGCATTTCTGGACTGCTGTTGCGTTTGCATATCTGTTTACCGT
CCTTGAGAGCATAAGGTGTGCACTCGCGGTCATGTACGCAGACATCCCATTTGTCTGTGA
TGCTGCGTATATCCAGATTCCGTACGACTAATACGAAGATATTGTCGCATTTTAGATCGT
TGTCGCTCTTCATTTTAATAATCTGTTTGCTAGACCTTTGTATCTGCAACAACTATGTTT
CTTGTTAAATGACAGTTATGTTTCAAACC

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 5

CO CL1853Contig1 1421 5 6 U
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AGCCAAGAACTTCCCGCAGAACAAATCCTCCTCCGTTTCTCCGACGATCGTCGCGGCGGT
CGCGATGTCCAGCGGGCAGACGGGAGAGAGGCTGGAGCTGAAGAAGATGTTCGAAGACGC
TTACGAGCGTTGCAGAACTGCTCCCATGGAAGGCGTCGCTTTCACCGTCGACGATTTCGC
AGCCGCCATCGAACAATACGACTTCAATTCCGAAATCGGCACTAGGGTGAAAGGAACGGT
GTTCAAGACCGATGCAAACGGTGCATTAGTCGACATTTCTGCAAAGTCGTCGGCTTACTT
GTCGGTTGAACAGGCTTGCATTCACAGAATCAAGCATGTGGAGGAAGCTGGTATAGTTCC
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GAGCTTAAGGATGATTCAGTACGAACTCGCTTGGGAACGGTGCAGGCAGCTTCAGGCTGA
GGATGTTGTCGTTAAAGCTAAGGTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTGGCTATGGT
GGAGGGTCTTCGTGGGTTTGTGCCATTTTCGCAGATCTCATCGAAAGCACCAGCTGAAGA
GCTACTTGAGAAAGAGATACCTCTCAAGTTTGTGGAGGTTGATGAGGAACAGACAAAGCT
TGTCCTCAGCAACCATAAAGCTGTAGCAGATAGCCAGGCTCAGCTTGGAATTGGATCTGT
GGTTCTTGGAGTTGTTCAGAGCTTGAAGCCCTATGGTGCATTCATTGACATTGGAGGAAT
CAATGGGCTTCTCCATGTCAGTCAGATCAGTCATGACCGTGTCTCGGATATCGCTACTGT
TCTTCAGCCCGGTGACACTTTGAAGGTAATGATACTGAGCCATGACCGTGACAGAGGAAG
GGTAAGTCTCTCCACAAAGAAGCTGGAGCCAACTCCTGGTGATATGATTCGCAACCCAAA
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AGAAGCTATGGCCCGTGCAGACATGCTTCGCTTCCAACCTGAGAGTGGACTGACGCTGAG
TTCTGAAGGGATACTAGGACCACTCGGATCTGACTTGCCAGATGATGGAGTTGATCTCAC
CGTCGGTGACATTCCTCCTGCCGTTGATCTTTAGATTCAAACCCTTTTTTTTTGCTTGCG
TTTACTTGTCATAGACAAAAACACATATCCTGGAGCTTAATGTAAAATGTAAGAAACTCA
TGTGTATGTTTCATTGATTGCAATGTCCAAAAGTTCATCAG


BQ
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AF RR3AP30TF U 1
AF RR3E460TF U 566
AF RR3AP30JQ C 499
AF RR3F744TF U 900
AF RR3A779TF U 1004
BS 1 640 RR3AP30TF
BS 641 641 RR3E460TF
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RD RR3AP30TF 857 0 0
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GCAATTCACCGGGCTGAGATGCTCTCCGCTCTCCTCCTCTCCTAGGCTATCGAGGAGAGC
AGCCAAGAACTTCCCGCAGAACAAATCCTCCTCCGTTTCTCCGACGATCGTCGCGGCGGT
CGCGATGTCCAGCGGGCAGACGGGAGAGAGGCTGGAGCTGAAGAAGATGTTCGAAGACGC
TTACGAGCGTTGCAGAACTGCTCCCATGGAAGGCGTCGCTTTCACCGTCGACGATTTCGC
AGCCGCCATCGAACAATACGACTTCAATTCCGAAATCGGCACTAGGGTGAAAGGAACGGT
GTTCAAGACCGATGCAAACGGTGCATTAGTCGACATTTCTGCAAAGTCGTCGGCTTACTT
GTCGGTTGAACAGGCTTGCATTCACAGAATCAAGCATGTGGAGGAAGCTGGTATAGTTCC
TGGTATGGTGGAGGAGTTCGTCATCATTGGTGAGAACGAGAGTGATGACAGTTTGCTATT
GAGCTTAAGGATGATTCAGTACGAACTCGCTTGGGAACGGTGCAGGCAGCTTCAGGCTGA
GGATGTTGTCGTTAAAGCTAAGGTTATTGGTGCTAACAAAAGTGGATTGGTGGCTATGGT
GGAGGGTCTTCGTGGGTTTGTGCCATTTTCGCAGATCTCATCGAAAGCACCAGCTGAAGA
GCTACTTGAGAAAGAGATACCTCTCAAGTTTGTGGAGGTTGATGAGGAACAGACAAAGCT
TGTCCTCAGCAACCATAAAGCTGTAGCAGATAGCCAGGCTCAGCTTGGAATTGGATCTGT
GGTTCTTGGAGTTGTTC

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR3E460TF 648 0 0
GG
CGCTTGGGAACGGTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTGTCGTTAAAGCTAAGGTTAT
TGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTGGCTATGGTGGAGGGTCTTCGTGGGTTTGTGCCATT
TTCGCAGATCTCATCGAAAGCACCAGCTGAAGAGCTACTTGAGAAAGAGATACCTCTCAA
GTTTGTGGAGGTTGATGAGGGACAGACAAAGCTTGTCCTCAGCAACCGTAAAGCTGTAGC
AGATAGCCAGGCTCAGCTTGGAATTGGATCTGTGGTTCTTGGAGTTGTTCAGAGCTTGAA
GCCCTATGGTGCATTCATTGACATTGGAGGAATCAATGGGCTTCTCCATGTCAGTCAGAT
CAGTCATGACCGTGTCTCGGATATCGCTACTGTTCTTCAGCCCGGTGACACTTTGAAGGT
AATGATACTGAGCCATGACCGTGACAGAGGAAGGGTAAGTCTCTCCACAAAGAAGCTGGA
GCCAACTCCTGGTGATATGATTCGCAACCCAAAACTTGTCTTCGAGAAGGCTGAGGAGAT
GGCTCAGACGTTCAGACAGAGAATCGCCCAAGCAGAAGCTATGGCCCGTGCAGACATGCT
TCGCTTCCAACCTGAGAGTGGACTGACGCTGAGTTCTGAA
AGGGAT

QA 3 642 3 642
DS 

RD RR3AP30JQ 885 0 0
CGTCATCATTGGTGAGAACGAGAGTGATGACAGTTTGCTATTGAGCTTAAGGATGATTCA
GTACGAACTCGCTTGGGAACGGTGCAGGCAGCTTCAGGCTGAGGATGTTGTCGTTAAAGC
TAAGGTTATTGGTGCTAACAAAGGTGGATTGGTGGCTATGGTGGAGGGTCTTCGTGGGTT
TGTGCCATTTTCGCAGATCTCATCGAAAGCACCAGCTGAAGAGCTACTTGAGAAAGAGAT
ACCTCTCAAGTTTGTGGAGGTTGATGAGGAACAGACAAAGCTTGTCCTCAGCAACCATAA
AGCTGTAGCAGATAGCCAGGCTCAGCTTGGAATTGGATCTGTGGTTCTTGGAGTTGTTCA
GAGCTTGAAGCCCTATGGTGCATTCATTGACATTGGAGGAATCAATGGGCTTCTCCATGT
CAGTCAGATCAGTCATGACCGTGTCTCGGATATCGCTACTGTTCTTCAGCCCGGTGACAC
TTTGAAGGTAATGATACTGAGCCATGACCGTGACAGAGGAAGGGTAAGTCTCTCCACAAA
GAAGCTGAAGCCAACTCCTGGTGATATGATTCGCAACCCAAAACTTGTCTTCGAGAAGGC
TGAGGAGATGGCTCAGGCGTTCAGACAGAGAATCGCCCAAGCAGAAGCTATGGCCCGTGC
AGACATGCTTCGCTTCCAACCTGAGAGTGGACTGACGCTGAGTTCTGAAGGGATACTAGG
ACCATTCGGATCTGACTTGCCAGATGATGGAGTTGATCTCACCGTCGGTGACATTCCTCC
TGCCGTTGATCTTTAGATTCAAACCCTTTTTTTTTGCTTGCGTTTACTTGTCATAGACAA
AAACACATATCCTGGAGCTTAATGTAAAATGTAAGAAACTCATGT

QA 1 885 1 885
DS 

RD RR3F744TF 510 0 0
G
CAATGGGCTTCTCCATGTCAGTCAGATCAGTCATGACCGTGTCTCGGATATCGCTACTGT
TCTTCAGCCCGGTGACACTTTGGAGGTAATGATACTGAGCCATGACCGTGACAGAGGAAG
GGTAAGTCTCTCCACAAAGAAGCTGGAGCCAACTCCTGGTGATATGATTCGCAACCCAAA
ACTTGTCTTCGAGAAGGCTGAGGAGATGGCTCAGACGTTCAGACAGAGAATCGCCCAAGC
AGAAGCTATGGCCCGTGCAGACATGCTTCGCTTCCAACCTGAGAGTGGACTGACGCTGAG
TTCTGAAGGGATACTAGGACCACTCGGATCTGACTTGCCAGATGATGGAGTTGATCTCAC
CGTCGGTGACATTCCTCCTGCCGTTGATCTTTAGATTCAAACCCTTTTTTTTTGCTTGCG
TTTACTTGTCATAGACAAAAACACATATCCTGGAGCTTAATGTAAAATGTAAGAAACTCA
TGTGTATGTTTCATTGATTGCAATGTCCA

QA 2 510 2 510
DS 

RD RR3A779TF 418 0 0
GG
CCGTGACAGAGGAAGGGTAAGTCTCTCCACAAAGAAGCTGGAGCCAACTCCTGGTGATTT
GATTCGCAACCCAAAACTTGTCTTCGAGAAGGCTGAGGAGATGGCTCAGACGTTCAGACA
GAGAATCGCCCAAGCAGAAGCTATGGCCCGTGCAGACATGCTTCGCTTCCAACCTGAGAG
TGGACTGACGCTGAGTTCTGAAGGGATACTAGGACCACTCGGATCTGACTTGCCAGATGA
TGGAGTTGATCTCACCGTCTGTGACATTCCTCCTGCCGTTGATCTTTAGATTCAAACCCT
TTTTTTTTGCTTGCGTTTACTTGTCATAGACAAAAACACATATCCTGGAGCTTAATGTAA
AATGTAAGAAACTCATGTGTATGTTTCATTGATTGCAATGTCCAAAAGTTCATCAG

QA 3 418 3 418
DS 



AS 1 5

CO CL1854Contig1 1114 5 15 U
GGAAGACACACGTTACCTTTGTGCGTTCTTTCTCCAGTTTGCAGATGATGAAGATCTACA
ATCCGAGTGGAAGGCAGCAAAGAAGAAGAACAAGTTAAAGGTTGTATCACTAATCAAGGA
AAGAACGGGGTATACTGTCAACCCGGATGCAATGTTCGACATTCAGATAAAGCGTATCCA
TGAGTACAAGCGACAACTGCTTAATATATTGGGGATTGTTTACCGCTACAAAAAGATGAA
GGAAATGAGTGCAAGTGAGAGGGAGAAGGCATTTGTTCCAAGAGTTTGTATTTTTGGGGG
AAAAGCATTTGCCACATATGTGCAAGCCAAGAGGATTGTGAAGTTCATCACAGATGTTGG
GTCTACTATTAACAATGATCCAGAAATAGGTGACCTGCTCAAGGTTATCTTTGTTCCTGA
TTACAATGTCAGTGTTGCTGAATTGCTCATTCCAGCTAGTGAGCTTTCTCAGCACATCAG
TACCGCTGGGATGGAAGCGAGTGGGACAAGCAACATGAAGTTTTCTATGAACGGTTGCAT
TTTGATAGGAACCTTGGATGGGGCTAATGTCGAGATTCGAGAAGAAGTTGGCGAAGAGAA
CTTCTTCCTCTTCGGTGCCAAAGCTGACGAGATTGTGAACCTCAGGAAAGAGAGAGCAGA
GGGAAAGTTTGTTCCGGATCCTATATTTGAAGAAGTCAAGCGATACGTTAGAAGCGGTGT
CTTTGGCTCAAACTATGATGAACTAATTGGCTCTTTAGAAGGAAATGAGGGATTTGGACG
AGCTGATTACTTCCTCGTTGGCAAAGACTTTCCTAGTTACGTTGAATGCCAAGAAAAAGT
TGACGAGGCATACCGAGACCAGAAAAAATGGACGAGAATGTCAATCTTGAACACAGCAGG
TTCATTCAAGTTTAGCAGTGACCGGACCATCCATGAATATGCCAAAGACATATGGAATAT
TAAGCAAGTTGAACTTCCATGAGCCTTTGACCATTTAAAGAAGTTTTTTTGATTCTCTTC
TACTTCCCAAGTTAAGTGTATTAAGGTAAAATAAGGAAACCATGTGTAGTGGATATGCGA
GACAATGAATGTACGAAATAAGATTCAGACGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3FR92TF U 1
AF RR3B440TF U 88
AF RR3EY13TF U 291
AF RR3EY13JQ C 336
AF RR3FR92JQ C 421
BS 1 425 RR3FR92TF
BS 426 426 RR3B440TF
BS 427 645 RR3FR92TF
BS 646 646 RR3B440TF
BS 647 706 RR3FR92TF
BS 707 833 RR3B440TF
BS 834 899 RR3EY13TF
BS 900 900 RR3EY13JQ
BS 901 991 RR3EY13TF
BS 992 992 RR3EY13JQ
BS 993 1009 RR3EY13TF
BS 1010 1010 RR3EY13JQ
BS 1011 1041 RR3EY13TF
BS 1042 1111 RR3EY13JQ
BS 1112 1114 RR3FR92JQ

RD RR3FR92TF 706 0 0
GGAAGACACACGTTACCTTTGTGCGTTCTTTCTCCAGTTTGCAGATGATGAAGATCTACA
ATCCGAGTGGAAGGCAGCAAAGAAGAAGAACAAGTTAAAGGTTGTATCACTAATCAAGGA
AAGAACGGGGTATACTGTCAACCCGGATGCAATGTTCGACATTCAGATAAAGCGTATCCA
TGAGTACAAGCGACAACTGCTTAATATATTGGGGATTGTTTACCGCTACAAAAAGATGAA
GGAAATGAGTGCAAGTGAGAGGGAGAAGGCATTTGTTCCAAGAGTTTGTATTTTTGGGGG
AAAAGCATTTGCCACATATGTGCAAGCCAAGAGGATTGTGAAGTTCATCACAGATGTTGG
GTCTACTATTAACAATGATCCAGAAATAGGTGACCTGCTCAAGGTTATCTTTGTTCCTGA
TTACAGTGTCAGTGTTGCTGAATTGCTCATTCCAGCTAGTGAGCTTTCTCAGCACATCAG
TACCGCTGGGATGGAAGCGAGTGGGACAAGCAACATGAAGTTTTCTATGAACGGTTGCAT
TTTGATAGGAACCTTGGATGGGGCTAATGTCGAGATTCGAGAAGAAGTTGGCGAAGAGAA
CTTCTTCCTCTTCGGTGCCAAAGCTGACGAGATTGTGAACCTCAG*AAAGAGAGAGCAGA
GGGAAAGTTTGTTCCGGATCCTATATTTGAAGAAGTCAAGCGATAC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3B440TF 746 0 0
GAACAAGTTAAAGGTTGTATCACTAATCAAGGAAAGAACGGGGTATACTGTCAACCCGGA
TGCAATGTTCGACATTCAGATAAAGCGTATCCATGAGTACAAGCGACAACTGCTTAATAT
ATTGGGGATTGTTTACCGCTACAAAAAGATGAAGGAAATGAGTGCAAGTGAGAGGGAGAA
GGCATTTGTTCCAAGAGTTTGTATTTTTGGGGGAAAAGCATTTGCCACATATGTGCAAGC
CAAGAGGATTGTGAAGTTCATCACAGATGTTGGGTCTACTATTAACAATGATCCAGAAAT
AGGTGACCTGCTCAAGGTTATCTTTGTTCCTGATTACAATGTCAGTGTTGCTGAATTGCT
CATTCCAGCTAGTGAGCTTTCTCAGCACATCAGTACCGCTGGGATGGAAGCGAGTGGGAC
AAGCAACATGAAGTTTTCTATGAACGGTTGCATTTTGATAGGAACCTTGGATGGGGCTAA
TGTCGAGATTCGAGAAGAAGTTGGCGAAGAGAACTTCTTCCTCTTCGGTGCCAAAGCTGA
CGAGATTGTGAACCTCAGGAAAGAGAGAGCAGAGGGAAAGTTTGTTCCGGGTCCTATATT
TGAAGAAGTCAAGCGATACGTTAGAAGCGGTGTCTTTGGCTCAAACTATGATGAACTAAT
TGGCTCTTTAGAAGGAAATGAGGGATTTGGACGAGCTGATTACTTCCTCGTTGGCAAAGA
CTTTCCTAGTTACGTTGAATGCCAAG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3EY13TF 770 0 0
TTTTTGGGGGAAAAGCATTTGCCACATATGTGCAAGCCAAGAGGATTGTGAAGTTCATCA
CAGATGTTGGGTCTACTATTAACAATGATCCAGAAATAGGTGACCTGCTCAAGGTTATCT
TTGTTCCTGATTACAATGTCAGTGTTGCTGAATTGCTCATTCCAGCTAGTGAGCTTTCTC
AGCACATCAGTACCACTGGGATGGAAGCGAGTGGGACAAGCAACATGAAGTTTTCTATGA
ACGGTTGCATTTTGATAGGAACCTTGGATGGGGCTAATGTCGAGATTCGAGAAGAAGTTG
GCGAAGAGAACTTCTTCCTCTTCGGTGCCAAGGCTGACGAGATTGTGAACCTCAGGAAAG
AGAGAGCAGAGGGAAAGTTTGTTCCGGATCCTATATTTGAAGAAGTCAAGCGATACGTTA
GAAGCGGTGTCTTTGGCTCAAACTATGATGAACTAATTGGCTCTTTAGAAGGAAATGAGG
GATTTGGACGAGCTGATTACTTCCTCGTTGGCAAAGACTTTCCTAGTTACGTTGAATGCC
AAGAAAAAGTTGACGAGGCATACCGAGACCAGAAAAAATGGACGAGAATGTCAATCTTGA
ACACAGCAG*TTCATTCAAGTTTAGCAGTGACCGGACCATCCATGAATATGCCAAAGACA
TATGGAATATTAAGCAAGTTGAACTTCCATGAGCCTTTGAC*ATTTAAAGAAGTTTTTT*
GATTCTCTTCTACTTCCCAAGTTAAGTGTAT
AAGTAAATAAGAAACATGT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3EY13JQ 776 0 0
TTGTGAAGTTCATCACAGATGTTGGGTCTACTATTAACAATGATCCAGAAATAGGTGACC
TGCTCAAGGTTATCTTTGTTCCTGATTACAATGTCAGTGTTGCTGAATTGCTCATTCCAG
CTAGTGAGCTTTCTCAGCACATCAGTACCACTGGGATGGAAGCGAGTGGGACAAGCAACA
TGAAGTTTTCTATGAACGGTTGCATTTTGATAGGAACCTTGGATGGGGCTAATGTCGAGA
TTCGAGAAGAAGTTGGCGAAGAGAACTTCTTCCTCTTCGGTGCCAAGGCTGACGAGATTG
TGAACCTCAGGAAAGAGAGAGCAGAGGGAAAGTTTGTTCCGGATCCTATATTTGAAGAAG
TCAAGCGATACGTTAGAAGCGGTGTCTTTGGCTCAAACTATGATGAACTAATTGGCTCTT
TAGAAGGAAATGAGGGATTTGGACGAGCTGATTACTTCCTCGTTGGCAAAGACTTTCCTA
GTTACGTTGAATGCCAAGAAAAAGTTGACGAGGCATACCGAGACCAGAAAAAATGGACGA
GAATGTCAATCTTGAACACAGCAGGTTCATTCAAGTTTAGCAGTGACCGGACCATCCATG
AATATGCCAAAGACATATGGAATATTAAGCAAGTTGAACTTCCATGAGCCTTTGACCATT
TAAAGAAGTTTTTTTGATTCTCTTCTACTTCCCAAGTTAAGTGTATTAAGGTAAAATAAG
GAAACCATGTGTAGTGGATATGCGAGACAATGAATGTACGAAATAAGATTCAGACG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3FR92JQ 694 0 0
TTACAGTGTCAGTGTTGCTGAATTGCTCATTCCAGCTAGTGAGCTTTCTCAGCACATCAG
TACCGCTGGGATGGAAGCGAGTGGGACAAGCAACATGAAGTTTTCTATGAACGGTTGCAT
TTTGATAGGAACCTTGGATGGGGCTAATGTCGAGATTCGAGAAGAAGTTGGCGAAGAGAA
CTTCTTCCTCTTCGGTGCCAAAGCTGACGAGATTGTGAACCTCAGGAAAGAGAGAGCAGA
GGGAAAGTTTGTTCCGGATCCTATATTTGAAGAAGTCAAGCGATACGTTAGAAGCGGTGT
CTTTGGCTCAAACTATGATGAACTAATTGGCTCTTTAGAAGGAAATGAGGGATTTGGACG
AGCTGATTACTTCCTCGTTGGCAAAGACTTTCCTAGTTACGTTGAATGCCAAGAAAAAGT
TGACGAGGCATACCGAGACCAGAAAAAATGGACGAGAATGTCAATCTTGAACACAGCAGG
TTCATTCAAGTTTAGCAGTGACCGGACCATCCATGAATATGCCAAAGACATATGGAATAT
TAAGCAAGTCGAACTTCCATGAGCCTTTGACCATTTAAAGAAGTTTTTTTGATTCTCTTC
TACTTCCCAAGTTAAGTGTATTAAGGTAAAATAAGGAAACCATGTGTAGTGGATATGCGA
GACAATGAATGTACGAAATAAGATTCAGACGAGC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 2 4

CO CL1855Contig1 1377 2 4 U
GGCACAATCAAAATCACAAGACACAGATTACACTATGGGAAACATCAAAAGTCTTTTCAC
ACTTCTCTTCTTCATAATAACTACGTCGCTAGCAGTAACGTTTTCCGGTAAAATACCCGC
CATCATCGTGTTTGGCGACTCAACCGTTGATGCGGGTAACAACAACTACATCCCAACAGT
GGCAAGAAGCAACTTTGAGCCATACGGACGGGACTTTGTTGGTGGGAAACCGGCTGGGAG
GTTTTGTAATGGAAAGATTGCGACGGACTTTATGTCGGAAGCCATAGGGCTCAAACCAAT
AGTTCCGGCATACTTGGATCCTTCTTACAACATTTCAGATTTTGCAACAGGTGTTACTTT
TGCCTCTGCTGCCACCGGCTACGACAACGCCACTTCCGATGTGCTGTCGGTTCTACCACT
GTGGAAACAACTTGAATACTACAAAGAATACCAAACAAAACTAGAAGCATACCAAGGAAA
AGACCAAGCCACAGAAACGATAACCAACTCTCTGTACCTCATAAGCGTAGGGACCAACGA
CTTCCTGGAGAACTACTTTGCCTTTCCTGGACGTTCTTCTCAATACTCGGTCGATCTTTA
CCAAGATTTTCTAGCTGGAATCGCCAAAGAGTTTGTGAAGAAGCTACACGGACTTGGAGC
TAGAAAGATTTCACTAGGTGGATTGCCTCCAATGGGATGTATGCCTTTAGAGAGAGCCAC
CAACATTGGCACGGGAGGTGAGTGCGTTGGACGCTTTAACGACATTGCGGTCCAGTTCAA
CGGCAAGCTTGAGAGGCTTGTTGAGAAGCTGAGCAAAGAGCTTTCTGGTTCCGTCCTTGT
TTTTTCAAATCCCTATGAACCATTTATGCGAATCATCAAGAACCCTTCCTCTTTTGGGTT
CGAGGTGGCCGCAGCTGCTTGCTGTGCGACGGGGATGTTCGAGATGGGTTATAGTTGCCA
AAGGAATAACCCATTCACATGTTCAAACGCAGACAAGTATGTGTTTTGGGACTCATTTCA
TCCAACACAGAAGACTCATCGCATCATGGCCAATTTTCTCATGAACGACACATTCTCTGA
CTTCCTGTAATGATTTATGTGTGTGTGTCTGGAGAACGGATGATGGAGAGGAGAGTAATA
TTATTATTAGGGCTTGTCTACAGGGCTTAACTTCCCATATTTTTGATCCAATAAATTATG
CACTTTGTATGTATTAAATTAGACTTTGCTTTTGTGTTAAGATGTTAAAATAGCGTAACC
TATGTTTATTTCTGTACTATGGTGTGCCTATATAGCTTATTTTATTAGACAAAGAACATG
CATGTGTTCTTGTTTAGGTATTCTCATTACGTTATGTTTCATCATGAAAGTTCTAAG


BQ
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C

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DS 



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BQ
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AF RR3DK59JQ U 1
AF RR3GR46JQ U 1
BS 1 100 RR3DK59JQ
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BS 198 198 RR3GR46JQ
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RD RR3DK59JQ 840 0 0
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AATACATACAAAGTGCATAATTTATATTTTTTCAAAAAAA**AAGTGCATAATTTATTGG
ATCAAAAATATGGGAAGTGAAGCCCTGTAGACAAGCCCTAATAATAATATAACTCTCCTC
TCCATCCTCCGTTCTCCTGACACACACACATAAATCATTACAGGAAGTCAGAGAATGTGT
CGTTCATGAGAAAATTGGCCATGATGCGATGAGTCTTCTGTGTTGGATGAAATGAGTCCC
AAAACACATACTTGTCTGCGTTGGAACATGTGAATGGGTTATTCCTTTGGCAACTATATC
CCATCTCGAACATCCCCGTCGCACAGCAAGCAGCTGCGGCCACCTCGAACCCAAAAGAGG
AAGGGTTCTTGATGATTCGCATAAATGGTTCATAGGGATTTGAAAAAACAAGGACGGAAC
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CAATGTCGTTAAAGCGTCCAACGCACTCACCTCCCGTGCCAATGTTGGTGGCTCTCTCTA
AAGGCATGCATCCCATTGGAGGAAATCCACCTAGTGAAATCTTCCTAGCTCCAAGTCCGT
GCAGCTTCTTCACAAAGTCTTTGGCGATTCCAGCTAGAAAATCTTGGTAAAGATCGACCG
AGTATTGAGAAGAACGTCCAGGAAAGGCAAAGTAGTTCTCCAGGAAGTCGTTGGTCCCTA
CGCTTATGAGTACAGAGAGTTGGTTATCGTTTCTGTGGATGGTCTTTTCCTTGGTATGCT

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR3GR46JQ 786 0 0
GT
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TACATACAAAGTGCATAATTTATATTTTTTCAAAAAAAGAAAGTGCATAATTTATTGGAT
CAAAAATATGGGAAGTGAAGCCCTGTAGACAAGCCCTAATAATAATATAACTCTCCTCTC
CATCCTCCGTTCTCCAGACACACACA**TAAATCATTACAGGAAGTCAGAGAATGTGTCG
TTCATGAGAAAATTGGCCATGATGCGATGAGTCTTCTGTGTTGGATGAAATGAGTCCCAA
AACACATACTTGTCTGCGTTGGAACATGTGAATGGGTTATTCCTTTGGCAACTATATCCC
ATCTCGAACATCCCCGTCGCACAGCAAGCAGCTGCGGCCACCTCGAACCCAAAAGAGGAA
GGGTTCTTGATGATTCGCATAAATGGTTCATAGGGATTTGAAAAAACAAGGACGGAACCA
GAAAGCTCTTTGCTCAGCTTCTCAACAAGCCTCTCAGGCTTGCCGTTGAACTGGACCGCA
ATGTCGTTAAAGCGTCCAACGCACTCACCTCCCGTGCCAATGTTGGTGGCTCTCTCTAAA
GGCATGCATCCCATTGGAGGCAATCCACCTAGTGAAATCTTCCTAGCTCCAAGTCCGTGC
AGCTTCTTCACAAAGTCTTTGGCGATTCCAGCTAGAAAATCTTGGTAAAGATCGACCGAG
TATTGAGAAGAACGTCCAGGAAAGGCAAAGTAGTTCTCCAGGAAGTCGTTGGTCCCTACG
CTTA

QA 3 786 3 786
DS 



AS 1 4

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GGGATTCTCATTAAGATGGTGGCGAAAAAAGAAGCGGCGCAAGTTAACATAATGATGAAC
TCAGCGTATCGAAGCCTTCACTTGACAGCGTCTCGTCTGATAAACCCTAACCCCATCTCC
TCTTCTCTCCTCCATCTTCTCCCTCTCTACTCCATCAACGCTTCTCCTCTCCGCCGTCGA
AACTTAGTGACTCCTTTCTCCTCCTCTTCTTCTTCCTCTTTGTACGCTCCTATGGCGGGA
GGAGATGGCCAGGTTCCTCCACCGGAGTCTCATTTGCTGGAGAAGCAGTTCGAGAGCTTC
CGTGTTCAGCTCGAATAGTCTGCAGCTTTGAGAGAGCAGATTCGTGCTGTGGTTATGGAG
ATTGAGTCCGCCACTAGGCTCATTCAAGCTAACCTCCTTCTCGTTCATCAATCTCGACCC
ATTCCGGAGATTATCGAGAAAGCTAAGGAAAAGGTGGATGATTTGAAGAAGTTCTACGGT
CGGCTTGCTGAGATCCTTCAGAAATGTCCTGGACAGTACTATAGGTACCATGGGGACTGG
AGGAGTGAGACACAGGCAGTGGTCTCCCAGCTCGCTTTTATGCACTGGCTAGAAACTGGA
ACTCTTCTTGTGCATACCGAAGCTGAAGCAAAACTTGGGTTGAACAGTTTGGAGTTTGGA
CTGGAGACGGAAGATTATCTGACTGGAATATGCTTCATGTCAAACGATTTGCCTAGGTAC
GTGGTGAATAGAGTAACAGCAGGAGACTATGACTGTCCAAGAAAGGTGATGAACTTCTTG
ACGGATCTTCATGCTGCCTTTCGCATGCTCAACCTCAGGAACGATTTTCTACGCAAGAAA
TTCGACAGTATGAAATATGATCTAAGAAGAGTGGAAGAAGTGTACTATGATGTTAAGATC
CGAGGTTTGATTTCTGGTGGAGATCCTCCTCCTCCTCCTCAAGTCCAAGACCAATCCTAA
ATTAGGATCTTTCACTCTCGTTTGCTCTTTGCAACTTTGTTTAGCTAATCATGAAACAGC
AAGGAGTGTTTTTCTTTAAGACCCAAAACAGCAAGGAGTTTGTTTCTGTAAAACTAAAAC
GGCAAGGAATAGGCAGATCATTTTGGTTTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GT32TF U 1
AF RR3FG49TF U 39
AF RR3FG49JQ C 267
AF RR3GT32JQ C 681
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TCTTCTCTCCTCCATCTTCTCCCTCTCTACTCCATCAACGCTTCTCCTCTCCGCCGTCGA
AACTTAGTGACTCCTTTCTCCTCCTCTTCTTCTTCCTCTTTGTACGCTCCTATGGCGGGA
GGAGATGGCCAGGTTCCTCCACCGGAGTCTCATTTGCTGGAGAAGCAGTTCGAGAGCTTC
CGTGTTCAGCTCGAAGAGTCTGCAGCTTTGAGAGAGCAGATTCGTGCTGTGGTTATGGAG
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ATTCCGGAGATTATCGAGAAAGCTAAGGAAAAGATGGATGATTTGAAGAAGTTCTACGGT
CGGCTTGCTGAGATCCTTCAGAAATGTCCTGGACAGTACTATAGGTACCATGGGGACTGG
AGGAGTGAGACACAG*CAGTGGTCTCCCAGCTCGCTTTTATGCACTGGCTAGAAACTGGA
ACTCTTCTTGTGCATACCGAAGCTGAAGCAAAACTTGGGT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3FG49TF 674 0 0
GG
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TAAACCCTAACCCCATCTCCTCTTCTCTCCTCCATCTTCTCCCTCTCTACTCCATCAACG
CTTCTCCTCTCCGCCGTCGAAACTTAGTGACTCCTTTCTCCTCCTCTTCTTCTTCCTCTT
TGTACGCTCCTATGGCGGGAGGAGATGGCCAGGTTCCTCCACCGGAGTCTCATTTGCTGG
AGAAGCAGTTCGAGAGCTTCCGTGTTCAGCTCGAATAGTCTGCAGCTTTGAGAGAGCAGA
TTCGTGCTGTGGTTATGGAGATTGAGTCCGCCACTAGGCTCATTCAAGCTAACCTCCTTC
TCGTTCATCAATCTCGACCCATTCCGGAGATTATCGAGAAAGCTAAGGAAAAGGTGGATG
ATTTGAAGAAGTTCTACGGTCGGCTTGCTGAGATCCTTCAGAAATGTCCTGGACAGTACT
ATAGGTACCATGGGGACTGGAGGAGTGAGACACAGGCAGTGGTCTCCCAGCTCGCTTTTA
TGCACTGGCTAGAAACTGGAACTCTTCTTGTGCATACCGAAGCTGAAGCAAAACTTGGGT
TGAACAGTTTGGAGTTTGGACTGGAGACGGAAGATTATCTGACTGGAATATGCTTCATGT
CAAACGATTTGC

QA 3 674 3 674
DS 

RD RR3FG49JQ 847 0 0
G
TCTCATTTGCTG*AGAAGCAGTTCGAGAGCTTCCGTGTTCAGCTCGAATAGTCTGCAGCT
TTGAGAGAGCAGATTCGTGCTGTGGTTATGGAGATTGAGTCCGCCACTAGGCTCATTCAA
GCTAACCTCCTTCTCGTTCATCAATCTCGACCCATTCCGGAGATTATCGAGAAAGCTAAG
GAAAAGGTGGATGATTTGAAGAAGTTCTACGGTCGGCTTGCTGAGATCCTTCAGAAATGT
CCTGGACAGTACTATAGGTACCATGGGGACTGGAGGAGTGAGACACAGGCAGTGGTCTCC
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GCAAAACTTGGGTTGAACAGTTTGGAGTTTGGACTGGAGACGGAAGATTATCTGACTGGA
ATATGCTTCATGTCAAACGATTTGCCTAGGTACGTGGTGAATAGAGTAACAGCAGGAGAC
TATGACTGTCCAAGAAAGGTGATGAACTTCTTGACGGATCTTCATGCTGCCTTTCGCATG
CTCAACCTCAGGAACGATTTTTTACGCAAGAAATTCGACAGTATGAAATATGATCTAAGA
AGAGTGGAAGAAGTGTACTATGATGTTAAGATCCGAGGTTTGATTTCTGGTGGAGATCCT
CCTCCTCCTCCTCAAGTCCAAGACCAATCCTAAATTAGGATCTTTCACTCTCGTTTGCTC
TTTGCAACTTTGTTTAGCTAATCATGAAACAGCAAGGAGTGTTTTTCTTTAAGACCCAAA
ACAGCAAGGAGTTTGTTTCTGTAAAACTAAAACGGCAAGGAATAGGCAGATCATTTTGGT
TTCTTG

QA 2 847 2 847
DS 

RD RR3GT32JQ 433 0 0
GACTGGAATATGCTTCATGTCAAACGATTTGCCTAGGTACGTGGTGAATAGAGTAACAGC
AGGAGACTATGACTGTCCAAGAAAGGTGATGAACTTCTTGACGGATCTTCATGCTGCCTT
TCGCATGCTCAACCTCAGGAACGATTTTCTACGCAAGAAATTCGACAGTATGAAATATGA
TCTAAGAAGAGTGGAAGAAGTGTACTATGATGTTAAGATCCGAGGTTTGATTTCTGGTGG
AGATCCTCCTCCTCCTC***AAGTCCAAGACCAATCCTAAATTAGGATCTTTCACTCTCG
TTTGCTCTTTGCAACTTTGTTTAGCTAATCATGAAACAGCAAGGAGTGTTTTTCTTTAAG
ACCCAAAACAGCAAGGAGTTTGTTTCTGTAAAACTAAAACGGCAAGGAATAGGCAGATCA
TTTTGGTTTCTTG

QA 1 433 1 433
DS 



AS 2 5

CO CL1857Contig1 748 2 6 U
GATGTCAAGCATCTACATTAATATGTTTAATATCATTGCAGCAAATATGTACAGACACGT
AAAAGCATTGCGAAAAAGAGATTGACATATAAAAAGGAACAAAAAGAGAGAAAAAAAAAC
AGAGACGCAATCACAAACGCGGGAACAACCTCACACACGCATAAACAAAAGAGAACCTCT
CTAGCATACAAAAGGAAGAAAGACGAGCTCTGCATGCAACGACAACTTGATGTGTCAAAA
CGAAAGCGCTTCAGCCTTCAGGGGCTACTCTGTTTCCTCTTCTTCTTCTCTAGTTAGAGA
TTAGAGATCACACGCCGTAAGTAGGAGGAGAGTTCCTTGGTCCATTCTCTGATCTGCCTG
CTGCCTTCTCGAACGCGTCCGAAGTCGAGCGTCTCCTGAACCGAAAGGGTTCCTTTCCTC
CAGAAAAAGGAGACACCGGTGGAGTTGAACCGGCCGGTGAAACCGGAGCTGAACCGCCTT
GGTATCCCGGTGGTTTTATTATCATGATGCTGCGTGTCACTTTCACACCCTCATCCGGCG
AATCTTCACCGTACGATCTAACGTTTCCACTGTCAGGTTGATCATTGCCGGAGCTAGGCC
GGAAACTGAAAGTATGGTGTTTCCGAAGCTTGCCAAGGCCGTTCTCCGGCCGAGGACCAG
CGACGGTATCATCCCAGAGATGATCAAGTATCCCCATGGATCAAGTAAAGTTATCGTTTT
CTCACAGATGTTGTGGAGAGAGGGATCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3ER16TF C 1
AF RR3ER16JQ U 1
BS 1 1 RR3ER16TF
BS 2 29 RR3ER16JQ
BS 30 30 RR3ER16TF
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BS 187 748 RR3ER16JQ

RD RR3ER16TF 748 0 0
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AAAAGCAT*GCGAAAA*GAGATTGACATATAAAA*GGAC**AAAAGAGAGAAAAAAAA*C
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CTAGCATACAAAAGGAAGAAAGACGAGCTCTGCATGCAACGACAACTTGATGTGTCAAAA
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CTGCCTTCTCGAACGCGTCCGAAGTCGAGCGTCTCCTGAACCGAAAGGGTTCCTTTCCTC
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AATCTTCACCGTACGATCTAACGTTTCCACTGTCAGGTTGATCATTGCCGGAGCTAGGCC
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CTCACAGATGTTGTG
GAGAGAGGGATCC

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DS 

RD RR3ER16JQ 748 0 0
G
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TAGCCTACAAAAGGAAGAAAGACGAGCTCTGCATGCAACGACAACTTGATGTGTCAAAAC
GAAAGCGCTTCAGCCTTCAGGGGCTACTCTGTTTCCTCTTCTTCTTCTCTAGTTAGAGAT
TAGAGATCACACGCCGTAAGTAGGAGGAGAGTTCCTTGGTCCATTCTCTGATCTGCCTGC
TGCCTTCTCGAACGCGTCCGAAGTCGAGCGTCTCCTGAACCGAAAGGGTTCCTTTCCTCC
AGAAAAAGGAGACACCGGTGGAGTTGAACCGGCCGGTGAAACCGGAGCTGAACCGCCTTG
GTATCCCGGTGGTTTTATTATCATGATGCTGCGTGTCACTTTCACACCCTCATCCGGCGA
ATCTTCACCGTACGATCTAACGTTTCCACTGTCAGGTTGATCATTGCCGGAGCTAGGCCG
GAAACTGAAAGTATGGTGTTTCCGAAGCTTGCCAAGGCCGTTCTCCGGCCGAGGACCAGC
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DS 



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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3FH43JQ U 1
AF RR3B801JQ U 22
AF RR3B801TF C 22
BS 1 77 RR3FH43JQ
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BS 725 737 RR3FH43JQ
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RD RR3FH43JQ 751 0 0
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DS 

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G
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QA 2 732 2 732
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RD RR3B801TF 732 0 0
G
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AAAACGAGATGACATATAAAAAGGAACAAAAAGAGAGAGAAAAAACAGAGACGCAATCAC
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TAGGAGGAGAGTTCCTTGGTCCATTCTCTGATCTGCCTGCTGCCTTCTCGAACGCGTCCG
AAGTCGAGCGTCTCCTGAACCGAAAGGGTTCCTTTCCTCCAGAGAAAGGAGACACCGGTG
GAGTTGAACCGGCCGGTGAAACCGGAGCTGAACCGCCTTGGTATCCCGGTGGTTTTATTA
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GATCAAGTATACCCATGGATCAAGTAAAAGTTATCGTTTTTTCACAGATGTTGTG
TAAGAGAGAGATTCCC

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DS 



AS 1 4

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CTTTTCATCTCTGGGGTTAGTCTTACCATTGGCCTCAAGTCTACCATGCAGTTTTTCACC
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GGATGGCCTATCCTTGGAATGATGTTAGAGACCTATGGCTTTTTTGTTCTCTTCAGCGGC
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AGGGGTTTTTTTTATTCTTTCTCAATTCGTTTCTGCATACATAAGAACAAAATTGTCCAC
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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3G960TF U 1
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AF RR3DK28JQ C 190
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CTTTTCATCTCTGGGGTTAGTCTTACCATTGGCCTCAAGTCTACCATGCAGTTTTTCACC
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CTACCATATTTAAG
TCCT

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GTCCTTCGAGATGAATGACCGGAAAAAATTGGGTTAGGGCTGACGGCATTTGGCGTTTTC
TTCTCCTTTTTGGGAATCATGTTTGTCTTTGATAAGGGCTTGCTTGCCATGGGAAATATT
CTTTTCATCTCTGGGGTTAGTCTTACCATTGGCCTCAAGTCTACCATGCAGTTTTTCACC
AAGCGTCAGAACTATAAGGGAACTATATCTTTTGGGACCGGCTTCTTCTTTGTAGTCCTT
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AAAAGATATGACTTGAAAGCTGTGTGTTTCTTCTGTCTGTGTACTTAAAAAA

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ATCCTTGGAATGATGTTAGAGACCTATGGCTTTTTTGTTCTCTTCAGCGGCTTCTGGCCA
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TTAAGATCCTTCTTTGACAAGTACAGGGGCAAGCGTGTACCCGTATAAGTCAACTCGAGA
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GACTTGAAATCTGTGTGTTTCTTCTGTCTGTGTACTTAAAAAAAGACTAACTCAGTAACT
TGAACAACCTCTTTGGTGGGTTTGTAATCATTTTGGTTTTGAAGAGTTTTTAGGGGTTTT
TTTTATTCTTTCTCAATTCGTTTCTGCATACATAAGAACAAAATTGTCCACCGCACTGAC
GAGATTGATATATATTAGAGGCTCTCTTTGC

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DS 



AS 1 4

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AATGAGATTTGGGACCTTGCTTCTTCCCCTTTTGATCAACGCATCTTCTCTACTGTCTTC
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CCTTGGATTTTTGCATCGTTGTCATACGACGGCAGGGTTGTGATCGAATCCGTCAAGCCT
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GATTTATTATATAAGATTCTCTTTATCAC


BQ
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AF RR3B737TF U 1
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AF RR3FL84TF U 3
AF RR3B737JQ C 484
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GGGGTGGTGAAACTTTCCTTGCTGAATCTCTGTTAC**GGCCACAATGCAAGGAGGGTCA
TCGGGTATCGGTTACGGTTTAAAGTATCAGGCGAGATGTATATCGGATGTGAAAGCCGAT
ACGGATCACACAAGCTTCCTCACTGGAACACTAAGCCTCAAAGAAGAGAACGAGGTTCAT
CTGCTACGTCTATCATCTGGTGGATCTGAGCTGGTATGCGAGGGTTTGTTTTCGCATCCC
AATGAGATTTGGGACCTTGCTTCTTCCCCTTTTGATCAACGCATCTTCTCTACTGTCTTC
TCCACTGGCGAGTCATTTGGAGCAGCGATATGGCAGATTCCTGAGCCGTATGGTCAGTCA
AATTCCTCAACTTTGGACTGTGTTGCCTCCCTTGATGCACATGTTGGTAAGATCAATTGC
GTTCTTTGGTGTCCCTCTGGAAAATCGGACAAGTTAATCAGCATGGATGAGCAGAATCTT
GTGTTGTGGAGTTTAGACTCTTCAAAGAAAATTGCTGGGGTGGTATCTAAGGAGTCGGCT
GGTATGCGACATTCTTTATCTGGTGGAGCATGGAATCCACATGATGTGAATTCTGTGGCA
GCGACTTCTGAATCATCTATCCAGTTCTGGGACTTGCGTACTATGAAGAATGTTAATTCA
ATTGAACGTGCTCATGTACGTAATGTAGATTACAACACCAAGAGAGAACATATACTTGTC
AGTGCAGATGATGAATCTGGCATACACATCTGGGATCTTCGGAAAG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3CP23TF 724 0 0
GGGT
GGTGAAACTTTCCTTGGTGAATCTCTGTTACACGGCCACAATGCAAGGAGGATCATCGGG
TATCGGTTACGGTTTAAAGTATCAGGCGAGATGTATATCGGATGTGAAAGTCGATACGGA
TCACACAAGCTTCCTCACTGGAACACTAAGCCTCAAAGAAGAGAACGAGGTTCATCTGCT
ACGTTTATCATCTGGTGGATCTGAGCTGGTATGCGAGGGTTTGTTTTCTCATCCCAATGA
GATTTGGGACCTTGCTTCTTCCCCTTTCGATCAACGCATCTTCTCTACTGTCTTCTCCAC
TG*CGAGTCATTTGGAGCAGCGATATGGCAGATTCCCGAGCCGTATGGTCAGTCAAATTC
CTCAACTCTGGACTGTGTTGCCTCCCTTGATGCACATGTTGGTAAGATTAATTGCGTTCT
TTGGTGTCCCTCTGGAAAATCCGACAAGTTAATCAGCATGGATGAGCAGAATCTTGTGTT
GTGGGGTTTAGACTCTTCAAAGAAAAGTGCTGAGGAGGTATCTAAGGAGTCGGCTGGTAT
GCGACATTCTTTATCTGGTGGAGCATGGAATCCGCATGATGTGAACTCTGTGGCATCGAC
TTCTGAATCATCTATCCAGTTCTGGGACTTGCGTACTATGAAGAATGTTAATTCGATTGA
ACGTGCTCATGTACGTAATGTAGATTACAACACCAAGAGAGAACATATACTTGTCAGTGC

QA 5 724 5 724
DS 

RD RR3FL84TF 768 0 0
GGG
GGTGAAACTTTCCTTGCTGAATCTCTGTTAC**GGCCACAATGCAAGGAGGATCATCGGG
TATCGGTTACGGTTTAAAGTATCAGGCGAGATGTATATCGGATGTGAAAGCCGATACGGA
TCACACAAGCTTCCTCACTGGAACACTAAGCCTCAAAGAAGAGAACGAGGTTCATCTGCT
ACGTCTATCATCTGGTGGATCTGAGCTGGTATGCGAGGGTTTGTTTTCGCACCCCAATGA
GATTTGGGACCTTGCTTCTTCCCCTTTTGATCAACGCATCTTCTCTACTGTCTTCTCCAC
TGGCGAGTCATTTGGAGCAGCGATATGGCAGATTCCTGAGCCGTATGGTCAGTCAAATTC
CTCAACTTTGGACTGTGTTGCCTCCCTTGATGCACATGTTAGTAAGATCAATTGCGTTCT
TTGGTGTCCCTCTGGAAAATCGGACAAGTTAATCAGCATGGATGAGCAGAATCTTGTGTT
GTGGAGTTTATACTCTTCAAAGAAAAGTGCTGGGGTGGTATCTAAGGAGTCGGCTGGTAT
ACGACATTCTTTATCTGGTGGAGCATGGAATCCACATGATGTGAATTCTGTGGCAGCGAC
TTCTGAATCATCTATCCAGTTCTGGGACTTGCGTACTATGAAGAATGTTAATTCAATTGA
ACGTGCTCATGTACGTAATGTAGATTACAACACCAAGAGAGAACATATACTTGTCAGTGC
AGATGATGAATCTGGCATACACATCTGGGATCTTCGGAAAG
CTAA

QA 4 764 4 764
DS 

RD RR3B737JQ 806 0 0
TTGTGGAGTTTAGACTCTTCAAAGAAAATTGCTGGGGTGGTATCTAAGGAGTCGGCTGGT
ATGCGACATTCTTTATCTGGTGGAGCATGGAATCCACATGATGTGAATTCTGTGGCAGCG
ACTTCTGAATCATCTATCCAGTTCTGGGACTTGCGTACTATGAAGAATGTTAATTCAATT
GAACGTGCTCATGTACGTAATGTAGATTACAACACCAAGAGAGAACATATACTTGTCAGT
GCAGATGATGAATCTGGCATACACATCTGGGATCTTCGGAAAGCTAAGATTCCTGTCCAA
GAGCTCCCTGGTCATACACACTGGACATGGGCTGTCAGATGTAACCCTGAGTATGAAGAG
CTAATTCTGAGCGTTGGAACAGACTCAGCTGTCAACTTGTGGTTTGCTTCGGCATCTAGT
GAGAAACAAGCCTCAGAAAGGTCTGCGGAAGCATCGCGTCAGCGTGTGAACCCGTTGCTA
AATTCTTATACAGACTACGAAGACAGTGTGTATGGCCTCGCTTGGAGCTCTCGCGAGCCT
TGGATTTTTGCATCGTTGTCATACGACGGCAGGGTTGTGATCGAATCCGTCAAGCCTTTC
TTGCCAAGAAGATAGGCACATCAGCACATGCACCAGAACGAAGACCAGCATTATCATGTT
TTAAAACTCTAAACAAATTTTTAATGTTTTTGAGAAGCACTAGAACAAAACCATTATTGT
AACCTGTTTGTCTCTTGTCATCCCTGTGTAGCAAGCTGAGAGATTTGCTATAATTCAGAT
TTATTATATAAGATTCTCTTTATCAC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 2 5

CO CL1860Contig1 810 3 8 U
GGCTAATGGTAATAATAAACAACCTGGAAAAGAAGAGGCATTGGAAGCTGAGATAGAGAG
GTTAAAGGATGAGTTGAAGCAAACAAAGTCAGAGAAGGCTGAGATTACTGCTAAGTTTGA
AAAGCTTTCTGCTATCTGCAGATCGCAGAGGCAAGAGTTGCAGGATCTCAAGCAAGCACT
TGCCTCTAAATCTGCGTCAGCCTCACCAAGCAGAGACTTGTCACAAAACCAAACCTCTCC
AGGGATGCGTTCCGTGTCCTCAACTCCTTCGAGAGATCGGGTTGAAGGAAGTGTTTGGGA
TCTTCAGCAAACAGACAGGTCTGATTGGTCAACAGGAAGCTCGGATCCAAACTCATGGCA
ACCTTTTAGTGAACCCGTGTTGGAATCTGCATCAAAGGGTAGTAACACCACCATTAATCA
GTCTGTGAGAACAAAAAGTAAACCAGCTCCTTCAGCTCCTGCTCCAGCAAGCCAAGGTTT
TGAGCCATGGGGGTTCGAGACAGAGTCCTTCAGAGCTGCTGCAGCGTCTTCAGCGTCTGC
AACACAAAGATCTGTAAGTTCTGGAAACACTTCACAGCAGAGATTTGGGAACACAAAGAT
GAGGGATAACCAGAAAGCTGCTCAACCTGCTGGATGGGCTGGCTTCTAAAAAAACTCTCA
CTCTATCTCAATGCTCATTGATATTTCCTCGTACAACAACAACAGCTTCTTGCTTGCCAT
TACAGAATCTTGAAATCTTTTTGTAGATGATCGACCGAACATCCTTTGTTTTCGGCGGCT
ATATATAATATATATATCTACTGTTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE38TF U 1
AF RR3ED85TF U 65
AF RR3DE38JQ C 3
BS 1 653 RR3DE38TF
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RD RR3DE38TF 771 0 0
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GTTAAAGGATGAGTTGAAGCAAACAAAGTCAGAGAAGGCTGAGATTACTGCTAAGTTTGA
AAAGCTTTCTGCTATCTGCAGATCGCAGAGGCAAGAGTTGCAGGATCTCAAGCAAGCACT
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QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3ED85TF 709 0 0
GAGGAT
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GGGTTCGAGACAGAGTCCTTCAGAGCTGCTGCAGCGTCTTCAGCGTCTGCAACACAAAGA
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TG

QA 7 707 7 707
DS 

RD RR3DE38JQ 808 0 0
GGCTAATGGTAATATAAC
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CAACTCCTTCGAGAGATCGGGTTGAAGGAAGTGTTTGGGATCTTCAGCAAACAGACAGGT
CTGATTGGTCAACAGGAAGCTCGGATCCAAACTCATGGCAACCTTTTAGTGAACCCGTGT
TGGAATCTGCATCAAAGGGTAGTAACACCACCATTAATCAGTCTGTGAGAACAAAAAGTA
AACCAGCTCCTTCAGCTCCTGCTCCAGCAAGCCAAGGTTTTGAGCCATGGGGGTTCGAGA
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CTGGAAACACTTCACAGCAGAGATTTGGGAACACAAAGATGAGGGATAACCAGAAAGCTG
CTCAACCTGCTGGATGGGCTGGCTTCTAAAAAAACTCTCACTCTATCTCAATGCTCATTG
ATATTTCCTCGTACAACAACAACAGCTTCTTGCTTGCCATTACAGAATCTTGAAATCTTT
TTGTAGATGATCGACCGAACATCCTTTGTTTTCGGCGGCTATATATAATATATATATCTA
CTGTTTTTAT

QA 19 808 19 808
DS 



CO CL1860Contig2 1152 2 4 U
GGTCTGGAGAACAAGCTAGTGGAGGAGGCCCTCTTGGTGCCTTTTGGGCGACTCAGCATG
CTCAAACCTCTCTTGTATCAGAAGACAACAACAGTAACGCATCTAAAAAGCCTAGTCCTG
TGAGAGGAGAGGCTCGAGGTAAGGATACAAGTCCTGCTGCAGCAGCAGCCAGTGACAGGG
CAAGAGTGTCTAAGGACGATGCTTTTAACTCGTTTGTTGCTGACTTTGATTCGGCGAAGC
TTGATAATGGTAATAATAAACCTGGAAAAGAAGAGGCATTGGAAGCTGAAATAGAGGGGT
TGAAAAAAAGAGTTGAAGCAAACAAGTTCAGAGAAGGCTGAGATTACGGCTAAGTTTGAA
AAGCTCTCTGCTATCTGCAGATCGCAGAGGCAAGAGTTGCAGGATCTCAAGCAAGCACTT
GCCTCTAAATCTGCGTCAGCCTCACCAAGCAGAGACTCGTCACAAAACCAAACCTCTCCA
GGGATGCGTTCCGTGTCCTCAACTCCTTCGAGAGATAGGGTTGAAGGAAGTGTTTGGGAT
CTTCAGCAAACAGACAGGTCTGATTGGTCAACAGGAAGCTCGGATCCCAACTCATGGCAA
CCTTTTAGTGAACCCGTGTTGGAATCTGCATCAAAGGGTAGTAACACCACCATTAATCAG
TCTGTGAGGACAAAAAGTAAACCAGCTTCTTCAGCTCCTGCTCCAGCAAGCCAAGGTTTC
GAGCCATGGGGGTTCGAGACAGAGTCCTTCAGAGCTGCTGCAACGTCTTCAGCGTCTGCA
ACACAAAGATCTGGAAACACTTCACAGCAAAGATTTGGGAACACAAAGATGAGGGATAAC
CAGAAAGCTGCTCAACCTGCTGGATGGGCTGGCTTCTAAAAAAACTCTCACTCTATCATC
TCAATGCTCATTGATATTTCCTCGTACAACAACAACAGCTTCTTGCTTGCCATTACAGAA
TCTTGAATCTTTTTGTAGATGATCGACCGAACATCCTTTGTTTTTGGCGGCTATATATAT
ATATATCTACTGTTTTTATAGACTGTTTAAGCTTTACAGATTTGGTTTTTGAGAAATGTA
TAACTCATTCTTGAGATGTGGCCAAGATTTCGTATTTGTGTTGAGGCCGTGTTATGATTC
GTATTCAAACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG09TF U 1
AF RR3EG09JQ C 525
BS 1 675 RR3EG09TF
BS 676 676 RR3EG09JQ
BS 677 746 RR3EG09TF
BS 747 1152 RR3EG09JQ

RD RR3EG09TF 746 0 0
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CTCAAACCTCTCTTGTATCAGAAGACAACAACAGTAACGCATCTAAAAAGCCTAGTCCTG
TGAGAGGAGAGGCTCGAGGTAAGGATACAAGTCCTGCTGCAGCAGCAGCCAGTGACAGGG
CAAGAGTGTCTAAGGACGATGCTTTTAACTCGTTTGTTGCTGACTTTGATTCGGCGAAGC
TTGATAATGGTAATAATAAACCTGGAAAAGAAGAGGCATTGGAAGCTGAAATAGAGGGGT
TGAAAAAAAGAGTTGAAGCAAACAAGTTCAGAGAAGGCTGAGATTACGGCTAAGTTTGAA
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GCCTCTAAATCTGCGTCAGCCTCACCAAGCAGAGACTCGTCACAAAACCAAACCTCTCCA
GGGATGCGTTCCGTGTCCTCAACTCCTTCGAGAGATAGGGTTGAAGGAAGTGTTTGGGAT
CTTCAGCAAACAGACAGGTCTGATTGGTCAACAGGAAGCTCGGATCCCAACTCATGGCAA
CCTTTTAGTGAACCCGTGTTGGAATCTGCATCAAAGGGTAGTAACACCACCATTAATCAG
TCTGTGAGGACAAAA*GTAAACCAGCTTCTTCAGCTCCTGCTCCAGCAAGCCAAGGTTTC
GAGCCATGGGGGTTCGAGACAGAGTC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3EG09JQ 628 0 0
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TCCCAACTCATGGCAACCTTTTAGTGAACCCGTGTTGGAATCTGCATCAAAGGGTAGTAA
CACCACCATTAATCAGTCTGTGAGGACAAAAAGTAAACCAGCTTCTTCAGCTCCTGCTCC
AGCAAGCCAAGGTTTCGAGCCATGGGGGTTCGAGACAGAGTCCTTCAGAGCTGCTGCAAC
GTCTTCAGCGTCTGCAACACAAAGATCTGGAAACACTTCACAGCAAAGATTTGGGAACAC
AAAGATGAGGGATAACCAGAAAGCTGCTCAACCTGCTGGATGGGCTGGCTTCTAAAAAAA
CTCTCACTCTATCATCTCAATGCTCATTGATATTTCCTCGTACAACAACAACAGCTTCTT
GCTTGCCATTACAGAATCTTGAATCTTTTTGTAGATGATCGACCGAACATCCTTTGTTTT
TGGCGGCTATATATATATATATCTACTGTTTTTATAGACTGTTTAAGCTTTACAGATTTG
GTTTTTGAGAAATGTATAACTCATTCTTGAGATGTGGCCAAGATTTCGTATTTGTGTTGA
GGCCGTGTTATGATTCGTATTCAAACCG

QA 1 628 1 628
DS 



AS 2 5

CO CL1861Contig1 1023 3 18 U
CGTTTCCTTTTAAGTCCCTCCAAGAAAATAAGGAAAATACCAAACATACAAAAACGTCGA
AGAAAACAAAAACACAAAAGCAACAAAACGCGTCCATCATTCATAAAACTTACTCAAAAA
TGCTCTCCTTGACACCGACATAAAAATGTGCGGCCAGTCAAGCTTGTACATAATTATCTT
CCACTTGGTCATCTTACAGAAAAAGCCAAGACAGACTTGAATCTCTAGTTGAAAAGTTGC
GCACCTCCTTTACGCCAAACACCACGTACACCGGTTTGATTCTGGTTACTACTATTGTTA
TTGTCATCTTTTGATTCCGGTTCATGGTAAGAAGAGTTGACATTTAGCAATGCTGCCATT
GATCCGTCACCAAGCCTTACTCTGTGAAACTTTGAGGTTTTCTTACGCTGCTGCTTACTT
CCGGTTGAAGAAGACTCCACTTTCGATTTGCCTTTGTCAGACCTGTATTCGTTCTTATCT
TTCGATATTGCCTCTTCTTCTTCTTCATGAAAATTCTGTGAGGATTGTAATCTCCTCACT
GTCTCCATAAAGTCATCTGCTACTGCTTCTTTTGGATCAACAACCTTCACACCTTTCCCT
TTGTTTTTCTTACTCTCTTGAGCTTTAGACGACGAACTCTGCCCTGCAGCAG********
*CAGCTTGACCATTGTTGTCTTTTGCGTCGTTTCTCAAACTGGCAGTGTGAGCATCAATG
AGTTCCTTCTGCCTCCTAGGGTCAGGGCAGAGTCTAGCTAGATCAATAACTAAGTGCGAC
AATCCATAACCTTTCACATACTCCAGGTAAGTTCTTGCATCAATCGAACCTTGACGATAC
TGTCCTGATACATCTTTGAAGGTCATAAACAAATCTTCATCATGACCAAGTGCAGCTCTC
ATTTTCTCAACCAATGACTTGTTCGCAGATTGCACATCTGGAGGTGGTGGTGCTTGGGAG
TTTGAAGTTCCCTGTGTGATGGTGGATGTTGGTGTCTTGCGAGCAGCAGCAGAAACTGGA
GGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG48JQ U 71
AF RR3CP29JQ U 1
AF RR3CP29TF C 285
BS 1 88 RR3CP29JQ
BS 89 89 RR3GG48JQ
BS 90 135 RR3CP29JQ
BS 136 136 RR3GG48JQ
BS 137 195 RR3CP29JQ
BS 196 196 RR3GG48JQ
BS 197 213 RR3CP29JQ
BS 214 214 RR3GG48JQ
BS 215 781 RR3CP29JQ
BS 782 782 RR3CP29TF
BS 783 822 RR3CP29JQ
BS 823 823 RR3CP29TF
BS 824 829 RR3CP29JQ
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BS 831 844 RR3CP29JQ
BS 845 845 RR3CP29TF
BS 846 856 RR3CP29JQ
BS 857 1023 RR3CP29TF

RD RR3GG48JQ 671 0 0
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GACACCGACATAAAAATGTGCGGCCAGTCAAGCTTGTACATAATTATCTTCCACTTGGTC
ATCTTACAGAAAAAGCCAAGACAGACTTGAATCTCTAGTTGAAAAGTTGTGCACCTCCTT
TACGCCAAACACCACGTACACCGGTTTGATTCTGGTTACTACTATTGTTATTGTCATCTT
TTGATTCCGGTTCATGGTAAGAAGAGTTGACATTTAGCAATGCTGCCATTGATCCGTCAC
CAAGCCTTACTCTGTAAAACTTTGAGGTTTTCTTACGTTGCTACTTACTTCCGGCTGAAG
AAGACTCCACTTTCGATTTGCCTTTGTCAGACCTGTATTCATTCTTATCTTTCGATATTA
CCTCTTCCTCTTC***ATGAAAATTCTGTGAGGATTGTAATCTCCTCACTGTCTCCATAA
AGTTATCTGCTACTGCTTCTTTTGGATCAACAACCTTCACTCCTTTCCCTTTGTTTTTCT
TACTCTCTTGAGCTTGAGACGACGAACTCTGCCCTGCAGCAGTAGCAGCATCAGCTTGAC
CATTATTGTCTTTTGCGTCGTTTCTCAAACTGGCAGTGTGAGCATCAATGAGTTCCTTCT
GCCTTCTAGGG

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3CP29JQ 856 0 0
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AGAAAACAAAAACACAAAAGCAACAAAATGCGTCCATCATTCATAAAACTTACTCAAAAA
TGCTCTCCTTGACACTGACATAAAAATGTGCGGCCAGTCAAGCTTGTACATAATTATCTT
CCACTTGGTCATCTTTCAGAAAAAGCCAAGACATACTTGAATCTCTAGTTGAAAAGTTGC
GCACCTCCTTTACGCCAAACACCACGTACACCGGTTTGATTCTGGTTACTACTATTGTTA
TTGTCATCTTTTGATTCCGGTTCATGGTAAGAAGAGTTGACATTTAGCAATGCTGCCATT
GATCCGTCACCAAGCCTTACTCTGTGAAACTTTGAGGTTTTCTTACGCTGCTGCTTACTT
CCGGTTGAAGAAGACTCCACTTTCGATTTGCCTTTGTCAGACCTGTATTCGTTCTTATCT
TTCGATATTGCCTCTTCTTCTTCTTCATGAAAATTCTGTGAGGATTGTAATCTCCTCACT
GTCTCCATAAAGTCATCTGCTACTGCTTCTTTTGGATCAACAACCTTCACACCTTTCCCT
TTGTTTTTCTTACTCTCTTGAGCTTTAGACGACGAACTCTGCCCTGCAGCAG********
*CAGCTTGACCATTGTTGTCTTTTGCGTCGTTTCTCAAACTGGCAGTGTGAGCATCAATG
AGTTCCTTCTGCCTCCTAGGGTCAGGGCAGAGTCTAGCTAGATCAATAACTAAGTGCGAC
A*TCCATAACCTTTCACATACTCCAGGTAAGTTCTTGCATCA*TCGAAC*TTGACGATAC
TGTC*TGATACATCTT

QA 1 856 1 856
DS 

RD RR3CP29TF 739 0 0
GTTACTACTATTGTTAT*GTCATCTTTTGATTCCGGTTCATGGTAAGAAGAGTTGACATT
TAGCAATGCTGCCATTGATCCGTCACCAAGCCTTACTCTGTGAAACTTTGAGGTTTTCTT
ACGCTGCTGCTTACTTCCGGTTGAAGAAGACTCCACTTTCGATTTGCCTTTGTCAGACCT
GTATTCGTTCTTATCTTTCGATATTGCCTCTTCTTCTTCTTCATGAAAATTCTGTGAGGA
TTGTAATCTCCTCACTGTCTCCATAAAGTCATCTGCTACTGCTTCTTTTGGATCAACAAC
CTTCACACCTTTCCCTTTGTTTTTCTTACTCTCTTGAGCTTTAGACGACGAACTCTGCCC
TGCAGCAG*********CAGCTTGACCATTGTTGTCTTTTGCGTCGTTTCTCAAACTGGC
AGTGTGAGCATCAATGAGTTCCTTCTGCCTCCTAGGGTCAGGGCAGAGTCTAGCTAGATC
AATAACTAAGTGCGACAATCCATAACCTTTCACATACTCCAGGTAAGTTCTTGCATCAAT
CGAACCTTGACGATACTGTCCTGATACATCTTTGAAGGTCATAAACAAATCTTCATCATG
ACCAAGTGCAGCTCTCATTTTCTCAACCAATGACTTGTTCGCAGATTGCACATCTGGAGG
TGGTGGTGCTTGGGAGTTTGAAGTTCCCTGTGTGATGGTGGATGTTGGTGTCTTGCGAGC
AGCAGCAGAAACTGGAGGA

QA 1 739 1 739
DS 



CO CL1861Contig2 1052 2 4 U
GCATGGCCAGCAGTTAACCGAGCATCCAATACAAGTGGCGGTGGCGGTGGCAACTCTTCT
TCCGAATGGCCAGCAATAGGTCGCACACCTGTTGTACAAGCACCTAGCGCTTCAGCCCAA
TCTAGGTCCCATGCCAGAGTTGCACAGCTCAGACCTCCTAGTTATGCGGTTCCACAGGCT
GCTCGTAATGGAAATATGATTCCTCACTCATCCTCAGCTCCTAATCTATCTGATACAAGA
TCCCTTAATTCAGATTTTCCTCCTGTTTCTGCTGCTGCTCGCAAGACACCAACATCCACC
ATCACACAGGGAACTTCAAACTCCCAACCACCACCGCCTCCAGATGTGCAATCTGCGAAC
AAGTCATTGGTTGAGAAAATGAGAGCTGCACTTGGTCATGATGAAGATTTGTTTATGACC
TTCAAAGATGTATCAGGACAGTATCGTCAAGGTTCGATTGATGCAAGTACTTACTTGGAG
TATGTGAAAGGTTATGGATTGTCTCACTTAGTTATTGATCCAGCTAGACTCTGCCCTGAC
CCTAGAAGGCAGAAGGAACTCATTGATGCTCACACTGCCAGTTTGAGAAACGACGCAAAA
GACAATAATGGTCAAGCTGATGCTGCTACTGCTGCAGGGCAGAGTTCGTCGTCTCAAGCT
CAAGAGAGTAAGAAAAACAAAGGGAAAGGAGTGAAGGTTGTTGATCCAAAAGAAGCAGTA
GCAGATAACTTTATGGAGACAGTGAGGAGATTACAATCCTCACAGAATTTTCATGAAGAG
GAAGAGGTAATATCGAAAGATAAGAATGAATACAGGTCTGACAAAGGCAAATCGAAAGTG
GAGTCTTCTTCAGCCGGAAGTAAGTAGCAACGTAAGAAAACCTCAAAGTTTTACAGAGTA
AGGCTTGGTGACGGATCAATGGCAGCATTGCTAAATGTCAACTCTTCTTACCATGAACCG
GAATCAAAAGATGACAATAACAATAGTAGTAACCAGAATCAACCCGGTGTACGTGGTGTT
TGGCGTAAAGGAGTGCACAACTTTTCACTAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E393TF U 1
AF RR3GG48TF U 282
BS 1 520 RR3E393TF
BS 521 521 RR3GG48TF
BS 522 676 RR3E393TF
BS 677 1052 RR3GG48TF

RD RR3E393TF 677 0 0
GCATGGCCAGCAGTTAACCGAGCATCCAATACAAGTGGCGGTGGCGGTGGCAACTCTTCT
TCCGAATGGCCAGCAATAGGTCGCACACCTGTTGTACAAGCACCTAGCGCTTCAGCCCAA
TCTAGGTCCCATGCCAGAGTTGCACAGCTCAGACCTCCTAGTTATGCGGTTCCACAGGCT
GCTCGTAATGGAAATATGATTCCTCACTCATCCTCAGCTCCTAATCTATCTGATACAAGA
TCCCTTAATTCAGATTTTCCTCCTGTTTCTGCTGCTGCTCGCAAGACACCAACATCCACC
ATCACACAGGGAACTTCAAACTCCCAACCACCACCGCCTCCAGATGTGCAATCTGCGAAC
AAGTCATTGGTTGAGAAAATGAGAGCTGCACTTGGTCATGATGAAGATTTGTTTATGACC
TTCAAAGATGTATCAGGACAGTATCGTCAAGGTTCGATTGATGCAAGTACTTACTTGGAG
TATGTGAAAGGTTATGGATTGTCTCACTTAGTTATTGATCTAGCTAGACTCTGCCCTGAC
CCTAGAAGGCAGAAGGAACTCATTGATGCTCACACTGCCAGTTTGAGAAACGACGCAAAA
GACAATAATGGTCAAGCTGATGCTGCTACTGCTGCAGGGCAGAGTTCGTCGTCTCAAGCT
CAAGAGAGTAAGAAAA
C

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3GG48TF 771 0 0
G
AAGACACCAACATCCACCATCACACAGGGAACTTCAAACTCCCAACCACCACCGCCTCCA
GATGTGCAATCTGCGAACAAGTCATTGGTTGAGAAAATGAGAGCTGCACTTGGTCATGAT
GAAGATTTGTTTATGACCTTCAAAGATGTATCAGGACAGTATCGTCAAGGTTCGATTGAT
GCAAGTACTTACTTGGAGTATGTGAAAGGTTATGGATTGTCTCACTTAGTTATTGATCCA
GCTAGACTCTGCCCTGACCCTAGAAGGCAGAAGGAACTCATTGATGCTCACACTGCCAGT
TTGAGAAACGACGCAAAAGACAATAATGGTCAAGCTGATGCTGCTACTGCTGCAGGGCAG
AGTTCGTCGTCTCAAGCTCAAGAGAGTAAGAAAAACAAAGGGAAAGGAGTGAAGGTTGTT
GATCCAAAAGAAGCAGTAGCAGATAACTTTATGGAGACAGTGAGGAGATTACAATCCTCA
CAGAATTTTCATGAAGAGGAAGAGGTAATATCGAAAGATAAGAATGAATACAGGTCTGAC
AAAGGCAAATCGAAAGTGGAGTCTTCTTCAGCCGGAAGTAAGTAGCAACGTAAGAAAACC
TCAAAGTTTTACAGAGTAAGGCTTGGTGACGGATCAATGGCAGCATTGCTAAATGTCAAC
TCTTCTTACCATGAACCGGAATCAAAAGATGACAATAACAATAGTAGTAACCAGAATCAA
CCCGGTGTACGTGGTGTTTGGCGTAAAGGAGTGCACAACTTTTCACTAGA

QA 2 771 2 771
DS 



AS 1 4

CO CL1862Contig1 596 4 6 U
GGCCCAGCCAACTTTTAAAAGAGAGTAGTAGCGGCGCAGCAAGGTGAACACGAGTGAAGC
TCACGATGGCGAGGATTAAGGTTCACGAACTGAGGGACAAGTCGAAGAGCGATCTTCAGA
ATCAGCTTCAGGATCTTAAGGCTGAGCTCGCTCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTG
GTGCTCCCAACAAGCTCTCCAAAATCAAGGTTGTCCGCAAATCCATTGCTCAGGTCTTGA
CAGTGACATCTCAGAAGCAGAAGTCTGCACTCAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCA
TCCCTCTTGAACTACGTCCCAAGAAGACCCGTGCTATCCGCAGGCGCCTCACCAAGCATC
AGCTCTCGTTGAAGACTGAACGTGAGAAGAAGAAGGAAATGTATTTCCCAATCAGGAAGT
ACGCCATCAAAGTTTAAGTTACCTGTCCCTTCAAAAAAAATCTTTCTACTAGAAACTCTG
TTTCAGCTTTGTTGTTTGATGGAAACTTGTTTTTGTTCTTCACTTGTGTCAGCAACATTG
ATCTTGCTTCCTATTGATGTTTTGAAAATCCTATCTTTGCAATTTTTGTTTTGCTT


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BX63JQ C 1
AF RR3BX63TF U 1
AF RR3G005JQ C 3
AF RR3G005TF U 3
BS 1 4 RR3BX63JQ
BS 5 310 RR3BX63TF
BS 311 311 RR3G005TF
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BS 452 452 RR3G005TF
BS 453 596 RR3BX63TF

RD RR3BX63JQ 596 0 0
GGCCCAGCCAACTTTTAAAAGAGAGTAGTAGCGGCGCAGCAAGGTGAACACGAGTGAAGC
TCACGATGGCGAGGATTAAGGTTCACGAACTGAGGGACAAGTCGAAGAGCGATCTTCAGA
ATCAGCTTCAGGATCTTAAGGCTGAGCTCGCTTTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTG
GTGCTCCCAACAAGCTCTCCAAAATCAAGGTTGTCCGCAAATCCATTGCTCAGGTCTTGA
CAGTGACATTTCAGAAGCAGAAGTTTGCACTCAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCA
TCCCTCTTGATCTACGTCCCAAGAAGACCCGTGCTATCCGCAGGCGCCTCACCAAGCATC
AGCTTTCGTTGAAGACTGAACGTGAGAAGAAGAAGGAAATGTATTTCCCAATCAGGAAGT
ACGCCATCAAAGTTTAAGTTACCTGTCCCTTTAAAAAAAATCTTTTTACTAGAAACTCTG
TTTCAGCTTTGTTGTTTGATGGAAACTTGTTTTTGTTTTTCACTTGTGTCAGCAACATTG
ATCTTGCTTCCTATTGATGTTTTGAAAATCCTATCTTTGCAATTTTTGTTTTGCTT

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3BX63TF 596 0 0
GGCC
CAGCCAACTTTTAAAAGAGAGTAGTAGCGGCGCAGCAAGGTGAACACGAGTGAAGCTCAC
GATGGCGAGGATTAAGGTTCACGAACTGAGGGACAAGTCGAAGAGCGATCTTCAGAATCA
GCTTCAGGATCTTAAGGCTGAGCTCGCTCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGC
TCCCAACAAGCTCTCCAAAATCAAGGTTGTCCGCAAATCCATTGCTCAGGTCTTGACAGT
GACATCTCAGAAGCAGAAGTCTGCACTCAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCATCCC
TCTTGATCTACGTCCCAAGAAGACCCGTGCTATCCGCAGGCGCCTCACCAAGCATCAGCT
CTCGTTGAAGACTGAACGTGAGAAGAAGAAGGAAATGTATTTCCCAATCAGGAAGTACGC
CATCAAAGTTTAAGTTACCTGTCCCTTTAAAAAAAATCTTTCTACTAGAAACTCTGTTTC
AGCTTTGTTGTTTGATGGAAACTTGTTTTTGTTCTTCACTTGTGTCAGCAACATTGATCT
TGCTTCCTATTGATGTTTTGAAAATCCTATCTTTGCAATTTTTGTTTTGCTT

QA 5 596 5 596
DS 

RD RR3G005JQ 562 0 0
GG
CAGCCAACTTTTAAAAGAGAGTAGTAGCGGCGCAGCAAGGTGAACACGAGTGAAGCTCAC
GATGGCGAGGATTAAGGTTCACGAACTGAGGGACAAGTCGAAGAGCGATCTTCAGAATCA
GCTTCAGGATCTTAAGGCTGAGCTCGCTCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGC
TCCCAACAAGCTCTCCAAAATCAAGGTTGTCCGCAAATCCATTGCTCAGGTCTTGACAGT
GACATCTCAGAAGCAGAAGTCTGCACTCAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCATCCC
TCTTGAATTACGTCCCAAGAAGACCCGTGCTATCCGCAGGCGCCTCACCAAGCATCAGCT
CTCGTTGAAGACTGAACGTGAGAAGAAGAAGGAAATGTATTTCCCAATCAGGAAGTACGC
CATCAAAGTTTAAGTTACCTGTCCCTTCAAAAAAAATCTTTCTACTAGAAACTCTGTTTC
AGCTTTGTTGTTTGATGGAAACTTGTTTTTGTTCTTCACTTGTGTCAGCAACATTGATCT
TGCTTCCTATTGATGTTTTG

QA 3 562 3 562
DS 

RD RR3G005TF 557 0 0
GG
CAGCCAACTTTTAAAAGAGAGTAGTAGCGGCGCAGCAAGGTGAACACGAGTGAAGCTCAC
GATGGCGAGGATTAAGGTTCACGAACTGAGGGACAAGTCGAAGAGCGATCTTCAGAATCA
GCTTCAGGATCTTAAGGCTGAGCTCGCTCTCCTCCGTGTCGCTAAAGTCACCGGTGGTGC
TCCCAACAAGCTCTCCAAAATCAAGGTTGTCCGCAAATCCATTGCTCAGGTCTTGACAGT
GACATCTCAGAAGCAGAAGTCTGCACTCAGAGAAGCATACAAGAACAAGAAGTTCATCCC
TCTTGAATTACGTCCCAAGAAGACCCGTGCTATCCGCAGGCGCCTCACCAAGCATCAGCT
CTCGTTGAAGACTGAACGTGAGAAGAAGAAGGAAATGTATTTCCCAATCAGGAAGTACGC
CATCAAAGTTTAAGTTACCTGTCCCTTCAAAAAAAATCTTTCTACTAGAAACTCTGTTTC
AGCTTTGTTGTTTGATGGAAACTTGTTTTTGTTCTTCACTTGTGTCAGCAACATTGATCT
TGCTTCCTATTGATG

QA 3 557 3 557
DS 



AS 1 4

CO CL1863Contig1 1022 4 5 U
GAGAGATTGACTAAACTCGCCAAGTATCAAGAGAATACCTCTGAGTGAGTCATGCAATAC
TCTCCATGTACAGACCTGAATAGATCTCACACTAAGTCTGTTCGCCATGGTGAATTCAAC
AATCTGCCTACATGTCAACAGTCTTCAACAACTCTTGCTTCTGTCCAGCCATTTGCCTAC
TTCACAATCATCCCACTACTGCAGTTTCAAACATGGCGTAGCTGTCCACCCACGCCAAGT
TTGCGGGGGAGTATTAGAGCCCAACTACAAGACAAGCCTAAAGCCCAAATGATGCAACTA
AACCTAAGTTCCTAGCAGATGGATTTGTATAAATACTTCTCTTATGTTAACATTTCAGGG
AACTTTGGCTGTGTTTCAAGCAGCCTCTTTCTCCATCTTCTATATCAAATCAAACATCTT
TAATTTCTTGGTGACAACTAAAGTCTTTCCCTTTCATTTACTTCTTGCACAATAAAGCTC
TATGAGCTATGTCTTTCTCTATTTCATTATCATGTCAATAAGCTCTATGTGAACACAAAT
CTATCTTGTTTTGAAACTGTCATCATGGTATCAGAGCACCAGGGATTAGATCTTGGTGTC
TCTACTCTTCTTCTCAACTTCTCACATGTTCCATCAGTCATCCCTTTCTCCAAGAGAAAC
AAGACTCGAGCTTTTCCTGTGAAGAGTCTCACACGCTTCTATTTCACAAGGGAGACCGGT
TTGTTCGTTGCCTGCAAGTGGGTTCTCTACAACTCATCAGAACGTGGGTTATCTCCAAAC
GTATCCAGGAAATCCTCAAGCTTTCTCCATCCCTACAGCATGTGATGGGTTCATTCAAGG
TTGCTTTTGTTGTCCTTTTAGCTTTTACTGTGGTGATATCCATAACAGTTCAGATTGTTG
AAGCGAAACGAATGTTACAAGAAGAAAAGTCTCTGCCGTTATTGGATCTTCAAGTTTCCA
AGCTGGTTAATCCACAAAGGGTTGTATCTTGTAAGCGTCCTTGCGGAATCATATGTAAAT
TA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3F578JQ C 1
AF RR3F578TF U 359
AF RR3EH80JQ C 359
AF RR3DH02TF U 378
BS 1 358 RR3F578JQ
BS 359 573 RR3F578TF
BS 574 574 RR3DH02TF
BS 575 754 RR3F578TF
BS 755 1022 RR3DH02TF

RD RR3F578JQ 531 0 0
GAGAGATTGACTAAACTCGCCAAGTATCAAGAGAATACCTCTGAGTGAGTCATGCAATAC
TCTCCATGTACAGACCTGAATAGATCTCACACTAAGTCTGTTCGCCATGGTGAATTCAAC
AATCTGCCTACATGTCAACAGTCTTCAACAACTCTTGCTTCTGTCCAGCCATTTGCCTAC
TTCACAATCATCCCACTACTGCAGTTTCAAACATGGCGTAGCTGTCCACCCACGCCAAGT
TTGCGGGGGAGTATTAGAGCCCAACTACAAGACAAGCCTAAAGCCCAAATGATGCAACTA
AACCTAAGTTCCTAGCAGATGGATTTGTATAAATACTTCTCTTATGTTAACATTTCAGGG
AACTTTGGCTGTGTTTCAAGCAGCCTCTTTCTCCATCTTCTATATCAAATCAAACATCTT
TAATTTCTTGGTGACAACTAAAGTCTTTCCCTTTCATTTACTTCTTGCACAATAAAGCTC
TATGAGCTATGTCTTTCTCTATTTCATTATCATGTCAATAAGCTCTATGTG

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR3F578TF 396 0 0
GGAACTTTGGCTGTGTTTCAAGCAGCCTCTTTCTCCATCTTCTATATCAAATCAAACATC
TTTAATTTCTTGGTGACAACTAAAGTCTTTCCCTTTCATTTACTTCTTGCACAATAAAGC
TCTATGAGCTATGTCTTTCTCTATTTCATTATCATGTCAATAAGCTCTATGTGAACACAA
ATCTATCTTGTTTTGAAACTGTCATCATGGTATCACAGCACCAGGGATTAGATCTTGGTG
TCTCTACTCTTCTTCTCAACTTCTCACATGTTCCATCAGTCATCCCTTTCTCCAAGAGAA
ACAAGACTCGAGCTTTTCCTGTGAAGAGTCTCACACGCTTCTATTTCACAAGGGAGACCG
GTTTGTTCGTTGCCTGCAAGTGGGTTCTCTACAACT

QA 1 396 1 396
DS 

RD RR3EH80JQ 450 0 0
GGAACTTTGGCTGTGTTTCAAGCAGCCTCTTTCCCCATCTTCTATATCAAATCAAACATC
TTTAATTTCTTGGTGACAACTAAAGTCTTTCCCTTTCATTTACTTCTTGCACAATAAAGC
TCTATGAGCTATGTCTTTCTCTATTTCATTATCATGTCAATAAGCTCTATGTGAACACAA
ATCTATCTTGTTTTGAAACTGTCATCATGGTATCAGAGCACCAGGGATTAGATCTTGGTG
TCTCTACTCTTCTTCTCAACTTCTCACATGTTCCATCAGTCATCCCTTTCTCCAAGAGAA
ACAAGACTCGAGCTTTTCCTGTGAAGAGTCTCACACGCCTCTATTTCACAAGGGAGACCG
GTTTGTTCGTTGCCTGCAAGTGGGTTCTCTACAACTCATCAGAACGTGGGTTATCTCCAA
ACGTATCCAGGAAATCCTCAAGCTTTCTCC

QA 1 450 1 450
DS 

RD RR3DH02TF 645 0 0
AAGCAGCCTCTTTCTCCATCTTCTATATCAAATCAAACATCTTTAATTTCTTGGTGACAA
CTAAAGTCTTTCCCTTTCATTTACTTCTTGCACAATAAAGCTCTATGAGCTATGTCTTTC
TCTATTTCATTATCATGTCAATAAGCTCTATGTGAACACAAATCTATCTTGTTTTGAAAC
TGTCATCATGGTATCAGAGCACCAGGGATTAGATCTTGGTGTCTCTACTCTTCTTCTCAA
CTTCTCACATGTTCCATCTGTCATCCCTTTCTCCAAGAGAAACAAGACTCGAGCTTTTCC
TGTGAAGAGTCTCACACGCTTCTATTTCACAAGGGAGACCGGTTTGTTCGTTGCCTGCAA
GTGGGTTCTCTACAACTCATCAGAACGTGGGTTATCTCCAAACGTATCCAGGAAATCCTC
AAGCTTTCTCCATCCCTACAGCATGTGATGGGTTCATTCAAGGTTGCTTTTGTTGTCCTT
TTAGCTTTTACTGTGGTGATATCCATAACAGTTCAGATTGTTGAAGCGAAACGAATGTTA
CAAGAAGAAAAGTCTCTGCCGTTATTGGATCTTCAAGTTTCCAAGCTGGTTAATCCACAA
AGGGTTGTATCTTGTAAGCGTCCTTGCGGAATCATATGTAAATTA

QA 1 645 1 645
DS 



AS 2 5

CO CL1864Contig1 780 3 8 U
GGAGATATAACCAAACGCACATCTGGATCCCCACCCAATCTCTACTGCTGATGCTTTGGT
GAAAATGGGTTTCGGCGCGATCAGATCGATTTTCCGACCATTGTCGAGAACCCTAGTTTC
TCGCATCGCCTCCAGCTGCTCGTCCGCGGCGGTTCCGGTTCCGGCAGCGAAACCGGAGTT
ATGCTCCTTGTTCGGTGGATCGAGGTTGCCATTGATTCAGATGGCTAACCATTTTCACAG
CTTGAGCTTAACTGATACTCGTCTCCCCAAGAGACGACCTATGACTCATCCCAAGAAGAA
AAGATTCAAACTTAAACCTCCAGGGCCTTATGCATATGTTCAGTATACACCTGGAGAGCC
AATTGCTTCAAACAATCCCAACAAGGGTAGTCCCAAAAGACGGAATGCTAAGAAGCGCAT
TGGGCAGCGCCGTGCTTTCATACTGTCTGAGAAAAAGAAGAGGCAAGCGCTGGTGCAAGA
GGCGAAGAGGAAGAAGAGAATCAAAGAAGTGGAACGTAAGATGGCCAAAGTCGCAAGGGA
GCGAGCTTGGGAGGAAAGGCTCGCTGAGCTTCAGCGTCTCGAGGAAGAGAAGAAGAAGTC
TATGTCTTCTTGAATTTTGCTTTCATTCAAAATAGAATAAATCTCTCTTCTTTTTTTCTT
TCGACTTGGGTTTTGTTCCCACTCTTTGTTGTGTTTTGCAAGACTTACTCACTGTTGTCT
GCCGTTTTGTCAGAACCGAGAGTTACCTAACGTTTCTGGACTTTATAATCATGTTGTTTC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX33TF U 1
AF RR3E424TF U 1
AF RR3FX33JQ C 162
BS 1 111 RR3E424TF
BS 112 112 RR3FX33TF
BS 113 392 RR3E424TF
BS 393 393 RR3FX33JQ
BS 394 518 RR3E424TF
BS 519 519 RR3FX33JQ
BS 520 761 RR3E424TF
BS 762 780 RR3FX33JQ

RD RR3FX33TF 330 0 0
GG
AGATATAACCAAACGCACATCTGGATCCCCACCCAATCTCTACTGCTGATGCTTTGGTGA
AAATGGGTTTCGGCGCGATCAGATCGATTTTCCGACCATTGTCGAGAACCCTAGTTTCTC
GCATCGCCTCCAGCTGCTCGTCCGCGGCGGTTCCGGTTCCGGCAGCGAAACCGGAGTTAT
GCTCCTTGTTCGGTGGATCGAGGTTGCCATTGATTCAGATGGCTAACCATTTTCACAGCT
TGAGCTTAACTGATACTCGTCTCCCCAAGAGACGACCTATGACTCATCCCAAGAAGAAAA
GATTCAAACTTAAACCTCCAGGGCCTTA

QA 3 330 3 330
DS 

RD RR3E424TF 761 0 0
GGAGATATAACCAAACGCACATCTGGATCCCCACCCAATCTCTACTGCTGATGCTTTGGT
GAAAATGGGTTTCGGCGCGATCAGATCGATTTTCCGACCATTGTCGAGAACTCTAGTTTC
TCGCATCGCCTCCAGCTGCTCGTCCGCGGCGGTTCCGGTTCCGGCAGCGAAACCGGAGTT
ATGCTCCTTGTTCGGTGGATCGAGGTTGCCATTGATTCAGATGGCTAACCATTTTCACAG
CTTGAGCTTAACTGATACTCGTCTCCCCAAGAGACGACCTATGACTCATCCCAAGAAGAA
AAGATTCAAACTTAAACCTCCAGGGCCTTATGCATATGTTCAGTATACACCTGGAGAGCC
AATTGCTTCAAACAATCCCAACAAGGGTAGTCTCAAAAGACGGAATGCTAAGAAGCGCAT
TGGGCAGCGCCGTGCTTTCATACTGTCTGAGAAAAAGAAGAGGCAAGCGCTGGTGCAAGA
GGCGAAGAGGAAGAAGAGAATCAAAGAAGTGGAACGTAGGATGGCCAAAGTCGCAAGGGA
GCGAGCTTGGGAGGAAAGGCTCGCTGAGCTTCAGCGTCTCGAGGAAGAGAAGAAGAAGTC
TATGTCTTCTTGAATTTTGCTTTCATTCAAAATAGAATAAATCTCTCTTCTTTTTTTCTT
TCGACTTGGGTTTTGTTCCCACTCTTTGTTGTGTTTTGCAAGACTTACTCACTGTTGTCT
GCCGTTTTGTCAGAACCGAGAGTTACCTAACGTTTCTGGAC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3FX33JQ 619 0 0
CG
GCAGCGAAACCGGAGTTATGCTCCTTGTTCGGTGGATCGAGGTTGCCATTGATTCAGATG
GCTAACCATTTTCACAGCTTGAGCTTAACTGATACTCGTCTCCCCAAGAGACGACCTATG
ACTCATCCCAAGAAGAAAAGATTCAAACTTAAACCTCCAGGGCCTTATGCATATGTTCAG
TATACACCTGGAGAGCCAATTGCTTCAAACAATCCCAACAAGGGTAGTCCCAAAAGACGG
AATGCTAAGAAGCGCATTGGGCAGCGCCGTGCTTTCATACTGTCTGAGAAAAAGAAGAGG
CAAGCGCTGGTGCAAGAGGCGAAGAGGAAGAAGAGAATCAAAGAAGTGGAACGTAAGATG
GCCAAAGTCGCAAGGGAGCGAGCTTGGGAGGAAAGGCTCGCTGAGCTTCAGCGTCTCGAG
GAAGAGAAGAAGAAGTCTATGTCTTCTTGAATTTTGCTTTCATTCAAAATAGAATAAATC
TCTCTTCTTTTTT*CTTTCGACTTGGGTTTTGTTCCCACTCTTTGTTGTGTTTTGCAAGA
CTTACTCACTGTTGTCTGCCGTTTTGTCAGAACCGAGAGTTACCTAACGTTTCTGGACTT
TATAATCATGTTGTTTC

QA 3 619 3 619
DS 



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GGTGAAAATGGGTTTCGGCGCGATCAGATCGATTCTCCGACCATTGTCGAGAACCCTTGT
TTCTCGCGTCGCCTCTAGCTGCTCGTCCACGGCGGTTCCTGCAGCGAAACCGGAGTTATG
CTCCTTGTTCGGTGGATCGAGGTTGCCATTGATTCAAATGGCTAACCATTTTCACAGCTT
GAGCTTAACCGATACTCGACTCCCGAAGAGACGACCCATGACTCATCCCAAGAAGAAAAG
ATTCAAACTTAAACCTCCAGGGCCTTATGCATATGTTCAGTATACAGCTGGAGAGCCAAT
TGCTTCAAACAATCCCAACAAGGGTAGTCTCAAAAGACGGAATGCTAAGAAGCGCATTGG
GCAGCGCCGTGCTTTCATACTGTCTGAGAAGAAGAAGAGACAAGCGCTGGTGCAAGAGGC
GAAGAGGAAGAAGAGAATCAAAGAAGTGGAACGTAAGATGGCCAAAGTGGCAAGGGAGCG
AGCTTGGGAGGAAAGGCTGGCTGAGCTTCAGCGACTCGACGAAGAGAAGAAGAAGTCTAT
GTCTTCTTGAATTTTGCTTTCACTCAACCAAAAAAAAACATAGAATAAATCTCTCTTCTT
TTTTTCTTTCGACTTAGGTTTTTTGTTCCCACTCTTTGTTGTGTGTTGCAAGATTTACTC
ACTCTGTTGTCTGCCGTTTTGTCAGAACCGAGAGTTACCTAACGTTTCTGGACTTTATAA
TCATGCCTTTTCTTGTTTCATGAGCTTGTCGATTGTGGTTGTTGAGGATGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HA23TF U 1
AF RR3HA23JQ C 268
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BS 463 627 RR3HA23TF
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CCAAAAAAA

QA 1 627 1 627
DS 

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TCTCAAAAGACGGAATGCTAAGAAGCGCATTGGGCAGCGCCGTGCTTTCATACTGTCTGA
GAAGAAGAAGAGACAAGCGCTGGTGCAAGAGGCGAAGAGGAAGAAGAGAATCAAAGAAGT
GGAACGTAAGATGGCCAAAGTGGCAAGGGAGCGAGCTTGGGAGGAAAGGCTGGCTGAGCT
TCAGCGACTCGACGAAGAGAAGAAGAAGTCTATGTCTTCTTGAATTTTGCTTTCACTCAA
CCAAAAAAAAACATAGAATAAATCTCTCTTCTTTTTTTCTTTCGACTTAGGTTTTTTGTT
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GTCGATTGTGGTTGTTGAGGATGGCC

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 5

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GTCG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3DK53JQ C 1
AF RR3DK53TF U 1
AF RR3F088TF U 1
AF RR3A531JQ C 366
AF RR3A531TF U 56
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T

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CACCAATTGTGACACTATATCGGCTACCGTGTGAAGGAGGCTGGAGATGTACGACTAATC
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T

QA 1 619 1 619
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AATAAATTTTGGTTTGTATCCGCTC

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR3A531TF 789 0 0
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TGTGGGACAGTGACAAGCACACTGGCACGGTGTGTGGGCTACTTGACCAACAGTGGTCCA
TTGTCATCAGACTGCTGCGTGGGAGTCAAATCATTGAACCAAATGACTCAGACCACACCG
GACCGCCGACAAGTCTGTGAGTGCCTTAAATCTGCGGCTAGGGATACCACTGGCCTCAAC
ACCGACCTTGTGGCCACACTCCCTACAACTTGTGGTGTTTCAGTTCCCTACCCCATTCGT
TTTAGCACCAATTGTGACACTATATCGGCTACCGTGTGAAGGAGGCTGGAGATGTACGAC
TAATCAAAGTTGCAAGCTTTTAACCTAAATAATAATATTATGCCCTTTTCAAAATAATAA
TAATAATAATGTTATGCTGTTATTTCCCATTTTATGAGTTCATTCTCTTATTATGTAATC
ATCCATTACATATGGCAATAACGACAAAGGAACTCTTTCTTGCTCCTTTTTCTTTTCGGT
ACTTTGATGATGTATGTACGCATACCGTAGTACCATCAGGGATACTGGACACAACATACT
GCTTTGCATTTAATACGATCAAATACAGTGCAGGGTATATATATTTTTTTTTAAGTAGAC
ACAAGTAGACACAAGAAGCGGGATATCCATAGTTCTGAAAGTATTTATGATCTGTCTACT
CCATCCATATAATAAATTTTGGTTTGTATCCGCTCGGCACCATCTAAATATTAGTATACC
CGGCAGTCG

QA 1 789 1 789
DS 



AS 2 5

CO CL1866Contig1 1034 3 3 U
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ACAAAAATGTCCTCTTTCAGCAGAAAGCGAAACCATTGAGCCATTAAGCCATCCATTCTT
GGTCCCTTTCACTCCCGGATAAGAGAACATCGTGACTCGTGTTGAGTAAATAGTTTATAA
CAACTTCAGGTCATACATACTAATATCATAATATTATTAGAGCGTATCTCAAACTCAAAG
TACTAGAGAATCATCTTAAAAGGATGAAGCATCTTTTATTGTGTAAAGGTGTGATGATCT
TTCTTCAAAAAGCAGAGCTACCACCCCTTGTGGACATGGTCTGCATAACTCCATTCATCA
GTCCTTGAAACGATTTCCCAACTCCAGCTCCAATGTCTTGTGCAAAATACTTGGCCTCTT
GTATGCTCTTCTTCAAATCAAAAGCATCTTTGACTCTATCATCCAAGAACGCCCATGTAT
CGCGATACTCTGGGGAGTCATCAGTAAGCATATAAATCTCGGTGGTTGAGTAAACACCTC
CAAGAACAGTGCGCTTGACATACCAATCCAAATCAGAAGCTCCATCTCCAACAGTGTGCC
ATATCTCATCAACCAACATCGCCCGTTGCTTAAAACTCGTCGGAACATTCGCCGGATGCG
CTTGAATACTAAGAGCTTGAGGCCATTTGGACATGTAAGGAATCTGCATCTCCAATCGAA
TTTTAACGAGCTTGGAAACGCGTTCACTGGGAATCAGGTTTTGCAGATCCAAACCAGAGT
CTACTCTATCGATAAGCAGTTGCAAGCATTCATCCATGAAGTACTCAACAAGAGCAGCTT
CTTTCCTGGAGAAAGAGCCAACAATGGAAAGAGACACACCAACTTCTCTCGAGCCTGCAA
TCATCGCTTCCTCCGTCCAACCTAACCTCGGCACGTGGCGAAGAGAAGCGGCGAGGACAC
GAGCCTGCTCTTCCTGAAACTCAGCTCTCGGCTCCTGCTGCTCTCATCTCTACGAGGTCT
TCTCGTGTATCGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL78JQ U 1
AF RR3FY31JQ U 17
AF RR3DX34JQ U 142
BS 1 573 RR3FL78JQ
BS 574 714 RR3FY31JQ
BS 715 1034 RR3DX34JQ

RD RR3FL78JQ 573 0 0
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ACAAAAATGTCCTCTTTCAGCAGAAAGCGAAACCATTGAGCCATTAAGCCATCCATTCTT
GGTCCCTTTCACTCCCGGATAAGAGAACATCGTGACTCGTGTTGAGTAAATAGTTTATAA
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TACTAGAGAATCATCTTAAAAGGATGAAGCATCTTTTATTGTGTAAAGGTGTGATGATCT
TTCTTCAAAAAGCAGAGCTACCACCCCTTGTGGACATGGTCTGCATAACTCCATTCATCA
GTCCTTGAAACGATTTCCCAACTCCAGCTCCAATGTCTTGTGCAAAATACTTGGCCTCTT
GTATGCTCTTCTTCAAATCAAAAGCATCTTTGACTCTATCATCCAAGAACGCCCATGTAT
CGCGATACTCTGGGGAGTCATCAGTAAGCATATAAATCTCGGTGGTTGAGTAAACACCTC
CAAGAACAGTGCGCTTGACATACCAATCCAAAT

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3FY31JQ 698 0 0
G
CAGCTACAGCTTCATATAATTCAATATGTAAGGTGTTGAAGTAACAAAAATGTCCTCTTT
CAGCAGAAAGCGAAACCATTGAGCCATTAAGCCATCCATTCTTGGTCCCTTTCACTCCCG
GATAAGAGAACATCGTGACTCGTGTTGAGTAAATAGTTTATAACAACTTCAGGTCATACA
TACTAATATCATAATATTATTAGAGCGTATCTCAAACTCAAAGTACTAGAGAATCATCTT
AAAAGGATGAAGCATCTTTTATTGTGTAAAGGTGTGATGATCTTTCTTCAAAAAGCAGAG
CTACCACCCCTTGTGGACATGGTCTGCATAACTCCATTCATCAGTCCTTGAAACGATTTC
CCAACTCCAGCTCCAATGTCTTGTGCAAAATACTTGGCCTCTTGTATGCTCTTCTTCAAA
TCAAAAGCATCTTTGACTCTATCATCCAAGAACGCCCATGTATCGCGATACTCTGGGGAG
TCATCAGTAAGCATATAAATCTCGGTGGTTGAGTAAACACCTCCAAGAACAGTGCGCTTG
ACATACCAATCCAAATCAGAAGCTCCATCTCCAACAGTGTGCCATATCTCATCAACCAAC
ATCGCCCGTTGCTTAAAACTCGTCGGAACATTCGCCGGATGCGCTTGAATACTAAGAGCT
TGAGGCCATTTGGACATGTAAGGAATCTGCATCTCCA

QA 2 698 2 698
DS 

RD RR3DX34JQ 893 0 0
AGAGAACATCGTGACTCGTGTTGAGTAAATAGTTTATAAC***TTCAGGTCATACATACT
AATATCATAATATTATTAGAGCGTATCTCAAACTCAAAGTACTAGAGAATCATCTTAAAA
GGATGAAGCATCTTTTATTGTGTAAAGGTGTTATGATCTTTCTTCAAAAAGCAGAGCTAC
CACCCCTTGTGGACATGGTCTGCATAACTCCATTCATCAGTCCTTGAAACGATTTCCCAA
CTCCAGCTCCAATGTCTTGTGCAAAATACTTTGCCTCTTGTATGCTCTTCTTCAAATCAA
AAGCATCTTTGACTCTATCATCCAAGAACGCCCATGTATCGCGATACTCTGGGGAGTCAT
CAGTAAGCATATAAATCTCGGTGGTTGAGTAAACACCTCCAAGAACAGTACGCTTGACAT
ACCAATCCAAATCAGAAGCTCCATCTCCAACAGTGTGCCATATCTCATCAACCAACATCG
CCCGTTGCTTAAAACTCGTCGGAACATTCGCCGGATGCGCTTGGATACTAAGAGCTTGAG
GCCATTTGGGCATGTAAGGAATCTGCATCTCCAATCGAATTTTAACGAGCTTGGAAACGC
GTTCACTGGGAATCAGGTTTTGCAGATCCAAACCAGAGTCTACTCTATCGATAAGCAGTT
GCAAGCATTCATCCATGAAGTACTCAACAAGAGCAGCTTCTTTCCTGGAGAAAGAGCCAA
CAATGGAAAGAGACACACCAACTTCTCTCGAGCCTGCAATCATCGCTTCCTCCGTCCAAC
CTAACCTCGGCACGTGGCGAAGAGAAGCGGCGAGGACACGAGCCTGCTCTTCCTGAAACT
CAGCTCTCGGCTCCTGCTGCTCTCATCTCTACGAGGTCTTCTCGTGTATCGTG

QA 1 893 1 893
DS 



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GGATCCACGTGTCACAAAAACAAAAACAAAAACTCAACCCCTCACTCACTTCCGGCGATG
TATCGAACGGCGGCGAAACGTCTTCTCGGAGCTGGTTTCGCAACCAGCCGCCTCCTCCGA
TTGCCCAAGCCCAGGCCCACCACCTTCATCATCCCTTACTCCTACACTTCCCCTCTCTGC
ACTTCCTCCTCGCCGATTGGTAATCAATCCGTAAACCCTAATCAACCGGATCCCACTTCT
TCCACGGATACACGAGAAGGACCTCGTAGAGATGAGAGCAGCAGGAAGCCGAGAGCTGAG
TTTCAGGAAGAGCAGGCTCGTGTCCTCGCCGCCTCTCTTCGCCACGTGCCGAGGTTAGGT
TGGACGGAGGAAGCGATGATTGCAGGCTCGAGAGAAGTTGGTGTGTCTCCTTCCATTGTT
GGCTCTTTCTCCAGGAAAGAAGCTGCTCTTGTTGAGTACTTCATGGATGAATGCTTGCAA
CTGCTTATCGACAGAGTAGACTCTGGTTTGGATCTCCAAAACCTGATCCCCAGTGAACGA
GTTTCCAAGCTCGTTAAAATTCGATTGGAGATGCAGATTCCTTACATGCCCAAATGGCCT
CAAGCTCTTAGTATCCAAGCGCATCCGGCGAATGTTCCGACGAGTTTTAAGCAACGGGCG
ATGTTGGTTGATGAGATATGGCACACTGTTGGAGATGGAGCTTCTGATTTGGATTGGTAT
GTCAAGCGCACTGTTCTTGGAGGTGTTTACTCAACCACCGAGATTATATGCTTACTGATG
ACTCCCCAGAGTATCGCGATACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FY31TF U 1
AF RR3DX34TF U 5
BS 1 98 RR3FY31TF
BS 99 99 RR3DX34TF
BS 100 395 RR3FY31TF
BS 396 396 RR3DX34TF
BS 397 422 RR3FY31TF
BS 423 423 RR3DX34TF
BS 424 556 RR3FY31TF
BS 557 558 RR3DX34TF
BS 559 588 RR3FY31TF
BS 589 589 RR3DX34TF
BS 590 614 RR3FY31TF
BS 615 615 RR3DX34TF
BS 616 784 RR3FY31TF
BS 785 804 RR3DX34TF

RD RR3FY31TF 784 0 0
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TATCGAACGGCGGCGAAACGTCTTCTCGGAGCTGGTTTTGCAACCAGCCGCCTCCTCCGA
TTGCCCAAGCCCAGGCCCACCACCTTCATCATCCCTTACTCCTACACTTCCCCTCTCTGC
ACTTCCTCCTCGCCGATTGGTAATCAATCCGTAAACCCTAATCAACCGGATCCCACTTCT
TCCACGGATACACGAGAAGGACCTCGTAGAGATGAGAGCAGCAGGAAGCCGAGAGCTGAG
TTTCAGGAAGAGCAGGCTCGTGTCCTCGCCGCCTCTCTTCGCCACGTGCCGAGGTTAGGT
TGGACGGAGGAAGCGATGATTGCAGGCTCGAGAGAGGTTGGTGTGTCTCCTTCCATTGTT
GGGTCTTTCTCCAGGAAAGAAGCTGCTCTTGTTGAGTACTTCATGGATGAATGCTTGCAA
CTGCTTATCGACAGAGTAGACTCTGGTTTGGATCTCCAAAACCTGATCCCCAGTGAACGA
GTTTCCAAGCTCGTTAGGATTCGATTGGAGATGCAGATTCCTTACATGTCCAAATGGCCT
CAAGCTCTTAGTATTCAAGCGCATCCGGCGAATGTTCCGACGAGTTTTAAGCAACGGGCG
ATGTTGGTTGATGAGATATGGCACACTGTTGGAGATGGAGCTTCTGATTTGGATTGGTAT
GTCAAGCGCACTGTTCTTGGAGGTGTTTACTCAACCACCGAGATTATATGCTTACTGATG
ACTC

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3DX34TF 800 0 0
GG
ACGTGTCACAAAAACAAAAACAAAAACTCAACCCCTCACTCACTTCCGGCGATGTATCGA
ACGGCGGCGAAACGTCTTCTCGGAGCTGGTTTCGCAACCAGCCGCCTCCTCCGATTGCCC
AAGCCCAGGCCCACCACCTTCATCATCCCTTACTCCTACACTTCCCCTCTCTGCACTTCC
TCCTCGCCGATTGGTAATCAATCCGTAAACCCTAATCAACCGGATCCCACTTCTTCCACG
GATACACGAGAAGGACCTCGTAGAGATGAGAGCAGCAGGAAGCCGAGAGCTGAGTTTCAG
GAAGAGCAGGCTCGTGTCCTCGCCGCTTCTCTTCGCCACGTGCCGAGGTTAGGTTGGACG
GAGGAAGCGATGATTGCAGGCTCGAGAGAAGTTGGTGTGTCTCCTTCCATTGTTGGCTCT
TTCTCCAGGAAAGAAGCTGCTCTTGTTGAGTACTTCATGGATGAATGCTTGCAACTGCTT
ATCGATAGAGTAGACTCTGGTTTGGATCTGCAAAACCTGATTCCCAGTGAACGCGTTTCC
AAGCTCGTTAAAATTCGATTGGAGATGCAGATTCCTTACATGCCCAAATGGCCTCAAGCT
CTTAGTATCCAAGCGCATCCGGCGAATGTTCCGACGAGTTTTA*GCA*CGGGCGATGTTG
GTTGATGAGATATGGCACACTGTTGGAGATGGAGCTTCTGATTTGGAT*GGTATGTCA*G
CGTACTGTTCTTGGAG*TGTT*ACTCA**CAC*GAGATTATATGCTTACTGATGACTCCC
CAGAGTATCGCGATACAT

QA 3 800 3 800
DS 



AS 2 5

CO CL1867Contig1 827 3 10 U
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GGTTAACCAAATAGAACAACAACAAATCGAACCAACAGTTAAAACCCAAACCAAACCGGT
TTATCCCAAGCTAGACCTTGTCATCTCATAAGCCAAGAAGCAAGCAGCATTAGCAGGGAC
ACTCCTAGCCATGGCTGGACCAAACCCTTTATACAAACCTTTAACTCCTTCAGCTTTCAA
AATCTTCCTAAAAGCATCCATCGAACCCGCATACTTAGGGTTTCTGTAATCATCAACTTG
AAGAACACTCTTCACAACATCGGTTGGGTACACAAACCCCCAATAGGATGCACCAGCGAC
ACCACCAGCCATGATCAATGACCCTTGTCCTAAGCTCGAAGTGTCTGAACCACCGGCTAA
AAACCTCTTGAAACCTTCGTAGGCAGCAAACATTGTCGCGTTCCCTGGAACTTCACGGGC
AAATGTAGGGAATAAACCTTTGAATAGACCTCGAGCTCCACCTTCTGATCGTAGCACATG
ACGTGCTACATCCATTGGTCCACCGTATTTCACAGCTGCAACCACTGAGCCTGTGGTAGA
GGCACCAGCTAATGCACCTTGTGCTTGCAACCTGCATTTGATCAACTCGGTAGGACAAGC
AAGGAACGAGACAGCGAAACCAGCACCCGCACCGCACACAAACTGTTGACTAATGGTCAA
AGGAACACCAGGTTCAGACCTAAACATCCCTTCCATCTGACCCCTCACGGTGAACAGAAC
CGCGTTGAAGGCAGCAACGGTTGCAGAGGAGCTCCCATACCTTTGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E214JQ U 1
AF RR3F510JQ U 52
AF RR3GX39JQ U 53
BS 1 407 RR3E214JQ
BS 408 408 RR3F510JQ
BS 409 664 RR3E214JQ
BS 665 702 RR3F510JQ
BS 703 703 RR3GX39JQ
BS 704 739 RR3F510JQ
BS 740 740 RR3GX39JQ
BS 741 762 RR3F510JQ
BS 763 763 RR3GX39JQ
BS 764 827 RR3F510JQ

RD RR3E214JQ 664 0 0
GGTGTAAAAAGATGATGATTTTTTTCTTAAAATTAAAAAGAATCATTTAATAGCCGAAAA
GGTTAACCAAATAGAACAACAACAAATCGAACCAACAGTTAAAACCCAAACCAAACCGGT
TTATCCCAAGCTAGACCTTGTCATCTCATAAGCCAAGAAGCAAGCAGCATTAGCAGGGAC
ACTCCTAGCCATGGCTGGACCAAACCCTTTATACAAACCTTTAACTCCTTCAGCTTTCAA
AATCTTCCTAAAAGCATCCATCGAACCCGCATACTTAGGGTTTCTGTAATCATCAACTTG
AAGAACACTCTTCACAACATCGGTTGGGTACACAAACCCCCAATAGGATGCACCAGCGAC
ACCACCAGCCATGATCAATGACCCTTGTCCTAAGCTCGAAGTGTCTGGACCACCGGCTAA
AAACCTCTTGAAACCTTCGTAGGCAGCAAACATTGTCGCGTTCCCTGGAACTTCACGGGC
AAATGTAGGGAATAAACCTTTGAATAGACCTCGAGCTCCACCTTCTGATCGTAGCACATG
ACGTGCTACATCCATTGGTCCACCGTATTTCACAGCTGCAACCACTGAGCCTGTGGTAGA
GGCACCAGCTAATGCACCTTGTGCTTGCAACCTGCATTTGATCAACTCGGTAGGACAAGC
AAGG

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3F510JQ 776 0 0
AGCCGA
AAAGGTTAACCAAATAGAACAACAACAAATCGAACCAACAGTTAAAACCCAAACCAAACC
GGTTTATCCCAAGCTAGACCTTGTCATCTCATAAGCCAAGAAGCAAGCAGCATTAGCAGG
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CAAAATCTTCCTAAAAGCATCCATCGAACCCGCATACTTAGGGTTTCTGTAATCATCAAC
TTGAAGAACACTCTTCACAACATCGGTTGGGTACACAAACCCCCAATAGGATGCACCAGC
GACACCACCAGCCATGATCAATGACCCTTGTCCTAAGCTCGAAGTGTCTGAACCACCGGC
TAAAAACCTCTTGAAACCTTCGTAGGCAGCAAACATTGTCGCGTTCCCTGGAACTTCACG
GGCAAATGTAGGGAATAAACCTTTGAATAGACCTCGAGCTCCACCTTCTGATCGTAGCAC
ATGACGTGCTACATCCATTGGTCCACCGTATTTCACAGCTGCAACCACTGAGCCTGTGGT
AGAGGCACCAGCTAATGCACCTTGTGCTTGCAACCTGCATTTGATCAACTCGGTAGGACA
AGCAAGGAACGAGACAGCGAAACCAGCACCCGCACCGCACACAAATTGTTGACTAATGGT
CAAAGGAACACCAGGTTCAGACTTAAACATCCCTTCCATCTGACCTCTCACGGTGAACAG
AACCGCGTTGAAGGCAGCAACGGTTGCAGAGGAGCTCCCATACCTTTGTA

QA 7 776 7 776
DS 

RD RR3GX39JQ 734 0 0
AGCCG
AAAGGTTAACCAAACAGAACAACAACAAATCGAACCAACAGTTAAAACCCAAACCAAACC
GGTTTATCCCAAGCTAGACCTTGTCATTTCATAAGCCAAGAAGCAAGCAGCATTAGCAGG
GACACTCCTAGCCATGGCTGGACCAAACCCTTTATACAAACCTTTAACTCCTTCAGCTTT
CAAAATCTTCCTAAAAGCATCCATGGAACCCGCATACTTAGGGTTTCTATAATCATCAAC
TTGAAGAACACTCTTCACAACATCGGTTGGGTACACAAACCCCCAATAGGATGCACCAGC
GACACCACCAGCCATGATCAATGACCCCTGTCCTAAGCTTGAAGTGTCTGAACCACCGGC
TAAAAACCTCTTGAAACCTTCGTAGGCTGCAAACATTGTCGCGTTCCCGGGGACTTCACG
GGCAAATGTAGGGAATAAACCTTTGAATAGACCTCGTGCTCCACCTTCTGATCGTAGCAC
ATGACGTGCTACATCCATTGGTCCACCGTATTTCACAGCTGCAACCACTGAGCCTGTGGT
AGAGGCACCAGCTAATG*ACCTTGTGCTTGCAACCTGCATTTGATCAACTCGGTGGGACA
AGCAAGGAACGAGACAGCGAAACCAGCACCCGCACCGCACACAAACTGTTGACTAATGGT
CAAAGGAACACCAGGTTCAGACCTGAACATCCCTTCCATCTGACCCCTCACGGTGAACAG
AACCGCGTT

QA 6 734 6 734
DS 



CO CL1867Contig2 752 2 23 U
GGGTATTCTGAGATCCATTCGATATCGATTGCCCTCTCTCCAGTCAATCCCTGATGGCGG
ATGCAGCGAAAGATTTAGCGTCAGGGACTGTTGGAGGAGCGGCTCAGCTCATTGTAGGTC
ACCCTTTCGACACCATCAAGGTCAAACTTCAGAGCCAACCTGCTCCAGCACCTGGACAGA
AACCCATGTACACGGGCGCAATCGATGCGGTTAAAAAGACCGTTGCCGCTGAAGGACCTA
AAGGTTTGTACAAAGGTATGGGAGCTCCTCTTGCAACCGTTGCTGCCTTCAACGCGGTTC
TGTTCACCGTGAGAGGTCAGATGGAAGGGATGTTCAAGTCTGAACCTGGTGTTCCTTTGA
CCATTAGTCAACAATTTGTGTGCGGTGCGGGTGCTGGTTTCGCTGTCTCGTTCCTTGCTT
GTCCCACCGAGTTGATCAAATGCAGGTTGCAAGCACAAGGTGCATTAGCTGGTGCCTCTA
CCACAGGCTCAGTGGTTGCAGCTGTGAAATACGGTGGACCAATGGATGTAGCACGTCATG
TGCTACGATCAGAAGGTGGAGCACGAGGTCTATTCAAAGGTTTATTCCCTACATTTGCCC
GTGAAGTCCCAGGGAACGCGACAATGTTTGCAGCCTACGAAGGTTTCAAGAGTTTTTAGC
CCGTGGTCCAGACACTTCGAGCTTAGACAAGGGTCATGATCATGGCTGTGTGTCGCTGGT
GCATCCTATTGGGGGTTTGTGTACCCAACCGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX39TF U 11
AF RR3E214TF U 1
BS 1 40 RR3E214TF
BS 41 41 RR3GX39TF
BS 42 79 RR3E214TF
BS 80 80 RR3GX39TF
BS 81 180 RR3E214TF
BS 181 181 RR3GX39TF
BS 182 226 RR3E214TF
BS 227 227 RR3GX39TF
BS 228 318 RR3E214TF
BS 319 319 RR3GX39TF
BS 320 334 RR3E214TF
BS 335 335 RR3GX39TF
BS 336 424 RR3E214TF
BS 425 425 RR3GX39TF
BS 426 562 RR3E214TF
BS 563 563 RR3GX39TF
BS 564 607 RR3E214TF
BS 608 608 RR3GX39TF
BS 609 631 RR3E214TF
BS 632 632 RR3GX39TF
BS 633 642 RR3E214TF
BS 643 643 RR3GX39TF
BS 644 752 RR3E214TF

RD RR3GX39TF 672 0 0
G
GATCCATTTGATATCGATTGCCCTCTCTCCAGTCAATCCCTGATGGCGGATGCAGCGAAA
GATTTAGCGTCAGGGACTGTTGGAGGAGCGGCTCAGCTCATTGTAGGTCACCCTTTCGAC
ACCATCAAGGTCAAACTTCAGAGCCAACCTGCTCCAGCACCTGGACAGCAACCCATGTAC
ACGGGCGCAATCGATGCGGTTAAAAAGACCGTTGCCGCTGAAGGACCTAAAGGTTTGTAC
AAAGGTATGGGAGCTCCTCTTGCAACCGTTGCTGCCTTCAACGCGGTTCTGTTCACCGTG
AGGGGTCAGATGGAAGGGATGTTCAGGTCTGAACCTGGTGTTCCTTTGACCATTAGTCAA
CAGTTTGTGTGCGGTGCGGGTGCTGGTTTCGCTGTCTCGTTCCTTGCTTGTCCCACCGAG
TTGATCAAATGCAGGTTGCAAGCACAAGGT*CATTAGCTGGTGCCTCTACCACAGGCTCA
GTGGTTGCAGCTGTGAAATACGGTGGACCAATGGATGTAGCACGTCATGTGCTACGATCA
GAAGGTGGAGCACGAGGTCTATTCAAAGGTTTATTCCCTACATTTGCCCGTGAAGTCCCC
GGGAACGCGACAATGTTTGCAGCCTACGAAGGTTTCAAGAGTTTTTAGCCGGTGGTTCAG
ACACTTC
AAGC

QA 2 668 2 668
DS 

RD RR3E214TF 752 0 0
GGGTATTCTGAGATCCATTCGATATCGATTGCCCTCTCTCTAGTCAATCCCTGATGGCGG
ATGCAGCGAAAGATTTAGCTTCAGGGACTGTTGGAGGAGCGGCTCAGCTCATTGTAGGTC
ACCCTTTCGACACCATCAAGGTCAAACTTCAGAGCCAACCTGCTCCAGCACCTGGACAGA
CACCCATGTACACGGGCGCAATCGATGCGGTTAAAAAGACCGTTGCTGCTGAAGGACCTA
AAGGTTTGTACAAAGGTATGGGAGCTCCTCTTGCAACCGTTGCTGCCTTCAACGCGGTTC
TGTTCACCGTGAGAGGTCGGATGGAAGGGATGTTTAAGTCTGAACCTGGTGTTCCTTTGA
CCATTAGTCAACAATTTGTGTGCGGTGCGGGTGCTGGTTTCGCTGTCTCGTTCCTTGCTT
GTCCTACCGAGTTGATCAAATGCAGGTTGCAAGCACAAGGTGCATTAGCTGGTGCCTCTA
CCACAGGCTCAGTGGTTGCAGCTGTGAAATACGGTGGACCAATGGATGTAGCACGTCATG
TGCTACGATCAGAAGGTGGAGCTCGAGGTCTATTCAAAGGTTTATTCCCTACATTTGCCC
GTGAAGTTCCAGGGAACGCGACAATGTTTGCTGCCTACGAAG*TTTCAAGAGTTTTTAGC
CCGTGGTCCAGACACTTCGAGCTTAGACAAGGGTCATGATCATGGCTGTGTGTCGCTGGT
GCATCCTATTGGGGGTTTGTGTACCCAACCGA

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 3

CO CL1868Contig1 630 3 2 U
GGCTTCAGAAGCGGTGCATTTAAGAACAATTTTTTGATGAAAAATTAAATTTTCATCAAT
AACATTATTGATCTGTTTCAGCAAATTATATCGGCAACAAATATGCAATTGCCTCAACCA
CATAAAAATGGCCTAAAAACCATAAAAAAAAAATCTCTCAACAAATAGCTTTTTTTCTTG
TATGAAAACAACCCCTTATAGCCTAATTAGCTAATGCCTTCACAGCTTTCTCTGCTGCGT
CATCCAAATCATCAGCTGTTATGAGTTTCATTCCACTTTCCTTGAGGATTCTCTTTCCTT
GTTCAACATTTGTTCCTTCCAGACGAACCACCACTGGTACTTTCAGTGACACCTCTTTAG
CAGCATTCACAATTCCACTAGCAATCACATCACATTTCATTATCCCACCGAATATGTTCA
CCAATATTGCTTTCACTTTATCGTCCGATGTCAGTATCTTAAACGCCTCCACCACCTGGT
GTTCAAAAGCGTTTCCACCAACGTCAAGGAAATTTGCGGGAGTCCCACCGTGCAGTTTAA
TGATGTCCATGGTTGCCATGGCCAATCCCGCACCATTCACCATGCACCCAATCTCTCCAT
CTAAACCGATATAGTTCAGGTCCACTTTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DJ31JQ U 1
AF RR3DJ31TF C 1
AF RR3EA65JQ U 40
BS 1 463 RR3DJ31JQ
BS 464 630 RR3EA65JQ

RD RR3DJ31JQ 463 0 0
GGCTTCAGAAGCGGTGCATTTAAGAACAATTTTTTGATGAAAAATTAAATTTTCATCAAT
AACATTATTGATCTGTTTCAGCAAATTATATCGGCAACAAATATGCAATTGCCTCAACCA
CATAAAAATGGCCTAAAAACCATAAAAAAAAAATCTCTCAACAAATAGCTTTTTTTCTTG
TATGAAAACAACCCCTTATAGCCTAATTAGCTAATGCCTTCACAGCTTTCTCTGCTGCGT
CATCCAAATCATCAGCTGTTATGAGTTTCATTCCACTTTCCTTGAGGATTCTCTTTCCTT
GTTCAACATTTGTTCCTTCCAGACGAACCACCACTGGTACTTTCAGTGACACCTCTTTAG
CAGCATTCACAATTCCACTAGCAATCACATCACATTTCATTATCCCACCGAATATGTTCA
CCAATATTGCTTTCACTTTATCGTCCGATGTCAGTATCTTAAA

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR3DJ31TF 463 0 0
GGCTTCAGAAGCGGTGCATTTAAGAACAATTTTTTGATGAAAAATTAAATTTTCATCAAT
AACATTATTGATCTGTTTCAGCAAATTATATCGGCAACAAATATGCAATTGCCTCAACCA
CATAGAAATGGCCTAGAAACCATAGAAAAAAAATCTCTCAACAAATAGCTTTTTTTCTTG
TATGAAAACAACCCCTTATAGCCTAATTAGCTAATGCCTTCACAGCTTTCTCTGCTGCGT
CATCCAAATCATCAGCTGTTATGAGTTTCATTCCACTTTCCTTGAGGATTCTCTTTCCTT
GTTCAACATTTGTTCCTTCCAGACGAACCACCACTGGTACTTTCAGTGACACCTCTTTAG
CAGCATTCACAATTCCACTAGCAATCACATCACATTTCATTATCCCACCGAATATGTTCA
CCAATATTGCTTTCACTTTATCGTCCGATGTCAGTATCTTAAA

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR3EA65JQ 591 0 0
AAAAATTAAATTTTCATCAATAACATTATTGATCTGTTTCAGCAAATTATATCGGCAACA
AATATGCAATTGCCTCAACCACATAAAAATGGCCTAAAAACCATAAAAAAAAAATCTCTC
AACAAATAGCTTTTTTTCTTGTATGAAAACAACCCCTTATAGCCTAATTAGCTAATGCCT
TCACAGCTTTCTCTGCTGCGTCATCCAAATCATCAGCTGTTATGAGTTTCATTCCACTTT
CCTTGAGGATTCTCTTTCCTTGTTCAACATTTGTTCCTTCCAAACAAACCACCACTGGTA
CTTTCAGTGACACCTCTTTAGCAGCATTCACAATTCCACTAGCAATCACATCACATTTCA
TTATCCCACCGAATATGTTCACCAATATTGCTTTCACTTTATCGTCCGATGTCAGTATCT
TAAACGCCTCCACCACCTGGTGTTCAAAAGCGTTTCCACCAACGTCAAGGAAATTTGCGG
GAGTCCCACCGTGCAGTTTAATGATGTCCATGGTTGCCATGGCCAATCCCGCACCATTCA
CCATGCACCCAATCTCTCCATCTAAACCGATATAGTTCAGGTCCACTTTTG

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 2

CO CL1869Contig1 723 2 5 U
GCAAAAGTTACATTATTGTCTTATTGATGAGACAATTGCTCAAATAAATCGTCTGTAAAT
TAGCAAACAGAAAAGCTTCAAAGACATTTGGAAAAAAGATAAAACTTGTGGCTCTCTAGT
AGCAGCAGCCAGCCTCTTCAAGATTTTGTTGTCGTCCCAAGAGCGTTCCTAAGGTTCGAA
TAACGAGCTTCGAGCTCAAACCACGACTCTAAATCCACCAAACTATTGAACTCCTCAAAA
GTCGCCATCTTTTCCAAGTGACCTCTCGTGGTTCCGTTTTCTTTAAGCGTCTTGAGAACA
TCCACAAGTGCTCGAGCCGATGCGTAGAGTGCGGTCAAGGGATGAACGATCAAGTGAAAC
CCCATTTCTTTAAGCTCCTCAGGGGTGTGCAACGGCGTGACTCCGCCTTCGATCATGTTG
CAGACTCTGAAACCCTTTGTTCGTTTGCCTATTTCCTTGAGCTCATCATCGTCTCTCGGC
GCCTCAACAAAGGAAGCATCAGCTCCCGCCTCCATGTAGAGATTGACACGCGCAATGGCG
TCTTCAAGCCCTGATTTAGCAGAAGTGGCACGTGCGTCTGTTCTAGCGACAAGGAAGAAG
TCAGAATCTCCAATAGCGTCTCGCGCTGATGCTATCTTGGCAGCATGTTCTTCTGCTGAT
ATAACCTGTTTGCCACGCATATGACCGCATTTCTTTGGCCATGATTGATCCTACCAAGAA
AAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3CE05JQ U 15
AF RR3H169JQ U 1
BS 1 72 RR3H169JQ
BS 73 73 RR3CE05JQ
BS 74 80 RR3H169JQ
BS 81 81 RR3CE05JQ
BS 82 723 RR3H169JQ

RD RR3CE05JQ 312 0 0
ATTGTCTTATTGCTGAGACAATTGCTCAAATAAATCGTCTGTAAATTAGCAAACAGAAAA
GCTTCAAAGACATTTGGAAAAAAGATAAAACTTGTGGCTCTCTAGTAGCAGCAGCCAGCC
TCTTCAAGATTTTGTTGTCGTCCCAAGAGCGTTCCTAAGGTTCGAATAACGAGCTTCGAG
CTCAAACCACGACTCTAAATCCACCAAACTATTGAACTCCTCAAAAGTCGCCATCTTTTC
CAAGTGACCTCTCGTGGTTCCGTTTTCTTTAAGCGTCTTGAGAACATCCACAAGTGCTCG
AGCCGATGCGTA

QA 1 312 1 312
DS 

RD RR3H169JQ 723 0 0
GCAAAAGTTACATTATTGTCTTATTGATGAGACAATTGCTCAAATAAATCGTCTGTAAAT
TAGCAAACAGAAGAGCTTCAGAGACATTTGGAAAAAAGATAAAACTTGTGGCTCTCTAGT
AGCAGCAGCCAGCCTCTTCAAGATTTTGTTGTCGTCCCAAGAGCGTTCCTAAGGTTCGAA
TAACGAGCTTCGAGCTCAAACCACGACTCTAAATCCACCAAACTATTGAACTCCTCAAAA
GTCGCCATCTTTTCCAAGTGACCTCTCGTGGTTCCGTTTTCTTTAAGCGTCTTGAGAACA
TCCACAAGTGCTCGAGCCGATGCGTAGAGTGCGGTCAAGGGATGAACGATCAAGTGAAAC
CCCATTTCTTTAAGCTCCTCAGGGGTGTGCAACGGCGTGACTCCGCCTTCGATCATGTTG
CAGACTCTGAAACCCTTTGTTCGTTTGCCTATTTCCTTGAGCTCATCATCGTCTCTCGGC
GCCTCAACAAAGGAAGCATCAGCTCCCGCCTCCATGTAGAGATTGACACGCGCAATGGCG
TCTTCAAGCCCTGATTTAGCAGAAGTGGCACGTGCGTCTGTTCTAGCGACAAGGAAGAAG
TCAGAATCTCCAATAGCGTCTCGCGCTGATGCTATCTTGGCAGCATGTTCTTCTGCTGAT
ATAACCTGTTTGCCACGCATATGACCGCATTTCTTTGGCCATGATTGATCCTACCAAGAA
AAA

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 5

CO CL1870Contig1 1319 5 19 U
GGACACACACACACACACAGTCTCTCTCTCTCGCTCATCTAAGCCGCCGGGAAAGAAGTG
ACCACACCGTCAGGGTTTCACGGCGAAGAGTGTCAGTCCCCTAATCGGCGAAGCGTCATC
AATGGCAACCATGGCTAGGTCGTTTCTGCAGGCGATATCTAAGGAAGAAGCGGTGGCTCC
TCCGCTCAGAGTTGTTCAGATCGAAGGACTGGCTGTGTTAAAGATCATCAAGCATTGCAA
GGAGTTTGCACCGACGCTTGTCACAGGGCAGCTGCTTGGACTTGATGTTGGCAGTGTTCT
TGAAATCACCAATTGTTTTCCTTTCCCTGTGAGAGATGACGATGAAGAGATTGAAGCTGA
TGGTGCTAACTATCAGCTTGAGATGATGAGGGGTCTCAGGGAGGTTAATGTTGACAACAA
CACTGTTGGCTGGTATCAATCAACAGTGCTTGGATCTTATCAGACTGTTGAGTTGATTGA
GACCTTCATGAATTACCAGGAGAACATCAAGAGATGTGTTTGCATCATATACGATCCCTC
TAAAGCTGACCTAGGCGTCTTAGCTTT*GAAGGCGTTAAAGCTTTCAGATTCCTTTATGG
AGTTGTACAGGGGCGGAAACTTTACAGGCGACAAGTTGAGAGAGAAAAACTTCTCGTGGA
TGGATATTTTTGAGGAAATACCTATCAAGGTTTCAAACTCTGCGCTTGTCAGTGCCTTTA
TGACCGAACTGGAGACTGATACACCTGTCTCACAGGGTGATTCTGATCGTCTTCACTCCT
CAACCACTCCTTTCCTTGAGAACAATATGGAGTTTTTGATTAAATGCATGGATGATTTAT
CCATGGAACAACAAAAGTTCCAATATTACCACCGAAACCTGTCTCGTCAGCAAGCGCAGC
AACAAGCCTGGCTCCAGAAGAGAAGGACGGAGAACATGGCTCGTAAATCAGCTGGGGAAG
AGGCATTACCCGAGGAGGATCCTTCAAACCCAATCTTTAAGCCGATCCCTGAACCGTCGA
GGCTAGATAGCTTCCTCATCACAAACCAAGTCTCAAACTTCTGTGGCCAAATCAACGGAG
TGGCTGGCCAGAACTTCAGCAGGCTTTACCTCACCAAGGCGTTGCACGAATAATTGAGTA
CGAGGCCACCCAGGTTTTTGTTTTTTGAGTTGAGAAAGTGAAAAGATTTGGTGATAGAAC
GGATCATGTATTTGTTTTGCTGGAAGTTTTTTTTTTGTGAAATTAAAAATACAAACCATA
TGAAAACATCTTTCAGCTCGTATGCATGGCTTATTGAAAGAGAAGAAAAAACTCAAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3E403TF U 1
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AF RR3EC86TF U 598
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AF RR3E403JQ C 773
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TCCGCTCAGAGTTGTTCAGATCGAAGGACTGGCTGTGTTAAAGATCATCAAGCATTGCAA
GGAGTTTGCACCGACGCTTGTCACAGGGCAGCTGCTTGGACTTGATGTTGGCAGTGTTCT
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CACTGTTGGCTGGTATCAATCAACAGTGCTTGGATCTTATCAGACTGTTGAGTTGATTGA
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AGTTGT

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CGTTTCTGCAGGCGATATCTAAGGAAGAAGCGGTGGCTCCTCCGCTCAGAGTTGTTCAGA
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CAACAGTGCTTGGATCTTATCAGACTGTTGAGTTGATTGAGACCTTCATGAATTACCAGG
AGAACATCAAGAGATGTGTTTGCATCATATACGATCCCTCTAAAGCTGACCTAGGCGTCT
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CCTATCAAAGTTTCAAACTCTGCGCTTGTCAGTGCCTTTATGACCGAACTGGAG*CTGAT
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G
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TATGACCGAACTGGAGACTGATACACCTGTCTCACAGGGTGATTTTGATCGTCTTCACTC
CTCAACCACTCCTTTCCTTGAGAACAATATGGAGTTTTTGATTAAATGCATGGATGATTT
ATCCATGGAACAACAAAAGTTCCAATATTACCACCGAAACCTGTCTCGTCAGCAAGCGCA
GCAACAAGCCTGGCTCCAGAAGAGAAGGACGGAGAACATGGCTCGTAAATCAGCTGGGGA
AGAGGCATTAC

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DS 

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AGTTGATTGAGACCTTCATGAATTACCAGGAGAACATCAAGAGATGTGTTTGCATCATAT
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TCCTTTATGGAGTTGTACAGGGGCGGAAACTTTACAGGCGACAAGTTGAGAGAGAAAAAC
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AGTGCCTTTATGACCGAACTGGAGGCTGATACACCTGTCTCACAGGGTGATTCTGATCGT
CTTCACTCCTCAACCACTCCTTTCCTTGAGAACAATATGGAGTTTTTGATTAAATGCATG
GATGATTTATCCATGGAACAACAAAAGTTCCAATATTACCACCGAAACCTGTCTCGTCAG
CAAGCGCAGCAACAAGCCTGGCTCCAGAAGAGAAGGACGGAGAACATGGCTCGTAAATCA
GCTGGGGAAGAGGCATTACCCGAGGAGGATCCTTCAAACCCAATCTTTAAGCCGATCCCT
GAACCGTCGAGGCTAGATAGCTTCCTCATCACAAACCAAGTCTCAAACTTCTGTGGCCAA
ATCAACGGAGTGGCTGGCCAGAACTTCAGCAGGCTTTACCTCACCAAGGCGTTGCACGAA
TAATTGAGTACGAGGCCACCCAGGTTTTTGTTTTTTGAGTTGAGAAAGTGAAAAGATTTG
GTGGTAGAACGGATCATGTATTTGTTTTGCTGGAAGTTTTTTTTT*GTGAAATTAAAAAT
ACAAACC

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DS 

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TCACTCCTCAACCACTCCTTTCCTTGAGAACAATATGGAGTTTTTGATTAAATGCATGGA
TGATTTATCCATGGAACAACAAAAGTTCCAATATTACCACCGAAACCTGTTTTGTCAGCA
AGGGCAGCAACAAGCCTGGCTCCAGAAGAGAAGGACGGAGAACATGGCTTGTAAATCAGC
TGGGGAAGAGGCATTACCCGAGGAGGATCCTTCAAACCCAATCTTTAAGCCGATCCCTGA
ACCGTCGAGGCTAGATAGCTTCCTCATCACAAACCAAGTTTCAAACTTTTGTGGCCAAAT
CAACGGAGTGGCTGGCCAGAACTTCAGCAGGCTTTACCTCACCAAGGCGTTGCACGAATA
ATTGAGTACGAGGCCACCCAGGTTTTTGTTTTTTGAGTTGAGAAAGTGAAAAGATTTGGT
GATAGAACGGATTATGTATTTGTTTTGCTGGAAGTTTTTTTTTTGTGAAATTAAAAATAC
AAACCATATGAAAACATCTTTCAGCTCGTATGCATGGCTTATTGAAAGAGAAGAAAAAAC
TCAAGAC

QA 1 547 1 547
DS 



AS 1 5

CO CL1871Contig1 1470 5 15 U
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ATCAAAAGACGTGTTCTTCTTTCTTCTTCCTCTTCCTCTTCCATATTTAAGGACGACCAT
GTCGTTACTCATTCTTCATCCTCTTCCTCATACAAGCTTCAAACCCATTTCTCCATGTCT
TCTGGTTGTGGTTGCTCGTGGATTCAGAACAACTCAATGCTTCATTACTCGCCTACTACA
AGTAACTGGACGTCGAAGAAATGCTCGGCGTTACCAACAAAAACAGTGGATGTCTCCTCA
GTTTCTGACCTTTTTGAGTTCATATGCTCTGGTCCGCTCGTGGAAAAGATCGGTATCACT
CCTGAAAAAGTCGGCCAGGCCATTGACAAATGGTTGCTATACGGCTCACAGCTATGCAGA
CTCTTTCAGCTTAACGAGCTTAAGCTGACCATTCCTCAGAAAGCTAGGCTTTACCATTAC
TATATCCCCGTCTTTGTTTGGTGCCAAGACCAGATTGCTCTGCATAACTCCAAGTTTAAA
GATGGAGATGATGTGCCTCCCCTAGTGATTGGATTCAGCGCACCTCAAGGATGTGGCAAG
ACTACACTTGTGTTTGCACTTGATTATCTTTTCAAAACTACAAAAATGAAGTCGGCGACA
ATATCTATAGACGATTTTTACTTGACTGCAGAAGGCCAGGCTAAATTGAGGGAAGAGAAT
CCAGGAAATGCACTCCTTGAGTATCGTGGGAATGCAGGAAGCCATGATCTTCCATTCTCT
GTCGAAACAATAGTAGCCCTGACTAAACTTACCAAGGAAGGCATGAAGATGAAAGTTCCT
CGCTACGATAAGTCTGCTTATAGCGGGAGGGGTGACAGAGCCGACGCAGAAACATGGCCT
CAAGTTGAAGGACCTCTAAAGGTGATTCTCTTTGAGGGATGGATGCTTGGTTTTAAACCT
CTTCCTGCTGAAGCCGTTAAAGCAGTGGATCCTCAGTTGGAGACAGTGAACAAGAACCTT
GAAGCTTATTACGAGGCATGGGACAAGTACATAGATGCATGGGTGGTCATCAAAATTAAG
GACCCAAGTTATGTATACCGATGGCGTCTTCAGGCGGAAATAGCAATGAGGCAGGCTGGC
AAAGCCGGGATGTCTGATGATGAGGTGAATGACTTTGTGTCAAGGTATTTGCCTGCATAT
AAGGCTTATCTGCCGACACTGTACGAGGAAGGACCGAGCGGCTCGGAACCAGAGCGTGTC
CTTGCGATAGATATCGATGAAGAAAGGAACCCAATACTCGCAACCTAATGACCAGGATGT
TTTCCCTCCTATGCCTTGTTATATGTATTTTCCTCTTTGTAGAGTAACATTCACTATATC
ACGCTTCGTTGTATTATTCATTCTATCTTTTGACATGCTCTCTCTATTTGTCACAATTCT
ACAAATATGTACATTTCCTTTGGAAAGTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A942TF U 1
AF RR3DJ28TF U 463
AF RR3DJ28JQ C 994
AF RR3A942JQ C 593
AF RR3CK60TF U 895
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BS 496 545 RR3A942TF
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BS 547 693 RR3A942TF
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BS 695 753 RR3A942TF
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BS 1115 1130 RR3DJ28TF
BS 1131 1396 RR3CK60TF
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ATCAAAAGACGTGTTCTTCTTTCTTCTTCCTCTTCCTCTTCCATATTTAAGGACGACCAT
GTCGTTACTCATTCTTCATCCTCTTCCTCATACAAGCTTCAAACCCATTTCTCCATGTCT
TCTGGTTGTGGTTGCTCGTGGATTCAGAACAACTCAATGCTTCATTACTCGCCTACTACA
AGTAACTGGACGTCGAAGAAATGCTCGGCGTTACCAACAAAAACAGTGGATGTCTCCTCA
GTTTCTGACCTTTTTGAGTTCATATGCTCTGGTCCGCTCGTGGAAAAGATCGGTATCACT
CCTGAAAAAGTCGGCCAGGCCATTGACAAATGGTTGCTATACGGCTCACAGCTATGCAGA
CTCTTTCAGCTTAACGAGCTTAAGCTGACCATTCCTCAGAAAGCTAGGCTTTACCATTAC
TATATCCCCGTCTT*GTTTGGTGCCAAGACCAGATTGCTCTGCATAACTCCAAGTTTAAA
GATGGGGATGATGTGCCTCCCCTAGTGATTGGATTCAGCGCACCTCAAGGATGTGGCAAG
ACTACACTTGTGTTTGCACTTGATTATCTTTTCAAAACTACAAAAATGAAGTCGGCGACA
ATATCTATAGACGATTTTTACTTGACTGCAGAAAGCCAGGCTAAATTGAGGGAAGAGAAT
CCAGGAAATGCACTCCTTGAGTATCGTGGGAAT

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DS 

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CATAACTCCAAGTTTAAAGATGGAGATGATGTGCCTCCCCTAGTGATTGGATTCAGCGCA
CCTCAAGGATGTGGCAAGACTACACTTGTGTTTGCACTTGATTATCTTTTCAAAACTACA
AAAATGAAGTCGGCGACAATATCTATAGACGATTTTTACTTGACTGCAGAAGGCCAGGCT
AAATTGAGGGAAGAGAATCCAGGAAATGCACTCCTTGAGTATCGTGGGAATGCAGGAAGC
CATGATCTTCCATTCTCTGTCGAAACAATAGTAGCCCTGACTAAACTTACCAAGGAAGGC
ATGAAGATGAAAGTTCCTCGCTACGATAAGTCTGCTTATAGCGGGAGGGGTGACAGAGCC
GACGCAGAAACATGGCCTCAAGTTGAAGGACCTCTAAAGGTGATTCTCTTTGAGGGATGG
ATGCTTGGTTTTAAACCTCTTCCTGCTGAAGCCGTTAAAGCAGTGGATCCTCAGTTGGAG
ACAGTGAACAAGAACCTTGAAGCTTATTACGAGGCATGGGACAAGTACATAGATGCATGG
GTGGTCATCAAAATTAAGGACCCAAGTTATGTATACCGATGGCGTCTTCAG*CGGAAATA
GCAATGAG
CAGCTGGCGAA

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DS 

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GATGCATGGGTGGTCATCAAAATTAAGGACCCAAGTTATGTATACCGATGGCGTCTTCAG
GCGGAAATAGCAATGAGGCAGGCTGGGGAAGCCGGGATGTTTGATGATGAGGTGAATGAC
TTTGTGTCAAGGTATTTGCCTGCATATAAGGCTTATCTGCCGACACTGTACGAGGAAGGA
CCGAGCGGCTCGGAACCAGAGGGTGTCCTTGCGATAGATATCGATGAAAAAAGGAACCCA
ATACTCGCAACCTAATGACCAGGATGTTTTCCCCCCTATGCCTTGTTATATGTATTTTCC
TCTTTGTAGAGTAACATTCACTATATCCCGCTTCGTTGTATTATTCATTTTATCTTTTGA
CATGCTCTCTTTATTTGTCA

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DS 

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CGGCGACAATATCTATAGACGATTTTTACTTGACTGCAGAAGGCCAGGCTAAATTGAGGG
AAGAGAATCCAGGAAATGCACTCCTTGAGTATCGTGGGAATGCAGGAAGCCATGATCTTC
CATTCTCTGTCGAAACAATAGTAGCCCTGACTAAACTTACCAAGGAAGGCATGAAGATGA
AAGTTCCTCGCTACGATAAGTCTGCTTATAGCGGGAGGGGTGACAGAGCCGACGCAGAAA
GATGGCCTCAAGTTGAAGGACCTCTAAAGGTGATTCTCTTTGAGGGATGGATGCTTGGTT
TTAAACCTCTTCCTGCTGAAGCCGTTAAAGCAGTGGATCCTCAGTTGGAGACAGTGAACA
AGAACCTTGAAGCTTATTACGAGGCATGGGACAAGTACATAGATGCATGGGTGGTCATCA
AAATTAAGGACCCAAGTTATGTATACCGATGGCGTCTTCAGGCGGAAATAGCAATGAGGC
AGGCTGGCAAAGCCGGGATGTCTGATGATGAGGTGAATGACTTTGTGTCAAGGTATTTGC
CTGCATATAAGGCTTATCTGCCGACACTGTACGAGGAAGGACCGAGCGGCTCGGAACCAG
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CAGGATGTTTTCCCTCCTATGCCTTGTTATATGTATTTTCCTCTTTGTAGAGTAACATTC
ACTATATCACGCTTCGTTGTATTATTCATTCTATCTTTTGACATGCTCTCTCTATTTGTC
ACAATTCTACAAATATGTACATTTCCTTTGG

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DS 

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G
GGCCTCAAGTTGAAGGACCTCTAAAGGTGATTCTCTTTGAGGGATGGATGCTTGGTTTTA
AACCTCTTCCTGCTGAAGCCGTTAAAGCAGTGGATCCTCAGTTGGAGACAGTGAACAAGA
ACCTTGAAGCTTATTACGAGGCATGGGACAAGTACATAGATGCATGGGTGGTCATCAAAA
TTAAGGACCCAAGTTATGTATACCGATGGCGTCTTCAGGCGGAAATAGCAATGAGGCAGG
CTGGCAAAGCCGGGATGTCTGATGATGAGGTGAATGACTTTGTGTCAAGGTATTTGCCTG
CATATAAGGCTTATCTGCCGACACTGTACGAGGAAGGACCGAGCGGCTCGGAACCAGAGC
GTGTCCTTGCGATAGATATCGATGAAGAAAGGAACCCAATACTCGCAACCTAATGACCAG
GATGTTTTCCCTCCTATGCCTTGTTATATGTATTTTCCTCTTTGTAGAGTAACATTCACT
ATATCACGCTTCGTTGTATTACTCATCCTATCTTTTGACATGCTCTCTCTATTTGTCACA
ATTCTACAAATATGTACATTTCCTTTGGAAAGTTC

QA 2 576 2 576
DS 



AS 1 4

CO CL1872Contig1 838 4 5 U
GACCAGCCTGGTGTGTTGATCCAAGTCTACGAAGGTGAGAGGGCTAGGACCAAGGACAAC
AACCTTCTCGGAAAGTTTGAGCTCTCTGGTATTCCTCCTGCTCCACGTGGTGTCCCTCAG
ATCACAGTCTGTTTCGATATTGACGCAAACGGTATCCTTAACGTCTCTGCCGAGGACAAG
ACCACCGGTCAAAAGAACAAGATCACCATCACCAACGACAAAGGTCGCTTGTCTAAAGAC
GAGATTGAGAAGATGGTGCAAGAGGCTGAGAAGTACAAGTCTGAGGATGAGGAGCACAAG
AAGAAGGTTGAGGCCAAGAATGCTCTTGAGAACTATGCTTACAACATGAGGAACACCATT
CGTGATGACAAGATTGGTGAGAAGCTTCCTGCTGCAGACAAGAAGAAGATTGAAGACTCG
GTTGAGGAAGCTATCCAATGGCTTGATGGTAACCAGACTGCTGAAGCAGATGAGTTTGGG
GACAAGATGAAGGAGTTGGAGAGCGTTTGCAACCCCATCATTGCGAAGATGTACCAAGGA
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GGAGGTGCTGGCCCCAAGATTGAGGAAGTCGACTAATCTTGTTATGTTTACATGATTTTG
GCTTGATTTTCAGTATCGGTTTATGTTTGGTTCTATTTGAGCCATGTACTCTCTATTTCT
GTTGAACCTTTTTCTATTTCTGTTGAACCTTTTTCTATATTTTTAAACTAGAGTAATCAA
TTGTCATGCCCGCATGGATATGTATTTTTAAACTAGAGATTGGAAGCTGATTTAATCT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3DX72TF U 52
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G
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TCCCTCAGATCACAGTCTGTTTCGATATTGACGCAAACGGTATCCTTAACGTCTCTGCCG
AGGACAAGACCACCGGTCAAAAGAACAAGATCACCATCACCAACGACAAAGGTCGCTTGT
CTAAAGACGAGATTGAGAAGATGGTGCAAGAGGCTGAGAAGTACAAGTCTGAGGATGAGG
AGCACAAGAAGAAGGTTGAGGCCAAGAATGCTCTTGAGAACTATGCTTACAACATGAGGA
ACACCATTCGTGATGACAAGATTGGTCAGAAGCTTCCTGCTGCAGACAAGAAGAAGATTG
AAGACTCGGTTGGGGAAGCTATCCAATGGCTTGATGGTAACCAGACTGCTGAAGCAGATG
AGTTTGAGGACAGGATGAAGGAGTTGGAGAGCGTTTGCAACCCCATCATTGCGAAGATGT
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CTTCTACCGGAGGTGCTGGCCCCAAGATTGAGGAGGTCGACTAATCTTGTTATGTTTACA
TGATTTTGG

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DS 

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AACCTTCTCGGAAAGTTTGAGCTCTCTGGTATTCCTCCTGCTCCACGTGGTGTCCCTCAG
ATCACAGTCTGTTTCGATATTGACGCAAACGGTATCCTTAACGTCTCTGCCGAGGACAAG
ACCACCGGTCAAAAGAACAAGATCACCATCACCAACGACAAAGGTCGCTTGTCTAAAGAC
GAGATTGAGAAGATGGTGCAAGAGGCTGAGAAGTACAAGTCTGAGGATGAGGAGCACAAG
AAGAAGGTTGAGGCCAAGAATGCTCTTGAGAACTATGCTTACAACATGAGGAACACCATT
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GTTGAGGAAGCTATCCAATGGCTTGATGGTAACCAGACTGCTGAAGCAGATGAGTTTGGG
GACAAGATGAAGGAGTTGGAGAGCGTTTGCAACCCCATCATTGCGAAGATGTACCAAGGA
GCTGGTGGTGAGGCAGGTGGTCCCGCTGGAATGGATGACGATGAAGCTCCTCCTTCTACC
GGAGGTGCTGGCCCCAAGATTGAGGAAGTCGACTAATCTTGTTATGTTTACATGATTTTG
GCTTGATTTTCAGTATCGGTTTATGTTTGGTTCTATTTGAGCCATGTACTCTCTATTTCT
GTTGAACCTTTTTCTATTTCTGTTGAACCTTTTTCTATATTTT*AAACTAGAGTAATCAA
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G
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TTGAGGACAAGATGAAGGAGTTGGAGAGCGTTTGCAACCCCATCATTGCGAAGATGTACC
AAGGAGCTGGTGGTGAGGCAGGTGGTCCCGCTGGAATGGATGACGATGAAGCTCCTCCTT
CTACCGGAGGTGCTGGCCCCAAGATTGAGGAAGTCGACTAATCTTGTTATGTTTACATGA
TTTTGGCTTGATTTTCAGTATCGGTTTATGTTTGGTTCTATTTGAGCCATGTACTCTCTA
TTTCTGTTGAACCTTTTTCTATTTCTGTTGAACCTTTTTCTATATTTTTAAACTAGAGTA
ATCAATTGTCATGCCC

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DS 

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AAGTACAAGTCTGAGGATGAGGAGCACAAGAAGAAGGTTGAGGCCAAGAATGCTCTTGAG
AACTATGCTTACAACATGAGGAACACCATTCGTGATGACAAGATTGGTGAGAAGCTTCCT
GCTGCAGACAAGAAGAAGATTGAAGACTCGGTTGAGGAAGCTATCCAATGGCTTGATGGT
AACCAGACTGCTGAAGCAGATGAGTTTGGGGACAAGATGAAGGAGTTGGAGAGCGTTTGC
AACCCCATCATTGGGAAGATGTACCAAGGAGCTGGTGGTGAGGCAGGTGGTCCCGCTGGA
ATGGATGACGATGAAGCTCCTCCTTTTACCGGAGGTGCTGGCCCCAAGATTGAGGAAGTC
GACTAATCTTGTTATGTTTACATGATTTTGGCTTGATTTTCAGTATCGGTTTATGTTTGG
TTTTATTTGAGCCATGTACTCTCTATTTTTGTTGAACCTTTTTTTATTTTTGTTGAACCT
TTTTTTATATTTTTAAACTAGAGTAATCAATTGTCATGCCCGCATGGATATGTATTTTTA
AACTAGAGATTGGAAGCTGATTTAA

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DS 



AS 1 5

CO CL1873Contig1 1173 5 13 U
GGACAGCTTTCTATCTCGCAGCCCTAAACTCCTTTGCCTCTCTCTCTCGAATCTCTCTTC
AACCTTCAACATCAAATGGAATTCTGGGGAGCTGAGGTTAAGGCAGGGAAGCCACTTAAA
GTGGAACCCGAAGAGAACTGTCTCATCCACGTTTCACAGGCATCTCTTGATAAAGGGAAG
AAGGGTGAGACTGCCCTCTTGTACGTGACCGTTGATGGGAAGAAGCTTGTGATCGGAACT
CTTTCTCAGGACAACATCCCCCAGATCAGCTTTGATCTCGTCTTTGAGAAGGAGTTTGAG
CTCTCACACTCCTCAAAGGGAAGCGTCCACTTCATTGGATACAAGTCTCCCAACCTCGAT
GAAGAGGAGGATTTCCCTTCTGATTCAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGTGGCGGTTCCCGCA
GCTTCCACTGTCTCCACTGTCACGACCAACGGAAGTGCTAAAGCTGCACCTGCTTCGAGT
GCTGTTACCATTGACTCGAAACCAAAGGCCAAGGTTCCTGAAGTGAAGCCTGAATCAGAC
GAGGATGATGATGACTCTGACGAGGAGGGTGATTCTGAAGATGATGAATCTGATTCTGAG
AAAGGAATGGATGTTGATTCAGATGATTCAGATGAGGGAGATGATTCTGAGGAGGAAGAA
GAGGATGATGCCCCTAAGAAGCCTGAGCCAAGCAGCAACAAGAAGAGGCAGAATGAATTT
GCAACACCTGTTTTTGCAAAGAAGGCTAAGCCCGCAGTAGCAGCTACCCCTCAGAAATCA
GAGGAGAAGAAGAAAGGAGGGCACACAGCTACACCACACCCAGCTAAAAAGGGTGGAAAG
AGTCCTATGAATGCTAACCAGAGTCCCAAATCTGGAGGTCAATCATCTGGTAGTAACAAG
AAGCCATTCAACTCAGGAGGCAACAAGCAGTTTGGTTCTAACAACAAGAGCAACAAGGGA
AAAGGAAAGGGCAGAGCCTAAGTGAAGTGGAGGGAGCAATGAGATGTTTTGGTTTTTTAG
TAGATGTTCTTGGAACTAAGACCGGTTTTATTTTATGTTTTATCTCCTTTTGGGAAGTGC
TTTTATGTTAACGCAATTTTAATCTTGTGGAATTTAGTATTTGAGTAAGAAAACTGGTAT
TGCAAACATCATCACATCATTGTTTGAGAAGCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EJ89TF U 2
AF RR3FQ59TF U 1
AF RR3EC76TF U 77
AF RR3FQ59JQ C 416
AF RR3EC76JQ C 728
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ACCTTCAACATCAAATGGAATTCTGGGGAGCTGAGGTTAAGGCAGGGAAGCCACTTAAAG
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AGGGTGAGACTGCCCTCTTGTACGTGACCGTTGATGGGAAGAAGCTTGTGATTGAAACTC
TTTCTCAGGATAACATCCCCCAGATCAGCTTCGATCTCGTCTTTGAGAAGGAGTTTGAGC
TCTCCCACTCCTCGAAGGGAAGCGTCCACTTTATTGGGTACAAGTCTCCCGACCTCGATG
AAGAGGAGGATTTCCCTTCTGATTCAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGTGGCGGTTCCGGCAG
CTTCGACTGTCTCCACTGTCACGACCAATGGAAGCGCTAAAGCCGCACCTGCTTCGAGTG
CTGTTACCATTGACTCGAAACCAAAGGCCGAGGTTCCTGAAGTGAAGCCTGAATCAGACG
AGGATGATGATGACTCTGACGAGGAGGGTGATTCTGAAGATGATGAATCTGATTCTGAGA
AAGGAATGGATGTTGATGAGGATGATTCAGATGAGGAAGATGATTCTGAGGAGGA

QA 1 655 1 655
DS 

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AACCTTCAACATCAAATGGAATTCTGGGGAGCTGAGGTTAAGGCAGGGAAGCCACTTAAA
GTGGAACCCGAAGAGAACTGTCTCATCCACGTTTCACAGGCATCTCTTGATAAAGGGAAG
AAGGGTGAGACTGCCCTCTTGTACGTGACCGTTGATGGGAAGAAGCTTGTGATCGGAACT
CTTTCTCAGGACAACATCCCCCAGATCAGCTTTGATCTCGTCTTTGAGAAGGAGTTTGAG
CTCTCACACTCCTCAAAGGGAAGCGTCCACTTCATTGGATACAAGTCTCCCAACCTCGAT
GAAGAGGAGGATTTCCCTTCTGATTCAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGTGGCGGTTCCCGCA
GCTTCCACTGTCTCCACTGTCACGACCAACGGAAGTGCTAAAGCTGCACCTGCTTCGAGT
GCTGTTACCATTGACTCGAAACCAAAGGCCAAGGTTCCTGAAGTGAAGCCTGAATCAGAC
GAGGATGATGATGACTCTGACGAGGAGGGTGATTCTGAAGATGATGAATCTGATTCTGAG
AAAGGAATGGATGTTGATTCAGATGATTCAGATGAGGGAGATGATTCTGAGGAGGAAGAA
GAGGATGATGCCCCTAAGAAGCCTGAGCCAAGCAGCAACAAGA

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DS 

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G
GGAATTCTGGGGAGCTGAGGTTAAGGCAGGGAAGCCACTTAAAGTGGAACCCGAAGAGAA
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CTTGTACGTGACCGTTGATGGGAAGAAGCTTGTGATCGGAACTCTTTCTCAGGACAACAT
CCCCCAGATCAGCTTTGATCTCGTCTTTGAGAAGGAGTTTGAGCTCTCACACTCCTCAAA
GGGAAGCGTCCACTTCATTGGATACAAGTCTCCCAACCTCGATGAAGAGGAGGATTTCCC
TTCTGGTTCAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGTGGCGGTTCCCGCAGCTTCCACTGTCTCCAC
TGTCACGACCAACGGAAGTGCTAAAGCTGCACCTGCTTCGAGTGCTGTTACCATTGACTC
GAAACCAAAGGCCAAGGTTCCTGAAGTGAAGCCTGAATCAGACGAGGATGATGATGACTC
TGACGAGGAGGGTGATTCTGAAGATGATGAATCTGATTCTGAGAAAGGAATGGATGTTGA
TTCAGATGATTCAGATGAGGGAGATGATTCTGAGGAGGAAGAAGAGGATGAT
C

QA 2 593 2 593
DS 

RD RR3FQ59JQ 728 0 0
CC
GCAGCTTCCACTGTCTCCACTGTCACGACCAACGGAAGTGCTAAAGCTGCACCTGCTTCG
AGTGCTGTTACCATTGACTCGAAACCAAAGGCCAAGGTTCCTGAAGTGAAGCCTGAATCA
GACGAGGATGATGATGACTCTGACGAGGAGGGTGATTCTGAAGATGATGAATCTGATTTT
GAGAAAGGAATGGATGTTGATTCAGATGATTCAGATGAGGGAGATGATTTTGAGGAGGAA
GAAGAGGATGATGCCCCTAAGAAGCCTGAGCCAAGCAGCAACAAGAAGAGGCAGAATGAA
TTTGCAACACCTGTTTTTGCAAAGAAGGCTAAGCCCGCAGTAGCAGCTACCCCTCAGAAA
TCAGAGGAGAAGAAGAAAGGAGGGCACACAGCTACACCACACCCAGCTAAAAAGGGTGGA
AAGAGTCCTATGAATGCTAACCAGAGTCCCAAATCTGGAGGTCAATCATCTGGT***AAC
GAGAAGCCATTCAACTCAGGAGGCGACAAGCAGTTTGGTTTTAACAACAAGAGCAACAAG
GGAAAAGGAAAGGGCAGAGCCTAAGTGAAGTGGAGGGAGCAATGAGATGTTTTGGTTTTT
TAGTAGATGTTCTTGGAACTAAGACCGGTTTTATTTTATGTTTTATCTCCTTTTGGGAAG
TGCTTTTATGTTAACGCAATTTTAATCTTGTGGAATTTAGTATTTGAGTAAGAAAACTGG
TATTGC

QA 3 728 3 728
DS 

RD RR3EC76JQ 446 0 0
CTGTCTC
TGCAAAGAAGGCTAAGCCCGCAGTAGCAGCTACCCCTCAGAAATCAGAGGAGAAGAAGAA
AGGAGGGCACACAGCTACACCACACCCAGCTAAAAAGGGTGGAAAGAGTCCTATGAATGC
TAACCAGAGTCCCAAATCTGGAGGTCAATCATCTGGTAGTAACAAGAAGCCATTCAACTC
AGGAGGCAACAAGCAGTTTGGTTCTAACAACAAGAGCAACAAGGGAAAAGGAAAGGGCAG
AGCCTAAGTGAAGTGGAGGGAGCAATGAGATGTTTTGTTTTTTTAGTAGATGTTCTTGGA
ACTAAGACCGGTTTTATTTTATGTTTTATCTCCTTTTGGGAAGTGCTTTTATGTTAACGC
AATTTTAATCTTGTGGAATTTAGTATTTGAGTAAGAAAACTGGTATTGCAAACATCATCA
CATCATTGTTTGAGAAGCC

QA 8 446 8 446
DS 



AS 2 5

CO CL1874Contig1 667 3 3 U
GGAACCTGAAGATATCTGTGAAAGTAGCAACAGAGGCGGCGGAGTCTGCAGCATCAGATG
GGAAGACATTCTGCATTATCCAGCTTGAGGTAGGTCTTGATGCAGCTGCCGTGCGAGAAG
CTGTATCGAAAGTTATGGAAAAGAAGGGAATGTCGATAATGGTGTTCAGCACAGATGAAA
CGACCAACAAGGCGGTTGTGTGTGCAGGAGTTCCAGACAAATCTGATAAATTCAAGCAAT
TAGACGTTACTGAGTGGCTTACTACTGCGTTGGGTCCTCTGAAAGGGAGATGCGGGAAAG
GGAAAAGTGGTCTTGCATCTGGACAGGGAACGGATGCCTCTCAAGTGAACGCAGCTTTGG
ATCTTGCTGCATCATTTGCATCACTGAAACTCAACTGATTGATCTGGAGGTGATTACAGA
ATCTGTGGTCTGAACAACAACCTCTACTCATTTGATACCATTGTAAACCGTTTTACTCAT
TTTAAGATCTATTGTTCTCATTTCTTCTGTTGAATTCGTGTGGTACTTTTTCAGTCAAAG
TTAGCAATTGGTGGTACCTCTTTTCAGCCAATCCGGTTATGGTTCTACTGGTTTGGTTTT
ATATTTCAATAATGTATGGAACATAAAAATTTTACTCGTTTTTTTGGGTTTGATATGGTT
TCAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A417JQ C 1
AF RR3A417TF U 8
AF RR3BI65TF U 264
BS 1 7 RR3A417JQ
BS 8 569 RR3A417TF
BS 570 667 RR3BI65TF

RD RR3A417JQ 569 0 0
GGAACCTGAAGATATCTGTGAAAGTAGCAACAGAGGCGGCGGAGTCTGCAGCATCAGATG
GGAAGACATTCTGCATTATCCAGCTTGAGGTAGGTCTTGATGCAGCTGCCGTGCGAGAAG
CTGTATCGAAAGTTATGGAAAAGAAGGGAATGTCGATAATGGTGTTCAGCACAGATGAAA
CGACCAACAAGGCGGTTGTGTGTGCAGGAGTTCCAGACAAATTTGATAAATTCAAGCAAT
TAGACGTTACTGAGTGGCTTACTACTGCGTTGGGTCCTCTGAAAGGGAGATGCGGGAAAG
GGAAAAGTGGTCTTGCATCTGGACAGGGAACGGATGCCTCTCAAGTGAACGCAGCTTTGG
ATCTTGCTGCATCATTTGCATCACTGAAACTCAACTGATTGATCTGGAGGTGATTACAGA
ATCTGTGGTCTGAACAACAACCTCTACTCATTTGATACCATTGTAAACCGTTTTACTCAT
TTTAAGATCTATTGTTCTCATTTCTTCTGTTGAATTCGTGTGGTACTTTTTCAGTCAAAG
TTAGCAATTGGTGGTACCTCTTTTCAGCC

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3A417TF 562 0 0
GAAGATATCTGTGAAAGTAGCAACAGAGGCGGCGGAGTCTGCAGCATCAGATGGGAAGAC
ATTCTGCATTATCCAGCTTGAGGTAGGTCTTGATGCAGCTGCCGTGCGAGAAGCTGTATC
GAAAGTTATGGAAAAGAAGGGAATGTCGATAATGGTGTTCAGCACAGATGAAACGACCAA
CAAGGCGGTTGTGTGTGCAGGAGTTCCAGACAAATCTGATAAATTCAAGCAATTAGACGT
TACTGAGTGGCTTACTACTGCGTTGGGTCCTCTGAAAGGGAGATGCGGGAAAGGGAAAAG
TGGTCTTGCATCTGGACAGGGAACGGATGCCTCTCAAGTGAACGCAGCTTTGGATCTTGC
TGCATCATTTGCATCACTGAAACTCAACTGATTGATCTGGAGGTGATTACAGAATCTGTG
GTCTGAACAACAACCTCTACTCATTTGATACCATTGTAAACCGTTTTACTCATTTTAAGA
TCTATTGTTCTCATTTCTTCTGTTGAATTCGTGTGGTACTTTTTCAGTCAAAGTTAGCAA
TTGGTGGTACCTCTTTTCAGCC

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3BI65TF 404 0 0
G
CTGCATTGGGTCCTCTGAAAGGGAGATGCGGGAAAGGGAAAAGTGGTCTTGCATCTGGAC
AGGGAACGGATGCCTCTCAAGTGAACGCAGCTTTGGATCTGGCTGCATCATTTGCATCGC
TGAAACTCAACTGATTGATCTGGAGGTGATTACAGAATCTGTGGTCTGAACAACAACCTC
TACTCATTTGATACCATTGTAAACCGTTTTACTCATTTTAAGATCTATTGTTCTCATTTC
TTTTGTTGAATTCGTGTGGTACTTTTTCAGTCAAAGTTAGCAATTGGTGGTACCTCTTTT
CAGCCAATCCGGTTATGGTTCTACTGGTTTGGTTTTATATTTCAATAATGTATGGAACAT
AAAAATTTTACTCGTTTTTTTGGGTTTGATATGGTTTCAGTTC

QA 2 404 2 404
DS 



CO CL1874Contig2 1207 2 6 U
AGCTCTTGACTAAGGTTTATGGACTACCAACTGATCGAATTTATGCTACCTATTTTGGCG
GGGATGAGAAAGCTGGCCTTCAACCTGATAATGAGGCTCGAGATATATGGCTACAGTTTC
TTCCACCTGGGCGTGTTCTGCCTTTTGGTTGCAAAGACAACTTCTGGGAAATGGGAGACA
CCGGTCCGTGTGGACCCTGTACTGAGATACACTATGATCGTGTTGGCAACCGTGATGCTG
CATCATTAGTTAATAATGACGATCCAACATGTTTGGAAATTTGGAATCTTGTGTTTATTC
AGTTCAACAGAGAGAGTGATGGCTCACTAAAACCTCTCCCTGCTAAGCATGTCGATACAG
GAATGGGTTTTGAGAGATTAACTTCTGTTCTTCAGAACAAAATGAGCAACTACGATACAG
ATGTGTTCATGCCTATCTTTCATGACATCCAGAAGGCCACAGGAGCTAGGCCATATGCTG
GCAAAGTTGGTGCGGAAGATGTCGACAGAGTTGACATGGCTTATAGAGTGGTTGCGGATC
ATATTAGGACGCTGTCATTTGCTATCGCTGATGGATCTCGTCCTGGTAATGAGGGCCGTG
AGTATGTTCTGAGGCGTATTCTTCGCAGAGCAGTTCGCTATGGAAAGGAAATCCTTAAAG
CTGAAGAAGGGTTTTTCAACGGATTAGTCAGTTCTGTTATTCGAGTTATGGGTGATACCT
TTACAGAATTGAAAGAACATGAAAAAAAGATCACAGAGATAATAAAAGAAGAGGAAGCAA
GCTTTTGCAAGACATTGGCGAAGGGAATTGAGAAATTTCAGAAAGCTGGACAGGCAGTTC
AAGGCGGTTGTGTGTGCAGGAGTTCCAGACAAATCTGATAAATTCAAGCAATTAGACGTT
ACTGAGTGGCTTACTACTGCATTGGGTCCTCTGAAAGGGAGATGCGGGAAAGGGAAAAGT
GGTCTTGCATCTGGACAGGGAACGGATGCCTCTCAAGTGAACGCAGCTTTGGATCTGGCT
GCATCATTTGCATCGCTGAAACTCAACTGATTGATCTGGAGGTGATTACAGAATCTGTGG
TCTGAACAACAACCTCTACTCATTTGATACCATTGTAAACCGTTTTACTCATTTTAAGAT
CTATTGTTCTCATTTCTTTTGTTGAATTCGTGTGGTACTTTTTCAGTCAAAGTTAGCAAT
TGGTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D528TF U 1
AF RR3D528JQ C 405
BS 1 613 RR3D528TF
BS 614 614 RR3D528JQ
BS 615 634 RR3D528TF
BS 635 635 RR3D528JQ
BS 636 658 RR3D528TF
BS 659 1207 RR3D528JQ

RD RR3D528TF 661 0 0
AGCTCTTGACTAAGGTTTATGGACTACCAACTGATCGAATTTATGCTACCTATTTTGGCG
GGGATGAGAAAGCTGGCCTTCAACCTGATAATGAGGCTCGAGATATATGGCTACAGTTTC
TTCCACCTGGGCGTGTTCTGCCTTTTGGTTGCAAAGACAACTTCTGGGAAATGGGAGACA
CCGGTCCGTGTGGACCCTGTACTGAGATACACTATGATCGTGTTGGCAACCGTGATGCTG
CATCATTAGTTAATAATGACGATCCAACATGTTTGGAAATTTGGAATCTTGTGTTTATTC
AGTTCAACAGAGAGAGTGATGGCTCACTAAAACCTCTCCCTGCTAAGCATGTCGATACAG
GAATGGGTTTTGAGAGATTAACTTCTGTTCTTCAGAACAAAATGAGCAACTACGATACAG
ATGTGTTCATGCCTATCTTTCATGACATCCAGAAGGCCACAGGAGCTAGGCCATATGCTG
GCAAAGTTGGTGCGGAAGATGTCGACAGAGTTGACATGGCTTATAGAGTGGTTGCGGATC
ATATTAGGACGCTGTCATTTGCTATCGCTGATGGATCTCGTCCTGGTAATGAGGGCCGTG
AGTATGTTCTGAG*CGTATTCTTCGCAGAGCAGT*CGCTATGGAAAGGAAATCCTTAA
GCT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3D528JQ 803 0 0
AGCAACTACGATACAGATGTGT*CATGC*TATCTTTCATGACATCCAGAAGGCCACAGGA
GCTAGGCCATATGCTGGCAAAGTTGGTGCGGAAGATGTCGACAGAGTTGACATGGCTTAT
AGAGTGGTTGCGGATCATATTAGGACGCTGTCATTTGCTATCGCTGATGGATCTCGTCCT
GGTAATGAGGGCCGTGAGTATGTTCTGAGGCGTATTCTTCGCAGAGCAGTTCGCTATGGA
AAGGAAATCCTTAAAGCTGAAGAAGGGTTTTTCAACGGATTAGTCAGTTCTGTTATTCGA
GTTATGGGTGATACCTTTACAGAATTGAAAGAACATGAAAAAAAGATCACAGAGATAATA
AAAGAAGAGGAAGCAAGCTTTTGCAAGACATTGGCGAAGGGAATTGAGAAATTTCAGAAA
GCTGGACAGGCAGTTCAAGGCGGTTGTGTGTGCAGGAGTTCCAGACAAATCTGATAAATT
CAAGCAATTAGACGTTACTGAGTGGCTTACTACTGCATTGGGTCCTCTGAAAGGGAGATG
CGGGAAAGGGAAAAGTGGTCTTGCATCTGGACAGGGAACGGATGCCTCTCAAGTGAACGC
AGCTTTGGATCTGGCTGCATCATTTGCATCGCTGAAACTCAACTGATTGATCTGGAGGTG
ATTACAGAATCTGTGGTCTGAACAACAACCTCTACTCATTTGATACCATTGTAAACCGTT
TTACTCATTTTAAGATCTATTGTTCTCATTTCTTTTGTTGAATTCGTGTGGTACTTTTTC
AGTCAAAGTTAGCAATTGGTGGC

QA 1 803 1 803
DS 



AS 2 5

CO CL1875Contig1 886 3 6 U
AAAAGCTACTACAAAGTAAGCTAAAAAGCTTGAACTTCATAGGACCATATTTGGCGAAAT
AAACTTATATATTCGGATACAATACTAGTTTTGCTTATCGTCTCACATAATCAAAATTCA
ACATCAAAAACCACCATATAAAGAAAAGAAAAAAAAAAAACAAAGCATCTCATTACTTCT
CAGTCTTCACCTTCTTCTTAGACTTACCGGACTGATCCGAAGAGCCTGAAGCACGTTTGC
TCGAAGAGGGCTCCGAATGCTTCCTTTTCGAAGACTTAGGGGTCTCGGTGAAGCCAGTGA
ACAAACTCTTCTCTTTGCTGCTATGTCGAAGAGAAGACTGTCCGCTTTTACGCCTGCTAC
TCATAGCAAGGCTAGAGTTTTTAAGAGAGGAACTCAGAGCAGCTTTTACACTCTTCTGCT
GAGTTTTAAATGTCTGAAGGAGCTCTTCCGGTTCAGGGAACCGAACCAACGAAACTCGCC
GAGAAATCTTCCCAACGATCTTTGATTCGTTTTCGGAAGGTATAATCACAGTTGCATCGC
CTTCTTGAGAAGCAAAGCTAACTAGTTCAACCTCTTTACCAGAAGAATCCTCGAAACGTC
CCAAGACTCCATCTTCACCTAGATTAACCTTAAGCTCCTTCCCTTCAATCTCCGGAATAT
GGCTCATAGGGCACTGGATGAGCCAAAGCTCCTGCGTTCCCGTCACATCGAATTCAACGA
GAGGCTGTAAGCTGTTGACTACGAACTCTTCTGAAGGTTTGTAATCCAATGCCATCTCTC
CTCTGCTCTCTCAGAACGAAGTTTTGCTCTGTTGACGGCGGAATGGAGAGGGTAGTCACC
GGAGAGATTTGATGCGGCGACGATGACCTAAAACCCTTTTTCCCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G983JQ U 53
AF RR3C867JQ U 1
AF RR3GB24TF C 173
BS 1 158 RR3C867JQ
BS 159 160 RR3G983JQ
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BS 590 590 RR3GB24TF
BS 591 614 RR3C867JQ
BS 615 886 RR3GB24TF

RD RR3G983JQ 249 0 0
GGCGAAATAAACTTATATATTCGGATACAATGCTAGTTTTGCTTATCGTCTCACATAATC
AAAATTCAACATCAAAAACCACCATATAAAGAAAAGAAAAAAAAAAAACAAAGCATCTCA
TTACTTCTCAGTCTTCACCTTCTTCTTAGACTTACCGGACTGATCCGAAGAGCCTGAAGC
ACGTTTGCTCGAAGAGGGCTCCGAATGCTTCCTTTTCGAAGACTTAGGGGTCTCGGTGAA
GCCAGTGAA

QA 1 249 1 249
DS 

RD RR3C867JQ 614 0 0
AAAAGCTACTACAAAGTAAGCTAAAAAGCTTGAACTTCATAGGACCATATTTGGCGAAAT
AAACTTATATATTCGGATACAATACTAGTTTTGCTTATCGTCTCACATAATCAAAATTCA
ACATCAAAAACCACCATATAAAGAAAAGAAAAAAAAAA**CAAAGCATCTCATTACTTCT
CAGTCTTCACCTTCTTCTTAGACTTACCGGACTGATCCGAAGAGCCTGAAGCACGTTTGC
TCGAAGAGGGCTCCGAATGCTTCCTTTTCGAAGACTTAGGGGTCTCGGTGAAGCCAGTGA
ACAAACTCTTCTCTTTGCTGCTATGTCGAAGAGAAGACTGTCCGCTTTTACGCCTGCTAC
TCATAGCAAGGCTAGAGTTTTTAAGAGAGGAACTCAGAGCAGCTTTTACACTCTTCTGCT
GAGTTTTAAATGTCTGAAGGAGCTCTTCCGGTTCAGGGAACCGAACCAACGAAACTCGCC
GAGAAATCTTCCCAACGATCTTTGATTCGTTTTCGGAAGGTATAATCACAGTTGCATCGC
CTTCTTGAGAAGCAAAGCTAACTAGTTCAACCTCTTTACCAGAAGAATCTTCGAAACGTC
CCAAGACTCCATCT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3GB24TF 714 0 0
TTACTTCTCAGTCTTCACTTTCTTCTTAGACTTACCGGACTGATCCGAAGAGCCTGAAGC
ACGTTTGCTCGAAGAGGGCTCCGAATGCTTCCTTTTCGAAGACTTAGGGGTCTCGGTGAA
GCCAGTGAACAAACTCTTCTCTTTGCTGCTATGTCGAAGAGAAGACTGTCCGCTTTTACG
CCTGCTACTCATAGCAAGGCTAGAGTTTTTAAGAGAGGAACTCAGAGCAGCTTTTACACT
CTTCTGCTGAGTTTTAAATGTCTGAAGGAGCTCTTCCGGTTCAGGGAACCGAACCAACGA
AACTCGCCGAGAAATCTTCCCAACGATCTTTGATTCGTTTTCGGAAGGTATAATCACAGT
TGCATCGCCTTCTTGAGAAGCAAAGCTAACTAGTTCAACCTCTTTACCAGAAGAATCCTC
GAAACGTCCCAAGACTCCATCTTCACCTAGATTAACCTTAAGCTCCTTCCCTTCAATCTC
CGGAATATGGCTCATAGGGCACTGGATGAGCCAAAGCTCCTGCGTTCCCGTCACATCGAA
TTCAACGAGAGGCTGTAAGCTGTTGACTACGAACTCTTCTGAAGGTTTGTAATCCAATGC
CATCTCTCCTCTGCTCTCTCAGAACGAAGTTTTGCTCTGTTGACGGCGGAATGGAGAGGG
TAGTCACCGGAGAGATTTGATGCGGCGACGATGACCTAAAACCCTTTTTCCCGC

QA 1 714 1 714
DS 



CO CL1875Contig2 633 2 9 U
GGGGGCCGCATCGAATCTCTCCGGTGACTACTCTCTCCATTCCGCCGTCAACAGAGCAAT
CCTTCGTTCTGAGAGAGCAGAGAAGAGATGGCATTGGATTACAAACCTTCAGAAGAGTTC
CTCGTCAACAGCTTACAGCCCCTCGTTGACTTCGATGTGACGGGAACGCAGGAGCTTTGG
CTCATCCAGTGCCCTATGAGCCATATTCCGGAGATTGAAGGGAAGGAGCTTAAGGTTAAT
CTAGGTGAAGATGGAGTCTTGGGACGTTTCGAAGATTCTTCTGGTAAAGAGGTTGAACTA
GTTAGCTTTGCTTCTCAAGAAGGCGATGCAACTGTGATTATACCTTCCGAAAACGAATCA
AAGATCGTTGGGAAGATTTCTCGGCGAGTTTCGTTGGTTCGGTTCCCTGAACCGGAAGAG
CTCCTTCAGACATTTAAAACTCAGCAGAAGAGTGTAAAAGCTGCTCTGAGTTCCTCTCTT
AAAAACTCTAGCCTTGCTACGAGTAGCAGGCGTAAAAGCGGACAGTCTTCTCTTCGACAT
AGCAGCAAAGAGAAGAGTTTGTTCACTGGCTTCACCGAGACCCCTAAGTCTTCGAAAAGG
AAGCATTCGGAGCCCTCTTCGAGCAAACGTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3G983TF U 1
AF RR3G201TF U 17
BS 1 325 RR3G983TF
BS 326 326 RR3G201TF
BS 327 359 RR3G983TF
BS 360 360 RR3G201TF
BS 361 381 RR3G983TF
BS 382 382 RR3G201TF
BS 383 504 RR3G983TF
BS 505 505 RR3G201TF
BS 506 633 RR3G983TF

RD RR3G983TF 633 0 0
GGGGGCCGCATCGAATCTCTCCGGTGACTACTCTCTCCATTCCGCCGTCAACAGAGCAAT
CCTTCGTTCTGAGAGAGCAGAGAAGAGATGGCATTGGATTACAAACCTTCAGAAGAGTTC
CTCGTCAACAGCTTACAGCCCCTCGTTGACTTCGATGTGACGGGAACGCAGGAGCTTTGG
CTCATCCAGTGCCCTATGAGCCATATTCCGGAGATTGAAGGGAAGGAGCTTAAGGTTAAT
CTAGGTGAAGATGGAGTCTTGGGACGTTTCGAAGATTCTTCTGGTAAAGAGGTTGAACTA
GTTAGCTTTGCTTCTCAAGAAGGCGGTGCAACTGTGATTATACCTTCCGAAAACGAATCG
AAGATCGTTGGGAAGATTTCTTGGCGAGTTTCGTTGGTTCGGTTCCCTGAACCGGAAGAG
CTCCTTCAGACATTTAAAACTCAGCAGAAGAGTGTAAAAGCTGCTCTGAGTTCCTCTCTT
AAAAACTCTAGCCTTGCTACGAGTGGCAGGCGTAAAAGCGGACAGTCTTCTCTTCGACAT
AGCAGCAAAGAGAAGAGTTTGTTCACTGGCTTCACCGAGACCCCTAAGTCTTCGAAAAGG
AAGCATTCGGAGCCCTCTTCGAGCAAACGTGCT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3G201TF 617 0 0
CTCTCCGGTGACTACTCTCTCCATTCCGCCGTCAACAGAGCAATCCTTCGTTCTGAGAGG
GCAGAGGAGAGATGGCATTGGATTACAAACCTTCAGAAGAGTTCCTCGTCAACAGCTTAC
AGCCCCTCGTTGACTTCGATGTGACGGGAACGCAGGAGCTTTGGCTCATCCAGTGCCCTA
TGAGCCATATTCCGGAGATTGAAGGGAAGGAGCTTAAGGTTAATCTAGGTGAAGATGGAG
TCTTGGGACGTTTCGAAGATTCTTCTGGTAAAGAGGTTGAACTAGTTAGCTTTGCTTCTC
AAGAAGGCGATGCAACTGTGATTATACCTTCCGAAAACGAATCAAAGATCGTTGGGAAGA
TTTCTCGGCGAGTTTCGTTGGTTCGGTTCCCTGAACCGGAAGAGCTCCTTCAGACATTTA
AAACTCAGCAGAAGAGTGTAAAAGCTGCTCTGAGTTCCTCTCTTAAAAACTCTAGCCTTG
CTATGAGTAGCAGGCGTAAAAGCGGACAGTCTTCTCTTCGACATAGCAGCAAAGAGAAGA
GTTTGTTCACTGGCTTCACCGAGACCCCTAAGTCTTCGAAAAGGAAGCATTCGGAGCCCT
CTTCGAGCAAACGTGCT

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 5

CO CL1876Contig1 1284 5 6 U
GGTCTGGTTCAGATATTTTGAATATATAAGAAAAAACAATAACCACTAACAGGATTGTTC
GTTTTGGTTGGTCTTTTGGTTCTGGTTAAAAAACACCTTGACCTCTAAATGATCCACGAA
TTGCTAATTAGTTTAGCACAAGAACAAAAAACAAAATAGAAACAGAACTTTAAATCATAA
TAAATCTCAAGCTTGAGAGACAGAATCGATAGTGTTGTTAGTTTCTTTTTGCTTTCTTTC
GGCTTGAAGTGATCTGCAAAGCGATTCAAGCTTATCTTTCTGATTCTTTGTCTTCTCCAA
CTGTTTCTTCAGTCTTTCACGCTCTTCAACGAGTTCTATGAGAGTAAGATCCGATCTCTC
TGTTTTGCTCCTCAGGAATGCGTTTTCTTTCCTCAGTTCTTTTATCGCTTTTGACATCTT
ATCGATTTCTTGTTTGAATGTTTCAAACACTTCGTTGCTTTTCACCAACGCATCCTGGAA
CTGCTGGAACTTCTCTCCATCAGATGTTAGCTGCACCCTCAAGTTTTTCTCGGTTGCTAA
AAGCTGAAAAACTTGATCTGCATAAACCTTCATCTGAGACTGTTCATGGCTGAGTTTCTC
CTCGTGCTGTTTGATTTTTAATTCAGATATCTGTAGCTCCAATGTTTTCTGCTTCAACCT
TTGCTCATGTTGTTGTTCTGAAAGCATATATTGATCGGCCAGGTGCTTCAACTTCGTCCT
CAACATCTCATTTTCTTTTAGTTGAGAGAGGCTTTCATCCTTTTGCTCGTCCAACTTAAT
GCTCACATCCTTAATTGCTTCCTGGAACTTGGTGGACAAATCTGATCTTAAAGTCTGTCC
CTCAGTCGACACCCGCTTGCATTCTTACATCAACATTTTGTTTTGACGTTGTAACTCTCT
ACAAAGTGACTCAAGCTTGTCACGGACAGTAATAGCAGAATCTCTTTCGGAAAGGACTTG
TTGATACTTGAGCATGAATTCAAGAAACTCCTTTTCTGATTTGAACATGTTCTTTGAACT
CTTACGCTCTTGTTTTCTGGGTTTGACCGAATCCACACTCTGAGTAGAGTCCGTTGCCTT
GTCCTTGTCCTTGGCCAAGTTTGGATTTTGGGTAGACGACCCTTCTGATGATAATGTTTG
AGAAGGAGGAGAAGGAGATGATTCTTTCTGCTCTAAGCTAAGCTCGCTCGAGCTCTTGCT
TAGGTCATCAGCGTAGTCATTGCCATCTGTTTCTTCGCACAGAGGAACGGGGAAAGTCCT
GGGCTTCTCTGCTTTCTCGATCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB30JQ U 48
AF RR3EB30TF C 187
AF RR3H890JQ U 14
AF RR3GT40JQ U 1
AF RR3GT40TF C 663
BS 1 370 RR3GT40JQ
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BS 642 642 RR3H890JQ
BS 643 787 RR3GT40JQ
BS 788 1284 RR3GT40TF

RD RR3EB30JQ 429 0 0
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AATGATCCACGAATTGCTAATTAGTTTAGCACAAGAACAAAAAACAAAATAGAGACAGAA
CTTTAAATCATAATAAATCTCAAGCTTGAGAGACAGAATCGATAGTGTTGTTAGTTTCTT
TTTGCTTTCTTTCGGCTTGAAGTGATCTGCAAAGCGATTCAAGCTTATCTTTCTGATTCT
TTGTCTTCTCCAACTGTTTCTTCAGTCTTTCACGCTCTTCAACGAGTTCTATGAGAGTAA
GATCCGATCTCTCTGTTTTGCTCCTCAGGAATGCGTTTTCTTTCCTCAGTTCTTTTATCG
CTTTTGACATCTTATCGATTTCTTGTTTGAATGTTTCAAACACTTCGTTGCTTTTCACCA
ACGCATCC
C

QA 1 428 1 428
DS 

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AAGTGATCTGCAAAGCGATTCAAGCTTATCTTTCTGATTCTTTGTCTTCTCCAACTGTTT
CTTCAGTCTTTCACGCTCTTCAACGAGTTCTATGAGAGTAAGATCCGATCTCTCTGTTTT
GCTCCTCAGGAATGCGTTTTCTTTCCTCAGTTCTTTTATCGCTTTTGACATCTTATCGAT
TTCTTGTTTGAATGTTTCAAACACTTCGTTGCTTTTCACCAACGCATCC
C

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DS 

RD RR3H890JQ 758 0 0
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TTTTGGTTCTGGTTAAAAAACACCTTGACCTCTAAATGATCCACGAATTGCTAATTAGTT
TAGCACAAGAACAAAAAACAAAATAGAAACAGAACTTTAAATCATAATAAATCTCAAGCT
TGAGAGACAGAATCGATAGTGTTGTTAGTTTCTTTTTGCTTTCTTTCGGCTTGAAGTGAT
CTGCAAAGCGATTCAAGCTTATCTTTCTGATTCTTTGTCTTCTCCAACTGTTTCTTCAGT
CTTTCACGCTCTTCAACGAGTTCTATGAGAGTAAGATCCGATCTCTCTGTTTTGCTCTTC
AGGAATGCGTTTTCTTTCCTCAGTTCTTTTATCGCTTTTGACATCTTATCGATTTCTTGT
TTGAATGTTTCAAACACTTCGTTGCTTTTCACCAACGCATCCTGGAACTGCTGGAACTTC
TCTCCATCAGATGTTAGCTGCACCCTCAAGTTTTTCTCGGTTGCTAAAAGCTGAAAAACT
TGATCTGCATAAACCTTCATCTGAGACTGTTCATGGCTGAGTTTCTCCTCGTGCTGTTTG
ATTTTTAATTCAGATATCTGTAGCTCCAATGTTTTCTGCTTCAACCTTTGCTCATGTTGT
TGTTCTGAAAGCATATATTGATCGGCCAGGTGCTTCAACTTCGTCCTCAACATCTCATTT
TCTTTTAGTTGAGAGAGGCTTTCATCCTTTTGCTCGTC

QA 1 758 1 758
DS 

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GTTTTGGTTGGTCTTTTGGTTCTGGTTAAAAAACACCTTGACCTCTAAATGATCCACGAA
TTGCTAATTAGTTTAGCACAAGAACAAAAAACAAAATAGAAACAGAACTTTAAATCATAA
TAAATCTCAAGCTTGAGAGACAGAATCGATAGTGTTGTTAGTTTCTTTTTGCTTTCTTTC
GGCTTGAAGTGATCTGCAAAGCGATTCAAGCTTATCTTTCTGATTCTTTGTCTTCTCCAA
CTGTTTCTTCAGTCTTTCACGCTCTTCAACGAGTTCTATGAGAGTAAGATCCGATCTCTC
TGTTTTGCTCTTCAGGAATGCGTTTTCTTTCCTCAGTTCTTTTATCGCTTTTGACATCTT
ATCGATTTCTTGTTTGAATGTTTCAAACACTTCGTTGCTTTTCACCAACGCATCCTGGAA
CTGCTGGAACTTCTCTCCATCAGATGTTAGCTGCACCCTCAAGTTTTTCTCGGTTGCTAA
AAGCTGAAAAACTTGATCTGCATAAACCTTCATCTGAGACTGTTCATGGCTGAGTTTCTC
CTCGTGCTGTTTGATTTTTAATTCAGATATCTGTAGCTCCAGTGTTTTCTGCTTCAACCT
TTGCTCATGTTGTTGTTCTGAAAGCATATATTGATCGGCCAGGTGCTTCAACTTCGTCCT
CAACATCTCATTTTCTTTTAGTTGAGAGAGGCTTTCATCCTTTTGCTCGTCCAACTTAAT
GCTCACA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3GT40TF 622 0 0
GCTCATGTTGTTGTTCTGAAAGCATATATTGATCGGCCAGGTGCTTCAACTTCGTCCTCA
ACATCTCATTTTCTTTTAGTTGAGAGAGGCTTTCATCCTTTTGCTCGTCCAACTTAATGC
TCACATCCTTAATTGCTTCCTGGAACTTGGTGGACAAATCTGATCTTAAAGTCTGTCCCT
CAGTCGACACCCGCTTGCATTCTTACATCAACATTTTGTTTTGACGTTGTAACTCTCTAC
AAAGTGACTCAAGCTTGTCACGGACAGTAATAGCAGAATCTCTTTCGGAAAGGACTTGTT
GATACTTGAGCATGAATTCAAGAAACTCCTTTTCTGATTTGAACATGTTCTTTGAACTCT
TACGCTCTTGTTTTCTGGGTTTGACCGAATCCACACTCTGAGTAGAGTCCGTTGCCTTGT
CCTTGTCCTTGGCCAAGTTTGGATTTTGGGTAGACGACCCTTCTGATGATAATGTTTGAG
AAGGAGGAGAAGGAGATGATTCTTTCTGCTCTAAGCTAAGCTCGCTCGAGCTCTTGCTTA
GGTCATCAGCGTAGTCATTGCCATCTGTTTCTTCGCACAGAGGAACGGGGAAAGTCCTGG
GCTTCTCTGCTTTCTCGATCGG

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 5

CO CL1877Contig1 463 5 6 U
GATCGAATACACAAAGTCCGTCGTCTGAAAGTCTACTTTTCCGCAAATTCTCAGACAAGC
AGCATCAAACCCTAGCTCCAGAAACCGGTCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAA
CCTTTGAAGCAGCCGAAAGCTGATAAGAAGGAATACGACGAGCACGATATGGCTAACCTT
CAGAAGAAGAAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTGAGAGCCAAGGCATCACAGAAG
GGATCTTTTGGAGGCTCTGGACTTAAGAAGAGCGGCAAGAAATGATTTCCGTTCTTATCC
ATGTAGCCTGTCTTTGACAGTGCATATTTATCAACAACTTGGAAAACAAAATAA*TCGTT
TGTTGTGTAACTTCTATCATGTTCCTAGGAGAGTAACTTTGCGTCTCCCCCATACATATG
TTTGCTTCTTATACTCTGATAAAAGAAAAATGGTTTTTACCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3G713JQ C 26
AF RR3CP50JQ C 1
AF RR3G713TF U 7
AF RR3CP50TF U 1
AF RR3EX57TF U 9
BS 1 8 RR3CP50JQ
BS 9 10 RR3CP50TF
BS 11 444 RR3G713TF
BS 445 445 RR3CP50TF
BS 446 459 RR3G713TF
BS 460 463 RR3EX57TF

RD RR3G713JQ 376 0 0
TGAAAGTTTACTTTTCCGCAAATTTTCAGACAAGCAGCATCAAACCCTAGTTCCAGAAAC
CGGTCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAAGCAGCCGAAAGCTGATA
AGAAGGAATACGACGAGCACGATATGGCTAACCTTCAGAAGAAGAAAGACGAGGAAAAGG
CACTTAAAGAACTGGGAGCCAAGGCATCACAGAAGGGATCTTTTGGAGGCTCTGGACTTA
AGAAGAGCGGCAAGAAATGATTTCCGTTCTTATCCATGTAGCCTGTTTTTGACAGTGCAT
ATTTATCAACAACTTGGAAAACAAAATAA*TCGTTTGTTGTGTAACTTCTATCATGTTCC
TAGGAGAGTAACTTTG

QA 1 376 1 376
DS 

RD RR3CP50JQ 462 0 0
GATCGAATACACAAAGTCCGTCGTCTGAAAGTCTACTTTTCCGCAAATTCTCAGACAAGC
AGCATCAAACCCTAGCTCCAGAAACCGGTCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAA
CCTTTGAAGCAGCCGAAAGCTGATAAGAAGGAATACGACGAGCACGATATGGCTAACCTT
CAGAAGAAGAAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTGAGAGCCAAGGCATCACAGAAG
GGATCTTTTGGAGGCTCTGGACTTAAGAAGAGCGGCAAGAAATGATTTCCGTTCTTATCC
ATGTAGCCTGTCTTTGACAGTGCATATTTATCAACAACTTGGAAAACAAAATAA*TCGTT
TGTTGTGTAACTTCTATCATGTTCCTAGGAGAGTAACTTTGCGTCTCCCCCATACATATG
TTTGCTTCTTATACTCTGATAAAAGAAAAATGGTTTTTA
TCC

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR3G713TF 456 0 0
GGAC
ACAAAGTCCGTCGTCTGAAAGTCTACTTTTCCGCAAATTCTCAGACAAGCAGCATCAAAC
CCTAGCTCCAGAAACCGGTCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAAGC
AGCCGAAAGCTGATAAGAAGGAATACGACGAGCACGATATGGCTAACCTTCAGAAGAAGA
AAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTGAGAGCCAAGGCATCACAGAAGGGATCTTTTG
GAGGCTCTGGACTTAAGAAGAGCGGCAAGAAATGATTTCCGTTCTTATCCATGTAGCCTG
TCTTTGACAGTGCATATTTATCAACAACTTGGAAAACAAAATAA*TCGTTTGTTGTGTAA
CTTCTATCATGTTCCTAGGAGAGTAACTTTGCGTCTCCCCCATACATATGTTTGCTTCTT
ATACTCTGATAAAA*AAAAATGGTTTTTA
TCC

QA 5 453 5 453
DS 

RD RR3CP50TF 462 0 0
GATCGAAT
ACACAAAGTCCGTCGTCTGAAAGTCTACTTTTCCGCAAATTCTCAGACAAGCAGCATCAA
ACCCTAGCTCCAGAAACCGGTCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAA
GCAGCCGAAAGCTGATAAGAAGGAATACGACGAGCACGATATGGCTAACCTTCAGAAGAA
GAAAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTGAGAGCCAAGGCATCACAGAAGGGATCTTT
TGGAGGCTCTGGACTTAAGAAGAGCGGCAAGAAATGATTTCCGTTCTTATCCATGTAGCC
TGTCTTTGACAGTGCATATTTATCAACAACTTGGAAAACAAAATAA*TCGTTTGTTGTGT
AACTTCTATCATGTTCCTAGGAGAGTAACTTTGCGTCTCCCCCATACATATGTTTGCTTC
TTATACTCTGATAAAAGAAAAATGGTTTTTA
TCC

QA 9 459 9 459
DS 

RD RR3EX57TF 455 0 0
GG
ACAAAGTCCGTCGTCTGAAAGTCTACTTTTCCGCAAATTCTCAGACAAGCAGCATCAAAC
CCTAGCTCAAGAAACCGGTCATGTCGTCCAAGCAAGGAGGAAAGGCGAAACCTTTGAAGC
AGCCGAAAGCTGATAAGAAGGAATACGACGAGCACGATATGGCTAACCTTCAGAAGAAGA
AAGACGAGGAAAAGGCACTTAAAGAACTGAGAGCCAAGGCATCACAGAAGGGATCTTTTG
GAGGCTCTGGACTTAAGAAGAGCGGCAAGAAATGATT*CCGTTCTTATCCATGTAGCCTG
TCTTTGACAGTGCATATTTATCAACAACTTAGAAAACAAAATAAATCGTTTGTTGTGTAA
CTTCTATCATGTTCCTAGGAGAGTAACTCTGCGTCTCCCCCATACATATGTTTGCTTCTT
ATATTCTGATAAAAGAAAAATGGTTTTTACCCT

QA 3 455 3 455
DS 



AS 1 3

CO CL1878Contig1 850 3 10 U
GGGTGGAGATATTTTCTCCGTTTGTTAATTTCTCAGATAGATCTTAATCGAATTCCAGAG
GAGGTGTAGAAGCAAATCGATCAAAACATGGGTAACACAGATAAGCTAATGAACCAGATA
TTCGACCTCAAATTCACCTCCAAATCTCTCCAGAGGCAGTCACGGAAGTGCGAGAAGGAA
GAGAAGGCAGAGAAACTAAAGGTCAAGAAGGCCATCGAGAAAGGGAACATGGATGGTGCT
CGGATCTACGCCGAGAACGCCATTCGTAAACGCAGCGAGCAGATGAACTACCTCCGTCTC
GCTTCTCGCCTCGACGCTGTTGTCGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATGGCCACCATC
ACCAAATCCATGACCAACATCGTCAAATCCCTCGAGTCTTCCCTCGCCACAGGCAATCTA
CAGAAGATGTCAGAGACTATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTCCAA
GCTGAGTTCATGGAGAACGCCATGGCTGGTTCCACATCATTGTCCACTCCTGAAGGCGAA
GTCAACAGCCTCATGCAGCAGGTAGCAGATGACTATGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGATTA
CCTCAGCCTGCTGGTCATGCCATCCCTACTGCGACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGAT
TTGTCCAGGAGGCTTGCAGAGCTCAAGGCCAGAGGATAAGTCAGGGGAACCAACAACCAT
ATGCTTTGGACTATCTGCCATCTTGGACGAGTCCTTACCAGAATGTTACAGCTATTATCT
ACAAACATTGGCATATTTGTGTATATTCCTCACTTTGAGATATGCTTTGTTTATACTTTA
TATAAATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C027TF U 1
AF RR3CC23TF U 77
AF RR3E944TF U 66
BS 1 152 RR3C027TF
BS 153 154 RR3E944TF
BS 155 162 RR3C027TF
BS 163 163 RR3E944TF
BS 164 296 RR3C027TF
BS 297 297 RR3E944TF
BS 298 432 RR3C027TF
BS 433 433 RR3E944TF
BS 434 671 RR3C027TF
BS 672 850 RR3E944TF

RD RR3C027TF 681 0 0
GGGTGGAGATATTTTCTCCGTTTGTTAATTTCTCAGATAGATCTTAATCGAATTCCAGAG
GAGGTGTAGAAGCAAATCGATCAAAACATGGGTAACACAGATAAGCTAATGAACCAGATA
TTCGACCTCAAATTCACCTCCAAATCTCTCCAACGGCAGTCAAGGAAGTGCGAGAAGGAA
GAGAAGGCAGAGAAACTAAAGGTCAAGAAGGCCATCGAGAAAGGGAACATGGATGGTGCT
CGGATCTACGCCGAGAACGCCATTCGTAAACGCAGCGAGCAGATGAACTACCTCCGCCTC
GCTTCTCGCCTCGACGCTGTTGTCGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATGGCCACCATC
ACCAAATCCATGACCAACATCGTCAAATCCCTCGAGTCTTCCCTCGCCACAGGCAATCTA
CAGAAGATGTCATAGACTATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTCCAA
GCTGAGTTCATGGAGAACGCCATGGCTGGTTCCACATCATTGTCCACTCCTGAAGGCGAA
GTCAACAGCCTCATGCAGCAGGTAGCAGATGACTATGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGATTA
CCTCAGCCTGCTGGTCATGCCATCCCTACTGCGACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGAT
TTGTCCAGGAG
CTTGCAGAGC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3CC23TF 631 0 0
ATCGATC
AAACATGGGTAACACAGATAAGCCAATGAACCAGATATTCGACCTCAAATTCACCTCCAA
ATCTCTCCAGAGGCAGTCACGGAAGTGCGAGAAGGAATAGAAGGCAGAGAAACTCAAGGT
CAAGAAGGCCATCGAGAAAGGTAACATGGATGGTGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCAAC
TCGTAAACGCAGCGAGCAGATGAACTACCTCCGTCTCGCTTCTCGCCTCGACGCTGTCGT
CGCTCGCTTAGACACCCAGGCTAAGATGGCCACCATCACCAAATCCATGACCAACATCGT
CAAATCCCTAGAGTCTTCCCTCGCCACAGGCAATCTACAGAAGATGTCAGAGACTATGGA
TTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTCCAAGCTGAGTTCATGGAGAACGCCAT
GACTGGTTCGACATCATTGTCCACTCCTGAAGGCGAAGTCAACAGCCTGATGCAGCAGGT
TGCAGATGACTATGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGGTTACCTCAGCCTGCTGGTCATGCTAT
CCCGACTGCGACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGATTTGTCCAGGAGGCTTGCGGAGCT
CAAGGCCAGAGGATGAGTCAGGGG

QA 8 631 8 631
DS 

RD RR3E944TF 785 0 0
GG
AGAAGCAAATCGATCAAAACATGGGTAACACAGATAAGCTAATGAACCAGATATTCGACC
TCAAATTCACCTCCAAATCTCTCCAGAGGCAGTCACGGAAGTGCGAGAAAGAGGAGAAGG
CAGAGAAACTAAAGGTCAAGAAGGCCATCGAGAAAGGGAACATGGATGGTGCTCGGATCT
ACGCCGAGAACGCCATTCGTAAACGCAGCGAGCAGATGAACTACCTCCGTCTCGCTTCTC
GCCTCGACGCTGTTGTCGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAAGATGGCCACCATCACCAAAT
CCATGACCAACATCGTCAAATCCCTCGAGTCTTCCCTCGCCACAGGCAATCTACAGAAGA
TGTCAGAGACTATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGGTCCAAGCTGAGT
TCATGGAGAACGCCATGGCTGGTTCCACATCATTGTCCACTCCTGAAGGCGAAGTCAACA
GCCTCATGCAGCAGGTAGCAGATGACTATGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGATTACCTCAGC
CTGCTGGTCATGCCATCCCTACTGCGACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGATTTGTCCA
GGAGGCTTGCAGAGCTCAAGGCCAGAGGATAAGTCAGGGGAACCAACAACCATATGCTTT
GGACTATCTGCCATCTTGGACGAGTCCTTACCAGAATGTTACAGCTATTATCTACAAACA
TTGGCATATTTGTGTATATTCCTCACTTTGAGATATGCTTTGTTTATACTTTATATAAAT
TTT

QA 3 785 3 785
DS 



AS 1 3

CO CL1879Contig1 667 3 11 U
GGTCATAATATCTGGTTTATGCCTCTGGATTTATTCTAAAGATAGGAAGAAGACTTACAC
AATTACACACTAAAACTATTTTTTTATAAAACACAAAAGGTAAAAAAAAAATTACATGAA
AAACTAGACATCAACTTTACAAGTTGAAGGAGCGAGAAGAGGAACTTGACCATTAGAGGA
TCGATTAAATCTCATCCACACACCACACGTTGCATAGAACCCATACCGTCCAGTCAGAAT
AGCACCAGCTTTCCAACGCAACCGTCCCGTAACCACCACTCTCATTGAAACAAGACCGTA
CGCTTCATCACTCTTCAACCCGTTAGCCACTTCGGGCGAAACCGGTATCCCGGCGCCGCC
CAACACCGGAGCTATCACCACCGTAGATTTATGTCCTAGGCGAAGCGGTGGAAGCTGAAG
CGGCGGCGTTATGATCTGACCTTTGTAGGTAACGTACATGGCCAGCTTGTCGTAGTGAAT
GGAGACTCTCCGGTTTTCGGGCCAAGACGGAGAACTGGACGGAGGTCGAGATAAACGGTG
GCGCCCTGAAGTTGAGGTCGTATATGGCGGCTCCGACGACAGTGAGACGTGGCTTGTGTG
GACGGTAGACGAGATAGAGTATTAAAGCGATGATTCCTAGTAAGACGAGGATGGTAAATA
AGGCGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO43JQ U 1
AF RR3FO84JQ U 12
AF RR3FO84TF C 12
BS 1 39 RR3EO43JQ
BS 40 40 RR3FO84JQ
BS 41 216 RR3EO43JQ
BS 217 217 RR3FO84JQ
BS 218 258 RR3EO43JQ
BS 259 259 RR3FO84JQ
BS 260 439 RR3EO43JQ
BS 440 440 RR3FO84JQ
BS 441 444 RR3EO43JQ
BS 445 573 RR3FO84JQ
BS 574 667 RR3FO84TF

RD RR3EO43JQ 444 0 0
GGTCATAATATCTGGTTTATGCCTCTGGATTTATTCTAAGGATAGGAAGAAGACTTACAC
AATTACACACTAAAACTATTTTTTTATAAAACACAAAAGGTAAAAAAAAAATTACATGAA
AAACTAGACATCAACTTTACAAGTTGAAGGAGCGAGAAGAGGAACTTGACCATTAGAGGA
TCGATTAAATCTCATCCACACACCACACGTTGCATAAAACCCATACCGTCCAGTCAGAAT
AGCACCAGCTTTCCAACGTAACCGTCCCGTAACCACCACTCTCATTGAAACAAGACCGTA
CGCTTCATCACTCTTCAACCCGTTAGCCACTTCGGGCGAAACCGGTATCCCGGCGCCGCC
CAACACCGGAGCTATCACCACCGTAGATTTATGTCCTAGGCGAAGCGGTGGAAGCTGAAG
CGGCGGCGTTATGATCTGATCTTT

QA 1 444 1 444
DS 

RD RR3FO84JQ 562 0 0
CTGGTTTATGCCTCTGGATTTATTCTAAAGATAGGAAGAAGACTTACACAATTACACACT
AAAACTATTTTTTTATAAAACACAAAAGGTAAAAAAAAAATTACATGAAAAACTAGACAT
CAACTTTACAAGTTGAAGGAGCGAGAAGAGGAACTTGACCATTAGAGGATCGATTAAATC
TCATCCACACACCACACGTTGCATAGAACCCATACCGTCCAGTCAGAATAGCACCAGCTT
TCCAACGCAACCGTCCCGTAACCACCACTCTCATTGAAACAAGACCGTACGCTTCATCAC
TCTTCAACCCGTTAGCCACTTCGGGCGAAACCGGTATCCCGGCGCCGCCCAACACCGGAG
CTATCACCACCGTAAATTTATGTCCTAGGCGAAGCGGTGGAAGCTGAAGCGGCGGCGTTA
TGATCTGACCTTTGTAGGTAACGTACATGGCCAGCTTGTCGTAGTGAATGGAGACTCTCC
GGTTTTCGGGCCAAGACGGAGAACTGGACGGAGGTCGAGATAAACGGTGGCGCCCTGAAG
TTGAGGTCGTATATGGCGGCTC

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3FO84TF 656 0 0
CTGGTTTATGCCTCTGGATTTATTCTAAAGATAGGAAGAAGACTTACACAATTACACACT
AAAACTATTTTTTTATAAAACACAAAAGGTAAAAAAAAAATTACATGAAAAACTAGACAT
CAACTTTACAAGTTGAAGGAGCGAGAAGAGGAACTTGACCATTAGAGGATCGATTAAATC
TCATCCACACACCACACGTTGCATAGAACCCATACCGTCCAGTCAGAATAGCACCAGCTT
TCCAACGCAACCGTCCCGTAACCACCACTCTCATTGAAACAAGACCGTACGCTTCATCAC
TCTTCAACCCGTTAGCCACTTCGGGCGAAACCGGTATCCCGGCGCCGCCCAACACCGGAG
CTATCACCACCGTAGATTTATGTCCTAGGCGAAGCGGTGGAAGCTGAAGCGGCGGCGTTA
TGATCTGACCTTTGTAGGTAACGTACATGGCCAGCTTGTCGTAGTGAATGGAGACTCTCC
GGTTTTCGGGCCAAGACGGAGAACTGGACGGAGGTCGAGATAAACGGTGGCGCCCTGAAG
TTGAGGTCGTATATGGCGGCTCCGACGACAGTGAGACGTGGCTTGTGTGGACGGTAGACG
AGATAGAGTATTAAAGCGATGATTCCTAGTAAGACGAGGATGGTAAATAAGGCGGC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 2 5

CO CL1880Contig1 787 2 4 U
GGAAACCTGAAGCTCACAGTAACTCAACACTCATCTTCAACCATAGGTTCATCTTGACAA
AACTTTCCCGGAAAACAGAGGAAAATGGGTAGCAAGATGTTGTTCAGTTTGACAAGCCCC
CGACTGTTCTCTGCCGTCTCTCAAAAACCCACCACTTGTCTCTCTTCTCCTTCTCTTCCG
TCGTCTTCATGGACTCAGCTCAACCCTGAAAGATCGATTTCCTTGAGAAAAAGATTCTTC
TTGTTGCCTGCAAAAGCCACCACCGAGCAATCAGGTCAAGTTGGAGGAGAAGACGTTGAT
AGCAATATCATGCCGTATTGCAGCATCAACAAGGCTGAAAAGAAATCAATTGGTGAAATG
GAACAAGAGTTTCTCCAAGCCTTGCAATCGTTCTATTATGATGGCAAAGCGGTCATGTCA
AATGAGGAGTTTGATAACCTTAAGGAAGAGTTGATGTGGGAAGGAAGCAGTGTTGTGATG
CTAAGTTCTGATGAACAAAGGTTCTTGGAAGCTTCAATGGCTTATGTTTCTGGAAATCCA
ATCCTCAATGATGAAGAATTTGATAAGCTCAAACTCAAACTAAAGATTGATGGTAGCGAT
ATTGTGTGTGAGGGTCCAAGATGCAGTCTCCGTAGTAAAAAGGTGTACAGTGATCTCGCA
GTGGATTATTTCAAAATGTTCTTGCTAAATGTTCCAGCAACTGTTGTTGCTCTAGGACTC
TTTTTCTTCCTGGACGACATTACAGGTTTTGAGATCACATACATCTTGGAGCTTTCAGAA
CCATACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AN28TF U 1
AF RR3E381TF U 30
BS 1 145 RR3AN28TF
BS 146 146 RR3E381TF
BS 147 742 RR3AN28TF
BS 743 787 RR3E381TF

RD RR3AN28TF 742 0 0
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CGACTGTTCTCTGCCGTCTCTCAAAGACCCACCACTTGTCTCTCTTCTCCTTCTCTTCCG
TCGTCTTCATGGACTCAGCTCAACCCTGAAAGATCGATTTCCTTGAGAAAAAGATTCTTC
TTGTTGCCTGCAAAAGCCACCACCGAGCAATCAGGTCAAGTTGGAGGAGAAGACGTTGAT
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GAACAAGAGTTTCTCCAAGCCTTGCAATCGTTCTATTATGATGGCAAAGCGGTCATGTCA
AATGAGGAGTTTGATAACCTTAAGGAAGAGTTGATGTGGGAAGGAAGCAGTGTTGTGATG
CTAAGTTCTGATGAACAAAGGTTCTTGGAAGCTTCAATGGCTTATGTTTCTGGAAATCCA
ATCCTCAATGATGAAGAATTTGATAAGCTCAAACTCAAACTAAAGATTGATGGTAGCGAT
ATTGTGTGTGAGGGTCCAAGATGCAGTCTCCGTAGTAAAAAGGTGTACAGTGATCTCGCA
GTGGATTATTTCAAAATGTTCTTGCTAAATGTTCCAGCAACTGTTGTTGCTCTAGGACTC
TTTTTCTTCCTGGACGACATTA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3E381TF 758 0 0
GGG
ATCTTCAACCATAGGTTCATCTTGACAAAACTTTCCCGGAAAACAGAGGAAAATGGGTAG
CAAGATGTTGTTCAGTTTGACAAGCCCCCGACTGTTCTCTGCCGTCTCTCAAAAACCCAC
CACTTGTCTCTCTTCTCCTTCTCTTCCGTCGTCTTCATGGACTCAGCTCAACCCTGAAAG
ATCGATTTCCTTGAGAAAAAGATTCTTCTTGTTGCCTGCAAAAGCCACCACCGAGCAATC
AGGTCAAGTTGGAGGAGAAGACGTTGATAGCAATATCATGCCGTATTGCAGCATCAACAA
GGCTGAATAGAAATCAATTGGTGAAATGGAACAAGAGTTTCTCCAAGCCTTGCAATCGTT
CTATTATGATGGCAAAGCGGTCATGTCAAATGAGGAGTTTGATAACCTTAAGGAAGAGTT
GATGTGGGAAGGAAGCAGTGTTGTGATGCTAAGTTCTGATGAACAAAGGTTCTTGGAAGC
TTCAATGGCTTATGTTTCTGGAAATCCAATCCTCAATGATGAAGAATTTGATAAGCTCAA
ACTCAAACTAAAGATTGATGGTAGCGATATTGTGTGTGAGGGTCCAAGATGCAGTCTCCG
TAGTAAGAAGGTGTACAGTGATCTCGCAGTGGATTATTTCAAAATGTTCTTGCTAA*TGT
TCCAGCAACTGTTGTTGCTCTAG*ACTCTTTTTCTTCCTGGACGACATTACAGGTTTTGA
GATCACATACATCTTGGAGCTTTCAGAACCATACA

QA 4 758 4 758
DS 



CO CL1880Contig2 1226 3 25 U
GCAATTAACTATCATCCTATTACCTATGAAAGGTTGGTGAAGAAATATTCATAAAATATT
CCCCTTATTTCTTATACAATACTTAGATATCAGAAAACATGTGAAAGAACATGCAAGATC
TTAAGTATACAACATCATATCTATTGTTCCTCTGACAAAACCCATTCTTCTTATTTTTCC
ATCCTCATCTCACAGGGTTCAAGCTTGACTTCCTTCTGGCAATGTGATCAACCGAGTACC
CGAGTCATACTCCATCGCGGTTCCACAGTTGGTGCATTTGACAGAGTTAGTTTTGCCACC
ACTAGAGATCGACAGAATTGTTCCAAAGAAGGAAGTATTCTCCGTTCCACAATTCGGACA
AGGACCCTTCAAGATCAAGAAGTCTTTGACGATCAGTTTGGTGATTGTTAAAGCCAGATA
TACAATCAAAGGAACGGCAGCGAACCACGTGAATATGAAACTGTATGGTTCTGAAAGCTC
CAAGATGTATGTGATCTCAAAACCTGTAATGTCGTCCAGGAAGAAAAACAGTCCGAGAGC
AACAACAGTTGCTGGAACATTTAGCAAAAACATTTTGAAATAATCCACTGCGAGATCACT
GTACACCCTTTTACTACGGAGACTGCATCTTGGACCCTCACACACAATATCGCTACCATC
AATCTTTAGTTTGAGTTTGAGCTTATCAAATTCTTCATCATTGAGGATAGGATTTCCAGA
AACATAAGCCATTGAAGCTTCCAAGAACCTTTGTTCATCAGAACTTAGCATCACAACACT
GCTTCCTTCCCACATCAACTCTTCCTTAAGGTTATCAAACTCCTCATTTGACATGACCGC
TTTGCCATCATAATAGAACGATTGCAAGGCTTGGAGAAACTCTTGTTCCATTTCACCAAT
TGATTTCTTTTCAGCCTTGTTGATGCTGCAATAAGGCATGATATTGCTATCAACGTCTTC
CCCTCCAACTTGACCTGATTGCTCTGTGGTGGCTTTTGCAGGCAACAAGAAGAATCTTTT
TCTCAAAGAAATCGATCTTCCAGGGTTGAGCTGAGTCCATGAAGACGAAGAAGGAGGAGA
AGGAGAAGACAGACAAGTGGTGGTGGGTTTTCGAGAGACGGCGGAGAACAGTCGGGGGCT
TGTCAAACTGAACAACATCTTGCTACCCATTTTCCTCTGTTTTCCGAGAAAGTTTTTGTC
AAGATGAACCTATGGGTTGAAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E381JQ U 1
AF RR3B141JQ U 49
AF RR3B141TF C 410
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TCCCTTATTTCTTATACAATACTTGGATATCAGAAAACATGTGAAAGAACATGCAAGATC
TTAAGTATACAACATCATATCTATTGTTCCTCTGACAAAACCCATTCTTCTTCTTTTTCC
ATCCTCATCTCACAGGGTTCAAGCTTGACTTCCTTCTGGCAATGTGATCAACCGAGTACC
CGAGTCATACTCCATCGCGGTTCCACAGTTGGTGCATTTGACAGAGTTAGTTTTGCCACC
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AGGACCCTTCAAGATCAAGAAGTCTTTGACGATCAGTTTGGTGATTGTTAAAGCCAGATA
TACAATCAAAGGAACAGCAGCGAACCACGTGAATATGAAACTGTATGGTTCTGAAAGCTC
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AACAACAGTTGCTGGAACATTTAGCAAGAACATTTTGAAATAATCCACTGCGAGATCACT
GTACACCTTCTTACTACGGAGACTGCATCTTGGACCCTCACACACAATATCGCTACCATC
AATCTTTAGTTTGAGTTTGAGCTTATCAAATTCTTCATCATTGAGGATTGGATTTCCAGA
AACATAAGCCATTGAAGCTTCCA

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DS 

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C
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CATGCAAGATCTTAAGTATACAACATCATATCTATTTTTCCTCTGACAAACCCCATTCTT
CTTATTTTTCCATCCTCATCTCACAGTGTTCAAGCTTGGCTTCCTTCTGGCAATGTGATC
AACCGAGTACCCGAGTCATACTCCATCGCGGTTCCACAGTTGGTGCATTTGACAGAGTTA
GTTTTGCCACCACTAGAGATCGACAGAATTGTTCCAAAGAAGGAAGTATTCTCCGTTCCA
CAATTCGGACAAGGACCCTTCAAGATCAAGAAGTCTTTGACGATCAGTTTGGTGATTGTT
AGAGCCAGATATACAATCAAAGGAACGGCAGCGAACCACGTGAATATGAAACTGTATGGT
TCTGAAAGCTCCAAGATGTATGTGATCTCAAAACCTGTAATGTCGTCCAGGAAGAAAAAC
AGTCCGAGAGCAACAACAGTTGCTGGAACATTTAGCAAAAACATTTTGAAATAATCCACT
GCGAGATCACTGTACACCCTTTTACTACGGAGACTGCATCTTGGACCCTCACACACAATA
TCGCTACCATCAATCTTTAGTTTGAGTTTGAGCTTATCAAATTCTTCATCATTGAGGATA
GGATTTCCAGAAACATAAGCCATTGAAGCTTCCAAGAACCTTTGTTCATCAGAACTTAGC
ATCACAACACTGCTTCCTTCCCACATCAACTCTTCCTTAAGGTTATCAAACTCCTCATTT
GACATGACCGCTTTGCCATCATAATAGAACGATTG

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DS 

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AG
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TGAAAGCTCCAAGATGTATGTGATCTCAAAACCTGTAATGTCGTCCAGGAAGAAAAACAG
TCCGAGAGCAACAACAGTTGCTGGAACATTTAGCAAAAACATTTTGAAATAATCCACTGC
GAGATCACTGTACACCCTTTTACTACGGAGACTGCATCTTGGACCCTCACACACAATATC
GCTACCATCAATCTTTAGTTTGAGTTTGAGCTTATCAAATTCTTCATCATTGAGGATAGG
ATTTCCAGAAACATAAGCCATTGAAGCTTCCAAGAACCTTTGTTCATCAGAACTTAGCAT
CACAACACTGCTTCCTTCCCACATCAACTCTTCCTTAAGGTTATCAAACTCCTCATTTGA
CATGACCGCTTTGCCATCATAATAGAACGATTGCAAGGCTTGGAGAAACTCTTGTTCCAT
TTCACCAATTGATTTCTTTTCAGCCTTGTTGATGCTGCAATAAGGCATGATATTGCTATC
AACGTCTTCCCCTCCAACTTGACCTGATTGCTCTGTGGTGGCTTTTGCAGGCAACAAGAA
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AGGAGGAGAAGGAGAAGACAGACAAGTGGTGGTGGGTTTTCGAGAGACGGCGGAGAACAG
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GTTTTTGTCAAGATGAACCTATGGGTTGAAGATCC

QA 3 817 3 817
DS 



AS 1 3

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AGATGTGACATTCTGCGGTGTTTTCGACGGACACGGTCCTCATGGTCATCTTGTTTCTCG
TAAAGTGAGAGAATCTTTGCCTGTGAGGTTACTGTCTTTCGTGAATTCGATTCAGTCGAA
GCAAAACGGTACAAGCAAATCAGATAGCCAAGAAGCTGACAAGAAAGAGGAGGAAGAAGC
TAGTGGGGAGGAGGATAAGTTGAAGCTCTTATGGGAAGAGGCTTTCTTGAAAGCTTTCAG
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TGCTGTTACAATCATTAAACAGGGGTCAAACCTATTTATGGGAAACATTGGGGACTCTAG
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CTTGAAGCCTGACTTACCAAGGGAAGCAGAGAGGATCAAACAGTGTAAAGGTAGAGTGTT
TGCGCTGGAAGACGAGCCAGAGGTGCCACGAGTCTGGCTACCATATGATAATGCTCCTGG
ATTAGCCATGGCTAGGGCGTTTGGTGATTTCTGTCTGAAAGACTACGGTGTGATCTCGGT
ACCGGAGTTCTCTCACCGTGTTCTCACAGAGAGAGACCAGTTCATTGTCTTGGCCTCTGA
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CTCAGATTCATCAGACTACGAAGAGCAAGGATACTACTCGTCAGCAACGAACGCAGTAGA
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GAGGGCGTCAACAGAAAACAGCAGTTTCGGTAACGTGAATGCAGAAGAGAGTAATGATGT
TGCAGAGAAGGAGAAAACTAAGGAAGGTGAACAGAACTGGTCCGGACTAGAAGGAGTTAC
TCGAGTGAACTCACTTGTTCAGCTTCCAAGATTCTCTGGAGAAGAAACTAAGACTTGAGA
TATGGCTTTTCTTTGTTCTTTTTCAAGAATTGATTTTAGTTCCAAAAGAAAAAAAAAGTT
TGCTGGTTGCATGCATCTATTTGCCTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW23TF U 1
AF RR3FE74TF U 551
AF RR3FN59JQ C 639
BS 1 582 RR3CW23TF
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RD RR3CW23TF 747 0 0
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AGATGTGACATTCTGCGGTGTTTTCGACGGACACGGTCCTCATGGTCATCTTGTTTCTCG
TAAAGTGAGAGAATCTTTGCCTGTGAGGTTACTGTCTTTCGTGAATTCGATTCAGTCGAA
GCAAAACGGTACAAGCAAATCAGATAGCCAAGAAGCTGACAAGAAAGAGGAGGAAGAAGC
TAGTGGGGAGGAGGATAAGTTGAAGCTCTTATGGGAAGAGGCTTTCTTGAAAGCTTTCAG
TGCTATGGATAAGGAACTGCGTTCACATCCTAACGTGGAATGCTTCTGCAGCGGCAGCAC
TGCTGTTACAATCATTAAACAGGGGTCAAACCTATTTATGGGAAACATTGGGGACTCTAG
GGCGATACTTGGATCCAAAGACAGTGATGATTCAATGGTTGCAACTCAGCTAACAGTTGA
CTTGAAGCCTGACTTACCAAGGGAAGCAGAGAGGATCAAACAGTGTAAAGGTAGAGTGTT
TGCGCTGGAAGACGAGCCAGAGGTGCCACGAGTCTGGCTACCGTATGATAATGCTCCTGG
ATTAGCCATGGCTAGGGCGTTTGGTGATTTCTGTCTGAAAGACTACGGTGTGATCTCAGT
ACCCGAGTTCTCTCACCGTGTTCTCACAGAGAGAGACCAGTTCATTGTCTTGGCCTCTGA
TGGAGTGTGGGATGTGCTAAGCAACGA

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3FE74TF 677 0 0
GGT
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AGGGCGTTTGGTGATTTCTGTCTGAAAGACTACGGTGTGATCTCGGTACCGGAGTTCTCT
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ATGGACGACTGTGCGGTCGTGTGTTTGTTTCTAGACGGGAAGATGGACTCAGATTCATCA
GACTACGAAGAGCAAGGATACTACTCGTCAGCAACGAACGCAGTAGAAGAATCAGAGGAG
AGCCAGGTGAATGCAGCAGAACCGTGTCTTCAGAGAAACGTCACTGTGAGGGCGTCAACA
GAAAACAGCAGTTTCGGTAACGTGAATGCAGAAGAGAGTAATGATGTTGCAGAGAAGGAG
AAAACTAAGGAAGGTGAACAGAACTGGTCCGGACTAGAAGGAGTTACTCGAGTGAACTCA
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TTTGTTCTTTTTCAAG

QA 4 661 4 661
DS 

RD RR3FN59JQ 652 0 0
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AGTTCATTGTCTTGGCCTCTGATGGAGTGTGGGATGTGCTAAGCAACGAAGAAGTGGTTG
AAGTGGTGGCATCAGCACCAAGCCGAGCATCAGCAGCTAGGCTAGTGGTGGATTCAGCTG
CACGAGAGTGGAAACTAAAGTACCCGACTTCGAAAATGGACGACTGTGCGGTCGTGTGTT
TGTTTCTAGACGGGAAGATGGACTCAGATTCATCAGACTACGAAGAGCAAGGATACTACT
CGTCAGCAACGAACGCAGTAGAAGGATCAGAGGAGAGCCAGGTGAATGCAGCAGAACCGT
GTCTTCAGAGAAACGTCACTGTGAGGGCGTCAACAGAAAACAGCAGTTTCGGTAACGTGA
ATGCAGAAGAGAGTAATGATGTTGCAGAGAAGGAGAAAACTAAGGAAGGTGAACAGAACT
GGTCCGGACTAGAAGGAGTTACTCGAGTGAACTCACTTGTTCAGCTTCCAAGATTCTCTG
GAGAAGAAACTAAGACTTGAGATATGGCTTTTCTTTGTTCTTTTTCAAGAATTGATTTTA
GTTCCAAAAGAAAAAAAAAGTTTGCTGGTTGCATGCATCTATTTGCCTAACC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 5

CO CL1882Contig1 510 5 4 U
TTCAAACAATTTTATCATACAAAACTAACTAACTAGTCATGAAGATCTTGGCATTGACAC
TCATGGTTTTGGTCATTCTTTCGCCATCATTTGCGGCTCCAACTGAAGTGGTAGACACTG
CTGTTGGAGCGGCATGTGACGCCAAGCAGCTTCAGCCTTGCCTGGCAGCGATTACCGGAG
GAGGCCAACCCTCGGGTGATTGTTGTGCAAAGCTGAAGGAGCAACAGCCATGCTTGTGTG
GGTTTGCTAAGAACCCTGCGTTTGCTCAGTACATTAGCTCTCCCAACTCTCGCAAACTCC
TATCCGCTTGTGGTGTTCCTTATCCAAGTTGCTAAAAATCTAGAGATTTTATAATTAACT
AAATAAATAAATAACGAGTACGGAAGATAAATAATATTTTATCAAACTATGTTTATGAAG
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BQ
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G

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BQ
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AF RR3B156TF U 405
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ACGGCTAGAGTG
ACGCAAGATCAGCATC

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DS 

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TTATTTGTTGGCTTCATTTTGTTTTTTTACATGCTTTGTTTCTTTTGTATACTACTTATA
TACTTAGGCTTTGTTTATACTTGGGAATTAGGACAGAATGCAAAAACATAACAAAGCATC
TTCCTTTGTGCCCCTTCTGTTCCTGCCTCTAATCATTTAATTGGTGTATATTATGATTAT
GATTATTATTATA

QA 4 736 4 736
DS 

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AGG
GATATGGGGAAGCATCGGCTTCTGGTATCTCTTCCTAGCACTCTACGGGATGATGCCTCC
TACCCTCTCCGGAAACATCTACAGGATCCTCGACGAGATTCTTGCTCCCGCGCCTGTCTA
CTGGATAGCTACCTTGCTGGTCACGGTAGCTGCGGTTCTTCCTTACGTCGCTCACATTGC
TTTCCAGAGGTTCTTGAATCCGTTGGATCACCATATCATACAGGAGATCAAGTACTACAA
GAGAGATGTGGAGGACGCGAGGCTGTTGACGAGAGAGGGTACTAAAGCGAGAGAGAAGAC
CAAGATCGGGTTCACGGCTAGAGTGGACGCAAAGATCAGGCATCTTAGGTCGAAACTGAA
CAAGAAACAGTCGAATCTGTCGCATTTTTCGGCTCAAGATGCAATGTCACCTAGATCGTT
GTAGCCCTGTATAGTGTCCTAATTCTCTGATGCATCATTAGAGTTTTGGAGACAGGTCAA
GTAGAGTGAGATCAGTATGTAAAGAGTTAGTAAGTTGCTGATGTTTTTTTTCTCTTCTTT
TTATTTGTTGGCTTCATTTTGTTTTTTTACATGCTTTGTTTCTTTTGTATACTACTTATA
TACTTAGGCTTTGTTTATACTTGGGAATTAGGACAGAATGCAAAAACATAACAAAGCATC
TTCCTTTGTGCCCCTTCTGTTCCTGCCTCTAATCATTTAATTGGTGTATATTATGATTAT
GATTATTATTATACAATAATACATAATGATTTCTT

QA 4 758 4 758
DS 

RD RR3B156JQ 669 0 0
TCCTCGACGAGATTCTTGCTCCCGCGCCTGTCTACTGGATAGCTACCTTGCTGGTCACGG
TAGCTGCGGTTCTTCCTTACGTCGCTCACATTGCTTTCCAGAGGTTCTTGAATCCGTTGG
ATCACCATATCATACAGGAGATCAAGTACTACAAGAGAGATGTGGAGGACGCGAGGCTGT
TGACGAGAGAGGGTACTAAAGCGAGAGAGAAGACCAAGATCGGGTTCACGGCTAGAGTGG
ACGCAAAGATCAGGCATCTTAGGTCGAAACTGAACAAGAAACAGTCGAATCTGTCGCATT
TTTCGGCTCAAGATGCAATGTCACCTAGATCGTTGTAGCCCTGTATAGTGTCCTAATTCT
CTGATGCATCATTAGAGTTTTGGAGACAGGTCAAGTAGAGTGAGATCAGTATGTAAAGAG
TTAGTAAGTTGCTGATGTTTTTTTTTTCTTCTTTTTATTTGTTGGCTTCATTTTGTTTTT
TTACATGCTTTGTTTCTTTTGTATACTACTTATATACTTAGGCTTTGTTTATACTTGGGA
ATTAGGACAGAATGCAAAAACATAACAAAGCATCTTCCTTTGTGCCCCTTCTGTTCCTGC
CTCTAATCATTTAATTGGTGTATATTATGATTATGATTATTATTATACAATAATACATAA
TGATTTCTT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3AV51JQ 663 0 0
ACGAGATTCTTGCTCCCGCGCCTGTCTACTGGATAGCTACCTTGCTGGTCACGGTAGCTG
CGGTTCTTCCTTACGTCGCTCACATTGCTTTCCAGAGGTTCTTGAATCCGTTGGATCACC
ATATCATACAGGAGATCAAGTACTACAAGAGAGATGTGGAGGACGCGAGGCTGTTGACGA
GAGAGGGTACTAAAGCGAGAGAGAAGACCAAGATCGGGTTCACGGCTAGAGTGGACGCAA
AGATCAGGCATCTTAGGTCGAAACTGAACAAGAAACAGTCGAATCTGTCGCATTTTTCGG
CTCAAGATGCAATGTCACCTAGATCGTTGTAGCCCTGTATAGTGTCCTAATTTTCTGATG
CATCATTAGAGTTTTGGAGACAGGTCAAGTAGAGTGAGATCAGTATGTAAAGAGTTAGTA
AGTTGCTGATGTTTTTTTTCTCTTCTTTTTATTTGTTGGCTTCATTTTGTTTTTTTACAT
GCTTTGTTTCTTTTGTATACTACTTATATACTTAGGCTTTGTTTATACTTGGGAATTAGG
ACAGAATGCAAAAACATAACAAAGCATCTTCCTTTGTGCCCCTTCTGTTCCTGCCTCTAA
TCATTTAATTGGTGTATATTATGATTATGATTATTATTATACAATAATACATAATGATTT
CTT

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 3

CO CL1884Contig1 1013 3 2 U
AAAACAAAGTCTTTCGTTTCTTTATTTATTTCTATAGCCAATGATAACACTCGGGCATGA
GGAAAAAATACAGATGCATAAACAAAGAGTTCGATGGGTTTTATGGCATGAAAGAGAACA
TAAAAGAATCACAACAAATAGAAATCTTTCCCAGATGGGTAAAAAACCAAACACAAACCG
GTCTGAATCACTTCTCTGTCTCTTTTCATTCATTAGGCAGCAACTTGGCCGAACAACGAC
CTGCGGATCACTGGAAGTTTCATACGGAATGCCACATCAAGACGTGCATCGAGTGTGTTC
TCGCACACGATTTTCCCATCCCGAGAAGCCAACACAACACCTCCAGAGCAGTGGAGACCA
TGAGAATCACTAGAAGTAGGAGGAGGGGGAAGGAAGATGGTTGTGTCCACGGCAACCTCT
GGAGCATGAACATTTGCTTTACCAGCATACTCCTCCTTTGCATCATCAAGAATAGATTCA
ACTAAACCCAAATCCTCTTCGCGGCAACGCAACAACACAGAAGGTTCTTTCAACCTTAGC
AAACACTGGACAATGAGATCCTTAAGAAGCTGTTTGTAGGCATCCTCATCGCCGCTGACG
TTGAGAAGATCCTTTGCTGCTTGGTCTTTCATAGCATTGACAATATCGTCCTGCGCCTGA
AGAACTTTGATCCTTGACGCATTTAGCTGCATCGAGTAATCAATCTTCTTGCGAACATCG
GCTTGCTTCTCCTTCTTCTCATAGTCTTGCCTGATCTTCTTCTTCTCCGCCTCAACTAAC
TGCAGCTTCTCGATGTTGAATTCTTCTTCAGCGGAGACGGAGATCTCGTTTGCCTTCTCC
TCAGCCTCTTGGCGGATGAATCTCACCATCTGCTGGATCTGACTCGACACATCGGCATCG
TTCATCTTTGCCGGAGATCGTTGACGATCGGAGGTTTGGAGAGATTTCGAGAAATCTGTG
GCGCAGAGGGAGATTGGAGAGAGGGACGACGTAGATCGGGTTCTCGCAACGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D817JQ U 73
AF RR3FU50JQ U 1
AF RR3FU50TF C 251
BS 1 802 RR3FU50JQ
BS 803 1013 RR3FU50TF

RD RR3D817JQ 318 0 0
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TCTCTGTCTCTTTTCATTCATTAGGCAGCAACTTGGCCGAACAACGACCTGCGGATCACT
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TTCCCATCCCGAGAAGCCAACACAACACCTCCAGAGCAGTGGAGACCATGAGAATCACTA
GAAGTAGGAGGAGGGGGA

QA 1 318 1 318
DS 

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GGAAAAAATACAGATGCATAAACAAAGAGTTCGATGGGTTTTATGGCATGAAAGAGAACA
TAAAAGAATCACAACAAATAGAAATCTTTCCCAGATGGGTAAAAAACCAAACACAAACCG
GTCTGAATCACTTCTCTGTCTCTTTTCATTCATTAGGCAGCAACTTGGCCGAACAACGAC
CTGCGGATCACTGGAAGTTTCATACGGAATGCCACATCAAGACGTGCATCGAGTGTGTTC
TCGCACACGATTTTCCCATCCCGAGAAGCCAACACAACACCTCCAGAGCAGTGGAGACCA
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GGAGCATGAACATTTGCTTTACCAGCATACTCCTCCTTTGCATCATCAAGAATAGATTCA
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AAACACTGGACAATGAGATCCTTAAGAAGCTGTTTGTAGGCATCCTCATCGCCGCTGACG
TTGAGAAGATCCTTTGCTGCTTGGTCTTTCATAGCATTGACAATATCGTCCTGCGCCTGA
AGAACTTTGATCCTTGACGCATTTAGCTGCATCGAGTAATCAATCTTCTTGCGAACATCG
GCTTGCTTCTCCTTCTTCTCATAGTCTTGCCTGATCTTCTTCTTCTCCGCCTCAACTAAC
TGCAGCTTCTCGATGTTGAATT

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3FU50TF 763 0 0
CACTGAAG
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TCCCGAGAAGCCAACACAACACCTCCAGAGCAGTGGAGACCATGAGAATCACTAGAAGTA
GGAGGAGGGGGAAGGAAGATGGTTGTGTCCACGGCAACCTCTGGAGCATGAACATTTGCT
TTACCAGCATACTCCTCCTTTGCATCATCAAGAATAGATTCAACTAAACCCAAATCCTCT
TCGCGGCAACGCAACAACACAGAAGGTTCTTTCAACCTTAGCAAACACTGGACAATGAGA
TCCTTAAGAAGCTGTTTGTAGGCATCCTCATCGCCGCTGACGTTGAGAAGATCCTTTGCT
GCTTGGTCTTTCATAGCATTGACAATATCGTCCTGCGCCTGAAGAACTTTGATCCTTGAC
GCATTTAGCTGCATCGAGTAATCAATCTTCTTGCGAACATCGGCTTGCTTCTCCTTCTTC
TCATAGTCTTGCCTGATCTTCTTCTTCTCCGCCTCAACTAACTGCAGCTTCTCGATGTTG
AATTCTTCTTCAGCGGAGACGGAGATCTCGTTTGCCTTCTCCTCAGCCTCTTGGCGGATG
AATCTCACCATCTGCTGGATCTGACTCGACACATCGGCATCGTTCATCTTTGCCGGAGAT
CGTTGACGATCGGAGGTTTGGAGAGATTTCGAGAAATCTGTGGCGCAGAGGGAGATTGGA
GAGAGGGACGACGTAGATCGGGTTCTCGCAACGTC

QA 9 763 9 763
DS 



AS 1 4

CO CL1885Contig1 953 4 3 U
GGACTACTAGGAAGAAATACTAATTGTATTAGAAAAAGATTTGAAGATGAGTGAACATCA
TTTTGTGTTTGTGCACGGTGCAGGGCATGGAGGATGGTGCTGGTACAAGCTCGCCAATTC
ACTGAGGAAGAATGGTCATAAGGCCACTTGCATCGACCTCAAGGGTGCTGGGATCAACAT
AACTGATCCAAACACTGTGTCCTCTCTTGATGACTACAACCAGCCTCTCTATGACTTCCT
CTCCCAACTTCCCCTCGACCAAAAGGTCATTCTGGTGAGCCACAGCGTTGGAGGAGGGAC
CATGACGGCTGCCATGTGCCAGTATCCTTCCAAGGTCTCCATGGCTGTATACGTCGCAGC
AGCCATGGTCAAACCTGGTACCGTAATTCCCCCAGTTCTCAAGGAAGTATTGAAGATCTG
TTCAGGGCTGATTGAGTCGGAAGCTGAGAAGATATGGGACTTCACTTTTGGAAACGGACC
CGAGAACCTCCCAACAAGCATGATGATGAAACCTGAGTATGTCCAGGACAAGTATTACAA
CGAGAGCCCTATGGAGGATTACACACTGGCCACCACACTTCTGCGCCCAGCCCCTGTCAT
GGCATTTGCAGGCATAGTGGATATCCCAGCAACACCAGAGGCTGACAAAATCCCAAGGGT
CTACGTTAAGACAGGCAAGGACCATATGTTCCAATCAAGTCGTCAGGACTTAATGGTTAC
CCTCTGGCCTCCTGCTCAATACTTCCTTCTTGAAGAGAGTGATCACTCTGCATTTTTCTC
CCAACCTGAAGCTCTCTATAAAATCCTCCTTGAAGCAACCTCCTCTATCTCTACCTGATT
TCTCTTTACACATATATCTGGAACTCCTCCAAATCTATGTTTTTAATAAACTAATTGAAT
AACACTGGATCATATTCATATATATCATGAGACACAAGAAAGGATCCAACAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN40TF U 20
AF RR3DP52TF U 1
AF RR3DP52JQ C 174
AF RR3DN40JQ C 220
BS 1 640 RR3DP52TF
BS 641 920 RR3DP52JQ
BS 921 953 RR3DN40JQ

RD RR3DN40TF 271 0 0
GG
AATTGTATTAGAAAAAGATTTGAAGATGAGTGAACATCATTTTGTGTTTGTGCACGGTGC
AGGGCATGGAGGATGGTGCTGGTACAAGCTCGCCAATTCACTGAGGAAGAATGGTCATAA
GGCCACTTGCATCGACCTCAAGGGTGCTGGGATCAACATAACTGATCCAAACACTGTGTC
CTCTCTTGATGACTACAACCAGCCTCTCTATGACTTCCTCTCCCAACTTCCCCTCGACCA
AAAG*TCATTCTGGTGAGCCACAGCGTTG

QA 3 271 3 271
DS 

RD RR3DP52TF 643 0 0
GGACTACTAGGAAGAAATACTAATTGTATTAGAAAAAGATTTGAAGATGAGTGAACATCA
TTTTGTGTTTGTGCACGGTGCAGGGCATGGAGGATGGTGCTGGTACAAGCTCGCCAATTC
ACTGAGGAAGAATGGTCATAAGGCCACTTGCATCGACCTCAAGGGTGCTGGGATCAACAT
AACTGATCCAAACACTGTGTCCTCTCTTGATGACTACAACCAGCCTCTCTATGACTTCCT
CTCCCAACTTCCCCTCGACCAAAAGGTCATTCTGGTGAGCCACAGCGTTGGAGGAGGGAC
CATGACGGCTGCCATGTGCCAGTATCCTTCCAAGGTCTCCATGGCTGTATACGTCGCAGC
AGCCATGGTCAAACCTGGTACCGTAATTCCCCCAGTTCTCAAGGAAGTATTGAAGATCTG
TTCAGGGCTGATTGAGTCGGAAGCTGAGAAGATATGGGACTTCACTTTTGGAAACGGACC
CGAGAACCTCCCAACAAGCATGATGATGAAACCTGAGTATGTCCAGGACAAGTATTACAA
CGAGAGCCCTATGGAGGATTACACACTGGCCACCACACTTCTGCGCCCAGCCCCTGTCAT
GGCATTTGCAGGCATAGTGGATATCCCAGCAACACCAGAG
CTG

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3DP52JQ 748 0 0
TCAACATAACTGATCCAAACACTGTGTCCTCTCTTGATGACTACAACCAGCCTCTCTATG
ACTTCCTCTCCCAACTTCCCCTCGACCAAAAGGTCATTCTGGTGAGCCACAGCGTTGGAG
GAGGGACCATGACGGCTGCCATGTGCCAGTATCCTTCCAAGGTCTCCATGGCTGTATACG
TCGCAGCAGCCATGGTCAAACCTGGTACCGTAATTCCCCCAGTTCTCAAGGAAGTATTGA
AGATCTGTTCAGGGCTGATTGAGTCGGAAGCTGAGAAGATATGGGACTTCACTTTTGGAA
ACGGACCCGAGAACCTCCCAACAAGCATGATGATGAAACCTGAGTATGTCCAGGACAAGT
ATTACAACGAGAGCCCTATGGAGGATTACACACTGGCCACCACACTTCTGCGCCCAGCCC
CTGTCATGGCATTTGCAGGCATAGTGGATATCCCAGCAACACCAGAGGCTGACAAAATCC
CAAGGGTCTACGTTAAGACAGGCAAGGACCATATGTTCCAATCAAGTCGTCAGGACTTAA
TGGTTACCCTCTGGCCTCCTGCTCAATACTTCCTTCTTGAAGAGAGTGATCACTCTGCAT
TTTTCTCCCAACCTGAAGCTCTCTATAAAATCCTCCTTGAAGCAACCTCCTCTATCTCTA
CCTGATTTCTCTTTACACATATATCTGGAACTCCTCCAAATCTATGTTTTTAATAAACTA
ATTGAATAACACTGGATCATATTCATA
C

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3DN40JQ 734 0 0
CCAGCCTCTCTATGACTTCCTCTCCCAACTTCCCCTCGACCAAAAGGTCATTCTGGTGAG
CCACAGCGTTGGAGGAGGGACCATGACGGCTGCCATGTGCCAGTATCCTTCCAAAGTCTC
CATGGCTGTATACGTCGCAGCAGCCATGGTCAAACCTGGTACCGTAATTCCCCCAGTTCT
CAAGGAAGTATTGAAGATCTGTTCAGGGCTGATTGAGTCGGAAGCTGAGAAGATATGGGA
CTTCACTTTTGGAAACGGACCCGAGAACCTCCCAACAAGCATGATGATGAAACCTGAGTA
TGTCCAGGACAAGTATTACAACGAGAGCCCTATGGAGGATTACACACTGGCCACCACACT
TTTGCGCCCAGCCCCTGTCATGGCATTTGCAGGCATAGTGGATATCCCAGCAACACCAGA
GGCTGACAAAATCCCAAGGGTTTACGTTAAGACAGGCAAGGACCATATGTTCCAATCAAG
TCGTCAGGACTTAATGGTTACCCTCTGGCCTCCTGCTCAATACTTCCTTCTTGAAGAGAG
TGATCACTCTGCATTTTTCTCCCAACCTGAAGCTCTCTATAAAATCCTCCTTGAAGCAAC
CTCCTCTATCTCTACCTGATTTCTCTTTACACATATATCTGGAACTCCTCCAAATCTATG
TTTTTAATAAACTAATTGAATAACACTGGATCATATTCATATATATCATGAGACACAAGA
AAGGATCCAACAGC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 4

CO CL1886Contig1 928 4 2 U
GGATAAAAATCATCACTATTTATCTCAAAGGAAAAAAATATCTATAACAATGAAATTTTC
ATATTCTTTCCCTATTTTGGCCATGCAATTTCTCATTATACGTAGTGTTTCGTCACTGAA
CCTTACTAATGAATATCTCAACCACAAATGTCT*TTTAATCAAGGGAAATATAATTCTGG
AAGTGAGTACGAGAAAAACCTCAACGGGATCTTCCATTACATTCGTACAAGGCCTTTTGA
GAATGTCGGTTTCTCACAAAGTGGTAATGGAACAACGGCAGAAAATTTTGTTACCGTCCT
TCTCCAATGTCGTGGTGACTCTTATGGGTCTAAATCTTATGGGTCTAAATGCCGTACATG
CCTTGACACCGCAATTTTAGGGTTTCGTAAGAAATGTCCGAGTATCAAAGGAGGAATCAT
ATGGTACGACCAATGTTTTCTCCATGTTAGTGCGATTGGTATAGAATTTCCAAGCAGGAC
TAATTACGAGAATGTTTTTTCTATGCACAATACAAATAATGTGAAAGGGGATGCAAAACT
ATTTGCCAAGAGAGCATTGGATTTTTTCTCTGAGCTAACACTTAAAGTCGAGAAAACCAC
CAGAGACGGCCTTCGCGTCATATTTTACGCCGCAGGAGAAGAAAAGCTCGGGAAAAATAC
ATTATATGCAATGGTGCAATGTATAGAATCAACAATAGATTGTAAAACTTGTTTGACATG
GAGTATCACAAACCTTTTCAAAAATGACGTTATTAAACAAGGAGCGAGAGTTTTCGGTTC
GAACTGTGATGTAAGGTATGAACTATACCCTTTTCTTAGATTTGTTAAGCACTATTAAGG
TCGTCTTGAATACATCCTCTTCATAATTTCTCATTATATTTTAATTATGTTGATTTTTCT
TTTTGCTGAAATGTAATATCTATATATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3CS49TF U 1
AF RR3AY26TF U 1
AF RR3AY26JQ C 80
AF RR3CL41JQ C 240
BS 1 835 RR3AY26TF
BS 836 928 RR3AY26JQ

RD RR3CS49TF 363 0 0
GGATAAAAATCATCACTATTTATCTCAAAGGAAAAAAATATCTATAACAATGAAATTTTC
ATATTCTTTCCCTATTTTGGCCATGCAATTTCTCATTATACGTAGTGTTTCGTCACTGAA
CCTTACTAATGAATATCTCAACCACAAATGTCTCTTTAATCAAGGGAAATATAATTCTGG
AAGTGAGTACGAGAAAAACCTCAACGGGATCTTCCATTACATTCGTACAAGGCCTTTTGA
GAATGTCTGTTTCTCACAAAGTGGTAATGGAACAACGGCAGAAAATTTTGTTACCGTCCT
TCTCCAATGTCGTGGTGACTCTTATGGGTCTAAATCTTATGGGTCTAAATGCCGTACATG
CCT

QA 1 363 1 363
DS 

RD RR3AY26TF 835 0 0
GGATAAAAATCATCACTATTTATCTCAAAGGAAAAAAATATCTATAACAATGAAATTTTC
ATATTCTTTCCCTATTTTGGCCATGCAATTTCTCATTATACGTAGTGTTTCGTCACTGAA
CCTTACTAATGAATATCTCAACCACAAATGTCT*TTTAATCAAGGGAAATATAATTCTGG
AAGTGAGTACGAGAAAAACCTCAACGGGATCTTCCATTACATTCGTACAAGGCCTTTTGA
GAATGTCGGTTTCTCACAAAGTGGTAATGGAACAACGGCAGAAAATTTTGTTACCGTCCT
TCTCCAATGTCGTGGTGACTCTTATGGGTCTAAATCTTATGGGTCTAAATGCCGTACATG
CCTTGACACCGCAATTTTAGGGTTTCGTAAGAAATGTCCGAGTATCAAAGGAGGAATCAT
ATGGTACGACCAATGTTTTCTCCATGTTAGTGCGATTGGTATAGAATTTCCAAGCAGGAC
TAATTACGAGAATGTTTTTTCTATGCACAATACAAATAATGTGAAAGGGGATGCAAAACT
ATTTGCCAAGAGAGCATTGGATTTTTTCTCTGAGCTAACACTTAAAGTCGAGAAAACCAC
CAGAGACGGCCTTCGCGTCATATTTTACGCCGCAGGAGAAGAAAAGCTCGGGAAAAATAC
ATTATATGCAATGGTGCAATGTATAGAATCAACAATAGATTGTAAAACTTGTTTGACATG
GAGTATCACAAACCTTTTCAAAAATGACGTTATTAAACAAGGAGCGAGAGTTTTCGGTTC
GAACTGTGATGTAAGGTATGAACTATACCCTTTTCTTAGATTTGTTAAGCACTAT

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR3AY26JQ 849 0 0
GCCATGCAATTTCTCATTATACGTAGTGTTTCGTCACTGAACTTTACTAATGAATATCTC
AACCACAAATGTCT*TTTAATCAAGGGAAATATAATTCTGGAAGTGAGTACGAGAAAAAC
CTCAACGGGATCTTCCATTACATTCGTACAAGGCCTTTTGAGAATGTCGGTTTCTCACAA
AGTGGTAATGGAACAACGGCAGAAAATTTTGTTACCGTCCTTCTCCAATGTCGTGGTGAC
TCTTATGGGTCTAAATCTTATGGGTCTAAATGCCGTACATGCCTTGACACCGCAATTTTA
GGGTTTCGTAAGAAATGTCCGAGTATCAAAGGAGGAATCATATGGTACGACCAATGTTTT
CTCCATGTTAGTGCGATTGGTATAGAATTTCCAAGCAGGACTAATTACGAGAATGTTTTT
TCTATGCACAATACAAATAATGTGAAAGGGGATGCAAAACTATTTGCCAAGAGAGCATTG
GATTTTTTCTCTGAGCTAACACTTAAAGTCGAGAAAACCACCAGAGACGGCCTTCGCGTC
ATATTTTACGCCGCAGGAGAAGAAAAGCTCGGGAAAAATACATTATATGCAATGGTGCAA
TGTATAGAATCAACAATAGATTGTAAAACTTGTTTGACATGGAGTATCACAAACCTTTTC
AAAAATGACGTTATTAAACAAGGAGCGAGAGTTTTCGGTTCGAACTGTGATGTAAGGTAT
GAACTATACCCTTTTCTTAGATTTGTTAAGCACTATTAAGGTCGTCTTGAATACATCCTC
TTCATAATTTCTCATTATATTTTAATTATGTTGATTTTTCTTTTTGCTGAAATGTAATAT
CTATATATC

QA 1 849 1 849
DS 

RD RR3CL41JQ 689 0 0
AGAATGTCGGTTTCTCACAAAGTGGTAATGGAACAACGGCAGAAAATTTTGTTACCGTCC
TTCTCCAATGTCGTGGTGACTCTTATGGGTCTAAATCTTATGGGTCTAAATGCCGTACAT
GCCTTGACACCGCAATTTTAGGGTTTCGTAAGAAATGTCCGAGTATCAAAGGAGGAATGA
TATGGTACGACCAATGTTTTCTCCATGTTAGTGCGATTGGTATAAAATTTCCAAGCAGGA
CTAATTACGAGAATGTTTTTTCTATGCACAATACAAATAATGTGAAAGGGGATGCAAAAC
TATTTGCCAAGAGAGCATTGGATTTTTTCTTTGAGCTAACACTTAAAGTCGAGAAAACCA
CCAGAGACGGCCTTCGCGTCATATTTTACGCCGCAGGAGAAGAAAAGCTCGGGAAAAATA
CATTATATGCAATGGTGCAATGTATAGAATCAACAATAGATTGTAAAACTTGTTTGACAT
GGAGTATCACAAACCTTTTCAAAAATGACGTTATTAAACAAGGAGCGAGAGTTTTCGGTT
CGAACTGTGATGTAAGGTATGAACTATACCCTTTTCTTAGATTTGTTAAGCACTATTAAG
GTCGTCTTGAATACATCCTCTTCATAATTTCTCATTATATTTTAATTATGTTGATTTTTC
TTTTTGCTGAAATGTAATATCTATATATC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 2 4

CO CL1887Contig1 624 2 4 U
GAATTTAATGGCCCACGCCTAATTCCTTTCTTTTTATTACACAGTAATAATTCTTTTAAT
GGTCACGTTTCTAGAAATTTGGAAACCTCTCTCTCTCAGGACATGATGGATTTATAAACT
CCATGATGACAGTGAGTGATAATAAAAAAAAAAACACAGTACAAACTTTTTAATAGGTGA
AAACGAATAGGGCTTTGGTTCAGCTCTGCGGCATTCTGACTTATTAAGCAGCAAGTGGAT
TGGCGTGGATTGTCACACGGTTTAGCCTTATCTCAGCAAGCGGCCTATCTCCCGCACCTG
TTTGAGTCTTTTCCATAATGTCAAGCACTTCGAAGCCATGAATGACTTTGCCAAAGATGG
TGTACAGTCCATTGAGATGAGGTTGTTTGGCATAGGTAATGAAAAACTGGCTTCCGTTTG
TGTTTGGGCCACTGTTTGCCATCGCCAGCATCCCTCTTGCGTTGTGCTTAAGGGAGTCAC
GAATCTCGTCATTGAATTTCTTTCCCCAGATGCTAGTTCCTGTGAAAGATAGTCCCTTCG
TAATAGCCACTAGCACATAGCGCCAGAAAGTTCTCGGCACTCTTTGGAACCTCGTCACAG
AAGATCTCGCACTTTATATCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BH96JQ U 1
AF RR3C875JQ U 10
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BS 115 126 RR3BH96JQ
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GGTCACGTTTCTAGAAATTTGGAAACCTCTCTCTCTCAGGACATGATGGATTTCTAAACT
CCATGA

QA 1 126 1 126
DS 

RD RR3C875JQ 615 0 0
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TCTAGAAATTTGGAAACCTCTCTCTCTCAGGACATGATGGATTTATAAACTCGATGATGA
CAGTGAGTGATAATAAAAAAAAAAACACAGTACAAACTTTTTAATAGGTGAAAACGAATA
GGGCTTTGGTTCAGCTCTGCGGCATTCTGACTTATTAAGCAGCAAGTGGATTGGCGTGGA
TTGTCACACGGTTTAGCCTTATCTCAGCAAGCGGCCTATCTCCCGCACCTGTTTGAGTCT
TTTCCATAATGTCAAGCACTTCGAAGCCATGAATGACTTTGCCAAAGATGGTGTACAGTC
CATTGAGATGAGGTTGTTTGGCATAGGTAATGAAAAACTGGCTTCCGTTTGTGTTTGGGC
CACTGTTTGCCATCGCCAGCATCCCTCTTGCGTTGTGCTTAAGGGAGTCACGAATCTCGT
CATTGAATTTCTTTCCCCAGATGCTAGTTCCTGTGAAAGATAGTCCCTTCGTAATAGCCA
CTAGCACATAGCGCCAGAAAGTTCTCGGCACTCTTTGGAACCTCGTCACAGAAGATCTCG
CACTTTATATCCCCC

QA 1 615 1 615
DS 



CO CL1887Contig2 699 2 3 U
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GAGCATCACAGCGTCAATGTCAGTAACATTGCACACGAATCTGGGGGATATAAAGTGCGA
GATCTTCTGTGACGAGGTTCCAAAGAGTGCCGAGAACTTTCTGGCGCTATGTGCAAGTGG
CTATTACGAAGGGACTATCTTTCACAGGAACATCAAAGGCTTCATGATTCAAGGCGGAGA
CCCAACCGGCACAGGGAAAGGAGGAACTAGCATCTGGGGAAAGAAATTCAATGACGAGAT
TCGTGACTCCCTTAAGCACAATGCAAGAGGGATGCTGGCGATGGCAAACAGTGGCCCAAA
CACAAATGGAAGCCAGTTCTTCATTACCTATGCCAAACAACCTCATCTCAATGGACTGTA
CACCATCTTTGGCAAAGTCATTCATGGCTTCGAAGTGCTTGACATTATGGAAAAGACTCA
AACAGGTGCGGGAGATAGGCCGCTTGCTGAGATAAGGCTAAACCGTGTGACAATCCACGC
CAATCCACTTGCTGCTTAATAAGTCAGAATGCCGCAGAGCTGAACCAAAGCCCTATTCGT
TTTCACCTATTAAAAAGTTTGTACTGTGTTTTTTTTTTTATTATCACTCACTGTCATCAT
CGAGTTTAGAAATCCATCATGTCCTGAGAGAGAGAGGTT


BQ
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AF RR3CK91TF U 8
AF RR3BH96TF U 1
BS 1 174 RR3BH96TF
BS 175 175 RR3CK91TF
BS 176 699 RR3BH96TF

RD RR3CK91TF 195 0 0
ATAA
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CGTCAATGTCAGTAACATTGCACACGAATCTGGGGGATATAAAGTGCGAGATCTTCTGTG
ACGAGGTTCCAAAGAGTGCCGAGAACTTTCTGGCGCTATGTGCAAGTGGCTATTACGATG
GGACTATCTTT

QA 5 195 5 195
DS 

RD RR3BH96TF 699 0 0
GGGCAGCATAGACGCGAGAGAAGGAAGAGGGAGGAAATCAACTCAGCTCCGCTAGTTTCC
GAGCATCACAGCGTCAATGTCAGTAACATTGCACACGAATCTGGGGGATATAAAGTGCGA
GATCTTCTGTGACGAGGTTCCAAAGAGTGCCGAGAACTTTCTGGCGCTATGTGCTAGTGG
CTATTACGAAGGGACTATCTTTCACAGGAACATCAAAGGCTTCATGATTCAAGGCGGAGA
CCCAACCGGCACAGGGAAAGGAGGAACTAGCATCTGGGGAAAGAAATTCAATGACGAGAT
TCGTGACTCCCTTAAGCACAATGCAAGAGGGATGCTGGCGATGGCAAACAGTGGCCCAAA
CACAAATGGAAGCCAGTTCTTCATTACCTATGCCAAACAACCTCATCTCAATGGACTGTA
CACCATCTTTGGCAAAGTCATTCATGGCTTCGAAGTGCTTGACATTATGGAAAAGACTCA
AACAGGTGCGGGAGATAGGCCGCTTGCTGAGATAAGGCTAAACCGTGTGACAATCCACGC
CAATCCACTTGCTGCTTAATAAGTCAGAATGCCGCAGAGCTGAACCAAAGCCCTATTCGT
TTTCACCTATTAAAAAGTTTGTACTGTGTTTTTTTTTTTATTATCACTCACTGTCATCAT
CGAGTTTAGAAATCCATCATGTCCTGAGAGAGAGAGGTT

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 5

CO CL1888Contig1 1027 5 7 U
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CGATCCGATCGAATCTGTTTTTTTTTTTTTCTGACGAACACGTGTCCGTGTGTTTCGATC
TTGAGTAGAAAGCCTCAACCTTTTTTAATCGATTCCTAAAGTTTCACTCACTCAAAACCC
TAAACCTAGATTTTTGGCTTTCTGTCGATTTTCGATTCATCTGACTGCTACTGCCTCCTC
TGCTGGATTCAGCCAATCCTATCTCTTCAAGGGAATCTGGGAACCTTATTGGTTGTGTTG
TTTTTTCATAAAGACGGAAACTTTAGTTCAATTCAATTTCGAGGGGATAAGAGTCAGTAA
CGATGTCTTGGGCTGGTCCTGAAGATATTTACCTTTCAACTTCACTCGCCAGTTATCTCG
ATAGAAAGATACTTGTGCTACTTAGAGATGGTAGAAAGCTAATGGGAACGCTCCGTTCTT
TTGATCAATTTGCCAATGCGGTTCTAGAAGGTGCTTGCGAAAGGGTCATTGTAGGTGACC
AATACTGCGACATTCCTTTAGGCCTCTATGTAATCCGTGGAGAGAATGTTGTTCTCATTG
GTGAGATGGACACAGAGAGAGAGGAGCTTCCTCCACATATGGTTCGCGTCTCAGAGACCG
AGATTAAGAGGGCGCAGAAAGTGGAGAGGGAGGCAAGTGAGCTGAGAGGAACAATGAGGA
AGAGAATGGAGTTTCTTGACTTTGATTAAAGCCCTAATAATTATTGGCTTTGATGCTCTG
CTTTGGCTCGCAAGTTTTATGAGGAGAGAGCCCTTTGGGTGTGTGGATGGAGGAGATATG
CTGGTTTAGGGGAGATTTATGTAGGTCTCATTTTTCATTCTTGAAGAATTTATTACAAAA
AGTAGTACTAATATGTTCGTACTTCTGTCTTCTGATCTGTTTTACTTATTTTTAAAATGG
CAAGTTGTTTTACAAATCTTGGAATTGGGTTTGAAGAAGCTTTAAAGAAAAAAGCTGGGA
TGTTGGC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK52TF U 1
AF RR3CI45TF U 1
AF RR3CU92TF U 91
AF RR3DK52JQ C 191
AF RR3CI45JQ C 308
BS 1 89 RR3CI45TF
BS 90 90 RR3DK52TF
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BS 466 688 RR3CI45TF
BS 689 976 RR3DK52JQ
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TTGAGTAGAAAGCCTCAACCTTTTTTAATCGATTCCTAAAGTTTCACTCACTCAAAACCC
TAAACCTAGATTTTTGGCTTTCTGTCGATTTTCGATTCATCTGACTGCTACTGCCTCCTC
TGCTGGATTCAGCCAATCCTATCTCTTCAAGGGAATCTGGGAACCTTATTGGTTGTGTTG
TTTTTTCATAAAGACGGAAACTTTAGTTCAATTCAATTTCGAGGGGATAAGAGTCAGTAA
CGATGTCTTGGGCTGGTCCTGAAGATATTTACCTTTCAACTTCACTCGCCAGTTATCTCG
ATAGAAGGATACTTGTGCTACTTAGAGATGGTAGAAAGCTAATGGGAACGCTCCGTTCTT
TTGATCAATTTGCCAATGCGGTTCTAGAAGGTGCTTGCGAAAGGGTCATT

QA 1 530 1 530
DS 

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CGATCCGATCGAATCTGTTTTTTTTTTTT*CTGACGAACACGTGTCCGTGTGTTTCGATC
TTGAGTAGAAAGCCTCAACCTTTTTTAATCGATTCCTAAAGTTTCACTCACTCAAAACCC
TAAACCTAGATTTTTGGCTTTCTGTCGATTTTCGATTCATCTGACTGCTACTGCCTCCTC
TGCTGGATTCAGCCAATCCTATCTCTTCAAGGGAATCTGGGAACCTTATTGGTTGTGTTG
TTTTTTCATAAAGACGGAAACTTTAGTTCAATTCAATTTCGAGGGGATAAGAGTCAGTAA
CGATGTCTTGGGCTGGTCCTGAAGATATTTACCTTTCAACTTCACTCGCCAGTTATCTCG
ATAGAAAGATACTTGTGCTACTTAGAGATGGTAGAAAGCTAATGAGAACGCTCCGTTCTT
TTGATCAATTTGCCAATGCGGTTCTAGAAGGTGCTTGCGAAAGGGTCATTGTAGGTGACC
AATACTGCGACATTCCTTTAGGCCTCTATGTAATCCGTGGAGAGAATGTTGTTCTCATTG
GTGAGATGGACACAGAGAGAGAGGAGCTTCCTCCACATATGGTTCGCGTCTCAGAGACCG
AGATTAAGAGGGCGCAGAAAGTGGAGAG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3CU92TF 600 0 0
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GATTCCTAAAGTTTCACTCACTCAAAACCCTAAACCTAGATTTTTGGCTTTCTGTCGATT
TTCGATTCATCTGACTGCTACTGCCTCCTCTGCTGGATTCAGCCAATCCTATCTCTTCAA
GGGAATCTGGGAACCTTATTGGTTGTGTTGTTTTTTCATAAAGACGGAAACTTTAGTTCA
ATTCAATTTCGAGGGGATAAGAGTCAGTAACGATGTCTTGGGCTGGTCCTGAAGATATTT
ACCTTTCAACTTCACTCGCCAGTTATCTCGATAGAAAGATACTTGTGCTACTTAGAGATG
GTAGAAAGCTAATGGGAACGCTCCGTTCTTTTGATCAATTTGCCAATGCGGTTCTAGAAG
GTGCTTGCGAAAGGGTCATTGCAGGTGACCAATACTGCGACATTCCTTTAGGCCTCTATG
TAATCCGTGGAGAGAATGTTGTTCTCATTGGTGAGATGGACACAGAGAGAGAGGAGCTTC
CTCCACATATGGTTCGCGTCTCAGAGACCGAGATTAAGAGG*CGCAGAAAGTGGAGAG
GG

QA 1 598 1 598
DS 

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A
TTTTGGCTTTCTGTCGATTT*CGATTCATCTGACTGCTACTGCCTCCTCTGCTGGATTCA
GCCAATCCTATCTCTTCAAGGGAATCTGGGAACCTTATTGGTTGTGTTGTTTTTTCATAA
AGACGGAAACTTTAGTTCAATTCAATTTCGAGGGGATAAGAGTCAGTAACGATGTCTTGG
GCTGGTCCTGAAGATATTTACCTTTCAACTTCACTCGCCAGTTATCTCGATAGAAGGATA
CTTGTGCTACTTAGAGATGGTAGAAAGCTAATGGGAACGCTCCGTTCTTTTGATCAATTT
GCCAATGCGGTTCTAGAAGGTGCTTGCGAAAGGGTCATTGTAGGTGACCAATACTGCGAC
ATTCCTTTAGGCCTCTATGTAATCCGTGGAGAGAATGTTGTTCTCATTGGTGAGATGGAC
ACAGAGAGAGAGGAGATTCCTCCACATATGGTTCGCGTCTCAGAGACCGAGATTAAGAGG
GCGCAGAAAGTGGAGAGGGAGGCAAGTGAGCTGAGAGGAACAATGAGGAAGAGAATGGAG
TTTCTTGACTTTGATTAAAGCCCTAATAATTATTGGCTTTGATGCTCTGCTTTGGCTCGC
AAGTTTTATGAGGAGAGAGCCCTTTGGGTGTGTGGATGGAGGAGATATGCTGGTTTAGGG
GAGATTTATGTAGGTCTCATTTTTCATTCTTGAAGAATTTATTACAAAAAGTAGTACTAA
TATGTTCGTACTTCTGTCTTCTGATCTGTTTTACTTATTTTTAAAATGGCAAGTTGTTTT
ACAAA
GG

QA 2 786 2 786
DS 

RD RR3CI45JQ 720 0 0
ATAAAGACGGAAACTTTAGTTCAATTCAATTTCGAGGGGATAAGAGTCAGTAACGATGTC
TTGGGCTGGTCCTGAAGATATTTACCTTTCAACTTCACTCGCCAGTTATCTCGATAGAAA
GATACTTGTGCTACTTAGAGATGGTAGAAAGCTAATGAGAACGCTCCGTTCTTTTGATCA
ATTTGCCAATGCGGTTCTAGAAGGTGCTTGCGAAAGGGTCATTGTAGGTGACCAATACTG
CGACATTCCTTTAGGCCTCTATGTAATCCGTGGAGAGAATGTTGTTCTCATTGGTGAGAT
GGACACAGAGAGAGAGGAGCTTCCTCCACATATGGTTCGCGTCTCAGAGACCGAGATTAA
GAGGGCGCAGAAAGTGGAGAGGGAGGCAAGTGAGCTGAGAGGAACAATGAGGAAGAGAAT
GGAGTTTCTTGACTTTGATTAAAGCCCTAATAATTATTGGCTTTGATGCTCTGCTTTGGC
TCGCAAGTTTTATGAGGAGAGAGCCCTTTGGGTGTGTGGATGGAGGAGATATGCTGGTTT
AGGGGAGATTTATGTAGGTCTCATTTTTCATTCTTGAAGAATTTATTACAAAAAGTAGTA
CTAATATGTTTGTACTTTTGTCTTCTGATCTGTTTTACTTATTTTTAAAATGGCAAGTTG
TTTTACAAATCTTGGAATTGGGTTTGAAGAAGCTTTAAAGAAAAAAGCTGGGATGTTGGC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 4

CO CL1889Contig1 943 4 25 U
GCAAGATGGTTTCTTCCATATGATGATTCTGATCCTGCCTCCATAGAAGCAGCCGAAAGG
ATGAACCAATTCTTCCATGGATTGTACATGGAGCCGCTAACAAAGGGTAGATATCCAGAC
ATCATGAGACAGATTGTGGGTAGTCGGCTTCCCAACTTCACAGAGGAAGAAGCCGCACTC
GTCGCTGGTTCATATGATTTTCTTGGTCTCAACTATTATGTCGCTCAGTACACCCAGCCG
AAACCTAACCCATATCCTTCAGAGACACACACTGCCATGATGGACGCAGGCGTAAAGCTC
ACATATGAGAATTCACGTGGTGAACTTATTGGTCCACTGTTCGTTGTAGACAAAGACAAC
GGCAACAGCTATTACTACCCAAAAGGGATTTATTACGTAATGGACTACTTTAAAACCAAA
TACGGCAACCCATTAATCTATGTCACCGAGAATGGATTTAGCACCCCCAGTTCAGAAAAA
CGTGAGCAAGCTATTGCCGATTACAAGCGAATTGATTATCTATGCAGCCATCTATGTTTT
CTCCGCAAAGTCATCAAGGAGAAGGGTGTCAACGTGAGAGGATACTTCGCATGGGCTCTT
GGTGATAATTATGAATTCTGTAAAGATTTTACGGTCAGATTTGGACTCAGTTACGTTAAT
TGGGATGATCTCGACGACAGAAACCTCAAAGAATCTGGTCAATGGTACCAGAGATTCATT
AACGGGACTGTCAAGAATCCTGCAAAACAAGATTTCCTCCGCTCAAGCCTCTCTTCCCAG
AGTCAGAAGAGGCTTGCTGATGCATGAAACACTTTTACTCCTCAAGATCATCTCCATGTC
TCTCTCTCACTCTTTCTACTTGCTCCATAGATAAGGAGCTTCTTCTACCTATAATAATGT
AATAAAAAAAAAGTCTAAATAAAAAGATGATCAACTCATGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3EH84TF U 1
AF RR3EZ59TF U 83
AF RR3EZ59JQ C 296
AF RR3H852TF U 761
BS 1 100 RR3EH84TF
BS 101 101 RR3EZ59TF
BS 102 346 RR3EH84TF
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BS 348 353 RR3EH84TF
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BS 428 461 RR3EH84TF
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BS 941 943 RR3EZ59JQ

RD RR3EH84TF 718 0 0
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ATGAACCAATTCTTCCATGGATTGTACATGGAGCCGCTAATAAAGGGTAGATATCCAGAC
ATCATGAGACAGATTGTGGGTAGTCGGCTTCCCAACTTCACAGAGGAAGAAGCCGCACTC
GTCGCTGGTTCATATGATTTTCTTGGTCTCAACTATTATGTCGCTCAGTACACCCAGCCG
AAACCTAACCCATATCCTTCAGAGACACACACTGCCATGATGGACGCAGGCGTAAAGCTC
ACATATGAGAATTCACGTGGTGAACTTATTGGTCCACTGTTCGTTGAAGACAAGGACAAC
GGCAACAGCTATTACTACCCAAAAGGGATTTATTACGTAATGGACTACTTTAAAACCAAA
TACGGCGACCCATTAATCTATGTCACCGAGAATGGATTTAGTACCCCCGGTTCAGAAAAA
CGTGAGCAAGCTATTGCCGATTACAAGCGAATTGATTATCTATGCAGCCATCTATGTTTT
CTCCGCAAAGTCATCAGGGAGAAGGGTGTCAACGTGAGAGGATACTTCGCATGGGCTCTT
GGTGATAATTATGAATTCTGTAAAGGTTTTACGGTCAGATTTGGACTCAGTTACTTTAAT
TGGGATGATCTCGACGACAGAAACCTCAAAGAATCTGGTCA*TGGTACCAGAGATTCA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3EZ59TF 663 0 0
G
GTACATGGAGCCGCTAACAAAGGGTAGATATCCAGACATCATGAGACAGATTGTGGGTAG
TCGGCTTCCCAACTTCACAGAGGAAGAAGCCGCACTCGTCGCTGGTTCATATGATTTTCT
TGGTCTCAACTATTATGTCGCTCAGTACACCCAGCCGAAACCTAACCCATATCCTTCAGA
GACACACACTGCCATGATGGACGCTGGCGTAAAGCTCACATATGAGAATTCACGTGGTGA
ACTTATTGGTCCACTGTTCGTTGTAGACAAAGACAACGGCAACAGCTATTACTACCCAAA
AGGGATTTATTACGTAATGGACTACTTTAAAACCAAATACGGCAACCCATTAATCTATGT
CACCGAGAATGGATTTAGCACCCCCAGTTCAGAAAAACGTGAGCAAGCTATTGCCGATTA
CAAGCGAATTGATTATCTATGCAGCCATCTATGTTTTCTCCGCAAAGTCATCAAGGAGAA
GGGTGTCAACGTGAGAGGATACTTCGCATGGGCTCTTGGTGATAATTATGAATTCTGTAA
AGATTTTACG*TCAGATTTGGACTCAGTTACGTTAATTGGGATGATCTCGACGACAGAAA
CCTCAAAGAATCTGGTCAATGGTACCAGAGATTCATTAACGGGACTGTCAAGAATCCTGC
AA

QA 2 663 2 663
DS 

RD RR3EZ59JQ 648 0 0
AGCTCACATATGAGAATTCACGTGGTGAACTTATTGGTCCACTGTTCGTTGTAGACAAAG
ACAACGGCAACAGCTATTACTACCCAAAAGGGATTTATTACGTAATGGACTACTTTAAAA
CCAAATACGGCAACCCATTAATCTATGTCACCGAGAATGGATTTAGCACCCCCAGTTCAG
AAAAACGTGAGCAAGCTATTGCCGATTACAAGCGAATTGATTATCTATGCAGCCATCTAT
GTTTTCTCCGCAAAGTCATCAAGGAGAAGGGTGTCAACGTGAGAGGATACTTCGCATGGG
CTCTTGGTGATAATTATGAATTCTGTAAAGATTTTACGGTCAGATTTGGACTCAGTTACG
TTAATTGGGATGATCTCGACGACAGAAACCTCAAAGAATCTGGTCAATGGTACCAGAGAT
TCATTAACGGGACTGTCAAGAATCCTGCAAAACAAGATTTCCTCCGCTCAAGCCTCTCTT
CCCAGAGTCAGAAGAGGCTTGCTGATGCATGAAACACTTTTACTCCTCAAGATCATCTCC
ATGTCTCTCTCTCACTCTTTCTACTTGCTCCATAGATAAGGAGCTTCTTCTACCTATAAT
AATGTAATAAAAAA**AGTCTAAATAAAAAGATGATCAACTCATGAAG

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3H852TF 180 0 0
GCTCAAGCCTCTCTTCCCAGAGTCAGAAGAGGCTTGCTGATGCATGAAACACTTTTACTC
CTCAAGATCATCTCCATGTCTCTCTCTCACTCTTTCTACTTGCTCCATAGATAAGGAGCT
TCTTCTACCTATAATAATGTAATAAAAAAAAAGTCTAAATAAAAAGATGATCAACTCATG

QA 1 180 1 180
DS 



AS 2 4

CO CL1890Contig1 986 2 6 U
GGATAGCTCCGACATTCACTCCACAATGGCGATGACGATGGCGTCTCTCTCCTTCCCATC
TTCCCTCCACAAAACAAACTTATCCTCCTCACTCTCTCTCCCATCGAAAGCCACTTCCTT
CCTCACCAAACCCTCTCCCAAACGACGCCCCCTCACAATCTCCATGTCCATGGAAGCCGG
AATCGGCGTGATGGCCTCGAAGCTCGGCATGATGTCTTTCTTCGAGCCAGACGGAACAGT
CGTCCCCGTGACCGTCGTCGGGTTCCGCGAAGGCAACATCGTGACCCAAGTCAAGACCTT
AGCCACCGACGGATACGACGCCGTCTAGGTCGGGTACCGTCACGTCCGCGACAAGAAGCT
CACCAAGCCCGAGACGGGTCACCTCGAGAAGGCCGGCGTCATCCCGCTCCGGCATCTCCA
GGAGTTCAGGCTGACGAGCGTCGAAGGGTTCGAGCCGAACCAGAGGCTTGTCTTCGACGA
GATTTTCAAGGAAGGGGGTCTTGTCGACGTGGCCGGGACGACGATTGGGAAAGGGTTTCA
GGGTGGGATTAAGAGGCATAACTTTAAGAGAGGGCAGATGACTCATGGTTCCAAGAGTCA
TCGTGCTTTGGGTTCGATTGGTGCGGGTACGACTCCAGGGAGGGTTTATAAAGGGAAGAA
GATGCCTGGGAGGATGGGTGGGACGAGGACGAAGATTAGGAAGCTTAGGATTGTTAAGGT
TGATAAGGAGTTGAATGTTGTTATGATCCAAGGTGCTTTGCCTGGTAAGCCTGGGAATCT
CCTCCGTATTACTCCCGCTAAGATCGTCGGAGTTAATATCCCCAAGAACTAGTTGATAAG
AGTCTCTATTGTGTTATGTTGTTGTGTTGCTTTTGCTTTTTAATTCGTTTCATTTTGTGG
ACTTTTTGAGTTTAAATCCTTTCTTGTGTTATGTTGTAAGCACTTCTTTTGACTTGGCTC
AGCTTGTGGATGGTGAGTTTACAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BL68TF U 1
AF RR3AL59TF U 522
BS 1 561 RR3BL68TF
BS 562 562 RR3AL59TF
BS 563 591 RR3BL68TF
BS 592 592 RR3AL59TF
BS 593 696 RR3BL68TF
BS 697 986 RR3AL59TF

RD RR3BL68TF 696 0 0
GGATAGCTCCGACATTCACTCCACAATGGCGATGACGATGGCGTCTCTCTCCTTCCCATC
TTCCCTCCACAAAACAAACTTATCCTCCTCACTCTCTCTCCCATCGAAAGCCACTTCCTT
CCTCACCAAACCCTCTCCCAAACGACGCCCCCTCACAATCTCCATGTCCATGGAAGCCGG
AATCGGCGTGATGGCCTCGAAGCTCGGCATGATGTCTTTCTTCGAGCCAGACGGAACAGT
CGTCCCCGTGACCGTCGTCGGGTTCCGCGAAGGCAACATCGTGACCCAAGTCAAGACCTT
AGCCACCGACGGATACGACGCCGTCTAGGTCGGGTACCGTCACGTCCGCGACAAGAAGCT
CACCAAGCCCGAGACGGGTCACCTCGAGAAGGCCGGCGTCATCCCGCTCCGGCATCTCCA
GGAGTTCAGGCTGACGAGCGTCGAAGGGTTCGAGCCGAACCAGAGGCTTGTCTTCGACGA
GATTTTCAAGGAAGGGGGTCTTGTCGACGTGGCCGGGACGACGATTGGGAAAGGGTTTCA
GGGTGGGATTAAGAGGCATAATTTTAAGAGAGGGCAGATGACTCATGGTTCTAAGAGTCA
TCGTGCTTTGGGTTCGATTGGTGCGGGTACGACTCCAGGGAGGGTTTATAAAGGGAAGAA
GATGCCTGGGAGGATGGGTGGGACGAGGACGAAGAT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3AL59TF 465 0 0
GGGGCAGGCGACCACGGT
AGGGTGGGATTAAGAGGCATAACTTTAAGAGAGGGCAGATGACTCATGGTTCCAAGAGTC
ATCGTGCTTTGGGTTCGATTGGTGCGGGTACGACTCCTGGGAGGGTTTATAAAGGGGAGA
AGATGCCTGGGAGGATGGGTGGGACGAGGACGAAGATTAGGAAGCTTAGGATTGTTAAGG
TTGATAAGGAGTTGAATGTTGTTATGATCCAAGGTGCTTTGCCTGGTAAGCCTGGGAATC
TCCTCCGTATTACTCCCGCTAAGATCGTCGGAGTTAATATCCCCAAGAACTAGTTGATAA
GAGTCTCTATTGTGTTATGTTGTTGTGTTGCTTTTGCTTTTTAATTCGTTTCATTTTGTG
GACTTTTTGAGTTTAAATCCTTTCTTGTGTTATGTTGTAAGCACTTCTTTTGACTTGGCT
CAGCTTGTGGATGGTGAGTTTACAACC

QA 19 465 19 465
DS 



CO CL1890Contig2 1085 2 2 U
GGATAGCTCCGACATTCATTCACAATGGCGATGACAATGGCGTCTCTTTCCTTCCCATCT
TCACTCCACAAAACAAACTTATCCTCCTCATTCTCCCTCCCATCGAAAGCCTCTTCCTTT
CTCACCAAACCCTCTCCCAAACGACGAACCCTCACAATCTCCATGTCCATGGAAGCCGGA
ATCGGCGTGATGGCCTCGAAGCTCGGCATGATGTCTTTCTTCGAGCCAGACGGAACCGTG
GTCCCCGTGACCGTCGTCGGGTTCCGCGAAGGCAACATCGTGACCCAAGTCAAGACCTTA
GCCACCGACGGATACGACGCCGTCCAGGTCGGGTACCGCCGCGTCCGCGACAAGAAGCTC
ACCAAGCCCGAGACGGGTCACCTCGAGAAGGCCGGCGTCATCCCCTTGCGGCATCTCCAG
GAGTTTAGGCTGACGAGCGTCGAAGGGTTCGAGCCGAACCAGAGGCTTGTGTTCGACGAG
ATTTTCAAGGAAGGGGATCTTGTCGACGTGGCGGGGACGACGATAGGGAAAGGGTTTCAG
GGTGGGATTAAGAGGCATAATTTTAAGAGAGGGCAGATGACTCATGGTTCTAAGAGTCAT
CGTGCTTTGGGGTCGATTGGTGCGGGTACGACTCCTGGGAGGGTTTATAAAGGGAAGAAG
ATGCCTGGGAGGATGGGAGGGACGAGGACGAAGATTAGGAAGCTTAAGATTGTTAAGGTT
GATAAGGAGTTGAATGTTGTTATGATCCAAGGTGCTTTGCCTGGTAAGCCTGGGAATCTC
CTCCGTATTACTCCGGCCAAGATCGTCGGAGTTAATATCCCCAAGAACTAGTGGACTCAG
CTTATTGTGTTATGTTGCTTTTTAATTCGTTTCATTTTGTGGACTTTTGAGTTTAAATCC
TTTCTTGTGTTATGTTGTAAGCACTTCTTTTGACTTGGCTCAGTTTGTGGATGGTGAGTT
TACAACCATTTTGTGTTATCTTGACAACAGACAAGACTCAACTCTTTTGTGTATGTTGTA
TGCATCTCCCTTGAGTTCAAAACTATGTTAGTTTGAAGAAATTAAAAGGTTTACATTTTA
CATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3FW20TF U 1
AF RR3FW20JQ C 352
BS 1 694 RR3FW20TF
BS 695 1085 RR3FW20JQ

RD RR3FW20TF 694 0 0
GGATAGCTCCGACATTCATTCACAATGGCGATGACAATGGCGTCTCTTTCCTTCCCATCT
TCACTCCACAAAACAAACTTATCCTCCTCATTCTCCCTCCCATCGAAAGCCTCTTCCTTT
CTCACCAAACCCTCTCCCAAACGACGAACCCTCACAATCTCCATGTCCATGGAAGCCGGA
ATCGGCGTGATGGCCTCGAAGCTCGGCATGATGTCTTTCTTCGAGCCAGACGGAACCGTG
GTCCCCGTGACCGTCGTCGGGTTCCGCGAAGGCAACATCGTGACCCAAGTCAAGACCTTA
GCCACCGACGGATACGACGCCGTCCAGGTCGGGTACCGCCGCGTCCGCGACAAGAAGCTC
ACCAAGCCCGAGACGGGTCACCTCGAGAAGGCCGGCGTCATCCCCTTGCGGCATCTCCAG
GAGTTTAGGCTGACGAGCGTCGAAGGGTTCGAGCCGAACCAGAGGCTTGTGTTCGACGAG
ATTTTCAAGGAAGGGGATCTTGTCGACGTGGCGGGGACGACGATAGGGAAAGGGTTTCAG
GGTGGGATTAAGAGGCATAATTTTAAGAGAGGGCAGATGACTCATGGTTCTAAGAGTCAT
CGTGCTTTGGGGTCGATTGGTGCGGGTACGACTCCTGGGAGGGTTTATAAAGGGAAGAAG
ATGCCTGGGAGGATGGGAGGGACGAGGACGAAGA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3FW20JQ 734 0 0
AAGAAGCTCACCAAGCCCGAGACGGGTCACCTCGAGAAGGCCGGCGTCATCCCCTTGCGG
CATCTCCAGGAGTTTAGGCTGACGAGCGTCGAAGGGTTCGAGCCGAACCAGAGGCTTGTG
TTCGACGAGATTTTCAAGGAAGGGGATCTTGTCGACGTGGCGGGGACGACGATAGGGAAA
GGGTTTCAGGGTGGGATTAAGAGGCATAATTTTAAGAGAGGGCAGATGACTCATGGTTTT
AAGAGTCATCGTGCTTTGGGGTCGATTGGTGCGGGTACGACTCCTGGGAGGGTTTATAAA
GGGAAGAAGATGCCTGGGAGGATGGGAGGGACGAGGACGAAGATTAGGAAGCTTAAGATT
GTTAAGGTTGATAAGGAGTTGAATGTTGTTATGATCCAAGGTGCTTTGCCTGGTAAGCCT
GGGAATCTCCTCCGTATTACTCCGGCCAAGATCGTCGGAGTTAATATCCCCAAGAACTAG
TGGACTCAGCTTATTGTGTTATGTTGCTTTTTAATTCGTTTCATTTTGTGGACTTTTGAG
TTTAAATCCTTTCTTGTGTTATGTTGTAAGCACTTCTTTTGACTTGGCTCAGTTTGTGGA
TGGTGAGTTTACAACCATTTTGTGTTATCTTGACAACAGACAAGACTCAACTCTTTTGTG
TATGTTGTATGCATCTCCCTTGAGTTCAAAACTATGTTAGTTTGAAGAAATTAAAAGGTT
TACATTTTACATAT

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 3

CO CL1891Contig1 823 3 8 U
GGATCAACATCCTCCCTTCAAAAACTCATTCCAAAAACTTCTTCCTTTTTTAACATTTTT
TACATTTCGCGATGAATGCATTAGCCGCAACAAACCGAAACTTCCGTCACGCGTCGCGAA
TCCTCGGCCTGGACTCGAAGATCGAGAAGAGCCTCATGATCCCATTCAGAGAAATCAAGG
TCGAGTGCACGATCCCCAAAGACGACGGGACTCTCGTCTCCTACATCGGATTCAGGGTTC
AACACGACAATTCTCGCGGACCCATGAAAGGTGGAATCAGATATCACCCCGAGGTTGATC
CTGATGAAGTGAACGCGTTAGCTCAGCTGATGACGTGGAAGACAGCTGTCGCGGACATTC
CGTACGGTGGGGCTAAAGGTGGGATCGGGTGCAGCCCTCGCGACTTGAGCTTAAGCGAGC
TCGAGCGTCTGACACGTGTCTTCACGCAGAAGATCCACGATCTCATCGGTATTCACACCG
ATGTCCCTGCTCCTGACATGGGGACCAATGCTCAGACCATGGCTTGGATTCTTGATGAGT
ACTCCAAGTTTCATGGTTATTCCCCTGCTGTTGTCACCGGAAAGTCCATTGATCTTGGTG
GTTCACTTGGTAGAGAAGCTGCCACAGGACGTGGTGTTGTCTATGCTATGGAAGCTCTTC
TTGCTGAGTATGACAAATCCATTCAGGGATTGACCTTTGTTGTTCAGGGTTTTGGGAATG
TTGGAACATGGGCAGCAAAGCTGATCCATGAGAAAGGAGGTAAAGTGGTTGCTGTAAGTG
ACATTACAGGTGCAGTCAGAAACCCTGAAGGTATTGACATCAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E928TF U 1
AF RR3AS58TF U 1
AF RR3GJ57JQ C 682
BS 1 326 RR3AS58TF
BS 327 327 RR3E928TF
BS 328 364 RR3AS58TF
BS 365 365 RR3E928TF
BS 366 412 RR3AS58TF
BS 413 413 RR3E928TF
BS 414 785 RR3AS58TF
BS 786 823 RR3GJ57JQ

RD RR3E928TF 554 0 0
GGATCAACATCCTCCCTTCAAAAACTCATTCCAAAAACTTCTTCCTTTTTTAACATTTTT
TACATTTCGCGATGAATGCATTAGCCGCAACAAACCGAAACTTCCGTCACGCGTCGCGAA
TCCTCGGCCTGGACTCGAAGATCGAGAAGAGCCTCATGATCCCATTTAGAGAAATCAAGG
TCGAGTGCACGATCCCCAAAGACGACGGGACTCTCGTCTCCTACATCGGATTCAGGGTTC
AACACGACAATTCTCGCGGACCCATGAAAGGTGGAATCAGATATCACCCCGAGGTTGATC
CTGATGAAGTGAACGCGTTAGCTCAGCTGATGACGTGGAAGACAGCTGTCGCGGACATTC
CGTACGGTGGGGCTAAAGGTGGGATCGGGTGCAGCCCTCGCGACTTGAGTTTAAGCTAGC
TCGAGCGTCTGACACGTGTCTTCACTCAGAAGATTCACGATCTCATTGGTATTCACACCG
ATGTCCCTGCTCCTGACATGGGGACCA*TGCTCAGACCATGGCTTGGATTCTTGATGAGT
ACTCCAAGTT
CATG

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR3AS58TF 785 0 0
GGATCAACATCCTCCCTTCAAAAACTCATTCCAAAAACTTCTTCCTTTTTTAACATTTTT
TACATTTCGCGATGAATGCATTAGCCGCAACAAACCGAAACTTCCGTCACGCGTCGCGAA
TCCTCGGCCTGGACTCGAAGATCGAGAAGAGCCTCATGATCCCATTCAGAGAAATCAAGG
TCGAGTGCACGATCCCCAAAGACGACGGGACTCTCGTCTCCTACATCGGATTCAGGGTTC
AACACGACAATTCTCGCGGACCCATGAAAGGTGGAATCAGATATCACCCCGAGGTTGATC
CTGATGAAGTGAACGCGTTAGCTCAGTTGATGACGTGGAAGACAGCTGTCGCGGACATTC
CGTATGGTGGGGCTAAAGGTGGGATCGGGTGCAGCCCTCGCGACTTGAGCTTGAGCGAGC
TCGAGCGTCTGACACGTGTCTTCACGCAGAAGATCCACGATCTCATCGGTATTCACACCG
ATGTCCCTGCTCCTGACATGGGGACCAATGCTCAGACCATGGCTTGGATTCTTGATGAGT
ACTCCAAGTTTCATGGTTATTCCCCTGCTGTTGTCACCGGAAAGTCCATTGATCTTGGTG
GTTCACTTGGTAGAGAAGCTGCCACAGGACGTGGTGTTGTCTATGCTATGGAAGCTCTTC
TTGCTGAGTATGACAAATCCATTCAGGGATTGACCTTTGTTGTTCAGGGTTTTGGGAATG
TTGGAACATGGGCAGCAAAGCTGATCCATGAGAAAGGAGGTAAAGTGGTTGCTGTAAGTG
ACATT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3GJ57JQ 142 0 0
TTC
AGGGATTGACCTTTGTTGTTCAGGGTTTTGGGAATGTTGGAACATGGGCAGCAAAGCTGA
TCCATGAGAAAGGAGGTAAAGTGGTTGCTGTAAGTGACATTACAGGTGCAGTCAGAAACC
CTGAAGGTATTGACATCAA

QA 4 142 4 142
DS 



AS 1 5

CO CL1892Contig1 1054 5 10 U
GGCACCAGAATCTTCTCTGACTCATTACATTCCATTTATCACTTCAATTCCCTAGAGAAA
AAAAATGTCGGCAGCAGAGGCAGAGAACATCCCCACCATCGTCTCCTCAGGAGATGCTAA
AGCGAAGAAGACGAAGGAAGCTAAACCTAAGAAGAAGCCTGCAGTTGCAGAGAAGAAGGC
TCCGAAGAAGAAAGCTTCTTCCTCTCCTCCATCTCACCCTAAATACGAAGAGATGATTAA
AGATGCAATCACGACGTTGAAAGAGAGGACCGGATCTAGCCAATATGCGATTCAGAAGTT
CATCGAGGAGAAGGAGAAGTCTCTTCCTCCTACCTTCAGGAAGCTTCTCCTCGTCAATCT
CAAGAGGCTCGTCGCTGCTGAGAAGTTGGTTAAGGTCAAAGGATCTTTCAAACTTCCCTC
TGCCAAATCCGTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTAAACCGGCGGCGGTTAAGAAGAAACC
AGCGTCTGTATCTAAACCTAAGGCTCCGGTTAAAGCTAAACCGGTAGCTAAAGAAACTAA
GAAGCCTGCTGCAAAGCCAAAGGCTAAAGTTGTTGCTGCTAAGCCTAAAGCGAAGACAAA
GAGCGTTGCTGTTGTGTCCAAGACCAAAGCTGTTGCGGCTAAGCCTAAGGCTAAGGAGAG
ACCTGCGAAAGCGGCGAGGACTTCGAGTAGAACGTCGCCGGGGAAGAAGGCTGCTCCTGT
TAAGAAAGCTGTGGCTGCTGCGACGAAGAAGAAGGCTCCGGTTAAGAGTGTGAAGTCTCC
GGCGAAAAGGGCTTCTACGAGGAAGGTGAAGAAGTGAAGATGATTTGGGTTTTATAGGGT
ATGGTGATGGTTTAGCTTCTTTAGGGTAGTCTTGTATAATTGAATCATCCTTGAAGGGGC
TTTGCTTTTCCATAGTTTTTTTTT*ACTTTCTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCTTGGTTC
TTGTAATTTTTTTTTTGTTTTGTCTGAAATGAAAGCCCTTTCTAATCAATAGCTAAATGT
GATGGTGTCTTCATTCCAAGGTTTTGTTAGGTTT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DF13TF U 2
AF RR3EG84TF U 1
AF RR3DF13JQ C 305
AF RR3D454JQ C 497
AF RR3D454TF U 497
BS 1 347 RR3EG84TF
BS 348 348 RR3DF13TF
BS 349 466 RR3EG84TF
BS 467 467 RR3DF13TF
BS 468 649 RR3EG84TF
BS 650 650 RR3D454TF
BS 651 655 RR3EG84TF
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BS 657 696 RR3EG84TF
BS 697 1054 RR3D454TF

RD RR3DF13TF 615 0 0
GG
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AATGTCGGCAGCAGAGGCAGAGAACATCCCCACCATCGTCTCCTCAGGAGATGCTAAAGC
GAAGAAGACGAAGGAAGCTAAACCTAAGAAGAAGCCTGCAGTTGCAGAGAAGAAGGCTCC
GAAGAAGAAAGCTTCTTCCTCTCCTCCATCTCACCCTAAATACGAAGAGATGATTAAAGA
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CGTTGCTGTTGTG

QA 3 615 3 615
DS 

RD RR3EG84TF 696 0 0
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AAAAATGTCGGCAGCAGAGGCAGAGAACATCCCCACCATCGTCTCCTCAGGAGATGCTAA
AGCGAAGAAGACGAAGGAAGCTAAACCTAAGAAGAAGCCTGCAGTTGCAGAGAAGAAGGC
TCCGAAGAAGAAAGCTTCTTCCTCTCCTCCATCTCACCCTAAATACGAAGAGATGATTAA
AGATGCAATCACGACGTTGAAAGAGAGGACCGGATCTAGCCAATATGCGATTCAGAAGTT
CATCGAGGAGAAGGAGAAGTCTCTTCCTCCTACCTTCAGGAAGCTTCCCCTCGTCAATCT
CAAGAGGCTCGTCGCTGCTGAGAAGTTGGTTAAGGTCAAAGGATCTTTCAAACTTCCCTC
TGCCAAATCCGTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTAAACCGGCGGCG*TTAAGAAGAAACC
AGCGTCTGTATCTAAACCTAAGGCTCCGGTTAAAGCTAAACCGGTAGCTAAAGAAACTAA
GAAGCCTGCTGCAAAGCCAAAGGCTAAAGTTGTTGCTGCTAAGCCTAAAGCGAAGACAAA
GAGCGTTGCTGTTGTGTCCAAGACCAAAGCTGTTGCGGCTAAGCCTAAG*CTAAG*AGAG
ACCTGCGAAAGCGGCGAGGACTTCGAGTAGAACGTC

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DS 

RD RR3DF13JQ 682 0 0
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AGGCTCGTCGCTGCTGAGAAGTTGGTTAAGGTCAAAGGATCTTTCAAACTTCCCTCTGCC
AAATCCGTTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCTAAACCGGCGGCGGTTAAGAAGAAACCAGCG
TCTGTATCTAAACCTAAGGCTCCGGTTAAAGCTAAACCGGTAGCTAAAGAAACTAAGAAG
CCTGCTGCAAAGCCAAAGGCTAAAGTTGTTGCTGCTAAGCCTAAAGCGAAGACAAAGAGC
GTTGCTGTTGTGTCCAAGACCAAAGCTGTTGCGGCTAAGCCTAAGGCTAAGGAGAGACCT
GCGAAAGCGGCGAGGACTTCGAGTAGAACGTCGCCGGGGAAGAAGGCTGCTCCTGTTAAG
AAAGCTGTGGCTGCTGCGACGAAGAAGAAGGCTCCGGTTAAGAGTGTGAAGTCTCCGGCG
AAAAGGGCTTCTACGAGGAAGGTGAAGAAGTGAAGATGATTTGGGTTTTATAGGGTATGG
TGATGGTTTAGCTTCTTTAGGGTAGTCTTGTATAATTGAATCATCCTTGAAGGGGCTTTG
CTTTTCCATAGTTTTTTTTTTACTTTCTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCTTGGTTCTTGT
AATTTTTTTTT*GTTTTGTCTG

QA 1 682 1 682
DS 

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G
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CCAAGACCAAAGCTGTTGCGGCTAAGCCTAAGGCTAAGGAGAGACCTGCGAAAGCGGCGA
GGACTTCGAGTAGAACGTCGCCGGGGAAGAAGGCTGCTCCTGTTAAGAAAGCTGTGGCTG
CTGCGACGAAGAAGAAGGCTCCGGTTAAGAGTGTGAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCTA
CGAGGAAGGTGAAGAAGTGAAGATGATTTGGGTTTTATAGGGTATGGTGATGGTTTAGCT
TCTTTAGGGTAGTCTTGTATAATTGAATCATCCTTGAAGGGGCTTTGCTTTTCCATAGTT
TTTTTTT*ACTTTCTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCTTGGTTCTTGTAATTTTTTTTTTG
TTTTGTCTGAAATGAAAGCCCTTTCTAATCAATAGCTAAATGTGATGGTGTCTTCATTCC
AAGGTTTTGTTAGGTTT

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DS 

RD RR3D454TF 558 0 0
G
CTAAGGCTCCGGTTAAAGCTAAACCGGTAGCTAAAGAAACTAAGAAGCCTGCTGCAAAGC
CAAAGGCTAAAGTTGTTGCTGCTAAGCCTAAAGCGAAGACAAAGAGCGTTGCTGTTGTGT
CCAAGACCAAAGCTGTTGCGGCTAAGCCTAAGGCTAAGGAGAGACCTGCGAAAGCGGCGA
GGACTTCGAGTAGAACGTCGCCGGGGAAGAAGGCTGCTCCTGTTAAGAAAGCTGTGGCTG
CTGCGACGAAGAAGAAGGCTCCGGTTAAGAGTGTGAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCTA
CGAGGAAGGTGAAGAAGTGAAGATGATTTGGGTTTTATAGGGTATGGTGATGGTTTAGCT
TCTTTAGGGTAGTCTTGTATAATTGAATCATCCTTGAAGGGGCTTTGCTTTTCCATAGTT
TTTTTTT*ACTTTCTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCTTGGTTCTTGTAATTTTTTTTTTG
TTTTGTCTGAAATGAAAGCCCTTTCTAATCAATAGCTAAATGTGATGGTGTCTTCATTCC
AAGGTTTTGTTAGGTTT

QA 2 558 2 558
DS 



AS 2 5

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CTCGTCAAGCTATACCGGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATT
CTTAAGAGGCTTTTCATGAGCAAGGTCAACAAAGCTCCTCTTTCGCTCTCTAAGCTCGTG
GAGTTTATGAAGGGCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACTATTACCGATGAT
TTGAGAGTGCATGAGATCCCCGCCATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACAGAGAGGGCT
AGGGCTAGGATTGAGAAAGCTGGTGGAGAGTGCTTGACCTTTGATCAGCTTGCTCTCGTT
GCTCCTTTGGGACAGAACACGGTTCTTCTTAGGGGACCAAAGAACTCGCGTGAAGCAGTG
AAGCACTTTGGTCCAGCTCCTGGTGTGCCGCACAGTCACTCCAAGCCTTATGTTAGGTCT
AAGGGAAGGAAGTTTGAGAAAGCCAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGCTTCAAGGTCTAA
GATTGGTTTCGTTATGGTTGGTTTCGTTATCGAGATTTTGTTGCACAACTCTTGTTCCTC
TTCGCCTTTTGCAGACATTGTTTTGAGCTCTCTATCTTTATGTTCTACTCGACAATTAAA
TGTTTTCTAATATCCCTTTTAAGAGTTTAGTTATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL67TF U 1
AF RR3E468TF U 2
AF RR3CL67JQ C 39
BS 1 580 RR3CL67TF
BS 581 585 RR3E468TF
BS 586 586 RR3CL67JQ
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RD RR3CL67TF 580 0 0
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AGGGCTAGGATTGAGAAAGCTGGTGGAGAGTGCTTGACCTTTGATCAGCTTGCTCTCGTT
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QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3E468TF 716 0 0
GGGGT
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AGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCTAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTC
AAGCTATACCGGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATTCTTAAG
AGGCTTTTCATGAGCAAGGTCAACAAAGCTCCTCTTTCGCTCTCTAAGCTCGTGGAGTTT
ATGAAGGGCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACTATTACCGATGATTTGAGA
GTGCATGAGATCCCCGCCATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACAGAGAGGGCTAGGGCT
AGGATTGATAAAGCTGGTGGAGGGTGCTTGACCTTTGATCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCT
TTGGGACAGAACACGGTTCTTCTTAGGGGACCAAAGAACTCGCGTGAAGCAGTGAAGCAC
TTTGGTCCAGCTCCTGGTGTGCCACACAGTCACTCCAAGCCTTATGTTAGGTCTAAGGGA
AGGAAGTTTGAGAAAGCCAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTTGCTTCAAG*TCTAAGATTGG
TTTCGTTATGGTTGGTTTCGTTATCGAGATTTTGTTGCACAACTCTTGT*CCTCTTCGCC
TTTTGCAG*CAT*GTTTTGAGCTCTCTATCTTTATGT*CTACTCGACA
TTA

QA 6 713 6 713
DS 

RD RR3CL67JQ 719 0 0
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AAGCAAGTTCGATGCTGTGATTCTTAAGAGGCTTTTCATGAGCAAGGTCAACAAAGCTCC
TCTTTCGCTCTCTAAGCTCGTGGAGTTTATGAAGGGCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTT
GGTTGGGACTATTACCGATGATTTGAGAGTGCATGAGATCCCCGCCATGAAGGTTACTGC
CTTGAGGTTTACAGAGAGGGCTAGGGCTAGGATTGAGAAAGCTGGTGGAGAGTGCTTGAC
CTTTGATCAGCTTGCTCTCGTTGCTCCTTTGGGACAGAACACGGTTCTTCTTAGGGGACC
AAAGAACTCGCGTGAAGCAGTGAAGCACTTTGGTCCAGCTCCTGGTGTGCCGCACAGTCA
CTCCAAGCCTTATGTTAGGTCTAAGGGAAGGAAGTTTGAGAAAGCCAGAGGAAAGCGAAA
GAGTCGTGGCTTCAAGGTCTAAGATTGGTTTCGTTATGGTTGGTTTCGTTATCGAGATTT
TGTTGCACAACTCTTGTTCCTCTTCGCCTTTTGCAGACATTGTTTTGAGCTCTCTATCTT
TATGTTCTACTCGACAATTAAATGTTTTCTAATATCCCTTTTAAGAGTTTAGTTATACC

QA 1 719 1 719
DS 



CO CL1893Contig2 734 2 3 U
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AGAGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCTAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCG
TCAAGCTGTACCGGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATTCTTA
AGAGGCTTTTCATGAGCAAGGTCAACAAAGCTCCTCTTTCGCTCTCTAAGCTCGTGGAGT
TTATGAAGGGCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACTATTACCGATGATTTGA
GAGTGCACGAGATCCCTGCCATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACAGAGAGGGCTAGGG
CTAGGATTGAGAAAGCTGGGGGAGAGTGCTTGACCTTTGATCAGCTTGCTCTCGTCGCTC
CTTTGGGACAGAACACGGTTCTCCTTAGGGGACCAAAGAACTCGCGTGAAGCAGTGAAGC
ACTTTGGTCCAGCTCCTGGTGTGCCACACAGCCACTCCAAGCCTTATGTAAGGTCTAAGG
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CCTTTTAAGAGTTT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F342TF U 1
AF RR3F342JQ C 1
BS 1 2 RR3F342JQ
BS 3 581 RR3F342TF
BS 582 734 RR3F342JQ

RD RR3F342TF 592 0 0
GG
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AGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCTAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCGTC
AAGCTGTACCGGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATTCTTAAG
AGGCTTTTCATGAGCAAGGTCAACAAAGCTCCTCTTTCGCTCTCTAAGCTCGTGGAGTTT
ATGAAGGGCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACTATTACCGATGATTTGAGA
GTGCACGAGATCCCTGCCATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACAGAGAGGGCTAGGGCT
AGGATTGAGAAAGCTGGGGGAGAGTGCTTGACCTTTGATCAGCTTGCTCTCGTCGCTCCT
TTGGGACAGAACACGGTTCTCCTTAGGGGACCAAAGAACTCGCGTGAAGCAGTGAAGCAC
TTTGGTCCAGCTCCTGGTGTGCCACACAGCCACTCCAAGCCTTATGTAAGGTCTAAGGGA
AGGAAGTTTGAGAAAGCCAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGT
GGTTTCAAGGT

QA 3 581 3 581
DS 

RD RR3F342JQ 734 0 0
GGAGAAGAAGACACTCGACAGCTCCTCAAGCCATGGGTATCGATCTTATCGCTGGAGGTA
AGAGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCTAAGTCCGATGATGTCTACCTCAAGCTTCTCG
TCAAGCTGTACCGGTTTTTGGTAAGGAGAACCGGAAGCAAGTTCGATGCTGTGATTCTTA
AGAGGCTTTTCATGAGCAAGGTCAACAAAGCTCCTCTTTCGCTCTCTAAGCTCGTGGAGT
TTATGAAGGGCAAGGATGGTAAGATTGCTGTGTTGGTTGGGACTATTACCGATGATTTGA
GAGTGCACGAGATCCCTGCCATGAAGGTTACTGCCTTGAGGTTTACAGAGAGGGCTAGGG
CTAGGATTGAGAAAGCTGGGGGAGAGTGCTTGACCTTTGATCAGCTTGCTCTCGTCGCTC
CTTTGGGACAGAACACGGTTCTCCTTAGGGGACCAAAGAACTCGCGTGAAGCAGTGAAGC
ACTTTGGTCCAGCTCCTGGTGTGCCACACAGCCACTCCAAGCCTTATGTAAGGTCTAAGG
GAAGGAAGTTTGAGAAAGCCAGAGGAAAGCGAAAGAGTCGTGGTTTCAAGGTTTAAGGCG
CCTCTTTGCTGTTTCGAGATTTTGTTGCAGAACTCTTGTTCATCTTCGCCTTTTGCAGAC
ATTGTTTTAAGCTCTCTATCTTTCTGTTGTACTCGACAATTAAATGTTTTTCTTAATATC
CCTTTTAAGAGTTT

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 4

CO CL1894Contig1 805 4 9 U
GGCTCTTTTACTCGTTGGAAGACCCCATTTGCTTGGTTCTTTGGACGACCCATCCCATCG
GCGACGCGACTGTGAAAGGCTTTTGAAGTGAAAGATGGGGCTGTCCTTTGGGAAGTTGTT
CAGTAGACTGTTTGCGAAGAAAGAGATGCGAATCCTCATGGTTGGTCTCGATGCTGCTGG
TAAGACTACCATCTTGTACAAGCTCAAGCTTGGCGAGATCGTCACCACCATTCCTACCAT
TGGTTTCAATGTGGAGACTGTGGAGTACAAGAACATCAGCTTCACCGTCTGGGATGTCGG
GGGTCAGGACAAGATTCGTCCACTGTGGAGGCACTACTTCCAGAACACGCAAGGGCTGAT
CTTCGTGGTCGACAGCAATGACCGTGACCGTGTTGTCGAAGCTAGAGACGAGCTTCACAG
AATGCTCAACGAAGATGAATTGAGAGATGCAGTGCTTCTCGTCTTTGCTAACAAGCAAGA
CCTTCCAAACGCCATGAACGCCGCTGAGATTACTGACAAACTCGGCCTTCACTCTCTCCG
TCAACGACACTGGTACATACAGAGCACATGTGCTACCCCAGGAGAAGGGCTCTATGAGGG
TCTTGATTGGCTCTCCAACAACATCGCTAACAAGGCTTAGAGCAGTTTGTGGGAGAGTGT
CTTGTCTTCTTGGACTCTGTTTTGTTCTTTCGTCTGTCTCAACACTTTTTATCATTTCAT
TTCGTACTTTGTTCTTCGCTCTTTTTTACTCTTCTATCCTAAATTCAGAATATTATGAAA
TGGGGCCTACATTCCGACGGATTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3CB37TF U 1
AF RR3CB37JQ C 282
AF RR3AP14JQ C 328
AF RR3AP14TF U 328
BS 1 480 RR3CB37TF
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BS 703 782 RR3CB37TF
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BS 804 805 RR3AP14JQ

RD RR3CB37TF 782 0 0
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TAAGACTACCATCTTGTACAAGCTCAAGCTTGGCGAGATCGTCACCACCATTCCTACCAT
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TCTTCCAAACGCCATGAACGCCGCTGAGATTACTGACAAACTCGGCCTTCACTCTCTCCG
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TCTTGATTGGCTCTCCAACAACATCGCTAACAAAGCTTAGAGCAGTTTGTGGGAGAGTGT
CTTGTCTTCTTGGACTCTGTTTTGTTCTTTCGTCTGTCTCA*CACTTTTTATCATTTCAT
TTCGTACTTTGTTCTTCGCTCTTTTTTACTCTTCTATCCTAAATTCAGAATATTATGAAA
TG

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3CB37JQ 522 0 0
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AGAACACGCAAGGGCTGATTTTCGTGGTCGACAGCAATGACCGTGACCGTGTTGTCGAAG
CTAGAGACGAGCTTCACAGAATGCTCAACGAAGATGAATTGAGAGATGCAGTGCTTTTCG
TCTTTGCTAACAAGCAAGATTTTCCAAACGCCATGAACGCCGCTGAGATTACTGACAAAC
TCGGCCTTCACTCTTTCCGTCAACGACACTGGTACATACAGAGCACATGTGCTCCCCCAG
GAGAAGGGCTCTATGAGGGTCTTGATTGGCTCTCCAACAACATCGCTAACAAGGCTTAGA
GCAGTTTGTGGGAGAGTGTCTTGTCTTCTTGGACTCTGTTTTGTTCTTTCGTCTGTCTCA
ACACTTTTTATCATTTCATTTCGTACTTTGTTCTTCGCTCTTTTTTACTCTTCTATCCTA
AATTCAGAATATTATGAAATGGGGCCTACATTTCGACGGATT

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR3AP14JQ 478 0 0
GAGGCACTACTTCCAGAACACGCAAGGGCTGATCTTCGTGGTCGACAGCAATGACCGTGA
CCGTGTTGTCGAAGCTAGAGACGAGCTTCACAGAATGCTCAACGAAGATGAATTGAGAGA
TGCAGTGCTTCTCGTCTTTGCTAACAAGCAAGACCTTCCAAACGTCATGAACGCCGCTGA
GATTACTGACAAACTTGGCCTTCACTCTCTCCGTCAACGACACTGGTACATACAGAGCAC
ATGTGCTACCTCAGGAGAAGGGCTCTATGAGGGTCTTGATTGGCTCTCCAACAACATCGC
TAACAAGGCTTAGAGCAGTTTGTGGGAGAGTGTCTTGTCTTCTTGGACTCTGTTTTGTTC
TTTCGTCTGTCTCGACACTTTTTATCATTTCATTTCGTACTTTGTTCTTCGCTCTTTTTT
ACTCTTCTATCCTAAATTCAGAATATTATGAAATGGGGCCTACATTCCGACGGATTAG

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3AP14TF 478 0 0
GAGGCACTACTTCCAGAACACGCAAGGGCTGATCTTCGTGGTCGACAGCAATGACCGTGA
CCGTGTTGTCGAAGCTAGAGACGAGCTTCACAGAATGCTCAACGAAGATGAATTGAGAGA
TGCAGTGCTTCTCGTCTTTGCTAACAAGCAAGACCTTCCAAACGTCATGAACGCCGCTGA
GATTACTGACAAACTTGGCCTTCACTCTCTCCGTCAACGACACTGGTACATACAGAGCAC
ATGTGCTACCTCAGGAGAAGGGCTCTATGAGGGTCTTGATTGGCTCTCCAACAACATCGC
TAACAAGGCTTAGAGCAGTTTGTGGGAGAGTGTCTTGTCTTCTTGGACTCTGTTTTGTTC
TTTCGTCTGTCTCGACACTTTTTATCATTTCATTTCGTACTTTGTTCTTCGCTCTTTTTT
ACTCTTCTATCCTAAATTCAGAATATTATGAAATGGGGCCTACATTCCGACGGATT
AG

QA 1 476 1 476
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL1896Contig1 620 2 4 U
AACATAAAGGAAAACTTCTCAATGTTTCTCAGCATCTCAAAGTACAGAACTAATAGTGTG
CATTAGGACATCTCTCTTTCTTTCTTGTTTGCCTCCTTGTTAGAGAAGGACATTTGGTTT
CTACAAAGTGAACTTTAAAGCAATACACAACAAACGTAAGAAACGCTGGCGTTGTTTGCA
AATAGAAGCTTACATGTTAAGCATAAATTCAATCATCTCCTCACAGGTGGTGCTGCTCCC
CTTCCTCCAGTTCCACGCCCGGTAGCCGGAGCTTTTCCTCGCATTGCAGCTCTACCTCTG
CCAACACCAAGTGATCCGCTCTTTCCCTTGATTCTAGCATCCAAGCGCTTAAACATTGGA
GCATGCTTGAAAATGTCTGGTATGACCATAAACCTGACTTTGCTGCCTCGAATGAAAACA
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TTCCAGTTATCCTCACACTCGATCATGCTTCCTCTGTAAAGCTCTCCGCCCTTTAGCTCC
ACCGTCACTATATGACCCGACGCCTCGTGGAGAAGCTTCACCGGTATTCCCAAACTTCGG
CTCATCTCTGTAAACCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G155JQ U 1
AF RR3EB31TF C 9
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CATTAGGACATCTCTCTTTCTT**TTGTTTGCCTCCTTGTTAGAGAAGGACATTTGGTTT
CTACAAAGTGAACTTTAAAGCAATACACAACAAACGTAAGAAACGCTGGCGTTGTTTGCA
AATAGAAGCTTACATGTTAAGCATAAATTCAATCATCTCCTCACAGGTGGTGCTGCTCCC
CTTCCTCCAGTTCCACGCCCGGTAGCCGGAGCTTTTCCTCGCATTGCAGCTCTACCTCTG
CCAACACCAAGTGATCCGCTCTTTCCCTTGATTCTAGCATCCAAGCGCTTAAACATTGGA
GCATGCTTGAAAATGTCTGGTATGACCATAAACCTGACTTTGCTGCCTCGAATGAAAACA
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TTCCAGTTATCCTCACACTCGATCATGCTTCCTCTGTAAAGCTCTCCGCCCTTTAGCTCC
ACCGTCACTATATGACCCGACGCCTCG

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3EB31TF 612 0 0
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CATCTCTCTTTCTTTCTTGTTTGCCTCCTTGTTAGAGAAGGACATTTGGTTT*TACAAAG
TGAACTTTAAAGCAATACACAACAAACGTAAGAGACGCTGGCGTTGTTTGCAGATAGAAG
CTTACATGTTAGGCATAGATTCAATCATCTCCTCACAGGTGGTGCTGCTCCCCTTCCTCC
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AAGTGATCCGCTCTTTCCCTTGATTCTAGCATCCAAGCGCTTAAACATTGGAGCATGCTT
GAGAATGTCTGGTATGACCATAAACCTGACTTTGCTGCCTCGAATGAAGACATGCTCAAG
CTGCGATACCTTACCATCCTGAGCGGTAAAGGTAATGTCCTCGAGCTGGCAGTTCCAGTT
ATCCTCACACTCGATCATGCTTCCTCTGTAGAGCTCTCCGCTCTTTAGCTCCACCGTCAC
TATATGACCCGACGCCTCGTGGAGAAGCTTCACCGGTATTCCCAAACTTCGGCTCATCTC
TGTAAACCCTCC

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 5

CO CL1897Contig1 590 5 2 U
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CTTTTGTTCCTAGAATCCTCACTGATTAAACGGTGCTTATTTTTTTTTTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FB27JQ C 1
AF RR3FB27TF U 1
AF RR3GT75TF U 1
AF RR3EY51JQ C 17
AF RR3EY51TF U 17
BS 1 553 RR3FB27TF
BS 554 590 RR3EY51TF

RD RR3FB27JQ 553 0 0
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GCTGAGTAAATAGATTGAACAATCCTTTTCCTTTTCTTATATTAATATATATTTGTTATT
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CTTTTGTTCCTAG

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3FB27TF 553 0 0
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TGCTTTGCTAATGTCGTGATGTCTCTCAAAGGGCGAACAAGTGGAAGTGGAGGAGCCTTA
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ACTCTCGTCGGCGTTGCGGTTGGGTTCGTTCTCCTTCGAATCGAAGCTTCTGTTGAGGAA
GCTGAGTAAATAGATTGAACAATCCTTTTCCTTTTCTTATATTAATATATATTTGTTATT
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CTTTTGTTCCTAG

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3GT75TF 553 0 0
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ACAGCAGCGGCACCGGCGGTGGTTGCATGGACAAGAGCGGGAGTCGCGTTCAAATCCGGA
CAGGCACAGAGGAAAACTGAGATGAAAGTTTCTTACGTAAGAGGACTAAATTCTTACGGT
GGTCTCAAGGCACATAACAACAAGGTTGTCTCCATGGGATTACCACTCTGCACCGAACAG
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ACTCTCGTCGGCGTTGCGGTTGGGTTCGTTCTCCTTCGAATCGAAGCTTCTGTTGAGGAA
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CTTTTGTTCCTAG

QA 1 553 1 553
DS 

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GG
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QA 3 574 3 574
DS 

RD RR3EY51TF 574 0 0
GG
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GAGATGAAAGTTTCTTACGTAAGAGGACTAAATTCTTACGGTGGTCTCAAGGCACAGAAC
AACAAGGTTGTCTCCATGGGATTACCACTCTGCACCGAACAGTGCTTTGCTAATGTCGTG
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CAGTAAACCTGGATGCATATGAGACATTTGTTTTATGAAGCTCTTTTGTTCCTAGAATCC
TCACTGATTAAACGGTGCTTATTTTTTTTTTT

QA 3 574 3 574
DS 



AS 2 5

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GTAGACTCTCTTAATAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL54TF U 1
AF RR3A291TF U 20
AF RR3FA53TF U 1
BS 1 668 RR3DL54TF
BS 669 669 RR3FA53TF
BS 670 688 RR3DL54TF
BS 689 689 RR3FA53TF
BS 690 750 RR3DL54TF
BS 751 751 RR3A291TF
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BS 768 768 RR3A291TF
BS 769 797 RR3FA53TF

RD RR3DL54TF 754 0 0
GGATACATCTCAGTTCTAAACCATAACATTCTCTCTCACAAATAAACACACATCGAGTTA
TTCTTCTCGGTTCTTAATCTCCGCGATAAAATGGTGGCCGGCGACGTAAAGCTGATTGGC
TCATGGGCGAGTGTGTTCGTCATGAGGGCGAGGATAGCTCTCAACCTCAAATCTATTAGC
TACGAGTTTCTCCAGGAGACATACGGTACTAAGAGCGAATTGCTTCTTAAATCAAACCCG
GTTCACAAGAAGATGCCGGTTCTGATTCACGCTGACAAGCCGGTGTGTGAGTCCAACATC
ATCGTTCAGTACATCGACGAGGCTTGGAGCTCATATGGACCCTCCATTCTCCCTTCTCAG
CCCTACGACAGAGCCATCGCTCGGTTCTGGGCCGCCTACGTCGATGATAAGTGGTTTATT
GCTCTGAGAAGTATCCTAACCGCTCGAGGAGAAGAGGAGAAGAAAGCAGCCATAGCTGAA
GTCGAAGAAAGGACTGACCATTTGGAGAAAGCATTCATCGATTGCAGCAATGGGAAGCCG
TTCTTCAATGGTGACCATATCGGTTACCTAGACATTGCCCTAGGGAGCTTCTTGGGTTGG
TGGAAAGTTGTGGAGTTAGACGCCAATCATATGCTTCTTGACGAGACCAAGACTCCTTCT
CTGTTCAAATGGGCAGAGCGGTTCTGTA*TGACCCTGCTGTGAAGCCTCTCATGCCGGAG
ACTACAA*GCTAGCTGA*TTCGCGAGGAAA
TCTT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3A291TF 768 0 0
ACCATAACATTCTCTCTCACAAATAAACACACATCGAGTTATTCTTCTCGGTTCTTAATC
TCCGCGATAAAATGGTGGCCGGCGACGTAAAGCTGATTGGCTCATGGGCGAGTGTGTTCG
TCATGAGGGCGAGGATAGCTCTCAACCTCAAATCTATTAGCTACGAGTTTCTCCAGGAGA
CATACGGTACTAAGAGCGAATTGCTTCTTAAATCAAACCCGGTTCACAAGAAGATGCCGG
TTCTGATTCACGCTGACAAGCCGGTGTGTGAGTCCAACATCATCGTTCAGTACATCGACG
AGGCTTGGAGCTCATATGGACCCTCCATTCTCCCTTCTCAGCCCTACGACAGAGCCATCG
CTCGGTTCTGGGCCGCCTACGTCGATGATAAGTGGTTTATTGCTCTGAGAAGTATCCTAA
CCGCTCGAGGAGAAGAGGAGAAGAAAGCAGCCATAGCTGAAGTCGAAGAAAGGACTGACC
ATTTGGAGAAAGCATTCATCGATTGCAGCAATGGGAAGCCGTTCTTCAATGGTGACCATA
TCGGTTACCTAGACATTGCCCTAGG*AGCTTCTTGGGTTGGTGGAAAGTTGTGGAGTTAG
ACGCCAATCATATGCTTCCTGACGAGACCAAGACTCCTTCTCTGTTCAA*TGGGCAGAGC
GGTTCTGTAATGACCCTGCTGTGAAGCCTCTCATGCCGGAGACTACAAAGCTAGCTGAAT
TCGCGAGGAAAATCTTTCCCAAACCGCAAGCTTGATGGCAA
GTAGACT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3FA53TF 797 0 0
GGATACATCTCAGTTCTAAACCATAACATTCTCTCTCACAAATAAACACACATCGAGTTA
TTCTTCTCGGTTCTTAATCTCCGCGATAAAATGGTGGCCGGCGACGTAAAGCTGATTGGC
TCATGGGCGAGTGTGTTCGTCATGAGGGCGAGGATAGCTCTCAACCTCAAATCTATTAGC
TACGAGTTTCTCCAGGAGACATACGGTACTAAGAGCGAATTGCTTCTTAAATCAAACCCG
GTTCACAAGAAGATGCCGGTTCTGATTCACGCTGACAAGCCGGTGTGTGAGTCCAACATC
ATCGTTCAGTACATCGACGAGGCTTGGAGCTCATATGGACCCTCCATTCTCCCTTCTCAG
CCCTACGACAGAGCCATCGCTCGGTTCTGGGCCGCCTACGTCGATGATAAGTGGTTTATT
GCTCTGAGAAGTATCCTAACCGCTCGAGGAGAAGAGGAGAAGAAAGCAGCCATAGCTGAA
GTCGAAGAAAGGACTGACCATTTGGAGAAAGCATTCATCGATTGCAGCAATGGGAAGCCG
TTCTTCAATGGTGACCATATCGGTTACCTAGACATTGCCCTAGGGAGCTTCTTGGGTTGG
TGGAAAGTTGTGGAGTTAGACGCCAATCATATGCTTCTTGACGAGACCAAGACTCCTTCT
CTGTTCAA*TGGGCAGAGCAGTTCTGTAATGACCCTGTTGTGAAGCCTCTCATGCCGGAG
ACTACAA*GCTAGCTGA*TTCGCGAGGAAA*TCTTTCCCAA*CCGCA*GCTTGATGGCAA
GTAGACTCTCTTAATAT

QA 1 797 1 797
DS 



CO CL1898Contig2 860 2 12 U
GTACATAATGTATTTTCTTGATATTAGGTCGTCATGGATACATTGAAATGGAAGAAAACT
TACATGTTCTAGCAAACCAGTTTCATACGTCCACTAACCGATACATTACATTGCTTCCAT
CTCCAACAATATATTTAAGAGGAGTCTACTTTGCCATCAAGCTTGCGGTTTGGGAAAGAT
TTTCCTCGCGAATTCAGCTAGCTTTGTAGTCTCCGGCATGAGAGGCTTCACAACAGGGTC
ATTACAGAACCGCTCTGCCCATTTGAACAGAGAAGGAGTCTTGGTCTCGTCAAGAAGCAT
ATGATTGGCGTCTAACTCCACAACTTTCCACCAACCCAAGAAGCTCCCTAGGGCAATGTC
TAGGTAACCGATATGGTCACCATTGAAGAACGGCTTCCCATTGCTGCAATCGATGAATGC
TTTCTCCAAATGGTCAGTCCTTTCTTCGACTTCAGCTATGGCTGCTTTCTTCTCCTCTTC
TCCTCGAGCGGTTAGGATACTTCTCAGAGCAATAAACCACTTATCATCGACGTAGGCGGC
CCAGAACCGAGCGATGGCTCTGTCGTAGGGCTGAGAAGGGAGAATGGAGGGTCCATATGA
GCTCCAAGCCTCGTCGATGTACTGAACGATGATGTTGGACTCACACACCGGCTTGTCAGC
GTGAATCAGAACCGGCATCTTCTTGTGAACCGGGTTTGATTTAAGAAGCAATTCGCTCTT
AGTACCGTATGTCTCCTGGAGAAACTCGTAGCTAATAGATTTGAGGTTGAGAGCTATCCT
CGCCCTCATGACGAACACACTCGCCCATGAGCCAATCAGCTTTACGTCGCCGCCACATTT
TATCGCGGAGATAAGACCGA


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FA53JQ U 1
AF RR3DL54JQ U 3
BS 1 250 RR3FA53JQ
BS 251 251 RR3DL54JQ
BS 252 754 RR3FA53JQ
BS 755 755 RR3DL54JQ
BS 756 765 RR3FA53JQ
BS 766 766 RR3DL54JQ
BS 767 794 RR3FA53JQ
BS 795 795 RR3DL54JQ
BS 796 812 RR3FA53JQ
BS 813 813 RR3DL54JQ
BS 814 832 RR3FA53JQ
BS 833 860 RR3DL54JQ

RD RR3FA53JQ 833 0 0
GTACATAATGTATTTTCTTGATATTAGGTCGTCATGGATACATTGAAATGGAAGAAAACT
TACATGTTCTAGCAAACCAGTTTCATACGTCCACTAACCGATACATTACATTGCTTCCAT
CTCCAACAATATATTTAAGAGGAGTCTACTTTGCCATCAAGCTTGCGGTTTGGGAAAGAT
TTTCCTCGCGAATTCAGCTAGCTTTGTAGTCTCCGGCATGAGAGGCTTCACAACAGGGTC
ATTACAGAACTGCTCTGCCCATTTGAACAGAGAAGGAGTCTTGGTCTCGTCAAGAAGCAT
ATGATTGGCGTCTAACTCCACAACTTTCCACCAACCCAAGAAGCTCCCTAGGGCAATGTC
TAGGTAACCGATATGGTCACCATTGAAGAACGGCTTCCCATTGCTGCAATCGATGAATGC
TTTCTCCAAATGGTCAGTCCTTTCTTCGACTTCAGCTATGGCTGCTTTCTTCTCCTCTTC
TCCTCGAGCGGTTAGGATACTTCTCAGAGCAATAAACCACTTATCATCGACGTAGGCGGC
CCAGAACCGAGCGATGGCTCTGTCGTAGGGCTGAGAAGGGAGAATGGAGGGTCCATATGA
GCTCCAAGCCTCGTCGATGTACTGAACGATGATGTTGGACTCACACACCGGCTTGTCAGC
GTGAATCAGAACCGGCATCTTCTTGTGAACCGGGTTTGATTTAAGAAGCAATTCGCTCTT
AGTACCGTATGTCTCCTGGAGAAACTCGTAGCTA*TAGATTTGAG*TTGAGAGCTATCCT
CGCCCTCATGACGA*CACACTCGCCCATGAGC*AATCAGCTTTACGTCGCCG
C

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR3DL54JQ 858 0 0
G
CATAATGTATTTTCTTGATATTAGGTCGTCATGGATACATTGAAATGGAAGAAAACTTAC
ATGTTCTAGCAAACCAGTTTCATACGTCCACTAACCGATACATTACATTGCTTCCATCTC
CAACAATATATTTAAGAGGAGTCTACTTTGCCATCAAGCTTGCGGTTTGGGAAAGATTTT
CCTCGCGAATTCAGCTAGCTTTGTAGTCTCCGGCATGAGAGGCTTCACAGCAGGGTCATT
ACAGAACCGCTCTGCCCATTTGAACAGAGAAGGAGTCTTGGTCTCGTCAAGAAGCATATG
ATTGGCGTCTAACTCCACAACTTTCCACCAACCCAAGAAGCTCCCTAGGGCAATGTCTAG
GTAACCGATATGGTCACCATTGAAGAACGGCTTCCCATTGCTGCAATCGATGAATGCTTT
CTCCAAATGGTCAGTCCTTTCTTCGACTTCAGCTATGGCTGCTTTCTTCTCCTCTTCTCC
TCGAGCGGTTAGGATACTTCTCAGAGCAATAAACCACTTATCATCGACGTAGGCGGCCCA
GAACCGAGCGATGGCTCTGTCGTAGGGCTGAGAAGGGAGAATGGAGGGTCCATATGAGCT
CCAAGCCTCGTCGATGTACTGAACGATGATGTTGGACTCACACACCGGCTTGTCAGCGTG
AATCAGAACCGGCATCTTCTTGTGAACCGGGTTTGATTTAAGAAGCAATTCGCTCTTAGT
ACCGTATGTCTCCTGGAGAAACTCGTAGCTAATAGATTTGAGGTTGAGAGCTATCCTCGC
CCTCATGACGAACACACTCGCCCATGAGCCAATCAGCTTTACGTCGCCGCCACATTTTAT
CGCGGAGATAAGACCGA

QA 2 858 2 858
DS 



AS 1 4

CO CL1899Contig1 573 4 3 U
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CAAAAAAAAGAAGCAAAATACATAAATGTGATTTTCGAAAGTTCCCTTTATTCAATGCCA
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GAACAGTCTCCTACTCCCCACTCTGCTCCTCTTAGACAATACTTGTCTTGAATCGCTCTT
TCATTCTTTTCTTTGTTTAGTTTAGAGTTCTCGAGTAGTTTCTTGAGAATTGGAGAATCT
TTGAATCTGGAATCGTTTTCAGCGTAGAACTTCTGGTTTCTAGCATTGAAACGTTCAAGG
AACTCGAGCTTAGGTAATTCAGGACCAGGAACTGATTCTATGCCGGGACTTCCCGACATT
AGGCCTGCTTCAGCGGTGCAGGGAGAGAGGAGAAGGGTGAGTGAAGCAGCGAGAGGGAAG
GTGGACTTGCAGAGAAGGTGCTTAAACGGTGATGGTGATGGTAAAGGTAAAGCCATGGAG
ATACGAGGTTGATGAAGTGCTCTTGTTTCATCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3DG74JQ U 202
AF RR3DG74TF C 1
AF RR3H191JQ U 1
AF RR3H191TF C 1
BS 1 201 RR3H191JQ
BS 202 496 RR3DG74JQ
BS 497 573 RR3H191JQ

RD RR3DG74JQ 295 0 0
TCTGCTCCTCTTAGACAATACTTGTCTTGAATCGCTCTTTCATTCTTTTCTTTGTTTAGT
TTAGAGTTCTCGAGTAGTTTCTTGAGAATTGGAGAATCTTTGAATCTGGAATCGTTTTCA
GCGTAGAACTTCTGGTTTCTAGCATTGAAACGTTCAAGGAACTCGAGCTTAGGTAATTCA
GGACCAGGAACTGATTCTATGCCGGGACTTCCCGACATTAGGCCTGCTTCAGCGGTGCAG
GGAGAGAGGAGAAGGGTGAGTGAAGCAGCGAGAGGGAAGGTGGACTTGCAGAGAA

QA 1 295 1 295
DS 

RD RR3DG74TF 573 0 0
CGAAACGTTTGTTTTTGTCATGTTTTGTATTTTTGCATTTAGCGTAGATACTCTGTTCTC
CAAAAAAA*GAAGCAAAATACATAAATGTGATTTTCGAAAGTTCCCTTTATTCAATGCCA
GTCTTCTTCTTCAACATTTCGATGAATTTTTCTTTCTCTTCATCTGTCATTCCATTGGTT
GAACAGTCTCCTACTCCCCACTCTGCTCCTCTTAGACAATACTTGTCTTGAATCGCTCTT
TCATTCTTTTCTTTGTTTAGTTTAGAGTTCTCGAGTAGTTTCTTGAGAATTGGAGAATCT
TTGAATCTGGAATCGTTTTCAGCGTAGAACTTCTGGTTTCTAGCATTGAAACGTTCAAGG
AACTCGAGCTTAGGTAATTCAGGACCAGGAACTGATTCTATGCCGGGACTTCCCGACATT
AGGCCTGCTTCAGCGGTGCAGGGAGAGAGGAGAAGGGTGAGTGAAGCAGCGAGAGGGAAG
GTGGACTTGCAGAGAAGGTGCTTAAACGGTGATGGTGATGGTAAAGGTAAAGCCATGGAG
ATACGAGGTTGATGAAGTGCTCTTGTTTCATCC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3H191JQ 573 0 0
CGAAACGTTTGTTTTTGTCATGTTTTGTATTTTTGCATTTAGCGTAGATACTCTGTTCTC
CAAAAAAAAGAAGCAAAATACATAAATGTGATTTTCGAAAGTTCCCTTTATTCAATGCCA
GTCTTCTTCTTCAACATTTCGATGAATTTTTCTTTCTCTTCATCTGTCATTCCATTGGTT
GAACAGTCTCCTACTCCCCACTCTGCTCCTCTTAGACAATACTTGTCTTGAATCGCTCTT
TCATTCTTTTCTTTGTTTAGTTTAGAGTTCTCGAGTAGTTTCTTGAGAATTGGAGAATCT
TTGAATCTGGAATCGTTTTCAGCGTAGAACTTCTGGTTTCTAGCATTGAAACGTTCAAGG
AACTCGAGCTTAGGTAATTCAGGACCAGGAACTGATTCTATGCCGGGACTTCCCGACATT
AGGCCTGCTTCAGCGGTGCAGGGAGAGAGGAGAAGGGTGAGTGAAGCAGCGAGAGGGAAG
GTGGACTTGCAGAGAAGGTGCTTAAACGGTGATGGTGATGGTAAAGGTAAAGCCATGGAG
ATACGAGGTTGATGAAGTGCTCTTGTTTCATCC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3H191TF 573 0 0
CGAAACGTTTGTTTTTGTCATGTTTTGTATTTTTGCATTTAGCGTAGATACTCTGTTCTC
CAAAAAAAAGAAGCAAAATACATAAATGTGATTTTCGAAAGTTCCCTTTATTCAATGCCA
GTCTTCTTCTTCAACATTTCGATGAATTTTTCTTTCTCTTCATCTGTCATTCCATTGGTT
GAACAGTCTCCTACTCCCCACTCTGCTCCTCTTAGACAATACTTGTCTTGAATCGCTCTT
TCATTCTTTTCTTTGTTTAGTTTAGAGTTCTCGAGTAGTTTCTTGAGAATTGGAGAATCT
TTGAATCTGGAATCGTTTTCAGCGTAGAACTTCTGGTTTCTAGCATTGAAACGTTCAAGG
AACTCGAGCTTAGGTAATTCAGGACCAGGAACTGATTCTATGCCGGGACTTCCCGACATT
AGGCCTGCTTCAGCGGTGCAGGGAGAGAGGAGAAGGGTGAGTGAAGCAGCGAGAGGGAAG
GTGGACTTGCAGAGAAGGTGCTTAAACGGTGATGGTGATGGTAAAGGTAAAGCCATGGAG
ATACGAGGTTGATGAAGTGCTCTTGTTTCATCC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 2 5

CO CL1900Contig1 459 2 4 U
GGGTCTTACACTGATCCGATCTCCGCAATTTATCTCAACTTCTGACGTCTAATCATTATG
GGTTTGAAGGAGGACTTTGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCGCGAGCCCA
TCGAACGAGGACTTGCTCATCCTCTACGGGCTCTACAAACAAGCCACCGTTGGTCCAATG
ACCACCAGTCGTCCTGGAATGTTTAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAAG
GCCGTTGAAGGGAAATCGACGGACGAAGCCATGAGTGACTACATCACTAAGGCGAAGCAA
CTCCTTGAAGCAGATGCTTCCTCGGCTTCAGCTTGATGGTGATTTTATTAAATGCAGTAA
TTCTATCTAAGCCTTAAATAACTTTTTAGAATAAGACTTGTTCTTTGCTACTTGTGTGTT
TTCTATCGTCATGAATCTATTTATGACCTTGGTCTCCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CO12JQ C 1
AF RR3BV22TF U 6
BS 1 7 RR3CO12JQ
BS 8 16 RR3BV22TF
BS 17 17 RR3CO12JQ
BS 18 459 RR3BV22TF

RD RR3CO12JQ 283 0 0
GGGTCTTACACTGATCCGATCTCCGCAATTTATCTCAACTTCTGACGTTTAATCATTATG
GGTTTGAAGGAGGACTTTGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCGCGAGCCCA
TCGAACGAGGACTTGCTCATCCTCTACGGGCTCTTCAAACAAGCCACCGTTGGTCCAGTG
ACCACCAGTCGTCCTGGAATGTTTAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAAG
GCCGTTGAAGGGAAATCGACGGACGAAGCCATGAGTGACTACA

QA 1 283 1 283
DS 

RD RR3BV22TF 454 0 0
GG
ACACTGATCTGATCTCCGCAATTTATCTCAACTTCTGACGTCTAATCATTATGGGTTTGA
AGGAGGACTTTGAGGAGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCGCGAGCCCATCGAACG
AGGACTTGCTCATCCTCTACGGGCTCTACAAACAAGCCACCGTTGGTCCAATGACCACCA
GTCGTCCTGGAATGTTTAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAAGGCCGTTG
AAGGGAAATCGACGGACGAAGCCATGAGTGACTACATCACTAAGGCGAAGCAACTCCTTG
AAGCAGATGCTTCCTCGGCTTCAGCTTGATGGTGATTTTATTAAATGCAGTAATTCTATC
TAAGCCTTAAATAACTTTTTAGAATAAGACTTGTTCTTTGCTACTTGTGTGTTTTCTATC
GTCATGAATCTATTTATGACCTTGGTCTCCTG

QA 3 454 3 454
DS 



CO CL1900Contig2 535 3 1 U
CCGCAATTTATCTCAACTTCTGACGTCTAATCATTATGGGTTTGAAGGAGGACTTTGAGG
AGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCGCGAGCCCATCGAACGAGGACTTGCTCATCC
TCTACGGGCTCTTCAAACAAGCCACCGTTGGTCCAGTGACCACCATTCGTCCTGGAATGT
TTAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAAGGCCGTTGAAGGGAAATCGACGG
ACGAAGCCATGAGTGACTACATCACTAAGGCGAAGCAACTCCTTGAAGCAGATGCTTCCT
CGGCTTCAGCTTGATCTCGATGGTGATTTTATTAAATGCAGTAATTCTATCTAAGCTTCA
AATAACTTTTTAGAATAAGACTTGTTCTTTGCTACTTGTGTGTTTTCTATCCTCATGAAT
CTATTTATGACCTTGGTTCTCCTGATTTGGGCCATCTCTTGAAGCTGCTTGATATTTGTT
AAATGAAGAATCTTGATGCAAATTGAATTGAAGTGATGTGTGCATTTAGTAACGC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H880TF U 1
AF RR3H880JQ C 2
AF RR3CO12TF U 263
BS 1 535 RR3H880TF

RD RR3H880TF 535 0 0
CCGCAATTTATCTCAACTTCTGACGTCTAATCATTATGGGTTTGAAGGAGGACTTTGAGG
AGCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCGCGAGCCCATCGAACGAGGACTTGCTCATCC
TCTACGGGCTCTTCAAACAAGCCACCGTTGGTCCAGTGACCACCATTCGTCCTGGAATGT
TTAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAAGGCCGTTGAAGGGAAATCGACGG
ACGAAGCCATGAGTGACTACATCACTAAGGCGAAGCAACTCCTTGAAGCAGATGCTTCCT
CGGCTTCAGCTTGATCTCGATGGTGATTTTATTAAATGCAGTAATTCTATCTAAGCTTCA
AATAACTTTTTAGAATAAGACTTGTTCTTTGCTACTTGTGTGTTTTCTATCCTCATGAAT
CTATTTATGACCTTGGTTCTCCTGATTTGGGCCATCTCTTGAAGCTGCTTGATATTTGTT
AAATGAAGAATCTTGATGCAAATTGAATTGAAGTGATGTGTGCATTTAGTAACGC

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3H880JQ 534 0 0
CGCAATTTATCTCAACTTCTGACGTCTAATCATTATGGGTTTGAAGGAGGACTTTGAGGA
GCACGCTGAGAAAGTCAAGAAGCTCACCGCGAGCCCATCGAACGAGGACTTGCTCATCCT
TTACGGGCTCTTCAAACAAGCCACCGTTGGTCCAGTGACCACCATTCGTCCTGGAATGTT
TAGCATGAAGGAAAGAGCCAAGTGGGATGCTTGGAAGGCCGTTGAAGGGAAATCGACGGA
CGAAGCCATGAGTGACTACATCACTAAGGCGAAGCAACTCCTTGAAGCAGATGCTTCCTC
GGCTTCAGCTTGATCTCGATGGTGATTTTATTAAATGCAGTAATTCTATCTAAGCTTCAA
ATAACTTTTTAGAATAAGACTTGTTCTTTGCTACTTGTGTGTTTTCTATCCTCATGAATC
TATTTATGACCTTGGTTCTCCTGATTTGGGCCATCTCTTGAAGCTGCTTGATATTTGTTA
AATGAAGAATCTTGATGCAAATTGAATTGAAGTGATGTGTGCATTTAGTAACGC

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR3CO12TF 248 0 0
CACTAAGGCGAAGCAACTCCTTGAAGCAGATGCTTCCTCGGCTTCAGCTTGATCTTGATG
GTGATTTTATTAAATGCAGTAATTCTATCTAAGCTTCAAATAACTTTTTAGAATAAGACT
TGTTCTTTGCTACTTGTGTGTTTTCTATCCTCATGAATCTATTTATGACCTTGGTTCTCC
TGATTTGGGCCATCTCTTGAAGCTGCTTGATATTTGTTAAATGAAGAATCTTGATGCAAA
TTGAATTG

QA 1 248 1 248
DS 



AS 1 4

CO CL1901Contig1 952 4 11 U
GGAGTCCACCGGTGTGTTCACTGACAAGGACAAAGCTGCTGCTCACTTGAAGGGTGGTGC
CAAGAAGGTTGTCATCTCTGCCCCAAGCAAGGACGCTCCCATGTTTGTCGTTGGTGTCAA
CGAGCACGAGTACAAGTCCGACCTTGACATTGTCTCCAACGCTAGTTGCACCACTAACTG
CCTTGCTCCTCTTGCCAAGGTTATTAACGACAGGTTCGGTATTGTTGAGGGTCTTATGAC
CACCGTCCACTCCATCACGGCTACTCAGAAGACTGTTGATGGACCATCAATGAAGGACTG
*AGAGGTGGAAGAGCCGCTTCATTCAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCTGCCAAGGC
TGTCGGAAAGGTGCTTCCACAGCTCAACGGAAAGCTGACCGGAATGTCCTTCCGTGTTCC
CACCGTTGATGTCTCAGTTGTTGACCTCACGGTTAGACTCGAGAAAGCTGCAACCTACGA
CGATATCAAGAAGGCTATCAAGGAGGAATCTGAAGGCAAGCTTAAGGGAATCCTTGGATA
CACTGAGGATGATGTCGTCTCAACTGACTTCATTGGTGACAGCAGGTCAAGCATCTTCGA
CGCAAAGGCTGGAATCGCTTTGAGTGACAACTTCGTGAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAA
CGAATGGGGTTACAGCACCCGTGTGGTCGACTTGATCGTCCACATGTCCAAGTGCTAAAT
CTGAGAAGGTCTGGAATGGTGTTTGGAGGAAGAAGTCCTGTGTTTCGTTTCTGCTAATGG
TTTAAATTTGTCGTTTTTGAATAAAATTTCTTGGGATTTCAATCTCCTTTCAGTTTAAGC
GAATCTCCCTCAGAGTTTGTGAAGAGGTTCTTTTATGTTTGGCTTTTGATATATTGAGCT
GTGTTTTCTCAGGATTCTAAGTTTCGTATAACAAATTACAATGTTTTAGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G533TF U 1
AF RR3F105JQ C 181
AF RR3EZ22TF U 393
AF RR3G533JQ C 192
BS 1 726 RR3G533TF
BS 727 739 RR3EZ22TF
BS 740 740 RR3F105JQ
BS 741 759 RR3EZ22TF
BS 760 760 RR3F105JQ
BS 761 851 RR3EZ22TF
BS 852 852 RR3F105JQ
BS 853 867 RR3EZ22TF
BS 868 868 RR3F105JQ
BS 869 913 RR3EZ22TF
BS 914 952 RR3F105JQ

RD RR3G533TF 726 0 0
GGAGTCCACCGGTGTGTTCACTGACAAGGACAAAGCTGCTGCTCACTTGAAGGGTGGTGC
CAAGAAGGTTGTCATCTCTGCCCCAAGCAAGGACGCTCCCATGTTTGTCGTTGGTGTCAA
CGAGCACGAGTACAAGTCCGACCTTGACATTGTCTCCAACGCTAGTTGCACCACTAACTG
CCTTGCTCCTCTTGCCAAGGTTATTAACGACAGGTTCGGTATTGTTGAGGGTCTTATGAC
CACCGTCCACTCCATCACGGCTACTCAGAAGACTGTTGATGGACCATCAATGAAGGACTG
*AGAGGTGGAAGAGCCGCTTCATTCAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCTGCCAAGGC
TGTCGGAAAGGTGCTTCCACAGCTCAACGGAAAGCTGACCGGAATGTCCTTCCGTGTTCC
CACCGTTGATGTCTCAGTTGTTGACCTCACGGTTAGACTCGAGAAAGCTGCAACCTACGA
CGATATCAAGAAGGCTATCAAGGAGGAATCTGAAGGCAAGCTTAAGGGAATCCTTGGATA
CACTGAGGATGATGTCGTCTCAACTGACTTCATTGGTGACAGCAGGTCAAGCATCTTCGA
CGCAAAGGCTGGAATCGCTTTGAGTGACAACTTCGTGAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAA
CGAATGGGGTTACAGCACCCGTGTGGTCGACTTGATCGTCCACATGTCCAAGTGCTAAAT
CTGAGA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3F105JQ 772 0 0
CCTTGCTCCTCTTGCCAAGGTTATCAACGACAGGTTCGGTATTGTTGAGGGTCTTATGAC
CACCGTCCACTCCATCACGGCTACTCAGAAGACTGTTGATGGACCATCAATGAAGGACTG
GAGAGGTGGAAGAGCCGCTTCATTCAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCTGCCAAGGC
TGTCGGAAAGGTGCTTCCACAGCTCAACGGAAAGCTGACCGGAATGTCCTTCCGTGTTCC
CACCGTTGATGTCTCAGTTGTTGACCTCACGGTTAGACTCGAGAAAGCTGCAACCTACGA
CGATATCAAGAAGGCTATCAAGGAGGAATCTGAAGGCAAGCTTAAGGGAATCCTTGGATA
CACTGAGGATGATGTCGTCTCAACTGACTTCATTGGTGACAGCAGGTCAAGCATTTTCGA
CGCAAAGGCTGGAATCGCTTTGAGTGACAACTTCGTGAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAA
CGAATGGGGTTACAGCACCCGTGTGGTCGACTTGATCGTCCACATGTCCAAGTGCTAAAT
CTGAGAAGGTCTGGAATGGTGTTTGGAGGAAGAAGTCCTGTGTTTCGTTTCTGCTAATGG
TTTAAATTTGTCGTTTTTGAATAAAATTTCTTGGGATTTCAATCTCCTTTCAGTTTAAGC
GAATCTCCCTCAGAGTTTGTGAAGAGGTTCTTTTATGTTTGGCTTTTGATATATTGAGCT
GTGTTTTCTCAGGATTCTAAGTTTCGTATAACAAATTACAATGTTTTAGTAC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3EZ22TF 521 0 0
G
GCTGACCGGAATGTCCTTCCGTGTTCCCACCGTTGATGTCTCAGTTGTTGACCTCACTGT
TAGACTCGAGAAAGCTGCAACCTACGACGATATCAAGAAGGCTATCAAGGAGGAATCTGA
AGGCAAGCTTAAGGGAATCCTTGGATACACTGAGGATGATGTCGTCTCAACTGACTTCAT
TGGTGACAGCAGGTCAAGCATCTTCGACGCAAAAGCTGGAATCGCTTTGAGTGACAACTT
CGTGAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAACGAATGGGGTTACAGCACCCGTGTGGTCGACTT
GATCGTCCACATGTCCAAGTGCTAAATCTGAGAAGGTCTGGAATGGCGTTTGGAGGAAGA
AGTCCTTTGTTTCGTTTCTGCTAATGGTTTAAATTTGTCGTTTTTGAATAAAATTTCTTG
GGATTTCAATCTCCTTTCAGTTTAAGCGAATCTCCCTCCGAGTTTGTGAAGAGGATCTTT
TATGTTTGGCTTTTGATATATTGAGCTGTGTTTTCTCAGG

QA 2 521 2 521
DS 

RD RR3G533JQ 744 0 0
TTGCCAAGGTTATTAACGACAGGTTCGGTATTGTTGAGGGTCTTATGACCCCCGTCCACT
CCATCACGGCTACTCAGAAGACTGTTGATGGACCATCAATGAAGGACTG*AGAGGTGGAA
GAGCCGCTTCATTCAACATCATTCCCAGCAGCACCGGAGCTGCCAAGGCTGTCGGAAAGG
TGCTTCCACAGCTCAACGGAAAGCTGACCGGAATGTCCTTCCGTGTTCCCACCGTTGATG
TCTCAGTTGTTGACCTCACGGTTAGACTCGAGAAAGCTGCAACCTACGACGATATCAAGA
AGGCTATCAAGGAGGAATCTGAAGGCAAGCTTAAGGGAATCCTTGGATACACTGAGGATG
ATGTCGTCTCAACTGACTTCATTGGTGACAGCAGGTCAAGCATCTTCGACGCAAAGGCTG
GAATCGCTTTGAGTGACAACTTCGTGAAGCTGGTGTCGTGGTATGACAACGAATGGGGTT
ACAGCACCCGTGTGGTCGACTTGATCGTCCACATGTCCAAGTGCTAAATCTGAGAAGGTC
TGGAATGGTGTTTGGAGGAAGAAGTCCTGTGTTTCGTTTCTGCTAATGGTTTAAATTTGT
CGTTTTCGAATAAAATTTCTTGGGATTTCAATCTCCTTTCAGTTTAAGCGAATCTCCCTC
AGAGTTTGTGAAGAGGTTCTTTTATGTTTGGCTTTTGATATATTGAGCTGTGTTTTCTCA
GGATTCTAAGTTTCGTATAACAAA

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 4

CO CL1902Contig1 1097 4 29 U
GGACCCAATCTGTAATTTTCCCCTTTGTTAATAAAGAAAAAACACAAAAGACAGTGTTGG
GCTCTCTCGAACAACACACGCTCGACGACCATGGCGGTATCATTTAACACAACCCTTCAC
CAGTCATCTCTGAGTCCGTGCTGTAGCATCAAGCTCTACTCTGGGTTGAAGCCTCAATCT
TCAAGCTTTTTGACAAATGGGTATCAGAATTTGAACAAGGAGTTCTATGGCAGGATTCAC
AAGAGTTTGCAATCCGGGACGGGGAAAGCGAGTAGGTCAAGGGTGAAGATGATGCCTATT
GGTACACCTAGAGTTCCCTACCGAAACAGAGAGGAAGGCACTTGGCAATGGGTTGATATT
TGGAACGCCCTTTATCGAGAGCGTGTGATCTTCATTGGACAAAACATTGACGAAGAGTTT
AGCAACCAGATATTAGCAACTATGTTGTATCTCGATACTCTTGATGACTCCAGGAGGATT
TATATGTACCTTAATGGCCCTGGCGGTGATCTAACTCCGAGTCTAGCTATCTATGATACG
ATGAAGAGCTTGAAAAGTCCTGTTGGGACACATTGTGTTGGGCTTGCCTATAACCTTGCT
GGTTTTCTTCTTGCTGCCGGTGAAAAGGGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTCAAGAATT
GCCCTCCAGTCACCAGCTGGTGCAGCCCGTGGTCAGGCTGATGATATCCAAAATGAAGCG
AAAGAGCTTTCAAGGATAAGAGATTACCTCTTCAACGAACTAGCCAAGAATACAGGACAG
CCTGCGGAAACGATCTTCAAAGACTTGAGCAGAATGAAGAGGTTCAACGCAGAAGAAGCT
ATTGAGTACGGACTTATCGATAAGATTGTTAGACCACCGCGCATCAAAGCCGACGCTCCT
CGCCAAGATGAAACCTCTGGTCTCGGTTAATCTGTTTTTTTTTCACATTTGGTAATGTTG
TCATAGTTTAACAAGCTTAAAGTTGATTGTTCCTGGTGTGAGATTGTTACCCGAATTAAA
ATCACTTTGCTTGTTATTACTCCCCACTGGGTTCTACAAACATTTTTAAAGCTGAGATGA
ACATTTTCTAAGCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA08TF U 1
AF RR3G466TF U 453
AF RR3CP07TF U 53
AF RR3AL43JQ C 374
BS 1 68 RR3EA08TF
BS 69 69 RR3CP07TF
BS 70 77 RR3EA08TF
BS 78 78 RR3CP07TF
BS 79 98 RR3EA08TF
BS 99 99 RR3CP07TF
BS 100 155 RR3EA08TF
BS 156 156 RR3CP07TF
BS 157 192 RR3EA08TF
BS 193 193 RR3CP07TF
BS 194 270 RR3EA08TF
BS 271 271 RR3CP07TF
BS 272 327 RR3EA08TF
BS 328 328 RR3CP07TF
BS 329 401 RR3EA08TF
BS 402 402 RR3CP07TF
BS 403 407 RR3EA08TF
BS 408 408 RR3CP07TF
BS 409 518 RR3EA08TF
BS 519 519 RR3G466TF
BS 520 539 RR3EA08TF
BS 540 540 RR3CP07TF
BS 541 587 RR3EA08TF
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BS 589 605 RR3EA08TF
BS 606 723 RR3CP07TF
BS 724 724 RR3AL43JQ
BS 725 761 RR3CP07TF
BS 762 1097 RR3AL43JQ

RD RR3EA08TF 612 0 0
GGACCCAATCTGTAATTTTCCCCTTTGTTAATAAAGAAAAAACACAAAAGACAGTGTTGG
GCTCTCTCTAACAACACTCGCTCGACGACCATGGCGGTCTCATTTAACACAACCCTTCAC
CAGTCATCTCTGAGTCCGTGCTGTAGCATCAAGCTTTACTCTGGGTTGAAGCCTCAATCT
TCAAGCTTTTTGGCAAATGGGTATCAGAATTTGAACAAGGAGTTCTATGGCAGGATTCAC
AAGAGTTTGCAATCCGGGACGGGGAAAGCGGGTAGGTCAAGGGTGAAGATGATGCCTATT
GGTACACCTAGAGTTCCCTACCGAAACCGAGAGGAAGGCACTTGGCAATGGGTTGATATT
TGGAACGCCCTTTATCGAGAGCGTGTGATCTTCATTGGACAGAACATAGACGAAGAGTTT
AGCAACCAGATATTAGCAACTATGTTGTATCTCGATACTCTTGATGACTCCAGGAGGATT
TATATGTACCTTAATGGCCCTGGCGGTGATCTAACTCCAAGTCTAGCTATCTATGATACA
ATGAAGAGCTTGAAAAGTCCTGTTGGGACACATTGTGTTGGGCTTGC*TATAACCTTGCT
GGTTT
CTTCTTG

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3G466TF 219 0 0
CGATACTCTTGATGACTCCAGGAGGATTTATATGTACCTTAATGGCCCTGGCGGTGATCT
AACTCCGAGTCTAGCTATCTATGATACGATGAAGAGCTTGAAAAGTCCTGTTGGGACGCA
TTGTGTTGGGCTTGCCTATAACCTTGCTGGTTTTCTTCGTGCTGCCGGTGAAAAGGGTCA
ACGGTTTGCGATGCCATTGTCAAGAATTGCCCTCCAGTC

QA 1 219 1 219
DS 

RD RR3CP07TF 709 0 0
GGGTTGTTGGG
CTCTCGAACAACACACGCTCGACGACCATGGCGGTATCGTTTAACACAACCCTTCACCAG
TCCTCTCTGAGTCCGTGCTGTAGCATCAAGCTCTACTCTGGGTTGAAGCCTCAATCTTCA
AGCTTTTTGAGAAATGGGTATCAGAATTTGAACAAGGAGTTCTATGGCAGGATTCACAAG
AGTTTGCAATCCGGGACGGGGAAAGCGAGTAGGTCAAGGGTGAAGATGATGCCTATTGGT
ACACCTAGAGTTCCCTACCGAAACAGAGAGGAAGGCACTTGGCAATGGGTTGATATTTGG
AACGCCCTTTATCGAGAGCGTGTGATCTCCATTGGACAAAACATTGACGAAGAGTTTAGC
AACCAGATATTAGCAACTATGTTGTATCTCGATACTCTTGATGACTCCAGGAGGATTTAT
ATGTACCTTAATGGCCCTGGCGGTGATCTAACTCCAAGTCTAGCTATCTATGATACGATG
AAGAGCTTGAAAAGTCCTGTTGGGACGCATTGTGTTGGGCTTGCCTATAACCTTGCTGGT
TTTCTTCTTGCTGCCGGTGAAAAGGGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTCAAGAATTGCC
CTCCAGTCACCAGCTGGTGCAGCCCGTGGTCAGGCTGATGATATCCAAAATGAAGCGAAA
TAGCTTTCAAGGATAAGAGATTACCTCTTCAACGAACT

QA 12 709 12 709
DS 

RD RR3AL43JQ 724 0 0
ATCGAGAGCGTGTGATCTTCATTGGACAAAACATTGACGAAGAGTTTAGCAACCAGATAT
TAGCAACTATGCTGTATCTCGATACTCTTGATGACTCCAGGAGGATTTATATGTACCTTA
ATGGACCTGGCGGTGATCTAACTCCGAGTCTAGCTATCTATGATACGATGAAGAGCTTGA
AAAGTCCGGTTGGGACACATTGTGTTGGGCTTGCCTATAACCTTGCTGGTTTTCTTCTTG
CTGCCGGTGAAAAGGGTCAACGGTTTGCGATGCCATTGTCAAGAATCGCCCTCCAGTCAC
CAGCTGGTGCTGCTCGTGGTCAGGCTGATGATATCCAAAATGAAGCGAAAGAGCTTTCAA
GGATAAGAGATTACCTCTTCAACGAACTAGCCAAGAATACAGGACAGCCTGCGGAAACGA
TCTTCAAAGACTTGAGCAGAATGAAGAGGTTCAACGCAGAAGAAGCTATTGAGTACGGAC
TTATCGATAAGATTGTTAGACCACCGCGCATCAAAGCCGACGCTCCTCGCCAAGATGAAA
CCTCTGGTCTCGGTTAATCTGTTTTTTTTTCACATTTGGTAATGTTGTCATAGTTTAACA
AGCTTAAAGTTGATTGTTCCTGGTGTGAGATTGTTACCCGAATTAAAATCACTTTGCTTG
TTATTACTCCCCACTGGGTTCTACAAACATTTTTAAAGCTGAGATGAACATTTTCTAAGC
TCCC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 4

CO CL1903Contig1 1152 4 12 U
AAATGAGAGTTTGAACCTTGTAGCATTATACGGTTTCAAGAGATTGAGAGTTTGCTTCGT
TGATCAAATTACAAAAGGCTTCTCTCTCAAAGACTAAAAAAAAAAACCCTGTTGGTTTTT
CCAAAACTCGTTGTTTGAGGGGTGAGGCTACAAAAGTGCAACTCTTTGTTCTTAAACCCT
AAAGAACGAGAAAGAGTTAAACCGTAAAATGCAAGAAACTTAAAACAGAAATGTGTATTC
CCCTGCTGCTACACTTTTCCCTCAATAGATTTTGAGAATATTATTCAAACAGATCTTATA
CTTGCAAAATAATGGATCCAAGTCCACCTCAGTTGAAAAGAGCTTCATTCTTGTTTAACT
CATCCAGATCCACACTCACTCTTAAACCCGACTTCGCCAAAGCATTCACCATTCCAGGGA
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CATCAGGATATGCCTGGCAAATAATTTGGATGACAGCAGCAGCTTCTTCAGGTTTATGTT
CTAGCAAAAAACCCTTTGCACATGAAAAGGCTGCGGAAAGAGTGTGTTGGGTGTAAGTCT
CAGATCTCAGCTTATCAACCTTCCATAACGCCTCTGTGACACCTCTTTTGGCAGCAAATT
CCATCCATACATCAAATGTGGTCTTCCTTAACTTGACTCCAGCTTTGCAGAATTTCTTAG
AATACTTAGCTAATAGATCCCAGCTATCTGTCTCATGACAGATCCTGAAAACTAAATCCG
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TATACGGAGATTAGACAAACCTAAATCTCCTGAGATTCTGGAGAGCGTCAAAGAGGAAAC
TAATGTCATCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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DS 

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ATCGCTCCCACACGTACACAAAGTCTTAGCAAACTTGCCGGCATAGATTGCAAATTAAAA
GTTGTCATGTATACGGAGATTAGACAAACCTAAATCTCCTGAGATTCTGGAGAGCGTCAA
AGAGGAAACTAATGTCATCCT

QA 1 321 1 321
DS 



AS 1 5

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GAGTCTTCCTCCGAGATAAGAAGATCAAGCTACGAGCGTGAGAATCTCGACGACGCGAGC
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CTTGGTGATGCTATTGATTATCTTAAAGAGCTTTTACAGAGAATCAATGATCTTCATACC
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CAAACGCTGAGTTACCGTGTTAAGGAAGAGTTGTGTCCTTCTTCTTCTTCCTTTCCAAGC
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TTCCGTGCTGAGCAATGCCAAGAAGGCCATGATGTGGTGCCTGAACAGATCAAAGCAGTG
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TTTTTCATCAAAGTTTTTTAACCATATGTATTTCATATGATAACTGTTTTATCTTTTAGC
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TGTGTTTTCCAATGCTTTGCTCTTGTACAAGAACACGTAGAACACACATGGAAAAAGAGT
AAACAGTGCATCCACACAAAAGAAAG


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H541TF U 1
AF RR3EM19TF U 638
AF RR3DO20JQ C 545
AF RR3DO20TF U 545
AF RR3H541JQ C 461
BS 1 685 RR3H541TF
BS 686 686 RR3EM19TF
BS 687 704 RR3H541TF
BS 705 705 RR3EM19TF
BS 706 743 RR3H541TF
BS 744 957 RR3EM19TF
BS 958 970 RR3DO20TF
BS 971 1046 RR3H541JQ

RD RR3H541TF 743 0 0
GCACTGTTCCAGAAACGAGCTGCGATGCGTCAGAGCTCAAGCAGCAAAACGTGCAACTCG
GAGTCTTCCTCCGAGATAAGAAGATCAAGCTACGAGCGTGAGAATCTCGACGACGCGAGC
ACTGGAATCACAGACATCATCTCCGATGAGCATAACAACAACAACAACAAAGGCAAGAAA
AAAGGAATGCCTGCTAAGAATCTAATGGCTGAGAGAAGAAGAAGGAAGAAGCTTAACGAT
AGACTCTACATGCTCAGATCAGTAGTCCCCAAGATCAGTAAAATGGATAGAGCATCTATA
CTTGGTGATGCTATTGATTATCTTAAAGAGCTTTTACAGAGAATCAATGATCTTCATACC
GAACTTGAATCTACTTCTCCACCGAGTTCTTCAAGCTTGCATCCGTTAACACCGACCACG
CAAACGCTGAGTTACCGTGTTAAGGAAGAGTTGTGTCCTTCTTCTTCTTCCTTTCCAAGC
CCTAAAGACCAGCAAGCTAGAATTGAGGTTAAGCTAAGAGAAGGAAAGGCAGTGAACATC
CACATGTTCTGTGGACGACGACCTGGTCTTTTACTTTCCACCATGAGAGCTCTGGATAAC
TTAGGATTGGATGTTCAACAAGCTGTAGTTAGCTGCTTCAACGGGTTTGCTTTGGATGTT
TTCCGTGCTGAGCAATGCCAAGAAG*CCATGATGTGGTGCCTGA*CAGATCAAAGCAGTG
CTGTTAGACACTGTGGGCTACAC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3EM19TF 320 0 0
G
CAACGGGTTTGCTTTGGATGTTTTCCGTGCTGAGCAATGCCAAGAAGGCCATGATGTGGT
GCCTGAACAGATCAAAGCAGTGCTGTTAGACACTGTGGGCTACACCGGTTTGGTTTGAGG
AGTCCAGTGAAGAAGTATGTGTGTGAAAACAGAGCTACATCTAAAGCCTTTTCTTTAGTT
CTGTAGTTTTCTTCTTACTTAGTTTTTCATCAAAGTTTTTTAACCATATGTATTTCATAT
GATAACTGTTTTATCTTTTAGCTTTGAAACAAAACATGTGTTTTGCTTTTTACAACTTTT
TATTTAGCTTTTTTCTGAG

QA 2 320 2 320
DS 

RD RR3DO20JQ 426 0 0
G
GTTCTGTGGACGACGACCTGGTCTTTTACTTTCCACCATGAGAGCTCTGGATAACTTAGG
ATTGGATGTTCAACAAGCTGTAGTTAGCTGCTTCAACGGGTTTGCTTTGGATGTTTTCCG
TGCTGAGCAATGCCAAGAAGGCCATGATGTGGTGCCTGAACAGATCAAAGCAGTGCTGTT
AGACACTGTGGGCTACACCGGTTTGGTT*GAGGAGTCCAGTGAAGAAGTATGTGTGTGAA
AACAGAGCTACATCTAAAGCCTTTTCTTTAGTTCTGTAGTTTTCTTCTTACTTAGTTTTT
CATCAAAGTTTTTTAACCATATGTATTTCATATGATAACTGTTTTATCTTTTAGCTTTGA
AACAAAACATGTGTTTTGCTTTTTACAACTTTTTATTTAGCTTTTTTCTGAGAAATGTGT
TTTCC

QA 2 426 2 426
DS 

RD RR3DO20TF 426 0 0
G
GTTCTGTGGACGACGACCTGGTCTTTTACTTTCCACCATGAGAGCTCTGGATAACTTAGG
ATTGGATGTTCAACAAGCTGTAGTTAGCTGCTTCAACGGGTTTGCTTTGGATGTTTTCCG
TGCTGAGCAATGCCAAGAAGGCCATGATGTGGTGCCTGAACAGATCAAAGCAGTGCTGTT
AGACACTGTGGGCTACACCGGTTTGGTT*GAGGAGTCCAGTGAAGAAGTATGTGTGTGAA
AACAGAGCTACATCTAAAGCCTTTTCTTTAGTTCTGTAGTTTTCTTCTTACTTAGTTTTT
CATCAAAGTTTTTTAACCATATGTATTTCATATGATAACTGTTTTATCTTTTAGCTTTGA
AACAAAACATGTGTTTTGCTTTTTACAACTTTTTATTTAGCTTTTTTCTGAGAAATGTGT
TTTCC

QA 2 426 2 426
DS 

RD RR3H541JQ 586 0 0
CTTCTTCTTCCTTTCCAAGCCCTAAAGACCAGCAAGCTAGAATTGAGGTTAAGCTAAGAG
AAGGAAAGGCAGTGAACATCCACATGTTCTGTGGACGACGACCTGGTCTTTTACTTTCCA
CCATGAGAGCTCTGGATAACTTAGGATTGGATGTTCAACAAGCTGTAGTTAGCTGCTTCA
ACGGGTTTGCTTTGGATGTTTTCCGTGCTGAGCAATGCCAAGAAGGCCATGATGTGGTGC
CTGAACAGATCAAAGCAGTGCTGTTAGACACTGTGGGCTACACCGGTTTGGTTTGAGGAG
TCCAGTGAAGAAGTATGTGTGTGAAAACAGAGCTACATTTAAAGCCTTTTCTTTAGTTCT
GTAGTTTTCTTCTTACTTAGTTTTTCATCAAAGTTTTTTAACCATATGTATTTCATATGA
TAACTGTTTTATCTTTTAGCTTTGAAACAAAACATGTGTTTTGCTTTTTACAACTTTTTA
TTTAGCTTTTTTTTGAGAAATGTGTTTTCCAATGCTTTGCTCTTGTACAAGAACACGTAG
AACACACATGGAAAAAGAGTAAACAGTGCATCCACACAAAAGAAAG

QA 1 586 1 586
DS 



AS 2 5

CO CL1905Contig1 427 3 9 U
TTTTTGCATCGCCGCTAAGCTTTCTCACCTCCGTCTCTCACCGAGCCGTCGTCTTCAGAA
TGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTCAAAGTGATGGGACGTACTGGATCCAGGG
GTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTGAAGTTCACTGACTCTGATCGTTACATTATGAGAAACG
TCAAGGGACCCGTGAGAGAAGGTGACATCCTCACTTTGCTCGATTCTGAGAGAGAAGCTA
GGAGACTTCGTTGATTCGTCTTGTTCCTTTCTCCACTACAGAACTATGTCTGCTTATCTT
GCTCTTTTTTTTTTTGTTTTCTGTGTCTGGATTAGTGATTATGCATTCGAACTGAATTTT
GTTTTTGCTGTAAGACATTTCATGGATTGATTTTTGTTCTGGTCTTATCATATTGTTGTC
TGAACCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3CC68TF U 1
AF RR3GA13JQ C 1
AF RR3GA13TF U 1
BS 1 42 RR3CC68TF
BS 43 43 RR3GA13TF
BS 44 223 RR3CC68TF
BS 224 224 RR3GA13TF
BS 225 312 RR3CC68TF
BS 313 315 RR3GA13TF
BS 316 325 RR3CC68TF
BS 326 326 RR3GA13TF
BS 327 427 RR3CC68TF

RD RR3CC68TF 427 0 0
TTTTTGCATCGCCGCTAAGCTTTCTCACCTCCGTCTCTCACCTAGCCGTCGTCTTCAGAA
TGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTCAAAGTGATGGGACGTACTGGATCCAGGG
GTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTGAAGTTCACTGACTCTGATCGTTACATTATGAGAAACG
TCAAGGGACCCGTGAGAGAAGGTGACATCCTCACTTTGCTCGAGTCTGAGAGAGAAGCTA
GGAGACTTCGTTGATTCGTCTTGTTCCTTTCTCCACTACAGAACTATGTCTGCTTATCTT
GCTCTTTTTTTT***GTTTTCTGTGACTGGATTAGTGATTATGCATTCGAACTGAATTTT
GTTTTTGCTGTAAGACATTTCATGGATTGATTTTTGTTCTGGTCTTATCATATTGTTGTC
TGAACCC

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR3GA13JQ 426 0 0
TTTTTGCATCGCCGCTAAGCTTTCTCACCTCCGTCTCTCACCGAGCCGTCGTCTTCAGAA
TGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTCAAAGTGATGGGACGTACTGGATCCAGGG
GTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTGAAGTTCACTGACTCTGATCGTTACATTATGAGAAACG
TCAAGGGACCCGTGAGAGAAGGTGACATCCTCACTTTGCTCGATTCTGAGAGAGAAGCTA
GGAGACTTCGTTGATTCGTCTTGTTCCTTTCTCCACTACAGAACTATGTCTGCTTATCTT
GCTCTTTTTTTTTTTGTTTTCTGTGTCTGGATTAGTGATTATGCATTCGAACTGAATTTT
GTTTTTGCTGTAAGACATTTCATGGATTGATTTTTGTTCTGGTCTTATCATATTGTTGTC
TGAACC

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR3GA13TF 426 0 0
TTTTTGCATCGCCGCTAAGCTTTCTCACCTCCGTCTCTCACCGAGCCGTCGTCTTCAGAA
TGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTCAAAGTGATGGGACGTACTGGATCCAGGG
GTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTGAAGTTCACTGACTCTGATCGTTACATTATGAGAAACG
TCAAGGGACCCGTGAGAGAAGGTGACATCCTCACTTTGCTCGATTCTGAGAGAGAAGCTA
GGAGACTTCGTTGATTCGTCTTGTTCCTTTCTCCACTACAGAACTATGTCTGCTTATCTT
GCTCTTTTTTTTTTTGTTTTCTGTGTCTGGATTAGTGATTATGCATTCGAACTGAATTTT
GTTTTTGCTGTAAGACATTTCATGGATTGATTTTTGTTCTGGTCTTATCATATTGTTGTC
TGAACC

QA 1 426 1 426
DS 



CO CL1905Contig2 397 2 2 U
TTTTTGCATCGCCGCTAAGCTTTCTCACCTCCGTCTCTCACCGAGCCGTCGTCTTCAGAA
TGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTCAAAGTGATGGGACGTACTGGATCCAGGG
GTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTGGAGTTCACTGACTCTGATCGTTACATTATGAGAAACG
TCAAGGGACCCGTGAGAGAAGGTGACATCCTCACTTTGCTCGAGTCTGAGAGAGAAGCTA
GGAGACTTCGTTGATTCGTCTTGTTCCTTTCTCCACTACAGAACTATGTCTGCTTATCTT
GCTTTTTTTTTTCTGTGACTGGATTAGTGATTATGCATTCGAACTTAATTTTGTTTTTGC
TGTAAGACATTTCATGGATTGATTTTTGTTCTGGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3DJ80JQ C 1
AF RR3DJ80TF U 1
BS 1 396 RR3DJ80TF
BS 397 397 RR3DJ80JQ

RD RR3DJ80JQ 397 0 0
TTTTTGCATCGCCGCTAAGCTTTCTCACCTCCGTCTCTCACCGAGCCGTCGTCTTCAGAA
TGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTCAAAGTGATGGGACGTACTGGATCCAGGG
GTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTGGAGTTCACTGACTCTGATCGTTACATTATGAGAAACG
TCAAGGGACCCGTGAGAGAAGGTGACATCCTCACTTTGCTCGAGTCTGAGAGAGAAGCTA
GGAGACTTCGTTGATTCGTCTTGTTCCTTTCTCCACTACAGAACTATGTCTGCTTATCTT
GCTTTTTTTTTTCTGTGACTGGATTAGTGATTATGCATTCGAACTTAATTTTGTTTTTGC
TGTAAGACATTTCATGGATTGATTTTTGTTCTGGTCC

QA 1 397 1 397
DS 

RD RR3DJ80TF 397 0 0
TTTTTGCATCGCCGCTAAGCTTTCTCACCTCCGTCTCTCACCGAGCCGTCGTCTTCAGAA
TGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTCAAAGTGATGGGACGTACTGGATCCAGGG
GTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTGGAGTTCACTGACTCTGATCGTTACATTATGAGAAACG
TCAAGGGACCCGTGAGAGAAGGTGACATCCTCACTTTGCTCGAGTCTGAGAGAGAAGCTA
GGAGACTTCGTTGATTCGTCTTGTTCCTTTCTCCACTACAGAACTATGTCTGCTTATCTT
GCTTTTTTTTTTCTGTGACTGGATTAGTGATTATGCATTCGAACTTAATTTTGTTTTTGC
TGTAAGACATTTCATGGATTGATTTTTGTTCTGGTC
C

QA 1 396 1 396
DS 



AS 1 3

CO CL1906Contig1 1973 3 3 U
GGATCTTCTCTCTCACTCCTAAGATTTAAATTCACACGTTAATATAGCTTCAATAACAAT
CTTTTTCATTTATATATTTTCCTCTCATATCTCAGATCTTCTATCACACCCCTCTTCCAT
TGATCTTTGAACCATAAAGAAAGTGTTATTGTCTTAAATAATCAACATTAGGTCTCATAT
GGACCAAGATGATCAGAAAGACGAAGCAGAGACGGTGACTTGCGGTAACAGCAAATGCAA
GAGCAAGATCGTCCCTGGAGATGGTCAAGCTGGAGACGAAACCATGAAGAAGAAACCGCT
GAAGACGACAAGACGACGTCAGTTAATGTCGTTTAGCGAGCTTCCAGATTACATGAAGGA
TAACGAATTTATATTGAATTATTATAGAGCTGATTGGTCCATTAGAGATGCTTTCTTCAG
CGTCTTAAGTTTCCACAATGAGTCCCTCAACGTTTGGACACATTTACTAGGTTTTATCTT
ATTTGTGGCACTTACTGTCGCCAACGTTATTCATCACGATAAGTTCTTCCCCGTGGATGC
AAAGAGTCCAGGGAATGTAACAAGATGGCCATTCTTTGTATTCTTAGCAGGCTCAATGTT
CTGCCTACTCTCAAGCAGCATTTGTCACCTCTTCTGCTGCCACTCCAAAGACCTTAACCT
CTTCCTCCTCCGCATAGACTATACCGGTATAGCCGTCATGATCATCACTTCCTTCTTCCC
AGCAATGTACTACATCTTCCAATGCACTCCTCGTTGGTATGTCATCTACCTCACAGGCAT
CACCTCTATGGGAATCTTCACAATCATCACACTCTTCACTCCCTCACTTTCCTCTCCCAA
GTACCGAGGTTTTCGCGCTTTGCTTTTCGCCTCCATGGGGCTCTTCGGAATAGTCCCAGC
TGTCCATGCGCTAGTGGTTAACTGGGGAAACCCGCAAAGGAACGTGACGCTCATGTACGA
GCTGGCTATGGCAGTGTTTTATCTTGTTGGGACAGGGTTCTATGTAGGGAGAGTGCCTGA
GAGGTTTAAACCGGGTTGGTTCGATCGTGTGGGACATAGTCATCAGATCTTCCATGTGTT
TGTTTTGTTGGGTGCCTTGTCTCACTATGCAGCTGCTCTCTTGTTCTTGGACTGGCGTGA
CCATGTTAGTTGCTAAACCAATAAATATATATTTGTAATTCTTTTGAATTAAAAAAAATA
TTATTATTACTTTGTTTGTATCACATGGAAAGAAATTGTAATAACCGTGTTGTTACATCA
AATTGTAATAACCGTGTTGTACATCAAATTGTAATTCATCAAATCATAACTCAATTTCCA
TTGCATGTAATCGTCTGGTCTCTGAAGGCGTCTTTTCCAACTCAAAAGTGACCAAACCAG
AGGAGGCATCATAGTCAAATGCAACTTCGTTTGACTCAACAACACATCTCTTAGGCTTCA
CAGATGAGTAAGCTCCAAATTTACCACACCCTTTGGCTTCCATTACAACTTTCATCTCCT
CAACGTCATATCTAAGTCATTCGATAGCTCCTCCCGAATTGTACATGTTTACAAGACCGA
GCGGAGCAAATGAGACACCATCACTAGCTAGGTGAGTAATGGGACTCACAGTGAAGATCT
CATGCTCACGGATCTTCAGTGAGATCGGTAGAGACACATTGTATGGCATAACGTTGAGTT
CTCCTCTGCTTTGGGAGTAAACAGCACAGTCTCCGTTCCAGGTCTTTGGATCAGTGGAGG
CCTCGGATATCAAATGAACATCACGACCACGGATAGAGCCGGTGATGCATTCAGTTTGTG
TCTGGTGGAAGATGTTTTTCCTTTCCGTGCTACTCCAAGCTGCTCCTTGGCAGTTGTACA
CACCAAGAACTCCAGTGTATTTGTTCATGTTCCATATCTTTAGCAAGCTAACACCATCCC
GGGCAGGATCTGCGAATAAACAATCTTGTGTTGGTCTACCAGGCAATCGAGCA


BQ
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TGATCTTTGAACCATAAAGAAAGTGTTATTGTCTTAAATAATCAACATTAGGTCTCATAT
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GAGCAAGATCGTCCCTGGAGATGGTCAAGCTGGAGACGAAACCATGAAGAAGAAACCGCT
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ATTTGTGGCACTTACTGTCGCCAACGTTATTCATCACGATAAGTTCTTCCCCGTGGATGC
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GGCTCTTCGGAATAGTCCCAGCTGTCCATGCGCTAGTGGTTAACTGGGGAAACCCGCAAA
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TCTTGTTCTTGGACTGGCGTGACCATGTTAGTTGCTAAACCAATAAATATATATTTGTAA
TTCTTTTGAATTAAAAAAAATATTATTATTACTTTGTTTGTATCACATGGAAAGAAATTG
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TCAAATCATAACTCAATTTCCATTGCATGT

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AATGGGACTCACAGTGAAGATCTCATGCTCACGGATCTTCAGTGAGATCGGTAGAGACAC
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CTTTAGCAAGCTAACACCATCCCGGGCAGGATCTGCGAATAAACAATCTTGTGTTGGTCT
ACCAGGCAATCGAGCA

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DS 



AS 1 5

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TCATAGATTCTCCCCCGGACACGCTCAAAAGCGTCCAGAGAACTTTCGCAAGTCGATGGA
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CGCAGGGTTCTCTAAAGCTCTAGGCCTCCAAAAAAACGGATGGCCCAAAGAAATTATACC
TCTAGGACACCAATATGCGTACTACACAATTAGACAGAAGCTTAGGGACATGTTTGCAAA
AAACAAGAACCTTAAGTTTATT*CTAACGGGTCACAGCCTTGGTGGCGCACTAGCTGCTC
TTTTTCCGGCAGTACTGGCGATTCACGGTGAGGATGAGTTGCTAGATAAACTAGAGGGAG
TGTACACATTTGGACAGCCACGCATAGGGGATGAGGTGTTTGGGGAGTTTATGAAGGAAG
TAGTGAGAAAGCATGGAATAGAGTATGAGAGGTTTGTTTATAACAACGATATTGTGCCTA
GGATACCCTTTGATGACAAGGTTTTATTCGCGTTCAAGCACTACGGATCTTGCAATTACT
TCAATAGTCTCTACAAAGGAAAGGTAAGGGAAGATGCACCAAATGCAAATTACTTCAGCT
TGTTGTGGCTAATACCGAAGCTGTTAAATGGTGCGTGGGAGTTCATAAGGAGTTTCATAA
TACGGTTTTGGAAAGGCAGAGACTACAAAGAAAATTGGATTATGACGTTTATTAGGATTT
TTGGAATAATATTCCCTGGTGCCTCTAATCATCTGCCATATGATTACGTTAACTCCACAC
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TTGCTTAACTCAAAGCCACTCTAAATTTGTAGTAATCGTATCTACTTTATGCGCTCTTGT
TGGGTTCAATAAATTGTACTGGAGCATTTATTCTCGTTATATGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AI70TF U 38
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AF RR3HA58TF U 448
AF RR3BB30JQ C 626
AF RR3AI70JQ C 724
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BS 991 1092 RR3HA58TF
BS 1093 1484 RR3BB30JQ

RD RR3AI70TF 727 0 0
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GCTCTTAAGAGAACCCTTTGCATCCGTAGGTCGTTTCCTCACCTATTGGCCTAATCTTCT
TACGGCAAATGGAGGCTTCTTCAAGTTGATACTTCATATTTTGACAGGAAATTTGGTACA
GCCTGAGGAATCGTCGGCGACATATGTGTCATTTGTAGGATGCACAGATCGAAGAGTAGA
GCTTGACAAGAAGATAAGTGTTGGTACCATCGAGTACAAGTCGATGTTGTCAATAATGGC
TTCTAAGGTCTCTTATGAGAACAAATCTTTCATCACTTCCGTAGTAAAGAACACTTGGAA
GATGGACTTCGTGAGTTACTACGACTTTTACAACGCATTCCAAAATAGAAACCTGACGCA
AGCCTTCGTATTCAAAGCATCGAGTACAAATCCAAATCTTATCGTCGTTAGCTTCAGAGG
AACCGAGCCTTT*CGACGTTGATGATTGGTGCACTGATCTCGACATCTCTTGG*TACGAG
TTGAAAAACGTTGGCAAAGTTCACGCAGGGTTCTCTAAAGCTCTAGGCCTCCAAAAAAAC
GGATGGCCCAAAGAAATTATACCTCTAGGACACCAATATGCGTACTACACAATTAGACAG
AAGCTTA

QA 1 727 1 727
DS 

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TCATAGATTCTCCCCCGGACACGCTCAAAAGCGTCCAGAGAACTTTCGCAAGTCGATGGA
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GATTGGTGCACTGATCTCGACATCTCTTGGGTACGAGTTGAAAAACGTTGGCAAAGTTCA
CGCAGGGTTCTCTAAAGCTCTAGGCCTCCAAAAAAACGGATGGCCCAAAGAAATTATACC
TCTAGGACACCAATATGCGTACTACACAATTAGACAGAAGCTTAGGGACATGTTTGCAAA
AAC**AGAACCTTAAGTTTATTTCTAACGGGTCACAGCCTTGGTGGCGCACTAGCTGCTC
TTTT

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR3HA58TF 645 0 0
G
CACTTGGAAGATGGACTTCGTGAGTTACTACGACTTTTACAACGCATTCCAAAATAGAAA
CCTGACGCAAGCCTTCGTATTCAAAGCATCGAGTACAAATCCAAATCTTATCGTCGTTAG
CTTCAGAGGAACCGAGCCTTT*CGACGTTGATGATTGGTGCACTGATCTCGACATCTCTT
GG*TACGAGTTGAAAAACGTTGGCAAAGTTCACGCAGGGTTCTCTAAAGCTCTAGGCCTC
CAAAAAAACGGATGGCCCAAAGAAATTATACCTCTAGGACACCAATATGCGTACTACACA
ATTAGACAGAAGCTTAGGGACATGTTTGCAAAAAACAAGAACCTTAAGTTTATT*CTAAC
GGGTCACAGCCTTGGTGGCGCACTAGCTGCTCTTTTTCCGGCAGTACTGGCGATTCACGG
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GGGGTTTGTTTATAACAACGATATTGTGCCTAGGATACCCTTTGATGACAAGGTTTTATT
CGCGTTCAAGCACTACGGATCTTGCAATTACTTCAATAGTCTCT

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DS 

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TCTT
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AAAAAAACGGATGGCCCAAAGAAATTATACCTCTAGGACACCAATATGCGTACTACACAA
TTAGACAGAAGCTTAGGGACATGTTTGCAAAAAACAAGAACCTTAAGTTTATT*CTAACG
GGTCACAGCCTTGGTGGCGCACTAGCTGCTCTTTTTCCGGCAGTACTGGCGATTCACGGT
GAGGATGAGTTGCTAGATAAACTAGAGGGAGTGTACACATTTGGACAGCCACGCATAGGG
GATGAGGTGTTTGGGGAGTTTATGAAGGAAGTAGTGAGAAAGCATGGAATAGAGTATGAG
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GCGTTCAAGCACTACGGATCTTGCAATTACTTCAATAGTCTCTACAAAGGAAAGGTAAGG
GAAGATGCACCAAATGCAAATTACTTCAGCTTGTTGTGGCTAATACCGAAGCTGTTAAAT
GGTGCGTGGGAGTTCATAAGGAGTTTCATAATACGGTTTTGGAAAGGCAGAGACTACAAA
GAAAATTGGATTATGACGTTTATTAGGATTTTTGGAATAATATTCCCTGGTGCCTCTAAT
CATCTGCCATATGATTACGTTAACTCCACACGCTTGGGAGGCTTGGCTCGACCATTTGCT
GCTACTACTCAAGAGGATAAACTTGCCCTTATTGCTTAACTCAAAGCCACTCTAAATTTG
TAGTAATCGTATCTACTTTATGCGCTCTTGTTGGGTTCAATAAATTGTACTGGAGCATTT
ATTCTCGTTATATGC

QA 5 859 5 859
DS 

RD RR3AI70JQ 761 0 0
AGGACACCAATATGCGTACTACACAATTAGACAGAAGCTTAGGGACATGTTTGCAAAAAA
CAAGAACCTTAAGTTTATT*CTAACGGGTCACAGCCTTGGTGGCGCACTAGCTGCTCTTT
TTCCGGCAGTACTGGCGATTCACGGTGAGGATGAGTTGCTAGATAAACTAGAGGGAGTGT
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ATAGTCTCTACAAAGGAAAGGTAAGGGAAGATGCACCAAATGCAAATTACTTCAGCTTGT
TGTGGCTAATACCGAAGCTGTTAAATGGTGCGTGGGAGTTCATAAGGAGTTTCATAATAC
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TGGGAGGCTTGGCTCGACCATTTGCTGCTACTACTCAAGAGGATAAACTTGCCCTTATTG
CTTAACTCAAAGCCACTCTAAATTTGTAGTAATCGTATCTACTTTATGCGCTCTTGTTGG
GTTCAATAAATTGTACTGGAGCATTTATTCTCGTTATATGC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 4

CO CL1908Contig1 1253 4 40 U
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BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
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20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BS66TF U 1
AF RR3GT27TF U 1
AF RR3AC50TF U 211
AF RR3GT27JQ C 505
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BS 753 779 RR3GT27TF
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BS 973 1253 RR3GT27JQ

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AAAACAACAGGCTGGGCTGCGAGAGACCCATCTGGGTTACTCTCTCCTTACACTTACACT
CTCAGAGAGACAGGACCAGAGGATGTGCACATCAGAATCATATGCTGTGGAATCTGCCAC
ACCGATCTTCATCAAACCAAAAACGATCTTGGCATGTCAAACTACCCCATGGTTCCTGGG
CACGAAGTTGTAGGGGAAGTGGTTGAGGTGGGATCAGATGTGAGCAAGTTCACCGCAGGT
GATATAGTTGGAGTTGGTTGTCTCGTTGGATGTTGTGGAGGTTGTAGTCCCTGCGAGAGA
GATCTTGAACAGTACTGTCCCAAGAAGATCTGGAGCTACAACGATGTTTACATCGATGGT
CAACCTACACAAGGCGGTTTTGCTAGAGCCACCGTCGTTCACCAAAAGTTTGTGGTGAAG
ATTCCAGAGGGAATGGCTGTTGAGCAGGCGGCACCACTACTGTGTGCCGGTGTGACTGTG
TACAGTCCACTGGCTC*CTTCGGGCTGAAGCGACCAGGCCTAAGAGGAGGCATA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3GT27TF 785 0 0
GG
AAGAAAGCTTTACAAACAGAGAAAGAATTCGAGAATGGGGAAAATGGAGGTAGAGAGGAA
AACAACAGGCTGGGCTGCGAGAGACCCATCTGGGTTACTCTCTCCTTACACTTACACTCT
CAGAGAGACAGGACCAGAGGATGTGCACATAAGAATTATATGCTGTGGAATCTGCCACAC
CGATCTTCATCAAACCAAAAACGATCTTGGCATGTCAAACTACCCCATGGTTCCAGGGCA
CGAGGTTGTTGGGGAAGTGGTGGAGGTGGGATCAGGTGTGAGCAAGTTCACCGCAGGGGA
TATAGTTGGAGTTGGTTGTCTCGTTGGATGCTGTGGAGGTTGTAGCCCCTGCGAGAGAGA
TCTGGAACAGTATTGTCCCAAGAAGATCTGGAGCTACAACGATGTTTACATCAATGGTCG
ACCTACACAAGGCGGTTTCGCTAGAGCCACCGTCGTTCACCAAAAGTTTGTGGTGAAGAT
TCCAGAAGGAATGGCTGTTGAGCAGGCGGCACCACTACTGTGTGCCGGTGTGACTGTGTA
CAGTCCACTGGCTCACTTCGGGCTGAAGCGACCAGGCCTAAGAGGAGGCATACTAGGGTT
AGGTGGAGTTGGTCACATGGGTGTGAAAATAGCCAAAGCAATGGGTCACCATGTGACTGT
CATAAGCTCATCAAACAAGAAGAGAGAAGAG*CTTTGAAAGATCTTGGAGCCGATGATTA
CGTGATCGGATCCGACCAAACGA*GATGA*CGAATTGGCAGATTCAATGGATTATAT
AATCGA

QA 3 779 3 779
DS 

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GGATCAGGTGTGAGCAAGTTCACCGCAGGGGATATAGTTGGAGTTGGTTGTCTCGTTGGA
TGCTGTGGAGGTTGTAGCCCCTGCGAGAGAGATCTGGAACAGTATTGTCCCAAGAAGATC
TGGAGCTACAACGATGTTTACATCAATGGTCAACCTACACAAGGCGGTTTCGCTAGAGCC
ACCGTCGTTCACCAAAAGTTTGTGGTGAAGATTCCAGAAGGAATGGCTGTTGAGCAGGCG
GCACCACTACTGTGTGCCGGTGTGACTGTGTACAGTCCACTGGCTCACTTCGGGCTGAAG
CGACCAGGCCTAAGAGGAGGCATACTAGGGTTAGGTGGAGTTGGTCACATGGGTGTGAAA
ATAGCCAAAGCAATGGGTCACCATGTGACTGTCATAAGCTCATCAAACAAGAAGAGAGAA
GAGGCTTTGAAAGATCTTGGAGCCGATGATTACGTGATCGGATCCGACCAAACGAAGATG
AACGAATTGGCGGATTCAATGGATTATATAATCGATACAGTCCCTGTCCATCATGCACTT
GAGCCTTACTTGTCTCTGCTTAGGCTTGATGGGAAACTCATACTCATGGGAGTTATCAGC
AATCCGTTGCAGTTTCTCACTCCTATGGTTATGCTTGGGAGGAAAGTGATAACGGGGAGT
TTCATTGGGAGCATGAAAGGAAACAGAGGAGATGCTTGAGTT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3GT27JQ 749 0 0
CAGGCGGCACCACTACTGTGTGCCGGTGTGACTGTGTACAGTCCACTGGCTCACTTCGGG
CTGAAGCGACCAGGCCTAAGAGGAGGCATACTAGGGTTAGGTGGAGTTGGTCACATGGGT
GTGAAAATAGCCAAAGCAATGGGTCACCATGTGACTGTCATAAGCTCATCAAACAAGAAG
AGAGAAGAGGCTTTGAAAGATCTTGGAGCCGATGATTACGTGATCGGATCCGACCAAACG
AAGATGAACGAATTGGCAGATTCAATGGATTATATAATCGATACGGTCCCTGTCCATCAT
GCACTTGAGCCTTACTTGTCTCTGCTTAGGCTTGATGGGAAACTCATACTCATGGGAGTT
ATCAGCAATCCGTTGCAGTTTCTCACTCCTATGGTTATGCTTGGGAGGAAAGTGATAACG
GGGAGTTTCATTGGGAGCATGAA*GGAAACAGAGGAGATGCTTGAGTTCTGTAAGGAGAA
GGGTTTGAGTTCAATCATCGAAGTTGTGAAGATGGATTATGTGAACACTGCGTTTGAGAG
ACTCGAGAAGAACGATGTGCGTTATAGGTTCGTGGTTGATGTCGAAGGAAGCAAACTTGA
GGCTTGAGTTACTTGAAACTAAAACATCTTTTGTCCTTCTTTACAAAACCTGATGATAAT
ATTTTATGTTTGTTTGTGAGCATAAAACTGATTTGTCGCTGCTTTTCATGTGAAAGCATA
TACTTATATGAGAACGTCTTTGTATGAGC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 5

CO CL1909Contig1 967 5 26 U
GGATCTAAATCCCTCGGTGTCTCTCACACCATCAATCCCAACGAAAAACCATCCAAAACA
ATGTACTCAGCATCGTCTGTAATAAAACGCCTCATTTTGATCCACGTATTTGCCATACAA
CTACTTCTGACAAACAGCGACTTGTCCTTAAACACGACCAATGCGTATCTCAACCACAAA
TGCTTAGTTAATCAAGGAAAATACAAGCCGGGAAGTGAGTACGAGGACCGTTTAAAAAGA
ACCATCAAAATGATCTATTCAGGCAGTAACAGAGGTTATGACGGGATCGGCGATCCCACT
TTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGCGGCGACTCCTACGGGCCCAAGTGCCATGACTGCTTT
GCCACTGCACTCTCTGCGCTTGGTAGGCGATGTCCTTGGTACAAGGGGAGGATAATATGG
TATGATCAGTGTCTTCTCGCGATTTCAACCTTCAATACTATTGGGAAGATAGATTACGAC
AATAACTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGGTGGGAGGAGATATAGGCTCGTTTATAATT
GCTTGGAATAATCTTATTCAAGATCTGACGACTTTTGCCACCAGTGGAGATAATTACACA
CTGTACTCTGTGGGAGAGACTCGGTACAAGGGTGATATGCTGTATGGAATGGTGCAGTGT
ACGAAAGGCTTATCGCCAAAAGCTTGTGAGGAGTGTGCGTCGTTTAATAGCTTGCATTTT
CAAGATTGCCTGAATACTAGACGAGGAGGGAGAGTTGTAGGTTTGAGCTGTAATTTTAGG
CTTGAGTTTTACCCGTTTATTGCCGAGCCCGTCCGGAATATTTAATGACCTAAAGAAATA
TTTAACTCTTTGCTTTCTTTTTTTTTCAATCAAAAGTTTATGTAAAATCGAGTGCTACTT
TACTCTTTTGAATGAATGTTTAAAGAATAAAACAACAAATTAGTGACAAATAAAAGAATA
GTTTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3FE24TF U 5
AF RR3FE11TF U 5
AF RR3FZ08TF U 1
AF RR3FE11JQ C 234
AF RR3FZ08JQ C 462
BS 1 21 RR3FZ08TF
BS 22 22 RR3FE11TF
BS 23 185 RR3FZ08TF
BS 186 186 RR3FE11TF
BS 187 245 RR3FZ08TF
BS 246 246 RR3FE11TF
BS 247 332 RR3FZ08TF
BS 333 333 RR3FE11TF
BS 334 335 RR3FZ08TF
BS 336 336 RR3FE11TF
BS 337 470 RR3FZ08TF
BS 471 471 RR3FE11TF
BS 472 667 RR3FZ08TF
BS 668 668 RR3FE11JQ
BS 669 733 RR3FZ08TF
BS 734 734 RR3FE11JQ
BS 735 760 RR3FZ08TF
BS 761 761 RR3FE11JQ
BS 762 786 RR3FZ08TF
BS 787 828 RR3FE11JQ
BS 829 829 RR3FZ08JQ
BS 830 865 RR3FE11JQ
BS 866 866 RR3FZ08JQ
BS 867 955 RR3FE11JQ
BS 956 956 RR3FZ08JQ
BS 957 967 RR3FE11JQ

RD RR3FE24TF 126 0 0
GG
AAATCCCTCGGTGTCTCTCACACCATCAATCCCAACGAAAAACCATCCAAAACAATGTAC
TCAGCATCGTCTGTAATAAAACGCCTCATTTTGATCCACGTATTTGCCATACAACTACTT
CTGA

QA 3 126 3 126
DS 

RD RR3FE11TF 735 0 0
GG
AAATCCCTCGGTGTCTCTCACACCATCAATCCCAACGAAAAACCATCCAAAACAATGTAC
TCAGCATCGTCTGTAATAAAACGCCTCATTTTGATCCACGTATTTGCCATACAACTACTT
CTGACAAACAGCGACTTGTCCTTAAACACGACCAATGCGTATCTCAACCACAAATGCTTA
GTTAATCAAGGAAAATACAAGCCGGGAAGTGAGTACGAGGACCGTTTAAAAAGAACCATC
AAAATGATCTATTCAGGCAGTAACAGAGGTTATGACGGGATCGGCGATCCCACTTTTTCC
GCTATCCTCCAGTGCCGCGGCGACTCCTACGGGCCCAAGTGCCATGACTGCTTTGCCACT
GCACTCTCTGCGCTTGGTAGGCGATGTCCTTGGTACAAGGGGAGGATAATATGGTATGAT
CAGTGTCTTCTCGCGATTTCAACCTTCAATACTATTGGGAAGATAGATTACGACAATAAC
TTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGGTGGGAGGAGATATAGGCTCGTTTATAATTGCTTGG
AATAATCTTATTCAAGATCTGACGACTTTTGCCACCAGTGGAGATAATTACACACTGTAC
TCTGTGGGAGAGACTCGGTACAAGGGTGATATGCTGTATGGAATGGTGCAGTGTACGAAA
G*CTTATCGCCAAAAGCTTGTGAGGAGTGTGTGTCGTTTACTAGCTTGCATTTTCAAGAT
TGCCTGA
TACTAG

QA 3 729 3 729
DS 

RD RR3FZ08TF 786 0 0
GGATCTAAATCCCTCGGTGTCGCTCACACCATCAATCCCAACGAAAAACCATCCAAAACA
ATGTACTCAGCATCGTCTGTAATAAAACGCCTCATTTTGATCCACGTATTTGCCATACAA
CTACTTCTGACAAACAGCGACTTGTCCTTAAACACGACCAATGCGTATCTCAACCACAAA
TGCTTGGTTAATCAAGGAAAATACAAGCCGGGAAGTGAGTACGAGGACCGTTTAAAAAGA
ACCATGAAAATGATCTATTCAGGCAGTAACAGAGGTTATGACGGGATCGGCGATCCCACT
TTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGCGGCGACTCATATGGGCCCAAGTGCCATGACTGCTTT
GCCACTGCACTCTCTGCGCTTGGTAGGCGATGTCCTTGGTACAAGGGGAGGATAATATGG
TATGATCAGTGTCTTCTCGCGATTTCAACCTTCAATACTATTGGGAAGATCGATTACGAC
AATAACTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGGTGGGAGGAGATATAGGCTCGTTTATAATT
GCTTGGAATAATCTTATTCAAGATCTGACGACTTTTGCCACCAGTGGAGATAATTACACA
CTGTACTCTGTGGGAGAGACTCGGTACAAGGGTGATATGCTGTATGGAATGGTGCAGTGT
ACGAAAG*CTTATCGCCAAAAGCTTGTGAGGAGTGTGCGTCGTTTAATAGCTTGCATTTT
CAAGATTGCCTGA*TACTAGACGAGGAGGGAGAGTTGTAG*TTTGAGCTGTAATTTTAGG
CTTGAG

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3FE11JQ 734 0 0
AAAAAGAACCATCAAAATGATCTATTCAGGCAGTAACAGAGGTTATGACGGGATCGGCGA
TCCCACTTTTTCCGCTATCCTCCAGTGCCGCGGCGACTCCTACGGGCCCAAGTGCCATGA
CTGCTTTGCCACTGCACTCTCTGCGCTTGGTAGGCGATGTCCTTGGTACAAGGGGAGGAT
AATATGGTATGATCAGTGTCTTCTCGCGATTTCAACCTTCAATACTATTGGGAAGATAGA
TTACGACAATAACTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGGTGGGAGGAGATATAGGCTCGTT
TATAATTGCTTGGAATAATCTTATTCAAGATCTGACGACTTTTGCCACCAGTGGAGATAA
TTACACACTGTACTCTGTGGGAGAGACTCGGTACAAGGGTGATATGCTGTATGGAATGGT
GCAGTGTACGAAAGGCTTATCGCCAAAAGCTTGTGAGGAGTGTGTGTCGTTTACTAGCTT
GCATTTTCAAGATTGCCTGAATACTAGACGAGGAGGGAGAGTTGTAGGTTTGAGCTGTAA
TTTTAGGCTTGAGTTTTACCCGTTTATTGCCGAGCCCGTCCGGAATATTTAATGAGCTAA
AGAAATATTTAACTCTTTGCTTTCTTTTTTTT*CAATCAAAAGTTTATGTAAAATCGAGT
GCTACTTTACTCTTTTGAATGAATGTTTAAAGAATAAAACAACAAATTAGTGACAAATAA
AATAATAGTTTCCT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3FZ08JQ 506 0 0
TGGGAAGATCGATTACGACAATAACTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGGTGGGAGGAGA
TATAGGCTCGTTTATAATTGCTTGGAATAATCTTATTCAAGATCTGACGACTTTTGCCAC
CAGTGGAGATAATTACACACTGTACTCTGTGGGAGAGACTCGGTACAAGGGTGATATGCT
GTATGGAATGGTGCAGTGTACGAAAGGCTTATCGCCAAAAGCTTGTGAGGAGTGTGCGTC
GTTTAATAGCTTGCATTTTCAAGATTGCCTGAATACTAGACGAGGAGGGAGAGTTGTAGG
TTTGAGCTGTAATTTTAGGCTTGAGTTTTACCCGTTTATTGCCGAGCCCGTCCGGAATAT
TTAATGACCTAAAGAAATATTTAACTCTTTGCTTTCTTTTTTTTTCAATCAAAAGTTTAT
GTAAAATCGAGTGCTACTTTACTCTTTTGAATGAATGTTTAAAGAATAAAACAACAAATT
AGTGACAAATAAAAGAATAGTTTCCT

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 5

CO CL1910Contig1 591 5 8 U
GGAAGGAGAGCTACTACTCTGCAACCATGTCGAAGCGAGGAAGAGGAGGAACCTCTGGAA
ACAAGTTCAGGATGTCACTTGGTCTTCCAGTGGCAGCCACCGTGAACTGTGCTGACAACA
CCGGAGCCAAGAACCTTTACATCATTTCCGTAAAGGGTATCAAGGGTCGTCTCAACCGTC
TGCCATCCGCCTGTGTTGGTGACATGGTCATGGCCACTGTGAAGAAAGGTAAACCTGATC
TCCGTAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGGAAGCCTTGGCGCCGAAAGG
ATGGTGTCTTCATGTACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCAAGGGTGAAA
TGAAGGGATCTGCCATCACTGGACCAATCGGAAAGGAGTGTGCTGACCTGTGGCCAAGGA
TCGCTAGTGCTGCAAACGCTATCGTTTAAAATCTATCTTTTTGTGTTCGTTGAACTTGTC
ACTGTTGAGGATGCTTTGTTTCTTAAATCTTGATTTGTGTTATTCCTTAAATCTTGATTT
TAGTTTCACCAGTTTTTTTGTTTCTCACGCTAGTTATTATGATTTGGTTCA


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 15 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D340JQ C 173
AF RR3D340TF U 2
AF RR3DY20TF U 1
AF RR3B996TF U 2
AF RR3F474TF U 5
BS 1 34 RR3DY20TF
BS 35 35 RR3B996TF
BS 36 44 RR3DY20TF
BS 45 45 RR3B996TF
BS 46 505 RR3DY20TF
BS 506 506 RR3B996TF
BS 507 541 RR3DY20TF
BS 542 591 RR3B996TF

RD RR3D340JQ 227 0 0
CAACCGTTTGCCATCCGCCTGTGTTGGTGACATGGTCATGGCCACTGTGAAGAAAGGTAA
ACCTGATTTCCGTAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCGGAGGAAGCCTTGGCG
CCGAAAGGATGGTGTTTTCATGTACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCAA
GGGTGAAATGAAGGGATTTGCCATCACTGGACCAATCGGAAAGGAGT

QA 1 227 1 227
DS 

RD RR3D340TF 527 0 0
GGA
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GTTCAGGATGTCACTTGGTCTTCCAGTGGCAGCCACCGTGAACTGTGCTGACAACACCGG
AGCCAAGAACCTTTACATCATTTCCGTAAAGGGTATCAAGGGTCGTCTCAACCGTCTGCC
ATCCGCCTGTGTTGGTGACATGGTCATGGCCACTGTGAAGAAAGGTAAACCTGATCTCCG
TAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCGGAGGAAGCCTTGGCGCCGAAAGGATGG
TGTCTTCATGTACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCAAGGGTGAAATGAA
GGGATCTGCCATCACTGGACCAATCGGAAAGGAGTGTGCTGACCTGTGGCCAAGGATCGC
TAGTGCTGCAAACGCTATCATTTAAAATCTATCTTTTTGTGTTCGTTGAACTTGT***TG
TTGAGGATGCTTTGTTTCTTAAATCTTGATTTGTGTTATTCCTT

QA 4 527 4 527
DS 

RD RR3DY20TF 541 0 0
GGAAGGAGAGCTACTACTCTGCAACCATGTCGAATCGAGGAAGATGAGGAACCTCTGGAA
ACAAGTTCAGGATGTCACTTGGTCTTCCAGTGGCAGCCACCGTGAACTGTGCTGACAACA
CCGGAGCCAAGAACCTTTACATCATTTCCGTAAAGGGTATCAAGGGTCGTCTCAACCGTC
TGCCATCCGCCTGTGTTGGTGACATGGTCATGGCCACTGTGAAGAAAGGTAAACCTGATC
TCCGTAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGGAAGCCTTGGCGCCGAAAGG
ATGGTGTCTTCATGTACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCAAGGGTGAAA
TGAAGGGATCTGCCATCACTGGACCAATCGGAAAGGAGTGTGCTGACCTGTGGCCAAGGA
TCGCTAGTGCTGCAAACGCTATCGTTTAAAATCTATCTTTTTGTGTTCGTTGAACTTGTC
ACTGTTGAGGATGCTTTGTTTCTTAGATCTTGATTTGTGTTATTCCTTAAATCTTGATTT
T

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3B996TF 590 0 0
GGA
GGAGAGCTACTACTCTGCAACCATGTCGAAGCGAGGAAGAGGAGGAACCTCTGGAAACAA
GTTCAGGATGTCACTTGGTCTTCCAGTGGCAGCCACCGTGAACTGTGCTGACAACACCGG
AGCCAAGAACCTTTACATCATTTCCGTAAAGGGTATCAAGGGTCGTCTCAACCGTCTGCC
ATCCGCCTGTGTTGGTGACATGGTCATGGCCACTGTGAAGAAAGGTAAACCTGATCTCCG
TAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGGAAGCCTTGGCGCCGAAAGGATGG
TGTCTTCATGTACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCAAGGGTGAAATGAA
GGGATCTGCCATCACTGGACCAATCGGAAAGGAGTGTGCTGACCTGTGGCCAAGGATCGC
TAGTGCTGCAAACGCTATCGTTTAAAATCTATCTTTTTGTGTTCGTTGAACTTGTCACTG
TTGAGGATGCTTTGTTTCTTAAATCTTGATTTGTGTTATTCCTTAAATCTTGATTTTAGT
TTCACCAGTTTTTTTGTTTCTCACGCTAGTTATTATGATTTGGTTCA

QA 4 590 4 590
DS 

RD RR3F474TF 544 0 0
GGAGAGCTACTACTCTGCAACCATGTCGAAGCGAGGAAGAGGAGGAACCTCTGGAAACAA
GTTCAGGATGTCACTTGGTCTTCCAGTGGCAGCCACCGTGAACTGTGCTGACAACACCGG
AGCCAAGAACCTTTACATCATTTCCGTAAAGGATATCAAGGGTCGTCTCAACCGTCTGCC
ATCCGCCTGTGTTGGTGACATGGTCATGGCCACTGTGAAGAAAGGTAAACCTGATCTCCG
TAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGGAAGCCTTGGCGCCGAAAGGATGG
TGTCTTCATGTACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCAAGGGTGAAATGAA
GGGATCTGCCATCACTGGACCAATCGGAAAGGAGTGTGCTGACCTGTGGCCAAGGATCGC
TAGTGCTGCAAACGCTATCGTTTAAAATCTATCTTTTTGTGTTCGTTGAACTTGTCACTG
TTGAGGATGCTTTGTTTCTTAGATCTTGATTTGTGTTATTCCTTAAATCTTGATTTT
AGTTTCA

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 4

CO CL1911Contig1 1060 4 12 U
GGAGGCATTCATAATTTAAATAAGCCTGGGATCATAATTTCTCATTTCCCCAACTAAAAC
CGGGGAAGATTTAAAAAAAAAAAAATCTAAAAAAATCACAAAAAAATGAGGGCCTCAACA
AGAGTCATATGGACAGTTTCTGTCCTTATGCTAGCGGCTGTGTCGGATGCCATCTTCCCT
CTGCCGTTTCTTCCGTTCCTCCCTGGCTTCCACAACGACGTTCACGGCAACAACGATGCT
TTGGAGGTTTCCAAACCAGTGGCTACCGGTGGAAACGCTGGAGGAAAAAGGAGATCAGGC
GGTGGTCAAGAAGCTCAGACAAACTGGCCTGGAAAGTGGGAGTTATTCTTGGAAAACTCG
GGTGTGTCAGCGATGCATGCAGGTCTGATGCCACTCATCAACCAGGTCCAGTTCTACGAC
GCAACCATCTGGAGAATCTCAAAGATCAAGCTGCCTCCGGGTGTTCCATGTCACGTGGTT
AACGCCAAGACAAACAAGATCGATTGTTGGGCTCATTCGGTTCTCGTTGATGTCAACACT
GGTGCCCTTAAGCCTCTATCCCTTGCTACTGATACATGGTGCTCATCTGGAGGTTTGACC
GTAAACGGAACAATGGTAAGCACTGGAGGATACGGAGGAGGAGCCAACACAGCTAGGTAC
CTAGCGGCTTGTCCAGACTGCGGATGGCATGAATACCCTCAG*CTTTGGCCGCGAAGAGA
TGGTACTCAACCCAAGCAACTCTCCCTGACGGAAAGTTCTTCATCATCGGAGGACGTGAC
GCCATGAACTACGAATACATCCCAGAGGAAGGACAAAACAACAAGAAGCTCTACGACTCT
TTGCTCCTAAAGCAAACAGACGACCCCGAAGAGAACAACCTCTACCCTTTCGTATGGCTT
AACACCGACGGTAACCTCTTCATCTTCGCAAACAACAGATCCATCCTCCTAAGCCCCAAA
ACAAACCAGGTCATCAAAGAGTTCCCTCAGCTCCCAGGTGGTTCCCGTAACTACCCTGGA
TCAGGCTCCTCAGCACTCCTCCCTATCCATCTTTACATGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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TCTTTACATGC

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DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN96JQ U 76
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AAATTCATTCATACATTTCGACCTTACTAATTACTCTTCCATAAACGTCTTAACATTCTT
CAACCAGAGCAAGTACTCTCTCTTCACTTTCCTCATCATGTACTGGTGCAAGAAGTTGGT
AGTGCTTGCTTTCACTCCTCTGATCTCCAGATACTTGTAGAATGTCTTCTTCAGATTCTC
GTCCAAGCATTCCAAATCAGGCCCTTCGTTCGCCAGTTTATCCTCCAAAGTACTACCCTG
ATTGCTCACAGATAAAGCATCAATGGCAATCTCTTCCGGGAAAGCCATACAGCTAAACTC
TAAGCTGAGCCCGCTCTTCTTGGTAA

QA 1 386 1 386
DS 

RD RR3D841JQ 661 0 0
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CTTTTGAAAGTCATTACCCATAAATTCTCAAAGATTCTGTAAACGTGAAAACACATGCAT
GCAAATAACGAACAGAAATTCATTCATACATTTCGACCTTACTAATTACTCTTCCATAAA
CGTCTTAACATTCTTCAACCAGAGCAAGTACTCTCTCTTCACTTTCCTCATCATGTACTG
GTGCAAGAAGTTGGTAGTGCTTGCTTTCACTCCTCTGATCTCCAGATACTTGTAGAATGT
CTTCTTCAGATTCTCGTCCAAGCATTCGAAATCAGGCCCTTCGTTCGCCAGTTTATCCTC
CAAAGTACTACCCTGATTGCTCACAGATAAAGCATCAATGGCAATCTCATCCGGGAAAGC
CATACAGCTAAACTCTAAGCTGAGCCCGCTCTTCTTGGTAACAGTCACAACTAGTGGAAT
ACTTGATCCATTGCTATGTCCATCCTCATCATCATCATCCTAGTCATCGTTTTCATCACC
GTCGAGACTAGGCATGCTCACTACAACCTTAACATGCTCCCCTTTGTAATCTCTAGTCAA
TGTTACAGTCTGATGCCCAGGATTGTCTTCAATTTTGAAAGGGAAGCTACCTGGAGCCGT
C

QA 1 661 1 661
DS 

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C
TAAAAAATGAACTTTTGAAAGTCATTACCCATAAATTCTCAAAGATTCTGTAAACGTGAA
AACACATGCTTGCAAATAACGAACAGAAATTCATTCATACATTTCGACCTTACTAATTAC
TCTTCCATAAACGTATTAACATTCTTCAACCAGAGCAAGTACTCTCTCTTCACTTTCCTC
ATCATGTACTGGTGCAAGAAGTTGGTAGTGCTTGCTTTCACTCCTCTGATCTCCAGATAC
TTGTAGAATGTCTTCTTCAGATTCTCGTCCAAGCATTCGAAATCAGGCCCTTCGTTCGCC
AGTTTATCCTCCAAAGTACTACCCTGATTGCTCACAGATAAAGCATCAATGGCAATCTCA
TCCGGGAAAGCCATACAGCTAAACTCTAAGCTGAGCCCGCTCTTCTTGGTAACAGTCACA
ACTAGTGGAATACTTGATCCATTGCTATGTCCATCCTCATCATCATCATCCTCGTCATCG
TTTTCATCACCGTCGAGACTAGGCATGCTCACTACAACCTTAACATGCTCCCCTTTGTAA
TCTCTAGTCAATGTTACAGTCTGATGCCCAGGATTGTCTTCAATTTTGAAAGGGAAGCCA
CCTGGAGCCGTC
TCTTC

QA 2 613 2 613
DS 

RD RR3D841TF 672 0 0
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CCTCCAAAGTACTACCCTGATTGCTCACAGATAAAGCATCAATGGCAATCTCATCCGGGA
AAGCCATACAGCTAAACTCTAAGCTGAGCCCGCTCTTCTTGGTAACAGTCACAACTAGTG
GAATACTTGATCCATTGCTATGTCCATCCTCATCATCATCATCCTAGTCATCGTTTTCAT
CACCGTCGAGACTAGGCATGCTCACTACAACCTTAACATGCTCCCCTTTGTAATCTCTAG
TCAATGTTACAGTCTGATGCCCAGGATTGTCTTCAATTTTGAAAGGGAAGCTACCTGGAG
CCGTCTCTTCATCCAAATCGGGATCATCGATTTGGAGAGCAGAGTTGATCTCGGAGTCAA
TCACGCGGAGAAGCGATTGCTCTGAGCTCATCCGATCAATAGCCGTCGAGTAAAGAGCAA
AAGGACGAAACGGAGATGTGTTGCGAGCAAGAGACGGACTACGGTTAACAACGGCGGAGA
TAGACCGGACTCGAACCATCCGATTACCACACACGGAAGCTAACCTAGATGCTGACCTGC
GTACGCACCAAGCGAAACCCATTGGCAACGGTTTATTAATGTGTTCTTCTTTCGATTCTG
TGAAAGCAAAAA

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 4

CO CL1913Contig1 1204 4 21 U
GGAAAACCAAAACCAAAACTTGGTTGTTCCCAATCTTCTAGGGTTTGCGATTTGGATCCT
TAATTCTCTCTCACACAGACACACCTGATTCTTTCTCATTCGTCCTCGATTCCGCATCCA
AGATGCCGCAAAGACACTCGAAGAACAACAACGATCTCGCGTACTTCACGTACGACGAGA
AGAAGAAGCTAGGGTACGGAACCCAGAGGGAGAGATTGGGGAAAGACTCGATCAAGCCCT
TCGATGCCTGTTCCCTCTGCTTGAAACCCTTCATCGATCCCATGTGTTGCCACAAGGGCC
ATGTCTTCTGCAGAGAGTGTATCCTCGAATGCTTCCTCGCCCAGAAGAAAGACATCCAGA
GGAGGCTTGCTGCCCATGCTTCTCAAAAGAATCAAGATAAGGACGAAGAAGAAGAGAGAC
TCATGTTACAAAAGGCTAGAGAGCTCGACGAATTTGATCAGCAAAACCATGGTGCTTTGC
CTCGGTACAGTGACAAGAGCCAAAGCCAGGACAAGAATGGTTTTCATGGGGCGAACAGTG
TGAAGGCGACTTCTTTTGAAGAAGAGGCGCTTAGGACAATGAAAGCCTTCTGGCTTCCAT
CGGCTACACCAGGAGCTTCAGTTAGAGTAGAAGCTCCGGAAACTCATACGACCTGTCCAG
AGGGCAAAGAGAAGCTCAAGCTTAAGAACCTATTTGCTATCCGTTTCACGGAAGATAACA
GCGAAGAGGAAGAGAAGAAGGCTAAATCGTCATCTTCAAGCTCTTATGACAAAACCTACA
TTTGCCCGAGCTGCAAAGTCACTCTCACCAACACGATGTCTCTTGTGGCACTTAGCTCAT
GCGGACATGTTTTTTGCAAGAAGTGCGGTGAGAAGTTTATGCCTGTGGACAAAGTCTGTC
TTGTGTGTGACAAACCTTGCAAGGACAGGAACTTGGTTGGGTTGAAGAAAGGAGGCACTG
GTTTTGCCGAGCATGACGATCATCTTGAGGCTAAAGAGTACAAGCATTTGGGTAGTGGCT
CTGGTTTAGGGATGGTGAGGATGGGTAAGACATGATGATTGTGGAAAGCGCATCAAGTGT
TTGAGTTAAAGTTGTATACAACTAAGAGACTGTTTTCCCTATTTGGCCTTTCGTTCTTGT
TCTTTTCATCGGATCTGTATTTGCACTTCTACTCCCTCAATACACACGTGTCTTTTCAAG
GATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 0 15 0 15 0 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3BP08TF U 93
AF RR3G068TF U 1
AF RR3C064TF U 31
AF RR3C064JQ C 486
BS 1 97 RR3G068TF
BS 98 98 RR3C064TF
BS 99 101 RR3G068TF
BS 102 102 RR3C064TF
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BS 407 407 RR3C064TF
BS 408 501 RR3G068TF
BS 502 502 RR3C064TF
BS 503 508 RR3G068TF
BS 509 509 RR3C064TF
BS 510 523 RR3G068TF
BS 524 524 RR3C064TF
BS 525 610 RR3G068TF
BS 611 611 RR3C064TF
BS 612 650 RR3G068TF
BS 651 651 RR3C064TF
BS 652 652 RR3G068TF
BS 653 653 RR3C064TF
BS 654 712 RR3G068TF
BS 713 730 RR3C064TF
BS 731 1204 RR3C064JQ

RD RR3BP08TF 296 0 0
GGCTCCTTCT
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ACTTCACGTACGACGAGAAGAAGAAGCTAGGGTACGGAACCCAGAGGGAGAGATTGGGGA
AAGACTCGATCAAGCCCTTCGATGCCTGTTCCCTCTGCTTGAAACCCTTCATCGATCCCA
TGTGTTGCCACAAGGGCCATGTCTTCTGCAGAGAGTGTATCCTCGAATGCTTCCTCGCCC
AGAAGAAAGACATCCAGAGGAGGCTTGCTGCCCATGCTTCTCAAA
G

QA 11 295 11 295
DS 

RD RR3G068TF 721 0 0
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TAATTCTCTCTCACACAGACACACCTGATTCTTTCTCTTTCTTCCTCGATTCCGCATCCA
AGATGCCGCAAAGACACTCGAAGAACAACAACGATCTCGCGTACTTCACGTACGACGAGA
AGAAGAAGCTAGGGTACGGAACCCAGAGGGAGAGATTGGGGAAAGACTCGATCAAGCCCT
TCGATGCCTGTTCCCTCTGCTTGAAACCCTTCATCGATCCCATGTGTTGCCACAAGGGCC
ATGTCTTCTGCAGAGAGTGTATCCTCGAATGCTTCCTCGCCCAGAAGAAAGACATCCAGA
GGAGGCTTGCTGCCCATGCTTCTCAAAAGAATCAAGATAAGGACGAGGAAGAAGAGAGAC
TCATGTTACAAAAGGCTAGAGAGCTCGACGAATTTGATCAGCAAAACCATGGTGCTTTGC
CTCGGTACAGTGACAAGAGCCTAAGCCAAGACAAGAATGGTTTCCATGGGGCGAACAGTG
TGAAGGCGACTTCTTTTGAAGAAGAGGCGCTTAGGACAATGAAAGCCTTCTGGCTTCCAT
CGGCTACACCTGGAGCTTCAGTTAGAGTAGAAGCTCCGGAAACTCATACGTC*TGTCCAG
AGGGCAAAGAGAAGCTCAAGCTTAAGAACCTATTTGCTATCCGTTTCACGGA
GATACAGCG

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3C064TF 702 0 0
G
AATCTTCTAGGGTTTGCGATTTGGATCCTTAATTCTCTCTCACACAGACACACCTGATTC
***CTCAT*CGTCCTCGATTCAGCATCCGAGATGCCGCAAAGACACTCGAAGAACAACAA
CGATCTCGCGTACTTCACGTACTACGAGAAGAAGAAGCTAGGGTACGGAACCCAGAGGGA
GAGATTGGGGAAAGACTCGATCAAGCCCTTCGATGCTTGCTCCCTCTGCTTGAAACCCTT
CATCGATCCCATGTGTTGCCACAAGGGTCATGTCTTCTGCAGAGAGTGTATCCTCGAATG
CTTCCTCGCCCAGAAGAAAGACATCCAGAGGAGGCTTGCTGCCCATGCTTCTCAAAAGAA
TCAAGATAAGGACGAAGAAGAAGAGAGGCTTATGTTACAAAAGGCTAGAGAGCTCGACGA
ATTTGATCAGCAAAACCATGGTGCTTTGCCTCGGTACAGTGACAAGAGCCAAAGCCAGGA
CAAGAATGGTTTTCATGGGGCGAACAGTGTGAAGGCGACTTCTTTTGAAGAAGAGGCGCT
TAGGACAATGAAAGCCTTCTGGCTTCCATCGGCTACACCAGGAGCTTCAGTTAGAGTAGA
AGCTCCGGAAACTCATACGACCTGTCCAGAGGGCAAAGAGAAGCTCAAGCTTAAGAACCT
ATTTGCTATCCGTTTCACGGAAGATAACAGCGAAGAGGA
GA

QA 2 700 2 700
DS 

RD RR3C064JQ 719 0 0
TACAGTGACAAGAGCCAAAGCCAGGACAAGAATGGTTTTCATGGGGCGAACAGTGTGAAG
GCGACTTCTTTTGAAGAAGAGGCGCTTAGGACAATGAAAGCCTTCTGGCTTCCATCGGCT
ACACCAGGAGCTTCAGTTAGAGTAGAAGCTCCGGAAACTCATACGACCTGTCCAGAGGGC
AAAGAGAAGCTCAAGCTTAAGAACCTATTTGCTATCCGTTTCACGGAAGATAACAGCGAA
GAGGAAGAGAAGAAGGCTAAATCGTCATCTTCAAGCTCTTATGACAAAACCTACATTTGC
CCGAGCTGCAAAGTCACTCTCACCAACACGATGTCTCTTGTGGCACTTAGCTCATGCGGA
CATGTTTTTTGCAAGAAGTGCGGTGAGAAGTTTATGCCTGTGGACAAAGTCTGTCTTGTG
TGTGACAAACCTTGCAAGGACAGGAACTTGGTTGGGTTGAAGAAAGGAGGCACTGGTTTT
GCCGAGCATGACGATCATCTTGAGGCTAAAGAGTACAAGCATTTGGGTAGTGGCTCTGGT
TTAGGGATGGTGAGGATGGGTAAGACATGATGATTGTGGAAAGCGCATCAAGTGTTTGAG
TTAAAGTTGTATACAACTAAGAGACTGTTTTCCCTATTTGGCCTTTCGTTCTTGTTCTTT
TCATCGGATCTGTATTTGCACTTCTACTCCCTCAATACACACGTGTCTTTTCAAGGATT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 2 4

CO CL1914Contig1 1030 2 2 U
TTTTTGTGGTGACTGAAAAAGAAAAAAAAACTTTTTTATGGACGATTGGGGAGGATTGGC
TCCAGAGATACTCACAAACATCATCTCAAGGCTCACGATTCAGGAGCGATGGACGGGACC
GATGTTCGTCAGAAAATCGTGGCTAGCCGCTTGCAGAGATCCGTTTCTCTGGTCTACCTT
CGATCTGGAGAAATGTTTCGAGTCGTACCCCGAGTCGACTCGGTGGTGGTCCTCTGAGTT
CGAGCGGAAGATAGATTCCATGGTCCGAGCAGTCGTCGATTGGAACGACGGAGGTCTCAC
AGAGATCCGTGTACGCCATTGCAGCGACCACGCTCTCTCTTACGCTGCCGATAGATGTCC
GAAACTCGAGTCTCTCGCGGTTAGTAGCAGTCCTCGCGTGACGGACGCATCTATGGCGAA
GATAGCGTTTCGTTGCAGGAGTTTAAAGGAGCTAGATATCAGTTACTGTCACGAGATATC
TCACGATACGCTTATGATGATCGGTAGAAACTGTCCTAACCTCACGACGCTGAAACGCAA
CCTTATGGATTGGTCTGATTCGTCGTCTCGGCACATCGTCTCTGTTGTTCCTACAGAGTA
TTTAGACGCTTGTCCTCAAGACGGAGACACGGAAGCTGAGGCGATCGGGAAACACATGAT
CAATCTTGAGCGTTTGGAGATTCGATTCTCTAGATTTTTTGCGAAAGGACTCGCTTCCGT
ATGTGAGGGTTGTTCGAAGCTGGAGTATTTGGACTTGTTTGGGTGTGTGCATTTGTCGGG
GCGTGACATTGCGAACAATGTGTCGAGGCTGAAGGGGGTTAAGGAGGTGAAGAAGCCAGA
TGTTTACGTGCCGAGGTCGGGGGATGTGGTGGCTCAGACGGAGAGGTACGGACATTGGAG
ACTTTATGACGAGAGGTTTGATATACAATCCATGAGGATTTGAGTTGTTCATACACTACG
TAATGTTAAAGTAATAAAGCAACCGATATGTTGTTGTTATTGTGCGTTTTATTTATGTAA
CTTATACATG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D136TF U 1
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BS 1 696 RR3D136TF
BS 697 1030 RR3D136JQ

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TCCAGAGATACTCACAAACATCATCTCAAGGCTCACGATTCAGGAGCGATGGACGGGACC
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CGATCTGGAGAAATGTTTCGAGTCGTACCCCGAGTCGACTCGGTGGTGGTCCTCTGAGTT
CGAGCGGAAGATAGATTCCATGGTCCGAGCAGTCGTCGATTGGAACGACGGAGGTCTCAC
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GAAACTCGAGTCTCTCGCGGTTAGTAGCAGTCCTCGCGTGACGGACGCATCTATGGCGAA
GATAGCGTTTCGTTGCAGGAGTTTAAAGGAGCTAGATATCAGTTACTGTCACGAGATATC
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CCTTATGGATTGGTCTGATTCGTCGTCTCGGCACATCGTCTCTGTTGTTCCTACAGAGTA
TTTAGACGCTTGTCCTCAAGACGGAGACACGGAAGCTGAGGCGATCGGGAAACACATGAT
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TTCTGCGAA

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DS 

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AGAGTATTTAGACGCTTGTCCTCAAGACGGAGACACGGAAGCTGAGGCGATCGGGAAACA
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ATGTAACTTATACATG

QA 1 616 1 616
DS 



CO CL1914Contig2 1044 2 2 U
TTGGCTCCAGAGATACTCACAAACATCATCTCAAGGCTCACGATTCAGGAGCGATGGACG
GGACCGATGTTCGTCAGAAAATCGTGGCTAGCCGCTTGCAGAGATCCGTTTCTCTGGTCT
ACCTTCGATCTGGAGAAATGTTTCGAGTCTTACCCCGAGTCGACTCGGTGGTGGTCCTCT
GAGTTCGAGCGGAAGATAGATTCCATGGTCCGATCAGTCGTCGATTGGAGCGACGGAGGT
CTCACAGAGATCCGTGTACGCCATTGCAGCGACCACGCTCTCTCTTACGCTGCCGATAGA
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GCGAAGATAGCGTTTCGTTGCAGGAGTCTGAAGGAGCTAGATATCAGTTACTGTCACGAG
ATATCTCACGATACGCTTGTGATGATCGGTAGAAACTGTCCTAACCTCACGACGCTAAAA
CGCAACCTTATGGATTGGTCTGATTCGTCGTCTCGGCACATGGGCTCTGTTGTTCCTACG
GAGTATTTAGACGCTTGTCCTCAAGGCGGAGACACGGAAGCTGAGGCGATAGGGAAACAC
ATGATCAATCTTGAGCGTTTGGAGATTCGGTTCTATAGATTGTCTGCGAAAGGACTCGCT
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GGAGACTTTATGACGAGAGGTTTGATATACAATCCATGAGGATCTGAGTTTTTCATACAC
TTCGTAATGTTAAAAGTAATAAAGCAACCGATAGGTTGTTGTTATCGTGCGTTTTATTTA
TGTAACTTGTAAATGAAGGAAATTAAATCAAAAGCATTTTCCTTGGAAAAGACCAAACTG
TAAATAAAGTTCACAATATTAAGC


BQ
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AF RR3GI39TF U 1
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GGACCGATGTTCGTCAGAAAATCGTGGCTAGCCGCTTGCAGAGATCCGTTTCTCTGGTCT
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GAGTTCGAGCGGAAGATAGATTCCATGGTCCGATCAGTCGTCGATTGGAGCGACGGAGGT
CTCACAGAGATCCGTGTACGCCATTGCAGCGACCACGCTCTCTCTTACGCTGCCGATAGA
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GAGTATTTAGACGCTTGTCCTC

QA 1 562 1 562
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GCTGGAGTATTTGGACTTGTTTGGGTGTGTGCACTTGTCAGGGCGTGACATTGCAAACAA
TGTGTCGAGGCTGAAGGGGGTTAAGGAGGTGAAGAAGCCAGATGTTTACGTGCCGAGGTC
GGGGGATGTGGTGGCTCAGACGGAGAGTACGGACATTGGAGACTTTATGACGAGAGGTTT
GATATACAATCCATGAGGATCTGAGTTTTTCATACACTTCGTAATGTTAAAAGTAATAAA
GCAACCGATAGGTTGTTGTTATCGTGCGTTTTATTTATGTAACTTGTAAATGAAGGAAAT
TAAATCAAAAGCATTTTCCTTGGAAAAGACCAAACTGTAAATAAAGTTCACAATATTAAG
C

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 3

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TAATGAGAATCCAAAACTTGGTACAGATAAAAATGCTAATGAAACACAAGGCAAAAATGT
GACGGGTGAAATCCGATTTTGAGTAGGGGACATGTTGCTGTTGCTTGTCTCAAGAAACCG
ATGATTCAATCTTTAGCCACAAGTTTCACGTACTTGCCATCAACAGTGAATCTAGAGCTG
GAGTTCACCTTTTGCTCTACCTCCTCACTGAGGTCAGATTTGTCTAGAGTTATGCCTGAA
CCCACAAGAGACTCCAGAACGAGCTTCTTCAATTTCTTCATCTTCAAAGTTTTATCTTCC
TTAAATTTCAAAGCCGATGTGATCAACTTCTTCCAATTGATTTTCTTCTCACGGCCCTCC
TGCTTCTTTGCTTTCTTTACTTCACTTCCTTCTGTTTGAACAACTTCTCCGTTGTTTTCA
CCCAAGGTCTCCAGCTTTCTCTTCTTATCAACTTGAGAGTCTCCATTCA*AGCACCCGAG
GAGACAGGTAAATCTTCTTTCTTCTCTTCCGTAACACCATTAGAAGCATTCTCTGTTGCA
TCCACTTCCACAGGGGTTTCTGATCCTTGTTGTTTAGCATGGAAGCTTCTTGCTTTTCCT
CGGTGTTTCTTCCCATCAGCATGGGCAAGTAAAGTCTGCTGGCTAGTAGCCTTTGTGTTA
CATAAGCTACAAAACCATGGATACCGATTTGACAAGCCAACGTTTATATCAAAGTCTGGC
TGTTGCTTAGAGTTGTCTTTAGGCTTTGCAGGTGTGCCATTAGAAGATGCCTTTGACTGC
CCTTTTGGACCATACTTCTCAGCTTCGATAATGCACTGGTTATGTCCTTGTACACTGTCT
TGTCCAAATGTTTCTCAACAGTCGATGCACGATAGCCTTGAGGCACGGCATGTCCTGAAG
TGAGTCGGGAGCTTTGGCTTCTTCAGACTCGCTCCACAGTCCTCGCATTGAAACCAAACC
ATCTTCTTCGTCTGTCAAATCAAAATCGGAGGTGGGTTTAAGAGATGCCACCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DB90JQ U 1
AF RR3BO56JQ U 183
AF RR3DB90TF C 424
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GAGTTCACCTTTTGCTCTACCTCCTCACTGAGGTCAGATTTGTCTAGAGTTATGCCTGAA
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TCCACTTCCACAGGGGTTTCTGATCCTTGTTGTTTAGCA

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3BO56JQ 594 0 0
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GAGACTCCAGAACGAGCTTCTTCAATTTCTTCATCTTCAAAGTTTTATCTTCCTTAGATT
TCAAAGCCGATGTGATCAACTTCTTCCAATTGATTTTCTTCTCACGGCCCTCCTGCTTCT
TTGCTTTCTTTACTTCACTTCCTTCTGTTTGAACAACTTCTCCGTTGTTTTCACCCAAAG
TCTCCAGCTTTCTCTTCTTATCAACTTGAGAGTCTCCATTCACAGCACCCGAGGAGACAG
GTAAATCTTCTTTCTTCTCTTCCGTAACACCATTAGAAGCATTCTCTGTTGCATCCACTT
CCACAGGGGTTTCTGATCCTTGTTGTTTAGCATGGAAGCTTCTTGCTTTTCCTCGGTGTT
TCTTCCCATCAGCATGGGCAAGTAAAGTCTGCTGGCTAGTAGCCTTTGTGTTACATAAGC
TACAAAACCATGGATACCGATTTGACAAGCCAACGTTTATATCAAAGTC

QA 6 594 6 594
DS 

RD RR3DB90TF 652 0 0
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AAGGTCTCCAGCTTTCTCTTCTTATCAACTTGAGAGTCTCCATTCA*AGCACCCGAGGAG
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TGTTTCTTCCCATCAGCATGGGCAAGTAAAGTCTGCTGGCTAGTAGCCTTTGTGTTACAT
AAGCTACAAAACCATGGATACCGATTTGACAAGCCAACGTTTATATCAAAGTCTGGCTGT
TGCTTAGAGTTGTCTTTAGGCTTTGCAGGTGTGCCATTAGAAGATGCCTTTGACTGCCCT
TTTGGACCATACTTCTCAGCTTCGATAATGCACTGGTTATGTCCTTGTACACTGTCTTGT
CCAAATGTTTCTCAACAGTCGATGCACGATAGCCTTGAGGCACGGCATGTCCTGAAGTGA
GTCGGGAGCTTTGGCTTCTTCAGACTCGCTCCACAGTCCTCGCATTGAAACCAAACCATC
TTCTTCGTCTGTCAAATCAAAATCGGAGGTGGGTTTAAGAGATGCCACCTCC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 4

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TTATGAAAGATCGACAGAAACTTTTTACAGAAGCTGTAATTAAAAACTGGTGCTTTCAAG
TCTTTCAAGGCCTTTCTTATATGCATCAGCGTGGTTACTTTCACCGCGATCTTAAACCAG
AAAACCTATTAGTCTCTAAAGACGTCATTAAGATTGCTGATTTTGGTCTTGCACGGGAGG
TTAACTCGAGTCCACCTTTTACCGAGTATGTTTCTACACGCTGGTACAGGGCACCTGAAG
TACTCTTACAGTCATATGTATACACATCAAAAGTTGATATGTGGGCGATGGGAGCTATTA
TGTCTGAGTTGTTGTCTCTTCGTCCAATATTTCCAGGGGCTAGTGAAGCAGATGAAATCT
ACAAAATCTGCAGTGTCATAGGCAGTCCAACTGAGGAGACCTGGTTAGAGGGACTTAATC
TTGCTAACACCATAAACTATCAATTCCCTGAGCTTTCTGGTGTGCCTCTTTCAAGCCTGA
TGCCATCTGCTAGTGAAGACGCAATTAATCTTGTTACGCGGCTTTGCTCCTGGGATCCAT
GCAAGAGACCAACTGCTGCAGAGGCTCTGCAGCACCCGTTCTTTCAGAGTTGCTTTTATG
TCCCACCATCTTTCCGACCCAAGCCATCTGTTGCAAGAACTCCTCCGCCTGTCGGGCCAA
GAGGATCGTTCGAGCACCAATCAGTTAAACGGCAGTCTGTGTCTCTGGCCAAGCCATTCA
ACAATGTTTCTCCAAAGCCGAGTGCTGCTTTTGGCAGTGGCGTCCAGAGGAAACTCGACA
TGGCTAAGCAAGATGGAACGAGGAACACTAAACCGGTGAGAAGTTCTGTCAAAGACTCCA
AATACAGACCACCCGGAAGAAAGAGTCCTCCTGGAGGTAATGCAGCAGGTTTTTCATTGC
ACAAGAACCGGGTCGCACGTGGTGTATCTGAGACTGCTGATAAACTCTCGAACATGACCG
TCAGAGGAACCGTGTCTAGAAGACACTCTGTCTCAGTGATGCAGCAACAGCAGCTGAAGC
CACCGCCGATGAAGGCAGGTTGCGTAGGAGAAAAACGTGACATGTTCCTTAGACCAACAC
AACCGACCACCAATGCCTACTCTAGGAAAGTCGCCGGCTGATCCAAACAACCTCTCAACA
CAGTAATCAATTTACTTTATGTCTTATAATATATACTCTGGTTTGTACCTTAAGTCGTCA
TTTCATAAAAAGAACAAAAAAACTTAAACTTCTTTTCAGTTTTGTGTCGTCTACAGTTTC
TTGTTTTATTTTCTTTCTATAATCAGTGTGATGGTTTGTATTATGCGTGACGCTTGACTT
CATGGTTTGCAATAAAGTTCGACTTGGGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CL01TF U 40
AF RR3F083TF U 1
AF RR3F083JQ C 609
AF RR3C203TF U 974
BS 1 698 RR3F083TF
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BS 700 724 RR3F083TF
BS 725 974 RR3F083JQ
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RD RR3CL01TF 560 0 0
G
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TAAAAACTGGTGCTTTCAAGTCTTTCAAGGCCTTTCTTATATGCATCAGCGTGGTTACTT
TCACCGCGATCTTAAACCAGAAAACCTATTAGTCTCTAAAGACGTCATTAAGATTGCTGA
TTTTGGTCTTGCACGGGAGGTTAATTCGAGTCCACCTTTTACCGAGTATGTTTCTACACG
CTGGTACAGGGCACCTGAAGTACTCTTACAGTCATATGTATACACATCAAAAGTTGATAT
GTGGGCGATGGGAGCTATTATGTCTGAGTTGTTGTCTCTTCGTCCAATATTTCCAGGGGC
TAGTGAAGCAGATGAAATCTACAAAATCTGCAGTGTCATAGGCAGTCCAACTGAGGAGAC
CTGGTTAGAGGGACTTAATCTTGCTAACACCATAAACTATCAATTCCCTGAGCTTTCTGG
TGTGCCTCTTTCAAGCCTGATGCCATCTGCTAGTGAAGACGCAATTAATCTTGTTACGCG
GCTTTGCTC*TGGGATCCA

QA 2 560 2 560
DS 

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TTATGAAAGATCGACAGAAACTTTTTACAGAAGCTGTAATTAAAAACTGGTGCTTTCAAG
TCTTTCAAGGCCTTTCTTATATGCATCAGCGTGGTTACTTTCACCGCGATCTTAAACCAG
AAAACCTATTAGTCTCTAAAGACGTCATTAAGATTGCTGATTTTGGTCTTGCACGGGAGG
TTAACTCGAGTCCACCTTTTACCGAGTATGTTTCTACACGCTGGTACAGGGCACCTGAAG
TACTCTTACAGTCATATGTATACACATCAAAAGTTGATATGTGGGCGATGGGAGCTATTA
TGTCTGAGTTGTTGTCTCTTCGTCCAATATTTCCAGGGGCTAGTGAAGCAGATGAAATCT
ACAAAATCTGCAGTGTCATAGGCAGTCCAACTGAGGAGACCTGGTTAGAGGGACTTAATC
TTGCTAACACCATAAACTATCAATTCCCTGAGCTTTCTGGTGTGCCTCTTTCAAGCCTGA
TGCCATCTGCTAGTGAAGACGCAATTAATCTTGTTACGCGGCTTTGCTCCTGGGATCCAT
GCAAGAGACCAACTGCTGCAGAGGCTCTGCAGCACCCGTTCTTTCAGAGTTGCTTTTATG
TCCCACCATCTTTCCGACCCAAGCCATCTGTTGCAAGA*CTCCTCCGCCTGTCGGGCCAA
GAGG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3F083JQ 803 0 0
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TCTTTCCGACCCAAGCCATCTGTTGCAAGAACTCCTCCGCCTGTCGGGCCAAGAGGATCG
TTCGAGCACCAATCAGTTAAACGGCAGTCTGTGTCTCTGGCCAAGCCATTCAACAATGTT
TCTCCAAAGCCGAGTGCTGCTTTTGGCAGTGGCGTCCAGAGGAAACTCGACATGGCTAAG
CAAGATGGAACGAGGAACACTAAACCGGTGAGAAGTTCTGTCAAAGACTCCAAATACAGA
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CGGGTCGCACGTGGTGTATCTGAGACTGCTGATAAACTCTCGAACATGACCGTCAGAGGA
ACCGTGTCTAGAAGACACTCTGTCTCAGTGATGCAGCAACAGCAGCTGAAGCCACCGCCG
ATGAAGGCAGGTTGCGTAGGAGAAAAACGTGACATGTTCCTTAGACCAACACAACCGACC
ACCAATGCCTACTCTAGGAAAGTCGCCGGCTGATCCAAACAACCTCTCAACACAGTAATC
AATTTACTTTATGTCTTATAATATATACTCTGGTTTGTACCTTAAGTCGTCATTTCATAA
AAAGAACAAAAAAACTTAAACTTCTTTTCAGTTTTGTGTCGTCTACAGTTTCTTGTTTTA
TTTTCTTTCTATAATCAGTGTGATGGTTTGTATTATGCGTGACGCTTGACTTCATGGTTT
GCAATAAAGTTCGACTTGGGACT

QA 1 803 1 803
DS 

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G
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TCTAGAAGACACTCTGTCTCAGTGATGCAGCAACAGCAGCTGAAGCCACCGCCGATGAAG
GCAGGTTGCGTAGGAGAAAAACGTGACATGTTCCTTAGACCAACACAACCGACCACCAAT
GCCTACTCTAGGAAAGTCGTCGGCTGATCCAAACAACCTCTCAACACGGTAATCAATTTA
CTTTATGTCTTATAATATATACTCTGGTTTGTACCTTAAGTCGTCATTTCATAAAAAGAA
CAAAAAAACTTAAACTTCTTTTCAGTTTTGTGTCGTCTACAGTTTCTTGTTTTATTTTCT
TTCTATAATCAGTGTGATGGTTTGTATTATGCGTGACGCTTGACTTCATGGTTTGCAATA
AAGTTCGACTTGGGACT

QA 2 438 2 438
DS 



AS 1 5

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GGATAGAGACCATTTGTAACCTTACCCATTGAGCGAAGAGAAGAGAAAGATGTTGCGAGT
TGCAGGGAGGAGGCTTTTGTCTCTTCAGCAGAGATCTTCCACTGCCACCTCCTTCCTCCT
TTCCCGAGATCATACCATCTCCAAAGAAGGCGACGAAGACTCCACCAGATCTGCTCCCTC
TGCAGATCTTTCATGTTTCAATTCTTACCACCGGAGCCTTTTAAGAGGTTTCTCTTCTCA
AGTCATTGCACAAGGAAACGAGATTGGTTTCGCTTCTGAAGTCCCAGCCACCGTTGAGGC
GGTCAAGACGCCTAACTCGAAGATTGTCTATGATGACCACAACCACGAGCGTTACCCACC
TGGTGACCCTAGCAAGCGTGCCTTCGCCTATTTCGTCCTGTCCGGTGGGAGGTTCGTGTA
CGCCTCTGTTCTCCGCCTTCTTGTCCTGAAGCTCATTGTCAGCATGTCCGCAAGTAAAGA
TGTCCTTGCCCTTGCGTCCCTCGAGGTTGACCTCGGGAGCATCGAGCCAGGAACTACTGT
AACGGTGAAGTGGCGTGGAAAGCCTGTCTTCATCAGGAGAAGAACTGAAGACGACATCAA
GCTAGCGAACAGTGTGGATCTTGGATCTTTAAGAGACCCGCAAGAGGACTCGGTGAGGGT
CAAGAATCCGGAATGGTTGGTGGTTGTTGGAGTCTGCACTCACTTGGGGTGCATTCCTTT
GCCGAATGCTGGTGATTACGGTGGTTGGTTTTGCCCGTGTCACGGATCGCATTATGATAT
CTCTGGAAGGATCAGGAAAGGTCCTGCACCATACAACCTGGAAGTACCGACTTACAGCTT
CTTGGAAGAGAATAAGTTACTCATTGGTTAATGATGATGAATAAAAGGCACATCAGACAG
TGTTTGTGTCTTTAAAGATCCTCATTATGTTTTTGTTTTTCTTTTATATTATACTTTCCG
GCTACAAATGTAGCGTGCAAGTTCGCTTTCCTTACACTTGGGTATTCTCAGCAAGGAAAG
TAAAAGATTGTTTTGGTTTTGCTGAATAATACAAACTTGTCATTGTATGACTTAACATCT
GTGTCATCTGGTGAAAATACACACTTCATAGTCTGTGTTTATTGTTTGAAAAACAATTTT
GGGAATAGTTTAACTGGAGTTTTTTTGCTGGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF22TF U 1
AF RR3C130TF U 3
AF RR3B577TF U 3
AF RR3B577JQ C 220
AF RR3EF22JQ C 442
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BS 461 461 RR3B577TF
BS 462 665 RR3EF22TF
BS 666 786 RR3B577TF
BS 787 787 RR3B577JQ
BS 788 844 RR3B577TF
BS 845 1073 RR3B577JQ
BS 1074 1173 RR3EF22JQ

RD RR3EF22TF 665 0 0
GGATAGAGACCATTTGTAACCTTACCCATTGAGCGAAGAGAAGAGAAAGATGTTGCGAGT
TGCAGGGAGGAGGCTTTTGTCTCTTCAGCAGAGATCTTCCACTGCCACCTCCTTCCTCCT
TTCCCGAGATCATACCATCTCCAAAGAAGGCGACGAAGACTCCACCAGATCTGCTCCCTC
TGCAGATCTTTCATGTTTCAATTCTTACCACCGGAGCCTTTTAAG*GGTTTCTCTTCTCA
AGTCATTGCACAAGGAAACGAGATTGGTTTCGCTTCTGAAGTCCCAGCCACCGTTGAGGC
GGTCAAGACGCCTAACTCGAAGATTGTCTATGATGACCACAACCACGAGCGTTACCCACC
TGGTGACCCTAGCAATCGTGCCTTCGCCTATTTCGTCCTGTCCGGTGGGAGGTTCGTGTA
CGCCTCTGTTCTCCGCCTTCTTGTCCTGAAGCTCATTGTCGGCATGTCCGCAAGTAAAGA
TGTCCTTGCCCTTGCGTCCCTCGAGGTTGACCTCGGGAGCATCGAGCCAGGAACTACTGT
AACGGTGAAGTGGCGTGGAAAGCCTGTCTTCATCAGGAGAAGAACTGAAGACGACATCAA
GCTAGCGAACAGTGTGGATCTTGGATCTTTAAGAGACCCGCAAGAGGACTCGGTGAGGGT
CAAGA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3C130TF 783 0 0
GG
AGAGACCATTTGTAACCTTACCCATTGAGCGAAGAGAAGAGAAAGATGTTGCGAGTTGCA
GGGAGGAGGCTTTTGTCTCTTCAGCAGAGATCTTCCACTGCCACCTCCTTCCTCCTTTCC
CGAGATCATACCATCTCCAAAGAAGGCGACGAAGACTCCACCAGATCTGCTCCCTCTGCA
GATCTTTCATGTTTCAATTCTTACCACCGGAGCCTTTTAAGAGGTTTCTCTTCTCAAGTC
ATTGCACAAGGAAACGAGATTGGTTTCGCTTCTGAAGTCCCAGCCACCGTTGAGGCGGTC
AAGACGCCTAACTCGAAGATTGTCTATGATGACCACAACCACGAGCGTTACCCACCTGGT
GACCCTAGCAAGCGTGCCTTCGCCTATTTCGTCCTGTCGGG***GAGGTTCGTGTACGCC
TCTGTTCTCCGCCTTCTTGTCCTGAAGCTCATTGTCAGCATGTCCGCAAGCAAAGATGTC
CTTGCCCTTGCGTCCCTCGAGGTTGACCTCGGGAGCATCGAGCCAGGAACTACTGTAACG
GTGAAGTGGCGTGGAAAGCCTGTCTTCATCAGGAGAAGAACTGAAGACGACATCAAGCTA
GCGAACAGTGTGGATCTTGGATCTTTAAGAGACCCGCAAGAGGACTCGGTGAGGGTCAAG
AATCCGGA*TGGTTGGTGGTTGTTGGAGTCTGCACTCACTTGGGGTGCATTCCTTTGCCG
A*TGCTGGTGATTACG*TGGTTGGTTTTGCC*GTGTCACGGATCGCATTATGATATCTCT
G

QA 3 783 3 783
DS 

RD RR3B577TF 842 0 0
GG
AGAGACCATTTGTAACCTTACCCATTGAGCGAAGAGAAGAGAAAGATGTTGCGAGTTGCA
GGGAGGAGGCTTTTGTCTCTTCAGCAGAGATCTTCCACTGCCACCTCCTTCCTCCTTTCC
CGAGATCATACCATCTCCAAAGAAGGCGACGAAGACTCCACCAGATCTGCTCCCTCTGCA
GATCTTTCATGTTTCAATTCTTACCACCGGAGCCTTTTAAGAGGTTTCTCTTCTCAAGTC
ATTGCACAAGGAAACGAGATTGGTTTCGCTTCTGAAGTCCCAGCCACCGTTGAGGCGGTC
AAGACGCCTAACTCGAAGATTGTCTATGATGACCACAACCACGAGCGTTACCCACCTGGT
GACCCTAGCAAGCGTGCCTTCGCCTATTTCGTCCTGTCCGGTGGGAGGTTCGTGTACGCC
TCTGTTCTCCGCCTTCTTGTCCTGAAGCTCATTGTCAGCATGTCCGCAAGTAAAGATGTC
CTTGCCCTTGCGTCCCTCGAGGTTGACCTCGGGAGCATCGAGCCAGGAACTACTGTAACG
GTGAAGTGGCGTGGAAAGCCTGTCTTCATCAGGAGAAGAACTGAAGACGACATCAAGCTA
GCGAACAGTGTGGATCTTAGATCTTTAAGAGACCCGCAAGAGGACTCGGTGAGGGTCAAG
AATCCGGAATGGTTGGTGGTTGTTGGAGTCTGCACTCACTTGGGGTGCATTCCTTTGCCG
AATGCTGGTGATTACGGTGGTTGGTTTTGCCCGTGTCACGGATCGCATTATGATATCTCT
GGGAGGATCAGGAAAGGTCCTGCACCATACAACCTGGAAGTACCGACTTACAGCTTCTTG

QA 3 842 3 842
DS 

RD RR3B577JQ 854 0 0
TTTAAGA
GGTTTCTCTTCTCAAGTCATTGCACAAGGAAACGAGATTGGTTTCGCTTCTGAAGTCCCA
GCCACCGTTGAGGCGGTCAAGACGCCTAACTCGAAGATTGTCTATGATGACCACAACCAC
GAGCGTTACCCACCTGGTGACCCTAGCAAGCGTGCCTTCGCCTATTTCGTCCTGTCCGGT
GGGAGGTTCGTGTACGCCTCTGTTCTCCGCCTTCTTGTCCTGAAGCTCATTGTCAGCATG
TCCGCAAGTAAAGATGTCCTTGCCCTTGCGTCCCTCGAGGTTGACCTCGGGAGCATCGAG
CCAGGAACTACTGTAACGGTGAAGTGGCGTGGAAAGCCTGTCTTCATCAGGAGAAGAACT
GAAGACGACATCAAGCTAGCGAACAGTGTGGATCTTAGATCTTTAAGAGACCCGCAAGAG
GACTCGGTGAGGGTCAAGAATCCGGAATGGTTGGTGGTTGTTGGAGTCTGCACTCACTTG
GGGTGCATTCCTTTGCCGAATGCTGGTGATTACGGTGGTTGGTTTTGCCCGTGTCACGGA
TCGCATTATGATATCTCTGGAAGGATCAGGAAAGGTCCTGCACCATACAACCTGGAAGTA
CCGACTTACAGCTTCTTGGAAGAGAATAAGTTACTCATTGGTTAATGATGATGAATAAAA
GGCACATCAGACAGTGTTTGTGTCTTTAAAGATCCTCATTATGTTTTTGTTTTTCTTTTA
TATTATACTTTCCGGCTACAAATGTAGCGTGCAAGTTCGCTTTCCTTACACTTGGGTATT
CTCAGCAAGGAAAGTAAAAGATTGTTTTGGTTTTGCTGAATAATACAAACTTGTCATTGT
ATGACTT

QA 8 854 8 854
DS 

RD RR3EF22JQ 732 0 0
TGTCCTGAAGCTCATTGTCGGCATGTCCGCAAGTAAAGATGTCCTTGCCCTTGCGTCCCT
CGAGGTTGACCTCGGGAGCATCGAGCCAGGAACTACTGTAACGGTGAAGTGGCGTGGAAA
GCCTGTCTTCATCAGGAGAAGAACTGAAGACGACATCAAGCTAGCGAACAGTGTGGATCT
TGGATCTTTAAGAGACCCGCAAGAGGACTCGGTGAGGGTCAAGAATCCGGAATGGTTGGT
GGTTGTTGGAGTCTGCACTCACTTGGGGTGCATTCCTTTGCCGAATGCTGGTGATTACGG
TGGTTGGTTTTGCCCGTGTCACGGATCGCATTATGATATCTCTGGAAGGATCAGGAAAGG
TCCTGCACCATACAACCTGGAAGTACCGACTTACAGCTTCTTGGAAGAGAATAAGTTACT
CATTGGTTAATGATGATGAATAAAAGGCACATCAGACAGTGTTTGTGTCTTTAAAGATCC
TCATTATGTTTTTGTTTTTCTTTTATATTATACTTTCCGGCTACAAATGTAGCGTGCAAG
TTCGCTTTCCTTACACTTGGGTATTCTCAGCAAGGAAAGTAAAAGATTGTTTTGGTTTTG
CTGAATAATACAAACTTGTCATTGTATGACTTAACATCTGTGTCATCTGGTGAAAATACA
CACTTCATAGTCTGTGTTTATTGTTTGAAAAACAATTTTGGGAATAGTTTAACTGGAGTT
TTTTTGCTGGCC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 5

CO CL1918Contig1 425 5 21 U
GGCTACAAAAAAAAACACACGAAACATTTATTTAAAGTGGAGAGTTACAATGTCGGCATC
CAAAGTTGCTTTATTTTGTATTGTTCTAGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAG
TCCTCAAAGAAAACCTAAGGGAACATGCTCTAAAACACCAAAGTTTGGTTGGTGTTGCAG
CTCCACTACACAATGCCGAAGCACCAAAGCGGAATGTGACAAACATTGTATCTGGTAGCA
TCTGGGGCCATTGAATATTTCTGAAGAGAATTTCCATAATTATATGTTCCAAATATTTTC
ATACTTCATAAATTTAAATTTGAATAATAAATAATCATTCCTATTCCACAGAAGGAGCAG
CTAGTATTATGTACTAAATGTTTTGGAATTTCTTTGAAAGCTCAATAAATAGTTATTTTC
TGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 0 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3AX01TF U 1
AF RR3DX42JQ C 4
AF RR3DX42TF U 4
AF RR3AX01JQ C 1
AF RR3AC58TF U 1
BS 1 20 RR3AC58TF
BS 21 21 RR3AX01TF
BS 22 120 RR3AC58TF
BS 121 121 RR3AX01TF
BS 122 154 RR3AC58TF
BS 155 156 RR3AX01TF
BS 157 233 RR3AC58TF
BS 234 235 RR3AX01TF
BS 236 246 RR3AC58TF
BS 247 247 RR3DX42TF
BS 248 249 RR3AC58TF
BS 250 250 RR3DX42TF
BS 251 256 RR3AC58TF
BS 257 257 RR3DX42TF
BS 258 274 RR3AC58TF
BS 275 275 RR3DX42TF
BS 276 335 RR3AC58TF
BS 336 336 RR3DX42TF
BS 337 351 RR3AC58TF
BS 352 352 RR3AX01JQ
BS 353 425 RR3AC58TF

RD RR3AX01TF 241 0 0
GGACAA
AAAAAAAAACACACGAAA*ATTTATTTAAAGTGGAGAGTTACAATGTCGGCATCCAAAGT
TGCTTTACTTTGTATTGTTCTAGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAGTCCTCA
AAGAAAACCCAAGGGAACATGCTCTAAAACACCAAAGTTTGGTTGGTGTTGCAGCTCCAC
TACACAATGCCGAAGCACCAAAGCGGAATGTGACAAACATTGTATCTGGTA
ACAT

QA 7 237 7 237
DS 

RD RR3DX42JQ 343 0 0
GAC
AAAAAAAAACACACGAAACATTTATTTAAAGTGAAGAGTTACAATGTCGGCATCCAAAGT
TGCTTTATTTTGTATTGTTCTAGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAGTCCTCA
AAGAAAACCTAAGGGAGCATGCTTTAAAACACCAAAGTTTGGTTGGTGTTGCAGCTCCAC
TACACAATGCCGAAGCACCAAAGCGGAATGTGACAAACATTGTATCTGGTAGCATCTGGG
GCCATTGAATATTTCTGAAGAGAATTTCCATAATTATATGTTCCAAATATTTTCATACTT
CATAAATTTAAATTTGAATAATAAATAATCATTCCTAT
CC

QA 4 341 4 341
DS 

RD RR3DX42TF 343 0 0
GAC
AAAAAAAAACACACGAAACATTTATTTAAAGTGAAGAGTTACAATGTCGGCATCCAAAGT
TGCTTTATTTTGTATTGTTCTAGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAGTCCTCA
AAGAAAACCTAAGGGAGCATGCTCTAAAACACCAAAGTTTGGTTGGTGTTGCAGCTCCAC
TACACAATGCCGAAGCACCAAAGCGGAATGTGACAAACATTGTATCTGGTAGCATCTGGG
GCCATTGAATATTTCTGAAGAGAATTTCCATAATTATATGTTCCAAATATTTTCATACTT
CATAAATTTAAATTTGAATAATAAATAATCATTCCTAT
CC

QA 4 341 4 341
DS 

RD RR3AX01JQ 390 0 0
GGACAA
AAAAAAAAACACACGAAA*ATTTATTTAAAGTGGAGAGTTACAATGTCGGCATCCAAAGT
TGCTTTACTTTGTATTGTTCTAGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAGTCCTCA
AAGAAAACCCAAGGGAACATGCTCTAAAACACCAAAGTTTGGTTGGTGTTGCAGCTCCAC
TACACAATGCCGAAGCACCAAAGCGGAATGTGACAAACATTGTATCTGGTAGCATCTGGG
GCCGTTGAATATTTCTGAAGAGAATTTCCATAATTATATGTTCCAAATATTTTCATACTT
CATAAATTTAAATTTGAATAATAAATAATCATTCCTATTCCACAGAAGGAGCAGCTAGTA
TTATGTACTAAATGTTTTGGAATT

QA 7 390 7 390
DS 

RD RR3AC58TF 425 0 0
GGCTACAAAAAAAAACACACTAAACATTTATTTAAAGTGGAGAGTTACAATGTCGGCATC
CAAAGTTGCTTTATTTTGTATTGTTCTAGTTTGTCTTGCTAGTCTTCATGAATGTGCCAG
CCCTCAAAGAAAACCTAAGGGAACATGCTCTAAAGAACCAAAGTTTGGTTGGTGTTGCAG
CTCCACTACACAATGCCGAAGCACCAAAGCGGAATGTGACAAACATTGTATCTATTAGCA
TCTGGGACCGTTGAATTTTTCTGAAGAGAATTTCAATAATTATATGTTCCAAATATTTTC
ATACTTCATAAATTTAAATTTGAATAATAAATAATAATTCCTATTCCACAGGAGGAGCAG
CTAGTATTATGTACTAAATGTTTTGGAATTTCTTTGAAAGCTCAATAAATAGTTATTTTC
TGACT

QA 1 425 1 425
DS 



AS 1 5

CO CL1919Contig1 713 5 5 U
GGGCTTTTGAAGCTGCTCCTGTTGGTGTTGGATTTTGAGGCGCAGTACGGCAGTAGTATC
CATTTTGCATCCAGAGAAAAACAAAGAGGTGCTTCTATGGCTGATCCTGAACTAGAAGCT
ATTAGACAGAGGAGGATGCAAGAGCTCATGGCTCAACATGGCACTGGGAAGCAGGGCAAT
CAGCAGAATCCAGATCAAGAGAGAGCACAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATGAACGT
AGGCAAATGATGCTTAGTCAAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGAGAATTGCACGAATT
GCACTGGTGAAACCTGAGAAAGCTAGAGGCGTAGAGGATGTTATTCTGAGGGCTGCTCAA
ATGGGACAGATTGTTGAAAAGGTTTCTGAGGAACGGCTTATAACGCTGCTGGAACAAATT
AACAGCCAAACTAGCAAACAGACAAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTATTCGAC
GATTAGGAAAGAAGAAGTTTATGATGTGCTTTGTACATCTGACTGTTAAGTTTGTGTGTG
TTCAGTAAACTAAGATCTAGACGTAATGTGAAATATGTTTATTGTGGTGAAATCTTAATG
ATCTTCCAGATGCTTTGGTTGAGATAAAGAGAGTATCTGAAACTGAAACTCCGTATTTTA
CATTTGGCATTTCCTCTATCTTCATCTTCCTCTATTGATTAGCATTGGAAGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C447JQ C 319
AF RR3BQ72TF U 6
AF RR3GP26TF U 1
AF RR3GP26JQ C 1
AF RR3C447TF U 1
BS 1 295 RR3C447TF
BS 296 296 RR3GP26TF
BS 297 489 RR3C447TF
BS 490 490 RR3GP26TF
BS 491 713 RR3C447TF

RD RR3C447JQ 272 0 0
AAAGCTAGAGGCGTAGAGGATGTTATTTTGAGGGCTGCTCAAATGGGACAGATTGTTGAA
AAGGTTTTTGAGGAACGGCTTATAACGCTGCTGGAACAAATTAACAGCCAAACTAGCAAA
CAGACAAAAGTCACGATCCAGGGGGGTCGTGGGGTATTCGACGATTAGGAAGGAAGAAGT
TTATGATGTGCTTTGTACATCTGACTGTTAAGTTTGTGTGTGTTCAGTAAACTAAGATCT
AGACGTAATGTGAAATATGTTTATTGTGG
GGA

QA 1 269 1 269
DS 

RD RR3BQ72TF 593 0 0
GGG
GAAGCTGCTCCTGTTGGTGTTGGATTTTGAGGCGCAGTACGGCAGTAGTATCCATTTTGC
ATCCAGAGAAAAACAAAGAGGTGCTTCTATGGCTGATCCTGAACTAGAAGCTATTAGACA
GAGGAGGATGCAAGAGCTCATGGCTCAACATGGCACTGGGAAGCAGGGCAATCAGCAGAA
TCCAGATCAAGAGAGAGCACAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATGAACGTAGGCAAAT
GATGCTTAGTCAAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGAGAATTGCACGAATTGCACTGGT
GAAACCTGAGAAAGCTAGAGGCGTAGAGGATGTTATTCTGAGGGCTGCTCAAATGGGACA
GATTGTTGAAAAGGTTTCTGAGGAACGGCTTATAACGCTGCTGGAACAAATTAACAGCCA
AACTAGCAAACAGACAAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTATTCGACGATTAGGA
AAGAAGAAGTTTATGATGTGCTTTGTACATCTGACTGTTAAGTTTGTGTGTGTTCAGTAA
ACTAAGATCTAGACGTAATGTGAAATATGTTTATTGTGGTGAAATCTTAA

QA 4 593 4 593
DS 

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GGGCTTTT
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GAGGAGGATGCAAGAGCTCATGGCTCAACATGGCACTGGGAAGCAGGGCAATCAGCAGAA
TCCAGATCAAGAGAGAGCACAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATGAACGTAGGCAAAT
GATGCTTAGTCAAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGAGAATTGCACGAATTGCACTGGT
GAAACCTGAGAAAGCTAGAGGCGTAGAGGATGTTATTCTGAGGGCTGCTCAAATGGGACA
GATTGTTGAAAAGGTTTCTGAGGAACGGCTTATAACGCTGCTGGAACAAATTAACAGCCA
AACTAGCAAACAGACAAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTATTCGACGATTAGGA
AAGAAGAAGTTTATGATGTGCTTTGTACATCTGACTGTTAAGTTTGTGTGTGTTCAGTAA
ACTAAGATCTAGACGTAATGTGAAATATGTTTATTGTGGTGAAATCTTAATGATCTTCCA
GA
CGAAAA

QA 9 610 9 610
DS 

RD RR3GP26JQ 612 0 0
GGGCTTTT
GAAGCTGCTCCTGTTGGTGTTGGATTTTGAGGCGCAGTACGGCAGTAGTATCCATTTTGC
ATCCAGAGAAAAACAAAGAGGTGCTTCTATGGCTGATCCTGAACTAGAAGCTATTAGACA
GAGGAGGATGCAAGAGCTCATGGCTCAACATGGCACTGGGAAGCAGGGCAATCAGCAGAA
TCCAGATCAAGAGAGAGCACAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATGAACGTAGGCAAAT
GATGCTTAGTCAAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGAGAATTGCACGAATTGCACTGGT
GAAACCTGAGAAAGCTAGAGGCGTAGAGGATGTTATTCTGAGGGCTGCTCAAATGGGACA
GATTGTTGAAAAGGTTTCTGAGGAACGGCTTATAACGCTGCTGGAACAAATTAACAGCCA
AACTAGCAAACAGACAAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTATTCGACGATTAGGA
AAGAAGAAGTTTATGATGTGCTTTGTACATCTGACTGTTAAGTTTGTGTGTGTTCAGTAA
ACTAAGATCTAGACGTAATGTGAAATATGTTTATTGTGGTGAAATCTTAATGATCTTCCA
GA
CG

QA 9 610 9 610
DS 

RD RR3C447TF 713 0 0
GGGCTTTTGAAGCTGCTCCTGTTGGTGTTGGATTTTGAGGCGCAGTACGGCAGTAGTATC
CATTTTGCATCCAGAGAAAAACAAAGAGGTGCTTCTATGGCTGATCCTGAACTAGAAGCT
ATTAGACAGAGGAGGATGCAAGAGCTCATGGCTCAACATGGCACTGGGAAGCAGGGCAAT
CAGCAGAATCCAGATCAAGAGAGAGCACAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATGAACGT
AGGCAAATGATGCTTAGTCAAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGAGAATTGCACTAATT
GCACTGGTGAAACCTGAGAAAGCTAGAGGCGTAGAGGATGTTATTCTGAGGGCTGCTCAA
ATGGGACAGATTGTTGAAAAGGTTTCTGAGGAACGGCTTATAACGCTGCTGGAACAAATT
AACAGCCAAACTAGCAAACAGACAAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTATTCGAC
GATTAGGAAGGAAGAAGTTTATGATGTGCTTTGTACATCTGACTGTTAAGTTTGTGTGTG
TTCAGTAAACTAAGATCTAGACGTAATGTGAAATATGTTTATTGTGGTGAAATCTTAATG
ATCTTCCAGATGCTTTGGTTGAGATAAAGAGAGTATCTGAAACTGAAACTCCGTATTTTA
CATTTGGCATTTCCTCTATCTTCATCTTCCTCTATTGATTAGCATTGGAAGGA

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 4

CO CL1920Contig1 916 4 3 U
TTTAACAACATGCGAGTGTATCTTAAGTTATAAAATATTCTTCCGAGTTTAACAACATGC
GAGTGTATCCATAAATATGCGAACAAGGGTAAGTTGCTCTGCTCTTTTCTCTACAACTTG
ATAACTAAACATCACAGTCTCAAGTACAAGGATGTTAAAAAAAGCTCAAAATTGTATCAA
TCTCATAAGTCGTTCATGTTGTAGACACCATTATCAAAAAAA**CTATGAGGGAAGCCAA
ATATCATCTTGTATTCCAACTAGCCAACCTTGGCAACTTTTCTTGGCTCAGTTTGTCCCG
ACAAAGGGCATTGCATCTCTGTCCAGCTAATCGGAACCATGGTTTCACCAGCAGCACTCT
CCGCTGAGACCACGCCAAGCTCGTTCTTAGCAGTTGACAAATAGTAAGCCAGTGAGTCAC
CAAGGGACAGAACCATGGCTCTAACAATGTCACTAGGACGGAAAGACTGATGCATATCAA
CCTTGTCAATCTCTGTTGCTCGTACATCTTGTTGCCTGATTATGCCAGCAAATTTTTCAC
GAACGGCCTTGGGACCAACACACAAGATATCAACAGAAGCCATTCTAGCCATAACTTTAG
TCACCCTAGCTAAGACAACAGAACCAGGCTCAGGAATAAGCCCATGTGCCTTGTGACCCG
TAACTTCCACAATAGCTCTCTGGTCAGGAGAGTCGGGAAGAGAAGAAACAATCCGACGAG
ATCCAGTGAGGGAAGCGTAGATTGTTTTGTCGTTGACGTAAGCTCCTTTGCCGGCTTTAA
ACTCAGCCACATTCCCAAGTACATCTCCAGGCGTTACTATGTCCGTCATTTCAAGAGATT
TCGACTGTTGATAACGAGGAAGAAGAGTACAAGGCAGAACACAAAATTATTACTCCCCCG
GCAGTAATGGCCACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D319JQ U 12
AF RR3GL73JQ U 1
AF RR3GL73TF C 105
AF RR3D319TF C 239
BS 1 707 RR3GL73JQ
BS 708 807 RR3GL73TF
BS 808 916 RR3D319TF

RD RR3D319JQ 573 0 0
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TAAATATGCGAACAAGGGTAAGTTGCTCTGCTCTTTTCTCTACAACTTGATAACTAAACA
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GTTCATGTTGTAGACACCATTATCAAAAAAAAACTATGAGGGAAGCCAAATATCATCTTG
TATTCCAACTAGCCAACCTTGGCAACTTTTCTTGGCTCAGTTTGTCCCGACAAAGGGCAT
TGCATCTCTGTCCAGCTAATCGGAACCATGGTTTCACCAGCAGCACTCTCCGCTGAAACC
ACGCCAAGCTCGTTCTTAGCAGTTGACAAATAGTAAGCCCGTGAGTCACCAAGGGACAGA
ACCATGGCTCTAACAATGTCACTAGGACGGAAAGACTGATGCATATCAACTTTGTCAATC
TCTGTTGCTCGTACATCTTGTTGCCTGATTATGCCAGCAAATTTTTCACGAACGGCCTTG
GGACCAACACACAAGATATCAACAGAAGCCATT

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3GL73JQ 707 0 0
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GAGTGTATCCATAAATATGCGAACAAGGGTAAGTTGCTCTGCTCTTTTCTCTACAACTTG
ATAACTAAACATCACAGTCTCAAGTACAAGGATGTTAAAAAAAGCTCAAAATTGTATCAA
TCTCATAAGTCGTTCATGTTGTAGACACCATTATCAAAAAAA**CTATGAGGGAAGCCAA
ATATCATCTTGTATTCCAACTAGCCAACCTTGGCAACTTTTCTTGGCTCAGTTTGTCCCG
ACAAAGGGCATTGCATCTCTGTCCAGCTAATCGGAACCATGGTTTCACCAGCAGCACTCT
CCGCTGAGACCACGCCAAGCTCGTTCTTAGCAGTTGACAAATAGTAAGCCAGTGAGTCAC
CAAGGGACAGAACCATGGCTCTAACAATGTCACTAGGACGGAAAGACTGATGCATATCAA
CCTTGTCAATCTCTGTTGCTCGTACATCTTGTTGCCTGATTATGCCAGCAAATTTTTCAC
GAACGGCCTTGGGACCAACACACAAGATATCAACAGAAGCCATTCTAGCCATAACTTTAG
TCACCCTAGCTAAGACAACAGAACCAGGCTCAGGAATAAGCCCATGTGCCTTGTGACCCG
TAACTTCCACAATAGCTCTCTGGTCAGGAGAGTCGGGAAGAGAAGAA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3GL73TF 703 0 0
C
TTTCTCTACAACTTGATAACTAAACATCACAGTCTCAAGTACAAGGATGTTAAAAAA*GC
TCAAAATTGTATCAATCTCATAAGTCGTTCATGTTGTAGACACCATTATCAAAAAAA**C
TATGAGGGAAGCCAAATATCATCTTGTATTCCAACTAGCCAACCTTGGCAACTTTTCTTG
GCTCAGTTTGTCCCGACAAAGGGCATTGCATCTCTGTCCAGCTAATCGGAACCATGGTTT
CACCAGCAGCACTCTCCGCTGAGACCACGCCAAGCTCGTTCTTAGCAGTTGACAAATAGT
AAGCCAGTGAGTCACCAAGGGACAGAACCATGGCTCTAACAATGTCACTAGGACGGAAAG
ACTGATGCATATCAACCTTGTCAATCTCTGTTGCTCGTACATCTTGTTGCCTGATTATGC
CAGCAAATTTTTCACGAACGGCCTTGGGACCAACACACAAGATATCAACAGAAGCCATTC
TAGCCATAACTTTAGTCACCCTAGCTAAGACAACAGAACCAGGCTCAGGAATAAGCCCAT
GTGCCTTGTGACCCGTAACTTCCACAATAGCTCTCTGGTCAGGAGAGTCGGGAAGAGAAG
AAACAATCCGACGAGATCCAGTGAGGGAAGCGTAGATTGTTTTGTCGTTGACGTAAGCTC
CTTTGCCGGCTTTAAACTCAGCCACATTCCCAAGTACATCTC

QA 2 703 2 703
DS 

RD RR3D319TF 678 0 0
AAATATCATCTTGTATTCCAACTAGCCAAC*TTGGCAACTTTTCTTGGCTCAGTTTGTCC
CGACAAAGGGCATTGCATCTCTGTCCAGCTAATCGGAACCATGGTTTCACCAGCAGCACT
CTCCGCTGAGACCACGCCAAGCTCGTTCTTAGCAGTTGACAAATAGTAAGCCCGTGAGTC
ACCAAGGGACAGAACCATGGCTCTAACAATGTCACTAGGACGGAAAGACTGATGCATATC
AACTTTGTCAATCTCTGTTGCTCGTACATCTTGTTGCCTGATTATGCCAGCAAATTTTTC
ACGAACGGCCTTGGGACCAACACACAAGATATCAACAGAAGCCATTCTAGCCATAACTTT
AGTCACCCTAGCTAAGGCAACAGAACCAGGCTCAGGAATAAGCCCATGTGCCTTGTGACC
CGTAACTTCCACAATAGCTCTCTGGTCAGGGGAGTCGGGAAGAGAAGAAACAATCCGACG
AGATCCAGTGAGGGAAGCGTAGATTGTTTTGTCGTTGACGTAAGCTCCTTTGCCGGCTTT
AAACTCAGCCACATTCCCAAGTACATCTCCAGGCGTTACTATGTCCGTCATTTCAAGAGA
TTTCGACTGTTGATAACGAGGAAGAAGAGTACAAGGCAGAACACAAAATTATTACTCCCC
CGGCAGTAATGGCCACTC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL1921Contig1 800 2 5 U
TATCTTGATTTACTTCTCAGAAGAATGTGCATGCCATGACTTACAAAAGAAAAAACAGAA
AAGAACAATTCTTACAAGAAGAGAGAACACAAGGGACGATTACTACCTTGGTTGGTCAAA
CAAAGCACAGTGGGGGGGTGTTCACTTGAAAGTGGAGAGACGGGGAAGCTTGTCCCTCAG
GTAGTAAAGCCTTGCTCTTCTCACTTTTCTGTGACTCACCACTTTTATCTCTTTGATGTT
GGGAGAGTATAAGGGAAACACGATTTCAACACCGATACCAGCAATAATCCTGCGAATACA
AATGGTAGTGTGTATGCCAGCGTTTTGTCTAGACATCACAATGCCTTTGTAGATAGACAA
CCTACGTCTGTTCTCAGGAACTTCCAGTTTGATCTCAACGATATCTCCAGTCCTGATTTC
AGGAACAGGTCTCACTTTCTCTGATACCTCAATTGCTTTCTGGTTCAGTATCCCCATTAC
GTCTCCCAGCTTGACTCTCGGCTTTCTTGGAGCTTTGGCTTCAGTAGCTTCGACAACATC
CTCTACATTAACCTCCGTAGCAGCGATAGCATCAACAGCTTCCTCTGGTTCGCCTTCACC
TTCACCTTCGCCTTCTGCTCTAACGAGAACATCTCGCCTCGCCTTAGTATCGAGCGAGAA
GCTAGATTTCGAGACGGAGTGATTCAGAGAAAGCCTTGAAACTGATAGAAGAGGATTCAT
CGAAGGTGCGCATGATAGAAATGACGAAAACCCTAGTTTTTTCGATGACTGCGTAGGGTT
TCTCGGTATCATGTGCAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI88JQ U 80
AF RR3FA20TF C 1
BS 1 86 RR3FA20TF
BS 87 122 RR3CI88JQ
BS 123 123 RR3FA20TF
BS 124 626 RR3CI88JQ
BS 627 800 RR3FA20TF

RD RR3CI88JQ 547 0 0
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TTCTGTGACTCACCACTTTTATCTCTTTGATGTTGGGAGAGTATAAGGGAAACACGATTT
CAACACCGATACCAGCAATAATCCTGCGAATACAAATGGTAGTGTGTATGCCAGCGTTTT
GTCTAGACATCACAATGCCTTTGTAGATAGACAACCTACGTCTGTTCTCAGGAACTTCCA
GTTTGATCTCAACGATATCTCCAGTCCTGATTTCAGGAACAGGTCTCACTTTCTCTGATA
CCTCAATTGCTTTCTGGTTCAGTATCCCCATTACGTCTCCCAGCTTGACTCTCGGCTTTC
TTGGAGCTTTGGCTTCAGTAGCTTCGACAACATCCTCTACATTAACCTCCGTAGCAGCGA
TAGCATCAACAGCTTCCTCTGGTTCGCCTTCACCTTCACCTTCGCCTTCTGCTCTAACGA

QA 8 547 8 547
DS 

RD RR3FA20TF 800 0 0
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AAGAACAATTCTTACAAGAAGAGAGAACACAAGGGACGATTACTAC*TTGGTTGGTCAAA
CAAAGCACAGTGGGGTGGTGTTCACTTGAAAGTGGAGAGACGGGGAAGCTTGTCCCTCAG
GTAGTAAAGCCTTGCTCTTCTCACTTTTCTGTGACTCACCACTTTTATCTCTTTGATGTT
GGGAGAGTATAAGGGAAACACGATTTCAACACCGATACCAGCAATAATCCTGCGAATACG
AATGGTAGTGTGTATGCCAGCGTTTTGTCTAGACATCACAATGCCTTTGTAGATAGACAA
CCTACGTCTGTTCTCAGGAACTTCCAGTTTGATCTCAACGATATCTCCAGTCCTGATTTC
AGGAACAGGTCTCACTTTCTCTGATACCTCAATTGCTTTCTGGTTCAGTATCCCCATTAC
GTCTCCCAGCTTGACTCTCGGCTTTCTTGGAGCTTTGGCTTCAGTAGCTTCGACAACATC
CTCTACATTAACCTCCGTAGCAGCGATAGCATCAACAGCTTCCTCTGGTTCGCCTTCACC
TTCACCTTCGCCTTCTGCTCTAACGAGAACATCTCGCCTCGCCTTAGTATCGAGCGAGAA
GCTAGATTTCGAGACGGAGTGATTCAGAGAAAGCCTTGAAACTGATAGAAGAGGATTCAT
CGAAGGTGCGCATGATAGAAATGACGAAAACCCTAGTTTTTTCGATGACTGCGTAGGGTT
TCTCGGTATCATGTGCAATC

QA 1 800 1 800
DS 



AS 0 0

AS 1 5

CO CL1923Contig1 1006 5 24 U
GGAGAAAAAAAACTAACACACAAAAACCAACCAGAAGCAAAAGTCTTCGAGTTTTTTAAA
AAATGGTGAAGATCGCAGTTGGAAGTTTGGGTGACTCATTCAGTGTTGCATCTCTGAAGG
CTTACTTGTCTGAGTTCATCGCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGTGTTGGCTCTGCTA
TTGCTTTTGGCAAGATAACCTCTGACGCAGCCTTGGATCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTG
CGGTGGCTCACGCCTTCGCGTTGTTTGTCGGAGTTTCGGTGGCAGCTAACATCTCTGGTG
GCCACTTAAACCCAGCCGTGACTCTCGGTCTTGCTGTTGGAGGAAACATCACACTGATCA
CAGGTTTCTTGTACTGGGTTGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCATGCCTTCTCCTTG
TCTTCGTTACCAACGGCGAGAGCGTACCGACCCACGGAGTTGGAGCCGGTTTAGGAGCGG
TCGAAGCTATCGTGATGGAGATCATTGTGACCTTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCA
CAGCTGCTGATCCAAAGAAAGGTTCGCTCGGAACCATCGCACCTATCGCTATTGGTTTCA
TCGTTGGTGCCAACATCCTTGCTGCTGGTCCATTTAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAA
GGTCGTTCGGACCAGCTATTGTAAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATATACTGGGTGG
GTCCACTCGTTGGTGGTGCACTTGCTGGACTCATCTACGGAGACGTGTTCATCGGTTCTC
CTTACGAATCTGTTGAAACCCGCGAGATCCGAGTTTAAATTAACCGGGTTTGTGGTTGTT
TGATGCTTGCTTGTTGGTTGGTTTGATGGTTGTGTGCTTGCTTGGGTATGTTTGATGTCC
CTTTTCTTTTAAGATTGCCTGTAGAAAAAAGAGTCATCTCTTGCTAATAATAAGAAAATG
TATATTATTCCACTGCCCTGTGAAAATCTGATTATGAATTGAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 10 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV51TF U 1
AF RR3AH09TF U 12
AF RR3DU92TF U 12
AF RR3AZ30TF U 219
AF RR3AZ30JQ C 66
BS 1 33 RR3BV51TF
BS 34 34 RR3AH09TF
BS 35 48 RR3BV51TF
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BS 55 56 RR3AH09TF
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BS 667 667 RR3AH09TF
BS 668 672 RR3BV51TF
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BS 820 854 RR3AZ30TF
BS 855 1006 RR3AZ30JQ

RD RR3BV51TF 697 0 0
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AAATGGTGAAGATCGCAGTTGGAAGTTTGGGTGACTCATTCAGTGTTGCATCTCTGAAGG
CTTACTTGTCTGAGTTCATCGCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGTGTTGGCTCTGCTA
TTGCTTTTGGCAAGATAACCTCTGACGCAGCCTTGGATCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTG
CGGTGGCTCACGCCTTCGCGTTGTTTGTCGGAGTTTCGGTGGCAGCTAACATCTCTGGTG
GCCACTTAAACCCAGCCGTGACTCTCGGTCTTGCTGTTGGAGGAAACATCACACTGATCA
CAGGTTTCTTGTACTGGGTTGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCATGCCTTCTCCTTG
TCTTCGTTACCAACGGCGAGAGCGTACCGACCCACGGAGTTGGAGCCGGTTTAGGAGCGG
TCGAAGCTATCGTGATGGAGATCATTGTGACCTTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCA
CAGCTGCTGATCCAAAGAAAGGTTCGCTCGGAACCATCGCACCTATCGCTATTGGTTTCA
TCGTTGGTGCCAACATCCTTGCTGCTGGTCCATTTAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAA
GGTCGT*CGGAC*AGCTATTGTAAGTGGAGACTTGTC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3AH09TF 785 0 0
GGAACACAC
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GGAAGTTTGGGTGATTCATTCAGTGTTTCATCTCTGAAGGCTTACTTGTCTGAGTTCATC
GCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGTGTTGGGTCTGCTATTGCTTTTGGCAAGATAACC
TCTGATGCAGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTGCGGTGGCTCACGCCTTCGCG
TTGTTTGTCGGAGTTTCGGTTGCAGCTAACATCTCTGGTGGCCACTTAAACCCAGCCGTG
ACTCTCGGTCTTGCTGTTGGAGGAAACATCACACTGATCACAGGTTTCTTGTACTGGGTT
GCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCATGCCTTCTCCTTGTCTTCGTTACCAACGGCGAG
AGCGTACCAACCCACGGAGTTGGAGTCGGTTTAGGAGCGGTCGAAGCTATCGTGATGGAG
ATCATTGCGACCTTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAA
GGTTCGCTCGGAACCATCGCACCTATCGCTATTGGTTTCATCGTTGGTGCCAACATCCTA
GCTGCTGGTCCATTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGACCAGCTATT
GTAAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATATACTGGGTGGGTCCACTCGTTGGTGGTGCA
CTTGCTGGACTTATCTACGGAGACGTGTTCATCGGTTCTCCTTACGAA
GCGGTTGA

QA 10 777 10 777
DS 

RD RR3DU92TF 823 0 0
GGAACACAC
CAAAAACCAACCAGAAGCAAAAGTCTTCGAGTTTTTTAAAAAATGGTGAAGATCGCAGTT
GGAAGTTTGGGTGATTCATTCAGTGTTTCATCTCTGAAGGCTTACTTGTCTGAGTTCATC
GCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGTGTTGGGTCTGCTATTGCTTTTGGCAAGATAACC
TCTGATGCAGCCTTGGACCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTGCGGTGGCTCACGCCTTCGCG
TTGTTTGTCGGAGTTTCGGTTGCAGCTAACATCTCTGGTGGCCACTTAAACCCAGCCGTG
ACTCTCGGTCTTGCTGTTGGAGGAAACATCACACTGATCACAGGTTTCTTGTACTGGGTT
GCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCATGCCTTCTCCTTGTCTTCGTTACCAACGGCGAG
AGCGTACCAACCCACGGAGTTGGAGTCGGTTTAGGAGCGGTCGAAGCTATCGTGATGGAG
ATCATTGCGACCTTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAA
GGTTCGCTCGGAACCATCGCACCTATCGCTATTGGTTTCATCGTTGGTGCCAACATCCTA
GCTGCTGGTCCATTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGACCAGCTATT
GTAAGTGGAGACTTGTCACAA*TCTGGATATACTGGGTGGGTCCACTCGTTGGTGGTGCA
CTTGCTGGACT*ATCTACG*AGACGTGTTCATCGGT*CTC*TTACGAAGC*GGTGAAACC
CGCGAGATCCGAGTT
AAATAACCGGTTTGTGATG

QA 10 804 10 804
DS 

RD RR3AZ30TF 636 0 0
CCAGCTGGTCTTGTGGCTATTGCGGTGGCTCACGCCTTCGCGTTGTTTGTCGGAGTTTCG
GTGGCAGCTAACATCTCTGGTGGCCACTTAAACCCAGCCGTGACTCTCGGTCTTGCTGTT
GGAGGAAACATCACACTGATCACAGGTTTCTTGTACTGGGTTGCTCAGTGTCTTGGCTCC
ATCGTTGCATGCCTTCTCCTTGTCTTCGTTACCAACGGCGAGAGCGTACCGACCCACGGA
GTTGGAGCCGGTTTAGGAGCGGTCGAAGTTATCGTGATGGAGATCATTGTGACCTTTGCT
TTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAAGGTTCGCTCGGAACCATC
GCACCTATCGCTATTGGTTTCATCGTTGGTGCCAACATCCTTGCTGCTGGTCCATTTAGC
GGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGACCAGCTATTGTAAGTGGAGACTTGTCA
CAAATCTGGATATACTGGGTGGGTCCACTCGTTGGTGGTGCACTTGCTGGACTCATCTAC
GGAGACGTGTTCATCGGTTCTCCTTACGAATCTGTTGAAACCCGCGAGATCCGAGTTTAA
*TTAACCGGGTTTGTGGTTGTTTGATGCTTGCTTGT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3AZ30JQ 941 0 0
GTGAAGATCGCAGTTGGAAGTTTGGGTGACTCATTCAGTGTTGCATCTCTGAAGGCTTAC
TTGTCTGAGTTCATCGCAACTCTTGTCCTTGTATTCGCTGGTGTTGGCTCTGCTATTGCT
TTTGGCAAGATAACCTCTGACGCAGCCTTGGATCCAGCTGGTCTTGTGGCTATTGCGGTG
GCTCACGCCTTCGCGTTGTTTGTCGGAGTTTCGGTGGCAGCTAACATCTCTGGTGGCCAC
TTAAACCCAGCCGTGACTCTCGGTCTTGCTGTTGGAGGAAACATCACACTGATCACAGGT
TTCTTGTACTGGGTTGCTCAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCATGCCTTCTCCTTGTCTTC
GTTACCAACGGCGAGAGCGTACCGACCCACGGAGTTGGAGCCGGTTTAGGAGCGGTCGAA
GTTATCGTGATGGAGATCATTGTGACCTTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCT
GCTGATCCAAAGAAAGGTTCGCTCGGAACCATCGCACCTATCGCTATTGGTTTCATCGTT
GGTGCCAACATCCTTGCTGCTGGTCCATTTAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCG
TTCGGACCAGCTATTGTAAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATATACTGGGTGGGTCCA
CTCGTTGGTGGTGCACTTGCTGGACTCATCTACGGAGACGTGTTCATCGGTTCTCCTTAC
GAATCTGTTGAAACCCGCGAGATCCGAGTTTAAATTAACCGGGTTTGTGGTTGTTTGATG
CTTGCTTGTTGGTTGGTTTGATGGTTGTGTGCTTGCTTGGGTATGTTTGATGTCCCTTTT
CTTTTAAGATTGCCTGTAGAAAAAAGAGTCATCTCTTGCTAATAATAAGAAAATGTATAT
TATTCCACTGCCCTGTGAAAATCTGATTATGAATTGAAATT

QA 1 941 1 941
DS 



AS 2 5

CO CL1924Contig1 1039 3 6 U
GAAGTGAATGAGTATTTTTTTCACTATACACACAAACGAATGTTTGAGAGTTTTGTAGTT
TAGCTAACGAATTGTTTCTGGAGAAGGCTTCCACAGAATGATAGATCAAATCTCTCTTCT
GGAGGGTCTCCAATGCAGTCGAAAACCGCGTCTGCGTTCACAAAATCTTCATCCGCTGTG
TATCCACTCTTTGTTACTATACAAGTCATACCCGCAGCTTTTGCAGCTGCTAGTCCAATA
GCGCTATCTTCAACCACAACACATTTTGAGGGATCAACTCCAAGGGTTTCAGCAGCTAAG
TTGTAGATGGCCAGGTCAGGTTTCTTTTTAGGAACTACATCTCCAGCGAATATCTTGATA
TTCTCTGCTCGTTCTGGTCCAAGCAAGCATGAAACTATAGCAGAAACCGCCTTCTCATTT
GAAGTGCTGCACACAGCAACCTTTACTCCATTCGTTAAAGCTTGATCAACCAATTTGGCA
ACACCGGGACGAAGAGGAAGCAGCTTTTTCTCGATGAGAACCATGAAAAGCTCAGTCTTC
TGCTTGTGAAGGCCAGCTATGAAGGCTTTCCTCTCTGCCTCATCCTTGGGAGCTTTCTCA
GGCCAACCCACCTTATTAAAATATGCTGTCATTCTTTCTTTCCCGCCACCTATTTTCAGT
AGTTCTCCGTACAAATCGACATCCCAGGTAACACCCAAATCTCTCTCTTTGAAAGTGTCG
TTGAAGGAGATCCTGTGGCCGTCCTTCTCCGTATCAACAAGCACGCCATCGCAATCGAAG
AGAAGAGCTGAGGGAAGAGCAGTCTGGGGAAGAGTAGCAGGAGAAGATGAAGCAGAACAA
GTGATTTCTACGGAGCGAGATCCTCTGTGTATTGTCGTCGGGCTTGATCTCAAGCATTTA
CCAATGAACCGCGACTTCGAAGCCTTTGCTGTCGCATTAAACGCACGCGCTGCATTGGGG
AGGAAAGACGCCGCAGATAACTTTGACTGAATTGAAGAGGGAGAAGGTGAAGACAGAGAG
AGTTTCAGAGTCGCCATCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AC73JQ U 1
AF RR3DO16JQ U 1
AF RR3CO24TF C 414
BS 1 668 RR3AC73JQ
BS 669 669 RR3DO16JQ
BS 670 682 RR3AC73JQ
BS 683 683 RR3DO16JQ
BS 684 721 RR3AC73JQ
BS 722 1039 RR3CO24TF

RD RR3AC73JQ 721 0 0
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TAGCTAACGAATTGTTTCTGGAGAAGGCTTCCACAGAATGATAGATCAAATCTCTCTTCT
GGAGGGTCTCCAATGCAGTCGAAAACCGCGTCTGCGTTCACAAAATCTTCATCCGCTGTG
TATCCACTCTTTGTTACTATACAAGTCATACCCGCAGCTTTTGCAGCTGCTAGTCCAATA
GCGCTATCTTCAACCACAACACATTTTGAGGGATCAACTCCAAGGGTTTCAGCAGCTAAG
TTGTAGATGGCCAGGTCAGGTTTCTTTTTAGGAACTACATCTCCAGCGAATATCTTGATA
TTCTCTGCTCGTTCTGGTCCAAGCAAGCATGAAACTATAGCAGAAACCGCCTTCTCATTT
GAAGTGCTGCACACAGCAACCTTTACTCCATTCGTTAAAGCTTGATCAACCAATTTGGCA
ACACCGGGACGAAGAGGAAGCAGCTTTTTCTCGATGAGAACCATGAAAAGCTCAGTCTTC
TGCTTGTGAAGGCCAGCTATGAAGGCTTTCCTCTCTGCCTCATCCTTGGGAGCTTTCTCA
GGCCAACCCACCTTATTAAAATATGCTGTCATTCTTTCTTTCCCGCCACCTATTTTCAGT
AGTTCTCCATACAAATCGACATTCCAGGTAACACCCAAATCTCTCTCTTTGAAAGTGTCG
T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3DO16JQ 722 0 0
GAAGTGAATGAGTATTTTTTTCACTATACACACAAACGAATGTTTGAGAGTTTTGTAGTT
TAGCTAACGAATTGTTTCTGGAGAAGGCTTCCACAGAATGATAGATCAAATCTCTCTTCT
GGAGGGTCTCCAATGCAGTCGAAAACCGCGTCTGCGTTCACAAAATCTTCATCCGCTGTG
TATCCACTCTTTGTTACTATACAAGTCATACCCGCAGCTTTTGCAGCTGCTAGTCCAATA
GCGCTATCTTCAACCACAACACATTTTGAGGGATCAACTCCAAGGGTTTCAGCAGCTAAG
TTGTAGATGGCCGGGTCAGGTTTCTTTTTAGGAACTACATCTCCAGCGAATATCTTGATA
TTCTCTGCTCGTTCTGGTCCAAGCAAGCATGAAACTATAGCAGAAACCGCCTTCTCATTT
GAAGTGCTGCACACAGCAACCTTTACTCCATTCGTTAAAGCTTGATCAACCAATTTGGCA
ACACCGGGACGAAGAGGAAGCAGCTTTTTCTCGATGAGAACCATGAAAAGCTCAGTCTTC
TGCTTGTGAAGGCCAGCTATGAAGGCTTTCCTCTCTGCCTCATCCTTGGGAGCTTTCTCA
GGCCAACCCACCTTATTAAAATATGCTGTCATTCTTTCTTTCCCGCCACCTATTTTCAGT
AGTTCTCCGTACAAATCGACATCCCAGGTAACACCCAAATCTCTCTCTTTGTGAGTGTCG
T
T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3CO24TF 626 0 0
C
TCATTTGAAGTGCTGCACACAGCAACCTTTACTCCATTCGTTAAAGCTTGATCAACCAAT
TTGGCAACACCGGGTCGAAGAGGAAGCAGCTTTTTCTCGATGAGAACCATGAAAAGCTCA
GTCTTCTGCTTGTGAAGCCCAGCTATGAACGCTTTCCTCTCTGCCTCATCCTTGGGAGCT
TTCTCAGGCCAACCCACTTTATTAAAATACGCTGTCATTCTTTCTTTCCCGCCACCTATT
TTCAGTAGTTCTCCGTACAAATCGACATCCCAGGTAACACCCAAATCTTTCTCTTTGAAA
GTGTCGTTGAAGGAGATCCTGTGGCCGTCCTTCTCCGTATCAACAAGCACGCCATCGCAA
TCGAAGAGAAGAGCTGAGGGAAGAGCAGTCTGGGGAAGAGTAGCAGGAGAAGATGAAGCA
GAACAAGTGATTTCTACGGAGCGAGATCCTCTGTGTATTGTCGTCGGGCTTGATCTCAAG
CATTTACCAATGAACCGCGACTTCGAAGCCTTTGCTGTCGCATTAAACGCACGCGCTGCA
TTGGGGAGGAAAGACGCCGCAGATAACTTTGACTGAATTGAAGAGGGAGAAGGTGAAGAC
AGAGAGAGTTTCAGAGTCGCCATCC

QA 2 626 2 626
DS 



CO CL1924Contig2 704 2 5 U
GGAAATAATGGCGACTGTGAAACTCTCTCTGTCTTCACCTTCTCCCTCTTCAATTCAGTC
AAAGTTATCTGCGGCGTCTTTCATCCCCAATGCAGCGCGTGCGTTTAATGCGACCACAAA
GGCTTCGAAGTCGCGGTTCATTGGTAAATGCTTGAGATCAAGCCCTATGACAATACACAG
AGGATCTCGCTCCGTAGAAATCACTTGTTCTGCTTCATCTTCTCCATCTGCTACTCTTCC
CTCAGCTCTTCTCTTCGATTGCGATGGCGTGCTTGTTGATACGGAGAAGGACGGTCACAG
GATCTCCTTCAACGACACTTTCAAAGAGAGAGATTTGGGTGTTACCTGGGATGTCGATTT
GTACGGAGAACTACTGAAAATAGGTGGCGGGAAAGAAAGAATGACAGCATATTTTAATAA
GGTGGGTTGGCCTGAGAAAGCTCCCAAGGATGAGGCAGAGAGGAAAGCCTTCATAGCTGG
CCTTCACAAGCAGAAGACTGAGCTTTTCATGGTTCTCATCGAGAAAAAGCTGCTTCCTCT
TCGTCCCGGTGTTGCCAAATTGGTTGATCAAGCTTTAACGAATGGAGTAAAGGTTGCTGT
GTGCAGCACTTCAAATGAAGGCGGTTTCTGCTATAGTTTCATCCTTGCTTGGACCAGAAC
GAGCAGAGATATCAAGATATCGCTGGAGATGTAGTTCCTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DO16TF U 6
AF RR3DC20TF U 1
BS 1 31 RR3DC20TF
BS 32 33 RR3DO16TF
BS 34 35 RR3DC20TF
BS 36 36 RR3DO16TF
BS 37 704 RR3DC20TF

RD RR3DO16TF 270 0 0
GA
ATGGCGACTGTGAAACTCTCTCTGTCTTCACCTTCTCCCTCTTCAATTCAGTCAAAGTTA
TCTGCGGCGTCTTTCATCCCCAATGCAGCGCGTGCGTTTAATGCGACCGCAAAGGCTTCG
AAGTCGCGGTTCATTGGTAAATGCTTGAGATCAAGCCCTATGACAATACACAGAGGATCT
CGCTCCGTA*AAATCGCTTGTTCTGCTTCATCTTCTCCATCTGCTACTCTTCCCTCAGCT
CTTCTCTTCGATTGCGATGGCGTGCT
GT

QA 3 268 3 268
DS 

RD RR3DC20TF 704 0 0
GGAAATAATGGCGACTGTGAAACTCTCTCTG**TTTACCTTCTCCCTCTTCAATTCAGTC
AAAGTTATCTGCGGCGTCTTTCATCCCCAATGCAGCGCGTGCGTTTAATGCGACCACAAA
GGCTTCGAAGTCGCGGTTCATTGGTAAATGCTTGAGATCAAGCCCTATGACAATACACAG
AGGATCTCGCTCCGTAGAAATCACTTGTTCTGCTTCATCTTCTCCATCTGCTACTCTTCC
CTCAGCTCTTCTCTTCGATTGCGATGGCGTGCTTGTTGATACGGAGAAGGACGGTCACAG
GATCTCCTTCAACGACACTTTCAAAGAGAGAGATTTGGGTGTTACCTGGGATGTCGATTT
GTACGGAGAACTACTGAAAATAGGTGGCGGGAAAGAAAGAATGACAGCATATTTTAATAA
GGTGGGTTGGCCTGAGAAAGCTCCCAAGGATGAGGCAGAGAGGAAAGCCTTCATAGCTGG
CCTTCACAAGCAGAAGACTGAGCTTTTCATGGTTCTCATCGAGAAAAAGCTGCTTCCTCT
TCGTCCCGGTGTTGCCAAATTGGTTGATCAAGCTTTAACGAATGGAGTAAAGGTTGCTGT
GTGCAGCACTTCAAATGAAGGCGGTTTCTGCTATAGTTTCATCCTTGCTTGGACCAGAAC
GAGCAGAGATATCAAGATATCGCTGGAGATGTAGTTCCTAAAAA

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 4

CO CL1925Contig1 1033 4 11 U
GGATACAACAGAGTTCCAAAAAAGCAAAAAGTAAAAAGAACACAATGGCTTCTAGAGCAT
CTCTTCCTCTCGCCGCCTCCTTCCTCCTCCTTCTCATCTCTTCCTCCTTCGCCGCTGACA
CAGGCCGTCTCTTTCTCACCGTCGTCAACCACTGTCCCTTCACCGTCTGGCCAGCCATTC
AGCCCAACGCCGGCCACCCCGTCCTCGAGAAAGGTGGCTTCGCTCTCCCAACCAACACCC
ACCGCTCTTTCTCCGCACCAACCTCCCACTGGTCCGGTCGCATCTGGGGCCGAACCGGCT
GCTCCCACTACAACGGCAAATTCTCCTGCGTCACCGGAGACTGCGGAAACCGTCTCGAGT
GCAACGGTCTCGGCGGCGCAACTCCGGCTTCTCTCGCTCAGTTCGACCTCCACCACGGCG
GACACCAAGACTTATCCTCCTACGGTGTCTCTCTCGTCGACGGTTTCAACGTTCCGATGA
CTGTGACTCCTCACGAAGGCCGTGGTGTTTGTCCCGTCGTCGGCTGCCGTGAAGACCTCT
TGAAAACGTGCCCGGCTCATCTTCAGCTCCGGTCGGGACACGGTGGACACGTGGTGGCAT
GTAAGAGTGGGTGTGAGGCGTTCCGTACGGACGAGCTGTGTTGTAGGAATCATTACAATA
GCCCTCAGACGTGTCGTGCTTCGACCCACTCTCTGTTCTTTAAGCACGCGTGCCCTTCGA
CTATGACTTTTGCTCATGACAGTCCTTCGCTTATGCATGACTGTTCTTCTCCTAGAGAGC
TCAAAGTCATCTTCTGTCACTAATGTGTTTCTCTTGTTCGGCTTGTTCTATATGGTTGTA
CTAGTGATATCGCACCGATCTCATATCTATCTTTCTGGTTTTGATTGGTTTAGTTTGCGA
TTTCCCGGTTCAGTTATGTAGTTTTTTCAAAAAGTATTGTAGTCCAACTATGAAATTATG
AATTATGTTTAAAATTGCCTCTGTTTCGTTATCTGTTTGGAATCGAGTATTGATATTCAC
TTTTTTTTACTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 0 15 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL92TF U 1
AF RR3GI52TF U 1
AF RR3GI52JQ C 460
AF RR3DL92JQ C 238
BS 1 474 RR3DL92TF
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BS 476 646 RR3DL92TF
BS 647 647 RR3DL92JQ
BS 648 661 RR3DL92TF
BS 662 662 RR3GI52TF
BS 663 758 RR3DL92TF
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BS 766 766 RR3DL92JQ
BS 767 784 RR3GI52TF
BS 785 1033 RR3DL92JQ

RD RR3DL92TF 758 0 0
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QA 1 758 1 758
DS 

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AAAAAAGCAAAAAGTAAAAAGAACACAATGGCTTCTAGAGCATCTCTTCCTCTCGCCGCC
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ACCGTCGTCAACCACTGTCCCTTCACCGTCTGGCCAGCCATTCAGCCCAACGCCGGCCAC
CCCGTCCTCGAGAAAGGTGGCTTCGCTCTCCCAACCAACACCCACCGCTCTTTCTCCGCA
CCAACCTCCCACTGGTCCGGTCGCATCTGGGGCCGAACCGGCTGCTCCCACTACAACGGC
AAATTCTCCTGCGTCACCGGAGACTGCGGAAACCGTCTCGAGTGCAACGGTCTCGGCGGC
GCAACTCCGGCTTCTCTCGCTCAGTTCGACCTCCACCACGGCGGACACCAAGACTTATCC
TCCTACGGTGTCTCTCTCGTCGACGGTTTCAACGTTCCGATGACTGTGACTCCTCACGAA
GGCCGTGGTGTTTGTCCCGTCGTCGGCTGCCGTGAAGACCTCTTGAAAACGTGCCCGGCT
CATCTTCAGCTCCGGTCGGGACACGGTGGACACGTGGTGGCATGTAAGAGTGGGTGTGAG
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GCTTCGACCCACTCTCTGTTCTTTAAGCACGCGTGCCCTTCGACTATGACTTTTGCTCAT
GACAGTCCTTCGCTTATGCATGACTGTT*TTCTCCTAGAGAGCTCAA
GTCATCTTTGTCACT

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DS 

RD RR3GI52JQ 474 0 0
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GTTGTAGGAATCATTACAATAGCTTTCAGGCGTGTCGTGCTTCGACCCACTCTCTGTTCT
TTAAGCACGCGTGCCCTTCGACTATGACTTTTGCTCATGACAGTCCTTCGCTTATGCATG
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GGCTTGTTCTATATGGTTGTACTAGTGATATCGCACCGATCTCATATCTATCTTTCTGGT
TTTGATTGGTTTAGTTTGCGATTTCCCGGTTCAGTTATGTAGTTTTTTCAAAAA

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DS 

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CCCC
CCGCTCTTTCTCCGCACCAACCTCCCACTGGTCCGGTCGCATCTGGGGCCGAACCGGCTG
CTCCCACTACAACGGCAAATTCTCCTGCGTCACCGGAGACTGCGGAAACCGTCTCGAGTG
CAACGGTCTCGGCGGCGCAACTCCGGCTTCTCTCGCTCAGTTCGACCTCCACCACGGCGG
ACACCAAGACTTATCCTCCTACGGTGTCTCTCTCGTCGACGGTTTCAACGTTCTGATGAC
TGTGACTCCTCACGAAGGCCGTGGTGTTTGTCCCGTCGTCGGCTGCCGTGAAGACCTCTT
GAAAACGTGCCCGGCTCATCTTCAGCTCCGGTCGGGACACGGTGGACACGTGGTGGCATG
TAAGAGTGGGTGTGAGGCGTTCCGTACGGACGAGCTGTGTTGTAGGAATCATTACAATAG
TCCTCAGACGTGTCGTGCTTCGACCCACTCTCTGTTCTTTAAGCACGCGTGCCCTTCGAC
TATGACTTTTGCTCATGACAGTCCTTCGCTTATGCATGACTGTTCTTCTCCTAGAGAGCT
CAAAGTCATCTTCTGTCACTAATGTGTTTCTCTTGTTCGGCTTGTTCTATATGGTTGTAC
TAGTGATATCGCACCGATCTCATATCTATCTTTCTGGTTTTGATTGGTTTAGTTTGCGAT
TTCCCGGTTCAGTTATGTAGTTTTTTCAAAAAGTATTGTAGTCCAACTATGAAATTATGA
ATTATGTTTAAAATTGCCTCTGTTTCGTTATCTGTTTGGAATCGAGTATTGATATTCACT
TTTTTTTACTCG

QA 5 796 5 796
DS 



AS 1 5

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TGATACCCTTTTCCATGCCAATGAGCTCAGCTAAGGCTTTGGGTTTGCTATATAATAAGT
GTCGAGTAAATGGTCTTTTTGCCTTCAG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK49JQ C 1
AF RR3AV38TF U 1
AF RR3DK49TF U 1
AF RR3AV38JQ C 120
AF RR3ET64TF U 195
BS 1 52 RR3AV38TF
BS 53 53 RR3DK49TF
BS 54 100 RR3AV38TF
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BS 368 570 RR3AV38TF
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RD RR3DK49JQ 435 0 0
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TATCGCTTTTATGAT

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DS 

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CTAAACACAACATTTCCGCAAGTGCCCTCCGCTTTTTTTTATTGCATTGTCAAGTTTGTG
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CACATTAGTGCAAGTGCGACTTTGTTTGGTCGCACTTGTCAGCTTGTAACATCCTATATT
TGATACCCTTTTCCATGCCAATGAGCTCAG
CT

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3DK49TF 556 0 0
GGGTGGTGTTGAAGGAGCAAAAATGGCGTCGAATCTCGTGAAAGCTCTCATCTGATCGCA
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TGCTTGTGAAGGAGACACCAATCCAGCACTCGGTCATCCAATTGAGTTCATTTGCCTCGA
CCTACACGAGCCTGCCATCTGCAAGTACTGTGGCCTTCGTTATATTCAAGATCATCATCA
CTAAACGCAACATTTCCGCAAGTGCCCTCCGCTTTTTTTTATTGCATTGTCAAGTTTGTG
TATCGCTTCTATGATGCTCCGACATCTTGATATATCATTTCTTAATAAAGGATATTCGAT
CACATTAATGCAAGTGCGACTTTGTTTGGTCGCACTTGTCAGCTTGTAACATCCTATATT
TGATACCCTTTTCCAT

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3AV38JQ 471 0 0
GCATTCCAATAGACGATTTAGTCGGAAACCACACGGCCAAATGGATGCAGGATAGAAGCA
AGAAGTCACCAATGGAACTGATCAATGAGGTTCCCCCTATCAAGGTTGTTGGAAGGACTG
CTGCTTGTGAAGGAGACACCAATCCAGCACTCGGTCATCCAATGGAGTTCATTTGCCTCG
ACCTACACGAGCCTGCCATTTGCAAGTACTGTGGCCTTCGTTATGTTCAAGATCATCATC
ACTAAACACAACATTTCCGCAAGTGCCCTCCGCTTTTTTTTATTGCATTGTCAAGTTTGT
GTATCGCTTTTATGATGTTCCGACATCTTGATATATCATTTTTTAATAAAGGATATTCGA
TCACATTAGTGCAAGTGGGACTTTGTTTGGTCGCACTTGTCAGCTTGTAACATCCTATAT
TTGATACCCTTTTCCATGCCAATGAGTTCAGGTAAGGCTTTGGG
GTTTGTT

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR3ET64TF 434 0 0
AACTGATCAATGAGGTTCCACCTATCAAGGTTGTTGGAAGGACTGCTGCTTGTGAAGGAG
ACACCAATCCAGCACTCGGTCATCCAATTGAGTTCATTTGCCTCGACCTACACGAGCCTG
CCATCTGCAAGTACTGTGGCCTTCGTTATGTTCAAGATCATCATCACTAAACGCAACATT
TCCGCAAGTGCCCTCCGCTTTTTTTTATTGCATTGTCAAGTTTGTGTATCGCTTCTATGA
TGCTCCGACATCTTGATATATCATTTCTTAATAAAGGATATTCGATCACATTAGTGCAAG
TGCGACTTTGTTTGGTCGCACTTGTCAGCTTGTAACATCCTATATTTGATACCCTTTTCC
ATGCCAATGAGCTCAGCTAAGGCTTTGGGTTTGCTATATAATAAGTGTCGAGTAAATGGT
CTTTTTGCCTTCAG

QA 1 434 1 434
DS 



AS 1 2

CO CL1927Contig1 795 2 7 U
GGACGTGCTCCAGCTCTCAAGATCGCCGCTTCTCACTAAGAAGACCAAAACATGGTGCAC
GTTTGCTACTACCGTAACTATGGAAAGACCTTCAAGGGACCAAGACGCCCTTTCGAGAAG
GAGCGTCTGGACTCGGAGCTGAAGCTGGTCGGCGAGTACGGTCTCCGCAACAAGCGTGAG
CTCTGGAGAGTCCAGTACTCTCTGAACCGCATCCGTAACGCCGCCAGGGATCTTCTGACT
CTCGACGAGAAGAATCCCAAGAGGATCTTCGAAGGCGAGGCGCTGCTAAGGAAGATGAAC
CGGTACGGGCTTCTCGACGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCTTTGACGGTG
GAGAACTTTCTTGAACGTCGTCTTCAGACTATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCT
ATCCATCACTCCCGTGTCCTCATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGAAAGCAATTGGTG
AACATTCCTTCGTTCATGGTGAGACTTGACTCGCAGAAACACATCGACTTTGCATTGACC
AGTCCCTTCGGTGGTGGGCGTCCAGGAAGAGTGAAGAGAAGGAACGAGAAGTCTGCGTCC
AAGAAAGCCTCTGGTTGCGACGCTGACGGTGATGACGAAGAGTAAACCCCCCAACTCTCA
CCGCCTACTTTTTTAGCTATGAAGCACTCTGCTTTTTGATATCTTTTAGTTTTGAATTTC
CTTCTTTTCAGACGATTGTTTTGTGGTTTCTTTGTGTGCCGAAACTTTCTCGAGTTATAT
TTTATTTTGAGACAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F667TF U 1
AF RR3A727TF U 1
BS 1 205 RR3A727TF
BS 206 206 RR3F667TF
BS 207 290 RR3A727TF
BS 291 291 RR3F667TF
BS 292 501 RR3A727TF
BS 502 502 RR3F667TF
BS 503 795 RR3A727TF

RD RR3F667TF 560 0 0
GGACGTGCTCCAGCTCTCAAGATTGCCGCTTCTCACTAAGAAGACCAAAACATGGTGCAC
GTTTGCTACTACCGTAACTATGGAAAGACCTTCAAGGGACCAAGACGCCCTTTCGAGAAG
GAGCGTCTGGACTCGGAGCTGAAGCTGGTCGGCGAGTACGGTCTCCGCAACAAGCGTGAG
CTCTGGAGAGTCCAGTACTCTCTGAACCGCATCCGTAACGCCGCCAGGGATCTTCTGACT
CTCGACGAGAAGAATCCCAAGAGGATCTTCGAAGGCGAGGCGCTGCTAAGGAAGATGAAC
CGGTACGGGCTTCTCGACGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCTTTGACGGTG
GAGAACTTTCTTGAACGTCGTCTTCAGACTATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCT
ATCCATCACTCCCGTGTCCTCATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGAAAGCAATTGGTG
AACATTCCTTCGTTCATGGTGAGACTTGACTCGCAGAAACACATCGACTTTGCATTGACC
AGTCCCTTCGGTGGTGG
CCG

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3A727TF 795 0 0
GGACGTGCTCCAGCTCTCAAGATCGCCGCTTCTCACTAAGAAGACCAAAACATGGTGCAC
GTTTGCTACTACCGTAACTATGGAAAGACCTTCAAGGGACCAAGACGCCCTTTCGAGAAG
GAGCGTCTGGACTCGGAGCTGAAGCTGGTCGGCGAGTACGGTCTCCGCAACAAGCGTGAG
CTCTGGAGAGTCCAGTACTCTCTGAGCCGCATCCGTAACGCCGCCAGGGATCTTCTGACT
CTCGACGAGAAGAATCCCAAGAGGATCTTCGAAGGCGAGGCGCTGCTAAG*AAGATGAAC
CGGTACGGGCTTCTCGACGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCTTTGACGGTG
GAGAACTTTCTTGAACGTCGTCTTCAGACTATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCT
ATCCATCACTCCCGTGTCCTCATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGAAAGCAATTGGTG
AACATTCCTTCGTTCATGGTGGGACTTGACTCGCAGAAACACATCGACTTTGCATTGACC
AGTCCCTTCGGTGGTGGGCGTCCAGGAAGAGTGAAGAGAAGGAACGAGAAGTCTGCGTCC
AAGAAAGCCTCTGGTTGCGACGCTGACGGTGATGACGAAGAGTAAACCCCCCAACTCTCA
CCGCCTACTTTTTTAGCTATGAAGCACTCTGCTTTTTGATATCTTTTAGTTTTGAATTTC
CTTCTTTTCAGACGATTGTTTTGTGGTTTCTTTGTGTGCCGAAACTTTCTCGAGTTATAT
TTTATTTTGAGACAT

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 4

CO CL1928Contig1 488 4 2 U
CAACATTGGAAGGAAAAAATGTTGATGACAAGGAGAAGAAGAGAGAGTAAAGCTCATTGA
AAAATGAAGATGTTGCTTTATTAGGAGACTACAAATTAAAACATGAGACAGTAACTTCAT
TTCAGGGGACAAACTTTCTCGAAGGCTTCTTGCTCTTTCCTACACAGATCAAATTCGTTT
GTGTAGTAATACATACACCCAACGTAGTCATCCATCTCCTTTTGGCACTTTTGGTGAAGA
TCCTTTAGCAAGCCAAGGACGCAGCGAGTGACGTCACGACCCTTGTCGAGACATTTCTCA
GGGTTTGGATCGTTCTTCTTGCATTTGAGAAACGCAACGTTCTCAGGCATACATCTTAAA
CCTATATGCTTCGCTGAGGCAGTCAACACCGCAGATGTAGGGATCGGGTTCCCCGTCGCG
TCCACAGCAGCACTCGACATAGCTCACAAATTAAATTATCCCTGACACTTTTCAACGGAT
CGATTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3AK87JQ U 1
AF RR3AK87TF C 1
AF RR3A729JQ U 43
AF RR3A729TF C 43
BS 1 414 RR3AK87JQ
BS 415 488 RR3A729JQ

RD RR3AK87JQ 414 0 0
CAACATTGGAAGGAAAAAATGTTGATGACAAGGAGAAGAAGAGAGAGTAAAGCTCATTGA
AAAATGAAGATGTTGCTTTATTAGGAGACTACAAATTAAAACATGAGACAGTAACTTCAT
TTCAGGGGACAAACTTTCTCGAAGGCTTCTTGCTCTTTCCTACACAGATCAAATTCGTTT
GTGTAGTAATACATACACCCAACGTAGTCATCCATCTCCTTTTGGCACTTTTGGTGAAGA
TCCTTTAGCAAGCCAAGGACGCAGCGAGTGACGTCACGACCCTTGTCGAGACATTTCTCA
GGGTTTGGATCGTTCTTCTTGCATTTGAGAAACGCAACGTTCTCAGGCATACATCTTAAA
CCTATATGCTTCGCTGAGGCAGTCAACACCGCAGATGTAGGGATCGGGTTCCCC

QA 1 414 1 414
DS 

RD RR3AK87TF 414 0 0
CAACATTGGAAGGAAAAAATGTTGATGACAAGGAGAAGAAGAGAGAGTAAAGCTCATTGA
AAAATGAAGATGTTGCTTTATTAGGAGACTACAAATTAAAACATGAGACAGTAACTTCAT
TTCAGGGGACAAACTTTCTCGAAGGCTTCTTGCTCTTTCCTACACAGATCAAATTCGTTT
GTGTAGTAATACATACACCCAACGTAGTCATCCATCTCCTTTTGGCACTTTTGGTGAAGA
TCCTTTAGCAAGCCAAGGACGCAGCGAGTGACGTCACGACCCTTGTCGAGACATTTCTCA
GGGTTTGGATCGTTCTTCTTGCATTTGAGAAACGCAACGTTCTCAGGCATACATCTTAAA
CCTATATGCTTCGCTGAGGCAGTCAACACCGCAGATGTAGGGATCGGGTTCCCC

QA 1 414 1 414
DS 

RD RR3A729JQ 446 0 0
GG
GAGTAAAGCTCATTGAAAAATGAAGATGTTGCTTTATTAGGAGACTACAAATTAAAACAT
GAGACAGTAACTTCATTTCAGGGGACAAACTTTCTCGAAGGCTTCTTGCTCTTTCCTACA
CAGATCAAATTCGTTTGTGTAGTAATACATACACCCAACGTAGTCATCCATCTCCTTTTG
GCACTTTTGGTGAAGATCCTTTAGCAAGCCAAGGACGCAGCGAGTGACGTCACGACCCTT
GTCGAGACATTTCTCAGGGTTTGGATCGTTCTTCTTGCATTTGAGAAACGCAACGTTCTC
AGGCATACATCTTAAACCTATATGCTTCGCTGGGGCGGTCAACACCGCAGATGTAGGGAT
CGGGTTCCCCGTCGCGTCCACAGCAGCACTCGACATAGCTCACAAATTAAATTATCCCTG
ACACTTTTCAACGGATCGATTTCC

QA 3 446 3 446
DS 

RD RR3A729TF 446 0 0
GG
GAGTAAAGCTCATTGAAAAATGAAGATGTTGCTTTATTAGGAGACTACAAATTAAAACAT
GAGACAGTAACTTCATTTCAGGGGACAAACTTTCTCGAAGGCTTCTTGCTCTTTCCTACA
CAGATCAAATTCGTTTGTGTAGTAATACATACACCCAACGTAGTCATCCATCTCCTTTTG
GCACTTTTGGTGAAGATCCTTTAGCAAGCCAAGGACGCAGCGAGTGACGTCACGACCCTT
GTCGAGACATTTCTCAGGGTTTGGATCGTTCTTCTTGCATTTGAGAAACGCAACGTTCTC
AGGCATACATCTTAAACCTATATGCTTCGCTGGGGCGGTCAACACCGCAGATGTAGGGAT
CGGGTTCCCCGTCGCGTCCACAGCAGCACTCGACATAGCTCACAAATTAGATTATCCCTG
ACACTTTTCAACGGATCGATTT
CC

QA 3 444 3 444
DS 



AS 1 4

CO CL1929Contig1 676 4 11 U
CAGTTTAGAACAACTTTAATACGGATATAAATTAATGACAACAAACACAAAGAAAAAGCT
AAGAAAATATTCATAGTAATATACTAATAGCATCA***TTTTTTTTTGAAATGGTACATT
AAGCATCATGAGATTCAAGAATCTTGATGAAGACAAGAGTAAAAAAACAATGATGCAAGA
AAGTATTTGAAGGTCGAGAAGATTGGTGAAAGATCATATTTTTAAGTACATTCATTTGAC
GAAGTAAGGAAGGTCAAGAACGTAGAGAAGGAAATAAGCCCAAGTCACACCAGAGATCCC
TCCGAGGAAGAACCCTCCAGTGAACTTAGCCCATCCCTCTGCTGTCTGAAGCTGGTCCGG
TTGCTTCTTCCGGCCCGTCAAAGTCAAACTTGGTGCAATTGACGGCTCTCCTTCCTTGAA
CGAAGAGATTCCATAGATAGTGAGGCACATGCTGAGGATGACTACAAGCCCAGCAGCGGC
TAAAGAGCCGGCGGAGCCAGCGTAAGCAGTGTTCCTTAATGGGCCCGCTTTGACAAATGG
GCCCACTAAGAGGAAACCATGAGCCAAACCCACTTCGACACCACGGAGGAGAGGGTTGAC
GGCCGTGCGGTAAGCCGGGAGGTTGGAGAGATACCACGCGATCAGTGGGCTTGACGTTAC
TGGAGTTTCTAAGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ05JQ U 72
AF RR3GI01JQ U 72
AF RR3GI01TF C 72
AF RR3EV05JQ U 1
BS 1 96 RR3EV05JQ
BS 97 98 RR3GI01JQ
BS 99 200 RR3EV05JQ
BS 201 201 RR3GI01JQ
BS 202 305 RR3EV05JQ
BS 306 307 RR3GI01JQ
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BS 365 365 RR3GI01JQ
BS 366 676 RR3EV05JQ

RD RR3EZ05JQ 225 0 0
CG
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TCAAGAACGTAGAGAAGGAAATAAGCCCAAGTCACACCA
AAAA

QA 3 221 3 221
DS 

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CG
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TTCAAGAATCTTGATGAAGACAAGAGTAAAAAAACAATGATGCAAGAAAGTATTTGAAGG
TCGAGAAGATTGGTGAAAGATCATATTTTTAAGTACATTCATTTGACGAAGTAAGGAAGG
TCAAGAACGTAGAGAAGGAAATAAGCCCAAGTCACACCAGAGATCCCTCCGAGGAAGAAC
CCTCCAGTGAACTTAGCCCATCCCTCTGCTGTCTGAAGCTGGTCCGGTTGCTTCTTCCGG
CCCGTCAAAGTCAAACTTGGTGCAATTGACGGCTCTCCTTCCTTGAACGAAGAGATTCCA
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GAGCCAGCGTAAGCAGTGTTCCTTAATGGGCCCGCTTTGACAAATGGGCCCACTAAGAGG
AAACCATGAGCCAAACCCACTTCGACACCACGGAGGAGAGGGTTGACGGC
CC

QA 3 532 3 532
DS 

RD RR3GI01TF 534 0 0
CG
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TTCAAGAATCTTGATGAAGACAAGAGTAAAAAAACAATGATGCAAGAAAGTATTTGAAGG
TCGAGAAGATTGGTGAAAGATCATATTTTTAAGTACATTCATTTGACGAAGTAAGGAAGG
TCAAGAACGTAGAGAAGGAAATAAGCCCAAGTCACACCAGAGATCCCTCCGAGGAAGAAC
CCTCCAGTGAACTTAGCCCATCCCTCTGCTGTCTGAAGCTGGTCCGGTTGCTTCTTCCGG
CCCGTCAAAGTCAAACTTGGTGCAATTGACGGCTCTCCTTCCTTGAACGAAGAGATTCCA
TAGATAGTGAGGCACATGCTGAGGATGACTACAAGCCCAGCAGCGGCTAAAGAGCCGGCG
GAGCCAGCGTAAGCAGTGTTCCTTAATGGGCCCGCTTTGACAAATGGGCCCACTAAGAGG
AAACCATGAGCCAAACCCACTTCGACACCACGGAGGAGAGGGTTGACGGC
CC

QA 3 532 3 532
DS 

RD RR3EV05JQ 676 0 0
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AAGAAAATATTCATAGTAATATACTAATAGCATCA*TTTTTTTTTTTGAAATGGTACATT
AAGCATCATGAGATTCAAGAATCTTGATGAAGACAAGAGTAAAAAAACAATGATGCAAGA
AAGTATTTGAAGGTCGAGAAAATTGGTGAAAGATCATATTTTTAAGTACATTCATTTGAC
GAAGTAAGGAAGGTCAAGAACGTAGAGAAGGAAATAAGCCCAAGTCACACCAGAGATCCC
TCCGAAAAAAAACCCTCCAGTGAACTTAGCCCATCCCTCTGCTGTCTGAAGCTGGTCCGG
TTGCCTCTTCCGGCCCGTCAAAGTCAAACTTGGTGCAATTGACGGCTCTCCTTCCTTGAA
CGAAGAGATTCCATAGATAGTGAGGCACATGCTGAGGATGACTACAAGCCCAGCAGCGGC
TAAAGAGCCGGCGGAGCCAGCGTAAGCAGTGTTCCTTAATGGGCCCGCTTTGACAAATGG
GCCCACTAAGAGGAAACCATGAGCCAAACCCACTTCGACACCACGGAGGAGAGGGTTGAC
GGCCGTGCGGTAAGCCGGGAGGTTGGAGAGATACCACGCGATCAGTGGGCTTGACGTTAC
TGGAGTTTCTAAGCTT

QA 1 676 1 676
DS 



AS 2 5

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TTACATTGGTTACATATATAGAAATGTATATTACGAAACCCCCCCAAGTATCTCATTGAG
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TTCTCCTTTTTTATTTCAAGCAACGGGGAAAAAATCTTCCTGCTCCTCCAAGGATGTTGA
GGAGTGCCACTTCCACCATTTAGCACAGTCACTTTGCCTTCCGAGTCAACGTCCACAATC
ACCGAGTCTCCTTCCTTGATCTCTCTCGCTAGCATCTTCTCTGCCATGCTATCCTCTAAA
AGTCTCATGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3AF35TF C 1
AF RR3AF35JQ U 193
BS 1 192 RR3AF35TF
BS 193 372 RR3AF35JQ

RD RR3AF35TF 372 0 0
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ACTCTTCTCTTGCCAAATTCGTTCAAGGGGGAAAAGCAAAAGAAGAGAGAAGAAATACAC
TTCTCCTTTTTTATTTCAAGCAACGGGGAGAGAATCTTCCTGCTCCTCCAAGGATGTTGA
GGAGTGCCACTTCCACCATTTAGCACAGTCACTTTGCCTTCCGAGTCAACGTCCACAATC
ACCGAGTCTCCTTCCTTGATCTCTCTCGCTAGCATCTTCTCTGCCATGCTATCCTCTAAA
AGTCTCATGAT
C

QA 1 371 1 371
DS 

RD RR3AF35JQ 180 0 0
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CCACCATTTAGCACAGTCACTTTGCCTTCCGAGTCAACGTCCACAATCACCGAGTCTCCT
TCCTTGATCTCTCTCGCTAGCATCTTCTCTGCCATGCTATCCTCTAAAAGTCTCATGATC

QA 1 180 1 180
DS 



CO CL1930Contig2 927 3 33 U
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TTACACTGAAGGAGGTCAGCTAACAGAAGCAGTTAGACGCCGCCCTTACACAGTCGTGCT
GTTCGACGAGATAGAGAAAGCCCACCCAGATGTTTTCAACATGATGCTTCAGATCCTCGA
AGACGGTAGACTAACAGACAGCAAAGGAAGAACAGTGGACTTCAAAAACACGCTTCTCAT
CATGACATCAAACGTCGGAAGCAGTGTGATTGAGAAAGGAGGAAGACGTATTGGATTCGA
CTTGGACTACGACGAGAAAGACAGCAGCTACAACAGAATCAAGAGCCTTGTGACCGAGGA
GCTGAAACAGTATTTCAGACCGGAGTTCCTCAACAGGCTCGACGAGATGATTGTGTTCAG
ACAGCTAACGAAGCTGGAAGTGAAGGAAATTGCAGACATACTGTTACAGGAGGTGTTCGA
GAGGCTGAAGAAGAAGGAGATCGAGCTTCAGGTGACTGAGAGGTTCAGAGAGAGAGTGGT
GGACGAAGGTTATAACCCGAGCTATGGAGCGCGACCGTTGAGAAGAGCCATCATGAGACT
TTTAGAGGATAGCATGGCAGAGAAGATGCTAGCGAGAGAAATCAAGGAAGGAGACTCAGT
GATTGTAGACGTTGACTCGGAAGGCAAAGTGACTGTGCTAAATGGTGGAAGTGGCACTCC
AACGACATCCTTGGAGGAGCAGGAAGATTCTCTCCCCGTTGCTTGAAATAAAAAAGGGAA
GTGTGTTTTTTTTTTGCCTTTGCCCCTTAAAACAAATTATGGCAAGAGAAAGAGTTTCAG
TGAGATACTTGGGAGGTTTTGTAATATACATTTTTATATATTTAACCAATGTAATGTATA
GATGACATTGTGTAGCTTTTTTTTCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI77TF U 1
AF RR3E463TF U 38
AF RR3E463JQ C 359
BS 1 57 RR3CI77TF
BS 58 58 RR3E463TF
BS 59 99 RR3CI77TF
BS 100 100 RR3E463TF
BS 101 102 RR3CI77TF
BS 103 103 RR3E463TF
BS 104 117 RR3CI77TF
BS 118 118 RR3E463TF
BS 119 213 RR3CI77TF
BS 214 214 RR3E463TF
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BS 250 250 RR3E463TF
BS 251 294 RR3CI77TF
BS 295 295 RR3E463TF
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BS 373 373 RR3E463TF
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BS 473 477 RR3CI77TF
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TTACACTGAAGGAGGTCAGCTAACAGAAGCAGTTAGACGTCGTCCTTACACAGTCGTTCT
GTTCGACGAGATAGAGAAAGCCCACCCAGATGTTTTCAACATGATGCTTCAGATCCTCGA
AGACGGTAGACTAACAGACAGCAAAGGAAGAACGGTGGACTTCAAAAACACGCTTCTCAT
CATGACATCGAACGTCGGAAGCAGTGTGATTGAGAAAGGAGGAAGACGTATTGGTTTCGA
CTTGGACTACGACGAGAAAGACAGCAGCTACAACAGAATCAAGAGCCTTGTGACCGAGGA
GCTGAAACAGTACTTCAGACCGGAGTTCCTCAACAGGCTCGACGAGATGATTGTGTTCAG
ACAGCTAACGAAGCTGGAAGTGAAGGAAATTGCAGACATTCTGTTACAGGAAGTGTTTGA
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GGACGAAGGTTACAACCCGAGCTATGGAGCGAGACCGTTGAGAAGAGCCATCATGAGACT
TTTAGAGGATAGCATGGCAGAGAAGATGCTAGCGAGAGAGATCA

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DS 

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CGCCGCCCTTACACAGTCGTGCTGTTCGACGAGATAGAGAAAGCCCACCCAGATGTTTTC
AACATGATGCTTCAGATCCTCGAAGATGGTAGACTAACAGACAGCAAAGGAAGAACAGTT
GACTTCAAAAACACGCTTCTCATCATGACATCAAACGTCGGAAGCAGTGTGATTGAGAAA
GGAGGAAGACGTATTGGATTCGACTTGGACTACGACGAGAAAGACAGCAGCTACAACAGA
ATCAAGAGCCTTGTGACCGAGGAGCTGAAACAGTATTTCAGACCGGAGTTCCTCAACAGG
CTCGACGAGATGATTGTGTTCAGACAGCTAACGAAGCTGGAAGTGAAGGAAATTGCAGAC
ATACTGTTACAGGAGGTGTTCGAGAGGCTGAAGAAGAAGGAGATCGAGCTTCAGGTGACT
GAGAGGTTCAGAGAGAGAGTGGTGGACGAAGGTTATAACCCGAGCTATGGAGCGCGACCG
TTGAGAAGAGCCATCATGAGACTTTTAGAGGATAGCATGGCAGAGAAGATGCTAGCGAGA
GAAATCAAGGAAGGAGACTCAGTGATTGTAGACGTTGACTCGGAAG*CAAAGTGACTGTG
CTAAATGGTGGAAGTGGCACTCC
AACGACATCCTTGGAGGA

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DS 

RD RR3E463JQ 569 0 0
GAGCTGAAACAGTATTTCAGACCGGAGTTCCTCAACAGGCTTGACGAGATGATTGTGTTC
AGACAGCTAACGAAGCTGGAAGTGAAGGAAATTGCAGACATACTGTTACAGGAGGTGTTC
GAGAGGCTGAAGAAGAAGGAGATCGAGCTTCAGGTGACTGAGAGGTTCAGAGAGAGAGTG
GTGGACGAAGGTTATAACCCGAGCTATGGAGCGCGACCGTTGAGAAGAGCCATCATGAGA
CTTTTAGAGGATAGCATGGCAGAGAAGATGCTAGCGAGAGAAATCAAGGAAGGAGACTCA
GTGATTGTAGACGTTGACTCGGAAGGCAAAGTGACTGTGCTAAATGGTGGAAGTGGCACT
CCAACGACATCCTTGGAGGAGCAGGAAGATTCTCTCCCCGTTGCTTGAAATAAAAAAGGG
AAGTGTGTTTTTTTTTTGCCTTTGCCCCTTAAAACAAATTATGGCAAGAGAAAGAGTTTC
AGTGAGATACTTGGGAGGTTTTGTAATATACATTTTTATATATTTAACCAATGTAATGTA
TAGATGACATTGTGTAGCTTTTTTTTCAA

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 5

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GGATTATCATCATTCATCAAACCTCATCATTATCAAAATATATTCAAACCATGTCTTCTT
CCGAATGTCCGTCCCCGTTACCCACCGCCACGAAACTTCAAGTTGATTCCGTGACTTTTC
CACCGTCTGTTATCTCACCGGCTTCCTCCAACCCTCTCTTCCTCGGTGGCGCAGGTGTGC
GAGGTTTGGATATTCAAGGAAAGTTTGTGATCTTCACCGTCATCGGAGTTTACCTAGATC
CTGTCTCTGTACCGTCACTCTCCGTTAAGTGGAAAGGTAAAACGACAGAGGAATTAAAGG
AATCCGTCCCTTTCTTCCGTGAAATCGTCACAGGTTCGTTTGAGAAATTCATTAAAGTGA
CGATGAAGCTGCCGTTAACGGGACAGCAATATTCAGAGAAAGTAACGGAGAACTGTGTGG
CGATATGGAAATCGTTAGGGATTTACACAGACTCTGAGGCTAAAGCAGTGGAAAGGTTCT
TGGAAGTCTTCAAGGACGAAACGTTTCCTCCTGGTGCTTCCATCCTCTTCGCTCTCTCCC
CTACAGGCTCTCTTACGGTTGCGTTTTCGAAAGATGATAGCATTCCTGAAACGGGAAAAG
CGGTGATCGAAAATAAGTTGTTGGCAGAGGCAGTTCTTGAATCGATCATTGGAAAGAACG
GTGTGTCTCCTGGGGCTAGGTTGAGTGTTGCCGAGAGATTGGCTCAGCTGATGAAGGAGA
ATAAGGTCGAAGAAGATGCAACAAAGACTGATCAAGAGGAAGCTAACGATCTCTCCCTGG
CCAAAGAAAACTGATCCTGTGGGAGATTTTTATGTTTCTATGCTTAATAACATTGTGTTT
AGTTCCCATCGCATGTTTTAACTCTGCTTATTTTCGTAAGAATTATTAGATAATCATATG
AAGTTGATTCAAAATTATTAAAATACCAAACGAATTCCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF17TF U 1
AF RR3CC72TF U 4
AF RR3DI28TF U 280
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CACCGTCTGTTATCTCACCGGCTTCCTCCTACCCTCTCTTCCTCGGTGGCGCAGGTGTGC
GAGGTTTGGATATTCAAGGAAAGTTTGTGATCTTCACCGTCATCGGAGTTTACCTAGATC
CTGTCTCTGTACCGTCACTCTCCGTTAAGTGGAAAGGTAAAACGACAGAGGAATTAAAGG
AATCCGTCCCTTTCTTCCGTGAAATCGTCACAGGTTCGTTTGAGAAATTCATTAAAGTGA
CGATGAAGCTGCCGTTAACGGGACAGCAATATTCAGAGAAAGTAACGGAGAACTGTGTGG
CGATATGGAAATCGTTAGGGATTTACACAGACTCTGAGGCTAAAGCAGTGGAAAGGTTCT
TGGAAGTCTTCAAGGACGAAACGTTTCCTCCTGGTGCTTCCATCCTCTTCGCTCTCTCCC
CTACAGGCTCTCTTACGGTTGCGTTTTCGAAAGATGATAGCATTCCTGAAACGGGAAAAG
CGGTGATCGAAAATAAGTTGTTGGCAGAGGCAGTTCTTGAATCGATCATTGGAAAGAACG
GTGTGTCTCCTGGGG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3CC72TF 672 0 0
GG
ATCATCATTCATCAAACCTCATCATTATCAAAATATATTCAAACCATGTCTTCTTCCGAA
TGTCCGTCCCCGTTACCCACCGCCACGAAACTTCAAGTTGATTCCGTGACTTTTCCACCG
TCTGTTATCTCACCGGCTTCCTCCAACCCTCTCTTCCTCGGTGGCGCAGGTGTGCGAGGT
TTGGATATTCAAGGAAAGTTTGTGATCTTCACCGTCATCGGAGTTTACCTAGATCCTGTC
TCTGTACCGTCACTCTCCGTTAAGTGGAAAGGTAAAACGACAGAGGAATTAAAGGAATCC
GTCCCTTCCTTCCGTGAAATCGTCACAGGTTCGTTTGAGAAATTCATTAAAGTGACGATG
AAGCTGCCGTTAACGGGACAGCAATATTCAGAGAAAGTAACGGAGAACTGTGTGGCGATA
TGGAAATCGTTAGGGATTTACACAGACTCTGAGGCTAAAGCAGTGGAAAGGTTCTTGGAA
GTCCTCAAGGACGAAACGTTTCCTCCTGGTGCTTCCATCCTCTTCGCTCTCTCCCCTACA
GGCTCTCTTACGGTTGCGTTTTCGAAAGATGATAGCATTCCTGAAACGGGAAAAGCGGTG
ATCGAAAATAAGTTGTTGGCAGAGGCAGTTCTTGAATCGATCATTGGAAAGAACGGTGTG
TCTCCTGGGG

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR3DI28TF 611 0 0
G
AACGACAGAGGAATTAAAGGAATCCGTCCCTTTCTTCCGTGAAATCGTCACAGGTTCGTT
TGAGAAATTCATTAAAGTGACGATGAAGCTGCCGTTAACGGGACAGCAATATTCAGAGAA
AGTAACGGAGAACTGTGTGGCGATATGGAAATCGTTAGGGATTTACACAGACTCTGAGGC
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CATCCTCTTCGCTCTCTCCCCTACAGGCTCTCTTACGGTTGCGTTTTCGAAAGATGATAG
CATTCCTGAAACGGGAAAAGCGGTGATCGAAAATAAGTTGTTGGCAGAGGCAGTTCTTGA
ATCGATCATTGGAAAGAACGGTGTGTCTCCTGGGGCTAGGTTGAGTGTTGCCGAGAGATT
GGCTCAGCTGATGAAGGAGAATAAGGTCGAAGAAGATGCAACAAAGACTGATCAAGAGGA
AGCTAACGATCTCTCCCTGGCCAAAGAAAACTGATCCTGTGGGAGATTTTTATGTTTCTA
TGCTTAATAACATTGTGTTTAGTTCCCATCGCATGTTTTAACTCTGCTTATTTTCGTAAG
AATTATTAGA

QA 2 611 2 611
DS 

RD RR3EF17JQ 787 0 0
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TTCCCCGTCATCGGAGTTTACCTAGATCCTGTCTCTGTACCGTCACTCTCCGTTAAGTGG
AAAGGTAAAACGACAGAGGAATTAAAGGAATCCGTCCCTTTCTTCCGTGAAATCGTCACA
GGTTCGTTTGAGAAATTCATTAAAGTGACGATGAAGCTGCCGTTAACGGGACAGCAATAT
TCAGAGAAAGTAACGGAGAACTGTGTGGCGATATGGAAATCGTTAGGGATTTACACAGAC
TCTGAGGCTAAAGCAGTGGAAAGGTTCTTGGAAGTCTTCAAGGACGAAACGTTTCCTCCT
GGTGCTTCCATCCTCTTCGCTCTCTCCCCTACAGGCTCTCTTACGGTTGCGTTTTCGAAA
GATGATAGCATTCCTGAAACGGGAAAAGCGGTGATCGAAAATAAGTTGTTGGCAGAGGCA
GTTCTTGAATCGATCATTGGAAAGAACGGTGTGTCTCCTGGGGCTAGGTTGAGTGTTGCC
GAGAGATTGGCTCAGCTGATGAAGGAGAATAAGGTCGAAGAAGATGCAACAAAGACTGAT
CAAGAGGAAGCTAACGATCTCTCCCTGGCCAAAGAAAACTGATCCTGTGGGAGATTTTTA
TGTTTCTATGCTTAATAACATTGTGTTTAGTTCCCATCGCATGTTTTAACTCTGCTTATT
TTCGTAAGAATTATTAGATAATCATATGAAGTTGATTCAAAATTATTAAAATACCAAACG
AATTCCC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3CC72JQ 745 0 0
GTGGCGCAGGTGTGCGAGGTTTGGATATTCAAGGAAAGTTTGTGATCTTCACCGTCATCG
GAGTTTACCTAGATCCTGTCTCTGTACCGTCACTCTCCGTTAAGTGGAAAGGTAAAACGA
CAGAGGAATTAAAGGAATCCGTCCCTTCCTTCCGTGAAATCGTCACAGGTTCGTTTGAGA
AATTCATTAAAGTGACGATGAAGCTGCCGTTAACGGGACAGCAATATTCAGAGAAAGTAA
CGGAGAACTGTGTGGCGATATGGAAATCGTTAGGGATTTACACAGACTCTGAGGCTAAAG
CAGTGGAAAGGTTCTTGGAAGTCCTCAAGGACGAAACGTTTCCTCCTGGTGCTTCCATCC
TCTTCGCTCTCTCCCCTACAGGCTCTCTTACGGTTGCGTTTTCGAAAGATGATAGCATTC
CTGAAACGGGAAAAGCGGTGATCGAAAATAAGTTGTTGGCAGAGGCAGTTCTTGAATCGA
TCATTGGAAAGAACGGTGTGTCTCCTGGGGCTAGGTTGAGTGTTGCCGAGAGATTGGCTC
AGCTGATGAAGGAGAATAAGGTCGAAGAAGATGCAACAAAGACTGATCAAGAGGAAGCTA
ACGATCTCTCCCTGGCCAAAGAAAACTGATCCTGTGGGAGATTTTTATGTTTCTATGCTT
AATAACATTGTGTTTAGTTCCCATCGCATGTTTTAACTCTGCTTATTTTCGTAAGAATTA
TTAGATAATCATATGAAGTTGATTC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 3

CO CL1932Contig1 833 3 14 U
GGATTCCCAAACACACATTTCGAAAATGCAAACCCTAACGCTCCTCGCCGTGGCTCTAAC
CATCGCCGGAGGTTTCAGCAGAGCCGCCGCCTTGGGAGGAAACACCAACAGCGTCTACTC
TCCTTGCTCCGACACCAGAATCCAGAGATCCGACGGATTCACATTCGGAATCGCCTTCTC
CTCGCGTGCGTCTTTCTTCCTCAACCAGACCGTTCTCCTCTCCCCATGCGACCGTCGACT
AACCCTGGCCGCCATGAACTCTCAGCTCTCCGTCTTCCGTCCTAAGATCGACGAGATCTC
TCTCCTCTCCATCAACACCTCCTCTTTCTTCCCGGACAACTATGGTGGATATATGGTGGC
TTTCGCTGGTCGGAAATACGCAGCTAGGTCTCCTCCGGCTTTTATTGCTAACTCCACCTA
CACTGTTACCAGTTTTACTTTGGTGATGGAGTTTCAGAAAGGTAGGCTTCAAAACCTCTT
CTGGAAGAGAGACGGGTGTGCTTCGTGCAAGGGGAACTCAAACTTTGTCTGCCTCAACAA
GCAAGACTGTGCTATCAGAACCCCCAGCTGCAAAGGCCGAGGAGGCACTGTGGACTGCAG
TCTAGGTATCCAGCTTGCGTTTTCCGGGACTGACAAACACTTGGCGGTTCTTAACTCGTG
GTATGAAGTCGAGAACATGAAGCAGTATTCTCTCTACGGTCTTCATTCTAACCTCAAGAA
CTCTCTTACCAGTCAGTTCAACAATTTCTTCTAAAACCCCTTTTTTTTTCTTTGCTGTAT
GGTTATCGTATGAACACCGTAATGTCCTTGTTTGGATTGAATCCGATATGGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FR72TF U 1
AF RR3ES72TF U 55
AF RR3BC44TF U 7
BS 1 101 RR3FR72TF
BS 102 102 RR3BC44TF
BS 103 139 RR3FR72TF
BS 140 140 RR3BC44TF
BS 141 203 RR3FR72TF
BS 204 216 RR3BC44TF
BS 217 217 RR3ES72TF
BS 218 643 RR3BC44TF
BS 644 644 RR3ES72TF
BS 645 703 RR3BC44TF
BS 704 704 RR3ES72TF
BS 705 719 RR3BC44TF
BS 720 720 RR3ES72TF
BS 721 833 RR3BC44TF

RD RR3FR72TF 208 0 0
GGATTCCCAAACACACATTTCGAAAATGCAAACCCTAACGCTCCTCGCCGTGGCTCTAAC
CATCGCCGGAGGTTTCAGCAGAGCCGCCGCCTTGGGAGGAA*CACCAACAGCGTCTACTC
TCCTTGCTCCGACACCAGA*TCCAGAGATCCGACGGATTCACATTCGGAATCGCCTTCTC
CTCGCGTGCGTCTTTCTTCCTCA
CCAGA

QA 1 203 1 203
DS 

RD RR3ES72TF 701 0 0
G
CTAACCATCGCCGGAGGTTTCAGCAGAGCCGCCGCCTTGGGAGGAAACACCAACAGCGTC
TACTCTCCTTGCTCCGACACCAGAATCCAGAGATCCGACGGATTCACATTCGGAATCGCC
TTCTCTTCGCGTGCGTCTTTCTTCCTGAACCAGACGGTTCTCCTCTCCCCATGCGACCGT
CGGCTAACCCTGGCCGCCATGAACTCTCAGCTCTCCGTCTTCCGTCCTAAGATCGACGAG
ATCTCTCTCCTCTCCATCAACACCTCCTCTTTCTTCCCGGACAACTATGGTGGATATATG
GTGGCTTTCGCTGGTCGGAAATATGCAGCTAGGTCTCCTCCTGCTTTTATTGCTAACTCC
ACCTACACTGTTACCAGTTTTACTTTGGTGATGGAGTTTCAGAAAGGTAGGCTTCAAAAC
CTCTTCTGGAAGAGAGACGGGTGTGCTTCGTGCAAGGGGAACTCAAACTTTGTCTGCCTC
AACAAGCAAGATTGTGCTATCAGAACGCCCAGCTGCAAAGGCCGAGGAGGCACTGTGGAC
TGCAGTCTCGGTATCCAGCTTGCGTTTTCCGGGACTGACAAACACTTGGCGGTTCTTAAC
TCGTGGTATGAAGTCGAGAACATGAAGCAGTATTCTCTCTACGGTCTTCATTCTAACCTC
AAGAACTCTCTTACCAGTCAGTTCAACAATTTCTTCTAAA

QA 2 701 2 701
DS 

RD RR3BC44TF 827 0 0
GG
AAACACACATTTCGAAAATGCAAACCCTAACGCTCCTCGCCGTGGCTCTAACCATCGCCG
GAGGTTTCAGCAGAGCCGCCGCCTTGGGAGGAAACACCAACAGCGTCTACTCTCCTTGCT
CCGACACCAGAATCCAGAGATCCGACGGATTCACATTCGGAATCGCCTTCTCCTCGCGTG
CGTCTTTCTTCCTCAACCAGACCGTTCTTCTCTCCCCATGCGACCGTCGACTAACCCTGG
CCGCCATGAACTCTCAGCTCTCCGTCTTCCGTCCTAAGATCGACGAGATCTCTCTCCTCT
CCATCAACACCTCCTCTTTCTTCCCGGACAACTATGGTGGATATATGGTGGCTTTCGCTG
GTCGGAAATACGCAGCTAGGTCTCCTCCGGCTTTTATTGCTAACTCCACCTACACTGTTA
CCAGTTTTACTTTGGTGATGGAGTTTCAGAAAGGTAGGCTTCAAAACCTCTTCTGGAAGA
GAGACGGGTGTGCTTCGTGCAAGGGGAACTCAAACTTTGTCTGCCTCAACAAGCAAGACT
GTGCTATCAGAACCCCCAGCTGCAAAGGCCGAGGAGGCACTGTGGACTGCAGTCTAGGTA
TCCAGCTTGCGTTTTCCGGGACTGACAAACACTTGTCGGTTCTTAACTCGTGGTATGAAG
TCGAGAACATGAAGCAGTATTCTCTCTACGGTCTTTATTCTAACCTCAAGAGCTCTCTTA
CCAGTCAGTTCAACAATTTCTTCTAAAACCCCTTTTTTTTTCTTTGCTGTATGGTTATCG
TATGAACACCGTAATGTCCTTGTTTGGATTGAATCCGATATGGGA

QA 3 827 3 827
DS 



AS 1 2

CO CL1933Contig1 744 2 7 U
GGAACAAAACGGTGTGCAACTGTAAACACACAACTTTATTATGAGATCTTACAAATACAA
CAAAATACAAACATTTCATTTTCATACCATTGTAGTAGTTCATCAATTCTCAGTATCGGT
TTTGAAGAGCGTCTTTACAATGTTATCAACCATACCTTCATTGTAATGAAAGAAATGGCC
ACTTCCCGGAACCTCATGATAGTGAATCAACGGAAGCTTCTCAGCAATGTAACGCTGCGG
CATCACAGGTACTAACATATCATCATCTCCTTGCCACAAGTGAACAGAGCCTTGATGATC
ATCGTTCAAAAACGGGCTCTCGAGTTCAATAGGATCAAACTCCCAACTCCCAAACCCAAC
AACCATGTCACGGTTAATAGTTTCATGCAACCCTTGCGGCCTCACTTCCGCCAAATGCGA
TTTCCTAGAAGAACCAAGCTTCAAAACGATATCTTTATCCGGCTGCGAGAAGCTACTACC
ATCTCGGTTCGCGACACTCGAACCGGGGAACCACTTCTGCGTGTTCCACCAGTAGATAAG
CCAAGGAGCATAGCGAGCAACACGAACCGCCCACTGATCTCTCTTTGGTTGCAAGCTGTA
ACCTTGAGTGGAAACATTCAAAGGTAAGTTCTTCCACCAGTAGTTAACCACCGGAGCGAC
GAGCGTCACTCCGGCAAGCCGGTGAGGGATGTACTTGAGACATCCCCATGTAGCTTGTCC
TCCCATGGAGTAACCGATCACGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN15JQ U 16
AF RR3AI21JQ U 1
BS 1 208 RR3AI21JQ
BS 209 209 RR3FN15JQ
BS 210 419 RR3AI21JQ
BS 420 420 RR3FN15JQ
BS 421 527 RR3AI21JQ
BS 528 528 RR3FN15JQ
BS 529 744 RR3AI21JQ

RD RR3FN15JQ 640 0 0
GCAACTGTAAACACAC
AACTTTATTATGAGATCTTACAAATACAACAAAATACAAACATTTCATTTTCATACCATT
GTAGTAGTTCATCAATTCTCAGTATCGGTTTTGAAGAGCGTCTTTACAATGTTATCAACC
ATACCTTCATTGTAATGAAAGAAATGGCCACTTCCCGGAACCTCATGATAGTGAATCAAC
GGAAGCTTCTCAGCAATGTAACGCTGCGGCATCACAGGTACTAACATATCATCATCTCCT
TGCCGCAAGTGAACAGAGCCTTGATGATCATCGTTCAAAAACGGGCTCTCGAGTTCAATA
GGATCAAACTCCCAACTCCCAAACCCAACAACCATGTCACGGTTAATAGTTTCATGCAAC
CCTTGCGGCCTCACTTCCGCCAAATGCGATTTCCTAGAAGAACCAAGCTTCAAAACGATA
TCTTTATCCGGCTGCGAGAAGCTACTACCATCTCGGTTCGCGACACTCGAACCGGGGAGC
CACTTCTGCGTGTTCCACCAGTAGATAAGCCAAGGAGCATAGTGAGCAACACGAACCGCC
CACTGATCTCTCTTTGGTTGCAAGCTGTAACCTTGAGTGGAAACATTCAAAGGTAAGTTC
TTCCACCAGTAGTTAACCACCGGA

QA 17 640 17 640
DS 

RD RR3AI21JQ 744 0 0
GGAACAAAACGGTGTGCAACTGTAAACACACAACTTTATTATGAGATCTTACAAATACAA
CAAAATACAAACATTTCATTTTCATACCATTGTAGTAGTTCATCAATTCTCAGTATCGGT
TTTGAAGAGCGTCTTTACAATGTTATCAACCATACCTTCATTGTAATGAAAGAAATGGCC
ACTTCCCGGAACCTCATGATAGTGAATCCACGGAAGCTTCTCAGCAATGTAACGCTGCGG
CATCACAGGTACTAACATATCATCATCTCCTTGCCACAAGTGAACAGAGCCTTGATGATC
ATCGTTCAAAAACGGGCTCTCGAGTTCAATAGGATCAAACTCCCAACTCCCAAACCCAAC
AACCATGTCACGGTTAATAGTTTCATGCAACCCTTGCGGCCTCACTTCCGCCAAATGCGG
TTTCCTAGAAGAACCAAGCTTCAAAACGATATCTTTATCCGGCTGCGAGAAGCTACTACC
ATCTCGGTTCGCGACACTCGAACCGGGGAACCACTTCTGCGTGTTCCGCCAGTAGATAAG
CCAAGGAGCATAGCGAGCAACACGAACCGCCCACTGATCTCTCTTTGGTTGCAAGCTGTA
ACCTTGAGTGGAAACATTCAAAGGTAAGTTCTTCCACCAGTAGTTAACCACCGGAGCGAC
GAGCGTCACTCCGGCAAGCCGGTGAGGGATGTACTTGAGACATCCCCATGTAGCTTGTCC
TCCCATGGAGTAACCGATCACGTA

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 5

CO CL1934Contig1 466 5 3 U
TTTTTAAGCAGTTCTGTTAATCTATTATAATTTGATTTAGACAAAGTGTCTGATCCATGG
CTGCATCCAGAGAATTTATCATATGTTGCCTCTTAACACTTCTTTTGTGCACTTCCTTCA
TGAGAGTCCAGTCTGGTGCTGCAGACATCAGAGGAGGATGTGGTGGCGGCGACGGCAGTT
TTCAGGAAGAAAATGAACGGTGTGTAGAGAAGGTCAAAGATGACGACGACGATGATGTGG
ATGATGTTTTCAAAGTGATCAACAAGATGAGGATATATGCTTGATCATGGTTCTTCATTT
ATATTTAAACATTTTGTTCGGTTTAATCTTATTTTCTCAAGTTTGTTTCTCGTTTTTTTT
TTT*GTTACTGGCGTCGATTTTTCTGTATTTGTGTTAATTTAATTTTATCTTTACCTTTC
CCGATTAATGAGAGAAATTGTGATCTGAAGAAGGTCAGTTCTGTTT


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR3DO52JQ C 1
AF RR3GA74JQ C 1
AF RR3GA74TF U 1
AF RR3DO52TF U 1
AF RR3B830TF U 57
BS 1 445 RR3GA74TF
BS 446 462 RR3DO52TF
BS 463 466 RR3B830TF

RD RR3DO52JQ 465 0 0
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TTCAGGAAGAAAATGAACGGTGTGTAGAGAAGGTCAAAGATGACGACGACGATGATGTGG
ATGATGTTTTCAAAGTGATCAACAAGATGAGGATATATGCTTGATCATGGTTTTTCATTT
ATATTTAAACATTTTGCTCGGTTTAATTTTATTTTTTCAAGTTTGTTTCTCGTTTTTTTT
TTTTGTTACTGGCGTCGATTTTTCTGTATTTGTGTTAATTTAATTTTATCTTTACCTTTC
CCGATTAATGAGAGAAATTGTGATCTGAAGAAGGTCAGTTCT
TTT

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR3GA74JQ 445 0 0
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CTGCATCCAGAGAATTTATCATATGTTGCCTCTTAACACTTCTTTTGTGCACTTCCTTCA
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TTCAGGAAGAAAATGAACGGTGTGTAGAGAAGGTCAAAGATGACGACGACGATGATGTGG
ATGATGTTTTCAAAGTGATCAACAAGATGAGGATATATGCTTGATCATGGTTCTTCATTT
ATATTTAAACATTTTGTTCGGTTTAATCTTATTTTCTCAAGTTTGTTTCTCGTTTTTTTT
TTT*GTTACTGGCGTCGATTTTTCTGTATTTGTGTTAATTTAATTTTATCTTTACCTTTC
CCGATTAATGAGAGAAATTGTGATC

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR3GA74TF 445 0 0
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CTGCATCCAGAGAATTTATCATATGTTGCCTCTTAACACTTCTTTTGTGCACTTCCTTCA
TGAGAGTCCAGTCTGGTGCTGCAGACATCAGAGGAGGATGTGGTGGCGGCGACGGCAGTT
TTCAGGAAGAAAATGAACGGTGTGTAGAGAAGGTCAAAGATGACGACGACGATGATGTGG
ATGATGTTTTCAAAGTGATCAACAAGATGAGGATATATGCTTGATCATGGTTCTTCATTT
ATATTTAAACATTTTGTTCGGTTTAATCTTATTTTCTCAAGTTTGTTTCTCGTTTTTTTT
TTT*GTTACTGGCGTCGATTTTTCTGTATTTGTGTTAATTTAATTTTATCTTTACCTTTC
CCGATTAATGAGAGAAATTGTGATC

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR3DO52TF 465 0 0
TTTTTAAGCAGTTCTGTTAATCTATTATAATTTGATTTAGACAAAGTGTCTGATCCATGG
CTGCATCCAGAGAATTTATCATATGTTGCCTCTTAACACTTCTTTTGTGCACTTCCTTCA
TGAGAGTCCAGTCTGGTGCTGCAGACATCAGAGGAGGATGTGGTGGCGGCGACGGCAGTT
TTCAGGAAGAAAATGAACGGTGTGTAGAGAAGGTCAAAGATGACGACGACGATGATGTGG
ATGATGTTTTCAAAGTGATCAACAAGATGAGGATATATGCTTGATCATGGTTCTTCATTT
ATATTTAAACATTTTGCTCGGTTTAATCTTATTTTCTCAAGTTTGTTTCTCGTTTTTTTT
TTTTGTTACTGGCGTCGATTTTTCTGTATTTGTGTTAATTTAATTTTATCTTTACCTTTC
CCGATTAATGAGAGAAATTGTGATCTGAAGAAGGTCAGTTCT
TTT

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR3B830TF 410 0 0
ATGGCTGCATCCAGAGAATTTATCATATGTTGCCTCTTAACACTTCTTTTGTGCACTTCC
TTCATGAGAGTCCAGTCTGGTGCTGCAGACATCAGAGGAGGATGTGGTGGCGGCGACGGC
AGTTTTCAGGAAGAAAATGAACGGTGTGTAGAGAAGGTCAAAGATGACGACGACGATGAT
GTGGATGATGTTTTCAAAGTGATCAACAAGATGAGGATATATGCTTGATCATGGTTCTTC
ATTTATATTTAAACATTTTGTTCGGTTTAATCTTATTTTCTCAAGTTTGTTTCTCGTTTT
TTTTTT**GTTACTGGCGTCGATTTTTCTGTATTTGTGTTAATTTAATTTTATCTTTACC
TTTCCCGATTAATGAGAGAAATTGTGATCTGAAGAAGGTCAGTTCTGTTT

QA 1 410 1 410
DS 



AS 2 4

CO CL1935Contig1 797 2 17 U
GGGTAACATTCCAGCGAAGAGAGAAAAAGCGTCCTCCTCGTGACGGAGCACTAACTCCTC
ACTCTTCTTTCCGAAGGTGGTTGAGGGAAGAAGAAGAAGATGACGTCTGACGGTGCGACG
TCGACGTCAGCAGCAGCAGCAGCAGCGTTGGCGACGAGGAGGAAGCCATCGTGGAGAGAG
AGGGAGAACAACCGGAGGAGGGAGAGGAGGAGAAGAGCCGTAGCTGCGAAGATCTATAAC
GGTCTTAGAGCTCAAGGTAACTACAATCTCCCCAAGCACTGCGACAACAACGAAGTTCTC
AAGGCTCTTTGTTCCGAAGCTGGTTGGGTTGTCGAAGAAGACGGAACCACTTATCGCAAG
GGACATAAGCCTCTTCCTGGTGACATAGCTGGATCATCCTCGCGAGCCACTCCTTACTCC
TCTTCTTATAACCAAAGCCCATTCGAGAGTCCAATCCTTTCATACCAAGTCAGTCCATCG
TCTTCTTCATTCCCTAGCCCTTCTCGCGGTGGCGGCGGCGACACGCACAACAACATCTCC
ACCATCTTCCCTTTCCTCAGGAACGGTGGGATACCATCATCGCTTCCTCCGCTCAGGATC
TCAAACAGTGCTCCGGTGACTCCACCAGTCTCGTCCCCAACTTCTAAGCACCCCAAGCCG
TTACCTACTTGGGAGTCTTTCACCAAACAGTCCATGGCCATTGCTGCTAACAGTCAATGT
CGTCTTTCACTACCGTTCTACGCGGTGTCTGCACCGGCGAGTCCACTCCCATCGCCAGTT
CATGCCCGGCTACTATA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB57TF U 1
AF RR3BR46TF U 1
BS 1 140 RR3BR46TF
BS 141 141 RR3EB57TF
BS 142 167 RR3BR46TF
BS 168 168 RR3EB57TF
BS 169 218 RR3BR46TF
BS 219 219 RR3EB57TF
BS 220 401 RR3BR46TF
BS 402 402 RR3EB57TF
BS 403 440 RR3BR46TF
BS 441 441 RR3EB57TF
BS 442 452 RR3BR46TF
BS 453 453 RR3EB57TF
BS 454 461 RR3BR46TF
BS 462 462 RR3EB57TF
BS 463 506 RR3BR46TF
BS 507 507 RR3EB57TF
BS 508 797 RR3BR46TF

RD RR3EB57TF 556 0 0
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ACTCTTCTTTCTGAAGGTGGTTGAGGGAAGAAGAAGAAGATGACGTCTGACGGTGCGACG
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AGGGAGAACAGCCGGAGGAGGGAGAGGAGGAGAAGAGCCGTAGCTGCGAAGATCTATAAC
GGTCTTAGAGCTCAAGGTAACTACAATCTCCCCAAGCACTGCGACAACAACGAAGTTCTC
AAGGCTCTTTGTTCCGAAGCTGGTTGGGTTGTCGAAGAAGACGGAACCACTTATCGCAAG
GGACATAAGCCTCTTCCTGGTGATATAGCTGGATCATCCTCGCGAGCCACTCCTTACTCC
TCTTCTTATAACCAAAGCCCATTCGAGAGTCCAATCCTTTCATACCAAGTCAGTCCATCG
TCTTCTTCATTCCCTAGCCCTTCTCGCGGTGGCGGCGGCGACACGCACAACAACATCTCC
ACCATCTTCCCTTTCC

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3BR46TF 797 0 0
GGGTAACATTCCAGCGAAGAGAGAAAAAGCGTCCTCCTCGTGACGGAGCACTAACTCCTC
ACTCTTCTTTCCGAAGGTGGTTGAGGGAAGAAGAAGAAGATGACGTCTGACGGTGCGACG
TCGACGTCAGCAGCAGCAGCGGCAGCGTTGGCGACGAGGAGGAAGCCGTCGTGGAGAGAG
AGGGAGAACAACCGGAGGAGGGAGAGGAGGAGAAGAGCTGTAGCTGCGAAGATCTATAAC
GGTCTTAGAGCTCAAGGTAACTACAATCTCCCCAAGCACTGCGACAACAACGAAGTTCTC
AAGGCTCTTTGTTCCGAAGCTGGTTGGGTTGTCGAAGAAGACGGAACCACTTATCGCAAG
GGACATAAGCCTCTTCCTGGTGACATAGCTGGATCATCCTCTCGAGCCACTCCTTACTCC
TCTTCTTATAACCAAAGCCCTTTCGAGAGTCCCATCCTTTCTTACCAAGTCAGTCCATCG
TCTTCTTCATTCCCTAGCCCTTCTCGTGGTGGCGGCGGCGACACGCACAACAACATCTCC
ACCATCTTCCCTTTCCTCAGGAACGGTGGGATACCATCATCGCTTCCTCCGCTCAGGATC
TCAAACAGTGCTCCGGTGACTCCACCAGTCTCGTCCCCAACTTCTAAGCACCCCAAGCCG
TTACCTACTTGGGAGTCTTTCACCAAACAGTCCATGGCCATTGCTGCTAACAGTCAATGT
CGTCTTTCACTACCGTTCTACGCGGTGTCTGCACCGGCGAGTCCACTCCCATCGCCAGTT
CATGCCCGGCTACTATA

QA 1 797 1 797
DS 



CO CL1935Contig2 1429 2 8 U
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GAAGAAGAAGAAGATGACGTCTGACGGTGCGACGTCGACGTCAGCAGCTGCAGCAGCAGC
GTTGGCGACGAGGAGGAAGCCATCGTGGAGAGAGAGGGAGAACAGCCGGAGGAGGGAGAG
GAGGAGAAGAGCCGTAGCTGCGAAGATCTATAACGGTCTTAGAGCTCAAGGTAACTACAA
TCTCCCCAAGCACTGCGACAACAACGAAGTTCTCAAGGCTCTTTGTTCCGAAGCTGGTTG
GGTTGTCGAAGAAGACGGAACCACTTATCGCAAGGTATATATCTATATAGATCTGAGCTT
ATTGTCTGAAAGTTTCTAAAAGTGGATCTAGTTATGTTTTGTTTTGTCTGGGGTTACTAT
ATTTAGATCTCTAATGTTCTTCGACCATCAGGGACATAAGCCTCTTCCTGGTGATATAGC
TGGATCATCCTCGCGAGCCACTCCTTACTCCTCTTCTTATAACCAAAGCCCATTCGAGAG
TCCAATCCTTTCATACCAAGTCAGTCCATCGTCTTCTTCATTCCCTAGCCCTTCTCGCGG
TGGCGGCGGCGACACGCACAACAACATCTCCACCATCTTCCCTTTCCTCAGAACGGTGGG
ATACCATCATCGCTTCCTCCGCTCAGGATCTCAAACAGTGCTCCGGTGACTCCACCAGTC
TCGTCCCCAACTTCTAAGCACCCCAAGCCGTTACCTACTTGGGAGTCTTTCACCAAACAG
TCCATGGCCATTGCTGCTAAACAGTCAATGTCGTCTTTCAACTACCCGTTCTACGCGGTG
TCTGCACCGGCGAGTCCCACTCACCATCGCCAGTTCAATGCCCCGGCTACTATACCCGAG
TGCGACGAGTCTGACGCTTCAACTGTTGATTCTGGTCATTGGATAAGCTTTCAGAAGTTC
TCACAGCAGCCTTTCCATGGCGGCGTACTCTCTGCAGTAGTGCCGGCTTCTCCTACTTTC
AATCTAGCGAAACCACCCGTGCCTCAGCGGTTATCTCCAAACACTGGAGCGATCCAAGAG
ATTGGTCAAAGCTCGGAGTTTAAATTTGAGAACAGGCAAGTTACGCCGTGGGAAGGAGAG
AAGATCCATGATGTGGCTATGGAGGATCTTGAGCTCACACTGGGAAACGCTAAAGGTCGT
TAGTTGATTGATATATGAAGAACAAAAGGAATAACCCGTTGTGGCATGTCGGAAGCAAAA
AGGTTGGAGTGTTGTTAGTGTGTTTGGCTCAGTTCATGGTTCTGGTTCTGGTTCTTGTAC
TAGAATTGTTATTCATAGTACTGTTGAGTTTGTTTCACATTGCATTATTTTGTAGATAGA
CTATGTAAGATGTACGTTTCTATTATGTATCATTCCTTTTAGATCTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS58TF U 1
AF RR3BR46JQ C 656
BS 1 665 RR3DS58TF
BS 666 666 RR3BR46JQ
BS 667 686 RR3DS58TF
BS 687 687 RR3BR46JQ
BS 688 716 RR3DS58TF
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BS 718 737 RR3DS58TF
BS 738 1429 RR3BR46JQ

RD RR3DS58TF 737 0 0
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GAAGAAGAAGAAGATGACGTCTGACGGTGCGACGTCGACGTCAGCAGCTGCAGCAGCAGC
GTTGGCGACGAGGAGGAAGCCATCGTGGAGAGAGAGGGAGAACAGCCGGAGGAGGGAGAG
GAGGAGAAGAGCCGTAGCTGCGAAGATCTATAACGGTCTTAGAGCTCAAGGTAACTACAA
TCTCCCCAAGCACTGCGACAACAACGAAGTTCTCAAGGCTCTTTGTTCCGAAGCTGGTTG
GGTTGTCGAAGAAGACGGAACCACTTATCGCAAGGTATATATCTATATAGATCTGAGCTT
ATTGTCTGAAAGTTTCTAAAAGTGGATCTAGTTATGTTTTGTTTTGTCTGGGGTTACTAT
ATTTAGATCTCTAATGTTCTTCGACCATCAGGGACATAAGCCTCTTCCTGGTGATATAGC
TGGATCATCCTCGCGAGCCACTCCTTACTCCTCTTCTTATAACCAAAGCCCATTCGAGAG
TCCAATCCTTTCATACCAAGTCAGTCCATCGTCTTCTTCATTCCCTAGCCCTTCTCGCGG
TGGCGGCGGCGACACGCACAACAACATCTCCACCATCTTCCCTTTCCTCAGAACGGTGGG
ATACCTTCATCGCTTCCTCCGCTCAG*ATCTCAAACAGTGCTCCGGTGACTCCACCTGTC
TCGTCCCCAACTTCTAA

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3BR46JQ 774 0 0
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CAGTCTCGTCCCCAACTTCTAAGCACCCCAAGCCGTTACCTACTTGGGAGTCTTTCACCA
AACAGTCCATGGCCATTGCTGCTAAACAGTCAATGTCGTCTTTCAACTACCCGTTCTACG
CGGTGTCTGCACCGGCGAGTCCCACTCACCATCGCCAGTTCAATGCCCCGGCTACTATAC
CCGAGTGCGACGAGTCTGACGCTTCAACTGTTGATTCTGGTCATTGGATAAGCTTTCAGA
AGTTCTCACAGCAGCCTTTCCATGGCGGCGTACTCTCTGCAGTAGTGCCGGCTTCTCCTA
CTTTCAATCTAGCGAAACCACCCGTGCCTCAGCGGTTATCTCCAAACACTGGAGCGATCC
AAGAGATTGGTCAAAGCTCGGAGTTTAAATTTGAGAACAGGCAAGTTACGCCGTGGGAAG
GAGAGAAGATCCATGATGTGGCTATGGAGGATCTTGAGCTCACACTGGGAAACGCTAAAG
GTCGTTAGTTGATTGATATATGAAGAACAAAAGGAATAACCCGTTGTGGCATGTCGGAAG
CAAAAAGGTTGGAGTGTTGTTAGTGTGTTTGGCTCAGTTCATGGTTCTGGTTCTGGTTCT
TGTACTAGAATTGTTATTCATAGTACTGTTGAGTTTGTTTCACATTGCATTATTTTGTAG
ATAGACTATGTAAGATGTACGTTTCTATTATGTATCATTCCTTTTAGATCTTAC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 5

CO CL1936Contig1 732 5 11 U
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TAATGGAACTGTTAACTTCAAGAATCGTAAGGATCATCCGGATAGAGACACAATTTGGCT
CCAATGAACCCCACAACAAGAAGATTGTAATAAGAACACAAATATAGAGGGACACAATAA
TAAGAGTAAACAGAATCACCTTGTCTGCCCAAAACAAGAAGATAAATATACACATTCGTG
TACTGAAATTACATATGATACGATTGCTTAGCACTGGAAGCCAGGAGGAACTTGTTTGCT
GCAAACATTGAGGAGAAGACTTAGAGAGATTGGGAGGTTCAAGTTGATTCCAAGAACGTT
AGCCTTAAGAGCGGTGCAGAGACAAACGGCTGCTTCAACATCAGCGAGTCCTTGGATGAG
GCTACAGCATGGCTTGACCGGTGGCTTGCCGAGGGTCAAGTCGAGGAGGCCATTGAGTAC
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GAATTGAGTGTC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP91TF C 1
AF RR3DI95JQ U 320
AF RR3FP91JQ U 20
AF RR3C145JQ U 4
AF RR3C145TF C 36
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BS 4 112 RR3C145JQ
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BS 209 578 RR3C145JQ
BS 579 732 RR3C145TF

RD RR3FP91TF 495 0 0
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TAATGGAACTGTTAACTTCAAGAATCGTAAGGATCATCCGGATAGAGACACAATTTGGCT
CCAATGAACCCCACAACAAGAAGATTGTAATAAGAACACAAATATAGAGGGACACAATAA
TAAGAGTAAACAGAATCACCTTGTCTGCCCAAAACAAGAAGATAAATATACACATTCGTG
TACTGAAATTACATATGGTACGATTGCTTAGCACTGGAAGCCAGGAGGAACTTGTTTGCT
GCAAACATTGAGGAGAAGACTTAAAGAGATTGGGAGGTTCAAGTTGATTCCAAGAACGTT
AGCCTTAAGAGCGGTGCAGAGGCAAACGGCTGCTTCAACATCAGCGAGTCCTTGGATGAG
GCTACAGCATGGCTTGACCGGTGGCTTGCCGAGGGTCAAGTCGAGGAGGCCATTGAGTAC
ATTGGCGCAGACACC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3DI95JQ 189 0 0
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TTGAGGGTA

QA 1 189 1 189
DS 

RD RR3FP91JQ 476 0 0
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GAAGATTGTAATAAGAACACAAATATAGAGGGACACAATAATAAGAGTAAACAGAATCAC
CTTGTCTGCCCAAAACAAGAAAATAAATATACACATTCGTGTACTGAAATTACATATGGT
ACGATTGCTTAGCACTGGAAGCCAGGAGGAACTTGTTTGCTGCAAACATTGAGGAGAAAA
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AGGCAAACGGCTGCTTCAACATCAGCGAGTCCTTGGATGAGGCTACAGCATGGCTTGACC
GGTGGCTTGCCGAGGGTCAAGTCGAGGAGGCCATTGAGTACATTGGCGCAAACACC

QA 1 476 1 476
DS 

RD RR3C145JQ 575 0 0
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ATGAACCCCATAACAAGAAGATTGTAATAAGAACACAAATATAGAGGGACACAATAATAA
GAGTAAT*AGAATCACCTTGTCTGTCCAAAACAAGAAGATAAATATACACATTCGTGTAC
TGAAATTACATATGATACGATTGCTTAGCACTGGAAGCCAGGAGGAACTTGTTTGCTGCA
AACATTGAGGAGAAGACTTAGAGAGATTGGGAGGTTCAAGTTGATTCCAAGAACGTTAGC
CTTAAGAGCGGTGCAGAGACAAACGGCTGCTTCAACATCAGCGAGTCCTTGGATGAGGCT
ACAGCATGGCTTGACCGGTGGCTTGCCGAGGGTCAAGTCGAGGAGGCCATTGAGTACATT
GGCGCAGACACCAAGCTTGAGGGTATCTTTAGGGCACTTTCCCTTGCCAGAGTTAGGGCT
TGGGGTTGGTTTAGGAGTTGGCTTGGGCTTGGGAG

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR3C145TF 697 0 0
CCCCAATATAAAGAGTAACGGGAAATAATGGAACTGTTAACTTCAAGAATCGTAAGGATC
ATCCGGATAGAGACACAGTTTGGCTCCAATGAACCCCATAACAAGAAGATTGTAATAAGA
ACACAAATATAGAGGGACACAATAATAAGAGTAAT*AGAATCACCTTGTCTGTCCAAAAC
AAGAAGATAAATATACACATTCGTGTACTGAAATTACATATGATACGATTGCTTAGCACT
GGAAGCCAGGAGGAACTTGTTTGCTGCAAACATTGAGGAGAAGACTTAGAGAGATTGGGA
GGTTCAAGTTGATTCCAAGAACGTTAGCCTTAAGAGCGGTGCAGAGACAAACGGCTGCTT
CAACATCAGCGAGTCCTTGGATGAGGCTACAGCATGGCTTGACCGGTGGCTTGCCGAGGG
TCAAGTCGAGGAGGCCATTGAGTACATTGGCGCAGACACCAAGCTTGAGGGTATCTTTAG
GGCACTTTCCCTTGCCAGAGTTAGGGCTTGGGGTTGGTTTAGGAGTTGGCTTGGGCTTGG
GAGAGGGGCAACCTCCTCCGCAAGGAGTGCAGCTACCGCATGCGGAGATTGTTGTGAAGA
ACATGAGGTTGAGAGCCAAGAAAAGGGCTATGGAGCTTGAAGCCATTTTTTTAGAATACA
CTGTTCCACTAGCTATGTTGTGGGTGAATTGAGTGTC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 5

CO CL1937Contig1 766 5 9 U
GGGTGGGTCTGATTCAATTCCAGTGGGGAAGAGATGGTGTTCTTGAGCTGGGGCCGTCCA
TCTACCGAGCAACAACAACAAGTTATCAACAAATCAGGAACGTTCAATTACGACAGCAAA
TACAGAGGAGCTTCGTCTAGATCAGCATCTAAACTAAAAGAAGATTCAGAAATCAACAAA
GATGGGTTCTTTATCAACCACTCTCGTGTCTTAGTGGGTTCTGGTAAAGAGAGTTACGAC
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CCCAAAACTCCGGTTGAAACCGGTAAGAAGTTTTGCGTATGTGTGAAAGAAGTACTTCCA
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CCCGCGCATTTCGGTTTCGGGAGCGGCACCCTCGAGGGACATTTACTAGCTGGAGAAGAG
CGGTTTTCGATTGAGTTGGATGGAGATGGTAAAGTGTGGTATGAGATAACGTCCTTGTCA
AAGCCGGCTCATTTCTTGTCCTTCCTTGGTTATCCTTATGTCAAGCTCAGGCAGAAGCAC
TTTGCTCATCATTCTTCTGATGCTGTCCTTAAACATCTTAGTGCTTCTTCATCTTCTTCA
AAATGATATATTCAAGTTGTATGCTTACAATAAAACAGTGTTGCTTCTTTTCTTGTCTCA
TATATATATTGAATAGAAGTTCTTATGGATGCATAATCTTATTAGT


BQ
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35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR3GP59TF U 1
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G
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GG
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T

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DS 

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TAAACATCTTAGTGCTTCTTCATCTTCTTCAAAATGATATATTCAAGTTGTATGCTTACA
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TGC

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DS 

RD RR3GP59TF 758 0 0
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TATATATATTGAATAGAAGTTCTTATGGATGC
ATAATC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 3

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CGATTGTTCACTTTTTGTGTCTCCTGGCGCCATTATACTACAAATGGGAAGCGTTACGGT
TCGGTTTGATTCTCGTCTCAGTGACTAACCTGCTCATCACATTCTCGTACCACAGGAACT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ21TF U 1
AF RR3AC02TF U 3
AF RR3AC02JQ C 207
BS 1 88 RR3GQ21TF
BS 89 89 RR3AC02TF
BS 90 164 RR3GQ21TF
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BS 166 178 RR3GQ21TF
BS 179 756 RR3AC02TF
BS 757 1096 RR3AC02JQ

RD RR3GQ21TF 182 0 0
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AGATGTGTAATCCCACTAAAGACAATGTTTCTAGCCAAAGCGGTTTCGTGCGTAAGGAAA
AGAGAGCTTATTTTCAGAGATATTGGACGTGGGCCGATGTAGCA*GAGCGCTAACCGT
ACGA

QA 1 178 1 178
DS 

RD RR3AC02TF 771 0 0
GG
ACAACTTGTAAGTTTTAACTAAAACAAGCTAAGTGCAATATTATTCCTCACGTCCGAGAT
GTGTAATCTCACTAAAGACAATGTCTCTAGCCAAAGCGGTTTCGTGCGTAAGGAAAAGAG
AGCTTATTTTCAGAGATATTGGACGTGGGCCGATGTAGCAAGAGCGCTAACCGTTACGAT
TGTTCACTTTTTGTGTCTCCTGGCGCCATTATACTACAAATGGGAAGCGTTACGGTTCGG
TTTGATTCTCGTCTCAGTGACTAACCTGCTCATCACATTCTCGTACCACAGGAACTTGGC
TCATCGGAGCTTTAAGCTCCCAAAGTGGCTTGAATATCCTATTGCTTACGCTGCTGTTTT
CGCTCTTCAGGGTGATCCATTGGATTGGGTGAGCATACATAGGTTCCACCACCAGTTCAC
AGATTCAGATCGAGACCCACATAGCCCTAAGGAAGGATTTTTGTTCAGCCATGTCATGTG
GATATTTGACACGCTTTATATAAAATATAAGTGTGGTGGACGTAACAACGTGATGGACTT
GAAGCAGCAATGGTTCTATAGGTTTCTACGCAAGACGATTGGTTTCCACGTCTTAATGTT
TTGGACCGTTCTCTATCTCTACGGTGGTTTACCTTACCTTACTTGCGGCGGGGGCGTTGG
AGGTGTGCTAGGGTATCACGTGACATGGCTTGTAAACTCAGCATGCCATATTTGTGGTTC
GAGGTCGTGGAAAACTAAAGACACATCTCGTA
ATGTTTGGTGGCTAAGC

QA 3 754 3 754
DS 

RD RR3AC02JQ 890 0 0
GCGCCATTATACTACAAATGGGAAGCGTTACGGTTCGGTTTGATTCTCGTCTCAGTGACT
AACCTGCTCATCACATTCTCGTACCACAGGAACTTGGCTCATCGGAGCTTTAAGCTCCCA
AAGTGGCTTGAATATCCTATTGCTTACGCTGCTGTTTTCGCTCTTCAGGGTGATCCATTG
GATTGGGTGAGCATACATAGGTTCCACCACCAGTTCACAGATTCAGATCGAGACCCACAT
AGCCCTAAGGAAGGATTTTTGTTCAGCCATGTCATGTGGATATTTGACACGCTTTATATA
AAATATAAGTGTGGTGGACGTAACAACGTGATGGACTTGAAGCAGCAATGGTTCTATAGG
TTTCTACGCAAGACGATTGGTTTCCACGTCTTAATGTTTTGGACCGTTCTCTATCTCTAC
GGTGGTTTACCTTACCTTACTTGCGGCGGGGGCGTTGGAGGTGTGCTAGGGTATCACGTG
ACATGGCTTGTAAACTCAGCATGCCATATTTGTGGTTCGAGGTCGTGGAAAACTAAAGAC
ACATCTCGTAATGTTTGGTGGCTAAGCTTATTTACGATGGGAGAGAGTTGGCACAACAAC
CACCACGCGTTTCAGTCGTCGGCGAGGCAAGGATTGGAGTGGTGGCAGATAGATATCACT
TGGTACCTCATTCGACTACTTGAGGTTTTCGGATTAGCCACCGATGTGAAATTGCCTTCG
GAATACCAAAAACAGAAGTTGGCTCTCTCTGGTTGATGTTATTTCAAGATTTGAGTTATT
CACATGAGAAACAAAGCAGAAATTTATTTAAAGAGTGATTTAAGTTATATAGTAAAATCG
ATTAGAATTACAGTATTCATATAAGTTGAGAATAAACTTATTTTCCAGAT

QA 1 890 1 890
DS 



AS 1 2

CO CL1939Contig1 1026 2 2 U
GGGAGTGAGAGAGAGATGAACCACATGCACACCACCAATGTCTGCTTCTTCTTTATTTAA
TTTCCCATTGATTCGCCTCAGATCTCTCTCCCATCTCCCTCTGTCATCTCTCCGATCCGT
TTCTCAGAGAAAGTTGCCGACTTTTCGAGCTTTCTCCGGTACTACCACAATGACAGATTC
TAAAGATGCTGGGATGGATGCTGTTCAGAGACGACTCATGTTCGAAGACGAATGCATTCT
TGTTGACGAAACTGATCGTGTTGTTGGGCATGACAGCAAATATAATTGTCATCTGATGGA
AAATATTGAAGCTAAGAATCTGCTTCACAGGGCCTTTAGTGTATTTTTATTCAACTCCAA
CTATGAGTTGCTTCTCCAGCAAAGGTCGAAAGCAAAGGTGACCTTCCCTCTAGTGTGGAC
AAACACTTGTTGCAGCCATCCTCTTTACCGTGAATCTGAGCTTATCGAGGAAAATACACT
TGGTGTGAGGAATGCTGCACAGAGAAAGCTTCTTGACGAGCTCGGTATTGTAGCTGAAGA
TGTACCAGTCGATGAGTTCACTCCCCTGGGACGTATGCTTTACAAGGCTCCTTCTGATGG
CAAATGGGGAGAGCACGAACTGGACTACTTGCTGTTCATTGTGAGGGATGTTAAGGTCCA
ACCGAATCCAGATGAAGTAGCGGATATCAAGTATGTGAGCAGGGAAGAGCTGAAGGAGCT
GGTGAAGAAAGCAGATGCAGGGGAGGAAGGTCTGAAACTATCTCCATGGTTCAGATTGGT
GGTGGATAACTTCTTGATGAAGTGGTGGGATCATGTTGAGAAAGGCACTCTGAGTGAAGC
TGTTGACATGAAAACCATTCACAAGCTCTGAACTCTTCTTCCCTAAGTTTTTTGGATAAC
CTCTCTGTTTTTATCTCTTTGTTTTTGATGATAATAATTGGGAAGATGTGAGATGTTTAG
ATATTCCAAGTATGTCACGCAATGAAGTTCGTTTTCTTCTTTTTTGGATTTATGAATTTA
TGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3EM90TF U 1
AF RR3EM90JQ C 344
BS 1 651 RR3EM90TF
BS 652 1026 RR3EM90JQ

RD RR3EM90TF 653 0 0
GGGAGTGAGAGAGAGATGAACCACATGCACACCACCAATGTCTGCTTCTTCTTTATTTAA
TTTCCCATTGATTCGCCTCAGATCTCTCTCCCATCTCCCTCTGTCATCTCTCCGATCCGT
TTCTCAGAGAAAGTTGCCGACTTTTCGAGCTTTCTCCGGTACTACCACAATGACAGATTC
TAAAGATGCTGGGATGGATGCTGTTCAGAGACGACTCATGTTCGAAGACGAATGCATTCT
TGTTGACGAAACTGATCGTGTTGTTGGGCATGACAGCAAATATAATTGTCATCTGATGGA
AAATATTGAAGCTAAGAATCTGCTTCACAGGGCCTTTAGTGTATTTTTATTCAACTCCAA
CTATGAGTTGCTTCTCCAGCAAAGGTCGAAAGCAAAGGTGACCTTCCCTCTAGTGTGGAC
AAACACTTGTTGCAGCCATCCTCTTTACCGTGAATCTGAGCTTATCGAGGAAAATACACT
TGGTGTGAGGAATGCTGCACAGAGAAAGCTTCTTGACGAGCTCGGTATTGTAGCTGAAGA
TGTACCAGTCGATGAGTTCACTCCCCTGGGACGTATGCTTTACAAGGCTCCTTCTGATGG
CAAATGGGGAGAGCACGAACTGGACTACTTGCTGTTCATTGTGAGGGATGT
TA

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3EM90JQ 683 0 0
TTTTTATTCAACTCCAACTATGAGTTGCTTCTCCAGCAAAGGTCGAAAGCAAAGGTGACC
TTCCCTCTAGTGTGGACAAACACTTGTTGCAGCCATCCTCTTTACCGTGAATCTGAGCTT
ATCGAGGAAAATACACTTGGTGTGAGGAATGCTGCACAGAGAAAGCTTCTTGACGAGCTC
GGTATTGTAGCTGAAGATGTACCAGTCGATGAGTTCACTCCCCTGGGACGTATGCTTTAC
AAGGCTCCTTCTGATGGCAAATGGGGAGAGCACGAACTGGACTACTTGCTGTTCATTGTG
AGGGATGTTAAGGTCCAACCGAATCCAGATGAAGTAGCGGATATCAAGTATGTGAGCAGG
GAAGAGCTGAAGGAGCTGGTGAAGAAAGCAGATGCAGGGGAGGAAGGTCTGAAACTATCT
CCATGGTTCAGATTGGTGGTGGATAACTTCTTGATGAAGTGGTGGGATCATGTTGAGAAA
GGCACTCTGAGTGAAGCTGTTGACATGAAAACCATTCACAAGCTCTGAACTCTTCTTCCC
TAAGTTTTTTGGATAACCTCTCTGTTTTTATCTCTTTGTTTTTGATGATAATAATTGGGA
AGATGTGAGATGTTTAGATATTCCAAGTATGTCACGCAATGAAGTTCGTTTTCTTCTTTT
TTGGATTTATGAATTTATGATTC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL1941Contig1 1077 3 8 U
GGACCCCAACACTGCCTTCCAGACCATAACTGAACCACATCATCTCTTGGTGACACAAAG
AAAAGTTCAAGTAACAGATAAAAAATGGCAGCACAAGCACTTGTGTCTTCTTCACTTACC
TCCTCTGTTCAGACCGCTAGACAGATATTCGGCACAAAACCAGTTGTGTCCGTGAGGAAG
ACTTCCTTTGTTGTCAAGGCTGCTTCAACTCCACCTGTAAAGCAAGGAGCAAACAGACCA
TTGTGGTTTGCCTCTTCACAATCTCTGTCTTACTTGGATGGCAGCTTACCTGGCGACTAT
GGATTCGACCCTCTTGGTCTTTCAGACCCAGAAGGTACTGGAGGTTTCATCGAGCCAAGA
TGGTTAGCCTACGGAGAGATCATCAACGGGAGGTTCGCTATGTTGGGTGCAGCTGGAGCT
ATTGCCCCTGAGATTCTTGGCAAAGCTGGTTTGATTCCAGCAGACACTGCTCTTCCCTGG
TTCCAAACCGGTGTGATTCCACCTGCAGGGACATACAGCTACTGGGCAGACCCCTACACG
CTCTTTGTTCTCGAGATGGCTTTGATGGGATTTGCTGAGCATCGGAGGTTGCAGGACTGG
TACAACCCAGGATCAATGGGAAAACAGTACTTCTTGGGCTTAGAGAAAGGTTTTGCCGGT
TCAGGAGACCCGTCTTACCCGGGTGGACCTTTCTTTAACCCTCTTGGGTTTGGAAAAGAC
GAGAAGTCAATGAAGGAGCTGAAACTCAAGGAGGTCAAGAACGGTAGACTGGCTATGCTC
GCAATCCTAGGCTATTTTGTGCAGGGACTAGTGACCGGTGTGGGGCCTTACCAGAACCTT
CTTGATCATTTGGCGGATCCAGTCAACAACAATGTCTTGACCAGCCTTAAGTTCCACTGA
GATGATCATCACATCATCCCATGTGTTTTATGTTGGTCTCTCATTCTCTTGTATCCTTCA
ATCTTGTTGCTTTCTCTTGGTATCACCAGCTTCGATCGTATTGTAACACCCTTTGTGATG
AACATATCCGTCTTTTGTAAGAAACGACAATGGCTAAAAAGAACAACTTCTAGGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AV40TF U 1
AF RR3DJ62JQ C 304
AF RR3AR17TF U 629
BS 1 351 RR3AV40TF
BS 352 352 RR3DJ62JQ
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BS 763 1077 RR3AR17TF

RD RR3AV40TF 662 0 0
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TTGTGGTTTGCCTCTTCACAATCTCTGTCTTACTTGGATGGCAGCTTACCTGGCGACTAT
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CTCTTTGTTCTCGAGATGGCTTTGATGGGATTTGCTGAGCATCGGAGGTTGCAGGACTGG
TACAACCCAGGATCAATGGGAAAACAGTACTTCTTGGGCTTAGAGAAAGGTTTTGCCGGT
TC

QA 1 662 1 662
DS 

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TTAGCCTACGGAGAGATCATCAACGGGAGGTTCGCTATGTTGGGTGCATCTGGAGCTATT
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CAAACCGGTGTGATTCCACCTGCAGGGACATACAGCTACTGGGCAGACCCTTACGCGCTC
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GGAGACCCGTCTTACCCGGGTGGACCTTTCTTTAACCCTCTTGGGTTTGGAAAAGACGAG
AAGTCAATGAAGGAGTTGAAACTCAAGGAGGTCAAGAACGGTAGACTGGCTATGCTCGCA
ATCCTAGGCTATTTTGTGCAGGGACTAGTGACCGGTGTGGGGCCTTACCAGAACCTTCTT
GATCATTTGGCGGATCCAGTCAACAACAATGTCTTGACCAGCCTTAAGTTCCACTGAGAT
GATCATCACATCATCCCATGTGTTTTATGTTGGTCTCTCATTCTCTTGTATCCTTCAATC
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ATATCCGTCTTTTGTGAGAAACGACAATGGCTAAAAAGAACAACTTCTAGGATT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3AR17TF 449 0 0
G
CTTCTTGGGCTTAGAGAAAGGTTTTGCCGGTTCAGGAGACCCGTCTTACCCGGGTGGACC
TTTCTTTAACCCTCTTGTGTTTGGAAAAGACGAGAAGTCAATGAAGGAGCTGAAACTCAA
GGAGGTCAAGAATGGTAGACTGGCTATGCTCGCAATCCTAGGCTATTTTGTGCAGGGACT
AGTGACCGGTGTGGGGCCTTACCAGAACCTTCTTGATCATTTGGCGGATCCAGTCAACAA
CAATGTCTTGACCAGCCTTAAGTTCCACTGAGATGATCATCACATCATCCCATGTGTTTT
ATGTTGGTCTCTCATTCTCTTGTATCCTTCAATCTTGTTGCTTTCTCTTGGTATCACCAG
CTTCGATCGTATTGTAACACCCTTTGTGATGAACATATCCGTCTTTTGTAAGAAACGACA
ATGGCTAAAAAGAACAACTTCTAGGATT

QA 2 449 2 449
DS 



AS 2 5

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TGGTCACTCCCGTGTGTAGCTTCTTGGCTCTTCTTTTCTTCTTCCAGAAACACAAACTCT
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TGTTTTATAACTCAATGTGAGAAGAGTTGAGCGTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EZ76TF U 1
AF RR3EZ76JQ C 106
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RD RR3EZ76TF 697 0 0
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TCAAGATGTTTTTGGGGGTCACTGCATCAGTGTCAAGCTGGGACGCGGACGGGACTTGCT
GCAGTATCATCTTGGAAGACAATCCACCCGTTGATTTCGTGGAGCTTCCCGATACTTGCC
AAGGGCTTTACTACTGCAACGTTTAAGTGGAGTCATTAGAGGCGCTTTGGAAATGGTGTC
AATGAAGACAGAAGTGACGTGGACGCGTGATGCTCTTCGAGGGGATGATGCTTATGAGTT
GCAGGTGAGGCTACTTAAGCAAGTCGCTGAGGAGTATCCGTACAAG*ATGATGAATAAAT
TGGTCACTCCCGTGTGTAGCTTCTTGGCTCTTCTTTTCTTCTTCCAGAAACACAAACTCT
GAGCTTTGAAACTGCATACTGTTTTATGTTTGGCATAAACCGATTAATCCATTTCTTAGC
TGTTTTATAACTCAATGTGAGA*GAGTTGAGCGTATC

QA 1 697 1 697
DS 

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TGATGCTTATGAGTTGCAGGTGAGGCTACTTAAGCAAGTCGCTGAGGAGTATCCGTACAA
GGATGATGAATAAATTGGTCACTCCCGTGTGTAGCTTCTTGGCTCTTCTTTTCTTCTTCC
AGAAACACAAACTCTGAGCTTTGAAACTGCATACTGTTTTATGTTTGGCATAAACCGATT
AATCCATTTCTTAGCTGTTTTATAACTCAATGTGAGAAGAGTTGAGCGTATC

QA 1 592 1 592
DS 



CO CL1942Contig2 771 3 7 U
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GACGCGTGATGCTCTCAGAGGGGATGATGCTTATGAGTTGCAGGTGAAGCTACTGAAGCA
AGTCGCTGAGGAGTATCCGTACAAGGATGATGAATAAATTGTCACTCCCATGTGTAGCGT
CTTGGCTCTTCTTTTCTTCTTCCAGAAACACAAACTCTGAGCTTTGAAACTGAATACTGT
TTTATGTTTGGCACAAACCTATTAATCCATTTCTTAGCGGTTTTATAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3GA08TF U 1
AF RR3AR58JQ C 16
AF RR3AR58TF U 16
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BS 189 746 RR3GA08TF
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QA 1 746 1 746
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QA 3 756 3 756
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CCTATTAATCCATTTCTTAGCGGTTTTATAAC
CC

QA 3 754 3 754
DS 



AS 2 4

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TTGAGAATTGAAATTATTAGCTGTGTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FI88JQ C 1
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TTGAGAATTGAAATTATTAGCTGTGTT

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DS 

RD RR3FI88TF 567 0 0
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TTGAGAATTGAAATTATTAGCTGTGTT

QA 1 567 1 567
DS 



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BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GR82JQ C 1
AF RR3GR82TF U 1
BS 1 2 RR3GR82JQ
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QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3GR82TF 514 0 0
GG
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GTTTTTTCGTTAGGTATGTTCTAGAATGCTTTTATCTATGCTTCTTATACACTCTGTGTG
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GGATCTTCTTATTTAAAGTTTCACGTTTGACT

QA 3 514 3 514
DS 



AS 1 3

CO CL1944Contig1 1531 3 15 U
GGGGTCGTCGTCGTCGTCGAAATTCAAATACACTCAATCAGCGAGCAGAGAAGGGGACTA
CTAATTCGTAGCGACTTGGAAGATGAGGCCGAACATTGTTACCGAGGCTTGGATTCAAAC
AAGAGTTTCACAATGGTGGAATGCTATACCATTCCTCACCTCATCAGTGGTTGTAGTTTG
TGGCCTCATTTACCTCATATGCCTCTTAACTGGATACGACACTTTCTATGAAGTCTGCTT
CTTACCTTCTGCAATACTATCCCGTTTCCAAGTTTATAGGTTTTACACGGCCATTTTATT
CCATGGATCCATGCTTCATGTTATGTTCAACATGATGGCTTTGGTTCCTATGGGATCTGA
GTTGGAGAGAATCATGGGATCTGTCCGCTTGTTTTACCTCACAATTTTGCTGGCAACGAC
CAATGCCGTATTGCATCTTCTTATAGCATCGCTGGCGGGATATAACCCTTTCTATCAGTA
TGACCATCTCATGAACGAGTGCGCGATTGGATTCTCTGGAATCTTGTTCTCAATGATTGT
CATAGAGACAAGTCTCAGTGGAGTCACCTCTAGAAGTGTGTTTGGTCTCTTCAACGTGCC
CGCTAAACTATATCCATGGATCTTATTGATAGCATTCCAACCTCTCATGACAAATGTTTC
ACTGCTTGGTCACCTATGTGGCATCTTGTCTGGATTTGCATATTCTTATGGCCTTTTCAA
TTTCTTGATGCCCGGCTCTTCATTTTTCTCCAACATTGAGTCAGCCTCATGGATGGCTAG
CTGTGTAAGGCGACCCAAATTCATTATGTGCACTGGTGGAAATCCTTCCAGTTACATGCC
CACTTATTCTGTACAAAACACGACATCCAGTGGTTTCTCTACAGGAAATGCGTGGAGATC
CTTGTCTTCATGGCTGCCACAGAGGGAAGCATCTAATCAATCTTCTGAGGATAGTAGATT
TCCGGGAAGAGGTAGAACTCTTAGCGGTACTGCCCGTGATCTAACCCCTCCAGCTGGAGA
AACAAACCCAAACCTCCATGCTAGACTATTGGAAGATAACACTCCAGACCGCCTTTCTGA
TGCAACTGTGACTGGCATGACAGAGCCAATCCCCACCACAAGGCAGGTGCCAATAGCAAA
TGCAGCAGTCCTACCTCAATCCCAGGGTCGTGTTGCTGCTTTTGAAGAACAAATCCAGAA
ACTCGTTGCCATGGGCCTTGAAAGGACACAAGTGGAGGTTGCACTTGCTGCTGCAGATGA
CGATCTAAACGTAGCTGTGGAGATCTTAATGAGCCAACAGGGCTAACACATACCAAATTG
CAAAGTATTACATTGGAGTGTACTGTAACGTTCGTCTCTCATTCCATGTTTTACTTGCAT
TTAGAAACTGTATAGCGCTCCTGTTTAACCAGATAATCAAACCGGTTTTCCGGTTTAGAT
TCTATACAAACGAATGGTTGGATTGAGTTTCGCTTTTGTTGCAATGCTACCTCACTTATT
TGCAGAAAACTTAAAATGAATTAGTTCGGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B006TF U 1
AF RR3GW93TF U 429
AF RR3BS84JQ C 946
BS 1 465 RR3B006TF
BS 466 466 RR3GW93TF
BS 467 490 RR3B006TF
BS 491 491 RR3GW93TF
BS 492 624 RR3B006TF
BS 625 625 RR3GW93TF
BS 626 641 RR3B006TF
BS 642 642 RR3GW93TF
BS 643 711 RR3B006TF
BS 712 712 RR3GW93TF
BS 713 732 RR3B006TF
BS 733 733 RR3GW93TF
BS 734 784 RR3B006TF
BS 785 1119 RR3GW93TF
BS 1120 1531 RR3BS84JQ

RD RR3B006TF 784 0 0
GGGGTCGTCGTCGTCGTCGAAATTCAAATACACTCAATCAGCGAGCAGAGAAGGGGACTA
CTAATTCGTAGCGACTTGGAAGATGAGGCCGAACATTGTTACCGAGGCTTGGATTCAAAC
AAGAGTTTCACAATGGTGGAATGCTATACCATTCCTCACCTCATCAGTGGTTGTAGTTTG
TGGCCTCATTTACCTCATATGCCTCTTAACTGGATACGACACTTTCTATGAAGTCTGCTT
CTTACCTTCTGCAATACTATCCCGTTTCCAAGTTTATAGGTTTTACACGGCCATTTTATT
CCATGGATCCATGCTTCATGTTATGTTCAACATGATGGCTTTGGTTCCTATGGGATCTGA
GTTGGAGAGAATCATGGGATCTGTCCGCTTGTTTTACCTCACAATTTTGCTGGCAACGAC
CAATGCCGTATTGCATCTTCTTATAGCATCGCTGGCGGGATATAATCCTTTCTATCAGTA
TGACCATCTCGTGAACGAGTGCGCGATTGGATTCTCTGGAATCTTGTTCTCAATGATTGT
CATAGAGACAAGTCTCAGTGGAGTCACCTCTAGAAGTGTGTTTGGTCTCTTCAACGTGCC
CGCTAAACTATATCCATGGATCTTGTTGATAGCATTCCAACTTCTCATGACAAATGTTTC
ACTGCTTGGTCACCTATGTGGCATCTTGTCTGGATTTGCATATTCTTATGGTCTTTTCAA
TTTCTTGATGCCTGGCTCTTCATTTTTCTCCAACATTGAGTCAGCCTCATGGATGGCTAG
CTGT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3GW93TF 698 0 0
G
ATTGCATCTTCTTATAGCATCGTTGGCGGGATATAACCCTTTCTATCAGTATGACCATCT
CATGAACGAGTGCGCGATTGGATTCTCTGGAATCTTGTTCTCAATGATTGTCATAGAGAC
AAGTCTCAGTGGAGTCACCTCTAGAAGTGTGTTTGGTCTCTTCAACGTGCCCGCTAAACT
ATATCCATGGATCTTATTGATTGCATTCCAGCC*CTCATGACAAATGTTTCGCTGCTTGG
TCACCTATGTGGCATCTTGTCTGGATTTGCATATTCTTATGGCCTTTTCAATTTCTTGAT
GCCCGGCTCTTCATTTTTCTCCAACATTGAGTCAGCCTCATGGATGGCTAGCTGTGTAAG
GCGACCCAAATTCATTATGTGCACTGGTGGAAATCCTTCCAGTTACATGCCCACTTATTC
TGTACAAAACACGACATCCAGTGGTTTCTCTACAGGAAATGCGTGGAGATCCTTGTCTTC
ATGGCTGCCACAGAGGGAAGCATCTAATCAATCTTCTGAGGATAGTAGATTTCCGGGAAG
AGGTAGAACTCTTAGCGGTACTGCCCGTGATCTAACCCCTCCAGCTGGAGAAACAAACCC
AAACCTCCATGCTAGACTATTGGAAGATAACACTCCAGACCGCCTTTCTGATGCAACTGT
GACTGGCATGACAGAGCCAATCCCCACCAC
TAGCAGT

QA 2 691 2 691
DS 

RD RR3BS84JQ 586 0 0
TGAGGATAGTAGATTTCCGGGAAGAGGTAGAACTCTTAGCGGTACTGCCCGTGATCTAAC
CCCTCCAGCTGGAGAAACAAACCCAAACCTCCATGCTAGACTATTGGAAGATAACACTCC
AGACCGCCTTTTTGATGCAACTGTGACTGGCATGCCAGAGCCAATCCCCACCACAAGGCA
GGTGCCAATAGCAAATGCAGCAGTCCTACCTCAATCCCAGGGTCGTGTTGCTGCTTTTGA
AGAACAAATCCAGAAACTCGTTGCCATGGGCCTTGAAAGGACACAAGTGGAGGTTGCACT
TGCTGCTGCAGATGACGATCTAAACGTAGCTGTGGAGATCTTAATGAGCCAACAGGGCTA
ACACATACCAAATTGCAAAGTATTACATTGGAGTGTACTGTAACGTTCGTCTCTCATTCC
ATGTTTTACTTGCATTTAGAAACTGTATAGCGCTCCTGTTTAACCAGATAATCAAACCGG
TTTTCCGGTTTAGATTCTATACAAACGAATGGTTGGATTGAGTTTCGCTTTTGTTGCAAT
GCTACCTCACTTATTTGCAGAAAACTTAAAATGAATTAGTTCGGCG

QA 1 586 1 586
DS 



AS 2 5

CO CL1945Contig1 1062 3 17 U
GAGGACGAGAACGATGCGAACAAACTCAACCGCATACTTCAACTCACAGGATTCAGTGAT
CCGGTCTATGCTGAAGCATACGTGACGGTCCATCACTATGACATTGCACTCGAAGTTACA
GTTATCAACCGTACAAAGGAAACCCTTCAGAATATGTGCTTGGAGTTAGCAACCATGGGT
GATCTCAAGCTTGTTGAGCGTCCTCAAAACTATAGTCTGGCACCGGGAACGAGCATGCAG
ATAAAAGCAAACATAAAGGTCTCGTCCACAGAAACCGGAGTCATATTCGGAAACATCGTC
TACGAGACATCAAACGTAATGGAGCGAAACGTCGTGGTTCTCAACGACATACACATTGAT
ATCACGGACTATATCTCCCCTGCTGTTTGCTCAGAGGTTGCTTTCAGAACCATGTGGGCA
GAGTTTGAATGGGAGAACAAGGTTGCTGTGAACACCACGATTCAGAACGAGAGA**GTTC
CTTGACCACATTATCAAATCCACAAACATGAAGTGTCTCACTGCCCCATCTGCAATAGAA
GGAGAATGCGGGTTCCTTGCAGCAAACTTATATGCAAAGAGTGTGTTTGGTGGGGATGCT
CTTGTGAACGTGAGTATCGAGAAGCAAACTGATGGAGTATTGAGTGGGTACATAAGGATA
AGGAGCAAGACGCAAGGGATTGCTCTAAGTCTTGGGGACAAGATCACCCTCAAACAGAA*
GGGTAGTAGCTGAGGCTTTGGATGGTGGCGCACAAGGTAACTTTCGTTTCTCTCTTGAGC
AATTTTTATAGTTGGTCGAATCTGTTTACTATATCGAGTGAGGGAGGCGTTTTAAGTATA
TGTAAAGACCAAACTGTTATCATTTCTTAACCGGTTTATAGTTTCCGGTATGGTACCGAT
GGATTCTTCCCCATACGGCTATGTTTTTTTTTTTGTTTTAATTAGTACCTGAAGATTTTA
TTTGTAATGCTTTTTTTCTTTCTATATTATCGTTTGTTGTGGAGATTATAACTGTAATGA
TTTCCGTAAAATGCATAATTAATACTAGGTCTTTGAATTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A686TF U 1
AF RR3F823TF U 239
AF RR3A686JQ C 406
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BS 273 273 RR3F823TF
BS 274 364 RR3A686TF
BS 365 365 RR3F823TF
BS 366 661 RR3A686TF
BS 662 662 RR3F823TF
BS 663 719 RR3A686TF
BS 720 720 RR3F823TF
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BS 758 813 RR3A686TF
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BS 821 1062 RR3A686JQ

RD RR3A686TF 813 0 0
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GTTATCAACCGTACAAAGGAAACCCTTCAGAATATGTGCTTGGAGTTAGCAACCATGGGT
GATCTCAAGCTTGTTGAGCGTCCTCAAAACTATAGTCTGGCACCGGGAACGAGCATGCAG
ATAAAAGCAAACATAAAGGTCTCGTCCACAGAGACCGGAGTCATATTCGGAAACATCGTC
TACGAGACATCAAACGTAATGGAGCGAAACGTCGTGGTTCTCAACGACATACACATTGAT
ATCATGGACTATATCTCCCCTGCTGTTTGCTCAGAGGTTGCTTTCAGAACCATGTGGGCA
GAGTTTGAATGGGAGAACAAGGTTGCTGTGAACACCACGATTCAGAACGAGAGA**GTTC
CTTGACCACATTATCAAATCCACAAACATGAAGTGTCTCACTGCCCCATCTGCAATAGAA
GGAGAATGCGGGTTCCTTGCAGCAAACTTATATGCAAAGAGTGTGTTTGGTGGGGATGCT
CTTGTGAACGTGAGTATCGAGAAGCAAACTGATGGAGTATTGAGTGGGTACATAAGGATA
AAGAGCAAGACGCAAGGGATTGCTCTAAGTCTTGGGGACAAGATCACCCTCAAACAGAAA
GGGTAGTAGCTGAG*CTTTGGATGGTGGCGCACAAG*TAACTTTCGTTTCTCTCTTGAGC
AATTTTTATAGTTGGTCGAATCTGTTTACTATA

QA 1 813 1 813
DS 

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G
GATAAAAGCAAACATAAAGGTCTCGTCCACAGAAACCGGAGTCATATTCGGAAACATCGT
CTATGAGACATCAAACGTAATGGAGCGAAACGTCGTGGTTCTCAACGACATACACATTGA
TATCACGGACTATATCTCCCCTGCTGTTTGCTCAGAGGTTGCTTTCAGAACCATGTGGGC
AGAGTTTGAATGGGAGAACAAGGTTGCTGTGAACACCACGATTCAGAACGAGAGAGAGTT
CCTCGACCACATTATCAAATCCACAAACATGAAGTGTCTCACTGCCCCATCTGCAATAGA
AGGAGAATGCGGGTTCCTTGCAGCAAACCTATATGCAAAGAGTGTGTTTGGTGAGGATGC
TCTTGTGAACGTGAGTATCGAGAAGCAAACTGATGGAGTATTGAGTGGGTACATAAGGAT
AAGGAGCAAGACGCAAGGGATTGCTCTAAGTCTTGGGGACAAGATCACCCTCAAACAGAA
*GGGTAGTAGCTGAGGCCTTGGATGGTGGCGCACAAGGTAACTTTCGTTTCTCTCTTGAG
CAATTTTTATAGTTGGTTGAATCTGTTTACTATATGGAGTG
GATGAGGGAGGC

QA 2 582 2 582
DS 

RD RR3A686JQ 657 0 0
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AACGAGAGA**GTTCCTTGACCACATTATCAAATCCACAAACATGAAGTGTCTCACTGCC
CCATCTGCAATAGAAGGAGAATGCGGGTTCCTTGCAGCAAACTTATATGCAAAGAGTGTG
TTTGGTGGGGATGCTCTTGTGAACGTGAGTATCGAGAAGCAAACTGATGGAGTATTGAGT
GGGTACATAAGGATAAGGAGCAAGACGCAAGGGATTGCTCTAAGTCTTGGGGACAAGATC
ACCCTCAAACAGAA*GGGTAGTAGCTGAGGCTTTGGATGGTGGCGCACAAGGTAACTTTC
GTTTCTCTCTTGAGCAATTTTTATAGTTGGTCGAATCTGTTTACTATATCGAGTGAGGGA
GGCGTTTTAAGTATATGTAAAGACCAAACTGTTATCATTTCTTAACCGGTTTATAGTTTC
CGGTATGGTACCGATGGATTCTTCCCCATACGGCTATGTTTTTTTTTTTGTTTTAATTAG
TACCTGAAGATTTTATTTGTAATGCTTTTTTTCTTTCTATATTATCGTTTGTTGTGGAGA
TTATAACTGTAATGATTTCCGTAAAATGCATAATTAATACTAGGTCTTTGAATTTTC

QA 1 657 1 657
DS 



CO CL1945Contig2 542 2 3 U
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AAAGAGTGTGTTTGGTGAGGATGCTCTTGTGAACGTGAGTATCGAGAAGCAAACTGATGG
AGTATTGAGTGGGTACATAAGGATAAGGAGCAAGACGCAAGGGATTGCTCTAAGTCTTGG
GGACAAGATCACCCTCAAACAGAAGGGTAGTAGCTGAGGCCTTGGATGGTGGCGCACAAG
GTAACTTTCGTTTCTCTCTTGAGCAATTTTTATAGTTGGTTGAATCTGTTTACTATATGG
AGTGGAGTGAGGGAGGCGTTTTAAGTATATGTAAAGACCAAACTGTTATCATTCCTTAAC
CGGTTTATAGTTTCCGGTATGGTACCGATGGATTCTTCCCCGTACGGCTGTGTGTTTTTC
TCTTTCTTTTAATTACTACCTGAAGATTTTGTTTTTATTTGTAATGCTTTTTTTCTTTCT
ATATTATCGTTTGTTGGGGAGATTATAACTGTAATGATTCTCGTAAAATGCATAATTGAT
AT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR3FQ74TF U 35
AF RR3FQ74JQ C 1
BS 1 34 RR3FQ74JQ
BS 35 537 RR3FQ74TF
BS 538 542 RR3FQ74JQ

RD RR3FQ74TF 508 0 0
GGGTTCCTTGCAGCAAACCTATATGCAAAGAGTGTGTTTGGTGAGGATGCTCTTGTGAAC
GTGAGTATCGAGAAGCAAACTGATGGAGTATTGAGTGGGTACATAAGGATAAGGAGCAAG
ACGCAAGGGATTGCTCTAAGTCTTGGGGACAAGATCACCCTCAAACAGAAGGGTAGTAGC
TGAGGCCTTGGATGGTGGCGCACAAGGTAACTTTCGTTTCTCTCTTGAGCAATTTTTATA
GTTGGTTGAATCTGTTTACTATATGGAGTGGAGTGAGGGAGGCGTTTTAAGTATATGTAA
AGACCAAACTGTTATCATTCCTTAACCGGTTTATAGTTTCCGGTATGGTACCGATGGATT
CTTCCCCGTACGGCTGTGTGTTTTTCTCTTTCTTTTAATTACTACCTGAAGATTTTGTTT
TTATTTGTAATGCTTTTTTTCTTTCTATATTATCGTTTGTTGGGGAGATTATAACTGTAA
TGATTCTCGTAAAATGCATAATT
GATAT

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR3FQ74JQ 542 0 0
GCTCACTGCCCCATTTGCAATAGAAGGAGAATGCGGGTTCCTTGCAGCAAACCTATATGC
AAAGAGTGTGTTTGGTGAGGATGCTCTTGTGAACGTGAGTATCGAGAAGCAAACTGATGG
AGTATTGAGTGGGTACATAAGGATAAGGAGCAAGACGCAAGGGATTGCTTTAAGTCTTGG
GGACAAGATCACCCTCAAACAGAAGGGTAGTAGCTGAGGCCTTGGATGGTGGCGCACAAG
GTAACTTTCGTTTCTTTCTTGAGCAATTTTTATAGTTGGTTGAATCTGTTTACTATATGG
AGTGGAGTGAGGGAGGCGTTTTAAGTATATGTAAAGACCAAACTGTTATCATTCCTTAAC
CGGTTTATAGTTTCCGGTATGGTACCGATGGATTCTTCCCCGTACGGCTGTGTGTTTTTT
TCTTTTTTTTAATTACTACCTGAAGATTTTGTTTTTATTTGTAATGCTTTTTTTCTTTTT
ATATTATCGTTTGTTGGGGAGATTATAACTGTAATGATTCTCGTAAAATGCATAATTGAT
AT

QA 1 542 1 542
DS 



AS 2 5

CO CL1946Contig1 1209 3 7 U
GCAAACTATATTTTTTATTGAACTATTTTACTTATGAGTACAACACATAAATATGACCTT
GAGATAAATATGAGTTTTTGTTTTCTTGACAAGGAAGAGAATAATAGGTTATATATTAAA
TACGAATACAACAAGGTAATAAATCCATAAGTGCTCCAATATAACAAGAGCCAAATAGAT
AATTTGGGAGTGAAACTAATTAATTAGCTGGAACTCTGCCTTTGAGGAAATTCTTGCAAA
TCGTCTCCAAAAGTTTCCTGTCCGCTCCCCTATTCTCCATCGAGGCCTTTGCCGCATCCG
CAAAATCTTGCTTGATGAAGCCAAGACCAAGAACACGATCAACGATCTCGTGGAGAATCT
CTCTGTTATACTCAGGATGTCCTTGGATACAGAATAAATGATCCTCAATGGAGAACATCT
CCACCTCGTAATTTTCGGAATAAGCTAGTACTTTAGCAGACTCAGGCAACACTAACACTT
CGTCCTGATGTAATTTTAGGATGGCTATGGTATCCGGAATCTCGTTTCCAAAGAAACTTC
CCGGTTTAATTGCATCCTTCACGAGGGTTATGTCTGTAAGCTTAAGTTCTGGTCCCTTCC
TTGCTCTTCCCACTGTTCCTCCTCTTACTCTAGCTATTATCTAAAGGAATACAATTTTTT
TGATAAATTAAAGGTAACTTTTAATCTTAATCCAAATATTATACTTAATGGAAAGTGTTA
GTAGAATTGTATAGTTAATATGATAATATTTTAGTAATTATATGGTCTCCAGGGTTGGGT
TTAAGACCATATTGTAAGGTTAGATTAGTAAGAAGAGAGAACCTGGTGGCCAAAGCAGAT
GCCAAGAATTTTCTTCTTCATCTCATCAAGTTTCTTGACGATCTCACATAGCTTAAGGAT
CCAAGGATCATTCTCGAAGGAATCGTGAGAGCTTCCACTAATAACGAAACCGTCGTACTT
TTCAAGATCTTTCTCGTCCGGAAACTCGCCCTCTACGACTCTAAATGAGTCCCAATGCTC
TCCTTCGTCACCGAACGTGGACACGAACACGTTGTGGTATCCTCCGTACTCTTTCTTCAC
GAACTCTGAATCAGGAGTGGCTAGAAACAGTGCGAACTTTTTCTGCTCAACCATTTTTTT
CCCGTCTAAAGAAAATAGAGAGACAGTGTGGTTGATTAGAAGAAATAGAGATAATAAAGA
GAGCAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU03JQ U 1
AF RR3FP84JQ U 61
AF RR3FP84TF C 494
BS 1 117 RR3EU03JQ
BS 118 118 RR3FP84JQ
BS 119 329 RR3EU03JQ
BS 330 330 RR3FP84JQ
BS 331 642 RR3EU03JQ
BS 643 785 RR3FP84JQ
BS 786 1209 RR3FP84TF

RD RR3EU03JQ 652 0 0
GCAAACTATATTTTTTATTGAACTATTTTACTTATGAGTACAACACATAAATATGACCTT
GAGATAAATATGAGTTTTTGTTTTCTTGACAAGGAAGAGAATAATAGGTTATATATTGAA
TACGAATACAACAAGGTAATAAATCCATAAGTGCTCCAATATAACAAGAGCCAAATAGAT
AATTTGGGAGTGAAACTAATTAATTAGCTGGAACTCTGCCTTTGAGGAAATTCTTGCAAA
TCGTCTCCAAAAGTTTCCTGTCCGCTCCCCTATTCTCCATCGAGGCCTTTGCCGCATCCG
CAAAATCTTGCTTGATGAAGCCAAGACCAGGAACACGATCAACGATCTCGTGGAGAATCT
CTCTGTTATACTCAGGATGTCCTTGGATACAGAATAAATGATCCTCAATGGAGAACATCT
CCACCTCGTAATTTTCGGAATAAGCTAGTACTTTAGCAGACTCAGGCAACACTAACACTT
CGTCCTGATGTAATTTTAGGATGGCTATGGTATCCGGAATCTCGTTTCCAAAGAAACTTC
CCGGTTTAATTGCATCCTTCACGAGGGTTATGTCTGTAAGCTTAAGTTCTGGTCCCTTCC
TTGCTCTTCCCACTGTTCCTCCTCTTACTCTAGCTATTATCT
GGTGGCCAAA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3FP84JQ 725 0 0
GAGATAAATATGAGTTTTTGTTTTCTTGACAAGGAAGAGAATAATAGGTTATATATTAAA
TACGAATACAACAAGGTAATAAATCCATAAGTGCTCCAATATAACAAGAGCCAAATAGAT
AATTTGGGAGTGAAACTAATTAATTAGCTGGAACTCTGCCTTTGAGGAAATTCTTGCAAA
TCGTCTCCAAAAGTTTCCTGTCCGCTCCCCTATTCTCCATCGAGGCCTTTGCCGCATCCG
CAAAATCTTGCTTGATGAAGCCAAGACCAAGAACACGATCAACGATCTCGTGGAGAATCT
CTCTGTTATACTCAGGATGTCCTTGGATACAGAATAAATGATCCTCAATGGAGAACATCT
CCACCTCGTAATTTTCGGAATAAGCTAGTACTTTAGCAGACTCAGGCAACACTAACACTT
CGTCCTGATGTAATTTTAGGATGGCTATGGTATCCGGAATCTCGTTTCCAAAGAAACTTC
CCGGTTTAATTGCATCCTTCACGAGGGTTATGTCTGTAAGCTTAAGTTCTGGTCCCTTCC
TTGCTCTTCCCACTGTTCCTCCTCTTACTCTAGCTATTATCTAAAGGAATACAATTTTTT
TGATAAATTAAAGGTAACTTTTAATCTTAATCCAAATATTATACTTAATGGAAAGTGTTA
GTAGAATTGTATAGTTAATATGATAATATTTTAGTAATTATATGGTCTCCAGGGTTGGGT
TTAAG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3FP84TF 716 0 0
A
TTTAGGATGGCTATGGTATCCGGAATCTCGTTTCCAAAGAAACTTCCCGGTTTAATTGCA
TCCCTCACGAGGGTTATGTCTGTAAGCTTAAGTTCTGGTCCCTTCCTTGCTCTTCCCACT
GTTCCTCCTCTTACTCTAGCTATTATCTAAAGGAATACAATTTTTTTGATAAATTAAAGG
TAACTTTTAATCTTAATCCAAATATTATACTTAATGGAAAGTGTTAGTAGAATTGTATAG
TTAATATGATAATATTTTAGTAATTATATGGTCTCCAGGGTTGGGTTTAAGACCATATTG
TAAGGTTAGATTAGTAAGAAGAGAGAACCTGGTGGCCAAAGCAGATGCCAAGAATTTTCT
TCTTCATCTCATCAAGTTTCTTGACGATCTCACATAGCTTAAGGATCCAAGGATCATTCT
CGAAGGAATCGTGAGAGCTTCCACTAATAACGAAACCGTCGTACTTTTCAAGATCTTTCT
CGTCCGGAAACTCGCCCTCTACGACTCTAAATGAGTCCCAATGCTCTCCTTCGTCACCGA
ACGTGGACACGAACACGTTGTGGTATCCTCCGTACTCTTTCTTCACGAACTCTGAATCAG
GAGTGGCTAGAAACAGTGCGAACTTTTTCTGCTCAACCATTTTTTTCCCGTCTAAAGAAA
ATAGAGAGACAGTGTGGTTGATTAGAAGAAATAGAGATAATAAAGAGAGCAATCC

QA 2 716 2 716
DS 



CO CL1946Contig2 624 2 1 U
GGATTGCTCTCTTTATTATCTCTATTTCTTCTAATCAACCACACTGTCTCTCTATTTTCT
TTAGACGGGAAAAAAATGGTTGAGCAGAAAAAGTTCGCACTGTTTCTAGCCACTCCTGAT
TCAGAGTTCGTGAAGAAAGAGTACGGAGGATACCACAACGTGTTCGTGTCCACGTTCGGT
GACGAAGGAGAGCATTGGGACTCATTTAGAGTCGTAGAGGGCGAGTTTCCGGACGAGAAA
GATCTTGAAAAGTACGACGGTTTCGTTATTAGTGGAAGCTCTCACGATTCCTTCGAGAAT
GATCCTTGGATCCTTAAGCTATGTGAGATCGTCAAGAAACTTGATGAGATGAAGAAGAAA
ATTCTTGGCATCTGCTTTGGCCACCAGATAATAGCTAGAGTAAGAGGAGGAACAGTGGGA
AGAGCAAGGAAGGGACCAGAACTTAAGCTTACAGACATAACCCTCGTGAAGGATGCAATT
AAACCGGGAAGTTTCTTTGGAAACGAGATTCCGGATACCATAGCCATCCTAAAATTACAT
CAGGACGAAGTGTTAGTGTTGCCTGAGTCTGCTAAAGTACTAGCTTATTCCGAAAATTAC
GAGGTGGAGATGTTCTCCATTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EU03TF U 1
AF RR3DV59TF U 41
BS 1 624 RR3EU03TF

RD RR3EU03TF 624 0 0
GGATTGCTCTCTTTATTATCTCTATTTCTTCTAATCAACCACACTGTCTCTCTATTTTCT
TTAGACGGGAAAAAAATGGTTGAGCAGAAAAAGTTCGCACTGTTTCTAGCCACTCCTGAT
TCAGAGTTCGTGAAGAAAGAGTACGGAGGATACCACAACGTGTTCGTGTCCACGTTCGGT
GACGAAGGAGAGCATTGGGACTCATTTAGAGTCGTAGAGGGCGAGTTTCCGGACGAGAAA
GATCTTGAAAAGTACGACGGTTTCGTTATTAGTGGAAGCTCTCACGATTCCTTCGAGAAT
GATCCTTGGATCCTTAAGCTATGTGAGATCGTCAAGAAACTTGATGAGATGAAGAAGAAA
ATTCTTGGCATCTGCTTTGGCCACCAGATAATAGCTAGAGTAAGAGGAGGAACAGTGGGA
AGAGCAAGGAAGGGACCAGAACTTAAGCTTACAGACATAACCCTCGTGAAGGATGCAATT
AAACCGGGAAGTTTCTTTGGAAACGAGATTCCGGATACCATAGCCATCCTAAAATTACAT
CAGGACGAAGTGTTAGTGTTGCCTGAGTCTGCTAAAGTACTAGCTTATTCCGAAAATTAC
GAGGTGGAGATGTTCTCCATTGAG

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3DV59TF 584 0 0
GG
ACTGTCTCTCTATTTTCTTTAGACGGGAAAAAAATGGTTGAGCAGAAAAAGTTCGCACTG
TTTCTAGCCACTCCTGATTCAGAGTTCGTGAAGAAAGAGTACGGAGGATACCACAACGTG
TTCGTGTCCACGTTCGGTGACGAAGGAGAGCATTGGGACTCATTTAGAGTCGTAGAGGGC
GAGTTTCCGGACGAGAAAGATCTTGAAAAGTACGACGGTTTCGTTATTAGTGGAAGCTCT
CACGATTCCTTC*AGAATGATCCTTGGATCCTTAAGCTATGTGAGATCGTCAAGAAACTT
GATGAGATGAAGAAGAAAATTCTTGGCATCTGCTTTGGCCACCAGATAATAGCTAGAGTA
AGAGGAGGAACAGTGGGAAGAGCAAGGAAGGGACCAGAACTTAAGCTTACAGACATAACC
CTCGTGAAGGATGCAATTAAACCGGGAAGTTTCTTTGGAAACGAGATTCCGGATACCATA
GCCATCCTAAAATTACATCAGGACGAAGTGTTAGTGTTGCCTGAGTCTGCTAAAGTACTA
GCTTATTCCGAAAATTACGAGGTGGAGATGTTCTCCATTGAG

QA 3 584 3 584
DS 



AS 1 5

CO CL1947Contig1 1061 5 22 U
GGACACTCCCTCTCTCTGTCTCTCAATCAGTGAAGCGATGTCGTCGTCTTCGTTTCGATC
TCCGGCGGGCGCCGCTGCCACTATGTTCTCTGCGAATCGAGAAATTTAAAGGTGTTGTGG
AGCAGTACTATGGTAAAAAGTTTGAGCCTTCACGTGAGCTTCCAGAGTGGGAGTTCAAGA
GTTACTTGGGATGGCATGAACAGGGAGATGGTGCGTGGTTTTGTGGTCTTCACGTGGACA
GTGGTCGTGTTGGAGGTATAATGAAGAAGACACTGAGAGAAGTAATAGAGAAATACAAAA
TTGATGTCCGCATCACGCCAAACCAGAACATTGTGTTGTGTGATATAAAAACCGAATGGA
AGCGTCCGATCACCACAGTGCTTGCTCAGGCCGGCTTGCTGCAACCTGAGTTTGTTGACC
CACTAAACCAAACGGCAATGGCTTGTCCAGCTTTTCCTCTGTGCCCTCTGGCGATAACCG
AGGCAGAGCGCGGGATCCCCAGCATTCTAAAGCGAGTTAGAGCAATGTTTGAGAAGGTTG
GTCTGGAGTACGATGAGTCTGTTGTGATAAGAGTAACCGGTTGTCCTAACGGCTGTGCAA
GACCGTACATGGCTGAGCTCGGTCTTGTCGGTGATGGACCCAACAGCTATCAGGTTTGGC
TAGGAGGAACACCGAACCAGACACAGATAGCGAGGAGTTTCATGGATAAGGTGAAGGTTC
ACGACTTTGAGAAAGTCTTCGAGCCATTGTTTTATCACTGGAAAGTCGAGAGACAAACTA
AAGAATCGTTTGGAGAATTCACAACTCGCATGGGATTCGAGAAACTCAAGGAGCTAATAG
ACACGTATAAAGGAGGTCCTCAGTAAGGAGGAATCAGCTTTGGTCTATAACTCTTGTGAT
GGAGAAACTTCTTCTTCTTTTGTACCCGCCTTTTTTTTTGTTTGTTTCCAATATCGTTTT
GTCCTGTGTTATAGACTATATTAGCAACATCAATAAGCATCTCTTTCACTTTCTTTAATG
TGATTGGATCTCCCTTCTTTTTAAAAATGGCTTCTTTGCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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GTGGTCGTGTTGGAGGTATAATGAAGAAGACACTGAGAGAAGTAATAGAGAAATACAAAA
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ATAGCGAGGAGTTTCATGGATAAGGTGAAGGTTCACGACTTTGAGAAAGTCTTCGAGCCA
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CGACTTGGAGAAAGTCTTCGAGCCATTGTTTTATCACTGGAAAGTCGAGAGACAAACTAA
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TACGTATAA

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AAACTCAAGGAGCTAATAGACACGTATAAAGGAGGTCCTCAGTAAGGAGGAATCAGCTTT
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TTGTTTCCAATATCGTTTTGTCTTGTGTTATAGACTATATTAGCAACATCAATAAGCATC
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QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 4

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CAACAACAAGGATGATTTTTTTTTTGAATCTTGGATTGTAATGAAAAGGAATATGATTCT
TGCAACTTCTCAAATGCGCAGCAGCCAAAAGCCATGGGAATAAAAAACTGGTTAATTGTC
TCAAGTGATGCGGTCTCATCTACAGCAACATGGACTTAATGGAAGGACCAAAAAGCCTGC
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AATGCCATAATACATTTATCCGTGGCAACCTGCCTACCAATTTCCTTGACCAGCTTGGAG
GCCTTCTTGAGTGGGAAATGGATAGAATCAAGTTCATTGACAACTCTACTCATTTGATCG
GTCTGAGCCTTGAGAGCTGCTGAAGTATCTGTTCCCACATTTATAGTCTCCAGAACAATC
TTTTTGCCCCTTTCAATGGCTTGATCAGTGTCATCCATCAAGGAGTTTCCTTTATTCATT
AGTTCTTGATTGGACATGTTTGAAGCAAGTAAGACATTCTCTTCCATGTGGTCTTCAGCA
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CGGTTAGTGTTGGCATCATTCCCACTTTCCAAGCTTTTGACTTCCCTATCGAAATCTTTA
ATAAGGCTCTTGCAGTCACGCATTTTATCAGTGAGCTCTTCGAGCTGCCTACTCTGCCTA
TTAGCATCTTTGATCTTCTCCAGCTTCTGGAATCCATTTGACAAAGCACGGAAGATGTCA
TTGATTTGTCCTTCGAGCTCAGCCAGCTCTTCGCTAACCGCCGATACATCCACCATCTCT
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CAAACCAAATCAACTCGCTCCCTCGTGTCGTGACCCTCGAACAGAACAAAACAATCGAAT
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TCATGTCGGACAATTTTTTTTCTCCA


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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C652JQ U 1
AF RR3BE60JQ U 93
AF RR3BE60TF C 315
AF RR3AQ92TF C 656
BS 1 177 RR3C652JQ
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BS 500 888 RR3BE60JQ
BS 889 1040 RR3BE60TF
BS 1041 1406 RR3AQ92TF

RD RR3C652JQ 500 0 0
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TGCAACTTCTCAAATGCGCAGCAGCCAAAAGCCATGGGAATAAAAAACTGGTTAATTTTC
TCAAGTGATGCGGTCTCATCTACAGCAACATGGACTTAATGGAAGGACCGAAAAGCCTGC
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CGCCTGTTCATGGCTGGGGGAGCTAGGCCTAGGCCAGGTATGTCACGGATGTCTTTGTTG
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AATGCCATAATACATTTATCCGTGGCAACCTGCCTACCAATTTCCTTGACCAGCTTGGAG
GCCTTCTTGAGTGAGAAAT
A

QA 1 499 1 499
DS 

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GACTTAATGGAAGGACCAAGAAGCCTGCCCAACGTAGCAGTATTATGAATGCATGAAATT
TTGTTTTCAGTAATGGTTCCAGAGTAAACGTCTGTTCATGGCTGGGGGAGCTAGGCCTAG
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TTCATTGACAACTCTACTCATTTGATCGGTCTGAGCCTTGAGAGCTGCTGAAGTATCTGT
TCCCACATTTATAGTCTCCAGAACAATCTTTTTGCCCCTTTCAATGGCTTGATCAGTGTC
ATCCATCAAGGAGTTTCCTTTATTCATTAGTTCTTGATTGGACATGTTTGAAGCAAGTAA
GACATTCTCTTCCATGTGGTCTTCAGCAGGTCCATCGAAAAGATCAACTCGCTTATTATT
GCTTGCCAGATTGGATGAATATTTCTTCTTGAGAGCAACATATGAGTTTAGTTCCTTAAC
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GCTTTTGACTTCCCTA

QA 1 796 1 796
DS 

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TTTATCCGTGGCAACCTGCCTACCAATTTCCTTGACCAGCTTGGAGGCCTTCTTGAGTGG
GAAATGGATAGAATCAAGTTCATTGACAACTCTACTCATTTGATCGGTCTGAGCCTTGAG
AGCTGCTGAAGTATCTGTTCCCACATTTATAGTCTCCAGAACAATCTTTTTGCCCCTTTC
AATGGCTTGATCAGTGTCATCCATCAAGGAGTTTCCTTTATTCATTAGTTCTTGATTGGA
CATGTTTGAAGCAAGTAAGACATTCTCTTCCATGTGGTCTTCAGCAGGTCCATCGAAAAG
ATCAACTCGCTTATTATTGCTTGCCAGATTGGATGAATATTTCTTCTTGAGAGCAACATA
TGAGTTTAGTTCCTTAACCATAGATTGACGTCTATCATTCAACATCCGGTTAGTGTTGGC
ATCATTCCCACTTTCCAAGCTTTTGACTTCCCTATCGAAATCTTTAATAAGGCTCTTGCA
GTCACGCATTTTATCAGTGAGCTCTTCGAGCTGCCTACTCTGCCTATTAGCATCTTTGAT
CTTCTCCAGCTTCTGGAATCCATTTGACAAAGCACGGAAGATGTCATTGATTTGTCCTTC
GAGCTC
CCT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3AQ92TF 751 0 0
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CAGCAGGTCCATCGAAAAGATCTACTCGCTTGTTATTGCTTGCCAGATTGGATGAATATT
TCTTCTTAAGAGCAACATATGAGTTTAGTTCCTTAACCATAGATTGACGTCTATCGTTCA
GCATCCGGTTAGTGTTGGCATCGTTCCCACTTTCCAAGCTTTTGACTTCCCTATCGAAAT
CTTTAATAAGGCTCTTGCAGTCACGCATTTTATCAGTGAGCTCTTCGAGCTGCCTACTCT
GCCTATTAGCATCTTTGATCTTCTCCAGCTTCTGGAATCCATTTGACAGAGCACGGAAGA
TGTCATTGATTTGTCCTTCGAGCTCAGCCAGCTCTTCGCTAACCGCCGATACATCCACCA
TCTCTCCCTTCTTTCAGATCCCACCTAACAATGTCCCCCCACAGATTAGATCCAGAAAGA
GGATCCAAACCAAATCAACTCGCTCCCTCGTGTCGTGACCCTCGAACAGAACAAAACAAT
CGAATCTCGATGTCAAGCTAATCGTAATATCCAATCCGTGGGGATGTTTTTATCTTCTTT
TTGTTCAGATCTAGGACCAATGTGGTTGTCTGAAATCGATAATGGAGAGACCGGAATCAA
AAATCACGAGCACGAAACTCTTATCCCTTACACGCAGATTTGTTTTTTTTATTACCTATT
TGGTTTCATGTCGGACAATTTTTTTTCTCCA

QA 1 751 1 751
DS 



AS 2 4

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ACAAGCCCTTCATCTGCACCATGGACTCCATTGGTGCCAAGGAGCTGGCTAAAGATTTTG
TTGTATCTGGAACTGCTTCAGAATCATTGTATGGTGCCTGCGAAGCAATGTACAAGCCTG
ATATGGAAGCGGAGGAACTGTTTGAGACGATATCGCAAGCGCTTCTCTCGTCAGTGGACC
GTGATTGTCTAAGTGGTTGGGGAGGCC


BQ
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AF RR3E849TF U 1
AF RR3E862TF U 1
BS 1 358 RR3E849TF
BS 359 627 RR3E862TF

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TTCGTGAAGAGAGAGACATGAAGCCTGACACTTTCGCCAGTCTCGTCTCTGCCATTCT
TT

QA 1 358 1 358
DS 

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GGAAGCCACCGTCGACTTTACTTACTCTCTCCTCCGTCTTAGATTTCTTCTCCGTTCCAA
ACCCTAATCTTCCGATGTCGATCTTCGAGTACAATGGAAGTGCAGTTGTAGCTATGGTAG
GGAAGAACTGCTTCGCCATCGCCAGTGATCGTAGGCTCGGTGTGCAGCTACAGACGATCG
CCACCGATTTTCAGAGAATCTCCAAGATCCACGATCGTGTCTTCATCGGACTCTCTGGTC
TCGCCACCGATGTCCAAACACTGTACCAGCGGTTGGTGTTTCGTCATAAGCTGTATCAGC
TTCGTGAAGAGAGAGACATGAAGCCTGACACTTTCGCCAGTCTCGTCTCTGCCATTCTTT
ACGAGAAGAGATTTGGTCCTTACTTATGCCAACCAGTGATTGCTGGCTTGGGAGAAGATG
ACAAGCCCTTCATCTGCACCATGGACTCCATTGGTGCCAAGGAGCTGGCTAAAGATTTTG
TTGTATCTGGAACTGCTTCAGAATCATTGTATGGTGCCTGCGAAGCAATGTACAAGCCTG
ATATGGAAGCGGAGGAACTGTTTGAGACGATATCGCAAGCGCTTCTCTCGTCAGTGGACC
GTGATTGTCTAAGTGGTTGGGGAGGCC

QA 1 627 1 627
DS 



CO CL1949Contig2 894 2 4 U
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CTCCGTTGGGAAAACTCCAAATCTCCACTCAAAGAACCCTAATCTTCCCGATGTCGATCT
TCGAGTACAATGGAAGTGCGGTTGTGGCTATGGTTGGGAAGAACTGCTTCGCCATCGCCA
GTGATCGTAGGCTCGGTGTGCAGCTCCAGACGATCGCCACCGATTTCCAGAGAATCTCCA
AGATCCACGACCGTGTCTTCATCGGCCTCTCTGGTCTCGCCACCGATGTCCAAACACTGT
ACCAGCGCTTGGTGTTTCGTCATAAGCTGTATCAGCTTCGCGAAGAGAGAGACATGAAGC
CTGAGACTTTCGCCAGTCTCGTCTCCGCCATTCTCTACGAGAAAAGATTTGGTCCTTACT
TATGCCAACCAGTTATTGCCGGTTTGGGAGAAGATGACAAGCCTTTCATCTGCACCATGG
ACTCCATTGGAGCTAAGGAGTTGGCTAAAGATTTTGTTGTATCTGGAACTGCTTCAGAAT
CACTTTATGGTGCCTGCGAAGCTATGTACAAGCCAGATATGGAAGCTGAGGAATTGTTCG
AGACTATTTCACAGCCACTTCTATCGTCAGTTGACCGTGATTGTCTGAGTGGGGTGGGGG
AGGGCATGTCTACGTTGTAACACCAACGGAGATTAAAGAGAGGATCCTAAAGGGAAGGAT
GGACTGATCCGACTCGCCACGCCATCATCATCTGCTTCCATCCAAGATGTTTTTCGCTGT
AATCCGGTTTAATCATAGAACCATTCAGTCTCTGATGTTATGTTATGACTTGTGGATGAA
GTTTGAATTTCCATCTCTTTGGATATTTTATTTTAATTCCTACTAGAGTTAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI77TF U 1
AF RR3GI77JQ C 113
BS 1 614 RR3GI77TF
BS 615 615 RR3GI77JQ
BS 616 683 RR3GI77TF
BS 684 894 RR3GI77JQ

RD RR3GI77TF 683 0 0
GGGAGGCCACCGTCGAGTTTATTTACTTTCTCTCTCTCTCTCCTCCGTCTCAGATTTCTT
CTCCGTTGGGAAAACTCCAAATCTCCACTCAAAGAACCCTAATCTTCCCGATGTCGATCT
TCGAGTACAATGGAAGTGCGGTTGTGGCTATGGTTGGGAAGAACTGCTTCGCCATCGCCA
GTGATCGTAGGCTCGGTGTGCAGCTCCAGACGATCGCCACCGATTTCCAGAGAATCTCCA
AGATCCACGACCGTGTCTTCATCGGCCTCTCTGGTCTCGCCACCGATGTCCAAACACTGT
ACCAGCGCTTGGTGTTTCGTCATAAGCTGTATCAGCTTCGCGAAGAGAGAGACATGAAGC
CTGAGACTTTCGCCAGTCTCGTCTCCGCCATTCTCTACGAGAAAAGATTTGGTCCTTACT
TATGCCAACCAGTTATTGCCGGTTTGGGAGAAGATGACAAGCCTTTCATCTGCACCATGG
ACTCCATTGGAGCTAAGGAGTTGGCTAAAGATTTTGTTGTATCTGGAACTGCTTCAGAAT
CACTTTATGGTGCCTGCGAAGCTATGTACAAGCCAGATATGGAAGCTGAGGAATTGTTCG
AGACTATTTCACAGGCACTTCTATCGTCAGTTGACCGTGATTGTCTGAGTGGGGTGGGGG
AGGGCATGTCTACGTTGTAACAC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3GI77JQ 782 0 0
GTCGATCTTCGAGTACAATGGAAGTGCGGTTGTGGCTATGGTTGGGAAGAACTGCTTCGC
CATCGCCAGTGATCGTAGGCTCGGTGTGCAGCTCCAGACGATCGCCACCGATTTCCAGAG
AATCTCCAAGATCCACGACCGTGTCTTCATCGGCCTCTCTGGTCTCGCCACCGATGTCCA
AACACTGTACCAGCGCTTGGTGTTTCGTCATAAGCTGTATCAGCTTCGCGAAGAGAGAGA
CATGAAGCCTGAGACTTTCGCCAGTCTCGTCTCCGCCATTCTCTACGAGAAAAGATTTGG
TCCTTACTTATGCCAACCAGTTATTGCCGGTTTGGGAGAAGATGACAAGCCTTTCATCTG
CACCATGGACTCCATTGGAGCTAAGGAGTTGGCTAAAGATTTTGTTGTATCTGGAACTGC
TTCAGAATCACTTTATGGTGCCTGCGAAGCTATGTACAAGCCAGATATGGAAGCTGAGGA
ATTGTTCGAGACTATTTCACAGCCACTTCTATCGTCAGTTGACCGTGATTGTCTGAGTGG
**TTGGGGAGGGCATGTCTACGTTGTAACACCAACGGAGATTAAAGAGAGGATCCTAAAG
GGAAGGATGGACTGATCCGACTCGCCACGCCATCATCATCTGCTTCCATCCAAGATGTTT
TTCGCTGTAATCCGGTTTAATCATAGAACCATTCAGTCTCTGATGTTATGTTATGACTTG
TGGATGAAGTTTGAATTTCCATCTCTTTGGATATTTTATTTTAATTCCTACTAGAGTTAA
CG

QA 1 782 1 782
DS 



AS 2 5

CO CL1950Contig1 882 3 7 U
GGTCTTAACGGGCCACTCTTTATAAAAAAGTAATTTGAAGTTACATACCACCATATTGGA
TACGAAACAAAAATCTAATTCTTACTACAAACGATCCATAGCTAAAACATTCATTACAAC
TTGAAAAGAAACCAAACATAAAAGAGACCCAGTAGTCATAATAGATCGATAATACCACAT
AGCACACATAATAAACGGGCAAACAAAGATGGAATCTTCAGATTTGCATAGCATCTTGTT
CGTCTTCTTCGCCATCAGCTTCAATAGGTTCGCTGAACATATACTGACTCTGATACTCGA
CAAGGTACTGCATCGATCTCCTCGCGTCCAAGAACAACCGATAAACCCTGTTGATATCCT
CAATCTCCACGACTTTCCCTCTCCGTTTCTGGCAAGACAACGCAGCAGCCGTGATCAGAT
GAATCGCATACCTCAGAGAAGTATCACGTCCGATCAAAGTCAAAAGCTGCTTGGCCTCCT
CGTTCATCTCGACGTCTTCTTCTTGGCAACGAATCTCCAAGATCTTCCTTATGTCTTCGT
CCGTGTAAGGCTGAGTCGTGATGATGAGGAGACGGTCGAGGAGGTCGATCGGGATCCCGT
GGGGTGATTTCTGGTTAGTCCCGCGGATTGTCGTGACTCCTCGGTTAGTTGCCACGACGA
GGATCGGTGACATTTCGTTCTCGAGGGCTCGGTTGAGGAACGAGAAGCATTCAATGTCGA
GCATGTGGACTTCGTCGATGAAGAGAACACCAGGAACTATCTCAGCTTTACCTTCTTCTC
TCCATTCCGCTACTTTTGTGTCGATTTGTTCACGAACTTCTGATCGGATCTCTCCAGTGT
CTCCCGTGAAAAGGGCTAGAAACCCTTGCGTCCTGCTGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D863JQ U 1
AF RR3BD44JQ U 62
AF RR3D863TF C 356
BS 1 142 RR3D863JQ
BS 143 143 RR3BD44JQ
BS 144 435 RR3D863JQ
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BS 441 831 RR3BD44JQ
BS 832 882 RR3D863TF

RD RR3D863JQ 440 0 0
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TACGAAACAAAAATCTAATTCTTACTACAAACGATCCATAGCTAAAACATTCATTACAAC
TTGAAAAGAAACCAAACATAAAGGAGACCCAGTAGTCATAATAGATCGATAATACCACAT
AGCACACATAATAAACGGGCAAACAAAGATGGAATCTTCAGATTTGCATAGCATCTTGTT
CGTCTTCTTCGCCATCAGCTTCAATAGGTTCGCTGAACATATACTGACTCTGATACTCGA
CAAGGTACTGCATCGATCTCCTCGCGTCCAAGAACAACCGATAAACCCTGTTGATATCCT
CAATCTCCACGACTTTCCCTCTCCGTTTCTGGCAAGACAACGCAGCAGCCGTGATCAGAT
GAATCGCATACCTCAAAGAA

QA 1 440 1 440
DS 

RD RR3BD44JQ 773 0 0
G
CGAAACAAAAATCTAATTCTTACTACAAACGATCCATAGTTAAAACATTCATTACAACTT
GAAAAGAAACCAAACATAAAAGAGACCCAGTAGTCATAATAGATCGATAATACCACATAG
CACACATAATAAACGGGCAAACAAAGATGGAATCTTCAGATTTGCATAGCATCTTGTTCG
TCTTCTTCGCCATCAGCTTCAATAGGTTCGCTGAACATATACTGACTCTGATACTCGACA
AGGTACTGCATCGATCTCCTCGCGTCCAAGAACAACCGATAAACCCTGTTGATATCCTCA
ATCTCCACGACTTTCCCTTTCCGTTTCTGGCAAGACAACGCAGCAGCCGTGATCAGATGA
ATCGCATACCTCAGAGAAGTATCACGTCCGATCAAAGTCAAAAGCTGCTTGGCCTCCTCG
TTCATCTCGACGTCTTCTTCTTGGCAACGAATCTCCAAGATCTTCCTTATGTCTTCGTCC
GTGTAAGGCTGAGTCGTGATGATGAGGAGACGGTCGAGGAGGTCGATCGGGATCCCGTGG
GGTGATTTCTGGTTAGTCCCGCGGATTGTCGTGACTCCTCGGTTAGTTGCCACGACGAGG
ATCGGTGACATTTCGTTCTCGAGGGCTCGGTTGAGGAACGAGAAGCATTCAATGTCGAGC
ATGTGGACTTCGTCGATGAAGAGAACACCAGGAACTATCTCAGCTTTACCTTCTTCTCTC
CATTCCGCTACTTTTGTGTCGATTTGTTCACGAACTTCTGATCGGATCT
TTC

QA 2 770 2 770
DS 

RD RR3D863TF 527 0 0
ATCCTCAATCTCCACGACTTTCCCTCTCCGTTTCTGGCAAGACAACGCAGCAGCCGTGAT
CAGATGAATCGCATACCTCAGAGAAGTATCACGTCCGATCAAAGTCAAAAGCTGCTTGGC
CTCCTCGTTCATCTCGACGTCTTCTTCTTGGCAACGAATCTCCAAGATCTTCCTTATGTC
TTCGTCCGTGTAAGGCTGAGTCGTGATGATGAGGAGACGGTCGAGGAGGTCGATCGGGAT
CCCGTGGGGTGATTTCTGGTTAGTCCCGCGGATTGTCGTGACTCCTCGGTTAGTTGCCAC
GACGAGGATCGGTGACATTTCGTTCTCGAGGGCTCGGTTGAGGAACGAGAAGCATTCAAT
GTCGAGCATGTGGACTTCGTCGATGAAGAGAACACCAGGAACTATCTCAGCTTTGCCTTC
TTCTCTCCATTCCGCTACTTTTGTGTCGATTTGTTCACGAACTTCTGATCGGATCTCTCC
AGTGTCTCCCGTGAAAAGGGCTAGAAACCCTTGCGTCCTGCTGTTGC

QA 1 527 1 527
DS 



CO CL1950Contig2 603 2 2 U
GGATCCGCGGGACGAACCAGAAATCACCCCACGGGATCCCGATCGATCTCCTCGACCGTC
TCCTCATCATCACAACTCAGCCTTACGCGGACGAGGACATAAGGAAGATCTTGGAGATTC
GTTGCCAAGAAGAGGACGTCGAGATGAACGAGGAGGCCAAGCAGCTTTTGACTTTGATCG
GACGTGATACTTCTCTGAGGTATGCGATTCATCTGATTACGGCCGCTGCGTTGTCTTGCC
AGAAACGGAAAGGGAAAGTCGTGGAGATTGAGGATATCAACAGAGTTTATCGATTGTTCT
TGGATGCGAGGAGATCGATGCAGTACCTCGTCGAGTATCAGAGTCAGTATATGTTTAGCG
AACCAGTCGAAGCTGATGGAGAAGAAGAAGACGAACAAGATGCTATGCAAATCTGAAGAT
TCCATCTTTGTTTGCCCGTTTATTATCTGTGCTATGTGGTGTTATCGATCTATTATGACT
CCGGGTCTCTTTTTTTTTTTTTGGTCAACTACTCCGGGTCTCTTTTATGTTTGGTTTCTT
TTCAAGTTGTAATGAATGTTTTAACTATGGATCGTTGTAGTAGGAATTAGATTTTTGTTT
CGC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR3G146JQ C 1
AF RR3G146TF U 1
BS 1 2 RR3G146JQ
BS 3 603 RR3G146TF

RD RR3G146JQ 603 0 0
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CCGGGTCTCTTTTTTTTTTTTTGGTCAACTACTCCGGGTCTCTTTTATGTTTGGTTTCTT
TTCAAGTTGTAATGAATGTTTTAACTATGGATCGTTGTAGTAGGAATTAGATTTTTGTTT
CGC

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3G146TF 603 0 0
GG
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CGTGATACTTCTCTGAGGTATGCGATTCATCTGATTACGGCCGCTGCGTTGTCTTGCCAG
AAACGGAAAGGGAAAGTCGTGGAGATTGAGGATATCAACAGAGTTTATCGATTGTTCTTG
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CCAGTCGAAGCTGATGGAGAAGAAGAAGACGAACAAGATGCTATGCAAATCTGAAGATTC
CATCTTTGTTTGCCCGTTTATTATCTGTGCTATGTGGTGTTATCGATCTATTATGACTCC
GGGTCTCTTTTTTTTTTTTTGGTCAACTACTCCGGGTCTCTTTTATGTTTGGTTTCTTTT
CAAGTTGTAATGAATGTTTTAACTATGGATCGTTGTAGTAGGAATTAGATTTTTGTTTCG
C

QA 3 603 3 603
DS 



AS 1 5

CO CL1951Contig1 765 5 8 U
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TATGCATATCTTTAGTCGTCTTCTTTGTATTCTCTGTGAATGTTGCCAGTGACGAGGGCT
ACCAGAGAGCGGTACCTACGGAAGATAAAACGACTACGGTTTGGTTCTCTAGGATCAAAC
AGTCTGGTAATGATTACTGGGCGAAACTCAAAGAGAGTTTAGGTCGTGGTCACGCCCGCT
TTTTTCCTCCAAACATAGATTTTAGAGGAAAGGATGATCCATCAATGGGAGCCGGAGGAA
AGATGAAAGAGGCGGTCACAAGGAGCTTCGAGCATAGTAAAGATACGGTGGAGGAAGTTG
CCAGATCAGCAGCGGAGGTGGCGTGTGATGCGGCAGAAGCGGTTAAAGAAAAGGTGAAGA
GGAGCTTTTCCGCCAGCGAGACGACGCAGCAGCACTCGGATGGTTCTGATGAGCTCTAAA
TACGTCGTGTCATTCTAGCTCATGTGCTTGTTTGATTTCTTTGTCGACCCGGGTGTTTTT
TT*CCTCTAAATAGTATATACACAACAACCACGTCACATGGGGGATTTGAGATATGTTAT
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TTTCTTTTTCTTTTTCTTTTCACCAAAATATCTATCTGTGACCCAACACATCCATCTATA
CATAAAGGCGTGGAAATCATTATAAAAATGAGAATTACAAAGACC


BQ
10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3DY05TF U 2
AF RR3FB07TF U 2
AF RR3B373JQ C 1
AF RR3DY05JQ C 61
AF RR3B373TF U 1
BS 1 2 RR3B373JQ
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RD RR3DY05TF 505 0 0
G
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TCTGGTAATGATTACTGGGCGAAACTCAAAGAGAGTTTAGGTCGTGGTCACGCCCGCTTT
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CGTCGTGTCATTCTAGCTCATGTG

QA 2 505 2 505
DS 

RD RR3FB07TF 698 0 0
G
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TGCATATCTTTAGTCGTCTTCTTTGTATTCTCTGTGAATGTTGCCAGTGACGAGGGCTAC
CAGAGAGCGGTACCTACGGAAGATAAAACGACTACGGTTTGGTTCTCTAGGATCAAACAG
TCTGGTAATGATTACTGGGCGAAACTCAAAGAGAGTTTAGGTCGCGGTCACGCCCGCTTT
TTTCCTCCAAACATAGATTTTAGAGGAAAGGATGATCCATCAATGGGAGCCGGAGGAAAG
ATGAAAGAGGCGGTCACAAGGAGCTTCGAGCATAGTAAAGATACGGTGGAGGAAGTTGCC
AGATCAGCAGCGGAGGTGGCGTGTGATGCGGCAGAAGCGGTTAAAGAAAAGGTGAAGAGG
AGCTTTTCCGCCAGCGAGACGACGCAGCAGCACTCGGATGGTTCTGATGAGCTCTAAATA
CGTCGTGTCATTCTAGCTCATGTGCTTGTTTGATTTCTTTGTCGACCCGGGTGTTTTTTT
*CCTCTAAATATTATATACACAACAACCACGTCACATGGGGGATTTGAGATATGTTATAT
TCAAATAGGTATAGAGTTATGGTTCTGGCCTCAACCATGGACTCACAAATATCTTTCTTT
TCTTTTTCTTTTTCTTTTCACCAAAATATCTATCTGT

QA 2 698 2 698
DS 

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TTTTTCCTCCAAACATAGATTTTAGAGGAAGGGATGATCCATCAATGGGAACCGGAGGAA
AGATGAAAGAGGCGGTCACAAGGAGCTTCGAGCATAGTAAAGATACGGTGGAGGAAGTTG
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GGAGCTTTTCCGCCAGCGAGACGACGCAGCAGCACTCGGATGGTTCTGATGAGCTCTAAA
TACGTCGTGTCATTCTAGCTCATGTGCTTGTTTGATTTCTTTGTCGACCCGGGTGTTTTT
TT*CCTCTAAATAGTATATACACAACAACCACGTCACATGGGGGATTTGAGATATGTTAT
ATTCAAATAGGTATAGAGTTATGGTTCTGGCCTCAACCATGGACTCACAAATATCTTTCT
TTTCTTTTTCTTTTTCTTTTCACCAAAATATCTATCTGTGACCCAACACATCCATCTATA
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QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3DY05JQ 705 0 0
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ACCAGAGAGCGGTACCTACGGAAGATAAAACGACTACGGTTTGGTTCTCTAGGATCAAAC
AGTCTGGTAATGATTACTGGGCGAAACTCAAAGAGAGTTTAGGTCGTGGTCACGCCCGCT
TTTTTCCTCCAAACATAGATTTTAGAGGAAAGGATGATCCATCAATGGGAGCCGGAGGAA
AGATGAAAGAGGCGGTCACAAGGAGCTTCGAGCATAGTAAAGATACGGTGGAGGAAGTTG
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GGAGCTTTTCCGCCAGCGAGACGACGCAGCAGCACTCGGATGGTTCTGATGAGCTCTAAA
TACGTCGTGTCATTCTAGCTCATGTGCTTGTTTGATTTCTTTGTCGACCCGGGTGTTTTT
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ATTCAAATAGGTATAGAGTTATGGTTCTGGCCTCAACCATGGACTCACAAATATCTTTCT
TTTCTTTTTCTTTTTCTTTTCACCAAAATATCTATCTGTGACCCAACACATCCATCTATA
CATAAAGGTGTGGAAATCATTATAAAAATGAGAATTACAAAGACC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3B373TF 765 0 0
GT
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TGCATATCTTTAGTCGTCTTCTTTGTATTCTCTGTGAATGTTGCCAGTGACGAGGGCTAC
CAGAGAGCGGTACCTACGGAAGATAAAACGACTACGGTTTGGTTCTCTAGGATCAAACAG
TCTGGTAATGATTACTGGGCGAAACTCAAAGAGAGTTTAGGTCGTGGTCACGCCCACTTT
TTTCCTCCAAACATAGATTTTAGAGGAAGGGATGATCCATCAATGGGAACCGGAGGAAAG
ATGAAAGAGGCGGTCACAAGGAGCTTCGAGCATAGTAAAGATACGGTGGAGGAAGTTGCC
AGATCAGCAGCGGATGTGGCGTGTGATGCGGCAGAAGCGGTTAAAGAAAAGGTTAAGAGG
AGCTTTTCCGCCAGCGAGACGACGCAGCAGCACTCGGATGGTTCTGATGAGCTCTAAATA
CGTCGTGTCATTCTAGCTCATGTGCTTGTTTGATTTCTTTGTCGACCCGGGTGTTTTTTT
*CCTCTAAATAGTATATACACAACAACCACGTCACATGGGGGATTTGAGATATGTTATAT
TCAAATAGGTATAGAGTTATGGTTCTGGCCTCAACCATGGACTCACAAATATCTTTCTTT
TCTTTTTCTTTTTCTTTTCACCAAAATATCTATCTGTGACCCAACACATCCATCTATACA
TAAAGGCGTGGAAATCATTATAAAAATGAGAATTACAAAGACC

QA 3 765 3 765
DS 



AS 1 4

CO CL1952Contig1 1166 4 7 U
CACCATCCAAACTGGACCACACTGATATAGGGAAGCACTACTGAAAAGTCTGATCCATCA
GTCATCAACAACACACACCAAACACAAGTCCCCAGTTTAACTTAAAACATTATTTTATAA
AGATGGAAGATTCATTACTTAAAACCACACTCATTCTCTTGAGCTCTTTCCCTTACTCCT
CATTCGTCATCATCATCATCATCATCTTCCTTCTTCAAACGAGTCTCACCACCTTCCTTA
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TACCCCGTCCCTTTACCACGAATCATATCCCAAAGCGCAGACCCAAAGTCCTTCGGCCTA
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ATCTCCCCGCGCTTCTCCAAGGGCAACGTCAGCCTCCCGAAGACAGACACGTCGACGATG
AGATCGACTTTGATCCTGTAAGGAATGATCATCCCGGGGTTGATGTCGTTGTAAGTGCTC
TTAATGTCTTCGTAGATGAGAGTCAGGGGGATCTTGACGGTCTCTTCCCCGTGGGCCTTG
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CCCCTGTCGATGATTTCCACTTTGTTCTCGGATGTTGACATAGCTAGAGAGAGTTGGATG
AATGTGAGTCGCAGACAGAGAGACCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3FA74JQ U 1
AF RR3FA74TF C 3
AF RR3AS08JQ U 80
AF RR3AS08TF C 362
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C

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C

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DS 



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BQ
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AF RR3BO24JQ U 1
AF RR3BO24TF C 1
AF RR3FD06JQ U 61
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AGTATGACGAAAGTAGTACGTAGGTTTCTATCCAGTCTGTGGATAAACCAAGT**CTCAC
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CATAACTTCAAAAAAACTATTACATTCCAGTGAATGCCTTCTTTGCAAAGGCAGATGCGC
CGGCTGGGATCACCTTCAACACATTGAACCTCACGGTCTTTGACAACGGCCTGCATTGGC
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CAATGATGGTTCTCTGCATCTTGGCACTGTGGCAAGTACCAGCTAAAATACGTCCTCTCA
CAGAGACAGTTCCAGTGAATGGACATTTCTTGTCAATGTAATGTCCGTCAATGG

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR3BO24TF 723 0 0
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AGTATGACGAAAGTAGTACGTAGGTTTCTATCCAGTCTGTGGATAAACCAAGT**CTCAC
GCGAGAGGGATCAACAAACAAAACATTCTGAAACATAAAAACGAAACAAAGAAATT*CTC
CATAACTTCAAAAAAACTATTACATTCCAGTGAATGCCTTCTTTGCAAAGGCAGATGCGC
CGGCTGGGATCACCTTCAACACATTGAACCTCACGGTCTTTGACAACGGCCTGCATTGGC
CAATGATGACATGATCACCTTCTTTGACACGGAAGCAGGGTGAGACATGGGCTGGGATGT
TGGAATGCCTCTTCTCGTATCTTTGATACTTCTTGACGAAGTGGTGATAGTTTCTGCGAA
CAATGATGGTTCTCTGCATCTTGGCACTGTGGCAAGTACCAGCTAAGATACGTCCTCTCA
CAGAGACAGTTCCAGTGAATGGACATTTCTTGTCAATGTAATGTCCGTCAATGGCATCGC
GGGGAGTCTTGAAACCCAAACCAATGTTCTTCCAGAAACGGTTTCCACCTTTGCCAGGCC
TCTTTCCTTTCCCTGATTTCTTCGAGCTTAGGAACACCTTTGGTTGCTTCAGAAATGCCT
TCTCAGTCTGTTCCGCCATGGCTACTGGTTGCTCCTCCTGCTCCTGCTGCT
CTCCACCGATCC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3FD06JQ 687 0 0
CAA
ATGAAGAAAGTAGTACGTAGGTTTCTATTCAGTCTGCGGATAAACCAAGTCACTCACACA
AGAAGGATCAACAAACAAAACATTCTGAAACATAAAAACGAAACAAAGAAATTTCTCCAT
AACTTCAAAAA**CTATTACATTCCAGTGAATGCCTTCTTTGCAAAGGCAGATGCGCCTG
CTGGGATCACCTTCAGCACATTGAACCTCACGGTCTTTGACAACGGCCTGCATTGGCCAA
CGATGACATGATCGCCTTCTTTGACACGGAAGCAGGGTGAGACATGGGCAGGGATGTTGG
AATGCCTATTCTCATATCTTTGATACTTCTTGACGAAGTGGAGATAGTTTCTGCGAACAA
TGATGGTTCTCTGCATCTTGGCACTGTGGCAAGTACCAGCTAAAATACGTCCTCTCACAG
ACACAGTTCCAGTGAACGGACATTTCTTGTCAATGTAATGTCCTTCAATGGCATCGCGGG
GAGTCTTGAAACCCAAACCAATGTTCTTCCAGAAACGGTTTCCACCTTTGCCAGGCCTCT
TTCCTTTCCCTGATTTCTTCGAGCTTAGGAACACCTTTGGTTGCTTTAGAAATGCCTTCT
CAGTCTGTTCCGCCATGGCTTCTGGTTGCTCCTCCTGCTGCTGCTGCTCTCGCTGATTGA
GGCAAAATGAGATGTAAAAGAGAT

QA 4 687 4 687
DS 



AS 1 5

CO CL1954Contig1 778 5 7 U
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TTAAAGTTTCGCAACTCAGGTGCTTTGGTCTGTAAAACAAAACTAAACATTCAAAAGATG
ATAATGACGAGAATATACTCTGTCTATTCCTCTTCAACAATCTTGCTCTTCTCGCTTACA
TAGATACCATCAAGGAACTTCCTGATATCCTTCTTCTTTACGTGACATTTCTGGTTGATA
AGAGCACAAGACCTCGACACAAGCTCGATGTCGTTACCATCAAGAACAATCTCATCCTTC
ACTTTCTCAGACCGAACAATGGTTACACCGTCCAACATCTCCACCTTCCTCACCTTCTTC
TCACCAAGGAAGTTACGGATCTCGATAGACTTGCCCTCACCACCGATGGAAGCGTTGATG
GGAAAATGAGCGTAGACGAACCTCATCTTGTAACGGAAACCCCTCGTAACACCGGTGATG
AGGTTATCGACGTGGCTGAGAGCGGTTCTGATAGATGCGCTTGATTTGCGAGATCCAAAC
CACGAATCGATCTTGAGCTTCCTCTTCCCACTCTCGGCGTCCTTGATGAGCTGGAAATCG
AGGTTCAGATGCTTGAAGTCGCGAACAAGTTTGCCGCGTGGCCCTTCCACTTCGATCACC
TTGGCGT*AACCTTGATGGTAATGCCTTCGGGGATGTCCATCGTCTCGGAAGAAAGGATC
GTCTTCATCGTCTCCTCACTTTTCTTACTCGCTCACACTCCGCTTTCGTCTTACTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP63JQ U 1
AF RR3B051JQ U 7
AF RR3B051TF C 1
AF RR3GO93TF C 57
AF RR3GO93JQ U 1
BS 1 6 RR3B051TF
BS 7 601 RR3EP63JQ
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RD RR3EP63JQ 601 0 0
GGGTCT
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QA 7 601 7 601
DS 

RD RR3B051JQ 664 0 0
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TTTCGCAACTCAGGGGCTTTGGTCTGTAAAACAAAACTAAACATTCAAAAGATGATAATG
ACGAGAATATACTCTGTCTATTCCTCTTCAACAATCTTGCTCTTCTCGCTTACATAGATA
CCATCAAGGAACTTCCTGATATCCTTCTTCTTTACGTGACATTTCTGGTTGATAAGAGCA
CAAGACCTCGACACAAGCTCGATGTCGTTACCATCAAGAACAATCTCATCCTTCACTTTC
TCAGACCGAACAATGGTTACACCGTCCAACATCTCCACCTTCCTCACCTTCTTCTCACCA
AGGAAGTTACGGATCTCGATAGACTTGCCCTCACCACCGATGGAAGCGTTGATGGGAAAA
TGAGCGTAGACGAACCTCATCTTGTAACGGAAACCCCTCGTAACACCGGTGATGAGGTTA
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T
TAA

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3B051TF 778 0 0
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ATAATGACGAGAATATACTCTGTCTATTCCTCTTCAACAATCTTGCTCTTCTCGCTTACA
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AGAGCACAAGACCTCGACACAAGCTCGATGTCGTTACCATCAAGAACAATCTCATCCTTC
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TCACCAAGGAAGTTACGGATCTCGATAGACTTGCCCTCACCACCGATGGAAGCGTTGATG
GGAAAATGAGCGTAGACGAACCTCATCTTGTAACGGAAACCCCTCGTAACACCGGTGATG
AGGTTATCGACGTGGCTGAGAGCGGTTCTGATAGATGCGCTTGATTTGCGAGATCCAAAC
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GTATTCATCGTCTCCTCACTTTTCTTACTCGCTCACACCCTGCTTTCGTCTTACTCCC

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3GO93TF 718 0 0
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GATGATAATGACGAGAATATAGTCTGTCTATTCCTCTTCGACAATTTTGCTCTTCTCGCT
TACATAGATACCATCAAGGAACTTCCTGATATCCTTCTTCTTTACGTGACATTTCTGGTT
GATAAGGGCACAAGACCTCGACACAAGCTCGATGTCGTTACCATCAAGAACAATCCCATC
CTTAACTTTCTCAGACCGAACAATGGTTACACCGACCAACATATCCACCTTTCTAACCTT
CTTCTCACCAAGGAAGTTACGGATCTCGATAGACTTGCCCTCACCACCGATGGAAGCGTT
GATGGGAAAATGAGCGTAGACGAACCTCATCTTGTAACGGAAACCCCTCGTGACACCGGT
GATGAGGTTATCGACGTGGCTGAGAGCGGTTCTGATAGACGCGCTTGATTTGCGAGATCC
AAACCAGGAATCGATCTTGAGCTTCCTCTTCCCACTCTCGGCGTCCTTGATGAGCTGGAA
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CACCTTGGCGT*AACCTTGATGGTAATGCCTTCGGGGATGTCCATCGTCTCGGAAGAAAG
GATCGTCTTCATCGTCTCCTCACTTTTCTTACTCGCTCACACTCCGCTTTCGTCTT
CC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3GO93JQ 772 0 0
GGGTCT
CCAAAAACTTGTCAAGTAAATAAAAATCTCGAACAGAAAGGAACAAAGGACAAGTTAAAG
TTTCGCGACACAGGTGCTTTGGTCTGTAAAACAAAACTAAACATTCAAAAGATGATAATG
ACGAGAATATAGTCTGTCTATTCCTCTTCGACAATTTTGCTCTTCTCGCTTACATAGATA
CCATCAAGGAACTTCCTGATATCCTTCTTCTTTACGTGACATTTCTGGTTGATAAGGGCA
CAAGACCTCGACACAAGCTCGATGTCGTTACCATCAAGAACAATCCCATCCTTAACTTTC
TCAGACCGAACAATGGTTACACCGACCAACATATCCACCTTTCTAACCTTCTTCTCACCA
AGGAAGTTACGGATCTCGATAGACTTGCCCTCACCACCGATGGAAGCGTTGATGGGAAAA
TGAGCGTAGACGAACCTCATCTTGTAACGGAAACCCCTCGTGACACCGGTGATGAGGTTA
TCGACGTGGCTGAAAGCGGTTCTGATAGACGCGCTTGATTTGCGAGATCCAAACCAGGAA
TCGATCTTGAGCTTCCTCTTCCCACTCTCGGCGTCCTTGATGAGCTGGAAATCGAGGTTC
AGATGCTTGAAGTCGCGAACAAGTTTGCCGCGTGGCCCTTCCACTTCGATCACCTTGGCG
T*AACCTTGATGGTAATGCCTTCGGGGATGTCCATCGTCTCGGAAGAAAAGATCGTCTTC
ATCGTCTCCTCACTTTTCTTACTCGCTCACACTCCGCTTTCGTCTT

QA 7 772 7 772
DS 



AS 1 5

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AGATTCACGGTGTTGATTGCGGCAGTGGTACTGGCCATTGTAGTGGCGGTGCCTGAAGTA
ACTGCGAAGAAGTACACAGTCGGCGAGAACAAGTTTTGGAACCCCAACATCAACTATACC
ATTTGGGCTCAGGGAAAGCATTTCTACCTCGGAGACTGGCTCTATTTCGTGTTCGACAGG
AACCAACACAACATTCTTGAAGTAAACAAGACCGACTACGAAAACTGTAACGCCGACCAT
CCTCTCGTAAACTGGACGCGTGGAGCTGGGAGAGACATTGTCACTCTCAACGTGACCAAA
CATTACTATCTTCTCGACGGAAAGGGTGGCTGTTACGGCGGCATGAAGCTCGCTGTTAAA
GTCGAGAAGCTTCCTCCTCCACCGAAAGCGGCACCTGTCAAGAGCATTGGTTCAGTTTCC
ATGGCCACTGGTGTTGCTCAGTTCGTGATCCCGTTTGCTCTTTTCTCTGTTTCCCCGGTG
TGGGACGCCATCTTAAGGATGTGGTAAATGACCAATGCTCGGTCCGAGTCGGACCTCTTT
AGTTGGAATCCATTTTCGAGTTTAAAGAAACATCAAATTCTTTTTCAGGGAAAGCATTTT
TAAGTTAGAAAGTTCATCAGCTGAGTTTATGTTTGTAATGTTGGATTGTTGGTTTTTAAT
CTTTTGTTTTGTATGTCTCTTTGAAATCATTGTTGAAAAAATGTTGTATTTTGATTTACT
TGAGATTGATTACATTTAATT


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 5 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CC56TF U 1
AF RR3AN57TF U 2
AF RR3AS11TF U 11
AF RR3AS11JQ C 145
AF RR3AN57JQ C 2
BS 1 496 RR3CC56TF
BS 497 497 RR3AN57TF
BS 498 711 RR3CC56TF
BS 712 713 RR3AN57TF
BS 714 749 RR3AS11TF
BS 750 801 RR3AN57JQ

RD RR3CC56TF 711 0 0
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AGATTCACGGTGTTGATTGCGGCAGTGGTACTGGCCATTGTAGTGGCGGTGCCTGAAGTA
ACTGCGAAGAAGTACACAGTCGGCGAGAACAAGTTTTGGAACCCCAACATCAACTATACC
ATTTGGGCTCAGGGAAAGCATTTCTACCTCGGAGACTGGCTCTATTTCGTGTTCGACAGG
AACCAACACAACATTCTTGAAGTAAACAAGACCGACTACGAAAACTGTAACGCCGACCAT
CCTCTCGTAAACTGGACGCGTGGAGCTGGGAGAGACATTGTCACTCTCAACGTGACCAAA
CATTACTATCTTCTCGACGGAAAGGGTGGCTGTTACGGCGGCATGAAGCTCGCTGTTAAA
GTCGAGAAGCTTCCTCCTCCACCGAAAGCGGCACCTGTCAAGAGCATTGGTTCAGTTTCC
ATGGCCACTGGTGTTGTTCAGTTCGTGATCCCGTTTGCTCTTTTCTCTGTTTCCCCGGTG
TGGGACGCCATCTTAAGGATGTGGTAAATGACCAATGCTCGGTCCGAGTCGGACCTCTTT
AGTTGGAATCCATTTTCGAGTTTAAAGAAACATCAAATTCTTTTTCAGGGAAAGCATTTT
TAAGTTAGAAAGTTCATCAGCTGAGTTTATGTTTGTAATGTTGGATTGTTG

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3AN57TF 712 0 0
GG
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTTTAGACAGAGAGAGAGAAAAAAATGGCGAGA
TTCACGGTGTTGATTGCGGCAGTGGTACTGGCCATTGTAGTGGCGGTGCCTGAAGTAACT
GCGAAGAAGTACACAGTCGGCGAGAACAAGTTTTGGAACCCCAACATCAACTATACCATT
TGGGCTCAGGGAAAGCATTTCTACCTCGGAGACTGGCTCTATTTCGTGTTCGACAGGAAC
CAACACAACATTCTTGAAGTAAACAAGACCGACTACGAAAACTGTAACGCCGACCATCCT
CTCGTAAACTGGACGCGTGGAGCTGGGAGAGACATTGTCACTCTCAACGTGACCAAACAT
TACTATCTTCTCGACGGAAAGGGTGGCTGTTACGGCGGCATGAAGCTCGCTGTTAAAGTC
GAGAAGCTTCCTCCTCCACCGAAAGCGGCACCTGTCAAGAGCATTGGTTCAGTTTCCATG
GCCACTGGTGTTGCTCAGTTCGTGATCCCGTTTGCTCTTTTCTCTGTTTCCCCGGTGTGG
GACGCCATCTTAAGGATGTGGTAAATGACCAATGCTCGGTCCGAGTCGGACCTCTTTAGT
TGGAATCCATTTTCGAGTTTAAAGAAACATCAAATTCTTTTTCAGGGAAAGCATTTTTAA
GTTAGAAAGTTCATCAGCTGAGTTTATGTTTGTAATGTTGGATTGTTGGT

QA 3 712 3 712
DS 

RD RR3AS11TF 746 0 0
GGG
GAGAGAGAGAGAGAGAGTTTTAGACAGAGAGAGAGAAAAAAATGGCGAGATTCACGGTGT
TGATTGCGGCAGTGGTACTGGCCATTGTAGTGGCGGTGCCTGAAGTAACTGCGAAGAAGT
ACACAGTCGGCGAGAACAAGTTTTGGAACCCCAACATCAACTGTACCATTTGGGCTCAGG
GAAAGCATTTCTACCTCGGAGACTGGCTCTATTTCGTGTTCGACAGGAACCAACACAACA
TTCTTGAAGTAAACAAGACCGACTACGAAAACTGTAACGCCGACCATCCTCTCGTAAACT
GGACGCGTGGAGCTGGGAGAGACATTGTCACTCTCAACGTGACCGAACATTACTATCTAC
TCGACGGAAGGGGTGGCTGTTACGGCGGCATGAAGCTCGCTGTTAAAGTCGAGAAGCTTC
CTCCTCCACCGAAAGCGGCACCTGTCAAGAGCATTGGTTCAGTTTCCATGGCCACTGGTG
TTGCTCAGTTCGTGATCCCGTTTGCTCTTTTCTCTGTTTCCACGGTGTGGGACGCCATCT
TAAGGATGTGGTAAATGACCAATGCTCGGTCCGAGTCGGACCTCTTTAGTTGGAATCCAT
TTTCGAGTTTAAAGAAACATCAAATTCTTTTTCAGGGAAAGCATTTTTAAGTTAGAAAGT
TCATCAGCTGAGTTTATGTTTGTAGTGTTGGATTGTTGGTTTTTAATCTTTTGTTTTGTA
TGTCTCTTTGAAATCA
ATTGTTG

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DS 

RD RR3AS11JQ 608 0 0
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TACCTCGGAGACTGGCTTTATTTTGTGTTCGACAGGAACCAACACAACATTCTTGAAGTA
AACAAGACCGACTACGAAAACTGTAACGCCGACCATCCTTTTGTAAACTGGACGCGTGGA
GCTGGGAGAGACATTGTCACTTTCAACGTGACCGAACATTACTATTTACTTGACGGAAGG
GGTGGCTGTTACGGCGGCATGAAGCTCGCTGTTAAAGTCGAGAAGCTTCCTCCTCCACCG
AAAGCGGCACCTGTCAAGAGCATTGGTTCAGTTTCCATGGCCACTGGTGTTGCTCAGTTC
GTGATCCCGTTTGCTTTTTTTTCTGTTTCCACGGTGTGGGACGCCATTTTAAGGATGTGG
TAAATGACCAATGCTCGGTCCGAGTCGGACCTCTTTAGTTGGAATCCATTTTCGAGTTTA
AAGAAACATCAAATTTTTTTTCAGGGAAAGCATTTTTAAGTTAGAAAGTTCATCAGCTGA
GTTTATGTTTGTAGTGTTGGATTGTTGGTTTTTAATCTTTTGTTTTGTATGTCTCTTTGA
AATCA
ATT

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3AN57JQ 800 0 0
GG
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGTTTTAGACAGAGAGAGAGAAAAAAATGGCGAGA
TTCACGGTGTTGATTGCGGCAGTGGTACTGGCCATTGTAGTGGCGGTGCCTGAAGTAACT
GCGAAGAAGTACACAGTCGGCGAGAACAAGTTTTGGAACCCCAACATCAACTATACCATT
TGGGCTCAGGGAAAGCATTTCTACCTCGGAGACTGGCTCTATTTCGTGTTCGACAGGAAC
CAACACAACATTCTTGAAGTAAACAAGACCGACTACGAAAACTGTAACGCCGACCATCCT
TTCGTAAACTGGACGCGTGGAGCTGGGAGAGACATTGTCACTCTCAACGTGACCAAACAT
TACTATCTTCTCGACGGAAAGGGTGGCTGTTACGGCGGCATGAAGCTCGCTGTTAAAGTC
GAGAAGCTTCCTCCTCCACCGAAAGCGGCACCTGTCAAGAGCATTGGTTCAGTTTCCATG
GCCACTGGTGTTGCTCAGTTCGTGATCCCGTTTGCTCTTTTCTCTGTTTCCCCGGTGTGG
GACGCCATCTTAAGGATGTGGTAAATGACCAATGCTCGGTCCGAGTCGGACCTCTTTAGT
TGGAATCCATTTTCGAGTTTAAAGAAACATCAAATTCTTTTTCAGGGAAAGCATTTTTAA
GTTAGAAAGTTCATCAGCTGAGTTTATGTTTGTAATGTTGGATTGTTGGTTTTTAATCTT
TTGTTTTGTATGTCTCTTTGAAATCATTGTTGAAAAAATGTTGTATTTTGATTTACTTGA
GATTGATTACATTTAATT

QA 3 800 3 800
DS 



AS 2 5

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TAAACTAAATAGCAACCAGTTAATTCAGTAGTAATTGTGCTTCTTGTCATAGAACCACAC
ACACACATATCTATTTAGCTGAAGCACTAGATGTGCCTGTATATCCATGTCGCAAGTATG
CCTTTATAGTATGTATTACATAAACAACATTTCTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3BN89TF U 1
AF RR3BU33TF U 1
BS 1 395 RR3BN89TF

RD RR3BN89TF 395 0 0
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TAAACTAAATAGCAACCAGTTAATTCAGTAGTAATTGTGCTTCTTGTCATAGAACCACAC
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CCTTTATAGTATGTATTACATAAACAACATTTCTG

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR3BU33TF 395 0 0
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GCGGCTAGTTCCTTACATACGAACTGTTGGCCAAGAGAGCGGAGGAGACGATGATGACGA
CGACAAAGACGTGGCTCCGGCGGCTTGATCATGTGCATTTTACCGCATATATGCTATTTA
TAAACTAAATAGCAACCAGTTAATTCAGTAGTAATTGTGCTTCTTGTCATAGAACCACAC
ACACACATATCTATTTAGCTGAAGCACTAGATGTGCCTGTATATCCATGTCGCAAGTATG
CCTTTATAGTATGTATTACATAAACAACATTTCTG

QA 1 395 1 395
DS 



CO CL1956Contig2 507 3 2 U
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TAAAAATGGCAGTGATGAGTCACAACAAAGCAGAAGGCAGGCTATACGAGTCAACTCAGA
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ACGACAAAGACGTGGCTCCGGCGGCTTGATCATGTGCATTTTACCGTATATATGCTATTT
ATAAACTAAATAGCAACCAGTTAATTCAGTAGTAATTGTGCTTCTTGTCACAGAACCACA
CACACATATCTATTTAGCTGAAGCCCTAGATGTGCCTGTATATCCATGTCGCAAGCAGGC
CTTTATAGTATGTATTACATAAACAACATTTCTGACTCTGCAGTGTTGAGAGGTTTAGCT
AGCTTTAAGTAATAATATAGTGTATCGTGTGTCACTTACTTATGAATGATGAAATAATAT
TACATTATATACACCATATTTGTGTCC


BQ
20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD37JQ C 1
AF RR3FD37TF U 1
AF RR3AX35TF U -1
BS 1 483 RR3FD37TF
BS 484 507 RR3AX35TF

RD RR3FD37JQ 483 0 0
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TAAAAATGGCAGTGATGAGTCACAACAAAGCAGAAGGCAGGCTATACGAGTCAACTCAGA
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ACGACAAAGACGTGGCTCCGGCGGCTTGATCATGTGCATTTTACCGTATATATGCTATTT
ATAAACTAAATAGCAACCAGTTAATTCAGTAGTAATTGTGCTTCTTGTCACAGAACCACA
CACACATATCTATTTAGCTGAAGCCCTAGATGTGCCTGTATATCCATGTCGCAAGCAGGC
CTTTATAGTATGTATTACATAAACAACATTTCTGACTCTGCAGTGTTGAGAGGTTTAGCT
AGCTTTAAGTAATAATATAGTGTATCGTGTGTCACTTACTTATGAATGATGAAATAATAT
TAC

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR3FD37TF 483 0 0
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TAAAAATGGCAGTGATGAGTCACAACAAAGCAGAAGGCAGGCTATACGAGTCAACTCAGA
CTCGGCTAGTTCCTTACATACGAACTGTTGGCCAAGAGAGCGGAGGAGACGATGATGACG
ACGACAAAGACGTGGCTCCGGCGGCTTGATCATGTGCATTTTACCGTATATATGCTATTT
ATAAACTAAATAGCAACCAGTTAATTCAGTAGTAATTGTGCTTCTTGTCACAGAACCACA
CACACATATCTATTTAGCTGAAGCCCTAGATGTGCCTGTATATCCATGTCGCAAGCAGGC
CTTTATAGTATGTATTACATAAACAACATTTCTGACTCTGCAGTGTTGAGAGGTTTAGCT
AGCTTTAAGTAATAATATAGTGTATCGTGTGTCACTTACTTATGAATGATGAAATAATAT
TAC

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR3AX35TF 509 0 0
GGAT
ACTGCAACCAATACTAAAAAA*TCCACTAGTAAACCAGAAACACACAAAACCCTTATTTA
AAAATGGCAGTGATGAGTCACAACAAAGCAGAAGGCAGGCTGTACGAGTCAACTCAGACT
CGGCTAGTTCCTTACATACGAACTGTTGGCCAAGAGAGCGGAGGAGACGATGATGACGAC
GACAAAGACGTGGCTCCGGCGGCTTGATCATGTGCATTTTACCGTATATATGCTATTTAT
AAACTAAATAGCAACCAGTTAATTCAGTAGTAATTGTGCTTCTTGTCACAGAACCACACA
CACATATCTATTTAGCTGAAGCCCTAGATGTGCCTGTATATCCATGTCGCAAGCAGGCCT
TTATATTATGTATTACATAAACAACATTTCTGACTCTGCAGTGTTGAGAGGTTTAGCTAG
CTTTAAGTAATAATATAGTGTATCGTGTGTCACTTACTTATGAATGATGAAATAATATTA
CATTATATACACCATATTTGTGTCC

QA 5 509 5 509
DS 



AS 1 2

CO CL1957Contig1 1094 2 12 U
TCCGAGAAATGGTACAAACACAGAAAACGCATTGTTATGGTTGCAGCTAGCCCATTAAAA
ACATAAATAATTTAAAAAGAAACAGTTAAGGCGGCAACAACATTCTCTATTCAGGAGTGG
CGGAGCCATTCTGTATGACGGATTGCTCGGTTGGCAAATCTTTATTATCGTTCTTGGTTC
CTTCAACTTTCCAAAAATCCCACACTTTGGTGTTAGGTGGAGGAGTACCATCTCCAATTG
GTGCGACTAATCCCGGTTTGCCATCATCGATTACAGCGTCTACCAATCCATACTCTTTCG
CCTCCCATGGGTTCAAGAAGTAATCACGGTCTGTGTCACCTTCAATCTCTGATTCGGGCT
TCCCGGTGATTCTAGAGAAGATTTTGTTGAGTTTAATCTTGTGGTACATCATTTCTCTTA
CGCGAATGCTCATTTCCGTTGCTTTGCCTCCGGCGGAACCAAGTGGCTGATGGATCATAA
CTTTAGAGTTAGGCATGCAGAACCGTTTCCCTTTGGAAACAGAAGCAAGGAGAAACGCAC
CCATGGATGCAGCTAGTCCTAAGCAAACAGTCGAAACGTCGGCCTTGCATTGTTTCATTG
CATCATATATTCCCATCCCAGCAGTGATAGAACCACCAGGTGAATTGATAAACAGAGCAA
TGTCTCTCTCAGAGTCCTGAGCATCTAGTAACAAGAGCTGACTTATCACCAAATCTGCTG
TCATATCATCTACCTGAGAACCGAGGAAGACGATTCTTTGACGGAGAAGCATGTTTGTGG
TGTCGAGTTCCTCGAAGCTGGGGAGACGAGAAGGAGACTGAGCAACGGCATCAACGGAGA
ATTTAGACACATCCCAGTTACTAGACAGGGTTTGTCTGGGTCGGGGTCCAGACAAGTTTA
TCGAAGAACTAACACAAAAGGGTTTCGCTCTTTTGGGGATTCTCTGGTCTCGGCTTAAGA
TATTCAGTTCTCTCCCTGACCTAATCGGATTCGAAAGGAATACATGGTTTGAGGTTGAAG
ACGATGATACGAGATTCAAACTCATCTCTACTGTGTTTGGTTTCTCGAGTTTTTTTTTAT
TTGTCTTGAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GO20JQ U 1
AF RR3G780TF C 361
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TCCCGGTGATTCTAGAGAAGATTTTGTTGAGTTTAATCTTGTGGTACATCATTTCTCTTA
CGCGAATGCTCATTTCCGTTGCTTTGCCTCCGGCGGAACCAAGTGGCTGATGGATCATAA
CTTTAGAGTTAGGCATGCAGAAGCGTTTCCCTTTGGAACCAGAAGCAAGGAGAAACGCAC
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TCATATCATCTAC
CTGA

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DS 

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TC
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CGAATGCTCATTTCCGTTGCTTTGCCTCCGGCGGAACCAAGTGGCTGATGGATCATAACT
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ATATCATCTACCTGAGAACCGAGGAAGACGATTCTTTGACGGAGAAGCATGTTTGTGGTG
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TTAGACACATCCCAGTTACTAGACAGGGTTTGTCTGGGTCGGGGTCCAGACAAGTTTATC
GAAGAACTAACACAAAAGGGTTTCGCTCTTTTGGGGATTCTCTGGTCTCGGCTTAAGATA
TTCAGTTCTCTCCCTGACCTAATCGGATTCGAAAGGAATACATGGTTTGAGGTTGAAGAC
GATGATACGAGATTCAAACTCATCTCTACTGTGTTTGGTTTCTCGAGTTTTTTTTTATTT
GTCTTGAGATCC

QA 3 734 3 734
DS 



AS 2 4

CO CL1958Contig1 1463 2 4 U
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TTTCTGCAAAAAAAACCAAAGCTTTGAGTTCTCCTCAGAATTGCCGATCCCTTTTGAGGT
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GAGAACGAACCTAAGACTCCTCCTCCTCCTGCCCCTCCTGTTACTTCACAGGAACCTTCT
TCTTCTTCTGCTGTGAGTGCTGGAATGTCTACTACTCCTGATTGGTCTGGTTTCCAGGCT
TATTCTCCTATGCCGCCTCATGGTTATGTGGCCTCAAGTCCTCAACCTCACCCTTATATG
TGGGGCGTTCAGCATATGATGCCTCCTTATGGAACACCGCCTCATCCATATGTGGCGATG
TATCCTCCAGGTGGCATGTACGGCCACCCTTCACTGCCTCCGGGATCGTATCCGTATAGT
CCTTATGCCATTCCTTCTCCTAATGGAATGGCTGAAGCTTCTGGAAATACAGAGGGTGAT
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ATGGACCACCACCGCGTAATGGAAGTAATCATCAGCCAGTGAACCAGATCGTTCCCATCA
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CTGCTCGTAGATCCAGGCTGCGTAAACAGGCCGAATGTGATGAGCTGGCACAACGAGCAG
ATGTGTTGAATGGAGAAAACGCAAGCCTTAGAGCCGAAATTAACAAGCTTAAAAGCCAAT
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TTTAACAAGTGTATATTTTATTTTCAGTGTTTAGATTTTGGACCCCTTTTGTCTTTTTTA
TAAAATGGACATAAATTGAGTTC


BQ
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AF RR3BO86TF U 1
AF RR3AA74JQ C 589
BS 1 608 RR3BO86TF
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BS 610 643 RR3BO86TF
BS 644 1463 RR3AA74JQ

RD RR3BO86TF 643 0 0
AGAAAAACTTAAATTCTCTCTTCTTTAAGACATTTCGATTCTCCTAATCCCAAACTCCAA
TTTCTGCAAAAAAAACCAAAGCTTTGAGTTCTCCTCAGAATTGCCGATCCCTTTTGAGGT
TTTTGCTTAGATTAAGCGAATGTGATAATGGTTGGCAGCGAGATGGAAAAAACGGGTCAA
GAGAACGAACCTAAGACTCCTCCTCCTCCTGCCCCTCCTGTTACTTCACAGGAACCTTCT
TCTTCTTCTGCTGTGAGTGCTGGAATGTCTACTACTCCTGATTGGTCTGGTTTCCAGGCT
TATTCTCCTATGCCGCCTCATGGTTATGTGGCCTCAAGTCCTCAACCTCACCCTTATATG
TGGGGCGTTCAGCATATGATGCCTCCTTATGGAACACCGCCTCATCCATATGTGGCGATG
TATCCTCCAGGTGGCATGTACGGCCACCCTTCACTGCCTCCGGGATCGTATCCGTATAGT
CCTTATGCCATTCCTTCTCCTAATGGAATGGCTGAAGCTTCTGGAAATACAGAGGGTGAT
GGCAAACAAGCTGAGGTGAAGGAGAAGTTGCCAATCAAAAGATCAAAAGGAAGCTTGGGA
AGTTTGAATATGATTATAGGAAAGAACAATGAGGCTGTAAAAA

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3AA74JQ 875 0 0
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GAGCAGCAGCTAATGGAGCTTGTTCTAAAAGTGCTGAGAGCGCTTCTGATGGTTCAAGTG
AAGGAAGTGATGCAAATTCACAAAACGACTCTGGGTCTAGAAACAACGGGAAGGATGCTT
CAGATTCTGCTCATGGACCACCACCGCGTAATGGAAGTAATCATCAGCCAGTGAACCAGA
TCGTTCCCATCATGCCTACAGGTGTTCCAGGCCCACCAACAAATCTAAACATAGGAATGG
AGTATTGGAGCGGTCATGGGAATGTTTCCACAACAGTTCCTGGAGTTGTAGTAGATGGCT
CCCAATCACAAACATGGATACAGGATGAGAGAGAGCTGAAGCGACAGAAACGGAAGCAGT
CCAATAGGGAGTCTGCTCGTAGATCCAGGCTGCGTAAACAGGCCGAATGTGATGAGCTGG
CACAACGAGCAGATGTGTTGAATGGAGAAAACGCAAGCCTTAGAGCCGAAATTAACAAGC
TTAAAAGCCAATACGAAGAGCTTCTTGCTGAAAATAACTCTCTCAAGAATCGATTCCCAT
CACAGGAAGGAGTAAACTCGGACAAGAAGGAGCAAGAACCAGAGGCAAGTACACGTCAAG
ATGTTGCGGAGACCATTTATGGTTCCTACAACAACTCAGCATAACTCAAGAATGTGACTT
TAGGAACCAGAGTTTGTTTAGTAGTAGTGTGTTTATCTAAAGCTTAATGGTGCGTGAGAA
AATGCTCTCTTCTTTAACAAGTGTATATTTTATTTTCAGTGTTTAGATTTTGGACCCCTT
TTGTCTTTTTTATAAAATGGACATAAATTGAGTTC

QA 1 875 1 875
DS 



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AAGCTTTTAGATAAACACACTACTACTAAACAAACTCTGGTTCCTAAAAATCACATTCTT
GAGTTATGCTGAGTTGTTGTAGGAACCATAAGTGGTCTCCGCAACATCTTGACGTGTACC
TGCCTCAGGTTCTTGCTCGTTCTTGTCCAAGTTTACTCCTTCCTGTGATGGGACTGCCGT
AAATCGATTCTTGAGAGAGTTATTTTCAGCAAGAAGCTCTTCGTATTGGCTTTTAAGCTT
GTTAATTTCTGCTCTAAGGCTTGCGTTTTCTCCATTCAACACATCTGCTCGCTGTGCCAA
CTCATCACATTCCGCCTGTTTACGCAACCTGGATCTACGAGCAGACTCCCTATTGGACTG
CTTCCGTTTCTGTCGCTTCAGCTCTCTCTCATCCTGTATCCATGTTTGTGACTGGGAACC
ATCTACCACAACTCCAGGAACTGTTGTAGAAACATTCCCATGACCGCTCCAATACTCCAT
TCCTATGTTTAGATTTGTTGGTGGGCCTGGAACACCTGTAGGCATGATGGGAACGATCTG
GTTCACTGGCTGATGATTACTTCCATTACGCGGTGGTGGTCCATGAGCAGAATCTGAAGC
ATCCTTCCCGTTGTTTCTAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F295TF C 1
AF RR3BO86JQ U 32
BS 1 31 RR3F295TF
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BS 69 109 RR3BO86JQ
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BS 571 614 RR3BO86JQ
BS 615 617 RR3F295TF
BS 618 682 RR3BO86JQ

RD RR3F295TF 655 0 0
TAAACACTGAAAATAAAATATACACTTGTTAAAGAAGAGAGCATTTTCTCACGCACCATT
AAGCTTTTAGATAAACACACTACTACTAAACAAACTCTGGTTCCTAAAAATCACATTCTT
GAGTTATGCTGAGTTGTTGTAGGAACCATAAGTGGTCTCCGCAACATCTTGACGTGTACC
TGCCTCTGGTTCTTGCTCGTTCTTGTCCAAGTTTACTCCTTCCTGTGATGGGACTGC*GT
AAATCGATTCTTGAGAGAGTTATTTTCAGCAAGAAGCTCTTCGTATTGGCTTTTAAGCTT
GTTAATTTCTGCTCTAAGGCTTGCGTTTTCTCCATTCAACACATCTGCTCGTTGTGCCAA
CTCATCACATTCCGCCTGTTTACGCAACCTGGATCTACGAGCAGACTCCCTATTGGACTG
CTTCCGTTTCTGTCGCTTCAGCTCTCTCTCATCCTGTATCCATGTTTGTGATTGGGAGCC
ATCTACTACAACTCCAGGAACTGTTGTAGAAACATTCCCATGACCGCTCCAATACTCCAT
TCCTATGTTTAGATTTGTTGGTGGGCCTGGAACACCTGTAGGCATGATGGGAACGATCTG
GTTCACTGGCTGATGATTACTTCCATTACGCGGTGTTGGTCCATGAGCAGAATC
C

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3BO86JQ 651 0 0
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AAACTCTGGTTCCTAAAA*TCGCATTCTTGAGTTATGCTGAGTTGTTGTAGGAACCATAA
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TTTACTCCTTCCTGTGATGGGACTGCCGTAAATCGATTCTTGAGAGAGTTATTTTCAGCA
AGAAGCTCTTCGTATTGGCTTTTAAGCTTGTTAATTTCTGCTCTAAGGCTTGCGTTTTCT
CCATTCAACACATCTGCTCGCTGTGCCAACTCATCACATTCCGCCTGTTTACGCAACCTG
GATCTACGAGCAGACTCCCTATTGGACTGCTTCCGTTTCTGTCGCTTCAGCTCTCTCTCA
TCCTGTATCCATGTTTGTGACTGGGAACCATCTACCACAACTCCAGGAACTGTTGTAGAA
ACATTCCCATGACCGCTCCAATACTCCATTCCTATGTTTAGATTTGTTGGTGGGCCTGTA
ACACCTGTAGGCATGATGGGAACGATCTGGTTCACTGGCTGAT***TACTTCCATTACGC
GGTGGTGGTCCATGAGCAGAATCTGAAGCATCCTTCCCGTTGTTTCTAGAC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 4

CO CL1959Contig1 895 4 9 U
GAGAAAAAATTACCACAAAAATTTTCTTTCACTAATCATCACTTTTGGATGTTAGCATAT
AGAATGCTTACAGTCTATATATACTTATACATAGTTATTCTTTTGCATAGGTCGGTCAAT
AGATATATTGCTAGCCTACACCGATGTTTGTTTTATTTGCAATCAAAAATAAAAATCTCT
AAATTATTAGCTATTGGTTACTAGTTTTGCCATATTGGTGAAGTTACACCTTAGCTTCGG
TTCAATTTGCCTGGGCTGTTCCCGTGGAGGATGATGTAGAAGTAGATGTTGAAGTTTCAC
TCTTAATAGCAACCTCAACGAATTGGGTTGTGACTTGTTCCCACTTGGTGATTGTCGTCT
TAATCTGTGCTTGTTGTTCTGGTGTGCATGTCATTGCTCCTCCTTTCTTGTTTTGATTTT
CGGCTACAATTTTAGCGTAGATTGCATCTAGCTCTTCCATATTCTTTATCACTTCTGCTT
GGTAAGTTTCCATTGACTTCTTTACTTCTGCTGATTTGTTTGCAAGTCTTGAACGAATAA
ATTGCATGGCATCACCTACTTTTCCAACAGCACCTTTGATCATAGCGAACAAGCCTCCTT
CTTTCTTTGGAGAAGAAACCTTTCCTGTCATGGTACTCTTTAGTTTCTCGAAAAATTGCT
TGTATTCCTCCTTCTGCGGACTCTACTTCTCTAGGTTCATTATGAATGTCATAACTTGTT
GGGAAGTCTGAGTCTCGACTTCTGTCACTGTCACCTCCTTGGTCTGGCTAGTACTTTGAG
TTGCAGTTGTAGTAGACGCAGCGTTTGTGGTATCTTCGGATTCATTGTTTGTATCCTGAG
AGGGAGTTCCAGCTCCAGGGTTTGAACCAGCTGCTGGTTTTTTTGATGGACTTCC


BQ
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30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT72JQ U 1
AF RR3DT72TF C 1
AF RR3BO89JQ U 298
AF RR3AU84TF C 55
BS 1 439 RR3DT72JQ
BS 440 440 RR3BO89JQ
BS 441 482 RR3DT72JQ
BS 483 600 RR3BO89JQ
BS 601 601 RR3AU84TF
BS 602 684 RR3BO89JQ
BS 685 685 RR3AU84TF
BS 686 701 RR3BO89JQ
BS 702 895 RR3AU84TF

RD RR3DT72JQ 483 0 0
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AGATATATTGCTAGCCTACACCGATGTTTGTTTTATTTGCAATCAAAAATAAAAATCTCT
AAATTATTAGCTATTGGTTACTAGTTTTGCCATATTGGTGAAGTTACACCTTAGCTTCGG
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TCTTAATAGCAACCTCAACGAATTGGGTTGTGACTTGTTCCCACTTGGTGATTGTCGTCT
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CGGCTACAATTTTAGCGTAAATTGCATCTAGCTCTTCCATATTCTTTATCACTTCTGCTT
GG
C

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR3DT72TF 483 0 0
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AGAATGCTTACAGTCTATATATACTTATACATAGTTATTCTTTTGCATAGGTCGGTCAAT
AGATATATTGCTAGCCTACACCGATGTTTGTTTTATTTGCAATCAAAAATAAAAATCTCT
AAATTATTAGCTATTGGTTACTAGTTTTGCCATATTGGTGAAGTTACACCTTAGCTTCGG
TTCAATTTGCCTGGGCTGTTCCCGTGGAGGATGATGTAGAAGTAGATGTTGAAGTTTCAC
TCTTAATAGCAACCTCAACGAATTGGGTTGTGACTTGTTCCCACTTGGTGATTGTCGTCT
TAATCTGTGCTTGTTGTTCTGGTGTGCATGTCATTGCTCCTCCTTTCTTGTTTTGATTTT
CGGCTACAATTTTAGCGTAGATTGCATCTAGCTCTTCCATATTCTTTATCACTTCTGCTT
GG
C

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR3BO89JQ 404 0 0
CACTCTTAATAGCAACCTCAACGAATTGGGTTGTGACTTGTTCCCACTTGGTGATTGTCG
TCTTAATCTGTGCTTGTTGTTCTGGTGTGCATGTCATTGCTCCTCCTTTCTTGTTTTGAT
TTTCGGCTACAATTTTAGCGTAGATTGCATCTAGCTCTTCCATATTCTTTATCACTTCTG
CTTGGTAAGTTTCCATTGACTTCTTTACTTCTGCTGATTTGTTTGCAAGTCTTGAACGAA
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CTTTTTTCTTTGGAGAAGAAACCTTTCCTGTCATGGTACTCTTTAGTTTCTCGAAAAATT
GCTTGTATTCCTCCTTCTGCGGACTCTTCTTCTCTAGGTTCATT

QA 1 404 1 404
DS 

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ATCTCTAAATTATTAGCTATTGGTTACTAGTTTTGCCATATTGGTGAAGTTACACCTTAG
CTTCAGTTCAATTTGCCTTGGCTGTTCCCGTGGAGGATGATGTAGAAGTAGATGTTGAAG
TTTCACTCTTAATAGCAACCTCAACGAATTGGGTTGTGACTTGTTCCCACTTGGTGATTG
TCGTCTTAATCTGTGCTTGTTGTTCTGGTGTGCATGTCATTGCTCCTCCTTTCTTGTTTT
GATTTTCGGCTACAATTTTAGCGTAGATTGCATCTAGCTCTTCCATATTATTTATCACTT
CTGCTTGGTAAGTTTCCATTGACTTCTTTACTTCTGCTGATTTGTTTGCAAGTCTTGAAC
GAATAAATTGCATGGCATCACCTATTTTTCCAACAGCACCTTTGATCATAGCGAACAAGC
CTCCTTCTTTCTTTGGAGAAGAAACCTTTCCTGTCATGGTACTCTTTAGTTTCTCGAAAA
ATTGCTTGTATTCCTCCTTCTGCGGACTCTACTTCTCTAGGTTCATTATGAATGTCATAA
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TTTGAGTTGCAGTTGTAGTAGACGCAGCGTTTGTGGTATCTTCGGATTCATTGTTTGTAT
CCTGAGAGGGAGTTCCAGCTCCAGGGTTTGAACCAGCTGCTGGTTTTTTTGATGGACTTC
C

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 5

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AACACGAGTCGTGCTTTCACTTCTTCTCTTGGTCTCCGATCACACAAGGCTAATGATTCA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3DN26JQ C 21
AF RR3DN26TF U 21
AF RR3AJ02TF U 1
AF RR3FB42JQ C 26
AF RR3FB42TF U 26
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BS 37 455 RR3AJ02TF
BS 456 456 RR3DN26TF
BS 457 620 RR3AJ02TF
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BS 622 636 RR3AJ02TF

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ATATTGAATTTAGTCTTGGTG
C

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DS 

RD RR3DN26TF 569 0 0
GGACATC
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ATACACGTATGATTATTTCTCTTATTGTCTTGAATTTCTCACGGGCAATTACTACAAACC
CGGTAATAAATGTTGTGTCCACATCGCAAAACTTAACATAATTGCCAAGCACAAAAAGGA
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TTGGAAGGTTCAACAAAAATGGATCTATGTGTGTATCAGTGTATGTATTCAGTTTTGTTT
TTTTTT**CTAATTGTTTTTGGTTCAAGGTTTCGTTTAGAAAATGTGACTGCCAAATTAT
ATATTGAATTTAGTCTTGGTG
C

QA 8 568 8 568
DS 

RD RR3AJ02TF 636 0 0
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AACACGAGTCGTGCTTTCACTTCTTCTCTTGGTCTCCGATCACACAAGGCTAATGATTCA
CGTTCACTCGTACGTACCGTTTTGTGCATACACGTATGATTATTTCTCTTATTGTCTTGA
ATTTCTCACGGGCAATTACTACAAACCCGGTAAGAAATGTTGTGTCCACATCGCAAAACT
TAACATAATTGCCAAGCACAAAAAGGAGAATCCGAGACTTCTGTGTAATTGTGTTGAGAT
GATGACGAGAGGTTATACACCTCCGATGTTGGCTGATAAGATCCAAGAGCTTCCTCCTCT
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TATCAGTGTATGTATTCAGTTTTGTTTTTTTTTT*CTAATTGTTTTTGGTTCAAGGTTTC
GTTTAGAAAATGTGACTGCCAAATTATATATTGAATTTAGTCTTGGTGTAATTTTCATGA
AAAAATTACATTAGAAGACATATTTTCACTTCCCAT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3FB42JQ 609 0 0
GG
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CGGTAAGAAATGTTGTGTCCACATCGCAAAACTTAACATAATTGCCAAGCACAAAAAGGA
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TTTTTTTTCTAATTGTTTTTGGTTCAAGGTTTCGTTTAGAAAATGTGACTACCAAATTAT
ATATTGAATTTAGTCTTGGTGTAATTTTCATGAAAAAATTACATTAGAAGACACATTTTC
ACTTC
TC

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RD RR3FB42TF 580 0 0
GG
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CTTGGTCTCCGATCACACAAGGCTAATGATTCACGTTCACTCGTACGTACCGTTTTGTGC
ATACACGTATGATTATTTCTCTTATTGTCTTGAATTTCTCACGGGCAATTACTACAAACC
CGGTAAGAAATGTTGTGTCCACATCGCAAAACTTAACATAATTGCCAAGCACAAAAAGGA
GAATCCGAGACTTCTGTGTAATTGTGTTGAGATGATGACGAGAGGTTATACACCTCCGAT
GTTGGCTGATAAGATCCAAGAGCTTCCTCCTCTTTGCAACACACATCTCAGCTTCCCTAT
CTCATCTAGCATGGACTGCTCCACGGTTTAAGTCTAGAGAGGTTGAGTGGCTAATCTATT
TTGGAAGGTTCAACAAAAATGGATCTATGTGTGTATCAGTGTATGTATTCAGTTTTGTTT
TTTTTTTTCTAATTGTTTTTGGTTCAAGGTTTCGTTTAGAAAATGTGACTACCAAATTAT
ATATTGAATTTAGTCTTGGTGTAATTTTCATGAAAAAA

QA 3 580 3 580
DS 



AS 2 5

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AAAATGTTTGATCTGCTGGGAAGTTCTCTCAGAATATGGTCCAGTTCATCAAGAGGTTTA
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GTTTCTACTCGTCTCCCATGGCGAGTTCAAGGGCGTAATCATCTCTCTCAATTGGTCCAC
GAGCAAAGTATCTTCCAAATTGTAGCCAGTAGACCTCGTCCTCATCTTGTGTTTCTACTT
CAAGATCAGATGTAGGGAAACCCACACACAGAAGTGCATATCCCTGGGACTTGAGTTCAG
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TAGTACAGCAACCATGCCTGCAAGCAAAGGGAAGATTAATGTTCTGAGATTCAGCTGAGT
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CCATTTTTTTTCTTTCTTGGGGCTTTTACGTCGAGAGGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3CC04JQ U 19
AF RR3EI85JQ U 1
AF RR3CC04TF C 19
BS 1 204 RR3EI85JQ
BS 205 205 RR3CC04JQ
BS 206 447 RR3EI85JQ
BS 448 448 RR3CC04JQ
BS 449 689 RR3EI85JQ
BS 690 690 RR3CC04JQ
BS 691 730 RR3EI85JQ
BS 731 731 RR3CC04TF
BS 732 751 RR3EI85JQ
BS 752 762 RR3CC04TF

RD RR3CC04JQ 696 0 0
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GTGGCTGCCTTAGCTCTCCAGATTTAACACGAACGGCACAGCTAGTACAGCAACCATGCC
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AAGGCACAGCCAAGGATCCTCTATCTGCTGGACTGGAGATTTCTACTGGAATTCTAAACT
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QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3EI85JQ 751 0 0
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AAAATGTTTGATCTGCTGGGAAGTTCTCTCAGAATATGGTCCAGTTCATCAAGAGGTTTA
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GTTTCTACTCGTCTCCCATGGCGAATTCAAGGGCGTAATCATCTCTCTCAATTGGTCCAC
GAGCAAAGTATCTTCCAAATTGTAGCCAGTAGACCTCGTCCTCATCTTGTGTTTCTACTT
CAAGATCAGATGTAGGGAAACCCACACACAGAAGTGCATATCCCTGGGACTTGAGTTCAG
CTGATATTCCCAATGCTTGTGGCTGCCTTAGCTCTCCAGATTTAACACGAACGGCACAGC
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GTGGCTGCCTTAGCTCTCCAGATTTAACACGAACGGCACAGCTAGTACAGCAACCATGCC
TGCAAGCAAAGGGAAGATTAATGTTCTGAGATTCAGCTGAGTGCAATATGTACTGATCCT
CTGGAACCTCGAACTCGTGAACAACTCCTCGTTGACGATCGTGTACAGTGACCTTGTGCG
AAGGCACAGCCAAGGATCCTCTATCTGCTGGACTGGAGATTTCTACTGGAATTCTAAACT
CACACCTCGTTGCTCCTCGTCGGATGTTCGGAGAATATCTCCGATTCATCGGAAAATTCT
TTCGCTGTAGC*AATTGCAAGATGTACAGTTAAAAACCAGAGCCATTTTTTTTCTTTCTT
GGGGCTTTTACGTCGAGAGGTTCC

QA 1 744 1 744
DS 



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ATGGTCGAGTTTCATCAAGAGGTTTACAAGGATTTACCATGAGATTCAGGACTAAAAAAG
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CTCGTCCTCATCTTGTGTTTCTACTTCAAGATCAGATGTAGGGAAACCCACACACAGAAG
TGCATATCCCTGGGACTTGAGTTCAGCTGATATTCCCAATGCTTGTGGCTGCCTTAGCTC
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ATTAATGTTCTGAGATTCAGCTGAGTGCAATATGTACTGATCCTCTGGAACCTCAAACTC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FV07JQ U 3
AF RR3FV07TF C 1
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BS 3 625 RR3FV07JQ
BS 626 727 RR3FV07TF

RD RR3FV07JQ 623 0 0
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QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3FV07TF 727 0 0
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TAACACTCACTTCTATAACTCTTACTGTTTCTACTCGTCTCCCATGGCGAGTTCAAGGGC
GTAATCATCTCTCTCAATTGGTCCACGAGCGAAGTATCCTCCAAATTGTAGCCAGTAGAC
CTCGTCCTCATCTTGTGTTTCTACTTCAAGATCAGATGTAGGGAAACCCACACACAGAAG
TGCATATCCCTGGGACTTGAGTTCAGCTGATATTCCCAATGCTTGTGGCTGCCTTAGCTC
TCCAGATTTAACACGTACGGCACAGCTAGTACAGCAACCATGCCGGCAAGCAAAGGGAAG
ATTAATGTTCTGAGATTCAGCTGAGTGCAATATGTACTGATCCTCTGGAACCTCAAACTC
GTGAACGACTCCTCGTTGACGATCGTGCACAGTGACCTTGTGCGAAGGAACAGCCAAGGA
TCCTCTATCTGCTGGACTGGAGATTTCTACTGGGATTCTAAACTCACACCTCGTTGCTCC
TCGTCGGATGTTCGGAGAATATCTCCGATTCATCGGAGAAGTCTTTCGCTGAAGACAGTT
GCAAGTTGTACAGTGAAAAACCAGAGCCATTTTTTTCTTTCTAGGGGCTTTTACGTCGAG
AGGTTCC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 2 4

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ACTTTTCTTCAGCTAAGGATATCTACCACACGGTTAAGTCATGTGGCTCCACGTAACTCG
ATTTCATTTCCTCGTTCTTCATACGTGACTCTCAATCGGAGAAACCGTCTCTATGTTCGA
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GATAGTGCGCTTAAGCATCTGAATAAGATGAGAAGAGAGCGTGGGGAAGATTTGTGCTTG
AGGATTGGTGTGAAACAGGGAGGTTGCTCGGGGATGTCTTACACCATGGACTTTGAGAAC
AGAGCCAACGCGAGACCAGACGATTCCACCATTCAGTACCAAGGCTTCGCTATAGTTTGT
GATCCAAAGAGCATGCTCTTCCTTTTCGGGACGCAGCTTGACTACAGCGATGCTTTGATC
GGTGGAGGCTTCTCTTTCTCCAACCCTAACGCTACCCAAACCTGTGGATGCGGCAAGTCT
TTTGCTACCGAGATGTGAAACAGTTGTATTTGCAGTAAAAACACATGTAGTTAATAGACT
TATAGGTAAAACGTTATGTAGTATGGCTTGAGAATTTCTCAACTGAATCAGAAGCACTGC
AAGCATTTTTCATCTCTGATGTTCAATACAAAATGCTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DD18JQ C 1
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AGAGCCAACGCGAGACCAGACGATTCCACCATTCAGTACCAAGGCTTCGCTATAGTTTGT
GATCCAAAGAGCATGCTCTTCCTTTTCGGGACGCAGCTTGACTACAGCGATGCTTTGATC
GGTGGAGGCTTCTCTTTCTCCAACCCTAACGCTACCCAAACCTGTGGATGCGGCAAGTCT
TTTGCTACCGAGATGTGAAACAGTTGTATTTGCAGTAAAAACACATGTAGTTAATAGACT
TATAGGTAAAACGTTATGTAGTATGGCTTGAGAATTTCTCAACTGAATCAGAAGCACTGC
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QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3DD18TF 687 0 0
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TTAAGCATCTGAATAAGATGAGAAGAGAGCGTGGGGAAGATTTGTGCTTGAGGATTGGTG
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CGAGACCAGACGATTCCACCATTCAGTACCAAGGCTTCGCTATAGTTTGTGATCCAAAGA
GCATGCTCTTCCTTTTCGGGACGCAGCTTGACTACAGCGATGCTTTGATCGGTGGAGGCT
TCTCTTTCTCCAACCCTAACGCTACCCAAACCTGTGGATGCGGCAAGTCTTTTGCTACCG
AGATGTGAAACAGTTGTATTTGCAGTAAAAACACATGTAGTTAATAGACTTATAGGTAAA
ACGTTATGTAGTATGGCTTGAGAATTTCTCAACTGAATCAGAAGCACTGCAAGCATTTTT
CATCTCTGATGTTCAAT

QA 11 687 11 687
DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU51JQ U 1
AF RR3CS25TF C 125
BS 1 458 RR3EU51JQ
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RD RR3EU51JQ 625 0 0
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QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3CS25TF 611 0 0
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QA 15 611 15 611
DS 



AS 1 4

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TCGTTACCAAGGGAAGAAAACATCTTTTGATAACAGTGATGATGATGATGATGATGATGA
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TATCATTATACCTGCCTGCGTAGGAAAGTGGAGATTAGGGTAAGTTTTGTTACTAATCAA
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ATTATATGAGAGTTATGCATAAAACTCTACAATAATCTCTTCTATTTAAGAGCAGTTGGA
ATACATGATTTATTTGAACATATGGTAAAAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3GA77JQ C 540
AF RR3GA77TF U 683
AF RR3AO40JQ C 524
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GGACAAGGAAGCTGAAAGTGAAGATGCAGCCGCAAAATCTATGCCTGCCGTGTCCAAGTT
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ATAATGATGATGAAGAGGAAGAAGAAGAGAGTGACGAGGATGATGCCAAGGACTCTGTTA
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DS 

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ATTGCTTACTTGAAACTTAAGATGGAGCGAAGTGACAAGTTTATTGTGGAGGGAAAGAAA
ATCAGTCTCGTATCAAAAAAGAAGTGAGTGAGGACGAATATCATTATACCTGCCTGCGTA
GGAAAGTGGAGATTAGGGTAAGTTTTGTTACTAATCAACATCAGTCTGTATAACAAGTAT
CATCCTTTTTAAAGATGTGTTTTATAATATATTTATACATTATATGAGAGTTATGCATAA
AACTCTACAATAAT

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DS 

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AAGAAGATTGCTGGTGTTCGTTACCAAGGGAAGAAAACATCTTTTGATAACAGTGATGAT
GATGATGATGATGATGATAATGATGATGAAGAGGAAGAAGAAGAGAGTGACGAGGATGAT
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GTTTTGTTACTAATCAACATCAGTCTGTATAACAAGTATCATCCTTTTTAAAGATGTGTT
TTATAATATATTCATACATTATATGAGAGTTATGCATAAAACTCTACAATAATCTCTTCT
ATTTAAGAGCAGTTGGAATACATGATTTATTTGAACATATGGTAAAAC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 4

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GATCCAATCAATCAATCAATTGAAGCTGCAAAACTCAATCAAAGAAGATCCAAATGTCGA
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TGGTAGAGGAAGGCAATGGCTACGGAGCGTTGCAGATGTACAAATCCATCAGTGCCAGAT
ATGTAACAGCTCAGAGATTCTCTGAAGCTCTTGATATCCTCTTCTCAGGGGCATGCGTTG
AGCTAGAGCACGCCCTGGTGAATTGTGGAGCCGACCTTGCTATTTTGTTTGTCGACACAC
TAGTTAAAGCCAAGTCACCTTGCAATGATGAATCTCTTGATCGTATCAGGTGTATGTTCA
AGTTGTTTCCTCGGGTTCCTGTACCTCCTCATTTGGTTGATGTGAGCGATGATGAAGATG
TACATAATATTCAAGAATCTCTTGGGGAAGCTAGATCACGTGTTGATAACTTGACTTCCT
TCTTGAGAGCTGCTATAAGATGGTCTGCGGAGTTTGGAGGGCCAAGTACAGGGTATCCTG
AGTTGCATGCTATGCTGGCTGATTATCTTTACACCGAGTGTCCTGAACTTGACATGGTTC
GAATATCAAGGCATTTTGTTAGGGCCGAGGACCCTGTGAAGTTTGCATCTATGCTGATCA
ACTTTATGGGGAGGTGTTATCCTGGTGAAGATGACCTTGCCATCGCACGAGCAGTTCTTA
TGTATTTATCTATGGGTAACATGAAAGATGCAAATATTCTGATGGATGAGATTAAGAAGC
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AGAAAATGGAAGAGGCAACTTTCTTTCCCCATTTTGTTTTTGTATTTGGCAATGTTCTAA
TAATGGATAGCTTCTGAGAATTCAATTTGTTTCTCTTATCCTCAAGTGGGTAAGAGTTTT
TGTTCTTTGTAACATTATACATTGTTTTTTCATTCATCATTACTATATCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D361TF U 258
AF RR3GN35TF U 1
AF RR3EG78TF U 56
AF RR3EG78JQ C 711
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DS 

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GGGAGGTGTTATCCTGGTGAAGATGACCTTGCCATCGCACGAGCAGTTCTTATGTATTTA
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DS 

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CC

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 5

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TGCCATCTTCTGCGTTCTCTTCTCTGCCAAAGACAGAGAGAGTAAATATTCATTTAAAGA
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ATGCCAAGCTGGACGGCGATGTACGTGTTGAATGCTTTCGTGGTGATATGGGTTCTAATA
GTCGGATTCGGGTTTGGTGGATGGGCAAGTGTAACCAACTTTGTTCGTCAAGTCGATACT
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BS 729 757 RR3GE44TF
BS 758 759 RR3A582TF
BS 760 760 RR3BF39TF
BS 761 803 RR3A582TF
BS 804 804 RR3BF39TF
BS 805 1265 RR3A582TF
BS 1266 1266 RR3BF39TF
BS 1267 1274 RR3A582TF
BS 1275 1275 RR3BF39TF
BS 1276 1286 RR3A582TF
BS 1287 1289 RR3BF39TF
BS 1290 1290 RR3GE44JQ
BS 1291 1308 RR3BF39TF
BS 1309 1688 RR3GE44JQ
BS 1689 1689 RR3A582JQ
BS 1690 1935 RR3GE44JQ

RD RR3GE44TF 764 0 0
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TGCCATCTTCTGCGTTCTCTTCTCTGCCAAAGACAGAGAGAGTAAATATTCATTTAAAGA
GAAAAAGAGGAACAAGTGTAACTTAAATCAGTTGTGGTCTTTGTTTGCTTCTGATTTGTT
CTCACCTTCTTCTTCTTTAAAAGAGAAAAACACATCTAGTAGAGGCAAATCATAGAGAAA
GCAAAAATGTCGGCGGGAAAAGAAGCAATAGTAGCTAGCGGAAATGACCACGACGGAGAT
CAGAATAACGGTAACCACACCGGAAAAACCGAAGAATACGACCCCTCCACCGGTTCTGCA
CTAAGCAACTTTCTCTGGCACGGTGGCTCTGTCTGGGACGCTTGGTTCAGCTGCGCATCT
AACCAGGTGGCGCAAGTGCTTCTGACACTACCGTACTCGTTCAGTCAACTAGGGATGTTA
TCAGGAATAGTACTTCAGATCTTTTACGGCTTACTCGGAAGCTGGACTGCTTACCTCATC
AGTGTTCTCTACGTTGAGTATCGAGCTCGTAAGGAGAAAGAAGGCAAAAACTTCAAAAAC
CACGTTATTCAGTGGTTCGAAGTACTCGATGGGTTACTCGGCACATACTGGAAAGCAGTA
GGCCTCGCATTTAACTGCACTTTCCTCTTGTTTGGATCTGTAATCCAACTCATTGCTTGT
GCCAGTA*CATTTATTACATAAACGATCACTTGGACA
GAGACAT

QA 1 757 1 757
DS 

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G
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CGGAAGCTGGACTGCTTACCTCATCAGTGTTCTCTACGTTGAGTATCGAGCTCGTAAGGA
GAAAGAAGGCAAAAACTTCAAAAACCACGTTATTCAGTGGTTCGAAGTACTCGATGGGTT
ACTCGGCACATACTGGAAAGCAGTAGGCCTCGCATTTAACTGCACTTTCCTCTTGTTTGG
ATCTGTAATCCAACTCATTGCTTGTGCCAGTAACATTTATTACATAAACGATCACTTGGA
CAAGTGAACATGGACTTACATATTCGGCGCGTGTTGTGCAACCACTGTGTTTATACCGTC
GTTCCATAATTATCGAATCTGGTCATTCCTCGGCTTGGGTATGACCACCTACACGGCATG
GTACTTGGCCATCGCCTCCATTATCCACGGCCAGACGGAAGGTGTGAAGCACACTGGTCC
AACAAAGCTAGTCCTTTATTTTACGGGAGCTACCAATATCTTGTATACCTTTGGTGGTCA
CGCAGTTACTGTTGAGATAATGCATGCAATGTGGAAACCACAGAAGTTTAAGTACATTTA
CTTGATGGCGACGTTATACGTTTTCACACTAACGATTCCGTCAGCTTCCGCCGTTTACTG
GGCCTTCGGAGACGCACTTCTCAACCACTCTAATGCTTTTTCTCTTCTCCCCAAGAACGG
GTGGCGTGACGCTGCCGTTATCCTCATGCTCATTCACCAATTTATAACGTTTGGATTCGC
GTGTACCCCGCTCTACTTTGTGTGGGAGAA*GTGATAGG*ATGCATGACAC

QA 2 832 2 832
DS 

RD RR3BF39TF 813 0 0
G
AGATCTTTTACGGCTTACTCGGAAGCTGGACTGCTTACCTCATCAGTGTTCTCTACGTTG
AGTATCGAGCTCGTAAGGAGAAAGAAGGCAAAAACTTCAAAAACCACGTTATTCAGTGGT
TCGAAGTACTCGATGGGTTACTCGGCACATACTGGAAAGCAGTAGGCCTCGCATTTAATT
GCACTTTCCTCTTGTTTGGATCTGTAATCCAACTCATTGCTTGTGCCAGTAACATTTATT
ACATAAACGATCACTTGGACAAGAGAACATGGACTTACATATTCGGCGCGTGTTGTGCAA
CCACTGTCTTTATACCGTCGTTCCATAATTATCGAATCTGGTCATTCCTCGGCTTGGGTA
TGACCACCTACACGGCATGGTACTTGGCCATCGCCTCCATTATCCACGGCCAGACGGAAG
GTGTGAAGCACACTGGTCCAACAAAGCTAGTGCTTTATTTTACGGGAGCTACCAATATCT
TGTATACCTTTGGTGGTCACGCAGTTACTGTTGAGATAATGCATGCAATGTGGAAACCAC
AGAAGTTTAAGTACATTTACTTGATGGCGACGTTATACGTTTTCACACTAACGATTCCGT
CAGCTTCCGCCGTTTACTGGGCCTTCGGAGACGCACTTCTCAACCACTCTAATGCTTTTT
CTCTTCTCCCCAAGAACGGGTGGCGTGACGCTGCCGTTATCCTCATGCTCATTCACCAAT
TTATAACGTTTGGATTCGCGTGTACCCCGCTCTACTTTGTGTGGGAGAAAGTGATAGGGA
TGCATGACACAAAGAGCATTTTCTTGAGGGCT

QA 2 813 2 813
DS 

RD RR3A582JQ 210 0 0
CCACCGTTCTTCGTGCCAGGCTGGACGGCGATGTACGTGTTGAATGCTTTCGTGGTGATA
TGGGTTCTAATAGTCGGATTCGGGTTTGGTGGATGGGCAAGTGTAACCAACTTTGTTCGT
CAAGTCGATACTTTTGGTCTCTTTGCTAAGTGTTACCAATGTAAATCACCGGTTCCAGCT
GCCGCCACTCATGCTCCGGTCTCTGCTTTA

QA 1 210 1 210
DS 

RD RR3GE44JQ 784 0 0
C
TTTTCTCTTCTCCCCAAGAACGGGTGGCGTGACGCTGCCGTTATCCTCATGCTCATTCAC
CAATTTATAACGTTTGGATTCGCGTGTACCCCGCTCTACTTTGTGTGGGAGAAAGTGATA
GGGATGCATGACACAAAAAGCATTTTCTTGAGGGCTTTAGCTCGATTGCCTGTGGTTATA
CCGATATGGTTCTTAGCTATTATCTTCCCGTTCTTTGGTCCGATCAATTCAGCGGTTGGT
GCTCTTCTGGTTAGCTTCACCGTCTATATCATCCCGTCCCTTGCTCACATGCTCACTTAC
CGATCTGCCTCAGCTCGTCAGAATGCGGCGGAAAAGCCACCGTTCTTCATGCCAAGCTGG
ACGGCGATGTACGTGTTGAATGCTTTCGTGGTGATATGGGTTCTAATAGTCGGATTCGGG
TTTGGTGGATGGGCAAGTGTAACCAACTTTGTTCGTCAAGTCGATACTTTTGGTCTCTTT
GCTAAGTGTTACCAATGTAAATCACCGGTTCCAGCTGCCGCCACTCATGCTCCGGTTTCT
GCTTTACACCACCGCCTTTGAGAGATCTAGCCAGCATATATAATCTAATGCTTTTGTGGA
GTTTATTAAAAATTATTTGTTCTTATTTTCGTGTTTTGTGTTTGTATACATGTTGGGAGT
AAAAAGTCACGAAAATAGTGTACTTATTACACATCCCCTTTGAATGCGTGTTAAGCTCTT
AGTTTTTTTGGGTGTTGTATTTTTTACTCGTTAGGTCGATAATATAGTAATGTGTGATTT
CTC

QA 2 784 2 784
DS 



AS 1 4

CO CL1966Contig1 933 4 3 U
AATTCAAGTTTTTCAATTATTTGGAACTCTTTTTGACAATTCAAATCAAGAAGACAGATA
TTCAGTTTCAGACACGATCTTCTCCAACTCTACCAATCAACAAATAGATAGGAAACCTAA
CAACTTTCTTCTCTTCACCATCTTCTTTCCACGAACCAACAAACTCTCCTTCCATCTCCG
CCGTTAAAAGCTCAACCCCCTTATCTTTAGCCGTCTGATAAGCCGAAGATGACCTCAGAT
ACGTCAGAAACTCTTCAATCCCCATCTCTCTCTCCGTCACAAACCTAACAGGGAAAGTTT
GACTTTCCGTTGACTCATCCACGATCTTCTCGAACGGGAACTCTATTTCCTTGTACCCAC
CTTCAACAAGCCGCCTAGCTTTATCCCAATACGGGCCAAGTTTTTCCTCGTAAAACCTCC
GGAAAACCTCGTCCACGGCGGCGTTGACCTCAGGGTTGGTGTAACACCAGGCGGCGAATA
CTCCGTCTGGTTTCTTGAGCACGTATTTCACGTTGCTGTAAAAGGTCGGTAGGTCGAACC
AGTGAAGGGCTTGAGCGACGGTGACTAAGTCCACCGATGATTCAGGCGCTACTAGCTGTT
CGATCTCCGACAAAGACATCACCGGTGGAGTGAGCTCGTAACGTATGTTGGGAAGCTTTG
CAGCAAACTCAAGTTGCTTGGAGCTTGTGTCCGTAGCAATCACATTCTTGTAGATCCCGG
CTAGCGATCGTGAGACCTGGCCGCTTCCGGCACCAACGTCCCATGCAAGGTCGTGGCATG
GTGTTTTCGATGCAATGAACTCGAAGAGTTGGATCGGGTAATTAGGTCGGGCTGCAGCGT
ATTGCTTGGCTTGATTTATGAAGAACTTAGCCATTTTTTAACTCTCTCTTTTCTAGGTAC
CTTCCTTGTTTCTACAAGACTGCAAGTCTACCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AM19JQ U 2
AF RR3FK74JQ U 1
AF RR3BG56JQ U 23
AF RR3AM19TF C 289
BS 1 729 RR3FK74JQ
BS 730 799 RR3BG56JQ
BS 800 933 RR3AM19TF

RD RR3AM19JQ 691 0 0
ATTCAAGTTTTTCAATTATTTGGAACTCTTTTTGACAATTCAAATCAAGAAGACAGATAT
TCAGTTTCAGACACGATCTTCTCCAACTCTACCAATCAACAAATAGATAGGAAACCTAAC
AACTTTCTTCTCTTCACCATCTTCTTTCCACGAACCAACAAACTCTCCTTCCATCTCCGC
CGTTAAAAGCTCAACCCCCTTATCTTTAGCCGTCTGATAAGCCAAAGATGACCTCAGATA
CGTCAGAAACTCTTCAATCCCCATCTCTCTCTCCGTCACAAACCTAACAGGGAAAGTTTG
ACTTTCCGTTGACTCATCCACGATCTTCTCGAACGGGAACTCTATTTCCTTGTACCCACC
TTCAACAAGCCGCCTAGCTTTATCCCAATACGGGCCAAGTTTTTCCTCGTAAAACCTCCG
GAAAACCTCGTCCACGGCGGCGTTGACCTCAGGGTTGGTGTAACACCAGGCGGCGAATAC
TCCGTCTGGTTTCTTGAGCACGTATTTCACGTTGCTGTAAAAGGTCGGTAGGTCGAACCA
GTGAAGGGCTTGAGCGACGGTGACTAAGTCCACCGATGATTCAGGCGCTACTAGCTGTTC
GATCTCCGACAAAGACATCACCGGTGGAGTGAGCTCGTAACGTATGTTGGGAAGCTTTGC
AGCAAACTCAAGTTGCTTGGAGCTTGTGTCC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3FK74JQ 729 0 0
AATTCAAGTTTTTCAATTATTTGGAACTCTTTTTGACAATTCAAATCAAGAAGACAGATA
TTCAGTTTCAGACACGATCTTCTCCAACTCTACCAATCAACAAATAGATAGGAAACCTAA
CAACTTTCTTCTCTTCACCATCTTCTTTCCACGAACCAACAAACTCTCCTTCCATCTCCG
CCGTTAAAAGCTCAACCCCCTTATCTTTAGCCGTCTGATAAGCCGAAGATGACCTCAGAT
ACGTCAGAAACTCTTCAATCCCCATCTCTCTCTCCGTCACAAACCTAACAGGGAAAGTTT
GACTTTCCGTTGACTCATCCACGATCTTCTCGAACGGGAACTCTATTTCCTTGTACCCAC
CTTCAACAAGCCGCCTAGCTTTATCCCAATACGGGCCAAGTTTTTCCTCGTAAAACCTCC
GGAAAACCTCGTCCACGGCGGCGTTGACCTCAGGGTTGGTGTAACACCAGGCGGCGAATA
CTCCGTCTGGTTTCTTGAGCACGTATTTCACGTTGCTGTAAAAGGTCGGTAGGTCGAACC
AGTGAAGGGCTTGAGCGACGGTGACTAAGTCCACCGATGATTCAGGCGCTACTAGCTGTT
CGATCTCCGACAAAGACATCACCGGTGGAGTGAGCTCGTAACGTATGTTGGGAAGCTTTG
CAGCAAACTCAAGTTGCTTGGAGCTTGTGTCCGTAGCAATCACATTCTTGTAGATCCCGG
CTAGCGATC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3BG56JQ 777 0 0
GGAACTCTTTTTGACAATTCAAATCAAGAAGACAGATATTCAGTTTCAGACACGATCTTC
TCCAACTCTACCAATCAACAAATAGATAGGAAACCTAACAACTTTCTTCTCTTCACCATC
TTCTTTCCACGAACCAACAAACTCTCCTTCCATCTCCGCCGTTAAAAGCTCAACCCCCTT
ATCTTTAGCCGTCTGATAAGCCGAAGATGACCTCAGATACGTCAGAAACTCTTCAATCCC
CATCTCTCTCTCCGTCACAAACCTAACAGGGAAAGTTTGACTTTCCGTTGACTCATCCAC
GATCTTCTCGAACGGGAACTCTATTTCCTTGTACCCACCTTCAACAAGCCGCCTAGCTTT
ATCCCAATACGGGCCAAGTTTTTCCTCGTAAAACCTCCGGAAAACCTCGTCCACGGCGGC
GTTGACCTCAGGGTTGGTGTAACACCAGGCGGCGAATACTCCGTCTGGTTTCTTGAGCAC
GTATTTCACGTTGCTGTAAAAGGTCGGTAGGTCGAACCAGTGAAGGGCTTGAGCGACGGT
GACTAAGTCCACCGATGATTCAGGCGCTACTAGCTGTTCGATCTCCGACAAAGACATCAC
CGGTGGAGTGAGCTCGTAACGTATGTTGGGAAGCTTTGCAGCAAACTCAAGTTGCTTGGA
GCTTGTGTCCGTAGCAATCACATTCTTGTAGATCCCGGCTAGCGATCGTGAGACCTGGCC
GCTTCCGGCACCAACGTCCCATGCAAGGTCGTGGCATGGTGTTTTCGATGCAATGAA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3AM19TF 645 0 0
CAGGGAAAGTTTGACTTTCCGTTGACTCATCCACGATCTTCTCGAACGGGAACTCTATTT
CCTTGTACCCACCTTCAACAAGCCGCCTAGCTTTATCCCAATACGGGCCAAGTTTTTCCT
CGTAAAACCTCCGGAAAACCTCGTCCACGGCGGCGTTGACCTCAGGGTTGGTGTAACACC
AGGCGGCGAATACTCCGTCTGGTTTCTTGAGCACGTATTTCACGTTGCTGTAAAAGGTCG
GTAGGTCGAACCAGTGAAGGGCTTGAGCGACGGTGACTAAGTCCACCGATGATTCAGGCG
CTACTAGCTGTTCGATCTCCGACAAAGACATCACCGGTGGAGTGAGCTCGTAACGTATGT
TGGGAAGCTTTGCAGCAAACTCAAGTTGCTTGGAGCTTGTGTCCGTAGCAATCACATTCT
TGTAGATCCCGGCTAGCGATCGTGAGGCCTGGCCGCTTCCGGCACCAACGTCCCATGCAA
GGTCGTGGCATGGTGTTTTCGATGCAATGAACTCGAAGAGTTGGATCGGGTAATTAGGTC
GGGCTGCAGCGTATTGCTTGGCTTGATTTATGAAGAACTTAGCCATTTTTTAACTCTCTC
TTTTCTAGGTACCTTCCTTGTTTCTACAAGACTGCAAGTCTACCC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 2 4

CO CL1967Contig1 722 2 6 U
GCTTAAAAGTTAAACTTGCCATTTAGAACATTTGTTTTTCCCTTACACAAAGCAAACCAC
AAACAGAGTAGCTCATACCATTGGTTTTTGGCTCTGTTACTTTCTCTCTACATAAATCTT
TTGTTTCAAATCTCTCACAAACACACAAACAAACTCACACATTAAACACAACAATAACAA
GGGTAGTCGCTTATTCGGCAGAGCTTCTTCACCCTTTTGCTCGACTCTTAGCTAACTCCC
AAAAGCTTACGCTCTTATGGTAATATGCATATATATATAGAGATAGATAGATTTCACATC
ACTTCCCTTAGCAACGTGGTATTGCAAGGTTGATCGGCTTATGCAGAACCAGCTTGTTCG
CAGAAATCTAGAAGATCCAACGTCTCAGGAACAGAGAGCTCAAGACGGAATTTTGGTCCA
TCATAGTGGTGAAGAACAGGCCTGAAGGAATCCTCTTCCAAGGCTTTGCAGATCTTCCTC
ACTCTGATCCTTACCTGAGCCGGAAATCTTGACTCTCCTTTGCACTTTTTGTCTTCCCAA
GCAGTTGCATCGATATTGGTACCTCCAAAAGTTGTTGCCTCAAAGATACCATGCAGCTGA
TGAGTGGTGTAGTTGTACAGAAACAGAGGCAATCCAGGTGTTATCGCCCGAACAGAGTCC
CTGTATCTTGGAGGTAAACCAAAGAGGTGACGTTTCAAGTCCTCCTGCATGGTATCATTG
TT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3DG67JQ U 1
AF RR3EN15JQ U 1
BS 1 164 RR3DG67JQ
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BS 166 364 RR3DG67JQ
BS 365 365 RR3EN15JQ
BS 366 627 RR3DG67JQ
BS 628 722 RR3EN15JQ

RD RR3DG67JQ 627 0 0
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QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3EN15JQ 722 0 0
GCTTAAAAGTTAAACTTGCCATTTAGAACATTTGTTTTTCCCTTACACAAAGCAAACCAC
AAACAGAGTAGCTCATACCATTGGTTTTTGGCTCTGTTACTTTCTCTCTACATAAATCTT
TTGTTTCAAATCTCTCACAAACACACAAACAAACTCACACATTAAACACAACAATAACAA
GGGTAGTCGCTTATTCGGCAGAGCTTCTTCACCCTTTTGCTCGACTCTTAGCTAACTCCC
AAAAGCTTACGCTCTTATGGTAATATGCATATATATATAGAGATAGATAGATTTCACATC
ACTTCCCTTAGCAACGTGGTATTGCAAGGTTGATCGGCTTATGCAGAACCAGCTTGTTCG
CAGAAATCTAGAAGATCCAACGTCTCAGGAACAGAGAGCTCAAGACGGAATTTTGGTCCA
TCATAGTGGTGAAGAACAGGCCTGAAGGAATCCTCTTCCAAGGCTTTGCAGATCTTCCTC
ACTCTGATCCTTACCTGAGCCGGAAATCTTGACTCTCCTTTGCACTTTTTGTCTTCCCAA
GCAGTTGCATCGATATTGGTACCTCCAAAAGTTGTTGCCTCAAAGATACCATGCAGCTGA
TGAGTGGTGTAGTTGTACAGAAACAGAGGCAATCCAGGTGTTATCGCCCGAACAGAGTCC
CTGTATCTTGGAGGTAAACCAAAGAGGTGACGTTTCAAGTCCTCCTGCATGGTATCATTG
TT

QA 1 722 1 722
DS 



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CACCTTAACTTCAACATGTTGAACTTTGACGGCAAATTTGTGCAAGGCATGAGCAAGGCT
CCGATGCAGAGCAGCAATGTTTACAACAACAACTTGAACAATGTTTTCCAGAAGAACGAC
TTCAAGAGCGGAGGAGGTAACATGAAGGTTAACAAGTACAGTGGCAATGTTGTTGCTAAC
AAGGAGCTGAGCAACAACAACAAGCACAACAATAATGATAATCTGGCTGTTGACAAGAGG
TTTAAGACCCTGCCTGCTTCGGAGATGCTTCCGAGGAATGAAGTTCTTGGCGGCTACATC
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CCAAGATACAGGGACTCTGTTCGGGCGATAACACCTGGATTGCCTCTGTTTCTGTACAAC
TACACCACTCATCAGCTGCATGGTATCTTTGAGCAACAACTTTTGGAGGTACCAATATCG
ATGCACTG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3EN15TF U 1
AF RR3CV80TF U 5
BS 1 185 RR3EN15TF
BS 186 186 RR3CV80TF
BS 187 220 RR3EN15TF
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BS 222 607 RR3EN15TF
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BS 609 774 RR3EN15TF
BS 775 775 RR3CV80TF
BS 776 785 RR3EN15TF
BS 786 788 RR3CV80TF

RD RR3EN15TF 785 0 0
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CGAGGAAGCGAAGCTCAAGGTTTAGGAACTATGGACAGCTTCTGGCAATTGGGTGATGAG
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CTCGCTGAGCAGACTAGGATGAAAGGAGAAAGGATGAACACCCTTGATCTCTCCAAACCC
TACTCTGAGTTCAGGCCGCCTACAACCACCGACAAGTTTAGTTTCCAGGACAACAACAAC
CACCTTAACTTCAACATGTTGAACTTTGACGGCAAATTTGTGCAAGGCATGAGCAAGGCT
CCGATGCAGAGCAGCAATGTTTACAACAACAACTTGAACAATGTTTTCCAGAAGAACGAC
TTCAAGAGCGGAGGAGGTAACATGAAGGTTAACAAGTACAGTGGCAATGTTGTTGCTAAC
AAGGAGCTGAGCAACAACAACAAGCACAACAATAATGATAATCTGGCTGTTGACAAGAGG
TTTAAGACCCTGCCTGCTTCGGAGATGCTTCCGAGGAATGAAGTTCTTGGCGGCTACATC
TTTGTTTTCAACAATGATACCATGCAGGAGGACTTGAAACGTCACCTCTTTGGTTTACCT
CCAAGATACAGGGACTCTGTTCGGGCGATAACACCTGGATTGCCTCTGTTTCTGTACAAC
TACACCACTCATCAGCTGCATGGTATCTTTGAGCAACAACTTTTGGAGGTACCA*TATCG
ATGCA

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3CV80TF 784 0 0
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GAAGCGAAGCTCAAGGTTTAGGAACTATGGACAGCTTCTGGCAATTGGGTGATGAGCTCC
GAGGTCATCAGTCACGAGCCTCCGAGGATTACAAATGGTCCACTGTTGCTACCAATCTCG
CCGAGCAGGCTAGGATGAAAGGAGAAAGGATGAACAACCTTGATCTCTCCAAACCCTACT
CTGAGTTCAGGCCGCCTACAACCACCGACAAGTTTAGTTTCCAGGACAACAACAACCACC
TTAACTTCAACATGTTGAACTTTGACGGCAAATTTGTGCAAGGCATGGGCAAGGCTCCGA
TGCAGAGCAGCAATGTTTACAACAACAACTTGAACAATGTTTTCCATAAGAACGACTTCA
AGAGCGGAGGAGGTAACATGAAGGTTAACGAGTACAGTGGCAATGTTGTTGCTAACAAGG
AGCTGAGCAACAACAACAAGCACAACAATAATGATAATCTGGCTGTTGACAAGAGGTTTA
AGACCCTGCCTGCTTCGGAGATGCTTCCGAGGAATGAAGTTCTTGGCGGCTACATCTTTG
TTTGCAACAATGATACCATGCAGGAGGACTTGAAACGTCACCTCTTTGGTTTACCTCCAA
GATACAGGGACTCTGTTCGGGTGATAACACCTGGATTGCCTCTGTTTCTGTACAACTACA
CCACTCATCAGCTGCATGGTATCTTTGAGCA*CAACTTTTGGAGGTACCAATATCGATGC
ACTG

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 4

CO CL1968Contig1 1046 4 15 U
GGAGCCGCAGTTTTGGCTCCTCCAGGCGAAGAAGAAGACACAGTCTCTTTGATGGATTTC
ATCTGTTGTTTCCGACCGCATCACTCTTGTCGGGGGATTTCAGTTTCGTCTGCTTCCAGC
TTAAGTAGCCTTCCCGCCCCAATCGTTTCCTCCCGACAGCGAGTGTCCGAATTAGAATCC
CAACGACGCCATTTCTTCAGTATCCGAAATTTTCAATAGAGACTCACGCAAAGAAGAAGA
AAAACACTTCAAAAACGACTATCTTCGAACCTAAACCGAACAAAGAAGAAGACGAATCAC
TCTTTGAAGAAAACGAAGAAGAAGATGAGCAAGTCCTTCTCGAAGATGTTCTAGACGGGC
TACTAACTGATGAAGAAGAAGACGACTTCTACCTCGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAAGAAC
TCTATGCTGGAGATGGAGGTGGTGGTGGAGGCATCAAGCTTGCCGGAACAACATGGGACA
AAGAAGCATTGTCCTTAGCTGAGAAAGCCTGCGAGTCTTTTAACGGTGAGCTAGGCATTT
ACGCCTTCAAGACTCTGCCAAACTCAACCATACAAGTGAGAATCGAACGGCTCACTAACA
AGTCCGGTTCTCCGACGATGGAAGACATCGAAGCGTATTCAACAACTTACAGAGCGAAAC
TGTCCGAAGCTGAACTCGCCAAGACCGTACCAGACAATATCTCCTTAGAGGTGTCATCTC
CTGGTGTTGAAAGAGTAGTAAGAGTTCCTCAGGATCTTGACCGGTACAAGGACAGGTCAA
TGTATGTGAGGTACGTTAACGAGGAAGCTGAAAATGAAGGTGATGGTATCTTCAGACTTG
TCTCTTTTGATGTGGAAGCCAAAAGCTGCGTTTGGGGGATAGCCGATATTAGAGTGAACC
GTGAGAAGGCAGGCAAAGGCAGACCTTTGAGCAAGAAGCAAAGAGAATGGCGTCTTGAAA
CTTCTTTTGAGTCACTACGTTTAGTTCGTTTGCATTCTGAATGTTGAAACACATAAACAT
TATTTTTATTGAATGAAAACTATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C962TF U 1
AF RR3C962JQ C 347
AF RR3C432TF U 502
AF RR3DW30JQ C 413
BS 1 508 RR3C962TF
BS 509 509 RR3C432TF
BS 510 544 RR3C962TF
BS 545 545 RR3C432TF
BS 546 616 RR3C962TF
BS 617 617 RR3C432TF
BS 618 628 RR3C962TF
BS 629 629 RR3C432TF
BS 630 696 RR3C962TF
BS 697 697 RR3C432TF
BS 698 710 RR3C962TF
BS 711 711 RR3C432TF
BS 712 721 RR3C962TF
BS 722 1039 RR3C432TF
BS 1040 1046 RR3C962JQ

RD RR3C962TF 721 0 0
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ATCTGTTGTTTCCGACCGCATCACTCTTGTCGGGGGATTTCAGTTTCGTCTGCTTCCAGC
TTAAGTAGCCTTCCCGCCCCAATCGTTTCCTCCCGACAGCGAGTGTCCGAATTAGAATCC
CAACGACGCCATTTCTTCAGTATCCGAAATTTTCAATAGAGACTCACGCAAAGAAGAAGA
AAAACACTTCAAAAACGACTATCTTCGAACCTAAACCGAACAAAGAAGAAGACGAATCAC
TCTTTGAAGAAAACGAAGAAGAAGATGAGCAAGTCCTTCTCGAAGATGTTCTAGACGGGC
TACTAACTGATGAAGAAGAAGACGACTTCTACCTCGAAGAAGAAGAGGAGGAGGAAGAAC
TCTATGCTGGAGATGGAGGTGGTGGTGGAGGCATCAAGCTTGCCGGAACAACATGGGACA
AAGAAGCATTGTCCTTAGCTGAGAAAGCGTGCGAGTCTTTTAACGGTGAGCTAGGCATTT
ACGCGTTCAAGACTCTGCCAAACTCAACCATACAAGTGAGAATCGAACGGCTCACTAACA
AGTCCGGTTCTCCGACTATGGAAGACATTGAAGCGTATTCAACAACTTACAGAGCGAAAC
TGTCCGAAGCTGAACTCGCCAAGACCGTACCAGACA*TATCTCCTTAGAG*TGTCATCTC
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3C962JQ 700 0 0
TGTTCTAGACGGGCTACTAACTGATGAAGAAGAAGACGACTTCTACCTCGAAGAAGAAGA
GGAGGAGGAAGAACTCTATGCTGGAGATGGAGGTGGTGGTGGAGGCATCAAGCTTGCCGG
AACAACATGGGACAAAGAAGCATTGTCCTTAGCTGAGAAAGCGTGCGAGTCTTTTAACGG
TGAGCTAGGCATTTACGCGTTCAAGACTCTGCCAAACTCAACCATACAAGTGAGAATCGA
ACGGCTCACTAACAAGTCCGGTTCTCCGACTATGGAAGACATTGAAGCGTATTCAACAAC
TTACAGAGCGAAACTGTCCGAAGCTGAACTCGCCAAGACCGTACCAGACAATATCTCCTT
AGAGGTGTCATCTCCTGGTGTTGAAAGAGTAGTAAGAGTTCCTCAGGATCTTGACCGGTA
CAAAGACAGGTCAATGTATGTGAGGTACGTTAACGAGGAAGCTGAAAATGAAGGTGATGG
TATCTTCAGACTTGTCTCTTTTGATGTGGAAGCCAAAAGCTGCGTTTGGGGGATAGCCGA
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AAACACATAA*CATTATTTTTATTGAATGAAAACTATTAC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3C432TF 542 0 0
G
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AAGCTGCGTTTGGGGGATAGCCGATATTAGAGTGAACCGTGAGAAGGCAGGCAAAGGCAG
ACCTTTGAGCAAGAAGCAAAGAGAATGGCGTCTTGAAACTTCTTTTGAGTCACTACGTTT
AGTTCGTTTGCATTCTGAATGTTGAAACACATAAACATTATTTTTATTGAATGAAAA
CTAT

QA 2 538 2 538
DS 

RD RR3DW30JQ 627 0 0
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ATGGGACAAAGAAGCATTGTCCTTAGCTGAGAAAGCCTGCGGGTCTTTTAACGGTGAGCT
AGGCATTTACGCCTTCAAGACTCTGCCAAACTCAACCATACAAGTGAGAATCGAACGGCT
CAGTAACAAGTCCGGTTCTCCGACGATGGAAGACATCGAAGCGTATTCAACCACTTACAG
AGCGAAACTGTCCGAAGCTGAACTCGCCAAGACCGTACCAGACAATATCTCCTTAGAGGT
GTCATCTCCTGGTGTTGAAAGAGTAGTAAGAGTTCCTCAGGATCTTGACCGGTACAAGGA
CAGGTCAATGTATGTGAGGTACGTTAACGAGGAAGCTGAAAATGAAGGTGATGGTATCTT
CAGACTTGTCTCTTTTGATGTGGAAGCCAAAAGCTGCGTTTGGGGGATAGCCGATATTAG
AGTGAACCGTGAGAAGGCAGGCAAAGGCAGACCTTTGAGCAAGAAGCAAAGAGAATGGCG
TCTTGAAACTTCTTTTGAGTCACTACGTTTAGTTCGTTTGCATTCTGAATGTTGAAACAC
ATAAACATTATTTTTATTGAATGAAAA

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL1969Contig1 860 2 9 U
GCAAAACCATGTGTAAGATGAAACTCAAATCCAAAGATATGTTCTATGTTTCTTTACATG
GCCAAGTAACCAACCAATGTATAACAACAACAAAAGTGACACGAGACAATGAAAAAAACA
CGTTCGTGCAAAAGAGTTTTGTCTAATATATTCTCGATCTCTTTAAAACAATATATAACC
TTCCAGATTCAGTTGTTTCTTTTGGGTAAATTTTGAAATTGAAAAACCCAAAGGTACGTA
CGTTACCAACGTTAGAAACTAGGTTGATGGGTCACTGGAGCTTCTGTCTGGTATAATACC
GTGGTCGATTGGGATACTGTTGCTGCTGGAACCTACTGCTCCTGTATGGTCTGAAAAGAA
ACGTACAACGACACAAGTTATGTTGTCTGCACTTCCTCTTTGGTAAGCATCCGTCATCAG
TCTCTTTGCACCTTCCTCGGGATCTTCTATCGCCTTGACCATGCCTACGGCTTCCTCGTT
AGATACAACATCCCAGAGACCATCACTTGCAAGAATGAGAAACTCGAGCGAGCTATCAAC
TTTTTCCTCCTGTATCTCCGGATCAGCAACAACGTACTGCTTCAATAACCTATAGCCAAA
TGCACGAGAAACAGCAAGAACTCCTCCAACTCTCCATGTACCAGCCCACATGACAAATCC
TCCCGCATCTTCAATCCGTTGGCGCTCGTCACTTTGATCAGGCTTGTGATCTCGGGATAC
AGCAATAGCATTGCCACCTCTGCATATGACAGCTCTAGAGTCCCCTACATTTGCAACAAG
GAGACGATCGCCAACTAAGATGGCTGTTGAGGCGTTGAGCCAGCATCTCTGTTCTGACAT
TTTCTGATTTAAGAACTCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU84JQ U 15
AF RR3BU94JQ U 1
BS 1 222 RR3BU94JQ
BS 223 223 RR3EU84JQ
BS 224 345 RR3BU94JQ
BS 346 346 RR3EU84JQ
BS 347 408 RR3BU94JQ
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BS 594 594 RR3EU84JQ
BS 595 860 RR3BU94JQ

RD RR3EU84JQ 591 0 0
AG
GATGAAACTCAAATCCACAGATATGTTCTATGTTTCTTTACATGGCCAAGTAACCAACCA
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TTTTGTCTAATATATTCTCGATCTCTTTAAAACAATATATAACCTTCCAGATTCAGTTGT
TTCTTTTGGGTAAATTTTGAAATTGAAAAACCCAAAGGTACGTACGTTACCAACGTTAGA
AACTAGGTTGATGGGTCACTGGAGCTTCTGTCTGGTATAATACCGTGGTCGATTGGGATA
CTGTTGCTGCTGGAACCTACTGCTCCTGTATGGTCTGAAAAGAAACGTACAACGACACAA
GTTATGTTGTCTGCACTTCCTCTTTGGTAAGCATCCGTCATCAGTCTCTTTGCACCTTCC
TCGGGATCTTCTATCGCCTTGACCATGCCTACGGCTTCC*CGTTAGATACAACATCCCAG
AGACCATCACTTGCAAGAATGAGAAACTCGAGCGAGCTATCAACTTTTTCCTCCTGTATC
TCCGGATCAGCAACAACGTACTGCTTCAATAACCTATAGCCAAATGCAC

QA 3 591 3 591
DS 

RD RR3BU94JQ 860 0 0
GCAAAACCATGTGTAAGATGAAACTCAAATCCAAAGATATGTTCTATGTTTCTTTACATG
GCCAAGTAACCAACCAATGTATAACAACAACAAAAGTGACACGAGACAATGAAAAAAACA
CGTTCGTGCAAAAGAGTTTTGTCTAATATATTCTCGATCTCTTTAAAACAATATATAACC
TTCCAGATTCAGTTGTTTCTTTTGGGTAAATTTTGAAATTGAGAAACCCAAAGGTACGTA
CGTTACCAACGTTAGAAACTAGGTTGATGGGTCACTGGAGCTTCTGTCTGGTATAATACC
GTGGTCGATTGGGATACTGTTGCTGCTGGAACCTACTGCTCCTGTCTGGTCTGAAAAGAA
ACGTACAACGACACAAGTTATGTTGTCTGCACTTCCTCTTTGGTAAGCTTCCGTCATCAG
TCTCTTTGCACCTTCCTCGGGATCTTCTATCGCCTTGACCATGCCTACGGCTTCCTCGTT
AGATACAACATCCCAGAGACCATCACTTGCAAGAATGAGAAACTCGAGCGAGCTATCAAC
TTTTTCCTCCTGTATCTCCGGATCAGCAACAACGTACTGCTTCAATAACCTATCGCCAAA
TGCACGAGAAACAGCAAGAACTCCTCCAACTCTCCATGTACCAGCCCACATGACAAATCC
TCCCGCATCTTCAATCCGTTGGCGCTCGTCACTTTGATCAGGCTTGTGATCTCGGGATAC
AGCAATAGCATTGCCACCTCTGCATATGACAGCTCTAGAGTCCCCTACATTTGCAACAAG
GAGACGATCGCCAACTAAGATGGCTGTTGAGGCGTTGAGCCAGCATCTCTGTTCTGACAT
TTTCTGATTTAAGAACTCCG

QA 1 860 1 860
DS 



AS 1 3

CO CL1970Contig1 1099 3 22 U
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AGGCCAATTTTTCGGCTCCTACAAAAACATACATTAGTTAACAGCATCAGTGTCGCTGAC
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AGCTAAAGATAGCTTGAGTTGGTAGGAGAACTTGTCTGTTCCTGGTCCAATACAGCAAGC
ATAGAACATCCGACCGTCTGGCCTATCGAACCCTTCAACAACCACAATGTCTCCTTCTCC
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GAGCGTTCCACATTTAAACATGAGCGAGGAGAAGGACACGCCAAGTTTAGCCAAGTGTGG
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GTCACAGCTGCTAAAAGGGCAAGTGCGTTGGGTGAATGGACAGTGATCCACATGTGCTGA
TGTTCCAGAACAAGAGACGACCATGGAGCAACCAGCATTCGGACATCGAACTCTAAGTAG
TTCAAGAACACGCTCCATCGCTCTGTTGCGGGAAAGAGTGGGTAAAGAGCATGTTGCGCA
CTTCTGGCTCAACTTTTCGCAGCAAGTAGAGCATGCCATATGCCCATTATCACACTATAT
GCCAAACAAAACAAAACAAAAAAGACATTATGAGAGGAGAATTGCGGTTGAGGTGGAAAC
ATATTGAGAAATGTAACCTGGAAGATGGGAATGGTGAGAAGATTAAAGCAGATGGGACAG
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CTCGAAGTGCTGTTGTTGTTGTCCTCGGATATACTTGCCATTTCGAGAGAGAACTATCAG
GTCAATCCAAAGTTCTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AS03JQ U 119
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AF RR3AS03TF C 435
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ATAGAACATCCGACCGTCTGGCCTATCGAACCCTTCAACAACCACAATTTCTCCTTCTCC
TTTTGTAGTAGTCTGTTCCTTGAGAATGATCCTCTTATTCGCTGTGAGATGAATACGCAC
GAGCGTTCCACATTTAAACATGAGCGAGGAGAAGGAAACGCCAAGTTTAGCCAAGTGTGG
TGCCGCAATGCTGTGTTTAGCAAGGCTGTGTTTGTATAAATCCTTGAAGGAGCAAGTAAA
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TTCAAGAACACGCTCCATCGCTCTGTTGCGGGAAAGAGTGGGTAAAGAGCATGTTGCGCA
CTTCTGGCTTAACTTTTCGCAGCAAGTAGAGCATGCCATATGCCCAT
ATCACACTGGAGA

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DS 

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GTTGTTGTCCTCGGATATACTTGCCATTTCGAGAGAGAACTATCAGGTCAATCCAAAGTT
CTGCC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 4

CO CL1971Contig1 1300 4 13 U
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ATCTTAGAGATTTCAAGAAAAATGGGATCAACGGCAGAGACACAGATAACTCCGGTCCAA
GTCACCGACGACGAAGCCGCTCTCTTTGCCATGCAGTAGCCAGCGCCTCCGTTCTTCCGA
TGGTTTTAAAGTCCGCGCTAGACCTTGATCTTCTCGAGATCATGGCCAAGAACTCTTCTC
CGATGTCTCCTTCTGAGATTGCTTCTAAACTTCAGACCAAAAACCCCGAAGCTCCGGTCA
TGCTCGACCGAATCCTCCGGCTTCTCACGTCTTACTCCATCCTCACCTGCTCCAACCGTA
CTACTCCCGGCGGAGACGGCGTCGAGAGGATTTACGGGCTTGGTCCAGCTTGCAAGTACT
TGACCAAGAACGAAGATGGTGTCTCGATAGCTGCTCTTTGTCTTATGAACCAAGACAAGG
TTCTCATGGAAAGCTGGTACCATTTGAAAGATGCAATTCTTGATGGTGGGATTCCATTCA
ACAAGGCTTATGGAATGACCGCTTTTGAGTACCACGGTAAGGACCTAAGGTTCAACACGG
TCTTTAACAACGGAATGTCTAACCATTCAACCATCACAATGAAGAAGATTCTTGAGACTT
ATAAGGGTTTTGAGGAATTGACTTCTTTGGTTGATGTTGGTGGTGGTATTGGTGCCACTC
TCAAAATGACTGTCTCTAAGTACCCTAACCTTAAAGGCATCAACTTTGATCTCCCCCATG
TCATTGAAGAAGCTACTTCTCATCCCGGTATTGAACACGTTGGAGGAGATATGTTTGTAA
GTGTCCCTAAAGGTGATGCCATTTTCATGAAGTGGATATGCCACGACTGGAGTGATGAAC
ACTGTGTGAAATTCCTGAAGAACTGCTACAAGGCGCTTCCAGAGGATGGAAAAGTGATAC
TAGCAGAGTGTATACTTCCAGAGACACCAGACTCCAGCCTCTCGACCAAACAAGTGGTCC
ATGTTGATTGCATTATGTTGGCTCACAACCCTGGAGGCAAAGAACGGACTGAGAAAGAGT
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GTGTTTACGTTATTGAGCTGCTCAAAAAGATGTAAAAACTCACACAGGCACAAATCCATG
TAATGATGATTTTATATGTAAGCATTTCTCCCATGTCTACGTGTACTTCACCACCTTTGT
TTTAAAACCATGATGTTTAATAAAGGTTTGTTAAGAGATT


BQ
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25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW83TF U 1
AF RR3DG43TF U 264
AF RR3DG43JQ C 775
AF RR3BN53JQ C 489
BS 1 408 RR3FW83TF
BS 409 409 RR3DG43TF
BS 410 484 RR3FW83TF
BS 485 485 RR3DG43TF
BS 486 725 RR3FW83TF
BS 726 932 RR3DG43TF
BS 933 933 RR3BN53JQ
BS 934 987 RR3DG43TF
BS 988 988 RR3BN53JQ
BS 989 1006 RR3DG43TF
BS 1007 1045 RR3BN53JQ
BS 1046 1046 RR3DG43JQ
BS 1047 1300 RR3BN53JQ

RD RR3FW83TF 735 0 0
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ATCTTAGAGATTTCAAGAAAAATGGGATCAACGGCAGAGACACAGATAACTCCGGTCCAA
GTCACCGACGACGAAGCCGCTCTCTTTGCCATGCAGTAGCCAGCGCCTCCGTTCTTCCGA
TGGTTTTAAAGTCCGCGCTAGACCTTGATCTTCTCGAGATCATGGCCAAGAACTCTTCTC
CGATGTCTCCTTCTGAGATTGCTTCTAAACTTCAGACCAAAAACCCCGAAGCTCCGGTCA
TGCTCGACCGAATCCTCCGGCTTCTCACGTCTTACTCCATCCTCACCTGCTCCAACCGTA
CTACTCCCGGCGGAGACGGCGTCGAGAGGATTTACGGGCTTGGTCCAGTTTGCAAGTACT
TGACCAAGAACGAAGATGGTGTCTCGATAGCTGCTCTTTGTCTTATGAACCAAGACAAGG
TTCTGATGGAAAGCTGGTACCATTTGAAAGATGCAATTCTTGATGGTGGGATTCCATTCA
ACAAGGCTTATGGAATGACCGCTTTTGAGTACCACGGTAAGGACCTAAGGTTCAACACGG
TCTTTAACAACGGAATGTCTAACCATTCAACCATCACAATGAAGAAGATTCTTGAGACTT
ATAAGGGTTTTGAGGAATTGACTTCTTTGGTTGATGTTGGTGGTGGTATTGGTGCCACTC
TCAAA
TGATTGTCTC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3DG43TF 745 0 0
G
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TCACGTCTTACTCCATCCTCACCTGCTCCAACCGTACTACTCCCGGCGGTGACGGCGTCG
GGAGGATTTACGGGCTTGGTCCGGCTTGCAAGTACTTGACCAAGAACGACGATGGTGTCT
CGATAGCTGCTCTTTGTCTTATGAACCAAGACAAGGTTCTCATGGAAAGCTGGTACCATT
TGAAAGATGCAATTCTTGATGGTGGGATTCCATTCAACAAGGCTTATGGAATGACCGCTT
TTGAGTACCACGGTAAGGACCTAAGGTTCAACACGGTCTTTAACAACGGAATGTCTAACC
ATTCAACCATCACAATGAAGAAGATTCTTGAGACCTATAAGGGTTTTGAGGAATTGACTT
CTTTGGTTGATGTTGGTGGTGGTATTGGTGCCACTCTCAAAATGACTGTCTCTAAGTACC
CTAACCTTAAAGGCATCAACTTTGATCTCCCCCATGTCATTGAAGAAGCTACTTCTCATC
CCGGTATTGAACACGTTGGAGGAGATATGTTTGTAAGTGTCCCTAAAGGTGATGCCATTT
TCATGAAGTGGATATGCCACGACTGGAGTGATGAACACTGTGTGAAATTCCTGAAGAACT
GCTACAAG*CGCTTCCAGAGGATGGAAAAGTGATACTAGCAGAGTGTATACTTCCAGAGA
CAC*AGACTCCAGCCTCTCGAC
AA

QA 2 743 2 743
DS 

RD RR3DG43JQ 390 0 0
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TTGTAAGTGTCCCTAAAGGTGATGCCATTTTCATGAAGTGGATATGCCACGACTGGAGTG
ATGAACACTGTGTGAAATTCCTGAAGAACTGCTACAAGGCGCTTCCAGAGGATGGAAAAG
TGATACTAGCAGAGTGTATACTTCCAGAGACACCAGACTCCAGCCTCTCGACCAAACAAG
TGGTCCATGTTGATTGCATTATGTTGGCTCACAACCCTGGAGGCAAAGAACGGACTGAGA
AAGAGTTTGAAGCATTAGCTAAAGAATCAGGCTTCAAAGGCATCAAAGTTGCCTGCAATG
CTTTTGGTGTTTACGTTATTGAGCTGCTCA

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DS 

RD RR3BN53JQ 812 0 0
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TATGGAATGACCGCTTTTGAGTACCACGGTAAGGACCTAAGGTTCAACACGGTCTTTAAC
AACGGAATGTCTAACCATTCAACCATCACAATGAAGAAGATTCTTGAGACTTATAAGGGT
TTTGAGGAATTGACTTCTTTGGTTGATGTTGGTGGTGGTATTGGCGCCACTCTCAAAATG
ATTGTCTCTAAGTACCCTAACCTTAAAGGCATCAACTTTGATCTCCCCCATGTCATTGAA
GAAGCTACTTCTCATCCCGGTATTGAACACGTTGGAGGAGATATGTTTGTAAGTGTCCCT
AAAGGTGATGCCATTTTCATGAAGTGGATATGCCACGACTGGAGTGATGAACACTGTGTG
AAATTCCTGAAGAACTGCTACAAGGCGCTTCCAGAGGATGGAAAAGTGATACTAGCAGAG
TATATACTTCCAGAGACACCAGACTCCAGCCTCTCGACCAAACAAGTGGTCCATGTTGAT
TGCATTATGTTGGCTCATAACCCTGGAGGCAAAGAACGGACTGAGAAAGAGTTTGAAGCA
TTAGCTAAAGAATCAGGCTTCAAAGGCATCAAAGTTGCCTGCAATGCTTTTGGTGTTTAC
GTTATTGAGCTGCTCAAAAAGATGTAAAAACTCACACAGGCACAAATCCATGTAATGATG
ATTTTATATGTAAGCATTTCTCCCATGTCTACGTGTACTTCACCACCTTTGTTTTAAAAC
CATGATGTTTAATAAAGGTTTGTTAAGAGATT

QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 5

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TGTTTCTTTCTGTCTAATATTTCGTACAGTGCCATGTTGCACTGTGTATGTGTGTGTGTT
TAATGTGTTCTCGAATAAGTCTTTGGTTTGTGTGTTTTTCGTTTTATTGTAATGTTAAAT
TCTAATGTTTATTTTAAAGAAAATCAAGAAGCG


BQ
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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AF RR3FR55JQ C 1
AF RR3GR55JQ C 1
AF RR3GR55TF U 1
AF RR3FR55TF U 1
AF RR3FW57TF U 1
BS 1 309 RR3GR55TF
BS 310 310 RR3FR55TF
BS 311 495 RR3GR55TF
BS 496 513 RR3FW57TF

RD RR3FR55JQ 495 0 0
GGACACTTAACAATTGTTTCCTTCCAACTCTCGCTCTCTCTTAAACTTTCTTCCTCTCTC
GCAAAATGAAGCTTTCTTTGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCATGATTATGATATTCG
TCGCTTCAGGGATGGGTCCAGTCACCGTGGAGGCACGCACGTGTGAGTCGAAGAGCCATA
AGTTCAGGGGTCCTTGTGTGAGCAGGCACAATTGCGCAAATGTGTGCCACAACGAAGGTT
TTCATGGAGGTAAATGCCGTGGGTTCCGTCGTCGTTGCTACTGTACCAGACATTGCTGAT
CCATCCATCTCAATCGATTCTCATAAATCTTCAATCCATCGTCTCGTCTCTTCTCGTGTT
TGTTTCTTTCTGTCTAATATTTCGTACAGTGCCATGTTGCACTGTGTATGTGTGTGTGTT
TAATGTGTTCTCGAATAAGTCTTTGGTTTGTGTGTTTTTCGTTTTATTGTAATGTTAAAT
TCTAATGTTTATTTT

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3GR55JQ 495 0 0
GGACACTTAACAATTGTTTCCTTCCAACTCTCGCTCTCTCTTAAACTTTCTTCCTCTCTC
GCAAAATGAAGCTTTCTTTGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCATGATTATGATATTCG
TCGCTTCAGGGATGGGTCCAGTCACCGTGGAGGCACGCACGTGTGAGTCGAAGAGCCATA
AGTTCAGGGGTCCTTGTGTGAGCAGGCACAATTGCGCAAATGTGTGCCACAACGAAGGTT
TTCATGGAGGTAAATGCCGTGGGTTCCGTCGTCGTTGCTACTGTACCAGACATTGCTGAT
CCATCCATCCCAATCGATTCTCATAAATCTTCAATCCATCGTCTCGTCTCTTCTCGTGTT
TGTTTCTTTCTGTCTAATATTTCGTACAGTGCCATGTTGCACTGTGTATGTGTGTGTGTT
TAATGTGTTCTCGAATAAGTCTTTGGTTTGTGTGTTTTTCGTTTTATTGTAATGTTAAAT
TCTAATGTTTATTTT

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3GR55TF 495 0 0
GGACACTTAACAATTGTTTCCTTCCAACTCTCGCTCTCTCTTAAACTTTCTTCCTCTCTC
GCAAAATGAAGCTTTCTTTGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCATGATTATGATATTCG
TCGCTTCAGGGATGGGTCCAGTCACCGTGGAGGCACGCACGTGTGAGTCGAAGAGCCATA
AGTTCAGGGGTCCTTGTGTGAGCAGGCACAATTGCGCAAATGTGTGCCACAACGAAGGTT
TTCATGGAGGTAAATGCCGTGGGTTCCGTCGTCGTTGCTACTGTACCAGACATTGCTGAT
CCATCCATCCCAATCGATTCTCATAAATCTTCAATCCATCGTCTCGTCTCTTCTCGTGTT
TGTTTCTTTCTGTCTAATATTTCGTACAGTGCCATGTTGCACTGTGTATGTGTGTGTGTT
TAATGTGTTCTCGAATAAGTCTTTGGTTTGTGTGTTTTTCGTTTTATTGTAATGTTAAAT
TCTAATGTTTATTTT

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3FR55TF 495 0 0
GGACACTTAACAATTGTTTCCTTCCAACTCTCGCTCTCTCTTAAACTTTCTTCCTCTCTC
GCAAAATGAAGCTTTCTTTGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCATGATTATGATATTCG
TCGCTTCAGGGATGGGTCCAGTCACCGTGGAGGCACGCACGTGTGAGTCGAAGAGCCATA
AGTTCAGGGGTCCTTGTGTGAGCAGGCACAATTGCGCAAATGTGTGCCACAACGAAGGTT
TTCATGGAGGTAAATGCCGTGGGTTCCGTCGTCGTTGCTACTGTACCAGACATTGCTGAT
CCATCCATCTCAATCGATTCTCATAAATCTTCAATCCATCGTCTCGTCTCTTCTCGTGTT
TGTTTCTTTCTGTCTAATATTTCGTACAGTGCCATGTTGCACTGTGTATGTGTGTGTGTT
TAATGTGTTCTCGAATAAGTCTTTGGTTTGTGTGTTTTTCGTTTTATTGTAATGTTAAAT
TCTAATGTTTATTTT

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3FW57TF 513 0 0
GGACACTTAACAATTGTTTCCTTCCAACTCTCGCTCTCTCTTAAACTTTCTTCCTCTCTC
GCAAAATGAAGCTTTCTTTGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCATGATTATGATATTCG
TCGCTTCAGGGATGGGTCCAGTCACCGTGGAGGCACGCACGTGTGAGTCGAAGAGCCATA
AGTTCAGGGGTCCTTGTGTGAGTAGGCACAATTGCGCAAATGTGTGCCACAACGAAGGTT
TTCATGGAGGTAAATGCCGTGGGTTCCGTCGTCGTTGCTACTGTACCAGACATTGCTGAT
CCATCCATCTCAATCGATTCTCATAAATCTTCAATCCATCGTCTCGTCTCTTCTCGTGTT
TGTTTCTTTCTGTCTAATATTTCGTACAGTGCCATGTTGCACTGTGTATGTGTGTGTGTT
TAATGTGTTCTCGAATAAGTCTTTGGTTTGTGTGTTTTTCGTTTTATTGTAATGTTAAAT
TCTAATGTTTATTTTAAAGAAAATCAAGAAGCG

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 5

CO CL1973Contig1 657 5 4 U
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GATGACAGTAGCAGCTTCGTCCTCCGTAGCAGTCATGATGCCACGTGTCACCTCCGTATC
CGCCCGCTTCTCAGCCGTTCCTTGCCTTCCTCCTCGCTCTTTTGGCCGATCCTCTTTCGC
TGTTCCGGTGAAACTACTTTCAGGGAATGGTTTGCCCAAGGTTGAATTGATGAAGACGAG
AGCTTCTTCATCAGATGAGACCTCAACGGCCATTGACACCAACGAGATCTTCACAGACTT
GAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAGTCAACTGTAATAATCTATGGAGGAGGAGC
TGTTGTTGCTGTTTGGTTATCTTCCATTGTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTGCT
TCCCAAGGTGATGGAACTTGTTGGTCTTGGGTACACAGGATGGTTCGTCTACAGATACCT
TCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAGAT
CGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCAAAAAAATATAAACCAGCTTTCTCTATGGGATTTTC
CTGTAATATGATATGTTATACAATATATATATTTCAAGAATGTATCTTCTGCGGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR3G438TF U 1
AF RR3DY64JQ C 43
AF RR3DY64TF U 43
AF RR3DE04JQ C 163
AF RR3DE04TF U 163
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GATGACAGTAGCAGCTTCGTCCTCCGTAGCAGTCATGATGCCACGTGTCACCTCCGTATC
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AGCTTCTTCATCAGATGAGACCTCAACGGCCATTGACACCAACGAGATCTTCACAGACTT
GAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGAACAAGTCAACTGTAATAATCTATGGAGGAGGAGC
TGTTGTTGCTGTTTGGTTATCTTCCATTGTTGTTGGTGCCATCAACTCTGTTCCTCTGCT
TCCCAAGGTGATGGAACTTGTTGGTCTTGGGTACACAGGATGGTTCGTCTACAGATACCT
TCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATTCCTTGAAGAAGAAGAT
CGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCAAAAAAATATAAACCAGCTTTCTCTATGGGATTTTC
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DS 

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GG
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GTGTCACCTCCGTATCCGCCCGCTTTTCAGCCGTTCCTTGCCTTCCTCCTCGCTCTTTTG
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TCTATGGAGGAGGAGCTGTTGTTGCTGTTTGGTTATCTTCCATTGTTGTTGGTGCCATCA
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CCTTGAAGAAGAAGATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCAAAAAAATATAAACCAGCTT
TCTCTATGGGATTTTCCTGTAATATGATATGTTATACA

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DS 

RD RR3DY64TF 580 0 0
GG
GGTGTGCTTCGATGGCGATGACAGTAGCAGCTTCGTCCTCCGTAGCAGTCATGATGCCAC
GTGTCACCTCCGTATCCGCCCGCTTCTCAGCCGTTCCTTGCCTTCCTCCTCGCTCTTTTG
GCCGATCCTCTTTCGCTGTTCCGGTGAAACTACTTTCAGGGAATGGTTTGCCCAAGGTTG
AATTGATGAAGACGAGAGCTTCTTCATCAGATGAGACCTCAACGGCCATTGACACCAACG
AGATCTTCACAGACTTGAAGGAAAAGTGGGATGGTCTTGAGGACAAGTCAACTGTAATAA
TCTATGGAGGAGGAGCTGTTGTTGCTGTTTGGTTATCTTCCATTGTTGTTGGTGCCATCA
ACTCTGTTCCTCTGCTTCCCAAGGTGATGGAACTTGTTGGTCTTGGGTACACAGGATGGC
TCGTCTACAGATACCTTCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGATT
CCTTGAAGAAGAAGATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCAAAAAA*TATAAACCAGCTT
TCTCTATGGGATTTTCCTGTAATATGATATGTTATACA

QA 3 580 3 580
DS 

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G
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ATCTTCTGCGGTCT

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DS 

RD RR3DE04TF 495 0 0
G
GGCCGATCCTCTTTCGCTGTTCCGGTGAAACTACTTTCAGGGAATGGTTTGCCCAAGGTT
GAATTGATGAAGACGAGAGCTTCTTCATCAGATGAGACCTCAACGGCCATTGACACCAAC
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ATCTATGGAGGAGGAGCTGTTGTTGCTGTTTGGTTATCTTCCATTGTTGTTGGTGCCATC
AACTCTGTTCCTCTGCTTCCCAAGGTGATGGAACTTGTTGGTCTTGGGTACACAGGATGG
TTCGTCTACAGATACCTTCTCTTCAAGTCAAGCAGAAAGGAGTTGGCTGAGGATATTGAT
TCCTTGAAGAAGAAGATCGCAGGGACCGAATAGATTCTTTCAAAAAAATATAAACCAGCT
TTCTCTATGGGATTTTCCTGTAATATGATATGTTATACAATATATATATTTCAAGAATGT
ATCTTCTGCGG
TCT

QA 2 492 2 492
DS 



AS 1 4

CO CL1974Contig1 1389 4 7 U
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TACACAAATTGGATTCAAGCAAAAACAAATGAAATAGTGGATGATGGAACTGTGATTGGA
GGATATCAATCATCAATAGGGGTTGCTCCTGTGAGGAGTTTGAGGAGCAGAGCGAGGAGG
ATTGAGCAGAGGCCGAAGAGCCTTCACCACTATGCTCATGTTTGGCCTAAAGTCTGCCTC
GAATTGCACACATAGAGCAGCTACTGCAGCCAGCTTGGCAACAGCTTTGGGAGGATACTC
TCCGTTTAGTCTTGCATCAACGCACTGCTCCACCTTGTCTTCACTCAGTTTAGGGGCTGC
CCATGTGACGAGACTCTGCTGTCCTCGTGGTAAGGTATGATCAACTGGTTTACGACCTGT
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ATCCTCAAACAGAAGCACATTGCTGGATTTGATGTCTCTGTGAATAACATGAGGGTTTGC
CTTCTCGTGCAAGTACTCCAGCCCTCTAGCCGCACCAACAGCGATCTTAACTCTCTGGTT
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ATGAAGAGATCCATTAGAGGCAAATTCATAAGCAAGAACACGGAGCGGGCCATCAACGCA
ATATCCCAGAAGCGCGACAACATTGTCTTGTCTCAATCTCGAAACCATTGATACCTGGGC
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ACCATAGTTATCGGTTAGATCTTTCAGTTCATCAGCTGGAATGGCAGGCACAGAGATAGG
CTGCATCTGAATGAACGGTGAGTTCTTGGGTGGATCTGTCTTTTGATGGTGACCATTGAG
ACCATCTCTGTTAAACACTGGCTTTGGTCCGGTTTCAGAAACTCTACGAAAATCCTCACC
ACCACCAAAACAGCCAAAGCAGCTCATTACCCTTTTCTCCTCTTACACAAACTTACAAGA
ACCTTTTTTTCGAAAACAATATCACAGAAGACAAAGAGACGAGATGAGTCGAATAAGAAG
AAGAAGCTCTTGGAGGATGTTCGCTATCTTCTTGTACGCTTAAGAAGAGGACAAAGACTT
TTCTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB44JQ U 16
AF RR3H337JQ U 1
AF RR3H337TF C 339
AF RR3EB44TF C 725
BS 1 193 RR3H337JQ
BS 194 194 RR3EB44JQ
BS 195 737 RR3H337JQ
BS 738 745 RR3H337TF
BS 746 746 RR3EB44TF
BS 747 1023 RR3H337TF
BS 1024 1389 RR3EB44TF

RD RR3EB44JQ 594 0 0
GATAAATGATGATATAGGAGTTAAAAAGCCATACTTTCATGAATTTACACAAATTGGATT
CAAGCAAAAACAAATGAAATAGTGGATGATGGAACTGTGATTGGAGGATATCAATCATCA
ATAGGGGTTGTTCCTGTGAGGAGTTTGAGGAGCAGAGCGAGGAGGATTGAGCAGAGGCCG
AAGAGCCTTCACCACTATGCTCATGTTTGGCCTAAAGTCTGCCTCGAATTGCACACATAG
AGCAGCTACTGCAGCCAGCTTGGCAACAGCTTTGGGAGGATATTCTCCGTTTAGTCTTGC
ATCAACGCACTGCTCCACCTTGTCTTCACTCAGTTTAGGAGTTGCCCATGTGACGAGACT
CTGCTGTCCTCGTGGTAAGGTATGATCAACTGGTTTACGACCTGTGAGGAGCTCTAGCAG
AACAACACCAAAACTGTAGACATCACTCTTTGTGCTCAGTGTTCCTGTCATTGCATACTC
TGGAGCGTGATAGCCAAAAGTTCCAAGCACACGAGTTGAGTGAAGACGCGCAGCCATGTC
AGGGGCTTGGTTAGACAGATCAAAATCAGCAATCTTGGCGACATCATCCTCAAA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3H337JQ 737 0 0
ATATAGAAATTTTTTGATAAATGATGATATAGGAGTTAAAAAGCCATACTTTCATGAATT
TACACAAATTGGATTCAAGCAAAAACAAATGAAATAGTGGATGATGGAACTGTGATTGGA
GGATATCAATCATCAATAGGGGTTGCTCCTGTGAGGAGTTTGAGGAGCAGAGCGAGGAGG
ATTGAGCAGAGGCTGAAGAGCCTTCACCACTATGCTCATGTTTGGCCTAAAGTCTGCCTC
GAATTGCACACATAGAGCAGCTACTGCAGCCAGCTTGGCAACAGCTTTGGGAGGATACTC
TCCGTTTAGTCTTGCATCAACGCACTGCTCCACCTTGTCTTCACTCAGTTTAGGGGCTGC
CCATGTGACGAGACTCTGCTGTCCTCGTGGTAAGGTATGATCAACTGGTTTACGACCTGT
GAGGAGCTCTAGCAGAACAACACCAAAACTGTAGACATCACTCTTTGTGCTCAGTGTTCC
TGTCATTGCATACTCTGGAGCGTGATAGCCAAAAGTTCCGAGCACACGAGTTGAGTGAAG
ACGCGCAGCCATGTCAGGGGCTTGGTTAGACAGATCAAAATCAGCAATCTTGGCGACATC
ATCCTCAAACAGAAGCACATTGCTGGATTTGATGTCTCTGTGAATAACATGAGGGTTTGC
CTTCTCGTGCAAGTACTCCAGCCCTCTAGCCGCACCAACAGCGATCTTAACTCTCTGGTT
CCACGACAGAACAGGAC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3H337TF 686 0 0
CTTCACTCAGTTTAGGGGCTGCCCATGTGACGAGACTCTGCTGTCCTCGTGGTAAGGTAT
GATCAACTGGTTTACGACCTGTGAGGAGCTCTAGCAGAACAACACCAAAACTGTAGACAT
CACTCTTTGTGCTCAGTGTTCCTGTCATTGCATACTCTGGAGCGTGATAGCCAAAAGTTC
CGAGCACACGAGTTGAGTGAAGACGCGCAGCCATGTCAGGGGCTTGGTTAGACAGATCAA
AATCAGCAATCTTGGCGACATCATCCTCAAACAGAAGCACATTGCTGGATTTGATGTCTC
TGTGAATAACATGAGGGTTTGCCTTCTCGTGCAAGTACTCCAGCCCTCTAGCCGCACCAA
CAGCGATCTTAACTCTCTGGTTCCACGACAGAACAGGACCTGGCTGTGCTCCTTTAACAC
CTTTTCTACCGTGAAGAATATCATGAAGAGATCCATTAGAGGCAAATTCATAAGCAAGAA
CACGGAGCGGGCCATCAACGCAATATCCCAGAAGCGCGACAACATTGTCTTGTCTCAATC
TCGAAACCATTGATACCTGGGCGAGAAACTCTTGATCAGGTTGTTTACTGGAATCAAGTT
TCTTAATGGCAGCTGCCTTTCCGTTTTTAAGAACACCGTAAAACACTCTTCCATAAGAGC
CTTCACCAATCAAGGACTTTGAACC
C

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3EB44TF 665 0 0
GACAGAACAGGACCTGGCTGTACTCCTTTAACAC*TTTTCTACCGTGAAGAATATCATGA
AGAGATCCATTAGAGGCAAATTCATAAGCAAGAACACGGAGCGGGCCATCAACGCAATAT
CCCAGAAGCGCGACAACATTGTCTTGTCTCAATCTCGAAACCATTGATACCTGGGCGAGA
AACTCTTGATCAGGTTGTTTACTGGAATCAAGTTTCTTAATGGCAGCTGCCTTTCCGTTT
TTAAGAACACCGTAAAACACTCTTCCATAAGAGCCTTCACCAATCAAGGACTTTGAACCA
TAGTTATCGGTTAGATCTTTCAGTTCATCAGCTGGAATGGCAGGCACAGAGATAGGCTGC
ATCTGAATGAACGGTGAGTTCTTGGGTGGATCTGTCTTTTGATGGTGACCATTGAGACCA
TCTCTGTTAAACACTGGCTTTGGTCCGGTTTCAGAAACTCTACGAAAATCCTCACCACCA
CCAAAACAGCCAAAGCAGCTCATTACCCTTTTCTCCTCTTACACAAACTTACAAGAACCT
TTTTTTCGAAAACAATATCACAGAAGACAAAGAGACGAGATGAGTCGAATAAGAAGAAGA
AGCTCTTGGAGGATGTTCGCTATCTTCTTGTACGCTTAAGAAGAGGACAAAGACTTTTCT
TCCCC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 2 4

CO CL1975Contig1 641 2 1 U
CGATAGTAATCTCATAACTAGTGTGAACATTTATTTAGTCGAAATACATATATTGTTCCC
CACTCATTTTTATATTTTCTTACATATTCATATCCCCAGGATGATCAAATCGAACTCACA
ACACCATCATCCTCATTCTCAACACTCCTGATCCTTGAGTTCACAACCCTACAGTTCTTT
CTTATCTCGCCTTGAGTTCCAGTCAAAGGTTTAAGATTTCCCATCCGAATCATTGCTTCA
GTGAATGCTTGAAAGAACACGAACCTGTTGTTGCTGTATTGCTCCACTAGTGGAATCGTA
AATGCTCTTGGGGTTGAAAACAGTTCTTGATCGCTCTGAATCAGTCCTTTCCCATTACGA
AAATTGGTGTAGTACTGATTATCGAAACCATCTGGAGTCACAGGATCGAAGTTGACCAAA
ACAGTACCGTTTCCGTTTTGAGGGCACAATCCACGGAGTTGGGTGAGGTAAGTTGGGTTG
AGACTAGGGTCAGGTCTATTGGTACCGTTGAAGTTGTAGAGACGAGGTGTCACAAATTGA
CATTGTGCTCTTCCAAATGTGTGACCACCAGAAAGAGCGACTAGATCGGAGGGGCGGTTT
AGACCAACCGCAGCAAAACTTGCATTAAGTTGAGCAAGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW62JQ U 16
AF RR3DQ11JQ U 1
BS 1 641 RR3DQ11JQ

RD RR3FW62JQ 502 0 0
AACTAGTGTGAACATTTATTTAGTCGAAATACATATATTGTTCCCCACTCATTTTTATAT
TTTCTTACATATTCATATCCCCAGGATGATCAAATCGAACTCACAACACCATCATCCTCA
TTCTCAACACTCCTGATCCTTGAGTTCACAACCCTACAGTTCTTTCTTATCTCGCCTTGA
GTTCCAGTCAAAGGTTTAAGATTTCCCATCCGAATCATTGCTTCAGTGAATGCTTGAAAG
AACACGAACCTGTTGTTGCTGTATTGCTCCACTAGTGGAATCGTAAATGCTCTTGGGGTT
GAAAACAGTTCTTGATCGCTCTGGATCAGTCCTTTCCCATTACGAAGATTGGTGTAGTAC
TGATTATCGAAACCATCTGGAGTCACAGGATCGAAGTTGACCAAAACAGTACCGTTTCCG
TTTTGAGGGCACAATCCACGGAGTTGGGTGAGGTAAGTTGGGTTGAGACTAGGGTCAGGT
CTATTGGTACCGTTGAAGTTGT

QA 1 502 1 502
DS 

RD RR3DQ11JQ 641 0 0
CGATAGTAATCTCATAACTAGTGTGAACATTTATTTAGTCGAAATACATATATTGTTCCC
CACTCATTTTTATATTTTCTTACATATTCATATCCCCAGGATGATCAAATCGAACTCACA
ACACCATCATCCTCATTCTCAACACTCCTGATCCTTGAGTTCACAACCCTACAGTTCTTT
CTTATCTCGCCTTGAGTTCCAGTCAAAGGTTTAAGATTTCCCATCCGAATCATTGCTTCA
GTGAATGCTTGAAAGAACACGAACCTGTTGTTGCTGTATTGCTCCACTAGTGGAATCGTA
AATGCTCTTGGGGTTGAAAACAGTTCTTGATCGCTCTGAATCAGTCCTTTCCCATTACGA
AAATTGGTGTAGTACTGATTATCGAAACCATCTGGAGTCACAGGATCGAAGTTGACCAAA
ACAGTACCGTTTCCGTTTTGAGGGCACAATCCACGGAGTTGGGTGAGGTAAGTTGGGTTG
AGACTAGGGTCAGGTCTATTGGTACCGTTGAAGTTGTAGAGACGAGGTGTCACAAATTGA
CATTGTGCTCTTCCAAATGTGTGACCACCAGAAAGAGCGACTAGATCGGAGGGGCGGTTT
AGACCAACCGCAGCAAAACTTGCATTAAGTTGAGCAAGTGT

QA 1 641 1 641
DS 



CO CL1975Contig2 760 2 2 U
GGACCATCACCCACACACACAACTCAAATCAGCTTAGGAAAATGAGGTTTTTTCCTTCGT
TCTCTTGCAGTGTCATGGGAGCCCTAGTATTGGGTTGCCTTCTGCTTCAAGCATCAAACT
CTGACGCTCAACCATTAACGCCTGATTTCTATTCCAGAACATGCCCGGGTGTCTTCGATA
TCATTTGGAGGACCATCGTCGCTGAATTACGCTCCGATCCTCGTATTGCCGCTAGCATCC
TTCGTCTTCACTTCCATGACTGTTTTGTTAATGGTTGTGATGCATCGATCCTGCTGGACA
GTTCCACATCTTTCAGGACCGAGAAAGATGCTGCTCCAAACGCTAATTCGGCTAGAGGGT
TTGACGTCATAGATAGAATGAAAGCCGAGATTGAGATTGCGTGCCCAAGAACAGTTTCTT
GTGCAGATGTTCTTACCATCGCTTCTCAAATATCAGTGATTTTGTCAGGAGGTCCAGGGT
GGCCGGTTCCATTGGGAAGGAGAGACAGCTTACGAGCTTTCTTCGATCTGGCTAATACAG
CTCTTCCTTCTCCCTTTTTCACACTTGCTCAACTTAATGCAAGTTTTGCTGCGGTTGGTC
TAAACCGCCCCTCCGATCTAGTCGCTCTTTCTGGTGGTCACACATTTGGAAGAGCACAAT
GTCAATTTGTGACACCTCGTCTCTACAACTTCAACGGTACCAATAGACCTGACCCTAGTC
TCACCCAACTTACTCACCCAACTCCGTGGATGTGCCCTCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DQ11TF U 1
AF RR3FW62TF U 1
BS 1 647 RR3DQ11TF
BS 648 760 RR3FW62TF

RD RR3DQ11TF 647 0 0
GGACCATCACCCACACACACAACTCAAATCAGCTTAGGAAAATGAGGTTTTTTCCTTCGT
TCTCTTGCAGTGTCATGGGAGCCCTAGTATTGGGTTGCCTTCTGCTTCAAGCATCAAACT
CTGACGCTCAACCATTAACGCCTGATTTCTATTCCAGAACATGCCCGGGTGTCTTCGATA
TCATTTGGAGGACCATCGTCGCTGAATTACGCTCCGATCCTCGTATTGCCGCTAGCATCC
TTCGTCTTCACTTCCATGACTGTTTTGTTAATGGTTGTGATGCATCGATCCTGCTGGACA
GTTCCACATCTTTCAGGACCGAGAAAGATGCTGCTCCAAACGCTAATTCGGCTAGAGGGT
TTGACGTCATAGATAGAATGAAAGCCGAGATTGAGATTGCGTGCCCAAGAACAGTTTCTT
GTGCAGATGTTCTTACCATCGCTTCTCAAATATCAGTGATTTTGTCAGGAGGTCCAGGGT
GGCCGGTTCCATTGGGAAGGAGAGACAGCTTACGAGCTTTCTTCGATCTGGCTAATACAG
CTCTTCCTTCTCCCTTTTTCACACTTGCTCAACTTAATGCAAGTTTTGCTGCGGTTGGTC
TAAACCGCCCCTCCGATCTAGTCGCTCTTTCTGGTGGTCACACATTT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3FW62TF 760 0 0
GGACCATCACCCACACACACAACTCAAATCAGTTTAGGAAAATGAGGTTTTTTCCTTCGT
TCTCTTGCAGTGTCATGGGGGCCCTAGTATTGGGTTGCCTTCTGCTTCAAGCATCAAACT
CTGACGCTCAACCATTAACGCCTGATTTCTATTCCAGAACATGCCCGGGTGTCTTCGATA
TCATTTGGAGGACCATCGTCGCTGAATTACGCTCCGATCCTCGTATTGCCGCTAGCATCC
TTCGTCTTCACTTCCATGACTGTTTTGTTAATGGTTGTGATGCATCGATCCTGCTGGACA
GTTCCACATCTTTCAGGACCGAGAAAGATGCTGCTCCAAACGCTAATTCGGCTAGAGGGT
TTGACGTCATAGATAGAATGAAAGCCGAGATTGAGATTGCGTGCCCAAGAACAGTTTCTT
GTGCAGATGTTCTTACCATCGCTTCTCAAATATCAGTGATTTTGTCAGGAGGTCCAGGGT
GGCCGGTTCCATTGGGAAGGAGAGACAGCTTACGAGCTTTCTTCGATCTGGCTAATACAG
CTCTTCCTTCTCCCTTTTTCACACTTGCTCAACTTAATGCAAGTTTTGCTGCGGTTGGTC
TAAACCGCCCCTCCGATCTAGTCGCTCTTTCTGGTGGTCACACATTTGGAAGAGCACAAT
GTCAATTTGTGACACCTCGTCTCTACAACTTCAACGGTACCAATAGACCTGACCCTAGTC
TCACCCAACTTACTCACCCAACTCCGTGGATGTGCCCTCA

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 3

CO CL1976Contig1 525 3 3 U
GGAACCATCGAACCAATAAATGTAAAATTCAAAAGAAAAAAAAAACAAACTTGTTTGTAA
CGTAAGAATATTACAAAGAACAATATGTCGTCATCACAGTTCGTTATCTTTTGTATTATC
TTGATTACTTTATTTCCTCGTCGTGAATTTGTTGATGGCCAAGTTCTTGGTGTGGGTAAA
GAAGCTTGTAAGCAAATCAAATGCGGCGAAGACAATAAACTTAATTGTAATTGTTGTGTC
TCCAATGATGGGAATCAGTACAGGTGTTACGCTAAGATGGAATTTTGTAAAGAAATGTGC
GGAAATATGTTATAAGCTATTCGGAGAACCTACATCAGAGATTATAAATACCTGGATGAA
TAATTTATTTAATATCTTATATCTACTTTCGTTTTCCATTAGTCCAACAAATTCAGTTTA
TGCCTATTGTATTTAGTGTTAGAGACTTTCATATTCTATGTAATGCACAATGGTTTAAGT
ATCTTAACTTCAAAGTTTGTTATGAGAAGTGATATTTTCTATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU23TF U 1
AF RR3DL13TF U 5
AF RR3BP45TF U 5
BS 1 45 RR3FU23TF
BS 46 46 RR3DL13TF
BS 47 525 RR3FU23TF

RD RR3FU23TF 525 0 0
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CGTAAGAATATTACAAAGAACAATATGTCGTCATCACAGTTCGTTATCTTTTGTATTATC
TTGATTACTTTATTTCCTCGTCGTGAATTTGTTGATGGCCAAGTTCTTGGTGTGGGTAAA
GAAGCTTGTAAGCAAATCAAATGCGGCGAAGACAATAAACTTAATTGTAATTGTTGTGTC
TCCAATGATGGGAATCAGTACAGGTGTTACGCTAAGATGGAATTTTGTAAAGAAATGTGC
GGAAATATGTTATAAGCTATTCGGAGAACCTACATCAGAGATTATAAATACCTGGATGAA
TAATTTATTTAATATCTTATATCTACTTTCGTTTTCCATTAGTCCAACAAATTCAGTTTA
TGCCTATTGTATTTAGTGTTAGAGACTTTCATATTCTATGTAATGCACAATGGTTTAAGT
ATCTTAACTTCAAAGTTTGTTATGAGAAGTGATATTTTCTATTTT

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3DL13TF 520 0 0
GG
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AATATTACAAAGAACAATATGCCGTCATCACAGTTCGTTATCTTTTGTATTATCTTGATT
ACTTTATTTCCTCGTCGTGAATTTGTTGATGACCAAGTTCTTGGTGTGGGTAAAGAAGCT
TGTAAGCAAATCAAATGCGGCGAAGACAATAAACTTAATTGTAATTGTTGTGTCTCCAAT
GATGGGAATCAGTACAGGTGTTACGCTAAGATGGAATTTTGTAAGGAAATGTGCGGAAAT
ATGTTATAAGCTATTCGGAGAACCTACATCAGAGATTATAAATACCTGGATGAATAATTT
ATTTAATATCTTATATCTACTTTCGTTTTCCATTAGTCCAACAAATTCAGTTTATGCCTA
TTGTATTTAGTGTTAGAGACTTTGATATTCTATGTAATGCACAATGGTTTAAGTATCTTA
ACTTCAAAGTT*GTTATGAGAAGTGATATTTT
CTATTT

QA 3 514 3 514
DS 

RD RR3BP45TF 501 0 0
GG
ATCGAACCAATAAATGTAAAATTCAAAAGAAAAAAAAAACAAACTTGTTTGTAACGTAAG
AATATTACAAAGAACAATATGTCGTCATCACAGTTCGTTATCTTTTGTATTATCTTGATT
ACTTTATTTCCTCGTCGTGAATTTGTTGATGGCCAAGTTCTTGGTGTGGGTAAAGAAGCT
TGTAAGCAAATCAAATGCGGCGAAGACAATAAACTTAATTGTAATTGTTGTGTCTCCAAT
GATGGGAATCAGTACAGGTGTTACGCTAAGATGGAATTTTGTAAAGAAATGTGCGGAAAT
ATGTTATAAGCTATTCGGAGAACCTACATCAGAGATTATAAATACCTGGATGAATAATTT
ATTTAATATCTTATATCTACTTTCGTTTTCCATTAGTCCAACAAATTCAGTTTATGCCTA
TTGTATTTAGTGTTAGAGACTTTCATATTCTATGTAATGCACAATGGTTTAAGTATCTTA
ACTTCAAAGTT
TGTTATGA

QA 3 493 3 493
DS 



AS 2 5

CO CL1977Contig1 878 3 8 U
GGAGTAAAACAACTACTTTTATATTACGTGCCATTATACTCCGCATGGTTTCACATTTAG
CCTTTACAGAGTCAGAAAAAACCTAGGAAATAAAAAAAAAAGCAATAAACCTTCTTTATT
CTGAAAGAAAAAACTATCAAAAATGTGCTATGTGATAAAAAAATTGAAAAGGAAAGGAGA
ATTCTCAGAGAGAATGAGTGACATTTGTGTGATTTAAGGGGAAGTAAAGGGTAACTCTGG
CATTGTTGAACAACAAAAAGGTTCCTCTTCAATGATACTTAGCATGTGATGAACTGCTCC
TGCAATGTCATCTACTGAACTTAGCTGGCAACTCTCTTCCACCTTAGTGCTGATTGAGTA
AATGGCAAAAGTTTCCAATGTTGTGACACTGAGGTGAAGCACGGAGAGGGAGAGTGACTG
TAGAGCAGCCACTAGTTTTGAAAGTTGCGGTGGTCCGGTGGTAGCCACCACCGAGGTCCA
TTGGAAACCTCTTCTTCTTGACAGGATTCTGATGTTAGCATGAGAGATCTTAAGACAGAG
AGATGCTGATTCATTTGTCTTCTTCGATTTCTTTCTACCGCGATGTGAGTTATTCGCTGA
TCCTCAGCTTCTTCTTCGTTTTTGCAAACCCTAGGCTTCCTCCTCCGCCGCTTCTTCTCT
CTGCTAGCCGGTGGTGGCTGCCGTGATGCCGGTTCTTGGGGAGACATCTCCGGAATTGTG
TTCTTGGCGATGATGATGTCATTTTCCGGCGATGGCTCGAGATCGAGGAGAGACTTGAAT
GGGGTTGGTGAAAGAGACTCGGAGAGCGAAAAGTTTAAGAGACCGTTTGATGATAAAGCT
TCTAGTGTCATTGCTCTTTACAACGTTTTCTTCCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G359JQ U 1
AF RR3A935JQ U 1
AF RR3A935TF C 172
BS 1 97 RR3A935JQ
BS 98 98 RR3G359JQ
BS 99 141 RR3A935JQ
BS 142 142 RR3G359JQ
BS 143 160 RR3A935JQ
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BS 162 664 RR3A935JQ
BS 665 878 RR3A935TF

RD RR3G359JQ 421 0 0
GGAGT
AAAACAACTACTTTTATATTACGTGCCATTATACTCCGCATGGTTTCACATTTAGCCTTT
ACAGAGTCAGAAAAAACCTAGGAAATAAAAAAAAAAGCAATAAACCTTCTTTATTCTGAA
AGAAAAAACTATCAAAAATGTGCTATGTGATAAAAAAATTGAAAAGGAAAGGAAAATTCT
CAAAAAGAATGAGTGACATTTGTGTGATTTAAGGGGAAGTAAAGGGTAACTCTGGCATTG
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TGTCATCTACTGAACTTAGCTGGCAACTCTCTTCCACCTTAGTGCTGATTGAGTAAATGG
CAAAAGTTTCCAATGTCGTGACACTGAGGTGAAGCACGGAGAGGGAGAGTGACTGT

QA 6 421 6 421
DS 

RD RR3A935JQ 664 0 0
GGAGTAAAACAACTACTTTTATATTACGTGCCATTATACTCCGCATGGTTTCACATTTAG
CCTTTACAGAGTCAGAAAAAACCTAGGAAATAAAAAAGAAAGCAATAAACCTTCTTTATT
CTGAAAGAAAAAACTATCAAAGATGTGCTATGTGATAAAAGAATTGAAAAGGAAAGGAGA
ATTCTCAGAGAGAATGAGTGACATTTGTGTGATTTAAGGGGAAGTAAAGGGTAACTCTGG
CATTGTTGAACAACAAAAAGGTTCCTCTTCAATGATACTTAGCATGTGATGAACTGCTCC
TGCAATGTCATCTACTGAACTTAGCTGGCAACTCTCTTCCACCTTAGTGCTGATTGAGTA
AATGGCAAAAGTTTCCAATGTTGTGACACTGAGGTGAAGCACGGAGAGGGAGAGTGACTG
TAGAGCAGCCACTAGTTTTGAAAGTTGCGGTGGTCCGGTGGTAGCCACCACCGAGGTCCA
TTGGAAACCTCTTCTTCTTGACAGGATTCTGATGTTAGCATGAGAGATCTTAAGACAGAG
AGATGCTGATTCATTTGTCTTCTTCGATTTCTTTCTACCGCGATGTGAGTTATTCGCTGA
TCCTCAGCTTCTTCTTCGTTTTTGCAAACCCTAGGCTTCCTCCTCCGCCGCTTCTTCTCT
CTGC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3A935TF 707 0 0
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TAACTCTGGCATTGTTGAACAACAAAAAGGTTCCTCTTCAATGATACTTAGCATGTGATG
AACTGCTCCTGCAATGTCATCTACTGAACTTAGCTGGCAACTCTCTTCCACCTTAGTGCT
GATTGAGTAAATGGCAAAAGTTTCCAATGTTGTGACACTGAGGTGAAGCACGGAGAGGGA
GAGTGACTGTAGAGCAGCCACTAGTTTTGAAAGTTGCGGTGGTCCGGTGGTAGCCACCAC
CGAGGTCCATTGGAAACCTCTTCTTCTTGACAGGATTCTGATGTTAGCATGAGAGATCTT
AAGACAGAGAGATGCTGATTCATTTGTCTTCTTCGATTTCTTTCTACCGCGATGTGAGTT
ATTCGCTGATCCTCAGCTTCTTCTTCGTTTTTGCAAACCCTAGGCTTCCTCCTCCGCCGC
TTCTTCTCTCTGCTAGCCGGTGGTGGCTGCCGTGATGCCGGTTCTTGGGGAGACATCTCC
GGAATTGTGTTCTTGGCGATGATGATGTCATTTTCCGGCGATGGCTCGAGATCGAGGAGA
GACTTGAATGGGGTTGGTGAAAGAGACTCGGAGAGCGAAAAGTTTAAGAGACCGTTTGAT
GATAAAGCTTCTAGTGTCATTGCTCTTTACAACGTTTTCTTCCTTCC

QA 1 707 1 707
DS 



CO CL1977Contig2 1175 2 4 U
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AAACTTTTTGCTCTCCGAGTCTCTTTCACCAACCCCATTCAAGTCTCTCCTCGATTTCGA
GCCATCGCCGGAAAATGACATCATCATCGCCAAGAACACAATTCCGGAGATGTCTCCCCA
AGAACCGGCATCACGGCAGCCACCACCGGCTAGCAGAGGGAAGAAGCGGCGGAGGAGGAA
GCCTAGGGTTTGCAAAAACGAAGAAGAAGCTGAGAATCAGCGAATAACTCACATCGCGGT
AGAAAGAAATAGAAGAAGACAAATGAATCAGCATCTCTCTGTCTTAAGATCTCTCATGCC
TCAACCTTTTTCTCAAAAGGGTGATCAAGCTTCAATAGTTGGTGGAGCCATAGATTTCAT
CAAAGAACTTGAACATGAATTACTATCTCTTGAAGCTCAAAAGCTTCAAAAGGATAAACT
AAACCAGACGGTTACTTCTTCAACAAGTCAAGACTCAAACTGCGAGCCTGAGAATCCTCA
TCCGTCTCTATCACAGTTCTTTCTTCACTCGCACGATCCAAGCCAGGAGAATAGAAATGG
GTCAACAAGCTCGGTGAAAACCGCTATGGAGGATCTTGAAGTGACTCTAATAGAAACTCA
TGCTAACATCAGAATCCTGTCAAGAAGAAGAGGTTTCCAATGGACCTCGGTGGTGGCTAC
CACCGGACCACCGCAACTTTCAAAACTAGTGGCTGCTCTACAGTCACTCTCCCTCTCCGT
GCTTCACCTCAGTGTCACAACATTGGAAACTTTTGCCATTTACTCAATCAGCACTAAGGT
GGAAGAGAGTTGCCAGCTAAGTTCAGTAGATGACATTGCAGGAGCAGTTCATCACATGCT
AAGTATCATTGAAGAGGAACCTTTTTGTTGTTCAACAATGCCAGAGTTACCCTTTACTTC
CCCTTAAATCACACAAATGTCACTCATTCTCTCTGAGAATTCTCCTTTCCTTTTCAATTC
TTTTATCACATAGCACATCTTTGATAGTTTTTTCTTTCAGAATAAAGAAGGTTTATTGCT
TTCTTTTTTATTTCCTAGGTTTTTTCTGACTCTGTAAAGGCTAAATGTGAAACCATGCGG
AGTATAATGGCACGTAATATAAAAGTAGTTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G359TF U 1
AF RR3FP51JQ C 408
BS 1 476 RR3G359TF
BS 477 477 RR3FP51JQ
BS 478 684 RR3G359TF
BS 685 1175 RR3FP51JQ

RD RR3G359TF 684 0 0
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GCCTAGGGTTTGCAAAAACGAAGAAGAAGCTGAGAATCAGCGAATAACTCACATCGCGGT
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TCAACCTTTTTCTCAAAAGGGTGATCAAGCTTCAATAGTTGGTGGAGCCATAGATTTCAT
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TGCTAACATCAGAATCCTGTCAAG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3FP51JQ 768 0 0
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CTGAGAATCCTCATCCGTCTCTATCACAGTTCTTTCTTCACTCGTACGATCCAAGCCAGG
AGAATAGAAATGGGTCAACAAGCTCGGTGAAAACCGCTATGGAGGATCTTGAAGTGACTT
TAATAGAAACTCATGCTAACATCAGAATCCTGTCAAGAAGAAGAGGTTTCCAATGGACCT
CGGTGGTGGCTACCACCGGACCACCGCAACTTTCAAAACTAGTGGCTGCTCTACAGTCAC
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TCAGCACTAAGGTGGAAGAGAGTTGCCAGCTAAGTTCAGTAGATGACATTGCAGGAGCAG
TTCATCACATGCTAAGTATCATTGAAGAGGAACCTTTTTGTTGTTCAACAATGCCAGAGT
TACCCTTTACTTCCCCTTAAATCACACAAATGTCACTCATTCTCTCTGAGAATTCTCCTT
TCCTTTTCAATTCTTTTATCACATAGCACATCTTTGATAGTTTTTTCTTTCAGAATAAAG
AAGGTTTATTGCTTTCTTTTTTATTTCCTAGGTTTTTTCTGACTCTGTAAAGGCTAAATG
TGAAACCATGCGGAGTATAATGGCACGTAATATAAAAGTAGTTGTTTT

QA 1 768 1 768
DS 



AS 2 4

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AAACCTCTCAAGTAGAGACAATAGCGTGCAAAATGGATCATTAAACATCTTAAACCTATC
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ATAAATCAAACACACAGGGAGTTACTGATCTCATCATTGTTCATAAAAAAAGTCCAAGCT
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TCTTGTCTTCATCCGCCATTGATTCCTCCAGCTGCAGCTTCATTCTCTCTAATGCTCCTT
CCAACCCACAGAAGTCTCTGAAAATCAAAGGCTCTATGGATTTAAGTTGAAGAAGAGTAC
TAATTGCTGTAAGAGCCTTTTCTTGGAGATCAAGATCAAGGACAAGGATCAAATCCACAA
CGGATTTTAGGAAGGAACGATCAGTGAATATAGGGAGTTCAGATTTCTCTGTGTTTTGTA
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CTTCAGAAGAGTTGGAGTTTACCATCTTTATCAATGTGCTCAAAGCCCCAAGTTCAAGAA
CCTGAGCTTGAACA


BQ
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AF RR3FW15JQ U 37
AF RR3A014JQ U 1
BS 1 258 RR3A014JQ
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RD RR3FW15JQ 380 0 0
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AAAGTCTAAAGCTTCTTCCCACTAATAAATCAAACGCACAGGGAGTTACTGATCTCATCA
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TTTCCACATCTGCAGCATAGTCTCTCTTGTCTTCATCCGCCATTGATTCCTCCAGCTGCA
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TGGATTTAAGTTGAA
AAAAA

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR3A014JQ 794 0 0
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AAACCTCTCAAGTAGAGACAATAGCGTGCAAAATGGATCATTAAACATCTTAAACCTATC
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ATAAATCAAACACACAGGGAGTTACTGATCTCATCATTGTTCATAAAAAAAGTCCAAGCT
TTTTACGGAAGATCAGTTCCACTTCACCACGGAGGCTTTCCACATCTGCAGCATAGTCTC
TCTTGTCTTCATCCGCCATTGATTCCTCCAGCTGCAGCTTCATTCTCTCTAATGCTCCTT
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TAATTGCTGTAAGAGCCTTTTCTTGGAGATCAAGATCAAGGACAAGGATCAAATCCACAA
CGGATTTTAGGAAGGAACGATCAGTGAATATAGGGAGTTCAGATTTCTCTGTGTTTTGTA
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AGCTCCCATTACTCATTACATCCTGAAGCATAATGTATCCATGTGATGCATAAAACATGT
CCTGGCCAGCTACGTTGTTCCGTATCAAGGCAGAGACAGCAAAGAGTGCTTTCACAGCTT
CTTCAGAAGAGTTGGAGTTTACCATCTTTATCAATGTGCTCAAAGCCCCAAGTTCAAGAA
CCTGAGCTTGAACA

QA 1 794 1 794
DS 



CO CL1978Contig2 1063 2 6 U
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CAAATCGACGGTGGCTTCTCCTCCCTTGATGGGATGTTACACTGGGCTATAGGTCACTCG
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AGGAAACTAGCTGCGTGGGTGCTCGGGAAGGCCAGCCAAAACAACCCTTTTGTTCAAGCT
CAGGTTCTTGAACTTGGGGCTTTGAGCACATTGATAAAGATGGTAAACTCCAACTCTTCT
GAAGAAGCTGTGAAAGCACTCTTTGCTGTCTCTGCCTTGATACGGAACAACGTAGCTGGC
CAGGACATGTTTTATGCATCACATGGATACATTATGCTTCAGGATGTAATGAGTAATGGG
AGCTTAGATATTAAACTTAGACGGAAAGCTGTATTCTTAGTGGGTGACTTGGCTGAGGAT
CAACTACAAAACACAGAGAAATCTGAACTCCCTATATTCACTGATCGTTCCTTCCTAAAA
TCCGTTGTGGATTTGATCCTTGTCCTTGATCTTGATCTCCAAGAAAAGGCTCTTACAGCA
ATTAGTACTCTTCTTCAACTTAAATCCATAGAGCCTTTGATTCTCAGAGACTTCTGTGGG
GTTGGAAAGCCTCCGTGGTGAAGTGGAACTGATCTTCCGTAAAAAGCTTGGACTTTTTTT
ATGAACAATGATGAGATCAGTAACTCCCTGTGCGTTTGATTTATTAGTGGGAAGAAGCTT
TAGACTTTAGTCATAGAGTTTGTCTACATATCTGGTTGGATTA


BQ
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AF RR3F746TF U 340
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DS 

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QA 2 724 2 724
DS 



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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3EP38TF U 1
AF RR3CM59TF U 413
AF RR3D001TF U 269
AF RR3CM59JQ C 772
AF RR3D001JQ C 1009
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BS 532 922 RR3D001TF
BS 923 923 RR3CM59JQ
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CTTCTGGCACGACCTCTTTCCCTACTTCCTGGCAGTTTTCAAATAATCAACCATGTATCG
GTAGCACTGCTCGCCAGTGCTCAGCATTTACAGCTAGTGTCGCATCTGAGAAAACGTGTA
GCATGCGTACTACCTTTCCAGAATACGTTGTCGCTCTTGCTACCATTGTTGGTTCAGTTC
TTTTCACGATATTTGGTGGCGTTGGTATTGCCTGCCTACCATTAGGACTTATCACTGCAT
TCATCCGGCGACCAAAGGCTGTTATCACTCGATCACAATATATAAAGGAAGCAACTGAGC
TAGGGAAAAAGGCTCGAGAACTAAAGAAAGCAGCTGATGGACTTCGTCAGGAAGAAAAAA
ATGGTGCTAAGGGCAGGGCATGGAGGAAAAATGTTAAAGCAGTTGAAAAGGAGTTGCTCC
AATTGGAGGAAGATGCGAACCTCTTAGAAGAAGCGTATCCGCAAGGAGAGA

QA 1 531 1 531
DS 

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AAG
AAAAAATGGTGCTAAGGGCAGGGCATGGAGGAAAAATGTTAAAGCATTTGAAAAGGAGTT
ACTCCAATTGGAGGAAGATGTGAACCTCTTAGAAGAAGCGTATCCGCAAGGAGAGAAGGC
AGAAACTGCTTGGGCTTTCACTGTACTCGGATACTTGGCCAAGTTTATTCTTGGAATCAT
AGGATTGATCGTTTCTGTTGCTTGGATTGCACATATTATCATATATCTGCTTGTCGACCC
TCCTCTTTCCCCTTTTCTTAACGAGGTTTTTATTAAGCTTGATGACGTCTGGGGTCTTCT
TGGCACTGCTGCCTTTGCTTTCTTCTGTTTCTACCTTCTACTCGCTGTTATCGCTGGGGC
AATGATGCTGGGTTTGAAGCTTGTC

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DS 

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G
GCCTGCCTACCGTTAGGACTTATCACTGCATTCATCCGGCGCCCAAAGGCTGTTATCACT
CGATCACAATATATAAAGGAAGCAACTGAGCTGGGGAAAAAGGCTCGAGAACTAAAGAAA
GCAGCTGATGGACTTCGTCAGGAAGAAAAAAATGGTGCTAAGGGCAGGGCATGGAGGAAA
AATGTTAAAGCAGTTGAAAAGGAGTTACTCCAATTGGAGGAAGATGTGAACCTCTTAGAA
GAAGCGTATCCGCAAGGAGAGAAGGCAGAAACTGCTTGGGCTTTCACTGTACTCGGATAC
TTGGCCAAGTTTATTCTTGGAATCATAGGATTGATCGTTTCTGTTGCTTGGATTGCACAT
ATTATCATATATCTGCTTGTCGACCCTCCTCTTTCCCCTTTTCTTAACGAGGTTTTTATT
AAGCTTGATGACGTCTGGGGTCTTCTTGGCACTGCTGCCTTTGCTTTCTTCTGTTTCTAC
CTTCTACTCGCTGTTATCGCTGGGGCAATGATGCTGGGTTTGAAGCTTGTCTTCATTACC
ATTCATCCGATGAAATGGGGAGCTACTTTAATGAACTCCTTCCTCTTCAATGTTGGTCTC
ATTCTTCTCTGTTCCATCAGTGTGATTCAGTTCTGTGCCACTGCATTTGGATACTACGCT
CAAGCCACCGCTGCTCAG*AGATCTTTGGCCACACATTGCAGTCGCTTCGAGGAATCAAG
TATCTCTACAAGTACAACGTGTTCCAAA

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DS 

RD RR3CM59JQ 360 0 0
GGGCAATGATGCTGGGTTTGAAGCTTGTCTTCATTACCATTCATCCGATGAAATGGGGAG
CTACTTTAATGAACTCCTTCCTCTTCAATGTTGGTTTCATTCTTCTCTGTTCCATCAGTG
TGATTCAGTTCTGTGCCACTGCATTTGGATAATACGCTCAAGCCCCCGCTGCTCAGGAGA
TCTTTGGCCACACATTGCAGTCGCTTCGAGGAATCAAGTATCTCTACAAGTACAACGTGT
TCCAAATCGGGTTTGTTATCCTGGCTGGATTGACCTTCCTATATTACATTCCCTTCGGAT
GGAGAAGAAAGAAACCTAGCGCCCGTTTCCAGCTTTCTTCTTAATGTGAAAGTATTTCCC

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DS 

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TGTTCCAAATCGGGTTTGTTATCCTGGCTGGATTGACCTTCCTATATTACATTGCCTTCG
GATGGAGAAGAAAGAAACCTAGCGCCCGTTTCCAGCTCTCTTCTTAATGTGAAAGTATTT
CCCTTTCGTTGGGGATCTGATTGAGTGCTGTCCACACAAAGTGTCTGATTTGTTTCCGGA
TCATACCGGAAGTATCTGGAGACTCTGCTTGTGCTCATGAGTTTTTTTTTTTTAATATTG
TTTCATTTTTTTTATTATGTATTTACTTTTTGGTTGAGCAACTGTTAGCTGTCCTGTCTT
GTCTTGTCTTGGTTTATTGTATTGTACTGTCTTCTGATGCCAGATTATGTAGTGAGAAGC
CTTACATCTCACAG

QA 1 374 1 374
DS 



AS 1 4

CO CL1980Contig1 1159 4 13 U
GGGCTCCTCCTCATGGAGATGTAACGGTACCAAGATAGCTTGAATCCAAGTCCAAAGAGA
GAGAATCAGTTTTCTCAGATCTGAGAGAAGATGCCGGAGACGGGAGACATCGATCGCCAG
ATCGAGCAGCTGATGGAGTGCAAAGCGTTGTCGGAGGCGGAGGTGAAGACGCTCTGCGAG
CAAGCGAAGGCGGTTCTGGTGGAGGAGTGGAATGTTCAGCCGGTTAAGTGTCCGGTTACG
GTTTGCGGCGATATTCACGGTCAATTCTACGATCTGATTGAGCTTTTCAAGATCGGTGGC
TCTTCTCCAGACACCAATTATCTCTTCATGGGCGATTATGTAGATCGAGGGTATTATTCC
GTGGAGACAGTCTCACTTTTGGTAGCTTTGAAAGTTAGATACAGAGATAGACTTACCATC
CTTAGAGGGAACCACGAAAGCCGCCAAATCACTCAAGTATATGGAATCTACGATGAATGC
TTGAGGAAATATGGAAACGCTAATGTGTGGAAGCACTTCACTGACCTTTTTGATTACCTT
CCTCTTACAGCTCTCATTGAGAGTCAGGTTTTCTGTTTACATGGAGGACTTTCACCTTCT
TTAGATACACTTGACAATATCCGATCTTTAGATCGAATTCAAGAGGTTCCACATGAAGGA
CCAATGTGTGATCTGTTATGGTCCGATCCAGATGATCGATGCGGTTGGGGAATATCTCCT
CGTGGCGCAGGCTACACTTTCGGACAAGACATCGCTACTCAGTTTAACCACACTAATGGG
CTCAGTCTGATATCAAGAGCGCACCAACTTGTCATGGAAGGTTTTAATTGGTGCCAAGAT
AAGAACGTTGTTACTGTGTTTAGTGCCCCAAACTATTGCTACCGGTGCGGCAACATGGCT
GCGATTCTAGAGATCGGCGAGAACATGGACCAGAACTTCCTTCAGTTTGATCCAGCTCCA
CGTCAAGTTGAGCCTGAAACTACACGGAAGACTCCAGATTATTTTTTGTAAGTACACAAA
AAGAAGACAGAAACTAGTTCTCGTTCTCATTTGCTTCTGTTCTTAACCTTTCCCTGTAAT
TTCATTTTCTGTTCGTTAAAACTGATATGAGCGTTACAAAAGATTATGGTTCAACCGTTC
AAGTAACTGAAACCGCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F113TF U 29
AF RR3EG87TF U 1
AF RR3F113JQ C 364
AF RR3EG87JQ C 448
BS 1 465 RR3EG87TF
BS 466 466 RR3F113TF
BS 467 645 RR3EG87TF
BS 646 646 RR3F113JQ
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BS 659 730 RR3EG87TF
BS 731 1041 RR3F113JQ
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RD RR3F113TF 492 0 0
GGG
AAGATAGCTTGAATCCAAGTCCAAAGAGAGAGAATCAGTTTTCTCAGATCTGAGAGAAGA
TGCCGGAGACGGGAGACATCGATCGCCAGATCGAGCAGCTGATGGAGTGCAAAGCGTTGT
CGGAGGCGGAGGTGAAGACGCTCTGCGAGCAAGCGAAGGCGGTTCTGGTGGAGGAGTGGA
ATGTTCAGCCGGTTAAGTGTCCGGTTACGGTTTGCGGCGATATTCACGGTCAATTCTACG
ATCTGATTGAGCTTTTCAAGATCGGTGGCTCTTCTCCAGACACCAATTATCTCTTCATGG
GCGATTATGTAGATCGAGGGTATTATTCCGTGGAGACAGTCTCACTTTTGGTAGCTTTGA
AAGTTAGATACAGAGATAGACTTACCATCCTTAGAGGGAACCACGAAAGCCGCCAAATCA
CTCAAGTATATGGAATCTACGATGAATGCTTGAGGAAATATGGAAACGCTAATGTGTGGA
AGCACTTCA

QA 4 492 4 492
DS 

RD RR3EG87TF 738 0 0
GGGCTCCTCCTCATGGAGATGTAACGGTACCAAGATAGCTTGAATCCAAGTCCAAAGAGA
GAGAATCAGTTTTCTCAGATCTGAGAGAAGATGCCGGAGACGGGAGACATCGATCGCCAG
ATCGAGCAGCTGATGGAGTGCAAAGCGTTGTCGGAGGCGGAGGTGAAGACGCTCTGCGAG
CAAGCGAAGGCGGTTCTGGTGGAGGAGTGGAATGTTCAGCCGGTTAAGTGTCCGGTTACG
GTTTGCGGCGATATTCACGGTCAATTCTACGATCTGATTGAGCTTTTCAAGATCGGTGGC
TCTTCTCCAGACACCAATTATCTCTTCATGGGCGATTATGTAGATCGAGGGTATTATTCC
GTGGAGACAGTCTCACTTTTGGTAGCTTTGAAAGTTAGATACAGAGATAGACTTACCATC
CTTAGAGGGAACCACGAAAGCCGCCAAATCACTCAAGTATATGGATTCTACGATGAATGC
TTGAGGAAATATGGAAACGCTAATGTGTGGAAGCACTTCACTGACCTTTTTGATTACCTT
CCTCTTACAGCTCTCATTGAGAGTCAGGTTTTCTGTTTACATGGAGGACTTTCACCTTCT
TTAGATACACTTGACAATATCCGATCTTTAGATCGAATTCAAGAG*TTCCACATGAAAGA
CCAATGTGTGATCTGTTATGGTCCGATCCAGATGATCGATGCGGTTGGGGAATATCTCCT
CGTGGCGCAG
CTACACTT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3F113JQ 769 0 0
GAGACAGTCTCACTTTTGGTAGCTTTGAAAGTTAGATACAGAGATAGACTTACCATCCTT
AGAGGGAACCACGAAAGCCGCCAAATCACTCAAGTATATGGAATCTACGATGAATGCTTG
AGGAAATATGGAAACGCTAATGTGTGGAAGCACTTCACTGACCTTTTTGATTACCTTCCT
CTTACAGCTCTCATTGAGAGTCAGGTTTTCTGTTTACATGGAGGACTTTCACCTTCTTTA
GATACACTTGACAATATCCGATCTTTAGGTCGAATTCAAGAGGTTCCACATGAAGGACCA
ATGTGTGATCTGTTATGGTCCGATCCAGATGATCGATGCGGTTGGGGAATATCTCCTCGT
GGCGCAGGCTACACTTTCGGACAAGACATCGCTACTCAGTTTAACCACACTAATGGGCTC
AGTCTGATATCAAGAGCGCACCAACTTGTCATGGAAGGTTTTAATTGGTGCCAAGATAAG
AACGTTGTTACTGTGTTTAGTGCCCCAAACTATTGCTACCGGTGCGGCAACATGGCTGCG
ATTCTAGAGATCGGCGAGAACATGGACCAGAACTTCCTTCAGTTTGATCCAGCTCCACGT
CAAGTTGAGCCTGAAACTACACGGAAGACTCCAGATTATTTTTTGTAAGTACACAAAAAG
AAGACAGAAACTAGTTCTTGTTTTCATTTGCTTCTGTTCTTAACCTTTCCCTGTAATTTC
ATTTTCTGTTCGTTAAAACTGATATGAGCGTTACAAAAGATTATGGT
CC

QA 1 767 1 767
DS 

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TTAGATCGAATTCAAGAGGTTCCACATGAAGGACCAATGTGTGATCTGTTATGGTCCGAT
CCAGATGATCGATGCGGTTGGGGAATATCTCCTCGTGGCGCAGGCTACACTTTCGGACAA
GACATCGCTACTCAGTTTAACCACACTAATGGGCTCAGTCTGATATCAAGAGCGCACCAA
CTTGTCATGGAAGGTTTTAATTGGTGCCAAGATAAGAACGTTGTTACTGTGTTTAGTGCC
CCAAACTATTGCTACCGGTGCGGCAACATGGCTGCGATTCTAGAGATCGGCGAGAACATG
GACCAGAACTTCCTTCAGTTTGATCCAGCTCCACGTCAAGTTGAGCCTGAAACTACACGG
AAGACTCCAGATTATTTTTTGTAAGTACACAAAAAGAAGACAGAAACTAGTTCTCGTTCT
CATTTGCTTCTGTTCTTAACCTTTCCCTGTAATTTCATTTTCTGTTCGTTAAAACTGATA
TGAGCGTTACAAAAGATTATGGTTCAACCGTTCAAGTAACTGAAACCGCTCT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 5

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CCGTTTCTATAACCAAATGAAACAAAACCACATATATTCATAAACGAGAAACACTCGATC
GGCTTGGTGAATTGGTCCAAAGCACCTGTGCATCAATTACAGAGAGATGCTCATCATCAA
GCCTCTTCCATGTCCTGATCGATTTCACATCTCCCCAGCTCCCTGTACCATTCTTGTTCA
AATCAGCAACCACAACTCTCGCCCTCCTCTCCCACCCAGCTTT*ACCATACGCATGGTAT
CCAATCCCACCCCC*ATAGCATAGATTCACACCTTTGAGTTCACCGCAAAAGTCGTTGAT
ATGGTCATGACCC*ACAAACACTGATTTTACATCTCCTCTAGCTACCAACGTCGTGAAGA
ACCCTGAGTTTTTGGTAGCTGAGCCTGTAGCTTCTTGTCTCACTCCTGTTGTGGCGTTCT
TTGTGTCAAAGTTTTTAAACTCCGGTAGTGGAATGTGGAAGTAAGCTAGTCCTGGAGCTG
TACCTTGTTGAGGATTAGGCTCTTCATTGTATTCCCTCTGGAGACGTTTCGAAGTCTGGT
TATACCAGACCTGCTGAGAAGTTTTGATCCAATCATAACCTTTTATGGAAGGAACACTAG
AGTGATCTCCACTATCTAGAAAATAGAGATTGAGAAGAGATTTTTCCTGTAAACTCGACT
CAGCAACTCCATGTATTTCGAGATTATAATTCCCAAACCCATCAATGTGAAAAGCCTCAG
GAGGATTCACTTGAGACAGAGTGTTGGGAAGCATCACTATATAAATCATGAGTTCTTGTC
GGGACAACGTAGATTCTTGATCATGGTTTCCCAAAACAGCAACCCAAGGGATCTTAGAAG
CAATCGCTGGAGCAAAAGCAGCATCCATGGATTTCACAGCGTCTTTCACATCAGACCCAA
ATATATTATCACCGGTGAAGACGATGAGGTCAGGTTTCTCGGCGGCAATGACTCGCGACA
TGAAGGCGATGGTGTTGAGGTCGGAGCAGCTAAACCAGTACTGGATAAGAGAAACATCGC
TACACCAAGTACTCTTGCCGTTTGCGTAGTGCATATCCGCCACTTGCAGTATCTTGAATT
GGCCGTTCACGCCGAAACTGAGTTTCCGACCTTGTGCTGATGCTGGAACCGGAGCAAAAC
AGAGACCAACCAAAGACACGGAGAGGAGAAAGAAGTCAAACACGCTTGTTTTTGTTTTGT
TGTCCGCCATTGTTATGGCTCCAATAAAGTCGAGAAGGTGGACTTGATTTTAGTCTCATA
GCATAAATATATAAACAATTTTGTGTC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E450JQ U 1
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RD RR3E450JQ 627 0 0
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GCCTCTTCCATGTCCTGATCGATTTCACATCTCCCCAGCTCCCTGTACCATTCTTGTTCA
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ATGGTCATGACCC*ACAAACACTGATTTTACATCTCCTCTAGCTACCAACGTCGTGAAGA
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TACCTTGTTGAGGATTAGGCTCTTCATTGTATTCCCTCTGGAGACGTTTCGAAGTCTGGT
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QA 1 627 1 627
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AA
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AATCCCACCCCC*ATAGCATAGATTCACACCTTTGAGTTCACCGCAAAAGTCGTTGATAT
GGTCATGACCC*ACAAACACTGATTTTACATCTCCTCTAGCTACCAACGTCGTGAAGAAC
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GCAACTCCATGTATTTCGAGATTATAATTCCCAAACCCATCAATGTGAAA
GCC

QA 3 772 3 772
DS 

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AA
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GTTTCTATAACCAAATGAAACAAAACCACATATATTCATAAACGAGAAACACTCGATCGG
CTTGGTGAATTGGTCCAAAGCACCTGTGCATCAATTACAGAGAGATGCTCATCATCAAGC
CTCTTCCATGTCCTGATCGATTTCACATCTCCCCAGCTCCCTGTACCATTCTTGTTCAAA
TCAGCAACCACAACTCTCGCCCTCCTCTCCCACCCAGCTTT*ACCATACGCATGGTATCC
AATCCCACCCCC*ATAGCATAGATTCACACCTTTGAGTTCACCGCAAAAGTCGTTGATAT
GGTCATGACCC*ACAAACACTGATTTTACATCTCCTCTAGCTACCAACGTCGTGAAGAAC
CCTGAGTTTTTGGTAGCTGAGCCTGTAGCTTCTTGTCTCACTCCTGTTGTGGCGTTCTTT
GTGTCAAAGTTTTTAAACTCCGGTAGTGGAATGTGGAAGTAAGCTAGTCCTGGAGCTGTA
CCTTGTTGAGGATTAGGCTCTTCATTGTATTCCCTCTGGA**CGTTTCGAAGTCTGGTTA
TACCAGACCTGCTGAGAAGTTTTGATCCAATCATAACCTTTTATGGAAGGAACACTAGAG
TGATCTCCACTATCTAGAAAATAGAGATTGAGAAGAGATTTTTCCTGTAAACTCGACTCA
GCAACTCCATGTATTTCGAGATTATAATTCCCAAACCCATCAATGTGAAA
GC

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR3F438TF 729 0 0
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TCCAATCCCACCCCCCATAGCATAGATTCACAC*TTTGAGTTCACCGCAAAAGTCGTTGA
TATGGTCATGACCCCACAAACACTGATTTTACATCTCCTCTAGCTACCAACGTCGTGAAG
AACCCTGAGTTTTTGGTAGCTGAGCCTGTAGCTTCTTGTCTCACTCCTGTTGTGGCGTTC
TTTGTGTCAAAGTTTTTAAACTCCGGTAGTGGAATGTGGAAGTAAGCTAGTCCTGGAGCT
GTACCTTGTTGAGGATTAGGCTCTTCATTGTATTCCCTCTGGAGACGTTTCGAAGTCTGG
TTATACCAGACCTGCTGAGAAGTTTTGATCCAATCATAACCTTTTATGGAAGGAACACTA
GAGTGATCTCCACTATCTAGAAAATAGAGATTGAGAAGAGATTTTTCCTGTAAACTCGAC
TCAGCAACTCCATGTATTTCGAGATTATAATTCCCAAACCCATCAATGTGAAAAGCCTCA
GGAGGATTCACTTGAGACAGAGTGTTGGGAAGCATCACTATATAAATCATGAGTTCTTGT
CGGGACAACGTAGATTCTTGATCATGGTTTCCCAAAACAGCAACCCAAGGGATCTTAGAA
GCAATCGCTGGAGCAAAAGCAGCATCCATGGATTTCACAGCGTCTTTCACATCAGACCCA
AATATATT
C

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3E450TF 704 0 0
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AATGTGAAAAGCCTCAGGAGGATTCACTTGAGACAGAGTGTTGGGAAGCATCACTATATA
AATCATGAGTTCTTGTCGGGACAACGTAGATTCTTGATCATGGTTTCCCAAAACAGCAAC
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GGCAATGACTCGCGACATGAAGGCGATGGTGTTGAGGTCGGAGCAGCTAAACCAGTACTG
GATAAGAGAAACATCGCTACACCAAGTACTCTTGCCGTTTGCGTAGTGCATATCCGCCAC
TTGCAGTATCTTGAATTGGCCGTTCACGCCGAAACTGAGTTTCCGACCTTGTGCTGATGC
TGGAACCGGAGCAAAACAGAGACCAACCAAAGACACGGAGAGGAGAAAGAAGTCAAACAC
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TTGATTTTAGTCTCATAGCATAAATATATAAACAATTTTGTGTC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

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AAACACAAACCACGAGAAGGGGGCTAAATTGAGTAAATTCGGACATAAGAAGAGCACTAG
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AGCGCCATTACAACCCCGAAAACCGACACTAGCAACAGTATAATCCACGCTGGCAATCCC
TGCTTCTTGTTCTTCCTACTCTCCTTCAATCCACCATCTGAGTCCTCCTTTGTCGTGTCG
ACTGTTTTCTCCGACTCTGCTTTGGCATTGCTCTCTTGAGGAGACTCTGGTGCGGTCTGC
TGCGTTTGCTCGGCTAGTTGCTGCTGGTTGTACTTCTCTACGTACTCTGGAAACAGCTTT
CTGAATGCTGGGGTTTTACAATTGAAAGCGAGCGATGACTTAGCCAACCGCTGTTTCTCA
GCTACAGTTGTGTTCACACTTCCAGTTGTCGGACTAGTATCCATCATAAATGAGAGAAGC
CCTGTAAGTATGCTTGACACAGACCACATTGGATTCCAGCTTTCTGGATGAAAATCACTC
ATAGACAAACAGATCTTCTTTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BC41JQ U 171
AF RR3DX47JQ U 1
BS 1 745 RR3DX47JQ

RD RR3BC41JQ 246 0 0
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TGTCGT

QA 1 246 1 246
DS 

RD RR3DX47JQ 745 0 0
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ACAAAAGAAGACTACTCTTGATACTGAAGGGGGGAGAGAGATAGGAGAGAGATTTTATCC
GAAGAGTCAACATCCATTTCTATGTTTTGTTACATAGAAAATCACAGTTGAAGCAGAGGC
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TGCTTCTTGTTCTTCCTACTCTCCTTCAATCCACCATCTGAGTCCTCCTTTGTCGTGTCG
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QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 5

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GCTGCTGCTCTCCGGCGAATCTGCGCAAGCCCTAACTCTCGTCAATGGCGGATCCGAGCT
CCAACACGAAGAAATACACTCCCCCTAATCAAAGGAATCCTTCTGGGAATAGCAAGAAGA
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CTGGTTCTCAGATGGAGAAAGCTTCCCAAAAGATAGCCACTCTGAAGGACTGCGCTACGA
GTGAAGCTTATCAGCTTTTAAGCCAGCGCTGGGCAACTGCAATGCATCAATACAACGACC
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TACCTCACCAGATCCTGGCTGCAGCAAACAATACATTACCTCCAAAGATATCGCCAGCTG
ATTACAGAGCTGAAGTGCGCCGAGGATTGCTGACTCCAAGAACTTCAAGTTCTAGCAACT
GAATGGTCTTTTAGACCACTGATATGGTGTTTGCTGCTTGTTGAGATGGCACAAGGCGGT
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TAAGAATTTGCATAATTTGGTTTGCAAATGCATCGCTCCTTTTCTATCGC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GM79TF U 1
AF RR3D949TF U 48
AF RR3B152TF U 1
AF RR3GM79JQ C 1
AF RR3B152JQ C 129
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GCTGCTGCTCTCCGGCGAATCTGCGCAAGCCCTAACTCTCGTCAATGGCGGATCCGAGCT
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CTGGTTCTCAGATGGAGAAAGCTTCCCAAAAGATAGCCACTCTGAAGGACTGCGCTACGA
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GATGTATCAATGACATTCTTCTTTTTCGGG*TAGGATAAAAATGATTTCTTTCTGGCTCG
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AC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3D949TF 645 0 0
GAG
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GATCCGAGCTCCAACACGAAGAAATACACTCCCCCTAATCAAAGGAATCCTTCTGGGAAT
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CCTCTGGCTACTGGTTCTCAGATGGAGAAAGCTTCCCAAAAGATAGCCACTCTGAAGGAC
TGCGCTACGAGTGAAGCTTATCAGCTTTTAAGCCAGCGCTGGGCAACTGCAATGCATCAA
TACAACGACCCAACTGTGGATTTATCTGAACGACCAATCATGTACTATGGAGGGAGTGTT
TGGGGCAAACTACCTCACCAGATCCTGGCTGCAGCAAACAATACATTACCTCCAAAGATA
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QA 4 645 4 645
DS 

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CCAACACGAAGAAATACACTCCCCCTAATCAAAGGAATCCTTCTGGGAATAGCAAGAAGA
TAGGAGATCGTGCAAGTAGCCAGCAGCACAAGGATGGTGAGAGAAGTCAGCCTCTGGCTA
CTGGTTCTCAGATGGAGAAAGCTTCCCAAAAGATAGCCACTCTGAAGGACTGCGCTACGA
GTGAAGCTTATCAGCTTTTAAGCCAGCGCTGGGCAACTGCAATGCATCAATACAACGACC
CAACTGTGGATTTATCTGAGCGACCAATCATGTACTATGGAGGGAGTGTTTGGGGCAAAC
TACCTCACCAGATCCTGGCTGCAGCAAACAATACATTACCTCCAAAGATATCGCCAGCTG
ATTACAGAGCTGAAGTGCGCCGAGGATTGCTGACTCCAAGAACTTCAAGTTCTAGCAACT
GAATGGTCTTTTAGACCACTGATATGGTGTTTGCTGCTTGTTGAGATGGCACAAGGCGGT
GATGTATCAATGACATTCTTCTTTTTCGGGGTAGGATAAAAATGATTTCTTTCTGGCTCG
AGTCGTTTCTTCTGGTCCCTGAAAGTGTAGAAGCCTAAACCAGAAAACTAACAATGACAT
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QA 1 770 1 770
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GCTGCTGCTCTCCGGCGAATCTGCGCAAGCCCTAACTCTCGTCAATGGCGGATCCGAGCT
CCAACACGAAGAAATACACTCCCCCTAATCAAAGGAATCCTTCTGGGAATAGCAAGAAGA
TAGGAGATCGTGCAAGTAGCCAGCAGCACAAGGATGGTGAGAGAAGTCAGCCTCTGGCTA
CTGGTTTTCAGATGGAGAAAGCTTCCCAAAAGATAGCCACTCTGAAGGACTGCGCTACGA
GTGAAGCTTATCAGCTTTTAAGCCAGCGCTGGGCAGCTGCAATGCATCAATACAACGACC
CAACTGTGGATTTATCTGAACGACCAATCATGTACTATGGAGGGAGTGTTTGGGGCAAAC
TACCTCACCAGATCCTGGCTGCAGCAAACAATACATTACCTCCAAAGATATCGCCAGCTG
ATTACAGAGCTGAAGTGCGCCGAGGATTGCTGACTCCAAGAACTTCAAGTTCTAGCAACT
GAATGGTCTTTTAGACCACTGATATGGTGTTTGCTGCTTGTTGAGATGGCACAAGGCGGT
GATGTATCAATGACATTCTTCTTTTTCGGG*TAGGATAAAAATGATTTCTTTCTGGCTCG
AGTCGTTTCTTCTGGTCCCTGAAAGTGTAGAAACCTAAACCAGAAAACTAACAATGACAT
TAAGAATTTGCAT

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DS 

RD RR3B152JQ 642 0 0
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TATCAGCTTTTAAGCCAGCGCTGGGCAACTGCAATGCATCAATACAACGACCCAACTGTG
GATTTATTTGAGCGACCAATCATGTACTATGGAGGGAGTGTTTGGGGCAAACTACCTCAC
CAGATCCTGGCTGCAGCAAACAATACATTACCTCCAAAGATATCGCCAGCTGATTACAGA
GCTGAAGTGCGCCGAGGATTGCTGACTCCAAGAACTTCAAGTTCTAGCAACTGAATGGTC
TTTTAGACCACTGATATGGTGTTTGCTGCTTGTTGAGATGGCACAAGGCGGTGATGTATC
AATGACATTTTTCTTTTTCGGG*TAGGATAAAAATGATTTCTTTTTGGCTCGAGTCGTTT
TTTTTGGTCCCTGAAAGTGTAGAAGCCTAAACCAGAAAACTAACAATGACATTAAGAATT
TGCATAATTTGGTTTGCAAATGCATCGCTCCTTTTCTATCGC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 5

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GTCACGAACACACACAAAAAAGTATATCATCAGGATGGTGTTTTAAGGACAGACATATGG
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CTCTCTTCTTTTCTTTTTCTTTTTGTTTCTTTCTGTGTGTTCTTTAGTGGGAGTTTGATG
GCATTTTCCAGAAAGGTTTGGTAGCAACAAGTATCTTCTCTCTTCCATGGGATTCAGGTT
CTTTGTCATGTATGGAAGAAGACCATCTTACAGCATGAGCCATTCTTGCTACTTTGTCTA
GCACCTCTGGAGAGTCTCGGATCAAAACCTTTCCTTCTGGACGCAATATTCTGTCCATCT
CTACCATCAGATCTACTAGGCTACACCTCGATTTGCTTGAGTCTGGCCGTTTTATCAAAA
ATTCAATTCCTGATACGTGAATGAAATCATACGTACGAAGATATGTTGAAAAAGGCTCAC
ACCAATCATGGTAAACACCGATGAGACCTCTGTCGTAAACCACGTCAAGAGTTAAAGGTT
TCCGAGCTGGGATCACATTCATAACCCACACAGACTCAGATGCAAGGGTTGCAGCAAATC
CTCCAAAGAACGCGTTCATGTCCATGATATTGCGGACAGCTGGAGATTTCAGCTCCAAGT
TCAGGGAATCCCTGTAATAAGCAACTCTTCTCGCCCACCTCCTTGCATCTGCTTCAAACA
CATCAAACCCGTTTTTCATGGAAATGGCTCTAGAAGGAACTTTAGTAAGCCTTTCCGGCC
ACTTGGGAATAGTTCCCAAAGCATTATCTCCCTTGACGGATGATGGTCTAGTAACACACT
TCTTTAATTTATAACACCATGCATCACTTGGTGGCTCAGACTCATCACACAACTCAAGCC
CGAACTCGTTTTGGCTGGGTAGACATGAATCTCCAATAGGCTTCTTCCAGATGACAGTGT
TTCCATAGACAGCAATTAGCTCATAGCACAAAGCTCTAGCCGCGGCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3F387JQ U 30
AF RR3E229JQ U 1
AF RR3E042JQ U 320
AF RR3E229TF C 238
AF RR3E042TF C 487
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BS 960 1005 RR3E229TF
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TTTCTGTGTGTTCTTTAGTGGGAGTTTGATGGCATTTTCCAGAAAGGTTTGGTAGCAACA
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TTTCCTTCTGGACGCAATATTCTGTCCATCTCTACCATCAGATCTACTAGGCTACACCTC
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QA 1 447 1 447
DS 

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GGGCTGGAGAGAAAGTGACTGTTACCTACAAGTCTGGGAAGACCTTCCTCTTCTCTCTCT
CTCTCTTCTTTTCTTTTTCTTTTTGTTTCTTTCTGTGTGTTCTTTAGTGGGAGTTTGATG
GCATTTTCCAGAAAGGTTTGGTAGCAACAAGTATCTTCTCTCTTCCATGGGATTCAGGTT
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GCACCTCTGGAGAGTCTCGGATCAAAACCTTTCCTTCTGGACGCAATATTCTGTCCATCT
CTACCATCAGATCTACTAGGCTACACCTCGATTTGCTTGAGTCTGGCCGTTTTATCAAAA
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TCCGAGCTGGGATCACATTCATAACCCACACAGACTCAGATGCAAGGGTTG

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DS 

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AA
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TCAAAACCTTTCCTTCTGGACGCAGTATTCTGTCCATCTCTACCATCAAATCTACTAGGC
TACACCTCGATTTGCTTGAGTCTGGCCGTTTTATCAAAAATTCAATTCCTGATACGTGAA
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TGAAACCTCTGTCGTAAACCACGTCAAGAGTTAAAGGTTTCCGAACTGGGATCACATTCA
TAACCCACACA

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TTTCCAGAGAGGTTTGGTAGCAACAAGTATCTTCTCTCTTCCATGGGAT*CAGGTTCTTT
GTCATGTATGGAAGAAGACCATCTTACAGCATGAGCCATTCTTGCTACTTTGTCTAGCAC
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AATTCCTGATACGTGAATGAAATCATACGTACGAGGATATGTTGAAAAAGGCTCACACCA
ATCATGGTAAACACCGATGAGACCTCTGTCGTAAACCACGTCAAGAGTTAAAGGTTTCCG
AGCTGGGATCACATTCATAACCCACACAGACTCAGATGCAAGGGTTGCAGCAAATCCTCC
AAAGAACGCGTTCATGTCCATGATATTGCGGACAGCTGGAGATTTCAGCTCCAAGTTCAG
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AAACCCGTTTTTCATGGCAATGGCTCTAGAAGGAACTTTAGTAAGCCTTTCCGGCCACTT
GGGAATAGTTCCCAAAGCATTATCTCCCTTGACGGATGATGGTCTAGTAACACACTTCTT
TAATTTATAACACCATGCATCACTTGGTGGCTCAGACTCATCACACAACTCAAGTCCGAA
CTCGTTTTGGCTGGGTAGACATGAATCTCCAATAGGCTTCT
C

QA 8 768 8 768
DS 

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ATTCC
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TAAACACCGATGAGACCTCTGTCGTAAACCACGTCAAGAGTTAAAGGTTTCCGAGCTGGG
ATCACATTCATAACCCACACAGACTCAGATGCAAGGGTTGCAGCAAATCCTCCAAAGAAC
GCGTTCATGTCCATGATATTGCGGACAGCTGGAGATTTCAGCTCCAAGTTCAGGGAATCC
CTGTAATAAGCAACTCTTCTCGCCCACCTCCTTGCATCTGCTTCAAACACATCAAACCCG
TTTTTCATGGAAATGGCTCTAGAAGGAACTTTAGTAAGCCTTTCCGGCCACTTGG*AATA
GTTCCCAAAGCATTATCTCCCTTGACGGATGATGGTCTAGTAACACACTTCTTTAATTTA
TAATACCATGCATCACTTGGTGGCTCAGACTCATCACACAACTCAAGCCCGAACTCGTTT
TGGCTGGGTAGACATGAATCTCCAATAGGCTTCTTCCAGATGACAGTGTTTCCATAGACA
GCAATTAGCTCATAGCACAAAGCTCTAGCCGCGGCC

QA 6 581 6 581
DS 



AS 2 5

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TTGATGTTAATCGCTTACGGTTTATTTTGTTTTTCTTGTAGGATCTTACAATAAATGAAG
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AACTTGATTTGGATGAGTCATTTTCAGGGGAAAAGTTGGCACAACTCACTGGGATTGCAG
CTCTTCTCAATTTACCATTACCAGACCTCGAAGACATTGCAGCTCTTTTCAGCAACTCAC
TGGCCCAACTCACTGGGTTTGCAGCTCTTCTCAGCTCATCTCAGCTCTTCTCATTTTTCT
GCGCTAAATGAAAGATCTACAGCAAGCGTAAGAGAAGACAATGTTCTGCATTACAGTGAA
AGGTTAAGAAAGATGTTGTCATCTCGGTGAGAAGATTCAGTGATTTGGGTGTTGCCATTG
AAAGCTATACGATATTTATGATTAGTTGATCTGAAGGCTCCTCCAGCAGCACTTACACTG
AAACGATCTATGTTTCTCCATAATCCAACACGAAGATGTTTGCCCAATTCACCAAGGAAG
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ACCTAAAAAAAGCACAAAATTACAGAATTAGAATAAAAATTTTAAAATAAAAATATGTAT
CATCAGATTATACTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP56TF U 387
AF RR3EJ92JQ C 1
BS 1 387 RR3EJ92JQ
BS 388 693 RR3EP56TF
BS 694 855 RR3EJ92JQ

RD RR3EP56TF 307 0 0
G
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DS 

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QA 1 855 1 855
DS 



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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ92TF U 1
AF RR3DE26TF U 87
AF RR3DE26JQ C 632
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AAAAAAAACAAAAGGATTCTCCGATGTCGATTCAGCGGCCACAAGAGATAGACTGCGACT
CGTTCCTCTCAGATCGGAACAGTTTGTATGTTGATTCCCAGACAAAATAATCAGATATCG
GACATATCTGAAGCAATATCCGACAAAAAAATGGATAATAAACCTTCTAAGGTGTTAACA
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AAGAAGGCTGGAGAGTATGTGTCTGCATAAAAAGAGAGTTTCATGCTAATCTGGAAAAAC
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ATGTTAATCGCTTACGGTTTATTTTGTTTTTT*CTTGTAGGATCTTACAATAAATGAAG*
ATCAAAGGAAGAAGTATGTGAATTTGGTTGAGTCACTAAAAGATTCACGAGGAGAGGATG
AACTTGATTTGGATGAGTCATT
T

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3DE26TF 775 0 0
GG
ATAGCTCTCTACAATCTTCATCCGCTTATTAATTCCTTGTTCTTCTTCATTTTTCTAAAG
TTTTCGTCGGTTTTGAATTTTTTTAAAAAACAAAAAAAA*CAAAAGGATTCTCCGATGTC
GATTCAGCGGCCACAAGAGATAGACTGCGACTCGTTCCTCTCAGATCGGAACAGTTTGTA
TGTTGATTCCCAGACAAAATAATCAGATATCGGACATATCTGAAGCAATATCCGACAAAA
AA*TGGATAATAAACCTTCTAAGGTGTTAACAAATTGTGTCCTTATGTTCGTTGATGAAG
TAAACATCATAAGTTTCTTAATAAGAAGTTCAAAGAAGGCTGGAGAGTATGTGTCTGCAT
AAAAAGAGAGTTTCATGCTAATCTGGAAAAACATAAATCAGATAAGTAAAAAACATTGTA
CATTTATTCTGTGTAATTTTTTTTTTGGTTTGATGTTAATCACTTACGGTTTATTTTGTT
TTTTTCTTGTAGGATCTTACAATAAATGAAGGATCAAAGGAAGAAGTATGTGAATTTGGT
TGAGTCACTAAAAGATTCAGGAGGAGAGGATGAACTTGATTTGGATGAGTCATTGTTTCA
GGGGAAAAGTTGGCACAACTCACTGGGATTGCAGCTCTTCTCAATTTACCATTACCAGAC
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CTTCTCAGCTCATCTCAGCTCTTCTCATTTTTCTGCGCTAAATGAA
GTTAAGA

QA 3 768 3 768
DS 

RD RR3DE26JQ 772 0 0
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CTCAGCTCATCTCAGCTCTTCTCATTTTTCTGCGCTAAATGAAAGTTAAGAAAGATGTTG
TCATCTCGGTGAGAAGATTCAGTGATTTGGGTGTTGCCATTGAAAGCTATACGATATTTA
TGATTAGTTGATCTGAAGGCTCCTCCAGCAGCACTTACACTGAAACGATCTATGTTTCTC
CATAATCCAACACGAAGATGTTTGCCCAATTCACCAAGGATTACTTCCAAGGTTTTTCCA
ACGTCTTTCATGAAATGTCTCCATGAATGAATGATCTTGACTTGAATGCGACACGCAGTC
TTGCGTGGTTTGACATCATTCACAAAAGTTAGCTGCAGGTTATTCATCGCCATTTTTGCT
GTATCTGAAGTATTGAAGAACACGTTTATCTCTCGGAGAACAGGAGTTACATGGTACTAA
TGCAAATAAGGTACTTGATCGGAAAAGCAAGGTTGAGTTAAAAGAAAAGATCAAACCTTG
GCCACAACCGATTCCAGAAGTGTGATTTTCGATTCACCTGTCTATTCCTGCACCAGACAT
TCTAACTTGTACCTAAAAAAGCACAAAATTACAGAATTAGAATAAAAATTTT

QA 1 772 1 772
DS 



AS 2 4

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GGCATCATTTCAACTCAACGTCTCCCTTTCCCTTCAAACTCATTCGATATGGCTCATTGC
TCAAGATGCCTTATTCCATGGACTGAGTTTGGTGGGGTCTATCTTCTGGAGATTCACCGT
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TGGAAAGGTTGGGACACGACCGTTGAAGAGCAGAGATCAAACTACGAGAAGCTGCAGGAT
CTGTTATCATCAATGTGCTTCAAATTGTACGCCAAGAAAGACGATATCGCAGTGTGGCAA
AAATCTCCAGACAACATGTGCTACAACAAATTGTCTAACGACCCTGATGCATACCCCCCA
AAATGTGACGATAGCCTGGAGCCAGACTCTGCTTGGTACACGCCGTTACGCCCTTGCGTT
GTGGTTCCAAGCCCTAAGCTTAAGAAGACAGATTTGGAATCTACTCCCAAGTGGCCGGAG
AGGTTGCACTCAACTCCTGAAAGGATCTCTGATGTTCCTGGAGGAAATGGTGGCTTGTTT
AAGCGAGACGATAGCAAATGGAAAACGAGGGCTAAGCATTACAAGAAGCTGTTACCAGCT
GTTGGCTCTGATAAGATCCGGAATGTGATGGATATGAACACTGCTTATGGTGGTTTAGCT
GCTGCCCTGGTCGATGATCCTCTGTGGGTCATGAACGTTGTCTCTTCTTACACTGCAAAT
ACACTTCCCGTTGTGTTTGATCGTGGATTGATTGGAACTTACCACGACTGGTGTGAAGCT
TTCTCGACATATCCGAGAACTTACGATCTTCTTCACGTTGATGGGCTGTTTACATCTGAA
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TCTTGATTTGCCAGAAGAAGCTTTGGTATTCATCTAACGCAACTTCAGAAACAAAATAGA
AAATGGACATACAAAGCTTAAGTTAAA


BQ
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AF RR3AQ93TF U 1
AF RR3F877TF U 399
BS 1 428 RR3AQ93TF
BS 429 429 RR3F877TF
BS 430 437 RR3AQ93TF
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BS 439 770 RR3AQ93TF
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RD RR3AQ93TF 770 0 0
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TCAAGATGCCTTATTCCATGGACTGAGTTTGGTGGGGTCTATCTTCTGGAGATTCACCGT
ATTCTAAGACCTGGTGGCTTCTGGGTCTTATCTGGTCCACCAGTCAACTACGAGAACCGG
TGGAAAGGTTGGGACACGACCGTTGAAGAGCAGAGATCAAACTACGAGAAGCTGCAGGAT
CTGTTATCATCAATGTGCTTCAAATTGTACGCCAAGAAAGACGATATCGCAGTGTGGCAA
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GCTGCCCTGGTCGATGATCCTCTGTGGGTCATGAACGTTGTCTCTTCTTA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3F877TF 709 0 0
G
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ACGCCGTTACGCCCTTGCGTTGTGGTTCCAAGCCCTAAGCTTAAGAAGACAGATTTGGAA
TCTACTCCCAAGTGGCCGGAGAGGTTGCACTCAACTCCTGAAAGGATCTCTGATGTTCCT
GGAGGAAATGGTGGCTTGTTTAAGCGAGACGATAGCAAATGGAAAACGAGGGCTAAGCAT
TACAAGAAGCTGTTACCAGCTGTTGGCTCTGATAAGATCCGGAATGTGATGGATATGAAC
ACTGCTTATGGTGGTTTAGCTGCTGCTCTGGTCGATGATCCTCTGTGGGTTATGAACGTT
GTCTCTTCTTACACTGCAAATACACTTCCCGTTGTGTTTGATCGTGGATTGATTGGAACT
TACCACGACTGGTGTGAAGCTTTCTCGACATATCCGAGAACTTACGATCTTCTTCACGTT
GATGGGCTGTTTACATCTGAAAACCAAAGGTGCGATCATACGAGAATCAAGCTACTTCGC
GGACACCATTGCATCAGTCGCTAAAGAACTGAGATGGAGTTGCCGTAAGAGAAAACAGAG
TCGAATCAGAGAGTGAGAAGCTCTTGATTTGCCAGAAGAAGCTTTGGTATTCATCTAACG
CAACTTCAGAAACAAAATAGAAAATGGACATACAAAGCTTAAGTTAAA

QA 2 709 2 709
DS 



CO CL1986Contig2 954 2 4 U
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CTCTTCTTACGCTGCAAATACACTTCCCGTTGTGTTTGATCGTGGATTGATTGGAACTTA
CCACGACTGGTGTGAAGCTTTCTCGACATATCCGAGAACTTACGATCTTCTTCACGTCGA
TGGTCTGTTTACATCTGAAAACCAAAGGTGTGAGATGAAATATGTAATGCTGGAAATGGA
TAGGATCTTGCGTCCAAACGGGTATGCGATCATACGTGAATCAAGCTACTTCGCGGACAC
CATTGCATCAGTCGCTAAAGAACTGAGATGGAGTTGCCGTAAGGAGAAAACAGAGTCTGA
ATCAGAGAGTGAGAAGATCTTGATTTGCCAGAAGAAGCTTTGGTATTCATCTAACGCAAC
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TGGAGGCTTCTTGAGAACAAAGTCACAACAACAATCATAGGTTCTTTGTCTTTGCTTCAA
ATCTAAGAAAGGAGTTTAAAGCATTTTATTATCCCAGCATATTTTACCAACTTTCGATTC
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TTATTTTGAATGGTTAAGTTCGAGATTTCTCCAATGTTAGGTATATTGATTTGAGATCTA
GTTATTGTTTTGTACGCTAAGACGTTGGTGGTCCATTATAAACATTTATCTTCC


BQ
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AF RR3H369TF U 1
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BS 235 697 RR3H369TF
BS 698 954 RR3AQ93JQ

RD RR3H369TF 697 0 0
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TGCTTATGGTGGTTTAGCTGCTGCCCTGGTCGATGATCCTCTGTGGGTCATGAGCGTTGT
CTCTTCTTACGCTGCAAATACACTTCCCGTTGTGTTTGATCGTGGATTGATTGGAACTTA
CCACGACTGGTGTGAAGCTTTCTCGACATATCCGAGAACTTACGATCTTCTTCACGTCGA
TGGTCTGTTTACATCTGAAAACCAAAGGTGTGAGATGAAATATGTAATGCTGGAAATGGA
TAGGATCTTGCGTCCAAACGGGTATGCGATCATACGTGAATCAAGCTACTTCGCGGACAC
CATTGCATCAGTCGCTAAAGAACTGAGATGGAGTTGCCGTAAGGAGAAAACAGAGTCTGA
ATCAGAGAGTGAGAAGATCTTGATTTGCCAGAAGAAGCTTTGGTATTCATCTAACGCAAC
TTCAGAAACAAAATAGAAAAATAGACATACAAAGCTTAAGCTAAAAGCTTTTGTTTTGTC
TGGAGGCTTCTTGAGAACAAAGTCACAACAACAATCA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3AQ93JQ 748 0 0
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CCGTTGTGTTTGATCGTGGATTGATTGGAACTTACCACGACTGGTGTGAAGCTTTCTCGA
CATATCCGAGAACTTACGATCTTCTTCACGTCGATGGTCTGTTTACATCTGAAAACCAAA
GGTGTGAGATGAAATATGTAATGCTGGAAATGGATAGGATCTTGCGTCCAAACGGGTATG
CGATCATACGTGAATCAAGCTACTTCGCGGACACCATTGCATCAGTCGCTAAAGAACTGA
GATGGAGTTGCCGTAAGGAGAAAACAGAGTCTGAATCAGAGAGTGAGAAGATCTTGATTT
GCCAGAAGAAGCTTTGGTATTCATCTAACGCAACTTCAGAAACAAAATAGAAAAATAGAC
ATACAAAGCTTAAGCTAAAAGCTTTTGTTTTGTCTGGAGGCTTCTTGAGAACAAAGTCAC
AACAACAATCATAGGTTCTTTGTCTTTGCTTCAAATCTAAGAAAGGAGTTTAAAGCATTT
TATTATCCCAGCATATTTTACCAACTTTCGATTCTTTCTTATAGTATATGCTTGGTGAGA
AATACATTACCGATTTTTTATTTAAATTGTAATTTTATTTTGAATGGTTAAGTTCGAGAT
TTCTCCAATGTTAGGTATATTGATTTGAGATCTAGTTATTGTTTTGTACGCTAAGACGTT
GGTGGTCCATTATAAACATTTATCTTCC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL1987Contig1 1133 2 2 U
AATCGAAAGCTTTATTCTTATATAAGTTCACAAACGAAAATATTATAAATACGTTTTGCT
AAAAACAAGTTTATGAAACAAAACACAGTTTAAAAGTTGTCTAAAGACAAACCAACGACT
CCACAACAAAAAAGTTTAAAGGAAGGAACAACACCCATTGACACACAATGATACATTGAG
CTTCTTACCCTGTTTGGGGGTAACGAGCCATCACGGTGACTCGCTGCCTTTAGGGGAAGA
ACGGTTAAGCTCAGGCTCATCATCAATGGGGCTCCTGTCTGGAGCAGGACTTTCTTCACC
TCCCGCAATGGGACTCGCAAAGTTCTTGCCATTACCATTCTCCCTTGGGCTGGCTTCATA
GTCCGACCCAACTTGCTTTTCCAGTTTTGGGCTTGCATCTATGGCTCTTCCCTCTGGACT
AAGGCTTTGGTCTTTGCCTATGGGAAATACGGATCGCTCCATTGCCTTAGGACTGAGTGA
TCTATCCTCCACGCTTCTCTCTCTTCTCACTGGCGATCGTGAACGGCTGTAGCTACGACC
ACGGCTGTAACTACGGCTACGGCTTGGGCTTCTTCTGCGGCGAGGGGAGCGGGATTTAAC
TGGTGACCTGGAGTAGCTTCCACCACGCCTGGCCTTCTTAGGACTAGGACTGTTCTTGCA
GTTTCTCTCAATGTGTCCTCTTTCACCACATCGGTAACATTTGTTCTTCCAGTCACCTGC
TGTGCAGTCTCTAGCCCAATGACCATCAACACCACAGTTAAAACAGCGACCAGAACCAGG
AGGAGGACCTCTGCTACCACCATCCCGAGAGCCACGAGGAGCCCCTCTGGAAGCCTCGAC
AGTGATGCGACTTCCATCGAAGTCTCGTCCATCTAAGTAGTATCTTGCGTCATCAGCATC
ACGAGGATCGCTAAATTCAACAAAGGCATAGTCGCGCTTCATATCAACATCCCGTACTCT
TCCGTATCTGCTGAAAAGACGCTCAAGATCCCTGCTGCGAGTTCTAGACGACAAACGGCC
AACGTAGAGGCGAGTGTTTCCATATCGATCATCAAATCGAGGCATATTTCAAATCTGCAA
AACTTCTTGAGACGACGGCGATAAGGAAGGAGAGTTAACCCTAATTAAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GTCCGACCCAACTTGCTTTTCCAGTTTTGGGCTTGCATCTATGGCTCTTCCCTCTGGACT
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ACGGCTGTAACTACGGCTACGGCTTGGGCTTCTTCTGCGGCGAGGGGAGCGGGATTTAAC
TGGTGACCT

QA 1 609 1 609
DS 

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TAGCTACGACCACGGCTGTAACTACGGCTACGGCTTGGGCTTCTTCTGCGGCGAGGGGAG
CGGGATTTAACTGGTGACCTGGAGTAGCTTCCACCACGCCTGGCCTTCTTAGGACTAGGA
CTGTTCTTGCAGTTTCTCTCAATGTGTCCTCTTTCACCACATCGGTAACATTTGTTCTTC
CAGTCACCTGCTGTGCAGTCTCTAGCCCAATGACCATCAACACCACAGTTAAAACAGCGA
CCAGAACCAGGAGGAGGACCTCTGCTACCACCATCCCGAGAGCCACGAGGAGCCCCTCTG
GAAGCCTCGACAGTGATGCGACTTCCATCGAAGTCTCGTCCATCTAAGTAGTATCTTGCG
TCATCAGCATCACGAGGATCGCTAAATTCAACAAAGGCATAGTCGCGCTTCATATCAACA
TCCCGTACTCTTCCGTATCTGCTGAAAAGACGCTCAAGATCCCTGCTGCGAGTTCTAGAC
GACAAACGGCCAACGTAGAGGCGAGTGTTTCCATATCGATCATCAAATCGAGGCATATTT
CAAATCTGCAAAACTTCTTGAGACGACGGCGATAAGGAAGGAGAGTTAACCCTAATTAAG
ATCC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 5

CO CL1988Contig1 792 5 9 U
GGAACACACAACAGGTTTCACTAAGACCCCACAAAAGAACAAATAAATAGAGATGGGTTT
GGTTACAGAGGAGATCAGAGCTAAGGCAGAGAAGTACACAGGAGAAATATGCCAAGAGAA
GGCCAAGGTTTTCTACAAGGAAATATCTATGCCCAGTGGCTTACTACCGTTGAAGGACAT
AGAAGAGGTTGGGTATGACAGAGAGTCAGGAGTTGTGTGGCTGAAGCAGAAAGAGAGCAT
CATCCACAAGTTCGAAGAGATCGATAAGCTCGTCTCTTATGGAACCGAGATCACTGCCGT
GGTTGAGACCGGCAGGATCAAGAAGCTCACTGGAGTCAAGGCCAAGGAGCTTCTTATATG
GATCACAGTCAATGAGATCTATACACAGGACGGAGGGAAGATCACATTCAAGACACCAAC
CACTCTGTCCAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTACAGTCCCAGAAGAAGTGGAACCTGC
CAAGGAAAAGGGCAGTGAAGCCACCGAGGTCAAGGAGGCTGTTGCTATCAAGGAGGCTGT
TCCAGTTAAGGAGGCCTAATAAAAGTCTCAATTCTTCGACAGTTAAAAGACGCTAAAATC
CTTATGTCCACTTCACTCATATGTTACCTACC*ACTTGTTGCTACTTGTTTTACCTGTAA
TAAGATGTCAACATCATCCTCATCCACAAATATTACCGTACTATATCTGTAATCTAAATT
AAAGTTGGTTATGTATGTTACTTCAAAGAACTATTAGCAAGCTAAAGTGAGAGCTACACC
GAGATCTTTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BT57TF U 6
AF RR3CU57TF U 1
AF RR3AH76JQ C 1
AF RR3AH76TF U 1
AF RR3BT57JQ C 43
BS 1 7 RR3AH76JQ
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RD RR3BT57TF 669 0 0
GG
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GAGGAGATCAGAGCTAAGGCAGAGAAGTACACAGGAGAAATATGCCAAGAGAAGGCCAAG
GTTTTCTACAAGGAAATATCTATGCCCAGTGGCTTACTACCGTTGAAGGACATAGAAGAG
GTTGGGTATGACAGAGAGTCAGGAGTTGTGTGGCTGAAGCAGAAAGAGAGCATCATCCAC
AAGTTCGAAGAGATCGATAAGCTCGTCTCTTATGGAACCGAGATCACTGCCGTGGTTGAG
ACCGGCAGGATCAAGAAGCTCACTGGAGTCAAGGCCAAGGAGCTTCTTATATGGATCACA
GTCAATGAGATCTATACACAGGACGGAGGGAAGATCACATTCAAGACACCAACCACTCTG
TCCAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTACAGTCCCAGAAGAAGTGGAACCTGCCAAGGAA
AAGGGCAGTGAAGCCACCGAGGTCAAGGAGGCTGTTGCTATCAAGGAGGCTGTTCCAGTT
AAGGAGGCCTAATAAAAGTCTCAATTCTTCGACAGTTAAAAGACGCTAAAATCCTTATGT
CCACTTCACTCATATGTTACCTACC*ACTTGTTGCTACTTGTTTTACCTGTAATAAGATG
TCAACAT

QA 3 669 3 669
DS 

RD RR3CU57TF 733 0 0
GGAACAC
ACAACAGGTTTCACTAAGACCCCACAAAAGAACAAAGAAATAGAGATGGGTTTGGTTACA
GAGGAGATCAGAGCTAAGGCAGAGAAGTACACAGGAGAAATATGCCAAGAGAAGGCCAAG
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GTTGGGTATGACAGAGAGTCAGGAGTTGTGTGGCTGAAGCAGAAAGAGAGCATCATCCAC
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TCAACATCATCCTCATCCACAAATATTACCG*ACTATATCTGTAATCTAAAT
CAAAATTGTTATGT

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TAAGATGTCAACATCATCCTCATCCACAAATATTACCGTACTATATCTGTAATCTAAATT
AAAGTTGGTTATGTATGTTACTTCAAAGAACTATTAGCAAGC
C

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DS 

RD RR3AH76TF 763 0 0
GGAACAC
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GTTTTCTACAAGGAAATATCTATGCCCAGTGGCTTACTACCGTTGAAGGACATAGAAGAG
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TCCAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTACAGTCCCAGAAGAAGTGGAACCTGCCAAGGAA
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CCACTTCACTCATATGTTACCTACC*ACTTGTTGCTACTTGTTTTACCTGTAATAAGATG
TCAACATCATCCTCATCCACAAATATTACCGTACTATATCTGTAATCTAAATTAAAGTTG
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C

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DS 

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AG
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AAATATGCCAAGAGAAGGCCAAGGTTTTCTACAAGGAAATATCTATGCCCAGTGGCTTAC
TACCGTTGAAGGACATAGAAGAGGTTGGGTATGACAGAGAGTCAGGAGTTGTGTGGCTGA
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CATTCAAGACACCAACCACTCTGTCCAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTACAGTCCCAG
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AAAAGACGCTAAAATCCTTATGTCCACTTCACTCATATGTTACCTACC*ACTTGTTGCTA
CTTGTTTTACCTGTAATAAGATGTCAACATCATCCTCATCCACAAATATTACCGTACTAT
ATCTGTAATCTAAATTAAAGTTGGTTATGTATGTTACTTCAAAGAACTATTAGCAAGCTA
AAGTGAGAGCTACACCGAGATCTTTTGA

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DS 



AS 1 5

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T*********GATCTGCACGAAGGTGACTGGGGCAAGGTCGGCTCTATCGTCTACTGGAA
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CGTGATCACGATCCAGGTGACCCCTAAGCACGAAGGGCCAGGGAGTATTGTGCACTGGCA
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TAATAAAAGTATAAAGCATGTGAA


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR3BV37TF U 1
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AF RR3G508TF U 1
AF RR3B095TF U 6
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GAT

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G

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TTTTT
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QA 6 721 6 721
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TTCATGATGGGGAGGCAAAGGTGGCCAAGGAGAGAATCGAGGCAGTGGAGCCGGATAAGA
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AAAGTATAAAGCATGTGAA

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 3

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G501TF U 2
AF RR3BI89JQ C 387
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DS 



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TTTTTAATTCC


BQ
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20 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ05TF U 1
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AF RR3CU18TF U 1
AF RR3FQ05JQ C 50
AF RR3D201JQ C 721
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TTTTTT

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QA 1 711 1 711
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AATT

QA 1 771 1 771
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TACATTTTGACTTTTTCTAATTAATTTCAGCTTTCACGTTTCCATATATTTTTCTACTGA
ATTTTTTTTCTTCTACTGAATTGGACATTATATGTTCGTGATTTCAAGACCGATGCTGTT
TTTAATTTGATGTTCTTTGTTAATCAAATTAATATATATTTTTTTAAA
CC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3D201JQ 191 0 0
TT
TACTGAATTGGACATTATATGTTCGTGATTTCAAGACCGATGCTGTTTTTAATTTGATGT
TCTTTGTTAATCAAATTAATATATATTTTTTTAAATCATGCAACATTGATATAGATCTGC
TGGGATTTTGTCGTTGTTTCCGTGAAAAGGTCTGTGCAAGAATATTAATAAAAAAACTTT
TTTAATTCC

QA 3 191 3 191
DS 



AS 1 5

CO CL1992Contig1 522 5 5 U
GGATCCTTTCAAAAACATAACTCGCATCAACTTTATCACTTCAATCTCTCTCTCTCTC**
GTATAAGCTTTCACTGTGTGGGTTAAAAGTTTCTGTGAGAGATCGAAGCTATGTCTCAGA
CCGTTGTTCTCAGAGTGGCTATGTCATGCGAGGGATGTGTTGGAGCTGTGAAAAGAGTCC
TCGGCAAAATGGAAGGCGTCGAGTCGTTTGATGTGGATATAAAGGAGCAAAAGGTGACAG
TGAAAGGCAATGTGCAGCCAGACGCTGTTTTGCAGACTGTTTCAAAAACTGGAAAGAAAT
CGGCTTTCTGGGACTCGGAGGCTGAAACCGCCAAGGCCTAAGGAGAAGCGGAGCATCTCA
TATATATATGACTGTTTTTTTCAATAAAAATCTGTATGGGGATCCTTCTTTGTTTATGTG
ACTTGTGTCTGACTGAGCATTGCTCTGTGAACCAACCTTGTTTTATCATTGAAGTAATGT
GGTTAAAAACAGTTCTTTGAATAATTAGGCCTCTATTGTCCC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN52JQ C 1
AF RR3DN52TF U 1
AF RR3C489JQ C 3
AF RR3C489TF U 81
AF RR3CY59TF U 82
BS 1 4 RR3DN52JQ
BS 5 329 RR3DN52TF
BS 330 330 RR3C489TF
BS 331 484 RR3DN52TF
BS 485 522 RR3CY59TF

RD RR3DN52JQ 498 0 0
GGATCCTTTCAAAAACATAACTCGCATCAACTTTATCACTTCAATCTCTCTCTCTTTC**
GTATAAGCTTTCACTGTGTGGGTTAAAAGTTTTTGTGAGAGATCGAAGCTATGTTTCAGA
CCGTTGTTTTCAGAGTGGCTATGTCATGCGAGGGATGTGTTGGAGCTGTGAAAAGAGTCC
TCGGCAAAATGGAAGGGGTCGAGTCGTTTGATGTGGATATAAAGGAGCAAAAGGTGACAG
TGAAAGGCAATGTGCAGCCAGACGCTGTTTTGCAGACTGTTTCAAAAACTGGAAAGAAAT
CGGCTTTTTGGGACTCGGAGGCTGAAACCACCAAGGCCTAAGGAGAAGCGGAGCATTTCA
TATATATATGACTGTTTTTTTCAATAAAAATTTGTATGGGGATCCTTTTTTGTTTATGTG
ACTTGTGTTTGACTGAGCATTGCTTTGTGAACCAACCTTGTTTTATCATTGAAGTAATGT
GGTTAAAAACAGTT
TTTG

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR3DN52TF 489 0 0
GGAT
CCTTTCAAAAACATAACTCGCATCAACTTTATCACTTCAATCTCTCTCTCTCTC**GTAT
AAGCTTTCACTGTGTGGGTTAAAAGTTTCTGTGAGAGATCGAAGCTATGTCTCAGACCGT
TGTTCTCAGAGTGGCTATGTCATGCGAGGGATGTGTTGGAGCTGTGAAAAGAGTCCTCGG
CAAAATGGAAGGCGTCGAGTCGTTTGATGTGGATATAAAGGAGCAAAAGGTGACAGTGAA
AGGCAATGTGCAGCCAGACGCTGTTTTGCAGACTGTTTCAAAAACTGGAAAGAAATCGGC
TTTCTGGGACTCGGAGGCTGAAACCACCAAGGCCTAAGGAGAAGCGGAGCATCTCATATA
TATATGACTGTTTTTTTCAATAAAAATCTGTATGGGGATCCTTCTTTGTTTATGTGACTT
GTGTCTGACTGAGCATTGCTCTGTGAACCAACCTTGTTTTATCATTGAAGTAATGTGGTT
AAAAA

QA 5 484 5 484
DS 

RD RR3C489JQ 482 0 0
GG
CCTTTCAAAAACATAACTCGCATCAACTTTATCACTTCAATCTCTCTCTCTCTCTCTTAT
AAGCTTTCACTGTGTGGGTTAAAAGTTTCTGTGAGAGATCGAAGCTATGTCTCAGACCGT
TGTTCTCAGAGTGGCTATGTCATGCGAGGGATGTGTTGGAGCTGTGAAAAGAGTCCTCGG
CAAAATGGAAGGCGTCGAGTCGTTTGATGTGGATATAAAGGAGCAAAAGGTGACAGTGAA
AGGCAATGTGCAGCCAGACGCTGTTTTGCAGACTGTTTCAAAAACTGGAAAGAAATCGGC
TTTCTGGGACTCGGAGGCTGAAACCGCCAAGGCCTAAGGAGAAGCGGAGCATCTCATATA
TATATGACTGTTTTTTTCAATAAAAATCTGTATGGGGATCCTTCTTTGTTTATGTGACTT
GTGTCTGACTGAGCATTGCTCTGTGAACCAACCTTGTTTTATCATTGAAGTAATGTGGTT

QA 3 482 3 482
DS 

RD RR3C489TF 404 0 0
GGTTAAAAGTTTCTGTGAGAGATCGAAGCTATGTCTCAGACCGTTGTTCTCAGAGTGGCT
ATGTCATGCGAGGGATGTGTTGGAGCTGTGAAAAGAGTCCTCGGCAAAATGGAAGGCGTC
GAGTCGTTTGATGTGGATATAAAGGAGCAAAAGGTGACAGTGAAAGGCAATGTGCAGCCA
GACGCTGTTTTGCAGACTGTTTCAAAAACTGGAAAGAAATCGGCTTTCTGGGACTCGGAG
GCTGAAACCGCCAAGGCCTAAGGAGAAGCGGAGCATCTCATATATATATGACTGTTTTTT
TCAATAAAAATCTGTATGGGGATCCTTCTTTGTTTATGTGACTTGTGTCTGACTGAGCAT
TGCTCTGTGAACCAACCTTGTTTTATCATTGAAGTAATGTGGTT

QA 1 404 1 404
DS 

RD RR3CY59TF 441 0 0
GG
TAAAAGTTTCTGTGAGAGATCGAAGCTATGTCTCAGACCGTTGTTCTCAGAGTGGCTATG
TCATGCGAGGGATGTGTTGGAGCTGTGAAAAGAGTCCTCGGCAAAATGGAAGGCGTCGAG
TCGTTTGATGTTGATATAAAGGAGCAAAAGGTGACAGTGAAAGGCAATGTGCAGCCAGAC
GCTGTTTTGCAGACTGTTTCAAAAACTGGAAAGAAATCGGCTTTCTGGGACTCGGAGGCT
GAAACCGCCAAGGCCTAAGGAGAAGCGGAGCATCTCATATATATATGACTGTTTTTTTCA
ATAAAAATCTGTATGGGGATCCTTCTTTGTTTATGTGACTTGTGTCTGACTGAGCATTGC
TCTGTGAACCAACCTTGTTTTATCATTGAAGTAATGTGGTTAAAAACAGTTCTTTGAATA
ATTAGGCCTCTATTGTCCC

QA 3 441 3 441
DS 



AS 1 5

CO CL1993Contig1 487 5 12 U
GGGTTTAACTTCATAGGTATATTATTTTATTTTAGGAGTTGAGAATACATATATCATAAT
TCATAAACATCCAAAGTTGATTTTCAAGGTAATAACAGAAGGAATGTAGCATGAAAACAG
AAAATGAACTTGCCACACACACAAAAAGAAAACAAACCGATGATGTACATTCTCAACACA
AACACAAACAGAAATTACATACTCTAACTATATAGATAGATGGTAAACATATCTGTGGAG
TGGGAAACATTAGAGACCTCTTTGAAAACCAGATGAATATCATCTCTTCCACTCTACCTG
AGCTGTCTTCCCGTTGCCATCTCGGGCCAAAGGTTTCTCATTCTTCTTCCCGGTTTTGCC
ACCAGAGTTTGAGACTCTTGTTGTCTTAGGAGAATCAGAAGTGACTCTTGCGTTATTACC
TGAAGATGGTAGTGAGTAACGTCTAGTGGCTTTCTCAGCCCCTTGTTGCTTAGGAGAAGA
AGAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM15JQ U 217
AF RR3H325JQ U 1
AF RR3DM39JQ U 12
AF RR3DM39TF C 12
AF RR3DM15TF C 355
BS 1 252 RR3H325JQ
BS 253 253 RR3DM39JQ
BS 254 266 RR3H325JQ
BS 267 267 RR3DM39JQ
BS 268 388 RR3H325JQ
BS 389 389 RR3DM39JQ
BS 390 397 RR3H325JQ
BS 398 398 RR3DM39JQ
BS 399 457 RR3H325JQ
BS 458 458 RR3DM39JQ
BS 459 472 RR3H325JQ
BS 473 487 RR3DM15TF

RD RR3DM15JQ 180 0 0
TAGATGGTAAACATATCTGTGGAGTGGGAAACATTACAGACCTCTTTGAAAACCAAATGA
ATATCATCTCTTCCACTCTACCTGAGCTGTCTTCCCGTTGCCATCTCGGGCCAAAGGTTT
CTCATTCTTCTTCCCGGTTTTGCCACCAGAGTTTGAGACTCTTGTTGTCTTA
GGAAAATC

QA 1 172 1 172
DS 

RD RR3H325JQ 481 0 0
GGGTTTAACTTCATAGGTATATTATTTTATTTTAGGAGTTGAGAATACATATATCATAAT
TCATAAACATCCAAAGTTGATTTTCAAGGTAATAACAGAAGGAATGTAGCATGAAAACAG
AAAATGAACTTGCCACACACACAAAAAGAAAACAAACCGATGATGTACATTCTCAACACA
AACACAAACAGAAATTACATACTCTAACTATATAGATAGATGGTAAACATATCTGTGGAG
TGGGAAACATTAAAGACCTCTTTGAATACCAGATGAATATCATCTCTTCCACTCTACCTG
AGCTGTCTTCCCGTTGCCATCTCGGGCCAAAGGTTTCTCATTCTTCTTCCCGGTTTTGCC
ACCAGAGTTTGAGACTCTTGTTGTCTTAAGAGAATCAAAAGTGACTCTTGCGTTATTACC
TGAAGATGGTAGTGAGTAACGTCTAGTGGCTTTCTCAACCCCTTGTTGCTTA
AGAAAAAAA

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3DM39JQ 476 0 0
CCTAGA
TATATTATTTTATTTTAGGAGTTGAGAATACATATATCATAATTCATAAACATCCAAAGT
TGATTTTCAAGGTAATAACAGAAGGAATGTAGCATGAAAACAGAAAATGAACTTGCCACA
CACACAAAAAGAAAACAAACCGATGATGTACATTCTCAACACAAACACAAACAGAAATTA
CATACTCTAACTATATAGATAGATGGTAAACATATCTGTGGAGTGGGAAACATTAGAGAC
CTCTTTGAAAACCAGATGAATATCATCTCTTCCACTCTACCTGAGCTGTCTTCCCGTTGC
CATCTCGGGCCAAAGGTTTCTCATTCTTCTTCCCGGTTTTGCCACCAGAGTTTGAGACTC
TTGTTGTCTTAGGAGAATCAGAAGTGACTCTTGCGTTATTACCTGAAGATGGTAGTGAGT
AACGTCTAGTGGCTTTCTCAGCCCCTTGTTGCTTA
GGAGAAGAAGAGCCC

QA 7 461 7 461
DS 

RD RR3DM39TF 476 0 0
CCTAGA
TATATTATTTTATTTTAGGAGTTGAGAATACATATATCATAAT*CATAAACATCCAAAGT
TGATTTTCAAGGTAATAACAGAAGGAATGTAGCATGAAAACAGAAAATGAACTTGCCACA
CACACAAAAAGAAAACAAACCGATGATGTACATTCTCAACACAAACACAAACAGAAATTA
CATACTCTAACTATATAGATAGATGGTAAACATATCTGTGGAGTGGGAAACATTAGAGAC
CTCTTTGAAAACCAGATGAATATCATCTCTTCCACTCTACCTGAGCTGTCTTCCCGTTGC
CATCTCGGGCCAAAGGTTTCTCATTCTTCTTCCCGGTTTTGCCACCAGAGTTTGAGACTC
TTGTTGTCTTAGGAGAATCAGAAGTGACTCTTGCGTTATTACCTGAAGATGGTAGTGAGT
AACGTCTAGTGGCTTTCTCAGCCCCTTGTTGCTTA
GGAGAAGAAGAGCCC

QA 7 461 7 461
DS 

RD RR3DM15TF 133 0 0
TTTGCCACCAGAGTTTGAGACTCTTGTTGTCTTAGGAGAATCAGAAGTGACTCTTGCGTT
ATTACCTGAAGATGGTAGTGAGTAACGTCTAGTGGCTTTCTCAGCCCCTTGTTGCTTAGG
AGAAGAAGAGCCC

QA 1 133 1 133
DS 



AS 1 3

CO CL1994Contig1 627 3 9 U
GGACCGGGAGAGCCAATGTTGCTATGCTTGACAAGATTGAGGTTGAATACTATGGAAGTC
CTGTAAGTCTGAAAAGCATTGCCCAAATCAGTACCCCCGATGGCACTTCTCTTTTGCTTC
AGCCTTATGACAAATCTAGCTTGAAGGCTATAGAAAAGGCCATTGTCAGTTCTGATCTTG
GTGTCACTCCTAATAACGATGGTGATGTCATTCGCTTGTCCTTGCCTCCCCTCACTTCTG
AGCGAAGAAAGGAACTAGCAAAGGTTGTAGCCAAACAGACTGAAGAAGGGAAGGTTGCAC
TGAGAAACATAAGGAGGGATGCCTTGAAATCTTATGATAAACTCGAGAAGGAGAAGAAGC
TGTCAGAAGACAACGTGAAGGATTTGTCAAGCGATTTGCAGAAACTAATTGACACATACA
TGAAGAAGGTAGAGGAGCTCTGCAAACAGAAAGAGAAGGAATTGTTGAAGGTGTAACTGG
CATGGGTGTTAGGCGACGATCTGGTAAAATCCCCATATTTCCCATCTCCTTTTGCCGCTT
TTACTACTTCATCTTTCATCGGAAAAAAAATATGTTGTGTTTCTTGGGGTACAAGAATGC
CTTTGGGAATCGAGAGTAACTTTGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3FN47TF U 1
AF RR3BC66JQ C 90
AF RR3BC66TF U 90
BS 1 118 RR3FN47TF
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BS 120 257 RR3FN47TF
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BS 326 588 RR3FN47TF
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TTACTACTTCATCTTTCATCGGAAAAAAAATATGTTGTGTTTCTTGGG

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DS 

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G
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DS 

RD RR3BC66TF 538 0 0
G
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TTCGCTTGTCCTTGCCTCCCCTCACTTCTGAGCGAAGAAAGGAACTAGCAAAGGTTGTAG
CCAAACAGACTGAAGAAGGGAAGGTTGCACTGAGAAACATAAGGAGGGATGCCTTGAAAT
CTTATGATAAACTCGAGAAGGAGAAGAAGCTGTCAGAAGACAACGTGAAGGATTTGTCAA
GCGATTTGCAGAAACTAATTGACACATACATGAAGAAGGTAGAGGAGCTCTGCAAACAGA
AAGAGAAGGAATTGTTGAAGGTGTAACTGGCATGGGTGTTAGGCGACGATCTGGTAAAAT
CCCCATATTTCCCATCTCCTTTTGCCGCTTTTACTACTTCATCTTTCATCGGAAAAAAAA
TATGTTGTGTTTCTTGGGGTACAAGAATGCCTTTGGGAATCGAGAGTAACTTTGT
CT

QA 2 536 2 536
DS 



AS 1 5

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TCTGATAATAGTAATACTTTTC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3GY68TF U 1
AF RR3E618TF U 2
AF RR3E618JQ C 602
AF RR3C413TF U 2
AF RR3GY68JQ C 140
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AA

QA 1 156 1 156
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GG
AAAACACAAAAACCAAACAAAAGAAACCGTTAGAGAAAGAAAAAAACTGCGTTGTTTCTT
GAAAATGGAGATTGTTAGGTTCGCAGTCGCCGTCATTTTTGCACTTTCCTCCATCTCGTC
GTCTAACGCGGCAACTACACCAACTACACCACCAAGCGGCGGAGCAGGAGATGCTCACTC
GATGCCATGTATACAGAAACTGATGCCGTGTCAGCCGTATCTTCACTCGTCGGCTCCTCT
GCCTCCAGCGTCGTGTTGCATGCCGTTGAAGGAGATCGTCGAGACCGACGTGACCTGTCT
TTGCTCAGTATTCAACAACGTAGATATGCTTAGATCGCTTAACTTAACTAAAGAAAACGC
GCTCGTTCTCCCCAAAGCTTGTGGCGCTAACGCTGATGTGTCACAATGTAAAGCCAGTAC
CGGTACTACTACGCCTTCGACGTCCCCGGGAACTACTAAAACTCCTCCGGCATCTCCCGC
TGAAAGCGGCTCAGCCGGAGGTTCAGCTTCTTCAACGGCCAAACCATCAGACTCGGCTCC
GGCCATCAACTTTTCCGGAATAAGTTTCGCCTCAGTTTTCGTGGCATTGGCAACAATCTT
TTTCTGATATCCTACTAAGTCACGTCTTTATTCAGTTTAGTAAGTTTAAAATGTTGGAAA
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DS 

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TCGACGTCCCCGGGAACTACTAAAACTCCTCCGGCATCTCCCGCTGAAAGCGGCTCAGCC
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TTC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 5

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TGGATTTATGAATGTTATTGGTTCCTTCACATCTTGTTATGCTGCTACTGGTTCTTTCTC
TCGGACGGCTGTGAACTTCGCAGCCGGGTGTGAGACCGCAATGTCGAACATCGTAATGGC
AGTTACAGTTTTTGTAGCACTCAAGTGCTTAACAAGACTCCTCTACTATACCCCGATAGC
GATCCTCGCGTCCATAATCCTTTCAGCACTTCCGGGACTAATTGACATCGACGAAGCTAT
TCACATTTGGAAAATCGATAAGCTGGACTTTCTTGCTCTCATTGGAGCTTTCTTTGGCGT
TTTATTCGGTTCTGTCGAGATCGGACTCCTCGTTGCGGTGGTTATTTCGTTCGCCAAGAT
CATACTCATATCAATACGACCAGGGATTGAAACCCTCGGGAGAATGCCAGGGACCGATAC
TTTTGCAGATACTGATCAATATCCTATGTCGGTTAAGACTCCCGGAGTGTTGATTTTTCG
TGTCAAGTCTGCATTGTTGTGCTTTGCTAATGCTAGCTCCCTTGAGGAAAGGATTGTAGG
GTGGATAAATGAGGAAGAAGAAGATGATGGAAACACAAAGACCAACGCTAAGAAAAACAT
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CTTGGTGGAGCTCCAAAACAACCTAATCCAAAATGGTGTTGAGCTGGTGATCGTTAACCC
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AGTCTATCTGACAATCGGAGAAGCTCTCGATGCTTGCTTTGGATTAAAAGTCTGATAGTT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3CU38TF U 1
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TCACATTTGGAAAATCGATAAGCTGGACTTTCTTGCTCTCATTGGAGCTTTCTTTGGCGT
TTTATTCGGTTCTGTCGAGATCGGACTCCTCGTTGCGGTGGTTATTTCGTTCGCCAAGAT
CATACTCATATCAATACGACCAGGGATTGAAACCCTCGGGAGAATGCCAGGGACCGATAC
TTTTGCAGATACTGATCAATATCCTATGTCGGTTAAGACTCCCGGAGTGTTGATTTTTCG
TGTCAAGTCTGCATTGCTGTGCTTTGCTAC*GCTAGCTCCCTTGAG*AAAGGATTGTAGG
TGGATAA

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ATCGATAAGCTGGACTTTCTTGCTCTCATTGGAGCTTTCTTTGGCGTTTTATTCGGTTCT
GTCGAGATCGGACTCCTCGTTGCGGTGGTTATTTCGTTCGCCAAGATCATACTCATATCA
ATACGACCAGGGATTGAAACCCTCGGGAGAATGCCAGGGACCGATACTTTTGCAGATACT
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TTGTTGTGCTTTGCTAATGCTAGCTCCCTTGAGGAAAGGATTGTAGGGTGGATAAATGAG
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CTTGATATGTCAAATTTAATAAACGTGGATACATCCGGAATTACTGCCTTGGTGGAGCTC
CAAAACAACCTAATCCAAAATGGTGTTGAGCTGGTGATCGTTAACCCTAAATGGACAGTG
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ATCGGAGAAGCTCTCGATGCTTGCTTTGGATTAAAAGTCTGATAGTTACAATATCTACTC
AACATGCA

QA 1 728 1 728
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ACTTAAATGCGACGGGTGCATGATGGTGATGTATAATTATTAAGTATGTGGAGTGTCTTG
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G
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GTCGGTTAAGACTCCCGGAGTGTTGATTTTTCGTGTCAAGTCTGCATTGTTGTGCTTTGC
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TGGAAACACAAAGACCAACGCTAAGAAAAACATCCTCTTTGTCGTCCTTGATATGTCAAA
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TCAAGCAAAGTTCATCAACAAAATCGGTGGAAAAGTCTATCTGACAATCGGAGAAGCTCT
CGATGCTTGCTTTGGATTAAAAGTCTGATAGTTACAATATCTACTCAACATGCATAATTT
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CATGATGGTGATGTATAATTATTAAGTATGTGGAGTGTCTTGGTACTTAAGCTCGGTCGC
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TACTAATGTTATTGTGTTA

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T
GACAATCGGAGAAGCTCTCGATGCTTGCTTTGGATTAAAAGTTTGATAGTTACAATATCT
ACTCAACATGCATAATTTACGGAGTTGGTGCATGTGAATTTTATGTGAGTTTAATTTAGA
ACTTAAATGCGACGGGTGCATGATGGTGATGTATAATTATTAAGTATGTGGAGTGTCTTG
GTACTTAAGCTCGGTCGCGATTAAATAAAAGTCATGCAATCTGTAGTAAGACGATCGATG
CATGGGTGTGTAACAATGCATGCGATTTGGAAACAATGTATAAACATAAATGTGTGATAT
ATATTGGTGGTTGTAATGTACTAATGTTATTGTGTTAAAAAAA

QA 2 344 2 344
DS 



AS 1 5

CO CL1997Contig1 949 5 11 U
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TCAACGGAGTGTGAGCGTTTCCTGGACAAACCCGTGATCGCTCTCGGAGTTTTCCTCATG
GTTGTAGCAATCGCTGGTTTGATTGGTTCCTGTTGCAGAGTCACATGGCTTCTCTGGACT
TACCTCTTTGTCATGTTCCTCTTGATTCTTCTCGTCTTCTCAGTTACGGTTTTCGCCTTT
GTCGTTACTAACAAAGGCGCAGGCGAGAAGGTTTCTGGGAGAGGGTATAAAGAGTATAGA
CTTGGAGATTACTCTAACTGGTTGCAGAAACGTGTGGACAGCGACAAGAACTGGAATAAG
ATTAGGAGTTGTCTCGTTGACAGCAAGGTTTGTTCTAAGCTTGAAGCTAAGCTTGTTAAT
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CCCTCAGAACAATGCCAATTTACTTACATAAGTGCCACAAACTGGACCAAGACGGCTGGA
CCACATGCTAATCCAGACTGCCAAAGCTGGGACAACGCACCAAACAAGCTCTGCTTCGAT
TGCCAATCTTGCAAGGCGGGTCTTCTCGACAACGTCAAGAGCGCATGGAAGAAAGTTGCA
GTAGTCAACAGCATCTTCCTTGTCTTCCTTATCATTGTCTACTCTGTTGGTTGCTGTGCT
TTTAGGAACAACAAGAGAGATGACAGTTATGGCTATGGATATAAGCCTTGAAGGCTTTTG
AGTGTTTTAGAACAGAGATTGGTTCGTTGTTCTTTATGACACGCAGTGCTGGAGTTTGCT
TTTATGTTTTATGGATTTACATCTTGGTGTTTTGAGACCTATTGCTTGTACAGCTCTCTT
ATGATACTTGTTAGTATGTTCTGGCTAAACCATGATATTGTTTTATTAC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3B560TF U 1
AF RR3EL75TF U 148
AF RR3B560JQ C 176
AF RR3DN62JQ C 242
AF RR3B607TF U 474
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BS 931 947 RR3B560JQ
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DS 

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G
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TCCTCGTCTTCTCAGTTACGGTTTTCGCCTTTGTCGTTACTAACAAAGGCGCAGGCGAGA
AGGTTTCTGGGAGAGGGTATAAAGAGTATAGACTTGGAGATTACTCTAACTGGTTGCAGA
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TTTGTTCTAAGCTTGAAGCTAAGCTTGTTAATGTTCCTGTCACCAACTTCTACAACGAAC
ATCTTACTGCCCTTCAGTCTGGTTGCTGCAAACCCTCAGAACAATGCCAATTTACTTACA
TAAGTGCCACAAACTGGACCAAGACGGCTGGACCACATGCTAATCCAGACTGCCAAAGCT
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GTTTTGAGACCTATTGCTTGTACAGCTCTCT

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DS 

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CTCTTATGATACTTGTTAGTATGTTCTGGCTAAACCATGATATTGTTTTATT

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DS 

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TTAGGAGTTGTCTCGTTGACAGCAAGGTTTGTTCTAAGCTTGAAGCTAAGCTTGTTAATG
TTCCTGTCACCAACTTCTACAACGAACATCTTACTGCCCTTCAGTCTGGTTGCTGCAAAC
CCTCAGAACAATGCCAATTTACTTACATAAGTGCCACAAACTGGACCAAGACGGCTGGAC
CACATGCTAATCCAGACTGCCAAAGCTGGGACAACGCACCAAACAAGCTCTGCTTCGATT
GCCAATCTTGCAAGGCGGGTCTTCTCGACAACGTCAAGAGCGCATGGAAGAAAGTTGCAG
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G
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GCTGGACCACATGCTAATCCAGACTGCCAAAGCTGGGACAACGCACCAAACAAGCTCTGC
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TCTCTTATGATACT*GTTAGTATGTTCTGGCTAAAC

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DS 



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CAAAAAAAAAACAAATATATAAACCATCAGCTCATTGAGCTAAAAGCTGACCCTTCTTCA
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TCATCTTCCTACATTCCTCCAAGGTCTTACCTTGCTTGAGTCCCAAGGAAGACAAGACGG
TTTTCAACTCATCCACCGTTATAAACCCATCTCCATTCTGGTCAAAAACGTTGAACGCTT
CCTTCATATCTTCGTCTCCTACCTCCTCATCCTCGCCTTGGACCATTATCGACTTGTAAA
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TCTGCGATAGCTCGTTTTCAGGGATTATGATGCCGAGGTTCTTGAATGACTCGTTTAGCT
CCTTCTGTGTGATCCGACCGTCTCCGTCCTTGTCGAACATTTGGAACACACGTTTTAGCT
CCGTAGGATCCATTTTTTAGGGTTAGGTTTGGG*TAAGAGGTTTGCGTGTGGATGAAGAA
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CCTTGGAGACCCGATGAGGGTAGGTTCAGAAACTAAGGAGAAGGTGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3GN79JQ U 1
AF RR3G030JQ U 13
AF RR3A731JQ U 8
AF RR3GN79TF C 108
AF RR3A731TF C 171
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RD RR3GN79JQ 775 0 0
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CAAAAAAAAA*CAAATATATAAACCATCAGCTCATTGAGCTAAAAGCTGACCCTTCTTCA
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TCATCTTCCTACATTCCTCCAAGGTCTTACCTTGCTTGAGTCCCAAGGAAGACAAGACGG
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CCTTCTGTGTGATCCGACCGTCTCCGTCCTTGTCGAACATTTGGAACACACGTTTTAGCT
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DS 

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CGCCTCCTACCTCCTCATCCTCGCCTTGGACCATTATCGACTTGTAAAGCTCTCCAAACT
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DS 

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TCTAAGTTTTTTACAATGTGCTCTCGCAAACCTAGACACTATATAAGACAGTTCAGTTAC
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AAATATATAAACCATCAGCTCATTGAGCTAAAAGCTGACCCTTCTTCATCATTTGTCTAA
ACTCCTTGTAATTAACCCTACCATCACCATCAACATCCACTTGTATTATCATCTTCCTAC
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CCACCGTTATAAACCCATCTCCATTCTGGTCAAAAACGTTGAACGCTTCCTTCATATCTT
CGTCTCCTACCTCCTCATCCTCGCCTTGGACCATCATCGACTTGTAAAGCTCTCCAAACT
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QA 6 784 6 784
DS 

RD RR3GN79TF 723 0 0
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ATCTTCTCGATCATCTGCGATAGCTCGTTTTCAGGGATTATGATGCCGAGGTTCTTGAAT
GACGCGTTTAGCTCCTTCTGTGTGATCCGACCGTCTCCGTCCTTGTCGAACATTTGGAAC
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TTC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3A731TF 661 0 0
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ACTTGTATTATCATCTTCCTACATTCCTCCAAGGTCTTACCTTGCTTGAGTCCCAAGGAA
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TTTCTTGGCCCCTTGGAGACCCGATGAGGGTAGGTTCAGAAACTAAGGAGAAGGTGATTC
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 5

CO CL1999Contig1 1004 5 8 U
TTCCAATTTTATGAGATTATTTAATTATTCTTACGAGTAGAAGCAAATAAAAACATGTGA
GATGTGAACTAAACAACATGATTAGATATATATAGAAACATAAAGCCCTCAAAGACGACC
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TTAGCTTCATCTTGATTATCAGTCTTTGTTGCACCTTCTTCGACCTTGTTCTCCTTCATC
AGCTGAGATAATCTCTCCGCAAGACTCAACCTAGCCCCAGGAGACACACCCTTCTTTCCT
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TTAGGAATATGATCGTCCTTGGAAAAGGCAATCGTGAGAGACCCGTTAGGGGAGAGAGCA
AAGAGGATCGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTGGTCCTTGAAGACTTCCAAGAACCTCTCC
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TCCGTTACTTTCTCCGAATATTGATGTCCCGTTAACGGCAGTTTCATCGTCACCTTAATA
AACTTTTCAAACGGACCTGTGACGATTTCACGGAAGAAGGGGACGGATTCCGTTAACTCC
TCTGTCGTTTTGCCTTTCCACTTAACGGAAAGTGACGGGACGGCGACAGGAGCTAGATAA
ACTCCGATGACGGTGAAGATCACGAATTTTCCGTGTATGTCCAAACCTCGCACGCCTGCG
CCACCGAGGAAGAGGGGAGTGGAGGAAGCCGGTGAGATGACTGAGGGTGGAAAAGTAACG
CAGTCTACTTGAAGTTTGGTGACGGAGGGTAACGGTGACGGACAATGGGAAGAAGACACG
GCTTGAGTTTGGGGTTAGGTTTGAATGTTTGATGGCCTAGTAATGATGTAAGAGAAGAGG
GAGGAGGTAGGTTGCAATAGTTGCGATACGAGTGTTGGGTGTCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY68JQ U 3
AF RR3H994JQ U 1
AF RR3FM58JQ U 3
AF RR3H994TF C 298
AF RR3EY68TF C 462
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BS 775 882 RR3H994TF
BS 883 1004 RR3EY68TF

RD RR3EY68JQ 634 0 0
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AGCTTCATCTTGATTATCAGTCTTTGTTGCACCTTCTTCGACCTTGTTCTCCTTCATCAG
CTGAGATAATCTCTCCGCAAGACTCAACCTAGCCCCAGGAGACACACCCTTCTTTCCTAT
GATCGATTCAAGAACTGCCTCTGTCAGCAATTTATTCTCGATCACGGCTTTTCCGGTTTT
AGGAATATGATCGTCCTTGGAAAAGGCAATCGTGAGAGACCCGTTAGGGGAGAGAGCAAA
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CTTTTCAAACGGACCTGTGACGATTTCACGGAAG

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3H994JQ 696 0 0
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GATGTGAACTAAACAACATGATTAGATATATATAGAAACATAAAGCCCTCAAAGACGACC
AAGAAAAACCTCCCACACGGTCAGTTCTCTTTGGCCAACTTATCTCCAAGAGAGAGATCG
TTAGCTTCATCTTGATTATCAGTCTTTGTTGCACCTTCTTCGACCTTGTTCTCCTTCATC
AGCTGAGATAATCTCTCCGCAAGACTCAACCTAGCCCCAGGAGACACACCCTTCTTTCCT
ATGATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAGCAATTTATTCTCGATCACGGCTTTTCCGGTT
TTAGGAATATGATCGTCCTTGGAAAAGGCAATCGTGAGAGACCCGTTAGGGGAGAGAGCA
AAGAGGATCGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTGGTCCTTGAAGACTTCCAAGAACCTCTCC
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TCCGTTACTTTCTCCGAATATTGATGTCCCGTTAACGGCAGTTTCATCGTCACCTTAATA
AACTTTTCAAACGGACCTGTGACGATTTCACGGAAGAAGGGGACGGATTCCGTTAACTCC
TCTGTCGTTTTGCCTTTCCACTTAACGGAAAGTGAC

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DS 

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TGTGAACTAAACAACATGATTAGATATATATAGAAACATAAAGCCCTCAAAGACGACCAA
GAAAAACCTCCCACACGGTCAGTTCTCCTTGGCCAACTTATCTCCAAGGGAGAGATCGTT
AGCTTCATCTTGATTATCAGTCTTTGTTGCACCTTCTTCGACCTTGTTCTCCTTCATCAG
CTGAGATAATCTCTCCGCAAGACTCAACCTAGCCCCAGGAGACACACCCTTCTTTCCTAT
GATCGATTCAAGAACTGCCTCTGCCAGCAATTTATTCTCGATCACGGCTTTTCCGGTTTT
AGGAATATGATCGTCCTTGGAAAAGGCAATCGTGAGAGACCCGTTAGGGGAGAGAGCAAA
GAGGATCGAAGCACCAGGAGGGAACGTCTGGTCCTTGAAGACTTCCAAGAACCTCTCCAC
AGCTTTAGCTTCAGCGTCTGTGTAGATACCTAGCGATTTCCAAATCGCCACACAGTTCTC
CGTTACTTTCTCCGAATATTGATGTCCCGTTAACGGCAGTTTCATCGTCACCTTAATAAA
CTTTTCAAACGGACCTGTGACGGTTTCACGGAAGAAGGGGACGGATTCCGTTAACTCCTC
TGTCGTTTTGCCTTTCCACTTAACGGAAAGTGACGGGACGGAGACAGGAGCTAGATAAAC
TCCGATGACGGTGAAGATCACGAATTTTCCGTGTATGTCCAAACCTCGCACG

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CA
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TTTAGGAATATGATCGTCCTTGGAAAAGGCAATCGTGAGAGACCCGTTAGGGGAGAGAGC
AAAGAGGATCGAAGCACCAGGAGGGAACGTTTGGTCCTTGAAGACTTCCAAGAACCTCTC
CACAGCTTTAGCTTCAGCGTCTGTGTAGATACCTAGCGATTTCCAAATCGCCACACAGTT
CTCCGTTACTTTCTCCGAATATTGATGTCCCGTTAACGGCAGTTTCATCGTCACCTTAAT
AAACTTTTCAAACGGACCTGTGACGATTTCACGGAAGAAGGGGACGGATTCCGTTAACTC
CTCTGTCGTTTTGCCTTTCCACTTAACGGAAAGTGACGGGACGGCGACAGGAGCTAGATA
AACTCCGATGACGGTGAAGATCACGAATTTTCCGTGTATGTCCAAACCTCGCACGCCTGC
GCCACCGAGGAAGAGGGGAGTGGAGGAAGCCGGTGAGATGACTGAGGGTGGAAAAGTAAC
GCAGTCTACTTGAAGTTTGGTGACGGAGGGTAACGGTGACGGA

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AAGACTCCAAG
ACCTCTCCACAGCTTTAGCTTCAGCGTCTGTGTAGATACCTAGCGATT*CCAAATCGCCA
CACAGTTCTCCGTTACTTTCTCCGAATATTGATGTCCCGTTAACGCCAGTTTCATCGTCA
CCTTAATAAACTTTTCAAACGGACCTGTGACGATTTCACGGAAGAAGGGGACGGATTCCG
TTAACTCCTCTGTCGTTTTGCCTTTCCACTTAACGGAAAGTGACGGGACGGCGACAGGAG
CTAGATAAACTCCGATGACGGTGAAGATCACGAATTTTCCGTGTATGTCCAAACCTCGCA
CGCCTGCGCCACCGAGGAAGAGGGGAGTGGAGGAAGCCGGTGAGATGACTGAGGGTGGAA
AAGTAACGCAGTCTACTTGAAGTTTGGTGACGGAGGGTAACGGTGACGGACAATGGGAAG
AAGACACGGCTTGAGTTTGGGGTTAGGTTTGAATGTTTGATGGCCTAGTAATGATGTAAG
AGAAGAGGGAGGAGGTAGGTTGCAATAGTTGCGATACGAGTGTTGGGTGTCC

QA 12 543 12 543
DS 



AS 1 5

CO CL2000Contig1 673 5 4 U
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CAGATCATATTCAACTCGGCCTAAAGTTCGATCTTCATCATTTTTTCATAAGAAAGCTAA
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TAATTGGGGAGCTGGAAATGCGATGGGACACAGATTCGTTGAATCCATTTTTGGTCCTAG
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TGATGATAACGATAAATACAAGGACTACACTGAATCATGTAGCATAAGCTATAATGCATT
TCAAGAATGCTTGAACGTGGAAGGAAATAAACTAAGCAAATGTCACGTATTCATGGATTC
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CTCTTTTTCTTTCTTAGTTAGTGTTTTCCAATAAATTAAGATTTAAAAACTCTCGTTGAT
TAAATCGTTTATCATGTGGCTGTGTTTCTTGGTTAATTTGACCAACCAAGTCTATGAATT
ATCGTATGTCTTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD09TF U 123
AF RR3A863TF U 1
AF RR3A863JQ C 109
AF RR3DN44TF U 1
AF RR3GD09JQ C 471
BS 1 62 RR3A863TF
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QA 1 373 1 373
DS 

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TAATTGGGGAGCTGGAAATGCGATGGGACACAGATTCGTTGAATCCATTTTTGGTCCTAG
AACCATTAAAACAGAAGTTGTTTTACCAGAGAGAGTTGAAGTAGCTGCTGTCTCTGCCAT
TGATGATAACGATAAATACAAGGACTACACTGAATCATGTAGCATAAGCTATAATGCATT
TCAAGAATGCTTGAACGTGGAAGGAAATAAACTAAGCAAATGTCACGTATTCATGGATTC
GCTCTTCGAGTGCAGGAAGAACTCTAGTTCCTTCAACTTCTAAGTTGGGATTTTATAATT
CTCTTTTTCTTTCTTAGTTAGTGTTTTCCAATAAATTAAGATTTAAAAACTCTCGTTGAT
T
G

QA 1 601 1 601
DS 

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TAAGAAAGCTAAGCCTGCCAAAGATGAGAAAGACGAAAAAGCGCCTCCTCCTGCTAAAGT
TTCCCCTAAAGTTGAGACGATTCATTGTGAATCTAGTCGTGGAAGTTTTTTTTCATCCAT
AGCTGATGGGTTTAATTGGGGAGCTGGAAATGCGATGGGACACAGATTCGTTGAATCCAT
TTTTGGTCCTAGAACCATTAAAACAGAAGTTGTTTTACCAGAGAGAGTTGAAGTAGCTGC
TGTCTCTGCCATTGATGATAACGATAAATACAAGGACTACACTGAATCATGTAGCATAAG
CTATAATGCATTTCAAGAATGCTTGAACGTGGAAGGAAATAAACTAAGCAAATGTCACGT
ATTCATGGATTCGCTCTTCGAGTGCAGGAAGAACTCTAGTTCCTTCAACTTTTAAGTTGG
GATTTTATAATTCTCTTTTTCTTTCTTAGTTAGTGTTTTCCAATAAATTAAGATTTAAAA
ACTCTCGTTGATT
G

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR3DN44TF 673 0 0
GGGGCATATCATTCGATCAGATTCGAGAATGGGTCGCCGCGGATACGGTGGTGGAGGACG
CAGATCATATTCAACTCGGCCTAAAGTTCGATCTTCATCATTTTTTCATAAGAAAGCTAA
GCCTGCCAAAGATGAGAAAGATGAAAAAGCGCCTCCTCCTGCTAAAGTTTCCCCTAAAGT
TGAGACGATTCATTGTGAATCTAGTCGTGGAAGTTTTTTT*CATCCATAGCTGATGGGTT
TAATTGGGGAGCTGGAAATGCGATGGGACACAGATTCGTTGAATCCATTTTTGGTCCTAG
AACCATTAAAACAGAAGTTGTTTTACCAGAGAGAGTTGAAGTAGCTGCTGTCTCTGCCAT
TGATGATAACGATAAATACAAGAACTACACTGAATCATGTAGCATAAGCTATAATGCATT
TCAAGAATGTTTGAACGTGGAAGGAAATAAACTAAGCAAATGTCACGTATTCATGGATTC
GCTCTTCGAGTGCAGGAAGAACTCTAGTTCCTTCAACTTCTAAGTTGGGATTTTATAATT
CTCTTTTTCTTTCTTAGTTAGTGTTTTCCAATAAATTAAGATTTAAAAACTCTCGTTGAT
TAAATCGTTTATCATGTGGCTGTGTTTCTTGGTTAATTTGACCAACCAAGTCTATGAATT
ATCGTATGTCTTG

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3GD09JQ 196 0 0
TCATGGATTCGCTCTTCGAGTGCAGGAAGAACTTTAGTTCCTTCAACTTCTAAGTTGGGA
TTTTATAATTTTCTTTTTCTTTCTTAGTTAGTGTTTTCCAATAAATTAAGATTTAAAAAC
TCTCGTTGATTAAATCGTTTATCTTGTGGCTGTGTTTCTTGGTTAATTTGACCAACCAAG
TCTATGAATTATCGTA

QA 1 196 1 196
DS 



AS 1 5

CO CL2001Contig1 897 5 5 U
GGATCTTTATTTCATCTTCTTCTTTTGGGCTCTTGGTCTTACAAGAAACAGAACACACAA
AAATGGCGTTCGCAGGAACAACCCAGAAATGCATGGCTTGTGACAAAACCGTGTACCTCG
TGGACAAGTTAACCGCTGATAACCGGGTCTACCACAAAGCTTGTTTCCGTTGTCACCATT
GCAAAGGAACTCTCAAGCTTAGCAATTACAACTCATTTGAAGGAGTTCTCTATTGCAGAC
CACATTTTGATCAAAACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAAAGCTTCGAAGGGACAC
CAAAGATTGGGAAACCCGATAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCTGCTGGGACCAAAGTGT
CGAATATGTTTGGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGCTGTGACAAAACTGTCTATCCTA
TTGAGAAGGTGTCGGTGAATGGAACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTACACACG
GAGGCTGCACGATAAGTCCTTCGAACTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGC
ATCATCATATTCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAATTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGAGGAG
ACAATACCGCCGCCAAGGACAAAGACGTTGCTGCTTAAAAAAAGTTTCAATCTCTCTGGA
TGATTTTGACCATGGAAGAACCACCACTATAGTGTCTCTCTCTACTTCTCGATCCACATA
ACATATACTATTGGTTTTGTTTCTTCTCAAGTCTATGTTCTTCTTTTGTTGTTGTTGTTG
TTGTCTTTCACGTTGTTTCTTTTGGGAACTTATGTTCACTCTTT*GTTGGGTTTCTTGAG
ATGAAACAAGAAAATAGAGAAATAATGGATGTTTGCTTATGATACACATAAGTTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF37TF U 1
AF RR3GG68TF U 128
AF RR3EF37JQ C 183
AF RR3FW56JQ C 259
AF RR3FW56TF U 259
BS 1 587 RR3EF37TF
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BS 825 825 RR3EF37JQ
BS 826 843 RR3FW56TF
BS 844 897 RR3EF37JQ

RD RR3EF37TF 587 0 0
GGATCTTTATTTCATCTTCTTCTTTTGGGCTCTTGGTCTTACAAGAAACAGAACACACAA
AAATGGCGTTCGCAGGAACAACCCAGAAATGCATGGCTTGTGACAAAACCGTGTACCTCG
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GCAAAGGAACTCTCAAGCTTAGCAATTACAACTCATTTGAAGGAGTTCTCTATTGCAGAC
CACATTTTGATCAAAACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAAAGCTTCGAAGGGACAC
CAAAGATTGGGAAACCCGATAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCTGCTGGGACCAAAGTGT
CGAATATGTTTGGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGCTGTGACAAAACTGTCTATCCTA
TTGAGAAGGTGTCGGTGAATGGAACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTACACACG
GAGGCTGCACGATAAGTCCTTCGAACTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGC
ATCATCATATTCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAATTTGAGCCAGCTC

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3GG68TF 459 0 0
GTTAACCGCTGATAACCGGGTCTACCACAAAGCTTGTTTCCGTTGTCACCATTGCAAAGG
AACTCTCAAGCTTAGCAATTACAACTCATTTGAAGGAGTTCACTATTGCAGATCACATTT
TGATCAAAACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAAAGCTTCGAAGGGACACCAAAGAT
TGGGAAACCCGATAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCTGCTGGGACCAAAGTGTCGAATAT
GTTTGGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGCTGTGACAAAACTGTCTATCCTATTGAGAA
GGTGTCGGTGAATGGTACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTACACACGGAGGCTG
CACGATAAGTCCTTCGAACTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGCATCATCA
TATTCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAATTTGAGCCAGCT

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR3EF37JQ 715 0 0
AAAGGAACTCTCAAGCTTAGCAATTACAACTCATTTGAAGGAGTTCTCTATTGCAGACCA
CATTTTGATCAAAACTTCAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAAAGCTTCGAAGGGACACCA
AAGATTGGGAAACCCGATAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCTGCTGGGACCAAAGTGTCG
AATATGTTTGGTGGAACACGAGAAAAATGCGTTGGCTGTGACAAAACTGTCTATCCTATT
GAGAAGGTGTCGGTGAATGGAACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTACACACGGA
GGCTGCACGATAAGTCCTTCGAACTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGCAT
CATCATATTCAGCTTATCAAGGAGAAAGGAAATTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGAGGAGAC
AATGCTGCCGCCAAGGACAAAGACGTTGCTGCTTAAAAAA*GTTTCAATCTCTCTGGATG
ATTTTGACCATGGAAGAACCACCACTATAGTGTCTCTCTCTACTTCTCGATCCACATAAC
ATATACTATTGGTTTTGTTTCTTCTCAAGTCTATGTTCTTCTTTT*TTGTTGTTGTTGTT
GTCTTTCATGTTGTTTCTTTTGGGAACTTATGTTCACTCTTT*GTTGGGTTTCTTGAGAT
GAAACAAGAAAATAGAGAAATAATGGATGTTTGCTTATGATACACATAAGTTCAT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3FW56JQ 586 0 0
G
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TAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCTGCTGGGACCAAAGTGTCGAATATGTTTGGTGGAAC
TCGAGAAAAATGCGTTGGCTGCGACAAAACTGTCTATCCTATTGAAAAGGTGTCGGTGAA
TGGAACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTACACACGGAGGCTGCACGATAAGTCC
TTCGAACTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGCATCATCATATTCAGCTTAT
CAAGGAGAAAGGAAATTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGAGGAGACAATACCGCCGCCAAGGA
CAAAGACGTTGCTGCTTAAAAAAAGTTTCAATCTCTCTGGATGATTTTGACCATGGAAGA
ACCACCACTATAGTGTCTCTCTCTACTTCTCGATCCACATAACATATACTATTGGTTTTG
TTTCTTCTCAAGTCTATGTTCTTCTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTCTTTCACGTTGTTTC
TTTTGGGAACTTATGTTCACTCTTT*GTTGGGTTTCTTGAGATG
A

QA 2 585 2 585
DS 

RD RR3FW56TF 585 0 0
G
CAAGAGAACTGGAAGTCTTGAGAAAAGCTTCGAAGGGACACCAAAGATTGGGAAACCTGA
TAGACCTTTGGAGGGAGAGAGACCTGCTGGGACCAAAGTGTCGAATATGTTTGGTGGAAC
TCGAGAAAAATGCGTTGGCTGCGACAAAACTGTCTATCCTATTGAAAAGGTGTCGGTGAA
TGGAACATTGTACCACAAGAGCTGTTTCAAGTGTACACACGGAGGCTGCACGATAAGTCC
TTCGAACTACATAGCTCACGAGGGGAAGCTTTATTGCAAGCATCATCATATTCAGCTTAT
CAAGGAGAAAGGAAATTTGAGCCAGCTCGAAGGAGGAGGAGACAATACCGCCGCCAAGGA
CAAAGACGTTGCTGCTTAAAAAAAGTTTCAATCTCTCTGGATGATTTTGACCATGGAAGA
ACCACCACTATAGTGTCTCTCTCTACTTCTCGATCCACATAACATATACTATTGGTTTTG
TTTCTTCTCAAGTCTATGTTCTTCTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTCTTTCACGTTGTTTC
TTTTGGGAACTTATGTTCACTCTTTTGTTGGGTTTCTTGAGATG

QA 2 585 2 585
DS 



AS 2 5

CO CL2002Contig1 801 2 10 U
GGGACTCCAAAAACAAACAAAGAAGCAAAGAGAGAATGGAGTTATGCAATGAGCAGAGAA
CTATGTTAATTGTGGTGTTGATTGTAATAATGTGGACTTGTTGTTACAGCCACGCCCAGC
TGAGCACTGACTTCTACAAGCAAAGCTGTCCCTCATTGTTTTATGTGGTGAGACGCGAGG
TGCAGCGAGCGGTAACCAGGGAGCGCCGCATGGCTGCTTCTCTCCTCCGGTTATTCTTTC
ACGACTGTTTTGTCAATGGGTGTGACGGATCAATATTGTTGGACGACACTTCCTCATCTA
TGGGAGAGAAAACGGCAGGCCCAAACAATAACTCTGTGAGGGGATTTGACGTGGTTGACA
AAATCAAGTCCAGGGTTGAGAGACTATGCCCAGGCGTCATCTCATGCGCAGACATTCTCG
CTATCACTGCCCGTGACTCTGTCCTCCTCCTGGACGGGCCAGGTTGGAGCGTCAAACTTG
GAAGAAGAGATTCCACCACAGCGAGCTTCTCAACCGCCAATTCAGGCGTTATACCTCCTC
CAACATCTACTCTCGACAACCTCATCAACCGTTTTAGAGCACAGGACAAAGGAGCTGTTC
GGCTGACTCTGGCTCTAGCGACAACAATGAAGCCACTCTTGATATCCACTCTCCTGGAAG
GTTTGACATCAACTACTACAGACAGCTTATCAACCACAGGGGTCTACTCACTTCGGACCA
AGTTCTTTACAGCGGCGGTTCAACTGACTCGCTTGTCGTGTCTTATAGTCGTAGTCTGAA
CGCCTTTTACCGCGATTTCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG29TF U 1
AF RR3CG29JQ C 229
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*TTTGACATCAACTACTACAGACAGCTTATCAACCACAGGG*TCTACTCACTTCGGAC*A
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QA 1 775 1 775
DS 

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GG
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GTGGTTGACAAAATCAAGTCCAGGGTTGAGAGACTATGCCCAGGCGTCATCTCATGCGCA
GACATTCTCGCTATCACTGCCCGTGACTCTGTCCTCCTCCTGGACGGGCCAGGTTGGAGC
GTCAAACTTGGAAGAAGAGATTCCACCACAGCGAGCTTCTCAACCGCCAATTCAGGCGTT
ATACCTCCTCCAACATCTACTCTCGACAACCTCATCAACCGTTTTAGAGCACAGGACAAA
GGAGCTGTTCGGCTGACTCTGGCTCTAGCGACAACAATGAAGCCACTCTTGATATCCACT
CTCCTGGAAGGTTTGACATCAACTACTACAGACAGCTTATCAACCACAGGGGTCTACTCA
CTTCGGACCAAGTTCTTTACAGCGGCGGTTCAACTGACTCGCTTGTCGTGTCTTATAGTC
GTAGTCTGAACGCCTTTTACCGCGATTTCGT

QA 3 573 3 573
DS 



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CAGCTGAGCAGTGACTTCTACAAGCAAAGCTGTCCCTCATTGTTTTATGTGGTGAGACGC
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TTTCACGACTGTTTTGTCAATGGGTGTGACGGATCAATATTGTTGGACGACACTCCCTCA
TCAATGGGAGAGAAAACGGCAGGCCCAAACAATAACTCTGTGAGGGGATTTGACGTGGTT
GACAAAATCAAGTCCAGAGTTGAGAGACGATGCCCAGGCGTCGTCTCATGCGCAGACATT
CTCGCTATCACTGCCCGCGACTCTGTCCTCCTCTTGGACGGGCCAGGTTGGAGCGTCAAA
CTTGGAAGAAGAGATTCCACCACGGCGAGCTTCGCAACCGCCAATTCAGGCGTTATACCT
CCTCCAACATCTACTCTCGATAACCTCATCAACCGTTTTAGAGCACAAGGTTTATCCTCA
CGCGACATGGTCGCCCTATCTGGTGCACACACTATTGGACAAGCTAGATGCGTCACTTTT
AGAGACCGTATCTACAACGAAAGCAACAACATCGAACTTTCTTTCGCCTTGTCTAGACAA
AGGAGCTGTTCGGCTGACTCTGGCTCTAGCGACAACAATGAAGCCACTCTTGATATCCAC
TCTCCTGGAAGGTTTGATATCAACTACTACAGACAGCTTCTCAACCACAGGGGTCTACTC
ACTTCGGACCAAGTTCTTTACAGCGGCGGTTCAACTTACTCGCTTGTCGTGTCTTATAGT
CGTAGTCTGAACGCCTTTTACCGCGATTTTGTAAGGGCTATGGTTAAGATGGGCGATATC
AAACCACTCACTGGATCCAATGGTGAGATCCGTAACAACTGTCGCAGACCCAATTGAATC
TCTTACGTGTTTTGTGTTATATTATTTTTACGTGTTTTCTACGTCAACTGTTTAAATATA
CATCTACATTAATAAAAACATAAGATAATAGAGATCATGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H525TF U 1
AF RR3H293TF U 1
AF RR3H293JQ C 453
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BS 704 1121 RR3H293JQ

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CAAGTCCAGAGTTGAGAGACGATGCCCAGGCGTCGTCTCATGCGCAGACATTCTCGCTAT
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ATCTACTCTCGATAACCTCATCAACCGTTTTAG

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DS 

RD RR3H293TF 703 0 0
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AGAACTATGTTAATTGTGTTGTTGATTGTAATAATGTGGAGCTGTTGTTACAGCCACGCC
CAGCTGAGCAGTGACTTCTACAAGCAAAGCTGTCCCTCATTGTTTTATGTGGTGAGACGC
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TTTCACGACTGTTTTGTCAATGGGTGTGACGGATCAATATTGTTGGACGACACTCCCTCA
TCAATGGGAGAGAAAACGGCAGGCCCAAACAATAACTCTGTGAGGGGATTTGACGTGGTT
GACAAAATCAAGTCCAGAGTTGAGAGACGATGCCCAGGCGTCGTCTCATGCGCAGACATT
CTCGCTATCACTGCCCGCGACTCTGTCCTCCTCTTGGACGGGCCAGGTTGGAGCGTCAAA
CTTGGAAGAAGAGATTCCACCACGGCGAGCTTCGCAACCGCCAATTCAGGCGTTATACCT
CCTCCAACATCTACTCTCGATAACCTCATCAACCGTTTTAGAGCACAAGGTTTATCCTCA
CGCGACATGGTCGCCCTATCTGGTGCACACACTATTGGACAAGCTAGATGCGTCACTTTT
AGAGACCGTATCTACAACGAAAGCA*CAACATCGAACTTTCTT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3H293JQ 669 0 0
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CGCAACCGCCAATTCAGGCGTTATACCTCCTCCAACATCTACTCTCGATAACCTCATCAA
CCGTTTTAGAGCACAAGGTTTATCCTCACGCGACATGGTCGCCCTATCTGGTGCACACAC
TATTGGACAAGCTAGATGCGTCACTTTTAGAGACCGTATCTACAACGAAAGCAACAACAT
CGAACTTTCTTTCGCCTTGTCTAGACAAAGGAGCTGTTCGGCTGACTCTGGCTCTAGCGA
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ACAGCTTCTCAACCACAGGGGTCTACTCACTTCGGACCAAGTTCTTTACAGCGGCGGTTC
AACTTACTCGCTTGTCGTGTCTTATAGTCGTAGTCTGAACGCCTTTTACCGCGATTTTGT
AAGGGCTATGGTTAAGATGGGCGATATCAAACCACTCACTGGATCCAATGGTGAGATCCG
TAACAACTGTCGCAGACCCAATTGAATCTCTTACGTGTTTTGTGTTATATTATTTTTACG
TGTTTTCTACGTCAACTGTTTAAATATACATCTACATTAATAAAAACATAAGATAATAGA
GATCATGAC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 4

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GGGCTGGATCAATAAGAAGCTTTCGACTTGCCGTCTCGAATACATTCTCTCTGACTCTAT
AAAGAAAAAGGCAAGTAGGAGAGGAGCGAGGATCTCATTCGTTCTCTCTCTTTTGCACCG
CATCATCGTCTTCTCGCTTTCTGATCGCTTCTTTTTTCTCGGTTCAGCTATGGCTTCGAA
GAGGATTTTGAAAGAGCTCAAGGATTTGCAGAAGGATCCTCCTTCTAACTGCAGCGCAGG
ACCTGTGGCTGAGGACATGTTCCATTGGCAAGCAACTATCATGGGACCTCCTGACAGTCC
TTATGCCGGAGGAGTCTTTTTGGTTTCCATTCACTTCCCTCCCGATTATCCCTTCAAGCC
ACCAAAGGTGTCTTTTAAGACAAGGGTTTACCACCCAAACATCAACAGCAATGGAAGCAT
TTGCCTTGATATCCTGAAAGAACAGTGGAGTCCTGCTCTTACCATATCCAAGGTTTTGCT
GTCGATTTGCTCCTTGTTGACTGACCCGAACCCAGACGATCCTCTTGTGCCGGAGATTGC
TCATATGTACAAGACGGATAAATCCAAGTACGAGTCTACCGCACGAAGCTGGACACAGAA
GTACGCCATGGGATGATAAGAAGAGACTCGAGTGGTCGAGAGAAGCCAAAGTGTTAATGT
TATTCTGCATCCAAATATTTTAAAATTTTAAGAAAAAATGCATGTGTTGGG*TTTGGAAA
ACGCTACTTTATGTGATCATAATCGAGCAACTTAGATGCTCTGCTTAAGCATTATTATTA
TCCAGCAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF15TF U 1
AF RR3FS34JQ C 75
AF RR3BQ89TF U 87
AF RR3BQ89JQ C 152
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AAAGAAAAAGGCAAGTAGGAGAGGAGCGAGGATCTCATTCGTTCTCTCTCTTTTGCACCG
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ACCTGTGGCTGAGGACATGTTCCATTGGCAAGCAACTATCATGGGACCTCCTGACAGTCC
TTATGCCGGAGGAGTCTTTTTGGTTTCCATTCACTTCCCTCCCGATTATCCCTTCAAGCC
ACCAAAGGTGT***TTAAGACAAGGGTTTACCACCCAAACATCAACAGCAATGGAAGCAT
TTGCCTTGATATCCTGAAAGAACAGTGGAGTCCTGCTCTTACCATATCCAAGGTTTTGCT
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TCATATGTACAAGACGGATAAATCCAAGTACGAGTCTACCGCACGAAGCTGGACACAGAA
GTACGCCATTGGATGATAAGAAGAGACTTGAGTGGTCGAGAGAAGCCAAAGTGTTAATGT
TATTCTGCATCCAAATATTTTAAAATTT
AAGA

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DS 

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GG
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CTTTCTGATCGCTTCTTTTTTCTCGGTTCAGCTATGGCTTCGAAGAGGATTTTGAAAGAG
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ATGTTCCATTGGCAAGCAACTATCATGGGACCTCCTGACAGTCCTTATGCCGGAGGAGTC
TTTTTGGTTTCCATTCACTTCCCTCCCGATTATCCCTTCAAGCCACCAAAGGTGTCTTTT
AAGACAAGGGTTTACCACCCAAACATCAACAGCAATGGAAGCATTTGCCTTGATATCCTG
AAAGAACAGTGGAGTCCTGCTCTTACCATATCCAAGGTTTTGCTGTCGATTTGCTCCTTG
TTGACTGACCCGAACCCAGACGATCCTCTTGTGCCGGAGATTGCTCATATGTACAAGACG
GATAAATCCAAGTACGAGTCTACCGCACGAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATGGGATGA
TAAGAAGAGACTTGAGTGGTCGAGAGAAGCCAAAGTGTTAATGTTATTCTGCATCCAAAT
ATTTTAAAATTTTAAGAAAAAATGCATGTGTTGGGGTTTGGAAAACGCTACTTTATGTGA
TCATAATCGAGCAACTTAGATGCTCTGCTTAAGCATTATTATTATCCAGC

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DS 

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G
GAGGATCTCATTCGTTCTCTCTCTTTTGCACCGCATCATCGTCTTCTCGCTTTCTGATCG
CTTCTTTTTTCTCGGTTCAGCTATGGCTTCGAAGAGGATTTTGAAAGAGCTCAAGGATTT
GCAGAAGGATCCTCCTTCTAACTGCAGCGCAGGACCTGTGGCTGAGGACATGTTCCATTG
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CATTCACTTCCCTCCCGATTATCCCTTCAAGCCACCAAAGGTGTCTTTTAAGACAAGGGT
TTACCACCCAAACATCAACAGCAATGGAAGCATTTGCCTTGATATCCTGAAAGAACAGTG
GAGTCCTGCTCTTACCATATCCAAGGTTTTGCTGTCGATTTGCTCCTTGTTGACTGACCC
GAACCCAGACGATCCTCTTGTGCCGGAGATTGCTCATATGTACAAGACGGATAAATCCAA
GTACGAGTCTACCGCACGAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATGGGATGATAAGAAGAGAC
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TTAAGAAAAAATGCATGTGTTGGG*TTTGGAAAACGCTACTTTATGTGATCATAATCGAG
CAACTTAGATGCTCTGCTTAAGCATTATTATTATCCAGCAAAAAAAA

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DS 

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TTTTTTCTCGGTTCAGCTATGGCTTCGAAGAGGATTTTGAAAGAGCTCAAGGATTTGCAG
AAGGATCCTCCTTCTAACTGCAGCGCAGGACCTGTGGCTGAGGACATGTTCCATTGGCAA
GCAACTATCATGGGACCTCCTGACAGTCCTTATGCCGGAGAAGTCTTTTTGGTTTCCATT
CACTTCCCTCCCGATTATCCCTTCAAGCCACCAAAGGTGTCTTTTAAGACAAGGGTTTAC
CACCCAAACATCAACAGCAATGGAAGCATTTGCCTTGATATCCTGAAAGAACAGTGGAGT
CCTGCTCTTACCATATCCAAGGTTTTGCTGTCGATTTGCTCCTTGTTGACTGACCCGAAC
CCAGACGATCCTCTTGTGCCGGAGATTGCTCATATGTACAAGACGGATAAATCCAAGTAC
GAGTCTACCGCACGAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATGGGATGATAAGAAGAGACTCGA
GTGGTCGAGAGAAGCCAAAGTGTTAATGTTATTCTGCATCCAAATATTTTAAAATTTTAA
GAAAAAATGCATGTGTTGGG*TTTGGAAAACGCTACTTTATGTGATCATAATCGAGCAAC
TTAGATGCTCTGCTTAAGCATTATTATTATCCAGC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 5

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GTGGTATCATCAAGGGAAATGGGACAGAGTCTGGTCGGATTATTACAACCACAAAGAAGG
GTCTGAATGATCAGATAGACAAGACAATCTCGTACAAAGCTGAACATGTAATTGGCACTG
GCTCATTCGGTGTTGTCTTTCAGGCTAAGTGCTTAGAGACGGAAGAAAAAGTAGCAATCA
AGAAAGTGTTACAAGACAAGAGATACAAGAACAGAGAGCTTCAGATCATGCGAATGCTCG
ACCATCCTAACGTCGTTGAGCTCAAGCATTCTTTCTTCTCCACCACTGAGAAAGACGAGC
TTTATCTCAACCTTGTTCTCGAGTATGTACCTGAGACTATATACCGTGCATCAAGATCTT
ACACCAAGATGAATCATCAGATGCCCCTGATCTATATTCAGCTCTACACATATCAGATTT
GCCGCGCTGTAAATTACCTACATCGAGCTGTTGGAGTGTGCCACCGTGACATTAAACCAC
AAAACCTATTGGTGAATAATGTCACACATGAGGTGAAGATATGTGACTTTGGAAGCGCGA
AAATGCTGATTCCTGGAGAACCCAATATATCTTACATATGCTCAAGGTATTACAGAGCTC
CAGAACTCATCTTTGGAGCAACTGAGTACACAACCGCCATCGATATGTGGTCTGTAGGTT
GTGTAATGGCTGAGCTTTTTCTTGGACATCCTTTGTTCCCTGGAGAGACTAGTGTTGATC
AATTGGTGGAGATCATTAAGGTTTTGGGAACACCAGCAAGAGAAGAGATAAAGAACATGA
ACCCTAGTTACAATGATTTCAAGTTCCCTCAGATAAAACCTCAGCCATGGCACAAGATTT
TTAGTAGACAGGTACCTCCTGAAGCATTGGATCTTGGCTCTAGACTCCTCCAGTATTCAC
CAAACCTGAGATGCTCAGCGCTTGAAGCCTGTGCACACCCGTTCTTTGATGCTCTGAGAG
ACCCCAACGCATCCTTGCCTAATGGAAGAGCACTTCCTCCATTGTTTGATTTCACAGCTC
AAGAATTGGCTGGTGCATCTGTTGAACTGCGTCATCGCTTAATCCCTGAGCATGCAAGGA
AATGACCTCTTCTTCTCTCTCTACACATGTCCTTGTTCACTGACCTCTGCAACCACTTGG
GACTAGTAGTTAAAAAGTGTAATAAATTTTATAAGTTTGCGACTTTGTAGCTTCCATTGT
TGTATACAGAAATGCAGAATTTTCCAACCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL33TF U 46
AF RR3DC40TF U 6
AF RR3DS06TF U 1
AF RR3DS06JQ C 410
AF RR3DC40JQ C 550
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BS 801 801 RR3DS06JQ
BS 802 818 RR3DS06TF
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RD RR3GL33TF 666 0 0
ACAAGGATTCGGACAGTGGTATCATCAGGGGAAATGGGACAGAGTCTGGTCGGATTATTA
CAACCACGAAGAAGGGTCTGAATGATCAGATAGACAAGACAATCTCGTACAGAGCTGAAC
ATGTAATTGGCACTGGCTCATTCGGTGTTGTCTTTCAGGCTAAGTGCTTAGAGACAGAAG
AAAAAGTAGCAATCAAGAAAGTGTTTCAAGACAAGAGATACAAGAACAGAGAGCTTCAGA
TCATGCGAATGCTCGACCATCCTAACGTCGTTGAGCTCAAGCATTCTTTCTTCTCCACCA
CTGAGAAAGACGAGCTTTATCTCAACCTTGTTCTCGAGTATGTACCTGAGACTATATACC
GTGCATCAAGATCTTACACCAATATGAATCATCAGATGCCCCTGATCTATATTCAGCTCT
ACACATATCAGATTTGCCGCGCTGTGAACTATCTACATCGAGCTGCTGGAGTGTGCCACC
GTGACATTAAACCACAAAACCTATTGGTGAATAATGTTACACATGAGGTGAAGATATGTG
ACTTTGGAAGCGCGAAAATGCTGATTCCTGGAGAACCCAATATATCTTACATATGCTCAA
GGTATTACAGAGCTCCAGAACTCATCTTTGGAGCAACTGAGTACACAACCGC*ATCGATA
TG
CGGT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3DC40TF 709 0 0
GG
AGAGAATTCTCATTCATTACCAAAAGAAATGGGTGATGACAAGGATTCGGACAGTGGTAT
CATCAAGGGAAATGGGACAGAGTCTGGTCGGATTATTACAACCACAAAGAAGGGTCTGAA
TGATCAGATAGACAAGACAATCTCGTACAAAGCTGAACATGTAATTGGCCCTGGCTCATT
CGGTGTTGTCTTTCAGGCTAAGTGCTTAGAGACGGAAGAAAAAGTAGCAATCAAGAAAGT
GTTACAAGACAAGAGATACAAGAACAGAGAGCTTCAGATCATGCGAATGCTCGACCATCC
TAACGTCGTTGAGCTCAAGCATTCTTTCTTCTCCACCACTGAGAAAGGCGAGCTTTATCT
CAACCTTGTTCTCGAGTATGTACCTGAGACTATATACCGTGCATCAAGATCTTACACCAA
GATGAATCATCAGATGCCCCTGATCTATATTCAGCTCTACACATATCAGATTTGCCGCGC
TGTAAATTACCTACATCGAGCTGTTGGAGTGTGCCACCGTGACATTAAACCACAAAACCT
ATTGGTGAATAATGTCACACATGAGGTGAAGATATGTGACTTTGGAAGCGCGAAAATGCT
GATTCCTGGAGAACCCAATATATCTTA**TATGCTCAAGGTATTACAGAGCTCCAGAACT
CATCTTTGGAGCAACTGAGTACACAACCGCCATCGATATGTGGTCTG

QA 3 709 3 709
DS 

RD RR3DS06TF 826 0 0
GGACGACAGAGAATTCTCATTCATTACCAAAAGAAATGGGTGATGACAAGGATTCGGACA
GTGGTATCATCAAGGGAAATGGGACAGAGTCTGGTCGGATTATTACAACCACAAAGAAGG
GTCTGAATGATCAGATAGACAAGACAATCTCGTACAAAGCTGAACATGTAATTGGCACTG
GCTCATTCGGTGTTGTCTTTCAGGCTAAGTGCTTAGAGACGGAAGAAAAAGTAGCAATCA
AGAAAGTGTTACAAGACAAGAGATACAAGAACAGAGAGCTTCAGATCATGCGAATGCTCG
ACCATCCTAACGTCGTTGAGCTCAAGCATTCTTTCTTCTCCACCACTGAGAAAGACGAGC
TTTATCTCAACCTTGTTCTCGAGTATGTACCTGAGACTATATACCGTGCATCAAGATCTT
ACACCAAGATGAATCATCAGATGCCCCTGATCTATATTCAGCTCTACACATATCAGATTT
GCCGCGCTGTAAATTACCTACATCGAGCTGTTGGAGTGTGCCACCGTGACATTAAACCAC
AAAACCTATTGGTGAATAATGTCACACATGAGGTGAAGATATGTGACTTTGGAAGCGCGA
AAATGCTGATTCCTGGAGAACCCAATATATCTTACATATGCTCAAGGTATTACAGAGCTC
CAGAACTCATCTTTGGAGCAACTGAGTACACAACCGCCATCGATATGTGGTCTGTAGGT*
GTGTAATGGCTGAGCTTTTTCTTGGACATCCTTTGTTCCCTGGAGAGACTAGTGT*GATC
AATTGGTGGAGATCATTAAG*TTTTGGGAACACCAGCA
GAGAAGAG

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR3DS06JQ 876 0 0
ATCAAGATCT*ACACCAAGATGA*TCATCAGATGCCC*TGATCTATATTCAGCTCTACAC
ATATCAGATTTGCCGCGCTGTAAATTA*CTACATCGAGCTGTTGGAGTGTGCCACCGTGA
CATTAAACCACAAAACCTATTGGTGAATAATGTCACACATGAGGTGAAGATATGTGACTT
TGGAAGCGCGAAAATGCTGATTCCTGGAGAACCCAATATATCTTACATATGCTCAAGGTA
TTACAGAGCTCCAGAACTCATCTTTGGAGCAACTGAGTACACAACCGCCATCGATATGTG
GTCTGTAGGTTGTGTAATGGCTGAGCTTTTTCTTGGACATCCTTTGTTCCCTGGAGAGAC
TAGTGTTGATCAATTGGTGGAGATCATTAAGGTTTTGGGAACACCAGCAAGAGAAGAGAT
AAAGAACATGAACCCTAGTTACAATGATTTCAAGTTCCCTCAGATAAAACCTCAGCCATG
GCACAAGATTTTTAGTAGACAGGTACCTCCTGAAGCATTGGATCTTGGCTCTAGACTCCT
CCAGTATTCACCAAACCTGAGATGCTCAGCGCTTGAAGCCTGTGCACACCCGTTCTTTGA
TGCTCTGAGAGACCCCGACGCATCCTTGCCTAGTGGAAGAGCACTTCCTCCATTGTTTGA
TTTCACAGCTCAAGAATTGGCTGGTGCATCTGTTGAACTGCGTCATCGCTTAATCCCTGA
GCATGCAAGGAAATGACCTCTTCTTCTCTCTCTACACATGTCCTTGTTCACTGACCTCTG
CAACCACTTGGGACTAGTAGTTAAAAAGTGTAATAAATTTTATAAGTTTGCGACTTTGTA
GCTTCCATTGTTGTATACAGAAATGCAGAATTTTCC

QA 1 876 1 876
DS 

RD RR3DC40JQ 742 0 0
TGGTGAATAATGTCACACATGAGGTGAAGATATGTGACTTTGGAAGCGCGAAAATGCTGA
TTCCTGGAGAACCCAATATATCTTA**TATGCTCAAGGTATTACAGAGCTCCAGAACTCA
TCTTTGGAGCAACTGAGTACACAACCGCCATCGATATGTGGTCTGTAGGTTGTGTAATGG
CTGAGCTTTTTCTTGGACATCCTTTGTTCCCTGGAGAGACTAGTGTTGATCAATTGGTGG
AGATCATTAAGGTTTTGGGAACACCAGCAAGAGAAGAGATAAAGAACATGAACCCTAGTT
ACAATGATTTCAAGTTCCCTCAGATAAAACCTCAGCCATGGCACAAGATTTTTAGTAGAC
AGGTACCTCCTGAAGCATTGGATCTTGGCTCTAGACTCCTCCAGTATTCACCAAACCTGA
GATGCTCAGCGCTTGGAGCCTGTGCACACCCGTTCTTTGATGCTCTGAGAGACCCCAACG
CATCCTTGCCTAATGGAAGAGCACTTCCTCCATTGTTTGATTTCACAGCTCAAGAATTGG
CTGGTGCATCTGTTGAACTGCGTCATCGCTTAATCCCTGAGCATGCAAGGAAATGACCTC
TTCTTCTCTCTCTACACATGTCCTTGTTCACTGACCTCTGCAACCACTTGGGACTAGTAG
TTAAAAAGTGTAATAAATTTTATAAGTTTGCGACTTTGTAGCTTCCATTGTTGTATACAG
AAATGCAGAATTTTCCAACCCT

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 5

CO CL2005Contig1 851 5 8 U
AGCTATAGCAACTGATGCTTTATTGAAATCCGGATCAGTTACTAATCAGAGTTTCTCTTC
ATTATTAAAAAGGTTCCAAACTAAAGAAACACTCAGTACGCAGTCAGAACTCTCAAGCTG
ACAATAACAATGGTCATAAGAAAACCAGATGACTTGTTACATGTATAATAAACGCAAGAT
AGATGAAACTTGAAAGATTCTCAAGCGTCGTCGAGGGCGAGGACTCCTGGAAGTGGCTTT
CCCTCTAGAAGCTCCAAACTTGCACCTCCTCCCGTAGAGATGTGACTCATCTTGTCAGCC
AAACCAACCTTCTCAACTGCAGCCACCGAGTCACCTCCTCCTATGATTGTGGTCACTCCC
TTTCCGCTCAGCTCCGCAAGCTGCTTTGCTACGGCCTCAGTTCCAGCTGCAAACTTTTCA
AATTCAAAAACACCCATGGGACCATTCCAGATGATGGTCTTGGTTGTGTCCAGAGCTTCG
CTGAATGTCTTGATTGAGTCTGGACCAATATCTAGTCCCATCCAACCATCTGGGATTGCC
GTGGCTGCCACTATCTTGCTGTTAGCATCAGGAGCGAACTTGTCAGCAATAACCACATCG
GTTGGGAGCAAAAGAGAGACACCTTTGGCTTTAGCCTTCTCCATGAGCGACCTGGCCAAG
TCAAGCTTGTCCTCTTCCAAAAGAGACGATCCAACCGCGTGTCCTTGCGCCTTGTAGAAA
GTATAAATCATACCACCACCGAGCAGGAGGATGTCAACGGTGTTCAAGAGTGACTCGATG
ACACCAATCTTCGTGGAGACCTTTGAACCTCCAACGATGGCAGCAAAAGCTTCTTGGGGT
TTGCTACAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD63JQ U 44
AF RR3FD63TF C 386
AF RR3DS08JQ U 1
AF RR3CO38JQ U 41
AF RR3DJ16JQ U 37
BS 1 92 RR3DS08JQ
BS 93 93 RR3DJ16JQ
BS 94 541 RR3DS08JQ
BS 542 542 RR3DJ16JQ
BS 543 607 RR3DS08JQ
BS 608 608 RR3DJ16JQ
BS 609 686 RR3DS08JQ
BS 687 851 RR3DJ16JQ

RD RR3FD63JQ 540 0 0
AATCAGAGTTTCTCTTCATTATTAAAAAGGTTCCAAACTAAAGAAACACTCAGTACGCAG
TCAGAACTCTCAAGCTGACAATAACAATGGTCATAAGAAAACCAGATGACTTGTTACATG
TATAATAAACGCAAGATAGATGAAACTTGAAAGATTCTCAAGCGTCGTCGAGGGCGAGGA
CTCCTGGAAGTGGCCTTCCCTCTAGAAGCTCCAAACTTGCACCTCCTCCCGTAGAGATGT
GACTCATCTTGTCAGCCAAACCAACCTTCTCAACTGCAGCCACCGAGTCACCTCCTCCTA
TGATTGTGGTCACTCCCTTTCCGCTCAGCTCCGCAAGCTGCTTTGCTACGGCCTCAGTTC
CAGCTGCAAACTTTTCAAATTCAAAAACACCCATGGGACCATTCCAGATGATGGTCTTGG
TTGT**CCAGAGCTTCGCTGAATGTCTTGATTGAGTCTGGACCAATATCTAGTCCCATCC
AACCATCTGGGATTGCCGTGGCTGTCACTATCTTGCTGTTAGCATCAGGAGCGAACTT
CC

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3FD63TF 198 0 0
TTGCTACGGCCTCAGTTCCAGCTGCAAACTTTTCAAATTCAAAAACACCCATGGGACCAT
TCCAGATGATGGTCTTGGTTGT**CCAGAGCTTCGCTGAATGTCTTGATTGAGTCTGGAC
CAATATCTAGTCCCATCCAACCATCTGGGATTGCCGTGGCTGTCACTATCTTGCTGTTAG
CATCAGGAGCGAACTT
CC

QA 1 196 1 196
DS 

RD RR3DS08JQ 686 0 0
AGCTATAGCAACTGATGCTTTATTGAAATCCGGATCAGTTACTAATCAGAGTTTCTCTTC
ATTATTAAAAAGGTTCCAAACTAAAGAAACACGCAGTACGCAGTCAGAACTCTCAAGCTG
ACAATAACAATGGTCATAAGAAAACCAGATGACTTGTTACATGTATAATAAACGCAAGAT
AGATGAAACTTGAAAGATTCTCAAGCGTCGTCGAGGGCGAGGACTCCTGGAAGTGGCTTT
CCCTCTAGAAGCTCCAAACTTGCACCTCCTCCCGTAGAGATGTGACTCATCTTGTCAGCC
AAACCAACCTTCTCAACTGCAGCCACCGAGTCACCTCCTCCTATGATTGTGGTCACTCCC
TTTCCGCTCAGCTCCGCAAGCTGCTTTGCTACGGCCTCAGTTCCAGCTGCAAACTTTTCA
AATTCAAAAACACCCATGGGACCATTCCAGATGATGGTCTTGGTTGTGTCCAGAGCTTCG
CTGAATGTCTTGATTGAGTCTGGACCAATATCTAGTCCCATCCAACCATCTGGGATTGCC
GCGGCTGCCACTATCTTGCTGTTAGCATCAGGAGCGAACTTGTCAGCAATAACCACATCG
GTTGGGAACAAAAGAGAGACACCTTTGGCTTTAGCCTTCTCCATGAGCGACCTGGCCAAG
TCAAGCTTGTCCTCTTCCAAAAGAGA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3CO38JQ 701 0 0
ACT
AATCAGAGTTTCTCTTCATTATTAAAAAGGTTCCAAACTAAAGAAACACTCAGTACGCAG
TCAGAACTCTCAAGCTGACAATAACAATGGTCATAAGAAAACCAGATGACTTGTTACATG
TATAATAAACGCAAGATAGATGAAACTTGAAAGATTCTCAAGCGTCGTCGAGGGCGAGGA
CTCCTGGAAGTGGCTTTCCCTCTAGAAGCTCCAAACTTGCACCTCCTCCCGTAGAGATGT
GACTCATCTTGTCAGCCAAACCAACCTTCTCAACTGCAGCCACCGAGTCACCTCCTCCTA
TGATTGTGGTCACTCCCTTTCCGCTCAGCTCCGCAAGCTGCTTTGCTACGGCCTCAGTTC
CAGCTGCAAACTTTTCAAATTCAAAAACACCCATGGGACCATTCCAGATGATGGTCTTGG
TTGTGTCCAGAGCTTCCCTGAATGTCTTGATTGAGTCTGGACCAATATCTAGTCCCATCC
AACCATCTGGGATTGCCGTGGCTGCCACTATCTTGCTGTTAGCATCAGGAGCGAACTTGT
CAGCAATAACCACATCGGTTGGGAGCAAAAGAGAGACACCTTTGGCTTTAGCCTTCTCCA
TGAGCGACCTGGCCAAGTCAAGCTTGTCCTCTTCCAAAAGAGACGATCCAACCGCGTGTC
CTTGCGCCTTGTAGAAAGTATAAATCATACCACCACCG

QA 4 701 4 701
DS 

RD RR3DJ16JQ 815 0 0
AGTTACT
AATCAGAGTTCCTCTTCATTATTAAAAAGGTTCCAAACTAAAGAAACACTCAGTACGCAG
TCAGAACTCTCAAGCTGACAATAACAATGGTCATAAGAAAACCAGATGACTTGTTACATG
TATAATAAACGCAAGATAGATGAAACTTGAAAGATTCTCAAGCGTCGTCGAGGGCGAGGA
CTCCTGGAAGTGGCTTTCCCTCTAGAAGCTCCAAACTTGCACCTCCTCCCGTAGAGATGT
GACTCATCTTGTCAGCCAAACCAACCTTCTCAACTGCAGCCACCGAGTCACCTCCTCCTA
TGATTGTGGTCACTCCCTTTCCGCTCAGCTCCGCAAGCTGCTTTGCTACGGCCTCAGTTC
CAGCTGCAAACTTTTCAAATTCAAAAACACCCATGGGACCATTCCAGATGATGGTCTTGG
TTGTGTCCAGAGCTTCGCTGAATGTCTTGATTGAGTCTGGACCAATATCTAGTCCCATCC
AACCATCTGGGATTGCCGTGGCTGCCACTATCTTGCTGTTAGCATCAGGAGCGAACTTGT
CAGCAATAACCACATCGGTTGGGAGCAAAAGAGAGACACCTTTGGCTTTAGCCTTCTCCA
TGAGCGACCTGGCCAAGTCAAGCCTGTCCTCTTCCAAAAGAGACGATCCAACCGCGTGTC
CTTGCGCCTTGTAGAAAGTATAAATCATACCACCACCGAGCAGGAGGATGTCAACGGTGT
TCAAGAGTGACTCGATGACACCAATCTTCGTGGAGACCTTTGAACCTCCAACGATGGCAG
CAAAAGCTTCTTGGGGTTTGCTACAGCT

QA 8 815 8 815
DS 



AS 1 5

CO CL2006Contig1 1333 5 7 U
GGAGTGCTCCACTCAATCTTCTTCTTTCACCAAAACAACAACTGCTAGGGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGAGCCAAACTCCATCCCTCAAGCTCTCAAGAGAATCAAGCTCCAAAT
ATGAGCAGTTTCTACGAGCATTACGAGTTCCCATACGATACCAACCAGGTTAATCATCTC
TATGATCATAACTATCATGATAACAATCAACATCAGCAGTTTGGTTTTGATCCAATGAGT
TACAATAATAGTTATAATAACTGGAATGGATCTGAGTATGAGTATGAGACAGCCTCTGCA
TCTGTTGCTTACTCTGTCTCCACCATGTCTGAGCCGAAGCACTTGTTCTATGATCCGAGT
TACTACACAACGACAACCTATGAGTCTCCTCCCCAGTTTAGTATTTATTGCAATGTCCAA
GGCTTCAATGAGCCGGAGTTCGAAGAGTACGATCCGACGCCATACGGTGGTGGCTATGAT
ATCGTTGCGACATACGGGAAACCTCTTCCTCCATCGGTGAATACTTGTTACCCTTCTTCA
ACCGCTGATCAGGGTAAACCTCCTTCTCCTCCGGAGATCATCGCTCCTGTTCCTCTTGGA
ATCTATGGTGGTGGTGAAGAAAAGAAAGCTGTCAAGAAACGTGTGACTTTCTCTGAGCCG
TTAGAGGAAGCTAAACCATTAGAAACCATTAAAGAAGAAGAACATGATCATCAAGAAGAG
GCAGAGGAAGAGGATGAAGAAGGTGAGGATGAAGAGGAAGAAGAAGATCACGGTTCAAGC
AATGAAACTGTAGACAAAGTTGAAGTGAAAGCTCTGTATGTTCCGTCTGGTTACGGCTTA
GAAGCTACGGATCTCTGCGAGGTTATATTCGGAGGCTATTTTCCTTGCGTCTTACGTAAC
AAAAGACGCCAGGAGGATGAGAATCGTGCGGCTGAAGTTACTTGCTGGGAGAGCACAGAT
TCTGATCCTTGGAAGACGACTTCAGACTACCTTTTCGGGGATCCGTATCCGTATGGTTAT
GAGGATGGAGTTGGGAGAAGACAGTTCGAGATCTCCTCTTATGGTTATCTGAGGTATTAA
CTGGAGTTATCACGATCATCAGATGTGTCAAAGTTATGTGGTGAGAGCAATATTTTTTTG
ATAATTGATGAAGCTGATTCGTTTTAGTATATACAATGACCTTTCTTGTATGGTTGGTCC
AACGTTATTATGAAAAGATATTCCAGGTTGATCGATCAATAAATGTTACAAAAACATCTC
CTAATTCTGCCAGCTCTACCATTTAAATATCTTAGTATTGTTTTATTGTAATGTTTTAAG
TAAACTATTGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX60TF U 1
AF RR3GJ41TF U 67
AF RR3EX60JQ C 657
AF RR3GJ41JQ C 457
AF RR3B226TF U 539
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AGAGAGAGAGAGAGAGCCAAACTCCATCCCTCAAGCTCTCAAGAGAATCAAGCTCCAAAT
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TACAATAATAGTTATAATAACTGGAATGGATCTGAGTATGAGTATGAGACAGCCTCTGCA
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TACTACACAACGACAACCTATGAGTCTCCTCCCCAGTTTAGTATTTATTGCAATGTCCAA
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G
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GTTTCTACGAGCATTTCGAGTTCCCATACGATACCAACCAGGTTAATCATCTCTATGATC
ATAACTATCATGATAACAATCAACATCAGCAGTTTGGTTTTGATCCAATGAGTTACAATA
ATAGTTATAATAACTGGAATGGATCTGAGTATGAGTATGAGACAGCCTCTGCATCTGTTG
CTTACTCTGTCTCCACCATGTCTGAGCCGAAGCACTTGTTCTATGATCCGAGTTACTACA
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TA

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TTTGATAATTGATGAAGCTGGTTCGTTTTAGTATATACAATGACCTTTCTTGTATGGTTG
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TATGTTCCGTCTGGTTACGGCTTAGAAGCTACGGATCTCTGCGAGGTTATATTCGGAGGC
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G
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GATAATTGATGAAGCTGATTCGTTTTAGTATATACAATGACCTTTCTTGTATGGTTGGTC
CAACGTTATTATGAAAAGATATTCCAGGTTGATCGATCAATAAATGTTACAAAAACATCT
CCTAATTCTGCCAGCTCTACCATTTAAATATCTTAGTATTGTTTTATTGTAATGTTTTAA
GTAAACTATTGCAG

QA 2 795 2 795
DS 



AS 1 5

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ATTTCACGGAAGGATACAATTTCTTTCTTTTGATTTTTCATCTTATAATAGTAAGTAGTA
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CATGCCGGCGATAGCTATTTCTGCGTACACCAAATACCTAAAGGCAGATGAGTAGTCGTA
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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3CS23JQB U 1
AF RR3GC47JQ U 13
AF RR3EE32JQ U 3
AF RR3GC47TF C 94
AF RR3EE32TF C 135
BS 1 428 RR3CS23JQB
BS 429 429 RR3EE32JQ
BS 430 461 RR3CS23JQB
BS 462 744 RR3EE32JQ
BS 745 792 RR3GC47TF
BS 793 793 RR3EE32TF
BS 794 840 RR3GC47TF

RD RR3CS23JQB 462 0 0
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ATTTCACGGAAGGATACAATTTCTTTCTTTTGATTTTTCATCTTATAATAGTAAGTAGTA
TAAGAAAGCTTGAAAAATCATGAGAATTTAAGCAAATGTATAATATGAAAACGTAAAGAA
AGTTAATCAGAAATGACGAGCAGCTGAGGCAGTTAAGACTGTAAGGATGAACAAGAGGAG
AAAAGATGCGAAGGACAAAGCGAGTGAGAGAGTAACACGGTTACAGTAATTATGGACGTA
GCCGCATATCGGTAGCCAACCGGCGTGTGTATTACCATACTTGCCGATGTAACCATCCGA
CATGGCCGCAGAGAAAGACGATATAGCCGTCAATGTCGTGAGCAAATCAAAGAAGAAGAG
TGCAAAAAAAAGTCCTCTTCTACGGACAGCTAAACAAGCCC
C

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR3GC47JQ 558 0 0
GG
AGACGAGACTTGAACATAACAAATAACAAGAGTCTCAAGGACAAACATTTCACGGAAGGA
TACAATTTCTTTCTTTTGATTTTTCATCTTATAATAGTAAGTAGTATAAGAAAGCTTGAA
AAATCATGAGAATTTAAGCAAATGTATAATATGAAAACGTAAAGAAAGTTAATCAGAAAT
GACGAGCAGCTGAGGCAGTTAAGACTGTAAGGATGAACAAGAGGAGAAAAGATGCGAAGG
ACAAAGCGAGTGAGAGAGTAACACGGTTACAGTAATTATGGACGTAGCCGCATATCGGTA
GCCAACCGGCGTGTGTATTACCATACTTGCCGATGTAACCATCCGACATGGCCGCAGAAA
AAGACGATATAGCCGTCAATGTCGTGAGCAAATCAAAGAAGAAGAGTGCAAAAACAAGTC
CTCTTCTACGGACAGCTAAACAAGCCCATACGAGCGTAAACAATGTCATGCCGGCGATAG
CTATTTCTGCGTACACCAAATACCTAAAGGCAGATGAGTAGTCGTATTTAGCCTCAAAAT
TAATGCCATAAACAGA

QA 3 558 3 558
DS 

RD RR3EE32JQ 742 0 0
AGTCCCAAATGAAGACGAGACTTGAACATAACAAATAACAAGAGTCTCAAGGACAAACAT
TTCACGGAAGGATACAATTTCTTTCTTTTGATTTTTCATCTTATAATAGTAAGTAGTATA
AGAAAGCTTGAAAAATCATGAGAATTTAAGCAAATGTATAATATGAAAACGTAAAGAAAG
TTAATCAGAAATGACGAGCAGCTGAGGCAGTTAAGACTGTAAGGATGAACAAGAGGAGAA
AAGATGCGAAGGACAAAGCGAGTGAGAGAGTAACACGGTTACAGTAATTATGGACGTAGC
CGCATATCGGTAGCCAACCGGCGTGTGTATTACCATACTTGCCGATGTAACCATCCGACA
TGGCCGCAGAGAAAGACGATATAGCCGTCAATGTCGTGAGCAAATCAAAGAAGAAGAGTG
CAAAAACAAGTCCTCTTCTACGGACAGCTAAACAAGCCCATACGAGCGTAAACAATGTCA
TGCCGGCGATAGCTATTTCTGCGTACACCAAATACCTAAAGGCAGATGAGTAGTCGTATT
TAGCCTCAAAATTAATGCCATAAACAGAGGCGACTTCATGGTTAGTGATCGTGAGCCCCA
TGGAGGCCAATGCAGTGCCAATGGCTAATACTCTCATCGATACTTGAACCCCAAGATTCA
TTAAAGGCGTTCTTCTCCCATCATTTGCTCCCATCATTATTCAGATTAATCAAGATTTTA
CTTTCCTTAAGATAAAGAACAC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3GC47TF 747 0 0
TTTTTCATCTTATAATAGTAAGTAGTATAAGAAAGCTTGAAAAATCATGAGAATTTAAGC
AAATGTATAATATGAAAACGTAAAGAAAGTTAATCAGAAATGACGAGCAGCTGAGGCAGT
TAAGACTGTAAGGATGAACAAGAGGAGAAAAGATGCGAAGGACAAAGCGAGTGAGAGAGT
AACACGGTTACAGTAATTATGGACGTAGCCGCATATCGGTAGCCAACCGGCGTGTGTATT
ACCATACTTGCCGATGTAACCATCCGACATGGCCGCAGAGAAAGACGATATAGCCGTCAA
TGTCGTGAGCAAATCAAAGAAGAAGAGTGCAAAAACAAGTCCTCTTCTACGGACAGCTAA
ACAAGCCCATACGAGCGTAAACAATGTCATGCCGGCGATAGCTATTTCTGCGTACACCAA
ATACCTAAAGGCAGATGAGTAGTCGTATTTAGCCTCAAAATTAATGCCATAAACAGAGGC
GACTTCATGGTTAGTGATAGTGAGCCCCATGGAGGCCAATGCAGTGCCAATGGCTAATAC
TCTCATCGATACTTGAACCCCAAGATTCATTAAAGGCGTTCTTCTCCCATCATTTGCTCC
CATCATTATTCAGATTAATCAAGATTTTACTTTCCTTAAGATAAAGAACACAAGGGGACA
AATGATACAAATAAGACAAATATATGGTTGTTGTTTGTTGTGGTTGTTGTTGTGTAAGAT
CCCAAAATTTTGCCAAGACAAGAGAAA

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3EE32TF 706 0 0
AAATCATGAGA*TTTAAGCAAATGTATAATATGAAA*CGTAAAGAAAGTTAATCAGAAAT
GACGAGCAGCTGAGGCAGTTAAGACTGTAAGGATGAACAAGAGGAGAAAAGATGCGAAGG
ACAAAGCGAGTGAGAGAGTAACACGGTTACAGTAATTATGGACGTAGCCGCATATCGGTA
GCCAACCGGCGTGTGTATTACCATACTTGCCGATGTAACCATCCGACATGGCCGCAGAGA
AAGACGATATAGCCGTCAATGTCGTGAGCAAATCAAAGAAGAAGAGTGCAAAAACAAGTC
CTCTTCTACGGACAGCTAAACAAGCCCATACGAGCGTAAACAATGTCATGCCGGCGATAG
CTATTTCTGCGTACACCAAATACCTAAAGGCAGATGAGTAGTCGTATTTAGCCTCAAAAT
TAATGCCATAAACAGAGGCGACTTCATGGTTAGTGATCGTGAGCCCCATGGAGGCCAATG
CAGTGCCAATGGCTAATACTCTCATCGATACTTGAACCCCAAGATTCATTAAAGGCGTTC
TTCTCCCATCATTTGCTCCCATCATTATTCAGATTAATCAAGATTTTACTTTCCTTAAGA
TAAAGAACACAAGGGGACAAATGATACAAATAAGACAAATATATGGTTGTTGTTTGTTAT
GGTTGTTGTTGTGTAAGATCCCAAAATTTTGCCAAGACAAGAGAAA

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 5

CO CL2008Contig1 535 5 6 U
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AGACTGGTTTGTTCGTTGGTTTGAACAAGGGTCACGTCGTCACCAGACGCGAATTGGCAC
CTCGTCCTAACTCTCGCAAAGGGAAAACGAGCAAGAGGACATTGTTCATCAGATCACTGA
TCAGGGAGGTTGCTGGTTTTGCACCTTACGAGAAGAGAATCACTGAGCTTCTCAAGGTTG
GCAAAGACAAGAGGGCTCTTAAGGTCGCTAAGAGGAAGTTGGGTACCCACAAGAGAGCCA
AGCGAAAGAGAGAGGAGATGTCTAGCGTTCTCCGTAAGATGAGGTCTGGTGGTGACAAGA
AGTAAAACATCTCTTAAGTCTTCTTCTATGTTATTGGAAACTTTGTTATTTTTATCACTC
TTTTTGTTTGCTATTGCAAATCTGCTTTATGCTCAAAAGACCTTTGTGTTTTGTTAGAAA
TATGGATTACTGTTGCTTCACATCTTTTCTATTAAGCTTTTCAAAACTTGCTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL30TF U 1
AF RR3DV05TF U 34
AF RR3B604JQ C 34
AF RR3B604TF U 34
AF RR3CR52TF U 177
BS 1 295 RR3CL30TF
BS 296 297 RR3DV05TF
BS 298 306 RR3CL30TF
BS 307 307 RR3DV05TF
BS 308 519 RR3CL30TF
BS 520 535 RR3CR52TF

RD RR3CL30TF 519 0 0
GGGCCTTTCCCACAAGTGTTTTGTAGCGGCTGAGAGAGAAAATGGCAACACCTCAAGTGA
AGACTGGTTTGTTCGTTGGTTTGAACAAGGGTCACGTCGTCACCAGACGCGAATTGGCAC
CTCGTCCTAACTCTCGCAAAGGGAAAACGAGCAAGAGGACATTGTTCATCAGATCACTGA
TCAGGGAGGTTGCTGGTTTTGCACCTTACGAGAAGAGAATCACTGAGCTTCTCAAGGTTG
GCAAAGACAAGAGGGCTCTTAAGGTCGCTAAGAGGAAGTTGGGTACCCACAAGAG**CCA
AGCGAAGGAGAGAGGAGATGTCTAGCGTTCTCCGTAAGATGAGGTCTGGTGGTGACAAGA
AGTAAAACATCTCTTAAGTCTTCTTCTATGTTATTGGAAACTTTGTTATTTTTATCACTC
TTTTTGTTTGCTATTGCAAATCTGCTTTATGCTCAAAAGACCTTTGTGTTTTGTTAGAAA
TATGGATTACTGTTGCTTCACATCTTTTCTATTAAGCTT

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR3DV05TF 471 0 0
GAGAGAAAATGGCAACACCTCAAGTGAAGACTGGTTTGTTCGTTGGTTTGAACAAGGGTC
ACGTCGTCACCAGACGCGAATTGGCACCTCGTCCTAACTCTCGCAAAGGGAAAACGAGCA
AGAGGACATTGTTCATCGGATCACTGATCAGGGAGGTTGCTGGTTTTGCACCTTACGAGA
AGAGAATCACTGAGCTTCTCAAGGTTGGCAAAGACAAGAGGGCTCTTAAGGTCGCTAAGA
GGAAGTTGGGTACCCACAAGAGAGCCAAGCGAAAGAGAGAGGAGATGTCTAGCGTTCTCC
GTAAGATGAGGTCTGGTGGTGACAAGAAGTAAAACATCTCTTAAGTCTTCTTCTATGTTA
TTGGAAACTTTGTTATTTTTATCACTCTTTTTGTTTGCTATTGCAAATCTGCTTTATGCT
CAAAAGACCTTTGTGTTTTGTTAGAAATATGGATTACTGTTGCT
TCACATC

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR3B604JQ 466 0 0
GAGAGAAAATGGCAACACCTCAAGTGAAGACTGGTTTGTTCGTTGGTTTGAACAAGGGTC
ACGTCGTCACCAGACGCGAATTGGCACCTCGTCCTAACTCTCGCAAAGGGAAAACGAGCA
AGAGGACATTGTTCATCAGATCACTGATCAGGGAGGTTGCTGGTTTTGCCCCTTACGAGA
AGAGAATCACTGAGCTTCTCAAGGTTGGCAAAGACAAGAGGGCTCTTAAGGTCGCTAAGA
GGAAGTTGGGTACCCACAAGAGAGCCAAGCGAAAGAGAGAGGAGATGTCTAGCGTTCTCC
GTAAGATGGGGTCTGGTGGTGACAAGAAGTAAAACATCTCTTAAGTCTTCTTCTATGTTA
TTGGAAACTTTGTTATTTTTATCACTCTTTTTGTTTGCTATTGCAAATCTGCTTTATGCT
CAAAAGACCTTTGTGTTTTGTTAGAAATATGGATTACTGTTGCT
CC

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR3B604TF 466 0 0
GAGAGAAAATGGCAACACCTCAAGTGAAGACTGGTTTGTTCGTTGGTTTGAACAAGGGTC
ACGTCGTCACCAGACGCGAATTGGCACCTCGTCCTAACTCTCGCAAAGGGAAAACGAGCA
AGAGGACATTGTTCATCAGATCACTGATCAGGGAGGTTGCTGGTTTTGCACCTTACGAGA
AGAGAATCACTGAGCTTCTCAAGGTTGGCAAAGACAAGAGGGCTCTTAAGGTCGCTAAGA
GGAAGTTGGGTACCCACAAGAGAGCCAAGCGAAAGAGAGAGGAGATGTCTAGCGTTCTCC
GTAAGATGGGGTCTGGTGGTGACAAGAAGTAAAACATCTCTTAAGTCTTCTTCTATGTTA
TTGGAAACTTTGTTATTTTTATCACTCTTTTTGTTTGCTATTGCAAATCTGCTTTATGCT
CAAAAGACCTTTGTGTTTTGTTAGAAATATGGATTACTGTTGCT
CC

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR3CR52TF 359 0 0
CTGATCAGGGAGGTTGCTGGTTTTGCACCTTACGAGAAGAGAATCACTGAGCTTCTCAAG
GTTGGCAAAGACAAGAGGGCTCTTAAGGTCGCTAAGAGGAAGTTGGGTACCCACAAGAGA
GCCAAGCGAAAGAGAGAGGAGATGTCTAGCGTTCTCCGTAAGATGAGGTCTGGTGGTGAC
AAGAAGTAAAACATCTCTTAAGTCTTCTTCTATGTTATTGGAAACTTTGTTATTTTTATC
ACTCTTTTTGTTTGCTATTGCAAATCTGCTTTATGCTCAAAAGACCTTTGTGTTTTGTTA
GAAATATGGATTACTGTTGCTTCACATCTTTTCTATTAAGCTTTTCAAAACTTGCTACG

QA 1 359 1 359
DS 



AS 1 5

CO CL2009Contig1 1430 5 7 U
TTTCTTCTTCTTTTCGATCTGTAAATCTCCTGCATAACTCCATAACGATGGCGACTGAGA
ATCACGCCGATAAGAATGTTGTTTTCAGAAAACTCAAAGCCAAATCGGAGAACAAGGTGT
GCTTCGATTGTAGTGCGAAGAATCCAACCTGGGCTTCGGTTACTTACGGCGTCTTTCTCT
GCATCGATTGCTCAGCTGTTCATCAAAACCTCGGTGTCCACATCAGCTTCGTCAGGTCGA
CGAACTTGGATTCGTGGAGTCCAGAGCAGCTAAGAACAATGATGTTTGGTGGAAACAACC
GAGCTCAGGTGTTTTTCAAGCAGCATGGCTGGAACGAAGGCGGCAGAATCGATGCTAAGT
ACACTTCGAGAGCTGCTGATTTGTATAAGCAAACTCTCGCTAAGGAAGTTGCTAAAGCCA
TGGCTGAAGAAGAAGCTCCTTTGCCTTCTTCATCTGTTGCTGCTACTTCTCAGCCGGTGG
AGCCTCCAGCAAAAGAGACTTCTTTGGTTGTTAAGCAAGAGGCAACTGTTGCTGTCTCTT
CTTCACCAAAGGCTTCTCAGGGAGCTGTGGCTAGTACCTTTAAGAAACCTCTTTTTGCTA
GAAAGACTGGGAAGACTGGTGGTCTTGGTGCTCGTAAGCTTACCACTAAGCCAAAAGAGA
ACCTTTATGATCAGAAACCTGAAGAGCCTGTGCCTGTGATTCCTGCTGCTTCTTCGACTA
AAACCACATCATCATCATCAGCTGGATCATCGTTTGCCTCTCGGTTTGAGTACTTTGATG
AGGAGCAGTCTGGTGGGCAAAGTGGCACACGTGTGCTTAGTCACGTCGCTCCACCAAAGT
CATCGAATTTCTTTAATGAGTATGGAATGGACACTTCTTTCTCCAAGAAACCAACCTCAA
GCTCGTCAAAAGTTCAAGTTGAAGAAACTGACGAAGCGAGAAAGAAGTTTTCAAACGCGA
AATCGATTTCATCTGCACAGTTTTACGGGAATCAGAACAGAGATGCTGATCTTGAATCAA
AAGCTACTCTTCAGAAGTTCTCGGGCTCAGCGGCTATTTCAAGTGCTGATCTTTTTGGTC
ATGGACAAGATGATTCCAACGTTGATATCACTGCAAGCGATCTCATCAACCGAATTTCTT
TCCAGGCGCAGCAAGATGTGTCGTCCCTTGTTAACATAGCGGAAGAAACGACCAAGAAGC
TGGGGTCATTGGCATCTGGTATATTCAGTGATCTTCAGGATAGAATGCTCTAAGAAAACA
TACAAAGATCTTTGTCTTTTGATTGACAGAGAACACATTGTGGTATTTGAAAGGTTTATA
AAAAGCCTTTTTGTGTTTTGTTCTGTAGCAATTTAATAACACAAAACTTATATGCTCAAT
ACTCAAACAGGTTTGGCAGTTTCTAATTCAACCAATGATGTTAAAACATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3H874TF U 1
AF RR3BZ75TF U 475
AF RR3H874JQ C 900
AF RR3D316JQ C 964
AF RR3D316TF U 964
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BS 545 1098 RR3BZ75TF
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BS 1187 1209 RR3BZ75TF
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CGAACTTGGATTCGTGGAGTCCAGAGCAGCTAAGAACAATGATGTTTGGTGGAAACAACC
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ACACTTCGAGAGCTGCTGATTTGTATAAGCAAACTCTCGCTAAGGAAGTTGCTAAAGCCA
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CTTC

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G
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CGCGAAATCGATTTCATCTGCACAGTTTTACGGGAATCAGAACAGAGATGCTGATCTTGA
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TGGTCATGGACAAGATGATTCCAT*GTTGATATCACTGCAAGCGATCTCATCAACCGAAT
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GGCA

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ATACAAAGATCTTTGTCTTTTGATTGACAGAGAACACATTGTGGTATTTGAAAGGTTTAT
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TACTCAAACAGGTTTGGCAGTTTCTAATTC

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G
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G
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AAGATCTTTGTCTTTTGATTGACAGAGAACACATTGTGGTATTTGAAAGGTTTATAAAAA
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AAACAGGTTTGGCAGTTTCTAATTCAACCAATGATGTTAAAACATC

QA 2 467 2 467
DS 



AS 2 5

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TCGAGTGTAGGCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM10JQ U 68
AF RR3D850JQ U 1
AF RR3D850TF C 1
BS 1 99 RR3D850JQ
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AAA

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G

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AAGTTTACCAGTCTTGACTATATCTGTCCACGGTGGCAGCTCGATCATGCCGGAGCGCTT
GAGATGGGCAGCGTATGACTTGACGAACTCGTGTGGAGAGACATCCTTCACCGTTTTCCC
TGTCGCCATTATTGTTCCTGCTTCGTCGTTGGCGGCGCTGCCAGAGGCGTATAATATTAT
TCGAGTGTAGGCC

QA 1 673 1 673
DS 



CO CL2010Contig2 716 2 2 U
GGGCCCACACTCGAATAATATTATACGCCTCTAGCAGCGCCGCCAACGACGAAGCAGGAA
CGATAATGGCGACAGGGAAAACGGTGAAGGATGTGTCTCCACACGAGTTCGTCAAGGCAT
ACGCTGCCCATCTCAAGCGCTCTGGCAAGATCGAGCTGCCACCGTGGACAGACATAGTGA
AGACTGGTAAACTTAAGGAGCTTGCTCCATATGACCCTGACTGGTACTACATCAGAGCCG
CGTCAATGGCAAGGAAAGTGTACCTGAGAGGTGGACTTGGAGTTGGTGCCTTCCGAAGGA
TCTATGGAGGAAGCAAGAGGAACGGAGGCAGACCACCTCATTTCTGCAAGAGCAGTGGTG
GTGTTGCTCGTCACATTCTTCAGCAGCTCCAGACTATGAACATTGTCGACCTTGACACTA
AAGGGGGGAGGAAGATCACATCAAGTGGTCAGAGAGATCTTGACCAAGTCGCTGGAAGGA
TCGCGGCTGCCGTCTAAAATCCAAGATCACAAAGCTTTTTTTTTCTTTTTGAGAATTAGA
TATTATATGGAATGAGTTTTGCATTGGAAACCAGTAGTGGAATATCTCTTCTCTCATTTT
TTTGTTTTTGTTTTTGTTTTAATGAGTTGTTTCTCTTTTGTTTTTAAACTCTGATGAGCA
GACATATACGCAATTTGATCTAATCGTCTACCTCAGTTTGATGAATTTTCTTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F571TF U 1
AF RR3F571JQ C 46
BS 1 514 RR3F571TF
BS 515 716 RR3F571JQ

RD RR3F571TF 514 0 0
GGGCCCACACTCGAATAATATTATACGCCTCTAGCAGCGCCGCCAACGACGAAGCAGGAA
CGATAATGGCGACAGGGAAAACGGTGAAGGATGTGTCTCCACACGAGTTCGTCAAGGCAT
ACGCTGCCCATCTCAAGCGCTCTGGCAAGATCGAGCTGCCACCGTGGACAGACATAGTGA
AGACTGGTAAACTTAAGGAGCTTGCTCCATATGACCCTGACTGGTACTACATCAGAGCCG
CGTCAATGGCAAGGAAAGTGTACCTGAGAGGTGGACTTGGAGTTGGTGCCTTCCGAAGGA
TCTATGGAGGAAGCAAGAGGAACGGAGGCAGACCACCTCATTTCTGCAAGAGCAGTGGTG
GTGTTGCTCGTCACATTCTTCAGCAGCTCCAGACTATGAACATTGTCGACCTTGACACTA
AAGGGGGGAGGAAGATCACATCAAGTGGTCAGAGAGATCTTGACCAAGTCGCTGGAAGGA
TCGCGGCTGCCGTCTAAAATCCAAGATCACAAAG

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3F571JQ 671 0 0
ACGACGAAGCAGGAACGATAATGGCGACAGGGAAAACGGTGAAGGATGTGTCTCCACACG
AGTTCGTCAAGGCATACGCTGCCCATCTCAAGCGCTCTGGCAAGATCGAGCTGCCACCGT
GGACAGACATAGTGAAGACTGGTAAACTTAAGGAGCTTGCTCCATATGACCCTGACTGGT
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GTGCCTTCCGAAGGATCTATGGAGGAAGCAAGAGGAACGGAGGCAGACCACCTCATTTCT
GCAAGAGCAGTGGTGGTGTTGCTCGTCACATTCTTCAGCAGCTCCAGACTATGAACATTG
TCGACCTTGACACTAAAGGGGGGAGGAAGATCACATCAAGTGGTCAGAGAGATCTTGACC
AAGTCGCTGGAAGGATCGCGGCTGCCGTCTAAAATCCAAGATCACAAAGCTTTTTTTTTC
TTTTTGAGAATTAGATATTATATGGAATGAGTTTTGCATTGGAAACCAGTAGTGGAATAT
CTCTTCTCTCATTTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTAATGAGTTGTTTCTCTTTTGTTTTT
AAACTCTGATGAGCAGACATATACGCAATTTGATCTAATCGTCTACCTCAGTTTGATGAA
TTTTCTTTAGC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 3

CO CL2011Contig1 1368 3 4 U
CATAGGAAAGCAAGACTGAATAAGAAACAGTAAACAGAAAGTTTTAAAGTACACAACAAA
AGGACGTGCAAGGAAAATTAACCGCAAACCGGTTTCACAAATAAATAAAAAGAACGATCT
GACCAGGTGAAACATTGAGACGCCTTCAGAGGCTTTACACCTTGCGGACTTGAATGTTAT
GAGTCGATTGAGATCTCCAGATTGGTTGTGACCCGCTCTGTACAATCGCTATTTCCTCTC
CCTTCTTCACCATTCCTTGTTTCAGCAGTGTAGCCAAAGCATTAGAGAAAGTGTCTTCTG
CATCATCTGAGAACTCCATATATATGGGACATACACCTTGATACAAGGCTAATCTTTGCT
GTATCTTTTTCTCATTTGTGAAGGCATAGATTGTGCCGGAAGGGCGATAGTGACTTAGTA
GTATGGCCATGAAACCAGTTCTGGTGAAGACAACAGTTGAAGTTCCAAGTGTGTTTGACA
TCATGGTTGCATGATATGCAAACATCTCACTCATATGGTTCTTAAAGGCTTGGCCAAGAT
TAGCTGGCATTTCACTACTAGTAGTAATGGTGGCTTCCGTTCGCAGTGCAACTGTATGCA
TCACTCCAGCAGCTTTCAATGGGAATTTTCCGTGGGCAGTCTCTCCTGAAAGCATTACTG
CATCAGCACCTTCTCTAACAGCAATAGCAATGTCAGAAACCTCCGCCCTGGTTGGAGTTG
GATGAACTATCATACTCTCAAGCATGTTAGTAGCAACAATAACAGCTTTTCCCATGCTAC
GGCATAGGTTAATGATCTTTCCCTGAAGTATGGGTACTTCTTCAATAGGAAGCTCTGCAC
CAAGATCACCTCTTGCAACCATTGCCCCATCTGATGCGGTGATAATGGAATGCAAGTTAG
GGATGGAGTCTGCGCTTTCAATTTTAACTATCACGTGAATATCAGCACCACAACCTTTAA
GGTAATTCTTGAGTTCATGTACCACTTGTGCATCTTTGACAAAAGAAACTGCATAAAAGT
CAACTTTGTTCTCCACTCCAAACTTAATATCCTCCCAATCCTTCTCAGTGATTGAAGGTA
ACGTTGCACTCTTCCCTCGGACATTCAAGTGTCTCCTTGACTTAAGTTCTCCACCATCAA
CAACTTCACATTTGACAGAGTCTTTGGTCTTCGACTTCACCTTAAACGACATCATACCAC
CATCAACAAGGAGCATGTCTCCCGCTTCAACATCGTTGACAAAGTCATCATAGTTAACAC
TGACACAACTTGGTGTGCTGACTCCTCTCTCAATTGTAAAAGTAAACTCTTGACCAGGCT
CTAACATAATCGGTTGTGGTAAATCTCCACTCCTAACTTCTGGACCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3E585JQ U 1
AF RR3B741JQ U 1
AF RR3B741TF C 562
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BS 842 1368 RR3B741TF

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GACCAGGTGAAACATTGAGACGCCTTCAGAGGCTTTACACCTTGCGGACTTGAATGTTAT
GAGTCGATTGAGATCTCCAGATTGGTTGTGACCCGCTCTGTACAATCGCTATTTCCTCTC
CCTTCTTCACCATTCCTTGTTTCAGCAGTGTAGCCAAAGCATTAGAGAAAGTGTCTTCTG
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GTATCTTTTTCTCATTTGTGAAGGCATAGATTGTGCCGGAAGGGCGATAGTGACTTAGTA
GTATGGCCATGAAACCAGTTCTGGTGAAGACAACAGTTGAAGTTCCAAGTGTGTTTGACA
TCATGGTTGCATGATATGCAAACATCTCACTCATATGGTTCTTAAAGGCTTGGCCAAGA*
*AGCTGGCATTTCACTACTAGTAGTAATGGTGGCTTCCGTTCGCAGTGCAACTGTATGCA
TCACTCCAGCAGCTTTCAATGGGAATTTTCCGTGGGCAGTCTCTCCTGAAAGCATTACTG
CATCAGCACCTTCTCTAACAGCAATAGCAATGTCAGAAACCTCCGCCCTGGTTGGAGTTG
GATGAACTACCATACTCTCAAGCATGTTAGTAGCAACAATAACAGCTTTTCC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3B741JQ 841 0 0
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AGGACGTGCAAGGAAAATTAACCGCAAACCGGTTTCACAAATAAATAAAAAGAACGATCT
GACCAGGTGAAACATTGAGACGCCTTCAGAGGCTTTACACCTTGCGGACTTGAATGTTAT
GAGTCGATTGAGATCTCCAGATTGGTTGTGACCCGCTCTGTACAATCGCTATTTCCTCTC
CCTTCTTCACCATTCCTTGTTTCAGCAGTGTAGCCAAAGCATTAGAGAAAGTGTCTTCTG
CATCATCTGAGAACTCCATATATATGGGACATACACCTTGATACAAGGCTAATCTTTGCT
GTATCTTTTTCTCATTTGTGAAGGCATAGATTGTGCCGGAAGGGCGATAGTGACTTAGTA
GTATGGCCATGAAACCAGTTCTGGTGAAGACAACAGTTGAAGTTCCAAGTGTGTTTGACA
TCATGGTTGCATGATATGCAAACATCTCACTCATATGGTTCTTAAAGGCTTGGCCAAGAT
TAGCTGGCATTTCACTACTAGTAGTAATGGTGGCTTCCGTTCGCAGTGCAACTGTATGCA
TCACTCCAGCAGCTTTCAATGGGAATTTTCCGTGGGCAGTCTCTCCTGAAAGCATTACTG
CATCAGCACCTTCTCTAACAGCAATAGCAATGTCAGAAACCTCCGCCCTGGTTGGAGTTG
GATGAACTATCATACTCTCAAGCATGTTAGTAGCAACAATAACAGCTTTTCCCATGCTAC
GGCATAGGTTAATGATCTTTCCCTGAAGTATGGGTACTTCTTCAATAGGAAGCTCTGCAC
C

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR3B741TF 807 0 0
TAGTAATGGTGGCTTCCGTTCGCAGTGCAACTGTATGCATCACTCCAGCAGCTTTCAATG
GGAATTTTCCGTGGGCAGTCTCTC*TGAAAGCATTACTGCATCAGCACTTTCTCTAACAG
CAATAGCAATGTCAGAAACCTCCGCCCTGGTTGGAGTTGGATGAACTATCATACTCTCAA
GCATGTTAGTAGCAACAATAACAGCTTTTCCCATGCTACGGCATAGGTTAATGATCTTTC
CCTGAAGTATGGGTACTTCTTCAATAGGAAGCTCTGCACCAAGATCACCTCTTGCAACCA
TTGCCCCATCTGATGCGGTGATAATGGAATGCAAGTTAGGGATGGAGTCTGCGCTTTCAA
TTTTAACTATCACGTGAATATCAGCACCACAACCTTTAAGGTAATTCTTGAGTTCATGTA
CCACTTGTGCATCTTTGACAAAAGAAACTGCATAAAAGTCAACTTTGTTCTCCACTCCAA
ACTTAATATCCTCCCAATCCTTCTCAGTGATTGAAGGTAACGTTGCACTCTTCCCTCGGA
CATTCAAGTGTCTCCTTGACTTAAGTTCTCCACCATCAACAACTTCACATTTGACAGAGT
CTTTGGTCTTCGACTTCACCTTAAACGACATCATACCACCATCAACAAGGAGCATGTCTC
CCGCTTCAACATCGTTGACAAAGTCATCATAGTTAACACTGACACAACTTGGTGTGCTGA
CTCCTCTCTCAATTGTAAAAGTAAACTCTTGACCAGGCTCTAACATAATCGGTTGTGGTA
AATCTCCACTCCTAACTTCTGGACCCC

QA 1 807 1 807
DS 



AS 2 5

CO CL2012Contig1 1064 3 21 U
GGGTTTAACTGTTCATTTAAACCGTAACTTGAGACATTTTACATAAATTTATATTATATC
AATTTTGGTCCAAACCGGTTACAAACCGAGAATGGTTAGTGGTTACAATGGTACAAATCA
AACAAAACAAAACCGGAACGGTACAAACCGAATCCAAGAAACTTTTCTGTGATCAGTTTT
GGGGGAAGACATCAGAGAGAGCAAAGTCATGGAACGGTGGACCTCCTTGTTCACTTAGAA
TGTGAAACGGAATGTGAGCAACCATTTTGTCCCCACCCTCGCTCCAGTTAACCGTACCAG
GAAACCTTTTTTCCGAAACACGTGAAGGTCCTAACACAGACCAACAGATTCCTGGCTCGT
TCATCAGTCCCAAGTAATCATGTGCTCGTCTCCAAACCCTTGCATCAGATATCCTAGACC
TAACCACCTTTCCCAAGGCAACACGAGCTCTTGGCAACAGTTCACGGTGATAAGTTGCGA
GCTTTGCGATAGCTGTAACCACAAAACACAACAGCCTTGACTGTGTTGTTCTTCTGGATG
CATTCCCGGATTCTTGCCTCAGACCTAGACGGCTTGATGAGAGATTCTCATAGAGAAGCA
ACTCTAAGCTTTCAAAGAGCTCTCGAGCAGCTTCCTTGTGCGATTCTCCCCCACCACCAT
ACTCTCCAATCGCCCAACATAGCTGTAAAGCTAACTCTCTCTTAGCAGAGTCATCATAAG
CTTCTCCAAGCCTATCAATTATAGGCTTTTTCAAGAGCGCAATGAAGTTTGGAGATCTCT
GAAACGCAGCCAACACGAATTCCAGTAGCCTCCTACGGATCTCATGAGAAAAATTCTTAT
CCGGAAACATTGTAGAGTTCCTTGTCATGAGTAGAGGGATTAATGCACATATCAGAGAGT
CATTAGCATCTCGCAAGGTAACACTGAAGTAGACATCAAGAAGCCGAGGAGCAATCTTCA
GTGTCTGCTTCATTCTCTCTGACCGAGGACCACTCGCAGCCGCCTGCAGCGCTGCGTTTA
ACGCAGGAGAAGCGCGGTGTCTTTCAGCTAGACCATCATTTTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX46JQ U 1
AF RR3DV56JQ U 1
AF RR3CH69TF C 403
BS 1 35 RR3CX46JQ
BS 36 36 RR3DV56JQ
BS 37 138 RR3CX46JQ
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BS 140 357 RR3CX46JQ
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BS 359 416 RR3CX46JQ
BS 417 417 RR3DV56JQ
BS 418 597 RR3CX46JQ
BS 598 640 RR3DV56JQ
BS 641 641 RR3CH69TF
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BS 707 707 RR3CH69TF
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BS 786 792 RR3DV56JQ
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BS 818 818 RR3CH69TF
BS 819 832 RR3DV56JQ
BS 833 1064 RR3CH69TF

RD RR3CX46JQ 597 0 0
GGGTTTAACTGTTCATTTAAACCGTAACTTGAGACCTTTTACATAAATTTATATTATATC
AATTTTGGTCCAAACCGGTTACAAACCGAGAATGGTTAGTGGTTACAATGGTACAAATCA
AACAAAACAAAACCGGAATGGTACAAACCGAATCCAAGAAACTTTTCTGTGATCAGTTTT
GGGGGAAGACATCAGAGAGAGCAAAGTCATGGAACGGTGGACCTCCTTGTTCACTTAGAA
TGTGAAACGGAATGTGAGCAACCATTTTGTCCCCACCCTCGCTCCAGTTAACCGTACCAG
GAAACCTTTTTTCCGAAACACGTGAAGGTCCTAACACAGACCAACAGATTCCTGGCTTGT
TCATCAGTCCCAAGTAATCATGTGCTCGTCTCCAAACCCTTGCATCAGATATCCTAAACC
TAACCACCTTTCCCAAGGCAACACGAGCTCTTGGCAACAGTTCACGGTGATAAGTTGCGA
GCTTTGCGATAGCTGTAACCACAAAACACAACAGCCTTGACTGTGTTGTTCTTCTGGATG
CATTCCCGGATTCTTGCCTCAGACCTAGACGGCTTGATGAGAGATTCTCATAGAGAA

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3DV56JQ 832 0 0
GGGTTTCACTGTTCATTTAAACCGTAACTTGAGACATTTTACATAAATTTATATTATATC
AATTTTGGTCCAAACCGGTTACAAGCCGAGAATGGTTAGTGGTTACAATGGTACAAATCA
AACAAAACAAAACCGGAACGGTACAAACCGAATCCAAGAGACTTTTCTGTGATCAGTTTT
GGGGGATGACATCAGAGAGAGCAAAGTCATGGAACGGTGGACCTCCTTGTTCACTTAGAA
TGTGAAACGGAATGTGTGCAACCATTTTGTCCCCACCCTCGCTCCAGTTAACCGTACCAG
GAAACCTTTTTTCCGAAACACGTGAAGGTCCTAACACGGACCAACAGATTCCTGGCTCGT
TCATTAGTCCCAAGTAATCATGTGCTCGTCTCCAAACCCTTGCATCAGATATCCTAGACC
TAACCACCTTTCCCAAGGCAACACGAGCTCTTGGCAACAGTTCACGGTGATAAGTTGAGA
GCTTTGCGATAGCCGTCACCACAAAACACAACAGCCTTGACTGTGTTGTTCTTCTGGATG
CATTCCCGGATTCTTGCCTCAGACCTAGACGGCTTGATGAGAGATTCTCATAGAGAAGCA
ACTCTAAGCTTTCAAAGAGCTCTCGAGCAGCTTCCTTGTGTGATTCTCCCCCACCACCAT
ACTCTCCAATCGCCCAACATAGCTGTAAAGCTAACTCTCTCTTAGCGGAGTCATCATAAG
CTTCTCCAAGCCTATCAATTATAGGCTTTTTCAAGAGCGCAATGAAGTTTGGAGATCTCT
GAAATGCAGCCA*CACGAATTCCAGTAGCCTCCTACG*ATCTCATGAGAAAA

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR3CH69TF 662 0 0
CATCAGATATCCTAGACCTAACCACCTTTCCCAAGGCAACACGAGCTCTTGGCAACAGTT
CACGGTGATAAGTTGCGAGCTTTGCGATAGCTGTAACCACAAAACACAACAGCCTTGACT
GTGTTGTTCTTCTGGAAGCATTCCCGGATTCTTGCCTCAGACCTAGACGGCTTGATGAGA
GATTCTCATAGAGAAGCAACTCTAAGCTTTCAAAGAGCTCTCGAGCAGCTTCCTTGTGCG
ATTCTCCCC*ACCACCATACTCTCCAATCGCCCAACATAGCTGTAAAGCTAACTCTCTCT
TAGCAGAGTCATCATAAGCTTCTCCAAGCCTATCAATTATAGGCTTTTTCAAGAGCGCAA
TGAAGTTTGGAGATCTCTGAAACGCAGCCAACACGAATTCCAGTAGCCTCCTACGGATCT
CATGAGAAAAATTCTTATCCGGAAACATTGTAGAGTTCCTTGTCATGAGTAGAGGGATTA
ATGCACATATCAGAGAGTCATTAGCATCTCGCAAGGTAACACTGAAGTAGACATCAAGAA
GCCGAGGAGCAATCTTCAGTGTCTGCTTCATTCTCTCTGACCGAGGACCACTCGCAGCCG
CCTGCAGCGCTGCGTTTAACGCAGGAGAAGCGCGGTGTCTTTCAGCTAGACCATCATTTT
CC

QA 1 662 1 662
DS 



CO CL2012Contig2 927 2 2 U
GGGAGCGAGCGAGCATTGTCGTGGTGTAAAAAACCATGAACGGTCAAGACGGAGACTGGA
ATTATCATCTGAGGATCCTAAGCAATAGCGCGCGTGATTCCACGGATCCTGCTTCTGATC
CATCTGTGCTACAATCAGTTAAGAAGCTACATGGGTTCTGTAAATTGGAGAAATCAGACG
ATCTGGTGGCGAGAATTTACCCTCAGATCAATAAGGTCTTCCAACGTTCTGTAGCTTCAG
TGTCTCAGTCTGAGTCGTCAGGGACCTCTAAAGGCCTTCTCTTGCTAGCAATTCTTCAGT
TTTTTCTTGATTTTGGAGATATGGTTCTGCACGATGCTGACCCGAGTTTGAGGACTTTCT
TCCGTTCCTGTCTTAGCCGTGAGTTCTCGGATGCTGCGGTTGCTGAGGCAACTTGTGAGT
TTCTTATCGAGAACAAGAGAAAACTCTTGGCGTCTTTCCCTAACTTACTCCCTCAGTTTT
TTCCATTGTTGCTTAAGCTTATTGCCTGGAACTGGGAGAAGTTGGAAAAGTCCTTCCTGA
AGATATTTCCAGGACTGATATCACCTGGATCGTTTCTTCCTCTGTTTCCATCCATTCTAG
ACTTGCCAATGCTGGTTGTGGCACTAGAAAAAGTGGAAAGGAGCTCCGGGTCAGGGTCAA
GGGTCGGAGGTAGCATTGCTTCGATCCAGAAGAGCAGCTCCGGAGATGCTTCTTGCCCTT
ATGGATGAAGCATATACTGGTTCAACCATCGGAGACGGAGGGGATGACTCAGAGTCTGAA
GATAACAATACAATAGACGTAGCTGATCCTCTGTTTCTTGAGCTTCTCAAGGACGAAAAT
GATGGTCTAGCTGAAAGACATCGAGCTTCTCCTGCATTAAACGCAGCGCTGCAGGCTGCT
GCGAGTGGTCCTCGGTCAGAGAGGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX46TF U 1
AF RR3DV56TF U 315
BS 1 632 RR3CX46TF
BS 633 927 RR3DV56TF

RD RR3CX46TF 632 0 0
GGGAGCGAGCGAGCATTGTCGTGGTGTAAAAAACCATGAACGGTCAAGACGGAGACTGGA
ATTATCATCTGAGGATCCTAAGCAATAGCGCGCGTGATTCCACGGATCCTGCTTCTGATC
CATCTGTGCTACAATCAGTTAAGAAGCTACATGGGTTCTGTAAATTGGAGAAATCAGACG
ATCTGGTGGCGAGAATTTACCCTCAGATCAATAAGGTCTTCCAACGTTCTGTAGCTTCAG
TGTCTCAGTCTGAGTCGTCAGGGACCTCTAAAGGCCTTCTCTTGCTAGCAATTCTTCAGT
TTTTTCTTGATTTTGGAGATATGGTTCTGCACGATGCTGACCCGAGTTTGAGGACTTTCT
TCCGTTCCTGTCTTAGCCGTGAGTTCTCGGATGCTGCGGTTGCTGAGGCAACTTGTGAGT
TTCTTATCGAGAACAAGAGAAAACTCTTGGCGTCTTTCCCTAACTTACTCCCTCAGTTTT
TTCCATTGTTGCTTAAGCTTATTGCCTGGAACTGGGAGAAGTTGGAAAAGTCCTTCCTGA
AGATATTTCCAGGACTGATATCACCTGGATCGTTTCTTCCTCTGTTTCCATCCATTCTAG
ACTTGCCAATGCTGGTTGTGGCACTAGAAAAA

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3DV56TF 613 0 0
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AGCCGTGAGTTCTCGGATGCTGCGGTTGCTGAGGCAACTTGTGAGTTTCTTATCGAGAAC
AAGAGAAAACTCTTGGCGTCTTTCCCTAACTTACTCCCTCAGTTTTTTCCATTGTTGCTT
AAGCTTATTGCCTGGAACTGGGAGAAGTTGGAAAAGTCCTTCCTGAAGATATTTCCAGGA
CTGATATCACCTGGATCGTTTCTTCCTCTGTTTCCATCCATTCTAGACTTGCCAATGCTG
GTTGTGGCACTAGAAAAAGTGGAAAGGAGCTCCGGGTCAGGGTCAAGGGTCGGAGGTAGC
ATTGCTTCGATCCAGAAGAGCAGCTCCGGAGATGCTTCTTGCCCTTATGGATGAAGCATA
TACTGGTTCAACCATCGGAGACGGAGGGGATGACTCAGAGTCTGAAGATAACAATACAAT
AGACGTAGCTGATCCTCTGTTTCTTGAGCTTCTCAAGGACGAAAATGATGGTCTAGCTGA
AAGACATCGAGCTTCTCCTGCATTAAACGCAGCGCTGCAGGCTGCTGCGAGTGGTCCTCG
GTCAGAGAGGATG

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 4

CO CL2013Contig1 694 4 2 U
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CATCCCGTGGTGGAAGTCTACGGGCTTGAATGTCTCCGAGTCACGAGGGTCATTCAAGTA
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AGGAATTGGTCCAGGAGGTCTCTGAAACCTAGAGAGAATTTGCGTGTCCATATCCATCTT
CAGTGGAAGTGCAGTCCCGTAGGTATGCCCAATGATCGTCCTCTTCATCGCCTCGTCCGA
TCTCTTTCCAGATTCGTAAGATGATTCGAGTGGGTGAGATCCGACGATGTCGCTCTTAAC
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CTTCGGTGACTCCATTGTTTCTCTTCCTTTCGCTCTGCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCC
TCTTTAGTTTAGTAGCTTCCTCTGCGACTTTCCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3FL74JQ U 1
AF RR3FL74TF C 1
AF RR3CM13TF C 108
AF RR3CM13JQ U 111
BS 1 557 RR3FL74JQ
BS 558 694 RR3CM13JQ

RD RR3FL74JQ 557 0 0
CGTAAAACCTAACATACTAGAATTGATTGACCATATTCAGTAGTTGTCTCAACATACTTC
AAACTTGGGTCAAGGACTCAAGAGAGAGTACAAGTAGAAAGAAGTTTATAAAACGATCCC
ACTTGATTCATCATTCAAAATCTAAAAAGACATAACATGCAATAAAACCCCACCCATGAT
AGGGGGGCCTTACATGAAACTTGGGGCAACAGGGCCCTTTGACATGCCAAGACGAACTTC
CATCCCGTGGTGGAAGTCTACGGGCTTGAATGTCTCCGAGTCACGAGGGTCATTCAAGTA
ATCCTCAAAACCAAAGTCATCAACGGCTCCTGTGTAGACTTCTAAACCGAGCATTGACGA
AGGAATTGGTCCAGGAGGTCTCTGAAACCTAGAGAGAATTTGCGTGTCCATATCCATCTT
CAGTGGAAGTGCAGTCCCGTAGGTATGCCCAATGATCGTCCTCTTCATCGCCTCGTCCGA
TCTCTTTCCAGATTCGTAAGATGATTCGAGTGGGTGAGATCCGACGATGTCGCTCTTAAC
ACCGTTGAGACCAAATC

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3FL74TF 694 0 0
CGTAAAACCTAACATACTAGAATTGATTGACCATATTCAGTAGTTGTCTCAACATACTTC
AAACTTGGGTCAAGGACTCAAGAGAGAGTACAAGTAGAAAGAAGTTTATAAAACGATCCC
ACTTGATTCATCATTCAAAATCTAAAAAGACATAACATGCAATAAAACCCCACCCATGAT
AGGGGGGCCTTACATGAAACTTGGGGCAACAGGGCCCTTTGACATGCCAAGACGAACTTC
CATCCCGTGGTGGAAGTCTACGGGCTTGAATGTCTCCGAGTCACGAGGGTCATTCAAGTA
ATCCTCAAAACCAAAGTCATCAACGGCTCCTGTGTAGACTTCTAAACCGAGCATTGACGA
AGGAATTGGTCCAGGAGGTCTCTGAAACCTAGAGAGAATTTGCGTGTCCATATCCATCTT
CAGTGGAAGTGCAGTCCCGTAGGTATGCCCAATGATCGTCCTCTTCATCGCCTCGTCCGA
TCTCTTTCCAGATTCGTAAGATGATTCGAGTGGGTGAGATCCGACGATGTCGCTCTTAAC
ACCGTTGAGACCAAATCGAAGAGCGTCTCTCTTCACGCCACCGATCTCATGAGCTATCTT
CTTCGGTGACTCCATTGTTTCTCTTCCTTTCGCTCTGCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCC
TCTTTAGTTTAGTAGCTTCCTCTGCGACTTTCCC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3CM13TF 587 0 0
ATAAAACGATCCCACTTGATTCATCATTCAAAATCTAAAAAGACATAACATGCAATAAAA
CCCCACCCATGATAGGGGGGCCTTACATGAAACTTGGGGCAACAGGGCCCTTTGACATGC
CAAGGCGAACTTCCATCCCGTGGTGGAAGTCTACGGGCTTGAATGTCTCCGAGTCACGAG
GGTCATTCAAGTAATCCTCAAAACCAAAGTCATCAACGGCTCCTGTGTAGACTTCTAAAC
CGAGCATTGACGAAGGAATTGGTCCAGGAGGTCTCTGAAACCTAGAGAGAATTTGCGTGT
CCATATCCATCTTCAGTGGAAGTGCAGTCCCGTAGGTATGCCCAATGATCGTCCTCTTCA
TCGCCTCGTCCGATCTCTTTCCAGATTCGTAAGATGATTCGAGTGGGTGAGATCCGACGA
TGTCGCTCTTAACACCGTTGAGACCAAATCGAAGAGCGTCTCTCTTCACGCCACCGATCT
CATGAGCTATCTTCTTCGGTGACTCCATTGTTTCTCTTCCTTTCGCTCTGCTTCCTCTTC
CTCTTCCTCTTCCTCTTTAGTTTAGTAGCTTCCTCTGCGACTTTCCC

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3CM13JQ 584 0 0
AAACGATCCCACTTGATTCATCATTCAAAATCTAAAAAGACATAACATGCAATAAAACCC
CACCCATGATAGGGGGGCCTTACATGAAACTTGGGGCAACAGGGCCCTTTGACATGCCAA
GGCGAACTTCCATCCCGTGGTGGAAGTCTACGGGCTTGAATGTCTCCGAGTCACGAGGGT
CATTCAAGTAATCCTCAAAACCAAAGTCATCAACGGCTCCTGTGTAGACTTCTAAACCGA
GCATTGACGAAGGAATTGGTCCAGGAGGTCTCTGAAACCTAGAGAGAATTTGCGTGTCCA
TATCCATCTTCAGTGGAAGTGCAGTCCCGTAGGTATGCCCAATGATCGTCCTCTTCATCG
CCTCGTCCGATCTCTTTCCAGATTCGTAAGATGATTCGAGTGGGTGAGATCCGACGATGT
CGCTCTTAACACCGTTGAGACCAAATCGAAGAGCGTCTCTCTTCACGCCACCGATCTCAT
GAGCTATCTTCTTCGGTGACTCCATTGTTTCTCTTCCTTTCGCTCTGCTTCCTCTTCCTC
TTCCTCTTCCTCTTTAGTTTAGTAGCTTCCTCTGCGACTTTCCC

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 4

CO CL2014Contig1 859 4 15 U
GAGTCTCACTAAGTCTTTGACTCAACTAGTTGAGAACCACAGGAAAGAGAAGGAATCTCA
TAGAAGTGTTGTCACTTCATCATCCACAAGTGAATCAGCAGCCACATCAGAGACGGTAGA
GAGCCTTAGGGCTAAACTGAAAGAGCTTCGTGGCTTAACCGCTCGTCAGCTCGTGACACG
TCAAGACTTTGATAAGATTCTCGTCATGGCTGCAGCTTTCGAAGAGCTAAGCTCAGCTCC
CATCAGTTACATTTCAAGGTTAGCTAAGTACAGAAACGTAATAACACAAGGACTCGAGGC
TTCCGAGAGAGTCCACATCGCAAAGGCACGTGCTACGATGCTCAAAGAGACGGCCACCGA
GAAGCAGACCTTCGTGGACGCTAACTTCGAGGAGGCTAAAAGGCTTGCGCAGAGAGGAGA
CGCGCTGTACGTTAGAATCTTTGCGATCAAGAAACTGTTGAAGAAGCTTGAGACAGAGAG
AGAAGCTGTCGATGTGGAGTTTAAGAAGGTTGTGAAAGGTCTTTCTCATTTTCTTGTTGA
TGCTTCAGAGGCTTACGAGGAGTATCATGGAGCTGTGAGGAAGGCGAAAGAGGAGCAAGC
GGCTGAGGAGTTTCCCAGAGAGGCAATGGAGAGTGCACAGATCATATGGGTTAAGTTTTT
TAGTTCTCTTTAGAGAACAGTTGAGATTCTTGGTTGTGTTTAGAGACAATGTGGAGGTCT
TGTTTGTTCTTGTTTTGTATTTTGTGTTGATGTTTTGTGTCAGACTGTGTGGGTTGGTTA
TATCAGGGGAGAGAGATTGGAGATAGACACACTAAAATAAATAATGTTTTTTTCAGATTT
TCAAATGAAATAAGATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI43TF U 1
AF RR3CW12TF U 18
AF RR3CW12JQ C 362
AF RR3GI43JQ C 144
BS 1 45 RR3GI43TF
BS 46 46 RR3CW12TF
BS 47 81 RR3GI43TF
BS 82 84 RR3CW12TF
BS 85 109 RR3GI43TF
BS 110 110 RR3CW12TF
BS 111 570 RR3GI43TF
BS 571 612 RR3CW12TF
BS 613 613 RR3GI43JQ
BS 614 614 RR3CW12JQ
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BS 655 655 RR3CW12JQ
BS 656 859 RR3GI43JQ

RD RR3GI43TF 570 0 0
GAGTCTCACTAAGTCTTTGACTCAACTAGTTGAGAACCACAGGAAGGAGAAGGAATCTCA
TAGAAGTGTTGTCACTTCATC***CACAAGTGAATCAGCAGCCACATCATAGACGGTAGA
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TTCCGAGAGAGTCCACATCGCAAAGGCACGTGCTACGATGCTCAAAGAGACGGCCACCGA
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CGCGCTGTACGTTAGAATCTTTGCGATCAAGAAACTGTTGAAGAAGCTTGAGACAGAGAG
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TGCTTCAGAGGCTTACGAGGAGTATCATGG

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3CW12TF 595 0 0
G
GACTCAACTAGTTGAGAACCACAGGAAAGAGAAGGAATCTCATAG***TGTTGTCACTTC
ATCATCCACAAGTGAATCAGCAGCCACATCAGAGACGGTAGAGAGCCTTAGGGCTAAACT
GAAAGAGCTTCGTGGCTTAACCGCTCGTCAGCTCGTGACACGTCAAGATTTCGATAAGAT
TCTCGTCATGGCTGCAGCTTTCGAAGAGCTAAGCTCAGCTCCCATCAGTTACATCTCTAG
GTTAGCTAAGTACAGAAACGTCATAACACAAGGACTCGAGGCTTCCGAGAGAGTCCACAT
CGCAAAGGCACGTGCTACGATGCTCAAAGAGACGGCCACTGAGAAGCAGACCTTCGTGGA
CGCTAACTTCGAGGAGGCTAAAAGGCTTGCTCAGAGAGGAGACGCGTTGTACGTTAGAAT
CTTTGCGGTCAAGAAACTGTTGAAGAAGCTTGAGACGGAGAGAGAAGCTGTTGATGTGGA
GTTTAAGAAGGTTGTGAAAGGTCTTTCTCATTTTCTTGTTGATGCTTCAGAGGCTTACGA
GGAGTATCATGGAGCTGTGAGGAAGGCGAAAGAGGAGCAAGCGGCTGAGGAGTT

QA 2 595 2 595
DS 

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GCGTTGTACGTTAGAATCTTTGCGGTCAAGAAACTGTTGAAGAAGCTTGAGACGGAGAGA
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GCTGAGGAGTTTCCCAGAGAGGCAATGGAGAGTGCACAGATCATATGGGTTAAGTTTTTT
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QA 1 356 1 356
DS 

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TCATGGCTGCAGCTTTCGAAGAGCTAAGCTCAGCTCCCATCAGTTACATTTCAAGGTTAG
CTAAGTACAGAAACGTAATAACACAAGGACTCGAGGCTTCCGAGAGAGTCCACATCGCAA
AGGCACGTGCTACGATGCTCAAAGAGACGGCCACCGAGAAGCAGACCTTCGTGGACGCTA
ACTTCGAGGAGGCTAAAAGGCTTGCGCAGAGAGGAGACGCGCTGTACGTTAGAATCTTTG
CGATCAAGAAACTGTTGAAGAAGCTTGAGACAGAGAGAGAAGCTGTCGATGTGGAGTTTA
AGAAGGTTGTGAAAGGTCTTTCTCATTTTCTTGTTGATGCTTCAGAGGCTTACGAGGAGT
ATCATGGAGCTGTGAGGAAGGCGAAAGAGGAGCAAGCGGCTGAGGAGTTTGCGAGAGAGG
CAATGGAGAGTGCACAGATCATATGGGTTAATTTTTTTAGTTCTCTTTAGAGAACAGTTG
AGATTCTTGGTTGTGTTTAGAGACAATGTGGAGGTCTTGTTTGTTCTTGTTTTGTATTTT
GTGTTGATGTTTTGTGTCAGACTGTGTGGGTTGGTTATATCAGGGGAGAGAGATTGGAGA
TAGACACACTAAAATAAATAATGTTTTTTTCAGATTTTCAAATGAAATAAGATTTC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 4

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GGATCTTGAAGCTCGATACCCTCCATGGAACAAATTCAAGCTCACCTTTATTAGACTCGC
ATTTCGTGAAGCTTATTTCAAGCTTGTCCTCTTAATGCTTGGTCTTAAAAAATAAAAATA
AGGGAGCGGGAAGAGAAACACACGCAATATATATTATATGTGTGATTGATTTGTATCACT
CTTATGTTTGATTTTCATATCTTCACCTAATATGTTTGATTACATATGTCATTCTAGCTA
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CGCGGTTACATACGTGATTTAACGATTAAATTTATATTATTATTAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G492JQ C 133
AF RR3G492TF U 133
AF RR3D369TF U 1
AF RR3D369JQ C 86
BS 1 588 RR3D369TF

RD RR3G492JQ 316 0 0
GG
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ATTTCAAGCTTGTCCTCTTACTGCTTGGTCTTAAAAAATAAAAATAAGGGAGCGGGAAGA
GAAACACACGCAATATATATTATATGTGTGATTGATTTGTATCACTCTTATGTTTGATTT
TCATATCTTCACC
C

QA 3 315 3 315
DS 

RD RR3G492TF 316 0 0
GG
TACCCTTTGGAGGAGTGGGAGAGAGTGGAACAGGAAGGTATCATGGGAAATACTCATTTG
AATGTTTCAGTCATGAAAAGGCAATAATGGAAGGAAGTTTAGCAATGGATCTTGAAGCTC
GATACCCTCCATGGAACAAATTCAAGCTCACCTTTATTAGACTCGCATTTCGTGAAGCTT
ATTTCAAGCTTGTCCTCTTACTGCTTGGTCTTAAAAAATAAAAATAAGGGAGCGGGAAGA
GAAACACACGCAATATATATTATATGTGTGATTGATTTGTATCACTCTTATGTTTGATTT
TCATATCTTCACC
C

QA 3 315 3 315
DS 

RD RR3D369TF 588 0 0
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TAGAATCTTGTCAGAAACATCCTCTGGAAGTGTTACCTTCAACGGCGTCATGATCCAGTA
TATGTGTGATGCGTTACCCTTTGGAGGAGTGGGAGAGAGTGGAACAGGAAGGTATCATGG
GAAATACTCATTTGAATGTTTCAGTCATGAAAAGGCAATAATGGAAGGAAGTTTAGCAAT
GGATCTTGAAGCTCGATACCCTCCATGGAACAAATTCAAGCTCACCTTTATTAGACTCGC
ATTTCGTGAAGCTTATTTCAAGCTTGTCCTCTTAATGCTTGGTCTTAAAAAATAAAAATA
AGGGAGCGGGAAGAGAAACACACGCAATATATATTATATGTGTGATTGATTTGTATCACT
CTTATGTTTGATTTTCATATCTTCACCTAATATGTTTGATTACATATGTCATTCTAGCTA
TGAGATATTCTATATAAGCAACTTTCACATATATTTTAACCGAGTTACATTCTTATTTAT
CGCGGTTACATACGTGATTTAACGATTAAATTTATATTATTATTAACT

QA 1 588 1 588
DS 

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GGAGTGGGAGAGAGTGGAACAGGAAGGTATCATGGGAAATACTCATTTGAATGTTTCAGT
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TGGAACAAATTCAAGCTCACCTTTATTAGACTCGCATTTCGTGAAGCTTATTTCAAGCTT
GTCCTCTTAATGCTTGGTCTTAAAAAATAAAAATAAGGGAGCGGGAAGAGAAACACACGC
AATATATATTATATGTGTGATTGATTTGTATCACTCTTATGTTTGATTTTCATATCTTCA
CCTAATATGTTTGATTACATATGTCATTCTAGCTATGAGATATTCTATATAAGCAACTTT
CACATATATTTTAACCGAGTTACATTCTTATTTATCGCGGTTACATACGTGATTTAACGA
TTAAATTTATATTATTATTAACT

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 5

CO CL2016Contig1 1217 5 26 U
AAGTGAATGATTTTGTATGTAAATGATTGTATTGTGATTTGTAGTTGAGTTGACATAACA
TACATATGTTTTACTACTCAACATTTCACTTCAAGATTTTAGACTCAATCTCTTCCAAGC
TGAGGCCCTTGGTCTCAGGAACTACTAGAACTACAAACAAGAGTGATACCAATGCTATAG
CTCCAAAGAGAAGGAAGAGATTCTCTGCTCCAAGATATTCCTTTAAGGGTGAAAACGCAA
AGGTCACAATGGCATTGGAGCCGAAGTTTGTAAGAACTGCAAGACTGATCCCTCTCCCTC
TTGTGCGAAGCGGGAAAATCTCCGACACCATTAGCCAGCTGATTGGTCCGAATGAGATCT
GGTAGCAACCAACATAGAGAAGCAGTGCACCAACTGCGACAAGAGGAAAACTTCCGAGAA
ACTTGTAGTATGCTGACAGTAGAAACAAAGACAACGCAATGCCACTGACGCCTCCAATCA
GTAAGGGACGTCTTCCAAGATCATCAACTTTGGCAACAGCCACCCATGTCATCAGTAACT
TGAAGACACCAATGATAACAGAGACTCTGGTTGCATCAGCAGCAGCAGAGAATCCAGCAG
TCTGAAGAATCGAACCCGCGTAGTAAAGAACACTTGGCTGTCCAGTTATCTGCTGAAAAA
GGACTAAACCTCCACCAATAGTCAAAGCTTTCAAGTTAGGCCCTTGGAACACTTCCAAGA
AGTTCCCACCAGACTTCTCATCTTCGTAAGCCGTTTCCACAGACAACAAGGCATCATCCA
CCAGCTTCTCCGACAGTTTATCACCGGGAATACAAACGGGAGTATGACAGAAGACCAAGA
AAAGGACTCTGGTGCATCAGAAGCAAGCGAATCAGCTACTTGTCCACTGTCGTCAGCCAA
CTCTCCTCCCCTCCCAACTCCCACCTGGAAATTTTTTCGGTGTCTAGGGACAAAACGAGG
TTTGGGTCCGCATAAAGTAAGTAGTTCCTTGGAACGGAGGTAAGAAGAGTCAGGCCTTGA
TTTGAAACAGGAGGAGCAGAAGAAGGTACGGTGGGGACTAGAGTTCTTGAACTGGTTTCG
TTGTAAAGGTTTGATGGAGAAATGTGACTGAGCAGAGACAGCGAAAGACATGATCGGAGT
GTGAGGATTCTCTTCTCCCGCTAACTTTGTACGCTTAATCGCTCATCCTCTTGATTCTTC
AAAGTTTTTTATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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CC

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TCTTCAAAGTTTTTTATTTTCC

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DS 



AS 1 5

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AZ37TF U 1
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TATGTTGCGCCTTCAAGAAACACAGGATCTATATGTTCAGTCGGAGAGAGCCAGAAGAAC
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G
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DS 



AS 1 5

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CCCCGC


BQ
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3A261JQ U 410
AF RR3DV12JQ U 1
AF RR3B995JQ U 5
AF RR3DR42TF C 185
AF RR3DR42JQ U 5
BS 1 263 RR3DV12JQ
BS 264 264 RR3DR42JQ
BS 265 342 RR3DV12JQ
BS 343 343 RR3DR42JQ
BS 344 402 RR3DV12JQ
BS 403 403 RR3DR42JQ
BS 404 576 RR3DV12JQ
BS 577 577 RR3DR42JQ
BS 578 582 RR3DV12JQ
BS 583 583 RR3DR42JQ
BS 584 627 RR3DV12JQ
BS 628 628 RR3DR42JQ
BS 629 635 RR3DV12JQ
BS 636 636 RR3DR42JQ
BS 637 659 RR3DV12JQ
BS 660 660 RR3DR42JQ
BS 661 697 RR3DV12JQ
BS 698 727 RR3B995JQ
BS 728 728 RR3DR42JQ
BS 729 756 RR3B995JQ
BS 757 757 RR3DR42JQ
BS 758 792 RR3B995JQ
BS 793 826 RR3DR42JQ
BS 827 827 RR3DR42TF
BS 828 838 RR3DR42JQ
BS 839 839 RR3DR42TF
BS 840 842 RR3DR42JQ
BS 843 843 RR3DR42TF
BS 844 866 RR3DR42JQ
BS 867 867 RR3DR42TF
BS 868 874 RR3DR42JQ
BS 875 875 RR3DR42TF
BS 876 906 RR3DR42JQ

RD RR3A261JQ 129 0 0
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GGGTTGCCATAACGTTCCTTCATGTACATCAACGCCTTGAACATTCCCCATGGTACGTTG
TATAACCAA

QA 1 129 1 129
DS 

RD RR3DV12JQ 697 0 0
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AACTCACTCGTTATAGTAGACAACAAACTGACCAAACCGACCCATAAACTCTTCAAATGA
TCAATTCCAAACCTTACAAACTAAATGCATTCATGGACACATTTGATATCATTTCTTGTT
TCGTTTAAGAAGTTGCCTAAACCATTGTGCAGACATCTTGGGGTACCGCTTCAAGGTCTT
GTAATCAACATAGACGATCCCGAACCTTGAGGTATATCCTGACAACCATTCGAAATTATC
AAGCAATGACCACGCGAAATATCCCTTCACATTGGCTCCATCGTCCACAGCTTTCTTAAG
TTGAGTTAAGTAATCTTTATAGTACTTGATTCTCGTTGTGTCATGTAGTCCTTGAGCTAG
GGTAACGTTGCCTGGATCATCCATACCATTTTCAGAGAGAATCATAGTTGGGTTGCCATA
ACGTTCCTTCATGTACATCAACGCCTTGTACATTCCCCATGGTACGTTGTATAACCAATA
CGAGTACGCCCTTGGACCGATCGGCTTCCCCAACTTTGCAAACCCGAAAGTAGCATTCCA
ATCTTGTTGATAACCCAATTCCTTAGGAATGGTAGCGTTATGAGTATCTGACATGAAATA
AGTTGTGTATTGGTTTATTCCCACGAAATCTATGGAA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3B995JQ 788 0 0
GCTAATTGAACCTTTATTATTTGCGTTGAAATGTCAAAGGAGATAGTTCAAGGTACAACT
CACTCGTTATAGTAGACAACAAACTGACCAAACCGACCCATAAACTCTTCAAATGATCAA
TTCCAAACCTTACAAACTAAATGCATTCATGGACACATTTGATATCATTTCTTGTTTCGT
TTAAGAAGTTGCCTAAACCATTGTGCAGACATCTTGGGGTACCGCTTCAAGGTCTTGTAA
TCAACATAGACGATCCCGAACCTTGAGGTATATCCTGACAACCATTCGAAATTATCAAGC
AATGACCACGCGAAATATCCCTTCACATTGGCTCCATCGTCCACAGCTTTCTTAAGTTGA
GTTAAGTAATCTTTATAGTACTTGATTCTCGTTGTGTCATGTAGTCCTTGAGCTAGGGTA
ACGTTGCCTGGATCATCCATACCATTTTCAGAGAGAATCATAGTTGGGTTGCCATAACGT
TCCTTCATGTACATCAACGCCTTGTACATTCCCCATGGTACGTTGTATAACCAATACGAG
TACGCCCTTGGACCGATCGGCTTCCCCAACTTTGCAAACCCGAAAGTAGCATTCCAATCT
TGTTGATAACCCAATTCCTTAGGAATGGTTGCGTTATGAGTATCTGACATGAAATAAGTT
GTGTATTGGTTTATTCCCACGAAATCTATGGAACCTTTCACCATTTTCACTTCTTCCTCT
GTAAATTTTGGAAGCCTCTCTTTCACAATGTTATGCATTGTCTGTGGATACTCTCCGTAT
ACTATTGG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3DR42TF 722 0 0
CTGTCGTAGAGTGCTAAA
CATTGTGCAGACATCT*GGGGTACCGCTTCAAGGTCT*GTAATCAACATAGACGATCCCG
AGCCTTGAGGTATATCCTGACAACCATTCGAAATTATCAAGCAATGACCACGCGAAATAT
CCCTTCACATTGGCTCCATCATCCACAGCTTTCTTAAGTTGAGTTAAGTAATCTTTATAG
TACTTGATTCTCGTTGTGTCGTGTAGTCCTTGAGCTAGGGTAACGTTGCCTGGATCATCC
ATGCCATTT*CAGAGAGAATCATAGTTGGGTTGCCATAACGTTCCTTCATGTACATCAAC
GCTTTGTACATTCCCCATGGTACGTTGTATAACCAATACGAGTACGCCCTTGGACCGATC
GGCTTCCCCAACTTCGCAAATCCGAAAGTAGCATTCCAATCTTGTTGATAACCCAATTCC
TTAGGTATGGTAGAGTTATGAGTATCTGACATGAAATGAGTTGTGTATTGGTTTATTCCC
ACGAAATCTATGGAACCTTTCACCATTTTCACTTCTTCCTCTGTAGATTTTGGAAGCCTC
TCTTTCACAATGTTCTGCATTGTCTGTGGATACTCTCCGTATACTATTGGGTGAATGAAC
CATCCGATATGGAAGTCTCTTGCCCTTTGAGCTGCAAGATTATCTGCTTTGCTTCTAGTA
AGCGGCTCGTACCAAACGAAATCTAGA
AGTATCCCTATTCTTCC

QA 19 705 19 705
DS 

RD RR3DR42JQ 902 0 0
GCTAATTGAACCTTTATTATTTGCGCTGAAATGTCAAAGGAGATAGTTCAAGGTACAATT
CACTCCTTAGAGTAGACAACAAACTGACCAAACCGACCCATAAACTCTTCAAAAGATCAA
TTCCAAACCTTACAAACTAAATGCATTCATGGACGCATTTGATATCATTTCTTGTTTCGT
TTAAGAAGTTGCCTAAACCATTGTGCAGACATCTTGGGGTACCGCTTCAAGGTCTTGTAA
TCAACATAGACGATCCCGAGCCTTGAGGTATATCCTGACAACCATTCGAAATTATCAAGC
AATGACCACGCGAAATATCCCTTCACATTGGCTCCATCATCCACAGCTTTCTTAAGTTGA
GTTAAGTAATCTTTATAGTACTTGATTCTCGTTGTGTCGTGTAGTCCTTGAGCTAGGGTA
ACGTTGCCTGGATCATCCATGCCATTTTCAGAGAGAATCATAGTTGGGTTGCCATAACGT
TCCTTCATGTACATCAACGCTTTGTACATTCCCCATGGTACGTTGTATAACCAATACGAG
TACGCCCTTGGACCGATCGGCTTCCCCAACTTCGCAAATCCGAAAGTAGCATTCCAATCT
TGTTGATAACCCAATTCCTTAGGTATGGTAGAGTTATGAGTATCTGACATGAAATGAGTT
GTGTATTGGTTTATTCCCACGAAATCTATGGAACCTTTCACCATTTTCACTTCTTCCTCT
GTAGATTTTGGAAGCCTCTCTTTCACAATGTTCTGCATTGTCTGTGGATACTCTCCGTAT
ACTATTGGGTGAATGAACCATCCGATATGGAAGTCTCTTGCC*TTTGAGCTGCA*GAT*A
TCTGCTTTGCTTCTAGTAAGCG*CTCGTAC*AAACGAAATCTAGAGTATCCTATCTCCCC
GC

QA 1 902 1 902
DS 



AS 2 5

CO CL2019Contig1 392 2 1 U
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GTTTTCAAGAGCCGCACCAACTAAAAACCTAAAACCCCTCCTCCTTGTGAATGGTGGAGG
GGCCCTTGAATAAATTTGTTTCTGGAGTGAATTTATGTGTATACTGTTAACTGTTGTTCC
CTCTGACGGTTATGAAACTATTAACATCTTCCGTTTATTTGGGTATTGTTAATCGTCTTT
CGTGTTCTCTTGATGATCATGTTTTTCATCATCTATGAACTTGTGAGATTGTAGCTGCCT
TGCCTTGTGGTGGTTCGCAATCTTTTGTGTCAGTTTATGTACAATACTTTGAAAAATCAG
ATTGGAGTTTATTGGTTGATGATTGCGACTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AN07JQ C 1
AF RR3AN07TF U 1
BS 1 392 RR3AN07TF

RD RR3AN07JQ 392 0 0
GAACTGGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACCGAGATGGGTCTTGAT
GTTTTCAAGAGCCGCACCAACTAAAAACCTAAAACCCCTCCTCCTTGTGAATGGTGGAGG
GGCCCTTGAATAAATTTGTTTCTGGAGTGAATTTATGTGTATACTGTTAACTGTTGTTCC
CTCTGACGGTTATGAAACTATTAACATCTTCCGTTTATTTGGGTATTGTTAATCGTCTTT
CGTGTTCTCTTGATGATCATGTTTTTCATCATCTATGAACTTGTGAGATTGTAGCTGCCT
TGCCTTGTGGTGGTTCGCAATCTTTTGTGTCAGTTTATGTACAATACTTTGAAAAATCAG
ATTGGAGTTTATTGGTTGATGATTGCGACTAT

QA 1 392 1 392
DS 

RD RR3AN07TF 392 0 0
GAACTGGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACCGATCCAACCGAGATGGGTCTTGAT
GTTTTCAAGAGCCGCACCAACTAAAAACCTAAAACCCCTCCTCCTTGTGAATGGTGGAGG
GGCCCTTGAATAAATTTGTTTCTGGAGTGAATTTATGTGTATACTGTTAACTGTTGTTCC
CTCTGACGGTTATGAAACTATTAACATCTTCCGTTTATTTGGGTATTGTTAATCGTCTTT
CGTGTTCTCTTGATGATCATGTTTTTCATCATCTATGAACTTGTGAGATTGTAGCTGCCT
TGCCTTGTGGTGGTTCGCAATCTTTTGTGTCAGTTTATGTACAATACTTTGAAAAATCAG
ATTGGAGTTTATTGGTTGATGATTGCGACTAT

QA 1 392 1 392
DS 



CO CL2019Contig2 786 3 4 U
GAACACAAGTCATATCGTTTTTTTTTGCCGACTGGAGAAAAAATATATTTCTTCCGCTTC
TTGATCTTCAACTAGAGTTATCGTTTGAAATCGGTTTGATTCAGCAGCCATGGCAAACGC
GGCATCAGGAATGGCTGTGCATGATGATTGCAAGCTCAAATTTTTGGAACTGAAAGCGAA
AAGAACTTTCCGTACCATAGTCTACAAGATTGCGGACAAGCAAGTGGTCGTGGACAAACT
CGGTGAGCCAGAACAATCATACGATGACTTTGCAGCGAGTCTTCCCGACAACGAATGCCG
ATATGCCATTTATGACTTCGACTTTGTCACCGAAGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTT
CTTCATCGCATGGTCTCCTGACACTGCCAAAGTGAGAGACAAGATGATATACGCGAGCTC
TAAGGATAGGTTCAAGAGAGAACTGGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACTGATCC
AACCGAGATGGGTCTTGATGTTTTCAAGAGCCGCACCAACTAAAAAGCTATAACCCCCTC
TCCTTGTGAATGGTGGAGGGGCCCTTGAATAAATTTGTTTCTGGAGTGAATTTATGTGTC
TGTTAACTGTTGTTCCCCCTGACGGTTATGAAACTATTAACATCTTCCTTTTATTTGGGT
ATTGTTATCGTCGTCTTTCGTGTTCTCTTGATGATCATGTGTTTCATCATCTATGAACTT
GTGAGATTGTGCAGCCTTGCCTTCTGGCGGTTTGCAATCTATTGTGTCAGTTTGCGTACA
TACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ81TF U 1
AF RR3FZ81JQ C 424
AF RR3AY48TF U 27
BS 1 207 RR3FZ81TF
BS 208 208 RR3AY48TF
BS 209 599 RR3FZ81TF
BS 600 786 RR3AY48TF

RD RR3FZ81TF 615 0 0
GAACACAAGTCATATCGTTTTTTTTTGCCGACTGGAGAAAAAATATATTTCTTCCGCTTC
TTGATCTTCAACTAGAGTTATCGTTTGAAATCGGTTTGATTCAGCAGCCATGGCAAACGC
GGCATCAGGAATGGCTGTGCATGATGATTGCAAGCTCAAATTTTTGGAACTGAAAGCGAA
AAGAACTTTCCGTACCATAGTCTACAATATTGCGGACAAGCAAGTGGTCGTGGACAAACT
CGGTGAGCCAGAACAATCATACGATGACTTTGCAGCGAGTCTTCCCGACAACGAATGCCG
ATATGCCATTTATGACTTCGACTTTGTCACCGAAGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTT
CTTCATCGCATGGTCTCCTGACACTGCCAAAGTGAGAGACAAGATGATATACGCGAGCTC
TAAGGATAGGTTCAAGAGAGAACTGGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACTGATCC
AACCGAGATGGGTCTTGATGTTTTCAAGAGCCGCACCAACTAAAAAGCTATAACCCCCTC
TCCTTGTGAATGGTGGAGGGGCCCTTGAATAAATTTGTTTCTGGAGTGAATTTATGTGT
CTGTTAACTGTTGTTC

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR3FZ81JQ 276 0 0
GGATAGGTTCAAGAGAGAACTGGATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACTGATCCAAC
CGAGATGGGTCTTGATGTTTTCAAGAGCCGCACCAACTAAAAAGCTATAACCCCCTCTCC
TTGTGAATGGTGGAGGGGCCCTTGAATAAATTTGTTTCTGGAGGGAATTTATGTGTCTGT
TAACTGTTGTTCCCCCTGACGGTTATGAAACTATTAACATCTTCCTTTTATTTGGGTATT
GTTATCGTCGTCTTTCGTGTTCTCTTGATGATCATG

QA 1 276 1 276
DS 

RD RR3AY48TF 760 0 0
GCCGACTGGAGAAAAAATATATTTCTTCCGCTTCTTGATCTTCAACTAGAGTTATCGTTT
GAAATCGGTTTGATTCAGCAGCCATGGCAAACGCGGCATCAGGAATGGCTGTGCATGATG
ATTGCAAGCTCAAATTTTTGGAACTGAAAGCGAAAAGAACTTTCCGTACCATAGTCTACA
AGATTGCGGACAAGCAAGTGGTCGTGGACAAACTCGGTGAGCCAGAACAATCATACGATG
ACTTTGCAGCGAGTCTTCCCGGCAACGAATGCCGATATGCCATTTATGACTTCGACTTTG
TCACCGAAGAGAACTGCCAGAAGAGCAAGATTTTCTTCATCGCATGGTCTCCTGACACTG
CCAAAGTGAGTGACAAGATGATATACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTCAAGAGAGAACTGG
ATGGGATTCAAGTGGAGCTTCAAGCAACTGATCCAACCGAGATGGGTCTTGATGTTTTCA
AGAGCCGCACCAACTAAAAAGCTATAACCCCCTCTCCTTGTGAATGGTGGAGGGGCCCTT
GAATAAATTTGTTTCTGGAGTGAATTTATGTGTCTGTTAACTGTTGTTCCCCCTGACGGT
TATGAAACTATTAACATCTTCCTTTTATTTGGGTATTGTTATCGTCGTCTTTCGTGTTCT
CTTGATGATCATGTGTTTCATCATCTATGAACTTGTGAGATTGTGCAGCCTTGCCTTCTG
GCGGTTTGCAATCTATTGTGTCAGTTTGCGTACATACTTT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 3

CO CL2020Contig1 1084 3 15 U
CGATGTAAAGGCAAATATAATAAGGATTATTACTAGCCCTACTTATCATGTGCTAACACA
AAACAACGCACGATTTTTTTTTTATCTACAAATGTTTCTGACAGAAAACAGTTGGTTTGA
GAATTGAGTTTGTGAACACTTCTTTCAAGTCTAGGAAGTTGGGACAGGAACGTATCCTGC
ACGGGCTCTTAATGTTTCGGTTCTTTTGCTTCTCTCCATCACTCCCACCAGCCATTCTAT
GCTCTCTTTGATTCCTCGCCCATCATATCCAGAAGCTGCTTCAAACATGTACACCCTTTC
GTCTAGTTTCTTGAGATCCAGGTATCGGTCTAGCTCCTCAGCCGAGACAGCATTTGGGAG
ATCTTGCTTGTTTGCCAATATCAAAAGAGGCGCTCCTTGCAAATCCTCATGCCGCAGGGC
TTTCTCTAGAGCAAATTTTGAGTCTTCAAAGCGAGATGGGCAAGCCGCGTCGATCAAATA
TATCAATGCGTGTGCTTCTTCATAATACTTCTCCCAAATCGAACGCAAACCAGGCTGCCA
TAAGGCATGGCTATTATTATTAGATTACAAAGACTACTTCTTTCACAATCAACAAGCAGT
CTAAACAATGTTGTTATCCTAGCTAGCTCCTATTCAAGATATCTCGTACATTCTAAGTCC
ATTGGCGGTAACAGCAGTATATGGCCTAAGCGGACCAAGAGAGAGCTCTTATGAAAGGCT
CAAACACAATCAATCATATATATATATGTAAGTGAAGGGATATTTTATATATGTATGTAA
GTGAAGGGATTGAACATTTCCGACTTACCTGACCACCAAAGTCCCAGAAGACGATTTTAG
CATTGGCGACTTCAATACGACCGATGTTAAGGCCAACAGTAGGAACAATACGATCATGTG
GAAGACCTTCAGAGATTGAGTAAATCGTCTTCAGTTTCTCCAAAAACGTCGTTTTGCCAG
CTTTGTCGATACCAAGAATGAGGACATGGAACTCAGTCTTGCTGAACATGTAAGTCCAGA
GTCCATGCATTAGAGAAAACATCACCTTCCTCTTCCTTGGGATTCTTTTAATTTACTTGG
ATCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3E230JQ U 1
AF RR3AD50JQ U 2
AF RR3AD50TF C 252
BS 1 22 RR3E230JQ
BS 23 23 RR3AD50JQ
BS 24 66 RR3E230JQ
BS 67 67 RR3AD50JQ
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BS 442 442 RR3AD50JQ
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BS 467 537 RR3E230JQ
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BS 827 1084 RR3AD50TF

RD RR3E230JQ 555 0 0
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ACCACCAAGGTCCCAGAA

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR3AD50JQ 825 0 0
GT
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TTGAGTTTGTGAACACTTCTTTCAAGTCTAGGAAGTTGGGACAGGAACGTATCCTGCACG
GGCTCTTAATGTTTCGGTTCTTTTGCTTCTCTCCATCACTCCCACCAGCCATTCTATGCT
CTCTTTGATTCCTCGCCCATCATATCCAGAAGCTGCTTCAAACATGTACACCCTTTCGTC
TAGTTTCTTGAGATCCAGGTATCGGTCTAGCTCCTCAGCCGAGACAGCATTTGGGAGATC
TTGCTTGTTTGCCAATATCAAAAGAGGCGCTCCTTGCAAATCCTCATGCCGCAGGGCTTT
CTCTAGAGCAAATTTTGAGTCTTCAAAGCGAGATGGGCAAGCCGCGTCGATCAAATATAT
CAATGCGTGTGCTTCTTCATAATACTTCTCCCAAATCGAACGCAAACCAGGCTGCCATAA
GGCATGGCTATTATTATTAGATTACAAAGACTACTTCTTTCACAATCAACAAGCAGTCTA
AACAATGTTGTTATCCTAGCTAGCTCCTATTCAAGATATCTCGTACATTCTAAGTCCATT
GGCGGTAACAGCAGTATATGGCCTAAGCGGACCAAGAGAGAGCTCTTATGAAAGGCTCAA
ACACAATCAATCATATATATATATGTAAGTGAAGGGATATTTTATATATGTATGTAAGTG
AAGGGATTGAACATTTCCGACTTACCTGACCACCAAAGTCCCA

QA 3 825 3 825
DS 

RD RR3AD50TF 833 0 0
TTCCTCGCCCATCATATCCAGAAGCTGCTTCAAACATGTACACC*TTTCGTCTAGTTTCT
TGAGATCCAGGTATCGGTCTAGCTC*TCAGCCGAGACAGCATTTGGGAGATCTTGCTTGT
TTGCCAATATCAAAAGAGGCGCTCCTTGCAAATCCTCATGCCGCAGGGCTTTCTCTAGAG
CAAATTTTGAGTCTTCAAAGCGAGATGGGCAAGCCGCGTCGATCAAATATATCAATGCGT
GTGCTTCTTCATAATACTTCTCCCAAATCGAACGCAAACCAGGCTGCCATAAGGCATGGC
TATTATTATTAGATTACAAAGACTACTTCTTTCACAATCAACAAGCAGTCTAAACAATGT
TGTTATCCTAGCTAGCTCCTATTCAAGATATCTCGTACATTCTAAGTCCATTGGCGGTAA
CAGCAGTATATGGCCTAAGCGGACCAAGAGAGAGCTCTTATGAAAGGCTCAAACACAATC
AATCATATATATATATGTAAGTGAAGGGATATTTTATATATGTATGTAAGTGAAGGGATT
GAACATTTCCGACTTACCTGACCACCAAGGTCCCAGAAGACGATTTTAGCATTGGCGACT
TCAATACGACCGATGTTAAGGCCAACAGTAGGAACAATACGATCATGTGGAAGACCTTCA
GAGATTGAGTAAATCGTCTTCAGTTTCTCCAAAAACGTCGTTTTGCCAGCTTTGTCGATA
CCAAGAATGAGGACATGGAACTCAGTCTTGCTGAACATGTAAGTCCAGAGTCCATGCATT
AGAGAAAACATCACCTTCCTCTTCCTTGGGATTCTTTTAATTTACTTGGATCC

QA 1 833 1 833
DS 



AS 2 5

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GTAGTTCCAGTAGTTGCAGAGATAGCTCCAGCTTCAGTCAACATAGGAACCAACTTCCCG
TCTTTGTGCAGTTTGGTCACATTGTCGCAGCCACCGATGTGTTTTTCACCTATGAACACA
TTGGGAACAGTGCGTTGCCCAGTCCATTCTGCCAAAGCTGATTGAATTTGGCTACCATCA
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BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3A667TF C 1
AF RR3A667JQ U 7
BS 1 6 RR3A667TF
BS 7 594 RR3A667JQ

RD RR3A667TF 594 0 0
ACGAGAAATGAAATTACTAGCAAATGCTGATAATGATAACATAAATGTATCAGAAGTTCA
ATACCGACTTCGACATAACAACGAGTTTAGAACATTTCAGACAAAGTTCACATTTATTGC
TCAAACTTGTTTATTCCTGATAGAAGCAAATCACAAACTGATTGTGCCCTTTAAGCAGAA
GTAGTTCCAGTAGTTGCAGAGATAGCTCCAGCTTCAGTCAACATAGGAACCAACTTCCCG
TCTTTGTGCAGTTTGGTCACATTGTCGCAGCCACCGATGTGTTTTTCACCTATGAACACA
TTGGGAACAGTGCGTTGCCCAGTCCATTCTGCCAGAGCTGATTGAATTTGGCTACCATCA
CTCTCTTTGTCGAGCTCAACGGCAACGAATTTAGCACCCAATTGCTGCAAGAGCTCCTTC
ACTCTCACACAGTACGGACAATACGACTTGCTGAAAACAACGACGGGGTTGCTGGAGACG
GTCTCTTTAGCCTTCTGCATCGCCATCTTTCTTCGTCAAAATTCTGAAAACCCTAGATTC
GCTTTTTTTTTGGTGTCGATCTTGTTTTTAGGAGAATGGAATGGAATGTTT
TCC

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3A667JQ 588 0 0
AATGAAATTACTAGCAAAAGCTGATAATGATAACATAAATGTATCAAAAGTTCAATACCG
ACTTCGACATAACAACGAGTTTAGAACATTTCAAACAAAGTTCACATTTATTGCTCAAAC
TTGTTTATTCCTGATAGAAGCAAATCACAAACTGATTGTGCCCTTTAAGCAAAAGTAGTT
CCAGTAGTTGCAGAGATAGCTCCAGCTTCAGTCAACATAGGAACCAACTTCCCGTCTTTG
TGCAGTTTGGTCACATTGTCGCAGCCACCGATGTGTTTTTCACCTATGAACACATTGGGA
ACAGTGCGTTGCCCAGTCCATTCTGCCAAAGCTGATTGAATTTGGCTACCATCACTCTCT
TTGTCGAGCTCAACGGCAACGAATTTAGCACCCAATTGCTGCAAGAGCTCCTTCACTCTC
ACACAGTACGGACAATACGACTTGCTGAAAACAACGACGGGGTTGCTGGAGACGGTCTCT
TTAGCCTTCTGCATCGCCATCTTTCTTCGTCAAAATTCTGAAAACCCTAAATTCGCTTTT
TTTTTGGTGTCGATCTTGTTTTTAGGAGAATGGAATGGAATGTTTTCC

QA 1 588 1 588
DS 



CO CL2021Contig2 612 3 4 U
GGAACTGCGTATTTATAAAGCCGACTGAATCGCTTCTCTCAAACATTCCGTTCCATTCTC
CTAAAAACAAGATCGACACCAAAAAAGCGAATCTAGGGTTTTCAAAATTTTGACGAAGAA
AGATGGCGATGCAGAAGGCTAAAGAGACCGTCTCCAACAACCCCGTCGTTGTTTTCAGCA
AGTCATATTGTCCGTACTGTGTGAGAGTGAAGGAGCTTTTGCAGCAATTGGGAGCTAAAT
TCGTTGCCGTTGAGCTCGACAAAGAGAGTGATGGTAGCCAAGTTCAATCAGCTCTGGCAG
AATGGACTGGTCAACGCACCGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCT
GCGACAATGTGACCAAACTGCACAAAGACGGTAAGTTGGTCCCTATGTTGACTGAAGCTG
GAGCTATCGCTGCAACTACTGGAGCTACTTCTGCTTAATGGGCACAATCAATTTGTGATT
TGCTTCTATCATGAATAAACAAGTTCGATCAATAAATGTGAACTTTGTCTGAAATGTTTT
AAACTCGTGGTTATGTTGAAGTCGGTTTTGAACTTCTGATACATTTATGTTATAATTATC
AGCATTTTTCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DQ73TF U 1
AF RR3DQ73JQ C 311
AF RR3BI33TF U 77
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BS 348 612 RR3BI33TF

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AATGGACTGGTCAACGCACCGTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAA

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DS 

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T
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ACCAAACTGCACAAAGACGGTAAGTTGGTTCCTATGTTGACTGAAGCTGGAGCTATCGCT
GCAACTACTGGAGCTACTTTTGCTTAATGGGCACAATCAATTTGTGATTTGCTTCTATCA
TGAATAAACAAGTTCGATCAATAAATGTGAACTT

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DS 

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ACAC
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AAAGAGACCGTCTCCAACAACCCCGTCGTTGTTTTCAGCAAGTCATATTGTCCGTACTGT
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AAAGAGAGTGATGGTAGCCAAGTTCAATCAGCTCTGGCAGAATGGACTGGTCAACGCACC
GTTCCCAATGTGTTCATAGGTGAAAAACACATCGGTGGCTGCGACAATGTGACCAAACTG
CACAAAGACGGTAAGTTGGTCCCTATGTTGACTGAAGCTGGAGCTATCGCTGCAACTACT
GGAGCTACTTCTGCTTAATGGGCACAATCAATTTGTGATTTGCTTCTATCATGAATAAAC
AAGTTCGATCAATAAATGTGAACTTTGTCTGAAATGTTTTAAACTCGTGGTTATGTTGAA
GTCGGTTTTGAACTTCTGATACATTTATGTTATAATTATCAGCATTTTTCTA

QA 5 536 5 536
DS 



AS 1 5

CO CL2022Contig1 1000 5 20 U
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ATCTTTCCCAAAAAAAGAGGGAGAAAATGAGCGCATCGAGATTTGTAAAATGTGTGACGG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 5 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR63TF U 1
AF RR3BZ20TF U 97
AF RR3DU03TF U 101
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GGCT
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QA 5 775 5 775
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CTCTGTTTTT*ATT
ATTGTGGT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3GR63JQ 775 0 0
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AGTTTGGTTTTGGTCTTTTCTTTTGATTCTTAATATTATTAAATCGAGTTTATTC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3BZ20JQ 735 0 0
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TTTCCCTACGGACTATGTGCCCACCGTTTTCGATAATTTCAGTGCAAATGTGGTGGTCAA
TGGAGCCACCGTTAATCTTGGATTGTGGGATACCGCAGGGCAAGAGGATTACAATAGATT
AAGACCACTGAGTTACCGTGGAGCAGATGTTTTCATATTGGCCTTCTCTCTTATCAGTAA
AGCCAGTTATGAAAATGTCTCCAAAAAGTGGATCCCTGAGCTGAAACATTACGCGCCTGG
TGTCCCCATCATTCTCGTTGGATCAAAGCTTGATTTTCGAGATGATAAGCAGTTTTTCGT
CGACCATCCTGGTGCTGTCCCGATTACTACTGCTCAGGGAGAGGAGCTGAGGAAGCTAAT
AGATGCACCTACTTACGTCGAATGCAGTTCCAAATCTCAAGAGAATGTGAAAGCGGTGTT
TGACGCAGCCATACGAGTGGTCTTGCAACCTCCGAAGCAAAAGAAGAAGAAGAGCAAAGC
GCAGAAGGCATGCTCCATCCTATGATGATGATATGATTGGAAAAGCTCTGTTTTTTATTT
ATTTGTGGTTTTGGTAACATTTCATCAATGAGTTAATGGACAGACCACCAAGTTTGGTTT
TGGTCTTTTCTTTTG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 5

CO CL2023Contig1 961 5 22 U
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TTTGCGTCGGGATCCGTGAAAAACAGAGGATAAGCTAATCATCATGGGTTCGATCTCTCT
GTCCAATTCTCTGCCCATACCGCGACTTCCACTACATACATCATCACTCAATCCATGCCT
CGTTCCCACTTCTTCTTCGCTTCCTCCTCCTCTCTCTAATCCTCCTCGTCGTCGCTCCCG
TTTTTCACCGTTAGTCACCGCCTCTGCAGTCTTCGCGGCTCCTTCCGGCGTTAATAACTC
CGTTCCGGGTAAAAACGGAGGTTACACCGTTGGTGACTTCATGACAGGGAAACAGCATCT
TCATGTTGTTAAGCCCACAACATCGGTTGATGATGCATTGGAACTTCTGGTTGAGAAGAA
AGTCACGGGCTTGCCTGTAATTGATGATGACTGGAATCTGGTTGGCGTTGTATCTGATTA
CGACTTGCTTGCACTCGACTCTATTTCTGGGCGCAGCAGCCAAAATGATACAAACATGTT
CCCTAACGTCGACAGTTCATGGAAAACGTTTAACGAACTCCAGAAGCTGATAAGCAAGAC
ACATGGAAAAGTGGTTGGAGATTTGATGACGCCTTCTCCTCTGGTTGTCCGTGGTTCCAC
CAATTTAGAATATGCTGCCAGGTTGCTACTGGAAACGAAGTTCCGAAGATTACCAGTCGT
GAATTCAGATGGAAAACTGATTGGGATCCTAACAAGGGGGAACGTTGTAAGGGCTGCTCT
GCAGATCAAGCGGGAAACCGAGAACTCAAACTAGCCAGCCAGCAGTTATAGAGCAGAGCT
CTTCATTCTCTGCCATATATAGTTAAATAGCAAATCTGTTGATTCCATTTGATATAAAGT
ATATATAAAATATGTAACTATTCCCTTTCATCTTTCCACCTCCCCAAGCAATTTTTTACT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3DF48TF U 1
AF RR3F945TF U 143
AF RR3DG96JQ C 350
AF RR3DG96TF U 350
AF RR3F945JQ C 776
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CGACTTGCTTGCACTCGACTCCATTTCTGAGCGCAGCAGCCAAAATGATACAAACATGTT
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ACATGGAAAAG

QA 1 611 1 611
DS 

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G
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QA 2 737 2 737
DS 

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GG
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CCC

QA 3 577 3 577
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RD RR3DG96TF 580 0 0
GG
ACAGCATCTTCATGTTGTTAAGCCCACAACATCGGTTGATGATGCATTGGAACTTCTGGT
TGAGAAGAAAGTCACGGGCTTGCCTGTAATTGATGATGACTGGAATCTGGTTGGCGTTGT
ATCTGATTACGACTTGCTTGCACTCGACTCTATTTCTGGGCGCAGCAGCCAAAATGATAC
AAACATGTTCCCTAACGTCGACAGTTCATGGAAAACGTTTAACGAACTCCAGAAGCTGAT
AAGCAAGACACATGGAAAAGTGGTTGGAGATTTGATGACGCCTTCTCCTCTGGTTGTCCG
TGGTTCCACCAATTTAGAATATGCTGCCAGGTTGCTACTGGAAACGAAGTTCCGAAGATT
ACCAGTCGTGAATTCAGATGGAAAACTGATTGGGATCCTAACAAGGGGGAACGTTGTAAG
GGCTGCTCTGCAGATCAAGCGGGAAACCGAGAACTCAAACTAGCCAGCCAGCAGTTATAG
AGCAGAGCTCTTCATTCTCTGCCATATATAGTTAAATAGCAAATCTGTTGATTCCATTTG
ATATAAAGTATATATAAAATATGTAACTATTCCCT
CCC

QA 3 577 3 577
DS 

RD RR3F945JQ 186 0 0
GTTT
TGCAGATCAAGCGGGAAACCGAGAACTCAAACTAGCCAGCCAGCAGTTATAGAGCAGAGC
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TATATATAAAATATGTAACTATTCCCTTTCATCTTTCCACCTCCCCAAGCAATTTTTTAC
TT

QA 5 186 5 186
DS 



AS 1 4

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ATCCAACACTAAAAAAATTAACTCCCTCTCTTTCTTTTTCTTTTTTCTCTTTGCTTTTAC
ATGATTGATACATTCACCAAGACATAATGAAACATTCTTTCTTTCTCTATTTAAAATTGC
AAAAGGAGAGTGACCCTCTCACACAATGTACACATTCATCCGTCCTACATCCTCTTCCCC
ATTCTTGCAAACCTTCTCGCTACTCCGAATATCACCGCCTTCGTCAACAGCCCTTTGTCC
AGCGTACACGCAAGCGCAACCGCCCCTCCCACCACTAGTATCTTCGGTATGTTTTTCCCT
GACGACGGCTTCTCATCTCCTGCAACCTCTCCCGTCGAATCCCTCTCGTTCATAAACTCC
TCCGCACTCACTTTGGTGTTGATCTGAGCCATCGACGCGCTCGGTGATAAACCTGCTCCT
GCTGCTCTAGCCCTCTGATATGCACGTAGCCCTGGCTCTATCTTCTTCACCGCACCCCAC
ATCCCCTGTCTCACCCCGAGCTTCGCTATCTCCCACGGTATTCCCATATCCTCGTGGTGA
AAAAGTAGTACCTCACACGATGTCATCTCACCATCCCCTCTTTTCGATTCAACTGCACGG
ATGCACCAGCTTGAATAGTACAAGTCAACACGCCGCGGCTTGCTCTGTCGTGGTACAGAC
GGGTATGGTACTCCCTTTGTAACGCAGGAAAAGACTCGGCCAGCGTCCCATATTCTCCTG
CCAATGATATACTCTCTGTCGCTACAAAAGAAAGGGAACTTGCGGAACCACTGAACAACC
ATAGTGCCAGTGTCCTTGCAAGACTCGAGCATAGAAGAAAACAAAAGCATATCGTCCCAT
TCGGAACGGAAGTCATCATCCCAGAAAAAGTCCCTCACCATCTCAGGAGTGGCGTCTTCG
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TAAGAGAAGGTTGGAGTAGACCGGTCCATCATTTGAATCCATGAGGGGCCACCGTCTTTG
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AGATCAGGGAGACATAGAGTGGGTAAGAGAGAACTCAACTCCATCATCTAGACCACCTCA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3C834JQ U 71
AF RR3CH43TF C 525
AF RR3C834TF C 601
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GACGACGGCTTCTCATCTCCTGCAACCTCTCCCGTCGAATCCCTCTCGTTCATAAACTCC
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GCTGCTCTAGCCCTCTGATATGCACGTAGCCCTGGCTCTATCTTCTTCACCGCACCCCAC
ATCCCCTGTCTCACCCCGAGCTTCGCTATCTCCCACGGTATTCCCATATCCTCGTGGTGA
AAAAGTAGTACCTCACACGATGTCATCTCACCATCCCCTCTTT
T

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CAAGCGCAACCGCCCCTCCCACCACTAGTATCTTCGGTATGTTTTTCCCTGACGACGGCT
TCTCATCTCCTGCAACCTCTCCCGTCGAATCCCTCTCGTTCATAAACTCCTCCGCACTCA
CTTTGGTGTTGATCTGAGCCATCGACGCGCTCGGTGATAAACCTGCTCCTGCTGCTCTAG
CCCTCTGATATGCACGTAGCCCTGGCTCTATCTTCTTCACCGCACCCCACATCCCCTGTC
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CTCCCTTTG

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TC
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ATTCAACTGCACGGATGCACCAGCTTGAATAGTACAAGTCAACACGCCGCGGCTTGCTCT
GTCGTGGTACAGACGGGTATGGTACTCCCTTTGTAACGCAGGAAAAGACTCGGCCAGCGT
CCCATATTCTCCTGCCAATGATATACTCTCTGTCGCTACAAAAGAAAGGGAACTTGCGGA
CCCACTGAACAACCATAGTGCCAGTGTCCTTGCAAGACTCGAGCATAGAAGAAAACAAAA
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ACCCGGATTTCTCTTTATGTACCTGGCGAGATTCAACGGTGGTAGTAGCGGGGAGATTAT
GGTTGGTGTTGTTGGGTTTGTTGTTGTTGAAGAAGGTGAAGAGTTT**CTTGTCTAGCCC
AACTTGGTCTCCAGAGCCAACCCACCAAAACCCCGACAAGGACAGCGATCCAGAGCGGCG
CTATAAAAA

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DS 

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GAAAAGTAGTA
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TGAATAGTACAAGTCAACACGCCGCGGCTTGCTCTGTCGTGGTACAGACGGGTATGGTAC
TCCCTTTGTAACGCAGTAAAAGACTCGGCCAGCGTCCCATATTCTCCTGCCAATGATATA
CTCTCTGTCGCTACAAAAGAAAGGGAACTTGCGGAACCACTGAACAACCATAGTGCCAGT
GTCCTTGCAAGACTCGAGCATAGAAGAAAACAAAAGCATATCGTCCCATTCGGAACGGAA
GTCATCATCCCAGAAAAAGTCCCTCACCATCTCAGGAGTGGCGTCTTCGAACACGGTTCT
GCTACGGTACTGAGGGGGACCGTCGTGAGGATCGCGTCTCCAAGCTTGGTAAGAGAAGGT
TGGAGTAGACCGGTCCATCATTTGAATCCATGAGGGGCCACCGTCTTTGACCTCGACCAA
GTTCCATAGATGCA*GAAATCATCGCCCGTCACAAACCCGGATTTCTCTTTATGTACCTG
GCGAGATTCAACGGTGGTAGTAGCGGGGAGATTATGGTTGGTGTTGTTGGGTTTGTTGTT
GTTGAAGAAGGTGAAGAGTTTGTCTTGTCTAGCC*AACTTGGTCTCCAGAGCCAACCCAC
CAAAACCCCGACAAGGACAGCGATCCAGAGCGGCGCTATAAAAAGTAAGAGATCAGGGAG
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GATGAAGTAATCGGGATGATGGCTTCC

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DS 



AS 2 5

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TCACTGAGTCCACCCGGGGTGCTTCGTATTCCAGTTCTATCTTGTTCCATCGTCCTCTCG
TATTTTCGTTTCTAATCGTAATGCAATCGTTGCAGAAACCCTAATTTCGGAGGGTTGTGT
AAAAAGTAGCAATGGTTAAAAACGAAATTAGTGATGCTGAGTGGACAGTGGTGTTACCTA
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AAGAAGAGAAGCCATGGAAGTCTGATGATCTTGAACTTGATCTGCAGAGGCAAGCAAGAG
TAAAACTGAAGATGGAAAACTCTATCAAGAAAGTCGAGAGCTCGAAATTCTACGCTGCAT
TCTTAGAAAAGCTCAAATGCCCCGAGGTTTCGGACCAGTTTCGCCTCGTGTTAGGCGGCG
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ACTGTTTTGTCTGTGAACGAGCAAGCTCGCAGG*AAGCTTTGAAGTCTACTCTTTTCTTC
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TTTAAACCGAATGTCATCCGTGCCACCAAACGGATCATAGCTGCACGAGGGTTCACTTGT
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CATTTTTTCAGCCCCGGTTTAGATTCGGAGCTGCCATTGTTGGTTTCAGAGGGATAATAG
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CATTGAAGTTGTTGATTTATCATTGGTTTAATATTTGCTTGAAACAATGAAATATGTTAT
CAC


BQ
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10 

AF RR3EH20TF U 1
AF RR3G003TF U 3
AF RR3EH20JQ C 528
BS 1 739 RR3EH20TF
BS 740 740 RR3EH20JQ
BS 741 751 RR3EH20TF
BS 752 752 RR3EH20JQ
BS 753 761 RR3EH20TF
BS 762 762 RR3EH20JQ
BS 763 780 RR3EH20TF
BS 781 1143 RR3EH20JQ

RD RR3EH20TF 786 0 0
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TCACTGAGTCCACCCGGGGTGCTTCGTATTCCAGTTCTATCTTGTTCCATCGTCCTCTCG
TATTTTCGTTTCTAATCGTAATGCAATCGTTGCAGAAACCCTAATTTCGGAGGGTTGTGT
AAAAAGTAGCAATGGTTAAAAACGAAATTAGTGATGCTGAGTGGACAGTGGTGTTACCTA
GTAAACGAAGACATGGGAAAATAAAACCTAAACCTAAGATTCATGAAGAAGAAGACGAAG
AAGAAGAGAAGCCATGGAAGTCTGATGATCTTGAACTTGATCTGCAGAGGCAAGCAAGAG
TAAAACTGAAGATGGAAAACTCTATCAAGAAAGTCGAGAGCTCGAAATTCTACGCTGCAT
TCTTAGAAAAGCTCAAATGCCCCGAGGTTTCGGACCAGTTTCGCCTCGTGTTAGGCGGCG
AGACACAGCTTCAGATGGTGATGTACGGTATAGGAAGCATCGAGTCCTACGAGTCTCCAA
GGTTTCAGCTCAGCGTTGCAATCTTGATGAAGAGGGAGTTTGAATGGG*TTGGTAACATT
GAAGTATTCGATCCGGTCCTCTCGGTGACTGAATCTAGTGTCCTGGAATCTCTGGGGTGT
ACTGTTTTGTCTGTGAACGAGCAAGCTCGCAGG*AAGCTTTGAAGTCTACTCTTTTCTTC
ATGCCGCACTGTGAGGCAA*TCTGTATAGTA*CCTGTTGCA*GCGAATTGGAGGATGGAT
AGGTGC

QA 1 780 1 780
DS 

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GG
ATCGCTGCAGGACTCGGGGGTCAGAACTCAGAAGCACCAAACTCAGCCCCAATGTCTCAC
TGAGTCCACCCGGGGTGCTTCGTATTCCAGTTCTATCTTGTTCCATCGTCCTCTCGTATT
TTCGTTTCTAATCGTAATGCAATCGTTGCAGAAACCCTAATTTCGGAGGGTTGTGTAAAA
AGTAGCAATGGTTAAAAACGAAATTAGTGATGCTGAGTGGACAGTGGTGTTACCTAGTAA
ACGAAGACATGGGAAAATAAAACCTAAACCTAAGATTCATGAAGAAGAAGACGAAGAAGA
AGAGAAGCCATGGAAGTCTGATGATCTTGAACTTGATCTGCAGAGGCAAGCAAGAGTAAA
ACTGAAGATGGAAAACTCTATCAAGAAAGTCGAGAGCTCGAAATTCTACGCTGCATTCTT
AGAAAAGCTCAAATGCCCCGAGGTTTCGGACCAGTTTCGCCTCGTGTTAGGCGGCGAGAC
ACAGCTTCAGATGGTGATGTACGGTATAGGAAGCATCGAGTCCTACGAGTCTCCAAGGTT
TCAGCTCAGCGTTGCAATCTTGATGAAGAGGGAGTTTGAATGGGGTTGGTAACATTGAAG
TATTCGATCCCGTCCTCTCGGTGACTGAATCTAGTGTCCTGGAATCTCTGGGGTGTACTG
TTTTGTCTGTGAACGAGCAAGCTCGCAGG*AAGCTGTGAAGCCTACTCTTTTCTTCATGC
CGCACTGTG

QA 3 731 3 731
DS 

RD RR3EH20JQ 616 0 0
TACGAGTCTCCAAGGTTTCAGCTCAGCGTTGCAATCTTGATGAAGAGGGAGTTTGAATGG
G*TTGGTAACATTGAAGTATTCGATCCGGTCCTCTCGGTGACTGAATCTAGTGTCCTGGA
ATTTCTGGGGTGTACTGTTTTGTCTGTGAACGAGCAAGCTCGCAGGGAAGCTTTGAAGTT
TACTCTTTTCTTCATGCCGCACTGTGAGGCAAATCTGTATAGTAACCTGTTGCAAGCGAA
TTGGAGGATGGATAGGTTGCGCAGGATTGCATTGTTTGGGAACAGCTTTCAGATGTATGA
GGAGCAGGTGGCGTTTAAACCGAATGTCATCCGTGCCACCAAACGGATCATAGCTGCACG
AGGGTTCACTTGTGAGTTTGCTATTGAGACTGTATCTGATGATTATTTTCCAGCGTTCCA
TGATTCAAGCTGGCATTTTTTCAGCCCCGGTTTAGATTCGGAGCTGCCATTGTTGGTTTC
AGAGGGATAATAGATCATTGTTTTTTGCATTTGTCAAGTCTTTGTGTTTTGTCTATCCTC
TTCTAAGTTTAACCATTGAAGTTGTTGATTTATCATTGGTTTAATATTTGCTTGAAACAA
TGAAATATGTTATCAC

QA 1 616 1 616
DS 



CO CL2025Contig2 1156 2 6 U
GATACGAGCGAGTCGCCGGTTTCGCATCGCTTCAGGACTCAGGAGTCAGAACTCATAAGC
ACCAAACTCAGCCCCAATGTCTCACTGAGTCCACCCGGGGTGCTTCGTATTCCAAGTTCT
ATCTTGTTCCATCGTCCTCTCGTATTTTCGTTTCTAATTGTGATGCAATCGTTGCAGAAA
CCCTAATTTCGGAGGGTTGTGTAAAAAGTAGCAATGGTTAAAAACGCAATTAGTGATGGT
GAGTGGACAGTTGTGTTACCTAGTAAACGAAGACATGGGAAAATAAAACCTAAACCTAAG
ATTCATGAAGAAGAAGAAGAAGAGAAGCCATGGAAGTCTGATGATCTTGAAGTTGATCTG
CAGAGGCAAGCAAGAGTAAAGCAGAAGATGGAAAACTCTATCAAGAAAGTCGAGAGCTCA
AAATTCTACGCAGCATTCTTAGAACGGCTCAAATGCCCCGAGGTTTCGGACCAGTTTCGC
CTCGTGTTAGGTGGCGAAACACAGCTTCAGATGGTGATGTACGGTATAGGAAGCATCGAG
TCCTACGAGTCTCCAAGGTTTCAGCTCAGCGTTGCAATCTTGATGAAGAGGGAGTTTGAA
TGGGTCGGTAACATTGAAGTGTTCGATCCGGTCCTCTCGGCGACTGAATCTAGTGTCCTG
GAATCTCTGGGGTGTACTGTTTTGTCTGTGAACGAGCAAGGTCGTAGGGAAGCTTTGAAG
CCTACTCTTTTCTTCATGCCACACTGTGAGGCTAATCTGTATAGCAACCTGTTGCAAGCG
AACTGGAGGATGGATCGGTTGCGCAGGATTGCATTGTTTGGGAACAGCTTTCAGATGTAT
GAGGAGCAGGTGACGTTTAAACCGAATGTCATCCGTGCTACCAAACGGATCATAGCTGCA
CGGGGATTCACTAGTGAGTTTGCTATTGAGACTGTATCTGATGATTATTTTCCAGCGTTC
CATGATTCGAGCTGGCATTTTTTTAGCCCCGGTTTAGATTCGGAGCTGCCATTGTTGGTT
TCAGAGGGATTATAGGTCATTGCTTTTTTGCATTTGTCAGGTCTTTGTGTTTGCTATCTG
TTCTAAGTTTAACCATTGAAGTTGTTGACTTATCATTGGTTTAATATTTGCTTGAAACAA
TGAAATATGTTATCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH79TF U 1
AF RR3GH79JQ C 395
BS 1 608 RR3GH79TF
BS 609 609 RR3GH79JQ
BS 610 662 RR3GH79TF
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BS 664 672 RR3GH79TF
BS 673 1156 RR3GH79JQ

RD RR3GH79TF 674 0 0
GATACGAGCGAGTCGCCGGTTTCGCATCGCTTCAGGACTCAGGAGTCAGAACTCATAAGC
ACCAAACTCAGCCCCAATGTCTCACTGAGTCCACCCGGGGTGCTTCGTATTCCAAGTTCT
ATCTTGTTCCATCGTCCTCTCGTATTTTCGTTTCTAATTGTGATGCAATCGTTGCAGAAA
CCCTAATTTCGGAGGGTTGTGTAAAAAGTAGCAATGGTTAAAAACGCAATTAGTGATGGT
GAGTGGACAGTTGTGTTACCTAGTAAACGAAGACATGGGAAAATAAAACCTAAACCTAAG
ATTCATGAAGAAGAAGAAGAAGAGAAGCCATGGAAGTCTGATGATCTTGAAGTTGATCTG
CAGAGGCAAGCAAGAGTAAAGCAGAAGATGGAAAACTCTATCAAGAAAGTCGAGAGCTCA
AAATTCTACGCAGCATTCTTAGAACGGCTCAAATGCCCCGAGGTTTCGGACCAGTTTCGC
CTCGTGTTAGGTGGCGAAACACAGCTTCAGATGGTGATGTACGGTATAGGAAGCATCGAG
TCCTACGAGTCTCCAAGGTTTCAGCTCAGCGTTGCAATCTTGATGAAGAGGGAGTTTGAA
TGGGTCGG*AACATTGAAGTGTTCGATCCGGTCCTCTCGGCGACTGAATCTAGTGTCCTG
GA*TCTCTGGGG
GG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3GH79JQ 762 0 0
ACTCTATCAAGAAAGTCGAGAGCTCAAAATTCTACGCAGCATTCTTAGAACGGCTCAAAT
GCCCCGAGGTTTCGGACCAGTTTCGCCTCGTGTTAGGTGGCGAAACACAGCTTCAGATGG
TGATGTACGGTATAGGAAGCATCGAGTCCTACGAGTCTCCAAGGTTTCAGCTCAGCGTTG
CAATCTTGATGAAGAGGGAGTTTGAATGGGTCGGTAACATTGAAGTGTTCGATCCGGTCC
TCTCGGCGACTGAATCTAGTGTCCTGGAATCTCTGGGGTGTACTGTTTTGTCTGTGAACG
AGCAAGGTCGTAGGGAAGCTTTGAAGCCTACTCTTTTCTTCATGCCACACTGTGAGGCTA
ATCTGTATAGCAACCTGTTGCAAGCGAACTGGAGGATGGATCGGTTGCGCAGGATTGCAT
TGTTTGGGAACAGCTTTCAGATGTATGAGGAGCAGGTGACGTTTAAACCGAATGTCATCC
GTGCTACCAAACGGATCATAGCTGCACGGGGATTCACTAGTGAGTTTGCTATTGAGACTG
TATCTGATGATTATTTTCCAGCGTTCCATGATTCGAGCTGGCATTTTTTTAGCCCCGGTT
TAGATTCGGAGCTGCCATTGTTGGTTTCAGAGGGATTATAGGTCATTGCTTTTTTGCATT
TGTCAGGTCTTTGTGTTTGCTATCTGTTCTAAGTTTAACCATTGAAGTTGTTGACTTATC
ATTGGTTTAATATTTGCTTGAAACAATGAAATATGTTATCAC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 5

CO CL2026Contig1 1323 5 3 U
GGAGAATTGAGAAATTCTATGACTCGAATCTTTAGTATTATCTTATTTATTACCTGTGTC
TACTATTTAGGCAGAATACCATCACCCATTTTTACTAAGAAACTAAAAGGAACCTCAGAA
ACGGGTGGGACTAAACAGGACCAAGAGGTATCCACCGAAGAAGCTCCTTTTCCTTCTCTT
TTTTCGGAAGAAAGGGAGGATCTGGACAAAATCGATGAAATGGAAGAAATCGGAGTGAAT
GGAAAAGACAAAATTAATAAGGATGATGAATTCCACGTTCGAACATACTATAACTATAAA
ACAGTTTCTGAAAATCGAGATGGAAATAAAGAAAATTCGAATTTAGAATTTTTCAAAATA
AAAAAAAAAAAGGATCATTTTTTATGGTTTGAAAAACCTTTTGTAACTCTAGTTTTCGAT
TATAAAAGATGGAATAGACCAAATCGATATATAAAAAATGATAAAATTGAAAATACTGTA
AGAAATGAAATGTCACAATATTTTTTTTATACATGCCAAAGTGATGGAAAAGAACGAATA
TCTTTTACATATCCCCCCAACCTTTCAACGTTTTTTGAAATGATACAAAAAAAGATCCCT
TCATTTACAACAGAAAAAACACCCTCGGATCAAGTTTATACTTGTTGGAGTTTGGTCAAT
GAAGAAAAAAAGGAAAATTTAAAAAACGAATTTTTAAATAGAATTGAAGCTTTAGATAAG
AAATGGTCTGTTGAAAATATACTGGAAAAAACGACTCGATTTTGTCATAACGAAACTCAA
AAAGAATATTTACCTAAAATTTATGACCCATTTTTACATGGGATCTCGCGCGGAAGAACC
AAAAAATTATCTCCGTTCCAAATCATAACCAAAACCTATAAAAAAAAGAATATAAGAGGA
TCTTGGATAAACAAAATTCATGGTATACTTCTGAAGATTAATTCTCAAAAATTTGAACAA
ACAATAGAAAAATTTAAAAGAAAATCTTTATCAATAGAGAAAAAACTTTCTTTTTTTTCA
GAACCCCAAGAAGAAAAAATTCAGTCAGAAGAAGAAATAAAAATTTTCAAAATTTTATTT
GATATCGTTATAATTTATAATAATGATCAAACTCTTATAAAAAATTTTATTGATTTCCAT
GAAATCAATAAACAAGTTCCTCAATGGTCATACAAATTAACAAGTGAATTGGAAGCGGTG
GAAGGCGAAACTGAAGAAAATATACCAACCGAGCCTGGAATTCGTTCAAGAAAAGCAAAC
TTGTAGTGGTTTTTACTGATTTAAAAGAACCGCATAACGAGATTTATACTAATCTCAAGA
TAT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT42TF U 1
AF RR3AG91TF U 100
AF RR3FQ67TF U 1
BS 1 56 RR3DT42TF
BS 57 59 RR3FQ67TF
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BS 472 501 RR3DT42TF
BS 502 502 RR3FQ67TF
BS 503 504 RR3DT42TF
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BS 506 516 RR3DT42TF
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BS 518 703 RR3DT42TF
BS 704 706 RR3FQ67TF
BS 707 707 RR3AG91TF
BS 708 786 RR3FQ67TF

RD RR3DT42TF 703 0 0
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TGAAGATATGCAGATACAAATACAAGGAAAGAATTGTGTGGTCACTGGAGCTAACTCTGG
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GAATGTCTACCTTGAAGTTTGTGATTTGTCTTCTGTTAATGATATAAAGTCATTTGCTTC
GACTTTTGCTTCCAAGGATGTTCCTGTTCATGTCCTGGTTAATAACGCCGTTTTGCTCGA
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QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3AG91TF 629 0 0
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TCATTCAAAGAAGTTCAAACCTGAAGATATGCAGATACAAATACAAGGAAAGAATTGTGT
GGTCACTGGAGCTAACTCTGGTATTGGTTACGCCGCTGCTGAAGGTCTTGCTTCACGTGG
AGCAAATGTTTACATGGTGTGTCGGAACAAGGAAAGAGGAGAAGAGGCTCTTTCTAAGAT
TCAAAACTCTACAGGAAACCAGAATGTCTACCTTGAAGTTTGTGATTTGTCTTCTGTTAA
TGATATAAAGTCATTTGCTTCGACTTTTGCTTCCAAGGATGTTCCTGTTCATGTCCTGGT
TAATAACGCCGGTTTGCTCGAGAACAAACGGACTACTACACCTGAAGGATTCGAGCTCAA
CTTCGCAGTAAATGTACTTGGGACATACACGATGACAGAGCTGGTGCTTCCACTTTTGGA
GAAAGCCTCACCTGACTCCAAAGTCATCACCGTCTCCTCTGGTGGAATGTACACGTCGCC
ACTTACAACAGATCTTCAGTTTAGTGGTGAAAAGTTCGATGGAGTGTTACAATACGCACG
GAATAAAAGAATCCAGGTGGCTCTGACAG

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3FQ67TF 786 0 0
GGAATCTAACACCTCTCTCTCTCC**ACCAACTCAGGAACTCGCATCATCTTATCATCAT
CTTCCGTAACTAAACCAAAATGTTCCTCTTAAAGACATGGAGATCAACCGCTTTCGGGAT
TTATGGCTATATGAATTTCACCAAGAATGGTTTCCTAGACCATTCAAAGAAGTTCAAACC
TGAAGATATGCAGATACAAATACAAGGAAAGAATTGTGTGGTCACTGGAGCTAACTCTGG
TATTGGTTACGCCGCTGCTGAAGGTCTTGCTTCTCGTGGAGCAAATGTTTACATGGTGTG
TCGGAACAAAGAAAGAGGACAAGAGGCTCTTTCTAAGATTCAAAACTCTACAGGAAACCA
GAATGTCTACCTTGAAGTTTTTGATTTGTCTTCTGTTAACGATATAAAGTCATTTGCTTC
GACTTTTGCTTCCAAGGATGTTCCTGTTCATGTCCTGGTTAATAACGCCGGTTTGCTCGA
GAACAAACGGACTACTACACCTGAAGGATTCGAGCTGAACTTCGCAATAAATGTACTTGG
GACATACACGATGACAGAGCTGATGCTTCCACTGTTGGAGAAAGCCTCACCTGACTCCAA
AGTCATCACCGTCTCCTCTGGTGGAATGTACACGTCGCCACTTACAACAGATCTGCAGTT
TAGTGATGAAAAGTTTGATGGAGTGTTACAATACGCACGGAATAAA*GAATCCAGGTGGC
TCTGACAGAAAATGGTCTGATAAGTACAGAACAAAGGCATAGTTTCTACTCATGCACCCT
GGCTGG

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 5

CO CL2028Contig1 953 5 6 U
CCGTGAAAAGATAAATTTATCCATAAATAACCGGTAAAATACCAATGTTTAGGATCAATG
AAACTGAATGAAACTTAGGAAGAGGTTTTATATGTACAGAAAACCCCAAGCAGCAAAATC
AGCAATTTTAAGATAATCAGAACAACAACAATAAGAAAGCTTTTTGATGAATTCTCTTGA
CTCATGTCTCTCCTCTCTTAAGAAGGAATAAAATTCATCAGCGATGTTTCCTTGCATTTC
TTTTAAGCCATGTTCTTCCTGCTATGTGCCCAGAAAGGTTTCGCGGGTGTACGCTTCAAA
GCCTTAACACTGAATGGACTGTTCTTACTCATCAAACAGGTATCGCCATTGCAAACCGGG
TACTCATGAGGACAGCAGCTAGTGTTGTCATCGCAGCAAGTAGCAGCTTCGAGAGGGCAA
CATCCCCAACCAAAGCAGTACTTGCCGTACTGGAAGAGACAACAACAAGTGTTGCTCTCG
GGGCAAGAGTAGTACTTGTCACACTGGGTCGGTGGCTTAATGGGAGATGGTGGTGACGGT
CCAGGGTTTGGTGGGTTCTGACCTTTCTTGATAGGGTATGAAGCCTCCATAGCGATTCCA
CACTTTCCTGTTGCCTCCGCAATGTTACGTGCCATCTTTATGTATCCGCTCTCTCCCCAG
CTTCCTCCCCATGAGTTTCTCACAATCCAGTAGTCCTTTCCGTTCTCAGTTCCATAACCC
ACAGCTACAACTCCATGGTCTAGCTCTGTTCCACATATTCCATCAAATACACCCGAAGAA
TAGAGCTGGAAAGCGCGACCACCAGCTTCAATGGCCACACTAATAGGCTGATTAGCCAAA
GCTTTCTTAAGCGCAGCCTCGTTGTTCTCAGGCACATCCTCATAGGCATCAATCGTGACA
ACCTTTGCGTTTTTCCTGCTCTGATCACAATGATTATCAGCGCTTTGTATGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK30TF C 314
AF RR3GD43JQ U 1
AF RR3BB40JQ U 29
AF RR3E578JQ U 29
AF RR3GD43TF C 228
BS 1 115 RR3GD43JQ
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BS 827 953 RR3GD43TF

RD RR3GK30TF 238 0 0
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AGCAGCTAGTGTTGTCATCGCAGCAAGTAGCAGCTTCGAGAGGGCAACATCCCCAACCAA
AGCAGTACTTGCCGTACTGGAAGAGACAACAACAAGTGTTGCTCTCGGGGCAAGAGTAGT
ACTTGTCACA*TGGGTCGGTGGCTTAATGGGAGATGGTGGTGACGGTCCAGGGTTTGG

QA 1 238 1 238
DS 

RD RR3GD43JQ 724 0 0
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AGCAATTTTAAGATAATCAGAACAACAACAATAAGAAAGCTTTTTGATGAATTCTCTTGA
CTCATGTCTCTCCTCTCTTAAGAAGGAATAAAATTCATCAGCGATGTTTCCTTGCATTTC
TTTTAAGCCATGTTCTTCCTGCTATGTGCCCAGAAAGGTTTCGCGGGTGTACGCTTCAAA
GCCTTAACACTGAATGGACTGTTCTTACTCATCAAACAGGTATCGCCATTGCAAACCGGG
TACTCATGAGGACAGCAGCTAGTGTTGTCATCGCAGCAAGTAGCAGCTTCGAGAGGGCAA
CATCCCCAACCAAAGCAGTACTTGCCGTACTGGAAGAGACAACAACAAGTGTTGCTCTCG
GGGCAAGAGTAGTACTTGTCACACTGGGTCGGTGGCTTAATGGGAGATGGTGGTGACGGT
CCAGGGTTTGGTGGGTTCTGACCTTTCTTGATAGGGTATGAAGCCTCCATAGCGATTCCA
CACTTTCCTGTTGCCTCCGCAATGTTACGTGCCATCTTTATGTATCCGCTCTCTCCCCAG
CTTCCTCCCCATGAGTTTCTCACAATCCAGTAGTCCTTTCCGTTCTCAGTTCCATAACCC
ACAG

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DS 

RD RR3BB40JQ 773 0 0
AC
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GGTGGCTTAATGGGAGATGGTGGTGACGGTCCAGGGTTTGGTGGGTTCTGACCTTTCTTG
ATAGGGTATGAAGCCTCCATAGCGATTCCACACTTTCCTGTTGCCTCCGCAATGTTACGT
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TAGTCCTTTCCGTTCTCAGTTCCATAACCTACAGCTACAACTCCATGGTCTAGCTCTGTT
CCACATATTCCATCAAATACACCCGAAGAATAGAGCTGGAAAGCGCGACCA

QA 3 773 3 773
DS 

RD RR3E578JQ 802 0 0
AC
CCGGTAAAATACCAATGTTTAGGATCAATGAAACTGAATGAAACTTAGGAAGAGGTTTTA
TATGTACAGAAAACCCCAAGCAGCAAAATCAGCAATTTTAAGATAATCAGAACAACAACA
ATAAGAAAGCTTTTTGATGAATTCTCTTGACTCATGTCTCTCCTCTCTTAAAAAGGAATA
AAATTCATCAGCGATGTTTCCTTGCATTTCTTTTAAGCCATGTTCTTCCTGCTATGTGCC
CAGAAAGGTTTCGCGGGTGTACGCTTCAAAGCCTTAACACTGAATGGACTGTTCTTACTC
ATCAAACAGGTATCGCCATTGCAAACCGGGTACTCATGAGGACAGCAGCTAGTGTTGTCA
TCGCAGCAAGTAGCAGCTTCGAGAGGGCAACATCCCCAACCAAAGCAGTACTTGCCGTAC
TGGAAGAAACAACAACAAGTGTTGCTCTCGGGGCAAGAGTAGTACTTGTCACACTGGGTC
GGTGGCTTAATGGGAGATGGTGGTGACGGTCCAGGGTTTGGTGGGTTCTGACCTTTCTTG
ATAGGGTATGAAGCCTCCATAGCGATTCCACACTTTCCTGTTGCCTCCGCAATGTTACGT
GCCATCTTTATGTATCCGCTCTCTCCCCAGCTTCCTCCCCATGAGTTTCTCACAATCCAG
TAGTCCTTTCCGTTCTCAGTTCCATAACCTACAGCTACAACTCCATGGTCTAGCTCTGTT
CCACATATTCCATCAAATACACCCGAAGAATAGAGCTGGAAAGCGCGACCACCAGCTTCA
ATGGCCACACTAATAG
CTGA

QA 3 798 3 798
DS 

RD RR3GD43TF 726 0 0
TTT
CTTGCATTTCTTT*AAGCCATGTTCTTC*TGCTATGTGCCCAGAAAGGTTTCGCGGGTGT
ACGCTTCAAAGCCT*AACACTGAATGGACTGTTCTTACTCATCAAACAGGTATCGCCATT
GCAAACCGGGTACTCATGAGGACAGCAGCTAGTGTTGTCATCGCAGCAAGTAGCAGCTTC
GAGAGGGCAACATCCCCAACCAAAGCAGTACTTGCCGTACTGGAAGAGACAACAACAAGT
GTTGCTCTCGGGGCAAGAGTAGTACTTGTCACACTGGGTCGGTGGCTTAATGGGAGATGG
TGGTGACGGTCCAGGGTTTGGTGGGTTCTGACCTTTCTTGATAGGGTATGAAGCCTCCAT
AGCGATTCCACACTTTCCTGTTGCCTCCGCAATGTTACGTGCCATCTTTATGTATCCGCT
CTCTCCCCAGCTTCCTCCCCATGAGTTTCTCACAATCCAGTAGTCCTTTCCGTTCTCAGT
TCCATAACCCACAGCTACAACTCCATGGTCTAGCTCTGTTCCACATATTCCATCAAATAC
ACCCGAAGAATAGAGCTGGAAAGCGCGACCACCAGCTTCAATGGCCACACTAATAGGCTG
ATTAGCCAAAGCTTTCTTAAGCGCAGCCTCGTTGTTCTCAGGCACATCCTCATAGGCATC
AATCGTGACAACCTTTGCGTTTTTCCTGCTCTGATCACAATGATTATCAGCGCTTTGTAT
GGA

QA 4 726 4 726
DS 



AS 1 4

CO CL2029Contig1 960 4 3 U
GGAAAGCAAAAGGTAAACAAAGGAACAAACTTATTTTTTGGGAAATTTCAAGAAGACTGG
TCATGTTAATTGTTTTTGAACGTGTCTTTGCAGATTAATAGCAGTTTCTAGTGGTAGATC
AGATCATCAAGAAAGGGTTTTGAGAATGTCGACAAACATATTCTGGCAAGAATCACCCAT
TGGGAAAACTGAGAGGCAGAAGCTGATAAACCAGAAGGGTTGTGTGGTGTGGATCACAGG
GCTCAGTGGCTCAGGAAAAAGCACGTTGGCTTGCTCGCTAAGCAGAGAGTTGTACACCCG
GGGAAAGCTATCATACATTCTCGATGGGGATAATCTTCGTCATGGTTTGAACAAAGATCT
TGGTTTCAAGGCAGAGGATAGAGTGGAAAACATACGCAGAGTCGGAGAAGTAGCCAAACT
CTTTGCTGATGCTGGTTTGATCTGCATTGCCAGCCTCATATCTCCATACAGGAAAGACCG
TGATGCATGTAGGGAAATGATGCAGGGCTCATCTTTTATCGAGGTTTACATGAACATGTC
TCTACAATTGTGCGAAGCAAGAGACCCTAAAGGCTTATACAAGCTTGCACGTGCAGGAAA
GATCAAAGGCTTCACAGGGATTGATGATCCATATGAATCTCCCTTGAATTGTGAGATAGA
GCTGAAAGAGAAGGAAGGAGAGTGTCCTTCACCTGTAGCAATGGCAGAGGAAGTCATCGC
TTATTTAGAAGACAAAGGCTTCCTTCAAAACCAGTAGTAGTAACCCCTCCACCACCATGA
ATCCAACAAAGTCACATTTGATTTGATTTTATTTATGTTTCTTTCACTCTCCTGAAATAA
TGCATATCATAAAGAAGTTTGAACTATGAAAGACATGTTGTAGCTTTCTTCCTTTGCAAC
TTACTTTTTCTTGTTTTCTTATAAAAAAAAGAATAATAAAAGCAAATAAGTCATTCAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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TGGTTTCAAGGCAGAGGATAGAGTGGAAAACATACGCAGAGTCGGAGAAGTAGCCAAACT
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TGATGCATGTAGGGAAATGATGCAGGGCTCATCTTTTATCGAGGTTTACATGAACATGTC
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TGAACAAAGATCTTGGTTTCAAGGCAGAGGATAGAGTGGAAAACATACGCAGAGTCGGAG
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AAGTCATTCAACG

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AC

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G
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ATCGCTTATTTAGAAGACAAAGGCTTCCTTCAAAACCAGTAGTAGTAACCCCTCCACCAC
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AATAATGCATATCATAAAGAAGTTTGAACTATGGAAGACATGTTGTAGCTTTCTTCCTTT
GCAACTTAC

QA 2 610 2 610
DS 



AS 1 5

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CTACAAATAGCCACATCGCTTGCTCCAACCTTCTTCCTCTCGTCATCAAGCTCGTAATAA
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TCTCCAGTTTCCTGGTCATGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B338JQ U 1
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AF RR3CF12JQ U 7
AF RR3CF12TF C 301
AF RR3B338TF C 397
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GCCAGGCTCGAAAAAATCAAAAGGGGCCAAATAAAGCAAATACATGATTTTGTCAGTGTT
GTTTATCACTTTGATTCACCCAAAGTTTCTTATTTAAAGAATTCATTCAAAAAAA*TGAA
GTTTGGTTTTAACTGATGGGTTCCTTTCCAATGGCTTTCTGGACGAGCTCGGCTTGCTCT
TTGACATGGAAAGTGTAGAAACCAGTGGCAGTAGCAGCAGAAGGTCCACGACCAACGTAC
TTAATGTCTTCCATATCTCCTCTGCCTAAGCTTCTCATTGCTGTCCATAGCCTTGGAGTT
ATGTAGCTGAATGCTCCCATGTTCATCGCCTCTTCTTGGCACCAAACTATCTCCGCATTT
GGATATCTCTTGAGCTCACGCTGAATGAGATCATATGGGAGAGGACAAAGCTGTTCCACT
CTACAAATAGCCACATCGCTTGCTCCAACCTTCTTCCTCTCGTCATCAAGCTCGTAATAA
ACCTTTCCGGAGCAAAGTACCAATCTTCTGATGCCTTCTTC
A

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3H883JQ 572 0 0
AG
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CGAAAAAATCAAAAGGGGCCAAATAAAGCAAATACATGATTTTGTCAGTGTTGTTTATCA
CTTTGATTCACCCAAAGTTTCTTATTTAAAGAATTCATTCAAAAAAAATGAAGTTTGGTT
TTAACTGATGGGTTCCTTTCCAATGGCTTTCTGGACGAGCTCGGCTTGCTCTTTGACATG
GAAAGTGTAAAAACCAGTGGCAGTAGCAGCAGAAGGTCCACGACCAACGTACTTAATGTC
TTCCATATCTCCTCTGCCTAAGCTTCTCATTGCTGTCCATAGCCTTGGAGTTATGTAGCT
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CTTGAGCTCACGCTGAATGAGATCATATGGGAAAGGACAAAGCTGTTCCACTCTACAAAT
AGCCACATCGCTTGCTCCAACCTTCTTCCTCTCGTCATCAAGCTCGTAATAAATCTTTCC
GGAGCAAAGTACCAATCTTCTGATGCCTTC

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DS 

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GA
CAAAAGCTTTTTTTATGAAAATGAGAATGATCCGTATTAACCTGCAACACAAGCCAGGCT
CGAAAAAATCAAAAGGGGCCAAATAAAGCAAATACATGATTTTGTCAGTGTTGTTTATCA
CTTTGATTCACCCAAAGTTTCTTATTTAAAGAATTCATTCAAAAAAA*TGAAGTTTGGTT
TTAACTGATGGGTTCCTTTCCAATGGCTTTCTGGACGAGCTCGGCTTGCTCTTTGACATG
GAAAGTGTAGAAACCAGTGGCAGTAGCAGCAGAAGGTCCACGACCAACGTACTTAATGTC
TTCCATATCTCCTCTGCCTAAGCTTCTCATTGCTGTCCATAGCCTTGGAGTTACGTAGCT
GAATGCTCCCATGTTCATCGCCTCTTCTTGGCACCAAACTATCTCCGCATTTGGATATCT
CTTGAGCTCACGCTGAATGAGATCGTATGGGAAAGGACAAAGCTGTTCCACTCTACAAAT
AGCCACATCGCTTGCTCCAACCTTCTTCCTCTCGTCATCAAGCTCGTAATAAACCTTTCC
GGAGCAAAGTACCAATCTTCTGATGCCTTCTTCCAGATCAGAGTGATCATTCTGATCCTT
GATCAATCGCTTGAACCTAGTCCCTTGCTTGTCAAAACCAGGGTGTCCTTGGACATCATC
AAACTCAGAGAGGTTTGATTTGCAGTCC
C

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DS 

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TTAATGTCTTCCATATCTCCTCTGC*TAAGCTTCTCATTGCTGTCCATAGC*TTGGAGTT
ACGTAGCTGAATGCTCCCATGTTCATCGCCTCTTCTTGGCACCAAACTATCTCCGCATTT
GGATATCTCTTGAGCTCACGCTGAATGAGATCGTATGGGAAAGGACAAAGCTGTTCCACT
CTACAAATAGCCACATCGCTTGCTCCAACCTTCTTCCTCTCGTCATCAAGCTCGTAATAA
ACCTTTCCGGAGCAAAGTACCAATCTTCTGATGCCTTCTTCCAGATCAGAGTGATCATTC
TGATCCTTGATCAATCGCTTGAACCTAGTCCCTTGCTTGTCAAAACCAGGGTGTCCTTGG
ACATCATCAAACTCAGAGAGGTTTGATTTGCAGTCCCTGTGACGGAGCAAGTTCTTTGGT
GCCATTACGATCAGAGGCTTACGGAAGTCTCTGTGTAGCTGACGACGCAGAACATGGAAA
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AATGTAGGTTCCATGTCTGGTATGACATAGGGGTTGTCATCACTCATCTGAAGGTAACGT
TCCAGCCTAGCACTTGAATGTTCAGGGCCCTGACCATCATATCCATGGGGAAGTAGCACA
ACAAGCCCGGTTTGACGCAGCCACTTGGCTTCTCCACTGCTGATGAACTGATCAAATATC
ACCTGAGCTCCATTAGCAAAGTCTCC
C

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3B338TF 825 0 0
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GGGAGAGGACAAAGCTGTTCCACTCTACAAATAGCCACATCGCTTGCTCCAACTTTCTTC
CTCTCGTCATCAAGCTCGTAATAAACCTTTCCGGAGCAAAGTACCAATCTTCTGATGCCT
TCTTCAAGATCAGAGTGATCATTCTGATCCTTGATCAATCGCTTGAACCTAGTCCCTTGC
TTGTCAAAACCAGGGTGTCCTTGGACATCATCAAACTCAGAGAGGTTTGATTTGCAGTCC
TTGTGACGGAGCAAGTTCTTCGGTGCCATTACGATCAGAGGCTTACGGAAGTCTCTGTGT
AGCTGACGACGCAGAACATGGAAATAGTTGGCAGGAGTGGTGGCATTAACAATCTGCCAA
TTGCATTCTTGGATTTGCTTTCTCAATGTAGGTTCCATGTCTGGTATGACATAGGGGTTG
TCATCACTCATCTGAAGGTAACGTTCCAGCCTAGCACTTGAATGTTCAGGGCCCTGACCA
TCATATCCATGGGGAAGTAGCACAACAAGCCCGGTTTGACGCAGCCACTTGGCTTCTCCA
CTGCTGATGAACTGATCAAATATCACCTGAGCTCCATTAGCAAAGTCTCCAAACTGAGCT
TCCCATAGCACCAACGAGTTTGGACTTTCCATTGAGTAACCCAACTCAAACCCAAGAACT
CCAAATTCTGAAAGAGAACTGTTGCTGACAGTGAACATCTCAGGATCCTGATTCATGACG
AGATGATCTAAGGGACAATACTCTTCTCCAGTTTCCTGGTCATGC

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 5

CO CL2031Contig1 988 5 32 U
GGCCAAAAAAAATAGATGAAGTTATCACTTTAAGATTTATGTTTGGTAGATTCAACAATG
TTACATACATGTCTGCCACAAAACTAACATGGGCAACTGAAGAAAGTCTAGCTGTAAGAT
GAGAGCATCAGATAAATCATGGAGATGGAGGCGAATCCCCAGCTGCTACGGCTTCATAGT
CAGTTTGTTGAAGGCAGAACTCACTTTTTCATCGGTGATACTTCTGTAGTTCTCGTAGAA
GTCCAAAATCTCCATGGCAATGTTCTTCACCAAGTTCATGTCCTCGTTAAGATCTTGTAA
CCATGCAGTGATATCTTTCTCTCTGTGGACACTTGCTATGTATATGCACGCTAGCGCTAT
GCGATACGGCGGGTGTACAAGAATCAGGTCCATCTTATATGTATCGTTGACAATTCCCCA
TGTCATTTGGTTCATATTTACATCGTTCAATGCAGCATCTTGCAAAAACTCAGATAAAGA
GCGGTAAGGGTGAAACACAACCAGCGAATAGTTGAGTGCTTCTAAGACCTTCATCTCCAT
TCCTAATAGATCTTTTAGTTCATACTTGTACTCATCCGGATACAATCTTTTGATGTAAAA
AACAAGATTCCTGGCCTGGACGATGCTCTCTTCAGCTTTGGAAGCCAGGTACAAGCATGT
AATAGCAACAAGACGCGGATCAAACTCCACCATGCTCTTCTTGGTATAAACCCGTCTCAT
ATACGTAATTGCGGTAGCCACAACCCTTTGTCGGACTTTAATGTGCTGAGCCAATTTCGT
TATATGATTAGACATATGGAACTTGATGAGCTTGAAATCCTCAACTGTAATTCCACGTTC
TTTGTCGAGAGGGTGAACTACATCCACTTCTTCTTGTTCCAGAAGCCGTTTGCATTGAGA
CGATTCCCAGAAATTAGCAGCCATTAATCTCCGATCTCCTCCGGGAAGGGTAATTAAGCA
ATAATATGAGAAGCTTTTCCTTCCCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C529JQ U 14
AF RR3E354JQ U 14
AF RR3BD45JQ U 1
AF RR3BD45TF C 126
AF RR3E354TF C 244
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BS 916 916 RR3E354TF
BS 917 988 RR3BD45TF

RD RR3C529JQ 758 0 0
G
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TAGCCACAACCCTTTGTCGGACTTTAATGTGCTGAGC

QA 2 758 2 758
DS 

RD RR3E354JQ 786 0 0
A
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GCCACAAAACTAACATGGGCAACTGAAGAAAGTCTAGCTGTAAGATGAGAGCATCAGATA
AATCATGGAGATGGAGGGGAATCCCCAGCTGCTACGGCTTCATAGTCAGTTTGCTGAAAG
CAGAACTCACTTTTTCATCGGTGATACTTCTGTAGTTCTCGTAGAAGTCCAAAATCTCCA
TGGCAATGTTCTTCACCAAGTTCATGTCCTCGTTAAGATCTTGTAACCATGCAGTGATAT
CTTTCTCTCTGTGGACACTTGCTATGTATATGCACGCTAGCGCTATGCGATACGGCGGGT
GTACAAGAATCAGGTCCATCTTATATGTATCGTTGACAATTCCCCATGTCATTTGGTTCA
TATTTACATCGTTCAATGCAGCATCTTGCAAAAACTCAGATAAAGAGCGGTAAGGGTGAA
ACACAACCAGCGAATAGTTGAGTGCTTCTAAGACCTTCATCTCCATTCCTAATAGATCTT
TTAGTTCATACTTGTACTCATCCGGATACAATCTTTTGATGTAAAAAACAAGATTCCTGG
CCTGGACGATGCTCTCTTCAGCTTTGGAAGCCAGGTACAAGCATGTAATAGCAACAAGAC
GCGGATCAAACTCCACCATGCTCTTCTTGGTATAAACCCGTCTCATATACGTAATTGCGG
TAGCCACAACCCTTTGTCGGACTTTAATGTGCTGAGCCAATTTCGTTATATGATTAGACA
TATGG

QA 2 786 2 786
DS 

RD RR3BD45JQ 848 0 0
GGCCAAAAAAAATAGATGAAGTTATCACTTTAAGATTTGTGTTTGGTAGATTCAACAATG
TTACA****TGTCTGCCACAAAACTAACATGGGCAACTGAAGAAAGTCTAGCTGTAAGAT
GAGAGGATCAGATAAATCATGGAGATGGAGGCGAATCCCCAGCTGCTACGGCTTCATAGT
CAGTTTGTTGAAGGCAGAACTCACTTTTTCATCGGTGATACTTCTGTAGTTCTCGTAGAA
GTCCAAAATCTCCATGGCAATGTTCTTCACCAAGTTCATGTCCTCGTTAAGATCTTGGAA
CCATGCAGTGATATCTTTCTCTCTGTGGACACTTGCTATGTATATGCACGCTAGCGCTAT
GCGATACGGCGGGTGTACAAGAATCAGGTCCATCTTATATGTATCGTTAACAATTCCCCA
AGTCATCTGGTTCATATTTACATCGTTCAATGCAGCATCTTGCAAAAACTCAGATAAAGA
GCGGTAAGGGTGAAGCACAACCAGAGAATAGTTGAGTGCTTCTAAGACCTTCATTTCCAT
TCCTAATAGATCTTTTAGTTCATACTTGTACTCATCCGGATACAATCTTTTGATGTAAAA
AACAAGATTCCTGGCCTGGACGATGCTCTCTTCAGCTTTGGAAGCCAGGTACAAGCATGT
AATTGCAACAAGAAGGGGATCAAACTCCACCATGCTCTTCTTGGTAAAAACCCGTCTCAT
ATACGTAATTGCGGTAGCCACAACCCTTTGTCGGACTTTAATGTGCTGAGCCAATTTCGT
TATATGATTAGACATATGGAACTTGATGAGCTTGAAATCCTCAACTGTAATTCCACGTTC
TTTGTCGA

QA 1 848 1 848
DS 

RD RR3BD45TF 863 0 0
G
ATCAGATAAATCATGGAGATGGAGGCGAATCCCCAGCTGCTACGGCTTCATAGTCAGTTT
GTTGAAGGCAGAACTCACTTTTTCATCGGTGATACTTCTGTAGTTCTCGTAGAAGTCCAA
AATCTCCATGGCAATGTTCTTCACCAAGTTCATGTCCTCGTTAAGATCTTGGAACCATGC
AGTGATATCTTTCTCTCTGTGGACACTTGCTATGTATATGCACGCTAGCGCTATGCGATA
CGGCGGGTGTACAAGAATCAGGTCCATCTTATATGTATCGTTAACAATTCCCCAAGTCAT
CTGGTTCATATTTACATCGTTCAATGCAGCATCTTGCAAAAACTCAGATAAAGAGCGGTA
AGGGTGAAGCACAACCAGAGAATAGTTGAGTGCTTCTAAGACCTTCATTTCCATTCCTAA
TAGATCTTTTAGTTCATACTTGTACTCATCCGGATACAATCTTTTGATGTAAAAAACAAG
ATTCCTGGCCTGGACGATGCTCTCTTCAGCTTTGGAAGCCAGGTACAAGCATGTAATTGC
AACAAGAAGGGGATCAAACTCCACCATGCTCTTCTTGGTAAAAACCCGTCTCATATACGT
AATTGCGGTAGCCACAACCCTTTGTCGGACTTTAATGTGCTGAGCCAATTTCGTTATATG
ATTAGACATATGGAACTTGATGAGCTTGAAATCCTCAACTGTAATTCCACGTTCTTTGTC
GAGAGGGTGAACTACATCCACTTCTTCTTGTTCCAGAAGCCGTTTGCATTGAGACGATTC
CCAGAAATTGGCAGCCATTAATCTCCGATCTCCTCCGGGAAGGGTAATTAAGCAATAATA
TGAGAAGCTTTTCCTTCCCCTC

QA 2 863 2 863
DS 

RD RR3E354TF 726 0 0
CAAAATCTCCATGGCA*TGTTCT*CACCAAGTTCATGTCCTCGTTAAGATCTTGTAACCA
TGCAGTGATATCTTTCTCTCTGTGGACACTTGCTATGTATATGCACGCTAGCGCTATGCG
ATACGGCGGGTGTACAAGAATCAGGTCCATCTTATATGTATCGTTGACAATTCCCCATGT
CATTTGGTTCATATTTACATCGTTCAATGCAGCATCTTGCAAAAACTCAGATAAAGAGCG
GTAAGGGTGAAACACAACCAGCGAATAGTTGAGTGCTTCTAAGACCTTCATCTCCATTCC
TAATAGATCTTTTAGTTCATACTTGTACTCATCCGGATACAATCTTTTGATGTAAAAAAC
AAGATTCCTGGCCTGGACGATGCTCTCTTCAGCTTTGGAAGCCAGGTACAAGCATGTAAT
AGCAACAAGACGCGGATCAAACTCCACCATGCTCTTCTTGGTATAAACCCGTCTCATATA
CGTAATTGCGGTAGCCACAACCCTTTGTCGGACTTTAATGTGCTGAGCCAATTTCGTTAT
ATGATTAGACATATGGAACTTGATGAGCTTGAAATCCTCAACTGTAATTCCACGTTCTTT
GTCGAGTGGGTGAACTGCATCCACTTCTTCTTGTTCCAGAAGCCGTTTGCATTGAGACGA
TTCCCAGAAATTAGCAGCCATTA*TCTCCGATCTCCTCCGGGAAGGGTAATTAAGCAATA
ATAT
CC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 4

CO CL2032Contig1 1112 4 9 U
GGTGGATTGTCGAAAACCCTGAGTGTCTTGGAGATAGGGTTTTGGAGAAATGGGGTTGCG
ATCTCCCCTTTCTCTTCAAGGTGTTGTCGGTGGCGAGGCCCTTGTCGATTCAAGCACATC
CTGATAAGGTTTTGGCGAAGAAAATGCATAAAGCTCATCCCAATCTTTATAAAGACGACA
ATCACAAACCTGAGATGGCATTGGCTTATACTCAATTCGAAGCTCTTTGCGGTTTTGTTC
CTCTTCAGGAGCTTAAGAGTGTCATTCGTGCTATTCCGGAGATTGAAGAACTTGTTGGGA
GTGAAGAAACAAACCAAGTCTTCTGCATCAGTGAACATGATGATGAGAAAGTTAAATCTG
TTGTCCGAACTATCTTCACCCTGCTGATGTCTGCAGGACCTGACACGACAAAGCAGATAG
TGTTCAAACTAAAACGCCGTCTGCATTTGGAGAGTCAGGAACGACATCTGACAGACAAGG
AACGGCTAGTGTTGAAGCTAGAGAAGCAATATCCAAATGATATTGGGGTCATATCTGCGT
TCTTCTTCAACTACGTGAAGCTCAATCCTGGTGAAGCCTTGTACCTCGGTGCAAACGAGC
CACATGCATACTTATTCGGTGAGTGCATTGAGGTCATGGCGACTTCAGACAATGTAGTAC
GAGCTGGCCTCACTTCCAAGCCTCTTGATATTCAATCACTTTGTTCCATGCTCACATATA
AACTGGGCTTTCCTGAAATACTAAAGGGATCAAAGATTAGACCATACATCACGAGATACC
TCCCGCCTTTTGACGAGTTTGAAGTTGATGTCTGTGATCTTCCCTGTGGAGCCTCGACGG
TGTTTCCCTCTGTACCAGGTCCCTCTCTTCTGCTTGTACTCCATGGTGAAGGAAGAATGT
CTACAGACGGTTCTGCTGATGAGGTTTCAATGGGAGATGTTCTGTTTGTGCCTGCAGATA
CTGAGATCCACTTGAAGTCTTCTTCTGACTTGAAGCTGTACAGAGCAGGAGTGAACAATA
GGTTTTTGTATTCTCTATAGTTTGAACTACACACAACACAAGCTTTTCTCCATTTACTGT
ATGATTGAATCAAACCGTGTCAACGCACTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3ED57TF U 1
AF RR3FJ13TF U 9
AF RR3ED57JQ C 385
AF RR3FJ13JQ C 404
BS 1 42 RR3ED57TF
BS 43 43 RR3FJ13TF
BS 44 88 RR3ED57TF
BS 89 89 RR3FJ13TF
BS 90 132 RR3ED57TF
BS 133 133 RR3FJ13TF
BS 134 229 RR3ED57TF
BS 230 749 RR3FJ13TF
BS 750 1112 RR3ED57JQ

RD RR3ED57TF 235 0 0
GGTGGATTGTCGAAAACCCTGAGTGTCTTGGAGATAGGGTTT*GGAGAAATGGGGTTGCG
ATCTCCCCTTTCTCTTCAAGGTGTTGTCTGTGGCGAGGCCCTTGTCGATTCAAGCACATC
CTGATAAGGTTT*GGCGAAGAAAATGCATAAAGCTCATCCCAATCTTTATAAAGACGACA
ATCACAAACCTGAGATGGCATTGGCTTATACTCAATTCGAAGCTCTTTG
CGGTTT

QA 1 229 1 229
DS 

RD RR3FJ13TF 741 0 0
GTCGAAAACCCTGAGTGTCTTGGAGATAGGGTTTTGGAGAAATGGGGTTGCGATCTCCCC
TTTCTCTTCAAGGTGTTGTCGGTGGCGAGGCCCTTGTCGATTCAAGCACATCCTGATAAG
GTTTTGGCGAAGAAAATGCATAAAGCTCATCCCAATCTTTATAAAGACGACAATCACAAA
CCTGAGATGGCATTGTCTTATACTCAATTCGAAGCTCTTTGCGGTTTTGTTCCTCTTCAG
GAGCTTAAGAGTGTCATTCGTGCTATTCCGGAGATTGAAGAACTTGTTGGGAGTGAAGAA
ACAAACCAAGTCTTCTGCATCAGTGAACATGATGATGAGAAAGTTAAATCTGTTGTCCGA
ACTATCTTCACCCTGCTGATGTCTGCAGGACCTGACACGACAAAGCAGATAGTGTTCAAA
CTAAAACGCCGTCTGCATTTGGAGAGTCAGGAACGACATCTGACAGACAAGGAACGGCTA
GTGTTGAAGCTAGAGAAGCAATATCCAAATGATATTGGGGTCATATCTGCGTTCTTCTTC
AACTACGTGAAGCTCAATCCTGGTGAAGCCTTGTACCTCGGTGCAAACGAGCCACATGCA
TACTTATTCGGTGAGTGCATTGAGGTCATGGCGACTTCAGACAATGTAGTACGAGCTGGC
CTCACTTCCAAGCCTCTTGATATTCAATCACTTTGTTCCATGCTCACATATAAACTGGGC
TTTCCTGAAATACTAAAGGGA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3ED57JQ 728 0 0
TG
ATGTCTGCAGGACCTGACACGACAAAGCAGATAGTGTTCAAACTAAAACGCCGTCTGCAT
TTGGAGAGTCAGGAACGACATCTGACAGACAAGGAACGGCTAGTGTTGAAGCTAGAGAAG
CAATATCCAAATGATATTGGGGTCATATCTGCGTTCTTCTTCAACTACGTGAAGCTCAAT
CCTGGTGAAGCCTTGTACCTCGGTGCAAACGAGCCACATGCATACTTATTCGGTGAGTGC
ATTGAGGTCATGGCGACTTCAGACAATGTAGTACGAGCTGGCCTCACTTCCAAGCCTCTT
GATATTCAATCACTTTGTTCCATGCTCACATATAAACTGGGCTTTCCTGAAATACTAAAG
GGATCAAAGATTAGACCATACATCACGAGATACCTCCCGCCTTTTGACGAGTTTGAAGTT
GATGTCTGTGATCTTCCCTGTGGAGCCTCGACGGTGTTTCCCTCTGTACCAGGTCCCTCT
CTTCTGCTTGTACTCCATGGTGAAGGAAGAATGTCTACAGACGGTTCTGCTGATGAGGTT
TCAATGGGAGATGTTCTGTTTGTGCCTGCAGATACTGAGATCCACTTGAAGTCTTCTTCT
GACTTGAAGCTGTACAGAGCAGGAGTGAACAATAGGTTTTTGTATTCTCTATAGTTTGAA
CTACACACAACACAAGCTTTTCTCCATTTACTGTATGATTGAATCAAACCGTGTCAACGC
ACTTTT

QA 3 728 3 728
DS 

RD RR3FJ13JQ 709 0 0
CACGACAAAGCAGATAGTGTTCAAACTAAAACGCCGTCTGCATTTGGAGAGTCAGGAACG
ACATCTGACAGACAAGGAACGGCTAGTGTTGAAGCTAGAGAAGCAATATCCAAATGATAT
TGGGGTCATATCTGCGTTCTTCTTCAACTACGTGAAGCTCAATCCTGGTGAAGCCTTGTA
CCTCGGTGCAAACGAGCCACATGCATACTTATTCGGTGAGTGCATTGAGGTCATGGCGAC
TTCAGACAATGTAGTACGAGCTGGCCTCACTTCCAAGCCTCTTGATATTCAATCACTTTG
TTCCATGCTCACATATAAACTGGGCTTTCCTGAAATACTAAAGGGATCAAAGATTAGACC
ATACATCACGAGATACCTCCCGCCTTTTGACGAGTTTGAAGTTGATGTCTGTGATCTTCC
CTGTGGAGCCTCGACGGTGTTTCCCTCTGTACCAGGTCCCTCTCTTCTGCTTGTACTCCA
TGGTGAAGGAAGAATGTCTACAGACGGTTCTGCTTATGAGGTTTCAATGGGAGATGTTCT
GTTTGTGCCTGCAGATACTGAGATCCACTTGAAGTCTTCTTCTGACTTGAAGCTGTACAG
AGCAGGAGTGAACAATAGGTTTTTGTATTCTCTATAGTTTGAACTACACACAACACAAGC
TTTTCTCCATTTACTGTATGATTGAATCAAACCGTGTCAACGCACTTTT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 5

CO CL2033Contig1 970 5 15 U
GGATCATCATTCTTCTCTCGAATTAGTACAGAAGCTGCAGTTATCAATGCATTCCCTTTC
GTTTCTATCTTCTTCTTCAACCCTTATACCTTCTCTGTCTGTCTTCAATTCTTCGAAACC
AAAGAAGCTAACTCGTCTTCAAAGTCACTACCTTTCTCCTAAGCCTAAGCTTCTTTCGTT
CTCCACTAAACAGTCTGATGTCTCTCGTCACATAGCGTTTTCCGTTTCCTCTTCTTCCCC
ACCAGAGGAAACAGTCTCAATGGTCGATTTCCATGAGAAAGATTGGTCCTTTCTCGAATC
CATGGAAACCGAACAGAACCAGAAGCTCGAAAAGATCATCAAGGCTGGAGAAGTAACAGA
GTCTTCCAGGGTTCTTGTCTCGATTAGCTCGGAAGGGTTCGTTGATCGTCTGGTGGAATC
TTCACCTTCCCAGCTCTTGCTTATAGTCCACGACTCTCTTTTCGTGTTAGCCTGTGTCAA
AGAAAAATACGACAAAGTCAAGTGTTGGCAGGGAGAACTGATCTATGTTCCAGAGAAATG
GTCTCCCTTAGATGTCGTGTTTCTCTATTTCCTTCCAGCTCTGCCTTTCGGTCTCGACGA
GGTGTTCAAGACACTGTCTCAACTTTGTTCCTCATGTGCACGAGTAGTGATAAGTCACCC
GCTAGGAAGAGAAGGGTTAAAGCAGCAAAGGAAGGAGTTTTCAGATGTGGTCGTCTCTGA
TTTACCTGATGACTCCACCTTGAGAAGTGTTGCTAAGAAGCATTCGTTTGAGTTAACTCA
GTTTGTTGATGAACAAGGGCTTTACCTTGCTGTTCTAAAGTTCTCCAATCGATAGATTAT
GTTCCCCTGTCACAGATTTTTCCTGTCCTTGTTTGTAATGAATTATTTAAACCGGAACCT
TCGAAAAGAAAAAGAAGAAACTCTTGCAGAGATCTTTACATGAAATGAAATAAAAAGCAT
TGCAATCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TAACTCGTCTTCAAAGTCACTACCTTTCTCCTAAGCCTAAGCTTCTTTCGTTCTCCACTA
AACAGTCTGATGTCTCTCGTCACATAGCGTTTTCCGTTTCCTCTTCTTCCCCACCAGAGG
AAACAGTCTCAATGGTCGATTTCCATGAGAAAGATTGGTCCTTTCTCGAATCCATGGAAA
CCGAACAGAACCAGTAGCTCGAAAAGATCATCAAGGCTGGAGAAGTAACAGAGTCTTCCA
GGGTTCTTGTCTCGATTAGCTCGGAAGGGTTCGTTGATCGTCTGGTGGAATCTTCACCTT
CCCAGCTCTTGCTTATAGTCCACGACTCTCTTTTCGTGTTAGCCTGTGTCAAAGAAAAAT
ACGACAAAGTCAAGTGTTGGCAGGGAGAACTGATCTATGTTCCAGAGAAATGGTCTCCCT
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ATGGTCGATTTCCATGAGAAAGATTGGTCCTTTCTCGAATCCATGGAAACCGAACAGAAC
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TACCTGATGACTCCACCTTGAGAAGTGTTGCTAAGAAGCATTCGTTTGAGTTAACTCAGT
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CAATCCTC

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DS 



AS 1 5

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AATGTTCTAGATTTACTTGTTC


BQ
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TTTGTGAGCTCTCAGAAGCTTTATATACTGAACGTTGTTCATTCAGAAAGTCCAGAGAAT
CCACTGGATTCAAGCACGAG

QA 1 740 1 740
DS 

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GG
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TCCTCCCAAGCTTTCTCCACTGTCATCTTCTTCCTCCTCTTATCATCACAAGATCCAAAC
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CTTGAATCTCTCGATTCTCACGCTCTTGCTCAATGGTGGGTTCTTGTTGGATAAGGCTAA
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TCTTGTACCCTCTTCTTGGACTAAGGTGGAGAAAGCAGGAGCCAATGTTCTGTTTGAAGA
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GGAAAGCACAAAGGAAGCAGAAATTGTATCAGTAGGAAAGAGATTAGGACAAGGACAAGG
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GGTTTTCTCAGCTGCGTTTGTGAGCTCTCAGAAGCTTTATATACTGAACGTTGTTCATTC
AGAAAGTCCAGAGAATCCACTGGATTCAAGCACGAGAGTGTTGTTGGAACAAGTTCTTCA
CT
T

QA 3 724 3 724
DS 

RD RR3DR41TF 785 0 0
GG
AAGGAGAAGGAAAGCAAAAATGTGGTCGTCAAGCTTCTTAGCTGCTACCCATTTCTCTTC
CCCTCCTAAGTTTTCTCCACCGTCATCTTCTTCCTCCTCTTATCATCACAAGATCCAAAC
CTTCCTCTGTTTTACTCAAAATCCTTCGTCCACTTTTGGCGTTAGTTTCAGCAAGAGACA
CTTGAATCTCTCGATTCTCACGCTCTTGCTCAATGGTGGGTTCTTGTTGGATAAGGCTAA
ATCCATGGAAGAGTCAGGGGATCTTCAAAGATACACTGATTTGAAAGATGGCTTCACGCT
TCTTGTACCCTCTTCTTGGACTAAGGTGGAGAAAGCAGGAGCCAATGTTCTGTTTGAAGA
ACCAGAGAAACGAAGCAACAATATTGGAGTTGTGGTTAGTCCTGTCCGAATAAAGAGTCT
TGAAGACTTTGGTACTCCTCAATTTGTAGCTGATAATCTCATCAACGCAGAGAAGCGAAA
GGAAAGCACAAAGGAAGCAGAAATTGTATCAGTAGGAAAGAGATTAGGACAAGGACAAGG
ACAAG******TGTATGAATTTGAGTATAAAATTGACAGCACGAGAGGAGGGATCAAACG
GGTTTTCTCAGCTGCGTTTGTGAGCTCTCAGAAGCTTTATATACTGAACGTTGTTCATTC
AGACAGTCCAGAGAATCCACTGGATTCAAGCACGAGAGTGTTGTTGGAACAAGTTCTTCA
CTCCTTTGATGCTCTGCCTCTCACATAAACCCGCCATCCAAACAATAGTATTTTTCT
GCAAGC

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DS 

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CGTCCAC
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GGTGGGTTCTTGTTGGATAAGGCTAAATCCATGGAAGAGTCAGGGGATCTTCAAAGATAC
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GCAGGAGCCAATGTTCTGTTTGAAGAACCAGAGAAACGAAGCAACAACATTGGAGTTGTG
GTTAGCCCTGTCCGAATAAAGAGTCTTGAAGACTTTGGTACTCCTCAATTTGTAGCTGAT
AATCTCATCGACGCAGAGAAGCGAAAGGAAAGCACAAAGGAAGCAGAAATTGTATCAGTA
GGAAAGAGATTAGGACAAGGACAAGGACAAGGACAAGTGTATGAATTTGAGTATAAAATT
GACAGCACGAGAGGAGGGATCAAACGGGTTTTTTCAGCTGCGTTTGTGAGCTCTCAGAAG
CTTTATATACTGAACGTTGTTCATTCAGAAAGTCCAGAGAATCCACTGGATTCAAGCACG
AGAGTGTTGTTGGAACAAGTTCTTCACTCCTTTGATGCTCTTCCTCTCACATAAACTCGC
CATCCAAATAATAGTATCTTTCTTGCAAGGCTCATTTGGTATTTCTGGGCTTATTCTTGA
GAGCAATCTATTAAGCCCAACAAGTTTCAGGTTTCTTTTATTACGAATAATGTGACGGGA
CTAGTCGAACATGTTATGAATATTGTATGATGTCTATTATGGAATGTTCTAGATTTACT

QA 8 786 8 786
DS 

RD RR3DZ58JQ 779 0 0
CGTTAGTTTCAGCAAGAGACACTTGAATCTCTCGATTCTCACGCTCTTGCTCAATGGTGG
GTTCTTGTTGGATAAGGCTAAATCCATGGAAGAGTCAGGGGATCTTCAAAGATACACTGA
TTTGAAAGATGGCTTCACGCTTCTTGTACCCTCTTCTTGGACTAAGGTGGAGAAAGCAGG
AGCCAATGTTCTGTTTGAAGAACCAGAGAAACGAAGCAACAACATTGGAGTTGTGGTTAG
TCCTGTCCGAATAAAGAGTCTTGAAGACTTTGGTACTCCTCAATTTGTAGCTGATAATCT
CATCAACGCAGAGAAGCGAAAGGAAAGCACAAAGGAAGCAGAAATTGTATCAGTAGGAAA
GAGATTAGGACAAGGACAAGGACAAGGACAAGTGTATGAATTTGAGTATAAAATTGACAG
CACGAGAGGAGGGATCAAACGGGTTTTTTCAGCTGCGTTTGTGAGCTCTCAGAAGCTTTA
TATACTGAACGTTGTTCATTCAGAAAGTCCAGAGAATCCACTGGATTCAAGCACGAGAGT
GTTGTTGGAACAAGTTCTTCACTCCTTTGATGCTCTTCCTCTCACATAAACTCGCCATCC
AAATAATAGTATCTTTCTTGCAAGGCTCATTTGGTATTTCTGGGCTTATTCTTGAGAGCA
ATCTATTAAGCCCAACAAGTTTCAGGTTTCTTTTATTACGAATAATGTGACGGGACTAGT
CGAACATGTTATGAATATTGTATGATGTCTATTATGGAATGTTCTAGATTTACTTGTTC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 2 5

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GCAAAACCGTTTGAAAGAGGTTTATCTTTTGTTTATCGTATCTTTCATCATGAAGTTCCT
GGAGTACACCAACCTTGACAGATTGAATGTGTTTATGGGTCATCTTAATCTCGGGGAAAT
AACTATCAAAGGTTGCCTTGAAGCTTACTCTTGTAAACATGCTGGAACTGATAAAAGATT
GTCTCTCAGTTTGGAGAACGAGATGCTCGACTATCTCGGGAAATCTTCTGACACTGATTC
ATCTTCACCCGTTGATCTTTTGTTAAGCAGATCAAGTCGAAAGGCTTTGATCTACTTGGT
TCTTACACTCTATCAGATGTATCCGGACTACGATTTCAGGTACTTGTGTGTTTGCAAATC
TTTTTTAAGGGAGGGGGATTATATGGGGTAATGTTCATTGTCAGCCTTCTTGGGCGACAT
GGCAACCCGATATATAATCCCCCTTTTCAAAAATCTCTGTGGAGTGTTGTCAGAAGGTTT
GACCAACGGTTCACTGAACTGTTGCTAGTTGAGAGTTCATTTCTCTCCATTTCCCCCAAA
ATGCTAAACTAAACCGGTTGTGTGATAGTTCTATCAAGTGTCTGATTGAACATGAAAGAG
TCCATCTGTGTATAACTCTATCACTACTGCATTGTTGTTTTTCTATTTTTTGTTTTCAGC
GCTGTGAAAGCACATCAGTTTTTCTCCGAGGAGAGCTGGGACACGTTTACTCAGATTTTT
AACAACTATATGTTTGAAGCTTCTAAGGAATGGACTGAGAGGAATGAGGATGGTTCCCTA
CTTGAGGCAATTTACGAGGCTCTTGATGAGGTTGTGAAACTACTGAATGTGAGATATATG
TTTACAACCCGAATCCTAATGCTGATCCTTTCCTCGAAGACGGAGCAATATGGTCTTTCT
GTTTCTTATTCTACAACCGAAAACTGAAGCGTGTTGCAGGGTTTCGTTTTTGCTGCATAA
GTAACCTGGCAAGTGATACCTTTCTCGCCGACACACCTCCATATGGAGAGGATGAGGAGA
TCTTTGACGACATGGATATGTGATCTCTCTATCTTCAAGTTGAGCTGCAAAGTCTGTAGA
AATTCTGTATATCATCCATCTTAGATGTTATGCTCTCTAGTTTCTAGGCTTGTGAATCCA
AGTCCAAGGTTAAGCTCTTCGCTTTCCTTTATCTGTGTAGTTAACGTATACTCTGTACCT
TGTCATGTCCAATAAGCTTATCAGAGACTTTGTTGTAATCTAATGTCCCTAAATAATGAG
ACAAAAAATGTTGTGATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A122TF U 1
AF RR3A122JQ C 448
BS 1 749 RR3A122TF
BS 750 750 RR3A122JQ
BS 751 761 RR3A122TF
BS 762 1279 RR3A122JQ

RD RR3A122TF 765 0 0
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GGAGTACACCAACCTTGACAGATTGAATGTGTTTATGGGTCATCTTAATCTCGGGGAAAT
AACTATCAAAGGTTGCCTTGAAGCTTACTCTTGTAAACATGCTGGAACTGATAAAAGATT
GTCTCTCAGTTTGGAGAACGAGATGCTCGACTATCTCGGGAAATCTTCTGACACTGATTC
ATCTTCACCCGTTGATCTTTTGTTAAGCAGATCAAGTCGAAAGGCTTTGATCTACTTGGT
TCTTACACTCTATCAGATGTATCCGGACTACGATTTCAGGTACTTGTGTGTTTGCAAATC
TTTTTTAAGGGAGGGGGATTATATGGGGTAATGTTCATTGTCAGCCTTCTTGGGCGACAT
GGCAACCCGATATATAATCCCCCTTTTCAAAAATCTCTGTGGAGTGTTGTCAGAAGGTTT
GACCAACGGTTCACTGAACTGTTGCTAGTTGAGAGTTCATTTCTCTCCATTTCCCCCAAA
ATGCTAAACTAAACCGGTTGTGTGATAGTTCTATCAAGTGTCTGATTGAACATGAAAGAG
TCCATCTGTGTATAACTCTATCACTACTGCATTGTTGTTTTTCTATTTTTTGTTTTCAGC
GCTGTGAAAGCACATCAGTTTTTCTCCGAGGAGAGCTGGGACACGTTTACTCAGATTTTT
AACAACTATATGTTTGAAGCTTCTAAGGA*TGGACTGAGAG
AATG

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3A122JQ 832 0 0
CAAAAATCTCTGTGGAGTGTTGTCAGAAGGTTTGACCAACGGTTCACTGAACTGTTGCTA
GTTGAGAGTTCATTTCTCTCCATTTCCCCCAAAATGCTAAACTAAACCGGTTGTGTGATA
GTTCTATCAAGTGTCTGATTGAACATGAAAGAGTCCATCTGTGTATAACTCTATCACTAC
TGCATTGTTGTTTTTCTATTTTTTGTTTTCAGCGCTGTGAAAGCACATCAGTTTTTCTCC
GAGGAGAGCTGGGACACGTTTACTCAGATTTTTAACAACTATATGTTTGAAGCTTCTAAG
GAATGGACTGAGAGGAATGAGGATGGTTCCCTACTTGAGGCAATTTACGAGGCTCTTGAT
GAGGTTGTGAAACTACTGAATGTGAGATATATGTTTACAACCCGAATCCTAATGCTGATC
CTTTCCTCGAAGACGGAGCAATATGGTCTTTCTGTTTCTTATTCTACAACCGAAAACTGA
AGCGTGTTGCAGGGTTTCGTTTTTGCTGCATAAGTAACCTGGCAAGTGATACCTTTCTCG
CCGACACACCTCCATATGGAGAGGATGAGGAGATCTTTGACGACATGGATATGTGATCTC
TCTATCTTCAAGTTGAGCTGCAAAGTCTGTAGAAATTCTGTATATCATCCATCTTAGATG
TTATGCTCTCTAGTTTCTAGGCTTGTGAATCCAAGTCCAAGGTTAAGCTCTTCGCTTTCC
TTTATCTGTGTAGTTAACGTATACTCTGTACCTTGTCATGTCCAATAAGCTTATCAGAGA
CTTTGTTGTAATCTAATGTCCCTAAATAATGAGACAAAAAATGTTGTGATTT

QA 1 832 1 832
DS 



CO CL2035Contig2 889 3 7 U
ATCGTATCTTTCATCATGAAGTTCCTGGAGTACACCAACCTTGACAGATTGAATGCGTTT
ATGGGTCATCTAAATCTCGGGGAAATAACTATCAAAGGTTGCCTTGAAGCTTACTCTTGT
AAACATGCTGGAACTGATAAAAGATTGTCTCTCAGTTTGGAGAATGAGATGCTCGACTAT
CTCGGGAAATCTTCTGACACTGACTCATCTTCACCCGTTGATCTACTTGGTTCTTACACT
CTATCAGATGTATCCGGACTACGATTTCAGCGCTGTGAAAGCACATCAGTTTTTCTCCGA
GGAGAGCTGGGACACGTTTACTCAGATTTTTAACAACTATATGTTTGAAGCTTCTAAGGA
ATGGACTGAGAGGAACGAGGATGGTTCCCTACTTGAGGCAATCTACCAGGCCCTTGATGA
GGTTGTGAAACTAGCTGAATGTGAGATATATGTGTACAACCCCAATCCTAATGCTGATCC
TTTCCTCGAAGACGGAGCAATATGGTCTTTCTGTTTCTTATTCTACAACCGAAAACTGAA
GCGTGTTGCAGGGTTTCGTTTCTGCTGCACAAGTAACCTGGCAAGTGATGCCTTTCTCGC
CGACACACCTCCATATGGAGAGGATGAGGAGATCTTTGACGACATGG*ATATGTGATCTC
TCTATCTTCAAGTTGAGCTCCGCAGTCTGTAGAAATTCTGTATATCATCCATGTTAGATG
TTATGCTCTCTAGTTTCTAGGCTTGTGAACCCAAGTCCAAGGTTAAGCTCTTCGCTTTCC
TTTATCTGTGTAGTTAACGTATACTCTGTACCTTCCAATAAGCTTATCAGAGACTTTGTT
GTAATCTGATGTCCCTAAATAATGAGACAAAAAATGTTGTGATTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BL19JQ C 8
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G
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DS 



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C


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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR3EO36TF U 6
AF RR3E374TF U 1
AF RR3EO36JQ C 201
AF RR3H142TF C 731
AF RR3H142JQ U 741
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BS 332 764 RR3E374TF
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GG
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CTCGATAACTCAGGGAAGACGACGATTGTTCTGAAGATGAACGGTGAAGACACAAGCGTC
ATCAGTCCAACTCTTGGGTTCAACATCAAAACCATTATTTACCAAAAGTATACGTTGAAT
ATATGGGATGTGGGTGGGCAGAAGACTATAAGATCTTACTGGAGGAACTACTTTGAGCAG
ACTGATGGGTTGGTTTGGGTTGTCGATAGCTCTGATCTCAGGAGGCTTGATGATTGCAAG
ATGGAGCTTGACAATCTCTTGAAGGAAGAGAGGCTTGCTGGGTCATCTTTGCTGATACTG
GCGAATAAGCAGGACATTCAAGGTGCTCTTACACCTGAAGAGATTGGTAAGGTGCTAAAC
TTAGAGTCCATGGATAAAAGCAGGCACTGGAAGATTGTGGGTTGCAGTGCATACACAGGT
GAAGGTTTGTTGGAAGGATTCGATTGGTTGGTTCAAGACATTGCCTCCAGAATTTACATG
CTTGACTAATCTCTCAACTACTGCATTGCGCAATGGAATGTTATGCTCGACCATTTGCAG
CCGAAGATTCAGTTTCACAGATGCAACACATTGTGCATATCGAACCTGC

QA 3 711 3 711
DS 

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GGGACTGTTAAGCATCATCCGGAAGATCAAGAAGAAAGAGAAGGAGATGCGTATTCTTAT
GGTTGGACTCGATAACTCAGGGAAGACGACGATTGTTCTGAAGATGAACGGTGAAGACAC
AAGCGTCATCAGTCCAACTCTTGGGTTCAACATCAAAACCATTATTTACCAAAAGTATAC
GTTGAATATATGGGATGTGGGTGGGCAGAAGACTATAAGATCTTACTGGAGGAACTACTT
TGAGCAGACTGATGGGTTGGTTTGGGTTGTTGATAGCTCTGATCTCAGGAGGCTTGATGA
TTGCAAGATGGAGCTTGACAATCTCTTGAAGGAAGAGAGGCTTGCTGGGTCATCTTTGCT
GATACTGGCGAATAAGCAGGACATTCAAGGTGCTCTTACACCTGAAGAGATTGGTAAGGT
GCTAAACTTAGAGTCCATGGATAAAAGCAGGCACTGGAAGATTGTGGGTTGCAGTGCATA
CACAGGTGAAGGTTTGTTGGAAGGATTCGATTGGTTGGTTCAAGACATTGCCTCCAGAAT
TTACATGCTTGACTAATCTCTCAACTACTGCATTGCGCAATGGAATGTTATGCTCGACCA
TTTGCAGCCGAAGATTCAGTTTCACAGATGCAACACATTGTGCATATCGAACCTGCTCTT
TTATTACCATTATCTTTATTCGGCTCAAGTGACTTTCATATCTG

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3EO36JQ 670 0 0
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GTGGGCAGAAGACTATAAGATCTTACTGGAGGAACTACTTTGAGCAGACTGATGGGTTGG
TTTGGGTTGTCGATAGCTCTGATCTCAGGAGGCTTGATGATTGCAAGATGGAGCTTGACA
ATCTCTTGAAGGAAGAGAGGCTTGCTGGGTCATCTTTGCTGATACTGGCGAATAAGCAGG
ACATTCAAGGTGCTCTTACACCTGAAGAGATTGGTAAGGTGCTAAACTTAGAGTCCATGG
ATAAAAGCAGGCACTGGAAGATTGTGGGTTGCAGTGCATACACAGGTGAAGGTTTGTTGG
AAGGATTCGATTGGTTGGTTCAAGACATTGCCTCCAGAATTTACATGCTTGACTAATCTC
TCAACTACTGCATTGCGCAATGGAATGTTATGCTCGACCATTTGCAGCCGAAGATTCAGT
TTCACAGATGCAACACATTGTGCATATCGAACCTGCTCTTTTATTACCATTATCTTTATT
CGGCTCAAGTGACTTTCATATCTGCACTTTGGCCTTTCTTTTATTGTAACAATGATTCAA
CAAACATTATATCCCTGTCTGAAGACAAAATCTTCTACTCTTGTTTGATTGAAAATTAAC
ACAAACCAC
T

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3H142TF 651 0 0
TTTT
TTTATTCGGCTCAAGTGACTTTCATATCTGCACTTTAGCCTTTCTTTTATTGTAACAATG
ATTCAACAAACATTATATCCGTGTCTGAAGACAACATCTTCTACTCTTGTTTGATTGAAA
ACTAACACAAACCACAAAATGATGTAATCATAAATCCAAGTCGAACTTATTGATAAGCAT
GTCCCAAATCTACCACCAAATAATCAAGGTTCTCCACAGAGTAAACAAAGAAAAGAAGAT
ATCATTTCGACTTCTTTCCAACCTTCTTCTTGACGACTTCGTCAATGTACATTATACCTT
TGCCCTTATAAACCTCAGGAGGTTTGCAACTCCTGACAGTCGCAGCAAACTGATGCACCC
TATCCTTGTCGATCCCGGTGCAGCAAACCACATTGTTCTTGAAACAGAAGACCCTGACCG
CGGGAGGAACCGCCAGCTCGACCTCATGACTGTAACCTAACTTGAGGTATAAGAAACGCC
CCGCTTCCTCAGCTCTGGCTTTGTATCCAACTCCAACAATCTTCAAGAACCGAAAGAACT
TGGCTTCCATCTTCCCTTCTTGCCACACAGAATGTTCACCTTTATTGCTTTCCGGCGAAA
AGAAAAGAGGACTAATGTGTCAGTGCTACTTCTTCGCCGGCGGATCC

QA 5 651 5 651
DS 

RD RR3H142JQ 641 0 0
CGGCTCAAGTGACTTTCATATCTGCACTTTAGCCTTTCTTTTATTGTAACAATGATTCAA
CAAACATTATATCCGTGTCTGAAGACAACATCTTCTACTCTTGTTTGATTGAAAACTAAC
ACAAACCACAAAATGATGTAATCATAAATCCAAGTCGAACTTATTGATAAGCATGTCCCA
AATCTACCACCAAATAATCAAGGTTCTCCACAGAGTAAACAAAGAAAAGAAGATATCATT
TCGACTTCTTTCCAACCTTCTTCTTGACGACTTCGTCAATGTACATTATACCTTTGCCCT
TATAAACCTCAGGAGGTTTGCAACTCCTGACAGTCGCAGCAAACTGATGCACCCTATCCT
TGTCGATCCCGGTGCAGCAAACCACATTGTTCTTGAAACAGAAAACCCTGACCGCGGGAG
GAACCGCCAGCTCGACCTCATGACTGTAACCTAACTTGAGGTATAAAAAACGCCCCGCTT
CCTCAGCTCTGGCTTTGTATCCAACTCCAACAATCTTCAAGAACCGAAAGAACTTGGCTT
CCATCTTCCCTTCTTGCCACACAGAATGTTCACCTTTATTGCTTTCCGGCGAAAAGAAAA
GAGGACTAATGTGTCAGTGCTACTTCTTCGCCGGCGGATCC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 2 5

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ATTTGATCGCAGGAGGTAAGAGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCAAAGTCTGACGACG
TCTACCTCAAGCTTACCGTCAAGATTTACCGGTTTCTGGTAAGGAGAACACAGAGCAAGT
TCAATGCAGTGATCCTGAAGAGGCTTTTCATGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCCCCTTCTC
TATCCAGGCTCGTCGAGTTCATGACCGGCAAGGAAGATAAGATTGCTGTCTTGGTTGGAA
CCATCACCGATGATTTGAGAGTACATGAGATCCCAGCTATCAAAGTTACTGCCTTGAGGT
TCACAGAGAGAGCCAGAGCTCGGATTGAGAAAGCTGGTGGTGAATGCCTGACCTTTGACC
AGCTTGCTCTCAGAGCTCCTTTGGGACTGAACACTGTTCTTCTTAGAGGACCTAAGAACT
CACGTGAAGCCGTGAAGCATTTTGGCCCTGCTCCTGGTGTGCCACA**GTCACTCCAAGC
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TGCTTCTCAACTATTGTTTCAGACAAATAGATTTAAGTTTGTTTCTACCGGAAAAC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3AW17TF U 1
AF RR3B820JQ C 2
AF RR3B820TF U 209
BS 1 143 RR3AW17TF
BS 144 144 RR3B820JQ
BS 145 234 RR3AW17TF
BS 235 235 RR3B820TF
BS 236 325 RR3AW17TF
BS 326 326 RR3B820TF
BS 327 447 RR3AW17TF
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BS 763 764 RR3B820TF
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GGATTCAAGGTTTAAGAAACATTTGTCTCTGCGTGCGTCTTCGAACTTGATTCTCGACTG
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TGCTTCTCAACTATTGTTTCAGACAAATAGATTTAAGTTTGT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3B820JQ 775 0 0
GG
GCGCAAGCTTCGACGGCGGCGGCATCACTACATCCCCGGACGCTACAATGGGAATTGATT
TGATCGCAGGAGGTAAGAGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCAAAGTCTGACGATGTCT
ACCTCAAGCTTACCGTCAAGATTTACCGGTTTCTGGTAAGGAGAACACAGAGCAAGTTCA
ATGCAGTGATCCTGAAGAGGCTTTTCATGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCCCCTTCTCTAT
CCAGGCTCGTCGAGTTCATGACCGGCAAGGAAGATAAGATTGCTGTCTTGGTTGGAACCA
TCACCGATGATTTGAGAGTACATGAGATCCCAGCTATCAAAGTTACTGCCTTGAGGTTCA
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TTGTTGCTTCTTTAATTAAAACTCTATTCGTAACCGGATCTTTGTTTAGTGAATTGTTGC
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QA 3 775 3 775
DS 

RD RR3B820TF 567 0 0
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GATCCCAGCTATCAAAGTTACTGCCTTGAGGTTCACAGAGAGAGCCAGAGCTCGGATTGA
GAAAGCTGGTGGTGAATGCCTGACCTTTGACCAGCTTGCTCTCAGAGCTCCTTTGGGACT
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TGCTCCTGGTGTGCCACA**GTCACTCCAAGCCGTATGTTCGGTCCAAGGGGAAGGAAGT
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CTGCGTGCGTCTTCGAACTTGATTCTCGACTGTTGTTGTTGCTTCTTTAATTAAAACTCT
ATTCGTAACCGGATCTTTGTTTAGTGAATTGTTGCTTCTCAACTATTGTTTCAGACAA*T
AGATTTAAGTTTGTTT
CTACCGGAAAC

QA 1 556 1 556
DS 



CO CL2037Contig2 848 2 2 U
GGGTCTTGCGCAAGCTTCGACGGCGGCGGCACCACCACCACATCCCCGGAAGCTACAATG
GGAATTGATTTGATCGCAGGAGGTAAGAGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCAAAGTCG
GACGATGTCTACCTCAAGCTTACCGTCAAGCTTTACCGGTTTCTGGTAAGGAGAACACAG
AGCAAGTTCAATGCAGTGATCTTGAAGAGGCTTTTCATGAGCAAAGTCAACAAAGCTCCC
CTTTCTCTATCCAGGCTCGTCGAGTTCATGACCGGCAAGGAAGATAAGATTGCTGTCTTG
GTTGGAACCATCACCGATGATTTGAGGGTACACGAGATCCCAGCTATCAAAGTTACTGCC
TTGAGGTTCACAGAGAGAGCCAGAGCTCGGATTGAGAAAGCTGGCGGTGAATGCTTGACC
TTTGACCAGCTTGCTCTCAGAGCTCCTTTGGGACAGAACACTGTTCTTCTTAGAGGACCT
AAGAACTCACGTGAAGCCGTGAAGCATTTTGGTCCTGCTCCTGGTGTGCCACACAGTCAC
TCCAAGCCGTATGTTCGGTCCAAGGGAAGGAAGTTCGAGAAGGCCAGAGGAAAGAGGAAG
AGCCGTGGATTCAAGGTTTAAGAAACATCGTCTCTGCGTCTTCGAACTTGATTCTCGAGT
TTTGTTACTTCTTAATTAAATCTATCTCTATTCGTAACCGGATCTTTGTTTAGTGAATTG
TTGCTTCTCATCGCTTGTTTCAGACAATAGATTTAAGTTTGTTTTCTACTGGAATCATCG
TGAGTTGATTACTCATTTGTGTGCACTTACATACATTTAAGCTTTTATAATATGAAAGTC
TTATTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GW60TF U 1
AF RR3GW60JQ C 168
BS 1 764 RR3GW60TF
BS 765 848 RR3GW60JQ

RD RR3GW60TF 774 0 0
GGGTCTTGCGCAAGCTTCGACGGCGGCGGCACCACCACCACATCCCCGGAAGCTACAATG
GGAATTGATTTGATCGCAGGAGGTAAGAGCAAGAAGACCAAAAGGACAGCTCCAAAGTCG
GACGATGTCTACCTCAAGCTTACCGTCAAGCTTTACCGGTTTCTGGTAAGGAGAACACAG
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CTTTCTCTATCCAGGCTCGTCGAGTTCATGACCGGCAAGGAAGATAAGATTGCTGTCTTG
GTTGGAACCATCACCGATGATTTGAGGGTACACGAGATCCCAGCTATCAAAGTTACTGCC
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TTTGACCAGCTTGCTCTCAGAGCTCCTTTGGGACAGAACACTGTTCTTCTTAGAGGACCT
AAGAACTCACGTGAAGCCGTGAAGCATTTTGGTCCTGCTCCTGGTGTGCCACACAGTCAC
TCCAAGCCGTATGTTCGGTCCAAGGGAAGGAAGTTCGAGAAGGCCAGAGGAAAGAGGAAG
AGCCGTGGATTCAAGGTTTAAGAAACATCGTCTCTGCGTCTTCGAACTTGATTCTCGAGT
TTTGTTACTTCTTAATTAAATCTATCTCTATTCGTAACCGGATCTTTGTTTAGTGAATTG
TTGCTTCTCATCGCTTGTTTCAGACAATAGATTTAAGTTTGTTT
TCTACTGGAA

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3GW60JQ 681 0 0
AAGGAGAACACAGAGCAAGTTCAATGCAGTGATCTTGAAGAGGCTTTTCATGAGCAAAGT
CAACAAAGCTCCCCTTTCTCTATCCAGGCTCGTCGAGTTCATGACCGGCAAGGAAGATAA
GATTGCTGTCTTGGTTGGAACCATCACCGATGATTTGAGGGTACACGAGATCCCAGCTAT
CAAAGTTACTGCCTTGAGGTTCACAGAGAGAGCCAGAGCTCGGATTGAGAAAGCTGGCGG
TGAATGCTTGACCTTTGACCAGCTTGCTCTCAGAGCTCCTTTGGGACAGAACACTGTTCT
TCTTAGAGGACCTAAGAACTCACGTGAAGCCGTGAAGCATTTTGGTCCTGCTCCTGGTGT
GCCACACAGTCACTCCAAGCCGTATGTTCGGTCCAAGGGAAGGAAGTTCGAGAAGGCCAG
AGGAAAGAGGAAGAGCCGTGGATTCAAGGTTTAAGAAACATCGTCTCTGCGTCTTCGAAC
TTGATTCTCGAGTTTTGTTACTTCTTAATTAAATCTATCTCTATTCGTAACCGGATCTTT
GTTTAGTGAATTGTTGCTTCTCATCGCTTGTTTCAGACAATAGATTTAAGTTTGTTTTCT
ACTGGAATCATCGTGAGTTGATTACTCATTTGTGTGCACTTACATACATTTAAGCTTTTA
TAATATGAAAGTCTTATTCAT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL2038Contig1 1030 2 10 U
GGGGCTGTTGTTGTTGTTCCTCCCCCCTCGTTGGAGAGAAGCAAGCGAGCGAGTCTCTTA
CAATCCCAGAGAGAGAGCGAGAGGCGTTTGTTCTTCCTCTAAGCCAAGAGTCTCAGTTGG
GTGGCAAAGATGGTCGCAGAACGCTTCACTGTCGATTTGGATAAGCCACTTGTCTTTCAG
GTTGGTCATCTTGGGGAAGAATATCAGGAATGGATTCATCAACCTATTGTATGCGTAGAG
GGTCCTCGTTTTTTCCAGAGTGATTTTTGGGAGTTCTTGGCTCGCACGGTCTGGTGGGCA
ATCCCAACTATCTGGCTTCCAGTTGTCTGCTACGTTCTTTCAATCTCCGCGGCGAGGGGA
CTGACATTTCCCCAGATGGGTTTAATAGTTGCATTTGGCGTATTCACGTGGACATTGCTC
GAGTACACACTTCATCGTTTCCTTTTCCACATAGAAACCAAGAGCTACTGGGCAAACACT
GCACACTATCTTCTTCATGGATGCCATCACAAGCACCCACAAGACGGCCTTCGTCTTGTT
TTCCCTCCCACCGCAACAGCAATCCTCTTGGTTCCACTATGGAAGCTTCTGCACCTCATA
GCTACTCCTGCTACAGCTCCTGCTATGCTTGGAGGCATTTTGTTTGGCTATGTGATGTAT
GATTGTACTCATTTCTATCTACACCACGGTCAACCTAAAGAACCAACCTTCAAGCATCTC
AAGAAGTACCATCTGAACCACCACTTCAGAATCCAGGACAAAGGATATGGAATCACTTCT
TCTCTCTGGGATAGAGTCTTTGGAACACTTCCCGGTACAAAGGCTGCTCAGAAGAAGAAG
CTCTAAACCGGATATCGTTTTGCCATTTTCAGTGTGTCAAAAACTCACTTCTGATTCATC
ATGTGATTTTATGACTGTTTAACTGATGTTGTATACGATCTATCACCATATTTTGAACAT
ATCTAGTGGTGTGTTAACCGGTTTTATGGTGTGGTCATAGAAAATTAAAATCAAACTGGT
TTATTTGCTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EC46TF U 1
AF RR3EC46JQ C 342
BS 1 712 RR3EC46TF
BS 713 713 RR3EC46JQ
BS 714 721 RR3EC46TF
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BS 751 1030 RR3EC46JQ

RD RR3EC46TF 758 0 0
GGGGCTGTTGTTGTTGTTCCTCCCCCCTCGTTGGAGAGAAGCAAGCGAGCGAGTCTCTTA
CAATCCCAGAGAGAGAGCGAGAGGCGTTTGTTCTTCCTCTAAGCCAAGAGTCTCAGTTGG
GTGGCAAAGATGGTCGCAGAACGCTTCACTGTCGATTTGGATAAGCCACTTGTCTTTCAG
GTTGGTCATCTTGGGGAAGAATATCAGGAATGGATTCATCAACCTATTGTATGCGTAGAG
GGTCCTCGTTTTTTCCAGAGTGATTTTTGGGAGTTCTTGGCTCGCACGGTCTGGTGGGCA
ATCCCAACTATCTGGCTTCCAGTTGTCTGCTACGTTCTTTCAATCTCCGCGGCGAGGGGA
CTGACATTTCCCCAGATGGGTTTAATAGTTGCATTTGGCGTATTCACGTGGACATTGCTC
GAGTACACACTTCATCGTTTCCTTTTCCACATAGAAACCAAGAGCTACTGGGCAAACACT
GCACACTATCTTCTTCATGGATGCCATCACAAGCACCCACAAGACGGCCTTCGTCTTGTT
TTCCCTCCCACCGCAACAGCAATCCTCTTGGTTCCACTATGGAAGCTTCTGCACCTCATA
GCTACTCCTGCTACAGCTCCTGCTATGCTTGGAGGCATTTTGTTTGGCTATGTGATGTAT
GATTGTACTCATTTCTATCTACACCACGGTCAACCTAAAGAACCAACCTTCA*GCATCTC
A*GAAGTAC*ATCTGA*CCACCACTTCAGA
TCCAGGAC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3EC46JQ 689 0 0
AATCTCCGCGGCGAGGGGACTGACATTTCCCCAGATGGGTTTAATAGTTGCATTTGGCGT
ATTCACGTGGACATTGCTCGAGTACACACTTCATCGTTTCCTTTTCCACATAGAAACCAA
GAGCTACTGGGCAAACACTGCACACTATCTTCTTCATGGATGCCATCACAAGCACCCACA
AGACGGCCTTCGTCTTGTTTTCCCTCCCACCGCAACAGCAATCCTCTTGGTTCCACTATG
GAAGCTTCTGCACCTCATAGCTACTCCTGCTACAGCTCCTGCTATGCTTGGAGGCATTTT
GTTTGGCTATGTGATGTATGATTGTACTCATTTCTATCTACACCACGGTCAACCTAAAGA
ACCAACCTTCAAGCATCTCAAGAAGTACCATCTGAACCACCACTTCAGAATCCAGGACAA
AGGATATGGAATCACTTCTTCTCTCTGGGATAGAGTCTTTGGAACACTTCCCGGTACAAA
GGCTGCTCAGAAGAAGAAGCTCTAAACCGGATATCGTTTTGCCATTTTCAGTGTGTCAAA
AACTCACTTCTGATTCATCATGTGATTTTATGACTGTTTAACTGATGTTGTATACGATCT
ATCACCATATTTTGAACATATCTAGTGGTGTGTTAACCGGTTTTATGGTGTGGTCATAGA
AAATTAAAATCAAACTGGTTTATTTGCTG

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 4

CO CL2039Contig1 943 4 15 U
GACGTCACTCCTCATTGGTACCATCTTCTGGCAAATCGGGGGTAACAGGTCCAACGCAGC
GGACCTGACGATGGTTATAGGAGCTTTGTATGCTGCGGTTATCTTTGTGGGAATAAACAA
CTGCTCCACGGTACAGCCGATGGTGGCAGTGGAGAGGACTGTGTTCTACAGGGAAAGAGC
AGCAGGAATGTACTCAGCTATGCCATACGCCATCTCTCAAGTCACCTGTGAGCTTCCGTA
CGTGCTGATTCAGACCACTTACTACTCTCTCATCGTCTATGCCATGGTTGGGTTCGAGTG
GACAGCTGCAAAGTTCTTCTGGTTCCCTTTTGTAAGCTACTTCTCTTTCCTTTACTGGAC
CTATTACGGTATGATGACTGTTTCCCTCACACCAAACCAGCAAGTAGCTTCCATCTTTGC
TTCGGCCTTTTACGGCATTTTCAACCTCTTCTCGGGCTTCTTCATCCCAAGACCAAAGAT
CCCCAAGTGGTGGATATGGTACTACTGGATCTGCCCTGTCGCATGGACCGTCTATGGGTT
GATTGTCTCGCAGTATGGTGACGTGGAGACACCTATTACTGTCCTCGGAGGTCCTGAGGG
ACTCACCGTTAAGCAATACATTAAGGACAATTACGGGTTCGAGTCTGACTTTATGGGACC
AGTAGCTGCCGTCCTAGTTGCATTCACTGTCTTTTTTGCCTTCATCTTTGCCTTCTGCAT
AAGAACTCTCAACTTCCAGACCAGATAAACCCTTTCAAAATCTCCTTCCTTCTTTCTTTC
ATTTGCTTTCTGTATCCTTGTGATTGATATATGGATTTGCTCTCTTTTCTTACTATGTAT
TCTAGAGTCATAAGGATTTGTTTTTAATAATTTGATTAAATACCTCATGTAGTCCTATAG
ATGATGACAATGCATATGTAATATAAACTCTCACCCTTTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN89TF U 1
AF RR3FV11TF U 166
AF RR3CT82TF U 92
AF RR3DN89JQ C 119
BS 1 120 RR3DN89TF
BS 121 121 RR3CT82TF
BS 122 583 RR3DN89TF
BS 584 591 RR3CT82TF
BS 592 592 RR3FV11TF
BS 593 672 RR3CT82TF
BS 673 674 RR3FV11TF
BS 675 687 RR3CT82TF
BS 688 688 RR3FV11TF
BS 689 854 RR3CT82TF
BS 855 855 RR3DN89JQ
BS 856 864 RR3CT82TF
BS 865 865 RR3DN89JQ
BS 866 907 RR3CT82TF
BS 908 943 RR3DN89JQ

RD RR3DN89TF 583 0 0
GACGTCACTCCTCATTGGTACCATCTTCTGGCAAATCGGGGGTAACAGGTCCAACGCAGC
GGACCTGACGATGGTTATAGGAGCTTTGTATGCTGCGGTTATCTTTGTGGGAATAAACAA
TTGCTCCACGGTACAGCCGATGGTGGCAGTGGAGAGGACTGTGTTCTACAGGGAAAGAGC
AGCAGGAATGTACTCAGCTATGCCATACGCCATCTCTCAAGTCACCTGTGAGCTTCCGTA
CGTGCTGATTCAGACCACTTACTACTCTCTCATCGTCTATGCCATGGTTGGGTTCGAGTG
GACAGCTGCAAAGTTCTTCTGGTTCCCTTTTGTAAGCTACTTCTCTTTCCTTTACTGGAC
CTATTACGGTATGATGACTGTTTCCCTCACACCAAACCAGCAAGTAGCTTCCATCTTTGC
TTCGGCCTTTTACGGCATTTTCAACCTCTTCTCGGGCTTCTTCATCCCAAGACCAAAGAT
CCCCAAGTGGTGGATATGGTACTACTGGATCTGCCCTGTCGCATGGACCGTCTATGGGTT
GATTGTCTCGCAGTATGGTGACGTGGAGACACCTATTACTGTC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3FV11TF 693 0 0
AGG
CAGGGAAAGAGCAGCAGGAATGTACTCAGCTATGCCATACGCCATCTCTCAAGTCACCTG
TGAGCTTCCGTACGTGCTGATTCAGACCACTTACTACTCTCTCATCGTCTATGCCATGGT
TGGGTTCGAGTGGACAGCTGCAAAGTTCTTCTGGTTCCTTTTTGTAAGCTACTTCTCTTT
CCTTTACTGGACCTATTACGGTATGATGACTGTTTCCCTCACACCAAACCAGCAAGTAGC
TTCCATCTTTGCTTCGGCCTTTTACGGCATTTTCAACCTCTTCTCGGGCTTCTTCATCCC
AAGACCAAAGATCCCCAAGTGGTGGATATGGTACTACTGGATCTGCCCTGTCGCATGGAC
CGTCTATGGGTTGATTGTCTCGCAGTATGGTGACGTGGAGACACCTATTACTGTCCTCGG
AGGTCCTGAGGGACTCACCGTTAAGCAATACATTAAGGACAATTACGGGTTCGAGTCTGA
CTTTATGGGACCAGTAGCTGCCGTCCTAGTTGCATTCACTGTCTTTTTTGCCTTCATCTT
TGCCTTCTGCATAAGAACTCTCAACTTCCAGACCAGATAAACCCTTTCAAAATCTCCTTC
CTTCTTTCTTTCACTTGCTTTCTGTATCCTTG**ATTGATATATGGATTTGCTCTCTTTT
CTTACTATGTATTCTAGAGTCA
AAAAAAAA

QA 4 685 4 685
DS 

RD RR3CT82TF 816 0 0
GCTGCGGTTATCTTTGTGGGAATAAACAACTGTTCCACGGTACAGCCGATGGTGGCAGTG
GAGAGAACTGTGTTCTACAGGGAAAGAGCAGCAGGAATGTACTCAGCTATGCCATACGCC
ATCTCTCAAGTCACCTGTGAGCTTCCGTATGTGCTGATTCAGACCACTTACTACTCTCTC
ATCGTCTATGCCATGGTTGGGTTCGAGTGGACAGCTGCAAAGTTCTTCTGGTTCCTTTTC
GTAAGCTACTTCTCTTTCCTTTACTGGACCTATTACGGCATGATGACTGTTTCCCTCACA
CCAAACCAGCAAGTCGCTTCCATCTTCGCTTCGGCCTTTTACGGCATTTTCAACCTCTTC
TCGGGCTTCTTTATCCCAAGACCAAAGATCCCCAAGTGGTGGATATGGTACTACTGGATC
TGCCCTGTCGCATGGACCGTCTATGGATTGATTGTCTCGCAGTATGGTGACGTGGAGACA
CCTATCACTGTCCTCGGAGGCCCTGAGGGACTCACCGTTAAGCAATACATTAAGGACAAT
TACGGGTTCGAGTCTGACTTTATGGGACCAGTAGCTGCCGTTTTAGTTGCATTCACCGTC
TTTTTTGCCTTCATCTTTGCCTTCTGCATAAGAACTCTCAACTTCCAGACCAGATAAACC
CTTTCAAAATCTCCTTCCTTCTTTCTTTCATTTGCTTTCTGTATCCTTGTGATTGATATA
TGGATTTGCTCTCTTTTCTTACTATGTATTCTAGAGTCATAAG*ATTTGTTTT*AATAAT
TTGATTAAATACCTCATGTAGTCCTATAGATGATGA

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3DN89JQ 825 0 0
AATTGC
TCCACGGTACAGCCGATGGTGGCAGTGGAGAGGACTGTGTTCTACAGGGAAAGAGCAGCA
GGAATGTACTCAGCTATGCCATACGCCATCTCTCAAGTCACCTGTGAGCTTCCGTACGTG
CTGATTCAGACCACTTACTACTCTCTCATCGTCTATGCCATGGTTGGGTTCGAGTGGACA
GCTGCAAAGTTCTTCTGGTTCCCTTTTGTAAGCTACTTCTCTTTCCTTTACTGGACCTAT
TACGGTATGATGACTGTTTCCCTCACACCAAACCAGCAAGTAGCTTCCATCTTTGCTTCG
GCCTTTTACGGCATTTTCAACCTCTTCTCGGGCTTCTTCATCCCAAGACCAAAGATCCCC
AAGTGGTGGATATGGTACTACTGGATCTGCCCTGTCGCATGGACCGTCTATGGGTTGATT
GTCTCGCAGTATGGTGACGTGGAGACACCTATTACTGTCCTCGGAGGTCCTGAGGGACTC
ACCGTTAAGCAATACATTAAGGACAATTACGGGTTCGAGTCTGACTTTATGGGACCAGTA
GCTGCCGTCCTAGTTGCATTCACTGTCTTTTTTGCCTTCATCTTTGCCTTCTGCATAAGA
ACTCTCAACTTCCAGACCAGATAAACCCTTTCAAAATCTCCTTCCTTCTTTCTTTCATTT
GCTTTCTGTATCCTTGTGATTGATATATGGATTTGCTCTCTTTTCTTACTATGTATTCTA
GAGTCATAAGGATTTGTTTTTAATAATTTGATTAAATACCTCATGTAGTCGTATAGATGA
TGACAATGCATATGTAATATAAACTCTCACCCTTTCTTT

QA 7 825 7 825
DS 



AS 1 3

CO CL2040Contig1 685 3 1 U
AGGGAAACGAAATGTGTCATTAATCATAATATTAGAGAGGATCTCATGATAATACACAGG
CTACTATACAGCCAGGTCTGGACCCTCACTTACAATTACGATGCATACATACATAAACCA
TACATTATGTAATATATGAGTTGGCCTAACAATGACCCGAAACCC*TAGCTATATCATAA
TATTTGAAGTAGAAGGAAACAAATACTCATAATCATAATAAGATAAATTTTCGTGGCAGA
AATCGATGATTTATATCTCAGATTGATTAGTGAGAATTTTAGTAATTAAGCAAGCTCCTA
ATGATGGCTGCCTCGGCGCTGTCGTCGTCCGTTGAAGCCAAAAGTTCCGACAAACGGTAA
CTGAGATCATCAACCTCTCTGTGTAAGTTCCTGATGTAGTTGCAAGTCTCTTGTAGCACT
TTAGATGCTGACACCTTGTCAGAACGGCGGCGTCGGAGCTCAGGGATGAGGTGTTGGAGC
TTAGTAACAAGATCGGTAATCTGATCATCAGAAATTCTTGAGCTTCCTGACTGTCGTGAA
CGTGATGATCTTCTGCTCGACATCTTCTTTAGTAAGTGGCTTTGTTTGTTTGTGTGTGTG
TGGAGAGAGAGGAATGCAGTAAGGATAAGTAGTTGTTGTGTCAGAGAGAGAAAGAGAATA
AGAGTGGAGAAGACGAAGAAGATTC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO52TF C 1
AF RR3BJ45JQ U 14
AF RR3FO52JQ U 1
BS 1 685 RR3FO52JQ

RD RR3FO52TF 430 0 0
AG
GGAAACGAAATGTGTCATTAATCATAATATTAGAGAGGATCTCATGATAATACACAGGCT
ACTATACAGCCAGGTCTGGACCCTCACTTACAATTACGATGCATACATACATAAACCATA
CATTATGTAATATATGAGTTGGCCTAACAATGACCCGAAACCCCTAGCTATATCATAATA
TTTGAAGTAGAAGGAAACAAATACTCATAATCATAATAAGATAAATTTTCGTGGCAGAAA
TCGATGATTTATATCTCAGATTGATTAGTGAGAATTTTAGTAATTAAGCAAGCTCCTAAT
GATGGCTGCCTCGGCGCTGTCGTCGTCCGTTGAAGCCAAAAGTTCCGACAAACGGTAACT
GAGATCATCAACCTCTCTGTGTAAGTTCCTGATGTAGTTGCAAGTCTCTTGTAGCACTTT
AGATGCTG

QA 3 430 3 430
DS 

RD RR3BJ45JQ 628 0 0
GTGTCATTAATCATAATATTAGAGAGGATCTCATGATAATACACAGGCTACTATACAGCC
AGGTCTGGACCCTCACTTACAATTACGATGCATACATACATAAACCATACATTATATAAT
ATATGAGTTGGCCTAACAATGACCCGAAACCC*TAGCTATATCATAATATTTGAAGTAGA
AGGAAACAAATACTCATAATCATAATAAGATAAATTTTCGTGGCGGAAATCGATGATTTA
TATCTCAGATTAATTAGTGAGAATTTTAGTAATTAAGCAAGCTCCTAATGATGGCTGCCT
CGGCGCTGTCGTCGTCCGTTGAAGCCAAAAGTTCCGACAAACGGTCACTGAGATCATCAA
CCTCTCTGTGTAAGTTCCTGATGTAGTTGCAAGTCTCCTGTAGCACTTTAGATGCTGACA
CCTTGTCAGAACGGCGGCGTCGGAGCTCAGGGATGAGGTGTTGGAGCTTAGTAACAAGAT
CGGTAATCTGATCATCAGAAATTCTTGAGCTTCCTGACTGTCGTGAACGTGATGATCTTC
TGCTCGACATCTTCTTTAGTAAGTGGCTTTGTTTGTTTGTGTGTGTGTGGAGAGAGAGGA
ATGCAGTAAGGATAAGTAGTTGTTGTGT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3FO52JQ 685 0 0
AGGGAAACGAAATGTGTCATTAATCATAATATTAGAGAGGATCTCATGATAATACACAGG
CTACTATACAGCCAGGTCTGGACCCTCACTTACAATTACGATGCATACATACATAAACCA
TACATTATGTAATATATGAGTTGGCCTAACAATGACCCGAAACCC*TAGCTATATCATAA
TATTTGAAGTAGAAGGAAACAAATACTCATAATCATAATAAGATAAATTTTCGTGGCAGA
AATCGATGATTTATATCTCAGATTGATTAGTGAGAATTTTAGTAATTAAGCAAGCTCCTA
ATGATGGCTGCCTCGGCGCTGTCGTCGTCCGTTGAAGCCAAAAGTTCCGACAAACGGTAA
CTGAGATCATCAACCTCTCTGTGTAAGTTCCTGATGTAGTTGCAAGTCTCTTGTAGCACT
TTAGATGCTGACACCTTGTCAGAACGGCGGCGTCGGAGCTCAGGGATGAGGTGTTGGAGC
TTAGTAACAAGATCGGTAATCTGATCATCAGAAATTCTTGAGCTTCCTGACTGTCGTGAA
CGTGATGATCTTCTGCTCGACATCTTCTTTAGTAAGTGGCTTTGTTTGTTTGTGTGTGTG
TGGAGAGAGAGGAATGCAGTAAGGATAAGTAGTTGTTGTGTCAGAGAGAGAAAGAGAATA
AGAGTGGAGAAGACGAAGAAGATTC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

CO CL2041Contig1 792 2 2 U
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BQ
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DS 



AS 1 5

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BQ
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AF RR3GL08TF U 5
AF RR3GL08JQ C 390
AF RR3GQ29JQ C 525
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BS 602 602 RR3GQ29TF
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GG
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GTGTGTGTGACAGGAGCTTCAGGTTACATTGCTTCGTGGATCGTCAAGCTTCTCCTTCTC
CGTGGCTACACCGTTAAAGCCTCTGTTCGTGATCCAAACGATCCGAGGAAAACAGAGCAT
TTGCTTGCGTTAGAAGGTGCAGAGGAAAGGCTTCAATTATTCAAAGCAAACTTGTTAGAA
GAAGGCTCCTTCGACTCAGCAATCGACGGTTGCCAAGGAGTTTTCCACACTGCATCACCA
TTCTATCACGATGTCAAAGATCCTCAGGCTGAGTTACTTGATCCAGCAGTGAAAGGAACA
ATTAATGTTCTAAGCACTTGCTTGAAGACTCCCTCTGTTAAGAGAGTCGTCTTAACCTCA
TCTATAGCAGCTGTTGCTTTCAATGGAATGCCTCGAACACCCGATACCATAGTTGATGAA
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ACATTAGCTGAAAATGCAGCGTGGAAGTTCGCGAAAGAGAACGATATGCAGCTGGTTTCG
ATAAATGCAGCAATGGTGATTGGTCCTCTTTTACAGCCAACGCTCAACACTAGTGCTGCT
GCAGTACTAAGCTTGATCAAAG*AGCACAGACGTT
CCTATGCGACA

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DS 

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GGATCGTCAAGCTTCTCCTTCTCCGTGGCTACACCGTTAAAGCCTCTGTTCGTGATCCAA
ATGATCCGAGGAAAACAGAGCATTTGCTTGCGTTAGAAGGTGCAGAGGAAAGGCTTCAAT
TATTCAAAGCAAACTTGTTAGAAGAAGGCTCCTTCGACTCAGCAATCGACGGTTGCCAAG
GAGTTTTCCACACTGCATCACCATTCTATCACGATGTCAAAGATCCTCAGGCTGAGTTAC
TTGATCCAGCAGTGAAAGGAACAATTAATGTTCTAAGCACTTGCTTGAAGACTCCCTCTG
TTAAGAGAGTCGTCTTAACCTCATCTATAGCAGCTGTTGCTTTCAATGGAATGCCTCGAA
CACCCGATACCATAGTTGATGAAACTTGGTTCGCCGATCCTGAACATTGCAGAGCTGCCA
AGCTATGGTATGTACTCTCCAAGACATTAGCTGAAAATGCAGCGTGGAAGTTCGCGAAAG
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CTAATGCGACATT

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DS 

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CGTCAAGCTTCTCCTTCTCCGTGGCTACACCGTTAAAGCCTCTGTTCGTGATCCAAATGA
TCCGAGGAAAACAGAGCATTTGCTTGCGTTAGAAGGTGCAGAGGAAAGGCTTCAATTATT
CAAAGCAAACTTGTTAGAAGAAGGCTCCTTCGACTCAGCAATCGACGGTTGCCAAGGAGT
TTTCCACACTGCATCACCATTCTATCACGATGTCAAAGATCCTCAGGCTGAGTTACTTGA
TCCAGCAGTGAAAGGAACAATTAATGTTCTAAGCACTTGCTTGAAGACTCCCTCTGTTAA
GAGAGTCGTCTTAACCTCATCTATAGCAGCTGTTGCTTTCAATGGAATGCCTCGAACACC
CGATACCATAGTTGATGAAACTTGGTTCGCCGATCCTGAATATTGCAGAGCTGCCAAGCT
ATGGTATGTACTCTCCAAGACATTAGCTGAAAATGCAGCGTGGAAGTTCGCGAAAGAGAA
CGATATGCAGCTGGTTTCGATAAATGCAGCAATGGTGGTTGGTCCTCTTTTACAGTCAAC
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QA 1 767 1 767
DS 

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TTCGCCGATCCTGAATATTGCAGAGCTGCCAAGCTATGGTATGTACTCTCCAAGACATTA
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CCTGATTTTCAACTCCCTGAGAAGTGTGCAGATGAAAAGATATTTATTCCAACCTACAAA
GTGTCAAAAGAGAAAGCAGAGTCTCTTGGGGTTGAGTTTGTGCCATTGGAGGTTAGCATA
AAGGAGACTGTTGAGAGTTTGCAAGACAAAGGGTTCATCAGATTTTGAGTTTCATGCCAG
AACCAGACTTGGATGTGTTTGTGTTTCCTTCCTTCCCATGTTTCTACTTTTTAATTTGGT
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TTTGTTTTTGCAGAATTAAAC

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DS 

RD RR3GQ29JQ 773 0 0
ATA
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AAGTTCGCGAAAGAGAACGATATGCAGCTGGTTTCGATAAATGCAGCAATGGTGATTGGT
CCTCTTTTACAGCCAACGCTCAACACTAGTGCTGCTGCAGTACTAAGCTTGATCAAAGGA
GCACAGACGTTTCCTAATGCGACATTCGGGTGGGTTAACGTCAAAGATGTAGCAAACGCT
CATATTCAAGCGTTTGAGAATCCAGAAGCTAATGGAAGATACTGTTTAGTGGAGAGAGTT
GCTCATTACTCTGAGGTTGTTAACATTTTGCATGATCTTTACCCTGATTTTCAACTCCCT
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GAGTCTCTTGGGGTTGAGTTTGTGCCATTGGAGGTTAGCATAAAGGAGACTGTTGAGAGT
TTGCAAGACAAAGGGTTCATCAGATTCTGAGTTTCATGCCAGAACCAGACTTGGATGTGT
TTGTGTTTCCTTCCTTCCCATGTTTCTACTTTTTAATTTGGTTGTGGTTATTTTCCTTAA
TTTAATTCTGGAGTGCATGTGTTGCCTATGACATTTTGAAAGTTTGTTTTTGCAGAATTA
AACTATTTTGTTCTCATTGGAATTTGTATTTGCATGTAATTTGGTGTATAATTATTTCCT
AATAAGTAATGAGTCTATATGTCAACAAGTGATATTTGCCTCATTTTACC

QA 4 773 4 773
DS 



AS 1 3

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TCTGTTTCTAAGGATTTGTGTGTGTGTTTTGTCTCAGTTTTTTTTCCTTGATTCAGCTTC
ATCAGAAGATCATCTTTTTATTACCCAGGGAGTCAAAGAGTGAAAGAAGATGGGTTACAT
GTGTGACTTCTGTGGTGAACAAAGATCAATGGTGTACTGTCGCTCCGACGCAGCCTGTCT
CTGTCTCTCCTGCGACCGGAGTGTTCATTCCGCTAACGCATTGTCCAAGCGACATTCTAG
AACACTCGTCTGCGAGAGATGCAATGCTCAGCCTGCTACAGTCAGGTGTGTTGAAGAAAG
AGTTTCCCTCTGTCAAAACTGTGACTGGTCTGGCCACAACAACAACAACAACAACAGTTC
TTCTTCCTCGTCAAATAATCACAAAAGGCAAACCATAAGCTGCTATTCTGGTTGCCCTTC
AAGCTCGGAGCTCGCCTCTATCTGGTCTTTCTGTTTGGAGTTAGCTGGACAATCCGGATG
TGAACAAGAAATGGGGTTGATGAATATTGATGATGATGGTCAGACCAACCAAAACTGTAA
TGATGATAATAAGAAAGATGGCGTTGCTGGTGGCTCCTCTTTAAGGCCTGAGACCAGCTC
TGCAGCTCCTGCAACTTCATCATTTCCTAAGGAGGTAAGAGTATGTGAAGATGACTTTTA
TGGGAACTTGGGTATGGATGAAGTTGACTTGGCTCTTGAGGACTATGAAGAGCTCTTTGG
GACAGCCTTTAACACCTCTGGAGAGCTCTTTGGACAAGGTGGAATCGATTGTCTTTTCCA
GAAGCATCATCAAGCAGCAGCAGCTCCTGAGGGAGGGAATCTGGTGCAGCCTGCCGAGAG
TAATGATGATTCTTTCATGAGTTCGAAAACCGAGCCGATCATTTGCTTCACATCTAAGCC
AGCACATTCCAACAACATATCTTTCTCTGGAGTCACAGGAGATAGCAGTGCTGGAGATTT
CCAAGAATGTGGTGCATCATCCTCCATGCCGCTCTCAGGGGAGCCGCCATGGTATCCTCA
AACATCGCAGGATAACAATGCTTGCTCACGGTCGGTGACACGTAAATAACGCGGTTATGC
GTTACAAAGGAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN65TF U 1
AF RR3AY43JQ C 406
AF RR3AY43TF U 406
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RD RR3DN65TF 691 0 0
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TCTGTTTCTAAGGATTTGTGTGTGTGTTTTGTCTCAGTTTTTTTTCCTTGATTCAGCTTC
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TTCTTCCTCGTCAAATAATCACAAAAGGCAAACCATAAGCTGCTATTCTGGTTGCCCTTC
AAGCTCGGAGCTCGCCTCTATCTGGTCTTTCTGTTTGGAGTTAGCTGGACAATCCGGATG
TGAACAAGAAATGGGGTTGATGAATATTGATGATGATGGTCAGACCAACCAAAACTGTAA
TGATGATAATAAGAAAGATGGCGTTGCTGGTGGCTCCTCTTTAAG*CCTGAGACCAGCTC
TGCAGCTCCTGCA*CTTCATCATTTCCTAAG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3AY43JQ 746 0 0
G
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TCTGGTTGCCCTTCAAGCTCGGAGCTCGCCTCTATCTGGTCTTTCTGTTTGGAGTTAGCT
GGACAATCCGGATGTGAACAAGAAATGGGGTTGATGAATATTGATGATGATGGTCAGACC
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TTCACATTTAAGCCAGCACATTCCAACAACATATCTTTCTCTGGAGTCACAGGAGATAGC
AGTGCTGGAGATTTCCAAGAATGTGGTGCATCATCCTCCATGCCGCTCTCAGGGGAGCCG
CCATGGTATCCTCAAACATCGCAGGATAACAATGCTTGCTCACGGTCGGTGACACGTAA*
TAACGCGGTTATGCGTTACAA
GGAG

QA 2 742 2 742
DS 

RD RR3AY43TF 749 0 0
G
AACAACAACAGTTCTTCTTCCTCGTCAAATAATCACAAAAGGCAAACCATAAGCTGCTAT
TCTGGTTGCCCTTCAAGCTCGGAGCTCGCCTCTATCTGGTCTTTCTGTTTGGAGTTAGCT
GGACAATCCGGATGTGAACAAGAAATGGGGTTGATGAATATTGATGATGATGGTCAGACC
AACCAAAACTGTAATGATGATAATAAGAAAGATGGCGTTGCTGGTGGCTCCTCTTTAAGG
CCTGAGACCAGCTCTGCAGCTCCTGCAACTTCATCATTTCCTAAGGAGGTAAGAGTATGT
GAAGATGACTTTTATGGGAACTTGGGTATGGATGAAGTTGACTTGGCTCTTGAGGACTAT
GAAGAGCTCTTTGGGACAGCCTTTAACACCTCTGGAGAGCTCTTTGGACAAGGTGGAATC
GATTGTCTTTTCCAGAAGCATCATCAAGCAGCAGCAGCTCCTGAGGGAGGGAATCTGGTG
CAGCCTGCCGAGAGTAATGATGATTCTTTCATGAGTTCGAAAACCGAGCCGATCATTTGC
TTCACATCTAAGCCAGCACATTCCAACAACATATCTTTCTCTGGAGTCACAGGAGATAGC
AGTGCTGGAGATTTCCAAGAATGTGGTGCATCATCCTCCATGCCGCTCTCAGGGGAGCCG
CCATGGTATCCTCAAACATCGCAGGATAACAATGCTTGCTCACGGTCGGTGACACGTAAA
TAACGCGGTTATGCGTTACAAAGGAGAA

QA 2 749 2 749
DS 



AS 1 3

CO CL2044Contig1 987 3 7 U
GGGAGTAGCCGGAGAGATTCTGATGCTGAAGCCTCTGATCATGTTCCATCTCAAGAACAC
GTTCTTGGTCAAGACTGAGAAAGACAGAGAGGAGGCTATGGATCCAGGGAGCATCGGTTT
CAACACCGGAGAGCCGAGGATACAGCTTTACTTCCTTCTCGGTCTTGTCTACGCTCCTGT
CACCCCC*ATGCTTCTCCCTTTCATCTTGGTCTTCTTCGCACTCGCTTACGTTGTGTACC
GTCATCAGATCATCAACGTGTACAACCAAGAATACGAGAGCGCTGCGGCGTTTTGGCCGG
ACGTTCACGGACGTGTTGTAGCTGCGCTGATCATATCTCAGGTGCTTCTGATGGGTCTGT
TGGGGACTAAACACGCTGCCTTAGCTGCGCCATTTCTCATCGCCTTGCCTGTGCTTACCA
TTGGGTTCCACCGCTTCTGCAAGGGTCGTTACGAGCCGGCTTTCGTCAGGTACCCTTTGC
AGGAAGCTAAGATGAAAGACACGTTGGAGAGGGCGAGGGAGCCGAACTTGAACTTGAAAG
GGTACTTGCAGAGTGCTTACGTTCATCCGGTTTTCAAAGGAGGTGAAGATGATTATGATG
ATGATGATG***GGGACTATGG*TGGTGATGATAAGCTCGGGAAGTTTGAGGATGAGGCT
GTTATTGTTCCCACTAAGCGTCAGTCGAGGAGGAATACTCCGGCTCCTAGTAGAGTCAGT
GGAGAGTCTTCACCACCGTCTTTGCCCTTTAGTGGTAAACAAGTCTAGAGAAAAAAAGAG
ATGATTCTACAAGTATATATACATATATGGTGCTTTCTATATGTACATAGAGAGAGAGAG
AGATAAGAGGATACGTGAGCTCAGTGTTTCCTAAGATTTGTGCTGTGAAGTGACCTTAAA
GGGTTCTTTTGTGTTTGCGTAGTTACCTTCAAATCTTTCTAGTCTTTGGACAAACCCATT
TTTTTTACCATCAGATGAATTGTCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D487TF U 1
AF RR3B038TF U 137
AF RR3B038JQ C 159
BS 1 609 RR3D487TF
BS 610 612 RR3B038TF
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BS 649 975 RR3B038TF
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RD RR3D487TF 648 0 0
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GTTCTTGGTCAAGACTGAGAAAGACAGAGAGGAGGCTATGGATCCAGGGAGCATCGGTTT
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CACCCCC*ATGCTTCTCCCTTTCATCTTGGTCTTCTTCGCACTCGCTTACGTTGTGTACC
GTCATCAGATCATCAACGTGTACAACCAAGAATACGAGAGCGCTGCGGCGTTTTGGCCGG
ACGTTCACGGACGTGTTGTAGCTGCGCTGATCATATCTCAGGTGCTTCTGATGGGTCTGT
TGGGGACTAAACACGCTGCCTTAGCTGCGCCATTTCTCATCGCCTTGCCTGTGCTTACCA
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ATGATGATGATGGGGACTATGGGTGGTGATGATAAGCTCGGGAAGTTT

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3B038TF 839 0 0
G
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CCTTTCATCTTGGTCTTCTTCGCACTCGCTTACGTTGTGTACCGTCATCAGATCATCAAC
GTGTACAACCAAGAATACGAGAGCGCTGCGGCGTTTTGGCCGGACGTTCACGGACGTGTT
GTAGCTGCGCTGATCATATCTCAGGTGCTTCTGATGGGTCTGTTGGGGACTAAACACGCT
GCCTTAGCTGCGCCATTTCTCATCGCCTTGCCTGTGCTTACCATTGGGTTCCACCGCTTC
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GACACGTTGGAGAGGGCGAGGGAGCCGAACTTGAACTTGAAAGGGTACTTGCAGAGTGCT
TACGTTCATCCGGTTTTCAAAGGAGGTGAAGATGATTATGATGATGATGATG***GGGAC
TATGG*TGGTGATGATAAGCTCGGGAAGTTTGAGGATGAGGCTGTTATTGTTCCCACTAA
GCGTCAGTCGAGGAGGAATACTCCGGCTCCTAGTAGAGTCAGTGGAGAGTCTTCACCACC
GTCTTTGCCCTTTAGTGGTAAACAAGTCTAGAGAAAAAAAGAGATGATTCTACAAGTATA
TATACATATATGGTGCTTTCTATATGTACATAGAGAGAGAGAGAGATAAGAGGATACGTG
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CGTAGTTACCTTCAAATCTTTCTAGTCTTTGGACAAACCCATTTTTTTTACCATCAGA

QA 2 839 2 839
DS 

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GCACTCGCTTACGTTGTGTACCGTCATCAGATCATCAACGTGTACAACCAAGAATACGAG
AGCGCTGCGGCGTTTTGGCCGGACGTTCACGGACGTGTTGTAGCTGCGCTGATCATATCT
CAGGTGCTTCTGATGGGTCTGTTGGGGACTAAACACGCTGCCTTAGCTGCGCCATTTCTC
ATCGCCTTGCCTGTGCTTACCATTGGGTTCCACCGCTTCTGCAAGGGTCGTTACGAGCCG
GCTTTCGTCAGGTACCCTTTGCAGGAAGCTAAGATGAAAGACACGTTGGAGAGGGCGAGG
GAGCCGAACTTGAACTTGAAAGGGTACTTGCAGAGTGCTTACGTTCATCCGGTTTTCAAA
GGAGGTGAAGATGATTATGATGATGATGATG***GGGACTATGG*TGGTGATGATAAGCT
CGGGAAGTTTGAGGATGAGGCTGTTATTGTTCCCACTAAGCGTCAGTCGAGGAGGAATAC
TCCGGCTCCTAGTAGAGTCAGTGGAGAGTCTTCACCACCGTCTTTGCCCTTTAGTGGTAA
ACAAGTCTAGAGAAAAAAAGAGATGATTCTACAAGTATATATACATATATGGTGCTTTCT
ATATGTACATAGAGAGAGAGAGAGATAAGAGGATACGTGAGCTCAGTGTTTCCTAAGATT
TGTGCTGTGAAGTGACCTTAA*GGGTTCTTTTGTGTTTGCGTAGTTACCTTCAAATCTTT
CTAGTCTTTGGACAAACCCATTTTTTTTACCATCAGATGAATTGTCTCG

QA 1 829 1 829
DS 



AS 2 4

CO CL2045Contig1 743 2 5 U
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TCTCAGCACAAAAAAGGCTCGTCTCCATCTCAAAACAATCTCTCTCTGGATTCGCCTGTC
CTTCTCTTACAAAACCTAGAAACTTGAATCTCTCTGTTCTTCGTTGTTGTTCCATGGGTT
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CTATAAGTGAAGGTGAGTGGAAGAAACGGCTTACACCAGAACAGTATTACATCATTAGAC
AGAAGGGAACAGAGAGAGCTTTCACTGGGGAGTATTGGAACACAAAGACCCCAGGAGTAT
ACAAATGTATCTGTTGCGAGACGCCACTGTTTGACTCATCAACAAAGTTTGATAGTGGAA
CCGGGTGGCCATCGTATTACCAACCTATTGGAAACAACGCGAAGTCAAAGCTAGACCTCT
CTATCATCTTCATGCCAAGACAAGAAGTTATCTGTGCTGTTTGTAACGCCCATCTTGGTC
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ACAGAAGAAGAGTTGATTCCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX41TF U 1
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BS 1 10 RR3DX41JQ
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RD RR3DX41TF 249 0 0
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AAAACCTAGAAACTTGAATCTCTCTGTTCTTCGTTGTTGTTCCATGGGTTCCTTTAACTC
TTCTCAGAAATCAGACAACGTCCAAGAAGCTGCGAAGA*TGACTTTGCTTCTATAAGTG

QA 11 249 11 249
DS 

RD RR3DX41JQ 743 0 0
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TCTCAGCACAAAAAAGGCTCGTCTCCATCTCAAAACAATCTCTCTCTGGATTCGCCTGTC
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ACAGAAGAAGAGTTGATTCCACT

QA 1 743 1 743
DS 



CO CL2045Contig2 806 2 38 U
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TCTCAGCAAAAACAAGGCTCGTTTCCATCTCAAAACAGTCTCTCTCTGGATTCGCTTGTC
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CCTTTAACTCTTCTCAGAAATCAGACAACGTCCAAGAAGCTGCAAAGAGTGACTTTGCTT
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AGAAGGGAACAGAGAGAGCTTTCACTGGGCAGTATTGGAACACAAAGACCCCAGGAGTAT
ACAAATGTATCTGTTGCGACACGCCACTGTTCGACTCATCAACAAAGCTTGATAGTGGAA
CCGGGTGGCCATCGTATTACCAACCTATTGGAAACAATGTGAAGTCAAAGCTAGACCTCT
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ATGTCTTTGATGACGGTCCACGACCAACCGGAAAAAGATATTGCCTCAACAGTGCTGCTC
TGAAACTTGAGGCATTGGAGAGAACAAGAGAATGAGAGTTTCTGGTACAAAGTATTGTTC
ATATATTATATAATATAGTTTCATCCTTGTATTGAAAAACATTGTATCACATGTAATAAT
ACATAGAAGAACAGAGCAGGTATAAGCTTTTTGAGTTTTTATACACCACTATCGTCTAGA
GTCTCTAGACATCACATTCTTAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F714TF U 1
AF RR3BL51JQ C 8
BS 1 16 RR3F714TF
BS 17 17 RR3BL51JQ
BS 18 22 RR3F714TF
BS 23 23 RR3BL51JQ
BS 24 50 RR3F714TF
BS 51 51 RR3BL51JQ
BS 52 58 RR3F714TF
BS 59 59 RR3BL51JQ
BS 60 68 RR3F714TF
BS 69 69 RR3BL51JQ
BS 70 91 RR3F714TF
BS 92 92 RR3BL51JQ
BS 93 204 RR3F714TF
BS 205 205 RR3BL51JQ
BS 206 241 RR3F714TF
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BS 296 296 RR3BL51JQ
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BS 393 433 RR3F714TF
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BS 483 502 RR3F714TF
BS 503 503 RR3BL51JQ
BS 504 508 RR3F714TF
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BS 598 598 RR3BL51JQ
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BS 632 632 RR3BL51JQ
BS 633 640 RR3F714TF
BS 641 806 RR3BL51JQ

RD RR3F714TF 640 0 0
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TCTCAGCACAAACAAGGCTCGTTTCCATCTCCAAACAGTCTCTCTCTGGATTCGCTTGTC
ATTCTCTTACAAAACCCAGAAAATTGAATCTCTCTGTTCTTCGTTGTTGTTCCATGGGTT
CCTTTAACTCTTCTCAGAAATCAGGCAACGTCCAAGAAGCTGCAAAGAGTGACTTTGCTT
CTATAAGTGAAGGTGAGTGGAAGAAACGGCTTACACCAGAACAGTATTACATCACTAGAC
AGAAGGGAACAGAGAGAGCTTTCACTGGGCAGTATTGGAACACAAAGACCCCAGGAGTAT
ACAAATGTATCTGTTGCGACACGCCACTGTTTGACTCATCAACAAAGCTTGATAGTGGAA
CCGGGTGGCCATCTTATTACCAACCTATTGGAAACAATGTGAAGTCAAAGCTAGACCTCT
CTATCATCTTCATGCCAAGACAGGAAGTTATCTGTGCTTTTTGTAATGCCCATCTTGGTC
ATGTCTTTGATGACGGTCCACGACCAACCGGAAAA*GATATTGCCTCAACAGTGCTGTTC
TGAAACTTGAGGCATTGGAGAGAACAAGAGACTGAGAGTT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3BL51JQ 799 0 0
GGA
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AACAAGTCTCGTTTCCATCTCAAAACAGTCTCTCTCTGGATTCGCTTGTCGTTCTCTTAC
AAAACCCAGAAACTTGAATCTCTCTGTTCTTCGTTGTTGTTCCATGGGTTCCTTTAACTC
TTCTCAGAAATCAGACAACGTCCAAGAAGCTGCAAAGATTGACTTTGCTTCAATAAGTGA
AGGTGAGTGGAAGAAACGGCTTACACCAGAACAGTATTACATCACCAGACAGAAGGGAAC
AGAGAGAGCTTTCACTGGGGAGTATTGGAACACAAAGGCCCCAGGAGTATACAAATGTAT
CTGTTGTGACACGCCACTGTTCGATTCATCAACAAAGTTTGATAGTGGAACCGGGTGGCC
ATCGTATTACCAACCTATTGGAAACAATGTGAAGTCAAAGCTAGACCTCTCGATCATCTT
CATGCCAAGACAAGAAGTCATCTGTGCTGTTTGTAATGCCCATCTTGGTCATGTCTTTGA
TGACGGTCCACGACCAACCGGAAAAAGATATTGCCTCAACAGTGCTGCTCTGAAACTTGA
GGCATTGGAGAGAACAAGAGAATGAGAGTTTCTGGTACAAAGTATTGTTCATATATTATA
TAATATAGTTTCATCCTTGTATTGAAAAACATTGTATCACATGTAATAATACATAGAAGA
ACAGAGCAGGTATAAGCTTTTTGAGTTTTTATACACCACTATCGTCTAGAGTCTCTAGAC
ATCACATTCTTAAGCC

QA 4 799 4 799
DS 



AS 1 3

CO CL2046Contig1 843 3 11 U
GGATACGAAGTTGTCACCCACTTCATCATTTCTCAATCGAGGATCGATCCGGAGACTCTT
CTCTCACCCCCGGCCGTCATCATCTTCCTTTTAATTCACAACCGTTTGTCGGCGCGACAA
GAGATGCTTGCTTGACGACGACCGTTCTCGCCTCCATCTTTACCCTTTTCTTTTGTGCTC
AACAAGTAAAGAGAAGAATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGGTTGATGAGGGATTTCAAGA
GGTTGCAGCAAGACCCTCCTGCTGGTATTAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAATATCATGC
TCTGGAATGCTGTTATTTTCGGGCCTGATGACACCCCATGGGATGGAGGTACTTTCAAAC
TCTCACTGCAGTTTTCTGGAGATTATCCAAACAAACCACCTACTGTTCGGTTTGTTTCAC
GGATGTTCCATCAAAACATTTATGCTGATGGGAGTATATGCTTAGACATCCTCCAAAACC
AGTGGAGTCCTATATATGATGTCGCTGCTATACTTACCTCCATTCAGTCATTGCTCTGTG
ATCCTAATCCGAATTCTCCTGCCAATTCCGAAGCTGCACGAATGTTCAGCGAAAGCAAAC
GCGAGTACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTGCTGACTAGTTAT
TATAATATGCTCTGGAACATCCTCTCTTTTGTGTTTGGTTCTACTAGCTCTTTCCCTTTC
TCTTTCCTGTCTTCCGTGTGTTTTTCAAACTCTGTGATTGTTGCTTTTAATGTTCTTGTA
TTTCCATGTATTATCTCAACCACATTCATCTTCATAATTATCGGTATCTATTTCAGTTTG
ACC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3GT22TF U 1
AF RR3FT89TF U 5
AF RR3GT22JQ C 179
BS 1 180 RR3GT22TF
BS 181 181 RR3FT89TF
BS 182 477 RR3GT22TF
BS 478 568 RR3FT89TF
BS 569 569 RR3GT22JQ
BS 570 724 RR3FT89TF
BS 725 725 RR3GT22JQ
BS 726 744 RR3FT89TF
BS 745 745 RR3GT22JQ
BS 746 758 RR3FT89TF
BS 759 843 RR3GT22JQ

RD RR3GT22TF 477 0 0
GGATACGAAGTTGTCACCCACTTCATCATTTCTCAATCGAGGATCGATCCGGAGACTCTT
CTCTCACCCCCGGCCGTCATCATCTTCCTTTTAATTCACAACCGTTTGTCGGCGCGACAA
GAGATGCTTGCTTGACGACGACCGTTCTCGCCTCCATCTTTACCCTTTTCTTTTGTGCTC
CACAAGTAAAGAGAAGAATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGGTTGATGAGGGATTTCAAGA
GGTTGCAGCAAGACCCTCCTGCTGGTATTAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAATATCATGC
TCTGGAATGCTGTTATTTTCGGGCCTGATGACACCCCATGGGATGGAGGTACTTTCAAAC
TCTCACTGCAGTTTTCTGGAGATTATCCAAACAAACCACCTACTGTTCGGTTTGTTTCAC
GGATGTTCCATCAAAACATTTATGCTGATGGGAGTATATGCTTAGACATCCTCCAAA

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR3FT89TF 760 0 0
GG
GAAGTTGTCACCCACTTCATCATTTCTCAATCGAGGATCGATCCGGAGACTCTTCTCTCA
CCCCCGGCCGTCATCATCTTCCTTTTAATTCACAACCGTTTGTCGGCGCGACAAGAGATG
CTTGCTTGACGACGACCGTTCTCGCCTCCATCTTTACCCTTTTCTTTTGTGCTCAACAAG
TAAAGAGAAGAATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGGTTGATGAGGGATTTCAAGAGGTTGC
AGCAAGACCCTCCTGCTGGTATTAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAATATCATGCTCTGGA
ATGCTGTTATTTTCGGGCCTGATGACACCCCATGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCAC
TGCAGTTTTCTGAAGACTATCCAAACAAACCACCTACTGTTCGGTTTGTTTCACGGATGT
TCCATCCAAACATTTATGCTGATGGGAGTATATGCTTAGACATCCTCCAAAACCAGTGGA
GTCCTATATATGATGTCGCTGCTATACTTACCTCCATTCAGTCATTGCTCTGTGATCCTA
ATCCGAATTCTCCTGCCAATTCTGAAGCTGCACGAATGTTCAGCGAAAGCAAACGCGAGT
ACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTGCTGACTAGTTATTATAAT
ATGCTCTGGAACATCCTCTCTTTTGTGTTTGGTTCTACTAGCTCTTTCCCTTTCTCTT*C
CTGTCTTCCGTGTGTTTT*CAAACTCTGTGAT
GTGCTT

QA 3 754 3 754
DS 

RD RR3GT22JQ 665 0 0
TCA
ACAAGTAAAGAGAAGAATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGGTTGATGAGGGATTTCAAGAG
GTTGCAGCAAGACCCTCCTGCTGGTATTAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAATATCATGTT
CTGGAATGCTGTTATTTTCGGGCCTGATGACACCCCATGGGATGGAGGTACTTTCAAACT
CTCACTGCAGTTTTTTGGAGATTATCCAAACAAACCACCTACTGTTCGGTTTGTTTCACG
GATGTTCCATCAAAACATTTATGCTGATGGGAGTATATGCTTAGACATCCTCCAAAACCG
GTGGAGTCCTATATATGATGTCGCTGCTATACTTACCTCCATTCAGTCATTGCTCTGTGA
TCCTAATCCGAATTCTCCTGCCAATTCCGAAGCTGCACGAATGTTCAGCGAAAGCAAACG
CGAGTACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTGCTGACTAGTTATT
ATAATATGCTCTGGAACATCCTCTCTTTTGTGTTTGGTTTTACTAGCTCTTTCCCTTTCT
CTTTCCTGTCTTCCGTGTGTTTTTCAAACTCTGTGATTGTTGCTTTTAATGTTCTTGTAT
TTCCATGTATTATCTCAACCACATTCATCTTCATAATTATCGGTATCTATTTCAGTTTGA
CC

QA 4 665 4 665
DS 



AS 1 5

CO CL2047Contig1 836 5 26 U
GGAGAAACACTTAACAAAGTAGTTAAGCTTCAGAAAAACTAAGAAACGATCCCCATGGCG
ACCAAAGTATATATCGTGTACTACTCAATGTACGGTCATGTGCAGAGATTGGCTGAAGAA
ATAAGGAAAGGAGCTGCTTCTGTTGAAGGTGTTGAAGTCAAACTATGGCAGGTACCAGAG
ACGCTTCCAGAAGAAGCACTCCTTAAGATGAGCGCACCACCAAAGAGTGGATCACCAATC
ATCACCCCCAACGACCTAACTGAAGCTGATGGCTTTGTCTTTGGTTTCCCAACGAGGTTC
GGTATGATGGCTGCTCAGTTCAAAGCCTTCTTGGACGCAACCGGTGGACTCTGGAGGACT
CAGGCACTCGCCGGTAAACCAGCTGGGATCTTCTACAGTACTGGCTCTCAAGGTGGTGGC
CAAGAAACTACCGCATTGACGGCTATAACTCAGCTGGTTCACCACGGGATGATATTTGTC
CCGATCGGTTACACATTTGGTGCTGGAATGTTCGAGATGGAGAAAGTTAAAGGTGGGAGT
CCTTATGGAGCTGGAACATTCGCAGGAGATGGTTCTAGGCAGCCAACACAGCTGGAGCTA
GAGCAAGCCTTTCACCAAGGCAAATACGTTGCAACCATCACCAAGAAGCTTAAGGGATCT
ACTGCTTAATGCTTTCTAATGATTCGGTATCGATAAGAACAAAAAACCATTACCGGTTTT
GTTCTGCTTTTTTAATAATATATAAGTTCTTTCACTTTAATATTATTTCACAGCAATAAT
TATTCTCTTTGTTTTTACTTATAGATATGTAATGATTTGTGCTTGTGTTTCACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CM73TF U 1
AF RR3F247TF U 19
AF RR3DH12TF U 15
AF RR3DH12JQ C 158
AF RR3E337TF U 263
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DS 

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GG
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TATAAGTT

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DS 

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CTACTCAATGTACGGTCATGTGCAGAGATTGGCTGAAGAAATAAGGAAAGGAGCTGCTTC
TGTTGAAGGTGTTGAAGTCAAACTATGGCAGGTACCAGAGACGCTTCCAGAAGAAGCACT
CCTTAAGATGAGCGCACCACCAAAGAGTGGATCACCAATCATCACCCCCAACGACCTAAC
TGAAGCTGATGGCTTTGTCTTTGGTTTCCCAACGAGGTTCGGTATGATGGCTGCTCAGTT
CAAAGCCTTCTTGGACGCAACCGGTGGACTCTGGAGGACTCAGGCACTCGCCGGTAAACC
AGCTGGGATCTTCTACAGTACTGGCTCTCAAGGTGGTGGCCAAGAAACTACCGCATTGAC
GGCTATAACTCAGCTGGTTCACCACGGGATGATATTTGTCCCGATCGGTTACACATTTGG
TGCTGGAATGTTCGAGATGGAGAAAGTTAAAGGTGGGAGTCCTTATGGAGCTGGAACATT
CGCAGGAGATGGTTCTAGGCAGCCAACACAGCTGGAGCTAGAGCAAGCCTTTCACCAAGG
CAAATACGTTGCAACCATCACCAAGAAGCTTAAGGGATCTACTGCTTAATGCTTTCTAAT
GATTCGGTATCGATAAGAACAAAAA*CCATTACCGGTTTTGTTCTGCTTTTT*AATAATA
TATAAGTTCTTTCACTTTAATATTATTTCACAGCAATAATTATTCTCTTTGTTTT
A

QA 7 781 7 781
DS 

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TCTTTGGTTTCCCAACGAGGTTCGGTATGATGGCTGCTCAGTTCAAAGCCTTCTTGGACG
CAACCGGTGGACTCTGGAGGACTCAGGCACTCGCCGGTAAACCAGCTGGGATCTTCTACA
GTACTGGCTCTCAAGGTGGTGGCCAAGAAACTACCGCATTGACGGCTATAACTCAGCTGG
TTCACCACGGGATGATATTTGTCCCGATCGGTTACACATTTGGTGCTGGAATGTTCGAGA
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TCACCAAGAAGCTTAAGGGATCTACTGCTTAATGCTTTCTAATGATTCGGTATCGATAAG
AACAAAAAACCATTACCGGTTTTGTTCTGCTTTTTTAATAATATATAAGTTCTTTCACTT
TAATATTATTTCACAGCAATAATTATTCTCTTTGTTTTTACTTATAGATATGTAATGATT
TGTGCTTGTGTTTCACCCC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3E337TF 571 0 0
G
AGCTGATGGCTTTGTCTTTGGTTTCCCAACGAGGTTCGGTATGATGGCTGCTCAGTTCAA
AGCCTTCTTGGACGCAACCGGTGGACTCTGGAGGACTCAGGCACTCGCCGGTAAACCAGC
TGGGATCCTCTACAGTACTGGCTCTCAAGGTGGTGGCCAAGAAACTACCGCATTGACGGC
TATAACTCAGCTGGTTCACCACGGGATGATATTTGTCCCGATCGGTTACACATTTGGTGC
TGGAATGTTCGAGATGGAGAAAGTTAAAGGTGGGAGTCCTTATGGAGCTGGAACATTCGC
AGGAGATGGTTCTAGGCAGCCAACACAGCTGGAGCTAGAGCAAGCCTTTCACCAAGGCAA
ATACGTTGCAACCATCACCAAGAAGCTTAAGGGATCTACTGCTTAATGCTTTCTAATGAT
TCGGTATCGATAAGAACAAAAAACCATTACCGGTTTTGTTCTGCTTTTTTAATAATATAT
AAGTTCTTTCACTTTAATATTATTTCACAGCAATAATTATTCTCTTTGTTTTTACTTATA
GATATGTAATGATTTGTGCTTGTGTT
CACC

QA 2 567 2 567
DS 



AS 1 3

CO CL2048Contig1 1106 3 2 U
GGAGTAAATTTTACATTTTCAATGCTTCATTTATCTCACATTATCTCAATAGTTGTGTAC
TTGCCAATTTGATTCCATCACTTGGCAACTCACTATTGTTTGTCATTTTGGTTTTGCTTA
AGCGACTGGTTTTCAGAGTATTCATACATTATATGAATTGTTTGGGACAAGTAATCATCC
CTCCCTGTAACTTTCCAAATATTTCCTCTGCTGACAGGATTAGATATATGCATATGGAAT
AGAAAGTTCCATCCGCGCGTACATTAATGG***CGAAGCTCCATCACCACCGTCTTATTA
ATGAAGTAAGCAACTCAAATAGTTCGAATGCGCTGCCTTTTCTATATGTATCATCTTTCT
TCTTTGACTCTGAAGGAAGCACACTGAATAATAGTGCTCTCCATCCGATAAGTAAAACAG
CAGTACTTCCCATTGTCACCAAGACAAAGCTATAAGCTGGGATGTGGCCTGACGAGGTTG
ACCTTATGATCACCCCAAGCGGAACACCGAGAGCCCAAGATTTAGCGGCTGCTAGCACAG
CTTTGGACTGACCCTTCATTCCTCTCCCTTCCTCCGCATATCCTCCCAAGAAATAAGCAC
TCAGAAACCATCCAGCAATGAAAGGGTCGGCTGTGTGAAGAGTATCCAAGCTAAACACAG
GGAATCCATGGCTGAATCTCCCAATTGCAGAGAAGATAAGCAAAGCCAAAACATCCCCAC
CAGCAAGTAAACCCACACGGCCCCATTTCTTGATTGATGCATTTGATTTTGGTTTATCGA
ATTGAATAACGCCTTCGAGGGGAACATTCTCTTGACCGACGAAGACTGTGTCGTCTGGGA
CTTGTTGGGAAGGTGGAGTGGAAGGTGCGGCGGATTTGACGCTTCCGTTTGAGTCAGAGC
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GCCATGGATCCGAAGAAGGAGGAGTACGAGGGTTGGGTTTAGTGATGAATCTGACGGCGG
ACACAGGTCCTGTGGGAGCGCGGAGAACCAACATTCTCTTTCTGTTTGCCTAAAGCCCCC
TCCTTGTCCGCCACTTATCCGTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D755JQ U 134
AF RR3A605JQ U 1
AF RR3A605TF C 223
BS 1 844 RR3A605JQ
BS 845 1106 RR3A605TF

RD RR3D755JQ 683 0 0
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TCCAAATATTTCCTCTGCTGACAGGATTAGATATATGCATATGGAATAGAAAGTTCCATC
CGCGCGTACATTAATGGATGCGAAGCTCCATCACCACCGTCTTATTAATGAAGTAAGCAA
CTCAAATAGTTCGAATGCGCTGCCTTTTCTATATGTATCATCTTTCTTCTTTGACTCTGA
AGGAAGCACACTGAATAATAGTGCTCTCCATCAAATAAGTAAAACAGCAGTACTTCCCAT
TGTCACCAAGACAAAGCTATAAGCTGGGATGTGGCCTGACGAGGTTGACCTTATGATCAC
CCCAAGCGGAACACCGAGAGCCCAAGATTTAGCGGCTGCTAGCACAGCTTCGGACTGACC
CTTCATTCCTCTCCCTTCCTCCGCATATCCTCCCAAGAAATAAGCACTCAGAAACCATCC
AGCAATGAAAGGGTCGGCTGTGTGAAGAGTATCCAAGCTAAACACAGGGAATCCATGGCT
GAATCTCCCAATTGCAGAGAAGATAAGCAAAGCCAAAACATCCCCACCAGCAAGTAAACC
CACACGGCCCCATTTCTTGATTGATGCATTTGATTTTGGTTTATCGAATTGAATAACGCC
TTCGAGGGGAACATTCTCTTGAC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3A605JQ 844 0 0
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TTGCCAATTTGATTCCATCACTTGGCAACTCACTATTGTTTGTCATTTTGGTTTTGCTTA
AGCGACTGGTTTTCAGAGTATTCATACATTATATGAATTGTTTGGGACAAGTAATCATCC
CTCCCTGTAACTTTCCAAATATTTCCTCTGCTGACAGGATTAGATATATGCATATGGAAT
AGAAAGTTCCATCCGCGCGTACATTAATGG***CGAAGCTCCATCACCACCGTCTTATTA
ATGAAGTAAGCAACTCAAATAGTTCGAATGCGCTGCCTTTTCTATATGTATCATCTTTCT
TCTTTGACTCTGAAGGAAGCACACTGAATAATAGTGCTCTCCATCCGATAAGTAAAACAG
CAGTACTTCCCATTGTCACCAAGACAAAGCTATAAGCTGGGATGTGGCCTGACGAGGTTG
ACCTTATGATCACCCCAAGCGGAACACCGAGAGCCCAAGATTTAGCGGCTGCTAGCACAG
CTTTGGACTGACCCTTCATTCCTCTCCCTTCCTCCGCATATCCTCCCAAGAAATAAGCAC
TCAGAAACCATCCAGCAATGAAAGGGTCGGCTGTGTGAAGAGTATCCAAGCTAAACACAG
GGAATCCATGGCTGAATCTCCCAATTGCAGAGAAGATAAGCAAAGCCAAAACATCCCCAC
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ATTGAATAACGCCTTCGAGGGGAACATTCTCTTGACCGACGAAGACTGTGTCGTCTGGGA
CTTG

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR3A605TF 884 0 0
GATATATGCATATG*AATAGAAAGT*CCATCCGCGCGTACATTAATGG***CGAAGCTCC
ATCACCAC*GTCTTATTAATGAAGTAAGCAACTCAAATAGTTCGAATGCGCTGCCTTTTC
TATATGTATCATCTTTCTTCTTTGACTCTGAAGGAAGCACACTGAATAATAGTGCTCTCC
ATCCGATAAGTAAAACAGCAGTACTTCCCATTGTCACCAAGACAAAGCTATAAGCTGGGA
TGTGGCCTGACGAGGTTGACCTTATGATCACCCCAAGCGGAACACCGAGAGCCCAAGATT
TAGCGGCTGCTAGCACAGCTTTGGACTGACCCTTCATTCCTCTCCCTTCCTCCGCATATC
CTCCCAAGAAATAAGCACTCAGAAACCATCCAGCAATGAAAGGGTCGGCTGTGTGAAGAG
TATCCAAGCTAAACACAGGGAATCCATGGCTGAATCTCCCAATTGCAGAGAAGATAAGCA
AAGCCAAAACATCCCCACCAGCAAGTAAACCCACACGGCCCCATTTCTTGATTGATGCAT
TTGATTTTGGTTTATCGAATTGAATAACGCCTTCGAGGGGAACATTCTCTTGACCGACGA
AGACTGTGTCGTCTGGGACTTGTTGGGAAGGTGGAGTGGAAGGTGCGGCGGATTTGACGC
TTCCGTTTGAGTCAGAGCTAGAGAGAGTGAGGACGACGCGTATCCGACTGCGAGTGTTCG
CGGAGGGAACTAGTCCGAGCCATGGATCCGAAGAAGGAGGAGTACGAGGGTTGGGTTTAG
TGATGAATCTGACGGCGGACACAGGTCCTGTGGGAGCGCGGAGAACCAACATTCTCTTTC
TGTTTGCCTAAAGCCCCCTCCTTGTCCGCCACTTATCCGTATCC

QA 1 884 1 884
DS 



AS 1 5

CO CL2049Contig1 1083 5 5 U
GGACTGTGACTTAAGTAAATAAGATCTGAGAATAATTAGGGTTACCTTCCGCCGCCGCTG
TCGTCAAGGTTTCACTTTGCGTTAATGGCGGTATCGTACAATGCATTAGCACAGTCTTTA
CAGGCGACAAGTAACTGCTTCATCCCCAAAGCCTTTAGCATCAAGCAGAGAAGCAGCAGA
TCCAGTGGTGTCGTATTCGCTTCTAATGATAAGAACATTGCTCTTCAAGCTAAGGTGGAT
AACTTGTTGGACCGAATCAAATGGGATGAGAAAGGATTAGCTGTGGCAATAGCACAAAAC
GTTGACACTGGAGCTGTGTTAATGCAAGGCTTTGCTAACAGAGAGGCTCTCTCCACAACC
CTCACTTCTCGTAAAGCTACATTCTTCAGCCGATCAAGATCAACCTTATGGACTAAGGGA
GAGACATCCAAAAACTTCATCAATGTCCTCGATGTTTATCTTGACTGCGACCGTGATTCG
ATAATCTACCTTGGAACACCTGATGGGCCTACTTGTCACACAGGAGCAGAGACTTGTTAC
TACACATCGGCTTTCGATCAACTAAACAATGATGAGGCTTCAGGAAACAAGCTAGCATTA
ACAACACTGTATTCACTAGAATCAATCATTTCAAAGAGGAAAGAAGAATCAACAGTTCCT
CAGGAAGGCAAACCATCGTGGACTAGACGGTTATTGACGGATGACGCTCTGCTTTGCTCA
AAGATCAGGGAAGAAGCTGACGAGTTATGCAGAACACTGGAGGATACGGAGGACGTTTCA
AGAACAGCATCGGAGATGGCTGATGTGTTGTACCATTCGATGGTGCTTCTGTCTAAAAGG
GATGTGAAGTTTGAAGATGTTCTTGAAATTCTTAGGAAACGCTTCTCTCAGTCTGGGATC
GAGGAGAAGCAAAACCGCACAAAGTGACCGTTTACAAGTGTTGAATAATGTTGTATTTGC
GATCATTCTCTTTGAAGTTGGGTCTTAAGTTAATGCTGTTCCACTAATTTGTTCAGCCTG
GAACTTTGTACTGTACATCAGATGTTCTATCAGATAAAAAGGATAATAAATTTGTCTTCT
GTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 5 5 5 
5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 

AF RR3BJ01TF U 4
AF RR3C376TF U 1
AF RR3DR76TF U 11
AF RR3BJ01JQ C 318
AF RR3DR76JQ C 372
BS 1 415 RR3C376TF
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GGGTGACTT
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DS 

RD RR3C376TF 660 0 0
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AACTTGTTGGACCGAATCAAATGGGATGAGAAAGGATTAGCTGTGGCAATAGCACAAAAC
GTTGACACTGGAGCTGTGTTAATGCAAGGCTTTGCTAACAGAGAGGCTCTCTCCACAACC
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GAGACATCCAAAAACTTCATCAATGTCCTCGATGTTTATCTTGACTGCGACCGTGATTCG
ATAATCTACCTTGGAACACCTGATGGGCCTACTTGTCACACAGGAGCAGAGACTTGTTAC
TACACATCGGCTTTCGATCAACTAAACAATGATGAGGCTTCAGGAAACAAGCTAGCATTA
ACAACACTGTATTCACTAGAATCAATCATTTCAAAGAGGAAAGAAGAATCAACAGTTCC
T

QA 1 659 1 659
DS 

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GG
AAGTAAATAAGATCTGAGAATAATTAGGGTTACCTTCCGCCGCCGCTGTCGTCAAGGTTT
CACTTTGCGTTAATGGCGGTATCGTACAATGCATTAGCACAGTCTTTACAGGCGGCAAGT
AACTGCTTCATCCCCAAAGCCTTTAGCATCAAGCAGAGAAGCAGCAGATCCAGTGGTGTC
GTATTCGCTTCTAATGATAAGAACATTGCTCTTCAAGCTAAGTTGGATAACTTGTTGGAC
CGAATCAAATGGGATGAGAAAGGATTAGCTGTGGCAATAGCACAAAACGTTGACACTGGA
GCTGTGTTAATGCAAGGCTTTGCTAACAGAGAGGCTCTCTCCACAACCCTCACTCCTCGT
AAAGCTACATTCTTCAGCCGATCAAGATCAACCTTATGGACTAAGGGAGAGACATCCAAA
AACTTCATCAATGTCCTCGATGTTTATCTTGACTGCGACCGTGCT*****AATCTACCTT
GGAACACCTGATGGGCCTACTTGTCACACAGGAGCAGAGACTTGTTACTACACATCGGCT
TTCGATCAACTAAACAATGATGAGGCTTCAGGAAACAAGCTAGCATTAACAACACTGTAT
TCACTAGAATCAATCATTTCAAAGAGGAAAGAAGAATCAACAGTTCC

QA 3 649 3 649
DS 

RD RR3BJ01JQ 762 0 0
GTTAATGCAAGGCTTTGCTAACAGAGAGGCTCTCTCCACAACCCTCACTTCTCGTAAAGC
TACATTCTTCAGCCGATCAAGATCAACCTTATGGACTAAGGGAGAGACATCCAAAAACTT
CATCAATGTCCTCGATGTTTATCTTGACTGCGACCGTGATTCGATAATCTACCTTGGAAC
ACCTGATGGGCCTACTTGTCACACAGGAGCAGAGACTTGTTACTACACATCGGCTTTCGA
TCAACTAAACAATGATGAGGCTTCAGGAAACAAGCTAGCATTAACAACACTGTATTCACT
AGAATCAATCATTTCAAAGAGGAAAGAAGAATCAACAGTTCCTCAGGAAGGCAAACCATC
GTGGACTAGACGGTTATTGACGGATGACGCTCTGCTTTGCTCAAAGATCAGGGAAGAAGC
TGACGAGTTATGCAGAACACTGGAGGATACGGAGGACGTTTCAAGAACAGCATCGGAGAT
GGCTGATGTGTTGTACCATTCGATGGTGCTTCTGTCTAAAAGGGATGTGAAGTTTGAAGA
TGTTCTTGAAATTCTTAGGAAACGCTTCTCTCAGTCTGGGATCGAGGAGAAGCAAAACCG
CACAAAGTGACCGTTTACAAGTGTTGAATAATGTTGTATTTGCGATCATTCTCTTTGAAG
TTGGGTCTTAAGTTAATGCTGTTCCACTAATTTGTTCAGCCTGGAACTTTGTACTGTACA
TCAGATGTTCTATCAGATAAAAAGGATAATAAATTTGTCT
CC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3DR76JQ 712 0 0
TAAAGCTACATTCTTCAGCCGATCAAGATCAACCTTATGGACTAAGGGAGAGACATCCAA
AAACTTCATCAATGTCCTCGATGTTTATCTTGACTGCGACCGTGCT*****AATCTACCT
TGGAACACCTGATGGGCCTACTTGTCACACAGGAGCAGAGACTTGTTACTACACATCGGC
TTTCGATCAACTAAACAATGATGAGGCTTCAGGAAACAAGCTAGCATTAACAACACTGTA
TTCACTAGAATCAATCATTTCAAAGAGGAAAGAAGAATCAACAGTTCCTCAGGAAGGCAA
ACCATCGTGGACTAGACGGTTATTGACGGATGACGCTCTGCTTTGCTCAAAGATCAGGGA
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TGAAGATGTTCTTGAAATTCTTAGGAAACGCTTCTCTCAGTCTGGGATCGAGGAGAAGCA
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QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 4

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TGAACGCGATAAAGATGGAAAGTGGAAACCCCCGCCGCCTCAGAAGGCCGACTTAAAGCT
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TATGCAAAGCGTTTTCAACAGGGAGAGGAACAAATTTAGAGGGGGCTTCGAGAACTGGAA
GAAAAATGATCCTAATGCTCACCAGTACCATCAGCAGTATCAGCGAAATGATTGGTACTG
GAAAGCTGAGTCTACCTTTAGAAACCAAAGGACCAACAATCACCAGGAGCCTCCTAAACA
GACTAGAGTCTATCCACTATCGCATCACTACTCTGTTTTAGGGCTCAGCAGGTCCAGGGC
AACTCCATACACAGAAGCTGAGATTAAGAAAGCGTTCAGGGAGAAGGCGATGGAATTCCA
TCCAGACCAAAATCAAGATAACAAAGATGTAGCTGAAGCAAAATTCAAAGAGGTGTTACT
TTCGTATGAAGCTATAAAAGAGGAAAGAAAAGACAAGTAGGTTTTTTTGTTGTTAAAGAG
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AAAACATAAGAACAGAGAATTTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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QA 1 568 1 568
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QA 4 637 4 637
DS 

RD RR3AG40JQ 822 0 0
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TTTTG**GTTAAAGAGATCAAATCTTTTTCCCCATACAGGCGACGAATGTCGATATATGA
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TTGTGTTCGACGCAGTTGTGGTTCTTTGTTGTAATATAACGAAACCAAGTCCAGATTAAT
TAAGATGGAAATAAGGAAAACATAAGAACAGAGAATTTCTAC

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 5

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AAAAAATGGCATCAAATGCAGAGTTGTTGGAGTGGCCAAAGAAGGATAAGCGTCGTTTTC
TCCATGTTGTCTACCGCGTTGGTGATCTTGATCGCACTATCCAGTTTTACACTGAGTGCT
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GCTCCTATGACATTGGGACTGGATTTGGGCATTTCGCCATTTCCACTCAAGATGTTGCCA
AGATGGTTGAGACTGTCCGTGCCAAGGGTGGAAATGTCACCAGAGAGCCTGGTCCTGTCA
AAGGTGGAAACAGTGTCATTGCCTTTGTGAAGGACCCTGATGGTTACACTTTTGAGCTCA
TCCAGAGAGGTCCTACTCCTGAACCACTCTGCCAAGTCATGCTTCGTGTTGGTGATCTTG
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TTTGGTGTTTACCGGTTATG


BQ
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3GW05TF U 1
AF RR3AS64TF U 1
AF RR3GW05JQ C 461
AF RR3CM35TF U 832
AF RR3EQ39TF U 932
BS 1 541 RR3AS64TF
BS 542 542 RR3GW05TF
BS 543 656 RR3AS64TF
BS 657 657 RR3GW05TF
BS 658 684 RR3AS64TF
BS 685 685 RR3GW05JQ
BS 686 726 RR3AS64TF
BS 727 831 RR3GW05JQ
BS 832 1157 RR3CM35TF
BS 1158 1160 RR3EQ39TF

RD RR3GW05TF 673 0 0
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TCCATGTTGTCTACCGCGTTGGTGATCTTGATCGCACTATCCAGTTTTACACTGAGTGCT
TTGGGATGAAGGTGTTGAGGAAAAGAGATGTCCCTGAGGAGAAGTATTCTAATGCTTTCC
TTGGTTTTGGTCCTGAGACCTCCAACTTCGTCGTCGAGCTCACATACAATTATGGTGTTA
GCTCCTATGACATTGGGACTGGATTTGGGCATTTCGCCATTTCCACTCAAGATGTTGCCA
AGATGGTTGAGACTGTCCGTGCCAAGGGTGGAAATGTCACCAGAGAGCCTGGTCCTGTCA
AAGGTGGAAACAGTGTCATTGCCTTTGTGAAGGACCCTGATGGTTACACTTTTGAGCTCA
TCCAGAGAGGTCCTACTCCTGAACCACTCTGCCAAGTCATGCTTCGTGTTGGTGATCTTG
ACCGTGCCATCCAGTTCTATGAGAAGGCCCTAGGGATGAGACTCTTGAGAAGGATTGAGA
GACCTGAATACAAGTACACCATAGGCATGATGGGATATGCTGAGGAACATGAGTCGATAG
TTTTGGAGCTGAC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3AS64TF 726 0 0
GGATCCGTGTCCAGTGGTGTCCGTCCTAGGTGTCTGTGTGTCTGCTTCATCTGCGATCAG
AAAAAATGGCATCAAATGCAGAGTTGTTGGAGTGGCCAAAGAAGGATAAGCGTCGTTTTC
TCCATGTTGTCTACCGCGTTGGTGATCTTGATCGCACTATCCAGTTTTACACTGAGTGCT
TTGGGATGAAGGTGTTGAGGAAAAGAGATGTCCCTGAGGAGAAGTATTCTAATGCTTTCC
TTGGTTTTGGTCCTGAGACCTCCAACTTCGTCGTCGAGCTCACATACAATTATGGTGTTA
GCTCCTATGACATTGGGACTGGATTTGGGCATTTCGCCATTTCCACTCAAGATGTTGCCA
AGATGGTTGAGACTGTCCGTGCCAAGGGTGGAAATGTCACCAGAGAGCCTGGTCCTGTCA
AAGGTGGAAACAGTGTCATTGCCTTTGTGAAGGACCCTGATGGTTACACTTTTGAGCTCA
TCCAGAGAGGTCCTACTCCTGAACCACTCTGCCAAGTCATGCTTCGTGTTGGTGATCTTG
ATCGTGCCATCCAGTTCTATGAGAAGGCCCTAGGGATGAGACTCTTGAGAAGGATTGAGA
GACCTGAATACAAGTACACCATAGGCATGATGGGATATGCTGAGGAACATGAGTCGGTAG
TTTTGGAGCTGACCTATAACTACG*CGTGACTGAGTACACAAAGGGCAATGCGTATGCAC
AGATCG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3GW05JQ 673 0 0
TGGTTACACTTTTGAGCTCATCCAGAGAGGTCCTACTCCTGAACCACTCTGCCAAGTCAT
GCTTCGTGTTGGTGATCTTGACCGTGCCATCCAGTTCTATGAGAAGGCCCTAGGGATGAG
ACTCTTGAGAAGGATTGAGAGACCTGAATACAAGTACACCATAGGCATGATGGGATATGC
TGAGGAACATGAGTCGATAGTTTTGGAGCTGACCTATAACTACGGCGTGACTGAGTACAC
AAAGGGCAATGCGTAT*CACAGATCGCAATAGGCACGGATGATGTGTACAAAAGCGGTGA
AGTTGTGAAGATAATGAACCAAGAGCTAGGAGGAAAGATCACTAGAGAAGCCGGACCTCT
TCCTGGACTCGGCACCAAGATTGTCTCGTTCCTCGATCCTGATGGCTGGAAAACAGTTCT
GGTAGACAATGAAGATTTTCTGAAGGAACTGGAATGAGGAGAGAGAGAGAGA**GGGATG
ATGATGGTCAAGATCACAGCTAAAACGTAACCATAATAATAAAATATGTGATCTTATCAA
AGTAGAGAGAAGACTTAGTATTTGATCTAAATAAGACGTTGGTGGTTCAGTTTGTGTGTT
GTGTTCTATGTGCTCGTTCCTTTTGTCTTTTAAGCTAAAACTCTGTTACGTTCCTGAATA
AAATATATACACC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3CM35TF 326 0 0
GCACCAAGATTGTCTCGTTCCTCGATCCTGATGGCTGGAAAACAGTTCTGGTAGACAATG
AAGATTTTCTGAAGGAACTGGAATGAGGAGAGAGAGAGAGAGAGGGATGATGATGGTCAA
GATCACAGCTAAAACGTAACCATAATAATAAAATATGTGATCTTATCAAAGTAGAGAGAA
GACTTAGTATTTGATCTAAATAAGACGTTGGTGGTTCAGTTTGTGTGTTGTGTTCTATGT
GCTCGTTCCTTTTGTCTTTTAAGCTAAAACTCTGTTACGTTCCTGAATAAAATATATACA
CCACCTGGTTTTGGTGTTTACCGGTT

QA 1 326 1 326
DS 

RD RR3EQ39TF 229 0 0
G
GAGGGATGATGATGGTCAAGATCACAGCTAAAACGTAACCATAATAATAAAATATGTGAT
CTTATCAAAGTAGAGAGAAGACTTAGTATTTGATCTAAATAAGACGTTGGTGGTTCAGTT
TGTGTGTTGTGTTCTATGTGCTCGTTCCTTTTGTCTTTTAAGCTAAAACTCTGTTACGTT
CCTGAATAAAATATATACACCACCTGGTTTTGGTGTTTACCGGTTATG

QA 2 229 2 229
DS 



AS 2 5

CO CL2052Contig1 935 3 2 U
AAGCAAACAGTTCAATGTTTATGTATCAGCAACAATAAAATTGGTGCCATTACATATAGC
ATCATACAATGTCATGTAGCATTTTACCGTTTGGATATTATATCGAACTTTTCATTTTCT
AATAACATAGAACAAAAGACAAAACAGAGACAAGCAGCAAAGGCATATCTGTGATGTCAG
CTTTGCTTGATCAGTCAGAGTCGGAGTCAAGATTCTCTGATGACCTAACGGACCTCCTTA
TGCTCTCTTGGTACTCAGCATCTTCATCATCTTCCTCTTTCTTCTTCTTGCTGAGCATTC
CTTTCTTAATCAGAACGTTCTCCAGTTTAGTCGTGGTGAAATCGTCCTTGGTGCCCAAAT
CCTGGAACCCAACTAGCCTATCTAAAGCGATTCCCTTGCTGAAAAGCAAAACGCAAGGCA
AGGTCTTAACTGCAAGCTTGGTGACAAAGAAAGGAGCATTCTCTGCGTCAACTTTAATGA
ACTTAGTGTCGACATGTCTAGGCGCAAGAGTCTTCAAATGCTTGTCCATATCTTGCAACG
GTAAAACTCCTTGTGGTAGAAATGGCAGATGACTTTCTGACTCCTAGTAACTTCTCCCAA
GAAATCTCCTTCATTTACCTCTCGATATTCGCCATGTCCTTGTCTTTTGAACGCTTCCCT
CTTCTCAACTTCTTTCTTGAGTGCTGCAATCCTATCAGCGTGCAGTTTTTCAAGCTCTGG
ATCATCCATAAGTTCATCAAGATCAACCTCCTCATTGACATGCTTTGATGATTGCGCCTT
CTCATTTGCAAGAACTTCCTTTTTATAATCTCTAGCAGCTGCCGCCAATACGTTTCCGAA
CGCCAGATTCGAGAGCGTCGACTTGACTGCATCTGGATCCATTTTTTTACAACCTTCTAT
TTCAAATCTGGAGCGGAAACACACAACAACAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BG68JQ U 327
AF RR3DL65JQ U 1
AF RR3DL65TF C 399
BS 1 694 RR3DL65JQ
BS 695 935 RR3DL65TF

RD RR3BG68JQ 158 0 0
TTAGTCGG
GGTGAAATCGTCCTTGGTGCCCAAATCCTGGAACCCAACTAGCCTATCTAAAGCGATTCC
CTTGCTGAAAAGCAAAACGCAAGGCAAGGTCTTAACTGCAAGCTTGGTGACAAAAAAAGG
AGCATTCTCTGCGTCAACTTTAATGAACTT

QA 9 158 9 158
DS 

RD RR3DL65JQ 694 0 0
AAGCAAACAGTTCAATGTTTATGTATCAGCAACAATAAAATTGGTGCCATTACATATAGC
ATCATACAATGTCATGTAGCATTTTACCGTTTGGATATTATATCGAACTTTTCATTTTCT
AATAACATAGAACAAAAGACAAAACAGAGACAAGCAGCAAAGGCATATCTGTGATGTCAG
CTTTGCTTGATCAGTCAGAGTCGGAGTCAAGATTCTCTGATGACCTAACGGACCTCCTTA
TGCTCTCTTGGTACTCAGCATCTTCATCATCTTCCTCTTTCTTCTTCTTGCTGAGCATTC
CTTTCTTAATCAGAACGTTCTCCAGTTTAGTCGTGGTGAAATCGTCCTTGGTGCCCAAAT
CCTGGAACCCAACTAGCCTATCTAAAGCGATTCCCTTGCTGAAAAGCAAAACGCAAGGCA
AGGTCTTAACTGCAAGCTTGGTGACAAAGAAAGGAGCATTCTCTGCGTCAACTTTAATGA
ACTTAGTGTCGACATGTCTAGGCGCAAGAGTCTTCAAATGCTTGTCCATATCTTGCAACG
GTAAAACTCCTTGTGGTAGAAATGGCAGATGACTTTCTGACTCCTAGTAACTTCTCCCAA
GAAATCTCCTTCATTTACCTCTCGATATTCGCCATGTCCTTGTCTTTTGAACGCTTCCCT
CTTCTCAACTTCTTTCTTGAGTGCTGCAATCCTA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3DL65TF 537 0 0
CTGAAAAGCAAAACGCAAGGCAAGGTCTTAACTGCAAGCTTGGTGACAAAGAAAGGAGCA
TTCTCTGCGTCAACTTTAATGAACTTAGTGTCGACATGTCTAGGCGCAAGAGTCTTCAAA
TGCTTGTCCATATCTTGCAACGGTAAAACTCCTTGTGGTAGAAATGGCAGATGACTTTCT
GACTCCTAGTAACTTCTCCCAAGAAATCTCCTTCATTTACCTCTCGATATTCGCCATGTC
CTTGTCTTTTGAACGCTTCCCTCTTCTCAACTTCTTTCTTGAGTGCTGCAATCCTATCAG
CGTGCAGTTTTTCAAGCTCTGGATCATCCATAAGTTCATCAAGATCAACCTCCTCATTGA
CATGCTTTGATGATTGCGCCTTCTCATTTGCAAGAACTTCCTTTTTATAATCTCTAGCAG
CTGCCGCCAATACGTTTCCGAACGCCAGATTCGAGAGCGTCGACTTGACTGCATCTGGAT
CCATTTTTTTACAACCTTCTATTTCAAATCTGGAGCGGAAACACACAACAACAAAAA

QA 1 537 1 537
DS 



CO CL2052Contig2 698 2 4 U
GGAGGCCTGCAAGAACTTTAGAACACACACAAAAAAAACTAAGTAAAAAGAAGAAAAAGC
CTTCCAGGTCTCAACAATGGAGATGAAGGAGATTTCTTGGGAGAAGTTACTAGGAGTCAG
AAAGTCATCTGCCATTTCTACCACAAGGAGTTTTACCGTTGCAAGACTATGGACAAGCAT
TTGAAGACTCTTGCGCCTAGACATGTCGACACTAAGTTCTTTAAAGTTGACGCAGAGAAT
GCTCCTTTCTTTGTCACCAAGCTTGCAGTTAAGACCTTGCCTTGCGTTTTGCTTTTCAGC
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GAGGAAGATGATGAAGATGCTGAGTACCAAGAGAGCATAAGGAGGTCCGTTAGGTCATCA
GAGAATCTTGACTCCGACTCTGACTGATCAAGCAAAGCTGACATCACAGATATGCCTTTG
CTGCTTGTCTCTGTTTTGTCTTTTGTTCTATGTTATTAGAAAATGAAAAGTTCGATATAA
TATCCAAACGGTAAAATGCTACATGACATTGTATGATGCTATATGTAATGGCACCAATTT
TATTGTTGCTGATACATAAACTATTGAACTGTTTGCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3DZ26JQ C 1
AF RR3DZ26TF U 1
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BS 682 682 RR3DZ26JQ
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QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3DZ26TF 696 0 0
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CTGCTTGTCTCTGTTTTGTCTTTTGTTCTATGTTATTAGAAAATGAAAAGTTCGATATAA
TATCCAAACGGTAAAATGCTACATGACATTGTATGATGCTATATGTAATGGCACCAATTT
TATTGTTGCTGATACATAAAC*ATTGAACTGTTTGC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 2 4

CO CL2053Contig1 886 2 11 U
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CCTTTACCAATAACTCATAAAGTCTAATGAATGTGATCATAGACCAGAACTCACACAGAT
GCTTAAGGAGTTGATAAGTGGATCTCTTCGACCTCTGTTTTACATTTTACAAAACTACAA
ATAAATTTGCTACAAATGCCTATCCAGAGGATCAAATAACACTATACATGAAAGCCAGGA
GGACATTCAGTTCAAGATTTATTTTTTCTTCACTGGATTTGCATGGCTAGGGAGATGACA
GAGCTCAAAACTCACGCATTTGATTCCCCTCAGAAGCATCATCGTCCAGTGTTTCATGGA
CTGACTTTTTTGTCATCAGCAGGCTTGCATTGACCATTGCAGTTCTCAAACTTGTGGAGT
TCAGATTCAATGGTTTTGGCTATCTGAAAACGCTCAGGTTCAGGCTCAGGAAACCCCACG
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ATCTTCAATAATTCATCTCTTCCGCAACCAGATAACACATGAACTTTCTTCCTCGTCCTC
TCTTGTAAAAGTGGTTTCACAACCTTCCAACAGGCGGAAAATATATATGGAGCGTTCACA
CATAGTAGTGTTTGTCTTCTCTGGATAGTCAGATCATCGATGGTTGATATGATGGTCACT
AACTAATTTGGCTCAGCGCTGAAGTTTACCCTGTCATGTCTAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS60JQ U 41
AF RR3DQ16JQ U 1
BS 1 150 RR3DQ16JQ
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RD RR3FS60JQ 739 0 0
GTC
GAAACCAGTGATGTTTGCCTTTACCAATAACTCATAAAGTCTAATGAATGTGATCATAGA
CCAGTACTCACACAGATGCTTAAGGAGTTGATAAGTGGATCTCTTCGACCTCTGTTTTAC
ATTTTACAAAACTACAAATAAATTTGCTACAAATGCCTATCCAGAGGATCAAATAACACT
ATACATGAAAGCCAGGAGGACATTCAGTTCAAGATTTATTTTTTCTTCACTGGATTTGCA
TGGCTAGGGAGATGACAGAGCTCAAAACTCACGCATTTGATTCCCCTCAGAAGCATCATC
GTCCAGTGTTTCATGGACTGACTTTTTTGTCATCAGCAGGCTTGCATTGACCATTGCAGT
TCTCAAACTTGTGGAGTTCAGATTCAATGGTTTTGGCTATCTGAACACGCTCAGGTTCAG
GCTCAGGAAACCCCACGTGGAATGATCCTTGCTTTGCAGATTCTGCTTGTCCCTGGGTCT
CATAATGGTGCTTCACATAGTTGTATAGCTGTTGATGGAAAGGATGATCAAAAGAAAAAC
AATCTACACTCTCACTGTGGTGAGATGACCCAGAGCTTCCTCTTCTACAGAAATGTGGGA
GGGATGTGAAGTCCATAATCTTCAATAATTCATCTCTTCCGCAACCAGATAACACATGAA
CTTTCTTCCTCGTCCTCTCTTGTAAAAGTGGTTTCACAACCTTCCAACAGGCGGAAAATA
TATATGGAGCGTTCAC

QA 4 739 4 739
DS 

RD RR3DQ16JQ 886 0 0
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CCTTTACCAATAACTCATAAAGTCTAATGAATGTGATCATAGACCAGAACTCACACAGAT
GCTTAAGGAGTTGATAAGTGGATCTCTTCGGCCTCTGTTTTACATTTTACAAAACTACAA
ATAAATTTGCTACAAATGCCTATCCAGAGGATCAAATAACACTATACATGAAAGCCAGGA
GGACATTCAGTTCAAGATTTATTTTTTCTTCACTGGATTTGCATGGCTAGGGAGATGACA
GAGCTCAGAACTCACGCATTTGATTTCCCTCAGAAGCATCATCGTCCAGTGTTTCATGGA
CTGACTTTTTTGTCATCAGCAGGCTTGCATTGACCATTGCAGTTCTCAAACTTGTGGAGT
TCAGATTCAATGGTTTTGGCTATCTGAAAACGCTCAGGTTCAGGCTCAGGAAACCCCACG
TGGAATGATCCTTACTTTGCAGGTTCTGCTTGTCCCTGGGTCTCATAATGGTGCTTCACA
TAGTTGTATAGCTGTTGATGGAAAGGATGATCAAAAGAAAAACAATCTACACTCTCACTG
TGGTGAGATGACCCAGAGCTTCCTCTTCTACAGAAATGTGGGAGGGATGTGAAGTCCATA
ATCTTCAATAATTCATCTCTTCCGCAACCAGATAACACATGAACTTTCTTCCTCGTCCTC
TCTTGTAAAAGTGGTTTCACAACCTTCCAACAG*CGGAAAATATATATGGAGCGTTCACA
CATAGTAGTGTTTGTCTTCTCTGGATAGTCAGATCATCGATGGTTGATATGATGGTCACT
AACTAATTTGGCTCAGCGCTGAAGTTTACCCTGTCATGTCTAAACT

QA 1 886 1 886
DS 



CO CL2053Contig2 727 2 6 U
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CTGGTTGCAGAGAGAGTGAGCCAAAAACAATGGGGGTCGTCTCAGAAGAAGCCATTGATG
AATTCCTGGAGCTCATAAATCAAGTTGAGGAGCCTTTGAAGAAAACATTTGAGAATGTCC
ATCAGGGATACATGAGAGAGCATTTGAGTCGTTTTCTGAAAGCACGAGATTGGAACGTAT
TTAAAGCTCATACAATGCTGGTTGAGTGTTTGCGTTGGAGGGTTGATAATGAAATTGACA
GTATCCTATCCAAACCTATTGTTCCTAGTGAGTTGTACAGGAACGTACGGGATTCTCAAC
TCATAGGAATGTCAGGTTACACCAGAGAGGGTTTGCCTGTCTTTGCTATTGGTGTTGGCC
TCAGCACATTCGACAAAGCATCGGTTCACTACTATGTACAATCCCACATCCAAATCAATG
AATACAGAGACCGTGTATTACTGCCTTCTATGTCTAAGAAGAATGGCCGGCCAATCACAA
CCTGTGTGAAAGTTTTAGACATGACAGGGTTAAAACTTTCAGCGCTGAGCCAAATTAAGT
TAGTGACCATCATATCAACCATCGATGATCTGAACTATCCAGAGAAGACAAACACCTACT
ATGTTGTGAACGCTCCATATATATTTTCCGCCTGTTGGAAGTTGTGAAACCACTTTTACA
AGAGAGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS60TF U 1
AF RR3DU53TF U 18
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AATACAGAGACCGTGTATTACTGCCTTCTATGTCTAAGAAGAATGGCCGGCCAATCACAA
CCTGTGTGAAAGTTTTAGACATGACAGGGTTAAAACTTTCAGCGCTGAGCCAAATTAAGT
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ATGTTGTGAACGCTCCATATATATTTTCCGCCTGTTGGAAGTTGTGAAACCACTTTTACA
GAGAGGA

QA 1 720 1 720
DS 

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GG
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GCCAAAAACAATGGGGGTCGTCTCAGAAGAAGCCATTGATGAATTCCTGGAGCTCATAAA
TCAAGTTGAGGAGCCTTTGAAGAAAACATTTGAGAATGTCCATCAGGGATACATGAGAGA
GCATTTGAGTCGTTTTCTGAAAGCACGAGATTGGAACGTATTTAAAGCTCATACAATGCT
GGTTGAGTGTTTGCGTTGGAGGGTTGATAATGAAATTGACAGTATCCTATCCAAACCTAT
TGTTCCTAGTGAGTTGTACAGGAACGTACGGGATTCTCAACTCATAGGAATGTCAGGTTA
CACCAGAGAGGGTTTGCCTGTCTTTGCTATTGGTGTTGGCCTCAGCACATTCGACAAAGC
ATCG*TTCACTACTATGTACAATCCCACATCCAAATCAATGAATACAGAGACCGTGTATT
ACTGCCTTCTATGTCTAAGAAGAATGGCCGGCCAATCACAACCTGTGTGAAAGTTTTAGA
CATGACAGGGTTAAAACTTTCAGCGCTGAGCCAAATTAAGTTAGTGACCATCATATCAAC
CATCGATGATCTGAACTATCCAGAGAAGACAAACACCTACTATGTTGTGAACGCTCCATA
TATATTTTCCGCCTGTTGGAAGTTGTGAA*CCACTTTTACAAGAGAGG

QA 3 710 3 710
DS 



AS 1 5

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TACATGAAAAGAAGAAATTACTTGGTGAAACTAAGCTTAGAAAGAACAGCGGCAGCTTGA
TCACCACCC*AATAAAAAATAAGGGTGTCTGAGAGCAGCAGCGGCAGAAAGGCGTCCGCG
TCTCA*AGAACCTCGCTCGGATATAAGTTTAGTGACGAGGTCCCAGCCTCTGCCAGAGTC
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ATATTGAACAGACTTGATCTCAAGATTGAAATTCTTCAGACCCGCAGAAGATCTTATGGT
AGGAACCGCCATTTGCAGAAGCACTATCCCAGCAGAATACATATCAAACAGATCCGGACT
GTTCAACTGCCAGAGAATGGGGGAAAGCAAAGCGGCAATAGGCTCGGGAGGAGGAGTTGG
GGTTTCCTCGGGGAGGACATAGAGCTCAGGAGGACAGTAGTCAGGATCTAGCAATGTGCG
CTCAGGGATGTAATTCTTGCCGATGCGAAGATCAGCAGCAGCACCAAAGTCAATGAGCTT
AATCTGCCCCTTCTTTGTAACCACCAAGTTGGCGGGCTTCACGTCCCTGTGAACAATGCC
AGTATCATGGATCTTCCTGAGAGATGTAATGATCTGGCGCATGATCTGCTTAATGATGAG
TGCACGACGTTTCACAGATTCCACACCTTGAAGAGCACGCCCAAACATGATGGACTCCAG
ATTTGAA*GGAAAACTCCTATCTTTCATGTAATCACCCAGATCACGGTCTCCCTCGAACC
TCCAGACGAGCCATTTGCCGCCTTTTGTAAAGACAGTATTGGTCTTGTCGGCGACAAAGC
TGCCGAGAAACTCAGCGCAGGTGTCAGGAGCAGCCCTAGAGAGTCTGTAGTTAAACCACT
CTTCGTACTCGCCGAAGTCCTGAGCACCTCGAACCCCAAGCTTAACCTTCTTGAGAATAA
CCCTCTCCTTAAAATCCCCCAAAGATTTAAGTGTAGCCTTGTTCATAATCCGCTGCTCAC
TTGAAGAATTCTTTGGGAGAAGGACCCCTGAATACACCACTCCGAATGAGCCTTCTCCAA
GCTTCTCTGCCACCAAGAAATCAGACCTCTTAAACCTCCTCGTCCCAATCAGAGTGTCAA
TACCAAGCTGGAGTGGAGCCAGGAGATATGCGTCAATGGCGTCGACTAGAACACCAGGCC
TAGCCGTCAGGTAAAACCACACGAGTCCGGCGGATGCAAAAGATGCCCACTTCTGTGTAT
CATACAATGCAGAGAGAGAGTGGCCAACAAAATCAACAGCAGGAATGTAGTAGTCGTCGG
GAGAAAAGCTGCATCTCATACTGTTGTTTTTCTGGGATGATGAAAGCTGTGTAGGAGGGG
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TTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCCCAACAATCTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED07JQ U 1
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AF RR3AU58JQ U 2
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AF RR3AU58TF C 752
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TACTTGGTGAAACTAAGCTTAGAAAGAACAGCGGCAGCTTGATCACCACCCCAATAAAAA
ATAAGGGTGTCTGAGAGCAGCAGCGGCAGAAAGGCGTCCGCGTCTCA*AGAACCTCGCTC
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GGGGGAAAGCAAAGCGGCAATAGGCTCGGGAGGAGGAGTTGGGGTTTCCTCGGGGAGGAC
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C

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AGAA
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TTCC

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DS 



AS 1 5

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GCTGTTGTCAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATCTATTGGGTGGGTCCACTCGTTGGG
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BQ
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20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3F720TF U 1
AF RR3CQ33TF U 1
AF RR3BC94TF U 1
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AF RR3CQ33JQ C 250
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CTTGCTGGACTCATC

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TGTGTTTGATTGTG

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR3BC94JQ 877 0 0
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TTGCAACTCTTATCTTTGTATTCGCTGGCGTTGGCTCAGCTATCGCTTTTGGCAAGCTAA
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AGATCGTTGTGACATTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAAGA
AGGGATCGCTTGGAACCATCGCTCCAATCGCTATCGGTTTCATTGTTGGTGCCAACATCC
TCGCTGCTGGTCCTTTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGACCAGCTG
TTGTCAGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATCTATTGGGTGGGTCCACTCGTTGGGGGTG
CACTTGCTGGACTCATCTACGGTGATGTGTTCATTGGTTCTTACCAAGAAGTTTAAACCC
GCGAGATCCAAGTTTGGTTAAACGGATTTGTGATTTCTTGATGTTGGCTTTGATTTTGTG
TTTGATTGTGTATGTTTGATGTCTATGCCTGCGTCTCTACAAGATGCATGTAGAGAAAAA
GTTGTCTTAAAAAAAGAAGAAGTTATATCTTGTTAAT

QA 1 877 1 877
DS 

RD RR3CQ33JQ 689 0 0
TTTGTTGGTGTTTCCATTGCGGCTAACATCTCTGGTGGTCACCTTAACCCTGCCGTGACT
CTCGGTCTTGCCGTTGGAGGAAACATAACACTGATTACTGGTTTCTTATACTGGATCGCT
CAGTGTCTTGGCTCCATCGTTGCTTGCCTTCTCCTTGTCTATGTCACCAACGGCGAGAGC
GTACCAACCCACGGAGTCGGAGCCGGTTTAGGAGCGCTTGAAGGTATCGTGATGGAGATC
GTTGTGACATTTGCTTTGGTCTACACCGTTTACGCCACAGCTGCTGATCCAAAGAAGGGA
TCGCTTGGAACCATCGCTCCAATCGCTATCGGTTTCATTGTTGGTGCCAACATCCTCGCT
GCTGGTCCTTTCAGCGGTGGCTCCATGAACCCAGCAAGGTCGTTCGGACCAGCTGTTGTC
AGTGGAGACTTGTCACAAATCTGGATCTATTGGGTGGGTCCACTCGTTGGGGGTGCACTT
GCTGGACTCATCTACGGTGATGTGTTCATTGGTTCTTACCAAGAAGTTTAAACCCGCGAG
ATCCAAGTTTGGTTAAACGGATTTGTGATTTCTTGATGTTGGCTTTGATTTTGTGTTTGA
TTGTGTATGTTTGATGTCTATGCCTGCGTCTCTACAAGATGCATGTAGAGAAAAAGTTGT
CTTAAAAAAAGAAGAAGTTATATCTTGTT

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL2056Contig1 818 2 24 U
GGGTACGTGCGAACCATAACACAGAATAAGACGGTGTTTTATTATCGTCTCCTCCTCCTT
TCGCCGCTCTCACCACCAAACATCTCTCTAAAACTATTTCTCTCTCTCTCTACAGTGAGT
CAAAGGGAGGAGGACGATGATGAAGGCTTCCGTCAAAGGCAAGTACGATGGCGATAAGAG
CACTGGAGTAGGCTCAGTGGCCTTCAACGCCGGCGATATAAAGCTACGCGCCACCATGAC
CGATGCAACCTTCGTCGCTGGTCCTACCTTGAACGGCCTCTCTCTGGCCGTGGAGAAGCC
TGGTTTCTTCATCGTCGAGTATAACGTCCCTAAGAAAGATGTTAGGTTTCAGTTCATGAA
CACAGTGAGAGTTGCTGAGAAGCCATTGAATCTGACTTACATTCATAGCAGAGCTGATAA
CAGAACAATCGTGGACGGGAGCCTTGTGGTTGATCCTGCGAACAAAGTCTCTGCTAATTA
CATGGTGGGAACAAACAACTGTAAGCTTAAGTACACTTATGCGCACGGAAGGATTGCTAC
GTTCGAGCCTTGCTACGACTTTGCCAAGAATGCTTGGGATTTTGCGGTTTCGAGGAGAGT
TTATGGAGATGATGTTGTCAAGGCCACTTATCAAACGTCTACTAAGTTGCTGGGTGTGGA
ATGGTCAAGAAGCTCCAAATCCACTGGATCTTTCAAGGTATGTGCGTCTGTGAATTTGGC
GGAGAAGTGAAAACGCCGAAATTGACAGCAGAAACAACTTGGAACCTTGAAATCTATGTT
TCCACCCTGAATTGTTCGCTTGTTTCCACGATTTAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO77TF U 1
AF RR3EH88TF U 71
BS 1 81 RR3FO77TF
BS 82 82 RR3EH88TF
BS 83 107 RR3FO77TF
BS 108 111 RR3EH88TF
BS 112 143 RR3FO77TF
BS 144 144 RR3EH88TF
BS 145 150 RR3FO77TF
BS 151 151 RR3EH88TF
BS 152 246 RR3FO77TF
BS 247 247 RR3EH88TF
BS 248 363 RR3FO77TF
BS 364 364 RR3EH88TF
BS 365 369 RR3FO77TF
BS 370 370 RR3EH88TF
BS 371 532 RR3FO77TF
BS 533 533 RR3EH88TF
BS 534 591 RR3FO77TF
BS 592 592 RR3EH88TF
BS 593 671 RR3FO77TF
BS 672 672 RR3EH88TF
BS 673 678 RR3FO77TF
BS 679 679 RR3EH88TF
BS 680 692 RR3FO77TF
BS 693 818 RR3EH88TF

RD RR3FO77TF 692 0 0
GGGTACGTGCGAACCATAACACAGAATAAGACGGTGTTTTATTATCGTCTCCTCCTCCTT
TCGCCGCTCTCACCACCAAACGTCTCTCTAAAACTATTTCTCTCTCT****ACAGTGAGT
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CACTGGAGTAGGCTCAGTGGCCTTCAACGCCGGCGATATAAAGCTACGCGCCACCATGAC
CGATGCGACCTTCGTCGCTGGTCCTACCTTGAACGGCCTCTCTCTGGCCGTGGAGAAGCC
TGGTTTCTTCATCGTCGAGTATAACGTCCCTAAGAAAGATGTTAGGTTTCAGTTCATGAA
CACGGTGAGGGTTGCTGAGAAGCCATTGAATCTGACTTACATTCATAGCAGAGCTGATAA
CAGAACAATCGTGGACGGGAGCCTTGTGGTTGATCCTGCGAACAAAGTCTCTGCTAATTA
CATGGTGGGAACAAACAACTGTAAGCTTAAGTACACTTATGCGCACGGAAGGGTTGCTAC
GTTCGAGCCTTGCTACGACTTTGCCAAGAATGCTTGGGATTTTGCGGTTTCTAGGAGAGT
TTATGGAGATGATGTTGTCAAGGCCACTTATCAAACGTCTACTAAGTTGCTGGGTGTGGA
ATGGTCAAGAA*CTCCAA*TCCACTGGATCTT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3EH88TF 748 0 0
G
ACCACCAAACATCTCTCTAAAACTATTTCTCTCTCTCTCTACAGTGAGTCAAAGGGAGGA
GGACGATGATGAAGGCTTCCGTCAAAGGCAAGTACGATGGCGATAAGAGCACTGGAGTAG
GCTCAGTGGCCTTCAACGCCGGCGATATAAAGCTACGCGCCACCATGACCGATGCAACCT
TCGTCGCTGGTCCTACCTTGAACGGCCTCTCTCTGGCCGTGGAGAAGCCTGGTTTCTTCA
TCGTCGAGTATAACGTCCCTAAGAAAGATGTTAGGTTTCAGTTCATGAACACAGTTAGAG
TTGCTGAGAAGCCATTGAATCTGACTTACATTCATAGCAGAGCTGATAACAGAACAATCG
TTGACGGGAGCCTTGTGGTTGATTCTGCGAACAAAGTCTCTGCTAATTACATGGTGGGAA
CAAACAACTGTAAGCTTAAGTACACTTATGCGCACGGAAGGATTGCTACGTTCGAGCCTT
GCTACGACTTTGCCAAGAATGCTTGGGATTTTGCGGTTTCGAGGAGAGTTTATGGAGATG
ATGTTGTCAAGGCCACTTATCAAACGTCTAGTAAGTTGCTTGGTGTGGAATGGTCAAGGA
GCTCCAAATCCACTGGATCTTTCAAGGTATGTGCGTCTGTGAATTTGGCGGAGAAGTGAA
AACGCCGAAATTGACAGCAGAAACAACTTGGAACCTTGAAATCTATGTTTCCACCCTGAA
TTGTTCGCTTGTTTCCACGATTTAATA

QA 2 748 2 748
DS 



AS 1 4

CO CL2057Contig1 1299 4 12 U
GGGAACATAGAAACACTCAAAACTTAACCAAAAACAAAAATGGGAGAGGAAGAGAAGAAG
CAAGAAGTACCAGAGGAGAAGAAAGGAGGAGAACAAACCAGAGGAGGATAAAAAAGAAGA
AGGAAAGAAAGTTGAGGTTGGTGAGGAAAAAGGAGAAGATTCCGAGAAGAAAACTCAAGA
AGGAGAAGCTACTAAAGATTCCAAAGATGAGTCTCCACCGGCGGCGCCGGAAGCTCCAGC
GCCACCTCCACCACCGCAAGAGATTATTCTCAAGGTGTACATGCACTGTGAAGGCTGTGC
AAGAAAAGTCCGCCGTTGCCTCAAAGGTTTCGAAGGAGTGGAAGATGTGATGACTGATTG
TAAAGCGGGTAAAGTGGTGGTGAAGGGAGAAAAAGCTGACCCATTGAAAGTATTGGCCAG
AGTTCAAAAGAAGACCCACCGTGAAGTGGTGCTTATTTCTCCTATTCCTCCACCATCTCA
GCCACCAGAGAAGAAAGCGGAGGAGGAGAAGCCCAAAGTGGAGGAAAAGAAAGTGGAGCC
TCCCGTAGTGGTTACGGTGGTCCTCAAGGTTCACATGCATTTCGAAGCTTGTGCGACGGA
GACCAAGAAACGGATCATGAGAATGAAAGGAGTGGAATCTGCTGAATCCGATTTGAAAGC
TTCTGAAGTGACGGTGAAAGGAGTGTTTGAACCGCAAAAGCTCGTAGAACACATTTACAA
GCGGACTGGAAAACATGCTGCAATTATGAAAATTGATCCACCACCACCACCGCCACCTGA
AGAAGCGGCTGAGAAGAAGGAAGAAGGGAAAGGAGAAAATGACGGTGGAGAGTCCAAAGG
CGAGGAAGGGAAGGACGAGAAAGCAAAGACTGATGAAGAGAAGAAAGAAGGTGACGGCAG
CAAAGGAGAAGGTGAAGCCGGGGGAAATGGCGGTGGTGGGGAGGAAGAGGGAAAAGTTGT
GGAGGTGAAGAAGATAGAGAATCCATATTACTCCTATTATTACCAGCCGCCGCGTGTGGC
AATGCCGCCTCATGCCTATCAACCGCATGCATATCCTCCTTATGCATATCCTTCTAATGC
ATATCCTCCAAATGCATATCCTTCTAGTGCATATTCTCCTCATGCATATCCTCCTCATGC
ATATCCTCCTCCTGGATATCCTTCTAGTGCATATCCACCTAATGCATATAGCCCTCAGAT
ATTCAGCGACGAGAATCCAAACGCATGTTCCATTATGTAACAAAGAAACTGCGAATGCTA
AAGAGTATATGGAAAATATTTTGAACAATTTGATTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3EX56TF U 1
AF RR3G454TF U 208
AF RR3G454JQ C 567
AF RR3A063JQ C 638
BS 1 546 RR3EX56TF
BS 547 547 RR3G454TF
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BS 583 602 RR3EX56TF
BS 603 603 RR3G454TF
BS 604 669 RR3EX56TF
BS 670 876 RR3G454TF
BS 877 914 RR3G454JQ
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BS 916 1295 RR3G454JQ
BS 1296 1299 RR3A063JQ

RD RR3EX56TF 669 0 0
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AGGAGAAGCTACTAAAGATTCCAAAGATGAGTCTCCACCGGCGGCGCCGGAAGCTCCAGC
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GCCACCAGAGAAGAAAGCGGAGGAGGAGAAGCCCAAAGTGGAGGAAAAGAAAGTGGAGCC
TCCCGTGGTGGTTACGGTGGTCCTCAAGGTTCACATGCATTGCGAAGCTTGTGCGACGGA
GATCAAGAAACGGATCATGAGAATGAAAGGAGTGGAATCTGCTGAATCCGATTTGAAAGC
TTCTGAAGT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3G454TF 669 0 0
G
GAGTCTCCACCGGCGGCGCCGGAAGCTCCAGCGCCACCTCCACCACCGCAAGAGATTATT
CTCAAGGTGTACATGCACTGTGAAGGCTGTGCAAGAAAAGTCCGCCGTTGCCTCAAAGGT
TTCGAAGGAGTGGAAGATGTGATGACTGATTGTAAAGCGGGTAAAGTGGTGGTGAAGGGA
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AAGCCCAAAGTGGAGGAAAAGAAAGTGGAGCCTCCCGTAGTGGTTACGGTGGTCCTCAAG
GTTCACATGCATTTCGAAGCTTGTGCGACGGAGACCAAGAAACGGATCATGAGAATGAAA
GGAGTGGAATCTGCTGAATCCGATTTGAAAGCTTCTGAAGTGACGGTGAAAGGAGTGTTT
GAACCGCAAAAGCTCGTAGAACACATTTACAAGCGGACTGGAAAACATGCTGCAATTATG
AAAATTGATCCACCACCACCACCGCCACCTGAAGAAGCGGCTGAGAAGAAGGAAGAAGGG
AAAGGAGAAAATGACGGTGGAGAGTCCAAAGGCGAGGAAGGGAAGGACGAGAAAGCAAAG
ACTGATGA

QA 2 669 2 669
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AAGGAGTGGAATCTGCTGAATCCGATTTGAAAGCTTCTGAAGTGACGGTGAAAGGAGTGT
TTGAACCGCAAAAGCTCGTAGAACACATTTACAAGCGGACTGGAAAACATGCTGCAATTA
TGAAAATTGATCCACCACCACCACCGCCACCTGAAGAAGCGGCTGAGAAGAAGGAAGAAG
GGAAAGGAGAAAATGACGGTGGAGAGTCCAAAGGCGAGGAAGGGAAGGACGAGAAAGCAA
AGACTGATGAAGAGAAGAAAGAAGGTGACGGCAGCAAAGGAGAAGGTGGAGCCGGGGGAA
ATGGCGGTGGTGGGGAGGAAGAGGGAAAAGTTGTGGAGGTGAAGAAGATAGAGAATCCAT
ATTACTCCTATTATTACCAGCCGCCGCGTGTGGCAATGCCGCCTCATGCCTATCAACCGC
ATGCATATCCTCCTTATGCATATCCTTCTAATGCATATCCTCCAAATGCATATCCTTCTA
GTGCATATTCTCCTCATGCATATCCTCCTCATGCATATCCTCCTCCTGGATATCCTTCTA
GTGCATATCCACCTAATGCATATAGCCCTCAGATATTCAGCGACGAGAATCCAAACGCAT
GTTCCATTATGTAACAAAGAAACTGCGAATGCTAAAGAGTATATGGAAAATATTTTGAAC
AATTTGATT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3A063JQ 662 0 0
TCTGCTGAATCCGATTTGAAAGCTTCTGAAGTGACGGTGAAAGGAGTGTTTGAACCGCAA
AAGCTCGTAGAACACATTTACAAGCGGACTGGAAAACATGCTGCAATTATGAAAATTGAT
CCACCACCACCACC*CCACCTGAAGAAGCGGCTGAGAAGAAGGAAGAAGGGAAAGGAGAA
AATGACGGTGGAGAGTCCAAAGGCGAGGAAGGGAAGGACGAGAAAGCAAAGACTGATGAA
GAGAAGAAAGAAGGTGACGGCAGCAAAGGAGAAGGTGAAGCCGGGGGAAATGGCGGTGGT
GGGGAGGAAGAGGGAAAAGTTGTGGAGGTGAAGAAGATAGAGAATCCATATTACTCCTAT
TATTACCAGCCGCCGCGTGTGGCAATGCCGCCTCATGCCTATCAACCGCATGCATATCCT
CCTTATGCATATCCTTTTAATGCATATCCTCCAAATGCATATCCTTTTAGTGCATATTCT
CCTCATGCATATCCTCCTCATGCATATCCTCCTCCTGGATATCCTTCTAGTGCATATCCA
CCTAATGCATATAGCCCTCAGATATTCAGCGACGAGAATCCAAACGCATGTTCCATTATG
TAACAAAGAAACTGCGAATGCTAAAGAGTATATGGAAAATATTTTGAACAATTTGATTAA
GC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 4

CO CL2058Contig1 971 4 6 U
CTGTCAGAAAATCCGATAGGTTATTGAATGACATGGTAAAGAAAAGATTCTCTTACACAA
CACAACTAAAACGTCAAATGAAACATCAAATCTAGCAGACCAGGTGAAAAATAAATTCTC
TTTGTTTATAAATCCGAAGAAGACACAAAGGGGGATAGAGATACATCAACCGCATTTGAG
TATCCTCCTCAAAGACGACTAATGACTGCTTCAACTTCTTGTGGAGTGTAGATATGGTAC
GCTGGAGCTACCTTGGCAATGTCCACATTATTCGGAGTCACCTTTTCTTCCATAACTTGC
TTGAGGATAGATACAGCGATCGTCTCAGCTTCTTCAAGTGACAGATCTTTGTTGAATTGT
TCTTGAAGAGAACTATCAGCTCCTTCTGAGCCTGAACCAATCGCCTTTGCATTGCACTGC
CAGAATGTTCCAGATGGGTCCGTGTAGTACAAGCTCGGTCCGTTTTCATCATGACCAGCG
ATGAGAAGAGAGACTCCAAATGGCCGAGACATTGATTCTTCATCTCCTTCACCAAACCGT
AAAGCCAGATCACACAGGGCTTGTGTAGTGGACTCTACAGTCATTGGTTCACCATACGAG
AATCTGTGGTTTTGAGTCTCGACTCGTGCATGCTCAACGAGAGTACGCGCATCAGCAATT
AAACCGCTCATGGCACAGCCAATATGGTCATCAATTTCCATTATCTCCTCCACACTGCTC
GGCTCCAGCAAAGGAGAGGTGATACGCTTCTCGACAGCAAGTACAACTCCCTCTTTTGTC
TTCACTCCAATTGCAGTAGAACCAAGCTTGATAGCTTCAATGGCGTACTCGACTTGGAAG
AGCCTGCCTTCAGGAGAGAAAGTGTTGACTCCTCTGTCATACTCAGTCCTAGTGAGAAAC
ATCTTCTTCTTCTTCTTCGATCTGTAAAACCCTCTTTCAAGTGTCTGTGAGCTGATTGAT
CGGCGAATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H140JQ U 1
AF RR3BQ17JQ U 144
AF RR3H140TF C 182
AF RR3BQ17TF C 187
BS 1 184 RR3H140JQ
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BS 770 907 RR3H140TF
BS 908 971 RR3BQ17TF

RD RR3H140JQ 650 0 0
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CACAACTAAAACGTCAAATGAAACATCAAATCTAGCAGACCAGGTGAAAAATAAATTCTC
TTTGTTTATAAATCCGAAGAAGACACAAAGGGGGATAGAGATACATCAACCGCATTTGAG
TATCTTCCTCAAAGACGACTAATGACTGCTTCAACTTCTTGTGGAGTGTAGATATGGTAC
GCTGGAGCTACCTTGGCAATGTCCACATTATTCGGAGTCACCTTTTCTTCCATAACTTGC
TTGAGGATAGATACAGCGATCGTCTCAGCTTCTTCAAGTGACAGATCTTTGTTGAATTGT
TCTTGAAGAGAACTATCAGCTCCTTCTGAGCCTGAACCAATCGCCTTTGCATTGCACTGC
CAGAATGTTCCAGATGGGTCCGTGTAGTACAAGCTCGGTCCGTTTTCATCATGACCAGCG
ATGAGAAGAGAGACTCCAAATGGCCGAGACATTGATTCTTCATCTCCTTCACCAAACCGT
AAAGCCAGATCACACAGGGCTTGTGTAGTGGACTCTACAGTCATTGGTTCACCATACGAG
AATCTGTGGTTTTGAGTCTCGACTCGTGCATGCTCAACGAGAGTACGCGC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3BQ17JQ 626 0 0
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CACATTATTCGGAGTCACCTTTTCTTCCATAACTTGCTTGAGGATAGATACAGCGATCGT
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TTCTGAGCCTGAACCAATCGCCTTTGCATTGCACTGCCAAAATGTTCCAAATGGGTCCGT
GTAGTACAAGCTCGGTCCGTTTTCATCATGACCAGCGATGAGAAGAGAGACTCCAAATGG
CCGAAACATTGATTCTTCATCTCCTTCACCAAACCGTAAAGCCAGATCACACAGGGCTTG
TGTAGTGGACTCTACAGTCATTGGTTCACCATACGAAAATCTGTGGTTTTGAGTCTCGAC
TCGTGCATGCTCAACGAGAGTACGCGCATCAGCAATTAAACCGCTCATGGCACAGCCAAT
ATGGTCATCAATTTCCATTATCTCCTCCACACTGCTCGGCTCCAGCAAAGGAGAGGTGAT
ACGCTTCTCGACAGCAAGTACAACTC

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3H140TF 727 0 0
GTATCT
CTCAAAGACGACTAATGACTGCTTCAACTTCTTGTGGAGTGTAGATATGGTACGCTGGAG
CTAC*TTGGCAATGTCCACATTATTCGGAGTCACCTTTTCTTCCATAACTTGCTTGAGGA
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GAGAGACTCCAAATGGCCGAGACATTGATTCTTCATCTCCTTCACCAAACCGTAAAGCCA
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GCAAAGGAGAGGTGATACGCTTCTCGACAGCAAGTACAACTCCCTCTTTTGTCTTCACTC
CAATTGCAGTAGAACCAAGCTTGATAGCTTCAATGGCGTACTCGACTTGGAAGAGCCTGC
CTTCAGGAGAGAAAGTGTTGACTCCTCTGTCATACTCAGTCCTAGTGAGAAACATCTTCT
C

QA 7 726 7 726
DS 

RD RR3BQ17TF 785 0 0
T
CTCAAAGACGACTA*TGACTGCTTCA*CTTCT*GTGGAGTGTAGATATG*TACGCTGGAG
CTAC*TTGGCAATGTCCACATTATTCGGAGTCAC*TTTTCTTCCATAACTTGCTTGAGGA
TAGATACAGCGATCGTCTCAGCTTCTTCAAGTGACAGATCTTTGTTGAATTGTTCTTGAA
GAGAACTATCAGCTCCTTCTGAGCCTGAACCAATCGCCTTTGCATTGCACTGCCAGAATG
TTCCAGATGGGTCCGTGTAGTACAAGCTCGGTCCGTTTTCATCATGACCAGCGATGAGAA
GAGAGACTCCAAATGGCCGAGACATTGATTCTTCATCTCCTTCACCAAACCGTAAAGCCA
GATCACACAGGGCTTGTGTAGTGGACTCTACAGTCATTGGTTCACCATACGAGAATCTGT
GGTTTTGAGTCTCGACTCGTGCATGCTCAACGAGAGTACGCGCATCAGCAATTAAACCGC
TCATGGCACAGCCAATATGGTCATCAATTTCCATTATCTCCTCCACACTGCTCGGCTCCA
GCAAAGGAGAGGTGATACGCTTCTCGACAGCAAGTACAACTCCCTCTTTTGTCTTCACTC
CAATTGCAGTAGAACCAAGCTTGATAGCTTCAATGGCGTACTCGACTTGGAAGAGCCTGC
CTTCAGGAGAGAAAGTGTTGACTCCTCTGTCATACTCAGTCCTAGTGAGAAACATCTTCT
TCTTCTTCTTCGATCTGTAAAACCCTCTTTCAAGTGTCTGTGAGCTGATTGATCGGCGAA
TTCC

QA 2 785 2 785
DS 



AS 1 2

CO CL2059Contig1 795 2 2 U
GGATAAATTTAGGCTTTTCCTTTCGCATCGCTTGTCGTCTTCTTGCAGATAAAAAAATTA
AAAAGAGCTTCGAAAAAAAATCCACAGACTTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
TCCTCTTTCAGACTATAGTAGCAGCTTCTGAAAATTTCACAGTCCCTAATTAAACAAGAA
AAATGAGCAAATTCTGGACTTTCCTCACTGCTCTCCACTCAGGCGCTGGTCCTCTGGTTA
TGTTGGTGTATCCATTGTACGCATCGGTGGTGGCAATGGAGAGCACAACGAAAGTAGACG
ATGAGCAGTGGCTTGCCTACTGGATCATTTACTCTTTCCTCACCCTCACGGAGCTGATTC
TGCAATCGCTTCTTGAGTGGATCCCGATTTGGTATTCTGTGAAACTGGTCTTCGTAGCCT
GGTTGGTCCTGCCTCAGTTCCATGGCGCAGCTTTCATCTACAACCGCGTGGTGAGAGAAC
AGTTCAAGAAACACGGCGTCTTCGGCTCCTCCTCCTCCTCTCACACCAAACACTCCAAGC
TCTCCAAACCCAACATCATCCACTCCATTTTCCACCGGGAGGGACACGAGGCTCACTCTC
ACTGACTCCAAGGCTGAGGAGAAGCTCGAATAGCATTGTAATGGGAGTTGGTGGTGGCCC
CTTCTCGTCTTCAAGTCTAATCTTACTTTTGCTTTAATCTTTAATTTAAGTCTTTAATTT
AATAATTTGAGAAAAAATATGATAATGACTGAGGAGGTGTGTGATCGTTTTAAATTAGAA
ATGGCTTGTTGTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK93TF U 1
AF RR3AK93JQ C 10
BS 1 703 RR3AK93TF
BS 704 795 RR3AK93JQ

RD RR3AK93TF 703 0 0
GGATAAATTTAGGCTTTTCCTTTCGCATCGCTTGTCGTCTTCTTGCAGATAAAAAAATTA
AAAAGAGCTTCGAAAAAAAATCCACAGACTTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
TCCTCTTTCAGACTATAGTAGCAGCTTCTGAAAATTTCACAGTCCCTAATTAAACAAGAA
AAATGAGCAAATTCTGGACTTTCCTCACTGCTCTCCACTCAGGCGCTGGTCCTCTGGTTA
TGTTGGTGTATCCATTGTACGCATCGGTGGTGGCAATGGAGAGCACAACGAAAGTAGACG
ATGAGCAGTGGCTTGCCTACTGGATCATTTACTCTTTCCTCACCCTCACGGAGCTGATTC
TGCAATCGCTTCTTGAGTGGATCCCGATTTGGTATTCTGTGAAACTGGTCTTCGTAGCCT
GGTTGGTCCTGCCTCAGTTCCATGGCGCAGCTTTCATCTACAACCGCGTGGTGAGAGAAC
AGTTCAAGAAACACGGCGTCTTCGGCTCCTCCTCCTCCTCTCACACCAAACACTCCAAGC
TCTCCAAACCCAACATCATCCACTCCATTTTCCACCGGGAGGGACACGAGGCTCACTCTC
ACTGACTCCAAGGCTGAGGAGAAGCTCGAATAGCATTGTAATGGGAGTTGGTGGTGGCCC
CTTCTCGTCTTCAAGTCTAATCTTACTTTTGCTTTAATCTTTA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3AK93JQ 786 0 0
TAGGCTTTTCCTTTCGCATCGCTTGTCGTCTTCTTGCAGATAAAAAAATTAAAAAGAGCT
TCGAAAAAAAATCCACAGACTTGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTTTC
AGACTATAGTAGCAGCTTCTGAAAATTTCACAGTCCCTAATTAAACAAGAAAAATGAGCA
AATTCTGGACTTTCCTCACTGCTCTCCACTCAGGCGCTGGTCCTCTGGTTATGTTGGTGT
ATCCATTGTACGCATCGGTGGTGGCAATGGAGAGCACAACGAAAGTAGACGATGAGCAGT
GGCTTGCCTACTGGATCATTTACTCTTTCCTCACCCTCACGGAGCTGATTCTGCAATCGC
TTCTTGAGTGGATCCCGATTTGGTATTCTGTGAAACTGGTCTTCGTAGCCTGGTTGGTCC
TGCCTCAGTTCCATGGCGCAGCTTTCATCTACAACCGCGTGGTGAGAGAACAGTTCAAGA
AACACGGCGTCTTCGGCTCCTCCTCCTCCTCTCACACCAAACACTCCAAGCTCTCCAAAC
CCAACATCATCCACTCCATTTTCCACCGGGAGGGACACGAGGCTCACTCTCACTGACTCC
AAGGCTGAGGAGAAGCTCGAATAGCATTGTAATGGGAGTTGGTGGTGGCCCCTTCTCGTC
TTCAAGTCTAATCTTACTTTTGCTTTAATCTTTAATTTAAGTCTTTAATTTAATAATTTG
AGAAAAAATATGATAATGACTGAGGAGGTGTGTGATCGTTTTAAATTAGAAATGGCTTGT
TGTTGT

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 4

CO CL2060Contig1 866 4 6 U
GACTTAATGGAAGATAACCAAAGCTACTTTGTATAGTTTACAGCTCCATATTGACCATTG
GATAGATTCAAAATAATAATGCAACCTAAGGAAGATATATAATAATTCTTGAAGTTTTGC
TCACTCGTCACTGGAGTATACATCATAGACATAAAGCTTAATCTATAAAGCCAAGTCCTC
ACTTCTCTAACGCACTTATCAGTGCCTTCATCTTCAGGCAAAGTTTCACTTGAAC*AAAG
TCTCCTCTTCAGAACCATTCAATTAACAAAAGAAGGAGATTTGTCCAATCCAGGACACTA
ACACGAAACAGCTTCTGCTGCATCTGGCTTAGACTCTTGACCATCCGTCTCAGCGAGTAA
AGGGCTTTTCTGGAACTTATTCCTCAGCTGACCACAAGCAGCATTCGCTTCAAGCCCTCT
TGTTTGCCTCACGCTTGCTGTTATCTTACGCGACTCCAATGCAGCCGCAAAGACCAGTAC
CGCTTTCTTGTAAGGTCGCTTGTACTCAGATCCTTCTATAGGGTTGTAAGGTATCAAGTT
AACGTGATAAGTTTTGCCCCATTCACGTAGTAGCTCTGCGAGTTCCAACGCGTTCTCAAC
TGAATCATTGACTCCAGCTAGAAGAGCATACTCGAAGGAGACTCGTCTATTTGTTTCTTG
AAAGTAATCTCGACAATCTTGCATAATTGCTTCCAGCGGATAAGCCTTGGCACTTGGTAC
AATTTTCTCCCGGAGAGACTGGTTTGGAGCATGTAAGCTGACAGCTAAAGTGGACTGAAG
CTTATGAGAGGCAAGCTTCTTGATTGTGTTCGGAACACCAACTGTTGATATTGTAATCAT
TCTTTGCCCGATTTCAATGTCCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 10 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 5 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FJ37JQ U 129
AF RR3ER85JQ U 75
AF RR3BS29JQ U 1
AF RR3BS29TF C 122
BS 1 110 RR3BS29JQ
BS 111 111 RR3ER85JQ
BS 112 814 RR3BS29JQ
BS 815 815 RR3BS29TF
BS 816 856 RR3BS29JQ
BS 857 866 RR3BS29TF

RD RR3FJ37JQ 435 0 0
CACTG
GAGTATACATCATAAACATAAAGCTTAATCTATAAAGCCAAGTCCTCACTTCTCTAACGC
ACTT*TCAGTGCCATCATCCTCAGGCAAAGTTTCACTTGAACCAAAGTCTCCTCTTCAAA
ACCATTCAATTGGCAAAAAAAGGAAATTTGTCAAATCCAGGACACTAACACGAAACAGCT
TCTGCTGCATCTGGCTTAAACTCTTGACCGTCCGTCTCAACAAGTAAAGGGCTTTTCTGG
AACTTATTCCTCAGCTGACCACAAGCAGCATTCGCTTCAAGCCCTCTTGTTTGCCTCACC
CTTGCTGTTATCTTACGCGACTCCAATGCAGCCGCAAAGGCCAGGACCGCTTTCTTGAAA
GGTCGCTTGTACTCTGATCCTTCTATAGGGTTGTAAGGTATCAAGTTAACGTGATAAGTT
TTGCCCCATT

QA 6 435 6 435
DS 

RD RR3ER85JQ 531 0 0
AATAATGCAACCTAAGGAAGATATATAATAATTCTTGAAGTTTTGCTCACTCGTCACTGG
AGTATACATCATAGACATAAAGCTTAATCTATAAAGCCAAGTCCTCACTTCTCTAACGCA
CTT*TCAGTGCCATCATCCTCAGGCAAAGTTTCACTTGAACCAAAGTCTCCTCTTCAGAA
CCATTCAATTGGCAAAAGAAGGAGATTTGTCAAATCCAGGACACTAACACGAGACAGCTT
CTGCTGCATCTGGCTTAAACTCTTGACCGTCCGTCTCAGCAAGTAAAGGGCTTTTCTGGA
ACTTATTCCTCAGCTGACCACAAGCAGCATTCGCTTCAAGCCCTCTTGTTTGCCTCACGC
TTGCTGTTATCTTACCCGACTCCAATGCAGCCGCAAAGGCCAGGACCGCTTTCTTGAAAG
GTCGCTTGTACTCTGATCCTTCTATAGGGTTGTAAGGTATCAAGTTAACGTGATAAGTTT
TGCCCCATTCACGTAGTAGCTCTGCGAGTTCCACCGCGTTCTCAACTGAAT

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR3BS29JQ 865 0 0
GACTTAATGGAAGATAACCAAAGCTACTTTGTATAGTTTACAGCTCCATATTGACCATTG
GATAGATTCAAAATAATAATGCAACCTAAGGAAGATATATAATAATTCTTTAAGTTTTGC
TCACTCGTCACTGGAGTATACATCATAGACATAAAGCTTAATCTATAAAGCCAAGTCCTC
ACTTCTCTAACGCACTTATCAGTGCCTTCATCTTCAGGCAAAGTTTCACTTGAAC*AAAG
TCTCCTCTTCAGAACCATTCAATTAACAAAAGAAGGAGATTTGTCCAATCCAGGACACTA
ACACGAAACAGCTTCTGCTGCATCTGGCTTAGACTCTTGACCATCCGTCTCAGCGAGTAA
AGGGCTTTTCTGGAACTTATTCCTCAGCTGACCACAAGCAGCATTCGCTTCAAGCCCTCT
TGTTTGCCTCACGCTTGCTGTTATCTTACGCGACTCCAATGCAGCCGCAAAGACCAGTAC
CGCTTTCTTGTAAGGTCGCTTGTACTCAGATCCTTCTATAGGGTTGTAAGGTATCAAGTT
AACGTGATAAGTTTTGCCCCATTCACGTAGTAGCTCTGCGAGTTCCAACGCGTTCTCAAC
TGAATCATTGACTCCAGCTAGAAGAGCATACTCGAAGGAGACTCGTCTATTTGTTTCTTG
AAAGTAATCTCGACAATCTTGCATAATTGCTTCCAGCGGATAAGCCTTGGCACTTGGTAC
AATTTTCTCCCGGAGAGACTGGTTTGGAGCATGTAAGCTGACAGCTAAAGTGGACTGAAG
CTTATGAGAGGCAAGCTTCTTGATTGTGTTCGGA*CACCAACTGTTGATATTGTAATCAT
TCTTTGCCCGATTTCA
TGTCCTTCC

QA 1 856 1 856
DS 

RD RR3BS29TF 745 0 0
TCACTCGTCACT
GAGTATACATCATAGACATAAAGCTTA*TCTATAAAGCCAAGTCCTCACTTCTCTAACGC
ACTTATCAGTGC*TTCATCTTCAGGCAAAGTTTCACTTGAAC*AAAGTCTCCTCTTCAGA
ACCATTCAATTAACAAAAGAAGGAGATTTGTCCAATCCAGGACACTAACACGAAACAGCT
TCTGCTGCATCTGGCTTAGACTCTTGACCATCCGTCTCAGCGAGTAAAGGGCTTTTCTGG
AACTTATTCCTCAGCTGACCACAAGCAGCATTCGCTTCAAGCCCTCTTGTTTGCCTCACG
CTTGCTGTTATCTTACGCGACTCCAATGCAGCCGCAAAGACCAGTACCGCTTTCTTGTAA
GGTCGCTTGTACTCAGATCCTTCTATAGGGTTGTAAGGTATCAAGTTAACGTGATAAGTT
TTGCCCCATTCACGTAGTAGCTCTGCGAGTTCCAACGCGTTCTCAACTGAATCATTGACT
CCAGCTAGAAGAGCATACTCGAAGGAGACTCGTCTATTTGTTTCTTGAAAGTAATCTCGA
CAATCTTGCATAATTGCTTCCAGCGGATAAGCCTTGGCACTTGGTACAATTTTCTCCCGG
AGAGACTGGTTTGGAGCATGTAAGCTGACAGCTAAAGTGGACTGAAGCTTATGAGAGGCA
AGCTTCTTGATTGTGTTCGGAACACCAACTGTTGATATTGTAATCATTCTTTGCCCGATT
TCAATGTCCTTCC

QA 13 745 13 745
DS 



AS 1 5

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TTATCTATGTAATAACTATTTTCTTTTTGAAAGATTTTGTGATAATAAAAACTGAGATGT
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BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL68JQ C 1
AF RR3DS05TF U 1
AF RR3EJ53JQ C 1
AF RR3EJ53TF U 1
AF RR3AL68TF U 418
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BS 541 593 RR3AL68TF

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T

QA 1 481 1 481
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QA 1 540 1 540
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QA 1 540 1 540
DS 

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QA 1 176 1 176
DS 



AS 1 3

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV23TF U 1
AF RR3GH19TF U 1
AF RR3GH19JQ C 261
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TAT

QA 1 603 1 603
DS 

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AGGGAGAGAAGCTTCCATTTGAACCCGTAGAGATCCCGTCCCGTGGAGGAGAATTTCTAG
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AATCATAAACTATGGGTTTGTGGGATGCTTTTCTCAATTGGCTTCGCAGCCTCTTCTTCA
AGCAAGAAATGGAGCTTTCCTTGATAGGACTTCAAAATGCAGGAAAGACATCTCTTGTTA
ACGTCGTTGCTACCGGTGGATACAGTGAAGACATGATTCCTACGGTAGGGTTCAACATGA
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TATCCAAAGATGACTTAACCGAGGAAATGGGGCTCAAGTCGCTCAC
A

QA 1 646 1 646
DS 

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TTG
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TAAAACAAGAACCCTCTGCATTTTCTTCATCTTTTCTCAGTCTTCCTGTGTGTTGCAACT
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TTCTTTAATTCACCTTCCTTCAGGGTCGAATCCGAAAGAATTAAAACATACGGGGTTAAT
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QA 4 731 4 731
DS 



AS 1 2

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CACCATTCTTCTCTTCATCCTCTTAACATATTGATCCAAGAGAGATATTTGAATAGCTTT
TGAGGTTGGTATATCAATGGCGAGAAGGCAAGTAGGTTCAACACGACGTGTAGGAGATGG
TGGAAGCTTCCCTTTTGCTGGAGCTTTGCACTCCAAGTCTCGCTCTTCTCCACTTTTATC
TATTTGCCTTGTTCTCGTGGGGGCTTGCCTACTCATTGGTTATGCTCACAGTGGCCCAGG
AATCTTTAAAAGTATCAAAGAAGTCAGCAAAGTTACAGGTGACTATTCTTGCACATCGGA
AGTCCAAAGAGCCGTTTCTGTTCTTAACAAGGCTTATGGAGATGGGATGCGCAAGGTCTT
GCACGTTGGCCCTGAGACTTGCTCTGTCGTTTCCACTCTTTTGAAAGAAGATGAGACTGA
AGCGTGGGGTGTCGAACCCTATGACATCGAGGATGCTGATTCTCACTGCAAGGGTCTTGT
CAGCAAAGGCCTTGTGCGTGTCGCTGATATCAAGTTCCCTCTCCCCTACAAGGCGAAATC
TTTCTCTCTTGTCATCGTCTCAGATGCTCTCGACTATCTCTCTCCCAAGTACCTCAACAA
GACCGTCCCTGAACTCGCAAGGGTCGCTTCAGATGGTCTGGTTCTTTTTGCAGGTCCCCC
TGGTCAGCAGAGAGCTAAAGTTGCTGAATTGTCTAAGTTCGGTCGTCCCGCTAAAATGGG
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AAGCAAGAAGTTTGAACAGGCTGTTTCCAGAGGATTATACGAACCAGCCTGCCAAGTCTT
CCACCTTAAGCCGCTACATTAACCAGCCACCACCAAGCCCCTACTACACTAAAGCACATT
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TTGTATTTTGTAACAAGTCAGTTTTTATTTTTGTCATGTTTTATCCATCAACACAGTTTT
TTCTTATTGAATTTTAATCAATCGTTGTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AC56TF U 1
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TGGAAGCTTCCCTTTTGCTGGAGCTTTGCACTCCAAGTCTCGCTCTTCTCCACTTTTATC
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DS 

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TCCATCAACACAGTTTTTTCTTATTGAATTTTAATCAATCGTTGTTACC

QA 1 469 1 469
DS 



AS 1 5

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TGTTTGTGCGTAGCCACAACCATAGACTTTTAAGACGGATACATAAAGTCATTAAGACCA
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TCTATCACCAAACACTTGACCAGAATCTTCTTCGATCCTTTCTTCGCATACACAAACGCG
TACTCCTCGAACTCGTTCCACCCCTCGATCCCTACCTCTCCTTGAGAAGGAGAGGAAGAA
AGAGCGTCTTCGGCGAACGCAGGCCTTCCCGTGGCAACGAGTTTGTAACCTGAGGCGATT
AAGGAAGCGTGAACTACGAAGGCGATCTTGTCGCCGTTGTTTCGAAACTGTGGCCGTGAG
GACCTGATCACGAGCGTCACCGTATCTGAATTCGCCATCGATTCGGTCGGAATGTTCGAG
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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 5 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3EJ80JQ U 5
AF RR3C042JQ U 1
AF RR3FT85JQ U 6
AF RR3C042TF C 414
AF RR3EJ80TF C 567
BS 1 88 RR3C042JQ
BS 89 89 RR3EJ80JQ
BS 90 780 RR3C042JQ
BS 781 781 RR3FT85JQ
BS 782 795 RR3C042JQ
BS 796 796 RR3FT85JQ
BS 797 797 RR3C042TF
BS 798 860 RR3FT85JQ
BS 861 861 RR3C042TF
BS 862 864 RR3FT85JQ
BS 865 865 RR3C042TF
BS 866 890 RR3FT85JQ
BS 891 1153 RR3C042TF
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BS 1155 1168 RR3C042TF
BS 1169 1169 RR3EJ80TF

RD RR3EJ80JQ 629 0 0
A
GCCAAAACTTTTATTTATATATATACTTTCAAAGTTATAAACACAACCAGCTGGTGGAAT
AAAAACCAAAGAAAGAAATTTCAGACAGAAAGCAAAGCAAACTAGATCCTATTATTGTTT
GTGCGTAGCCACAACCATAGACTTTTAAGACGGATACATAAAGTCATTAAGACCACAAGT
TTCTTTTGAAGATGGCTTTACTTTTGACTATATATAATCTGAACCAAAACCGCGGGGAAA
ATGCTCAAGATCAGGATGAATATCCCCTGGCCTCCTTGGAGGTTGCCTTCCTAACCGGCC
AGGCTCAAAACCTGGGCCAATAGGATCATAACGAGCACCAGGAGGTGGCACACCCGGTTG
TGGTGGTCCCATGAAGCCAGGTTGATGATCACCAACTCCAGGGAACATGCGAGGATCGTT
AGGTCCTACAAGCATGCTTCCATCGCCAAAACCACCCCTGACAGGGTATACTCCAGCACC
TGGGCCAGGGATGAGATCACTGTAACCTGGGCCGGGTATAGGAGGAACTATCACCCCTGA
GGGGTGAATCTGAGGACCTAATGGAACTGGCCTTCTACCGTAATATCCAGACTCACGCTC
TTCATTTGTCTCCGAACTGGACTGGGTC

QA 2 629 2 629
DS 

RD RR3C042JQ 795 0 0
CGAAAGCCAAAACTTTTATTTATATATATACTTTCAAAGTTATAAACACAACCAGCTGGT
GGAATAAAAACCAAAGAAAGAAATTTCAAACAGAAAGCAAAGCAAACTAGATCCTATTAT
TGTTTGTGCGTAGCCACAACCATAGACTTTTAAGACGGATACATAAAGTCATTAAGACCA
CAAGTTTCTTTTGAAGATGGCTTTACTTTTGACTATATATAATCTGAACCAAAACCGCGG
GGAAAATGCTCAAGATCAGGATGAATATCCCCTGGCCTCCTTGGAGGTTGCCTTCCTAAC
CGGCCAGGCTCAAAACCTGGGCCAATAGGATCATAACGAGCACCAGGAGGTGGCACACCC
GGTTGTGGTGGTCCCATGAAGCCAGGTTGATGATCACCAACTCCAGGGAACATGCGAGGA
TCGTTAGGTCCTACAAGCATGCTTCCATCGCCAAAACCACCCCTGACAGGGTATACTCCA
GCACCTGGGCCAGGGATGAGATCACTGTAACCTGGGCCGGGTATAGGAGGAACTATCACC
CCTGAGGGGTGAATCTGAGGACCTAATGGAACTGGCCTTCTACCGTAATATCCAGACTCA
CGCTCTTCATTTGTCTCCGAACTGGACTGGGTCCTAGGAGTAACAGGTTTAGGTTTAAGT
CCTTCATCAACCTTGTACAGAATCTGATTCTGCAACTCAGTGACTAACTTCTCCAGATTC
TTGAACTGTGCATAGTAGTCACCTTCCTCTCTCGACTCAGCAACATAGTTCCCAACTTCA
*TCTCGAGATGAGAA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3FT85JQ 885 0 0
GCCAAAACTTTTATTTATATATATACTTTCAAAGTTATAAACACAACCAGCTGGTGGAAT
AAAAACCAAAGAAAGAAATTTCAGACAGAAAGCAAAGCAAACTAGATCCTATTATTGTTT
GTGCGTAGCCACAACCATAGACTTTTAAGACGGATACATAAAGTCATTAAGACCACAAGT
TTCTTTTGAAGATGGCTTTACTTTTGACTATATATAATCTGAACCAAAACCGCGGGGAAA
ATGCTCAAGATCAGGATGAATATCCCCTGGCCTCCTTGGAGGTTGCCTTCCTAACCGGCC
AGGCTCAAAACCTGGGCCAATAGGATCATAACGAGCACCAGGAGGTGGCACACCCGGTTG
TGGTGGTCCCATGAAGCCAGGTTGATGATCACCAACTCCAGGGAACATGCGAGGATCGTT
AGGTCCTACAAGCATGCTTCCATCGCCAAAACCACCCCTGACAGGGTATACTCCAGCACC
TGGGCCAGGGATGAGATCACTGTAACCTGGGCCGGGTATAGGAGGAACTATCACCCCTGA
GGGGTGAATCTGAGGACCTAATGGAACTGGCCTTCTACCGTAATATCCAGACTCACGCTC
TTCATTTGTCTCCGAACTGGACTGGGTCCTAGGAGTAACAGGTTTAGGTTTAAGTCCTTC
ATCAACCTTGTACAGAATCTGATTCTGCAACTCAGTGACTAACTTCTCCAGATTCTTGAA
CTGTGCATCGTAGTCACCTTCCTCTCTCGACTCAGCAACATAGTTCCCAACTTCAATCTC
GAGATGAGAAG*CTCCCTTCCACCTTCAGCAATAGCATCAACAAGAAGCTTATCATCTAT
CACCAAACACTTGAC*AGA*TCTTCTTCGATCCTTTCTTCGCATA

QA 1 885 1 885
DS 

RD RR3C042TF 755 0 0
CATGCGAGATCGTAGGT
CTACAAGCATGCTTCCATCGCCAAAACCACCCCTGACAGG*TATACTCCAGCACCTGGGC
CAGGGATGAGATCACTGTAAC*TGGGCCGGGTATAGGAGGAACTATCACCCCTGAGGGGT
GAATCTGAGGACCTAATGGAACTGGCCTTCTACCGTAATATCCAGACTCACGCTCTTCAT
TTGTCTCCGAACTGGACTGGGTCCTAGGAGTAACAGGTTTAGGTTTAAGTCCTTCATCAA
CCTTGTACAGAATCTGATTCTGCAACTCAGTGACTAACTTCTCCAGATTCTTGAACTGTG
CATAGTAGTCACCTTCCTCTCTCGACTCAGCAACATAGTTCCCAACTTCAATCTCGAGAT
GAGAAGGCTCCCTTCCACCTTCAGCAATAGCATCAACAAGAAGCTTATCATCTATCACCA
AACACTTGACCAGAATCTTCTTCGATCCTTTCTTCGCATACACAAACGCGTACTCCTCGA
ACTCGTTCCACCCCTCGATCCCTACCTCTCCTTGAGAAGGAGAGGAAGAAAGAGCGTCTT
CGGCGAACGCAGGCCTTCCCGTGGCAACGAGTTTGTAACCTGAGGCGATTAAGGAAGCGT
GAACTACGAAGGCGATCTTGTCGCCGTTGTTTCGAAACTGTGGCCGTGAGGACCTGATCA
CGAGCGTCACCGTATCTGAATTCGCCATCGATTCGGTCGGAATGTTCGAGTGTTTTCGTC
TTTTCCTTAGCGAATCCC

QA 18 755 18 755
DS 

RD RR3EJ80TF 603 0 0
TGGAACTGGCTTTCTACCGTAATATCCAGACTCACGCTCTTCATTTGTCTCCGAACTGGA
CTGGGTCCTAGGAGTAACAGGTTTAGGTTTAAGTCCTTCATCAACCTTGTACAGAATCTG
ATTCTGCAACTCAGTGACTAACTTCTCCAGATTCTTGAACTGTGCATCGTAGTCACCTTC
CTCTCTCGACTCAGCAACATAGTTCCCAACTTCAATCTCGAGATGAGAAGGTTCCCTTCC
ACCTTCAGCAATAGCATCAACAAGAAGCTTATCATCTATCACCAAACACTTGACCAGAAT
CTTCTTCGATCCTTTCTTCGCATACACAAACGCGTACTCCTCGAACTCGTTCCACCCCTC
GATCCCTACCTCTCCTTGAGAAGGAGAGGAAGAAAGAGCGTCTTCGGCGAACGCAGGCCT
TCCCGTGGCAACGAGTTTGTAACCTGAGGCGATTAAGGAAGCGTGAACTACGAAGGCGAT
CTTGTCGCCGTTGTTTCGAAACTGTGGCCGTGAGGACCTGATCACGAGCGTCACCGTATC
TGAATTCGCCATCGATTCGGTCGGAATGTTCGAGTGTTTTCGTCTTTCCCTTAGCGAATC
CCC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 5

CO CL2065Contig1 772 5 14 U
GGGCCTCGTGTGTCCTCTCTGTCTCAGCTTTCCCTCAACCATCAGAGAAGAATGGGACCT
GGAGATAGTGAAACAATGGAATGCAAGTGTGGTATGCCTCTTTGCATCTGTGTTGCTCCA
CCCAAAACCTCACAGGCTACACCGGCTCCTATGGCTCTTTCTCAGTCAGATCCCAGACCA
AAGTCTGACACTTCAGCTAAAAGTAAAGGTTCCACTTCCAGCAGCAATGCTACTAGACTA
GACAAGCCCCAAAAAGAATATCAAGTCAATGGGGAGGGATTAAGAGAAGCAATTAAGAAT
GGTGACACTGCTGGCGTGAAAAAGCTTCTGAATGAGGGCGTGGATGCAAATTTCCATGAC
AAGCAGGGAATGTCAGTGCTTCATCTGGCGGTTTTATTCAACCAAACTGATATTGCGTTG
ATGTTAATGGAACATGGAGCAAACCTTGACTACAAAAATGCACAAGGAGAAACACCACTA
GATTGTGCTCCTGCAACGCTGCAATATAAGATGCGGGAAAAGATGAAGTCCACTTAATAT
GAATTCAGGCAGAGTTACAAATCTTTCCTCAAAAAGTCTGTAAAGGACAAATCAAGGGGT
CATGAATTTGCTTGTAAGACACATCATATTTGACATTCTGTATGCAATTTCTCCGTCTTG
TGTGAACTTTGAAACGTCGGCTTCTTCCACTCTTGTAAGTCTTTATGTGTTATCCGCTGA
GTCATTGTTGTCAACAATTTCAATATCGTAACAATATACTGAGAAACACATC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FC31TF U 242
AF RR3C380TF U 1
AF RR3AZ89TF U 2
AF RR3C380JQ C 5
AF RR3AZ89JQ C 36
BS 1 241 RR3C380TF
BS 242 242 RR3AZ89TF
BS 243 257 RR3C380TF
BS 258 258 RR3FC31TF
BS 259 550 RR3C380TF
BS 551 551 RR3AZ89TF
BS 552 609 RR3C380TF
BS 610 610 RR3AZ89TF
BS 611 621 RR3C380TF
BS 622 622 RR3AZ89TF
BS 623 630 RR3C380TF
BS 631 631 RR3AZ89TF
BS 632 733 RR3C380TF
BS 734 772 RR3AZ89TF

RD RR3FC31TF 262 0 0
A
CAAGCCCCAAAAAGAATATCAAGTCAATGGGGAGGGATTAAGAGAAGCAATTAAGAATGG
TGACACTGCTGGCGTGAAAAAGCTTCTGAATGAGGGCGTGGATGCAAATTTCCATGACAA
GCAGGGAATGTCAGTGCTTCATCTGGCGGTTTTATTCAACCAAACTGATATTGCGTTGAT
GTTAATGGAACATGGAGCAAACCTTGACTACAAAAATGCACAAGGAGAAACACCACTAGA
TTGTGCTCCTGCAACGCTGCA

QA 2 262 2 262
DS 

RD RR3C380TF 735 0 0
GGGCCTCGTGTGTCCTCTCTGTCTCAGCTTTCCCTCAACCATCAGAGAAGAATGGGACCT
GGAGATAGTGAAACAATGGAATGCAAGTGTGGTATGCCTCTTTGCATCTGTGTTGCTCCA
CCCAAAACCTCACAGGCTACACCGGCTCCTATGGCTCTTTCTCAGTCAGATCCCAGACCA
AAGTCTGACACTTCAGCTAAAAGTAAAGGTTCCACTTCCAGCAGCAATGCTACTAGACTA
GTCAAGCCCCAAAAAGATTATCAAGTCAATGGGGAGGGATTAAGAGAAGCAATTAAGAAT
GGTGACACTGCTGGCGTGAAAAAGCTTCTGAATGAGGGCGTGGATGCAAATTTCCATGAC
AAGCAGGGAATGTCAGTGCTTCATCTGGCGGTTTTATTCAACCAAACTGATATTGCGTTG
ATGTTAATGGAACATGGAGCAAACCTTGACTACAAAAATGCACAAGGAGAAACACCACTA
GATTGTGCTCCTGCAACGCTGCAATATAAGATGCGGGAAAAGATGAAGTCCACTTAATAT
GAATTCAGGCTGAGTTACAAATCTTTCCTCAAAAAGTCTGTAAAGGACAAATCAAGGGGT
CATGAATTTTCTTGTAAGACATATCATATT*GACATTCTGTATGCAATTTCTCCGTCTTG
TGTGAACTTTGAAACGTCGGCTTCTTCCACTCTTGTAAGTCTTTATGTGTTATCCGCTGA
GTCATTGTTGTCA
CG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3AZ89TF 771 0 0
GGC
CTCGTGTGTCCTCTCTGTCTCAGCTTTCCCTCAACCATCAGAGAAGAATGGGACCTGGAG
ATAGTGAAACAATGGAATGCAAGTGTGGTATGCCTCTTTGCATCTGTGTTGCTCCACCCA
AAACCTCACAGGCTACACCGGCTCCTATGGCTCTTTCTCAGTCAGATCCCAGACCAAAGT
CTGACACTTCAGCTAAAAGTAAAGGTTCCACTTCCAGCAGCAATGCTACTAGACTAGACA
AGCCCCAAAAAGAATATCAAGTCAATGGGGAGGGATTAAGAGAAGCAATTAAGAATGGTG
ACACTGCTGGCGTGAAAAAGCTTCTGAACGAGGGCGTGGATGCAAATTACCATGACAAGC
AGGGAATGTCAGTGCTTCATCTGGCGGTTTTATTCAACCAAACTGATATTGCGTTGATGT
TAATGGAACATGGAGCAAACCTTGACTACAAAAATGCACAAGGAGAAACACCACTAGATT
GTGCTCCTGCAACGCTGCAATATAAGATGCGGGAAAAGATGAAGTCGACTTAATATGAAT
TCAGGCAGAGTTACAAATCTTTCCTCAAAAAGTCTGTAAAGGACAAATCAAGGGGTCATG
AATTTGCTTGTAAGACACATCATATTTGACATTCTGTATGCAATTTCTCCGTCTTGTGTG
AACTTTGAAACGTCGGCTTCTTCCACTCTTGTAAGTCTTTATGTGTTATCCGCTGAGTCA
TTGTTGTCAACAATTTCAATATCGTAACAATATACTGAGAAACACATC

QA 4 771 4 771
DS 

RD RR3C380JQ 732 0 0
CTCGTGTGTCCTCTCTGTCTCAGCTTTCCCTCAACCATCAGAGAAGAATGGGACCTGGAG
ATAGTGAAACAATGGAATGCAAGTGTGGTATGCCTCTTTGCATCTGTGTTGCTCCACCCA
AAACCTCACAGGCTACACCGGCTCCTATGGCTCTTTCTCAGTCAGATCCCAGACCAAAGT
CTGACACTTCAGCTAAAAGTAAAGGTTCCACTTCCAGCAGCAATGCTACTAGACTAGTCA
AGCCCCAAAAAGATTATCAAGTCAATGGGGAGGGATTAAGAGAAGCAATTAAGAATGGTG
ACACTGCTGGCGTGAAAAAGCTTTTGAATGAGGGCGTGGATGCAAATTTCCATGACAAGC
AGGGAATGTCAGTGCTTCATCTGGCGGTTTTATTCAACCAAACTGATATTGCGTTGATGT
TAATGGAACATGGAGCAAACCTTGACTACAAAAATGCACAAGGAGAAACACCACTAGATT
GTGCTCCTGCAACGCTGCAATATAAGATGCGGGAAAAGATGAAGTCCACTTAATATGAAT
TCAGGCTGAGTTACAAATCTTTCCTCAAAAAGTCTGTAAAGGACAAATCAAGGGGTCATG
AATTTTCTTGTAAGACATATCATATT*GACATTCTGTATGCAATTTCTCCGTCTTGTGTG
AACTTTGAAACGTCGGCTTCTTCCACTCTTGTAAGTCTTTATGTGTTATCCGCTGAGTCA
TTGTTGTCA
ACG

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3AZ89JQ 737 0 0
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GCCTCTTTGCATCTGTGTTGCTCCACCCAAAACCTCACAGGCTACACCGGCTCCTATGGC
TCTTTCTCAGTCAGATCCCAGACCAAAGTCTGACACTTCAGCTAAAAGTAAAGGTTCCAC
TTCCAGCAGCAATGCTACTAGACTAGACAAGCCCCAAAAAGAATATCAAGTCAATGGGGA
GGGATTAAGAGAAGCAATTAAGAATGGTGACACTGCTGGCGTGAAAAAGCTTCTGAACGA
GGGCGTGGATGCAAATTACCATGACAAGCAGGGAATGTCAGTGCTTCATCTGGCGGTTTT
ATTCAACCAAACTGATATTGCGTTGATGTTAATGGAACATGGAGCAAACCTTGACTACAA
AAATGCACAAGGAGAAACACCACTAGATTGTGCTCCTGCAACGCTGCAATATAAGATGCG
GGAAAAGATGAAGTCGACTTAATATGAATTCAGGCAGAGTTACAAATCTTTCCTCAAAAA
GTCTGTAAAGGACAAATCAAGGGGTCATGAATTTGCTTGTAAGACACATCATATTTGACA
TTCTGTATGCAATTTCTCCGTCTTGTGTGAACTTTGAAACGTCGGCTTCTTCCACTCTTG
TAAGTCTTTATGTGTTATCCGCTGAGTCATTGTTGTCAACAATTTCAATATCGTAACAAT
ATACTGAGAAACACATC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 5

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ATCTCCCAGGCTCGAACCCTTTCTCCTGGTAGGAAATTAACTCAGTACCCGCGGGCTCCG
TCTTACGGACAGTACTCTCCTGTTCCTCCTGGATGTTTCGACCCACCTTATTGTCGTCCA
TGAGAGTTTCAATTTGGTCACATGAACAATTATCAAATAAAATAAGGTGATGTATTATGT
ATATGGGTTATGGGTATCTTCATATATTATCATATGATTTGCTGGAGAATAAAACGCTTG
TGAAATCCATGTTATAAATACAGTATGTTGCAGTTTGTAATGAATAAGTGATATTTATGT
TTATTTTGTTGGTCATTCATGATGATGTCTCTGTTTAATAAACAAAAGTTACCATAATC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AX95TF U 1
AF RR3C848TF U 1
AF RR3E621TF U 1
AF RR3BK90JQ C 1
AF RR3BK90TF U 104
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BS 438 479 RR3BK90TF

RD RR3AX95TF 437 0 0
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TCTTACGGACAGTACTCTCCTGTTCCTCCTGGATGTTTCGACCCACCTTATTGTCGTCCA
TGAGAGTTTCAATTTGGTCACATGAACAATTATCAAATAAAATAAGGTGATGTATTATGT
ATATGGGTTATGGGTATCTTCATATATTATCATATGATTTGCTGGAGAATAAAACGCTTG
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TTATTTTGTTGGTCATT

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR3C848TF 422 0 0
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TGAGAGTTTCAATTTGGTCACATGAACAATTATCAAATAAAATAAGGTGATGTATTATGT
ATATGGGTTATGGGTATCTTCATATATTATCATATGATTTGCTGGAGAATAAAACGCTTG
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TT

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR3E621TF 422 0 0
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ATCTCCCAGGCTCGAACCCTTTCTCCTGGTAGGAAATTAACTCAGTACCCGCGGGCTCCG
TCTTACGGACAGTACTCTCCTGTTCCTCCTGGATGTTTCGACCCACCTTATTGTCGTCCA
TGAGAGTTTCAATTTGGTCACATGAACAATTATCAAATAAAATAAGGTGATGTATTATGT
ATATGGGTTATGGGTATCTTCATATATTATCATATGATTTGCTGGAGAATAAAACGCTTG
TGAAATCCATGTTATAAATACAGTATGTTGCAGTTTGTAATGAATAAGTGATATTTATGT
TT

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR3BK90JQ 479 0 0
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ATCTCCCAGGCTCGAACCCTTTCTCCTGGTAGGAAATTAACTCAGTACCCGCGGGCTCCG
TCTTACGGACAGTACTCTCCTGTTCCTCCTGGATGTTTCGACCCACCTTATTGTCGTCCA
TGAGAGTTTCAATTTGGTCACATGAACAATTATCAAATAAAATAAGGTGATGTATTATGT
ATATGGGTTATGGGTATCTTCATATATTATCATATGATTTGCTGGAGAATAAAACGCTTG
TGAAATCCATGTTATAAATACAGTATGTTGCAGTTTGTAATGAATAAGTGATATTTATGT
TTATTTTGTTGGTCATTCATGATGATGTCTCTGTTTAATAAACAAAAGTTACCATAATC

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR3BK90TF 376 0 0
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AGTACCCGCGGGCTCCGTCTTACGGACAGTACTCTCCTGTTCCTCCTGGATGTTTCGACC
CACCTTATTGTCGTCCATGAGAGTTTCAATTTGGTCACATGAACAATTATCAAATAAAAT
AAGGTGATGTATTATGTATATGGGTTATGGGTATCTTCATATATTATCATATGATTTGCT
GGAGAATAAAACGCTTGTGAAATCCATGTTATAAATACAGTATGTTGCAGTTTGTAATGA
ATAAGTGATATTTATGTTTATTTTGTTGGTCATTCATGATGATGTCTCTGTTTAATAAAC
AAAAGTTACCATAATC

QA 1 376 1 376
DS 



AS 2 4

CO CL2067Contig1 558 2 2 U
ATGAAATTATCCTTTTTATTATTTAGTTATCCGCAAGGTGTTTACATCAACATGAAATAT
GGCAGTTAAAAGTTGTTTTTGAGCAGAAACATAACATTGTTTGATAGCAAATTTTTATGA
CCTAGAACATGTAGGATAATAATAATAAACTCCCTTGAAACGAAGACTCAAAAGGATAAT
TGCATTAATTGTTATAATCATAAATGTCCGGAACAATGGTCCCTTAGAGTCGGAGGGAAG
TCGGGAGCGAAGGCAAACCTCTCAGTAATACAATCTGCACTGAGACCCAAGAAGGCATGA
CAACAAGAGTGACCAATAGTCCCGATTTCTCCGTTTACAAACGATTGGACAATTTCTTGG
AGACAGTTGGGAATAGCATACAGGGATGACATACAATCTGTTGGGTCCTGTCCAGGTATA
GGCTGCGAAGGTAAAGTTTGAGCTGTACTGAACACGGCCATGAATGCAACTGGAAGAAGG
AAGAAAAACTTGTTGATTGTCCACATTTTTTATTAGAGAAATTGTAATAAGTTATTGATG
TTTTAATCTTTGATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AU35TF C 1
AF RR3AU35JQ U 38
BS 1 37 RR3AU35TF
BS 38 558 RR3AU35JQ

RD RR3AU35TF 558 0 0
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GGCAGTTAAAAGTTGTTTTTGAGCAGAAACATAACATTGTTTGATAGCAAATTTTTATGA
CCTAGAACATGTAGGATAATAATAATAAACTCCCTTGAAACGAAGACTCAAAAGGATAAT
TGCATTAATTGTTATAATCATAAATGTCCGGAACAATGGTCCCTTAGAGTCGGAGGGAAG
TCGGGAGCGAAGGCAAACCTCTCAGTAATACAATCTGCACTGAGACCCAAGAAGGCATGA
CAACAAGAGTGACCAATAGTCCCGATTTCTCCGTTTACAAACGATTGGACAATTTCTTGG
AGACAGTTGGGAATAGCATACAGGGATGACATACAATCTGTTGGGTCCTGTCCAGGTATA
GGCTGCGAAGGTAAAGTTTGAGCTGTACTGAACACGGCCATGAATGCAACTGGAAGAAGG
AAGAAAAACTTGTTGATTGTCCACATTTTTTATTAGAGAAATTGTAATAAGTTATTGATG
TTTTAATCTTTGATATCC

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR3AU35JQ 521 0 0
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TGTTTGATAGCAAATTTTTATGACCTAGAACATGTAGGATAATAATAATAAACTCCCTTG
AAACGAAGACTCAAAAGGATAATTGCATTAATTGTTATAATCATAAATGTCCGGAACAAT
GGTCCCTTAGAGTCGGAGGGAAGTCGGGAGCGAAGGCAAACCTCTCAGTAATACAATCTG
CACTGAGACCCAAGAAGGCATGACAACAAGAGTGACCAATAGTCCCGATTTCTCCGTTTA
CAAACGATTGGACAATTTCTTGGAGACAGTTGGGAATAGCATACAGGGATGACATACAAT
CTGTTGGGTCCTGTCCAGGTATAGGCTGCGAAGGTAAAGTTTGAGCTGTACTGAACACGG
CCATGAATGCAACTGGAAGAAGGAAGAAAAACTTGTTGATTGTCCACATTTTTTATTAGA
GAAATTGTAATAAGTTATTGATGTTTTAATCTTTGATATCC

QA 1 521 1 521
DS 



CO CL2067Contig2 472 2 2 U
GGATATCAAAGATTAAAACATCAATAACTTATTACAATTTCTCTAATAAAAAATGTGGAC
GATCATCAAGTTTTTCTTCCTTCTTCCAGTTGCATTCATGGCCGTGTTCGGTACAGCTCA
AACGTTACCTTCGCAGCCTATACCTGGACCGGACCCAACAGATTGTATGTCATCCCTGTA
TGCTATTCCCAACTGTCTCCAAGAAATTGTCCAATCGTTTGTAAACGGAGAAATCGGGAC
TATTGGTCACTCTTGTTGTCATGCCTTCTTGGGTCTCAGTGCAGATTGTATTACTGAGAG
GTTTGCCTTCGCTCCCGACTTCCCTCCGACTCTAAGGGATCATTGTTCCGGACATTTATG
ATAATAACAATTAATGTCATTATCCTTTCGAGTCTTCGTTTCAAGGGAGTTTATTGTTAT
TATCCGACATGTTCTAGGTCATAAAGATTTGCTATAAACAAAATTTACTGCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C830JQ C 1
AF RR3C830TF U 1
BS 1 455 RR3C830TF
BS 456 472 RR3C830JQ

RD RR3C830JQ 472 0 0
GGATATCAAAGATTAAAACATCAATAACTTATTACAATTTCTCTAATAAAAAATGTGGAC
GATCATCAAGTTTTTCTTCCTTCTTCCAGTTGCATTCATGGCCGTGTTCGGTACAGCTCA
AACGTTACCTTCGCAGCCTATACCTGGACCGGACCCAACAGATTGTATGTCATCCCTGTA
TGCTATTCCCAACTGTCTCCAAGAAATTGTCCAATCGTTTGTAAACGGAGAAATCGGGAC
TATTGGTCACTCTTGTTGTCATGCCTTCTTGGGTCTCAGTGCAGATTGTATTACTGAGAG
GTTTGCCTTCGCTCCCGACTTCCCTCCGACTCTAAGGGATCATTGTTCCGGACATTTATG
ATAATAACAATTAATGTCATTATCCTTTCGAGTCTTCGTTTCAAGGGAGTTTATTGTTAT
TATCCGACATGTTCTAGGTCATAAAGATTTGCTATAAACAAAATTTACTGCT

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3C830TF 472 0 0
GGATATCAAAGATTAAAACATCAATAACTTATTACAATTTCTCTAATAAAAAATGTGGAC
GATCATCAAGTTTTTCTTCCTTCTTCCAGTTGCATTCATGGCCGTGTTCGGTACAGCTCA
AACGTTACCTTCGCAGCCTATACCTGGACCGGACCCAACAGATTGTATGTCATCCCTGTA
TGCTATTCCCAACTGTCTCCAAGAAATTGTCCAATCGTTTGTAAACGGAGAAATCGGGAC
TATTGGTCACTCTTGTTGTCATGCCTTCTTGGGTCTCAGTGCAGATTGTATTACTGAGAG
GTTTGCCTTCGCTCCCGACTTCCCTCCGACTCTAAGGGATCATTGTTCCGGACATTTATG
ATAATAACAATTAATGTCATTATCCTTTCGAGTCTTCGTTTCAAGGGAGTTTATTGTTAT
TATCCGACATGTTCTAGGTCATAAAGATTTGCTAT
AAACAAAATTTACTGCT

QA 1 455 1 455
DS 



AS 1 4

CO CL2068Contig1 709 4 15 U
GAGCGTTGTCACATTTGCTCTCTTTTTTTTTGCAAACTAATTTTGTTCCACTTTTTCGAA
CATAAAATATAGTGCTCCTAACTAATGTGATCATTATGCTAAACTGAACAGCATCGAACC
AAACCAAAATACCAAACCGAAGACATTTGGATGAGTCCATAAGGTACTGATTTATTTTCT
TCTTCATAATATGTGGTGTCAAGCATGAAGCATGGCCAGAAACAATGAAAGAACTAAGGA
TTTTGGAGGGTATTAGGGTAGAGACGATGCAAGATGAGCTCCATGCACCTTGTCAACTTT
ACAGCTTTGCGATCGCTGAAGCAGGCAAGTGTTTCCTTGATGGAAGCTTTAGATCCTCCC
ATCCATCCTCTTCTTCCATTCTCTTGAAGTACTGCTCTACCATGCTATCCTTCATATCCT
CCAGTCGCCTTGGCTCCCACTTTGGGTTCCTATCTTTGTCTATCAATATGGCTCTACACC
CCTCCACAAAATCTTTGCTTATATCTCCCTTCATCACATGTGACACCATTTTATTCTCAC
GGATAAGACACTGCCCCACCCCTTGCAATCGACCCTCTCTTATCGATCTAAGGGAGATTT
TAAGGCCTGCTGGTGAAGCTTTCTTTAATGCTCCAATGGTAGCTGAGATCCAATCATCTT
GTTTATGAGTGGCCTCTCTCTCAAGTGCAGATATAATTTCTTCGACTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D288JQ U 1
AF RR3EO93JQ U 71
AF RR3EB04JQ U 101
AF RR3EB04TF C 101
BS 1 108 RR3D288JQ
BS 109 109 RR3EB04JQ
BS 110 262 RR3D288JQ
BS 263 263 RR3EO93JQ
BS 264 267 RR3D288JQ
BS 268 279 RR3EO93JQ
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BS 281 479 RR3EO93JQ
BS 480 480 RR3EB04JQ
BS 481 504 RR3EO93JQ
BS 505 505 RR3EB04JQ
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BS 531 531 RR3EB04JQ
BS 532 702 RR3EO93JQ
BS 703 709 RR3EB04JQ

RD RR3D288JQ 267 0 0
GAGCGTTGTCACATTTGCTCTCTTTTTTTTTGCAAACTAATTTTGTTCCACTTTTTCGAA
CATAAAATATAGTGCTCCTAACTAATGTGATCATTATGCTAAACTGAATAGCATCGAACC
AAACCAAAATACCAAACCGAAGACATTTGGATGAGTCCATAAGGTACTGATTTATTTTCT
TCTTCATAATATGTGGTGTCAAGCATGAAGCATGGCCAGAAACAATGAAAGAACTAAGGA
TTTTGGAGGGTATTAGGGTAGAAACGA

QA 1 267 1 267
DS 

RD RR3EO93JQ 632 0 0
AGTGCTCCTAACTAATGTGATCATTGTGCTAAACTGAATAGCATCGAACCAAACCAAAAT
ACCAAACCGAAGACATTTGGATGAGTCCATAAGGTACTGATTTATTTTCTTCTTCATAAT
ATGTGGTGTCAAGCATGAAGCATGGCCAGAAACAATGAAAGAACTAAGGATTTTGGAGGG
TATTAGGGTAGAGACGATGCAAGATGAGCCCCATGCACCTTGTCAACTTTACAGCTTTGC
GATCGCTGAAGCAGGCAAGTGTTTCCTTGATGGAAGCTTTAGATCCTCCCATCCATCCTC
TTCTTCCATTCTCTTGAAGTACTGCTCTACCATGCTATCCTTCATATCCTCCAGTCGCCT
TGGCTCCCACTTTGGGTTCCTATCTTTGTCTATCAATATGGCTCTACACTCCTCCACAAA
ATCTTTGCTTATAT*TCCCTTCATCACATGTGACACCATTCTATTCTCACGGATAAGACA
CTGCCCCACCCCTTGCAATCGACCCTCTCTTATCGATCTAAGGGAGATTTTAAGGCCTGC
TGGTGAAGCTTTCTTTAATGCTCCAATGGTAGCTGAGATCCAATCATCTTGTTTATGAGT
GGCCTCTCTCTCAAGTGCAGATATAATTTCTT

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3EB04JQ 609 0 0
AAACTGAACAGCATCGAACCAAACCAAAATACCAAACCGAAGACATTTGGATGAGTCCAT
AAGGTACTGATTTATTTTCTTCTTCATAATATGTGGTGTCAAGCATGAAGCATGGCCAGA
AACAATGAAAGAACTAAGGATTTTGGAGGGTATTAGGGTAGAGACGATGCAAGATGAGCT
CCATGCACCTTGTCAACTTTACAGCTTTGCGATCGCTGAAGCAGGCAAGTGTTTCCTTGA
TGGAAGCTTTAGATCCTCCCATCCATCCTCTTCTTCCATTCTCTTGAAGTACTGCTCTAC
CATGCTATCCTTCATATCCTCCAGTCGCCTTGGCTCCCACTTTGGGTTCCTATCTTTGTC
TATCAATATGGCTCTACACCCCTCCACAAAATCTTTGCTTATATCTCCCTTCATCACATG
TGACACCATTTTATTCTCACGGATAAGACACTGCCCCACCCCTTGCAATCGACCCTCTCT
TATCGATCTAAGGGAGATTTTAAGGCCTGCTGGTGAAGCTTTCTTTAATGCTCCAATGGT
AGCTGAGATCCAATCATCTTGTTTATGAGTGGCCTCTCTCTCAAGTGCAGATATAATTTC
TTCGACTGC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3EB04TF 609 0 0
AAACTGAACAGCATCGAACCAAACCAAAATACCAAAC*GAAGACATTTGGATGAGTCCAT
AAGGTACTGATTTATTTTCTTCTTCATAATATGTGGTGTCAAGCATGAAGCATGGCCAGA
AACAATGAAAGAACTAAGGATTTTGGAGGGTATTAGGGTAGAGACGATGCAAGATGAGCT
CCATGCACCTTGTCAACTTTACAGCTTTGCGATCGCTGAAGCAGGCAAGTGTTTCCTTGA
TGGAAGCTTTAGATCCTCCCATCCATCCTCTTCTTCCATTCTCTTGAAGTACTGCTCTAC
CATGCTATCCTTCATATCCTCCAGTCGCCTTGGCTCCCACTTTGGGTTCCTATCTTTGTC
TATCAATATGGCTCTACACCCCTCCACAAAATCTTTGCTTATATCTCCCTTCATCACATG
TGACACCATTTTATTCTCACGGATAAGACACTGCCCCACCCCTTGCAATCGACCCTCTCT
TATCGATCTAAGGGAGATTTTAAGGCCTGCTGGTGAAGCTTTCTTTAATGCTCCAATGGT
AGCTGAGATCCAATCATCTTGTTTATGAGTGGCCTCTCTCTCAAGTGCAGATATAATTTC
TT
CGACTGC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 5

CO CL2069Contig1 1527 5 34 U
GACGATGATCAAACAATATAAGTTCTGTAACGTAATTAACAAACAAACAAAACCAATAGT
CTATAATGGTAAGAGAAGAGGGGGTTCAGTCTTTATAGTGAATCATAAAACAAACCATAT
TGCTGTTACGACGGCAGTAAAAGACTCGAAACAAACAACTTAAAAGACAGATGAAATCTT
CTAGACACAAAAGTAGACAAGAAGTTGCTCTCACCCTTTAAAAAGCTCATCACCTTAAGG
GAAAAGAGGCTGGTGTAGGAGTCCCGTTGTCTCGGGTAATCCCAACATTATGTTAAGATT
CTGCAACGCTTGCCCTGAAGCTCCTTTCACAAGATTATCAACCACTGAGATTATGATAGC
TCGTCCAGGTATACGATCAGGGAACACATTCATGAAACAATAGTTTGATCCTCTAACATT
GTGTGTCCGAGGAACAACTCCTTCCTCCAACACTTTGACAAATTCTTCATCCTCATAAGA
CGATTTTAGATGCTGGTGTAAGTCTTCTGTTCTAACTCCAGGAGCCATTTCCACATATAT
AGTAGATTGCATTCCGCGGATCATTGGCATGAGATGTGGCGTGAAACTGACAGTTACTTT
TGATTGTGTAACATCCGATAACCCTTGTTCAATTTCAGGAACATGGCGATGCCTTGTAAC
ACCATAAGAAGAAATGCCTTCAGCTATCTCAGAGTAAAGATTAGCCTCCTTAGCACCACG
TCCTGCTCCACTAACACCAGACTTTGCGTCGATGATAATGTTCTCATATTTGATGAGATT
TGCCTTTAGTAGAGGAACAAGAGGAAGCTGAACCGAAGTGGGGTAACAGCCTGGATTAGC
CACAAGGCGAGCCTTTCTGATGTCTTCCCTTAGTAACCCTGTTAAGCCATACACAACTTC
TTTCTGTAACTCAACTGCCTTGTGTGGCTGACCATACCATTCTTCATATTCAGCGATATC
ACGCAACCGGAAGTCCGCAGAAAGATCAACAATTTTCAAAGCGGTGGGAAGTCCCTTGAT
GATTTCCTGAGTTGTTCCGTGAGGCAAACAGCAGAAGACAGCATCCACAGTAGAGAAATC
TGCATCCTTTACTGAGATCAATCTAGGTAGTTTTTGAGCTCTGAGGTGAGGGAAGACGCT
ATCCATAGACTGCCCAGCTTTTCTATCTGCAGTCATCAGAGTGACACCGAAATGCGGATG
GTTTGCAAGTAGCCTAACGATCTCAGCACCAGTGTAACCACTTGCACCAAGAAGACCAAT
CCGAATATCCTTCTTTTCAGAACTAGTGGCTGAAACTCTGAAGCTCATCGAAGAAGATGG
CTTCTTGACTAGCTTATCCCCTACTCCTCGAATCTTCCTTTCACCCTTGAACCAGCATCC
TTGTTCGAAGGAAATTGAACACACATTACTCATTCTTGATTGGTTTCGTACAACCTCTTA
ACTTTTATGTAATTACACAAGTTATTTGATGAATTAATCAACAAAATAAGAAGAAAGTGA
TGAAAACAAATGAAAACAGAGTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV79JQ U 1
AF RR3EE20JQ U 70
AF RR3EA55JQ U 25
AF RR3EE20TF C 468
AF RR3EV79TF C 820
BS 1 55 RR3EV79JQ
BS 56 56 RR3EA55JQ
BS 57 94 RR3EV79JQ
BS 95 95 RR3EA55JQ
BS 96 163 RR3EV79JQ
BS 164 165 RR3EA55JQ
BS 166 193 RR3EV79JQ
BS 194 194 RR3EA55JQ
BS 195 210 RR3EV79JQ
BS 211 211 RR3EA55JQ
BS 212 275 RR3EV79JQ
BS 276 276 RR3EA55JQ
BS 277 341 RR3EV79JQ
BS 342 342 RR3EA55JQ
BS 343 424 RR3EV79JQ
BS 425 425 RR3EA55JQ
BS 426 429 RR3EV79JQ
BS 430 430 RR3EA55JQ
BS 431 489 RR3EV79JQ
BS 490 490 RR3EA55JQ
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BS 494 556 RR3EV79JQ
BS 557 557 RR3EA55JQ
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BS 593 614 RR3EV79JQ
BS 615 663 RR3EA55JQ
BS 664 664 RR3EE20JQ
BS 665 752 RR3EA55JQ
BS 753 837 RR3EE20TF
BS 838 838 RR3EV79TF
BS 839 1154 RR3EE20TF
BS 1155 1527 RR3EV79TF

RD RR3EV79JQ 614 0 0
GACGATGATCAAACAATATAAGTTCTGTAACGTAATTAACAAACAAACAAAACCAGTAGT
CTATAATGGTAAGAGAAGAGGGGGTTCAGTCTTTCTAGTGAATCATAAAACAAACCATAT
TGCTGTTACGACGGCAGTAAAAGACTCGAAACAAACAACTTAA**GACAGATGAAATCTT
CTAGACACAAAAGAAGACAAGAAGTTGCTCACACCCTTTAAAAAGCTCATCACCTTAAGG
GAAAAGAGGCTGGTGTAGGAGTCCCGTTGTCTCGGATAATCCCAACATTATGTTAAGATT
CTGCAACGCTTGCCCTGAAGCTCCTTTCACAAGATTATCAATCACTGAGATTATGATAGC
TCGTCCAGGTATACGATCAGGGAACACATTCATGAAACAATAGTTTGATCCTCTAACATT
GTGTATCCGCGGAACAACTCCTTCCTCCAACACTTTGACAAATTCTTCATCCTCATAAGA
CGATTTTAGCTGGTGGTGTAAGTCTTCTGTTCTAACTCCAGGAGCCATTTCCACATATAT
AGTAGATTGCATTCCGTGGATCATTGGCATGAGATGTGGCGTGAAACTGACTGTTACTTT
TGATTGTGTAACAT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3EE20JQ 608 0 0
GGTACGAGAAGA
GGGTTCAGTCTTTATAGTGAATCATAAAACAAACCATATTGCTGTTACGACGGCAGTAAA
AGACTCGAAACAAACAACTTAAAAGACAGATGAAATCTTCTAGACACAAAAGTAGACAAG
AAGTTGCTCTCACCCTTTAAAAAGCTCATCACCTTAAGGGAAAAGAGGCTGGTGTAGGAG
TCCCGTTGTCTCGGGTAATCCCAACATTATGTTAAGATTCTGCAACGCTTGCCCTGAAGC
TCCTTTCACAAGATTATCAACCACTGAGATTATGATAGCTCGTCCAGGTATACGATCAGG
GAACACATTCATGAAACAATAGTTTGATCCTCTAACATTGTGTGTCCGAGGAACAACTCC
TTCCTCCAACACTTTGACAAATTCTTCATCCTCATAAGACGATTTTAGATGCTGGTGTAA
GTCTTCTGTTCTAACTCCAGGAGCCATTTCCACATATATAGTAGATTGCATTCCGCGGAT
CATTGGCATGAGATGTGGCGTGAAACTGACAGTTACTTTTGATTGTGTAACATCCGATAA
CCCTTGTTCAATTTCAGGAACATGGCGATGCCTTGTAACACCATAAGAAGAAATGC

QA 13 608 13 608
DS 

RD RR3EA55JQ 728 0 0
CTGTAACGTAATTAACAAACAAACAAAACCAATAGTCTATAATGGTACGAGAAGAGGG**
TTCAGTCTTTATAGTGAATCATAAAACAAACCATATTGCTGTTACGACGGCAGTAAAAGA
CTCGAAACAAACAACTTAAAAGACAGATGAAATCTTCTAGACACAAAAGTAGACAAGAAG
TTGCTCTCACCCTTTAAAAAGCTCATCACCTTAAGGGAAAAGAGGCTGGTGTAGGAGTCC
CGTTGTCTCGGGTAATCCCAACATTATGTTAAGATTCTGCAACGCTTGCCCTGAAGCTCC
TTTCACAAGATTATCAACCACTGAGATTATGATAGCTCGTCCAGGTATACGATCAGGGAA
CACATTCATGAAACAATAGTTTGATCCTCTAACATTGTGTGTCCGAGGAACAACTCCTTC
CTCCAACACTTTGACAAATTCTTCATCCTCATAAGACGATTTTAGATGCTGGTGTAAGTC
TTCTGTTCTAACTCCAGGAGCCATTTCCACATATATAGTAGATTGCATTCCGCGGATCAT
TGGCATGAGATGTGGCGTGAAACTGACAGTTACTTTTGATTGTGTAACATCCGATAACCC
TTGTTCAATTTCAGGAACATGGCGATGCCTTGTAACACCGTAAGAAGAAATGCCTTCAGC
TATCTCAGAGTAAAGATTAGCCTCCTTAGCACCACGTCCTGCTCCACTAACACCAGACTT
TGCGTCGA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3EE20TF 687 0 0
TCAT
CTCATAAGACGATTTTAGATGCTGGTGTAAGTCTTCTGTTCTAACTCCAGGAGCCATTTC
CACATATATAGTAGATTGCATTCCGCGGATCATTGGCATGAGATGTGGCGTGAAACTGAC
AGTTACTTTTGATTGTGTAACATCCGATAACCCTTGTTCAATTTCAGGAACATGGCGATG
CCTTGTAACACCATAAGAAGAAATGCCTTCAGCTATCTCAGAGTAAAGATTAGCCTCCTT
AGCACCACGTCCTGCTCCACTAACACCAGACTTTGCGTCGATGATAATGTTCTCATATTT
GATGAGATTTGCCTTTAGTAGAGGAACAAGAGGAAGCTGAACCGAAGTGGGGTAACAGCC
TGGATTGGCCACAAGGCGAGCCTTTCTGATGTCTTCCCTTAGTAACCCTGTTAAGCCATA
CACAACTTCTTTCTGTAACTCAACTGCCTTGTGTGGCTGACCATACCATTCTTCATATTC
AGCGATATCACGCAACCGGAAGTCCGCAGAAAGATCAACAATTTTCAAAGCGGTGGGAAG
TCCCTTGATGATTTCCTGAGTTGTTCCGTGAGGCAAACAGCAGAAGACAGCATCCACAGT
AGAGAAATCTGCATCCTTTACTGAGATCAATCTAGGTAGTTTTTGAGCTCTGAGGTGAGG
GAAGACGCTATCCATAGACTGCC

QA 5 687 5 687
DS 

RD RR3EV79TF 708 0 0
TGGGGT
ACAGCCTGGATTAGCCACAAGGCGAGC*TTTCTGATGTCTTCC*TTAGTAACTCTGTTAA
GCCATACACAACTTCTTTCTGTAACTCAACTGCTTTGTGTGGCTGACCATACCATTCTTC
ATATTCAGCGATGTCACGCAACCGGAAGTCCGCAGAAAGATCAACAATTTTCAAAGCGGT
GGGAAGTCCTTTGATGATTTCCTGAGTTGTTCCGTGAGGCAAACAGCAGAAGACAGCATC
CACAGTAGAGAAATCTGCATCCTTTACTGAGATCAATCTAGGTAGTTTTTGAGCTCTGAG
GTGAGGGAAGACGCTATCCATAGACTGCCCAGCTTTTCTATCTGCAGTCATCAGAGTGAC
ACCGAAATGCGGATGGTTTGCAAGTAGCCTAACGATCTCAGCACCAGTGTAACCACTTGC
ACCAAGAAGACCAATCCGAATATCCTTCTTTTCAGAACTAGTGGCTGAAACTCTGAAGCT
CATCGAAGAAGATGGCTTCTTGACTAGCTTATCCCCTACTCCTCGAATCTTCCTTTCACC
CTTGAACCAGCATCCTTGTTCGAAGGAAATTGAACACACATTACTCATTCTTGATTGGTT
TCGTACAACCTCTTAACTTTTATGTAATTACACAAGTTATTTGATGAATTAATCAACAAA
ATAAGAAGAAAGTGATGAAAACAAATGAAAACAGAGTAAAAA

QA 7 708 7 708
DS 



AS 1 5

CO CL2070Contig1 761 5 2 U
GGACATTACTTTGAGAAAACAAGAAAGACATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCTTCCACAG
CAAACGCTCTCAAGCTCTCATCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCTGCTTTCTCCA
TCTCCAGATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTCAAGTATGCAAACTCACATGAGTGGG
TCAAACACGAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGACCATTTAG
GAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGTTCAGTGAGCAAAGAAAAAAACT
TTGGAGCAGTGGAGAGTGTAAAGGCCACAAGTGAGATTATATCTCCAATCTCTGGTGAAG
TCATTGAGGTTAACACAAAGCTTGCCGATTCACCTGGTTTGATCAACTCAAGCCCTTATG
AAGAAGGTTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGCAACCCGGCAGAGTTGGAATCCTTGATGG
GTCCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGATGAAGACGCTGCTCACTAGAGGAATTCAG
AGCAACACAAGAAAGATCATGCCTAAAGTTTCCGTCTGTTTCACTTGTCAATGTTTCTTT
ACATCTATCTCAGCTTGTATCAGGGGTGATACTAATGATCAAGAGAAATTTGATTTATTT
TCGGTCATATATACATAGTTGAGGAGACACGTTAACATATGACATTAGTGGTCTACTTTT
AGACGGTAGCAAAGCAAGAAATAAGAAAGACTTGGTGCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D290JQ C 148
AF RR3D290TF U 382
AF RR3GS53TF U 1
AF RR3BH55TF U 3
AF RR3GS53JQ C 2
BS 1 719 RR3GS53TF
BS 720 761 RR3GS53JQ

RD RR3D290JQ 199 0 0
AAGGAGTCAAGTATGCAAACTCACATGAGTGGGTCAAACATGAAGGCTCAGTGGTTACTA
TTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGACCATTTAGGAGAATTTGTGTTTGTGGAGCTGCCAG
AAGAGAAAAGTTCAGTGAGCAAAGAAAAAAACTTTGGAGCAGTGGAGAGTGTAAAGGCCA
CAAGTGAGATTATATCTCC

QA 1 199 1 199
DS 

RD RR3D290TF 238 0 0
TTGCCGATTCACCTGGTTTGATCAACTCAAGCCCTTATGAAGAAGGTTGGATGATAAAGG
TGAAACCAAGCAACCCGGCTGAGTTGGAATCCTTGATGGGTCCAAAGGAATACACCAAGT
TCTGCGAAGATGAAGACGCTGCTCACTAGAGGAATTCAGAGCAACACAAGAAAGATCATG
CCTAAAGTTTCCGTCTGTTTCACTTGTCAATGTTTCTTTACATCTATCTCAACTTGTA

QA 1 238 1 238
DS 

RD RR3GS53TF 719 0 0
GGACATTACTTTGAGAAAACAAGAAAGACATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCTTCCACAG
CAAACGCTCTCAAGCTCTCATCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCTGCTTTCTCCA
TCTCCAGATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTCAAGTATGCAAACTCACATGAGTGGG
TCAAACACGAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGACCATTTAG
GAGAAGTTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGTTCAGTGAGCAAAGAAAAAAACT
TTGGAGCAGTGGAGAGTGTAAAGGCCACAAGTGAGATTATATCTCCAATCTCTGGTGAAG
TCATTGAGGTTAACACAAAGCTTGCCGATTCACCTGGTTTGATCAACTCAAGCCCTTATG
AAGAAGGTTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGCAACCCGGCAGAGTTGGAATCCTTGATGG
GTCCAAAGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGATGAAGACGCTGCTCACTAGAGGAATTCAG
AGCAACACAAGAAAGATCATGCCTAAAGTTTCCGTCTGTTTCACTTGTCAATGTTTCTTT
ACATCTATCTCAGCTTGTATCAGGGGTGATACTAATGATCAAGAGAAATTTGATTTATTT
TCGGTCATATATACATAGTTGAGGAGACACGTTAACATATGACATTAGTGGTCTACTTT

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3BH55TF 663 0 0
GGAT
TACTTTGAGAAAACAAGAAAGACATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCTTCCACAGCAAACG
CACTCAAGCTCTCATCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCTGCTTTCTCCATCTCCA
GATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTCAAGTATGCAAACTCACATGAGTGGGTCAAAC
ACGAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGACCATTTAGGAGAAG
TTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGTTCAGTGAGCAAAGAAAAAAACTTTGGAG
CAGTGGAGAGTGTAAAGGCCACAAGTGAGATTATATCTCCAATCTCTGGTGAAGTCATTG
AGGTTAACACAAAGCTTGCCGATTCACCTGGTTTGATCAACTCAAGCCCTTATGAAGAAG
GTTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGCAACCCGGCAGAGTTGGAATCCTTGATGGGTCCAA
AGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGATGAAGACGCTGCTCACTAGAGGAATTCAGAGCAAC
ACAAGAAAGATCATGCCTAAAGTTTCCGTCTGTTTCACTTGTCAATGTTTCTTTACATCT
ATCTCAGCTTGTATCAGGGGTGATACTAATGATCAAGAGAAATTTGATTTATTTTCGGT

QA 5 663 5 663
DS 

RD RR3GS53JQ 760 0 0
GGACA
TACTTTGAGAAAACAAGAAAGACATGGCACTGAGAATGTGGGCTTCTTCCACAGCAAACG
CTCTCAAGCTCTCATCTTCTGCATCCAAATCTCATCTCCTTCCTGCTTTCTCCATCTCCA
GATGCTTCTCCTCAGTGTTGGAAGGACTCAAGTATGCAAACTCACATGAGTGGGTCAAAC
ACGAAGGCTCAGTGGCTACTATTGGCATCAGTGACCATGCCCAGGACCATTTAGGAGAAG
TTGTGTTTGTGGAGCTGCCAGAAGAGAAAAGTTCAGTGAGCAAAGAAAAAAACTTTGGAG
CAGTGGAGAGTGTAAAGGCCACAAGTGAGATTATATCTCCAATCTCTGGTGAAGTCATTG
AGGTTAACACAAAGCTTGCCGATTCACCTGGTTTGATCAACTCAAGCCCTTATGAAGAAG
GTTGGATGATAAAGGTGAAACCAAGCAACCCGGCAGAGTTGGAATCCTTGATGGGTCCAA
AGGAATACACCAAGTTCTGCGAAGATGAAGACGCTGCTCACTAGAGGAATTCAGAGCAAC
ACAAGAAAGATCATGCCTAAAGTTTCCGTCTGTTTCACTTGTCAATGTTTCTTTACATCT
ATCTCAGCTTGTATCAGGGGTGATACTAATGATCAAGAGAAATTTGATTTATTTTCGGTC
ATATATACATAGTTGAGGAGACACGTTAACATATGACATTAGTGGTCTACTTTTAGACGG
TAGCAAAGCAAGAAATAAGAAAGACTTGGTGCTGT

QA 6 760 6 760
DS 



AS 1 3

CO CL2071Contig1 1188 3 7 U
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CCTCCTTGTTACTATTCTCGTTCCTCGCTTTCAATCTGGTCGAGGGTAAGCATGTTTTGG
AAGACGGGTACGAGGTTACTACAGTGGTCGACGGTCACAAGTCTGGTCTTAATCCACACA
CGGTTCACGCTCTACCGGGATCTTCTAATATGATCGTCCTTGATTCGTCTGGAAGCACGT
TCTACACTACTTCTTTTCCTATGTCCGTTGATAGTGTGATAAACCGGTTTGCTGGGGATG
GGAGTATCGGTTATTTAGATGGTAAAGCTGGTAACAGCCAGTTCAGCAAGCCGCGTGGTT
TCGCTGTGGATGCTAAAGGGAATGTCTATGTTGCTGATAAGAACAATAAAGTTATACGCA
AGATCAGCTCTTCAGGTTATGTAACCACCATTGCTGGTGGAATCTCAAATGAGTTTGGAC
ATAGAGACGGACCAGCACAGAACGCAACTTTCTCTAGTGATTTCGATATATCTTTTGTTC
CTCAAAGATGTTGTTTGCTTGTTTCTGATCATGGAAACGAAATGATCCGCCAGATTAATC
TAAAAGAGGAGGATTGCCTCCAAAGCTCTCATTCTAATTTGGGGACATACTCTCTTTGGT
CAATAGGAATTGCCCTTTCATGCTTTCTCGGTGTAGCCATTGGATTCGCTTCTCGCCCTT
ACATCATTCGTCATGAAGAAGTGAGCCACCACTCGTTCATCGCGACATGGAAGCTTCTCC
TAATCAAATTGGGGGAACAAGTTCGGACCTTCTTCTCCTACACTAGAAGCCTAGTTGCTG
GATCAACACTTTTTTCTCTACTAAGCAGACTAGTTATGATGATCGTTTCTCACCTTTCCC
TCATGTATTCCGCAATAAGTAGATTAGTATGTTCCATGGTATCTCCTCTTTTCTTCATGT
GTCAGCCCAGCAATGTAGCTGTTTTAGACAAGACGGTCTCTTCGCCTAATCCCGTAACCA
CGAGTCAATCACAGCCGCAGCTTTTTTTGAAGCCCTTTGATGATCTGATGGATCTGATCA
CGTTTGATGATGCTGAAGAAACTAATAATGATGAAGAGCGCACTGAGGAGGAAACTGTCA
CTGCTACATCTTTTGTAAATGTTGTGTTAAAGTAGCTTTGTGCTGTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER52TF U 1
AF RR3HB12TF U 21
AF RR3GZ35JQ C 512
BS 1 29 RR3ER52TF
BS 30 30 RR3HB12TF
BS 31 394 RR3ER52TF
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BS 621 662 RR3HB12TF
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CCTCCTTGTTACTATTCTCGTTCCTCGCTTTCAATCTGGTCGAGGGTAAGCATGTTTTGG
AAGACGGGTACGAGGTTACTACAGTGGTCGACGGTCACAAGTCTGGTCTTAATCCACACA
CGGTTCACGCTCTACCGGGATCTTCTAATATGATCGTCCTTGATTCGTCTGGAAGCACGT
TCTACACTACTTCTTTTCCTATGTCCGTTGATAGTGTGATAAACCGGTTTGCTGGGGATG
GGAGTATCGGTTATTTAGATGGTAAAGCTGGTAACAGCCAGTTCAGCAAGCCGCGTGGTT
TCGCTGTGGATGCTAAAGGGAATGTCTATGTTGC

QA 1 394 1 394
DS 

RD RR3HB12TF 642 0 0
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CCCCATCATCGATTCCGACATGGCTTGGTCGTTTTCCTCCTTGTTACTATTCTCGTTCCT
CGTTTTCAATCTGGTCGAGGGTAAGCATGTTTTGGAAGACGGGTACGAGGTTACTACAGT
GGTCGACGGTCACAAGTCTGGTCTTAATCCACACACGGTTCATGCTCTACCGGGATCTTC
TAATATGATCGTTCTTGATTCGTCTGGAAGCACGTTCTACACTACTTCTTTTCCTATGTC
CGTTGATAGTGTGATAAACCGGTTTGCTGGGGATGGTAGTATCGGTTATTTAGATGGTAA
AGCTGGTAATAGCCGGTTCAGCAAGCCGCGTGGTTTCGCTGTGGATGCTAAAGGGAATGT
CTATGTTGCTGATAAGAACAATAAAGTTATACGCAAGATCAGCTCTTCAGGTTATGTAAC
CACCATTGCTGGTGGAATCTCAAATGAGTTTGGACATAGAGACGGACCAGCACAGAACGC
AACTTTCTCTAGTGATTTCGATATATCTTTTGTTCCTCAAAGATGTTGTTTGCTTGTTTC
TGATCATGGAAACGAAATGATCCGCCAGATTAATCTAAAAGAGGAGGATTGCCTTCAAAG
CTCTCATTCTAATTTGGGGACATACTCTCTTTGGTCA

QA 6 642 6 642
DS 

RD RR3GZ35JQ 677 0 0
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TGGAAACGAAATGATCCGCCAGATTAATCTAAAAGAGGAGGATTGCCTCCAAAGCTCTCA
TTCTAATTTGGGGACATACTCTCTTTGGTCAATAGGAATTGCCCTTTCATGCTTTCTCGG
TGTAGCCATTGGATTCGCTTCTCGCCCTTACATCATTCGTCATGAAGAAGTGAGCCACCA
CTCGTTCATCGCGACATGGAAGCTTCTCCTAATCAAATTGGGGGAACAAGTTCGGACCTT
CTTCTCCTACACTAGAAGCCTAGTTGCTGGATCAACACTTTTTTCTCTACTAAGCAGACT
AGTTATGATGATCGTTTCTCACCTTTCCCTCATGTATTCCGCAATAAGTAGATTAGTATG
TTCCATGGTATCTCCTCTTTTCTTCATGTGTCAGCCCAGCAATGTAGCTGTTTTAGACAA
GACGGTCTCTTCGCCTAATCCCGTAACCACGAGTCAATCACAGCCGCAGCTTTTTTTGAA
GCCCTTTGATGATCTGATGGATCTGATCACGTTTGATGATGCTGAAGAAACTAATAATGA
TGAAGAGCGCACTGAGGAGGAAACTGTCACTGCTACATCTTTTGTAAATGTTGTGTTAAA
GTAGCTTTGTGCTGTCA

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 3

CO CL2072Contig1 990 3 15 U
GGTTCTGCTAAAGATGAATTGTAATCAAGTTCCATGCAATGTATACACAAGAAGAGACAG
AGAAAGATCATAGATGAGAGTTTTGTGACATTATATTGTGTCTGAATTGTAAAAGAAAGA
GAAGGAACTCAATCCTTTAGAATCTGTGAAATCAATCAACTGAAATTAACTTTATAGTTG
CATGGTAACCCTCTGCAACAAACTTTGATTTAGCATTCACACCCTGTTGATCTTTGTTGC
TGACCTCTAGCAACATCAATAGTGTCAGGCATGTACGGTTCTTCTTCAGGTTCATTCTTG
AAGGCATTCTTGGTGATGCATTCGAAAGCCGCGTCTACGTTGAATCCTTCTTTAGCAGAT
GTCTCAAAGTAAGGAATGTTACCTTTAGATGCACACCATGCCTTTGCTTTCTTCTCAGAA
ACCACTCGGCTCTTGCCACCGTCAATATCGGTCTTATTCCCCAACACGACAAAGGGGAAG
TTCTCAGGATCTGATGGACTAGCCTGAATCAAGAACTCTTCTCTCCAGTTATTAAGATTC
TCGAAAGACTTCATAACATTGACATCGTTAACAAGAACACAACAATCAGCTCCTCTGTAG
AAAGCAACTCCCAGACTTTGGAACCTTTCTTGCCCAGCAGTATCCCAAATCTGTAAAGTG
AAGATCCTGTCATCGATTTGAACCTCTTTGGTCAAGAAATCAGCTCCAATCGTAGCTTTA
TACTGATTGCTAAACTTGCGATTCACAAACTGATTCATCAACGATGTCTTGCCAACCCTG
AACAATAAAAATAAACATCATAATCTCTTCATCAATGGAACAAATCAAAATCGAAGAGAA
GAGGAGAGGAGATCACCCGCTATCACCGAGGATGATAACCTTCAGAAGAACTCTCCGGCG
AGAAGACATTGACGGAAAAGATTTTCTTTTTTTTTGAGATGAGATATTTCCGGGAGAAGA
AAGTGTCGTCTCTGTTCTTCGTGTGATGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EI12JQ U 1
AF RR3GD41JQ U 32
AF RR3GD41TF C 212
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BS 181 181 RR3GD41JQ
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BS 658 877 RR3GD41JQ
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BS 879 889 RR3GD41JQ
BS 890 990 RR3GD41TF

RD RR3EI12JQ 657 0 0
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AAAGCAACTCCCAGACTTTGGAACCTTTCTCGCCCAGCAGTATCCCAAATCTGTAAA

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TATATTGTGTCTGAATTGTAAAAGAAA****AGGAACTCAATCCTTTAGAATCTGTGAAA
TCAATCAACTGAAATTAACTTTATAGTTGCATGGTAACCCTCTGCAACAAACTTTGATTT
AGCATTCACACCCTGTTGATCTTTGTTGCTGACCTCTAGCAACATCAATAGTGTCAGGCA
TGTACGGTTCTTCTTCAGGTTCATTCTTGAAGGCATTCTTGGTGATGCATTCGAAAGCCG
CGTCTACGTTGAATCCTTCTTTAGCAGATGTCTCAAAGTAAGGAATGTTACCTTTAGATG
CACACCATGCCTTTGCTTTCTTCTCAGAAACCACTCGGCTCTTGCCACCGTCAATATCGG
TCTTATTCCCCAACACGACAAAGGGGAAGTTCTCAGGATCTGATGGACTAGCCTGAATCA
AGAACTCTTCTCTCCAGTTATTAAGATTCTCGAAAGACTTCATAACATTGACATCGTTAA
CAAGAACACAACAATCAGCTCCTCTGTAGAAAGCAACTCCCAGACTTTGGAACCTTTCTT
GCCCAGCAGTATCCCAAATCTGTAAAGTGAAGATCCTGTCATCGATTTGAACCTCTTTGG
TCAAGAAATCAGCTCCAATCGTAGCTTTATACTGATTGCTAAACTTGCGATTCACAAACT
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CT

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DS 

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TTAGCATCACA
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TCTTCAGGTTCATTCTTGAAGGCATTCTTGGTGATGCATTCGAAAGCCGCGTCTACGTTG
AATC*TTCTTTAGCAGATGTCTCAAAGTAAGGAATGTTACCTTTAGATGCACACCATGCC
TTTGCTTTCTTCTCAGAAACCACTCGGCTCTTGCCACCGTCAATATCGGTCTTATTCCCC
AACACGACAAAGGGGAAGTTCTCAGGATCTGATGGACTAGCCTGAATCAAGAACTCTTCT
CTCCAGTTATTAAGATTCTCGAAAGACTTCATAACATTGACATCGTTAACAAGAACACAA
CAATCAGCTCCTCTGTAGAAAGCAACTCCCAGACTTTGGAACCTTTCTTGCCCAGCAGTA
TCCCAAATCTGTAAAGTGAAGATCCTGTCATCGATTTGAACCTCTTTGGTCAAGAAATCA
GCTCCAATCGTAGCTTTATACTGATTGCTAAACTTGCGATTCACAAACTGATTCATCAAC
GATGTCTTGCCAACCCTGAACAATAAAAATAAACATCATAATCTCTTCATCAATGGAACA
AATCAAAATCGAAGAGAAGAGGAGAGGAGATCACCCGCTATCACCGAGGATGATAACCTT
CAGAAGAACTCTCCGGCGAGAAGACATTGACGGAAAAGATTTTCTTTTTTTTTGAGATGA
GATATTTCCGGGAGAAGAAAGTGTCGTCTCTGTTCTTCGTGTGATGGT

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DS 



AS 1 4

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CGAGGAGGATCTCAGAATATGGAGAGAAATGAGTGCTCTTGTGGGGCGTATGTGTTGGAC
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TCAGGAAAGAGAACCTGGAACCCAGCCTCCTCTATGTAACTCTGACAGTGACCCTGATGC
TGTGTATGGTGTAAACATGGAAGCCTGCATTAGTCAATACAGTGAACATGATCACAAAAC
CAAGGGAAGTGGATTGGCTCCATGGCCAGCTCGATTAACCTCTCCTCCTCCTCGGCTGGC
TGATTTTGGATATTCCACTGACATGTTTGAGAAGGATACGGAAACTTGGAGGCATAGGGT
AGATGCTTACTGGGATCTCTTGAGTTCTGCAATTCAATCGGACACCGTGAGGAACATAAT
GGACATGAAAGCAAACATGGGTTCCTTTGCTGCTGCTCTGAATGACAAAGATGTTTGGGT
TATGAATGTTGTTCCTGAAGACGGCCCTAACACGCTTAAACTGATATACGACAGAGGCCT
GATGGGTGCTGTTCATAGCTGGTGTGAAGCCTTCTCAACTTACCCTAGGACTTACGATCT
ACTCCATGCTTGGGACATCATTTCTGATGTCAAGAAGAGAGGTTGCAGCGCAGAGGATTT
GCTGTTAGAGATGGACCGTATACTTCGGCCAACCGGTTTCATACTCATAAGGGACAAACA
GTCTGTCGTTGATCTTGTGAAGAAGTATCTCAAGGCTTTGCATTGGGAAGCAGTTGAAAC
CAAGGCAGCCTCGGATTCGGACCATGACTCGGATGTCATACTCGTTGTCCAGAAGAAGCT
CTGGTTGACAAGTGAAAGCCTCAGAGATCTCGAGTGATCACCATGATGGCCAGAAACTGC
ATCCAAAAAAACAAGATTCACAATAGATTTCTTTGTTGGAATCAAAGCATACAACGATTA
AAAAAAATTCGTTTTATAGCGGCTTAACGTTTTGTTTTCTTTTTAATATCTTTCTTTACA
TATTCATATATATGTTGTTTGTATGGTTCAGTAGAGATGCTCAGTTTCCTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 10 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP94TF U 1
AF RR3CT50TF U 181
AF RR3FF20TF U 371
AF RR3FF20JQ C 522
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ACTCCATGCTTGGGACATCATTTCTGATGTCAAGAAG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3CT50TF 787 0 0
G
CAGGAAAGAGAACCTGGAACCCAGCCTCCTCTATGTAACTCTGACAGTGACCCTGATGCT
GTGTATGGTGTAAACATGGAAGCCTGCATTAGTCAATACAGTGAACATGATCACAAAACC
AAGGGAAGTGGATTGGCTCCATGGCCAGCTCGATTAACCTCTCCTCCTCCTCGGCTGGCT
GATTTTGGATATTCCACTGACATGTTTGAGAAGGATACGGAAACTTGGAGGCATAGGGTA
GATGCTTACTGGGATCTCTTGAGTTCTGCAATTCAATCGGACACCACGAGGAACATAATG
GACATGAAAGCAAACATGGGTTCCTTTGCTACTGCTCTGAATGACAAAGATGTTTGGGTT
ATGAATGTTGTTCCTGAAGACGGCCCTAACACGCTTAAACTGACATACGACAGAGGCCTG
ATGGGTGCTGTTCAT**CTGGTGTGAAGCCTTCTCAACTTACCCTAGGACTTACGATCTA
CTCCATGCTTGGGACATCATTTCTGATGTCAAGAAGAGAGGTTGCAGCGCAGAGGATTTG
CTGTTAGAGATGGACCGTATACTTCGGCCAACCGGTTTCATACTCATAAGGGACAAACAG
TCTGTCGTTGATCTTGTGAAGAAGTATCTCAAGGCTTTACATTGGGAAGCAGTTGAAACC
AAG*CAGCCTCGGATTCGGAC*ATGACTCGGATGTCATACTCGTTGTC*AGAAGAAGCTC
TGGT*GACAAGTGAA*GTCTCAGAGATCTCGAGTGATCACCATGATGGC
AGAACTGCATCCAAAAA

QA 2 770 2 770
DS 

RD RR3FF20TF 735 0 0
GAC
TCCACTGACATGTTTGAGAAGGATACGGAAACTTGGAGGCATAGGGTAGATGCTTACTGG
GATCTCTTGAGTTCTGCAATTCAATCGGACACCGTGAGGAACATAATGGACATGAAAGCA
AACATGGGTTCCTTTGCTGCTGCTCTGAATGACAAAGATGTTTGGGTTATGAATGTTGTT
CCTGAAGACGGCCCTAACACGCTTAAACTGATATACGACAGAGGCCTGATGGGTGCTGTT
CATAGCTGGTGTGAAGCCTTCTCAACTTACCCTAGGACTTACGATCTACTCCATGCTTGG
GACATCATTTCTGATGTCAAGAAGAGAGGTTGCAGCGCAGAGGATTTGCTGTTAGAGATG
GACCGTATACTTCGGCCAACCGGTTTCATACTCATAAGGGACAAACAGTCTGTCGTTGAT
CTTGTGAAGAAGTATCTCAAGGCTTTGCATTGGGAAGCAGTTGAAACCAAGGCAGCCTCG
GATTCGGACCATGACTCGGATGTCATACTCGTTGTCCAGAAGAAGCTCTGGTTGACAAGT
GAAAGCCTCAGAGATCTCGAGTGATCACCATGATGGCCAGAAACTGCATCCAAAAAA*CA
AGATTCACAATAGATTTCTTTGTTGGAATCAAAGCATACAACGATTAAAAAAA*TTCGTT
TTATAGCGGCTTAACGTTTTGTTTTCTTTT*AATATCTTTCTTTACATATTCATATATAT
GTTGTTTGT
TTG

QA 4 732 4 732
DS 

RD RR3FF20JQ 612 0 0
ATGACAAAGATGTTTGGGTTATGAATGTTGTTCCTGAAGACGGCCCTAACACGCTTAAAC
TGATATACGACAGAGGCCTGATGGGTGCTGTTCATAGCTGGTGTGAAGCCTTTTCAACTT
ACCCTAGGACTTACGATTTACTCCATGCTTGGGACATCATTTTTGATGTCAAGAAGAGAG
GTTGCAGCGCAGAGGATTTGCTGTTAGAGATGGACCGTATACTTCGGCCAACCGGTTTCA
TACTCATAAGGGACAAACAGTCTGTCGTTGATTTTGTGAAGAAGTATTTCAAGGCTTTGC
ATTGGGAAGCAGTTGAAACCAAGGCAGCCTCGGATTCGGACCATGACTCGGATGTCATAC
TCGTTGTCCAGAAGAAGCTTTGGTTGACAAGTGAAAGCCTCAGAGATCTCGAGTGATCAC
CATGATGGCCAGAAACTGCATCCAAAAAAACAAGATTCACAATAGATTTTTTTGTTGGAA
TCAAAGCATACAACGATTAAAAAAAATTCGTTTTATAGCGGCTTAACGTTTTGTTTTCTT
TTTAATATCTTTCTTTACATATTCATATATATGTTGTTTGTATGGTTCAGTAGAGATGCT
CAGTTTCCTATC

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 4

CO CL2074Contig1 824 4 4 U
GGGACTTCGCCATATTCTCAAGTCTTAACTAAAAGAAAAACACACATCTCCGGTGTGCAA
CAATGGCGTCGTCGACGATCGAATCATCACTAGGCTCTCTCAACAAAGACTCCTTCGTCT
CGCTCCTATCGAAACTGATCGGCGAATCGAAGTTCGTCCAGAACAACCCGCCGGATCTCA
TCCCGCAGGAGGATCGGATCGTGAACCACGTCCTCGACTCTCTCCGTCCTTACAGCACCG
AATCCGGCGGTGGCCCTCTCTTGATCAACCACGTGGCGTATCACTCAGGAAGAGGCAACC
TCATCGTCGAGTACCCAGGATCCGTCCCCGGAAAGATCGTTTCTTTCGTCGGTATGCACA
TGGACGTCGTCACCGCGAATCCCGATGAATGGGAGTTTGATCCTTTCTCGTTAAGCATAG
ATGGGGATAAGCTTCGTGGTCGTGGGACTACGGATTGTCTTGGTCACGTTGCTCTTGTGA
CTGAGCTCATGAAGAGGCTTGGGGAGACTAAACCCGTTTTGAAACAATCGGTGGTGGCGG
TTTTCATCGCTAGTGAAGAGAACTCTTCTATTCCAGGTGTTGGTGTCGACATGTTGGTTA
AAGACAAACTTCTTGACAAGCTCAAATCCGGACCATTGTTTTGGATAGATACGGCGGATA
AGCAGCCGTGTATTGGAACCGGTGGTATGATTCCGTGGAAGCTTCATGTTACTGGAAAGC
TTTTCCACAGCGGTTTAGCTCACAAGCTATTAACGCGATGGAGTTGGGAATGGAAGGCTT
AAGAGATCCAGTCCCGGTTCTACAGAGACTTTCCGCCACACGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG17TF U 1
AF RR3DN24TF U 134
AF RR3GE09TF U 11
AF RR3AH85TF U 5
BS 1 653 RR3EG17TF
BS 654 654 RR3AH85TF
BS 655 672 RR3EG17TF
BS 673 824 RR3AH85TF

RD RR3EG17TF 672 0 0
GGGACTTCGCCATATTCTCAAGTCTTAACTAAAAGAAAAACACACATCTCCGGTGTGCAA
CAATGGCGTCGTCGACGATCGAATCATCACTAGGCTCTCTCAACAAAGACTCCTTCGTCT
CGCTCCTATCGAAACTGATCGGCGAATCGAAGTTCGTCCAGAACAACCCGCCGGATCTCA
TCCCGCAGGAGGATCGGATCGTGAACCACGTCCTCGACTCTCTCCGTCCTTACAGCACCG
AATCCGGCGGTGGCCCTCTCTTGATCAACCACGTGGCGTATCACTCAGGAAGAGGCAACC
TCATCGTCGAGTACCCAGGATCCGTCCCCGGAAAGATCGTTTCTTTCGTCGGTATGCACA
TGGACGTCGTCACCGCGAATCCCGATGAATGGGAGTTTGATCCTTTCTCGTTAAGCATAG
ATGGGGATAAGCTTCGTGGTCGTGGGACTACGGATTGTCTTGGTCACGTTGCTCTTGTGA
CTGAGCTCATGAAGAGGCTTGGGGAGACTAAACCCGTTTTGAAACAATCGGTGGTGGCGG
TTTTCATCGCTAGTGAAGAGAACTCTTCTATTCCAGGTGTTGGTGTCGACATGTTGGTTA
AAGACAAACTTCTTGACAAGCTCAAATCCGGACCATTGTTTTGGATAGATACG*CGGATA
AGCAGCCGTGTA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3DN24TF 608 0 0
AGG
GATCGGCGAATCGAAGTTCGTCCAGAACAACCCGCCGGATCTCATCCCGCAAGAGGATCG
GATCGTGAACCACGTCCTCGACTCCCTCCGTCCTTACAGCACCGAATCCGGCGGCGGTCC
TCTCCTGATCAACCACGTGGCGTATCACTCGGGAAGAGGCAACCTCATCGTCGAGTACCC
AGGATCCGTCCCCGGAAAGATCGTTTCTTTCGTCGGTATGCATATGGACGTCGTCACCGC
GAATCCCGATGAATGGGAGTTTGATCCTTTCTCGTTAAGCATAGATGGGGATAAGCTTCG
TGGTCGTGGGACTGCGGATTGTCTTGGTCACGTTGCTCTTGTGACTGAGCTCATGAAGAG
GCTTGGAGAGACTAAACCGGTTTTAGAACAATCGGTGGTGGCGGTTTTCATCGCTAGTGA
AGAGAACTCTTCTATTCCAGGTGTTGGTGTCGACATGTTGGTTAAAGACAAACTTCTTGA
CAAGCTCAAATCCGGACCACTGTTTTGGATAGATACGGCGGATAAGCAGCCGTGTATTGG
AACCGGCGGTATGATTCCGTGGAAGCTTCATGTTACTGGAAAGCTTTTCCACAGCGGTTT
AGCTC

QA 4 608 4 608
DS 

RD RR3GE09TF 739 0 0
G
ATATTCTCAAGTCTTAACTAAAAGAAAAACACACATCTCCGGTGTGCAACAATGGCGTCG
TCGACGATCGAATCATCACTAGGCTCTCTCAACAAAGACTCCTTCGTCTCGCTCCTATCG
AAACTGATCGGCGAATCGAAGTTCGTCCAGAACAACCCGCCGGATCTCATCCCGCAGGAG
GATCGGATCGTGAACCACGTCCTCGACTCTCTCCGTCCTTACAGCACCGAATCCGGCGGT
GGCCCTCTCTTGATCAACCACGTGGCGTATCACTCAGGAAGAGGCAACCTCATCGTCGAG
TACCCAGGATCCGTCCCCGGAAAGATCGTTTCTTTCGTCGGTATGCACATGGACGTCGTC
ACCGCGAATCCCGATGAATGGGAGTTTGATCCTTTCTCGTTAAGCATAGATGGGGATAAG
CTTCGTGGTCGTGGGACTACGGATTGTCTTGGTCACGTTGCTCTTGTGACTGAGCTCATG
AAGAGGCTTGGGGAGACTAAACCCGTTTTGAAACAATCGGTGGTGGCGGTTTTCATCGCT
AGTGAAGAGAACTCTTCTATTCCAGGTGTTGGTGTCGACATGTTGGTTAAAGACAAACTT
CTTGACAAGCTCAAATCCGGACCATTGTTTTGGATAGATACAGCGGATAAGCAGCCGTGT
ATTGGAACCGGTGGTATGATTCCGTGGAAGCTACATGTTACTGGAAAGCTTTTCCACAGC
GGTTTAGCTCACAAGCTA

QA 2 739 2 739
DS 

RD RR3AH85TF 820 0 0
GTTCGCC
ATATTCTCAAGTCTTAACTAAAAGAAAAACACACATCTCCGGTGTGCAACAATGGCGTCG
TCGACGATCGAATCATCACTAGGCTCTCTCAACAAAGACTCCTTCGTCTCGCTCCTATCG
AAACTGATCGGCGAATCGAAGTTCGTCCAGAACAACCCGCCGGATCTCATCCCGCAGGAG
GATCGGATCGTGAACCACGTCCTCGACTCTCTCCGTCCTTACAGCACCGAATCCGGCGGT
GGCCCTCTCTTGATCAACCACGTGGCGTATCACTCAGGAAGAGGCAACCTCATCGTCGAG
TACCCAGGATCCGTCCCCGGAAAGATCGTTTCTTTCGTCGGTATGCACATGGACGTCGTC
GCCGCGAATCCCGATGAATGGGAGTTTGATCCTTTCTCGTTAAGCATAGATGGGGATAAG
CTTCGTGGTCGTGGGACTACGGATTGTCTTGGTCACGTTGCTCTTGTGACTGAGCTCATG
AAGAGGCTTGGGGAGACTAAACCCGTTTTGAAACAATCGGTGGTGGCGGTTTTCATCGCT
AGTGAAGAGAACTCTTCTATTCCAGGTGTTGGTGTCGACATGTTGGTTAAAGACAAACTT
CTTGACAAGCTCAAATCCGGACCATTGTTTTGGATAGATACGGCGGATAAGCAGCCGTGT
ATTGGAACCGGTGGTATGATTCCGTGGAAGCTTCATGTTACTGGAAAGCTTTTCCACAGC
GGTTTAGCTCACAAGCTATTAACGCGATGGAGTTGGGAATGGAAGGCTTAAGAGATCCAG
TCCCGGTTCTACAGAGACTTTCCGCCACACGAG

QA 8 820 8 820
DS 



AS 1 5

CO CL2075Contig1 795 5 11 U
TTTTTTTTTAAATTAAAACTCTCAATTTCACTATATTCCCTAAAAAAAAAA*GAATTCAT
ATTTGCTTTTCTAGAACTCAAATTATTTTCAAGTTCTCTGTTTGATTATCGAGAAACATG
ACTATTGCTTTAACGATCGGAGGAAGCGGGTTCTCTGGTCTACCCGGATCTTCGTTTTCC
TCATCTTCTTCATCGCTCCGATTGAAGAACAGCAGACGAAAGGACACGAAGATGCTGAAC
AGGAAAGGAGTCATCTGTTCTTCAACTTCTGTAATGGATCCGTATAAGACCCTTAGGATC
CGACCCGATTCATCTGAGTACGAGGTCAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTAT
CATCCTGATGTTTGCAGAGGAAGCAACTGTGGAGTGCAGTTTCAGACAATCAACGAAGCT
TACGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGAGGGAACAGAGGAGTTTCAGCCA
TTCGATGTCTATGAAGAGGGATTCAACGGAATGAACGATCCAGATTGTGACACGTGGGAG
GAATGG*ATGGGG**TGGGAAGGTGCAGGAACCAGAGACTACTCCTCTCACGTGAATCCT
TACGCGTGAAGACGATGGTGACCGACTTGGCAATGATTGTATGCAGATAAATAACAACAG
AGAGAGAGAGACTGTAAGATCAATGTAAATAGTTGAAATTGTCTCTCTTGAATGGCTCTT
AAATGTAAATAAAGTCATTTCTATGTTATGTAAACTCTCAAAGATTCAGTGATTATTAGC
TTAAAAGCTTTCCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EW53TF U 1
AF RR3G767TF U 10
AF RR3G265TF U 3
AF RR3CS33TF U 58
AF RR3G265JQ C 184
BS 1 559 RR3EW53TF
BS 560 568 RR3G265TF
BS 569 569 RR3CS33TF
BS 570 697 RR3G265TF
BS 698 698 RR3CS33TF
BS 699 711 RR3G265TF
BS 712 712 RR3CS33TF
BS 713 719 RR3G265TF
BS 720 721 RR3CS33TF
BS 722 738 RR3G265TF
BS 739 795 RR3G265JQ

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TTTTTTTTTAAATTAAAACTCTCAATTTCACTATATTCCCTAAAAAAAAAA*GAATTCAT
ATTTGCTTTTCTAGAACTCAAATTATTTTCAAGTTCTCTGTTTGATTATCGAGAAACATG
ACTATTGCTTTAACGATCGGAGGAAGCGGGTTCTCTGGTCTACCCGGATCTTCGTTTTCC
TCATCTTCTTCATCGCTCCGATTGAAGAACAGCAGACGAAAGGACACGAAGATGCTGAAC
AGGAAAGGAGTCATCTGTTCTTCAACTTCTGTAATGGATCCGTATAAGACCCTTAGGATC
CGACCCGATTCATCTGAGTACGAGGTCAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTAT
CATCCTGATGTTTGCAGAGGAAGCAACTGTGGAGTGCAGTTTCAGACAATCAACGAAGCT
TACGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGAGGGAACAGAGGAGTTTCAGCCA
TTCGATGTCTATGAAGAGGGATTCAACGGAATGAACGATCCAGATTGTGACACGTGGGAG
GAATGG*ATGGGG**TGGG

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3G767TF 555 0 0
AAATTAAAACTCTCAATTTCACTATATTCCCTAAAAAAAAAAAGAATTCATATTTGCTTT
TCTAGAACTCAAATTATTTTCAAGTTCTCTGTTTGATTATCGAGAAACATGACTATTGCT
TTAACGATCGGAGGAAGCGGGTTCTCTGGTCTACCCGGATCTTCGTTTTCCTCATCTTCT
TCATCGCTCCGATTGAAGAACAGCAGACGAAAGGACACGAAGATGCTGAACAGGAAAGGA
GTCATCTGTTCTTCAACTTCTGTAATGGATCCGTATAAGACCCTTAGGATCCGACCCGAT
TCATCTGAGTACGAGGTCAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGAT
GTTTGCAGAGGAAGCAACTGTGGAGTGCAGTTTCAGACAATCAACGAAGCTTGCGATATT
GTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGAGGGAACAGAGGAGTTTCAGCCATTCGATGTC
TATGAAGAGGGATTCAACGGAATGAACGATCCAGATTGTGACACGTGGGAGGAATGG*AT
GGGG**TGGG
AAGGT

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR3G265TF 736 0 0
TTTTTTT
AAATTAAAACTCTCAATTTCACTATATTCCCTAAAAAAAAA**GAATTCATATTTGCTTT
TCTAGAACTCAAATTATTTTCAAGTTCTCTGTTTGATTATCGAGAAACATGACTATTGCT
TTAACGATCGGAGGAAGCGGGTTCTCTGGTCTACCCGGATCTTCGTTTTCCTCATCTTCT
TCATCGCTCCGATTGAAGAACAGCAGACGAAAGGACACGAAGATGCTGAACAGGAAAGGA
GTCATCTGTTCTTCAACTTCTGTAATGGATCCGTATAAGACCCTTAGGATCCGACCCGAT
TCATCTGAGTACGAGGTCAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGAT
GTTTGCAGAGGAAGCAACTGTGGAGTGCAGTTTCAGACAATCAACGAAGCTTACGATATT
GTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGAGGGAACAGAGGAGTTTCAGCCATTCGATGTC
TATGAAGAGGGATTCAACGGAATGAACGATCCAGATTGTGACACGTGGGAGGAATGGGAT
GGGGGTTGGGAAGGTGCAG*AACCAGAGACTACTCCTCTCACGTGAATCCTTACGCGTGA
AGACGATGGTGACCGACTTGGCAATGATTGTATGCAGATAAATAACAACAGAGAGAGAGA
GACTGTAAGATCAATGTAAATAGTTGAA*TTGTCTCTCTTGA*TGGCTCT**AATGTAAA
TAAAGTCAT

QA 8 736 8 736
DS 

RD RR3CS33TF 681 0 0
G
ATATTTGCTTTTCTAGAACTCAAATTATTTTCAAGTTCTCTGTTTGATTATCGAGAAACA
TGACTATTGCTTTAACGATCGGAGGAAGCGGGTTCTCTGGTCTACCCGGATCTTCGTTTT
CCTCATCTTCTTCATCGCTCCGATTGAAGAACAG***ACGAAAGGACACGAAGATGCTGA
ACAGGAAAGGAGTCATCTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCGTATAAGACCCTTAGGA
TCCGACCCGATTCATCTGAGTACGAGGTCAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGT
ATCATCCTGATGTTTGCAGAGGAAGCAACTGTGGAGTGCAGTTTCCGACAATCAACGAAG
CTTACGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGAGGGAACAGAGGAGTTTCAGC
CATTCGATGTCTATGAAGAGGGATTCAACGGAATGAATGATCCAGATTGTGACACGTGGG
AGGAATGG*ATGGGG**TGGGAAGGTGCAGGAACCAGAGACTACTCCTCTCACGTGAATC
CTTACGCGTGAAGACGACGGTGACCGACTTGGCAATGATTGTATGCAGATAAATAACAAC
AGAGAGAGAGA**CTGTAAGATCAATGTAAATAGTTGAAATTGTCTCTCTTGAATGGCTC
TTAAATGTAAATAAAGTCAT

QA 2 681 2 681
DS 

RD RR3G265JQ 612 0 0
TCTTCTTCATCGCTCCGATTGAAGAACAGCAGACGAAAGGACACGAAGATGCTGAACAGG
AAAGGAGTCATCTGTTCTTCAACTTCTGTAATGGATCCGTATAAGACCCTTAGGATCCGA
CCCGATTCATCTGAGTACGAGGTCAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCAT
CCTGATGTTTGCAGAGGAAGCAACTGTGGAGTGCAGTTTCAGACAATCAACGAAGCTTAC
GATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGAGGGAACAGAGGAGTTTCAGCCATTC
GATGTCTATGAAGAGGGATTCAACGGAATGAACGATCCAGATTGTGACACGTGGGAGGAA
TGG*ATGGGG**TGGGAAGGTGCAGGAACCAGAGACTACTCCTCTCACGTGAATCCTTAC
GCGTGAAGACGATGGTGACCGACTTGGCAATGATTGTATGCAGATAAATAACAACAGAGA
GAGAGAGACTGTAAGATCAATGTAAATAGTTGAAATTGTCTCTCTTGAATGGCTCTTAAA
TGTAAATAAAGTCATTTCTATGTTATGTAAACTCTCAAAGATTCAGTGATTATTAGCTTA
AAAGCTTTCCTG

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 5

CO CL2076Contig1 1209 5 8 U
GGAAGATCTCTCGTTCATATTCCCAGAGAAGAACACGACTGACTGATTTCATCTGAGATT
ATGGAGAGATTACAGCGAATCTTCGGCGCCGGCGGGGGTCTAGGCCACGCATCTCCCGAT
TCCCCAACTCTCGACACCTCGGAGCAAGTCTACATCTCCTCTCTCGCTCCCCTCAAGATG
CTCAAACACGGGAGAGCTGGAGTTCCTATGGAGGTGATGGGATTGATGCTGGGAGAGTTC
GTGGATGAGTACACTGCTAGGGTTGTGGATGTATTCGCGATGCCTCAGAGTGGGACTGGT
GTTAGCGTTGAAGCTGTTGATCATGTTTTTCAGACTAATATGCTTGACATGCTTAAACAG
ACTGGAAGACCTGAAATGGTGGTGGGTTGGTATCATTCACATCCTGGGTTTGGATGCTGG
CTTTCCGGTGTTGATATTAATACTCAACAGAGTTTTGAAGCTTTGAACCAGCGAGCTGTC
GCAGTGGTGGTTGATCCTATTCAGAGTGTGAAGGGTAAAGTGGTGATTGATGCGTTCCGC
TCGATAAACCCTCAAACCATTATGCTTGGGCAAGAGCCTCGTCAAACAACGTCCAACCTT
GGCCACCTGAACAAACCATCGATCCAGGCCTTGATT*ATGGATTGAACAGACACTATTAT
TCAATAGCCATCAACTACAGGAAGAACGAGCTCGAGGAGAAGATGTTACTTAACCTCCAC
AAGAAGAAATGGACAGATGGCCTGACGCTAAGACGCTTTGACACCCACTCCAAGACAAAC
GAACAGACGGTGCAGGAAATGTTGAACTTGGCTGCTAAGTATAACAAGGCGGTACAAGAG
GAGGACGAGTTGTCACCGGAGAAACTGGCGATTGTGAATGTGGGAAGACAAGACGCAAAG
AAGCATCTGGAAGAACATGTTTCCAACTTGATGTCTTCCAACATTGTTCAGACACTAGGC
ACCATGCTTGACACTGTTGTCTTCTAGAGAGCTTCTTCACTTTTCCAGCCAGTAATTGCT
ATGGTTCAATCAGTTGGCTAGAATGTTGAGCTTTGTTCTTCTTATGCATCTCTTTGTTTT
CTGTTGAATCTTCTCTTATGTCCTACCTCCTAGCACTTGATAAGTTTGTATTGTACTATC
CGGTTTCCTTCTTTCTATGAAGGCCATGGATTGATTACTATTTCATTCAAAACTAAATAG
TGGTACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AF91TF U 1
AF RR3CI87TF U 23
AF RR3AS40TF U 286
AF RR3AS40JQ C 286
AF RR3E048JQ C 501
BS 1 169 RR3AF91TF
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BS 171 568 RR3AF91TF
BS 569 1079 RR3AS40TF
BS 1080 1132 RR3AS40JQ
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BS 1204 1209 RR3E048JQ

RD RR3AF91TF 568 0 0
GGAAGATCTCTCGTTCATATTCCCAGAGAAGAACACGACTGACTGATTTCATCTGAGATT
ATGGAGAGATTACAGCGAATCTTCGGCGCCGGCGGGGGTCTAGGCCACGCATCTCCCGAT
TCCCCAACTCTCGACACCTCGGAGCAAGTCTACATCTCCTCTCTCGCTCTCCTCAAGATG
CTCAAACACGGGAGAGCTGGAGTTCCTATGGAGGTGATGGGATTGATGCTGGGAGAGTTC
GTGGATGAGTACACTGCTAGGGTTGTGGATGTATTCGCGATGCCTCAGAGTGGGACTGGT
GTTAGCGTTGAAGCTGTTGATCATGTTTTTCAGACTAATATGCTTGACATGCTTAAACAG
ACTGGAAGACCTGAAATGGTGGTGGGTTGGTATCATTCACATCCTGGGTTTGGATGCTGG
CTTTCCGGTGTTGATATTAATACTCAACAGAGTTTTGAAGCTTTGAACCAGCGAGCTGTC
GCAGTGGTGGTTGATCCTATTCAGAGTGTGAAGGGTAAAGTGGTGATTGATGCGTTCCGC
TCGATAAACCCTCAAACCATTATGCTTG

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3CI87TF 527 0 0
G
CAGAGAAGAACACGACTGACTGATTTCATCTGAGATTATGGAGAGATTACAGCGAATCTT
CGGCGCCGGCGGGGGTCTAGGCCACGCGTCTCCCGATTCCCCAACTCTCGACACCTCGGA
GCAAGTCTACATCTCCTCTCTCGCTCCCCTCAAGATGCTCAAACACGGGAGAGCTGGAGT
TCCTATGGAGGTGATGGGATTGATGCTGGGAGAGTTCGTGGATGAGTACACTGTTAGGGT
TGTGGATGTATTCGCGATGCCTCATAGTGGGACTGGTGTTAGCGTTGAAGCTGTTGATCA
TGTTTTTCAGACTAATATGCTTGACATGCTTAAACAGACTGGAAGACCTGAAATGGTGGT
GGGTTGGTATCATTCACATCCTGGGTTTGGATGCTGGCTTTCCGGTGTTGATATTAATAC
TCGACAGAGTTTTGAAGCTTTGAACCAGCGAGCTGTCGCAGTGGTGGTTGATCCTATTCA
GAGTGTGAAGGGTAAAGTGGTGATTGATGCGTTCCGCTCGATAAAC

QA 2 527 2 527
DS 

RD RR3AS40TF 794 0 0
GAG
AGTGGGACTGGTGTTAGCGTTGAAGCTGTTGATCATGTTTTTCAGACTAATATGCTTGAC
ATGCTTAAACAGACTGGAAGACCTGAAATGGTGGTGGGTTGGTATCATTCACATCCTGGG
TTTGGATGCTGGCTTTCCGGTGTTGATATTAATACTCAACAGAGTTTTGAAGCTTTGAAC
CAGCGAGCTGTCGCAGTGGTGGTTGATCCTATTCAGAGTGTGAAGGGTAAAGTGGTGATT
GATGCGTTCCGCTCGATAAACCCTCAAACCATTATGCTTGGGCAAGAGCCTCGTCAAACA
ACGTCCAACCTTGGCCACCTGAACAAACCATCGATCCAGGCCTTGATT*ATGGATTGAAC
AGACACTATTATTCAATAGCCATCAACTACAGGAAGAACGAGCTCGAGGAGAAGATGTTA
CTTAACCTCCACAAGAAGAAATGGACAGATGGCCTGACGCTAAGACGCTTTGACACCCAC
TCCAAGACAAACGAACAGACGGTGCAGGAAATGTTGAACTTGGCTGCTAAGTATAACAAG
GCGGTACAAGAGGAGGACGAGTTGTCACCGGAGAAACTGGCGATTGTGAATGTGGGAAGA
CAAGACGCAAAGAAGCATCTGGAAGAACATGTTTCCAACTTGATGTCTTCCAACATTGTT
CAGACACTAGGCACCATGCTTGACACTGTTGTCTTCTAGAGAGCTTCTTCACTTTTCCAG
CCAGTAATTGCTATGGTTCAATCAGTTGGCTAGAATGTTGAGCTTTGTTCTTCTTATGCA
TCTCTTTGTTT

QA 4 794 4 794
DS 

RD RR3AS40JQ 919 0 0
GAG
AGTGGGACTGGTGTTAGCGTTGAAGCTGTTGATCATGTTTTTCAGACTAATATGCTTGAC
ATGCTTAAACAGACTGGAAGACCTGAAATGGTGGTGGGTTGGTATCATTCACATCCTGGG
TTTGGATGCTGGCTTTCCGGTGTTGATATTAATACTCAACAGAGTTTTGAAGCTTTGAAC
CAGCGAGCTGTCGCAGTGGTGGTTGATCCTATTCAGAGTGTGAAGGGTAAAGTGGTGATT
GATGCGTTCCGCTCGATAAACCCTCAAACCATTATGCTTGGGCAAGAGCCTCGTCAAACA
ACGTCCAACCTTGGCCACCTGAACAAACCATCGATCCAGGCCTTGATT*ATGGATTGAAC
AGACACTATTATTCAATAGCCATCAACTACAGGAAGAACGAGCTCGAGGAGAAGATGTTA
CTTAACCTCCACAAGAAGAAATGGACAGATGGCCTGACGCTAAGACGCTTTGACACCCAC
TCCAAGACAAACGAACAGACGGTGCAGGAAATGTTGAACTTGGCTGCTAAGTATAACAAG
GCGGTACAAGAGGAGGACGAGTTGTCACCGGAGAAACTGGCGATTGTGAATGTGGGAAGA
CAAGACGCAAAGAAGCATCTGGAAGAACATGTTTCCAACTTGATGTCTTCCAACATTGTT
CAGACACTAGGCACCATGCTTGACACTGTTGTCTTCTAGAGAGCTTCTTCACTTTTCCAG
CCAGTAATTGCTATGGTTCAATCAGTTGGCTAGAATGTTGAGCTTTGTTCTTCTTATGCA
TCTCTTTGTTTTCTGTTGAATCTTCTCTTATGTCCTACCTCCTAGCACTTGATAAGTTTG
TATTTTACTATCCGGTTTCCTTCTTTCTATGAAGGCCATGGATTGATTACTATTTCATTC
AAAACTAAATAGTGG
G

QA 4 918 4 918
DS 

RD RR3E048JQ 709 0 0
TCAGAGTGTGAAGGGTAAAGTGGTGATTGATGCGTTCCGCTCGATAAACCCTCAAACCAT
TATGCTTGGGCAAGAGCCTCGTCAAACAACGTCCAACCTTGGCCACCTGAACAAACCATC
GATCCAGGCCTTGATTCATGGATTGAACAGACACTATTATTCAATAGCCATCAACTACAG
GAAGAACGAGCTCGAGGAGAAGATGTTACTTAACCTCCACAAGAAGAAATGGACAGATGG
CCTGACGCTAAGACGCTTTGACACCCACTCCAAGACAAGCGAACAGACGGTGCAGGAAAT
GTTGAACTTGGCTGCTAAGTATAACAAGGCGGTACAAGAGGAGGACGAGTTGTCACCGGA
GAAACTGGCGATTGTGAATGTGGGAAGACAAGACGCAAAGAAGCATCTGGAAGAACATGT
TTCCAACTTGATGTCTTCCAACGTTGTTCAGACACTAGGCACCATGCTTGACACTGTTGT
CTTCTAGAGAGCTTCTTCACTTTTCCAGCCAGTAATTGCTATGGTTCAATCAGTTGGCTA
GAATGTTGAGCTTTGTTCTTCTTATGCATCTCTTTGTTTTCTGTTGAATCTTCTCTTATG
TCCTACCTCCTAGCACTTGATAAGTTTGTATTGTACTATCCGGTTTCCTTCTTTCTATGA
AGGCCATGGATTGATTACTATTTCATTCAAAACTAAATAGTGGTACTTC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 2 5

CO CL2077Contig1 775 2 2 U
ATGAAAGAGAGATGAACAACAGTGAGAACTGAGAACTTGATTACACATTTATTACAGTAT
CATAATCCGTTGCCTAACTATCATTTAAACTTTTATTATGAGCATTTTTATGCAATAATT
AAAGAAACTAGAGCGCGATCATATCCAAGCAGGATTATTAAGAGGAGTGACAACAGCCTT
GACCTGCAAGTAGTTGTTGAGACTGTAAATACCTTTCTCTCTACCATTCCCGCTCATCTT
GTAACCACCAAAGGGAATGGCTGCGTCAAAGACGTCGAAACAGTTAACCCAAACAGTGCC
AGCTTTCAAAGCCCTCGACACCCTATTTACAGTGTCCAGACTCTTTGTGAAAACCCCTGC
GGCTAGCCCGTACCTCGTCTCGTTAGCCCTCCTTATCACCTCATCCACATCCCTGAACTT
CAAGATTGATTGGACTGGTCCGAAAATCTCATCTTGAGCTATAAGCATATCGTCCTTAAC
GTTAGAAAAGACTGTAGGTTGGATGAAGTAACCTTTGTTACCAATCTGATCACCACCACA
TTCAAGAGTAGCATTGCTTTCAACACCTGACCTTATGTACCTCATCACTTTCTCGAATTG
CTTCGAATCAATCTGAGGACCCTGTTCAGTGCCTTTCTTGAAAGGATCACCAACCACACG
TTTTAATGCGCGTGCCTTTGCTTTCTCAACAAACTCATCGTACACTTTCTCATGAACATA
TGTCCGAGACCCAGCGCAGCAACATTGCCCCTGGTTAAAGAAGAGAGCAAAGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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BS 749 775 RR3FD70JQ

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GACCTGCAAGTAGTTGTTGAGACTGTAAATACCTTTCTCTCTACCATTCCCGCTCATCTT
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AGCTTTCAAAGCCCTCGACACCCTATTTACAGTGTCCAGACTCTTTGTGAAAACCCCTGC
GGCTAGCCCGTACCTCGTCTCGTTAGCCCTCCTTATCACCTCATCCACATCCCTGAACTT
CAAGATTGATTGGACTGGTCCGAAAATCTCATCTTGAGCTATAAGCATATCGTCCTTAAC
GTTAGAAAAGACTGTAGGTTGGATGAAGTAACCTTTGTTACCAATCTGATCACCACCACA
TTCAAGAGTAGCATTGCTTTCAACACCTGACCTTATGTACCTCATCACTTTCTCGAATTG
CTTCGAATCAATCTGAGGACCCTGTTCAGTGCCTTTCTTGAAAGGATCACCAACCACACG
TTTTAATGCGCGTGCCTTTGCTTTCTCAACAAACTCATCGTACACTTTCTCATGAACATA
TGTCCGAGACCCAGCGCAGCAACATTGC

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DS 

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GG
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TAAACTTTTATTATGAGCATTTTTATGCAATAATTAAAGAAACTAGAGCGCGATCATATC
CAAGCAGGATTATTAAGAGGAGTGACAACAGCCTTGACCTGCAAGTAGTTGTTGAGACTG
TAAATACCTTTCTCTCTACCATTCCCGCTCATCTTGTAACCACCAAAGGGAATGGCTGCG
TCAAAGACGTCGAAACAGTTAACCCAAACAGTGCCAGCTTTCAAAGCCCTCGACACCCTA
TTTGCAGTGTCCAGACTCTTTGTGAAAACCCCTGCGGCTAGCCCGTACCTCGTCTCGTTA
GCCCTCCTTATCACCTCATCCACATCCCTGAACTTCAAGATTGATTGGACTGGTCCGAAA
ATCTCATCTTGAGCTATAAGCATATCGTCCTTAACGTTAGAAAAGACTGTAGGTTGGATG
AAGTAACCTTTGTTACCAATCTGATCACCACCACATTCAAGAGTAGCATTGCTTTCAACA
CCTGACCTTATGTACCTCATCACTTTCTCGAATTGCTTCGAATCAATCTG*GGACCCTGT
TCAGTGCCTTTCTTGAAAGGATCGCCAACCACACGTTTTAATGCGCGTGCCTTTGCTTTC
TCAACAAACTCATCGTACACTTTCTCATGAACATATGTCCGAGACCCAGCGCAGCAACAT
TGCCCCTGGTTAAAGAAGAGAGCAAAGTGT

QA 3 752 3 752
DS 



CO CL2077Contig2 1175 3 12 U
GGGGAAGAAAATTAAAGGATAAGAACTTTGAAGTTAGAGAAGCAGTTTACATCAATGGCA
GCTCGTAGAGTGTCTTCTCTACTATCTCGATCCTTTCCAGCTTCCTCTCCCTTTCTATTT
CGTTCTCAAGGGAGAAACTGTTGTAATGGAAGTAGTAGGGTCGGAAGGAGATTTGGAACC
TCTTCTGCAGCTGAAGATATCATAACCCCCTCGGTTCAAGTGTCTTACACACAGCTCCTA
ATCGATGGGAACTTCGTAGACGCTGCTTCTGGTAAGACGTTCCCAACTCTTGATCCACGC
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AAAGCTGCCAGGAAGGCCTTTGATGAAGGACCATGGCCTAAGATGACTGCTTATGAGAGG
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TTAGAGACATGGGACAATGGGAAGACTTATCAACAAGCCAAAACAGCTGAGATTCCAATG
CTCGCCAGATTGTTTCGCTACTATGCTGGATGGGCGGATAAGATTCATGGGCTCACAGTT
CCAGCTGATGGAAACTATCATGTTCAGACACTGCATGAACCAATAGGCGTTGCTGGACAG
ATCGTCCCATGGAACTTTCCTCTTTTGATGTTTGCTTGGAAAGTTGGTCCTGCTCTTGCT
TGTGGTAACACCATTGTCCTCAAAACCGCTGAACAAACTCCTCTCACTGCTTTCTACGTC
GGCAAGCTTTTCCTTGAAGCGGGTCTTCCTCCAGGTGTTCTGAATATAGTTTCTGGATTC
GGTCCAACCGCAGGTGCTCCCCTCGCGAGTCACATGGATGTAGACAAGCTTGCTTTCACA
GGATCAACTGATACGGGCAAAGTTATACTTGGACTGGCTGCTAACAGCAATCTCAAGCCA
GTGACACCAGAACTTGGAGGGAAATCACCATTCATCGTATTCGAAGATGCAGATATCAAT
AAAGCTGTAGAGCTTGCACACTTTGCTCTCTTCTTTAACCAGGGGCAATGTTGCTGCGCT
GGGTCTCGGACATATGTTCATGAGAAAGCGTACGATGAGTTTGTTGAGAAAGCAAAGGCA
CGCGCATTAAAACGTGTGGTTGGCGATCCTTTCAG


BQ
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AF RR3A456TF U 377
AF RR3FD70TF U 899
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GCTCGTAGAGTGTCTTCTCTACTATCTCGATCCTTTCCAGCTTCCTCTCCCTTTCTATTT
CGTTCTCAAGGGAGAAACTGTTGTAATGGAAGTAGTAGGGTCGGAAGGAGATTTGGAACC
TCTTCTGCAGCTGAAGATATCATAACCCCCTCGGTTCAAGTGTCTTACACACAGCTCCTA
ATCGATGGGAACTTCGTAGACGCTGCTTCTGGTAAGACGTTCCCAACTCTTGATCCACGC
ACAGGGGAGGTCATCGCAAATGTAGCTGAAGGAGATGCTGAAGATATCAACCGGGCGGTG
AAAGCTGCCAGGAAGGCCTTTGATGAAGGACCATGGCCTAAGATGACTGCTTATGAGAGG
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TTAGAGACATGGGACAATGGGGAGACTTATCAACAAGCCAAAACAGCTGAGATTCCAATG
CTCGCCAGATTGTTTCGCTACTATGCTGGATGGGCGGATAAGATTCATGGGCTCACAGTT
CCAGCTGATGGAAACTATCATGTTCAGACACTGCATGAACCAATAGGCGTTGCTGGACAG
ATCGTCCCATGGAACTTTCCTCTTTTGATGTTTGCTTGGAAAGTTGGTCCTGCTCTTGCT
TGTGGTAACACCATTGTCCTCAAAAC
GCT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3A456TF 799 0 0
CCTTTGATGGAGGACCATGGCCTAAGATGACTGCTTATGAGAGGTCAAGGATAATGCTGA
GATTCGCAGATTTGGTTGAGAAACACAGCGAAGAGCTAGCTGCTTTAGAGACATGGGACA
ATGGGAAGACTTATCAACAAGCCAAAACAGCTGAGATTCCAATGCTCGCCAGATTGTTTC
GCTACTATGCTGGATGGGCGGATAAGATTCATGGGCTCACAGTTCCAGCTGATGGAAACT
ATCATGTTCAGACACTGCATGAACCAATAGGCGTTGCTGGACAGATCGTCCCGTGGAACT
TTCCTCTTTTGATGTTTGCTTGGAAAGTTGGTCCTGCTCTTGCTTGTGGTAACACCATTG
TCCTCAAAACCGCTGAACAAACTCCTCTCACTGCTTTCTACGTCGGCAAGCTTTTCCTTG
AAGCGGGTCTTCCTCCAGGTGTTCTGAATATAGTTTCTGGATTCGGTCCAACCGCAGGTG
CTCCCCTCGCGAGTCACATGGATGTAGACAAGCTTGCTTTCACAGGATCAACTGATACGG
GCAAAGTTATACTTGGACTGGCTGCTAACAGCAATCTCAAGCCAGTGACACTAGAACTTG
GAGGGAAATCACCATTCATCGTATTCGAAGATGCAGATATCAATAAAGCTGTAGAGCTTG
CACACTTTGCTCTCTTCTTTAACCAGGGGCAATGTTGCTGCGCTGGGTCTCGGACATATG
TTCATGAGAAAGCGTACGATGAGTTTGTTGAGAAAGCAAAG*CACGCGCATTAAACCGTG
TGGTTGGTGATCCTTTCAG

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3FD70TF 272 0 0
G
AGGATCAACTGATACGGGCAAAGTTATACTTGGACTGGCTGCTAACAGCAATCTCAAGCC
AGTGGCACCAGAACTTGGAGGGAAATCACCATTCATCGTATTCGAAGATGCAGATATCAA
TAAAGCTGTAGAGCTTGCACACTTTGCTCTCTTCTTTAACCAGGGGCAATGTTGCTGCGC
TGGGTCTCGGACATATGTTCATGAGAAAGTGTACGATGAGTTTGTTGAGAAAGCAAAGGC
ACGCGCATTAAAACGTGTGGTTGGCGATCCT

QA 2 272 2 272
DS 



AS 1 5

CO CL2078Contig1 770 5 9 U
GGCCAACTCAATACACGATTCCAATTATTGAACTCTCTAATTTACTTTATTCACCAAAAA
AA*GTCTTTCAAGAAGTCACTTTTACTTTCTACCACCACCTTTTGTGTCTTGAAAACATG
ACTATTGCTTTAACGATCGGAGGAAACGGGTTCTCGGGTTTAACCGGATCTTCGTTTTCA
TCATCTTCTTCATCGTTTCGACTGAAGAACAGCAGAAGAAAAGACACGAAGATGCTTAAC
AGAACACGAGTCGTCTGTTCCTCGTCTTCAGTAATGGATTCTTATAAAACACTTCAGATC
CGACCCGATTCATCAGAATACGAGGTCAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTAT
CATCCTGATGTTTGCAGAGGAAGCAACTGTGGAGTACAGTTTCAGACAATCAACGAAGCT
TACGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGAGGGAACAGAGGAGTTTGAGCCA
TTCGATGTGTATGACGAGGGATTCAACGGAATGAATGATCCAGACTGTGACACGTGGGAA
GAATGGATGGGGTGGG*AAGGTGCAGGAACCAGAGACTACTCCTCTCACGTCAATCCTTA
CGCTTGAAGATGAAGTAATGATTCGAATGCACATAAATAACAACATAGAGACTGATGTAA
ATAAATACATGAAACTGTCTCGTGGATGGTACTTAAAATGTAAAGAAAAA*GTCATTTCT
CTCCTTCATTGTAAATTCAACGTTAAGCTTAATGAAATCATCTCATATAT


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F463TF U 3
AF RR3DM94TF U 3
AF RR3FG06TF U 1
AF RR3F463JQ C 5
AF RR3DM94JQ C 147
BS 1 62 RR3FG06TF
BS 63 63 RR3DM94TF
BS 64 552 RR3FG06TF
BS 553 553 RR3F463TF
BS 554 556 RR3FG06TF
BS 557 557 RR3DM94TF
BS 558 734 RR3FG06TF
BS 735 735 RR3F463JQ
BS 736 770 RR3FG06TF

RD RR3F463TF 679 0 0
GG
AACTCAATACACGATTCCAATTATTGAACTCTCTAATTTACTTTATTCACCAAAAAAAAG
TCTTTCAAGAAGTCACTTTTACTTTCTACCACCACCTTTTGTGTCTTGAAAACATGACTA
TTGCTTTAACGATCGGAGGAAACGGGTTCTCGGGTTTAACCGGATCTTCGTTTTCATCAT
CTTCTTCATCGTTTCGACTGAAGAACAGCAGAAGAAAAGACACGAAGATGCTTAACAGAA
CACGAGTCGTCTGTTCCTCGTCTTCAGTAATGGATTCTTATAAAACACTTCAGATCCGAC
CCGATTCATCAGAATACGAGGTCAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATC
CTGATGTTTGCAGAGGAAGCAACTGTGGAGTACGGTTTCAGACAATCAACGAAGCTTACG
ATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGAGGGAACAGAGGAGTTTGAGCCATTCG
ATGTGTATGACGAGGGATTCAACGGAATGAATGATCCAGACTGTGACACGTGGGAAGAAT
GGATGGGGTGGGGAAGGTGCAGGAACCAGAGACTACTCCTCTCACGTCAATCCTTACGCT
TGAAGATGAAGTAATGATTCGAATGCACATAAATAACAACATAGAGACTGATGTAAATAA
ATACATGAAACTGTCTC

QA 3 679 3 679
DS 

RD RR3DM94TF 707 0 0
GG
AACTCAATACACGATTCCAATTATTGAACTCTCTAATTTACTTTATTCACCAAAAAAA*G
TCTTTCAAGAAGTCACTTTTACTTTCTACCACCACCTTTTGTGTCTTGAAAACATGACTA
TTGCTTTAACGATCGTAGGAAACGGGTTCTCGGGTTTAACCGGATCTTCGTTTTCATCAT
CTTCTTCATCGTTTCGACTGAAGAACAGCAGAAGAAAAGACACGAAGATGCTTAACAGAA
CACGAGTCGTCTGTTCCTCGTCTTCAGTAATGGATTCTTATAAAACACTTCAGATCCGAC
CCGATTCATCAGAATACGAGGTCAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATC
CTGATGTTTGCAGAGGAAGCAACTGTGGAGTACAGTTTCAGACAATCAACGAAGCTTACG
ATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGAGGGAACAGAGGAGTTTGAGCCATTCG
ATGTGTATGACGAGGGATTCAACGGAATGAATGATCCAGACTGTGACACGTGGGAAGAAT
GGATGGGGTGGG*AAGGTGCAGGAACCAGAGACTACTCCTCTCACGTCAATCCTTACGCT
TGAAGATGAAGTAATGATTCGAATGCACATAAATAACAACATAGAGACTGATGTAAATAA
ATACATGAAACTGTCTCGTGGATGGTACTTAAAATGTAAAGAAAA

QA 3 707 3 707
DS 

RD RR3FG06TF 770 0 0
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TCATCTTCTTCATCGTTTCGACTGAAGAACAGCAGAAGAAAAGACACGAAGATGCTTAAC
AGAACACGAGTCGTCTGTTCCTCGTCTTCAGTAATGGATTCTTATAAAACACTTCAGATC
CGACCCGATTCATCAGAATACGAGGTCAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTAT
CATCCTGATGTTTGCAGAGGAAGCAACTGTGGAGTACAGTTTCAGACAATCAACGAAGCT
TACGATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGAGGGAACAGAGGAGTTTGAGCCA
TTCGATGTGTATGACGAGGGATTCAACGGAATGAATGATCCAGACTGTGACACGTGGGAA
GAATGGATGGGGGGGGGAAGGTGCAGGAACCAGAGACTACTCCTCTCACGTCAATCCTTA
CGCTTGAAGATGAAGTAATGATTCGAATGCACATAAATAACAACATAGAGACTGATGTAA
ATAAATACATGAAACTGTCTCGTGGATGGTACTTAAAATGTAAAGAAAAA*GTCATTTCT
CTCCTTCATTGTAA*TTCAACGTTAAGCTTAATGAAATCATCTCATATAT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3F463JQ 762 0 0
AACTCAATACACGATTCCAATTATTGAACTCTCTAATTTACTTTATTCACCAAAAAAA*G
TCTTTCAAGAAGTCACTTTTACTTTCTACCACCACCTTTTGTGTCTTGAAAACATGACTA
TTGCTTTAACGATCGGAGGAAACGGGTTCTCGGGTTTAACCGGATCTTCGTTTTCATCAT
CTTCTTCATCGTTTCGACTGAAGAACAGCAGAAGAAAAGACACGAAGATGCTTAACAGAA
CACGAGTCGTCTGTTCCTCGTCTTCAGTAATGGATTCTTATAAAACACTTCAGATCCGAC
CCGATTCATCAGAATACGAGGTCAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATC
CTGATGTTTGCAGAGGAAGCAACTGTGGAGTACGGTTTCAGACAATCAACGAAGCTTACG
ATATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGAGGGAACAGAGGAGTTTGAGCCATTCG
ATGTGTATGACGAGGGATTCAACGGAATGAATGATCCAGACTGTGACACGTGGGAAGAAT
GGATGGGGTGGG*AAGGTGCAGGAACCAGAGACTACTCCTCTCACGTCAATCCTTACGCT
TGAAGATGAAGTAATGATTCGAATGCACATAAATAACAACATAGAGACTGATGTAAATAA
ATACATGAAACTGTCTCGTGGATGGTACTTAAAATGTAAATAAAAAAGTCATTTCTCTCC
TTCATTGTAAATTCAACGTTAAGCTTAA
ATGAAAATCATCTC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3DM94JQ 617 0 0
CGGGTTCTCGGGTTTAACCGGATCTTCGTTTTCATCATCTTCTTCATCGTTTCGACTGAA
GAACAGCAGAAGAAAAGACACGAAGATGCTTAACAGAACACGAGTCGTCTGTTCCTCGTC
TTCAGTAATGGATTCTTATAAAACACTTCAGATCCGACCCGATTCATCAGAATACGAGGT
CAAGCAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGATGTTTGCAGAGGAAGCAA
CTGTGGAGTACAGTTTCAGACAATCAACGAAGCTTACGATATTGTGTTGAAGCAAATAAA
GAATCAGATGGAGGGAACAGAGGAGTTTGAGCCATTCGATGTGTATGACGAGGGATTCAA
CGGAATGAATGATCCAGACTGTGACACGTGGGAAGAATGGATGGGGTGGG*AAGGTGCAG
GAACCAGAGACTACTCCTCTCACGTCAATCCTTACGCTTGAAGATGAAGTAATGATTCGA
ATGCACATAAATAACAACATAGAGACTGATGTAAATAAATACATGAAACTGTCTCGTGGA
TGGTACTTAAAATGTAAAGAAAAA*GTCATTTCTCTCCTTCATTGTAAATTCAACGTTAA
GCTTAA
ATGAAAATCAT

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 5

CO CL2079Contig1 1528 5 20 U
CTTTCTAGGTACTCTGGAGTGTGATTTGGTATCTCAGTCTGAGTAAACAGTACAATTTCT
CTCTCTGGTCTCTACTGGTTCTTGATTGACAAAGAAAACTAGTCACAAACCTGCTCTTGT
GTCTTCCCTTTCAATATAGAGAAAAGTATATACCATACAATCACTGAGATTTCTGAGCTA
GGTTAGATGAGTGAATCCATGAATCAAGCGTCTTGATAGCTTTACCTGAAGATTGTACTT
CACGGGCCAAGGTTACTCCTTCCCCTAGCGTTTGGACTCTGTTGCTAACCAGAAGAGCCG
CAGCTGCGTTTAGGATCAATGAATCTGCTATTGACCCTTTCTCTCCTGAAAGCACACGTC
TTAGCACATCAGCATTGTAGTCTGGACCTCCACCTCGCAAATCCTCAAGTGTACAACGAG
GAATACCAAAGTCCAATGGGTCGAATGAGAACTCTTCAATCTTTTCAGGTGTTACATCAT
AAACTAGCCCTCCTCCTAACGGACTCATTTCGTCTAAACCATATGAATGAACAACCAATG
CTCTTTTCATACCAAATAGTTGCAATGCCTTTGCCATCTTAAGAACCAGATTTTTGTGGT
AAACACCAACGACGGCATAAGACACTCTAGCAGGATTAAGCATAGGTCCCAGTACGTTAA
AAACAGTTTTTATTTTAAGCTTTTTGCGGACAGGACCAACGATCTTCATAGCTGGATGGT
ACATTGGTGCCATCATAAAACCAATCCCTGATTCTTCAACACATTTTTTGATCCCTTCTG
GTCCCAAGTCCATCACCACTCCTAGTGCCTCTAATACATCAGCACTTCCACAGGCAGAGG
AACTCGAACGACTCCCTTGCTTGGCTACTTTTGCACCACAAGCAGCAGCGAGTATTGAAG
ATCCAGTTGATATGTTGACAGTGTTTGCTCCATCACCACCTGTTCCTACTATGTCCACAG
CATCAACTAATCCTTCTACTTTCCTGGCATGCTTCATCATTGCCCTAGCCAGTCCTACAA
TCTCTTCATATGTCTCTCCTTTAGCCCTGAGTAGAACAAGGAAGGCACTAATGAGCGCCT
CGTTTGCGTCGTTCAGAAGAAACTCGAGAGATGATCCAGCCTCGGATTCAGATAGACCAA
TCCGATCAATCAAAGATTCGATCAACTGACTGAATGATTTGATGGAAGAAGCGCTGGCAT
TTTCACAAACACTTGGCAGAGCTTCTAGAGCACCGCCCAAAACTAGACTCTGCGGATAAG
CGGAAGAGACACGACTAGAAAACGGAGAGGAAGATCGGTGAATTGAGGGTACAGCTCCGA
TCGACGAGAAGCGCCTCCTTGTCAACGCCGGGTTAACTTGAACACTTATTCTTCCGGGAC
TCGAGACATCAGCTGGGGTGTTGAAGGAAGTGACGATCCCCGAAAGCTTGATGCCGGAAA
GAATGGAGGTGGGCACTGCCATAACTGTATATCGCTCGATTGATTTAACCAGTAACTAAC
TAACTAGCTAGAGAGGAGAGGTGTGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C564JQ U 1
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AF RR3BF19JQ U 67
AF RR3BC23TF C 806
AF RR3BF19TF C 806
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AAACACCAACGACGGCATAAGACACTCTAGCAGGATTAAGCATAGGTCCCAGTACGTTAA
AAA

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CC

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GAGAGATGATTCAGCCTCGGATTCAGATAGACCAATCCGATCAATCAAAGATTCGATCAA
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AGAGGAAGATCGGTGAATTGAGGGTACAGCTCCGATCGACGAGAAGCGCCTCCTTGTCAA
CGCCGGGTTAACTTGAACACTTATTCTTCCGGGACTCGAGACATCAGCTGGGGTGTTGAA
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TGTATATCGCTCGATTGATTTAACCAGTAACTAACTAACTAGCTAGAGAGGAGAGGTGTG
ATG

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 4

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AGAATTAGATAGGAAAAGAAACATGACACCACCAAATACTATTCCTAGCTCTATCTCCCC
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CAAATCCACAATACAAGGGGTAAGAGGAGAGATCGCAGGACCCGTTGGATTCGGATGGAC
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CTGCTTGGCGAATATGCATGGAGCCAATGTCGCCTTCTCCATCTTCGAACTCAACGAGCA
GAGACAACCAAAAATCAGTTGATCCTTCGTTCACATGGAACGCTATGTTCTTCCCTCTAT
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BQ
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25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AY85JQ U 34
AF RR3G791JQ U 1
AF RR3A313TF C 53
AF RR3AY85TF C 543
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BS 666 729 RR3A313TF
BS 730 1210 RR3AY85TF

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AAATACTATTCCTAGCTCTATCTCCCCTTTGGAGATGGCTACAGTGGCTCCTACACACTC
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CGCAGGACCCGTTGGATTCGGATGGACTCAATTACAGTTGCCATCCTACGGTCAGCCATC
ACCCTCTATTTATCTCTTCAAAATAAAACATGACACATATAGTAGTAGGAATAGGTATAT
GAGGCTTTCAGAGGACGGGGGAGAAGTTAAGGCGGGAAGTATAAGTTGCTTTAGGAGCCC
AGTTTCTAGGCACCACGTCGGTGGCTGACAGTGTTTTACCGGCTGACAAAGTGGTGAGCT
TGATGGAGAATGGTCCTTTGAGTGGTCCTCCAACAATGCACCAGTTGGCTCCC

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DS 

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AGAATTAGATAGGAAAAGAAACATGACACCACCAAATACTATTCCTAGCTCTATCTCCCC
TTTGGAGATGGCTACAGTGGCTCCTACACACTCACCGACACACACAAGACACAACACACG
CAAATCCACAATACAAGGGGTAAGAGGAGAGATCGCAGGACCCGTTGGATTCGGATGGAC
TCAATTACAGTTGCCATCCTACGGTCAGCCATCACCCTCTATTTATCTCTTCAAAATAAA
ACATGACACATATAGTAGTAGGAATAGGTATATGAGGCTTTCAGAGGACGGGGGAGAAGT
TAAGGCGGGAAGTATAAGTTGCTTTAGGAGCCCAGTTTCTAGGCACCACGTCGGTGGCTG
ACAGTGTTTTACCGGCTGACAAAGTGGTGAGCTTGATGGAGAATGGTCCTTTGAGTGGTC
CTCCAACAATGCACCAGTTGGCTCCCCATACATGCTTCATCTCCAGCCATTCACTCGCTC
CTGCTTGGCGAATATGCATGGAGCCAATGTCGCCTTCTCCATCTTCGAACTCAACGAGCA
GAGACAACCAAAAATCAGTTGATCCTTCGTTCACATGGAACGCTATGTTCTTCCCTCTAT
ACTTG

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DS 

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AAATGACAAGAATTAGATAGGAAAAGAAACATGACACCACCAAATACTATTCCTAGCTCT
ATCTCCCCTTTGGAGATGGCTACAGTGGCTCCTACACACTCACCGACACACACAAGACAC
AACACACGCAAATCCACAATACAAGGGGTAAGAGGAGAGATCGCAGGACCCGTTGGATTC
GGATGGACTCAATTACAGTTGCCATCCTACGGTCAGCCATCACCCTCTACTTATCTCTTC
AAAATAAAACATGACACATATAGTAGTAGGAATAGGTATATAAGGCTTTCAGAGGACGGG
GGAGAAGTTAAGGCGGGAAGTATAAGTTGCTTTAGGAGCCCAGTTTCTAGGCACCACGTC
GGTGGCTGACAGTGTTTTACCGGCTGACAAAGTGGTGAGCTTGATGGAGAATGGTCCTTT
GAGTGGTCCTCCAACAATGCACCAGTTGGCTCCCCATACATGCTTCATCTCCAGCCATTC
ACTCGCTCCTGCTTGGCGAATATGCATGGAGCCAATGTCGCCTTCTCCATCTTCGAACTC
AACGAGCAGAGACAACCAAAAATCAGTTGATCCTTCGTTCACATGGAACGCTATGTTCTT
CCCTCTATACTTGCATGCCGTCCGGCGGTAAATCACGGGAATGAGACCACGGTTGCGGAG
GGGACCAGATTCTCCTG
C

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DS 

RD RR3AY85TF 668 0 0
G
CTTGGCGAATATGCATGGAGCCAATGTCGCCTTCTCCATCTTCGAACTCAACGAGCAGAG
ACAACCAAAAATCAGTTGATCCTTCGTTCACATGGAACGCTATGTTCTTCCCTCTATACT
TGCATGCCGTCCGGCGGTAAATCACGGGAATGAGACCACGGTTGCGGAGGGGACCAGATT
CTCCTGAGATAGCCAATCGACCAAAAGCCGCGCCACTGAGATCAAAGTGAGTGTTGGTCT
TCGAACAGCCGGGACACTCGTCGGTGATGATGACGGTGACGGCTCTCCGGGAACATATAC
TCCTGTCCAAGCACCGAACCTTGTAACAAGCTCCGCAGCCTTCACCGTTCCTGAAGAGGA
TAGGGTTCACCGCTCCAACCCTCGCATGTAACGGTTTCACGTCTACCAACGTACCGTAGC
CACACGCTCCTCCGTCGCTTCCGTCACCGTTGGCGCTTCCGTACCAGGTGGCCACTGCAG
GAAGCCAATGGGAGTTTGACGCGTGGCTATTGGTCGTCACTGGAGCTGAGGAGGTAAGCT
GCAGGACAATGCAGAGCGTGGCTAAAATGATGACCGGAGAGAGCTGCATTTTACCCCCAA
AGAAGTATGTTTTGCCGACAGTGAGAGAGAGAAAGTGAGTGAGTGAGTTGTGGAACTGAT
ATGTCAG

QA 2 668 2 668
DS 



AS 1 4

CO CL2081Contig1 1076 4 28 U
TTTTTCTTGGTTGGATAATGGCAGCCTCCTCCTCCTGCTTCGCAATTCCCTTATCTTCTT
CTCGATCATCTTCCAATGCCATCCCAAAATGCAAAACGTTAACCTCTTCTTGCTTTTACG
TAGCATCTCTCAAAGCTTCTACCACCTCTTTCCATCTCTCTTCTCTTTCTCGCCAACGAC
TGCAACTCAAGGTCTTTTCTTCTTCTTCAGAATTATCAGTTCTGGATGAAGCGACACAAG
AAGCAGAAGAAGAAGAAGTTAAAGCTGATCGAGAGACAGGAGAAGAAACCGAAGCGGAGC
CAGTGGTGACGAAGAAACCGAGACCTTGCGAGCTATACGTTTGTAATATCCCAAGAAGCT
ATGACATTACTCAGCTTCTCGACATGTTTCAGTCTTTTGGAACTGTCATCTCCGTCGAGG
TATCTCGAAATCCAGAGACTGGAGAGAGCCGTGGAAGCGGTTATGTCACAATGAGTTCCA
TCAACTCTGCCAAAAACGCCATTGCTTCTCTTGATGGAAATGAAGTAGGTGGTCGGGAGA
TGCGGGTTAGGTACTCTGTTGACATGAATCCAGGAACCAGAAAAAACACATCAGCCTTGA
ACTCAACACCTAAGAAGATTCTCATGTACGAAAGCCCATACAAGGTTTATGTCGGAAACC
TCCCTTGGCTCACGCAGCCTGATGGTTTGAGAGACCACTTTAGCCAGTTTGGTACTGTCG
TGAGCACCAGAGTGTTGCACGACCGCAAGACTGGGAAAAACAGAGTCTTTGCCTTTCTTT
CCTTTGCGAACCTTGACGGACGTGATGCTGCTCTTTCGCTCAATGGAACAGAATATGAAG
GTCGCAGAATCATAGTCAGACAAGGTATCGAGAGGACCGAGTCTTAAAAACCACCAGTTC
CCCTTTTGCTGCAAAAAAACATTTTTTTCGACAAAGTAACCTTTTTTATTTACACCATTC
GCTCTGTTTTTTTTTTTCTATTCTTGAAGTTCCTCTTCGATTGTAACTTCTCCGACTCAT
CTACTTTTTACAAATGAAGTGTAATCGTCAGTCAATCTCCTTAAGTCTCTAAGTGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C330TF U 1
AF RR3DA75TF U 1
AF RR3DA75JQ C 294
AF RR3C330JQ C 493
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RD RR3C330TF 640 0 0
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CTCGATCATCTTCCAATGCCATCCCAAAATGCAAAACGTTAACCTCTTCTTGCTTTTACG
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TGCAACTCAAGGTCTTTTCTTCTTCTTCAGAATTATCAGTTCTGGATGAAGCGACACAAG
AAGCAGAAGAAGAAGAAGTTAAAGCTGATCGAGAGACAGGGGAAGAAACCGAAGCGGAGC
CAGTGGTGACGAAGAAACCGAGACCTTGCGAGCTATACGTTTGTAATATCCCAAGAAGCT
ATGACATTACTCAGCTTCTCGACATGTTTCAGTCTTT*GGAACTGTCATCTCCGTCGAGG
TATCTCGAAATCCAGAGACTGGAGAGAGCCGTGGAAGCGGTTATGTCACAATGAGTTCTA
TCAACTCTGCCAAAAACGCCATTGCTTCTCTTGATGGAAATGAAGTAGGTGGTCGGGAGA
TGCGGGTTAGGTACTCTGTTGACATGAATCCAGGAACCAGAAAAAACACATCAGCCTTGA
ACTCAACACCTAAGAAGATTCTCATGTACGAAAGCCCATA

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3DA75TF 824 0 0
TTTTTCTTGGTTGGATAATGGCAGCCTCCTCCTCCTGCTTCGCAATTCCCTTATCTTCTT
CTCGATCATCTTCCAATGCCATCCCAAAATGCAAAACGTTAACCTCTTCTTGCTTTTACG
TAGCATCTCTCAAAGCTTCTACCACCTCTTTCCATCTCTCTTCTCTTTCTCGCCAACGAC
TGCAACTCAAGGTCTTTTCTTCTTCTTCAGAATTATCAGTTCTGGATGAAGCGACACAAG
AAGCAGAAGAAGAAGAAGTTAAAGCTGATCGAGAGACAGGAGAAGAAACCGAAGCGGAGC
CAGTGGTGACGAAGAAACCGAGACCTTGCGAGCTATACGTTTGTAATATCCCAAGAAGCT
ATGACATTACTCAGCTTCTCGACATGTTTCAGTCTTTTGGAACTGTCATCTCCGTCGAGG
TATCTCGAAATCCAGAGACTGGAGAGAGCCGTGGAAGCGGTTATGTCACAATGAGTTCCA
TCAACTCTGCCAAAAACGCCATTGCTTCTCTTGATGGAAATGAAGTAGGTGGTCGGGAGA
TGCGGGTTAGGTACTCTGTTGACATGAATCCAGGAACCAGAAAAAACACATCAGCCTTGA
ACTCAACACCTAAGAAGATTCTCATGTACGAAAGCCCATACAAG*TTTATGTCGGAAACC
TCCCTTGGCTCACGCAGCCTGATGGTTTGAGAGAC*ACTTTAGCCAGTTTGGTACTGTCG
TGAGCAC*AGAGTGTTGCACGACCGCA*GACTGGGAAAAA**GAGTCTTTGCCTT**CTT
CCTT*GCGA*CCTTGACGGACGTGATGCTGCTCTT
CGCTCATGG

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR3DA75JQ 766 0 0
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GTCGAGGTATCTCGAAATCCAGAGACTGGAGAGAGCCGTGGAAGCGGTTATGTCACAATG
AGTTCCATCAACTCTGCCAAAAACGCCATTGCTTCTCTTGATGGAAATGAAGTAGGTGGT
CGGGAGATGCGGGTTAGGTACTCTGTTGACATGAATCCAGGAACCAGAAAAAACACATCA
GCCTTGAACTCAACACCTAAGAAGATTCTCATGTACGAAAGCCCATACAAGGTTTATGTC
GGAAACCTCCCTTGGCTCACGCAGCCTGATGGTTTGAGAGACCACTTTAGCCAGTTTGGT
ACTGTCGTGAGCACCAGAGTGTTGCACGACCGCAAGACTGGGAAAAACAGAGTCTTTGCC
TTTCTTTCCTTTGCGAACCTTGACGGACGTGATGCTGCTCTTTCGCTCAATGGAACAGAA
TATGAAGGTCGCAGAATCATAGTCAGACAAGGTATCGAGAGGACCGAGTCTTAAAAACCA
CCAGTTCCCCTTTTGCTGCAAAAAAACATTTTTTTCGACAAAGTAACCTTTTTTATTTAC
ACCATTCGCTCTGTTTTTTTTT**CTATTCTTGAAGTTCCTCTTCGATTGTAACTTCTCC
GACTCATCTACTTTTTACAAATGAAGTGTAATCGTCAGTCAATC
AG

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3C330JQ 584 0 0
AAAACGCCATTGCTTCTCTTGATGGAAATGAAGTAGGTGGTCGGGAGATGCGGGTTAGGT
ACTCTGTTGACATGAATCCAGGAACCAGAAAAAACACATCAGCCTTGAACTCAACACCTA
AGAAGATTTTCATGTACGAAAGCCCATACAAGGTTTATGTCGGAAACCTCCCTTGGCTCA
CGCAGCCTGATGGTTTGAGAGACCACTTTAGCCAGTTTGGTACTGTCGTGAGCACCAGAG
TGTTGCACGACCGCAAGACTGGGAAAAACAGAGTCTTTGCCTTTCTTTCCTTTGCGAACC
TTGACGAACGTGATGCTGCTCTTTCGCTCAATGGAACAGAATATGAAGGTCGCAGAATCA
TAGTCAGACAAGGTATCGAGAGGACCGAGTCTTAAAAACCACCAGTTCCCCTTTTGCTGC
AAAAAA*CATTTTTTTCGACAAAGTAACCTTTTTTATTTACACCATTCGCTCTGTTTTTT
TTTTTCTATTCTTGAAGTTCCTCTTCGATTGTAACTTCTCCGACTCATCTACTTTTTACA
AATGAAGTGTAATCGTCAGTCAATCTCCTTAAGTCTCTAAGTGC

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 5

CO CL2082Contig1 1181 5 19 U
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AGTTGTTCTTGACCATTTACATGCTACTGCGTTCCAATACACACCTCTTGGAAGAACTAT
TCTGGGATCTGCTCAGAATGTCAAGTCTATCACCAGAGATGATCTACAGAATTACATTAA
GACTCACTACACAGCTTCCAGGATGGTGATTGCTGCGGCAGGAGCTGTCAAGCATGATGA
AGTTGTTGAGCAAGTGAAGAAGCTATTTAACAAGTTGTCATCTGATCCAACTTCTACTAC
TCAACTGGTTGCCAAAGAACCTGCTAGTTTTACTGGTTCTGAGGTTCGAATGATTGATGA
CGACCTGCCCCTTGCACAATTTGCTGTTGCCTTTGAAGGAGCATCTTGGACAGATCCAGA
TTCTGTTGCTCTTATGGTTATGCAAACCATGTTGGGTTCATGGAACAAAAATATTGGTGG
CCGCAGACACATGGGTTCTGCCCTGGTCCAGAGGGTTGCCATTAACGAAATAGCAGAAAG
TATAATGGCATTCAACACCAACTACAAGGATACTGGATTGTTTGGCGTGTACGCAGTTGC
TAAGGCCGATTGCTTAGATGATTTATCATATGCCATTATGCATGAGGTAACCAAGTTGGC
CTTCCGAGTTTCTGACGATGACGTGACACGTGCACGGAATCAGCTCAAATCGTCGCTTTT
GCTTCACATGGATGGAACTAGCCCAATTGCTGAAGATATTGGTCGTCAGCTGCTGACATA
TGGGAGAAGAATCCCAACCGCTGAACTATTTGCTAGGATCGATACTGTTGATGCCAGCAC
CGTTAAACGTGTTGCCAACAAGTATCTCTATGACAAGGACATTGCAATCTCAGCCATTGG
TCCGATCCAAGATTTGCCAGACTATAACAAGTTCAGACGCAGAACCTACTTTAACCGTTA
CTAAGCCTCTGAAATAACGGTCATAGAACCCCCGCATGTTCGCCCACGGGAGAGAGAGAG
AGCAGAACCTTGGTGGCGATGGATTCATTTTTTGAGTTTTGTTTTACTGGTATAATAAAT
GTACCGCATACTTTTTATCCTTCTATTTGGAATAAAATAAATGTACCGCATATTTGGAAT
GATTGTATCCTTTCTTCAGCATTTATTCATATAATTATGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 
35 35 35 35 35 35 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR3EQ03TF U 1
AF RR3EQ03JQ C 434
AF RR3BT17JQ C 604
AF RR3BT17TF U 604
AF RR3AO69TF U 545
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BS 1098 1098 RR3AO69TF
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BS 1140 1179 RR3BT17TF
BS 1180 1181 RR3AO69TF

RD RR3EQ03TF 789 0 0
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AGTTGTTCTTGACCATTTACATGCTACTGCGTTCCAATACACACCTCTTGGAAGAACTAT
TCTGGGATCTGCTCAGAATGTCAAGTCTATCACCAGAGATGATCTACAGAATTACATTAA
GACTCACTACACAGCTTCCAGGATGGTGATTGCTGCGGCAGGAGCTGTCAAGCATGATGA
AGTTGTTGAGCAAGTGAAGAAGCTATTTAACAAGTTGTCATCTGATCCAACTTCTACTAC
TCAACTGGTTGCCAAAGAACCTGCTAGTTTTACTGGTTCTGAGGTTCGAATGATTGATGA
CGACCTGCCCCTTGCACAATTTGCTGTTGCCTTTGAAGGAGCATCTTGGACAGATCCAGA
TTCTGTTGCTCTTATGGTTATGCAAACCATGTTGGGTTCATGGAACAAAAATATTGGTGG
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TATAATGGCATTCAACACCAACTACAAG*ATACTGGATTGTTTGGCGTGTACGCAGTTGC
TAAAGCCGATTGCTTAGATGATTTATCATATGCCATTATGCATGAG*TAACCAAGTTGGC
CTTCCGAGTTTCTGACGATGACGTGACACGTGCACGGAATCAGCTCAAATCGTCGCTTT*
GCTTCACATGGATGGAACTAGCCCAATTGCTGAAGATAT*GGTCGTCAGCTGCTGAC*TA
TGGGAGA
GA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3EQ03JQ 747 0 0
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GGTTCTGCCCTGGTCCAGAGGGTTGCCATTAACGAAATAGCAGAAAGTATAATGGCATTC
AACACCAACTACAAGGATACTGGATTGTTTGGCGTGTACGCAGTTGCTAAGGCCGATTGC
TTAGATGATTTATCATATGCCATTATGCATGAGGTAACCAAGTTGGCCTTCCGAGTTTCT
GACGATGACGTGACACGTGCACGGAATCAGCTCAAATCGTCGCTTTTGCTTCACATGGAT
GGAACTAGCCCAATTGCTGAAGATATTGGTCGTCAGCTGCTGACATATGGGAGAAGAATC
CCAACCGCTGAACTATTTGCTAGGATCGATGCTGTTGATGCCAGCACCGTTAAACGTGTT
GCCAACAAGTATCTCTATGACAAGGACATTGCAATCT*AGCCATTGGTCCGATCCAAGAT
TTGCCAGACTATAACAAGTTCAGACGCAGAACCTACTTTAACCGTTACTAAGCCTCTGAA
ATAACGGTCATAGAACCCCCGCATGTTCGCCCACGGGAGAGAGAGAG**CAGAACCTTGG
TGGCGATGGATTCATTTTTTGAGTTTTGTTTTACTGGTATAATAAATGTACCGCATACTT
TTTATCCTTCTATTTGGAATAAAATAAATGTACCGCATATTTGGAATGATTGTATCCTTT
CTTCAGCATTTATTCATATAATTATG
C

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3BT17JQ 576 0 0
GGCCGATTGCTTAGATGATTTATCATATGCCATTATGCATGAGGTAACCAAGTTGGCCTT
CCGAGTTTCTGACGATGACGTGACACGTGCACGGAATCAGCTCAAATCGTCGCTTTTGCT
TCACATGGATGGAACTAGCCCAATTGCTGAAGATATTGGTCGTCAGCTGCTGACATATGG
GAGAAGAATCCCAACCGCTGAACTATTTGCTAGGATCGATACTGTTGATGCCAGCACCGT
TAAACGTGTTGCCAACAAGTATCTCTATGACAAGGACATTGCAATCTCAGCCATTGGTCC
GATCCAAGATTTGCCAGACTATAACAAGTTCAGACGCAGAACCTACTTTAACCGTTACTA
AGCCTCTGAAATAACGGTCATAGAACCCCCGCATGTTCGCCCACGGGAGAGAGAGAGAGC
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CCGCATACTTTTTA*CCTTCTATTTGGAATAAAATAAATGTACCGCATATTTGGAGTGAT
TGTATCCTTTCTTCAGCATTTATTCATATAATTATG

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3BT17TF 576 0 0
GGCCGATTGCTTAGATGATTTATCATATGCCATTATGCATGAGGTAACCAAGTTGGCCTT
CCGAGTTTCTGACGATGACGTGACACGTGCACGGAATCAGCTCAAATCGTCGCTTTTGCT
TCACATGGATGGAACTAGCCCAATTGCTGAAGATATTGGTCGTCAGCTGCTGACATATGG
GAGAAGAATCCCAACCGCTGAACTATTTGCTAGGATCGATACTGTTGATGCCAGCACCGT
TAAACGTGTTGCCAACAAGTATCTCTATGACAAGGACATTGCAATCTCAGCCATTGGTCC
GATCCAAGATTTGCCAGACTATAACAAGTTCAGACGCAGAACCTACTTTAACCGTTACTA
AGCCTCTGAAATAACGGTCATAGAACCCCCGCATGTTCGCCCACGGGAGAGAGAGAGAGC
AGAACCTTGGTGGCGATGGATTCATTTTTTGAGTTTTGTTTTACTGGTATAATAAATGTA
CCGCATACTTTTTA*CCTTCTATTTGGAATAAAATAAATGTACCGCATATTTGGAGTGAT
TGTATCCTTTCTTCAGCATTTATTCATATAATTATG

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3AO69TF 637 0 0
G
TGGCATTCAACACCAACTACAAGGATACTGGATTGTTTGGCGTGTACGCAGTTGCTAAGG
CCGATTGCTTAGATGATTTATCATATGCCATTATGCATGAGGTAACCAAGTTGGCCTTCC
GAGTTTCTGACGATGACGTGACACGTGCACGGAATCAGCTCAAATCGTCGCTTTTGCTTC
A**TGGATGGAACTAGCCCAATTGTTGAAGATATTGGTCGTCAGCTGCTGACATATGGGA
GAAGAATCCCAACCGCTGAACTATTTGCTAGGATCGATGCTGTTGATGCCAGCACCGTTA
AACGTGTTGCCAACAAGTATCTCTATGACAAGGACATTGCAATCTCAGCCATTGGTCCGA
TCCAAGATTTGCCAGACTATAACAAGTTCAGACGCAGAACCTACTTTAACCGTTACTAAG
CCTCTGAAATAACGGTCATAGAACCCCCGCATGTTCGCCCACGGGAGAGAGAGAG**CAG
AACCTTGGTGGCGATGGATTCATTTTTTGAGTTTTGTTTTACTGGTATAATAAATGTACC
GCATACTTTTTATCCTTCTATTTGGAATAAAATAAATGTACCGCATATTTGGAATGATTG
TATCCTTTCTTCAGCATTTATTCATATAATTATGGA

QA 2 637 2 637
DS 



AS 1 5

CO CL2083Contig1 776 5 16 U
GGACACAAACTCAACTATCTCACCCATTCTCTCTATCTCTCTCACAAGAAACAACAATGG
CAAAACTATATCAAACTCTCTTTCTAATCATCTCAATCTCCTACTTCTTCTCGCTGGAGC
TCACCGCAGCCTCACCGGCCGGAGCTTCCCAAAAAGCCGTAAACTTCATCCAATCCTCTT
GCAAAACGACCACATACCCAACCGTGTGCTTCCGTTCCTTATCCGCCTACGCAAACGCCA
TCCAAACAAGCCCTCAACGCTTAGCCGAGACCGCTCTAGCCGTTACCCTAAACCGAGTCC
AATCCACGAAGCTCTTTGTCGCGCGTCTGACGCGTTTCAAGACCCTTAAGAAGCGTGAGG
TTGAAGCCATCAAGGACTGCGTCGAGGAGATCAATGATACCATCGAACGTTTGACCAAGT
CGGTCCAAGAGATGAAGCTATGTGCTAGTGCCAAGAATCAAGAACAGTTTGCGTTCCACA
TGAGTAATGCTCAGACTTGGACTAGTGCTGCTTTGACTGATGAGAACACTTGCTCCGATG
GGTTCTCGGGTCGATTTATGGATGGACGGATCAAAAACTCGGTTCGGGCTAGAATCGTTA
ACATGGGCCAGGAAACCAGCAACGCATTGTCCTTGATTAATGCATATGGTAAAAAGTACT
AATTTTCAAATTAGTACTTAAGAAATGTTCTATTTCATGTACCATCTCAAATATATATAA
ATAGTAATGTATGGCTAAGAGTTTAATGTGATATATATTATATATGTCGATTTTGC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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GG
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DS 



AS 1 5

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BQ
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AF RR3DY15TF U 20
AF RR3FD36TF U 1
AF RR3AE38TF U 72
AF RR3FD36JQ C 151
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BS 162 162 RR3DY15TF
BS 163 632 RR3FD36TF
BS 633 633 RR3DY15TF
BS 634 668 RR3FD36TF
BS 669 931 RR3AE38TF
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BS 933 944 RR3AE38TF
BS 945 995 RR3AE38JQ

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AGACTGCACTTGTAACCGGTGGAACCAAAGGCATTGGACATGCTGTGGTAGAGGAACTTG
CAGGATTTGGAGCCATAATACATACTTGCGCCAGAGACGAATCTCAGCTTAACGAGTGTA
TAAGCCAATGGCAAAAGAAAGGGTTTCAAGTCACAGGTTCAGTCTGTGACGTCACTTCTA
GAACAGACAGAGAGAAGCTTATGGAGACGGTTTCATCGATGTTTGGCGGGAAGCTAGATA
TCCTTGTAAACAATGCGGGAGCCATTCGGTCAAAGCCAACAGTGGATCATACAGCAGAAG
ACTTTTCATTTCATATCCCGACCAACTTAGAATCTGCTTTCCATCTAAGCCAGCTTTCAC
ACCCCTTGCTTAAGGCTTCAGGATACGGTAGCATCGTGTTCATGTCCTCTGTTGCTGGAG
TTGTATCGCTTAGCGTCGGTTCCATCTACTCTGCAACAAAAGGGGCTATGAATCAGCTAG
CAAGGAATTTGGCATGCGAATGGGCTAGTGATGGCATTAGGGCTAATGCTGTGGCTCCTG
CTGTCATCGCAACTGATCTGGCTAAAGCTGTGTATGATGA
GAGT

QA 1 640 1 640
DS 

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AGATGGAGCCTTCAAGTCAAGACTGCACTTGTAACCGGTGGAACCAAAGGCATTGGACAT
GCTGTGGTAGAGGAACTTGCAGGATTTGGAGCCATAATACACACTTGCGCCAGAGACGAA
TCTCAGCTTAACGAGTGTATAAGCCAATGGCAAAAGAAAGGGTTTCAAGTCACAGGTTCA
GTCTGTGACGTCACTTCTAGAACAGACAGAGAGAAGCTTATGGAGACGGTTTCATCGATG
TTTGGCGGGAAGCTAGATATCCTTGTAAACAATGCGGGAGCCATTCGGTCAAAGCCAACA
GTGGATCATACAGCAGAAGACTTTTCATTTCATATCTCGACCAACTTAGAATCTGCTTTC
CATCTAAGCCAGCTTTCACACCCCTTGCTTAAGGCTTCAGGATACGGTAGCATCGTGTTC
ATGTCCTCTGTTGCTGGAGTTGTATCGCTTAGCGTCGGTTCCATCTACTCTGCAACAAAA
GGGGCTATGAATCAGCTAGCAAGGAATTTGGCATGCGAATGGGCTAGTGATGGCATTAGG
GCTAATGCTGTGGCTCCTGCTGTCATCGCAACCGATCTGGCTAAAGCTGTGTATGATGAA
GAGTTTAA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3AE38TF 873 0 0
GCC
AGTCAAGACTGCACTTGTAACCGGTGGAACCAAAGGCATTGGACATGCTGTGGTAGAGGA
ACTTGCAGGATTTGGAGCCATAATACATACTTGCGCCAGAGACGAATCTCAGCTTAACGA
GTGTATAAGCCAATGGCAAAAGAAAGGGTTTCAAGTCACAGGTTCAGTCTGTGACGTCAC
TTCTAGAACAGACAGAGAGAAGCTTATGGAGACGGTTTCATCGATGTTTGGCGGGAAGCT
AGATATCCTTGTAAACAATGCGGGAGCCATTCGGTCAAAGCCAACAGTGGATCATACAGC
AGAAGACTTTTCATTTCATATCTCGACCAACTTAGAATCTGCTTTCCATCTAAGCCAGCT
TTCACACCCCTTGCTTAAGGCTTCAGGATACGGTAGCATCGTGTTCATGTCCTCTGTTGC
TGGAGTTGTATCGCTTAGCGTCGGTTCCATCTACTCTGCAACAAAAGGGGCTATGAATCA
GCTAGCAAGGAATTTGGCATGCGAATGGGCTAGTGATGGCATTAGGGCTAATGCTGTGGC
TCCTGCTGTCATCGCAACTGATCTGGCTAAAGCTGTGTATGATGAAGAGTTTAAGAAGGC
TGTGATATCTAGAAAGCCGTTGGGGCGTTTTGGGGAGCCTGAAAGGGTTGCCTCACTTGT
GGCTTTTCTATGTATGCCTGCAGCTTCTTACATAACTGGTCAGACCATTTGTGTCGATGG
AGGTCTCTCTGTCAATGGCTTCTCGTATCAGCCACATGGTTAAAATCCAATGCTCCAAAT
AAATTAAAAACTTCAAATTTTTACAAATAAGTTTCAGTGTCTAGAAACAGAATTTGTATG
TTCACTATGTTTCTCGT*ATCATATTGGGC

QA 4 873 4 873
DS 

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GCCATAATACACACTTGCGCCAGAGACGAATCTCAGCTTAACGAGTGTATAAGCCAATGG
CAAAAGAAAGGGTTTCAAGTCACAGGTTCAGTCTGTGACGTCACTTCTAGAACAGACAGA
GAGAAGCTTATGGAGACGGTTTCATCGATGTTTGGCGGGAAGCTAGATATCCTTGTAAAC
AATGCGGGAGCCATTCGGTCAAAGCCAACAGTGGATCATACAGCAGAAGACTTTTCATTT
CATATCTCGACCAACTTAGAATCTGCTTTCCATCTAAGCCAGCTTTCACACCCCTTGCTT
AAGGCTTCAGGATACGGTAGCATCGTGTTCATGTCCTCTGTTGCTGGAGTTGTATCGCTT
AGCGTCGGTTCCATCTACTCTGCAACAAAAGGGGCTATGAATCAGCTAGCAAGGAATTTG
GCATGCGAATGGGCTAGTGATGGCATTAGGGCTAATGCTGTGGCTCCTGCTGTCATCGCA
ACCGATCTGGCTAAAGCTGTGTATGATGAAGAGTTTAAGAAGGCTGTGATGTCTAGAAAG
CCGTTGGGGCGTTTTGGGGAGCCTGAAGAGGTTGCCTCACTTGTGGCTTTTCTATGTATG
CCTGCAGCTTCTTACATAACTGGTCAGACCATTTGTGTCGATGGAGGTCTCTCTGTCAAT
GGCTTCTCGTATCAGCCACATGGTTAAAATCCAATGCTCCAAATAAATTAAAAACTTCAG
ATTTTTACAAATAAGTTTCAGTGTCTAGAAACAGAATTTGTATGTTCACTATGTTTCTCG
TTATCATATTGGGCTAATTCACC

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3AE38JQ 887 0 0
GGCATTGGACATGCTGTGGTAGAGGAACTTGCAGGATTTGGAGCCATAATACATACTTGC
GCCAGAGACGAATCTCAGCTTAACGAGTGTATAAGCCAATGGCAAAAGAAAGGGTTTCAA
GTCACAGGTTCAGTCTGTGACGTCACTTCTAGAACAGACAGAGAGAAGCTTATGGAGACG
GTTTCATCGATGTTTGGCGGGAAGCTAGATATCCTTGTAAACAATGCGGGAGCCATTCGG
TCAAAGCCAACAGTGGATCATACAGCAGAAGACTTTTCATTTCATATCTCGACCAACTTA
GAATCTGCTTTCCATTTAAGCCAGCTTTCACACCCCTTGCTTAAGGCTTCAGGATACGGT
AGCATCGTGTTCATGTCCTCTGTTGCTGGAGTTGTATCGCTTAGCGTCGGTTCCATCTAC
TCTGCAACAAAAGGGGCTATGAATCAGCTAGCAAGGAATTTGGCATGCGAATGGGCTAGT
GATGGCATTAGGGCTAATGCTGTGGCTCCTGCTGTCATCGCAACTGATCTGGCTAAAGCT
GTGTATGATGAAGAGTTTAAGAAGGCTGTGATATCTAGAAAGCCGTTGGGGCGTTTTGGG
GAGCCTGAA*GGGTTGCCTCACTTGTGGCTTTTCTATGTATGCCTGCAGCTTCTTACATA
ACTGGTCAGACCATTTGTGTCGATGGAGGTCTCTCTGTCAATGGCTTCTCGTATCAGCCA
CATGGTTAAAATCCAATGCTCCAAATAAATTAAAAACTTCAAATTTTTACAAATAAGTTT
CAGTGTCTAGAAACAGAATTTGTATGTTCACTATGTTTCTCGTTATCATATTGGGCTAAT
TCACCAATATATAAGACAGAACGAATCTCTCCTCTGATCAGTACATA

QA 1 887 1 887
DS 



AS 1 4

CO CL2085Contig1 937 4 9 U
GGAACATATCAAATTGCATCTCTCCGTCTCTCTCTTGTGTTCTTTGTTTATTGTTTCTTG
TTCTTACTTGTCGAGTAAAATGGTTAGCGCGACCATTGCGAGAAATATTGCCGGCATTTT
TGGCAATGTCATCTCACTGTTCTTGTTCCTATCTCCCATACCAACATTCATAACCATATA
CAAGATGAAGAAGGTGGAGGAATATAAAGCTGACCCATACTTAGCCACAGTACTAAACTG
CGCACTATGGATTTTTTATGGCTTACCAATAGTCCATCCAGATAGTCTCCTTGTGATCAC
AATTAATGCCACTGGTCTTGCCATTGAACTCTTTTACCTTTGTATCTTTTTCTACTTTTC
TCCCACCCCACGTAAGGTGAAAGTGGGGCTATGGCTGATAGGAGAGATAGTATTTGTAGG
AATAGTAGCCACATGCACATTGCTATTGTTCCACACGCATAACAAGAGATCTTCTTTTGT
TGGAATCATTTGTGTCATTTTTGTTAGCCTCATGTATATTGCTCCTCTCACCATCATGAG
TAAGGTGATCAAGACCAAAAGTGTGAGGTACATGCCATTCTCTCTCTCACTTGCCAACTT
TCTAAACGGTGTCATTTGGGTTATTTATGCCCTTATTAAATTCGACCTTTTCATTTTGAT
TGGAAATGGACTAGGGACAGTATCAGGAGCAGTACAACTTATACTTTATGCTTGTTATTA
CAAGACAACACCAAAAGATGATGAAGAAGAGGATAATCATTCTAAGGCTAACTCTCAGTT
ACAACTCAGTAGCAACCTGCAGGGACAAGTGAAAGGAGTTCCAGCTTGATTATATCTAGG
AGTAGTCGAATATTCAATAAGTTTTCTACTTTCTTCTTATGATTTTGAAATTTTGGATGA
TTCAACTTAAGTATTAAAGCAACGATATTATATCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI73TF U 1
AF RR3C258TF U 8
AF RR3CI73JQ C 87
AF RR3FU13JQ C 117
BS 1 649 RR3CI73TF
BS 650 686 RR3C258TF
BS 687 687 RR3CI73JQ
BS 688 748 RR3C258TF
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RD RR3CI73TF 649 0 0
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TTCTTACTTGTCGAGTAAAATGGTTAGCGCGACCATTGCGAGAAATATTGCCGGCATTTT
TGGCAATGTCATCTCACTGTTCTTGTTCCTATCTCCCATACCAACATTCATAACCATATA
CAAGATGAAGAAGGTGGAGGAATATAAAGCTGACCCATACTTAGCCACAGTACTAAACTG
CGCACTATGGATTTTTTATGGCTTACCAATAGTCCATCCAGATAGTCTCCTTGTGATCAC
AATTAATGCCACTGGTCTTGCCATTGAACTCTTTTACCTTTGTATCTTTTTCTACTTTTC
TCCCACCCCACGTAAGGTGAAAGTGGGGCTATGGCTGATAGGAGAGATAGTATTTGTAGG
AATAGTAGCCACATGCACATTGCTATTGTTCCACACGCATAACAAGAGATCTTCTTTTGT
TGGAATCATTTGTGTCATTTTTGTTAGCCTCATGTATATTGCTCCTCTCACCATCATGAG
TAAGGTGATCAAGACCAAAAGTGTGAGGTACATGCCATTCTCTCTCTCACTTGCCAACTT
TCTAAACGGTGTCATTTGGGTTATTTATGCCCTTATTAAATTCGACCTT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3C258TF 741 0 0
ATCAAATTGCATCTCTCCGTCTCTCTCTTGTGTTCTTTGTTTATTGTTTCTTGTTCTTAC
TTGTCGAGTAAAATGGTTAGCGCGACCATTGCGAGAAATATTGCCGGCATTTTTGGCAAT
GTCATCTCACTGTTCTTGTTCCTATCTCCCATACCAACATTCATAACCATATACAAGATG
AAGAAGGTGGAGGAATATAAAGCTGACCCATACTTAGCCACAGTACTAAACTGCGCACTA
TGGATTTTTTATGGCTTACCAATAGTCCATCCAGATAGTCTCCTTGTGATCACAATTAAT
GCCACTGGTCTTGCCATTGAACTCTTTTACCTTTGTATCTTTTTCTACTTTTCTCCCACC
CCACGTAAGGTGAAAGTGGGGCTATGGCTGATAGGAGAGATAGTATTTGTAGGAATAGTA
GCCACATGCACATTGCTATTGTTCCACACGCATAACAAGAGATCTTCTTTTGTTGGAATC
ATTTGTGTCATTTTTGTTAGCCTCATGTATATTGCTCCTCTCACCATCATGAGTAAGGTG
ATCAAGACCAAAAGTGTGAGGTACATGCCATTCTCTCTCTCACTTGCCAACTTTCTAAAC
GGTGTCATTTGGGTTATTTATGCCCTTATTAAATTCGACCTTTTCATTTTGATTGGAAAT
GGACTAGGGACAGTATCAG*AGCAGTACAACTTATACTTTATGCTTGTTATTACAAGACA
ACACCAAAAGATGATGAAGAA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3CI73JQ 851 0 0
GCGCGACCATTGCGAGAAATAT*GCCGGCATTTT*GGCAATGTCATCTCACTGTTCTTGT
TCCTATCTCCCATACCAACATTCATAACCATATACAAGATGAAGAAGGTGGAGGAATATA
AAGCTGACCCATACTTAGCCACAGTACTAAACTGCGCACTATGGATTTTTTATGGCTTAC
CAATAGTCCATCCAGATAGTCTCCTTGTGATCACAATTAATGCCACTGGTCTTGCCATTG
AACTCTTTTACCTTTGTATCTTTTTCTACTTTTCTCCCACCCCACGTAAGGTGAAAGTGG
GGCTATGGCTGATAGGAGAGATAGTATTTGTAGGAATAGTAGCCACATGCACATTGCTAT
TGTTCCACACGCATAACAAGAGATCTTCTTTTGTTGGAATCATTTGTGTCATTTTTGTTA
GCCTCATGTATATTGCTCCTCTCACCATCATGAGTAAGGTGATCAAGACCAAAAGTGTGA
GGTACATGCCATTCTCTCTCTCACTTGCCAACTTTCTAAACGGTGTCATTTGGGTTATTT
ATGCCCTTATTAAATTCGACCTTTTCATTTTGATTGGAAATGGACTAGGGACAGTATCAG
GAGCAGTACAACTTATACTTTATGCTTGTTATTACAAGACAACACCAAAAGATGATGAAG
AAGAGGATAATCATTTTAAGGCTAACTCTCAGTTACAACTCAGTAGCAACCTGCAGGGAC
AAGTGAGAGGAGTTCCAGCTTGATTATATCTAGGAGTAGTCGAATATTCAATAAGTTTTC
TACTTTCTTCTTATGATTTTGAAATTTTGGATGATTCAACTTAAGTATTAAAGCAACGAT
ATTATATCTCG

QA 1 851 1 851
DS 

RD RR3FU13JQ 813 0 0
A
TTTTGGCAATGTCATCTCACTGTTCTTGTTCCTATCTCCCATACCAACATTCATAACCAT
ATACAAGATGAAGAAGGTGGAGGAATATAAAGCTGACCCATACTTAGCCACAGTACTAAA
CTGCGCACTATGGATTTTTTATGGCTTACCAATAGTCCATCCAGATAGTCTCCTTGTGAT
CACAATTAATGCCACTGGTCTTGCCATTGAACTCTTTTACCTTTGTATCTTTTTCTACTT
TTCTCCCACCCCACGTAAGGTGAAAGTGGGGCTATGGCTGATAGGAGAGATAGTATTTGT
AGGAATAGTAGCCACATGCACATTGCTATTGTTCCACACGCATAACAAGAGATCTTCTTT
TGTTGGAATCATTTGTGTCATTTTTGTTAGCCTCATGTATATTGCTCCTCTCACCATCAT
GAGTAAGGTGATCAAGACCAAAAGTGTGAGGTACATGCCATTCTCTCTCTCACTCGCCAA
TTTTCTAAACGGTGTCATTTGGGTTATTTATGCCCTTATTAAATTCGACCTTTTCATTTT
GATTGGAAATGGACTAGGGACAGTATCAGGAGCAGTACAACTTATACTTTATGCTTGTTA
TTACAAGACAACACCAAAAGATGATGAAGAAGAGGATAATCATTCTAAGGCTAACTCTCA
GTTACAACTCAGTAGCAACCTGCAGGGACAAGTGAAAGGAGTTCCAGCTTGATTATATCT
AGGAGTAGTCGAATATTCAATAAGTTTTCTACTTTCTTCTTATGATTTTGAAATTTTGGA
TGATTCAACTTAAGTATTAAAGCAACGATATT

QA 2 813 2 813
DS 



AS 1 5

CO CL2086Contig1 1265 5 9 U
GGAAGCAAGCAAAGCCAACAAGAGAGGATTGTTTCTGGGATTGAAGAAGACAGACATAGA
GAGAGAGAGAAGCGATGGGCAGCACAAGCACGGCTTCTGCTGCTCTATTTCACCATTTCC
AGCTCAACAGTATCAACCTGGATTCCCCTAGAAAGCCTCCGTACACCGTGAGTTTCAGCA
ATTCGTGGAAGCAAAGTGGACTCCGACACGGTGTGACTCGACGCCGTAGCCAAAGGTTAC
ACCCGGTGGTCCGCTTGTCAGCTTTCGGTGAAAACTCCGGAGACTCACCAACGGAAACCA
CTCCAGGCGTTGGCTCTGCTGTAGAAGACAGACCAGCTGTGGAAGATGCGTCCTTTGAGC
AAGAAGACAAAACAAGTTCCATCTATGGATTTCTTTATCCAGATAAAGAGGAGCTCCCTG
ATGATAAAGAGATGACTATATTCGATCATCTTGAGGAGCTCCGTGAGAGAATATTCGTCT
CGGTTTTAGCTGTGGGAGCTGCAATCTTGGGATGCTTCGCCTACTCCAAAGATCTAATCG
TGTTTCTCGAAGCTCCCGTCAAAACACAAGGTGTACGGTTTCTGCAGCTAGCTCCAGGCG
AGTTTTTCTTCACAACTTTAAAGGTCTCGGGTTATTGTGGGCTTCTACTAGGGAGTCCAG
TGATACTGTATGAGATTATAGCTTTTGTACTTCCTGGTTTGACACGAGCTGAGAGAAGGT
TTCTGGGGCCAATTGTGTTTGGTTCCTCCTTGTTGTTCTATGCTGGACTTGCCTTCTCCT
ACTGGGTTTTAACCCCTGCTGCCATGAATTTCTTTGTCAACTACGCTGAAGGGGTGGTTG
AATCTCTCTGGTCTATCGACCAGTACTTTGAGTCTGTACTTGTGCTTATGTTCAGCACCG
GCCTGTCTTTCCAGGTTCCAGTAATTCAGTTACTCCTGGGACAAGTAGGGGTGGTGTCAG
GAGATCAAATGCTTTCAATATGGAGATATGTAGTTGTGGGTGCGGTGGTTGTAGCAGCTG
TGGTCACGCCTTCGACAGACCCTGTCACTCAGATGCTCCTAGCGACACCGCTTCTGGGGC
TCTACTTAGGTGGTGCTTGGATGGTCAAGCTCACAGGTCGGTGAAGAACTTGGCTGTTCA
AAGAAAGACAAAAAATCATGTGTATCTTGTAGAGTATATCACTTTTCCATGCAAGAAACC
ACAGTTTGGTATCTAAAGCGTTTATCTGAAACATAATCTTCTTTGAATGTACAAATTTAG
CAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
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10 10 10 10 10 

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C

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TAAAGCGTTTATCTGAAGCATAATCTTCTTTGAATGTACAAATTTAGCAACC

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DS 



AS 1 5

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ATTGATTTTCTCTCACTGTCCTATTGTCGACATGCGGAAGATGTTCGCCAGACCCGTGAA
ATGCTTAAAAAGCTGGGTGACCTCTCTCAAACCCAAATATTTGCCAAGATTGAGAATGTA
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TTTCATT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3CG01JQ C 621
AF RR3CG01TF U 621
AF RR3EN63JQ C 650
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ATGCTTAAAAAGCTGGGTGACCTCTCTCAAACCCAAATATTTGCCAAGATTGAGAATGTA
GAGGGACTAACCCACTTTGACGAGATTCTTCAAGAAGCTGATGGAATTAGTCTTTCTCGT
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TACAAGTGCAACATGGCTGGAAAGCCAGCCGTTCTTACCCGTGTTGTTGATAGTATGACT
GACAACTTGCGACCAACTCGTGCGGAGGCAACTGATGTTGCTAATGC

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CCGTGTTGTTGATAGTATGACTGACAACTTGCGACCAACTCGTGCGGAGGCAACTGATGT
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TTTCAATCAAGATTTGTACTTCAAGAAGACTGTCAAGTATGTTGGAGAACCGATGAGTCA
TCTGGAATCCATTGCTTCTTCAGCTGTACGGGCAGCCATCAAGGTTAAGGCATCCGTTAT
TATATGCTTCACGTCTTCTGGAAGAGCAGCAAGGTTAATTGCCAAATACAGGCCAACAAT
GCCGGTTATTTCTGTTGTCATTCCACGAGTTAAGACAAATCAGCTGAAATGGAGCTTCAG
TGGAGCATTTGAGGCAAGGCAGTCACTTATTGTCAGAGGACTCTTCCCCATGCTTGCTGA
CCCTCGTCACCCTGCGGAATCAACAAGTGCAACGAACGAGTCAGTCCTGAAAGTTGCACT
AGACCACGGGAAGCAAGCACGAGTGATCAAGTCGCATGACAGAGTAGTGGTGTGTCAGAA
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AA*ACAAACTCTGCTGCCTACTTTGTTTT*GCTT*GATCCAATGCCGGAGT*AAAGTATA
TACTA
TCTCGGA

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AAGGCATCCGTTATTATATGCTTCACGTCTTCTGGAAGAGCAGCAAGGTTAATTGCCTAA
TACAGGCCAACAATGCCGGTTATTTCTGTTGTCATTCCACGAGTTAAGACAAATCAGCTG
AAATGGAGCTTTAGTGGAGCCTTTGAGGCGAGGCAGTCACTTATTGTCAGAGGACTCTTC
CCCATGCTTGCTGACCCTCGTCACCCTGCGGAATCAACAAGTGCAACGAACGAGTCAGTC
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TAAATGGGAGGAAGAAGACAAACTCTGCTGCCTACTTTGTTTTTGCTTTGATCCAATGCC
GGAGTTAAAGTATATACTAATCTTCGGGACTTTTGGTTTTTGTACTTGGGAGATCTTATG
TCTCTAACTATTCCCTTTCTTTCTCTTCGCTATACATTTAGTTGGTTTCAAATTAATGCT
ACGGTAAAAAAAAAAGAAGTATACGATGTT

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AGGG
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GAGGCAGAGAAGGTTTTCAATCAAGATTTGTACTTCAAGAAGACTGTCAAGTATGTTGGA
GAACCGATGAGTCATCTGGAATCCATTGCTTCTTCAGCTGTACGGGCAGCCATCAAGGTT
AAGGCATCCGTTATTATATGCTTCACGTCTTCTGGAAGAGCAGCAAGGTTAATTGCCTAA
TACAGGCCAACAATGCCGGTTATTTCTGTTGTCATTCCACGAGTTAAGACAAATCAGCTG
AAATGGAGCTTTAGTGGAGCCTTTGAGGCGAGGCAGTCACTTATTGTCAGAGGACTCTTC
CCCATGCTTGCTGACCCTCGTCACCCTGCGGAATCAACAAGTGCAACGAACGAGTCAGTC
CTGAAGGTTGCACTAGACCACGGGAAGCAAGCAGGAGTGATCAAGTCGCACGACAGAGTC
GTGGTGTGTCAGAAAGTTGGTGATGCATCTGTGGTGAAGATCATCGAGCTAGAAGATTAA
TAAATGGGAGGAAGAAGACAAACTCTGCTGCCTACTTTGTTTTTGCTTTGATCCAATGCC
GGAGTTAAAGTATATACTAATCTTCGGGACTTTTGGTTTTTGTACTTGGGAGATCTTATG
TCTCTAACTATTCCCTTTCTTTCTCTTCGCTATACATTTAGTTGGTTTCAA*TTAATGCT
ACG
TAAAAAAAA

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DS 

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ATTTGTACTTCAAGAAGACTGTCAAGTATGTTGGAGAACCGATGAGTCATCTGGAATCCA
TTGCTTCTTCAGCTGTACGGGCAGCCATCAAGGTTAAGGCATCCGTTATTATATGCTTCA
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CTGTTGTCACTCCACGAGTTAAGACAAATCAGCTGAAATGGAGCTTCAGTGGAGCATTTG
AGGCGAGGCAGTCACTTATTGTCAGAGGACTCTTCCCCATGCTTGCTGACCCTCGTCACC
CTGCGGAATCAACAAGTGCAACGAACGAGTCATTCCTGAAGGTTGCACTAGACCACGGGA
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CATCTGTGGTGAAGATCATCGAGCTAGAAGATTAATAAATGGGAGGAAGAAAACAAACTC
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GGGACTTTTGGTTTTTGTACTTGGGAGATCTGATGTCTCTAACTATTCTCTTTCTTTCTC
TTCGCTATACATTTAGTTGGTTTCAGATTAATGCTACGGTAAGAAAAAA*GAAGTATACG
ATGTTACAAATTTTCATT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 5

CO CL2088Contig1 918 5 18 U
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CAAGGACATATAGAGAGAGGTTTCTTGATCTTGAAAAAATGGCTTACGAGAAAGTCAATG
AGCTTAACCTTAAGGACACAGAGCTTCGTCTTGGATTACCCGGAACGGAGCAAGATAAGG
AAAAACAAGAGGTTTCTTGCGTTAGAAGCATCAAACGTCAACTACAAAGCGATAACGAGG
AAGCATCTACACCTCCTACGAAAACTCAAATCGTTGGTTGGCCTCCGGTGAGATCTTACC
GTAAGAACAACAACAGTGTTAGCTATGTGAAAGTGAGTATGGATGGAGCTCCTTATCTTA
GGAAAATAGATCTCAAAACATACAAAAACTATGCTGAGCTTCTAAAGGCTTTGGAGAACA
TGTTCAAATTCACGATAGGTGAATACTGCGAAAGAGAAGGATACAAAGGATCTGGAGTTG
TACCAACGTACGAGGATAAAGATGGAGACTGGATGTTGGTTGGTGATGTTCCATGGGATA
TGTTCTCTTCCTCTTGTAAGAGACTCCGGATCATGAAAGGATCTGATGCTCTTGCTTTGG
ACTCGGCCTTATTATGATGATGATAAAGAAGAAGATATTTCGATGAAAGCTTTTGATGGA
TGAAACCCTTTTTGATTTGATTTGATTCTGATCGGAGTTTGAGTAGTTGACTACACCAAA
AACAGAACATGTCAGGGTTTTGTTCGAGGAGATAGATCCATCTTCAAGGGGTTATCTTTT
AGTTTTGTTTGATCCTTGTTTTTAGATTTGG*AGTTTGATGTAAAGATAGATGAAATTTT
ATGTACAACACGGACACATATACACAATATAGATGCGTATGTAGTAATGCTTTTGATGAA
AAGAGTCTTTAATTTCTC


BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G285TF U 5
AF RR3BL78TF U 83
AF RR3AW65TF U 1
AF RR3BL78JQ C 252
AF RR3AW65JQ C 47
BS 1 329 RR3AW65TF
BS 330 330 RR3G285TF
BS 331 579 RR3AW65TF
BS 580 580 RR3G285TF
BS 581 636 RR3AW65TF
BS 637 637 RR3G285TF
BS 638 802 RR3AW65TF
BS 803 803 RR3AW65JQ
BS 804 811 RR3AW65TF
BS 812 812 RR3AW65JQ
BS 813 847 RR3AW65TF
BS 848 848 RR3AW65JQ
BS 849 852 RR3AW65TF
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BS 854 866 RR3AW65TF
BS 867 867 RR3AW65JQ
BS 868 882 RR3AW65TF
BS 883 918 RR3AW65JQ

RD RR3G285TF 666 0 0
GGAAA
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ATAGAGAGAGGTTTCTTGATCTTGAAAAAATGGCTTACGAGAAAGTCAATGAGCTTAACC
TTAAGGACACAGAGCTTCGTCTTGGATTACCCGGAACGGAGCAAGATAAGGAAGAACAAG
AGGTTTCTTGCGTTAGAAGCGTCAAACGTCAACTACAAAGCGATAACGAGGAAGCATCTA
CACCTCCTACGAAAACTCAAATCGTTGGTTGGCCTCCGGTGAGATCTTACCGTAAGAACA
ACAGCAGTGTTAGCTATGTGAAAGTGAGTATGGATGGAGCTCCTTATCTTAGGAAAATAG
ATCTCAAAACATACAAAAACTATGCTGAGCTTCTAAAGGCTTTGGAGAACATGTTCAAAT
TCACGATAGGTGAATACTGCGAAAGAGAAGGATACAAAGGATCTGGAGTTGTACCAACGT
ACGAGGATAAAGATGGAGACTGGATGTTGGTTGGTGATGTTCCATGGGATATGTTCTCTT
CCTCTTGTAAGAGACTCCGGATCATGAAAGGATCTGATGCTCTTGCTTTGGACTCGGCCT
TATTATGATGATGATAAAGAAGAAGATATTTCGATGAAAGCTTTTGATGGATGAAACCCT
T

QA 6 666 6 666
DS 

RD RR3BL78TF 718 0 0
TCTTGATCTTGAAAAAATGGCTTACGAGAAAGTCAATGAGCTTAACCTTAAGGACACAGA
GCTTCGTCTTGGATTACCCGGAACGGAGCAAGATAAGGAAGAACAAGAGGTTTCTTGCGT
TAGAAGCATCAAACGTCAACTACAAAGCGATAACGAGGAAGCATCTACACCTCCTACGAA
AACTCAAATCGTTGGTTGGCCTCCGGTGAGATCTTACCGTAAGAACAACAACAGTGTTAG
CTATGTGAAAGTGAGTATGGATGGAGCTCCTTATCTTAGGAAAATAGATCTCAAAACATA
CAAAAACTATGCTGAGCTTCTAAAGGCTTTGGAGAACATGTTCAAATTCACGATAGGTGA
ATACTGCGAAAGAGAAGGATACAAAGGATCTGGAGTTGTACCAACGTACGAGGATAAAGA
TGGAGACTGGATGTTGGTTGGTGATGTTCCATGGGATATGTTCTCTTCCTCTTGTAAGAG
ACTCCGGATCATGAAAGGATCTGATGCTCTTGCTTTGGACTCGGCCTTATTATGATGATG
ATAAAGAAGAAGATATTTCGATGAAAGCTTTTGATGGATGAAACCCTTTTTGATTTGATT
TGATTCTGATCGGAGTTTGAGTAGTTGACTACACCAAAA*CAGAACATGTCAG**TTTTG
TTCGAGGAGATAGATCCATCTTCAAGGG*TTATCTTT*AGTTT*GTTTGATCCTTGTT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3AW65TF 882 0 0
GGAACCAAGCGCACCAACAAGAACAAGAAGAAGAACAAGGATTCTGCTTTGGAAATCACA
CAAGGACATATAGAGAGAGGTTTCTTGATCTTGAAAAAATGGCTTACGAGAAAGTCAATG
AGCTTAACCTTAAGGACACAGAGCTTCGTCTTGGATTACCCGGAACGGAGCAAGATAAGG
AAAAACAAGAGGTTTCTTGCGTTAGAAGCATCAAACGTCAACTACAAAGCGATAACGAGG
AAGCATCTACACCTCCTACGAAAACTCAAATCGTTGGTTGGCCTCCGGTGAGATCTTACC
GTAAGAACAACAACAGTGTTAGCTATGTGGAAGTGAGTATGGATGGAGCTCCTTATCTTA
GGAAAATAGATCTCAAAACATACAAAAACTATGCTGAGCTTCTAAAGGCTTTGGAGAACA
TGTTCAAATTCACGATAGGTGAATACTGCGAAAGAGAAGGATACAAAGGATCTGGAGTTG
TACCAACGTACGAGGATAAAGATGGAGACTGGATGTTGGTTGGTGATGTTCCATGGGATA
TGTTCTCTTCCTCTTGTAAGAGACTCCGGATCATGAAAGAATCTGATGCTCTTGCTTTGG
ACTCGGCCTTATTATGATGATGATAAAGAAGAAGATGTTTCGATGAAAGCTTTTGATGGA
TGAAACCCTTTTTGATTTGATTTGATTCTGATCGGAGTTTGAGTAGTTGACTACACCAAA
AACAGAACATGTCAGGGTTTTGTTCGAGGAGATAGATCCATCTTCAAGGGGTTATCTTTT
AGTTTTGTTTGATCCTTGTTTT*AGATTTGGGAGTTTGATGTAAAGATAGATGAAATTTT
ATGTACA*CACG*ACACATATACACA*TATAGATGCGTATGT

QA 1 882 1 882
DS 

RD RR3BL78JQ 614 0 0
CCTCCTACGAAAACTCAAATCGTTGGTTGGCCTCCGGTGAGATCTTACCGTAAGAACAAC
ACCAGTGTTAGCTATGTGAAAGTGAGTATGGATGGAGCTCCTTATCTTAGGAAAATAGAT
CTCAAAACATACAAAAACTATGCTGAGCTTCTAAAGGCTTTGGAGAACATGTTCAAATTC
ACGATAGGTGAATACTGCGAAAGAGAAGGATACAAAGGATCTGGAGTTGTACCAACGTAC
GAGGATAAAGATGGAGACTGGATGTTGGTTGGTGATGTTCCATGGGATATGTTCTCTTCC
TCTTGTAAGAGACTCCGGATCATGAAAGGATCTGATGCTCTTGCTTTGGACTCGGCCTTA
TTATGATGATGATAAAGAAGAAGATATTTCGATGAAAGCTTTTGATGGATGAAACCCTTT
TTGATTTGATTTGATTCTGATCGGAGTTTGAGTAGTTGACTACACCAAAAACAGAACATG
TCAGGGTTTTGTTCGAGGAGATAGATCCATCTTCAAGGGGTTATCTTTTAGTTTTGTTTG
ATCCTTGTTTTTAGATTTGG*AGTTTGATGTAAAGATAGATGAAATTTTATGTACA
ACACGGACACATATACAC

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3AW65JQ 872 0 0
CTTTGGAAATCACACAAGGACATATAGAGAGAGGTTTCTTGATCTTGAAAAAATGGCTTA
CGAGAAAGTCAATGAGCTTAACCTTAAGGACACAGAGCTTCGTCTTGGATTACCCGGAAC
GGAGCAAGATAAGGAAAAACAAGAGGTTTCTTGCGTTAGAAGCATCAAACGTCAACTACA
AAGCGATAACGAGGAAGCATCTACACCTCCTACGAAAACTCAAATCGTTGGTTGGCCTCC
GGTGAGATCTTACCGTAAGAACAACAACAGTGTTAGCTATGTGGAAGTGAGTATGGATGG
AGCTCCTTATCTTAGGAAAATAGATCTCAAAACATACAAAAACTATGCTGAGCTTCTAAA
GGCTTTGGAGAACATGTTCAAATTCACGATAGGTGAATACTGCGAAAGAGAAGGATACAA
AGGATCTGGAGTTGTACCAACGTACGAGGATAAAGATGGAGACTGGATGTTGGTTGGTGA
TGTTCCATGGGATATGTTCTCTTCCTCTTGTAAGAGACTCCGGATCATGAAAGAATCTGA
TGCTCTTGCTTTGGACTCGGCCTTATTATGATGATGATAAAGAAGAAGATGTTTCGATGA
AAGCTTTTGATGGATGAAACCCTTTTTGATTTGATTTGATTCTGATCGGAGTTTGAGTAG
TTGACTACACCAAAAACAGAACATGTCAGGGTTTTGTTCGAGGAGATAGATCCATCTTCA
AGGGGTTATCTTTTAGTTTTGTTTGATCCTTGTTTTTAGATTTGG*AGTTTGATGTAAAG
ATAGATGAAATTTTATGTACAACACGGACACATATACACAATATAGATGCGTATGTAGTA
ATGCTTTTGATGAAAAGAGTCTTTAATTTCTC

QA 1 872 1 872
DS 



AS 1 3

CO CL2089Contig1 1090 3 13 U
GGGAGCAAAAAATAAAATGAACCAACAGCAAACTTTCGATATGTCCAAAGCCGATAATTC
TTCTTCTCTGTTCGAAACTAAGAAGTCGAATTATTCATAATTCTTTGATCTATGAGCGTT
TTTGCATCCAATCGAAGCTAAAATCGGATGGAGTTTCCGATTTGGAATAAATGGTCACAA
ATACAAAGACTTTTTGCACAACCAGACGAAGAAAATGTTTCTACTGCAATGAAAATATAA
GCTTTCTCTGCTCTTAACTCAGTCTTTTTGTGGGTTTAGCTTAGGGTTTTTAACCTTTTT
TTTAGGAGCTAATGTATAAAGATTTTAACCTTTCTTTACAGGAACCTTTCTTTAGGAGAT
TATGTCGGCTACCAGAGGAGGTCCTGACCAAGGTCCATCCCAGCCACATCAGCGACGGAT
CGTACGGACTCAGCCGCTGGTAACCTCGGAGAATCATTCGACAGTGAAATTGTCCCCTCC
TCTCTCGTCGAGATTTCCCCTATTCTCCGTGTTGCTAATGAGGTCGAATCTAGCTACAAT
TGAGTTGCTTGTCTCTCAGTGACCGACATGTTTTGAATGGTCTTCCACTCGCCAATCACA
CATTGACTACCCAAGCTAAGCAACTGATTATGTCTGCATGTTGCGTAGATTTTATCACCC
TGCATTATAAAAATATTTTTATAGAGTATAATAAGTCTTTTTGGGTAAAAAAATCCAGTA
TATAGAAGTATAAATGATTCGATTACCTTCGTATCAGCAAAGATGATTTCGAGAGTTTCA
CCATATGATGCGTTGACTTGCTTCCAGGTGTGGATCGTTTTGACCTGAATACAACAGTCG
CTTGTGCGAGGCTTCAACTGTGAAAGGTTTATGTTTTGGAATAGGAGCTTTTGCTGAATT
ATGGAGATGAACTGAAAATGGTGACGTTGTTATGGGATAGTTATATTTTTATAAATGATA
GAATATTAGCTATAGTTTTTCTTTTCCAAATCTTTGGATAGTTAGTCAGATTAGTAGGTA
GAGGTAGTTAAATTGGTCCTTTTTTTTTATTGTCACGTTTACCCTTACTGAATTTTTAAA
AATTAGGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DG94TF U 1
AF RR3AT68TF U 39
AF RR3DY24JQ C 370
BS 1 273 RR3DG94TF
BS 274 274 RR3AT68TF
BS 275 453 RR3DG94TF
BS 454 454 RR3AT68TF
BS 455 673 RR3DG94TF
BS 674 702 RR3AT68TF
BS 703 703 RR3DY24JQ
BS 704 706 RR3AT68TF
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BS 708 749 RR3AT68TF
BS 750 750 RR3DY24JQ
BS 751 848 RR3AT68TF
BS 849 1090 RR3DY24JQ

RD RR3DG94TF 673 0 0
GGGAGCAAAAAATAAAATGAACCAACAGCAAACTTTCGATATGTCCAAAGCCGATAATTC
TTCTTCTCTGTTCGAAACTAAGAAGTCGAATTATTCATAATTCTTTGATCTATGAGCGTT
TTTGCATCCAATCGAAGCTAAAATCGGATGGAGTTTCCGATTTGGAATAAATGGTCACAA
ATACAAAGACTTTTTGCACAACCAGACGAAGAAAATGTTTCTACTGCAATGAAAATATAA
GCTTTCTCTGCTCTTAACTCAGTCTTTTTGTGGTTTTAGCTTAGGGTTTTTAACCTTTTT
TTTAGGAGCTAATGTATAAAGATTTTAACCTTTCTTTACAGGAACCTTTCTTTAGGAGAT
TATGTCGGCTACCAGAGGAGGTCCTGACCAAGGTCCATCCCAGCCACATCAGCGACGGAT
CGTACGGACTCAGCCGCTGGTAACCTCGGAGAACCATTCGACAGTGAAATTGTCCCCTCC
TCTCTCGTCGAGATTTCCCCTATTCTCCGTGTTGCTAATGAGGTCGAATCTAGCTACAAT
TGAGTTGCTTGTCTCTCAGTGACCGACATGTTTTGAATGGTCTTCCACTCGCCAATCACA
CATTGACTACCCAAGCTAAGCAACTGATTATGTCTGCATGTTGCGTAGATTTTATCACCC
TGCATTATAAAAA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3AT68TF 810 0 0
GG
ATGTCCAAAGCCGATAATTCTTCTTCTCTGTTCGAAACTAAGGAGTCGAATTATTCATAA
TTCTTTGATCTATGAGCGTTTTTGCATCCAATCGAAGCTAAAATCGGATGGAGTTTCCGA
TTTGGAATAAATGGTCACAAATACAAAGACTTTTTGCACAACCAGACGAAGAAAATGTTT
CTACTGCGATGAAAATATAAGCTTTCTCTGCTCTTAACTCAGTCTTTTTGTGGGTTTAGC
TTAGGGTTTTTAACCTTTTTTTTAGGAGCTAATGTATAAAGATTTTAACCTTTCTTTACA
GGAACCTTTCTTTAGGAGATTATGTCGGCTACCAGAGGAGGTCCTGACCAAGGTCCATCC
CAGCCACATCAGCGACGGATCGTACGGACTCAGCCGCTGGTAACCTCGGAGAATCATTCG
ACAGTGAAATTGTCCCCTCCTCTCTCGTCGAGATTTCCCCTATTCTCCGCGTTGCTAATG
AGGTCGAATCTAGCTACAATTGAGTTGCTTGTCTCTCAGTGACCGACATGTTTTGAATGG
TCTTCCACTCGCCAATCACACATTGACTACCCAAGCTAAGCAACTGATTATGTCTGCATG
TTGCGTAGATTTTATCACCCTGCATTATAAAAATATTTTTATAGAGTATAATAAGTCTTT
TTTGGTTAAAAAATCCAGTATATAGAAGTATAAATGATTCGATTACCTTTGTATCAGCAA
AGATGATTTCGAGAGTTTCACCATATGATGCGTTGACTTGCTTCCAGGTGTGGATCGTTT
TGACCTGAATACAACAGTCGCTTGTGCG

QA 3 810 3 810
DS 

RD RR3DY24JQ 721 0 0
TACCAGAGGAGGTCCTGACCAAGGTCCATCCCAGCCACATCAGCGACAGATCGTACGGAC
TCAGCCGCTGGTAACCTCGGAGAATCATTCGACAGTGAAGTTGTCCCCTCCTCTCTCGTC
GAGATTTCCTCTATTCTCCGTGTTGCTAATGAGGTCGAGTCTAGCTACAATTGAGTTGCT
TGCCTCTCAGTGACCGACATGTTTTGAATGGTCTTCCACTCGCCAATCACACATTGACTA
CCCAAGCTAAGCAACTGATTCTGTCTGCATGTTGCGTAGATTTTATCACTCTGCATTATA
AAAATATTTTTATAGAGTATAATAAGTCTTTTTGGTTAAAAAAATCCAGTATATAGGAGT
ATAAATGATTCGATTACCTTCGTATCAGCAAAGATGATTTCGAGAGTTTCACCATATGAT
GCGTTGACTTGCTTCCAGGTGTGGATCGTTTTGACCTGAATACAACAGTCGCTTGTGCGA
GGCTTCAACTGTGAAAGGTTTATGTTTTGGAATAGGAGCTTTTGCTGAATTATGGAGATG
AACTGAAAATGGTGACGTTGTTATGGGATAGTTATATTTTTATAAATGATAGAATATTAG
CTATAGTTTTTCTTTTCCAAATCTTTGGATAGTTAGTCAGATTAGTAGGTAGAGGTAGTT
AAATTGGTCCTTTTTTTTTATTGTCACGTTTACCCTTACTGAATTTTTAAAAATTAGGCA
G

QA 1 721 1 721
DS 



AS 2 4

CO CL2090Contig1 642 2 2 U
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AGGAAAGACCTCGTAAACTCAAGCAAAGAACACATCTAATACCTTATGAAAACAAAAGTA
GAGCCGAAAAAAATATGTTTGTTTCTGAACTTCTTATTGGGCACAGAAGGCATGATGCCA
TAACACTGAAGAATTTGTTTCCCTTTAAGTGGCCTGAGGATGAAAAGCGATAAAATCAAC
CGCTTGATCGACGGACTGGATCTTGTCAGCTTCATTATCAGGGATCTCAAATTTGAATTC
TTCCTCCAATGCCATCACAACTTCCACACTGTCCAAACTGTCTAACCCTAGATCGTTATG
GAAATGGGCTTTTGGTGTAACCTTTGAGGGATCGACTCTTTGGAAGTTTTTGACGACAGA
GATAACGCGATCTGTGACATCAGATTTGTCTAGAAACGATCCTCTTACTTCCTCCGAGAA
ACGACGAAAAAGGACGGAGAAAGGCTGTGCAGCTTCTCTAGCGCCGATAGTTGTGGGGTT
CAGTAGTGATGGATTGACGTTGACTCTGAGGTAACGAAGCAGAGCATTTCTCGCCGCCAT
CGCTATGTGTTGCAGAGGAAATGAAATGAAAGACAACCCTCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A160TF C 1
AF RR3A160JQ U 5
BS 1 4 RR3A160TF
BS 5 642 RR3A160JQ

RD RR3A160TF 642 0 0
TTTTGCAACGAGTCTCAGATGCATTATTCATCAAAAGATTGTCAAGAACAACAAAGTTTC
AGGAAAGACCTCGTAAACTCAAGCAAAGAACACATCTAATACCTTATGAAAACAAAAGTA
GAGCCGAAAAAAATATGTTTGTTTCTGAACTTCTTATTGGGCACAGAAGGCATGATGCCA
TAACACTGAAGAATTTGTTTCCCTTTAAGTGGCCTGAGGATGAGAAGCGATAAAATCAAC
CGCTTGATCGACGGACTGGATCTTGTCAGCTTCATTATCAGGGATCTCAAATTTGAATTC
TTCCTCCAATGCCATCACAACTTCCACACTGTCCAAACTGTCTAACCCTAGATCGTTATG
GAAATGGGCTTTTGGTGTAACCTTTGAGGGATCGACTCTTTGGAAGTTTTTGACGACAGA
GATAACGCGATCTGTGACATCAGATTTGTCTAGAAACGATCCTCTTACTTCCTCCGAGAA
ACGACGAAGAAGGACGGAGAAAGGCTGTGCAGCTTCTCTAGCGCCGATAGTTGTGGGGTT
CAGTAGTGATGGATTGACGTTGACTCTGAGGTAACGAAGCAGAGCATTTCTCGCCGCCAT
CGCTATGTGTTGCAGAGGAAATGAAATGAAA
GACAACCCTCC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3A160JQ 638 0 0
GCAACGAGTCTCAGATGCATTATTCATCAAAAGATTGTCAAGAACAACAAAGTTTCAGGA
AAGACCTCGTAAACTCAAGCAAAGAACACATCTAATACCTTATGAAAACAAAAGTAGAGC
CGAAAAAAATATGTTTGTTTCTGAACTTCTTATTGGGCACAGAAGGCATGATGCCATAAC
ACTGAAGAATTTGTTTCCCTTTAAGTGGCCTGAGGATGAAAAGCGATAAAATCAACCGCT
TGATCGACGGACTGGATCTTGTCAGCTTCATTATCAGGGATCTCAAATTTGAATTCTTCC
TCCAATGCCATCACAACTTCCACACTGTCCAAACTGTCTAACCCTAGATCGTTATGGAAA
TGGGCTTTTGGTGTAACCTTTGAGGGATCGACTCTTTGGAAGTTTTTGACGACAGAGATA
ACGCGATCTGTGACATCAGATTTGTCTAGAAACGATCCTCTTACTTCCTCCGAGAAACGA
CGAAAAAGGACGGAGAAAGGCTGTGCAGCTTCTCTAGCGCCGATAGTTGTGGGGTTCAGT
AGTGATGGATTGACGTTGACTCTGAGGTAACGAAGCAGAGCATTTCTCGCCGCCATCGCT
ATGTGTTGCAGAGGAAATGAAATGAAAGACAACCCTCC

QA 1 638 1 638
DS 



CO CL2090Contig2 660 2 4 U
GGAGGGTTGTCTTTCATTTCATTTCATTTCTTCTGCAACACATAGCGATGGCGGCGAGAA
ATGCTCTGCTTCGATACCTTAGAGTCAACGTCAATCCATCACTACTAAACCCCACAACAA
TCGGCGCTAGAGAAGCAGCACTGCCTTTCTCCGTCCTTCTTCGTCGTTTCTCGGAGGAAG
TAAGAGGATCGTTTCTAGACAAATCTGACGTCACAGATCGCGTTATCTCCGTCGTCAAAA
ACTTCCAAAGAGTCGATCCCTCAAAGGTAACACCGAAAGCCCATTTCCACAACGATCTAG
GGTTAGACAGTTTGGACAGTGTGGAGGTTGTGATGGCATTGGAGGAAGAATTCAAATTTG
AGATCCCTGATAATGAAGCTGACAAGATCCAGTCCGTCGATCAAGCCGTTGATTTTATCG
CTTCTCATCCTCAGGCCACTTAAAAAGGGAAACAAATTCTTCAGTGTTATGCCATCATGC
CTTCTGTGCCCAATAAGAAGTTCAGAAACAAACATATTTTTTTTTTTTTTGGCTCTACTT
TTGTTTTTCATATGGTATTAGATGTGTTCTTTGCTTGAGTTTACGAGGTCTTTCCTGAAA
CTTTGTTGTTCTTGACAATCTTTTGATGAATAATGCATCTGAGACTCGTTGCATTTGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DA59TF U 1
AF RR3A849TF U 35
BS 1 151 RR3DA59TF
BS 152 152 RR3A849TF
BS 153 653 RR3DA59TF
BS 654 660 RR3A849TF

RD RR3DA59TF 659 0 0
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ATGCTCTGCTTCGATACCTTAGAGTCAACGTCAATCCATCACTACTAAACCCCACAACAA
TCGGCGCTAGAGAAGCAGCACTGCCTTTCTCTGTCCTTCTTCGTCGTTTCTCGGAGGAAG
TAAGAGGATCGTTTCTAGACAAATCTGACGTCACAGATCGCGTTATCTCCGTCGTCAAAA
ACTTCCAAAGAGTCGATCCCTCAAAGGTAACACCGAAAGCCCATTTCCACAACGATCTAG
GGTTAGACAGTTTGGACAGTGTGGAGGTTGTGATGGCATTGGAGGAAGAATTCAAATTTG
AGATCCCTGATAATGAAGCTGACAAGATCCAGTCCGTCGATCAAGCCGTTGATTTTATCG
CTTCTCATCCTCAGGCCACTTAAAAAGGGAAACAAATTCTTCAGTGTTATGCCATCATGC
CTTCTGTGCCCAATAAGAAGTTCAGAAACAAACATATTTTTTTTTTTTTTGGCTCTACTT
TTGTTTTTCATATGGTATTAGATGTGTTCTTTGCTTGAGTTTACGAGGTCTTTCCTGAAA
CTTTGTTGTTCTTGACAATCTTTTGATGAATAATGCATCTGAGACTCGTTGCA
TTTGAG

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3A849TF 626 0 0
GG
AACACATAGCGATGGCGGCGAGAAATGCTCTGCTTCGATACCTTAGAGTCAACGTCAATC
CATCACTACTAAACCCCACAACAATCGGCGCTAGAGAAGCAGCACTGCCTTTCTCCGTCC
TTCTTCGTCGTTTCTCGGAGGAAGTAAGAGGATCGTTTCTAGACAAATCTGACGTCACAG
ATCGCGTTATCTCCGTCGTCAAAAACTTCCAAAGAGTCGATCCCTCAAAGGTAACACCGA
AAGCCCATTTCCACAACGATCTAGGGTTAGACAGTTTGGACAGTGTGGAGGTTGTGATGG
CATTGGAGGAAGAATTCAAATTTGAGATCCCTGATAATGAAGCTGACAAGATCCAGTCCG
TCGATCAAGCCGTTGATTTTATCGCTTCTCATCCTCAGGCCACTTAAAAAGGGAAACAAA
TTCTTCAGTGTTATGCCATCATGCCTTCTGTGCCCAATAAGAAGTTCAGAAACAAACATA
TTTTTTTTTTTTTTGGCTCTACTTTTGTTTT*CATATGGTATTAGATGTGTTCTTTGCTT
GAGTTTACGAGGTCTTTCCTGAAACTTTGTTGTTCTTGACAATCTTTTGATGAATAATGC
ATCTGAGACTCGTTGCATTTGAGG

QA 3 626 3 626
DS 



AS 1 5

CO CL2091Contig1 1688 5 17 U
GGGTTCGATCAAAGCTACAAAAGAGATTTTGCTCCTCTCTAATCACACTCAACGCATAAG
CTATGGCTGGTGGAGTTCTTGCAGACGAAGGTGCCTTGAAGAGAGCTCATCTATATGAGC
ATCGTATCACTGCTTACTTCATATTCGCTTGCATCGTTGGATCCTTAGGAGGTTCTCTCT
TCGGATATGATCTAGGAGTCTCTGGTGGTGTTACATCAATGGACGATTTCTTGATAGAGT
TCTTCCCAGGAATCTACAAAAGAAAGCAAATGCATATGCACGAAACAGATTACTGCAAAT
ACGACAACCAAATCCTCACACTCTTCACCTCTTCTCTCTACTTCGCCGGTTTGATCTCCA
CCTTCGGAGCTTCTTATGTCACCAGAATCTATGGCAGGAGAGGAAGCATCCTCGTCGGTT
CCGTCAGCTTCTTCCTTGGAGGAGTTGTCAACGCCGCTGCTAAAAACATCCTCATGCTAA
TCCTTGGTCGGATCTTCCTCGGAATAGGCATTGGTTTCGGAAACCAGGCGGTTCCATTAT
ACCTCTCGGAGATGGCTCCAGCAAAGATCCGAGGAACGGTGAACCAGCTTTTCCAGCTAA
CAACTTGCATTGGCATCTTAGTGGCTAATCTGATAAACTACAAAACGGATCAAATCCATC
CATGGGGATGGAGACTCTCTCTTGGCCTTGCAGTTGTACCAGCAACACTCATGTTCATCG
GCGGGCTCTTCTTACCCGAGACACCAAACAGTCTTGTCGAACAAGGTAAGCTAGAGGAAG
CCAAAGCCGTACTGATCAAAGTACGTGGCACGAACAATATCGAAGCTGAGTTTCAGGATC
TTGTTGAAGCTAGTGAAGCTGCAAGAGCCGTCAAGAATCCGTTTAGGAACCTTCTTGCTC
GTAGGAACAGACCGCAGCTAGTGATTGGAGCTATTGGCCTTCCTGCGTTCCAGCAGCTAA
CTGGAATGAACTCGATTTTGTTCTATGCTCCTGTTATGTTCCAGAGCTTAGGGTTTGGTG
GTTCCGCGTCGCTTATCTCGTCCACAATGACAAACGCTGCGCTTGTTATTGCCGCAATCA
TGTCTATGTACTCGGCTGATAAATTTGGAAGAAGGTTCCTTCTTCCTGAAGCTAGCGTAG
AGATGTTTTGTTATATGGTTGTCGTAGGAGTAACACTAGCGTTGAAGTTTGGGGAAGGCA
AAGAGCTACCGAAGTCGCTAGGTTTGGTTCTTGTGATCCTTATCTGTCTGTTTGTGCTGG
CGTATGGTCGGTCATGGGGACCAATGGGATGGTTAGTTCCGAGCGAGATATTCCCACTAG
AGACAAGATCGGCTGGTCAGAGTGTTGTGGTGTGCGTAAACCTTTTCTTCACGGCGCTTA
TCGCGCAGTGTTTCCTAGTGTCTCTGTGCCATCTCAAGTACGGAATATTCCTTTTATTCG
CCGGACTTGTGTTCGGGATGGGAAGTTTCGTTTACTTTCTGTTGCCGGAGACGAAGCAGG
TTCCTATTGAAGAGGTTTATCTTCTGTGGAGACAGCATTGGCTTTGGAAGAGATATGTTG
ATGATGAACAGACCAATCGGTAAACGACTAAACGACTAACAAAAAGTGATACGGTTCTGA
ATTACGATGTGATTTTTCTTTTTGCTTCTTGAATAATTTACAATAGAGCCTACGCGTATA
GTCTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
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AF RR3F947TF U 1
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TCTTCCCAGGAATCTACAAAAGAAAGCAAATGCATATGCACGAAACAGATTACTGCAAAT
ACGACAACCAAATCCTCACACTCTTCACCTCTTCTCTCTACTTCGCCGGTTTGATCTCCA
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CCGTCAGCTTCTTCCTTGGAGGAGTTGCCAACGCCGCTGCTAAAAACATCCTCATGCTAA
TCCTTGGTCGGATCTTCCTCGGAATAGGCATTGGTTTCGGAAACCAGGCGGTTCCATTAT
ACCTCTCGGAGATGGCTCCAGCAAAGATCCGAGGAACGGTGAACCAGCTTTTCCAGCTAA
CAACTTGCATTGGCATCTTAGTGGCTAATCTGATAAACTACAAAACGGATCAAATCCATC
CATGGGGATGGAGACTCTCTCTTGGCCTTGCAGTTGTACCAGCAACACTCATGT

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G
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AGGCATTGGTTTCGGAAACCAGGCGGTTCCATTATACCTCTCGGAGATGGCTCCAGCAAA
GATCCGAGGAACGGTGAACCAGCTTTTCCAGCTAACAACTTGCATTGGCATCTTAGTGGC
TAATCTGATAAACTACAAAACGGATCAAATCCATCCATGGGGATGGAGACTCTCTCTTGG
CCTTGCAGTTGTACCAGCAACACTCATGTTCATCGGCGGGCTCTTCTTACCCGAGACACC
AAACAGTCTTGTCGAACAAGGTAAGCTAGAGGAAGCCAAAGCCGTACTGATCAAAGTACG
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TGGAGCTATTGGCCTT

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G
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ACGGTGAACCAGCTTTTCCAGCTAACAACTTGCATTGGCATCTTAGTGGCTAAT*TGATA
AACTACAAAACGGATCAAATCCATCCATGGGGATGGAGACTCTCTCTTGGCCTCGCAGTT
GTACCAGCAACACTCATGTTCATCGGCGGGCTCTTCTTACCCGAGACACCAAACAGTCTT
GTCGAACAAGGTAAGCTAGAGGAAGCCAAAGCCGTACTGATCAAAGTACGTGGCACGAAC
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AATCCGTTTAGGAACCTTCTTGCTCGTAGGAACAGACCGCAGCTAGTGATTGGAGCTATT
GGCCTTCCTGCGTTCCAGCAGCTAACTGGAATGAACTCGATTTTGTTCTATGCTCCTGTT
ATGTTCCAGAGCTTAGG*TTTGGTGGTTCCGCGTCGCTTATCTCGTCCA

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GGTGGTTCCGCGTCGCTTATCTCGTCCACAATGACAAACGCTGCGCTTGTTATTGCCGCA
ATCATGTCTATGTACTCGGCTGATAAATTTGGAAGAAGGTTCCTTCTTCCTGAAGCTAGC
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CTGGCGTATGGTCGGTCATGGGGACCAATGGGATGGTTAGTTCCGAGCGAGATATTCCCA
CTAGAGACAAGATCGGCTGGTCAGAGTGTTGTGGTGTGCGTAAACCTTTTCTTCACGGCG
CTTATCGCGCAGTGTTTCCTAGTGTCTCTGTGCCATCTCAAGTACGGAATATTCCTTTTA
TTCGCCGGACTTGTGTTCGGGATGGGAAGTTTCGTTTACTTTCTGTTGCCGGAGACGAAG
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GTTGATGATGAACAGACCAATCGGTAAACGACTAAACGACTAACAAAATGTGATACGGTT
CTGAATTACGATGTGATTTTTCTTTTTGCTTCTTGAATAATTTACAATAGAGCCTACGCG
T

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DS 

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CGCGTCGCTTATCTCGTCCACAATGACAAACGCTGCGCTTGTTATTGCCGCAATCATGTC
TATGTACTCGGCTGATAAATTTGGAAGAAGGTTCCTTCTTCTTGAAGCTAGCGTAGAGAT
GTTTTGTTATATGGTTGTCGTAGGAGTAACACTAGCGTTGAAGTTTGGGGAGGGCAAAGA
GCTACCGAAGTCGCTAGGTTTGGTTCTTGTGATCCTTATCTGTCTGTTTGTGCTGGCGTA
TGGTCGGTCATGGGGACCAATGGGATGGTTAGTTCCGAGCGAGATATTCCCACTAGAGAC
AAGATCGGCTGGTCAGAGTGTTGTGGTGTGCGTAAACCTTTTCTTCACGGCGCTTATCGC
GCAGTGTTTCCTAGTGTCTCTGTGCCATCTCAAGTACGGAATATTCCTTTTATTCGCCGG
ACTTGTGTTCGGGATGGGAAGTTTCGTTTACTTTCTGTTGCCGGAGACGAAGCAGGTTCC
TATTGAAGAGGTTTATCTTCTGTGGAGACAGCATTGGCTTTGGAAGAGATATGTTGATGA
TGAACAGACCAATCGGTAAACGACTAAACGACTAACAAAAAGTGATACGGTTCTGAATTA
CGATGTGATTTTTCTTTTTGCTTCTTGAATAATTTACAATAGAGCCTACGCGTATAGTCT
TTAT

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DS 



AS 1 3

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TCAAACACAGGATAAAGTATTAAAAGCTAACAAGCATGATCCATCTTGAATTGTCTTAAA
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TTCTTTACGTCTCTCCTCAAGCGCTGCTCACAAGCACATTAGTAGCCTTCGTGGTCGCAG
TCGCTGGGCCTCGGGTCAAAGCTTTTACGCTTAACGGACTGTTTGCCTTCATTCTACAAG
TACCGGCCTTCAAATCGCAAACAGGGTACGCCTGAGGGCAGCAGCTAGAGCCATCCTCGC
AGCAAGTAGCTGACTCTAGCGGACAGCATCCCCAGCTATAGCATTTGCTTTTATACTCAT
AGAGACAACAACAAGTGGACTTGGCTGGACAAGTGTAAGCTTTGTCACAAACAACTGGTG
CAGGTGGTGGCGGTTTTGGTGGGTTTGAGCTCGATGATTTGGTCGGGTACGAAGCCATCA
TCGCCACACCACATTTCCCTGACGAATCTTTAATGTTACGTTCGAGCTTAACGTATCCAC
TCTCTCCCCAGTTTGATCCCCATGAGTTACGAACAATCCAATAGTCTTGACCTCCTGAGG
TTCCATATCCCACGGCTACAACACCATGGTCCAAAGCTGTTCCACATGTTCCTGTAAACA
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AAGGATAATCTTCCTCTGTATCAATACCACCGTTGTTAATAATGAACTGAAAAGCATAGT
CCATGAGACCACCATTACATCCACTATTGTAACTTGCGTCACAATCAACAAGTTCTTGCT
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CCGAAAACGCCCAACAACTTCCACAGGATCCTTGATTTTTGACCGGAACAACGGCGCCTT
TGGCTCTCCAGTCAACTTCTTCAGGCAACTTGTCTCCAACGTTATGTAGATACCTCTCTG
TCTTCACCGAATCTCTAGTCCTCTCCATCTTCCTCCTCAAGTAGATGGCTCGAAACTCTT
CGTTGGTCAGATCGGCGAACCTGGTCAACCCGAGCTCGTAACTCAGGTTCGGGACAGAGT
TGTGCTCTTGCACGAACTTCAAGTTGTCCC


BQ
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CTCAAGCGCTGCTCACAAGCACATTAGTGGCCTTCGTGGTCGCAGTCGCTGGGCCTCGGG
TCAAAGCTTTTACGCTTAACGGACTGTTTGCCTTCATTCTACAAGTACCGGCCTTCAAAT
CGCAAACAGGGTACGCCTGAGGGCAGCAGCTAGAGCCATCCTCGCAGCAAGTGGCTGACT
CTAGCGGACAGCATCCCCAGCTATAGCAT**GCTTTTGTACTCATAGAGACAACAACAAG
TGGACTTGGCTGGACAAGTGTAAGCTTTGTCACAAACAACTGGTGCAGGTGGTGGCGGTT
TTGGTGGGTTTGTGCTCGATGATTTGGTCGGGTATGAAGCCATCATCGCCAC**CACATT
TCCCTGACGAGTCTTTAATGTTACGTTCGAGCTTAACGTATCCACTCTCTCCCCAGTTTG
ATCCCCATGAGTTACGAACAATCCAATAGTCTTGACCTCCTGAGGTTCCATATCCCACGG
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TCTTCAATGAATTCTCGTTT

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CCTGTTTTGATCTGGTTTATCCCTTCAACCGCTCCAATCGCCGAAAACGCCCAACAACTT
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TCAGGCAACTTGTCTCCAACGTTATGTAGATACCTCTCTGTCTTCACCGAATCTCTAGTC
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CTGGTCAACCCGAGCTCGTAACTCAGGTTCGGGACAGAGTTGTGCTCTTGCACGAACTTC
AAGTTGTCCC

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DS 



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AAGCAATGGGTTTTCCGGTGGGCTATTCCGAGCTCCTACTCCCAAAAATCTTCATTCATG
TACTCTCTTTCTTAGGTTTGATACGAAAACTAATCTCCACACTTTTCTGGTTCATTGGTT
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CCACCACCTCAAGCCACCATGACTCACACTTGTTTTCAGCAGCGCTGCTAGCTGGACAGA
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TTATTATTTGC


BQ
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15 15 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3BX78TF U 1
AF RR3C372TF U 1
AF RR3E545JQ C 100
AF RR3C372JQ C 169
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BS 595 595 RR3E545TF
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AAGCAATGGGTTTTCCGGTGGGCTATTCCGAGCTCCTACTCCCAAAAATCTTCATTCATG
TACTCTCTTTCTTAGGTTTGATACGAAAACTAATCTCCACACTTTTCTGGTTCATTGGTT
TACCCGATTTCTTGGAACCCGAACCGGTTACATCTTCATGGCCCGACCCACCACCAAACT
CCACCACCTCAAGCCACCATGACTCACACTTGTTTTCAGCAGCGCTGCTAGCTGGACAGA
TCTTGCCCGTTGTCAGATTCTCGGATCTAAACCGACCCGTATCCGAATGTTGTGCAGTGT
GTCTCTACGACTTCGAGAACGATGATGAGATCCGACGGCTGACGAATTGCAGGCATATTT
TCCATAAAGAATGCTTGGACCGTTGGATTATGGATTATAGTCAGATGACGTGTCCGCTTT
GTCGTACCCAGTTTGTACCTGATGAGCTTCAAACGGACTTTAGTCAAAAGCTTTGGTCGG
AATCTAGTGAAGACGTTTCTGAACTTCTTGCTCAATCATCTT**AG*ACATAGTTCTTTT
TCCTCTCCCTTGACATGGTAACATG

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DS 

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AAGCAATGGGTTTTCCGGTGGGCTATTCCGAGCTCCTACTCCCAAAAATCTTCATTCATG
TACTCTCTTTCTTAGGTTTGATACGAAAACTAATCTCCACACTTTTCTGGTTCATTGGTT
TACCCGATTTCTTGGAACCCGAACCGGTTACATCTTCATGGCCCGACCCACCACCAAACT
CCACCACCTCAAGCCACCATGACTCACACTTGTTTTCAGCAGCGCTGCTAGCTGGACAGA
TCTTGCCCGTTGTCAGATTCTCGGATCTAAACCGACCCGTATCCGAATGTTGTGCAGTGT
GTCTCTACGACTTCGAGAACGATGATGAGATCCGACGGCTGACGAATTGCAGGCATATTT
TCCATAAAGAATGCTTGGACCGTTGGATTATGGATTATAGTCAGATGACGTGTCCGCTTT
GTCGTACCCAGTTTGTACCTGATGAGCTTCAAACGGACTTTAGTCAAAAGCTTTGGTCGG
AATCTAGTGAAGACGTTTCTGAACTTCTTGCTCAATCATCTT**AGGACATAGTCCTTTT
TCCTCTCCCTTGACATGGTAACATGAAAGGTTATTTTCTTTGTTAATACTTTTTTTGTTA
GTAGTATTGTGTTTGGTAGCTGATGGATGTAA
TTA

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AAGCAATGGGTTTTCCGGTGGGCTATTCCGAACTCCTACTCCCAAAAGTCTTCATTCATG
TACTCTCTTTCTTAGGTCTGATACGAAAACTAATCTCCACACTTTTCTGGTTCATTGGTT
TACCCGATTTCTTGGAACCCGAACCGGTTTCATCTTCATGGCCCGAACCACCACCAAACT
CCACCACCTCAAGCCACCATGACTCTCACTTGTTTTCAGCAGCGCTGCTAGCTGGACAGA
TCTTGCCCGTTGTCAGATTCTCGGATCTAAACCGACCCGAATCCGAATGTTGTGCAGTGT
GTCTCTACGACTTCGAGAACTACGATGAGATCCGACGGCTGACGAATT*CAGGCACATAT
TCCATAAAGAATGCTTGGACCGGTGGATTATGGATTATAGTCAGATGACGTGTCCGCTTT
GTCGTACGCAGTTTGTACCTGATGAGCTTCAAATGGACTTTAAACAAAAGCTTTGGTCGG
AATCTAGTGAAGACGTTTCTGAACTTCTTGCTCAATCATCTTATAGGGCATAGTTCTTTT
TCCTCTCGCTTGACATGGTAACATGAAAGGTTATTTTCTTTGTTAATACTTTTTT*GTTA
GTAGTATTGTGTTTGGTAGCTAATGGATGTAA
ATTAAAAA

QA 1 692 1 692
DS 

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CACTTTTCTGGTTCATTGGTTTACCCGATTTCTTGGAACCCGAACCGGTTACATCTTCAT
GGCCCGACCCACCACCAAACTCCACCACCTCAAGCCACCATGACTCACACTTGTTTTCAG
CAGCGCTGCTAGCTGGACAGATCTTGCCCGTTGTCAGATTCTCGGATCTAAACCGACCCG
TATCCGAATGTTGTGCAGTGTGTCTCTACGACTTCGAGAACGATGATGAGATCCGACGGC
TGACGAATTGCAGGCATATTTTCCATAAAGAATGCTTGGACCGTTGGATTATGGATTATA
GTCAGATGACGTGTCCGCTTTGTCGTACCCAGTTTGTACCTGATGAGCTTCAAACGGACT
TTAGTCAAAAGCTTTGGTCGGAATCTAGTGAAGACGTTTCTGAACTTCTTGCTCAATCAT
CTT**AGGACATAGTTCTTTTTCCTCTCCCTTGACATGGTAACATGAAAGGTTATTTTCT
TTGTTAATACTTTTTT*GTTAGTAGTATTGTGTTTGGTAGCTGATGGATGTAAATTAAAA
ATAGAAAGTGGTTACAGGCTAGTGAAAGAGGAAGAAGAAAACTTGTATCATCTATTCAGA
AAA*GGAAACTAAAGTTTGAGTTATTATTTGC

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DS 

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CACCACCAAACTCCACCACCTCAAGCCACCATGACTCTCACTTGTTTTCAGCAGCGCTGC
TAGCTGGACAGATCTTGCCCGTTGTCAGATTCTCGGATCTAAACCGACCCGAATCCGAAT
GTTGTGCAGTGTGTCTTTACGACTTCGAGAACTACGATGAGATCCGACGGCTGACGAATT
*CAGGCACATATTCCATAAAGAATGCTTGGACCGGTGGATTATGGATTATAGTCAGATGA
CGTGTCCGCTTTGTCGTACGCAGTTTGTACCTGATGAGCTTCAAATGGACTTTAAACAAA
AGCTTTGGTCGGAATCTAGTGAAGACGTTTCTGAACTTCTTGCTCAATCATCTTATAGGG
CATAGTTCTTTTTCCTCTCGCTTGACATGGTAACATGAAAGGTTATTTTCTTTGTTAATA
CTTTTTT*GTTAGTAGTATTGTGTTTGGTAGCTAATGGATGTAAATTAAAAATAGACAGT
GGTTACAGGCTAGTGAAAGAAGAAGAAGAGAACTTGTATCATCTATTCAGAAAAAGGAAA
CTAAAGTTTGAGTTATT

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 5

CO CL2094Contig1 1418 5 16 U
GGCATCATCCCCACAACCTTCTCAAAAGAATGTCTCAACTCAATCCTCAACAGCTTTGGA
TCCAGGAACTACACAAGATGTTTCTCCTTCACCTCCTCCTCCTCCTCCGTCTGTTCCCGA
AGCAAGCTCTCCCACTCCAAGAACCTCTGCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCTTC
AGTGGTTGTTCCTGTAGTTGCTGCCTGCGTAGGCGGTGTTGTTCTTATCATCCTTGTAGC
TACCGGTGTGTTCCACTTCAGAAGAAAAGTAGGGAAGTCAGTGAATCCTTGGCATACAGG
TCTTAGCGGTCAACTTCAGAAAGTCTTTGTAACTGGTATCCCCACTCTAAAAAGATCTGA
GATTGAAGCTGCATGTGAAGACTTTAGTAACGTCATTGGATCATGTCCTATTGGTAAACT
CTTCAAAGGAACGCTATCAAGTGGAGTGGAGATAGCTGTCGCTTCTATTAACACTACTTG
TGCCAAAGACTGGAAAGACAATACAGAGATTCAGTTCAGGAAGAAGATTGAGATGTTATC
CAAGATAAACCACAAGAACTTTGTAAACCTTCTTGGCTACTGCGAAGAAAACGAACCTTT
CACCAGGATCTTGATCTTTGAGTATGCTCCAAACGGTTCACTCTTTGAACATCTACACAG
TAAAGAATCAGAACACTTGGATTGGGGAATGAGGCTAAGAATCTTAATGGGGTTAGCATA
TTGCCTTGACCACATGCACCAACTCAGCCCACCGATAGCTCACACAAACCTCGTCTCATC
ATCACTTCACCTCACTGAAGACTACGCTGTAAAACTAGCCGACTTCAGTTTTGGTCCGTC
CGAGGCAGAGACGTGCGACAACGCTAACAAAGACATAGACATAAACCCTGAAGACAACGT
TTACAGCTTCGGTTTACTACTATTCGAGATGATAACCGGGAAACTCGTGGACTCGGTTAA
CAAACCAGACTCGGTAGATACCGGGCTAGTTGATTTCTTGAGAGGAGAGAGTCTAGCCAA
GATGGTTGATCCAGCGCTGGAGTCTTGGGATGACAAGATTGAGAATATAGGTGAGGTGAT
CAAGTCATGCCTCAGGACCGACCCGAAAGAGAGGCCTACGATGAAAGAAGTCACGGGGTG
GTTACGGGAGATTACGGGCATCTCACCTAGCGATGCTACACCGTCACTATCGCCTCTTTG
GTGGGCAGAGTTGGAGGTTTTGTCTATTGCGTAAGAGAGAGAGTCACCAACAAGAACTGT
AAGTATGTTGGAAGACGTGTGAGTTTTGTAAGTGTGTTTTTGTAGTTGTCTACTCAAATA
TGATAAAAAAAAAAAACTGAAGATGCTTGTTTTTGGCTTCAGTTCAAGTTACGTAAATCT
ATAATTAGTGTATTTATTGGAGTTATAGATGAACGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY77TF U 1
AF RR3CW57TF U 189
AF RR3DY77JQ C 601
AF RR3EY83TF U 820
AF RR3CW57JQ C 653
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BS 897 897 RR3EY83TF
BS 898 909 RR3CW57TF
BS 910 919 RR3EY83TF
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BS 1316 1418 RR3CW57JQ

RD RR3DY77TF 631 0 0
GGCATCATCCCCACAACCTTCTCAAAAGAATGTCTCAACTCAATCCTCAACAGCTTTGGA
TCCAGGAACTACACAAGATGTTTCTCCTTCACCTCCTCCTCCTCCTCCGTCTGTTCCCGA
AGCAAGCTCTCCCACTCCAAGAACCTCTGCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCTTC
AGTGGTTGTTCCTGTAGTTGCTGCCTGCGTAGGCGGTGTTGTTCTTATCATCCTTGTAGC
TACCGGTGTGTTCTACTTCAGAAGAAAAGTAGGGAAGTCAGTGAATCCTTGGCATACAGG
TCTTAGCGGTCAACTTCAGAAAGTCTTTGTAACTGGTATCCCCACTCTAAAAAGATCTGA
GATTGAAGCTGCATGTGAAGACTTTAGTAACGTCATTGGATCATGTCCTATTGGTAAACT
CTTCAAAGGAACGCTATCAAGTGGAGTGGAGATAGCTGTCGCTTCTATTAACACTACTTG
TGCCAAAGACTGGAAAGACAATACAGAGATTCAGTTCAGGAAGAAGATTGAGATGTTATC
CAAGATAAACCACAAGAACTTTGTAAACCTTCTTGGCTACTGCGAATGAAACGAACCTTT
CACCAGGATCTTGATCTTTGAGTATGCTCCA

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3CW57TF 721 0 0
G
TCCTGTAGTTGCTGCCTGCGTAGGCGGTGTTGTTCTTATCATCCTTGTAGCTACCGGTGT
GTTCCACTTCAGAAGAAAAGTAGGGAAGTCAGTGAATCCTTGGCATACAGGTCTTAGCGG
TCAACTTCAGAAAGTCTTTGTAACTGGTATCCCCACTCTAAAAAGATCTGAGATTGAAGC
TGCATGTGAAGACTTTAGTAACGTCATTGGATCATGTCCTATTGGTAAACTCTTCAAAGG
AACGCTATCAAGTGGAGTGGAGATAGCTGTCGCTTCTATTAACACTACTTGTGCCAAAGA
CTGGAAAGACAATACAGAGATTCAGTTCAGGAAGAAGATTGAGATGTTATCCAAGATAAA
CCACAAGAACTTTGTAAACCTTCTTGGCTACTGCGAAGAAAACGAACCTTTCACCAGGAT
CTTGATCTTTGAGTATGCTCCAAACGGTTCACTCTTTGAACATCTACACAGTAAAGAATC
AGAACACTTGGATTGGGGAATGAGGCTAAGAATCTTAATGGGGTTAGCATATTGCCTTGA
CCACATGCACCAACTCAGCCCACCGATAGCTCACACAAACCTCGTCTCATCATCACTTCA
CCTCACTGAAGACTACGCTGTAAAACTAGCCGACTTCAGTTTTGGTCCGTCCGAGGCAGA
GACGTGCGACAACGCTAACAA*GACATAGACATAAACCCTGAAGACA*CGTTTACAGCTT

QA 2 721 2 721
DS 

RD RR3DY77JQ 715 0 0
CACCAGGATCTTGATCTTTGAGTATGCTCCAAACGGTTCACTCTTTGAACATCTACACAG
TAAAGAATCAGAACACTTGGATTGGGGAATGAGGCTAAGAATCTTAATGGGGTTAGCATA
TTGCCTTGACCACATGCACCAACTCAGCCCACCGATAGCTCACACAAACCTCGTCTCATC
ATCACTTCACCTCACTGAAGACTACGCTGTAAAACTAGCCGACTTCAGTTTTGGTCCGTC
CGAGGCAGAGACGTGCGACAACGCTAACAAAGACATAGACATAAACCCTGAAGACAACGT
TTACAGCTTCGGTTTACTACTATTCGAGATGATAACCGGGAAACTCGTGGACTCGGTTAA
CAAACCAGACTCGGTAGATACCGGGCTAGTTGATTTCTTGAGAGGAGAGAGTCTAGCCAA
GATGGTTGATCCAGCGCTGGAGTCTTGGGATGACAAGATTGAGAATATAGGTGAGGTGAT
CAAGTCATGCCTCAGGACCGACCCGAAAGAGAGGCCTACGATGAAAGAAGTCACGGGGTG
GTTACGGGAGATTACGGGCACCTCACCTAGCGATGCTACACCGTCACTATCGCCTCTTTG
GTGGGCAGAGTTGGAGGTTTTGTCTATTGCGTAAGAGAGAGAGTCACCAACAAGAACTGT
AAGTATGTTGGAAGACGTGTGAGTTTTGTAAGTGTGTTTTTGTAGTTGTCTACTC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3EY83TF 496 0 0
G
GACTTCAGTTTTGGTCCGTCCGAGGCAGAGACGTGCGACAACGCTAACAAAGACATAGAC
ATAAACCCTGAAGACAACGTTTACAGCTTCGGTTTACTATTATTCGAGATGATAACCGGG
AAACTCGTGGATTCGGTTAACAAACCAGACTCGGTAGATACCGGGCTAGTTGATTTCTTG
AGAGGAGAGAGTCTAGCCAAGATGGTTGATCCAGCGCTGGAGTCTTGGGATGACAAGATT
GAGAATATAGGTGAGGTGATCAAGTCATGCCTCAGGACCGACCCGAAAGAGAGGCCTACG
ATGAAAGAAGTCACGGGGTGGTTACGGGAGATTACGGGCATCTCACCTAGCGATGCTACA
CCGTCACTATCGCCTCTTTGGTGGGCAGAGTTGGAGGTTTTGTCTATTGCGTAAGAGAGA
GAGTCACCAACAAGAACTGTAAGTATGTTGGAAGACGTGTGAGTTTTGTAAGTGTGTTTT
TGTAGTTGTCTACTC

QA 2 496 2 496
DS 

RD RR3CW57JQ 766 0 0
CTACACAGTAAAGAATCAGAACACTTGGATTGGGGAATGAGGCTAAGAATCTTAATGGGG
TTAGCATATTGCCTTGACCACATGCACCAACTCAGCCCACCGATAGCTCACACAAACCTC
GTCTCATCATCACTTCACCTCACTGAAGACTACGCTGTAAAACTAGCCGACTTCAGTTTT
GGTCCGTCCGAGGCAGAGACGTGCGACAACGCTAACAAAGACATAGACATAAACCCTGAA
GACAACGTTTACAGCTTCGGTTTACTACTATTCGAGATGATAACCGGGAAACTCGTGGAC
TCGGTTAACAAACCAGACTCGGTAGATACGGGGCTAGTAGATTTCTTGAGAGGAGAGAGT
CTAGCCAAGATGGTTGATCCAGCACTGGAGTCTTGTGATGACAAGATTGAGAATATAGGT
GAGGTGATCAAGTCATGCATTAGGACCGACCCGAAAGAGAGACCTACAATGAAAGAAGTC
ACGGGGTGGTTACGGGAGATTACGGGCATCTCACCTAGCGATGCTACGCCGTCACTATCG
CCTCTTTGGTGGGCAGAGTTGGAGGTTTTGTTTATTGCGTAAGAGAGAGAGTCACCAACA
AGAACTGTAAGTATGTTGGAAGATGTGTGAGTTTTGTAAGTGTGTTTTTGTAGTTGTCTA
CTCAAATATGATAAAAAAAAAAAACTGAAGATGCTTGTTTTTGGCTTCAGTTCAAGTTAC
GTAAATCTATAATTAGTGTATTTATTGGAGTTATAGATGAACGTTG

QA 1 766 1 766
DS 



AS 2 5

CO CL2095Contig1 712 2 4 U
AACTAAAATTTGCTCTTCCTCGAGAGTCAATTGATACTTCTCCTCATTCCATTCAATCTC
CCATTCATCAACGATAAGAGACAGATAGGCAGGCAACAGAGTTTCTTTACAGATTCCAAC
ACCCCCCCCAACGACCTTCTTCTCCTTTTCTTGTACGGACCAAACCCATCATTCTCAACT
TCTTCGATTCGGATCCATTTTCTCAATCCTCGATTTCTCCGACTGGCAGAGAGCAATGGC
TAGCTCCAAGGGAACACAGAGTGTGAAAGACTTGATGCACCCAGGCAAAAACGCTTTGCT
CCCTCCAAAGATTCCGTTTCCTACCGTGTCAGCACCATACTCCGAGTATATCCCACTTGG
TTCAAGGCACGGTCACAAACTTAACGATGAGAAACCTCACCAACACCACCATCACCAGCG
GACTTCCTCAGAGAGCGATTTGGTAGAAGAGCCTCCCTCTTGGCTTGATGATCTTCTCAA
TGAGCCGGAGAGCCCTGTTCGCAAATGCGGTCATCGGCGCTCGTCAAGTGACTCTTACGC
TTACCTAGACATGGCTAATGCTAAAAACATTAGCTTGACTCTCCAAAACGATTTCAGCTA
TAGGAATACGGGTTCTCACTCTCAGAGAGGGGTTCATGAGCTTGATTGGAGCAGAAACGC
TCAGACGCTGCCTTCTACGCTGATTCTAATTTTCTAAATCGACAGAGGGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL46TF U 1
AF RR3A536TF U 31
BS 1 128 RR3FL46TF
BS 129 129 RR3A536TF
BS 130 697 RR3FL46TF
BS 698 712 RR3A536TF

RD RR3FL46TF 700 0 0
AACTAAAATTTGCTCTTCCTCGAGAGTCAATTGATACTTCTCCTCATTCCATTCAATCTC
CCATTCATCAACGATAAGAGACAGATAGGCAGGCAACAGAGTTTCTTTACAGATTCCAAC
ACCCCCCC*AACGACCTTCTTCTCCTTTTCTTGTACGGACCAAACCCATCATTCTCAACT
TCTTCGATTCGGATCCATTTTCTCAATCCTCGATTTCTCCGACTGGCAGAGAGCAATGGC
TAGCTCCAAGGGAACACAGAGTGTGAAAGACTTGATGCACCCAGGCAAAAACGCTTTGCT
CCCTCCAAAGATTCCGTTTCCTACCGTGTCAGCACCATACTCCGAGTATATCCCACTTGG
TTCAAGGCACGGTCACAAACTTAACGATGAGAAACCTCACCAACACCACCATCACCAGCG
GACTTCCTCAGAGAGCGATTTGGTAGAAGAGCCTCCCTCTTGGCTTGATGATCTTCTCAA
TGAGCCGGAGAGCCCTGTTCGCAAATGCGGTCATCGGCGCTCGTCAAGTGACTCTTACGC
TTACCTAGACATGGCTAATGCTAAAAACATTAGCTTGACTCTCCAAAACGATTTCAGCTA
TAGGAATACGGGTTCTCACTCTCAGAGAGGGGTTCATGAGCTTGATTGGAGCAGAAACGC
TCAGACGCTGCCTTCTACGCTGATTCTAATTTTCTAA
TCG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3A536TF 682 0 0
GG
GATACTTCTCCTCATTCCATTCAATCTCCCATTCATCAA***TAAGAGACAGATAGGCAG
GCAACAGAGTTTCTTTACAGATTCCAACACCCCCCCCAACGACCTTCTTCTCCTTTTCTT
GTACGGACCAAACCCATCATTCTCAACTTCTTCGATTCGGATCCATTTTCTCAATCCTCG
ATTTCTCCGACTGGCAGAGAGCAATGGCTAGCTCCAAGGGAACACAGAGTGTGAAAGACT
TGATGCACCCAGGCAAAAACGCTTTGCTCCCTCCAAAGATTCCGTTTCCTACCGTGTCAG
CACCATACTCCGAGTATATCCCACTTGGTTCAAGGCACGGTCACAAACTTAACGATGAGA
AACCTCACCAACACCACCATCACCAGCGGACTTCCTCAGAGAGCGATTTGGTAGAAGAGC
CTCCCTCTTGGCTTGATGATCTTCTCAATGAGCCGGAGAGCCCTGTTCGCAAATGCGGTC
ATCGGCGCTCGTCAAGTGACTCTTACGCTTACCTAGACATGGCTAATGCTAAAAACATTA
GCTTGACTCTCCAAAACGATTTCAGCTATAGGAATACGGGTTCTCACTCTCAGAGAGGGG
TTCATGAGCTTGATTGGAGCAGAAACGCTCAGACGCTGCCTTCTACGCTGATTCTAATTT
TCTAAATCGACAGAGGGATT

QA 3 682 3 682
DS 



CO CL2095Contig2 1318 3 8 U
GGACTTCTCCTCATTCAATCTCCCATTCATCAACGATAAGAGACAGATAGGCAGGCAACA
GAGTTTCTTTACAGATTCCAACACCCCCACAACGACCCTCTTCTCCTTTTCTTGTACGGA
CCAACCCCATCATTCTCAACTTCTTCGATTCGGATCCATTTTCTCATTCCTCGATTTCTC
CGACTGGCAGAGAGCAATGGCTAGCTCCAAGGGAACACAGAGTGTGAAAGACTTGATGCA
CCCAGGCAAAAACGCTTTGCTCCCTCCAAAGATTCCGTTTCCTACCGTGTCAGCACCATA
CTCCGAGTATATCCCACTTGGTTCAAGGCACGGTCACAAACTTAACGATGAGAAACCTCA
CCACCACCACCAGCGGACTTCCTCCGAGAGCGATTTGGTAGAAGAGCCTCCCTCTTGGCT
AGATGATCTTCTCAATGAGCCGGAGAGCCCTGTTCGCAAATGCGGTCATCGCCGCTCGTC
AAGTGACTCCTACGCTTACCTAGACATGGCTAATGCTAAAAACATTAGCTTGACTCTCCA
AAACGATTTCAGTTATAGGAATACAGGTTCTTCTCCCTCTCAGAGAGGTGGGGGTTCATG
AGCTTGATTGGAGCAGAAACACTCAGGACGCTGCCTTCTACTCTGATTCTAATTTTCTAA
ATCGACAGAGGGATTCTTTGGTGGCATCTGGTCCTCGTCCTTCTTGGCTACCTTTCACTA
GAGATAGTGTTGGTGGAAAACACATGGGACCTTCATCATATATGCCTCAAGAAGCACCAG
AGACGAAGAACTACGGCAAAACTCTTTCACAACCATCAGCAACTCACAAACGTGCCAGTA
GCAAAGATCTTGACTCTCAGTTCTCGAGTCTTTCCCTAAACAGCAAGGATTCCAACTCTA
GCCGTGATTCTGTATCAGTGACGAGTCAATTTCACTTTTAGTCAATGAATCTCTCTACCA
CCCACTGGTTCATTAGATCTTATTTAAGGGCCTGGCGTTTCAGCAAGAGCAGGTCATCAT
CACCTTTTCCGTTTCCTGTGGTTTTTTCCAGCATATGGCTTTTGCTTGAGGTGGGTTTAG
TTCGAAGATCAGACACCTCGACTTCATTTATCTGGTGATTTGTTGTTGCGACTTGTGATA
TGGGACGAATGTATCGAACCCGGACAAAGTAGTAACACTGATATGTGGAGCTGTACTATG
ATATCTACTGTTTGTTTGTTTGTATTTTTATGTTACTGGTAAAATGGTGCATCCCCTTCG
AGTGAATGCTTCATGTAAAGTTGATGACATTCTCTGTTGTAAGGTCTGTGAAGTGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF19TF U 1
AF RR3B892TF U 23
AF RR3FL46JQ C 596
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BS 628 769 RR3GF19TF
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RD RR3GF19TF 774 0 0
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GAGTTTCTTTACAGATTCCAACACCCCCACAACGACCTTCTTCTCCTTTTCTTGTACGGA
CCAACCCCATCATTCTCAACTTCTTCGATTCGGATCCATTTTCTCATTCCTCGATTTCTC
CGACTGGCAGAGAGCAATGGCTAGCTCCAAGGGAACACAGAGTGTGAAAGACTTGATGCA
CCCAGGCAAAAACGCTTTGCTCCCTCCAAAGATTCCGTTTCCTACCGTGTCAGCACCATA
CTCCGAGTATATCCCACTTGGTTCAAGGCACGGTCACAAACTTAACGATGAGAAACCTCA
CCACCGCCACCAGCGGACTTCCTCCGAGAGCGATTTGGTAGAAGAGCCTCCCTCTTGGCT
AGATGATCTTCTCAATGAGCCGGAGAGCCCTGTTCGCAAATGCGGTCATCGCCGCTCGTC
AAGTGACTCCTACGCTTACCTAGACATGGCTAATGCTAAAAACATTAGCTTGACTCTCCA
AAACGATTTCAGTTATAGGAATACAGGTTCTTCTCCCTCTCAGAGAGGTGGGGGTTCATG
AGCTTGATTGGAGCAGAAACACTCAG*ACGCTGCCTTCTACTCTGATTCTAATTTTCTAA
ATCGACAGAGGGATTCTTTGGTGGCATCTGGTCCTCGTCCTTCTTGGCTACCTTTCACTA
GAGATAGTGTTGGTGGAAAACACATGGGACCTTCATCATATATGCCTCA
GAAGC

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DS 

RD RR3B892TF 756 0 0
GGATTCATCAACG
ATAAGAGACAGATAGGCAGGCAACAGAGTTTCTTTACAGATTCCAACACCCCCACAACGA
CCCTCTTCTCCTTTTCTTGTACGGACCAACCCCATCATTCTCAACTTCTTCGATTCGGAT
CCATTTTCTCATTCCTCGATTTCTCCGACTGGCAGAGAGCAATGGCTAGCTCCAAGGGAA
CACAGAGTGTGAAAGACTTGATGCACCCAGGCAAAAACGCTTTGCTCCCTCCAAAGATTC
CGTTTCCTACCGTGTCAGCACCATACTCCGAGTATATCCCACTTGGTTCAAGGCACGGTC
ACAAACTTAACGATGAGAAACCTCACCACCACCACCAGCGGACTTCCTCCGAGAGCGATT
TGGTAGAAGAGCCTCCCTCTTGGCTAGATGATCTTCTCAATGAGCCGGAGAGCCCTGTTC
GCAAATGCGGTCATCGCCGCTCGTCAAGTGACTCCTACGCTTACCTAGACATGGCTAATG
CTAAAAACATTAGCTTGACTCTCCAAAACGATTTCAGTTATAGGAATACAGGTTCTTCTC
CCTCTCAGAGAGGTGGGG*TTCATGAGCTTGATTGGAGCAGAAACACTCAGGACGCTGCC
TTCTACTCTGATTCTAATTTTCTAAATCGACAGAGGGATTCTTTGGTGGCATCTGGTCCT
CGTCCTTCTTGGCTACCTTTCACTAGAGATAGTGTTGGTGGAAAACACATGGGACCTTCA
TCATATATGCCTCA
AGAAGCACC

QA 14 747 14 747
DS 

RD RR3FL46JQ 723 0 0
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TCTAAATCGACAGGGGGATTCTTTGGTGGCATCTGGTCCTCGTCCTTCTTGGCTACCTTT
CACTAGAGAGAGTGTTGGTGGAAAACACATGGGACCTTCATCATATATGCCTCAAGAAGC
ACCAGAGACGAAGAACTACGGCAAAACTCTTTCACAACCATCAGCAACTCACAAACGTGC
CAGTAGCAAAGATCTTGACTCTCAGTTCTCGAGTCTTTCCCTAAACAGCAAGGATTCCAA
CTCTAGCCGTGATTCTGTATCAGTGACGAGTCAATTTCACTTTTAGTCAATGAATCTCTC
TACCACCCACTGGTTCATTAGATCTTATTTAAGGGCCTGGCGTTTCAGCAAGAGCAGGTC
ATCATCACCTTTTCCGTTTCCTGTGGTTTTTTCCAGCATATGGCTTTTGCTTGAGGTGGG
TTTAGTTCGAAGATCAGACACCTCGACTTCATTTATCTGGTGATTTGTTGTTGCGACTTG
TGATATGGGACGAATGTATCGAACCCGGACAAAGTAGTAACACTGATATGTGGAGCTGTA
CTATGATATCTACTGTTTGTTTGTTTGTATTTTTATGTTACTGGTAAAATGGTGCATCCC
CTTCGAGTGAATGCTTCATGTAAAGTTGATGACATTCTCTGTTGTAAGGTCTGTGAAGTG
TCG

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 5

CO CL2096Contig1 1296 5 15 U
GGATCCACAGAAAAACATGAAAAATCACTACAGAAACACCATCTCTATCTCTCTTACATA
TCTCTCTCTTTGTCTCTTTATCACATATGTGTCTTCACAATCCTTGATACGACAAATCCC
CGATGACTTCACTACAGATCTAAAAGAAGTGCCTTACGTACAAAAACATCATGAGTTCTC
ATCGCGTCACTATAATGTCTCTCATTCGAAGACGGTAACAGGTATGAGAAATCTTCGTCC
ATCAACCTATTCTTACAAGATTGAGACAAACGTTATAGACAAATTTGAAACTCGTCCTTT
CACGGTTGGTGGATACAATTGGATTCTCCATGTGTACCTTAATGGGAACACAAAGGATGG
TGGTGCAGGTTACGTTTCTCTTTACGTAGAAATAGACAAGTCAGGTTTCGATTCTGCACA
TCAAGAGGTTTACGCGGATCTCAGGTTTTACATCTTCAACAGGAACGAGAGGAAATATTT
TACCATCCAAGATACGGATGTGTGGCGATTCAATGCCTTCAACACGATGTGGGGATTCTC
TCAGGTCCTCCCCGTTGATACCTTCAAAGACCCGAAAAATGGTTATCTTTACAATGGAGA
ACACTGTGAGTTTGGTGTTGATGTGACCGTTCCTACTCCCTTTGAAGAATCAGAAACTTT
CTCAATCAGCAGTAGTTCTGATAAATTCACCTGGAGAATTGAGAACTTCTCCACGTTGGT
CAAAGATGCTTACTCATCTGTGTTCTCTCTTGGAGGAAAAAAATGGAACTTAAGAGTGGT
TCCAACTGGTTCTGGCTCCGGAAGCGGAAAATACGTTTCATTGTTTCTTCAACTTTCTAC
AGATCAAAGAAGAGCATATGAGTACATTTATGTTCGAGTCAAGTTTCGAGTTCTTAATCA
ACTCAAACTCAGTAACCGCGAATCGGAACTCAGGAATTGGTACGGAAGAACCTATTCTTG
GGGTATCGTGAACCTTATCTCTTTCGATGATCTCAGAGATTCATCAAAGGGTTTCCTTGT
GAATGACGCGTTGATCGTTGAAGTCCAATTGGAGGCTATTTCTACTACCACGTACTTCCC
TTAGTTAACTAAAGGAACATACAGCTCTATCTTTGTGTTATTACCAACCCTTCTGTGTTT
TTATTTTCGGCTATTATCAACCACTCAATTATAATAAGAATCCATGTCAAACTAAGAAAA
AAAATTGTAAAAATATGTAATGTTTTGTTGAATGAATTTTGTAATGTTTTACTATAAGCT
TTTCATGTCAATAATAAAACTCTTTTATTGTGTGTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BW36TF U 1
AF RR3G561TF U 461
AF RR3DG40TF U 762
AF RR3G561JQ C 519
AF RR3D064JQ C 566
BS 1 465 RR3BW36TF
BS 466 466 RR3G561TF
BS 467 585 RR3BW36TF
BS 586 586 RR3G561TF
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BS 686 715 RR3BW36TF
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BS 717 748 RR3BW36TF
BS 749 1145 RR3G561TF
BS 1146 1253 RR3DG40TF
BS 1254 1292 RR3G561JQ
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RD RR3BW36TF 748 0 0
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TCTCTCTCTTTGTCTCTTTATCACATATGTGTCTTCACAATCCTTGATACGACAAATCCC
CGATGACTTCACTACAGATCTAAAAGAAGTGCCTTACGTACAAAAACATCATGAGTTCTC
ATCGCGTCACTATAATGTCTCTCATTCGAAGACGGTAACAGGTATGAGAAATCTTCGTCC
ATCAACCTATTCTTACAAGATTGAGACAAACGTTATAGACAAATTTGAAACTCGTCCTTT
CACGGTTGGTGGATACAATTGGATTCTCCATGTGTACCTTAATGGGAACACAAAGGATGG
TGGTGCAGGTTACGTTTCTCTTTACGTAGAAATAGACAAGTCAGGTTTCGATTCTGCACA
TCAAGAGGTTTACGCGGATCTCAGGTTTTACATCTTCAACAGGAAGGAGAGGAAATATTT
TACCATCCAAGATACGGATGTGTGGCGATTCAATGCCTTCAACACGATGTGGGGATTCTC
TCAGGTCCTCCCCGTTGATACCTTCAAAGACCCGAAAAATGGTTACCTTTACGATGGAGA
ACACTGTGAGTTTGGTGTTGATGTGACCGTTCCTACTCCCTTTGAAGAATCAGAAACTTT
CTCAATCAGCAGTAGTTCTGATAA*TTCACCTGGAGAATTGAGAACTTCTCCACGCTGGT
CAAAGATGCTTACTCATCTGTGTTCTCT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3G561TF 685 0 0
G
GGAACGAGAGGAAATATTTTACCATCCAAGATACGGATGTGTGGCGATTCGATGCCTTCA
ACACGATGTGGGGATTCTCTCAGGTCCTCCCCGTTGATACCTTCAAAGACCCGAAAAATG
GTTATCTTTACAATGGAGAACACTGTGAGTTTGGTGTTGATGTGACCGTTCCTACTCCCT
TTGAAGAATCAGAAACTTTCTCAATCAGCAGTAGTTCTGATAAATTCACCTGGAGAATTG
AGAACTTCTCCACGTTGGTCAAAGATGCTTACTCATCTGTGTTCTCTCTTGGAGGAAAAA
AATGGAACTTAAGAGTGGTTCCAACTGGTTCTGGCTCCGGAAGCGGAAAATACGTTTCAT
TGTTTCTTCAACTTTCTACAGATCAAAGAAGAGCATATGAGTACATTTATGTTCGAGTCA
AGTTTCGAGTTCTTAATCAACTCAAACTCAGTAACCGCGAATCGGAACTCAGGAATTGGT
ACGGAAGAACCTATTCTTGGGGTATCGTGAACCTTATCTCTTTCGATGATCTCAGAGATT
CATCAAAGGGTTTCCTTGTGAATGACGCGTTGATCGTTGAAGTCCAATTGGAGGCTATTT
CTACTACCACGTACTTCCCTTAGTTAACTAAAGGAACATACAGCTCTATCTTTGTGTTAT
TACCAACCCTTCTGTGTTTTTATT

QA 2 685 2 685
DS 

RD RR3DG40TF 492 0 0
G
ATGGAACTTAAGAGTGGTTCCAACTGGTTCTGGCTCCGGAAGCGGAAAATACGTTTCATT
GTTTCTTCAACTTTCTACAGATCAAAGAAGAGCATATGAGTACATTTATGTTCGAGTCAA
GTTTCGAGTTCTTAATCAACTCAAACTCAGTAACCGCGAATCGGAACTCAGGAATTGGTA
CGGAAGAACCTATTCTTGGGGTATCGTGAACCTTATCTCTTTCGATGATCTCAGAGATTC
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G

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TGTTGAATGAATTTTGTAATGTTTTACTATAAGCTTTTCATGTCAATAATAAAACTCTTT
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DS 



AS 1 5

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AAAAACTCATCCATAAAAGTCAGAAAGATCGTGTCTCAGCAACAACTTTTCTGATGGCGG
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AACCAAAATGAAATTCTTTAACCAAAACTTTCTGATCTAATTGCGTAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DL52TF U 1
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AF RR3BU03JQ C 728
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CACAACTTCAATGTTATGGCGAGATGATCTACAGCTTCTGCGGTCAGGATCTCATGGGAG
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ACCATGTCTCACACGGTCACATCAACGTCCTCACCGAACAAGT**TGCATCATCCTCCAG
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QA 1 631 1 631
DS 

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AAAAACTCATCCATAAAAGTCAGAAAGATCGTGTCTCAGCAACAACTTTTCTGATGGCGG
GAGAAAGAGAAACTAGAAAGCATCTTGTGATAGCAAAACCTTTCGCGTTGGAAGATGATA
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TCCGCCTTGGATCTGATCTAACCAATTTTCAGCTGCCACCTCAGCTGAACCAACCAAGAT
CACAACTTCAATGTTATGGCGAGATGATCTACAGCTTCTGCGGTCGGGATCTCATGGGAG
AATGCAGCCGTCGCGATCTTCCCATCAAACGGCTCAAGTCGGTGGTGATGTGGAACATCT
CCACACTCCGTCCAATAGTCTTTGGCATGTCACCGTACAACCCCGTTCTTGGCGAGACCC
ACCATGTCTCACACGGTCACATCAACGTCCTCACCGAACAAGTATCGCATCATCCTCCAG
TGTCGGCACTTCATGCGACTCACGAGAACGAAAATATTGACGTGACATGGTGTCAATATT
TCACTCCCAAGTTCCGTGGTGCTTACGTAGACGTTGAG
TA

QA 1 698 1 698
DS 

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G
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CAGGATCTCATGGGAGAATGCAGCCGTCGCGATCTTCCCATCGAACGGCTCAAGTCGGTG
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GTTCTTGGCGAGACCTACCATGTCTCACACGGTCACATCAACGTCCTCACCGAACAAGTA
TCGCATCATCCTCCAGTGTCGGCACTTCATGCGACTCACGAGAACGAAAATATTGACGTG
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QA 2 688 2 688
DS 

RD RR3BU03JQ 761 0 0
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AATCAAAGGAAAGATCTCTCAGACTTCCTCTGGAGACAAGCTTTACGACATCTCTGGCCA
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GGAAAAAGCAAGAGAAGCTAAGAAAGGTGTGGAGGATAAACAGAGAGAGTCTCTGAAACA
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AGACTGGGACTGCAAACCGCTGCAGCCAACGGTTCCTCGTGCTCCGCTAGTTATCACAGA
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QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3DL52JQ 640 0 0
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ATCAAAGGAAAGATCTCTCAGACTTCCTCTGGAGACAAGCTTTACGACATCTCTGGCCAT
TGGGATAGAACGGTAATGGCCAAAAATCTGAAGACCGGTGAGGTGGAAGTCATATACAAC
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GAGACCGAGTCTGCGATGGTGTGGAGCGAAGTAAGTGAAAAGATACTAAAGAAAGACTGG
GAAAAAGCAAGAGAAGCTAAGAAAGGTGTGGAGGATAAACAGAGAGAGTCTCTGAAACAG
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GACTGGGACTGCAAACCGCTGCAGCCAACGGTTCCTCGTGCTCCGCTAGTTATCACAGAG
GCACAAGAAGATATCATTAACTGAATATCAAGATTCCAAGACTCTGTGTTCATGATGGCT
TAAGTTTTACTACAATATGTTCATGAATAATAAAACTTATAGATAGAGACCGAACCAAAA
TGAAATTCTTTAACCAAAACTTTCTGATCTAATTGCGTAT

QA 1 640 1 640
DS 



AS 2 5

CO CL2098Contig1 787 2 18 U
TTACATTAACCATATATAAACAAATATTTTAGTAACAAGTCCATGTAACATTCAGTTGAT
TTCTTATTATTTACTTATGAATCTTGCTTCCACTCCTCTAAAGATCTCTTCATGATCCTG
ACCTTAAGACCATGTTTCATGTACAAAGTAGTTGTAACTCGAGGCACAACAACATGATCT
TGATCAACCTTGATTGAGTAGTTCAACAAGACGGAAGCAGCCACCATTTTCATCTGCAAG
TAAGCAAATGTTTTCCCTAAACAAAGCCTTGGACCGCCATTGAACACAACATATTTAAAC
TGATCATCACTCACGTACTGTCCTCCTTGTATCCATCTCTCCAGTCTAAACGTTTCACAG
TCTTCACCCCATATTGATTTCATCCTTCCCATGGCATAAATAGAGAAGTAAACCCTAAAA
CCTTTCTCCAAGAGAGTCCCATCTGGAAACACGTCTTCTTCCGTTGCTTGTTTCATCTCC
ATTGGTATTGGTGGATAGAGTCTAAAAAATTCAAACAAGGCCGCTTGTAAATACACCATG
TCGTTTAGCTCCTTGACTGTGAAGTGACAACAACTCTCATAAAGATTATTGTCTCTTTGG
CTCACGATCTCTGTTATTTCTTGGAGGATCTTGTTTTCTACTTCAGGATGTTTCGTTATC
AACCAGAAGAACCAAGAAAGCCCGACAGAACTCGTGTCACGTCCCGCTAAGATGAAACTT
GTGCAGAACTGTCTGAAAAACTTGAGGGTGAACCGATCATTCTCATTGCCTCTTTTGTGA
CTTTCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI43JQ U 1
AF RR3C668JQ U 47
BS 1 259 RR3BI43JQ
BS 260 260 RR3C668JQ
BS 261 342 RR3BI43JQ
BS 343 343 RR3C668JQ
BS 344 398 RR3BI43JQ
BS 399 399 RR3C668JQ
BS 400 417 RR3BI43JQ
BS 418 418 RR3C668JQ
BS 419 505 RR3BI43JQ
BS 506 506 RR3C668JQ
BS 507 507 RR3BI43JQ
BS 508 509 RR3C668JQ
BS 510 513 RR3BI43JQ
BS 514 514 RR3C668JQ
BS 515 529 RR3BI43JQ
BS 530 530 RR3C668JQ
BS 531 711 RR3BI43JQ
BS 712 787 RR3C668JQ

RD RR3BI43JQ 711 0 0
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TTCTTATTATTTACTTATGAATCTTGCTTCCACTCCTCTAAAGATCTCTTCATGATCCTG
ACCTTAAGACCATGTTTCATGTACAAAGTAGTTGTAACTCGAGGCACAACAACATGATCT
TGATCAACCTTGATTGAGTAGTTCAACAAGACGGAAGCAGCCACCATTTTCATCTGCAAG
TAAGCAAATGTTTTCCCTAGACAAAGCCTTGGACCGCCATTGAACACAACATATTTAAAC
TGATCATCACTCACGTACTGTCCTCCTTGTATCCATCTCTCCGGTCTAAACGTTTCACAG
TCTTCACCCCATATTGATTTCATCCTTCCCATGGCATAGATAGAGAAGTAAACCCTAGAA
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TCGTTTAGCTCCTTGACTGTGAAGTGACAACAACTCTCATAAAGATTATTGTCTCTTTGG
CTCACGATCTCTGTTATTTCTTGGAGGATCTTGTTTTCTACTTCAGGATGTTTCGTTATC
AACCAGAAGAACCAAGAAAGCCCGACAGAACTCGTGTCACGTCCCGCTAAG

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3C668JQ 741 0 0
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TCTTCATGATCCTGACCTTAAGACCATGTTTCATGTACAAAGTAGTTGTAACTCGAGGCA
CAACAACATGATCTTGATCAACCTTGATTGAGTAGTTCAACAAGATGGAAGCAGCCACCA
TTTTCATCTGCAAGTAAGCAAATGTTTTCCCTAAACAAAGCCTTGGACCGCCATTGAACA
CAACATATTTAAACTGATCATCACTCACGTACTGTCCTCCTTGTATCCATCTCTCCAGTC
TAAACGTTTCACAGTCTTCACCCCATATTGATTTCATCCTTCCCATGGCATAAATAGAGA
AGTAAACCCTAAAACCTTTCTCCAAGAGAGTCCCATCTGGAAACACGTCTTCTTCCGTTG
CTTGTTTCATCTCCATTGGTATTGGTGGATAGAGTCTAAAAAATTCAAACAAGGCCGCTT
GTAAATACACCATGTCGTTTAGCTCCTTGACTGTGAAGTGACAACAACTCTCATAAAGAT
TATTGTCTCTTTGGCTCACGATCTCTGTTATTTCTTGGAGGATCTTGTTTTCTACTTCAG
GATGTTTCGTTATCAACCAGAAGAACCAAGAAAGCCCGACAGAACTCGTGTCACGTCCCG
CTAAGATGAAACTTGTGCAGAACTGTCTGAAAAACTTGAGGGTGAACCGATCATTCTCAT
TGCCTCTTTTGTGACTTTCTA

QA 1 741 1 741
DS 



CO CL2098Contig2 852 3 11 U
GTAGAACATTTAATCTGCATTACAAATAATACACACACTGTACATTTTACTAACAAAGAT
TATATAAGTATCTAATCTACTTTAAGATAGAAAAAAGGGTGAAGATCTTACATTAACCGT
ACATAAACAAATATTTTAGTAACAAATTCCATGTAACATTTAGTTGATTTCTTCTTATTT
ACTTATGAATCTTGCTTCCTCTCCTCTAAAGATCTCTTCGTGATCCTGACCTTAAGACCA
TGTTTCATGTACAAAGTAGTTGTAACTCGAGGCACAACAACATGATCTTGATCAACCTTG
ATTGAGTAGTTCAACAAGATGGAAGCAGCCACCATTTTCATCTGCAAGTAAGCAAATGTT
TTCCCTAGACAAAGCCTTGGACCGCCATTGAACACAACGTATTTAAACTGATCATCACTC
ACGTACTGTCCTCCTTGTATCCATCTTTCTGGTCTAAACATTTCACAGTCTTCACCCCAT
ATTGATTTCATCCTTCCCATGGCATAGATAGAGAAGTAAACCCTTGAACCTTTCTCCAAG
AGAGTCCCATCCGGAAACACGTCTTCTTCCGTTGCTTGTTTCATCTCCATTGGTATTGGT
GGATAGAGTCTAAGAGTTTCAGACAAGGCCGCTTGTAGATACACCATGTCGCTTAGCTCC
TTGACTGTGAAGTGACAACAACTCTCATCAAGATTATTGTCTCTCCGG*CTCAAGATTTC
TGTTATTTCTTGGAGG*ATCTTGTTTTCGACTTCAGGATGTTTCGTTATCAACCAGAAGA
ACCAAACTAAGCCCGACAGAACTCGTGTCACGTCCCGCTAAGATGAAAACTTGTGCAGAA
CTGTCTGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3BM17JQ U 1
AF RR3CN93JQ U 97
AF RR3BM17TF C 527
BS 1 318 RR3BM17JQ
BS 319 321 RR3CN93JQ
BS 322 374 RR3BM17JQ
BS 375 375 RR3CN93JQ
BS 376 757 RR3BM17JQ
BS 758 785 RR3CN93JQ
BS 786 786 RR3BM17TF
BS 787 828 RR3CN93JQ
BS 829 829 RR3BM17TF
BS 830 847 RR3CN93JQ
BS 848 852 RR3BM17TF

RD RR3BM17JQ 757 0 0
GTAGAACATTTAATCTGCATTACAAATAATACACACACTGTACATTTTACTAACAAAGAT
TATATAAGTATCTAATCTACTTTAAGATAGAAAAAAGGGTGAAGATCTTACATTAACCGT
ACATAAACAAATATTTTAGTAACAAATTCCATGTAACATTTAGTTGATTTCTTCTTATTT
ACTTATGAATCTTGCTTCCTCTCCTCTAAAGATCTCTTCGTGATCCTGACCTTAAGACCA
TGTTTCATGTACAAAGTAGTTGTAACTCGAGGCACAACAACATGATCTTGATCAACCTTG
ATTGAGTAGTTCAACAAG***GAAGCAGCCACCATTTTCATCTGCAAGTAAGCAAATGTT
TTCCCTAGACAAAGTCTTGGACCGCCATTGAACACAACGTATTTAAACTGATCATCACTC
ACGTACTGTCCTCCTTGTATCCATCTTTCTGGTCTAAACATTTCACAGTCTTCACCCCAT
ATTGATTTCATCCTTCCCATGGCATAGATAGAGAAGTAAACCCTTGAACCTTTCTCCAAG
AGAGTCCCATCCGGAAACACGTCTTCTTCCGTTGCTTGTTTCATCTCCATTGGTATTGGT
GGATAGAGTCTAAGAGTTTCAGACAAGGCCGCTTGTAGATACACCATGTCGCTTAGCTCC
TTGACTGTGAAGTGACAACAACTCTCATCAAGATTATTGTCTCTCCGG*CTCAAGATTTC
TGTTATTTCTTGGAGG*ATCTTGTTTTCGACTTCAGG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3CN93JQ 751 0 0
GGGTGAAGATCTTACATTAACCGTACATAAACAAATATTTTAGTAACAAATTCCATGTAA
CATTTAGTTGATTTCTTCTTATTTACTTATGAATCTTGCTTCCTCTCCTCTAAAGATCTC
TTCGTGATCCTGACCTTAAGACCATGTTTCATGTACAAGGTAGTTGTAACTCGAGGCACA
ACAACATGATCTTGATCAACCTTGATTGAGTAGTTCAACAAGATGGAAGCAGCCACCATT
TTCATCTGCAAGTAAGCAAATGTTTTCCCTAGACAAAGCCTTGGACCGCCATTGAACACA
ACGTATTTAAACTGATCATCACTCACGTACTGTCCTCCTTGTATCCATCTTTCTGGTCTA
AACATTTCACAGTCTTCACCCCATATTGATTTCATCCTTCCCATGGCATAGATAGAGAAG
TAAACCCTTGAACCTTTCTCCAAGAGAGTCCCATCTGGAAACACGTCTTCTTCCGTTGCT
TGTTTCATCTCCATTGGTATTGGTGGATAGAGTCTAAGAGTTTCAGACAAGGCCGCTTGT
AGATACACCATGTCGCTTAGCTCCTTGACTGTGAAGTGACAACAACTCTCATCAAGATTA
TTGTCTCTCCGG*CTCAAGATTTCTGTTATTTCTTGGAGG*ATCTTGTTTTCGACTTCAG
GATGTTTCGTTATCAACCAGAAGAACCAA*CTAAGCCCGACAGAACTCGTGTCACGTCCC
GCTAAGATGAAA*CTTGTGCAGAACTGTCTG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3BM17TF 326 0 0
AACCTTTCTCCAAGAGAGTCCCATCCGGAAACACGTCTTCTTCCGTTGCTTGTTTCATCT
CCATTGGTATTGGTGGATAGAGTCTAAGAGTTTCAGACAAGGCCGCTTGTAGATACACCA
TGTCGCTTAGCTCCTTGACTGTGAAGTGACAACAACTCTCATCAAGATTATTGTCTCTCC
GGGCTCAAGATTTCTGTTATTTCTTGGAGGGATCTTGTTTTCGACTTCAGGATGTTTCGT
TATCAACCAGAAGAACCAAACTAAGCCCGACAGAACTCGTGTCACGTCCCGCTAAGATGA
AAACTTGTGCAGAACTGTCTGAAAAA

QA 1 326 1 326
DS 



AS 1 4

CO CL2099Contig1 1048 4 6 U
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TAATGTTTTTTTCAAGGTTAAATAAACTTTCCGATTTGTTTTGTAATGACTTGCGTAAAA
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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CATC

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CGCACCC

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CC

QA 1 512 1 512
DS 



AS 1 5

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BQ
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D334TF C 5
AF RR3FC54JQ U 8
AF RR3FC54TF C 8
AF RR3C539JQ U 1
AF RR3BC13JQ U 5
BS 1 24 RR3C539JQ
BS 25 25 RR3FC54JQ
BS 26 69 RR3C539JQ
BS 70 70 RR3FC54JQ
BS 71 105 RR3C539JQ
BS 106 106 RR3FC54JQ
BS 107 135 RR3C539JQ
BS 136 136 RR3FC54JQ
BS 137 139 RR3C539JQ
BS 140 140 RR3FC54JQ
BS 141 158 RR3C539JQ
BS 159 160 RR3FC54JQ
BS 161 175 RR3C539JQ
BS 176 176 RR3FC54JQ
BS 177 188 RR3C539JQ
BS 189 189 RR3FC54JQ
BS 190 282 RR3C539JQ
BS 283 283 RR3FC54JQ
BS 284 285 RR3C539JQ
BS 286 286 RR3FC54JQ
BS 287 288 RR3C539JQ
BS 289 289 RR3FC54JQ
BS 290 312 RR3C539JQ
BS 313 313 RR3FC54JQ
BS 314 345 RR3C539JQ
BS 346 346 RR3FC54JQ
BS 347 359 RR3C539JQ
BS 360 360 RR3FC54JQ
BS 361 712 RR3C539JQ
BS 713 788 RR3BC13JQ

RD RR3D334TF 406 0 0
ATA
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CAACCACATAAGGTTTGAAAAACAAAAGTCAGTGAGCAAGAACACTACGGAGTAGATTAT
CCTTTTCACTTGAAGCACTTGGCGTCCAAGAGAGCTTCACCTTCAAATGGCTCTGCGTCT
TCAATCATCTGGCTAACACGCTCCTTCTGAGCTTCATCGGAGATGTCAACCTTAGTCCAC
TCGTACAGCTCCATGTCATACACCTCGTCCATCACGAACTTGGGGATCTCTGTTCCACGG
AACAACCACAAACCCTTCACCTTGAACGGACCCTCTGACCCGC

QA 4 406 4 406
DS 

RD RR3FC54JQ 392 0 0
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ATTGACAACAACAAAAAGGTAAAAGAAAGAAGTATTAAGTAGGAAAAAATCCAGTATAAG
CAACCACATAAGGTTTGAAAAACAAAAGTCAGTGAGCAAGAACACTACGGAGTAGATTAT
CCTTTTCACTTGAAGCACTTGGCGTCCAAGAGAGCTTCACCTTCAAATGGCTCTGCGTCT
TCAATCATCTGGCTAACACGCTCCTTCTGAGCTTCATCGGAGATGTCAACCTTAGTCCAC
TCGTACAGCTCCATGTCATACACCTCGTCCATCACGAACTTGGGGATCTCTGTTCCACGG
AACAACCACAAACCCTTCACCTTGAACGGACC

QA 1 392 1 392
DS 

RD RR3FC54TF 392 0 0
GAACATAACCACACTGTGTCGTATAACATATTAAATTGATGTCACAGCCAAAATAGAAAC
ATTGACAACAACAAAAAGGTAAAAGAAAGAAGTATTAAGTAGGAAAAAATCCAGTATAAG
CAACCACATAAGGTTTGAAAAACAAAAGTCAGTGAGCAAGAACACTACGGAGTAGATTAT
CCTTTTCACTTGAAGCACTTGGCGTCCAAGAGAGCTTCACCTTCAAATGGCTCTGCGTCT
TCAATCATCTGGCTAACACGCTCCTTCTGAGCTTCATCGGAGATGTCAACCTTAGTCCAC
TCGTACAGCTCCATGTCATACACCTCGTCCATCACGAACTTGGGGATCTCTGTTCCACGG
AACAACCACAAACCCTTCACCTTGAACGGACC

QA 1 392 1 392
DS 

RD RR3C539JQ 712 0 0
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TAGAAACATAAACAACAACAAAAAGGTAAAAGAAAGAAGTATTAATTAGGAAAAAATCCA
GTATAAGCAACCACACAAGATTTGAAAAACAAAAGTCATAGAGCAAGAACACTACAGAGT
AGATTATCTTTTTCACTTGAAGCACTTGGCGTCCAAGAGAGCTTCACCTTCAAATGGCTC
TGCGTCTTCAATCATCTGGCTAACACGCTCCTTCTGAGCTTCGTCAGAAATGTCAACCTT
AGTCCACTCGTAAAGCTCCATGTCATACACCTCGTCCATCACGAATTTGGGGATCTCTGG
TCCACGGAACAACCACAAACCCTTCACCTTGAACGGACCCTCTGACCCGCAGATAAGCAT
CTTTCCAAAGGCGTATTTACGTGCCAAGTCCATGCGCTGAAGGAACCCTCCTACCTTGTT
GAGCGTGACAAAGGACACCATGTTCTCGTCGTTGTACTTGTAGTCACAGAACCATAGTGA
GTATCCCTCTGGGTCATACATGTCCCAGAACCCTTTAATAGCAACCTCACGGAAGTTAGA
TTTGGTGTTGGAGTAAAGCCTCTTCCACTCATCGAGAACCATTGGGCTTGGTGGTAGCAA
GTCAAGAGGGTTCTTTGCTTTTGGCTTTGGCGCCTCTTCCTCTTCGACAGGC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3BC13JQ 784 0 0
GTA
GAACATAACCACACTGTATCGTATAACATATTAAATTGATGTCACAGCCAAAATAGAAAC
ATAAACAACAACAAAAAGGTAAAAGAAAGAAGTATTAATTAGGAAAAAATCCAGTATAAG
CAACCACACAAGATTTGAAAAACAAAAGTCATAGAGCAAGAACACTACAGAGTAGATTAT
CTTTTTCACTCGAAGCACTTGGCGTCCAAGAGAGCTTCACCTTCAAATGGCTCTGCGTCT
TCAATCATCTGGCTAACACGCTCCTTCTGAGCTTCGTCAGAGATGTCAACCTTAGTCCAC
TCGTAAAGCTCCATGTCATACACCTCGTCCATCACGAATTTGGGGATCTCTGGTCCACGG
AACAACCACAAACCCTTCACCTTGAACGGACCCTCTGACCCGCAGATAAGCATCTTTCCA
AAGGCGTATTTACGTGCCAAGTCCATGCGCTGAAGGAACCCTCCTACCTTGTTGAGCGTG
ACAAAGGACACCATGTTCTCGTCGTTGTACTTGTAGTCACAGAACCATAGTGAGTATCCC
TCTGGGTCATACATGTCCCAGAACCCTTTAATAGCAACCTCACGGAAGTTAGATTTGGTG
TTGGAGTAAAGCCTCTTCCACTCATCGAGAACCATTGGGCTTGGTGGTAGCAAGTCAAGA
GGGTTCTTTGCTTTTGGCTTTGGCGCCTCTTC*TCTTCGACAGGCTTAGGTGCCTCTGCT
GCAGGGGCTTCCTTTTTCTTAGGCTGCTCCTTGGGCTTTGCGGGCTGACCGGCTTTCTTG
A

QA 4 784 4 784
DS 



AS 1 5

CO CL2101Contig1 755 5 10 U
ACCCACTGATTTGCTTACAAGCTTCTAGTCAGAAAATGAGTTTTAGATAATCATCAAATA
CATAGGCATAACACAAAGAGATCCATCCTAAACAAAGAGCTCTCTCACTAGCGTCTCTT*
CTTTTATCAAACACAGACTCTCTCTCGAGAGAGATACTTAAAAGAAACAGAGAAGTAAGG
GCGAGTGGTTAAGAATCTATTATTCCTTGGCGGATTTGTTGATGAGAGACTTGTGGATGT
GAGGGATAACACCACCACCAGCTATAGTTCCTTTGATGAGAGTATCGAGCTCTTCATCTC
CACGAATCGCTAGCTGCAAGTGCCTCGGGGAGATACGTTTCACCTTGAGATCCTTGCTAG
CGTTACCAGCCAACTCCAAAACTTCTGCGGTCAGATACTCAAGTATCGCTGCGGTGTAAA
CAGCTGCAGTTGCTCCAACCCTTCCGTGAGCAGTGGACCTTGTCTTCAACAGCCTATGCA
CCCTTCCTACAGGGAACTGAAGACCAGCTCGAGCAGAACGGGTGATGGGTTGTTTATTCT
TGTCCTTATCCTTCTCGCTACCGCTGGGTTTCCCCATTATCAATCCTTTAGCTCCTTTCC
CCGACATTTTTCCCGCCAAAAGTCTCACAATTTGGTGCGCTGATAGAGAGAAGAGGAGAG
AGATCGCAGCAGAGGAGACAAGAGAGCTCGCGAGAGTCGATAGATGGTTCGGTTCCCACA
GAGATCGAGAAAGACCAGTTGGCGATTTTACCCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 20 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FK10JQ U 45
AF RR3DM13JQ U 27
AF RR3DM13TF C 27
AF RR3FI11JQ U 1
AF RR3FI11TF C 1
BS 1 115 RR3FI11JQ
BS 116 116 RR3DM13JQ
BS 117 412 RR3FI11JQ
BS 413 413 RR3DM13JQ
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BS 433 433 RR3DM13JQ
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BS 537 670 RR3FI11JQ
BS 671 755 RR3FI11TF

RD RR3FK10JQ 382 0 0
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TCACTAGCGTCTCTT*CTTTTATCAAACACAGACTCTCTCTCGAGAGAGATACTTAAAAG
AAACAGAGAAGTAAGGGCGAGTGGTTAAGAATCTATTATTCCTTGGCGGATTTGTTGATG
AGAGACTTGTGGATGTGAGGGATAACACCACCACCAGCTATAGTTCCTTTGATGAGAGTA
TCGAGCTCTTCATCTCCACGAATCGCTAGCTGCAAGTGCCTCGGGGAGATACGTTTCACC
TTGAGATCCTTGCTAGCGTTACCAGCCAACTCCAAAACTTCTGCGGTCAGATACTCAAGT
ATCGCTGCGGGGTAAACAGCTG

QA 1 382 1 382
DS 

RD RR3DM13JQ 620 0 0
G
GTCAGAAAATGAGTTTTAGATAATAATCAAATACATAGGCATAACACAAAGAGATCCATC
CTAAACAAAGAGCTCTCTCACTAGCGTCTCTT*CTTTTATCAAACACAGACTCTCTCTCG
AGAGAGATACTTAAAAGAAACAGAGAAGTAAGGGCGAGTGGTTAAGAATCTATTATTCCT
TGGCGGATTTGTTGATGAGAGACTTGTGGATGTGAGGGATAACACCACCACCAGCTATAG
TTCCTTTGATGAGAGTATCGAGCTCTTCATCTCCACGAATCGCTAGCTGCAAGTGCCTCG
GGGAGATACGTTTCACCTTGAGATCCTTGCTAGCGTTACCAGCCAACTCCAAAACTTCTG
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GAGCAGTGGACCTTGTCTTCAACAGCCTATGCACCCTTCCTACAGGGAACTGAAGACCAG
CTCGAGCAGAACGGGTGATGGGTTGTTTATTCTTGTCCTTATCCTTCTCGCTACCGCTGG
GTTTCCCCATTATCAATCCTTTAGCTCCTTTCCCCGACATTTTTCCCGCCAAAAGTCTCA
CAATTTGGTGCGCTGAT
CC

QA 2 618 2 618
DS 

RD RR3DM13TF 620 0 0
G
GTCAGAAAATGAGTTTTAGATAATAATCAAATACATAGGCATAACACAAAGAGATCCATC
CTAAACAAAGAGCTCTCTCACTAGCGTCTCTT*CTTTTATCAAACACAGACTCTCTCTCG
AGAGAGATACTTAAAAGAAACAGAGAAGTAAGGGCGAGTGGTTAAGAATCTATTATTCCT
TGGCGGATTTGTTGATGAGAGACTTGTGGATGTGAGGGATAACACCACCACCAGCTATAG
TTCCTTTGATGAGAGTATCGAGCTCTTCATCTCCACGAATCGCTAGCTGCAAGTGCCTCG
GGGAGATACGTTTCACCTTGAGATCCTTGCTAGCGTTACCAGCCAACTCCAAAACTTCTG
CGGTCAGATACTCAAGTATCGCTGCGGTGTAAACAGCTGCAGTTGCTCCAACCCTTCCGT
GAGCAGTGGACCTTGTCTTCAACAGCCTATGCACCCTTCCTACAGGGAACTGAAGACCAG
CTCGAGCAGAACGGGTGATGGGTTGTTTATTCTTGTCCTTATCCTTCTCGCTACCGCTGG
GTTTCCCCATTATCAATCCTTTAGCTCCTTTCCCCGACATTTTTCCCGCCAAAAGTCTCA
CAATTTGGTGCGCTGAT
CC

QA 2 618 2 618
DS 

RD RR3FI11JQ 670 0 0
ACCCACTGATTTGCTTACAAGCTTCTAGTCAGAAAATGAGTTTTAGATAATCATCAAATA
CATAGGCATAACACAAAGAGATCCATCCTAAACAAAGAGCTCTCTCACTAGCGTCCCTT*
CTTTTATCAAACACAGACTCTCTCTCGAGAGAGATACTTAAAAGAAACAGAGAAGTAAGG
GCGAGTGGTTAAGAATCTATTATTCCTTGGCGGATTTGTTGATGAGAGACTTGTGGATGT
GAGGGATAACACCACCACCAGCTATAGTTCCTTTGATGAGAGTATCGAGCTCTTCATCTC
CACGAATCGCTAGCTGCAAGTGCCTCGGGGAGATACGTTTCACCTTGAGATCCTTGCTAG
CGTTACCAGCCAACTCCAAAACTTCTGCGGTCAGATACTCAAGTATCGCTGCAGTGTAAA
CAGCTGCAGTTGTTCCAACCCTTCCGTGAGCAGTGGACCTTGTCTTCAACAGCCTATGCA
CCCTTCCTACAGGGAACTGAAGACCAGCTCGAGCAGAACGGGTGATGGGTTGTTTCTTCT
TGTCCTTATCCTTCTCGCTACCGCTGGGTTTCCCCATTATCAATCCTTTAGCTCCTTTCC
CCGACATTTTTCCCGCCAAAAGTCTCACAATTTGGTGCGCTGATAGAGAGAAGAGGAGAG
AGATCGCAGC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3FI11TF 755 0 0
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CATAGGCATAACACAAAGAGATCCATCCTAAACAAAGAGCTCTCTCACTAGCGTCCCTTT
CTTTTATCAAACACAGACTCTCTCTCGAGAGAGATACTTAAAAGAAACAGAGAAGTAAGG
GCGAGTGGTTAAGAATCTATTATTCCTTGGCGGATTTGTTGATGAGAGACTTGTGGATGT
GAGGGATAACACCACCACCAGCTATAGTTCCTTTGATGAGAGTATCGAGCTCTTCATCTC
CACGAATCGCTAGCTGCAAGTGCCTCGGGGAGATACGTTTCACCTTGAGATCCTTGCTAG
CGTTACCAGCCAACTCCAAAACTTCTGCGGTCAGATACTCAAGTATCGCTGCAGTGTAAA
CAGCTGCAGTTGTTCCAACCCTTCCGTGAGCAGTGGACCTTGTCTTCAACAGCCTATGCA
CCCTTCCTACAGGGAACTGAAGACCAGCTCGAGCAGAACGGGTGATGGGTTGTTTCTTCT
TGTCCTTATCCTTCTCGCTACCGCTGGGTTTCCCCATTATCAATCCTTTAGCTCCTTTCC
CCGACATTTTTCCCGCCAAAAGTCTCACAATTTGGTGCGCTGATAGAGAGAAGAGGAGAG
AGATCGCAGCAGAGGAGACAAGAGAGCTCGCGAGAGTCGATAGATGGTTCGGTTCCCACA
GAGATCGAGAAAGACCAGTTGGCGATTTTACCCCC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 5

CO CL2102Contig1 905 5 18 U
GGGGGGGGTTTGAAATCGCGTATAGCTCTCTCTTCGCAAATTCTTTCTTGGAGTAGGAAG
AGATGGGGAATATGTTCGTGAAGAAACCGAAGATCACAGAGGTTGATCGAGCGATTCTCT
CTCTCAAAACCCAAAGGCGCAAACTTGCTCAATATCAGCAACAGCTTGAGAAAGTAATTG
AAGCCGAAAAGCAAGCTGCAAGAGACTTAATCCGTGAGAAGCGGAAAGACAGGGCTTTGT
TAGCATTGAAGAAGAAGCGGACTCAAGAAGACTTATTGAAGCAAGTTGATCAGTGGGTCA
TCAATGTCGAACAACAATTGGCAGATATTGAACTAACAAGCAAGCAGAAGGCAGTCTTTG
AGAGCTTGAAGCAAGGTAACAGTGCCATTAAGGCGATTCAGAGTGAAGTCAACCTTGACG
ATGTTCAGAAACTAATGGATGACACTGCCGAGGCCAAGGCTTATCAGAATGAGCTGAGTG
CCATATTGGGGGAGAAACTATCAGAAGAAGATGAAGAAGAGATCTTGGCAGAATTCGACA
ACCTCGAAAGTCAGCTCAATATTGAAGACATGCCTGACGTGCCTACAACAGAGCCAGTGC
GTGAAGAAGACGAGATATTGGATCTCCCTGATGTGCCGACAAAACAACCACTCGCTGCTC
CCACTGCAGAAATGGCTTCAACAAAGAGAAAAGTACTTGAAGAACCTTTGGAAGCTTGAT
TCAGAAGAGAAGAATATGATGGAAGTACATATCATTCTTTCTCTGGACACTTTTTTTCTT
GTGGGCTCTTGAAGCTCATTTTGTAAAGCTTGCAAAAGAACAAAGTTGTTGGAGTTTCCT
GTGTGACATGAAAAAAA*GAAAATGTTGATCATTATTATGGTTTATGAATGTTTTGTTGG
TTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 

AF RR3C952TF U 1
AF RR3C952JQ C 92
AF RR3H409JQ C 291
AF RR3H409TF U 291
AF RR3A324TF U 492
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BS 791 806 RR3C952TF
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ACCTCGAAAGTCAGCTCAATATTGAAGACATGCCTGACGTGCCTACAACAGAGCCAGTGC
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C*ACTGCAGAAATGGCTTCAACAAAGAGAAAAGTACTTGAAGAACCTTTGGAAGCTTGAT
TCAGAAGAGA*GAATATGATGGAAGTACATATCATTCTT*CTCTGGACACTGTTTT*CTT
GTGGGCTCT*GAAGCTCATTTTGTAA
GCT

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DS 

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ATATCAGCAACAGCTTGAGAAAGTAATTGAAGCCGAAAAGCAAGCTGCAAGAGACTTAAT
CCGTGAGAAGCGGAAAGACAGGGCTTTGTTAGCATTGAAGAAGAAGCGGACTCAAGAAGA
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TGTGCCGACAAAACAACCACTCGCTGCTCCCACTGCAGAAATGGCTTCAACAAAGAGAAA
AGTACTTGAAGAACCTTTGGAAGCTTGATTCAGAAGAGAAGAATATGATGGAAGTACATA
TCATTCTTTCTCTGGACACTGTTTTTCTTGTGGGCTCTTGAAGCTCATTTTGTAAAGCTT
GCAAAAGAACAAAGTTGTTGGAGTTTCCTGTGTGACATGAAAAAAA*GAAAATGTTGATC
ATTATTATGGTT

QA 1 792 1 792
DS 

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G
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TTTTGTTGGTTTCT

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DS 

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G
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CAGTCTTTGAGAGCTTGAAGCAAGGTAACAGTGCCATTAAGGCGATTCAGAGTGAAGTCA
ACCTTGACGATGTTCAGAAACTAATGGATGACACTGCCGAGGCCAAGGCTTATCAGAATG
AGCTGAGTGCCATATTGGGGGAGAAACTATCAGAAGAAGATGAAGAAGAGATCTTGGCAG
AATTCGACAACCTCGAAAGTCAGCTCAATATTGAAGACATGCCTGACGTGCCTACAACAG
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TCGCTGCTCCCACTGCAGAAATGGCTTCAACAAAGAGAAAAGTACTTGAAGAACCTTTGG
AAGCTTGATTCAGAAGAGAAGAATATGATGGAAGTACATATCATTCTTTCTCTGGACACT
TTTTTTCTTGTGGGCTCTTGAAGCTCATTTTGTAAAGCTTGCAAAAGAACAAAGTTGTTG
GAGTTTCCTGTGTGACATGAAAAAAA*GAAAATGTTGATCATTATTATGGTTTATGAATG
TTTTGTTGGTTTCT

QA 2 615 2 615
DS 

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CAGCTCAATATTGAAGACATGCCTGGCGTGCCTACAACAGAGCCAGTGCGTGAAGAAGAC
GAGATATTGGATCTCCCTGATGTGCCGACAAAACAACCACTCGCTGCTCCCACTGCAGAA
ATGGCTTCAACAAAGAGAAAAGTACTTGAAGAACCTTTGGAAGCTTGATTCAGAAGAGAA
GAATATGATGGAAGTACATATCATTCTTTCTCTGGACACTTTTTTTCTTGTGGGCTCTTG
AAGCTCATTTTGTAAAGCTTGCAAAAGAACAAAGTTGTTGGAGTTTCCTGTGTGACATGA
AAAAAAAGAAAATGTTGATCATTATTATGGTTTATGAATGTTTTGTTGGTTTCT

QA 1 414 1 414
DS 



AS 1 5

CO CL2103Contig1 948 5 14 U
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AAATTGTATAAGTGATACAAATTTCTTCAGTGGAGAAAGCTCATCATAAGAATAAAGCTG
AAAAGGAACTCAATAAATAGACAAATAGGGAAATCATACAAGAAAACTGAATTAGTCAAG
GAGATGGATCGGGTCATAACTCAGGGTTTTGTTCTGATATTCCTTCTTCAAGGTGTTCAT
TCCCGAACGTTGCGAAGCGAATCAAATACTGCAGAATCGGGACAAAAGGTTACGGTTAAC
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GCCGGCTTAGTAACTGCAATCAAGTATAAGGGCTTTGACAATGTGTTGAACGAAAGAACT
AAGAATCGTGTGTATTGGGATATAGTATGGTATGAACCAGGACAAGTATCGCAAACAGAT
TTTTTAATAGGAGAAAAGTTCAAGATAATAAGCCAAACAAGTGAGCAAGTCGAAATTTCA
TTTTCAAAAACATGGGATACCTCTAAACGCGGCTCGACAATTCCACTAAACGTAGATAAA
AGATATATTATTCGACGCGGTGTAAGTGGAGTGTATATGTACGGTGTGGTAGAGAGGTTA
AAAAGTTGGCCGACGGTAACAATGGACCAAACCAGAATAGTCTACAAGCTTAACGCTACA
AAGTTCGATTATATGGCTGT*GACGATCATCGACAGAATCTAATGCCTTTAGAGGCAGAT
CGAAATCTTACCGATGGTAGTGCAGCTCCATTGGAATACAAAGAAGCGGTTCGGATGGTA
AAACCAAAAAATAAATTATTTAAAGGGCAGGTTGACGATAAGTATCTTTACTCAATGGAA
AGCAAGGACAACAGACTACATGGTTGGCTCGCTTCAAACAACGTGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF36JQ C 358
AF RR3FF36TF U 8
AF RR3AK63TF U 1
AF RR3AK63JQ C 1
AF RR3E927TF U 601
BS 1 9 RR3AK63JQ
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BS 378 463 RR3FF36TF
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BS 741 819 RR3AK63TF
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RD RR3FF36JQ 341 0 0
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AAAAGATATATTTTTCGACGCGGTGTAAGTGGAGTGTATATGTACGGTGTGGTAGAGAGG
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GG
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TCAATAAATAGACAAATAGGGAAATCATACAAGAAAACTGAATTAGTCAAGGAGATGGAT
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GTAACTGTAATCAAGTATAAGGGCTTTGACAATGTGTTGAACGAAAGAACTAAGAATCGT
GTGTATTGGGATATAGTATGGTATGAACCAGGAC***TATCGCAAACAGATTTTTTAATA
GGAGAAAAGTTCAAGATAATAAGCCAAACAAGTGAGCAAGTCGAAATTTCATTTTCAAAA
ACATGGGATACCTCTAAACGCGGCTCGACAATTCCACTAAACGTAGATAAAAGATATATT
ATTCGACGCGGTGTAAGTGGAGTGTATATGTACGGTGTGGTAGAGAGGTTAAAAAGTTGG
CCGACGGTAACAATGGACCAAACCAGAATAGTCTACAAGCTTAACGCTACAAAGTTCGAT
TATATGGCTGT
AGACGATC

QA 3 733 3 733
DS 

RD RR3AK63TF 819 0 0
GGATAAAAC
ATAGTGAGTAAAAACAACAAAAAAAA*GTGGTAAATCAAAAACAAAAAAAAAAATTGTAT
AAGTGATACAAATTTCTTCAGTGGAGAAAGCTCATCATAAGAATAAAGCTGAAAAGGAAC
TCAATAAATAGACAAATAGGGAAATCATACAAGAAAACTGAATTAGTCAAGGAGATGGAT
CGGGTCATAACTCAGGGTTTTGTTCTGATATTCCTTCTTCAAGGTGTTCATTCCCGAACG
TTGCGAAGCGAATCAAATACTGCAGAATCGGGACAAAAGGTTACGGTTAACACAGCTGGC
GAACAAGTGGTTGTTGATAATGGTATCATCCAACTCACCTTCTCGAATCCAGCCGGCTTA
GTAACTGCAATCAAGTATAAGGGCTTTGACAATGTGTTGAACGAAAGAACTAAGAATCGT
GTGTATTGGGATATAGTATGGTATGAACCAGGACAAGTATCGCAAACAGATTTTTTAATA
GGAGAAAAGTTCAATATAATAAGCCAAACAAGTGAGCAAGTCGAAATTTCATTTTCAAAA
ACATGGGATACCTCTAAACGCGGCTCGACAATTCCACTAAACGTAGATAAAAGATATATT
ATTCGACGCGGTGTAAGTGGAGTGTATATGTACGGTGTGGTAGAGAGGTTAAAAAGTTGG
CCGACGGTAACAATGGACCAAACCAGAATAGTCTACAAGCTTAACGCTACAAAGTTCGAT
TATATGGCTGT*GACGATCATCGACAGAATCTAATGCCTTTAGAGGCAGATCGAAATCTT
ACCGATGGTAGTGCAGCTCCATTGGAATAC

QA 10 819 10 819
DS 

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GGATAAAACATAGTGAGTAAAAACAACAAAAAAAA*GTGGTAAATCAAAAACAAAAAAAA
AAATTGTATAAGTGATACAAATTTCTTCAGTGGAGAAAGCTCATCATAAGAATAAAGCTG
AAAAGGAACTCAATAAATAGACAAATAGGGAAATCATACAAGAAAACTGAATTAGTCAAG
GAGATGGATCGGGTCATAACTCAGGGTTTTGTTCTGATATTCCTTCTTCAAGGTGTTCAT
TCCCGAACGTTGCGAAGCGAATCAAATACTGCAGAATCGGGACAAAAGGTTACGGTTAAC
ACAGCTGGCGAACAAGTGGTTGTTGATAATGGTATCATCCAACTCACCTTCTCGAATCCA
GCCGGCTTAGTAACTGCAATCAAGTATAAGGGCTTTGACAATGTGTTGAACGAAAGAACT
AAGAATCGTGTGTATTGGGATATAGTATGGTATGAACCAGGACAAGTATCGCAAACAGAT
TTTTTAATAGGAGAAAAGTTCAATATAATAAGCCAAACAAGTGAGCAAGTCGAAATTTCA
TTTTCAAAAACATGGGATACCTCTAAACGCGGCTCGACAATTCCACTAAACGTAGATAAA
AGATATATTATTCGACGCGGTGTAAGTGGAGTGTATATGTACGGTGTGGTAGAGAGGTTA
AAAAGTTGGCCGACGGTAACAATGGACCAAACCAGAATAGTCTACAAGCTTAACGCTACA
AAGTTCGATTATATGGCTGT*GACGATCATCGACAGAATCTAATGCCTTTAGAGGCAGAT
CGAAATCTTACCGATGGTAGTGCAGCTCCATTGGAATACAAAGAAGCGGTTCGGATGGTA
AAACC

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR3E927TF 348 0 0
AGATATATTATTCGACGCGGTGTAAGTGGAGTGTATATGTACGGTGTGGTAGAGAGGTTA
AAAAGTTGGCCGACGGTAACAATGGACCAAACCAGAATAGTCTACAAGCTTAACGCTACA
AGGTTCGATTATATGGCTGTAGACGATCATCGACAGAATCTAATGCCTTTAGAGGCAGAT
CGAAATCTTACCGATGGTAGTGCAGCTCCATTGGAATACAAATAAGCGGTTCGGATGGTA
AAACCAAAAAATAAATTATTTAAAGGGCAGGTTGACGATAAGTATCTTTACTCAATGGAA
AGCAAGGACAACAGACTACATGGTTGGCTCGCTTCAAACAACGTGTCG

QA 1 348 1 348
DS 



AS 1 4

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GGACCTCGGGCCATTCCTCTTTCAGAACCAAAAAGATGAAAACCTTATCTCATATCCAAA
TCATATTTCTCCCCATTGCTCTTCTTCTCTTCATCGCTTCCTCATCAACTCTATCAACAT
ATCCAAACCAAACCAACTTAGATTACATCAAAACATCATGCGACCTCACACACTACAAAA
CCCTTTGCTACACCTCCCTATCTCCTTACGCCTTAACAATCGATTCAAACCCTCAAAGAC
TCGCCGTCACCGCCCTCAATCTTACCCTCTCCTCAGCCAAATCTGCAGCTAAGTTCATCA
AGAACATTCCTCAGGGCAGAAGCGGTCTAACACGTTTCGAAGCGGGAGCGGTTGCTGATT
GCGTGGAGGAGATTGGAGACTCGGTGAGTGAGCTCCAAGATTCAATAAGAGAGTTGGATT
CGATCAACTACGAGGATAGCTCGAAATTTGAGATGGTTATGTCGGATGTTAAGACATGGG
TTAGTGCTGCTCTCACTGATGATGACACATGTATGGATGGTTTCGGCCAAGATGGTCGAG
CTAAAGCGGTCGTGAAAGATTTGGTTCGGCGACATGTTGTAAAGGTTGGTCGGATGACTA
GCAACGCGCTTGCTGTCATTAATATGTACGCGTCCACACATGAGAAATGATCATAAATGT
TCATATTGTCATACACAAAATTGTTTGATAACATTTATCGGCAAAATTGCTTATGTTCCA
TGTTTATAACTTCATATGGATACTATGTACCCTGTTATAGGTATTGTGGATTTTCATGTA
TACATCTTTAATAGTTTTATAATGAATATTTTGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B349TF U 5
AF RR3ER18TF U 6
AF RR3AT18TF U 1
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GTCA
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TACACCTCTCTATCTCCTTACGCCTTAACAATCGATTCAAACCCTCAAAGACTCGCCGTC
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GTCGTGAAAGATTTGGTTCGGCGACATGTTGTAAAGGTTGGTCGGATGACTAGCAACGCG
CTTGCTATCATTAATATGTACGCGTCCACACATGAGAAATGATCATAAATGTTCATATTG
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QA 5 721 5 721
DS 

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GGG
GGCCATTCCTCTTTCAGAACCAAAAAGATGAAAACCTTATC**ATATCCAAATCATATTT
CTCCCCATTGCTCTTCTTCTCTTCATCGCTTCCTCATCAACTCTATCAACATATCCAAAC
CAAACCAACTTAGATTACATCAAAACATCATGCGACCTCACACACTACAAAACCCTTTGC
TACACCTCCCTATCTCCTTACGCCTTAACAATCGATTCAAACCCTCAAAGACTCGCCGTC
ACCGCCCTCAATCTTACCCTCTCCTCAGCCAAATCTGCAGCTAAGTTCATCAAGAACATT
CCTCAGGGCAGAAGCGGTCTAACACGTTTCGAAGCGGGAGCGGTTGCTGATTGCGTGGAG
GAGATTGGAGACTCGGTGAGTGAGCTCCAAGATTCAATAAGAGAGTTGGATTCGATCAAC
TACGAGGATAGCTCGAAATTTGAGATGGTTATGTCGGATGTTAAGACATGGGTTAGTGCT
GCTCTCACTGATGATGACACATGTATGGATGGTTTCGGCCAAGATGGTCGAGCTAAAGCG
GTCGTGAAAGATTTGGTTCGGCGACATGTTGTAAAGGTTGGTCGGATGACTAGCAACGCG
CTTGCTGTCATTAATATGTACGCGTCCACACATGAGAAATGATCATAAATGTTCATATTG
TCATACACAAAATTGTTTGATAACATTTATCGGCAAA*TTGCTTATGTTCCATGTTTATA
ACTTCATATGGATACTATGTACCCTGTT

QA 4 751 4 751
DS 

RD RR3AT18TF 797 0 0
GGACCTCGGGCCATTCCTCTTTCAGAACCAAAAAGATGAAAACCTTATCTCATATCCAAA
TCATATTTCTCCCCATTGCTCTTCTTCTCTTCATCGCTTCCTCATCAACTCTATCAACAT
ATCCAAACCAAACCAACTTAGATTACATCAAAACATCATGCAACCTCACACACTACAAAA
CCCTTTGCTACACCTCCCTATCTCCTTACGCCTTAACAATCGATTCAAACCCTCAAAGAC
TCGCCGTCACCGCCCTCAATCTTACCCTCTCCTCAGCCAAATCTGCAGCTAAGTTCATCA
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GCGTGGAGGAGATTGGAGACTCGGTGAGTGAGCTCCAAGATTCAATAAGAGAGTTGGATT
CGATCAACTACGAGGATAGCTCGAAATTTGAGATGGTTATGTCGGATGTTAAGACATGGG
TTAGTGCTGCTCTCACTGATTATGACACATGTATGGATGGTTTCGGCCAAGATGGTCGAG
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GCAACGCGCTTGCTGTCATTAATATGTACGCGTCCACACATGAGAAATGATCATAAATGT
TCATATTGTCATACACAAAATTGTTTGATAACATTTATCGGCAAAATTGCTTATGTTCCA
TGTTTATAACTTCATATGGATACTATGTACCCTGTTATAGGTATTGTGGATTTTCATGTA
TACATCTTTAATAGTTT

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3ER18JQ 713 0 0
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CTCACACACTACAAAACCCTTTGCTACACCTCCCTATCTCCTTACGCCTTAACAATCGAT
TCAAACCCTCAAAGACTCGCCGTCACCGCCCTCAATCTTACCCTCTCCTCAGCCAAATCT
GCAGCTAAGTTCATCAAGAACATTCCTCAGGGCAGAAGCGGTCTAACACGTTTCGAAGCG
GGAGCGGTTGCTGATTGCGTGGAGGAGATTGGAGACTCGGTGAGTGAGCTCCAAGATTCA
ATAAGAGAGTTGGATTCGATCAACTACGAGGATAGCTCGAAATTTGAGATGGTTATGTCG
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GGCCAAGATGGTCGAGCTAAAGCGGTCGTGAAAGATTTGGTTCGGCGACATGTTGTAAAG
GTTGGTCGGATGACTAGCAACGCGCTTGCTGTCATTAATATGTACGCGTCCACACATGAG
AAATGATCATAAATGTTCATATTGTCATACACAAAATTGTTTGATAACATTTATCGGCAA
AATTGCTTATGTTCCATGTTTATAACTTCATATGGATACTATGTACCCTGTTATAGGTAT
TGTGGATTTTCGTGTATACATCTTTAATAGTTTTATAATGAATATTTTGTATT

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 4

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TATAAAGATGAATTGCCTGAGAACTATTGCTCTGTCCCTCTCTCTTTTACTTGTGGGATT
GGTCGGGCCAATCCAAGCTCAGTTACAGATGAACTTCTATGCCAACACTTGTCCAAACGC
CGAAAAGATTGTTCAAGATTTTGTTTCAAACCACATTTCTAATGCTCCTTCTCTTGCCGC
TGCTCTCTTACGGATGCATTTCCACGATTGTTTTGTTCGGGGCTGTGATGGATCAGTGCT
TATAAACTCAACGTCAGGAAATGCGGAGAGAGACGCAACGCCTAACCTAACGGTTAGAGG
GTTTGGCTTCATCGAGGCAATCAAAACTGTGCTTGAAGCTCAGTGTCCTGGAGTCGTCTC
TTGCGCTGATATTATCGCTCTAGCATCTCGAGACGCCGTAGTTTTCACCGGAGGACCAAG
CTGGAGTGTACCAACCGGAAGAAGAGATGGGAGGATATCGAACGCATCAGAGGCCTTAGC
TAACATTCCTCCTCCAACCAGTAACTTCACCAATCTTCAGACACTCTTTGCAAACCAAGG
ACTTGATCTTAAAGACCTTGTCTTACTCTCTGGGGCTCACACTATCGGTGTATCTCATTG
CTCGTCTTTCACAAACCGTCTCTACAACTTCACGGGTCGTGGAGACCAAGATCCGGCCTT
AGACAGTCAATACGCATCCAATCTCAAGTCTAGGAAATGTCCTAGCCTCAACGATAACAC
GACCATAGTGGAGATGGATCCAGGAAGCCGTAAAACGTTTGATTTTAGTTATTACCAGCT
CCTTCTCAAGCGTAGAGGTCTTTTTCAATCAGACTCTGCTCTCACCACCAATCCCACAAC
GCTTTCAAACACAAACCAGATCTTGAAAGGTTCGGTTGAGAGCTTCTTTTCTGAGTTTGC
AAAGTCAATGGAGAAAATGGGTCGGATCAATGTCAAGACTGGGTCAGCAGGAGTGGTTAG
AAGGCAATGTTCCGTTGCAAATAGTTAAGTGGTGCAAAACTTAAGAGTATGGGAGTTTGT
GTGTTTATTTTGCGAAAAATAATAAGGATAATGATGATGATTGTAATGATTGTGATGTGA
CCTTTACAGATCTGTGTGTATGCATTTGGTTATAGAGTTTCATCAATAAAAAAATATTAG
TTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3EI24TF U 17
AF RR3GD16TF U 1
AF RR3GD16JQ C 679
AF RR3EI24JQ C 681
BS 1 612 RR3GD16TF
BS 613 613 RR3EI24TF
BS 614 749 RR3GD16TF
BS 750 750 RR3EI24JQ
BS 751 875 RR3GD16JQ
BS 876 876 RR3EI24JQ
BS 877 911 RR3GD16JQ
BS 912 912 RR3EI24JQ
BS 913 945 RR3GD16JQ
BS 946 946 RR3EI24JQ
BS 947 1207 RR3GD16JQ

RD RR3EI24TF 665 0 0
AACATAGTCCTCCCAAAATATACATTGTCTCAAAAAACCACAAATATAAAGATGAATTGC
CTGAGAACTATTGCTCTGTCCCTCTCTCTTTTACTTGTGGGATTGGTCGGGCCAATCCAA
GCTCAGTTACAGATGAACTTCTATGCCAACACTTGTCCAAACGCCGAAAAGATTGTTCAA
GATTTTGTTTCAAACCACATTTCTAATGCTCCTTCTCTTGCCGCTGCTCTCTTACGGATG
CATTTCCACGATTGTTTTGTTCGGGGCTGTGATGGATCAGTGCTTATAAACTCAACGTCA
GGAAATGCGGAGAGAGACGCAACGCCTAACCTAACGGTTAGAGGGTTTGGCTTCATCGAG
GCAATCAAAACTGTGCTTGAAGCTCAGTGTCCTGGAGTCGTCTCTTGCGCTGATATTATC
GCTCTAGCATCTCGAGACGCCGTAGTTTTCACCGTAGGACCAAGCTGGAGTGTACCAACC
GGAAGAAGAGATGGGAGGATATCGAACGCATCAGAGGCCTTAGCTAACATTCCTCCTCCA
ACCAGTAACTTCACCAATCTTCAGACACTCTTTGCAAACCAAGGACTTGATCTTAAAGAC
CTTGTCTTACTCTCTGGGGCTCACACTATCGGTGTATCTCATTGCTCGTCTTTCACAAAC
CGTCT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3GD16TF 751 0 0
GATACACCACACATTGAACATAGTCCTCCCAAAATATACATTGTCTCAAAAAACCACAAA
TATAAAGATGAATTGCCTGAGAACTATTGCTCTGTCCCTCTCTCTTTTACTTGTGGGATT
GGTCGGGCCAATCCAAGCTCAGTTACAGATGAACTTCTATGCCAACACTTGTCCAAACGC
CGAAAAGATTGTTCAAGATTTTGTTTCAAACCACATTTCTAATGCTCCTTCTCTTGCCGC
TGCTCTCTTACGGATGCATTTCCACGATTGTTTTGTTCGGGGCTGTGATGGATCAGTGCT
TATAAACTCAACGTCAGGAAATGCGGAGAGAGACGCAACGCCTAACCTAACGGTTAGAGG
GTTTGGCTTCATCGAGGCAATCAAAACTGTGCTTGAAGCTCAGTGTCCTGGAGTCGTCTC
TTGCGCTGATATTATCGCTCTAGCATCTCGAGACGCCGTAGTTTTCACCGGAGGACCAAG
CTGGAGTGTACCAACCGGAAGAAGAGATGGGAGGATATCGAACGCATCAGAGGCCTTAGC
TAACATTCCTCCTCCAACCAGTAACTTCACCAATCTTCAGACACTCTTTGCAAACCAAGG
ACTTGATCTTAAGGACCTTGTCTTACTCTCTGGGGCTCACACTATCGGTGTATCTCATTG
CTCGTCTTTCACAAACCGTCTCTACAACTTCACGGGTCGTGGAGACCAAGATCCGGCCTT
AGACAGTCAATACGCATCCAATCTCAAGT
CT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3GD16JQ 529 0 0
TTTT
TACAACTTCACGGGTCGTGGAGACCAAGATCCGGCCTTAGACAGTCAATACGCATCCAAT
TTCAAGTTTAGGAAATGTCCTAGCCTCAACGATAACACGACCATAGTGGAGATGGATCCA
GGAAGCCGTAAAACGTTTGATTTTAGTTATTACCAGCTCCTTCTCAAGCGTAGAGGTCTT
TTTCAATCAGACTTTGCTCTCACCACCAATCCCACAACGCTTTCAAACATAAACCAGATC
TTGAAAGGTTCGGTTGAGAGCTTTTTTTCTGAGTTTGCAAAGTCAATGGAGAAAATGGGT
CGGATCAATGTCAAGACTGGGTCAGCAGGAGTGGTTAGAAGGCAATGTTCCGTTGCAAAT
AGTTAAGTGGTGCAAAACTTAAGAGTATGGGAGTTTGTGTGTTTATTTTGCGAAAAATAA
TAAGGATAATGATGATGATTGTAATGATTGTGATGTGACCTTTACAGATCTGTGTGTATG
CATTTGGTTATAGAGTTTCATCAATAAAAAAATATTAGTTTTGTT

QA 5 529 5 529
DS 

RD RR3EI24JQ 526 0 0
TC
TACAACTTCACGGGTCGTGGAGACCAAGATCCGGCCTTAGACATTCAATACGCAGCCAAT
CTCAAGTCTAGGAACTGTCCTAGCCTCAACGATAACACGACCATAGTGGAGATGGATCCA
GGAAGCCGTAAAACGTTTGATTTTAGTTATTACCAGCTCCTTCTCAAGCGTAGAGGTCTT
TTTCAATCAGACTCTGCTCTCACCACCAATCCCACAACGCTTTCAAACACAAACCAGATC
TTGAAAGGTTCGGTTGAGAGCTTCTTTTCTGAGTTTGCAAAGTCAATGGAGAAAATGGGT
CGGATCAATGTCAAGACTGGGTCAGCAGGAGTGGTTAGAAGGCAATGTTCCGTTGCAAAT
AGTTAAGTGGTGCAAAACTTAAGAGTATGGGAGTTTGTGTGTTTATTTTGCGAAAAATAA
TAAGGATAATGATGATGATTGTAATGATTGTGATGTGACCTTTACAGATCTGTGTGTATG
CATTTGGTTATAGAGTTTCATCAATAAAAAAATATTAGTTTTGT

QA 3 526 3 526
DS 



AS 1 3

CO CL2106Contig1 635 3 6 U
GGACGCTCTTTGTACACTCCGCCATCTCTCTCCATCTCTCTCGTGAGTAACGGAAATGGC
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AGAGGAAGAGTTTGGTATCCAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACAGTTGA
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TTTAATGTGTCAAGTGAGTCTTGTCTTTGTCCTAGTGGTTTAGTAGTATCTGTATCCACG
AGTTTCTATCTCTCTCCTGAATCTTTTGGTGCCGA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A148TF U 1
AF RR3EK42TF U 1
AF RR3FY49TF U 1
BS 1 556 RR3A148TF
BS 557 557 RR3EK42TF
BS 558 560 RR3A148TF
BS 561 561 RR3EK42TF
BS 562 623 RR3A148TF
BS 624 635 RR3EK42TF

RD RR3A148TF 623 0 0
GGACGCTCTTTGTACACTCCGCCATCTCTCTCCATCTCTCTCGTGAGTAACGGAAATGGC
GACCACTTTCAGCTCTTCGGTGTCCATACAAGCTACCTCTCTGGCAACAACAACAACGAG
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CAACCTAAGCCGCACTCGCCTCTCAATCTCTTGCGCGGCCAAACAAGAGACAGTAGAGAA
AGTATCTGAGATAGTCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGCAGA
AACCAAATTTGTCGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTT
AGAGGAAGAGTTTGGTATCCAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACAGTTGA
ACAAGCTGCTGAACTAATTGAGGAGCTCATGCAAGCCAATAAGTAACTTTTAAGTTTTAG
TTTACCCTCTCAAAATAAAAACAGAGCAAGGCTTTGAGTTTGTTGTTTTCATTATGTTTT
TTTAATGTGTCAAGTGGGTCCTGTCTTTGTCCTAGTGGTTTAGTAGTATCTGTATCCACG
AGTTTCTATCTCTCTCCTGAATC

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3EK42TF 635 0 0
GGACGCTCTTTGTACACTCCGCCATCTCTCTCCATCTCTCTCGTGAGTAACGGAAATGGC
GACCACTTTCAGCTCTTCGGTGTCCATACAAGCTACCTCTCTGGCAACAACAACAACGAG
GAATATTAGTTTCCATAAGCCTGCTTTGGTTTCAAACCATGGAAGGACTAATCTCTCCTT
CAACCTAAGCCGCACTCGCCTCTCAATCTCTTGCGCGGCCAAACAAGAGACAGTAGAGAA
AGTATCTGAGATAGTCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGTAGA
AACCAAATTTGTCGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTT
AGAGGAAGAGTTTGGTATCCAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACAGTTGA
ACAAGCTGCTGAACTAATTGAGGAGCTCATGCAAGCCAATAAGTAACTTTTAAGTTTTAG
TTTACCCTCTCAAAATAAAAACAGAGCAAGGCTTTGAGTTTGTTGTTTTCATTATGTTTT
TTTAATGTGTCAAGTGAGTCTTGTCTTTGTCCTAGTGGTTTAGTAGTATCTGTATCCACG
AGTTTCTATCTCTCTCCTGAATCTTTTGGTGCCGA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3FY49TF 612 0 0
GGACGCTCTTTGTACACTCCGCCATCTCTCTCCATCTCTCTCGTGAGTAACGGAAATGGC
GACCACTTTCAGCTCTTCGGTGTCCATACAAGCTACCTCTCTGGCAACAACAACAACGAG
GAATATTAGTTTCCATAAGCCTGCTTTGGTTTCAAACCATGGAAGGACTAATCTCTCCTT
CAACCTAAGCCGCACTCGCCTCTCAATCTCTTGCGCGGCCAAACAAGAGGCAGTAGAGAA
AGTATCTGAGATAGTCAAGAAGCAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGCAGA
AACCAAATTTGTCGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTT
AGAGGAAGAGTTTGGTATCCAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACAGTTGA
ACAAGCTGCTGAACTAATCGAGGAGCTCATGCAAGCCAATAAGTAACTTTTAAGTTTTAG
TTTACCCTCTCAAAATAAAAACAGAGCAAGGCTTTGAGTTTGTTGTTTTCATTATGTTTT
TTTAATGTGTCAAGTGAGTCTTGTCTTTGTCCTAGTGGTTTAGTAGTATCTGTATCCACG
AGTTTCTATCTC

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 3

CO CL2107Contig1 894 3 2 U
GGATCGCTTTGATCGTCGTCACACAGATCTTCCATTCTCTTTTTGTGCCTTGGAGGATCA
GATCTTGGAAGGTCCTCAGCTCAAGGAGAGGAGAAGAAGAAGGAGAGTAAAGGGAGAGAC
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GTGTACCCTGTGGAGCTTCTCTCTGCTGATGGTGTTAGCTATCACAAGTCTTGCTTCAAA
TGCACTCACTGCAAATCCAGGCTTCAGCTGAGTAGATACTCATCAATGGAAGGTGTGTTG
TACTGTAAGCCTCATGAGCAGCTTTTCAAGGAGTCTGGTAGCTTCACCAAGAACTTTCAG
TCACCTGTTAAACCGGCGGCTGAGAAATCAAGTCCTGAGCTGACGAGGACCCCTAGCCGA
GTTACTGGTATGTTCTCAGGCACACAAGAAAAATGCGCCACTTGCAGTAAAACTGTGTAT
CCTATCGAAAAGGTAACAGTGGAGAGCCAGACATATCACAAGTCCTGCTTCAAGTGCTCA
CACGGAGGCTGCCCTATCTCTCCATCAAACTACGCAGCTCTTGAAGGGATCCTCTACTGC
AAGCACCATTTCGCTCAGCTTTTCAAGGAAAAGGGAAGTTACAACCACTTGATCAAATCT
GCTTCCATCAAACGCTCTGCGGCAGCCGCAGTCGCTGCCGGTACACCTGCAGCCGCCGTT
CCTGAATCTTAAAAAACTCAAATAATCCTCTCTCCTCTCTAGTCTAAATTGAAACTTCAA
TGCCAAACTGATTCAGTTTGTTTTCTCATTTTGTGTCTTTGTGTATGAGTGTGTAATCTA
TCCTTTGATGCTCTTTGCTTCCATTAATCTCTCCTAAAGCTTGTTTGTTGTCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H266TF U 1
AF RR3H266JQ C 99
AF RR3F841TF U 418
BS 1 623 RR3H266TF
BS 624 894 RR3F841TF

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GTGTACCCTGTGGAGCTTCTCTCTGCTGATGGTGTTAGCTATCACAAGTCTTGCTTCAAA
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CCTATCGAAAAGGTAACAGTGGAGAGCCAGACATATCACAAGTCCTGCTTCAAGTGCTCA
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AAGCACCATTTCGCTCAGCTTTT

QA 1 623 1 623
DS 

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CTATCACAAGTCTTGCTTCAAATGCACTCACTGCAAATCCAGGCTTCAGCTGAGTAGATA
CTCATCAATGGAAGGTGTGTTGTACTGTAAGCCTCATGAGCAGCTTTTCAAGGAGTCTGG
TAGCTTCACCAAGAACTTTCAGTCACCTGTTAAACCGGCGGCTGAGAAATCAAGTCCTGA
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CTAGTCTAAATTGAAACTTCAATGCCAAACTGATTCAGTTTGTTTTCTCATTTTGTGTCT
TTGTGTATGAGTGTGTAATCTATCCTTTGATGCTCTTTGCTTC

QA 1 763 1 763
DS 

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G
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ATCCTATCGAAAAGGTAACAGTGGAGAGCCAGACATATCACAAGTCCTGCTTCAAGTGCT
CACACGGAGGCTGCCCTATCTCGCCATCAAACTACGCAGCTCTTGAAGGGATCCTCTACT
GCAAGCACCATTTCGCTCAGCTTTTCAAGGAAAAGGGAAGTTACAACCACTTGATCAAAT
CTGCTTCCATCAAACGCTCTGCGGCAGCCGCAGTCGCTGCCGGTACACCTGCAGCCGCCG
TTCCTGAATCTTAAAAAACTCAAATAATCCTCTCTCCTCTCTAGTCTAAATTGAAACTTC
AATGCCAAACTGATTCAGTTTGTTTTCTCATTTTGTGTCTTTGTGTATGAGTGTGTAATC
TATCCTTTGATGCTCTTTGCTTCCATTAATCTCTCCTAAAGCTTGTTTGTTGTCGT

QA 2 477 2 477
DS 



AS 1 3

CO CL2108Contig1 1105 3 4 U
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GATACCGGATCACGAGGGTAGAAATCATCTGATGCTCTAATCACAGCTGCTTGCTTGGAG
CAGTAGAGAGCATCCGTATTATGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER09JQ U 12
AF RR3AV34JQ U 1
AF RR3AV34TF C 327
BS 1 48 RR3AV34JQ
BS 49 49 RR3ER09JQ
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RD RR3ER09JQ 618 0 0
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GATGCAATCAGTTTCTGT

QA 1 618 1 618
DS 

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TATGACTTTCATAACTGAACTTCGACCACATGTAATGTTTTGGTCTCCGAAGGCATCTTG
TCCAACTCAAAAGTGACTAAACCAGAGGAGACATCATACTCAAACGCGATCTCACTTGAC
TCAACAACGCATCTCTTAGGCTTCACCGATGAGTAAGCTCCGAACTTACCACATCCTTTA
ACTTCCATCACCACTTTCATCTTCTCAGCATCATATCTAAGTCCCTCGACAGCTCCTCCC
GAGTTGTACATGTTCACAAGACCAAGCGGAGCAAATGAAACACCATCGGTAGTAGCCAGA
TGACAAATAGGGCTCACAGTGAAGATCTCATGCTCACGGATCTTCAGTGAGATCGGGAGA
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CCATTCCATGTTGCTGGATCAGTGGAGGCCTCGGAGATTAAATGCACATCACGACCACGA
ACGGAGCCAGTGATGCAATCAGTTTCTGTCTGGTGGAATATGTTTTTTCTTTCTGTGCTA
CTCCAAGCTGCTCCTTGACAGTTATACACGCCAAGAACTCCAGTGTACTTGTTCATGTTC
CATATCTTTAGCAAGCTGACACCATCACGAGCAGGATCCGTGAACAAACAATCACGTGTT
GGTCTACCAGGCAATCTAGCACGAAGGATTGATCCATCAGGCAACACAAGCTTTCTTAGA
A

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR3AV34TF 779 0 0
AGCATCATATCTAAGTCCCTCGACAGCTCCTCCCGAGTTGTACATGTTCACAAGACCAAG
CGGAGCAAATGAAACACCATCGGTAGTAGCCAGATGACAAATAGGGCTCACAGTGAAGAT
CTCATGCTCACGGATCTTCAGTGAGATCGGGAGAGACACGTTGTATGGCATAACACTGAG
TTCACCTCTGCTCTGAGAGTAAACAGCACAGTCACCATTCCATGTTGCTGGATCAGTGGA
GGCCTCGGAGATTAAATGCACATCACGACCACGAACGGAGCCAGTGATGCAATCAGTTTC
TGTCTGGTGGAATATGTTTTTTCTTTCTGTGCTACTCCAAGCTGCTCCTTGACAGTTATA
CACGCCAAGAACTCCAGTGTACTTGTTCATGTTCCATATCTTTAGCAAGCTGACACCATC
ACGAGCAGGATCCGTGAACAAACAATCACGTGTTGGTCTACCAGGCAATCTAGCACGAAG
GATTGATCCATCAGGCAACACAAGCTTTCTTAGAAGATCAAAGTTGTGTTTTCCAGGAGC
ATCACTAACGTAGATAGGTCCACCACTAATGGCCCTAGCAGAAGCATGATACTCTGCAGC
AGGGTGCACGGAGTGGAACATGTCCCAGTCTGGCAACATAAACTCTCCCAAGAACACACT
GTTGTATGCAACCGAGGCAACGTGGATGGTGTGAGATACCGGATCACGAGGGTAGAAATC
ATCTGATGCTCTAATCACAGCTGCTTGCTTGGAGCAGTAGAGAGCATCCGTATTATGGC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 2 5

CO CL2109Contig1 837 2 3 U
CAATTCCATTTATTCATGATATTCCTACAACTGATAACTCTTTTGTTTTTATCTACACCT
ACAAGCACACAAAGACTAAGAACCATATGCAAAAAGAAAAGAACAAGCACACCCCAAAAA
TTTATAATTATAAGATCATCTAATCCAACCGAAACCTATTTAAAGCAGCTGTTAATCACA
TCAAGCTTCTTAGAGAAGAAGATTCATCAGAAAGCATCTGCCTAATCCTCTGGAAGAAGC
TCAGCACTGTCTCCTCAGCTTCAGTTTCAAGTTTAGGTACAGTGTGTCCACTTGTATGAC
GGATTACCACTGGCTCTACAAATGATTCCACAAGAACTTCACCTTCCGTTTTCAGAAAAT
CCCTCTCGCCTATGAAGTGGAGTGATGGGCAACGAACAGGAGATGAGAATGCACCAACCG
CAGCTTTAGGCTGTCCAAACCTCAAACCAGGAATCTTTCCTGCGGATATTAGCACCAAGA
ACTTGACCTTTGGCACCTTAGTTAAAGCCTTTCCCTGTTCTTGCATTCCAGGAAGAGCCG
CAGATAGAAAAGCCCCCTGAGAGAAACCAAGAAGACCATCGAAAGGTCCATGCTTTATCA
TGTAATCCTCAACATAATCCAAACACTCTTCAAAGTTCCTGTATTCTCTAAAACCCTTGC
TAGCTTAGTACCACTCGTAATACGGCGGATCATAGAACCGCTCGACGTCCGATTTTCCGG
TGGCCGGGAAAGGACCGTCGAGGAAATCGAGGTCGAGGTTTCAGAGGACTGTGTCGGGCC
ATTTGGATGTAATGAGGGAACGGAGATCAGACCGCTTGTTCTGATCCGTGGAGGCAG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL55JQ U 2
AF RR3DF46JQ U 1
BS 1 666 RR3DF46JQ
BS 667 667 RR3FL55JQ
BS 668 837 RR3DF46JQ

RD RR3FL55JQ 751 0 0
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TTATAGTTATAAGATCATCTAATCCAACCGAAACCTATTTAAAGCAGCTGTTAATCACAT
CAAGCTTCTTAGAGAAGAAGATTCATCAGAAAGCATCTGCCTAATCCTCTGGAAGAAGCT
CAGCACTGTCTCCTCAGCTTCAGTTTCAAGTTTAGGTACAGTGTGTCCACTTGTATGACG
GATTACCACTGGCTCTACAAATGATTCCACAAGAACTTCACCTTCCGTTTTCAGAAAATC
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AGCTTAGTACCACTCGTAATACGGCGGATCATAGAACCGCTCGACGTCCGATTTTCCGGT
GGCCGGGAAAGGACCGTCGAGGAA
TCGAGGT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3DF46JQ 837 0 0
CAATTCCATTTATTCATGATATTCCTACAACTGATAACTCTTTTGTTTTTATCTACACCT
ACAAGCACACAAAGACTAAGAACCATATGCAAAAAGAAAAGAACAAGCACACCCCAAAAA
TTTATAATTATAAGATCATCTAATCCAACCGAAACCTATTTAAAGCAGCTGTTAATCACA
TCAAGCTTCTTAGAGAAGAAGATTCATCAGAAAGCATCTGCCTAATCCTCTGGAAGAAGC
TCAGCACTGTCTCCTCAGCTTCAGTTTCAAGTTTAGGTACAGTGTGTCCACTTGTATGAC
GGATTACCACTGGCTCTACAAATGATTCCACAAGAACTTCACCTTCCGTTTTCAGAAAAT
CCCTCTCGCCTATGAAGTGGAGTGATGGGCAACGAACAGGAGATGAGAATGCACCAACCG
CAGCTTTAGGCTGTCCAAACCTCAAACCAGGAATCTTTCCTGCGGATATTAGCACCAAGA
ACTTGACCTTTGGCACCTTAGTTAAAGCCTTTCCCTGTTCTTGCATTCCAGGAAGAGCCG
CAGATAGAAAAGCCCCCTGAGAGAAACCAAGAAGACCATCGAAAGGTCCATGCTTTATCA
TGTAATCCTCAACATAATCCAAACACTCTTCAAAGTTCCTGTATTCTCTAAAACCCTTGC
TAGCTTGGTACCACTCGTAATACGGCGGATCATAGAACCGCTCGACGTCCGATTTTCCGG
TGGCCGGGAAAGGACCGTCGAGGAAATCGAGGTCGAGGTTTCAGAGGACTGTGTCGGGCC
ATTTGGATGTAATGAGGGAACGGAGATCAGACCGCTTGTTCTGATCCGTGGAGGCAG

QA 1 837 1 837
DS 



CO CL2109Contig2 950 3 8 U
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AACACTTTTGTCTAAAATGCTGAGTCATCCTTATTCCTGTTGCCAAACAGCAACTGGATC
GCGGCCACCGAGACAAGCCTTCAAGATCACGGCGGCGATGTCGTCGGAGAGGAACCCTAG
GATCCTCTGCCTCCACGGATTCAGAACAAGCGGTCTGATTCTCCGTTCCCTCATTACATC
CAAATGGCCCGACACAGTCCTCCGAAACCTCGACCTCGATTTCCTCGACGGTCCTTTCCC
GGCCACCGGAAAATCGGACGTCGAGCGGTTCTATGATCCGCCGTATTACGAGTGGTACCA
AGCTAGCAAGGGTTTTAGAGAATACAGGAACTTTGAAGAGTGTTTGGATTATGTTGAGGA
TTACATGATAAAGCATGGACCTTTCGATGGTCTTCTTGGTTTCTCTCAGGGGGCTTTTCT
ATCTGCGGCTCTTCCTGGAATGCAAGAACAGGGAAAGGCTTTAACTAAGGTGCCAAAGGT
CAAGTTCTTGGTGCTAATATCCGCAGGAAAGATTCCTGGTTTGAGGTTTGGACAGCCTAA
AGCTGCGGTTGGTGCATTCTCATCTCCTGTTCGTTGCCCATCACTCCACTTCATAG*CGA
GAGGGATTTTCTGAAAACGGAAGGTGAAGTTCTTGTGGAATCATTTGTAGAGCCAGTGGT
AATCCGTCATACAAGTGGACACACTATACCTAAACTTGAAACTGAAGCTGAGGAGACTGT
GCTGAGCTTCTTCCAGAGGATTAGGCAGATGCTTTCTGATGATGAATCTTCTTCTCTAAG
AAGCTTGATGTGATTGACAACTGCTTTAAATAGGTTTCGGTTGGATTAGATGATCTTATA
ATTATAAATTTGTGAGGTGTGCTTGTTCTTTTCTTTTGCATATGTTCTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DF46TF U 16
AF RR3FL55TF U 1
AF RR3AF56TF U 119
BS 1 358 RR3FL55TF
BS 359 359 RR3DF46TF
BS 360 683 RR3FL55TF
BS 684 684 RR3AF56TF
BS 685 745 RR3FL55TF
BS 746 746 RR3AF56TF
BS 747 771 RR3FL55TF
BS 772 950 RR3AF56TF

RD RR3DF46TF 658 0 0
GG
GCTCTTGCAAAACTCGAAACCTGTCGGAGAGCTCCACAACAACAACACTTTTGTCTAAAA
TGCTGAGTCATCCTTATTCCTGTTGCCAAACAGCAACTGGATCGCGGCCACCGAGACAAG
CCTTCAAGATCACGGCGGCGATGTCGTCGGAGAGGAACCCTAGGATCCTCTGCCTCCACG
GATTCAGAACAAGCGGTCTGATTCTCCGTTCCCTCATTACATCCAAATGGCCCGACACAG
TCCTCCGAAACCTCGACCTCGATTTCCTCGACGGTCCTTTCCCGGCCACCGGAAAATCGG
ACGTCGAGCGGTTCTATGATCCGCCGTATTACGAGTGGTACCAAGCTAGCAAGGGTTTTA
GAGAATACAGGAACTTTGAAGAGTGTTTGGATTATGTTGAGGATTACATGATAAAGCATG
GACCTTTCGATGGTCTTCTTGGTTTCTCTCAGGGGGCTTTTCTATCTGCGGCTCTTCCTG
GAATGCAAGAACAGGGAAAGGCTTTAACTAAGGTGCCAAAGGTCAAGTTCTTGGTGCTAA
TATCCGCAGGAAAGATTCCTGGTTTGAGGTTTGGACAGCCTAAAGCTGCGGTTGGTGCAT
TCTCATCTCCTGTTCGTTGCCCATCACTCCACTTCATAG*CGAGAGGGATTTTCTG

QA 3 658 3 658
DS 

RD RR3FL55TF 771 0 0
GGGTGGGTGGTCTAACAGCTCTTGCAAAACTCGAAACCTGTCGGAGAGCTCCACAACAAC
AACACTTTTGTCTAAAATGCTGAGTCATCCTTATTCCTGTTGCCAAACAGCAACTGGATC
GCGGCCACCGAGACAAGCCTTCAAGATCACGGCGGCGATGTCGTCGGAGAGGAACCCTAG
GATCCTCTGCCTCCACGGATTCAGAACAAGCGGTCTGATTCTCCGTTCCCTCATTACATC
CAAATGGCCCGACACAGTCCTCCGAAACCTCGACCTCGATTTCCTCGACGGTCCTTTCCC
GGCCACCGGAAAATCGGACGTCGAGCGGTTCTATGATCCGCCGTATTACGAGTGGTACTA
AGCTAGCAAGGGTTTTAGAGAATACAGGAACTTTGAAGAGTGTTTGGATTATGTTGAGGA
TTACATGATAAAGCATGGACCTTTCGATGGTCTTCTTGGTTTCTCTCAGGGGGCTTTTCT
ATCTGCGGCTCTTCCTGGAATGCAAGAACAGGGAAAGGCTTTAACTAAGGTGCCAAAGGT
CAAGTTCTTGGTGCTAATATCCGCAGGAAAGATTCCTGGTTTGAGGTTTGGACAGCCTAA
AGCTGCGGTTGGTGCATTCTCATCTCCTGTTCGTTGCCCATCACTCCACTTCATAG*CGA
GAGGGATTTTCTGAAAACGGAAG*TGAAGTTCTTGTGGAATCATTTGTAGAGCCAGTGGT
AATCCGTCATACAAGTGGACACACTGTACCTAAACTTGAAACTGAAGCTGA

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3AF56TF 832 0 0
GG
GCGGCCACCGAGACAAGCCTTCAAGATCACGGCTGCGATGTCGTCGGAGAGGAACCCTAG
GATCCTCTGCCTCCACGGATTCAGAACAAGCGGTCTGATTCTCCGTTCCCTCATTACATC
TAAATGGCCCGACACAGTCCTCCGAAACCTCGACCTCGATTTCCTCGACGGTCCGTTCCC
GGCCACCGGAAAATCGGACGTCGAGCGGTTCTATGATCCGCCGTATTACGAGTGGTACCA
AGCTAGCAAGGGTTTTAGAGAGTACTGGAACTTTGAAGAGTGTTTGGATTATGTTGAGGA
TTACATGATAAAGCATGGACCTTTCGATGGTCTTCTTGGTTTCTCCCAGGGGGCTTTTCT
ATCTGCTGCTCTTCCTGGAATGCAAGAACAGGGAAAGGCTTTAACTAAGGTGCCAAAGGT
CAAGTTCTTGGTGCTAATATCCGCAGGAAAAATTCCTGGTTTGAGGTTTGGACAGCCTAA
AGCTGCTGTTGGTGTATTCTCATCTCCTGTTCGTTGCCCCTCACTCCACTTCATAGGCGA
GAGGGATTTTCTGAAAACGGAAGGTGAAGTTCTTGTGGAATCATTTGTAGAGCCAGTGGT
GATCCGTCATACAAGTGGACACACTATACCTAAACTTGAAACTGAAGCTGAGGAGACTGT
GCTGAGCTTCTTCCAGAGGATTAGGCAGATGCTTTCTGATGATGAATCTTCTTCTCTAAG
AAGCTTGATGTGATTGACAACTGCTTTAAATAGGTTTCGGTTGGATTAGATGATCTTATA
ATTATAAATTTGTGAGGTGTGCTTGTTCTTTTCTTTTGCATATGTTCTTA

QA 3 832 3 832
DS 



AS 1 3

CO CL2110Contig1 748 3 4 U
GCATTCTCCAATCAGTGTTTGTTGTTTGTTTTGGGTGAAAAAAATGAGCGGAGCGGGGAA
GAAAGTGGCGGAAGTGGCGTTCAAAGCGTCGAGGACGATAGATTGGGAAGGGATGGCGAA
GGTCCTTGTCACCGATGAGGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGCGCTTTCGATGA
GGTCAACACCCAGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCGGAACCCATTGATTGGGATTT
CTACAGAAAGGGTATTGGCTCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCAT
TGAGATTCCTAAGTACGTGGACAATGTTACCCCTGAGTACAAGCCCAAGTTTGATGCTTT
GTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACGGCTAGAGAA
AGAAATTGTTGATGTTCAAGAGATAAGCAAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGATGAGTA
CTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGACGAAATCCGTAACGACTACTG
GGGATACTGATTCACCATGTTGTATCTCTCTGGCCTGGAAAAGAAACTCTTTTCTCTTTT
TCTTTTGATGTGATTTTGTGAGAGTCGATCCATATAACATAATAAGGACCACTCCATTTA
CTTTGAGATATTCATTGGAGATCCAATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGTTTTCAG
TTGTCAATGTCATAATATTGTTTGTTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR3A395TF U 1
AF RR3AV28TF U 1
AF RR3BU67JQ C 45
BS 1 146 RR3A395TF
BS 147 147 RR3AV28TF
BS 148 744 RR3A395TF
BS 745 748 RR3BU67JQ

RD RR3A395TF 745 0 0
GCATTCTCCAATCAGTGTTTGTTGTTTGTTTTGGGTGAAAAAAATGAGCGGAGCGGGGAA
GAAAGTGGCGGAAGTGGCGTTCAAAGCGTCGAGGACGATAGATTGGGAAGGGATGGCGAA
GGTCCTTGTCACCGATGAGGCTCGAATAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGCGCTTTCGATGA
GGTCAACACCCAGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCGGAACCCATTGATTGGGATTT
CTACAGAAAGGGTATTGGCTCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCAT
TGAGATTCCTAAGTACGTGGACAATGTTACCCCTGAGTACAAGCCCAAGTTTGATGCTTT
GTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACGGCTAGAGAA
AGAAATTGTTGATGTTCAAGAGATAAGCAAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGATGAGTA
CTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGACGAAATCCGTAACGACTACTG
GGGATACTGATTCACCATGTTGTATCTCTCTGGCCTGGAAAAGAAACTCTTTTCTCTTTT
TCTTTTGATGTGATTTTGTGAGAGTCGATCCATATAACATAATAAGGACCACTCCATTTA
CTTTGAGATATTCATTGGAGATCCAATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGTTTTCAG
TTGTCAATGTCATAATATTGTTTG
T

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3AV28TF 744 0 0
GCATTCTCCAATCAGTGTTTGTTGTTTGTTTTGGGTGAAAAAAATGAGCGGAGCGGGGAA
GAAAGTGGCGGAAGTGGCGTTCAAAGCGTCGAGGACGATAGATTGGGAAGGGATGGCGAA
GGTCCTTGTCACCGATGAGGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCCGTCGCGCTTTCGATGA
GGTCAACACCCAGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCGGAACCCATTGATTGGGATTT
CTACAGAAAGGGTATTGGCTCTGGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCAT
TGAGATTCCTAAGTACGTGGACAATGTTACCCCTGAGTACAAGCCCAAGTTTGATGCTTT
GTTGGTGGAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACGGCTAGAGAA
AGAAATTGTTGATGTTCAAGAGATAAGCAAAAAGCTCAGCACCATGACTGCAGATGAGTA
CTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAT*AAGTTTGATGACGAAATCCGTAACGACTACTG
GGGATACTGATTCACCATGTTGTATCTCTCTGGCCTGGAAAAGAAACTCTTTTCTCTTTT
TCTTTTGATGTGATTTTGTGAGAGTCGATCCATATAACATAATAAGGACCACTCCATTTA
CTTTGAGATATTCATTGGAGATCCAATGAGACAATGACGATAAACCCATTTGGTTTTCAG
TTGTCAACGTCATAATATTGTTTG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3BU67JQ 704 0 0
TGAGCGGAGCGGGGAAGAAAGTGGCGGAAGTGGCGTTCAAAGCGTCGAGGACGATAGATT
GGGAAGGGATGGCGAAGGTCCTTGTCACCGATGAGGCTCGAAGAGAGTTCTCTAACCTCC
GTCGCGCTTTCGATGAGGTCAACACCCAGCTCCAGACCAAGTTCAGTCAGGAGCCGGAAC
CCATTGATTGGGATTTCTACAGAAAGGGTATTGGCTCTGGCATTGTTGACATGTACAAGG
AAGCTTATGACAGCATTGAGATTCCTAAGTACGTGGACAATGTTACCCCTGAGTACAAGC
CCAAGTTTGATGCTTTGTTGGCGGAACTGAAAGAAGCAGAACAGAAGTCGCTCAAGGAGT
CTGAACGGCTAGAGAAAGAAATTGTTGATGTTCAAGAGATAAGCAAAAAGCTCAGCACCA
TGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCAGAACTCAAAAAGAAGTTTGATGACGAAA
TCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATTCACCATGTTGTATCTCTCTGGCCTGGAAAAGA
AACTCTTTTCTCTTTTTCTTTTGATGTGATTTTGTGAGAGTCGATCCATATAACATAATA
AGGACCACTCCATTTACTTTGAGATATTCATTGGAGATCCAATGAGACAATGACGATAAA
CCCATTTGGTTTTCGGTTGTCAATGTCATAATATTGTTTGTTTC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL2111Contig1 1313 2 6 U
GGACACAAGACAACCAAAACACGAGAAGATTTTATTCGATTTTATCTGTCATTTGCGTCA
ACTGTTACTATCGCGACCAATCTCGGTGTTCGTAGCCATGAGTCTTCTTACAGATCTCAT
TAACCTTAACCTCTCGGAGACCACTGACAAAATCATTGCGGAATACATATGGGTTGGAGG
TTCTGGAATGGATATGAGAAGCAAAGCCAGGACTCTTCCTGGACCAGTGAGTGACCCTTC
GGAGCTACCAAAGTGGAACTATGATGGTTCAAGCACAGGCCAAGCCCCTGGTGAAGATAG
TGAAGTCATCTTATACCCACAAGCGATATTCAAAGATCCTTTCCGTAGAGGCAATAACAT
TCTTGTCATGTGCGACGCTTACACTCCAGCGGGTGAACCAATCCCAACAAACAAAAGACA
CGCTGCGGCTAAGGTCTTTAGCCAGCCTGATGTGGTAGCTGAAGTGCCATGGTATGGTAT
TGAGCAAGAGTATACTTTACTTCAGAAAAGATGTGAAGTGGCCTGTTGGTTGGCCTATTG
GCGGCTTCCCCGGTCCTCAGGGACCATACTATTGTGGTGTTGGAGCAGATAAATCTTTTT
GGCAGAGACGTTGTTGATGCTCACTACAAGGCCTGCTTATACGCTGGTATCAACATTAGT
GGCATCAATGGAGAAGTCATGCCGGGTCAGTGGGAGTTCCAAGTTGGTCCATCTGTTGGT
ATTTCGGCCGGTGATGAAATATGGGTCGCACGTTATATTTTGGGAGAGGATCACGGAGAT
TGCTGGCGTGGTGGTATCTTTTGACCCAAAACCGATTCCAGGTGACTGGAATGGTGCTGG
TGCTCACTGCAACTATAGTACCAAGTCAATGAGGGAAGATGGTGGTTACGAGATTATCAA
GAAGGCTATCGATAAACTGGGACTGAGACACAAAGAACACATTGCTACTTACGGTGAAGG
CAATGAGCGCCGTCTCACGGGTCACCACGAGACTGCTGACATCAACACTTTCCTCTGGGG
TGTTGCGAACCGTGGAGCATCAATCCGTGTAGGACGTGACACAGAGAAAGAAGGGAAAGG
ATACTTTGAGGATAGGAGGCCGGCTTCGAACATGGATCCTTACATCGTGACTTCCATGAT
TGCAGAGACCACAATCCTCTGGAACCCTTGATCAGATCGAAGAAGATTGTTGAATTTTCA
CTCCATTTGGGTTTCTTGCATGATTCAACGTTTGTATGTTTCTCTATCAAGCACTGTCTC
AGAACAAGTCGAGGGATTTGCTCTGTTCTTATGGCTTTTATTGTTTCACATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BA80TF U 1
AF RR3BA80JQ C 389
BS 1 508 RR3BA80TF
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TAACCTTAACCTCTCGGAGACCACTGACAAAATCATTGCGGAATACATATGGGTTGGAGG
TTCTGGAATGGATATGAGAAGCAAAGCCAGGACTCTTCCTGGACCAGTGAGTGACCCTTC
GGAGCTACCAAAGTGGAACTATGATGGTTCAAGCACAGGCCAAGCCCCTGGTGAAGATAG
TGAAGTCATCTTATACCCACAAGCGATATTCAAAGATCCTTTCCGTAGAGGCAATAACAT
TCTTGTCATGTGCGACGCTTACACTCCAGCGGGTGAACCAATCCCAACAAACAAAAGACA
CGCTGCGGCTAAGGTCTTTAGCCAGCCTGATGTGGTAGCTGAAGTGCCATGGTATGGTAT
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GCGGCTTCCCCGGTCCTCAGGGACCATACTATTGTGGTGTTGGAGCAGATAAATCTTTTT
GGCAGAGACGTTGTTGATGCTCACTACAAGGCCTGCTTATACGCTGGTATCAACATTAGT
GGCATCAATGGAGAAGTCATGCCGGGTCAGTGGGAGTTCCAAGTTGGTCCATCTGTTGGT
ATTTCGGCCGGTGATGAAATATGGGTCGCACGTTATATTTTGGGAGAGGATCACGGAGAT
TGCTGGCGTGGTGGTATCTTT*GACCCAAAAC
GAT

QA 1 812 1 812
DS 

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GATGTGGTAGCTGAAGTGCCATGGTATGGTATTGAGCAAGAGTATACTTTACTTCAGAAA
AGATGTGAAGTGGCCTGTTGGTTGGCCTATTGGCGGCTTCCCCGGTCCTCAGGGACCATA
CTATTGTGGTGTTGGAGCAGATAAATCTTTT*GGCAGAGACGTTGTTGATGCTCACTACA
AGGCCTGCTTATACGCTGGTATCAACATTAGTGGCATCAATGGAGAAGTCATGCCGGGTC
AGTGGGAGTTCCAAGTTGGTCCATCTGTTGGTATTTCGGCCGGTGATGAAATATGGGTCG
CACGTTATATTTTGG*AGAGGATCACGGAGATTGCTGGCGTGGTGGTATCTTTTGACCCA
AAACCGATTCCAGGTGACTGGAATGGTGCTGGTGCTCACTGCAACTATAGTACCAAGTCA
ATGAGGGAAGATGGTGGTTACGAGATTATCAAGAAGGCTATCGATAAACTGGGACTGAGA
CACAAAGAACACATTGCTACTTACGGTGAAGGCAATGAGCGCCGTCTCACGGGTCACCAC
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AACATGGATCCTTACATCGTGACTTCCATGATTGCAGAGACCACAATCCTCTGGAACCCT
TGATCAGATCGAAGAAGATTGTTGAATTTTCACTCCATTTGGGTTTCTTGCATGATTCAA
CGTTTGTATGTTTCTCTATCAAGCACTGTCTCAGAACAAGTCGAGGGATTTGCTCTGTTC
TTATGGCTTTTATTGTTTCACATCC

QA 1 925 1 925
DS 



AS 1 5

CO CL2112Contig1 1204 5 7 U
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GAGCCAACTATTATTACATAGAGCTGACAAAGTCGACGATTTCAACAACATCATGGAGCA
GAGAGTTGGAGTTCACCACCCTACAGTTTCGTCTGATCTGTCCTTGAGATCCTGTGAGAG
GGGTAATGTTTCCCATTCTATCCATCGCCTTTATAAACGCATTGAAGAACTTTTGTGTGC
CATCAGCGTATTCTCTCACCAAGGGGATAGTATCAGTGGCATTGGGGCTTGAGAACAGCT
CTTGATCGGTTTGGATAAGTCCTTTGAGCTCTTTCAGATTCACATAATATTTGTTGTCAA
AAACTGTCGGTGTACGTAGATCAAAATCCACTAGAACGCTCTGGTTACCATTACGAGGGC
ATAGTCCACGAAGCGTCTGGAGATAAGTAGTGTTGAGGGTAGGGTCGGGTAAACCAGTGT
TGGTGAAGTTGTATAGCCTGTCCATAATAAACTGGCATTGGTTTTTACCAAAAGTGTGAC
CTCCGGAGAGGGCAACGAGATCAGAAGGAAGGTTAAGCCCGACATTGCTGAAACTGGCTT
TAAGCTGGGGCAGCGTGAAGAATGGAGCAGGAAGATTGTTATTAGAAAGATTAAAGAAAG
CTTGTAAGCTATCTCGTCTCCCCAAAGGAACCCTCCATGAAGGACCTACTGCCAGATTGA
CTGATTGTTGAGCTGCGATAGTTAGAATATCTGCACATGAAACAATCCCCGGACATTGTG
CCTCCACTGCTGTTTTCATTCTGTCAACCACTGGAAATCCTCGAGCCGAGTTTGCATTTG
GCGCAGCATCTTTTTCCGTTCGAAACGATGTTGTGTTGTCTAACAAGATCGATGCATCGC
AACCATTCACGAAGCAGTCGTGGAAGTGAAGACGAAGGAGGCTCGCAGCAATACGAGGAT
CCGATCTTAGCTCGTTGACGATGATTCCCCGGACGATGGTAGACACGTCAGGGCATGTAT
TGTCGTAGAAAGTAGGAGTTAGTACTTGAGCACTAGAGAAAGATGAATGAAGCATAAGGC
ATCCCACTGTTATAAGGGTTGTCCAAGTTGACAACGAAGACAAAGAAGAGGAATGCATTT
TTTCTCCGAAGAAAATTATCTGATTGGTTTTACTGGAGAAAGATGAGGAAACTCCATATC
ACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 

AF RR3GF09JQ U 8
AF RR3GS13JQ U 1
AF RR3GV86JQ U 1
AF RR3GV86TF C 548
AF RR3GS13TF C 522
BS 1 445 RR3GS13JQ
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GGAGTTCACCACCCTACAGTTTCGTCTGATCTGTCCTTGAGATCCTGTGAGAGGGGTAAT
GTTTCCTATTCTATCCATCGCCTTTATAAACGCATTGAAAAACTTTTGTGTGCCATCAGC
GTATTCTCTCACCAAGGGGATAGTATCAGTGACATTGGGGCTTGAGAACAGCTCTTGATC
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ACGAAGCGTCTGGAGATGAGTAGTGTTGAGGGTAGGGTCGGGTAAACCAGTGTTGGTGAA
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QA 1 548 1 548
DS 

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GAGCCAACTATTATTACATAGAGCTGACAAAGTCGACGATTTCAACAACATCATGGAGCA
GAGAGTTGGAGTTCACCACCCTACAGTTTCGTCTGATCTGTCCTTGAGATCCTGTGAGAG
GGGTAATGTTTCCCATTCTATCCATCGCCTTTATAAACGCATTGAAGAACTTTTGTGTGC
CATCAGCGTATTCTCTCACCAAGGGGATAGTATCAGTGGCATTGGGGCTTGAGAACAGCT
CTTGATCGGTTTGGATAAGTCCTTTGAGCTCTTTCAGATTCACATAATATTTGTTGTCAA
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ATAGTCCACGAAGCGTCTGGAGATAGGTAGTGTTGAGGGTAGGGTCGGGTAAACCAGTGT
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TAAGTTGGGGCAGCGTGAAGAAT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3GV86JQ 804 0 0
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CTATTATTACATAGAGCTGACAAAGTCGACGATTTCAACAACATCATGGAGCAGAGAGTT
GGAGTTCGCCACCCTACAGTTTCGTCTGATCTGTCCTTGAGATCCTGTGAGAGGGGTAAT
GTTTCCCATTCTATCCATCGCCTTTATAAACGCATTGAAGAACTTTTGTGTGCCATCAGC
GTATTCTCTCACCAAGGGGATAGTATCAGTGGCATTGGGGCTTGAGAACAGCTCTTGATC
GGTTTGGATAAGTCCTTTGAGCTCTTTCAGATTCACATAATATTTGTTGTCAAAAACTGT
CGGTGTACGTAGATCAAAATCCACTAGAACGCTCTGGTTACCATTACGAGGGCATAGTCC
ACGAAGCGTCTGGAGATAAGTAGTGTTGAGGGTAGGGTCGGGTAAACCAGTGTTGGTGAA
GTTGTATAGCCTGTCCATAATAAACTGGCATTGGTTTTTACCAAAAGTGTGACCTCCGGA
GAGGGCAACGAGATCAGAAGGAAGGTTAAGCCCGACATTGCTGAAACTGGCTTTAAGCTG
GGGCAGCGTGAAGAATGGAGCAGGAAGATTGTTATTAGAAAGATTAAAGAAAGCTTGTAA
GCTATCTCGTCTCCCCAAAGGAACCCTCCATGAAGGACCTACTGCCAGATTGACTGATTG
TTGAGCTGCGATAGTTAGAATATCTGCACATGAAACAATCCCCGGACATTGTGCCTCCAC
TGCTGTTTTCATTCTGT

QA 8 804 8 804
DS 

RD RR3GV86TF 639 0 0
GAGGGCAACGAGATCAGAAGGAAGGTTAAGCCCGACATTGCTGAAACTGGCTTTAAGCTG
GGGCAGCGTGAAGAATGGAGCAGGAAGATTGTTATTAGAAAGATTAAAGAAAGCTTGTAA
GCTATCTCGTCTCCCCAAAGGAACCCTCCATGAAGGACCTACTGCCAGATTGACTGATTG
TTGAGCTGCGATAGTTAGAATATCTGCACATGAAACAATCCCCGGACATTGTGCCTCCAC
TGCTGTTTTCATTCTGTCAACCACTGGAAATCCTCGAGCCGAGTTTGCATTTGGCGCAGC
ATCTTTTTCTGTTCGAAACGATGTTGTGTTGTCTAACAAGATCGATGCGTCGCAACCATT
CACGAAGCAGTCGTGGAAGTGAAGACGAAGGAGGCTCGCAGCAATACGAGGATCCGATCT
TAGCTCGTTGACGATGATTCCCCGGACGATGGTAGACACGTCAGGGCATGTATTGTCGTA
GAAAGTAGGAGTTAGTACTTGAGCACTAGAGAAAGATGAATGAAGCATAAGGCATCCCAC
TGTTATAAGGGTTGTCCAAGTTGACAACGAAGACAAAGAAGAGGAATGCATTTTTTCTCC
GAAGAAAATTATCTGATTGGTTTTACTGGAGAAAGAT
CC

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3GS13TF 683 0 0
TTTTTACCAAAAGTGTGACCTCCGGAGAGGGCAACGAGATCAGAAGGAAGGTTAAGCCCG
ACATTGCTGAAACTGGCTTTAAGTTGGGGCAGCGTGAAGAATGGAGCAGGAAGATTGTTA
TTAGAAAGATTAAAGAAAGCTTGTAAGCTATCTCGTCTCCCCAAAGGAACCCTCCATGAA
GGACCTCCTGCCAGATTGACTGATTGTTGAGCTGCGATAGTTAGAATATCTGCACATGAA
ACAATCCCCGGACATTGTGCCTCCACTGCTGTTTTCATTCTGTCAACCACTGGAAATCCT
CGAGCCGAGTTTGCATTTGGCGCAGCATCTTTTTCCGTTCGAAACGATGTTGTGTTGTCT
AACAAGATCGATGCATCGCAACCATTCACGAAGCAGTCGTGGAAGTGAAGACGAAGGAGG
CTCGCAGCAATACGAGGATCCGATCTTAGCTCGTTGACGATGATTCCCCGGACGATGGTA
GACACGTCAGGGCATGTATTGTCGTAGAAAGTAGGAGTTAGTACTTGAGCACTAGAGAAA
GATGAATGAAGCATAAGGCATCCCACTGTTATAAGGGTTGTCCAAGTTGACAACGAAGAC
AAAGAAGAGGAATGCATTTTTTCTCCGAAGAAAATTATCTGATTGGTTTTACTGGAGAAA
GATGAGGAAACTCCATATCACCC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 5

CO CL2113Contig1 612 5 21 U
GGATTCTCTCCCGAATCTCTCTCTCAGAACTTCTTTCTTCTCTCAGATCAGAGTTTGTTT
TTGTTTCCGTCTCGCCCCGGCCGGAGAATCTGATAAAGGGAAGATGTCTGCTTTTCAGGA
AGAGGACAAGAAGCCCGGAGACCAAGGACCATCGGCTCACATCAATCTCAAAGTCAAGGG
CCAGGATGTAAATGAAGTCTTCTTTAGGATCAAGAGGGCCACTCAGCTGAAGAAGCTGAT
GACCGCTTACTGTGACCGTCAATCAGTGGATTTCAACTCAATTGCTTTCTTGTTCGATGG
CCGTCGTCTCCGTGCTGAACAGACTCCTGATGAGCTTGATATGGAAGAGGGAGATGAGAT
CGATGCAATGCTCCATCAAACCGGTGGTGTTACTAATGCTAGTGGCATGTCTGTGTTCTG
GGTTTAGTGGCCTTTGATGGTGTTTCAATAAGATAAGAGCGTGTCATATATATTTATGAA
CAGTTTTCAATAAGACGGTGTGATGTTATTATTGGATCATTAATATCTAATGGGCTTTGT
TTAATGAGGCGGTAGCTTTAACTATAAAAGCTACTTTTAACCGTGTTTGGTAATTGATTA
AATTTGTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BD03TF U 1
AF RR3EY15JQ C 319
AF RR3AQ87JQ C 39
AF RR3EY15TF U 206
AF RR3AQ87TF U 39
BS 1 52 RR3BD03TF
BS 53 53 RR3AQ87TF
BS 54 63 RR3BD03TF
BS 64 64 RR3AQ87TF
BS 65 188 RR3BD03TF
BS 189 189 RR3AQ87TF
BS 190 261 RR3BD03TF
BS 262 262 RR3EY15TF
BS 263 264 RR3BD03TF
BS 265 265 RR3EY15TF
BS 266 294 RR3BD03TF
BS 295 295 RR3EY15TF
BS 296 348 RR3BD03TF
BS 349 349 RR3EY15TF
BS 350 415 RR3BD03TF
BS 416 416 RR3EY15TF
BS 417 484 RR3BD03TF
BS 485 485 RR3EY15TF
BS 486 521 RR3BD03TF
BS 522 541 RR3EY15TF
BS 542 612 RR3AQ87TF

RD RR3BD03TF 521 0 0
GGATTCTCTCCCGAATCTCTCTCTCAGAACTTCTTTCTTCTCTCAGATCAGATTTTGTTT
TTGGTTCCGTCTCGCCCCGGCCGGAGAATCTGATAAAGGGAAGATGTCTGCTTTTCAGGA
AGAGGACAAGAAGCCCGGAGACCAAGGACCATCGGCTCACATCAATCTCAAAGTCAAGGG
CCAGGATGGAAATGAAGTCTTCTTTAGGATCAAGAGGGCCACTCAGCTGAAGAAGCTGAT
GACCGCTTACTGTGACCGTCAGTCTGTGGATTTCAACTCAATTGCTTTCTTGTTTGATGG
CCGTCGTCTCCGTGCTGAACAGACTCCTGATGAGCTTGATATGGAAGAAGGAGATGAGAT
CGATGCAATGCTCCATCAAACCGGTGGTGTTACTAATGCTAGTGGCATGTCTGTGGTCTG
GGTTTAGTGGCCTTTGATGGTGTTTCAATAAGATAAGAGCGTGTCATATATATTTATGAA
CAGTGTTCAATAAGACGGTGTGATGTTATTATTGGATCATT

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR3EY15JQ 178 0 0
ACAGACTCCTGATGGGCTTGATATGGAAGAGGGAGATGAGATCGATGCAATGCTCCATCA
AACCGGTGGTGTTACTAATGCTAGTGGCATGTCTGTGTTCTGGGTTTAGTGGCCTTTGAT
GGTGTTTCAATAAGATAAGAGCGTGTCATATATATTTATGAACAGTTTTCAATAAGAC

QA 1 178 1 178
DS 

RD RR3AQ87JQ 537 0 0
G
CTCTCAGATCAGAGTTTGTTTTTGTTTCCGTCTCGCCCCGGCCGGAGAATCTGATAAAGG
GAAGATGTCTGCTTTTCAGGAAGAGGACAAGAAGCCCGGAGACCAAGGACCATCGGCTCA
CATCAATCTCAAAGTCAAGGGCCAGGATGTAAATGAAGTCTTCTTTAGGATCAAGAGGGC
CACTCAGCTGAAGAAGCTGATGACCGCTTACTGTGACCGTCAATCAGTGGATTTCAACTC
AATTGCTTTCTTGTTCGATGGCCGTCGTCTCCGTGCTGAACAGACTCCTGATGAGCTTGA
TATGGAAGAGGGAGATGAGATCGATGCAATGCTCCATCAAACCGGTGGTGTTACTAATGC
TAGTGGCATGTCTGTGTTCTGGGTTTAGTGGCCTTTGATGGTGTTTCAATAAGATAAGAG
CGTGTCATATATATTTATGAACAGTTTTCAATAAGACGGTGTGATGTTATTATTGGATCA
TTAATATCTAATGGGCTTTGTTTAATGAGGCGGTAGCTTTAACTATAAAAGCTACT

QA 2 537 2 537
DS 

RD RR3EY15TF 337 0 0
G
GGATCAAGAGGGCCACTCAGCTGAAGAAGCTGATGACCGCTTACTGTGACCGTCAATCAG
TGGATTTCAACTCAATTGCTTTCTTGTTCGATGGCCGTCGTCTCCGTGCTGAACAGACTC
CTGATGAGCTTGATATGGAAGAGGGAGATGAGATCGATGCAATGCTCCATCAAACCGGTG
GTGTTACTAATGCTAGTGGCATGTCTGTGTTCTGGGTTTAGTGGCCTTTGATGGTGTTTC
AATAAGATAAGAGCGTGTCATATATATTTATGAACAGTTTTCAATAAGACGGTGTGATGT
TATTATTGGATCATTAATATCTAATGGGCTTTGTT
C

QA 2 336 2 336
DS 

RD RR3AQ87TF 574 0 0
G
CTCTCAGATCAGAGTTTGTTTTTGTTTCCGTCTCGCCCCGGCCGGAGAATCTGATAAAGG
GAAGATGTCTGCTTTTCAGGAAGAGGACAAGAAGCCCGGAGACCAAGGACCATCGGCTCA
CATCAATCTCAAAGTCAAGGGCCAGGATGTAAATGAAGTCTTCTTTAGGATCAAGAGGGC
CACTCAGCTGAAGAAGCTGATGACCGCTTACTGTGACCGTCAATCAGTGGATTTCAACTC
AATTGCTTTCTTGTTCGATGGCCGTCGTCTCCGTGCTGAACAGACTCCTGATGAGCTTGA
TATGGAAGAGGGAGATGAGATCGATGCAATGCTCCATCAAACCGGTGGTGTTACTAATGC
TAGTGGCATGTCTGTGTTCTGGGTTTAGTGGCCTTTGATGGTGTTTCAATAAGATAAGAG
CGTGTCATATATATTTATGAACAGTTTTCAATAAGACGGTGTGATGTTATTATTGGATCA
TTAATATCTAATGGGCTTTGTTTAATGAGGCGGTAGCTTTAACTATAAAAGCTACTTTTA
ACCGTGTTTGGTAATTGATTAAATTTGTTCCCC

QA 2 574 2 574
DS 



AS 1 2

CO CL2114Contig1 788 2 2 U
GCGGCTTGCAATCTCTGAAACCGGGTGGCCTAATGGGGGTGATATCGATGAAACCGGAGC
TAACATTCTAAATGCGGCGACGTATAACCGGAATTTGATCAAGAAGATGACTGCTAACCC
GCCGCTCGGTACACCGGCTCGACCCGGTTCACCTATACCAACGTTTTTGTTCTCATTGTT
CAATGAAAACCAGAAACCCGGTTCGGGAACAGAGAGGCATTGGGGGATATTGAATCCTTA
CGGTACACAGATCTACGACATCGATTTCAGCGGGACAAAACCGGTTCCTAGTCCTGGTTC
GTTGCCTAAACCGAGTAACAATGTTCCGTTCAAGGGAAATGTGTGGTGTGTGGCGGCCGA
AGGAGCCAGCGAGGCGGAGTTGGAGCGGGAGCTTAGCTTTGCTTGCCGACAAAGCAACGC
AACGTGTGCAGCTTTGGCGCCGGGAAGAGAGTGTTACGCATCGGTTTCGATTACTTGGCA
TGCTAGCTATGCGTTTAGCTCGTACTGGGCTCAGTTCAGGAACCAAAGCTCTCGGTGCTA
CTTCAATGGCTTCGCGCGTGAGACCACAACAAACCCTGGGAATGAGCGTTGCAAGTTCCC
TAGCGTTACCCTGTGAGACTTCCCCAAGAGTCAAAACTAAGGCGTATTAAGAAGGATCAA
AAGCTGGAGCATTAGTATTTTTAAGTCAATCTTCATCTTGATAATTATTAATTTCCGTTA
TTCCAAGTTGCTACTCCGTGTTTTCTATTAATGAGAAAAGATTGAATAAACATCGAAAAT
TTGTTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CO02TF U 1
AF RR3CO02JQ C 208
BS 1 691 RR3CO02TF
BS 692 788 RR3CO02JQ

RD RR3CO02TF 697 0 0
GCGGCTTGCAATCTCTGAAACCGGGTGGCCTAATGGGGGTGATATCGATGAAACCGGAGC
TAACATTCTAAATGCGGCGACGTATAACCGGAATTTGATCAAGAAGATGACTGCTAACCC
GCCGCTCGGTACACCGGCTCGACCCGGTTCACCTATACCAACGTTTTTGTTCTCATTGTT
CAATGAAAACCAGAAACCCGGTTCGGGAACAGAGAGGCATTGGGGGATATTGAATCCTTA
CGGTACACAGATCTACGACATCGATTTCAGCGGGACAAAACCGGTTCCTAGTCCTGGTTC
GTTGCCTAAACCGAGTAACAATGTTCCGTTCAAGGGAAATGTGTGGTGTGTGGCGGCCGA
AGGAGCCAGCGAGGCGGAGTTGGAGCGGGAGCTTAGCTTTGCTTGCCGACAAAGCAACGC
AACGTGTGCAGCTTTGGCGCCGGGAAGAGAGTGTTACGCATCGGTTTCGATTACTTGGCA
TGCTAGCTATGCGTTTAGCTCGTACTGGGCTCAGTTCAGGAACCAAAGCTCTCGGTGCTA
CTTCAATGGCTTCGCGCGTGAGACCACAACAAACCCTGGGAATGAGCGTTGCAAGTTCCC
TAGCGTTACCCTGTGAGACTTCCCCAAGAGTCAAAACTAAGGCGTATTAAGAAGGATCAA
AAGCTGGAGCATTAGTATTTTTAAGTCAATC
TTCATC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3CO02JQ 581 0 0
AACAGAGAGGCATTGGGGGATATTGAATCCTTACGGTACACAGATCTACGACATCGATTT
CAGCGGGACAAAACCGGTTCCTAGTCCTGGTTCGTTGCCTAAACCGAGTAACAATGTTCC
GTTCAAGGGAAATGTGTGGTGTGTGGCGGCCGAAGGAGCCAGCGAGGCGGAGTTGGAGCG
GGAGCTTAGCTTTGCTTGCCGACAAAGCAACGCAACGTGTGCAGCTTTGGCGCCGGGAAG
AGAGTGTTACGCATCGGTTTCGATTACTTGGCATGCTAGCTATGCGTTTAGCTCGTACTG
GGCTCAGTTCAGGAACCAAAGCTCTCGGTGCTACTTCAATGGCTTCGCGCGTGAGACCAC
AACAAACCCTGGGAATGAGCGTTGCAAGTTCCCTAGCGTTACCCTGTGAGACTTCCCCAA
GAGTCAAAACTAAGGCGTATTAAGAAGGATCAAAAGCTGGAGCATTAGTATTTTTAAGTC
AATCTTCATCTTGATAATTATTAATTTCCGTTATTCCAAGTTGCTACTCCGTGTTTTCTA
TTAATGAGAAAAGATTGAATAAACATCGAAAATTTGTTACT

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 3

CO CL2115Contig1 767 3 9 U
GGACGGCTGAGATAAAGCTGCGATGGCTTTGTCTCTGAGCAGTAGAATCGGATCTTCCGT
CTTAACACGACGCCGTATTCCTTTCGTCGGTGCGTTTTGCGTGCTAAGCTTGGGTTTCTC
GAGTCTATCATCATTCTCATCGTCTTCCTTTAAACCTGGTTGTGCACAGTCTCTCTCTTT
TGCCCCTCTCTTAAGTATTCAGGTCTAGGTTTAGCAGTAAGGCTTCTTCTTCTTCATCTT
CATATTTGATCAAAATGGAGGAGAACAGCAAAACTGTGCCCAGCATTGTCGTCTACGTCA
CTGTTCCCAACAGAGAAGCAGGAAAGAAGTTGGCTAATAGCATAGTCCAAGAAAAGCTTG
CTGCGTGTGTCAACATTGTGCCAGGTGTTGAATCGGTGTACGAGTGGGAAGGAAAGGTTC
AGAGTGATTCCGAGGAGCTACTAATAATCAAAACAAGGCAGTCTCTTCTAGAGTCTCTTA
CCGAGCACGTCAATGCTAATCACGAATACGATGTGCCAGAAGTAATTGCATTGCCCATAA
CTGGTGGGAGCGACAAGTATCTAGAATGGTTGAAAAACAGTACTAGGAACCGAGACATCT
CGCTAGCTTGTCCGTCCATCCCATCAATTGGCTTTTGGAGTTTTTTTTTGTTTCTCAAAT
AAAGAGCTTTCCCCCATCTGTGGATTATGCCTTAGTGTGTCTGTCATGTGTAATAGTTAC
TAAGACCAGTTCACTTAAGTGAAGTAAAATTTGTACTCTTATATATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D106TF U 21
AF RR3A612TF U 1
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TTAGCAGTAAGGCTTCTTCTTCTTCATCTTCATATTTGATCAAACTGGAGGAGAGCAGCA
AAACTGTGCCCAGCATTGTCGTCTACGTCACTGTTCCCAACAGAGAAGCAGGAAAGAAGT
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GCTTTTGGAG

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GAGTCTATCATCATTCTCATCGTCTTCCTTTAAACCTGGTTGTGCACAGTCTCTCTCTTT
TGCCCCTCTCTTAA*******GGTCTAGGTTTAGCAGTAAGGCTTCTTCTTCTTCATCTT
CATATTTGATCAAAATGGAGGAGAACAGCAAAACTGTGCCCAGCATTGTCGTCTACGTCA
CTGTTCCCAACAGAGAAGCAGGAAAGAAGTTGGCTAATAGCATAGTCCAAGAAAAGCTTG
CTGCGTGTGTCAACATTGTGCCAGGTGTTGAATCGGTGTACGAGTGGGAAGGAAAGGTTC
AGAGTGATTCCGAGGAGCTACTAATAATCAAAACAAGGCAGTCTCTTCTAGAGTCTCTTA
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CTGGTGGGAGCGACAAGTATCTAGAATGGTTGAAAAACAGTACTAGGAACTGAGACATCT
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QA 1 767 1 767
DS 

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CTTTCCCCCATCTGTGGATTATGCCTTAGTGTGTCTGTCATGTGTAATAGTTACTAAGAC
CAGTTCACTTAAGTGAAGTAAAATTTGTACTCTTAT

QA 1 216 1 216
DS 



AS 1 5

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GGAATTCAATGGGCTGCGTATTTGATAACATTAGGCGCGGTCATGGCTCTCTGCTCTGCT
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AATGGGTGAGTGTTGGAACACTTGTTGCGTTTACGATGGTTGCAATATCTGTATTGATAC
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GGGGTTGGGCTCTCAGTAAAGAAAACAGAAGGAAACTTGCTGGTTGGAGCATTATGTTCA
TTTGTATTGGGAACTTCCTGATAAGCTATGTGGCATCAAGCTTGTTCTTGCCAGGACTCC
TCCGGTATTCTCTCTGCGGTGTTGGTGGATTGCTACTTCTTTCCGGTCTGATTGTGCTTA
GTTGCATTGATCAGGATGATGCCAGACACAGTTTTGGGCATTCTGGAGGTTTCATTTGCC
CGCTTGTTCCACTTCTGCCTATTCTCTGCATTCTTATAAACATGTATCTCTTGGTAAACC
TTGGAGCTGGGACATGGGCTCGTGTATCGGTGTGGCTGTTCATCGGAGTGCTTGTTTACG
TTTTCTATGGGAGAAGACACAGCTCTCTAGCGGATGCAATTTACGTCACCACTGCTCATG
CCGACGAGATTGGTCGCAGTTCTGGATATTCTTTGGCTTAATGAAGCCATCAGTGGGGAA
CTTTGAGCTTCATTCTGTAAGTATGGTTTTTCCTTGGTAAAATATGCAACTACAATCTGT
AAGATATATACATTGTTTACAGTATGCAAATAAAATCTGTAAATTATATTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B971TF U 1
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TTAGTGCCTTACTATGCTATGGACCCTGACACCCCAATATCCTCTGCTTTTGCTACTCAT
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CTAATGGGCTCCATTCTCCCTCAGCCGAGGATTCTGATGGCAATGGCTAGGGATGGTCTG
TTGCCTTCATTTTTCTCAGAGGTGAATCAACGCACGCAGGTTCCTGTTAAAGGAACCATT
ACAACTGGGTTTTTGTGCGGCAGTCTTAGCTTTCTTTATGGATGTTTCACAACTGGCGGG
AATGGGTGAGTGTTGGAACACTTGTTGCGTTTACGATGGTTGCAATATCTGTATTGATAC
TAAGATATGTACCTCCTGACGAGGTACCTCTTCCCTCGTCTCTGCAAGAGAGGATTTGTT
CTGTTCCCTTTTTACGTGGTGAAGAGAACTTTTCCAGTCACGTTGGCACTTCCATTAACA
GCAAACAACCTTTACTTTGCGAACCTGATGATTCAACTGTGGAGAAGAAAGAAGCTCGCT
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QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3AY33TF 698 0 0
G
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GAATCAACGCACGCAGGTTCCTGTTAAAGGAACCATTACAACTGG*TTCTTGTGCGGCAG
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GAGAACTTTTCCAGTCACGTTGGCACTTCCATTAACAGCAAACAACCTTTACTTTGCGAA
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GGTGGATTGCTACTTCTTTCCGGTCTGATTGTGCTTAGTTGCATTGATCAGGATGATGCC
AGACACAGTTTTGGGCATTCTGGAGGTTTCATTTGCCCGCTTGTTCCACTTCTGCCTATT
CTCTGCATTCTTATAAACATGTATCTCTTGGTAAACC

QA 2 698 2 698
DS 

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TTT
TTGTGCGGCAGTCTTAGCTTTCTTTATGGATGTTTCACAACTGGCGGGAATGG*TGAGTG
TTGGAACACTTGTTGCGTTTACGATGGTTGCAATATCTGTATTGATACTAAGATATGTAC
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GAAGACACAGCTCTCTAGCGGATGCAATTTACGTCACCACTGCTCATGCCGACGAGATTG
GTCGCAGTTCTGGATATTC

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DS 

RD RR3AY33JQ 836 0 0
GCGGGAAT
GGTGAGTGTTGGAACACTTGTTGCGTTTACGATGGTTGCAATATCTGTATTGATACTAAG
ATATGTACCACCTGACGAGGTACCTCTTCCCTCGTCTCTGCAAGAGAGGATTTGTTCTGT
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TTGGGCTCTCAGTAAAGAAAACAGAAGGAAACTTGCTGGTTGGAGCATTATGTTCATTTG
TATTGGGAACTTCCTGATAAGCTATGTGGCATCAAGCTTGTTCTTGCCAGGACTCCTCCG
GTATTCTCTCTGCGGTGTTGGTGGATTGCTACTTCTTTCCGGTCTGATTGTGCTTAGTTG
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TGTTCCACTTCTGCCTATTCTCTGCATTCTTATAAACATGTATCTCTTGGTAAACCTTGG
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GAGCTTCATTCTGTAAGTATGGTTTTTCCTTGGTAAAATATGCAACTACAATCTGTAAGA
TATATACATTGTTTACAGTATGCAAATAAAATCTGTAAATTATATTGC

QA 9 836 9 836
DS 

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TGAGTGTTGGAACACTTGTTGCGTTTACGATGGTTGCAATATCTGTATTGATACTAAGAT
ATGTACCTCCTGACGAGGTACCTCTTCCCTCGTCTCTGCAAGAGAGGATTTGTTCTGTTC
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GGGCTCTCAGTAAAGAAAACAGAAGGAAACTTGCTGGTTGGAGCATTATGTTCATTTGTA
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ATGGGAGAAGACACAGCTCTCTAGCGGATGCAATTTACGTCACCACTGCTCATGCCGACG
AGATTGGTCGCAGTTCTGGATATTCTTTGGCTTAATGAAGCCATCAGTGGGGAACTTTGA
GCTTCATTCTGTAAGTATGGTTTTTCCTTGGTAAAATATGCAACTACAATCTGTAAGATA
TATACATTGTTTACAGTATGCAAATAAAATCTGTAAATTATAT
CG

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 5

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GGAGCAGTGTAAAGAAAGGAAGGATGTCTCAGGAGAAGTTTGAGTAAACCATGTCACTCC
TTAAAGGTTCTCTTGACTATGAAAGCTTTAGGGATGTGGACATGGTCATCGAGGCTGTCA
TTGAGAATATATCTTTGAAACAGCAAATTTTTGCTGATCTAGAGAAGTACTGTCCTCAGC
ATTGTATCCTTGCTAGCAACACATCTACCATTGATCTGAACAAAATCGGGGAGCGGATCA
AGTCCCAGGATCGGGTTATTGGAGCACATTTTTTCAGTCCAGCACATGTTATGCCACTAC
TTGAAATAGTTCGAACCAATCATACATCTGCACAAGTGATTGTTGACCTGTTAGATGTTG
GGAAGAAGATTAAGAAAACGCCAGTAGTGGTGGGAAACTGCACAGGGTTCGCAGTTAATA
GGATGTTCTTCCCATACACACAGGCAGCTATGTTCCTTGTTGAACGGGGAACAGATCCAT
ATCTAATCGACAAGGCAGTCAGCAAGTTTGGAATGCCAATGGGTCCCTTCAGATTGTGCG
ACCTGGTTGGGTTCGGTGTGGCGATAGCAACCGCTACGCAATTCATAGAGAACTTCCCAG
AACGGACAAACAAATCAATGATTATCCCACTCATGCAAGAGGACAAGAGAGCTGGTGAAG
CCACTCGTAAAGGTTTCTATCTTTATGATGAAAAGCGCAAGGCTAAACCTGATCCTGAAA
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CGAAACTTACGGAAAAGGAAATTATTGAAATGACGTTTTTCCCAGTAGTGAACGAGGCGT
GTAGAGTATTTGCTGAAGGAATTGCTGTCAAAGCAGCAGATCTTGACATCGCTGGCATAT
TTGGAATGGGGTTTCCACCTTACAGAGGAGGGATCATGTTCTGGGCTGATTCCATCGGAT
CGAAATACATTTACTCAAAGCTAGATGAGTGGTCGAAGGCTTATGGTGGTTTCTTCAAGC
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CGAGCTGTTAAAATAAATTCTCATCTCAGACAGATGAAAGTAGAAAGTAATTAAGTTCGG
GTAGTAATAAGATTTGTTTATGTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BJ35TF U 1
AF RR3BJ35JQ C 463
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AF RR3H980JQ C 1042
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RD RR3BJ35TF 723 0 0
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TTAAAGGTTCTCTTGACTATGAAAGCTTTAGGGATGTGGACATGGTCATCGAGGCTGTCA
TTGAGAATATATCTTTGAAACAGCAAATTTTTGCTGATCTAGAGAAGTACTGTCCTCAGC
ATTGTATCCTTGCTAGCAACACATCTACCATTGATCTGAACAAAATCGGGGAGCGGATCA
AGTCCCAGGATCGGGTTATTGGAGCACATTTTTTCAGTCCAGCACATGTTATGCCACTAC
TTGAAATAGTTCGAACCAATCATACATCTGCACAAGTGATTGTTGACCTGTTAGATGTTG
GGAAGAAGATTAAGAAAACGCCAGTAGTGGTGGGAAACTGCACAGGGTTCGCAGTTAATA
GGATGTTCTTCCCATACACACAGGCAGCTATGTTCCTTGTTGAACGGGGAACAGATCCAT
ATCTAATCGACAAGGCAGTCAGCAAGTTTGGAATGCCAATGGGTCCCTTCAGATTGTGCG
ACCTGGTTGGGTTCGGTGTGGCGATAGCAACCGCTACGCAATTCATAGAGAACTTCCCAG
AACGGACAAACAAATCAATGATTATCCCACTCATGCAAGAGGACAAGAGAGCTGGTGAAG
CCACTCGTAAAGGTTTCTATCTTTATGATGAAAAGCGCAAGGCTAAACCTGATCCTGAAA
TAA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3BJ35JQ 763 0 0
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GTCCCTTCAGATTGTGCGACCTGGTTGGGTTCGGTGTGGCGATAGCAACCGCTACGCAAT
TCATAGAGAACTTCCCAGAACGGACAAACAAATCAATGATTATCCCACTCATGCAAGAGG
ACAAGAGAGCTGGTGAAGCCACTCGTAAAGGTTTCTATCTTTATGATGAAAAGCGCAAGG
CTAAACCTGATCCTGAAATAAAGAAATATATCGAAAAGGCAAGAAGCGTATCAGGAGTGA
ACCTTGACCCTAAGCTGGCGAAACTTACGGAAAAGGAAATTATTGAAATGACGTTTTTCC
CAGTAGTGAACGAGGCGTGTAGAGTATTTGCTGAAGGAATTGCTGTCAAAGCAGCAGATT
TTGACATCGCTGGCATATTTGGAATGGGGTTTCCACCTTACAGAGGAGGGATCATGTTCT
GGGCTGATTCCATCGGATCGAAATACATTTACTCAAAGCTAGATGAGTGGTCGAAGGCTT
ATGGTGGTTTCTTCAAGCCTTGTGATTTCTTGGCTGAAAGGGGATCTAAAGGAGCTCCTC
TTAGCGCTCCCTTGGAACAAGCCAGATCGCGGTTGTAAATGTCAGCGTTTCAGCTGAAAC
CTTTCTTCGTTGCTGCATCTTCTGTGTTTTCTTTATCTCCATATTTACTTACCAAAACTT
TTAAGATCTTTGGCCTCACGAGCTGTTAAAATAAATTCTCATC

QA 1 763 1 763
DS 

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G
GAAAAGCGCAAGGCTAAACCTGATCCTGAAATAAAGAAATATATCGAAAAGGCAAGAAGC
GTATCAGGAGTGAACCTTGACCCTAAGCTGGCGAAACTTACGGAAAAGGAAATTATTGAA
ATGACGTTTTTCCCAGTAGTGAACGAGGCGTGTAGAGTATTTGCTGAAGGAATTGCTGTC
AAAGCAGCAGATCTTGACATCGCTGGCATATTTGGAATGGGGTTTCCACCTTACAGAGGA
GGGATCATGTTCTGGGCTGATTCCATCGGATCGAAATACATTTACTCAAAGCTAGATGAG
TGGTCGAAGGCTTATGGTGGTTTCTTCAAGCCTTGTGATTTCTTGGCTGAAAGGGGATCT
AAAGGAGCTCCTCTTAGCGCTCCCTTGGAACAAGCCAGATCGCGGTTGTAAATGTCAGCG
TTTCAGCTGAAACCTTTCTTCGTCGCTGCATCTTCTGTGTTTTCTTTATCTCCATATTTA
CTTACCAAAACTTTTAAGATCTTTGGCCTCACGAGCTGTTAAAATAAATTCTCATCTCAG
ACAGATGAAAGTAGAAAGTAATTAAGTTCGGGTAGTAATAAGATTTGTTT

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DS 

RD RR3H980JQ 247 0 0
GGG
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CAGCGTTTCAGCTGAAACCTTTCTTCGTTGCTGCATCTTCTGTGTTTTCTTTATCTCCAT
ATTTACTTACCAAAACTTTTAAGATCTTTGGCCTCACGAGCTGTTAAAATAAATTCTCAT
CTCAGACAGATGAAAGTAGAAAGTAATTAAGTTCGGGTAGTAATAAGATTTGTTTATGTT
ATCC

QA 4 247 4 247
DS 

RD RR3H980TF 244 0 0
GATCTAAAGGAGCTCCTCTTAGCGCTCCCTTGGAACAAGCCAGATCGCGGTTGTAAATGT
CAGCGTTTCAGCTGAAACCTTTCTTCGTTGCTGCATCTTCTGTGTTTTCTTTATCTCCAT
ATTTACTTACCAAAACTTTTAAGATCTTTGGCCTCACGAGCTGTTAAAATAAATTCTCAT
CTCAGACAGATGAAAGTAGAAAGTAATTAAGTTCGGGTAGTAATAAGATTTGTTTATGTT
ATCC

QA 1 244 1 244
DS 



AS 1 3

CO CL2118Contig1 817 3 6 U
TTCTCACGGACGAAGATACGAGTGGACTACGGTCACATACTCTATCTTTGCTTGTAAACG
ATGTTCCACGAGTCCTTAATCTTGTTACTGGTGTTTTCGCTCGAAGAGGATACAACATTC
AGAGCTTGGCGGTAGGACATGCTGAAGCACAGGGCATTTCACGCATTACAACAGTTGTTC
CTGCAACAGATGAATCAGTCAGCAAATTGGTGCAGCAACTTTATAAACTCGTAGATGTGC
ATGAGGTCCATGATCTTACTCATTTGCCATTTTCTGAAAGAGGACTGATGCTGATAAAGA
TCGCTGTGAACGCTGCTGCAAGAAGAGATGTCCTGGACATTGCTAGCATTTTCAGGGCAA
AAGCTGTTGACGTATCCGATCATACAATTACTTTGCAGCTTACTGGGGATCTTGACAAGA
TGGTTGCACTGCAGAGGTTGTTGGAGCCTTACGGTATATGCGAGGTTGCAAGAACAGGGC
GTGTTGCATTGGCTCGTGAATCAGGAGTGGACTCTAAGTATCTTCGTGGATACTCCTTCC
CTTTACCAGGTTAATAACCCAATCGCAGAGTAGGATACAAAGCTGTATCCATGGAACAGA
AAAGAAAAAGACCTTTGGAGATAAAAAAGGGTTTCATTACACACTTATGAGCCACAACCA
AAAGACCGATCAAGAGAGACTGTAGATATGTTTAGGACTTTGTGTTTGAAGAGTTTTATG
GTAATTAAGTTTATGGTAATTGTTGCTAAAGCATTTTACATAAGTTTGGGAATGGTAATC
ATTAATTAATTATTAAAAAAATTGTTTCGTGGTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EO68TF U 1
AF RR3EO68JQ C 62
AF RR3FN67TF U 497
BS 1 591 RR3EO68TF
BS 592 709 RR3FN67TF
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BS 777 777 RR3EO68JQ
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RD RR3EO68TF 591 0 0
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ATGTTCCACGAGTCCTTAATCTTGTTACTGGTGTTTTCGCTCGAAGAGGATACAACATTC
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CTGCAACAGATGAATCAGTCAGCAAATTGGTGCAGCAACTTTATAAACTCGTAGATGTGC
ATGAGGTCCATGATCTTACTCATTTGCCATTTTCTGAAAGAGGACTGATGCTGATAAAGA
TCGCTGTGAACGCTGCTGCAAGAAGAGATGTCCTGGACATTGCTAGCATTTTCAGGGCAA
AAGCTGTTGACGTATCCGATCATACAATTACTTTGCAGCTTACTGGGGATCTTGACAAGA
TGGTTGCACTGCAGAGGTTGTTGGAGCCTTACGGTATATGCGAGGTTGCAAGAACAGGGC
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CTTTACCAGGTTAATAACCCAATCGCAGAGTAGGATACAAAGCTGTATCCA

QA 1 591 1 591
DS 

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GAGCTTGGCGGTAGGACATGCTGAAGCACAGGGCATTTCACGCATTACAACAGTTGTTCC
TGCAACAGATGAATCAGTCAGCAAATTGGTGCAGCAACTTTATAAACTCGTAGATGTGCA
TGAGGTCCATGATCTTACTCATTTGCCATTTTCTGAAAGAGGACTGATGCTGATAAAGAT
CGCTGTGAACGCTGCTGCAAGAAGAGATGTCCTGGACATTGCTAGCATTTTCAGGGCAAA
AGCTGTTGACGTATCCGATCATACAATTACTTTGCAGCTTACTGGGGATCTTGACAAGAT
GGTTGCACTGCAGAGGTTGTTGGAGCCTTACGGTATATGCGAGGTTGCAAGAACAGGGCG
TGTTGCATTGGCTCGTGAATCAGGAGTGGACTCTAAGTATCTTCGTGGATACTCCTTCCC
TTTACCAGGTTAATAACCCAATCGCAGAGTAGGATACAAAGCTGTATCCATGGAACAGAA
AAGAAAAAGACCTTTGGAGATAAAAAAGGGTTTCATTACACACTTATGAGCCACAACCAA
AAGACCGATCAAGAGAGACTGTAGATATGTTTAGGACTTTGTGTTTGAAGAGTTTTATGG
TAATTAAGTTTATGGTAATTGTTGCTAAAGCATTTTACATAAGTTTGGGAATGGTAATCA
TTAATTAATTATTAAAAAAATTGTTTCGTGGTTGTC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3FN67TF 321 0 0
G
GAATCAGGAGTGGACTCTAAGTATCTTCGTGGATACTCCTTCCCTTTAACAGGTTAATAA
CCCAATCGCAGAGTAGGATACAAAGCTGTATCCATGGAACAGAAAAGAAAAAGACCTTTG
GAGATAAAAAAGGGTTTCATTACACACTTATGAGCCACAACCAAAAGACCGATCAAGAGA
GACTGTAGATATGTTTAGGACTTTGTGTTTGAGGAGTTTTATGGTAATTAAGTTTATGGT
AATTGTTGCTAAAGCATTTTACATAAGTTTGGGAATGGTGATCATTAATTAATTATTAAA
AAAATTGTTTCGTGGTTGTC

QA 2 321 2 321
DS 



AS 1 4

CO CL2119Contig1 850 4 13 U
GGTGTTTGAAGGTTTATTTTATATGGGAAGACATCCCATGTTCTTGTACCAAATATCATC
AATATTAAAGCTATTTCAGTTCTAGTCTAATAATTGAACCATATAGACAACATCACATAA
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ACTTAAGCGACCCTTTCCTTTGACTTGAAGTCTGAGTGAATACTCGTGGGTGACTTTGCG
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AGAGGAAAATGAGGTCCACCGGTTAGTTTTTCGCCAAGACGTAAGAAAGGCACCATAAGA
CTTAGTTCAATAGGAGTGGCAAGGAAGTTAAACAACATGACAGTTGGAGCATGACAAAGA
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ACTCCCATGGTAACGCCCAATGCAGCAGAGAAAGCCAGCTGCTTTGGCTCAGCACCTCTG
CGCAGGATCTGGACAAGAGGTTCGGTGATTTTCTTATCGAACCAAACTTTCAATCTAACT
TTGGAGATCGCCATCACGATTACTCTTCGGATAAAGATTTGATAATGTTCTCTCAGTTAA
GTAAAACCTGAACAACTCTTAATGTCTCAAATCCGCTTTCCTTGTTTAACCTGTGTGCCT
CCACTGCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CS55JQB U 8
AF RR3BL04JQ U 1
AF RR3BZ41JQ U 46
AF RR3BZ41TF C 201
BS 1 275 RR3BL04JQ
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RD RR3CS55JQB 747 0 0
GAAGGTTTATTTTATATGGGAAGACATCCCATGTTCTTGTACCAAATATCATCAGTATTA
AAGCTATTTCAGTTCTAGTCTAATAATTGAACCATATAGACAACATCACATAAACATAAG
CACAACACAAGCTCAAGCTTTGCAGGAACCAAGAACCTTCTTGGTCTCTGTTGACTTAAG
CGACCCTTTCCTTTGACTTGAAGTCTGAGTGAATACTCGTGGGTGACTTTGCGGTCGGAG
AAACAGAGCTGATTTTACGGACAAGGATTTTGAAACATGGTAGAAACAGGGTGTACAGTC
CAACGACCACAAATGGGGTCGCTACGAGCCACCCTAGTAGCGCATTACCAATGCTTAAAA
AGACTTCTCTGGAAGCTTGGCCTGTGAAAACCTTCTTTAGAGCATCGGTCGTTAGAGGAA
AATGAGGTCCACCGGTTAGTTTTTCGCCAAGCCGTAAGAAAGGCACCATAAGACTTAGTT
CAATAGGAGTGGCAAGGAAGTTAAACAACATGACAGTTGGAGCATGACAAAGAGATCCAA
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TGGTAACGCCCAATGCAGCAGAGAAAGCCAGCTGCTTTGGCTCAGCACCTCTGCGCAGGA
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TCGCCATCACGATTACTCTTTGGAT
CC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3BL04JQ 781 0 0
GGTGTTTGAAGGTTTATTTTATATGGGAAGACATCCCATGTTCTTGTACCAAATATCATC
AATATTAAAGCTATTTCAGTTCTAGTCTAATAATTGAACCATATAGACAACATCACATAA
ACATAAGCACAACACAAGCTCAAGCTTTGCAGGAACCAAGAACCTTCTTGGTCTCTGTTG
ACTTAAGCGACCCTTTCCTTTGACTTGAAGTCTGAGTGAATACTCGTGGGTGACTTTGCG
GTCGGAGAAACAGAGCTGAATTTACGGACAAGGATTTTGAAACATGGTAGAAACAGGATG
TACAGTCCAACGACCACAAATGGGGTCGCTACGAGCCACCCTAGTAGCGCATTACCAATG
CTTAAAAAGACTTCTCTGGAAGCTTGGCCTGTGAAAACCTTCTTTAGAGCATCGGTCGTT
AGAGGAAAATGAGGTCCACCGGTTAGTTTTTCGCCAAGACGTAAGAAAGGCACCATAAGA
CTTAGTTCAATAGGAGTGGCAAGGAAGTTAAACAACATGACAGTTGGAGCATGACAAAGA
GATCCAAGCGAGGCAATTGCTACTCCACACAGCAACACCGTAACACCACAGATTGGAAAT
ACTCCCATGGTAACGCCCAATACAGCAGAGAAAGCCAGCTGCTTTGGCTCAGCACCTCTG
CGCAGGATCTGGACAAGAGGTTCGGTGATTTTCTTATCGAACCAAACTTTCAATCTAACT
TTGGAGATCGCCATCACGATTACTCTTCGGATAAAGATTTGATAATGTTCTCTCAGTTAA
G

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3BZ41JQ 792 0 0
GTACCAAATATCATCAATATTAAAGCTATTTCAGTTCTAGTCTAATAATTGAACCATATA
GACAACATCACATAAACATAAGCACAACACAAGCTCAAGCTTTGCAGGAACCAAGAACCT
TCTTGGTCTCTGTTGACTTAAGCGACCCTTTCCTTTGACTTGAAGTCTGAGTGAATACTC
GTGGGTGACTTTGCGGTCGGAGAAACAGAGCTGAATTTACGGACAAGGATATTGAAACAT
GGTAGAAACAGGATGTACAGTCCAACGACCACAAATGGGGTCGCTACGAGCCACCCTAGT
AGCGCATTACCAATGCTTAAAAAGACTTCTCTGGAAGCTTGGCCTGTGAAAACCTTCTTT
AGAGCATCGGTCGTTAGAGGAAAATGAGGTCCACCGGTTAGTTTTTCGCCAAGACGTAAG
AAAGGCACCATAAGACTTAGTTCAATAGGAGTGGCAAGGAAGTTAAACAACATGACAGTT
GGAGCATGACAAAGAGATCCAAGCGAGGCAATAGCTACTCCACACAGCAACACCGTAACA
CCACAGATTGGAAATACTCCCATGGTAACGCCCAATGCAGCAGAAAAAGCCAGCTGCTTT
GGCTCAGCACCTCTGCGCAGGATCTGGACAAGAGGTTCGGTGATTTTCTTATCGAACCAA
ACTTTCAATCTAACTTTGGAGATCGCCATCACGATTACTCTTCGGATAAAGATTTGATAA
TGTTCTCTCAGTTAAGTAAA*CCTGAACAACTCTTA*TGTCTCAAATCCGCTTTCCTTGT
TTAAC
TGTGTGC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3BZ41TF 650 0 0
TGACTTGAAGTCTGAGTGAATACTCGTGGGTGACTTTGCGGTCGGAGAAACAGAGCTGAA
TTTACGGACAAGGATATTGAAACATGGTAGAAACAGGATGTACAGTCCAACGACCACAAA
TGGGGTCGCTACGAGCCACCCTAGTAGCGCATTACCAATGCTTAAAAAGACTTCTCTGGA
AGCTTGGCCTGTGAAAACCTTCTTTAGAGCATCGGTCGTTAGAGGAAAATGAGGTCCACC
GGTTAGTTTTTCGCCAAGACGTAAGAAAGGCACCATAAGACTTAGTTCAATAGGAGTGGC
AAGGAAGTTAAACAACATGACAGTTGGAGCATGACAAAGAGATCCAAGCGAGGCAATAGC
TACTCCACACAGCAACACCGTAACACCACAGATTGGAAATACTCCCATGGTAACGCCCAA
TGCAGCAGAGAAAGCCAGCTGCTTTGGCTCAGCACCTCTGCGCAGGATCTGGACAAGAGG
TTCGGTGATTTTCTTATCGAACCAAACTTTCAATCTAACTTTGGAGATCGCCATCACGAT
TACTCTTCGGATAAAGATTTGATAATGTTCTCTCAGTTAAGTAAAACCTGAACAACTCTT
AATGTCTCAAATCCGCTTTCCTTGTTTAACCTGTGTGCCTCCACTGCTTC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 4

CO CL2120Contig1 796 4 23 U
GGAGTCCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTTAAACCTACCGAACCATCAAAAGATCCTCAGT
CGCTCTCCTGAGTTCACACACTTCAAATGGCGGAATCGGTTTCTGCTCAAACTCCGTCGC
TCTCCGAGCAATATCATTTGGAGAAAGAAGTGAAGCCTGTTGAAGTTCAAGCTGAAGAGG
TTGAAGCCAAGGAAGATTCTCCTCCTGAGGAAGCTGTTGAAGACAAGTCCGAGTCTCCCG
CTTCCACGGAAGTCACTTCTGAAGAGGCTCCTGCTGCGGCTACTGAAGAAGAAAACACTA
GTGAAGAAGTTGCTGAGGAGACTCCTGATGAGATCAAGCTTGAGACAGCTCCTGCTGATT
TCCGTTTCCCGACAACAAACCAAACCAGGCATTGTTTCACACGTTACATTGAATATCACA
GATGTGTAGCTGCCAAGGGTGACGATGCTCCCGAGTGCGATAAGTTTTCAAAGTTTTATC
GATCTCTTTGCCCCGGCGAATGGGTTGATAGGTGGAACGAGCAAAGAGAGAATGGAACTT
TCCCTGGTCCTCTTTAAGACAACTCCTGCCTCAAAGGAAGAATCATCATCCTCTCTTGCT
CTTGTTACACTTCATATAGTCACCCGAATTACGCTGATAAGGTTTTTACAAAACCAGCAT
ATCTGGTTGGTTCCTCATCATAAAAATGTGAGAATTTAACACTTATAGTCTCAAATTTTT
TCCTTACATTTTATGTTCAACTCAAGTTTTGAGGATCATCCTGTTCTGACATTTTATGGA
TGGTGAATAATAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH20TF U 231
AF RR3CU84TF U 1
AF RR3EG28TF U 8
AF RR3EG28JQ C 72
BS 1 300 RR3CU84TF
BS 301 301 RR3EG28TF
BS 302 307 RR3CU84TF
BS 308 308 RR3GH20TF
BS 309 451 RR3CU84TF
BS 452 452 RR3EG28TF
BS 453 481 RR3CU84TF
BS 482 482 RR3EG28TF
BS 483 576 RR3CU84TF
BS 577 577 RR3EG28TF
BS 578 585 RR3CU84TF
BS 586 586 RR3EG28TF
BS 587 616 RR3CU84TF
BS 617 619 RR3EG28TF
BS 620 632 RR3CU84TF
BS 633 633 RR3EG28TF
BS 634 641 RR3CU84TF
BS 642 642 RR3EG28TF
BS 643 657 RR3CU84TF
BS 658 658 RR3EG28TF
BS 659 662 RR3CU84TF
BS 663 686 RR3EG28TF
BS 687 796 RR3EG28JQ

RD RR3GH20TF 144 0 0
GAGTCTCCCGCTTCCACGGAAGTCACTTCTGAAGAGGCTCCTGCTGCGGCTACTGAAAAA
GAAAACACTACTGAAGAAGTTGCTGAGGAGACTCCTGATGAGATCAAGCTTGAGACAGCT
CCTGCTGATTTCCGTTTCCCGACA

QA 1 144 1 144
DS 

RD RR3CU84TF 666 0 0
GGAGTCCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTTAAACCTACCGAACCATCAAAAGATCCTCAGT
CGCTCTCCTGAGTTCACACACTTCAAATGGCGGAATCGGTTTCTGCTCAAACTCCGTCGC
TCTCCGAGCAATATCATTTGGAGAAAGAAGTGAAGCCTGTTGAAGTTCAAGCTGAAGAGG
TTGAAGCCAAGGAAGATTCTCCTCCTGAGGAAGCTGTTGAAGACAAGTCCGAGTCTCCCG
CTTCCACGGAAGTCACTTCTGAAGAGGCTCCTGCTGCGGCTACTGAAGAAGAAAACACTA
CTGAAGATGTTGCTGAGGAGACTCCTGATGAGATCAAGCTTGAGACAGCTCCTGCTGATT
TCCGTTTCCCGACAACAAACCAAACCAGGCATTGTTTCACACGTTACATTGAATATCACA
GATGTGTAGCTGCCAAGGGTGACGATGCTCCAGAGTGCGATAAGTTTTCAAAGTTTTATC
GTTCTCTTTGCCCCGGCGAATGGGTTGATAGGTGGAACGAGCAAAGAGAGAATGGAACTT
TCCCTGGTCCTCTTTAAGACAACTCCTGCCTCAAAG*AAGAATCA*CATCCTCTCTTGCT
CTTGTTACACTTCATAATTTCACCCGAATTACACTGATAAGATTTTTACAAAACCAGTAT
AT
CTGG

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3EG28TF 679 0 0
GG
GAGAGAGAGAGAGAGAGCTTAAACCTACCGAACCATCAAAAGATTCTCTGTCGCTCTCCT
GAGTTCACACACTTCAAATGGCGGAATCGGTTTCTGCTCAAACTCCGTCGCTCTCCGAGC
AATATCATTTGGAGAAAGAAGTGAAGCCTGTTGAAGTTCAAGCTGAAGAGGTTGAAGCCA
AGGAAGATTCTCCTCCTGAGGAAGCTGTTGAAGACAAGTCCGAGTCTCCCGCTTCCACGG
AAGTCACTTCTGAAGAGGCTCCTGCTGCGGCTACTGAAGAAGAAAACACTAGTGAAGAAG
TTGCTGAGGAGACTCCTGATGAGATCAAGCTTGAGACAGCTCCTGCTGATTTCCGTTTCC
CGACAACAAACCAAACCAGGCATTGTTTCACACGTTACATTGAATATCACAGATGTGTAG
CTGCCAAGGGTGACGATGCTCCCGAGTGCGATAAGTTTTCAAAGTTTTATCGATCTCTTT
GCCCCGGCGAATGGGTTGATAGGTGGAACGAGCAAAGAGAGAATGGAACTTTCCCTGGTC
CTCTTTAAGACAACTCCTGCCTCAAAGGAAGAATCATCATCCTCTCTTGCTCTTGTTACA
CTTCATATAGTCACCCGAATTACGCTGATAAGGTTTTTACAAAACCAGCATATCTGGTTG
GTTCCTCATCATAAAAA

QA 3 679 3 679
DS 

RD RR3EG28JQ 725 0 0
GTTCACACACTTCAAATGGCGGAATCGGTTTCTGCTCAAACTCCGTCGCTCTCCGAGCAA
TATCATTTGGAGAAAGAAGTGAAGCCTGTTGAAGTTCAAGCTGAAGAGGTTGAAGCCAAG
GAAGATTCTCCTCCTGAGGAAGCTGTTGAAGACAAGTCCGAGTCTCCCGCTTCCACGGAA
GTCACTTCTGAAGAGGCTCCTGCTGCGGCTACTGAAGAAGAAAACACTAGTGAAGAAGTT
GCTGAGGAGACTCCTGATGAGATCAAGCTTGAGACAGCTCCTGCTGATTTCCGTTTCCCG
ACAACAAACCAAACCAGGCATTGTTTCACACGTTACATTGAATATCACAGATGTGTAGCT
GCCAAGGGTGACGATGCTCCCGAGTGCGATAAGTTTTCAAAGTTTTATCGATCTCTTTGC
CCCGGCGAATGGGTTGATAGGTGGAACGAGCAAAGAGAGAATGGAACTTTCCCTGGTCCT
CTTTAAGACAACTCCTGCCTCAAAGGAAGAATCATCATCCTCTCTTGCTCTTGTTACACT
TCATATAGTCACCCGAATTACGCTGATAAGGTTTTTACAAAACCAGCATATTTGGTTGGT
TCCTCATCATAAAAATGTGAGAATTTAACACTTATAGTCTCAAATTTTTTCCTTACATTT
TATGTTCAACTCAAGTTTTGAGGATCATCCTGTTCTGACATTTTATGGATGGTGAATAAT
AGTTC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 4

CO CL2121Contig1 698 4 7 U
GGAAAGGAAAACAAAATCAAAGCTTTGAAGAAACATCAGGAGGCAAATAAATAACCCCAA
AAAATCAAACTTAAGCCAAAGGAGAAGAATACAAAAGTTATAAGCAATATGTCAAAAGTT
TCTCTTATCAGATTGTCATTGTTAGTGTTCCTGGTGATCGCCGTCGTGACTCCATCTGCG
AAGTCCGCCGTTCTCGGAGGGAAGTCAGATGTTGGGAACGTTGGAATCAACATGGAGATT
CAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTGAAACAATTCAATCTACAAGAAATGAGCGAGCAATCA
AAAGCTGCATCCATTGCGGGAACAGAAACTAACGTGTTGAGTCCGTTGAAATTTAGACGA
GTTGTGTCGGCTCAGAAACAGATCGTGGCTGGTACCAAATACTATCTAAGGATTGAAGTG
ACTCAACCCGATGGCACGAGCAGGATGTTTGACTCAGTTATAGTTATTCAACCATGGCTT
TTTT**CTAAGAAGTTGCTCGAATTCACTCCTGTTGCTAGTCCTATCTACTAACTTCATT
TCTTTATTCAACAATATCCAAATGCAATCAAAAAGACCAAAAATTTGCAAGATATGAAGC
TATTATTAACAATGGGCTAATAGTTCGTTTGTATTGTAATGATGTTTTACGTTGTTCATA
AATAAAGGCCAAAGATGCTATAAAGATGTGATGAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 10 30 30 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 
30 30 10 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3C254TF U 25
AF RR3CU71JQB C 1
AF RR3GF36TF U 25
AF RR3CB91TF U 34
BS 1 26 RR3CU71JQB
BS 27 235 RR3GF36TF
BS 236 236 RR3CB91TF
BS 237 677 RR3GF36TF
BS 678 678 RR3CU71JQB
BS 679 694 RR3GF36TF
BS 695 698 RR3CU71JQB

RD RR3C254TF 633 0 0
GG
GAAGAAACATCAGGAGGCAAATAAATAACCCCAAAAAATCAAACTTAAGCCAAAGGAGAA
GAATACAAAAGTTATAAGCAATATGTCAAAAGTTTCTCTTATCAGATTGTCATTGTTAGT
GTTCCTGGTGATCGCCGTCGTGACTCCATCTGCGAAGTCCGCCGTTCTCGGAGGGAAGTC
AGATGTTGGGAACGTTGGAATCAACATGGAGATTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTGAA
ACAATTCAATCTACAAGAAATGAGCGAGCAATCAAAAGCTGCATCCATTGCGGGAACAGA
AACTAACGTGTTGAGTCCGTTGAAATTTAGACGAGTTGTGTCGGCTCAGAAACAGATCGT
GGCTGGTACCAAATACTATCTAAGTATTGAAGTGACTCAACCCGATGGCACGAGCAGGAT
GTTTGACTCAGTTATAGTTATTCAACCATGGCTTTTTTT*CTAAGAAGTTGTTCTAATTC
ACTCCTGTTGCTAGTCCTATCTACTAACTTCATTTCTTTATTCAACAATATCCAAATGCA
ATCAAAAAGACCAAAAATTTGCAAGATATGAAGCTATTATTAACAATGGGCTAATAGTTC
GTTTGTATTGTAATGATGTTTTACGTTGTTC

QA 3 633 3 633
DS 

RD RR3CU71JQB 698 0 0
GGAAAGGAAAACAAAATCAAAGCTTTGAAGAAACATCAAGAGGCAAATAAATAACCC*AA
AAAATCAAACTTAAGCCAAAGAAGACGA***CAAAAGTTATAAGCAATATGTCAAAAGTT
TATCTTATCAGATTGTCATTGTTAGTGTTCCTGGTGATGGCCGTCGTGACTCCATCGGCG
AAGTCCGCCCTTCTCGGAGGGAAGTCAGATGTTGGGAACGTTGGAATCAACATGGAGATT
CAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTGAAACAATTCAATCTACAAGAAATGAGCGAGCAAACA
AACGTTGCATCCATTGCGAGAACAGACGCTAACGTGTTGAGTCCGTTGAAATTCAGACGA
GTTGTGTCGGCTCAGAAACAGATCGTGGCTGGTACCAAATACTATCTAAGGATTGAAGTG
ACTCAACCCGATGGAACGAGCAGGATGTTTGACTCAGTTATAGTTATTCAACCATGGCTT
TTTT**CTAAGAAGTTGCTCGAATTCACTCCTGTTGCTACTCCTATCTACTAACTTCATT
TCTTTATTCAACAATATCCAAATGCAATCAAAAAGACCAAAAATGTGCATGATATGAAGC
TACTATTAACAATGGGCTAATAGTTCGTTTGTATTGTAATGATGTTTTACGTTGTTCATA
AATAAAGGCCAAAGATGCTATAAAGATGTGATGAAATT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3GF36TF 670 0 0
GG
GAAGAAACATCAGGAGGCAAATAAATAACCCCAAAAAATCAAACTTAAGCCAAAGGAGAA
GAATACAAAAGTTATAAGCAATATGTCAAAAGTTTCTCTTATCAGATTGTCATTGTTAGT
GTTCCTGGTGATCGCCGTCGTGACTCCATCTGCGAAGTCCGCCGTTCTCGGAGGGAAGTC
AGATGTTGGGAACGTTGGAATCAACATGGGGATTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCGTGAA
ACAATTCAATCTACAAGAAATGAGCGAGCAATCAAAAGCTGCATCCATTGCGGGAACAGA
AACTAACGTGTTGAGTCCGTTGAAATTTAGACGAGTTGTGTCGGCTCAGAAACAGATCGT
GGCTGGTACCAAATACTATCTAAGGATTGAAGTGACTCAACCCGATGGCACGAGCAGGAT
GTTTGACTCAGTTATAGTTATTCAACCATGGCTTTTTT**CTAAGAAGTTGCTCGAATTC
ACTCCTGTTGCTAGTCCTATCTACTAACTTCATTTCTTTATTCAACAATATCCAAATGCA
ATCAAAAAGACCAAAAATTTGCAAGATATGAAGCTATTATTAACAATGGGCTAATAGTTC
GTTTGTATTGTAATGATGTTTTACGTTGTTCATAAATAAAGGCCAAAGATGTTATAAAGA
TGTGATGA

QA 3 670 3 670
DS 

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AAAGTTATAAGCAATATGCCAAAAGTTTCTCTTATCAGATTGTCATTGTTAGTGTTCCTG
GTGATCGCCGTCGTGACTCCATCTGCGAAGTCCGCCGTTCTCGGAGGGAAGTCAGATGTT
GGGAACGTTGGAATCAACATGGAGATTCAAGAACTTGGAAGGTACTGCTTGAAACAATTC
AATCTACAAGAAATGAGCGAGCAATCAAAAGCTGCATCCATTGCGGGAACAGAAACTAAC
GTGTTGAGTCCGTTGAAATTTAGACGAGTTGTGTCGGCTCAGAAACAGATCGTGGCTGGT
ACCAAATACTATCTAAGGATTGAAGTGACTCAACCCGATGGCACGAGCAGGATGTTTGAC
TCAGTTATAGTTATTCGACCATGGCTTTTTTTTCTAAGAAGTTGCTCGAATTCACTCCTG
TTGCTAGTCCTATCTACTAACTTCATTTCTTTATTCAACAATATCCAAATGCAATCAAAA
AGACCAAGAATTTGCAAGATATGAAGCTATCATTAACAATGGGCTAATAGTTCGTTTGTA
TTGTAATGATGTTTTACGTTGTTCATAAATA

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 4

CO CL2122Contig1 978 4 21 U
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CAGCTGAAGGTGGAGACCAGACCACACTCGAAGCCGATGTTGTCCTTGTCTCAGCGGGGA
GAACACCCTTCACTTCTGGACTTGATCTTGAGAAAATCGGAGTGGAAACTGACAAAGGTG
GAAGAATTCTGGTGAACGAGAGGTTCTTGACCAATGTCTCGGGAGTGTATGCGATTGGAG
ATGTGATTCCAGGACCAATGCTTGCTCACAAAGCTGAAGAAGACGGTGTTGCTTGTGTGG
AGTTCATAGCAGGCAAACACGGCCATGTGGATTACGACAAGGTTCCTGGTGTTTGCTACA
CGCATCCAGAGGTTGCTTCGGTCGGTAAAACCGAAGAACAGTTGAAGAAAGACGGTGTGA
GCTATCGTGTTGGGAAGTTCCCGTTTATGGCCAATAGTAGAGCTAAGGCCATAGATAATG
CTGAAGGATTGGTTAAGATTTTGGCTGATAAGGAGACGGATAAGATCTTGGGCGTTCACA
TTATGTCTCCAAACGCTGGAGAGCTGATCCATGAGGCGGTTCTTGCGATAAACTATGACG
CATCAAGTGAAGATATTGCTCGAGTCTGCCACGCTCATCCCACTATGAGTGAGGCTCTCA
AGGAAGCTGCCATGGCCACCTATGACAAGCCGATTCACATCTAAATGCAAACAGGAGGAC
CGTAAAGGAGAGAGCCAGCCACCGATGCAAAGACTATTCTATATCTTAACC*GGGTTGGA
TTTGGTTCGGTTTTCTGTGGTTTATCCTTCACTTTTATCCTTTCATTTCCTGGTGGATTT
TATTCGTTAGTTTTCTTTACAAATGTTCAGATTCGGGCTTAGGCCTGATCCGTAATAATA
CTTCTACATTCACTCTACTCATTTTGGTTTATCGAGTAAACCAAGTTCGGTTCGAGTTCT
GATTTACGTTTAACCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CS21TF U 1
AF RR3FY61TF U 58
AF RR3FY61JQ C 191
AF RR3BA88JQ C 170
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BS 830 978 RR3BA88JQ

RD RR3CS21TF 695 0 0
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GAAGAATTTTGGTGAACGAGAGGTTCTTGACCAATGTCTCGGGAGTGTATGCGATTGGAG
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CATCAAGTGAAGATATTGCTCGTGTCTGCCACGCTCATCCCACTATGAGTGAG*CTCTCA
AGGA*GCTGCCATGGCCACCTATGACAAGCCGATT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3FY61TF 766 0 0
G
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CACGCATCCAGAGGTTGCTTCGGTCGGTAAAACCGAAGAACAGTTGAAGAAAGACGGTGT
GAGCTATCGTGTTGGGAAGTTCCCGTTTATGGCTAATAGTAGAGCTAAGGCCATAGATAA
TGCTGAAGGATTGGTTAAGATTTTGGCTGATAAGGAGACGGATAAGATCTTGGGCGTTCA
CATTATGTCTCCAAACGCTGGAGAGCTGATCCATGAGGCGGTTCTTGCGATAAACTATGA
CGCATCAAGTGAAGATATTGCTCGAGTCTGCCACGCTCATCCCACTATGAGTGAGGCTCT
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ATCCTTTC

QA 2 758 2 758
DS 

RD RR3FY61JQ 763 0 0
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AGGACCAATGCTTGCTCACAAAGCTGAAGAAGACGGTGTTGCTTGTGTGGAGTTCATAGC
AGGCAAACACGGCCATGTGGATTACGACAAGGTTCCTGGTGTTTGCTACACGCATCCAGA
GGTTGCTTCGGTCGGTAAAACCGAAGAACAGTTGAAGAAAGACGGTGTGAGCTATCGTGT
TGGGAAGTTCCCGTTTATGGCTAATAGTAGAGCTAAGGCCATAGATAATGCTGAAGGATT
GGTTAAGATTTTGGCTGATAAGGAGACGGATAAGATCTTGGGCGTTCACATTATGTCTCC
AAACGCTGGAGAGCTGATCCATGAGGCGGTTCTTGCGATAAACTATGACGCATCAAGTGA
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CATGGCCACCTATGACAAGCCGATTCACATCTAAATGCAAACAGGAGGACCGTAAAGGAG
AGAGCCAGCCACCGATGCAAAGACTATTCTATATCTTAACC*GGGTTGGATTTGGTTCGG
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TTTTCTTTACAAATGTTCAGATTCGGGCTTAGGCCTGATCCGTAATAATACTTCTACATT
CACTCTACTCATTTTGGTTTATTGAGTAAACCAAGTTCGGT
GG

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3BA88JQ 809 0 0
TGACAAAGGTGGAAGAATTCTGGTGAACGAGAGGTTCTTGACCAATGTCTCGGGAGTGTA
TGCGATTGGAGATGTGATTCCAGGACCAATGCTTGCTCACAAAGCTGAAGAAGACGGTGT
TGCTTGTGTGGAGTTCATTGCAGGCAAACACGGCCATGTGGATTACGACAAGGTTCCTGG
TGTTTGCTACACGCATCCAGAGGTTGCTTCGGTCGGTAAAACCGAAGAACAGTTGAAGAA
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CATAGATAATGCTGAAGGATTGGTTAAGATTTTGGCTGATAAGGAGACGGATAAGATCTT
AGGCGTTCACATTATGTCTCCAAACGCTGGAGAGCTGATCCATGAGGCGGTTCTTGCGAT
AAACTATGACGCATCAAGTGAAGATATTGCTCGAGTCTGCCACGCTCATCCCACTATGAG
TGAGGCTCTCAAGGAAGCTGCCATGGCCACCTATGACAAGCCGATTCACATCTAAATGCA
AACAGGAGGACCGTAAAGGAGAGAGCCAGCCACCGATGCAAAGACTATTCTATATGTTAA
CCTGGGTTGGATTTGGTTCGGTTTTCTGTGGTTTATCCTTCACTTTTATCCTTTCATTTT
CTGGTGGATTTTATTCGTTAGTTTTCTTTACAAATGTTCAGATTCGGGCTTAGGCCTGAT
CCGTAATAATACTTCTACATTCACTCTACTCATTTTGGTTTATCGAGTAAACCAAGTTCG
GTTCGAGTTCTGATTTACGTTTAACCCCC

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 4

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AAGAAGACTTAAACACAACGCCAGTTTCCATCAAGGATGCACTAAACACTTTTCAAAGCG
AGATTTTTCATTGTTTGCTGTTGTGGAAAGTAAAAAACACTTTCCATGTCACTAGATATG
GTCGAGAATACACATACTACAATGATTATGCTCATATAACATTGGTCGAGAGATCCAAGA
CTCGTTAAGTTTAACGCATGTTTCTGTTGAGAAGACCTTGGAAAGATAGGTAGAGATCTT
TGTTATCTTCCCCAAATATCTCATCTGCTTTCCTCAACGTTTCCTCTCGTGTTTGCTTCT
GAGCGTTGAGTTCCTTAATGTTAGCTAAGAAGGCACTGAATTGCTCATATGATAATCGGC
TCCTGGCTTGTCTGAAGAACTCCTTACCGTCCATCCTAGGTGTACGAGCTGGGAGTGTAC
GGTTGCGAGGTGGAGAATTAGCAGCTGATGACTGCTGACTCGAAGGGTACCAGATTGTCG
TCTTCGAGGGAGAAACTGCACCGGATGTTCTTTTGGGAGAACCAGCTGCAAAATAGCCTC
GAGGGGATACGCTTGTGGAGATGATCTTCGGTGTTGCGGATGGGGTAAGGCGTGGAGAGA
TGTATGGTGTCATTGAGAATTTGTTCATGTCGGTAGATCCACTGTAAGAACGGTGTGCTG
AGTGTACGTTGGTCCTTTCATCTTTGCCTGTATATGAACCAGTTGATCCAATACTTGACT
GGTCGCATGCCTTTATATCAACAGGCTCTGTTTGAGGAGGAGCACTCTCGTCGCTCAAAG
ACTTGATTAACTGCCGCTTGAATGTCTCCAGCTTAGCCAAATCACGAGTGAGTTTTGTTA
CAGTCATCGCCAGTGAATCCTTCTCCTTTGTCAGGATCATATTCTCTTCGAGGACGGTCT
TTAGCCTCGAATCAGCTTCGCGACGGTCTCTCTCGAGGCGAGACGCCTTCTCCTCGAGCT
CACGGACAACAGTTTCTTTACCCTGAAGCTTCTGTCTCAATTCAACCACCTCGGAGTCGA
GATTCGAGACCCTCGAAGCTATCGCCATTGAGGTGATCTTCCTCGCGAGATCCAGCTGCT
CGAAAGGATCCATCGGAATCACCGACAGAACCTCATCGGAGAGCTCGAGATCCAGCCTGT
CGTCTCCCATTGCGGTCTTCTTCACTAAACGTTTCGTATATCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G670JQ U 1
AF RR3G670TF C 1
AF RR3G142JQ U 54
AF RR3G142TF C 506
BS 1 325 RR3G670JQ
BS 326 817 RR3G142JQ
BS 818 818 RR3G142TF
BS 819 849 RR3G142JQ
BS 850 1183 RR3G142TF

RD RR3G670JQ 325 0 0
AAGAAGACTTAAACACAACGCCAGTTTCCATCAAGGATGCACTAAACACTTTTCAAAGCG
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GTCGAGAATACACATACTACAATGATTATGCTCATATAACATTGGTCGAGAGATCCAAGA
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TGTTATCTTCCCCAAATATCTCATCTGCTTTCCTCAACGTTTCCTCTCGTGTTTGCTTCT
GAGCGTTGAGTTCCTTAATGTTAGC

QA 1 325 1 325
DS 

RD RR3G670TF 325 0 0
AAGAAGACTTAAACACAACGCCAGTTTCCATCAAGGATGCACTAAACACTTTTCAAAGCG
AGATTTTTCATTGTTTGCTGTTGTGGAAAGTAAAAAACACTTTCCATGTCACTAGATATG
GTCGAGAATACACATACTACAATGATTATGCTCATATAACATTGGTCGAGAGATCCAAGA
CTCGTTAAGTTTAACGCATGTTTCTGTTGAGAAGACCTTGGAAAGATAGGTAGAGATCTT
TGTTATCTTCCCCAAATATCTCATCTGCTTTCCTCAACGTTTCCTCTCGTGTTTGCTTCT
GAGCGTTGAGTTCCTTAATGTTAGC

QA 1 325 1 325
DS 

RD RR3G142JQ 796 0 0
CC
AAGCGAGATTTTTCATTGTTTGCTGTTGTGGAAAGTAAAAAACACTTTCCATGTCACTAG
ATGTGGTCGAGAATACACATACTACAATGATTATGCTCATATAACATTGGTCGAGAGATC
CAAGACTCGTTAAGTTTAACGCATGTTTCTGTTGAGAAGACCTTGGAAAGATAGGTAGAG
ATCTTTGTTATCTTCCCCAAATATCTCATCTGCTTTCCTCAACGTTTCCTCTCGTGTTTG
CTTCTGAGCGTTGAGTTCCTTAATGTTAGCTAAGAAGGCACTGAATTGCTCATATGATAA
TCGGCTCCTGGCTTGTCTGAAGAACTCCTTACCGTCCATCCTAGGTGTACGAGCTGGGAG
TGTACGGTTGCGAGGTGGAGAATTAGCAGCTGATGACTGCTGACTCGAAGGGTACCAGAT
TGTCGTCTTCGAGGGAGAAACTGCACCGGATGTTCTTTTGGGAGAACCAGCTGCAAAATA
GCCTCGAGGGGATACGCTTGTGGAGATGATCTTCGGTGTTGCGGATGGGGTAAGGCGTGG
AGAGATGTATGGTGTCATTGAGAATTTGTTCATGTCGGTAGATCCACTGTAAGAACGGTG
TGCTGAGTGTACGTTGGTCCTTTCATCTTTGCCTGTATATGAACCAGTTGATCCAATACT
TGACTGGTCGCATGCCTTTATATCAACAGGCTCTGTTTGAGGAGGAGCACTCTCGTCGCT
CAAAGACTTGATTAACTGCCGCTTGAATGTCTCCAGCTTAGC*AAATCACGAGTGAGTTT
TGTTACAGTCATCG

QA 3 796 3 796
DS 

RD RR3G142TF 678 0 0
ATGTTC
TTTGGGAGAACCAGCTGCAGAATAGC*TCGAGGGGATACGCTTGTGGAGATGATCTTCGG
TGTTGCGGATGGGGTAAGGCGTGGAGAGATGTATGGTGTCATTGAGAATTTGTTCATGTC
GGTAGATCCACTGTAAGAACGGTGTGCTGAGTGTACGTTGGTCCTTTCATCTTTGCCTGT
ATATGAACCAGTTGATCCAATACTTGACTGGTCGCATGCCTTTATATCAACAGGCTCTGT
TTGAGGAGGAGCACTCTCGTCGCTCAAAGACTTGATTAACTGCCGCTTGAATGTCTCCAG
CTTAGCCAAATCACGAGTGAGTTTTGTTACAGTCATCGCCAGTGAATCCTTCTCCTTTGT
CAGGATCATATTCTCTTCGAGGACGGTCTTTAGCCTCGAATCAGCTTCGCGACGGTCTCT
CTCGAGGCGAGACGCCTTCTCCTCGAGCTCACGGACAACAGTTTCTTTACCCTGAAGCTT
CTGTCTCAATTCAACCACCTCGGAGTCGAGATTCGAGACCCTCGAAGCTATCGCCATTGA
GGTGATCTTCCTCGCGAGATCCAGCTGCTCGAAAGGATCCATCGGAATCACCGACAGAAC
CTCATCGGAGAGCTCGAGATCCAGCCTGTCGTCTCCCATTGCGGTCTTCTTCACTAAACG
TTTCGTATATCG

QA 7 678 7 678
DS 



AS 1 5

CO CL2124Contig1 802 5 11 U
ACACACCGAATAATGGAACTTCTGTTTTGACGTTATAGAGAATGAAAGGCATTGCCCACA
CAATTATATATCATGTGAATCTGAGTATCTACTACTACAACTAGCGACGCACACACTAGA
TCATTCAAAAGAGTTCTGTTTCTCTTTTT**TCTCTTCTCATGTATGTCTCTCTCAGACG
AAAGAACACCGCATGGTTTCTGTAGCTTTTGGAATTTAGTCATCAGCTGGATCTTGTGGA
CTTTCTTCAGCATTGCGTTTGATTACAATGACTGGGCATTCTGCATGCTTTACACAAAAC
TCACTCACCGTTCCAACAAACACCTTCTGGAAAGGACCGAGACCACGACTTCCCACAACC
AGAAAATCTGGCCTAACACGCCTCACTTCATGGCATATAACTTCCGTGGGATCACCTCTC
CTGATCCAAGCCTCACACCCAACCCCAATCTCATGACATTTATTAACGAAAAACTCAAGA
AGGTGAAGTCCTTTAGCCTTGTTACGCTCCCTCATATGTCGGAAATCATCAGGGGAAGCA
TATATGCTGTCCACGTCATCAAAACCGTCTTCGTCCTGGACTTGAGCGTGAAGCAATAGA
AGCTTGAAGCCAGAGGTATTGTCCCTAACGATCTTCCTCAGTGTCCACTCGAACGCCTTT
TTGCTGCTTATCGACGCGTGCGGGTAGCCTTTGATCGTCGACTCGTTCACCGCCACCATC
ACTCGACTTGGCTCGCTCTCCATTTCTGAAATCGTCGTCTCCGGAGTAAGAAGGGCGGTG
ACGAGGCAGGCAATCAAATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3EU69JQ U 1
AF RR3DR09JQ U 38
AF RR3CT69JQB U 54
AF RR3DR09TF C 220
AF RR3EU69TF C 285
BS 1 345 RR3EU69JQ
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BS 714 714 RR3CT69JQB
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RD RR3EU69JQ 583 0 0
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CAATTATATATCATGTGAATCTGAGTATCTACTACTACAACTAGCGACGCACACACTAGA
TCATTCAAAAGAGTTCTGTTTCTCTTTTT**TCTCTTCTCATGTATGTCTCTCTCAGACG
AAAGAACACCGCATGGTTTCTGTAGCTTTTGGAATTTAGTCATCAGCTGGATCTTGTGGA
CTTTCTTCAGCATTGCGTTTGATTACAATGACTGGGCATTCTGCATGCTTTACACAAAAC
TCACTCACCGTTCCAACAAACACCTTCTGGAAAGGACCGAGACCAAGACTTCCCACAACC
AGAAAATCTGGCCTAACACGCCTCACTTCATGGCATATAACTTCCGTGGGATCACCTCTC
CTGATCCAAGCCTCACACCCAACCCCAATCTCATGACATTTATTAACGAAAAACTCAAGA
AGGTGAAGTCCTTTAGCCTTGTTACGCTCCCTCATATGTCGGAAATCATCAGGGGAAGCA
TATATGCTGTCCACGTCATCAAAACCGTCTTCGTCCTGGACTT

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3DR09JQ 700 0 0
GG
GAATGAAAGGCATTGCCCACACAATTATATATCATGTGAATCTGAGTATCTACTACTACA
ACTAGCGACGCACACACTAGATCATTCAAAAGAGTTCTGTTTCTCTTTTT**TCTCTTCT
CATGTATGTCTCTCTCAGACGAAAGAACACCGCATGGTTTCTGTAGCTTTTGGAATTTAG
TCATCAGCTGGATCTTGTGGACTTTCTTCAGCATTGCGTTTGATTACAATGACTGGGCAT
TCTGCATGCTTTACACAAAACTCACTCACCGTTCCAACAAACACCTTCTGGAAAGGACCG
AGACCACGACTTCCCACAACCAGAAAATCTGGCCTAACACGCCTCACTTCATGGCATATA
ACTTCCGTGGGATCACCTCTCCTGATCCAAGCCTCACACCCAACCCCAATCTCATGACAT
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CGGAAATCATCAGGGGAAGCATATATGCTGTCCACGTCATCAAAACCGTCTTCGTCCTGG
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AGTGTCCACTCGAACGCCTTTTTGCTGCTTATCGACGCGTGCGGGTAGCCTTTGATCGTC
GACTCGTTCACCGCTACCATCACTCGACTTGGCTCGCT

QA 3 700 3 700
DS 

RD RR3CT69JQB 749 0 0
GCT
CACACAATTATATATCATGTGAATCTGAGTATCTACTACAACAACTAGAGACGCACACAC
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GACGAAAGAACACCGCATGGTTTGTGTAGCTTTTGGAATTTAGTCATCAGCTGGATCTTG
TGGACTTTCGTCAGCATTGCGTTTGATTACGATGACTGGGCATTCTGCATGCTTCACACA
AAACTCACTCACCGTTCCAACAAACACCTTCTGAAAAGGACCGAGACCACGACTTCCCAC
AACCAGAAAATCTGGCCTAACACGCCCCACTTCATGGCATATAACTTCCGTGGGATCACC
TCTCCTGATCCAGGCCTCACACCCAACCCCAATCTCATGACATTTATTAACGAAAAACTC
AAGAAGGTGAAGTCCTTTAGCCTTGTTACGCTCCCTCATATGTCGGAAATCATCAGGGGA
AGCATATATGCAGTCCACGTCATCAAAACCGTCTTCGTCCTGGACTTGAGCGTGAAGCAA
GAGAAGCTTGAAGCCAGAGGTATTGTCCCTGACTATCTTCCTCAGTGTCCACTCGAACGC
CTTTTTGCTGCTTATCGACGCGTGCGGGTAGCCTTTGATCGTCGACTCGTTCACCGCCAC
CATCACTCGACTTGGCTCGCTCTCCATTTCTGGGATCGTCGTCTCCGGAGTAAGAAGGGC
GGTGAAGAGGCAGGCAATCAAATCCC

QA 4 749 4 749
DS 

RD RR3DR09TF 583 0 0
TCATCAGCTGGATCTTGTGGACTTTCTTCAGCATTGCGTTTGATTACAATGACTGGGCAT
TCTGCATGCTTTACACAAAACTCACTCACCGTTCCAACAAACACCTTCTGGAAAGGACCG
AGACCACGACTTCCCACAACCAGAAAATCTGGCCTAACACGCCTCACTTCATGGCATATA
ACTTCCGTGGGATCACCTCTCCTGATCCAAGCCTCACACCCAACCCCAATCTCATGACAT
TTATTAACGAAAAACTCAAGAAGGTGAAGTCCTTTAGCCTTGTTACGCTCCCTCATATGT
CGGAAATCATCAGGGGAAGCATATATGCTGTCCACGTCATCAAAACCGTCTTCGTCCTGG
ACTTGAGCGTGAAGCAATAGAAGCTTGAAGCCAGAGGTATTGTCCCTAACGATCTTCCTC
AGTGTCCACTCGAACGCCTTTTTGCTGCTTATCGACGCGTGCGGGTAGCCTTTGATCGTC
GACTCGTTCACCGCTACCATCACTCGACTTGGCTCGCTCTCCATTTCTGAAATCGTCGTC
TCCGGAGTAAGAAGGGCGGTGACGAGGCAGGCAATCAAATCCC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3EU69TF 518 0 0
ATGCTTTACACAAAACTCACTCACCGTTCCAACAAACACCTTCTGGAAAGGACCGAGACC
AAGACTTCCCACAACCAGAAAATCTGGCCTAACACGCCTCACTTCATGGCATATAACTTC
CGTGGGATCACCTCTCCTGATCCAAGCCTCACACCCAACCCCAATCTCATGACATTTATT
AACGAAAAACTCAAGAAGGTGAAGTCCTTTAGCCTTGTTACGCTCCCTCATATGTCGGAA
ATCATCAGGGGAAGCATATATGCTGTCCACGTCATCAAAACCGTCTTCGTCCTGGACTTG
AGCGTGAAGCAATAGAAGCTTGAAGCCAGAGGTATTGTCCCTAACGATCTTCCTCAGTGT
CCACTCGAACGCCTTTTTGCTGCTTATCGACGCGTGCGGGTAGCCTTTGATCGTCGACTC
GTTCACCGCCACCATCACTCGACTTGGATCGCTCTCCATTTCTGAAATCGTCGTCTCCGG
AGTAAGAAGGGCGGTGACGAGGCAGGCAATCAAATCCC

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 5

CO CL2125Contig1 372 5 5 U
GGGGCAGTAGTTCTACTCGTTTAGCTTCGGAGCTGCAATTCGCACGACGTCAAGATGCCG
TCGCACAAGTCTTTCATGATCAAGAAGAAGCTGGCCAAGAAGCAGAGGCAGAACAGGCCT
ATTCCTCACTGGATTCGTCTCCGGACCGACAACACCATCAGGTACAATGCCAAGCGCAGG
CACTGGCGTAGAACCAAGCTCGGATTCTAAGTGAAAAGCTTCCTCCCAGAAGTGTCTTCT
TTTCTGTTGTTGGTTTTTAGCATTTCCTCTAAGTTTTTATGGATTTACGGTGTGACATTT
TCATTTCTCTGTATGACTTTTGTCTCGTTATGTTTGTTACCAAATTTCTATCTATAAAAA
GCACTTCCTAGC


BQ
10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 

AF RR3CT32TF U 1
AF RR3EK79TF U 2
AF RR3EK79JQ C 2
AF RR3BQ92JQ C 2
AF RR3BQ92TF U 2
BS 1 38 RR3CT32TF
BS 39 39 RR3EK79TF
BS 40 53 RR3CT32TF
BS 54 54 RR3EK79TF
BS 55 372 RR3CT32TF

RD RR3CT32TF 372 0 0
GGGGCAGTAGTTCTACTCGTTTAGCTTCGGAGCTGCAACTCGCACGACGTCAATATGCCG
TCGCACAAGTCTTTCATGATCAAGAAGAAGCTGGCCAAGAAGCAGAGGCAGAACAGGCCT
ATTCCTCACTGGATTCGTCTCCGGACCGACAACACCATCAGGTACAATGCCAAGCGCAGG
CACTGGCGTAGAACCAAGCTCGGATTCTAAGTGAAAAGCTTCCTCCCAGAAGTGTCTTCT
TTTCTGTTGTTGGTTTTTAGCATTTCCTCTAAGTTTTTATGGATTTACGGTGTGACATTT
TCATTTCTCTGTATGACTTTTGTCTCGTTATGTTTGTTACCAAATTTCTATCTATAAAAA
GCACTTCCTAGC

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR3EK79TF 371 0 0
GGGCAGTAGTTCTACTCGTTTAGCTTCGGAGCTGCAATTCGCACGACGTCAAGATCCCGT
CGCACAAGTCTTTCATGATCAAGAAGAAGCTGGCCAAGAAGCAGAGGCAGAACAGGCCTA
TTCCTCACTGGATTCGTCTCCGGACCGACAACACCATCAGGTACAATGCCAAGCGCAGGC
ACTGGCGTAGAACCAAGCTCGGATTCTAAGTGAAAAGCTTCCTCCCAGAAGTGTCTTCTT
TTCTGTTGTTGGTTTTTAGCATTTCCTCTAAGTTTTTATGGATTTACGGTGTGACATTTT
CATCTCTCTGTATGACTTTTGTCTCGTTATGTTTGTTACCAAATTTCTATCTATAAAAAG
CACTTCCTAGC

QA 1 371 1 371
DS 

RD RR3EK79JQ 370 0 0
GGGCAGTAGTTCTACTCGTTTAGCTTCGGAGCTGCAATTCGCACGACGTCAAGATCCCGT
CGCACAAGTCTTTCATGATCAAGAAGAAGCTGGCCAAGAAGCAGAGGCAGAACAGGCCTA
TTCCTCACTGGATTCGTCTCCGGACCGACAACACCATCAGGTACAATGCCAAGCGCAGGC
ACTGGCGTAGAACCAAGCTCGGATTCTAAGTGAAAAGCTTCCTCCCAGAAGTGTCTTCTT
TTCTGTTGTTGGTTTTTAGCATTTCCTCTAAGTTTTTATGGATTTACGGTGTGACATTTT
CATCTCTCTGTATGACTTTTGTCTCGTTATGTTTGTTACCAAATTTCTATCTATAAAAAG
CACTTCCTAG

QA 1 370 1 370
DS 

RD RR3BQ92JQ 371 0 0
GGGCAGTAGTTCTACTCGTTTAGCTTCGGAGCTGCAATTCGCACGACGTCAAGATGCCGT
CGCACAAGTCTTTCATGATCAAGAAGAAGCTGGCCAAGAAGCAGAGGCAGAACAGGCCTA
TTCCTCACTGGATTCGTCTCCGGACCGACAACACCATCAGGTACAATGCCAAGCGCAGGC
ACTGGCGTAGAACCAAGCTCGGATTCTAAGTGAAAAGCTTCCTCCCAGAAGTGTCTTCTT
TTCTGTTGTTGGTTTTTAGCATTTCCTTTAAGTTTTTATGGATTTACGGTGTGACATTTT
CATTTCTCTGTATGACTTTTGTCTCGTTATGTTTGTTACCAAATTTCTATCTATAAAA*G
CACTTCCTAGC

QA 1 371 1 371
DS 

RD RR3BQ92TF 371 0 0
GGGCAGTAGTTCTACTCGTTTAGCTTCGGAGCTGCAATTCGCACGACGTCAAGATGCCGT
CGCACAAGTCTTTCATGATCAAGAAGAAGCTGGCCAAGAAGCAGAGGCAGAACAGGCCTA
TTCCTCACTGGATTCGTCTCCGGACCGACAACACCATCAGGTACAATGCCAAGCGCAGGC
ACTGGCGTAGAACCAAGCTCGGATTCTAAGTGAAAAGCTTCCTCCCAGAAGTGTCTTCTT
TTCTGTTGTTGGTTTTTAGCATTTCCTCTAAGTTTTTATGGATTTACGGTGTGACATTTT
CATTTCTCTGTATGACTTTTGTCTCGTTATGTTTGTTACCAAATTTCTATCTATAAAA*G
CACTTCCTAGC

QA 1 371 1 371
DS 



AS 1 5

CO CL2126Contig1 703 5 12 U
GGGACTCATTCACAGGAAGAAACCATGACCGTCGTCTCTCTGTTAGTGGCCTTCACCGTT
CTTTCACTCTGTTTACACACTTCAACCTCAGAGTTCCTAGAGTTTCAGCTCTCCACCATA
TCAGCTGCACCTTCGTTTTTGCCTGAAGCTCCTTTGAGTTTCTCAGCTTCACCTCCTCTG
GAGGCTATTATGTCTCCTGATATCTCTCCTCTGTTCCACTCCAGGCTCAAGCGAAATGTC
TCCTTCTCCGTCAGGATCTTTTGACATGCCGACAATCCCCTCGAGTCTTAGTCCACCAAA
TCCAGATGCAGTCTCTCCTCTTGACTCTTCTCCGGTGGGGTCTCCTCTTCCGGTTTCTTC
CTCTGTTTCTTTGGTCTCCTTGACACCACTCTCTCTGCTTCTTGTCTTCCTCGTGTTTAT
GCTACCTTACTGCAGACTCTAATAAATTATTGTGGAAAATAAGCCCTATTTGACATCTTG
TTCAAAACAAAAAAAAAAGGAAAAAAAGAATTCACAATGTATTCTTCTTTTTACTCTATT
CTTCTCATGGAACTTTATTTTTCTTTGTATAATATAATGTTTTACACTTCTTTTAATTAT
TGTTCGGGTGAGGCTCTCTGCAATCTGGCCGGTGCAGACCGTGCAGTTGTTGTACTTGTA
ACAGTGATATATGGGTTTTGTGTATGGATTGGATCCAATTATG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK06TF U 1
AF RR3HB60TF U 1
AF RR3BT68JQ C 1
AF RR3BT68TF U 1
AF RR3EK06JQ C 55
BS 1 91 RR3EK06TF
BS 92 92 RR3HB60TF
BS 93 303 RR3EK06TF
BS 304 304 RR3HB60TF
BS 305 428 RR3EK06TF
BS 429 479 RR3HB60TF
BS 480 480 RR3BT68TF
BS 481 495 RR3HB60TF
BS 496 498 RR3BT68TF
BS 499 604 RR3HB60TF
BS 605 683 RR3BT68TF
BS 684 703 RR3EK06JQ

RD RR3EK06TF 428 0 0
GGGACTCATTCACAGGAAGAAACCATGACCGTCGTCTCTCTGTTAGTGGCCTTCACCGTT
CTTTCACTCTGTTTACACACTTCAACCTCAGGGTTCCTAGAGTTTCAGCTCTCCACCATA
TCAGCTGCACCTTCGTTTTTGCCTGAAGCTCCTTTGAGTTTCTCAGCTTCACCTCCTCTG
GAGGCTATTATGTCTCCTGATATCTCTCCTCTGTTCCACTCCAGGCTCAAGCGAAATGTC
TCCTTCTCCGTCAGGATCTTTTGACATGCCGACAATCCCCTCGAGTCTTAGTCCACCAAA
TCCTGATGCAGTCTCTCCTCTTGACTCTTCTCCGGTGGGGTCTCCTCTTCCGGTTTCTTC
CTCTGTTTCTTTGGTCTCCTTGACACCACTCTCTCTGCTTCTTGTCTTCCTCGTGTTTAT
GCTACCTT

QA 1 428 1 428
DS 

RD RR3HB60TF 604 0 0
GGGACTCATTCACAGGAAGAAACCATCACCGTCGTCTCTCTGTTAGTGGCCTTCACCGTT
CTTTCACTCTGTTTACACACTTCAACCTCAGAGTTCCTAGAGTTTCAGCTCTCCACCATA
TCAGCTGCACCTTCGTTTTTGCCTGAAGCTCCTTTGAGTTTCTCAGCTTCACCTCCTCTG
GAGGCTATTATGTCTCCTGATATCTCTCCTCTGTTCCACTCCAGGCTCAAGCGAAATGTC
TCCTTCTCCGTCAGGATCTTTTGACATGCCGACAATCCCCTCGAGTCTTAGTCCACCAAA
TCCAGATGCAGTCTCTCCTCTTGACTCTTCTCCGGTGGGGTCTCCTCTTCCGGTTTCTTC
CTCTGTTTCTTTGGTCTCCTTGACACCACTCTCTCTGCTTCTTGTCTTCCTCGTGTTTAT
GCTACCTTACTGCAGACTCTAATAAATTATTGTGGAAAATAAGCCCTATTTGACATCTTA
TTCAAAACAAAAAAA***GGAAAAAAAGAATTCACAATGTATTCTTCTTTTTACTCTATT
CTTCTCATGGAACTTTATTTTTCTTTGTATAATATAATGTTTTACACTTCTTTTAATTAT
TGTT

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3BT68JQ 683 0 0
GGGACTCATTCACAGGAAGAAACCATGACCGTCGTCTCTCTGTTAGTGGCCTTCACCGTT
CTTTCACTCTGTTTACACACTTCAACCTCAGAGTTCCTAGAGTTTCAGCTCTCCACCATA
TCAGCTGCACCTTCGTTTTTGCCTGAAGCTCCTTTGAGTTTCTCAGCTTCACCTCCTCTG
GAGGCTATTATGTCTCCTGATATCTCTCCTCTGTTCCACTCCAGGCTCAAGCGAAATGTC
TCCTTCTCCGTCAGGATCTTTTGACATGCCGACAATCCCCTCGAGTCTTAGTCCACCAAA
TCCAGATGCAGTCTCTCCTCTTGACTCTTCTCCGGTGGGGTCTCCTCTTCCGGTTTCTTC
CTCTGTTTCTTTGGTCTCCTTGACACCACTCTCTCTGCTTCTTGTCTTCCTCGTGTTTAT
GCTACCTTACTGCAGACTCTAATAAATTATTGTGGAAAATAAGCCCTATTTGACATCTTG
TTCAAAACAAAAAAAAAAGGAAAAAAAGAATTCACAATGTATTCTTCTTTTTACTCTATT
CTTCTCATGGAACTTTATTTTTCTTTGTATAATATAATGTTTTACACTTCTTTTAATTAT
TGTTCGGGTGAGGCTCTCTGCAATCTGGCCGGTGCAGACCGTGCAGTTGTTGTACTTGTA
ACAGTGATATATGGGTTTTGTGT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3BT68TF 683 0 0
GGGACTCATTCACAGGAAGAAACCATGACCGTCGTCTCTCTGTTAGTGGCCTTCACCGTT
CTTTCACTCTGTTTACACACTTCAACCTCAGAGTTCCTAGAGTTTCAGCTCTCCACCATA
TCAGCTGCACCTTCGTTTTTGCCTGAAGCTCCTTTGAGTTTCTCAGCTTCACCTCCTCTG
GAGGCTATTATGTCTCCTGATATCTCTCCTCTGTTCCACTCCAGGCTCAAGCGAAATGTC
TCCTTCTCCGTCAGGATCTTTTGACATGCCGACAATCCCCTCGAGTCTTAGTCCACCAAA
TCCAGATGCAGTCTCTCCTCTTGACTCTTCTCCGGTGGGGTCTCCTCTTCCGGTTTCTTC
CTCTGTTTCTTTGGTCTCCTTGACACCACTCTCTCTGCTTCTTGTCTTCCTCGTGTTTAT
GCTACCTTACTGCAGACTCTAATAAATTATTGTGGAAAATAAGCCCTATTTGACATCTTG
TTCAAAACAAAAAAAAAAGGAAAAAAAGAATTCACAATGTATTCTTCTTTTTACTCTATT
CTTCTCATGGAACTTTATTTTTCTTTGTATAATATAATGTTTTACACTTCTTTTAATTAT
TGTTCGGGTGAGGCTCTCTGCAATCTGGCCGGTGCAGACCGTGCAGTTGTTGTACTTGTA
ACAGTGATATATGGGTTTTGTGT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3EK06JQ 649 0 0
ACCGTTCTTTCACTCTGTTTACACACTTCAACCTCAGGGTTCCTAGAGTTTCAGCTCTCC
ACCATATCAGCTGCACCTTCGTTTTTGCCTGAAGCTCCTTTGAGTTTCTCAGCTTCACCT
CCTCTGGAGGCTATTATGTCTCCTGATATCTCTCCTCTGTTCCACTCCAGGCTCAAGCGA
AATGTCTCCTTCTCCGTCAGGATCTTTTGACATGCCGACAATCCCCTCGAGTCTTAGTCC
ACCAAATCCTGATGCAGTCTCTCCTCTTGACTCTTCTCCGGTGGGGTCTCCTCTTCCGGT
TTCTTCCTCTGTTTCTTTGGTCTCCTTGACACCACTCTCTCTGCTTCTTGTCTTCCTCGT
GTTTATGCTACCTTACTGCAGACTTTAATAAATTATTGTGGAAAATAAGCCCTATTTGAC
ATCTTGTTCAAAACAAAAAAAAA*GGAAAAAAAGAATTCACAATGTATTCTTCTTTTTAC
TCTATTCTTCTCATGGAACTTTATTTTTCTTTGTATAATATAATGTTTTACACTTCTTTT
AATTATTGTTCGGGTGAGGCTCTCTGCAATCTGGCCGGTGCAGACCGTGCAGTTGTTGTA
CTTGTAACAGTGATATATGGGTTTTGTGTATGGATTGGATCCAATTATG

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 4

CO CL2127Contig1 1618 4 11 U
GGATTCCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTCCCAATTAGTCCCCCCCCATCAACTACT
CTCGATTCTCCGTACGTGAAACCCTAGTTCCTCTCTCTCTCTGGGGAACATGGAGTCTCG
TATTGGGAATAAGTTCCGACTTGGCCGCAAAATCGGGAGCGGCTCTTTCGGAGAGATTTA
CCTCGGAACTGATGTTCAGACTAACGAAGAAGTCGCTATTAAGCTTGAAAGTGCGAAGAC
TGCGCATCCGCAACTGTCATATGAGTCCAGGATATATAGGGTTGTTCACGGTGGAACTGG
GATTCCAAACATTAAGTGGTTTGGTGTTGAGGGTGACTACAATGTCTTAGTCATGGATTT
GCTTGGTCCTAGCCTTGAGGATCTCTTTGGCTATTGCAACCGCAAGTTTTCTTTGAAGAC
TGTTCTCATGCTTGCTGATCAGATGATAAACCGTCTCGAGTTCATCCATTCTAAATCCTA
TCTTCACCGTGATATAAAGCCTGATAACTTTCTCATGGGTTTAGGAAGGCGCTCAAATCA
GGTCTACATCATAGACTTTGGCTTGGCTAAGAAATACAGAGACAGCTCAACTCATCGACA
TATCCCATACAGGGAAAATAAAAGTCTGATTGGGACTCCGAGGTACGCCAGCTTGAACAC
TCACCTAGGCATCGAGCAAAGTCGGAGGGATGATATAGAATCACTTGGTTATATCCCCAT
GTACTTCCTCATGGGAAGTCTCCCATGGCAGGGACTGAAAGCTGGGAACAAGAAACAGAA
ATACGACAAGATTAGTGAAAAGAAGGTTTCTACTTCCATCGAAACGTTATGCAGAGGTCA
TCCAACAGAGTTTGCATCCTACTTTCATTACTGCCGCTCACTTAGGTTTGATGATAAGCC
AGACTATGCTTATTTGAAGAGACCTTCCGCAACCTTTTCATTCGTGAAGGTTTTCAGTTT
GATTTTGTGTTTGACTGGACGGTACTCAAGTATCAACAATCACAATCTGGAAACCCCTCA
CCTCGTGCCAATGATGGTGGTGTTGGGACTAGCTCTGGATTAAACACCTCAGTTAGTAAT
GTTGAGAAACGTCCAGACTTACCAAATCAGAGAACGAATCTGGATTTTAACCTGAAGCAG
AAGACCAAGAACGTAAACGAATCTGCAACTGCAAAGGACAAGCTGGCACCTGGATCGTTT
CACTTGGTTCAGTCAGAAGGATCGTCATCAAGAAGAGTCGTGGACTCAAGTAGTCGTGAA
CCGTTCAGTGGCGGGAGTGACAATGCAAACTATGAACCTGCACTCAAAGGCATTGATGGC
TTGCGGATCAATAGCAATGCAGGGGATGAGACTGCAGCGTCGCCACAATCAAATGGAGAC
GATACTACTCCTCTTTTGGAAACCAAAACAAAGCTCTCAGAGACTGATTCGTAGATGAAG
CTTTAAGACACATAACCGGTATTCACTTTTGCTGATTGCTTCACCTCACCCCTTCTTGAG
GATTTGAAGGTAGTCTATGATTCTTCTGAAGAAAGGCTTTAAAGTTAGAGATTTGTTATA
AGGGAGGGATAGAGATTTATTTATACCAAAGTGCTTAATTATATGGTTCATTGGTCCT


BQ
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15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EJ66TF U 229
AF RR3CS56TF U 1
AF RR3H453TF U 317
AF RR3H453JQ C 843
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BS 1113 1618 RR3H453JQ

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GGGC
GCGAAGACTGCGCATCCGCAACTGTCATATGAGTCCAGGATATATAGGGTTGTTCACGGT
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ATGGATTTGCTTGGTCCTAGCCTTGAGGATCTCTTTGGCTATTGCAACCGCAAGTTTTCT
TTGAAGACTGTTCTCATGCTTGCTGATCAAATGATAAACCGTCTCGAGTTCATCCATTCT
AAATCCTATCTTCAC

QA 5 259 5 259
DS 

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CTCGATTCTCCGTACGTGAAACCCTAGTTCCTCTCTCTCTCTGGGGAACATGGAGTCTCG
TATTGGGAATAAGTTCCGACTTGGCCGCAAAATCGGGAGCGGCTCTTTCGGAGAGATTTA
CCTCGGAACTGATGTTCAGACTAACGAAGAAGTCGCTATTAAGCTTGAAAGTGCGAAGAC
TGCGCATCCGCAACTGTCGTATGAGTCCAGGATATATAGGGTTGTTCACGGTGGAACTGG
GATTCCAAACATTAAGTGGTTTGGTGTTGAGGGTGACTACAATGTCTTAGTCATGGATTT
GCTTGGTCCTAGCCTTGAGGATCTCTTTGGCTATTGCAACCGCAAGTTTTCTTTGAAGAC
TGTCCTCATGCTTGCTGATCAGATGATAAACCGTCTCGAGTTCATCCATTCTAAATCCTA
TCTTCACCGTGATATAAAGCCTGATAACTTTCTCATGGGTTTAGGAAGGCGCTCAAATCA
GGTCTACATCATAGACTTTGGCTTGGCTAAGAAATACAGAGACAGCTCAACTCATCGACA
TATCCCATACAGGGAAAATAAAAGTCTGATTGGGACTCCGAGGTACGCCAGCTTGAACAC
TCAC
TAGCATAGAGCAAGCGAG

QA 1 664 1 664
DS 

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G
GGTTTGGTGTTGAGGGTGACTACAATGTCTTAGTCATGGATTTGCTTGGTCCTAGCCTTG
AGGATCTCTTTGGTTATTGCAACCGCAAGTTTTCTTTGAAGACTGTTCTCATGCTTGCTG
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AGCCTGATAACTTTCTCATGGGTTTAGGAAGGCGCTCAAATCAGGTCTACATCATAGACT
TTGGCTTGGCTAAGAAATACAGAGACAGCTCAACTCATCGACATATCCCATACAGGGAGA
ATAAAATTCTGATTGGGACTCCGAGGTATGCCAGCTTGAACACTCACCTAGGCATCGAGC
AAAGTCGGAGGGATGATATAGAATCACTTGGTTATATCCCCATGTACTTCCTCATGGGAA
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CCTACTTTCATTACTGCCGCTCACTTAGGTTTGATGATAAGCCAGACTATGCTTATTTGA
AGAGACCTTCCGCAACCTTTTCATTCGTGAAGGTTTTCAGTTTGATTTTGTGTTTGACTG
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TGGTGTTGGGACTAGCTCTGGAT*AAACACCTCAGTTAGTA*TGTTGAGAAACGTCCAGA
CTTACCAAATCAGAG

QA 2 796 2 796
DS 

RD RR3H453JQ 776 0 0
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TTTTGTGTTTGACTGGACGGTACTCAAGTATCAACAATCACAATCTGGAAACCCCTCACC
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TGAGAAACGTCCAGACTTACCAAATCAGAGAACGAATCTGGATTTTAACCTGAAGCAGAA
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GCGGATCAATAGCAATGCAGGGGATGAGACTGCAGCGTCGCCACAATCAAATGGAGACGA
TACTACTCCTCTTTTGGAAACCAAAACAAAGCTCTCAGAGACTGATTCGTAGATGAAGCT
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GGAGGGATAGAGATTTATTTATACCAAAGTGCTTAATTATATGGTTCATTGGTCCT

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DS 



AS 2 5

CO CL2128Contig1 1110 3 10 U
GGGAACAAAAAAGAGAAAAAAGAGTTTATCCCACTGGCCACAGTTAGGCCACAGAGTCTA
TGCGGAGAGAAAGGAAAGCACATCATCATCATCATCATCTTCACGACAAAAGTTGATTGA
TTCTCTATGGCTTCATCGATCGTTTTCGCTGCAACTCCAGCTACTGCTGGGTTCCTCTCC
TCTGTTCCTCCTTGGAAGGCGCCTAGGAGATTTCATGTTAGGTCTTCACTTGACGCAGAC
GTTTCCGACATGAGTGTTAACGCTCCAAAGGGGCTGTTTCCTCCAGAGCCTGTACCTTAC
AAGGGACCGAAGCTGAAAGTAGCTATCATAGGAGCTGGACTTGCTGGCATGTCAACTGCT
GTTGAGCTTCTCGATCAGGGTCACGAGGTGGATATATATGATTCGAGGACTTTCATTGGT
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CTTCTTGTCAAAGACCACACTCATACATTTATAAACAAAGGCAGCGAAATTGGAGAGCTT
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AAAGCTCTCGTTAACCCCGATGGAGCAATGCAAGACATTCGCAACCTAGACAGCATAAGT
TTCTCGGATTGGTTCCTCTCTAAAGGTGGGACGAGGGAGAGTATCCAGAGAATGTGGGAT
CCTGTTGCGTACGCACTCGGTTTCATAGACTGTGATAACATGAGTGCAAGATGCATGCTT
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TCCCCTGATGTTTACTTGAGTGGTCCTATCAAACAATACATCACAGATAGAGGTGGCAGA
ATCCATCTAAGGTGGGGTTGCAGGGAGATACTTTATGATAAATCAGCAGATGGAGAAACT
TATGTCACAGGACTAGCAGTTTCCAAGCTA


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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G378TF U 1
AF RR3BE72TF U 1
AF RR3EI88TF U 461
BS 1 96 RR3BE72TF
BS 97 99 RR3G378TF
BS 100 258 RR3BE72TF
BS 259 259 RR3G378TF
BS 260 671 RR3BE72TF
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BS 683 683 RR3G378TF
BS 684 801 RR3BE72TF
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QA 1 773 1 773
DS 

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GTTTCCGACATGAGTGTTTACGCTCCAAAGGGGCTGTTTCCTCCAGAGCCTGTACCTTAC
AAGGGACCGAAGCTGAAAGTAGCTATCATAGGAGCTGGACTTGCTGGCATGTCAACTGCT
GTTGAGCTTCTCGATCAGGGTCACGAGGTGGATATATATGATTCGAGGACTTTCATTGGT
GGCAAAGTTGGCTCGTTTGTCGATAGACGAGGGAACCACATCGAAATGGGTTTACATGTC
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CTTCTTGTCAAAGACCACACTCATACATTTATAAACAAAGGCAGCGAAATTGGAGAGCTT
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TTCTCGGATTGGTTCCTCTCT

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DS 

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G
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CGCCTTTTTAGTAACAAATCAACTCAAGCCATATGACAAGCTGAGGAACTCACTAGCTCT
TGCATTGAGCCCTGTCGTTAAAGCTCTCGTTAACCCCGATGGAGCAATGCAAGACATTCG
CAACCTAGACAGCATAAGTTTCTCGGATTGGTTCCTCTCTAAAGGTGGGACGAGGGAGAG
TATCCAGAGAATGTGGGATCCTGTTGCGTACGCACTCGGTTTCATAGACTGTGATAACAT
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DS 



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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EO84TF U 1
AF RR3G333TF U 1
BS 1 77 RR3EO84TF
BS 78 78 RR3G333TF
BS 79 488 RR3EO84TF
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QA 1 488 1 488
DS 

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TTTAACCGAATAAAAAAATAATTGCTGTTATCCTCAGAGTTGATTGATTCTCTATGGCTT
CATCGATCGTTTTCGCTGCAACTCCAGCTACTGCTGGGTTCCTCTCCTCTGTTCCTCCTT
GGAAGGCGCCTAGGAGATTTCGTGTTAGGTCTTCACTTGACGCAGACGTTTCCGACATGA
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TGAAAGTAGCTATCATAGGAGCTGGACTTGCTGGCATGTCAACTGCTGTTGAGCTTCTCG
ATCAGGGTCACGAGGTGGATATATATGATTCGAGGACTTTCATTGGTGGCAAAGTTGGCT
CGTTTGTCGATAGACGAGGGAACCACATCGAAATGGGTTTACATGTCTTCTTCGGATGCT
ATAACAATCTCTTCCGCTTGATGAAAAAGGTTGGAGCTGATAAGAACCTTCTTGTCAAAG
ACCACACTCATACATTTATAAACAAAGGCAGCGAAATTGGAGAGCTTGATTTTCGGTTTC
CTGTTGGAGCTCCAATTCACGGTATCCGCGCCTTTTTAGTAACAAATCACTCA

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 5

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AATAAATCTTAACTCTGATC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 20 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG21JQ C 1
AF RR3DJ04JQ C 169
AF RR3DJ04TF U 169
AF RR3FG21TF U 1
AF RR3DQ49TF U 5
BS 1 5 RR3FG21JQ
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BS 170 388 RR3DJ04TF
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BS 432 432 RR3FG21TF
BS 433 550 RR3DJ04TF
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CGAAAGAGCAAGGGAACCTCACCAATGACGCAGATAATTCAATGCCATCATCACAGCAAG
AGGAGGCTGCTGTAAAGAACAAGTATGGAGGACTCATGCCAAAGAAACCACCTCTCATTT
CCAAGGATCATGAACGAGCATACTTTGACTCAGCTGATTGGGCTCTTGGAAAGCAAGGTG
TTGTTAAGCCAAAGGGACCCTTAGAAGCTTTTCGTCCCAAGTTACAGCCAACGCAGCAGC
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GCGAATGAGTTTAGAGACCAGAGAGAGAGAGAGGGGGGAGAGAGATATGAAAACTCTGGT
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AATAAATCTT
AACTCC

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G
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AAAGCAAGGTGTTGCTAAGCCAAAGGGACCCTTAGAAGCTTTTCGTCCCAAGTTACAGCC
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DS 

RD RR3DJ04TF 382 0 0
G
ATCACAGCAAGAGGAGGCTGCTGTAAAGAACAAGTATGGAGGACTCATGCCAAAGAAACC
ACCTCTCATTTCCAAGGATCATGAACGAGCATACTTTGACTCAGCTGATTGGGCTCTTGG
AAAGCAAGGTGTTGCTAAGCCAAAGGGACCCTTAGAAGCTCTTCGTCCCAAGTTACAGCC
AACGCAGCAGCAGACGCGTTACAGGAAGTCTCCATGTGC**CATCCGGTGAAGATGGAGG
AGCTGCTCAGGGCGAATGAGTT*AGAGACCAGAGAGAGAGAGAGGGGGGAGAGAGATATG
AAAACTCTGGTGTAATAACTTTGTTATAATCGGATATTGTCTGTCCATTTGAAACAACAG
ATACGTTTTTCAATAAATCTT

QA 2 382 2 382
DS 

RD RR3FG21TF 556 0 0
GGGAC
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CTGATTTTGGTGGGCGTTGAGGAGACATCATCAGAAATGTCAAGCGTAGAGGATGCGAAA
GAGCAAGGGAACCTCACCAATGACGCAGATAATTCAATGCCATCATCACAGCAAGAGGAG
GCTGCTGTAAAGAACAAGTATGGAGGACTCATGCCAAAGAAACCACCTCTCATTTCCAAG
GATCATGAACGAGCATACTTTGACTCAGCTGATTGGGCTCTTGGAAAGCAAGGTGTTGCT
AAGCCAAAGGGACCCTTAGAAGCTCTTCGTCCCAAGTTACAGCCAACGCAGCAGCAGACG
CGTTACAGGAAGTCTCCATGTGCTCCATCCGGTGAAGATGGAGGAGCTGCTCAGGGCGAA
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ATCTT
AACTCC

QA 6 550 6 550
DS 

RD RR3DQ49TF 556 0 0
G
AACAACATCAACAGAGAAACGTCGCAACCAACAATAGGAGCCAATCGCGAATCCTTCCTC
CTGATTTTGGTGGGCGTTGAGGAGACATCATCAGAAATGTCAAGCGTAGAGGATGTGAAA
GAGCAAGGGAACCTCACCAATGACGCAGATAATTCAATGCCATCATCACAGCAAGAGG**
*CTGCTGTAAAGAACAAGTATGGAGGACTCATGCCAAAGAAACCACCTCTCATTTCCAAG
GATCATGAACGAGCATACTTTGACTCAGCTGATTGGGCTCTTGGAAAGCAAGGTGTTGCT
AAGCCAAAGGGACCCTTAGAAGCTCTTCGTCCCAAGTTACAGCCAACGCAGCAGCAGACG
CGTTACAGGAAGTCTCCATGTGCTCCATCCGGTGAAGATGGAGGAGCTGCTCAGGGCGAA
TGAGTTTAGAGACCAGAGAGAGAGAGAGGGGGGAGAGAGATATGAAAACTCTGGTGTAAT
AACTTTGTTATAATCGGATATTGTCTGTCCATTTGAAACAACAGATACGTTTTTCAATAA
ATCTTAACTCTGATC

QA 2 556 2 556
DS 



AS 1 5

CO CL2130Contig1 877 5 6 U
GGCAAAAACATTCTTGTTTTCATTTAGAACATTATTTGTTTGTTGAATCCTCATTGATAA
TATAAGCTACAAAATCCAGCAACCAGAGTCACAGCAACACAATTCTTGCTACTTTCAAAT
ATGTCTGAAATAAAAGTAAAAGGGCAAGTGTAATAGCCACCATAGAAGCAGCTGCGAGAG
CTCAGAAGATTCTTTGTGGTGGTCCCATTGTGCTCTTGAGGTACAAACACCTCACGTTTT
GCCAGTTCTTCTTCAAGAGAGAGACGAGGAAGTTGACACTCATCTGGACATTCTGAAAGA
TGTGCTTCTCCTCCATGGAGAGGTTACCAACAGCAACACCCATACACAGAACCTTCTTCA
GCTGAAACTTCACTGTAGCCTTAGTTTCATTCACCTTCCCCTCCAGCGATTCCTGGTGGC
TCACAAGCGTCGGGAACTTGCCTGCCTTGTTGAGTCCAGGACCGAGAAGACGAGGGATCT
GCTTGATGACGGATTCAGAGGCCAAGAAGGCGTGGTACTTCTTGGCAAGCTTCTTGACGA
GCTTCTTGTTCTTGTTCAGTTTTTTCAGAGACTCCACGTCCATAGAGTCTAGCCCCATTT
TCTCAGCCTCCTCGACGTGCTGGGCGTCTCCGAGCATGCAGATCTTCATCTTGGGACGGG
GAATGTGGGGTAACTTGACGGAACCACTGAAACGCTTGTCCTTTTGAGGGTCATAATTTT
TCAGACCAATCTGGAGCTCGAGAGTCTCAACAAAGTTGCGTTTCTTCTCTTCTGATTTTC
CTCGGATTACAGTTATGGCTTCTTTAACAGCCTCACTCTGAAGCTTACTCATTTTGAGCT
TGTCTCAAAAGATCTGATCCTGGATGATGAGACGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 20 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3FQ10JQ U 45
AF RR3BL71JQ U 187
AF RR3FI37JQ U 1
AF RR3BL71TF C 87
AF RR3FI37TF C 135
BS 1 279 RR3FI37JQ
BS 280 280 RR3FQ10JQ
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BS 337 337 RR3FQ10JQ
BS 338 639 RR3FI37JQ
BS 640 877 RR3BL71TF

RD RR3FQ10JQ 417 0 0
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CTTGCTACTTTCAAATATGTCTGAAATAAAAGTAAAAGGGCAAGTGTAATAGCCGCCATA
GAAGCAGCTGCGAGAGCTCAAAAGATTCTTTGTGGTGGTCCCATTGTGCTCTTGAGGTAC
AAACACCTCACGTTTTG**AGTTCTTCTTCAAGAGAGAGACGAGGAAGTTGACACTCATC
TGGACATTCTGAAAGATGTGCTTCTCCTCCATGGAGAGGTTACCAACAGCAACACCCATA
CACAGAACCTTCTTCAGCTGAAACTTCACTGTAGCCTTAGTTTCATTCACCTTCCCCTCC
AGCGATTCCTGGTGGCTCACAAGCGTCGGGAACTTGCCTGCCTTGTTGAGTCCAGGA

QA 1 417 1 417
DS 

RD RR3BL71JQ 282 0 0
AA
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TTCTTCAAGAAAGAGACGAGGAAGTTGACACTCATCTGGACATTCTGAAAGATGTGCTTC
TCCTCCATGGAGAGGTTACCAACAGCAACACCCATACACAGAACCTTCTTCAGCTGAAAC
TTCACTGTAGCCTTAGTTTCATTCACCTTCCCCTCCAGCGATTCCTGGCGGCTCACAAGC
GTCGGGAACTTGCCTGCCTTGTTGAGTCCAGGACCGA
AAA

QA 3 279 3 279
DS 

RD RR3FI37JQ 639 0 0
GGCAAAAACATTCTTGTTTTCATTTAGAACATTATTTGTTTGTTGAATCCTCATTGATAA
TATAAGCTACAAAATCCAGCAACCAGAGTCACAGCAACACAATTCTTGCTACTTTCAAAT
ATGTCTGAAATAAAAGTAAAAGGGCAAGTGTAATAGCCACCATAGAAGCAGCTGCGAGAG
CTCAGAAGATTCTTTGTGGTGGTCCCATTGTGCTCTTGAGGTACAAACACCTCACGTTTT
GCCAGTTCTTCTTCAAGAGAGAGACGAGGAAGTTGACACCCATCTGGACATTCTGAAAGA
TGTGCTTCTCCTCCATGGAGAGGTTACCAACAGCAAAACCCATACACAGAACCTTCTTCA
GCTGAAACTTCACTGTAGCCTTAGTTTCATTCACCTTCCCCTCCAGCGATTCCTGGTGGC
TCACAAGCGTCGGGAACTTGCCTGCCTTGTTGAGTCCAGGACCGAGAAGACGAGGGATCT
GCTTGATGACGGATTCAGAGGCCAAGAAGGCGTGGTACTTCTTGGCAAGCTTCTTGACGA
GCTTCTTGTTCTTGTTCAGTTTTTTCAGAGACTCCACGTCCATAGAGTCTAGCCCCATTT
TCTCAGCCTCCTCGACGTGCTGGGCGTCTCCGAGCATGC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3BL71TF 791 0 0
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AGTGTAATAGCCACCATAGAAGCAGCTGCGAGAGCTCAGAAGATTCTTTGTGGTG*TCCC
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AGGAAGTTGACACTCATCTGGACATTCTGAAAGATGTGCTTCTCCTCCATGGAGAGGTTA
CCAACAGCAACACCCATACACAGAACCTTCTTCAGCTGAAACTTCACTGTAGCCTTAGTT
TCATTCACCTTCCCCTCCAGCGATTCCTGGCGGCTCACAAGCGTCGGGAACTTGCCTGCC
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AAGGCGTGGTACTTCTTGGCAAGCTTCTTGACGAGCTTCTTGTTCTTGTTCAGTTTTTTC
AGAGACTCCACGTCCATAGAGTCTAGCCCCATTTTCTCAGCCTCCTCGACGTGCTGGGCG
TCTCCGAGCATGCAGATCTTCATCTTGGGACGGGGAATGTGGGGTAACTTGACGGAACCA
CTGAAACGCTTGTCCTTTTGAGGGTCATAATTTTTCAGACCAATCTGGAGCTCGAGAGTC
TCAACAAAGTTGCGTTTCTTCTCTTCTGATTTTCCTCGGATTACAGTTATGGCTTCTTTA
ACAGCCTCACTCTGAAGCTTACTCATTTTGAGCTTGTCTCAAAAGATCTGATCCTGGATG
ATGAGACGGCC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3FI37TF 743 0 0
AGTAAAAGGGCAAGTGTAATAGCCACCATAGAAGCAGCTGCGAGAGCTCAGAAGATTCTT
TGTGGTGGTCCCATTGTGCTCTTGAGGTACAAACACCTCACGTTTTGCCAGTTCTTCTTC
AAGAGAGAGACGAGGAAGTTGACACCCATCTGGACATTCTGAAAGATGTGCTTCTCCTCC
ATGGAGAGGTTACCAACAGCAAAACCCATACACAGAACCTTCTTCAGCTGAAACTTCACT
GTAGCCTTAGTTTCATTCACCTTCCCCTCCAGCGATTCCTGGTGGCTCACAAGCGTCGGG
AACTTGCCTGCCTTGTTGAGTCCAGGACCGAGAAGACGAGGGATCTGCTTGATGACGGAT
TCAGAGGCCAAGAAGGCGTGGTACTTCTTGGCAAGCTTCTTGACGAGCTTCTTGTTCTTG
TTCAGTTTTTTCAGAGACTCCACGTCCATAGAGTCTAGCCCCATTTTCTCAGCCTCCTCG
ACGTGCTGGGCGTCTCCGAGCATGCAGATCTTCATCTTGGGACGGGGAATGTGGGGTAAC
TTGACGGAACCACTGAAACGCTTGTCCTTTTGAGGGTCATAATTTTTCAGACCAATCTGG
AGCTCGAGAGTCTCAACAAAGTTGCGTTTCTTCTCTTCTGATTTTCCTCGGATTACAGTT
ATGGCTTCTTTAACAGCCTCACTCTGAAGCTTACTCATTTTGAGCTTGTCTCAAAAGATC
TGATCCTGGATGATGAGACGGCC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 2 5

CO CL2131Contig1 740 3 2 U
GGAGTCAACTGAGAACATTGATTAAAAGCACCAACATAATTCTGATAACTTAAAGAAACA
CAAGGTATCCAGAAGCAAGAGAGAATCCGACTGAAAACTTAAATAACAGAGTATGATAAA
CTTGATCACTAATTGTAGAGATCATCATCGTCCGCAGTAGCAGCTGCAGACGTGGCAAAA
GGATCAGCGACTCCAGTGGTTACACCTGAACCAGCATTAGTCTCGAACCTGAACTCGGAA
CCAAACCCTCTAGACTGCTGAAGCGTCTGAGCAAAAGCTTGGTACTTCCTGATGTCTGCA
TCGCTCACACTCCTGCGTGCGTACTTCATCGACTCCTCAAAGTGTGCAGCTTTTCTCTGA
CACTTCATCAACTCCATCTTCCTCCATGGCTTCAGGGTTCTCGCTCCTCCTCTTCTCCTT
CTCAATGTCCTTCTCGATGTTTTCTCTGATGGCGTATTTGCAAGCCCTCTGGCAAATCTC
AGTTATATCAGCACCACTGAATCCCTGTGTGTACTTAGCGAGAGCGTTGATGTCTACATC
TTTAGCAATAGGAGACTTCCTCAAGGCGGCCTTGAAGATATTGAGACGTGAATCCTCGTC
CGGCAGCGGAATGTAAATGAGCTGGTCGAGCCTTCCTGGTCGGAGAAGAGCAGAGTCAAT
GATGTCGTGTTGGTTGCTCCGATGATGAAGACGGTTTTCTTGGCGTTCATTCCATCCATC
TCAGTCAAAAGCTGGTTCGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP61JQ U 1
AF RR3AP61TF C 1
AF RR3GI36JQ U 24
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BS 154 740 RR3GI36JQ

RD RR3AP61JQ 153 0 0
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CAAGGTATCCAGAAGCAAGAGAGAATCCGACTGAAAACTTAAATAACAGAGTATGATAAA
CTTGATCACTAATTGTAGAGATCATCATCGTCC

QA 1 153 1 153
DS 

RD RR3AP61TF 153 0 0
GGAGTCAACTGAGAACATTGATTAAAAGCACCAACATAATTCTGATAACTTAAAGAAACA
CAAGGTATCCAGAAGCAAGAGAGAATCCGACTGAAAACTTAAATAACAGAGTATGATAAA
CTTGATCACTAATTGTAGAGATCATCATCGTCC

QA 1 153 1 153
DS 

RD RR3GI36JQ 717 0 0
G
AAAGCACCAACATAATTCTGATAACTTAAAGAAACACAAGGTATCCAGAAGCAAGAGAGA
ATCCAACTGAAAACTTAAATAACAAAGTATGATAAACTGGATCACTAATTGTAGAGATCA
TCATCGTCCGCAGTAGCAGCTGCAGACGTGGCAAAAGGATCAGCGACTCCAGTGGTTACA
CCTGAACCAGCATTAGTCTCGAACCTGAACTCGGAACCAAACCCTCTAGACTGCTGAAGC
GTCTGAGCAAAAGCTTGGTACTTCCTGATGTCTGCATCGCTCACACTCCTGCGTGCGTAC
TTCATCGACTCCTCAAAGTGTGCAGCTTTTCTCTGACACTTCATCAACTCCATCTTCCTC
CATGGCTTCAGGGTTCTCGCTCCTCCTCTTCTCCTTCTCAATGTCCTTCTCGATGTTTTC
TCTGATGGCGTATTTGCAAGCCCTCTGGCAAATCTCAGTTATATCAGCACCACTGAATCC
CTGTGTGTACTTAGCGAGAGCGTTGATGTCTACATCTTTAGCAATAGGAGACTTCCTCAA
GGCGGCCTTGAAGATATTGAGACGTGAATCCTCGTCCGGCAGCGGAATGTAAATGAGCTG
GTCGAGCCTTCCTGGTCGGAGAAGAGCAGAGTCAATGATGTCGTGTTGGTTGCTCCGATG
ATGAAGACGGTTTTCTTGGCGTTCATTCCATCCATCTCAGTCAAAAGCTGGTTCGG

QA 2 717 2 717
DS 



CO CL2131Contig2 932 2 2 U
GGCACTTCGTGAAACTGTTGTTGAGGTTCCCAATGTTTCTTGGGATGACATTGGAGTTCT
TGAGAATGTCAAGAGAGAGCTCCAGGAGACTGTTCAATACCCAGTCGAGCACCCAGAGAA
GTTTGAGAAATTCGGCATGTCTCCGTCTAAGGGAGTTCTTTTCTACGGTCCTCCTGGATG
TGGTAAAACTCTTTTGGCCAAAGCTATAGCCAACGAATGCCAAGCAAACTTCATCAGTGT
CAAAGGTCCTGAGCTTCTCACTATGTGGTTTGGTGAGAGTGAAGCGAATGTCCGTGAAAT
CTTTGACAAGGCCCGTCAGTCTGCTCCATGTGTTCTCTTCTTTGACGAGCTCGACTCCAT
TGCGACTCAGAGAGGAGGTGGAAGCGGAGGTGATGGTGGCGGTGCAGCTGATAGAGTCCT
GAACCAGCTTTTGACTGAGATGGATGGAATGAACGCCAAGAAAACCGTCTTCATCATCGG
AGCAACCAACAGACCCGACATTATTGACTCTGCTCTTCTCCGACCAGGGAGGCTCGACCA
GCTCATTTACATTCCGCTGCCGGACGAGGATTCACGTCTCAATATCTTCAAGACCGCCTT
GAGGAAGTCTCCTATTGCTAAAGATGTAGACATCAACGCTCTCGCTAAGTACACACAGGG
ATTCAGTGGTGCTGATATCACTGAGATTTGCCAGAGGGCTTGCAAATACGCCATCAGAGA
AAATATCGAGAAGGACATTGAGAAGGAGAAGAGGAGGAGCGAGAACCCAGAAGCCATGGA
GGAAGATGGAGTGGATGAAGTATCAGAGATAAAAGCTGCACACTTTGAGGAGTCGATGAA
GTACGCACGCAGGAGTGTGAGTGATGCAGACATCACGAAATACCAAGCCTTTGCTCAGAC
GCTGCAGCAGTCTAGAGGGTTTGGTTCCGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3C037TF U 1
AF RR3AL52TF U 190
BS 1 699 RR3C037TF
BS 700 932 RR3AL52TF

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TGAGAATGTCAAGAGAGAGCTCCAGGAGACTGTTCAATACCCAGTCGAGCACCCAGAGAA
GTTTGAGAAATTCGGCATGTCTCCGTCTAAGGGAGTTCTTTTCTACGGTCCTCCTGGATG
TGGTAAAACTCTTTTGGCCAAAGCTATAGCCAACGAATGCCAAGCAAACTTCATCAGTGT
CAAAGGTCCTGAGCTTCTCACTATGTGGTTTGGTGAGAGTGAAGCGAATGTCCGTGAAAT
CTTTGACAAGGCCCGTCAGTCTGCTCCATGTGTTCTCTTCTTTGACGAGCTCGACTCCAT
TGCGACTCAGAGAGGAGGTGGAAGCGGAGGTGATGGTGGCGGTGCAGCTGATAGAGTCCT
GAACCAGCTTTTGACTGAGATGGATGGAATGAACGCCAAGAAAACCGTCTTCATCATCGG
AGCAACCAACAGACCCGACATTATTGACTCTGCTCTTCTCCGACCAGGGAGGCTCGACCA
GCTCATTTACATTCCGCTGCCGGACGAGGATTCACGTCTCAATATCTTCAAGACCGCCTT
GAGGAAGTCTCCTATTGCTAAAGATGTAGACATCAACGCTCTCGCTAAGTACACACAGGG
ATTCAGTGGTGCTGATATCACTGAGATTTGCCAGAGGGC

QA 1 699 1 699
DS 

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G
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GAGCTTCTCACTATGTGGTTTGGTGAGAGTGAAGCGAATGTCCGTGAAATCTTTGACAAG
GCCCGTCAGTCTGCTCCATGTGTTCTCTTCTTTGACGAGCTCGACTCCATTGCGACTCAG
AGAGGAGGTGGAAGCGGAGGTGATGGTGGCGGTGCAGCTGATAGAGTCCTGAACCAGCTT
TTGACTGAGATGGATGGAATGAACGCCAAGAAAACCGTCTTCATCATCGGAGCAACCAAC
AGACCCGACATTATTGACTCTGCTCTTCTCCGACCAGGGAGGCTCGACCAGCTCATTTAC
TTTCCGCTGCCGGACGAGGATTCACGTCTCAATATCTTCAAGGCCGCCTTGAGGAAGTCT
CCTATTGCTAAAGATGTAGACATCAACGCTCTCGCTAAGTACACACAGGGATTCAGTGGT
GCTGATATCACTGAGATTTGCCAGAGGGCTTGCAAATACGCCATCAGAGAAAATATCGAG
AAGGACATTGAGAAGGAGAAGAGGAGGAGCGAGAACCCAGAAGCCATGGAGGAAGATGGA
GTGGATGAAGTATCAGAGATAAAAGCTGCACACTTTGAGGAGTCGATGAAGTACGCACGC
AGGAGTGTGAGTGATGCAGACATCACGAAATACCAAGCCTTTGCTCAGACGCTGCAGCAG
TCTAGAGGGTTTGGTTCCGAGT

QA 2 743 2 743
DS 



AS 1 5

CO CL2132Contig1 757 5 8 U
GGAAAATCAAAAAGAGAAGAATCCAAGAAATGGGATCTCCAGCGAAGAAGACGACTCTGC
AACGTTACTTGTCACAACTTCAGCAACATCCTCTTAGAACAAAGGCTATTACTGCTGGAG
TTTTGTCTGGTGTTAGTGATGTTGTTTCGCAGAAACTCTCTGGGATACAGAAGATTCAGC
TGAGAAGGGTTCTTCTCAAAATGATTTTTGCAGGTGGTTTTCTCGGACCAGTAGGGCATT
ACTTTCATACAACTCTAGATAAGATTTTTCAAGGGAAGAAGGACACAAAGACTGTTGCAA
AGAAGGTAATCGTGGAACAGCTGACATTGTCACCATTGAACCATTTGCTTTTCATGATCT
ATTATGGAGTAGTCATTGAAAGAACTCCTTGGATTCTTGTTAGAGACAGGATCAAGAAGA
CTTACCCTACAGTCCAGCTTACAGCATGGACGTTTTTCCCTGTCGTTGGATGGGTAAACT
ACAAGTATGTGCCACTGCACTTCCGGGTCATCTTGCACAGCCTCGTCGCATTCTTCTGGG
GAATCTTCCTGACCCTGCGAGCAAGGTCAATGACGCTAGCTTTGGCAAAAGCTAAGTGAT
CAGGGAAACACATCAAGCAAGCACTAGCTATGATCTTTTTTTTTCTGTAAGTTAAACAAG
TCTAAAAAGTAAATGATAAAGGGTGAAACCGAATAAGAATATGTATTAAGATGATAATAA
CAATGGTTTCAAGTTATTACAAACATTTGTTCAAACA


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ68TF U 1
AF RR3FN65TF U 2
AF RR3CJ68JQ C 1
AF RR3C217TF U 2
AF RR3C217JQ C 22
BS 1 3 RR3CJ68JQ
BS 4 643 RR3CJ68TF
BS 644 644 RR3C217TF
BS 645 667 RR3CJ68TF
BS 668 668 RR3C217TF
BS 669 677 RR3CJ68TF
BS 678 698 RR3FN65TF
BS 699 757 RR3C217TF

RD RR3CJ68TF 677 0 0
GGA
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AGTATGTGCCACTGCACTTCCGGGTCATCTTGCACAGCCTCGTCGCATTCTTCTGGGGAA
TCTTCCTGACCCTGCGAGCAAGGTCAATGACGCTAGCTTTGGCAAAAGCTAAGTGATCAG
GGAAACACATCAAGCAAGCACTAGCTATGATCTTTTTTTT*CTGTAAGTTAAACAAGTCT
AAAA*GTAAATGAT

QA 4 677 4 677
DS 

RD RR3FN65TF 703 0 0
GA
AAATCAAAAAGAGAAGAATCCAAGAAATGGGATCTCCAGCGAAGAAGACGACTCTGCAAC
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TGTCTGGTGTTAGTGATGTTGTTTCGCAGAAACTCTCTGGGATACAGAAGATTCAGCTGA
GAAGGGTTCTTCTCAAAATGATTTTTGCAGGTGGTTTTCTCGGACCAGTAGGGCATTACT
TTCATACAACTCTAGATAAGATTTTTCAAGGGAAGAAGGACACAAAGACTGTTGCAAAGA
AGGTAATCGTGGAACAGCTGACATTGTCACCATTGAACCATTTGCTTTTCATGATCTATT
ATGGAGTAGTCATTGAAAGAACTCCTTGGATTCTTGTCAGAGACAGGATCAAGAAGACTT
ACCCTACAGTCCAGCTTACAGCATGGACGTTTTTCCCTGTCGTTGGATGGGTAAACTACA
AGTATGTGCCACTGCACTTCCGGGTCATCTTGCACAGCCTCGTCGCATTCTTCCGGGGAA
TCTTCCTGACCCTGCGAGTAAGGTCAATGACGCTAGCTTTGGCAAAAGTTAAGTGATCAG
GGAAACATATCAAGCAAGCACTAGCTATGATCTTTTTTTT*CTGTAAGTTAAACAAGTCT
AAAA*GTAAATGATAAAGGGTGAAACCGAATAAGA
TATGTA

QA 3 697 3 697
DS 

RD RR3CJ68JQ 752 0 0
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TTTTGTCTGGTGTTAGTGATGTTGTTTCGCAGAAACTCTCTGGGATACAGAAGATTCAGC
TGAGAAGGGTTCTTCTCAAAATGATTTTTGCAGGTGGTTTTCTCGGACCAGTAGGGCATT
ACTTTCATACAACTCTAGATAAGATTTTTCAAGGGAAGAAGGACACAAAGACTGTTGCAA
AGAAGGTAATCGTGGAACAGCTGACATTGTCACCATTGAACCATTTGCTTTTCATGATCT
ATTATGGAGTAGTCATTGAAAGAACTCCTTGGATTCTTGTTAGAGACAGGATCAAGAAGA
CTTACCCTACAGTCCAGCTTACAGCATGGACGTTTTTCCCTGTCGTTGGATGGGTAAACT
ACAAGTATGTGCCACTGCACTTCCGGGTCATCTTGCACAGCCTCGTCGCATTCTTCTGGG
GAATCTTCCTGACCCTGCGAGCAAGGTCAATGACGCTAGCTTTGGCAAAAGCTAAGTGAT
CAGGGAAACACATCAAGCAAGCACTAGCTATGATCTTTTTTTTTCTGTAAGTTAAACAAG
TCTAAAAAGTAAATGATAAAGGGTGAAACCGAATAAGAATATGTATTAAGATGATAATAA
CAATGGTTTCAAGTTATTACAAACATTTGTTC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3C217TF 756 0 0
GG
AAATCAAAAAGAGAAGAATCCAAGAAATGGGATCTCCAGCGAAGAAGACGACTCTGCAAC
GTTACTTGTCACAACTTCAGCAACATCCTCTTAGAACAAAGGCTATTACTGCTGGAGTTT
TGTCTGGTGTTAGTGATGTTGTTTCGCAGAAACTCTCTGGGATACAGAAGATTCAGCTGA
GAAGGGTTCTTCTCAAAATGATTTTTGCAGGTGGTTTTCTCGGACCAGTAGGGCATTACT
TTCATACAACTCTAGATAAGATTTTTCAAGGGAAGAAGGACACAAAGACTGTTGCAAAGA
AGGTAATCGTGGAACAGCTGACATTGTCACCATTGAACCATTTGCTTTTCATGATCTATT
ATGGAGTAGTCATTGAAAGAACTCCTTGGATTCTTGTTAGAGACAGGATCAAGAAGACTT
ACCCTACAGTCCAGCTTACAGCATGGACGTTTTTCCCTGTCGTTGGATGGGTAAACTACA
AGTATGTGCCACTGCACTTCCGGGTCATCTTGCACAGCCTCGTCGCATTCTTCTGGGGAA
TCTTCCTGACCCTGCGAGCAAGGTCAATGACACTAGCTTTGGCAAAAGCTAAGTGATCAG
GGAAACACATCAAGCAAGCACTAGCTATGATCTTTTTTTTTCTGTAAGTTAAACAAGTCT
AAAAAGTAAATGATAAAGGGTGAAACCGAATAAGAATATGTATTAAGATGATAATAACAA
TGGTTTCAAGTTATTACAAACATTTGTTCAAACA

QA 3 756 3 756
DS 

RD RR3C217JQ 731 0 0
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AGCAACATCCTCTTAGAACAAAGGCTATTACTGCTGGAGTTTTGTCTGGTGTTAGTGATG
TTGTTTCGCAGAAACTCTCTGGGATACAGAAGATTCAGCTGAGAAGGGTTCTTCTCAAAA
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TGACATTGTCACCATTGAACCATTTGCTTTTCATGATCTATTATGGAGTAGTCATTGAAA
GAACTCCTTGGATTCTTGTTAGAGACAGGATCAAGAAGACTTACCCTACAGTCCAGCTTA
CAGCATGGACGTTTTTCCCTGTCGTTGGATGGGTAAACTACAAGTATGTGCCACTGCACT
TCCGGGTCATCTTGCACAGCCTCGTCGCATTCTTCTGGGGAATCTTCCTGACCCTGCGAG
CAAGGTCAATGACACTAGCTTTGGCAAAAGCTAAGTGATCAGGGAAACACATCAAGCAAG
CACTAGCTATGATCTTTTTTTTTCTGTAAGTTAAACAAGTCTAAAAAGTAAATGATAAAG
GGTGAAACCGAATAAGAATATGTATTAAGATGATAATAACAATGGTTTCAAGTTATTACA
AACATTTGTTC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 3

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TGTTCTCCACACCAACGTCTTTGCTCAAGGGAAAGGCAACAGAGAACAACAGTTTTATCT
CTGGTTCGATCCAACCAAGAACTTCCACACTTACTCTATTGTCTGGAGACCGCAACACAT
CATATTCTTGGTGGACAATTTGCCTATAAGAGTGTTCAACAATGCAGAGAAGCTTGGTGT
TCCTTTCCCAAAGAACCAACCAATGAGGATCTACTCGAGCCTGTGGAATGCAGATGACTG
GGCCACGAGAGGTGGCCTTGTAAAGACTGACTGGTCCAAGGCTCCTTTCACAGCTTACTA
CAGAGGATTCAATGCTGCGGCTTGCACTGTCTCTTCAGGCTGTGATCCCAAATTCAAGAC
TTCTTTAAGTGATAGTGAGCTGCAAACGGCAAATGAGCTCAATGCATATGGCAGGAGGAG
GCTCAGATGGGTGCAGAAATACTTCATGATCTACAATTATTGCTCGGATCTCAAAAGGTT
CCCTAGAGGATTCCCTCCTGAGTGCAGGAGGTCAAGAGTCTAAGGGAAACCATCCAATAT
GATTGTGTGTATGCTTAATGTTGTAATTCCTCTCTTTGAGTTATAAGATTTGTTTTGTTC
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 

AF RR3E662TF U 1
AF RR3E662JQ C 240
AF RR3A586TF U 44
BS 1 590 RR3E662TF
BS 591 781 RR3A586TF

RD RR3E662TF 590 0 0
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GCTTAAACTCGTAGCCGGAAACTCAGCCGGCACCGTCACTGCTTACTACTTGTCGTCGCA
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CTGGTTCGATCCAACCAAGAACTTCCACACTTACTCTATTGTCTGGAGACCGCAACACAT
CATATTCTTGGTGGACAATTTGCCTATAAGAGTGTTCAACAATGCAGAGAAGCTTGGTGT
TCCTTTCCCAAAGAACCAACCAATGAGGATCTACTCGAGCCTGTGGAATGCAGATGACTG
GGCCACGAGAGGTGGCCTTGTAAAGACTGACTGGTCCAAGGCTCCTTTCACAGCTTACTA
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TTCTTTAAGTGATAGTGAGCTGCAAACGGCAAATGAGCTCAATGCATATG

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3E662JQ 542 0 0
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TCATATTCTTGGTGGACAATTTGCCTATAAGAGTGTTCAACAATGCAGAGAAGCTTGGTG
TTCCTTTCCCAAAGAACCAACCAATGAGGATCTACTCGAGCCTGTGGAATGCAGATGACT
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TCCCTAGAGGATTCCCTCCTGAGTGCAGGAGGTCAAGAGTCTAAGGGAAACCATCCAATA
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C
C

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3A586TF 738 0 0
GGACGGATCGATATGCAGCTTAAACTCGTAGCCGGAAACTCAGCCGGCACCGTCACTGCT
TACTACTTGTCGTCGCAAGGAGCAACACATGATGAGATAGATTTCGAGTTTCTAGGGAAC
GAGACAGGTAAGCCTTATGTTCTCCACACCAACGTCTTTGCTCAAGGGAAAGGCAACAGA
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TGGAGACCACAACACATCATATTCTTGGTGGACAATTTGCCTATAAGAGTGTTCAACAAT
GCAGAGAAGCTTGGTGTTCCTTTCCCAAAGAACCAACCAATGAGGATCTACTCGAGCCTG
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CCTTTCACAGCTTACTACAGAGGATTCAATGCTGCGGCTTGCACTGTCTCTTCAGGCTGT
GATCCCAAATTCAAGACTTCTTTAAGTGATAGTGAGCTGCAAACGGCAAATGAGCTCAAT
GCATATGGCAGGAGGAGGCTCAGATGGGTGCAGAAATACTTCATGATCTACAATTATTGC
TCGGATCTCAAAAGGTTCCCTAGAGGATTCCCTCCTGAGTGCAGGAGGTCAAGAGTCTAA
GGGAAACCATCCAATATGATTGTGTGTATGCTTAATGTTGTAATTCCTCTCTTTGAGTTA
TAAGATTTGTTTTGTTCT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL2134Contig1 694 2 7 U
GGCTAATGAAAGATGGATTACATCTTGAACTACCATACCCTTGAATGGTATGAATAACCC
AAAAGAGTGAATGGTTGGTGTAAGAGAGTTCTTTAAGCAAATGATACTATTGCAAAATCT
CAAGAGAAACCGTTTTGTCAAATGAAAAATACACACATACTCTGTGTCTCACCATCTATC
ATTTTATCTCTTTGATCACCTCCTGCATGTGTTGTGCATAGCTTCTTCCTGGTGGAATGA
ATATCACATCTTCCCAACCTGAATTCTTCTCGCTCCTCTCCATTTTCCTCAAGACATCTT
CCAAACTTCCAACCATGATTTGTTGATCTCCTCTTGATGCTCTTGAATACTTTGAAAGTA
GTTCCCTCTCTATATCTTCCTTACTGAAATAAACAGGGCAGTAGCGTTTATTTTTCTTCC
TCACAACAAGAAGCTCAGACTGGAAAACCGGAACTCCATCAAACCCATTCTTACCACTAG
AGGACTTGAGCTCCAATGCATTCTTTATTTGGATAGGATCTGGCAAGAAGCGAAAAGAAA
TCCCCTCAACTTTTAACAAGTACACCTGATCAAGATTAATGGGAACAACCTTAGCATTGG
TTTTCAATTCTCTTCTCCGCAGACGCGCCTGAGCAAGAAAAGCTTCAGCATCCTCTTGTC
GGAAACAGAGCAAACCAATAGACTTGTCTCCCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP81JQ U 132
AF RR3CI28JQ U 1
BS 1 148 RR3CI28JQ
BS 149 149 RR3BP81JQ
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BS 536 536 RR3BP81JQ
BS 537 694 RR3CI28JQ

RD RR3BP81JQ 409 0 0
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TTGATCACCTCCTGCATGTGTTGTGCATAGCTTCTTCCTGGTGGAATGAATATCACATCT
TCCCAACCTGAATTCTTCTCGCTCCTCTCCATTTTCCTCAAGACATCTTCCAAACTTCCA
ACCATGATTTGTTGATCTCCTCTTGATGCTCTTGAATACTTTGAAAGT***TCCCTCTCT
ATATCTTCCTTACTGAAATAAACAGGGCAGTAGCGTTTGTTTTTTTTCCTCACAACAAGA
AGCTCAGACTGGAAAACCGGAACTCCATCAAACCCATTCTTACTACTAGAGGACTTGAGC
TCCAATGCATTCTTTATTTGGATAGGATCTGGCAAGAAGCGAAAAGAAA

QA 1 409 1 409
DS 

RD RR3CI28JQ 694 0 0
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AAAAGAGTGAATGGTTGGTGTAAGAGAGTTCTTTAAGCAAATGATACTATTGCAAAATCT
CAAGAGAAACCGTTTTGTCAAATGAAAA*TACACACATACTCTGTGTCTCATCATCTATC
ATTTTATCTCTTTGATCACCTCCTGCATGTGTTGTGCATAGCTTCTTCCTGGTGGAATGA
ATATCACATCTTCCCAACCTGAATTCTTCTCGCTCCTCTCCATTTTCCTCAAGACATCTT
CCAAACTTCCAACCATGATTTGTTGATCTCCTCTTGATGCTCTTGAATACTTTGAAAGTA
GTTCCCTCTCTATATCTTCCTTACTGAAATAAACAGGGCAGTAGCGTTTATTTTTCTTCC
TCACAACAAGAAGCTCAGACTGGAAAACCGGAACTCCATCAAACCCATTCTTACCACTAG
AGGACTTGAGCTCCAATGCATTCTTTATTTGGATAGGATCTGGCAAGAAGCGAAACGAAA
TCCCCTCAACTTTTAACAAGTACACCTGATCAAGATTAATGGGAACAACCTTAGCATTGG
TTTTCAATTCTCTTCTCCGCAGACGCGCCTGAGCAAGAAAAGCTTCAGCATCCTCTTGTC
GGAAACAGAGCAAACCAATAGACTTGTCTCCCGT

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 4

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ATCTCAAGTAAAATTCGAAACAAAGGGGAAAGTAATAGATTCATAATCTGTTGTTCAAAA
AAGGGAGGCAGAGAAACATCGTCCAATAAGTTAAATCACTTCGTCTTGTCCGTTGTTTCA
CCATCTTCATTTGCAGCTGAAGATTCCTTTAGAATATGTGCACCAAGTCATAAGCAAATG
TCCAGAACAGCACAAAAGACATAAGACCACCAAGAAAACCGTCAAAAAGAACACGATTCC
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TCAACATCACAACAAAGTAAAACACAAAACCAGTCAACCCCGTGAATCCAATAATCCCCG
CAAGGACTCCAGCGATGATGGACAGAAACGTCCGGCTGTTCTGTATGACTTTCAAATTCT
TCTGTAGATTCTCTCCACTGAAGGTTGGAATATCACTCAGGACATCCTTTGATCTCTTCT
CAGATGAACCCATTACAAATAGTTAGAAACGAGATCAGGAAGAGCAAAGCAGCGAATCTC
CC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 30 15 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3AT29JQ U 38
AF RR3CT67TF C 1
AF RR3G496JQ U 6
AF RR3AT29TF C 18
BS 1 5 RR3CT67TF
BS 6 75 RR3G496JQ
BS 76 76 RR3AT29JQ
BS 77 94 RR3G496JQ
BS 95 95 RR3AT29JQ
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BS 371 372 RR3AT29JQ
BS 373 564 RR3G496JQ
BS 565 586 RR3CT67TF
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BS 588 593 RR3CT67TF
BS 594 602 RR3AT29TF

RD RR3AT29JQ 401 0 0
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AATTCATAATCTGTTGTTCAAAAAAGGGAGGCAAAAAAACATCGTCTAATAAGTTAAATC
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GTGCACCAAGTCATAAGCAAATGTCCAGAACAGCACAAAAAACATAAAACCACCAAAAAA
GCCGTCAAAAAAAACACGATTCCACGAATCAAAGTACAAGTCTGCAAAAAAACCTGCCTT
GGCCATGAGTCCAACAAATGTGATCAACATCCCAACAAAGTAAAACACAAAACCAGTCAA
CCCCGTGAATCCAATAATCCCCGCAAGGACTCCAGCGATGA

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR3CT67TF 595 0 0
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CCATCTTCATTTGCAGCTGAAGATTCCTTTAGAATATGTGCACCAAGTCATAAGCAAATG
TCCAGAATAGCACAAAAGACATAAGACCACCAAGAAAACCGTCAAAAAGAACCCGATTCC
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TCTGTAGATTCTCTCCACTGAAGGTTGGAATATCACTCAGGACATCCTTTGATCTCTTCT
CAGATGAACCCATTACAAATAGTTAGAAACGAGATCAGGAAGAGCAGAGCAGC
CC

QA 1 593 1 593
DS 

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AAGTAAAATTTGAAACAAAGGGGAAAGTATTAGATTCATAATCTGTTGTTCAAAAAAGGG
AGGCAGAGAAACGTCGTCCAATAAGTTAAATCACTTCGTCTTGCCTGTTGTTTCACCATC
TTCATTTGCAGCTGAAGATTCCTTTAGAATATGTGCACCAAGTCATAAGCAAATGTCCAG
AATAGCACAAAAGACATAAGACCACCAAGAAAACCGTCAAAAAGAACCCGATTCCACGAA
TCAAAGTATAAGTCTGCCGAGAATCCTGCCTTAGCCATGAGTCCAACAGATGTGATCAAC
ATCACCGCAAAGTAAAACACAAAACCAGTCAACCCCGTGAATCCAATAATCCCCGCAAGG
ACTCCAGCGATGATGGACAGAAACGTCCGGCTGTTCTGTATGACTTTCAAATTCTTCTGT
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GAACCCATTACAAATAGTT

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3AT29TF 585 0 0
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AAACAAAGGGGAAAGTAATAGATTCATAATCTGTTGTTCAAAAAAGGGAGGCAGAGAAAC
ATCGTCTAATAAGTTAAATCACTTCGTCTTGTCCGTTGTTTCACCATCTTCATTTGCAGC
TGAAGATTCCTTTAGAATATGTGCACCAAGTCATAAGCAAATGTCCAGAACAGCACAAAA
GACATAAGACCACCAAGAAAGCCGTCAAAAAGAACACGATTCCACGAATCAAAGTACAAG
TCTGCAGAGAAACCTGCCTTGGCCATGAGTCCAACAGATGTGATCAACATCACAACAAAG
TAAAACACAAAACCAGTCAACCCCGTGAATCCAATAATCCCCGCAAGGACTCCAGCGATG
ATAGACAGAAACGTCCGGCTGTTCTGTATGACTTTCAAATTCTTCTGCAGATTCTCTCCA
CTGAAGGTTGGAATATCACTCATGGCATCCTTTGATCTCTTCTCAGACGAACCCATTGCA
AATAGTTAGAAACGAGATCAGGAAGAGCAAAGCAGCGAATCTCCC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 5

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AAAGAAAAAAAAAAGATGAGTGCTTTAGAAGAATCGAAGGTCTTTATTTTTTTGTGGCTT
CTCTGCTTTTCAATCTTCTTCACTTCGAGTCTCCAGGCAAATGAGCTAACAACACCATCT
AAAGAAGAAGGAGAGATGAGGATGGTGCCATTAATGGAGGAGAAGTTTATGGTGATGAAT
GAGACAAGAAGGAAGCTTGGGAGTTTCCAGATATGCTCAGTTTGTACTTGTTGTGGAGGT
GCTAAAGGACTTTGCTTGCCTTCACCTTGTTGCTTTGCAATTAACTGCAATATCCCAAAT
AGACCCTTTGGTTATTGCTCCTTCACTCCCAAATCTTGCAATTGCTTTGGTTGCCACATC
TGATATCTTTCACTGTGCAGAGAAAAAAAAGTAAA*TCAACATCTTGATTTCATCTGCAA
AGTGTGAAAGGGAAGATAAGAAGGAATATGTGTTCTTGGTTTGGTTCT**ATTTTTATAT
TTTTGTTCATAATTCTATATTCAGCTTTCATTAAATTTCATTACCTACTATCTTCAGCAA
CATCATCATCCTCATTAATTTAATATCTTCTTTTTGCCTTGCCATTATGATAAAGAAATT
TGGGTCTTTCATGGAGGATCTTGTTCACACTTCAAGCTAGATTTGTTTTTCTTTGCCTCT
CTTCAATCAATTTATGTATCTTTTTTTTCTTTTTCCTTCTTCTGTTTACTCCAGTTTTTT
TCTCATGGGTTAGTATTTTATCGCCAGGATTGTACTTGTAGCATATTTTGGGAAGGGTCT
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GTTGATGGTAGTGATGCTGAAGCTGCCTGTTAAAGCTAAGTCTTTTGTGATGTGATATGT
TAAGATTATTAAGAAATGGATAAAGTTAAGTAAGGT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CV72TF U 107
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AF RR3BD96TF U 1
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AF RR3BD96JQ C 216
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GAGACAAGAAGGAAGCTTGGGAGTTTCCAGATATGCTCAGTTTGTACTTGTTGTGGAGGT
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TTTTGTTCATAATTCTATATTCAGCTTTCATTAAATTTCATTACCTACTATCTTCAGCAA
CATCATCATCCTCATTAATTTAATATCTTCTTTTTGCCTTGCCATTATGATAAAGAAATT
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T

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DS 

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TGCAATTAACTGCAATATCCCAAATAGACCCTTTGGTTATTGCTCCTTCACTCCCAAATC
TTGCAATTGCTTTGGTTGCCACATCTGATATCTTTCACTGTGCAGAGAAAAAAAAGTAAA
*TCAACATCTTGATTTCATCTGCAAAGTGTGAAAGGGAAGATAAGAAGGAATATGTGTTC
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TTTCATTACCTACTATCTTCAGCAACATCATCATCCTCATTAATTTAATATCTTCTTTTT
GCCTTGCCATTATGATAAAGAAATTTGGGTCTTTCATGGAGGATCTTGTTCACACTTCAA
GCTAGATTTGTTTTTCTTTGCCTCTCTTCAATCAATTTATGTATCTTTTTTTTCTTTTTC
CTTCTTCTGTTTACTCCAGTTTTTTTCTCATGGGTTAGTATTTTATCGCCAGGATTGTAC
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GGAAGATTAATATGATGATGATGGTGTTGATGGTAGTGATGCTGAAGCTGCCTGTTAAAG
CTAAGTCTTTTGTGATGTGATATGTTAAGATTATTAAGAAATGGATAAAGTTAAGTAAGG
T

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 5

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CATTGGCTTTCATGGGTTTGCCGGAGACTGTGTCAACTCTCTTGGAGCTTACTTTGCTCC
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TCCATCTCGGC


BQ
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25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GY85TF U 294
AF RR3BP21TF U 1
AF RR3FB85JQ C 691
AF RR3AX18JQ C 268
AF RR3AX18TF U 308
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BS 310 419 RR3BP21TF
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BS 550 550 RR3GY85TF
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BS 733 733 RR3AX18TF
BS 734 757 RR3BP21TF
BS 758 1091 RR3AX18TF

RD RR3GY85TF 268 0 0
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AGAAGATCATTGGCTTTCATGGGTTTGCCGGAGACTGTGTCAACTCTCTTGGAGCTTACT
TTGCTCCGTTGACTTTAACCCCGTTGACCCCCGCCAAGAAGCTGCCGGCACTTGGTGCTG
ATGCAGGAACTGCATGGGATGATGGTGCTTACGATGGTGTTAAGAAGGTGTACGTAGGAC
AGGCCGAAGATGGTATATCAGTCGTTAA

QA 1 268 1 268
DS 

RD RR3BP21TF 757 0 0
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AAAGCAAACAAAGATGGCCCAAAAGGTGGAAGCACAAGGAGGGAAAGGAGATATTCAATG
GGACGATGGATCCGAACACGATGCCGTAACCAAGATTCAGGTCGGAGCAGGTGGAATCGG
CATTCAATACGTCAAGTTTGTTATTAACCATCCAGAGGAGCATCTAGTTTCTGTAGAAGG
TTGGTATAACCCTGATGGTTTCATTCAAGGGCTTAAGTTCATATCCAACAAGAAAACCTC
TGATGTCACTGGATACGATGACGGTACTCATTTCACTCTCCAAGTTCAAGACAAGAAGAT
CATTGGCTTTCATGGGTTTGCCGGAGACTGTGTCAACTCTCTTGGAGCTTACTTTGCTCG
GTTGACTTCAACCCCGTTGACCCCTGCCAAGAAGCTGCCGGCACTTGGTGCTGATGCAGG
AACTGCATGGGATGATGGTGCTTACGATGGTGTTAAGAAGGTGTACGTAGGACAGGCCGA
AGATGGTAT*TCAGTCGTTAAGTTTGTGTACGACAAAGGCGCTGAGGACATCGTCGGAGC
TGAACATGGAACGAGTACTCTACTCGGATTCGAAGAGTTCGAACTTGACTATCCAAGTGA
GTACATCACGGCTGTCCAAG*CACCTACGATAAA*TCTTTGGGAGTGATGCAATGGTCAT
AAATATGCTTAG*TTCAAGACTAATAAGCAAACATCT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3FB85JQ 274 0 0
TA
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CATCTACTCCATTTGGACTTGAAGCTGGCACAGCCTTTGAGCTAAAAGAGGAAGGCCACA
AGATCGTGGGATTCCATGGAAAAGTCAGTGACCTGCTTCATCAGCTTGGAGTCTATGTCA
TGCCAGTCACCAACTGATCATATGACATCTTTCACTTTGCTTCCATTCTGGGAATCTAAA
ATAAGCTATTATATCTATTTTTTAAATTTGTT

QA 3 274 3 274
DS 

RD RR3AX18JQ 824 0 0
G
GGGCTTAAGTTCATATCCAACAAGAAAACCTCTGATGTCATTGGATACGATGACGGTACT
CATTTCACTCTCCAAGTTCAAGACAAGAAGATCATTGGCTTTCATGGGTTTGCCGGAGAC
TGTGTCAACTCTCTTGGAGCTTACTTTGCTCCGTTGACTTTAACCCCGTTGACCCCCGCC
AAGAAGCTGCCGGCACTTGGTGCTGATGCAGGAACTGCATGGGATGATGGTGCTTACGAT
GGTGTTAAGAAGGTGTACGTAGGACAGGCCGAAGATGGTATATCAGTCGTTAAGTTTGTG
TACGACAAAGGCGCTGAGGACATCGTCGGAGCTGAACATGGAACGAGTACTCTACTCGGA
TTTGAAGGGTTCGAACTTGACTATCCAAGTGAGTACATCACGGCTGTCCAAGGCACCTAC
GATAAAATCTTTGGGAGTGATGCAATGGTCATAAATATGCTTAGGTTCAAGACTAATAAG
CAAACATCTACTCCATTTGGACTTGAAGCTGGCACAGCCTTTGAGCTAAAAGAGGAAGGC
CACAAGATCGTGGGATTCCATGGAAAAGTCAGTGACCTGCTTCATCAGCTTGGAGTCTAT
GTCATGCCAGTCACCAACTGATCATATGACATCTTTCACTTTGCTTCCATTCTGTGAATC
TAAAATAAGCTATTATATCTATCTTTTAAATTTGTTATGTGAAGTCTCCTCGTGCCTCTG
GCGACCTTTGAATAAGTGTTTTAAGTAACGTTTCTTTTAATGTTGTTTTTTCTTTGATGT
GTGTGTAATCCATTTCAATAAAGGAAGTTTATTCCATCTCGGC

QA 2 824 2 824
DS 

RD RR3AX18TF 784 0 0
ATC
GGATACGATGACGGTACTCATTTCACTCTCCAAGTTCAAGACAAGAAGATCATTGGCTTT
CATGGGTTTGCCGGAGACTGTGTCAACTCTCTTGGAGCTTACTTTGCTCCGTTGACTTTA
ACCCCGTTGACCCCCGCCAAGAAGCTGCCGGCACTTGGTGCTGATGCAGGAACTGCATGG
GATGATGGTGCTTACGATGGTGTTAAGAAGGTGTACGTAGGACAGGCCGAAGATGGTATA
TCAGTCGTTAAGTTTGTGTACGACAAAGGCGCTGAGGACATCGTCGGAGCTGAACATGGA
ACGAGTACTCTACTCGGATTTGAAGGGTTCGAACTTGACTATCCAAGTGAGTACATCACG
GCTGTCCAAGGCACCTACGATAAAATCTTTGGGAGTGATGCAATGGTCATAAATATGCTT
AGGTTCAAGACTAATAAGCAAACATCTACTCCATTTGGACTTGAAGCTGGCACAGCCTTT
GAGCTAAAAGAGGAAGGCCACAAGATCGTGGGATTCCATGGAAAAGTCAGTGACCTGCTT
CATCAGCTTGGAGTCTATGTCATGCCAGTCACCAACTGATCATATGACATCTTTCACTTT
GCTTCCATTCTGTGAATCTAAAATAAGCTATTATATCTATCTTTTAAATTTGTTATGTGA
AGTCTCCTCGTGCCTCTGGCGACCTTTGAATAAGTGTTTTAAGTAACGTTTCTTTTAATG
TTGTTTTTTCTTTGATGTGTGTGTAATCCATTTCAATAAAGGAAGTTTATTCCATCTCGG
C

QA 4 784 4 784
DS 



AS 1 5

CO CL2138Contig1 1285 5 38 U
GAAAATCAAATTCTAGCATTTATACAGTTTAAATACAGATCTTGAGTTGAGAATCTGAGT
TAGAACCAGAATAAGATGAATGTGATGACGCCATTTACAATGAAACATTCACATATTTTA
TGGCTTCATCAGCATCCCTTTGATATATTCCAAAACTCCATCCACATCTACCGTCCACGC
CACTGATACTGGTGAATATCCCACCCATGGATTGCTCCCATTCCATCTCTTGAGGCCTTG
ATCCATGAGAGTGTGGCCAACACATATTCCTTGTGTTTCCACCCGAACAACGCCTTTCTT
ATATGTGAACAGATCAGGCCGTACTACAGCCACAAAGCTGACCGGGTCATGGAGGTAAAC
TCCGTAAACACCATCAGATTTGACGTGCCAATCTCTGTAGAACTTGCACATGTCACTTAA
TAACTTGGCGTGTTTCCCCTTGGAGTCACGCAGGGCTAAGAGGTCTTCATCAGTTAGTTG
AAGTTGGGTAGTGATGTTAATCCCAACAACAGTGATATCAGCACCACAAGTGAACACAAC
ATCAGCTGCTTCCGGGTCACCATATATATTGGCTTCAGCTGCAGGATTGACATTCCCCAA
AGCAAAGAAAGCTCCACCAAGTACAACAATCTTCTTCACCTTACTAGCAAATGAACTATC
TCGTTTGATGGTAATTGCAAGGTTGGTTAGAGGTCCGAGGGCGAGAATGGTGACTTCACC
AGGATGCTCAGAGACTTTCTCCACTAGAAACTCAGCTGCACTTTTGTCACATTTGTTTCC
ACTAGGAAGAGGAACAGAGACATCTCCTAGTCCATTTTTACCGAGAACAAAATCAGCAAC
ACGTGGGATCCCACCCTTTAAGGGTTCGGAGCTTCCTTCAGCCACAGGAAGATCAGGGAA
GCCAGCAATCTCACACAGGAGTAAGGCGTTGCGAGTAGCATCTTGTGTGGAAACATTACC
AAAGACGGTAGTGAGTCCTAATATCTCCAGCTCTGGTGTTTGAAACGCCATCATTATCGC
CATGCTATCATCGATTCCTGGGTCTGTATCGATAATGAGCTTCTCCCGCTTAGAAGAAGC
AGAGATACCCAAAACGTCGCCGTTCGAGATCCCACCGTTGCAAATCTCATCCATCTCTGA
CGGGAAGTTAATTTTTGATTTCTCGAACTCAGCAAATGAACTTTAAAACCCAACTGAAAC
TCTGTAGCAGAATGTTTCCTGATATGTATATATAATATATTCGTATCAGATGATCATAAA
AGGCCTAAGCTTTATGCGAAAATCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 
5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW91JQ U 1
AF RR3G695JQ U 2
AF RR3CQ44JQ U 2
AF RR3G695TF C 430
AF RR3CQ44TF C 515
BS 1 18 RR3BW91JQ
BS 19 19 RR3CQ44JQ
BS 20 21 RR3BW91JQ
BS 22 22 RR3CQ44JQ
BS 23 55 RR3BW91JQ
BS 56 56 RR3CQ44JQ
BS 57 80 RR3BW91JQ
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BS 82 88 RR3BW91JQ
BS 89 89 RR3CQ44JQ
BS 90 255 RR3BW91JQ
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BS 275 291 RR3BW91JQ
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BS 392 399 RR3BW91JQ
BS 400 400 RR3CQ44JQ
BS 401 402 RR3BW91JQ
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BS 460 460 RR3CQ44JQ
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BS 473 486 RR3BW91JQ
BS 487 487 RR3CQ44JQ
BS 488 489 RR3BW91JQ
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BS 599 620 RR3BW91JQ
BS 621 773 RR3CQ44JQ
BS 774 1044 RR3G695TF
BS 1045 1285 RR3CQ44TF

RD RR3BW91JQ 620 0 0
GAAAATCAAATTCTAGCAATTGTACAGTTTAAATACAGATCTTGAGTTGAGAATC*GAGT
TAGAACCAGAATAAGATGAAAGTGATGATGCCATTTACAATGAAACATTCACATATTTTA
TGGCTTCATCAGCATCCCTTTGATATATTCCAAAACTCCATCCACATCTACCGTCCACGC
CACTGATACTGGTGAATATCCCACCCATGGATTGCTCCCATTCCATCTCTTGAGGCCTTG
ATCCATGAGAGTGTGACCAACACATATTCCTTGAGTTTCCACCCGAACAACACCTTTCTT
ATATGTGAACAGATCAGGCCGTACTACAGCCACTAAGCTGACCGGGTCATGGAGGTAAAC
TCCGTAAACACCATCAGATTTGACGTGCCAGTCTCTGTAAAATTTGCACATGTCACTTAA
TAACTTGGCGTGTTTCCCCTTGGAGTCACGCAGGGCTAAAAGGTCTTCATCTGTTAGTTG
AAGTTGAGTTGTGATGTTAATCCCAACAACAGTGATATCAGCACCACAAGTGAACACAAC
ATCAGCTGCTTCCGGGTCACCATATATATTGGCTTCAGCTGCAGGATTGACATTCCCAAA
AGCAAAGAAAGCTCCACCAA

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3G695JQ 631 0 0
AAAATCAAATTCTAGCATTTATACAGTTTAAATACAGATCTTGAGTTGAGAATCTGAGTT
AGAACCAGAATAAGATGAATGTGATGACGCCATTTACAATGAAACATTCACATATTTTAT
GGCTTCATCAGCATCCCTTTGATATATTCCAAAACTCCATCCACATCTACCGTCCACGCC
ACTGATACTGGTGAATATCCCACCCATGGATTGCTCCCATTCCATCTCTTGAGGCCTTGA
TCCATGAGAGTGTGGCCAACACATATTCCTTGTGTTTCCACCCGAACAACGCCTTTCTTA
TATGTGAACAGATCAGGCCGTACTACAGCCACAAAGCTGACCGGGCCATGGAGGTAAACT
CCGTAAACACCATCAGATTTGACGTGCCAATCTCTGTAGAACTTGCACATGTCACTTAAT
AACTTGGCGTGTTTCCCCTTGGAGTCACGCAGGGCTAAGAGGTCTTCATCAGTTAGTTGA
AGTTGGGTAGTGATGTTAATCCCAACAACAGTGATATCAGCACCACAAGTGAACACAACA
TCAGCTGCTTCCGGGTCACCATATATATTGGCTTCAGCTGCAGGATTGACATTCCCCAAA
GCAAAGAAAGCTCCACCAAGTATAACAATCT

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3CQ44JQ 772 0 0
AAAATCAAATTCTAGCATTTATACAGTTTAAATACAGATCTTGAGTTGAGAATCTGAGTT
AGAACCAGAATAAGATGAATGTGATGACGCCATTTACAATGAAACATTCACATATTTTAT
GGCTTCATCAGCATCCCTTTGATATATTCCAAAACTCCATCCACATCTACAGTCCACGCC
ACTGATACTGGTGAATATCCCACCCATGGATTGCTCCCATTCCATCTCTTGAGGCCTTGA
TCCATGAGAGTGTGGCCAACACATATTCCTTGTGTTTCCACCCGAACAACGCCTTTCTTA
TATGTGAACAGATCAGGCCGTACTACAGCCACAAAGCTGACCGGGTCATGGAGGTAAACT
CCGTAAACACCATCAGATTTGACGTGCCAATCTCTGTAGAACTTGCACATGTCACTTAAT
AACTTGGCGTGTTTCCCCTTGGAGTCACGCAGGGCTAAGAGGTCTTCATCAGTTAGTTGA
GGTTGGGTAGTGATGTTAATCCCAACAACAGTGATATCAGCACCACAAGTGAACACAACA
TCAGCCGCTTCCGGGTCACCATATATATTGGCTTCAGCTGCAG*ATTGACATTCCCCAAG
GCAAAGAAAGCTCCACCAAGTACAACAATCTTCTTCACCTTACTAGCAAATGAACTATCT
CGTTTGATGGTAATTGCAAGGTTGGTTAGAGGTCCGAGGGCGAGAATGGTGACTTCACCA
GGATGCTCAGAGACTTTCTCCACTAGAAACTCAGCTGCACTTTTGTCACATT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3G695TF 616 0 0
GTGTTTCCCCTGGGAGTCACGCAGGGCTAAGAGGTCTTCATCAGTTAGTTGAAGTTGGGT
AGTGATGTTAATCCCAACAACAGTGATATCAGCACCACAAGTGAACACAACATCAGCTGC
TTCCGGGTCACCATATATATTGGCTTCAGCTGCAGGATTGACATTCCCCAAAGCAAAGAA
AGCTCCACCAAGTATAACAATCTTCTTCACCTTACTAGCAAATGAACTATCTCGTTTGAT
GGCAATTGCAAGGTTGGTTAGAGGTCCGAGGGCGAGAATGGTGACTTCACCAGGATGCTC
AGAGACTTTCTCCACTAGAAACTCAGCTGCACTTTTGTCACATTTGTTTCCACTAGGAAG
AGGAACAGAGACATCTCCTAGTCCATTTTTACCGAGAACAAAATCAGCAACACGTGGGAT
CCCACCCTTTAAGGGTTCGGAGCTTCCTTCAGCCACAGGAAGATCAGGGAAGCCAGCAAT
CTCACACAGGAGTAAGGCGTTGCGAGTAGCATCTTGTGTGGAAACATTACCAAAGACGGT
AGTGAGTCCTAATATCTCCAGCTCTGGTGTTTGAAACGCCATCATTATCGCCATGCTATC
ATCGATTCCTGGGTC
C

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3CQ44TF 771 0 0
ATATCAGCACCACAAGTGAACACAACATCAGCCGCTTCCGGGTCACCATATATATTGGCT
TCAGCTGCAG*ATTGACATTCCCCAAGGCAAAGAAAGCTCCACCAAGTACAACAATCTTC
TTCACCTTACTAGCAAATGAACTATCTCGTTTGATGGTAATTGCAAGGTTGGTTAGAGGT
CCGAGGGCGAGAATGGTGACTTCACCAGGATGCTCAGAGACTTTCTCCACTAGAAACTCA
GCTGCACTTTTGTCACATTTGTTTCCACTAGGAAGAGGAACAGAGACATCTCCTAGTCCA
TTTTTACCGTGAACAAAATCAGCAACACGTGGGATCCCACCCTTTAAGGGTTCGGAGCTT
CCTTCAGCCACAGGAAGATCAGGGAAGCCAGCAATCTCACACAGGAGTAAGGCGTTGCGA
GTAGCATCTTGTGTGGAAACATTACCAAAGACGGTAGTGAGTCCTAATATCTCCAGCTCT
GGTGTTTGAAACGCCATCATTATCGCCATGCTATCATCGATTCCTGGGTCTGTATCGATA
ATGAGCTTCTCCCGCTTAGAAGAAGCAGAGATACCCAAAACGTCGCCGTTCGAGATCCCA
CCGTTGCAAATCTCATCCATCTCTGACGGGAAGTTAATTTTTGATTTCTCGAACTCAGCA
AATGAACTTTAAAACCCAACTGAAACTCTGTAGCAGAATGTTTCCTGATATGTATATATA
ATATATTCGTATCAGATGATCATAAAAGGCCTAAGCTTTATGCGAAAATCC

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL2139Contig1 813 2 1 U
GGATGACATATTCACCTTCTCTCTAAAGGAACTTTCTAACTAAAAGAAAAGTCTTTTAGT
CTCCTGTCTTTTTTTTGTCAATCAGTCTCCTGTCTATTAATTAAAATGTTGCTTGCTATG
TTTATGTCTCTTTTCGCCGCGATGGCTTTGCAGCCGCCAGCTTTGGTCGTGGCTTTGGAC
GTCCACCTCCTCCGCCAGCTAGCTGCAAAGCACAATGTAACAACAATAGTTGTGTTTGGA
GATTCTAGTGTTGATCCAGGAAACAATAATTTTCTTAACACCGATTTGAAAGGAAATTTT
CCACCTTATGGTGGCAATTTCGTGAACCATAAATCCACCGGAAGATTATGTGATGGATTG
CTCGCACCTGATTTTATCGCTGAGGCCATGGGTCACCCACCTATACCAGCTTTTCTTGAT
CCAACCCTTACCCCAGCTGATCTACCTCGCGGTGCAAGTTTTGCCTCGGCTGGTTCCGGT
TATGACGATCTTACAGCTAATATATCCAACGTGTGGAGTTTCTCGACGCAAGCAACTTAC
TTTTTGCATTACAAAATTCACCTCAATAAATTGGTCGGACCTTTAGAGAGCGCAAAAATG
ATAAATAATGCGATATTTCTTATGAGTATGGGATCAAATGACTTTCTTCAAAATTACTTA
GTCGATTTTACTCGACAAAAGCAATTCACTGTTGAACAATACATCGACTTTCTCTCCTCC
CGTATGCTTGACGACGCCAAGATGTTGCATAGACTTGGAGCTAGAAAGTTGGTCGTGGTA
GGAGTTCCTCCCATGGGATGCATGCCCCTAATA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB95TF U 1
AF RR3AD47TF U 1
BS 1 813 RR3AD47TF

RD RR3BB95TF 763 0 0
GGATGACATATTCACCTTCTCTCTAAAGGAACTTTCTAACTAAAAGAAAAGTCTTTTAGT
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TTTATGTCTCTTTTCGCCGCGATGGCTTTGCAGCCGCCATCTTTGGTCGTGGCTTTGGAC
GTCCACCTCCTCCGCCAGCTAGCTGCAAAGCACAATGTAACAACAATAGTTGTGTTTGGA
GATTCTAGTGTTGATCCAGGAAACAATAATTTTCTTAACACCGATTTGAAAGGAAATTTT
CCACCTTATGGTGGCAATTTCGTGAACCATAAATCCACCGGAAGATTATGTGATGGATTG
CTCGCACCTGATTTTATCGCTGAGGTCATGGGTCACCCACCTATACCAGCTTTTCTTGAT
CCAACCCTTACCCCAGCTGATCTACCTCGCGGTGCAAGTTTTGCCTCGGCTGGTTCCGGT
TATGACGATCTTACAGCTAATATATCCAACGTGTGGAGTTTCTCGACGCAAGCAACTTAC
TTTTTGCATTACAAAATTCACCTCAATAAATTGGTCGGACCTTTAGAGAGCGCAAAAATG
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GTCGATTTTACTCGACAAAAGCAATTCACTGTTGAGCAATACATCGACTTTCTCTCCTCC
CGTATGCTTGACGACGCCCAGATGTTGCATAGACTTGGAGCTA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3AD47TF 813 0 0
GGATGACATATTCACCTTCTCTCTAAAGGAACTTTCTAACTAAAAGAAAAGTCTTTTAGT
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TTTATGTCTCTTTTCGCCGCGATGGCTTTGCAGCCGCCAGCTTTGGTCGTGGCTTTGGAC
GTCCACCTCCTCCGCCAGCTAGCTGCAAAGCACAATGTAACAACAATAGTTGTGTTTGGA
GATTCTAGTGTTGATCCAGGAAACAATAATTTTCTTAACACCGATTTGAAAGGAAATTTT
CCACCTTATGGTGGCAATTTCGTGAACCATAAATCCACCGGAAGATTATGTGATGGATTG
CTCGCACCTGATTTTATCGCTGAGGCCATGGGTCACCCACCTATACCAGCTTTTCTTGAT
CCAACCCTTACCCCAGCTGATCTACCTCGCGGTGCAAGTTTTGCCTCGGCTGGTTCCGGT
TATGACGATCTTACAGCTAATATATCCAACGTGTGGAGTTTCTCGACGCAAGCAACTTAC
TTTTTGCATTACAAAATTCACCTCAATAAATTGGTCGGACCTTTAGAGAGCGCAAAAATG
ATAAATAATGCGATATTTCTTATGAGTATGGGATCAAATGACTTTCTTCAAAATTACTTA
GTCGATTTTACTCGACAAAAGCAATTCACTGTTGAACAATACATCGACTTTCTCTCCTCC
CGTATGCTTGACGACGCCAAGATGTTGCATAGACTTGGAGCTAGAAAGTTGGTCGTGGTA
GGAGTTCCTCCCATGGGATGCATGCCCCTAATA

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL2140Contig1 812 2 6 U
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AGATTCATCATCATCGTCATCGTCATGGCTGGCTCTAAAAACTACGATGGAATTCTTCTG
GGAATGGGAAACCCTCTCCTCGATATCTCTGCCGTTGTAGACGAGGATTTCCTCACCAAA
TACGACGTGAAGTTGAACAATGCGATTCTCGCTGAGGAGAAACACTTGCCCATGTATGAA
GAGATGAGTAGCAAGTTCAATGTTGAATACATTGCCGGAGGTGCTACTCAGAACTCAATC
AAAGTGGCTCAGTGGATGCTTCAAATTCCTGGGGCAACCAGTTACACGGGCTCCATTGGA
AAGGACAAATACGGTGACGCTATGAAGAAGGATGCTACTGCTGCTGGTCTCAATGTTCAC
TACTATGAAGATGAGTCTGCACCTACTGGAACTTGTGGTGTCTGTGTTGTTGGTGGAGAA
AGGTCTCTTATTGCCAATCTCTCTGCTGCTAACTGCTACAAGGTTGACCACCTCAAGAAG
CCTGAAAACTGGGCACTAGTTGAGAAGGCCAAGTTCTACTACATTGCTGGATTCTTCCTC
ACTGTATCCCCTGAATCCATTCAGTTGGTGTCTGAGCATGCTGCTGCAAACAACAAGGTC
TTCACAATGAACCTCTCTGCTCCCTTCATCTGTGAATTTTTCAAAGATGCTCACGAGAAG
TTCTTGCCGTACATGGACTTTGTGTTTGGCAACGAGACAGAGCCAATAACCTTCTCAAGG
GTTCATGGCTGGGAGACCGAGATGTGGAGCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B593TF U 1
AF RR3H851TF U 26
BS 1 623 RR3B593TF
BS 624 624 RR3H851TF
BS 625 762 RR3B593TF
BS 763 763 RR3H851TF
BS 764 797 RR3B593TF
BS 798 812 RR3H851TF

RD RR3B593TF 798 0 0
AGGGGACTCTCATCCATAAACAGATCTGAATCTAAACCTTTCTCCTCTGTATCAAATCTC
AGATTCATCATCATCGTCATCGTCATGGCTGGCTCTAAAAACTACGATGGAATTCTTCTG
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TACTATGAAGATGAGTCTGCACCTACTGGAACTTGTGGTGTCTGTGTTGTTGGTGGAGAA
AGGTCTCTTATTGCCAATCTCTCTGCTGCTAACTGCTACAAGGTTGACCACCTCAAGAAG
CCTGAAAACTGGGCACTAGTTGAGAAGGCCAAGTTCTACTACATTGCTGGATTCTTCCTC
ACTGTATCCCCTGAATCCATTCATTTGGTGTCTGAGCATGCTGCTGCAAACAACAAGGTC
TTCACAATGAACCTCTCTGCTCCCTTCATCTGTGAATTTTTCAAAGATGCTCACGAGAAG
TTCTTGCCGTACATGGACTTTGTGTTTGGCAACGAGACAGAGGCAATAACCTTCTCAAGG
GTTCATGGCTGGGAGAC
C

QA 1 797 1 797
DS 

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GG
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GCTGGCTCTAAAAACTACGATGGAATTCTTCTGGGAATGGGAAACCCTCTCCTCGATATC
TCTGCCGTTGTAGACGAGGATTTCCTCACCAAATACGACGTGAAGTTGAACAATGCGATT
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TACATTGCCGGAGGTGCTACTCAGAACTCAATCAAAGTGGCTCAGTGGATGCTTCAAATT
CCTGGGGCAACCAGTTACATGGGCTCCATTGGAAAGGACAAATACGGTGACGCTATGAAG
AAGGGTGCTACTGCTGCTGGTCTCAATGTTCACTACTATGAAGATGAGTCTGCACCTACT
GGAACTTGTGGTGTCTGTGTTGTTGGTGGAGAAAGGTCTCTTATTGCCAATCTCTCTGCT
GCTAACTGCTACAAGGTTGACCACCTCAAGAAGCCTGAAAACTGGGCACTAGTTGAGAAG
GCCAAGTTCTACTACATTGCTGGATTCTTCCTCACTGTATCCCCTGAATCCATTCAGTTG
GTGTCTGAGCATGCTGCTGCAAACAACAAGGTCTTCACAATGAACCTCTCTGCTCCCTTC
ATCTGTGAATTTTTCAAAGATGCTCA*GAGAAGTTCTTGCCGTACATGGACTTTGTGTTT
GGCAACGAGACAGAGC**ATAACCTTCTCAAGGGT*CATGGCTGGGAGACCGAGATGTGG
AGCAA

QA 3 787 3 787
DS 



AS 1 5

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CTTCCTTCCTTCCGCCGCCGACAATGCAGCACCAGACGAGAAGTGTTAAAGTGGAGAATG
TATCAGATCTGGCAACGGAGAGAGAGATTCACGAGTTTTTCTCCTTCTCCGGCGACATAG
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CTGAACCTAAAGCCCTTGAAATCGCTCTCTTATTATCGGGTGCCACAATTGTAGACAAGA
TCGTTACTATAACCCCAGCTGACAACTATGTCCCTAGGCGTGAGATCATGCAGCAAGTGG
TAGAGAACACAATCCCACCAACACCAACACGCCAGAACACGGACGGCAATGGTGGTAGAG
CGTACGTTAGCAAAGCGCAAGATGTGATGGCTACTGTTTTGGCTAAAGGCTCTGCTCTTG
GACAAGATGCTGTGAACAAAGCCAAGGCTTTTGATGAGTTGCACCAGCTAAGAGCCAATG
CTTCCGCCAAAGTTTCTTCTTTTGACAAGAGAGTCAGGCTTAGCGAGAAGTTCAACG*GG
GTATCTCTGTGGTTAACGAGAAAGTAAAATCCGTTGACCAGAGGCTTCAGGTTTCCGATA
AAACCATGGCGGCTATATTTGCAGCTGAGAAGAAGTTAAACGACACCGGTTCAGCTGTCA
AATCAAGCAGGCATGTGACTGCTGGAGCTGCTTGGTTTAGTGGCGCTTTCAGCAAAGTTG
CGAGAGCAGGTCAGCTTGCTGGCTCGAAAACCAAAGAGAAGTTCAATCTAGCCGTCTCCA
ATATAGCTTCCAAGGATACACCGATTGCTGTATAATAAGAAGTCGGAAGGGAGTAAAAAG
CGTTGAAGTGAGGATCAATGAGTAGCTCCTAAGAGCTATTATATGATGGCCTTGTGTGAA
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TGTTCCCTTAATTCACTTCATGTTTTTGCATCAGTGTAAGTGTTTTCGAATTCACGTTGG
GTGTGTGTTTGTATTGTGTTTCCATTGAAAGACGCTAGAACTGCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ78TF U 1
AF RR3FK32TF U 90
AF RR3H722TF U 24
AF RR3H722JQ C 402
AF RR3CQ78JQ C 764
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TAGAGAACACAA

QA 1 372 1 372
DS 

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DS 

RD RR3H722TF 762 0 0
GGG
CCGCTAAATAATATTCTCTCCCCTCTCAGACTTCCTTCCTTCCTTCCGCCGCCGACAATG
CAGCACCAGACGAGAAGTGTTAAAGTGGAGAATGTATCAGATCTGGCAACGGAGAGAGAG
ATTCACGAGTTTTTCTCCTTCTCCGGCGACATAGACCACATCCACATCCTTAAAGATGCT
TCCGAGCAATCGAGAGTCGCGTTTGTTACCTTTACTGAACCTAAAGCC*TTGAAATCGCT
CTCTTATTATCGGGTGCCACAATTGTAGACAAGATCGTTACTATAACCCCAGCTGACAAC
TATGTCCCTAGGCGTGATATCATGCAGCAAGTGGTAGAGAACACAATCCCACCAACACCA
ACACGCCAGAACACGGACGGCAATGGTGGTAGAGCGTACGTTAGCAAAGCGCAAGATGTG
ATGGCTACTGTTTTGGCTAAAGGCTCTGCTCTTGGACAAGATGCTGTGAACAAAGCCAAG
GCTTTTGATGAGTTGCACCAGCTAAGAGCCAATGCTTCCGCCAAAGTTTCTTCTTTTGAC
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DS 

RD RR3H722JQ 672 0 0
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GCTAAAGGCTCTGCTCTTGGACAAGATGCTGTGAACAAAGCCAAGGCTTTTGATGAGTTG
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AGCGAGAAGTTCAACG*GGGTATCTCTGTGGTTAACGAGAAAGTAAAATCCGTTGACCAG
AGGCTTCAGGTTTCCGATAAAACCATGGCGGCTATATTTGCAGCTGAGAAGAAGTTAAAC
GACACCGGTTCAGCTGTCAAATCAAGCAGGCATGTGACTGCTGGAGCTGCTTGGTTTAGT
GGCGCTTTCAGCAAAGTTGCGAGAGCAGGTCAGCTTTCTGGCTCGAAAACCAAAGAGAAG
TTCAATCTAGCCGTCTCCAATATAGCTTCCAAGGATACACCGATTGCTGTATAATAAGAA
GTCGGAAGGGAGTAAAAAGCGTTGAAGTGAGGATCAATGAGTAGCTCCTAAGAGCTATTA
TATGATGGCCTTGTGTGAACAAATTTTGTGTGATAAATAGCATATTCCTATTCTTTTTAG
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GTTTTCGAAT
CC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3CQ78JQ 364 0 0
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CGGAAGGGAGTAAAAAGCGTTGAAGTGAGGATCAATGAGTAGCTCCTAAGAGCTATTATA
TGATGGCCTTGTGTGAACAAATTTTGTGTGATAAATAGCATATTCCTATTCTTTTTAGTG
TTCATTATATTCTGCATTGTTCCCTTAATTCACTTCATGTTTTTGCATCAGTGTAAGTGT
TTTCGAATTCACGTTGGGTGTGTGTTTGTATTGTGTTTCCATTGAAAGACGCTAGAACTG
CGTT

QA 1 364 1 364
DS 



AS 1 5

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AGAGTCTCTGAAGTGCCTGAGCTTCGCGACCTCAGGTCTTTGTTTGCTGACAGATACATG
ACTAATTCACTTGAACAGTTTGTGAACCCTGAGTTTGTGGAGAGATTCAAGGCGGAGCCC
CCGTCAAAGGAAATGAAGGTAGAGCTTCTCCAGGAGATTGCCTTAGAGTACTCCATCAAA
TGGGATGCCAAGTCTTTAGAGCAGAGGCTCTACACATCACCACCTACTCATCATCATGCT
GCTGAAAACCCAAAAACAAAGGCCAATTATAATCCTGGAAAGACGAATGAAAACAGAAGT
AGTCTTTCGTTTCATGTCAGAGAAGAGTCTCCGAATGCCAAGTCCACGAGTAAAAGAAAC
GAAGAGGACTCCATGACTAGAAGCAAAAGTTGTGTTACTGGCCACGAGGAGGAGGAGGAG
GAGGATGATCCAGAAAACAAACCTTTCTACTACAGATTCATCATGCCCAGCAACGACAAA
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AAAGACACTGAGTCTCCTCCTAGTCCTAGTGCGGGAAAACCAAAGCCGAGATCAGTGAGA
AGACGATTAGCGAAGCCGCCGCCCTCAGATGCGCCTAGTGGTGAAGATTTGATGAGAAGT
TATAAGAAGATGGAGAAAGCAAGCGGAGAGGGGATAAGGAGGATGAATCGTCGAACAGCG
TCGTGGCAGTCCAACGTCCCAGATTTTGATGAGGTCGCTGCTCGCGTACATGCTCTCACA
CGAAACTGATGTATCTTCTTCTCCTATATCATTCATTAGAGGATATGTACAACTTGTCGT
GTCTGTGAATGAATTAATTCTTTGTAAACCAAAAGTGACATGTGAGAAAAAAAAGTTTAG
TTTTAG


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV57TF U 1
AF RR3BD82TF U 1
AF RR3BD69TF U 1
AF RR3BF61TF U 276
AF RR3BF61JQ C 441
BS 1 747 RR3AV57TF
BS 748 783 RR3BD69TF
BS 784 948 RR3BF61TF
BS 949 966 RR3BF61JQ

RD RR3AV57TF 747 0 0
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TATAAGAAGATGGAGAAAGCAAGCGGA

QA 1 747 1 747
DS 

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AGAGTCTCTGAAGTGCCTGAGCTTCGCGACCTCAGGTCTTTGTTTGCTGACAGATACATG
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CCGTCAAAGGAAATGAAGGTAGAGCTTCTCCAGGAGATTGCCTTAGAGTACTCCATCAAA
TGGGATGCCAAGTCTTTAGAGCAGAGGCTCTACACATCACCACCTACTCATCATCATGCT
GCTGAAAACCCAAAAACAAAGGCCAATTATAATCCTGGAAAGACGAATGAAAACAGAAGT
AGTCTTTCGTTTCATGTCAGAGAAGAGTCTCCGAATGCCAAGTCCACGAGTAAAAGAAAC
GAAGAGGACTCCATGACTAGAAGCAAAAGTTGTGTTACTGGCCACGAGGAGGAGGAGGAG
GAGGATGATCCAGAAAACAAACCTTTCTACTACAGATTCATCATGCCCAGCAACGACAAA
CCCAAAATAGAGAAACAGGAAAGCCTTCCGGAGAAGATGACCAAGTCTGATCTCATGTCC
AAAGACACTGAGTCTCCTCCTAGTCCTAGTGCGGGAAAACCAAAGCCGAGATCAGTGAGA
AGACGATTAGCGAAGCCGCCGCCCTCAGATGCGCCTAGTGGTGAAGATTTGATGAGAAGT
TATAAGAAGATGGAGAAAGCAAGCG

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DS 

RD RR3BD69TF 783 0 0
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AGAGTCTCTGAAGTGCCTGAGCTTCGCGACCTCAGGTCTTTGTTTGCTGACAGATACATG
ACTAATTCACTTGAACAGTTTGTGAACCCTGAGTTTGTGGAGAGATTCAAGGCGGAGCCC
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TGGGATGCCAAGTCTTTAGAGCAGAGGCTCTACACATCACCACCTACTCATCATCATGCT
GCTGAAAACCCAAAAACAAAGGCCAATTATAATCCTGGAAAGACGAATGAAAACAGAAGT
AGTCTTTCGTTTCATGTCAGAGAAGAGTCTCCGAATGCCAAGTCCACGAGTAAAAGAAAC
GAAGAGGACTCCATGACTAGAAGCAAAAGTTGTGTTACTGGCCACGAGGAGGAGGAGGAG
GAGGATGATCCAGAAAACAAACCTTTCTACTACAGATTCATCATGCCCAGCAACGACAAA
CCCAAAATAGAGAAACAGGAAAGCCTTCCGGAGAAGATGACCAAGTCTGATCTCATGTCC
AAAGACACTGAGTCTCCTCCTAGTCCTAGTGCGGGAAAACCAAAGCCGAGATCAGTGAGA
AGACGATTAGCGAAGCCGCCGCCCTCAGATGCGCCTAGTGGTGAAGATTTGATGAGAAGT
TATAAGAAGATGGAGAAAGCAAGCGGAGAGGGGATAAGGAGGATGAATCGTCGAACAGCG
TCG

QA 1 783 1 783
DS 

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G
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ACTGGCCACGAGGAGGAGGAGGAGGAGGATGATCCAGAAAACAAACCTTTCTACTACAGA
TTCATCATGCCCAGCAACGACAAACCCAAAATAGAGAAACAGGAAAGCCTTCCGGAGAAG
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GCTGCTCGCGTACATGCTCTCACACGAAACTGATGTATCTTCTTCTCCTATATCATTCAT
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GACATGTGAGAA

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DS 

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GCCCTCAGATGCGCCTAGTGGTGAAGATTTGATGAGAAGTTATAAGAAGATGGAGAAAGC
AAGCGGAGAGGGGATAAGGAGGATGAATCGTCGAACAGCGTCGTGGCAGTCCAACGTCCC
AGATTTTGATGAGGTCGCTGCTCGCGTACATGCTCTCACACGAAACTGATGTATCTTCTT
CTCCTATATCATTCATTAGAGGATATGTACAACTTGTCGTGTCTGTGAATGAATTAATTC
TTTGTAAACCAAAAGTGACATGTGAGAAAAAAAAGTTTAGTTTTAG

QA 1 526 1 526
DS 



AS 2 4

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BQ
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AF RR3AK24TF U 2
AF RR3CK02TF U 1
BS 1 37 RR3CK02TF
BS 38 39 RR3AK24TF
BS 40 684 RR3CK02TF

RD RR3AK24TF 559 0 0
GT
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AAATAGTTTCTTAAAAAAGGATCAAGATGGGAAGGGGTAGGGTTCAATTGAAGAGGATAG
AGAATAAGATCAATAGGCAAGTGACATTTTCGAAAAGAAGAGCTGGTCTTCTGAAGAAAG
CTCATGAGATCTCTGTTCTGTGTGATGCTGAAGTTGCCCTTGTTGTCTTCTCCCATAAGG
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CGATGGAGTATAACAGGCTTAAGGCTAAGATTGAGATATTGGAGAGAAACCAGAGGCACT
ATCTTGGGGAAGACTTGCAAGCGATGAGCTCTAAGGAGCTCCAGAATCTGGAGCAGCAGC
TTGACACTGCTCTTAAG

QA 3 559 3 559
DS 

RD RR3CK02TF 684 0 0
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AAGACTGGGCTCTTCTTTATCTCTCTTCTTGTAGTTTCTTGTTTTGTTTGGTTCTTTTAG
AGGAAATAGTTTCTTAAAAAAGGATCAAGATGGGAAGGGGTAGGGTTCAATTGAAGAGGA
TAGAGAATAAGATCAATAGGCAAGTGACATTTTCGAAAAGAAGAGCTGGTCTTCTGAAGA
AAGCTCATGAGATCTCTGTTCTGTGTGATGCTGAAGTTGCCCTTGTTGTCTTCTCCCATA
AGGGGAAACTCTTTGAATACTCCACTGATTCTTGTATGGAGAAGATACTTGAACGTCATG
AGAGGTACTCTTACGCAGAGAGACAGCTTATTGCACCTGAGTCCGACGTCAATACGAACT
GGTCGATGGAGTATAACAGGCTTAAGGCTAAGATTGAGATATTGGAGAGAAACCAGAGGC
ACTATCTTGGGGAAGACTTGCAAGCGATGAGCTCTAAGGAGCTCCAGAATCTGGAGCAGC
AGCTTGACACTGCTCTTAAGCACATCCGCTCTAGGAAAAACCAACTTATGTACGACTCCA
TCAATGAGCTCCAAAGAAAGGAGGAGGCCATACAGGAACAAAACAGCTTGCTTTCCAAAC
AGATCAAGGAGAGGGAAAAGATTC

QA 1 684 1 684
DS 



CO CL2143Contig2 1115 2 2 U
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TTCTTTTAGAAGAAATAGTTTCTTAAAAAAGGGATCAAAATGGGAAGGGGTAGGGTTCAA
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CTTTTCAAGAAAGCTCATGAGATCTCTGTTCTCTGTGATGCTGAAGTTGCCCTTGTTGTC
TTCTCCCATAAGGGGAAACTCTTTGAATACTCCACTGATTCTTGCATGGAGAAGATACTT
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AATACGAACTGGTCAATGGAGTATAACAGGCTTAAGGCTAAGATTGAGCTTTTGGAGAGA
AACCAGAGGCACTATCTTGGGGAAGACTTGCAAGCAATGAGCCTTAAAGAGCTCCAGAAT
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TACGACTCCGTCAGTGAGCTCCAAAGAAAGGAGAAGGCGATACAGGAACAAAACAGCATG
CTTTCCAGCAGATCAAGGAGAGGGAAAAAGTTCTTAGGGCACAGCAAGAGCAATGGGACC
AGCAGAACCATGGCCAAAATTTGCCTCCGCCCCCGCAGCAGCATCAAATCCAGCATCCAT
ACATTCTCTCTCATCAGCCATCTCCTTTTCTCAACATGGGTGGCCTATATCAAGAAGAGG
ATGATCCAATGGCAATGAGGAGAAACGACCTTGATTTATCTCTTGAACCCGTTTACAACT
GCAACCTTGGCTGCTTTGCCTCATGAAGCAATTTCATATATATAATCATCAATAATAAAA
GTAATTAGCCGCATAGTATATTTTGGCTAGCTTCTTTCTATCCAATTAATATATTTTGGC
AAGGTCCATGTACTTATATCATATATATAAGCTGGCAACCTCCTTTTCTCTTTGTAATTT
TAAGTATTTTGCTCTAGTATATGGCAAAAATTGTAATACATTCAGTTTTATTTTTATTAG
CTTTGGAACTATTGGCAAATACTCCCTCCATTTCG


BQ
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AF RR3EA04TF U 1
AF RR3EA04JQ C 351
BS 1 566 RR3EA04TF
BS 567 1115 RR3EA04JQ

RD RR3EA04TF 566 0 0
GGGATACCAAAGCCTGGGCTCTTCTTTATCTCTCTTCTCGTAGTTTCTTGTTTTGTTTGG
TTCTTTTAGAAGAAATAGTTTCTTAAAAAAGGGATCAAAATGGGAAGGGGTAGGGTTCAA
CTGAAGAGGATAGAGAACAAGATCAATAGACAAGTGACATTCTCCAAAAGAAGAGCTGGT
CTTTTCAAGAAAGCTCATGAGATCTCTGTTCTCTGTGATGCTGAAGTTGCCCTTGTTGTC
TTCTCCCATAAGGGGAAACTCTTTGAATACTCCACTGATTCTTGCATGGAGAAGATACTT
GAACGCTATGAGAGGTACTCTTACGCCGAGAGACAGCTTATTGCACCTGAGTCAGACGTC
AATACGAACTGGTCAATGGAGTATAACAGGCTTAAGGCTAAGATTGAGCTTTTGGAGAGA
AACCAGAGGCACTATCTTGGGGAAGACTTGCAAGCAATGAGCCTTAAAGAGCTCCAGAAT
CTGGAGCAGCAGCTTGACACTGCTCTTAAGCACATCCGATCTAGAAAAAACCAACTTATG
TACGACTCCGTCAGTGAGCTCCAAAG

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR3EA04JQ 765 0 0
GTCA
GACGTCAATACGAACTGGTCAATGGAGTATAACAGGCTTAAGGCTAAGATTGAGCTTTTG
GAGAGAAACCAGAGGCACTATCTTGGGGAAGACTTGCAAGCAATGAGCCTTAAAGAGCTC
CAGAATCTGGAGCAGCAGCTTGACACTGCTCTTAAGCACATCCGATCTAGAAAAAACCAA
CTTATGTACGACTCCGTCAGTGAGCTCCAAAGAAAGGAGAAGGCGATACAGGAACAAAAC
AGCATGCTTTCCAGCAGATCAAGGAGAGGGAAAAAGTTCTTAGGGCACAGCAAGAGCAAT
GGGACCAGCAGAACCATGGCCAAAATTTGCCTCCGCCCCCGCAGCAGCATCAAATCCAGC
ATCCATACATTCTCTCTCATCAGCCATCTCCTTTTCTCAACATGGGTGGCCTATATCAAG
AAGAGGATGATCCAATGGCAATGAGGAGAAACGACCTTGATTTATCTCTTGAACCCGTTT
ACAACTGCAACCTTGGCTGCTTTGCCTCATGAAGCAATTTCATATATATAATCATCAATA
ATAAAAGTAATTAGCCGCATAGTATATTTTGGCTAGCTTCTTTCTATCCAATTAATATAT
TTTGGCAAGGTCCATGTACTTATATCATATATATAAGCTGGCAACCTCCTTTTCTCTTTG
TAATTTTAAGTATTTTGCTCTAGTATATGGCAAAAATTGTAATACATTCAGTTTTATTTT
TATTAGCTTTGGAACTATTGGCAAATACTCCCTCCATTTCG

QA 5 765 5 765
DS 



AS 1 5

CO CL2144Contig1 921 5 12 U
GGGGGGGCGTCTAGAGAGCGATCTAAAATCAAAACCTCAGGTGCCTTCGATTCTCAAATC
TAAATTGCAAACTCAGATCTCGAGAGGAAGAAAATGGCGGCGGTGACACCATTAGCAAAG
TACAAGCTGGTCTTCCTTGGAGATCAATCCGTCGGCAAGACCAGCATCATCACTCGATTC
ATGTACGACAAATTCGACACCACTTATCAGGCAACTATTGGGATTGATTTTTTGTCAAAG
ACAATGTACATGGAGGATAGGACTCTTCGTCTCCAACTATGGGATACTGCTGGACAGGAG
AGGTTTCGGAGTCTGATACCAAGCTATATCAGAGATTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTAT
GATGTTGCAAATAGGCAGTCATTCTTGAACACCTCCAAGTGGATTGAGGATGTTCGTACA
GAGAGAGGTAGTGATGTCATCATTGTTCTCGTTGGTAACAAAACTGATCTCGTTGACAAG
AGGCAAGTCTCGATAGAGGAAGGAGATACCAAAGGTCGTGACTTTGGAGTAATATTCATA
GAGACGAGTGCGAAAGCTGGATTTAACATCAAGCCACTATTCCGCAAGATATCAGCTGCA
TTACCAGGAATGGACACACTTTCAACGAGACAAGGTGATATGGTTGATGTCAACCTTAAG
TCATCGACTACATCTCAAGCGGAGCAACAACAAGGTGGCTGTTCGTGTTGATTGGATTTA
CATATACTTTAACAGCAACAGGGTAGACAGATTTTTTAAAAAGAAAGGATTCATAACTTG
ATGGGATAAATAAATTCTGGTATGAAGAAAGAGATTTTTACTAGTCAAACTCTTACTATT
CTTTAAGATGTTTTGAGTTCAATATCGTTCTGTGTAATGAATGACGCATAAAAGCTTAAG
AAGAATGTTTTGCTTTGTTCT


BQ
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AF RR3DM45TF U 1
AF RR3DJ83TF U 2
AF RR3DP54TF U 2
AF RR3DM45JQ C 64
AF RR3DP54JQ C 144
BS 1 474 RR3DM45TF
BS 475 594 RR3DJ83TF
BS 595 595 RR3DP54TF
BS 596 605 RR3DJ83TF
BS 606 606 RR3DP54TF
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BS 690 690 RR3DM45JQ
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BS 711 920 RR3DM45JQ
BS 921 921 RR3DP54JQ

RD RR3DM45TF 474 0 0
GGGGGGGCGTCTAGAGAGCGATCTAAAATCAAAACCTCAGGTGCCTTCGATTCTCAAATC
TAAATTGCAAACTCAGATCTCGAGAGGAAGAAAATGGCGGCGGTGACACCATTAGCAAAG
TACAAGCTGGTCTTCCTTGGAGATCAATCCGTCGGCAAGACCAGCATCATCACTCGATTC
ATGTACGACAAATTCGACACCACTTATCAGGCAACTATTGGGATTGATTTTTTGTCAAAG
ACAATGTACATGGAGGATAGGACTCTTCGTCTCCAACTATGGGATACTGCTGGACAGGAG
AGGTTTCGGAGTCTGATACCAAGCTATATCAGAGATTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTAT
GATGTTGCAAATAGGCAGTCATTCTTGAACACCTCCAAGTGGATTGAGGATGTTCGTACA
GAGAGAGGTAGTGATGTCATCATTGTTCTCGTTGGTAACAAAACTGATCTCGTT

QA 1 474 1 474
DS 

RD RR3DJ83TF 709 0 0
GGGGGGCGTCTAGAGAGCGATCTAAAATCAAAACCTCAGGTGCCTTCGATTCTCAAATCT
AAATTGCAAACTCAGATCTCGAGAGGAAGAAAATGGCGGCGGTGACACCATTAGCAAAGT
ACAAGCTGGTCTTCCTTGGAGATCAATCCGTCGGCAAGACCTTCATCATCACTCGATTCA
TGTACGACAAATTCGACACCACTTATCAGGCAACTATTGGGATTGATTTTTTGTCAAAGA
CAATGTACATGGAGGATAGGACTCTTCGTCTCCAACTATGGGATACTGCTGGACAGGAGA
GGTTTCGGAGTCTGATACCAAGCTATATCAGAGATTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTATG
ATGTTGCAAATAGGCAGTCATTCTTGAACACCTCCAAGTGGATTGGGGATGTTCGTACAG
AGAGAGGTAGTGATGTCATCATTGTTCTCGTTGGTAACAAAACTGATCTCGTTGACAAGA
GGCAAGTCTCGATAGAGGAAGGAGATACCAAAGGTCGTGACTTTGGAGTAATATTCATAG
AGACGAGTGCGAAAGCTGGATTTAACATCAAGCCACTATTCCGCAAGATATCATCTGCAT
TACCGGGAATGGACACACTTTCAACGAGACAAGGTGATATGGTTGATGTCAACCTTAAGT
CATCGACTACATCTCAAGCGGAGCAACA*CAAAGTGGCTGTTCGTGTTG

QA 1 709 1 709
DS 

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AAATTGCAAACTCAGATCTCGAGAGGAAGAAAATGGCGGCGGTGACACCATTAGCAAAGT
ACAAGCTGGTCTTCCTTGGAGATCAATCCGTCGGCAAGACCAGCATCATCACTCGATTCA
TGTACGACAAATTCGACACCACTTATCAGGCAACTATTGGGATTGATTTTTTGTCAAAGA
CAATGTACATGGAGGATAGGACTCTTCGTCTCCAACTATGGGATACTGCTGGACAGGAGA
GGTTTCGGAGTCTGATACCAAGCTATATCAGAGATTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTATG
ATGTTGCAAATAGGCAGTCATTCTTGAACACCTCCAAGTGGATTGAGGATGTTCGTACAG
AGAGAGGTAGTGATGTCATCATTGTTCTCGTTGGTAACAAAACTGATCTCGTTGACAAGA
GGCAAGTCTCGATAGAGGAAGGAGATACCAAAGGTCGTGACTTTGGAGTAATATTCATAG
AGACGAGTGCGAAAGCTGGATTTAACATCAAGCCACTATTCCGCAAGATATCAGCTGCAT
TACCAGGAATGGACACACTTTCAACGAGACAAG*TGATATGGTTGATGTCAACCTTA*GT
CATCGACTACATCTCA
GCGAGCA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3DM45JQ 857 0 0
ATTGCAAACTCAGATCTCGAGAGGAAGAAAATGGCGGCGGTGACACCATTAGCAAAGTAC
AAGCTGGTCT*CCTTGGAGATCAATCCGTCGGCAAGACCAGCATCATCACTCGATTCATG
TACGACAAATTCGACACCACTTATCAGGCAACTATTGGGATTGATTTTTTGTCAAAGACA
ATGTACATGGAGGATAGGACTCTTCGTCTCCAACTATGGGATACTGCTGGACAGGAGAGG
TTTCGGAGTCTGATACCAAGCTATATCAGAGATTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTATGAT
GTTGCAAATAGGCAGTCATTCTTGAACACCTCCAAGTGGATTGAGGATGTTCGTACAGAG
AGAGGTAGTGATGTCATCATTGTTCTCGTTGGTAACAAAACTGATCTCGTTGACAAGAGG
CAAGTCTCGATAGAGGAAGGAGATACCAAAGGTCGTGACTTTGGAGTAATATTCATAGAG
ACGAGTGCGAAAGCTGGATTTAACATCAAGCCACTATTCCGCAAGATATCAGCTGCATTA
CCAGGAATGGACACACTTTCAACGAGACAAGGTGATATGGTTGATGTCAACCTTAAGTCA
TCGACTACATCTCAAGCGGAGCAACAACAAGGTGGCTGTTCGTGTTGATTGGATTTACAT
ATACTTTAACAGCAACAGGGTAGACAGATTTTTTAAAAAGAAAGGATTCATAACTTGATG
GGATAAATAAATTCTGGTATGAAGAAAGAGATTTTTACTAGTCAAACTCTTACTATTCTT
TAAGATGTTTTGAGTTCAATATCGTTCTGTGTAATGAATGACGCATAAAAGCTTAAGAAG
AATGTTTTGCTTTGTTC

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR3DP54JQ 778 0 0
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TTATCAGGCAACTATTGGGATTGATTTTT*GTCAAAGACAATGTACATGGAGGATAGGAC
TCTTCGTCTCCAACTATGGGATACTGCTGGACAGGAGAGGTTTCGGAGTCTGATACCAAG
CTATATCAGAGATTCTTCTGTTGCTGTTATTGTCTATGATGTTGCAAATAGGCAGTCATT
CTTGAACACCTCCAAGTGGATTGAGGATGTTCGTACAGAGAGAGGTAGTGATGTCATCAT
TGTTCTCGTTGGTAACAAAACTGATCTCGTTGACAAGAGGCAAGTCTCGATAGAGGAAGG
AGATACCAAAGGTCGTGACTTTGGAGTAATATTCATAGAGACGAGTGCGAAAGCTGGATT
TAACATCAAGCCACTATTCCGCAAGATATCAGCTGCATTACCAGGAATGGACACACTTTC
AACGAGACAAGGTGATATGGTTGATGTCAACCTTAAGTCATCGACTACATCTCAAGCGGA
GCAACAACAAGGTGGCTGTTCGTGTTGATTGGATTTACATATACTTTAACAGCAACAGGG
TAGACAGATTTTTTAAAAAGAAAGGATTCATAACTTGATGGGATAAATAAATTCTGGTAT
GAAGAAAGAGATTTTTACTAGTCAAACTCTTACTATTCTTTAAGATGTTTTGAGTTCAAT
ATCGTTCTGTGTAATGAATGACGCATAAAAGCTTAAGAAGAATGTTTTGCTTTGTTCT

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 5

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TTCGATGTGGCCGTTGACTTATACTCCAAAGCCATTGACTTGGATCCCTCTTGCGCCGCC
TTCTTCGCCGATCGTGCTCAGGCCAACATCAAAACCAGTAACTTCACTGAAGCTGTTGCA
GATGCGAACAAAGCCATCGAGTTGGAGCCTACGTTGGCCAAAGCGTACCTCCGAAAAGGG
ACTGCTTGTATGAAGCTGGAAGAATATAGAACTGCTAAATCAGCCCTAGAGAAAGGCGCT
TCTGTTGCACCTAATGAATCAAAGTTTAACAAGATGTTAGATGAATGCAATCTCCGCATT
GCAGAGGAAGAGAAAGATTTGGTTCAACAGATGCCACCGACGACTTTGCCTTCAAGCTCT
ACAACACCACTAGCAACCGCAGCTGATGCTCCTCCTGTTCCAAGTCCTGCAGCACCTGCC
AAACCTATGTTCAGACACGAGTTCTATCAGAAGCCAGAAGAAGTGGTGGTGACGATTTTC
GCTAAAGGAATACCAAAGCAGAACGTAAATGTTGAGTTTGGTGACCAGATTCTAAGTGTT
GGG*ATTGAAGTTGGTGGAGAGGAAGCTTATCATTTCCAGCCAAGATTGTTCGGGAAGAT
AATACCAGAGAAGTGCAGATATGAAGTATTGTCAACCAAAGTTGAGATTCGTCTGGCAAA
AGCAGAGATGATCACTTGGGCCTCCCTTGAATATAGCAAAGGGCAAGCTCTTCTACCTAA
ACCCAATGTTGCATCAGCGGTTTCACAGAGGCCAGTGTACCCATCTTCCAAGCCTGGAAA
AGACTGGGACAAGTTGGAAGCTGAAGTGAAGAAGCAGGAGAAGGATGAGAAGCTAGATGG
AGATGCAGCAATGAACAAGTTTTTCAGCGATATATACCAGAGTGCTGATGAGGACATGAG
GCGAGCCATGAACAAATCATTTGCAGAGTCTAATGGGACAGTGCTGTCTACAAACTGGAA
AGAGGTTGGGACTAAGAAAGTGGAGAGCACTCCCCCCGATGGTATGGAGCTCAAGAAGTG
GGAATATTGATTTTCTTAAAATCCTCTTTTCTGGCTTTGTCAAAAATTCGGACAAAATAT
TTGAACTTCAAAATTTCTTTTGGTTTTTGCTATAATTTGTCTCTTCATTCTTGCGTTATG
GTCTCATTGTATTAGAAAAGCTCGCAAGGTTGTCATTTACTTTTTTTTTTTCAACAGATT
TTCATGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CN35TF U 1
AF RR3E479TF U 227
AF RR3AY34TF U 367
AF RR3EV43JQ C 770
AF RR3CL46JQ C 490
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BS 370 370 RR3E479TF
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BS 721 721 RR3E479TF
BS 722 750 RR3CN35TF
BS 751 751 RR3E479TF
BS 752 769 RR3CN35TF
BS 770 793 RR3E479TF
BS 794 926 RR3AY34TF
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BS 1101 1136 RR3CL46JQ
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RD RR3CN35TF 772 0 0
GGGAATAGAATGGCGAAGGAACTAGCAGAGAAAGCTAAAGAGGCCTTCTTAGATGACGAC
TTCGATGTGGCCGTTGACTTATACTCCAAAGCCATTGACTTGGATCCCTCTTGCGCCGCC
TTCTTCGCCGATCGTGCTCAGGCCAACATCAAAACCAGTAACTTCACTGAAGCTGTTGCA
GATGCGAACAAAGCCATCGAGTTGGAGCCTACGTTGGCCAAAGCGTACCTCCGAAAAGGG
ACTGCTTGTATGAAGCTGGAAGAATATAGAACTGCTAAATCAGCCCTAGAGAAAGGCGCT
TCTGTTGCACCTAATGAATCAAAGTTTAACAAGATGTTAGATGAATGCAATCTCCGCATT
GCAGAGGAATAGAAAGATTTGGTTCAACAGATGCCACCGACGACTTTGCCTTCAAGCTCT
ACAACACCACTAGCAACCGCAGCTGATGCTCCTCCTGTTCCAAGTCCTGCAGCACCTGCC
AAACCTATGTTCAGACACGAGTTCTATCAGAAGCCAGAAGAAGTGGTGGTGACGATTTTC
GCTAAAGGAATACCAAAGCAGAACGTAAATGTTGAGTTTGGTGACCAGATTCTAAGTGTT
GGGGATTGAAGTTGGTGGAGAGGAAGCTTATCATTTCCAGCCAAGATTGTTCGGGAAGAT
AATACCAGAGAAGTGCAGATATGAAGTATTGTCAACCAAAGTTGAGATTCGTCTGGCAAA
*GCAGAGATGATCACTTGGGCCTCCCTTGA*TATAGCAAAGGGCAAGCT
CTT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3E479TF 567 0 0
G
CCTCCGAAAAGGGACTGCTTGTATGAAGCTGGAAGAATATAGAACTGCTAAATCAGCCCT
AGAGAAAGGCGCTTCTGTTGCACCTAATGAATCAAAGTTTAACAAGATGTTAGATGAATG
CAATCTCCGCATTGCAGAGGAAGAGAAAGATTTGGTTCAACAGATGCCACCGACGACTTT
GCCTTCAAGCTCTACAACACCACTAGCAACCGCAGCTGATGCTCCTCCTGTTCCAAGTCC
TGCAGCACCTGCCAAACCTATGCTCAGACACGAGTTCTATCAGAAGCCAGAAGAAGTGGT
GGTGACGATTTTCGCTAAAGGAATACCAAAGCAGAACGTAAATGTTGAGTTTGGTGACCA
GATTCTAAGTGTTGGG*ATTGAAGTTGGTGGAGAGGAAGCTTATCATTTCCAGCCAAGAT
TGTTCGGGAAGATAATACCAGAGAAGTGCAGATATGAAGTATTGTCAACCAAAGTTGAGA
TTCGTCTGGCAAAAGCAGAGATGATCACTTGGGCCTCTCTTGAATATAGCAAAGGGCAAG
CTCTTCTACCTAAACCCAATGTTGCA

QA 2 567 2 567
DS 

RD RR3AY34TF 737 0 0
GAAG
AGAAAGATTTGGTTCAACAGATGCCACCGACGACTTTGCCTTCAAGCTCTACAACACCAC
TAGCAACCGCAGCTGATGCTCCTCCTGTTCCAAGTCCTGCAGCACCTGCCAAACCTATGT
TCAGACACGAGTTCTATCAGAAGCCAGAAGAAGTGGTGGTGACGATTTTCGCTAAAGGAA
TACCAAAGCAGAACGTAAATGTTGAGTTTGGTGACCAGATTCTAAGTGTTGGG*ATTGAA
GTTGGTGGAGAGGAAGCTTATCATTTCCAGCCAAGATTGTTCGGGAAGATAATGCCAGAG
AAGTGCAGATATGAAGTATTGTCAACCAAAGTTGAGATTCGTCTGGCAAAAGCAGAGATG
ATCACTTGGGCCTCCCTTGAATATAGCAAAGGGCAAGCTCTTCTACCTAAACCCAATGTT
GCATCAGCGGTTTCACAGAGGCCAGTGTACCCATCTTCCAAGCCTGGAAAAGACTGGGAC
AAGTTGGAAGCTGAAGTGAAGAAGCAGGAGAAGGATGAGAAGCTAGATGGAGATGCAGCA
ATGAACAAGTTTTTCAACGATATATACCAGAGTGCTGATGAGGACATGAGGCGAGCCATG
AACAAATCATTTGCAGAGTCTAATGGGACAGTGCTGTCTACAAACTGGAAAGAGGTTGGG
ACTAAGAAAGTGGAGAGCACTCCCCCCGATGGTATGGAGCTCAAGAAGTGGGAATATTGA
TTTTCTTAAA
TCC

QA 5 734 5 734
DS 

RD RR3EV43JQ 470 0 0
C
TTCTGCCTAAACCCAATGTTGCATCAGCGGTTTCACAGAGGCCAGTGTACCCATCTTCCA
AGCCTGGAAAAGACTGGGACAAGTTGGAAGCTGAAGTGAAGAAACAGGAGAAGGATGAGA
AGCTAGATGGAGATGCAGCAATGAACAAGTTTTTCAGCGATATATACCAGAGTGCTGATG
AGGACATGAGGCGAGCCATGAACAAATCATTTGCAGAGTTTAATGGGACAGTGCTGTCTA
CAAACTGGAAAGAGGTTGGGACTAAGAAAGTGGAGAGCACCCCCCCAGATGGTATGGAGC
TCAAGAAGTGGGAATATTGATCTTCTTAAAATCCTCTTTTCTGGCTTTGTCAAAAATTCG
GACAAAATATTTGAACTTCGAAATTTCTTTTGGTTTTTGCTATAATTTGTCTCTTCATTC
TTGCGTTATGGTCTCATTGTATTAGAAAAGCTCGCAAGGTTGTCATTT
T

QA 2 469 2 469
DS 

RD RR3CL46JQ 779 0 0
T
TCAGACACGAGTTCTATCAGAAGCCAGAAGAAGTGGTGGTGACGATTTTCGCTAAAGGAA
TACCAAAGCAGAACGTAAATGTTGAGTTTGGTGACCAGATTCTAAGTGTTGGG*ATTGAA
GTTGGTGGAGAGGAAGCTTATCATTTCCAGCCAAGATTGTTCGGGAAGATAATACCAGAG
AAGTGCAGATATGAAGTATTGTCAACCAAAGTTGAGATTCGTCTGGCAAAAGCAGAGATG
ATCACTTGGGCCTCCCTTGAATATAGCAAAGGGCAAGCTTTTCTACCTAAACCCAATGTT
GCATCAGCGGTTTCACAGAGGCCAGTGTACCCATCTTCCAAGCCTGGAAAAGACTGGGAC
AAGTTGGAAGCTGAAGTGAAGAAGCAGGAGAAGGATGAGAAGCTAGATGGAGATGCAGCA
ATGAACAAGTTTTTCAGCGATATATACCAGAGTGCTGATGAGGACATGAGGCGAGCCATG
AACAAATCATTTGCAGAGTCTAATGGGACAGTGCTGTCTACAAACTGGAAAGAGGTTGGG
ACTAAGAAAGTGGAGAGCACTCCCCCCGATGGTATGGAGCTCAAGAAGTGGGAATATTGA
TTTTCTTAAAATCCTCTTTTCTGGCTTTGTCAAAAATTCGGACAAA*TATTTGAACTTGA
AAGTTTCTTTTGGTTTTTGCTATAATTTGTCTCTTCATTCTTGCGTTATGGTCTCATTGT
ATTAGAAAAGCTCGGAAGGTTGTCATTTACTTTTTTTTTTTCAACAGATTTTCATGAC

QA 2 779 2 779
DS 



AS 1 5

CO CL2146Contig1 599 5 8 U
GGACTCTCACTAAACCAAAACCTCAAAAGTTATATTTGGGGATCATCAGAGCTTCTCCAT
GGATCCTTACAAGGTATCTTCTTGTTCTTCTCCAAATTTTATGTGTGTGCGTGTCTTTAT
CAATTATGCTTCACTATGATCTCATGTTCCATTATGATCGTTTTTCCAACTCTTTTTAAT
GAAAAATGAAAGTTGCTCTCACGTCTTACTGTTAACATGCCTTTTTGGTTCCAAAATTGG
TTTAATTTCAATGATCGTTTGAGCTATAAGGTGGTGATGTTGATTTTTGGGCTGGGTATC
TAAGATAGCATATCTTTAAAACGTTTTAACTATAAACCGGTGCATGCGTAAAAAACGTCA
CATGTGGTTTCGTTGTTTTGTTCCTTATATGAGACCTTATTTTGTTGTTTGTGTGTTTTT
ATCAAAAACATGCGTTTTTGTAAAGTAAATGTTGTTTAATAGATTTCTCAGATCTACACA
CCTGATTAATCAAGTCTACCCAATAAATTAATCATAATATAAGTAACCTGATTAAATAAG
ATCTAAACATATGATTAATCATTTTAATTATTCAATTAACCAGAGTGCTAATCAATCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

AF RR3FU25TF U 1
AF RR3F661JQ C 1
AF RR3F661TF U 1
AF RR3CW65JQ C 7
AF RR3CW65TF U 7
BS 1 8 RR3F661JQ
BS 9 296 RR3FU25TF
BS 297 297 RR3F661TF
BS 298 485 RR3FU25TF
BS 486 486 RR3F661TF
BS 487 490 RR3FU25TF
BS 491 598 RR3F661TF
BS 599 599 RR3CW65JQ

RD RR3FU25TF 490 0 0
GGACTCTC
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AAAGTTGCTCTCACGTCTTACTGTTAACATGCCTTTTTGGTTCCAAAATTGGTTTAATTT
CAATGATCGTTTGAGCTATAAGGTGGTGATGTTGATTTTTGGGCTGGG*ATCTAAGATAG
CATATCTTTAAAACGTTTTAACTATAAACCGGTGCATGCGTAAAAAACGTCACATGTGGT
TTCGTTGTTTTGTTCCTTATATGAGACCTTATTTTGTTGTTTGTGTGTTTTTATCAAAAA
CATGCGTTTTTGTAAAGTAAATGTTGTTTAATAGATTTCTCAGATCTACACACCTGAGTA
AT

QA 9 490 9 490
DS 

RD RR3F661JQ 598 0 0
GGACTCTCACTAAACCAAAACCTCAAAAGTTATATTTGGGGATCATCAGAGCTTCTCCAT
GGATCCTTACAAGGTATCTTCTTGTTCTTCTCCAAATTTTATGTGTGTGCGTGTCTTTAT
CAATTATGCTTCACTATGATCTCATGTTCCATTATGATCGTTTTTCCAACTCTTTTTAAT
GAAAAATGAAAGTTGCTCTCACGTCTTACTGTTAACATGCCTTTTTGGTTCCAAAATTGG
TTTAATTTCAATGATCGTTTGAGCTATAAGGTGGTGATGTTGATTTTTGGGCTGGGTATC
TAAGATAGCATATCTTTAAAACGTTTTAACTATAAACCGGTGCATGCGTAAAAAACGTCA
CATGTGGTTTCGTTGTTTTGTTCCTTATATGAGACCTTATTTTGTTGTTTGTGTGTTTTT
ATCAAAAACATGCGTTTTTGTAAAGTAAATGTTGTTTAATAGATTTCTCAGATCTACACA
CCTGATTAATCAAGTCTACCCAATAAATTAATCATAATATAAGTAACCTGATTAAATAAG
ATCTAAACATATGATTAATCATTTTAATTATTCAATTAACCAGAGTGCTAATCAATCC

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3F661TF 598 0 0
GGACTCTC
ACTAAACCAAAACCTCAAAAGTTATATTTGGGGATCATCAGAGCTTCTCCATGGATCCTT
ACAAGGTATCTTCTTGTTCTTCTCCAAATTTTATGTGTGTGCGTGTCTTTATCAATTATG
CTTCACTATGATCTCATGTTCCATTATGATCGTTTTTCCAACTCTTTTTAATGAAAAATG
AAAGTTGCTCTCACGTCTTACTGTTAACATGCCTTTTTGGTTCCAAAATTGGTTTAATTT
CAATGATCGTTTGAGCTATAAGGTGGTGATGTTGATTTTTGGGCTGGGTATCTAAGATAG
CATATCTTTAAAACGTTTTAACTATAAACCGGTGCATGCGTAAAAAACGTCACATGTGGT
TTCGTTGTTTTGTTCCTTATATGAGACCTTATTTTGTTGTTTGTGTGTTTTTATCAAAAA
CATGCGTTTTTGTAAAGTAAATGTTGTTTAATAGATTTCTCAGATCTACACACCTGATTA
ATCAAGTCTACCCAATAAATTAATCATAATATAAGTAACCTGATTAAATAAGATCTAAAC
ATATGATTAATCATTTTAATTATTCAATTAACCAGAGTGCTAATCAATCC

QA 9 598 9 598
DS 

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GG
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ACAAGGTATCTTCTTGTTTTTCTCCAAATTTTATGTGTGTGCGTGTCTTTATCAATTATG
CTTCACTATGATCTCATGTTCCATTATGATCGTTTTTCCAACTCTTTTTAATGAAAAATG
AAAGTTGCTCTCACGTCTTACTGTTAACATGCCTTTTTGGTTCCAAAATTGGTTTAATTT
CAATGATCGTTTGAGCTATAAGGTGGTGATGTTGATTTTTGGGCTGGGTATCTAAGATAG
CATATCTTTAAAACGTTTTAACTATAAACCGGTGCATGCGTAAAAAACGTCACATGTGGT
TTCGTTGTTTTGTTCCTTATATGAGACCTTATTTTGTTGTTTGTGTGTTTTTATCAAAAA
CATGCGTTTTTGTAAAGTAAATGTTGTTTAATAGATTTCTCAGATCTACACACCTGATTA
ATCAAGTCTACCCAATAAATTAATCATAATATAAGTAACCTGATTAAATAAGATCTAAAC
ATATGATTAATCATTTTAATTATTCAATTAACCAGAGTGCTAATCAATCCG

QA 3 593 3 593
DS 

RD RR3CW65TF 593 0 0
GG
ACTAAACCAAAACCTCAAAAGTTATATTTGGGGATCATCAGAGCTTCTCCATGGATCCTT
ACAAGGTATCTTCTTGTTCTTCTCCAAATTTTATGTGTGTGCGTGTCTTTATCAATTATG
CTTCACTATGATCTCATGTTCCATTATGATCGTTTTTCCAACTCTTTTTAATGAAAAATG
AAAGTTGCTCTCACGTCTTACTGTTAACATGCCTTTTTGGTTCCAAAATTGGTTTAATTT
CAATGATCGTTTGAGCTATAAGGTGGTGATGTTGATTTTTGGGCTGGGTATCTAAGATAG
CATATCTTTAAAACGTTTTAACTATAAACCGGTGCATGCGTAAAAAACGTCACATGTGGT
TTCGTTGTTTTGTTCCTTATATGAGACCTTATTTTGTTGTTTGTGTGTTTTTATCAAAAA
CATGCGTTTTTGTAAAGTAAATGTTGTTTAATAGATTTCTCAGATCTACACACCTGATTA
ATCAAGTCTACCCAATAAATTAATCATAATATAAGTAACCTGATTAAATAAGATCTAAAC
ATATGATTAATCATTTTAATTATTCAATTAACCAGAGTGCTAATCAATCC
G

QA 3 592 3 592
DS 



AS 1 5

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CTACATTAATACTTAGCTTCTGGCCATTCTCACAGTGATCGTACATTGCACAGATGAAAC
AGTGCTCTCCAACCTCTGACATAATGATCGAGTCGTTGCCTTTGGTGAAGAGAGAGATGT
AATTGTCTCTTCCACAGTCTGCGTATGCCGTGGAGTTAACTTGCATAACGTTATGCTGGT
CCACGTTGTAGTTGAAAACTAAGACATCACCGACATGAAATTCTCTTCCCTGCGTCCAGT
TGGTATAGTTTGTCATGAGGTCCCAACCAGAGCTGTCGCCAACTGTATGGTTTGTTCCTT
CAGATTTTAGCATGAGAGACGATAACGAGCAAATGGCAGAGAATATCATCAAGCTGGAGA
ACCAGCTTCCCTGCTGAACTGTTATCAGTCTAAGCATTGTTAAAGAGAGTATCTCTTTGC
CTTTCCC


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 10 

AF RR3D714JQ U 4
AF RR3AH80JQ U 1
AF RR3GT29JQ U 18
AF RR3GT29TF C 18
AF RR3D714TF C 4
BS 1 547 RR3AH80JQ

RD RR3D714JQ 427 0 0
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CACCCAAACAACAAGCTGCCTATCTTTGAAAATTACTCATCCACAGTACTCAAGGAGCTA
CATTAATACTTAGCTTCTGGCCATTCTCACAGTGATCGTACATTGCACAGATGAAACAGT
GCTCTCCAACCTCTGACATAATGATCGAGTCGTTGCCTTTGGTGAAGAGAGAGATGTAAT
TGTCTCTTCCACAGTCTGCGTATGCCGTGGAGTTAACTTGCATAACGTTATGCTGGTCCA
CGTTGTAGTTGAAAACTAAGACATCACCGACATGAAATTCTCTTCCCTGCGTCCAGTTGG
TATAATTTGTCATGAGGTCCCAACCAGAGCTGTCGCCAACTGTATGGTTTGTTCCTTCAG
ATTTTAG

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR3AH80JQ 547 0 0
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CTACATTAATACTTAGCTTCTGGCCATTCTCACAGTGATCGTACATTGCACAGATGAAAC
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AATTGTCTCTTCCACAGTCTGCGTATGCCGTGGAGTTAACTTGCATAACGTTATGCTGGT
CCACGTTGTAGTTGAAAACTAAGACATCACCGACATGAAATTCTCTTCCCTGCGTCCAGT
TGGTATAGTTTGTCATGAGGTCCCAACCAGAGCTGTCGCCAACTGTATGGTTTGTTCCTT
CAGATTTTAGCATGAGAGACGATAACGAGCAAATGGCAGAGAATATCATCAAGCTGGAGA
ACCAGCTTCCCTGCTGAACTGTTATCAGTCTAAGCATTGTTAAAGAGAGTATCTCTTTGC
CTTTCCC

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR3GT29JQ 529 0 0
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QA 1 529 1 529
DS 

RD RR3GT29TF 529 0 0
ATAATTATTCAAGTAAATGACATTATTTTTGGTACTAGAGAGAGACGACCCAAACAACAA
GCTGCCTATCTTTGAAAATTACTCATCCACAGTACTCAAGGAGCTACATTAATACTTAGC
TTCTGGCCATTCTCACAGTGATCGTACATTGCACAGATGAAACAGTGCTCTCCAACCTCT
GACATAATGATCGAGTCGTTGCCTTTGGTGAAGAGAGAGATGTAATTGTCTCTTCCACAG
TCTGCGTATGCCGTGGAGTTAACTTGCATAACGTTATGCTGGTCCACGTTGTAGTTGAAA
ACTAAGACATCACCGACATGAAATTCTCTTCCCTGCGTCCAGTTGGTATAGTTTGTCATG
AGGTCCCAACCAGAGCTGTCGCCAACTGTATGGTTTGTTCCTTCAGATTTTAGCATGAGA
GACGATAACGAGCAAATGGCAGAGAATATCATCAAGCTGGAGAACCAGCTTCCCTGCTGA
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QA 1 529 1 529
DS 

RD RR3D714TF 544 0 0
CAAGCTCATGATATATAATTATTCAAGTAAATGACATTATTTTTGGTACTAGAGAGAGAC
GACCCAAACAACAAGCTGCCTATCTTTGAAAATTACTCATCCACAGTACTCAAGGAGCTA
CATTAATACTTAGCTTCTGGCCATTCTCACAGTGATCGTACATTGCACAGATGAAACAGT
GCTCTCCAACCTCTGACATAATGATCGAGTCGTTGCCTTTGGTGAAGAGAGAGATGTAAT
TGTCTCTTCCACAGTCTGCGTATGCCGTGGAGTTAACTTGCATAACGTTATGCTGGTCCA
CGTTGTAGTTGAAAACTAAGACATCACCGACATGAAATTCTCTTCCCTGCGTCCAGTTGG
TATAGTTTGTCATGAGGTCCCAACCAGAGCTGTCGCCAACTGTATGGTTTGTTCCTTCAG
ATTTTAGCATGAGAGACGATAACGAGCAAATGGCAGAGAATATCATCAAGCTGGAGAACC
AGCTTCCCTGCTGAACTGTTATCAGTCTAAGCATTGTTAAAGAGAGTATCTCTTTGCCTT
TCC
C

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 4

CO CL2148Contig1 897 4 10 U
GGGAGGAGGTGTCTGAAGGATACAAGCCGCAGATTTTTATAAACCCTAACTTTGAATCTC
GACTCTCTCCCTCATTCGCCGCCGACGACAACAGCAACAATGGGTGCCAAGGCGAAGAAA
GCTTTGAAGAAGAACATGAAGAAGATCTCTGCTTCCGCTGCTGCTTCTTCCTCAGCTCAG
CTAGCTGTTCCCCAGAAAGCCAAACCATCAGCTGACTTTTTGCCACTAGAAGGCGGTCCA
GCTCGAAAAGCTCCAGTGACCAAACCTATCGAGAACAAATCCACCGTGCTGTACATCGGT
CGCCTCCCTCACGGTTTCTACGAGACTGAGATTGAAGCTTTCTTCACGCAGTTTGGAACA
GTGAAGAGAGTTAGAGTCGCACGAAACAAAAAGACTGGGAAATCAAAACATTTTGGATTC
ATTCAGTTTGAGGACCCTGAGGTGGCGGAAATTGCAGCGGGTGCAATGAATGACTATCTG
TTGCTCGAGCACACGCTTCAAGTCCGTGTTATTCCACCAGAGAATGTTAAACCCAATCTG
TGGAAAGGTTTTAAGTGTCAGTACAAACCAGTTGATTGGGTTCAGATCGAGCGTAAACAA
CACAACAAGGAAAGGACATTGGAAGAACATAGGAAAATGTTGAACAAGGTTGTGAAACGT
GATCAGAAAAGGAGAAAGAGAATCGAAGCTGCTGGAATAGATTATCAATGCCCCGAGCTT
GTTGGAAATACCCAGCCATTACCTAAGAAGATCAAGTTTAGTGAAGACTAATCGAAGCTG
TGGAGAACACACATTTTGGATAAGCTTTTGTTTTTATATGGTATCTGGTTTGTTGTACTT
TTGACATCGGATCCAAAACTCAACTTTATTTCAATGAAAAATTATGTTTGAATGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3FU30TF U 1
AF RR3EH51TF U 34
AF RR3FU30JQ C 168
AF RR3EH51JQ C 229
BS 1 330 RR3FU30TF
BS 331 331 RR3EH51TF
BS 332 350 RR3FU30TF
BS 351 351 RR3EH51TF
BS 352 485 RR3FU30TF
BS 486 486 RR3EH51TF
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BS 625 897 RR3FU30JQ

RD RR3FU30TF 624 0 0
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GCTTTGAAGAAGAACATGAAGAAGATCTCTGCTTCCGCTGCTGCTTCTTCCTCAGCTCAG
CTAGCTGTTCCCCAGAAAGCCAAACCATCAGCTGACTTTTTGCCACTAGAAGGCGGTCCA
GCTCGAAAAGCTCCAGTGACCAAACCTATCGAGAACAAATCCACCGTGCTGTACATCGGT
CGCCTCCCTCACGGTTTCTACGAGACTGAGGTTGAAGCTTTCTTCACGCATTTTGGAACA
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TTGCTTGAGCACACGCTTCAAGTCCGTGTTATACCACCAGAGAATGTTAAACCCAATCTG
TGGAAAGGTTTTAAGTGTCAGTACAAACCAGTTGATTGGGTTCAGATCGAGCGTAAACAA
CACAACAAGGAAAGGACATTGGAA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3EH51TF 573 0 0
TTTTTATAAACCCTAACTTTGAATCTCGACTCTCTCCCTCATTCGCCGCCGACGACAACA
GCAACAATGGGTGCCAAGGCGAAGAAAGCTTTGAAGAAGAACATGAAGAAGATCTCTGCT
TCCGCTGCTGCTTCTTCCTCAGCTCAGCTAGCTGTTCCCCAGAAAGCCAAACCATCAGCT
GACTTTTTGCCACTAGAAGGCGGTCCAGCTCGAAAAGCTCCAGTGACCAAACCTATCGAG
AACAAATCCACCGTGCTGTACATCGGTCGCCTCCCTCACGGTTTCTACGAGACTGAGATT
GTAGCTTTCTTCACGCAGTTTGGAACAGTGAAGAGAGTTAGAGTCGCACGAAACAAAAAG
ACTGGGAAATCAAAACATTTTGGATTCATTCAGTTTGAGGACCCTGAGGTGGCGGAAATT
GCAGCGGGTGCAATGAATGACTATCTGTTGCTCGAGCACATGCTTCAAGTTCGTGTTATT
CCACCAGAGAATGTTAAACCCAATCTGTGGAAAGGTTTTAAGTGTCAGTACAAACCAGTT
GATTGGGTTCAGATCGAGCGTAAACAACACAAC

QA 1 573 1 573
DS 

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GCTGTACATCGGTCGCCTCCCTCACGGTTTCTACGAGACTGAGGTTGAAGCTTTCTTCAC
GCATTTTGGAACAGTGAAGAGAGTTAGAGTCGCACGAAACAAAAAGACTGGGAAATCAAA
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GAATGACTATCTGTTGCTTGAGCACACGCTTCAAGTCCGTGTTATTCCACCAGAGAATGT
TAAACCCAATCTGTGGAAAGGTTTTAAGTGTCAGTACAAACCAGTTGATTGGGTTCAGAT
CGAGCGTAAACAACACAACAAGGAAAGGACATTGGAAGAACATAGGAAAATGTTGAACAA
GGTTGTGAAACGTGATCAGAAAAGGAGAAAGAGAATCGAAGCTGCTGGAATAGATTATCA
ATGCCCCGAGCTTGTTGGAAATACCCAGCCATTACCTAAGAAGATCAAGTTTAGTGAAGA
CTAATCGAAGCTGTGGAGAACACACATTTTGGATAAGCTTTTGTTTTTATATGGTATCTG
GTTTGTTGTACTTTTGACATCGGATCCAAAACTCAACTTTATTTCAATGAAAAATTATGT
TTGAATGACG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3EH51JQ 668 0 0
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CTGTACATCGGTCGCCTCCCTCACGGTTTCTACGAGACTGAGATTGTAGCTTTCTTCACG
CAGTTTGGAACAGTGAAGAGAGTTAGAGTCGCACGAAACAAAAAGACTGGGAAATCAAAA
CATTTTGGATTCATTCAGTTTGAGGACCCTGAGGTGGCGGAAATTGCAGCGGGTGCAATG
AATGACTATCTGTTGCTCGAGCACATGCTTCAAGTTCGTGTTATTCCACCAGAGAATGTT
AAACCCAATCTGTGGAAAGGTTTTAAGTGTCAGTACAAACCAGTTGATTGGGTTCAGATC
GAGCGTAAACAACACAACAAGGAAAGGACATTGGAAGAACATAGGAAAATGTTGAACAAG
GTTGTGAAACGTGATCAGAAAAGGAGAAAGAGAATCGAAGCTGCTGGAATAGATTATCAA
TGCCCCGAGCTTGTTGGAAATACCCAGCCATTACCTAAGAAGATCAAGTTTAGTGAAGAC
TAATCGAAGCTGTGGAGAACACACATTTTGGATAAGCTTTTGTTTTTATATGGTATCTGG
TTTGTTGTACTTTTGACATCGGATCCAAAACTCAACTTTATTTCAATGAAAAATTATGTT
TGAATGAC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 5

CO CL2149Contig1 857 5 14 U
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CTCCGGTGGTTTATCCCCCACCAGTGGTTAGGCCACCGCCTATCTCAAGACCTCCTCCGG
TCGTCTATCCACCACCAATGGTAAGGCCACCGCCGATCACAACACCTCCAGGACTTCTCC
CTCCGATCATTAACCCACCTCCGGTCGCAACTCCTCCAGGAATTCTCCCTCCAATCACAA
CACCTCCAGGACTTCTCCCTCCGATCATTAACCCACCTCCTATCACAACTCCACCACCAT
CCTCGGGTTATCCACCGTATCATGGTGGTCCACCTTCCGGAGGAGGAGGGGCTCAACCAA
CGTGTCCGATCAACGCACTGAAGCTTGGAGCTTGTGTTGACGTTCTGGGAGGTTTGATCC
ATATTGGACTTGGAAATCCAGTGGAGAATGTGTGTTGTCCAGTGTTACAAGGGTTACTTG
AGTTAGAAGCAGCCGTTTGTCTTTGCACAACCATAAGACTTAAGCTTCTAAACTTAAACA
TCTTCATTCCTCTTGCACTGCAAGCTCTCATCACTTGTGGAATCAACCCTCCTCCTGGTT
TTATCTGCCCTCCTCTTACTTGATAACAAACAACGTACGATCTATCAAGGGTTACGAGGC
TTTTGAAATAATCTAAATATTTATATTTGTGTTCTTTTTGTTGAAGATCAGGTTTGTTGG
TTGTCTAGGGTTTTAACAAGTGCTTTTTAATTTTTGTCCCTTGTCGTTGTTGTGATGATT
AAGCTAAGGGTTTTGCATGTGTCTTCTTGAGTTGTTTGCTGTAATCTGTCATTTTGTGTT
TGAATCTATTTGAATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3C522TF U 1
AF RR3EG92JQ C 303
AF RR3EG92TF U 303
AF RR3AN02JQ C 437
AF RR3AN02TF U 437
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BS 561 628 RR3C522TF
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RD RR3C522TF 628 0 0
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CTCCGGTGGTTTATCCCCCACCAGTGGTTAGGCCACCGCCTATCTCAAGACCTCCTCCGG
TCGTCTATCCACCACCAATGGTAAGGCCACCGCCGATCACAACACCTCCAGGACTTCTCC
CTCCGATCATTAACCCACCTCCGGTCGCAACTCCTCCAGGAATTCTCCCTCCAATCACAA
CACCTCCAGGACTTCTCCCTCCGATCATTAACCCACCTCCTATCACAACTCCACCACCAT
CCTCGGGTTATCCACCGTATCATGGTGGTCCACCTTCCGGAGGAGGAGGCGCTCAACCAA
CGTGTCCGATCAACGCACTGAAGCTTGGAGCTTGTGTTGACGTTTTGGGAGGTTTGATCC
ATATTGGACTCGGAAATCCAGTGGAGAATGTGTGTTGTCCAGTGTTACAAGGGTTACTTG
AGTTAGAAGCAGCCGTTTGTCTTTGCACAACCATAAGACTTAAGCTTCTAAACTTAAACA
TCTTCATTCCTCTTGCACTTCAAGCTCTCATCACTTGTGGAATCAACCCTCCTCCTGGTT
TTATCTGCCCTCCTCTTACTTGATAACA

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3EG92JQ 542 0 0
GG
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TGGACTTGGAAATCCAGTGGAGAATGTGTGTTGTCCAGTGTTACAAGGGTTACTTGAGTT
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CATTCCTCTTGCACTGCAAGCTCTCATCACTTGTGGAATCAACCCTCCTCCTGGTTTTAT
CTGCCCTCCTCTTACTTGATAACAAACAACGTACGATCTATCAAGGGTTACGAGGCTTTT
GAAATAATCTAAATATTTATATTTGTGTTCTTTTTGTTGAAGATCAGGTTTGTTGGTTGT
CTAGGGTTTTAACAAGTGCTTTTTAATTTTTGTCCCTTGTCGTTGTTGTGATGATTAAGC
TAGGGGTTTTGCATGTGTCTTCTTGAGTTGTTTGCTGTAATCTGTCATTTTGTGTTTGAA

QA 3 542 3 542
DS 

RD RR3EG92TF 542 0 0
GG
GGGTTATCCACCGTATCATGGTGGTCCACCTTCCGGAGGAGGAGGGGCTCAACCAACGTG
TCCGATCAACGCACTGAAGCTTGGAGCTTGTGTTGACGTTCTGGGAGGTTTGATCCATAT
TGGACTTGGAAATCCAGTGGAGAATGTGTGTTGTCCAGTGTTACAAGGGTTACTTGAGTT
AGAAGCAGCCGTTTGTCTTTGCACAACCATAAGACTTAAGCTTCTAAACTTAAACATCTT
CATTCCTCTTGCACTGCAAGCTCTCATCACTTGTGGAATCAACCCTCCTCCTGGTTTTAT
CTGCCCTCCTCTTACTTGATAACAAACAACGTACGATCTATCAAGGGTTACGAGGCTTTT
GAAATAATCTAAATATTTATATTTGTGTTCTTTTTGTTGAAGATCAGGTTTGTTGGTTGT
CTAGGGTTTTAACAAGTGCTTTTTAATTTTTGTCCCTTGTCGTTGTTGTGATGATTAAGC
TAGGGGTTTTGCATGTGTCTTCTTGAGTTGTTTGCTGTAATCTGTCATTTTGTGTTTGAA

QA 3 542 3 542
DS 

RD RR3AN02JQ 421 0 0
G
CCAGTGGAGAATGTGTGTTGTCCAGTGTTACAAGGGTTACTTGAGTTAGAAGCAGCCGTT
TGTCTTTGCACAACCATAAGACTTAAGCTTTTAAACTTAAACATTTTCATTCCTTTTGCA
CTGCAAGCTTTCATCACTTGGGGAATCAACCCTCCTCCTGGTTTTATTTGCCCTCCTCTT
ACTTGATAACAAACAACGTACGATTTATCAAGGGTTACGAGGCTTTTGAAATAATTTAAA
TATTTATATTTGTGTTTTTTTTGTTGAAGATCAGGTTTGTTGGTTGTTTAGGGTTTTAAC
AAGTGCTTTTTAATTTTTGTCCCTTGTCGTTGTTGTGATGATTAAGCTAAGGGTTTTGCA
TGTGTTTTCTTGAGTTGTTTGCTGTAATCTGTCATTTTGTGTTTGAATTTATTTGAATCT

QA 2 421 2 421
DS 

RD RR3AN02TF 420 0 0
G
CCAGTGGAGAATGTGTGTTGTCCAGTGTTACAAGGGTTACTTGAGTTAGAAGCAGCCGTT
TGTCTTTGCACAACCATAAGACTTAAGCTTCTAAACTTAAACATCTTCATTCCTCTTGCA
CTGCAAGCTCTCATCACTTGTGGAATCAACCCTCCTCCTGGTTTTATCTGCCCTCCTCTT
ACTTGATAACAAACAACGTACGATCTATCAAGGGTTACGAGGCTTTTGAAATAATCTAAA
TATTTATATTTGTGTTCTTTTTGTTGAAGATCAGGTTTGTTGGTTGTCTAGGGTTTTAAC
AAGTGCTTTTTAATTTTTGTCCCTTGTCGTTGTTGTGATGATTAAGCTAAGGGTTTTGCA
TGTGTCTTCTTGAGTTGTTTGCTGTAATCTGTCATTTTGTGTTTGAATCTATTTGAATC

QA 2 420 2 420
DS 



AS 1 5

CO CL2150Contig1 682 5 6 U
GGCTCTCTCTCTCTGTTAACCTCACGCAAAGACAACCAGTCTCTCAAGTCAAGTCTGTAT
CTGCGTAGGGTTTTATACTTTCACCGAGATCTAAGCATGGCGGATGTGGAACCAGAGGTT
GCTGCGGCTGGAGTCCCGAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGAT
CTCGATGCTCTTCTCGATATGTCTACTGATGACCTTGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATT
CGTAGAAGGTTCTCTAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTGATTAAGAAGCTTCGC
AAGGCGAAAAGGGAGGCACCACAAGGTGAGAAACCAGAACCAGTGAGAACCCACCTGAGG
AACATGATCATTGTCCCTGAGATGATCGGAAGCATCATTGGTGTGTACAATGGAAAGACG
TTTAACCAGGTCGAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCACTACCTGGCTGAGTTCTCCATC
TCATACAAGCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCTCGTTTC
ATTCCTCTCAAGTGAGGGAAGAGCTTGTTATACTCGTGGAATGTGTTCCATCCGTTTTTG
TTGTTGTTTTATGATGAGACAGATACTACTTCTATGCGTTATTATGTGACCTTGATCTTA
AAAATCAAATCCTTTCGACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 5 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR3ED71TF U 5
AF RR3F769TF U 143
AF RR3H562JQ C 1
AF RR3H562TF U 1
AF RR3F769JQ C 143
BS 1 6 RR3H562JQ
BS 7 142 RR3ED71TF
BS 143 143 RR3H562TF
BS 144 647 RR3ED71TF
BS 648 678 RR3H562TF
BS 679 682 RR3H562JQ

RD RR3ED71TF 643 0 0
GG
CTCTCTCTGTTAACCTCACGCAAAGACAACCAGTCTCTCAAGTCAAGTCTGTATCTGCGT
AGGGTTTTATACTTTCACCGAGATCTAAGCATGGCGGATGTGGAACCAGAGGTTGCTGCG
GCTGGAGTCCCGAAGA*GAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGAT
GCTCTTCTCGATATGTCTACTGATGACCTTGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGTAGA
AGGTTCTCTAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTGATTAAGAAGCTTCGCAAGGCG
AAAAGGGAGGCACCACAAGGTGAGAAACCAGAACCAGTGAGAACCCACCTGAGGAACATG
ATCATTGTCCCTGAGATGATCGGAAGCATCATTGGTGTGTACAATGGAAAGACGTTTAAC
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AAGCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCTCGTTTCATTCCT
CTCAAGTGAGGGAAGAGCTTGTTATACTCGTGGAATGTGTTCCATCCGTTTTTGTTGTTG
TTTTATGATGAGACAGATACTACTTCTATGCGTTATTATGT

QA 3 643 3 643
DS 

RD RR3F769TF 516 0 0
GGG
GGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGGGTCGACCTCGATGCTCTTCTCGATATGTCTA
CTGATGACCTTGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGTAGAAGGTTCTCTAGAGGTTTGA
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GTGAGAAACCAGAACCAGTGAGAACCCACCTGAGGAACATGATCATTGCCCCAGAGATGA
TCGGAAGCATCATTGGTGTGTACAATGGAAAGACGTTTAACCAGGTCGAGATCAAGCCTG
AGATGATTGGTCACTACCTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCGGTTAAGCACGGTA
GGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCCGTTTCATTCCTCTCAAGTGAGGGAATAGCT
TTTTATACTCGTGGAATGTGTTCCATCTGTTTTTGTTGTTGTTTTATGATGAGACAGATA
CT***TCTATGCGTTTTTATGTGACCTTGATCT

QA 4 516 4 516
DS 

RD RR3H562JQ 682 0 0
GGCTCTCTCTCTCTGTTAACCTCACGCAAAGACAACCAGTCTCTCAAGTCAAGTCTGTAT
CTGCGTAGGGTTTTATACTTTCACCGAGATCTAAGCATGGCGGATGTGGAACCAGAGGTT
GCTGCGGCTGGAGTCCCGAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGAT
CTCGATGCTCTTCTCGATATGTCTACTGATGACCTTGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATT
CGTAGAAGGTTCTCTAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTGATTAAGAAGCTTCGC
AAGGCGAAAAGGGAGGCACCACAAGGTGAGAAACCAGAACCAGTGAGAACCCACCTGAGG
AACATGATCATTGTCCCTGAGATGATCGGAAGCATCATTGGTGTGTACAATGGAAAGACG
TTTAACCAGGTCGAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCAGTACCTGGCTGAGTTCTCCATT
TCATACAAGCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCTCGTTTC
ATTCCTCTCAAGTGAGGGAAGAGCTTGTTATACTCGTGGAATGTGTTCCATCCGTTTTTG
TTGTTGTTTTATGATGAGACAGATACTACTTCTATGCGTTATTATGTGACCTTGATCTTA
AAAATCAAATCCTTTCGACTTT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3H562TF 682 0 0
GGCTCT
CTCTCTCTGTTAACCTCACGCAAAGACAACCAGTCTCTCAAGTCAAGTCTGTATCTGCGT
AGGGTTTTATACTTTCACCGAGATCTAAGCATGGCGGATGTGGAACCAGAGGTTGCTGCG
GCTGGAGTCCCGAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGAT
GCTCTTCTCGATATGTCTACTGATGACCTTGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGTAGA
AGGTTCTCTAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTGATTAAGAAGCTTCGCAAGGCG
AAAAGGGAGGCACCACAAGGTGAGAAACCAGAACCAGTGAGAACCCACCTGAGGAACATG
ATCATTGTCCCTGAGATGATCGGAAGCATCATTGGTGTGTACAATGGAAAGACGTTTAAC
CAGGTCGAGATCAAGCCTGAGATGATTGGTCAGTACCTGGCTGAGTTCTCCATTTCATAC
AAGCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCTCGTTTCATTCCT
CTCAAGTGAGGGAAGAGCTTGTTATACTCGTGGAATGTGTTCCATCCGTTTTTGTTGTTG
TTTTATGATGAGACAGATACTACTTCTATGCGTTATTATGTGACCTTGATCTTAAAAATC
AAATCCTTTCGA
CTTT

QA 7 678 7 678
DS 

RD RR3F769JQ 537 0 0
GGG
GGACGTTCAAGAAGTTTGCCTTCAAAGGGGTCGACCTCGATGCTCTTCTCGATATGTCTA
CTGATGACCTTGTCAAGCTCTTCCCTTCTCGTATTCGTAGAAGGTTCTCTAGAGGTTTGA
CCAGGAAGCCAATGGCTCTGATTAAGAAGCTTCGCAAGGCGAAAAGGGAGGCACCACAAG
GTGAGAAACCAGAACCAGTGAGAACCCACCTGAGGAACATGATCATTGCCCCAGAGATGA
TCGGAAGCATCATTGGTGTGTACAATGGAAAGACGTTTAACCAGGTCGAGATCAAGCCTG
AGATGATTGGTCACTACCTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAAGCCGGTTAAGCACGGTA
GGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCCGTTTCATTCCTCTCAAGTGAGGGAATAGCT
TTTTATACTCGTGGAATGTGTTCCATCTGTTTTTGTTGTTGTTTTATGATGAGACAGATA
CT***TCTATGCGTTTTTATGTGACCTTGATCTTAAAAATCAAATCCTTTCGA
G

QA 4 536 4 536
DS 



AS 1 5

CO CL2151Contig1 929 5 23 U
GCCCCAAAGTATTTGCTCACCTCTTAACGATTTCTGGTTCATAGTTTTGTTACATAGAGG
GCAAGTTCTGCATTTCTATGCATGTATATCGCCAAAGATCTAGAATACAAAGTAGAGATT
ATTATTTCGGGATAAGGGAAGAGGATGAATAGGCCCTGACCGCGGATAACATTACAGATA
GCATCAGTGGAAGCTAACACGAGGTCAAAACCATGAGATATGTAAGAAGATTGTCAAAGG
GGGTGGGTGGTGTCTCTTAGATAACAGTTCCACTAGGAATGAGAGCATCCTTGATCACTG
TAACAATGCCGCTCTTGATGAAGTATCCATCCGTCTCTCTAGCAGCTTCTTGCACATTGT
CCGTGTTGATGATCTTGACGTTGTCACCAATACGAGCATTCTTGTCAATGATAGCTCTTT
TAATGTGTGAGTCTCGGCCAATGCCAATCGGAATGCTGCCTTTTGCAGCCAGAAGTGTCC
TATCCGCATCAGTCTCGTAGTAGTCTGCACCCATCAACAAGGTGTCTTCTATGATAGCAC
CCTCCGATATGCAAGACCGGAGACCAATCACGGAATGGTGGATTTTGCAATTCTTGATGA
CACAACCTTCACCGATCACACTGTCGGTAACATCAGCATCAAGCACCTTGGATGGAGGTA
AGTACCGAGGCTGTGTGTAGATTGGTGCTGAACGGTCGTAGAAGCTGAAATCTGGTACTG
GTTTCTTGATGATCCCAAGATTCGCATTGTAAAACGCTTCAATGGTACCAATGTCTTCCC
AATACCCATCATACAGATAAGCTTGCACTCTCAGTCCAAGATCGGTAGCACCAGGGATAA
CTTCACTCCCGAAGTCATTAGCTCCAGGGAACTGGTCTCTAAGCAAGTCCAACATCACAT
TCTTGCTAACAACATATATTCCCATACTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 10 10 10 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 15 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 0 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 10 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG64JQ U 1
AF RR3BE76JQ U 1
AF RR3B262JQ U 97
AF RR3EE91JQ U 97
AF RR3EG64TF C 160
BS 1 22 RR3BE76JQ
BS 23 23 RR3EG64JQ
BS 24 116 RR3BE76JQ
BS 117 117 RR3EG64JQ
BS 118 246 RR3BE76JQ
BS 247 250 RR3EG64JQ
BS 251 472 RR3BE76JQ
BS 473 473 RR3EG64JQ
BS 474 532 RR3BE76JQ
BS 533 533 RR3EG64JQ
BS 534 559 RR3BE76JQ
BS 560 560 RR3EG64JQ
BS 561 645 RR3BE76JQ
BS 646 646 RR3EG64JQ
BS 647 728 RR3BE76JQ
BS 729 729 RR3EG64JQ
BS 730 742 RR3BE76JQ
BS 743 743 RR3EG64JQ
BS 744 757 RR3BE76JQ
BS 758 758 RR3B262JQ
BS 759 811 RR3BE76JQ
BS 812 833 RR3B262JQ
BS 834 929 RR3EG64TF

RD RR3EG64JQ 748 0 0
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GCAAGTTCTGCATTTCTATGCATGTATATCGCCAAAGATCTAGAATACAAAGTAGAGATT
ATTATTTCGGGATAAGGGAAGAGGATGAATAGGCCCTGACCGCGGATAACATTACAGATA
GCATCAGTGGAAGCTAACACGAGGTCAAAACCATGAGATATGTAAGAAGATTGTCAAAGG
GGGTGGGTGGTGTCTCTTAAATAACAGTTCCACTAGGAATGAGAGCATCCTTGATCACTG
TAACAATGCCGCTCTTGATGAAGTATCCATCCGTCTCTCTAGCAGCTTCTTGCACATTGT
CCGTGTTGATGATCTTGACGTTGTCACCAATACGAGCATTCTTGTCAATGATAGCTCTTT
TAATGTGTGAGTCTCGGCCAATGCCAATCGGAATGCTGCCTTTTGCAGCCAGAAGTGTCC
TATCCGCATCAGTCTCGTAGTAGTCTGCACCCATCAACAAGGTGTCTTCTATGATAGCAC
CCTCCGATATGCAAGACCGGAGACCAATCACGGAATGGTGGATTTTGCAATTCTTGATGA
CACAACCTTCACCGATCACACTGTCGGTAACATCAGCATCAAGCACCTTGGATGGAGGTA
AGTACCGAGGCTGTGTGTAGATTGGTGCTGAACGGTCGTAGAAGCTGAAATCTGGTACTG
GTTTCTTGATGATCCCAAGATTCGCATT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3BE76JQ 811 0 0
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GCAAGTTCTGCATTTCTATGCATGTATATCGCCAAAGATCTAGAATACAAAGTAGATATT
ATTATTTCGGGATAAGGGAAGAGGATGAATAGGCCCTGACCGCGGATAACATTACAGATA
GCATCAGTGGAAGCTAACACGAGGTCAAAACCATGAGATATGTAAGAAGATTGTCAAAGG
GGGTGG****TGTCTCTTAGATAACAGTTCCACTAGGAATGAGAGCATCCTTGATCACTG
TAACAATGCCGCTCTTGATGAAGTATCCATCCGTCTCTCTAGCAGCTTCTTGCACATTGT
CCGTGTTGATGATCTTGACGTTGTCACCAATACGAGCATTCTTGTCAATGATAGCTCTTT
TAATGTGTGAGTCTCGGCCAATGCCAATCGGAATGCTGCCTTTTGCAGCCAGGAGTGTCC
TATCCGCATCAGTCTCGTAGTAGTCTGCACCCATCAACAAGGTGTCTTCTATTATAGCAC
CCTCCGATATGCAAGACCGAAGACCAATCACGGAATGGTGGATTTTGCAATTCTTGATGA
CACAACCTTCACCGATCACACTGTCGGTAACATCAGCATCAAGCATCTTGGATGGAGGTA
AGTACCGAGGCTGTGTGTAGATTGGTGCTGAACGGTCGTAGAAGCTGAAATCTGGTACTG
GTTTCTTGGTGATCCCAAGATTAGCATTGTAAAACGCCTCAATGGTACCAATGTCTTCCC
AATACCCATCATACAGATAAGCTTGCACTCT

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3B262JQ 737 0 0
GG
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ACCGCGGATAACATTACAGATAGCATCAGTGGAAGCTAACACGAGGTCAAAACCATGAGA
TATGTAAGAAGATTGTCAAAGGGGGTGGGTGGTGTCTCTTAGATAACAGTTCCACTAGGA
ATGAGAGCATCCTTGATCACTGTAACAATGCCGCTCTTGATGAAGTATCCATCCGTCTCT
CTAGCAGCTTCTTGCACATTGTCCGTGTTGATGATCTTGACGTTGTCACCAATACGAGCA
TTCTTGTCAATGATAGCTCTTTTAATGTGTGAGTCTCGGCCAATGCCAATCGGAATGCTG
CCTTTTGCAGCCAGAAGTGTCCTATCCGCATCAGTCTCGTAGTAGTCTGCACCCATCAAC
AAGGTGTCTTCTATGATAGCACCCTCCGATATGCAAGACCGGAGACCAATCACGGAATGG
TGGATTTTGCAATTCTTGATGACACAACCTTCACCGATCACACTGTCGGTAACATCAGCA
TCAAGCATCTTGGATGGAGGTAAGTACCGAGGCTGTGTGTAGATTGGTGCTGAACGGTCG
TAGAAGCTGAAATCTGGTACTGGTTTCTTGGTGATCCCAAGATTCGCATTGTAAAACGCT
TCAATGGTACCAATGTCTTCCCAATACCCATCATACAGATAAGCTTGCACTCTCAGTCCA
AGATCGGTAGCACCA

QA 3 737 3 737
DS 

RD RR3EE91JQ 728 0 0
GA
TCTAGAATACAAAGTAGATATTATTATTTCGGGATAAGGGAAGAGGATGAATAGGCCCTG
ACCGCGGATAACATTACAGATAGCATCAGTGGAAGCTAACACGAGGTCAAAACCATGAGA
TATGTAAGAAGATTGTCAAAGGGGGTGG****TGTCTCTTAGATAACAGTTCCACTAGGA
ATGAGAGCATCCTTGATCACTGTAACAATGCCGCTCTTGATGAAGTATCCATCCGTCTCT
CTAGCAGCTTCTTGCACATTGTCCGTGTTGATGATCTTGACGTTGTCACCAATACGAGCA
TTCTTGTCAATGATAGCTCTTTTAATGTGTGAGTCTCGGCCAATGCCAATCGGAATGCTG
CCTTTTGCAGCCAGGAGTGTCCTATCCGCATCAGTCTCGTAGTAGTCTGCACCCATCAAC
AAGGTGTCTTCTATTATAGCACCCTCCGATATGCAAGACCGAAGACCAATCACGGAATGG
TGGATTTTGCAATTCTTGATGACACAACCTTCACCGATCACACTGTCGGTAACATCAGCA
TCAAGCATCTTGGATGGAGGTAAGTACCGAGGCTGTGTGTAGATTGGTGCTGAACGGTCG
TAGAAGCTGAAATCTGGTACTGGTTTCTTGGTGATCCCAAGATTAGCATTGTAAAACGCT
TCAATGGTACCAATGTCTTCCCAGTATCCATCATACAGATAAGCTTGCACTCTCAGTCCG
AGATC
A

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR3EG64TF 770 0 0
CCGCGGATAACAT*ACAGATAGCATCAGTGGAAGCTAACACGAGGTCAAAACCATGAGAT
ATGTAAGAAGAT*GTCAAAGGGGGTGGGTGGTGTCTCTTAGATAACAGTTCCACTAGGAA
TGAGAGCATCGTTGATCACTGTAACAATGCCGCTCTTGATGAAGTATCCATCCGTCTCTC
TAGCAGCTTCTTGCACATTGTCCGTGTTGATGATCTTGACGTTGTCACCAATACGAGCAT
TCTTGTCAATGATAGCTCTTTTAATGTGTGAGTCTCGGCCAATGCCAATCGGAATGCTGC
CTTTTGCAGCCAGAAGTGTCCTATCCGCATCAGTCTCGTAGTAGTCTGCACCCATCAACA
AGGTGTCTTCTATGATAGCACCCTCCGATATGCAAGACCGGAGACCAATCACGGAATGGT
GGATTTTGCAATTCTTGATGACACAACCTTCACCGATCACACTGTCGGTAACATCAGCAT
CAAGCACCTTGGATGGAGGTAAGTACCGAGGCTGTGTGTAGATTGGTGCTGAACGGTCGT
AGAAGCTGAAATCTGGTACTGGTTTCTTGATGATCCCAAGATTCGCATTGTAAAACGCTT
CAATGGTACCAATGTCTTCCCAATACCCATCATACAGATAAGCTTGCACTCTCAGTCCAA
GATCGGTAGCACCAGGGATAACTTCACTCCCGAAGTCATTAGCTCCAGGGAACTGGTCTC
TAAGCAAGTCCAACATCACATTCTTGCTAACAACATATATTCCCATACTC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 5

CO CL2152Contig1 923 5 6 U
GGGAATTGTCCTTTTCGTCCTTATCTTCTTCCCAGATTTCCTCCCAACTGTGCAAGCTTT
CCTCCAACTCATCTCCTTCTTCGAGTGTTTAGAACGTTTCTTCGTTAGGTGATTCAACGA
AGAGAAGAAGACGGGGTCGTCATTCAATGACCTCGCTACTCCTCCCCAGGACACTCCCGC
TCCTCCGCAACGGTTTTCTCAACCGCCGTCATCATCAATTAAGCATCGCATCGGCGTGTT
TCCTCTCTCGCCGTCGCCGTCGCCGTCTGTTGTTGTGTTGTTCTCTTGCTGATAAACCGC
AGTTTCGGGAGGAGGATGATTCTCCCGTGAACGTGAAGAACTCGACGGCGCCTGTTGTTG
ACGAGAGTTGGCGATACGAAGATCCAGATTATCGCAAGTGGAAGAACCTTGAGGCGGAGA
TACTCGGAGACGTCGAACCTATAGCTCTTCTCGCTAAAGATATTCTCCACTCCGATAGAT
ATTTGGATGGGGAACGGTTGGACTTTGAGGATGAGAAAATTATCATGGAAAAGCTTCTTC
CTTTTCACCCCTACGCCAAAGATAAAATTGGCTGCGGTCTTGATTTTATTATGGTTGATC
GCCATCCTCAGTTCAGGCACTCGAGGTGCCTGTTTGTTGTGAGAACGGATGGTGGGTGGA
TAGATTTCTCCTACCAGAAGTGTCTTCGAGCCTATGTTCGAGATAGATACCCGTCTCACG
CCGACAGATTTATTCGTGAACATTTTAAGCGCGCTAGTAGCTAAAACTCATTACTGCAGA
TGATGTTCTGTTAATACCGTCCCAATACAACAGCGAATATTCTCATATAGTTTTTGCTGC
TTACCGTTAGAGAAAGAAGTTACACAAAGCGAATAACAGTTGTTGGAAAACTTTGTTGTA
GAAAAATTGGACTGGCTCAATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH61TF U 1
AF RR3AJ53TF U 51
AF RR3AJ53JQ C 80
AF RR3AA36TF U 117
AF RR3FH61JQ C 210
BS 1 616 RR3FH61TF
BS 617 617 RR3AJ53TF
BS 618 702 RR3FH61TF
BS 703 822 RR3AJ53TF
BS 823 836 RR3AA36TF
BS 837 923 RR3FH61JQ

RD RR3FH61TF 702 0 0
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CCTCCAACTCATCTCCTTCTTCGAGTGTTTAGAACGTTTCTTCGTTAGGTGATTCAACGA
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TCCTCTCTCGCCGTCGCCGTCGCCGTCTGTTGTTGTGTTGTTCTCTTGCTGATAAACCGC
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TACTCGGAGACGTCGAACCTATAGCTCTTCTCGCTAAAGATATTCTCCACTCCGATAGAT
ATTTGGATGGGGAACGGTTGGACTTTGAGGATGAGAAAATTATCATGGAAAAGCTTCTTC
CTTTTCACCCCTACGCCAAAGATAAAATTGGCTGCGGTCTTGATTTTATTATGGTTGATC
GCCATCCTCAGTTCAG*CACTCGAGGTGCCTGTTTGTTGTGAGAACGGATGGTGGGTGGA
TAGATTTCTCCTACCAGAAGTGTCTTCGAGCCTATGTTCGAG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3AJ53TF 774 0 0
G
GCAAGCTTTCCTCCAACTCATCTCCTTCTTCGAGTGTTTAGAACGTTTCTTCGTTAGGTG
ATTCAACGAAGAGAAGAAGACGGGGTCGTCATTCAATGACCTCGCTACTCCTCCCCAGGA
CACTCCCGCTCCTCCGCAACGGTTTTCTCAACCGCCGTCATCATCAATTAAGCATCGCAT
CGGCGTGTTTCCTCTCTCGCCGTCGCCGTCGCCGTCTGTTGTTGTGTTGTTCTCTTGCTG
ATAAACCGCAGTTTCGGGAGGAGGATGATTCTCCCGTGAACGTGAAGAACTCGACGGCGC
CTGTTGTTGACGAGAGTTGGCGATACGAAGATCCAGATTATCGCAAGTGGAAGAACCTTG
AGGCGGAGATACTCGGAGACGTCGAACCTATAGCTCTTCTCGCTAAAGATATTCTCCACT
CCGATAGATATTTGGATGGG*AACGGTTGGACTTTGAGGATGAGAAAATTATCATGGAAA
AGCTTCTTCCTTTTCACCCCTACGCCAAAGATAAAATTGGCTGCGGTCTTGATTTTATTA
TGGTTGATCGCCATCCTCAGTTCAGGCACTCGAGGTGCCTGTTTGTTGTGAGAACGGATG
GTGGGTGGATAGATTTCTCCTACCAGAAGTGTCTTCGAGCCTATGTTCGAGATAGATACC
CGTCTCACGCCGACAGATTTATTCGTGAACATTTTAAGCGCGCTAGTAGCTAAAACTCAT
TACTGCAGATGATGTTCTGTTAATACCGTCCCAATACAACAGCGAATATTC
GC

QA 2 772 2 772
DS 

RD RR3AJ53JQ 745 0 0
TTCGAGTGTTTAGAACGTTTCTTCGTTAGGTGATTCAACGAAGAGAAGAAGACGGGGTCG
TCATTCAATGACCTCGCTACTCCTCCCCAGGACACTCCCGCTCCTCCGCAACGGTTTTCT
CAACCGCCGTCATCATCAATTAAGCATCGCATCGGCGTGTTTCCTCTCTCGCCGTCGCCG
TCGCCGTCTGTTGTTGTGTTGTTCTCTTGCTGATAAACCGCAGTTTCGGGAGGAGGATGA
TTCTCCCGTGAACGTGAAGAACTCGACGGCGCCTGTTGTTGACGAGAGTTGGCGATACGA
AGATCCAGATTATCGCAAGTGGAAGAACCTTGAGGCGGAGATACTCGGAGACGTCGAACC
TATAGCTCTTCTCGCTAAAGATATTCTCCACTCCGATAGATATTTGGATGGG*AACGGTT
GGACTTTGAGGATGAGAAAATTATCATGGAAAAGCTTCTTCCTTTTCACCCCTACGCCAA
AGATAAAATTGGCTGCGGTCTTGATTTTATTATGGTTGATCGCCATCCTCAGTTCAGGCA
CTCGAGGTGCCTGTTTGTTGTGAGAACGGATGGTGGGTGGATAGATTTCTCCTACCAGAA
GTGTCTTCGAGCCTATGTTCGAGATAGATACCCGTCTCACGCCGACAGATTTATTCGTGA
ACATTTTAAGCGCGCTAGTAGCTAAAACTCATTACTGCAGATGATGTTCTGTTAATACCG
TCCCAATACAACAGCGAATATTC
GC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3AA36TF 720 0 0
GG
GAAGAGAAGAAGACGGGGTCGTCATTCAATGACCTCGCTACTCCTCCCCAGGACACTCCC
GCTCCTCCGCAACGGTTTTCTCAACCGCCGTCATCATCAATTAAGCATCGCACCGGCGTG
TTTCCTCTCTCGCCGTCGCCGTCGCCGTCTGTTGTTGTGTTGTTCTCTTGCTGATAAACC
GCAGTTTCGGGAGGAGGATGATTCTCCCGTGAACGTGAAGAACTCGACGGCGCCTGTTGT
TGACGAGAGTTGGCGATACGAAGATCCAGATTATCGCAAGTGGAAGAACCTTGAGGCGGA
GATACTCGGAGACGTCGAACCTATAGCTCTTCTCGCTAAAGATATTCTCCACTCCGATAG
ATATTTGGATGGGGAACGGTTGGACTTTGAGGATGAGAAAATTATCATGGAAAAGCTTCT
TCCTTTTCACCCCTACGCCAAAGATAAAATTGGCTGCGGTCTTGATTTTATAATGGTCGA
TCGCCATCCTCAGTTCAGGCACTCGAGGTGCCTGTTTGTTGTGAGAACGGATGGTGGGTG
GATAGATTTCTCCTACCAGAAGTGTCTTCGAGCCTATGTTCGAGATAGATACCCGTCTCA
CGCCGACAGATTTATTCGTGAACATTTTAAGCGCGCTAGTAGCTAAAACTCATTACTGCA
GATGATGTTCTGTTAATACCGTCCCAATACAACAGCGAATATTCTCATATAGTTTTTG

QA 3 720 3 720
DS 

RD RR3FH61JQ 714 0 0
CATCATCAATTAAGCATCGCATCGGCGTGTTTCCTCTCTCGCCGTCGCCGTCGCCGTCTG
TTGTTGTGTTGTTCTCTTGCTGATAAACCGCAGTTTCGGGAGGAGGATGATTCTCCCGTG
AACGTGAAGAACTCGACGGCGCCTGTTGTTGACGAGAGTTGGCGATACGAAGATCCAGAT
TATCGCAAGTGGAAGAACCTTGAGGCGGAGATACTCGGAGACGTCGAACCTATAGCTCTT
CTCGCTAAAGATATTCTCCACTCCGATAGATATTTGGATGGGGAACGGTTGGACTTTGAG
GATGAGAAAATTATCATGGAAAAGCTTCTTCCTTTTCACCCCTACGCCAAAGATAAAATT
GGCTGCGGTCTTGATTTTATTATGGTTGATCGCCATCCTCAGTTCAGGCACTCGAGGTGC
CTGTTTGTTGTGAGAACGGATGGTGGGTGGATAGATTTCTCCTACCAGAAGTGTCTTCGA
GCCTATGTTCGAGATAGATACCCGTCTCACGCCGACAGATTTATTCGTGAACATTTTAAG
CGCGCTAGTAGCTAAAACTCATTACTGCAGATGATGTTCTGTTAGTACCGTCCCAATACA
ACAGCGAATATTCTCATATAGTTTTTGCTGCTTACCGTTAGAGAAAGAAGTTACACAAAG
CGAATAACAGTTGTTGGAAAACTTTGTTGTAGAAAAATTGGACTGGCTCAATCG

QA 1 714 1 714
DS 



AS 2 4

CO CL2153Contig1 1141 2 2 U
GGGTTACGTACCCAAGGAGGATATCTTGTATGCTGTGAAGGCCATTGTTGTCACACAACG
TGAACACGGGAGAAGAGATGACCGCAAATACAGCAGAATGAAGTATCTGCTCAGCTCCTG
GGGGATTGAGAAGTTCAGAGATGTGGTTGAGCAATACTATGGTAAAAAGTTCGAGGCTTC
TCGTGATTTGCCAGAGTGGGAGTTCAAAAGCTATTTGGGATGGCATGAGCAGGGAGATGG
TGCTTGGTTTTGTGGGCTTCATGTAGACAGTGGACGTGTTGGTGGTAACATGAAGAAGAC
ACTGAGAGAAGTCATCGAGAAGTACAAACTCGATGTTCGTATCACACCTAACCAGAACAT
TGTGTTATGTGATATCAAGAGTGAGTGGAAGCAATCCATCACCACTGTGCTTGCTCAGGC
AGGCCTATTGCAACCAGAGTTTGTAGACCCTCTCAACCAAACTGCAATGGCTTGTCCGGC
TTTTCCTTTGTGTCCTTTGGCTATAACCGAGGCAGAGCGTGGGATTCCAAGCATTCTAAA
GCGATTGAGAGCAATGTTTGAGAAGGTTGGTCTTGAGTATGAGGAATCAGTTGTGGTGAG
AGTAACTGGTTGCCCTAATGGATGTGCTAGACCATACATGGCTGAAGTTGGTCTAGTTGG
AGATGGTCCAAACAGCTATCAGGTTTGGTTAGGAGGAACACCAAACCAGACACAGATAGC
GAGGGCTTTCATGGACAAGGTGAAGATTCAAGACTTAGAGAAGGTCTTTGAGCCATTGTT
TTACAACTGGAAACTTGGGAGACAAGCGAAGGAATCATTTGGAGAATTCACAACCCGTAT
GGGATTTGAGAAACTCAAGGAGCTGATAAGTACATACGAAGCATCTCCACAGTAAAAACA
AGAAGAAGGAACTTTTGTCTTTTGGAATTACACAAACAAAGCAAGAAGGATGTATTCTCT
TGTCGTGGTGTTACTCTTCGGTAACATCTGACAAATAAAGATTATGTACTTGTCTGTACT
TTTTGTACTTGAGTTGAGAGACCACCAATAAGCTTGTGAGCATTTTGGGGTATGTTTGAT
TGTTGTATGGACAAAATAATTATTTCCTTTTTGGGAATGGTAATGTATTTGCTATTTGGT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3GY12TF U 1
AF RR3GY12JQ C 366
BS 1 679 RR3GY12TF
BS 680 1141 RR3GY12JQ

RD RR3GY12TF 679 0 0
GGGTTACGTACCCAAGGAGGATATCTTGTATGCTGTGAAGGCCATTGTTGTCACACAACG
TGAACACGGGAGAAGAGATGACCGCAAATACAGCAGAATGAAGTATCTGCTCAGCTCCTG
GGGGATTGAGAAGTTCAGAGATGTGGTTGAGCAATACTATGGTAAAAAGTTCGAGGCTTC
TCGTGATTTGCCAGAGTGGGAGTTCAAAAGCTATTTGGGATGGCATGAGCAGGGAGATGG
TGCTTGGTTTTGTGGGCTTCATGTAGACAGTGGACGTGTTGGTGGTAACATGAAGAAGAC
ACTGAGAGAAGTCATCGAGAAGTACAAACTCGATGTTCGTATCACACCTAACCAGAACAT
TGTGTTATGTGATATCAAGAGTGAGTGGAAGCAATCCATCACCACTGTGCTTGCTCAGGC
AGGCCTATTGCAACCAGAGTTTGTAGACCCTCTCAACCAAACTGCAATGGCTTGTCCGGC
TTTTCCTTTGTGTCCTTTGGCTATAACCGAGGCAGAGCGTGGGATTCCAAGCATTCTAAA
GCGATTGAGAGCAATGTTTGAGAAGGTTGGTCTTGAGTATGAGGAATCAGTTGTGGTGAG
AGTAACTGGTTGCCCTAATGGATGTGCTAGACCATACATGGCTGAAGTTGGTCTAGTTGG
AGATGGTCCAAACAGCTAT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3GY12JQ 776 0 0
T
ATGTGATATCAAGAGTGAGTGGAAGCAATCCATCACCACTGTGCTTGCTCAGGCAGGCCT
ATTGCAACCAGAGTTTGTAGACCCTCTCAACCAAACTGCAATGGCTTGTCCGGCTTTTCC
TTTGTGTCCTTTGGCTATAACCGAGGCAGAGCGTGGGATTCCAAGCATTCTAAAGCGATT
GAGAGCAATGTTTGAGAAGGTTGGTCTTGAGTATGAGGAATCAGTTGTGGTGAGAGTAAC
TGGTTGCCCTAATGGATGTGCTAGACCATACATGGCTGAAGTTGGTCTAGTTGGAGATGG
TCCAAACAGCTATCAGGTTTGGTTAGGAGGAACACCAAACCAGACACAGATAGCGAGGGC
TTTCATGGACAAGGTGAAGATTCAAGACTTAGAGAAGGTCTTTGAGCCATTGTTTTACAA
CTGGAAACTTGGGAGACAAGCGAAGGAATCATTTGGAGAATTCACAACCCGTATGGGATT
TGAGAAACTCAAGGAGCTGATAAGTACATACGAAGCATCTCCACAGTAAAAACAAGAAGA
AGGAACTTTTGTCTTTTGGAATTACACAAACAAAGCAAGAAGGATGTATTCTCTTGTCGT
GGTGTTACTCTTCGGTAACATCTGACAAATAAAGATTATGTACTTGTCTGTACTTTTTGT
ACTTGAGTTGAGAGACCACCAATAAGCTTGTGAGCATTTTGGGGTATGTTTGATTGTTGT
ATGGACAAAATAATTATTTCCTTTTTGGGAATGGTAATGTATTTGCTATTTGGTC

QA 2 776 2 776
DS 



CO CL2153Contig2 742 2 2 U
AAGAAAAGTAATTACTCCAAGACCATGGATGCTGATCTTTTTGAGCAAACAGCAAAATAC
ATTACCACTCACAAAAAAGGAAATAATTATTTTGTCCATACAGCAATCAAACATGCCACC
AAATGCTTATAAGTTTATTTGGTGGTCTCTCAACTCAAGTACAGAAGTACAGAAAGTACA
GACAAGAGAACATAATCTTTATTCGTCAGATGTTACCGAAGAGCAACACCACGACAAGAG
AATTAGATCCTTTTGTTTTTGTTTTGGGGTAAATTCCAAAAGACAAAAAGTTCCTTCTTC
TTGTTTTTTTACTGTGGAGATGCTTCGTATGTACTTATCAGCTCCTTAAGTTTCTCAAAT
CCCATACGGGTTGTGAATTCTCCAAATGATTCTTTGCATGTCTCCCAAGTTTCCAGTTGT
AAAACAATGGCTCAAAGACCTTCTCTAAGTCTTGAATCTTCACCGTGTCCATGAACGCCC
TCGCTATCTGTGTCTGGTTCGGTGTTCCTCCTAACCAAACCTGATAGCTGTTGGGACCAT
CTCCGACTAGACCCACTTCAGCCATGTACGGTCTAGCACATCCATTAGGGCAACCAGTTA
CTCTCACCACAACGGATTCCTCATACTCAAGACCAACCTTCTCAAACATTGCTCTCACTC
GCTTTAGAATGCTTGGAATCCCACGCTCTGCCTCGGTTATAGCTAGAGGGCATAAAGGAA
AAGCCGGACAAGCCATTGCGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H114JQ U 1
AF RR3DT05TF C 536
BS 1 603 RR3H114JQ
BS 604 742 RR3DT05TF

RD RR3H114JQ 603 0 0
AAGAAAAGTAATTACTCCAAGACCATGGATGCTGATCTTTTTGAGCAAACAGCAAAATAC
ATTACCACTCACAAAAAAGGAAATAATTATTTTGTCCATACAGCAATCAAACATGCCACC
AAATGCTTATAAGTTTATTTGGTGGTCTCTCAACTCAAGTACAGAAGTACAGAAAGTACA
GACAAGAGAACATAATCTTTATTCGTCAGATGTTACCGAAGAGCAACACCACGACAAGAG
AATTAGATCCTTTTGTTTTTGTTTTGGGGTAAATTCCAAAAGACAAAAAGTTCCTTCTTC
TTGTTTTTTTACTGTGGAGATGCTTCGTATGTACTTATCAGCTCCTTAAGTTTCTCAAAT
CCCATACGGGTTGTGAATTCTCCAAATGATTCTTTGCATGTCTCCCAAGTTTCCAGTTGT
AAAACAATGGCTCAAAGACCTTCTCTAAGTCTTGAATCTTCACCGTGTCCATGAACGCCC
TCGCTATCTGTGTCTGGTTCGGTGTTCCTCCTAACCAAACCTGATAGCTGTTGGGACCAT
CTCCGACTAGACCCACTTCAGCCATGTACGGTCTAGCACATCCATTAGGGCAACCAGTTA
CTC

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3DT05TF 207 0 0
ACCATCTCCGACTAGACCCACTTCAGCCATGTACGGTCTAGCACATCCATTAGGGCAACC
AGTTACTCTCACCACAACGGATTCCTCATACTCAAGACCAACCTTCTCAAACATTGCTCT
CACTCGCTTTAGAATGCTTGGAATCCCACGCTCTGCCTCGGTTATAGCTAGAGGGCATAA
AGGAAAAGCCGGACAAGCCATTGCGGT

QA 1 207 1 207
DS 



AS 2 4

CO CL2154Contig1 726 2 13 U
GCGTAGAAATTTTTCGCTTTGATTTCTGATGCCAGTTGTATGCAACTTATGACAAACACA
ATAATAATATCTGTTACAGAAAGATCTCTTGCTTATCTTGGTATAAACCCAATTATTATA
TCTTTCAAGGAAACATTAAGAAGTATAGTGTTTTTGAATCAAAGCTTGGAAGGAGGTTTG
TACCATCCCCATGGTTCATTAGAGATATACTGTGTCACCTGCTTCACACTCAAGTAGTTC
TCAAGTCCCCATTCTCCTAGTTCACGGCCAAAACCACTGCGTTTGGTTCCACCCCATGGA
GCCTGACAGAAACAAGGCTGAAAGCAGTTGACCCACACAATACCCGCCTCGAATGCCTTA
CTAACGCGATCACACCTCTCCAGATCATTTGATAATACAGCGCCTGCTAATCCATATTGG
GAGTCATTTGCAAGCTGTATTGCCTCATCCTCAGTGGAAAATGTTTTAACACAGAAAACA
GGACCAAAAACTTCGTCTCTCCAGATTTCCATTGAAGTAGTCACATTTGATATTATAGCA
GGTTCAACAAAATACCCCTTCTTCAGATGCTCAGGACGAGCTCCTCCGCAGAGGACAGTT
GCACCTTCCTTCCTAGCGTTTGACACAAACTTCACTACTCTCTCGTACTGTCCTTTGCTG
ACAACAGGACCAAGCCTACAGCCTTCTTCAAAAGGATCTGAAATCTTAATGTTCTTTGTC
CACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL15JQ U 51
AF RR3DA89JQ U 1
BS 1 226 RR3DA89JQ
BS 227 227 RR3FL15JQ
BS 228 228 RR3DA89JQ
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BS 230 431 RR3DA89JQ
BS 432 432 RR3FL15JQ
BS 433 452 RR3DA89JQ
BS 453 453 RR3FL15JQ
BS 454 458 RR3DA89JQ
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BS 460 475 RR3DA89JQ
BS 476 476 RR3FL15JQ
BS 477 726 RR3DA89JQ

RD RR3FL15JQ 524 0 0
GG
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TTATTATATCTTTCAAGGAAACATTAAGAAGTATAGTGTTTTTGACTCAAAGCTTGGAAG
GAGGTTTGTACCATCCCCATGGTTCATTAGAGATATACTGTGTCACCTGCTTCACACTCA
AGTAGTTCTCAAGTCCCCATTCTCCTAGTTCACGGCCAAAACCACTGCGTTTGGTTCCAC
CCCATGGAGCCTGACAGAAACATGGCTGAAAGCAGTTGATCCACACAATACCCGCCTCGA
ATGCCTTACTAACGCGATCACACCTCTCCAGATCATTTGATAATACAGCGCCTGCTAATC
CATATTGGGAGTCGTTTGCAAGTTGTATTGCCTCATCCTCAGTGGAAAATGTTTTAACAC
AGAAAACAGGACCAAAAACTTCGTCTCTCCAGATTTCCATTGAAGTAGTCACATTTGATA
T*ATAGCAGGTTCAACAAAATACCCCTTCTTCAGATGCTCAG

QA 3 524 3 524
DS 

RD RR3DA89JQ 726 0 0
GCGTAGAAATTTTTCGCTTTGATTTCTGATGCCAGTTGTATGCAACTTATGACAAACACA
ATAATAATATCTGTTACAGAAAGATCTCTTGCTTATCTTGGTATAAACCCAATTATTATA
TCTTTCAAGGAAACATTAAGAAGTATAGTGTTTTTGAATCAAAGCTTGGAAGGAGGTTTG
TACCATCCCCATGGTTCATTAGAGATATACTGTGTCACCTGCTTCA*AGTCAAGTAGTTC
TCAAGTCCCCATTCTCCTAGTTCACGGCCAAAACCACTGCGTTTGGTTCCACCCCATGGA
GCCTGACAGAAACAAGGCTGAAAGCAGTTGACCCACACAATACCCGCCTCGAATGCCTTA
CTAACGCGATCACACCTCTCCAGATCATTTGATAATACAGCGCCTGCTAATCCATATTGG
GAGTCATTTGCCAGCTGTATTGCCTCATCCTCGGTGGAGAATGTTTTAACACAGAGAACA
GGACCAAAAACTTCGTCTCTCCAGATTTCCATTGAAGTAGTCACATTTGATATTATAGCA
GGTTCAACAAAATACCCCTTCTTCAGATGCTCAGGACGAGCTCCTCCGCAGAGGACAGTT
GCACCTTCCTTCCTAGCGTTTGACACAAACTTCACTACTCTCTCGTACTGTCCTTTGCTG
ACAACAGGACCAAGCCTACAGCCTTCTTCAAAAGGATCTGAAATCTTAATGTTCTTTGTC
CACTTT

QA 1 726 1 726
DS 



CO CL2154Contig2 1132 2 8 U
GGACCAACCAACACAAAAGAAATAAGCCAGAGTATGGCGATTACGGTGCCGAGACGTCAG
CTCTTCATCGGCGGTCAATGGACCGATCCCGTTCGCCGCCAAACACTCCCTGTTGTCAAT
CCCGCCACCGAGGACATCATCGGTTATATTCCAGCCGCAACTTCTGAGGATGTGGAGCTC
GCGGTGGAAGCTGCTAGGGAAGCATTTACTAGGAACAAAGGAAAGGATTGGTCACGAGCA
TCCGGGGCTGTTCGTGCCACATACTTACGTGCTATTGCAGCTAAGGTAACGGAGAGGAAG
TCTGAACTAGCTAATCTCGAGGCTATTGATTGCGGTAAACCTCTAGATGAAGCAGCATGG
GACGTGGATGATGTTGCTGGATGTTTTGAGTATTATGCTGATTTAGCTGAAGGCTTAGAT
GCGAAGCAGAAGGCTCCTCTTGATCTTCCGTTGGATACTTTTAAGGGCTACGTTCTCAAG
GAACCCCTTGGTGTAGTTGGCCTGATTACTCCTTGGAACTATCCGTTACTGATGGCTGTC
TGGAAAGTCGCTCCTGCACTTGCTGCTGGGTGCACGGCAATACTGAAACCTTCAGAGTTG
GCCTCCGTGACATGTTTGGAGCTCGCTGATATTTGCCGCGAGGTGGGTCTGCCACCCGGT
GTTCTTAATATTCTTACTGGTTTAGGAACTGAAGCAGGTGCTCCATTGGCAGCGCATCCA
AACGTTGACAAGATTGTGTTCACTGGAAGCACGGCAACTGGAAGCAACATTATGACATCT
GCTGCCAAATTGGTTAAACCTGTTTCTTTGGAGCTTGGGGGTAAAAGCCCTATCATTGTC
TTTGAGGATGTTGAAATTGACAAAGCTGTGGAGTGGACTATGTTTGGTTGTTTCTGGACT
AATGGTCAGATTTGCAGTGCGACATCTCGACTTCTTGTGCATGAAAAGATTGCTGACGAA
TTTTTGGACAAGTTGGTAAAGTGGACAAAGAACATTAAGATTTCAGATCCTTTTGAAGAA
GCTGTAGCTTGGTCCTGTTGTCAGCAAAGACAGTACGAGAGAGTAGTGAAGTTGTGTCAA
CGCTAGGAAGAAGTGCACTGTCCTCTGCGGAGGAGCTCGTCTGAGCATCTGA


BQ
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AF RR3EY55TF U 1
AF RR3DA89TF U 358
BS 1 667 RR3EY55TF
BS 668 668 RR3DA89TF
BS 669 685 RR3EY55TF
BS 686 686 RR3DA89TF
BS 687 697 RR3EY55TF
BS 698 698 RR3DA89TF
BS 699 717 RR3EY55TF
BS 718 1132 RR3DA89TF

RD RR3EY55TF 717 0 0
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CTCTTCATCGGCGGTCAATGGACCGATCCCGTTCGCCGCCAAACACTCCCTGTTGTCAAT
CCCGCCACCGAGGACATCATCGGTTATATTCCAGCCGCAACTTCTGAGGATGTGGAGCTC
GCGGTGGAAGCTGCTAGGGAAGCATTTACTAGGAACAAAGGAAAGGATTGGTCACGAGCA
TCCGGGGCTGTTCGTGCCACATACTTACGTGCTATTGCAGCTAAGGTAACGGAGAGGAAG
TCTGAACTAGCTAATCTCGAGGCTATTGATTGCGGTAAACCTCTAGATGAAGCAGCATGG
GACGTGGATGATGTTGCTGGATGTTTTGAGTATTATGCTGATTTAGCTGAAGGCTTAGAT
GCGAAGCAGAAGGCTCCTCTTGATCTTCCGTTGGATACTTTTAAGGGCTACGTTCTCAAG
GAACCCCTTGGTGTAGTTGGCCTGATTACTCCTTGGAACTATCCGTTACTGATGGCTGTC
TGGAAAGTCGCTCCTGCACTTGCTGCTGGGTGCACGGCAATACTGAAACCTTCAGAGTTG
GCCTCCGTGACATGTTTGGAGCTCGCTGATATTTGCCGCGAGGTGGGTCTGCCACCCGGT
GTTCTTA*TATTCTTACTGGTTTAG*AACTGAAGCAG*TGCTCCATTGGCAGCGCAT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3DA89TF 775 0 0
G
GGGACGTGGATGATGTTGCTGGATGTTTTGAGTATTATGCTGATTTAGCTGAAGGCTTAG
ATGCGAAGCAGAAGGCTCCTCTTGATCTTCCGTTGGATACTTTTAAGGGCTACGTTCTCA
AGGAACCCCTTGGTGTAGTTGGCCTGATTACTCCTTGGAACTATCCGTTACTGATGGCTG
TCTGGAAAGTCGCTCCTGCACTTGCTGCTGGGTGCACGGCAATACTGAAACCTTCAGAGT
TGGCCTCCGTGACATGTTTGGAGCTCGCTGATATTTGCCGCGAGGTGGGTCTGCCACCCG
GTGTTCTTAATATTCTTACTGGTTTAGGAACTGAAGCAGGTGCTCCATTGGCAGCGCATC
CAAACGTTGACAAGATTGTGTTCACTGGAAGCACGGCAACTGGAAGCAACATTATGACAT
CTGCTGCCAAATTGGTTAAACCTGTTTCTTTGGAGCTTGGGGGTAAAAGCCCTATCATTG
TCTTTGAGGATGTTGAAATTGACAAAGCTGTGGAGTGGACTATGTTTGGTTGTTTCTGGA
CTAATGGTCAGATTTGCAGTGCGACATCTCGACTTCTTGTGCATGAAAAGATTGCTGACG
AATTTTTGGACAAGTTGGTAAAGTGGACAAAGAACATTAAGATTTCAGATCCTTTTGAAG
AAGCTGTAGCTTGGTCCTGTTGTCAGCAAAGACAGTACGAGAGAGTAGTGAAGTTGTGTC
AACGCTAGGAAGAAGTGCACTGTCCTCTGCGGAGGAGCTCGTCTGAGCATCTGA

QA 2 775 2 775
DS 



AS 1 5

CO CL2155Contig1 725 5 11 U
GGGATCACCATCACCACTACATACACAGCCTCCTCTTCGATCTCTCTC***AAAAAGGAA
ATGGCTAACCCTAGAGTTTACTTCGACATGGCTCTCGACGGAACCCCCGCCGGCCGCATC
GTGATGGAGCTTTTCAAAGACACGACGCCGGACACCGCGGAGAATTTCCGAGCCCTCTGC
ACCGGCGAGAAAGGAGTCGGGAGGAGTGGGAAACCGCTCCACTACAAGGGATCTTCCTTC
CACCGCGTGATCCCGGGGTTCATGTGCCAAGGAGGCGATTTCACCGCAGGGAACGGGACC
GGCGGGGAGTCGATCTACGGAGCCAAGTTCAAGGACGAGAACTTCGTGAAGAAGCACACC
GGCGCCGGGATCCTCTCCATGGCGAACTCTGGTCCCAACACTAACGGATCTCAGTTTTTT
ATTTGCACCGCGGAGACGTCGTGGCTTGATGGGAAGCACGTGGTGTTTGGGAAGGTGGTT
GAAGGTATTGAGGTTGTGAAGGCGATTGAGAAGGTTGGATCGTCTTCCGGGACGACTAAG
AAGAAGGTGGTTGTTGCTGATTGTGGTCAGCTTTAGAGATCTGTGCGAAGATCTTTTGAA
TGTTATCTTTGCTTTTGAATGTTGCTTTTGCTTCGTATCGTTCGAGTTTGTAAAACCCTC
AGTGGTTTTGGATTTGACTATCTTTGAATAATTATGAATAACTATGAGCTTTTTAACTAA
AGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3G049TF U 1
AF RR3G049JQ C 156
AF RR3AW09TF U 5
AF RR3GJ58TF U 289
AF RR3AW09JQ C 5
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BS 46 46 RR3AW09TF
BS 47 48 RR3G049TF
BS 49 51 RR3AW09TF
BS 52 552 RR3G049TF
BS 553 553 RR3AW09TF
BS 554 661 RR3G049TF
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BS 663 687 RR3G049TF
BS 688 713 RR3AW09TF
BS 714 725 RR3AW09JQ

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ATTTGCACCGCGGAGACGTCGTGGCTTGATGGGAAGCACGTGGTGTTTGGGAAGGTGGTT
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ATTGGTTTTGGATTTGACTATCTTTGA

QA 1 687 1 687
DS 

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CGATTTCACCGCAGGGAACGGGACCGGCGGGGAGTCGATCTACGGAGCCAAGTTCAAGGA
CGAGAACTTCGTGAAGAAGCACACCGGCGCCGGGATCCTCTCCATGGCGAACTCTGGTCC
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GAATAACTATGAGCTTTT
TAACC

QA 1 558 1 558
DS 

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GG
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GAGTCGATCTACGGAGCCAAGTTCAAGGACGAGAACTTCGTGAAGAAGCACGCCGGCGCC
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ACCGCGGAGACGTCGTGGCTTGATGGGAAGCACGTGGTGTTTGGGAAGGTGGTTGAAGGT
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TTTGGATTTGACTATCTTTGAATAATTATGAATAACTATGAGCTTTT

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DS 

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QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3AW09JQ 721 0 0
GG
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GAGCTTTTCAAAGACACGACGCCGGACACCGCGGAGAATTTCCGAGCCCTCTGCACCGGC
GAGAAAGGAGTCGGGAGGAGTGGGAAACCGCTCCACTACAAGGGATCTTCCTTCCACCGC
GTGATCCCGGGGTTCATGTGCCAAGGAGGCGATTTCACCGCAGGGAACGGGACCGGCGGG
GAGTCGATTTACGGAGCCAAGTTCAAGGACGAGAACTTCGTGAAGAAGCACGCCGGCGCC
GGGATCCTCTCCATGGCGAACTCTGGTCCCAACACTAACGGATTTCAGTTTTTTATTTGC
ACCGCGGAGACGTCGTGGCTTGATGGGAAGCACGTGGTGTTTGGGAAGGTGGTTGAAGGT
ATTGAGGTTGTGAAGGCGATTGAGAAGGTTGGATCGTCTTCCGGGACGACTAAGAAGAAG
GTGGTTGTTGCTGATTGTGGTCAGCTTTAGAGATCTGTGCGAAGATCTTTTGAATGTTAT
CTTTGCTTTTGAATGTTGCTTTTGCTTCGTATCGTTCGAGTTTGTAAAACCCTCAGTGGT
TTTGGATTTGACTATCTTTGAATAATTATGAATAACTATGAGCTTTTTAACTAAAGAAG

QA 3 721 3 721
DS 



AS 1 3

CO CL2156Contig1 1186 3 11 U
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CTTCCCTGGAAGTGCAGTAACGTTAAGCTACTTTTATGAGATCTTGTTCATTCAATGAAT
ATGTGAGTGTGTGAGAGAGAGAGCTAACAAGTATAAAAGAAAACAACAACATGAAGGTGT
AAAAGTTCAAACAAAGCTCAACTCTTTGTTGTTTTTGAGTTTTTTCAAGCTTCAGACTCT
TTCTCTTGGTTCACCACAGCGCAAGTAACACCAACCTCGGCTGGTCTTATAACTCGATCA
AACAACGAGTATCCAGACTTAAGGACATGAGCAATTGTGCCTGCTAGCTTGGAAGCATCT
GGGACTTGGAACACTGCGTTATGTCGGTTTGGATCAAACAGTTCATTTACAGGATCTTCT
TTCACCAAACCAGATTTCTTAAATACCTCAGCTAATTGTTTCTCAGTCATCTCCACTCCT
TCTAAAAGGGTTTTCAATAGCGGAGTAGCACCAGCCAAATCTTTTGAAGTGTCAATCTTA
GAAAAACTCTCTTTTACAACCGAAGAAGCTCTCCCAAGATTGTCCGCCACATCCAGAAGG
CTGGTTGCAAATTTCTGTATGGCGAACTTTTTGTCGTGCTCAGCATTACGTTTAGTCCTG
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CTTGACAAACCCTCAAAATCATCTGTTGTAGGTTTCATAGCCTCCACATCATCCTCAGAA
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TGAAAGACATTGATATCTTGAGATGAATGGTTTAGAAGCGACACTGGAGCTGCAACAAGC
TGATTGGGAGTTCCGCGTACGAGGGAGTGAAATTGGCTGGAAAGAATGAGAACAATCTGA
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CAGAATCGAAACAGGTTTTGTGTATTTATTTAGAAATCGCCGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C833JQ U 1
AF RR3AC31JQ U 79
AF RR3AC31TF C 345
BS 1 161 RR3C833JQ
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BS 703 837 RR3AC31JQ
BS 838 1186 RR3AC31TF

RD RR3C833JQ 702 0 0
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CTTCCCTGGAAGTGCAGTAACGTTAAGCTACTTTTATGAGATCTTGTTCATTCAATGAAT
ATGTGAGTGTGTGAGAGAGAGAGCTAACAAGTATAAAAGAAGACAACAACATGAAGGTGT
AAAAGTTCAAACGAAGCTCAACTCTTTGTTGTTTTTGAGTTTTTTCAAGCTTCAGACTCT
TTCTCTTGGTTCACCACAGCGCAAGTAACACCAACCTCGGCTGGTCTTATAACTCGATCA
AACAACGAGTATCCAGACTTAAGGACATGAGCAATTGTGCCTGCTGGCTTGGAAGCATCT
GGGACTTGGAACACTGCGTTATGTCGGTTTGGATCAAACAGTTCATTTACAGGATCTTCT
TTCACCAAACCAGATTTCTTAAATACCTCAGCTAATTGTTTCTCAGTCATCTCCACTCCT
TCTAAAAGGGTTTTCAATAGCGGAGTAGCACCAGCCAAATCTTTTGAAGTGTCAATCTTA
GAAAAACTCTCTTTTACAACCGAAGAAGCTCTCCCAAGATTGTCCGCCACATCCAGAAGG
CTGGTTGCAAATTTCTGTATGGCGAACTTTTTGTCGTTCTCAGCATTACGTTTAGTCCTG
GCCATTAGATTCTCCATCTCAGCATAAGTTCGAAGAACTTTA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3AC31JQ 759 0 0
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GAGAGCTAACAAGTATAAAAGAAAACAACAACATGAAGGTGTAAAAGTTCAAACAAAGCT
CAACTCTTTGTTGTTTTTGAGTTTTTTCAAGCTTCAGACTCTTTCTCTTGGTTCACCACA
GCGCAAGTAACACCAACCTCGGCTGGTCTTATAACTCGATCAAACAACGAGTATCCAGAC
TTAAGGACATGAGCAATTGTGCCTGCTAGCTTGGAAGCATCTGGGACTTGGAACACTGCG
TTATGTCGGTTTGGATCAAACAGTTCATTTACAGGATCTTCTTTCACCAAACCAGATTTC
TTAAATACCTCAGCTAATTGTTTCTCAGTCATCTCCACTCCTTCTAAAAGGGTTTTCAAT
AGCGGAGTAGCACCAGCCAAATCTTTTGAAGTGTCAATCTTAAAAAAACTCTCTTTTACA
ACCGAAGAAGCTCTCCCAAGATTGTCCGCCACATCCAGAAGGCTGGTTGCAAATTTCTGT
ATGGCGAACTTTTTGTCGTGCTCAGCATTACGTTTAGTCCTGGCCATTAGATTCTCCATC
TCAGCATAAGTTCGAAGAACTTTATCTTGCATTTCCTTCACCTCTTCCTTCTGAACATTG
ACAAGATCTTCCTTCTCAACCACAAGCTTCACCAAATCGTCCCTTGACAAACCCTCAAAA
TCATCTGTTGTAGGTTTCATAGCCTCCACATCATCCTCA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3AC31TF 842 0 0
TA
GCTTGGAAGCATCTGGGACTTGGAACACTGCGTTATGTCGGTTTGGATCAAACAGTTCAT
TTACAGGATCTTCTTTCACCAAACCAGATTTCTTAAATAC*TCAGCTAATTGTTTCTCAG
TCATCTCCACTCTTTCTAAAAGGGTTTTCAATAGCGGAGTAGCACCAGCCAAATCTTTTG
AAGTGTCAATCTTAGAAAAACTCTCTTTTACAACCGAAGAAGCTCTCCCAAGATTGTCCG
CCACATCCAGAAGGCTGGTTGCAAATTTCTGTATGGCGAACTTTTTGTCGTGCTCAGCAT
TACGTTTAGTCCTGGCCATTAGATTCTCCATCTCAGCATAAGTTCGAAGAACTTTATCTT
GCATTTCCTTCACCTCTTCCTTCTGAACATTGACAAGATCTTCCTTCTCAACCACAAGCT
TCACCAAATCGTCCCTTGACAAACCCTCAAAATCATCTGTTGTAGGTTTCATAGCCTCCA
CATCATCCTCAGAAGCTTGAGTGGCCTCATTTTCCTTGGATTCAGCAGAGGAAGAGGAGA
AAAAGCCAAACCTTTGAAAGACATTGATATCTTGAGATGAATGGTTTAGAAGCGACACTG
GAGCTGCAACAAGCTGATTGGGAGTTCCGCGTACGAGGGAGTGAAATTGGCTGGAAAGAA
TGAGAACAATCTGATTCCTCTGAGGAGAAGAAGCCAAGGAGGAGAGAGACGAGCGTAAGC
TCGAGGTGCGAGAAACTCTCGATAAAACCCTACTCAACAGCATCTCTGAGGAAGAAATCG
GCAAAATGAATTTTCAGAATCGAAACAGGTTTTGTGTATTTATTTAGAAATCGCCGATCC

QA 3 842 3 842
DS 



AS 1 5

CO CL2157Contig1 1299 5 11 U
CCAATGATAATGACATATAACATCTATAACATGTGCTACCATATTCCATACACCAGGAAA
CAAATTGGACCATTGTAGCAATTGGCAGGCACTTATAATTTGAAAAGGTAAATAAATAAA
CAGTTAAACCAATATGGAACAAGAGCAACAAGGAACTTGATAAACCCCCGGTTCAGCAGA
ACCGGAACCATAATCGATTGTTTATTAACATGTTTTCATCAAAGGGCCACCGCACAAACA
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CCCACAAAGCTTGTTGTTGCTGATATCGAGATGGCCCACGAACTTAGCTGAAGATAGCGA
GTCAGGGATCCGACCCGCTAGATTATTGTAAGACAAATCAAGCGCCACGAAATAGGTCGC
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GAAACCGGAATTGCTTAGAATCGAACCGGGGATCGGACCGGTTAACGAGTTGCAATCGAG
ATTCAAAAGAGAGAGCACCTTCATGTTACCCACCCATTCCGGTATCGGACCCTCGATATG
GTTCCTCGATAGATCCAGATCCGCTAACCGGTCCATACCGGAGATAGACTCCGGAAGCGA
ACCGGTTAGTTCGTTACGGCCCAGTAACGCCCTGCTCAGCATCTTCAACGATCCAAAATC
CGCCGGGATCTCGCCGGAGATTCCGTTTTCCGTCGGCTCGAGATGCTTCAGCTCCGCGAG
CGACGTCAGCGACGCCGGAATCTCGCCGGACATCCGATTCTCCGCGAGGTTCAGAACGCC
GAGCTTGGTGAGTTTGCCGATATCGGCTGGAATCTCTCCGGTGATCCTGTTCCCGGCGAG
GTCGAGGATGCGGAGAGAAGCTAAGGAGGTTATGCAAGGAGGAATCTCGCCGGAGATTCC
TTTCCAGTCGGCGAGGACGAAGGAATTGAGCGAGGTTAAGCCGCAAACCGCCGGGTCAAT
CGAACCGGTCATATAACCGGACCGGCCTGCTTTTGGAAAATAGCGTCTTCTGATTCGCCA
CGGAGAGAAATATCAGTGACCCGACCCGTGTCCGGATCGCAGCTAATGCCGTACCATCCT
TTGCAACAGTCTGTGTTTTCGGACCAAGTGTTGAAGATGCCGAGGTTCGGTTCGCTCAGT
GACGACTTGAACGCATTGAGAGCCGTCTGATCGGCAGGCGAGCATGATCGGACGATGGAG
ATGACTGAGATGAAAGTCACGGCGAGTAATGACCAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HA75JQ U 75
AF RR3HA75TF C 78
AF RR3GW30JQ U 1
AF RR3BK03JQ U 84
AF RR3BK03TF C 713
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BS 794 862 RR3BK03JQ
BS 863 1299 RR3BK03TF

RD RR3HA75JQ 444 0 0
GTA
GCAATTGGCAGGCACTTATAATTTGAAAAGGTAAATAAATAAACAGTTAAACCAATATGG
AACAAGAGCAACAAGGAACTTGATAAACCCCCGGTTCAGCAGAACCGGAACCATAATCGA
TTGTTTATTAACATGTTTTCATCAAAGGGCCACCGCACAAACACTGGTTGTCACTAAACG
ACGACGCTTCAAGGTGATCAAAAGGAGAACCGGTTGGAATAGGCCCACAAAGCTTGTTGT
TGCTGATATCGAGATGGCCCACGAACTTAGCTGAAGATAGCGAGTCAGGGATCCGACCCG
CTAGATTATTGTAAGACAAATCAAGCGCCACGAAATAGGTCGCGGATCCGAAAACGTCGG
GTATGGTTCCTTCCAACGCATTTCGGCTCAGATTCAAAACACCGAAACCGGAATTGCTTA
GAATCGAACCGGGGATCGGAC

QA 4 444 4 444
DS 

RD RR3HA75TF 582 0 0
GCAATT
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AGCAACAAGGAACTTGATAAACCCCCGGTTCAGCAGAACCGGAACCATAATCGATTGTTT
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CTTCAAGGTGATCAAAAGGAGAACCGGTTGGAATAGGCCCACAAAGCTTGTTGTTGCTGA
TATCGAGATGGCCCACGAACTTAGCTGAAGATAGCGAGTCAGGGATCCGACCCGCTAGAT
TATTGTAAGACAAATCAAGCGCCACGAAATAGGTCGCGGATCCGAAAACGTCGGGTATGG
TTCCTTCCAACGCATTTCGGCTCAGATTCAAAACACCGAAACCGGAATTGCTTAGAATCG
AACCGGGGATCGGACCGGTTAACGAGTTGCAATCGAGATTCAAAAGAGAGAGCACCTTCA
TGTTACCCACCCATTCCGGTATCGGACCCTCGATATGGTTCCTCGATAGATCCAGATCCG
CTAACCGGTCCATACCGGAGATAGACTCCGGAAGC
C

QA 7 581 7 581
DS 

RD RR3GW30JQ 793 0 0
CCAATGATAATGACATATAACATCTATAACATGTGCTACCATATTCCATACACCAGGAAA
CAAATTGGACCATTGTAGCAATTGGCAGGCACTTATAATTTGAAAAGGTAAATAAATAAA
CAGTTAAACCAATATGGAACAAGAGCAACAAGGAACTTGATAAACCCCCGGTTCAGCAGA
ACCGGAACCATAATCGATTGTTTATTAACATGTCTTCATCAAAGGGCCACCGCACAAACA
CTGGTTGTCACTAAACGACGACGCTTCAAGGTGATCAAAAGGAGAACCGGTTGGAATAGG
CCCACAAAGCTTGTTGTTGCTGATATCGAGATGGCCCACGAACTTAGCTGAAGATAGCGA
GTCAGGGATCCGACCCGCTAGATTATTGTAAGACAAATCAAGCGCCACGAAATAGGTCGC
GGATCCGAAAACGTCGGGTATGGTTCCTTCCAACGCATTTCGGCTCAGATTCAAAACACC
GAAACCGGAATTGCTTAAAATCGAACCGGGGATCGGACCGGTTAACGAGTTGCAATCGAG
ATTCAAAAGAGAGAGCACCTTCATGTTACCCACCCATTCCGGTATCGGACCCTCGATATG
GTCCCTCGATAGATCCAGATCCGCTAACCGGTCCATACCGGAGATAGACTCCGGAAGCGA
ACCGGTTAGTTCGTTACGGCCCAGTAACGCCCTGCTCAGCATCTTCAACGATCCAAAATC
CGCCGGGATCTCGCCGGAGATTCCGTTTTCCGTCAGCTCGAGATGCTTCAGCTCCGCGAG
CGACGTCAGCGAC

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3BK03JQ 779 0 0
GGCAGGCACTTATAATTTGAAAAGGTAAATAAATAAACAGTTAAACCAATATGGAACAAG
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ATTAACATGTCTTCATCAAAGGGCCACCGCACAAACACTGGTTGTCACTAAACGACGACG
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TATCGAGATGGCCCACGAACTTAGCTGAAGATAGCGAGTCAGGGATCCGACCCGCTAGAT
TATTGTAAGACAAATCAAGCGCCACGAAATAGGTCGCGGATCCGAAAACGTCGGGTATGG
TTCCTTCCAACGCATTTCGGCTCAGATTCAAAACACCGAAACCGGAATTGCTTAGAATCG
AACCGGGGATCGGACCGGTTAACGAGTTGCAATCGAGATTCAAAAGAGAGAGCACCTTCA
TGTTACCCACCCATTCCGGTATCGGACCCTCGATATGGTTCCTCGATAGATCCAGATCCG
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CGCCGGACATCCGATTCTCCGCGAGGTTCAGAACGCCGAGCTTGGTGAGTTTGCCGATA

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DS 

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GAGATTCCTTTCCAGTCGGCGAGGACGAAGGAATTGAGCGAGGTTAAGCCGCAAACCGCC
GGGTCAATCGAACCGGTCATATAACCGGACCGGCCTGCTTTTGGAAAATAGCGTCTTCTG
ATTCGCCACGGAGAGAAATATCAGTGACCCGACCCGTGTCCGGATCGCAGCTAATGCCGT
ACCATCCTTTGCAACAGTCTGTGTTTTCGGACCAAGTGTTGAAGATGCCGAGGTTCGGTT
CGCTCAGTGACGACTTGAACGCATTGAGAGCCGTCTGATCGGCAGGCGAGCATGATCGGA
CGATGGAGATGACTGAGATGAAAGTCACGGCGAGTAATGACCAGAGC

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

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ATTGTGAATGGAGCTATCGAAGTTGAAGGAGCTCAGGAGGATATTAAGATGGACCAAGGA
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AATGATGTTGTATCTGAGGAGATAACCGAGCGTGATGAAGGAGCCCTCATGTATCTTAAA
GATATTAAGTGGTGCAAGATTGAGGAACCAAAGGGATTCAAACTTGAGTTTTTCTTCGAC
CAGAACCCTTACTTCAAAAACACCCTGTTAACAAAGGCGTATCACATGATTGATGAGGAT
GAGCCTCTGCTTGAGAAGGCTATTGGGACAGAGATTGATTGGTATCCTGGAAAATGCTTG
ACTCAGAAGATTCTTAAGAAGAAGCCTAAGAAAGGTGCGAAGAATGCCAAGCCAATCACC
AAAACTGAAGATTGTGAAAGTTTCTTCAACTTCTTCAGTCCTCCCCGAGTTCCTGATGAT
GATGAAGACATCGACGAGGACAGAGCTGAAGAACTTCAGAATCTGATGGAACAAGATTAT
GACATTGGTTCTACAATCCGGGAGAAGATTATACCTCACGCTGTCTCATGGTTTACTGGT
GAGGCTATTGAAGGAGAGGAGTTTGACATAGACAATGACGATGAAGATGATGATATTGAT
GAGGACGAAGATGAAGATGAAGAAGATGATGAGGATGAGGAAGAAGAGGATGATGAGGAT
GAGGAGGAAGAAGAAGAAGTAAGCAAGACCAAAAAGAAGCCGTCTATCCTACACAAGAAA
GGAGGCAGGCCACAGCTTAACGATGGACAACAAGGGGAGAGGCCTCCTGAGTGCAAGCAA
CAGTAAAACAAAATTCAAAAGTCGGCCAAAGGAAATGTTGAGTGAAACTACATGTAAGGC
AAAATGTTTGAGGTCTCTGCGCATTGAAGTTTCGACGTAGGCCGAATTGCCTTCTCACGA
GATATTTGATAAAATTATTTTTGGTGTTTCTGCTTTTTGTTTATTTGGATCACTGAGTGA
CTTAAAGTCTTGGTTTTATTACTTGTTTAAAAATTAAAAATATTGTTTTGTACTTTTTTT
TTGGTGGGAATGTTTTGTTACCCTAAATGGTTTACTCTATTTTAGAGTAGATTTACACTA
AAATAGAGTTACTCTAAAATAGAGTGAAGTTTATCTCC


BQ
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AF RR3DI85TF U 1
AF RR3DI85JQ C 614
BS 1 674 RR3DI85TF
BS 675 1238 RR3DI85JQ

RD RR3DI85TF 674 0 0
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GAGGCTATTGAAGG

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DS 

RD RR3DI85JQ 625 0 0
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QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

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TCTTTGCGAATCATCGATTCCCAGTCTTGACTTCTCACTTCTCAGTCACTCTCTGGGTCT
CTAGATTCGACCATGTTACTGTAGTCTCGACCCTATGTCTCTCTCCCGCTATAGAACAAG
GTTTTGTCAATCTCTGTCTCACTCAAATCTATGTATGTGTCTCTGTCTCTCTCGATCTCT
CTCCATCTGCCTCTCTTGATCTCTGTCTATGTCTCTCTCAATCTATATCTCTGTTTTTGT
CTTTATAAATATATGTCTCAGTCTCTCTCGATCTCTGTGTATGTTTCTCTGTTTGTCTCT
TTGTTGAGTTTTCATTGTCTCACTCTTGTCTGTTTTTTCTTCACAGGTACTAACATGGAT
TCCGACAAACAAAACGGTGCTGATGCTGCTGATGGTAGGAAAACCACAACATATTCAAGG
GTTGGTAGTGCTGGTTTTAGTTTACCACGGGCCCGCAAGAAGTTTATGAGGCATTTGCAT
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TGTCTTCCTTTGAGGCGTGCTTACTTAGACGTGTAAGTGATAGTTAATTAGTCCATTTCA
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CCAAGATCTTATGGTTGTGGGTTGATTGTTGTTATTTAAAAGTTAAACTTGAAGTTTGGT
GTTTATTGCAATTTAAACTTGTCTGC


BQ
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AF RR3D291TF U 1
AF RR3D291JQ C 254
BS 1 279 RR3D291TF
BS 280 280 RR3D291JQ
BS 281 624 RR3D291TF
BS 625 926 RR3D291JQ

RD RR3D291TF 624 0 0
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TCTTTGCGAATCATCGATTCCCAGTCTTGACTTCTCACTTCTCAGTCACTCTCTGGGTCT
CTAGATTCGACCATGTTACTGTAGTCTCGACCCTATGTCTCTCTCCCGCTATAGAACAAG
GTTTTGTCAATCTCTGTCTCACTCAAATCTATGTATGTGTCTCTGTCTCTCTCGATCTCT
CTCCATCTGCCTCTCTTGATCTCTGTCTATGTCTCTCTCGATCTATATCTCTGTTTTTGT
CTTTATAAATATATGTCTCAGTCTCTCTCGATCTCTGTGTATGTTTCTCTGTTTGTCTCT
TTGTTGAGTTTTCATTGTCTCACTCTTGTCTGTTTTTTCTTCACAGGTACTAACATGGAT
TCCGACAAACAAAACGGTGCTGATGCTGCTGATGGTAGGAAAACCACAACATATTCAAGG
GTTGGTAGTGCTGGTTTTAGTTTACCACGGGCCCGCAAGAAGTTTATGAGGCATTTGCAT
GATGTGAACTGAGGTGGCCGATTCTAGTGATCAAAATGAAAGCTCATCTACGTTTGATAC
GTTTGAGGCGTAGACGTGAAAAAA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3D291JQ 673 0 0
TCTTGATCTCTGTCTATGTCTCTCTCAATCTATATCTCTGTTTTTGTCTTTATAAATATA
TGTCTCAGTCTCTCTCGATCTCTGTGTATGTTTCTCTGTTTGTCTCTTTGTTGAGTTTTC
ATTGTCTCACTCTTGTCTGTTTTTTCTTCACAGGTACTAACATGGATTCCGACAAACAAA
ACGGTGCTGATGCTGCTGATGGTAGGAAAACCACAACATATTCAAGGGTTGGTAGTGCTG
GTTTTAGTTTACCACGGGCCCGCAAGAAGTTTATGAGGCATTTGCATGATGTGAACTGAG
GTGGCCGATTCTAGTGATCAAAATGAAAGCTCATCTACGTTTGATACGTTTGAGGCGTAG
ACGTGAAAAAACTTAGGTGACCGATTATAGTGATCGAGATGAGAGCTTGTCTTCCTTTGA
GGCGTGCTTACTTAGACGTGTAAGTGATAGTTAATTAGTCCATTTCATTTATTTTCTTAT
CATTTACTAAATTGTTTTACTTAGGGCAGCTGAATCACGTGAGAATGTGCCAAGAACAAG
AGAGAAGACCCTTATGTAATTTGTTTTTAAGTTTAGTTTCAGTTTGGCCAAGATCTTATG
GTTGTGGGTTGATTGTTGTTATTTAAAAGTTAAACTTGAAGTTTGGTGTTTATTGCAATT
TAAACTTGTCTGC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 2 5

CO CL2160Contig1 1081 3 7 U
GAAAGCTCCGAAGTAAAAAAGAAATAGCCATGGCTGGGATAACCAGCACCGTTGGATTCA
ACGCCGTTTTCGCCGGAATCACCAAAACCTTACCATTCTCCGTTGCATCTATCGATTCCA
AACTATACGGTCTCCGTCTCTCCGCCACCGGAGAGCTGCCATTTCCCAATTCTCCTCGCC
GTGGGATCGCCGTAACTTGCCGTTACGGTGGTGGAGGCGGAGGAGGTTATCGCTTCTCTG
GAGACTCTAGGAGAGGTAGGCCGAAAGAGTCGGAAGTAGATGAAGCGCTCGATATCGCCT
CGATTAGGTCAGCTACTGTGAGGCTAATCGATGGGCAACAGAACATGCTTGGTTTAGTGT
CTAAAGACGAAGCTGTTCGAAGAGCTGAAGATGCTGAGCTTGATTTGGTGATACTATCGC
CTGATGCTGATCCTCCGGTTGTTAAAATGATGGATTACAGTAAATATAGATATGAGCAGC
AAAAGAAGAAGAAGGATCAACAAAAGAAAACTACTCGCATGGACTTAAAGGAGCTTAAAA
TGGGTTATAACATTGATCAGCATGATTATTCAGTTCGTATGAAAGCTGCCCAAAAGTTCT
TGCAAGATGGGGACAAGGTTAAGGTGATTGTGAGCATGAAGGGCCGAGAAAACGAGTTTA
GAAATATTGCTATTGAACTCCTCAGACGTTTCCAAACCGAAGTAGGGGAGCTTGCAACTG
AAGAGAGCAAGAACTTTAGGGACAGAAACTTGTTCATCATTTTGGTACCAAACAAAGAAA
TGATCCGGAAACCACAAGAACCATCCTCCAGAAAGAAGAAGAAAATAGCTGCAGAAAATG
AAGTTTCCCCTGCGGAAAACGGAATTTTGACTGCGGGAAATGAAGTTTTGACTGCAGAAA
AATGAAGTTTTGGCTGCAGACATAACGACGGGTCCATAAAATGTCTGTTTGCAAATTTAG
TATGGGAGTTTACATCGTGAGGTTAAGGATTTGAGAGTTAAAAGTTTTGTATATTTATTT
TTTTAGCAGAGCTGTAACAAATAGAACTAGTCCTTACTTGAATGATGCTTTTCGTATATT
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3F730TF U 1
AF RR3FW36TF U 118
AF RR3FQ64JQ C 580
BS 1 610 RR3F730TF
BS 611 715 RR3FW36TF
BS 716 716 RR3FQ64JQ
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BS 804 834 RR3FW36TF
BS 835 1081 RR3FQ64JQ

RD RR3F730TF 613 0 0
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ACGCCGTTTTCGCCGGAATCACCAAAACCTTACCATTCTCCGTTGCATCTATCGATTCCA
AACTATACGGTCTCCGTCTCTCCGCCACCGGAGAGCTGCCATTTCCCAATTCTCCTCGCC
GTGGGATCGCCGTAACTTGCCGTTACGGTGGTGGAGGCGGAGGAGGTTATCGCTTCTCTG
GAGACTCTAGGAGAGGTAGGCCGAAAGAGTCGGAAGTAGATGAAGCGCTCGATATCGCCT
CGATTAGGTCAGCTACTGTGAGGCTAATCGATGGGCAACAGAACATGCTTGGTTTAGTGT
CTAAAGACGAAGCTGTTCGAAGAGCTGAAGATGCTGAGCTTGATTTGGTGATACTATCGC
CTGATGCTGATCCTCCGGTTGTTAAAATGATGGATTACAGTAAATATAGATATGAGCAGC
AAAAGAAGAAGAAGGATCAACAAAAGAAAACTACTCGCATGGACTTAAAGGAGCTTAAAA
TGGGTTATAACATTGATCAGCATGATTATTCAGTTCGTATGAAAGCTGCCCAAAAGTTCT
TGCAAGATGG
GGA

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3FW36TF 717 0 0
G
CAAACTATACGGTCTCCGTCTCTCCGCCACCGGAGAGCTGCCATTTCCCAATTCTCCTCG
CCGTGGGATCGCCGTAACTTGCCGTTACGGTGGTGGAGGCGGAGGAGGTTATCGTTTCTC
TGGAGACTCTAGGAGAGGTAGGCCGAAAGAGTCGGAAGTAGATGAAGCGCTCGATATCGC
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GCCTGATGCTGATCCTCCGGTTGTTAAAATGATGGATTACAGTAAATATAGATATGAGCA
GCAAAAGAAGAAGAAGGATCAACAAAA*AAAACTACTCGCATGGACTTAAAGGAGCTTAA
AATGGGTTATAACATTGATCAGCATGATTATTCAGTTCGTATGAAAGCTGCCCAAAAGTT
CTTGCAAGATGGGGACAAGGTTAAGGTGATTGTGAGCATGAAGGGCCGAGAAAACGAGTT
TAGAAATATTGCTATTGAACTCCTCAGACGTTTCCAAACCGAAGTAGGGGAGCTTGCGAC
TGAAGAGAGCAAGAACTTTAGGGACAGAAACTTGTTCATCATTTTGGTACCAAACAAAGA
AATGATCCGGAAACCACAAGAACCGTCCTCCAGAAAGAAGAAGAAAATAGCTGCAG

QA 2 717 2 717
DS 

RD RR3FQ64JQ 502 0 0
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AGGGCCGAGAAAATGAGTTTAGAAATATTGCTATTGAACTCCTCAGACGTTTCCAAACCG
AAGTAGGGGAGCTTGCAACTGAAGAGAGCAAGAACTTTAGGGACAGAAACTTGTTCATCA
TTTTGGTACCAAACAAAGAAATGATCCGGAAACCGCAAGAACCATCCTCCAGAAAGAAGA
AGAAAATAGCTGCAGAAAATGAAGTTTCCCCTGCGGAAAACGGAATTTTGACTGCGGGAA
ATGAAGTTTTGACTGCAGAAAAATGAAGTTTTGGCTGCAGACATAACGACGGGTCCATAA
AATGTCTGTTTGCAAATTTAGTATGGGAGTTTACATCGTGAGGTTAAGGATTTGAGAGTT
AAAAGTTTTGTATATTTATTTTTTTAGCAGAGCTGTAACAAATAGAACTAGTCCTTACTT
GAATGATGCTTTTCGTATATTG

QA 1 502 1 502
DS 



CO CL2160Contig2 731 2 13 U
GGAAAAAGCTCCGAAGTAAAAAAGAAATAGCCATGGCTGGGATAACCAGCACCGTTGGAT
TCAACGCCGTTTTCGCCGGAATCACCAAAACCTTACCATTCTCCGTTGCATCTATCGATT
CCAAACTATACGGTCTCCGTCTCTCCGCCACCGGCGAGCTGCCATTTCCCAATTCTACTC
GCCGTGGGATCGCCGTCACTTGCCGTTACGGTGGTGGAGGCGGAGGAGGTTATCGTTTCT
CGGAAGACTCTAGGAGAGGTAGACCGAAAGAGACGGAAGTAGATGAAGCGCTCGATATCG
CCTCGATTAGGTCAGCTACTGTGAGGCTAATCGATGGGCAACAGAACATGCTCGGTTTAG
TGTCTAAAGACGAAGCTGTTCGAAGAGCTGAAGATGCTGAGCTTGATTTGGTGATACTAT
CGCCTGATGCTGATCCTCCGGTTGTTAAAATGATGGATTACAGTAAATATAGATATGAGC
AGCAAAAGAAGAAGAAGGATCAACAAAAGAAAACTACTCGCATGGACTTAAAGGAGCTTA
AAATGGGTTATAACATTGATCAGCATGATTATTCAGTTCGTATGAAAGCTGCCCAAAAGT
TCTTGCAAGATGGTGACAAGGTTAAGGTGATTGTGAGCATGAAAGGCCGAGAAAATGAGT
TTAGAAATATTGCTATTGAACTCCTCAGACGTTTCCAACCGAAGTAGGGAGCTTGCACTG
AAGAGAGCAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C585TF U 36
AF RR3FQ64TF U 1
BS 1 243 RR3FQ64TF
BS 244 244 RR3C585TF
BS 245 325 RR3FQ64TF
BS 326 326 RR3C585TF
BS 327 352 RR3FQ64TF
BS 353 353 RR3C585TF
BS 354 358 RR3FQ64TF
BS 359 359 RR3C585TF
BS 360 463 RR3FQ64TF
BS 464 472 RR3C585TF
BS 473 679 RR3FQ64TF
BS 680 680 RR3C585TF
BS 681 731 RR3FQ64TF

RD RR3C585TF 669 0 0
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AGCATGAAGGGCCGAGAAAATGAGTTTAGAAATATTGCTATTGAACTCCTCAGACGTTTC
CAA
ACCGAA

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DS 

RD RR3FQ64TF 731 0 0
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CCAAACTATACGGTCTCCGTCTCTCCGCCACCGGCGAGCTGCCATTTCCCAATTCTACTC
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CCTCGATTAGGTCAGCTACTGTGAGTCTAATCGATGGGCAACAGAACATGCTTGGTTTGG
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CGCCTGATGCTGATCCTCCGGTTGTTAAAATGATGGATTACAG*********ATATGAGC
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TTAGAAATATTGCTATTGA*CTCCTCAGACGTTTCCAACCGAAGTAGGGAGCTTGCACTG
AAGAGAGCAAG

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

CO CL2161Contig1 1057 4 20 U
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CATCATCACCTTTCTTCTACGCGCTTCCCTCTACCGCGTCCAAAACACGCGCCTCACCTC
CACTAACCACAACCGCCTCTTTCTCTACTTCCCGAAGACCGGAGCTTAACCAGAATCACC
GGCGATCAATCAAAGCAATGTCCCGTGACATCCGCAGTCCCGATCCGCCGCAGGTGATGG
AACTGGCAGACGAATCTGATTTCGAGAAGCTTCTCTCGTCGTCGGGGAATCGTATCTCCA
TCACTGGCTTCGGCTCTCTTCTCTCCGAGAGAAGCGCGAGGAGCACTTTCCCGGATTTGG
AGAATTTCAGAGTCGCGAAACTGCAAGGCTTCCGGCGAGTATTCGCCCACGCCGCTCCCA
TCTTCTTCGAGCGCGGCATCGCCAATCTCGAAACTAAGGAGTTCTCAAGCTTGAGTGTTG
AGCCATGTGAAGGAGAGAGCCTTGTGGTTAGTGTCTTTGAGATTAATCAATCTGAGATTC
CTGCTTTTATACAAAGGGAGCTTGAGTTCCGTTTTCTTGCTGTTGTTCCTGAAACATTGC
AAGGCAAACCTTTCACCCATTCTGCGGTACTTTGTGGTAGATACAGTGATGAGGAGTTTT
TCCAGATTAGATGCAAAGGAAACAAAGAGATATACTTTCAACATTATGGAAGATTCAACA
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TGGCAGCTAAGAATTTGGGAGATGAAGCTTACAATAACTTTCTGGATCATACCTTCTTGG
GAGACCGAAGAACAACCATAAGAGAGTATTTAAGCAGCAAAGGTTCTGGGATCATGGAAG
AAGAACCACCTGAGACACTCAAGTCCAGATATGGCGGTTGATCAAACAGATGACTTCTTC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 0 15 15 0 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CY09TF U 1
AF RR3AZ07TF U 9
AF RR3CY09JQ C 242
AF RR3BM92JQ C 293
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CATCATCACCTTTCTTCTACGCGCTTCCCTCTACCGCGTCCAAAACACGCGCCTCACCTC
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TCTTCTTCGAGCGCGGCATCGCCAATCTCGAAACTAAGGAGTTCTCAAGCTTGAGTGTTG
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CTGCTTTTATACAAAGGGAGCTTGAGTTCCGTTTTCTTGCTGTTGTTCCTGAAACATTGC
AAGGCAAACCTTTCACCCATTCTGCGGTACTTTGTGGTAGATACAGTGATGAGGAGTTTT
TCCAGATTAGATGCAAAGGAAACAAAGAGATATACTTTCA*CATTATGGAAGATTCAACA
TTGA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3AZ07TF 848 0 0
GG
ACACTTGACACGTCTTCTTCCTCCAATGACTGTTCTCTCACTCACACTCGCATCATCACC
TTTCTTCTACGCGCTTCCCTCTACCGCGTCCAAAACACGCGCCTCTCCTCCGCTGACCAC
AACCGCCTCTTTCTCTATTTCCCGAAGACCGGAGCTTAACCAGAATCACCGGCGATCAAT
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CGAATCTGATTTCGAGAAACTTCTCTCGTCGTCGGGGAATCGAATCTCCATCACCGGCTT
CGGCTCTCTTCTCTCCGAGAGAAGCGCGAGGAGCACTTTCCCGGATTTGGAGAATTTCAG
AGTCGCGAAACTGCAAGGCTTCCGGCGAGTATTCGCCCACGCCGCTCCCATCTTCTTCGA
GCGCGGCATCGCCAATCTCGAAACTAAGGAGTTCTCAAGCTTGAGTGTTGAGCCATGTGA
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ACAAAGGGAGCTTGAGTTCCGTTTTCTTGCTGTTGTTCCTGAAACATTGCAAGGCAAACC
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ATGGCGGGACGACGTCTTACCTTGTCGTCTCTATCTAAGACACTGTGTGTTGGCAGCTAA
GAATTTGGGAGATGAAGCTTACAATAACTTTCTGGATCATACCTTCTTGGGAGATCGAAG
A
CAACC

QA 3 843 3 843
DS 

RD RR3CY09JQ 779 0 0
ACTGGCAGACGAATCTGATTTCGAGAAGCTTCTCTCGTCGTCGGGGAATCGTATCTCCAT
CACTGGCTTCGGCTCTCTTCTCTCCGAGAGAAGCGCGAGGAGCACTTTCCCGGATTTGGA
GAATTTCAGAGTCGCGAAACTGCAAGGCTTCCGGCGAGTATTCGCCCACGCCGCTCCCAT
CTTCTTCGAGCGCGGCATCGCCAATCTCGAAACTAAGGAGTTCTCAAGCTTGAGTGTTGA
GCCATGTGAAGGAGAGAGCCTTGTGGTTAGTGTCTTTGAGATTAATCAATCTGAGATTCC
TGCTTTTATACAAAGGGAGCTTGAGTTCCGTTTTCTTGCTGTTGTTCCTGAAACATTGCA
AGGCAAACCTTTCACCCATTCTGCGGTACTTTGTGGTAGATACAGTGATGAGGAGTTTTT
CCAGATTAGATGCAAAGGAAACAAAGAGATATACTTTCAACATTATGGAAGATTCAACAT
TGACAAGATATGGCGGGACGACATCTTACCTTGTCGTCTCTATCTAAGACACTGTGTGTT
GGCAGCTAAGAATTTGGGAGATGAAGCTTACAACAACTTTCTGGATCATACCTTCTTGGG
AGACCGAAGAACAACCATAAGAGAGTATTTAAGCAGCAAAGGTTCTGGGATTATGGAAGA
AGAACCACCTGAGACACTCAAGTCCAGATATGGCGGTTGATCAAACAGTTGACTTCTTCA
CCTATTCTTCTTCTATCAAACTCAAAAAATAAAAATATAAACCGATAGGTATTTAT
GTT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3BM92JQ 765 0 0
G
ATCTCCATCACTGGCTTCGGCTCTCTTCTCTCCGAGAGAAGCGCGAGGAGCACTTTCCCA
GATTTGGAGAACTTCAGAGTCGCGAAACTGCAAGGCTTCCGACGAGTATTCGCCCACGCC
GCTCCCATCTTCTTCGAGCGCGGCATCGCCAATCTCGAAACTAAGGAGTTCTCAAGCTTG
AGTGTTGAGCCATGTGAAGGAGAGAGCCTTGTGGTTACTGTCTTTGAGATTAATCAATCT
GAGATTCCTGCTTTTATACAAAGGGAGCTTGATTTCCGTTTTCTTGCTGTTGTTCCTGAA
ACATTGCAAGGCAAACCTTTCACCCATTCTGCGGTACTTTGTGGTAGATACAGTGATGAG
GAGTTTTTCCAGATTAGATGCAAAGGACACAAAGAGATATACTTTCAACATTATGGAAGA
TTCAACATTGACAAGATATGGCGGGACGACATCTTACCTTGTCGTCTCTATTTAAGACAC
TGTGTGTTGGCAGCTAAGAATTTGGGAGACGAAGCTTACAATAACTTTCTGGATCATACC
TTCTTGGGAGACCGAAGAACAACCATAAGAGAGTATTTAAGCAGCACAGGTTCTGGGATC
ATGGAAGAAGAACCACCTGAGACACTCAAGTCCAGATATGGCGGTTGATCAAACAGATTG
CTTCTTCACCTATTCTCCTTCTATCATACTCAAAAAA*ATAAATATAAACTGATATGTAT
TTATTATCTGGTTAAGGTTTGATATAATAAATAAATGTTTGCTC

QA 2 765 2 765
DS 



AS 1 5

CO CL2162Contig1 982 5 15 U
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CCCGATGATTCCGCTCCAGCGACTGCAGTAGTCTCCGCCGATGCGACGGAGCATAAAGCG
ATCGGAGTGATAGAGTCGGTGGAGGAAGCAGTAGGAGGAGCAGAGAAATGGGTGGATGAT
TTGCAGCGGACGGTGAAGGAATCGACGGATTCCGCCATGCGCTCCGCTCGTTCTCTCCGT
GAGAACTCCACCTCTCACTTCCGATCTATTCAGGATTTCATTCCACATGCTTTGAATCAG
TATAAGACCTATGAGAATGCTTTCTTCAGTAAAGTTACAGAGGAATTGGGAAACGCAAAG
GAGCATCCAGCTGCTGCTGCTGGAATTGGTTTCGCTGCTGGTCTCGTTCTTTTGCGAGGG
CCAAGAAGATTCTCGTTTCGTCATACTCTGGGTCGATTTCAGAGCGAAGAGTCACAGTTC
TTGAGAGCTGAGAAGCATGTCCAGGAGTTGAACATGTCTGTGGACTTGATGAAAAAGGAA
AGCATGAAATTGCTTGAGAGGTCGGCTTTAGCAGAGAAGGATATGAAACGCGGTCTTT*C
TGAACTCATGGACTCTGGAAACAATATACATCGTCTTGCTAAGTCTGTCCACAAG*GTTG
AATGCGAAGCTGCAGATTTAATGGAAGGACTACGACAAATTCCTGGAAG*GGAAGCTATC
AAGCTTAGAGCCGAAGTGGCTTCCATGACTTCGCTCCTGAGACAGAAGAGGATTGCATTG
AACAAAAGGATCATGAGGATGTCTGAGCTTGGAGTTCCGGTCTAATATACAACACAAAAC
CACCATGTCTTTAGTTTTTCTCTCCACAAGGTATTTCAAGCATGTTCTCGTCAATAAACA
TCTAACTCTGTCTGAAAAACAAAACCTTAGCATGAGATCGAAATTTGTCTACTGTTCCTG
ATATTTGAAATTTGAGACCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DR05TF U 18
AF RR3B736TF U 1
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AF RR3H768TF U 433
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QA 3 747 3 747
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CCCGATGATTCCGCTCCAGCGACTGCAGTAGTCTCCGCCGATGCGACGGAGCATAAAGCG
ATCGGAGTGATAGAGTCGGTGGAGGAAGCAGTAGGAGGAGCAGAGAAATGGGTGGATGAT
TTGCAGCGGACGGTGAAGGAATCGACGGATTCCGCCATGCGCTCCGCTCGTTCTCTCCGT
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AAGCTTAGGGCCGAAGTGGCTTCCATGACTTCGCTCCTGAGACAGAAGAGGATTGCATTG
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QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3GC40TF 266 0 0
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TAATATACAACACAAAACCACCATGT

QA 1 266 1 266
DS 

RD RR3DR05JQ 735 0 0
TCCA
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TGCTGCTGCTGGAATTGGTTTCGCTGCTGGTCTCGTTCTTTTGCGAGGGCCAAGAAGATT
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QA 5 735 5 735
DS 

RD RR3H768TF 550 0 0
TT
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GCATGTCCAGGAGTTGAACATGTCTGTGGACTTGATGAAAAAGGAAAGCATGAAATTGCT
CGAGAGGTCGGCTTTAGCAGAGAAGGATATGAAACGCGGTCTTT*CTGAACTCATGGACT
CTGGAAACAATATACATCGTCTTGCTAAGTCTGTCCACAAG*GTTGAATGCGAAGCTGCA
GATTTAATGGAAGGACTACGACAAATTCCTGGAAG*GGAAGCTATCAAGCTTAGAGCCGA
AGTGGCTTCCATGACTTCGCTCCTGAGACAGAAGAGGATTGCATTGAACAAAAGGATCAT
GAGGATGTCTGAGCTT**AGTTCCGGTCTAATACACAACACAAAACCACCATGTCTTTAG
TTTTTCTCTCCACAAGGTATTTCAAGCATGTTCTCGTCAATAAACGTCTAACTCTGTCTG
AAAAACAAAACCTTAGCATGAGATCGAAATTTGTCTACTGTTCCTGATATTTGAAATTTG
AGACCGTT

QA 3 550 3 550
DS 



AS 1 5

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AAGCGTTTCATTGTCTTTTCCCTTTGTTTGCTTATGGTTCTTGAAGCCACAAAGGGTTTA
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AGGAGCCACCAAACCATAGCTAGGAGCTTTGAAGAGAAGGCAAAGAGGTTTAACGTGTTC
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CTCAATAGATTTGGTGACATGACGACTGAGGAATTTAGAAGATCATACGCTGGTTCGAAC
ATCAAACATCATAGGATGCTTAAAGGTGCAAGACGAGCAACAGAAAATTTCATGTATGCA
AATGTTAATGCTCTCCCGACCTCAGTTGATTGGAGAAAGAATGGAGCTGTCACTCCTATC
AAAAACCAAGGACAATGCGGGAGCTGCTGGGCGTTTTCGACAGTTGTGGCAGTGGAAGGG
ATCAACCAAATAAGAACGAAACGGTTGACATCACTATCAGAACAAGAGCTAGTGGATTGT
GATACGAATGAGAACCAAGGGTGTAATGGAGGTCTGATGGACCTGGCTTTTGAGTTCATC
AAGGAGAAAGGAGGACTAACGAGCGAGCTAGTGTACCCTTACCAAGCTTCTGATGAAACT
TGTGACAAAAATAAGGAAAATGCTCCGGTCGTTTCAATCGATGGACACGAAGATGTTCCT
GAGAACAGTGAGGATGATCTAATGAAAGCTGTTGCTAATCAGCCTGTCTCTGTTGCCATT
GATGCTGGAAGTTCAGACTTCCAGTTCTACTCCGAGGGAGTGTTTACAGGGCGATGTGGA
ACAGAACTAAATCATGGAGTCGCAGCCGTCGGTTATGGAACAACGATTGATGGAACAAAG
TACTGGATCGTTAAGAACTCTTGGGGAGAGGAATGGGGAGAAAAAGGGTACATAAGGATG
CAAAGAGGAACCCGTCATAAGGAAGGTCTATGTGGTATTGCTATGGAGGCTTCTTATCCT
CTCAAGAACTCCAACACAAATCCTTCTGGACCTTCCTCCGCCACGCTAAAGGATGAACTT
TAAAGTTCTTTATATTAATATCTACAAGAAAATAATAAGTTTGATTATCATTTGTTTATG
ATGTCTTGTTTCCTTTCATACAGAAAAATGTCTTGTTTGTTTTTCTTTGTTGTGAAACTT
GAGAATAGAATCTATGTTTCTTATTATTAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DR59TF U 1
AF RR3DR59JQ C 68
AF RR3DP44TF U 321
AF RR3DP44JQ C 802
AF RR3AW20TF U 902
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AAGCACAACGTGAGGCACATCCACGAGACCAACAAGAAGGAAAAACCTTACAAGCTCAAG
CTCAATAGATTTGGTGACATGACGACTGAGGAATTTAGAAGATCATACGCTGGTTCGAAC
ATCAAACATCATAGGATGCTTAAAGGTGCAAGACGAGCAACAGAAAATTTCATGTATGCA
AATGTTAATGCTCTCCCGACCTCAGTTGATTGGAGAAAGAATGGAGCTGTCACTCCTATC
AAAAACCAAGGACAATGCGGGAGCTGCTGGGCGTTTTCGACAGTTGTGGCAGTGGAAGGG
ATCAACCAAATAAGAACGAAACGGTTGACATCACTATCAGAACAAGAGCTAGTGGATTGT
GATACGAATGAGAAC

QA 1 615 1 615
DS 

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ATGAAAAAGATTTGGAATCGGAGGATAGCTTGTGGGAGCTGTACGAGCGGTGGAGGAGCC
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ATGCTCTCCCGACCTCAGTTGATTGGAGAAAGAATGGAGCTGTCACTCCTATCAAAAACC
AAGGACAATGCGGGAGCTGCTGGGCGTTTTCGACAGTTGTGGCAGTGGAAGGGATCAACC
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GAGCTGCTGGGCGTTTTCGACAGTTGTGGCAGTGGAAGGGATCAACCAAATAAGAACGAA
ACGGTTGACATCACTATCGGAACAAGAGCTAGTGGATTGTGATACGAATGAGAACCAAGG
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AATGAAAGCTGTTGCTAATCAGCCTGTCTCTGTTGCCATTGATGCTGGAAGTTCAGACTT
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TTGGGGAGAGGAATGGGGAGA

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TGGGGAGAGGAATGGGGAGAAAAAGGGTACATAAGGATGCAAAGAGGAATCCGTCATAAG
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CCTTTTGGACCTTCCTCCGCCACGCTAGAGGATGAACTTTAAAGTTCTTTATATTAATAT
TTACA

QA 1 365 1 365
DS 

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TCAAGAACTCCAACACAAATCCTTCTGGACCTTCCTCCGCCACGCTAAAGGATGAACTTT
AAAGTTCTTTATATTAATATCTACAAGAAAATAATAAGTTTGATTATCATTTGTTTATGA
TGTCTTGTTTCCTTTCATACAGAAAAATGTCTTGTTTGTTTTTCTTTGTTGTGAAACTTG
AGAATAGAATCTATGTTTCTTATTATTAATC

QA 1 391 1 391
DS 



AS 2 5

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TTGGGGAGGCTTGCCAACACTTAGGAGCTGTCCGACCATTCCATTTACCTGCCAGTACTT
GGAAACACAACGGTCAATACAACTGTTTTCACCCATGTTTAACTCAGCTTCCTTGTACCT
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TTCCATCTCCGTTTGTGCCATGTTAAACGCCTGATCCTTAGTAATGCCGGCGGGAATTGG
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TGTCTCCCTCTTTTCTCTTACCC


BQ
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AF RR3GP52JQ U 205
AF RR3AB86JQ U 1
AF RR3AB86TF C 1
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AAAAAAAAGAAAAGCGTTTTTGATCCTCCATGAGCTTTTGGTCTATAACGAGACTCACTG
TTGGGGAGGCTTGCCAACACTTAGGAGCTGTCCGACCATTCCATTTACCTGCCAGTACTT
GGAAACACAACGGTCAATACAACTGTTTTCACCCATGTTTAACTCAGCTTCCTTGTACCT
TTTATCCACACATTTAACAAAGCATGTTTGAGCAAGCTTGTTGAAAAGTTCCACACGATA
TTCCATCTCCGTTTGTGCCATGTTAAACGCCTGATCCTTAGTAATGCCGGCGGGAATTGG
ACTGGGAGTAGCCATCTTAGCAATATTTTCTCAAAAAAATGAAAAACAAAGTTTATGTTC
TGTCTCCCTCTTTTCTCTTACCC

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR3AB86TF 443 0 0
ATGATGCAACTTTCTTTGTTTGACAACAAAAACAATTAAGATTGGCTTAAGACTTTAAGA
AGAAGAAAGAAGAGCGTTTTTGATCCTCCATGAGCTTTTGGTCTATAACGAGACTCACTG
TTGTGGAGGCTTGCCAACACTTAGGAGCTGTCCGACCATTCCATTTACCTGCCAGTACTT
GGAAACACAACGGTCAATACAACTGTTTTCACCCATGTTTAACTCAGCTTCCTTGTACCT
TTTATCCACACATTTAACAAAGCATGTTTGAGCAAGCTTGTTGAAGAGTTCCACACGATA
TTCCATCTCCGTTTGTGCCATGTTAAACGCCTGATCCTTAGTAATGCCGGCGGGAATTGG
ACTGGGAGTAGCCATCTTAGCAATATTTTCTCAAAAAAATGAAGAACAAAGTTTATGTTC
TGTCTCCCTCTTTTCTCTTAC
CC

QA 1 441 1 441
DS 



CO CL2164Contig2 501 2 4 U
TTCATCTCTTATAAATAAAGTCTCAGAGAATTGCATAATTTGTCCAAATAAACGCCAAAA
ATATATGATGCAACTTTCTTTGTTTGACAACAAAAACAATTAAGATTGGCTTAAAACTAA
GAGCGTTTTTGATTCTCCATGAGCTTTTGGTCTATAACGGGGACTCACTGTTGTGGAGGC
TTGCCAACACTTAGGAGCTGTCCGACCATTCCATTTACCTGCCAGTACTTGGAAACACAA
CGGTCAATACAACTGTTTTCACCCATGTTTAACTCAGCTTCCTTGTACCTTTTATCCACA
CATTTAACAAAGCAGGTTTGAGCAAGCTTGTTGAAGAGTTCCACACGATATTCCATCTCT
GTTTGTGCCATGTTAAACGCCTGATCCTTAGTAATGCCGGCGGGAATTGGACTGGGAGTA
GCCATCTTAGCAATACTTTCTCAAAAAGTGAAGAACAAAGCTTCTGTTCTGGCTCCCTCG
TTTCTCTTACAGCCGAACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GP52TF C 1
AF RR3CT55JQB U 126
BS 1 134 RR3GP52TF
BS 135 248 RR3CT55JQB
BS 249 249 RR3GP52TF
BS 250 501 RR3CT55JQB

RD RR3GP52TF 335 0 0
TTCATCTCTTATAAATAAAGTCTCAGAGAATTGCATAATTTGTCCAAATAAACGCCAAAA
ATATATGATGCAACTTTCTTTGTTTGACAACAAAAACAATTAAGATTGGCTTAAAACTAA
GAGCGTTTTTGATTCTCCATGAGCTTTTGGTCTATAACGGG*ACTCACTGTTGTGGAGGC
TTGCCAACACTTAGGAGCTGTCCGACCATTCCATTTACCTGCCAGTACTTGGAAACACAA
CGGTCAATACAACTGTTTTCACCCATGTTTAACTCAGCTTCCTTGTACCTTTTATCCACA
CATTTAACAAAGCAGGTTTGAGCAAGCTTGTTGAA

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR3CT55JQB 376 0 0
TTTTTGACT
CTCCATGAGCTTTTGGTCTATAACGGGGACTCACTGTTGTGGAGGCTTGCCAACACTTAG
GAGCTGTCCGACCATTCCATTTACCTGCCAGTACTTGGAAACACAACGGTCAATGCAACT
GTTTTCACCCATGTTTAACTCAGCTTCCTTGTACCTTTTATCCACACATTTAACAAAGCA
GGTTTGAGCAAGCTTGTTGAAGAGTTCCACACGATATTCCATCTCTGTTTGTGCCATGTT
AAACGCCTGATCCTTAGTAATGCCGGCGGGAATTGGACTGGGAGTAGCCATCTTAGCAAT
ACTTTCTCAAAAAGTGAAGAACAAAGCTTCTGTTCTGGCTCCCTCGTTTCTCTTACAGCC
GAACCCC

QA 10 376 10 376
DS 



AS 1 4

CO CL2165Contig1 495 4 4 U
GGAGCGGCGGAAGAATCGGTGGTCAAGCGTTTCGGTCTTCAGCTCCTCGGCCTCCTCCTA
GAATTAACAACCGATCGAGGACCAACATCTACGTGAATCCTCAGGTTGCACCACCTTTGA
TCGGTGGCTATGGATATGGCTACGGCGGTTGGGGATGGTCACCATTTTCTTACTTTGCCC
CCGGTCCTGCGGTAGCAGTTGGTGGCGGCGGTGGCTTCGACCTCCTCGTTCTCTTCATGT
TTTTTGGAGCCGCTTCAGCCGTGGCCAGAAACATTTTCCGGTCAAGAGATGAAGAAGATG
ACGAAGATGACTATTAGGGCTGGGAAAGAATAAAATCAGAGAGGCATGTCTTATTACAAA
CATAGTCGAATATACGATTTTGTGTTAAAAGTTAATGATGGAAAAGACGGTTTGTAATTT
GTAAACCTTGAGACAATTTACTAAAGAAAAATCTGAAAAACTTATATAGCTAAACTCAAA
TTGAAACATTCTCAG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH33TF U 1
AF RR3EH33JQ C 1
AF RR3E334TF U 341
AF RR3EF76JQ C 112
BS 1 1 RR3EH33JQ
BS 2 355 RR3EH33TF
BS 356 455 RR3E334TF
BS 456 495 RR3EF76JQ

RD RR3EH33TF 355 0 0
G
GAGCGGCGGAAGAATCGGTGGTCAAGCGTTTCGGTCTTCAGCTCCTCGGCCTCCTCCTAG
AATTAACAACCGATCGAGGACCAACATCTACGTGAATCCTCAGGTTGCACCACCTTTGAT
CGGTGGCTATGGATATGGCTACGGCGGTTGGGGATGGTCACCATTTTCTTACTTTGCCCC
CGGTCCTGCGGTAGCAGTTGGTGGCGGCGGTGGCTTCGACCTCCTCGTTCTCTTCATGTT
TTTTGGAGCCGCTTCAGCCGTGGCCAGAAACATTTTCCGGTCAAGAGATGAAGAAGATGA
CGAAGATGACTATTAGGGCTGGGAAAGAATAAAATCAGAGAGGCATGTCTTATT

QA 2 355 2 355
DS 

RD RR3EH33JQ 465 0 0
GGAGCGGCGGAAGAATCGGTGGTCAAGCGTTTCGGTCTTCAGCTCCTCGGCCTCCTCCTA
GAATTAACAACCGATCGAGGACCAACATCTACGTGAATCCTCAGGTTGCACCACCTTTGA
TCGGTGGCTATGGATATGGCTACGGCGGTTGGGGATGGTCACCATTTTCTTACTTTGCCC
CCGGTCCTGCGGTAGCAGTTGGTGGCGGCGGTGGCTTCGACCTCCTCGTTCTCTTCATGT
TTTTTGGAGCCGCTTCAGCCGTGGCCAGAAACATTTTCCGGTCAAGAGATGAAGAAGATG
ACGAAGATGACTATTAGGGCTGGGAAAGAATAAAATCAGAGAGGCATGTCTTATTACAAA
CATAGTCGAATATACGATTTTGTGTTAAAAGTTAATGATGGAAAAGACGGTTTGTAATTT
GTAAACCTTGAGACAATTTACTAAAGAAAA
ATCTGAAAAACTTAT

QA 1 450 1 450
DS 

RD RR3E334TF 115 0 0
GAGGCATGTCTTATTACAAACATAGTCGAATATACGATTTTGTGTTAAAAGTTAATGATG
GAAAAGACGGTTTGTAATTTGTAAACCTTGAGACAATTTACTAAAGAAAAATCTG

QA 1 115 1 115
DS 

RD RR3EF76JQ 384 0 0
CACCTTTGATCGGTGGCTATGGATATGGCTACGGCGGTTGGGGATGGTCACCATTTTCTT
ACTTTGCCCCCGGTCCTGCGGTAGCAGTTGGTGGCGGCGGTGGCTTCGACCTCCTCGT*C
TCTTCATGTTTTTTGGAGCCGCTTCAGCCGTGGCCAGAAACATTTTCCGGTCAAGAAATG
AAGAAGATGACGAAGATGACTATTAGGGCTGGGAAAGAATAAAATCAGAGAGGCATGTCT
TATTACAAACATAGTCGAATATACGATTTTGTGTTAAAAGTTAATGATGGAAAGGACGGT
TTGTAATTTGTAAACCTTGAGACAATTTACTAAAGAAAAATCTGAAAAACTTATATAGCT
AAACTCAAATTGAAACATTCTCAG

QA 1 384 1 384
DS 



AS 1 5

CO CL2166Contig1 1326 5 13 U
AGCTCAACTTCAACTTTTGATTAACCAAATAAGAGTACACATGATTTTACACCACAAAGG
TTTCAACCACACTTACAACAAAGAGGTTAGTATCATCTAGAATCACTACTTGGATCCTAC
ACTACCAATCTGAACCTTTGCTGCAATTTTAACCCCAATGAACACAATACTATTCCCACG
ACTCAGGAATAGCAGGTTCTTAACCTCCTACTTGGACCAAGAAGACGAGAGCATTGTAGA
CTGAAGGTGTTCATCGTTAACCAAGATACCACATTGACGCTTGGCATCAGTCTCCTGAGG
ATCTGAATGCTGCACCAGACCAACACCTCAACACCTCTCGGTGCATCTCTTGACTGGACC
AACACCCTTGGTCTGAAAGCTTCACCCCTATGCCAACAAAACATTTCTACCTCCTAAATT
CGACCCAATGGTGCGACCAACATTTACTAACGCAAGAGGATAACTGAACTACTCCCGAGT
ACATTCAAAATTTACCTATCGAT*CCATAAGATCAGCAGTTAAGTATATGAACCGATAGT
TTCTTCACCAAAGGTGCATTCTCGAGCTAGCGTCATCGTCTTGGTGTTCTGTGTTGCGAC
CCTCAGCCAAAGCAAACGGACACAGCGATCCGTAATGAAAGTCGGGTCTTGACTAACGGC
ACGAGTCGGTGTGTAACATATCCATGCTTTCAGAGAAGCGGAGCCCTTACCCTCCCTTAA
AGATAGTATCTTTTTGTCGCTGAGGTTTAAGCCTCTCGCCACGAACCGTCTCTGTCTTCA
CACTTTCGTTCAGCCACCCAGTCGGCGGAGGCCTTGGTTCGTGTGGTCTCCGAGAATCGA
GAGACCATACTCTGTCGCCTTACTTTCCGGTATCTCCTCCTCTCATCTCACCGCCAAGAC
GGACCTAGATCCATGAGAAGGGAGGCGTCTCCCGAAATCACGCGCCGTCGCCACGCCGGA
TATGCCGGAGATCTGAAAAGGGAAAACCAGATCCGGTTTTTCCGCAACCCTAAAAGCCGA
CTCTCTCACCCACTGCCGTCTCTTCAACCTCACCGCTACTCCAGGTCACGACGAGATTCA
CCACCGTCAGTCTTGAATCAAAGCTTCAGATGGGTTTCCCTAACCCAGAATAGATCGAGT
ATCTCGGCCAAATAAACCGACAGGGATACAGAGAGCAAAAGAAAAAAAGAGATAAAGGGG
AAGAGGATTCCTCCGGCACCGGATTAGCCGGGCCGGAGTTAGGGTTCACCGGAGATGGGT
TTGTTCTTCTAGTTGTCGAGAGAGAGAAGAGGTCACTTAATATTACACTGTCTGCTTTGT
TCTCCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 5 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3A839JQ U 231
AF RR3BN95JQ U 1
AF RR3B812JQ U 1
AF RR3A839TF C 463
AF RR3B812TF C 581
BS 1 383 RR3B812JQ
BS 384 384 RR3BN95JQ
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TCTCCTGAGGATCTGAATGCTGCACCAAACCAACACCTCAACACCTCTCGGTGCATCTCT
TGACTGGACCAACACCCTTGGTCTGAAAGCTTCCCCCCTATGCCAACAAAACATTTCTAC
CTCCTAAATTCGACCCAATGGTGCGACCAACATTTACTAACGCAAGAGGATAACTGAACT
ACTCCCGAGTACATTCAAAATTTACCTATCGAT*CCATAAGATCAGCAGTTAAGTATATG
AACCGATAGTTTCTTCACCAAAGGTGCATTCTCGAGCTAGCGTCATCGTCTTGGTGTTCT
GTGTTGCGACCCTCAGCCAAAGCAAACGGACACAGCGATCCGTAATGAAAGTCGGGTCTT
GACTAACGGCACGAGTCGGTGTGTAACATATCCATGCTTTCAGAGAAGCGGAGCCCTTAC
CCTCCCTTAAAGATAGTATCTTTTTGTCGCTGAGGTTTAAGCCTCTCGCCACGAACCGTC
TCTGTCT

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DS 

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AA
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TCAACCACACTTACAACAAAGAGGTTAGTATCATCTAGAATCACTACTTGGATCCTACAC
TACCAATCTGAACCTTTGCTGCAATTTTAACCCCAATGAACACAATACTATTCCCACGAC
TCAGGAATAGCAGGTTCTTAACCTCCTACTTGGACCAAGAAGACGAGAGCATTGTAGACT
GAAGGTGTTCATCGTTAACCAAGATACCACATTGACGCTTGGCATCAGTCTCCTGAGGAT
CTGAATGCTGCACCAGACCAACACCTCAACACCTCTCGGTGCATCTCTTGACTGGACCAA
CACCCTTGGTCTGAAAGCTTCACCC*TATGCCAACAAAACATTTCTACCTCCTAAATTCG
ACCCAATGGTGCGACCAACATTTACTAACGCAAGAGGATAACTGAACTACTCCCGAGTAC
ATTCAAAATTTACCTATCGATTCCATAAGATCAGCAGTTAAGTATATGAACCGATAGTTT
CTTCACCAAAGGTGCATTCTCGAGCTAGCGTCATCGTCTTGGTGTTCTGTGTTGCGACCC
TCAGCCAAAGCAAACGGACACAGCGATCCGTAATGAAAGTCGGGTCTTGACTAACGGCAC
GAGTCGGTGTGTAACATATCCATGCTTTCAGAGAAGCGGAGCCCTTACCCTCCCTTAAAG
ATAGTATCTTTTTGTCGCTGAG

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DS 

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TTTCAACCACACTTACAACAAAGAGGTTAGTATCATCTAGAATCACTACTTGGATCCTAC
ACTACCAATCTGAACCTTTGCTGCAATTTTAACCCCAATGAACACAATACTATTCCCACG
ACTCAGGAATAGCAGGTTCTTAACCTCCTACTTGGACCAAGAAGACGAGAGCATTGTAGA
CTGAAGGTGTTCATCGTTAACCAAGATACCACATTGACGCTTGGCATCAGTCTCCTGAGG
ATCTGAATGCTGCACCAGACCAACACCTCAACACCTCTCGGTGCATCTCTTGACTGGACC
AACACCCTTGGTCTGAAAGCTTCGCCCCTATGCCAACAAAACATTTCTACCTCCTAAATT
CGACCCAATGGTGCGACCAACATTTACTAACGCAAGAGGATAACTGAACTACTCCCGAGT
ACATTCAAAATTTACCTATCGATTCCATAAGATCAGCAGTTAAGTATATGAACCGATAGT
TTCTTCACCAAAGGTGCATTCTCGAGCTAGCGTCATCGTCTTGGTGTTCTGTGTTGCGAC
CCTCAGCCAAAGCAAACGGACACAGCGATCCGTAATGAAAGTCGGGTCTTGACTAACGGC
ACGAGTCGGTGTGTAACATATCCATGTTTTCAGAGAAGCGGAGCCCTTACCCTCCCTTAA
AGATAGTATCTTTTTGTCGCTGAGGTTTAAGCCTCTCGCCACGAACCGTCTCTGTCTTCA
CACTTTCGTTCAGCCACCCA

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DS 

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GGTGTTCTGTGTTGCGACCCTCAGCCAAAGCAAACGGACACAGCGATCCGTAATGAAAGT
CGGGTCTTGACTAACGGCACGAGTCGGTGTGTAACATATCCATGCTTTCAGAGAAGCGGA
GCCCTTACCCTCCCTTAAAGATAGTATCTTTTTGTCGCTGAGGTTTAAGCCTCTCGCCAC
GAACCGTCTCTGTCTTCACACTTTCGTTCAGCCACCCAGTCGGCGGAGGCCTTGGTTCGT
GTGGTCTCCGAGAATCGAGAGACCATACTCTGTCGCCTTACTTTCCGGTATCTCCTCCTC
TCATCTCACCGCCAAGACGGACCTAGATCCATGAGAAGGGAGGCGTCTCCCGAAGTCACG
CGCCGTCGCCACGCCGGATATGCCGGAGATCTGAAAAGGGAAAACCAGATCCGGTTTTTC
CGCAACCCTAAAAGCCGACTCTCTCACCCACTGCCGTCTCTTCAACCTCACCGCTACTCC
AGGTCACGACGAGATTCACCACCGTCAGTCTTGAATCAAAGCTTCAGATGGGTTTCCCTA
ACCCAGAATAGATCGAGTATCTCGGCCAAATAAACCGACAGGGATACAGAGAGCAAAAGA
AAAAAAGAGATAAAGGGGAAGAGGGTTCCTCCGGCACCGGATTAGCCGGGCCGGAGTTAG
GGTTCACCGGAGATGGGTTTGTTCTTCTAGTTGTCGAGAGAGAGAAGAGGTCACTTAATA
TTACACTGTCT
CC

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DS 

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TTGGTGTTCTGTGTTGCGACCCTCAGCCAAAGCAAACGGACACAGCGATCTGTAATGAAA
GTCGGGTCTTGACTAACGGCACGAGTCGGTGTGTAACATATCCATGTTTTCAGAGAAGCG
GAGCCCTTACCCTCCCTTAAAGATAGTATCTTTTTGTCGCTGAGGTTTAAGCCTCTCGCC
ACGAACCGTCTCTGTCTTCACACTTTCGTTCAGCCACCCAGTCGGCGGAGGCCTTGGTTC
GTGTGGTCTCCGAGAATCGAGAGACCATACTCTGTCGCCTTACTTTCCGGTATCTCCTCC
TCTCATCTCACCGCCAAGACGGACCTAGATCCATGAGAAGGGAGGCGTCTCCCGAAATCA
CGCGCCGTCGCCACGCCGGATATGCCGGAGATCTGAAAAGGGAAAACCAGATCCGGTTTT
TCCGCAACCCTAAAAGCCGACTCTCTCACCCACTGCCGTCTCTTCAACCTCACCGCTACT
CCAGGTCACGACGAGATTCACCACCGTCAGTCTTGAATCAAAGCTTCAGATGGGTTTCCC
TAACCCAGAATAGATCGAGTATCTCGGCCAAATAAACCGACAGGGATACAGAGAGCAAAA
GAAAAAAAGAGATAAAGGGGAAGAGGATTCCTCCGGCACCGGATTAGCCGGGCCGGAGTT
AGGGTTCACCGGAGATGGGTTTGTTCTTCTAGTTGTCGAGGGAGAGAAGAGGTCACTTAA
TATTACACTGTCTGCTTTGTTCTCCC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 5

CO CL2167Contig1 1233 5 9 U
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ATTCTCTAGTATAAGAAGAACAGTCAAAAACATTCCCAAATATGCAGCAGCTCAGTTCTA
TATAGACAATGTTTTGCCACGAATCAAGGAGAAGAAAATAATGGCCTTGAAGCCTTTCGT
AGATCGACTTGGGTATGACAATGTACCTCAAGAAATCAACAGGTTACGATGCCGTGTAAA
CTATCATGCTCTCAAATTTCTCCCTGAGATCGAGCAGATGGCTGATTCTCTCGTTTCAAG
AATGAGAAATCGCACTGGAAATCCAATTCCCTATATGGCTCTTCATCTTAGATTCGAGAA
AGGAATGGTTGGTTTATCCTTTTGTGATTTTGTGGGGACAAGAGAAGAGAAAGCTAGAAT
GGCAGAGTACAGACAAAAGGAATGGCCTAGGCGCTTCAAGAATGGTTCCCATCTCTGGCA
GCTCGCCTTGCAGAAGCGCAAAGAAGGTCGATGCCCTCTTGAGCCAGGAGAAGTTGCTGT
GATCCTACGTGCAATGGGTTATCCAAAAGAAACACAAATCTATGTAGCATCTGGTCAAGT
CTACGGAGGCCAAAACCGTATGGCTCCACTAAGAAACATGTTCCCAAATTTGGTAACAAA
GGAGGATTTAGCACGCAAAGAGGAACTAGCGAGCTTCAGAAAGCACGTAACTAGCCTTGC
TGCTCTAGATTTCTTGGTATGTTTGAAGTCAGATGTGTTTGTGATGACACACGGTGGAAA
CTTTGCAAAACTGATCATTGGAGCTAGGAGATATATGGGTCATCGTCAGAAATCAATCAA
ACCGGATAAAGGGTTGATGTCGAAATCATTTGGGGATCCTTACATGGGGTGGGCAACGTT
TGTGGAAGATGTAGTTGTAACCCATCAAACAAGGACCGGTTTGCCTGAAGAAACTTTCCC
TAACTACGATCTTTGGGAGAATCCTCTCACTCCATGTATGTGTAAAGCTTGATGATGCTT
TTGTGTTTGCATTACGAGCTGGTTGGATTTAAGATAAAAAGAAGAGGAGATGAGTTTGGT
CTGGATTTTGTGGGAGGAGCAAGAGACTAGATATTTGGTAGTTTGTTTTCTTCCTTTTCC
CTTATTTTTAACCCTTTAAAAGCCTTTTCTTTGTAATCATTTTGACATTATGTAAAGTTG
CTAGTGAAGAGTAAAAAAAAGAGTTACAAAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DQ03TF U 1
AF RR3GN48TF U 91
AF RR3GN48JQ C 696
AF RR3BD59JQ C 816
AF RR3BD59TF U 816
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BS 788 822 RR3GN48TF
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RD RR3DQ03TF 787 0 0
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ATTCTCTAGTATAAGAAGAACAGTCAAAAACATTCCCAAATATGCAGCAGCTCAGTTCTA
TATAGACAATGTTTTGCCACGAATCCAGGAGAAGAAAATAATGGCCTTGAAGCCTTTCGT
AGATTGACTTGGGTATGACAATGTACCTCAAGAAATCAACAGGTTACGATGCCGTGTAAA
CTATCATGCTCTCAAATTTCTCCCTGAGATCGAGCAGATGGCTGATTCTCTCGTTTCAAG
AATGAGAAATCGCACTGGAAATCCAATTCCCTATATGGCTCTTCATCTTAGATTCGAGAA
AGGAATGGTTGGTTTATCCTTTTGTGATTTTGTGGGGACAAGAGAAGAGAAAGCTAGAAT
GGCAGAGTACAGACAAAAGGAATGGCCTAGGCGCTTCAAGAATGGTTCCCATCTCTGGCA
GCTCGCCTTGCAGAAGCGCAAAGAAGGTCGATGCCCTCTTGAGCCAGGAGAAGTTGCTGT
GATCCTACGTGCAATGGGTTATCCAAAAGAAACACAAATCTATGTAGCATCTGGTCAAGT
CTACGGAGGCCAAAACCGTATGGCTCCACTAAGAAACATGTTCCCAAATTTGGTAACAAA
GGAGGATTTAGCACGCAAAGAGGAACTAGCGAGCTTCAGAAAGCACGTAACTAGCCTTGC
TGCTCTAGATT*CTTGGTATGTTTGAAGTCAGATGTGTTTGTGATGACACACGGTGGAAA
CTTTGCA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3GN48TF 732 0 0
G
ATTCCCAAATATGCAGCAGCTCAGTTCTATATAGACAATGTTTTGCCACGAATCAAGGAG
AAGAAAATAATGGCCTTGAAGCCTTTCGTAGATCGACTTGGGTATGACAATGTACCTCAA
GAAATCAACAGGTTACGATGCCGTGTAAACTATCATGCTCTCAAATTTCTCCCTGAGATC
GAGCAGATGGCTGATTCTCTCGTTTCAAGAATGAGAAATCGCACTGGAAATCCAATTCCC
TATATGGCTCTTCATCTTAGATTCGAGAAAGGAATGGTTGGTTTATCCTTTTGTGATTTT
GTGGGGACAAGAGAAGAGAAAGCTAGAATGGCAGAGTACAGACAAAAGGAATGGCCTAGG
CGCTTCAAGAATGGTTCCCATCTCTGGCAGCTCGCCTTGCAGAAGCGCAAAGAAGGTCGA
TGCCCTCTTGAGCCAGGAGAAGTTGCTGTGATCCTACGTGCAATGGGTTATCCAAAAGAA
ACACAAATCTATGTAGCATCTGGTCAAGTCTACGGAGGCCAAAACCGTATGGCTCCACTA
ATAAACATGTTCCCAAATTTGGTAACAAAGGAGGATTTAGCAGGCAAAGAGGAACTAGCG
AGCTTCAGAAAGCACGTAACTAGCCTTGCTGCTCTAGATTTCTTGGTATGTTTGAAGTCA
GATGTGTTTGTGATGACACACGGTGGAAACTTTGCAAAACTGATCATTGGAGCTAGGAGA
TATATGGGTCA

QA 2 732 2 732
DS 

RD RR3GN48JQ 517 0 0
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TGTTTGTGATGACACACGGTGGAAACTTTGCAAAACTGATCATTGGAGCTAGGAGATATA
TGGGTCATCGTCAGAAATCAATCAAACCGGATAAAGGGTTGATGTCGAAATCATTTGGGG
ATCCTTACATGGGGTGGGCAACGTTTGTGGAAGATGTAGTTGTAACCCATCAAACAAGGA
CCGGTTTGCCTGAAGAAACTTTCCCTAACTACGATCTTTGGGAGAATCCTCTCACTCCAT
GTATGTGTAAAGCTTGATGATGCTTTTGTGTTTGCATTACGAGCTGGTTGGATTTAAGAT
AAAAAGAAGAGGAGATGAGTTTGGTCTGGATTTTGTGGGAGGAGCAAGAGATTAGATATT
TGGTAGTTTGTTTTCTTCCTTTTCCCTTATTTTTAACCCTTTAAAAGCCTTTTCTTTGTA
ATCATTTTGACATTATGTAAAGTTGCTAGTGAAG
GGT

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3BD59JQ 418 0 0
G
GGGTCATCGTCAGAAATCAATCAAACCGGATAAAGGGTTGATGTCGAAATCATTTGGGGA
TCCTTACATGGGGTGGGCAACGTTTGTGGAAGATGTAGTTGTAACCCATCAAACAAGGAC
CGGTTTGCCTGAAGAAACTTTCCCTAACTACGATCTTTGGGAGAATCCTCTCACTCCATG
TATGTGTAAAGCTTGATGATGCTTTTGTGTTTGCATTACGAGCTGGTTGGATTTAAGATA
AAAAGAAGAGGAGATGAGTTTGGTCTGGATTTTGTGGGAGGAGCAAGAGACTAGATATTT
GGTAGTTTGTTTTCTTCCTTTTCCCTTATTTTTAACCCTTTAAAAGCCTTTTCTTTGTAA
TCATTTTGACATTATGTAAAGTTGCTAGTGAAGAGTAAAAAAAAGAGTTACAAAGAT

QA 2 418 2 418
DS 

RD RR3BD59TF 418 0 0
G
GGGTCATCGTCAGAAATCAATCAAACCGGATAAAGGGTTGATGTCGAAATCATTTGGGGA
TCCTTACATGGGGTGGGCAACGTTTGTGGAAGATGTAGTTGTAACCCATCAAACAAGGAC
CGGTTTGCCTGAAGAAACTTTCCCTAACTACGATCTTTGGGAGAATCCTCTCACTCCATG
TATGTGTAAAGCTTGATGATGCTTTTGTGTTTGCATTACGAGCTGGTTGGATTTAAGATA
AAAAGAAGAGGAGATGAGTTTGGTCTGGATTTTGTGGGAGGAGCAAGAGACTAGATATTT
GGTAGTTTGTTTTCTTCCTTTTCCCTTATTTTTAACCCTTTAAAAGCCTTTTCTTTGTAA
TCATTTTGACATTATGTAAAGTTGCTAGTGAAGAGTAAAAAAAAGAGTTACAAAGAT

QA 2 418 2 418
DS 



AS 1 5

CO CL2168Contig1 608 5 21 U
GGAACAAATAATATTCAAATCAGTAAACTAATAAAAATGGAGAGAGCTTTGTGCATCAAA
CCAACCATTCTTCCTCTTTCTTCACCACTTTTTTCTCCAAAGATAACTCTTCTTCCTCCT
CAAACCATCACAAACACTAAGGGTTCAAGACTCTCATCTCTTAGATCAAATGCATCATCT
CCTTTAACCTCTGATCCTCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTTTCCCAGCC
GAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATATGCATGTTCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAG
CTTGAAACAAAGCCCATCTCCCGTCCCGTGACTTCTTCAGAGAACAACGTAGACCGAGAA
TACCTAGAGTATAACACCCCCAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCCTGCGATGATCTCGGA
GGAGAGCTCTGTGAACCTGGCTATCAGAAAGATGTCTATTAGAGGAAGCAAAGATTTGAT
GTGATGTTGATATGTGTTTGTATGTATCTCTCTCTGCTAATATAAGCTAGTTTCACTTAA
TCAAGACTAAAATTGTGAATCAAACCCCAAGTTCCAAAGTTAATAAAACAGTAATGATTT
ATCAATAC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 
35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 20 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 35 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO18TF U 1
AF RR3DO18JQ C 1
AF RR3CL17TF U 8
AF RR3DT60JQ C 1
AF RR3DT60TF U 1
BS 1 36 RR3DO18TF
BS 37 37 RR3CL17TF
BS 38 93 RR3DO18TF
BS 94 94 RR3CL17TF
BS 95 123 RR3DO18TF
BS 124 124 RR3CL17TF
BS 125 169 RR3DO18TF
BS 170 170 RR3CL17TF
BS 171 201 RR3DO18TF
BS 202 202 RR3CL17TF
BS 203 232 RR3DO18TF
BS 233 233 RR3CL17TF
BS 234 242 RR3DO18TF
BS 243 243 RR3CL17TF
BS 244 264 RR3DO18TF
BS 265 265 RR3CL17TF
BS 266 279 RR3DO18TF
BS 280 426 RR3CL17TF
BS 427 427 RR3DT60TF
BS 428 602 RR3CL17TF
BS 603 608 RR3DO18JQ

RD RR3DO18TF 279 0 0
GGAACAAATAATATTCAAATCAGTAAACTAATAAAA*TGGAGAGAGCTTTGTGCATCAAA
CCAACCATTCTTCCTCTTTCTTCACCACTTTTT*CTCCAAAGATAACTCTTCTTCCTCCT
CAA*CCATCACAAACACTAAGGGTTCAAGACTCTCATCTCTTAGATCAA*TGCATCATCT
CCTTTAACCTCTGATCCTCTC*CCGTTGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTT*CCCAGCC
GA*GCATGTGAAGTGATCAGCGGA*ATGCATGTTCAGCT

QA 1 279 1 279
DS 

RD RR3DO18JQ 608 0 0
GGAACAAATAATATTCAAATCAGTAAACTAATAAAAATGGAGAGAGCTTTGTGCATCAAA
CCAACCATTCTTCCTCTTTCTTCACCACTTTTTTCTCCAAAGATAACTCTTCTTCCTCCT
CAAACCATCACAAACACTAAGGGTTCAAGACTCTCATCTCTTAGATCAAATGCATCATCT
CCTTTAACCTCTGATCCTCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTTTCCCAGCC
GAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATATGCATGTTCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAG
CTTGAAACAAAGCCCATCTCCCGTCCCGTGACTTCTTCAGAGAACAACGTAGACCGAGAA
TACCTAGAGTATAACACCCCCAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCCTGCGATGATCTCGGA
GGAGAGTTCTGTGAACCTGGCTATCAGAAAGATGTCTATTAGAGGAAGCAAAGATTTGAT
GTGGTGTTGATATGTGTTTGTATGTATCTCTCTCTGCTAATATAAGCTAGTTTCACTTAA
TCAAGACTAAAATTGTGAATCAAACCCCAAGTTCCAAAGTTAATAAAACAGTAATGATTT
ATCAATAC

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3CL17TF 595 0 0
GG
AATATTCAAATCAGTAAACTAATAAAAATGGAGAGAGCTTTGTGCATCAAACCAACCATT
CTTCCTCTTTCTTCACCACTTTTTTCTCCAAAGATAACTCTTCTTCCTCCTCAAACCATC
ACAAACACTAAGGGTTCAAGACTCTCATCTCTTAGATCAAATGCATCATCTCCTTTAACC
TCTGATCCTCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTTTCCCAGCCGAAGCATGT
GAAGTGATCAGCGGATATGCATGTTCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACA
AAGCCCATCTCCCGTCCCGTGACTTCTTCAGAGAACAACGTAGACCGAGAATACCTAGAG
TATAACACCCCCAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCCTGCGATGATCTCGGAGGAGAGTTC
TGTGAACCTGGCTATCAGAAAGATGTCTATTAGAGGAAGCAAAGATTTGATGTGATGTTG
ATATGTGTTTGTATGTATCTCTCTCTGCTAATATAAGCTAGTTTCACTTAATCAAGACTA
AAATTGTGAATCAAACCCCAAGTTCCAAAGTTAATAAAACAGTAATGATTTAT

QA 3 595 3 595
DS 

RD RR3DT60JQ 603 0 0
GGAACAAATAATATTCAAATCAGTAAACTAATAAAAATGGAGAGAGCTTTGTGCATCAAA
CCAACCATTCTTCCTCTTTCTTCACCACTTTTTTCTCCAAAGATAACTCTTCTTCCTCCT
CAAACCATCACAAACACTAAGGGTTCAAGACTCTCATCTCTTAGATCAAATGCATCATCT
CCTTTAACCTCTGATCCTCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTTTCCCAGCC
GAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATATGCATGTTCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAG
CTTGAAACAAAGCCCATCTCCCGTCCCGTGACTTCTTCAGAGAACAACGTAGACCGAGAA
TACCTAGAGTATAACACCCCCAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCCTGCGATGATCTCGGA
GGAGAGCTCTGTGAACCTGGCTATCAGAAAGATGTCTATTAGAGGAAGCAAAGATTTGAT
GTGATGTTGATATGTGTTTGTATGTATCTCTCTCTGCTAATATAAGCTAGTTTCACTTAA
TCAAGACTAAAATTGTGAATCGAACCCCAAGTTCCAAAGTTAATAAAACAGTAATGATTT
AT
C

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3DT60TF 603 0 0
GGAACAAATAATATTCAAATCAGTAAACTAATAAAAATGGAGAGAGCTTTGTGCATCAAA
CCAACCATTCTTCCTCTTTCTTCACCACTTTTTTCTCCAAAGATAACTCTTCTTCCTCCT
CAAACCATCACAAACACTAAGGGTTCAAGACTCTCATCTCTTAGATCAAATGCATCATCT
CCTTTAACCTCTGATCCTCTCACCGTTGACTATGACTCCCTCCTTTCTGTTTTCCCAGCC
GAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGATATGCATGTTCAGCTGACATCTACCCTGAAGTCAAG
CTTGAAACAAAGCCCATCTCCCGTCCCGTGACTTCTTCAGAGAACAACGTAGACCGAGAA
TACCTAGAGTATAACACCCCCAAAACTGTTTTCGTCGCGGAGGCCTGCGATGATCTCGGA
GGAGAGCTCTGTGAACCTGGCTATCAGAAAGATGTCTATTAGAGGAAGCAAAGATTTGAT
GTGATGTTGATATGTGTTTGTATGTATCTCTCTCTGCTAATATAAGCTAGTTTCACTTAA
TCAAGACTAAAATTGTGAATCGAACCCCAAGTTCCAAAGTTAATAAAACAGTAATGATTT
AT
C

QA 1 602 1 602
DS 



AS 2 5

CO CL2169Contig1 764 2 4 U
GGATACTCGAGATCATTGAAAAATCAAGAGAGAGAGAGAGAAAGTCTTTTCTCTCTAGTG
TCTCTCCTTCAACCTCTGAAAACCCTAAAGCCGCCGCCTCTTTTTTCCAGATCCGGTGGA
GGAGCTTGACGGTAAGCTTACCGTTTCGAGTCTCCTTCGCCACCCCTGCTCTGTTCTGTT
ACTTGCCTCGCCCCTAGATCGACTTGTCTCTCTTCTCTTTTTTGTTTGAGTCTCTGGATT
TTCGTCGGAGTGGCGAATCTACAGTGAAACCTTAGTGTCTTGGGTATCTCTGGAGCTCAA
GCGAGGAGATCAGTGACGGCTCCGTCTTTGGGTCCTTAGCCACTTTTTCTCGTGGTCGAC
AGAGACTGGATCTGGGTCAGATCTAGTTCCAAGAGTTCGCCGGTGAGCTGTAGCGTCGCT
GCCTCCTGTTCTCCGGTTCCTTCTCTTTTCCTGTTGACGTTTCAGCATGGTGGGTATGTG
GTTAAGGTCTTTAGAGCTTCTCCTCTCTGTTACAGAGTAAGGCGTTTTTCAAGGCAAAAC
GCTGAGAACCTCTTCTCATAGTTTCAAGCATCAGCAGACATGGAAGTCCTTTGTTAGTGG
GTAGCTGGCTCGTCTCTATAGGGTGAGCTCTAGCCACCGTGGACCTTCCTGTTTTGAGGA
GTTGTTTACTCCTCCTGCATCTCACCTCCGATTGAAGCTTCCGGTAGTTCTTTGAGATCT
TTGTGGTTGCATGTGCTTATCTATTGATCGCGTGCCGGTTGGGA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E903TF U 1
AF RR3F379TF U 1
BS 1 486 RR3E903TF
BS 487 487 RR3F379TF
BS 488 532 RR3E903TF
BS 533 764 RR3F379TF

RD RR3E903TF 532 0 0
GGATACTCGAGATCATTGAAAAATCAAGAGAGAGAGAGAGAAAGTCTTTTCTCTCTAGTG
TCTCTCCTTCAACCTCTGAAAACCCTAAAGCCGCCGCCTCTTTTTTCCAGATCCGGTGGA
GGAGCTTGACGGTAAGCTTACCGTTTCGAGTCTCCTTCGCCACCCCTGCTCTGTTCTGTT
ACTTGCCTCGCCCCTAGATCGACTTGTCTCTCTTCTCTTTTTTGTTTGAGTCTCTGGATT
TTCGTCGGAGTGGCGAATCTACAGTGAAACCTTAGTGTCTTGGGTATCTCTGGAGCTCAA
GCGAGGAGATCAGTGACGGCTCCGTCTTTGGGTCCTTAGCCACTTTTTCTCGTGGTCGAC
AGAGACTGGATCTGGGTCAGATCTAGTTCCAAGAGTTCGCCGGTGAGCTGTAGCGTCGCT
GCCTCCTGTTCTCCGGTTCCTTCTCTTTTCCTGTTGACGTTTCAGCATGGTGGGTATGTG
GTTAAG*TCTTTAGAGCTTCTCCTCTCTGTTACAGAGTAAGGCGTTTTTCAA

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR3F379TF 764 0 0
GGATACTCGAGATCATTGAAAAATCAAGAGAGAGAGAGAGAAAGTCTTTTCTCTCTAGTG
TCTCTCCTTCAACCTCTGAAAACCCTAAAGCCGCCGCCTCTTTTTTCCAGATCCGGTGGA
GGAGCTTGACGGTAAGCTTACCGTTTCGAGTCTCCTTCGCCACCCCTGCTCTGTTCTGTT
ACTTGCCTCGCCCCTAGATCGACTTGTCTCTCTTCTCTTTTTTGTTTGAGTCTCTGGATT
TTCGTCGGAGTGGCGAATCTACAGTGAAACCTTAGTGTCTTGGGTATCTCTGGAGCTCAA
GCGAGGAGATCAGTGACGGCTCCGTCTTTGGGTCCTTAGCCACTTTTTCTCGTGGTCGAC
AGAGACTGGATCTGGGTCAGATCTAGTTCCAAGAGTTCGCCGGTGAGCTGTAGCGTCGCT
GCCTCCTGTTCTCCGGTTCCTTCTCTTTTCCTGTTGACGTTTCAGCATGGTGGGTATGTG
GTTAAGGTCTTTAGAGCTTCTCCTCTCTGTTACAGAGTAAGGCGTTTTTCAAGGCAAAAC
GCTGAGAACCTCTTCTCATAGTTTCAAGCATCAGCAGACATGGAAGTCCTTTGTTAGTGG
GTAGCTGGCTCGTCTCTATAGGGTGAGCTCTAGCCACCGTGGACCTTCCTGTTTTGAGGA
GTTGTTTACTCCTCCTGCATCTCACCTCCGATTGAAGCTTCCGGTAGTTCTTTGAGATCT
TTGTGGTTGCATGTGCTTATCTATTGATCGCGTGCCGGTTGGGA

QA 1 764 1 764
DS 



CO CL2169Contig2 1253 3 19 U
GCTAAATTGTAAATGTCATTAAGTAAATAATGATGGATTGATTACAAGTTTGAGCCTGCA
ATCCAGTTTGCTCGAGAGCCAAACCGATGCTTAGAGCCGCAAAAAAAGTTTAAAAAGAAC
TCTAAACATCACAAGTTCAATGCATGTCAAACATAGCCAAGCAATGAAACACAAATCAGC
AACAAACAACAGCAATATAGTTCCTAATCGAAGCACTTCCTACACCCAAGAAGGACATAG
GAGAAGGTCCAAAGGGCTATGATTTACCACGGTTAACCCGGAGGTCTCTCGTTAAGCGAC
AACGGACGGCTGGCAAGACACGCTCCGGTGCTAGTCGAGGAGGACCGCGTTGAAAACAAT
CGCCTGGCGACCACTCGGAGATAGGACTTCATGACCAAACAAACGGACGCACACACTTGC
TTGAAGCACAATTCTGATCAAGCGCAGGCGGTACAATACACTCCCAAACCGGCCACGCGA
TCAATAGGATAAGCACGTGCATCCACAAAAGGTCTCAAAGAACTAACCGGAAGCTTCAAT
CGGAGGTGAGATGCAGGAGGAGTAAACAACTCCTCAAAACAGGAAGGTCCACGGTGGCTA
GAGCTCACCCTTTAGAGACGAGCCAGCTACCCACTAACAAAGGGCTTCCATGTCTGCTGA
AGCTTGAAACTATGAGAAGAGGTTCTCAGCGTTTTGCCTTGAAAAACGCCTTACTCTGTA
ACAGAGAGGAGAAGCTCTAAAGACCTTAACCACATATCCACCATGCTGAAACGTCAACAG
GAGAAGAGAAGGAACCGGAGAACAGGAGGCAGCGACGCTACAGCTCACCGGCGAACTCTT
GGAACTAGATCTGACCCAGATCCAGTCTCTGTCGACCACGAGAGAAAGTGGCTAAGGACC
CAAAGACGGAGCCGTCACTGATCTCCTCGCTTGAGCTCCAGAGATACCCAAGACACTAAG
GTTTCACTGTAGATTCGCCACACCGACGAAAATCCAGAGACTCAAACAAGGAGGAGAAGA
GAGACAAGTCGATCTAGGGGTGAGGCAAGTAACAGAACAGAGCAGGGGTGGCGAAGGAGA
CTCGAAACGGTAAGCTTACCGTCAAGCTCCTCCACCGAATCTGGAAAAAAGAGACGGCGG
CTTTAGGGTTTTCAGAGGTTGAAGGAGAGACACTAGAGAGAAAAGACTTTCTCTCTCTCT
CCCACCGTAGAAAGGAGGTTTTTGCAAACGTCTTCCTCGTGGTCGTGGAGCCC


BQ
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AF RR3F379JQ U 1
AF RR3C117JQ U 17
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TCAATGCATGTCAAACATAGCCAAGCAATGAAACACAAATCAGCAACAAACAACAGCAAT
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GC
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QA 3 782 3 782
DS 



AS 1 4

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TCCTCCTCCTCATAAGTTCCTCTCCGGCGAAAACCCTCAAAATCATCGATGGCAAGTATG
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GTGTC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 10 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3AX78TF U 1
AF RR3C342TF U 116
AF RR3D524TF U 414
AF RR3AX78JQ C 340
BS 1 169 RR3AX78TF
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BS 171 332 RR3AX78TF
BS 333 333 RR3C342TF
BS 334 657 RR3AX78TF
BS 658 760 RR3C342TF
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BS 762 805 RR3C342TF
BS 806 806 RR3D524TF
BS 807 811 RR3C342TF
BS 812 812 RR3D524TF
BS 813 834 RR3C342TF
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BS 879 932 RR3D524TF
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BS 934 1013 RR3D524TF
BS 1014 1145 RR3AX78JQ

RD RR3AX78TF 657 0 0
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CTCGGTTGTCGCCTCCAAGGCAAAAATCACTTCCGTGAACAGCTCTCCAGGCACCGCACC
CTTATGAATGTTTTTGACAAGGCCCCTATCGTCGATAAGGACGCTTTCGTTGCTCCTAGC
GCTTCTCTCATTGGCAATGTCCATCTCGGACCTGCCTCTTCCATTTGGTATGGATGTGTC
TTGCGAGGAGATGCTAACACCATCACTGTCGGAGCTGGGACCAATATCCAAGACAACTCC
CTTGTCCACGTTGCCAAGTCCAACTTAAACGGCAAGGTCTTGCCTACTCTCATTGGTGAC
TATGTCACTATTGGTAACAGTGCTGTTTTACATGGCTGCACTCTCGAAGACGAGTCTTAC
ATTGGTGCTAGTGCAGCCGTCTTGGATGGCGCTCATGTTGAGAAGCATGCCATCGTTGAG
TCTGGAGCTCTTGTCCGGCAGAACACTCGAATTCCCTCCGGCGAG*TTTGGGGAGGG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3C342TF 763 0 0
GTATGGGGAGAGCATTGTACAGCGTAGGATTCTGGATCCGGGAAACTGGTCAAGCCCTTG
ATCGTCTCGGTTGTCGCCTCCAAGGCAAAAATCACTTCCGTGAGCAGCTCTCCAGGCACC
GCACCCTTATGAATGTTTTTGACAAGGCCCCTATCGTCGATAAGGACGCTTTCGTTGCTC
CTAGCGCTTCTCTCATTGGCAATGTCCATCTCGGACCAGCCTCTTCCATTTGGTATGGAT
GTGTCTTGCGAGGAGATGTTAACACCATCACTGTCGGAGCTGGGACCAATATCCAAGATA
ACTCCCTTGTCCACGTTGCCAAGTCCAACTTAAACGGCAAGGTCTTGCCTACTCTCATTG
GTGACTATGTCACTATTGGTAACAGTGCTATTTTACATGGCTGCACTCTCGAAGACGAGT
CTTACATTGGTGCTAGTGCAACCGTCTTGGATGGCGCTCATGTTGAGAAGCATGCCATCG
TTGAGTCTGGAGCTCTTGTTAGGCAGAACACTCGAATTCCCTCCGGCGAGGTTTGGGGAG
GGAATCCAGCTAGATTTCTGAGGAAGGTGACTGAAGAAGAAAGGGCCTTCTTCTCTACTT
CGGCTGCGGATTATTCCAACTTAGCTCAAGTTCACGCTGCACAAA*CTCAAAGAACTTGG
ACGACACTGATTTCAAGAAGCTCCTTTACA*GAAGA*CGCACGGGATGCAGAATATGAT*
CAGTACTCAG*TGATCTACTACCCAAAGCAGCTTGAGACTACT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3D524TF 600 0 0
G
AACTCCCTTGTCCACGTTGCCAAGTCCAACTTAAACGGCAAGGTCTTGCCTACTCTCATT
GGTGACTATGTCACTATTGGTAACAGTGCTATTTTACATGGCTGCACTCTCGAAGACGGG
TCTTACATTGGTGCTAGTGCAACCGTCTTGGATGGCGCTCATGTTGAGAAGCATGCCATC
GTTGAGTCTGGAGCTCTTGTTAGGCAGAACACTCGAATTCCCTCCGGCGAGGTTTGGGGA
GGGAATCCAGCTAGATTTCTGAGGAAGGTGACTGAAGAAGAAAGGGCCTTCTTCTCTACT
TCGGCTGCGGATTATTCCAACTTAGCTCAAGTTCACGCTGCACAAAACTCAAAGAACTTG
GACGACACTGATTTCAAGAAGCTCCTTTACAAGAAGAACGCACGGGATGCAGAATATGAT
TCAGTACTCAGGTGATCTACTACCCAAAGCAGCTTGAGACTACTCTTTACGAAGACCAGA
AATTCATTTCCTGCTTCTCCAATAAAGTTTTCTTGTAA*ATGAAAGAAAAAAAAAGTTGG
AACCTTTTCTTCTGATTGTTTTCTATAATAAAATTTGTTGGATCAGACATTTCTCGCAT

QA 2 600 2 600
DS 

RD RR3AX78JQ 806 0 0
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ACCAATATCCAAGACAACTCCCTTGTCCACGTTGCCAAGTCCAACTTAAACGGCAAGGTC
TTGCCTACTCTCATTGGTGACTATGTCACTATTGGTAACAGTGCTGTTTTACATGGCTGC
ACTCTCGAAGACGAGTCTTACATTGGTGCTAGTGCAGCCGTCTTGGATGGCGCTCATGTT
GAGAAGCATGCCATCGTTGAGTCTGGAGCTCTTGTCCGGCAGAACACTCGAATTCCCTCC
GGCGAG*TTTGGGGAGGGAATCCAGCTAGACTTCTGAGGAAGGTGACTGAAGAAGAAAGG
GCCTTCTTCTCTACTTCGGCTGCGGATTATTCCAACTTAGCTCAAGTTCACGCTGCACAA
AACTCAAAGAACTTGGACGACACTGATTTCAAGAAGCTTCTTTACAAGAAGAACGCACGG
GATGCAGAATACGATTCACTACTCAG*TGATCTACTACCCAAAGCAGCTTGAGACTACTC
TTTACGAAGACCAGAAATTCATTTCCTGCTTCTCCAATAAAGTTTTCTTGTAACATGAAA
GAAAAAAAA*GTTGGAACCTTTTCTTCTGATTGTTTTCTATAATAAAATTTGTTGGATCA
GAC*TTTCTCGCATTGAGGCTGACCTTCGGCTTTCATATGCTAAAATACAGCACTGCTTC
TGTATGGAAAATGCTCGTTAGTTTTCATGCTTCAGTTGTCATCTTAAACACTGTATACTA
TATTTAAAAAGTTACTGTTTTGTGTC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 4

CO CL2171Contig1 1011 4 31 U
GGATATTCACAAAACAATCACCAAAACATGGCTCTCGCAAAAATCTCCTCAATCATTTTC
CTCTGCCTCTTAGGTTTCTATTCTAAAACCGTTAAGTCTCAGAACTGCGGTTGTGCCTCG
GGCATATGCTGTAGTCAGTACGGTTATTGCGGTACTGGACCAGACTACTGTGGTTCAGGT
TGCCGATCAGGTCCTTGCACTGGCAGTGGCACCCAAGGCAATAGTCTTGGTTCCATTGTG
TCACAAGCTTTCTTTAACAATATTATCAACCGAGCTGATAATGGCTGCGCCGGAAAAAGA
TTCTACACACGTGATTCTTTCATTAATGCCGCTAATACGTTCCCCAACTTTGCTAATTCC
GTTACTAGGCGTGAAATTGCAACTATGTTTGCTCATTTCACCCAGGAGGTCGGATATTTC
TGCTACATAGAAGAGATAAACGGAGCGTCACGAAACTATTGCGACGACAGGAATTTCCCA
CAATACCCATGTGCACCGGGTAAAACCTACTACGGTCGTGGTCCGATTCAGCTATCATGG
AATTACAACTACGCACAGTGTGGTCAGAGTCTCGGTCAGGATCTTCTACGTCAGCCCGAG
CTAGTAAGCAGCAATCCAACTCTAGCTTTCAGGACAGCTTTGTGGTTTTGGGTGAATAAC
GTAA*GGCCGGTACTAAACCAAGGATTTGGAGCCACCATTAGGGCCATCAATGGAGACTT
AGAGTGTAATGGTAGGAGTCCAGAAAAGGTTAATGCAAGGATTAGCTACTACAGAGACTA
CTGTGGGCAGCTTGGTGTGGACCCTGGTCCTAACCTTAGCTGCGAAAAAGCTCTTTAATT
GGTGACTATTGTTGGACCTTAGTGTTTATGCTGAAACAAATAAATGAGATGATAAAATTA
AATCTCATGCATGTAATTTGTGTTGGGTTTCAATGTTTCCTGCTCCACAAGCAAAAAAAA
TTGTAGTTGTCTTATGTAAGTGAATTTTACATTAATAAATGTCTGAGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW88TF U 1
AF RR3B845TF U 199
AF RR3B845JQ C 71
AF RR3BW88JQ C 294
BS 1 84 RR3BW88TF
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BS 122 123 RR3BW88TF
BS 124 124 RR3B845JQ
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BS 461 464 RR3B845TF
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BS 750 759 RR3B845TF
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BS 803 952 RR3B845JQ
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RD RR3BW88TF 659 0 0
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TGCGTATGCTGTAGTCAGTACGGTTATTGCGGTACTGGACCAGACTATTGTGGTTCAGGT
TGCCGATCAGGTCCTTGCACTGGCAGTGGCACTCAAGGCAATAGTCTTGGTTCCATTGTG
TCACAAGCTTTCTTTAACAATATTATCAACCGAGCTGATAATGGCTGCGCCGGAAAAAGA
TTCTACACACGTGATTCTTTCATTAATGCCGCTAATACGTTCCCCAACTTTGCTAATTCC
GTTACTAGGCGTGAAATTGCAACTATGTTTGCTCATTTCACCCAGGAGGTCGGATATTTC
TGCTACATAGAAGAGATAAACGGAGCGTCACGAAACTATT****CGACAGGAATTTCCCA
CAATACCCATGTGCACCGGGTAAAACCTACTACGGTCGTGGTCCGATTCAGCTATCATGG
AATTACAACTACGCACAGTGTGGTCAGAGTCTCGGTCAGGATCTTCTACGTCAGCCTGAG
CTAGTAAGCAGCAATCCAACTCTAGCTTTCAGGACAGCTTTGTGGTTTTGGGTGAATAA

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3B845TF 603 0 0
ACTGGCAGTGGCACCCAAGGCAATAGTCTTGGTTCCATTGTGTCACAAGCTTTCTTTAAC
AATATTATCAACCGAGCTGATAATGGCTGCGCCGGAAAAAGATTCTACACACGTGATTCT
TTCATTGGTGCCGCTAATACGTTCCCCAACTTTGCTAATTCCGTTACTAGGCGTGAAATT
GCAACTATGTTTGCTCATTTCACCCAGGAGGTCGGATATTTCTGCTACATAGAAGAGATA
AACGGAGCGTCACGAAACTATTGCGACGACAGGAATTTCCCACAATACCCATGTGCACCG
GGTAAAACCTACTACGGTCGTGGTCCGATTCAGCTATCATGGAATTACAACTACGCACAG
TGTGGTCAGAGTCTCGGTCAGGATCTTCTACGTCAGCCCGAGCTAGTAAGCAGCAATCCA
ACTCTAGCTTTCAG*ACAGCTTTGTGGTTTTGGGTGAATAACGTAAAGGCCGGTACTAAA
CCAAAGATTTGGAGCCACCATTAGGGC*ATCAATGGAGACTTAGAGTGTAATGGTAG*AG
TCCAGAAAAG*TTAATGCAAG*ATTAGCTACTACAGAGACTACTGTGGGCAGCTTGGTGT
GGA

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3B845JQ 882 0 0
TAGGTTTCTATTCTAAAACCGTTAAGTCTCAGAACTGCGGTTGTGCCTCGGGCATATGTT
GTAGTCAGTACGGTTATTGCGGTACTGGACCAGACTACTGTGGTTCAGGTTTCCGATCAG
GTCCTTGCACTGGCAGTGGCACCCAAGGCAATAGTCTTGGTTCCATTGTGTCACAAGCTT
TCTTTAACAATATTATCAACCGAGCTGATAATGGCTGCGCCGGAAAAAGATTCTACACAC
GTGATTCTTTCATTGGTGCCGCTAATACGTTCCCCAACTTTGCTAATTCCGTTACTAGGC
GTGAAATTGCAACTATGTTTGCTCATTTCACCCAGGAGGTCGGATATTTCTGCTACATAG
AAGAGATAAACGGAGCGTCACGAAACTATTGCGACGACAGGAATTTCCCACAATACCCAT
GTGCACCGGGTAAAACCTACTACGGTCGTGGTCCGATTCAGCTATCATGGAATTACAACT
ACGCACAGTGTGGTCAGAGTCTCGGTCAGGATCTTCTACGTCAGCCCGAGCTAGTAAGCA
GCAATCCAACTCTAGCTTTCAGGACAGCTTTGTGGTTTTGGGTGAATAACGTAA*GGCCG
GTACTAAACCAAGGATTTGGAGCCACCATTAGGGCCATCAATGGAGACTTAGAGTGTAAT
GGTAGGAGTCCAGAAAAGGTTAATGCAAGGATTAGCTACTACAGAGACTACTGTGGGCAG
CTTGGTGTGGATCCTGGTCCTAACCTTAGCTGCGAAAAAGCTCTTTAATTGGTGACTATT
GTTGGACCTTAGTGTTTATGCTGAAACAAATAAATGAGATGATAAAATTAAATCTCATGC
ATGTAATTTGTGTTGGGTTTCAATGTTTCCTGCTCCACAAGC

QA 1 882 1 882
DS 

RD RR3BW88JQ 718 0 0
AAAAAGATTCTACACACGTGATTCTTTCATTAATGCCGCTAATACGTTCCCCAACTTTGC
TAATTCCGTTACTAGGCGTGAAATTGCAACTATGTTTGCTCATTTCACCCAGGAGGTCGG
ATATTTCTGCTACATAGAAGAGATAAACGGAGCGTCACGAAACTATT****CGACAGGAA
TTTCCCACAATACCCATGTGCACCGGGTAAAACCTACTACGGTCGTGGTCCGATTCAGCT
ATCATGGAATTACAACTACGCACAGTGTGGTCAGAGTTTCGGTCAGGATTTTTTACGTCA
GCCTGAGCTAGTAAGCAGCAATCCAACTCTAGCTTTCAGGACAGCTTTGTGGTTTTGGGT
GAATAACGTAA*GGCCGGTACTAAACCAAGGATTTGGAGCCACCATTAGGGCCATCAATG
GAGACTTAGAGTGTAATGGTAGGAGTCCAGAAAAGGTTAATGCAAGGATTAGCTACTACA
GAGACTACTGTGGGCAGCTTGGTGTGGACCCTGGTCCTAACCTTAGCTGCTAAAAAGCTC
TTTAAT*GGTGACTATTGTTGGACCTTAGTGTTTATGCTGAAACAAATAAATGAGATGAT
AAAATTAAATCTCATGCATGTAATTTGTGTTGGGTTTCAATGTTTCCTGCTCCACAAGCA
AAAAAAATTGTAGTTGTCTTATGTAAGTGAATTTTACATTAATAAATGTCTGAGTTGC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL2172Contig1 731 2 21 U
GGACATTAACGATTAACATCACCAAAGACATTACTTAAGTTGCGATTTAAGAAAACAGTG
ACTTTACAAGTTAATATTGAGAGAGTCCAGAGTAATGGAGAAGAACATCAAGTTTCCTGT
TGTAGACTTGTCTAAGCTCAATGGTGAAGAGAGAGACCAAACCATGGCTTTGATCGACGA
TGCTTGTCAAAACTGGGGCTTCTTTGAGCTGCTAAACCATGGAATACCATATGATCTAAT
GGACAACATTGAGAGGATGACAAAGGAACACTACAAGAAATTTATGGAACAAAAGTTTAA
GGAAATGCTTCGTTCCAAAGGTTTAGATACTCTTGAGACCGAAGTGGAAAATATCGATTG
GGAAAGCACTTTCTTCCTTCACCATCTCCCTCAGACCAATCTTTATGACATCCCTAATAT
GTCAGAAGAATACCGAGCGGCTATAAAAGATTTTGGGAAGAGGCTAGAGAACCTAGCAGA
AGAACTGTTGGATTTGCTGTGTGAGAATCTAGGATTGGAGAAAGGGTACTTGAAGAAGGT
GTTTCGTGGTACAAAGAGTCCAACTTTTGGGACAAAGGTTAGCAACTATCCACCATGTCC
TAAACCTGAAATGATCAAAGGTCTTAGGGCCCACACAGATGCAGGAGGCCTCATCTTGTT
GTTTCAAGACGATAAAGTCAGTGGCCTTCAGCTTCTCAAGATGGTGTCTGGGTTGATGTT
CCTCCACTCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A058TF U 43
AF RR3CE33TF U 1
BS 1 72 RR3CE33TF
BS 73 73 RR3A058TF
BS 74 133 RR3CE33TF
BS 134 134 RR3A058TF
BS 135 261 RR3CE33TF
BS 262 262 RR3A058TF
BS 263 279 RR3CE33TF
BS 280 280 RR3A058TF
BS 281 380 RR3CE33TF
BS 381 381 RR3A058TF
BS 382 528 RR3CE33TF
BS 529 529 RR3A058TF
BS 530 552 RR3CE33TF
BS 553 553 RR3A058TF
BS 554 556 RR3CE33TF
BS 557 557 RR3A058TF
BS 558 603 RR3CE33TF
BS 604 604 RR3A058TF
BS 605 613 RR3CE33TF
BS 614 614 RR3A058TF
BS 615 731 RR3CE33TF

RD RR3A058TF 599 0 0
CGAG
TTAAGAAAACAGTGACTTTACAAGTTAATATTGAGAGAGTCCAGAGTAATGGAGAAGAAC
ATCAAGTTTCCTGTTGTAGACTTGTCTAAGCTCAATGGTGTAGAGAGAGACCAAACCATG
GCTTTGATCGACGATGCTTGTCAAAACTGGGGCTTCTTTGAGCTGCTAAACCATGGAATA
CCATATGATCTAATGGACAACATTGAGAGGATGACAAAGGAACACTACAAGAAATTTATG
GAACAAAAGTTTAAGGAAATGCTTCGTTCCAAAGGTTTAGATACTCTTGAGACCGAAGTG
GAAGATGTCGATTGGGAAAGCACTTTCTTCCTTCACCATCTCCCTCAGACCAATCTTTAT
GACATCCCTAATATGTCAGACGAATACCGAGCGGCTATGAAAGATTTTGGGAAGAGGCTA
GAGAGTCTAGCAGAAGAACTGTTGGATTTGCTGTGTGAGAATCTAGGATTGGAGAAAGGG
TACTTGAAGAAGGTGTTTCGTG*TACAAAGAGTCCAACTTTTGGGACAAAGGTTAGCAAC
TATCCACCATGTCCTAAACCTGAGATGATCAAAGGTCTTAGGGCCCACACAGATG

QA 5 599 5 599
DS 

RD RR3CE33TF 731 0 0
GGACATTAACGATTAACATCACCAAAGACATTACTTAAGTTGCGATTTAAGAAAACAGTG
ACTTTACAAGTTTATATTGAGAGAGTCCAGAGTAATGGAGAAGAACATCAAGTTTCCTGT
TGTAGACTTGTCTGAGCTCAATGGTGAAGAGAGAGACCAAACCATGGCTTTGATCGACGA
TGCTTGTCAAAACTGGGGCTTCTTTGAGCTGCTAAACCATGGAATACCATATGATCTAAT
GGACAACATTGAGAGGATGACTAAGGAACACTACAAGAAGTTTATGGAACAAAAGTTTAA
GGAAATGCTTCGTTCCAAAGGTTTAGATACTCTTGAGACCGAAGTGGAAAATATCGATTG
GGAAAGCACTTTCTTCCTTCGCCATCTCCCTCAGACCAATCTTTATGACATCCCTAATAT
GTCAGAAGAATACCGAGCGGCTATAAAAGATTTTGGGAAGAGGCTAGAGAACCTAGCAGA
AGAACTGTTGGATTTGCTGTGTGAGAATCTAGGATTGGAGAAAGGGTATTTGAAGAAGGT
GTTTCGTGGTACGAAGGGTCCAACTTTTGGGACAAAGGTTAGCAACTATCCACCATGTCC
TAATCCTGAAATGGTCAAAGGTCTTAGGGCCCACACAGATGCAGGAGGCCTCATCTTGTT
GTTTCAAGACGATAAAGTCAGTGGCCTTCAGCTTCTCAAGATGGTGTCTGGGTTGATGTT
CCTCCACTCAA

QA 1 731 1 731
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 2 4

CO CL2175Contig1 709 2 16 U
GGATTTCTCTCATAATCTTTTAGAAAAAGAAAACATGGCGTTTACAAAAACCAAAAGCCT
CTGTTTCTCCACGTTCCTCCTCTCTTTCTCAACCATCTCCGACGCACGGAGGTTCGGAGT
TGGAGGTAGCGGCGCGTGGGTTCCAAATCCCCCGGAAGATTATGGATCTTGGGCTGGAAA
GAGCCGCTTCCTAGTACACGACACACTCTATTTTACCTACGCCAAGGGAGCTGACTCAGT
TCTAGAGGTCAGCAAGGCTGACTACGACGGATGTAACACCAAGAATCCGATCAAGAGAGC
CGACGACGGAAACTCAGAGATCTCGCTTGATCGTTCTGGTCCGTTTTACTTCATCAGCGG
TAATGAAGATAACTGTAAGAAAGGGCAAAAACTTACTGTCGTCGTCTTGTCTGTTAGAAC
TCCGACTCCGCCTCCCCAAGCCGCCACTCCGGGTTCAATGCCTCCTAAGTCTTCTTCCTC
CATTTCTCCGACTACTTCTCCACCAGCCCCTATGCCACCTAAATCATCTTCCTCCCCTGT
TTCTCCGTCATCTGCTCCGGTGACTTCTCCGCCGGGATCAATGTCACCTAAGTCTTCTTC
CCCTGTTTCTCCGATGACTTCTCCTCCATCACCTCCGTCCTCTGCACCGGGCTCTTCACC
GTCTGGATCAATGGCACCCAAATCTTCTTCAGCCGTTTCTCCATCTTTG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW66TF U 1
AF RR3FZ83TF U 2
BS 1 68 RR3BW66TF
BS 69 69 RR3FZ83TF
BS 70 186 RR3BW66TF
BS 187 187 RR3FZ83TF
BS 188 219 RR3BW66TF
BS 220 220 RR3FZ83TF
BS 221 237 RR3BW66TF
BS 238 238 RR3FZ83TF
BS 239 260 RR3BW66TF
BS 261 261 RR3FZ83TF
BS 262 390 RR3BW66TF
BS 391 391 RR3FZ83TF
BS 392 399 RR3BW66TF
BS 400 400 RR3FZ83TF
BS 401 555 RR3BW66TF
BS 556 709 RR3FZ83TF

RD RR3BW66TF 555 0 0
GGATTTCTCTCATAATCTTTTAGAAAAAGAAAACATGGCGTTTACAAAAACCAAAAGCCT
CTGTTTCTTCACGTTCCTCCTCTCTTTCTCAACCATCTCCGACGCACGGAGGTTCGGAGT
TGGAGGTAGCGGCGCGTGGGTTCCAAATCCCCCGGAAGATTATGGATCTTGGGCTGGAAA
GAGCCGTTTCCTAGTACACGACACACTCTATTTTACCTATGCCAAGGGAGCTGACTCTGT
TCTAGAGGTCAGCAAGGCTGCCTACGACGGATGTAACACCAAGAATCCGATCAAGAGAGC
CGACGACGGAAACTCAGAGATCTCGCTTGATCGTTCTGGTCCGTTTTACTTCATCAGCGG
TAATGAAGATAACTGTAAGAAAGGGCAAAAGCTTACTGTGGTCGTCTTGTCTGTTAGAAC
TCCGACTCCGCCTCCCCAAGCCGCCACTCCGGGTTCAATGCCTCCTAAGTCTTCTTCCTC
CATTTCTCCGACTACTTCTCCACCAGCCCCTATGCCACCTAAATCATCTTCCTCCCCTGT
TTCTCCGTCATCTGC

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3FZ83TF 708 0 0
GATTTCTCTCATAATCTTTTAGAAAAA*AAAACATGGCGTTTACAAAAACCAAAAGCCTC
TGTTTCTCCACGTTCCTCCTCTCTTTCTCAACCATCTCCGACGCACGGAGGTTCGGAGTT
GGAGGTAGCGGCGCGTGGGTTCCAAATCCCCCGGAAGATTATGGATCTTGGGCTGGAAAG
AGCCGCTTCCTAGTACACGACACACTCTATTTTACCTACGCCAAGGGAGCTGACTCAGTT
CTAGAGGTCAGCAAGGCTGACTACGACGGATGTAACACCAAGAATCCGATCAAGAGAGTC
GACGACGGAAACTCAGAGATCTCGCTTGATCGTTCTGGTCCGTTTTACTTCATCAGCGGT
AATGAAGATAACTGTAAGAAAGGGCAAAAACTTACTGTCGTCGTCTTGTCTGTTAGAACT
TCGACTCCGCCTCCTCAAGCCGCCACTCCGGGTTCAATGCCTCCTAAGTCTTCTTCCTCC
ATTTCTCCGGCTACTTCTCCACCAGCCCCTATGCCACCTAAATCATCTTCCTCCCCTGTT
TCTCCGTCCTCTGCTCCGGTGACTTCTCCGCCGGGATCAATGTCACCTAAGTCTTCTTCC
CCTGTTTCTCCGATGACTTCTCCTCCATCACCTCCGTCCTCTGCACCGGGCTCTTCACCG
TCTGGATCAATGGCACCCAAATCTTCTTCAGCCGTTTCTCCATCTTTG

QA 1 708 1 708
DS 



CO CL2175Contig2 787 2 10 U
GCGTTTAAGAACAATATGGTCTCTCTATTTATTTATTACAACAATCCAAGTTATCAAACT
ATACCGACGATGTAAAGCCGTAACCAATAAACAAAAGAAGAAGCAGACACTAGAATGAAA
CTAGACCAATAGAATCGAGAAAATCAATTCCGACATGAATCTATATAAGCCTCGAAGTGT
TATTAAGTTGACATAAGGATGATGGTTAGGAAGAGACTTAAAACTGTAGTTACCGACATA
ACGGCCATACCATTAGCAGAGGATTTTTTCTCGCCTGGAGCTTCCGCCGGCGCATTAATA
CCACCGGAACTTGACTGTCCATCTCCAGAGGGACCCATCCCCGAGCCTGATGGCCCCATC
GCCGAACCTGAGGGAGCATCTCCGGAGGGACCCATCCCAGACGGGGAAGAGGAAATGGAG
GAAGGAGATTCTCCCGGAGCCAAAGATGGAGAAACGGCTGAAGAAGATTTGGGTGCCATT
GATGAAGAGCCCGGTGCAGAGGACGGAGGTGATGGAGGAGAAGTCATCGGAGAAACAGGG
GAAGAAGACTTAGGTGACATTGATCCCGGCGGAGAAGTCACCGGAGCAGATGACGGAGAA
ACAGGGGAGGAAGATGATTTAGGTGGCATAGGGGCTGGTGGAGAAGTAGTCGGAGAAATG
GAGGAAGAAGACTTAGGAGGCATTGAACCCGGAGTGGCGGCTTGGGGAGGCGGAGTCGGA
GTTCTAACAGACAGACGACCACAGTAAGCTTTTGCCTTTCTTACAGTTATCTTCATTACC
GCTGATG


BQ
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ83JQ U 1
AF RR3BW66JQ U 7
BS 1 20 RR3FZ83JQ
BS 21 21 RR3BW66JQ
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BS 484 787 RR3BW66JQ

RD RR3FZ83JQ 483 0 0
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ATACTGACGATGTAAAGCCGTAACCAATAAACAAAAGAAGAAGCAGACACTAGAATGAAA
CTAGACCAATAGAATCGAGAAAATCAATTCCGACATGAATCTATATTAGCCTCGAAGTGT
TATTAAGTTGACATAAGGATGATGGTTAGGAAGAGACTTAAAACTGTAGTTACCGACATA
ACGGCCATACCATTAGCAGAGGATTTTTTCTCGCCTGGAGCTTCCGCCGGCGCATTAATA
CCACCGGAGCTTGACTGTCCATCTCCAGAGGGACCCATCCCCGAGCCTGATGGCCCCATC
GCCGAACCTGAGGGAGCATCTCCGGAGGGACCCATCCCAGACGGGGAAGAGGAAATGGAG
GAAGGAGATTCTCCCGGAGCCAAAGATGGAGAAACGGCTGAAGAAGATTTGGGTGCCATT
GAT

QA 1 483 1 483
DS 

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AAGC
ACAATATGGTCTCTCTATTTATTTATTACAACAATCCAAGTTATCAAACTATACCGACGA
TGTAAAGCCGTAACCAATTAACAAAAGAAGAAGCAGACACTAGAATGAAACTAGACCAAT
AGAATCGAGAAAATCATTTCCGACATGAATCTATATAAGCCTCGAAGTGTTATTAAGTTG
ACATAAGGATG***GTTAGGAAGAGACTTAAAACTGTAGTTACCGACATAACGGCCATAC
CATTAGCAGAGGATTTTTTCTGGCCTGGAGCTTCCGCCGGCGCATTAATATCACCGGAAC
TTGACTGTCCATCTCCAGAGGGACCCATCCCCGAGCCTGATGGCCTCATCGCCGAACCTG
AGGGAGCATCTCCGGAGGGACCCATCCCAGACGGGGAAGAGGAAATGGAGGAAGGAGATT
CTCCCGGAGCCAAAGATGGAGAAACGGCTGAAGAAGATTTGGGTGCCATTGATGAAGAGC
CCGGTGCAGAGGACGGAGGTGATGGAGGAGAAGTCATCGGAGAAACAGGGGAAGAAGACT
TAGGTGACATTGATCCCGGCGGAGAAGTCACCGGAGCAGATGACGGAGAAACAGGGGAGG
AAGATGATTTAGGTGGCATAGGGGCTGGTGGAGAAGTAGTCGGAGAAATGGAGGAAGAAG
ACTTAGGAGGCATTGAACCCGGAGTGGCGGCTTGGGGAGGCGGAGTCGGAGTTCTAACAG
ACAGACGACCACAGTAAGCTTTTGCCTTTCTTACAGTTATCTTCATTACCGCTGATG

QA 5 781 5 781
DS 



AS 1 3

CO CL2176Contig1 1208 3 16 U
GGAGATTTCTCATCATCGTTTCCTAACGAATCAGACTCTTACCACTCCACTCTTAATCAT
CGGACTTCTCGATGGATCTCTGCACCCTTGACTCGGCGATCCGAAACCCAATCTTCTCCT
CATCGATCCCTGACAAGTCATCGCTCTCAAGGAAACTCGGCGCCTTGGAGATTAGGTTTC
AAAAGCGTAAACTTTCTACTTCTGGGTACCGTTCTTTCGTTGTTAGAGCTACCTCGAACA
AGAGTAACGACGATTCTTCTGCTTCTGGAGGAGATGCTTCTCAAGAAAACAAGCCTTCTA
ATGGGAACAAATCAGGTGACTCCTCTGCTACTCCAAAGCCATTTGGTCTTAATACGGATT
GGAGAGAGTTCAGAGCAAACTTGTTTATGAAGGAGCAGGAAGAAAAAGCAGCAGGTGAGG
GTCACAAACCAGACACAACATCTCCTCCTGAAGCTGAACCAAGAGGACTGAAATGGGCAC
ATCCGATTCCTTTCCCTGAGACTGGCTGTGTTCTAGTTGCCACGGAGAAGCTTGACGGTT
ATAGAACATTTGCGAGAACCGTTGTGCTTCTTCTGAGAGCAGGAACCAACCACCCACAAG
AAGGGCCATTCGGAGTTGTCATCAACCGTCCTCTTCACAAAAACATCAAGCACATGAAAT
CAACTAAAACCGAGCTCGCTACCACCTTCTCAGAGTGTTCCTTGTACTTTGGTGGGCCTC
TTGAAGCCAGCATGTTCCTGTTGAAAACCGCGGATAAAACCAAGATACCTGGGCTTGAAG
AAGTCATGCCAGGGCTTAACTTTGGTGCTCGAAACACTTTGGACGAAGCTGCGGTACTTG
TAAAGAAAGGAATGCTTGAGCCACAGGACTTTAGATTCTTTGTTGGTTACGCAGGTTGGC
AACTGGATCAGCTCAGAGGAGAGATCGAATCAGATTACTGGCATGTCGCTGCGTGCAGCT
CGGAGTTAATATGTGGAGCTTCACCGGAAAACTTGTGGGAAGAGATATTGCAGTTGATGG
GCGGTCAATACTCAGAGCTTAGCCGGAAACCCAAGCTGGATATGTAGTACTATGTTTTTA
AGATGATTGCCTAGTTTTTAAGGCTTTTTTTAAAGCCAAATGTATAGCTTTACTTCACTG
TCTTGTATTTGAGAATAAAGAACTTCTATAGTTAATATTATATGCTATTTAAAAAGGTTT
GCTTTCTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 0 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG77TF U 1
AF RR3AT44TF U 1
AF RR3AT44JQ C 499
BS 1 21 RR3AT44TF
BS 22 22 RR3FG77TF
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BS 218 218 RR3FG77TF
BS 219 326 RR3AT44TF
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BS 328 436 RR3AT44TF
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BS 458 788 RR3AT44TF
BS 789 1208 RR3AT44JQ

RD RR3FG77TF 599 0 0
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CGGACTTCTCGATGGATCTCTGCACCCTTGACTCGGCGATCCGAAACCCAATCTTCTCCT
CATCGATCCCTGACAAGTCATCGCTCTCAAGGAAACTCGGCGTCTTGGAGATTAGGTTTC
AAAAGCGTAAACTTTCTACTTCTGGGTTCCGTTCTTTCGTTGTTCGAGCTGCGTTGAACA
AGAGTAACGACGATTCTTCTGCTTCTGGAGGAGATGCTTCTCAAGAAAACAAGCCTTCTA
ATGGGAACAAATCAGGTGACTCCTTTGCTACTCCAAAGCCGTTTGGTCTTAATACGGATT
GGAGAGAGTTCAGAGCAAACTTGTTTATGAAGGAGCAGGAAGAAAAAGCAGCAGGTGAGG
GTCACAAACCAGACACAACATCTCCTCCTGAAGCTGAACCAAGAGGACTGAAATGGGCAC
ATCCGATTCCTT*CCCTGAGACTGGCTGTGTTCTAGTTGCCACGGAGAAGCTTGACGGTT
ATAGAACATTTGCGAGAACCGTTGTGCTTCTTCTTAGAGCAGGAACCAACCACCCACAA

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR3AT44TF 788 0 0
GGAGATTTCTCATCATCGTTTTCTAACGAATCAGACTCTTACCACTCCACTCTTAATCAT
CGGACTTCTCGATGGATCTCTGCACCCTTGACTCGGCGATCCGAAACCCAATCTTCTCCT
CATCGATCCCTGACAAGTCATCGCTCTCAAGGAAACTCGGCGCCTTGGAGATTAGGTTTC
AAAAGCGTAAACTTTCTACTTCTGGGTATCGTTCTTTGGTTGTTAGAGCTACCTCGAACA
AGAGTAACGACGATTCTTCTGCTTCTGGAGGAGATGCTTCTCAAGAAAACAAGCCTTCTA
ATGGGAACAAATCAGGTGACTCCTCTTCTACTCCAAAGCCATTTGGTCTTAATACGGATT
GGAGAGAGTTCAGAGCAAACTTGTTTATGAAGGAGCAGGAAGAAAAAGCAGCAGGTGAGG
GTCACAAACCAGACACTGCATCTCC***TGAAGCTGTACCAAGAGGACTGAAATGGGCAC
ATCCGATTCCTTTCCCTGAGACTGGCTGTGTTCTAGTTGCCACGGAGAAGCTTGACGGTT
ATAGAACATTTGCGAGAACCGTTGTGCTTCTTCTGAGAGCAGGAACCAACCACCCACAAG
AAGGGCCATTCGGAGTTGTCATCAACCGTCCTCTTCACAAAAACATCAAGCACATGAAAT
CAACTAAAACCGAGCTCGCTACCACCTTCTCAGAGTGTTCCTTGTACTTTGGTGGGCCTC
TTGAAGCCAGCATGTTCCTGTTGAAAACCGCGGATAAAACCAAGATACCTGGGCTTGAAG
AAGTCATG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3AT44JQ 710 0 0
AGACTGGCTGTGTTCTAGTTGCCACGGAGAAGCTTGACGGTTATAGAACATTTGCGAGAA
CCGTTGTGCTTCTTCTGAGAGCAGGAACCAACCACCCACAAGAAGGGCCATTCGGAGTTG
TCATCAACCGTCCTCTTCACAAAAACATCAAGCACATGAAATCAACTAAAACCGAGCTCG
CTACCACCTTCTCAGAGTGTTCCTTGTACTTTGGTGGGCCTCTTGAAGCCAGCATGTTCC
TGTTGAAAACCGCGGATAAAACCAAGATACCTGGGCTTGAAGAAGTCATGCCAGGGCTTA
ACTTTGGTGCTCGAAACACTTTGGACGAAGCTGCGGTACTTGTAAAGAAAGGAATGCTTG
AGCCACAGGACTTTAGATTCTTTGTTGGTTACGCAGGTTGGCAACTGGATCAGCTCAGAG
GAGAGATCGAATCAGATTACTGGCATGTCGCTGCGTGCAGCTCGGAGTTAATATGTGGAG
CTTCACCGGAAAACTTGTGGGAAGAGATATTGCAGTTGATGGGCGGTCAATACTCAGAGC
TTAGCCGGAAACCCAAGCTGGATATGTAGTACTATGTTTTTAAGATGATTGCCTAGTTTT
TAAGGCTTTTTTTAAAGCCAAATGTATAGCTTTACTTCACTGTCTTGTATTTGAGAATAA
AGAACTTCTATAGTTAATATTATATGCTATTTAAAAAGGTTTGCTTTCTG

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL2177Contig1 777 2 7 U
GTAGATACTGTATGTATGTAATGAGGAAGAGGAGTTTACAGTAGTAGAATTCATACAGTT
AAAACATTAAATTGAAACAACAAAGACGTGAGATTGTCTGAGGCACAGCAAAACGGAACA
GGGTTCAAAGCAAGGTTTGCTCCCTCCTAAAGAGGCAGGTCATAAAAACACCAAACTCAC
AAAACAAAAGAGAGAAAAAACGGAGCACTTAAGATAGACGCTGAGTAGCGGTTCTTCTCT
TCCTGAGCCGTTCAGCAACAATGAAGGCCAGTTCAAGAGACTGAGACGCGTTGAGCCTTG
GGTCACAGTGTGTGTGGTAGCGAGAGCTCAAGTCATCGTAAGTCACAGTACGGGACCCTC
CAATGCACTCTGTCACATTCTGTCCTGTCATCTCTAGATGGATACCTCCCGCGTGGCTTC
CTTCTTGCTCGTGCACATCTAGGAAGGCTCTCACTTCAGCCAGGATAGAGTCAAAGGCTC
TTGTTTTGAGACCGCAAGGTGCTTTGATGGTGTTTCCATGCATTGGATCGCAGACCCATG
TCACAATCTGGCCTGACCTGCGCACTGCTCTGATGAGGTGAGGAAGCTTAACTCTCATGT
TCTCCGCACCCATTCTAACAATCACAGTGATTCTTCCAGGTTTGTTGTTAGGATTCAGGA
TCTCCACAAGCTTTACAAGCTCGTTGGGATCCATCTTGTTGCTCACCTTAATGCCAAGAG
GGTCAGCAATCCCCCTGAGAAACTCGGCATGAGCACCATCCAATTGTCTGGTACGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ15JQ U 23
AF RR3CK85JQ U 1
BS 1 47 RR3CK85JQ
BS 48 48 RR3EJ15JQ
BS 49 63 RR3CK85JQ
BS 64 64 RR3EJ15JQ
BS 65 340 RR3CK85JQ
BS 341 341 RR3EJ15JQ
BS 342 777 RR3CK85JQ

RD RR3EJ15JQ 434 0 0
AGGAAGA
AGGAGTTTACAGTAGTAGAATTCATACAGTTAAAACATTAAATTGAAACAACAAAGACGT
GAGATTGTCTGGGGCACAGCAAAACGGAACAGGGTTCAAAGCAAGGTTTGCTCCCTCCTA
AAGAGGTAGGTCATAAAGACACCAAACTCACAAAACAAAAGAGAGAAAAGACGGAGCACT
TAAGATAGACGCTGAGTAGCGGTTCTTCTCTTCCTGAGCCGTTCAGCAACAATGAAGGCC
AGTTCAAGAGACTGAGACGCGTTGAGCCTTGGGTCACAGTGTGTGTGGTAGCGAGAGCTC
AAGTCATCGTAAGTCACAGTACGGGACCCTCCAATGCACTCTGTCACATTCTGTCCTGTC
ATCTCTAGATGGATACCTCCCGCGTGGCTTCCTTCTTGCTCGTGCACATCTAGGAAGGCT
CTCACTT

QA 8 434 8 434
DS 

RD RR3CK85JQ 777 0 0
GTAGATACTGTATGTATGTAATGAGGAAGAGGAGTTTACAGTAGTAGCATTCATACAGTT
AAA*CATTAAATTGAAACAACAAAGACGTGAGATTGTCTGAGGCACAGCAAAACGGAACA
GGGTTCAAAGCAAGGTTTGCTCCCTCCTAAAGAGGCAGGTCATAAAAACACCAAACTCAC
AAAACAAAAGAGAGAAAAAACGGAGCACTTAAGATAGACGCTGAGTAGCGGTTCTTCTCT
TCCTGAGCCGTTCAGCAACAATGAAGGCCAGTTCAAGAGACTGAGACGCGTTGAGCCTTG
GGTCACAGTGTGTGTGGTAGCGAGAGCTCAAGTCATCGTATGTCACAGTACGGGACCCTC
CAATGCACTCTGTCACATTCTGTCCTGTCATCTCTAGATGGATACCTCCCGCGTGGCTTC
CTTCTTGCTCGTGCACATCTAGGAAGGCTCTCACTTCAGCCAGGATAGAGTCAAAGGCTC
TTGTTTTGAGACCGCAAGGTGCTTTGATGGTGTTTCCATGCATTGGATCGCAGACCCATG
TCACAATCTGGCCTGACCTGCGCACTGCTCTGATGAGGTGAGGAAGCTTAACTCTCATGT
TCTCCGCACCCATTCTAACAATCACAGTGATTCTTCCAGGTTTGTTGTTAGGATTCAGGA
TCTCCACAAGCTTTACAAGCTCGTTGGGATCCATCTTGTTGCTCACCTTAATGCCAAGAG
GGTCAGCAATCCCCCTGAGAAACTCGGCATGAGCACCATCCAATTGTCTGGTACGCT

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 4

CO CL2178Contig1 899 4 4 U
GAAGATCGGTGCTAAACTTACTGAAGTGAGAAAGAACGGAACTTGCCGTTGGTTGAGACC
AGACGGCAAAACCCAAGTCACTGTCGAGTACTACAACGACAACGGCGCTATGGTTCCAGT
CCGTGTCCACACCGTCCTCATCTCAACCCAGCACGATGAGACCGTCACCAACGACGAGAT
CGCACGTGACCTCAAGGAGCACGTGATCAAACCAATCATCCCAGAGAAGTACCTAGACGA
CAAAACCATCTTCCACCTCAACCCATCAGGCCGGTTCGTGATCGGTGGACCACACGGTGA
CGCCGGTTTAACCGGACGTAAGATCATCATCGACACCTATGGAGGATGGGGAGCTCACGG
AGGAGGTGCTTTCTCAGGGAAAGACCCGACCAAAGTCGACAGAAGCGGAGCATACATCGT
GAGGCAAGCCGCTAAGAGCGTTGTTGCTAATGGAATGGCTCGTAGGGCTCTTGTCCAGGT
CTCCTACGCCATTGGAGTTCCCGAGCCGTTGTCTGTCTTCGTTGACACTTACGGAACTGG
GTTGATTCCAGACAAGGAGATACTGAAGATCGTGAAAGAGACCTTTGATTTCAGACCAGG
GATGATGACGATCAACTTGGACTTGAAGAGAGGAGGCAATGGAAAGTTTTTGAAAACGGC
GGCGTATGGGCATTTCGGAAGAGACGACCCTGACTTCACCTGGGAGGTCGTGAAGCCACT
CAAGTGGGACAAACCTCAGGCTTAAGGATTCTTATTATTACTATCATGATTTTAGTGTTT
TCTATGCTTGTTTCTATCCTTTTTCACTTTTAAACATCTGCTTTGAGCAATAATTAACCC
CTCTGTTTCGGGTTTTTATTTTCTGTATTTTTGAATGAAAGTTTCTGGTTTGTCTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3EF39TF U 1
AF RR3EF39JQ C 107
AF RR3CQ17JQ C 666
AF RR3CQ17TF U 720
BS 1 653 RR3EF39TF
BS 654 719 RR3EF39JQ
BS 720 897 RR3CQ17TF
BS 898 899 RR3CQ17JQ

RD RR3EF39TF 653 0 0
GAAGATCGGTGCTAAACTTACTGAAGTGAGAAAGAACGGAACTTGCCGTTGGTTGAGACC
AGACGGCAAAACCCAAGTCACTGTCGAGTACTACAACGACAACGGCGCTATGGTTCCAGT
CCGTGTCCACACCGTCCTCATCTCAACCCAGCACGATGAGACCGTCACCAACGACGAGAT
CGCACGTGACCTCAAGGAGCACGTGATCAAACCAATCATCCCAGAGAAGTACCTAGACGA
CAAAACCATCTTCCACCTCAACCCATCAGGCCGGTTCGTGATCGGTGGACCACACGGTGA
CGCCGGTTTAACCGGACGTAAGATCATCATCGACACCTATGGAGGATGGGGAGCTCACGG
AGGAGGTGCTTTCTCAGGGAAAGACCCGACCAAAGTCGACAGAAGCGGAGCATACATCGT
GAGGCAAGCCGCTAAGAGCGTTGTTGCTAATGGAATGGCTCGTAGGGCTCTTGTCCAGGT
CTCCTACGCCATTGGAGTTCCCGAGCCGTTGTCTGTCTTCGTTGACACTTACGGAACTGG
GTTGATTCCAGACAAGGAGATACTGAAGATCGTGAAAGAGACCTTTGATTTCAGACCAGG
GATGATGACGATCAACTTGGACTTGAAGAGAGGAGGCAATGGAAAGTTTTTGA

QA 1 653 1 653
DS 

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CGCTATGG
TCCAGTCCGTGTCCACAC*GTCCTCATCTCAACCCAGCACGATGAGAC*GTCAC*AACGA
CGAGATCGCACGTGACCTCAAGGAGCACGTGATCAAACCAATCATCCCAGAGAAGTACCT
AGACGACAAAACCATCTTCCACCTCAACCCATCAGGCCGGTTCGTGATCGGTGGACCACA
CGGTGACGCCGGTTTAACCGGACGTAAGATCATCATCGACACCTATGGAGGATGGGGAGC
TCACGGAGGAGGTGCTTTCTCAGGGAAAGACCCGACCAAAGTCGACAGAAGCGGAGCATA
CATCGTGAGGCAAGCCGCTAAGAGCGTTGTTGCTAATGGAATGGCTCGTAGGGCTCTTGT
CCAGGTCTCCTACGCCATTGGAGTTCCCGAGCCGTTGTCTGTCTTCGTTGACACTTACGG
AACTGGGTTGATTCCAGACAAGGAGATACTGAAGATCGTGAAAGAGACCTTTGATTTCAG
ACCAGGGATGATGACGATCAACTTGGACTTGAAGAGAGGAGGCAATGGAAGGTTTTTGAA
AACGGCGGCGTATGGGCATTTCGGAAGAGACGACCCTGACTTCACCTGGGAGGTCGTGAA
GCCACTCAAGTGGGACAAACCTCAGGCTTAAGGATTCTTATTATTACTATCATGATTTTA
GTGTTTTCTATGCTTGTTTCTATCCTTTTTCACTTTTAAACATCTGCTTTGAGCAATAAT
TAACCCCTCTGTTTCGGGTTTTTATTTTCTGTATTTTTGAATGAAAGTTTCTGGTTTGTC
TGA
CC

QA 9 791 9 791
DS 

RD RR3CQ17JQ 234 0 0
G
TGGGCATTTCGGAAGAGACGACCCTGACTTCACCTGGGAGGTCGTGAAGCCACTCAAGTG
GGACAAACCTCAGGCTTAAGGATTCTTATTATTACTATCATGATTTTAGTGTTTTCTATG
CTTGTTTCTATCCTTTTTCACTTTTAAACATCTGCTTTGAGCAATAATTAACCCCTCTGT
TTCGGGTTTTTATTTTCTGTATTTTTGAATGAAAGTTTCTGGTTTGTCTGATC

QA 2 234 2 234
DS 

RD RR3CQ17TF 180 0 0
TCAAGTGGGACAAACCTCAGGCTTAAGGATTCTTATTATTACTATCATGATTTTAGTGTT
TTCTATGCTTGTTTCTATCCTTTTTCACTTTTAAACATCTGCTTTGAGCAATAATTAACC
CCTCTGTTTCGGGTTTTTATTTTCTGTATTTTTGAATGAAAGTTTCTGGTTTGTCTGA
TC

QA 1 178 1 178
DS 



AS 1 3

CO CL2179Contig1 967 3 6 U
GGAAAACCTTTGCAGTGAAACGAAGACTTTCGAAGCAACACAGAAGCGAAACCATGGCGG
ATTTGGAAGATGTTCAAACTGTGGATCTCATGTCCGAGCTCCTCCGCCGCCTCAAATGTG
CACAAAAGCCTGACAAACGCCTCATCTTCATTGGACCTCCAGGGTCAGGGAAAGGTGCAC
AATCTCCAATAGTGAAGGATGAGTATTGCTTGTGTCATTTATCCACTGGCGACATGTTAA
GAGCTGCTGTTGCTTCTAAGACCCCTCTTGGTCTCAAGGCCAAAGAAGCTATGGACAAGG
GAGCGCTTGTCACTGATGAGTTGGTTGTTGGTATAATTGATGAAGCCATGAACAAGCCAA
AATGCCAGAAAGGTTTCATCCTTGATGGGTTTCCCAGGACTGTTGCTCAGGCAGAGAAGC
TAGACGAGATGCTTAAGAAGCGGGGGACTGGAATCGACAAAGTTCTCAACTTTGCTATTG
ATGGCTCAGTCCTGGAGGAAAGAATAACCGGGAGATGGATCCACCCATCGAGTGGCAGGA
GTTACCACACCAAGTTCGCCCCTCCCAAAACCCCTGGAGTTGATGATATCACCGGAGAGC
CTCTGATCCAACGCAAAGATGATAATGCTGAGGTTCTAAGGTCGAGGCTCGCTGCGTTCC
ACAGTCAAACTGAATCGGTGATCGACTACTACGGAAAGAAGTCTGTTCTTACAAACATCC
ACGCCGAGAAGCCTCCCAAAGAAGTGACATCAGAGGTTCAAAAAGCATTGTCCTGATGAT
GAAGGCTCAAGCAGTCATCTCCTCTGGTTAGAAATCCATTCTTTTTCCTTCCTACAATAG
AGACGAACACATCTATATATCTACTCATCTGCGGAATGACAGTTCTTTTAGTCTTTTGTT
CGACTTTGTTTTTTAAAACATGGCAAAAATAATTGATACTTTGGATCGAAACGATCTTGA
ATACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C643TF U 1
AF RR3BN13JQ C 438
AF RR3BN13TF U 453
BS 1 483 RR3C643TF
BS 484 484 RR3BN13TF
BS 485 616 RR3C643TF
BS 617 617 RR3BN13TF
BS 618 629 RR3C643TF
BS 630 967 RR3BN13TF

RD RR3C643TF 629 0 0
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GAGCTGCTGTTGCTTCTAAGACCCCTCTTGGTCTCAAGGCCAAAGAAGCTATGGACAAGG
GAGCGCTTGTCACTGATGAGTTGGTTGTTGGTATAATTGATGAAGCCATGAACAAGCCAA
AATGCCAGAAAGGTTTCATCCTTGATGGGTTTCCCAGGACTGTTGCTCAGGCAGAGAAGC
TAGACGAGATGCTTAAGAAGCGGGGGACTGGAATCGACAAAGTTCTCAACTTTGCTATTG
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GTTACCACACCAAGTTCGCCCCTCCCAAAACCCCTGGAGTTGATGATATCACCGGAGAGC
CTCTGATCCAACGCAA*GATGATAATGCT

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3BN13JQ 530 0 0
G
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AAAGAATAACCGGGAGATGGATCCACCCATCGAGTGGCAGGAGTTACCACACCAAGTTCG
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ATGATAATGCTGAGGTTCTAAGGTCGAGGCTCGCTGCGTTCCACAGTCAAACTGAATCGG
TGATCGACTACTACGGAAAGAAGTCTGTTCTTACAAACATCCACGCCGAGAAGCCTCCCA
AAGAAGTGACATCAGAGGTTCAAAAAGCATTGTCCTGATGATGAAGGCTCAAGCAGTCAT
CTCCTCTGGTTAGAAATCCATTCTTTTTCCTTCCTACAATAGAGACGAACACATCTATAT
ATCTACTCATCTGCGGAATGACAGTTCTTTTAGTCTTTTGTTCGACTTTGTTTTTTAAAA
CATGGCAAAAATAATTGATACTTTGGATCGAAACGATCTTGAATACTCC

QA 2 530 2 530
DS 

RD RR3BN13TF 515 0 0
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GGAAAGAAGTCTGTTCTTACAAACATCCACGCCGAGAAGCCTCCCAAAGAAGTGACATCA
GAGGTTCAAAAAGCATTGTCCTGATGATGAAGGCTCAAGCAGTCATCTCCTCTGGTTAGA
AATCCATTCTTTTTCCTTCCTACAATAGAGACGAACACATCTATATATCTACTCATCTGC
GGAATGACAGTTCTTTTAGTCTTTTGTTCGACTTTGTTTTTTAAAACATGGCAAAAATAA
TTGATACTTTGGATCGAAACGATCTTGAATACTCC

QA 1 515 1 515
DS 



AS 2 4

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TAAGAGTTCCAGTAACTTGTCTACCACCGGTGAGCTTAACTTGCACACCCTTGTCAACGA
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ATCGGAGGGACGATGTTGTGAAGTCGAGAGAGAGAGGAGAATCTTTAGTGATCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BZ28TF C 1
AF RR3BZ28JQ U 5
BS 1 4 RR3BZ28TF
BS 5 654 RR3BZ28JQ

RD RR3BZ28TF 654 0 0
TTTTCGGAGAAGTTACTTGATTTTATTACAGCAACTGAATTTAGGTTTGGTCGGAAAAGT
TATAACAAAGACACGAAGATGGAGCCTATGATGTTCCAAAATAGGTATATAAAGAAAACA
TTAGTTTCCAACGTTATGGCAGATACTCAGCAGATACATAACTCTCTAAACTCCAAGTTG
AACTAATAGAGAGATGCATAATGGTTTTGGAAGAAACTCTTTAGAGAGCTTCTGTCTGAA
CAAACGGGTTAGCGATTTCTTCAGTTCCATCCGTTGGTGAGACGAGCATCACCGCAGTTC
CACGGCAAACAATTAAACCGAGGGGTCTCGTCTGGTCAGTGGTCGTCAAAGGATCATCAT
GATCTCGAACAAACTCTACAGCCCCATCCAAAACAAGGTTGAGCAGCTGATCGTACCCCT
TAAGAGTTCCAGTAACTTGTCTACCACCGGTGAGCTTAACTTGCACACCCTTGTCAACGA
ACTTAGCCAAATCCAACACCGTTTCCTTTCTTCCTGACATGGTAGAGCAGAAGAGTCTTC
GACACAAGTTCCCTTTCGGAGAAACGAAGATCTCTTCAGAGAACTTTGGCGGCGAAGCAA
ATCGGAGGGACGATGTTGTGAAGTCGAGAGAGAGAGGAGAATCTTTAGTGATCC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3BZ28JQ 650 0 0
CGGAGAAGTTACTTGATTTTATTACAGCAACTGAATTTAGGTTTGGTCGGAAAAGTTATA
ACAAAGACACGAAGATGGAGCCTATGATGTTCCAAAATAGGTATATAAAGAAAACATTAG
TTTCCAACGTTATGGCAGATACTCAGCAGATACATAACTCTCTAAACTCCAAGTTGAACT
AATAGAGAGATGCATAATGGTTTTGGAAGAAACTCTTTAGAGAGCTTCTGTCTGAACAAA
CGGGTTAGCGATTTCTTCAGTTCCATCCGTTGGTGAGACGAGCATCACCGCAGTTCCACG
GCAAACAATTAAACCGAGGGGTCTCGTCTGGTCAGTGGTCGTCAAAGGATCATCATGATC
TCGAACAAACTCTACAGCCCCATCCAAAACAAGGTTGAGCAGCTGATCGTACCCCTTAAG
AGTTCCAGTAACTTGTCTACCACCGGTGAGCTTAACTTGCACACCCTTGTCAACGAACTT
AGCCAAATCCAACACCGTTTCCTTTCTTCCTGACATGGTAGAGCAGAAGAGTCTTCGACA
CAAGTTCCCTTTCGGAGAAACGAAGATCTCTTCAGAGAACTTTGGCGGCGAAGCAAATCG
GAGGGACGATGTTGTGAAGTCGAGAGAGAGAGGAGAATCTTTAGTGATCC

QA 1 650 1 650
DS 



CO CL2180Contig2 627 2 3 U
GGCCGACTCTCTCTCGACTTTACAACATCGTCCCTCCGATTTGCTTCGCCGCCAAAGTTC
TCTGAAGAGATCTTCGTTTCTCCGAAAGGGAACCTGTGTCGAAGACTCTCTGCTCTACCA
TGTCAGGAAGAAAGGAAACGGTGTTGGATTTGGCTAATTTCGTTGACAAGGGTGTGCAAG
TTAAGCTCACTGGTGGTAGACAAGTTACTGGAACTCTTAAGGGGTACGATCAGTTGCTCA
ACCTTGTTTTGGATGGGGCTGTAGAGTTTGTTCGAGATCATGATGATCCTTTGACGACCA
CTGACCAGACGAGACCCCTCGGTTTAATTGTTTGCCGTGGAACTGCAGTGATGCTCGTCT
CACCAACGGATGGAACTGAAGAAATCGCTAACCCGTTTGTTCAGACAGAAGCTCTCTAAA
GAGTTTCTTCCCAAACCATTATGCATCTCTCTATTAGTTCAACTTGGAGTTTAGAGAGTT
ATGTATCTGCCATAACGTTGGAAACTAATGTTTTCTTTATATACCTATTTTAAAACATCA
TAGGCTCTATCTTCGTGTCTTTGTTATAACTTTTCCGACCAAACTTGAATTCAGTTGCTG
TAATAAAATCAAGTGACTTCTCCGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB91TF U 1
AF RR3EB91JQ C 1
BS 1 6 RR3EB91JQ
BS 7 429 RR3EB91TF
BS 430 627 RR3EB91JQ

RD RR3EB91TF 429 0 0
GGCCGA
CTCTCTCTCGACTTTACAACATCGTCCCTCCGATTTGCTTCGCCGCCAAAGTTCTCTGAA
GAGATCTTCGTTTCTCCGAAAGGGAACCTGTGTCGAAGACTCTCTGCTCTACCATGTCAG
GAAGAAAGGAAACGGTGTTGGATTTGGCTAATTTCGTTGACAAGGGTGTGCAAGTTAAGC
TCACTGGTGGTAGACAAGTTACTGGAACTCTTAAGGGGTACGATCAGTTGCTCAACCTTG
TTTTGGATGGGGCTGTAGAGTTTGTTCGAGATCATGATGATCCTTTGACGACCACTGACC
AGACGAGACCCCTCGGTTTAATTGTTTGCCGTGGAACTGCAGTGATGCTCGTCTCACCAA
CGGATGGAACTGAAGAAATCGCTAACCCGTTTGTTCAGACAGAAGCTCTCTAAAGAGTTT
CTT

QA 7 429 7 429
DS 

RD RR3EB91JQ 627 0 0
GGCCGACTCTCTCTCGACTTTACAACATCGTCCCTCCGATTTGCTTCGCCGCCAAAGTTC
TCTGAAGAGATCTTCGTTTCTCCGAAAGGGAACCTGTGTCGAAGACTCTCTGCTCTACCA
TGTCAGGAAGAAAGGAAACGGTGTTGGATTTGGCTAATTTCGTTGACAAGGGTGTGCAAG
TTAAGCTCACTGGTGGTAGACAAGTTACTGGAACTCTTAAGGGGTACGATCAGTTGCTCA
ACCTTGTTTTGGATGGGGCTGTAGAGTTTGTTCGAGATCATGATGATCCTTTGACGACCA
CTGACCAGACGAGACCCCTCGGTTTAATTGTTTGCCGTGGAACTGCAGTGATGCTCGTCT
CACCAACGGATGGAACTGAAGAAATCGCTAACCCGTTTGTTCAGACAGAAGCTCTCTAAA
GAGTTTCTTCCCAAACCATTATGCATCTCTCTATTAGTTCAACTTGGAGTTTAGAGAGTT
ATGTATCTGCCATAACGTTGGAAACTAATGTTTTCTTTATATACCTATTTTAAAACATCA
TAGGCTCTATCTTCGTGTCTTTGTTATAACTTTTCCGACCAAACTTGAATTCAGTTGCTG
TAATAAAATCAAGTGACTTCTCCGACC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 4

CO CL2181Contig1 651 4 1 U
GGAGGGTTTCAGCTGCTTCAACATCTCTCCAGATTTAGTGTCGGAAGGATCGTTCAGAAG
CATTGTCTCCGGCTAAAGTTGATACCACTAAGAAGGCCGACCCAAAGGCCAAGGCCTTGA
AGGCTGCGAAGGCAGTGAAGTCTGGCCAAGCCTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGA
CAAAGGTCACCTTCCACAGGCCGAAGACCTTGACCAAGGCTAGAGACCCCAAGTACCCGA
GAATCAGTGCTACTCCCAGGAACAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCA
CCACTGAGTCTGCGATGAAGAAGATCGAGGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACA
TTCGTGCCGACAAGAAGAAGATCAAAGATGCTGTTAAAAAGATGTACGACATTCAGACCA
AGAAAGTTAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACAC
CGGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTTTATCTACCT
CTACTATTGTAAAACCAGTGTTTTTGTCACTTGCTTGTAGACTCCAGTTTTGCATTGAGA
TATTATTATCTACCATCATCGTTTAATGTTGAATTCAAGTTCTATGTTCAG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3CE02JQ C 1
AF RR3CK04JQ C 1
AF RR3CE02TF U 1
AF RR3CK04TF U 1
BS 1 651 RR3CE02TF

RD RR3CE02JQ 651 0 0
GGAGGGTTTCAGCTGCTTCAACATCTCTCCAGATTTAGTGTCGGAAGGATCGTTCAGAAG
CATTGTCTCCGGCTAAAGTTGATACCACTAAGAAGGCCGACCCAAAGGCCAAGGCCTTGA
AGGCTGCGAAGGCAGTGAAGTCTGGCCAAGCCTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGA
CAAAGGTCACCTTCCACAGGCCGAAGACCTTGACCAAGGCTAGAGACCCCAAGTACCCGA
GAATCAGTGCTACTCCCAGGAACAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCA
CCACTGAGTCTGCGATGAAGAAGATCGAGGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACA
TTCGTGCCGACAAGAAGAAGATCAAAGATGCTGTTAAAAAGATGTACGACATTCAGACCA
AGAAAGTTAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACAC
CGGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTTTATCTACCT
CTACTATTGTAAAACCAGTGTTTTTGTCACTTGCTTGTAGACTCCAGTTTTGCATTGAGA
TATTATTATCTACCATCATCGTTTAATGTTGAATTCAAGTTCTATGTTCAG

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3CK04JQ 651 0 0
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CATTGTCTCCGGCTAAAGTTGATACCACTAAGAAGGCCGACCCAAAGGCCAAGGCCTTGA
AGGCTGCGAAGGCAGTGAAGTCTGGCCAAGCCTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGA
CAAAGGTCACCTTCCACAGGCCGAAGACCTTGACCAAGGCTAGAGACCCCAAGTACCCGA
GAATCAGTGCTACTCCCAGGAACAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCA
CCACTGAGTCTGCGATGAAGAAGATCGAGGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACA
TTCGTGCCGACAAGAAGAAGATCAAAGATGCTGTTAAAAAGATGTACGACATTCAGACCA
AGAAAGTTAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACAC
CGGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTTTATCTACCT
CTACTATTGTAAAACCAGTGTTTTTGTCACTTGCTTGTAGACTCCAGTTTTGCATTGAGA
TATTATTATCTACCATCATCGTTTAATGTTGAATTCAAGTTCTATGTTCAG

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3CE02TF 651 0 0
GGAGGGTTTCAGCTGCTTCAACATCTCTCCAGATTTAGTGTCGGAAGGATCGTTCAGAAG
CATTGTCTCCGGCTAAAGTTGATACCACTAAGAAGGCCGACCCAAAGGCCAAGGCCTTGA
AGGCTGCGAAGGCAGTGAAGTCTGGCCAAGCCTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGA
CAAAGGTCACCTTCCACAGGCCGAAGACCTTGACCAAGGCTAGAGACCCCAAGTACCCGA
GAATCAGTGCTACTCCCAGGAACAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCA
CCACTGAGTCTGCGATGAAGAAGATCGAGGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACA
TTCGTGCCGACAAGAAGAAGATCAAAGATGCTGTTAAAAAGATGTACGACATTCAGACCA
AGAAAGTTAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACAC
CGGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTTTATCTACCT
CTACTATTGTAAAACCAGTGTTTTTGTCACTTGCTTGTAGACTCCAGTTTTGCATTGAGA
TATTATTATCTACCATCATCGTTTAATGTTGAATTCAAGTTCTATGTTCAG

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3CK04TF 651 0 0
GGAGGGTTTCAGCTGCTTCAACATCTCTCCAGATTTAGTGTCGGAAGGATCGTTCAGAAG
CATTGTCTCCGGCTAAAGTTGATACCACTAAGAAGGCCGACCCAAAGGCCAAGGCCTTGA
AGGCTGCGAAGGCAGTGAAGTCTGGCCAAGCCTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGA
CAAAGGTCACCTTCCACAGGCCGAAGACCTTGACCAAGGCTAGAGACCCCAAGTACCCGA
GAATCAGTGCTACTCCCAGGAACAAGTTGGACCATTACGGTATCCTCAAGTACCCACTCA
CCACTGAGTCTGCGATGAAGAAGATCGAGGACAACAACACTCTTGTCTTCATTGTTGACA
TTCGTGCCGACAAGAAGAAGATCAAAGATGCTGTTAAAAAGATGTACGACATTCAGACCA
AGAAAGTTAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACAC
CGGACTATGATGCTTTGGATGTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTTTATCTACCT
CTACTATTGTAAAACCAGTGTTTTTGTCACTTGCTTGTAGACTCCAGTTTTGCATTGAGA
TATTATTATCTACCATCATCGTTTAATGTTGAATTCAAGTTCTATGTTCAG

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 3

CO CL2182Contig1 503 3 1 U
CAAACATATAATAACTATAATGAAGTCTGTTTACATTCGATAGGCAAAATGTACAAGCTC
ATGGGTTAAACAGGTTTGCTTCCATAAGTCAACCACATCTACATATGCCTGCACATTATA
TGTATATTATCATCATCGATGCAACAGTATATATACAGCTGAATGTGACCCACCCAATCA
ATGGCTCTATGAACATATAACAAAACGGTCTTGCACAAGGATTTGCTCTTGTTGCTTGTC
TAGTGTCCTTTGCACAGCTTGGTAGAACTCAATCCAAGAAGACGAGTATGAAGAGCCAAA
CATGAAAGTCGGAGTGGGATTGGCAGGGCAAGCAGTGACCAAATCCAACACAGAAGTAGC
AGGTTTGAGCTGGTGAGGGAAGTTAAAAGCCAAGTTATCAACTTTATGCTCGTAGATCTT
CCCATTGCGGTCTAGTTTATAGCGAGAAGTGCCCTGAAACTCTCCTTTGGCCTCCCACGG
AACTCTAGGCACACCTTTGAGGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3DB42JQ U 61
AF RR3G617JQ U 1
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DS 

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AACTCTAGGCACACCTTTGAGGC

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR3G617TF 503 0 0
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TAGTGTCCTTTGCACAGCTTGGTAGAACTCAATCCAAGAAGACGAGTATGAAGAGCCAAA
CATGAAAGTCGGAGTGGGATTGGCAGGGCAAGCAGTGACCAAATCCAACACAGAAGTAGC
AGGTTTGAGCTGGTGAGGGAAGTTAAAAGCCAAGTTATCAACTTTATGCTCGTAGATCTT
CCCATTGCGGTCTAGTTTATAGCGAGAAGTGCCCTGAAACTCTCCTTTGGCCTCCCACGG
AACTCTAGGCACACCTTTGAGG
C

QA 1 502 1 502
DS 



AS 1 4

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AAACACATATCTCTAAACAGGAAGAAGATCGTGGCTCTTGCAGCTCCAGAGACACTCACC
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GCAAGAGTGGTTCTTAAGTTTGTGTGGATGGAAAAAAACATAGGATTAGGATTGGACCAG
CATGTACCTGGACATGGCACAATCCCACTAAGTCCTTACTTCTTCTGGCCAAGAAAAGAT
GCTTGGGAAGAGCTCAAGTCCACTCTTGAAGCTAAGCCATGGATCTCTCAGAAGAAGATG
ATCATTCTCCTTAATCAAGCCACTGACATCATCAATCTCTGGCAACAAAGTGGCGGCAAC
TTAACTTCCCAATAATCTTTGTCTATTGAGAGTTATTTTTTTACAATCATATCTAAACAA
ATATTACATAGTTGAAAATGTTTTTCAAGTTGATAATAAAAGCAAAAAATAACTAAGCTA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 15 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GN21JQ C 107
AF RR3GN21TF U 72
AF RR3H575TF U 1
AF RR3H575JQ C 158
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BS 106 188 RR3H575TF
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BS 591 591 RR3GN21TF
BS 592 670 RR3H575TF

RD RR3GN21JQ 508 0 0
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AAAGTGGCGGCAACTTAACTTCCCAATAATCTTTGTCTATTGAGAGTT*TTTTTTTACAA
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ATTG

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR3GN21TF 543 0 0
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ATTG

QA 1 539 1 539
DS 

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QA 1 670 1 670
DS 

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CATGGATCTCTCAGAAGAAGATGATCATTCTCCTTAATCAAGCTACTGACATCATCAATC
TCTGGCAACAAAGTGGCGGCAACTTAACTTCCCAATAATCTTTGTCTATTGAGAGTTATT
TTTTTACAATCATGTCTAAACAAATATTACATAGTTGAAAATGTTTTTCAAGTTGATAAT
AAAAGCAAAAAATAACTAAGCTAAGAGTTATTG

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 4

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TCAGCAATCACAAGCCCTGTCCGTCAAAACTACACCGTTTCACCACCTTCTTCTCTCCTA
CTCATGCCTTCTTGGTCATCTTCTCCTTCTCTCCCTTACATGGGCGTCAAGCTCGTCACC
TATTTCCCTCATAACTCCTCTCAAAACTTACCAGGCATCCATGGATCCTACACACTCTTC
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CAACTTGTTCATGAGACCTATCTCAGTAGTTTCTAAAGGATAATGTCTTGTAAAAGAAAT
AAGTTATTGATATGGGGGTGTGTCTACTCAGTTTTACAATGCTTGTTATTTGCTGGCTGG
CCATCGTTACTCGATACTTGTCTTGAACTGGTGACTTCATCTGTATTTGCTTTGAAAAAC
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BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3A583TF U 2
AF RR3A583JQ C 561
AF RR3EX15JQ C 503
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G
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CATGGTTGGTTCCGGTGCTCTCGCGCCACATCTGATCAAATCCCATCTTGCTGCGAAACC
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CAAATCTGTTGGTTCGGGTACTGTAGATCTCTTAACTGCACAACTTGTTCATGAGACCTA
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DS 

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CAAGTAACAGTTAAAAAAAAGGGAAATTTGGACAC

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DS 



AS 1 3

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AAATCGAAATAAAAACTACATAAAACATGTGGGAATAAAACAATTTCTTTCTTTTTTATT
TCCTCTTCATCTTCTGATTTTGTGATTTACTCAGTGTCCCTAAGGCTTTCACTGGTGAGC
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AGCTCCGAACCTGCGGCTACTTTCTCCGACGCCACAACCTCCCAATGCAAGGCTTTCATA
TACTTCTTGATCGATTCAACGACGCTCTCCTTATCTCTGATGATGACGAACCCCGTGGGT
CTAAGAATCCTATCCATCTCAATCAACAGATCCTCTGCGCTGCATCCTTTGCTTCTAATG
TCTGAGAAAACAGTCCACGCGTGCAAGAGATCGTATGTTCTAGGGTATGTAGAGAAAGCC
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GGCCATGGAGCTAAACCACTTCCCTTGGTATTATGGTCGTGTTTGGAGTAAGGAGTGATG
CAAGCCTCCATTGAGACACCATAAACCGCATCAGGATCAGCATCCGAGCGACAAAGAGGA
GGCTGCGTCCCAGGCTCTCTCTCCAAGTAACAGTCATTACTCAACGGTTTCTGCCAAACA
AAAGTTTGGTTTCTCTTAGCAGCGATTCTCCAACACATTCTCTCAACGAGAGCGCCATCT
CCTTCCATATCCTCAAATCCTCTTCGTCTTGCGCGTAAGCCTCAGGAGACGAATAAGCGA
AGTAGCCTCCGGGTCTTAGCACACGGTCGAGCTCGAGGAGAAGGTGCCGTCTCTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BU65JQ U 1
AF RR3EN40JQ U 9
AF RR3EN40TF C 404
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GGACC

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3EN40JQ 743 0 0
AAAGTAATGATTAATTTCAATAATTAATTATATAATATTGCTTATGTGTTACAAATCGAA
ATAAAAACTACATAAAACATGTGGGAATAAAACAATTTCTTTCTTTTTTATTTCCTCTTC
ATCTTCTGATTTTGTGATTTACTCAGTGTCCCTAAGGCTTTCACTGGTGAGCCACAGTTT
CTTCTGGACGATAAAAACGACATTGCTCTCACCATCCTCGCTCTCTTGGTCGAGCTCCGA
ACCTGCGGTTACTTTCTCCGACGCCACAACCTCCCAATGCAAGGCTTTCATATACTTCTT
GATCGATTCAACGACGCTCTCCTTATCTCTGATGATGACGAACCCCGTGGGTCTAAGAAT
CCTATCCATCTCAATCAACAGATCCTCTGCGCTGCATCCTTTGCTTCTAATGTCTGAGAA
AACAGTCCACGCGTGCAAGAGATCGTATGTTCTAGGGTATGTAGAGAAAGCCTCACACCA
GTTATGATTAGTTCCGATTAAACCGCGGTCGTAGATGAGTTTAAGAGTGTTGGGACCGTC
GGGAGAGACAACGTTCATAACCCACACGTCTTTGTCTTTGAGAGCAGCTGCGAAAGAACC
CATGTGTGCTTTCATGTCCATTATGTTCCTCACTGTGTTCGCTTTGACTTTTGACGACAT
CAGATTCCAGTAGCTGTCCACTTGCTGTTTCCAAAGTTCCGTGTCTTTCTCAA*CGTATG
GGTTGAATAACCAAAGTCCGCAA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3EN40TF 735 0 0
CAT
CTTTGCTTCTAATGTCTGAGAAAACAGTCCACGCGTGCAAGAGATCGTATGTTCTAGGGT
ATGTAGAGAAAGCCTCACACCAGTTATGATTAGTTCCGATTAAACCGCGGTCGTAGATGA
GTTTAAGAGTGTTGGGACCGTCGGGAGAGACAACGTTCATAACCCACACGTCTTTGTCTT
TGAGAGCAGCTGCGAAAGAACCCATGTGTGCTTTCATGTCCATTATGTTCCTCACTGTGT
TCGCTTTGACTTTTGACGACATCAGATTCCAGTAGCTGTCCACTTGCTGTTTCCAAAGTT
CCGTGTCTTTCTCAAACGTATGGGTTGAATAACCAAAGTCCGCAAGACGGGGAGGAGGAG
AAGTCATCCTAGCTGGCCATGGAGCTAAACCACTTCCCTTGGTATTATGGTCGTGTTTGG
AGTAAGGAGTGATGCAAGCCTCCATTGAGACACCATAAACCGCATCAGGATCAGCATCCG
AGCGACAAAGAGGAGGCTGCGTCCCAGGCTCTCTCTCCAAGTAACAGTCATTACTCAACG
GTTTCTGCCAAACAAAAGTTTGGTTTCTCTTAGCAGCGATTCTCCAACACATTCTCTCAA
CGAGAGCGCCATCTCCTTCCATATCCTCAAATCCTCTTCGTCTTGCGCGTAAGCCTCAGG
AGACGAATAAGCGAAGTAGCCTCCGGGTCTTAGCACACGGTCGAGCTCGAGGAGAAGGTG
CCGTCTCTCTGC

QA 4 735 4 735
DS 



AS 1 3

CO CL2186Contig1 558 3 2 U
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TTTATTTGCCAATCAAAACAAAACTTTTCGAAACAGCAATTACAATCCTTCAACAGATGC
TCTTTATTCTGAATAAAATGCAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGGAGAGTGATAGCATCAGCT
TCTTGAAAACTTCACACAGCTGAGACATTTTGCAGAAGAGAGTGTTGCCGCAAACAAGCT
CATAGGAACTTCCTGTGTGGTCTGCCTGCATCTTCGTCTTGCATATGGAAATCTTTGACG
ATGCCCTTGTAGACGATGATTGGGAGGGCGATGCCGAAGATTCCGATGAGAGCGAAGTTG
CGACGTGTCCATCGGAAGTTGTGCTCGAGATTCTCCCTAGCGGATCCCCAATCCTCGATG
AACTTGTTCTTGTTCGTCTCCATTCCTCCACCCATCTTCTTCTTCTTCTTCTTTCGCTTT
TCTCGATTCACCTTCCTCTTCGACGACTGTGGAGGAGACCTGTGGTTAGTAGTTGGAGGC
AGATCTGGTCGATCCCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H896JQ U 1
AF RR3H896TF C 1
AF RR3C451JQ U 44
BS 1 499 RR3H896JQ
BS 500 558 RR3C451JQ

RD RR3H896JQ 501 0 0
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TCTTTATTCTGAATAAAATGCAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGGAGAGTGATAGCATCAGCT
TCTTGAAAACTTCACACAGCTGAGACATTTTGCAGAAGAGAGTGTTGCCGCAAACAAGCT
CATAGGAACTTCCTGTGTGGTCTGCCTGCATCTTCGTCTTGCATATGGAAATCTTTGACG
ATGCCCTTGTAGACGATGATTGGGAGGGCGATGCCGAAGATTCCGATGAGAGCGAAGTTG
CGACGTGTCCATCGGAAGTTGTGCTCGAGATTCTCCCTAGCGGATCCCCAATCCTCGATG
AACTTGTTCTTGTTCGTCTCCATTCCTCCACCCATCTTCTTCTTCTTCTTCTTTCGCTTT
TCTCGATTCACCTTCCTCT
CC

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR3H896TF 501 0 0
GCTCCACAAGTTTTAACATTAAGCACAAAACTAGTGTCAAAATGGGCGAACTTGAGTTTT
TTTATTTGCCAATCAAAACAAAACTTTTCGAAACAGCAATTACAATCCTTCAACAGATGC
TCTTTATTCTGAATAAAATGCAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGGAGAGTGATAGCATCAGCT
TCTTGAAAACTTCACACAGCTGAGACATTTTGCAGAAGAGAGTGTTGCCGCAAACAAGCT
CATAGGAACTTCCTGTGTGGTCTGCCTGCATCTTCGTCTTGCATATGGAAATCTTTGACG
ATGCCCTTGTAGACGATGATTGGGAGGGCGATGCCGAAGATTCCGATGAGAGCGAAGTTG
CGACGTGTCCATCGGAAGTTGTGCTCGAGATTCTCCCTAGCGGATCCCCAATCCTCGATG
AACTTGTTCTTGTTCGTCTCCATTCCTCCACCCATCTTCTTCTTCTTCTTCTTTCGCTTT
TCTCGATTCACCTTCCTCT
CC

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR3C451JQ 515 0 0
GGGCGAACTTGAGTTTTTTTATTTGCCAATCAAAACAAA*CTTTTCGAAACAGCAATTAC
AATCCTTCAACAGATGTTCTTTATTCTGAATAAAATGCAAAAAAAAGAAGAAAGAAAGGA
GAGTGATAGCATCAGCTTCTTGAAAACTTCACACAGCTGAAACATTTTGTAGAAGAGAGT
GTTGTCGCAAACAAGCTCATAGGAACTTCCTGTGTGGTCTGCCTGCATCTTCGTCTTGCA
TATGGAAATCTTTGACGATGCCCTTGTAGACGATGATTGGGAGGGCGATGCCGAAGATTC
CGATGAGAGCGAAGTTGCGACGTGTCCATCGGAAGTTGTGCTCGAGATTCTCCCTAGCGG
ATCCCCAATCCTCGATGAACTTGTTCTTGTTCGTCTCCATTCCTCCACCCATCTTCTTCT
TCTTCTTCTTTCGCTTTTCTCGATTCACCTTCCTCTTCGACGACTGTGGAGGAGACCTGT
GGTTAGTAGTTGGAGGCAGATCTGGTCGATCCCCC

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 4

CO CL2187Contig1 942 4 8 U
GTTACGGCCGGGGGACACTCACAACACATAGAGAGAGAGAGAAAGAAACCTTTTTGCCTT
TCACATTCACTCATCTCTCTAAGATCACTTTACTCTGATTTAGGGTTTCTCTCATAAACA
GACACTCCGCCATGAACATTTTCAGGAAGAAGACTACTCCCAAAGATGCTCTTCGCACCA
GTAAGAGAGAAATGTCTGTGGCTACAAGAGGTATCGAACGAGAGATTTCATCTCTTCAGA
TGGAGGAGAAGAGACTAGTTGCTGAGATCAAGAAAACTGCCAAAACTGGAAACGAGGCGG
CGACAAAGATTTTAGCACGTCAACTTGTTAGATTGAGGCAACAGATTACAAATTTACAGG
GAAGCCGTGCTCAGATCAGAGGTGTAACCACTCACACACAGGCTCTGTATGCGAGCACTT
CGATTTCTTCTGGTATGAAAGGTGCAACCAAAGCTATGGTTGCTATGAACAAGCAAATGG
CACCAACGAAACAAGCCAAGGTGATTAAGGACTTCCAGAAACAGTCTGCACAGCTAGACA
TGACGATAGAGATGATGTCAGAGGCAATTGATGAAACACTTGACAAAGATGAGGCGGAAG
AAGAAACAGAAGACCTCACTAACCAAGTTCTTGATGAGATTGGTGTTGGAGTTGCATCTC
AGTTATCTTCAGCTCCAAAAGGTCGCATCGCTACAAAGACCGCAGCTCCTCCTGCTACCA
CTGCCAACAGCAACAGCAACAGCTCTGAATCAAGTGAAGTGGATGAGCTTGAAAAGAGGT
TGGCTTCACTGCGAAGAATCTGAGAGTCAGCTTTTATGCATGCTTCTGTATGATTAAATA
AAAAAAATAACAGCTTCCCTTTTTTTTTTCTTTTGCTTGTTGTGTGATCTGATCTCTGTA
TAAATCTGCTGAGACTTATTATGGAGGAAGCTTAATTTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3D321TF U 1
AF RR3FV64TF U 13
AF RR3FV64JQ C 155
AF RR3D321JQ C 400
BS 1 396 RR3D321TF
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BS 411 411 RR3FV64TF
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BS 683 696 RR3D321TF
BS 697 942 RR3FV64JQ

RD RR3D321TF 696 0 0
GTTACGGCCGGGGGACACTCACAACACATAGAGAGAGAGAGAAAGAAACCTTTTTGCCTT
TCACATTCACTCATCTCTCTAAGATCACTTTACTCTGATTTAGGGTTTCTCTCATAAACA
GACACTCCGCCATGAACATTTTCAGGAAGAAGACTACTCCCAAAGATGCTCTTCGCACCA
GTAAGAGAGAAATGTCTGTGGCTACAAGAGGTATCGAACGAGAGATTTCATCTCTTCAGA
TGGAGGAGAAGAGACTAGTTGCTGAGATCAAGAAAACTGCCAAAACTGGAAACGAGGCGG
CGACAAAGATTTTAGCACGTCAACTTGTTAGATTGAGGCAACAGATTACAAATTTACAGG
GAAGCCGTGCTCAGATCAGAGGTGTAACCACTCACATACAGGCTCTGTATTCGAGCACTT
CGATTTCTTCTGGTATGAAAGGTGCAACCAAAGCTATGGTTGCTATGAACAAGCAAATGG
CACCAACGAAACAAGCCAAGGTGATTAAGGACTTCCAGAAACAGTCTGCACAGCTAGACA
TGACGATAGAGATGATGTCAGAGGCAATTGATGAAACACTTGACAAAGATGAGGCGGAAG
AAGAAACAGAAGACCTCACTAACCAAGTTCTTGATGAGATTGGTGTTGGAGTTGCATCTC
AGTTATCTTCAGCTCCAAAAG*TCGCATCGCTACAA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3FV64TF 665 0 0
GGACACTCACAACACATAGAGAGAGAGAGAAAGAAACCTTTTTGCCTTTCACATTCACTC
ATCTCTCTAAGATCACTTTACTCTGATTTAGGGTTTCTCTCATAAACAGACACTCCGCCA
TGAACATTTTCAGGAAGAAGACTACTCCCAAAGATGCTCTTCGCACCAGTAAGAGAGAAA
TGTCTGTGGCTACAAGAGGTATCGAACGAGAGATTTCATCTCTTCAGATGGAGGAGAAGA
GACTAGTTGCTGAGATCAAGAAAACTGCCAAAACTGGAAACGAGGCGGCGACAAAGATTT
TAGCACGTCAACTTGTTAGATTGAGGCAACAGATTACAAATTTACAGGGAAGCCGTGCTC
AGATCAGAGGTGTAACCACTCACACACAGGCTCTGTATGCGAGCACTTCGATTTCTTCTG
GTATGAAAGGTGCAACCAAAGCTATGGTTGCTATGAACAAGCAAATGGCACCAACGAAAC
AAGCCAAGGTGATTAAGGACTTCCAGAAACAGTCTGCACAGCTAGACATGACGATAGAGA
TGATGTCAGAGGCAATTGATGAAACACTTGACAAAGATGAGGCGGAAGAAGAAACAGAAG
ACCTCACTAACCAAGTTCTTTATGAGATTGGTGTTGGAGTTGCATCTCAGTTATCTTCAG
CTCCA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3FV64JQ 788 0 0
TACTCCCAAAGATGCTCTTCGCACCAGTAAGAGAGAAATGTCTGTGGCTACAAGAGGTAT
CGAACGAGAGATTTCATCTCTTCAGATGGAGGAGAAGAGACTAGTTGCTGAGATCAAGAA
AACTGCCAAAACTGGAAACGAGGCGGCGACAAAGATTTTAGCACGTCAACTTGTTAGATT
GAGGCAACAGATTACAAATTTACAGGGAAGCCGTGCTCAGATCAGAGGTGTAACCACTCA
CACACAGGCTCTGTATGCGAGCACTTCGATTTCTTTTGGTATGAAAGGTGCAACCAAAGC
TATGGTTGCTATGAACAAGCAAATGGCACCAACGAAACAAGCCAAGGTGATTAAGGACTT
CCAGAAACAGTCTGCACAGCTAGACATGACGATAGAGATGATGTCAGAGGCAATTGATGA
AACACTTGACAAAGATGAGGCGGAAGAAGAAACAGAAGACCTCACTAACCAAGTTCTTTA
TGAGATTGGTGTTGGAGTTGCATCTCAGTTATCTTCAGCTCCAAAAGGTCGCATCGCTAC
AAAGACCGCAGCTCCTCCTGCTACCACTGCCAACAGCAACAGCAACAGCTCTGAATCAAG
TGAAGTGGATGAGCTTGAAAAGAGGTTGGCTTCACTGCGAAGAATCTGAGAGTCAGCTTT
TATGCATGCTTCTGTATGATTAAATAAAAAAAATAACAGCTTCCCTTTTTTTTTTCTTTT
GCTTGTTGTGTGATCTGATCTCTGTATAAATCTGCTGAGACTTATTATGGAGGAAGCTTA
ATTTGACC

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3D321JQ 543 0 0
AGGCTCTGTATTCGAGCACTTCGATTTCTTCTGGTATGAAAGGTGCAACCAAAGCTATGG
TTGCTATGAACAAGCAAATGGCACCAACGAAACAAGCCAAGGTGATTAAGGACTTCCAGA
AACAGTCTGCACAGCTAGACATGACGATAGAGATGATGTCAGAGGCAATTGATGAAACAC
TTGACAAAGATGAGGCGGAAGAAGAAACAGAAGACCTCACTAACCAAGTTCTTGATGAGA
TTGGTGTTGGAGTTGCATCTCAGTTATCTTCAGCTCCAAAAGGTCGCATCGCTACAAAGA
CCGCAGCTCCTCCTGCTACCACTGCCAACAGCAACAGCAACAGCTCTGAATCAAGTGAAG
TGGATGAGCTTGAAAAGAGGTTGGCTTCACTGCGAAGAATCTGAGAGTCAGCTTTTATGC
ATGCTTCTGTATGATTAAATAAAAAAAATAACAGCTTCCCTTTTTTTTT*CTTTTGCTTG
TTGTGTGATCTGATCTCTGTATAAATCTGCTGAGACTTATTATGGAGGAAGCTTAATTTG
ACC

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 3

CO CL2188Contig1 933 3 12 U
GGAGAAATTGTAGACTAGTTTCCTAAGTTTACCTTTACCTCATCACAGTTTCGTACTAAC
TCGAGAGCCCAAGAAATAAGAAAGAAGAAAGAAGAAACACGAAACAATGGAGAATCTATT
GGGACTTCTCAGAATTCATGTGAAGAGAGGTGTGAATCTCGCCATCAGAGATATCGCAAG
CAGCGATCCCTACATCGTTTTTAACTTCGGAAACAAGAAGCTGAAAACCCACGTGGTCAA
ACATAATGTAAACCCAGAGTGGAACGATGATTTGACTCTTTCTGTGACTGATCCAAATCT
CCCTGTTAAACTTACGGTTTACGACAAGGACATACTCTCTGCGGATGATAAGATGGGAGA
AGCAGAGTTTAGCATTGCTCCATATCTTGAAGCCATTAAGTTTCGCCCTAAGATCGAAAG
AGGACTTCCCAATGGAACCATAATAATGAAGATACAGCCAAACAGACAGAACTGTCTGTC
TGAAGAGAGCCACATTTGTGTGGAACCAAGGGCAAGCTTCTTCAGAATATATTCATTAGG
CTCCAGAACGTAGAGTCCGGAGAGGTTGAGCTACAGCTCGAGTGGGATCGATGTCCCCCG
GTTCAAAGGGTATTTAAGTCACTTCATATCACTCTGACCCAATCCTTATCCCCTCGTGCT
CGTGCATATATGGTTTATTTGGCATTGAAGAATCTCAAACTGGTTATGCAATAAGCTCTC
TTTTCTTTTGTTCTTTTCGAGCCCAATAAGTGTGCAAGTCCAGGAGGACTGACTTAGTAA
GTGTAACATTTGGGATACCAGTTATATTCCCTCTCTCGTTTGCTTGAATAGGCAACAAAT
CAACCAACCAAACTTCTGTAAGATGCTAAATTTATCATTGTAACTTAGATGGGGGTAAAG
TTTCGATCGTACAAAGATCGTGCACTTTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C134TF U 1
AF RR3C134JQ C 665
AF RR3AH52TF U 424
BS 1 496 RR3C134TF
BS 497 497 RR3AH52TF
BS 498 511 RR3C134TF
BS 512 512 RR3AH52TF
BS 513 585 RR3C134TF
BS 586 586 RR3AH52TF
BS 587 598 RR3C134TF
BS 599 599 RR3AH52TF
BS 600 652 RR3C134TF
BS 653 653 RR3AH52TF
BS 654 782 RR3C134TF
BS 783 933 RR3AH52TF

RD RR3C134TF 782 0 0
GGAGAAATTGTAGACTAGTTTCCTAAGTTTACCTTTACCTCATCACAGTTTCGTACTAAC
TCGAGAGCCCAAGAAATAAGAAAGAAGAAAGAAGAAACACGAAACAATGGAGAATCTATT
GGGACTTCTCAGAATTCATGTGAAGAGAGGTGTGAATCTCGCCATCAGAGATATCGCAAG
CAGCGATCCCTACATCGTTTTTAACTTCGGAAACAAGAAGCTGAAAACCCACGTGGTCAA
ACATAATGTAAACCCAGAGTGGAACGATGATTTGACTCTTTCTGTGACTGATCCAAATCT
CCCTGTTAAACTTACGGTTTACGACAAGGACATACTCTCTGCGGATGATAAGATGGGAGA
AGCAGAGTTTAGCATTGCTCCATATCTTGAAGCCATTAAGTTTCGCCCTAAGATCGAAAG
AGGACTTCCCAATGGAACCATAATAATGAAGATACAGCCAAACAGACAGAACTGTCTGTC
TGAAGAGAGCCACATT*GTGTGGAACCAAGG*CAAGCTTCTTCAGAATATATTCATTAGG
CTCCAGAACGTAGAGTCCGGAGAGGTTGAGCTACAGCTCGAGTGG*ATCGATGTCCCC*G
GTTCAAAGGGTATTTAAGTCACTTCATATCACTCTGACCCAATCCTTATCCC*TCGTGCT
CGTGCATATATGGTTTATTTGGCATTGAAGAATCTCAAACTGGTTATGCAATAAGCTCTC
TTTTCTTTTGTTCTTTTCGAGCCCAATAAGTGTGCAAGTCCAGGAGGACTGACTTAGTAA
GT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3C134JQ 198 0 0
CATATATGGTTTATTTGGCATTGAAGAATTTCAAACTGGTTATGCAATAAGCTTTCTTTT
TTTTTGTTCTTTTCGAGCCCAATAAGTGTGCAAGTCCAGGAGGACTGACTTAGTAAGTGT
AACATTTGG*ATACCAGTTATATTCC*TCTTTCGTTTGCTTGAATAGGCAACAAATCAAC
CAACCAAACTTTTGTAAG

QA 1 198 1 198
DS 

RD RR3AH52TF 510 0 0
ACTTCCCAATGGAACCATAATAATGAAGATACAGCCAAATAGACAGAACTGTCTGTCTGA
AGAGAGTCACATTTGTGTGGAACCAAGGGCAAGCTTCTTCAGAATATGTTCATTAGGCTC
CAGAACGTAGAGTCCGGAGAGGTTGAGCTACAGCTCGAGTGGGATCGATGTCCCCCGGTT
CAAAGGGTATTTAAGTCACTTCATATCACTCTGACCCGATCCTTATCCCCTCGTGCTCGT
GCATATATGGTTTATTTGGCATTGAAGAATCTCAAACTGGTTATGCAATAAGCTCTCTTT
TCTTTTGTTCTTTTCGAGCCCAATAAGTGTGCAAGTCCACGAGGACTGACTTAGTAAGTG
TAACATTTGGGATACCAGTTATATTCCCTCTCTCGTTTGCTTGAATAGGCAACAAATCAA
CCAACCAAACTTCTGTAAGATGCTAAATTTATCATTGTAACTTAGATGGGGGTAAAGTTT
CGATCGTACAAAGATCGTGCACTTTGTTTC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 2

CO CL2189Contig1 713 2 3 U
AGGGGAAAAACACTTCCTTCTCCGCTTCAGCCATGGGAACCCTATCTCTCTCTTCTTCCC
TCGTTTCACCAAGACCCAGCTCATCTCCCTCCACGTCTTCTTCTTCTTCCTTCCCGAAAC
CCAACAAACTCCACCTCAAACCCATTTCAACCCCCTTAAGAACTTCTCCGTCGCCACTGA
GATTCGCGAACGCTTCAATCGAGATGTCGCAGACACACGAGTCAGCCATTCGCGGCGCGG
AGTCTGACGTCATGGGTCTTCTCCTTAGGGAACGAATCGTCTTACTCGGCAGCAGTATCG
ACGATTTCGTCGCCGACGCAATCATGAGTCAGCTGCTGCTCCTTGATGCTAAAGACCCTA
ACAAAGACATCAAACTCTTCATCAATTCCTCTGGTGGTTCCCTCAGTGCAACCATGGCTA
TATACGATGTGGTTCAGCTTATCCGAGCTGATGTCTCCACGATTGCTCTCGGCATTGCTG
CATCAACGGCTTCGATAATTCTCGGTGCCGGAACTAAAGGCAAGCGCTTTTCTATGCCCA
ACACGAGGATAATGATGCATCAGCCTCTTGGAGGTGCGAGTGGTCAAGCTATAGATGTTG
AGATCCAAGCTAAATAAGTTATGCATAACAAGAACAATGTCACCAGCATTATCGCCGGTG
TACTAGCCGTCTTTTGAGCAGTTTTGAAGATATTGACAGGACCGGTACATGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX90TF U 8
AF RR3CI66TF U 1
BS 1 207 RR3CI66TF
BS 208 208 RR3EX90TF
BS 209 713 RR3CI66TF

RD RR3EX90TF 508 0 0
GG
ACACTTCCTTCTCCGCTTCAGCCATGGGAACCCTATCTCTCTCTTCTTCCCTCGTTTCAC
CAAGACCCAGCTCATCTCCCTCCACGTCTTCTTCTTCTTCCTTCCCGAAACCCAACAAAC
TCCACCTCAAACCCATTTCAACCCCCTTAAGAACTTCTCCGTCGCCACTGAGATTCGCGA
ACGCTTCAATCGAGATGTCGCAGACACACGAGTCAGCCATTCGCGGCGCGGAGTCTGACG
TCATGGGTCTTCTCCTTAGGGAACGAATCGTCTTACTCGGCAGCAGTATCGACGATTTCG
TCGCCGACGCAATCATGAGTCAGCTGCTGCTCCTTGATGCTAAAGACCCTAACAAAGACA
TCAAACTCTTCATCAATTCCTCTGGTGGTTCCCTCAGTGCAACCATGGCTATATACGATG
TGGTTCAGCTTATCCGAGCTGATGTCTCCACGATTGCTCTCGGCATTGCTGCATCAACGG
CTTCGATAATTCTCGGTGCCGGAACT

QA 3 508 3 508
DS 

RD RR3CI66TF 713 0 0
AGGGGAAAAACACTTCCTTCTCCGCTTCAGCCATGGGAACCCTATCTCTCTCTTCTTCCC
TCGTTTCACCAAGACCCAGCTCATCTCCCTCCACGTCTTCTTCTTCTTCCTTCCCGAAAC
CCAACAAACTCCACCTCAAACCCATTTCAACCCCCTTAAGAACTTCTCCGTCGCCACTGA
GATTCGCGAACGCTTCAATCGAGATGTTGCAGACACACGAGTCAGCCATTCGCGGCGCGG
AGTCTGACGTCATGGGTCTTCTCCTTAGGGAACGAATCGTCTTACTCGGCAGCAGTATCG
ACGATTTCGTCGCCGACGCAATCATGAGTCAGCTGCTGCTCCTTGATGCTAAAGACCCTA
ACAAAGACATCAAACTCTTCATCAATTCCTCTGGTGGTTCCCTCAGTGCAACCATGGCTA
TATACGATGTGGTTCAGCTTATCCGAGCTGATGTCTCCACGATTGCTCTCGGCATTGCTG
CATCAACGGCTTCGATAATTCTCGGTGCCGGAACTAAAGGCAAGCGCTTTTCTATGCCCA
ACACGAGGATAATGATGCATCAGCCTCTTGGAGGTGCGAGTGGTCAAGCTATAGATGTTG
AGATCCAAGCTAAATAAGTTATGCATAACAAGAACAATGTCACCAGCATTATCGCCGGTG
TACTAGCCGTCTTTTGAGCAGTTTTGAAGATATTGACAGGACCGGTACATGTC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 3

CO CL2190Contig1 1315 3 7 U
GGGAGATGTCCCGGGAGAGACTGCGTTATTTAGAAGCTATGGCTATCTATTGTGAAGCTG
CAGCTATGGTAGAAGAGTATCAACAAGCTCTTTCAGTAGCTAACCACTGAGGTACTCGGG
ATGTTCAGGGTCTTTACCCTCAACTTGGCTTGAAGAATTCTCCTCAGGTTTATGAGACTT
TAGAGCATAGGTTGGTGGTTGCTGAGGCAGCTCAGAAACTGAGGCTACCTCTTATTTCAG
ATGATGGTGAAATCCACGAGGAAGAGATCGAAAAGTGGAGCATGCTATCAAGAAGCTCTC
TTGATAGTGCAGCCACGAGTTTTACAATCAGCTCTGCTTCCAACTCGGTGAACTATGCGA
ATAGCTCTGCGAACAGCGTCGCCTTTGGTGCTGCTGATACTGATGGAGTTGGTGGTGTGC
CGAATCGCTTTCTTGGAATAACACCTGCTTATCTATCATATGTCCAGCTCCAAAATTCTA
TGTCCATGGATATGGCTGACTACCAAATGTTTCTTGCTCGTGAGATAGAAGGTCGATTGA
AGGACAAGTGTGATAAGTTGGCTGATGCCATTGTTGACGACACTGATTCATCTACTGGAA
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BQ
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AF RR3BB20JQ C 449
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TGTG

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G
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AACATACACCCCTGAATCCATACCAGCCTTGCACAGCA

QA 2 639 2 639
DS 

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GTTTCTTGCTCGTGAGATAGAAGGTCGATTGAAGGACAAGTGTGATAAGTTGGCTGATGC
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TGTTAAGAAACTGGAAAATATGCAGTGGACAATCCATCAAGTTGAAATGGACCTTAAAGC
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ATTATTCTACAGTCGCTCGGTTACTTCAGGATTTTTGTAATATGAAAATTGTTTCTCGTT
TGTCTGAGAGATATTTTAATTTAACCG

QA 1 867 1 867
DS 



AS 1 3

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CCATCATATGAGATAACCATTGGATCTCTCGTAAGCAGACAAAGCAACTTCAAAAAACTC
TAGATTCCTACTAAAGAATGATGTATCAATCAATGACTCTGTGTAAATGTCAAGAGAGTG
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GAGAAGGCCCCTGGTTCGTATCAGGATGCCATTTCTTAGCTGATAAACGGTAGGCGTTCT
TAACATCTTCTAGTTTGAGGGGACCAGCTAGAGGTAGACCAAGAGCTTTCCTAGCAGACT
GAGACCCAACCATCAAAGGCTCATCATCGCAAGACCCATTATTGTCCCAGGTTTTGCTCC
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TCATATGCCTATCTCGGATAAGCGGATTTGGACCAATGTTCCACTCATTCTGAAGCGGAT
CATTAAGTCCCCTGTGGAAGAGAAGCTTGTCTACAGTCTTTTTAGCACTAGTGCGACGAC
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AGAACGAGAGCGAAATTGAGAATCGCAATTGAGGATTGTTATACAATTTGAGGATTTGAG
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AF RR3H617JQ U 36
AF RR3EX43JQ U 1
AF RR3EX43TF C 534
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BS 415 767 RR3EX43JQ
BS 768 1182 RR3EX43TF

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DS 

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QA 1 767 1 767
DS 

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ATTTGAGGAAAGAAAAGAGGGAGACGGAGAGTGGTGAGAGAAAAAAAAA

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 3

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ATATCTACGATCTCGGTCCAGGGGTGGACCAGCATCTGATAGAAAAGATTCTAGACCCTT
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3C849TF U 1
AF RR3B770TF U 449
AF RR3B770JQ C 903
BS 1 630 RR3C849TF
BS 631 631 RR3B770TF
BS 632 730 RR3C849TF
BS 731 731 RR3B770TF
BS 732 754 RR3C849TF
BS 755 1234 RR3B770TF
BS 1235 1235 RR3B770JQ
BS 1236 1287 RR3B770TF
BS 1288 1288 RR3B770JQ
BS 1289 1295 RR3B770TF
BS 1296 1297 RR3B770JQ
BS 1298 1323 RR3B770TF
BS 1324 1324 RR3B770JQ
BS 1325 1333 RR3B770TF
BS 1334 1685 RR3B770JQ

RD RR3C849TF 754 0 0
GGATGAAAAAATAAGGAAGAGAAAAATGGGTTGTTGTCAAATAATATCGGTGATAGTTTT
ATTCCTTTGGGTGTTCCGGTTTTCGAACAAGACCGCCGTAAGCTCGGCCGTAGAAGTGAA
AGGAACGGTGTTTGTGTACGGAAGAGCGGCAGTGGGAGCAGTAGACAAAGACTTCATCTG
CGCCACTTTGGATTGGTGGCCGCCTCAGAAATGTGACTACGGAACTTGTGCTTGGGACCA
TGCTTCGATTCTTAACCTGGACCTGAACAACACTATTTTTCAGAATGCAATCAGAGAATT
TGCTCCATTGAAAATTAGAATAGGAGGAACATTACAAGACTTGGTGATATATGAGACAGC
AGATCAGAAACAGCCTTGTATTCCTTTCACCCAAAACACTTCCCTTCTCTTTGGCTACAC
ACAAGGATGTCTCTCTATGCACCGATGGAACCAGCTTAATGACTTCTTTACCAAAACCGG
AGCTAAAGTCATCTTCGGTCTGAATGCACTCTCTGGGCGGAGCATACAACCTAATGGTGA
AGCCGTAGGTGCCTGGGACTACACCAATGCTGAATCATTCATCCGATATATAGTACAGAA
CAACCACACGGTCGATGGTTGGGAGCTCGGCAATGAGCTGTGTGGAAGTGGTGTTGGTGC
AAGAGTTGCAGCAAGTCAGTACGCTACGGACACCATAGCTCTTCGAAACATTGTGAACCG
GGTGTATAAG*ATGTGAGTCCCATGCCACTGGTG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3B770TF 885 0 0
G
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TCTCTGGGCGGAGCATACAACCTAATGGTGAAGCCGTAGGTGCCTGGGACTACACCAATG
CTGAATCATTCATCCGATATATAGTACAGAACAACCACACGGTCGATGGTTGGGAGCTCG
GAAATGAGCTGTGTGGAAGTGGTGTTGGTGCAAGAGTTGCAGCAAGTCAGTACGCTACGG
ACACCATAGCTCTTCGAAACATTGTGAACCGGGTTTATAAGGATGTGAGTCCCATGCCAC
TGGTGATAGGCCCTGGTGGTTTCTTCGATGCTGCTTTGGTTCACGGAATATTTGAACAAA
ACTGAAGACTCTCTCAATGCCACTACTCGTCATATCTACGATCTCGGTCCAGGGGTGGAC
CAGCATCTGATAGAAAAGATTCTAGACCCTTCGTACCTGGACCAAGAGGCAACAACGTTC
CGCAGCCTAAAGAGCATAATCAACAACTCATCAACAAAGGCTGTGGCGTGGGTTGGTGAG
GCTGGTGGAGCCTACAACAGCGGGCGTAACCTTGTCTCTAATGCTTTCGTTTATAGTTTC
TGGTACCTGGACCAACTTGGTATGGCATCAGTGTATGATACGAAAACATATTGTAGACAG
TCTCTAATCGGAGGAAACTATGGCCTGCTAAATACTACTAATTTCACTCCCAACCCTGAC
TATTATAGTGCTCTGATCTGGCGACGACTTATGGGAAGAGAGGCACTGTTCACAAGCTTT
TCCCGGACAAAGAAGATACGTTCATACACTCATTGTGCTAAATAACACTTTCAGTCTA*G
ACGCAG**AGACGTCTCGGAAAATAGTAGCGGCT*CCCAGCTGA

QA 2 885 2 885
DS 

RD RR3B770JQ 783 0 0
TACCTGGACCAAGAGGCAACAACGTTCCGCAGCCTAAAGAGCATAATCAACAACTCATCA
ACAAAGGCTGTGGCGTGGGTTGGTGAGGCTGGTGGAGCCTACAACAGCGGGCGTAACCTT
GTCTCTAATGCTTTCGTTTATAGTTTCTGGTACCTGGACCAACTTGGTATGGCATCAGTG
TATGATACGAAAACATATTGTAGACAGTCTCTAATCGGAGGAAACTATGGCCTGCTAAAT
ACTACTAATTTCACTCCCAACCCTGACTATTATAGTGCTCTGATCTGGCGACGACTTATG
GGAAGAGAGGCACTGTTCACAAGCTTTTCCGGAACAAAGAAGATACGTTCATACACTCAT
TGTGCTAAATAACACTTTCAGTCTAAGACGCAGGAAGACGTCTCGGAAAATAGTAGCGGC
TTCCCAGCTGACTTGGGTTTCTAATGGTGAAACCCAAAGAGAAGAGTACCATTTGACAGC
AAAGGATGGAGATCTACACAGCCGGATTATGCTACTCAACGGTAATGCACTGCAGGTTAA
TTCCACTGGTGACATACCTCCACTGGAACCGATATATGTAAACTCAGCAGAGCCAATAAC
AATAGCTCCATACTCCATTGTGTTTGTGCATATGCCGAACGTTGTTGTGCCTGCATGTGC
TTAGGGAGCTGCTGCATGTTGGACTTTTAAGACAGCTCCATTCAATTATTTGATTTGAAA
AGATAAAAAAAATGTACCTATCTTTCAGAAAAATTCGTTATAGACCACAAAATAATTCTG
ATT

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 3

CO CL2193Contig1 772 3 3 U
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CGATCTTTCTAGTTCTATTCCTGTCAACAACCATTCTCCAATCTTCATCCGCAATTCCAA
ATCGTTCCGAACTAGACCGGTTCATCGTGACATCATGCCAAACCACCCGATATCCACTAC
TATGCGTGCATACTCTCTCTGCTTACGCCACCATGATTCGACACAAAAACGACCAGGATC
TTGCCCAAACCGCTCTCACCATCAGCATGTCTCGAGCCAGATCCGTTGCTATATTCGTCG
CTAAACTAACCAAACAAACGCCAAGTTTCAAACGTAGAGAATATTTAGCAATCAAAGATT
GCATTGAAGTGTTAGGCAACAGCGTGGACCGGTTAGGCCAGTCGGTTAAAGAACTAGGTC
GAGCTGGTCATGCTGTGGCTAGTGAGGACTTCATGTGGAAAATGAGTAACGTTCAGACGT
GGGTTAGTGCTGCATTGACGGACGAAACCACGTGTCTAGATGGATTCTCCGGTCGAGCCA
TGGAAGGCAAAGTAAAGAGGCTGATTCGTTTAAAAGTGGTTCACGTGGCTCAAGTCACTA
GCAATGCTCTTGCGTTGGTTAATCATTTTGCTGAGAAACGAAGTGTGATGTTTCCCTGAA
TGGAGTTGAGTTATCTTTTCCTTTGGTAATGACTAGTTAATGTGAAATTTTGGCTTGTAT
GTAAATAAAATCTCTGATCTTTAAAGCTGTAAAATGTTTTCTTTTTGTCGTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F511TF U 1
AF RR3EY23TF U 1
AF RR3CQ09TF U 211
BS 1 729 RR3EY23TF
BS 730 730 RR3CQ09TF
BS 731 772 RR3EY23TF

RD RR3F511TF 653 0 0
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CGATCTTTCTAGTTCTATTCCTGTCAACAACCATTCTCCAATCTTCATCCGCAATTCCAA
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TATGCGTGCATACTCTCTCTGCTTACGCCACCATGATTCGACACAAAAACGACCAGGATC
TTGCCCAAACCGCTCTCACCATCAGCATGTCTCGAGCCAGATCCGTTGCTATATTCGTCG
CTAAACTAACCAAACAAACGCCAAGTTTCAAACGTAGAGAATATTTAGCAATCAAAGATT
GCATTGAAGTGTTAGGCAACAGCGTGGACCGGTTAGGCCAGTCGGTTAAAGAACTAGGTC
GAGCTGGTCATGCTGTGGCTAGTGAGGACTTCATGTGGAAAATGAGTAACGTTCAGACGT
GGGTTAGTGCTGCATTGACGGACGAAACCACGTGTCTAGATGGATTCTCCGGTCGAGCCA
TGGAAGGCAAAGTAAAGAGGCTGATTCGTTTAAAAGTGGTTCACGTGGCTCAAGTCACTA
GCAATGCTCTTGCGTTGGTTAACCATTTTGCTGAGAAACGAAGTGTGATGTTT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3EY23TF 772 0 0
GGACTTCAAACAAACAATAATAAAGCAAGAACATTTAAAACATCATGGAGCCTAAAAATA
CGATCTTTCTAGTTCTATTCCTGTCAACAACCATTCTCCAATCTTCATCCGCAATTCCAA
ATCGTTCCGAACTAGACCGGTTCATCGTGACATCATGCCAAACCACCCGATATCCACTAC
TATGCGTGCATACTCTCTCTGCTTACGCCACCATGATTCGACACAAAAACGACCAGGATC
TTGCCCAAACCGCTCTCACCATCAGCATGTCTCGAGCCAGATCCGTTGCTATATTCGTCG
CTAAACTAACCAAACAAACGCCAAGTTTCAAACGTAGAGAATATTTAGCAATCAAAGATT
GCATTGAAGTGTTAGGCAACAGCGTGGACCGGTTAGGCCAGTCGGTTAAAGAACTAGGTC
GAGCTGGTCATGCTGTGGCTAGTGAGGACTTCATGTGGAAAATGAGTAACGTTCAGACGT
GGGTTAGTGCTGCATTGACGGACGAAACCACGTGTCTAGATGGATTCTCCGGTCGAGCCA
TGGAAGGCAAAGTAAAGAGGCTGATTCGTTTAAAAGTGGTTCACGTGGCTCAAGTCACTA
GCAATGCTCTTGCGTTGGTTAATCATTTTGCTGAGAAACGAAGTGTGATGTTTCCCTGAA
TGGAGTTGAGTTATCTTTTCCTTTGGTAATGACTAGTTAATGTGAAATTTTGGCTTGTAT
GTAAATAAA*TCTCTGATCTTTAAAGCTGTAAAATGTTTTCTTTTTGTCGTT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3CQ09TF 556 0 0
CCATGATTCGACACAAAAACGACCAGGATCTTGCCCAAACCGCTCTCACCATCAGCATGT
CTCGAGCCATATCCGTTGCTATATTCGTCGCTAAACTAACCAAACAAACGCCAAGTTTCA
AACGTAGAGAATATTTAGCAATCAAAGATTGCATTGAAGTGTTAGGCAACATCGTGGACC
GGTTAGGCCAGTCGGTTAAAGAACTAGGTCGAGCTGGTCATGCTGTGGCTAGTGAGGACT
TCATGTGGAAAATGAGTAACGTTCAGACGTGGGTTAGTGCTGCATTGACGGACGAAACCA
CGTGTCTAGATGGATTCTCCGGTCGAGCCATGGAAGGCAAAGTAAAGAGGCTGATTCGTT
TAAAAGTGGTTCACGTGGCTCAAGTCACTAGCAATGCTCTTGCGTTGGTTAATCATTTTG
CTGAGAAACGAAGTGTGATGTTTCCCTGAATGGAGTTGAGTTATCTTTTCCTTTGGTAAT
GACTAGTTAATGTGAAATTTTGGCTTGTATGTAAATAAAATCTCTGATCTTTAAAGCTGT
AAAATGTTTTCTTTTT

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 4

CO CL2194Contig1 756 4 38 U
GGACATTAGCCATGTTTTCGTCATCTTCAATTAGGTCAATAATCGTATCCGGACTTCACC
GGACTCCAACCCTGAAATCGCCGGCAAATCCTCCGAGACTCTTCACCTCCTCCGTTTCTA
GATTCCTCCACTCAAGCTCCACTGGTTTCAGCGACAGTAGAATCACGATGAGCAGCGTTG
AGGACAAAACCGGATCGAACTCGGGGGCGATGATGGAGAATCGGGCGAGCAGGATGAGGG
AGAAGCTGGAGAAGGAGCTCAAACCTGTGGAGCTGGTGATCGAGGACGTCTCGTATCAGC
ACGCCGGTCACGCGGGGATGAAAGGCAGAGGAACAGACGAAGAGACGCATTTCAATGTGA
AGATTGTCTCGAAAGGATTCGAAGGGATGAATCTGGTGAAGAGGCACAGGCTCGTTTACG
ATCTGCTCAGGGAGGAGCTTGATAGCGGATCGCACGCACTTTCCATCGTCTCCAAGACTC
CCTCCGAGTCCACTCGCTAGCCAAAAAAAAAAAAATTACTCTGTTTTTATGTTTCTTTCT
CTTATGAGAGTTTGTGTTCAAAGACTCTTTTTTATCATTGATGCTTAGTTTTTGTTGTCG
AAAAGCAACTCTTATAGATTCAACAGACTTGAGTTTTCACCATCAAAAGGCTCTGCTTTG
GGTTTTGATTGTTCGTACGCTTGAGGGTGATGTGATGATTGTTTGCTTTTTGATCAATTA
GAGTTCACTTTTCTAGTATTCAAAGTTTTAATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT71JQ C 3
AF RR3DT71TF U 3
AF RR3CQ72TF U 1
AF RR3CQ72JQ C 471
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BS 135 135 RR3CQ72TF
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BS 165 180 RR3CQ72TF
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TCCACTCAAGCTCCACTGGTTTCAGCGACAGTAGAATCACGATGAGCAGCGTTGAGGACA
AAACCGGATCGAACTCGGGGGCGATGATGGAGAATCGGGCGAGCAGGATGAGGGAGAAGC
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AGTCCACTCGCTAGCC

QA 5 500 5 500
DS 

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AGAAGCTGGAGAAGGAGCTCGAACCTGTGGAGCTGGTGATCGAGGACGTCTTGTACCAGC
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GTTTCTTTCTCTTATGAGAGTTTGTGTTCAAAGACTCTTTTTTATCATTGATGCTTAGTT
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TGATCAATTAGAGTTCACTTTTCTAGTATTCAAAGTTTTAATGTCC

QA 1 286 1 286
DS 



AS 1 4

CO CL2195Contig1 1146 4 4 U
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GAGAACGATAGCTGCACATTTTACCGACCCTTTTGACGTGACTACAAGGGTGGCAAACAA
ATGCAATGATGGCACATTGGTCTTGCAGGTTATGCTACACTCCCTTGTCAAGGCCAACTT
GATAGTTCTTGATGCTTGGCTTGATCTTCAAGATGGATTTGTACATGGAAAAAGTGATGG
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TCCTCCTCAGCTGGGTTTGCCAAACGTGGAAGAAGCAAATGTAAGCAGCAATCCACCGGG
TCCTCACTTAGTGTGCGTTTTGCCTCCACTTCTCAGTTCTTCCTTTTGCGTCCCTGTCAA
GTAGAGTAAAGGTGGTTCCCACTTCAACTTTTTCCACTCTCGACTCAAATTTTCATTAGA
GTATTTGCCGCGAGGACAGTCAAGAATAAGTATTTTATTGTATGTTTGTTTTTTGTTGGT
TTATGATCGTAGAAATATCAAAGAATTGAGTTCATTGATCGTCAATGAGGTTGAATTACG
CAAACAACACTTTTCTTTGATACTATTAGAGCATCTCCGATGGTTAATATTATTTTTTTC
GTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3AH02TF U 1
AF RR3F022TF U 54
AF RR3F022JQ C 713
AF RR3AH02JQ C 289
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BS 290 715 RR3AH02TF
BS 716 1146 RR3AH02JQ

RD RR3AH02TF 720 0 0
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GGATGTAGATCACTCTGGAGATGATGCTGAAAGGAAAGATTTGGTGTTCAAGAGTGCTAT
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CGATGGTCTTAGGGTCGGGAAACTTATTACCATGCAGTGGAGAGTCGAAAGGCTGAAAGA
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CAGGA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3F022TF 662 0 0
G
ATTTGAGAGAACGATAGCTGCACATTTTACCGACCCTTTTGACGTGACTACAAGGGTGGC
AAACAAATGCAATGATGGCACATTGGTCTTGCAGGTTATGCTACACTCCCTTGTCAAGGC
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TGATGGAAGACCAACTTCGACGTTCTTTCCCCTTGTTGTGTCACCGGGATCTAGAGCAGC
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CAATGCAAATTCGGAGAACTGGATGATCGCGGGTAGGAAGAGAGGTTATGTCTCTCTCTC
A

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G

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G
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GTACCAGAGAGCATTCTGAATATCAAATATGAAATCCATGGTGATAGAGCTGCTGGAGCA
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CCACTTCCTTCCGATGGTCTTAGGGTCGGGAAACTTATTACCATGCAGTGGAGAGTCGAA
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GAAGTCAATGCAAATTCGGAGAACTGGATGATCGCGGGTAGGAAGAGAGGTTATGTCTCT
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AATCCACCGGGTCCTCACTTAGTGTGCGTTTTGCCTCCACTTCTCAGTTCTTCCTTTTGC
GTCCCTGTCAAGTAGAGTAAAGGTGGTTCCCACTTCAACTTTTTCCACTCTCGACTCAAA
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GTTGAATTACGCAAACAACACTTTTCTTTGATACTATTAGAGCATCTCCGATGGTTAATA
TTATTTTTTTCGTAATT

QA 2 858 2 858
DS 



AS 1 4

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CTCTGTCCTCTCGCTCGAAACCCTATTCTTTCGTATATTCTCAGGAGAAGTGACAAATGG
ATGCGTTTAGAAGACAAGCGAGTAAGCTCAGAGACCAAGTCGCTAAGCAACAACTGGCTG
TGATAAAGCAATTCAGTGGGACAGGCTACGAAAGCTCAGACGTAATGGTGATTGATGAGC
TCGAAATGCAAAGGCATCATCAGCTCGAGAAGCTTTACCGCTCTACTCGTTCCGCTAAGG
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TTGAGAAAGAACAAGAAGACTTTAACAAGCTTTTGTCCTCTCAGGTTTTGGATCCTCTGA
GGGCTATGGTTGCCGGTTCTCCTCTTGAAGACGCTCGTCATTTAGCTCAACGTTACAGCC
GCATGAGACAAGAAGCTGAGACTCATGCAGCGGAAGTATCTAGAAGGCAAGTGCGTGTAA
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AGCTTAAAGCTAACATGGCGGTACTAGGTAAAGAAGCCACTGCTGCGTTGGCTGCTGTTG
AATCTCAGCAACATAGACTTACTTTCCAGAGGCTTGTGGCTATGGTCGAAGGGGAAAAGA
ATTATCATCTAAGAATAGCTGCTGTTCTCAGTGACATTGAAGCCGAGATGGTAACTGAGA
AACAACACAAAGAATCTGCTCCCCCTACGATTCCAACAGAGAACAGCTCAGAAAAAACAT
CATACTTTCTAGCTGAAGTGGTTCATCCGTTTTCCGCTGCTTCAGAGAAAGAACTAGACT
TGTACAAAGGAGACTACGTCGTTGTCCGAAAGGTGAGCGAAAGTGGTTGGGCAGAAGGAG
AATGCAAAGGCAAAGCTGGATGGTTCCCTATGGCTTACATTGAAAAGAGACAGAGACTTC
CCACTACCAACTTTGCTGCTGAAGTTTACTGAGCCTCTTTCATTCTTTTTTATTTCATTT
GTCTCTAAATATACTGTTCTGTGTTCACTTCCGTAAGAAGTTACTACTCTTTGATCAAAA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G609TF U 1
AF RR3GC10TF U 68
AF RR3GC10JQ C 1077
AF RR3G609JQ C 604
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RD RR3G609TF 730 0 0
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GAGAAGCTCCCATTCCAGAAAACGTGGCAAAGCTTCAACTAGCCGAAGCCAAGATGCAAG
AGCTTAAAGC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3GC10TF 669 0 0
GG
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AATTCAGTGGGACAGGCTACGAAAGCTCAGACGTAATGGTGATTGATGAGCTCGAAATGC
AAAGGCATCATCAGCTCGAGAAGCTTTACCGCTCTACTCGTTCCGCTAAGGAGTTCCAGA
GAGAGCTTATCAAAGCAGCTGAGACTTTTACTTCCATTGGGCTTAGACACATTGAAGCAG
GAACCAAGTTGGCTGAAGACTGTTGTTAATACGGAACCGAAAACAGTCAGAACATCGATG
AGAGTATTCTAGCCAAGGCTGCAGCTATATACGGTGATGCTCGCAAACACGTTGAGAAAG
AACAAGAAGACTTTAACAAGCTTTTGTCCTCTCAGGTTTTGGATCCTCTGAGGGCTATGG
TTGCCGGTTCTCCTCTTGAAGACGCTCGTCATTTAGCTCAACGTTACAGCCGCATGAGAC
AAGAAGCTGAGACTCATGCAGCGGAAGTATCTAGAAGGCAAGTGCGTGTAAGAGAAGCTC
CCATTCCAGAAAACGTGGCAAAGCTTCAACTAGCCGAAGCCAAGATGCAAGAGCTTAAAG
C
TAACAT

QA 3 663 3 663
DS 

RD RR3GC10JQ 191 0 0
GGG
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CCCACTACCAACTTTGCTGCTGAAGTTTACTGAGCCTCTTTCATTCTTTTTTATTTCATT
TGTCTCTAAATATACTGTTCTGTGTTCACTTCCGTAAGAAGTTACTACTCTTTGATCGAA
ACATAACA

QA 4 191 4 191
DS 

RD RR3G609JQ 726 0 0
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AAGCTCCCATTCCAGAAAACGTGGCAAAGCTTCAACTAGCCGAAGCCAAGATGCAAGAGC
TTAAAGCTAACATGGCGGTACTAGGTAAAGAAGCCACTGCTGCGTTGGCTGCTGTTGAAT
CTCAGCAACATAGACTTACTTTCCAGAGGCTTGTGGCTATGGTCGAAGGGGAAAAGAATT
ATCATCTAAGAATAGCTGCTGTTCTCAGTGACATTGAAGCCGAGATGGTAACTGAGAAAC
AACACAAAGAATCTGCTCCCCCTACGATTCCAACAGAGAACAGCTCAGAAAAAACATCAT
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ACAAAGGAGACTACGTCGTTGTCCGAAAGGTGAGCGAAAGTGGTTGGGCAGAAGGAGAAT
GCAAAGGCAAAGCTGGATGGTTCCCTATGGCTTACATTGAAAAGAGACAGAGACTTCCCA
CTACCAACTTTGCTGCTGAAGTTTACTGAGCCTCTTTCATTCTTTTTTATTTCATTTGTC
TCTAAATATACTGTTCTGTGTTCACTTCCGTAAGAAGTTACTACTCTTTGATCAAAACAT
AACACTTGCCTCTGTGTGGTGCTTATTGAAGATTGTTCTTATTGCAGTTTAGCCTGTAGG
TATCAC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL2197Contig1 1260 2 6 U
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CGTCAAATGTAACGGAGTTAGACGTGGTGACGGGAAATGGAGACGCCGTTACTTGCTCGG
AGATGGAGAACTCGGAGCTCTTCTTCTCTGTTTTAGGTGGTCTTGGACAATTCGGTATCA
TCACAGAGCTAGGGTTTTGCTAGAGCCAGCACCAGATATGGTGAGGTGGATAAGAGTCGT
TTACACCGAGTTCGACGAGTTCGCTGGGGACGCCGAGTGGCTAGTGAGTCAGAAGGACGA
GTCATCGTTTGATTACGTAGAGGGATTCGTGTTCGTCAACGGCGATGACCCGGTCAACGG
GTGGCCTACAGTTCCACTCCACCCAGACCACGACTTTGACCCGTCCCGACTCCCACAATC
ATCCGGGTCGGTTCTTTACTGCCTTGAACTAGCTCTCCACTACCGAGATTCCGACTCAAA
CTCAGCCGTCGACAAGAGAGTGGAGAGACTGATAGGACGGCTGAGATTTATTAAAGGACT
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TGCTAAAGCTTCATTGGTCGAGAAAATGGTGGCTCAAAATCAGGAGGTTTTTCAATGGTG
TGTCAGAAAGGGAATAGATTTTAAGCTGTATCTTCCTCACTACAAGTCTCGAGAGGAATG
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CATGGCTATCCTTTCACCGGGTCAAAAGATTTTCAATAGGGCTCCTTGACCCCCTATTTT
ACTTTTGTATTCTTGAGTTTCGTTGCTCTAATGTAATTTTTATATGTATCTTTTTCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
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AF RR3BZ12TF U 1
AF RR3AD20TF U 443
BS 1 532 RR3BZ12TF
BS 533 533 RR3AD20TF
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TTGGCGGGACGCTGTCGAATGCCGGCGTTAGTGGACAAGCGTTCCGTTACGGACCACAGA
CGTCAAATGTAACGGAGTTAGACGTGGTGACGGGAAATGGAGACGCCGTTACTTGCTCGG
AGATGGAGAACTCGGAGCTCTTCTTCTCTGTTTTAGGTGGTCTTGGACAATTCGGTATCA
TCACAGAGCTAGGGTTTTGCTAGAGCCAGCACCAGATATGGTGAGGTGGATAAGAGTCGT
TTACACCGAGTTCGACGAGTTCGCTGGGGACGCCGAGTGGCTAGTGAGTCAGAAGGACGA
GTCATCGTTTGATTACGTAGAGGGATTCGTGTTCGTCAACGGCGATGACCCGGTCAACGG
GTGGCCTACAGTTCCACTCCACCCAGACCACGACTTTGACCCGTCCCGACTCTCACAATC
ATCCGGGTCGGTTCTTTACTGCCTTGAACTAGCTCTCCACTACCGAGATTCCGACTCAAA
CTCAGCCGTCGACAAGAGAGTGGAGAGACTGATAG*ACGGCTGAGATTTATTAAAGGAC

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3AD20TF 818 0 0
GGATTCGTGTTCGTCAACGGCGATGACCCGGTCAACGGGTGGCCTACAGTTCCACTCCAC
CCAGACCACGACTTTGACCCGTCCCGACTCCCACAATCATCCGGGTCGGTTCTTTACTGG
CTTGAACTAGCTCTCCACTACCGAGATTCCGACTCAAACTCAGCCGTCGACAAGAGAGTG
GAGAGACTGATAGGACGGCTGAGATTTATTAAAGGACTGAGGTTCGAGGTTGATCTACCT
TACGTTGACTTTTTACTGAGAGTAAACCAGTCTGAGGAGATAGCGAAGGTGAACGGCACG
TGGGAAACGCCGCACCCTTGGCTTAACCTCTTCGTGTCGAAACGTGACATCGGAGAATTT
GATCGGACGGTTTTCAAGGAACTTGCCAAGAACGGAGTCGGAGGGCCCATGCTGGTCTAC
CCACCCTTGCGAAGCAGGTGGGATGACCGTACGTCCGTGGTTTTACCGGAAGGAGATATA
TTCTACATAGTGGCATTGCTTCGATTCGTACCGACGTGTGCTAAAGCTTCATTGGTCGAG
AAAATGGTGGCTCAAAATCAGGAGGTTTTTCAATGGTGTGTCAGAAAGGGAATAGATTTT
AAGCTGTATCTTCCTCACTACAAGTCTCGAGAGGAATGGATTCGTCATTTTGGGAACCGA
TGGTCGAGGTTCGTTGACAGAAAATCTATGTACTATCCCATGGCTATCCTTTCACCGGGT
CAAAAGATTTTCAATAGGGCTCCTTGACCCCCTATTTTACTTTTGTATTCTTGAGTTTCG
TTGCTCTAATGTAATTTTTATATGTATCTTTTTCTTTC

QA 1 818 1 818
DS 



AS 1 3

CO CL2198Contig1 961 3 24 U
GGGAACACTCTCTCTCGATCTATCTTCCTAAAGCTCTCTCTCTCGTGATCATCGTTGACA
AAAAAGATGGCCAGAAAGTTCTTCGTCGGAGGCAACTGGAAATGCAACGGAACTAGTGAG
GAGGTGAAGAAGATTGTGAACACTCTTAACGAAGCTCAAGTACCTTCCCAGGATGTCGTT
GAGGTTGTGCTTAGCCCTCCATATGTGTTTCTTCCTCTTGTCAAGAGCATTTTGAGGCCT
GACTTCCATGTTGCTGCCCAAAACTGCTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCCTTCACTGGTGAA
GTGAGTGCTGAGATGCTTGTGAACTTGGACATCCCATGGGTTATCCTTGGTCACTCTGAA
AGGAGGGCACTCCTCAATGAATCAAACGAGTTTGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTT
GCTCAAGGTTTGAAAGTGATCGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGCAGCGAGAGGCTGGA
TCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACTAAAGCTATTGCTGATCGAGTGTCGAACTGG
TCAAATGTTGTTATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCTAGC
CCAGCTCAAGCTCAGGAAGTACATGATGAGCTTAGGAAATGGCTCGCAAAGAACGTGAGT
GATGATGTTGCCGCTACAACCCGCATCATATACGGAGGATCCGTCAATGGTGGTAACTGC
AAGGAGCTAGGTGGTCAGGCCGATGTTGATGGTTTCTTGGTCGGTGGTGCTTCTCTAAAG
CCCGAGTTTATCGACATCATCAAGGCTGCCGAGGTGAAGAAGAGTGCTTAATGAGTTTCA
CTAAGCGATATAGCTTCCTTTTGCTTTTTCTAGTCTCAACTCTGATTTTTAAAAATGAAT
AAGTTGATACAATATTGTTGTGATACTCTTTGGTTCATGTGTATGTTTTCTTGAGAAGGC
G


BQ
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10 

AF RR3BV65TF U 1
AF RR3B015TF U 1
AF RR3BV65JQ C 301
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BS 42 43 RR3BV65TF
BS 44 58 RR3B015TF
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BS 60 64 RR3B015TF
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BS 222 222 RR3BV65TF
BS 223 479 RR3B015TF
BS 480 480 RR3BV65TF
BS 481 527 RR3B015TF
BS 528 528 RR3BV65TF
BS 529 540 RR3B015TF
BS 541 541 RR3BV65TF
BS 542 644 RR3B015TF
BS 645 645 RR3BV65TF
BS 646 662 RR3B015TF
BS 663 663 RR3BV65TF
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BS 806 844 RR3B015TF
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AAAAAGATGGCCAGAAAGTTCTTCGTCGGAGGCAACTGGAAATGCAACGGAACTAGTGAG
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GACTTCCATGTTGCTGCCCAAAACTGCTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCCTTCACTGGTGAA
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ATCCGTCATGGTGGTACT

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DS 

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AAAA*GATGGCCAGAAAGTTCTTCGTCGGAGGCAACTGGAAATGCAACGGAACTGGTGAG
GAGGTGAAGAAGATTGTGAACACTCTTAACGAAGCTCAAGTACCTTCCCAGGATGTCGTT
GAGGTTGTGCTTAGCCCTCCATATGTGTTTCTTCCTCTTGTTAAGAGCATTTTGAGGCCT
GACTTCCATGTTGCTGCCCAAAACTGCTGGGTTAAGAAAGGAGGTGCCTTCACTGGTGAA
GTGAGTGCTGAGATGCTTGTGAACTTGGACATCCCATGGGTTATCCTTGGTCACTCTGAA
AGGAGGGCACTCCTCAATGAATCAAACGAGTTTGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTT
GCTCAAGGTTTGAAAGTGATCGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGCAGCGAGAGGCTGGG
TCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACTAAAGCTATTGCTGATCGCGTGTCGAACTGG
CCAAATGTTGTTATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCTAGC
CCAGCTCAAGCTCAGGAAGTACATGATGAGCTTAGGAAATGGCTTGCAAAGAACGTGAGT
GACGATGTTGCCGCTACAACCCGCATCATATACGGAGGATCCGTCAATGGTGGTAACTGC
AAGGAGCTAGGTGGTCAGGCCGATGTTGATGGTTTCTTGGTCGGTGGTGCTTCTCTAAAG
CCCGAGTTTATCGACATCATCAAG*CTGCCGAGGTGAAGAAGAGTGCTTAATGAGTTTCA
CTAA
CTTC

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR3BV65JQ 661 0 0
GTGAGTGCTGAGATGCTTGTGAACTTGGACATCCCATGGGTTATCTT**GTCACTCTGAA
AGGAGGGCACTCCTCAATGAATCAAACGAGTTTGTCGGAGACAAGGTTGCCTATGCACTT
GCTCAAGGTTTGAAAGTGATCGCTTGTGTTGGTGAGACTCTTGAGCAGCGAGAGGCTGGA
TCGACCATGGATGTTGTGGCTGCCCAGACTAAAGCTATTGCTGATCGAGTGTCGAACTGG
TCAAATGTTGTTATAGCCTATGAACCAGTGTGGGCCATTGGAACCGGAAAGGTCGCTAGC
CCAGCTCAAGCTCAGGAAGTACATGATGAGCTTAGGAAATGGCTCGCAAAGAACGTGAGT
GATGATGTTGCCGCTACAACCCGCATCATATACGGAGGATCCGTCAATGGTGGTAACTGC
AAGGAGCTAGGTGGTCAGGCCGATGTTGATGGTTTCTTGGTCGGTGGTGCTTCTCTAAAG
CCCGAGTTTATCGACATCATCAAGGCTGCCGAGGTGAAGAAGAGTGCTTAATGAGTTTCA
CTAAGCGATATAGCTTCCTTTTGCTTTTTCTAGTCTCAACTCTGATTTTTAAAAATGAAT
AAGTTGATACAATATTGTTGTGATACTCTTTGGTTCATGTGTATGTTTTCTTGAGAAGGC
G

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 4

CO CL2199Contig1 1022 4 6 U
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TACAGATATTTTGTAAAAACGTTATTTGCATCGAAACCAAAAGACCTTAAAACCGAAATG
CAGAAACCGAATGGGAATTTTTGCACACCATTTTTCTGACTTTCGTCACTTCAACATTCC
AACTTCGCTGCAGCAGATGCATAGCTGACACTGCTGTCTCGCATAGTCTGGCACTGGCTT
GACTGCTCGTACCTCAGGAAATTGATCTTGATCTTGCTTGAGCAATGTTTCAGCATATGG
AGAAAAATACTAATGGGGTGGCGGCCACAAATGGTGTTTTCAAACTCCAAAAGATACTTC
TTGAAGGCATCTGGATCTCCTGTCTCTATTATATCCATACCCATCTTGTCCAGTGCCTCA
ATGGATTTGTGTATCGGACCATGATTCTTGTCATAATGCACGTAATTAAACCTTGAGCCC
CAGTGACAAAAGTCGGAGGAGACTGAAAAAAAGTTGGTGGGATCATCCACGTATTTAGCT
AGCAATTCGCCGTACATGGCTTCGCTTTCAGCACTTACTGATCCAACCAAGATCGGTACC
ACTTTCACATCGTGCCCTTGAAAAACTTTAGCCAAATAGGGCAAGTGCATTTCCATGCTA
TGCTCAGCTTCATCTACTCGTAGATCCATCGTTCCAAATTTCCCCGTAGCTCTTAACTCC
TTAATCATCTCAACATCAACGGGTAGATCTCCTATAGGGGTTTTGTAAACCGTTGCGGTG
GAAAGAGCACATTTTGGAGTGTAATAATGGTGAGATGGACCAAGAAGAAATATCCTGGAA
ATGTTTGTGGGATCTATGTTTCCAAAGGCGTAAGCAGCGGCACGACCAGAGTAGGAATAA
CCTGCGTGTGGGGCAATGACGCCTCGGACATGAGGAGATTTGGACAAACCAGCTGCTCTT
AGCCATTCTTCAAGATCCGATGATAGCTTTGTAGGGTTGTCGGTATACCAAGAGCCTGCA
TG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3D021JQ U 1
AF RR3D010JQ U 64
AF RR3D021TF C 76
AF RR3D010TF C 582
BS 1 195 RR3D021JQ
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BS 197 506 RR3D021JQ
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BS 626 842 RR3D021TF
BS 843 1022 RR3D010TF

RD RR3D021JQ 506 0 0
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TACAGATATTTTGTAAAAACGTTATTTGCATCGAAACCAAAAGACCTTAAAACCGAAATG
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AACTTCGCTGCAGCAAATGCATAGCTGACACTGCTGTCTCGCATAGTCTGGCACTGGCTT
GACTGCTCGTACCTCAGGAAATTGATCTTGATCTTGCTTGAGCAATGTTTCAGCATATGG
AGAAAAATACTAATGGGGTGGCGGCCACAAATGGTGTTTTCAAACTCCAAAAGATACTTC
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ATGGATTTGTGTATCGGACCATGATTCTTGTCATAATGCACGTAATTAAACCTTGAGCCC
CAGTGACAAAAGTCGGAGGAGACTGA

QA 1 506 1 506
DS 

RD RR3D010JQ 562 0 0
AA
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CGCTGCAGCAGATGCATAGCTGACACTGCTGTCTCGCATAGTCTGGCACTGGCTTGACTG
CTCGTACCTCAGGAAATTGATCTCGATCTTGCTTGAGCAATGTTTCAGCATATGGAGAAA
AATACTAATGGGGTGGCGGCCACAAATGGTGTTTTCAAACTCCAAAAGATACTTCTTGAA
GGCATCTGGATCTCCTGTCTCTATTATATCCATACCCATCTTGTCCAGTGCCTCAATGGA
TTTGTGTATCGGACCATGATTCTTGTCATAATGCACGTAATTAAACCTTGAGCCCCAGTG
ACAAAAGTCGGAGGAGACTGAAAAAAAGTTGGTGGGATCATCCACGTATTTAGCTAGCAA
TTCGCCGTACATGGCTTCGCTTTCAGCACTTACTGATCCAACCAAGATCGGTACCACTTT
CACATCGTGCCCTTGAAAAA

QA 3 562 3 562
DS 

RD RR3D021TF 769 0 0
AAAACGTTATT*GCATCGAAACCAAA*GACCT*AAAACCGAAATGCAGAAAC*GAATGGG
AATTTT*GCACACCATTTTTCTGACTTTCGTCACTTCAACATTCCAACTTCGCTGCAGCA
GATGCATAGCTGACACTGCTGTCTCGCATAGTCTGGCACTGGCTTGACTGCTCGTACCTC
AGGAAATTGATCTTGATCTTGCTTGAGCAATGTTTCAGCATATGGAGAAAAATACTAATG
GGGTGGCGGCCACAAATGGTGTTTTCAAACTCCAAAAGATACTTCTTGAAGGCATCTGGA
TCTCCTGTCTCTATTATATCCATACCCATCTTGTCCAGTGCCTCAATGGATTTGTGTATC
GGACCATGATTCTTGTCATAATGCACGTAATTAAACCTTGAGCCCCAGTGACAAAAGTCG
GAGGAGACTGAGAAAAAGTTGGTGGGATCATCCACGTATTTAGCTAGCAATTCGCCGTAC
ATGGCTTCGCTTTCAGCACTTACTGATCCAACCAAGATCGGTACCACTTTCACATCGTGC
CCTTGAAAAACTTTAGCCAAATAGGGCAAGTGCATTTCCATGCTATGCTCAGCTTCATCT
ACTCGTAGATCCATCGTTCCAAATTTCCCCGTAGCTCTTAACTCCTTAATCATCTCAACA
TCAACGGGTAGATCTCCTATAGGGGTTTTGTAAACCGTTGCGGTGGAAAGAGCACATTTT
GGAGTGTAATAATGGTGAGATGGACCAAGAAGAAATATCCTGGAAAT
CC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3D010TF 441 0 0
TCCAACCAAGATCGGTACCACTTTCACATCGTGCCCTTGAAAAACTTTAGCCAAATAGGG
CAAGTGCATTTCCATGCTATGCTCAGCTTCATCTACTCGTAGATCCATCGTTCCAAATTT
CCCCGTAGCTCTTAACTCCTTAATCATCTCAACATCAACGGGTAGATCTCCTATAGGGGT
TTTGTAAACCGTTGCGGTGGAAAGAGCACATTTTGGAGTGTAATAATGGTGAGATGGACC
AAGAAGAAATATCCTGGAAATGTTTGTGGGATCTATGTTTCCAAAGGCGTAAGCAGCGGC
ACGACCAGAGTAGGAATAACCTGCGTGTGGGGCAATGACGCCTCGGACATGAGGAGATTT
GGACAAACCAGCTGCTCTTAGCCATTCTTCAAGATCCGATGATAGCTTTGTAGGGTTGTC
GGTATACCAAGAGCCTGCATG

QA 1 441 1 441
DS 



AS 1 4

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TCACCAGAGATAATGCTGATATCAATGAGAGCAGCACTTTCACCAGTGGTGGTTTTAATA
GTATGGCTGAGAAGAAGCGTACAAAGGCTGATAAGAACATCACTTTGGATGTTCTTAGAC
AGTACTTTGCAGGGAGTCTTAAAGATGCAGCCAAGAGTATCGGTGTTTGTCCAACGACGC
TGAAGAGAATATGCAGGCAACATGGGATACAGAGATGGCCATCAAGAAAGATCAAGAAAG
TGGGACATTCTCTGCAGAAGATCCAACGAGTGATTGATTCTGTTGAAGGTGTTTCAGGTC
CTCTTCCTATAGGCTCCTTCTACGCGAACTTCCCCAACTTAGCCTCACAGGAGCCACCCC
AACAAGCTAAGACCTCACCTCCGTCTCCTCCTCCTCCACCGCCATTGCAGCTTTCAAAGT
CACCTGTTTCTCAGTACAGTCACAGTTCAAGCTCTAGCCAATGCTGTTCCAGCGAAACCC
AACTAAACAGCAGCGCGACAGCCCATCCTTCTCAAGCTGATGCTTTCAAGAAGGTGAGCA
GCGAAGTCGATCTTCAAAGCTCGG*TATTGACTCTCTCTAGTTTAGAAAACATCCCTCAA
GGTCAAGGCACACACTTGTTGTCGTCATCATCGCAAGATGATGACTCTCTGAGGATTAAG
GTTAGCTACGGAGAAGAGAAGATCAGGTTCCGGATGAAAAACTCGCGCAGGTTAAGTGAT
CTGCTGTGGGAGATAGGGAAGAGGTTTAGCATAGAGGATATGAGCAGGTATGATCTCAAG
TACTTAGATGAAGACAGTGAATGGGTTTTGTTGACTTGTGATGAAGATGTAGAAGAGTGT
GTAGATGTTTGCAGAACCGCACCGAGTCATACCATTAAGCTTCTGCTTCATGCTTCTGCT
TCTTCTCATCATTTCCCTGAACGGTCTTCACCTACAGGTTACACTTTATGGCAATGATTA
TAAATCAGAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3EM32TF U 1
AF RR3EN31TF U 1
AF RR3EM32JQ C 380
AF RR3EN31JQ C 381
BS 1 657 RR3EM32TF
BS 658 710 RR3EN31TF
BS 711 942 RR3EM32JQ
BS 943 943 RR3EN31JQ
BS 944 1030 RR3EM32JQ

RD RR3EM32TF 657 0 0
GGTTTGATGGAGGAGACAAGCCGCCGCATGATGGGTTTGGTTCGAAAAGAGGTTATGACT
TCACCAGAGATAATGCTGATATCAATGAGAGCAGCACTTTCACCAGTGGTGGTTTTAATA
GTATGGCTGAGAAGAAGCGTACAAAGGCTGATAAGAACATCACTTTGGATGTTCTTAGAC
AGTACTTTGCAGGGAGTCTTAAAGATGCAGCCAAGAGTATCGGTGTTTGTCCAACGACGC
TGAAGAGAATATGCAGGCAACATGGGATACAGAGATGGCCATCAAGAAAGATCAAGAAAG
TGGGACATTCTCTGCAGAAGATCCAACGAGTGATTGATTCTGTTGAAGGTGTTTCAGGTC
CTCTTCCTATAGGCTCCTTCTACGCGAACTTCCCCAACTTAGCCTCACAGGAGCCACCCC
AACAAGCTAAGACCTCACCTCCGTCTCCTCCTCCTCCACCGCCATTGCAGCTTTCAAAGT
CACCTGTTTCTCAGTACAGTCACAGTTCAAGCTCTAGCCAATGCTGTTCCAGCGAAACCC
AACTAAACAGCAGCGCGACAGCCCATCCTTCTCAAGCTGATGCTTTCAAGAAGGTGAGCA
GCGAAGTCGATCTTCAAAGCTCGG*TATTGACTCTCTCTAGTTTAGAAAACATCCCT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3EN31TF 710 0 0
GGTTTGATGGAGGAGACAAGCCGCCGCATGATGGGTTTGGTTCGAAAAGAGGTTATGACT
TCACCAGAGATAATGCTGATATCAATGAGAGCAGCACTTTCACCAGTGGTGGTTTTAATA
GTATGGCTGAGAAGAAGCGTACAAAGGCTGATAAGAACATCACTTTGGATGTTCTTAGAC
AGTACTTTGCAGGGAGTCTTAAAGATGCAGCCAAGAGTATCGGTGTTTGTCCAACGACGC
TGAAGAGAATATGCAGGCAACATGGGATACAGAGATGGCCATCAAGAAAGATCAAGAAAG
TGGGACATTCTCTGCAGAAGATCCAACGAGTGATTGATTCTGTTGAAGGTGTTTCAGGTC
CTCTTCCTATAGGCTCCTTCTACGCGAACTTCCCCAACTTAGCCTCACAGGAGCCACCCC
AACAAGCTAAGACCTCACCTCCGTCTCCTCCTCCTCCACCGCCATTGCAGCTTTCAAAGT
CACCTGTTTCTCAGTACAGTCACAGTTCAAGCTCTAGCCAATGCTGTTCCAGCGAAACCC
AACTAAACAGCAGCGCGACAGCCCATCCTTCTCAAGCTGATGCTTTCAAGAAGGTGAGCA
GCGAAGTCGATCTTCAAAGCTCGGGTATTGACTCTCTCTAGTTTAGAAAACATCCCTCAA
GGTCAAGGCACACACTTGTTGTCGTCATCATCGCAAGATGATGACTCTCT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3EM32JQ 651 0 0
C
TACGCGAACTTCCCCAACTTAGCCTCACAGGAGCCACCCCAACAAGCTAAGACCTCACCT
CCGTCTCCTCCTCCTCCACCGCCATTGCAGCTTTCAAAGTCACCTGTTTCTCAGTACAGT
CACAGTTCAAGCTCTAGCCAATGCTGTTCCAGCGAAACCCAACTAAACAGCAGCGCGACA
GCCCATCCTTCTCAAGCTGATGCTTTCAAGAAGGTGAGCAGCGAAGTCGATCTTCAAAGC
TCGG*TATTGACTCTCTCTAGTTTAGAAAACATCCCTCAAGGTCAAGGCACACACTTGTT
GTCGTCATCATCGCAAGATGATGACTCTCTGAGGATTAAGGTTAGCTACGGAGAAGAGAA
GATCAGGTTCCGGATGAAAAACTCGCGCAGGTTAAGTGATCTGCTGTGGGAGATAGGGAA
GAGGTTTAGCATAGAGGATATGAGCAGGTATGATCTCAAGTACTTAGATGAAGACAGTGA
ATGGGTTTTGTTGACTTGTGATGAAGATGTAGAAGAGTGTGTAGATGTTTGCAGAACCGC
ACCGAGTCATACCATTAAGCTTTTGCTTCATGCTTCTGCTTCTTCTCATCATTTCCCTGA
ACGGTCTTCACCTACAGGTTACACTTTATGGCAATGATTATAAATCAGAG

QA 2 651 2 651
DS 

RD RR3EN31JQ 650 0 0
TACGCGAACTTCCCCAACTTAGCCTCACAGGAGCCACCCCAACAAGCTAAGACCTCACCT
CCGTCTCCTCCTCCTCCACCGCCATTGCAGCTTTCAAAGTCACCTGTTTCTCAGTACAGT
CACAGTTCAAGCTCTAGCCAATGCTGTTCCAGCGAAACCCAACTAAACAGCAGCGCGACA
GCCCATCCTTCTCAAGCTGATGCTTTCAAGAAGGTGAGCAGCGAAGTCGATCTTCAAAGC
TCGG*TATTGACTCTCTCTAGTTTAGAAAACATCCCTCAAGGTCAAGGCACACACTTGTT
GTCGTCATCATCGCAAGATGATGACTCTCTGAGGATTAAGGTTAGCTACGGAGAAGAGAA
GATCAGGTTCCGGATGAAAAACTCGCGCAGGTTAAGTGATCTGCTGTGGGAGATAGGGAA
GAGGTTTAGCATAGAGGATATGAGCAGGTATGATCTCAAGTACTTAGATGAAGACAGTGA
ATGGGTTTTGTTGACTTGTGATGAAGATGTAGAAGAGTGTGTAGATGTTTGCAGAACCGC
ACCGAGTCATACCATTAAGCTTCTGCTTCATGCTTCTGCTTCTTCTCATCATTTCCCTGA
ACGGTCTTCACCTACAGGTTACACTTTATGGCAATGATTATAAATCAGAG

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 4

CO CL2201Contig1 980 4 6 U
GCCGTTCACGGTTCAACATCGGTTTACTCCGGTTATTACAAACTGGCTTTCTTAAGTTAA
TCAAGAGCTATATCTCCGGTTTAGTGTTTTGGATATTTTTCGTTTACACGACTTTACATT
CTCAGTGGCATTACATATGTTCATACTCTCTCTTCTCTGCTTACGATTTTGGATCCAATG
TC*CGAGACCATCATCACGATCTGCCAGAGCGTAAACCACGGCAGTTCTACATGGTGTAT
AGACCATGAACGAGGAGGGCCGTCCGTCATAAGAGCCCTCAAATGTGAAATACTCTGACT
TGGGATCGAGCCTGCCGAATCCACCGAACAGAGGATCGTCCGAGTCCAATACGATCTTGT
ATTTGCCTGGCTTGGAGCAACCAATGCGGTAATCAAAGTAGCTGCTGGTCCAGTGGAAGT
TGAAGACGAAGACCAGATCACCTCTCTCGAACACAATTACTCTATCTGCTTCGTCTTTTT
TTGATATGAATTGATGCTCCGATGTCATAAAACCGTATTTCTCCTCGAGATGTTGCATTG
CCCGATCAAATTCTTGCAGTCCGTGGTATCTAAGATAGTCCGCATCCCCAAGATCAAATC
TGCGCCTGCATTTGCCATAACTGTTGTTGTTCCCAGGAATCACACTCCCATCAGAAAGAC
GCTGCTCGCCTCTGGGAAAATCGATCCATTCTGGATGTCCGAACTCGTTCCCCATAAAAT
TTAAGTAGCCTTCACCGCCTAATCCCATGGTTATAAGCCTGATCATTTTATGCAAAGCTA
TTCCTCTATCGACCAGAGGAGTTGATGGCCTGTCTACTGCCATGAAATAATACATATCCT
TGTCCATTAACCAGAAGGCAATTGTTTTATCACCGACAAGAGCTTGATCGTGACTCTCAG
CATAAGCAATACACTTCTCTGACCACCTTCTGTTGGTAAGCGTGTAAATGATGTCCCCCA
TTTTCCAGTCCTCATCTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF27JQ U 38
AF RR3H773JQ U 44
AF RR3H773TF C 1
AF RR3FF27TF C 320
BS 1 43 RR3H773TF
BS 44 182 RR3FF27JQ
BS 183 183 RR3H773JQ
BS 184 430 RR3FF27JQ
BS 431 600 RR3H773TF
BS 601 980 RR3FF27TF

RD RR3FF27JQ 393 0 0
ACAAAC
TGGCTTTCTTAAGTTAATCAAGAGCTATATCTCCGGTTTAGTGTTTTGGATATTTTTCGT
TTACACGACTTTACATTCTCAGTGGCATTACATATGTTCATACTCTCTCTTCTCTGCTTA
CGATTTTGGATCCAATGTCTCGAGACCATCATCACGATCTGCCAGAGCGTAAACCACGGC
AGTTCTACATGGTGTATAGACCATGAACGAGGAGGGCCGTCCGTCATAAGAGCCCTCAAA
TGTGAAATACTCTGACTTGGGATCGAGCCTGCCGAATCCACCGAACAGAGGATCGTCCGA
GTCCAATACGATCTTGTATTTGCCTGGCTTGGAGCAACCAATGCGGTAATCAAAGTAGCT
GCTGGTCCAGTGGAAGTTGAAGACGAA

QA 7 393 7 393
DS 

RD RR3H773JQ 387 0 0
TGGCTTTCTTAAGTTAATCAAGAGCTATATCTCCGGTTTAGTGTTTTGGATATTTTTCGT
TTACACGACTTTACATTCTCAGTGGCATTACATATGTTCATACTCTCTCTTCTCTGCTTA
CGATTTTGGATCCAATGTC*CGAGACCATCATCACGATCTGCCAGAGCGTAAACCACGGC
AGTTCTACATGGTGTATAGACCATGAACGAGGAGGGCCGTCCGTCATAAGAGCCCTCAAA
TGTGAAATACTCTGACTTGGGATCGAGCCTGCCGAATCCACCGAACAGAGGATCGTCCGA
GTCCAATACGATCTTGTATTTGCCTGGCTTGGAGCAACCAATGCGGTAATCAAAGTAGCT
GCTGGTCCAGTGGAAGTTGAAGACGAA

QA 1 387 1 387
DS 

RD RR3H773TF 600 0 0
GCCGTTCACGGTTCAACATCGGTTTACTCCGGTTATTACAAACTGGCTTTCTTAAGTTAA
TCAAGAGCTATATCTCCGGTTTAGTGTTTTGGATATTTTTCGTTTACACGACTTTACATT
CTCAGTGGCATTACATATGTTCATACTCTCTCTTCTCTGCTTACGATTTTGGATCCAATG
TC*CGAGACCATCATCACGATCTGCCAGAGCGTAAACCACGGCAGTTCTACATGGTGTAT
AGACCATGAACGAGGAGGGCCGTCCGTCATAAGAGCCCTCAAATGTGAAATACTCTGACT
TGGGATCGAGCCTGCCGAATCCACCGAACAGAGGATCGTCCGAGTCCAATACGATCTTGT
ATTTGCCTGGCTTGGAGCAACCAATGCGGTAATCAAAGTAGCTGCTGGTCCAGTGGAAGT
TGAAGACGAAGACCAGATCACCTCTCTCGAACACAATTACTCTATCTGCTTCGTCTTTTT
TTGATATGAATTGATGCTCCGATGTCATAAAACCGTATTTCTCCTCGAGATGTTGCATTG
CCCGATCAAATTCTTGCAGTCCGTGGTATCTAAGATAGTCCGCATCCCCAAGATCAAATC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3FF27TF 661 0 0
TCCACCGAACAGAGGATCGTCCGAGTCCAATACGATCTTGTATTTGCCTGGCTTGGAGCA
ACCAATGCGGTAATCAAAGTAGCTGCTGGTCCAGTGGAAGTTGAAGACGAAGACCAGATC
ACCTCTCTCGAACACGATTACTCTATCTGCTTCGTCTTTTTTTGATATGAATTGATGCTC
CGATGTCATAAAACCGTATTTCTCCTCGAGATGTTGCATTGCCCGATCAAATTCTTGCAG
TCCGTGGTATCTAAGATAGTCCGCATCCCCAAGATCAAATCTGCGCCTGCATTTGCCATA
ACTGTTGTTGTTCCCAGGAATCACACTCCCATCAGAAAGACGCTGCTCGCCTCTGGGAAA
ATCGATCCATTCTGGATGTCCGAACTCGTTCCCCATAAAATTTAAGTAGCCTTCACCGCC
TAATCCCATGGTTATAAGCCTGATCATTTTATGCAAAGCTATTCCTCTATCGACCAGAGG
AGTTGATGGCCTGTCTACTGCCATGAAATAATACATATCCTTGTCCATTAACCAGAAGGC
AATTGTTTTATCACCGACAAGAGCTTGATCGTGACTCTCAGCATAAGCAATACACTTCTC
TGACCACCTTCTGTTGGTAAGCGTGTAAATGATGTCCCCCATTTTCCAGTCCTCATCTCG
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 4

CO CL2202Contig1 1129 4 9 U
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AGCTGAAGAGGCAGTAGCTGCAGCCAAAGCTGCTTCGGCTGCTGCTTCTGATGTAGCCAG
GGTTAGTCAGGAAATGATGATAACGAAGAGTGAAGAGAGGAAATATTTTGAGGACTTAAC
GCGCCTGTTAGGCGTCCAATTACAAGAAATGAAGGCTTTGAGCAATAATATCCGTAATCT
CGAAGGGACTTCCAACAACCTCCCCAAGGTTTATTCAGCTGATCAAGAGGTTTATGGTGG
TGGTTTGGTCAAAACTTCGGGAGAAAGGAGATCATATGCAAATGGCAGCAACATTGATTA
TGACACGCGCTCAGCACGGTCTGCTTCTCCTCCTGCGCCACCAGCTGATTCTTCTATGCC
CCCTCATCCAAAGTCATATATGGATATAATGTCTATGATTCAGAGAGGAGAGAAGCCTTC
AAACATTCGGGAGATTAACGACATGCCACCCAATCCGAACCAACAGCTATCAAATCCTCG
CATCGCTCCTAAAAATAAGCCATGGGACTATGGTCAAGCTCCCCAAGACGAGAGTTCGAA
TGGTCCATGGTGGCAACAGAAAAACCCTAGCTCCACGGACTTTGGCTATGAGACAACAGC
GTCCAGGTCCATCGGTATCCAAAACGAAACAAACACAATGGAACCAGCAGCTCTCCCAAG
GCAGCGATCATGGGTTCCTCCACAACCACCTCCAGTTGTTATGCCAGAAGCAGCGGAGGC
CATTCGCCGTCCTAAGCCGCCACAAGCTAAGATAGACCAAGAAGCAGCTGCTAGTGATGA
CCAGTCAGGTGTGAGCGACGAGTTGCAGAAGATCACTAAGTTCTCAGAATCTGGTGGTGA
TGGATCAGGAAACTTGCCGATCACAGAGATCCAAGAAGAAACAGAGCAGCAACACTTCAG
CCAAGAAGGGAACTAAAATGATATCTGTGTTTCTTGATACAAAAATACATTTCCTACAGT
ACGTTATAATGGGGTTTGCTTGTAAGAGAACATGTACTTAGGTGTTGGATTTACCACCTA
CCTCGATTTAATAATAGTTATTAGAAGGAAACAAGTCAAGGCTTGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3CJ82TF U 1
AF RR3CJ82JQ C 330
AF RR3CO33JQ C 590
AF RR3CO33TF U 590
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RD RR3CJ82TF 755 0 0
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AGCTGAAGAGGCAGTAGCTGCAGCCAAAGCTGCTTCGGCTGCTGCTTCTGATGTAGCCAG
GGTTAGTCAGGAAATGATGATAACGAAGAGTGAAGAGAGGAAATATTTTGAGGACTTAAC
GCGCCTGTTAGGCGTCCAATTACAAGAAATGAAGGCTTTGAGCAATAATATCCGTAATCT
CGAAGGGACTTCCAACAACCTCCCCAAGGTTTATTCAGCTGATCAAGAGGTTTATGGTGG
TGGTTTGGTCAAAACTTCGGGAGAAAGGAGATCATATGCAAATGGCAGCAACATTGATTA
TGACACGCGCTCAGCACGGTCTGCTTCTCCTCCTGCGCCACCAGCTGATTCTTCTATGCC
CCCTCATCCAAAGTCATATATGGATATAATGTCTATGATTCAGAGAGGAGAGAAGCCTTC
AAACATTCGGGAGATTAACGACATGCCACCCAATCCGAACCAACAGCTATCAAATCCTCG
CATCGCTCCTAAAAATAAGCCATGGGACTATGGTCAAGCTCCCCAAGACGAGAGTTCGAA
TGGTCCATGGTGGCAACAGAAAAACCCTAGCTCCACGGACTTTGGCTATGAGACAACAGC
GTCCAGGTCCATCGGTATCCAAAACGAA*CAAACACAATGGAACCAGCAGCTCTCCCAAG
*CAGCGATCATGGGTTCCTCCACA*CCACCTCCAG

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3CJ82JQ 800 0 0
GATCATATGCAAATGGCAGCAACATTGATTATGACACGCGCTCAGCACGGTCTGCTTCTC
CTCCTGCGCCACCAGCTGATTCTTCTATGCCCCCTCATCCAAAGTCATATATGGATATAA
TGTCTATGATTCAGAGAGGAGAGAAGCCTTCAAACATTCGGGAGATTAACGACATGCCAC
CCAATCCGAACCAACAGCTATCAAATCCTCGCATCGCTCCTAAAAATAAGCCATGGGACT
ATGGTCAAGCTCCCCAAGACGAGAGTTCGAATGGTCCATGGTGGCAACAGAAAAACCCTA
GCTCCACGGACTTTGGCTATGAGACAACAGCGTCCAGGTCCATCGGTATCCAAAACGAAA
CAAACACAATGGAACCAGCAGCTCTCCCAAGGCAGCGATCATGGGTTCCTCCACAACCAC
CTCCAGTTGTTATGCCAGAAGCAGCGGAGGCCATTCGCCGTCCTAAGCCGCCACAAGCTA
AGATAGACCAAGAAGCAGCTGCTAGTGATGACCAGTCAGGTGTGAGCGACGAGTTGCAGA
AGATCACTAAGTTCTCAGAATCTGGTGGGTATGGATCAGGAAACTTGCCGATCACAGAGA
TCCAAGAAGAAACAGAGCAGCAACACTTCAGCCAAGAAGGGAACTAAAATGATATCTGTG
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ACATGTACTTAGGTGTTGGATTTACCACCTACCTCGATTTAATAATAGTTATTAGAAGGA
AACAAGTCAAGGCTTGATTC

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3CO33JQ 519 0 0
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GAGACAACAGCGTCCAGGTCCATCGGTATCCAAAACGAAACAAACACAATGGAACCAGCA
GCTCTCCCAAGGCAGCGATCATGGGTTCCTCCACAACCACCTCCAGTTGTTATGCCAGAA
GCAGCGGAGGCCATTCGCCGTCCTAAGCCGCCACAAGCTAAGATAGACCAAGAAGCAGCT
GCTAGTGATGACCAGTCAGGTGTGAGCGACGAGTTGCAGAAGATCACTAAGTTCTCAGAA
TCTGGTGGTGATGGATCAGGAAACTTGCCGATCACAGAGATCCAAGAAGAAACAGAGCAG
CAACACTTCAGCCAAGAAGGGAACTAAAATGATATCTGTGTTTCTTGATACAAAAATACA
TTTCCTACAGTACGTTATAATGGGGTTTGCTTGTAAGAGAACATGTACTTAGGTGTTGGA
TTTACCACCTACCTCGATTTAATAATAGTTATTAGAAGG

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR3CO33TF 519 0 0
GAGAGTTCGAATGGTCCATGGTGGCAACAGAAAAACCCTAGCTCCACGGACTTTGGCTAT
GAGACAACAGCGTCCAGGTCCATCGGTATCCAAAACGAAACAAACACAATGGAACCAGCA
GCTCTCCCAAGGCAGCGATCATGGGTTCCTCCACAACCACCTCCAGTTGTTATGCCAGAA
GCAGCGGAGGCCATTCGCCGTCCTAAGCCGCCACAAGCTAAGATAGACCAAGAAGCAGCT
GCTAGTGATGACCAGTCAGGTGTGAGCGACGAGTTGCAGAAGATCACTAAGTTCTCAGAA
TCTGGTGGTGATGGATCAGGAAACTTGCCGATCACAGAGATCCAAGAAGAAACAGAGCAG
CAACACTTCAGCCAAGAAGGGAACTAAAATGATATCTGTGTTTCTTGATACAAAAATACA
TTTCCTACAGTACGTTATAATGGGGTTTGCTTGTAAGAGAACATGTACTTAGGTGTTGGA
TTTACCACCTACCTCGATTTAATAATAGTTATTAGAAGG

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 4

CO CL2203Contig1 1844 4 14 U
GGGCCGCCAAGGACCGAGCTTCGTCTTCAGGTTCCTCGAGAAAGAACAGTTCGAGCCGAC
GACGAACAGAACCTACGGTTCTATCTTGAGTAACCTGACTTTTGTAAAGACGTTTGCTTC
AGGGATCATTGTCCCCAAGTCTTACGTGTTGCCACTCGATGACAAGCAGTACTTGCTTCC
CGCCACATCTTTGGTTCAAGATGCACACTGAGCAGGGCTTGAAGTGTTTGTGTCAGGGTT
TGCAAATGATGTCGATATCGCACACGACTACAGTTTTGATCCGGTCTCTGAGTATCTGTC
TTTTATGGACTATGGCAACTTCTCTGTCGATGGTGTGCTCTCTGACTTTCCCATAACTGC
ATCTGCATCCATCGAATGCTTCTCCCACGTGGCCAGAAACGCAACAAAACAAGTGGATTT
TCTTGTGATATCAAAAAACGGTGCGAGTGGAGACTATCCGGGATGTACAAACTTGGCATA
CGAGAAGGCAATCAACGATGGTGCTGATGTCATCGACTGCTCGGTCCAAATGTCCAGCGA
CGGTAAACCTTTTTGTTTAAGTTCTATCGATCTCGGGAACACCACGACGGTCGCTCAATC
TCCTCTCAGAAACCGTTCTACAAGTGTTCCTGAGTTTAGCTCAGTTAACGGAATATATAC
TTTTAGTCTCACATGGCCTGAGATCCAGACCTTGACTCCTGCTATTTCAAACCCCTACAG
CAGTCTATACCAGATATTTAGGAATCCAAACGAGAGAAACTCTGGCAAGTTTCTTTCGCT
TTCTGAGTTCCTGAACTTGGCAAAGAACTCCACCACTCTCTCCGGTGTTTTGATCAGTGT
TGAGAATGCAGCATACCTGAGAGAGAAGCAAGGGCTCGACGTGGTCAAAGCGGTTCTTGA
TGCACTCACAGAGACTGGATACAGCAATAGAACAACCACAAAGGTCATGATTCAGTCAAC
AAACAGCTCGGTTCTAGTTGACTTCAAGAAGCAGAGCCGGTACGAGACTGTGTACAAAGT
TGAAGAAACCATCCGTGATATTCTCGACTCTGCTATCGAAGACATTAAGAAGTTTGCTAA
TGCTGTTGTCCTTGTGAAAAAATCAGTCTTTCCGGTCGTTGGTGGGTTCGTCACAGGGCA
AACAAATTTGGTGGAGAGGCTACAGAAGTCTCGGCTCCCAGTTTACGTGGAGCTGTTCCA
GAATGAGTTTATATCTCAACCGTATGACTTCTTCTCTGACGCAACTGTTGAGATAAACTC
GTATGTCACTGGACCCGGTATAAATGGAACCATCACCGAGTTCCCATTCACAGCTGCAAG
ATACAGAAGGAATAAATGTTTGGCCAGCAAAGAAACGCTACCTTACATGGCCCCTGTCCA
ACCCGGTGGCCTCTTACAAGTTGTGAGTCCTGCGGCCTTGCCTCCAGCTCAAGCTCCAAA
CCCTGTATTCACAGATGCTGATGTCACTGAGCCACCACTACCTCCGGTTACAGCAAAAGC
CCCAACCGCAACTCCTGGAACACCATCAACCACTGCACCACCACCTAGTGGACAAACCAG
ACTCGCTCTATCTCTTTTCCTCTCTGTTTTTGCAATGGTTTTTGCCTCTCTTCTACTTAT
GTGATCACATCTTCTCGCTGTTGATAATGTCTTTTCCTGGGCGTGACTCAGTCAATATCT
TAACAGCCGGAACCGTAAATTCTTTTCCTGTTTATATTCTTAGTTCTGTCCAAAAGAACA
GGAGATTCTTGGAGTGTTGTAACTTTTCCGCATATTCATTTGTTGTTGTAACATAATACT
CTTGCATTGTGTCTTGTACTATTTATGAGATTGTATCTATTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DU05TF U 1
AF RR3EN26TF U 576
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AF RR3DU05JQ C 1266
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BS 736 1318 RR3EN26TF
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BS 1541 1577 RR3EN26JQ
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BS 1579 1789 RR3EN26JQ
BS 1790 1844 RR3DU05JQ

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GACGAACAGAACCTACGGTTCTATCTTGAGTAACCTGACTTTTGTAAAGACGTTTGCTTC
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CGCCACATCTTTGGTTCAAGATGCACACTGAGCAGGGCTTGAAGTGTTTGTGTCAGGGTT
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TTTTATGGACTATGGCAACTTCTCTGTCGATGGTGTGCTCTCTGACTTTCCCATAACTGC
ATCTGCATCCATCGAATGCTTCTCCCACGTGGCCAGAAACGCAACAAAACAAGTGGATTT
TCTTGTGATATCAAAAAACGGTGCGAGTGGAGACTATCCGGGATGTACAAACTTGGCATA
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CGGTAAACCTTTTTGTTTAAGTTCTATCGATCTCGGGAACACCACGACGGTCGCTCAATC
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CAGTCTATACCAGAT

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TTAGCTCAGTTAACGGAATATATACTTTTAGTCTCACATGGCCTGAGATCCAGACCTTGA
CTCCTGCTATTTCAAACTCCTACAGCAGTCTATACCAGATATTTAGGAATCCAAACGAGA
GAAACTCTGGCAAGTTTCTTTCGCTTTCTGAGTTCCTGAACTTGGCAAAGAACTCCACCA
CTCTCTCCGGTGTTTTGATCAGTGTTGAGAATGCAGCATACCTGAGAGAGAAGCAAGGGC
TCGACGTGGTCAAAGCGGTTCTTGATGCACTCACAGAGACTGGATACAGCAATAGAACAA
CCACAAAGGTCATGATTCAGTCAACAAACAGCTCGGTTCTAGTTGACTTCAAGAAGCAGA
GCCGGTACGAGACTGTGTACAAAGTTGAAGAAACCATCCGTGATATTCTCGACTCTGCTA
TCGAAGACATTAAGAAGTTTGCTAATGCTGTTGTCCTTGTGAAAAAATCAGTCTTTCCGG
TCGTTGGTGGGTTCGTCACAGGGCAAACAAATTTGGTGGAGAGGCTACAGAAGTCTCGGC
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CTGACGCAACTGTTGAGATAAACTCGTATGTCACTGGACCCGGTATAAATGGAACCATCA
CCGAGTTCCCATTCACAGCTGCA*GATACAGAAGGAATAAATG

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3EN26JQ 823 0 0
AGCTCGGTCTAG
TGACTTCAAGAAGCAGAGCCGGTACGAGACTGTGTACAAAGTTGAAGAAACCATCCGTGA
TATTCTCGACTCTGCTATCGAAGACATTAAGAAGTTTGCTAATGCTGTTGTCCTTGTGAA
AAAATCAGTCTTTCCGGTCGTTGGTGGGTTCGTCACAGGGCAAACAAATTTGGTGGAGAG
GCTACAGAAGTCTCGGCTCCCAGTTTACGTGGAGCTGTTCCAGAATGAGTTTATATCTCA
ACCGTATGACTTCTTCTCTGACGCAACTGTTGAGATAAACTCGTATGTCACTGGACCCGG
TATAAATGGAACCATCACCGAGTTCCCATTCACAGCTGCAAGATACAGAAGGAATAAATG
TTTGGCCAGCAAAGAAACGCTACCTTACATGGCCCCTGTCCAACCCGGTGGCCTCTTACA
AGTTGTGAGTCCTGCGGCCTTGCCTCCAGCTCAAGCTCCAAACCCTGTATTCACAGATGC
TGATGTCACTGAGCCACCACTACCTCCGGTTACAGCAAAAGCCCCAACCGCAACTCCTGG
AACACCATCAACCACTGCACCGCCACCTAGTGGACAAACCAGACTCGCTCTATCTCTTT*
CCTCTCTGTTTTTGCAATGGTTTTTGCCTCTCTTCTACTTATGTGATCACATCTTCTCGC
TGTTGATAATGTCTTTTCCTGGGCGTGACTCAGTCAATATCTTAACAGCCGGAACCGTAA
ATTCTTTTCCTGTTTATATTCTTAGTTCTGTCCAAAAGAACAGGAGATTCTTGGAGTGTT
GTAACTTTTCCGCATATTCATTTGTTGTTGT

QA 13 823 13 823
DS 

RD RR3DU05JQ 579 0 0
TCACTGGACCCGGTATAAATGGAACCATCACCGAGTTCCCATTCACAGCTGCAAGATACA
GAAGGAATAAATGTTTGGCCAGCAAAGAAACGCTACCTTACATGGCCCCTGTCCAACCCG
GTGGCCTCTTACAAGTTGTGAGTCCTGCGGCCTTGCCTCCAGCTCAAGCTCCAAACCCTG
TATTCACAGATGCTGATGTCACTGAGCCACCACTACCTCCGGTTACAGCAAAAGCCCCAA
CCGCAACTCCTGGAACACCATCAACCACTGCACCACCACCTAGTGGACAAACCAGACTCG
CTCTATTTTTTTTCCTCTCTGTTTTTGCTATGGTTTTTGCCTCTTTTCTACTTATGTGAT
CACATCTTCTCGCTGTTGATAATGTCTTTTCCTGGGCGTGACTCAGTCAATATCTTAACA
GCCGGAACCGTAAATTCTTTTCCTGTTTATATTTTTAGTTCTGTCCAAAAGAACAGGAGA
TTCTTGGAGTGTTGTAACTTTTCCGCATATTCATTTGTTGTTGTAACATAATACTCTTGC
ATTGTGTCTTGTACTATTTATGAGATTGTATCTATTCTT

QA 1 579 1 579
DS 



AS 2 4

CO CL2204Contig1 610 2 1 U
GCAGAGAGATTCCCGGGAAACTATGCGTTTTGACGACCAAGTCCAAGTTTCTGAAAGCGA
AGATCGCCAACGGAGAAATCGGAGACGTTGATTGGTTCGGATTGATCGGAGTTATGCGCG
GATGCACGAGGTCGGAGCTTGATCGAGCTAATGTCTTGTTGACTCTCAGACACAAGCCTG
ATAAGGCCTTGTCTTTCATCGATCGCTGTGACTTCGCCGATCAGAAGGAGGTTATCGCTG
TTAAAGATCGTGCGAGTATGGCTTCGTTGCTGCTTTACCGTTTGATTCAAAGAGGTTACT
CTGTCTTGACGGCGACGATAGCAGAGGAGGAACAGAGGAAGATTACGATGGCGTTGACTC
AAAAGTCAACGAAAATGGTTGAAGAACGCGAACCGGTTGAGAAACCTGGTTTAGTGAATA
TTAAACCGGGTAATTCGAGCGCGTATCAAGGAGTTTTCTGTCGAGATCTTGCCGCGGTCG
GGAGTTTACTATCTAGGACCGGTTTTAACCAACCGATTCCAGTGAAATACGAAGCACTCA
GTTGTTAAATGTTTAACCGGGAAATTCACGAACCAACAAAGTGGAAACGACTCCGTTCCC
GGGCGATTTT


BQ
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AF RR3AV72TF U 1
AF RR3AV72JQ C 323
BS 1 610 RR3AV72TF

RD RR3AV72TF 610 0 0
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AGATCGCCAACGGAGAAATCGGAGACGTTGATTGGTTCGGATTGATCGGAGTTATGCGCG
GATGCACGAGGTCGGAGCTTGATCGAGCTAATGTCTTGTTGACTCTCAGACACAAGCCTG
ATAAGGCCTTGTCTTTCATCGATCGCTGTGACTTCGCCGATCAGAAGGAGGTTATCGCTG
TTAAAGATCGTGCGAGTATGGCTTCGTTGCTGCTTTACCGTTTGATTCAAAGAGGTTACT
CTGTCTTGACGGCGACGATAGCAGAGGAGGAACAGAGGAAGATTACGATGGCGTTGACTC
AAAAGTCAACGAAAATGGTTGAAGAACGCGAACCGGTTGAGAAACCTGGTTTAGTGAATA
TTAAACCGGGTAATTCGAGCGCGTATCAAGGAGTTTTCTGTCGAGATCTTGCCGCGGTCG
GGAGTTTACTATCTAGGACCGGTTTTAACCAACCGATTCCAGTGAAATACGAAGCACTCA
GTTGTTAAATGTTTAACCGGGAAATTCACGAACCAACAAAGTGGAAACGACTCCGTTCCC
GGGCGATTTT

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3AV72JQ 288 0 0
AGAGGAGGAACAGAGGAAGATTACGATGGCGTTGACTCAAAAGTCAACGAAAATGGTTGA
AGAACGCGAACCGGTTGAGAAACCTGGTTTAGTGAATATTAAACCGGGTAATTCGAGCGC
GTATCAAGGAGTTTTCTGTCGAGATCTTGCCGCGGTCGGGAGTTTACTATCTAGGACCGG
TTTTAACCAACCGATTCCAGTGAAATACGAAGCACTCAGTTGTTAAATGTTTAACCGGGA
AATTCACGAACCAACAAAGTGGAAACGACTCCGTTCCCGGGCGATTTT

QA 1 288 1 288
DS 



CO CL2204Contig2 820 2 2 U
GGCTGGAGACGGTCCGGTGTTTGCCTGACTCGCTTCACGATTTAGAGCACTTGAAGATTC
TCTACAACACCATCCTGCGCGATCGGAAACTTCCCGGACCGCCGTGGAAACGACACAACG
TGAAGTACAGAGAGATTCCGGGGAAACTGTGCGTTTTGACGACGAAGTCGAAGTTCTTGA
AAGCGAAGATCGCCAACGGAGAAATAGGGAACGTTGATTGGTACGGATTGATCGGAGTTA
GGCGCGGATGCACGAGGTCGGAGCTTGATCGAGCTAATGTCTTGTTGACTCTCAGACACA
AGCCTGATAAGGCTTTGTCTTTCATCGATCGCTGTGACTTCGCCGATCAGAAGGAGGTTA
TCGCTGTTAAAGATCGAGCGAGCATGGCTTCGTTGCTGCTTTACCGTTTGATTCAAAGAG
GTTACTCTGTTTTGACGGCGACGATAGCAGAGGAGGAACAGAGGAAGTTGACGATGGTGT
TGACTCAAAAGTCAACGAAAGTGGTTGAAGAACGCGAACCGGTTGAGAAACCTGGTTTGG
TGAATATTAAACCGGGTAATTCGAGCGCGTATCAAGGAGTTTTCTGTCGAGATCTTGCCG
CGGTCGGGAGTTTACTATCTAGGACCGGTTTTAACCAACCGATTCCAGTGAAATACGAAG
CACTCAGTTGTTAAATGTTTAACCGGGAAATTCACGAACCAACAAAGTGGAAACGACTCC
GTTCCCGGGCGATTTTAAAAATCAGTTATGTATCTATTCATATATGCATGTAATAAAATT
CCGCTAGAATTTTTTTTGTCAATTTAAATATGCTTAACGT


BQ
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AF RR3BV63TF U 1
AF RR3BV63JQ C 107
BS 1 589 RR3BV63TF
BS 590 820 RR3BV63JQ

RD RR3BV63TF 589 0 0
GGCTGGAGACGGTCCGGTGTTTGCCTGACTCGCTTCACGATTTAGAGCACTTGAAGATTC
TCTACAACACCATCCTGCGCGATCGGAAACTTCCCGGACCGCCGTGGAAACGACACAACG
TGAAGTACAGAGAGATTCCGGGGAAACTGTGCGTTTTGACGACGAAGTCGAAGTTCTTGA
AAGCGAAGATCGCCAACGGAGAAATAGGGAACGTTGATTGGTACGGATTGATCGGAGTTA
GGCGCGGATGCACGAGGTCGGAGCTTGATCGAGCTAATGTCTTGTTGACTCTCAGACACA
AGCCTGATAAGGCTTTGTCTTTCATCGATCGCTGTGACTTCGCCGATCAGAAGGAGGTTA
TCGCTGTTAAAGATCGAGCGAGCATGGCTTCGTTGCTGCTTTACCGTTTGATTCAAAGAG
GTTACTCTGTTTTGACGGCGACGATAGCAGAGGAGGAACAGAGGAAGTTGACGATGGTGT
TGACTCAAAAGTCAACGAAAGTGGTTGAAGAACGCGAACCGGTTGAGAAACCTGGTTTGG
TGAATATTAAACCGGGTAATTCGAGCGCGTATCAAGGAGTTTTCTGTCG

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3BV63JQ 714 0 0
GAAACGACACAACGTGAAGTACAGAGAGATTCCGGGGAAACTGTGCGTTTTGACGACGAA
GTCGAAGTTCTTGAAAGCGAAGATCGCCAACGGAGAAATAGGGAACGTTGATTGGTACGG
ATTGATCGGAGTTAGGCGCGGATGCACGAGGTCGGAGCTTGATCGAGCTAATGTCTTGTT
GACTCTCAGACACAAGCCTGATAAGGCTTTGTCTTTCATCGATCGCTGTGACTTCGCCGA
TCAGAAGGAGGTTATCGCTGTTAAAGATCGAGCGAGCATGGCTTCGTTGCTGCTTTACCG
TTTGATTCAAAGAGGTTACTCTGTTTTGACGGCGACGATAGCAGAGGAGGAACAGAGGAA
GTTGACGATGGTGTTGACTCAAAAGTCAACGAAAGTGGTTGAAGAACGCGAACCGGTTGA
GAAACCTGGTTTGGTGAATATTAAACCGGGTAATTCGAGCGCGTATCAAGGAGTTTTCTG
TCGAGATCTTGCCGCGGTCGGGAGTTTACTATCTAGGACCGGTTTTAACCAACCGATTCC
AGTGAAATACGAAGCACTCAGTTGTTAAATGTTTAACCGGGAAATTCACGAACCAACAAA
GTGGAAACGACTCCGTTCCCGGGCGATTTTAAAAATCAGTTATGTATCTATTCATATATG
CATGTAATAAAATTCCGCTAGAATTTTTTTTGTCAATTTAAATATGCTTAACGT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 3

CO CL2205Contig1 955 3 7 U
GGATACGTGCGGGAAAGGAAAAAGCAAAAAAGAAAAAAAAAAATTCAATCGCTTTCGTTT
CTGTAGAGCTGATTCTGAATCCAATCGGGCGATTAGGTGGAATATCTGTTGTCAAATTTA
TGGCTCAAGCGGTGGAAGAATGGTACAAGCAGATGCCGATTATAACAAGATCGTATCTCA
CGGCGGCTGTTGTCACCACCGTCGGATGTTCCCTCGAGATAATATCACCGTATAATCTGT
ACCTGAATCCGACCCTTGTGGTGAAGCAGTACCAGTTATGGCGCCTCGTCACCAATTTTC
TTTATTTCCGCAATATGGATTTGGACTTCTTGTTCCATATGTTTTTTCTAGCTAGATACT
GCAAACTCCTGGAAGAAAACTCCTTCAGGGGGAAGACTGCTGATTTCCTTTACATGCTCT
TGTTCGGAGCAACTGTTCTTACCGGCATTGTCCTAATTGGTGGAACCATACCTTATTTGT
CAGTCTCAATCTCCCAGATCATTTTCCTCAGCAACTCTTTGACTTTCATGATGGTGTATG
TATGGAGCAAACAGAATCCTTACGTCCACATGAGTTTCCTTGGTCTTTTCACTTTTACAG
CAGCGTATTTACCATGGGTGCTTCTTGGATTCTCTGTCCTTGTTGGTGCAAGTCCCTGGG
GGGATTTACTGGGAATGATAGCAGGTCACGCCTATTACTTTTTGGCATTTGTCTATCCAC
GAATGACGGATAGGCGACCCTTGAAGACTCCATCTTTCCTCAAAGCCCTTTTCGCTGATG
AGCCTGTGGTGATTGCACGGCCTGAAGATGTTAGGTTTGCTCCTGCCCCTTTTGATGAAA
TCCACAAGACTGAGTCTGATCATCCTCCACACAGCACAGTTTAAGTTAAGGGCACATGCT
GTACACATTCATGACTCTTGATTGTGGATAATGTGGAAGTTTTTGTTAGTTTTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GC52TF U 1
AF RR3B301TF U 75
AF RR3GC52JQ C 250
BS 1 169 RR3GC52TF
BS 170 170 RR3B301TF
BS 171 641 RR3GC52TF
BS 642 706 RR3B301TF
BS 707 707 RR3GC52JQ
BS 708 810 RR3B301TF
BS 811 955 RR3GC52JQ

RD RR3GC52TF 641 0 0
GGATACGTGCGGGAAAGGAAAAAGCAAAAAAGAAAAAAAAAAATTCAATCGCTTTCGTTT
CTGTAGAGCTGATTCTGAATCCAATCGGGCGATTAGGTGGAATATCTGTTGTCAAATTTA
TGGCTCAAGCGGTGGAAGAATGGTACAAGCAGATGCCGATTATAACAAGGTCGTATCTCA
CGGCGGCTGTTGTCACCACCGTCGGATGTTCCCTCGAGATAATATCACCGTATAATCTGT
ACCTGAATCCGACCCTTGTGGTGAAGCAGTACCAGTTATGGCGCCTCGTCACCAATTTTC
TTTATTTCCGCAATATGGATTTGGACTTCTTGTTCCATATGTTTTTTCTAGCTAGATACT
GCAAACTCCTGGAAGAAAACTCCTTCAGGGGGAAGACTGCTGATTTCCTTTACATGCTCT
TGTTCGGAGCAACTGTTCTTACCGGCATTGTCCTAATTGGTGGAACCATACCTTATTTGT
CAGTCTCAATCTCCCAGATCATTTTCCTCAGCAACTCTTTGACTTTCATGATGGTGTATG
TATGGAGCAAACAGAATCCTTACGTCCACATGAGTTTCCTTGGTCTTTTCACTTTTACAG
CAGCGTATTTACCATGGGTGCTTCTTGGATTCTCTGTCCTT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3B301TF 736 0 0
GG
GAATCCAATCGGGCGATTAGGTGGAATATCTGTTGTCAAATTTATGGCTCAAGCGGTGGA
AGAATGGTACAAGCAGATGCCGATTATAACAAGATCGTATCTCACGGCTGCTGTTGTCAC
CACCGTCGGATGTTCCCTCGAGATAATATCACCGTATAATCTGTACCTGAATCCGACCCT
TGTGGTGAAGCAGTACCAGTTATGGCGCCTCGTCACCAATTTTCTTTATTTCCGCAATAT
GGATTTGGACTTCTTGTTCCATATGTTTTTTCTAGCTAGATACTGCAAACTCCTTGAAGA
AAACTCCTTCAGGGGAAAGACTGCTGATTTCCTTTACATGCTCTTGTTCGGTGCAACTGT
TCTTACCGGCATTGTCCTAATTGGCGGGACCATACCTTATTTGTCAGTCTCAATCTCCCA
GATCATTTTTCTCAGCAACTCTTTGACTTTCATGATGGTGTATGTATGGAGTAAACAGAA
TCCTTACGTCCACATGAGTTTCCTTGGTCTTTTCACTTTTACAGCAGCGTATTTACCATG
GGTGCTTCTTGGATTCTCTGTCCTTGTTGGTGCAAGTCCCTGGGGGGATTTACTGGGAAT
GATAGCAGGTCACGCCTATTACTTTTTGGCGTTTGTCTATCCACGAATGACGGATAGGCG
ACCCTTGAAGACTCCATCTTTCCTCAAAGCCCTTTTCGCTGATGAGCCTGTGGTGATTGC
ACGGCCTGAAGATG

QA 3 736 3 736
DS 

RD RR3GC52JQ 706 0 0
CGACCCTTGTGGTGAAGCAGTACCAGTTATGGCGCCTCGTCACCAATTTTCTTTATTTCC
GCAATATGGATTTGGACTTCTTGTTCCATATGTTTTTTCTAGCTAGATACTGCAAACTCC
TGGAAGAAAACTCCTTCAGGGGGAAGACTGCTGATTTCCTTTACATGCTCTTGTTCGGAG
CAACTGTTCTTACCGGCATTGTCCTAATTGGTGGAACCATACCTTATTTGTCAGTCTCAA
TCTCCCAGATCATTTTCCTCAGCAACTCTTTGACTTTCATGATGGTGTATGTATGGAGCA
AACAGAATCCTTACGTCCACATGAGTTTCCTTGGTCTTTTCACTTTTACAGCAGCGTATT
TACCATGGGTGCTTCTTGGATTCTCTGTCCTTGTTGGTGCAAGTTCCTGGGGGGATTTAC
TGGGAATGATAGCAGGTCACGCCTATTACTTTTTGGCATTTGTCTATCCACGAATGACGG
ATAGGCGACCCTTGAAGACTCCATCTTTCCTCAAAGCCCTTTTCGCTGATGAGCCTGTGG
TGATTGCACGGCCTGAAGATGTTAGGTTTGCTCCTGCCCCTTTTGATGAAATCCACAAGA
CTGAGTCTGATCATCCTCCACACAGCACAGTTTAAGTTAAGGGCACATGCTGTACACATT
CATGACTCTTGATTGTGGATAATGTGGAAGTTTTTGTTAGTTTTCG

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 3

CO CL2206Contig1 661 3 6 U
GAGATTCTAGAGTATTTGAGCAGCTTCTTATTGAGAGTCTAGAGAAGTTCTTGAGATGTG
AAGCGTTGGAGGATGCTTTAGAGAGCACTCTCAATAGTTACGATCCGGATAGAGTTTCCG
TTGCGAGTGATACTTACATAGACGACCTCATGGCACCTCTCATTCACCGAGGAAAGCAGC
GGTCTGAGCCAGAACAGGAGTTGGATACAGATGTTTTGCCGTCTTCAAGCGTAGGGGCGT
CCATGGAGGAAGATCCAGCTCTGGAACATGAGCTTGCGGCTTTAAGAGAGGCCACAGACT
CGGGGCTGACGTATCTGCTGGCTCATGGAGATGTGAGGGCGAAGAAGAATTCGATATTTG
TGAAGAAGCTTGTGATTAATTACTTGTATGCGTTTCTCAGAAGAAACTGCAGAGCTGGGG
CTGCCAATCTCACTGTTCCTCATATGAACATCTTGCAAGCTGGGATGACCTATATGGTCT
AAGTGTTTTGATACTTTGGATCATCTCTCCATGCGTTGGGCTTTGTTTCTTGCGATCCAC
TTTTGTGTTTGTCGTTACCGCGAGGAAGATTTCCTAATATTAATGTTTGTAATAGTTAAT
TAGAGGAGATGAAAATTTATCATCTCCTTACAGGTAAACATAATTTAAAGTAGATAATTA
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 

AF RR3DD92TF U 1
AF RR3AJ91JQ C 139
AF RR3AJ91TF U 139
BS 1 256 RR3DD92TF
BS 257 257 RR3AJ91TF
BS 258 266 RR3DD92TF
BS 267 267 RR3AJ91TF
BS 268 338 RR3DD92TF
BS 339 661 RR3AJ91TF

RD RR3DD92TF 338 0 0
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AAGCGTTGGAGGATGCTTTAGAGAGCACTCTCAATAGTTACGATCCGGATAGAGTTTCCG
TTGCGAGTGATACTTACATAGACGACCTCATGGCACCTCTCATTCACCGAGGAAAGCAGC
GGTCTGAGCCAGAACAGGAGTTGGATACAGATGTTTTGCCGTCTTCAAGCGTAGGGGCGT
CCATGGAGGAAGATCCTGCTCTGGAATATGAGCTTGCGGCTTTAAGAGAGGCCACAGACT
CGGGGCTGACGTATCTGCTGGCTCATGGAGATGTGAGG

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR3AJ91JQ 523 0 0
G
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GTTGGATACAGATGTTTTGCCGTCTTCAAGCGTAGGGGCGTCCATGGAGGAAGATCCAGC
TCTGGAACATGAGCTTGCGGCTTTAAGAGAGGCCACAGACTCGGGGCTGACGTATCTGCT
GGCTCATGGAGATGTGAGGGCGAAGAAGAATTCGATATTTGTGAAGAAGCTTGTGATTAA
TTACTTGTATGCGTTTCTCAGAAGAAACTGCAGAGCTGGGGCTGCCAATCTCACTGTTCC
TCATATGAACATCTTGCAAGCTGGGATGACCTATATGGTCTAAGTGTTTTGATACTTTGG
ATCATCTCTCCATGCGTTGGGCTTTGTTTCTTGCGATCCACTTTTGTGTTTGTCGTTACC
GCGAGGAAGATTTCCTAATATTAATGTTTGTAATAGTTAATTAGAGGAGATGAAAATTTA
TCATCTCCTTACAGGTAAACATAATTTAAAGTAGATAATTAT

QA 2 523 2 523
DS 

RD RR3AJ91TF 523 0 0
G
AGACGACCTCATGGCACCTCTCATTCACCGAGGAAAGCAGCGGTCTGAGCCAGAACAGGA
GTTGGATACAGATGTTTTGCCGTCTTCAAGCGTAGGGGCGTCCATGGAGGAAGATCCAGC
TCTGGAACATGAGCTTGCGGCTTTAAGAGAGGCCACAGACTCGGGGCTGACGTATCTGCT
GGCTCATGGAGATGTGAGGGCGAAGAAGAATTCGATATTTGTGAAGAAGCTTGTGATTAA
TTACTTGTATGCGTTTCTCAGAAGAAACTGCAGAGCTGGGGCTGCCAATCTCACTGTTCC
TCATATGAACATCTTGCAAGCTGGGATGACCTATATGGTCTAAGTGTTTTGATACTTTGG
ATCATCTCTCCATGCGTTGGGCTTTGTTTCTTGCGATCCACTTTTGTGTTTGTCGTTACC
GCGAGGAAGATTTCCTAATATTAATGTTTGTAATAGTTAATTAGAGGAGATGAAAATTTA
TCATCTCCTTACAGGTAAACATAATTTAAAGTAGATAATTAT

QA 2 523 2 523
DS 



AS 2 4

CO CL2207Contig1 940 2 10 U
GATCTCTTAGCTCATTCGGCGCCGGCAGTGCTGATTCCTGCTCTCCGTACCATTGGAAAC
ATTGTTACTGGCGATGATTTACAGACTCAGACGGTTCTCGACCATCAAGTGCTTCCTCGT
CTTCTGCACCTTCTTACAAACCCTTACAAGAAGAGTATCAAGAAGGAAGCTTGCTGGACC
ATCTTCAACATTACAGCTGGGAGTTCTAAACAGATACAAGGAGTGATTGAAGCAGGTATC
ATTCAGTCTCTTATTGGGGTGCTTCATAACGCAGAGTTCGAAGTGAAAAAAGAAGCTGCT
TGGGGGATCTCAAATGCTACTTCTGGTGGCACTCATGATCAAATCAAGTTTCTGGTGAGC
CAAGGCTGTATCAAACCGCTGTGCGATCTTCTAACCTGCCCGGATCCAAGAATCTTGACG
GTTTGTTTAGAAGCGTTGGAGAACATTCTGGTGGTTGGAGAAGCAGTGAAGAGCTTAGGT
CATACAGGAGATGATAACCCTTTCGCTACAATGATAGATGAAGCGGAAGGGCTTGAGAAG
ATTGAGAATCTTCAGAGCCACGACAACAACGATATATACCAAAAGGCTGTGAAAATCCTC
GAAACGTTTTGGACTGAAGACGATGATGATGATGAAGGAGCCAACGATGAGAACCACGCT
CCGCAAGCCAGTTTCCAGTTCGGAAGCGCTAACGTTGCTGCCCCTCCTAGTCAATTCAAC
TTCATGTGACGAAGGTATCGAACGGTGATAACGTGAAGTGAAAGAAGTTTTTTCTTGTCT
TTTCTACTGCATCATGCACAAGTCACAACTCGTGGATATGAAGAAACACTGTACGAGTAG
TATCTTTTGTCTGGTTGTGAAACAGTTAATGTTTGGTGTTTTTTTCAATAACGAGTCTCT
ATTATATCGGAGTGGAAATTAAAGTTCATTTGTTTGCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ41TF U 1
AF RR3CZ41JQ C 145
BS 1 637 RR3CZ41TF
BS 638 638 RR3CZ41JQ
BS 639 713 RR3CZ41TF
BS 714 714 RR3CZ41JQ
BS 715 734 RR3CZ41TF
BS 735 735 RR3CZ41JQ
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BS 743 756 RR3CZ41TF
BS 757 940 RR3CZ41JQ

RD RR3CZ41TF 761 0 0
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ATTGTTACTGGCGATGATTTACAGACTCAGACGGTTCTCGACCATCAAGTGCTTCCTCGT
CTTCTGCACCTTCTTACAAACCCTTACAAGAAGAGTATCAAGAAGGAAGCTTGCTGGACC
ATCTTCAACATTACAGCTGGGAGTTCTAAACAGATACAAGGAGTGATTGAAGCAGGTATC
ATTCAGTCTCTTATTGGGGTGCTTCATAACGCAGAGTTCGAAGTGAAAAAAGAAGCTGCT
TGGGGGATCTCAAATGCTACTTCTGGTGGCACTCATGATCAAATCAAGTTTCTGGTGAGC
CAAGGCTGTATCAAACCGCTGTGCGATCTTCTAACCTGCCCGGATCCAAGAATCTTGACG
GTTTGTTTAGAAGCGTTGGAGAACATTCTGGTGGTTGGAGAAGCAGTGAAGAGCTTAGGT
CATACAGGAGATGATAACCCTTTCGCTACAATGATAGATGAAGCGGAAGGGCTTGAGAAG
ATTGAGAATCTTCAGAGCCACGACAACAACGATATATACCAAAAGGCTGTGAAAATCCTC
GAAACGTTTTGGACTGAAGACGATGATGATGATGAAG*AGCCAACGATGAGAACCACGCT
CCGCAAGCCAGTTTCCAGTTCGGAAGCGCTAACGTTGCTGCCCCTCCTAGTCA*TTCAAC
TTCATGTGACGAAG*TATCGA*CGGTGATAACGTGA
GTGAA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3CZ41JQ 796 0 0
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TCTAAACAGATACAAGGAGTGATTGAAGCAGGTATCATTCAGTCTCTTATTGGGGTGCTT
CATAACGCAGAGTTCGAAGTGAAAAAAGAAGCTGCTTGGGGGATCTCAAATGCTACTTCT
GGTGGCACTCATGATCAAATCAAGTTTCTGGTGAGCCAAGGCTGTATCAAACCGCTGTGC
GATCTTCTAACCTGCCCGGATCCAAGAATCTTGACGGTTTGTTTAGAAGCGTTGGAGAAC
ATTCTGGTGGTTGGAGAAGCAGTGAAGAGCTTAGGTCATACAGGAGATGATAACCCTTTC
GCTACAATGATAGATGAAGCGGAAGGGCTTGAGAAGATTGAGAATCTTCAGAGCCACGAC
AACAACGATATATACCAAAAGGCTGTGAAAATCCTCGAAACGTTTTGGACTGAAGACGAT
GATGATGATGAAGGAGCCAACGATGAGAACCACGCTCCGCAAGCCAGTTTCCAGTTCGGA
AGCGCTAACGTTGCTGCCCCTCCTAGTCAATTCAACTTCATGTGACGAAGGTATCGAACG
GTGATAACGTGAAGTGAAAGAAGTTTTTTCTTGTCTTTTCTACTGCATCATGCACAAGTC
ACAACTCGTGGATATGAAGAAACACTGTACGAGTAGTATCTTTTGTCTGGTTGTGAAACA
GTTAATGTTTGGTGTTTTTTTCAATAACGAGTCTCTATTATATCGGAGTGGAAATTAAAG
TTCATTTGTTTGCTCT

QA 1 796 1 796
DS 



CO CL2207Contig2 583 2 2 U
GGAACAAATCAAGTTTCTGGTGAGCCAAGGCTGTATCAAACCGCTGTGCGATCTTCTAAC
CTGCCCGGATCCAAGAATCTTGACGGTTTGTTTAGAAGCGTTGGAGAACATTCTGGTGGT
TGGAGAAGCAGTGAAGAGCTTAGGTCATACAGGAGACGATAACCCTTACGCTGCAATGAT
AGATGAAGCGGAAGGGCTCGAGAAGATTGAGAATCTTCAGAGCCACGACAACAACGATAT
ATACCAAAAGGCTGTGAAAATCCTCGAAACGTTTTGGACTGAAGACGATGATGATGAAGA
AGGAGCCAACGATGAAAACCACGCTCCGCAAGCCGGTTTCCAGTTCGGAAGCGCTAACGT
TGCTGCCCCTCCTAGCCAGTTCAACTTCATGTGAAGGTGAAGGTATCGAACGGTGATAAC
GTGAAGTGAAAGAAGTTTTTTCTTGTCTTTTCTACTGCATCATCATGCACAAGTCACAAC
TCGTGGATATGAAGAAACACTGTGTACGAGTAGTATCTTTTGTCTTGTTGTGAAACAGTT
ATGTTTGGTGTTTTTCAATAACGAATCTCTATTATATCAGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FR81TF U 1
AF RR3FR81JQ C 54
BS 1 578 RR3FR81TF
BS 579 583 RR3FR81JQ

RD RR3FR81TF 583 0 0
GGAACAAATCAAGTTTCTGGTGAGCCAAGGCTGTATCAAACCGCTGTGCGATCTTCTAAC
CTGCCCGGATCCAAGAATCTTGACGGTTTGTTTAGAAGCGTTGGAGAACATTCTGGTGGT
TGGAGAAGCAGTGAAGAGCTTAGGTCATACAGGAGACGATAACCCTTACGCTGCAATGAT
AGATGAAGCGGAAGGGCTCGAGAAGATTGAGAATCTTCAGAGCCACGACAACAACGATAT
ATACCAAAAGGCTGTGAAAATCCTCGAAACGTTTTGGACTGAAGACGATGATGATGAAGA
AGGAGCCAACGATGAAAACCACGCTCCGCAAGCCGGTTTCCAGTTCGGAAGCGCTAACGT
TGCTGCCCCTCCTAGCCAGTTCAACTTCATGTGAAGGTGAAGGTATCGAACGGTGATAAC
GTGAAGTGAAAGAAGTTTTTTCTTGTCTTTTCTACTGCATCATCATGCACAAGTCACAAC
TCGTGGATATGAAGAAACACTGTGTACGAGTAGTATCTTTTGTCTTGTTGTGAAACAGTT
ATGTTTGGTGTTTTTCAATAACGAATCTCTATTATATC
AGTTG

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR3FR81JQ 530 0 0
TTT
TAACCTGCCCGGATCCAAGAATCTTGACGGTTTGTTTAGAAGCGTTGGAGAACATTTTGG
TGGTTGGAGAAGCAGTGAAGAGCTTAGGTCATACAGGAGACGATAACCCTTACGCTGCAA
TGATAGATGAAGCGGAAGGGCTCGAGAAGATTGAGAATCTTCAGAGCCACGACAACAACG
ATATATACCAAAAGGCTGTGAAAATCCTCGAAACGTTTTGGACTGAAGACGATGATGATG
AAGAAGGAGCCAACGATGAAAACCACGCTCCGCAAGCCGGTTTCCAGTTCGGAAGCGCTA
ACGTTGCTGCCCCTCCTAGCCAGTTCAACTTCATGTGAAGGTGAAGGTATCGAACGGTGA
TAACGTGAAGTGAAAGAAGTTTTTTCTTGTCTTTTTTACTGCATCATCATGCACAAGTCA
CAACTCGTGGATATGAAGAAACACTGTGTACGAGTAGTATCTTTTGTCTTGTTGTGAAAC
AGTTATGTTTGGTGTTTTTCAATAACGAATCTCTATTATATCAGTTG

QA 4 530 4 530
DS 



AS 1 4

CO CL2208Contig1 914 4 2 U
AGGGCTTTGATTTAACATTGAGACAAAAATTGGACGTTCGGACAAAAACATAACTAGAAC
AGAAACAAAACTGAAACAATAGAAAGGAGATGTGGAGTATCATAAGTTAAGGGACATAAG
AAGAGCAGTTGCTTCTACATATAAAGCTTCTACTCGTCGTTAAAGGTAGTCTTCTTACCT
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TTTCTTTCTCATCTTCACTCTCCGATTCATCTTCACTTTCCTCGTCAGAATCTTCCTCGG
ATGAATCTGAACCGCCAGCAGCCTTGGTAGTAGCAGGAGCTGCCTTCTTAGCAGCAGGTT
TCTTCTCATCCTCAGATTCATCTTCCGATTCATCAGAAGAGTCTTCCTCAGAGGAGCTCT
CTGCCTTAGCCTTCACTGAGCCATTTTTAGCAGCAGCAGGCTTCTTGGTAGCAGCAGCTT
CTTCCTCGTCTGAAGATTCTTCCTCAGAGGATGAGTCATCCTTTGCCTTCTTTGCAACAG
CTCCGTTAGTAGCAGCAACGGCCTTCTTAGGTGCGGGTTCTTCTTCCTCGATATCAGAAG
AGTCAGATGAATCGGAGCTCTCAACTTTCTTAGGCACCTTCTTCTCAGCTTTCTCCTTCT
GAACAGCAGCAATCACATCTTTCTTCTGCTTCTTTAGGTTCACTTTGGTATCCACATCAG
CCTCAGGCTCTCTCTTACCTTTCTTCAAAGTCTTGGTGGCCTTGATGGCAGCAGGTGCTG
CTTCAGCTTTGATGGCGGATTTTTTACCCATGGCGAATTTGAGGAAGAGAGACTGACTGC
TAGGTTTAAGAGTGAAGAGAGTGAGAGAGGCAAAAACCCTAGACAGCTGCGTTAAGACAG
CTGCGTGTAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 5 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3AU06JQ U 39
AF RR3AY01JQ U 1
AF RR3AU06TF C 175
AF RR3AY01TF C 268
BS 1 770 RR3AY01JQ
BS 771 914 RR3AU06TF

RD RR3AU06JQ 443 0 0
CGGACAAAAACATAACTAGAACAGAAACAAAACTGAAACAATAGAAAGGAGATGTGGAGT
ATCATAAGTTAAGGGACATAAGAAGAGCAGTTGCTTCTACATATAAAGCTTCTACTCGTC
GTTAAAGGTAGTCTTCTTACCTGAGTGAGTGAAACTAGGTTTGTATCACCCATTTCAACA
TCAGAGTTCTTTTTCTTCGGGGTTTCTTTCTCATCTTCACTCTCCGATTCATCTTCACTT
TCCTCGTCAGAATCTTCCTCGGATGAATCTGAACCGCCAGCAGCCTTGGTAGTAGCAGGA
GCTGCCTTCTTAGCAGCAGGTTTCTTCTCATCCTCAGATTCATCTTCCGATTCATCAGAA
GAGTCTTCCTCAGAGGAGCTCTCTGCCTTAGCCTTCACTGAGCCATTTTTAGCAGCAGCA
GGCTTCTTGGTAGCAGCAGCTTC

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR3AY01JQ 770 0 0
AGGGCTTTGATTTAACATTGAGACAAAAATTGGACGTTCGGACAAAAACATAACTAGAAC
AGAAACAAAACTGAAACAATAGAAAGGAGATGTGGAGTATCATAAGTTAAGGGACATAAG
AAGAGCAGTTGCTTCTACATATAAAGCTTCTACTCGTCGTTAAAGGTAGTCTTCTTACCT
GAGTGAGTGAAACTAGGTTTGTATCACCCATTTCAACATCAGAGTTCTTTTTCTTCGGGG
TTTCTTTCTCATCTTCACTCTCCGATTCATCTTCACTTTCCTCGTCAGAATCTTCCTCGG
ATGAATCTGAACCGCCAGCAGCCTTGGTAGTAGCAGGAGCTGCCTTCTTAGCAGCAGGTT
TCTTCTCATCCTCAGATTCATCTTCCGATTCATCAGAAGAGTCTTCCTCAGAGGAGCTCT
CTGCCTTAGCCTTCACTGAGCCATTTTTAGCAGCAGCAGGCTTCTTGGTAGCAGCAGCTT
CTTCCTCGTCTGAAGATTCTTCCTCAGAGGATGAGTCATCCTTTGCCTTCTTTGCAACAG
CTCCGTTAGTAGCAGCAACGGCCTTCTTAGGTGCGGGTTCTTCTTCCTCGATATCAGAAG
AGTCAGATGAATCGGAGCTCTCAACTTTCTTAGGCACCTTCTTCTCAGCTTTCTCCTTCT
GAACAGCAGCAATCACATCTTTCTTCTGCTTCTTTAGGTTCACTTTGGTATCCACATCAG
CCTCAGGCTCTCTCTTACCTTTCTTCAAAGTCTTGGTGGCCTTGATGGCA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3AU06TF 740 0 0
TTACGTGAGTGAGTGAAACTAGGTTTGTATCACCCATTTCAACATCAGAGTTCTTTTTCT
TCGGGGTTTCTTTCTCATCTTCACTCTCCGATTCATCTTCACTTTCCTCGTCAGAATCTT
CCTCGGATGAATCTGAACCGCCAGCAGCCTTGGTAGTAGCAGGAGCTGCCTTCTTAGCAG
CAGGTTTCTTCTCATCCTCAGATTCATCTTCCGATTCATCAGAAGAGTCTTCCTCAGAGG
AGCTCTCTGCCTTAGCCTTCACTGAGCCATTTTTAGCAGCAGCAGGCTTCTTGGTAGCAG
CAGCTTCTTCCTCGTCTGAAGATTCTTCCTCAGAGGATGAGTCATCCTTTGCCTTCTTTG
CAACAGCTCCGTTAGTAGCAGCAACGGCCTTCTTAGGTGCGGGTTCTTCTTCCTCGATAT
CAGAAGAGTCAGATGAATCGGAGCTCTCAACTTTCTTAGGCACCTTCTTCTCAGCTTTCT
CCTTCTGAACAGCAGCAATCACATCTTTCTTCTGCTTCTTTAGGTTCACTTTGGTATCCA
CATCAGCCTCAGGCTCTCTCTTACCTTTCTTCAAAGTCTTGGTGGCCTTGATGGCAGCAG
GTGCTGCTTCAGCTTTGATGGCGGATTTTTTACCCATGGCGAATTTGAGGAAGAGAGACT
GACTGCTAGGTTTAAGAGTGAAGAGAGTGAGAGAGGCAAAAACCCTAGACAGCTGCGTTA
AGACAGCTGCGTGTAGATCC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3AY01TF 647 0 0
CATCTTCACTTTCCTCGTCAGAATCTTCCTCGGATGAATCTGAACCGCCAGCAGCCTTGG
TAGTAGCAGGAGCTGCCTTCTTAGCAGCAGGTTTCTTCTCATCCTCAGATTCATCTTCCG
ATTCATCAGAAGAGTCTTCCTCAGAGGAGCTCTCTGCCTTAGCCTTCACTGAGCCATTTT
TAGCAGCAGCAGGCTTCTTGGTAGCAGCAGCTTCTTCCTCGTCTGAAGATTCTTCCTCAG
AGGATGAGTCATCCTTTGCCTTCTTTGCAACAGCTCCGTTAGTAGCAGCAACGGCCTTCT
TAGGTGCGGGTTCTTCTTCCTCGATATCAGAAGAGTCAGATGAATCGGAGCTCTCAACTT
TCTTAGGCACCTTCTTCTCAGCTTTCTCCTTCTGAACAGCAGCAATCACATCTTTCTTCT
GCTTCTTTAGGTTCACTTTGGTATCCACATCAGCCTCAGGCTCTCTCTTACCTTTCTTCA
AAGTCTTGGTGGCCTTGATGGCAGCAGGTGCTGCTTCAGCTTTGATGGCGGATTTTTTAC
CCATGGCGAATTTGAGGAAGAGAGACTGACTGCTAGGTTTAAGAGTGAAGAGAGTGAGAG
AGGCAAAAACCCTAGACAGCTGCGTTAAGACAGCTGCGTGTAGATCC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 4

CO CL2209Contig1 1141 4 3 U
GCATGGATTCCCGAAGGATCTTTTAAGATCCCTGAAGTCTCCACGCTTCCGGTCTGGGCT
ATTTTGAAGAATATACCAGACTGTTGCTATTCAAGACTAGGATTAAGTCATATTGCCTCA
GGACTTGGAGAACCTATCCTTACGCGTAAGCCTCGACTTGATCCTACTAGTATGGGCGAA
GCAAAAGTTCTAGTAGAGATGGAGCTGGATAAAGACTTCCCAAAACTTATTGCACTGGAT
GATAAACAAGGTAACATTTTCCTTGTTAATGTGGAATACACTTGGATTCCATCTATGTGT
GAGAGGTGTGGAAACCTTGGACACAAAGCGAAGAGGTGTCTTCTACCATCAACGACTACA
CAGGTTTCAAATTCTTCGTCAGTTCCTGCAGATAACCATTCAGAGGTCCCTGTAGTGGAT
ATTGACATAGTCCTAAACCAAAAGGAAAACACTGGCTCGAAAAATCAGACTCCTATCAAT
GAGATAGAAAGTCATCACCACGCACTTGAAACCATTCTTGAATCGCCACCGACTTCTGTT
CCTGCAGATACTGCTGTAGACCACCATGCTGCTGGCAGCACACTGATAACTCATGAACCT
TCTTCCTCACCCACTCAGCAGGAGAACCTTGCTGTTACACTTAGCCCCATCAACACTTTT
TCCACATTAGTAGATCAACAGTCTACTCCTACTACTACACCTATTATGGAGTTTTCTTCA
TCAAGCATTATCAACAGTGAGGTTCGCCAAACTTCAGTTGTTGATCCCTTAACCGCAACA
TCTAATTTTTGTGATTTTGAGAGTCCTTCTCGATTCACGTTGTTAGGAGATGTGGATGAA
GTTGGGACAGAGCCTTATAGCTCCCTCAGCTTGTCAAGAGGTGGACGGGAGATAAAACTC
CCGACTAAATACCAAGACATGGATTGGAAGGCAGTTCGAGGACGAGGAAAACGTGGTCGT
CGTGGCCGTGGATCCTATCACTAGCTACTGTCTTTCATTCTTTTGTTGGTAACTCTAGTC
TCTTCTTTTGTTGTTTCATAGGAAGAGATTCAACCACTTTCACGCAAACTTTATCCAGCT
ATAAGACATATCGTCTTATCTTGTAATGTTTCGTTTATGTTTAATTTGAAAGCCTTTAGT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 

AF RR3AT57TF U 1
AF RR3AT57JQ C 322
AF RR3AK96JQ C 857
AF RR3AK96TF U 857
BS 1 821 RR3AT57TF
BS 822 857 RR3AT57JQ
BS 858 1141 RR3AK96TF

RD RR3AT57TF 821 0 0
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ATTTTGAAGAATATACCAGACTGTTGCTATTCAAGACTAGGATTAAGTCATATTGCCTCA
GGACTTGGAGAACCTATCCTTACGCGTAAGCCTCGACTTGATCCTACTAGTATGGGCGAA
GCAAAAGTTCTAGTAGAGATGGAGCTGGATAAAGACTTCCCAAAACTTATTGCACTGGAT
GATAAACAAGGTAACATTTTCCTTGTTAATGTGGAATACACTTGGATTCCATCTATGTGT
GAGAGGTGTGGAAACCTTGGACACAAAGCGAAGAGGTGTCTTCTACCATCAACGACTACA
CAGGTTTCAAATTCTTCGTCAGTTCCTGCAGATAACCATTCAGAGGTCCCTGTAGTGGAT
ATTGACATAGTCCTAAACCAAAAGGAAAACACTGGCTCGAAAAATCAGACTCCTATCAAT
GAGATAGAAAGTCATCACCACGCACTTGAAACCATTCTTGAATCGCCACCGACTTCTGTT
CCTGCAGATACTGCTGTAGACCACCATGCTGCTGGCAGCACACTGATAACTCATGAACCT
TCTTCCTCACCCACTCAGCAGGAGAACCTTGCTGTTACACTTAGCCCCATCAACACTTTT
TCCACATTAGTAGATCAACAGTCTACTCCTACTACTACACCTATTATGGAGTTTTCTTCA
TCAAGCATTATCAACAGTGAGGTTCGCCAAACTTCAGTTGTTGATCCCTTAACCGCAACA
TCTAATTTTTGTGATTTTGAGAGTCCTTCTCGATTCACGTT

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR3AT57JQ 820 0 0
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GTTCCTGCAGATAACCATTCAGAGGTCCCTGTAGTGGATATTGACATAGTCCTAAACCAA
AAGGAAAACACTGGCTCGAAAAATCAGACTCCTATCAATGAGATAGAAAGTCATCACCAC
GCACTTGAAACCATTCTTGAATCGCCACCGACTTCTGTTCCTGCAGATACTGCTGTAGAC
CACCATGCTGCTGGCAGCACACTGATAACTCATGAACCTTCTTCCTCACCCACTCAGCAG
GAGAACCTTGCTGTTACACTTAGCCCCATCAACACTTTTTCCACATTAGTAGATCAACAG
TCTACTCCTACTACTACACCTATTATGGAGTTTTCTTCATCAAGCATTATCAACAGTGAG
GTTCGCCAAACTTCAGTTGTTGATCCCTTAACCGCAACATCTAATTTTTGTGATTTTGAG
AGTCCTTCTCGATTCACGTTGTTAGGAGATGTGGATGAAGTTGGGACAGAGCCTTATAGC
TCCCTCAGCTTGTCAAGAGGTGGACGGGAGATAAAACTCCCGACTAAATACCAAGACATG
GATTGGAAGACAGTTCGAGGACGAGGAAAACGTGGTCGTCGTGGCCGTGGATCCTATCAC
TAGCTACTGTCTTTCATTCTTTTGTTGGTAACTCTAGTCTCTTCTTTTGTTGTTTCATAG
GAAGAGATTCAACCACTTTCACGCAAACTTTATCCAGCTATAAGACATATCGTCTTATCT
TGTAATGTTTCGTTTATGTTTAATTTGAAAGCCTTTAGTC

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3AK96JQ 285 0 0
G
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CATGGATTGGAAGGCAGTTCGAGGACGAGGAAAACGTGGTCGTCGTGGCCGTGGATCCTA
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ATAGGAAGAGATTCAACCACTTTCACGCAAACTTTATCCAGCTATAAGACATATCGTCTT
ATCTTGTAATGTTTCGTTTATGTTTAATTTGAAAGCCTTTAGTC

QA 2 285 2 285
DS 

RD RR3AK96TF 285 0 0
G
TAGCTCCCTCAGCTTGTCAAGAGGTGGACGGGAGATAAAACTCCCGACTAAATACCAAGA
CATGGATTGGAAGGCAGTTCGAGGACGAGGAAAACGTGGTCGTCGTGGCCGTGGATCCTA
TCACTAGCTACTGTCTTTCATTCTTTTGTTGGTAACTCTAGTCTCTTCTTTTGTTGTTTC
ATAGGAAGAGATTCAACCACTTTCACGCAAACTTTATCCAGCTATAAGACATATCGTCTT
ATCTTGTAATGTTTCGTTTATGTTTAATTTGAAAGCCTTTAGTC

QA 2 285 2 285
DS 



AS 1 4

CO CL2210Contig1 496 4 3 U
ATCAAAGCTCATTAATCATCCAGAAAAAAAAGAACCTCACTTCTTATAATAAAATCATGT
CGAACTTGCAACAATCTTACAATGCTGGGCAGACCAGGGGCCAAGCTAAAGAGAAGGCCG
AGCAATGGACTGAATCAGCCAAGGAAACTGCACACAACGCTTGCGACAAGACTGCTAACG
CAGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGGCAACAACAAGCCTCTGGTTTCATCC
AACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAGGGTGCGGTTGATGGTGTCAAGAACA
CTCTTGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATCAATACATTTCTCATGTTATATTTTT
CAATTTATTTGGAGCTCTCTCTAAAGTTCGAACAATTCTTGCTTTTCTAATTAATTTTGT
AATAAAATTTTGAATTTTTTTTTCCAAAGATCTTGTAATAAGACATGCATAAGTAATAAA
ATGATGCGAGTTACCC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3BZ26JQ C 1
AF RR3H855JQ C 1
AF RR3H855TF U 1
AF RR3BZ26TF U 1
BS 1 442 RR3H855TF
BS 443 443 RR3BZ26TF
BS 444 496 RR3H855TF

RD RR3BZ26JQ 496 0 0
ATCAAAGCTCATTAATCATCCAGAAAAAAAAGAACCTCACTTCTTATAATAAAATCATGT
CGAACTTGCAACAATCTTACAATGCTGGGCAGACCAGGGGCCAAGCTAAAGAGAAGGCCG
AGCAATGGACTGAATCAGCCAAGGAAACTGCACACAACGCTTGCGACAAGACTGCTAACG
CAGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGGCAACAACAAGCCTCTGGTTTCATCC
AACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAGGGTGCGGTTGATGGTGTCAAGAACA
CTCTTGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATCAATACATTTCTCATGTTATATTTTT
CAATTTATTTGGAGCTCTCTCTAAAGTTCGAACAATTCTTGCTTTTCTAATTAATTTTGT
AATAAAATTTTGAATTTTTTTTTCCAAAGATCTTGTAATAAGACATGCATAAGTAATAAA
ATGGTGCGAGTTACCC

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3H855JQ 496 0 0
ATCAAAGCTCATTAATCATCCAGAAAAAAAAGAACCTCACTTCTTATAATAAAATCATGT
CGAACTTGCAACAATCTTACAATGCTGGGCAGACCAGGGGCCAAGCTAAAGAGAAGGCCG
AGCAATGGACTGAATCAGCCAAGGAAACTGCACACAACGCTTGCGACAAGACTGCTAACG
CAGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGGCAACAACAAGCCTCTGGTTTCATCC
AACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAGGGTGCGGTTGATGGTGTCAAGAACA
CTCTTGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATCAATACATTTTTCATGTTATATTTTT
CAATTTATTTGGAGCTCTCTTTAAAGTTCGAACAATTCTTGCTTTTCTAATTAATTTTGT
AATAAAATTTTGAATTTTTTTT*CCAAAGATCTTGTAATAAGACATGCATAAGTAATAAA
ATGATGCGAGTTACCC

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3H855TF 496 0 0
ATCAAAGCTCATTAATCATCCAGAAAAAAAAGAACCTCACTTCTTATAATAAAATCATGT
CGAACTTGCAACAATCTTACAATGCTGGGCAGACCAGGGGCCAAGCTAAAGAGAAGGCCG
AGCAATGGACTGAATCAGCCAAGGAAACTGCACACAACGCTTGCGACAAGACTGCTAACG
CAGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGGCAACAACAAGCCTCTGGTTTCATCC
AACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAGGGTGCGGTTGATGGTGTCAAGAACA
CTCTTGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATCAATACATTTCTCATGTTATATTTTT
CAATTTATTTGGAGCTCTCTCTAAAGTTCGAACAATTCTTGCTTTTCTAATTAATTTTGT
AATAAAATTTTGAATTTTTTTT*CCAAAGATCTTGTAATAAGACATGCATAAGTAATAAA
ATGATGCGAGTTACCC

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3BZ26TF 496 0 0
ATCAAAGCTCATTAATCATCCAGAAAAAAAAGAACCTCACTTCTTATAATAAAATCATGT
CGAACTTGCAACAATCTTACAATGCTGGGCAGACCAGGGGCCAAGCTAAAGAGAAGGCCG
AGCAATGGACTGAATCAGCCAAGGAAACTGCACACAACGCTTGCGACAAGACTGCTAACG
CAGCTCAGTCCACCAAAGAATCTGCCCAACACGGGCAACAACAAGCCTCTGGTTTCATCC
AACAAACTGGAGAGTCAGTGAAGAATATGGCTCAGGGTGCGGTTGATGGTGTCAAGAACA
CTCTTGGAATGAATGAGAAGAAGAAATGAGAAATCAATACATTTCTCATGTTATATTTTT
CAATTTATTTGGAGCTCTCTCTAAAGTTCGAACAATTCTTGCTTTTCTAATTAATTTTGT
AATAAAATTTTGAATTTTTTTTTCCAAAGATCTTGTAATAAGACATGCATAAGTAATAAA
ATGGTGCGAGTTACCC

QA 1 496 1 496
DS 



AS 2 4

CO CL2211Contig1 767 2 6 U
GGATCGTAAAGCGGCAGCTTAGGGTTATTTGCACCTCTTCACCATGGACAAGGACGCTAG
CGTGAGATCAGGGTTCGAGAGTGAGGCTGCTGGAGAGGAAATTGTCGAGAATAACAGATG
CAAGCCCCATACCGTGATTTCTGTGGAGGGATACGACACTAGTCTGCCTGAGGACGATAT
CAAGAGTGAATTGATTAATCACTTCAAATCATGTGGCGAAGTCTTTAATGTTATTCTTCA
CGAAGACCCAGATAGCCCTAATCTCGACAGACGTGCTTTGGTTATTCTTCTCGGAGAAGG
CGCGGAAGAGAAGGCCTTGCAACTCAATGGAACTGACATTGGTGGATGGAAGGCTCTTGT
TAAAGTTGAACCAGAGGAGGAAGAAGACGAGGAGACACAACGTTATAAATCCTTTCTGAT
TGACGAACTAACGAATGACCGCAGATTTTGGTATGGCGTTACCGTAAGGGGATATAACAC
TTCCCTTCCTGCAGATGAAGTAAAGACTTGTTTGAAACACCACTTCTCTTCTTATGGAGA
TATCACCCATGTTTTTGTCTCTACTCTCGAAAAGATTACTAATATCTATTTTTCACCAAG
AAGAAGAGAAGCTAAGCGCTGGATCTTTCTGGAAGTGAAGTGGGAGATTCAAAATAGATG
TTGAGCGCGTAGCTACAATCTTTACTAACTGTCCCCTCCCTTTCCTCTTCCTCTCCCTCC
GATGAAATTTATTACGCTACTGTATCCCAGCTCATATGATTGAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT67TF U 1
AF RR3EE77TF U 96
BS 1 272 RR3DT67TF
BS 273 273 RR3EE77TF
BS 274 533 RR3DT67TF
BS 534 534 RR3EE77TF
BS 535 643 RR3DT67TF
BS 644 767 RR3EE77TF

RD RR3DT67TF 643 0 0
GGATCGTAAAGCGGCAGCTTAGGGTTATTTGCACCTCTTCACCATGGACAAGGACGCTAG
CGTGAGATCAGGGTTCGAGAGTGAGGCTGCTGGAGAGGAAATTGTCGAGAATAACAGATG
CAAGCCCCATACCGTGATTTCTGTGGAGGGATACGACACTAGTCTGCCTGAGGACGATAT
CAAGAGTGAATTGATTAATCACTTCAAATCATGTGGCGAAGTCTTTAATGTTATTCTTCA
CGAAGACCCAGATAGCCCTAATCTCGACAGACTTGCTTTGGTTATTCTTCTCGGAGAAGG
CGCGGAAGAGAAGGCCTTGCAACTCAATGGAACTGACATTGGTGGATGGAAGGCTCTTGT
TAAAGTTGAACCAGAGGAGGAAGAAGACGAGGAGACACAACGTTATAAATCCTTTCTGAT
TGACGAACTAACGAATGACCGCAGATTTTGGTATGGCGTTACCGTAAGGGGATATAACAC
TTCCCTTCCTGCAGATGAAGTAAAGACTTGTTTGAAACACCACTTCTCTTCTTGTGGAGA
TATCACCCATGTTTTTGTCTCTACTCTCGAAAAGATTACTAATATCTATTTTTCACCAAG
AAGAAGAGAAGCTAAGCGCTGGATCTTTCTGGAAGTGAAGTGG

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3EE77TF 672 0 0
G
GGAAATTGTCGAGAATAACAGATGCAAGCCCCATACTGTGATTTCTGTGGAGGGATACGA
CACTAGTCTGCCTGAGGACGATATCAAGAGTGAATTGATTAATCACTTCAAATCATGTGG
CGAAGTCTTTAATGTTATTCTTCGCGAAGACCCAGATAGCCCTAATCTCGACAGACGTGC
TTTGGTTATTCTTCTCGGAGAAGGCGCGGAAGAGAAGGCCTTGCAACTCAATGGAACTGA
CATTGGTGGATGGAAGGCTCTTGTTAAAGTTGAACCAGGGGAGGAAGAAGACGAGGAGAC
ACAACGTTATAAATCCTTTCTGATTGACGAACTAACGAATGACCGCAGATTTTGGTATGG
CGTTACCTTAAGGGGATATAACACTTCCCTTCCTGCAGATGAAGTAAAGACTTGTTTGAA
ACACCACTTCTCTTCTTATGGAGATATCACCCATGTTTTTGTCTCTACTCTCGAAAAGAT
TACTAATATCTATTTT*CACCAAGAAGAAGAGAAGCTAAGCGCTGGATCTTTCTGGAAGT
GAAGTGGGAGATTCAAAATAGATGTTGAGCGCGTAGCTACAATCTTTACTAACTGTCCCC
TCCCTTTCCTCTTCCTCTCCCTCCGATGAAATTTATTACGCTACTGTATCCCAGCTCATA
TGATTGAGTTT

QA 2 672 2 672
DS 



CO CL2211Contig2 843 2 6 U
AATTCCAACACTGTGAATATTTTAATTGCGAGTCTCAATGCTACTGTCTACCTAATCAAA
TCGAATTCGTAGAGAGTTAATAATAAAAGGAAATTATTAAGAGTACGTTTATCATCCAAA
CACACTAAAACGGCTCATCATACATACATAATGAGCTCTGACATTAAACATAAATAAAAA
AGCCCCAAGGTTGCATTGCATTGTATAATCTGACAAGATTTATTAATTATTAAGCACCAA
AGATTGAGCTTCTTGAGAGAGAGAGAGAGAGATTTCTAGATAGAAATCCTCTGCTTCTTA
AAAGCAGCGACCTTGTCCTCGATCACGCCGGAAAACTCAATCATATGAGCTGGGATACAG
TAGCCGTAATAAATTTCATCGGAGGGAGAGGAAGAGGGAAAGGGAGGGGGACAGTTAGTA
AAGATTGTAGCTACGCGCTCAACATCTATTTTGAATCCTCCCACTTCACTTCCAGAAAGA
TCCAGCGCCTTAGCTTCTCCTTCTTCTTGGTGAAAAATAGATATTAGTAATCTTTTCGAG
AGTAGAGACAAAAACATGGGTGATATCTCCACAAGAAGAGAAGTGGTGTTTCAAACAAGT
CTTTACTTCATCTGCAGGAAGGGAAGTGTTATATCCCCTTACGGTAACGCCATACCAAAA
TCTGCGGTCATTCGTTAGTTCGTCAATCAGAAAGGATTTATAACGTTGTGTCTCCTCGTC
TTCTTCCTCCTCTGGTTCAACTTTAACAAGAGCCTTCCATCCACCAATGTCAGTTCCATT
GAGTTGCAAGGCCTTCTCTTCCGCGCCTTCTCCGAGAAGAATAACCAAAGCAAGTCTGTC
GAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3EE77JQ U 1
AF RR3DT67JQ U 82
BS 1 409 RR3EE77JQ
BS 410 410 RR3DT67JQ
BS 411 516 RR3EE77JQ
BS 517 517 RR3DT67JQ
BS 518 536 RR3EE77JQ
BS 537 843 RR3DT67JQ

RD RR3EE77JQ 536 0 0
AATTCCAACACTGTGAATATTTTAATTGCGAGTCTCAATGCTACTGTCTACCTAATCAAA
TCGAATTCGTAGAGAGTTAATAATAAAAGGAAATTATTAAGAGTACGTTTATCATCCAAA
CACACTAAAACGGCTCATCATACATACATAATGAGCTCTGACATTAAACATAAATAAAAA
AGCCCCAAGGTTGCATTGCATTGTATAATCTGACAAGATTTATTAATTATTAAGCACCAA
AGATTGAGCTTCTTGAGAGAGAGAGAGAGAGATTTCTAGATAGAAATCCTCTGCTTCTTA
AAAGCAGCGACCTTGTCCTCGATCACGCCGGAAAACTCAATCATATGAGCTGGGATACAG
TAGCCGTAATAAATTTCATCGGAGGGAGAGGAAGAGGGAAAGGGAGGGG*ACAGTTAGTA
AAGATTGTAGCTACGCGCTCAACATCTATTTTGAATCCTCCCACTTCACTTCCAGAAAGA
TCCAGCGCCTTAGCTTCTCCTTCTTCTTGGTGAAAA*TAGATATTAGTAATCTTTT

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR3DT67JQ 762 0 0
AATAAAAGGAAATTATTAAGAGTACGTTTATCATCCAGACACACTAAAACGGCTCATCAT
ACATACATAATGAGCTCTGACATTAAACATAAATAAGAAAGCCCCAAGGTTGCATTGCAT
TGTATAATCTGACAAGATTTATTAATTATTAAGCACCGAAGATTGAGCTTCTTGAGAGAG
AGAGAGA****TTTCTAGATAGAAATCCTCTGCTTCTTAAAAGCAGCGACCTTGTCCTCG
ATCACGCCGGAAAACTCAATCATATGAGCTGGGATACAGTAGCCGTAATAAATTTCATCG
GAGGGAGAGGAAGAGGGAAAGGGAGGGGGACAGTTAGTAAAGATTGTAGCTACGCGCTCA
GCATCTATTTT*AATCCTCCCACTTCACTTCCAGAAAGATCCAGCGCCTTAGCTTCTCCT
TCTTCTTGGTGAAAAATAGATATTAGTAATCTTTTCGAGAGTAGAGACAAAAACATGGGT
GATATCTCCACAAGAAGAGAAGTGGTGTTTCAAACAAGTCTTTACTTCATCTGCAGGAAG
GGAAGTGTTATATCCCCTTACGGTAACGCCATACCAAAATCTGCGGTCATTCGTTAGTTC
GTCAATCAGAAAGGATTTATAACGTTGTGTCTCCTCGTCTTCTTCCTCCTCTGGTTCAAC
TTTAACAAGAGCCTTCCATCCACCAATGTCAGTTCCATTGAGTTGCAAGGCCTTCTCTTC
CGCGCCTTCTCCGAGAAGAATAACCAAAGCAAGTCTGTCGAG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 4

CO CL2212Contig1 1251 4 11 U
GGAATCTGAAAAGATATCGCAAAGCGGCAGGCAGCCTAGGGTTTATAACGACATGTTGGA
GGACACGTACGCTAGCAGGGTAACCGCCTGCATGGTACCGTTTGATAGTGAGGCTGCTGC
TAAGCAAAAAGCCATCCTCGAGAAATACACCAATCCCTGGGTTAGGATATCTGTTGAAGG
ATTCAGGTGTTGTAAGTACGTTGAGGATGAAATCAGGATTGAATTGATTAATCTCTTCAA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CA14JQ C 718
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DS 



AS 1 4

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TTTTTTTGCTTTTCATTTTCAATGCCTTATTAAAATACATTGCTTATTTTTCTTCTGTTC
TTTTCTTTTTGTGCCCTCCTTTCTCATTTCGTGCAAAGAGAAATAATAAAACATTAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F633TF U 1
AF RR3AQ69TF U 29
AF RR3AQ69JQ C 194
AF RR3F633JQ C 496
BS 1 604 RR3F633TF
BS 605 605 RR3AQ69TF
BS 606 622 RR3F633TF
BS 623 623 RR3AQ69TF
BS 624 638 RR3F633TF
BS 639 735 RR3AQ69TF
BS 736 736 RR3AQ69JQ
BS 737 783 RR3AQ69TF
BS 784 906 RR3AQ69JQ
BS 907 907 RR3F633JQ
BS 908 943 RR3AQ69JQ
BS 944 1019 RR3F633JQ

RD RR3F633TF 638 0 0
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GCTCAAATGCATCAGCTCATTGTTGGATGAAGAACATCAACGAATTGATGATGGAGCTGC
TGTGTTTGTAAATCTCAAGGAAGGTGGGAAGAGAGTGCCAAAAGGCAACAGTACTTCCTT
GGCTACTCTTTCATTGTTTCCTTCTCAAAATAGTTCATTGTTTCAGATAGCGATGGAACT
CTACAAGGAGCAAAGATTTGAAATGAAGGGTCTTTCAAATGTTGAGACTCACAGGCCTCC
TCAAGCCTCTCCTCCTTCAAGCTTGGCCAAAGTCGATGTGTTGGATTCAGATATGTCCCA
TAGGGAAAATCAGGAAGCATCCTTACCTGTTGATGCGAATCAGGAAGCATCCTTACCTGT
TGATGCGGGATTGGAGACGGGAACACAAGTTGAAAGATCTTCGTCTCCCATCCCAGACAA
GACACCGGAGGCTCTGGCCTCTGATCATATTGAAGGTTGCGAGGAAGATGGAAAGCCAGA
TGATGATGGAGGTGCTGTAGACCAAACAATGGACATGGCTCCTGAACATGATGCAGTTAC
AGAAAGCGATCCTGTTACAGAAAGCGATCCTGATTCCT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3AQ69TF 755 0 0
AGG
ATGTCGGTAGAGCTTGCTGATCCTGAGCTGCTCAAATGCATCAGCTCATTGTTGGATGAA
GAACATCAACGAATTGATGATGGAGCTGCTGTGTTTGTAAATCTCAAGGAAGGTGGGAAG
AGAGTGCCAAAAGGCAACAGTACTTCCTTGGCTACTCTTTCATTGTTTCCTTCTCAAAAT
AGTTCATTGTTTCAGATAGCGATGGAACTCTACAAGGAGCAAAGATTTGAAATGAAGGGT
CTTTCAAATGTTGAGACTCACAGGCCTCCTCAAGCCTCTCCTCCTTCAAGCTTGGCCAAA
GTCGATGTGTTGGATTCAGATATGTCCCATAGGGAAAATCAGGAAGCATCCTTACCTGTT
GATGCGAATCAGGAAGCATCCTTACCTGTTGATGCGGGATTGGAGACGGGAACACAAGTT
GAAAGATCTTCGTCTCCCATCCCAGACAAGACACCGGAGGCTCTGGCCTCTGATCATATT
GAAGGTTGCGAGGAAGATGGAAAGCCAGATGATGATGGAGGTGCTGTAGACCAAACAATG
GACATGGCTCCTGAACATGATGCAGTTACAGAAGGCGATCCTGTTACAGAAGGCGATCCT
GATTCCTTGACCATAGCTTCACCAGAAGCTATCGAGGCCATGGAGGTTGATGAGGGGAAG
GTGTTGGGTGAAGAAGACAAGGAAATGAAAGAAGCAGAAGAGAAAGAAGTTGAAGCTGTT
GAAGCTGTTGATGGTAATGGAGATGTATCTCC

QA 4 755 4 755
DS 

RD RR3AQ69JQ 750 0 0
TTGTTTCCTTCTCAAAATAGTTCATTGTTTCAGATAGCGATGGAACTCTACAAGGAGCAA
AGATTTGAAATGAAGGGTCTTTCAAATGTTGAGACTCACAGGCCTCCTCAAGCCTCTCCT
CCTTCAAGCTTGGCCAAAGTCGATGTGTTGGATTCAGATATGTCCCATAGGGAAAATCAG
GAAGCATCCTTACCTGTTGATGCGAATCAGGAAGCATCCTTACCTGTTGATGCGGGATTG
GAGACGGGAACACAAGTTGAAAGATCTTCGTCTCCCATCCCAGACAAGACACCGGAGGCT
CTGGCCTCTGATCATATTGAAGGTTGCGAGGAAGATGGAAAGCCAGATGATGATGGAGGT
GCTGTAGACCAAACAATGGACATGGCTCCTGAACATGATGCAGTTACAGAAGGCGATCCT
GTTACAGAAGGCGATCCTGATTCCTTGACCATAGCTTCACCAGAAGCTATCGAGGCCATG
GAGGTTGATGAGGGGAAGGTGTTGGGTGAAGAAGACAAGGAAATGAAAGAAGCAGAAGAG
AAGGAAGTTGAAGCTGTTGAAGCTGTTGATGGTAATGGAGATGTATCTCCAAAGGTAAAG
GAATCATTAGTTAATGAAACTGATGAGTCAGTAATAAGTCAGATACATGATGCTACTCAA
AGTACACATTAAGACAATTTCTATTTTGCATCTCGTTTCTGTTTTGTTTTTTT*GCTTTT
CATTTTCAATGCCTTATTAAAATACATTGC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3F633JQ 524 0 0
GGCCTCTGATCATATTGAAGGTTGCGAGGAAGATGGAAAGCCAGATGATGATGGAGGTGC
TGTAGACCAAACAATGGACATGGCTCCTGAACATGATGCAGTTACAGAAGGCGATCCTGT
TACAGAAGGCGATCCTGATTCCTTGACCATAGCTTCACCAGAAGCTATCGAGGCCATGGA
GGTTGATGAGGGGAAGGTGTTGGGTGAAGAAGACAAGGAAATGAAAGAAGCAGAAGAGAA
GGAAGTTGAAGCTGTTGAAGCTGTTGATGGTAATGGAGATGTATCTCCAAAGGTAAAGGA
ATCATTAGTTAATGAAACTGATGAGTCAGTAATAAGTCAGATACATGATGCTACTCAAAG
TACACATTAAGACAATTTTTATTTTGCATCTCGTTTCTGTTTTGTTTTTTTTGCTTTTCA
TTTTCAATGCCTTATTAAAATACATTGCTTATTTTTCTTCTGTTCTTTTCTTTTTGTGCC
CTCCTTTCTCATTTCGTGCAAAGAGAAATAATAAAACATTAGAG

QA 1 524 1 524
DS 



AS 1 3

CO CL2214Contig1 1019 3 4 U
GGATCCACCTTCCCTCCTCTTCAATTCTCTCTCCCATTCTTTAAATCTCTCCCTCTCTCT
CTCTCTGATCATCTCCAAACCCCAGAAACCTCAAATCTGATGGAGATCTGCACATACTTA
AAATCCCAGCCGTCTTGGCTCCTCCTCCTCTTCGCCCTCGGCTCCCTCCAACTCCTCAAA
CTCACCCTCTCCCTCCTCACCTCCCTCTACATCTACTTCCTCCGCCCCGCCAAAAACCTC
CGCCGCCGCTACGACTCCTGGGCCATCATCACCGGCCCCACCGACGGCATCGGCAAAGCC
TTCGCCTTTCAGCTCGCCCGCAAAGGCCTCAACCTCGTCCTCGTCGCCCGCAACCCCGAC
AAGCTCGCCGACGTCTCCGACTCCATCAGATCCAAACACCCCGACGTCCAGATCAAGACC
GTGCTCATGGACTTCTCCGGGGACATCGACGAAGGCGTGAGGCGGATCAAGGAGACGATC
GAAGGGTTGGAGGTTGGGGTTCTGATTAATAACGCGGGCATGTCGTATCCTTACGCGAAG
TACTTTCACGAGGTTGATGAGGAGTTGGTTAAGGGTTTGATTAAGATTAATGTGGAAGGG
ACGACGAAGGTGACGCAGGCTGTGTTGCCTGGGATGTTGGAGAGGAAGAGGGGGGCGATT
GTTAATATAGGGTATGAAGCACGCTGCACGCCTTACTGGCCTCACGCCCTCATGGGTTAT
GTTGTTTCCGCATTGCCCGAGAGCGTTTTTGAATCCTTTAACATTAAGAGGTGCCTCCAG
ATCAGGAAGAAGGGTATGCTTAAAGACTCCAGGAAAAAGGAATGAAACTTTTCCGAGGGT
GCAAGATTTTCTTTTGCCGCTTGCAAGTTTCTGTTTAGACTTTGTAAGACTTGTACGCTT
TAGCTTCCGATATTTCCAAGTTGTTTCCTTCTTTTTTTAAAGTTAAAAACCATAACGTCC
ATTGATCATTCACGTCCTCTCTGTTTTTATTTATTTATTTAAATAAAACTGAGTGTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER81TF U 26
AF RR3AM22TF U 1
AF RR3ER81JQ C 379
BS 1 420 RR3AM22TF
BS 421 421 RR3ER81TF
BS 422 605 RR3AM22TF
BS 606 1019 RR3ER81JQ

RD RR3ER81TF 542 0 0
GG
TCTCTCCCATTCTTTAAATCTCTCCCTCTCTCTCTCT**GATCATCTCCAAACCCCAGAA
ACCTCAAATCTGATGGAGATCTGCACATACTTAAAATCCCAGCCGTCTTGGCTCCTCCTC
CTCTTCGCCCTCGGCTCCCTCCAACTCCTCAAACTCACCCTCTCCCTCCTCACCTCCCTC
TACATCTACTTCCTCCGCCCCGCCAAAAACCTCCGCCGCCGCTACGGCTCCTGGGCCATC
ATCACCGGCCCCACCGACGGCATCGGCAAAGCCTTCGCCTTTCAGCTCTCCCGCAAAGGC
CTCAACCTCGTCCTCGTCGCCCGCAACCCCGACAAGCTCGCCGACGTCTCCGACTCCATC
AGATCCAAACACCCCGACGTCCAGATCAAGACCGTGCTCATGGACTTCTCCGGGGACATC
GACGAAGGCGTGAGGCGGATCAAGGAGACGATCGAAGGGTTGGAGGTTGGGGTTCTGATT
AATAACGCGGGCATGTCGTATCCTTACGCGAAGTACTTTCACGAGGTTGATGAGGAGTTG

QA 3 542 3 542
DS 

RD RR3AM22TF 605 0 0
GGATCCACCTTCCCTCCTCTTCAATTCTCTCTCCCATTCTTTAAATCTCTCCCTCTCTCT
CTCTCTGATCATCTCCAAACCCCAGAAACCTCAAATCTGATGGAGATCTGCACATACTTA
AAATCCCAGCCGTCTTGGCTCCTCCTCCTCTTCGCCCTCGGCTCCCTCCAACTCCTCAAA
CTCACCCTCTCCCTCCTCACCTCCCTCTACATCTACTTCCTCCGCCCCGCCAAAAACCTC
CGCCGCCGCTACGACTCCTGGGCCATCATCACCGGCCCCACCGACGGCATCGGCAAAGCC
TTCGCCTTTCAGCTCGCCCGCAAAGGCCTCAACCTCGTCCTCGTCGCCCGCAACCCCGAC
AAGCTCGCCGACGTCTCCGACTCCATCAGATCCAAACACCCCGACGTCCAGATCAAGACC
TTGCTCATGGACTTCTCCGGGGACATCGACGAAGGCGTGAGGCGGATCAAGGAGACGATC
GAAGGGTTGGAGGTTGGGGTTCTGATTAATAACGCGGGCATGTCGTATCCTTACGCGAAG
TACTTTCACGAGGTTGATGAGGAGTTGGTTAAGGGTTTGATTAAGATTAATGTGGAAGGG
ACGAC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3ER81JQ 641 0 0
GACTCCATCAGATCCAAACACCCCGACGTCCAGATCAAGACCGTGCTCATGGACTTCTCC
GGGGACATCGACGAAGGCGTGAGGCGGATCAAGGAGACGATCGAAGGGTTGGAGGTTGGG
GTTCTGATTAATAACGCGGGCATGTCGTATCCTTACGCGAAGTACTTTCACGAGGTTGAT
GAGGAGTTGGTTAAGGGTTTGATTAAGATTAATGTGGAAGGGGCGACGAAGGTGACGCAG
GCTGTGTTGCCTGGGATGTTGGAGAGGAAGAGGGGGGCGATTGTTAATATAGGGTATGAA
GCACGCTGCACGCCTTACTGGCCTCACGCCCTCATGGGTTATGTTGTTTCCGCATTGCCC
GAGAGCGTTTTTGAATCCTTTAACATTAAGAGGTGCCTCCAGATCAGGAAGAAGGGTATG
CTTAAAGACTCCAGGAAAAAGGAATGAAACTTTTCCGAGGGTGCAAGATTTTCTTTTGCC
GCTTGCAAGTTTCTGTTTAGACTTTGTAAGACTTGTACGCTTTAGCTTCCGATATTTCCA
AGTTGTTTCCTTCTTTTTTTAAAGTTAAAAACCATAACGTCCATTGATCATTCACGTCCT
CTCTGTTTTTATTTATTTATTTAAATAAAACTGAGTGTTCG

QA 1 641 1 641
DS 



AS 2 4

CO CL2215Contig1 751 2 4 U
GGAGAAATCCCAGACAGTAATCCCGAACCAGAACTTGAACTATCAACGGCAACAATCCAA
GATTCAGAATCTGATCATGAAGACTAGTAAAACAACCAAACAAGTGTAGTCATCATAGCT
TTGCAGCTTTTTACAGCCTTATGTTTGAATCACTATTACAATGAAAATGTCAAAACGATT
GTATTTTGGTCACGTAAATCTCAAATAAGTTTTTTTATCCCAACAATACGGTTATAAAGC
GCCATGTTTTTCCCCTAAGTGTTAATGTGTTCTTCATTCAGCATCTTTAGACCCAGCAGC
ATCCTGCTCTAGATTAGCTACGGCCTCTGGCCCATGCACTCTCACCAACTCATCCTGAAT
AGAGTTGTTCTCAGTCTTGAGCTTCTCACATTCTCCGGATAGTCTCTGTAACTCATCTCT
CAGGGTTTGATTCTCACTAGTCAAACTCTCTACTCTCTGTTGAAGCTGCTCGCATTCCGC
CTGCTTGCGCAATCTGGACCGCCTAGCGGATTCACGGTTAGATTGTTTCCTTTTCTGCCT
CTTGAGCTCTCTTTCATCCTTCACAGCTACGCCAGCCTGGGAAGACCATAAGTCCATCCC
CATATTCAGATTAGTCACCGGGGCCACTGGCTTCATGGGCATGGAACCTTGAATCTCACC
GGTAGTATTACTCTGAGAACTTGCATCAGCCAGCATCTGTCCGAAGCTTGGCTTCCTAAC
TGAACCTTGTTCCTGGTGGTTGGCGTTTTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D018JQ U 1
AF RR3H844JQ U 106
BS 1 240 RR3D018JQ
BS 241 241 RR3H844JQ
BS 242 611 RR3D018JQ
BS 612 751 RR3H844JQ

RD RR3D018JQ 611 0 0
GGAGAAATCCCAGACAGTAATCCCGAACCAGAACTTGAACTATCAACGGCAACAATCCAA
GATTCAGAATCTGATCATGAAGACTAGTAAAACAACCAAACAAGTGTAGTCATCATAGCT
TTGCAGCTTTTTACAGCCTTATGTTTGAATCACTATTACAATGAAAATGTCAAAACGATT
GTATTTTGGTCACGTAAATCTCAAATAAGTTTTTTTATCCCAACAATACGGTTATAAAGC
TCCATGTTTTTCCCCTAAGTGTTAATGTGTTCTTCATTCAGCATCTTTAGACCCAGCAGC
ATCCTGCTCTAGATTAGCTACGGCCTCTGGCCCATGCACTCTCACCAACTCATCCTGAAT
AGAGTTGTTCTCAGTCTTGAGCTTCTCACATTCTCCGGATAGTCTCTGTAACTCATCTCT
CAGGGTTTGATTCTCACTAGTCAAACTCTCTACTCTCTGTTGAAGCTGCTCGCATTCCGC
CTGCTTGCGCAATCTGGACCGCCTAGCGGATTCACGGTTAGATTGTTTCCTTTTCTGCCT
CTTGAGCTCTCTTTCATCCTTCACAGCTACGCCAGCCTGGGAAGACCATAAGTCCATCCC
CATATTCAGAT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3H844JQ 646 0 0
GTAGTCATCATAGCTTTGCAGCTTTTTACAGCCTTATGTTTGAATCACTATTACAATGAA
AATGTCAAAACGATTGTATTTTGGTCACGTAAATCTCAAATAAGTTTTTTTATCCCAACA
ATACGGTTATAAAGCGCCATGTTTTTCCCCTAAGTGTTAATGTGTTCTTCATTCAGCATC
TTTAGACCCAGCAGCATCCTGCTCTAGATTAGCTACGGCCTCTGGCCCATGCACTCTCAC
CAACTCATCCTGAATAGAGTTGTTCTCAGTCTTGAGCTTCTCACATTCTCCGGATAGTCT
CTGTAACTCATCTCTCAGGGTTTGATTCTCACTCGTCAAACTCTCTACTCTCTGTTGAAG
CTGCTCGCATTCCGCCTGCTTGCGCAATCTGGACCGCCTAGCGGATTCACGGTTAGATTG
TTTCCTTTTCTGCCTCTTGAGCTCTCTTTCATCCTTCACAGCTACGCCAGCCTGGGAAGA
CCATAAGTCCATCCCCATATTCAGATTAGTCACCGGGGCCACTGGCTTCATGGGCATGGA
ACCTTGAATCTCACCGGTAGTATTACTCTGAGAACTTGCATCAGCCAGCATCTGTCCGAA
GCTTGGCTTCCTAACTGAACCTTGTTCCTGGTGGTTGGCGTTTTCA

QA 1 646 1 646
DS 



CO CL2215Contig2 804 2 6 U
CTCTTTCTTCTTCTCCTATCGGACTTGGACACAGCAGATCGGACAATCTCAAATCTTCTT
TTCCTTCTCTGATCTTTACTTCTCCGACAGATTCAATGAAGCTGTAAGAGAACCCTAGAG
ATTAGAAAAATAATAATTCAAAATTTATCTTAGGAGCTGGAGACCTGAGGTTTGGTGTCT
GTCTGATCTGTCTGAGAGAAAGAAAGGACGTGTCTTTTCATCCTTGTCTCAAATCCTAGC
TGGACTTCCACATCGCTTATTAAAACGATGGGAACGAGCGAAGAAAAGACGCCGTTTAAG
CCTACTTCCAAACCAGCATCTTCGGCACAGGACGTTCCTCCCACACCGTATTCAGACTGG
TCAAACTCGATGCAGGCTTATTATGGCGGAGGAGGTACTCCAAGTCCTTTTTTCCCATCC
CCAGTTGGATCTCCTAGTCCTCACCCGTACATGTGGGGTGCTCAACATATGATACCGCCT
TATGGGACCCCAGTTCCGTATCCAGCAATGTATCCCCCAGGGACAGTCTATGCCCATCCT
ACCATGCCCATACCTCCTGCTTCTGGTCCAACCAACACAGAGACCGTGAAGGATCAAGCC
TCTGGCAAGAAGTCAAAGGGGAACTTGAAAAGAAAGGGCGAGAAGGCGCCTTCTGGTTCA
GGGAACGATGCTGTATCTCAAAGTGACGAAAGTGTCACAGCTGGTTCATCTGATGAAACG
CCAACACCAGGAACAAGTTCAGTTAGAAGCCAAGCTTCGGACAGATGCTGGCTGATGCAA
GTTCTCAGAGTATACTACCGGTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H844TF U 1
AF RR3D018TF U 43
BS 1 486 RR3H844TF
BS 487 487 RR3D018TF
BS 488 643 RR3H844TF
BS 644 644 RR3D018TF
BS 645 657 RR3H844TF
BS 658 804 RR3D018TF

RD RR3H844TF 657 0 0
CTCTTTCTTCTTCTCCTATCGGACTTGGACACAGCAGATCGGACAATCTCAAATCTTCTT
TTCCTTCTCTGATCTTTACTTCTCCGACAGATTCAATGAAGCTGTAAGAGAACCCTAGAG
ATTAGAAAAATAATAATTCAAAATTTATCTTAGGAGCTGGAGACCTGAGGTTTGGTGTCT
GTCTGATCTGTCTGAGAGAAAGAAAGGACGTGTCTTTTCATCCTTGTCTCAAATCCTAGC
TGGACTTCCACATCGCTTATTAAAACGATGGGAACGAGCGAAGAAAAGACGCCGTTTAAG
CCTACTTCCAAACCAGCATCTTCGGCACAGGACGTTCCTCCCACACCGTATTCAGACTGG
TCAAACTCGATGCAGGCTTATTATGGCGGAGGAGGTACTCCAAGTCCTTTTTTCCCATCC
CCAGTTGGATCTCCTAGTCCTCACCCGTACATGTGGGGTGCTCAACATATGATACCGCCT
TATGGGGCCCCAGTTCCGTATCCAGCAATGTATCCCCCAGGGACAGTCTATGCCCATCCT
ACCATGCCCATACCTCCTGCTTCTGGTCCAACCAACACAGAGACCGTGAAGGATCAAGCC
TCTGGCAAGAAGTCAAAGGGGAACTTGAAAAGAAAGGGCGAGA*GGCGCCTTCTGGT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3D018TF 762 0 0
GG
AATCTCAAATCTTCTTTTCCTTCTCTGATCTTTACTTCTCCGACAGATTCAATGAAGCTG
TAAGAGAACCCTAGAGATTAGAAAAATAATAATTCAAAATTTATCTTAGGAGCTGGAGAC
CTGAGGTTTGGTGTCTGTCTGATCTGTCTGAGAGAAAGAAAGGACGTGTCTTTTCATCCT
TGTCTCAAATCCTAGCTGGACTTCCACATCGCTTATTAAAACGATGGGAACGAGCGAAGA
AAAGACGCCGTTTAAGCCTACTTCCAAACCAGCATCTTCGGTACAGGATGTTCCTCCCAC
ACCGTATTCAGACTGGTCAAACTCGATGCAGGCTTATTATGGCGGAGGAGGTACTCCAAG
TCCTTTTTTCCCATCCCCAGTTGGATCTCCTAGTCCTCACCCGTACATGTGGGGTGCTCA
ACATATGATACCGCCTTATGGGACCCCAGTTCCGTATCCAGCAATGTATCCCCCAGGGAC
AGTCTATGCCCGTCCTACCATGCCCATGCCTCCTGCTTCTGGTCCAACCAACACAGAGAC
CGTGAAGGATCAAGCCTCTGGCAAGAAGTCAAAGGGGAACTTGAAAAGAAAGGGCGAGAA
GGCGCCTTCTGGTTCAGGGAACGATGCTGTATCTCAAAGTGACGAAAGTGTCACAGCTGG
TTCATCTGATGAAACGCCAACACCAGGAACAAGTTCAGTTAGAAGCCAAGCTTCGGACAG
ATGCTGGCTGATGCAAGTTCTCAGAGTATACTACCGGTGA

QA 3 762 3 762
DS 



AS 1 3

CO CL2216Contig1 1240 3 5 U
GGTGTGGCTGTTCTCTGCAGTTGTCTGATATTAATGTGGCGAGTGAGGAACACATTGATA
GTTTAGACGGAAAGAAATGCTATGTTACGTGGTTCCCAGAAGAAAGTGACAGTTCATAAA
ACAAAAAAAAAAACAACAAATGAAAAATAGAAACCGAAACCAAACCAACCTGACCGAAAT
AATTACTTTTTAACGATTGTCAGCACGTCGGTATAGATCATAAAACCAAGAGTTTTATGA
ACCACAGCTTCTTCATTTCAAGGTACGATGGTAAACAGAGGCGTGTCAACGCTGACCGGT
TTTCCATCTTCAGCCAGTAATTCAGTGATGGTTCCGGACTTCTCAGCCTCAATCTCATTC
ATCAGTTTCATAGCTTCAATAATGCAAACAACTTGACCCTTCTGCACCTTATCTCCAACC
TTGACAAAAGGGGGTTCACCGGGTCCAGGAAACCTGTAAAAAGTACCAGCCATAGGACTC
TTCAGTGGAGGATGAAAAAATGATGGGGCAGTTGCTGTTGCAGGGGGTGAGGAGGGAGTA
GGAGGAGACACTGATGGAGATGAAGGCACTGGAAGGCCAGCCATTGGAGGAGGAGGAGAA
GGAGGAATCATGGAGTGATAAACTGGAGCTGGTTGCTGCTGTAAAGCTTCCTTCTTTCGA
ATAACAATCTCGCAGTCGAGCTGCTTCAGCTCAAGTTCCACTATATCTCTTGAATCCACA
AGCTTAAGAAGACCAGAGACTTTAGAGATAAAGTCAGAGAGACCGGTGGCGGGTTCAGGA
GGAACATTGGTCTTGACGTTTCCGTTCAAACACCCACCGTTAGTCACTGGTGTAGTAGAG
TTAGAGACAACCTTCGAGTTTGTCAAAAAAAAAGTAGAAAACGAGTGAGTAACAAGGTTA
CATGGTTCTTCTAACTGTATGAAACCTTGTTGGTTAATTAAAAAAGAAAGATGTGCCTCA
TTGGTTGTCGCACGCAACCTCCATGTTGTAGATTGATTGTGGGAGACGTGAAAAGAGATC
CCATTTGTCTGAGGCTGCCATCGGATTCCAGGAATAGATCCGACCCGCTGGTTTGGAGCA
GAGATCTTAGCGTAAGGTAATACCGACAATGACGCCATTGTACTTTGAGAGAGACGAAAA
AAATGCAGTAATGTCGATGAAACCGAGGAAAGCACGAAGAAGATGTATGAGAAAGAGAGA
GAGAGATGTTTTACAACAACTATAGATTTCTCCTTTTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3G147JQ U 1
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AF RR3G147TF C 546
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QA 1 576 1 576
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QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 4

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BQ
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AF RR3EG76JQ C 115
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TCATTTGTGGATGTA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3EG76TF 680 0 0
AGGGG
ACTTCGTCGTCGGCTCTGCCAAAAAAAAAAAAAACACTCTCTTATTCGCCGGAGATATTG
GAGAAGGGAAAGGCTCTACTCTAGTTTTCGTCCTCGTAATCGCCCTCTGCTTAGTCGCCT
TCGGCTTCTCCATCGCCGCCGAACGCCGCCGGAGCATTGGAAAAAGTATACAAGATCCAA
TAACAAATGCAACGTACTGCGTTTACAGCTCTGATGTAGCCACTGGTTATGGAGTTGGAG
CATTCCTTTTCCTCCTCTCTAGTGAATCATTGCTTATGGGTGTCACCAAATGTATGTGCT
TTGGTAGACCTTTGTCCCCAGGAAGTGACCGCGCTTGGTCTATTATCTATTTCATCTCTT
CTTGGATCACATTTCTGGTAGCTGAAGCTTGTTTAATTGCTGGAGCGACGAAGAACGCAT
ACCACACAAAGTACTTGAGCGCACAAGCCTTCTCGTGTGAGTCACTGCGCAAAGGAATTT
TCATTGCAGGAGCAGTGTTTACGGTTGCAACTATGATCCTTAACGTCTACTACTACTTCC
ACTTTACCAAATCTGTATCTTCTCCGCCTACTCACAAAGCAAACCGTTCTGGTTCAAATA
TCGGTATGGCTGGCTATGCATAAACGTCCCGGATGAAAAATAGAAATTGGTTAGTCATTT
GTGGATGTA
AGAAAA

QA 6 674 6 674
DS 

RD RR3EG76JQ 652 0 0
GCT
TAGTCGCCTTCGGCTTCTCCATCGCCGCCGAACGCCGCCGGAGCATTGGAAAAAGTATAC
AAGATCCAATAACAAATGCAACGTACTGCGTTTACAGCTCTGATGTAGCCACTGGTTATG
GAGTTGGAGCATTCCTTTTCCTCCTCTCTAGTGAATCATTGCTTATGGGTGTCACCAAAT
GTATGTGCTTTGGTAGACCTTTGTCCCCAGGAAGTGACCGCGCTTGGTCTATTATCTATT
TCATCTCTTCTTGGATCACATTTCTGGTAGCTGAAGCTTGTTTAATTGCTGGAGCGACGA
AGAACGCATACCACACAAAGTACTTGAGCGCACAAGCCTTCTCGTGTGAGTCACTGCGCA
AAGGAATTTTCATTGCAGGAGCAGTGTTTACGGTTGCAACTATGATCCTTAACGTCTACT
ACTACTTCCACTTTACCAAATCTGTATCTTCTCCGCCTACTCACAAAGCAAACCGTTCTG
GTTCAAATATCGGTATGGCTGGCTATGCATAAACGTCCCGGATGAAAAATAGAAATTGGT
TAGTCATTTGTGGATGTAAGAAAAGAGGTTGTTGCATTGTTACTATTGGTTACTCTTATA
TGTTTTGTTTTGTTATATATAATCTATATATATAAAAGAGAGTTGAA
CC

QA 4 650 4 650
DS 

RD RR3F804JQ 659 0 0
TAGTCGCCTTCGGCTTCTCCATCGCCGCCGAACGCCGCCGGAGCATTGGAAAAAGTATAC
AAGATCCAATAACAAATGCAACGTACTGCGTTTATAGCTCTGATGTAGCCACTGGTTATG
GAGTTGGAGCATTCCTTTTCCTCCTCTCTAGTGAATCATTGCTTATGGGTGTCACCAAAT
GTATGTGCTTTGGTAGACCTTTGTCCCCAGGAAGTGACCGCGCTTGGTCTATTATCTATT
TCATCTCTTCTTGGATCACATTTCTGGTAGCTGAAGCTTGTTTAATTGCTGGAGCGACGA
AGAACGCATACCACACAAAGTACTTGAGCGCACAAGCCTTTTCGTGTGAGTCACTGCGCA
AAGGAATTTTCATTGCAGGAGCAGTGTTTACGGTTGCAACTATGATCCTTAACGTCTACT
ACTACTTCCACTTTACCAAATCTGTATCTTCTCCGCCTACTCACAAAGCAAACCGCTTTG
GTTCAAATATCGGTATGGCTGGCTATGCATAAACGTCCCGGATGAAAAATAGAAATTGGT
TAGTCATTTGTGGATGTAAGAAAAGAGGTTGTTGCATTGTTACTATTGGTTACTCTTATA
TGTTTTGTTTTGTTATATATAATCTATATATATAAAAGAGAGTTGAATCTCTCCTGCCG

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 4

CO CL2218Contig1 1079 4 6 U
GGGAGAATCTTCAAGCGCTGTTTCGAATTATTCCCAACTGAAGCGACGGGCGTTCCCATT
AGGGTTTCTCGAGAGTGAGAGAATCTAAAAAATCATGTACGGAGGCGAGTTTGACGGTAA
CGCCGCTTTCGCCGGCGGCGGTTTCATGCCTTCTCAGTCAACCACGCAAGCGCCTGAGTC
CTCATCTGCTTTCAGAAATCGGGATGCGCGTACGTTGCTTCCCCTGACGTTGAAGCAATT
GAATAGTGTTTCAACCAGTGGTGAATCGAATTTCTCCATAGACGGCGTTGACATCAACAC
TGTTGCCATTGTTGGACGAGTTTCTAGGATTGAGAACCGAATCACACAGGTTGATTTTGT
TGTAGATGATGGTACTGGCTGCGTTGAATGCATCAGATGGTGTCATGAACGTCAAGAAAC
TGAAGAAATGGAAGCAGTCAGGCTGGGAATGTATGTTCGCCTACATGGACACCTGAAAAG
CTTTCAGGGGAAGCGATCTATGAATGTTTTCTCAGTCAGGCCTGTCACTGACTTCAATGA
GATTGTACACCACTTTACCGAGTGTATCTATGTCCACATGTACAACACTAAGCCACGGGG
TGGTTCTGTTACTCAGGCTACGGAAACTCCTAGGCCTCAGATGCCATACTCAACAACGCC
AACGCCTGCAAGGCCATTCCAAACCGGTCCCTCGAACCAGTTCAATGATCCAATGCATGG
TGTAAGGCAGACAGTCTTAAATTACCTGAATCGACTTATGCACCTGACATCTGAAGCTGG
AGTTCACTGCGATGTGATTGCACGCGACCTCGGGATTCCGCTGCCTCAAGTCAAGGACGC
GTTGGAACAGCTCTCGAACGATGGCTGCGTTTACTCTACTAGCGATGAGACTTGCTTCAA
ATCAACCGCAAACGCATGATCAAAATTGGATTTATCTACAGACCAATCTTTTTAAGTACG
GAAAAAGCCTTTGTATAGGCCCTATGGTACGACAACTTATGGCTTTAAGACTACATCTAT
CTAATAGCTTTTGGATTCGTTAAAATCAACTCAAAGGTTCAATCAAATCTTTCCGTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL37TF U 1
AF RR3A891TF U 11
AF RR3A891JQ C 228
AF RR3DL37JQ C 228
BS 1 633 RR3DL37TF
BS 634 634 RR3A891TF
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BS 812 1047 RR3A891JQ
BS 1048 1079 RR3DL37JQ

RD RR3DL37TF 668 0 0
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AGGGTTTCTCGAGAGTGAGAGAATCTAAAAAATCATGTACGGAGGCGAGTTTGACGGTAA
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CTCATCTGCTTTCAGAAATCGGGATGCGCGTACGTTGCTTCCCCTGACGTTGAAGCAATT
GAATAGTGTTTCAACCAGTGGTGAATCGAATTTCTCCATAGACGGCGTTGACATCAACAC
TGTTGCCATTGTTGGACGAGTTTCTAGGATTGAGAACCGAATCACACAGGTTGATTTTGT
TGTAGATGATGGTACTGGCTGCGTTGAATGCATCAGATGGTGTCATGAACGTCAAGAAAC
TGAAGAAATGGAAGCAGTCAGGCTGGGAATGTATGTTCGCCTACATGGACACCTGAAAAG
CTTTCAGGGGAAGCGATCTATGAATGTTTTCTCAGTCAGGCCTGTCACTGACTTCAATGA
GATTGTACACCACTTTACCGAGTGTATCTATGTCCACATGTACAACACTAAGCCACGGGG
TGGTTCTGTTACTCAGGCTACGGAAACTCCTAG*CCTCAGATGCCATACTCAACAACGCC
AACGCCTG

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3A891TF 801 0 0
GG
AAGCGCTGTTTCGAATTATTCCCAACTGAAGCGACGGGCGTTCCCATTAGGGTTTCTCGA
GAGTGAGAGAATCTAAAAAATCATGTACGGAGGCGAGTTTGACGGTAACGCCGCTTTCGC
CGGCGGCGGTTTCATGCCTTCTCAGTCAACCACGCAAGCGCCTGAGTCCTCATCTGCTTT
CAGAAATCGGGATGCGCGTACGTTGCTTCCCCTGACGTTGAAGCAATTGAATAGTGTTTC
AACCAGTGGTGAATCGAATTTCTCCATAGACGGCGTTGACATCAACACTGTTGCCATTGT
TGGACGAGTTTCTAGGATTGAGAACCGAATCACACAGGTTGATTTTGTTGTAGATGATGG
TACTGGCTGCGTTGAATGCATCAGATGGTGTCATGAACGTCAAGAAACTGAAGAAATGGA
AGCAGTCAGGCTGGGAATGTATGTTCGCCTACATGTACACCTGAAAAGCTTTCAGGGGAA
GCGATCTATGAATGTTTTCTCAGTCAGGCCTGTCACTGACTTCAATGAGATTGTACACCA
CTTTACCGAGTGTATCTATGTCCACATGTACAACACTAAGCCACGGGGTGGTTCTGTTAC
TCAGGCTACGGAAACTCCTAGGCCTCAGATGCCATACTCAACAACGCCAACGCCTGCAAG
GCCATTCCAAACCGGTCCCTCGAACCAGTTCAATGATCCAATGCATGGTGTAAGGCAGAC
AGTCTTAAATTACCTGAATCGACTTATGCACCTGACATCTGAAGCTGGAGTTCACTGCGA
TGTGATTGCACGCGACCTC

QA 3 801 3 801
DS 

RD RR3A891JQ 820 0 0
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CTGACTTCAATGAGATTGTACACCACTTTACCGAGTGTATCTATGTCCACATGTACAACA
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ATCCAATGCATGGTGTAAGGCAGACAGTCTTAAATTACCTGAATCGACTTATGCACCTGA
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AGACTTGCTTCAAATCAACCGCAAACGCATGATCAAAATTGGATTTATCTACAGACCAAT
CTTTTTAAGTACGGAAAAAGCCTTTGTATAGGCCCTATGGTACGACAACTTATGGCTTTA
AGACTACATCTATCTAATAGCTTTTGGATTCGTTAAAATC

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3DL37JQ 852 0 0
CGTTGAAGCAATTGAATAGTGTTTCAACCAGTGGTGAATCGAATTTCTCCATAGACGGCG
TTGACATCAACACTGTTGCCATTGTTGGACGAGTTTCTAGGATTGAGAACCGAATCACAC
AGGTTGATTTTGTTGTAGATGATGGTACTGGCTGCGTTGAATGCATCAGATGGTGTCATG
AACGTCAAGAAACTGAAGAAATGGAAGCAGTCAGGCTGGGAATGTATGTTCGCCTACATG
GACACCTGAAAAGCTTTCAGGGGAAGCGATCTATGAATGTTTTCTCAGTCAGGCCTGTCA
CTGACTTCAATGAGATTGTACACCACTTTACCGAGTGTATCTATGTCCACATGTACAACA
CTAAGCCACGGGGTGGTTCTGTTACTCAGGCTACGGAAACTCCTAGGCCTCAGATGCCAT
ACTCAACAACGCCAACGCCTGCAAGGCCATTCCAAACCGGTCCCTCGAACCAGTTCAATG
ATCCAATGCATGGTGTAAGGCAGACGGTCTTAAATTACCTGAATCGACCTATGCACCTGA
CATCTGAAGCTGGAGTTCACTGCGATGTGATTGCACGCGACCTCGGGATTCCGCTGCCTC
AAGTCAAGGACGCGTTGGAACAGCTCTCGAACGATGGCTGCGTTTACTCTACTAGCGATG
AGACTTGCTTCAAATCAACCGCAAACGCATGATCAAAATTGGATTTATCTACAGACCAAT
CTTTTTAAGTACGGAAAAAGCCTTTGTATAGGCCCTATGGTACGACAACTTATGGCTTTA
AGACTACATCTATCTAATAGCTTTTGGATTCGTTAAAATCAACTCAAAGGTTCAATCAAA
TCTTTCCGTCAT

QA 1 852 1 852
DS 



AS 1 4

CO CL2219Contig1 542 4 5 U
GGGCCTAAAGTAAAAAAATCACAAATTCAACAAATTTCAGAAGATCGAAAAAAGAAGAAG
AAAGGACGCCTCTGAGTGCGACGATGGTGGGAGCTTTGCTGGGTCTCGGTACCCAGATGT
ACTCCAACGCTCTCCGCAAGCTCCCTTACATGCGCCATCCGTGGGAGCATGTGGTGGGTA
TGGGGCTTGGTGCCGTGTTCGCGAACCAGCTCGTGAAATGGGATGTTAAGCTTAAGGAAG
ATCTCGAGGTCATGCTCGATAAGGCCAGAGCTGCCAATGAGCGCCGTTACTTTGATGAAG
ATCGAGATTAGTTAATGAGTGATCTTTGAAGTCTTCAGAAAAGAAGCATCTTCCGCCGGA
GTCATCTCAAGTGCTTGTTCTTCCCTGTAAAAGCTTTGCATCTCTTTTTTTTTTTTGCTT
AGAGCTTGTTCTCTTTTGCTTTGGCACTGGAGTTCTTTTGACTCAGTTGTGGTTTTCACA
ATCCAAATCACATGAATCTATGTGTACCTGGCTAATAATTTTGAGTGAGAAACCTTTCAA
TG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 
10 10 

AF RR3AH92JQ C 44
AF RR3AH92TF U 44
AF RR3BB62TF U 1
AF RR3BB62JQ C 1
BS 1 45 RR3BB62TF
BS 46 356 RR3AH92TF
BS 357 357 RR3BB62TF
BS 358 538 RR3AH92TF
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GG
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TGAGAAACCTTTC

QA 3 495 3 495
DS 

RD RR3AH92TF 495 0 0
GG
CGAAAAAAGAAGAAGAAAGGACGCCTCTGAGTGCGACGATGGTGGGAGCTTTGCTGGGTC
TCGGTACCCAGATGTACTCCAACGCTCTCCGCAAGCTCCCTTACATGCGCCATCCGTGGG
AGCATGTGGTGGGTATGGGGCTTGGTGCCGTGTTCGCGAACCAGCTCGTGAAATGGGATG
TTAAGCTTAAGGAAGATCTCGAGGTCATGCTCGATAAGGCCAGAGCTGCCAATGAGCGCC
GTTACTTTGATGAAGATCGAGATTAGTTAATGAGTGATCTTTGAAGTCTTCAGAAAAGAA
GCATCTTCCGCTGGAGTCATCTCAAGTGCTTGTTCTTCCCTGTAAAAGCTTTGCATCTCT
TTTTTTTTTTTGCTTAGAGCTTGTTCTCTTTTGCTTTGGCACTGGAGTTCTTTTGACTCA
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TGAGAAACCTTTC

QA 3 495 3 495
DS 

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TGGGGCTTGGTGCCGTGTTCGCGAACCAGCTCGTGAAATGGGATGTTAAGCTTAAGGAAG
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AGAGCTTGTTCTCTTTTGCTTTGGCACTGGAGTTCTTTTGACTCAGTTGTGGTTTTCACA
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AATG

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DS 

RD RR3BB62JQ 542 0 0
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TGGGGCTTGGTGCCGTGTTCGCGAACCAGCTCGTGAAATGGGATGTTAAGCTTAAGGAAG
ATCTCGAGGTCATGCTCGATAAGGCCAGAGCTGCCAATGAGCGCCGTTACTTTGATGAAG
ATCGAGATTAGTTAATGAGTGATCTTTGAAGTTTTCAGAAAAGAAGTATTTTCCGCCGGA
GTCATTTCAAGTGCTTGTTTTTCCCTGTAAAAGCTTTGCATTTCTTTTTTTTTTTTGCTT
AGAGCTTGTTTTTTTTTGCTTTGGCACTGGAGTTTTTTTGACTCAGTTGTGGTTTTCACA
ATCCAAATCACATGAATCTATGTGTACCTGGCTAATAATTTTGAGTGAGAAACCTTTCAA
TG

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 4

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TGGCATCGTTTGCAACCATGGCCGCGGTTCAACCATCCTCCGCTGTGAAAGGACTCGGAG
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GCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAATTTGCATTTCAAGTCTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ27JQ C 1
AF RR3BR12JQ C 8
AF RR3BR12TF U 8
AF RR3FZ27TF U 1
BS 1 13 RR3FZ27JQ
BS 14 325 RR3BR12TF
BS 326 326 RR3FZ27TF
BS 327 391 RR3BR12TF
BS 392 392 RR3FZ27TF
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BS 476 476 RR3FZ27TF
BS 477 643 RR3BR12TF
BS 644 649 RR3FZ27JQ

RD RR3FZ27JQ 649 0 0
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TGGCATCGTTTGCAACCATGGCCGCGGTTCAACCATCCTCCGCTGTGAAAGGACTCGGAG
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AATCCACAAGAGCTGGTGCCGTGGTGGCCAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATT
TAGAAGATTTGGGTAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTCTC
CTTACAACCCACTTCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGGG
GTTTGCTTCTCAAGTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTT
CCTCAACTGGCGATGTTCTTCCTATCAAGCGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTCGGTC
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CAAGTCTCTGAACTCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAA
GCTGCTGAATTGTAATGAATCAATGAAAAATTTGCATTTCAAGTCTGCT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3BR12JQ 638 0 0
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TCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAAGCTGCTGAATTGT
AATGAATCAATGAAAAATTTGCATTTCAAG
CC

QA 7 636 7 636
DS 

RD RR3BR12TF 638 0 0
GAGCAA
CAACAACAAGGAGAGAAGTCTTTATTGTGTGTTTGATCTGAGAAACATGGCATCGTTTGC
AACCATGGCCGCGGTTCAACCATCCTCCGCTGTGAAAGGACTCGGAGGAAGCTCTCTCAC
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TGGTGCCGTGGTGGCCAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTTAGAAGATTTGGG
TAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTCTCCCTACAACCCACT
TCAGAGCAAGTTTTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGGGGTTTGCTTCTCAA
GTTTTTGATTCTTGGAGGGGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTTCCTCAACTGGCGA
TGTTCTTCCTATCAAGCGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTTGGTCCACGTGGCAAGCT
TTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCCCAAGTCTCTGAAC
TCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAAGCTGCTGAATTGT
AATGAATCAATGAAAAATTTGCATTTCAAG
CC

QA 7 636 7 636
DS 

RD RR3FZ27TF 649 0 0
GGACTTACTTTGG
CAACAACAAGGAGAGAAGTCTTTATTGTGTGTTTGATCTGAGAAACATGGCATCGTTTGC
AACCATGGCCGCGGTTCAACCATCCTCCGCTGTGAAAGGACTCGGAGGAAGCTCTCTCAC
CGGAGCTAAGCTCTTCATCAAGCCTTCTCGCCAAAGCTTCAAACCCAAATCCACAAGAGC
TGGTGCCGTGGTGGCCAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTTAGAAGATTTGGG
TAACACAACAGGACAATGGGATTTGTATGGATCTGATGCTCCTTCTCCTTACAACCCACT
TCAGAGCAAGTTCTTTGAGACATTTGCTGCTCCTTTCACAAAGAGGGGTTTGCTTCTCAA
GTTTTTGATTCTTGGAGGAGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTTCCTCAACTGGCGA
TGTTCTTCCTATCAAGCGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTCGGTCCACGTGGCAAGCT
TTAAATTAGCTTTCTAAATCCCTTGAAAACATCAGAAACTTTCTTCCCAAGTCTCTGAAC
TCCTGTTACTGATCTATGTATATTGTGTTGTGTTAATTGCTTTGCAAGCTGCTGAATTGT
AATGAATCAATGAAAAATTTGCATTTCAAG
TCTGCT

QA 14 643 14 643
DS 



AS 2 4

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TTTTATCTACAAGAACCGTATTCTATACATTAATGAAAACAATAAAGTACTGTTTTCGCT
TTTTTCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DO75JQ C 1
AF RR3DO75TF U 1
BS 1 2 RR3DO75JQ
BS 3 547 RR3DO75TF

RD RR3DO75JQ 547 0 0
GGAGAGTTGAGAAAGTGAAGATTAAAATACCAGTGATGGGTAAGAAAAGCACAAAATGCC
TCATCACAGTTCTTGCGATGGTTTTAACGGCAACGATGATGATCCAAGAAGCTAAGAGCA
TTCCCCTATGTAAGGTCAACACAAATGACTTGCAGAAATGTCGTCCAGCTGTCACTGGAA
ACTACCCGCCACCACCGACTCCCGCCTGCTGCACAGTGGCCAAAACAGCGAATCTTGAAT
GTCTCTGCCCGTACCTCTCCAGGTCCGGGCTTGACCAATCAAAATTCAAAGCTCTGTTGC
CAAGTGTGGCGTTAACAATCCCTCCTGTTTACCATGATTGAAGAACTGAGGTGGACTGGG
CTTAAGCTTGCCTGCGGCATACTTTGCCACCACCTGAAAATTAAGTCCCTAAGTTATAAA
TTTTATGGTGTTTCTATTCAAATAAATCAACAAATTCTGCAGTTATTTTTCAGTCACCTT
TTTTATCTACAAGAACCGTATTCTATACATTAATGAAAACAATAAAGTACTGTTTTCGCT
TTTTTCC

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR3DO75TF 547 0 0
GG
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ATCACAGTTCTTGCGATGGTTTTAACGGCAACGATGATGATCCAAGAAGCTAAGAGCATT
CCCCTATGTAAGGTCAACACAAATGACTTGCAGAAATGTCGTCCAGCTGTCACTGGAAAC
TACCCGCCACCACCGACTCCCGCCTGCTGCACAGTGGCCAAAACAGCGAATCTTGAATGT
CTCTGCCCGTACCTCTCCAGGTCCGGGCTTGACCAATCAAAATTCAAAGCTCTGTTGCCA
AGTGTGGCGTTAACAATCCCTCCTGTTTACCATGATTGAAGAACTGAGGTGGACTGGGCT
TAAGCTTGCCTGCGGCATACTTTGCCACCACCTGAAAATTAAGTCCCTAAGTTATAAATT
TTATGGTGTTTCTATTCAAATAAATCAACAAATTCTGCAGTTATTTTTCAGTCACCTTTT
TTATCTACAAGAACCGTATTCTATACATTAATGAAAACAATAAAGTACTGTTTTCGCTTT
TTTCC

QA 3 547 3 547
DS 



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AAGGTGACTGAAAAACTGCAAAGTTTGTTGATTTTTTTAAATAGAAACACCATAAAAATT
TATAACTTAGGGACTTAATTTTCAGGTGGTGGCAAAGTATGCCGCAGGCAAGCTTAAGTC
CAGTCCACCTCAGTTCTTCAATCATGGCAAACATGAGGGATTGTTTACGCCACACTTGGC
AAACAGAGCTTTGAGTTTTGATGGGTCAATCCCGGACCTGGAGAGGAACGGACAGAGACA
TTCAAGATTCGCTGTTTTGGCCACTGTGCAGCAGGCGGGAGTCGGTGGTGGCGGGTAGTT
TCCAGTGACAGCTGGACGACATTTCTGCAAGTCATTTGTGTTGACCTTACATAGGGGAAT
GCTCTTAGCTTCTTGGATCATCATCGTTGCGGTTAAGACCATCGCAAGAACTGTGATGAG
GCATCTTGTGCTTTTCTTACCCATCACTGTATTTTAATCTTTACTTTCTCAACTCTATCC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 

AF RR3DT78TF C 1
AF RR3DT78JQ U 36
BS 1 41 RR3DT78TF
BS 42 541 RR3DT78JQ

RD RR3DT78TF 541 0 0
GCCAAAACAGTACTTTATTGTTATTAATTAATGTATAGCAGACGGTTCTTGTAGATAGAA
AAGGTGACTGAAAAACTGCAAAGTTTGTTGATTTTTTTAAATAGAAACACCATAGAAATT
TATAACTTAGGGACTTAATTTTCAGGTGGTGGCAAAGTATGCCGCAGGCAAGCTTAAGTC
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TTCAAGATTCGCTGTTTTGGCCACTGTGCAGCAGGCGGGAGTCGGTGGTGGCGGGTAGTT
TCCAGTGACAGCTGGACGACATTTCTGCAAGTCATTTGTGTTGACCTTACATAGGGGAAT
GCTCTTAGCTTCTTGGATCATCATCGTTGCGGTTAAGACCATCGCAAGAACTGTGATGAG
GCATCTTGTGCTTTTCTTACCCATCACTGTATTTTAATCTTTACTTTCTCAACTCT
ATCCC

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR3DT78JQ 506 0 0
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TAGAAACACCATAAAAATTTATAACTTAGGGACTTAATTTTCAGGTGGTGGCAAAGTATG
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TGTTTACGCCACACTTGGCAAACAGAGCTTTGAGTTTTGATGGGTCAATCCCGGACCTGG
AGAGGAACGGACAGAGACATTCAAGATTCGCTGTTTTGGCCACTGTGCAGCAGGCGGGAG
TCGGTGGTGGCGGGTAGTTTCCAGTGACAGCTGGACGACATTTCTGCAAGTCATTTGTGT
TGACCTTACATAGGGGAATGCTCTTAGCTTCTTGGATCATCATCGTTGCGGTTAAGACCA
TCGCAAGAACTGTGATGAGGCATCTTGTGCTTTTCTTACCCATCACTGTATTTTAATCTT
TACTTTCTCAACTCTATCCC

QA 7 506 7 506
DS 



AS 1 4

CO CL2222Contig1 1085 4 9 U
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AAATTAGTTGGTTCTGATGGGCCTAGTGAGCAGAACAGTCTAAAAGATTATAAGGCTTAA
TGCGTTCAACGAATAAGCAGACCTTCTACAAGAGGATTCCGATAAGCAATATAAACTTGA
GAAAAAGTTGGTTTCCTCTAATTAGGCTTCATAAGAATGATGACGCGGTTCGGACCGATG
CGAGTCTCACTAACACGACCAAGGGGTCTAAAAACAGTAAGTATTGCTTTGCCTGTGTTG
TCTAGCTTCAACGTTGGCCCCTTCATGTCAGTTTCAAAAAAGAAATGTTTTCCCTTCACT
GCACCCGTTGTTACAATGTCTCGCAGTTTCAGTGCTTTCTCCCAGAGGTTTTCCGCAAGC
TTTTGTTTTGGAGCTGAAACAAGATGAGCATTTGCTTCAGCGTATGAAGCCATGTCATCG
ACAGCCGCATTCACTTTCTCTAAGGTGAGCCTTCCTCTCATGTATGATGAGAGGGAATTG
AGTTCCTCAACAGTTATGTACCAAAGCGGAGGAGAAGACCCACGACCTTTCTTCTCCTTG
GGTAAAACAGATACTTCCTCCTCAGATTGCAAGGACCTGAGAGCAGAACTCTGTTCGTGC
TTCTTGACATTTTCTTGGAGCAAACATCTATTAATATCTGAATTCAACATTGTAGTCTTG
TCAGGAAAGTGTGACGACGGTGCATAAACACACATCTTCTGCAGCTTCTCTTGTTGTTTC
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TCCTTGATCGAATGTACCTGAAGCTCCATCGAGCTCAACGCCGCGTCGATCGCCGTTAAA
TCCGGGACGCTGCTCGCCGGATACATGTTCCGGGCGATGACGAGTTCCTGCAACTCGGAG
ACTCGTTTGTTGAAAGAAGATATCAACGAATCTAGAGAGGATCCGGCTTGCTTTCCCTCC
ATTCTTCAATGTTCAAATTGAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGTCTCCAACACACTCA
CACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3FD56JQ U 1
AF RR3CZ13JQ U 106
AF RR3FD56TF C 403
AF RR3CZ13TF C 355
BS 1 271 RR3FD56JQ
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BS 721 894 RR3CZ13JQ
BS 895 1085 RR3CZ13TF

RD RR3FD56JQ 720 0 0
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QA 1 720 1 720
DS 

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GCTTTGCCTGTGTTGTCTAGCTTCAACGTTGGCCCCTTCATGTCAGTTTCAAGAAAGAAA
TGTTTTCCCTTCACTGCACCCGTTGTTACAATGTCTCGCAGTTTCAGTGCTTTCTCCCAG
AGGTTTTCCGCAAGCTTTTGTTTTGGAGCTGAAACAAGATGAGCATTTGCTTCAGCGTAT
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GATGAGAGGGAATTGAGTTCCTCAACAGTTATGTACCAAAGCGGAGGAGAAGACCCACGA
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GAACTCTGTTCGTGCTTCTTGACATTTTCTTGGAGCAAACATCTATTAATATCTGAATTC
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TCTTCCCTCAGCCGATCCTTGATCGAATGTACCTGAAGCTCCATCGAGCTCAACGCCGCG
TCGATCGCC

QA 1 789 1 789
DS 

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CCAGAGG
TTTCCGCAAGCTTTTGTTT*GGAGCTGAAACGAGATGAGCATTTGCTTCAGCGTATGAAG
CCATGTCATCGACAGCCGCATTCACTTTCTCTAAGGTGAGC*TTCCTCTCATGTATGATG
AGAGGGAATTGAGTTCCTCAACAGTTATGTACCAAAGCGGAGGAGAAGACCCACGACCTT
TCTTCTCCTTGGGTAAAACAGATACTTCCTCCTCAGATTGCAAGGACCTGAGAGCAGAAC
TCTGTTCGTGCTTCTTGACATTTTCTTGGAGCAAACATCTATTAATATCTGAATTCAACA
TTGTAGTCTTGTCAGGAAAGTGTGACGACGGTGCATAAACACACATCTTCTGCAGCTTCT
CTTGTTGTTTCAGCGATGCCTCAATTAGTTTCTTAGCTTTCGGAATAGCTTCGGTCTCTT
CCCTCAGCCGATCCTTGATCGAATGTACCTGAAGCTCCATCGAGCTCAACGCCGCGTCGA
TCGCCGTTAAATCCGGGACGCTGCTCGCCGGATACATGTTCCGGGCGATGACGAGTTCCT
GCAACTCGGAGACTCGTTTGTTGAAAGAAGATATCAACGAATCTAGAGAGGATCCGGCTT
GCTTTCCCTCCATTCTTCAATGTTCAAATTGAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGTCTC
CAACAC
CC

QA 8 673 8 673
DS 

RD RR3CZ13TF 731 0 0
TTCACTGCACCCGTTGTTACAATGTCTCGCAGTTTCAGTGCTTTCTCCCAGAGGTTTTCC
GCAAGCTTTTGTTTTGGAGCTGAAACAAGATGAGCATTTGCTTCAGCGTATGAAGCCATG
TCATTGACAGCCGCATTCACTTTCTCTAAGGTGAGCCTTCCTCTCATGTATGATGAGAGG
GAATTGAGTTCCTCAACAGTTATGTACCAAAGCGGAGGAGAAGACCCACGACCTTTCTTC
TCCTTGGGTAAAACAGATACTTCCTCCTCAGATTGCAAGGACCTGAGAGCAGAACTCTGT
TCGTGCTTCTTGACATTTTCTTGGAGCAAACATCTATTAATATCTGAATTCAACATTGTA
GTCTTGTCAGGAAAGTGTGACGACGGTGCATAAACACACATCTTCTGCAGCTTCTCTTGT
TGTTTCAGCGATGCCTCAATTAGTTTCTTAGCTTTCGGAATAGCTTCGGTCTCTTCCCTC
AGCCGATCCTTGATCGAATGTACCTGAAGCTCCATCGAGCTCAACGCCGCGTCGATCGCC
GTTAAATCCGGGACGCTGCTCGCCGGATACATGTTCCGGGCGATGACGAGTTCCTGCAAC
TCGGAGACTCGTTTGTTGAAAGAAGATATCAACGAATCTAGAGAGGATCCGGCTTGCTTT
CCCTCCATTCTTCAATGTTCAAATTGAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGTCTCCAACA
CACTCACACCC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

CO CL2223Contig1 749 4 9 U
TTTTTTTTGAAAACAGAGAAAAGTAGTAACGCTCATTATATATCTCGTAGGTCCATATAC
TAATCTGTATACATAAACAGACTCTTGTCTTATTGAACAATAATAATAAAGAATCAACAA
AAGTTCAGATCTCGCTTAAAGCTTGGAGACGAGAGATTGGTAAAAAGTAGCACGAGATAG
GTAAGTGACTTTCATGGTATCCTTCATCTTGAACTCAACATTCACCACCGTCAGGTTCCT
CCCACTCCTCACCACTGATCCTTCCACCACCAATTCACTCGAAACTGGAGCAGCAGAGAG
ATAAGACATACTCAATTCACCGAGGAACAGCTGTTTCTCTTCCGACACGATGGTTCTCGC
GCAAGCCATCGATAATCTCTCTGCAATTGACGACACTGCTCCTCCGTGTAACCCATTAAA
GTAATTGGTAAGGGCAGGCGTGACGACGACGGAGCACGTGATACGGCCACGTGAGACGGA
GAGAGCTCTGATGTTGCTCTGGAACAAGACGGAGAATGAGTCGAAGGAGGCGAAATCGTC
GAGGGAGGAGTCTGGGTGGGTGAAGGAGTGGAGGAAGTTTTCGAATAGGGATACGTTCTT
GGGATCGATTTCTTCGGATATCTTCGTCGTCTCGGACGAGATCGGAGAAGGAGAAGAAGA
CATTGTTGTTTGTTTGTTTGGTTTCTTCTGTGGTTGGCTCTCTCTCTCTCTCTAACTCCC
AAGTTTCGTGGAGTTTTTCCCCAATTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FS73TF C 1
AF RR3FS73JQ U 9
AF RR3BH22JQ U 22
AF RR3BH22TF C 22
BS 1 8 RR3FS73TF
BS 9 369 RR3FS73JQ
BS 370 370 RR3BH22JQ
BS 371 392 RR3FS73JQ
BS 393 393 RR3BH22JQ
BS 394 496 RR3FS73JQ
BS 497 497 RR3BH22JQ
BS 498 653 RR3FS73JQ
BS 654 749 RR3BH22JQ

RD RR3FS73TF 655 0 0
TTTTTTTTGAAAACAGAGAAAAGTAGTAACGCTCATTATATATCTCGTAGGTCCATATAC
TAATCTGTATACATAAACAGACTCTTGTCTTATTGAACAATAATAATAAAGAATCAACAA
AAGTTCAGATCTCGCTTAAAGCTTGGAGACGAGAGATTGGTAAAAAGTAGCACGAGATAG
GTAAGTGACTTTCATGGTATCCTTCATCTTGAACTCAACATTCACCACCGTCAGGTTCCT
CCCACTCCTCACCACTGATCCTTCCACCACCAATTCACTCGAAACTGGAGCAGCAGAGAG
ATAAGACATACTCAATTCACCGAGGAACAGCTGTTTCTCTTCCGACACGATGGTTCTCGC
GCAAGCCATTGATAATCTCTCTGCAATTGACGCCACTGCTCCTCCGTGTAACCCATTAAA
GTAATTGGTAAGGGCAGGCGTGACGACGACGGAGCACGTGATACGGCCACGTGAGACGGA
GAGAGCTCTGATGTTGTTCTGGAACAAGACGGAGAATGAGTCGAAGGAGGCGAAATCGTC
GAGGGAGGAGTCTGGGTGGGTGAAGGAGTGGAGGAAGTTTTCGAATAGGGATACGTTCTT
GGGATCGATTTCTTCGGATATCTTCGTCGTCTCGGACGAGATCGGAGAAGGAG
CC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3FS73JQ 647 0 0
GAAAACAGAGAAAAGTAGTAACGCTCATTATATATCTCGTAGGTCCATATACTAATCTGT
ATACATAAACAGACTCTTGTCTTATTGAACAATAATAATAAAGAATCAACAAAAGTTCAG
ATCTCGCTTAAAGCTTGGAGACGAGAGATTGGTAAAAAGTAGCACGAGATAGGTAAGTGA
CTTTCATGGTATCCTTCATCTTGAACTCAACATTCACCACCGTCAGGTTCCTCCCACTCC
TCACCACTGATCCTTCCACCACCAATTCACTCGAAACTGGAGCAGCAGAGAGATAAGACA
TACTCAATTCACCGAGGAACAGCTGTTTCTCTTCCGACACGATGGTTCTCGCGCAAGCCA
TTGATAATCTCTCTGCAATTGACGCCACTGCTCCTCCGTGTAACCCATTAAAGTAATTGG
TAAGGGCAGGCGTGACGACGACGGAGCACGTGATACGGCCACGTGAGACGGAGAGAGCTC
TGATGTTGTTCTGGAACAAGACGGAGAATGAGTCGAAGGAGGCGAAATCGTCGAGGGAGG
AGTCTGGGTGGGTGAAGGAGTGGAGGAAGTTTTCGAATAGGGATACGTTCTTGGGATCGA
TTTCTTCGGATATCTTCGTCGTCTCGGACGAGATCGGAGAAGGAG
CC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3BH22JQ 728 0 0
G
GTAGTAACGCTCATTATATATCTCGTAGGTCCATATACTAATCTGTATACATAAACAGAC
TCTTGTCTTATTGAACAATAATAATAAAGAATCAACAAAAGTTCAGATCTCGCTTAAAGC
TTGGAGACGAGAGATTGGTAAAAAGTAGCACGAGATAGGTAAGTGACTTTCATGGTATCC
TTCATCTTGAACTCAACATTTACCACCGTCAGGTTCCTCCCACTCCTCACCACTGATCCT
TCCACCACCAATTCACTCGAAACTGGAGCAGCAGAGAGATAAGACATACTCAATTCACCG
AGGAACAGCTGTTTCTCTTCCGACACGATGGTTCTCGCGCAAGCCATCGATAATCTCTCT
GCAATTGACGACACTGCTCCTCCGTGTAACCCATTAAAGTAATTGGTAAGGGCAGGCGTG
ACGACGACGGAGCACGTGATACGGCCACGTGAGACGGAAAGAGCTCTGATGTTGCTCTGG
AACAAGACGGAGAATGAGTCGAAGGAGGCGAAATCGTCGAGGGAGGAGTCTGGGTGGGTG
AAGGAGTGGAGGAAGTTTTCGAATAGGGATACGTTCTTGGGATCGATTTCTTTGGATATC
TTCGTCGTCTCGGACGAGATCGGAGAAGGAGAAGAAGACATTGTTGTTTGTTTGTTTGGT
TTCTTCTGTGGTTGGCTCTCTCTCTCTCTCTAACTCCCAAGTTTCGTGGAGTTTTTCCCC
AATTCCC

QA 2 728 2 728
DS 

RD RR3BH22TF 728 0 0
G
GTAGTAACGCTCATTATATATCTCGTAGGTCCATATACTAATCTGTATACATAAACAGAC
TCTTGTCTTATTGAACAATAATAATAAAGAATCAACAAAAGTTCAGATCTCGCTTAAAGC
TTGGAGACGAGAGATTGGTAAAAAGTAGCACGAGATAGGTAAGTGACTTTCATGGTATCC
TTCATCTTGAACTCAACATTTACCACCGTCAGGTTCCTCCCACTCCTCACCACTGATCCT
TCCACCACCAATTCACTCGAAACTGGAGCAGCAGAGAGATAAGACATACTCAATTCACCG
AGGAACAGCTGTTTCTCTTCCGACACGATGGTTCTCGCGCAAGCCATCGATAATCTCTCT
GCAATTGACGACACTGCTCCTCCGTGTAACCCATTAAAGTAATTGGTAAGGGCAGGCGTG
ACGACGACGGAGCACGTGATACGGCCACGTGAGACGGAGAGAGCTCTGATGTTGCTCTGG
AACAAGACGGAGAATGAGTCGAAGGAGGCGAAATCGTCGAGGGAGGAGTCTGGGTGGGTG
AAGGAGTGGAGGAAGTTTTCGAATAGGGATACGTTCTTGGGATCGATTTCTTTGGATATC
TTCGTCGTCTCGGACGAGATCGGAGAAGGAGAAGAAGACATTGTTGTTTGTTTGTTTGGT
TTCTTCTGTGGTTGGCTCTCTCTCTCTCTCTAACTCCCAAGTTTCGTGGAGTTTTTCCCC
AATTCCC

QA 2 728 2 728
DS 



AS 1 3

CO CL2224Contig1 723 3 17 U
GCAGGAACTGAATTATAGAAATAGACAAATAACTAGATATGTCTAGTTGTTTACTAGTAT
TTGTTAAATTTGTTTTATCATTTCCCATAAAACCACCAACAACAGAGATTGGCTTAGTGA
CGTAATATTTTATTCTACACCAGTTTGGGGAAGGTGGAAAGTAGTTTACAGATCAAGAGC
ATCATACTCAACACCAAACACTCTTGGATTCATCTCTCTCTCCATAGCCACCCATTCTTT
TATCAAATACCATGCAAAAACTCATACTCCAACTGAGTTTCTTCATGAGTGAGTTTCATC
CTCCTGTAATCCTCCTGAGCTTTCTTAGACCTGAACATGGCTTGGACCCGCACTACAGAT
CTCTCGAGCCTCTCCTCTGCTTGTCTCTGACTCGCCTTGTAGAAATCTTCCTCTGCTTTC
TCCTCTGCTTCTTCAGCTTCGCTCACTTGGAGTCCTATAAACAATTTTCTCTTTTGTCTC
CACCTCATAATTACCTTCTCCAACACTCCTACCGACCATAAGATCTTCCTGTACTGCTTC
CTTGCTTGTAACCCCCTGAATGCAGCCTGGATCCTAATAGCTTGACGCCTCATATTCAAG
AACTCTCTCCTCATTTTCCATGTTTGGAACCTACACTGAATCCTGTAAGCAGCTTCTATC
TTCCTACGCGTATCATATTTCCGGAACGCGTTCTGAATCTTCATCGCCGCGATTATGCTC
TTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3AL62JQ U 59
AF RR3AL62TF C 59
AF RR3FP49JQ U 1
BS 1 130 RR3FP49JQ
BS 131 131 RR3AL62JQ
BS 132 154 RR3FP49JQ
BS 155 155 RR3AL62JQ
BS 156 207 RR3FP49JQ
BS 208 208 RR3AL62JQ
BS 209 249 RR3FP49JQ
BS 250 250 RR3AL62JQ
BS 251 327 RR3FP49JQ
BS 328 328 RR3AL62JQ
BS 329 329 RR3FP49JQ
BS 330 330 RR3AL62JQ
BS 331 401 RR3FP49JQ
BS 402 402 RR3AL62JQ
BS 403 492 RR3FP49JQ
BS 493 493 RR3AL62JQ
BS 494 723 RR3FP49JQ

RD RR3AL62JQ 508 0 0
ATTTGTTAAATTTGTTTTATCATTTCCCATAAAACCACCAACAACAGAGATTGGCTTAGT
GACGTAATATTTTATTCTACACCAGTTTGGGGAAGGTGGAAAGTAGTTTACAGATCAAGA
GCATCATACTCAACACCAAACACTCTTGGATTCATCTCTCTCTCCATAGCCACCCATTCT
TTTATCAAATACCATGCAAAAACTCATACTCCAACTGAGTTTCTTCATGAGTGAGTTTCA
TCCTCCTGTAATCCTCCTGAGCTTTCTTAGACCTGAACATGGCTTGGACCCGCACTACAG
ATCTCTCGAGCCTCTCCTCTGCTTGTCTCTGACTCGCCTTGTAGAAATCTTCCTCTGCTT
TCTCCTCTGCTTCTTCAGCTTCGCTCACTTGGAGTCCTATAAACAATTTTCTCTTTTGTC
TCCACCTCATAATTACCTTCTCCAACACTCCTACCGACCATAAGATCTTCCTGTACTGCT
TCCTTGCTTGTAACCCCCTGAATGCAGC

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR3AL62TF 508 0 0
ATTTGTTAAATTTGTTTTATCATTTCCCATAAAACCACCAACAACAGAGATTGGCTTAGT
GACGTAATATTTTATTCTACACCAGTTTGGGGAAGGTGGAAAGTAGTTTACAGATCAAGA
GCATCATACTCAACACCAAACACTCTTGGATTCATCTCTCTCTCCATAGCCACCCATTCT
TTTATCAAATACCATGCAAAAACTCATACTCCAACTGAGTTTCTTCATGAGTGAGTTTCA
TCCTCCTGTAATCCTCCTGAGCTTTCTTAGACCTGAACATGGCTTGGACCCGCACTACAG
ATCTCTCGAGCCTCTCCTCTGCTTGTCTCTGACTCGCCTTGTAGAAATCTTCCTCTGCTT
TCTCCTCTGCTTCTTCAGCTTCGCTCACTTGGAGTCCTATAAACAATTTTCTCTTTTGTC
TCCACCTCATAATTACCTTCTCCAACACTCCTACCGACCATAAGATCTTCCTGTACTGCT
TCCTTGCTTGTAACCCCCTGAATGCAGC

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR3FP49JQ 723 0 0
GCAGGAACTGAATTATAGAAATAGACAAATAACTAGATATGTCTAGTTGTTTACTAGTAT
TTGTTAAATTTGTTTTATCATTTCCCATAAAACCACCAACAACAGAGATTGGCTTAGTGA
CGTAATATTT*ATTCTACACCAGTTTGGGGAAGGGGGAAAGTAGTTTACAGATCAAGAGC
ATCATACTCAACACCAAACACTCTTGGGTTCATCTCTCTCTCCATAGCCACCCATTCTTT
TATCAAATATCATGCAAAAACTCATACTCCAACTGAGTTTCTTCATGAGTGAGTTTCATC
CTCCTGTAATCCTCCTGAGCTTTCTTAAAACTGAACATGGCTTGGACCCGCACTACAGAT
CTCTCGAGCCTCTCCTCTGCTTGTCTCTGACTCGCCTTGTAAAAATCTTCCTCTGCTTTC
TCCTCTGCTTCTTCAGCTTCGCTCACTTGGAGTCCTATAAACAATTTTCTCTTTTGTCTC
CACCTCATAATTGCCTTCTCCAACACTCCTACCGACCATAAGATCTTCCTGTACTGCTTC
CTTGCTTGTAACCCCCTGAATGCAGCCTGGATCCTAATAGCTTGACGCCTCATATTCAAG
AACTCTCTCCTCATTTTCCATGTTTGGAACCTACACTGAATCCTGTAAGCAGCTTCTATC
TTCCTACGCGTATCATATTTCCGGAACGCGTTCTGAATCTTCATCGCCGCGATTATGCTC
TTA

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL2225Contig1 832 2 2 U
GGAAGTTCAAAGTCTCAGGTTCCTTTGAAGATCATCTTCTAAACCCAAATCATTTGCAAG
CTTTTGGATTCGAGCTTTCCTCCACAATGACTCTCTCTCTCCGAATCGCTCCGTCACCGT
TATCTTTCCGTTACTCTCCGGTTCCGGCAACCGCCTCCGGCGGAGGGTTACGTTCCGAAC
TCAGGCGTCGCGGCGGCGAAAACAGGATTCTGCTCCGGCGGTGGTGGTGTGTTAGATTTA
AGGAAGAAGATCGGTTCCTGTGTGGTGGTGAGGTGTAGCTTAGAGACAGTGAATGTCAGT
GTCGGCGAGGTGACGGAGGTTGACAAGGACACGTTCTGGCCAATCGTTAAAGCCGCCGGT
GATAAGCTTGTTGTCCTCGACATGTACACTCAGTGGTGTGGACCGTGCAAAGTTATGGCT
CCTAAATACAAAGAGCTATCAGAGAAGTACCAGGACATGGTGTTTCTTAAGCTTGACTGC
AACGAAGACAACAAGCCAGTGGCAAAGGAGCTAGGAATTAGAGTGGTTCCAACCTTTAAG
ATCTTGAAGGACAGCAAGGTGATAACGGAAGTGGTCGGGGCAAAATTTGATGAGTTACTT
GCAGCTATTGATGCAGCGAGGTCAGGCTGAGCCTCCTCTCTCTATATACATATAATATCA
CTCCCTGCTGTAGAGTATTAGGACAAATTCTCTATCAACATGTAATTGGTTTGGTTCTAT
GTAAACTCTCTCTCTCTCTCTGTGCTGTTCCTTAACCGGATTCAGTTGTAATGTAACAGT
GTATGTATAAACGCTGGAGGGCTAAAATGCTTTATATATCAAAAGTTTCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EZ09TF U 1
AF RR3EZ09JQ C 115
BS 1 623 RR3EZ09TF
BS 624 832 RR3EZ09JQ

RD RR3EZ09TF 623 0 0
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CTTTTGGATTCGAGCTTTCCTCCACAATGACTCTCTCTCTCCGAATCGCTCCGTCACCGT
TATCTTTCCGTTACTCTCCGGTTCCGGCAACCGCCTCCGGCGGAGGGTTACGTTCCGAAC
TCAGGCGTCGCGGCGGCGAAAACAGGATTCTGCTCCGGCGGTGGTGGTGTGTTAGATTTA
AGGAAGAAGATCGGTTCCTGTGTGGTGGTGAGGTGTAGCTTAGAGACAGTGAATGTCAGT
GTCGGCGAGGTGACGGAGGTTGACAAGGACACGTTCTGGCCAATCGTTAAAGCCGCCGGT
GATAAGCTTGTTGTCCTCGACATGTACACTCAGTGGTGTGGACCGTGCAAAGTTATGGCT
CCTAAATACAAAGAGCTATCAGAGAAGTACCAGGACATGGTGTTTCTTAAGCTTGACTGC
AACGAAGACAACAAGCCAGTGGCAAAGGAGCTAGGAATTAGAGTGGTTCCAACCTTTAAG
ATCTTGAAGGACAGCAAGGTGATAACGGAAGTGGTCGGGGCAAAATTTGATGAGTTACTT
GCAGCTATTGATGCAGCGAGGTC

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3EZ09JQ 718 0 0
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CCGAACTCAGGCGTCGCGGCGGCGAAAACAGGATTCTGCTCCGGCGGTGGTGGTGTGTTA
GATTTAAGGAAGAAGATCGGTTCCTGTGTGGTGGTGAGGTGTAGCTTAGAGACAGTGAAT
GTCAGTGTCGGCGAGGTGACGGAGGTTGACAAGGACACGTTCTGGCCAATCGTTAAAGCC
GCCGGTGATAAGCTTGTTGTCCTCGACATGTACACTCAGTGGTGTGGACCGTGCAAAGTT
ATGGCTCCTAAATACAAAGAGCTATCAGAGAAGTACCAGGACATGGTGTTTCTTAAGCTT
GACTGCAACGAAGACAACAAGCCAGTGGCAAAGGAGCTAGGAATTAGAGTGGTTCCAACC
TTTAAGATCTTGAAGGACAGCAAGGTGATAACGGAAGTGGTCGGGGCAAAATTTGATGAG
TTACTTGCAGCTATTGATGCAGCGAGGTCAGGCTGAGCCTCCTCTCTCTATATACATATA
ATATCACTCCCTGCTGTAGAGTATTAGGACAAATTCTCTATCAACATGTAATTGGTTTGG
TTCTATGTAAACTCTCTCTCTCTCTCTGTGCTGTTCCTTAACCGGATTCAGTTGTAATGT
AACAGTGTATGTATAAACGCTGGAGGGCTAAAATGCTTTATATATCAAAAGTTTCATG

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 4

CO CL2226Contig1 1040 4 7 U
GGACACGCACACACGCTTGTCGATTCTAGAAATTCAGTGCGATTTGTAGACCTTATGATC
GAATTGAAGATGCTTCTTCACACTGTATCTTCATCTTCTCCTCCCATTCATTCTCAGATC
CTCCCTTCACTCAAGCTCTCGCCCAAAAAGATTTCTTTTCAGATACATGGAAGGGTCAAC
TTGCCTAGAGAATTTGTTGCTAGAGGCTTACCGGTTCTAAACAAAGCTTTCTTGAAGAAG
ATGCCAGTAAAGGGCTCTACTTTCTTGCTGGGCCAAAGCTTGTTGATCATCTCTGCTGCT
AACCCACAATTGGCAGCAGCAGCAGAAACCATCAAGCCGGAACCGATTTACGAAGTTGGA
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GTTGGTACTTCCTATGTGATTCGTCAAGTACTTGTCCGCAGAGAACTTGACCTCTCCGCC
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GGTGCAGTGATGCTGAGACGGAAGTTTTATCCTGCAGCCAACAAGTTCTTGCTTCAAGCC
ATCCAGAAATGGGACGGTGATGACCAGGATCTTGCTCAGGTCTATAACGCTCTTGGAGTG
AGTTATGTTCTAGAGGAGAAACTAGAAAAAGGAATCGCTCAGTTCGAAATGGCTGTGAAA
CTGCAACCTGGTTTATGTAACGGCTTGGAACAACCTTGGAGATGCTTATGAGCAGAAAAA
AGAGCTTCCTTTGGCGTTGAAAGCGTTTGAAGAGGTCTTGCTGTTTGATCCCAACAATAA
GGTGGCTCGACCTCGACGAGATGCGTTGAAGGATCGCGTTAATCTCTACAAAGACGTTGT
GGCGGTTAAATCTAAGAAACGGTGACCAGGATAGCTAAGACGCGTACTGGAACAAACAAT
CGTTCTTCTCTGTCCTTTGTTTCTGTTTCTTGTGTCATTTGTAAGGAGATTTTATGTTAA
TATGAAAATGAAATTTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3C294TF U 1
AF RR3AB72TF U 24
AF RR3AB72JQ C 740
AF RR3C294JQ C 300
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GAATTGAAGATGCTTCTTCACACTGTATCTTCATCTTCTCCTCCCATTCATTCTCAGATC
CTCCCTTCACTCAAGCTCTCGCCCAAAAAGATTTCTTTTCAGATACATGGAAGGGTCAAC
TTGCCTAGAGAATTTGTTGCTAGAGGCTTACCGGTTCTAAACAAAGCTTTCTTGAAGAAG
ATGCCAGTAAAGGGCTCTACTTTCTTGCTGGGCCAAAGCTTGTTGATCATCTCTGCTGCT
AACCCACAATTGGCAGCAGCAGCAGAAACCATCAAGCCGGAACCGATTTACGAAGTTGGA
GAGTTGTTTGAATTAAGTATTCAGCTTTCTTACTTGTTGTTACTACTTGGCTTGCTCGGG
GTTGGTACTTCCTATGTGATTCGTCAAGTACTTGTCCGCAGAGAACTTGACCTCTCCGCC
AAAGAACTACAGGAACAAGTTAGGAGCGGGGATGCAAGTGCAACAGAGCTCTTTGAGCTA
GGTGCAGTGATGCTGAGACGGAAGTTTTATCCTGCAGCCAACAAGTTCTTGCTTCAAGCC
ATCCAGAAATGGGACGGTGATGACCAGGATCTTGCTCAG*TCTATAACGCTCTTGGAGTG
AGTTATGTTCTAGAGGAGAAACTAGAAAA
G

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3AB72TF 752 0 0
GG
CTAGAAATTCAGTGCGATTTGTAGACCTTATGATCGAATTGAAGATGCTTCTTCACACTG
TATCTTCATCTTCTCCTCCCATTCATTCTCAGATCCTCCCTTCACTCAAGCTCTCGCCCA
AAAAGATTTCTTTTCAGATACATGGAAGGGTCAACTTGCCTAGAGAATTTGTTGCTAGAG
GCTTACCGGTTCTAAACAAAGCTTTCTTGAAGAAGATGCCAGTAAAGGGCTCTACTTTCT
TGCTGGGCCAAAGCTTGTTGATCATCTCTGCTGCTAACCCACAATTGGCAGCAGCAGCAG
AAACCATCAAGCCGGAACCGATTTACGAAGTTGGAGAGTTGTTTGAATTAAGTATTCAGC
TTTCTTACTTGTTGTTACTACTTGGCTTGCTCGGGGTTGGTACTTTCTATGTGATTCGTC
AAGTACTTGTCCGCAGAGAACTTGACCTCTCCGCCAAAGAACTACAGGAACAAGTTAGGA
GCGGGGATGCAAGTGCAACAGAGCTCTTTGAGCTAGGTGCAGTGATGCTGAGACGGAAGT
TTTATCCTGCAGCCAACAAGTTCTTGCTTCAAGCCATCCAGAAATGGGACGGTGATGACC
AGGATCTTGCTCAGGTCTATAACGCTCTTGGAGTGAGTTATGTTCGAGAGGAGAAACTAG
AAAAAGGAATCGCTCAGTTCGAAATGTCTGTGAAACTGCAACCTGGTTTATGTAACGGCT
TGGAACAACCTTGGAGATGCTTATGAGCAG

QA 3 752 3 752
DS 

RD RR3AB72JQ 144 0 0
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AAAGCGTTTGAAGAGGTCTTGCTGTTTGATCCCAACAATAAGGTGGCTCGACCTCGACGA
GATGCGTTGAAGGATCGCGTTAAT

QA 1 144 1 144
DS 

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AGAGTTGTTTGAATTAAGTATTCAGCTTTCTTACTTGTTGTTACTACTTGGCTTGCTCGG
GGTTGGTACTTCCTATGTGATTCGTCAAGTACTTGTCCGCAGAGAACTTGACCTCTCCGC
CAAAGAACTACAGGAACAAGTTAGGAGCGGGGATGCAAGTGCAACAGAGCTCTTTGAGCT
AGGTGCAGTGATGCTGAGACGGAAGTTTTATCCTGCAGCCAACAAGTTCTTGCTTCAAGC
CATCCAGAAATGGGACGGTGATGACCAGGATCTTGCTCAGGTCTATAACGCTCTTGGAGT
GAGTTATGTTCTAGAGGAGAAACTAGAAAAAGGAATCGCTCAGTTCGAAATGGCTGTGAA
ACTGCAACCTGGTT*ATGTAACGGCTTGGAACAACCTTGGAGATGCTTATGAGCAGAAAA
AAGAGCTTCCTTTGGCGTTGAAAGCGTTTGAAGAGGTCTTGCTGTTTGATCCCAACAATA
AGGTGGCTCGACCTCGACGAGATGCGTTGAAGGATCGCGTTAATCTCTACAAAGACGTTG
TGGCGGTTAAATCTAAGAAACGGTGACCAGGATAGCTAAGACGCGTACTGGAACAAACAA
TCGTTCTTCTCTGTCCTTTGTTTCTGTTTCTTGTGTCATTTGTAAGGAGATTTTATGTTA
ATATGAAAATGAAATTTTTAC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 4

CO CL2227Contig1 661 4 8 U
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GTTTCCTGAAGAAGGGACGTTACGCACAGAGGCTCAGCGGTGGCGCTCCGGTTTACATGG
CCGCCGTTCTCGAGTACCTCGCCGCCGAAGTTCTGGAGCTTGCTGGTAACGCGGCGAGAG
ACAACAAGAAGTCGAGGATCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAGGAACGATGAAG
AGTTGGGAAAGCTTCTCAGCGGAGTCACCATCGCTCACGGTGGTGTCTTGCCCAACATTA
ACTCTGTTCTTTTGCCTAAGAAGTCTGCTAAAGCAAGCGAGGAAGCTGCTGCACCTAAGT
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CACCAGTTTTTAGTTTATGTGTTTGGTTACTTTGTCTTGAGACTATGTAGAAAAATCTTT
TAATTATGTAATTCGGATTTGAGTTCTCTTTCAGATCCACAACTTTTCATTAAGGACATG
T


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR3B330JQ C 1
AF RR3B330TF U 1
AF RR3AU37JQ C 1
AF RR3AU37TF U 1
BS 1 174 RR3B330TF
BS 175 175 RR3AU37TF
BS 176 291 RR3B330TF
BS 292 292 RR3AU37TF
BS 293 514 RR3B330TF
BS 515 515 RR3AU37TF
BS 516 651 RR3B330TF
BS 652 661 RR3AU37TF

RD RR3B330JQ 651 0 0
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CACCAGTTTTTAGTTTATGTGTTTGGTTACTTTGTCTTGAGACTATGTAGAAAAATCTTT
TAATTATGTAATTCGGATTTGAGTTCTCTTTCAGATCCACAACTTTTCATT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3B330TF 651 0 0
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GTTTCCTGAAGAAGGGACGTTACGCACAGAGGCTCAGCGGTGGCGCTCCGGTTTACATGG
CCGCCGTTCTCGAGTACCTCGCCGCCGAAGTTCTGGAGCTTGCTGGTAACGTGGCGAGAG
ACAACAAGAAGTCGAGGATCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAGGAACGATGAAG
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CTCCAGGCAAATCTCCCAAGAAGGCCTAATCTTT*TCTCGACCGGCGTTGATTTCATTTT
CACCAGTTTTTAGTTTATGTGTTTGGTTACTTTGTCTTGAGACTATGTAGAAAAATCTTT
TAATTATGTAATTCGGATTTGAGTTCTCTTTCAGATCCACAACTTTTCATT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3AU37JQ 661 0 0
GGACAAACCTCATCATCACCACTTCCCAAAACAACAACAACAAATCTCAACTCGTTCTAG
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CCGCCGTTCTCGAGTACCTCGCCGCCGAAGTTCTGGAGCTTGCTGGTAACGCGGCGAGAG
ACAACAAGAAGTCGAGGATCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAGGAACGATGAAG
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CTCCAGGCAAATCTCCCAAGAAGGCCTAATCTTTCTCTCGACCGGCGTTGATTTCATTTT
CACCAGTTTTTAGTTTATGTGTTTGGTTACTTTGTCTTGAGACTATGTAGAAAAATCTTT
TAATTATGTAATTCGGATTTGAGTTCTCTTTCAGATCCACAACTTTTCATTAAGGACATG
T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3AU37TF 661 0 0
GGACAAACCTCATCATCACCACTTCCCAAAACAACAACAACAAATCTCAACTCGTTCTAG
TCGCGATGGAGACCACGGGAAAAGCGAAGAAGGCTTTCGGAGGAAGAAAAGCCGGTGGCC
CCAAATCAGTCTCGAAATCGATCAAAGCCGGTCTCCAGTTCCCTGTCGGGAGAACCACTC
GTTTCCTGAAGAAGGGACGTTACGCACAGAGGCTCGGCGGTGGCGCTCCGGTTTACATGG
CCGCCGTTCTCGAGTACCTCGCCGCCGAAGTTCTGGAGCTTGCTGGTAACGCGGCGAGAG
ACAACAAGAAGTCGAGGATCATCCCGAGGCATCTTCTTTTGGCGATTAGGAACGATGAAG
AGTTGGGAAAGCTTCTCAGCGGAGTCACCATCGCTCACGGTGGTGTCTTGCCCAACATTA
ACTCTGTTCTTTTGCCTAAGAAGTCTGCTAAAGCAAGCGAGGAAGCTGCTGCACCTAAGT
CTCCAGGCAAATCTCCCAAGAAGGCCTAATCTTTCTCTCGACCGGCGTTGATTTCATTTT
CACCAGTTTTTAGTTTATGTGTTTGGTTACTTTGTCTTGAGACTATGTAGAAAAATCTTT
TAATTATGTAATTCGGATTTGAGTTCTCTTTCAGATCCACAACTTTTCATTAAGGACATG
T

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 4

CO CL2228Contig1 900 4 8 U
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CTTTTTCATCTCTTTGCCTCCGTTCACCGACTCTGGCCGCTTCCATAGGGCTGGAGTCGG
ATAGTTTTTGTTTATTCCATCTCCAGTGTTTCATCCGACCATTTGCATGTTTGATTTTAG
AAGTGAAAAGCTGAAGATCATGATCTATCTTAGATCTGTTCTGATTTGGCTTGTTTCGTG
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CCTTTTCTCTATTGCTGGTGTCTCTGGCTCTGCTTTGTCTCGATCCCTAGTCACACTTGT
TTATCAAGTTTGATTTTGGTCGGAGTGGTGCGGTTCGCTCTCTGTCTTCTCTCCAAAGGT
TTGATCAAGTCCTCATCTTTCACGGCTTCTCAGTTGGTGTTTCCTGGTCGTTCTTGCTGT
AGTCTCGACTTCTCCATTTCGGTTGAATGTTATATAATGAAGTGTTCTGTTCTCCGGTGT
TGAAGCTCGGGTTCTCTGGTTCTAATTGCTTGCACTTATTCACTATGGGAGGTTCCTGGT
TCGTATGTCTCTTCTTAAAAGACCCGCATGGAGTATTGGTGTTGTGTCGTTTAGGAGTTT
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AAATTCCGGTTTCGTCCGGCTTTGGTTTTCAGATCTGTATCTCTCGATGTAGTGTTGTTT
GTTTAATATAATCATCTTTCAGTGTTAAAAAAACGTATCCGGCTAGGCCACTTCTGATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FE19TF U 1
AF RR3FH57JQ C 295
AF RR3DB55TF U 308
AF RR3DB55JQ C 612
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BS 403 403 RR3DB55TF
BS 404 619 RR3FE19TF
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RD RR3FE19TF 690 0 0
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CTTTTTCATCTCTTTGCCTCCGTTCACCGACTCTGGCCGCTTCCATAGGGCTGGAGTCGG
ATAGTTTTTGTTTATTCCATCTCCAGTGTTTCATCCGACCATTTGCATGTTTGATTTTAG
AAGTGAAAAGCTGAAGATCATGATCTATCTTAGATCTGTTCTGATTTGGCTTGTTTCGTG
ATTGAAGTTTCCAGTCCGCAAGATTAACGGTTTGGTGGTGTGTCTTCTAGGTTGCATGCT
CCTTTTCTCTATTGCTGGTGTCTCTGGCTCTGCTTTGTCTCGATCCCTAGTCACACTTGT
TTATCAAGTTTGATTTTGGTCGGAGTGGTGCGGTTCGCTCTCCGTCTTCTCTCCAAAGGT
TTGATCAAGTCCTCATCTTTCACGGCTTCTCAGTTGGTGTTTCCTGGTCGTTCTTGCTGT
AGTCTCGACTTCTCCATTTCGGTTGAATGTTATATAATGAAGTGTTCTGTTCTCCGGTGT
TGAAGCTCGGGTTCTCTGGTTCTAATTGCTTGCACTTATTCACTATGGGAGGTTCCTGGT
TCGTATGTCTCTTCTTAAA*GACCCGCATGGAGTATTGGTGTTGTGTCGTTTAG*AGTTT
CTCTCCCTCTTTACTTTGATCTTGTTTTTT

QA 1 690 1 690
DS 

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TGCTGTAGTCTCGACTTCTCCATCTCGGTTGAATGTTATATAATGAAGTGTTCTGTTCTC
CGGTGTTGAAGCTCGGGTTCTCTGGTTCTAATTGCTTGCACTTATTCACTATGGGAGGTT
CCTGGTTCGTATGTCTCTTCTTAAAAGACCCGCATGGAGTATTGGTGTTGTGTCGTTTAG
GAGTTTCTCTCCCTCTTTACTTTGATCTTGTTTTTTTTTGGTTTTTCCCTCTTTCCATCA
TGCAAGGTTATGTTAATGACTCCCTTGTTTGGGCTCTGTTTCCGGTGAATTTATTTCTGC
CGGCTTAAATTCCGGTTTCGTCCGGCTTTGGTTTTCAGATCTGTATCTCTCGATGTAGTG
TTGTTTGCTTAATATAATCATCTTTCAGTGT
C

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3DB55TF 593 0 0
G
CTATTGCTGGTGTCTCTGGCTCTGCTTTGTCTCGATCCCTAGTCACACTTGTTTATCAAG
TTTGATTTTGGTCGGAGTGGTGCATTTCGCTCTCTGTCTTCTCTCCAAAGGTTTGATCAA
GTCCTCATCTTTCACGGCTTCTCAGTTGGTGTTTCCTGGTCGTTCTTGCTGTAGTCTCGA
CTTCTCCATTTCG*TTGAATGTTATATAATGAAGTGTTCTGTTCTCCGGTGTTGAAGCTC
GGGTTCTCTGGTTCTAATTGCTTGCACTTATTCACTATGGGAGGTTCCTGGTTCGTATGT
CTCTTCTTAAAAGACCCGCATGGAGTATTGGTGTTGTGTCGTTTAGGAGTTTCTCTCCCT
CTTTACTTTGATCTTGTTTTTTTT*GGTTTTTCCCTCTTTCCATCATGCAAGGTTATGTT
AATGACTCCCTTGTTTGGGCTCTGTTTCCGGAGAATTTATTTCTGCCGGCTTAAATTCCG
GTTTCGTCCGGCTTTGGTTTTCAGATCTGTATCTCTCGATGTAGTGTTGTTTGTTTAATA
TAATCATCTTTCAGTGTTAAAAAAACGTATCCGGCTAGGCCACTTCTGATAC

QA 2 593 2 593
DS 

RD RR3DB55JQ 289 0 0
TTTTTA
AAAGACCCGCATGGAGTATTGGTGTTGTGTCGTTTAGGAGTTTCTCTCCCTCTTTACTTT
GATCTTGTTTTTTTT*GGTTTTTCCCTCTTTCCATCATGCAAGGTTATGTTAATGACTCC
CTTGTTTGGGCTCTGTTTCCGGAGAATTTATTTCTGCCGGCTTAAATTCCGGTTTCGTCC
GGCTTTGGTTTTCAGATCTGTATCTCTCGATGTAGTGTTGTTTGTTTAATATAATCATCT
TTCAGTGTTAAAAAAACGTATCCGGCTAGGCCACTTTTGATAC

QA 7 289 7 289
DS 



AS 1 3

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GATTCGAGAAAAAAAAAAGAGCAACATTTTGTGCTTGTTTGTTAGCTAATAACCGTGGTG
GAGTCAGTGTTTCACGCCCAAATGGCTAAAAGAGACATGGAAGCAGCGCCGAGGAGGAGG
GAGAGGAAAGCAGCCAAGTGAAGCCAGAGATTAGATTGCAATCTCGGATTAACGAAATCA
GGAGCAAGAAGATCAACGAGTGACATGTAAATGAGAATCCCAGCTGATGCAGCGTTCAGC
ATTCCTTCCACCATGATCGCCTCTTTGCTCTCTCTCCTGTAGCCTAAACCACTCGACATC
CCCATACCTATCCCTATCCCAACAGGCGCCGTCACTGAGAAGAATGTCGCCATTATCACC
GTTGATTTCGACTGTAACTCCGCAAGAGAGATGCAACCACCGAGGCCAAGACCTTCAAAG
AACTGATGGAAAGAAAGTGCAGCCATGAGTGGCTTTATAGTATCTATACTCTGTGAAGCT
CCAAGGGAGATCCCTATTATAACCGAATGCACAACTATCCCAATCTCAAGAACCTGCGAC
ACGATCCGTCTCCTGATCAACTCCGTGGAGCCATGCGAGCGTCCATGACTCGCATGAGTA
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ATACTATGCTGCCTCTTGTAATACGCCGTTGCAAACGTATCGATCATAAGCGTCCCCATC
GCTGACAACATGGCGACAAAACCAGCAAACGGGAACTTACCAGCTGCGGTGCTCTCCAGA
CAAGGCGAGCTCAATCTCTCGAACGCGTCTGGTAATATATGGACGAACCCTGTACAGAGG
ATCACTCCCGCGGCGAAAGCTTTCACCATGAAGAAGATATCGTTCTCCGGCTGTAACGCC
GGGATCTTCTTCCCTATCAACGGTAGACTCACGCCGACACCTCCGGCCACAAGAAGCAAA
GCTATCGAACCGAGCTTCAACGTCGTTGCCTTCTCTGCTTCCTCTTGAGTTACAGCGTCA
TGTTCATCGTGACTTGTACAATCACTAGACGCACAACATACATGCATACATATTATCAAT
ATTACATAAACTCTCAACATGTTTGTGAGAAAACAGCAACTGTATTCAGACATGAGTCTA
GTTGTAGATATTTTTTTTCTGGTTCTTGTCTTGTAAGAAAGTAAAGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 0 0 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP92JQ U 1
AF RR3AS41JQ U 24
AF RR3AS41TF C 616
BS 1 44 RR3FP92JQ
BS 45 45 RR3AS41JQ
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BS 53 53 RR3AS41JQ
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RD RR3FP92JQ 751 0 0
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GCTTCGAGAAAAAAAAAAGAGCAGCATTTTGTGCTTGTTTGTTAGCTAATAGCCGTGGTG
GAGTCAGTGTTTCACGCCCAAATGGCTAAAAGAGACATGGAAGCAGCGCCGAGGAGGAGG
GAGAGGAAAGCAGCCAAGTGAAGCCAGAGATTAGATTGCAATCTCGGATTAACGAAGTCA
GGAGCAAGAAGATCAACGAGTGACATGTAAATGAGAATCCCAGCTGATGCAGCGTTCAGC
ATTCCTTCCACCATGATCGCCTCTTTGCTCTCTCTCCTGTAGCCTAAACCACTCGACATC
CCCATACCTATCCCTATCCCCACAGGCGCCGTCACTGAGAAGAATGTCGCCATTATCACC
GTTGATTTCGACTGTAACTCCGCAAGAGAGATGCAACCGCCGAGGCCAAGACCTTCAAAG
AACTGATGGAAAGAAAGTGCAGCCATGAGTGGCTTTATAGTGTCTATGCTCTGTGAAGCT
CCAAGGGAGATCCCTATTATAACCGAATGCACAACTATCCCAATCTCAAGAACCTGCGAC
ACGATCCTTCTCCTTATCAACTCTGTCGACCCATGCGAGTGTCCATGACTCGCATGAGTA
TGGACATGAACATGACCAGCATGCTCTTCATCCTCAACCACGTTCACTTGCTTGGTCCCC
ATACTATGCTGCCTCTTGTAATACGCCGTTG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3AS41JQ 885 0 0
C
GTTCAAAACAGGATAGTATTTGATTCCAAGATTACAGATTCGAGAAAAAAAAAAGAGCAA
CATTTTGTGCTTGTTTGTTTGCTAATTAGCT**GTGGAGTCAGTGTTTCACGCCCAAATG
GCTAAAAGAGACATGGAAGCAGCGCCGAGGAGGAGGGAGAGGAAAGCAGCCAAGTGAAGC
CAGAGATTAGATTGCAATCTTGGATTGACGAAATCAGGAGCAAGAAGATCAACGAGTGAC
ATGTAAATTAGA*TCCCAGCTGATGCAGCGTTCAGCATTCCTTCCACCATGATCGCCTCT
TTGCTCTCTCTCCTGTAGCCTAAACCACTCGACATCCCCATACCTATCCCTATCCCAACA
GGCGCCGTCACTGAGAAGAATGTCGCCATTATCACCGTTGATTTGGACTGTAACTCCGCG
AGAGAGATGCAGCCACCGAGGCCAAGACCTTCAAAGAACTGATGGAAAGAAAGTGCAGCC
ATGAGTGGCTTTATGGTATCTATACTCTGTGAAGCTCCAAGGGAGATCCCTATTATAACC
GAATGCACAACTATCCCAATCTCAAGAACCTGCGACACGATCCGTCTCCTGATCAACTCC
GTGGAGCCATGCGAGCGTCCATGACTCGCATGAGTATGGACATGAACATGACCAGCATGC
CCTTCATCCTCAACCACGTTCACTTGCTTGGTCCCCATACTATGCTGCCTCTTGTAATAC
GCCGTTGCAAACGTATCGATCATAAGCGTCCCCATCGCTGACAACATGGCGACAAA*CCA
GCAAACGGGAACTTACCAGCTGCGGTGCTCTCCAGACAAG*CGAGCTCAATCTCTCGAAC
GCGTCTGGTAATATATGGACGAACCCTGTACAGAGGATCACTCC

QA 2 885 2 885
DS 

RD RR3AS41TF 635 0 0
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CCAGCATGCCCTTCATCCTCAACCACGTTCACTTGCTTGGTCCCCATACTATGCTGCCTC
TTGTAATACGCCGTTGCAAACGTATCGATCATAAGCGTCCCCATCGCTGACAACATGGCG
ACAAAACCAGCAAACGGGAACTTACCAGCTGCGGTGCTCTCCAGACAAGGCGAGCTCAAT
CTCTCGAACGCGTCTGGTAATATATGGACGAACCCTGTACAGAGGATCACTCCCGCGGCG
AAAGCTTTCACCATGAAGAAGATATCGTTCTCCGGCTGTAACGCCGGGATCTTCTTCCCT
ATCAACGGTAGACTCACGCCGACACCTCCGGCCACAAGAAGCAAAGCTATCGAACCGAGC
TTCAACGTCGTTGCCTTCTCTGCTTCCTCTTGAGTTACAGCGTCATGTTCATCGTGACTT
GTACAATCACTAGACGCACAACATACATGCATACATATTATCAATATTACATAAACTCTC
AACATGTTTGTGAGAAAACAGCAACTGTATTCAGACATGAGTCTAGTTGTAGATATTTTT
TTTCTGGTTCTTGTCTTGTAAGAAAGTAAAGTGTC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 3

CO CL2230Contig1 1133 3 42 U
GTGGGGGAAAAAGGAACATTCTTTCTTTTGAGAAAGAGAAGACTCTCTAATGGCGCCTAA
GCTTCTCTCCTCCACTAACTTCAAATCTCTCTTCGACTCTGTCGACACTTTCCTCTTTGA
CTGCGATGGTGTTATATGGAAGGGGGATACGCTCATCGATGGCGTCCCTCAAACTCTCGA
CTTACTCCGATCCAAGGGTAAAAACATAGTCTTTGTGACGAACAACTCGATGAAATCGAG
GAGGCAATACGCAGAGAAGTTCCAACCTTTGGGTCTAACTTCTGTTACTCAGGAAGAGAT
ATTCTCTTCGTCTTTTGCGGCAGCCATGTACCTCAAAACCAACAACTTCCCCAAGGACAA
GAAGGTTTATGCGATCGGTGGAGAAGGCATTCTTGAGGAGCTTCAGCTTGCTGGTTTTAC
AGGTCTTGGTGGTCCTGAAGACGGTGAAAAGAAGGCAGAATGGAAATCAAACTGTCTCTT
TGAACATGATAAAACCGTGGGAGCTGTTGTGGTTGGATTAGACCCCAACATCAACTACTA
TAAGCTTCAGTATGGGACGCTATGTGTACGCGAGAATCCGGGATGTCTTTTCATTGCGAC
CAACCGTGATGCAGTTGGACATATGACCGATCTTCAAGAGTGGCCTGGTGCTGGTTGTAT
GGTTGCTGCCATGTGTGGTTCAACCGAAAGAGAACCAATAGTGGTTGGTAAACCAGCTAC
TTTCATGATGGACTTTCTGATGCAAAAATTTGGGACAGAAACGTCGAGAATGTGCATGGT
GGGTGATAGGCTCGACACTGATGTATTGTTTGGACAGAATGCTGGTTGCAAAACTCTCCT
CGTCCTAACAGGGTGTACAAGTGAGTCTAATCTACTAGACGAGATCAACAAGATTGAACC
AGACTATTACACAAGCATGGTCTCTGATATCACTAAACTTATGGACTCCCCCCATAGTAA
GTAAAGGGCATCATCACCATCTTGGTCTCTACCCTGAAACAGTTTTGGGTATATATGGCA
AAGATGAAATTTCTGATTTTTTTGCTTACTGTAATAATCAATCTGGTGATCTATACTATA
CGTCAACAGAAAACATAGCCTGCTAGCTTTAATAAAAAAGTTGAGTTGAATTC


BQ
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AC

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G
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TTTGCTTACTGTAATAATCAATCTGGTGATCTATACTATACGTCAACAGAAAACATAGCC
TGCTAGCTTTAATAAAAAAGTTGAGTTGAATTC

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DS 



AS 1 3

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ATGGTACAGGGCTCCAGAACTGTGTGGTTCATTTTTCTCAAAGTATACACCGGCGATAGA
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TAACAATATATATTGCCTTAAAATTCTTAATAAGCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 10 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H119TF U 1
AF RR3GT76TF U 221
AF RR3GT76JQ C 568
BS 1 381 RR3H119TF
BS 382 382 RR3GT76TF
BS 383 393 RR3H119TF
BS 394 394 RR3GT76TF
BS 395 468 RR3H119TF
BS 469 469 RR3GT76TF
BS 470 477 RR3H119TF
BS 478 478 RR3GT76TF
BS 479 483 RR3H119TF
BS 484 484 RR3GT76TF
BS 485 540 RR3H119TF
BS 541 541 RR3GT76TF
BS 542 605 RR3H119TF
BS 606 606 RR3GT76TF
BS 607 657 RR3H119TF
BS 658 658 RR3GT76TF
BS 659 748 RR3H119TF
BS 749 751 RR3GT76TF
BS 752 752 RR3H119TF
BS 753 753 RR3GT76TF
BS 754 754 RR3H119TF
BS 755 755 RR3GT76TF
BS 756 772 RR3H119TF
BS 773 773 RR3GT76TF
BS 774 796 RR3H119TF
BS 797 878 RR3GT76TF
BS 879 879 RR3GT76JQ
BS 880 888 RR3GT76TF
BS 889 889 RR3GT76JQ
BS 890 910 RR3GT76TF
BS 911 1356 RR3GT76JQ

RD RR3H119TF 796 0 0
GAGAGTTGCATTCAATGATACACCAACTGCTATATTCTGGACTGACTATGTAGCTACTAG
ATGGTACAGGGCTCCAGAACTGTGTGGTTCATTTTTCTCAAAGTATACACCGGCGATAGA
TATATGGAGCATAGGGTGCATCTTTGCGGAGCTTTTAACAGGGAAACCTCTTTTCCCTGG
TAAAAATGTGGTTCATCAGTTGGATCTGATGACTGATATGTTGGGAACTCCATCTGCGGA
AGCCATTGGAAGGGTGAGGAACGAAAAAGCTAGAAGATACTTAAGCAGCATGAGGAAGAA
GAAACCTATTCCTTTTTCACATAAGTTTCCACATGCTGATCCTCTCGCTCTTCGTCTTCT
AGAAAAGATGTTGTCTTTTGAGCCCAGGGACCGTCCTACAGCTGAAGAGGCCCTTGCGGA
TCCCTACTTCAAGGGTTTAGCTAAGGTTGAAAGAGAGCCATCTGCTCAGCCTGTAACGAA
GTTGGAATTCGAGTTCGAGAGGCGGAGGGTCACAAAAGAGGACGTGAGAGAGCTCATATA
TAGAGAGTCTCTTGAGTACCACCCAAAGATGTTGAAAGAATACTTGGATGGTTCTGAGCC
AACCAACTTTATGTACCCGAGTGCGGTGGAACATTTCAAGAAACAGTTTGCTTACCTAGA
GGAACACTACAAGAATGGTACTTCTCATACTCCCCCGGAGAGGCAGCAGCACGCATCATT
ACCTAGGGCTTGTGTTTTGTACTCCGAT***ACAGAATGGAGCGGGGGGACAGCAGAGTT
CAGTGGAAGTCACTGA

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3GT76TF 690 0 0
G
TGGGAACTCCATCTGCGGAAGCCATTGGAAGGGTGAGGAACGAAAAAGCTAGAAGATACT
TAAGCAGCATGAGGAAGAAGAAGCCTATTCCTTTTTCACATAAGTTTCCACATGCTGATC
CTCTCGCTCTTCGTCTTCTAGAAAAGATGTTGTCTTTTGAACCCAGGGACCGGCCT*CAG
CTGAAGAGGCCCTTGCGGATCCCTACTTCAAGGGTTTAGCTAAGGTTGAAAGAGAGCCAT
CTGCTCAACCTGTAACAAAGTTAGAATTCGAGTTCGAGAGGCGGAGGGTCACAAAAGAGG
ACGTGAGAGAGCTCATATACAGAGAGTCTCTTGAGTACCACCCAAAGATGTTGAAAGAAT
ACTTGGATGGTTCTGAGCCAACCATCTTTATGTACCCGAGTGCGGTGGAACATTTCAAGA
AACAGTTTGCTTACCTCGAGGAACACTACAAGAATGGTACTTCTCATACTCCCCCGGAGA
GGCAGCAGCACGCATCATTACCTAGGGCTTGTGTTTTGTACTCCGATAATAAAAAATGGA
GCGGGGGGACAACAGAGTTCAGTGGAAGTCACTGATGGACTCTCCAAGTGTAGCATCAGA
GACGAGAGACCGCGTGCAGACAGGAATGCGCATCGAATTCCTGTTAACGTCCCTCAA*CA
ATTCAAG*TGCTGCAGCAGTAGCTAGGCC

QA 2 690 2 690
DS 

RD RR3GT76JQ 789 0 0
AGATG
TGAAAGAATACTTGGATGGTTCTGAGCCAACCATCTTTATGTACCCGAGTGCGGTGGAAC
ATTTCAAGAAACAGTTTGCTTACCTCGAGGAACACTACAAGAATGGTACTTCTCATACTC
CCCCGGAGAGGCAGCAGCACGCATCATTACCTAGGGCTTGTGTTTTGTACTCCGATAATA
AA*AATGGAGCGGGGGGACAACAGAGTTCAGTGGAAGTCACTGATGGACTCTCCAAGTGT
AGCATCAGAGACGAGAGACCGCGTGCAGACAGGAATGCGCATCGAATTCCTGTTAACGTC
CCTCAAACAATTCAAGGTGCTGCAGCAGTAGCTAGGCCTGGAAAAGTAGTTGGGTCAGTG
TTACGCTATAACAACTTCGGAGGGGCAGCAACAGGAGTTGAAGCTCTTGAACAACAGCAG
CGTAGGATGGTTAGGAATCCGGTTGGTGTGGCTCAGTACCCAAAGAGAACTCAACCTTGC
AAAAGCAGCAGAGGAGATGAAGACTGCGACGCCGCCGCCGAAGGTTCGAGTAGATTGAAA
CAAAACCCTCAGTATATACCACAGAAAGTCGCTGCTGCACAAGATACTGCAATGAGCCGG
TGGTACTGAAGTTGATATGTTTTGTGTCTTGAAGAAGAAGCTTTACTACACGTCTCAAGT
AGAGTGGTGAGAAGAAAGATTTTTTCTTACAGGTCCTGTCATGTTATTTGTCTTGTTATC
TTGAAATGACCTTTGTCCTTTGACGTTGTAACAATATATATTGCCTTAAAATTCTTAATA
AGCC

QA 6 789 6 789
DS 



AS 1 4

CO CL2232Contig1 518 4 7 U
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GAAGAGAGGAAAATGGAGGTGGTGGTTGTGGAGCAAGTTGATGCGTTGGCTGCAGCAGCG
AGCGTAGCTGCGGCTGCGGCGGTGGAGGAGGAGGAATTGTGGGGCATGAGGCTGAAGGAC
GGAGACGTTGTCATCGACGAGATGATGACATGGAGCACTGTGTTGCCTTCATGTTGGGAC
GTGGAGTTTGTTGAGAAAAACTATGGAGTATTGTTCGAAGATGTTGTCTGGGAGGATGAT
CTTTGGAATCTGAGCACTTCCACTTAGCTCCCTCCTCCTTTAGATAACATAAGACAATAT
TGAACTCGGGAGATTCAAGATTTTTCAATCGATTCGGTTGTTCGGTCTTAGTATGAACCA
TATAGTGTACTTGTTTTGGTATGGTTTTTTCAGTTTTTGATCATGTTATCCTTAATTCGA
GGATTTTTTATAATGAAAAACCAAGTTGGTTTTGGGTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3D046JQ C 1
AF RR3D046TF U 86
AF RR3EM49JQ C 1
AF RR3EM49TF U 1
BS 1 85 RR3EM49TF
BS 86 192 RR3D046TF
BS 193 193 RR3EM49TF
BS 194 269 RR3D046TF
BS 270 270 RR3EM49TF
BS 271 507 RR3D046TF
BS 508 518 RR3D046JQ

RD RR3D046JQ 518 0 0
GGACATGCATTGACAATTTACATGAAGAGGGATAGAAAAAAACAGAAACTGGAGGTCAAG
GAGGAGAGGAAAATGGAGGTGGTGGTTGTGGAGCAAGTTGATGCGTTGGCTGCAGCAGCG
AGCGTAGCTGCGGCTGCGGCGGTGGAGGAGGAGGAATTGTGGGGCATGAGGCTGAAGGAC
GGAGACGTTGTCGTCGACGAGATGATGACATGGAGCACTGTGTTGCCTTCATGTTGGGAC
GTGGAGTTTGTTGAGAAAAACTATGGAGTGTTGTTCGAAGATGTTGTCTGGGAGGATGAT
CTTTGGAATCTGAGCACTTCCACTTAGCTCCCTCCTCCTTTAGATAACATAAGACAATAT
TGAACTCGGGAGATTCAAGATTTTTCAATCGATTCGGTTGTTCGGTCTTAGTATGAACCA
TATAGTGTACTTGTTTTGGTATGGTTTTTTCAGTTTTTGATCATGTTATCCTTAATTCGA
GGATTTTTTATAATGAAAAACCAAGTTGGTTTTGGGTT

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR3D046TF 433 0 0
TTGTGGAGCAAGTTGATGCGTTGGCTGCAGCAGCGAGCGTAGCTGCGGCTGCGGCGGTGG
AGGAGGAGGAATTGTGGGGCATGAGGCTGAAGGACGGAGACGTTGTCGTCGACGAGATGA
TGACATGGAGCACTGTGTTGCCTTCATGTTGGGACGTGGAGTTTGTTGAGAAAAACTATG
GAGTGTTGTTCGAAGATGTTGTCTGGGAGGATGATCTTTGGAATCTGAGCACTTCCACTT
AGCTCCCTCCTCCTTTAGATAACATAAGACAATATTGAACTCGGGAGATTCAAGATTTTT
CAATCGATTCGGTTGTTCGGTCTTAGTATGAACCATATAGTGTACTTGTTTTGGTATGGT
TTTTTCAGTTTTTGATCATGTTATCCTTAATTCGAGGATTTTTTATAATGAAAAACCAAG
TT
GGTTTTGGGTT

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR3EM49JQ 514 0 0
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GAAGAGAGGAAAATGGAGGTGGTGGTTGTGGAGCAAGTTGATGCGTTGGCTGCAGCAGCG
AGCGTAGCTGCGGCTGCGGCGGTGGATGAGGAGGAATTGTGGGGCATGAGGCTGAAGGAC
GGAGACGTTGTCATCGACGAGATGATGACATGGAGCACTGTGTTGCCTTCATGTTGGGAC
GTGGAGTTTGTTGAGAAAAACTATGGAGTATTGTTCGAAGATGTTGTCTGGGAGGATGAT
CTTTGGAATCTGAGCACTTCCACTTAGCTCCCTCCTCCTTTAGATAACATAAGACAATAT
TGAACTCGGGAGATTCAAGGTTTTTCAATCGATTCGGTTGTTCGGTTTTAGTATGAACCA
TATATTGTACTTGTTTTGGTATGGTTTTTTCAGTTTTTGATCATGTTATCCTTAATTCGA
GGATTTTTTATAATGAAAAACCAAGTT
TTTTTTT

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR3EM49TF 514 0 0
GGACATGCATAGACAATTTACATGAAGAGGGAGAGAAAAAAACAGAAACTGGAGGTCAAG
GAAGAGAGGAAAATGGAGGTGGTGGTTGTGGAGCAAGTTGATGCGTTGGCTGCAGCAGCG
AGCGTAGCTGCGGCTGCGGCGGTGGATGAGGAGGAATTGTGGGGCATGAGGCTGAAGGAC
GGAGACGTTGTCATCGACGAGATGATGACATGGAGCACTGTGTTGCCTTCATGTTGGGAC
GTGGAGTTTGTTGAGAAAAACTATGGAGTATTGTTCGAAGATGTTGTCTGGGAGGATGAT
CTTTGGAATCTGAGCACTTCCACTTAGCTCCCTCCTCCTTTAGATAACATAAGACAATAT
TGAACTCGGGAGATTCAAGGTTTTTCAATCGATTCGGTTGTTCGGTTTTAGTATGAACCA
TATATTGTACTTGTTTTGGTATGGTTTTTTCAGTTTTTGATCATGTTATCCTTAATTCGA
GGATTTTTTATAATGAAAAACCAAGTT
TTTTTTT

QA 1 507 1 507
DS 



AS 2 4

CO CL2233Contig1 308 2 3 U
AGGGCTTCATAAGCTGGTTTGCGGCTCTGCCTTCTTTTCTCTTCAACTTCTGGTCTCTCG
CATCCCGTTGATTTAAAAAAAAGACAGATACAAGATGATGTTGCTGCTCCACGAGCATGC
GTTTCCACGGTGTGTTAAATGTGTGTGTAAGGGGGTTTTTTCACGGTGTATAGTGACTGC
TTTTTCTTCTTATTCGGGTTTGGATCCAACATTCTTCTAAACCCATTACCAGGAAATTGG
GAATTGTTGTTCGTTTTGTTAAACACTTTGGGATCTATGATTGAAAGGAAAGTTCAGTTC
TTGTAGCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3D479JQ C 1
AF RR3D479TF U 1
BS 1 4 RR3D479JQ
BS 5 304 RR3D479TF
BS 305 308 RR3D479JQ

RD RR3D479JQ 308 0 0
AGGGCTTCATAAGCTGGTTTGCGGCTCTGCCTTCTTTTCTCTTCAACTTCTGGTCTCTCG
CATCCCGTTGATTTAAAAAAAAGACAGATACAAGATGATGTTGCTGCTCCACGAGCATGC
GTTTCCACGGTGTGTTAAATGTGTGTGTAAGGGGGTTTTTTCACGGTGTATAGTGACTGC
TTTTTCTTCTTATTCGGGTTTGGATCCAACATTCTTCTAAACCCATTACCAGGAAATTGG
GAATTGTTGTTCGTTTTGTTAAACACTTTGGGATCTATGATTGAAAGGAAAGTTCAGTTC
TTGTAGCC

QA 1 308 1 308
DS 

RD RR3D479TF 308 0 0
AGGG
CTTCATAAGCTGGTTTGCGGCTCTGCCTTCTTTTCTCTTCAACTTCTGGTCTCTCGCATC
CCGTTGATTTAAAAAAAAGACAGATACAAGATGATGTTGCTGCTCCACGAGCATGCGTTT
CCACGGTGTGTTAAATGTGTGTGTAAGGGGGTTTTTTCACGGTGTATAGTGACTGCTTTT
TCTTCTTATTCGGGTTTGGATCCAACATTCTTCTAAACCCATTACCAGGAAATTGGGAAT
TGTTGTTCGTTTTGTTAAACACTTTGGGATCTATGATTGAAAGGAAAGTTCAGTTCTTGT
AGCC

QA 5 304 5 304
DS 



CO CL2233Contig2 900 2 4 U
GGAAGCTTAATAGGGTTTCCTCATTCCCAGGCTCCATGACTTCCTGCGATTTCTCCCCCT
CTGCTTGATTCTCTCTCTCTCTCAGATTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGATGAATGT
GAGTCATGCATCGGTGCATCCGGTGGAAGATCCTCCTCCAGCTACAGCAGCCACACAACA
ACAAGTAGAGAATAATCATCCGCCACGTGTTAGGATGGATGATATAGAAGGCATGCCTGG
CACTTTACTCGGCGTCGCTCTTCGTTTCTTCCAGTTCTTCTTTGCTGCTGCTTCTCTTTC
CGTCATGGCTTCTACTTCTGACTTCCCTTCCGTCACCGCCTTCTGCTACCTAGTTGCAGC
CACTGGACTGCAGAGCTTGTGGAGTCTTGCACTAGCCGCCGTTGATGTCTATGCCATTAT
GGTCAAACGTTCGCTTCAGAACCGACGGCTTGTGGGCGTGTTTGCAATTGGCGATGGGGT
GACGTCGACCCTGACTTTTGCAGCGGCTTGTGCATCGGCAGGCATAACGGTGCTGATAGA
CAATGATCTGAATAGCTGCTCACAAAACCACTGTGTTCAGTTTGAAACATCAACAGCATT
AGCCTTCATAAGCTGGTTTGCTGCTTTGCCTTCTTTTCTCTTCAACTTCTGGTCTCTCGC
ATCCCGTTGATAAAAGACATACAAGATGATGTTGCTGCTCCACGAGCATGCGTTTCCACG
GTGTGTTAAATGTGTGTAAGGGGGTTTTGGGTTTTTTCACGGTGTATAGTGACTGCTTTT
TCTTCTTATCCGGGTTTGGATCCAACATTCTTCTAAACCCATTACCAGGAAATTGGGAAT
TGTTGTTCGTTTTGTTAAACACTTCGGGATCTATGATTGAAAGGAAAGTTCAGTTCTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E901TF U 1
AF RR3E901JQ C 157
BS 1 644 RR3E901TF
BS 645 645 RR3E901JQ
BS 646 668 RR3E901TF
BS 669 900 RR3E901JQ

RD RR3E901TF 668 0 0
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CTGCTTGATTCTCTCTCTCTCTCAGATTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGATGAATGT
GAGTCATGCATCGGTGCATCCGGTGGAAGATCCTCCTCCAGCTACAGCAGCCACACAACA
ACAAGTAGAGAATAATCATCCGCCACGTGTTAGGATGGATGATATAGAAGGCATGCCTGG
CACTTTACTCGGCGTCGCTCTTCGTTTCTTCCAGTTCTTCTTTGCTGCTGCTTCTCTTTC
CGTCATGGCTTCTACTTCTGACTTCCCTTCCGTCACCGCCTTCTGCTACCTAGTTGCAGC
CACTGGACTGCAGAGCTTGTGGAGTCTTGCACTAGCCGCCGTTGATGTCTATGCCATTAT
GGTCAAACGTTCGCTTCAGAACCGACGGCTTGTGGGCGTGTTTGCAATTGGCGATGGGGT
GACGTCGACCCTGACTTTTGCAGCGGCTTGTGCATCGGCAGGCATAACGGTGCTGATAGA
CAATGATCTGAATAGCTGCTCACAAAACCACTGTGTTCAGTTTGAAACATCAACAGCATT
AGCCTTCATAAGCTGGTTTGCTGCTTTGCCTTCTTTTCTCTTCA*CTTCTGGTCTCTCGC
ATCCCGTT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3E901JQ 744 0 0
TCCAGCTACAGCAGCCACACAACAACAAGTAGAGAATAATCATCCGCCACGTGTTAGGAT
GGATGATATAGAAGGCATGCCTGGCACTTTACTCGGCGTCGCTCTTCGTTTCTTCCAGTT
CTTCTTTGCTGCTGCTTCTCTTTCCGTCATGGCTTCTACTTCTGACTTCCCTTCCGTCAC
CGCCTTCTGCTACCTAGTTGCAGCCACTGGACTGCAGAGCTTGTGGAGTCTTGCACTAGC
CGCCGTTGATGTCTATGCCATTATGGTCAAACGTTCGCTTCAGAACCGACGGCTTGTGGG
CGTGTTTGCAATTGGCGATGGGGTGACGTCGACCCTGACTTTTGCAGCGGCTTGTGCATC
GGCAGGCATAACGGTGCTGATAGACAATGATCTGAATAGCTGCTCACAAAACCACTGTGT
TCAGTTTGAAACATCAACAGCATTAGCCTTCATAAGCTGGTTTGCTGCTTTGCCTTCTTT
TCTCTTCAACTTCTGGTCTCTCGCATCCCGTTGATAAAAGACATACAAGATGATGTTGCT
GCTCCACGAGCATGCGTTTCCACGGTGTGTTAAATGTGTGTAAGGGGGTTTTGGGTTTTT
TCACGGTGTATAGTGACTGCTTTTTCTTCTTATCCGGGTTTGGATCCAACATTCTTCTAA
ACCCATTACCAGGAAATTGGGAATTGTTGTTCGTTTTGTTAAACACTTCGGGATCTATGA
TTGAAAGGAAAGTTCAGTTCTTGT

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 3

CO CL2234Contig1 1187 3 5 U
AAGGAAACCTGTTGTAACTTCATAACAAGGAAACCTGTTGTAACTTCATAACTTACACAA
AGTCTTTGGGAAAAGATGTTTTGAAAATATCTAAAAAGAACCAAGAAAAAGGGTGAACTA
TTTGGAGGGACTGATGATGATCATTGGAAACAAAACAAAAAAAATTGTTTTCCTTCTTTT
GTTTTCCATACATATAAAAACACATCTATGTGTATAAATATTTTACTCTTCTGCCCTTCG
TTCTCCACTGTCTCTTCATTCTTCATGAGTCTTCTTACTAACCTCTTCCTCAGTACTCTT
AGATGATTCATCAAACGCCAACAACGGTTTGATGTCACCGTTCCAAAGGCAGTGAGAAGC
CAAGAACCCAATAACGGCTGGGACAATGTATAACAAAGCAGGCTGTGCTGCTTGAAACCA
GTTCATGACTACAATAGTGAGGACAACTCCAACAACGTATCCCACAAATGCACTTGTGAA
GTATTTTGGTTGACTACGTCTTGACACATCATATCGTAGAGCCAGTGCAACAAAAATTCC
AGGGATGACGATATCACCAAGCCCAAGCATGGAATAGGGTCTTAGAGCATCTCCCGTAGG
GAACAAAAGCTTTATCGGTGCATCAAAGGATTTGGCAACACTAACCATAACCGGAGTAAA
GAAAACCCAGAATATATCATAGAAAAACAGCCCAACCAAAAGGATGGCACCAGTCTTGAA
TGATCCAAGAGAGAGCATCTCAATTCCCTGAATGCAGAAGGAAAGGCCAAGGATGTTGTT
AGCGAGCCAATGTTTTTTCCAAGCATACCACGCACAGAAGAAGGTTCCAGGGATCCCGGC
GACAACTTGGGACTTTGTGAACTCTACCTCTAAAGATTTGAAATAAGGAAAAGGAAAACG
CCAGACGATAAGATTGTTATTCCAAGGTTTTGGAAGAAACCTGCTGATGCCAGGTAACAA
TGTCGCCGAAAGAGCGACGATCCCAAGAACAAAGAAGTAAGCAGTGAGCACAGCATTAAC
CAAGTCCTTTGAGAGAAACTTGAACAACAAGAAGAGTGAGAGAAGCATAGCACTCCCAAC
CAATGGAAAACGCATGGCATGCTCTTTGGACATCGTCTCAGTTGGAGGAGAATCCTTCAC
GGAACGAAAGCAACCCACGTAGACAGTGAGACATGCCGTAAGAACCC


BQ
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AF RR3DS42JQ U 16
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GATGATCATTGGAAACAAAACAAAAAAAATTGTTTTCCTTCTTTTGTTTTCCATACATAT
AAAAACACATCTATGTGTATAAATATTTTACTCTTCTGCCCTTCGTTCTCCACTGTCTCT
TCATTCTTCATGAGTCTTCTTACTAACCTCTTCCTCAGTACTCTTAGATGATTCATCAAA
CGCCAACAACGGTTTGATGTCACCGTTCCAAAGGCAGTGAGAAGCCAAGAACCCAATAAC
GGCTGGGACAATGTATAACAAAGCAGGCTGTGCTGCTTGAAACCGGTTCATGATTACAAT
AGTGAGGACAACTCCAACAACGTATCCCACAAATGCACTTGTGAAGTATTTTGGTTGACT
ACGTCTTGACACATCATATCGTAGAGCCAGTGCAACAAAAATTCCAGGGATGACGATATC
ACCAAGCCCAAGCATGGAATAGGGTCTTAGAGCATCTCCCGTAGGGAACAAAAGCTTTAT
CGGTGCATCAAAGGATTCGGCAACACTAACCATAACCGGAGTAAAGAAAACCCAGAATAT
ATCATAGAAAAACAGCCCAACCAAAAGGATGGCACCAGTCTTGA

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DS 

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CTTTATCGGTGCATCAAAGGATTTGGCAACACTAACCATAACCGGAGTAAAGAAAACCCA
GAATATATCATAGAAAAACAGCCCAACCAAAAGGATGGCACCAGTCTTGAATGATCCAAG
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GGACTTTGTGAACTCTACCTCTAAAGATTTGAAATAAGGAAAAGGAAAACGCCAGACGAT
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AAGAGCGACGATCCCAAGAACAAAGAAGTAAGCAGTGAGCACAGCATTAACCAAGTCCTT
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ACGCATGGCATGCTCTTTGGACATCGTCTCAGTTGGAGGAGAATCCTTCACGGAACGAAA
GCAACCCACGTAGACAGTGAGACATGCCGTAAGAACCC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 4

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GGCTTCTGCAATTACCGATTTATCTGATCATGGCGATCGTTGAGAAAGTCGGAGGAGCTG
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ATTCTATCCTGTGAAAGTTATGCCGTCCAAAACTGCTATTGCACCGGTTAACCCGACGTT
ATTGCCTAGGGTGAGAGACTTTTGTTTTTTTTTCTTCTGTTTCATCCCATTCTGAGTTCA
AAGTTATGTGCTCAAGACTCAAGACTAGTCCTGTTTTTGGCTCTTAGACTGAAGATGAGC
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ACATTAAACTCTTCTTTGAGGCTGTGTGTGGAGAGGCGTTACGTCTGAGGCTTTTGGGAG
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CGGCTCTCAATTGCAGTGGCGTGCTTCTTGGTTCTTTACCGATAAGGGTGAGTCCCTCAA
AGACACCTGTTCATTCCCGTGCTGTCCCTCGTCAACAACAGTAACAGCTACAAGTTTATT
ATACATATATATATATCTCTGCTCTCACCGGCATGTAAAGATGTTTGTCTGAAACTCTTA
AAGTCTTTTGTTTTCCACTGTGTAATGCTTGGAAGCTTGATGATGCTTCTGTTGTCTTTT
GCTTTGGGATACCTTTGGGTCGTAGGGAGTTTTAATTTCGATGTGGGTTTTAACTTTTAG
AGAAAAGAAGTTACACAGAGCAGAAGAGAGAAACACTGAGAGTGAGGTTTGAAGATTGTC
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ACCTGCTTTTGTTCGT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BA89TF U 1
AF RR3BA89JQ C 366
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AF RR3AB65JQ C 948
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ATACAGAGGTTGGTGCTGCGATCTCCACATCGCCGCCGTCTTCCGTCACTAGTCAAGGAT
CAGGAGATCAGGGTGAAAATGGTGAGCTCAGATCCGATGGTGGAGAGAGCTTCAAGCGTG
AGATGAGAGAGCTGAATGAGCTTTTAACTAAGCTTAACCCCATGGCTAAAGAGTTCGTTC
CTCCCTCCCTCACTAAGCAAGGAGCTAACGGTGGTTTCTTCACCGTCCCTGATTCTTTCC
CCGTCAACGAAGACGGCGGTTTTCGACGGAAGCCGTTCGGAGGACCACAAGGGAAACGGA
GGATGACCCTCGGACAAGTATGGCTCAGCGTGAAGACGTCATTCGAAGAACTGTCTATGT
GTCTGATATTGACCAACAGGTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTCATCGGCTTTGG
ACAGTTTGTTGACTGTCGCATTTGCGGGGACCCAAACTCAGTACTTAAGTTTGCTTTCAT
CGAGTTCACTGATGAAGTGGGTTCAAGAGCTGCGCTGAATCTGTCCGGGACGGTGCTGGG
ATTCTATCCTGTGAAAGTTATGCCGTCCAAAACTGCTATTGCACCGGTTAACCCGACGTT
ATTGCCTAGGGTGAGAGACTTTTGTTTTTTTTTCTTCTGTTTCATCCCATTCTGAGTTCA
AAGTTATGTGCTCAAGACTCAAGACTAGTCCTGTTTTTGGCTCTTAGACTGAAGATGAGC
GTGAGA*GTGTGCGAGAACTATCTATTGCACTAACATCGA

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DS 

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ACCCTCGGACAAGTATGGCTCAGCGTGAAGACGTCATTCGAAGAACTGTCTATGTGTCTG
ATATTGACCAACAGGTCACTGAGGAGCAGCTTGCTGGTTTGTTCATCGGCTTTGGACAGT
TTGTTGACTGTCGCATTTGCGGGGACCCAAACTCAGTACTTAAGTTTGCTTTCATCGAGT
TCACTGATGAAGTGGGTTCAAGAGCTGCGCTGAATCTGTCCGGGACGGTGCTGGGATTCT
ATCCTGTGAAGGTTATGCCGTCCAAAACTGCTATTGCACCGGTTAACCCGACGTTATTGC
CTAGGGTGAGAGACTTTTGTTTTTTTTTCTTCTGTTTCATCCCATTCTGAGTTCAAAGTT
ATGTGCTCAAGACTCAAGACTAGTCCTGTTTTTGGCTCTTAGACTGAAGATGAGCGTGAG
AAGTGTGCGAGAACTATCTATTGCACTAACATCGACAAGAAGGTTACTCAAACGGACATT
AAACTCTTCTTTGAGGCTGTGTGTGGAGAGGTGTTACGTCTGAGTCTTTTGGGAGATTAT
CATCATCCAACTAGAATCGGTTTCGTTGAGTTTGTCATGGCTGAAAGTGCAATAACGGCT
CTCAATTGCAGTGGCGTGCTTCTTGGTTCTTTACCGATAAGGGTGAGTCCCTCAAAGACA
CCTGTTCATTCCCGTGCTGTCCCTCGTCAACAACAGTAACAGCTACAAGTTTATTATACA
TATATATATATCTCTGCTCTCACCGGCATGTAAAGATGTTTGTCTGAAACTCTTAAAGTC
TTTTGTTTTCCACTGTGTAATGCTTGGAAGCTTGATGATGCTTCTGTTGTCT

QA 1 892 1 892
DS 

RD RR3AB65TF 538 0 0
G
GGCTGTGTGTGGAGAGGCGTTACGTCTGAGGCTTTTGGGAGATTATCATCATCCAACTAG
AATCGGTTTCGTTGAGTTTGCCATGGCTGAAAGTGCAATAACGGCTCTCAATTGCAGTGG
CGTGCTTCTTGGTTCTTTACCGATAAGGGTGAGTCCCTCAAAGACACCTGTTCATTCCCG
TGCTGTCCCTCGTCAACAACAGTAACAGCTACAAGTTTATTATACATATATATATATCTC
TGCTCTCACCGGCATGTAAAGATGTTTGTCTGAAACTCTTAAAGTCTTTTGTTTTCCACT
GTGTAATGCTTGGAAGCTTGATGATGCTTCTGTTGTCTTTTGCTTTGGGATACCTTTGGG
TCGTAGGGAGTTTTAATTTCGATGTGGGTTTTAACTTTTAGAGAAAAGAAGTTACACAGA
GCAGAAGAGAGAAACACTGAGAGTGAGGTTTGAAGATTGTCTCTGTTTAATGGGAGTTTT
TAGTTATTTATACTGTTGTGTTGGTCATGGACTTATTAGAAACCTGCTTTTGTTCGT

QA 2 538 2 538
DS 

RD RR3AB65JQ 509 0 0
AGG
CTTTTGGGAGATTATCATCATCCAACTAGAATCGGTTTCGTTGAGTTTGCCATGGCTGAA
AGTGCAATAACGGCTTTCAATTGCAGTGGCGTGCTTTTTGGTTCTTTACCGATAAGGGTG
AGTCCCTCAAAGACACCTGTTCATTCCCGTGCTGTCCCTCGTCAACAACAGTAACAGCTA
CAAGTTTATTATACATATATATATATTTTTGCTCTCACCGGCATGTAAAGATGTTTGTTT
GAAACTTTTAAAGTTTTTTGTTTTCCACTGTGTAATGCTTGGAAGCTTGATGATGCTTCT
GTTGTCTTTTGCTTTGGGATACCTTTGGGTCGTAGGGAGTTTTAATTTCGATGTGGGTTT
TAACTTTTAGAGAAAAGAAGTTACACAGAGCAGAAGAGAGAAACACTGAGAGTGAGGTTT
GAAGATTGTTTTTGTTTAATGGGAGTTTTTAGTTATTTATACTGTTGTGTTGGTCATGGA
CTTATTAGAAACCTGCTTTTGTTCGT

QA 4 509 4 509
DS 



AS 1 4

CO CL2236Contig1 1176 4 7 U
GGGGCGTTCGTTTCATTATTCTCTGAGAACTGAGAAGCAAATCGCAGCGGACGACGGTTC
TCGGCGTGTATAGGCGTCGCGGTTTACTTTCTGTTAACGATCGGCTTCTCCTCGGTTACC
TGATCACTCCCTCTGTCTACTCTCTCTATCTTCATCATCAGTCCATCGCTGTCAACTCTC
TTTCAAGCTTCTCTGAGTGCGAGTTGGTCAACAGCAGGATACTGTAGCAATACTGAACAA
GATGGATCATGAAAATGGATATGGTGTGGAAGTCACTGGGCTATCTCCAGCCGTTACTGA
GAAAGATCTCATCGACTTCTTCTCCTTCTCTGGTTCAATCGAACATATTGATATTGTCAG
GTCGGGTGAGCAAGCGTGCACTGCGTATGTGATGTTCAAGGATTCTTACTCTCAGGAAAC
TGCCGTCTTACTCAGTGGGGCAACCATATTGGAGCAGCGAGTTTGCATAACTCGTTGGGG
ACAGCATCACGAGGAGTTTGACTTCTGGAACGCCACTCAGCGGGGTTTTGTAGATGACAC
AAACTCACATCCTCATCCTCAACGAGGCGAGTTCAACGCCGGAGAAGCAGTGACAAAAGC
TCAAGAAGTGGTGAGAACAATGCTGGCCACCGGATTCGTGCTGGGCAAAGACGCTTTAGC
CAAAGCTAAAGGCTTCGACGAATCCCACGGTGTATCGGCTGCAGCAGCGGCTAGAGTATC
TCAACTAGACCAGAGGATCGGTCTCACTGACAAAATATTTGCCGGAGTTGAAGCTGTCAG
ACTGACCGACCAGAAGTACCAGGTTTCAGACAAAGTAAAATCAGCCGCCTCTGCTACAGG
AAGAACCGCGGCAGCAGCTGCAACTAGTGTTGTCAATAGCAGTTACTTCTCCAGCGGAGC
TCTCTGGCTATCGGGTGCGTTAGAGCGTGCGGCTAAGGCTGCATCTGATCTTGGTAGCCG
TGGCTCAAGGCAGTGATGTGAATAGATACGAACTGATCAGAATCATATACATGCATTTAT
AAAAAAAACTCCCGGCTTCGTACTTGTGTGCACCACCATCCAATAATTAGTTTACCCAAT
GACCCCTGATTTGATTTGTATGCAAAAATGTTATAAGAAGGGTGAATCTCCTGACTTCAG
AAGCGATTTACCTCAGAAGCATATAATTGATTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI50TF U 16
AF RR3B154TF U 1
AF RR3GI50JQ C 447
AF RR3B154JQ C 952
BS 1 174 RR3B154TF
BS 175 175 RR3GI50TF
BS 176 464 RR3B154TF
BS 465 465 RR3GI50TF
BS 466 799 RR3B154TF
BS 800 1136 RR3GI50JQ
BS 1137 1176 RR3B154JQ

RD RR3GI50TF 664 0 0
GG
ATTCTCTGAGAACTGAGAAGCAAATCGCAGCGGACGACGGTTCTCGGCGTGTATAGGCGT
CGCGGTTTACTTTCTGTTAACGATCGGCTTCTCCTCGGTTACCTGATCACTCCCTCTGTC
TACTCTCTCTATCTTCATCATCAGTCCATCGCTGTCAACTCTCTTTCAAGCTTCTCTGAG
TGCGAGTTGGTCAACAGCAGGATACTGTAGCAATACTGAACAAGATGGATCATGAAAATG
GATATGGTGTGGAAGTCACTGGGCTATCTCCAGCCGTTACTGAGAAAGATCTCATCGACT
TCTTCTCCTTCTCTGGTTCAATCGAACATATTGATATTGTCAGGTCGGGTGAGCAAGCGT
GCACTGCGTATGTGATGTTCAAGGATTCTTACTCTCAGGAAACTGCCGTCTTACTCAGTG
GGGCAACCATATTGGAGCAGCGAGTTTGCATAACTCGTTGGGGACAGCATCACGAGGAGT
TTGACTTCTGGAACGCCACTCAGCGGGGTTTTGTAGATGACACAAACTCACATCCTCATC
CTCAACGAGGCGAGTTCAACGCCGGAGAAGCAGTGACAAAAGCTCAAGAAGTGGTGAGAA
CAATGCTGGCCACCGGATTCGTGCTGGGCAAAGACGCTTTAGCCAAAGCTAA*GGCTTCG
AC

QA 3 664 3 664
DS 

RD RR3B154TF 799 0 0
GGGGCGTTCGTTTCATTATTCTCTGAGAACTGAGAAGCAAATCGCAGCGGACGACGGTTC
TCGGCGTGTATAGGCGTCGCGGTTTACTTTCTGTTAACGATCGGCTTCTCCTCGGTTACC
TGATCACTCCCTCTGTCTACTCTCTCTATCTTCATCATCAGTCCATCGCTGTCATCTCTC
TTTCAAGCTTCTCTGAGTGCGAGTTGGTCAACAGCAGGATACTGTAGCAATACTGAACAA
GATGGATCATGAAAATGGATATGGTGTGGAAGTCACTGGGCTATCTCCAGCCGTTACTGA
GAAAGATCTCATCGACTTCTTCTCCTTCTCTGGTTCAATCGAACATATTGATATTGTCAG
GTCGGGTGAGCAAGCGTGCACTGCGTATGTGATGTTCAAGGATTCTTACTCTCAGGAAAC
TGCCGTCTTACTCAGTGGGGCAACCATATTGGAGCAGCGAGTTTACATAACTCGTTGGGG
ACAGCATCACGAGGAGTTTGACTTCTGGAACGCCACTCAGCGGGGTTTTGTAGATGACAC
AAACTCACATCCTCATCCTCAACGAGGCGAGTTCAACGCCGGAGAAGCAGTGACAAAAGC
TCAAGAAGTGGTGAGAACAATGCTGGCCACCGGATTCGTGCTGGGCAAAGACGCTTTAGC
CAAAGCTAAAGGCTTCGACGAATCCCACGGTGTATCGGCTGCAGCAGCGGCTAGAGTATC
TCAACTAGACCAGAGGATCGGTCTCACTGACAAAATATTTGCCGGAGTTGAAGCTGTCAG
ACTGACCGACCAGAAGTAC

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3GI50JQ 694 0 0
TATTGGAGCAGCGAGTTTGCATAACTCGTTGGGGACAGCATCACGAGGAGTTTGACTTCT
GGAACGCCACTCAGCGGGGTTTTGTAGATGACACAAACTCACATCCTCATCCTCAACGAG
GCGAGTTCAACGCCGGAGAAGCAGTGACAAAAGCTCAAGAAGTGGTGAGAACAATGCTGG
CCACCGGATTCGTGCTGGGCAAAGACGCTTTAGCCAAAGCTAAAGGCTTCGACGAATCCC
ACGGTGTATCGGCTGCAGCAGCGGCTAGAGTATCTCAACTAGACCAGAGGATCGGTCTCA
CTGACAAAATATTTGCCGGAGTTGAAGCTGTCAGACTGACCGACCAGAAGTACCAGGTTT
CAGACAAAGTAAAATCAGCCGCCTCTGCTACAGGAAGAACCGCGGCAGCAGCTGCAACTA
GTGTTGTCAATAGCAGTTACTTCTCCAGCGGAGCTCTCTGGCTATCGGGTGCGTTAGAGC
GTGCGGCTAAGGCTGCATCTGATCTTGGTAGCCGTGGCTCAAGGCAGTGATGTGAATAGA
TACGAACTGATCAGAATCATATACATGCATTTATAAAAAAAACTCCCGGCTTCGTACTTG
TGTGCACCACCATCCAATAATTAGTTTACCCAATGACCCCTGATTTGATTTGTATGCAAA
AATGTTATAAGAAGGGTGAATCTCCTGACT
ACAA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3B154JQ 225 0 0
TGGTAGCCGTGGCTCAAGGCAGTGATGTGAATAGATACGAACTGATCAGAATCATATACA
TGCATTTATAAAAAAAACTCCCGGCTTCGTACTTGTGTGCCCCCCCATCCAATAATTAGT
TTACCCAATGACCCCTGATTTGATTTGTATGCAAAAATGTTATAAGAAGGGTGAATCTCC
TGACTTCAGAAGCGATTTACCTCAGAAGCATATAATTGATTTACC

QA 1 225 1 225
DS 



AS 1 2

CO CL2237Contig1 1104 2 2 U
GGCCCATCGGCCGTCCCTCTAACCATTAGGACAACTCAGTTCTCGCCAAAGCGAAACCCT
AATCCACCGTTTGAGCAGAGAGATGCTGCGAGTAGCAGGAAGGAGGCTTTTTTCTCTTTC
GCAGAGATCTTCCACCGTCTCCTCCTTCGCGCTTTCCCGAGACCATACCTTATCCGATGG
CGGCGTCGACGACTCATCTCCATCCCCCAGATCTGTCTCCTCTACCGATCTCTCACGTTT
CGATTCTTACCACCGGAGCCTCATGAGAGGTTTCTCTTCTCAAGTCCTTACTCAGGGGAA
TGAGGTAGGTTTCGGTACGGAACCTGCCACCGTTGAGGCCGTCAAGACACCTAACTCGAA
GATTGTCTATGATGACCACAACCACGAGCGTTACCCACCTGGTGACCCTAGCAAGCTTGC
CTTCGCCTATTTCGTCTTGTCCGGTGGGAGGTTTGCCTACGCCTCTGTTCTCCGCCTTCT
TGTCCTGAAGCTTATCGTCAGCATGTCCGCGAGTAAAGATGTCCTCGCCCTTGCGTCCCT
CGAGGTCGACCTCGGGAGCATCGAGCCGGGAACTACTGTCACAGTGAAGTGGCGTGGAAA
GCCGGTGTTCATCAGGAGAAGAACAGAAGATGACATCAAGCTGGCGAACAGTGTGGATCT
TGGATCTTTGAGAGACCCGCAGGAGGACTCGGTGAGGGTAAAGAATCCGGAGTGGTTGGT
GGTTGTTGGAGTCTGCACTCACTTGAGGTGCATCCCTTTGCCGAATGCTGGTGATTACGG
TGGTTGGTTTTGTCCGTGTCACGGATCGCATTACGATATCTCTGGAAGGATTAGGAAAGG
TCCTGCACCGTATAACCTGTAAGTGCCAACCTACAGTTTCTTGGAAGAGAATAAGTTACT
CATTGGTTGATGATTGAATAAAAAGCACAACAGTCAGCGAACTACATCTGTTTGTTTCTC
TCTTTTCTTTTCTTTTTTCTATATTCCGGCAATGTTAAGAGCAAGATTGTCTTGTTTTTG
CTGAATAATTGAAACCGTTGTCATATTTATTGAACTGTGTTACTCGAGCTCTGTTTTTCG
ATAATGATGAAAGACTCTATGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DN34TF U 1
AF RR3DN34JQ C 480
BS 1 594 RR3DN34TF
BS 595 1104 RR3DN34JQ

RD RR3DN34TF 594 0 0
GGCCCATCGGCCGTCCCTCTAACCATTAGGACAACTCAGTTCTCGCCAAAGCGAAACCCT
AATCCACCGTTTGAGCAGAGAGATGCTGCGAGTAGCAGGAAGGAGGCTTTTTTCTCTTTC
GCAGAGATCTTCCACCGTCTCCTCCTTCGCGCTTTCCCGAGACCATACCTTATCCGATGG
CGGCGTCGACGACTCATCTCCATCCCCCAGATCTGTCTCCTCTACCGATCTCTCACGTTT
CGATTCTTACCACCGGAGCCTCATGAGAGGTTTCTCTTCTCAAGTCCTTACTCAGGGGAA
TGAGGTAGGTTTCGGTACGGAACCTGCCACCGTTGAGGCCGTCAAGACACCTAACTCGAA
GATTGTCTATGATGACCACAACCACGAGCGTTACCCACCTGGTGACCCTAGCAAGCTTGC
CTTCGCCTATTTCGTCTTGTCCGGTGGGAGGTTTGCCTACGCCTCTGTTCTCCGCCTTCT
TGTCCTGAAGCTTATCGTCAGCATGTCCGCGAGTAAAGATGTCCTCGCCCTTGCGTCCCT
CGAGGTCGACCTCGGGAGCATCGAGCCGGGAACTACTGTCACAGTGAAGTGGCG

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3DN34JQ 625 0 0
TTGTCCTGAAGCTTATCGTCAGCATGTCCGCGAGTAAAGATGTCCTCGCCCTTGCGTCCC
TCGAGGTCGACCTCGGGAGCATCGAGCCGGGAACTACTGTCACAGTGAAGTGGCGTGGAA
AGCCGGTGTTCATCAGGAGAAGAACAGAAGATGACATCAAGCTGGCGAACAGTGTGGATC
TTGGATCTTTGAGAGACCCGCAGGAGGACTCGGTGAGGGTAAAGAATCCGGAGTGGTTGG
TGGTTGTTGGAGTCTGCACTCACTTGAGGTGCATCCCTTTGCCGAATGCTGGTGATTACG
GTGGTTGGTTTTGTCCGTGTCACGGATCGCATTACGATATCTCTGGAAGGATTAGGAAAG
GTCCTGCACCGTATAACCTGTAAGTGCCAACCTACAGTTTCTTGGAAGAGAATAAGTTAC
TCATTGGTTGATGATTGAATAAAAAGCACAACAGTCAGCGAACTACATCTGTTTGTTTCT
CTCTTTTCTTTTCTTTTTTCTATATTCCGGCAATGTTAAGAGCAAGATTGTCTTGTTTTT
GCTGAATAATTGAAACCGTTGTCATATTTATTGAACTGTGTTACTCGAGCTCTGTTTTTC
GATAATGATGAAAGACTCTATGTTC

QA 1 625 1 625
DS 



AS 2 4

CO CL2238Contig1 969 2 4 U
GGATTGATTGCTTCCTTCCATGGAGACTCCTAAAATCTCAAAGCTTGACGACAAGCGAAT
CACCGAACCGAGGATGATGATGAAGAAGAAGAGAATGAAACATGAGTTTCTCACATCTCT
TAACAATCTCGATGATGGTGGCCTCATGCACATCCTCAGCTTCCTCTCTCCAATTCCTGA
TAGGTATAACACAGCACTCGTTTGCCACAGATGGAGATATCTGGCTTGTCACCCTCGCTT
GTGGTTACGAGTCGACCCTTTTGTGAAGGATTTATCGCCACTCCCTGGAGTTTTCCATGA
CATTGAGTCTGCTGTATCTGCTGCCAGACCTGGTGATACCATTTTAATAGGAGCTGGTGG
AAGTCATCGCGTTTCTAATATTCAGATTAAAAAGCCTATTTGCCTGATTGGTGGTGGCGA
GATTCCTGATGAAACCACCCTTGTATGTTCTAGAGGATCAGACAGTGCCCTGGAGTTGCT
ATCAACCTGCAAACTAGCGAATCTAACAGTAAAAGCCGAGCTTGGCTGCTGCTTGCTTCA
CAGGAGCGGAAGGATAACGATTGATGGATGCGTGCTTCAATGTGAAACAAACCCTTTGGA
CCATCTCTCATGCCCAATCGTGAGCACTGCTGGAGAAGAAGAAGATAACTTGAGCAGACA
TGTGGAACTGAAGGAAACCGTTGTTGAAAAGATTAAGGGAAACAGTGTGACTGTTTTGCA
GACAAGGATAGAGGGAGGTGCAAAGGCTGTTGCTACAAGCGGAGACTTGGTACTGCAGCG
TGTTCGAGTCATGTACTCGAAGGCTTACCTCTACTTCTAGTTTGACGTAGATCATGAGTG
AAAGTGATCTCTCTGTTGTATGTTAGATTAATTACTGCCTTCTTTTTCTTTCTTCAACCT
GTAACATTCGTAATATTATGTGGGATGGTGGTCATCTATCATCATCATCATTATCTCCCT
TTGTACTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC02TF U 1
AF RR3DC02JQ C 89
BS 1 139 RR3DC02TF
BS 140 140 RR3DC02JQ
BS 141 637 RR3DC02TF
BS 638 969 RR3DC02JQ

RD RR3DC02TF 637 0 0
GGATTGATTGCTTCCTTCCATGGAGACTCCTAAAATCTCAAAGCTTGACGACAAGCGAAT
CACCGAACCGAGGATGATGATGAAGAAGAAGAGAATGAAACATGAGTTTCTCACATCTCT
TAACAATCTCGATGATGGTTGCCTCATGCACATCCTCAGCTTCCTCTCTCCAATTCCTGA
TAGGTATAACACAGCACTCGTTTGCCACAGATGGAGATATCTGGCTTGTCACCCTCGCTT
GTGGTTACGAGTCGACCCTTTTGTGAAGGATTTATCGCCACTCCCTGGAGTTTTCCATGA
CATTGAGTCTGCTGTATCTGCTGCCAGACCTGGTGATACCATTTTAATAGGAGCTGGTGG
AAGTCATCGCGTTTCTAATATTCAGATTAAAAAGCCTATTTGCCTGATTGGTGGTGGCGA
GATTCCTGATGAAACCACCCTTGTATGTTCTAGAGGATCAGACAGTGCCCTGGAGTTGCT
ATCAACCTGCAAACTAGCGAATCTAACAGTAAAAGCCGAGCTTGGCTGCTGCTTGCTTCA
CAGGAGCGGAAGGATAACGATTGATGGATGCGTGCTTCAATGTGAAACAAACCCTTTGGA
CCATCTCTCATGCCCAATCGTGAGCACTGCTGGAGAA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3DC02JQ 881 0 0
GAAGAG
ATGAAACATGAGTTTCTCACATCTCT*AACAATCTCGATGATGGTG**CTCATGCACA*C
CTCAGCT*CCTCTCTCCAATTC*TGATAGGTATAACACAGCACTCGTT*GCCACAGATGG
AGATATCTGGCTTGTCACCCTCGCTTGTGGTTACGAGTCGACCCTTTTGTGAAGGATTTA
TCGCCACTCCCTGGAGTTTTCCATGACATTGAGTCTGCTGTATCTGCTGCCAGACCTGGT
GATACCATTTTAATAGGAGCTGGTGGAAGTCATCGCGTTTCTAATATTCAGATTAAAAAG
CCTATTTGCCTGATTGGTGGTGGCGAGATTCCTGATGAAACCACCCTTGTATGTTCTAGA
GGATCAGACAGTGCCCTGGAGTTGCTATCAACCTGCAAACTAGCGAATCTAACAGTAAAA
GCCGAGCTTGGCTGCTGCTTGCTTCACAGGAGCGGAAGGATAACGATTGATGGATGCGTG
CTTCAATGTGAAACAAACCCTTTGGACCATCTCTCATGCCCAATCGTGAGCACTGCTGGA
GAAGAAGAAGATAACTTGAGCAGACATGTGGAACTGAAGGAAACCGTTGTTGAAAAGATT
AAGGGAAACAGTGTGACTGTTTTGCAGACAAGGATAGAGGGAGGTGCAAAGGCTGTTGCT
ACAAGCGGAGACTTGGTACTGCAGCGTGTTCGAGTCATGTACTCGAAGGCTTACCTCTAC
TTCTAGTTTGACGTAGATCATGAGTGAAAGTGATCTCTCTGTTGTATGTTAGATTAATTA
CTGCCTTCTTTTTCTTTCTTCAACCTGTAACATTCGTAATATTATGTGGGATGGTGGTCA
TCTATCATCATCATCATTATCTCCCTTTGTACTTC

QA 7 881 7 881
DS 



CO CL2238Contig2 837 2 2 U
GGATTGATTGATTGCTTCCTTCCATGGAGACTCCTAAAATCTCGAAGCTTGACAGGCGAC
TCACCGAACCGAGGATGAAAAAGAAGAGAATGAAGCATGAGTTTCTCACATCTCTTAACA
ATCTCGATGATGGTTGCCTCATGCACATCCTCAGCTTCCTCTCTCCAATTCCTGATAGGT
ATAACACAGCACTCGTTTGCCACAGATGGAGATATCTGGCTTGTCACCCTCGCTTGTGGT
TACGAGTCGACCCTTTTGTGAAGGATTTATCATCACTCCCTGGAGTTTTCCATGACATTG
AGTCTGCTGTATCTCCTGCAAGATTGGTGGTGGCGAGATTCCTGATGAAACCACTCTTGT
ATGTTCTAGAGGATCAGACAGTGCCCTGGAGTTGCTATCAACCTGCAAGCTAGCGAATCT
AACAGTAAAAGCCGAGCTTGGCTGCTGCTTGCTTCACAGGAGTGGAAGGCTAACGATCGA
TGGATGCGTGCTTCAATGTGAAACGAACCCTTTGGACCATCTCTCATGCCCAATCGTGAG
CACTGCTGGAGAAGAAGATAACTTGAGCAGCAGCCATGTGGAAGTGAAGGAAACCGTTGT
TGAAAAGATTAAGGGAAACAGTGTGACTGTTTTGCAGACAAGGATAGAGGGAGGTGCAAA
GGCTGTTGCTACAAGCGGAGACTTGGTACTGCAGCGTGTTCGAGTCATGTACTCGAAGGC
TTACCTCTACTTCTGGTTTGATGTAGATCATGAGTGGAAGGTGATCTCTCTGTTGTATGT
TAGATTAATTACTGCCCTTCTTTTTCTTCAATCTGTAACATTCGTAATATTATGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY66TF U 1
AF RR3DY66JQ C 321
BS 1 586 RR3DY66TF
BS 587 837 RR3DY66JQ

RD RR3DY66TF 586 0 0
GGATTGATTGATTGCTTCCTTCCATGGAGACTCCTAAAATCTCGAAGCTTGACAGGCGAC
TCACCGAACCGAGGATGAAAAAGAAGAGAATGAAGCATGAGTTTCTCACATCTCTTAACA
ATCTCGATGATGGTTGCCTCATGCACATCCTCAGCTTCCTCTCTCCAATTCCTGATAGGT
ATAACACAGCACTCGTTTGCCACAGATGGAGATATCTGGCTTGTCACCCTCGCTTGTGGT
TACGAGTCGACCCTTTTGTGAAGGATTTATCATCACTCCCTGGAGTTTTCCATGACATTG
AGTCTGCTGTATCTCCTGCAAGATTGGTGGTGGCGAGATTCCTGATGAAACCACTCTTGT
ATGTTCTAGAGGATCAGACAGTGCCCTGGAGTTGCTATCAACCTGCAAGCTAGCGAATCT
AACAGTAAAAGCCGAGCTTGGCTGCTGCTTGCTTCACAGGAGTGGAAGGCTAACGATCGA
TGGATGCGTGCTTCAATGTGAAACGAACCCTTTGGACCATCTCTCATGCCCAATCGTGAG
CACTGCTGGAGAAGAAGATAACTTGAGCAGCAGCCATGTGGAAGTG

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3DY66JQ 517 0 0
A
GATTGGTGGTGGCGAGATTCCTGATGAAACCACTCTTGTATGTTCTAGAGGATCAGACAG
TGCCCTGGAGTTGCTATCAACCTGCAAGCTAGCGAATCTAACAGTAAAAGCCGAGCTTGG
CTGCTGCTTGCTTCACAGGAGTGGAAGGCTAACGATCGATGGATGCGTGCTTCAATGTGA
AACGAACCCTTTGGACCATCTCTCATGCCCAATCGTGAGCACTGCTGGAGAAGAAGATAA
CTTGAGCAGCAGCCATGTGGAAGTGAAGGAAACCGTTGTTGAAAAGATTAAGGGAAACAG
TGTGACTGTTTTGCAGACAAGGATAGAGGGAGGTGCAAAGGCTGTTGCTACAAGCGGAGA
CTTGGTACTGCAGCGTGTTCGAGTCATGTACTCGAAGGCTTACCTCTACTTCTGGTTTGA
TGTAGATCATGAGTGGAAGGTGATCTCTCTGTTGTATGTTAGATTAATTACTGCCCTTCT
TTTTCTTCAATCTGTAACATTCGTAATATTATGTGG

QA 2 517 2 517
DS 



AS 1 4

CO CL2239Contig1 832 4 4 U
GGAGAACACCTTGTGCTTCTCCTCGATGAACTTCTCAATCGCGAATTGGCTAGATCCAAT
TCTCTCCTTCAACAATACAATCGCATCATTGATCATCTTCTTCGGCTTCGCTTCCTTAAC
TTTCTTCGTCGTTTTGCCTCCCTTCGCAGCAGGCTCCGTCGTAACCGTCGTGTTGATTCC
ATCCACAGGAGGAGGGATATTCTCTTTTTGAACCAATCTCCATGATCCGTTTCAAGCTCA
AGGCTAGTTACATGGAAGACATAGACAATTTTGCTATCTACTACGTCGTCCGTGTGCTGT
TCTATCAGTTCTGATCCACCCATCAACACATCACCATATAATCAATAAGATCTGTTGGAC
CTTCTGAGTTTACCTTGAAGCTGTTTCAGTTCTTTTTCAGCTTAGAGTCATACAAAAACT
AAGAGAATCTCCAACAGACTAGAACTATCTTCACCTCTGCAGATGTCTCGAGTCATCTAC
TCACCTATCTCAGCAAGACACAGCCCTGAAGCAGCTGCTTGTTTCAGGAACATAGTACAA
ACAATGAGGACTGAAGCTCAGCATCAGTGAATGGAACAGAAGCTTGATGCCAGTTAAGCC
ATTCGAAATAAGGATCATCAAGACATTCAGGTAGGCAAAGACCATGGTCTATAGGCACAA
GCTCAGCAGCTCCAACTCCATTGTAACAACAACTCTCATCTTGGTCATGTATCTTCTTCA
CTAAAAGTTATTTCAAAAAAAATAATAATAATCACCAAAATTCTCATCTTGGTCATGTTA
CTAGTTATCTTCTTCACTGAAACTCTCATCTTGGTCATGTTACTAGTTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CC64TF U 1
AF RR3AW96TF U 411
AF RR3AW96JQ C 13
AF RR3CC64JQ C 281
BS 1 523 RR3CC64TF
BS 524 588 RR3AW96TF
BS 589 763 RR3AW96JQ
BS 764 832 RR3CC64JQ

RD RR3CC64TF 523 0 0
GGAGAACACCTTGTGCTTCTCCTCGATGAACTTCTCAATCGCGAATTGGCTAGATCCAAT
TCTCTCCTTCAACAATACAATCGCATCATTGATCATCTTCTTCGGCTTCGCTTCCTTAAC
TTTCTTCGTCGTTTTGCCTCCCTTCGCAGCAGGCTCCGTCGTAACCGTCGTGTTGATTCC
ATCCACAGGAGGAGGGATATTCTCTTTTTGAACCAATCTCCATGATCCGTTTCAAGCTCA
AGGCTAGTTACATGGAAGACATAGACAATTTTGCTATCTACTACGTCGTCCGTGTGCTGT
TCTATCAGTTCTGATCCACCCATCAACACATCACCATATAATCAATAAGATCTGTTGGAC
CTTCTGAGTTTACCTTGAAGCTGTTTCAGTTCTTTTTCAGCTTAGAGTCATACAAAAACT
AAGAGAATCTCCAACAGACTAGAACTATCTTCACCTCTGCAGATGTCTCGAGTCATCTAC
TCACCTATCTCAGCAAGACACAGCCCTGAAGCAGCTGCTTGTT

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR3AW96TF 178 0 0
TACAAAAACTAAGAGGATCTCCAACAGACTAGAACTATCTTCACCTCTGCAGATGTCTCG
AGTCGTCTACTCACCTATCTCAGCAAGACACAGCCCTGAAGCAGCTGCTTGTTTCAGGAA
CATAGTACAAACAATGAGGACTGAAGCTCAGCATCAGTGAATGGAACAGAAGCTTGAT

QA 1 178 1 178
DS 

RD RR3AW96JQ 753 0 0
GTGCTTCTCCTCGATGAACTTCTCAATCGCGAATTGGCTAGATCCAATTCTCTCCTTCAA
CAATACAATCGCATCATTGATCATCTTCTTCGGCTTCGCTTCCTTAACTTTCTTCGTCGT
TTTGCCTCCCTTCGCAGCAGGCTCCGTCGTAACCGTCGTGTTGATTCCATCCACAGGAGG
AGGGATATTCTCTTTTTGAACCAATCTCCATGATCCGTTTCAAGCTCAAGGCTAGTTACA
TGGAAGACATAGACAATTTTGCTATCTACTACGTCGTCCGTGTGCTGTTCTATCAGTTCT
GATCCACCCATCAACACATCACCATATAATCAATAAGATCTGTTGGACCTTCTGAGTTTA
CCTTGAAGCTGTTTCAGTTCTTTTTCAGCTTAGAGTCATACAAAAACTAAGAGGATCTCC
AACAGACTAGAACTATCTTCACCTCTGCAGATGTCTCGAGTCATCTACTCACCTATCTCA
GCAAGACACAGCCCTGAAGCAGCTGCTTGTTTCAGGAACATAGTACAAACAATGAGGACT
GAAGCTCAGCATCAGTGAATGGAACAGAAGCTTGATGCCAGTTAAGCCATTCGAAATAAG
GATCATCAAGACATTCAGGTAGGCAAAGACCATGGTCTATAGGCACAAGCTCAGCAGCTC
CAACTCCATTGTAACAACAACTCTCATCTTGGTCATGTATCTTCTTCACTAAAAGTTATT
TCAAAAAAAATAATAATAATCACCAAAATTC
CT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3CC64JQ 552 0 0
CTACGTCGTCCGTGTGCTGTTCTATCAGTTCTGATCCACCCATCAACACATCACCATATA
ATCAATAAGATCTGTTGGACCTTCTGAGTTTACCTTGAAGCTGTTTCAGTTCTTTTTCAG
CTTAGAGTCATACAAAAACTAAGAGAATCTCCAACAGACTAGAACTATCTTCACCTCTGC
AGATGTCTCGAGTCATCTACTCACCTATTTCAGCAAGACACAGCCCTGAAGCAGCTGCTT
GTTTCAGGAACATAGTACAAACAGTGAGGACTGAAGCTCAGCATCAGTGAATGGAACAGA
AGCTTGATGCCAGTTAAGCCATTCGAAATAAGGATCATCAAGACATTCAGGTAGGCAAAG
ACCATGGTCTATAGGCACAAGCTCAGCAGCTCCAACTCCATTGTAACAACAACTCTCATC
TTGGTCATGTATCTTCTTCACTAAAAGTTATTTCAAAAAAA*TAATAATAATCACCAAAA
TTCTCATCTTGGTCATGTTACTAGTTATCTTCTTCACTGAAACTCTCATCTTGGTCATGT
TACTAGTTATTT

QA 1 552 1 552
DS 



AS 2 4

CO CL2240Contig1 512 2 2 U
AGATATGAAAACGATATTAATAGATGTGTCATAAGTATTGAACCAACCAAACAACAGACC
AAGTTTTAAAAAGAAAACACTTTCTCATTATTTAAAATGCTTTTATTTTATTCTCATTGT
CTTTTGCAGACCAAACTCCCCAAATCCTCGGAACTGACCGTTGCTGGAACTAGGCACAGC
ACTTATATGGTTATACCACAATCTAAAGAGGGGAGGTTACAAGTAGTGGTAAACGTGGTG
GCTGCTCGAAGAGCGTTACATATACAATCTTTGTTAGTTGCTTGGAGAGCGATGCAGCAA
TTTGAATTCGGGGCTGGATTGACCGCACCAGGCAGAACCAGCGGCGCACACACTTGCATA
TTGCTCAGATTGTCTAGGCATTGTTGAGCACGAACCATAGTTCCGGTCTCTAGAGCGCTC
ATGGCCAGAAACATTACAAAGAGAATAGTTGCAAAGGATTTGAGAAATTCCATTTTGTTT
AGATAATATATTTGTTTTCTTATGGTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AX48TF C 1
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BS 50 512 RR3AX48JQ

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GCTGCTCGAAGAGCGTTACATATACAATCTTTGTTAGTTGCTTGGAGAGCGATGCAGCAA
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TTGCTCAGATTGTCTAGGCATTGTTGAGCACGAACCATAGTTCCGGTCTCTAGAGCGCTC
ATGGCCAGAA
ACATTA

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DS 

RD RR3AX48JQ 463 0 0
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TAAACGTGGTGGCTGCTCGAAGAGCGTTACATATACAATCTTTGTTAGTTGCTTGGAGAG
CGATGCAGCAATTTGAATTCGGGGCTGGATTGACCGCACCAGGCAGAACCAGCGGCGCAC
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CTAGAGCGCTCATGGCCAGAAACATTACAAAGAGAATAGTTGCAAAGGATTTGAGAAATT
CCATTTTGTTTAGATAATATATTTGTTTTCTTATGGTTTTTCC

QA 1 463 1 463
DS 



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ACATCTATTAATATCGTTTTCAAATTTATTATGGGGAATATTTT


BQ
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AF RR3GU61JQ C 1
AF RR3GU61TF U 1
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QA 1 524 1 524
DS 

RD RR3GU61TF 524 0 0
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CTGGTGCGGTCAATCCAGCCCCGAATTCAAATTGCTGCATCGCTCTCTAAGCAACTAACA
AAGATTGTATACGTAACGCTCTTCGAGCAGCCACCACATTTACAACTACTTGTAACCTCC
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ACATCTATTAATATCGTTTTCAAATTTATTATGGGGAATATTTT

QA 1 524 1 524
DS 



AS 1 4

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TGCCATAATAAATTGGTTTAATATTATTTATTTCCTCTCTTTTATTATAATAATGTACTT
GGTTTGGGTTGTTTTCTTTAAGTTTGATTTATGAAGAGTTCAAGTGGTTCACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM53TF U 1
AF RR3G035TF U 1
AF RR3G794TF U 1
AF RR3FM53JQ C 139
BS 1 642 RR3FM53TF
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RD RR3FM53TF 655 0 0
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ATTATATATGTAC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3G035TF 667 0 0
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TGCCATAATAAATTGGTTTAATATTATTTATTTCCTCTCTTT*ATTATA*TAATGTACTT
GGTTTGG

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3G794TF 671 0 0
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AAAGCGGAACAGCTGAAAGCGAAAGGTGTCAATGAGATCATTTGTTACGGCATGAATGAT
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TCAGACGGCTCAGGAGAATACACAAAGCTTCTCGGACTCGAGCTTGACCTTAAGGACAAG
GGTCTTGGTATTAGGACAAAGAGATTTGCTATGTTGCTCGATAACCTCAAGGTAACTGTC
GCTAACATTGAAACAGGTGGAGAGTTCACGGTTTCCAGCGCCGATGATATCCTCAAGGCT
CTCTAAGAAATTACCATCTGAATTTAGAGGATCTCTAGCCTGATTTGCAGAATAAGAAGT
TGCCATAATAAATTGGTTTAATATTATTTATTTCCTCTCTTTTATTATAATAATGTACTT
GGTTTGG
GTTG

QA 1 667 1 667
DS 

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ACTTCCACCTGCAGCTTGCAGCATGTGCCTAGTTTCATTGAGAAAGCGGAACAGCTGAAA
GCGAAAGGTGTCAATGAGATCATTTGTTACGGCATGAATGATCCGTATGTGATGAAAGCA
TGGGGAAATACATTCCCAGAGAACAAGATTGTCAAGTTTGTTTCAGACGGCTCAGGAGAA
TACACAAAGCTTTTCGGACTCGAGCTTGACCTTAAGGACAAGGGTCTTGGTATTAGGACA
AAGAGATTTGCTATGTTGCTCGATAACCTCAAGGTAACTGTCGCTAACATTGAAACAGGT
GGAGAGTTCACGGTTTCCAGCGCCGATGATATCCTCAAGGCTCTTTAAGAAATTACCATC
TGAATTTAGAGGATCTCTAGCCTGATTTGCAGAATAAGAAGTTGCCATAATAAATTGGTT
TAATATTATTTATTTCCTCTCTTTTATTATAATAATGTACTTGGTTTGGGTTGTTTTCTT
TAAGTTTGATTTATGAAGAGTTCAAGTGGTTCACC

QA 1 575 1 575
DS 



AS 2 4

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AAAGAAAAGGATCTGATGGGAGGAGGAGGAGAGCATGGACATGGACACGGAGGCGATTTC
AGAGCGAAGGTTTGGAGCATGTCCGGTGGGCCTTACTGTAGGCCCAAACACTGGCGTCGC
AACACAGCCCTTGCTATGTTCGGCGTCTTCCTTGTCTGCATCCCCATCGCCATGAAATCT
GCTGAGCTCGAGCAAAGGCCACACATGCCGGTACGTCCGATTCCTTCACAGATGTGGTGC
AAGAACTTTGGCACCAAGGATGATTACGAAAAAGAGCATTGATTCTAAAAGCCTTTTTGA
TTTTCGTTACCAGTGCGACATTAAATCCATAATAATCTGTCTTTGCTGGAATCCTCTCAA
ACCGATGGAATGTTTTGCACGCTTGTGTTTTTATGTTTGCCATTCAAATAGTGGTTTTTC
ATCAAATATTTGAGTTTTGCCTTGATGTATCGCAACAACTATAAAGACAATTCTTCAATA
TTCTATCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK54TF U 1
AF RR3EK54JQ C 38
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BS 536 548 RR3EK54JQ

RD RR3EK54TF 548 0 0
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AAAGAAAAGGATCTGATGGGAGGAGGAGGAGAGCATGGACATGGACACGGAGGCGATTTC
AGAGCGAAGGTTTGGAGCATGTCCGGTGGGCCTTACTGTAGGCCCAAACACTGGCGTCGC
AACACAGCCCTTGCTATGTTCGGCGTCTTCCTTGTCTGCATCCCCATCGCCATGAAATCT
GCTGAGCTCGAGCAAAGGCCACACATGCCGGTACGTCCGATTCCTTCACAGATGTGGTGC
AAGAACTTTGGCACCAAGGATGATTACGAAAAAGAGCATTGATTCTAAAAGCCTTTTTGA
TTTTCGTTACCAGTGCGACATTAAATCCATAATAATCTGTCTTTGCTGGAATCCTCTCAA
ACCGATGGAATGTTTTGCACGCTTGTGTTTTTATGTTTGCCATTCAAATAGTGGTTTTTC
ATCAAATATTTGAGTTTTGCCTTGATGTATCGCAACAACTATAAAGACAATTCTT
CAATATTCTATCA

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3EK54JQ 511 0 0
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GACATGGACACGGAGGCGATTTCAGAGCGAAGGTTTGGAGCATGTCCGGTGGGCCTTACT
GTAGGCCCAAACACTGGCGTCGCAACACAGCCCTTGCTATGTTCGGCGTCTTCCTTGTCT
GCATCCCCATCGCCATGAAATCTGCTGAGCTCGAGCAAAGGCCACACATGCCGGTACGTC
CGATTCCTTCACAGATGTGGTGCAAGAACTTTGGCACCAAGGATGATTACGAAAAAGAGC
ATTGATTTTAAAAGCCTTTTTGATTTTCGTTACCAGTGCGACATTAAATCCATAATAATC
TGTCTTTGCTGGAATCCTCTCAAACCGATGGAATGTTTTGCACGCTTGTGTTTTTATGTT
TGCCATTCAAATAGTGGTTTTTCATCAAATATTTGAGTTTTGCCTTGATGTATCGCAACA
ACTATAAAGACAATTCTTCAATATTCTATCA

QA 1 511 1 511
DS 



CO CL2242Contig2 569 2 6 U
GATGGAATAGAGTATATGATGCAGATAGAGTTTGATAAGAATCGTCTTTATAGTTGTTGC
GATACATCAAAGCAAAACTCAAATGTTTGATGAAAACCACTATTTGAATGGCAAACATAA
AAACACGAGCGTGCAAAACATTCCATCGGTTTGAGAGGATTCCAGCAAAGACAGATTATT
ATTATGGATTTAATGTCACACTAGTAACGAAAATGAAAAAGGCTTTTAGAATCAATGCTC
TTTTTCGTAATCATCCTTGGTGCCAAAGTTCTTGCACCACATCTGTGAAGGAATCGGACG
TACCGGCATGTGTGGCCTTTGCTCGAGTTAAGCAGATTTCATGGCGATGGGGATGCAGAC
AAGGAAGACGCCGAACATAGCAAGGGCCGTGTTGCGACGCCAGTGTTTGGGCCTACAGTA
AGGCCCACCAGACATGCTCCAAACCTTCGCTCTGAAATCGCCTCCGTGTCCATGTCCATG
CTCTCCTCCTCATCCCATCGGATCCTTTTTTCCTTTCCTGAGATCGAGAGGTAGCAGATG
AGAAAGATGGATCGTTTTCTCTTGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3FF23JQ U 1
AF RR3DW52TF C 37
BS 1 329 RR3FF23JQ
BS 330 330 RR3DW52TF
BS 331 491 RR3FF23JQ
BS 492 492 RR3DW52TF
BS 493 567 RR3FF23JQ
BS 568 569 RR3DW52TF

RD RR3FF23JQ 569 0 0
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GATACATCAAAGCAAAACTCAAATGTTTGATGAAAACCACTATTTGAATGGCAAACATAA
AAACACGAGCGTGCAAAACATTCCATCGGTTTGAGAGGATTCCAGCAAAGACAGATTATT
ATTATGGATTTAATGTCACACTAGTAACGAAAATGAAAAAGGCTTTTAGAATCAATGCTC
TTTTTCGTAATCATCCTTGGTGCCAAAGTTCTTGCACCACATCTGTGAAGGAATCGGACG
TACCGGCATGTGTGGCCTTTGCTCGAGTTCAGCAGATTTCATGGCGATGGGGATGCAGAC
AAGGAAGACGCCGAACATAGCAAGGGCCGTGTTGCGACGCCAGTGTTTGGGCCTACAGTA
AGGCCCACCAGACATGCTCCAAACCTTCGCTCTGAAATCGCCTCCGTGTCCATGTCCATG
CTCTCCTCCTCCTCCCATCGGATCCTTTTTTCCTTTCCTGAGATCGAGAGGTAGCAGATG
AGAAAGATGGATCGTTTTCTCTTGGAT
CC

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3DW52TF 533 0 0
AAGAATCGTCTTTATAGTTGTTGCGATACATCAAAGCAAAACTCAAATGTTTGATGAAAA
CCACTATTTGAATGGCAAACATAAAAACACGAGCGTGCAAAACATTCCATCGGTTTGAGT
GGATTCCAGCAAAGACAGATTATTATTATGGATTTAATGTCACACTAGTAACGAAAATGA
AAAAGGCTTTTAGAATCAATGCTCTTTTTCGTAATCATCCTTGGTGCCAAAGTTCTTGCA
CCACATCTGTGAAGGAATCGGACGTACCGGCATGTGTGGCCTTTGCTCGAGTTAAGCAGA
TTTCATGGCGATGGGGATGCAGACAAGGAAGACGCCGAACATAGCAAGGGCCGTGTTGCG
ACGCCAGTGTTTGGGCCTACAGTAAGGCCCACCAGACATGCTCCAAACCTTCGCTCTGAA
ATCGCCTCCGTGTCCATGTCCATGCTCTCCTCCTCATCCCATCGGATCCTTTTTTCCTTT
CCTGAGATCGAGAGGTAGCAGATGAGAAAGATGGATCGTTTTCTCTTGGATCC

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 4

CO CL2243Contig1 1385 4 13 U
GGGGGCAAACAGTGTTCGTCTCCGAAACCGCAGAGAGACCAAAAAATAATTATTTCTTTA
TTTATCCTCTCTTCCACAAATTAAAAGCGGCGTACAATACGCACCTCCGTCGCTTCTTCT
CCTCGCTCCTCTCATGGCTGTCTCAGTCTCAGCTCCGGTCTTCTCCCTCTGTTTCCATCG
AACAGGCGAACAAAGCAGTCTTTTCAGTTACATAAAACAGAGGAGATTAAGTTCTGGTCG
TAATTCACGGAGCTCCATCGGTTTCGGTGCGGAGAAGGTGCGGAAGTCGTCGAGGGTTAG
GGTTCCGGTTTGCAGAGCCGTGCCTCCTCTCTTGCTCAAAGATCTCGATGCCGATGATTT
TCGACATCCTTTGGATAAGCAGAACACCTTGTTACTAAGAGCGATTCCGGGGTTGAACGA
GTTCGGGAAAGCTATGTTAGGCTCAATGACGGAACAGATCATGCTTCTTGAGAACATTGG
TACTTCTGTTCTTGTCTCCAAGAACCAGCTTTCTGATCTTCACGGTTTGTTGGTCGAGGC
TGCTGAGATTTTGAACATAGAGGCACCTGATCTCTATGTTCGACAGAGTCCTGTTCCTAA
TGCGTATACACTTGCGATTAGCGGTAAAAAGCCTTTCATTGTCGTTCATACCAGCCTCAT
CGAGCTTCTCACTCGCCAGGAGCTACAGGCTGTCTTGGCTCATGAGCTAGGCCATCTCAA
GTGTGATCACGGCGTGTGGCTCACGTTTGCTAATATTCTTACTCTTGGGGCCTATACAGT
TCCTGCTTTTGGGCAAATGATAGCTCGAACCTTGGAAGAACAGATGCTTCGTTGGCTACG
TTCAGCAGAGCTCACTTGTGACCGTGCAGCACTTCTCGTCGCCCAAGATCCAAAGGTTGT
TGTATCCGTTCTGATGAAACTAGCTGGAGGATGTCCATCAATGGCTGATCAGCTAAATGT
TGATGCGTTTTTAGAACAAGCTCGTTCATATGACAAAGCTTCTTCATCCCCCTTGGGCTG
GTACATAAGAAATGCTCAGACGAGTCAATTATCACATCCATTGCCGGTTCTTCGTGCACG
TGAGGTTGATGAGTGGTCTAGGAGTCTTGAGCACAGGAGTCTCCTGAAACGGGCAAATCG
AATAAGCACGTTGGAGAATGTTTAGTGGTGTAAAACATTCAAAAAGGGGGAAATACAAAT
ATAGCGAAGATGTATAGGGACAATACAGAAGAAAAAAGAGACTGGATTCTTAGGTCTAAA
CAGGTACTGTAAAAAAAAGTACTCTTGTATTTGTATTGTATATCTTATTATTGTGATAGA
TAAACACAAATGTATATTGAAGACAAACAAATGGATCAGTGATAGTATATATGATACGAT
TGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 10 

AF RR3F259TF U 1
AF RR3GG16TF U 126
AF RR3F259JQ C 601
AF RR3GG16JQ C 637
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BS 1327 1385 RR3F259JQ

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DS 

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CGAGCTTCTCACTCGCCAGGAGCTACAGGCTGTCTTGGCTCATGAGCTAGGCCATCTCAA
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TAAACGCAAATGTATATTGAAGACAAACAAATGGATCAGTGATAGTATATATGATACGAT
TGATT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3GG16JQ 749 0 0
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TCTTACTCTTGGGGCCTATACAGTTCCTGCTTTTGGGCAAATGATAGCTCGAACCTTGGA
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CGTCGCCCAAGATCCAAAGGTTGTTGTATCCGTTCTGATGAAACTAGCTGGAGGATGTCC
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AGCTTCTTCATCCCCCTTGGGCTGGTACATAAGAAATGCTCAGACGAGTCAATTATCACA
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ATTCAAAAAGGGGGAAATACAAATATAGCGAAGATGTATAGGGACAATACAGAAGAAAAA
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CAGTGATAGTATATATGATACGATTGAT
C

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 3

CO CL2244Contig1 1415 3 9 U
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CCTAAAATACAGTTAGCAGAAAGTTATATAACTCTATATGATGGCGGGCGAGATTCAAGA
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ATTTGAGAAGGAAGTTTTATCATGGGAGAAGAGATCATCTTTCTCTCACAATAGATATCT
AGAAGAGGCTGAGAAATTATCTAAGCCTGGCTCTGTTACTCAGATGAGAGCTCATTTCGA
GGCACATTTTAAGAAAAAAGGAATCCAACTTCTGACTTCTGTAGAACCTCAAACATGGGG
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TATACCATAGAAAGACAAATATAATAAAACAATCAAAGCATATGCCCTAGCTTATGTTGA
AATCACCATTCAAATAAGGGAAATTTACTAGAACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E075TF U 1
AF RR3AB24TF U 406
AF RR3AB24JQ C 742
BS 1 467 RR3E075TF
BS 468 468 RR3AB24TF
BS 469 556 RR3E075TF
BS 557 557 RR3AB24TF
BS 558 578 RR3E075TF
BS 579 579 RR3AB24TF
BS 580 624 RR3E075TF
BS 625 1181 RR3AB24TF
BS 1182 1415 RR3AB24JQ

RD RR3E075TF 624 0 0
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CCTAAAATACAGTTAGCAGAAAGTTATATAACTCTATATGATGGCGGGCGAGATTCAAGA
ACCGCTTAACCTAAGCCTTCTGGAGAATTCTATTAACTCAGGATCCGTTTCATTTGGAAG
ATTTGAGAAGGAAGTTTTATCATGGGAGAAGAGATCATCTTTCTCTCACAATAGATATCT
AGAAGAGGCTGAGAAATTATCTAAGCCTGGCTCTGTTACTCAGATGAGAGCTCATTTCGA
GGCACATTTTAAGAAAAAAGGAATCCAACTTCTGACTTCTGTAGAACCTCAAACATGGGG
ACAAGTAGCTCAACAACATCATCAACAAACTGCTAGTGAGAAAGAAGAAATTTTGTGGGA
GAGTATGAGTCAGTGTAGCTACTACAGCTATGAACTAGACAAATGTGCTAGAGAAAAGAG
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TGATGATCATAGTTCTGTTTCTGTTGCTTTGGAGAAGATTAATATTGGTTGCATTAAGAA
AAGTACAGTTACATTGAAGCCTTT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3AB24TF 776 0 0
G
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GATAGAGAAAAGAGCCCATTCGGCGAGTCTTGTGTGAGTTGTGTGTCTTATGGAGAGACT
CTTCTGAATTCTGATGATGATCATAGTTCTCTTTCTGTTGCTTTGGAGAAGACTAATATT
GGTTGCATTGAGAAAAGTACAGTTACATTGAAGCCTTTGAAAAATGACCGGAATGCTATT
AATTGTTATGAGAAAACGACTAAAGCTACTACCAAGAAGCATGTTGTCAAGGGCTCTTCA
AGTTGTAATACTAAGACCAGTTTGGACACTAAGAGAGGAAAGGAACTGAAGCCGACAAGG
ATTATTAAATCCCTTGCATCTCAAGCTTCAACATCAAAGAAAACTGAGAGCCTAACCTCT
CTAGCCACAAGAAAGCTCAGGTCCAAGACTTGTATTGGTTCTGCTATAAAAGAGAGAACA
GCCACTAGTGGTTTCAGTTCAAGAAGCAACGAGCGAGTTGAGAAGAGAAAAGAGGAAAAT
GTGGAATCTATAGTGAGAAAAGCTCTCAACTCTAAAGCAAGACCAAAAAGCACACAAGCT
AGACCTCAATACATATCAAAAGATCAAGAAAAGGAAAGAAAAGATACTCAAGAACACTCA
TCTAAAGCTAGGTGTGCTCGGTCATTGGTCAATGGAGCAGCCAAGAGTAAGCTCAATATT
AACAAACAGAGGGTGGATACACAGAGGAGTCTAAGTGGGATTAGACCAAATAGCA

QA 2 776 2 776
DS 

RD RR3AB24JQ 674 0 0
AGGAAAGGAACTGAAGCCGACAAGGATTATTAAATCCCTTGCATCTCAAGCTTCAACATC
AAAGAAAACTGAGAGCCTAACCTCTCTAGCCACAAGAAAGCTCAGGTCCAAGACTTGTAT
TGGTTCTGCTATAAAAGAGAGAACAGCCACTAGTGGTTTCAGTTCAAGAAGCAACGAGCG
AGTTGAGAAGAGAAAAGAGGAAAATGTGGAATCTATAGTGAGAAAAGCTCTCAACTCTAA
AGCAAGACCAAAAAGCACACAAGCTAGACCTCAATACATATCAAAAGATCAAGAAAAGGA
AAGAAAAGATACTCAAGAACACTCATCTAAAGCTAGGTGTGCTCGGTCATTGGTCAATGG
AGCAGCCAAGAGTAAGCTCAATATTAACAAACAGAGGGTGGATACACAGAGGAGTCTAAG
TGGGATTAGACCAAATAGCAGCAACAAGACAGCAAAAAACATCCCAAATAGGAGTTTAGC
GGTTAGGCGTTCTACGGTTGAGATTGCTTTGTGAGCCATTCACCGTCTCAGCTATTTCTT
TGCGTTTGTGTTTCTATGCCATAATGATCATTAGTATATTATACCATAGAAAGACAAATA
TAATAAAACAATCAAAGCATATGCCCTAGCTTATGTTGAAATCACCATTCAAATAAGGGA
AATTTACTAGAACT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 4

CO CL2245Contig1 1038 4 9 U
GACAACACTCTCTGAGAGCTTTTATCCACTCCCTCCATGGCGTCTTCCGCCGCTTCTCCC
TCCTTATCTCTACTCTCACTCACTTCATATCGACGCAGGGGTGGGACTCGGAGATGGTGG
TGGATTACAGGATAAACGAAGAGGAGTTCCATAAGATCAGCTTGCTGGACTGCGATTTCT
TCATCAGGAAGCCTCCTGATCCTGATAACGATGTTTATGACTTCAGAGAGATGTATGTTA
CTCCACCGGATACGGATATTTACTCGATTCCAAGAGTTCTTGCTCCAATGCCTCAAAAGT
ATATTCGATGTGCGATGAGTGACTATGGATGCTACGATGTCACTGAACCTCCTATTGATG
CTCCCCGGGATCCACTTTACAAATCTGAGAGGGAAATATCCAAGGTTTTCTTGACAAAGC
ATTATCGGAACAGAAGGTTAAACGACCCAGAGTTTGTGCTAGATCTTGAAGAGATCTATG
TTATTGATTCCAAGACGAAGTCAATCACCAGGGCCAGAGTTCTGGTAACAGTTCCGGGAG
GAAGAAAAAGGGATAGGAAGGATGACTTGCTTGTGATACGCGATAATGG*AAACTCCTTT
AAAATTATACACGCGGGAGAAAGAGATGACCCAACAACGGTAATAGAAAGGGAAGAGTGG
ACAAAAACTCGAGAAGACATGGAGAAACATCTTAGAAAGCTAAGAGACTTCAATGTCTCA
AATTGGTTCTAGAAAATATCCCGAGAGAAACCAAGCGACAAAAAATCTTCCTGGAGTGGA
AAACGAGAGTAGATGGTGTTAATCAATGATACGGTGGAGGGACCAAAGATGTGTTGTTCC
ATGGTATACAATGTTTTCTGGCCTCTGGTACCTTACTAGGTAGCAGCAGTGGTGAATGCA
TTCGGTGTATTGAATGATATGGCTTGTAGAATATGTGTGTGCAGAGATGCAATAGTTTTG
ATGAACTTACATATGCAATAGTTTTGATGAACTTACATATTCAATGACTAGAGAAGGTAG
CTTCTCTGTTTTGTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT64TF U 1
AF RR3E372JQ C 472
AF RR3E372TF U 472
AF RR3GT64JQ C 403
BS 1 589 RR3GT64TF
BS 590 590 RR3E372TF
BS 591 666 RR3GT64TF
BS 667 667 RR3E372TF
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BS 752 994 RR3E372TF
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RD RR3GT64TF 751 0 0
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TCATCAGGAAGCCTCCTGATCCTGATAACGATGTTTATGACTTCAGAGAGATGTATGTTA
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AATTGGTTCTAGAAAATATCCCGAGAGAAAC

QA 1 751 1 751
DS 

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G
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TAGTTTTGATGAACTTACATATGCAATAGTTTTGATGAACTT

QA 2 523 2 523
DS 

RD RR3E372TF 523 0 0
G
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TCCGGGAGGAAGAAAAAGGGATAGGAAGGATGACTTGCTTGTGATACGCGATAATGG*AA
ACTCCTTTAAAATTATACACGCGGGAGAAAGAGATGACCCAACAACGGTAATAGAAAGGG
AAGAGTGGACAAAAACTCGAGAAGACATGGAGAAACATCTTAGAAAGCTAAGAGACTTCA
ATGTCTCAAATTGGTTCTAGAAAATATCCCGAGAGAAACCAAGCGACAAAAAATCTTCCT
GGAGTGGAAAACGAGAGTAGATGGTGTTAATCAATGATACGGTGGAGGGACCAAAGATGT
GTTGTTCCATGGTATACAATGTTTTCTGGCCTCTGGTACCTTACTAGGTAGCAGCAGTGG
TGAATGCATTCGGTGTATTGAATGATATGGCTTGTAGAATATGTGTGTGCAGAGATGCAA
TAGTTTTGATGAACTTACATATGCAATAGTTTTGATGAACTT

QA 2 523 2 523
DS 

RD RR3GT64JQ 636 0 0
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ATCTTGAAGAGATCTATGTTATTGATTCCAAGACGAAGTCAATCACCAGGGCCAGAGTTC
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ATAGAAAGGGAAGAGTGGACAAAAACTCGAGAAGACATGGAGAAACATCTTAGAAAGCTA
AGAGACTTCAGTGTCTCAAATTGGTTCTAGAAAATATCCCGAGAGAAACCAAGCGACAAA
AAATCTTCCTGGAGTGGAAAACGAGAGTAGATGGTGTTAATCAATGATACGGTGGAGGGA
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AGAGATGCAATAGTTTTGATGAACTTACATATGCAATAGTTTTGATGAACTTACATATTC
AATGACTAGAGAAGGTAGCTTCTCTGTTTTGTTGGC

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 3

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ACATATATTTTTTGAATAGAAACGTGACTGAAAGGTAAAGCTACATTCCTACTAAATTAT
AAAGCTACATTCCTACTAATTTTTAACTTGTACGACCAGTAAACTCAGAATCAGTCATGG
AGATGTCCAAATGAGTACTCAGGACTCTTTGGCTATAAATCCAGAAAGTATGTATGTCAC
GATCAATTTCGCTTACCAATGTTGCTATACAATCCTACAATTTGAGGAAAAATACGTAAG
TACAGGTTCACAACTCATGTCATGTCCTGAGCTGCCATCCTTTCGCAAACGCTGGACAGA
GAATTGAGATTGCATCGTATAAGTGCTTCCACGAAGTAACAAGTCTCGTTTTTGGTGTTC
CCTTCTGGTACATCCACCACGAATGACTCTATTACCATTGTTCCCGCTCTTCCGTCTATT
ATCTCTGGATGTACTGTAACCACTGATGAGTAGTTCTTAAGCCTGTGATCACCACCAAGG
ATTCTGATACCAAGAATGTGTTCATTATCGTCCAAGAACTCCAACCTCTCGGTGCTAGTG
GTAGCCGGGAGGCCAGATCTAACGTCTACCTCTCGGACACAGCCGATGCCAACATCACCT
TTCATCACACACCTGCTGACAAAAGGCTTGTACTTCTGTGGCTGATCGAATCTCCTCACC
AGAGACCAAACAAGATGAACAGGCGCTTTGATATGCTTAACGAGATACCGAAGAACACTG
GTTCTCCTTGGGATCATGTATATGATTCAATCTAGTCTGAAGAAACTCTGCCGAGCCACC
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TTGTAGAAAAGATGTTCTGTTTTTAATGTTCTTATGTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C442JQ U 1
AF RR3CT37JQB U 55
AF RR3D184TF C 354
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GTAGCCGGGAGGCC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3CT37JQB 867 0 0
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CTAGTGGTAGCCGGGAGGCCAGATCTAACGTCTACCTCTCGGACACAGCCGATGCCAACA
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GCCACCTGAAACACGTCCGTCTTTGGAAGCTATCGTCGAGTTCATGTTTCAGATAGCTAT
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QA 1 867 1 867
DS 

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TCTGATACCAAGAATGTGTTCATTATCGTCCAAGAACTCCAACCTCTCGGTGCTAGTGGT
AGCCGGGAGGCCAGATCTAACGTCTACCTCTCGGACACAGCCGATGCCAACATCACCTTT
CATCACACACCTGCTGACAAAAGGCTTGTACTTCTGTGGCTGATCGAATCTCCTCACCAG
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TCTCCTTGGGATCATGTCTATGATTCAATCTAGTCTGAAGAAACTCTGCCGAGCCACCTG
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GTAGAAAAGATGTTCTGTTTTTAATGTTCTTATGTATCC

QA 10 588 10 588
DS 



AS 1 2

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CCTTGCCTATAGGTTACAACGCCACCATATCCGCTCCACATATGCACGCCACGTGTTTGC
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ATCATATCCCTGAGCTGGTCGATATGTCTATCAAGAACGTTGAAAAGAGTGTTGCTGGTT
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AGTTTGCACCATACGATGCCATTCACGTAGGAGCAGCGGCATCAGAGGTCCCTCTGGCGC
TGCTGGACCAGCTGAAACCTGGTGGAAGAATGGTGATTCCAGTAGGAACATATTTTCAAG
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AAAAATAAAAACACTGCTTCCAAGGTCTTAGTGTACATATAGAGGTTGTGTATCTTTTGT
AATAAATTTTGTATCATCACACTAAAATTCCAAGTGGTAACATTTAGAACATAATCATAT
GATGTTAAGAATATAACTCAAGTACCAGAAACAGTCAGTAAAATTGTTCATTCGCTTAAG
AG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3EG83TF U 1
AF RR3D175JQ C 224
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BS 371 371 RR3D175JQ
BS 372 396 RR3EG83TF
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BS 465 641 RR3EG83TF
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CCTTGCCTATAGGTTACAACGCCACCATATCCGCTCCACATATGCACGCCACGTGTTTGC
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GTTACTTGACTGGCTGTTTTGCTCTGATGGTTGGAGCTGAAGGACGCGTTGTTGGCGTGG
ATCATATCCCTGAGCTGGTCGATATGTCTATCAAGAACGTTGAGAAGAGTGTTGCTGGTT
CTTTGCTACAGAAAGGATCTCTCTCCTTACATGTTGGGGATGGAAGGAAAGGTTGGGAAG
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TGCTGGACCAGCTGAAACCTGGTGGAAGAATGGTGATTCCA

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DS 

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AAAGAGTGTTGCTGGTTCTTTGCTACAGAAAGGATCTCTCTCCTTGCATGTTGGTGATGG
AAGGAAAGGTTGGGAAGAGTTTGCACCATACGATGCGATTCACGTAGGAGCAGCGGCATC
CGAGGTCCCTCTGGCGCTGTTGGACCAGCTGAAACCTGGTGGAAGAATGGTGATTCCAGT
AGGAACATATTTTCAAGAGCTTAAGGTGATTGATAAAAGCGAGGATGGTTCCATCAAGAC
ACGTACTGAAACTTCAGTTAGGTATGTGCCTCTTACTAGCCGCGTTGAACAGACGGGAGG
GTTTTGAAGAAACCAAGAAAAATAAAAACACTGCTTCCAAGGTCTTAGTGTACATATAGA
GGTTGTGTATCTTTTGTAATAAATTTTGTATCATCACACTAAAATTCCAAGTGGTAACAT
TTAGAACATAATCATATGATGTTAAGAATATAACTCAAGTACCAGAAACAGTCAGTAAAA
TTGTTCATTCGCTTAAGAG

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 4

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TCTCTCTAAGATCTCTTCCGGTTGATACAGTGCTTCCGGCCGGCGGCGTGGGCTACCACA
GCCACCGTCGGTCGGATTTATGTTTTTTTTCTTGTTTTCTGTGTTCTATGTGAATAGAAA
TCGGCGGTCTTGATCCGGGTTTGATATGTCACCGGATTTTACACTCCGGGAGGTGGAGGT
TCTTATAACTCCATCGTCGCCGGCTTTTGACTCCGGCGTAGCACTTTCTGTTCGGTGGAC
GTCCGGCTTAGGTTTGCTTTCTTTTACGGCGATGGGAGACCGGCCCTATTTCCGTGTCAA
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ACATTGTCGTCGATTGAAGCTCTCCAAGAGATGGAGATCAGGCGATGAAGGTGTAGGCCT
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TAAGAACGGCGACGGTGGAGTTTGCATGTCGGGGAAGACGGTGGTCTTATCTCCAAACAC
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TAGACGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3EU02TF U 1
AF RR3EU02JQ C 193
AF RR3E981JQ C 279
AF RR3E981TF U 279
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BS 471 576 RR3EU02TF
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TCTTATAACTCCATCGTCGCCGGCTTTTGACTCCGGCGTAGCACTTTCTGTTCGGTGGAC
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TGGGCTTTATGATGCAATCAAACTCTTGTTTTAATATAAATAAATTTTTAGACG
AC

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DS 

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G
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DS 

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G
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GTCTTGTTGGTTGAGATCTCGACATTGTTGTCGATTGAAGCTCTCCAAGAGATGGAGATC
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GATCTCCGGAGATGTCTCGCATAAGAACGGCGACGGTGGAGTTTGCATGTCGGGGAAGAC
GGTGGTCTTATCTCCAAACACGTGTCTCTTTGTTTTTGACGCGTCAATTTTGTCGCCAAC
TGTGTCTTTGTGAGCTTAGAGTTGTAGTGGGCCTTGTTGGGTTTAACAATGTTTGTGGTT
TGGCCTTGCTTGTAGGGCCTGGATGCCCACCTTTGGGCTTTATGATGTAATCAAACTCTT
GTTTTAATATAAATAAATTTTTAGACG
GC

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DS 



AS 1 3

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CAGTGCAGGAGGGCCAAGCGTAACGAGTTCGATACATAAATTCCCTAAGAAGATCTCTCT
AGCTGTTTATATTGCAGCTACAATGCTCAAATTAGGGTTTCAGACCGATGAAGATTTGAA
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AGTAGAGAATCCTCCGACCAGTGCCCTTATCAAACCGGAGTTCCGACGAAAGCTCCTTTA
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TCTGGCGCTAACGACAGCAAAAGTTGAAGAAGAAAAATTAGGACAAGAAGTGGAGGAGAA
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GGCGATGATGAAACGGTGGCCACCGAGAGAAGCTTACGAAGTGGACAGTGACCATTCACC
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TCCTCTATCTAAAAATATTCAAGAACAAGGGATTGATTGTGTCTTGTTAACCGGTTTGAT
CAAAGTATATTTAATAAATAAGAAAACTGTTTATCAGATGATATC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FA25TF U 3
AF RR3A106TF U 1
AF RR3FA25JQ C 288
BS 1 374 RR3A106TF
BS 375 375 RR3FA25TF
BS 376 443 RR3A106TF
BS 444 444 RR3FA25TF
BS 445 519 RR3A106TF
BS 520 520 RR3FA25TF
BS 521 679 RR3A106TF
BS 680 1005 RR3FA25JQ

RD RR3FA25TF 533 0 0
GG
GTGACAAAGACCCCGAAGAAAACACCCAGAGCAGCACTTAGCTGAAGAAAATCTATCAGA
TCTCCGGCGTGATCGATGGCGGAGGAGAATCAAGAAGAAGCCCTAGTTCCGAAACCAAGA
ACAAAAC*GCCACACTTCGTGCTTATACACGGCATAAGCTTAGGATCATGGTGCTGGTAC
AAAATCAAGTGTCTCATGGAAGTCTCTGGCTTCACCGTCACTTGCATCGACCTCAAATCC
TCAGGCATCGATCCTTCCTCCCCCGATTCTCTAACTTCCTTCGATCAGTACAACCAACCA
CTCTCCGAATTCCTTTCCTCCTTGCCCGAACAAGAACAGGTGATACTTGTTGGTCACAGT
GCAGGAGGGCCAAGCGTAACGAGTTCGATACATAAATTCCCTAAGAAGATCTCTCTAGCT
GTTTATATTGCAGCTACAATGCTCAAATTAGGGTTTCAGACCGATGAAGATTTGAAAGAT
GGAGTTCCTGATCTATCAGAACACGGTGATGTCTACGAGCTTGGCTTTGGT

QA 3 533 3 533
DS 

RD RR3A106TF 679 0 0
GGATGTGACAAAGACCCCGAAGAAAACACCCAGAGCAGCACTTAGCTGAAGAAAATCTAT
CAGATCTCCGGCGTGATCGATGGCGGAGGAGAATCAAGAAGAAGCCCTAGTTCCGAAACC
AAGAACAAAACCGCCACACTTCGTGCTTATACACGGCATAAGCTTAGGATCATGGTGCTG
GTACAAAATCAAGTGTCTCATGGAAGTCTCTGGCTTCACCGTCACTTGCATCGACCTCAA
ATCCTCAGGCATCGATCCTTCCTCCCCCGATTCTCTAACTTCCTTCGATCAGTACAACCA
ACCACTCTCCGAATTCCTTTCCTCCTTGCCCGAACAAGAACAGGTGATACTTGTTGGTCA
CAGTGCAGGAGGGCTAAGCGTAACGAGTTCGATACATAAATTCCCTAAGAAGATCTCTCT
AGCTGTTTATATTGCAGCTACAACGCTCAAATTAGGGTTTCAGACCGATGAAGATTTGAA
AGATGGAGTTCCTGATCTATCAGAACACGGTGATGTCTATGAGCTTGGCTTTGGTTTAGG
AGTAGAGAATCCTCCGACCAGTGCCCTTATCAAACCGGAGTTCCGACGAAAGCTCCTTTA
CCACATGAGTCCTCAACAGGAATGTGCGTTGGCTGCGTTACTAATGAGACCAGGTCCGGT
TCTGGCGCTAACGACAGCA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3FA25JQ 718 0 0
ATCAGTACAACCAACCACTCTCCGAATTCCTTTCCTCCTTGCCCGAACAAGAACAGGTGA
TACTTGTTGGTCACAGTGCAGGAGGGCCAAGCGTAACGAGTTCGATACATAAATTCCCTA
AGAAGATCTCTCTAGCTGTTTATATTGCAGCTACAATGCTCAAATTAGGGTTTCAGACCG
ATGAAGATTTGAAAGATGGAGTTCCTGATCTATCAGAACACGGTGATGTCTACGAGCTTG
GCTTTGGTTTAGGAGTAGAGAATCCTCCGACCAGTGCCCTTATCAAACCGGAGTTCCGAC
GAAAGCTCCTTTACCACATGAGTCCTCAACAGGAATGTGCGTTGGCTGCGTTACTAATGA
GACCAGGTCCGGTTCTGGCGCTAACGACAGCAAAAGTTGAAGAAGAAAAATTAGGACAAG
AAGTGGAGGAGAACGTGCCGCGCGTGTACATCAAGACTTTGCACGATCGGGTGGTTAAAC
CGGAGCAGCAGGAGGCGATGATGAAACGGTGGCCACCGAGAGAAGCTTACGAAGTGGACA
GTGACCATTCACCTTTCTTCTCTAACCCTTTTGCGCTCTTGGTTTACTCATCAAAGCTGC
CGTTTCTGTTGGTTCCTCTATCTAAAAATATTCAAGAACAAGGGATTGATTGTGTCTTGT
TAACCGGTTTGATCAAAGTATATTTAATAAATAAGAAAACTGTTTATCAGATGATATC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL2250Contig1 821 2 8 U
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GCGATGAAACGCAAGCGGGATGAGGAGGAGAGGTTGTGCAGCACGGGAGATGGGATCCCA
ATTGATCTAAAGAAAGCGACAGTGACGAGATTGCCTGCGAGAAAACTCCTCGAATCTAAG
GAGGACACAAGGGCAAGTAAGTTAGATTCGCTGCATTATGATCTTAAGATGGCTGTAATG
AGTAGAGTGCCTGCCAAGTCGCTTATGAAGGTCCGATGCGTATCGAAGATGTGGTGTTCC
TTGATCCGAAGCCAAGAGTTGGTGGATTCCTTCCTCGCTGTCTCCTCAACACAACCACGG
TTTATAGTCTCTTTCGGCAACAACGCATTCGGCAAGCCTGAAGAGAAGCTTACCTTCGTC
TTCTCGTATCCAGAGGGGTCTTCTTCTTCTACTTCTTCTTTGGTACCCAGGTTCGAGATG
GCATTACCAGTGGGATTGCGAGCCAGCCAAGGGTATTGCGCTTCTCTCCATGGGTTTCTC
AGTTTTTACATTGATCATGGTTTGATGGTTTGTAACCCTAGCACGGAGCAAGTCTTTAAT
TTGCCCAAGACCACCCAATTCGTGGGGTACGATCCCATTGGTGGCCAACACAAAGCATTA
TCTGTGCATTTGAGACATCCTTCTTCTGCTCGTCCTCATCTACTTCACAAGTGTTAACAC
TTGGAGTACGAGGAGGTTGTTGGAGAGACATTGAAGTACCCCTGTTCTTATATACCTGTA
TCAGTGGGAGTATGTATCATGGTGTTATCTACTATGGCGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DO63TF U 1
AF RR3CF94TF U 11
BS 1 170 RR3DO63TF
BS 171 171 RR3CF94TF
BS 172 303 RR3DO63TF
BS 304 304 RR3CF94TF
BS 305 464 RR3DO63TF
BS 465 465 RR3CF94TF
BS 466 694 RR3DO63TF
BS 695 821 RR3CF94TF

RD RR3DO63TF 694 0 0
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GCGATGAAACGCAAGCGGGATGAGGAGGAGAGGTTGTGCAGCACGGGAGATGGGATCCCA
ATTGATCTAAAGAAAGCGACAGTGACGAGATTGCCTGCGAGAAAACTCCTGGAATCTAAG
GAGGACACAAGGGCAAGTAAGTTAGATTCGCTGCATTATGATCTTAAGATGGCTGTAATG
AGTAGAGTGCCTGCCAAGTCGCTTATGAAGGTCCGATGCGTATCGAAGATGTGGTGTTCC
TTGGTCCGAAGCCAAGAGTTGGTGGATTCCTTCCTCGCTGTCTCCTCAACACAACCACGG
TTTATAGTCTCTTTCGGCAACAACGCATTCGGCAAGCCTGAAGAGAAGCTTACCTTCGTC
TTCTCGTATCCAGAGGGGTCTTCTTCTTCTACTTCTTCTTTGGTGCCCAGGTTCGAGATG
GCATTACCAGTGGGATTGCGAGCCAGCCAAGGGTATTGCGCTTCTCTCCATGGGTTTCTC
AGTTTTTACATTGATCATGGTTTGATGGTTTGTAACCCTAGCACGGAGCAAGTCTTTAAT
TTGCCCAAGACCACCCAATTCGTGGGGTACGATCCCATTGGTGGCCAACACAAAGCATTA
TCTGTGCATTTGAGACATCCTTCTTCTGCTCGTC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3CF94TF 811 0 0
GGGCAATTAAA
AAAAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAAATTGGGAGGAGGCGCGATGAAACGCAAGCGGGAT
GAGGAGGAGAGGTTGTGCAGCATGGGAGATGGGATCCCAATTGATCTAAAGAAAGCGACA
GTGACGAGATTGCCTGGGAGAAAACTCCTCGAATCTAAGGAGGACACAAGGGCAAGTAAG
TTAGATTCGCTGCATTATGATCTTAAGATGGCTGTAATGAGTAGAGTGCCTGCCAAGTCG
CTTATGAAGGTCCGATGCGTATCGAAGATGTGGTGTTCCTTGATCCGAAGCCAAGAGTTG
GTGGATTCCTTCTTCGCTGTCTCCTCAACACAACCACGGTTTATAGTCTCTTTCGGCAAC
AACGCATTCGGCAAGCCTGAAGAGAAGCTTACCTTCGTCTTCTCGTATCCAGAGGGGTCT
TCTTCTTCTACTTCTTCTTTGGTACCCAGGTTCGAGATGGCATTACCAGTGGGATTGCGA
GCCAGCCAAGGGTATTGCGCTTCTCTCCATGGGTTTCTCAGTTTTTACATTGATCATGGT
TTGATGGTTTGTAACCCTAGCACGGAGCAAGTCTTTAATTTGCCCAAGACCACCCAATTC
GTGGGGTACGATCCCATTGGTGGCCAACACAAAGCATTATCTGTGCATTTGAGACATCCT
TCTTCTGCTCGTCCTCATCTACTTCACAAGTGTTAACACTTGGAGTACGAGGAGGTTGTT
GGAGAGACATTGAAGTACCCCTGTTCTTATATACCTGTATCAGTGGGAGTATGTATCATG
GTGTTATCTACTATGGCGGT

QA 12 811 12 811
DS 



AS 1 3

CO CL2251Contig1 1082 3 11 U
GGGAAAACACCATGTATTATCGAGAAAACACTCAAGTTACAACCTGTAATAAATGTACTT
CTCGCCACAAGTTCCTCTGTGTGATCTCAACATCAACAACAGAGCAAACACCACATTTGA
CCCAAGAGCACAGTCAATATATAGAAAACCCATGGTTCCATAACATGATAAAGAAGTATT
AAGACATGTACACAAGAATTTAGACACGGTATAGAGAAGGGTATAAATTCTGACTTTTAA
CATATATATAAACTTAAAACCCCTGATTTATAAAATTACCTGCCAACCACTGTCATCTTT
CATACATATAAAATTCTCCTTCCAGTAAGAAAAGCCGTCTCCCAATGCCTGCACTTCCTC
TTAAGAACTTTTCCTTCTGGGGTGAATTACCATTTGATTTCCTTCGAATAGGTCTGGTAA
GTAACTCTCCAGGTCATCTGGTGTGTACTTTATGTACTTCCCCGCATGCCTACCACCTTC
AAGTTGACTCTTGTTCCTTCCAAAGAATGCCCGGTAAGCCGGAATCACTTTCTCTTGTAT
CGATATTCTCAGTTCTTCACGCAGTTGAGGATCCGGGACCTTCCAAGCTGTTTGAAGCCT
GTATAACTCTTCAAAACTAGCATTGAAACCTTTGAATCTCTCCTTTAATGCCATCTTCGA
AGCACTGCTTGAACTGTTGCTTCTCTGTCCATAACTTGGGCTACCACTTGAGCCTCCACC
CACACTCTCGTCCCTCAAAGCAGCTAACACCTTGCTCCACGAAGCCCTGAGGTAGCCAGT
AGCATACTGACGTATCTGCCCTCTTCGCTTCCTAACCCAATCGTCACCCAAGAGTTTACC
CAGCTCAGAGTCCTTCACCTTCTGAACAACATAGTAAATATTGTTCATCAAGAACACATA
CTGCAGCCCACCGTCCTCATACAGCTTTGATTTCTCTTCCAGATTTGATTCTAAGCACGT
AATCAACCTCAGCATTCGTTTAGCAAGAGGGGACATCTCCTCTGTACCATCATCATAACC
ATCTGACTCATCGTTCTCCAGAAGCGAATTTAAGGTAGCCGCGTAATCCACAATCAGTTT
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR3F821JQ U 1
AF RR3BG71JQ U 118
AF RR3F821TF C 432
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BS 821 1005 RR3BG71JQ
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CATACATATAAAATTCTCCTTCCAGTAAGAAAAGCCGTCTCCCAATGCCTGCACTTCCTC
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DS 

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C
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TTAAGACATGTACACAAGAATTTAGACACGGTATAGAGAAGGGTATAAATTCTGACTTTT
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TTCATACATATAAGATTCTCCTTCCAGTAAGAAGAGCCGTCTCCCAATGCCTGCACTTCC
TCTTAAGAACTTTTCCTTCTGGGGTGAATTACCATTTGATTTCCTTCGAATAGGTCTGGT
AAGTAACTCTCCAGGTCATCTGGTGTGTACTTTATGTACTTCCCCGCATGCCTACCACCT
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QA 2 888 2 888
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CAAAACTAGCATTGAAACCTTTGAATCTCTCCTTTAATGCCATCTTCGAAGCACTGCTTG
AACTGTTGCTTCTCTGTCCATAACTTGGGCTACCACTTGAGCCTCCACCCATACTCTCGT
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GCATTCGTTTAGCAAGAGGGGACATCTCCTCTGTACCATCATCATAACCATCTGACTCAT
CGTTCTCCAGAAGCGAATTTAAGGTAGCCGCGTAATCCACAATCAGTTTCC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 4

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TCTAAGTAAACCCTAACGCCGCCTTTAGTTCGGCCAACGTCTGGTGGCTTTCGAGCTCCA
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ATCTGCTACGGTTTTTTTTCGGTTTGGTAAGTGGTAATGCTGTTCTTCACTGTGTCCGGT
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TTAGTTTCCGGGGAAGCTTGTTTCCTCTGGCTCAGTTTCTAGTATCCTTTCCAATATGTA
TCTTTCTCTGTATCAATCAAAGTGTTTTAAAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL22TF U 1
AF RR3AG06TF U 53
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CGTTTTAGCTTCGGCAGGTCGTAGATTTCGATCCTTTTACGGTGTTCCAGATCTAGGGGA
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GACTGATGGACCTCACAGAAGTGCTTAAGGCGCGTGGAGGTTTATCCTCTCTTCTCAGGA
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ATCTGCTACGTTTTTTTTT
T

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3AG06TF 643 0 0
GG
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TCCGGTTCGATTGAGGTTGCGTATTGGTCGCTTGCTCTCGACGGTTTCAAAAGCATTAGG
TTCTATGTGTGTTGTATTTGGGATTATTCTAATGGGAGATC

QA 3 643 3 643
DS 

RD RR3CU72TF 544 0 0
TTTTTTGTCTTTTGGTCTCATCTCTCATCTTCGGTGTGGTTCGTTTTAGCTTCGGCAGGT
CGTAGATTTCGATCCTTTTACGGTGTTCCAGATCTAGGGGAGTGAAGTCGCGGAGGAGCC
TCTGTGCTTCTCCTGATCTTAATTTTAGCTTGTTCTGGGTAGACTGATGGACCTCACAGA
AGTGCTTAAGGCGCGTGGAGGTTTATCCTCTCTTCTCAGGACAAAGTTCGGTGGTTTTCA
ATGTTGGTAGAGCACTGACTTTTGTGGCTTCCTTCTCTGGTGTTTGGGATTCTGTTTCCG
GCTTCCACTTTCTGCTCGAGGGACGATTGGAGATGGAGCTTTCTGTGGTCTTGGGTGTTT
GTCTCTTTTGAAGCGGTTGCATTGTTCCTTCTTGTCGCTCTATCTGCTACGGTTTTTTTT
CGGTTTGGTAAGTGGTAATGCTGTTCTTCACTGTGTCCGGTTCGATTGAGGTTGCGCATT
GGTCGCTTGCTCTCGACG*TTTCAAAAGCATTAG*TTCTATGTGTGTTGTATTTGGGATT
ATTC

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR3AG06JQ 750 0 0
TTAGCTTCGGCAGGTCGTAGATTTCGATCCTTTTACGGTGTTCCGGATCTAGGGGAGTGA
AGTCGCGGAGGAGCCTCTGTGCTTCTCCTGATCTTAATTTTAGCTTGTTCTGGGTAGACT
GATGGACCTCACAGAAGTGCTTAAGGCGCGTGGAGGTTTATCCTCTCTTCTCAGGACAAA
GTTCGGTGGTTTTCAATGTTGGTAGAGCACTGACTTTTGTGGCTTCCTTCTCTGGTGTTT
GGGATTCTGTTTCCGGCTTCCACTTTCTGCTCGAGGGACGATTGGAGATGGAGCTTTCTG
TGGTCTTGGGTGTTTGTCTCTTTTGAAGCGGTTGCATTGTTCCTTCCTGTCGCTCTATCT
GCTACGGTTTTTTTTCGGTTTGGTAAGTGGTAATGCTGTTCTTCACTGTGTCCGGTTCGA
TTGAGGTTGCGTATTGGTCGCTTGCTCTCGACGGTTTCAAAAGCATTAGGTTCTATGTGT
GTTGTATTTGGGATTATTCTAATGGGAGATCTCAGGTTAGTTGTATCTGGACTTGTAAGG
AAAAGTATGGTTGTGCTTCTTGATGAGTTTTCACTTGAGTCTATGGAGTTGCTCTGTTTC
TTCGTGAGTTTAGGTCGAGAGTTTCTTCTTTCTTGTGTCCCTTTGTGTAATCGGGCTTAG
TTTCCGGGGAAGCTTGTTTCCTCTGGCTCAGTTTCTAGTATCCTTTCCAATATGTATCTT
TCTCTGTATCAATCAAAGTGTTTTAAAGCG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 4

CO CL2253Contig1 799 4 8 U
ATCAAAGATTGATAAATACTAGACGAGTCTTGCCAATCAAAAAATAAACTTTTTGATTGG
ATGGGAATGAATGAAGAAATACTAAATCATCGTATAACGAATTTTGACTTTTTTTTCTTT
CCAGAATTTTTCTTATTTTCTAGTACATATAAAATGAAACCGTGGGTCATACCAATTAAA
TTACTTCTTTTCAATTTTAATGAAACAAAAAATGTGAATAAACAGATCACCCTAAAGAAA
AAAGGTTTTATATCATCAAACGAAAACAAATTCCTTCGGTTGTTTAATCTAAATAAAGAA
GAAAACGAATCGGCAGGTCAAGAAGAGTTTGAATCAGATAAAGAAACAAAAATAAATATG
GAATCAGCTCTATCAAAGCAAGAAAAAAATATTGAAGAAAATTATACAGAATCGAAGATA
AAAAAAAGTCAAAATAAAAAACAACCAAAAAGCAATACCGACGAGGAACTTGACTTATTT
CTCAAAAGGTATTCGCGTTTTCAATTTCGATGGAATT*GTTTTAATCAAAAAATTATCAA
TAATATAAGAGTATACTGTCTCTTGATTAGACTAAAAAATCCAAACGAGATAACGATATC
TTGTATTGAAAGAGGAGAGATGAGCCTAGATATTCTAATGATTGAGAAGAATTGCACTTT
TTCAAAATTAATGAAAAAAGGAATATTGATTGTTGAACCTGTTCGTTT*GTCTGTAAAAA
ACGATGGACAACTTATTATATATAGAACCATCGGGATTTCATTGGTTCATAAAAATAAAC
AAAAAATAAGTAAAAGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV88TF U 72
AF RR3DV88JQ C 1
AF RR3AX88TF U 132
AF RR3AX88JQ C 117
BS 1 71 RR3DV88JQ
BS 72 401 RR3DV88TF
BS 402 517 RR3AX88TF
BS 518 518 RR3DV88JQ
BS 519 708 RR3AX88TF
BS 709 709 RR3DV88JQ
BS 710 770 RR3AX88TF
BS 771 799 RR3AX88JQ

RD RR3DV88TF 331 0 0
TGAAGAAATACTAAATCATCGTATAACGAATTTTGACTTTTTTTTCTTTCCAGAATTTTT
CTTATTTTCTAGTACATATAAAATGAAACCGTGGGTCATACCAATTAAATTACTTCTTTT
CAATTTTAATGAAACAAAAAATGTGAATAAACAGATCACCCTAAAGAAAAAAGGTTTTAT
ATCATCAAACGAAAACAAATTCCTTCGGTTGTTTAATCTAAATAAAGAAGAAAACGAATC
GGCAGGTCAAGAAGAGTTTGAATCAGATAAAGAAACAAAAATAAATATGGAATCAGCTCT
ATCAAAGCAAGAAAAAAATATTGAAGAAAA
A

QA 1 330 1 330
DS 

RD RR3DV88JQ 770 0 0
ATCAAAGATTGATAAATACTAGACGAGTCTTGCCAATCAAAAAATAAACTTTTTGATTGG
ATGGGAATGAATGAAGAAATACTAAATCATCGTATAACGAATTTTGACTTTTTTT*CTTT
CCAGAATTTTTCTTATTTTCTAGTACATATAAAATGAAACCGTGGGTCATACCAATTAAA
TTACTTCTTTTCAATTTTAATGAAACAAAAAATGTGAATAAACAGATCACCCTAAAGAAA
AAAGGTTTTATATCATCAAACGAAAACAAATTCCTTCGGTTGTTTAATCTAAATAAAGAA
GAAAACGAATCGGCAGGTCAAGAAGAGTTTGAATCAGATAAAGAAACAAAAATAAATATG
GAATCAGCTCTATCAAAGCAAGAAAAAAATATTGAAGAAAATTATACAGAATCGAAGATA
AAAAAAAGTCAAAATAAAAAACAACCAAAAAGCAATACCGACGAGGAACTTGACTTATTT
CTCAAAAGGTATTCGCGTTTTCAATTTCGATGGAATT*GTTTTAATCAAAAAATTATCAA
TAATATAAGAGTATACTGTCTCTTGATTAGACTAAAAAATCCAAACGAGATAACGATATC
TTGTATTGAAAGAGGAGAGATGAGCCTAGATATTCTAATGATTGAGAAGAATTGCACTTT
TTCAAAATTAATGAAAAAAGGAATATTGATTGTTGAACCTGTTCGTTT*GTCTGTAAAAA
ACGATGGACAACTTATTATATATAGAACCATCGGGATTTCATTGGTTCAT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3AX88TF 639 0 0
CTTATTTTCTAGTACATATAAAATGAAACCGTGGGTCATACCAATTAAATTACTTCTTTT
CAATTTTAATGAAACAAAAAATGTGAATAAACAGACCACCCTAAAGAAAAAAGGTTTTAT
ATCATCAAACGAAAACAAATTCCTTCGGTTGTTTAATCTAAATAAAGAAGAAAACGAATC
GGCAGGTCAAGAAGAGTTTGAATCAGATAAAGAAACAAAAATAAATATGGAATCAGCTCT
ATCAAAGCAAGAAAAAAATATTGAAGAAAATTATACAGAATCGAAGATAAAAAAAAGTCA
AAATAAAAAACAACCAAAAAGCAATACCGACGAGGAACTTGACTTATTTCTCAAAAGGTA
TTCGCGTTTTCAATTTCGATGGAATTTGTTTTAATCAAAAAATTATCAATAATATAAGAG
TATACTGTCTCTTGATTAGACTAAAAAATCCAAACGAGATAACGATATCTTGTATTGAAA
GAGGAGAGATGAGCCTAGATATTCTAATGATTGAGAAGAATTGCACTTTTTCAAAATTAA
TGAAAAAAGGAATATTGATTGTTGAACCTGTTCGTTTTGTCTGTAAAAAACGATGGACAA
CTTATTATATATAGAACCATCGGGATTTCATTGGTTCAT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3AX88JQ 683 0 0
CTTTCCAGAATTTTTCTTATTTTCTAGTACATATAAAATGAAACCGTGGGTCATACCAAT
TAAATTACTTCTTTTCAATTTTAATGAAACAAAAAATGTGAATAAACAGATCACCCTAAA
GAAAAAAGGTTTTATATCATCAAACGAAAACAAATTCCTTCGGTTGTTTAATCTAAATAA
AGAAGAAAACGAATCGGCAGGTCAAGAAGAGTTTGAATCAGATAAAGAAACAAAAATAAA
TATGGAATCAGCTCTATCAAAGCAAGAAAAAAATATTGAAGAAAATTATACAGAATCGAA
GATAAAAAAAAGTCAAAATAAAAAACAACCAAAAAGCAATACCGACGAGGAACTTGACTT
ATTTCTCAAAAGGTATTCGCGTTTTCAATTTCGATGGAATT*GTTTTAATCAAAAAATTA
TCAATAATATAAGAGTATACTGTCTCTTGATTAGACTAAAAAATCCAAACGAGATAACGA
TATCTTGTATTGAAAGAGGAGAGATGAGCCTAGATATTTTAATGATTGAGAAGAATTGCA
CTTTTTCAAAATTAATGAAAAAAGGAATATTGATTGTTGAACCTGTTCGTTT*GTCTGTA
AAAAACGATGGACAACTTATTATATATAGAACCATCGGGATTTCATTGGTTCATAAAAAT
AAACAAAAAATAAGTAAAAGATC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 2 4

CO CL2254Contig1 566 2 1 U
GGGTCTTCGTGAGAGCTTCTTCATATTTCGGCCTCTAATCTACTCAACATTCAACATCAT
GGCGCCAAAGAAGGATAAGGTTTCGCCGCCGTCATCGAAGCCGGCCAAATCCGGAGGTGG
AAAACAGAAGAAGAAGAAGTGGAGCAAGGGAAAGCAAAAGGAGAAGGTGAACAACATGGT
GTTGTTTGATCAGGCTACTTACGACAAGCTTCTCACTGAAGCTCCCAAGTTCAAGCTCAT
CACCCCTTCCATTCTCTCCGACCGTATGAGGATCAACGGGTCTCTAGCAAGGAAGGCCAT
TAGGGAGTTAATGGCAAAAGGTGTGATCAGGATGGTCGCTGCTCACTCGAGCCAGCAGAT
CTACACTCGTGCCACCAACACCTAAACAAATTTGCTTTTGTCAATGGTTTGATACTTCTT
TGCACTCCTTTGTACTCGAGAAACTCTTTTAGAATGCCTTTTTTGGATATTATGTCTACT
TAATTTTGAACCATTTTCTGTTTTTGCTCTCAGTAGTCTTATCATAATTTCAGTCAGATA
TCCAAGACAGTTTTTTGTGTTCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 

AF RR3CJ27TF U 1
AF RR3CJ27JQ C 287
BS 1 566 RR3CJ27TF

RD RR3CJ27TF 566 0 0
GGGTCTTCGTGAGAGCTTCTTCATATTTCGGCCTCTAATCTACTCAACATTCAACATCAT
GGCGCCAAAGAAGGATAAGGTTTCGCCGCCGTCATCGAAGCCGGCCAAATCCGGAGGTGG
AAAACAGAAGAAGAAGAAGTGGAGCAAGGGAAAGCAAAAGGAGAAGGTGAACAACATGGT
GTTGTTTGATCAGGCTACTTACGACAAGCTTCTCACTGAAGCTCCCAAGTTCAAGCTCAT
CACCCCTTCCATTCTCTCCGACCGTATGAGGATCAACGGGTCTCTAGCAAGGAAGGCCAT
TAGGGAGTTAATGGCAAAAGGTGTGATCAGGATGGTCGCTGCTCACTCGAGCCAGCAGAT
CTACACTCGTGCCACCAACACCTAAACAAATTTGCTTTTGTCAATGGTTTGATACTTCTT
TGCACTCCTTTGTACTCGAGAAACTCTTTTAGAATGCCTTTTTTGGATATTATGTCTACT
TAATTTTGAACCATTTTCTGTTTTTGCTCTCAGTAGTCTTATCATAATTTCAGTCAGATA
TCCAAGACAGTTTTTTGTGTTCTTTT

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR3CJ27JQ 280 0 0
GCAAGGAAGGCCATTAGGGAGTTAATGGCAAAAGGTGTGATCAGGATGGTCGCTGCTCAC
TCGAGCCAGCAGATTTACACTCGTGCCACCAACACCTAAACAAATTTGCTTTTGTCAATG
GTTTGATACTTCTTTGCACTCCTTTGTACTCGAGAAACTCTTTTAGAATGCCTTTTTTGG
ATATTATGTTTACTTAATTTTGAACCATTTTCTGTTTTTGCTCTCAGTAGTCTTATCATA
ATTTCAGTCAGATATCCAAGACAGTTTTTTGTGTTTTTTT

QA 1 280 1 280
DS 



CO CL2254Contig2 510 2 2 U
GGGTCTTCGTGAGAGCTTCTTCATATTTCGGCCTCTAATCTACTCAACATTCAACATCAT
GGCGCCAAAGAAGGATAAGGTTCCGCCACCGTCATCGAAGCCGGCCAAATCCGGAGGTGG
AAAACAGAAGAAGAAGAAGTGGAGCAAGGGAAAGCAAAAGGAGAAGGTGAACAACATGGT
GTTGTTTGATCAGGCTACTTACGACAAGCTTCTCACTGAAGCTCCCAAGTTCAAGCTCAT
CACCCCTTCCATTCTCTCCGACCGTATGAGGATCAACGGGTCTCTAGCAAGGAAGGCCAT
TAGGGAGTTAATGGCAAAAGGTGTGATCCGGATGGTCGCTGCTCACTCGAGCCAGCAGAT
CTACACTCGTGCCACCAACACCTAAACAAATTTGCTTTTGTCAATGGTTTGATACTTGTT
TTCACTCCCTTGTACTCGAGAAACTCTTTTTAGAATGCCTTTTTTGGATATTATGTCTAT
TTAATTTTGAACTATTTTTTGTTTTTGCCC


BQ
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CC

QA 1 508 1 508
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AS 2 4

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BQ
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AF RR3CO61TF U 1
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DS 



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C


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3EB01TF U 1
AF RR3EB01JQ C 339
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BS 562 961 RR3EB01JQ

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TCCATGGCGCCAAGATGGAAATCAAAAGGCGCAGAAGCAGAGGCTCTTGCAGAACCTATT
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TGTTTCGGCAGACTCGTCCTGTCCGCTGAGAAAGACAAGAAATGGATTCATTTGTCCTTT
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TCTGTTCTGGTTCAGTCTGGT

QA 1 561 1 561
DS 

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ATCTCTTGTCCACTCTGAATACTCTGTTCTGGTTCAGTCTGGTGACGGTGATCGGTTAAG
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AAGAACCGGTCCCGGTTAGTTAAGTGCTGGTTTTGATTTTTCACATCAATCTTTAAGCAA
TTTTGTTTTCAGTTTTAGTTGAGATAGTGAGATACACAAACATTTGTTTTCTATAGTTAC
AAATCTCATACGCTTTTAATTCC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 4

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ACCGTGTGATTGTAATTTTATAAATAGTTGGTAAACGTTGTAAATTATAAAGTTAAAATA
TGAACAAAAACATATGTAGAGCGTGGGGCTTTTGG


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3EL32TF U 1
AF RR3EL32JQ C 1
AF RR3BA56JQ C 2
AF RR3BA56TF U 2
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G
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GAAAAGCTCTGCTAAAGTTTCGGATCTCATGGCGATTTAGTGATCA
GAGAG

QA 2 347 2 347
DS 

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TATACACGGTGAGGAAGTTCCATAGAGAGAGCATGAAGAAGCCTACCAAACCTGCGGTGG
TTACCGGCGAGGGAGAAGAAAAGATGGCCGGAGGAGAGCTCCGGGAGGTCATGAAAACAC
CGGCGAAACAGAGTGGGACTAGAAGATTCGGACGATGGTTTGTTGGAAAGCCAGGAGTGA
AGAAAAGCTCTGCTAAAGTTTCGGATCCCATGGCGATTTAGTGATCAAGAAGAAGAAGAA
GAAAATGTTCTCTTATTTTCTTTTTTCATGCGTCTTTTTAAGTTTCTTCTCTTTCATTTT
ACCGTGTGATTGTAATTTTATAAATAGTTGGTAAACGTTGTAAATTATAAAGTTAAAATA
TGAACAAAAACATATG
C

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DS 

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TACCGGCGAGGGAGAAGAAAAGATGGCCGGAGGAGAGCTCCGGGAGGTCATGAAAACACC
GGCGAAACAGAGTGGGACTAGAAGATTCGGACGATGGTTTGTTGGAAAGCCAGGAGTGAA
GAAAAGCTTTGCTAAAGTTTCGGATCCCATGGCGATTTAGTGATCAAGAAGAAGAAGAAG
AAAATGTTCTCTTATTTTCTTTTTTCATGCGTCTTTTTAAGTTTCTTCTCTTTCATTTTA
CCGTGTGATTGTAATTTTATAAATAGTTGGTAAACGTTGTAAATTATAAAGTTAAAATAT
GAACAAAAACATATGTAGAGCGTGGGGCTTTTGG

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3BA56TF 514 0 0
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AAGTTTCTTTTTTTTTCTTTTCTACCTTGATAAAAAGATGTCGCTAGCTATCGCAGATGT
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TACCGGCGAGGGAGAAGAAAAGATGGCCGGAGGAGAGCTCCGGGAGGTCATGAAAACACC
GGCGAAACAGAGTGGGACTAGAAGATTCGGACGATGGTTTGTTGGAAAGCCAGGAGTGAA
GAAAAGCTTTGCTAAAGTTTCGGATCCCATGGCGATTTAGTGATCAAGAAGAAGAAGAAG
AAAATGTTCTCTTATTTTCTTTTTTCATGCGTCTTTTTAAGTTTCTTCTCTTTCATTTTA
CCGTGTGATTGTAATTTTATAAATAGTTGGTAAACGTTGTAAATTATAAAGTTAAAATAT
GAACAAAAACATATGTAGAGCGTGGGGCTTTTGG

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 4

CO CL2257Contig1 866 4 22 U
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AATCCAACCTCCTCTCTCGATTCACACGCAACGAGTTCAGCCTCGACTCCAAATCCACCA
TCGGCGTCGAATTCGCCACCCGAACCATCCACGTCGACGACAAAATCGTCAAAGCTCAGA
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CTTTAGGAGCATTACTTGTCTACGACGTTACACGGCACGTGACTTTCGAGAACGTTGAGA
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CTTTCACTCAGCTGCTTTCTCAGATATACCGTGTGGCTAGCAAAAGAGCTTTGGATGTTG
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CTAAGGGAAATGTGTCTGAGGTTAAGAAGATCGGTTGCTGCTCAAGTTGATCTCAGTTGT
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GTTACTCTTGGTGTAAACTAGCTTCTCGGATCCTTATAAATGTTCTATCTATGTGTTACA
TGATCATATTAGACAATCTATAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DW29TF U 1
AF RR3CH36TF U 44
AF RR3CH36JQ C 115
AF RR3DW29JQ C 237
BS 1 116 RR3DW29TF
BS 117 117 RR3CH36TF
BS 118 166 RR3DW29TF
BS 167 167 RR3CH36TF
BS 168 274 RR3DW29TF
BS 275 275 RR3CH36TF
BS 276 319 RR3DW29TF
BS 320 320 RR3CH36TF
BS 321 349 RR3DW29TF
BS 350 633 RR3CH36TF
BS 634 703 RR3CH36JQ
BS 704 704 RR3DW29JQ
BS 705 739 RR3CH36JQ
BS 740 741 RR3DW29JQ
BS 742 762 RR3CH36JQ
BS 763 763 RR3DW29JQ
BS 764 786 RR3CH36JQ
BS 787 787 RR3DW29JQ
BS 788 801 RR3CH36JQ
BS 802 802 RR3DW29JQ
BS 803 834 RR3CH36JQ
BS 835 866 RR3DW29JQ

RD RR3DW29TF 350 0 0
GGAGCGATTGCCTGAGAATCTCCGATCCTTCCGTGATCCTCGTAATGGCTACGTATACCG
CTGACGACGATTACGATTTCCTCTACAAGGTGGTACTAATCGGAGACTCCGGCGTCTGCA
AATCCAACCTCCTCTCTCGATTCACACGCAACGAGTTCAGCCTCGAGTCCAAATCCACCA
TCGGCGTCGAATTCGCCACCCGAACCATCCACGTCGACGACAAAATCGTCAAAGCTCAGA
TTTGGGACACCGCCGGTCAAGAAAGATACCGAGCGATCACTAGCGCATACTATCGAGGAG
CTTTAGGAGCATTACTTGTGTACGACGTTACACGGCACGTGACTTTCGA
A

QA 1 349 1 349
DS 

RD RR3CH36TF 590 0 0
G
ATGGCTACGTATACCGCTGACGACGATTACGATTTCCTCTACAAGGTGGTACTAATCGGA
GACTCCGGCGTCGGCAAATCCAACCTCCTCTCTCGATTCACACGCAACGAGTTCAGCCTC
GACTCCAAATCCACCATCGGCGTCGAATTCGCCACCCGAACCATCCACGTCGACGACAAA
ATCGTCAAAGCTCAGATTTGGGACACCGCCGGTCAAGAAAGATACCGAGCAATCACTAGC
GCATACTATCGAGGAGCTTTAGGAGCATTACTTGTCTACGACGTTACACGGCACGTGACT
TTCGAGAACGTTGAGAGATGGCTCAAGGAGCTCAGAGACCACACCGACGCCAACATTGTT
ATTATGCTCGTTGGGAACAAGGCTGATCTGCGTCACCTCAGAGCTGTTTCAACGGAAGAT
GCCACGGCTTTTGCTGAGAGGGCGAAGACTTTCTTTATGGAGACGTCTGCTTTGGAAGCT
TTGAACGTTGAGGATGCTTTCACTCAGCTGCTTTCTCAGATATACCGTGTGGCTAGCAAA
AGAGCTTTGGATGTTGGTGGTGATGATGATGGTGATCGGTCTGCTCTCC

QA 2 590 2 590
DS 

RD RR3CH36JQ 730 0 0
TCG
GCAAATCCAAC*TCCTCTCTCGATTCACACGCAACGAGTTCAGCCTCGACTCCAAATCCA
CCATCGGCGTCGAATTCGCCACCCGAACCATCCACGTCGACGACAAAATCGTCAAAGCTC
AGATTTGGGACACCGCCGGTCAAGAAAGATACCGAGCAATCACTAGCGCATACTATCGAG
GAGCTTTAGGAGCATTACTTGTCTACGACGTTACACGGCACGTGACTTTCGAGAACGTTG
AGAGATGGCTCAAGGAGCTCAGAGACCACACCGACGCCAACATTGTTATTATGCTCGTTG
GGAACAAGGCTGATCTGCGTCACCTCAGAGCTGTTTCAACGGAAGATGCCACGGCTTTTG
CTGAGAGGGCGAAGACTTTCTTTATGGAGACGTCTGCTTTGGAAGCTTTGAACGTTGAGG
ATGCTTTCACTCAGCTGCTTTCTCAGATATACCGTGTGGCTAGCAAAAGAGCTTTGGATG
TTGGTGGTGATGATGATGGTGATCGGTCTGCTCTCCCTAAAGGACAGAGTGTTGATGTCG
GGTCTAAGGGAAATGTGTCTGAGGTTAAGAAGATCGGTTGCTGCTCGAGTTGATCTCAGT
TGTTAGAGGAACTATGTGGTTTTGAGTAAATCTATGGAACGGATGGTGATTCTCCCTTGT
CTTGTTACTTTTGGTGTAAACTAGTTTCTCGGATCCTTATAAATGTTCTATCTATGT
TTACATGACC

QA 4 720 4 720
DS 

RD RR3DW29JQ 630 0 0
CAGATTTGGGACACCGCCGGTCAAGAAAGATACCGAGCGATCACTAGCGCATACTATCGA
GGAGCTTTAGGAGCATTACTTGTGTACGACGTTACACGGCACGTGACTTTCGAAAACGTT
GAGAGATGGCTCAAGGAGCTCAGAGACCACACTGACGCCAACATTGTTATTATGCTCGTT
GGGAACAAGGCTGACCTGCGTCACCTTAGAGCTGTTTCCACGGAAGATGCCACGGCGCTT
GCTGAGAGGGAGAAGACTTTCTTTATGGAGACGTCTGCTTTGGAAGCTTTGAACGTTGAG
GATGCTTTCACTCAGCTGCTTTTTCAGATATACCGTGTGGCTAGCAAAAGAGCTTTGGAT
GTTGGTGGTGATGATGATGGTGATCGGTCTGCTCTCCCTAAAGGACGGAGTGTTGATGTC
GGGTCTAAGGGAGATGTGTCTGAGGTTAAGAAGATCGGTTGCTGCTCAAGTTGATCTCAG
TTGTTAGAGGAACTATGTGGTTTGAAGTAAATCTATGGAACGGATTATGATTCTCCCTTG
TCTTGTTACTCTTGGTGTAAGCTAGCTTCTCGGATCCTTATAAATGTTTTATCTATGTGT
TACATGATCATATTAGACAATCTATAAACC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 4

CO CL2258Contig1 869 4 10 U
GAGGAAACGTCTCTTTGCGCAAACAGTTTAACACCGAAGAAGAGTACAGAGCAGTGGTTG
AACCACCGCCTGCAAAGTGCTCAGAAGAAGAAAAGATTACAGATGAAGACAATGGAGCAA
AGATTACAGCGGAGAGAACACTCTCTACTGTGTCTGACCGTGAAATGTCTAATCTCCACA
AGCAATCCTCTGAATCGTTTCCTTTTGCACACGTTGATGACGCCTTGATATTCCCTGAAA
TGGATAATAACGCCGCTTTAGCAGCAGCAGCATCGTCATCATCGAGCGTGTACCAGTTCC
ACGAGGCGAAAATGACGGCTCTCATAAGAAGAAACGGGGTTTTAGAAGGGCAGCTAGAAG
CAGCGTTGGCGGGGAGAGAAGCGGCTGAGAGGAACGTGTCGGTTGCGCTGAGGAGCAAAC
AAGAGACTGATAAGAAGCTCTCTGACGCCTTGAGAGATGTTGAGTTGCTTAAGGAGAAGC
TCACGGGGTTAGAGTTAGCACAAGAGGAAGCTAATAGTTTGTCAAACATGGTTCACTCGG
ACAATGTCAGGCTCGAGCATGATGTAGCGTTCCTAAGAGCTGTCCTAGACGATACACAGA
AGGAGTTGCATTCCACAAGAGGTGTTCTTGCAGGAGAAAGAGCAAGAGCGTTTCAGTTGC
AGGTTGAAGTGTTTCATCTGAAGCAAAGGTTGCAATCTCTGGAGAACAGAGCTGCTACAC
CAAGAAAGCCTTTCCATGTTTAAACAAAGACCTGTGTGTAGTAGAGACAAGACAAGACTT
GCATTTGTAATCCTCAAGAGACGAATGAAAACTATTTCTGTGTGTTTGTGGATTAATGTA
AAAAGAAATTAAGAAAACTCAACTATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG59JQ C 445
AF RR3EH14TF U 23
AF RR3GG59TF U 1
AF RR3EH14JQ C 198
BS 1 538 RR3GG59TF
BS 539 539 RR3EH14TF
BS 540 599 RR3GG59TF
BS 600 600 RR3EH14TF
BS 601 661 RR3GG59TF
BS 662 662 RR3GG59JQ
BS 663 688 RR3GG59TF
BS 689 689 RR3EH14JQ
BS 690 739 RR3GG59TF
BS 740 869 RR3EH14JQ

RD RR3GG59JQ 230 0 0
ACC
CCTTGAGAGATGTTGAGTTGCTTAAGGAGAAGCTCACGGGGTTAGAGTTAGCACAAGAGG
AAGCTAATAGTTTGTCAAACATGGTTCATTCTGACAATGTCAGGCTCGAGCATGATGTAG
CGTTCCTAAGAGCTGTCCTAGACGATACACAGGAGGAGTTGCATTCCACAAGAGGTGTTC
TTGCAGGAGAAAGAGCAAGAGCGTTTCAGTTGCAGGTTGAAGTGTTT

QA 4 230 4 230
DS 

RD RR3EH14TF 662 0 0
G
CAGTTTAACACCGAAGAAGAGTACAGAGCAGTGGTTGAACCACCGCCTGCAAAGTGCTCA
GAAGAAGAAAAGATTACAGATGAAGACAATGGAGCAAAGATTACAGCGGAGAGAACACTC
TCTACTGTGTCTGACCGTGAAATGTCTAATCTCCACAAGCAATCCTCTGAATCGTTTCCT
TTTGCACACGTTGATGACGCCTTGATATTCCCTGAAATGGATAATAACGCCGCTTTAGCA
GCAGCAGCATCGTCATCATCGAGCGTGTACCAGTTCCACGAGGCGAAAATGACGGCTCTC
ATAAGAAGAAACGGGGTTTTAGAAGGGCAGCTAGAAGCAGCGTTGGCGGGGAGAGAAGCG
GCTGAGAGGAACGTGTCGGTTGCGCTGAGGAGCAAACAAGAGACTGATAAGAAGCTCTCT
GACGCCTTGAGAGATGTTGAGTTGCTTAAGGAGAAGCTCACGGGGTTAGAGTTAGCACAA
GAGGAAGCTAATAGTTTGTCAAACATGGTTCACTCGGACAATGTCAGGCTCGAGCATGAT
GTAGCGTTCCTAAGAGCTGTCCTAGACGATACACAGAAGGAGTTGCATTCCACAAGAGGT
GTTCTTGCAGGAGAAAGAGCAAGAGCGTTTCAGTTGCA*GTTGAAGTGTTTCATCTGAAG
C

QA 2 662 2 662
DS 

RD RR3GG59TF 750 0 0
GAGGAAACGTCTCTTTGCGCAAACAGTTTAACACCGAAGAAGAGTACAGAGCAGTGGTTG
AACCACCGCCTGCAAAGTGCTCAGAAGAAGAAAAGATTACAGATGAAGACAATGGAGCAA
AGATTACAGCGGAGAGAACACTCTCTACTGTGTCTGACCGTGAAATGTCTAATCTCCACA
AGCAATCCTCTGAATCGTTTCCTTTTGCACACGTTGATGACGCCTTGATATTCCCTGAAA
TGGATAATAACGCCGCTTTAGCAGCAGCAGCATCGTCATCATCGAGCGTGTACCAGTTCC
ACGAGGCGAAAATGACGGCTCTCATAAGAAGAAACGGGGTTTTAGAAGGGCAGCTAGAAG
CAGCGTTGGCGGGGAGAGAAGCGGCTGAGAGGAACGTGTCGGTTGCGCTGAGGAGCAAAC
AAGAGACTGATAAGAAGCTCTCTGACGCCTTGAGAGATGTTGAGTTGCTTAAGGAGAAGC
TCACGGGGTTAGAGTTAGCACAAGAGGAAGCTAATAGTTTGTCAAACATGGTTCACTCTG
ACAATGTCAGGCTCGAGCATGATGTAGCGTTCCTAAGAGCTGTCCTAGACGATACACAGG
AGGAGTTGCATTCCACAAGAGGTGTTCTTGCAGGAGAAAGAGCAAGAGCGTTTCAGTTGC
ACGTTGAAGTGTTTCATCTGAAGCAAAG*TTGCAATCTCTGGAGAACAGAGCTGCTACAC
CAAGAAAGCCTTTCCATGT
CTAACAAAGAC

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3EH14JQ 672 0 0
TTTCCTTTTGCACACGTTGATGACGCCTTGATATTCCCTGAAATGGATAATAACGCCGCT
TTAGCAGCAGCAGCATCGTCATCATCGAGCGTGTACCAGTTCCACGAGGCGAAAATGACG
GCTCTCATAAGAAGAAACGGGGTTTTAGAAGGGCAGCTAGAAGCAGCGTTGGCGGGGAGA
GAAGCGGCTGAGAGGAACGTGTCGGTTGCGCTGAGGAGCAAACAAGAGACTGATAAGAAG
CTTTTTGACGCCTTGAGAGATGTTGAGTTGCTTAAGGAGAAGCTCACGGGGTTAGAGTTA
GCACAAGAGGAAGCTAATAGTTTGTCAAACATGGTTCACTCGGACAATGTCAGGCTCGAG
CATGATGTAGCGTTCCTAAGAGCTGTCCTAGACGATACACAGAAGGAGTTGCATTCCACA
AGAGGTGTTCTTGCAGGAGAAAGAGCAAGAGCGTTTCAGTTGCAGGTTGAAGTGTTTCAT
TTGAAGCAAAGGTTGCAATTTCTGGAGAACAGAGCTGCTACACCAAGAAAGCCTTTCCAT
GTTTAAACAAAGACCTGTGTGTAGTAGAGACAAGACAAGACTTGCATTTGTAATCCTCAA
GAGACGAATGAAAACTATTTCTGTGTGTTTGTGGATTAATGTAAAAAGAAATTAAGAAAA
CTCAACTATCCT

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 3

CO CL2259Contig1 1170 3 4 U
AATTTACACCTAAATCTCATTTAAACTTTAACCAAGGTGACTGTAAAAGAGACGATAAAA
AACAACCCAAAGCAGAGCATCCTAAAAGAAAATTATAGCAAGAAGGTAATCGAGAAAGAA
AAAGACAACATTAGGCAAGGACAAAGCACACAGAAAGACGCAAAGACATCGCGTTTGCTT
AAGAGATGTTCATCGCTTCTGCGTGATAGGTTTCAAGATCCTTGTCTAGTTCTTCAGCCG
ACTTCTCCACCGCCTTCTTTCCGCCTCGGCCGCCTTTATTCCCTCTTCCACCACCGGCTT
GGCCCCGGCCTCTACCACGAAACCCTCCTCGGCCACTTCTCACACCACCTCCTTGTTGGT
TCCCAATTGGAAGGTGTCTAATAGAAGGAGCTGCACTTCTTCCTCTTCCTCTCCCACCTC
TAACTCCTTGTCCAATGGAAACAGTTCTCTTCATCCTTCCGTTCAACCCGGTTACATTAA
CACGAGCCGCAACAGGAGCAACCTCATTGTTTCCACCCAGAATCTCCAATTTCATTGACC
TTCCATCC*AGCAGGACATTGTTGTATCTCTTCATAGCTTGGAATGCATCACTTCTT*CT
CATGTACACAACTTCTGCCGAGCCGTTTGGACGCCCGTTCAGGTCATAGTGAATTGCATA
TCTTTTCATCTCTCCAATCTCACCAAAGAGTTCCCTGATATCTTCATTTGTGACTCCCTG
ATCGAGGTTGGTAAAATAAACAGTGGTTCCAACTTCTATGCCAGTTACTCCAACAGATCT
CATACTTTCTTCAAACAAACCATTCTGCCATGGCAAGTTCTTCTTCCTGCGGTTAAGCTT
GTTGGGGAATGAGGCTGGCCTAGCTTTCACAGCAAGAGGACCTCTACGAACAGGTCCACC
AGCTCCTCTTCCACCTCCGGTTAAACTTGGCTCCAGCTCCACCGCGGGAGACTCCTTCAC
CACCAGACTTTTTAGCTACCTTGCTCCTCTTCACCATATCATCAAGAGACATACTCAAAG
GGTCCGACATCTTCAGCTCAATTAAATCAGATGAAAGCTCAAAAGAGAGAGAGATCGAAG
GAGATGTAGGGATCGGCTCGCACGAATCGATTGGGGGAAATTAGGGATTTTATCGTCTTC
GAGAGAGTTTGGGAGAAAGGGGGAATGTCC


BQ
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QA 1 712 1 712
DS 



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ACCATAACAAACCATAGTTTTTGTCCGCCAACCATAATAAAAAAAAACAACACTAGAAAT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP43JQ U 1
AF RR3H128JQ U 1
AF RR3H128TF C 641
BS 1 25 RR3EP43JQ
BS 26 26 RR3H128JQ
BS 27 84 RR3EP43JQ
BS 85 85 RR3H128JQ
BS 86 118 RR3EP43JQ
BS 119 119 RR3H128JQ
BS 120 203 RR3EP43JQ
BS 204 205 RR3H128JQ
BS 206 306 RR3EP43JQ
BS 307 307 RR3H128JQ
BS 308 342 RR3EP43JQ
BS 343 343 RR3H128JQ
BS 344 448 RR3EP43JQ
BS 449 449 RR3H128JQ
BS 450 504 RR3EP43JQ
BS 505 505 RR3H128JQ
BS 506 516 RR3EP43JQ
BS 517 730 RR3H128JQ
BS 731 1389 RR3H128TF

RD RR3EP43JQ 516 0 0
GCTACTAATTGATGATTATCTAAGG*AAGTGTTTTACATAATACAAGACTGCTTCATTCA
ACCATAACAAACCATAGTTTTTGTTCGCCAACCATAATAAAAAAAAACAACACTAGAATT
TAACCTTGCAAAATGTCTGATTTTCGTTTCCACCTCCAAAGAACAATGTGGAACATTTAG
GATAAGTAGAACTCGAATTATTGTTTTTTCTCACCTGTGTTTGCGTTTGGATGGTGGCAT
GTTCCTCATGCTGCTACTTCCTCCTCCACCGCTGCTTCTGCCTCCTCCACCGCTGCTTCC
AGGACGGGATTTCCCAAACGCTCTCATCTTCCTTCTCTTCCTCTCTTCCTCACTATCAGA
CTCAGCTCCATGCTCTCTGTCTGCGTTAGTAGCCTCTCTCTCCAGCTCGTCCCATGTCTT
ACCTTTCTCTTCCTCTGATTCTTCCTCAGAGTCCTCTTCATCTTCGTCCTCTGACTCAAC
CAGTGAAGCGCTGTCTGAATCCTCGTCCTCTGACTC

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR3H128JQ 730 0 0
A
CTACTAATTGATGATTATCTAAGGGAAGTGTTTTACATAATACAAGACTGCTTCATTCAA
CCATAACAAACCATAGTTTTTGTCTGCCAACCATAATAGAAAAAAACAACACTAGAAATT
AACCTTGCAAAATGTCTGATTTTCGTTTCCACCTCCAAAGAACAATGTGGAACATTTAGG
ATAAGTAGAATTCGAATTATTGGGTTTTCTCACCTGTGTTTGCGTTTGGATGGTGGCATG
TTCCTCATGCTGCTACTTCCTCCTCCACCGCTGCTTCTGCCTCCTCCACCGCTGGTTCCA
GGACGCGATTTCCCAAACGCTCTCATCTTCCTTCTCTTCCTATCTTCCTCACTGTCAGAC
TCAGCTCCATGCTCTCTGTCTGCGTTAGTAGCCTCTCTCTCCAGCTCGTCCCATGTCTTA
CCTTTCTCTTCCTCTGATTCTTCCTCAAAGTCCTCTTCATCTTCGTCCTCTGACTCAACC
AGTGAAGCGCTGTCTGAATCCTCATCCTCTGACTCAGACTCAACTTCTACATCTGAGGCC
TCATATTCTTTGTCTGACTCCTCAGAGCCACCAGATTCTGAATCGCTTCCGTCCAAGTTC
AGAAACTCCCATCCACCTTCCTCTACAAAGCTCTGTGGATCATCAGTGATTGTCTTAAGG
ATCTGCCTCCAGTTCAGATTCAGTTTGCTCTCGTAGTACTTTATATCAGTAGTGTCAAGC
CATTCCTTT

QA 2 730 2 730
DS 

RD RR3H128TF 749 0 0
TCATCAGTGAT*GTCTTAAGGATCTGCCTCCAGT*CAGATTCAGTTTGCTCTCGTAGTAC
TTTATATCAGTAGTGTCAAGCCATTCCTTTATCCTTTCTAGAGACGTAGTGGGAATAGAG
TCAACCCTGAGAACATCCTTCTTGAAGTCCTTGAAGATAATGGCCATGTCAAAGTTCTTC
TGCCCAAACCCAACTCTCTCCAGATTCACAATCTCAATCTCATTCAAACTGACCACAAAA
AACGGCATTTCAGTGATCTCAACAAGGCAGCTGGAGGTCGGGATGATGAAAGCATTTGTC
TTGTGCGGTACGCCATAGAACCCAAGCTCCCTCAGAGGCTGATCAAACTCAAGGTCCAAA
CTTGCAAACTGGGGTTGTTGCCACATACCATTGACTCGGCTTGAAAAATGATTGAAGTCC
ATGTTGATCTTGTTTTTCCTAGCCCTCTCCCGCGGCTCTTCATCAATCTCATCTGGGTCA
TAAGCTGATCTCCTTCCACCGCCTAAGGATTGCACAACATCCATCACCTCAACATAGAAC
AGGACATCCTTTGTTTTCTTGTTTGCTACCATGATGTGGTTGTGCAAGTGAAAATGAAGG
ACGGTGATCATCTCCTTCTCAGCCGGCTGGAAAAACGCATGCTTAATGTTTGAAAACAGG
ACATCTACCCGCTCATTGGGCCTAGCTGTTGAATATCTGAAACCATTGGCATGAGCTTCG
AGTGTTCCAGGAATCCTCTTGCGACCACC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 4

CO CL2261Contig1 766 4 10 U
ATGTGTTACTATATATAGTAAGGTCCTTCAGACCAAGTCTTTAAATGAGTTTCTTCTTGC
GGAAGTATCGCTTCAGGTACCATATCTGTGAACCCGCAACAGAAAGGCAAACCCCGAGTG
ACATTATACTGAACCAAGCCACTCTCGAGTTGGTTGTCTCACTCACTTCTCTCATCTCGG
CTTCCCTGTCTTTTATATAATTGATGTTCTCACGAATCGACTGCACTAACCCGTCAAGTC
TCCTCAACTGAAGCTCAACACCCTCGATCTTTTCCTTTTTAGCAACAGAGTCCCAATCTT
TAGCCGCGATACCAATCTTCCAATCAATCCCAAGAGTCAGTGGATCAACTTGCGGACGAC
TGGAATCAACCCAGAAGCAAGCCAAGTAATTCCCAGTTTCTTGAGTTGTGAAGGCAAACT
GACCATGCGTCACATTGTCTTGGTGATGCAGATTGTTCCCATAAGGAGATGTTACCTTAG
AAGAAATAGTAGCCGTGTGTTCAGGATCATGCTCATCGACGACGTAGTAATCAGCCAAAA
CGACGACGTTGCTCTGTATCTCCTCCGAGACGCACTTAGTCCCTCCCGTCGGCGGAATCG
TCAACCATATGGCTTCGCCGTGGTTAACCGTCAGCAGGAACAGCACCGCCGCCAGAATCG
GCGAGAAAGCGACGAGTCCTCCTCTAATCGACATCGTGAGAGTTTACGACGATCTTCTTC
TTCTTCTCTTTTATTACCTCTCGAAGTCCAATTAAACTCAAGGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK16JQ U 1
AF RR3A770JQ U 7
AF RR3GK16TF C 10
AF RR3A770TF C 43
BS 1 304 RR3GK16JQ
BS 305 305 RR3A770JQ
BS 306 345 RR3GK16JQ
BS 346 346 RR3A770JQ
BS 347 633 RR3GK16JQ
BS 634 637 RR3A770JQ
BS 638 638 RR3GK16TF
BS 639 650 RR3A770JQ
BS 651 709 RR3GK16TF
BS 710 766 RR3A770TF

RD RR3GK16JQ 633 0 0
ATGTGTTACTATATATAGTAAGGTCCTTCAGACCAAGTCTTTAAATGAGTTTCTTCTTGC
GGAAGTATCGCTTCAGGTACCATATCTGTGAACCCGCAACAGAAAGGCAAACCCCGAGTG
ACATTATACTGAACCAAGCCACTCTCGAGTTGGTTGTCTCACTCACTTCTCTCATCTCGG
CTTCCCTGTCTTTTATATAATTGATGTTCTCACGAATCGACTGCACTAACCCGTCAAGTC
TCCTCAACTGAAGCTCAACACCCTCGATCTTTTCCTTTTTAGCAACAGAGTCCCAATCTT
TAGCTGCGATACCAATCTTCCAATCAATCCCAAGAGTCAGTGGATTAACTTGCGGACGAC
TGGAATCAACCCAGAAGCAAGCCAAGTAATTCCCAGTTTCTTGAGTTGTGAAGGCAAACT
GACCATGCGTCACATTGTCTTGGTGATGCAGATTGTTCCCATAAGGAGATGTTACCTTAG
AAGAAATAGTAGCCGTGTGTTCAGGATCATGCTCATCGACGACGTAGTAATCAGCCAAAA
CGACGACGTTGCTCTGTATCTCCTCCGAGACGCACTTAGTCCCTCCCGTCGGCGGAATCG
TCAACCATATGGCTTCGCCGTGGTTAACCGTCA

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3A770JQ 646 0 0
TAC
TATATATAGTAAGGTCCTTCAGACCAAGTCTTTAAATGAGTTTCTTCTTGTGGAAGTATC
GCTTCAGGTACCATATCTGTGAACCCGCAACAGAAAGGCAAACCCCGAGTGACATTATAC
TGAACCAAGCCACTCTCGAGTTGGTTGTCTCACTCACTTCTCTCATCTCGGCTTCCCTGT
CTTTTATATAATTGATGTTCTCACGAATCGACTGCACTAACCCGTCAAGTCTCC*CAACT
GAAGCTCAACACCCTCGATCTTTTCCTTTTTAGCAACAGAGTCCCAATCTTTAGCCGCGA
TACCAATCTTCCAATCAATCCCAAGAGTCAGTGGATCAACTTGCGGACGACTGGAATCAA
CCCAGAAGCAAGCCAAGTAATTCCCAGTTTCTTGAGTTGTGAAGGCAAACTGACCATGCG
TCACATTGTCTTGGTGATGCAGATTGTTCCCATAAGGAGATGTTACCTTAGAAGAAATAG
TAGCCGTGTGTTCAGGATCATGCTCATCGACGACGTAGTAATCAGCCAAAACGACGACGT
TGCTCTGTATCTCCTCCGAGACGCACTTAGTCCCTCCCGTCGGCGGAATCGTCAACCATA
TGGCTTCGCCGTGGTTAACCGTCAGCAG*AACAGCACCGCC
CC

QA 4 644 4 644
DS 

RD RR3GK16TF 700 0 0
TATATATAGTAAGGTCCTTCAGACCAAGTCTTTAAATGAGTTTCTTCTTGCGGAAGTATC
GCTTCAGGTACCATATCTGTGAACCCGCAACAGAAAGGCAAACCCCGAGTGACATTATAC
TGAACCAAGCCACTCTCGAGTTGGTTGTCTCACTCACTTCTCTCATCTCGGCTTCCCTGT
CTTTTATATAATTGATGTTCTCACGAATCGACTGCACTAACCCGTCAAGTCTCCTCAACT
GAAGCTCAACACCCTCGATCTTTTCCTTTTTAGCAACAGAGTCCCAATCTTTAGCTGCGA
TACCAATCTTCCAATCAATCCCAAGAGTCAGTGGATTAACTTGCGGACGACTGGAATCAA
CCCAGAAGCAAGCCAAGTAATTCCCAGTTTCTTGAGTTGTGAAGGCAAACTGACCATGCG
TCACATTGTCTTGGTGATGCAGATTGTTCCCATAAGGAGATGTTACCTTAGAAGAAATAG
TAGCCGTGTGTTCAGGATCATGCTCATCGACGACGTAGTAATCAGCCAAAACGACGACGT
TGCTCTGTATCTCCTCCGAGACGCACTTAGTCCCTCCCGTCGGCGGAATCGTCAACCATA
TGGCTTCGCCGTGGTTAACCGTCAGCAGGAACAGCACCGCCGCCAGAATCGGCGAGAAAG
CGACGAGTCCTCCTCTAATCGACATCGTGAGAGTTTACGA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3A770TF 724 0 0
AAATGAGTTTCTTCTTGTGGAAGTATCGCTTCAGGTACCATATCTGTGAACCCGCAACAG
AAAGGCAAACCCCGAGTGACATTATACTGAACCAAGCCACTCTCGAGTTGGTTGTCTCAC
TCACTTCTCTCATCTCGGCTTCCCTGTCTTTTATATAATTGATGTTCTCACGAATCGACT
GCACTAACCCGTCAAGTCTCC*CAACTGAAGCTCAACACCCTCGATCTTTTCCTTTTTAG
CAACAGAGTCCCAATCTTTAGCCGCGATACCAATCTTCCAATCAATCCCAAGAGTCAGTG
GATCAACTTGCGGACGACTGGAATCAACCCAGAAGCAAGCCAAGTAATTCCCAGTTTCTT
GAGTTGTGAAGGCAAACTGACCATGCGTCACATTGTCTTGGTGATGCAGATTGTTCCCAT
AAGGAGATGTTACCTTAGAAGAAATAGTAGCCGTGTGTTCAGGATCATGCTCATCGACGA
CGTAGTAATCAGCCAAAACGACGACGTTGCTCTGTATCTCCTCCGAGACGCACTTAGTCC
CTCCCGTCGGCGGAATCGTCAACCATATGGCTTCGCCGTGGTTAACCGTCAGCAGGAACA
GCACCGCCGCCAGAATCGGCGAGAAAGCGACGAGTCCTCCTCTAATCGACATCGTGAGAG
TTTACGACGATCTTCTTCTTCTTCTCTTTTATTACCTCTCGAAGTCCAATTAAACTCAAG
GACC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 3

CO CL2262Contig1 967 3 12 U
CCCAATCCATCTTTTTCACCTTAAGTGGATATACAGTAAAATCCAACCACACACCATCGT
GACTGTAATTATTCTATAATAATAATCAACACTAATCTTAACAACCAAAAGTAGTGAAAC
AGAAACCTTATCTTGCTGGTGGAAGAAGAAGTTTGGCAAATTTGTTCTTAAAAAAGAAAA
TGATTGATTATGAATAAATTAAAAAAGGGAAAAAGCAACTTAACGCCGTCAATGTTCTAA
ACATTGACACTGCATTTAGTAACCAACGTATACTTAACGGCGTTGTCACCGACAATAACA
CCAGCAGCTTTGTTTCCAAGATTGATGTAGGCCGGACACCGAACATGGATATGGTATTTC
CCGGTGATCAACGTCCCTACTTTCCACCTCACGCGCCCATCAGCGCGTATCATCAACCCG
ACGAACCCACGTCCTTGCTCATCCCCCAACGCGACGGAGTTGTAAGGAGCTATGGGAACA
GCGGTTCCGTAAACGAACGGAGACCAGATGTTGTCTTCTTTGTGGCCTTGGTACGTTGGA
GGAATCGCCGTACGGAGAGTTATCTGATGGTTCCGGTACGTAGCGTAGACGTGGAGACGG
TCGTAGTAGATTCCGATCTTGGAGTTAGGGTTACGAGATGCGAATGTGACTTGGAAGTTT
GTGGTGAGTAGGTTTGGTTGCGAGAGGTTGAAGGCGAAGACTGTGGCGTCCTGGAGGATG
AATCTTGGCTTGGTGGGCCTAAGTATGGCCCATACTAGGAAGATGGTGATTAGGACTATT
ATGATGAAGGCTATTACGGCGGCTAAGATTCGCCGGACGGCTGATTCTTTGCCTCCACCG
TGGTTACCGCAATCTTTTGACATCTTTTACCACTGGGCTGCCTCTTTCTCTCTGTCTTTG
TGATATATTTCTTCCCTTTGTGGGTGGTCGTGACAAGTAATGATGGGAGAAAGATGGTTG
TGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3DC29JQ U 2
AF RR3DZ14TF C 287
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BS 211 667 RR3DZ14JQ
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ACGAACCCACGTCCTTGCTCATCCCCCAACGCGACGGAGTTGTAAGGAGCTATGGGAACA
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GGAATCGCCGTACGGAGAGTTATCTGATGGTTCCGGTACGTAGCGTAGACGTGGAGACGG
TCGTAGTAGATTCCGATCTTGGAGTTAGGGTTACGAGATGCGAATGTGACTTGGAAGTTT
GTGGTGA

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DS 

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TAATAGTCAACACTAATCTTAACAACCAAAAGTAGTGAAACAGAAATCTTATCTTGCTGG
TGGAAGAAGAAGTTTGGTAAATTTGTTCTTAAAAAAGAAAATGATTGATTATGAATAAAT
TAAAAAGGGGAAAAAGCAACTTAACGCCGTTAATGTTCTAAACATTGACACTGCATTTAG
TAACCAACGTATACTTAACGGCGTTGTCACCGACAATAACACCAGCAGCTTTGTTTCCAA
GATTGATGTAAGCCGGACACCGAACATGGATATGGTATTTTCCGGTGATCAACGTCCCTA
CTTTCCACCTCACGCGCCCATCAGCGCGTATCATCAACCCGACGAACCCACGTCCTTGCT
CATCCCCCAACGCGACGGAGTTGTAAGGAGCGATGGGAACAGCGGTTCCGTAAACGAACG
GAGACCAGATGTTGTCTTCTTTGTGGCCTTGGTACGTTGGAGGAATCGCCGTACGGAGAG
TTATCTGCTGGTTACGGTACGTAGCGTAGACGTGGAGACGGTCGTAGTAGATACCGATCT
TGGAGTTAGGGTTACGTGATGCGAATGTGACTTGGAAGTTTGTGGTGA

QA 19 666 19 666
DS 

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TCA
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TATGGTATTTCCCGGTGATCAACGTCCCTACTTTCCACCTCACGCGCCCATCAGCGCGTA
TCATCAACCCGACGAACCCACGTCCTTGCTCATCCCCCAACGCGACGGAGTTGTAAGGAG
CTATGGGAACAGCGGTTCCGTAAACGAACGGAGACCAGATGTTGTCTTCTTTGTGGCCTT
GGTACGTTGGAGGAATCGCCGTACGGAGAGTTATCTGATGGTTCCGGTACGTAGCGTAGA
CGTGGAGACGGTCGTAGTAGATTCCGATCTTGGAGTTAGGGTTACGAGATGCGAATGTGA
CTTGGAAGTTTGTGGTGAGTAGGTTTGGTTGCGAGAGGTTGAAGGCGAAGACTGTGGCGT
CCTGGAGGATGAATCTTGGCTTGGTGGGCCTAAGTATGGCCCATACTAGGAAGATGGTGA
TTAGGACTATTATGATGAAGGCTATTACGGCGGCTAAGATTCGCCGGACGGCTGATTCTT
TGCCTCCACCGTGGTTACCGCAATCTTTTGACATCTTTTACCACTGGGCTGCCTCTTTCT
CTCTGTCTTTGTGATATATTTCTTCCCTTTGTGGGTGGTCGTGACAAGTAATGATGGGAG
AAAGATGGTTGTGCTTCC

QA 4 681 4 681
DS 



AS 1 4

CO CL2263Contig1 1246 4 22 U
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GAGAAGAAGTTTGTTTCTTCATTTAGAAAATTTAGATACAGAGAAGAGAAGAGAGAGTTT
GTGATGATGAGTCTGAGAAGAGGAGGAGAAAGACAAGACTTTCCGGCAGCGTACAACGTT
GTCCATAAGCTGCCTCACGGTGACAGTCCTTATGTCCGAGCAAAACATGTTCAGCTAGTG
GAGAAGGATGCAGAAGCAGCGATAGAGCTGTTCTGGATAGCGATCAAAGCGAGAGACAGA
GTGGACAGCGCTCTTAAAGACATGGCCTTGCTTATGAAACAGCAGAACAGAGCAGAAGAA
GCCATTGATGCGATTCATTCCATTAGGTATCTTTGTTCGAGACAAGCTCAAGAATCACTC
GACAATGTCCTCATCGATCTCTACAAGAAGTGTGGGAGGATAGAAGAGCAAGTCGAGCTA
TTGAAGCAGAAGCTTTGGATGATATACCAGGGAGAAGCGTTCAACGGGAAGCCGACGAAG
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TTGGGGAACTTGGGATGGGCTTATATGCAGCTAAAAGACTACACAGCGGCTGAAACCGTG
TACCGTAAAGCTCAAGTTGTAGAGCCTGATGCAAACAAGGCTTGTAATCTGCGCACTTGT
CTCATCAAGCAAGGGAAGGTCGACGAGGCGAGGACGATTCTGTTTCGTGACGTGTTGCAA
GAGAAGAGAGAAGGGTTTGATGATGATTCGAGGTTGAAGGTTCGTGTTCAAGAGCTGCTG
AGCGAGCTAGAGCCACGCCAAAACACAAACACTGTTGTCGCTTCTGTGTCTGTGGAATGT
GAAGTCGGTATGGATGAGATCGCGGTCGTTGAAGGGATTGACCAGTTTATGAAAGAATGG
AGGAGGCCTTCGAGGACGAGAAGACTTCCGATTTTCGAAGAGATCTTACCACTGAGAGAT
CAACTGGCTTGTTGATGATACTCTGTTTGCCCTGGTCTTTGGATACTGAATAGGGAACTT
TCTTGTGTTAGAAAAAATGGTAGTGGATGTAAGTTTACTTCTTGTAAGCTGTTTTGGTAT
CATGGCTAGCTTGTTAGTTGTTACTACTGTTATGTCCAATGAGTGACTCTCGTTCCAAAT
ACTCTGTACTACTTTCATCAAATAGAAAAAATGGTATGTAGAGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3BW26TF U 1
AF RR3DU22TF U 72
AF RR3BW26JQ C 523
AF RR3DU22JQ C 587
BS 1 106 RR3BW26TF
BS 107 107 RR3DU22TF
BS 108 236 RR3BW26TF
BS 237 237 RR3DU22TF
BS 238 293 RR3BW26TF
BS 294 294 RR3DU22TF
BS 295 381 RR3BW26TF
BS 382 382 RR3DU22TF
BS 383 699 RR3BW26TF
BS 700 700 RR3DU22TF
BS 701 734 RR3BW26TF
BS 735 735 RR3BW26JQ
BS 736 736 RR3BW26TF
BS 737 738 RR3BW26JQ
BS 739 756 RR3BW26TF
BS 757 1050 RR3BW26JQ
BS 1051 1052 RR3DU22JQ
BS 1053 1099 RR3BW26JQ
BS 1100 1100 RR3DU22JQ
BS 1101 1145 RR3BW26JQ
BS 1146 1146 RR3DU22JQ
BS 1147 1246 RR3BW26JQ

RD RR3BW26TF 756 0 0
GGAGAGAGAGATAGATAGAGAAAACGGTGTTACCGCTTTTAGGAGAGAGAAAGATATAGA
GAGAAGAAGTTTGTTTCTTCATTTAGAAAATTTAGATACAGAGAAGGGAAGAGAGAGTTT
GTGATGATGAGTCTGAGAAGAGGAGGAGAAAGACAAGACTTTCCGGCAGCGTACAACGTT
GTCCATAAGCTGCCTCACGGTGACAGTCCTTATGTCCGAGCAAAACATGTTCAGCTGGTG
GAGAAGGATGCAGAAGCAGCGATAGAGCTGTTCTGGATAGCGATCAAAGCGAGGGACAGA
GTGGACAGCGCTCTTAAAGACATGGCCTTGCTTATGAAACAGCAGAACAGAGCAGAAGAA
GCCATTGATGCGATTCATTCCTTTAGGTATCTTTGTTCGAGACAAGCTCAAGAATCACTC
GACAATGTCCTCATCGATCTCTACAAGAAGTGTGGGAGGATAGAAGAGCAAGTCGAGCTA
TTGAAGCAGAAGCTTTGGATGATATACCAGGGAGAAGCGTTCAACGGGAAGCCGACGAAG
ACGGCGAGATCTCACGGGAAGAAGTTTCAGGTCACGGTCGAGAAGGAGACGTCTAGGATC
TTGGGGAACTTGGGATGGGCTTATATGCAGCTAAAAGACTACACAGCGGCTGAAACCGTG
TACCGTAAAGCTCAAGTTGTAGAGCCTGATGCAAACAAG*CTTGTAATCTGCGCACTTGT
CTCATCAAGCAAGGAA**GTCGACGAGGCGAGGACG

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3DU22TF 659 0 0
G
GTTTCTTCATTTAGAAAATTTAGATACAGAGAAGAGAAGAGAGAGTTT*TGATGATGAGT
CTGAGAAGAGGAGGAGAAAGACAAGACTTTCCGGCAGCGTACAACGTTGTCCATAAGCTG
CCTCACGGTGACAGTCCTTATGTCCGAGCAAAACATGTTCAGCTAGTGGAGAAGGATGCA
GAAGCAGCGATAGAGCTGTTCTGGATAGCGATCAAAGCGAGAGACAGAGTGGACAGCGCT
CTTAAAGACATGGCCTTGCTTATGAAACAGCAGAACAGAGCAGAAGAAGCCATTGATGCG
ATTCATTCCATTAGGTATCTTTGTTCGAGACAAGCTCAAGAATCACTCGACAATGTCCTC
ATCGATCTCTACAAGAAGTGTGGGAGGATAGAAGAGCAAGTCGAGCTATTGAAGCAGAAG
CTTTGGATGATATACCAGGGAGAAGCGTTCAACGGGAAGCCGACGAAGACGGCGAGATCT
CACGGGAAGAAGTTTCAGGTCACGGTCGAGAAGGAGACGTCTAGGATCTTGGGGAACTTG
GGATGGGCTTATATGCAGCTAAAAGACTACACAGCGGCTGAAACCGTGTACCGTAAAGCT
CAAGTTGTAGAGCCTGATGCAAACAAGGCTTGTAATCTGTGCACTTGTCTCATCAAGC

QA 2 659 2 659
DS 

RD RR3BW26JQ 724 0 0
AACGGGAAGCCGACGAAGACGGCGAGATCTCACGGGAAGAAGTTTCAGGTCACGGTCGAG
AAGGAGACGTCTAGGATCTTGGGGAACTTGGGATGGGCTTATATGCAGCTAAAAGACTAC
ACAGCGGCTGAAACCGTGTACCGTAAAGCTCAAGTTGTAGAGCCTGATGCAAACAAGGCT
TGTAATCTGCGCACTTGTCTCATCAAGCAAGGGAAGGTCGACGAGGCGAGGACGATTCTG
TTTCGTGACGTGTTGCAAGAGAAGAGAGAAGGGTTTGATGATGATTCGAGGTTGAAGGTT
CGTGTTCAAGAGCTGCTGAGCGAGCTAGAGCCACGCCAAAACACAAACACTGTTGTCGCT
TCTGTGTCTGTGGAATGTGAAGTCGGTATGGATGAGATCGCGGTCGTTGAAGGGATTGAC
CAGTTTATGAAAGAATGGAGGAGGCCTTCGAGGACGAGAAGACTTCCGATTTTCGAAGAG
ATCTTACCACTGAGAGATCAACTGGCTTGTTGATGATACTCTGTTTGCTTTGGTCTTTGG
ATACTGAATAGGGAACTTTCTTGTGTTAGAAAAAATGTTAGTGGATGTAAGTTTACTTCT
TGTAAGCTGTTTTGGTATCATGGTTAGCTTGTTAGTTGTTACTACTGTTATGTCCAATGA
GTGACTCTCGTTCCAAATACTCTGTACTACTTTCATCAAATAGAAAAAATGGTATGTAGA
GGCC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3DU22JQ 659 0 0
AGACGTCTAGGATCTTGGGGAACTTGGGATGGGCTTATATGCAGCTAAAAGACTACACAG
CGGCTGAAACCGTGTACCGTAAAGCTCAAGTTGTAGAGCCTGATGCAAACAAGGCTTGTA
ATCTGTGCACTTGTCTCATCAAGCAAGGGAAGGTCGACGAGGCGAGGACGATTCTGTTTC
GTGACGTTTTGCAAGAGAAGAGAGAAGGGTTTGATGATGATTCGAGGTTGAAGGTTCGTG
TTCAAGAGCTGCTGAGCGAGCTAGAGCCACGCCAAAACACAAACACTGTTGTCGCTTCTG
TGTCTGTGGAATGTGAAGTCGGTATGGATGAGATCGCGGTCGTTGAAGGGATTGACCAGT
TTATGAAAGAATGGAGGAGGCCTTTGAGGACGAGAAGACTTCCGATTTTCGAAGAGATCT
TACCACTGAGAGATCAACTGGCTTGTTGATGATACTCTGTTTGCCCTGGTCTTTGGATAC
TGAATAGGGAACTTTCTTGTGTTAGAAAAAATGGTAGTGGATGTAAGTTTACTTCTTGTA
AGCTGTTTTGGTATCATGGCTAGCTTGTTAGTTGTTACTACTGTTATGTCCAATGAGTGA
CTCTCGTTCCAAATACTCTGTACTACTTTCATCAAATAGAAAAAATGGTATGTAGAGG
T

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL2264Contig1 842 2 2 U
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TAGAGAGAAGTTTCCTGAAAAGGTTCCGTTCCGTCTGACAAGAATGCTTGTCAAAGCAAT
GGAAGTGAGTGGCATCGAAGGAAATTTCCGCTCGACATGCGAAAATGTTATGCAAGTTCT
CAGAACCAACAAAGACAGTGTAATGGCAATGATGGAGGCGTTTGTGCATGATCCTTTAAT
CAATTGGCGTCTTTTCAATTTCAATGAAGTCCCTCAATTCGGTAACAACAATCCCAACGG
TCCTACTGAACCTGACGAAGTAGGTGAAGATCCCGCTGACATGGACCTTCCTCAGCCTCA
AAGGAGTACTCGAGAGAAAGAAATTCTTCAGGCTGTGAATATGCTTGGAGATGCAAATGA
GGTTTTGAACGAGCGTGCAGTAGTTGTAATGGAACGTATGAGTAATAAGCTCACAGGCCG
TGATTTCTCTACGTCTGCAAGTCCAAGCAATCCCATTGCTGATCACAATAACTTGCTCGG
AGGAGATTCTCATGAAGTCGAACATGGTTTGTCTGTGAAAGTTCAGGTTCAAAAGCTAAT
CGATCAAGCCACTTCTCATGAAAATCTTTGTCAAAATTATGTTGGGTGGTGCCCTTTCTG
GTGAGATGTGTCCATTTCTATTGTAAATAGGCTTTGTAAAATTTCAACTAAGTTGCATTT
ATTTTGATTCAATTTGATAATAAACTATGTTCTCTTCAATGTAAATAATTTATTAGGTCC
CCAGTCATGTAATATATAACCTTATAAAGTGGTTGAATAAATGGGCATGTCACATTCTTT
AC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3B252TF U 1
AF RR3B252JQ C 79
BS 1 582 RR3B252TF
BS 583 842 RR3B252JQ

RD RR3B252TF 582 0 0
GAGACACAGTGGTAAAATCTTGCATATTGATTTTGGAGATTGTTTTGAGGCATCTATGAA
TAGAGAGAAGTTTCCTGAAAAGGTTCCGTTCCGTCTGACAAGAATGCTTGTCAAAGCAAT
GGAAGTGAGTGGCATCGAAGGAAATTTCCGCTCGACATGCGAAAATGTTATGCAAGTTCT
CAGAACCAACAAAGACAGTGTAATGGCAATGATGGAGGCGTTTGTGCATGATCCTTTAAT
CAATTGGCGTCTTTTCAATTTCAATGAAGTCCCTCAATTCGGTAACAACAATCCCAACGG
TCCTACTGAACCTGACGAAGTAGGTGAAGATCCCGCTGACATGGACCTTCCTCAGCCTCA
AAGGAGTACTCGAGAGAAAGAAATTCTTCAGGCTGTGAATATGCTTGGAGATGCAAATGA
GGTTTTGAACGAGCGTGCAGTAGTTGTAATGGAACGTATGAGTAATAAGCTCACAGGCCG
TGATTTCTCTACGTCTGCAAGTCCAAGCAATCCCATTGCTGATCACAATAACTTGCTCGG
AGGAGATTCTCATGAAGTCGAACATGGTTTGTCTGTGAAAGT

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3B252JQ 764 0 0
AAAGGTTCCGTTCCGTCTGACAAGAATGCTTGTCAAAGCAATGGAAGTGAGTGGCATCGA
AGGAAATTTCCGCTCGACATGCGAAAATGTTATGCAAGTTCTCAGAACCAACAAAGACAG
TGTAATGGCAATGATGGAGGCGTTTGTGCATGATCCTTTAATCAATTGGCGTCTTTTCAA
TTTCAATGAAGTCCCTCAATTCGGTAACAACAATCCCAACGGTCCTACTGAACCTGACGA
AGTAGGTGAAGATCCCGCTGACATGGACCTTCCTCAGCCTCAAAGGAGTACTCGAGAGAA
AGAAATTCTTCAGGCTGTGAATATGCTTGGAGATGCAAATGAGGTTTTGAACGAGCGTGC
AGTAGTTGTAATGGAACGTATGAGTAATAAGCTCACAGGCCGTGATTTCTCTACGTCTGC
AAGTCCAAGCAATCCCATTGCTGATCACAATAACTTGCTCGGAGGAGATTCTCATGAAGT
CGAACATGGTTTGTCTGTGAAAGTTCAGGTTCAAAAGCTAATCGATCAAGCCACTTCTCA
TGAAAATCTTTGTCAAAATTATGTTGGGTGGTGCCCTTTCTGGTGAGATGTGTCCATTTC
TATTGTAAATAGGCTTTGTAAAATTTCAACTAAGTTGCATTTATTTTGATTCAATTTGAT
AATAAACTATGTTCTCTTCAATGTAAATAATTTATTAGGTCCCCAGTCATGTAATATATA
ACCTTATAAAGTGGTTGAATAAATGGGCATGTCACATTCTTTAC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 3

CO CL2265Contig1 825 3 6 U
GGGCCGCCCCTTGAACACGAAGCTCAAGCAAGCCGTAAACCTTTTCACCACCACCTTCTA
GGGTCCTTTGACGTTTTATCTGAATCTTGCCAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCA
CAAGGATAAGGGTGTTGCACCAACTGATTTCGAACAGGAAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGA
CCTTGAAAACACCAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGC
TGTTCAGATGGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTACGTTCCATTCAGATT
GAGGAAAGCATTCCGCAAGATCCATCCTCGTCTTGTCAGAGAGCTCGAGAAGAAGTTCAG
TGGCAAAGATGTTATCTTTGTTGCCACTAGAAGAATCATGCGTCCACCGAAGAAAGGCTC
TGCTGTTCAGAGACCACGCAACAGGACTCTCACTTCCGTCCATGAAGCTATGCTTGAGGA
TGTTGCTTACCCTGCTGAGATTGTCGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAA
GATCATGAAGGTGTTTTTGGAGCCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTTGAGAC
AATGGTCGGTGTGTACAGGAAACTTACAGGGAGAGATGTAGTTTTCGAGTACCCAGTCAC
AGAAGCTTGAAGAGATGAATGATTGTTCTATTCTTTGTTTTTTTTGTCGACTAGAGAGCT
TTTGATTTTGGTTTGTTTCCGAGTACAAGTTACTTCAGTTTTCCTCAAATTTTTATTTAA
CAAAACCTTTTTGCTGTTTTAAGAGTTAAAATTTCAGAAACATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3FK96TF U 6
AF RR3GX50TF U 1
AF RR3GX50JQ C 333
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GGCT
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CACCAACCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCTGTTCAGAT
GGATGTTTCTGGCAACCGCAAGGCTATTGTGATCTACGTTCCATTCAGATTGAGGAAAGC
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CCCTGCTGAGATTGTCGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCA

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DS 

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GGGTCCTTTGACGTTTTATCTGAATCTTGCCAAGATGTTCTCTGCTCAGAACAAGATCCA
CAAGGATAAGGGTGTTGCACCAACTGATTTCGAGCAGGAAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGA
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GATCATGAAGGTGTTTTTGGAGCCCAAGGAAAGGAACAACACTGAGTACAAGCTTGAGAC
AATGGTCGGTGTGTACAGGAAACTTACAGGGAGAGATGTAGTTTTCGAGTACCCAGTCAC
AGAAGCTTGAAGAGATGAATGATTGTTCTATTCTTTGTTTTTTT*GTCGACTAGAGAGCT
TT
GATTCTGG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3GX50JQ 493 0 0
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GAATCATGGGTCCACCGAAGAAAGGTTTTGCTGTTCAGAGACCACGCAACAGGACTTTCA
CTTCCGTCCATGAAGCTATGCTTGAGGATGTTGCTTACCCTGCTGAGATTGTCGGAAAGC
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GGAACAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTCGGTGTGTACAGGAAACTTACAGGGA
GAGATGTAGTTTTCGAGTACCCAGTCACAGAAGCTTGAAGAGATGAATGATTGTTTTATT
TTTTGTTTTTTTTGTCGACTAGAGAGCTTTTGATTTTGGTTTGTTTCCGAGTACAAGTTA
CTTCAGTTTTCCTCAAATTTTTATTTAACAAAACCTTTTTGCTGTTTTAAGAGTTAAAAT
TTCAGAAACATTT

QA 1 493 1 493
DS 



AS 1 3

CO CL2266Contig1 1253 3 20 U
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GATACATATTTGCACTGTTGTACAAAATGACAATGTCGCATGGTTATGTTACCACCTTTG
GCAAAGATAAAAAAGAGACTTTAAGTTTATCTCTATTGTTCTTTGAAAAGCTCGCGACCA
ATGACCATCCTTCTGATCTCGCTTGTACCAGCACCGATCTCATATAGCTTTGCATCTCTC
AAAAGGCGTCCCGTTGCATACTCGTTGATGTATCCATTTCCGCCTAAACATTGTATCGCC
TGCAAAGCAACCTGCGTTGCCCTTTCTGCTGCACAAAGAATAGTTCCGGCACAATCCTTT
GGGTCAACTTTCCCATTGTCACACTCCCTAGCAACAGAGTAGACGTATGACCTTGAAGAC
TGTAATGCAGTGTACATGTCAGCAACTTTACCCTGTATAAACTGGAACTCCCCAACAGGA
CGACCAAACTGTTCTCTCTGGCGAATATAGGGAAGGACAATGTCGAGGGATGCCTGCATG
ATCCCTAAGGGCCCAGCTGCTAAAACAAGTCTCTCCAAATCAAGACCTGACATCAGAACA
TACACTCCTTTTCCTTCCTTGCCAAGAATGTTTTCTTCTGGAACAAAGCAATTCTCAAAA
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AATCCGGCCATTCCCTTCTCTATAACGAAAGCTGTGATTCCTTTAGACCCTGCTTTTGTA
TCAGTTTTGGCGTACACAATCAGTGTTTCAGCAGAGGGACCATTAGTGCACCACATCTTG
TTGCCATTTATTATATAGCCACCATCTACTTTATCAGCCTTGCATTTCATGCTGACAACA
CCCGAACCGGCATTGGGTTCACTCATCGCAAGAGCACCAACATGCTCTCCACTGATCAGC
TTGGGCAAATACTTGTGCTTTTGTGCTGTATTTCCATTCCGCACCAATTGATTGATGCAA
AGGTTGGAATGGGCACCGTAAGAGAGAGCAACTGAGCCGGAGGCCCGACTGATTTCCTCC
ATTGCTATACAGTGATACAAGTAACCAAGACCTAGACCTCCGTATTCCTCTGGCGCAGTG
ATTCCATGGAGATTGAACTCACCCATTAGCTTCCATAGGTTTACATCCTTTGGAAATGAA
TTTGTTTTGTCGATGATTTCGGCGTGAGGAGCGATAACATCTTGTGCAAACTT


BQ
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AF RR3FI82JQ U 17
AF RR3CJ52JQ U 1
AF RR3FI82TF C 643
BS 1 70 RR3CJ52JQ
BS 71 71 RR3FI82JQ
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BS 315 315 RR3FI82JQ
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BS 760 812 RR3CJ52JQ
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RD RR3FI82JQ 611 0 0
GAAGCCATCTTTCTTATTGAGAGACTACTGATGACATTTTACATTATACATATTTGTACT
GTTGTACAGAATGACAATGTCGCATTGTTATGTTACCACCTTTGGCAAAGATAAAAA*GA
GACTTTAAGTTTATCTCTATTGTTCTTTGAAAAGCTCGCGACCAATGACCATCCTTCTGA
TCTCGCTTGTACCAGCACCGATCTCATATAGCTTTGCATCTCTCAAAAGGCGTCCCGTTG
CATACTCGTTGATGTATCCATTTCCGCCTAAACATTGTATCGCCTGTAACGCAACCTGCG
TTGCTCTTTCTGCTGCACAAAGAATAGTTCCGGCACAATCCTTTGGGTCAACTTTTCCAT
TGTCACACTCCCTAGCAACAGAGTAGACGTATGACCTTGAAGACTGTAATGCAGTGTACA
TGTCAGCAACTTTACCCTGTATAAACTGGAACTCCCCAACAGGACGACCAAACTGTTCTC
TCTGGCGAATATAGGGAAGTACAATGTCGAGGGATGCCTGCATGATCCCTAAGGGCCCAG
CTGCTAAAACAAGTCTCTCCAAATCAAGACCTGACATCAGAACATACACTCCTTTTCCTT
CCTTGCCAAGA

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3CJ52JQ 812 0 0
CTAGAAAGAACTGTTTGAAGCCACCTTTCTTATTGAGAGACTACTGATGACATTTTACAT
GATACATATT*GCACTGTTGTACAAAATGACAATGTCGCATGGTTATGTTACCACCTTTG
GCAAAGATAAAAAAGAGACTT*AAGTTTATCTCTATTGTTCTTTGAAAAGCTCGCGACCA
ATGACCATCCTTCTGATCTCGCTTGTACCAGCACCGATCTCATATAGCTTTGCATCTCTC
AAAAGGCGTCCCGTTGCATACTCGTTGATGTATCCGTTTCCGCCTAAACATTGTATCGCC
TGCAAAGCAACCTGTGTTGCCCTTTCTGCTGCACAAAGAATAGTTCCGGCACAATCCTTT
GGGTCAACTTTCCCATTGTCACACTCCCTAGCAACAGAGTAGACGTATGACCTTGAAGAC
TGTAATGCAGTGTACATGTCAGCAACTTTACCCTGTATAAACTGGAACTCCCCAACTGGA
CGACCGAACTGTTCTCTCTGGCGAATATAGGGAAGGACAATGTCGGGGGATGCCTGCATG
ATCCCTAAGGGCCCAGCTGCTAAAACAAGTCTCTCCAAATCAAGACCTGACATCAGAACA
TACACTCCTTTTCCTTCCTTGCCAAGAATGTTTTCTTCTGGAACAAAGCAATTCTCAAAA
ACAAGCTCACACGTGTCACTTCCTCGCATTCCCAGTTTGTCCAATTTCTGAGCAGTACTG
AATCCGGCCATTCCCTTCTCTATAACGAAAGCTGTGAT*CCTTTAGACCCTGCTTTTGTA
TCAGTTTTGGCGTACACAATCAGTGTTTCAGC

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3FI82TF 611 0 0
ACAAAGCAATTCTCAAAAACAAGCTCACACGTGTCGCTTCCCCGCATTCCCAGTTTGTCC
AATTTCTGAGCAGTACTGAATCCGGTCATTCCCTTCTCTATAACGAAAGCTGTGATTCCT
TTAGACCCTGCTTTTGTATCAGTTTTGGCGTACACAATCAGTGTTTCAGCAGAGGGACCA
TTAGTGCACCACATCTTGTTGCCATTTATTATATAGCCACCATCTACTTTATCAGCCTTG
CATTTCATGCTGACAACACCCGAACCGGCATTGGGTTCACTCATCGCAAGAGCACCAACA
TGCTCTCCACTGATCAGCTTGGGCAAATACTTGTGCTTTTGTGCTGTATTTCCATTCCGC
ACCAATTGATTGATGCAAAGGTTGGAATGGGCACCGTAAGAGAGAGCAACTGAGCCGGAG
GCCCGACTGATTTCCTCCATTGCTATACAGTGATACAAGTAACCAAGACCTAGACCTCCG
TATTCCTCTGGCGCAGTGATTCCATGGAGATTGAACTCACCCATTAGCTTCCATAGGTTT
ACATCCTTTGGAAATGAATTTGTTTTGTCGATGATTTCGGCGTGAGGAGCGATAACATCT
TGTGCAAACTT

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 4

CO CL2267Contig1 1008 4 11 U
GGACTTCCCAACCATTCTATAATCTGTGTTTTCCGGCCAATCAAAATGGATGACAAAACT
AAGACTAGCCGTCGGAATTTTGGGAAACGGAGCTTCCTTGCTGCTCTATACAGCTCCAGT
ATTAACATTTTCGAGGGTGTTTAAGAAGAAAAGCACAGAACAATTCTCATGTTTTCCTTA
CGTTATGACACTCTTCAACTGTTTGATTTACACTTGGTACGGTTTACCGATTGTGAGCCA
TCGTTGGGAGAATTTTCCTCTTGTCACCATTAATGGAGTTGGCATCGTTCTTGAATCAAT
CTTCATTTTCGTATATTTCTGCTACGCGTCGCCCAATGAAAAGATTAAGGTTGGTGTTAT
ATTTGTTCCGGTGATGGTTGTGTTTGGGTTAACAACGGCAATCTCAGCCGTGGTGTTTGA
CGACCACCGTCACCGCAGATCATTAGTAGGAAGTGTTGGCCTCGTGGCTTCTATCTCCAT
GTATGGTTCTCCTCTCATCGTTATGAAAAAAGTGATAGAGACAAAAAGTGTGGAATACAT
GCCGTTTTACTTGTCACTCTTTTCATTTTTGGCTACCTCTCTTTGGCTGGCCTATGGTTT
ACTTAGCCATGATCTCTTTCTTGCGTCACCTAATATGGTGGGGACTCCATTGGGGATTCT
CCAACTTATCATCTATTTTAAGTACAAGAACAAGGGGCCGCCAATTACAACAACGGTGGT
GAGCAAATGGGACGAGGATAAGAACAAGAGTAAACTTGAGCTTGTAGTTAACGTTGATCA
TGATGGTGATGGTAATGACAATGAGAAGAAGTTCATGAATGCATGTTAGTTCGCTTTCAG
CTTTATCAGTTTTAACTTTCTTGGATGTGTTTTCCTCCTCCAAAAACTATGTGTGAATCC
ATCCAGAGATGTTACGTCACCGTCAAGGTCTCGTGGGCTGTGCTTTCATTACATGATGTT
ACATCTCTATTCTTGATCATGTGAATAAAAACAAGAAGAGTTTTTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C147TF U 1
AF RR3BH78TF U 8
AF RR3BH78JQ C 407
AF RR3C147JQ C 407
BS 1 57 RR3C147TF
BS 58 58 RR3BH78TF
BS 59 445 RR3C147TF
BS 446 448 RR3BH78TF
BS 449 690 RR3C147TF
BS 691 800 RR3BH78TF
BS 801 801 RR3BH78JQ
BS 802 818 RR3BH78TF
BS 819 819 RR3BH78JQ
BS 820 852 RR3BH78TF
BS 853 1008 RR3BH78JQ

RD RR3C147TF 690 0 0
GGACTTCCCAACCATTCTATAATCTGTGTTTTCCGGCCAATCAAAATGGATGACAAA*CT
AAGACTAGCCGTCGGAATTTTGGGAAACGGAGCTTCCTTGCTGCTCTATACAGCTCCAGT
ATTAACATTTTCGAGGGTGTTTAAGAAGAAAAGCACAGAACAATTCTCATGTTTTCCTTA
CGTTATGACACTCTTCAACTGTTTGATTTACACTTGGTACGGTTTACCGATTGTGAGCCA
TCGTTGGGAGAATTTTCCTCTTGTCACCATTAATGGAGTTGGCATCGTTCTTGAATCAAT
CTTCATTTTCGTATATTTCTGCTACGCGTCGCCCAATGAAAAGATTAAGGTTGGTGTTAT
ATTTGTTCCGGTGATGGTTGTGTTTGGGTTAACAACGGCAATCTCAGCCGTGGTGTTTGA
CGACCACCGTCACCGCAGATCATTA***GGAAGTGTTGGCCTCGTGGCTTCTATCTCCAT
GTATGGTTCTCCTCTCATCGTTATGAAAAAAGTGATAGAGACAAAAAGTGTGGAATACAT
GCCGTTTTACTTGTCACTCTTTTCATTTTTGGCTACCTCTCTTTGGCTGGCCTATGGTTT
ACTTAGCCATGATCTCTTTCTTGCGTCACCTAATATGGTGGGGACTCCATTGGGGATTCT
CCAACTTATCATCTATTTTAAGTACAAGAA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3BH78TF 845 0 0
GG
AACCATTCTATAATCTGTGTTTTCCGGCCAATCAAATTGGATGACAAAACTAAGACTAGC
CGTCGGAATTTTGGGAAACGGGGCTTCCTTGCTGCTCTATACAGCTCCAGTATTAACATT
TTCGAGGGTGTTTAAGAAGAAAAGCACAGAACAATTCTCATGTTTTCCTTACGTTATGAC
ACTCTTCAACTGTTTGATTTACACTTGGTACGGTTTACCGATTGTGAGCCATCGTTGGGA
GAATTTTCCTCTTGTCACCATTAATGGAGTTGGCATCGTTCTTGAATCAATCTTCATTTT
CGTATATTTCTGCTACGCGTCGCCCAATGAAAAGATTAAGGTTGGTGTTATATTTGTTCC
GGTGATGGTTGTGTTTGGGTTAACAACGGCAATCTCAGCCGTGGTGTTTGACGACCATCG
TCACCGCAGATCATTAGTAGGAAGTGTTGGCCTCGTGGCTTCTATCTCCATGTATGGTTC
TCCTCTCATCGTTATGAAAAAAGTGATAGAGACAAAAAGTGTGGAATACATGCCGTTTTA
CTTGTCACTCTTTTCATTTTTGGCTACCTCTCTTTGGTTGGCCTATGGTTTACTTAGCCA
TGATCTCTTTCTTGCGTCACCTAATATGGTGGGGACTCCATTGGGGATTCTCCAACTTAT
CATCTATTTTAAGTACAAGAACAAGGGGCCGCCAATTACAACAACGGTGGTGAGCAAATG
GGACGAGGATAAGAACAAGAGTAAACTTGAGCTTGTAGTTAACGTTGATCATGATGGTGA
TGGTAATGACA*TGAGAAGAAGTTCATGA*TGCATGTTAGTTCGCTTTCAGCTTTATCAG
TTT

QA 3 845 3 845
DS 

RD RR3BH78JQ 602 0 0
GCCGTGGTGTTTGACGACCATCGTCACCGCAGATCATTAGTAGGAAGTGTTGGCCTCGTG
GCTTCTATCTCCATGTATGGTTCTCCTCTCATCGTTATGAAAAAAGTGATAGAGACAAAA
AGTGTGGAATACATGCCGTTTTACTTGTCACTCTTTTCATTTTTGGCTACCTCTCTTTGG
TTGGCCTATGGTTTACTTAGCCATGATTTCTTTCTTGCGTCACCTAATATGGTGGGGACT
CCATTGGGGATTTTCCAACTTATCATCTATTTTAAGTACAAGAACAAGGGGCCGCCAATT
ACAACAACGGTGGTGAGCAAATGGGACGAGGATAAGAACAAGAGTAAACTTGAGCTTGTA
GTTAACGTTGATCATGATGGTGATGGTAATGACAATGAGAAGAAGTTCATGAATGCATGT
TAGTTCGCTTTCAGCTTTATCAGTTTTAACTTTCTTGGATGTGTTTTCCTCCTCCAAAAA
CTATGTGTGAATCCATCCAGAGATGTTACGTCACCGTCAAGGTCTCGTGGGCTGTGCTTT
CATTACATGATGTTACATCTCTATTCTTGATCATGTGAATAAAAACAAGAAGAGTTTTTG
CT

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3C147JQ 585 0 0
GCCGTGGTGTTTGACGACCACCGTCACCGCAGATCATTA***GGAAGTGTTGGCCTCGTG
GCTTCTATCTCCATGTATGGTTCTCCTCTCATCGTTATGAAAAAAGTGATAGAGACAAAA
AGTGTGGAATACATGCCGTTTTACTTGTCACTCTTTTCATTTTTGGCTACCTCTCTTTGG
CTGGCCTATGGTTTACTTAGCCATGATTTCTTTCTTGCGTCACCTAATATGGTGGGGACT
CCATTGGGGATTCTCCAACTTATCATCTATTTTAAGTACAAGAACAAGGGGCCGCCAATT
ACAACAACGGTGGTGAGCAAATGGGACGAGGAGAAGAACAAGAGTAAACTTGAGCTTGTA
GTTAACGTTGATCATGATGGTGATGGTAATGACAATGAGAATAAGTTCATGAATGCATGT
TAGTTCGCTTTCAGCTTTATCAGTTTTAACTTTCTTGGATGTGTTTTCCTCCTCCAAAAA
CTATGTGTGAATCCATCCAGAGATGTTACGTCACCGTCAAGGTCTCGTGGGCTGTGCTTT
CATTACATGATGTTACATCTCTATTCTTGATCATGTGAATAAAAA

QA 1 585 1 585
DS 



AS 2 4

CO CL2268Contig1 576 2 8 U
GGATAGACGCCACAGAAAGCAGAGAGGTTTTGTTCTGTAGTGTCTTCTTCGAATCCCTCT
CGATAACTATCATCTCTCAAGAATGGGGAAAGGACCAGGTCTCTACACTGACATCGGCAA
AAAAGCCAAAGATCTGCTGTACAAGGACCACAACAGCGACCAGAAATTCAGTATCACCAC
TTCCACTCCTGCCGGTGTTGCCATCACTTCAACTGGAACCAAGAAAGGTGACTCACTCTT
GGGAGATGTTGCTTTTCAACTCAAGCAAAAAAACACCACCACCGATTTGAGAGTTTCCAC
TGACAATACCGTTTTGATCACTGCTACGGTTGATGAGGCTACACCTGGATTGAAGTCCAT
CTTCAGCTTCAGGGCCCCTGACCAAAACTCCGGCAAGATTGAGCTTCAGTACTTGCATGA
ATATGCCGGTATCAGCACAAACATGGGCTTGACTCAAAACCCCACTGTCAACTTCTCTGG
TGTTATGGGTACCAATGTGTTGGCCCTTGGTACCGATGTTTCCTTCGACACCAAATCAGG
CAGTTTCACCAAGATCAATGCTGGAGTTAACTTCAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E436TF U 1
AF RR3G581TF U 1
BS 1 327 RR3E436TF
BS 328 328 RR3G581TF
BS 329 416 RR3E436TF
BS 417 417 RR3G581TF
BS 418 433 RR3E436TF
BS 434 434 RR3G581TF
BS 435 536 RR3E436TF
BS 537 576 RR3G581TF

RD RR3E436TF 536 0 0
GGATAGACGCCACAGAAAGCAGAGAGGTTTTGTTCTGTAGTGTCTTCTTCGAATCCCTCT
CGATAACTATCATCTCTCAAGAATGGGGAAAGGACCAGGTCTCTACACTGACATCGGCAA
AAAAGCCAAAGATCTGCTGTACAAGGACCACAACAGCGACCAGAAATTCAGTATCACCAC
TTCCACTCCTGCCGGTGTTGCCATCACTTCAACTGGAACCAAGAAAGGTGACTCACTCTT
GGGAGATGTTGCTTTTCAACTCAAGCAAAAAAACACCACCACCGATTTGAGAGTTTCCAC
TGACAATACCGTTTTGATCACTGCTACTGTTGATGAGGCTACACCTGGATTGAAGTCCAT
CTTCAGCTTCAGGGCCCCTGACCAAAACTCCGGCAAGATTGAGCTTCAGTACTTGCGTGA
ATATGCCGGTATCGGCACAAACATGGGCTTGACTCAAAACCCCACTGTCAACTTCTCTGG
TGTTATGGGTACCAATGTGTTGGCCCTTGGTACCGATGTTTCCTTCGACACCAAAT

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR3G581TF 576 0 0
GGATAGACGCCACAGAAAGCAGAGAGGTTTTGTTCTGTAGTGTCTTCTTCGAATCCCTCT
CGATAACTATCGTCTCTCAAGAATGGGGAAAG*ACCAGGTCTCTACACTGACATCGGCAA
AAAAGCCAAAGATCTGCTGTACAAGGACCACAACAGCGACCAGAAATTCAGTATCACCAC
TTCCACTCCTGCCGGTGTTGCCGTCACTTCAACTGGAACCAAGAAAGGTGACTCACTCTT
GGGAGATGTTGCTTTTCAACTCAAGCAAAAAAACACCCCCACCGATTTGAGAGTTTCCAC
TGACAATACCGTTTTGATCACTGCTACGGTTGATGAGGCTACACCTGGATTGAAGTCCAT
CTTCAGCTTCAGGGCCCCTGACCAAAACTCCGGCAAGATTGAGCTTCAGTACTTGCATGA
ATATGCCGGTATCAGCACAAGCATGGGCTTGACTCAAAACCCCACTGTCAACTTCTCTGG
TGTTATGGGTACCAATGTGTTGGCCCTTGGTACCGATGTTTCCTTCGACACCAAATCAGG
CAGTTTCACCAAGATCAATGCTGGAGTTAACTTCAT

QA 1 576 1 576
DS 



CO CL2268Contig2 703 2 7 U
AAAGGAAAAGGATCTTTAGAGTTTCATCGTATCACCAAGACAGACGATCAATTAATCCAA
ATTTATTATGCTCTACAAATCCGATAAGAAACTGAGGAAAAGATTTGAGCAGTAACCATT
AAAACAACCAAACCAAGCAGTACACCGCATCAAAAAAAACTTGCTTTGGTTGGATATTCA
TCAGTTGGCTCTCATTTTCAAGGCTTGAGAGAGAGGGCCAAACCAACCTTAGCATTCTTG
TCAATAGCCTTAGTGTCAACTTCTCCAGAGATGGTGAAGAAGGATTTGGGTGTCCACTGG
TGCTGAATGAGTGCATTGGCTATCCCGGCACTGTTCACACGAGCCTTTACAGTGGTCAAG
GGGTCAAGCGAATGCTGCGTTCCCACGGTTATGGTGTTGACATTGGTGGAGAACTTGTGG
TTCACTTCAGCTCCAACAGCGGTGTTGAACAGCGGGTTAACAAGGTGGTAGAATGAAGCG
TTAACAGTATCTCCTTTGTCGTTCAGGGTAAGGGAGGCAATTAAATCATCCTTGATGAAG
TTAACTCCAGCATTGATCTTGGTGAAACTGCCTGATTTGGTGTCGAAGGAAACATCGGTA
CCAAGGGCCAACACATTGGTACCCATAACACCAGAGAAGTTGACAGTGGGGTTTTGAGTC
AAGCCCATGCTTGTGCCGATACCGGCATATTCACGCAAGTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3G581JQ U 1
AF RR3E436JQ U 33
BS 1 482 RR3G581JQ
BS 483 483 RR3E436JQ
BS 484 676 RR3G581JQ
BS 677 677 RR3E436JQ
BS 678 693 RR3G581JQ
BS 694 694 RR3E436JQ
BS 695 703 RR3G581JQ

RD RR3G581JQ 703 0 0
AAAGGAAAAGGATCTTTAGAGTTTCATCGTATCACCAAGACAGACGATCAATTAATCCAA
ATTTATTATGCTCTACAAATCCGATAAGAAACTGAGGAAAAGATTTGAGCAGTAACCATT
AAAACAACCAAACCAAGCAGTACACCGCATCAAAAAAAACTTGCTTTGGTTGGATATTCA
TCAGTTGGCTCTCATTTTCAAGGCTTGAGAGAGAGGGCCAAACCAACCTTAGCATTCTTG
TCAATAGCCTTAGTGTCAACTTCTCCAGAGATGGTGAAGAAGGATTTGGGTGTCCACTGG
TGCTGAATGAGTGCATTGGCTATCCCGGCACTGTTCACACGAGCCTTTACAGTGGTCAAG
GGGTCAAGCGAATGCTGCGTTCCCACGGTTATGGTGTTGACATTGGTGGAGAACTTGTGG
TTCACTTCAGCTCCAACAGCGGTGTTGAACAGCGGGTTAACAAGGTGGTAGAATGAAGCG
TTGACAGTATCTCCTTTGTCGTTCAGGGTAAGGGAGGCAATTAAATCATCCTTGATGAAG
TTAACTCCAGCATTGATCTTGGTGAAACTGCCTGATTTGGTGTCGAAGGAAACATCGGTA
CCAAGGGCCAACACATTGGTACCCATAACACCAGAGAAGTTGACAGTGGGGTTTTGAGTC
AAGCCCATGCTTGTGCTGATACCGGCATATTCATGCAAGTACT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3E436JQ 671 0 0
CACCAAGACAGACGATCAATTAATCCAAATTTATTATGCTCTACAAATCCGATAAGAAAC
TGAGGAAAAGATTTTAGCAGTAACCATTAAAACAACCAAACCAAGCAGTACACCGCATCA
AAAAAAACTTGCTTTGGTTGGATATTCATCAGTTGGCTCTCATTTTCAAGGCTTGAGAGA
GAGGGCCAAACCAACCTTAGCATTCTTGTCAATAGCCTTAGTGTCAACTTCTCCAGAGAT
GGTGAAGAAGGATTTGGGTGTCCACTGGTGCTGAATGAGTGCATTGGCTATCCCGGCACT
GTTCACACGAGCCTTTACAGTGGTCAAGGGGTCAAGCGAATGCTGCGTTCCCACGGTTAT
GGTGTTGACATTGGTGGAGAACTTGTGGTTCACTTCAGCTCCAACAGCGGTGTTGAACAG
CGGGTTAACAAGGTGGTAGAATGAAGCGTTAACAGTATCTCCTTTGTCGTTCAGGGTAAG
GGAGGCAATTAAATCATCCTTGATGAAGTTAACTCCAGCATTGATCTTGGTGAAACTGCC
TGATTTGGTGTCGAAGGAAACATCGGTACCAAGGGCCAACACATTGGTACCCATAACACC
AGAGAAGTTGACAGTGGGGTTTTGAGTCAAGCCCATGTTTGTGCCGATACCGGCATATTC
ACGCAAGTACT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 4

CO CL2269Contig1 1077 4 2 U
GGAACACAGCAGCGCAAAAGCAGAGAGGGGACGAAAAAGAAGGTTTCTCCCAAGAGAGAA
AAAGCAACAACTCTCTCTCTCTCGCTTTGATTTTGAGATTTCGAACTTCCCTCTTCCTGA
TTCAATCTCGAGAAAGGCATAGATGCAAAGTCTTCGGTTATTGGAATTGTGATAAAGAAC
ACACAAAAAAAACAGAACATAATGGGAGGCTGCTGTTGTTGTTCTTCTTCACGAAGAGCC
GATGTTGATAATGGACCTCCCTACTATTACTATCCGAGAGCAACAGAAGAGCGTGTTCCT
TTATCTTCCGCTCTCAACAGGACTTCCTCTACAATCTCCTCTGGTGTTGTTGTAGTTGAC
ACAAACTTGGAGACTTCATCTCCTGATGCTTATATACCACCGCCACTCCCTACTCCTTTC
GATGTGGCTATAGGTGTTCCTCAAACACCAGAAATCCGTGAAGAGTCTGCTTGTGTTGAT
ATAAGAGAAGTCTCAGTTGAAGCCGCTAATACTGAGTCAGCTCAAGCAACAGTCGATGGT
ATCACTCTCGGGGTTCCAACTACAACATGCCCGTGTAAAGAAACAGAAACCAGACCACAG
GCAGAGATTGACCTTGAATCTACTGAAGATATAGACCCCAAGAAGCTATCGAAAGACGTC
TTCGTACCGATAGAGGAAGAGGAGGATTGTCCCATATGCTTGGAAGAGTATGATATGGAT
AACCCGAAACTTCTAGCCAAATGTGAGCACCATTTTCACCTGGCATGCATTCTAGAATGG
ATGGAGAGAAGTGAAACTTGCCCCGTCTGCAACAAGGAAATGGTGTTTGACTCTCCCCTC
GACTAGCAACCTGCAAGTACCCACAGCTTAGAACACTCGTTTCCCCTGAATCCCAAAAAA
GAAAAACAAAACGAAGAAACATAAAAGAAAAGAAAAGATGGTAAGAAAATACACAACAGT
AACGTTCTTGATTCACAATTTGCAAATTACACGTTAGTGTTGATATATATAAATATGTAT
GCTTGTACAGACGTTTGAAGTCGTCTACAAAGACTATTAAAGATAAGAATTAGATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH57TF U 67
AF RR3FN13TF U 1
AF RR3BH57JQ C 331
AF RR3FN13JQ C 278
BS 1 681 RR3FN13TF
BS 682 1077 RR3FN13JQ

RD RR3BH57TF 254 0 0
ACAACTCTCTCTCTCTCGCTTTGATTTTGAGATTTCGAACTTCCCTCTTCCTGATTCAAT
CTCGAGAAAGGCATAGATGCAAAGTCTTCGGTTATTGGAATTGTGATAAAGAACACACAA
AAAAA*CAGAACATAATGGGAGGCTGCTGTTGTTGTTCTTCTTCACGAAGAGCCGATGTT
GATAATGGACCTCCCTACTATTACTATCCGAGAGCATCGGAAGAGCGTGTTCCTTTATCT
TCCGCTCTCAACAG

QA 1 254 1 254
DS 

RD RR3FN13TF 681 0 0
GGAACACAGCAGCGCAAAAGCAGAGAGGGGACGAAAAAGAAGGTTTCTCCCAAGAGAGAA
AAAGCAACAACTCTCTCTCTCTCGCTTTGATTTTGAGATTTCGAACTTCCCTCTTCCTGA
TTCAATCTCGAGAAAGGCATAGATGCAAAGTCTTCGGTTATTGGAATTGTGATAAAGAAC
ACACAAAAAAAACAGAACATAATGGGAGGCTGCTGTTGTTGTTCTTCTTCACGAAGAGCC
GATGTTGATAATGGACCTCCCTACTATTACTATCCGAGAGCAACAGAAGAGCGTGTTCCT
TTATCTTCCGCTCTCAACAGGACTTCCTCTACAATCTCCTCTGGTGTTGTTGTAGTTGAC
ACAAACTTGGAGACTTCATCTCCTGATGCTTATATACCACCGCCACTCCCTACTCCTTTC
GATGTGGCTATAGGTGTTCCTCAAACACCAGAAATCCGTGAAGAGTCTGCTTGTGTTGAT
ATAAGAGAAGTCTCAGTTGAAGCCGCTAATACTGAGTCAGCTCAAGCAACAGTCGATGGT
ATCACTCTCGGGGTTCCAACTACAACATGCCCGTGTAAAGAAACAGAAACCAGACCACAG
GCAGAGATTGACCTTGAATCTACTGAAGATATAGACCCCAAGAAGCTATCGAAAGACGTC
TTCGTACCGATAGAGGAAGAG

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3BH57JQ 515 0 0
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TATATACCACCGCCACTCCCTACTCCTTTCGATGTGGCTATAGGTGTTCCTCAAACACCA
GAAATCCGTGAAGAGTCTGCTTGTGTTGATATAAGAGAAGTTTCAGTTGAAGCCGCTAAT
ACTGAGTCAGCTCAAGCAACAGTCGATGGTATCACTCTCGGGGTTCCAACTACAACATGC
CCGTGTAAAGAAACAGAAACCAAACCACAGGCAGAGATTGACCTTGAATCTACTGAAGAT
ATAGACCCCAAGAAGCTATCGAAAGACGTCTTCGTACCAATAGAGGAAGAGGAGGATTGT
CCCATATGCTTGGAAGAGTATGATATGGATAACCCGAAACTTCTAGCCAAATGTGAGCAC
CATTTTCACCTGGCATGCATTCTAGAATGGATGGAGAGAAGTGAAACTTGCCCCGTCTGC
AACAAGGAAATGGTGTTTGACTCTCCCCTCGACTA

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3FN13JQ 800 0 0
GAGCAACAGAAGAGCGTGTTCCTT*ATCTTCCGCTCTCAACAGGACTTCCTCTACAATCT
CCTCTGGTGTTGTTGTAGTTGACACAAACTTGGAGACTTCATCTCCTGATGCTTATATAC
CACCGCCACTCCCTACTCCTTTCGATGTGGCTATAGGTGTTCCTCAAACACCAGAAATCC
GTGAAGAGTCTGCTTGTGTTGATATAAGAGAAGTCTCAGTTGAAGCCGCTAATACTGAGT
CAGCTCAAGCAACAGTCGATGGTATCACTCTCGGGGTTCCAACTACAACATGCCCGTGTA
AAGAAACAGAAACCAGACCACAGGCAGAGATTGACCTTGAATCTACTGAAGATATAGACC
CCAAGAAGCTATCGAAAGACGTCTTCGTACCGATAGAGGAAGAGGAGGATTGTCCCATAT
GCTTGGAAGAGTATGATATGGATAACCCGAAACTTCTAGCCAAATGTGAGCACCATTTTC
ACCTGGCATGCATTCTAGAATGGATGGAGAGAAGTGAAACTTGCCCCGTCTGCAACAAGG
AAATGGTGTTTGACTCTCCCCTCGACTAGCAACCTGCAAGTACCCACAGCTTAGAACACT
CGTTTCCCCTGAATCCCAAAAAAGAAAAACAAAACGAAGAAACATAAAAGAAAAGAAAAG
ATGGTAAGAAAATACACAACAGTAACGTTCTTGATTCACAATTTGCAAATTACACGTTAG
TGTTGATATATATAAATATGTATGCTTGTACAGACGTTTGAAGTCGTCTACAAAGACTAT
TAAAGATAAGAATTAGATGT

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 4

CO CL2270Contig1 1231 4 16 U
GGGAACCAGACCCTTATCTTCTCAAACTCAAGCCCCTCCTCCTTGCCGGCGACGCTTCTC
TACTAAAATCATAAGCAACAATCTCAACTCTCTTCATCTTTACTCTCTCCGGCGAATGGC
GTTTCCGTTGCCCCTCACTTCTCACTTACCAATCTCAACTTCTTCTATTTCCCGAACCTC
TTTCTTGCCTCTCACGCCTCGCCAGCCTAGTTTCTTCTCCGATCAGAATCTCAATAGGCG
TCTACTTATCAGCCGCTCTTCTCATTCGTACTCCAATAATGGTTCAACTCCAGAGCCCAC
GAATGGGAGTGGGTTAAACGGGCAGTCATCGTTTCCTGGAATGCCTTCCTTGGATGGAAC
ATCAAACCCACCGCTAAAGTGGAGAAGGGTTTTGCTTAAAGTCAGTGGAGAAGCTCTTGC
TGGAGACGAGCAACAGAACATTGACCCAAAGGTTACTATGTCGATTGCGAGGGAAGTTGC
AGCAGTGACTCGGCTTGGCATTGAGGTTGCAATTGTAGTTGGAGGAGGAAACATCTTTCG
TGGATCCACATGGGCTGG*CTGCAGTGGCCTTGATCGCTCCTCTGCTGATTACATCGGGA
TGATGGCAACTGTGATGAACGCAATATTCCTTCAAGCGACAATGGAGAGCATCGGAATCC
CAACACGTGTTCAAACCGCTTTCCGAATGTCGGAAGTCGCAGAGCCTTACATTAGAAGAC
GAGCAATTAGACATCTAGAGAAAGGCAGGGTTGTGATATTCGCAGCCGGAACAGGCAACC
CGTTCTTCACAACTGATACTGCAGCAGCTCTTCGATGTGCTGAAATTAACGCAGAAGTAG
TGCTGAAAGCAACGAACGTTGATGGAGTCTTTGACGATGATCCTAAAAGAAACCCAAACG
CTCGCCTCCACGAATCACTAACGTACCAAGAAGTAACCTCAAAGGATCTCTCTGTGATGG
ATATGACTGCTATCACTTTATGCCAAGAAAACAACATCCCAGTTGTGGTTTTCAATCTAT
CTGAGCCTGGAAACATTGCCAAAGCAATCAAAGGAGAGAGAGTTGGTACACTGATTGGTG
GAACCTGGAACTCTATTGTTGCAAACACATGAAGAAACTTCTTCCTTAATATAGTAACTT
AGGTCAGGAGAATCTTACAGCTCCTATTTATAGCTTGCAGAAACCTCTTTACTTCCTAGG
AACGTTATCTGTCTGAAAAGTTTTGAAAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C736TF U 69
AF RR3B969TF U 1
AF RR3B969JQ C 377
AF RR3C736JQ C 1037
BS 1 101 RR3B969TF
BS 102 103 RR3C736TF
BS 104 186 RR3B969TF
BS 187 187 RR3C736TF
BS 188 558 RR3B969TF
BS 559 559 RR3C736TF
BS 560 770 RR3B969TF
BS 771 771 RR3B969JQ
BS 772 824 RR3B969TF
BS 825 825 RR3B969JQ
BS 826 851 RR3B969TF
BS 852 852 RR3B969JQ
BS 853 891 RR3B969TF
BS 892 892 RR3B969JQ
BS 893 905 RR3B969TF
BS 906 1231 RR3B969JQ

RD RR3C736TF 676 0 0
GG
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CCCCTCACTTCTCACTTACCAATCTCAACTTCTTCTATTTCCCGAACCTCTTTCTTGCCT
CTCACGCCTCGCCAGCCTAGTTTCTTCTCCGATCAGAATCTCAATAGGCGTCTACTTATC
AGCCGCTCTTCTCATTCGTACTCCAATAATGGTTCAACTCCAGAGCCCACGAATGGGAGT
GGGTTAAACGGGCAGTCATCGTTTCCTGGAATGCCTTCCTTGGATGGAACATCAAACCCA
CCGCTAAAGTGGAGAAGGGTTTTGCTTAAAGTCAGTGGAGAAGCTCTTGCTGGAGACGAG
CAACAGAACATTGACCCAAAGGTTACTATGTCGATTGCGAGGGAAGTTGCAGCAGTGACT
CGGCTTGGCATTGAGGTTGCAATTGTAGTTGGAGGAGGAAACATCTTTCGTGGATCCACA
TTGGCTGG*CTGCAGTGGCCTTGATCGCTCCTCTGCTGATTACATCGGGATGATGGCAAC
TGTGATGAACGCAATATTCCTTCAAGCGACAATGGAGAGCATCGGAATCCCAACACGTGT
TCAAACCGCTTTCCGAATGTCGGAAGTCGCAGAGCCTTACATTAGAAGACGAGCAATTAG
ACATCTAGAGAAAG

QA 3 676 3 676
DS 

RD RR3B969TF 905 0 0
GGGAACCAGACCCTTATCTTCTCAAACTCAAGCCCCTCCTCCTTGCCGGCGACGCTTCTC
TACTAAAATCATAAGCAACAATCTCAACTCTCTTCATCTTTTGTCTCTCCGGCGAATGGC
GTTTCCGTTGCCCCTCACTTCTCACTTACCAATCTCAACTTCTTCTATTTCCCGAACCTC
TTTCTTTCCTCTCACGCCTCGCCAGCCTAGTTTCTTCTCCGATCAGAATCTCAATAGGCG
TCTACTTATCAGCCGCTCTTCTCATTCGTACTCCAATAATGGTTCAACTCCAGAGCCCAC
GAATGGGAGTGGGTTAAACGGGCAGTCATCGTTTCCTGGAATGCCTTCCTTGGATGGAAC
ATCAAACCCACCGCTAAAGTGGAGAAGGGTTTTGCTTAAAGTCAGTGGAGAAGCTCTTGC
TGGAGACGAGCAACAGAACATTGACCCAAAGGTTACTATGTCGATTGCGAGGGAAGTTGC
AGCAGTGACTCGGCTTGGCATTGAGGTTGCAATTGTAGTTGGAGGAGGAAACATCTTTCG
TGGATCCACATGGGCTGGGCTGCAGTGGCCTTGATCGCTCCTCTGCTGATTACATCGGGA
TGATGGCAACTGTGATGAACGCAATATTCCTTCAAGCGACAATGGAGAGCATCGGAATCC
CAACACGTGTTCAAACCGCTTTCCGAATGTCGGAAGTCGCAGAGCCTTACATTAGAAGAC
GAGCAATTAGACATCTAGAGAAAGGCAGGGTTGTGATATTCGCAGCCGGA*CAGGCAACC
CGTTCTTCACAACTGATACTGCAGCAGCTCTTCGATGTGCTGAA*TTAACGCAGAAGTAG
TGCTGAAAGCA*CGAACGTTGATGGAGTCTTTGACGATGATCCTAAAAGAA*CCCAAACG
CTCGC

QA 1 905 1 905
DS 

RD RR3B969JQ 855 0 0
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AACATTGACCCAAAGGTTACTATGTCGATTGCGAGGGAAGTTGCAGCAGTGACTCGGCTT
GGCATTGAGGTTGCAATTGTAGTTGGAGGAGGAAACATCTTTCGTGGATCCACATGGGCT
GG*CTGCAGTGGCCTTGATCGCTCCTCTGCTGATTACATCGGGATGATGGCAACTGTGAT
GAACGCAATATTCCTTCAAGCGACAATGGAGAGCATCGGAATCCCAACACGTGTTCAAAC
CGCTTTCCGAATGTCGGAAGTCGCAGAGCCTTACATTAGAAGACGAGCAATTAGACATCT
AGAGAAAGGCAGGGTTGTGATATTCGCAGCCGGAACAGGCAACCCGTTCTTCACAACTGA
TACTGCAGCAGCTCTTCGATGTGCTGAAATTAACGCAGAAGTAGTGCTGAAAGCAACGAA
CGTTGATGGAGTCTTTGACGATGATCCTAAAAGAAACCCAAACGCTCGCCTCCACGAATC
ACTAACGTACCAAGAAGTAACCTCAAAGGATCTCTCTGTGATGGATATGACTGCTATCAC
TTTATGCCAAGAAAACAACATCCCAGTTGTGGTTTTCAATCTATCTGAGCCTGGAAACAT
TGCCAAAGCAATCAAAGGAGAGAGAGTTGGTACACTGATTGGTGGAACCTGGAACTCTAT
TGTTGCAAACACATGAAGAAACTTCTTCCTTAATATAGTAACTTAGGTCAGGAGAATCTT
ACAGCTCCTATTTATAGCTTGCAGAAACCTCTTTACTTCCTAGGAACGTTATCTGTCTGA
AAAGTTTTGAAAGTT

QA 1 855 1 855
DS 

RD RR3C736JQ 172 0 0
TGCCAAAGCAATCAAAGGAGAGAGAGTTGGTACACTGATTGGTGGAACCTGGAACTCTAT
TGTTGCAAACACATGAAGAAACTTCTTCCTTAATATAGTAACTTAGGTCAGGAGAATCTT
ACAGCTCCTATTTATAGCTTGCAGAAACCTCTTTACTTCCTAGGAACGTTAT

QA 1 172 1 172
DS 



AS 1 4

CO CL2271Contig1 1036 4 14 U
GAAGGGTAAGTCCTCTAAAAAAGAGAGTGGAAAGGCTGCTGCTTCTTCCAGTAAGCAAGA
ATCCAACGCTGGAAGTGCTGCTTCTTCCATGAATCAACAACAATCGAAAAGCGAGAAAAG
CGAGTGCTCAAGTTCATCAGCGACCACATCAGTGACGGAAATCGAGAAAGAGACTTCACA
AGAAACAAGTTCATTCATATCTGGACTTGAGAAAAGGTTTGCACAAAAGCAAGAACTCAA
ACCCTTCTTCGAGAAGCTCAAGGCTTCCATGACTGCCTCCTCAAGGGTTTCTTCCACCAA
ATCCGCACAAGAATATTCTTCTACAGCTAGATCAACCACTGGTAAACTATCTGATGCCAT
GACTTTCGTGGGTTCAAGATTTAGCAAATCAGAAGAGATGAAGAGCACCATCAAGACTAC
CCAAGAAGAGTTGATGAAGAATATTAAAGAATTTCAAGATCTCAACAGCAAAATCGTGGG
CGAACAGAAAGTATCATCGACAAAAGAGTCACAGATTAAGCAGACCATGTCAAAGATTGA
AAAAGTCACGACCCAGTTTGTTGAGACTGCTGCTTCTTCAAGCTCAGCTTCATCTTCATC
TACATCCTCTCAGCAACAAAACGCTGGTTCCTCTCAGGAACAGAACGCTGCTTCTTCTCA
GAAACAGACCGCTGCTTCTTCTCAGAAACATACAGCTGCTTCTTCTCAGAAACAGACTGC
TTCTTCTCAGCAGGAGACCGCTGCTTCTTCTCAGCAGGAGAACAGTATGGGTAGGCTCAA
GACCAATTGAGAAGCTGCATTAATACGCGGAAAATCAGCAAGTATGACCATCCAGTAATG
CCAAAATACTTATTTTAATTAGTAGCTAAACTATCAGATATTTTTTTTGTATATAAAACT
AAGATCGGTATAGGCCAGGAGTGTCTAGCTAAAGACCGACGTATGCATGTAATAACTCTG
TAAGACAATACAGATAGAATGTAACCGCTCAGTATGTTACATACAGAAGCGAGTGATTCC
TATAAAAAGGATTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G865TF U 1
AF RR3E102TF U 151
AF RR3FL49JQ C 331
AF RR3G255TF U 336
BS 1 262 RR3G865TF
BS 263 263 RR3E102TF
BS 264 490 RR3G865TF
BS 491 491 RR3E102TF
BS 492 632 RR3G865TF
BS 633 757 RR3E102TF
BS 758 758 RR3G255TF
BS 759 845 RR3E102TF
BS 846 846 RR3G255TF
BS 847 886 RR3E102TF
BS 887 985 RR3G255TF
BS 986 986 RR3FL49JQ
BS 987 1028 RR3G255TF
BS 1029 1036 RR3FL49JQ

RD RR3G865TF 635 0 0
GAAGGGTAAGTCCTCTAAAAAAGAGAGTGGAAAGGCTGCTGCTTCTTCCAGTAAGCAAGA
ATCCAACGCTGGAAGTGCTGCTTCTTCCATGAATCAACAACAATCGAAAAGCGAGAAAAG
CGAGTGCTCAAGTTCATCAGCGACCACATCAGTGACGGAAATCGAGAAAGAGACTTCACA
AGAAACAAGTTCATTCATATCTGGACTTGAGAAAAGGTTTGCACAAAAGCAAGAACTCAA
ACCCTTCTTCGAGAAGCTCAAG*CTTCCATGACTGCCTCCTCAAGGGTTTCTTCCACCAA
ATCCGCACAAGAATATTCTTCTACAGCTAGATCAACCACTGGTAAACTATCTGATGCCAT
GACTTTCGTGGGTTCAAGATTTAGCAAATCAGAAGAGATGAAGAGCACCATCAAGACTAC
CCAAGAAGAGTTGATGAAGAATATTAAAGAATTTCAAGATCTCAACAGCAAAATCGTGGG
CGAACAGAAAATATCATCGACAAAAGAGTCACAGATTAAGCAGACCATGTCAAAGATTGA
AAAAGTCACGACCCAGTTTGTTGAGACTGCTGCTTCTTCAAGCTCAGCTTCATCTTCATC
TACATCCTCTCAGCAACAAAACGCTGGTTCCT
CTC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3E102TF 736 0 0
G
GTGACGGAAATCGAGAAAGAGACTTCACAAGAAACAAGTTCATTCATATCTGGACTTGAG
AAAAGGTTTGCACAAAAGCAAGAACTCAAACCCTTCTTCGAGAAGCTCAAGGCTTCCATG
ACTGCCTCCTCAAGGGTTTCTTCCACCAAATCCGCACAAGAATATTCTTCTACAGCTAGA
TCAACCACTGGTAAACTATCTGATGCCATGACTTTCGTGGGCTCAAGATTTAGCAAATCA
GAAGAGATGAAGAGCACCATCAAGACTACCCAAGAAGAGTTGATGAAGAATATTAAAGAA
TTTCAAGATCTCAACAGCAAAATCGTGGGCGAACAGAAAGTATCATCGACAAAAGAGTCA
CAGATTAAGCAGACCATGTCAAAGATTGAAAAAGTCACGACCCAGTTTGTTGAGACTGCT
GCTTCTTCAAGCTCAGCTTCATCTTCATCTACATCCTCTCAGCAACAAAACGCTGGTTCC
TCTCAGGAACAGAACGCTGCTTCTTCTCAGAAACAGACCGCTGCTTCTTCTCAGAAACAT
ACAGCTGCTTCTTCTCAGAAACAGACTGCTTCTTCTCAGCAGGAGACCGCTGCTTCTTCT
CAGCAG*AGAACAGTATGGGTAGGCTCAAGACCAATTGAGAAGCTGCATTAATACGCGGA
AAATCAGCAAGTATGACCATCCAGTAATGCCAAA*TACTTATTTTAATTAGTAGCTAAAC
TATCAGATATTTTTT

QA 2 736 2 736
DS 

RD RR3FL49JQ 706 0 0
ATCAAC
CACTGGTAAACTATCTGATGCCATGACTTTCGTGGGTTCAAGATTTAGCAAATCAGAAGA
GATGAAGAGCACCATCAAGACTACCCAAGAAGAGTTGATGAAGAATATTAAAGAATTTCA
AGATCTCAACAGCAAAATCGTGGGCGAACAGAAAGTATCATCGACAAAAGAGTCACAGAT
TAAGCAGACCATGTCAAAGATTGAAAAAGTCACGACCCAGTTTGTTGAGACTGCTGCTTC
TTCAAGCTCAGCTTCATCTTCATCTACATCCTTTCAGCAACAAAACGCTGGTTCCTTTCA
GGAACAGAACGCTGCTTCTTTTCAGAAACAGACCGCTGCTTCTTTTCAGAAACATACAGC
TGCTTCTTTTCAGAAACAGACTGCTTCTTCTCAGCAGGGGACCGCTGCTTCTTCTCAGCA
GGAGAACAGTATGGGTAGGCTCAAGACCAATTGAGAAGCTGCATTAATACGCGGAAAATC
AGCAAGTATGACCATCCAGTAATGCCAAAATACTTATTTTAATTAGTAGCTAAACTATCA
GATATTTTTTT*GTATATAAAACTAAGATCGGTATAGGCCAGGAGTGTCTAGCTAAAGAC
CGACGTATGCATGTAATAACTCTGTAAGACAATACAGATAGAATGTAACCGCTCAGTATG
TTACATACAGAAGCGAGTGATTCCTATAAAAAGGATTTTG

QA 7 706 7 706
DS 

RD RR3G255TF 693 0 0
G
CACTGGTAAACTATCCGATGCCATGACTTTCGTGGGTTCAAGATTTAGCAAATCAGAAGA
GATGAAGAGCACCATCAAGACTACCCAAGAAGAGTTGATGAAGAATATTAAAGAATTTCA
AGATCTCAACAGCAAAATCGTGGGCGAACAGAAAGTATCATCGACAAAAGAGTCACAGAT
TAAGCAGACCATGTCAAAGATTGAAAAAGTCACGACCCAGTTTGTTGAGACTGCTGCTTC
TTCAAGCTCAGCTTCATCTTCATCTACATCCTCTCAGCAACAAAACGCTGGTTCCTCTCA
GGAACAGAACGCTGCTTCTTCTCAGAAACAGACCGCTGCTTCTTCTCAGAAACATACAGC
TGCTTCTTCTCAGAAACAGACTGCTTCTTCTCAGCAGGAGACCGCTGCTTCTTCTCAGCA
GGAGAACAGTACGGGTAGGCTCAAGACCAATTGAGAAGCTGCATTAATACGCGGAAAATC
AGCAAGTATGACCATCCAGTAATGCCAAAATACTTATTTTAATTAGTAGCTAAACTATCA
GATATTTTTTTTGTATATAAAACTAAGATCGGTATAGGCCAGGAGTGTCTAGCTAAAGAC
CGACGTATGCATGTAATAACTCTGTAAGACAATACAGATAGAATGTAACGGCTCAGTATG
TTACATACAGAAGCGAGTGATTCCTATAAAAA

QA 2 693 2 693
DS 



AS 1 4

CO CL2272Contig1 731 4 13 U
GGGATCGGATCCAATTTCAAGAACAGTAGAACTGGGAATCTCTCCTACGCCGCGATGTCT
CTCCGCCGCTCCATCCTCGGTCTCCACCGACAAACCCACAACCTATCTCTCTCAAAGGCG
TTACCTTTCTCGATGAGTAACATCTCCTCCCCGTGCGCCGCTGCATCCGCCGCCGCGAGG
AACCCAATCGGAAGACAAATCTCCTCGATCCCATTTTCCCTACTAACCCAGAAACCCAAC
TCCGGGAATCTCGCCGCCGCCGATCGTTCGGTTTATACTCTTGGGCAATCCGATCTCGCC
GCCAAATTCGCTCGTCTCCCATCGTCTCGAGGTTACAGTAACGCATCTCTCGTACGGAAG
ACCCCTGTTCTGTTTCACATTAACGCAGGGATGGAAGAAGTTTTGGCGGATTATGTTCAC
CAGGAGATGACTAGGAATCTTATGGTCATCTCTCTTGGCTTGTTCCAGATCATCGTTATC
AAAGATGTCATCGTGTTTCTTTTCTTCTGAGCAAGGATAAAGTCCTTTCCTTTTTTTCTC
CCTCTCTTTATGATATGAATAAGAACAACATTGGTGCAATGGCATCTTAACCTTCCAAGT
TTGCTCTGTTT*GTGTGAGGCTTAGGTGGAATTCTAAGTGTGTTTGAAAGTCTGTTTTAC
TTTAAATGTTTTCGAATCAGGTGGATATTAAGAATCTCTCTCTTTGGATTGAATAAAAGA
CAAGTTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E913TF U 1
AF RR3G135JQ C 29
AF RR3G135TF U 29
AF RR3E913JQ C 49
BS 1 195 RR3E913TF
BS 196 196 RR3G135TF
BS 197 232 RR3E913TF
BS 233 233 RR3G135TF
BS 234 236 RR3E913TF
BS 237 237 RR3G135TF
BS 238 242 RR3E913TF
BS 243 243 RR3G135TF
BS 244 361 RR3E913TF
BS 362 362 RR3G135TF
BS 363 611 RR3E913TF
BS 612 680 RR3G135TF
BS 681 731 RR3E913JQ

RD RR3E913TF 615 0 0
GGGATCGGATCCAATTTCAAGAACAGTAGAACTGGGAATCTCTCCTACGCCGCGATGTCT
CTCCGCCGCTCCATCCTCGGTCTCCACCGACAAACCCACAACCTATCTCTCTCAAAGGCG
TTACCTTTCTCGATGAGTAACATCTCCTCCCCGTGCGCCGCTGCATCCGCCGCCGCGAGG
AACCCAATCGGAAGAGAAATCTCCTCGATCCCATTTTCCCTACTAACCCAGAGACCTAAC
TCTGGGAATCTCGCCGCCGCCGATCGTTCGGTTTATACTCTTGGGCAATCCGATCTCGCC
GCCAAATTCGCTCGTCTCCCATCGTCTCGAGGTTACAGTAACGCATCTCTCGTACGGAAG
ATCCCTGTTCTGTTTCACATTAACGCAGGGATGGAAGAAGTTTTGGCGGATTATGTTCAC
CAGGAGATGACTAGGAATCTTATGGTCATCTCTCTTGGCTTGTTCCAGATCATCGTTATC
AAAGATGTCATCGTGTTTCTTTTCTTCTGAGCAAGGATAAAGTCCTTTCCTTTTTTTCTC
CCTCTCTTTATGATATGAATAAGAACAACATTGGTGCAATGGCATCTTAACCTTCCAAGT
TTGCTCTGTTT
TGTG

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3G135JQ 658 0 0
GAACTGGGAATCTCTCCTACGCCGCGATGTCTCTCCGCCGCTCCATCCTCGGTCTCCACC
GTCAAACCCACAACCTATCTCTCTCAAAGGCGTTACCTTTCTCGATGAGTAACATCTCCT
CCCCGTGCGCCGCTGCATCCGCCGCCGTGAGGAACCCAATCGGAAGACAAATCTCCTCGA
TCCCATTTTCCGTACTAACCCAGAAACCCAACTCCGGGAATCTCGCCGCCGCCGATCGTT
CGGTTTCTTCTCTTGGGCAATCCGATCTCGCCGCCAAATTCGCTCGTCTCCCGTCGTCTC
GAGGTTACAGTAACGCATCTCTCGTACGGAAGACCCCTGTTCTGTTTCACATTAACGCAG
GGATGGAAGAAGTTTTGGCGGATTATGTTCACCAGGAGATGACTAGGAATCTTATGGTCA
TCTCTCTTGGCTTGTTCCAGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTTTTCTTCT
GAGCAAGGATAAAGTC*TTTCCTTTTTTTTTCTCTCTCTTTGTGATATGAATAAGAACAA
CATTGGTGCAATGGCATCTTAACCTTCCAAGTTTGCTCTGTTT*GTGTGAGGCTTAGGTG
GAATTCTAAGTGTGTTTGAAAGTCTGTTTTACTTTAAATGTTTTCGAATCAG
GTGGAT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3G135TF 657 0 0
GAACTGGGAATCTCTCCTACGCCGCGATGTCTCTCCGCCGCTCCATCCTCGGTCTCCACC
GTCAAACCCACAACCTATCTCTCTCAAAGGCGTTACCTTTCTCGATGAGTAACATCTCCT
CCCCGTGCGCCGCTGCATCCGCCGCCGTGAGGAACCCAATCGGAAGACAAATCTCCTCGA
TCCCATTTTCCGTACTAACCCAGAAACCCAACTCCGGGAATCTCGCCGCCGCCGATCGTT
CGGTTTCTTCTCTTGGGCAATCCGATCTCGCCGCCAAATTCGCTCGTCTCCCGTCGTCTC
GAGGTTACAGTAACGCATCTCTCGTACGGAAGACCCCTGTTCTGTTTCACATTAACGCAG
GGATGGAAGAAGTTTTGGCGGATTATGTTCACCAGGAGATGACTAGGAATCTTATGGTCA
TCTCTCTTGGCTTGTTCCAGATCATCGTTATCAAAGATGTCGTCGTGTTTCTTTTCTTCT
GAGCAAGGATAAAGTC*TTTCCTTTTTTTTTCTCTCTCTTTGTGATATGAATAAGAACAA
CATTGGTGCAATGGCATCTTAACCTTCCAAGTTTGCTCTGTTT*GTGTGAGGCTTAGGTG
GAATTCTAAGTGTGTTTGAAAGTCTGTTTTACTTTAAATGTTTTCGAATCAG
TGGAT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3E913JQ 683 0 0
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CTCTCAAAGGCGTTACCTTTCTCGATGAGTAACATCTCCTCCCCGTGCGCCGCTGCATCC
GCCGCCGCGAGGAACCCAATCGGAAGAGAAATCTCCTCGATCCCATTTTCCCTACTAACC
CAGAGACCTAACTCTGGGAATCTCGCCGCCGCCGATCGTTCGGTTTATACTCTTGGGCAA
TCCGATCTCGCCGCCAAATTCGCTCGTCTCCCATCGTCTCGAGGTTACAGTAACGCATCT
CTCGTACGGAAGATCCCTGTTCTGTTTCACATTAACGCAGGGATGGAAGAAGTTTTGGCG
GATTATGTTCACCAGGAGATGACTAGGAATCTTATGGTCATCTCTCTTGGCTTGTTCCAG
ATCATCGTTATCAAAGATGTCATCGTGTTTCTTTTCTTCTGAGCAAGGATAAAGTCCTTT
CCTTTTTTTCTCCCTCTCTTTATGATATGAATAAGAACAACATTGGTGCAATGGCATCTT
AACCTTCCAAGTTTGCTCTGTTTTGTGTGAGGCTTAGGTGGAATTCTAAGTGTGTTTGAA
AGTCTGTTTTACTTTAAATGTTTTCGAATCAGGTGGATATTAAGAATCTCTCTCTTTGGA
TTGAATAAAAGACAAGTTGTTTC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 4

CO CL2273Contig1 1118 4 14 U
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AATAATGGCTCAAAAGGTGGAAGCACAAGGAGGCGTGAGAGGAGATGTATGGGATGATGG
TGTTTATGACGGCGTTAGAAAGGTGCATGTAGGACAAGGCCAAGATGGTGTATCGTTTAT
CAATGCCGTGTACGAGAAGGGTTCTCAGGAGGTTGAAGGAGGTGAACACGGAAATAAGAC
ATTACTTGGATTCGAAACGTTCGAGGTTGATGCAGACGACTACATCATAGCGGTGCAGGT
AACCTACGACAAAATATTTGGCCATGAGCCCGACGTCATCACATCTATTACCTTCTATAC
ATCCAAAGGGAAAGCCTCTCCACCCTATGGATTAGAGACCGACAAAAAGTTTGTACTCAA
GGAAAAAAACGGCGGTAAACTTCTTGGGTTCCATGGACGCGCGGGAGAGGTTCTGCATGC
TCTTGGTGCGTATTTCGTTACAACCACAACTCCTTTGACTCCTGCCAAGAAGCTGCCAGC
AGTTGGTGGTGATGGAGGAACCGCATGGGATGATGGTGCTTACGATGGTGTTAGAAAGTT
GTTTGTTGGACAAGCACAAGATGGTATATCAGTCGTCAAGTTTGTGTACGACAAGGGGGC
TGAGGAAATTATAGGAGATGAACATGGAAATAGTACTTTACTCGGATTCGAAGAGTTTGT
ACTTGACTATCCTAGTGAGTACATCACGTCAGTTGAAGGCACATATGATAAGATATTTGG
GAGTGACTCTGAGGTCGTTACCATGCTTAGGTTCAAGACCAATAAGCAAACGTCTGCTCC
CTTTGGAATTGAAGCTGGGACACCCTTCGAACTCAAAGAGGAAGGCTCCAAGATCGTCGG
GTTCCATGGAAAAGTCAGTGAGCTGCTTCATCAGTTTGGAGTCCATGTTCTTCCAATCAC
TTATTGATCATCACATGTTTTCCTTTCATTCCCTTCCATTAAGTTTCCTACCTTTTCTGT
TCTGTTTGTTTATGTTTCCAGTGTGTTATTGTCTCCTTTATGATGTTGTCATGTGTTTGA
TGCTATATATCTGTCTGCTTTAATAAAATGGTTGATTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E358TF U 1
AF RR3GH81TF U 1
AF RR3GH81JQ C 357
AF RR3E358JQ C 424
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GGAAAAAAACGGCGGTAAACTTCTTGGGTTCCATGG**GCGCGGGAGAGGTTCTGCATGC
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TGAGGAAATTAT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3GH81TF 793 0 0
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AATAATGGCTCAAAAGGTGGAAGCACAAGGAGGCGTGGGAGGAGATGTATGGGATGATGG
TGTTTATGACGGCGTTAGAAAGGTGCATGTAGGACAAGGCCAAGATGGTGTATCGTTTAT
CAATGCCGTGTACGAGAAGGGTTCTCAGGAGGTTGAAGGAGGTGAACATGGAAATAAGAC
ATTACTTGGATTCGAAACGTTCGAGGTTGATGCAGACGACTACATCATAGCGGTGCAGGT
AACCTACGACAAAATATTTGGCCATGAGCCCGACGTCATCACATCTATTACCTTCTATAC
ATCCAAAGGGAAAGCCTCTCCACCCTATGGATTAGAGACCGACAAAAAGTTTGTACTCAA
GGAAAAAAACGGCGGTAAACTTCTTGGGTTCCATGGACGCGCGGGAGAGGTTCTGCATGC
TCTTGGTGCGTATTTCGTTACAACCACAACTCCTTTGACTCCTGCCAAGAAGCTGCCAGC
AGTTGGTGGTGATGGAGGAACCGCATGGGATGATGGTGCTTACGATGGTGTTAGAAAGTT
GTTTGTTGGACAAGCACAAGATGGTATATCAGTCGTCAAGTTTGTGTACGACAAGGGGGC
TGAGGAAATTATAGGAGATGAACATGGAAATAGTACTTTACTCGGATTCGAAGAGTT*GT
ACTTGACTATCCTAGTGAGTACATCACGTCAGTTGAAG*CACATATGATAAGATATTTGG
GAGTGACTCTGAG

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3GH81JQ 745 0 0
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ATGCTCTTGGTGCGTATTTCGTTACAACCACAACTCCTTTGACTCCTGCCAAGAAGCTGC
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AGTTGTTTGTTGGACAAGCACAAGATGGTATATCAGTCGTCAAGTTTGTGTACGACAAGG
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TTGATGCTATATATCTGTCTGCTTT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3E358JQ 695 0 0
AAAAAACGGCGGTAAACTTCTTGGGTTCCATGG**GCGCGGGAGAGGTTCTGCATGCTCT
TGGTGCGTATTTCGTTACAACCACAACTCCTTTGACTCCTGCCAAGAAGCTGCCAGCAGT
TGGTGGTGATGGAGGAACCGCATGGGATGATGGTGCTTACGATGGTGTTAGAAAGTTGTT
TGTTGGACAAGCACAAGATGGTATATTAGTCGTCAAGTTTGTGTACGACAAGGGGGCTGA
GGAAATTATAGGAGATGAACATGGAAATAGTACTTTACTCGGATTCGAAGAGTTTGTACT
TGACTATCCTAGTGAGTACATCACGTCAGTTGAAGGCACATATGATAAGATATTTGGGAG
TGACTCTGAGGTCGTTACCATGCTTAGGTTCAAGACCAATAAGCAAACGTCTGCTCCCTT
TGGAATTGAAGCTGGGACACCCTTCGAACTCAAAGAGGAAGGCTCCAAGATCGTCGGGTT
CCATGGAAAAGTCAGTGAGCTGCTTCATCAGTTTGGAGTCCATGTTCTTCCAATCACTTA
TTGATCGTCACATGTTTTCCTTTCATTCCCTTCCATTAAGTTTCCTACCTTTTCTGTTCT
GTTTGTTTATGTTTCCAGTGTGTTATTGTCTCCTTTATGATGTTGTCATGTGTTTGATGC
TATATATCTGTCTGCTTTAATAAAATGGTTGATTT

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

CO CL2274Contig1 732 2 11 U
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AGACAGAAAGATTAATCAATGGAACCATCCACAAATTGGACAGACCAACAGTTAAAAAAA
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GCAGCATTAGCAGGAACACTCCTAGCCATAGCTGGACCAAACCCTTTATACAAACCTTTA
ACCCCTTCAGCTTTCAGAATCTTCCTAAAAGCATCCATCGAACCCTTGTACTTAGGGTTC
TTATAATCATCAACTTGAAGAACACTCTTCACAACATCGGTCGGGTACACAAACCCCCAA
AACGAAGCACCAGCAACTCCACCGGCCATGATCAAAGACCCCTGTCCTAAGCTCGAAGTG
TCAGAACCACCAGCTAAGAACCGCTTGAAAGCTTCGTACGCTGCAAACATCGTCGCGTTT
CCCGGGACTTCACGTGCTAGCGTCGGAAACAAACCTTTGAATAGACCTCTCGCTCCACCT
TCTGACCGTAGCACGTGACAGGCTACGTCCATTGGTCCACCGTATTTCACGGCTGCAACC
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TGTTGACTTATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV31JQ U 29
AF RR3CI92JQ U 1
BS 1 53 RR3CI92JQ
BS 54 54 RR3EV31JQ
BS 55 109 RR3CI92JQ
BS 110 110 RR3EV31JQ
BS 111 120 RR3CI92JQ
BS 121 121 RR3EV31JQ
BS 122 359 RR3CI92JQ
BS 360 360 RR3EV31JQ
BS 361 413 RR3CI92JQ
BS 414 414 RR3EV31JQ
BS 415 732 RR3CI92JQ

RD RR3EV31JQ 566 0 0
AG
TTTCAAAAGTAAATTGTATAAATGGTAAAGAGACAGAAAGATTAATCAATGGAACCATCC
ACAAATTGGACAGACCAACAGTTAAAAAAAACCAAAGCAAACCAGTTTTATCCCAAGCTT
GACCTTGTCATCTCATAAGCCAAGAAACAAGCAGCATTAGCAGGAACACTCCTAGCCATA
GCTGGACCAAACCCTTTATACAAACCTTTAACCCCTTCAGCTTTCAGAATCTTCCTAAAA
GCATCCATCGAACCTTTGTACTTAGGGTTCTTATAATCATCCACTTGAAGAACACTCTTC
ACAACATCGGTCGGGTACACAAACCCCCAAAAGGACGCACCAGCAACTCCACCGGCCATG
ATCAACGACCCCTGTCCTAAGCTCGAAGTGTCAGAACCACCAGCTAAGAACCGCTTGAAA
GCTTCGTAGGCTGCAAACATCGTCGCGTTTCCCGGGACTTCACGTGCTAGCGTCGGAAAC
AAACCTTTGAATAGACCTCTCGCTCCACCTTCTGACCGTAGCACGTGACGTGCTACGTCC
ATTGGTCCACCGTATTTCACGGCT

QA 3 566 3 566
DS 

RD RR3CI92JQ 732 0 0
GGAAATTCAATTTTAATAACCACTTTCGACTTTCAAAAGTAAATTGTATAAATTGTAAAG
AGACAGAAAGATTAATCAATGGAACCATCCACAAATTGGACAGACCAACCGTTAAAAAAA
*CCAAAGCAAACCACTTTTATCCCAAGCTTGACCTAGTCATCTCATAAGCCAAGAAACAA
GCAGCATTAGCAGGAACACTCCTAGCCATAGCTGGACCAAACCCTTTATACAAACCTTTA
ACCCCTTCAGCTTTCAGAATCTTCCTAAAAGCATCCATCGAACCCTTGTACTTAGGGTTC
TTATAATCATCAACTTGAAGAACACTCTTCACAACATCGGTCGGGTACACAAACCCCCAG
AACGAAGCACCAGCAACTCCACCGGCCATGATCAAAGACCCCTGTCCTAAGCTTGAAGTG
TCAGAACCACCAGCTAAGAACCGCTTGAAAGCTTCGTACGCTGCAAACATCGTCGCGTTT
CCCGGGACTTCACGTGCTAGCGTCGGAAACAAACCTTTGAATAGACCTCTCGCTCCACCT
TCTGACCGTAGCACGTGACAGGCTACGTCCATTGGTCCACCGTATTTCACGGCTGCAACC
ACTGAGCCCGGGGTAGAGACTCCAGCTCCAGCACCTTGTGCTTGCAACCTGCATTTGATC
AATTCGGTAGGACAAGCAAGGAACGAAACAGCGAAACCAGCGCCTGCCCCACACACAAAC
TGTTGACTTATA

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 4

CO CL2275Contig1 841 4 2 U
GGGACGTAGATTCATCACAACCAAAATCGCCGCCATGTTGAGACAAGCTTCTCGCCTCCT
CTCCCGATCCGTGGCCGCCGGATCCTCCAAATCGGCGACGGTTCGTGCCTTTTCAACGGA
AGTTCCGTCGACGATCGATTCGACGTTCGTGGAGTCATGGAAGAAGGTCGCACCGAACAT
GGACCCGCCGCAGACTCCTTCCTCCTTCATGAAGGCTCGTCCGTCGACTGCGTCTTCGAT
TCCGACGAAGCTCACCGTCAATTTCGTCCTCCCTTACGCATCTGAGCTTTCCGGGAAAGA
GGTCGACATGGTCATCATTCCAGCGACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACACGT
TCCAACAATCGCTGAGCTGAAGCCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAAGCACTGACGTGAA
GAAATACTTCGTGAGCAGTGGTTTCGCGTTTCTCCACGCTAATTCCGTGGCTGACATTAT
CGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTGAGAACATTGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTTAGC
TGAGTTCACACAGAAACTTGCTTCTGCATCAACGGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACAGAT
TGGTGTTGAAGTTCACAGTGCTATGAACGCAGCTCTCTCAGGCTAAGAGCAGGTTTATTT
CTTCCAAGTAAAAGAAAAAAGAAAATCATTTCGCTTTTCAAATGATTAGTGAAAGTCCCT
TGACTGCAAAGGATGGAATAAATAAGAAACTTACTTTTCCTCTTTGTTTTATTTGGGTTG
GACTTTGTTTGAATAAATGATTTTGTTGAGTACACAAACCAACATAAAGTTTAGTATACC
C


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 

AF RR3DX19TF U 1
AF RR3D011TF U 1
AF RR3D011JQ C 375
AF RR3DX19JQ C 380
BS 1 641 RR3D011TF
BS 642 841 RR3D011JQ

RD RR3DX19TF 525 0 0
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CTCCCGATCCGTGGCCGCCGGATCCTCCAAATCGGCGACGGTTCGTGCCTTTTCAACGGA
AGTTCCGTCGACGATCGATTCGACGTTCGTGGAGTCATGGAAGAAGGTCGCACCGAACAT
GGACCCGCCGCAGACTCCTTCCTCCTTCATGAAGGCTCGTCCGTCGACTGCGTCTTCGAT
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GGTCGACATGGTCATCATTCCAGCGACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACACGT
TCCAACAATCGCTGAGCTGAAGCCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAAGCACTGACGTGAA
GAAATACTTCGTGAGCAGTGGTTTCGCGTTTCTCCACGCTAATTCCGTGGCTGACATTAT
CGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTGAGAACATTGACGCTAGCCAAGT

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3D011TF 647 0 0
GGGACGTAGATTCATCACAACCAAAATCGCCGCCATGTTGAGACAAGCTTCTCGCCTCCT
CTCCCGATCCGTGGCCGCCGGATCCTCCAAATCGGCGACGGTTCGTGCCTTTTCAACGGA
AGTTCCGTCGACGATCGATTCGACGTTCGTGGAGTCATGGAAGAAGGTCGCACCGAACAT
GGACCCGCCGCAGACTCCTTCCTCCTTCATGAAGGCTCGTCCGTCGACTGCGTCTTCGAT
TCCGACGAAGCTCACCGTCAATTTCGTCCTCCCTTACGCATCTGAGCTTTCCGGGAAAGA
GGTCGACATGGTCATCATTCCAGCGACAACAGGACAAATGGGTGTTTTGCCTGGACACGT
TCCAACAATCGCTGAGCTGAAGCCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAAGCACTGACGTGAA
GAAATACTTCGTGAGCAGTGGTTTCGCGTTTCTCCACGCTAATTCCGTGGCTGACATTAT
CGCTGTTGAGGCCGTGCCGCTTGAGAACATTGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTTAGC
TGAGTTCACACAGAAACTTGCTTCTGCATCAACGGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACAGAT
TGGTGTTGAAGTTCACAGTGCTATGAACGCAGCTCTCTCAG
CTAAGA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3D011JQ 467 0 0
AGCTG
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AGAAAATCATTTCGCTTTTCAAATGATTAGTGAAAGTCCCTTGACTGCAAAGGATGGAAT
AAATAAGAAACTTACTTTTCCTCTTTGTTTTATTTGGGTTGGACTTTGTTTGAATAAATG
ATTTTGTTGAGTACACAAACCAACATAAAGTTTAGTATACCC

QA 6 467 6 467
DS 

RD RR3DX19JQ 462 0 0
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GGTTTCGCGTTTCTCCACGCTAATTCCGTGGCTGACATTATCGCTGTTGAGGCCGTGCCG
CTTGAGAACATTGACGCTAGCCAAGTCCAAAAGGGTTTAGCTGAGTTCACACAGAAACTT
GCTTCTGCATCAACGGATCTTGAGAAAGCAGAAGCACAGATTGGTGTTGAAGTTCACAGT
GCTATGAACGCAGCTCTCTCAGGCTAAGAGCAGGTTTATTTCTTCCAAGTAAAAGAAAAA
AGAAAATCATTTCGCTTTTCAAATGATTAGTGAAAGTCCCTTGACTGCAAAGGATGGAAT
AAATAAGAAACTTACTTTTCCTCTTTGTTTTATTTGGGTTGGACTTTGTTTGAATAAATG
ATTTTGTTGAGTACACAAACCAACATAAAGTTTAGTATACCC

QA 1 462 1 462
DS 



AS 1 3

CO CL2276Contig1 767 3 3 U
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AGAGTTATATTCTTCCTTATCGTCAAATTTTCTAACGAGTGGTTGGTTTAAAAACAAATT
AACTATAAAAAAAGGCAACTTAGCTTAGAGCTCATCATGAGACTCATCTTCCTCCTCGGT
TGCTGATTCTCCACCCGCACCACCTGGTGCACCACCTGACCTCTGGTAAACAGCAGTGAT
GATTGGGTTACACACTGCCTCTACTTCCTTCAACTTCTCGTCATACTCTTCCTTCTCCGA
GTTTTGGTTCTCGTCAAGCCACTCCAACGCTTCTTTCGTCGCTGCCTCAATCTTCTCCTT
CTCGTCACCCTCAAGTTTGTCAGCGAGCTTGTCCTTGTCGTTTATTTGGTTCTTCATGTT
GTACACGTATGTCTCAAGGCTGTTCCTCGCGTCGATTCTCTCCTTCACCTTCTTGTCTTC
CTCTGCAAACTCCTCTGCCTCCTTCACCATCCGGTCGATTTCTTCCTGGCTCAGACGTCC
CTTCTCGTTTGTGATTGTGATCTTCTCTGATTTACCACTCGCCTTGTCCTCCGCTTTCAC
GTTCAGGATACCGTTGGCGTCTACTTCAAACGTCACCTCGATTTGAGGTGTTCCTCTTGG
AGCCGGTGGGATTCCGGTGAGGTCGAAGTTCCCGAGCAGCCTGCAGTCCTTGGTGAGACT
ACGCTCACCTTCAAAGACCTGGATGGAGACGGTTGTCTGCTGGTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CN74JQ U 1
AF RR3G509JQ U 36
AF RR3CN74TF C 90
BS 1 693 RR3CN74JQ
BS 694 747 RR3G509JQ
BS 748 767 RR3CN74TF

RD RR3CN74JQ 693 0 0
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AGAGTTATATTCTTCCTTATCGTCAAATTTTCTAACGAGTGGTTGGTTTAAAAACAAATT
AACTATAAAAAAAGGCAACTTAGCTTAGAGCTCATCATGAGACTCATCTTCCTCCTCGGT
TGCTGATTCTCCACCCGCACCACCTGGTGCACCACCTGACCTCTGGTAAACAGCAGTGAT
GATTGGGTTACACACTGCCTCTACTTCCTTCAACTTCTCGTCATACTCTTCCTTCTCCGA
GTTTTGGTTCTCGTCAAGCCACTCCAACGCTTCTTTCGTCGCTGCCTCAATCTTCTCCTT
CTCGTCACCCTCAAGTTTGTCAGCGAGCTTGTCCTTGTCGTTTATTTGGTTCTTCATGTT
GTACACGTATGTCTCAAGGCTGTTCCTCGCGTCGATTCTCTCCTTCACCTTCTTGTCTTC
CTCTGCAAACTCCTCTGCCTCCTTCACCATCCGGTCGATTTCTTCCTGGCTCAGACGTCC
CTTCTCGTTTGTGATTGTGATCTTCTCTGATTTACCACTCGCCTTGTCCTCCGCTTTCAC
GTTCAGGATACCGTTGGCGTCTACTTCAAACGTCACCTCGATTTGAGGTGTTCCTCTTGG
AGCCGGTGGGATTCCGGTGAGGTCGAAGTTCCC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3G509JQ 712 0 0
CTCAAAATA
AAAACATGTATAAAAAAGAGTTATATTCTTCCTTATCGTCAAATTTTCTAACGAGTGGTT
GGTTTAAAAACAAATTAACTATAAAAAAAAGCAACTTAGCTTAGAGCTCATCATGAGACT
CATCTTCCTCCTCGGTTGCTGATTCTCCACCCGCACCACCTGGTGCACCACCTGACCTCT
GGTAAACGGCAGTGATGATTGGGTTACACACTGCCTCTACTTCCTTCAACTTCTCGTCAT
ACTCTTCCTTCTCCGAGTTTTGGTTCTCGTCAAGCCACTCCAACGCTTCTTTCGTCGCTG
CCTCAATCTTCTCCTTCTCGTCACCCTCAAGTTTGTCAGCGAGCTTGTCCTTGTCGTTTA
TTTGGTTCTTCATGTTGTACACGTATGTCTCAAGGCTGTTCCTCGCGTCGATTCTCTCCT
TCACCTTCTTGTCTTCCTCTGCAAACTCCTCTGCCTCCTTCACCATCCGGTCGATTTCTT
CCTGGCTCAGACGTCCCTTCTCGTTTGTGATTGTGATCTTCTCTGATTTACCACTCGCCT
TGTCCTCCGCTTTCACGTTCAGGATACCGTTGGCGTCTACTTCAAACGTCACCTCGATTT
GAGGTGTTCCTCTTGGAGCCGGTGGGATTCCGGTGAGGTCGAAGTTCCCGAGCAGCCTGC
AGTCCTTGGTGAGACTACGCTCACCTTCAAAGACCTGGATGGA

QA 10 712 10 712
DS 

RD RR3CN74TF 678 0 0
TTCTAACGAGTGGTTGGTTTAAAAACAAATTAACTATAAAAAA*GGCAACTTAGCTTAGA
GCTCATCATGAGACTCATCTTCCTCCTCGGTTGCTGATTCTCCACCCGCACCACCTGGTG
CACCACCTGACCTCTGGTAAACAGCAGTGATGATTGGGTTACACACTGCCTCTACTTCCT
TCAACTTCTCGTCATACTCTTCCTTCTCCGAGTTTTGGTTCTCGTCAAGCCACTCCAACG
CTTCTTTCGTCGCTGCCTCAATCTTCTCCTTCTCGTCACCCTCAAGTTTGTCAGCGAGCT
TGTCCTTGTCGTTTATTTGGTTCTTCATGTTGTACACGTATGTCTCAAGGCTGTTCCTCG
CGTCGATTCTCTCCTTCACCTTCTTGTCTTCCTCTGCAAACTCCTCTGCCTCCTTCACCA
TCCGGTCGATTTCTTCCTGGCTCAGACGTCCCTTCTCGTTTGTGATTGTGATCTTCTCTG
ATTTACCACTCGCCTTGTCCTCCGCTTTCACGTTCAGGATACCGTTGGCGTCTACTTCAA
ACGTCACCTCGATTTGAGGTGTTCCTCTTGGAGCCGGTGGGATTCCGGTGAGGTCGAAGT
TCCCGAGCAGCCTGCAGTCCTTGGTGAGACTACGCTCACCTTCAAAGACCTGGATGGAGA
CGGTTGTCTGCTGGTCTC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 4

CO CL2277Contig1 825 4 3 U
AAATCAACCAGAAAGCAATTGGATATAAATTCAAACTGTTAATAACAACACACTAAGATA
ATTCCATCCAGTTGGATCCACTTTTCAATGTAAGAACAAAGCTTTCAAAATTGGTTTTAA
CAAAAAAAGAGAAAAAAAGAGAAAGGAGACGCTAGAAGCAACACTGGCAGTCAAAAGGGC
ACAGACGCGTATTACCAGCATTGGCCTTATTGATACCAAGTTCATCTTCCGTGAACACCA
GTAACCCGTCTTCTGTTCTCTTCCTCGGTCCACCGCTTTTCGGGCTCTTGTTAAATCCCT
CAAGATCGCTCCTCTTCCTTTTCCTCTTTGCCACCATCTCTGCTTTCTTCGCAGGAGGGG
ACTCTTTCTTCTCGCTCGTTTCCACTTCTAGCTTCTTCTTCTTCCTCCCACCAAAAATAT
CATCAATCTCTTTCCCTATTTTACCAGGTTTGGTTTGTTGTACTGTTGCAGCAGGTTTGA
CTCCTGATTGGGATGGCTTCTTCTTATTATTTCCCCCACCAAAAATGTCATCAATCTCTT
TCCCTATCTTACCAGGTTTCTTTTGCTGTAACGAAGGTTTGTCTCCAGCTTGAGATAACT
TCCTCATGGAAGAAGTACTACTCTTCTTCTTAGACATTTTTTTTTGATGAATATATAACA
GCAGTCCCCAGATAGGTCACCTTCAACACCACATTAACTTTTCTCA*********ATGTA
GAAACGTAGCCAGGCGGGGAAGATCGAAGAAGCTGTTGGCTTGGGAGAGTTCCAAAACCT
TTTTTTTTTCTTTTTTTTGGTTCAAACACAGTTCCAAAACCCTCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3GF79JQ U 1
AF RR3FQ79JQ U 5
AF RR3GF79TF C 93
AF RR3FQ79TF C 127
BS 1 358 RR3GF79JQ
BS 359 771 RR3FQ79JQ
BS 772 825 RR3GF79TF

RD RR3GF79JQ 358 0 0
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ATTCCATCCAGTTGGATCCACTTTTCAATGTAAGAACAAAGCTTTCAAAATTGGTTTTAA
CAAAAAAAGAGAAAAAAAGAGAAAGGAGACGCTAGAAGCAACACTGGCAGTCAAAAGGGC
ACAGACGCGTATTACCAGCATTGGCCTTATTGATACCAAGTTCATCTTCCGTGAACACCA
GTAACCCGTCTTCTGTTCTCTTCCTCGGTCCACCGCTTTTCGGGCTCTTGTTAAATCCCT
CAAGATCGCTCCTCTTCCTTTTCCTCTTTGCCACCATCTCTGCTTTCTTCGCAGGAGG

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR3FQ79JQ 767 0 0
CAACCAGAAAGCAATTGGATATAAATTCAAACTGTTAATAACAACACACTAAGATAATTC
CATCCAGTTGGATCCACTTTTCAATGTAAGAACAAAGCTTTCAAAATTGGTTTTAACAAA
AAAAGAGAAAAAAAGAGAAAGGAGACGCTAGAAGCAACACTGGCAGTCAAA*GGGCACAG
ACGCGTATTACCAGCATTGGCCTTATTGATACCAAGTTCATCTTCCGTGAACACCAGTAA
CCCGTCTTCTGTTCTCTTCCTCGGTCCACCGCTTTTCGGGCTCTTGTTAAATCCCTCAAG
ATCGCTCCTCTTCCTTTTCCTCTTTGCCACCATCTCTGCTTTCTTCGCAGGAGGGGACTC
TTTCTTCTCGCTCGTTTCCACTTCTAGCTTCTTCTTCTTCCTCCCACCAAAAATATCATC
AATCTCTTTCCCTATTTTACCAGGTTTGGTTTGTTGTACTGTTGCAGCAGGTTTGACTCC
TGATTGGGATGGCTTCTTCTTATTATTTCCCCCACCAAAAATGTCATCAATCTCTTTCCC
TATCTTACCAGGTTTCTTTTGCTGTAACGAAGGTTTGTCTCCAGCTTGAGATAACTTCCT
CATGGAAGAAGTACTACTCTTCTTCTTAGACATTTTTTTTTGATGAATATATAACAGCAG
TCCCCAGATAGGTCACCTTCAACACCACATTAACTTTTCTCA*********ATGTAGAAA
CGTAGCCAGGCGGGGAAGATCGAAGAAGCTGTTGGCTTGGGAGAGTT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3GF79TF 733 0 0
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TAGAAGCAACACTGGCAGTCAAAAGGGCACAGACGCGTATTACCAGCATTGGCTTTATTG
ATACCAAGTTCATCTTCCGTGAACACCAGTAACCCGTCTTCTGTTCTCTTCCTCGGTCCA
CCGCTTTTCGGGCTCTTGTTAAATCCCTCAAGATCGCTCCTCTTCCTTTTCCTCTTTGCC
ACCATCTCTGCTTTCTTCGCAGGAGGGGACTCTTTCTTCTCGCTCGTTTCCACTTCTAGC
TTCTTCTTCTTCCTCCCACCAAAAATATCATCAATCTCTTTCCCTATTTTACCAGGTTTG
GTTTGTTGTACTGTTGCAGCAGGTTTGACTCCTGATTGGGATGGCTTCTTCTTATTCTTT
CCCCCACCAAAAATGTCATCAATCTCTTTCCCTATCTTACCAGGTTTCTTTTGCTGTAAC
GAAGGTTTGTCTCCAGCTTGAGATAACTTCCTCATGGAAGAAGTACTACTCTTCTTCTTA
GACATTTTTTTTTGATGAATATATAACAGCAGTCCCCAGATAGGTCACCTTCAACACCAC
ATTAACTTTTCTCACTGTATTATATGTAGAAACGTAGCCAGGCGGGGAAGATCGAAGAAG
CTGTTGGCTTGGGAGAGTTCCAAAACCTTTTTTTTTTCTTTTTTTTGGTTCAAACACAGT
TCCAAAACCCTCC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3FQ79TF 699 0 0
AAGAGAAAAAAAGAGAAAGGAGACGCTAGAAGCAACACTGGCAGTCAAA*GGGCACAGAC
GCGTATTACCAGCATTGGCTTTATTGATACCAAGTTCATCTTCCGTGAACACCAGTAACC
CGTCTTCTGTTCTCTTCCTCGGTCCACCGCTTTTCGGGCTCTTGTTAAATCCCTCAAGAT
CGCTCCTCTTCCTTTTCCTCTTTGCCACCATCTCTGCTTTCTTCGCAGGAGGGGACTCTT
TCTTCTCGCTCGTTTCCACTTCTAGCTTCTTCTTCTTCCTCCCACCAAAAATATCATCAA
TCTCTTTCCCTATTTTACCAGGTTTGGTTTGTTGTACTGTTGCAGCAGGTTTGACTCCTG
ATTGGGATGGCTTCTTCTTATTATTTCCCCCACCAAAAATGTCATCAATCTCTTTCCCTA
TCTTACCAGGTTTCTTTTGCTGTAACGAAGGTTTGTCTCCAGCTTGAGATAACTTCCTCA
TGGAAGAAGTACTACTCTTCTTCTTAGACATTTTTTTTTGATGAATATATAACAGCAGTC
CCCAGATAGGTCACCTTCAACACCACATTAACTTTTCTCA*********ATGTAGAAACG
TAGCCAGGCGGGGAAGATCGAAGAAGCTGTTGGCTTGGGAGAGTTCCAAAACCTTTTTTT
TTTCTTTTTTTTGGTTCAAACACAGTTCCAAAACCCTCC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 2 4

CO CL2278Contig1 1120 2 2 U
CCCCCAAGGTTGTCTCTCTCGCCCCTGAAGTTGGCCCAAGTTCGATCGCGTGTGTGTACT
TCGCCTATACTTTCGTCTCTCCTGCCTCAGAGTATACTGCAATTTTACTCTGAGACAAAT
AATGGAAAATTCACAACATCCAGACCAAGTTTCTGGTTTGGTTGTTCAAGATACACCCGT
TCAGCCTAGACCGCCACTGAGATTCTATGTTCGACGAAAGTTTACTAAGCGGATCAATAA
GTTACAAAACGTTGATGACTCTACTACAACTTCTCCACAGAAGACTGAGATTTCTGAATT
GGTGAATTCAGATCTTTCTTCGGATTTCAACATAGACAATACAACTAAAGTGTAGTCTGT
GAAAAAGAGTGAAGAACCAGAAAATTTCAAAGTCGATCTACAAAGCCTCCATAGCACACA
AGGGAAGAAAAACTCAAAAGAAGAGAAAAATGCTAAGTCAGCAATTCTTCAAGATGATTC
ACAACATGCTAATGGAGAAGGAAAGGAGAACAATTCTGAAAAGATACGCAAGAAACAGAG
ATACCATAGGCCGAGGATTTTGGAAGATGGAAAAAAAACAAGGGATCCTACCAATCTTCG
AATGAGAACTACATCTAATAAAAGGAGTAAGAAAGAGAAAGAAGATGAAGTTGTATTTGA
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TGTAGCTCGATCTTTGGCATTGGATGAAGAGATAAGTTCTACTTGTCTTGCTCTTGAACT
TAGCAGAAGTTCCATTCCCAACTTTCCAAAGGGCAAAAGGAGGATGACTCCACTTCGTAG
AACTGATTTTCATGTGCTGATATCGCCCTCGTTTCCTATGCCCATTTGGAAAAAACATTC
AAAGAGGTCTACTCGTAAAAAGAATATGGTTAGATGGACTAGAATTGCTTTGTCTTTTGA
ATGTGTAGAAGAAACGTTGTTACTGGTAGAAATTCATCCGAGCGAGAAAGATATAAAAAG
GATAGCACCAAAGCTGAATTTGATGCATTCTAACCAGAAGATAACAGTTGGCTCGAAGGA
ACACTTGAAAAAGGCTAAGAAAGTTAGCAAACTTGTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A736TF U 1
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BS 631 1120 RR3A736JQ

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QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3A736JQ 795 0 0
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CATTCTAACCAGAAGATAACAGTTGGCTCGAAGGAACACTTGAAAAAGGCTAAGAAAGTT
AGCAAACTTGTAACC

QA 1 795 1 795
DS 



CO CL2278Contig2 985 2 6 U
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BQ
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AF RR3E041TF U 1
AF RR3E041JQ C 181
BS 1 649 RR3E041TF
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RD RR3E041TF 709 0 0
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QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3E041JQ 805 0 0
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AAGATACACTTATGAAATCGGCTATTTACATAACGCCTGAAGGGTCTACGAAAAAAACTA
AAGGTGTTGCCAAGTTAATCAAAGAGATGGACAAACTAAATATCAATCGAAGAGGAACAA
CTTTGGGCAAAGCAAAGAAAAAACTGGTTAATGCGAAAGTGAATCTTGACCCTGAAACCA
TTAAAGAGTGGGAGTTGTTAATGGAGAACAATCTTCCAGATATGTCGCATATGAACGAGG
AAGAGACTGAGCGCAAATGGAAAGAAGAACGAACAATCTTCCAAAGCCGGATAGAACTTT
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CAACTCAGAATGAGAAAGATGATGCTAAAATTTCACTTGGATCTGTTTCCTTACGAGAAA
ACTTGGAGCAACATGAAAAAGATGC

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 4

CO CL2279Contig1 712 4 8 U
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CATGGGCCACTCGTTCAGTACATCCAAGCGGAGAATCATGCGCCTAATCTACAAGCTGCA
ATCAACAGACTTGATCTAATGATCAACAATCTTAAGGATCCTGCTATTTTTGCCGGAGGT
GTTGCGGTTGAGGTATTGGACGAAGAGGGAATGAACGAAGTGAGAGCTGTGGCGGTTCAG
TCAGTAAATGTACTTCGTGATCGTATTCCGCTGATTCAGAACTACATCAACGGGGAGAAC
AACGTTCACAATCTACAAAATGTCATCGACCGTCTCAATTCCATCATCCAAGATCTTGTG
TCTGCTGTGTTACCCTGATAATGAATGTGCAGGGTAATGGAATTTGAGCACATTCCTCTC
TATCTTTCTGAATATTATCCTCTCGCTGGTTCTTTTGTTTCCACTTTATCCATTCTCATC
TTGTTAATGTGTTTCTACTTTCATTGTAATAAGATACCCTTTGTTCCTTGTGTGCTCAAT
TAACTATGAGCTTATTATAAAGTTGCTCTGACATGACTGTAGATGGTGGTGAAGTAAACT
GTCTTTGTAGAAGATTAGAGTACTTTATGCTGAGTATTGATTATTAATGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F048TF U 6
AF RR3GC05JQ C 303
AF RR3GC05TF U 1
AF RR3AS57TF U 4
BS 1 174 RR3GC05TF
BS 175 175 RR3AS57TF
BS 176 201 RR3GC05TF
BS 202 202 RR3AS57TF
BS 203 286 RR3GC05TF
BS 287 287 RR3AS57TF
BS 288 672 RR3GC05TF
BS 673 712 RR3AS57TF

RD RR3F048TF 561 0 0
G
GAAGATCTGGTTTCGAGGAATCCGGCAAGATTATCTCCAGAGGAAATGGCAGATCCATTG
AACCAACGGAGAGCTCAAGCATTGCAAGCAGTAGATCATTTCACAGATACTTTTCATGGG
CCACTCGTTCAGTACATCCAAGCGGAGAATCATGCGCCTAATCTACAAGCTGCAATCAAC
AGACTTGATCTAATGATCAACAATCTTAAGGATCCTGCTATTTTTGCCGGAGGTGTTGCG
GTTGAGGTATTGGACGAAGAGGGAATGAACGAAGTGAGAGCTGTGGCGGTTCAGTCAGTA
AATGTACTTCGTGATCGTATTCTTCTGATTCAGAACTACATCAACGGGGAGAACAACGTT
CACAATCTACAAAATGTCATCGACCGTCTCAATTCCATCATCCAAGATCTTGTGTCTGCT
GTGTTACCCCGATAATGAATGTGCAGGGTAATGGAATTTGAGCACATTCCTCTCTATCTT
TCTGAATATTATCCTCTCGCTGGTTCTTTTGTTTCCACTTTATCCATTCTCATCTTGTTA
ATGTGTTTCTACTTTCATTG

QA 2 561 2 561
DS 

RD RR3GC05JQ 319 0 0
AGTAAATGTACTTCGTGATCGTATTCCGCTGATTCAGAACTACATCAACGGGGAGAACAA
CGTTCACAATCTACAAAATGTCATCGACCGTCTCAATTCCATCATCCAAGATCTTGTGTC
TGCTGTGTTACCCTGATAATGAATGTGCAGGGTAATGGAATTTGAGCACATTCCTCTCTA
TCTTTCTGAATATTATCCTCTCGCTGGTTCTTTTGTTTCCACTTTATCCATTCTCATCTT
GTTAATGTGTTTCTACTTTCATTGTAATAAGATACCCTTTGTTCCTTGTGTGCTCAATTA
ACTATGAGCTTATTATAAA

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR3GC05TF 673 0 0
GGGAAAGAAGATCTGGTTTCGAAGAATCCGGCAAGATTATCTCCAGAGGAAATGGCAGAT
CCATTGAACCAACGGAGAGCTCAAGCATTGCAAGCAGTAGATCATTTCACAGATACTTTT
CATGGGCCACTCGTTCAGTACATCCAAGCGGAGAATCATGCGCCTAATCTACAATCTGCA
ATCAACAGACTTGATCTAATGGTCAACAATCTTAAGGATCCTGCTATTTTTGCCGGAGGT
GTTGCGGTTGAGGTATTGGACGAAGAGGGAATGAACGAAGTGAGAGTTGTGGCGGTTCAG
TCAGTAAATGTACTTCGTGATCGTATTCCGCTGATTCAGAACTACATCAACGGGGAGAAC
AACGTTCACAATCTACAAAATGTCATCGACCGTCTCAATTCCATCATCCAAGATCTTGTG
TCTGCTGTGTTACCCTGATAATGAATGTGCAGGGTAATGGAATTTGAGCACATTCCTCTC
TATCTTTCTGAATATTATCCTCTCGCTGGTTCTTTTGTTTCCACTTTATCCATTCTCATC
TTGTTAATGTGTTTCTACTTTCATTGTAATAAGATACCCTTTGTTCCTTGTGTGCTCAAT
TAACTATGAGCTTATTATAAAGTTGCTCTGACATGACTGTAGATGGTGGTGAAGTAAACT
GTCTTTGTAGAA
A

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3AS57TF 709 0 0
GGA
GAAGATCTGGTTTCGAAGAATCCGGCAAGATTATCTCCAGAGGAAATGGCAGATCCATTG
AACCAACGGAGAGCTCAAGCATTGCAAGCAGTAGATCATTTCACAGATACTTTTCATGGG
CCACTCGTTCAGTACATCCAAGCGGAGAATCATGCGCCTAATCTACAAGCTACAATCAAC
AGACTTGATCTAATGATCAACAATCTTAAGGATCCTGCTATTTTTGCCGGAGGTGTTGCG
GTTGAGGTATTGGACGAAGAGGGAATGAACGAAGTGAGAGCTGTGGCGGTTCAGTCAGTA
AATGTACTTCGTGATCGTATTCCGCTGATTCAGAACTACATCAACGGGGAGAACAACGTT
CACAATCTACAAAATGTCATCGACCGTCTCAATTCCATCATCCAAGATCTTGTGTCTGCT
GTGTTACCCTGATAATGAATGTGCAGGGTAATGGAATTTGAGCACATTCCTCTCTATCTT
TCTGAATATTATCCTCTCGCTGGTTCTTTTGTTTCCACTTTATCCATTCTCATCTTGTTA
ATGTGTTTCTACTTTCATTGTAATAAGATACCCTTTGTTCCTTGTGTGCTCAATTAACTA
TGAGCTTATTATAAAGTTGCTCTGACATGACTGTAGATGGTGGTGAAGTAAACTGTCTTT
GTAGAAGATTAGAGTACTTTATGCTGAGTATTGATTATTAATGTTC

QA 4 709 4 709
DS 



AS 1 4

CO CL2280Contig1 653 4 9 U
GGATCAATACAAAAGTTTATACTCTCTCAACGTACCAAATAAGTAATCAGCCTAGAGATA
GAAGGCAAAACTGTGATTTTAAGTGTGCTCATAATGAGTCTTGTCATGGCGCAGAATCAG
GTCGAAGCAACGAGTTGTTGCCCAAGCAGCGCTGCCAGATGGGCGTATTATTTATGCACT
ATGTCTTGGCCCATTACGCCACTTTGTATATCACACACTGGATGCATCGATTCTGAGACT
TGTCCTCCGGGATATCCATATGCAATTCTCGAAAACTCTGGTCATACTGTCAATGAATAC
TGCAAGTTGGGGTGTGCATCATCTGCTTGCGGTGCCTTAACCAAACTCCAGAAATCCGAT
GCAAATGAAATTGTGAATGGAGCAGTTGCACGATGCACCAACGCATGTTCTAATTTCTGC
ACCAAGGGTTTAGCTAATGCAGTTGAAGCTTCCTAAAAAGCACATCCACTATCTACGTAT
ATCTGTGTTATTGTTCTCCCCGTTTTCAATAATTCTCGGTGTATGTGACAAAATGTTACA
CTCTTGTACTATTTCCAGGTTTTCTATGCGGCGTAGAAGGTCATCGATCCCTAGATTGTT
CGTCCCTTCTACTTGCTATATCTAAATAAAGAATAATATTTCCTTCTGGACTT


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3GL87JQ C 1
AF RR3GL87TF U 1
AF RR3FC53JQ C 3
AF RR3FC53TF U 3
BS 1 5 RR3GL87JQ
BS 6 468 RR3GL87TF
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BS 470 568 RR3GL87TF
BS 569 569 RR3FC53TF
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BS 601 601 RR3FC53TF
BS 602 649 RR3GL87TF
BS 650 653 RR3FC53JQ

RD RR3GL87JQ 649 0 0
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GAAGGCAAAACTGTGATTTTAAGTGTGCTCATAATGAGTCTTGTCATGGCGCAGAATCAG
GTCGAAGCAACGAGTTGTTGCCCAAGCAGCGCTGCCAGATGGGCGTATTATTTATGCACT
ATGTCTTGGCCCATTACGCCACTTTGTATATCACACACTGGATGCATCGATTCTGAGACT
TGTCCTCCGGGATATCCATATGCAATTCTCGAAAACTCTGGTCATACTGTCAATGAATAC
TGCAAGTTGGGGTGTGCATCATCTGCTTGCGGTGCCTTAACCAAACTCCAGAAATCCGAT
GCAAATGAAATTGTGAATGGAGCAGTTGCACGATGCACCAACGCATGTTCTAATTTCTGC
ACCAAGGGTTTAGCTAATGCAGTTGAAGCTTCCTAAAAAGCACATCCATTATCTACGTAT
ATCTGTGTTATTGTTCTCCCCGTTTTCAATAATTCTCGGTGTATGTGACAAAATGTTACA
CTCTTGTACTATTTCCAGGTTTTCTATGTGGCGTAGAAGGTCATCGATCCCTAGATTGTT
TGTCCCTTCTACTTGCTATATCTAAATAAAGAATAATATTTCCTTCTGG

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3GL87TF 649 0 0
GGATC
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CAAAACTGTGATTTTAAGTGTGCTCATAATGAGTCTTGTCATGGCGCAGAATCAGGTCGA
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TTGGCCCATTACGCCACTTTGTATATCACACACTGGATGCATCGATTCTGAGACTTGTCC
TCCGGGATATCCATATGCAATTCTCGAAAACTCTGGTCATACTGTCAATGAATACTGCAA
GTTGGGGTGTGCATCATCTGCTTGCGGTGCCTTAACCAAACTCCAGAAATCCGATGCAAA
TGAAATTGTGAATGGAGCAGTTGCACGATGCACCAACGCATGTTCTAATTTCTGCACCAA
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TGTTATTGTTCTCCCCGTTTTCAATAATTCTCGGTGTATGTGACAAAATGTTACACTCTT
GTACTATTTCCAGGTTTTCTATGTGGCGTAGAAGGTCATCGATCCCTAGATTGTTTGTCC
CTTCTACTTGCTATATCTAAATAAAGAATAATATTTCCTTCTGG

QA 6 649 6 649
DS 

RD RR3FC53JQ 651 0 0
GGA
AATACAAAAGTTTATACTCTCTCAACGTACCAAATAAGTAATCAGTCTAGAGATGGAAGG
CAAAACTGTGATTTTAAGTGTGCTCATAATGAGTCTTGTCATGGCGCATAATCAGGTCGA
AGCAACGAGTTGTTGCCCAAGCAGCGCTGCCAGATGGGCGTATTATTTATGCACTATGTC
TTGGCCCATTACGCCACTTTGTATATCACACACTGGATGCATCGATTTTGAGACTTGTCC
TCCGGGATATCCATATGCAATTCTCGAAAACTCTGGTCATACTGTCAATGAATACTGCAA
GTTGGGGTGTGCATCATCTGCTTGCGGTGCCTTAACCAAACTCCAGAAATCCGATGCAAA
TGAAATTGTGAATGGAGCAGTTGCACGATGTACCAACGCATGTTCTAATTTCTGCATTAA
GGGTTTAGCTAATGCAGTTGAAGCTTCCTAAAAAGCACATCCACTATCTACGTATATCTG
TGTTATTGTTCTCCCCGTTTTCAATAATTCTCGGTGTATGTGACAAAATGTTACACTCTT
GTACTATTTCCAGGTTTTCTATGCGGCGTAGAAGGTCATCGATCCCTAGATTGTTCGTCC
CTTCTACTTGCTATATCTAAATAAAGAATAATATTTCCTTCTGGACTT

QA 4 651 4 651
DS 

RD RR3FC53TF 651 0 0
GGA
AATACAAAAGTTTATACTCTCTCAACGTACCAAATAAGTAATCAGTCTAGAGATGGAAGG
CAAAACTGTGATTTTAAGTGTGCTCATAATGAGTCTTGTCATGGCGCATAATCAGGTCGA
AGCAACGAGTTGTTGCCCAAGCAGCGCTGCCAGATGGGCGTATTATTTATGCACTATGTC
TTGGCCCATTACGCCACTTTGTATATCACACACTGGATGCATCGATTCTGAGACTTGTCC
TCCGGGATATCCATATGCAATTCTCGAAAACTCTGGTCATACTGTCAATGAATACTGCAA
GTTGGGGTGTGCATCATCTGCTTGCGGTGCCTTAACCAAACTCCAGAAATCCGATGCAAA
TGAAATTGTGAATGGAGCAGTTGCACGATGTACCAACGCATGTTCTAATTTCTGCATTAA
GGGTTTAGCTAATGCAGTTGAAGCTTCCTAAAAAGCACATCCACTATCTACGTATATCTG
TGTTATTGTTCTCCCCGTTTTCAATAATTCTCGGTGTATGTGACAAAATGTTACACTCTT
GTACTATTTCCAGGTTTTCTATGCGGCGTAGAAGGTCATCGATCCCTAGATTGTTCGTCC
CTTCTACTTGCTATATCTAAATAAAGAATAATATTTCCTTCTGG
ACTT

QA 4 647 4 647
DS 



AS 1 3

CO CL2281Contig1 1072 3 5 U
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GATTGGTGGCATTGTTCACATTGTTTCTCCGTAATGTGCCTGCCTTGCAAGCCGACTTAC
TGTCAGCATTTGGCAACCTTGAGCTGTTGAAAGATGGCTTACCGGGAGCTCTCGTCACCG
CTCTTATTCTTGGAGTACATGAACTAGGACACGTTTTAGTTGCAAACAACCTAGGGATAA
AGCTCGGTGTTCCATTCTTTGTTCCAAGTTGGCAGATAGGTTCTTTCGGTGCTATAACGA
GAATCAAAAACATCGTACCAAAACGAGAAGATCTTTTGAAGGTCGCAGCTGCAGGACCTT
TGGCTGGCTTTGCTCTGGGCTTTGTTCTGTTTCTTGCAGGGCTAATCGTGCCTCCGAGTG
ACGGTATTGGCGTTGTAGTTGACTCATCAGTGTTTCATGAGTCCTTCCTCGTTGGTGGTA
TTTGCAAAGCTCTTACTCGGTGATGTACTCAAGGAAGGAACATCGATATCTTTGAACCCG
CTTGTGATATGGGCATGGGCTGGACTTCTAATCAATGGCATTAACAGCATCCCTGCTGGA
GAGCTTGATGGCGGTAAAATAGCTTTCTCCATTTGGGGTAGAAAGGCCTCAACACGGCTC
ACGAGTGTCTCTTTAGCGCTTCTCGGTATATCTGCGCTGTTCAGTGACGTGGCATTCTAC
TGGGTGGTGCTGATATTCTTCCTGCAGCGTGGACCGATAGCGCCGCTGGCTGAGGAAATC
ACTAAGCCTGATGAGAAGTTTGTGTATCTAGGAATCCTGGTTCTCTTCCTCTCCTTGCTT
GTGTGTTTGCCTTATCCGTTTGCTTTCACCGGTCAAGACCCCATGATGATTGGCTTGTGA
AATGGGACTCATCAATATACAAACAAACAAGAGCAATAGCTACAACCTTTTAGTTTTGGT
CTCTAAGTTACATAACATTTATATTTGAAAGAGACTTTGAATGGTTCAAAAACAGAAACA
AGAAAATGGACCAACATTATTTATGGATACTAGAGCAACCAATGTGATTAGG


BQ
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AAGAGACTTTGAATGGTTCAAAAACAGAAACAAGAAAATGGACCAACATTATTTATGGAT
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BQ
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TGATTTAATTATCTTATTATTAAGCCATGTTTTGGTTGTGTACATGAGCTTCTATTAAAA
CCTTATTGAAACGTTTGATATTTGCAATGCTTTTAAGCAAGTAGTTGGCTATT

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DS 

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GGGA
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CCAAACCCTGATGATCCTCTGGTTCCTGAAATAGCTAACATTTACAAGACAGACCGTACC
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GTTTTGGTTGTGTACATGAGCTTCTATTAAAACCTTGTTGAAACGTTTGATATTTGCAAT
GCTTTTAAGCAAGTAGTTGGCTATTATAATGAC

QA 5 637 5 637
DS 



AS 1 4

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TGTTAGATTACACTTTTTCCATCTTCTTTGCATTTTTCTCTCTGTCTCTCTTTTTGTTCC
ATCAGATCATTCATAAAGCCAATCCAGCCACTTGGTGACTGTCCTCAATCGATTCCTTGT
TCACCATCTTGAGGGAGAAGACAATGAGTGTTGAGGTACGGCCAAGAGTCTTTGACCAAG
AAGCTGGCTCAACTCTAGCTTCGTTGAGAGATGGCGATCCGTCGACACAAAGGGGTTTTC
GATGTATCCCTTATGAATTAGATCTCAATCCCCTACGCATTGTAGTAGCGGAATTGGTGG
GGACATTCATTCTAATGTTCAGCGTGTGTGGGGTCATAAGCAGTACTCAGTTGTCCGGCG
GTCATGTCGGATTGCTAGAGTACGCCGCGACGGCTGGTCTATCGGTGGTTGTCGTAGTTT
ACTCCATCGGTCACATCTCCGGCGCCCATCTCAACCCTTCCATCACCATTGCTTTCGCCC
TCTTTGGCGGATTCCCATGGTCTCAGGTTCCGTTATATATAACGGCGCAGACGATGGGGG
CAACGGCGGCAACGTTAGCTGGGGTGTCAGTCTACGGAGTAAACCCTGACCTAATGATAA
CAAAACCTGCGTTAAGCTGCGTTTCTGCGTTTTTCGTTGAACTCGTTGCTACGAGCATCG
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GATCGATGAACCCAGCTCGATCACTAGGACCGGCGGTGGTGGCATGGGATTTTGAGTATA
TATGGGTTTACATGACTGCTCCGGTGATCGGAGCCATTATCGGTGTTTTGACATACAGAA
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GACCGACCATTCAGCTCAAATCCTAGTATGATATCTAATTAAGTTATAACCTTAATTACT
CCCCAAATAAACCTTATTACTCTACCTCTTAATGTAGCCCGTTATGCCTATATGGAGCCT
CGATTGATACTACTAATGAATTCTAATGTTTGCTTGGATATTCATATTTTACAAGAATCC
ATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3GE50TF U 1
AF RR3H640TF U 159
AF RR3H640JQ C 475
AF RR3GE50JQ C 721
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BS 903 1181 RR3H640JQ
BS 1182 1205 RR3GE50JQ

RD RR3GE50TF 688 0 0
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TGTTAGATTACACTTTTTCCATCTTCTTTGCATTTTTCTCTCTGTCTCTCTTTTTGTTCC
ATCAGATCATTCATAAAGCCAATCCAGCCACTTGGTGACTGTCCTCAATCGATTCCTTGT
TCACCATCTTGAGGGAGAAGACAATGAGTGTTGAGGTACGGTCAAGAGTCTTTGACCAAG
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GGACATTCATTCTAATGTTCAGCGTGTGTGGGGTCATAAGCAGTACTCAGTTGTCCGGCG
GTCATGTCGGATTGCTAGAGTACGCCGCGACGGCTGGTCTATCGGTGGTTGTCGTTGTTT
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TCTTTGGCGGATTCCCATGGTCTCAGGTTCCGTTATATATAACGGCGCAGACGATGGGGG
CAACGGCGGCAACGTTAGCTGGGGTGTCAGTCTACAGAGTAA*CCCTGACCTAATGATAA
CAAAACCTGCGTTAAGCTGCGTT
CTGCG

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3H640TF 744 0 0
GG
GTCCTCAATCGATTCCTTGTTCACCATCTTGAGGGAGAAGACAATGAGTGTTGAGGTACG
GCCAAGAGTCTTTGACCAAGAAGCTGGCTCAACTCTAGCTTCGTTGAGAGATGGCGATCC
GTCGACACACAGGGGTTTTCGATGTATCCCTTATGAATTAGATCTCAATCCCCTACGCAT
TGTAGTAGCGGAATTGGTGGGGACATTCATTCTAATGTTCAGCGTGTGTGGGGTCATAAG
CAGTACTCAGTTGTCCGGCGGTCATGTCGGATTGCTAGAGTACGCCGCGACGGCTGGTCT
ATCGGTGGTTGTCGTAGTTTACTCCATCGGTCACATCTCCGGCGCCCATCTCAACCCTTC
CATCACCATTGCTTTCGCCCTCTTTGGCGGATTCCCATGGTCTCAGGTTCCGTTATATAT
AACGGCGCAGACGATGGGGGCAACGGCGGCAACGTTAGCTGGGGTGTCAGTCTACGGAGT
AAACCCTGACCTAATGATAACAAAACCTGCGTTAAGCTGCGTTTCTGCGTTTTTCGTTGA
ACTCGTTGCTACGAGCATCGTCGTCTTTCTAGCTTCCGCGTTGCATTGTGGTCCTCATCA
AAATTTGAGTAATTTGACGGGGTTGGTGATTGGAGCAGTCATATCCCTTGGAGTGCTTAT
TACCGGACCGATTTCGGGAGGATCGATGAACCCAGCTCGATCACTAG*ACCGGCGGTGGT
GGCATGGGATTT*GAGTATATA

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR3H640JQ 709 0 0
TA
GTTTACTCCATCGGTCACATCTCCGGCGCCCATCTCAACCCTTCCATCACCATTGCTTTC
GCCCTCTTTGGCGGATTCCCATGGTCTCAGGTTCCGTTATATATAACGGCGCAGACGATG
GGGGCAACGGCGGCAACGTTAGCTGGGGTGTCAGTCTACGGAGTAAACCCTGACCTAATG
ATAACAAAACCTGCGTTAAGCTGCGTTTCTGCGTTTTTCGTTGAACTCGTTGCTACGAGC
ATCGTCGTCTTTCTAGCTTCCGCGTTGCATTGTGGTCCTCATCAAAATTTGAGTAATTTG
ACGGGGTTGGTGATTGGAGCAGTCATATCCCTTGGAGTGCTTATTACCGGACCGATTTCG
GGAGGATCGATGAACCCAGCTCGATCACTAGGACCGGCGGTGGTGGCATGGGATTTTGAG
TATATATGGGTTTACATGACTGCTCCGGTGATCGGAGCCATTATCGGTGTTTTGACATAC
AGAACTATTAGCCTCCAAAGCAGGCCTTCTCCACATTCCCCTCCAGTCTCTTCGCTTTTA
CGCTGACCGACCATTCAGCTCAAATCCTAGTATGATATCTAATTAAGTTATAACCTTAAT
TACTCCCCAAATAAACCTTATTACTCTACCTCTTAATGTAGCCCGTTATGCCTATATGGA
GCCTCGATTGATACTACTAATGAATTCTAATGTTTGCTTGGATAT
CC

QA 3 707 3 707
DS 

RD RR3GE50JQ 485 0 0
TCGTCTTTCTAGCTTCCGCGTTGCATTGTGGTCCTCATCAAAATTTGAGTAATTTGACGG
GGTTGGTGATTGGAGCAGTCATATCCCTTGGAGTGCTTATTACCGGACCGATTTCGGGAG
GATCGATGAACCCAGCTCGACCACTAGGACCGGCGGTGGTGGCATGGGATTTTGAGTATA
TATGGGTTTACATGACTGCTCCGGTGATCGGAGCCATTATCGGTGTTTTGACATACAGAA
CTATTAGCCTCCAAAGCAGGCCTTCTCCACATTCCCCTCCAGTCTCTTCGCTTTTACGCT
GACCGACCATTCAGCTCAAATCCTAGTATGATATCTAATTAAGTTATAATCTTAATTACT
CCCCAAATAAACCTTATTACTCTACCTCTTAATGTAGCCCGTTATGCCTATATGGAGCCT
CGATTGATACTACTAGTGAATTCTAATGTTTGCTTGGATATTCATATTTTACAAGAATCC
ATTTT

QA 1 485 1 485
DS 



AS 1 2

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GGGAACCATCTCCGAAAGAAAGAAGGAAATGGTTAGGATGTTGATTCACATCCGTCCCTT
CCCGACCACTTCTCTGTCTCGTTCTCTCACTATTCTCTCTTCTTTCTCCTCCACTTCTTC
TCCGACACAGCAACACAAGCGTTGGTCTGGTCTCGACAACTGGAGAAACAGCCCCATCAA
CGACCTCCGTCTCTGGGGACCTAACGGTCCTCTCCTTCCTTCTTCTTCTTCTGACTCCAC
CTCCTCCACCTTCAACGGTCTAGTCTCCGCTGCCCCTTCTCTCGCTGACCTCGGAGCTCT
CGTCCTCTCAACACCCGACCCTCTCTCAAAATCCCACATCCCACACTTAGCTTTCTCCCG
TTGGCGCAGTGAGAATAATCTCCCCGTTGGCTCCATCTCTCACCTCCCTTCCTCTCCCGC
TCGCCCTCCCAAACCTCTCCTTGTTCCGACCAACGAAGTGCCAAGTCCGAAAGACTCAGC
GCTTCCTCTCAACGCCTATATGCTTCACACCCTCGCTCACATCGAGCTCAACGCTATCGA
CTTGGCTTGGGACACTGTTGCTCGCTTCTCCCCCTTTCTTCCACGTTCTCGGTCGCGACT
TCTTCGATGACTTCGCTCATGTTGCTGATGATGAGAGTCGACACTTCATGTGGTGTTCTC
AGAGACTCGCTGAGCTTGGTTTCAAGTATGGAGATATACCGGCTAATAATTTGTTGATGA
GGGAATGCGGGAATACATCAAGCAATGTCGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E936TF U 1
AF RR3G987TF U 179
BS 1 340 RR3E936TF
BS 341 341 RR3G987TF
BS 342 573 RR3E936TF
BS 574 574 RR3G987TF
BS 575 642 RR3E936TF
BS 643 752 RR3G987TF

RD RR3E936TF 642 0 0
GGGAACCATCTCCGAAAGAAAGAAGGAAATGGTTAGGATGTTGATTCACATCCGTCCCTT
CCCGACCACTTCTCTGTCTCGTTCTCTCACTATTCTCTCTTCTTTCTCCTCCACTTCTTC
TCCGACACAGCAACACAAGCGTTGGTCTGGTCTCGACAACTGGAGAAACAGCCCCATCAA
CGACCTCCGTCTCTGGGGACCTAACGGTCCTCTCCTTCCTTCTTCTTCTTCTGACTCCAC
CTCCTCCACCTTCAACGGTCTAGTCTCCGCTGCCCCTTCTCTCGCTGACCTCGGAGCTCT
CGTCCTCTCAACACCCGACCCTCTCTCAAAATCCCACATCTCACACTTAGCTTTCTCCCG
TTGGCGCAGTGAGAATAATCTCCCCGTTGGCTCCATCTCTCACCTCCCTTCCTCTCCCGC
TCGCCCTCCCAAACCTCTCCTTGTTCCGACCAACGAAGTGCCAAGTCCGAAAGACTCAGC
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CTTGGCTTGGGACACTGTTGCTCGCTTCTCCCC*TTTCTTCCACGTTCTCGGTCGCGACT
TCTTCGATGACTTCGCTCATGTTGCTGATGATGAGAGTCGAC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3G987TF 574 0 0
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ACCTCCTCCACCTTCAACGGTCTAGTCTCCGCTGCCCCTTCTCTCGCTGACCTCGGAGCT
CTCGTCCTCTCAACACCCGACCCTCTCTCAAAATCCCACATCCCACACTTAGCTTTCTCC
CGTTGGCGCAGTGAGAATAATCTCCCCGTTGGCTCCATCTCTCACCTCCCTTCCTCTCCC
GCTCGCCCTCCCAAACCTCTCCTTGTTCCGACCAACGAAGTGCCAAGTCCGAAAGACTCA
GCGCTTCCTCTCAACGCCTATATGCTTCACACCCTCGCTCACATCGAGCTCAACGCTATC
GACTTGGCTTGGGACACTGTTGCTCGCTTCTCCCCCTTTCTTCCACGTTCTCGGTCGCGA
CTTCTTCGATGACTTCGCTCATGTTGCTGATGATGAGAGTCGACACTTCATGTGGTGTTC
TCAGAGACTCGCTGAGCTTGGTTTCAAGTATGGAGATATACCGGCTAATAATTTGTTGAT
GAGGGAATGCGGGAATACATCAAGCAATGTCGCT

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

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GGGCCGTTCCAGAGCGTATGTTGATTGAAGAATCTCAACGTAGGGATTTGAACGCGTCGT
TTCATCTTCTTTTCACAATCCGAAACGCTCCCAGTCACTGATTCGTCATCTTAATACACT
TCTTAACTCTATCAACCACGATCTAGCCTCAATGCGATTTTCTCTTATGCTAGGCAGTCT
ATCTGCGACTATAAAAAGAGAAATCTAAAGACTCTCATCTATCGATTTGACTGAATCGTG
CATCTCCACCGTCAAAGCGCATCTCATCAGATTCTGGGAGGCTCTCCCTCTCTCTTTGAT
CATCTCCCTGCCAGATAAAATGATGTGGAGAGATGGCACGAAAGATATGTTTCTTCAAGG
ACCAAATATCAAAGGTGGAGTTTCTCCCAAAGAGTTTATAGACAAATATGTGCTTGGATG
ATGTTGAGGTGAACTCATATGCTTGCTTTTGTTTTTAAGTTCTTGGACAGCCACTGCTTC
CCATTTCGTCATCCTATACTTGATTTCCTTCTTTCCCTTTTTCAGGTCAAGCTTTGAGAG
CTAGAAGCTGAACTTTCGGTAATCAAGGTCATAGTCAAAACGCTGTAGTGGCTATCGACA
GTAGCATCCTTATTAGTGTCTTACATATGGCAACTCTTCCAAAGTTCTATTTTTAGAATT
ATGTTACGGCTGGAGAGCAAAGACTTTGACCTATTGTTATTGTCTCAAACATCGTTAGAT
ATATATGAAAGATTCTGTAACTAAGGATGTTATGAAAGATATACTGGAGAGCTTTACAAG
AGTATTTCAAGGTTTAGCTTTTAACACTGTTGCTTGCAATGATTATACCATCTTTGTAGA
CAAAATTATGAGACGTATTGAATAACTTCTTATAGGTTTTACATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E535TF U 1
AF RR3E535JQ C 204
BS 1 668 RR3E535TF
BS 669 669 RR3E535JQ
BS 670 708 RR3E535TF
BS 709 709 RR3E535JQ
BS 710 733 RR3E535TF
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RD RR3E535TF 740 0 0
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TTCATCTTCTTTTCACAATCCGAAACGCTCCCAGTCACTGATTCGTCATCTTAATACACT
TCTTAACTCTATCAACCACGATCTAGCCTCAATGCGATTTTCTCTTATGCTAGGCAGTCT
ATCTGCGACTATAAAAAGAGAAATCTAAAGACTCTCATCTATCGATTTGACTGAATCGTG
CATCTCCACCGTCAAAGCGCATCTCATCAGATTCTGGGAGGCTCTCCCTCTCTCTTTGAT
CATCTCCCTGCCAGATAAAATGATGTGGAGAGATGGCACGAAAGATATGTTTCTTCAAGG
ACCAAATATCAAAGGTGGAGTTTCTCCCAAAGAGTTTATAGACAAATATGTGCTTGGATG
ATGTTGAGGTGAACTCATATGCTTGCTTTTGTTTTTAAGTTCTTGGACAGCCACTGCTTC
CCATTTCGTCATCCTATACTTGATTTCCTTCTTTCCCTTTTTCAGGTCAAGCTTTGAGAG
CTAGAAGCTGAACTTTCGGTAATCAAGGTCATAGTCAAAACGCTGTAGTGGCTATCGACA
GTAGCATCCTTATTAGTGTCTTACATATGGCAACTCTTCCAAAGTTCTATTTTTAGAATT
ATGTTACG*CTGGAGAGCAAAGACTTTGACCTATTGTTATTGTCTCAA*CATCGTTAGAT
ATATATGAAAGAT
CTGTAAC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3E535JQ 684 0 0
TCTAAAGACTCTCATCTATCGATTTGACTGAATCGTGCATCTCCACCGTCAAAGCGCATC
TCATCAGATTCTGGGAGGCTCTCCCTCTCTCTTTGATCATCTCCCTGCCAGATAAAATGA
TGTGGAGAGATGGCACGAAAGATATGTTTCTTCAAGGACCAAATATCAAAGGTGGAGTTT
CTCCCAAAGAGTTTATAGACAAATATGTGCTTGGATGATGTTGAGGTGAACTCATATGCT
TGCTTTTGTTTTTAAGTTCTTGGACAGCCACTGCTTCCCATTTCGTCATCCTATACTTGA
TTTCCTTCTTTCCCTTTTTCAGGTCAAGCTTTGAGAGCTAGAAGCTGAACTTTCGGTAAT
CAAGGTCATAGTCAAAACGCTGTAGTGGCTATCGACAGTAGCATCCTTATTAGTGTCTTA
CATATGGCAACTCTTCCAAAGTTCTATTTTTAGAATTATGTTACGGCTGGAGAGCAAAGA
CTTTGACCTATTGTTATTGTCTCAAACATCGTTAGATATATATGAAAGATTCTGTAACTA
AGGATGTTATGAAAGATATACTGGAGAGCTTTACAAGAGTATTTCAAGGTTTAGCTTTTA
ACACTGTTGCTTGCAATGATTATACCATCTTTGTAGACAAAATTATGAGACGTATTGAAT
AACTTCTTATAGGTTTTACATTTC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 4

CO CL2287Contig1 892 4 7 U
TTTTTTGTAAAAGGGTTTTCATATTTATGATTTTTTT*AAAGAATACAATAAAGATAAAA
AACCCCACTAAGACCCAACAAGGTCCGGTTACAATTCAAAAAAAACAAATAAGCCCAAAA
GAATGGCCCACAAACAGAACGAAACCCTAGCACCCGCTCCAAACCAAACCAAGTTGGCTG
CGCCACCACGGGAGAGAGAAAAACGGCCGCCGAGGAACCACCACCTAGATCTGTAATGAT
GCACACGCCAACGAGAGAAACGCAGAGAGCATCACAAGAGAATCACTATGAGAGGGTGTG
CTCTTTAAGGAGCATGAAGGTAGAGGTTGGAGAGAGAGAATAGATCGGTCCTGAGACCTT
AGCCTGAGAGCAGCCACCACCAGTCCTCCGTTCAAGTACCCCCGTCGTCCTCCAAAACGG
GGTCTTACTAGAAAGAACCGGTGGGTCTAGTAAACTCCACCCCAAAGAACCCTACCTACA
CCTCCACACCGGCCTAGACCGTAGAGAGTACCGCCTCACTTACACCTGAAATAAAACACC
ACGACAACCACGGAGAGCCGGAGAACAGCCGAGAAAATGGAGAGCCCCTGAGGAAGCGAG
AACCCGAACCCATCCTCATAGATCCGGGACCGCAGAAGAGCCCCCATCACCGGAAGATGC
CAAACCGAAACATGCACGCCGGAAGAGCTAAGCTCGCCACCAGATTTGCTCAGATCTGAA
AAGTAACCGCGAAGAGAAGCGTAAGGAGAGAAAATAAAAACAAAAAGAAAACGGGAGGCA
CCCCTCACCGTCTACCGACTATAGAAGCCAGCGAAGGGAGGGGTGGAGATTTAAAAAGAT
AAGGTTGTGCTCTAGAAAGAAGGGAGAGAGAGGAGAGAGGAGAGAGGGTCCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FE28TF C 1
AF RR3FE28JQ U 7
AF RR3DO94JQ U 7
AF RR3DO94TF C 243
BS 1 6 RR3FE28TF
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BS 434 717 RR3DO94JQ
BS 718 892 RR3DO94TF

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AACCCCACTAAGACCCAACAAGGTCCGGTTACAATTCAAAAAAAACAAATAAGCCCAAAA
GAATGGCCCACAAACAGAACGAAACCCTAGCACCCGCTCCAAACCAAACCAAGTTGGCTG
CGCCACCACGGGAGAGAGAAAAACGGCCGCCGAGGAACCACCACCTAGATCTGTAATGAT
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ACGACAACCACGGAGAGCCGGAGAACAGCCGAGAAAATGGAGAGCCCCTGAGGAAGCGAG
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C

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3FE28JQ 651 0 0
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C

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3DO94JQ 711 0 0
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ACTAAGACCCAACAAGGTCCGGTTACAATTCAAAAAAAACAAATAAGCCCAAAAGAATGG
CCCACAAACAGAACGAAACCCTAGCACCCGCTCCAAACCAAACCAAGTTGGCTGCGCCAC
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AAGGAGCATGAAGGTAGAGGTTGGAGAGAGAGAATAGATCGGTCCTGAGACCTTAGCCTG
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ACTAGACAGAACCGGTGGGTCTAGTAAACTCCACCCCAAAGAACCCTACCTACACCTCCA
CACCGGCCTAGACCGTAGAGAGTACCGCCTCACTTACACCTGAAATAAAACACCACGACA
ACCACGGAGAGCCGGAGAACAGCCGAGAAAATGGAGAGCCCCTGAGGAAGCGAGAACCCG
AACCCATCCTCATAGATCCGGGACCGCAGAAGAGCCCCCATCACCGGAAGATGCCAAACC
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DS 

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CTTTAAGGAGCATGAAGGTAGAGGTTGGAGAGAGAGAATAGATCGGTCCTGAGACCTTAG
CCTGAGAGCAGCCACCACCAGTCCTCCGTTCAAGTACCCCCGTCGTCCTCCAAAACGGGG
TCTTACTAGACAGAACCGGTGGGTCTAGTAAACTCCACCCCAAAGAACCCTACCTACACC
TCCACACCGGCCTAGACCGTAGAGAGTACCGCCTCACTTACACCTGAAATAAAACACCAC
GACAACCACGGAGAGCCGGAGAACAGCCGAGAAAATGGAGAGCCCCTGAGGAAGCGAGAA
CCCGAACCCATCCTCATAGATCCGGGACCGCAGAAGAGCCCCCATCACCGGAAGATGCCA
AACCGAAACATGCACGCCGGAAGAGCTAAGCTCGCCACCAGATTTGCTCAGATCTGAAAA
GTAACCGCGAAGAGAAGCGTAAGGAGAGAAAATAAAAACAAAAAGAAAACGGGAGGCACC
CCTCACCGTCTACCGACTATAGAAGCCAGCGAAGGGAGGGGTGGAGATTTAAAAAGATAA
GGTTGTGCTCTAGAAAGAAGGGAGAGAGAGGAGAGAGGAGAGAGGGTCCC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 0 0

AS 1 4

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TCCGTCACCAGAATTTACACCTCTGTTTCTTCCAGATTCGTGGTTACAAAGGGGGGAGAT
ACATAAAAGGATGAGTGGGTTCAGAGCATTCAAAGCACAGGTGCCCATTAAGTGGAGCGA
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TGTGTTTTCAAAATTTTTAAGCGGAGATTTGGTTCTATTTCAGACAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EB78TF U 1
AF RR3E259TF U 24
AF RR3E259JQ C 55
AF RR3EB78JQ C 85
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RD RR3EB78TF 671 0 0
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TCCGTCACCGGAATTTACACCTCTGTTTCTTCCAGATTCGTGGTTACAAAGGGGGGAGAT
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GAGCTTGTACATAACCTTAGTGAGAGGTCTCCCTGGAACCAGGAAGCTTCACAGGCGTAC
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CATTAGAGGAATGATTCAACAGGTTAAAAGGATGGTTGTTGTTGAGACAGAGGAGATGTT
CAAAGCTCGCAAAGAAGCTGAAGCTAACCACAAAGCTCTCCGCCCTCCACTTGTTGTCAG
CCATTCAAGCCCTGCAACGGGCTCATCCAACATGTCTTAGAGGATTTCAGAAGATGGTAG
AGCTCTTCAACCGTTTGTTTAATTTGTTTAAGCTCCACTTACATTTGTGAGGGAAGTGAC
GCGATAAGAAATTTCGTTATCAGTGAATTTGGTGCCTCATTGTGTACACTAG*CTGGGTA
CTTGTGTATGTTTACTCTCATTTTGTCAA*TCTCGAATCCACCAGTTTGGTTACTTTCTG
TGTGTTTTCAA

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3E259TF 686 0 0
GG
ATTCCGAGCTCTGTTCGCCGCCTTAGAGTCAATCCTCCGTCACCAGAATTTACACCTCTG
TTTCTTCCAGATTCGTGGTTACAAAGGGGGGAGATACATAAAAGGATGAGTGGGTTCAGA
GCATTCAAAGCACAGGTGCCCATTAAGTGGAGCGAGAGCTTGTACATAACCTTAGTGAGA
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AACCACAAAGCTCTCCGCCCTCCACTTGTTGTCAGCCATTCAAGCCCTGCAACGGGCTCA
TCCAACATGTCTTAGAGGATTTCAGAAGATGGTAGAGCTCTTCAACCGTTTGTTTAATTT
GTTTAAGCTCCACTTACATTTGTGAGGGAAGTGACGCGATAAGAAATTTCGTTATCAGTG
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TCAAATCTCGAATCCACCAGTTTGGTTACTTTCTGTGTGTTTTCAAA*TTTTTAAGCGGA
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QA 3 686 3 686
DS 

RD RR3E259JQ 655 0 0
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GGAGATACATAAAAGGATGAGTGGGTTCAGAGCATTCAAAGCACAGGTGCCCATTAAGTG
GAGCGAGAGCTTGTACATAACCTTAGTGAGAGGTCTCCCTGGAACCAGGAAGCTTCACAG
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TGTCAGCCATTCAAGCCCTGCAACGGGCTCATCCAACATGTCTTAGAGGATTTCAGAAGA
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TGGGTACTTGTGTATGTTTACTCTCATTTTGTCAAATCTCGAATCCACCAGTTTGGTTAC
TTTCTGTGTGTTTTCAAAATTTTTAAGCGGAGATTTGGTTCTATTTCAGACAACG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3EB78JQ 611 0 0
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AGGTCTCCCTGGAACCAGGAAGCTTCACAGGCGTACACTCGAGGCTATGGGACTCCGCAG
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TAAAAGGATGGTTGTTGTTGAGACAGAGGAGATGTTCAAAGCTCGCAAAGAAGCTGAAGC
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ATCCAACATGTCTTAGAGGATTTCAGAAGATGGTAGAGCTCTTCAACCGTTTGTTTAATT
TGTTTAAGCTCCACTTACATTTGTGAGGGAAGTGACGCGATAAGAAATTTCGTTATCAGT
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GTCAAATCTCGAATCCACCAGTTTGGTTACTTTCTGTGTGTTTTCAAAATTTTTAAGCGG
AGATTTGGTTC

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 4

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GAATCGCTGTGATGTTGTCTTCTCTGATTCCTCTACAACTTCCATCTCGGATGCAAACTC
ATCTCTGGTATATACTACCAAACGAAGTGAAGAGCGAGTCTCTACTAAAACACTACTCTG
AGCTTCTCTCACAACCAGAGAAAGACCATGTCTTTCGGATGCAGAGCGATGACCTTAAGA
AGAAGAATGCATTGCTTGCTCGTACCTTGGTCCGAACCACAGTTGTAAGATACCAGACAA
ACAACAACACAGTGGTTGATCCAAGATCCTTGAAGTTCAAGAAGAATGTGTACGGTAAAC
CTGAAGTAGATTGAGAGATTCATGATCCAAAACTGCAATTCAACATCTCACACACGGATT
CACTGATAGCTTGTGGAGTTACAGCGAACGTCCCCGTTGGTATTGATGTAGAAGACAAGA
CGAGGAAGATACGACACGATGCGTTATCAGTTGCAAAAAGATTTTACTCGTCTGAAGAAG
TTAAGTTTTTGTCGAGTATAGCTGACACCGAGGCTCAGCGTGAGGAGTTTATTAAGCTGT
GGACTCTCAAAGAAGCTTATGTGAAAGCATCAGGGAAAGGCTTCTCTGCTTCGCCATTTA
ATACTTTCTCAATCACCAGGTCTGACGCTGGAAGCTACAGTCTTTGCGGCAAAGCAGAGG
GATGGAAGTTTATGCTTCTGGACTTGGCTGCTTTGTCTCATTACGCTGCAATCTGCATTG
GAGGAGAAGATAAAGACGAAGAAGGTATGAATGTGATTGTCCACAGAACCATCCCATTCG
TTGAAGATGAACTTATATCCGACTGGAAACTGCTCTAGTTTACCGGGGCCTCTAGCTCTG
GTGGTAAATGAGTTCCGTCACCTGGATTCGAATTATCTGTATAATTCAAAAAAAGAAACT
GCTCTAGTTTGGTCTTAAGTGTTTTCACAACAAATTTATTTACAGAATCCAAACTTTTTC
AC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CO48TF U 6
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AF RR3CO48JQ C 331
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GG
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AAATTTATTTACAG

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CAAATTTATTTACAGAATCCAAACTTTTTCAC

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DS 



AS 1 4

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CTGAACCAGTACAGAGTCAAGATAAATAGTCTCCACACCTACCAAAGTAATACCATAACC
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AATTATGGATTAACGATTTAGGTTTGAGGTTGAGTCC


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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AM72JQ U 9
AF RR3G927JQ U 1
AF RR3G927TF C 267
AF RR3AM72TF C 526
BS 1 57 RR3G927JQ
BS 58 58 RR3AM72JQ
BS 59 78 RR3G927JQ
BS 79 79 RR3AM72JQ
BS 80 83 RR3G927JQ
BS 84 84 RR3AM72JQ
BS 85 135 RR3G927JQ
BS 136 136 RR3AM72JQ
BS 137 147 RR3G927JQ
BS 148 148 RR3AM72JQ
BS 149 250 RR3G927JQ
BS 251 251 RR3AM72JQ
BS 252 612 RR3G927JQ
BS 613 613 RR3AM72JQ
BS 614 748 RR3G927JQ
BS 749 883 RR3G927TF
BS 884 884 RR3AM72TF
BS 885 1004 RR3G927TF
BS 1005 1005 RR3AM72TF
BS 1006 1019 RR3G927TF
BS 1020 1057 RR3AM72TF

RD RR3AM72JQ 617 0 0
GGGATATATGAAGTTTTATTAGATATAAGAATGATAACAATGTAACTGAAATCTGAACCA
GTACAGAGTCAAGATAAATAGTCTCCACACCTACCAAAGTAATACCATAACCCCTTATTG
TGATGAAAAATCTGTGAGGGGAAATAATAGTAGCAACTCTCTTATAGAATAATTTAGCTC
TGTGAGAGCTCGCGGCTTCGATTAGCTGCTGCAACAACAGCATTCATAAGCGTTGCACGG
AAAGAACCTTTCTCCAGTTCATGAACTCCAGCTATTGTAGTCCCGCCTGGTGAAGTAACA
TCATCTTTCAACACACCAGGATGCTTCCCGGTTTTGCTTACCATTGTTGCAGCTCCAAGA
ACCGTCTGTGAAGCTAAACCCAATGCGAGTTCTCGGGGTAAACCAGCAGCTACTCCTCCA
TCAGCTAAGGCTTCAATGGCTAAGAATATGTACGCTGGTCCACTTCCACTAAGACCAGTG
ACAGCATCAAACATTTTCTCATCGGCCCTTAATATCCTCCCCACCGAGCCAAACAACTTA
GCAACAAGTGCTCCGTCTTCTTCTGTAGCTGCTGTTCCAAGGCTCATTACTGAAGCTGCC
TCGCCAACTGCAGCTGG

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3G927JQ 750 0 0
TTTTTTTTGGGATATATGAAGTTTTATTAGATATAAGAATGATAACAATGTAACTGAGAT
CTGAACCAGTACAGAGTCGAGATGAATAGTCTCCACACCTACCAAAGTAATACCATAACC
CCTTATTGTGATGAAGAATCTGTGAGGTGAAATAATAGTAGCAACTCTCTTATAGAATAA
TTTAGCTCTGTGAGAGCTCGCGGCTTCGATTAGCTGCTGCAACAACAGCATTCATAAGCG
TTGCACGGAAGGAACCTTTCTCCAGTTCATGAACTCCAGCTATTGTAGTCCCGCCTGGTG
AAGTAACATCATCTTTCAATACACCAGGATGCTTCCCGGTTTTGCTTACCATTGTTGCAG
CTCCAAGAACCGTCTGTGAAGCTAAACCCAATGCGAGTTCTCGGGGTAAACCAGCAGCTA
CTCCTCCATCAGCTAAAGCTTCAATGGCTAAGAATATGTACGCTGGTCCACTTCCACTAA
GACCAGTGACAGCATCAAACATTTTCTCATCGGCCCTTAATATCTTCCCCACCGAGCCAA
ACAACTTAGCAACAAGTGCTCCGTCTTCTTCTGTAGCTGCTGTTCCAAGGCTCATTACTG
AAGCTGCCTCGA*AACTGCAGCTGGTGTATTAGGCATCACCCTTATGAATCGATCTTGAC
CAGACCATTCCTGTAGATCTTTCAACTTGATCCCCGCTGCAACCGAAACAAGAACCTTAT
CCTTGGTGAGCGTTGACCTTACTTCCGT
AA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3G927TF 757 0 0
TTCATG
ACTCCAGCTATTGTAGTCCCGCCTGGTGAAGTAACATCATCTTTCAATACACCAGGATGC
TTCCCGGTTT*GCTTACCATTGTTGCAGCTCCAAGAACCGTCTGTGAAGCTAAACCCAAT
GCGAGTTCTCGGGGTAAACCAGCAGCTACTCCTCCATCAGCTAAAGCTTCAATGGCTAAG
AATATGTACGCTGGTCCACTTCCACTAAGACCAGTGACAGCATCAAACATTTTCTCATCG
GCCCTTAATATCTTCCCCACCGAGCCAAACAACTTAGCAACAAGTGCTCCGTCTTCTTCT
GTAGCTGCTGTTCCAAGGCTCATTACTGAAGCTGCCTCGA*AACTGCAGCTGGTGTATTA
GGCATCACCCTTATGAATCGATCTTGACCAGACCATTCCTGTAGATCTTTCAACTTGATC
CCCGCTGCAACCGAAACAAGAACCTTATCCTTGGTGAGCGTTGACCTTACTTCCGTAATG
GCCTTCTTAACAACTTGAGGTTTCACAGAGAAGATCACAACGTCACTTTCTCTAACGACT
TCTTCGCTACTGGAGAAGACATTGACGCCAAAGGACTCGAAGACTTGACGGCGATTCAGA
TTCGAGTGAACTGCGGTGGAGATACGATTCGGAGGAAGCATCCCGGAGGCGACCACGCCT
CTGGCTATACTCTCCGCCATCTTTCCAGCTCCGATGAACCCTACCTTGAAGCTCTCCGCG
GAGATTGGAAGT*TCTCCATCGCAAAA
TTCC

QA 7 753 7 753
DS 

RD RR3AM72TF 532 0 0
TCCCCACCGAGCCAAACAACTTAGCAACAAGTGCTCCGTCTTCTTCTGTAGCTGCTGTTC
CAAGGCTCATTACTGAAGCTGCCTCGCCAACTGCAGCTGGTGTATTAGGCATCACCCTTA
TGAATCGATCTTGACCAGACCATTCCTGAAGATCTTTCAACTTAATCCCCGCTGCAACCG
AAACCAGAACCTTATCCTTGGAGAGCGTTGACCTTACTTCCGTGATGGCCTTCTTAACAA
CTTGAGGTTTCACAGAGAAGATCACAACGTCACTTTCTCTAACGACTTTTTCGCTACTGG
AGAAGACATTGACGCCAAAGGACTCGAAGACTTGACGG*GATTCAGATTCGAGTGAACGG
CGGTGGAGATGCGATTCGGTGGAAGCATCCCGGAGGCGACCACGCCTCTGGCTATACTCT
CCGCCATCTTTCCAGCTCCGATGAACCCTACCTTGAAGCTCTCCGCGGAGATTGGGAGTG
TCTCCATCGCAAAAAAATTATGGATTAACGATTTAGGTTTGAGGTTGAGTCC

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 3

CO CL2292Contig1 958 3 16 U
GCTAAGGTCCCTGAAACCATATATAAAATACATGATTTGTCCCGTTGACCTTTCCCCCCG
GCAAGTCAATTATCTCTTTGTCCCATTATCTATATCTCAGACACTCTTACGGTCGTCATA
TTTCTTTAGGGCCTAAATTTTCAGTGTGTAAATGGGTATTTTTCCTGAGTTTGGTGGCTG
GATCAGTCAGAACACTCAACAGCCTAAAAAATCTGAAAATGTTAAATCCAAGCCTGTGAG
AGAGAAAAAAACTCACGATGAGAGAGATGAGACGAAGGAGCAATTAAAACTGTGGAGAGA
TGCAAATAAGAAGAAACAATATAATGAACCTTCTCCTACGGTGAAGGTGCATACAGACCA
TAAAATTGATAGCTTTTCCAGTGTGGACATGGACTTTACATTAGGATTGCCACCTCAAGC
AGCTTACGACCTTTTAACTAATCAAGACAACAAAACATACTCCAGAGAAATCAATGGCCG
CCCACTTCTGAAAGCAATATCAAGAAAAGTTACATCAGAGATAGGTATGGGGAATAGGCC
GGTCCTGGAGGTTGAGAAAGAGTTGTCATGGAACTTCCTTTTCTTTTCAGGAACTATCCC
AATACGTCTAAATGTCCTCGAAGAGCCAAAAGAACTTTCTGTATATAACTGGAAAATGAG
AAAAGGAATGGACTACATGGAAACGTTCACGCTTAACTATATAGTGGAGCCGATGTATGT
TGACGCAGAACGCTTGTGTAAGCACAAGAAGCCGAAGAGTATAGAAAAATACAGAAAATG
TAGTGGTGGAAAAGGATTGATTGCGTCCAAGGTTAAAGTGGACCAGACTTTTAGGCCTTT
TTTTCCTTGGAATTTGCCACTGCTGTTTTGGTACTTTCGCCGGTTCACTGTTGGGACCCC
TAAGAAAGTGGTGGAAGCTTTTCAAACGCGGGCTGGGGATATCCGTCGGTTGTAAACG


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H759TF U 3
AF RR3BH12TF U 1
AF RR3BH12JQ C 641
BS 1 25 RR3BH12TF
BS 26 26 RR3H759TF
BS 27 127 RR3BH12TF
BS 128 128 RR3H759TF
BS 129 205 RR3BH12TF
BS 206 206 RR3H759TF
BS 207 338 RR3BH12TF
BS 339 339 RR3H759TF
BS 340 363 RR3BH12TF
BS 364 364 RR3H759TF
BS 365 437 RR3BH12TF
BS 438 438 RR3H759TF
BS 439 495 RR3BH12TF
BS 496 496 RR3H759TF
BS 497 727 RR3BH12TF
BS 728 958 RR3BH12JQ

RD RR3H759TF 702 0 0
G
AAGGTCCCTGAAACCATATATAAAATACATGATTTGTCCCGTTGACCTTTCCCCCCTGCA
AGTCAATTATCTCTTTGTCCCATTATCTATATCTCAGACACTCTTTCGGTCGTCATATTT
CTTTAGGGCCTAAATTTTCAGTGTGTAAATGGGTATTTTTCCTGAGTTTGGTGGCTGGAT
CAGTCAGAACACTCAACAGCCTAAAAAATCTGAAAATGTTAAATCCAAGCCTGTGGGAGA
GAAAAAAACTCACGATGAGAGAGATGAGACGAAGGAGCAATTAAAACTGTGGAGAGATGC
AAATAAGAAGGAACAATATAATGAACCTTCTCCTACGGTGAAGGTGCATACAGACCATAA
AATTGATAGCTTTTCCAGTGTGGACATGGATTTTACATTAGGATTGCCACCTCAAGCAGC
TTACGACCTTTTAACTAATCAAGACAACAAAACATACTCCAGAGAAATCAATGGCCGCCC
ACTTCTGAAAGCAATATCAAGAAAAGTTACATCAGAGATAGGTATGGGGAATAGGCCGGT
CCTGGAGGTTGAGAAAGAGTTGTCATGGAACTTCCTTTTCTTTTCAG*AACTATCCCAAT
ACGTCTAAATGTCCTCGAAGAGCCAAAAGAACTTTCTGTATATAACTGGAAAATGAGAAA
AGGAATGGACTACATGGAAACGTTCACGCTTAACTATATAG

QA 2 702 2 702
DS 

RD RR3BH12TF 727 0 0
GCTAAGGTCCCTGAAACCATATATACAATACATGATTTGTCCCGTTGACCTTTCCCCCCG
GCAAGTCAATTATCTCTTTGTCCCATTATCTATATCTCAGACACTCTTACGGTCGTCATA
TTTCTTTGGGGCCTAAATTTTCAGTGTGTAAATGGGTATTTTTCCTGAGTTTGGTGGCTG
GATCAGTCAGAACACTCAACAGCCTGAAAAATCTGAAAATGTTAAATCCAAGCCTGTGAG
AGAGAAAAAAACTCACGATGAGAGAGATGAGACGAAGGAGCAATTAAAACTGTGGAGAGA
TGCAAATAAGAAGAAACAATATAATGAACCTTCTCCTAGGGTGAAGGTGCATACAGACCA
TAATATTGATAGCTTTTCCAGTGTGGACATGGACTTTACATTAGGATTGCCACCTCAAGC
AGCTTACGACCTTTTAATTAATCAAGACAACAAAACATACTCCAGAGAAATCAATGGCCG
CCCACTTCTGAAAGCCATATCAAGAAAAGTTACATCAGAGATAGGTATGGGGAATAGGCC
GGTCCTGGAGGTTGAGAAAGAGTTGTCATGGAACTTCCTTTTCTTTTCAGGAACTATCCC
AATACGTCTAAATGTCCTCGAAGAGCCAAAAGAACTTTCTGTATATAACTGGAAAATGAG
AAAAGGAATGGACTACATGGAAACGTTCACGCTTAACTATATAGTGGAGCCGATGTATGT
TGACGCA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3BH12JQ 318 0 0
GTATATAACTGGAAAATGAGAAAAGGAATGGACTACATGGAAACGTTCACGCTTAACTAT
ATAGTGGAGCCGATGTATGTTGACGCAGAACGCTTGTGTAAGCACAAGAAGCCGAAGAGT
ATAGAAAAATACAGAAAATGTAGTGGTGGAAAAGGATTGATTGCGTCCAAGGTTAAAGTG
GACCAGACTTTTAGGCCTTTTTTTCCTTGGAATTTGCCACTGCTGTTTTGGTACTTTCGC
CGGTTCACTGTTGGGACCCCTAAGAAAGTGGTGGAAGCTTTTCAAACGCGGGCTGGGGAT
ATCCGTCGGTTGTAAACG

QA 1 318 1 318
DS 



AS 1 4

CO CL2293Contig1 486 4 1 U
GGAACTCTCTTTGCTCGGATCTACATCATCTGTTTTTGTTCTGGTTGAACATCAAAGCAG
CTCCTCAATTTCCTCTCCTACCGGCGACGATGTCTATCAACAGAATCGCCAGAGCTTTAC
CCTTCTCGGGGCTCTTCAGGCAGCTTGAGAAAGAAGCTGAAACAGTGATCAACGTTCTGC
AACCTGGCCCCTTGGGGATCATAGAACACAAGTTCACTGCTCAAGAGATTCGCGAGGCCA
AAGCTACAGTGTGCAGAGCAGTCGAGAATTGGCGTAGACACTCTCAGCTTGACCATGCTA
ATGGCGTTTTGAATGATTTCATTTCTAAGTGAAGAAAGTGAGAGTGTTTGTTTCCTTTGT
TTTCATGGCTGATGGCATAAAAGGCCTTTCCTTTCGTTGAACAGTCCTTATAAGCGTCAA
TGAAGAAACAAATGTTTCTCTTTTTAATTATGAATAAGCATTGCTACTGATACGTTTTTT
TCAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 

AF RR3FW93JQ C 52
AF RR3FW93TF U 52
AF RR3E569TF U 1
AF RR3E569JQ C 61
BS 1 486 RR3E569TF

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GG
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GAGGCCGAAGCTACAGTGTGCAGAGCAGTCGAGAATTGGCGTAGACACTCTCAGCTTGAC
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CCTTTGTTTTCATGGCTGATGGCATAAAAGGCCTTTCCTTTCGTTGAACAGTCCTTATAA
GCGTCAATGAAGAA

QA 3 376 3 376
DS 

RD RR3FW93TF 376 0 0
GG
AAAGCAGCTCCTCAATTTCCTCTCCTACCGGCGACGATGTCTATCAACAGAATCGCCAGA
GCTTTACCCTTCTCGGGGCTCTTCAGGCAGCTTGAGAAAGAAGCTGAAACAGTGATCAAC
GTTCTGCAACCTGGCCCCTTGGGGATCATAGAACACAAGTTCACTGCTCAAGAGATTTGC
GAGGCCGAAGCTACAGTGTGCAGAGCAGTCGAGAATTGGCGTAGACACTCTCAGCTTGAC
CATGCTAATGGCGTTTTGAATGATTTCATTTCTAAGTGAAGAAAGTGAGAGTGTTTGTTT
CCTTTGTTTTCATGGCTGATGGCATAAAAGGCCTTTCCTTTCGTTGAACAGTCCTTATAA
GCGTCAATGAAGAA

QA 3 376 3 376
DS 

RD RR3E569TF 486 0 0
GGAACTCTCTTTGCTCGGATCTACATCATCTGTTTTTGTTCTGGTTGAACATCAAAGCAG
CTCCTCAATTTCCTCTCCTACCGGCGACGATGTCTATCAACAGAATCGCCAGAGCTTTAC
CCTTCTCGGGGCTCTTCAGGCAGCTTGAGAAAGAAGCTGAAACAGTGATCAACGTTCTGC
AACCTGGCCCCTTGGGGATCATAGAACACAAGTTCACTGCTCAAGAGATTCGCGAGGCCA
AAGCTACAGTGTGCAGAGCAGTCGAGAATTGGCGTAGACACTCTCAGCTTGACCATGCTA
ATGGCGTTTTGAATGATTTCATTTCTAAGTGAAGAAAGTGAGAGTGTTTGTTTCCTTTGT
TTTCATGGCTGATGGCATAAAAGGCCTTTCCTTTCGTTGAACAGTCCTTATAAGCGTCAA
TGAAGAAACAAATGTTTCTCTTTTTAATTATGAATAAGCATTGCTACTGATACGTTTTTT
TCAGCC

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR3E569JQ 426 0 0
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CCTTCTCGGGGCTCTTCAGGCAGCTTGAGAAAGAAGCTGAAACAGTGATCAACGTTCTGC
AACCTGGCCCCTTGGGGATCATAGAACACAAGTTCACTGCTCAAGAGATTCGCGAGGCCA
AAGCTACAGTGTGCAGAGCAGTCGAGAATTGGCGTAGACACTCTCAGCTTGACCATGCTA
ATGGCGTTTTGAATGATTTCATTTCTAAGTGAAGAAAGTGAGAGTGTTTGTTTCCTTTGT
TTTCATGGCTGATGGCATAAAAGGCCTTTCCTTTCGTTGAACAGTCCTTATAAGCGTCAA
TGAAGAAACAAATGTTTCTCTTTTTAATTATGAATAAGCATTGCTACTGATACGTTTTTT
TCAGCC

QA 1 426 1 426
DS 



AS 1 4

CO CL2294Contig1 1047 4 5 U
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CCTATACGGTTATTAAATGGAGAAGTTGGAAGATCTGAAACTTATGGGGGAGCAGTGGTG
GAATCAAGGCATTGAGTATCTTCAGAAGATACCACCGTTTCAGTTGTACGCTGCCATGTG
TCTTCTGTTGTTGACAACCATTTTGCTCCTATCATTTCGTTTGGTCAGACGTACCAAATC
CGACACTGTACTCCTTTCTGGGCTGAGTGGAAGTGGAAAGACTGTGCTTTTCTATCAACT
CCGAGATGGATCATCGCATCAGGGCACTGTGACATCAATGGAACCGAATGAAGGCACTTT
TGTTCTTCACACTGAAAACGCTAAGAAAGGAAAAATCAAGCCTGTTCATCTTGTTGATGT
TCCTGGGCACTCTCGTCTTCGACCCAAGCTAGAAGAATTCTTGCCCCTAGCAGCTGCCAT
TGTGTTTGTAGTGGACGCCTTGGAGTTCCTCCCTAACTGTCGTGCAGCTTCAGAGTACCT
ATACGACATTCTGACCAATGCCAACGTTGTCAAGAAGAAGATACCAGTCCTCCTTTGCTG
TAACAAGACAGATAAACTCACTGCACACACCAAGGAGTTCATCAGGAAGCAGATGGAGAA
AGAAATTGAGAAACTGAGGGTTTCAAGAAGTGCAGTACCAACAGCTGATATAGCCAATTG
GGATCGAAGGCCAAGTGTTCTCCTTCTCGCACTGCTCTAACAAAGTCACTATCGCCGAAG
CATCTGGACTCAACGGAGAAACCGTTCAGGTCCAAGACTTCATTCGAGAGTACATCAAAC
CTTGAGAGCCAAACATGTACATACATCCGTAGATTGAATCTTATTTATAAGATTTCTTAT
GCTTTGGTCTGTGACTTTGCTTTTGAATTTAGAGATCCTTTGTACATTAGTTATTTTCAG
AGATTCGTAGCTATATTTTCTCAGATAATTTGATTTTAAATCAGAATGATCTAAGAAAAA
ATTTGAATGACAATCTGTTGGTCGGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F532TF U 1
AF RR3FI73TF U 12
AF RR3FI73JQ C 514
AF RR3F532JQ C 239
BS 1 631 RR3F532TF
BS 632 729 RR3FI73TF
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BS 731 739 RR3FI73TF
BS 740 1047 RR3F532JQ

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GAATCAAGGCATTGAGTATCTTCAGAAGATACCACCGTTTCAGTTGTACGCTGCCATGTG
TCTTCTGTTGTTGACAACCATTTTGCTCCTATCATTTCGTTTGGTCAGACGTACCAAATC
CGACACTGTACTCCTTTCTGGGCTGAGTGGAAGTGGAAAGACTGTGCTTTTCTATCAACT
CCGAGATGGATCATCGCATCAGGGCACTGTGACATCAATGGAACCGAATGAAGGCACTTT
TGTTCTTCACACTGAAAACGCTAAGAAAGGAAAAATCAAGCCTGTTCATCTTGTTGATGT
TCCTGGGCACTCTCGTCTTCGACCCAAGCTAGAAGAATTCTTGCCCCTAGCAGCTGCCAT
TGTGTTTGTAGTGGACGCCTTGGAGTTCCTCCCTAACTGTCGTGCAGCTTCAGAGTACCT
ATACGACATTCTGACCAATGCCAACGTTGTCAAGAAGAAGATACCAGTCCTCCTTTGCTG
TAACAAGACAGATAAACTCACTGCACACACC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3FI73TF 729 0 0
GG
GCCGTGATCTTCTCCCTTCGACACTGTCATTTCCATTCTTCGCCTCTCCTATACGGTTAT
TAAATGGAGAAGTTGGAAGATCTGAAACTTATGGGGGAGCAGTGGTGGAATCAAGGCATT
GAGTATCTTCAGAAGATACCACCGTTTCAGTTGTACGCTGCTATGTGTCTTCTGTTGTTG
ACAACCATTTTGCTCCTATCATTTCGTTTGGTCAGACGTACCAAATCCGACACTGTACTC
CTTTCTGGGCTGAGTGGAAGTGGAAAGACTGTGCTTTTCTATCAACTCCGAGATGGATCA
TCGCATCAGGGCACTGTGACATCAATGGAACCGAATGAAGGCACTTTTGTTCTTCACACT
GAAAACGCTAAGAAAGGAAAAATCAAGCCTGTTCATCTTGTTGATGTTCCTGGGCACTCT
CGTCTTCGACCCAAGCTAGAAGAATTCTTGCCCCTAGCAGCTGCCATTGTGTTTGTAGTG
GACGCCTTGGAGTTCCTCCCTAACTGTCGTGCAGCTTCAGAGTACCTATACGACATTCTG
ACCAATGCCAACGTTGTCAAGAAGAAGATACCAGTCCTCCTTTGCTGTAACAAGACAGAT
AAACTCACTGCACACACCAAGGAGTTCATCAGGAAGCAGATGGAGAAAGAAATTGAGAAA
CTGAGGGTTTCAAGAAGTGCAGTACCAACAGCTGATATAGCCAATTGGGATCGAAG*CCA
AGTGTT
C

QA 3 728 3 728
DS 

RD RR3FI73JQ 237 0 0
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GAAGAAGATACCAGTCCTCCTTTGCTGTAACAAGACAGATAAACTCACTGCACACACCAA
GGAGTTCATCAGGAAGCAGATGGAGAAAGAAATTGAGAAACTGAGGGTTTCAAGAAGTGC
AGTACCAACAGCTGATATAGCCAATTGGGATCGAAGGCCAAGTGTTTTCCTTTTCGC

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DS 

RD RR3F532JQ 809 0 0
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CTCCGAGATGGATCATCGCATCAGGGCACTGTGACATCAATGGAAC*GAATGAAGGCACT
TTTGTTCTTCACACTGAAAACGCTAAGAAAGGAAAAATCAAGCCTGTTCATCTTGTTGAT
GTTCCTGGGCACTCTCGTCTTCGACCCAAGCTAGAAGAATTCTTGCCCCTAGCAGCTGCC
ATTGTGTTTGTAGTGGACGCCTTGGAGTTCCTCCCTAACTGTCGTGCAGCTTCAGAGTAC
CTATACGACATTCTGACCAATGCCAACGTTGTCAAGAAGAAGATACCAGTCCTCCTTTGC
TGTAACAAGACAGATAAACTCACTGCACACACCAAGGAGTTCATCAGGAAGCAGATGGAG
AAAGAAATTGAGAAACTGAGGGTTTCAAGAAGTGCAGTACCAACAGCTGATATAGCCAAT
TGGGATCGAAGGCCAAGTGTTCTCCTTCTCGCACTGCTCTAACAAAGTCACTATCGCCGA
AGCATCTGGACTCAACGGAGAAACCGTTCAGGTCCAAGACTTCATTCGAGAGTACATCAA
ACCTTGAGAGCCAAACATGTACATACATCCGTAGATTGAATCTTATTTATAAGATTTCTT
ATGCTTTGGTCTGTGACTTTGCTTTTGAATTTAGAGATCCTTTGTACATTAGTTATTTTC
AGAGATTCGTAGCTATATTTTCTCAGATAATTTGATTTTAAATCAGAATGATCTAAGAAA
AAATTTGAATGACAATCTGTTGGTCGGAG

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DS 



AS 1 2

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GGTCCACCTACGAACCACTCTTTTCTTCGAGGTTTCTTCTTCTGCTCCGAAACCATATAT
TCCTTCATCGTCTTCTTCTTTTCCCTATCTTTCTTCTTCCGGATCTCCCAAACACCAATC
CTGACAGACCAAGCATCTCCGCAGTCCTCTTCCTCCGTCGCTCCCCCTCGTGGGGATGCG
GAATCCTCCTCCAGTTCTCCGCCTGATGCTATGATATCTTCCAGAGATCCCGACGCTCTC
TTTAGCGGCGGTGGAATCAGCTTTTTAGCGGGGAATCATCGGCCTGTGAAGTTTAGTTAT
GGGTATTCTAGTCTCAAAGGTAAACGAGCAACAATGGAGGACTTCTTCGAGACTAGAATA
TCTGATGTTGATGGACAAATGGTTGCCTTCTTCGCCGTCTTCGATGGTCACGGTGGTGCA
AGAACTGCAGAATATCTTAAAAACAATCTTTTCAACAACTTAGTTACTCATCATGACTTT
ATCTCAGACACCAAGAAAGCCATTGTGCAAGTGTTTAAGCAGACGGATGAGGAGTATCTC
GTTGAAGAGAGTGGACAGCCTAAGAACGCTGGCTCAACCGCATCAACTGCTTTGCTTGTT
GGAGATAAGTTGATAGTTGCTAACGTTGGTGATTCTAGTTGTAGCGTCTAGAAATGCCTC
AGCTGTTCCACTTTCTAATGATCACAAACCTGATAGATCAGATGAGCGACAGAGGATTGA
AGATGCTGGTGGCTTCATCTGGGCTGGAACATGGCGAGTTGGTGGAATTCTTGCTGTGTC
CCGGGCATTTGGAGACAAGCAACTTAAGTCATATGTAATTGCGGAGCCAGAGATTCAGGA
GGAGGATATAAGCACGTTGGACTTTATTGTTATCGCCAGCGATGGATTGTGGAATGTGTT
GTCAAACAAGGATGCCGTGGCAATAGCACGAGACATTTCAGATGCGGAAACAGCTTCACG
AAAGCTAGTTCAAGAAGCATACGCACGGGGTAGCTGCGACAATATCACTTGCATTGTTGT
TCGATTTGAGGTTTCTTGAGATATAGCCAAAGGCGTACATTGTTCTGGTTTGAATGCATC
GTCTTCAGCTGTGGCCTTCTCCTTCCATGTATTTGATTGGTTATATAAAACGAAACAAAA
ACAATGAAACTCTATGATTTTTATTTGCAAGAGAAACTGAAATACAGTTAGTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3ET07TF U 1
AF RR3ET07JQ C 545
BS 1 797 RR3ET07TF
BS 798 1195 RR3ET07JQ

RD RR3ET07TF 800 0 0
GGTCCACCTACGAACCACTCTTTTCTTCGAGGTTTCTTCTTCTGCTCCGAAACCATATAT
TCCTTCATCGTCTTCTTCTTTTCCCTATCTTTCTTCTTCCGGATCTCCCAAACACCAATC
CTGACAGACCAAGCATCTCCGCAGTCCTCTTCCTCCGTCGCTCCCCCTCGTGGGGATGCG
GAATCCTCCTCCAGTTCTCCGCCTGATGCTATGATATCTTCCAGAGATCCCGACGCTCTC
TTTAGCGGCGGTGGAATCAGCTTTTTAGCGGGGAATCATCGGCCTGTGAAGTTTAGTTAT
GGGTATTCTAGTCTCAAAGGTAAACGAGCAACAATGGAGGACTTCTTCGAGACTAGAATA
TCTGATGTTGATGGACAAATGGTTGCCTTCTTCGCCGTCTTCGATGGTCACGGTGGTGCA
AGAACTGCAGAATATCTTAAAAACAATCTTTTCAACAACTTAGTTACTCATCATGACTTT
ATCTCAGACACCAAGAAAGCCATTGTGCAAGTGTTTAAGCAGACGGATGAGGAGTATCTC
GTTGAAGAGAGTGGACAGCCTAAGAACGCTGGCTCAACCGCATCAACTGCTTTGCTTGTT
GGAGATAAGTTGATAGTTGCTAACGTTGGTGATTCTAGTTGTAGCGTCTAGAAATGCCTC
AGCTGTTCCACTTTCTAATGATCACAAACCTGATAGATCAGATGAGCGACAGAGGATTGA
AGATGCTGGTGGCTTCATCTGGGCTGGAACATGGCGAGTTGGTGGAATTCTTGCTGTGTC
CCGGGCATTTGGAGACA
GCA

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3ET07JQ 651 0 0
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ATAAGTTGATAGTTGCTAACGTTGGTGATTCTAGTTGTAGCGTCTAGAAATGCCTCAGCT
GTTCCACTTTCTAATGATCACAAACCTGATAGATCAGATGAGCGACAGAGGATTGAAGAT
GCTGGTGGCTTCATCTGGGCTGGAACATGGCGAGTTGGTGGAATTCTTGCTGTGTCCCGG
GCATTTGGAGACAAGCAACTTAAGTCATATGTAATTGCGGAGCCAGAGATTCAGGAGGAG
GATATAAGCACGTTGGACTTTATTGTTATCGCCAGCGATGGATTGTGGAATGTGTTGTCA
AACAAGGATGCCGTGGCAATAGCACGAGACATTTCAGATGCGGAAACAGCTTCACGAAAG
CTAGTTCAAGAAGCATACGCACGGGGTAGCTGCGACAATATCACTTGCATTGTTGTTCGA
TTTGAGGTTTCTTGAGATATAGCCAAAGGCGTACATTGTTCTGGTTTGAATGCATCGTCT
TCAGCTGTGGCCTTCTCCTTCCATGTATTTGATTGGTTATATAAAACGAAACAAAAACAA
TGAAACTCTATGATTTTTATTTGCAAGAGAAACTGAAATACAGTTAGTTCC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 4

CO CL2296Contig1 727 4 23 U
AACCAAAAACCCATAAAGCATATCATACTCAAAAGAGTGGCAGAACATAAAATATCCAAA
ACATTCACTCGAACTTATGATAAC*TTCAGTAAGTACCACACCACACAAGATACGTAGAC
ATAAGAGTTTCATGGAAAAGTCTTGAAACATTTTATTTGGGCGATGAGAGTCATAATAGC
TCATAGGAGATAAGATAAAGAGCTGAACTAAATCAGCAGTAGAACATAACTCGCTTCACG
TTGTCTTTCAAAGGTGGGAGTGGTCTCACAGCAGCGTTCACGTGAGGCCCACGCATGTTT
CTACCACCCACACCACCTCCACGTGCCATGCTCCCACTAGCCATTGAACCACTGTCTGAT
GTCTCTGGCTCCATGTAGAACCGAGCCCTGAACGCTGCTAGATGAGCATAGTACGCAGGC
GGCACAATGGATACAGAACGAGTGCATCTAGCATACGTGTAACATAAGTTATTAGTCAGA
GATTGGAGTCCATCAGCAGAGAAGTTGTTCTCATCCCAAAGAACATGGTAATGAGCAGGT
CGAGAAGTGCCCTGAATACCAGCATGGCTACAGAGATAAAAGTCGAACTCTGTGGGGTGA
CATATCTTTGAATCCACGACAGTTCCTGGTAAAATGTTGCCACTTCTATCCACTGAATTA
CGATCATTATGGTTTTGCGCAAACAGCCTCGTGTGATGGCGCTTCTGCACCACCACAAAC
GTCACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3D905JQ U 92
AF RR3CH67JQ U 49
AF RR3CH67TF C 49
AF RR3EM48JQ U 1
BS 1 74 RR3EM48JQ
BS 75 75 RR3CH67JQ
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BS 86 124 RR3EM48JQ
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BS 345 345 RR3CH67JQ
BS 346 727 RR3EM48JQ

RD RR3D905JQ 245 0 0
AAGTACCACACCACACAAGATACGTAGACATAAGAGTTTCATGGAAAAGTCTTGAAACAT
TTTATTTGGGCGATGAGAGTCATAATAGCTCATAGGAGATAAGATAAAGAGCTGAACTGA
ATCAGCAGTAGAACATAACTCGCTTCACGTTGTCTTTCAAAGGTGGGAGTGGTCCCACAG
CAGCGTTCACGTGAGGCCCACGCATGTTTCTACCACCCATACCACCTCCACGTGCCATGC
TCCC
A

QA 1 244 1 244
DS 

RD RR3CH67JQ 377 0 0
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AGATACGTAGACATAAGAGTTTCATGGAAAAGTCTTGAAACATTTTATTTGGGCGATGAG
AGTCATAATAGCTCATAGGAGATAAGATAAAGAGCTGAACTAAATCAGCAGTAGAACATA
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CCACTGTCTGATGTCTCTGGCTCCATGTAGAACCGAGCCCTGAACGCTGCTAGATGAGCA
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QA 1 377 1 377
DS 

RD RR3CH67TF 377 0 0
AAAATATCCAAAACATTCACTCGAACTTATGATAAC*TTCAGTAAGTACCACACCACACA
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AGTCATAATAGCTCATAGGAGATAAGATAAAGAGCTGAACTAAATCAGCAGTAGAACATA
ACTCGCTTCACGTTGTCTTTCAAAGGTGGGAGTGGTCTCACAGCAGCGTTCACGTGAGGC
CCACGCATGTTTCTACCACCCACACCACCTCCACGTGCCATGCTCCCACTAGCCATTGAA
CCACTGTCTGATGTCTCTGGCTCCATGTAGAACCGAGCCCTGAACGCTGCTAGATGAGCA
TAGTACGCAGGCGGCAC

QA 1 377 1 377
DS 

RD RR3EM48JQ 727 0 0
AACCAAAAACCCATAAAGCATATCATACTCAAAAGAGTGGCAGAACATAAAATATCCAAA
ACATTCACTCGAACGTATGATAACATTCAGTAAGTACCACACCACACAAGATACGTAGAC
ATAATAGTTTCATGGAAAAGTCTTAAAACATTTTATTTGGGAGATGAGAGTCATAATAGC
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TTGTCTTTCAAAGGTGGGAGTGGTCTCACAGCAGCGTTCACGTGAGGCCCACGCATGTTT
CTACCACCCATACCTCCTCCACGTGCCATGCTCCCGCTAGCCATCGAACCACTGTCTGAT
GTCTCTGGCTCCATGTAGAACCGAGCCCTGAACGCTGCTAGATGAGCATAGTACGCAGGC
GGCACAATGGATACAGAACGAGTGCATCTAGCATACGTGTAACATAAGTTATTAGTCAGA
GATTGGAGTCCATCAGCAGAGAAGTTGTTCTCATCCCAAAGAACATGGTAATGAGCAGGT
CGAGAAGTGCCCTGAATACCAGCATGGCTACAGAGATAAAAGTCGAACTCTGTGGGGTGA
CATATCTTTGAATCCACGACAGTTCCTGGTAAAATGTTGCCACTTCTATCCACTGAATTA
CGATCATTATGGTTTTGCGCAAACAGCCTCGTGTGATGGCGCTTCTGCACCACCACAAAC
GTCACTG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 4

CO CL2297Contig1 1040 4 9 U
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GAGAGAGAGAGAGAGAGGTGTTCAGGGGAGCAGATCCGTCCGTGCCTTCCCAGTTCTCAG
GGAATGATATAGCAGTGGATTGAACACATGTACGGGAGAAAAGGGTATCAGCTGGTTAAG
GATTTTGCGAGTGGGGAGAAGGGTCAGCTCAAACCTTTCAATAGCAAGCTCTTTGATGAG
ACAATCGAAGAATGCGAGCAGAATCACCATCTCATCCAGTCTCTCATGAGGAAAATGCAA
CGAGAAGGGTTGGAGGTTCCGAACAATAGAAACGCTGACCACTACGGAGCACTCGTTCAT
CACCTTTCTTTGATCCGCAACAAGCGCTGCCTCATGGCCTATGTGCACAATAGAGCAGAA
ATTGTGCGTGATCTGGCTTGGAGAGTAGGACTTGAACTTCCCTACCTTCCACCTGAAATC
CTTGAGAAGCTCACCACTCTCGAGAAGGAGTATTTCAAGAACCATTCCGTTGCTATCACT
TCCTACATGGGAAAAGCAGGCCTCGAGTTGAATGTCGATATGGTGCCTCCCAAAGATCCG
TACATCAAGGTCAGAGTTGTGGGAGATATCGACCGAGGAATTATGATGAATGACAAGGCA
ACAAATTTCGCACCTCACTCTATGCATTTCCTCAAACGAACTGATGCAGAACCCTACATT
GCTCGGGAGCAAATGGAGGAGCTGACAGGTTGAGGTAGATTGATGCAATAGGAAGCTTGG
GTGATCTCACAGATTAATCAAACGGTATTGGTATGTGTGATCAAAAAGAATGTAAGCTTA
CATAGTCTTTCTTATTTGTATAATTGTAAGACAGGAACAGTGAAACCTCCCTCATACCAG
CAAAAAAAAAACTCGATGTACAATTTGTTTTATCTTCCAAAGTTACTTCAGTAATAACAT
CACTAGGAACATGGCATTTTTGCTTTGGATAGCAGAAACAAGTTTTTATTCAGTGAGGAA
TCAAATCCTTGGAAGCTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3GJ59TF U 69
AF RR3B676TF U 1
AF RR3GJ59JQ C 219
AF RR3B676JQ C 221
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RD RR3GJ59TF 676 0 0
GG
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TGGAGGTTCCGAACAATAGAAACGCTGACCACTACGGAGCACTCGTTCATCACCTTTCTT
TGATCCGCAACAAGTGCTGCCTCGTGGCCTATGTGCACAATAGAGCAGAAATTGTGCGTG
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AAATGGAGGAGCTG

QA 3 676 3 676
DS 

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GAGAGAGAGAGAGAGAGGTGTTCAGGGGAGCAGATCCGTCCGTGCCTTCCCAGTTCTCAG
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CGAGAAGGGTTGGAGGTTCCGAACAATAGAAACGCTGACCACTACGGAGCACTCGTTCAT
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CTTGAGAAGCTCACCACTCTCGAGAAGGAGTATTTCAAGAACCATTCCGTTGCTATCACT
TCCTACATGGGAAAAGCAGGCCTCGAGTTGAATGTCGATATGGTGCCTCCCAAAGATCCG
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ACAAATTTCGCACCTCACTCTATGCATTTCCTCAAACGAACTGATGCAGAACCCTACATT
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GTGATCTCACAGATTAATCA

QA 1 800 1 800
DS 

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AA
AGG

QA 15 736 15 736
DS 

RD RR3B676JQ 820 0 0
CAATAGCAGCTC
TTGATGAGACAATCGAAGAATGCGAGCAGAATCACCATCTCATCCAGTCTCTCATGAGGA
AAATGCAACGAGAAGGGTTGGAGGTTCCGAACAATAGAAACGCTGACCACTACGGAGCAC
TCGTTCATCACCTTTCTTTGATCCGCAACAAGCGCTGCCTCATGGCCTATGTGCACAATA
GAGCAGAAATTGTGCGTGATCTGGCTTGGAGAGTAGGACTTGAACTTCCCTACCTTCCAC
CTGAAATCCTTGAGAAGCTCACCACTCTCGAGAAGGAGTATTTCAAGAACCATTCCGTTG
CTATCACTTCCTACATGGGAAAAGCAGGCCTCGAGTTGAATGTCGATATGGTGCCTCCCA
AAGATCCGTACATCAAGGTCAGAGTTGTGGGAGATATCGACCGAGGAATTATGATGAATG
ACAAGGCAACAAATTTCGCACCTCACTCTATGCATTTCCTCAAACGAACTGATGCAGAAC
CCTACATTGCTCGGGGGCAAATGGAGGAGCTGACAGGTTGAGGTAGATTGATGCAATAGG
AAGCTTGGGTGATCTCACAGATTAATCAAACGGTATTGGTATGTGTGATCAAAAAGAATG
TAAGCTTACATAGTCTTTCTTATTTGTATAATTGTAAGACAGGAACAGTGAAACCTCCCT
CATACCAGCAAAAAAAAAACTCGATGTACAATTTGTTTTATCTTCCAAAGTTACTTCAGT
AATAACATCACTAGGAACATGGCATTTTTGCTTTGGATAGCAGAAACAAGTTTTTATTCA
GTGAGGAATCAAATCCTTGGAAGCTTCT

QA 13 820 13 820
DS 



AS 1 3

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GGGCCTCGCCCCTCCCCCTCTCTCTCTCTTCTTCTTCGTCTTCGTCTCTCTCAGAATGCT
CATCAGATATAATCTCCTTTTCGTTTCCCTTGATGTGTTTTCTCTTCTAATCTCCGTTTA
GAGAGAAACCAAAACCACAAAAAAACGGAGGAGAGAAAGAGAGAGAAGATAAGCTAATCT
ATGGCCACCGCCGCCGCCGCCGCCGCTATGACAGAGAAGGAAGCTATGGTGGATCCTTTT
TTGGTCGAAGCTCTCCAGAATCCTCGTCATCGTCTCACCATTTTGCGGATGGAGCTCGAT
ATACAAAAGTTCCTCCAAAACCCTGAGCAGCTTCAGTTCGAGTTCTCTCCTTTCCCAACG
TCTTACCTTCGTCTCGCCGCACATCGGGTCGCTCAGCACTATGGTCTGGTCACCATGGCT
CTAGACAACGGTGGTGGCGCAGTGGATGGATCAGACAACAGGATCCTGGCGACCAAGACA
GCTGAGAGTAGGTTTCCTTGCGTCTGCTTGTCCGAAATCCCTGTCAAGCAACCCGAGAAC
GGTAGACCCGAGGGTTTCAAGATTGCGATCAAGGCGAGACCCAAGAGAGGATCCGGCTCC
GGAGGTAGCGGATCCGGAGTGCAGCAGAATCTTCAGAGAAGTGTTGAGGAGAGGAAAGAG
GAGTATGATAAAGCTAGGGCTCGGATCTTTAACAGCCCTGGTAGTTCCGACTCTGAAGAT
TCTTCGTCGCTACGAGCTCCTCCTCTTACTCCTCCTCCTGAAGTGAAAAACGCGAGTGTA
AACCGCAGTGAGGCTGAGGTGGCGGTCAGTAATAATTCTCTTGATGCTGGTGGTGGTTCT
CGAGAATCTGGAAGGACCTCTATAGCCATCATCAGAGATAGGGAGAAAGATCGTTATGAT
CCTGATTATGACAGGAGCTATGACAGGTATGTCGTGGATCCAGCCTACAGGTACGTTAGG
GTTATGCCGTCTGGCCAAGGCTTCAATCCGATGCCTCTCCACATTCCGTTTCACGATGGA
GGTTTCCCGCAGATGCCAAGAGGTCATCAAGCTCATCTAAACTACGGGCATCATCCGCTA
AACCCTGCTATGAGTCCCTTTATTAATCACCCGGCTGCTTACACACCGTGGCCAAACTCG
CCAGCTATGAACTATGCGCATTCGTTGAACGGCCCAGACACAAATCTTTTCAGGCATCCT
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TTCCAAACAATGGCTGCTGCTTTCTTATATAACAAGACATCTTCTTTCCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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TTGGTCGAAGCTCTCCAGAATCCTCGTCATCGTCTCACCATTTTGCGGATGGAGCTCGAT
ATACAAAAGTTCCTCCAAAACCCTGAGCAGCTTCAGTTCGAGTTCTCTCCTTTCCCAACG
TCTTACCTTCGTCTCGCCGCACATCGGGTCGCTCAGCACTATGGTCTGGTCACCATGGCT
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GGAGGTAGCGGATCCGGAGTGCAGC

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DS 

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TGGTGGTGGTTCTCGAGAATCTGGAAGGACCTCTATAGCCATCATCAGAGATAGGGAGAA
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GTGGCCAA

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DS 

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GGGAGAAAGATCGTTATGATCCTGATTATGACAGGAGCTATGACAGGTATGTCGTGGATC
CAGCCTACAGGTACGTTAGGGTTATGCCGTCTGGCCAAGGCTTCAATCCGATGCCTCTCC
ACATTCCGTTTCACGATGGAGGTTTCCCGCAGATGCCAAGAGGTCATCAAGCTCATCTAA
ACTACGGGCATCATCCGCTAAACCCTGCTATGAGTCCCTTTATTAATCACCCGGCTGCTT
ACACACCGTGGCCAAACTCGCCAGCTATGAACTATGCGCATTCGTTGAACGGCCCAGACA
CAAATCTTTTCAGGCATCCTTTTGCGAGCAATCCCTGACGACAAGTAGTGTTTTGAGTAC
TTCAATGTTTGTATGAAAGTTTTTTAAAAAAAAAGAAATAGATTCTATAGATATTTAGCC
TTTAGGAGCTCTCTGTTCTGTTCCAAACAATGGCTGCTGCTTTCTTATATAACAAGACAT
CTTCTTTCCC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 4

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GTGACGGAGATCATCCACGATCCCGGCCGTGGTGCGCCGCTAGCTCGCGTCGCGTTCCGT
CATCCTTTCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTCTTCGTCGCCGCCGAAGGTATGTACACG
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ATGATTGGTCAAGTTGCAGGTGGTGGAAGGACCGAGAAGCCGATGCTCAAGGCAGGAAAC
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GTTAGACGTGATGCACCTCCTGGACAGAAGGTTGGTCTTATTGCTGCTAGGAGAACTGGT
CGTCTCAGAGGTCAAGCTGCTGCTTCTGCTGCCAAGGCCGACTAGGTTTCATAAAATATT
TTTGTTTGCGTTTCGCTGTGTTTCCTTTTGGACCTTGTGTTCTGAAATCTCAAAAATATT
TTGTTATAATCTTGTCCTTCTCTGTCGAATTTATTATTATGTCTCTGCAATTTTCATTTC
GCAAGTGTTGATTATATTTGTTCATTTTTCGTTTTGTTCTCTAATTAAACTACATATATT
TCTGGTCGAAGTTGGGATGCTAATTGAATCTTGGTCTTTTTGTAACGG


BQ
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AF RR3G587TF U 1
AF RR3G587JQ C 343
AF RR3CR72JQ C 593
AF RR3CR72TF U 593
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ATGATTGGTCAAGTTGCAGGTGGTGGAAGGACCGAGAAGCCGATGCTCAAGGCAGGAAAC
GCGTACCACAAGTACCGTGTGAAGAGGAACTCATGGCCTAAG*TTCGTGGTGTGGCTATG
AATCCAGTTGAGCATCCCCATGGAGGAG*TAACCATCAGCACATTGGTCACGCCAGTACT
GTTAGA

QA 1 726 1 726
DS 

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CATGTCGGTGATCGTGGTGTGCTCGCTAGAGCTTCTGGTGATTACGCTATCGTTATTTCA
CACAACCCTGACAACGACACTACTAGGGTCAAATTGCCATCTGGTTCGAAGAAGATTGTT
CCGAGTGGATGCAGGGCTATGATTGGTCAAGTTGCAGGTGGTGGAAGGACCGAGAAGCCG
ATGCTCAAGGCAGGAAACGCGTACCACAAGTACCGTGTGAAGAGGAACTCATGGCCTAAG
GTTCGTGGTGTGGCTATGAATCCAGTTGAGCATCCCCATGGAGGAGGTAACCATCAGCAC
ATTGGTCACGCCAGTACTGTTAGACGTGATGCACCTCCTGGACAGAAGGTTGGTCTTATT
GCTGCTAGGAGAACTGGTCGTCTCAGAGGTCAAGCTGCTGCTTCTGCTGCCAAGGCCGAC
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TGAAATCTCAAAAA

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G
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AACTGGTCGTCTCAGAGGTCAAGCTGCTGCTTCTGCTGCCAAGGCCGACTAGGTTTCATA
AAATATTTTTGTTTGCGTTTCGCTGTGTTTCCTTTTGGACCTTGTGTTCTGAAATCTCAA
AAATATTTTGTTATAATCTTGTCCTTCTCTGTCGAATTTATTATTATGTCTCTGCAATTT
TCATTTCGCAAGTGTTGATTATATTTGTTCATTTTTCGTTTTGTTCTCTAATTAAACTAC
ATATATTTCTGGTCGAAGTTGGGATGCTAATTGAATCTTGGTCTTTTTGTAACGG

QA 2 476 2 476
DS 

RD RR3CR72TF 476 0 0
G
AGGAAACGCGTACCACAAGTACCGTGTGAAGAGGAACTCATGGCCTAAGGTTCGTGGTGT
GGCTATGAATCCAGTTGAGCATCCCCATGGAGGAGGTATC*ATCAGCACATTGGTCACGC
CAGTACTGTTAGACGTGATGCACCTCCTGGACAGAAGGTTGGTCTTATTGCTGCTAGGAG
AACTGGTCGTCTCAGAGGTCAAGCTGCTGCTTCTGCTGCCAAGGCCGACTAGGTTTCATA
AAATATTTTTGTTTGCGTTTCGCTGTGTTTCCTTTTGGACCTTGTGTTCTGAAATCTCAA
AAATATTTTGTTATAATCTTGTCCTTCTCTGTCGAATTTATTATTATGTCTCTGCAATTT
TCATTTCGCAAGTGTTGATTATATTTGTTCATTTTTCGTTTTGTTCTCTAATTAAACTAC
ATATATTTCTGGTCGAAGTTGGGATGCTAATTGAATCTTGGTCTTTTTGTAACGG

QA 2 476 2 476
DS 



AS 1 4

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GATACACTTTTAGTATATCTCTAATTGCATTGACCAAGAGAGAGTACACAGGAGACGATG
TCAAAAGTTCTATCCTTCATCAACTAACAACACTGTGCATACTAGCTCGTGGTCAGTACC
TCTTATGGTTGCAGATGACGTTCCTCGTTATGAAGATTTCCAGAGGTTGCTTCTGGTGCT
GTGGAGGATGCAGAATCATCATCATCAAACTCAGTTTCTAGTTCATCTGAATCCCAGTCT
TCATCATCTGAATCAAATTCAACATCAGATAGTGAACCCTTGGCCTGAATCCCACCTTCT
CCACTGTCCTCTTCGTATGTATCTAAATAAATGTCATCTCCTTCTCCATCTGTCTCTTCG
GTCTCCTCGTCGCTAGAAAAATATGCCATGTCAAGCTTCTTGTATAACACTTGATCTCCT
TTGTCTTTTACAAGTTCCACTTGTTCGATTTCAGCTCTCAACTGCTCTGTTCTCGCCTGT
ACCACCGCAATATGTTTTATAATACCCTGGCGTCTTTGGAGCTCAACAGAACGCGCCAAA
GCCTTCCTCTTTGTCAAGAGGTTCTTAGGCCTTAACTCGGAAGGGCGCTTATAGTCTTTT
CCTCTATATACGATAATGGCATAGCCTTTGGAAACCTTGTCAACAGAGACCAGGATTCCT
CCACTCTCGGCTTCAAGGGCCAATGCCACTTTCTGCGCACCCTCAAAACTTTTAGCCTTC
ACAAGAATTTTGACTAGCTCCCTGTATTTCCAGTGCAAGTGCATGTTCTCCACAGTACCA
TCAAACACCCCTCTTCGACCAAGGAGTAAGAAAGCTTTCATCCTCAATCCGAGCTTCTGG
AACATAAATCTCTCTTCCTCAGTTATGCCCTCAGTGTCTGTTCTGTGCTCTGATGGCTTC
AGAGATTCCTCTACCTTAGCTAATGCCCGTTCAGCTTTCAGCAACCTTTTCTCAGCAAAA
GCAAC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3H747JQ U 1
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AF RR3F102JQ U 268
AF RR3F102TF C 349
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TCACTGTCCTCTTCGTAT
C

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RD RR3H747TF 379 0 0
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TCTTATGGTTGCAGATGACGTTCCTCGTTATGAAGATTTCCAGAGGTTGCTTCTGGTGCT
GTGGAGGATGCAGAATCATCATCATCAAACTCAGTTTCTAGTTCATCTGAATCCCAGTCT
TCATCATCTGAATCAAATTCAACATCAGATAGTGAACCCTTGGCCTGAATCCCACCTTCT
TCACTGTCCTCTTCGTAT
C

QA 1 378 1 378
DS 

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QA 1 350 1 350
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TTCTCAGCAAAAGCAAC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 4

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GGTTTTTTTTTTGTTTTCCTTTCTCTGTTTCCCGCGCTAGATCTATGGCCGTTTTAGTCG
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ATGATAGTACCGCCTTGTGGGGAATCATTGGATCCGTTTCGAACGCGGCTCTCTCCGTGG
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CAAAACAAGCTTTAATTAACATTGTAAGCAAAAACTCAAAATTGTACTTTTAATTTTTTT
AAAAAAAATTCCACATTCGCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE76TF U 1
AF RR3E017JQ C 580
AF RR3E017TF U 580
AF RR3DE76JQ C 418
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BS 948 982 RR3DE76JQ

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ATTCCATCCTGAAGTTTCCACATTTCCGACAGAAACTTAGCTCTCGTTTTGGTAATTACA
GCGTCTTCTCTCCGCCACTCAAAGCTTATCCGAGCTATAGTTCGTTCGATCATCCCTCGT
GGTTTTTTTTTTGTTTTCCTTTCTCTGTTTCCCGCGCTAGATCTATGGCCGTTTTAGTCG
AAAGATTTGCTCGCAGAGACGGAAGCGAACACTCTGGGTCGGTCGAGCAAGAAGCTTCCA
TCAATGGGTCTCCGGAGATCCGGTACGGGATGGTCCCGGTTAGTGGGATCGAAGCCATTG
TTAATAGTCTGAGCAAATGGGTTGTGTCTATTCTGTTTGCTTCCATCGTTCTTCTGCGGC
ATGATAGTACCGCCTTGTGGGGAATCATTGGATCCGTTTCGAACGCGGCTCTCTCCGTGG
TACTCAAACGTATACTCAACCAAGCGAGACTTGCTACGACCTCGCGAACTGATCCTGGGA
TGCCATCTACTCACGCCCAGTCTATCTCTTCCATATCTGTTTTTGCTGTTTTGTCTGTTA
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GTTCATATTTTAT

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DS 

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ACACAAGCAGTCAAGTGGTGGTTGGTGCAATCGTGGGTTCTGTTCTCTGCATCTTCTGGT
ACACAACGTGGAACTCGCTTCTCCTTGAAGCCTTCGAGTCATCTCTATCACTCCAAATAT
CTGTATTTCTGGTTGCAGCTGCTCTTGCGCTAGCTTTTGCAACCCATGTTGTACTTGACT
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AATTGTAC
GCTTAACTTTTTTTGC

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DS 

RD RR3E017TF 384 0 0
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GCTGCCTCATACTCGCGTCGTGTTCATATTTTATACGGTTAAGGGTTTCTCAGAAGCTTC
ACACAAGCAGTCAAGTGGTGGTTGGTGCAATCGTGGGTTCTGTTCTCTGCATCTTCTGGT
ACACAACGTGGAACTCGCTTCTCCTTGAAGCCTTCGAGTCATCTCTATCACTCCAAATAT
CTGTATTTCTGGTTGCAGCTGCTCTTGCGCTAGCTTTTGCAACCCATGTTGTACTTGACT
GGTTCAGAAACGATAATTGAGCAAAACAAGCTTTAATTAACATTGTAAGCAAAAACTCAA
AATTGTAC
GCTTAACTTTTTTTGC

QA 1 368 1 368
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RD RR3DE76JQ 565 0 0
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TGGTACTCAAACGTATACTCAACCAAGCGAGACTTGCTACGACCTCGCGAACTGATCCTG
GGATGCCATCTACTCACGCCCAGTCTATTTTTTCCATATCTGTTTTTGCTGTTTTGTCTG
TTATGGAATGGCTTGGAACCACTAAAGTCTCTATGTTCCTTAGCTGCCTCATACTCGCGT
CGTGTTCATATTTTATACGGTTAAGGGTTTTTCAGAAGCTTCACACAAGCAGTCAAGTGG
TGGTTGGTGCAATCGTGGGTTCTGTTTTCTGCATCTTGTGGTACACAACGTGGAACTCGC
TTCTCCTTGAAGCCTTCGAGTCATCTCTATTACTCCAAATATCTGTATTTCTGGTTGCAG
CTGCTCTTGCGCTAGCTTTTGCAACCCATGTTGTACTTGACTGGTTCAGAAACGATAATT
GAGCAAAACAAGCTTTAATTAACATTGTAAGCAAAAACTCAAAATTGTACTTTTAATTTT
TTTAAAAAAAATTCCACATTCGCAT

QA 1 565 1 565
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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TGTAAGATTCAGATGACAACGTTAAGATGGATCATAATGATGACACTGATGATGAGAATA
GGAGAATCGATGAGATTGGATCTGGAATCAGGCAGCACCAAATGCATCTCCGACGATATC
AAAATAAATTATATGACTGTAGGAAATTACTCCATCGTCAATCCCAACGAAGATCTCCAT
CTTCCGGCTTCCCACAAAATCTATGTCACTGTGGCCTCGCCTAAAGGGCACAGTCAGCAT
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ACAACGTGTTTTGTGGCTCCCGGTTTTAAACCCCCGGCCAAGTTCGCCGTTGATTTTGAG
TGGAAAAGTGGCGTGGAGGCGAAAGATTGGAGCACCATCGCCAAGAGAGGCCAGATCAAC
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TTTGAACTCCGGGAGAGGGAACGGGAAATGCAGGAGCTAAACCGATCGACAAACTCGAGA
ATGGCGACTTTAAGCTTACTGTCGATCGTGTTTACGTTGTCGGTCGCTGGTCTACAACTA
TATCATCTCAAGTCATTCTTGGAGAGGAAGAAGCTTCTCTAATCAAACAAGTTGTTTCTC
TTTATGTTCAAAAAAAAAAGTTGTTTCTCTTACTTTTATCAGATTTTTGTGTTCTCGGTT
TTAGTTTCTTTTTACTAAAAGAATCACTTTCTTTGTCTTGGATTTTGAGAATTTAACATT
ACATATATTCTGGTTGTCCCAAAGTCGTACTGATTAAAAGTCTTGGGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DK64TF U 14
AF RR3FN49TF U 1
AF RR3FN49JQ C 440
BS 1 85 RR3FN49TF
BS 86 86 RR3DK64TF
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AGATGGATCATAATGATGACACTGATGATGAGAATAGGAGAATCGATGAGATTGGATCTG
GAATCAGGCAGCACCAAATGCATCTCCGACGATATCAAAATAAATTATATGACTGTAGGA
AATTACTCCATCGTCAATCCCAACGAAGCTCTCCATCTTCCGGCTTCCCACAAAATCTAT
GTCACTGTGGCCTCGCCTAAAGGGCACAGTCAGCATCATGCGGAAAATGTGGAGTCTGGA
CAATTCGTGTTCACGGCGATGGAAAGCGGCGATTACACAACGTGTTTTGTGGCTCCCGGT
TTTAAACCCCCGGCTAAGTTCGCCGTTGATTTTGAGTGGAAAAGTGGCGTGGAGGCTAAA
GATTGG
T

QA 12 437 12 437
DS 

RD RR3FN49TF 569 0 0
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TGTAAGATTCAGATGACAACGTTAATATGGATCATAATGATGACACTGATGATGAGAATA
GGAGAGTCGATGAGATTGGATCTGGAATCAGGCAGCACCAAATGCATCTCCGGCGATATC
AAAATAAATTATATGACTGTAGGAAATTACTCCATCGTCAATCCCAACGAAGATCTCCAT
CTTCCGGCTTCCCACAAAATCTATGTCACTGTGGCCTCGCCTAAAGGGCACAGTCAGCAT
CATGCAGAAAATGTGGAGTCTGGACAATTCGTGTTCACGGCGGTGGAAAGCGGCGATTAC
ACGACGTGTTTTGTGGCTCCCGGTTTTAAACCCCCGGCCAAGTTCGCCGTTGATTTTTAG
TGGAAAAGTGGCGTGGAGGCGAAAGATTGGAGCACCATCGCCAAGAGAGGCCAGATCAAC
ATGATGGAGGTGGAGGTGAGCAAACTACTAGACGTGACGGAATCTATACACGACGAAATG
TTTGAACTCCGGGAGAGGGAACGGGAAAT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3FN49JQ 452 0 0
CG
AAAGATTGGAGCACCATCGCCAAGAGAGGCCAGATCAACATGATGGAGGTGGAGGTGAGC
AAACTACTAGACGTGACGGAATCTATACACGACGAAATGTTTGAACTCCGGGAGAGGGAA
CGGGAAATGCAGGAGCTAAACCGATCGACAAACTCGAGAATGGCGACTTTAAGCTTACTG
TCGATCGTGTTTACGTTGTCGGTCGCTGGTCTACAACTATATCATCTCAAGTCATTCTTG
GAGAGGAAGAAGCTTCTCTAATCAAACAAGTTGTTTCTCTTTATGTTCAAAAAAAAAAGT
TGTTTCTCTTACTTTTATCAGATTTTTGTGTTCTCGGTTTTAGTTTCTTTTTACTAAAAG
AATCACTTTCTTTGTCTTGGATTTTGAGAATTTAACATTACATATATTCTGGTTGTCCCA
AAGTCGTACTGATTAAAAGTCTTGGGTCCC

QA 3 452 3 452
DS 



AS 1 3

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AACATCGTATGTACGAAAATAACTTTAAGTTTAATAGAAAGAGGTTCATTGAAGTTTAAA
GAGACAT*GGAGAATAACACTTGGCTAGAAGAGTGGTTGAAAGTAGAACAAAACTACGTT
TTAACTACATATTCTACATGAAACCCCCACGCATAGACGGCCCCACCCTGCTCAGCTTCA
CGGTTGATGCGCATTTTGTAAAGCTCGGGTCACCATGTCGGTGAATTCATTCTCCTGAAC
CAGTGCTAACAGCGCTTCTTTGACTTTGTCTCTGTTGATAACCGGGCCACTGTGTGCAGG
AGCGAGTGATGCTGGTGGAGTTGGTGGTGGGAAAGGCTGGAGCATTGGAGTACCATATGG
GCGCTGCTGGTGAGTCGCATTATTAAGGTTCATAGGAGGTGTAGTGGGAATAGATGAACC
AGGAATGAGGTGTGGTTGTGTCATCATCCGTGGGGGCCCAAAGAAGGAGGACGGCGTCAC
CAAATCCGTGTGAACATTAGACTTGCTGCTGATAAGATCAGGATTGTTGTCAAAGAGAGG
CATCATAGGAGAGGAGGATTGTAGAGGCGGTGGTGATAATATCTGTGGGGGTGCAGCTGT
CGGTGGAGGAGGGGCAAGGGTGGGTTGGTGAGGTTGCAGTGGAATTGCTGATGGTTGTTG
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GAAGTTGACAAAAGCAGGATCGTTAGGGGCATCCCTAGCAGTTGAAGATGGTTCAAGAGG
ACCATCCATGACTGCCATTGTAGGCACAGCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D690JQ U 1
AF RR3C440JQ U 33
AF RR3D690TF C 36
BS 1 708 RR3D690JQ
BS 709 732 RR3C440JQ
BS 733 815 RR3D690TF

RD RR3D690JQ 712 0 0
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TTAACTACATATTCTACATGAAACCCCCACGCATAGACGGCCCCACCCTGCTCAGCTTCA
CGGTTGATGCGCATTTTGTAAAGCTCGGGTCACCATGTCGGTGAATTCATTCTCCTGAAC
CAGTGCTAACAGCGCTTCTTTGACTTTGTCTCTGTTGATAACCGGGCCACTGTGTGCAGG
AGCGAGTGATGCTGGTGGAGTTGGTGGTGGGAAAGGCTGGAGCATTGGAGTACCATATGG
GCGCTGCTGGTGAGTCGCATTATTAAGGTTCATAGGAGGTGTAGTGGGAATAGATGAACC
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CAAATCCGTGTGAACATTAGACTTGCTGCTGATAAGATCAGGATTGTTGTCAAAGAGAGG
CATCATAGGAGAGGAGGATTGTAGAGGCGGTGGTGATAATATCTGTGGGGGTGCAGCTGT
CGGTGGAGGAGGGGCAAGGGTGGGTTGGTGAGGTTGCAGTGGAATTGCTGATGGTTGTTG
GTACGTTGGTCCACTTGTCTGTCCACTTGAAGTGTTCCCGAGAGCCAT
GGCT

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DS 

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AAC
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GTTGAAAGTAGAACAAAACTACGTTTTAACTACATATTCTGCATGAAACCCCCACGCATA
GACGGCCCCACCCTGCTCAGCTTCACGGTTGATGCGCATTTTGTAAAGCTCGGGTCACCA
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TGATAACCGGGCCACTGTGTGCAGGAGCGAGTGATGCTGGTGGAGTTGGTGGTGGGAAAG
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GCAGTGGAATTGCTGATGGTTGTTGGTACGTTGGTCCACTTGTCTGTCCACTCGAAGTGT
TCCCAAGAGCCATCGCTGAGCTAAAGAAGTTGACAAA

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DS 

RD RR3D690TF 780 0 0
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GT*GAAAGTAGAACAAAACTACGTTT*AACTACATATTCTACATGAAACCCCCACGCATA
GACGGCCCCACCCTGCTCAGCTTCACGGTTGATGCGCATTTTGTAAAGCTCGGGTCACCA
TGTCGGTGAATTCATTCTCCTGAACCAGTGCTAACAGCGCTTCTTTGACTTTGTCTCTGT
TGATAACCGGGCCACTGTGTGCAGGAGCGAGTGATGCTGGTGGAGTTGGTGGTGGGAAAG
GCTGGAGCATTGGAGTACCATATGGGCGCTGCTGGTGAGTCGCATTATTAAGGTTCATAG
GAGGTGTAGTGGGAATAGATGAACCAGGAATGAGGTGTGGTTGTGTCATCATCCGTGGGG
GCCCAAAGAAGGAGGACGGCGTCACCAAATCCGTGTGAACATTAGACTTGCTGCTGATAA
GATCAGGATTGTTGTCAAAGAGAGGCATCATAGGAGAGGAGGATTGTAGAGGCGGTGGTG
ATAATATCTGTGGGGGTGCAGCTGTCGGTGGAGGAGGGGCAAGGGTGGGTTGGTGAGGTT
GCAGTGGAATTGCTGATGGTTGTTGGTACGTTGGTCCACTTGTCTGTCCACTTGAAGTGT
TCCCGAGAGCCATGGCTGAGCTGAAGAAGTTGACAAAAGCAGGATCGTTAGGGGCATCCC
TAGCAGTTGAAGATGGTTCAAGAGGACCATCCATGACTGCCATTGTAGGCACAGCTTCCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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CTGGAAAAAAGGAAAATTTACACACGGAGCGATATACAAACCACGTGAACCATACCCAAG
ATGCATTAGAGAGACGTTTAAAGACTTTCCACCTTCGTCTCTTCCTCTCATTGACTCCCT
TCTTTCTATTGAACCTGAGAACCGCCAAACTGCAACTGCTGCTTTACATAGTGAATTCTT
TACAAGCGACCCATATGCCTGTGAACCTGCTGATCTCCCAAAGTATCCACCCAGCAAAGA
AATGGATGCAAAGCGACGAGATGAAGAAACTCGGAGACAAAGAGCTGCTAGTAAAGCCCA
AGGAGATGGTGCAAGGAAGAATAGGCACAGAGATCGTTCGAATAGAGCCCTTCCAGCTCC
AGAAGCTAATGCAGAACTTCAGTCAAATGTCGATAGGAGGAGATTAATCACACACGCAAC
CGCAAAAAGCAAGAGCGAGAAGTTTCCACCACCACACCAGGACGGTGGAGCAATGGGGGT
ACCATTGGGAGCCTCGCAGCACATAGACCCAACATTCGTCCCACCAGACATGGCTTCGTC
CTTCACTTCCACTTCTTTCAATTTTTCAAAAGATGAACCGCCAACGCAAGTTCAGACCTG
GTCAGGTCCTCTGGGTCATCCCATCACAGGCATTTCAAGAAGGAAGAAAGATAGTACCAA
AAGCAGCAAAGGAAAGAGAGCAGTGATGGCTTGAGCCAGAAAAAAAATATAATTGCTTTC
AAATGCTCTTTTCTTGAATTTATAACAATGTAAGTGTTAACTTTATTATTCTTTGGGAAG
AAAGTGTTTTATTCTTTTCAAATATGCGTAGACTTGTAATGTGTTTATAATTATAATGAC
GTTATATTATGTAATATACACTACCTTTTTGTTGCTATTATTTCAAATATATCTGTTCGA
CTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR3DE05TF U 53
AF RR3A419TF U 1
AF RR3DE05JQ C 336
BS 1 144 RR3A419TF
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RD RR3DE05TF 420 0 0
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GACTCCCTTCTTTCTATTGAACCTGAGAACCGCCAAACTGCAACTGCTGCTTTACATAGT
GAATTCTTTACAAGCGACCCATATGCCTGTGAACCTGCTGATCTCCCAAAGTATCCACCC
AGCAAAGAAATGGATGCAAAGCGACGAGATGAAGAAACTCGGAGACAAAGAGCTGCTAGT
AAAGCCCAAGGAGATGGTGCAAGGAAGAATAGGCACAGAGATCGTTCGAATAGAGCCCTT
CCAGCTCCAGAAGCTAATGCAGAACTTCAGTCAAATGTCGATAGGAGGAGATTAATCAC
A

QA 1 419 1 419
DS 

RD RR3A419TF 662 0 0
GAACAGAGGTGGAGCAGCTCATAAGATTTACAAACTATGTGGTTCACCATCAGAGGACTA
CTGGAAAAAAGGAAAATTTACACACGGAGCGATATACAAACCACGTGAACCATACCCAAG
ATGCATTAGAGAGACGTTTAAAGATTTTCCACCTTCGTCTCTTCCTCTCATTGACTCCCT
TCTTTCTATTGAACCTGAGAACCGCCAAGCTTCAACTGCTGCTTTACATAGTGAATTCTT
TACAAGCGACCCATATGCCTGTGAACCTGCTGATCTCCCAAAGTATCCACCGAGCAAAGA
AATGGATGCAAAGCGACGAGATGAAGAAACTCGGAGACAAAGAGCTGCTAGTAAAGCCCA
AGGAGATGGTGCAATGAAGAATAGGCACAGAGATCGTTCAAATAGAGCACTTCCAGCTCC
AGAAGCTAATGCAGGACTTCAGTCAAATGTCGATAGGAGGAGATTAATCACGCACGCAAC
CGCAAAAAGCAAGAGCGAGAAGTTTCCTCCACCACACCAGGACGGTGGAGCAATGGGGGT
ACCATTGGGAGCCTCGCAGCACATAGACCCGACATTCGTCCCACCAGACATGGCTTCGTC
CTTCACTTCCACTTCTTTCAATTTTTCCAAAGATGAACCGCCAACGCAAGTTCAGACCTG
GT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3DE05JQ 628 0 0
GACAAAGAGCTGCTAGTAAAGCCCAAGGAGATGGTGCAAGGAAGAATAGGCACAGAGATC
GTTCGAATAGAGCCCTTCCAGCTCCAGAAGCTAATGCAGAACTTCAGTCAAATGTCGATA
GGAGGAGATTAATCACACACGCAACCGCAAAAAGCAAGAGCGAGAAGTTTCCACCACCGC
ACCAGGACGGTGGAGCAATGGGGGTACCATTGGGGGCCTCGCAGCACATAGACCCAACAT
TCGTCCCACCAGACATGGCTTCGTCCTTCACTTCCACTTCTTTCAATTTTTCAAAAGATG
AACCGCCAACGCAAGTTCAGACCTGGTCAGGTCCTCTGGGTCATCCCATCACAGGCATTT
CAAGAAGGAAGAAAGATAGTACCAAAAGCAGCAAAGGAAAGAGAGCAGTGATGGCTTGAG
CCAGAAAAAAAATATAATTGCTTTCAAATGCTCTTTTCTTGAATTTATAACAATGTAAGT
GTTAACTTTATTATTCTTTGGGAAGAAAGTGTTTTATTCTTTTCAAATATGCGTAGACTT
GTAATGTGTTTATAATTATAATGACGTTATATTATGTAATATACACTACCTTTTTGTTGC
TATTATTTCAAATATATCTGTTCGACTT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 4

CO CL2307Contig1 1284 4 15 U
GGCAATACAATGTATATTGAATTGGTGCAGAATGATATTTGCTCTTACAGTTACAAATTC
CCTTCAACAAGACCTACTAACTGTTGATAACATATGAAATGAAAGCTGAGATTTTGCAAT
TTCCATGTGAATTCAAAGGAACAAAACAAGACTCACCTCTCACTCTGATTCAGAAACTAA
ACAGAGCAGAGCCTAAAAAAAGACTTTTGACTCTCACTCTCACGTAGGGAGAGCACTCCT
ACGTGACATATAGTATAATATATATATTCATGAACTTAATGAACAAGTAACTGGGTCCTT
TCGATACAGTGCAAATATCAGGAGCTTGAGCATCTAAAATAGCTTTTAAAGTTCATCGTG
CAGGGGTTGTTGCATAGGAATATCAACATTCGGAACTGTATTCCCTGCATCAAACTGTTG
TCCGAGAGGCATGGCATCACCATTTGCTGCTTTTCCAGCCAGTCGAGATTTAATGGCAGC
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GCAGGCGAAGAGGGAAAATCCAATAATGAGGATTATCCTGTCAATTACGCCTTGACGTTG
CATTGTAGAAAGTAGATTCCGAGTCCTCGACAAGAGAGACCTGTGTCCCTTGTATTCACT
CTCGGCTTTCTTAAGTACTCCAGTAGATTCATCAAAGGCCACGAGAGTGTTTGTACTTCC
CTCCACTTCCTGCACCATCAGCTGCCGTGAACGCCTGAGACTTTCAGTGATGCTTTCAGC
ATCCGACGTCACACCAGCATTTGCTTGTCGTTTACGTCTGAGATCAGTGGACTCTGTTCC
ACCACCGAGAAGAAGCTCTCTCTCTTGCTGAGCAGCTTTCCTCATGTTATCCTTTGCTTT
CAAATTAGCACTTCTCAGGTTAACCCTCAAACTTTGATACTGATTCTTCCAGGTTTCAAG
CATGGACTGGGTGGACTGGATCTGGTCATCAGAAGGGAGCTGAGGAGCGAGGAGATCGAG
ATTGAATTGAAGAGAGTTGAGAAGAGAGAGACCGTCCTGAGCCAATCCGTTGAGCCTCTG
TAGAGAAATCTTCTCCTCGCCTCCTCTACTTGATTTACTACCGTACTCTTGTATCGCTAT
GATATGTTCGATGGTCTTCTCGTACGCGTCGTCCCATTCTCTCTTCGTCTTCTCCACTTG
TACTACTACCTCGTCCTCCATCTCTCAATTGGTTGAGCTAAAGATTAGAACTGTGTAATT
GAAAGAGATCGGCGAACGAGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AL95JQ U 96
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CAGGGGTTGTTGCATAGGAATATCAACATTCGGAACTGTATTCCCTGCATCAAACTGTTG
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QA 1 625 1 625
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GTGACATATAGTA
TAATATATATATTCATGAACTTAATGAACAAGTAACTGGGTCCTTTCGATACAGTGCAAA
TATCAGGAGCTTGAGCATCTAAAATAGCTTTTAAAGTTCATCGTGCAGGGGTTGTTGCAT
AGGAATATCAACATTCGGAACTGTATTCCCTGCATCAAACTGTTGTCCGAGAGGCATGGC
ATCACCATTTGCTGCTTTTCCAGCCAGTCGAGATTTAATGGCAGCCGTAGCCATCTGTTG
CAGTCTCAGAATCCCAATCCGCTTTGAAACAACGTAAAGAACAGCGCAGGCGAAGAGGGA
AAATCCAATAATGAGGATTATCCTGTCAATTACGCCTTGACGTTGCATTGTAGAAAGTAG
ATTCCGAGTCCTCGACAAGAGAGACCTGTGTCCCTTGTATTCACTCTCGGCTTTTTTAAG
TACTCCAGTAGATTCATCAAAGGCCACGAGAGTGTTTGTACTTCCTTCCACTTCCTGTAC
CATCAGCTGCCGTGAACGCCTGAGACTTTCAGTGATGCTTTCAGCATCCGACGTCACGCC
AGCATTTGCTTGTCGTTTACGTCTGAGATCAGTGGACTCTGTTCCACCGCCGAGGAGAAG
CTCTCTCTCTTGCTGAGCAGCTTTCCTCATGTTATCCTTTGCTTTCAAATTAGCACTTCT
CAGGTTAACCCTCAAACTTTGATACTGATTCTTCCAGGT
C

QA 14 712 14 712
DS 

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T
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TGTATTCACTCTCGGCTTTCTTAAGTACTCCAGTAGATTCATCAAAGGCCACGAGAGTGT
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TGCTTTCAGCATCCGACGTCACACCAGCATTTGCTTGTCGTTTACGTCTGAGATCAGTGG
ACTCTGTTCCACCACCGAGAAGAAGCTCTCTCTCTTGTTGAGCAGCTTTCCTCATGTTAT
CCTTTGCTTTCAAATTAGCACTTCTCAGGTTAACCCTCAAACTTTGATACTGATTCTTCC
AGGTTTCAAGCATGGACTGGGTGGACTGGATCTGGTCATCAGAAGGGAGCTGAGGAGCGA
GGAGATCGAGATTGAATTGAAGAGAGTTGAGAAGAGAGAGACCGTCCTGAGCCAATCCGT
TGAGCCTCTGTAGAGAAATCTTCTCCTCGCCTCCTCTACTTGATTTACTACCGTACTCTT
GTATCGCTATGATATGTTCGATGGTCTTCTCGTACGCGTCGTCCCATTCTCTCTTCGTCT
TCTCCACTTGTACTACTACCTCGTCCTCCATCTCTCAATTGGTTGAGCTAAAGATTAGAA
CTGTGTAATTGAAAGAGATCGGCGAACGAGTGTC

QA 2 695 2 695
DS 



AS 1 2

CO CL2308Contig1 1137 2 4 U
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TTACAACCATAACTTCAAAGGCTTGTACTGCTCTTGCAACCAACCTTACCCTGACCCAGA
TGGGAAGGAACACGGGGAGATGATACAGTGTTGTATCTGTGAGGATTGGTTTCACGATGA
GCATCTCGCTCTCAAACCTTCAGACGGTGTTACTAGCCAGATTCCAAGGGATGAGGAAGG
AGTGCCGGTTTATGAGGATTTCATTTGTCAAATCTGCTCTCCAGTTTGTTCGTTTCTGAC
ACTTTATCCCGAAAAAAATTTGGGCTGATGTTAAAGTTGATTCCAATAGTCCAACCAATG
CTTGTTCAGACACTACCGAGTCAAACCAAACCCCCACAGCTACTGAGCCTGTCAAGCCTG
AGAACAGTACTGAAGCTGAAAAACCTGTTTTGAGAGGATGCACTGAGAAGCTCGCCGAAC
CTGAACCCTTTCCTGCGGCTGGTTGTGCTATTGCAACAGGTCTAACCTCGTGTATTGAGT
TTGAGGAGAAACCGCTGTTTTTAGCCAAAAACTGGAGGAACATGCTGTGCAAATGCGAGA
CGTGCCTTGAGATGTACAGCGAGAGAAAGGTTAGCTACTTACTTGATGCGGAGGACACGA
TTGCTGAATACGAGAATAAGGCAAAGGAGAAAAGAACAGAGAAACTGGAGAAACAGGAAG
GCGAAGCACTTGATCGTTTGAACAATCTCGACCATGTAACTAAAGTTGAGTTCTGTCACC
GCGTCAATAACTTCAGAGAAGGGTTACGGAGTTTGCTGGAGTCTGTTGGTACTTCAAGGG
CGATAACGTCGGAAGATGTTGAGCAGATGTTCACAAAGCTGAAAAATAAACGCCAAAGGA
TGGAGTGAGTTTAGTAGTCAATGATGAGAGGAGAGGTATGAGAATAAAAGTATTAAAGTC
GTTTCTTTTCCATATCTCATGTTAACTTTCTTTAGATATGTGTGCTTCGTCTCTGCCCTT
TTGACTATCTTTAGCTCCTAAGTTATGCAAACAACTTTGTACTTCAGTGTGTGGAGTTTT
AAGCATTCGTGTAACAGCAGACTATTATCTATATAAACTACTAGTTTTATGACTGCC


BQ
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AF RR3GJ77TF U 1
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TTACAACCATAACTTCAAAGGCTTGTACTGCTCTTGCAACCAACCTTACCCTGACCCAGA
TGGGAAGGAACACGGGGAGATGATACAGTGTTGTATCTGTGAGGATTGGTTTCACGATGA
GCATCTCGCTCTCAAACCTTCAGACGGTGTTACTAGCCAGATTCCAAGGGATGAGGAAGG
AGTGCCGGTTTATGAGGATTTCATTTGTCAAATCTGCTCTCCAGTTTGTTCGTTTCTGAC
ACTTTATCCCGAAAAAAATTTGGGCTGATGTTAAAGTTGATTCCAATAGTCCAACCAATG
CTTGTTCAGACACTACCGAGTCAAACCAAACCCCCACAGCTACTGAGCCTGTCAAGCCTG
AGAACAGTACTGAAGCTGAAAA*CCTGTTTTGAGAGGATGCACTGAGAAGCTCGCCGAAC
CTGAACCCTTTCCTGCGGCTGGTTGTGCTATTGCA

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3GJ77JQ 725 0 0
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CGCCGAACCTGAACCCTTTCCTGCGGCTGGTTGTGCTATTGCAACAGGTCTAACCTCGTG
TATTGAGTTTGAGGAGAAACCGCTGTTTTTAGCCAAAAACTGGAGGAACATGCTGTGCAA
ATGCGAGACGTGCCTTGAGATGTACAGCGAGAGAAAGGTTAGCTACTTACTTGATGCGGA
GGACACGATTGCTGAATACGAGAATAAGGCAAAGGAGAAAAGAACAGAGAAACTGGAGAA
ACAGGAAGGCGAAGCACTTGATCGTTTGAACAATCTCGACCATGTAACTAAAGTTGAGTT
CTGTCACCGCGTCAATAACTTCAGAGAAGGGTTACGGAGTTTGCTGGAGTCTGTTGGTAC
TTCAAGGGCGATAACGTCGGAAGATGTTGAGCAGATGTTCACAAAGCTGAAAAATAAACG
CCAAAGGATGGAGTGAGTTTAGTAGTCAATGATGAGAGGAGAGGTATGAGAATAAAAGTA
TTAAAGTCGTTTCTTTTCCATATCTCATGTTAACTTTCTTTAGATATGTGTGCTTCGTCT
CTGCCCTTTTGACTATCTTTAGCTCCTAAGTTATGCAAACAACTTTGTACTTCAGTGTGT
GGAGTTTTAAGCATTCGTGTAACAGCAGACTATTATCTATATAAACTACTAGTTTTATGA
CTGCC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 3

CO CL2309Contig1 1148 3 23 U
GGTACAAAGGGACAAATATATTCCATTAGGGCCTATTTAGCCAATCTTTCTTTGTTTCAT
TTTTTTTTTAACTCAACATCTCAATCATTCATCCGAATCAAAGAGACACTTACATTGACC
TCAACAGACCTTAAACAAATATAGTGATGTAGTCTAGTATCACCGTGAATCACTGAAGAT
GGATCCAACGCATCCTAACTGAACATCACTGCATTTTTTACCACACTGAGAAGAACGAAC
ACTCCAAGACCCGAAATAAACTCTTTTCTTAGACCCCTAAATTCGACCTCAGTGACACTA
GAATAGTTACAGACACAGAGAACAATCTAACTATACTGATAACATTAAACTTGACCCAAC
TATTGGCTCCTAAAGATCAGAATGTAGTGCTTGTCCAATAATATCAACACCAGAGGCGCA
TAATCAGCTAGGCTTAGATTCTCCGACTCACTGCTCCGGTCCTCAGCCAAAAACGGACAA
GAGACAGCCGACTGAAATCCGGGCTTCAGCAAAGGACGCGAGATGGTATATCAAATCCAC
ATTTCCAGAGTTATGAGTCTCTTAACGTAGATATGGCCATTAAGAACTTCCGGACGCTAG
GTGTAGAGACTCCTTCATGAACCGACCGTTGGAAGACTCCTCCGGTTGACGACTCTTTCG
TCATCGGTCTTGATTCATGTTGCCCCCGAGATCCGGGAACCAAAGCTCTGTCCGTTGACC
TTTGAGAATTCTCCTCCATACGTCTCACCATCGCAGAGGAGCGTAAATCCATGATAGAGG
AGGCGTCACCACCGTGTCACGCGCCTTCCCCGGAAAGGATTCGTCACAGATCTGAAAATA
GGGAAAATTAGATCTGACTCCTCCTTAGCTCTAAAAGCCGACCCTCTCTTTTTCCGCCGT
TACGTGAACCTCGCCGTTACTCCAGTAAAGACAAGAAATTTGTACCGTCGCGACGCAGAA
CAGCTCTCCGGTAAAGTTCCACCGACCCAGAGTGACTTACATCTCGACACAGATAAAGCG
ACAAGGGAGAGAGAAAAAGGAAATTAAAGAAGAAAAATGAAGGGAAAAAGAGTCTTCGGA
ACCGGAGAGGCTGGGCCGGAACTAGATTTGGTCAGAGTTCTAGAGAGAAGTTGGAGTTTT
CTGGTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DW58JQ U 1
AF RR3CX57JQ U 23
AF RR3CX57TF C 415
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RD RR3DW58JQ 658 0 0
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TTTTTTTTTAACTCAACATCTCAATCATTCATCCGAATCAAAGAGACACTTACATTGACC
TCAACAGACCTTAAACAAATATAGTGATGTAGTCTAGTATCACCGTGAATCACTGAAGAT
GGATCCAACGCATCCTAACTGAACATCACTGCATTTTTTACCACACTGAGAAGAACGGAC
ACTCCAAGACCCGAAATAAACTCTTTTCTTAGACCCCTAAATTCGACCTCAGTGACACTA
GAATAGTTACAGACACAGAGAACAATCTAACTATACTGATAACATTAAACTTGACCCAAC
TATTGGCTCCTAAAGATCAGAATGTAGTGCTTGTCCAATAATATCAACACCAGAGGCGCA
TAATCAGCTAGGCTTAGATTCTCCGACTCTCTGCTCCGGTCCTCAGCCAAAAACATACAA
GAGACGGCCGACTGAAATCCGGGCTTCAGCAAAGGACGCGAGATGGTATAGCAAATCCAC
ATTTCCAGGGTTATGAGTCTCTTAACGTAGATATGGCCATTAAGAACTTCCGGACGCTAG
GTGTAGAGACTCCTTCATGAACCGACCGTAGGAAGACTCCTCCAGTAGACGACTCTTT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3CX57JQ 766 0 0
CCATTAGGGCCTATTTAGCCAATTTTTCTTTGTTTCATTTTTTTT**AACTCAACATCTC
AATCATTCATCCGAATCAAAGAGACACTTACATTGACCTCAACAGACCTTAAACCAATAT
AGTGATGTAGTCTAGTATCACCTTGAATCTCTGAAGATGGATCCAACGCATCCTAACTGA
ACATCACTGCATTTTTTACCACACTGAGAAGAA*GAACACTCCAAGACCCGAAATAAACT
CTTTTCTTAGACCCCTAAATTCGACCTCAGTGACACTAGAATAGTTACAGACACAGAGAA
CAATCTAACTATACTGATAACATTAAACTTGACCCAACTATTGGCTCCTAAAGATCATAA
TGTAGTGCTTGTCCAATAATATCAACACCAGAGGCGCATAATCAGCTAGGCTTAGATTCT
CCGACTCACTGCTCCGGTCCTCAGCCAAAAACGGACAAGAGACAGCCGACTGAAATCCGG
GCTTCAGCAAAGGACGCGAGATGGTATATCAAATCCACATTTCCAGAGTTATGAGTCTCT
TAACGTAGATATGGCCATTAAGAACTTCCGGACGCTAGGTGTAGAGACTCCTTCATGAAC
CGACCGTTGGAAGACTCCTCCGGTTGACGACTCTTTCGTCATCGGTCTTGATTCATGTTG
CCCCCGAGATCCGGGAACCAAAGCTCTGTCCGTTGACCTTTGAGAATTCTCCTCCATACG
TCTCACCATCGCAGAGGAGCGTAAATCCATGATAGAGGAGGCGTCA

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3CX57TF 734 0 0
AGGCGCAT
ATCAGCTAGGCTTAGAT*CTCCGACTCACTGCTCCGGTC*TCAGCCAAAAACGGACAAGA
GACAGCCGACTGAAATCCGGGCTTCAGCAAAGGACGCGAGATGGTATATCAAATCCACAT
TTCCAGAGTTATGAGTCTCTTAACGTAGATATGGCCATTAAGAACTTCCGGACGCTAGGT
GTAGAGACTCCTTCATGAACCGACCGTTGGAAGACTCCTCCGGTTGACGACTCTTTCGTC
ATCGGTCTTGATTCATGTTGCCCCCGAGATCCGGGAACCAAAGCTCTGTCCGTTGACCTT
TGAGAATTCTCCTCCATACGTCTCACCATCGCAGAGGAGCGTAAATCCATGATAGAGGAG
GCGTCACCACCGTGTCACGCGCCTTCCCCGGAAAGGATTCGTCACAGATCTGAAAATAGG
GAAAATTAGATCTGACTCCTCCTTAGCTCTAAAAGCCGACCCTCTCTTTTTCCGCCGTTA
CGTGAACCTCGCCGTTACTCCAGTAAAGACAAGAAATTTGTACCGTCGCGACGCAGAACA
GCTCTCCGGTAAAGTTCCACCGACCCAGAGTGACTTACATCTCGACACAGATAAAGCGAC
AAGGGAGAGAGAAAAAGGAAATTAAAGAAGAAAAATGAAGGGAAAAAGAGTCTTCGGAAC
CGGAGAGGCTGGGCCGGAACTAGATTTGGTCAGAGTTCTAGAGAGAAGTTGGAGTTTTCT
GGTTCC

QA 9 734 9 734
DS 



AS 2 4

CO CL2310Contig1 760 2 12 U
GGCTTCTTCACCACTCACTCTTCTCTCTCATCACAGCAGGCAATCATACGCAAGCAACCC
TGTGAAAAGAGAGATTGAGCTTAAACACGTTTTGTGCAAAACGGAACTAAAAAAAAAGCT
CTCCTCTGAAGAAGAGAAACAAGTATGCACAGGCGGATCTGTTGTGGGCGTAGTTCAAGA
GATTCGGATGTATCAAATGATGAGCAACATCTGAAAACTCAACCGCAGCAATCTGATGCA
GCAAATAATAAGCCAAAACCACAAGCTGCTGCTGCAAAGCCAGAGGCGCCCAATGAAGCT
CTTCCCGTTGAAGTCCCTCCCTTGTCTGTGGAAGAGGTCAAAGAAAAGACTGACAACTTT
GGACCGAAGCCACTTATTGGTGAGGGTTCTTACGGAAGGGTGTATTACGCAACTCTAAGT
GATGGTAAAGCTGTTGCTTTGAAGAAACTCGATGTTGCCCCTGAAGCTGAAACGAACTCC
GAGTTCTTGAGTCAGGTTTCCATGGTTTCAAGGCTGAAGCATGAGAATTTCGTTCAGCTG
GTCGGTTACTGTGTTGATGAGAACCTCCGTGTTCTTGCTTATGAGTTTGCAACAATGGGA
TCACTGCACGACGTCCTACATGGGTAGGAAGGGAGTTCAAGGGGCACAGCCAGGTCCAAC
ACTTGACTGGATAACGAGGGTGAAGGTAGCCGTTGAGGCAGCTAGGGGTTTAGAATACCT
TCATGAGAGGTTCAGCCTCCTGTCATACATAGAGACGTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX22TF U 1
AF RR3DZ81TF U 81
BS 1 116 RR3DX22TF
BS 117 117 RR3DZ81TF
BS 118 125 RR3DX22TF
BS 126 126 RR3DZ81TF
BS 127 153 RR3DX22TF
BS 154 154 RR3DZ81TF
BS 155 363 RR3DX22TF
BS 364 364 RR3DZ81TF
BS 365 369 RR3DX22TF
BS 370 370 RR3DZ81TF
BS 371 491 RR3DX22TF
BS 492 760 RR3DZ81TF

RD RR3DX22TF 491 0 0
GGCTTCTTCACCACTCACTCTTCTCTCTCATCACAGCAGGCAATCATACGCAAGCAACCC
TGTGAAAAGAGAGATTGAGCTTAAACACGTTTTGTGCAAAACGGAACTAAAAAAAA*GCT
CTCCT*TGAAGAAGAGAAACAAGTATGCACAGGTGGATCTGTTGTGGGCGTAGTTCAAGA
GATTCGGATGTATCAAATGATGAGCAACATCTGAAAACTCAACCGCAGCAATCTGATGCA
GCAAATAATAAGCCAAAACCACAAGCTGCTGCTGCAAAGCCAGAGGCGCCCAATGAAGCT
CTTCCCGTTGAAGTCCCTCCCTTGTCTGTGGAAGAGGTCAAAGAAAAGACTGACAACTTT
GGATCGAAGTCACTTATTGGTGAGGGTTCTTACGGAAGGGTGTATTACGCAACTCTAAGT
GATGGTAAAGCTGTTGCTTTGAAGAAACTCGATGTTGCCCCTGAAGCTGAAACGAACTCC
GAGTTCTTGAG

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR3DZ81TF 680 0 0
GA
AAACACGTTTTGTGCAAAACGGAACTAAAAAAAAAGCTCTCCTCTGAAGAAGAGAAACAA
GTATGCACAGGCGGATCTGTTGTGGGCGTAGTTCAGGAGATTCGGATGTATCAAATGATG
AGCAACATCTGAAAACTCAACCGCAGCAATCTGATGCA***AATAATAAGCCAAAACCAC
AAGCTGCTGCTGCAAAGCCAGAGGCGCCCAATGAAGCTCTTCCCGTTGAAGTCCCTCCCT
TGTCTGTGGAAGAGGTCAAAGAAAAGACTGACAACTTTGGACCGAAGCCACTTATTGGTG
AGGGTTCTTACGGAAGGGTGTATTACGCAACTCTAAGTGATGGTAAAGCTGTTGCTTTGA
AGAAACTCGATGTTGCCCCTGAAGCTGAAACGAACTCCGAGTTCTTGAGTCAGGTTTCCA
TGGTTTCAAGGCTGAAGCATGAGAATTTCGTTCAGCTGGTCGGTTACTGTGTTGATGAGA
ACCTCCGTGTTCTTGCTTATGAGTTTGCAACAATGGGATCACTGCACGACGTCCTACATG
GGTAGGAAGGGAGTTCAAGGGGCACAGCCAGGTCCAACACTTGACTGGATAACGAGGGTG
AAGGTAGCCGTTGAGGCAGCTAGGGGTTTAGAATACCTTCATGAGAGGTTCAGCCTCCTG
TCATACATAGAGACGTGA

QA 3 680 3 680
DS 



CO CL2310Contig2 880 2 8 U
GGCTGTCAATATAGACAAGACCAAAATATTCAAATGATCCCCTTTTTATCTATATAGAAA
AATCAAAAGAACAGCCTTGTTTCAATCCAGACATGACACATGCAAAATAAAAAGTCTTGT
CTCCTTTCACACCAAAATGCAAACTAATAATTTCCATCCCCTCAAATAAATATGATCTTT
TACTTTTTGTTTTCTTCCCCAAATCAGAAAAAGATTATAACTTTGTATGAACAAAAGAAT
CCAACTCTGTTGCACAGACTCATGATTCCGCTGCTGGGACGGGTGCTGGAGTTTTGAGAA
GTGGCTGCAAAGCTTTCACAACTATACTCATATTCGGTCTAAACTCTGATTCGTACTGCA
CACACAATGCTGCCACCGCTGCCAGCTTGGCTACTGATTTAGGAGGATATTCTCCTTTTA
GCTTTGGATCAACACACTGCTTCACTTTGTCTTCACTAAGCCTCGGTGTAGCCCAGGTTA
CAAGACTTTGCTGGCCACGTGGCATTGTATGATACACAGGTTTCCTCCCTGTCAAAAGCT
CAAGCAGTACAACCCCAAAGCTATAAACATCACTCTTCTGTGTCAACTGTCCAGTCATAG
CATATTCTGGAGCGTGATAGCCAAAGGTGCCCAAGACTCTGGTAGAGTGAAGACGAGCAG
CGTTGTCAGGAGCTTGGTTTGAGAGATTGAAATCAGCAACTTTTGCTTGATAGTCTTCAA
AGAGAAGCACATTGCTAGATCTCACGTCTCTATGTATGACAGGAGGCTGAACCTTCTCAT
GAAGGTATTCTAAACCCCTAGCTGCCTCAACGGCTACCTTCACCCTCGTTATCCAGTCAA
GTGTGGGACCTGGCTGTGCCCTTGACTCCCTTCCTACCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DZ81JQ U 1
AF RR3DX22JQ U 31
BS 1 216 RR3DZ81JQ
BS 217 217 RR3DX22JQ
BS 218 280 RR3DZ81JQ
BS 281 281 RR3DX22JQ
BS 282 635 RR3DZ81JQ
BS 636 636 RR3DX22JQ
BS 637 653 RR3DZ81JQ
BS 654 880 RR3DX22JQ

RD RR3DZ81JQ 653 0 0
GGCTGTCAATATAGACAAGACCAAAATATTCAAATGATCCCCTTTTTATCTATATAGAAA
AATCAAAAGAACAGCCTTGTTTCAATCCAGACATGACACATGCAAAATAAAAAGTCTTGT
CTCCTTTCACACCAAAATGCAAACTAATAATTTCCATCCCCTCAAATAAATATGATCTTT
TACTTTTTGTTTTCTTCCCCAAATCAGAAAAAGATTGTAACTTTGTATGAACAAAAGAAT
CCAACTCTGTTGCACAGACTCATGATTCCGCTGCTGGGACTGGTGCTGGAGTTTTGAGAA
GTGGCTGCAAAGCTTTCACAACTATACTCATATTCGGTCTAAACTCTGATTCGTACTGCA
CACACAATGCTGCCACCGCTGCCAGCTTGGCTACTGATTTAGGAGGATATTCTCCTTTTA
GCTTTGGATCAACACACTGCTTCACTTTGTCTTCACTAAGCCTCGGTGTAGCCCAGGTTA
CAAGACTTTGCTGGCCACGTGGCATTGTATGATACACAGGTTTCCTCCCTGTCAAAAGCT
CAAGCAGTACAACCCCAAAGCTATAAACATCACTCTTCTGTGTCAACTGTCCAGTCATAG
CATATTCTGGAGCGTGATAGCCAAAGGTGCCCAAGGCTCTGGTAGAGTGAAGA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3DX22JQ 850 0 0
CAAATGATCCCCTTTTTATCTATATAGAAAAATCAAAAGAACAGCCTTGTTTCAATCCAG
ACATGACACATGCAAAATAAAAAGTCTTGTCTCCTTTCACACCAAAATGCAAACTAATAA
TTTCCATCCCCTCAAATAAATATGATCTTTTACTTTTTGTTTTCTTCCCCAAATCAGAGA
AAGATTATAACTTTGTATGAACAAAAGAATCCAACTCTGTTGCACAGACTCATGATTCCG
CTGCTGGGACGGGTGCTGGAGTTTTGAGAAGTGGCTGCAAAGCTTTCACAACTATACTCA
TATTCGGTCTAAACTCTGATTCGTACTGCACACACAATGCTGCCACCGCTGCCAGCTTGG
CTACTGATTTAGGAGGATATTCTCCTTTTAGCTTTGGATCAACACACTGCTTCACTTTGT
CTTCACTAAGCCTCGGTGTAGCCCAGGTTACAAGACTTTGCTGGCCACGTGGCATTGTAT
GATCCACAGGTTTCCTCCCTGTCAAAAGCTCAAGCAGTACAACCCCAAAGCTATAAACAT
CACTCTTCTGTGTCAACTGTCCAGTCATAGCATATTCTGGAGCGTGATAGCCAAAGGTGC
CCAAGACTCTGGTAGAGTGAAGACGAGCAGCGTTGTCAGGAGCTTGGTTTGAGAGATTGA
AATCAGCAACTTTTGCTTGATAGTCTTCAAAGAGAAGCACATTGCTAGATCTCACGTCTC
TATGTATGACAGGAGGCTGAACCTTCTCATGAAGGTATTCTAAACCCCTAGCTGCCTCAA
CGGCTACCTTCACCCTCGTTATCCAGTCAAGTGTGGGACCTGGCTGTGCCCTTGACTCCC
TTCCTACCAT

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 4

CO CL2311Contig1 366 4 6 U
GGACGCCAGAGCAATCGAAAAATCATGGGTTTCGCTGCGATCTGGAACTCTCATCCTAAG
AAGTACGGCCCTGGCTCCCGCACCTGCCGTGTGTGCGGAAACTCGCATGGGCTAATCAGG
AAGTATGGACTTAACTGTCGCAGACAGTGCTTCCACAGCAACGCCAAGGAAATCGGATTC
ATCAAGTACCGTTAAGAGATCCGGTGTCTATGCAAGAGCAGTCGTTTGGTTTTTGAGCTT
TTGAAACTTTCATTTTATATTGTAATGGATCTTATAAATGTTCTATGATTCCTATAAGAC
AATTGAGTTGTTGAGCATTTTTAGCTTCTATGTTTTAATCCAAAATCTTGGCTCTACAAT
TTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 

AF RR3DU34JQ C 6
AF RR3DU34TF U 121
AF RR3DD81JQ C 1
AF RR3DD81TF U 1
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GG
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TTTCATTTTATATTGTAATGGATCTTATAAATGTTCTATGATTCCTATAAGACAATTGAG
TTGTTGAGC

QA 3 311 3 311
DS 

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TTGAAACTTTCATTTTATATTGTAATGGATCTTATAAATGTTCTATGATTCCTATAAGAC
AATTGAGTTGTTGAGC

QA 1 196 1 196
DS 

RD RR3DD81JQ 366 0 0
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AAGTATGGACTTAACTGTTGCAGACAGTGCTTCCACAGCAACGCCAAGGAAATCGGATTC
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TTGAAACTTTCATTTTATATTGTAATGGATCTTATAAATGTTCTATGATTTCTATAAGAC
AATTGAGTTGTTGAGCATTTTTAGCTTCTATGTTTTAATCCAAAATCTTGGCTCTACAAT
TTGACC

QA 1 366 1 366
DS 

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GGACGCC
AGAGCAATCGAAAAATCATGGGTTTCGCTGCGATCTGGAACTCTCATCCTAAGAAGTACG
GCCCTGGCTCCCGCACCTGCCGTGTGTGCGGAAACTCGCATGGGCTAATCAGGAAGTATG
GACTTAACTGTTGCAGACAGTGCTTCCACAGCAACGCCAAGGAAATCGGATTCATCAAGT
ACCGTTAAGAGATCCGGTGTCTATGCAAGAGCAGTCGTTTGGTTTTTGAGCTTTTGAAAC
TTTCATTTTATATTGTAATGGATCTTATAAATGTTCTATGATTTCTATAAGACAATTGAG
TTGTTGAGCATTTTTAGCTTCTATGTTTTAATCCAAAATCTTGGCTCTACAATTTGACC

QA 8 366 8 366
DS 



AS 1 2

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ATTCTGATAGTTTGCAAATTGAAAGAAAAGTTTTCAAGAAGATGGAGCTGCAGCAGGTTT
GAGGAGAGGCTGTAGCGCCTTCACAACTATGCTCATATTTGGCCTAAATTCAGCTTCGTA
TTGCACACACAATGCTGCCACCACTGCTAGCTTAACAACTGCTTTTGGAGGGTAATCCGC
TAGCTTTGGATCAATGCACTCTTTGACTTTATCTTCACTGAGTCTTGGTGTCGCCCAGGT
GACAAGACTTTGTTGACCACGAAGCATGTTATTATCGACAGGCTTCCTCCCAGTCAGAAG
TTCTAGAAGCACAACCCCAAAGCTGTACACATCACTCTTCTGAGTTAATTGTCCAGTCAT
TGCGTATTCAGGAGCATGATAACCAAAGGGTCCCAAGACTCTAGTAGAGTGAAGACGAAC
AGCGTTATCAGGCGATTGGTTTGAGAGATTGAAATCAGAAATCTTTGGTTTGTAGTCTTG
GAAAAGAAGAATATTGCTAGATCTTATGTCTTTGTGGATGACAGGAGGCTGAAACTTGTC
ATGAAGGTATTCCAAACCCCTAGCTGCTTCAACTGCTATTTTCACCCTTGTTGTCCAGTC
AAGTGTTGGACCTGGCTGTGCCCCTTGAACTCCTTTCCTACCATGCAAGACGTCATGCAA
AGATCCCATAGTTGCAAACTCATATGCAAGGACGCGGAGCTTTCCATCAACACAAAAACC
AAGCAATTGAACGAGATTCTCATGCTTAAGTCTAGAAACCATGGAGACCTGACTCAAGAA
GTCGGAATCAGATTCAGCTTCAGGTGCGGCGTCAAGTTTCTTGAGAGCAACAGCAACACC
ATCATTTAATGTGCCGTAGTAAACTCTTCCGTAAGAGCCTTCACCAATCAGGGCCTCGGA
TCCGAAATTATCAGTCTTTTCCTTGACCTCGTCCAAAGACAAGGCAGGAACCTCGATGGG
AAGAGCTTCTTGCTTCCGCACCTCAGGCTTTGCAACAACAGCTGGTGGTTTTGGATTCTT
GTGATTTGCTGCATCAAAATGATGCTGATGCTGGTGAGAAGATTTCAAATGTTCCTCATC
ATTAGAGTCTTGAATTTGACATGTACAGCACATCCACTTGCACATCCTCATCTTTTTTTT
TTGGCTCTCCTTTTTGTCTAACCACACCGTGCGTCACCAACAAAACTCGCTGTCCCTCTC
AATCTCTCTCTCAAGGATTCGCTGCGTAACGATCGTCTCCTCGAGAGAAAGAGAGAGAGA
GGAGGTTGCTTGATGGAGACGACAAACGAGAATGATAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F167JQ U 1
AF RR3AT73TF C 650
BS 1 750 RR3F167JQ
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BS 752 769 RR3F167JQ
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RD RR3F167JQ 770 0 0
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TTGCACACACAATGCTGCCACCACTGCTAGCTTAACAACTGCTTTTGGAGGGTAATCCGC
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TGCGTATTCAGGAGCATGATAACCAAAGGGTCCCAAGACTCTAGTAGAGTGAAGACGAAC
AGCGTTATCAGGCGATTGGTTTGAGAGATTGAAATCAGAAATCTTTGGTTTGTAGTCTTG
GAAAAGAAGAATATTGCTAGATCTTATGTCTTTGTGGATGACAGGAGGCTGAAACTTGTC
ATGAAGGTATTCCAAACCCCTAGCTGCTTCAACTGCTATTTTCACCCTTGTTGTCCAGTC
AAGTGTTGGACCTGGCTGTGCCCCTTGAACTCCTTTCCTACCATGCAAGACGTCATGCAA
AGATCCCATAGTTGCAAACTCATATGCAAG*ACGCGGAGCTTTCCATCA
C

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3AT73TF 710 0 0
GT
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GTCATGCAAAGATCCCATAGTTGCAAACTCATATGCAAGGACGCGGAGCTTTCCATCAAC
ACAAAAACCAAGCAATTGAACGAGATTCTCATGCTTAAGTCTAGAAACCATGGAGACCTG
ACTCAAGAAGTCGGAATCAGATTCAGCTTCAGGTGCGGCGTCAAGTTTCTTGAGAGCAAC
AGCAACACCATCATTTAATGTGCCGTAGTAAACTCTTCCGTAAGAGCCTTCACCAATCAG
GGCCTCGGATCCGAAATTATCAGTCTTTTCCTTGACCTCGTCCAAAGACAAGGCAGGAAC
CTCGATGGGAAGAGCTTCTTGCTTCCGCACCTCAGGCTTTGCAACAACAGCTGGTGGTTT
TGGATTCTTGTGATTTGCTGCATCAAAATGATGCTGATGCTGGTGAGAAGATTTCAAATG
TTCCTCATCATTAGAGTCTTGAATTTGACATGTACAGCACATCCACTTGCACATCCTCAT
CTTTTTTTTTTGGCTCTCCTTTTTGTCTAACCACACCGTGCGTCACCAACAAAACTCGCT
GTCCCTCTCAATCTCTCTCTCAAGGATTCGCTGCGTAACGATCGTCTCCTCGAGAGAAAG
AGAGAGAGAGGAGGTTGCTTGATGGAGACGACAAACGAGAATGATAAG

QA 3 710 3 710
DS 



AS 1 3

CO CL2313Contig1 1267 3 9 U
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TGTCATCAAATACATAATCATTTGGATCAAAAGGAAGTTCTACTATTGGGTTAGGATTTT
GAACAACAATATTGAAACCTTTCCTTTGAAGGAAATCAAGAACTGTTGAGAACAGAGGAT
ACTCATCGATGTCTTCTGAGAGTAAGAGAAGAGTTGATGGTTTACTACAAATCCTTGCAT
GGAAAAGCAAGTCGAGTGCAATACTATGCATTCTAGCAAACTTGTTTCCTTTGGGGACTG
GATGCAAAAGTAGATTAGCATGGGCATATCCTGATAAGATATCAGGTGAGACAGTGTTCT
CGTCAATGTAGACGAGAGTACTACAAAGAGGAAGAGAGTAACCATTACCAACAAGCGCTC
CACTGATATGGGCAGCAGCCCCTTGGGGATCCAAAACTTCAAGTTTTGAGGAATCCGAGA
CATCCCAGAAGACTTGTGTACGACGACCTTTGTGTGAAGTCTGTATGGCCTTGGGAAAAA
AACGGAAAGAGGTGTCAAATTTCCTGAAAAGGGAGAGAAAAGACTCGAATTCGATCTTAG
TCTTCGTCAGATGTGCACTTCGAGGTCTCATAGAGAGAGGTCTAATAGAGAAAGAGCAAA
GCCATTCAGGGCTTTCGGTACGAAGATCATACGCTAAGAAGAGGTCGTGACTAATACCCA
GGTAGGAAATATTGACTGCCGCTTCTTCTTTGAAATTCTTGGCAAGGATCATGACATTTG
AAGATGGATTCTCAATTGACCACTTAAGGATGTCTAACAAGATCCAAGAATCTCTACAAA
ATTCACCACCTGAAGGTATGTAACTGACTCCAAGTTCGAGACACCGAAATCGGTTTACCA
ATCTGGCAGGCATGTAGGGATCGCCATCTGCGTATAGATGTAATGAAAAGCTACCAGTAA
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3DP39TF U 1
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AF RR3DP39JQ C 390
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TTCGAGATATTGGCATTGATT

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DS 

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TACATGGTCTGGAGCTGGACCAGGACTCATGGATGCTGTCACTAAAGGTGCTTTGGAAGC
TGATAAACCTGTCGGCGGCATCAAGATAGAAAAAGAAGCTGGTGAATGGAGCGCTTCCAA
GTTTCATCCTTATCTCCCTCCTCAAAACTATCACACTTGCAGGTTTTTCTCTGCGAGAAA
GCATGGACTGGTGGACGCAGTGGTTAGAAACAATGTTTCCGACAAGACAGCGGTGATTGC
ATTGCCAGGAGGCATTGGCATGCTTGATGAGATGTTCGAGATTTTGGCATTGATTCAGCT
CAAAAG*ATTGGTTCCGTGTTGCCGGTTCCATTCATTGTGATGAACTATGATTCTTTCTA
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CGAA

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GGCACGCTTGATGAGATGTTCGAGATTTTGGCATTGATTCAGCTCAAAAGGATTGGTTCC
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TTCATTGAGAGTTGGGAAGACTTGGGAACCGTTTATAAAGGAGAAGTTTTTGCCTTGTGG
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QA 1 280 1 280
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AAAAAGAAGCTGGTGAATGGAGCGCTTCCAAGTTTCATCCTTATCTCCCTCCTCAAAACT
ATCACACTTGCAGGTTTTTCTCTGCGAGAAAGCATGGACTGGTGGACGCAGTGGTTAGAA
ACAATGTTTCCGACAAGACAGCGGTGATTGCATTGCCAGGAGGCATTGGCATGCTTGATG
AGATGTTCGAGATTTTGGCATTGATTCAGCTCAAAAGGATTGGTTCCGTGTTGCCGGTTC
CATTCATTGTGATGAACTATGATTCTTTCTACTCAAAGCTGTTTGAGTTCATTGAGAGTT
GCGAAGACTTGGGAACCGTTTATAAAGGAGAAGTTTCTGCCTTGTGGAAGGTATGCAACA
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GACCTGAAACTGAACTTAGAGAAACTGCTTGTGGATGATCATCATCAGTTTCTTGGATCG
TTTTGGGGTTCCAACTGTAAGAGAGAATATCTGTAGCATATGCAGAATCTTACTTTCTAT
GTAGTTTATGTAATACCACTAAGATTTCTCATTGTTGTCAATTTCATCTTGTGTTTCTTC
TCTTAGCATTACATTGTATTTTGATATGAACCTATATTCTCTACTAGGCCATAACCCAGC
CTTAATAACTACCCTAAAATAGCATTT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 4

CO CL2315Contig1 1425 4 5 U
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GTTTTCTCCGACCAAGTTTCTTCTCTTTTCTACCCGAGACTAGACATGGACGCCGCGACC
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GCATTGGTGGTTCAAAAGTTCATGGGAGCTAACGTATCACTCATACCATCGATAACCCCA
TCATCAGATCCATCTGGTCGTGTTGATACTTGGCCGACCATAGTAGAGAAGCTTGAGCAG
CTTCATTCTCCCGAGATGTACGAGATGATTCACAACCATCTAGCTTTGATCCTCGGGAGC
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CAACCACAGGATGGGACGTATCAGGCTGTGTCGTCTCACCCAGAGGTTGGTGCATTTGCT
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AAGAGGCTTGTCTTGGAGGCTGTGACTTTCGGGCCGTTTCTTTGGGATGTTGAGAGTCAT
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ATGTAACATTAAGAGCATTAATCTAGCAGGAACAGACCAAACCAG


BQ
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AF RR3F327TF U 1
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AF RR3GA48JQ C 668
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GTTTTCTCCGACCAAGTTTCTTCTCTTTTCTACCCGAGACTAGACATGGACGCCGCGACC
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CTCGTCCCTGCTGCTGTTGAACAGCAGCTTGAGCAGCTCCAAACTGATCGTGACTCTCAG
GGACAGAACAAAGATGCATCATCATCATCGTCCCTGCCTGGAACCGACATTGTTCTCTAC
ATGAGAATCGCTGAGTTGAAGGAGAACGAGAGAC

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3GA48TF 733 0 0
AGG
CAACTTCGTTTAAGGCAAAACGCGTTAACTAGATTCTCAAAACCATTGCAAAGCAGCTCA
TCAACAACAGCTTCCAAAACTCGGAGAAGTTTTGTGGTTAGAGCTTCAGCAGCATCTGAT
GACGCTTCCTCCAAACCGATCGCGCCGCTTCAGCTCGAATCTCCCGCTGGTCAGTTTCTC
TCTCAGATTCTGGTGAGCCATCCTCATCTCGTCCCTGCTGCTGTTGAACAGCAGCTTGAG
CAGCTCCAAACTGATCGTGACTCTCAGGGACAGAACAAAGATGCATCATCATCATCGTCC
CTGCCTGGAACCGACATTGTTCTCTACAGGAGAATCGCTGAGTTGAGGGAGAACGAGAGA
CGAAGGACGTTAGAAGAGATTCTATACGCATTGGTGGTTCAAAAGTTCATGGGAGCTAAC
GTATCACTCATACCATCGATAACCCCATCATCAGATCCATCTGGTCGTGTTGATACTTGG
CCGACCATAGTAGAGAAGCTTGAGCAGCTTCATTCTCCCGAGATGTACGAGATGATTCAC
AACCATCTAGCTTTGATCCTCGGGAGCAGAATAGGTGACTTGACCTCTGTTGCGCAGATA
AGCAAACTCAGAGTTGGGCAAGTCTACGCTGCTTCTATCATGTATGGTTATTTCTTGAAG
CGGGTGGACCAGAGGTTTCAGCTTGAGAAGACCATGAAGCTTCTTCCAAGTGGTGGTGGG
GATGGTGAGA

QA 4 733 4 733
DS 

RD RR3F327JQ 797 0 0
CTAACGTATCACTCATACCATCGATAACCCCATCATCAGATCCATCTGGTCGTGTTGATA
CTTGGCCGACCATAGTAGAGAAGCTTGAGCAGCTTCATTCTCCCGAGATGTACGAGATGA
TTCACAACCATCTAGCTTTGATCCTCGGGAGCAGAATAGGTGACTTGACCTCTGTTGCGC
AGATAAGCAAACTCAGAGTTGGGCAAGTCTACGCTGCTTCTATCATGTATGGTTATTTCT
TGAAGCGGGTGGACCAGAGGTTTCAGCTTGAGAAGACCATGAAGCTTCTTCCAAGTGGTG
GTGGGGATGGTGAGAGTAAAACAAGCGTTGAGCAACCACAGGATGGGACGTATCAGGCTG
TGTCGTCTCACCCAGAGGTTGGTGCATTTGCTGGTGGTGTTAGTGCCAAGGGCTTTGGAA
GTGAGATTAAACCGTCCCGATTAAGGACATACGTGATGTCGTTTGATAGTGAGACGCTTC
AGAGATATGCTACCATTAGGTCAAGAGAAGCAGTTGGGATCATTGAGAAGCACACGGAGG
CGTTGTTTGGTAAGCCTGAGATTGTGATCACACCGCAAGGCACGGTTGATTCATCCAAGG
ACGAGCAGATAAAGATCAGCTTTGGTGGAATGAAGAGGCTTGTCTTGGAGGCTGTGACTT
TCGGGCCGTTTCTTTGGGATGTTGAGAGTCATGTAGATGCTAGGTACCAGTTTGTACTGA
ACTAGATAAATGGTCTGTAATGACAATGAATAATGTAACATTAAGAGCATTAATCTAGCA
GGAACAGACCAAACCAG

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3GA48JQ 736 0 0
ATCCATCTGGTCGTGTTGATACTTGGCCGACCATAGTAGAGAAGCTTGAGCAGCTTCATT
CTCCCGAGATGTACGAGATGATTCACAACCATCTAGCTTTGATCCTCGGGAGCAGAATAG
GTGACTTGACCTCTGTTGCGCAGATAAGCAAACTCAGAGTTGGGCAAGTCTACGCTGCTT
CTATCATGTATGGTTATTTCTTGAAGCGGGTGGACCAGAGGTTTCAGCTTGAGAAGACCA
TGAAGCTTCTTCCAAGTGGTGGTGGGGATGGTGAGAGTAAAACAAGCGTTGAGCAACCAC
AGGATGGGACGTATCAGGCTGTGTCGTCTCACCCAGAGGTTGGTGCATTTGCTGGTGGTG
TTAGTGCCAAGGGCTTTGGAAGTGAGATTAAACCGTCCCGATTAAGGACATACGTGATGT
CGTTTGATAGTGAGACGCTTCAGAGATATGCTACCATTAGGTCAAGAGAAGCGGTTGGGA
TCATTGAGAAGCACACGGAGGCGTTGTTTGGTAAGCCTGAGATTGTGATCACACCGCAAG
GCACGGTTGATTCATCCAAGGACGAGCAGATAAAGATCAGCTTTGGTGGAATGAAGAGGC
TTGTCTTGGAGGCTGTGACTTTCGGGTCGTTTCTTTGGGATGTTGAGAGTCATGTAGATG
CTAGGTACCAGTTTGTACTGAACTAGATAAATGGTCTGTAATGACAATGAATAATGTAAC
ATTAAGAGCATTAATC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL2316Contig1 762 2 2 U
TTTCAGCATATGGATGATTTGGTACTCGAGAATATATGCGATCGTGTGAATTCACTTATT
TTTACCAAAGGAGAAACCATCCAGAAAGAAGGAGATGCAGTACAGAGAATGTTGTTTGTA
GTGAGAGGCCATCTTCAGAGTAGTCAGTTACTCAGAGATGGTGTCAAAAGCTGTTGCATG
TTAGGTCCGGGTAATTTTAGCGGTGACGAGCTTCTCTCGTGGTGTCTCCGACGACCATTC
GTGGAGAGGCTACCGCCGTCTTCGTCAACGCTCGTAACGCTCGAGACCACCGAAGCGTTT
GGACTCGACGCTGAAGACGTTAAGTATGTGACTCAACATTTCCGTTACACTTTTGTCAAT
GAGAAAGTCAAACGTAGTGCCCGCTATTATTCTCCTGGGTGGCGAACTTGGGCCGCGGTT
GCGGTTCAGCTCGCTTGGAGGAGGTACAAGCATAGGTTAACGTTGACGTCACTGTCGTTC
ATAAGGCCGAGGAGACCATTGTCGAGATGTGCATCACTTGGAGAAGATAAATTGAGGCTC
TACACAGCAATCTTAACCTCTCCTAAACCCAATCCTGACGATTTCGATGATTATTAGTTG
ATACTATTTAAATTACATCGATCTACAATTACTCTATCATATAAAATGATAAAAAATTAG
TTTCTATTTTTACGTTCTGCCTGATATATTCCCTCTGTTTCTATATGTAAGTAGTTTTAG
CCTAAATTTTTTGTTTCATAATATAAGATGTTTTCACAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ20TF U 1
AF RR3AB35JQ C 261
BS 1 642 RR3CQ20TF
BS 643 762 RR3AB35JQ

RD RR3CQ20TF 642 0 0
TTTCAGCATATGGATGATTTGGTACTCGAGAATATATGCGATCGTGTGAATTCACTTATT
TTTACCAAAGGAGAAACCATCCAGAAAGAAGGAGATGCAGTACAGAGAATGTTGTTTGTA
GTGAGAGGCCATCTTCAGAGTAGTCAGTTACTCAGAGATGGTGTCAAAAGCTGTTGCATG
TTAGGTCCGGGTAATTTTAGCGGTGACGAGCTTCTCTCGTGGTGTCTCCGACGACCATTC
GTGGAGAGGCTACCGCCGTCTTCGTCAACGCTCGTAACGCTCGAGACCACCGAAGCGTTT
GGACTCGACGCTGAAGACGTTAAGTATGTGACTCAACATTTCCGTTACACTTTTGTCAAT
GAGAAAGTCAAACGTAGTGCCCGCTATTATTCTCCTGGGTGGCGAACTTGGGCCGCGGTT
GCGGTTCAGCTCGCTTGGAGGAGGTACAAGCATAGGTTAACGTTGACGTCACTGTCGTTC
ATAAGGCCGAGGAGACCATTGTCGAGATGTGCATCACTTGGAGAAGATAAATTGAGGCTC
TACACAGCAATCTTAACCTCTCCTAAACCCAATCCTGACGATTTCGATGATTATTAGTTG
ATACTATTTAAATTACATCGATCTACAATTACTCTATCATAT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3AB35JQ 502 0 0
TTCG
TCAACGCTCGTAACGCTCGAGACCACCGAAGCGTTTGGACTCGACGCTGAAGACGTTAAG
TATGTGACTCAACATTTCCGTTACACTTTTGTCAATGAGAAAGTCAAACGTAGTGCCCGC
TATTATTCTCCTGGGTGGCGAACTTGGGCCGCGGTTGCGGTTCAGCTCGCTTGGAGGAGG
TACAAGCATAGGTTAACGTTGACGTCACTGTCGTTCATAAGGCCGAGGAGACCATTGTCG
AGATGTGCATCACTTGGAGAAGATAAATTGAGGCTCTACACGGCAATTTTAACCTCTCCT
AAACCCAATCCTGACGATTTCGATGATTATTAGTTGATACTATTTAAATTACATCGATCT
ACAATTACTCTATCATATAAAATGATAAAAAATTAGTTTCTATTTTTACGTTCTGCCTGA
TATATTCCCTCTGTTTCTATATGTAAGTAGTTTTAGCCTAAATTTTTTGTTTCATAATAT
AAGATGTTTTCACAACCC

QA 5 502 5 502
DS 



AS 1 4

CO CL2317Contig1 787 4 7 U
GGGGCTATTAGCTCAGTGGTAGAGCGCGCCCCTGATAATTGCGTCGTTGTGCCTGGGCTG
TGAGGGCTCTCAGCCACATGGATAGTTCAATGTGCTCATCAGCGCCTGACCCTGAGATGT
GGATCATCCAAGGCACATTAGCATGGCGTACTCCTCCTGTTCGAACCGGGGTTTGAAACC
AAACTTCTCCTCAGGAGGATAGATGGGGCGATTCAGGTGAGATCCAATGTAGATCCAACT
TTCTATTCACTCGTGGGATCCGGGCGGTCCGGAGGGGACCACCACGGCTCCTCTCTTCTC
GAGAATCCATACATCCCTTATCAGTGTATGGACAGCTATCTCTCGAGCGCAGGTTTAGGT
TCGGCCTCAATGGGAAAATAAAATGGAGCACCTAACAACGTATCTTCACAGACCAAGAAC
TACGAGATCACCCCTTTCATTCTGGGGTGACGGAGGGATCGTACCGTTCGAGCCTTTTTT
TCATGCTTTTCCCGGGGGTCTGGAGAAAGCTGCAATCAATAGGATTTTCCTAATCCTCCC
TTCCCGAAAGGAAGAACGTGAAATTCTTTTTCCTTTCCGCCTCGAAATGGGAGCAGGTTT
GAAAAAGGATCTTAGAGTGTCTAGGGTTAGGCCAGTAGGGTCTCTTAACGCCCTCTTTTT
TCTTCTCATCGAAGTTATTTCACAAATACTTCCTATGGTAAAGGAAGAGGGGGGGAACAA
GCACACTTGGAGAGCGCAGTACAACGGAGAGTTGTATGCTGCGTTCGGGAAGGATGAATC
GCTCCCG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3BA74JQ C 1
AF RR3BA74TF U 1
AF RR3A705JQ C 1
AF RR3A705TF U 52
BS 1 369 RR3BA74TF
BS 370 370 RR3A705TF
BS 371 374 RR3BA74TF
BS 375 772 RR3A705TF
BS 773 773 RR3A705JQ
BS 774 784 RR3A705TF
BS 785 787 RR3A705JQ

RD RR3BA74JQ 374 0 0
GGGGCTATTAGCTCAGTGGTAGAGCGCGCCCCTGATAATTGCGTCGTTGTGCCTGGGCTG
TGAGGGCTCTCAGCCACATGGATAGTTCAATGTGCTCATCAGCGCCTGACCCTGAGATGT
GGATCATCCAAGGCACATTAGCATGGCGTACTCCTCCTGTTCGAACCGGGGTTTGAAACC
AAACTTCTCCTCAGGAGGATAGATGGGGCGATTCAGGTGAGATCCAATGTAGATCCAACT
TTCTATTCACTCGTGGGATCCGGGCGGTCCGGAGGGGACCACCACGGCTCCTCTCTTCTC
GAGAATCCATACATCCCTTATCAGTGTATGGACAGCTATCTCTCGAGCGCAGGTTTAGGT
TCGGCCTCAGTGGG

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR3BA74TF 374 0 0
GGGGCTATTAGCTCAGTGGTAGAGCGCGCCCCTGATAATTGCGTCGTTGTGCCTGGGCTG
TGAGGGCTCTCAGCCACATGGATAGTTCAATGTGCTCATCAGCGCCTGACCCTGAGATGT
GGATCATCCAAGGCACATTAGCATGGCGTACTCCTCCTGTTCGAACCGGGGTTTGAAACC
AAACTTCTCCTCAGGAGGATAGATGGGGCGATTCAGGTGAGATCCAATGTAGATCCAACT
TTCTATTCACTCGTGGGATCCGGGCGGTCCGGAGGGGACCACCACGGCTCCTCTCTTCTC
GAGAATCCATACATCCCTTATCAGTGTATGGACAGCTATCTCTCGAGCGCAGGTTTAGGT
TCGGCCTCAGTGGG

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR3A705JQ 787 0 0
GGGGCTATTA*CTCAGTGGTAGAGCGCGCCCCTGATAATTGCGCCGTTGTGCCTGGGCTG
TGAGGGCTCTCAGCCACATGGATAGTTCAATGTGCTCATCAGCGCCTGACCCTGAGATGT
GGATCATCCAAGGCACATTAGCATGGCGTACTCCTCCTGTTCGAACCGGGGTTTGAAACC
AAACTTCTCCTCAGGAGGATAGATGGGGCGATTCAGGTGAGATCCAATGTAGATCCAACT
TTCTATTCACTCGTGGGATCCGGGCGGTCCGGAGGGGACCACCACGGCTCCTCTCTTCTC
GAGAATCCATACATCCCTTATCAGTGTATGGACAGCTATCTCTCGAGCGCAGGTTTAGGT
TCGGCCTCAATGGGAAAATAAAATGGAGCACCTAACAACGTATCTTCACAGACCAAGAAC
TACGAGATCACCCCTTTCATTCTGGGGTGACGGAGGGATCGTACCGTTCGAGCCTTTTTT
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QA 1 787 1 787
DS 

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QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 3

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TTTAGTGAGAGAGAGTTTACTATTATGGATCCTGAAACTGAAAGTACCATGGTGGCTGAT
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AAGCAGAAACCCAAAGCAGTTTTCAAGTCCCATAGAAGAGGAGGTAGCACAAGTGACTGC
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GG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3E435TF U 1
AF RR3DX66TF U 204
AF RR3EP92JQ C 849
BS 1 472 RR3E435TF
BS 473 473 RR3DX66TF
BS 474 533 RR3E435TF
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BS 937 948 RR3DX66TF
BS 949 1622 RR3EP92JQ

RD RR3E435TF 587 0 0
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TTTAGTGAGAGAGAGTTTACTATTATGGATCCTGAAACTGAAAGTACCATGGTGGCTGAT
GGGACTACTGACTCTGCTCTTGCGAATGGTGGTTTAACAGTGGAGAGTGTCGTCGTTGTG
GAAGGAAATGGTGTTGCTTCTGATGAAACTTTGGATACTAATTCAGGAAGTCAGAATGAG
AATTCCGGAGACAGTTCCGCTTTGGATGCAGTTGAACAGCCGAAGGAGGCAGCTGAGGGC
ACACAAGTTGAAAGTGTAGATGGGCCAAAGTATGTTAATGGCCAAAAGGCTCAACGGAAG
CTAAAGCCGGAGAAACTCTCTGGTGGTAAGAATGGTCCATCGGTTCTTATCAAGAAGAAG
AAAGAGATTAAAGGTGCAGATGCTAAAGTGGCATCATCTAATGGCTCTGTTGTTCCTACT
GCACAAACAACAAAGTCTCTGAAGAGTACATCTTTCAATGGTAGAGCGGCTAATGTCACT
GAGCATGGAAAGCAAGACCGTGGACCAGCTGAAAGCGCCGCCGGGGA

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3DX66TF 760 0 0
G
GAAACTTTGGATACTAATTCAGGAAGTCAGAATGAGAATTCCGGAGACAGTTCCGCTTTG
GATGCAGTTGAACAGCCGAAGGAGGCAGCTGAGGGCACACAAGTTGAAAGTGTAGATGGG
CCAAAGTATGTTAATGGCCAAAAGGCTCAACGGAAGCTAAAGCCGGAGAAACTCTCTGGT
GGTAAGAATGGTCCATCGGTTCTTATCAAGAAGAAGAAAGAGATTAAAGGTGCAGATGCT
AAAGTGGCATCATCTAATGGCTCTGTTGCTCCTACTGCACAAACAACAAAGTCTCTGAAG
AGTACATCTTTCAATGGTAGAGCGGCTAAGGTCACTGAGCATGGAAAGCAAGACCGTGGA
CCAGCTGAAAGCGCCGCCGGGGACAAGGTGAAACCAAAGCCTCAGAAGAAACAAGTCCAG
GAGACACCTGAAGATGATGCAGTCTTCTAACCCGAAAGCAGAAGATGGGAAACCTCGTAA
AGTTGGCGCACTTCCAAATTACGGGTTCAGTTTCAAATGTGACCAACGTGCTGAAAAGAG
AAGAGAGTTCTATGTTAAGCTTGAGGAGAAGACTCATGCGAAAGAGGAGGAAATCAATAA
CATGCAAGCCAAGTCCAAGAAACACAAGAAGCTGAGCTTAGAAGCTAAGAAAGAGCTTGA
ACTTCAAAGC*ACACCCATGCCTAGCTTTTCTCAGCCGCCTAAA*CAGAGTTAAAGAAGA
TACCACCAACA*GACCCAAATCTC
AAACTTGGGAGGAGA

QA 2 745 2 745
DS 

RD RR3EP92JQ 774 0 0
CTGAGG
AAGAGCTTGAACTTCAAAGCCACACCCATGCCTAGCTTTTCTCAGCCGCCTAAAACAGAG
TTAAAGAAGATACCACCAACAAGACCCAAATCTCCAAAACTAGGACGAAAGAAGACTGAT
TCTGAAGAAACTCAAACCCCTCGCGTCGCTAGGCTGAGCCTAGATGAGAAAGCCTCTAGG
GATAACCCAGCTTCTAAGGGAACTGTGGCAACAGTTGATCTCAAGAAGCAGCCGTTGCGC
AAGTCACTTCCAAGATTGCCATCTCAGAAAACAGCTCTCCCTGATGGAAAACCCGCCACA
ACCTCATCAAAGGGGAAACCTGAAATAAGAAAGAAGCTTGAAAAAGAAGCAGAAACCCAA
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AAGAGGAACTTGAAAGCATGTAATAGTTATATATATATTTTTCGACCAAAACTTGTTTGA
GAAGAAATGGGTAAAAGAGTGAAAAGAGTCATGTGTCCGGTTCTAAAGCTTGCTGCTTTT
AAATATTTCTTTGTTTGAGGTTAATGTTTTAAATCTTTTATGTTGTATTTTGATGTCTTT
TCCTTTTATTTTTGATACTTTGATTCCTAAGAAAAGTGAATATTCAGG

QA 7 774 7 774
DS 



AS 1 3

CO CL2319Contig1 808 3 12 U
GTCATTCGAAAGCCGAGATCGTCGATATGCTTAGGAAGCATACGTATAGCGAGGAGCTCG
AGCAGAGTAAACGGCGAAGAAACGGTAACGGAAACACGGCTAGGACGTTGACGTCGTCGG
TTAACGGCGACGGTGTTTCCACGACGGAGTTCAGATCAGCGGAGGCTCTCTTTGAGAAAG
CGGTAACGCCAAGCGACGTTGGGAAGCTAAACCGTCTTGTTATACCGAAACACCACGCGG
AGAAACACTTTCCGTTACCGCCGAGCAACGTTTCCGTTAAAGGAGTGCTGCTGAACTTCG
AGGACGTGACGGGGAAAGTGTGGAGGTTCCGTTACTCGTATTGGAACAGTAGCCAAAGCT
ATGTGTTGACCAAAGGTTGGAGCCGGTTCGTTAAGGAGAAGAATCTACGTGCTGGTGATG
TGGTTAGTTTCAGCAGATCCGACGGTCAGGATCAACAGCTATATATTGGGTGGAAGTCGA
GATCCGGACCGGATGTAGAAACGGGTCGGGTTTTGAGACTGTT*GGAGTCAATATTTCAC
CGGAGAGTTCGAGAAACGACGTCGTAGGGAACAAGAGAGTGAACGATACTGAGATGTTAT
CGTTGGTGTGTAGCAAGAAACAACGCATCTTTCACGCCTCGTAACAACTCCTCTTTCATT
TTGTTTCAATAGTTTTTTTCTTTAATTCCACTTTCGATCTCTTTTTCAGTTGCATCAGTT
TCTACTTATTACCAAAGGTTCATGAGTTCTTTTTCTTGTAATGATGAACTGTATATTATA
TTATATAGAATAAAGGGTTATTTAGACC


BQ
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AF RR3C474TF U 1
AF RR3EY94JQ C 435
AF RR3EY94TF U 435
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CGTTGGTGTGTAGCAAGAAACAACGCATCTTTCACGCCTCGTAACAACTCCTCTTTCATT
TTGTTTCAATAGTTTTTTTCTTTAATTCCACTTTCGATCTCTTTTTCAGTTGCATCAGTT
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TTATAT
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G
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G
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GGTTATTTAGACC

QA 2 374 2 374
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BA57TF U 1
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QA 1 679 1 679
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ATAAGAGCAATCAGTCAGTTACGACGTTTATGCAGGTGCTTGTTCTTTTTTAATTTGGAA
ATTTTATGTTTTCAAGGGAAAATAATTTGGCTGGTTCTGTTTTTTTTTTGGTTATTGCAA
AAGGATTGGATGATTGACAATGTAGTTGTCCCTGTGGCTACTCTTTATGATCTTGCAAAG
GAGTATGAATATCTAAAGTATTCAATCAGTGAGTACCTTACAGGAGAAGAGCTGGAGACT
CTTGCTCTAGAAGCTGGATTCTCAAGTGCACGCCATTATGAGATTGGTGGTGGTTTCATG
GGGAATTTGGTCGCCTTGAGGTAAACAGAACAGCATTCAACCACCAACACAACTTCATTG
TTGAGAAAAAGAAAAGATTTGTTTTAAAATGTTGAAGATTGATCTAAAATTGTTATCTAT
CCTTCTTCGATGTATTGAGACTTCTAATCAGATGTATTAGTTATACCATTGCACATCTTC
ATATGATAAACAAGCTATCCAAAATAATGTAAATCAGACGTTTCTGG

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

CO CL2321Contig1 594 2 1 U
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ATTATCTCCCTCATCTTTATCATTTCGATCTTTCCAGAAAAATTCGATTCAAAGAAAAAA
AAATGGAGTTCACGGCAGAGCAGCTTAGCCAGTACAACGGGACCGACTCATCGAAGCCGA
TCTACGTGGCGATCAAGGGCCGAGTATTCGACGTCACCACCGGCAAATCCTTCTACGGTC
CCGGAGGCGATTACGCGATGTTCGCGGGAAAAGACGCGAGCAGAGCCCTGGGGAAGATGA
GCAAGAACGAAGAAGACGTGTCTCCTTCTCTCGAAGGTCTCACCGAGAAGGAGATGAGCA
CTCTTAATGATTGGGAGACGAAGTTTGAAGCTAAGTATCCGGTCGTTGGCCGCGTTGTCT
CCTAAGGTCAATCAAATCGTTCCGATCTCTCTGGTTTGTAACTAATGGTGTGTGAGGATC
TGTGTGTTTGTGTTTTCGTGTTTGATCTGATCGTTTGATGACGATTCGAAATATAATAAT
GTAATAAATTGGTGTTTCTTCTTACTCTTTAACCTAATGTAATAAATGAAATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C929TF U 1
AF RR3C929JQ C 36
BS 1 594 RR3C929TF

RD RR3C929TF 594 0 0
GGGCTCTTCAGTCGAATAAAATGTCATTCTCCACTATAAATACCCCTCCCACCTAACCCC
ATTATCTCCCTCATCTTTATCATTTCGATCTTTCCAGAAAAATTCGATTCAAAGAAAAAA
AAATGGAGTTCACGGCAGAGCAGCTTAGCCAGTACAACGGGACCGACTCATCGAAGCCGA
TCTACGTGGCGATCAAGGGCCGAGTATTCGACGTCACCACCGGCAAATCCTTCTACGGTC
CCGGAGGCGATTACGCGATGTTCGCGGGAAAAGACGCGAGCAGAGCCCTGGGGAAGATGA
GCAAGAACGAAGAAGACGTGTCTCCTTCTCTCGAAGGTCTCACCGAGAAGGAGATGAGCA
CTCTTAATGATTGGGAGACGAAGTTTGAAGCTAAGTATCCGGTCGTTGGCCGCGTTGTCT
CCTAAGGTCAATCAAATCGTTCCGATCTCTCTGGTTTGTAACTAATGGTGTGTGAGGATC
TGTGTGTTTGTGTTTTCGTGTTTGATCTGATCGTTTGATGACGATTCGAAATATAATAAT
GTAATAAATTGGTGTTTCTTCTTACTCTTTAACCTAATGTAATAAATGAAATCG

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3C929JQ 559 0 0
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AGAAAAATTCGATTCAAAGAAAAAAAAATGGAGTTCACGGCAGAGCAGCTTAGCCAGTAC
AACGGGACCGACTCATCGAAGCCGATCTACGTGGCGATCAAGGGCCGAGTATTCGACGTC
ACCACCGGCAAATCCTTTTACGGTCCCGGAGGCGATTACGCGATGTTCGCGGGAAAAGAC
GCGAGCAGAGCCCTGGGGAAGATGAGCAAGAACGAAGAAGACGTGTCTCCTTCTCTCGAA
GGTCTCACCGAGAAGGAGATGAGCACTCTTAATGATTGGGAGACGAAGTTTGAAGCTAAG
TATCCGGTCGTTGGCCGCGTTGTCTCCTAAGGTCAATCAAATCGTTCCGATCTCTCTGGT
TTGTAACTAATGGTGTGTGAGGATCTGTGTGTTTGTGTTTTCGTGTTTGATCTGATCGTT
TGATGACGATTCGAAATATAATAATGTAATAAATTGGTGTTTCTTCTTACTCTTTAACCT
AATGTAATAAATGAAATCG

QA 1 559 1 559
DS 



AS 2 4

CO CL2322Contig1 851 2 4 U
GACTGTCTTGGTCAACGATTATTTAAACATAGCAACTCTTAATGGCGGTATAAAAGGGAC
AACCGAGTACATTACAGTTAACCCAGATTCGAAAGAAGGTAGCATCTAAGTCCTCAAAGA
TAAAAAGAAGTTCACAAAGATTCGACGATAGATATTTGCTCATATGTTTGAAGGAGGAAA
GGCTGCTTTATTACGGGCTCTTCAGGGCTGCGATGGTGTAGGAGATGTTGGAGGCTTCAA
GTCAGGGTACGCTGCATATGGTGAGAGTGGTCTTGAATAAGATTTTGGTTTGTCTTCTGT
CTTGGTTGGTTCTGTGATAACTTGTGCAGTGACCGCTTCAGCCGTTGGCTCCGAGATTGC
TTGCGCAGTGACGGCTGGCTCTGAGTTTACCTGTGAAGTGGCGGCTTTGATTACTGGCTC
AGGTTCTCGTTTCTCGACCGTGGTTGTAGGCGCTTCTGCTACTGCTGCAGGTGCGGGAAG
AGCTTTGTTGCTTGTTGATGGAGGAAGAAGAGCCTTTCCTATGTCCTTTAATTCATCAAC
AAGTTCTTTAGGCGCAATCTTTGTGTTCAAGAACTCATCCACTTGTTTTAGAGTTTGCTT
TCGGTCCTCAGCAAATAGAAGTTTCTTGCCTGCAAGCTGAACAAGTGCAGCTGAGCCTAG
TAGTTGCAGTATGGTTTCAATCTCTGTAAATGCTAAAGCACTTAATCCAGCAGCAGCAGC
TACTCCAATTGCAACAGAGACACCATCAGCACTCTCCCCAAATACACCGCTGATACTATC
AGTCAAACTGCTCAAATCAAGACTGAGAGTCTTCTTTGGCTCTATCCAAGCAAACCGCTA
TTCAACCAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DJ12TF C 1
AF RR3C650JQ U 56
BS 1 55 RR3DJ12TF
BS 56 427 RR3C650JQ
BS 428 428 RR3DJ12TF
BS 429 851 RR3C650JQ

RD RR3DJ12TF 441 0 0
GACTGTCTTGGTCAACGATTATTTAAACATAGCAACTCTTAATGGCGGTATAAAAGGGAC
AACCGAGTACATTACAGTTAACCCAGATTCGAAAGAAGGTAGCATCTAAGTCCTCAAAGA
TAAAAAGAAGTTCACAAAGATTCGACGATAGATATTTGCTCATATGTTTGAAGGAGGAAA
GGCTGCTTTATTACGGGCTCTTCAGGGCTGCGATGGTGTAGGAGATGTTGGAGGCTTCAA
GTCAGGGTACGCTGCATATGGTGAGAGTGGTCTTGAATAAGATTTTGGTTTGTCTTCTGT
CTTGGTTGGTTCTGTGATAACTTGTGCAGTGGCCGCTTCAGCCGTTGGCTCCGAGATTGC
TTGTGCAGTGACGGCTGGCTCTGAGTTTACCTGTGAAGTGGCGGCTTTGATTACTGGCTC
AGGTTCTCGTTTCTCGACCG
C

QA 1 440 1 440
DS 

RD RR3C650JQ 796 0 0
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AAAGATAAAAAGAAGTTCACAAAGATTCGACGATAGATATTTGCTCATATGTTTGAAGGA
GGAAAGGCTGCTTTATTACGGGCTCTTCAGGGCTGCGATGGTGTAGGAGATGTTGGAGGC
TTCAAGTCAGGGTACGCTGCATATGGTGAGAGTGGTCTTGAATAAGATTTTGGTTTGTCT
TCTGTCTTGGTTGGTTCTGTGATAACTTGTGCAGTGACCGCTTCAGCCGTTGGCTCCGAG
ATTGCTTGCGCAGTGACGGCTGGCTCTGAGTTTACCTGTGAAGTGGCGGCTTTGATTACT
GGCTCAGGTTCTGGTTTCTCGACCGTGGTTGTAGGCGCTTCTGCTACTGCTGCAGGTGCG
GGAAGAGCTTTGTTGCTTGTTGATGGAGGAAGAAGAGCCTTTCCTATGTCCTTTAATTCA
TCAACAAGTTCTTTAGGCGCAATCTTTGTGTTCAAGAACTCATCCACTTGTTTTAGAGTT
TGCTTTCGGTCCTCAGCAAATAGAAGTTTCTTGCCTGCAAGCTGAACAAGTGCAGCTGAG
CCTAGTAGTTGCAGTATGGTTTCAATCTCTGTAAATGCTAAAGCACTTAATCCAGCAGCA
GCAGCTACTCCAATTGCAACAGAGACACCATCAGCACTCTCCCCAAATACACCGCTGATA
CTATCAGTCAAACTGCTCAAATCAAGACTGAGAGTCTTCTTTGGCTCTATCCAAGCAAAC
CGCTATTCAACCAGCC

QA 1 796 1 796
DS 



CO CL2322Contig2 554 2 3 U
GGAGGACCGAAAGCAAACTCTAAAACAAGTGGATGAGTTCTTGAACACAAAGATTGCACC
TAAAGAACTTGTTGATGAATTAAAGGACATAGGAAAGGCTCTTCTTCCTCCATCAACAAG
CAGCAAAGCTCTTCCTGCACCTGCAGCAGTAGCAGTAGCAGCAGAAGCACCTACAACCAC
GGTCGAGAAACCAGAACCTGAGCCAGTAATCAAAGCCGCCACTGCACAGGTAAACTCAGA
GCCAGCCGCCACTGCACAAGCAATCTCAGAGCCAACGACTGAAGCAGCCACTGCACAAGT
AATCACAGAACCAACCAAGACAGAAGACAAACCAAAATCTTATTCAAGACCACTCTCACC
ATATGCAGCGTACCCTGACTTGAAGCCTCCAACATCTCCTACACCATCGCAGCCCTGAAG
AGCCTGTAATAAAGCAGTCTTTCCTCCTTCAAACATATGAGCAAATATCTATCGAATCTT
TGCGAACTTTTTTTTTATCTTCGAGGACTTAGATGCTACCTTCTTTCGAATCTGGGTTAA
GTTTAATGTGTACT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB83TF U 1
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BS 541 554 RR3HB83JQ

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G
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TATGCAGCGTACCCTGACTTGAAGCCTCCAACATCTCCTACACCATCGCAGCCCTGAAGA
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GCGAACTTTTTTTTTATCTTCGAGGACTTAGATGCTACCTTCTTTCGAATCTGGGTTAA
GTTTAATGTGTACT

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DS 

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GGTCGAGAAACCAGAACCTGAGCCAGTAATCAAAGCCGCCACTGCACAGGTAAACTCAGA
GCCAGCCGCCACTGCACAAGCAATTTCAGAGCCAACGACTGAAGCAGCCACTGCACAAGT
AATCACAGAACCAACCAAGACAGAAGACAAACCAAAATCTTATTCAAGACCACTCTCACC
ATATGCAGCGTACCCTGACTTGAAGCCTCCAACATCTCCTACACCATCGCAGCCCTGAAG
AGCCTGTAATAAAGCAGTCTTTCCTCCTTCAAACATATGAGCAAATATCTATCGAATCTT
TGCGAACTTTTTTTTTATCTTCGAGGACTTAGATGCTACCTTCTTTCGAATCTGGGTTAA
GTTTAATGTGTACT

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 4

CO CL2323Contig1 1347 4 30 U
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ATAAACATCATTATGCAAATATAAAACTGTTGCAAGCACTTCAAATAAACAGAGCAATTA
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AGTCCAAGTATTTCTCAACAACATTGAGTCCACAAAGCTCCTTCACAACAGGCATTGTTG
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CACTGTTGAGAATCTCGACATTAAACTGTCTTGGGATTGTGTCGACCGTTGGGATCTTGT
AAGTCCATGTGCTGTCTGTTACTATTAGACCGTCTGAGTTCATTAGGTACTCTTCAAGCA
TGAAGAACCCAAGTCCTTGAACAAATGCTCCTTCAATCTGTCCTAAATCCACAGCAGGGT
TGAGACTTTTCCCGCAATCATAGATAATATCCGTGCGCAGAACAGTTGTTTCACCAGTCA
AAATGTTTACTTCAACCTCGCTCGCTGCAACTCCATAGTTAAGGTACTGAGTGCCGAAGT
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GTAACGTGTACTCAGTGGACTCACCAGCTTTCTTATCGTAAAACAGCTTCAAGCTCTCAT
ACGCATGGAGATTAACCTTCCTGATCC


BQ
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AF RR3B040JQ U 96
AF RR3EI87JQ U 1
AF RR3EI87TF C 589
AF RR3B040TF C 587
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BS 1257 1347 RR3B040TF

RD RR3B040JQ 345 0 0
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CCTTCTTGGTTATCATCACTCCATGTCACAGTCTGTTTCTTAGCTTCTTTAACAGCTGCT
CGGACAGCACAGTGAACAGAAAACGCTAAAAGCAATGGCGGTTCACCAAAAGCTTTGGAT
GAAAGAACACGGTTCTTGTGGTGTCCACTGTTGAGAATCTCGACA

QA 1 345 1 345
DS 

RD RR3EI87JQ 794 0 0
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ATAAACATCATTATGCAAATATAAAACTGTTGCAAGCACTTCAAATAAACAGAGCAATTA
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AGTCCAAGTATTTCTCAACAACATTGAGTCCACAAAGCTCCTTCACAACAGGCATTGTTG
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TCACAGTCTGTTTCTTAGCTTCTTTAACAGCTGCTCGGACCGCACAGTGAACAGAAGACG
CTAAAAGCAATGGCGGTTCACCGGAAGCTTTGGATGAAAGAACACGGTTCTTGTGGTGTC
CACTGTTGAGAATCTCGACATTAAACTGTCTTGGGATTGTGTCGACCGTTGGGATCTTGT
AAGTCCATGTGCTGTCTGTTACTATTAGACCGTCTGAGTTCATTAGGTACTCTTCAAGCA
TGAAGAACCCAAGTCCTTGAACAAATGCTCCTTCAATCTGTCCTAAATCCACAGCAGGGT
TGAGACTTTTCCCGCAATCATAGATAATATCCGTGCGCAGAACAGTTGTTTCACCAGTCA
AAATGTTTACTTCAACCTCGCTCGCTGCAACTCCATAGTTAAGGTACTGAGTGCCGAAGT
CTGGCGAGTAAGTGTTACTAACTGACATGTTCACCGATTGCATATAAGCCTGACTGATGA
GACTATCCCAAGTC

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3EI87TF 733 0 0
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CCTGACTGATGAGACTATCCCAAGTCACAGGTCCTCCTGTTTTCTCCTCCAAAGCAGTCT
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CTTCAGAGCTGGTGCTACCACCAGTTACTGAGCCTTGCACCATACTCAAAGTATCAGCTT
GGATGACACGTATCTTCTCTAGAAGCTCATCGCTTGTAGTACTACACTGGATCAGCCCAA
GTGAGAATGCGGCCATCTGTTTCACCTTTGTCCATAGCCCTTGTCCTATCTCAATCCCTG
GAACCTCAACCACTACTGAACCATCGCTCAATACACTTACCCTCCCTGGTGTTAACCGCA
AACCCACTCCATAAACCGCAGGCACACGCGAGATCCCTCTCTTCCTCCATCTGCTTGATG
CATTAAACTCATCGACCACCTTCCTCCTCTGGCTAAACCCTGAGAACTCTTCTAGCTTCT
CCCAAAGATGTGGTAACGTGTACTCAGTGGACTCACCAGCTTTCTTATCGTAAAACAGCT
TCAAGCTCTCAT
C

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3B040TF 761 0 0
AT
CCACAGCAGGGTTGAGACTTTTCCCGCAATCATAGATAATATCCGTGCGCAGAACCGTAG
TTTCACCCGTCAAAATGTTTACTTCAACCTCGCTCGCTGCAACTCCATAGTTAAGGTACT
GAGTGCCGAAGTCTGGCGAGTAAGTGTTACTAACTGACATGTTCACCGATTGCATATAAG
CCTGACTGATGAGACTATCCCAAGTCACAGGTCCTCCTGTTTTCTCCTCCAAAGCAGTCT
TGACAGGTAACAGCCTCTCAACCAAACCACCGCAGCAAATCCTCACCGCTTCACTACTAG
CTTCAGAGCTGGTGCTACCACCAGTTACTGAGCCTTGAACCATACTTAAAGTATCAGCTT
GGATGACACGTATCTTCTCTAGAAGCTCATCGCTTGTAGTACTACACTGGATCAGCCCAA
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GAACCTCAACAACTACTGAACCATCGCTCAACACACTTACTCTCCCTGGTGTTAACCGCA
AACCCACTCCATAAACCGCAGGCACACGCGAGAGCCCTCTCTTCCTCCATTTGCTTGATG
CATTAAACTCATTAACCACCTTCCTCCTCTGGCTAAACGCTGAGAACTCTTCTAGCTTCT
CCCAAAGCTGCGGTAACGTGTACTCAGTGGACTCACCAGCTTTCTTATCGTAAAACAGCT
TCAAGCTCTCATACGCATGGAGATTAACCTTCCTGATCC

QA 3 761 3 761
DS 



AS 1 4

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CAACCAAATGGCAAGAAAAACCTTGGAAAAATCGATATAGGGATAGACTTAACAGGCTTT
AGGTGTATGAACAATACTGTTTATTTCGAGAGCCAGTAGATGATTATAAACCAAGGTACA
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CAAGTAAGCCACGAATCACCGGGAACTTGTCGCCGAGATTTTTCACTTTCCCTTGAACAT
CCGAAAACAGAGACCGTTGAGAGCCAAGAACTGCCCTTGTCGCTTGAGCTTGGCCAATGA
CTTCATCAATATGGGATATACTTCCATGGATTGAAGCTCTCTCCCTTAACACCTGCACAC
CTGGTGACATACTACCAGAAGCCTTATATTCACTGATGTCATCCCTGACAGAACTCAAAA
GCTCAGCATGTTCCCTCATCGAGTTTATATTCCCTTTTATCCTTCGAAA*CTCCTGAGTG
TATTCGTGAAGAATGTCTCTGTGCCTTGCAAGCTTTTGAGTAACAGAGGTTGTAGGTGCA
GCAGAGGCAGCACATCTACTCATGGAATCATTAATGTCCAACAACTTCTCAAGCGAAGAT
TGAATCTCAATCTCCATTGACTTCCATGATCCTCCTGGAGATCCACCCTCAACACCATAC
CCGCCTTGATTGAATCTGGCGCCGAGCTTAGCATAAGAGGAGAGTTTGACGTCGAGATCG
CCTTCGATTTTACGAGCTTCTCTACGGAGCTCCTCCCAGCCAGATTCCTGCAGATCGAGG
CTCGCTTCTGTCATCTTCTCCGATCTTCGTTCAGTTTCAGATCCGATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK55JQ U 1
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AF RR3GK55TF C 140
AF RR3E626TF C 161
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TATTCGTGAAGAATGTCTCTGTGCCTTGCAAGCTTTTGAGTAACAGAGGTTGTAGGTGCA
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CCTTCGATTT
ACGAG

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3E626JQ 744 0 0
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GCAGCAGAGGCAGCACATCTACTCATGGAATCATTAATGTCCAACAACTTCTCAAGCGAA
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TACCCGCCTTGATTGAATCTGGCGCCGAGCTTAGCATAAGAGGGGAGTTTGACGTCGAGA
TCGCCTTCGATTT
TACGAGCTTCT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3GK55TF 704 0 0
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TGGGAACTTGTCGCCGAGATTTTTCACTTTCCCTTGAACATCCGAAAACAGAGACCGTTG
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CGAGTTTATGTTCCCTTTTATCCTTCGAAAACTCCTGAGTGTATTCGTGAAGAATGTCTC
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TCATGGAATCATTAATGTCCAACAACTTCTCAAGCGAAGATTGAATCTCAATCTCCATTG
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CGCCGAGCTTAGCGTAAGAGGAGAGTTTGACGTCGAGATCGCCTTCGATTTTACGAGCTT
CTCTACGGAGCTCCTCCCAGCCGGATTCCTGCAGATCGAGGCTC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3E626TF 730 0 0
AATGATATAAA
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TAATTGAGCCAAGTAAGCCACGAATCACCGGGAACTTGTCTCCGAGATTTTTCGCTTTCC
CTTGAACATCCGAAAACAGAGACCGTTGAGAGCCAAGAACTGCCCTTGTCGCTTGAGCTT
GGCCAATGACTTCATCAATATGGGATATACTTCCATGGATTGAAGCTCTCTCCCTTAACA
CCTGCACACCTGGTGACATACTACCAGAAGCCTTATATTCACTGATGTCATCCCTGACAG
AACTCAAAAGCTCAGCATGTTCCCTCATCGAGTTTATATTCCCTTTTATCCTTCGAAA*C
TCCTGAGTGTATTCGTGAAGAATGTCTCTGTGCCTTGCAAGCTTTTGAGTAACAGAGGTT
GTAGGTGCAGCAGAGGCAGCACATCTACTCATGGAATCATTAATGTCCAACAACTTCTCA
AGCGAAGATTGAATCTCAATCTCCATTGACTTCCATGATCCTCCTGGAGATCCACCCTCA
ACACCATACCCGCCTTGATTGAATCTGGCGCCGAGCTTAGCATAAGAGGGGAGTTTGACG
TCGAGATCGCCTTCGATTTTACGAGCTTCTCTCCGGAGCTCCTCCCAGCCAGATTCCTGC
AGATCGAGGCTCGCTTCTGTCATCTTCTCCGATCTTCGTTCAGTTTCAGATCCGATCCC

QA 12 730 12 730
DS 



AS 1 4

CO CL2325Contig1 992 4 7 U
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TCTCCTACAATGGCTGCCATTACCGCATTCTCTGCTCTCTCCAGCCCCATCTCTCCTCTT
ACGGCGTCTCCTTTACTCAGTTCCCCTCCATGTCTCTCCAGATTCCCAAACGCGTCTCTG
TTTCCCTCACTCTATACCTCTCGCTGGAGAAAGATCCCGATGATCCAGGCGTGTTCTTCT
ATTAGCGACGGAGATGAAACGGTCGAAGAAACAAGAAGTTGTGACGATGAGGAGGAGAGT
AGAGAGGAGACTCTGATGTTATCAGTCTCTCCTCTGCCTCTCTTCCTCGTTGCAGCCCTC
CCTGGAGCTGGGACTGTAAGATCTGTTATTGGTCCCTTTGTGGAGATTGTGAAGTCACTG
AACCTACCTGATTGGCTTGTTCATTGGGGTCATCCTGGGAACATGGCAGTGGTTCTTTTT
GCTATGGGTGGATATGGAACATACCTAGGCTTCCGGATTCGTTATTCAGATGACATTGAG
GAGAAGGCAAAGGCGAAAGACCTGCACCCGAAGCTGCTAGCAGGAATGTTTTTCTTTTTT
GCCCTTGGAGCCACTGGTGGAATCACATCCCTCCTTACCTCAGACAAACCCATCTTCGAA
AGCCCGCACGCTGTCACAGGATTCATAGGTCTTGCTCTCTTGACGATTCAAACAGTCTTA
CCAACTTTGTTCAAGGACAAGCCTGAGTTGAGGGGAGTGCACGGGATTCTGGGGAGTGGG
ATAATGGCGCTTTTCCTAGTCCATGCTGCTTTCGGACTTCAGCTTGGTCTCAGTTACTGA
TCTCCTCCTCCTCCTCCTCTCATTTGCTTTTTTTTTTTTATTCTTCTTCAGCTGCATGTA
ACGACTTGAGGAGATTTTATATATAGAGGCAAAAAGTTTGTAAAATAATTTGAACATTGT
TTGTCTTTGTTTATAATTTGTTTATGTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H314TF U 1
AF RR3FQ94TF U 37
AF RR3H314JQ C 189
AF RR3FQ94JQ C 279
BS 1 284 RR3H314TF
BS 285 285 RR3FQ94TF
BS 286 679 RR3H314TF
BS 680 866 RR3H314JQ
BS 867 871 RR3FQ94JQ
BS 872 972 RR3H314JQ
BS 973 992 RR3FQ94JQ

RD RR3H314TF 683 0 0
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TCTCCTACAATGGCTGCCATTACCGCATTCTCTGCTCTCTCCAGCCCCATCTCTCCTCTT
ACGGCGTCTCCTTTACTCAGTTCCCCTCCATGTCTCTCCAGATTCCCAAACGCGTCTCTG
TTTCCCTCACTCTATACCTCTCGCTGGAGAAAGATCCCGATGATCCAGGCGTGTTCTTCT
ATTAGCGACGGAGATGAAACGGTCGAAGAAACAAGAAGTTGTGATGATGAGGAGGAGAGT
AGAGAGGAGACTCTGATGTTATCAGTCTCTCCTCTGCCTCTCTTCCTCGTTGCAGCCCTC
CCTGGAGCTGGGACTGTAAGATCTGTTATTGGTCCCTTTGTGGAGATTGTGAAGTCACTG
AACCTACCTGATTGGCTTGTTCATTGGGGTCATCCTGGGAACATGGCAGTGGTTCTTTTT
GCTATGGGTGGATATGGAACATACCTAGGCTTCCGGATTCGTTATTCAGATGACATTGAG
GAGAAGGCAAAGGCGAAAGACCTGCACCCGAAGCTGCTAGCAGGAATGTTTTTCTTTTTT
GCCCTTGGAGCCACTGGTGGAATCACATCCCTCCTTACCTCAGACAAACCCATCTTCGAA
AGCCCGCACGCTGTCACAG
ATTC

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DS 

RD RR3FQ94TF 648 0 0
GG
ACGAGAGTACTTACACTCATCTTCTCCTACAATGGCTGCCATTACCGCATTCTCTGCTCT
CTCCAGCCCCATCTCTCCTCTTACGGCGTCTCCTTTACTCAGTTCCCCTCCATGTCTCTC
CAGATTCCCAAACGCGTCTCTGTTTCCCTCACTCTATACCTCTCGCTGGAGAAAGATCCC
GATGATCCAGGCGTGTTCTTCTATTAGCGACGGAGATGAAACGGTCGAAGAAACAAGAAG
TTGTGACGATGAGGAGGAGAGTAGAGAGGAGACTCTGATGTTATCAGTCTCTCCTCTGCC
TCTCTTCCTCGTTGCAGCCCTCCCTGGAGCTGGGACTGTAAGATCTGTTATTGGTCCCTT
TGTGGAGATTGTGAAGTCACTGAACCTACCTGATTGGCTTGTTCATTGGGGTCATCCTGG
GAACATGGCAGTGGTTCTTTTTGCTATGGGTGGATATGGAACATACCTAGGCTTCCGGAT
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AGCAGGAATGTTTTTCTTTTTTGCCCTTGGAGCCACTGGTGGAATCACATCCCTCCTTAC
CTCAGACAAACCCATCTTCGAAAGCCCGCACGCTGTCACAG
GATTC

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DS 

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CGGAGATGAAACGGTCGAAGAAACAAGAAGTTGTGATGATGAGGAGGAGAGTAGAGAGGA
GACTCTGATGTTATCAGTCTCTCCTCTGCCTCTCTTCCTCGTTGCAGCCCTCCCTGGAGC
TGGGACTGTAAGATCTGTTATTGGTCCCTTTGTGGAGATTGTGAAGTCACTGAACCTACC
TGATTGGCTTGTTCATTGGGGTCATCCTGGGAACATGGCAGTGGTTCTTTTTGCTATGGG
TGGATATGGAACATACCTAGGCTTCCGGATTCGTTATTCAGATGACATTGAGGAGAAGGC
AAAGGCGAAAGACCTGCACCCGAAGCTGCTAGCAGGAATGTTTTTCTTTTTTGCCCTTGG
AGCCACTGGTGGAATCACATCCCTCCTTACCTCAGACAAACCCATCTTCGAAAGCCCGCA
CGCTGTCACAGGATTCATAGGTCTTGCTCTCTTGACGATTCAAACAGTCTTACCAACTTT
GTTCAAGGACAAGCCTGAGTTGAGGGGAGTGCACGGGATTCTGGGGAGTGGGATAATGGC
GCTTTTCCTAGTCCATGCTGCTTTCGGACTTCAGCTTGGTCTCAGTTACTGATCTCCTCC
TCCTCCTCCTCTCATTTG*****TTTTTTTTATTCTTCTTCAGCTGCATGTAACGACTTG
AGGAGATTTTATATATAGAGGCAAAAAGTTTGTAAAATAATTTGAACATTGTTTGTCTTT
GTTT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3FQ94JQ 714 0 0
TTGTGACGATGAGGAGGAGAGTAGAGAGGAGACTCTGATGTTATCAGTCTCTCCTCTGCC
TCTCTTCCTCGTTGCAGCCCTCCCTGGAGCTGGGACTGTAAGATCTGTTATTGGTCCCTT
TGTGGAGATTGTGAAGTCACTGAACCTACCTGATTGGCTTGTTCATTGGGGTCATCCTGG
GAACATGGCAGTGGTTCTTTTTGCTATGGGTGGATATGGAACATACCTAGGCTTCCGGAT
TCGTTATTCAGATGACATTGAGGAGAAGGCAAAGGCGAAAGACCTGCCCCCGAAGCTGCT
AGCAGGAATGTTTTTCTTTTTTGCCCTTGGAGCCACTGGTGGAATCACATCCCTCCTTAC
CTCAGACAAACCCATCTTCGAAAGCCCGCACGCTGTCACAGGATTCATAGGTCTTGCTCT
CTTGACGATTCAAACAGTCTTACCAACTTTGTTCAAGGACAAGCCTGAGTTGAGGGGAGT
GCACGGGATTCTGGGGAGTGGGATAATGGCGCTTTTCCTAGTCCATGCTGCTTTCGGACT
TCAGCTTGGTCTCAGTTACTGATCTCCTCCTCTTCCTCCTCTCATTTGCTTTTTTTTTTT
TATTCTTCTTCAGCTGCATGTAACGACTTGAGGAGATTTTATATATAGAGGCAAAAAGTT
TGTAAAATAATTTGAACATTGTTTGTCTTTGTTTATAATTTGTTTATGTTTTAT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 4

CO CL2326Contig1 1163 4 10 U
GGGCCAAAATCCCAGAGAGAAAGCTTGGATCTTTCGCGGCCCAGAATCTCCTGGAAGAGA
ATCAGAATCGTATGCATTTTTGGAGTCATGAAGGTCGGAGGAGGAGTTGGCTATTACTAG
AATCTGTTATCCACCCCTGAAGATACTAGAAAAAATGTGGAATCTAGCCTCGAGTTATCT
CACCGGACCTAGAAACGAAGCAAGAAGACCACCACCAGTCCATCCTCACGTAGACTCTTG
TTCTGATGACGACGATGCTTCATCTCTAGGCAGCAAAGAAGAAGGTCTCGAGTGTCCTAT
CTGCTGGGAATCATTCAACATCGTCAAAAACGTTCCTTACGTGCTATGGTGCGGCCACAC
CATGTGCAAAAACTGCATCCTCGGACTTCAGTGGGCTATTGTGAAGTTACCTACTCACCC
TGTTCAGCTCCCTCTCTTCATCTCCTGCCCCTGGTGCAACCTCCTCTCCTTCCGTCTCGT
CTTCAGAGGAGCCCTTAGGTTCCCTCGCAAGAACTATTTTGTGCTTTGGATGGTCGAGAG
GATGAATGGGGAGAGACGCAGTTCTCCTGGGACAGATCAAACCGATGGAAGCAGGGAGCA
GCCGTGTCTCCACCATCGCGCTCCTCAACCTGAGCCACCATCAGGTGATGGTAATGATCA
ACGAGTTCGAAGGGACAACATACAAACTTCGCTGAGGAAGTCTCTGGTCTTCTTTGTTCA
GTTGACAGCAAAGTTCCCGTTGGTTGTTATATTTCTGCTGATTATACTCTATGCGATACC
GACCAGTGCAGCCATATTGGCTATGTACATTCTAGTCACTCTCTTGCTGGCGCTACCGTC
GTTTCTCATCCTCTACTTCGCTTATCCTTGTCTCGACTGGCTCGTCAGGGAGATTGTCAC
TTGAAAGTGGTGTTTCTCTATTTATTCGACGACTCTTCTTCCTCTATGTAAGTATGATGA
TTTGGTAATTACCAGTCTTCCTTATCTTTATATGTAGATGTAGTTTCTTTTGGTTTGCAT
TGTTGCTCTATGGGAGTTTGGAGAAAGGACATGTCCATGTGTTGTAAGGGCTGTTCTTTG
TAGGAGTTCAATAGTATTTGTAATATTTTGAGGATCTGCCTTCTGATTGCTTGAGGTTTG
TCTCAATAAGATTTTATGTCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES65TF U 1
AF RR3A259TF U 34
AF RR3A259JQ C 263
AF RR3ES65JQ C 708
BS 1 142 RR3ES65TF
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BS 144 325 RR3ES65TF
BS 326 326 RR3A259TF
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BS 517 517 RR3A259TF
BS 518 590 RR3ES65TF
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BS 885 1112 RR3A259JQ
BS 1113 1163 RR3ES65JQ

RD RR3ES65TF 590 0 0
GGGCCAAAATCCCAGAGAGAAAGCTTGGATCTTTCGCGGCCCAGAATCTCCTGGAAGAGA
ATCAGAATCGTATGCATTTTTGGAGTCATGAAGGTCGGAGGAGGAGTTGGCTATTACTAG
AATCTGTTATCCACCCCTGAAGTTACTAGAAAAAATGTGGAATCTAGCCTCGAGTTATCT
CACCGGACCTAGAAACGAAGCAAGAAGACCACCACCAGTCCATCCTCACGTAGACTCTTG
TTCTGATGACGACGATGCTTCATCTCTAGGCAGCAAAGAAGAAGGTCTCGAGTGTCCTAT
CTGCTGGGAATCATTCAACATCGTCGAAAACGTTCCTTACGTGCTATGGTGCGGCCACAC
CATGTGCAAAAACTGCATCCTCGGACTTCAGTGGGCTATTGTGAAGTTACCTACTCACCC
TGTTCAGCTCCCTCTCTTCATCTCCTGCCCCTGGTGCAACCTCCTCTCCTTCCGTCTCGT
CTTCAGAGGAGCCCTTAGGTTCCCTCGCAAGAACTACTTTGTGCTTTGGATGGTCGAGAG
GATGAATGGGGAGAGACGCAGTTCTCCTGGGACAGATCAAACCGATGGAA

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3A259TF 851 0 0
GG
GCGGCCCAGAATCTCCTGGAAGAGAATCAGAATCGTATGCATTTTTGGAGTCATGAAGGT
CGGAGGAGGAGTTGGCTATTACTAGAATCTGTTATCCACCCCTGAAGATACTAGAAAAAA
TGTGGAATCTAGCCTCGAGTTATCTCACCGGACCTAGAAACGAAGCAGGAAGGCCACCAC
CAGTCCATCCTCACGTAGACTCTTGTTCTGATGACGACGATGCTTCATCTCTAGGCAGCA
AAGAAGAAGGTCTCGAGTGTCCTATCTGCTGGGAATCATTCAACATCGTCAAAAACGTTC
CTTACGTGCTATGGTGCGGCCACACCATGTGCAAAAACTGCATCCTCGGACTTCAGTGGG
CTATTGTGAAGTTACCTACTCACCCTGTTCAGCTCCCTCTCTTCATCTCCTGCCCCTGGT
GCAACCTCCTCTCCTTCCGTCTCGTCTTCAGAGGAGCCCTTAGGTTCCCTCGCAAGAACT
ATTTTGTGCTTTGGATGGTCGAGAGGATGAATGGGGAGAGACGCAGTTCTCCTGGGACAG
ATCAAACCGATGGAAGCAGGGAGCAGCCGTGTCTCCACCATCGCGCTCCTCAACCTGAGC
CACCATCAGGTGATGGTAATGATCAACGAGTTCGAAGGGACAACATACAAACTTCGCTGA
GGAAGTCTCTGGTCTTCTTTGTTCAGTTGACAGCAAAGTTCCCGTTGGTTGTTATATTTC
TGCTGATTATACTCTATGCGATACCGACCAGTGCAGCCATATTGGCTATGTACATTCTAG
TCACTCTCTTGCTGGCGCTACCGTCGTTTCTCATCCTCTACTTCGCTTATCCTTGTCTCG
ACTGGCTCG

QA 3 851 3 851
DS 

RD RR3A259JQ 851 0 0
TCTCTAGGCAGCAAAGAAGAAGGTCTCGAGTGTCCTATCTGCTGGGAATCATTCAACATC
GTCAAAAACGTTCCTTACGTGCTATGGTGCGGCCACACCATGTGCAAAAACTGCATCCTC
GGACTTCAGTGGGCTATTGTGAAGTTACCTACTCACCCTGTTCAGCTCCCTCTCTTCATC
TCCTGCCCCTGGTGCAACCTCCTCTCCTTCCGTCTCGTCTTCAGAGGAGCCCTTAGGTTC
CCTCGCAAGAACTATTTTGTGCTTTGGATGGTCGAGAGGATGAATGGGGAGAGACGCAGT
TCTCCTGGGACAGATCAAACCGATGGAAGCAGGGAGCAGCCGTGTTTCCACCATCGCGCT
CCTCAACCTGAGCCACCATCAGGTGATGGTAATGATCAACGAGTTCGAAGGGACAACATA
CAAACTTCGCTGAGGAAGTCTCTGGTCTTCTTTGTTCAGTTGACAGCAAAGTTCCCGTTG
GTTGTTATATTTCTGCTGATTATACTCTATGCGATACCGACCAGTGCAGCCATATTGGCT
ATGTACATTCTAGTCACTCTCTTGCTGGCGCTACCGTCGTTTCTCATCCTCTACTTCGCT
TATCCTTGTCTCGACTGGCTCGTCAGGGAGATTGTCACTTGAAAGTGGTGTTTCTCTATT
TATTCGACGACTCTTCTTCCTCTATGTAAGTATGATGATTTGGTAATTACCAGTCTTCCT
TATCTTTATATGTAGATGTAGTTTCTTTTGGTTTGCATTGTTGCTCTATGGGAGTTTGGA
GAAAGGACATGTCCATGTGTTGTAAGGGCTGTTCTTTGTAGGAGTTCAATAGTATTTGTA
ATATTTTGAG
T

QA 1 850 1 850
DS 

RD RR3ES65JQ 456 0 0
TCTTCTTTGTTCAGTTGACAGCAAAGTTCCCGTTGGTTGTTATATTTCTGCTGATTATAC
TCTATGCGATACCGACCAGTGCAGCCATATTGGCTATGTACATTCTAGTCACTCTCTTGC
TGGCGCTACCGTCGTTTCTCATCCTTTACTTCGCTTATCCTTGTCTCGACTGGCTCGTCA
GGGAGATTGTCACTTGAAAGTGGTGTTTCTCTATTTATTCGACGACTCTTCTTCCTCTAT
GTAAGTATGATGATTTGGTAATTACCAGTCTTCCTTATCTTTATATGTAGATGTAGTTTC
TTTTGGTTTGCATTGTTGCTCTATGGGAGTTTGGAGAAAGGACATGTCCATGTGTTGTAA
GGGCTGTTCTTTGTAGGAGTTCAATAGTATTTGTAATATTTTGAGGATCTGCCTTCTGAT
TGCTTGAGGTTTGTCTCAATAAGATTTTATGTCTAT

QA 1 456 1 456
DS 



AS 1 4

CO CL2327Contig1 1016 4 5 U
GGGGCTCAGTCATCATCTGAACATATGTATCTCTCTCATGAAGCACCTTCCCCCAGCTCA
GTGATAGTTGCTCGTGCAAATGAAGGAGTTGGGGATGCTGAAGCAGTCAACTCAAGAAAC
ACAACGGATTGTGGTCAGATCGGACTACACAAATCTATCTCACTGAGTGATTTCCTCGCA
GTTCTCTGTGATACAAAAATCACTACGGATTCGGATCAGGCTGAAGAAGCAGCTGGGCTA
AACCAATCTATGTCAGTGAGTGATTTGGTTGCACTACTGTCTGATTCAAGAAACATAACT
GATTCGAGTCAGATAAAAGTACCTGGACTGCAACAATCCATATCAGTAAGCGATTTTGTT
GGATTTCTCTCTGATTCTGCTGGTGGAAATAATCCGGATTCGGAGAAATTTGAGATCTTG
AAACAGCAATTGCTTAGTGATAATATCCAGTTCGATGCACCAGACGAGAAGTCTCTCATG
CCAAGGGTTAACTCTTTGTTCAACCTCCTGTACAAGGATCCCAACGTTGCTGCAAACTCA
CAGCTCAATACTGAAGTCTCTGATGGATTTAAGTCTGAAGTCCATGATCTGAATGGGACA
GTGCCTGCCAACAACAGCAACAACAGCAACAGAGTTGCTGATCCTGCTTCCAGCAGCAAA
CCACAGGGTATGTTAAGAAAAGACTCGTTCAGTGATTTGCTCTTCCACCTCCCCCGAATC
ACATCCTTGCCAAAGTTCTTGTCAAACATTTCAGAAGAAGATGGTGGTGATGCATATAAA
TAGATATAATTCTATAGATTCTGCTTTTGTTTTCAGG*ATTTGGCAAGTATAGGAGCATG
AACTAGTAGCTTTTCTGTTTTTCATGTAAATCAAAATTATCTTTTGGTGACTAAAACCCC
CACAGGGATTTGAAGAAACATGTTTTGATAATGAATTTGTGTACATCATCTCAACTATAA
AACAATGTCTCAAGAGTGGCTGTCATACCGTTATTTATCATAAACTTCGTTATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HA85TF U 1
AF RR3CE55JQ C 458
AF RR3CE55TF U 458
AF RR3HA85JQ C 470
BS 1 752 RR3HA85TF
BS 753 817 RR3CE55TF
BS 818 818 RR3CE55JQ
BS 819 889 RR3CE55TF
BS 890 1016 RR3HA85JQ

RD RR3HA85TF 752 0 0
GGGGCTCAGTCATCATCTGAACATATGTATCTCTCTCATGAAGCACCTTCCCCCAGCTCA
GTGATAGTTGCTCGTGCAAATGAAGGAGTTGGGGATGCTGAAGCAGTCAACTCAAGAAAC
ACAACGGATTGTGGTCAGATCGGACTACACAAATCTATCTCACTGAGTGATTTCCTCGCA
GTTCTCTGTGATACAAAAATCACTACGGATTCGGATCAGGCTGAAGAAGCAGCTGGGCTA
AACCAATCTATGTCAGTGAGTGATTTGGTTGCACTACTGTCTGATTCAAGAAACATAACT
GATTCGAGTCAGATAAAAGTACCTGGACTGCAACAATCCATATCAGTAAGCGATTTTGTT
GGATTTCTCTCTGATTCTGCTGGTGGAAATAATCCGGATTCGGAGAAATTTGAGATCTTG
AAACAGCAATTGCTTAGTGATAATATCCAGTTCGATGCACCAGACGAGAAGTCTCTCATG
CCAAGGGTTAACTCTTTGTTCAACCTCCTGTACAAGGATCCCAACGTTGCTGCAAACTCA
CAGCTCAATACTGAAGTCTCTGATGGATTTAAGTCTGAAGTCCATGATCTGAATGGGACA
GTGCCTGCCAACAACAGCAACAACAGCAACAGAGTTGCTGATCCTGCTTCCAGCAGCAAA
CCACAGGGTATGTTAAGAAAAGACTCGTTCAGTGATTTGCTCTTCCACCTCCCCCGAATC
ACATCCTTGCCAAAGTTCTTGTCAAACATTTC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3CE55JQ 432 0 0
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ATCCCAACGTTGCTGCAAACTCACAGCTCAATACTGAAGTCTCTGATGGATTTAAGTCTG
AAGTCCATGATCTGAATGGGACAGTGCCTGCCAACAACAGCAACAACAGCAACAGAGTTG
CTGATCCTGCTTCCAGCAGCAAACCACAGGGTATGTTAAGAAAAGACTCGTTCAGTGATT
TGCTCTTCCACCTCCCCCGAATCACATCCTTGCCAAAGTTCTTGTCAAACATTTCAGAAG
AAGATGGTGGTGATGCATATAAATAGATATAATTCTATAGATTCTGCTTTTGTTTTCAGG
*ATTTGGCAAGTATAGGAGCATGAACTAGTAGCTTTTCTGTTTTTCATGTAAATCAAAAT
TATCTTTTGGTG

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR3CE55TF 432 0 0
CACCAGACGAGAAGTCTCTCATGCCAAGGGTTAACTCTTTGTTCAACCTCCTGTACAAGG
ATCCCAACGTTGCTGCAAACTTACAGCTCAATACTGAAGTCTCTGATGGATTTAAGTCTG
AAGTCCATGATCTGAATGGGACAGTGCCTGCCAACAACAGCAACAACAGCAACAGAGTTG
CTGATCCTGCTTCCAGCAGCAAACCACAGGGTATGTTAAGAAAAGACTCGTTCAGTGATT
TGCTCTTCCACCTCCCCCGAATCACATCCTTGCCAAAGTTCTTGTCAAACATTTCAGAAG
AAGATGGTGGTGATGCATATAAATAGATATAATTCTATAGATTCTGCTTTTGTTTTCAGG
GATTTGGCAAGTATAGGAGCATGAACTAGTAGCTTTTCTGTTTTTCATGTAAATCAAAAT
TATCTTTTGGTG

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR3HA85JQ 547 0 0
AGTCTCTCATGCCAAGGGTTAACTCTTTGTTCAACCTCCTGTACAAGGATCCCAACGTTG
CTGCAAACTCACAGCTCAATACTGAAGTTTTTGATGGATTTAAGTCTGAAGTCCATGATC
TGAATGGGACAGTGCCTGCCAACAACAGCAACAACAGCAACAGAGTTGCTGATCCTGCTT
CCAGCAGCAAACCACAGGGTATGTTAAGAAAAGACTCGTTCAGTGATTTGCTTTTCCACC
TCCCCCGAATCACATCCTTGCCAAAGTTCTTGTCAAACATTTCAGAAGAAGATGGTGGTG
ATGCATATAAATAGATATAATTCTATAGATTTTGCTTTTGTTTTCAGG*ATTTGGCAAGT
ATAGGAGCATGAACTAGTAGCTTTTTTGTTTTTCATGTAAATCAAAATTTTTTTTTGGTG
ACTAAAACCCCCACAGGGATTTGAAGAAACATGTTTTGATAATGAATTTGTGTACATCAT
CTCAACTATAAAACAATGTCTCAAGAGTGGCTGTCATACCGTTATTTATCATAAACTTCG
TTATTTT

QA 1 547 1 547
DS 



AS 1 3

CO CL2328Contig1 1221 3 21 U
CTGAGTCTTGAAAGCATTACTTTACTAAACCTAGCTCTATCTCTCTTCATAGTGTCGACA
TGGCTTGCGAAAACAACCTCGTTGTGAAGCAAATCATGGACTTATACACCCAAATCTCAA
ACCTCGAGAGTCTAAAACCATCCAAGAATGTCGACACTTTGTTCGGACAACTTGTCTCCA
CGTGCTTGCCAACGGACACAGACATCGATGTCACAAAATTACGGATGAAAAAGTCAAAGA
CATGAGATCTCATCTCATCAAGCTTTGTGGTGAAGCCGAAGGATACTTGGAGCAACACTT
CTCCACAATCATAGGCTCGTTTGAAGACAACCCACTTAACCATTTACACATCTTTCCTTA
TTACAACAACTACCTCAAACTAAGCAAACTCGAATTCGATCTCCTAGCTCAACACACAAG
CCATGTCCCTACCAAAATCGCTTTTATCGGTTCGGGTCCGATGCCACTTACATCCATCGT
CTTGGCCAAGTTTCACCTTCCCAACACAACGATCCACAACTTCGACATCGACTCACAGGC
TAACAAACTCGCTTCAAGCCTCGTTTCTCGCGATCCAGACCTCTCGGAGCGCATGATCTT
CCACACGACTGATGTGTTAAACGCCAAGGAAGGGTTAGACCAGTACGATGTCGTTTTCTT
GGCGGCTCTTGTTGGGATGGATAAAGAGTCAAAAGTCAAATCTATTGAGCATTTGGAGAA
GCATATGGCTCCTGGAGCTGTGCTGATGCTAAGGAGTGCTCATGGTCTTAGAGCTTTCTT
GTATCCAATCGTTGACTCTTGTGGTCTTAAAGGGTTTGAAGTGTTGACCATTCATCATCC
GTCAGATGATGTGGTTAACTCGGTGGTGGTCGCACGTAAGCTTGGTGGTTCGAGCGAAGC
TGGTAGCAGCCAGATCGAAAGGTGTGTGATTATGCCTTGTAATTGCTCCAAGATCCACGC
CATAATGAACAGTCGAGGTATGAAGAAGAATATGATCGAGGAGTTTAGTGCCATTGAATA
AATACATAACACAACTCTTTCTATAGAGGTATGTATTATGTTTTTGCTCTTTTAAATTTT
ATGTCTATCTGTTTACGATGTGTGGGTAACATGTTTGTTAAACATAATAATTTTTGTGAG
TTCTTTGGTCGTCGTATCAGTGTGAAGTCACAGAACCCTTGTTGTTTGTACTTTTAATTA
TTTCGATCAATAAAACATAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A790TF U 1
AF RR3A822TF U 405
AF RR3A790JQ C 365
BS 1 753 RR3A790TF
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BS 755 787 RR3A790TF
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BS 829 832 RR3A822TF
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BS 1086 1102 RR3A822TF
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BS 1134 1135 RR3A790JQ
BS 1136 1158 RR3A822TF
BS 1159 1221 RR3A790JQ

RD RR3A790TF 847 0 0
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CGTGCTTGCCAACGGACACAGACATCGATGTCACAAAATTACGGATGAAAAAGTCAAAGA
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CTCCACAATCATAGGCTCGTTTGAAGACAACCCACTTAACCATTTACACATCTTTCCTTA
TTACAACAACTACCTCAAACTAAGCAAACTCGAATTCGATCTCCTAGCTCAACACACAAG
CCATGTCCCTACCAAAATCGCTTTTATCGGTTCGGGTCCGATGCCACTTACATCCATCGT
CTTGGCCAAGTTTCACCTTCCCAACACAACGATCCACAACTTCGACATCGACTCACAGGC
TAACAAACTCGCTTCAAGCCTCGTTTCTCGCGATCCAGACCTCTCGGAGCGCATGATCTT
CCACACGACTGATGTGTTAAACGCCAAGGAAGGGTTAGACCAGTACGATGTCGTTTTCTT
GGCGGCTCTTGTTGGGATGGATAAAGAGTCAAAAGTCAAATCTATTGAGCATTTGGAGAA
GCATATGGCTCCTGGAGCTGTGCTGATGCTAAG*AGTGCTCATGGTCTTAGAGCTTTCTT
GTATCCA*TCGTTGACTCTTGTGGTCTTAAAGGGTTTGAAGTGTTGAC
ATTCATCATCGTCAGATGA

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR3A822TF 754 0 0
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CACTTACATCCATTGTCTTGGCCAAGTTTCACCTTCCCAACACAACGATCCACGACTTCG
ACATCGACTCACAGGCTAACACACTCGCTTCAAGCCTCGTTTCTCGCGATCCAGACCTCT
CGGAACGCATGATCTTCCACACGACTGATGTGTTAAACGCCAAGGAAGGGTTAGACCAGT
ACGACGTCGTTTTCTTGGCGGCTCTTGTTGGGATGGATAAAGAGTCAAAAGTCAAAGCTA
TTGAGCATTTGGAGAAGCATATGGCTCCTGGAGCTGTGCTGATGCTAAGGAGTGCTCATG
GTCTTAGAGCTTTCTTGTATCCAATCGTTGACTCTTGTGATCTTAAAGGGTTTGAAGTGT
TGACCATTTATCATCCGTCAGATGATGTGGTTAACTCGGTGGTGGTCGCACGTAAGCTTG
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TTAGTGCCGTTGAATAAATACATAACACAACTCTTTCTATAGAGGTATGTATTATGTTTT
TGCTCTTTTAAATTTTGTGTTTATCTGTTTACGATGTG**GGTGACATGTTTGTTAAACA
TAATAATTT**GTGAGTTCTTTGGTCGTCGTATC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3A790JQ 857 0 0
ACAC
ACTACCTCAAACTAAGCAAACTCGAATTCGATCTCCTAGCTCAACACACAAGCCATGTCC
CTACCAAAATCGCTTTTATCGGTTCGGGTCCGATGCCACTTACATCCATCGTCTTGGCCA
AGTTTCACCTTCCCAACACAACGATCCACAACTTCGACATCGACTCACAGGCTAACAAAC
TCGCTTCAAGCCTCGTTTCTCGCGATCCAGACCTCTCGGAGCGCATGATCTTCCACACGA
CTGATGTGTTAAACGCCAAGGAAGGGTTAGACCAGTACGATGTCGTTTTCTTGGCGGCTC
TTGTTGGGATGGATAAAGAGTCAAAAGTCAAATCTATTGAGCATTTGGAGAAGCATATGG
CTCCTGGAGCTGTGCTGATGCTAAGGAGTGCTCATGGTCTTAGAGCTTTCTTGTATCCAA
TCGTTGACTCTTGTGGTCTTAAAGGGTTTGAAGTGTTGACCATTCATCATCCGTCAGATG
ATGTGGTTAACTCGGTGGTGGTCGCACGTAAGCTTGGTGGTTCGAGTGAAGCTGGTAGCA
GCCAGATCGAAAGGTGTGTGATTATGCCTTGTAATTGCTCCAAGATCCACGCCATAATGA
ACAGTCGAGGTATGAAGAAGAATATGATCGAGGAGTTTAGTGCCATTGAATAAATACATA
ACACAACTCTTTCTATAGAGGTATGTATTATGTTTTTGCTCTTTTAAATTTTATGTCTAT
CTGTTTATGATGTGTGGGTAATATGTTTGTTAAACATAATAATTTTTGTGAGTTCTTTGG
TCGTCTTATCAGTGTGAAGTCACAGAACCCTTGTTGTTTGTACTTTTAATTATTTCGATC
AATAAAACATAAA

QA 5 857 5 857
DS 



AS 2 4

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BQ
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AF RR3A018JQ C 1
AF RR3A018TF U 1
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DS 

RD RR3A018TF 415 0 0
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TTGCAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGTGGATCAAACTG
CAGCTGCGGCGACAGCTGTAGCTGTTGAAGAAATTGTGGTGTAAATCACATGCGTGCAGG
AAAAACTGGGGGAAATTAAAAGTGTGTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTTTGAATAAA
GATTTGGCATGATGTTGCCTAATAACTCTCTTAGCCTTGGCCTCTTCTCTCTGTGCTTGG
TGTTTATTGTGTAATGTTTTCATTTTGTAACGTAAGAAAAAAAA
TATCTATTGAC

QA 1 404 1 404
DS 



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AAGATTTGGCATGATGTTGCCTAATAACTCTCTTAGCCTTGGCCTTTTCTCTCTGTGTTT
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CTTGTGATTGTTATT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FB14JQ C 1
AF RR3FB14TF U 1
BS 1 435 RR3FB14TF

RD RR3FB14JQ 435 0 0
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CTTGTGATTGTTATT

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR3FB14TF 435 0 0
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GCAGCTGCGGCGACAGCTGTAGCTGTTGAAGAAATTGTGGTGTAAATCACATGCGTGCAG
GAAAAACTGGGGGAAATTAAAAGTGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTTTGAATA
AAGATTTGGCATGATGTTGCCTAATAACTCTCTTAGCCTTGGCCTTTTCTCTCTGTGTTT
GGTGTCTATTGTGTAATGTTTTCATTTTGTAACGTAAGAAAAAAAAAATATCTATTGACT
CTTGTGATTGTTATT

QA 1 435 1 435
DS 



AS 1 4

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GACCTCTGAAACTGTGGCGGTGGTAACGGGTGCAAATAGAGGCATAGGATTTGAGATGGT
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CGAGAACTCCCACATGGTTCTATCTACAAACTACAATGGGACAAAGAACATAATCAAAGC
CATGATTCCATTGATGAGACAAGCTTCTCCTGGTGCTCGTATTGTCAATGTCACCTCCAG
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TATGGATGTGGACTCTCTGACAGAGGAAGCCGTCGACGAAACAGTTACAGAGTTTCTGAA
GCAGGTGGAAGAAGGAACGTGGGAATCAGGAGGTTGGCCACACTCTTTCACGGACTATTC
CGTCTCGAAAATGGCGGTGAACGCATACACGAGAGTGCTAGCGAAAGAACTATCTGAGAG
AGCAGAAGGAGAGAAGATATATGCAAACTGCTTTTGTCCCGGTTGGGTGAAAACCGCAAT
GACCGGTTATGCTGGGAATATCTCGGCAGAGGATGGAGCTGACACTGGAGTCTGGCTTGC
GTTGCTTCCTGATCAAGCTATTACTGGAAAGTTCTTTGCCGAGAGACGTGAGATCAGTTT
ATAAATGAGAAAATGGATGGGACTTGCTTCTTGTGTTGTTCTTACTCGTTTTTTTCTTAA
GAAAGAAAGCTATTTAAAGTTAGTTTTATATATGTTGACCAAAAAAAAGTTAGTTTTATA
TATAGTTCAATTGTGGAAGATATAAGAGTTGATATGAATAAAAGTTTTACCCCCT


BQ
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AF RR3FT37JQ C 696
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G
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GAGCTGACACTGGAGTTTGGCTTGCGTTGCTTCCTGATCAAGCTATTACTGGAAAGTTCT
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GAA

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DS 



AS 1 4

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CGGTGGTAGTAGTGTGGTGATTTTCATCGTGAACAAGTGGTTCAGATGATGTTTATGCTC
TTCATGAAGAAGTCATTGCGAAGTTCGTTGCAAGAAAACCGGCTAATTATAGTGCCTTAA
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TCACTTTCTGATGTTGGTTTGTAGCCCTTGTATTTGGGTTCTAGATTCCCGATTTTGGGC
TTAGCTTCCGGGGATATCTTTGTATTCCGCCGGCCTTAGTATCTCAACTTTGTAGCGTTT
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3FR11TF U 1
AF RR3CQ18TF U 260
AF RR3CQ18JQ C 313
AF RR3FR11JQ C 391
BS 1 532 RR3FR11TF
BS 533 533 RR3CQ18TF
BS 534 666 RR3FR11TF
BS 667 667 RR3CQ18TF
BS 668 718 RR3FR11TF
BS 719 1165 RR3CQ18JQ

RD RR3FR11TF 718 0 0
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GTGGTTCCGGCGGTGGCGTGTCTTCACCGTCGCCGTCGGAGCTAGATGGTTATTAGTCGT
TTGTGGTTGTCTCTTTTGGTTTACTCAACCCTTCTCTTCCTTTTGTGTAGCCCTCTGTGG
TTTTTTATGGCTGGTTCTGCTATTGTTTACTACTGTTAAGGATCTTTGTTGATAGATCTG
TGATTTCTTCTCGGATTTATTATCAAATCCTTGGTAGATCTGGGTTTTGTGGTGTTGCAG
GTTTGTTTACTTTTCAAATCTGCTTATCTCACGTTCAGATCTAGCCGGTGAGAATGTCTA
CGGCGGTCGTGAGTTGTTTGGCTCTGGCTTCTCTGCTCATGCTTTGGTGTCTCCGCAAGG
ATAACTCTTAAGCTTCGTTCCCGTCGTCCTCCATTATTGGTGCGAATCTCCGGCCGAGGG
TTTCAATCCGGTTAATCTCTCATGGGTTTGGAGCTTGTCTTAGTTGGTGCTTTATTCAGC
AACGGTGTAGAATTTTGTGGTGATGTGTGGTGAGCATGTGAGGGTTTTGGTTCTTGAGAA
GTAGGTCGTTTCAGGATACCTATTTGTCTCTCAGGTTTGTTGCAATTGGAGGCCTTCTCC
CGCCATGTGATTTAGTGTTTATCCTGGTCTACCTTTGGTCTCTGTTTTCCTCGTGGCT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3CQ18TF 435 0 0
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CTGCTTATCTCACGTTCAGATCTAGCCGGTGAGAATGTCTACGGCGGTCGTGAGTTGTTT
GGCTCTGGCTTCTCTGCTCATGCTTTGGTGTCTCCGCAAGGATAACTCTTAAGCTTCGTT
CCCGTCGTCCTCCATTATTGGTGCGAATCTCCGGCCGAGGGTTTCAATCCGGTTAATCTC
TCATGGGTTTGGAGCTTGTCTTAGTTGGTGCTTGATTCAGCAACGGTGTAGAATTTTGTG
GTGATGTGTGGTGAGCATGTGAGGGTTTTGGTTCTTGAGAAGTAGGTCGTTTCAGGATAC
CTATTTGTCTCTCAGGTTTGTTGCAATTGGAGGCCTTCTCCCGCCATATGATTTAGTGTT
TATCCTGGTCTACCT

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR3CQ18JQ 853 0 0
TTTC
AATCTGCTTTTCTCACGTTCAGATCTAGCCGGTGAGAATGTCTACGGCGGTCGTGAGTTG
TT*GGCTCTGGCTTCTCTGCTCATGCTTTGGTGTCTCCGCAAGGATAACTCTTAAGCTTC
GTTCCCGTCGTCCTCCATTATTGGTGCGAATCTCCGGCCGAGGGTTTCAATCCGGTTAAT
CTCTCATGGGTTTGGAGCTTGTCTTAGTTGGTGCTTGATTCAGCAACGGTGTAGAATTTT
GTGGTGATGTGTGGTGAGCATGTGAGGGTTTTGGTTCTTGAGAAGTAGGTCGTTTCAGGA
TACCTATTTGTCTCTCAGGTTTGTTGCAATTGGAGGCCTTCTCCCGCCATATGATTTAGT
GTTTATCCTGGTCTACCTTTGGTCTCTGTTTTCCTCGTGGCTTCGTATGGTTGAGGCAAT
ATAAAGAGGTTGAGGCATGGAGGCTTACGGTTTTAAGGTGCGGTTGAGTATGGTGCTCTC
GTAGGTGTTGTTACATCCTGGTTTTATGTGTTGAGTTCGTGGTACGGTGGTAGTAGTGTG
GTGATTTTCATCGTGAACAAGTGGTTCAGATGATGTTTATGCTCTTCATGAAGAAGTCAT
TGCGAAGTTCGTTGCAAGAAAACCGGCTAATTATAGTGCCTTAAGTCTTTGTTCTTTTAT
CTTTGGGTGGTTGTTTCTGGGTTTAAGGAGAATAGGTGTTTAGTTCACTTTCTGATGTTG
GTTTGTAGCCCTTGTATTTGGGTTCTAGATTCCCGATTTTGGGCTTAGCTTCCGGGGATA
TCTTTGTATTCCGCCGGCCTTAGTATCTCAACTTTGTAGCGTTTTTATATTATCAATGAA
ATCAGATGG

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DS 

RD RR3FR11JQ 775 0 0
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CCATTATTGGTGCGAATCTCCGGCCGAGGGTTTCAATCCGGTTAATCTCTCATGGGTTTG
GAGCTTGTCTTAGTTGGTGCTTTATTCAGCAACGGTGTAGAATTTTGTGGTGATGTGTGG
TGAGCATGTGAGGGTTTTGGTTCTTGAGAAGTAGGTCGTTTCAGGATACCTATTTGTCTC
TCAGGTTTGTTGCAATTGGAGGCCTTCTCCCGCCATGTGATTTAGTGTTTATCCTGGTCT
ACCTTTGGTCTCTGTTTTCCTCGTGGCTTCGTATGGTTGAGGCAATATAAAGAGGTTGAG
GCATGGAGGCTTACGGTTTTAAGGTGCGGTTGAGTATGGTGCTCTCGTAGGTGTTGTTAC
ATCCTGGTTTTATGTGTTGAGTTCGTGGTACGGTGGTAGTAGTGTGGTGATTTTCATCGT
GAACAAGTGGTTCAGATGATGTTTATGCTCTTCATGAAGAAGTCATTGCGAAGTTCGTTG
CAAGAAAACCGGCTAATTATAGTGCCTTAAGTCTTTGTTCTTTTATCTTTGGGTGGTTGT
TTCTGGGTTTAAGGAGAATAGGTGTTTAGTTCACTTTCTGATGTTGGTTTGTAGCCCTTG
TATTTGGGTTCTAGATTCCCGATTTTGGGCTTAGCTTCCGGGGATATCTTTGTATTCCGC
CGGCCTTAGTATCTCAACTTTGTAGCGTTTTTATATTATCAATGAAATCAGATGG

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 4

CO CL2332Contig1 1236 4 10 U
GGATTTCAGATTTTCCGAGGTCCCGAGTTCGAACATCCTTTAAACCAAATCCCTAATTTT
TTTTCTCCCGTTTCCGTTTCCCTCGCCGGCGACAGCCATGGATTCAGGCTCTCAGGTTCC
CGTTAAGTCCAAGAGGAGGTTTCAACCGAGAGCTCCGACGCCTTCTCCTCGACCGATCCC
TTCAATATCCAAAACTGAAGCTGATGCGGCTGAGGAAGAGAATAAAAAAGCAGCACGACA
GATCGCTAAACGTATCGGCATTGGCCGTAGGAGACCTAAAACCGAAACAAAAGCATCTCC
GGTTGAGGTTGCATTCCAACCAAACTTCTCGTCACATGCAATAAAGTCGTATGGGGTTCC
TAAAGAAGATGATAAACACGACTCTGATGTGAAACCCTCTTCTTCTTCTGCTACTCTTCC
CTCTGCTTCTTCTGCTGCTATTGTTCCTGTTATTTCTAGTGATACTGCCCTGAAAGATGT
AGAAGAGGTTCATCATCGTGTTAGGACAATTGAGCAGGACTACGTTGAACCTTGGGATAT
AAACTCTTACTATCCAACTGTTCTTCCTTTGAGAAAGCCCAACTCAGGTGATCCAGAACT
TCTTGACCAGGAGGAATTTGGGAACGTGGCTAAACACCTTCATTATGATGAGAACAACAT
CAACTCAGCAGAAGAACTCGGTCTGGCATCGGGCCAACACTGCAAAAAACAGATGCTTTT
ATTTAAGGTTCCTGACTGTCTCCCTGTAACGAAGCAACCGACTGGAGCAACCGCCAAGAG
ATCAGTATCGGAGAGAAGCAGCCCTTTTGAAGGTTTACCAGAGGGGTTCATGGGCAAAAT
GCTAGTTTACAAGAGCGGTACTGTCAAGTTGAAACTTGGAGATGTTCTCTATGATGTGTC
GCCAGGTCCAAATACAATATTTCATAATGACGTGGCGGCTATCGACAGCAAAGAGAGGAA
CTGCTGTCGCATTGGTTCCTCAGCGAAGTTTGCGACTGTTACTCCCGATGTTGAGTCTCT
TCTGAACTCTGAACCAGACATGCAAAAACACAAGTGAAGGTTGTTCTACTCGCAGTGGGT
TTTGTTCATAAAATATGTGAAGAGCGTAGTAAGTAGTATCTGTCCACTTAGATTATTTTA
ACTACAGACCTGTCATGATCGTAGAAACTCTTCTTTTATGTCTTCTTGTGTTGTAAAAGA
TCCAATGGTATTGGGGAGTAAAAGCAAACTCTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GR44TF U 166
AF RR3GL91TF U 1
AF RR3GL91JQ C 487
AF RR3GR44JQ C 1095
BS 1 193 RR3GL91TF
BS 194 194 RR3GR44TF
BS 195 217 RR3GL91TF
BS 218 218 RR3GR44TF
BS 219 708 RR3GL91TF
BS 709 709 RR3GL91JQ
BS 710 727 RR3GL91TF
BS 728 728 RR3GL91JQ
BS 729 748 RR3GL91TF
BS 749 1236 RR3GL91JQ

RD RR3GR44TF 444 0 0
TCCTCGACCGATCCCTTCAATATCCAAAACTGAAGCTGATGCGGCTGAGGAAGAGAATAA
AAAAGCAGCACGACAGATCGCTAAACGTATCGGCATTGGCCGTAGGAGACCTAAAACCGA
AACAAAAGCATCTCCGGTTGAGGTTGCATTCCAACCAAACTTCTCGTCACATGCAATAAA
GTCGTATGGGGTTCCTAAAGAAGATGATAAACACGACTCTGATGTGAAACCCTCTTCTTC
TTCTGCTACTCTTCCCTCTGCTTCTTCTGCTGCTATTGTTCCTGTTATTTCTAGTGATAC
TGCCCTGAAAGATGTAGAAGAGGTTCATCATCGTGTTAGGACAATTGAGCAGGACTACGT
TGAACCTTGGGATATAAACTCTTACTATCCAACTGTTCTTCCTTTGAGAAAGCCCAACTC
AG*TGATCCAGA*CTTCTTGACCA

QA 1 444 1 444
DS 

RD RR3GL91TF 762 0 0
GGATTTCAGATTTTCCGAGGTCCCGAGTTCGAACATCCTTTAAACCAAATCCCTAATTTT
TTTTCTCCCGTTTCCGTTTCCCTCGCCGGCGACAGCCATGGATTCAGGCTCTCAGGTTCC
CGTTAAGTCCAAGAGGAGGTTTCAACCGAGAGCTCCGACGCCTTCTCCTCGACCGATCCC
TTCAATATCCAAAGCTGAAGCTGATGCGGCTGAGGAATAGAATAAAAAAGCAGCACGACA
GATCGCTAAACGTATCGGCATTGGCCGTAGGAGACCTAAAACCGAAACAAAAGCATCTCC
GGTTGAGGTTGCATTCCAACCAAACTTCTCGTCACATGCAATAAAGTCGTATGGGGTTCC
TAAAGAAGATGATAAACACGACTCTGATGTGAAACCCTCTTCTTCTTCTGCTACTCTTCC
CTCTGCTTCTTCTGCTGCTATTGTTCCTGTTATTTCTAGTGATACTGCCCTGAAAGATGT
AGAAGAGGTTCATCATCGTGTTAGGACAATTGAGCAGGACTACGTTGAACCTTGGGATAT
AAACTCTTACTATCCAACTGTTCTTCCTTTGAGAAAGCCCAACTCAGGTGATCCAGAACT
TCTTGACCAGGAGGAATTTGGGAACGTGGCTAAACACCTTCATTATGATGAGAACAACAT
CAACTCAGCAGAAGAACTCGGTCTGGCATCGGGCCAACACTGCAAAAA*CAGATGCTTTT
ATTTAAG*TTCCTGACTGTCTCCCTGTA
CGAAGCACCGACTG

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3GL91JQ 750 0 0
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TTACTATCCAACTGTTCTTCCTTTGAGAAAGCCCAACTCAGGTGATCCAGAACTTCTTGA
CCAGGAGGAATTTGGGAACGTGGCTAAACACCTTCATTATGATGAGAACAACATCAACTC
AGCAGAAGAACTCGGTCTGGCATCGGGCCAACACTGCAAAAAACAGATGCTTTTATTTAA
GGTTCCTGACTGTCTCCCTGTAACGAAGCAACCGACTGGAGCAACCGCCAAGAGATCAGT
ATCGGAGAGAAGCAGCCCTTTTGAAGGTTTACCAGAGGGGTTCATGGGCAAAATGCTAGT
TTACAAGAGCGGTACTGTCAAGTTGAAACTTGGAGATGTTCTCTATGATGTGTCGCCAGG
TCCAAATACAATATTTCATAATGACGTGGCGGCTATCGACAGCAAAGAGAGGAACTGCTG
TCGCATTGGTTCCTCAGCGAAGTTTGCGACTGTTACTCCCGATGTTGAGTCTCTTCTGAA
CTCTGAACCAGACATGCAAAAACACAAGTGAAGGTTGTTCTACTCGCAGTGGGTTTTGTT
CATAAAATATGTGAAGAGCGTAGTAAGTAGTATCTGTCCACTTAGATTATTTTAACTACA
GACCTGTCATGATCGTAGAAACTCTTCTTTTATGTCTTCTTGTGTTGTAAAAGATCCAAT
GGTATTGGGGAGTAAAAGCAAACTCTTAGC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3GR44JQ 130 0 0
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ATGATCGTAGAAACTCTTCTTTTATGTCTTCTTGTGTTGTAAAAGATCCAATGGTATTGG
GGAGTAAAAG

QA 1 130 1 130
DS 



AS 1 3

CO CL2333Contig1 1152 3 19 U
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ACGTTTCAACTGAAAACAAACACACAAACCCATTTCTCTTTTTTCACTTTTAATTTGTTG
TAATGATAACACTGATTTAATTTGACTAATCAACCATACGTAACATAACTTAGCTGAAAT
AAAAGAAAAATACTTTCAAGAGTGTAGTATTCATCAAGGCTTGAACTGGTCTCCTTGCTC
CTCATAGAACTCCTCAGGCTGTTCATTCATCATGTTCTTCTCCCACTTAGAGTTGTAAGG
ATCCTTGAAGCCCTTCTCCTCCTCGTTGTTGTAGTTGTTGTACGACTGGTCGTAGTTATT
CTCGGTCGCCTGAAAAGAATAATAACCGGCAGGGCTTTTCTGATGAGGCTTCCGGTAGAA
ATGGCCGTGGTTTCTATCGTTGTAAAGGTCGTAATAGTAGTTACCTTTCTCCATGAATCT
TGTGTCACTCATGCCTTGTCTCTCCATATTGTGGCTGTAACCTTTGTACGGCGTTTCACG
TTCTAACTCGGTTCCGTAAGCGTTTGAGTTGTAGAAGCTTCTCTTGTCTTCATTGTTCTC
AGAGAAAGACTCTTCCTTGACGTTTTCATCGTACTTTTGGTTGAACTCTTCCTTGTTGTC
GTAGCTCTCCGTCTTCTTGGGGTACTTCTCGTCGTAGTTGTTGTAAGACTCTTCGGTCTC
GCTCAGTCTTGGAGTTGAGAAAGTCTCACCGTTGAACTTTTCATCGTACTTGTTGTTGTT
G******AACTCTTCTTTGTTGTTGTTGTAGGTGGTCTCGTGACCATATAAGCCATAGCC
GTTTTCGGACTCGGGGACAAAGGTAGGGTCTTGTTCTTGGTCTTTCTTGTTTGGGAAGGA
CTCTTCTACTGTGGTTTTTTGGCTGGTCTTGAGAGGGAGGACATTGTTAGGGCTTTGGTC
TTTGGAGGATTCTCGGTGGAATTTTCCAAAGAAGTTGCTATCTCTTGCATTGATTTGAGT
GGAAAGAAGAACAAGTGTTGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGCT
GGTTCTAGTGGAGAAAGCCATGATGTGTTGTGTAGTGTGATAGGGAGAAGAGAAAGACAA
TGTGATATTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3BE79JQ U 1
AF RR3EA38JQ U 144
AF RR3EA38TF C 430
BS 1 173 RR3BE79JQ
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BS 175 264 RR3BE79JQ
BS 265 265 RR3EA38JQ
BS 266 297 RR3BE79JQ
BS 298 298 RR3EA38JQ
BS 299 321 RR3BE79JQ
BS 322 322 RR3EA38JQ
BS 323 390 RR3BE79JQ
BS 391 391 RR3EA38JQ
BS 392 453 RR3BE79JQ
BS 454 454 RR3EA38JQ
BS 455 484 RR3BE79JQ
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BS 486 781 RR3BE79JQ
BS 782 787 RR3EA38JQ
BS 788 807 RR3BE79JQ
BS 808 857 RR3EA38JQ
BS 858 1152 RR3EA38TF

RD RR3BE79JQ 807 0 0
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AAAAGAAAAATACTTTCAAGAGTGTAGTATTCATCAAGGCTTGAACTGGTCTCCTTGCTC
CTCATAGAACTCCTCAGGCTGTTCGTTCATCATGTTCTTCTCCCACTTAGAGTTGTACGG
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CTCGGTCGCCTGAAAAGAATAATAACCGGCGGGGCTTTTCTGATGAGGCTTCCGGTAGAA
ATGGCCGTGGTTTCTATCGTTGTAAAGGTCGTAGTAGTAGTTACCTTTCTCCATGAATCT
TGTGCCACTCATGCCTTGTCTCTCCATATTGTGGCTGTAACCTTTGTACGGCGTTTCACG
TTCTAACTCGGTTCCGTAAGCGTTTGAGTTGTAGAAGCTTCTCTTGTCTTCATTGTTCTC
AGAGAAAGACTCTTCCTTGACGTTTTCATCGTACTTTTGGTTGAACTCTTCCTTGTTGTC
GTAGCTCTCCGTCTTCTTGGGGTACTTCTCGTCGTAGTTGTTGTAAGACTCTTCGGTCTC
GCTCAGTCTTGGAGTTGAGAAAGTCTCACCGTTGAACTTTTCATCGTACTTGTTGTTGTT
GTTGTTGAACTCTTCTTTGTTGTTGTT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3EA38JQ 714 0 0
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GTAGTATTCATCAAGGCTTGAACTGGTCTCCTTGCTCCTCATCGAACTCCTCAGGCTGTT
CATTCATCATGTTCTTCTCCCACTTAGAGTTGTAAGGATCCTTGAAGCTCTTCTCCTCCT
CGTTGTTGTAGTTGTTGTACGACTGGTCGTAGTTATTCTCGGTCGCCTGAGAAGAATAAT
AACCGGCAGGGCTTTTCTGATGAGGCTTCCGGTAGAAATGGCCGTGGTTTCTATCGTTGT
AAAGGTCGTAATAGTAGTTACCTTTCTCCATGAATCTTGTGTCACTCATGCCTTGTCTCT
CCATATTGTGGCTGTAACCTTTGTACGGCGTTTCACGTTCTAACTCGGTTCCGTAAGCGT
TTGAGTTGTAGAAGCTTCTCTTGTCTTCATTGTTCTCAGAGAAAGACTCTTCCTTGACGT
TTTCATCGTACTTTTGGTTGAACTCTTCCTTGTTGTCGTAGCTCTCCGTCTTCTTGGGGT
ACTTCTCGTCGTAGTTGTTGTAAGACTCTTCGGTCTCGCTCAGTCTTGGAGTTGAGAAAG
TCTCACCGTTGAACTTTTCATCGTACTTGTTGTTGTTG******AACTCTTCTTTGTTGT
TGTTGTAGGTGGTCTCGTGACCATATAAGCCATAGCCGTTTTCGGACTCGGGGA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3EA38TF 723 0 0
GTTTCTATCGT*GTAAAGGTCGTAATAGTAGTTACCTTTCTCCATGAATCTTGTGTCACT
CATGCCTTGTCTCTCCATATTGTGGCTGTAACCTTTGTACGGCGTTTCACGTTCTAACTC
GGTTCCGTAAGCGTTTGAGTTGTAGAAGCTTCTCTTGTCTTCATTGTTCTCAGAGAAAGA
CTCTTCCTTGACGTTTTCATCGTACTTTTGGTTGAACTCTTCCTTGTTGTCGTAGCTCTC
CGTCTTCTTGGGGTACTTCTCGTCGTAGTTGTTGTAAGACTCTTCGGTCTCGCTCAGTCT
TGGAGTTGAGAAAGTCTCACCGTTGAACTTTTCATCGTACTTGTTGTTGTTG******AA
CTCTTCTTTGTTGTTGTTGTAGGTGGTCTCGTGACCATATAAGCCATAGCCGTTTTCGGA
CTCGGGGACAAAGGTAGGGTCTTGTTCTTGGTCTTTCTTGTTTGGGAAGGACTCTTCTAC
TGTGGTTTTTTGGCTGGTCTTGAGAGGGAGGACATTGTTAGGGCTTTGGTCTTTGGAGGA
TTCTCGGTGGAATTTTCCAAAGAAGTTGCTATCTCTTGCATTGATTTGAGTGGAAAGAAG
AACAAGTGTTGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGCTGGTTCTAGT
GGAGAAAGCCATGATGTGTTGTGTAGTGTGATAGGGAGAAGAGAAAGACAATGTGATATT
GTC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 4

CO CL2334Contig1 1195 4 4 U
GGACACTTAATGAAAACTCAGAGGTGGAGGAAGCTAGTAACGAGGAAATGTTTGTACCTG
AGACAAAATTCAACTTTGTACCCATTGAAGAGTTGGGTATGTATGTGAATCAGAGGGAGC
TTATTGATCTTATTGGTGTTGTTCAAAGTGTTTCTCCTACCATGAGTATTAGAAGGAGAA
CTGACAATGAGATGATACCCAAGAGGGATATAACTTTGGCTGATGAGTCAAAGAAAACTG
TTGTGGTGTCTCTGTGGAACGACCTGGCAACCGGCGTAGGTCAAGAGCTTCTGGATATGG
CTGATGAGTCTCCTGTAATTGCAATCAAGTCTCTCAAAGTTGGAGACTTTCAAGGTGTTT
CGTTGTCCACCATCAGCAGAAGCAATGTGGTGATCAATCCTGAATCACCAGAAGCTAAAA
AGCTGAAGTCTTGGTACGACTCTGAAGGCAAGGAGACATCCATGTCTTCCATTGGCTCAG
GGATTAGCCCATCTGCTAAGAATGGATCTTGGTCTATGTACACAGACAGAGTCCTTCTCT
CTCACATCACAAGCAACCCATCTCTAGGCGATGAAAAGCCTGTGTTTTTCAGCACTAGGG
GTTACATAAGCTTCATCAAACCAGACCAGACAATGTGGTACCAAGCTTGTAAGACTTGTA
ACAAGAAGGTAACTGAAGCAATGGACTCTGGTTACTGGTGTGAAGGTTGCCAGAAGAAAG
AAGAAGAATGCAGCTTAAGGTACATAATGGTGGTGAAAGTCTCTGACTCAACAGGTGAAG
CTTGGTTTTCCTCATTCAACGACGAAGCAGAAAAGATTATTGGATGTTCAGCTGATGAGC
TCAACAAACTAAGATCTGAGGGAGGTGAAGTAAATGAGTTTCAGACAAAGCTGAAAGATG
CAACCTGGTCGTTGCATGTCTTCAGGATTAGTGTCACTCAGAATGAGTATAACGGCGAGA
AGAGGTAGAGGGTAACTGTGAAAGGAGTAGCACCTGTTGATTTTGCTGCTGAAACAAGAT
TGTTGCTCCAAGACATCTCCAAGAAGAACAAAGCATCTCAGTAGATCTCATGTTTCACGT
TGTTAGGAATCTTGTTTTGCCTAAAAAAGTCTCAGAACTTTGCTTGTAATAAGCTTTTCT
GTAGTTTGGATTATTAGAGTTAATATCATTTAATGGATTAAAGCTTTATTTCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BX37TF U 1
AF RR3BX37JQ C 449
AF RR3A091TF U 756
AF RR3A091JQ C 851
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BS 756 1190 RR3A091TF
BS 1191 1195 RR3A091JQ

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TTATTGATCTTATTGGTGTTGTTCAAAGTGTTTCTCCTACCATGAGTATTAGAAGGAGAA
CTGACAATGAGATGATACCCAAGAGGGATATAACTTTGGCTGATGAGTCAAAGAAAACTG
TTGTGGTGTCTCTGTGGAACGACCTGGCAACCGGCGTAGGTCAAGAGCTTCTGGATATGG
CTGATGAGTCTCCTGTAATTGCAATCAAGTCTCTCAAAGTTGGAGACTTTCAAGGTGTTT
CGTTGTCCACCATCAGCAGAAGCAATGTGGTGATCAATCCTGAATCACCAGAAGCTAAAA
AGCTGAAGTCTTGGTACGACTCTGAAGGCAAGGAGACATCCATGTCTTCCATTGGCTCAG
GGATTAGCCCATCTGCTAAGAATGGATCTTGGTCTATGTACACAGACAGAGTCCTTCTCT
CTCACATCACAAGCAACCCATCTCTAGGCGATGAAAAGCCTGTGTTTTTCAGCACTAGGG
GTTACATAAGCTTCATCAAAC

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3BX37JQ 744 0 0
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TTGGTCTATGTACACAGACAGAGTCCTTCTCTCTCACATCACAAGCAACCCATCTCTAGG
CGATGAAAAGCCTGTGTTTTTCAGCACTAGGGGTTACATAAGCTTCATCAAACCAGACCA
GACAATGTGGTACCAAGCTTGTAAGACTTGTAACAAGAAGGTAACTGAAGCAATGGACTC
TGGTTACTGGTGTGAAGGTTGCCAGAAGAAAGAAGAAGAATGCAGCTTAAGGTACATAAT
GGTGGTGAAAGTCTCTGACTCAACAGGTGAAGCTTGGTTTTCCTCATTCAACGACGAAGC
AGAAAAGATTATTGGATGTTCAGCTGATGAGCTCAACAAACTAAGATCTGAGGGAGGTGA
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TAGTGTCACTCAGAATGAGTATAACGGCGAGAAGAGGCAGAGGGTAACTGTGAAAGGAGT
AGCACCTGTTGATTTTGCTGCTGAAACAAGATTGTTGCTCCAAGACATCTCCAAGAAGAA
CAAAGCATCTCAGTAGATCTCATGTTTCACGTTGTTAGGAATCTTGTTTTGCCTAAAAAA
GTCTCAGAACTTTGCTTGTAATAAGCTTTTCTGTAGTTTGGATTATTAGAGTTAATATCA
TTTAATGGATTAAAGCTTTATT
CC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3A091TF 440 0 0
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ATTATTGGATGTTCAGCTGATGAGCTCAACAAACTAAGATCTGAGGGAGGTGAAGTAAAT
GAGTTTCAGACAAAGCTGAAAGATGCAACCTGGTCGTTGCATGTCTTCAGGATTAGTGTC
ACTCAGAATGAGTATAACGGCGAGAAGAGGTAGAGGGTAACTGTGAAAGGAGTAGCACCT
GTTGATTTTGCTGCTGAAACAAGATTGTTGCTCCAAGACATCTCCAAGAAGAACAAAGCA
TCTCAGTAGATCTCATGTTTCACGTTGTTAGGAATCTTGTTTTGCCTAAAAAAGTCTCAG
AACTTTGCTTGTAATAAGCTTTTCTGTAGTTTGGATTATTAGAGTTAATATCATTTAATG
GATTAAAGCTTTATT
TCACT

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DS 

RD RR3A091JQ 345 0 0
AAGATTTGAGGGAGGTGAAGTAAATGAGTTTCAGACAAAGCTGAAAGATGCAACCTGGTC
GTTGCATGTTTTCAGGATTAGTGTCACTCAGAATGAGTATAACGGCGAGAAGAGGTAGAG
GGTAACTGTGAAAGGAGTAGCCCCTGTTGATTTTGCTGCTGAAACAAGATTGTTGCTCCA
AGACATTTCCAAGAAGAACAAAGCATTTCAGTAGATTTCATGTTTCACGTTGTTAGGAAT
CTTGTTTTGCCTAAAAAAGTTTCAGAACTTTGCTTGTAATAAGCTTTTCTGTAGTTTGGA
TTATTAGAGTTAATATCATTTAATGGATTAAAGCTTTATTTCACT

QA 1 345 1 345
DS 



AS 1 4

CO CL2335Contig1 1219 4 29 U
GGCAGTATAACATGACGGAGCTTGTTACTGGGATTAAGCATTTCGTGATCGGGCATCCTC
AGAACACGTCCACGCCGTCTACAGCGCTTATAGCTCCGTCTCCTTACACTGAGAAGCTTA
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TGATTTTCAGGGAGCTTATCATTACTAGGGAGGATTTAGTGGAGAAAGCTAAAGGCTTTG
CTGTTAAAGGGATGGATGTATCGCAGAGGGTGTTCTCGAGTAGCGCTTCGGTTGTTGGAG
GCGGTGCTAAGTTCGTTTTCTCTATAGGAACCTCGATCATCTCTGGAGCGGCGGAGTTTT
TCAACTTTGTGTCTCAGCTGATGGTTTTCATTTGGGTTCTATACATTCTTATTACGTCGG
AATCAGGGGGTGTGACTGAGCAAGTCATGAACATGCTTCCCATCAACGCGGCTGCTAGAG
TCAGATGCGTTGAAGTACTAGACTTGGCTATCTCTGGCGTGCTTTTAGCTACCGCGGAGA
TCGCATTCTTCCAAGGATGTCTCACTTGGCTGTTGTTTAGACTTTACAATATACATTTCC
TTTACATGTCGACTGTTCTGGCATTCATCAGCGCTCTGTTACCGATCTTCCCTTACGGGT
TCGCCACGATCCCTGCGGCGTTGCAGCTTGTGCTGGAAGGAAGATACATTGTTGCGGTGA
CTCTGTCAGTGACGCATCTTGTGTTGATGGAGTATGGTGCTTCGGAGATTCAAGATGACA
TTCC*GGGGTCTAATGCTTACCTTACTGGACTAAGTATTATTGGTGGAGTGACTTTGTTT
CCTTCTGCTCTCGAGGGAGCTATAATGGGACCGTTGATAACTACGGTGGTGATTGCATTG
AAGGATCTGTATGCAGAGTTTGTCTTGAATGATCCGAAGAACATTGATTAGCTGGTATTT
TTGGTTTCTTTAATAGGGAGCTTCAAGCGCTTCTGCCATGGCTGCTTTGTATTTGAGAGA
AGAATCATGTAGATTAGTAGAGAGAAAGAGGGAGAGAAAGAAGTCTGTATTGTTGATTGT
TTGAGATTTGTTTGCTTTGGGATGTAATTTATAATGTGTAAGTAGTATGCTGTTGTTGTC
TCTGTTGTATTCTATGAGGTCTGATTCTTTGGGGGAAACCGTGTAAAAGTTTTTGGTTAA
TACTATTTGTGTTCTCTTG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3AA34TF U 1
AF RR3EW48TF U 261
AF RR3EW48JQ C 437
AF RR3AA34JQ C 473
BS 1 398 RR3AA34TF
BS 399 399 RR3EW48TF
BS 400 528 RR3AA34TF
BS 529 529 RR3EW48TF
BS 530 544 RR3AA34TF
BS 545 545 RR3EW48TF
BS 546 552 RR3AA34TF
BS 553 553 RR3EW48TF
BS 554 656 RR3AA34TF
BS 657 657 RR3EW48TF
BS 658 727 RR3AA34TF
BS 728 728 RR3EW48TF
BS 729 759 RR3AA34TF
BS 760 760 RR3EW48TF
BS 761 784 RR3AA34TF
BS 785 785 RR3EW48TF
BS 786 814 RR3AA34TF
BS 815 902 RR3EW48TF
BS 903 903 RR3EW48JQ
BS 904 959 RR3EW48TF
BS 960 962 RR3AA34JQ
BS 963 987 RR3EW48JQ
BS 988 988 RR3AA34JQ
BS 989 1058 RR3EW48JQ
BS 1059 1059 RR3AA34JQ
BS 1060 1174 RR3EW48JQ
BS 1175 1175 RR3AA34JQ
BS 1176 1218 RR3EW48JQ
BS 1219 1219 RR3AA34JQ

RD RR3AA34TF 814 0 0
GGCAGTATAACATGACGGAGCTTGTTACTGGGATTAAGCATTTCGTGATCGGGCATCCTC
AGAACACGTCCACGCCGTCTACAGCGCTTATAGCTCCGTCTCCTTACACTGAGAAGCTTA
TGAGTTTGAGGAGTAGGGTTAAGAACAGGGAGTGGAGTCAGATATACTCGGAGGTGGATG
TGATTTTCAGGGAGCTTATCATTACTAGGGAGGATTTAGTGGAGAAAGCTAAAGGCTTTG
CTGTTAAAGGGATGGATGTATCGCAGAGGGTGTTCTCGAGTAGCGCTTCGGTTGTTGGAG
GCGGTGCTAAGTTCGTTTTCTCTATAGGAACCTCGATCATCTCTGGAGCGGCGGAGTTTT
TCAACTTTGTGTCTCAGCTGATGGTTTTCATTTGGGTTTTATACATTCTTATTACGTCGG
AATCAGGGGGTGTGACTGAGCAAGTCATGAACATGCTTCCCATCAACGCGGCTGCTAGAG
TCAGATGCGTTGAAGTACTAGACTTGGCTATCTCTGGCGTGCTTTTAGTTACCGCGGAGA
TCGCGTTCTTCCGAGGATGTCTCACTTGGCTGTTGTTTAGACTTTACAATATACATTTCC
TTTACATGTCGACTGTTCTGGCATTCATCAGCGCTCTGTTACCGATCTTCCCTTACTGGT
TCGCCACGATCCCTGCGGCGTTGCAGCTTGTGCTGGAAGGAAGATACATTGTTGCGGTGA
CTCTGTCTGTGACGCATCTTGTGTTGATGGAGTATGGTGTTTCGGAGATTCAAGATGACA
TTCCCGGGGTCTAATGCTTACCTTACTGGACTAA

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR3EW48TF 711 0 0
G
CGCAGAGGGTGTTCTCGAGTAGCGCTTCGGTTGTTGGAGGCGGTGCTAAGTTCGTTTTCT
CTATAGGAACCTCGATCATCTCTGGAGCGGCGGAGTTTTTCAACTTTGTGTCTCAGCTGA
TGGTTTTCATTTGGGTTCTGTACATTCTTATTACGTCGGAATCAGGTGGTGTGACTGAGC
AAGTCATGAACATGCTTCCCATCAACGCGGCTGCTAGAGTCAGATGCGTTGAAGTCCTAG
ACTTGGCTATCTCTGGCGTGCTTTTAGCTACCGCGGAGATCGCATTCTTCCAAGGATGTC
TCACTTGGCTGTTGTTTAGACTTTACAATATACATTTCCTTTACATGTCGACTGTTCTGG
CTTTTATCAGCGCTCTGTTACCGATCTTCCCTTACGGGTTCGCCACGATCCCTGCGGCGT
TGCAGCTTGTGCTGGAAGGAAGATACATTGTTGCGGTGACTCTGTCAGTGACGCATCTTG
TGTTGATGGAGTATGGTGCTTCGGAGATTCAAGATGACATTCC*GGGGTCTAATGCTTAC
CTTACTGGACTAAGTATTATTGGTGGAGTGACTTTGTTTCCTTCTGCTCTCGAGGGAGCT
ATAATGGGACCGTTGATAACTACGGTGGTGATTGCATTGAAAGATCTGTATGCAGAGTTT
GTCTTGAATGATCCGAAGAACATTGATTAGCTGGTATT
GGTTTCTTTAAT

QA 2 699 2 699
DS 

RD RR3EW48JQ 782 0 0
TGAGCAAGTCATGAACATGCTTCCCATCAACGCGGCTGCTAGAGTCAGATGCGTTGAAGT
CCTAGACTTGGCTATCTCTGGCGTGCTTTTAGCTACCGCGGAGATCGCATTCTTCCAAGG
ATGTCTCACTTGGCTGTTGTTTAGACTTTACAATATACATTTCCTTTACATGTCGACTGT
TCTGGCTTTTATCAGCGCTCTGTTACCGATCTTCCCTTACGGGTTCGCCACGATCCCTGC
GGCGTTGCAGCTTGTGCTGGAAGGAAGATACATTGTTGCGGTGACTCTGTCAGTGACGCA
TCTTGTGTTGATGGAGTATGGTGCTTCGGAGATTCAAGATGACATTCC*GGGGTCTAATG
CTTACCTTACTGGACTAAGTATTATTGGTGGAGTGACTTTGTTTCCTTCTGCTCTCGAGG
GAGCTATAATGGGACCGTTGATAACTACGGTGGTGATTGCATTGAAGGATCTGTATGCAG
AGTTTGTCTTGAATGATCCGAAGAACATTGATTAGCTGGTATT***GGTTTCTTTAATAG
GGAGCTTCAAGTGCTTCTGCCATGGCTGCTTTGTATTTGAGAGAAGAATCATGTAGATTA
GTAGAGAGAAAGAGGGAGAGAAGGAAGTCTGTATTGTTGATTGTTTGAGATTTGTTTGCT
TTGGGATGTAATTTATAATGTGTAAGTAGTATGCTGTTGTTGTCTCTGTTGTATTCTATG
AGGTCTGATTCTTTGGGG*AAACCGTGTAAAAGTTTTTGGTTAATACTATTTGTGTTCTC
TT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3AA34JQ 747 0 0
TGCTAGAGTCAGATGCGTTGAAGTACTAGACTTGGCTATCTCTGGCGTGCTTTTAGTTAC
CGCGGAGATCGCGTTCTTCCGAGGATGTCTCACTTGGCTGTTGTTTAGACTTTACAATAT
ACATTTCCTTTACATGTCGACTGTTCTGGCATTCATCAGCGCTCTGTTACCGATCTTCCC
TTACTGGTTCGCCACGATCCCTGCGGCGTTGCAGCTTGTGCTGGAAGGAAGATACATTGT
TGCGGTGACTCTGTCTGTGACGCATCTTGTGTTGATGGAGTATGGTGTTTCGGAGATTCA
AGATGACATTCC*GGGGTCTAATGCTTACCTTACTGGACTAAGTATTATTGGTGGAGTGA
CTCTGTTTCCTTCTGCTCTCGAGGGAGCTATAATGGGACCGTTGATAACGACGGTGGTGA
TTGCATTGAAGGATCTGTATGCAGAGTTTGTCTTGAATGATCCGAATAAGATTGATTAGC
TGGTATTTTTGGTTTCTTTAATAGGGAGCTTCAAGCGCTTCTGCCATGGCTGCTTTGTAT
TTGAGAGAAGAATCATGTAGATTAGTAGAGAGAAAGAGGGAGAGAAAGAAGTCTTTATTG
TTGATTGTTTGAGATTTGTTTGCTTTGGGATGTAATTTATAATGTGTAAGTAGTATGCTG
TTGTTGTCTCTGTTGTATTCTATGAGGTCTGATTCTTTGGGGGAAACCGTTTAAAAGTTT
TTGGTTAATACTATTTGTGTTCTCTTG

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 4

CO CL2336Contig1 800 4 7 U
ACAAAACTTAGAGGAAGAGACTACGGTAGCTGAGATCATGCTGGAGAATCCTCAACACGT
CGTTGTCGAGTTTGATCCGTCGTCGATAACATTCAACAAGGATGGGAAGACGGTGAAGAA
GAAGCTGACTCCCTTACCGGCGGACAACACACTCGAGCCGGGAAAAATCTATCTGGTCCT
CCCCGCCAGAAGAAGCGGTGGTAGCGGCGGCGGAGTCAAATCATCATCATCATCATCCTC
GGCGGTGATGACGTCAGAGGAGATACGTAAAATGCTGTTTAGCGCCACGGCGATGGTAAG
GTCATCGTTTAGCTACTATGAAGGGATTCTTCCTTGGTTTACTACTAGAAGTTATAATAA
TAGTAATAGTCCGGCGGTTGATGCGTTGGTTGCTGCTACGTCGGTTGGAAAGTTGGAGGC
GGAGGAGGAAGGGAGGCCGGAGTTTTTGAGCAGGCAACTGTCGGGAAGAGGGTGGAAACC
AAGCTTGGATCCTATCAAGGAGAAGAAAGCAAAGAAGAAAATCCATCAACTGTTGTCGTT
TTAATTACGGCGTCGTTTCACTGTGTATCCCTTTTCTTTGTATTTTGTTTCTGCATGTGC
TCTAGTCGTAAATCGTTTCGTTACGTGCGTGTGTATATGTACGCCGGTCACGAGAAACTC
ACGTGAACCCTAAAACTAGTTAAGAAAAAAGTTGTTGTTTATGGGACCAAAACCAATGTA
TCTGACCAATCAGGCGTAAGATTTTGGCCAAAGTCGTGGACAAATATAAAAGGAGACTTT
GGCTAAAGCTTCCAACAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW24TF U 1
AF RR3AO37TF U 73
AF RR3AO37JQ C 73
AF RR3CW24JQ C 12
BS 1 176 RR3CW24TF
BS 177 177 RR3AO37TF
BS 178 201 RR3CW24TF
BS 202 202 RR3AO37TF
BS 203 252 RR3CW24TF
BS 253 411 RR3AO37TF
BS 412 800 RR3CW24JQ

RD RR3CW24TF 258 0 0
ACAAAACTTAGAGGAAGAGACTACGGTAGCTGAGATCATGCTGGAGAATCCTCAACACGT
CGTTGTCGAGTTTGATCCGTCGTCGATAACATTCAACAAGGATGGGAAGACGGTGAAGAA
GAAGCTGACTCCCTTACCGGCGGACAACACACTCGAGCCGGGAAAAATCTATCTGG*CCT
CCCCGCCAGAAGAAGCGGTGG*AGCGGCGGCGGAGTCAAATCATCATCATCATCATCCTC
GGCGGTGATGAC
TCAGAG

QA 1 252 1 252
DS 

RD RR3AO37TF 342 0 0
G
GATCCGTCGTCGATAACATTCAACAAGGATGGGAAGACGGTGAAGAAGAAGCTGACTCCC
TTACCGGCGTACAACACACTCGAGCCGGGAAAAATCTATCTGGTCCTCCCCGCCAGAAGA
AGCGGTGGTAGCGGCGGCGGAGTCAAATCATCATCATCATCATCCTCGGCGGTGATGACG
TCAGAGGAGATACGTAAAATGCTGTTTAGCGCCACGGCGATGGTAAGGTCATCGTTTAGC
TACTATGAAGGGATTCTTCCTTGGTTTACTACTAGAAGTTATAATAATAGTAATAGTCCG
GCGGTTGATGCGTTGGTTGCTGCTACGTCGGTTGGAAA
TTG

QA 2 339 2 339
DS 

RD RR3AO37JQ 438 0 0
G
GATCCGTCGTCGATAACATTCAACAAGGATGGGAAGACGGTGAAGAAGAAGCTGACTCCC
TTACCGGCGTACAACACACTCGAGCCGGGAAAAATCTATCTGGTCCTCCCCGCCAGAAGA
AGCGGTGGTAGCGGCGGCGGAGTCAAATCATCATCATCATCATCCTCGGCGGTGATGACG
TCAGAGGAGATACGTAAAATGCTGTTTAGCGCCACGGCGATGGTAAGGTCATCGTTTAGC
TACTATGAAGGGATTCTTCCTTGGTTTACTACTAGAAGTTATAATAATAGTAATAGTCCG
GCGGTTGATGCGTTGGTTGCTGCTACGTCGGTTGGAAAGTTGGAGGCGGAGGAGGAAGGG
AGGCCGGAGTTTTTGAGCAGGCAACTGTCGGGAAGAGGGTGGAAACCAAGCTTGGATCCT
ATCAAGGAGAAGAAAGC

QA 2 438 2 438
DS 

RD RR3CW24JQ 789 0 0
AGGAAGAGACTACGGTAGCTGAGATCATGCTGGAGAATCCTCAACACGTCGTTGTCGAGT
TTGATCCGTCGTCGATAACATTCAACAAGGATGGGAAGACGGTGAAGAAGAAGCTGACTC
CCTTACCGGCGGACAACACACTCGAGCCGGGAAAAATCTATCTGGTCCTCCCCGCCAGAA
GAAGCGGTGGTAGCGGCGGCGGAGTCAAATCATCATCATCATCATCCTCGGCGGTGATGA
CGTCAGAGGAGATACGTAAAATGCTGTTTAGCGCCACGGCGATGGTAAGGTCATCGTTTA
GCTACTATGAAGGGATTCTTCCTTGGTTTACTACTAGAAGTTATAATAATAGTAATAGTC
CGGCGGTTTATGCGGTGGTTGCTGCTACGTCGGTTGGAAAGTTGGAGGCGGAGGAGGAAG
GGAGGCCGGAGTTTTTGAGCAGGCAACTGTCGGGAAGAGGGTGGAAACCAAGCTTGGATC
CTATCAAGGAGAAGAAAGCAAAGAAGAAAATCCATCAACTGTTGTCGTTTTAATTACGGC
GTCGTTTCACTGTGTATCCCTTTTCTTTGTATTTTGTTTCTGCATGTGCTCTAGTCGTAA
ATCGTTTCGTTACGTGCGTGTGTATATGTACGCCGGTCACGAGAAACTCACGTGAACCCT
AAAACTAGTTAAGAAAAAAGTTGTTGTTTATGGGACCAAAACCAATGTATCTGACCAATC
AGGCGTAAGATTTTGGCCAAAGTCGTGGACAAATATAAAAGGAGACTTTGGCTAAAGCTT
CCAACAACT

QA 1 789 1 789
DS 



AS 2 4

CO CL2337Contig1 870 2 2 U
GCAGTGCCTCAACAACTCCTCTTTCACCGCTCGGAGAAGCATGTCTAAGAACTGATCTAA
CTGCTATACATGAGATTGTTGAGAAACTTGGATATAAAGATGATGAGGGTGCAGCCACAG
AGCTTTCGTTCCAGATGTGGACCAACCAGATGCAGGACTCGCTCAACTTCAAGAAAAAGG
GTGATGTTGCTTTCAGGCATAAAGACTTTGCAAATGCTGCCGAATGCTATTCTCAGTTTA
TTGAGGGTGGAACAATGGTTTCACTAACTGTGTATGCAAGGAGGAGTCTGTGTTACCTAA
TGAATGATATGCCACAAGAGGCACTGAACGATGCGATGCAAGCTCAAGTGATATCTCCTG
CTTGGCACATCGCGTCTTATCTTCAAGCTGTAGCTCTCTCGGCTCTAGGACAAGAGAACG
AAGCTCACGCTGCTCTTAAGGACGGATCAATGCTCGAAAGCAAAAGAAACGCCCTATGAT
GATGGTAACAAGAAAGCACAAAGATTGTTTATCTATCTTTCTTACATTAACCGAAACACC
CGCATAGGGTTTGCAGAATCAGATCAAAACCCATTATCATCCTCATAAGTAGATAAGCTA
CCAAACAGTTATCATCATCACCATCATCACCATCGCTCTAGTTGTTCCCTTTGCCTTGTT
CTTTCTTTCTTTCCAAGTACTTGAAGCATTCATTTGGTCTCGTTTTTGTTTTCAACTGGC
ATGACACTACATAAAGAAAAAAAATTGCATGTGTTGAATCTTTTGATGGAGATTTGATTA
TAGATTTGGGAATGGTGGGATTGTGGATTTTCTTTGATGGGTTCCATTATTTTGTAATCA
ATGTTTTGTAATAATAAATAACATGTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B129TF U 1
AF RR3B129JQ C 375
BS 1 791 RR3B129TF
BS 792 870 RR3B129JQ

RD RR3B129TF 797 0 0
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CGCATAGGGTTTGCAGAATCAGATCAAAACCCATTATCATCCTCATAAGTAGATAAGCTA
CCAAACAGTTATCATCATCACCATCATCACCATCGCTCTAGTTGTTCCCTTTGCCTTGTT
CTTTCTTTCTTTCCAAGTACTTGAAGCATTCATTTGGTCTCGTTTTTGTTTTCAACTGGC
ATGACACTACATAAAGAAAAAAAATTGCATGTGTTGAATCTTTTGATGGAGATTTGATTA
TAGATTTGGGA
TGGTGT

QA 1 791 1 791
DS 

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AGAATCAGATCAAAACCCATTATCATCCTCATAAGTAGATAAGCTACCAAACAGTTATCA
TCATCCCCATCATCCCCATCGCTCTAGTTGTTCCCTTTGCCTTGTTCTTTCTTTCTTTCC
AAGTACTTGAAGCATTCATTTGGTTTCGTTTTTGTTTTCAACTGGCATGACACTACATAA
AGAAAAAAAATTGCATGTGTTGAATCTTTTGATGGAGATTTGATTATAGATTTGGGAATG
GTGGGATTGTGGATTTTCTTTGATGGGTTCCATTATTTTGTAATCAATGTTTTGTAATAA
TAAATAACATGTTTAT

QA 1 496 1 496
DS 



CO CL2337Contig2 1144 2 10 U
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TGACTCGAATCCAAGGCTTTCTTGCTTTGGTCTGATGAAAAACAGTAGAGATGGTAAGAG
TTATAGTACCAACCTTGCTTTCACTCCTCCTGAGTATCTCAGAACAGGTCGGGTGACACC
AGAAAGTGTGATGTACAGTTATGGAACTCTGTTGCTTGATCTTCTTAGTGGAAAACACAT
TCCTCCAAGCCATGCGCTGGACCTCATAAGGGACAGGAATATTCAAATGTTGATCGATTC
ATGTTTGGAGGGTCAGTTTTCAAGTGATGACGGGACTGAACTGGTACGGTTAGCTTCTAG
GTGCTTGCAGTATGAGCCTCGAGAACGGCCTAACCCAAAATCTCTGGTCACTGCAATGAT
CCCTCTTCAGAAGGACCTTGAGACTCCTTCACATCAATTGATGGGCATACCAAGCAGTGC
CTCAACGACGCCTCTTTCACCACTCGGCGAAGCATGCCTAAGAACTGACCTAACTGCCAT
ACATGAGATTATTGAAAAACTTGGTTATAAAGATGATGAGGGAGCAGCCACAGAGCTTTC
GTTCCAGATGTGGACCAACCAGATGCAGGACTCGCTGAACTTCAAGAAAAAGGGTGATGT
TGCTTTCAGGCATAAAGACTTTGCAAATGCTGCTGAATGTTATTCTCAGTTTATAGAGGG
TGGGACAATGGTTTCACCAACTGTATATGCAAGGAGAAGTCTGTGTCACCTGATGAATGA
TATGCCCCAAGAGGCGTTGAATGATGCAAGCCAAGCCCAAGTGATATCTCCTGCTTGGCA
TATCGCATCTTATCTTCAAGCTGTAGCTCTCTCAGCTCTAGGACAAGAGAACGAAGCTCA
CGCTGCTCTTAAAGACGGATCAATGCTCGAAAGCAAAAGAAACGCTCTATGATGATGATA
ACAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3CJ29TF U 1
AF RR3CJ29JQ C 336
BS 1 680 RR3CJ29TF
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RD RR3CJ29TF 783 0 0
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TGCTGAGTTTATGCCTAATGAAACTTTGGCTAAGCATCTTTTCCACTGGGAGTCACAGCC
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TACAAGTAAAGGCCGGGCGCTCTACCATGACCTGAACGCTTATAGAGTTCTCTTTGATGA
TGACTCGAATCCAAGGCTTTCTTGCTTTGGTCTGATGAAAAACAGTAGAGATGGTAAGAG
TTATAGTACCAACCTTGCTTTCACTCCTCCTGAGTATCTCAGAACAGGTCGGGTGACACC
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CCCTCTTCAGAAGGACCTTGAGACTCCTTCACATCAATTGATGGGCATACCAAGCAGTGC
CTCAACGACGCCTCTTTCAC*ACTCGGCGAAGCATGCCTAAGA*CTGACCTAACTGC*AT
ACATGAGATTATTGAAAA*CTTGGTTATAAAGATGATGAGGGAGCAGCCACAGAGCTTTC
GTT

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3CJ29JQ 809 0 0
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CTGAACTGGTACGGTTAGCTTCTAGGTGCTTGCAGTATGAGCCTCGAGAACGGCCTAACC
CAAAATCTCTGGTCACTGCAATGATCCCTCTTCAGAAGGACCTTGAGACTCCTTCACATC
AATTGATGGGCATACCAAGCAGTGCCTCAACGACGCCTCTTTCACCACTCGGGGAAGCAT
GCCTAAGAACTGACCTAACTGCCATACATGAGATTATTGAAAAACTTGGTTATAAAGATG
ATGAGGGAGCAGCCACAGAGCTTTCGTTCCAGATGTGGACCAACCAGATGCAGGACTCGC
TGAACTTCAAGAAAAAGGGTGATGTTGCTTTCAGGCATAAAGACTTTGCAAATGCTGCTG
AATGTTATTCTCAGTTTATAGAGGGTGGGACAATGGTTTCACCAACTGTATATGCAAGGA
GAAGTCTGTGTCACCTGATGAATGATATGCCCCAAGAGGCGTTGAATGATGCAAGCCAAG
CCCAAGTGATATCTCCTGCTTGGCATATCGCATCTTATCTTCAAGCTGTAGCTCTCTCAG
CTCTAGGACAAGAGAACGAAGCTCACGCTGCTCTTAAAGACGGATCAATGCTCGAAAGCA
AAAGAAACGCTCTATGATGATGATAACAG

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 3

CO CL2338Contig1 873 3 2 U
GGAGCATTGGGAGCCTTGAATAACAAAAGAAAAAATATATAATTACACAATCCAAATTAG
GATTAATAGAATCTTTACAGTAATTAATTGCTATACAAAAACTGTATTGCCTATAATTAA
TTGTAAAAACAATTAGATGTCAATATTTACCAAAGAGTCTGTAGTAGACGCTGGAATGAG
ATTATGGCATGTTTTATCACACGGATATGGACAATCTATTTCTTTCACGTCCTCTCCTCT
CCCGAAATACCAATCTCCGACCGTCTTAGCAATTGTCATATTGTGGATCCTCGGTGAAGT
GGGAGAGAGCCAAGTTTCCTGTAAAGCACTCTGACAATGATCGAAGCATGAGTTTATAAA
CATTCCTCCTCTCGTAGAATTTCTGAAGAAATTCATTAATGCTCCCAACATGTCTGTCCT
AAACCCTTGAAGTGCATCGAGCTGGTGTGGATTACATGCTGTCACATTAACCTTGCAACG
GTTCCAACGTCCGGTGGGGTCAGCAGAAGGTGGTACCAACCCATGATGGAACTGGAATAC
ATCGTAGGCTGAGTTTAAGATGAACATTGGCGTTTTAATAAATCGCAATACCTCAGCCTA
ACTTTGTTCCAGTTATAGAAATCTGGATTTAAAGAAGCGTTGTTGCTCAAGATTCCAGTG
AAGACGGCTGTTTTGGTCATAAAACGTGTCGAGCCTCGATGGGTCTTTGATCTATCCCTG
CATGATGCTACATCATTGCACCATCCTCCTCCCTCAAACTGCAAAAGCCAATTGTCTGAT
CCAGCACCGAAGCCTCTGTCCAAGTGATAAGCTGGTAAGCTACCGTCCAAGCAAAGCACC
AAGAGCAGCGGCCCCTCGAACTATGTCATGCTA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3C513JQ U 1
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AF RR3CY77JQ U 41
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BS 445 873 RR3CY77JQ

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ATTATGGCATGTTTTATCACACGGATATGGACAATCTATTTCTTTCACGTCCTCTCCTCT
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AAACCCTTGAAGTGCATCGAGCTG
C

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GGAGCATTGGGAGCCTTGAATAACAAAAGAAAAAATATATAATTACACAATCCAAATTAG
GATTAATAGAATCTTTACAGTAATTAATTGCTATACAAAAACTGTATTGCCTATAATTAA
TTGTAAAAACAATTAGATGTCAATATTTACCAAAGAGTCTGTAGTAGACGCTGGAATGAG
ATTATGGCATGTTTTATCACACGGATATGGACAATCTATTTCTTTCACGTCCTCTCCTCT
CCCGAAATACCAATCTCCGACCGTCTTAGCAATTGTCATATTGTGGATCCTCGGTGAAGT
GGGAGAGAGCCAAGTTTCCTGTAAAGCACTCTGACAATGATCGAAGCATGAGTTTATAAA
CATTCCTCCTCTCGTAGAATTTCTGAAGAAATTCATTAATGCTCCCAACATGTCTGTCCT
AAACCCTTGAAGTGCATCGAGCTG
C

QA 1 444 1 444
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G
ATTACACAATCCAAATTAGGATTAATAGAATCTTTACAGTAATTAATTGCTATACAAAAA
CTGTATTGCCTATAATTAATTGTAAAAACAATTAGATGTCAATATTTACCAAAGAATCTG
TAGTAGACGCTGGAATGAGATTATGGCATGTTTTATCACACGGATATGGACAATCTATTT
CTTTCACGTCCTCTCCTCTCCCGAAATACCAATCTCCGACCGTCTTAGCAATTGTCATAT
TGTGGATCCTCGGTGAAGTGGGAGAGAGTCAAGTTTCCTGTAAAGCACTCTGACAATGAT
CGAAGCATGAGTTTATAAACATTCCTCCTCTCGTAGAATTTCTGAAGAAATACATTAATG
CTCCCAACATGTCTGTCCTAAACCCTTGAAGTGCATCGAGCTGGTGTGGATTACATGCTG
TCACATTAACCTTGCAACGGTTCCAACGTCCGGTGGGGTCAGCAGAAGGTGGTACCAACC
CATGATGGAACTGGAATACATCGTAGGCTGAGTTTAAGATGAACATTGGCGTTTTAATAA
ATCGCAATACCTCAGCCTAACTTTGTTCCAGTTATAGAAATCTGGATTTAAAGAAGCGTT
GTTGCTCAAGATTCCAGTGAAGACGGCTGTTTTGGTCATAAAACGTGTCGAGCCTCGATG
GGTCTTTGATCTATCCCTGCATGATGCTACATCATTGCACCATCCTCCTCCCTCAAACTG
CAAAAGCCAATTGTCTGATCCAGCACCGAAGCCTCTGTCCAAGTGATAAGCTGGTAAGCT
ACCGTCCAAGCAAAGCACCAAGAGCAGCGGCCCCTCGAACTATGTCATGCTA

QA 2 833 2 833
DS 



AS 1 4

CO CL2339Contig1 1011 4 3 U
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CCCACAGAACATAACCAGAGATCGTAGAATCTATCTATCTCTCTCTTCTAGGTCCGATTC
GATGCCGTCCCGTAGGCGTACCCTCCTCAAAGTCATCATCCTCGGCGATAGCGGGGTGGG
GAAGACCTCTCTGATGAATCAATATGTTAATAAAAAGTTCAGCAACCAGTACAAAGCCAC
CATTGGAGCTGACTTCTTGACTAAGGAAGTCCAGTTTGAAGATCGTCTTTTCACTTTACA
GATCTGGGATACGGCTGGGCAAGAAAGGTTTCAGAGCCTTGGTGTAGCTTTTTACCGGGG
TGCTGATTGCTGTGTTCTTGTATATGATGTCAACTCCATGAAATCTTTTGAAAATCTCAA
CAACTGGAGAGAAGAGTTTCTGATCCAGGCGAGTCCATCGGATCCAGAGAACTTTCCATT
TGTTCTTATCGGAAACAAGGTGGACGTGGATGGTGGAAACAGCAGAGTGGTTTCAGAGAA
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CTTTTATTATATTACATCGCTGTAAATTTGTTCTTTTGTGGGCTAAGAGAATCCTTCAAA
ATGATTTGACTTGTCTAGCAAGTATTTGTGTTTTAATTATATTATAAAAACATATTTCCT
CCAACTTCTATAAGAGACACAAAGACCTCACTATTTGTTTGGTCCAATCCC


BQ
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AF RR3DF03TF U 1
AF RR3DF03JQ C 373
AF RR3CA61JQ C 563
AF RR3CA61TF U 563
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CCCACAGAACATAACCAGAGATCGTAGAATCTATCTATCTCTCTCTTCTAGGTCCGATTC
GATGCCGTCCCGTAGGCGTACCCTCCTCAAAGTCATCATCCTCGGCGATAGCGGGGTGGG
GAAGACCTCTCTGATGAATCAATATGTTAATAAAAAGTTCAGCAACCAGTACAAAGCCAC
CATTGGAGCTGACTTCTTGACTAAGGAAGTCCAGTTTGAAGATCGTCTTTTCACTTTACA
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TCT

QA 1 720 1 720
DS 

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ACGTGTCTCTCCTCCTATCACCTCTCTTTTTCGCCAGTTATCTCTAAACTTTTATTATAT
TACATCGCTGTAAATTTGTTCTTTTGTGGGCTAAGAGAATCCTTCAAAATGATTTGACTT
GTCTAGCAAGTATTTGTGTTTTAATTATATTATAAAAACATATTTCCTCCAACTTCTATA
AGAGACACAAAGACCTCACTATTTGTTTGGTCCAATCCC

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DS 

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G
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DS 

RD RR3CA61TF 400 0 0
G
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CTTTCCAATGCATTGCCAAGAACGCTCTGAAGAGCGGGGAAGAGGAAGAGCTATACTTGC
CGGACACAATCGATGTCGGGACAAGCAATCAGCAGAGGTCTACAGGGTGTGAATGCTAAG
GAGAGTATCTCTCCCAGAAGAATGCTTTTGAGTTCAAACAACGGGGGGAACGTGTCTCTC
CTCCTATCACCTCTCTTCTTCGCCAGTTATCTCTAAACTTTTATTATATTACATCGCTGT
AAATTTGTTCTTTTGTGGGCTAAGAGAATCCTTCAAAATGATTTGACTTGTCTAGCAAGT
ATTTGTGTTTTAATTATATTATAAAAACATATTTCCTCC

QA 2 400 2 400
DS 



AS 1 3

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TTTTCTTTTTTTTTCATATTTCACACATTAATTTTCTACATATTAACGTAAAAATACAAG
ATTTATTTAGTTTCTGGACTTGCTGCTCATACTCATAAATGCCTTGAGAATCAGACTCTT
CTTCCCCTTTCTCAATGAAGATTTTTGCTTTATCTCCACTATCTCTCTACTTGTCGACAT
AGATATCGCTCTTTGTGGTTCCGGTAACGCCAGTATTCTTGGCTGGCTTGGGGAGCTTGA
ACGTTTCAGTAGAGATCCTGAACGCATGAGAGGAAATCTCAAAGGAGATTGTAATCTTTT
ACCACTTGGTGATATGTTGCTGTTGTTGTTGTGTAAGAAGGAGAAGCTTCCTGTCTTGTT
AGTTTTACTTGCAGTATTGGAGTGGTTTTCTAGTATTGTTGATCGAACAGCACTCTTGAA
CCGATGGGAGTCATCTCCTGCAGCCAAACTTGAGCCTCTTCCATGTTGAGGGAAGAAGTA
ACGCTTATGATGGTGAGGAGATTGAATGAGAAAACAATGCTGAGAAGTCCCACTCTTCCC
CATGTACTCTCTGCATAGTTTCATCCTTTGTTCGAGAGAAGATAAACGAAGACGAGTGGT
GGAGAAATGGGCTGAGTTATCAGAGAGAAAAGAGTTGGATTTATCAGAGACAGAACCAAG
ATGATCCACTGTGTTCACTACTGCCTTGGCTGCATACTCTTTCAGCGTCTCTATCACCGT
TTCTTTGTGTTCTTCTTTGCCATAAGATGTTTCGAAGTACTCAGCAGCAGAGTATAACTG
TTTCCGCAAGTTCTTTAAATCCTTGAGAGTTTGTGAGAATTGAAGAGTCTGCTGAATGAA
GAGTTCGTCATGATTGGAAGACTGATGAAGAACGATAGCTGAAGATGTAGAGCTCTCCAT
TTGTGTTCCTATTTTAATGAGAGAGAGAGAGTAGAGAGAGAGAAAAGAGTAAGAAGATGA
TGGAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ96JQ U 1
AF RR3CG84JQ U 85
AF RR3CG84TF C 430
BS 1 150 RR3GZ96JQ
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BS 594 739 RR3CG84JQ
BS 740 1087 RR3CG84TF

RD RR3GZ96JQ 593 0 0
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CTTCCCTTTTCTCAATGAAGATTTTTGCTTTATCTCCACTATCTCTCTACTTGTCGACAT
AGATATCGCTCTTTGTGGTTCCGGTAACGCCAGTATTCTTGGCTGGCTTGGGGAGCTTGA
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AGTTTTACTTGCAGTATTGGGGTGGTTTTCTAGTATTGTTGATCGAACAGCACTCTTGAA
CCGATGTGAGTCATCTCCTGCAGCCAAACTTGAGCCTCTTCCATGTTGAGGGA

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3CG84JQ 655 0 0
GG
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ATTAATTTTCTACATATTAACGTAAAAATACAAGATTTATTTAGTTTCTGGACTTGCTGC
TCATACTCATCAATGCCTTGAGCATCAGACTCTTCTTCCCCTTTCTCAATGAAGATTTTT
GCTTTATCTCCACTATCTCTCTACTTGTCGACATAGATATCGCTCTTTGTGGTTCTGGTG
ACGCCGGTATTCTTGGCTGGCTTGGGGAGCTTGAACGTTTCAGTAGAGATCCTGAACGCA
TGAGAGGAAATCTCAAAGGAGATTGTAATCTTTTACCGCTTGGTGATATGTTGCTGTTGT
TGTTGTGTAAGAAGGAGAAGCTTCCTGTCTTGTTAGTTTTACTTGCAGTATTGGAGTGGT
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TGAGAAAACAATGCTGAGAAGTCCCACTCTTCCCCATGTACTCTCTGCATAGTTTCATCC
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QA 3 655 3 655
DS 

RD RR3CG84TF 658 0 0
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GTCATCTCCTGCAGCCAAACTTGAGCCTCTTCCATGTTGAGGGAAGAAGTAACGCTTATG
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TCTGCATAGTTTCATCCTTTGTTCGAGAGAAGATAAACGAAGACGAGTGGTGGAGAAATG
GGCTGAGTTATCAGAGAGAAAAGAGTTGGATTTATCAGAGACAGAACCAAGATGATCCAC
TGTGTTCACTACTGCCTTGGCTGCATACTCTTTCAGCGTCTCTATCACCGTTTCTTTGTG
TTCTTCTTTGCCATAAGATGTTTCGAAGTACTCAGCAGCAGAGTATAACTGTTTCCGCAA
GTTCTTTAAATCCTTGAGAGTTTGTGAGAATTGAAGAGTCTGCTGAATGAAGAGTTCGTC
ATGATTGGAAGACTGATGAAGAACGATAGCTGAAGATGTAGAGCTCTCCATTTGTGTTCC
TATTTTAATGAGAGAGAGAGAGTAGAGAGAGAGAAAAGAGTAAGAAGATGATGGAGTC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 4

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ATTGGGTTTCGTCGGACCCATGACTCCAATTCCGATTTTAGCCGCCTCGTTTCTCTTCTT
TCTCTTCTGCGTTGCTCCGCCGCTCACCACCGCCGCTACAGATACCGATTCGCCGACGGC
GTACTCTCTCCTTCAAAGCTACAACTTCCCCGTCGGGATTCTCCCCAAAGGAGTCGTGTC
GTACGATCTGGACGAATCCACAGGGAAGTTCCACGCGTATTTCGACAAGTCGTGTACTTT
CGCCCTCCAGGATTCTTCTTACCAGTTGGATTACAAATCGACCATCTCCGGCTACATATC
GGAGAACAAGATCACGAAGCTGACCGGCGTGAAGGTGAAAGTT*CTCTTCTT*GTGGCTC
AACATCGTGGAGGTCATCAGGAACGGTGACGAGCTCGAGTTCTCC*GTCGGGATCACGTC
GGCGAACTTCGCGATCGAGGAGTTTTACGAGTCGCCTCAGTGTGGATGCGGG*TTCGATT
GCAACGGATTGAAATCGGAATCGGATGATTTGGGAAGAGACCCTTTTGTCTCTTCGGTTT
GAAAGGTGCTTCCTTCTTCACTTGTAATTAAATAGGGGACTTTTCTTACAGAACTTGAAA
CTCTTTGGGGGGCTTTTGTTCTTTATCCAATCATTATGGTTCTTTGTTTCAATAAATTGC
TTTGCTTTGTATCTGTTCTTAAGATCGTTGGATTAATCAACCAATGTATTTACTTCCAAG
CAATAAAACGATGGATACATTGGGAAATTTGATTTTTTTTTCCTGGTTGATCAATGTTAG
ATCCTTTACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP77TF U 388
AF RR3H519TF U 1
AF RR3H519JQ C 97
AF RR3CP77JQ C 315
BS 1 711 RR3H519TF
BS 712 712 RR3H519JQ
BS 713 753 RR3H519TF
BS 754 754 RR3H519JQ
BS 755 770 RR3H519TF
BS 771 807 RR3H519JQ
BS 808 851 RR3CP77JQ

RD RR3CP77TF 312 0 0
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GACGAGCTCGAGTTCTCCCGTCGGGATCACGTCGGCGAACTTCGCGATCGAGGAGTTTTA
CGAGTCGCCTCATTGTGGATGCGGGGTTCGATTGCAACGGATTGAAATCGGAATCGGATG
ATTTGGGAAGAGACCCTTTTGTCTCTTCGGTTTGAAAGGTGCTTCCTTCTTCACTTGTAA
TTAAATAGGGGACTTTTCTTACAGAACTTGAAACTCTTTGGGGGGCTTTTGTTCTTTATC
CA*TCATTATGG

QA 1 312 1 312
DS 

RD RR3H519TF 770 0 0
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ATTGGGTTTCGTCGGACCCATGACTCCAATTCCGATTTTAGCCGCCTCGTTTCTCTTCTT
TCTCTTCTGCGTTGCTCCGCCGCTCACCACCGCCGCTACAGATACCGATTCGCCGACGGC
GTACTCTCTCCTTCAAAGCTACAACTTCCCCGTCGGGATTCTCCCCAAAGGAGTCGTGTC
GTACGATCTGGACGAATCCACAGGGAAGTTCCACGCGTATTTCGACAAGTCGTGTACTTT
CGCCCTCCAGGATTCTTCTTACCAGTTGGATTACAAATCGACCATCTCCGGCTACATATC
GGAGAACAAGATCACGAAGCTGACCGGCGTGAAGGTGAAAGTT*CTCTTCTT*GTGGCTC
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GCAACGGATTGAAATCGGAATCGGATGATTTGGGAAGAGACCCTTTTGTCTCTTCGGTTT
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CTCTTTGGGGGGCTTTTGTTCTTTATCCAATCATTATGGTTCTTTGTTTCA*TAAATTGC
TTTGCTTTGTATCTGTTCTTAAGATCGTTGGAT*AATCAACCAATGTATT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3H519JQ 713 0 0
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GATTCTCCCCAAAGGAGTCGTGTCGTACGATCTGGACGAATCCACAGGGAAGTTCCACGC
GTATTTCGACAAGTCGTGTACTTTCGCCCTCCAGGATTCTTCTTACCAGTTGGATTACAA
ATCGACCATCTCCGGCTACATATCGGAGAACAAGATCACGAAGCTGACCGGCGTGAAGGT
GAAAGTT*CTCTTCTT*GTGGCTCAACATCGTGGAGGTCATCAGGAACGGTGACGAGCTC
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TCAGTGTGGATGCGGG*TTCGATTGCAACGGATTGAAATCGGAATCGGATGATTTGGGAA
GAGACCCTTTTGTCTCTTCGGTTTGAAAGGTGCTTCCTTCTTCACTTGTAATTAAATAGG
GGACTTTTCTTACAGAACTTGAAACTCTTTGGGGGGCTTTTGTTCTTTATCCAATCATTA
TGGTTCTTTGTTTCAATAAATTGCTTTGCTTTGTATCTGTTCTTAAGATCGTTGGATTAA
TCAACCAATGTATTTACTTCCAAGCAATAAAACGATGGATACATTGGGAAA
CC

QA 1 711 1 711
DS 

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CGAAGCTGACCGGCGTGAAGGTGAAAGTT*CTCTTCTT*GTGGCTCAACATCGTGGAGGT
CATCAGGAACGGTGACGAGCTCGAGTTCTCC*GTCGGGATCACGTCGGCGAACTTCGCGA
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TCGGAATCGGATGATTTGGGAAGAGACCCTTTTGTCTCTTCGGTTTGAAAGGTGCTTCCT
TCTTCACTTGTAATTAAATAGGGGACTTTTCTTACAGAACTTGAAACTCTTTGGGGGGCT
TTTGTTCTTTATCCAATCATTATGGTTCTTTGTTTCAATAAATTGCTTTGCTTTGTATCT
GTTCTTAAGATCGTTGGATTAATCAACCAATGTATTTACTTCCAAGCAATAAAACGATGG
ATACATTGGGAAATTTGATTTTTTTTTCCTGGTTGATCAATGTTAGATCCTTTACTC

QA 1 537 1 537
DS 



AS 0 0

AS 2 4

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TTAAATAAACTGTTGTTTTTTGGGAC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BY91JQ C 1
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CCGAATGCGTCAAAAGGCATAAAGAAGGGCAAGGCAGTTGCACAACTAATCCAACAGACA
AAAAAAGCGATGTATATGTCATTATCCGTGCGCTCGCTGATTTTTTTTTATCTACACGAG
CACTCAAATAATATTGGGTTATAATATTATCATTTACTTGTCAAAGAAAATAATAAAATT
TTAAATAAACTGTTGTTTTTTGGGAC

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DS 

RD RR3BY91TF 386 0 0
GG
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CAATGTAATAGGGTATTACGAAACAAAAGTGGAACATGTCCCCAACAGGTGTGTCAAGCC
GAATGCGTCAAAAGGCATAAAGAAGGGCAAGGCAGTTGCACAACTAATCCAACAGACAAA
AAAAGCGATGTATATGTCATTATCCGTGCGCTCGCTGATTTTTTTTTATCTACACGAGCA
CTCAAATAATATTGGGTTATAATATTATCATTTACTTGTCAAAGAAAATAATAAAATTTT
AAATAAACTGTTGTTTTT
TGGGAC

QA 3 380 3 380
DS 



CO CL2343Contig2 387 2 3 U
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CAAGCCGAATGTGTCAAAAGGCATAAAGAAGGGCAAGGCAGTTGCACAACTAATCCAACA
GACAAAAAAATGCTATGTATATGTCATTATCCGTGCGCTCGCTGATTTTTTTTATCTACA
CGAGCACTCAAATAATATTGGGTTATAATATTATCATTTATTTGTCAAAGAAAATAATAA
AATTTTAAATAAACTGTTGTTTTTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E684JQ C 1
AF RR3E684TF U 1
BS 1 6 RR3E684JQ
BS 7 384 RR3E684TF
BS 385 387 RR3E684JQ

RD RR3E684JQ 387 0 0
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CAAGCCGAATGTGTCAAAAGGCATAAAGAAGGGCAAGGCAGTTGCACAACTAATCCAACA
GACAAAAAAATGCTATGTATATGTCATTATCCGTGCGCTCGCTGATTTTTTTTATCTACA
CGAGCACTCAAATAATATTGGGTTATAATATTATCATTTATTTGTCAAAGAAAATAATAA
AATTTTAAATAAACTGTTGTTTTTGGG

QA 1 387 1 387
DS 

RD RR3E684TF 387 0 0
GGAAAC
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ATGCTCACAATTTTTCTGTTCGGTGAAATGGCGATTGCTCAGAAAGGAAAAGGTGGCAAC
CAATGTAGAAGGGTATTACGAAACGAAAATGGAACATGTCCCCAACAGGTGTGTCAAGCC
GAATGTGTCAAAAGGCATAAAGAAGGGCAAGGCAGTTGCACAACTAATCCAACAGACAAA
AAAATGCTATGTATATGTCATTATCCGTGCGCTCGCTGATTTTTTTTATCTACACGAGCA
CTCAAATAATATTGGGTTATAATATTATCATTTATTTGTCAAAGAAAATAATAAAATTTT
AAATAAACTGTTGTTTTT
GGG

QA 7 384 7 384
DS 



AS 1 2

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TCCATGGCTTGATTCCTTCTCTCCTTCTCTTCCATCTTTTCTTTATCCTTCTCTCGACCA
ACCAGATGAATTCAAGAACCAAAACATCAATCCTCATCCTCATCCTCATCCTCATCCTCA
TCACGTGAATCTTGCTCACATAAATGGTAGTAACAATAACAGTAACAATGATCAAAAAGA
AGATGAAAGAGAATTGGTTTTGGAGAAGAAACTGAATCACAACGCTAGCGAACGCGACCG
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GAAGCAAGAACTTGAACGTTTGTCTAGGAGGAAAGAAGAGCTTATGAAGACAATCTCCAG
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TATAGATTATTCTCCTCAAAAGATTGCAGCAAATTGGACCACAGACACAGAGATAGCTGT
CCAGATTGCTACATGGAAATGGGCATCTATCTCATACATGTTGCTTAGGTTAGAAGAAAA
CGGGCTTAATGTCACAAGCGTCTCTTTTTCTGTTTCTTCCACCGCAAGGATCTTCTACAC
GATGCATCTTCAGATGAGAGGAGATTGCAGAGTGAGGTTGGAGGAACTCAGCGATATGCT
ATTCGGATTACGCCAATCATACTGAGGGATGAGAGTTTCAAGAAGTGAATCTCTAATGTT
ATAGACTTTTATCAGATTTTAGAACTGTACTCTTTTTTTTGGAACAACTTAGAACTGTAC
TCTTTTGTAACGTTTTCTTGTTATACTTTTTTTCTTATTGTTAAATTAATGATATTATTT
ATCTTTTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK38TF U 1
AF RR3CK38JQ C 289
BS 1 680 RR3CK38TF
BS 681 681 RR3CK38JQ
BS 682 699 RR3CK38TF
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RD RR3CK38TF 764 0 0
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ACCAGATGAATTCAAGAACCAAAACATCAATCCTCATCCTCATCCTCATCCTCATCCTCA
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CCAGAT*GCTACATGGAAATGGGCATCTATCTCATACATGTTGC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3CK38JQ 805 0 0
TCCTC
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CTGATCAAAAGAGGAAGTTGAGCATTCCAATGACTGTAGCGGGAGTGGTGAAGTATATAC
CAGAGCAGAAGCAAGAACTTGAACGTTTGTCTAGGAGGAAAGAAGAGCTTATGAAGACAA
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TGGACTCTATAGATTATTCTCCTCAAAAGATTGCAGCAAATTGGACCACAGACACAGAGA
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AAGAAAACGGGCTTAATGTCACAAGCGTCTCTTTTTCTGTTTCTTCCACCGCAAGGATCT
TCTACACGATGCATCTTCAGATGAGAGGAGATTGCAGAGTGAGGTTGGAGGAACTCAGCG
ATATGCTATTCGGATTACGCCAATCATACTGAGGGATGAGAGTTTCAAGAAGTGAATCTC
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ACTGTACTCTTTTGTAACGTTTTCTTGTTATACTTTTTTTCTTATTGTTAAATTAATGAT
ATTATTTATCTTTTTTTTTT

QA 6 805 6 805
DS 



AS 1 4

CO CL2345Contig1 1153 4 8 U
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GAAATGGCAGCCACAAGAGTGATCACTGCAGCTACACAACCCACCTCCTGTTTCCTCTCC
AAACGAGCTTTCCTTCTCCCTACCAAGACATCATCATGCGTTGGTCTCTCCTTCAACAGA
AGAAGAGCAGCTTTGGTGTTGAAATCGAAGAAGCAGCGACTCTTCTCTTGCACTGCCATA
TACAATCCTCAGGTTAAGGTTCAAGAAGATGGTCAATCCGAAACCCTTGATCATCGTGTC
TTCTTCCTCGATGGCTCCGGAAAGAAGGTTTCTCCATGGCATGATATACCGTTGACCTTA
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AATGAATCATGGGCTAAGCTTGTCAAGAGATCCGTTGATGCTGGAGAGCTTTCACTATTC
TGAACAGTTTAACAATCATATCTTGCAAATGCAATGTGTCCAGTTATGAGCTTGAATAAT
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ATCTAAACATTGAGACTTTAGTTTTCACAATTGATGGACTGAGTGAAATAATAGAGACAT
TATTATTAGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G885TF U 62
AF RR3GL02TF U 1
AF RR3G885JQ C 694
AF RR3GL02JQ C 397
BS 1 267 RR3GL02TF
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BS 292 292 RR3G885TF
BS 293 616 RR3GL02TF
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ACTATCCGTACAAC

QA 1 434 1 434
DS 

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GAAATGGCAGCCACAAGAGTGATCACTGCAGCTACACAACCCACCTCCTGTTTCCTCTCC
AAACGAGCTTTCCTTCTCCCTACCAAGACATCATCATGCGTTGGTCTCTCCTTCAACAGA
AGAAGAGCAGCTTTGGTGTTGAAATCGAAGAAGCAGCGACTCTTCTCTTGCACTGCCATA
TACAATCCTCAGGTTAAGGTTCAAGAA*ATGGTCAATCCGAAACCCTTGATTATCGTGTC
TTCTTCCTCGATGGCTCCGGAAAGAAGGTTTCTCCATGGCATGATATACCGTTGACCTTA
GGAGATGGAGTTTTCAACTTTATAGTTGAGATCCCTAAAGAGTCTAAAGCAAAGATGGAA
GTTTCTACTGATGAAGACTTCACTCCTATTAAGCAAGACACTAAGAAGGGCAAGCTCAGA
TACTATCCGTACAACATAAACTGGAACTATGGGTTGCTTCCACAGACATGGGAGGATCCA
TCTCAGGCTAACTCTGAAGCTGAAGTAGCTTTTGGTGATAATGATCCAGTTGATGTTGTT
GAGATTGGGGAGGCTC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3G885JQ 416 0 0
AAGATTGTTGCCATTTCTTTGGATGACCCAAAAGCTCATCTTGTCAATGATGTTGATGAT
GTTGAGAAACATTTCCCGGGTACATTAACAGCCATTAGAGACTGGTTTAGAGACTACAAG
ATCCCAGATGGAAAGCCTGCTAACAGGTTTGGTCTTGGAGACAAACCAGCAAACAAAGAC
TATGCTTTGAAGATCATCCATGAAACAAATGAATCATGGGCTAAGCTTGTCAAGAGATCC
GTTGATGCTGGAGAGCTTTCACTATTCTGAACAGTTTAACAATCATATCTTGCAAATGCA
ATGTGTCCAGTTATGAGCTTGAATAATTTGATTTTGATCAGACTCATGAGTCCTACATCA
TTCTTGTTTTTCTCTCTCCCTAAAGAGATCTAAACATTGAGACTTTAGTTTTCACA

QA 1 416 1 416
DS 

RD RR3GL02JQ 757 0 0
AAAGAGTCTAAAGCAAAGATGGAAGTTTCTACTGATGAAGACTTCACTCCTATTAAGCAA
GACACTAAGAAGGGCAAGCTCAGATACTATCCGTACAACATAAACTGGAACTATGGGTTG
CTTCCACAGACATGGGAGGATCCATCTCAGGCTAACTCTGAAGCTGAAGTAGCTTTTGGT
GATAATGATCCAGTTGATGTTGTTGAGATTGGGGAGGCTCAAAGGAAGATAGGCGAGGTT
CTAAAGATCAAGCCTTTAGCTGCTTTAGCTATGATTGATGAAGGAGAGCTAGACTGGAAG
ATTGTTGCCATTTCTTTGGATGACCCAAAAGCTCATCTTGTCAATGATGTTGATGATGTT
GAGAAACATTTCCCGGGTACATTAACAGCCATTAGAGACTGGTTTAGAGACTACAAGATC
CCAGATGGAAAGCCTGCTAACAGGTTTGGTCTTGGAGACAAACCAGCAAACAAAGACTAT
GCTTTGAAGATCATCCATGAAACAAATGAATCATGGGCTAAGCTTGTCAAGAGATCCGTT
GATGCTGGAGAGCTTTCACTATTCTGAACAGTTTAACAATCATATCTTGCAAATGCAATG
TGTCCAGTTATGAGCTTGAATAATTTGATTTTGATCAGACTCATGAGTCCTACATCATTC
TTGTTTTTCTCTCTCTCTAAAGAGATCTAAACATTGAGACTTTAGTTTTCACAATTGATG
GACTGAGTGAAATAATAGAGACATTATTATTAGTTTG

QA 1 757 1 757
DS 



AS 2 4

CO CL2346Contig1 417 2 2 U
GGGCTTGTCAGGAAAGAAAAACAAGTTATAGTATTCTGCAAGTACGTAGAACATTGTTTA
ACCATGAGATCTGCTACTTGGTTTATAGGTTTCTGTGTTCTTATCTTTCTCCTAATGTGT
GATGGTAAAGGACCTAAAGAAGATGCGGTGTGTCCAAGAATAGAAGATATCGAAGGAAAC
TGCGAAGATGATGGACCGAAAGTGTGTGAGAAGCATATGACAAAAGTTTATAACGAAAAA
TATTTTAACTGCACATGTGATAATATGTTCATGTTACATAAGATCAAGCGTTTTTGCGAA
TGTAACATAAAATGTAAAGACCAGACCTAGGACTGTAGAAGCCGATATGAAGCATGTGCT
TTAGGGCTGGAAAACATTATATATTTTTATGGACCAAAATAACAATAATATCTTGTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3DB35JQ C 1
AF RR3DB35TF U 1
BS 1 416 RR3DB35TF
BS 417 417 RR3DB35JQ

RD RR3DB35JQ 417 0 0
GGGCTTGTCAGGAAAGAAAAACAAGTTATAGTATTCTGCAAGTACGTAGAACATTGTTTA
ACCATGAGATCTGCTACTTGGTTTATAGGTTTCTGTGTTCTTATCTTTCTCCTAATGTGT
GATGGTAAAGGACCTAAAGAAGATGCGGTGTGTCCAAGAATAGAAGATATCGAAGGAAAC
TGCGAAGATGATGGACCGAAAGTGTGTGAGAAGCATATGACAAAAGTTTATAACGAAAAA
TATTTTAACTGCACATGTGATAATATGTTCATGTTACATAAGATCAAGCGTTTTTGCGAA
TGTAACATAAAATGTAAAGACCAGACCTAGGACTGTAGAAGCCGATATGAAGCATGTGCT
TTAGGGCTGGAAAACATTATATATTTTTATGGACCAAAATAACAATAATATCTTGTG

QA 1 417 1 417
DS 

RD RR3DB35TF 417 0 0
GGGCTTGTCAGGAAAGAAAAACAAGTTATAGTATTCTGCAAGTACGTAGAACATTGTTTA
ACCATGAGATCTGCTACTTGGTTTATAGGTTTCTGTGTTCTTATCTTTCTCCTAATGTGT
GATGGTAAAGGACCTAAAGAAGATGCGGTGTGTCCAAGAATAGAAGATATCGAAGGAAAC
TGCGAAGATGATGGACCGAAAGTGTGTGAGAAGCATATGACAAAAGTTTATAACGAAAAA
TATTTTAACTGCACATGTGATAATATGTTCATGTTACATAAGATCAAGCGTTTTTGCGAA
TGTAACATAAAATGTAAAGACCAGACCTAGGACTGTAGAAGCCGATATGAAGCATGTGCT
TTAGGGCTGGAAAACATTATATATTTTTATGGACCAAAATAACAATAATATCTTGT
G

QA 1 416 1 416
DS 



CO CL2346Contig2 338 2 3 U
GTAGAGCTACAAGATATTATTGTTATTTTGGTCCATAAAAATATATAATGTTTTCCAGCC
CTAAAGCACATGCTTCATATCGGCTTCTACAGTCCTAGGTCTGGTCTTTACATTTTATGT
TACATTCCCAAAAACGCTTGATCTTATGTAACATGAACATATTATCACATGTGCAGTTAA
AATATTTTTCGTTATAAACTTTTGTCATATGCTTCTCACACACTTTCGGCCCATCATCTT
CCCAGTTCCCTTCGATATCTTCTATTCTTGGACACACCGCATCTTTAGGTCCTTTACCAT
CACACATTAGGAGAAAGATAAGAACACAGAAACCTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E796TF C 1
AF RR3E796JQ U 8
BS 1 8 RR3E796TF
BS 9 309 RR3E796JQ
BS 310 338 RR3E796TF

RD RR3E796TF 338 0 0
GTAGAGCTACAAGATATTATTGTTATTTTGGTCCATAAAAATATATAATGTTTTCCAGCC
CTAAAGCACATGCTTCATATCGGCTTCTACAGTCCTAGGTCTGGTCTTTACATTTTATGT
TACATTCGCAAAAACGCTTGATCTTATGTAACATGAACATATTATCACATGTGCAGTTAA
AATATTTTTCGTTATAAACTTTTGTCATATGCTTCTCACACACTTTCGGCCCATCATCTT
CGCAGTTCCCTTCGATATCTTCTATTCTTGGACACACCGCATCTTTAGGTCCTTTACCAT
CACACATTAGGAGAAAGATAAGAACACAGAAACCTATC

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR3E796JQ 317 0 0
T
ACAAGATATTATTGTTATTTTGGTCCATAAAAATATATAATGTTTTCCAGCCCTAAAGCA
CATGCTTCATATCGGCTTCTACAGTCCTAGGTCTGGTCTTTACATTTTATGTTACATTCC
CAAAAACGCTTGATCTTATGTAACATGAACATATTATCACATGTGCAGTTAAAATATTTT
TCGTTATAAACTTTTGTCATATGCTTCTCACACACTTTCGGCCCATCATCTTCCCAGTTC
CCTTCGATATCTTCTATTCTTGGACACACCGCATCTTTAGGTCCTTTACCATCACACATT
A
AGAAAAAGAAAAAAA

QA 2 302 2 302
DS 



AS 1 4

CO CL2347Contig1 710 4 3 U
GCCTTCACGGACGTGCACGACAGTCTACGGGGTATTTTCACAACCTGATGGTCCCATCAG
TACACCCAATCGTGGGTGATCAGTGGGTGATCAGTACATGAGATTTTTTTTTTTTTTGCC
TTCACGGACGTTCACGACAGTCTGCGGGGTATTTTCACACCCTGAATGTCCCATCAGTAC
ACCCAGTCATGGGCATCAGTATGTCAGTCTGGTCCATGAAATTTTTTATTCTTCCCGGTT
GATTCGGACTATCTGTTTGCTAGAGTTTTCATAAACTGTCCGTCTGTTGGATCGATAAAC
CAGTCTTTTTGCTGGATTAAATCCTTCCCGGATGAAGTACTGTTAGTAGTACTGATGACT
CGTGGACTAAATATCTTCAAGTCTGGACAGTCTTTGAATCCTTCCAGTATTTCCAAGGAT
TGTCCATGTACTAACAGTGCAGATGGTTCGAGTTTTCGTGGACTATAGAGTCAAGCATGG
TCAGTCCTTGGCTGGATAAAATCATTTCTCTTGTTAAGTACGAAAAAGATCATACTGAAA
TTTTGGTGCGAAAGTGATTTTCACCAAGTAAAAAACTGGAACCTCGCACAACGTTTTCTT
ATAAACTTAGAATTTTTTTGGGTTTTTTGTTTTTGACGTTTTGGGGAGGAACATATGAAA
GGAAAGGGGGGGAGGGTCGAATCTTAGCGACAAAGGGCTGAATCTCAGTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BG73JQ U 1
AF RR3BG73TF C 1
AF RR3AJ49JQ U 118
AF RR3AJ49TF C 118
BS 1 294 RR3BG73JQ
BS 295 683 RR3AJ49JQ
BS 684 710 RR3AJ49TF

RD RR3BG73JQ 295 0 0
GCCTTCACGGACGTGCACGACAGTCTACGGGGTATTTTCACAACCTGATGGTCCCATCAG
TACACCCAATCGTGGGTGATCAGTGGGTGATCAGTACATGAGATTTTTTTTTTTTTTGCC
TTCACGGACGTTCACGACAGTCTGCGGGGTATTTTCACACCCTGAATGTCCCATCAGTAC
ACCCAGTCATGGGCATCAGTATGTCAGTCTGGTCCATGAAATTTTTTATTCTTCCCGGTT
GATTCGGACTATCTGTTTGCTAGAGTTTTCATAAACTGTCCGTCTGTTGGATCG
C

QA 1 294 1 294
DS 

RD RR3BG73TF 295 0 0
GCCTTCACGGACGTGCACGACAGTCTACGGGGTATTTTCACAACCTGATGGTCCCATCAG
TACACCCAATCGTGGGTGATCAGTGGGTGATCAGTACATGAGATTTTTTTTTTTTTTGCC
TTCACGGACGTTCACGACAGTCTGCGGGGTATTTTCACACCCTGAATGTCCCATCAGTAC
ACCCAGTCATGGGCATCAGTATGTCAGTCTGGTCCATGAAATTTTTTATTCTTCCCGGTT
GATTCGGACTATCTGTTTGCTAGAGTTTTCATAGACTGTCCGTCTGTTGGATCG
C

QA 1 294 1 294
DS 

RD RR3AJ49JQ 566 0 0
GCCTTCACGGACGTTCGCGACAGTCTGCGGGGTATTTTCACACCCTGAATGTCCCATCAG
TACACCCAGTCATGGGCATCAGTATGTCAGTCTGGTCCATGAAATTTTTTATTCTTCCCG
GTTGATTCGGACTATCTGTTTGCTAGAGTTTTCATAAACTGTCCGTCTGTTGGATCGATA
AACCAGTCTTTTTGCTGGATTAAATCCTTCCCGGATGAAGTACTGTTAGTAGTACTGATG
ACTCGTGGACTAAATATCTTCAAGTCTGGACAGTCTTTGAATCCTTCCAGTATTTCCAAG
GATTGTCCATGTACTAACAGTGCAGATGGTTCGAGTTTTCGTGGACTATAGAGTCAAGCA
TGGTCAGTCCTTGGCTGGATAAAATCATTTCTCTTGTTAAGTACGAAAAAGATCATACTG
AAATTTTGGTGCGAAAGTGATTTTCACCAAGTAAAAAACTGGAACCTCGCACAACGTTTT
CTTATAAACTTAGAATTTTTTTGGGTTTTTTGTTTTTGACGTTTTGGGGAGGAACATATG
AAAGGAAAGGGGGGGAGGGTCGAATC

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR3AJ49TF 593 0 0
GCCTTCACGGACGTTCGCGACAGTCTGCGGGGTATTTTCACACCCTGAATGTCCCATCAG
TACACCCAGTCATGGGCATCAGTATGTCAGTCTGGTCCATGAAATTTTTTATTCTTCCCG
GTTGATTCGGACTATCTGTTTGCTAGAGTTTTCATAGACTGTCCGTCTGTTGGATCGATA
AACCAGTCTTTTTGCTGGATTAAATCCTTCCCGGATGAAGTACTGTTAGTAGTACTGATG
ACTCGTGGACTAGATATCTTCAAGTCTGGACAGTCTTTGAATCCTTCCAGTATTTCCAAG
GATTGTCCATGTACTAACAGTGCAGATGGTTCGAGTTTTCGTGGACTATAGAGTCAAGCA
TGGTCAGTCCTTGGCTGGATAAAATCATTTCTCTTGTTAAGTACGAAAAAGATCATACTG
AAATTTTGGTGCGAAAGTGATTTTCACCAAGTAAAAAACTGGAACCTCGCACAACGTTTT
CTTATAAACTTAGAATTTTTTTGGGTTTTTTGTTTTTGACGTTTTGGGGAGGAACATATG
AAAGGAAAGGGGGGGAGGGTCGAATCTTAGCGACAAAGGGCTGAATCTCAGTC

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 4

CO CL2348Contig1 1096 4 12 U
AGGGGAAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGCCATGAGTTCGCTGTTCACTCCTTTCTCTGC
TCTCCCTTTGCGCCATACCAGAGCTACTGTCTCCTGTTACTCTTCTGGGCATGTATCATT
TATCAAAGATGTAGCTGTCACTGAACCTCCAATGCATCTTCAACACTTACTCAAAGTTCT
TCAAACAAGAGGTGAAACCATCATATCTCCTAGAGCTAAGCAGGGACTCATCCCTCTTGC
TATTCCGCTTTCTAAGGACTCTTCAGGCTCTGTTACTGCGCTTCTGAGATGGCCTACTGC
TCCACCAGGAATGGATATGCCTGTTGTTGAAGTTTGGAGGAGTGGTGTCCGGCTCATAGC
TAGAAATGTAGATGAGTATATTCACCGGATTCTTGTTGAAGAAGATGCTCAAGAGTTGTC
AGAACTCTACATTGCTTCAGCGGAGGCAGGCGAGAAGCTTTACAAAAAGGGTGCTTTTGC
TGAATCTCAGATTGATAATCTCGATGTCTATGTCTTAAAAAAGGTTGGTCTGTTTCCTGA
TGTGTTGGAGCGAAAAGTATTACGACATTTCGATGAAGGAGATCATGTTTCAGCTATGGT
GACAGGAGAATTCTACACAAAGAAAGATCTGTTTCCAGGATTTGGACGGCCTTTTGTATA
TTATGCAAACATACTGCAGAAGGTAGGACGCAGTTCAGAAGCAAAAGAATCGGCCAGAGT
AGCACTAAAATCACCTTGGTGGACATTAGGATGTCCTTATGAGGAGGTTGCTAGTATTGC
ACAATGGGACGATGAGCAAATCGAATTCATACGAGAGAAAGTGAGTGATGAAGGTCGTTT
TGAGGATTTGAAGAAAGGCAAAGACCCAATGCAAGTTGCTGTGGATGTTGCCGCTTTTCT
CTTGGACTTGGCGTCTATTGAAGGAACATGGTCTGAATCTTTGCCCCATATTGCTAAATG
TTATGAAGAGGCTGGATTAAAGGACATATCTAACTTCATTTTGTACACAGATGACAAATG
AAAAAAAAAAGAACTGTATGTTGTGTAATGATACAAGATTCTTTCGTTATAATAAATATC
AAAAGTTTTGGTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3AE23TF U 1
AF RR3BC43TF U 7
AF RR3BC43JQ C 300
AF RR3AE23JQ C 411
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BS 430 679 RR3AE23TF
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BS 1095 1096 RR3AE23JQ

RD RR3AE23TF 679 0 0
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TCAAACAAGAGGTGAAACCATCATATCTCCTGGAGCTAAGCAGGGACTCATCCCTCTTGC
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TCCACCAGGAATGGATATGCCTGTTGTTGAAGTTTGGAGGAGTGGTGTCCGGCTCATAGC
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TGAATCTCAGATTGATAATCTCGATGTCTATGTCTTAAAAAAGGTTGGTCTGTTTCCTGA
TGTGTTGGAGCGAAAAGTATTACGACATTTCGATGAAGGAGATCATGTTTCAGCTATGGT
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TTATGCAAACATACTGCAG

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DS 

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G
GGAGGGGGAGGAGGAGGAGGAGCCATGAGTTCGCTGTTCACTCCTTTCTCTGCTCTCCCT
TTGCGCCATACCAGAGCTACTGTCTCCTGTTACTCTTCTGGGCATGTATCATTTATCAAA
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AGAGGTGAAACCATCATATCTCCTAGAGCTAAGCAGGGACTCATCCCTCTTGCTATTCCG
CTTTCTAAGGACTCTTCAGGCTCTGTTACTGCGCTTCTGAGATGGCCTACTGCTCCACCA
GGAATGGATATGCCTGTTGTTGAAGTTTGGAGGAGTGGTGTCCGGCTCATAGCTAGAAAT
GTAGATGAGTATATTCACCGGATTCTTGTTGAAGAAGATGCTCAAGAGTTGTCAGAACTC
TACATTGCTTCAGCGGAGGCAGGCGAGAAGCTTTACAAAAAGGGTGCTTTTGCTGAATCT
CAGATTGATAATCTCGATGTCTATGTCTTAAAAAAGGTTGGTCTGTTTCCTGATGTGTTG
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GAATTCTACACAAAGAAAGATCTGTTTCCAGGATTTGGACGGCCTTTTGTATATTATGCA
AACATACTGCAGAAAGTAGGACGCAGTTC

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DS 

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CTAGAAATGTAGATGAGTATATTCACCGGATTCTTGTTGAAGAAGATGCTCAAGAGTTGT
CAGAACTCTACATTGCTTCAGCGGAGGCAGGCGAGAAGCTTTACAAAAAGGGTGCTTTTG
CTGAATCTCAGATTGATAATCTCGATGTCTATGTCTTAAAAAAGGTTGGTCTGTTTCCTG
ATGTGTTGGAGCGAAAAGTATTACGACATTTCGATGAAGGAGATCATGTTTCAGCTATGG
TGACAGGAGAATTCTACACAAAGAAAGATCTGTTTCCAGGATTTGGACGGCCTTTTGTAT
ATTATGCAAACATACTGCAGAAGGTAGGACGCAGTTCAGAAGCAAAAGAATCGGCCAGAG
TAGCACTAAAATCACCTTGGTGGACATTAGGATGTCCTTATGAGGAGGTTGCTAGTATTG
CACAATGGGACGATGAGCAAATCGAATTCATACGAGAGAAAGTGAGTGATGAAGGTCGTT
TTGAGGATTTGAAGAAAGGTAAAGACCCAATGCAAGTTGCTGTGGATGTTGCCGCTTTTC
TCTTGGACTTGGCGTCTATTGAAGGAACATGGTCTGAATCTTTGCCCCATATTGCTAAAT
GTTATGAAGAGGCTGGATTAAAGGACATATCTAACTTCATTTTGTACACAGATGACAAAT
GAAAAAAAAAAGAACTGTATGTTGTGTAATGATACAAGATTCTTTCGTTATAATAAATAT
CAAAAGTTTTGGTTT
CC

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DS 

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GTGCTTTTGCTGAATTTCAGATTGATAATCTCGATGTCTATGTCTTAAAAAAGGTTGGTC
TGTTTCCTGATGTGTTGGAGCGAAAAGTATTACGACATTTCGATGAAGGAGATCATGTTT
CAGCTATGGTGACAGGAGAATTTTACACAAAGAAAGATCTGTTTCCAGGATTTGGACGGC
CTTTTGTATATTATGCAAACATACTGCAGAAGGTAGGACGCAGTTCAGAAGCAAAAGAAT
CGGCCAGAGTAGCACTAAAATCCCCTTGGTGGACATTAGGATGTCCTTATGGGGAGGTTG
CTAGTATTGCACAATGGGACGATGAGCAAATCGAATTCATACGAGAGAAAGTGAGTGATG
AAGGTCGTTTTGAGGATTTGAAGAAAGGCAAAGACCCAATGCAAGTTGCTGTGGATGTTG
CCGCTTTTTTCTTGGACTTGGCGTTTATTGAAGGAACATGGTCTGAATCTTTGCCCCATA
TTGCTAAATGTTATGAAGAGGCTGGATTAAAGGACATATCTAACTTCATTTTGTACACAG
ATGACAAATGGAAAAAAAAAGAACTGTATGTTGTGTAATGATACAAGATTCTTTCGTTGT
AATAAATATCAAAAGTTTTGGTTTTT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 3

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CTTGGTCGAAAACGCAAAGTGTGTAGAGGTACTTGGAGCACCTGACCTTGAACTTGACAA
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CCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 

AF RR3EF42JQ U 1
AF RR3CF32JQ U 6
AF RR3CF32TF C 6
BS 1 423 RR3EF42JQ

RD RR3EF42JQ 423 0 0
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CTAACCACATGGATAGCATACAGCAAAATACAAATCCAAGTCTTGAAAACAAAAGAGAAT
AACTCAAAAACTACTATCTCCGGTTCAACGCAGGTCGGATATCTCAGACTCGAAGAGATG
TTCAAAGGTCTTGAACACTCAAACCTGGAGGAAGCGACTGCTTGAGCTTATCAGCCTTCT
CTTGGTCGAAAACGCAAAGTGTGTAGAGGTACTTGGAGCACCTGACCTTGAACTTGACAA
TGTCCTTGCTTCTCTTGATCTTTACAGACCTAGCATCCTTCCTCCTCGCCGTCAGAAGGA
AGTCCTTGATCTCGTGTATTTGCTTCGGCATTGTCGCTTCGAGTTTGGAGAAGACAGCGT
CCC

QA 1 423 1 423
DS 

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GT
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AAACTACTATCTCCGGTTCAACGCAGGTCGGATATCTCAGACTCGAAGAGATGTTCAAAG
GTCTTGAACACTCAAACCTGGAGGAAGCGACTGCTTGAGCTTATCAGCCTTCTCTTGGTC
GAAAACGCAAAGTGTGTAGAGGTACTTGGAGCACCTGACCTTGAACTTGACAATGTCCTT
GCTTCTCTTGATCTTTACAGACCTAGCATCCTTCCTCCTCGCCGTCAGAAGGAAGTCCTT
GATCTCGTGTATTTGCTTCGGCATTGTCGCTTCGAGTTTGGAGAAGACAGCGTCC

QA 3 417 3 417
DS 

RD RR3CF32TF 417 0 0
GT
AAATAAAATCATGTAAATTGATGTGAATGCTTTGTTCTAAATAAAACATGCTACTAACCA
CATGGATAGCATACAGCAAAATACAAATCCAAGTCTTGAAAACAAAAGAGAATAACTCAA
AAACTACTATCTCCGGTTCAACGCAGGTCGGATATCTCAGACTCGAAGAGATGTTCAAAG
GTCTTGAACACTCAAACCTGGAGGAAGCGACTGCTTGAGCTTATCAGCCTTCTCTTGGTC
GAAAACGCAAAGTGTGTAGAGGTACTTGGAGCACCTGACCTTGAACTTGACAATGTCCTT
GCTTCTCTTGATCTTTACAGACCTAGCATCCTTCCTCCTCGCCGTCAGAAGGAAGTCCTT
GATCTCGTGTATTTGCTTCGGCATTGTCGCTTCGAGTTTGGAGAAGACAGCGTCC

QA 3 417 3 417
DS 



AS 1 4

CO CL2350Contig1 1729 4 7 U
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GACCAATCTACAAGCAGATTGCAGAAAATCGAAACGCTGAGATATTCTCTGCCAACACAC
TTCTTGTTATTCTTGGGACTAGTTTACTGACAGCTAGGGCGGGACTCTCCATGGCATTAG
GAGCGTTTTTGGCTGGTCTACTTCTTGCGGAGACAGAGTTTTCCCTGCAAGTAGAATCAG
ATATTGCTCCTTATCGTGGTCTCCTGCTGGGTCTTTTCTTCATGACGGTTGGCATGTCTA
TTGATCCGAAACTTCTTCTCTCTAACTTCCCTGTCGTAATTGGGACATTGGGACTCTTGA
TATTGGGCAAGACTATATTAGTCGTTGTAATGGGCAAGTTATTCGGAATTTCAGTCATAT
CTGCAATTAGAGCCGGTCTACTTCTGGCCCCTGGTGGAGAGTTTGCATTTGTTGCTTTTG
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TGGGAATCTCGATGGCTATCACACCTTGGTTAGCTGCTGGTGGCCAGTTAATTGCATCCC
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AGGATCACATAATTATTTGCGGATTTGGGCGTGTTGGGCAGATAATTGCCCAGCTTCTCT
CAGAAAGACTTATCCCCTTCGTTGCCCTCGATGTCAGCAGTGATAGAGTGACTATCGCCC
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TTGGGGCTGAGAGAGCATGTGCTGCCGTGGTTGCTTTAGACGCACCAGGAGCAAATTACA
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ACGTTGTTCATGGTCTTAATCTAGAAAAAGCTGGTGCTACTGCTGTTGTACCGGAGACGC
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AAATAGCAAATACGATCAACGAGTTCAGAACCCGTCACCTGTCTGAACTAACGGAGCTAT
GTGAAGCAAGCGGAAGCTCTCTGGGGTATGGTTTTTCGAGGACGGCAACGACGAGTAAGC
CTAAAACTCAAACGTCGGATGCAAGTGAGGACAACCCGATCATCGAAGGAAGTGGTTCAC
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TTACACACATGTCACATTTATGTAAGCTATCTGGCTGATGATGTGGTCCTTTTGGAGAGG
GAGTTTTATTCAGTTCATAATTGTTCTCCTTTAATCGGGGATATTAGTAGGACAATTGTA
CTGTTTTGTTTGACACAGTCCAGGTAATAAATACAAAAACATTACGAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BB60TF U 1
AF RR3GE71TF U 601
AF RR3BB60JQ C 1022
AF RR3GE71JQ C 1055
BS 1 670 RR3BB60TF
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BS 1303 1349 RR3GE71TF
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CACCTAATTCATCGAAAGGAGGGATTGGGTTTCAAGCCATTGCTGAAGCTCTTGGACTTG
CTGCAGTCAAAGCAGCAGTTGCTATTACTGCCATAATTGCTGGTGGCCGTCTTCTTCTTC
GACCAATCTACAAGCAGATTGCAGAAAATCGAAACGCTGAGATATTCTCTGCCAACACAC
TTCTTGTTATTCTTGGGACTAGTTTACTGACAGCTAGGGCGGGACTCTCCATGGCATTAG
GAGCGTTTTTGGCTGGTCTACTTCTTGCGGAGACAGAGTTTTCCCTGCAAGTAGAATCAG
ATATTGCTCCTTATCGTGGTCTCCTGCTGGGTCTTTTCTTCATGACGGTTGGCATGTCTA
TTGATCCGAAACTTCTTCTCTCTAACTTCCCTGTCGTAATTGGGACATTGGGACTCTTGA
TATTGGGCAAGACTATATTAGTCGTTGTAATGGGCAAGTTATTCGGAATTTCAGTCATAT
CTGCAATTAG

QA 1 670 1 670
DS 

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G
ATTGGGCAAGACTATATTAGTCGTTGTAATGGGCAAGTTATTCGGAATTTCAGTCATATC
TGCAATTAGAGCCGGTCTACTTCTGGCCCCTGGTGGAGAGTTTGCATTTGTTGCTTTTGG
AGAAGCTGTCAATCAGGGTATAATGTCTCCTCAGCTATCTTCGTTGCTGTTTCTTGTGGT
GGGAATCTCGATGGCTATCACACCTTGGTTAGCTGCTGGTGGCCAGTTAATTGCATCCCG
GTTTGAGTTGCATGATGTTAGAAGTTTGTTACCGGTTGAAAGTGAGACAGATGATTTGCA
GGATCACATAATTATTTGCGGATTTGGGCGTGTTGGGCAGATAATTGCCCAGCTTCTCTC
AGAAAGACTTATCCCCTTCGTTGCCCTCGATGTCAGCAGTGATAGAGTGACTATCGCCCG
TTCCTTGGACCTCCCTGTTTATTTTGGGGACGCTGGTAGTAAAGAGGTTCTCCACAAAAT
TGGGGCTGAGAGAGCATGTGCTGCCGTGGTTGCTTTAGACGCACCAGGAGCAAATTACAG
ATGTGTGTGGGCTCTGAGCAAGTACTACCCTAATGTGAAGACCTTTGTCCGTGCACACGA
CGTTGTTCATGGTCTTAATCTAGAAAAAGCTGGTGCTACTGCTGTTGTACCGGAGACGCT
GGAGCCAAGTCTACAGTTGGCAGCTGCTGTTCTTGCTCAG*TCAAATTACCGACATCAGA
AATAGCAAATACGATCAACGAGTTCAGA
CCCGT

QA 2 749 2 749
DS 

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TTCCTTGGACCTCCCTGTTTATTTTGGGTACGCTGGTAGTAAAGAGGTTCTCCACAAAAT
TGGAGCTGAGAGAGCATGTGCTGCCGTGGTTGCTTTAGACGCACCAGGAGCAAATTACAG
ATGTGTGTGGGCTCTGAGCAAGTACTACCCTAATGTGAAGACCTTTGTCCGTGCACACGA
CGTTGTTCATGGTCTTAATCTAGAAAAAGCTGGTGCTACTGCTGTTGTACCGGAGACGCT
GGAGCCAAGTCTACAGTTGGCAGCTGCTGTTCTTGCTCAGGTCAAATTACCGACATCAGA
AATAGCAAATACGATCAACGAGTTCAGAACCCGTCACCTGTCTGAACTAACGGAGCTATG
TGAAGCAAGCGGAAGCTCTCTGGGGTATGGTTTTTCGAGGACGGCAACGACGAGTAAGCC
TAAAACTCAAACGTCGGATGCAAGTGAGGAGAACCCGATCATCGAAGGAAGTGGTTCACT
CGCTATCTGACGGGCCTTTCTTTTAAGAACAACTTTTTAACATTCTTGTGATGGCCATTT
TACACACATGTCACATTTATGTAAGCTATCTGGCTGATGATGTGGTCCTTTTGGAGAGGG
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DS 

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TTTAGACGCACCAGGAGCAAATTACAGATGTGTGTGGGCTCTGAGCAAGTACTACCCTAA
TGTGAAGACCTTTGTCCGTGCACACGACGTTGTTCATGGTCTTAATCTAGAAAAAGCTGG
TGCTACTGCTGTTGTACCGGAGACGCTGGAGCCAAGTCTACAGTTGGCAGCTGCTGTTCT
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TCACCTGTCTGAACTAACGTAGCTATGTGAAGCAAGCGGAAGCTCTCTGGGGTATGGTTT
TTCGAGGACGGCAACGACGAGTAAGCCTAAAACTCAAACGTCGGATGCAAGTGAGGACAA
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TTTTTAACATTCTTGTGATGGCCATTTTACACACATGTCACATTTATGTAAGCTATCTGG
CTGATGATGTGGTCCTTTTGGAGAGGGAGTTTTATTCAGTTCATAATTGTTCTCCTTTAA
TCGGGGATATTAGTAGGACAATTGTACTGTTTTGTTTGACACAGTCCAGGTAATAAATAC
AAAAACATTACG

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 3

CO CL2351Contig1 831 3 7 U
AAAAGGAACAAATCTTTATTCTTTAGAATAATCCAACACACGCACACAGACGCAACACGG
AATGA*CAAGAACTTGATTAAAGAGACAAGAAAGCTTTTAAAGATTCTTTAAAACTTGAT
TTTAAGTAAAAACCAATAACATAGGATGAGTCTCTCTTTCAATCACACAAGGCGTCTGCA
GAGAGTGACACCATCACCAATGGAGACTTGAGAGACCTCAATGCGAGGATCAGAAGCGAG
CTGCTTGTTCAATTCCATGAGCGCTTTTCTGTTAACCCTCATGTGCACTGGCACACTTTC
CTCTTCCTCGGCCACAAACCCAAACCACAGTGTGTTATCAAAAGCTATTATCCCCCCTAC
CTTCACCAGCTTCATTAGTCTCTCGAGGGCTTTCGCATAGTTTGGTTTATCAGCGTCCAC
AAATGCGAAATCATACTCCGGCTTTGGATTCTCGGTCAGCAACTTGTCTAAGGCCTGAAG
ACCATCAGATTGGATGAAGTTGATTTTGTGATCAACACCAGCATTCTTTATGAATTCTAG
ACCCATCTCGTAAGCTTCTTTGTCAATGTCTATTGCAGTAATACGGCCATCTTGGGGCAA
TGCGAGGGCCGTCGTGAGCAACGAGTAGCCAGTGAAAACACCGAGTTCTAGGGTGTTCTT
GGCGTTCATCATTTTTAAAAGTATCGATAGAAAGTGCCCCTCATCAACCGGTACCTCCAT
CTCGCTTAAATTGCCATACTTTTGGACCGTAGCTTCTCGTAGTTTCTTGAGCTCTTCATG
CTCTCTTGGATATGCCGTTGTTTCAAGGATGTACTTTTGAGTCCTCGTTCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FY69JQ U 3
AF RR3FY69TF C 3
AF RR3FU66JQ U 1
BS 1 65 RR3FU66JQ
BS 66 66 RR3FY69JQ
BS 67 205 RR3FU66JQ
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BS 207 252 RR3FU66JQ
BS 253 253 RR3FY69JQ
BS 254 831 RR3FU66JQ

RD RR3FY69JQ 299 0 0
GC
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GTGACACCATCACCAATGGAGACTTGAGAGACCTCAATGCGAGGATCAGAAGCGAGCTGC
TTGTTCAATTCCATGAGCGCTTTTCTGTTAACCCTCATGTGCACTGGCACACTTTCC

QA 3 299 3 299
DS 

RD RR3FY69TF 299 0 0
GC
GGAACAAATCTTTATTCTTTAGAATAATCCAACACACGCACACAGACGCAACACGGAATG
A*CAAGAACTTGATTAAAGAGACAAGAAAGCTTTTAAAGATTCTTTAAAACTTGATTTTA
AGTAAAAACCAATAACATAGGATGAGTCTCTCTTTCAATCACACAAGGCGTCTGCAGAGA
GTGACACCATCACCAATGGAGACTTGAGAGACCTCAATGCGAGGATCAGAAGCGAGCTGC
TTGTTCAATTCCATGAGCGCTTTTCTGTTAACCCTCATGTGCACTGGCACACTTTCC

QA 3 299 3 299
DS 

RD RR3FU66JQ 831 0 0
AAAAGGAACAAATCTTTATTCTTTAGAATAATCCAACACACGCACACAGACGCAACACGG
AATGAACAAGAACTTGATTAAAGAGACAAGAAAGCTTTTAAAGATTCTTTAAAACTTGAT
TTTAAGTAAAAACCAATAACATAGGATGAGTCTCTCTTTCAATCACACAAGGCGTCTGCA
GAGAGTGACACCATCACCAATGGAGGCTTGAGAGACCTCAATGCGAGGATCAGAAGCGAG
CTGCTTGTTCAAATCCATGAGCGCTTTTCTGTTAACCCTCATGTGCACTGGCACACTTTC
CTCTTCCTCGGCCACAAACCCAAACCACAGTGTGTTATCAAAAGCTATTATCCCCCCTAC
CTTCACCAGCTTCATTAGTCTCTCGAGGGCTTTCGCATAGTTTGGTTTATCAGCGTCCAC
AAATGCGAAATCATACTCCGGCTTTGGATTCTCGGTCAGCAACTTGTCTAAGGCCTGAAG
ACCATCAGATTGGATGAAGTTGATTTTGTGATCAACACCAGCATTCTTTATGAATTCTAG
ACCCATCTCGTAAGCTTCTTTGTCAATGTCTATTGCAGTAATACGGCCATCTTGGGGCAA
TGCGAGGGCCGTCGTGAGCAACGAGTAGCCAGTGAAAACACCGAGTTCTAGGGTGTTCTT
GGCGTTCATCATTTTTAAAAGTATCGATAGAAAGTGCCCCTCATCAACCGGTACCTCCAT
CTCGCTTAAATTGCCATACTTTTGGACCGTAGCTTCTCGTAGTTTCTTGAGCTCTTCATG
CTCTCTTGGATATGCCGTTGTTTCAAGGATGTACTTTTGAGTCCTCGTTCT

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 4

CO CL2352Contig1 1144 4 19 U
GTTATACAGAGTATGTCTCGACACGCTGGTACAGGGCACCTGAGGTACTGCTACAGTCAT
GTGTGTACACGTCAAAAGTTGATATGTGGGCAATGGGCGCTATTCTGACTGAGCTGTTGT
CTCTTCGTCCTCTCTTTCCTGGAGCTAGTGAAGCAGATGAGATCTATAAAATCTGCAGTG
TGATAGGTAGCCCAACTGAAAAGACATGGTTGGAGGGGCTTAATCTTGCTAGCGTTATCA
GTTACCAATTCCCTCAGCTTCCCGGTGTACACCTTTCAAGCTTGACGCCGTATGCTAGTG
CAGAGGCTGTTAGCCTTGTTAAGCGTCTCTGCTCATGGGATCCCTGTGATAGGCCAACTG
CTGCAGAGGCTTTGCAGCATCCGTTCTTCCAGAGTTGCTACTATGTTCCACCATCTCTCC
GTGCCAAACTGTCTGTTGGACAGAGAGGGTCTCTCGATCATCAGCAGCAGTCCGTTAAGA
GGTTGCCGGTAACTTTGACCAGTACTGCTAGTAATAATAATAATAAGGCGGCCAACAGCT
ATGCTACTCCAAAGGCGAATGCTCCTCCTCACGGTGCTTATCAGACCCAGCGGAAGCAGG
AGATGTCTAATAAAATTAATCAGGACACAGCATGGTACAACAAGCCTGTGGGAAGTTATC
ATGTCAGAGATGCTAATAAGTATATACCACCACCTGGAAGGAAGAGTCCTCCATCTAAGA
ACAAGAACTGGGTATTTCCTCGTGGGCCATCAGAGAATGCAAATGCAGCGGTGGG*AGGA
GGAAGATGGAGTCAAAGGCAGACACAACAACAACCGGCGATGAAGGCAGGGTGGGTGGGA
GAAAGTGGTGACATGTTCCTGAGACCTACACAGCCTCCCAATCCCTACTCTAGAAGAATC
GCTGGTTAATGGCCAAAGGGTCTTTCCTTATGACCCACACTCATCATCATCTACTATTAC
CGGAGTCCAAGTCGAAAGTATGAAAGACTGTTGATTTACCTCTTATTTGTGTGTTTCTCC
TTTCCTAAACTACCTTGTTTATCTATGGATTCTTCGTCGTTCTGTTCTTGACTTTTTGAA
TTTTAAGCGTCGGATGTATGGAGTTTTCTTTTCATTTCGCAATAAAGCTCTCGACTTTTG
GACC


BQ
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15 15 15 

AF RR3CQ16TF U 1
AF RR3BS91TF U 231
AF RR3BS91JQ C 293
AF RR3CQ16JQ C 537
BS 1 286 RR3CQ16TF
BS 287 287 RR3BS91TF
BS 288 303 RR3CQ16TF
BS 304 304 RR3BS91TF
BS 305 531 RR3CQ16TF
BS 532 532 RR3BS91TF
BS 533 569 RR3CQ16TF
BS 570 570 RR3BS91TF
BS 571 622 RR3CQ16TF
BS 623 623 RR3BS91TF
BS 624 700 RR3CQ16TF
BS 701 701 RR3BS91TF
BS 702 718 RR3CQ16TF
BS 719 775 RR3BS91TF
BS 776 776 RR3BS91JQ
BS 777 908 RR3BS91TF
BS 909 909 RR3BS91JQ
BS 910 979 RR3BS91TF
BS 980 1144 RR3BS91JQ

RD RR3CQ16TF 718 0 0
GTTATACAGAGTATGTCTCGACACGCTGGTACAGGGCACCTGAGGTACTGCTACAGTCAT
GTGTGTACACGTCAAAAGTTGATATGTGGGCAATGGGCGCTATTCTGACTGAGCTGTTGT
CTCTTCGTCCTCTCTTTCCTGGAGCTAGTGAAGCAGATGAGATCTATAAAATCTGCAGTG
TGATAGGTAGCCCAACTGAAAAGACATGGTTGGAGGGGCTTAATCTTGCTAGCGTTATCA
GTTACCAATTCCCTCAGCTTCCCGGTGTACACCTTTCAAGCTTGAC*CCGTATGCTAGTG
CAG*GGCTGTTAGCCTTGTTAAGCGTCTCTGCTCATGGGATCCCTGTGATAGGCCAACTG
CTGCAGAGGCTTTGCAGCATCCGTTCTTCCAGAGTTGCTACTATGTTCCACCATCTCTCC
GTGCCAAACTGTCTGTTGGACAGAGAGGGTCTCTCGATCATCAGCAGCAGTCCGTTAAGA
GGTTGCCGGTAACTTTGACCAGTACTGCTAGTAATAATAATAATAAGGCGGTCAACAGCT
ATGCTACTCCAAAGGCGAATGCTCCTCCTTACGGTGCTTATCAGACCCAGCGGAAGCAGG
AGATGTCTAATAAAATTAATCACGACACAGCATGGTACAACAAGCCTGTGGGAAGTTATC
ATGTCAGAGATGCTAATAAGTATATACCACCACCTGGAAG*AAGAGTCCTCCATCTAA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3BS91TF 749 0 0
G
GCGTTATCAGTTACCAATTCCCTCAGCTTCCCGGTGTACACCTTTCAAGCTTGATGCCGT
ATGCTAGTGCAGAGGCTGTTAGCCTTGTTAAGCGTCTCTGCTCATGGGATCCCTGTGATA
GGCCAACTGCTGCAGAGGCTTTGCAGCATCCGTTCTTCCAGAGTTGCTACTATGTTCCAC
CATCTCTCCGTGCCAAACTGTCTGTTGGACAGAGAGGGTCTCTCGATCATCAGCAGCAGT
CCGTTAAGAGGTTGCCGGTAACTTTGACCAGTACTGCTAGTAATAATAATAATAAGGCGG
CCAACAGCTATGCTACTCCAAAGGCGAATGCTCCTCCTCACGGTGCTTATCAGACCCAGC
GGAAGCAGGAGATGTCTAATAAAATTAATCAGGACACAGCATGGTACAACAAGCCTGTGG
GAAGTTATCATGTCAGAGATGCTAATAAGTATATACCACCACCTGGAAGGAAGAGTCCTC
CATCTAAGAACAAGAACTGGGTATTTCCTCGTGGGCCATCAGAGAATGCAAATGCAGCGG
TGGGGAGGAGGAAGATGGAGTCAAAGGCAGACACAACAACAACCGGCGATGAAGGCAGGG
TGGGTGGGAGAAAGTGGTGACATGTTCCTGAGACCTACACAGCCTCCCAATCCCTACTCT
AGAAGAATCGCTGGTTA*TGGCCAAAGGGTCTTTCCTTATGACCCACACTCATCATCATC
TACTATTACCGGAGTCCAAGTCGAAAGT

QA 2 749 2 749
DS 

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CCCA*CTGCTGCAGAGGCTTTGCAGCATCCGTTCTTCCAGAGTTGCTACTATGTTCCACC
ATCTCTCCGTGCCAAACTGTCTGTTGGACAGAGAGGGTCTCTCGATCATCAGCAGCAGTC
CGTTAAGAGGTTGCCGGTAACTTTGACCAGTACTGCTAGTAATAATAATAATAAGGCGGC
CAACAGCTATGCTACTCCAAAGGCGAATGCTCCTCCTCACGGTGCTTATCAGACCCAGCG
GAAGCAGGAGATGTCTAATAAAATTAATCAGGACACAGCATGGTACAACAAGCCTGTGGG
AAGTTATCATGTCAGAGATGCTAATAAGTATATACCACCACCTGGAAGGAAGAGTCCTCC
ATCTAAGAACAAGAACTGGGTATTTCCTCGTGGGCCATCAGAGAATGCAAATGCAGCGGT
GGG*AGGAGGAAGATGGAGTCAAAGGCAGACACAACAACAACCGGCGATGAAGGCAGGGT
GGGTGGGAGAAAGTGGTGACATGTTCCTGAGACCTACACAGCCTCCCAATCCCTACTCTA
GAAGAATCGCTGGTTAATGGCCAAAGGGTCTTTCCTTATGACCCACACTCATCATCATCT
ACTATTACCGGAGTCCAAGTCGAAAGTATGAAAGACTGTTGATTTACCTCTTATTTGTGT
GTTTCTCCTTTCCTAAACTACCTTGTTTATCTATGGATTCTTCGTCGTTCTGTTCTTGAC
TTTTTGAATTTTAAGCGTCGGATGTATGGAGTTTTCTTTTCATTTCGCAATAAAGCTCTC
GACTTTTGGACC

QA 1 852 1 852
DS 

RD RR3CQ16JQ 608 0 0
AGCTATGCTACTCCAAAGGCGAATGCTCCTCCTTACGGTGCTTATCAGACCCAGCGGAAG
CAGGAGATGTCTAATAAAATTAATCAGGACACAGCATGGTACAACAAGCCTGTGGGAAGT
TATCATGTCAGAGATGCTAATAAGTATATACCACCACCTGGAAGGAAGAGTCCTCCATCT
AAGAACAAGAACTGGGTATTTCCTCGTGGGCCATCAGAGAATGCAAATGCAGCGGTGGG*
AGGAGGAAGATGGAGTCAAAGGCAGACACAACAACAACCGGCGATGAAGGCAGGGTGGGT
GGGAGAAAGTGGTGACATGTTCCTGAGACCTACACAGCCTCCCAATCCCTACTCTAGAAG
AATCGCTGGTTAATGGCCAAAGGGTCTTTCCTTATGACCCACACTCATCATCATCTACTA
TTACCGGAGTCCAAGTCGAAAGTATGAAAGACTGTTGATTTACCTCTTATTTGTGTGTTT
CTCCTTTCCTAAACTACCTTGTTTATCTATGGATTCTTCGTCGTTCTGTTCTTGACTTTT
TGAATTTTAAGCGTCGGATGTATGGAGTTTTCTTTTCATTTCGCAATAAAGCTCTCGACT
TTTGGACC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL2354Contig1 1198 3 42 U
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GACTTGATAGATAACACAACAGACGAGAATTCGAAAAGGAGAAAGAGCAGTTTTTTTCAA
TAGCTGTCGATGTCAGTTTCAGGCCTTCTCAGGAAGTAACGCAGACAGTTCACCAACACC
TCTGACAAGGAACTGTTTAGCGCTTGCCCTTGGTAGCTTACGTGAAATTTGTCTTTCGCA
ACCAGACCTTCAGTGTCTATCTCTGCGGATTCCACTTCTATGTTGATATCAGCCATCATT
TTTATCATCTCCAAAACCAGACCTGGCCTGTCTGCTGTCTCTATGCAAAGCAAGCTCCTA
CTTGGTCCATCTCCTTTCACATGTATGAGAGTCCCGATATCGACATCAATCTTCTTTTCA
GGAGCCTTTATTCCAAAAGTCTCACCCATTGCAAGTTGCTCGCTGCATTCCGGATGGTAT
TTCGAGAGATTGTTGATGATTGTTAACCGAATCTGCTCCAACGAGTCAGGATCTTCCACT
TTCCGACCTGTGTCTTGTTTTGTAATAGAAAATCTAGTCTGCTTAACGGATCCTTCAGTT
GTGACAGTTCCTTTTATTACATCCAATCCCAAATCCTTCAGTGCCTTCATAGTGTCGATG
AGAGCCCCGAGACGATCACCAAAACTGAGTTGAACAATAGTAGCTTCAGGGTCAGCATCC
TGGTCTATCAAAACCATTGGCTTTGGAACCAAGTCCTCCTCCTTATCATCATCTTCCAAT
TTCAGATAAGATGGAGTAGTGGCATCAGTTTTGTTAATTGAAGCATGTACGCGGTTTTTT
GTGCTGCATATCGAATCAAACAAGGATAGATTAGCAGATGTCAGATAAATCATACAAAGC
TGATGATATCACAAACACACACACACACAAGAATCTGAAACTAGTTCATCTCAAAGAAAA
CAAAATACGCAAAAGCTAGCCTAACCTTCTCGTGGATAGAGGCATTACAGCATGGACGAA
CTTGTGACGACGATCACTGAAGCAAACATGCGATAGATCTGGAGGTGAAATTTGAGCGGG
AAAACGAGACTGACAGCTGATGACGGCAGAAGAAGTAAAATGAGTAACAGAGAAGATAGC
ATTCAAGAGCGCCATTGAAGTGGAAACAGAGATTCTTGCTTTCTTTATCTTTCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 
0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ25JQ U 1
AF RR3CN85JQ U 7
AF RR3CN85TF C 456
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BS 42 42 RR3CN85JQ
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BS 827 1198 RR3CN85TF

RD RR3CJ25JQ 829 0 0
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GACTTGATAGATAACACAACAGACGAGAATTCGAAAAGGAGAAAGAGCAGTTTTTTTCAA
TAGCTGTCGATGTCAGTTTCAGGCCTTCTCAGGAAGTAACGCAGACAGTTCACCAACACC
TCTGACAAGGAGCTGTTTAGCGCTTGCCCTTGGTAGCTTACGTGAAATTTGTCTTTCGCA
ACCAGACCTTCAGTGTCTATCTCTGCGGATTCCACTTCTATGTTGATATCTGCCATCATT
TTTATCATCTCCACGACCAGACCTGGCCTGTCTGCTGTCTCTATGCATAGCAGGCTCCTC
TTTGGTCCATCTTCTTTCACATGTATGTGAGTCCCGATGTCGACATCAATCTTCTTTTCA
GGAGCCTTTATTCCAAAAGTCTCACCCATTGCAAGTTGCTCACTGCATTCCGGATGGTAT
TTCAAGAGATTGTTGATGATTGTTAACCGAATCTGCTCCAATGAGTCAGGATCTTCCACT
TTCCGACCAGTGTCTTGTTTTGTAATAGAAAATCTAGTCTGTTTAACGGATCCTTCAGTT
GTGACAGTTCCTTTTATTACATCCAATCCCAAATCTTTCAGCGCCTTCATTGTGTCGATG
AGAGCCCCGAGACGATCACCAAAACTGAGTTGAACAATAGTAGCTTCAGGGTCAGCATCC
TGGTCTATCAAAACCATTGGCTTTGGAACCAAGTCCTCCTTCTCATCATCATCTTCCAAT
TTCAGATAAGATGGAGTAGTGGCATCAGTTTTGTTAATTGAAGCAT
ATA

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR3CN85JQ 778 0 0
GAAAAGAGTTAGCATGGTATTATTACGCGTTTCCACATTATATTCAATACACAAGACTTG
ATAGAT**CACAACAGACGAGATTTCGAAAAGGAGAAAGAGCAGTTTTTTTCAATAGCTG
TCGATGTCAGTTTCAGGCCTTCTCAGGAAGTAACGCAGACAGTTCACCAACACCTCTGAC
AAGGAACTGTTTAGCGCTTGCCCTTGGTAGCTTACGTGAAATTTGTCTTTCGCAACCAGA
CCTTCAGTGTCTATCTCTGCGGATTCCACTTCTATGTTGATATCAGCCATCATTTTTATC
ATCTCTAAAACCAGACCTGGCCTGTCTGCTGTCTCTATGCAAAGCAAGCTCCTACTTGGT
CCGTCTCCTTTCACATGTATGAGAGTCCCGATATCGACATCAATCTTCTTTTCAGGAGCC
TTTATTCCGAAAGTCTCACCCATTGCAAGTTGCTCGCTGCATTCCGGATGGTATTTCGAG
AGATTGTTGATGATTGTTAACCGAATCTGCTCCAACGAGTCAGGATCTTCCACTTTCCGA
CCTGTGTCTTGTTTTGTAATAGAAAATCTAGTCTGCTTAACGGATCCTTCAGTTGTGACA
GTTCCTTTTATTACATCCAATCCCAAATCCTTCAGTGCCTTCATAGTGTCGATGAGAGCC
CCGAGACGATCACCAAAACTGAGTTGAACAATAGTAGCTTCAGGGTCAGCATCCTGGTCT
ATCAAAACCATTGGCTTTGGAACCAAGTCCTCCTCCTTATCATCATCTTCCAATTTCA

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3CN85TF 743 0 0
G
TGCTCGCTGCATTCCGGATGGTATTTCGAGAGATTGTTGATGATTGTTAAC*GAATCTGC
TCCAACGAGTCAGGATCTTCCACTTTCCGACCTGTGTCTTGTTTTGTAATAGAAAATCTA
GTCTGCTTAACGGATCCTTCAGTTGTGACAGTTCCTTTTATTACATCCAATCCCAAATCC
TTCAGTGCCTTCATAGTGTCGATGAGAGCCCCGAGACGATCACCAAAACTGAGTTGAACA
ATAGTAGCTTCAGGGTCAGCATCCTGGTCTATCAAAACCATTGGCTTTGGAACCAAGTCC
TCCTCCTTATCATCATCTTCCAATTTCAGATAAGATGGAGTAGTGGCATCAGTTTTGTTA
ATTGAAGCATGTACGCGGTTTTTTGTGCTGCATATCGAATCAAACAAGGATAGATTAGCA
GATGTCAGATAAATCATACAAAGCTGATGATATCACAAACACACACACACACAAGAATCT
GAAACTAGTTCATCTCAAAGAAAACAAAATACGCAAAAGCTAGCCTAACCTTCTCGTGGA
TAGAGGCATTACAGCATGGACGAACTTGTGACGACGATCACTGAAGCAAACATGCGATAG
ATCTGGAGGTGAAATTTGAGCGGGAAAACGAGACTGACAGCTGATGACGGCAGAAGAAGT
AAAATGAGTAACAGAGAAGATAGCATTCAAGAGCGCCATTGAAGTGGAAACAGAGATTCT
TGCTTTCTTTATCTTTCTTCCC

QA 2 743 2 743
DS 



AS 1 4

CO CL2355Contig1 1882 4 14 U
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AGATGTCTAATAAATGTTCAGGTGGTGGTGGTGGGTGTAGTATTGTATGGTTTAGAAGAG
ATCTAAGAGTTGAAGACAATCCAGCTTTAGCAGCAGCTGTAAGAGCTGGACCTGTAATTG
CTGTGTTTGTATGGGCACCAGAGGAAGAAGGACACTATCAGCCTGGTAGGGTTTCAAGGT
GGTGGCTCAAGAACAGTTTGGCTCAGCTTGATTCTGCGCTTAGAAGCCTTGGTACTTGTC
TCATCACCAAGAGATCTACTGATAGTGTTGCTTCTCTTCTTGAAGTTGTTAAATCCACCG
GTGCTTCTCAGATCTTCTTCAACCATTTGTATGATCCCTTATCCTTGGTCCGTGATCATC
GTGCCAAGGACGCTGACAGCGGAAGGGATAGCGGTCAAATCTATTGGTCTCAGGGAATAC
TCTAGGTACATAAGCTTCAACCATCCCTACTCTCATGAAAGACCACTCCTCGGCCATCTT
AAGTTCTTCCCTTGGGCTGTTGATGAGAACTACTTCAAGGCGTGGAGGCAAGGCCGGACC
GGGTACCCCTTGGTCGATGCTGGGATGAGAGAGTTATGGGCTACTGGTTGGTTGCATGAT
CGCATAAGAGTAGTTGTTTCAAGCTTCTTTGTGAAAGTGCTTCAACTGCCGTGGAGATGG
GGGATGAAGTATTTCTGGGACACACTTCTTGATGCAGATTTAGAGAGTGATGCTCTTGGC
TGGCAGTACATTACCGGTACTCTCCCGGATAGCCGGGAGTTTGACCGGATAGACAACCCT
CAGTTCGAAGGATACAAGTTTGATCCAAACGGTGAATACGTAAGGAGATGGCTCCCTGAA
CTTTCGAGACTCCCCACAGAGTGGATACATCATCCGTGGAACGCACCTGAGTCCGTGCTT
CAAGCTGCTGGTATTGAGCTCGGATCAAACTATCCTCGACCAATTGTTGGATTAGATGAA
GCGAAAGCACGGCTTCACGAAGCGCTTTCGCAGATGTGGCAACTAGAAGCTGCCGCAAGA
GCTGCGATAGAGAACGGATCGGAGGAAGGGCTTGGAGATTCTACTGAGTTTGAGGAAGCT
CCTATCGAGTTCCCTAGAGACATCACGATGGAAGAGACTGAACCAACCAGACTCAATCCA
GTCAGGAGATATGAGGATCAAATGGTTCCAAGCATTACTACTTCTTTGATCAGACCTGAA
GAAGATGAAGAGTCGTCTCTGAATGTAAGAAATTCAGTTGGAGATAGCAGAGCAGAGGTT
CCGAGAAACATGGTCAACACCAACCAAGCTCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGCAAGAGCA
GATCCGGTTTCGAACCAAGTCACTGCTATGATTCCAGAATTCAATATTAGAATTGTTGCA
GAAAGCACTGAAGACTCGACGGCAGAATCTTCCAGCAGCAGAAGAAGAGAGAGGGACGGA
GGCATAGTCCCTGAGTGGTCAGGGTACTCTGAACAATTTGCTAGTGAAGAGAATGGGATT
GGAGGAGGAAGTACAACATCTAGCTACTTGCAGAACCACCATGAAATAGTTAACTGGAGA
CGGCTTTCACAAACCGGGTAACAAGGCACAACTGAAGGTGCACAAGGAGAGGGAAGTTCA
TAAGGGCGGTAACTCCAGTTAAACGTGGGTGGACTTGTAAACCAAGTATACATTTGTTAT
GTAATTAATGTATTTCCGGTCATGGAGCTGGAGTGAAACTTTGTAGGAGCTTTATCTGAT
GTACATCTTGTTATGTATCGGGTTTCATCTTGTAATAAAATACTGTATAGTATCTCGATT
GTGGTAATAGACCAAATCTCAT


BQ
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G
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GGGGGATGAAGTATTTCTGGGACACACTTCTTGATGCAGATTTAGAGAGTGATGCTCTTG
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GT

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T

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 4

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TCAGCATATATGGCAGCAAAGCTAATATCCACCGGTTCTCGTCACACTACTTTACCAGAA
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CTCACCATTCTTCTCCAAGATGCTACCGTTTGTGGTCTGCAGATCTTGATCGACGGTCAG
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AAGCCCTTGTGGGAAACTGAAGAGGACGGGACTAAGCCAATATACAGAGACTACACTTAC
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ATAACTCAAAAGTTATTGTAGATTTAGCTGACTAAACTTAGCACTAGTTATCGACG


BQ
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AF RR3EZ32TF U 30
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AF RR3EZ32JQ C 658
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CGATCTCGGCTCGTCCAACAAATCCACCAAGCTTGCTCCCGATTCGGGTTTTT*CAGG*C
ATAAATCACAGAGT
G

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DS 

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TCAGCATATATGGCAGCAAAGCTAATATCCACCGGTTCTCGTCACACTACTTTACCAGAA
AACTATGTTCGGCCACTCTCCGACCGTCCACATCTCTCCGATGTCTCTCCACTTGAAAAT
TTCCCTCTCATCGATCTATCTTCCACAGATCGATCTCGGCTCGTCCAACAAATCCACCAA
GCTTGCTCCCGATTCGGGTTTTTTCAGGTCATAAATCACAGAGTTGGCAAAGAAACAATT
GATGGAATGCTGAGTGTTGCGAACGAGTTCTTTAGCATGTCTATAGAGGAAAAAATGAAG
TTGTACTCGGACGATCCAACGAAGACGACGAGATTATCAACGAGCTTCAATGTGAAAAAA
GAAGAGGTCAACAATTGGAGAGACTATCTTAGACTCCATTGTTATCCTATCAGCAAGTAT
GTCCATGAGTGGCCTTCAAACCCTCCTTCTTTCAAGGAAGTTGTGAGTAGATATAGTGCA
GAAGTAAGAGAACTGGGATTTATAATAGAGGAACTGATATCAGAGAGCTTGGGCTTAGAA
AAA

QA 1 603 1 603
DS 

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GTAAGAGAACTGGGATTTATAATAGAGGAACTGATATCAGAGAGCTTGGGCTTAGAAAAA
GATCACATGAGGAAAGTGCTTGGTGAACAAGGTCAACACATGGCAGTCAACTATTATCCT
CCATGTCCGGAGCCTGAGCTCACTTATGGTTTACCTGCTCATACCGACCCAAATGCCCTC
ACCATTCTTCTCCAAGATGCTACCGTTTGTGGTCTGCAGATCTTGATCGACGGTCAGTGG
TTCGCCGTTAATCCTCATCCTGATGCTTTTGTCATCAACATTGGTGACCAGTTCCAGGCA
TTGAGTAACGGAATATACAAAAGTGTTTGGCATCGAGCAGTAACAAACACCGAAAAACCG
AGACTATCGGTTGCATCATTTCTGTGCCCAGCTGACTGCGCTGTCATAAGCCCGGCAAAG
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CGGCCAGGAGCGGATCCAAAATGAGTTTTAGTGTGTGTGGCACAAAGCTATTTTCTTATA
ACTCAGAAGTTATTGTAG

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GCCCTCACCATTTTTTTCCAAGATGCTACCGTTTGTGGTTTGCAGATCTTGATCGACGGT
CAGTGGTTCGCCGTTAATCCTCATCCTGATGCTTTTGTCATCAACATTGGTGACCAGTTC
CAGGCATTGAGTAACGGAATATACAAAAGTGTTTGGCATCGAGCAGTAACAAACACCGAA
AAACCGAGACTATCGGTTGCATCATTTTTGTGCCCAGCTGACTGCGCTGTCATAAGCCCG
GCAAAGCCCTTGTGGGAAACTGAAGAGGACGGGACTAAGCCAATATACAGAGACTACACT
TACGCAGAGTACTACAAGAAGTTTTGGAGTAGGAATTTGGACCAAGAACATTGCCTTGAG
AACTTTTTAAACGACTAGATACTATACATACATATATGTGTCTCTTTGTATGTGTAGTAG
CAGGTTCGGCCAGGAGCGGATCCAAAATGAGTTTTAGTGTGTGTGGCACAAAGCTATTTT
TTTATAACTCAAAAGTTATTGTAGATTTAGCTGACTAAACTTAGCACTAGTTATCGACG

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DS 



AS 2 4

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ACTCCTGCTGCTGTCACTGCTGCTTGTCCCGGATGATACATACCTGGGAACGCCACGTGA
CCGGCTTGTGCTGGAGCGTAAGTCACGTGTTGACCATGGTGCTGTAAACCGTAGAAAGGG
CTCGGCATATCTCGTCCTGGTCCAGCAATCCAAACAGGTAATGCTTCACTCTGCAGATAA
GAAACTCATTACGATTGGCAGATAAGTAATCTTTCAACTGAGTAAAGAGAGAGAAAAGGG
CAATAGATAGATACCTGTTGCCCTGTTGTGCTGTAGCCGTTGTTCTCCTTCAACTGCAAT
GTGCTGAGATCCTCATTGGAAGTTGAATTCCCAGCTGAAGCAGCAGAATTGGGATTATAT
CCTGCTGGGAGGGAACCATGTGATGGTCCGTAACCACCAGGCATCCAACATGATTTGTAT
TATTCCCAGGCTTGTAATGAGGGAGTGTGTATTTGCCTCCTGTTGCAGCTCCAGGGGGTG
GAGGAGCAGCAGGATATACACTGCTTGCCTGAGGTTGCTGAGCAAATGCACCATTGCTTA
AGAACTGTTGCATCGCCGGGTGAGGTAGATAGAACGGGGAGAAGTAGTGTCCGTATGGCA
TGTAATTCGGTGGATAATGTGACACGTGTAATCCTGGGGGGCGTAGGAAAGGAACAGGCT
GCTGCGTGACAGGTATAGAGTTCTGCATCAGCCCAGCAGGCTGTGTTAACAGTGGAGTTG
GACTAGCAGTCGACAGAATTAAGTTGTTTCCACCCTACAAAGCAAAATGTTTAAGCGTTT
CAGACACAGAAAACCTATAATGTATGTTTGTATCAACTGTTTCCATTTTATCAAGGAAAA
AATGTAGATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ56TF U 1
AF RR3CJ56JQ C 125
BS 1 706 RR3CJ56TF
BS 707 707 RR3CJ56JQ
BS 708 713 RR3CJ56TF
BS 714 714 RR3CJ56JQ
BS 715 732 RR3CJ56TF
BS 733 733 RR3CJ56JQ
BS 734 741 RR3CJ56TF
BS 742 742 RR3CJ56JQ
BS 743 753 RR3CJ56TF
BS 754 754 RR3CJ56JQ
BS 755 759 RR3CJ56TF
BS 760 760 RR3CJ56JQ
BS 761 766 RR3CJ56TF
BS 767 768 RR3CJ56JQ
BS 769 801 RR3CJ56TF
BS 802 910 RR3CJ56JQ

RD RR3CJ56TF 801 0 0
GCAGGTGCAACCATATCAGCTCCAGCAACACCCTGAGACTGTTGCAAGAGCGGATGGTGA
ACTCCTGCTGCTGTCACTGCTGCTTGTCCCGGATGATACATACCTGGGAACGCCACGTGA
CCGGCTTGTGCTGGAGCGTAAGTCACGTGTTGACCATGGTGCTGTAAACCGTAGAAAGGG
CTCGGCATATCTCGTCCTGGTCCAGCAATCCAAACAGGTAATGCTTCACTCTGCAGATAA
GAAACTCATTACGATTGGCAGATAAGTAATCTTTCAACTGAGTAAAGAGAGAGAAAAGGG
CAATAGATAGATACCTGTTGCCCTGTTGTGCTGTAGCCGTTGTTCTCCTTCAACTGCAAT
GTGCTGAGATCCTCATTGGAAGTTGAATTCCCAGCTGAAGCAGCAGAATTGGGATTATAT
CCTGCTGGGAGGGAACCATGTGATGGTCCGTAACCACCAGGCATCCAACATGATTTGTAT
TATTCCCAGGCTTGTAATGAGGGAGTGTGTATTTGCCTCCTGTTGCAGCTCCAGGGGGTG
GAGGAGCAGCAGGATATACACTGCTTGCCTGAGGTTGCTGAGCAAATGCACCATTGCTTA
AGAACTGTTGCATCGCCGGGTGAGGTAGATAGAACGGGGAGAAGTAGTGTCCGTATGGCA
TGTAATTCGGTGGATAATGTGACACGTGTAATCCTGGGGGGCGTAG*AAAGGA*CAGGCT
GCTGCGTGACAG*TATAGAGT*CTGCATCAGCC*AGCAG*CTGTGT**ACAGTGGAGTTG
GACTAGCAGTCGACAGAATTA

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3CJ56JQ 786 0 0
CTTGTGCTGGAGCGTAAGTCACGTGTTGACCATGGTGCTGTAAACCGTAGAAAGGGCTCG
GCATATCTCGTCCTGGTCCAGCAATCCAAACAGGTAATGCTTCACTCTGCAGATAAGAAA
CTCATTACGATTGGCAGATAAGTAATCTTTCAACTGAGTAAAGAGAGAGAAAAGGGCAAT
AGATAGATACCTGTTGCCCTGTTGTGCTGTAGCCGTTGTTCTCCTTCAACTGCAATGTGC
TGAGATCCTCATTGGAAGTTGAATTCCCAGCTGAAGCAGCAGAATTGGGATTATATCCTG
CTGGGAGGGAACCATGTGATGGTCCGTAACCACCAGGCATCCAACATGATTTGTATTATT
CCCAGGCTTGTAATGAGGGAGTGTGTATTTGCCTCCTGTTGCAGCTCCAGGGGGTGGAGG
AGCAGCAGGATATACACTGCTTGCCTGAGGTTGCTGAGCAAATGCACCATTGCTTAAGAA
CTGTTGCATCGCCGGGTGAGGTAGATAGAACGGGGAGAAGTAGTGTCCGTATGGCATGTA
ATTCGGTGGATAATGTGACACGTGTAATCCTGGGGGGCGTAGGAAAGGAACAGGCTGCTG
CGTGACAGGTATAGAGTTCTGCATCAGCCCAGCAGGCTGTGTTACCAGTGGAGTTGGACT
AGCAGTCGACAGAATTAAGTTGTTTCCACCCTACAAAGCAAAATGTTTAAGCGTTTCAGA
CACAGAAAACCTATAATGTATGTTTGTATCAACTGTTTCCATTTTATCAAGGAAAAAATG
TAGATC

QA 1 786 1 786
DS 



CO CL2357Contig2 1058 2 2 U
GTTCTTAAGCAATGGTGCATTTGCTTAAGAACCTCAGGCAAGCAGTGTGTATCCTGCTGC
TCCTCCACCCCCTGGAGCTGCAACAGGAGGCAAATACACACTCCCTCATTACAAGCCTGG
GAATAATACAAATCATGTTGGTATGCCTGGTGGTTACGGACCATCACATGGTTCCCTCCC
AGCAGGATATAATCCCAATTCTGCTGCTTCAGCTGGGAATTCAACTTCCAATGAGGATCT
CAGCACATTGCAGTTGAAGGAGAACAACGGCTACAGCACAACAGGGCAACAGAGTGAAGC
ATTACCTGTTTGGATTGCTGGACCAGGACGAGATATGCCGAGCCCTTTCTACGGTTTACA
GCACCATGGTCAACACGTGACTTACGCTCCAGCACAAGCCGGTCACGTGGCGTTCCCAGG
TATGTATCATCCGGGACAAGCAGCAGTGGCAGCAGCAGGAGTTCACCATCCGCTCTTGCA
ACAGTCTCAGGGTGTTGCTGGAGCTGATATGGTTGCACCTGGGCCTAACGTCTTTCAACA
GCCTCAGCAAACACCGATGAATTGGCCAAGTAATTACTGAAACAGGAAGGAAAAGAAGAT
TTTGGAGGGATTGAACCAGATTATCAGGAAGATACGGTGCGGGTTTTTCGTTGACTGGGG
TGTGTGTGTGTATGCCATCCAACAAATTACCGAAGAAAGGAAACTATGAAGTTGAGCATG
AAGGGATTGACACAGGATGATCATAAAGGATAGGGGAAGAAGGTATTGCTTATTGAATCT
AGTTTTTTTTTTGGTGTTTCTATATCTTTTCATTTTTTGGGTTTTAGCAAAATATTTGCT
TTTTTTAGTTATTTTTAGCTTTTTTGAGCTAAGCCAACAGAACTTTTGCTACCTGAGTCT
GTATTTGAAGACTCTTCCTTCTTTTGTCAGCCTTTTGTGAGAACATGTTCAATATGGAGT
TAACCTGAATTTTTTTTATTTGATATTCAAAATACAAGAAAATATATAGAATGTAATAGT
CTTCCTGAATATTCAAATATTATTGAAGTGTTTTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EY62TF U 1
AF RR3EY62JQ C 353
BS 1 581 RR3EY62TF
BS 582 1058 RR3EY62JQ

RD RR3EY62TF 581 0 0
GTTCTTAAGCAATGGTGCATTTGCTTAAGAACCTCAGGCAAGCAGTGTGTATCCTGCTGC
TCCTCCACCCCCTGGAGCTGCAACAGGAGGCAAATACACACTCCCTCATTACAAGCCTGG
GAATAATACAAATCATGTTGGTATGCCTGGTGGTTACGGACCATCACATGGTTCCCTCCC
AGCAGGATATAATCCCAATTCTGCTGCTTCAGCTGGGAATTCAACTTCCAATGAGGATCT
CAGCACATTGCAGTTGAAGGAGAACAACGGCTACAGCACAACAGGGCAACAGAGTGAAGC
ATTACCTGTTTGGATTGCTGGACCAGGACGAGATATGCCGAGCCCTTTCTACGGTTTACA
GCACCATGGTCAACACGTGACTTACGCTCCAGCACAAGCCGGTCACGTGGCGTTCCCAGG
TATGTATCATCCGGGACAAGCAGCAGTGGCAGCAGCAGGAGTTCACCATCCGCTCTTGCA
ACAGTCTCAGGGTGTTGCTGGAGCTGATATGGTTGCACCTGGGCCTAACGTCTTTCAACA
GCCTCAGCAAACACCGATGAATTGGCCAAGTAATTACTGAA

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3EY62JQ 706 0 0
GGTTTACAGCACCATGGTCAACACGTGACTTACGCTCCAGCACAAGCCGGTCACGTGGCG
TTCCCAGGTATGTATCATCCGGGACAAGCAGCAGTGGCAGCAGCAGGAGTTCACCATCCG
CTCTTGCAACAGTCTCAGGGTGTTGCTGGAGCTGATATGGTTGCACCTGGGCCTAACGTC
TTTCAACAGCCTCAGCAAACACCGATGAATTGGCCAAGTAATTACTGAAACAGGAAGGAA
AAGAAGATTTTGGAGGGATTGAACCAGATTATCAGGAAGATACGGTGCGGGTTTTTCGTT
GACTGGGGTGTGTGTGTGTATGCCATCCAACAAATTACCGAAGAAAGGAAACTATGAAGT
TGAGCATGAAGGGATTGACACAGGATGATCATAAAGGATAGGGGAAGAAGGTATTGCTTA
TTGAATCTAGTTTTTTTTTTGGTGTTTCTATATCTTTTCATTTTTTGGGTTTTAGCAAAA
TATTTGCTTTTTTTAGTTATTTTTAGCTTTTTTGAGCTAAGCCAACAGAACTTTTGCTAC
CTGAGTCTGTATTTGAAGACTCTTCCTTCTTTTGTCAGCCTTTTGTGAGAACATGTTCAA
TATGGAGTTAACCTGAATTTTTTTTATTTGATATTCAAAATACAAGAAAATATATAGAAT
GTAATAGTCTTCCTGAATATTCAAATATTATTGAAGTGTTTTCTTG

QA 1 706 1 706
DS 



AS 2 4

CO CL2358Contig1 697 2 4 U
GCTCCGGTTTCATGAAGAAGGTGTTCATCCTGATTACAGAATCTACTTGCAATGCCTTTT
CAGTGTGTTGGAACCAAGTTCTCTTCATTGCGGGATATACCCATCGCTAGTGTCATATTC
AACACCGGATAAAGAGGCGTATCCACGTCATTCATTGAGCCGTGCAGCATTGATAACAAG
TGGCAGTCCGATATTTTTCTTAGATGCATATACCACTCTGATAGTCTTCTACTCATCAAC
AGCTGACCCGTCACTTCCTTTCCCTCCACCTCAGGACTGTTTATTGAGGAAGAACATTAA
TATGGTGAAGCAAGGAAGGAGCATCACACCAAAACTGATGTTTATTCCAGGAGGGCAGGA
CGATGCTACAGCATTTGAGAACTATCTTATTGAAGAACAAGACGTGGACGGTAGTGGTTT
TGCTAGCGCCATGGGTTTCGTTTCTTTCCTGGAGGATATTTCCCAGAGTGTGGCTGAATA
CATGAAGTAAAAGTAACAAATGACGACTCAGTTACCTTTTTTATACATCTGAAAACACAC
CAAAAAAATCAAATGTATCAAACGTATCCCAGCTTCTTGAGTTTCTACTCTTTTTTGTTG
TAACATTTGCGTAGACTAACATCCCAACTTTTTAAAAAATTGTGGAGTCCCTTGGTCAAA
GGTTCGGTTCAGTTTATTTGGTTATTTCGGATATAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BB67TF U 1
AF RR3BB67JQ C 235
BS 1 560 RR3BB67TF
BS 561 561 RR3BB67JQ
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BS 634 697 RR3BB67JQ

RD RR3BB67TF 633 0 0
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CAGTGTGTTGGAACCAAGTTCTCTTCATTGCGGGATATACCCATCGCTAGTGTCATATTC
AACACCGGATAAAGAGGCGTATCCACGTCATTCATTGAGCCGTGCAGCATTGATAACAAG
TGGCAGTCCGATATTTTTCTTAGATGCATATACCACTCTGATAGTCTTCTACTCATCAAC
AGCTGACCCGTCACTTCCTTTCCCTCCACCTCAGGACTGTTTATTGAGGAAGAACATTAA
TATGGTGAAGCAAGGAAGGAGCATCACACCAAAACTGATGTTTATTCCAGGAGGGCAGGA
CGATGCTACAGCATTTGAGAACTATCTTATTGAAGAACAAGACGTGGACGGTAGTGGTTT
TGCTAGCGCCATGGGTTTCGTTTCTTTCCTGGAGGATATTTCCCAGAGTGTGGCTGAATA
CATGAAGTAAAAGTAACAAATGACGACTCAGTTACCTTTTTTATACATCTGAAAACACAC
CAAAAAAATCAAATGTATCAGACGTATCCCAGCTTCTTGAGTTTCTACTCTTTTTTGTTG
TAACATTTGCGTAGACTAACATCCCAACTTTTT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3BB67JQ 463 0 0
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CATTAATATGGTGAAGCAAGGAAGGAGCATCACACCAAAACTGATGTTTATTCGAGGAGG
GCAGGACGATGGTACAGCATTTGAGAACTATCTTATTGAAGAACAAGACGTGGACGGTAG
TGGTTTTGCTAGCGCCATGGGTTTTGTTTCTTTCCTGGAGGATATTTCCCAGAGTGTGGC
TGAATACATGAAGTAAAAGTAACAAATGATGACTCAGTTACCTTTTTTATACATCTGAAA
ACACACCAAAAAAATCAAATGTATCAAACGTATCCCAGCTTCTTGAGTTTTTACTCTTTT
TTGTTGTAACATTTGCGTAGACTAACATCCCAACTTTTTAAAAAATTGTGGAGTCCCTTG
GTCAAAGGTTCGGTTCAGTTTATTTGGTTATTTCGGATATAAA

QA 1 463 1 463
DS 



CO CL2358Contig2 1240 2 2 U
GTTATGGTCACTTCTTTCCCGATCCACAGTACGAGAATCTTCAACATATCATCTGCTGTG
ATTCATATGCAACATATGCTTATGACTTTGATTTTGCAAATAATACTGGCTTTTCCAGAC
ATGATAGAGAACCACCTGTGGTGCAAATTGCATTCCAGTACACAGTTGTTGTACCTCCCG
AGGGACTGCAAAATTCTGAACTGCCTTCTTCAAGTAGAGGGAAACACGTACTTCAGAGAC
GACTAAGGATCAGAACCATGCAATTTTAAGCTGCCCAAAACATAAATGAGATTTACGCCA
GTGTGGATCATGAAGTCGTTCTCTCATTGCTCGTTCACAAGGTAATTTTAGTGTCTCTAG
AAGATGGAGTCCGAGAAGGTAGGGCGTTGATTCATGATTGGCTAGTAATCCTAACGGCGC
AATACAACGATGCCTATAATCTCGTCCAGTACAAAAACGGGAACAAGTCGATGAGTTCTC
AGATTGACGTCACGTTTTCACAATGTCCCCAACTTGAGCCACTGCCTCGCTTAATCTTTG
CCTTACTCCGTAATCCTCTCCTCCCGTTTCATGAAGAAAGTGCTCATCCTGATTACAGAA
TCTACTTGCAATGCCTTTTCAGTGTGTTGGAACCGAGTTCTCTTCATTGCGGGATATACC
CATCGCTAGTGTCATATTCAACACCGGATAAAGAGGGGTATCCACGTCATTCATTGAGCC
GTGCAGCATTGATAACAAGTGGCAGTCCGATATTTTTTTTAGATGCGTATACCACTTTGA
TAGTTTTCTACTCATCAACAGCTGACCCGTCACTTCCTTTCCCTCCACCTCAGGACTGTT
TATTGAGGAAGGACATTAATATGGTGAAGCAAGGAAGGAGCATCACACCAAAACTGATGT
TTATTCGAGGAGGGCAGGACGATGCTACAGCATTTGAGAACTATCTTATTGAAGAACAAG
ACGTGGACGGTAGCGGTTTTGCTAGCGCCATGGGTTTCGTTTCTTTCCTGGAGGATATTT
CGCAGAGTGTGGTTGAATACATGAAGTAAAAGTAACAAATGACGACTGAGTTACCTTTTT
ATACATCCGAAACACACACACAAAAAAATTCAAATGTATTTCAGCTTGAGTTTTTACTCT
TTTTGTTGTAACATTTGCGTAGACTAACATCCCAACTTTTAAAAAACTTGTCGAGTCCAT
TGCTCAATGGTTCGGTTCAGTTTATTTGGTTATTTCGGAT


BQ
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AF RR3DR50TF U 1
AF RR3DR50JQ C 447
BS 1 691 RR3DR50TF
BS 692 1240 RR3DR50JQ

RD RR3DR50TF 691 0 0
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ATTCATATGCAACATATGCTTATGACTTTGATTTTGCAAATAATACTGGCTTTTCCAGAC
ATGATAGAGAACCACCTGTGGTGCAAATTGCATTCCAGTACACAGTTGTTGTACCTCCCG
AGGGACTGCAAAATTCTGAACTGCCTTCTTCAAGTAGAGGGAAACACGTACTTCAGAGAC
GACTAAGGATCAGAACCATGCAATTTTAAGCTGCCCAAAACATAAATGAGATTTACGCCA
GTGTGGATCATGAAGTCGTTCTCTCATTGCTCGTTCACAAGGTAATTTTAGTGTCTCTAG
AAGATGGAGTCCGAGAAGGTAGGGCGTTGATTCATGATTGGCTAGTAATCCTAACGGCGC
AATACAACGATGCCTATAATCTCGTCCAGTACAAAAACGGGAACAAGTCGATGAGTTCTC
AGATTGACGTCACGTTTTCACAATGTCCCCAACTTGAGCCACTGCCTCGCTTAATCTTTG
CCTTACTCCGTAATCCTCTCCTCCCGTTTCATGAAGAAAGTGCTCATCCTGATTACAGAA
TCTACTTGCAATGCCTTTTCAGTGTGTTGGAACCGAGTTCTCTTCATTGCGGGATATACC
CATCGCTAGTGTCATATTCAACACCGGATAA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3DR50JQ 794 0 0
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CCCCAACTTGAGCCACTGCCTCGCTTAATCTTTGCCTTACTCCGTAATCCTCTCCTCCGG
TTTCATGAAGAAGGTGCTCATCCTGATTACAGAATCTACTTGCAATGCCTTTTCAGTGTG
TTGGAACCGAGTTCTCTTCATTGCGGGATATACCCATCGCTAGTGTCATATTCAACACCG
GATAAAGAGGGGTATCCACGTCATTCATTGAGCCGTGCAGCATTGATAACAAGTGGCAGT
CCGATATTTTTTTTAGATGCGTATACCACTTTGATAGTTTTCTACTCATCAACAGCTGAC
CCGTCACTTCCTTTCCCTCCACCTCAGGACTGTTTATTGAGGAAGGACATTAATATGGTG
AAGCAAGGAAGGAGCATCACACCAAAACTGATGTTTATTCGAGGAGGGCAGGACGATGCT
ACAGCATTTGAGAACTATCTTATTGAAGAACAAGACGTGGACGGTAGCGGTTTTGCTAGC
GCCATGGGTTTCGTTTCTTTCCTGGAGGATATTTCGCAGAGTGTGGTTGAATACATGAAG
TAAAAGTAACAAATGACGACTGAGTTACCTTTTTATACATCCGAAACACACACACAAAAA
AATTCAAATGTATTTCAGCTTGAGTTTTTACTCTTTTTGTTGTAACATTTGCGTAGACTA
ACATCCCAACTTTTAAAAAACTTGTCGAGTCCATTGCTCAATGGTTCGGTTCAGTTTATT
TGGTTATTTCGGAT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 4

CO CL2359Contig1 1111 4 14 U
GACCTGATGCTCCTTACGCCATCACTGAGGAGTTCATGAAGAAGCTGTTTGATGAGTATC
AGATTGATTACATTATCCATGGGGACGATCCTTGCGTTCTTCCCGATGGCACTGATGCTT
ATGCGCTTGCCAAGAAGGCTGGGAGGTACAAGCAGATTAAGCGTACTGAAGGAGTCTCCA
GCACTGATATCGTTGGTCGCATGCTTCTTTGTGTGAGAGAAAGATCTGTTAGTGATAGTA
ATAGTCATTCCTCTTTGCAAAGGCAGTTCAGTCATGGGCATGACAGTCCAAGGTTTAAAG
ACGGAGTTTCTTCTGCTGCTGGTACTCGCGTCTCGCATTTTCTTCCTACTTCACGCAGGA
TTGTTCAGTTCTCTAATGGCAAGGGGCCAGGACCTGATGCACGCATAGTTTACATAGATG
GTGCGTTTGATCTTTTCCATGCTGGCCATGTTGAGATTCTCAGGCGTGCTAGAGAGCTGG
GAGACTTTCTTCTTGTTGGAATACATAATGACCAGACCGTCAGTGCTAAAAGAGGAGCGC
ACCGCCCAATAATGAATCTCCATGAAAGGAGCTTAAGTGTTCTGGCATGCCGCTATGTAG
ATGAGGTGATAATTGGTGCTCCATGGGAAGTATCAAAAGATACGATCACAACATTTGACA
TTAAATGGGTGGTTCATGGGACAGTAGCCGAGAGCGATGACTTTCAAAGGGAGGAAGAGA
ATCCGTATGCAGTACCAATTAGCATGGGGATATTCCAAGTTCTAGATAGCCCTCTTGATA
TCACAACATCAACCATAATCAGGAGGATTGTAGCGAACCATGAAGCCTATCAGAAACGTA
ATTTGAAAAAGGAAGCTAGTGAGAAGAAGTACTACGAGCAGAAGGCTTTTGTGTCTGGCG
ACTGATAGACTCAAAATCTGTAAAAGGTTAGAAGCTTTGCAAGACCCATTTTCTATGTAG
GATGTTTCTGGATGAGACTACATATGACTTTGTCTGTTCTCTAGTTTACAGTTTACATAA
AGAGAGGCATTGATGGTTTTAGCACCAATTTCCTTTCTTTTAGTTTCTTTCACTTTTTTG
GGATGTTTCATTATGTTTTCTTTTTTAACTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH86TF U 40
AF RR3EA66TF U 1
AF RR3EH86JQ C 660
AF RR3F045TF U 482
BS 1 403 RR3EA66TF
BS 404 404 RR3EH86TF
BS 405 571 RR3EA66TF
BS 572 572 RR3EH86TF
BS 573 577 RR3EA66TF
BS 578 578 RR3EH86TF
BS 579 605 RR3EA66TF
BS 606 606 RR3F045TF
BS 607 631 RR3EA66TF
BS 632 632 RR3F045TF
BS 633 670 RR3EA66TF
BS 671 671 RR3F045TF
BS 672 706 RR3EA66TF
BS 707 1111 RR3F045TF

RD RR3EH86TF 557 0 0
AGAAGCTGTTTGATGAGTATCAGATTGATTACATTATCCATGGGGACGATCCTTGCGTTC
TTCCCGATGGCACTGATGCTTATGCGCTTGCCAAGAAGGCTGGGAGGTACAAGCAGATTA
AGCGTACTGAAGGAGTCTCCAGCACTGATATCGTTGGTCGCATGCTTCTTTGTGTGAGAG
AAAGATCTGTTAGTGATAGTAATAGTCATTCCTCTTTGCAAAGGCAGTTCAGTCATGGGC
ATGACAGTCCAAGGTTTAAGGACGGAGTTTCTTCTGCTG***GTACTCGCGTCTCGCATT
TTCTTCCTACTTCACGCAGGATTGTTCAGTTCTCTAATGGCAAGGGGCCAGGACCTGATG
CACGCATAGTTTACATAGATGGTGCGTTTGATCTTTTCCATGCTGGCCATGTTGAGATTC
TCAGGCGTGCTAGAGAGCTTGGAGACTTTCTTCTTGTTGGAATACATAATGACCAGACCG
TCAGTGCTAAAAGAGGAGCGCACCGCCCAATAATGAATCTCCATGAAAGGAGCTTAAGTG
TTCTGGCATGCCGCTAT

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3EA66TF 706 0 0
GACCTGATGCTCCTTACGCCATCACTGAGGAGTTCATGAAGAAGCTGTTTGATGAGTATC
AGATTGATTACATTATCCATGGGGACGATCCTTGCGTTCTTCCCGATGGCACTGATGCTT
ATGCGCTTGCCAAGAAGGCTGGGAGGTACAAGCAGATTAAGCGTACTGAAGGAGTCTCCA
GCACTGATATCGTTGGTCGCATGCTTCTTTGTGTGAGAGAAAGATCTGTTAGTGATAGTA
ATAGTCATTCCTCTTTGCAAAGGCAGTTCAGTCATGGGCATGACAGTCCAAGGTTTAAAG
ACGGAGTTTCTTCTGCTGCTGGTACTCGCGTCTCGCATTTTCTTCCTACTTCACGCAGGA
TTGTTCAGTTCTCTAATGGCAAGGGGCCAGGACCTGATGCACGTATAGTTTACATAGATG
GTGCGTTTGATCTTTTCCATGCTGGCCATGTTGAGATTCTCAGGCGTGCTAGAGAGCTGG
GAGACTTTCTTCTTGTTGGAATACATAATGACCAGACCGTCAGTGCTAAAAGAGGAGCGC
ACCGCCCAATAATGAATCTCCATGAAAGGAGTTTAAGCGTTCTGGCATGCCGCTATGTAG
ATGAG*TGATAATTGGTGCTCCATGGGAAGTGTCAAAAGATACGATCACAACATTTGACA
TTAAATGGGTAGTTCATGGGACAGTAGCCGAGAGCGATGACTTTCA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3EH86JQ 238 0 0
ATTAAATGGGTGGTTCATGGGACAGTAGCCGAGAGCGATGACTTTCAAAGGGAGGAAGAG
AATCCGTATGCAGTACCAATTAGCATGGGGATATTCCAAGTTCTAGATAGCCCTCTTGAT
ATCACAACATCAACCATAATCAGGAGGATTGTAGCGAACCATGAAGCCTATCAGAAACGT
AATTTGAAAAAGGAAGCTAGTGAGAAGAAGTACTACGAGCAGAAGGCTTTTGTGT
TTG

QA 1 235 1 235
DS 

RD RR3F045TF 630 0 0
G
GACTTTCTTCTTGTTGGAATACATAATGACCAGACCGTCAGTGCTAAAAGAGGAGCGCAC
CGCCCAATAATGAATCTCCATGAAAGGAGCTTAAGTGTTCTGGCATGCCGCTATGTAGAT
GAGGTGATAATTGGTGCTCCATGGGAAGTATCAAAAGATACGATCACAACATTTGACATT
AAATGGGTGGTTCATGGGACAGTAGCCGAGAGCGATGACTTTCAAAGGGAGGAAGAGAAT
CCGTATGCAGTACCAATTAGCATGGGGATATTCCAAGTTCTAGATAGCCCTCTTGATATC
ACAACATCAACCATAATCAGGAGGATTGTAGCGAACCATGAAGCCTATCAGAAACGTAAT
TTGAAAAAGGAAGCTAGTGAGAAGAAGTACTACGAGCAGAAGGCTTTTGTGTCTGGCGAC
TGATAGACTCAAAATCTGTAAAAGGTTAGAAGCTTTGCAAGACCCATTTTCTATGTAGGA
TGTTTCTGGATGAGACTACATATGACTTTGTCTGTTCTCTAGTTTACAGTTTACATAAAG
AGAGGCATTGATGGTTTTAGCACCAATTTCCTTTCTTTTAGTTTCTTTCACTTTTTTGGG
ATGTTTCATTATGTTTTCTTTTTTAACTT

QA 2 630 2 630
DS 



AS 1 2

CO CL2360Contig1 908 2 2 U
GGAGAGAGAGAGATGAAATGAGATAAGAATATGCGATGCTGAGCTTCCACTCTCCATCTC
CTTTCTTCTTCTCCGGCTACCAAAACCGGACCACCGCTTCTTACTCTCCTCGTGCATCCA
CCGAACTAACTTCTTCTCCTTCTCCGTCGCTAATCTCTCGCCGTCTCATCCTTCTACGTC
ACGCTCACAGTTCCTGGGACCATCTTTCCCTCAAAGACCATGATCGTCCTCTAACTAAGT
CCGGTCAAGCCGATGCTGCTAAAGTTGCTCAAATCCTCTCCTCACTTGGCTGGCTTCCCC
AACTCATCCTCTCAAGCGACGCGACTCGGACCAAGGAGACGCTGAAGTCAATGCAAGCGC
AAGTCGATGGCTTTATGGAGGCGAATGTACATTTCATCCCTAGCTTCTACTCCATCGCCG
CTATGGACGGCCAAACCGCCGACCATCTTCACCACATCATCTCCAAATACTCATCCCCTG
ACATCACCACTGTCATGTGTATGGGGCATAATAAGGGATGGGAAGAAGCAGCCTCCATGC
TCTCTGGTGCTTCCGTTAAGCTGAAAACTTGCAATGCTGCTTTGCTTCATGCTTTTGGCA
ACTCCTGGGATGATGCTTTCTCTCTGGCTGGACCTGGTGGTTGGAAACTTGAGGGTATTG
TGGCTCCAGATACCACCATTTGTGTTTAAGAGATCCCATAGCTTCAAGTTGGTTTACTTT
CTTTTCCTCTATCCTTTGTAACTTTTGCTACAACACAATATACAAAAGGCTGTGTAGTTT
CATCCTTTCATGTGTCAACTAGTTATGAATGATGATAAACATGTCAAGAGCACAGACTAG
TGCATCTCTTTATTGGATGGTTTGCCTTTGTGTAAGATCCTATAGCATCATAGATATGTT
TCAAATGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F563TF U 1
AF RR3F563JQ C 321
BS 1 581 RR3F563TF
BS 582 908 RR3F563JQ

RD RR3F563TF 583 0 0
GGAGAGAGAGAGATGAAATGAGATAAGAATATGCGATGCTGAGCTTCCACTCTCCATCTC
CTTTCTTCTTCTCCGGCTACCAAAACCGGACCACCGCTTCTTACTCTCCTCGTGCATCCA
CCGAACTAACTTCTTCTCCTTCTCCGTCGCTAATCTCTCGCCGTCTCATCCTTCTACGTC
ACGCTCACAGTTCCTGGGACCATCTTTCCCTCAAAGACCATGATCGTCCTCTAACTAAGT
CCGGTCAAGCCGATGCTGCTAAAGTTGCTCAAATCCTCTCCTCACTTGGCTGGCTTCCCC
AACTCATCCTCTCAAGCGACGCGACTCGGACCAAGGAGACGCTGAAGTCAATGCAAGCGC
AAGTCGATGGCTTTATGGAGGCGAATGTACATTTCATCCCTAGCTTCTACTCCATCGCCG
CTATGGACGGCCAAACCGCCGACCATCTTCACCACATCATCTCCAAATACTCATCCCCTG
ACATCACCACTGTCATGTGTATGGGGCATAATAAGGGATGGGAAGAAGCAGCCTCCATGC
TCTCTGGTGCTTCCGTTAAGCTGAAAACTTGCAATGCTGCT
TT

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3F563JQ 588 0 0
GCGA
CTCGGACCAAGGAGACGCTGAAGTCAATGCAAGCGCAAGTCGATGGCTTTATGGAGGCGA
ATGTACATTTCATCCCTAGCTTCTACTCCATCGCCGCTATGGACGGCCAAACCGCCGACC
ATCTTCACCACATCATCTCCAAATACTCATCCCCTGACATCACCACTGTCATGTGTATGG
GGCATAATAAGGGATGGGAAGAAGCAGCCTCCATGCTCTCTGGTGCTTCCGTTAAGCTGA
AAACTTGCAATGCTGCTTTGCTTCATGCTTTTGGCAACTCCTGGGATGATGCTTTCTCTC
TGGCTGGACCTGGTGGTTGGAAACTTGAGGGTATTGTGGCTCCAGATACCACCATTTGTG
TTTAAGAGATCCCATAGCTTCAAGTTGGTTTACTTTCTTTTCCTCTATCCTTTGTAACTT
TTGCTACAACACAATATACAAAAGGCTGTGTAGTTTCATCCTTTCATGTGTCAACTAGTT
ATGAATGATGATAAACATGTCAAGAGCACAGACTAGTGCATCTCTTTATTGGATGGTTTG
CCTTTGTGTAAGATCCTATAGCATCATAGATATGTTTCAAATGC

QA 5 588 5 588
DS 



AS 1 4

CO CL2361Contig1 1129 4 10 U
GATCACAGAAGGAATACAATCGATTTACTTTTGATCAACAAAAGCATTTAACTTTAGAAT
GACCTCTTTGCCTTAATTTTACAAACGTTTAGGTATTGCAGGACTTTGGTATATGCAAAA
ATATATCAAAGATCAAACTAAAGGACAGACTCCAAACCTCCCTCACAATTGTCTTTGTTT
TGTTTTAAGTTTTCTATACAGTGCGTTTTCCCTTCGATCTTTTGCTTCTCCTTTGGCCAA
CGTCAGGCAATGGCTTGCTTGTGCTCGAAGCTAACGCTCCTTCACGAACCTCTTCTTCCT
CATCGTCGGACCCTTCTTCTGATTCAAACTGAGATTCGAGGAGTTCAACTGTATCTTTCG
CAACGGCCTTGTTCTTCTTGCTGCGCTTCTCTTGCTCTTTTAATTGTCTAAATCTTTCGC
CAGCATCATCAGGCTGAGCAATAGATCTCTTTGCCCGTCCCGCAGTTATTACTCCGCTTG
CGTTTTCATTGACTGCAGGCGCTGCGCCACCTAGTTTACGCAGCCAAACTTGTTGGGCGG
TGCTAAGCACATTGTTTGTGAACCAGTATATAGATAATCCTGATGGGACAGACAATGCAA
AGTAGCCAATCATGAGTGGAAGAAACTTGAAAACAAGAAGTGTGTTCTTCTGCGCAGGAT
CGTCTGTTTGAGGAGGCTTCATAATCTCCATTGACACATACTGGGAGACAATGAGGAGAA
CAGGCAAGACAAGATACGCAGCGGTGTCACCCCATCCCAACGGTGGACGCCCGTCCACAA
AAGGGAAAAGCCATGAGACGCCAGATCCACTCTGGCGAGCAGCTATACTTGTTGGTCCAC
CAAGAGATGAATCCAAAAGAAACCTTCTGTAAATAGTCCCTCGTTGGCCACGTTGGAGAG
AGCTTGGTATAGACCAATCCAAACAGGTATGGTAGCTAAAGTTGGCAAGCAACCTGCCAA
TGGATTGACACCAGCTTGTTTATACAAGCGTGACGTCTCTAGTTGTATTCTCTCCTGATT
GCCTGCGTAACGTTGTTGAATGGCTTTAATCTTCGGTTGGAGATTTTGCATCGCCATCGT
TGATTCAACCTGTTGCTTTGTCAAAGGATAGGTAACTGCCTTGACGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AT41JQ U 33
AF RR3EP41JQ U 1
AF RR3EP41TF C 454
AF RR3AT41TF C 421
BS 1 210 RR3EP41JQ
BS 211 211 RR3AT41JQ
BS 212 326 RR3EP41JQ
BS 327 327 RR3AT41JQ
BS 328 619 RR3EP41JQ
BS 620 661 RR3AT41TF
BS 662 662 RR3EP41TF
BS 663 741 RR3AT41TF
BS 742 742 RR3EP41TF
BS 743 1129 RR3AT41TF

RD RR3AT41JQ 299 0 0
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GTATTGCAGGACTTTGGTATATGCAAAAATATATCAAAGATCAAACTAAAGGACAGACTC
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TTCGATCTTTTGCTTCTCCTTTGGCCAACGTCAGGCAATGGCTTGCTTGTGCTCGAAGCT
AACGTTCCTTCACGAACCTCTTCTTCCTCATCGTCGGACCCTTCTTCTGATTCAAACTG

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR3EP41JQ 619 0 0
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GACCTCTTTGCCTTAATTTTACAAACGTTTAGGTATTGCAGGACTTTGGTATATGCAAAA
ATATATCAAAGATCAAACTAAAGGACAGACTCCAAACCTCCCTCACAATTGTCTTTGTTT
TGTTTTAAGTTTTCTATACAGTGCGTTTTCGCTTCGATCTTTTGCTTCTCCTTTGGCCAA
CGTCAGGCAATGGCTTGCTTGTGCTCGAAGCTAACGCTCCTTCACGAACCTCTTCTTCCT
CATCGTCGGACCCTTCTTCTGATTCAGACTGAGATTCGAGGAGTTCAACTGTATCTTTCG
CAACGGCCTTGTTCTTCTTGCTGCGCTTCTCTTGCTCTTTTAATTGTCTAAATCTTTCGC
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AGTAGCCAATCATGAGTGG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3EP41TF 296 0 0
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GTTTACGCAGCCAAACTTGTTGGGCGGTGCTAAGCACATTGTTTGTGAACCAGTATATAG
ATAATCCTGATGGGACAGACAATGCAAAGTAGCCAATCATGAGTGGAAGAAACTTGAAAA
CAAGAAGTGTGTTCTTCTGCGCAGGATCGTCTGTTTGAGGAGGCTTCATAATCTCCATTG
ACACATGCTGGGAGACAATGAGGAGAACAGGCAAGACAAGATACGCAGCGGTGTC
C

QA 1 295 1 295
DS 

RD RR3AT41TF 709 0 0
CAGCATCATCAGGCTGAGCAATAGATCTCTTTGCCCGTCCCGCAGTTATTATTCCGCTTG
CGTTTTCATTGACTGCAGGCGCTGCGCCACCTAGTTTACGCAGCCAAACTTGTTGGGCGG
TGCTAAGCACATTGTTTGTGAACCAGTATATAGATAATCCTGATGGGACAGACAATGCAA
AGTAGCCAATCATGAGTGGAAGAAACTTGAAAACAAGAAGTGTGTTCTTCTGCGCAGGAT
C*TCTGTTTGAGGAGGCTTCATAATCTCCATTGACACATACTGGGAGACAATGAGGAGAA
CAGGCAAGACAAGATACGCAGTGGTGTCACCCCATCCCAACGGTGGACGCCCGTCCACAA
AAGGGAAAAGCCATGAGACGCCAGATCCACTCTGGCGAGCAGCTATACTTGTTGGTCCAC
CAAGAGATGAATCCAAAAGAAACCTTCTGTAAATAGTCCCTCGTTGGCCACGTTGGAGAG
AGCTTGGTATAGACCAATCCAAACAGGTATGGTAGCTAAAGTTGGCAAGCAACCTGCCAA
TGGATTGACACCAGCTTGTTTATACAAGCGTGACGTCTCTAGTTGTATTCTCTCCTGATT
GCCTGCGTAACGTTGTTGAATGGCTTTAATCTTCGGTTGGAGATTTTGCATCGCCATCGT
TGATTCAACCTGTTGCTTTGTCAAAGGATAGGTAACTGCCTTGACGATC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 2 4

CO CL2362Contig1 780 2 29 U
GGATTTTCCAATAGCTTTCTTATCAAAGTCTCTCACAGAATAAACCCAAAAATTAAGAAC
ACCATGAATGCTTTGGCAGCAACCAACAGAAACTTCAAGCTAGCTTCTAGGCTGCTTGGT
TTGGACTCAAAGCTTGAGAAAAGTCTTCTCATTCCCTTCAGAGAAATCAAGGTGGAATGT
ACCATACCGAAAGACGATGGAACTCTTGCATCATTCATAGGATTCAGAGTCCAACATGAC
AACGCAAGAGGTCCCATGAAAGGTGGCATCAGATATCATCCAGAGGTAGAACCGGATGAA
GTAAACGCTTTGGCACAACTCATGACATGGAAAACCGCAGTGGCTAAGATACCTTACGGT
GGAGCCAAAGGAGGCATTGGTTGTGACCCAAGCGAGCTAAGCATCTCAGAGCTTGAACGT
TTGACTCGAGTTTTCACACAGAAGATCCATGATCTAATTGGGATTCATACCGATGTTCCA
GCGCCTGACATGGGAACCGGTCCTCAGACAATGGCGTGGATGCTTGATGAATACTCAAAG
TTCCACGGACACTCTCCTGCTGTTGTGACAGGAAAACCCATCGATCTTGGTGGATCTCTG
GGGGAGAGATGCTGCTACAGGAAGAGGAGTGTTGTTTGCAACAAAAGCTTTACTCAATGA
ACATGGAAAGAGCATATCTGGACAAAGATTCGTCATCCAGGGTTTTGGAAATGTAGGTTC
TTGGGCGGCAAAGTTGATAAATGAAAAGTGGGAGATTGTAGCAGTGAGCGACGTCACAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D666TF U 1
AF RR3DL81TF U 143
BS 1 218 RR3D666TF
BS 219 219 RR3DL81TF
BS 220 314 RR3D666TF
BS 315 315 RR3DL81TF
BS 316 335 RR3D666TF
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BS 388 400 RR3D666TF
BS 401 401 RR3DL81TF
BS 402 455 RR3D666TF
BS 456 456 RR3DL81TF
BS 457 545 RR3D666TF
BS 546 546 RR3DL81TF
BS 547 606 RR3D666TF
BS 607 607 RR3DL81TF
BS 608 643 RR3D666TF
BS 644 644 RR3DL81TF
BS 645 685 RR3D666TF
BS 686 686 RR3DL81TF
BS 687 701 RR3D666TF
BS 702 702 RR3DL81TF
BS 703 716 RR3D666TF
BS 717 717 RR3DL81TF
BS 718 729 RR3D666TF
BS 730 730 RR3DL81TF
BS 731 734 RR3D666TF
BS 735 735 RR3DL81TF
BS 736 780 RR3D666TF

RD RR3D666TF 780 0 0
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ACCATGAATGCTTTGGCAGCAACCAACAGAAACTTCAAGCTAGCTTCTAGGCTGCTTGGT
TTGGACTCAAAGCTTGAGAAAAGTCTTCTCATTCCCTTCAGAGAAATCAAGGTGGAATGT
ACCATACCGAAAGACGATGGAACTCTTGCATCATTCATTGGATTCAGAGTCCAACATGAC
AACGCAAGAGGTCCCATGAAAGGTGGCATCAGATATCATCCAGAGGTAGAACCGGATGAA
GTAAACGCTTTGGCTCAACTCATGACATGGAAAACGGCAGTGGCTAAGATACCTTACGGT
GGAGCCAAAGGAGGCATTGGTTGTGATCCAAGCGAGCTAATCATCTCAGAGCTTGAACGT
TTGACTCGAGTTTTCACACAGAAGATCCATGATCTCATTGGGATTCATACCGATGTTCCA
GCGCCTGACATGGGAACCGGTCCTCAGACAATGGCGTGGATGCTTGATGAATACTCAAAG
TTCCATGGACACTCTCCTGCTGTTGTGACAGGAAAACCCATCGATCTTGGTGGATCTCTG
GGGGAGGGATGCTGCTACAGGAAGAGGAGTGTTGTTTGCAACAGAAGCTTTACTCAATGA
ACATGGAAAGAGCATATCTGGACAACGATTCGTCATCCAGG*TTTTGGAAATGTAG*TTC
TTGGGCGGCTAAGT*GATAAATGAAAAGTGGGAGATTGTAGCAGTGAGCGACGTCACAGA

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3DL81TF 602 0 0
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CTCTTGCATCATTCATAGGATTCAGAGTCCAACATGACAACGCAAGAGGTCCCATGAAAG
GTGGCATCAGATATCATCCAGAGGTGGAACCGGATGAAGTAAACGCTTTGGCACAACTCA
TGACATGGAAAACCGCAGTGGCTAAGATACCTTATGGTGGAGCCAAAGGAGGTATTGGTT
GTGACCCGAGCGAGTTAAGCATCTCAGAGCTTGAACGTTTGACTCGAGTTTTCACACAGA
AGATCCATGATCTAATTGGGATTCATACCGATGTTCCAGCTCCTGATATGGGAACCGGTC
CTCAGACAATGGCGTGGATGCTTGATGAATACTCGAAGTTCCACGGACACTCTCCTGCTG
TTGTGACAGGAAAACCCATTGATCTTGGTGGATCTCTTGGG*AGAGATGCTGCTACAGGA
AGAGGAGTGTTGTTTGCAACAAAAGCTTTACTCAATGAACATGGAAAGAGCATATCTGGA
CAGAGATTCGTCATCCAGGGTTTTGGAAATGTGGGTTCTTGGGCGGCAAAGTTGATAAAT
GA

QA 1 602 1 602
DS 



CO CL2362Contig2 901 2 6 U
ATATACTTCTTGCAATCATTTTACAAATTGGTGATATTCTATTTGCAATGTTATCAATGA
GACTTTGTTTTCCCACATTATCAACTTTGGTTTAATCAATGGAGTAAAAAAATTGCTTCT
AATAAGCTTCTATTGATAGAAAAATCGAAAGATTACATTGCAGTTTTATTATTGTGAATG
AACTTGCATGAAACAGAAGGGATTATATGAGTTATTGTTATTGAAGTTGCATGAATATTT
TAAGATCCCCAACCTCTGATAACTGTAGCTTGAGCCACACGGTTGACACCGAGGGTGAAA
GATCCCATACGGAGATCACAAGAGTGTGTCTTGCACATCTCTTTCAAGTCTTTGAAGCCG
CGAGTCATGTAGTTTTGTAGCTCCTTGTTCACCCTTTCCTCTTCCCACATGAATCCTTGT
ATGTTCTGAACCCACTCGAAGTAACTTACTGTAACTCCTCAGGAGTTTGCGTATATATCT
GGGAGTATCACAACACCTTTCTTCTTCAATATCTCGTCAGCCTCAGGATCAGTTGGGTGA
TTAGCACCTTCTATGATGAATTTTGCTTTAATCTCATTCGCATTTTCCCTGTTGATGACG
CCTCCTAGGGCTGCAGGGACAAGGACATCACAATCTTCAACAAGAACTGAATCAGGATCT
ATAGAATCAGCACCATCAAACCCTTTGATTCCTCTGTTTTCTTCAGTGTGCTCGAGCAAA
CCAGAGATATTGATACCGTTCTTGTTCTTGATTGCTCCTGTGACGTCGCTCACTGCTACA
ATCTTCCCACCTTTTTCATTTATCAACTTAGCCGCCCAAGAACCTACATTTCCAAAACCC
TGGATGACGAATCGTTGTCCAGATATGCTCTTTCCATGTTCATTGAGTAAGCTTCTGTTG
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3FP87JQ U 1
AF RR3D666JQ U 106
BS 1 301 RR3FP87JQ
BS 302 302 RR3D666JQ
BS 303 460 RR3FP87JQ
BS 461 461 RR3D666JQ
BS 462 685 RR3FP87JQ
BS 686 901 RR3D666JQ

RD RR3FP87JQ 685 0 0
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GACTTTGTTTTCCCACATTATCAACTTTGGTTTAATCAATGGAGTAAAAAAATTGCTTCT
AATAAGCTTCTATTGATAGAAAAATCGAAAGATTACATTGCAGTTTTATTATTGTGAATG
AACTTGCATGAAACAGAAGGGATTATATGAGTTATTGTTATTGAAGTTGCATGAATATTT
TAAGATCCCCAACCTCTGATAACTGTAGCTTGAGCCACACGGTTGACACCGAGGGTGAAA
GCTCCCATACGGAGATCACAAGAGTGTGTCTTGCACATCTCTTTCAAGTCTTTGAAGCCG
CGAGTCATGTAGTTTTGTAGCTCCTTGTTCACCCTTTCCTCTTCCCACATGAATCCTTGT
ATGTTCTGAACCCACTCGAAGTAACTTACTGTAACTCCTCCGGAGTTTGCGTATATATCT
GGGAGTATCACAACACCTTTCTTCTTCAATATCTCGTCAGCCTCAGGATCAGTTGGGTGA
TTAGCACCTTCTATGATGAATTTTGCTTTAATCTCATTCGCATTTTCCCTGTTGATGACG
CCTCCTAGGGCTGCAGGGACAAGGACATCACAATCTTCAACAAGAACTGAATCAGGATCT
ATAGAATCAGCACCATCAAACCCTT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3D666JQ 796 0 0
AG
AAAAATTGCTTCTAATAAGCTTCTATTGATAGAAAAATCGAAAGATTACATTGCAGTTTT
ATTATTGTGAATGAACTTGCATGAAACAGAAGGGATTATATGAGTTATTGTTATTGAAGT
TGCATGAATATTTTAAGATCCCCAACCTCTGATAACTGTAGCTTGAGCCACACGGTTGAC
ACCGAGGGTGAAAGATCCCATACGGAGATCACAAGAGTGTGTCTTGCACATCTCTTTCAA
GTCTTTGAAGCCGCGAGTCATGTAGTTTTGTAGCTCCTTGTTCACCCTTTCCTCTTCCCA
CATGAATCCTTGTATGTTCTGAACCCACTCGAAGTAACTTACTGTAACTCCTCAGGAGTT
TGCGTATATATCTGGGAGTATCACAACACCTTTCTTCTTCAATATCTCGTCAGCCTCAGG
ATCAGTTGGGTGATTAGCACCT*CTATGATGAATTTTGCTTTAATCTCATTCGCATTTTC
CCTGTTGATGACGCCTCCTAGGGCTGCAGGGACAAGGACATCACAATCTTCAACAAGAAC
TGAATCAGGATCTATAGAATCAGCACCATCAAACCCTTTGATTCCTCTGTTTTCTTCAGT
GTGCTCGAGCAAACCAGAGATATTGATACCGTTCTTGTTCTTGATTGCTCCTGTGACGTC
GCTCACTGCTACAATCTTCCCACCTTTTTCATTTATCAACTTAGCCGCCCAAGAACCTAC
ATTTCCAAAACCCTGGATGACGAATCGTTGTCCAGATATGCTCTTTCCATGTTCATTGAG
TAAGCTTCTGTTGC

QA 3 796 3 796
DS 



AS 1 4

CO CL2363Contig1 264 4 1 U
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ATCTGGAAGAGTGTCTTGAGTTATAAAACAGGATTATATGTAATACTCCATTTACGTACT
GGTTTAATGGTCATAGCATTGGTTCTTCGGTACTTTTAAGCTGCTGCCATTAATTTAGAT
CATGAGTTTTTTTACATTTCTTAGATCATTTGTGTTTGTCACGTGAAAATGAAGTTTCTT
TGAGATAAAGGTTGTTCTGTGCCG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3AO15JQ C 1
AF RR3DN54JQ C 1
AF RR3AO15TF U 1
AF RR3DN54TF U 1
BS 1 264 RR3AO15TF

RD RR3AO15JQ 264 0 0
GACCGTCAATTGAATTGTGACTAGATGATGATTATTCATGAACCATAAATAATTACTGTA
ATCTGGAAGAGTGTCTTGAGTTATAAAACAGGATTATATGTAATACTCCATTTACGTACT
GGTTTAATGGTCATAGCATTGGTTCTTCGGTACTTTTAAGCTGCTGCCATTAATTTAGAT
CATGAGTTTTTTTACATTTCTTAGATCATTTGTGTTTGTCACGTGAAAATGAAGTTTCTT
TGAGATAAAGGTTGTTCTGTGCCG

QA 1 264 1 264
DS 

RD RR3DN54JQ 264 0 0
GACCGTCAATTGAATTGTGACTAGATGATGATTATTCATGAACCATAAATAATTACTGTA
ATCTGGAAGAGTGTCTTGAGTTATAAAACAGGATTATATGTAATACTCCATTTACGTACT
GGTTTAATGGTCATAGCATTGGTTCTTCGGTACTTTTAAGCTGCTGCCATTAATTTAGAT
CATGAGTTTTTTTACATTTCTTAGATCATTTGTGTTTGTCACGTGAAAATGAAGTTTCTT
TGAGATAAAGGTTGTTCTGTGCCG

QA 1 264 1 264
DS 

RD RR3AO15TF 264 0 0
GACCGTCAATTGAATTGTGACTAGATGATGATTATTCATGAACCATAAATAATTACTGTA
ATCTGGAAGAGTGTCTTGAGTTATAAAACAGGATTATATGTAATACTCCATTTACGTACT
GGTTTAATGGTCATAGCATTGGTTCTTCGGTACTTTTAAGCTGCTGCCATTAATTTAGAT
CATGAGTTTTTTTACATTTCTTAGATCATTTGTGTTTGTCACGTGAAAATGAAGTTTCTT
TGAGATAAAGGTTGTTCTGTGCCG

QA 1 264 1 264
DS 

RD RR3DN54TF 264 0 0
GACCGTCAATTGAATTGTGACTAGATGATGATTATTCATGAACCATAAATAATTACTGTA
ATCTGGAAGAGTGTCTTGAGTTATAAAACAGGATTATATGTAATACTCCATTTACGTACT
GGTTTAATGGTCATAGCATTGGTTCTTCGGTACTTTTAAGCTGCTGCCATTAATTTAGAT
CATGAGTTTTTTTACATTTCTTAGATCATTTGTGTTTGTCACGTGAAAATGAAGTTTCTT
TGAGATAAAGGTTGTTCTGTGCCG

QA 1 264 1 264
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2365Contig1 987 4 10 U
GGACAAGCAACCATAGATTTTGTACCGTTAGTTGTAGCAGGAGAACATCTTCTTCCACCA
CGGAACATCGAACCAAATCCGTCTACGGCTTTTACGCGGGCCTGACTGTATGTAAATCAA
TATGCTTTGGATTAAACGTTTCTGCTTCGTTATGACTATCGTTTCTGCTGCTGCTCCGCT
TACGGAATTGGAATCCGCCTTAAATTCGTTAATTGAAGTCTATCATAAGTATTCTAATAC
AAGTACCAACCTCATTGACCATCAAGGAATAGAGTTACTTTGCTCCGATTTGGATGTCTC
TCCTACTGATGTCCGAATCTTGATGCTTGCTTGGAAAATGAAAGCTGAGAAACAAGGTTA
CTTTACACAGGAGGAGTGGACAAGAGGCCTTCTGGCTTTAAGAGCTTATACACTCAGTGA
ATTGAAGAATGCCCTTCCCGAGCTCGAGAAAGATGTTAGGATGCAATCAAATTTCGCAGA
TTTCTATGCTTATGCCTTTACCTATTCTTTAACAGAGGAAAAACAGGGGAGCATTGACAT
AGAGACTATATGTCAACTCCTAGATACGGTCATGGGATCTACATTCCGACCCCAAGTTGA
CTACTTTATCGACTACTTAAAGATCCAAAACGAGTACAAAGTCATAAACATGGATCAATG
GATGGGCTTTTATAGGTTCTGCAATGAGATAAGTTTCCCGGACATGACGGAGTACAACCC
AGGGCTTGCATGGCCGTTGGTTCTCAACAGCTTTGTGGAGGGGATTCGTGAAAAACAAGC
TTGAAAGCTTAACACACTGGTCCTCAGGTCTTTGCAGTATCGTTTGGCTCAACAAACAGA
TTCAGCAAAATTTTATTTCAGTTCTCATCCTTCATAACTTTATTAGAAAGATACATAATA
TATGACACGTGTGTTACATGTGAATTGTGATCAACTTCGATAGAGGGGATACACTACACA
TTATTATTATTACGTTTGAAATATCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
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AF RR3FF08TF U 1
AF RR3F425TF U 3
AF RR3F425JQ C 490
AF RR3FF08JQ C 488
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BS 903 987 RR3FF08JQ

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CGGAACATCGAACCAAATCCGTCTACGGCTTTTACGCGGGCCTGACTGTATGTAAATCAA
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TACGGAATTGGAATCCGCCTTAAATTCGTTAATTGAAGTCTATCATAAGTATTCTAATAC
AAGTACCAACCTCATTGACCATCAAGGAATAGAGTTACTTTGCTCCGATTTGGATGTCTC
TCCTACTGATGTCCGAATCTTGATGCTTGCTTGGAAAATGAAAGCTGAGAAACAAGGTTA
CTTTACACAGGAGGAGTGGACAAGAGGCCTTCTGGCTTTAAGAGCTTATACACTCAGTGA
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CTACTTTATCGACTACTTAAAGATCCAAAACGAGTACAAAGTCATAAACATGGATCAATG
GATGGGCTTTTATAG
GTCT

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DS 

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GGAG
GCAACCATAGATTTTGTACTGTTAGTTGTAGCAGGAGAACATCTTCTTCCACCACGGAAC
ATCGAACCAAATCCGTCTACGGCTTTTACGCGGGCCTGACTGTATGTAAATCAATATGCT
TTGGATTAAACGTTTCTGCTTCGTTATGACTATCGTTTCTGCTGCTGCTCCGCTTACGGA
ATTGGAATCCGCCTTAAATTCGTTAATTGAAGTCTATCATAAGTATTCTAATACAAGTAC
CAACCTCATTGACCATCAAGGAATAGAGTTACTTTGCTCCGATTTGGATGTCTCTCCTAC
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ACAGGAGGAGTGGACAAGAGGCCTTCTGGCTTTAAGAGCTTATACACTCAGTGAATTGAA
GAATGCCCTTCCCGAGCTCGAGAAAGATGTTAGGATGCAATCAAATTTCGCAGATTTCTA
TGCTTATGCCTTTACCTATTCTTTAACAGAGGAAAAACAGGGGAGCATTGACATAGAGAC
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TATCGACTACTTAAAGATCCAAAACGAGTACAAAGTCATAAACATGGATCAATGGATGGG
CTTTTATAG*TTCTGCAATGAGATAAGTTTCCCGGACATGACGGAGTACAAC

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ATGGCCGTTGGTTCTCAACAGCTTTGTGGAGTGGATTCGTGAAAAACAAGCTTGAAAGCT
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TGTGTTACATGTGAATTGTGATCAACTTCGATA

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DS 

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GC
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ATGTCAACTCCTAGATACGGTCATGGGATTTACATTCCGACCCCAAGTTGACTACTTTAT
CGACTACTTAAAGATCCAAAACGAGTACAAAGTCATAAACATGGATCAATGGATGGGCTT
TTATAGGTTTTGCAATGAGATAAGTTTCCCGGACATGACGGAGTACAACCCAGGGCTTGC
ATGGCCGTTGGTTTTCAACAGCTTTGTGGAGGGGATTCGTGAAAAACAAGCTTGAAAGCT
TAACACACTGGTCCTCAGGTCTTTGCAGTATCGTTTGGCTCAACAAACAGATTCAGCAAA
ATTTTATTTCAGTTTTCATCCTTCATAACTTTATTAGAAAGATACATAATATGTGACACG
TGTGTTACATGTGAATTGTGATCAACTTCGATAGAGGGGATACACTACACATTATTATTA
TTACGTTTGAAATATCGT

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DS 



AS 1 3

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TGTGAAACCTCTTCTCCATCCATCTATGGCGGCGACACCGAGTGAGGAAGCAATCAACAC
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ATGTGATCTTCATCGAGCTGTGAATGCATTTTTCAACGAGGCTTGTCAAAATTCAGTACC
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GGGTCCACCTACCCAAGGGACCGTTACTATAGATGAAGAGAGTGATGATGATAATGTTCC
TATTGCACCAACAAGAAGAGGAAGTAGGCAAGTTATACATGCACCCAGTAATGTTCAAGA
TTACAATGATATTGAAGAAGAGATGATTCAAGCTGCCATTGAGGCCTCTAAAGTGGATGT
TGAGGGGTTAAGTAATCCTTTACCTGTTGAGAGGCCGCCGTCTCACATTGGAGATGATGA
TGACGTAGCAAAAGCTGTCACAGTGCAGTCAGCTGAGGAACAAGTGTTGCGCAATCAAGG
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GGCAGCACCTACCTTACCATTTGAGGATGAGTCCGATGACGATGATGAGGAACCTCTTGT
TAGACACAGGCCATACGTGTGGCATCTGGATCTCTGGCCCAACCTGATGCTGATCGTTCC
CGGAGCAGGAGTCCTCAAGGAGATACTCAAGCGGACAATGGCAATAGGTTTCCTTCTGAG
TGGGGTGGCATTTCGTCTGAGGAACATGATGAAGCTGTAATGCTCGAGGCAGCCATGTTT
GGTGGAATTCCCGAAACTGGATATAATCATCTCCCATTCTTACCTCCTCAGCACAGGGCA
CCACCCTCACCTTCATTGACTGCTCAGAGGTTGATACGTGAACAGCAGGATGATGAGTAT
CTTGCATCCCTGCAAGCTGACCGAGATAGAGAACTACAATCCATTAGAGATGCCGAGGCA
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GAGGAGGAAAAGGAGCTAGAGAGGCAACTAGATGCCAAAAAAGCGTCTCTACCTAAGGAA
CCACAAGCAGACGAAGAAAATGCTATTACCCTTCTAGTCAGGATGCCAGATGGAACTAGA
CATGGCCGCCGATTCCTTAAATCGGACAAACTCCAATCTCTTTTCGACTTCATAGACATA
GCCAGAGTGGTGAAACCCAATACATACCGACTGGTGAGACCTTACCCTCGGCATGCGTTT
GGGGATCGGGAAAGTGAGTCGACTCTGAATGATCTTGGTTTGAGCAGCAAACAAGAAGCG
TTATTTCTCGAGCTCATCTGACTTAAAAATTTTAGCTCTTAAAATATATCACACACTTCT
TGCACTCGTCTTTTTTCTTTCAAGTTATTTTTTTCATTTTTCTTTCTATAAAAGAAAAAA
AAATTGTTTGGTGTTCTTATAAAGTAAACATACAATCGTCGATTTAGGCGTTTC


BQ
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AF RR3GH16TF U 1
AF RR3C034TF U 488
AF RR3GH16JQ C 879
BS 1 517 RR3GH16TF
BS 518 518 RR3C034TF
BS 519 692 RR3GH16TF
BS 693 693 RR3C034TF
BS 694 727 RR3GH16TF
BS 728 1159 RR3C034TF
BS 1160 1674 RR3GH16JQ

RD RR3GH16TF 727 0 0
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TGTGAAACCTCTTCTCCATCCATCTATGGCGGCGACACCGAGTGAGGAAGCAATCAACAC
TTTCATTAGCATCACGGGCGCTTCAGACTCCGTCGCCGTTCACAAGCTCCAGGAGCATCA
ATGTGATCTTCATCGAGCTGTGAATGCATTTTTCAACGAGGCTTGTCAAAATTCAGTACC
AGTGAGCGTCCCACTAGACGATGCAATGGATATAGATGATGTGACACCCATAGAGGTTAG
GGATAGCAGTGGGCCATCAGAACGATCTATCGACCATGTCACAGAAACAGTACATGTTCA
GGGTCCACCTACCCAAGGGACCGTTACTATAGATGAAGAGAGTGATGATGATAATGTTCC
TATTGCACCAACAAGAAGAGGAAGTAGGCAAGTTATACATGCACCCAGTAATGTTCAAGA
TTACAATGATATTGAAGAAGAGATGATTCAAGCTGCCGTTGAGGCCTCTAAAGTGGATGT
TGAGGGGTTAAGTAATCCTTTACCTGTTGAGAGGCCGCCGTCTCACATTGGAGATGATGA
TGACGTAGCAAAAGCTGTCACAGTGCAGTCAGCTGAGGAACAAGTGTTGCGCAATCAAGG
GTTTAACGCCTCAACCTCGGCTTCTGCTCAAG*ACATACGCAAGCCCTGAATGGAAGATT
GGCAGCA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3C034TF 679 0 0
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TTAAGTAATCCTTTACCTGTTGAGAGGCCGCCGTCTCACATTGGAGATGATGATGACGTA
GCAAAAGCTGTCACAGTGCAGTCAGCTGAGGAACAAGTGTTGCGCAATCAAGGGTTTAAC
GCCTCAACCTCGGCTTCTGCTCAAGGACATACGCAAGCCCTGAATGGAAGATTGGCAGCA
CCTACCTTACCATTTGAGGATGAGTCCGATGACGATGATGAGGAACCTCTTGTTAGACAC
AGGCCATACGTGTGGCATCTGGATCTCTGGCCCAACCTGATGCTGATCGTTCCCGGAGCA
GGAGTCCTCAAGGAGATACTCAAGCGGACAATGGCAATAGGTTTCCTTCTGAGTGGGGTG
GCATTTCGTCTGAGGAACATGATGAAGCTGTAATGCTCGAGGCAGCCATGTTTGGTGGAA
TTCCCGAAACTGGATATAATCATCTCCCATTCTTACCTCCTCAGCACAGGGCACCACCCT
CACCTTCATTGACTGCTCAGAGGTTGATACGTGAACAGCAGGATGATGAGTATCTTGCAT
CCCTGCAAGCTGACCGAGATAGAGAACTACAATCCATTAGAGATGCCGAGGCACGTCAAT
TAGAGGAAGAAA
TTGCTAG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3GH16JQ 796 0 0
TGGCAATAGGTTTCCTTCTGAGTGGGGTGGCATTTCGTCTGAGGAACATGATGAAGCTGT
AATGCTCGAGGCAGCCATGTTTGGTGGAATTCCCGAAACTGGATATAATCATCTCCCATT
CTTACCTCCTCAGCACAGGGCACCACCCTCACCTTCATTGACTGCTCAGAGGTTGATACG
TGAACAGCAGGATGATGAGTATCTTGCATCCCTGCAAGCTGACCGAGATAGAGAACTACA
ATCCATTAGAGATGCCGAGGCACGTCAATTAGAGGAAGAAACGGCTAGAAAGGCTTTTCT
TGAGGAAGAAAAGAAAAAACTCGAGGAGGAAAAGGAGCTAGAGAGGCAACTAGATGCCAA
AAAAGCGTCTCTACCTAAGGAACCACAAGCAGACGAAGAAAATGCTATTACCCTTCTAGT
CAGGATGCCAGATGGAACTAGACATGGCCGCCGATTCCTTAAATCGGACAAACTCCAATC
TCTTTTCGACTTCATAGACATAGCCAGAGTGGTGAAACCCAATACATACCGACTGGTGAG
ACCTTACCCTCGGCATGCGTTTGGGGATCGGGAAAGTGAGTCGACTCTGAATGATCTTGG
TTTGAGCAGCAAACAAGAAGCGTTATTTCTCGAGCTCATCTGACTTAAAAATTTTAGCTC
TTAAAATATATCACACACTTCTTGCACTCGTCTTTTTTCTTTCAAGTTATTTTTTTCATT
TTTCTTTCTATAAAAGAAAAAAAAATTGTTTGGTGTTCTTATAAAGTAAACATACAATCG
TCGATTTAGGCGTTTC

QA 1 796 1 796
DS 



AS 2 4

CO CL2367Contig1 499 2 7 U
AGAGAATGTTTCCTCAAACTTCATTCATATTGAACATTCTTATTGCGTATTTTAACTTCC
ACACTCAGTACTAAAAATAAACATAGAAAACATTTCTGATCATACATCTTCAATTATTTG
AAAGCTCCCATTGTCATAAATTCCCAAAAGAATATTCAACAAAGATAAAAAGGTAAATGT
CAAAGGCTGCTAATACTTGTTTAGACTCCATGAGCCAGACAAGTGAGACAATGACAAGTT
CCTCACTCAAGACTTTTGAGAACTCCCCTTGTTCTCAAGTTCTTCCAACACAGCCCACAG
TTTTGGATCCGCATAGTTCTCGATAAAAAAAGCAGGTTTTGCTTGCATAAGCATGCTCGC
TGGATTACCTGTAGTCAATCCAACCACAGGCATTCCAGCCGCAACTCCAGCTTTTATACC
AGAGACCGAGTCCTCGAACACTAACGTATGCTCTTTTGACACGTTAAGCACTTCGAGAGC
CTTCAAGTAAGGCCCCGGG


BQ
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AF RR3H936JQ U 12
AF RR3F353JQ U 1
BS 1 70 RR3F353JQ
BS 71 71 RR3H936JQ
BS 72 182 RR3F353JQ
BS 183 183 RR3H936JQ
BS 184 326 RR3F353JQ
BS 327 327 RR3H936JQ
BS 328 499 RR3F353JQ

RD RR3H936JQ 373 0 0
CCTCAAACTTCATTCATATTGAACATTCTTATTGCGTATTTTAACTTCCACACTCAGTAC
TAAAAATAAACATAGAAAACATTTCTGATCATACATCTTCAATTATTTGAAAGCTCCCAT
TGTCATAAATTCCCAAAAGAATATTCAACAAAGATAAAAAGGTAAATGTCAAAGGCTGCT
AATACTTGTTTAGACTCCATGAGCCAGACAAGTGAGACAATGACAAGTTCCTCACTCAAG
ACTTTTGAGAACTCCCCTTGTTCTCAAGTTCTTCCAACACAGCCCACAGTTTTGGATCCG
CATAGTTCTCGATAAAAAAAGCAGGTTTTGCTTGCATAAGCATGCTCGCTGGATTACCTG
TAGTCAATCCAAC

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR3F353JQ 499 0 0
AGAGAATGTTTCCTCAAACTTCATTCATATTGAACATTCTTATTGCGTATTTTAACTTCC
ACACTCAGTATTAAAAATAAACATAGAAAACATTTCTGATCATACATCTTCAATTATTTG
AAAGCTCCCATTGTCATAAATTCCCAAAAGAATATTCAACAAAGATAAAAAGGTAAATGT
CAGAGGCTGCTAATACTTGTTTAGACTCCATGAGCCAGACAAGTGAGACAATGACAAGTT
CCTCACTCAAGACTTTTGAGAACTCCCCTTGTTCTCAAGTTCTTCCAACACAGCCCACAG
TTTTGGATCCGCATAGTTCTCGATAAGAAAAGCAGGTTTTGCTTGCATAAGCATGCTCGC
TGGATTACCTGTAGTCAATCCAACCACAGGCATTCCAGCCGCAACTCCAGCTTTTATACC
AGAGACCGAGTCCTCGAACACTAACGTATGCTCTTTTGACACGTTAAGCACTTCGAGAGC
CTTCAAGTAAGGCCCCGGG

QA 1 499 1 499
DS 



CO CL2367Contig2 783 2 2 U
GGATCGTCTCTCAAAAACCATTCCTTTCCTCCCCCCACCATTAGCTTCGTTTTCTTTCTC
CGTTTCATCACAATGAATGGCTTCTCCGATCTCAACTCTTCTGTGAGCAAACCTTCGCTC
TCACATCTTGCTCCTTTAGAAGCCATTCTCTTTGATGTTGATGGAACTCTCTGCGATTCT
GATCCATTCCACCTCATCGCCTTCCAACAACTTCTCCAACAGATTGGTTTTAACAATGGT
GTCCTAATCGACGAGAAGTTCTATATTGAGAACATTGCTGGAAAACACAACTCTGAGGTT
GCTCTATCTCTCTTCCCTGATGACGTTGCTAGAGGGTTAACATTCTGTGAGGAAAAGGAA
GCTCTTTACCGCAAACTTGTAGCAGAGAAGATAAAGCCACTTGACGGGCTTATAAAGCTA
ACCAAATGGATAGAGGATCGTGGACTGAAGCGAGCTGCTGTCACAAACGCTCCAAAAGAA
AACGCAGAGCTCATGATATCCAAACTTGGCCTGACTGATTTCTTCCAGGCAGTGATTCTT
GGTTCCGAGTGTGAGTACCCCAAACCACACCCGGGGCCTTACTTGAAGGCTCTCGAAGTG
CTTAACGTGTCAAAAGAGCATACGTTAGTGTTCGAGGACTCGGTCTCTGGTATAAAAGCT
GGAGTTGCGGCTGGATGCCTGTGGTTGGATTGACTACAGTAATCCAGCGAGCATGCTTAT
GCAAGCAAACCTGCTTTCTTATCGAGAACTATGCGGATCCAAACTGTGGGCTGTGTTGGA
GAC


BQ
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10 10 10 

AF RR3H936TF U 1
AF RR3F353TF U 41
BS 1 330 RR3H936TF
BS 331 783 RR3F353TF

RD RR3H936TF 330 0 0
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CGTTTCATCACAATGAATGGCTTCTCCGATCTCAACTCTTCTGTGAGCAAACCTTCGCTC
TCACATCTTGCTCCTTTAGAAGCCATTCTCTTTGATGTTGATGGAACTCTCTGCGATTCT
GATCCATTCCACCTCATCGCCTTCCAACAACTTCTCCAACAGATTGGTTTTAACAATGGT
GTCCTAATCGACGAGAAGTTCTATATTGAGAACATTGCTGGAAAACACAACTCTGAGGTT
GCTCTATCTCTCTTCCCTGATGACGTTGCT

QA 1 330 1 330
DS 

RD RR3F353TF 743 0 0
GG
AGCTTCGTTTTCTTTCTCCGTTTCATCACAATGAATGGCTTCTCCGATCTCAACTCTTCT
GTGAGCAAACCTTCGCTCTCACATCTTGCTCCTTTAGAAGCCATTCTCTTTGATGTTGAT
GGAACTCTCTGTGATTCTGATCCATTCCACCTCATCGCCTTCCAACAACTTCTCCAACAG
ATTGGTTTTAACAATGGTGTCCTAATCGACGAGAAGTTCTATATTGAGAACATTGCTGGA
AAACACAACTCTGAGGTTGCTCTATCTCTCTTCCCTGATGACGTTGCTAGAGGGTTAACA
TTCTGTGAGGAAAAGGAAGCTCTTTACCGCAAACTTGTAGCAGAGAAGATAAAGCCACTT
GACGGGCTTATAAAGCTAACCAAATGGATAGAGGATCGTGGACTGAAGCGAGCTGCTGTC
ACAAACGCTCCAAAAGAAAACGCAGAGCTCATGATATCCAAACTTGGCCTGACTGATTTC
TTCCAGGCAGTGATTCTTGGTTCCGAGTGTGAGTACCCCAAACCACACCCGGGGCCTTAC
TTGAAGGCTCTCGAAGTGCTTAACGTGTCAAAAGAGCATACGTTAGTGTTCGAGGACTCG
GTCTCTGGTATAAAAGCTGGAGTTGCGGCTGGATGCCTGTGGTTGGATTGACTACAGTAA
TCCAGCGAGCATGCTTATGCAAGCAAACCTGCTTTCTTATCGAGAACTATGCGGATCCAA
ACTGTGGGCTGTGTTGGAGAC

QA 3 743 3 743
DS 



AS 1 2

CO CL2368Contig1 1302 2 2 U
GGATCGAAAGAGGCTGAGAAGGACTCTGCTGCTTCGTCGCTCCTCAGGAAAAAATCGGAA
CTAAAGACGACTGAGTGAAGTTAAGAACATCATCGGACACAGGCAAAATCTGCATCTGAT
TAGATTGGAGTGGACTGTCGGAAAGACGAAGAAGAGGGACGCCGTTTGATTTTTGTATAG
ATCCACCCAAAGAGATTTTGACTGCCTGATGATTTTGACCAGCAACTACTCATTAGTTTC
GCTTCAACCTTTGTATCTCTTAGCCTGATGGAAGCAGACGACGGTGGGAACAATTCTGGT
CATGCTTCCAAACAACGTTTGCGTTGGACGCATGAGCTACACGAGCGCTTCGTTGATGCC
GTGGCTCAACTTGGTGGCCCTGATAGAGCTACGCCTAAAGGAGTTCTTAGAGTGATGGGT
GTACAAGGGTTAACTATATATCATGTCAAGAGTCACTTACAGAAATATCGGCTTGCAAAG
TATCTGCCAGATTCCTCGTCTGAAGGGAAGAAAACGGATAAAAAAGAATCTGGAGATGTG
CTTTCTGGGTTGGACGGTTCACCGGGAACGCAGATTACTGAGGCCCTCAAGTTGCAGATG
GAAGTTCAGAAACGATTGCACGAGCAACTTGAAGTGCAAAGACAGCTGCAACTACGGATA
GAAGCGCAAGGGAAGTACTTGAAGAAGATAATTGAAGAGCAACAGCGACTCAGTGGAGAA
CTTGGCGAATCCTCAGGCCCAGTAACAGGCGAATCAGATCCTGCAACCCCTGCCCCAACA
TCCGAGTTTCCCCTACAGGGTAAATCTGGCAAAGAATGTGAGCCAGACAAGAGCCTTTCA
GTTGAAGAGTCTCATTCATCTTACCGGGAGGCATTGACACCAGACTCGGGGTGCAACATT
GGGTCTCAAGATGAGAGCGCAGGAGAAGAGAGATCATCAAAGAAGCCTAGATTGATGAGA
GGTGGTGCAGCTGGTTATACATCTGAGATGGAAGTTGCGCACCCAATACTGGAGTCAGGC
TTGAACTCTTCTTACCATCAGTCAGACCATGCTCTCGCTTTTGACGTTCCATCTACATCA
CTGCTAGGAGCTGAAAATGGACTGGACAGTGTCTCAGGAGACGATCTATGAGTTGTGTGT
ATCAGGTGGCATCTGTAGTTGAGTGTATTACATGTAGTTTTGTTGTCTATCCTTATTCCT
ATTTTAGTGAGGAGTTTACTCTTAGTAAGGTGGCCACAGCTCTCTTATTATATACACTTG
CCACTAGCATGAACAATGAATATATATGTCGTGTTGTGCTGT


BQ
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AF RR3F734TF U 1
AF RR3F734JQ C 511
BS 1 668 RR3F734TF
BS 669 1302 RR3F734JQ

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CTAAAGACGACTGAGTGAAGTTAAGAACATCATCGGACACAGGCAAAATCTGCATCTGAT
TAGATTGGAGTGGACTGTCGGAAAGACGAAGAAGAGGGACGCCGTTTGATTTTTGTATAG
ATCCACCCAAAGAGATTTTGACTGCCTGATGATTTTGACCAGCAACTACTCATTAGTTTC
GCTTCAACCTTTGTATCTCTTAGCCTGATGGAAGCAGACGACGGTGGGAACAATTCTGGT
CATGCTTCCAAACAACGTTTGCGTTGGACGCATGAGCTACACGAGCGCTTCGTTGATGCC
GTGGCTCAACTTGGTGGCCCTGATAGAGCTACGCCTAAAGGAGTTCTTAGAGTGATGGGT
GTACAAGGGTTAACTATATATCATGTCAAGAGTCACTTACAGAAATATCGGCTTGCAAAG
TATCTGCCAGATTCCTCGTCTGAAGGGAAGAAAACGGATAAAAAAGAATCTGGAGATGTG
CTTTCTGGGTTGGACGGTTCACCGGGAACGCAGATTACTGAGGCCCTCAAGTTGCAGATG
GAAGTTCAGAAACGATTGCACGAGCAACTTGAAGTGCAAAGACAGCTGCAACTACGGATA
GAAGCGCA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3F734JQ 792 0 0
AAAACGGATAAAAAAGAATCTGGAGATGTGCTTTCTGGGTTGGACGGTTCAC*GGGAACG
CAGATTACTGAGGCC*TCAAGTTGCAGATGGAAGTTCAGAAACGATTGCACGAGCAACTT
GAAGTGCAAAGACAGCTGCAACTACGGATAGAAGCGCAAGGGAAGTACTTGAAGAAGATA
ATTGAAGAGCAACAGCGACTCAGTGGAGAACTTGGCGAATCCTCAGGCCCAGTAACAGGC
GAATCAGATCCTGCAACCCCTGCCCCAACATCCGAGTTTCCCCTACAGGGTAAATCTGGC
AAAGAATGTGAGCCAGACAAGAGCCTTTCAGTTGAAGAGTCTCATTCATCTTACCGGGAG
GCATTGACACCAGACTCGGGGTGCAACATTGGGTCTCAAGATGAGAGCGCAGGAGAAGAG
AGATCATCAAAGAAGCCTAGATTGATGAGAGGTGGTGCAGCTGGTTATACATCTGAGATG
GAAGTTGCGCACCCAATACTGGAGTCAGGCTTGAACTCTTCTTACCATCAGTCAGACCAT
GCTCTCGCTTTTGACGTTCCATCTACATCACTGCTAGGAGCTGAAAATGGACTGGACAGT
GTCTCAGGAGACGATCTATGAGTTGTGTGTATCAGGTGGCATCTGTAGTTGAGTGTATTA
CATGTAGTTTTGTTGTCTATCCTTATTCCTATTTTAGTGAGGAGTTTACTCTTAGTAAGG
TGGCCACAGCTCTCTTATTATATACACTTGCCACTAGCATGAACAATGAATATATATGTC
GTGTTGTGCTGT

QA 1 792 1 792
DS 



AS 2 4

CO CL2369Contig1 566 2 2 U
TCTACCGAGACGGTGGTGGAGGAATTCCGGTGAGAAAGGCCGAGAAAAAGGCGAGAGAGC
TACTTGGTTTGAAGGAAGGCACAGCATGTCCAGCTCCTCTGAACGTAGCAAACGTTAGAC
CTTCATATTCTTGAAGCCATCCACTTACCTGTTTTTCATGGTACCGTGGCCTCCAAGCTG
TCTTGATGGGTAATTCGAGTGCACTTAAGCTATACCTAGTCGCGAGTACTGGAACTCTTC
CGTCTGTGTCACCACTGTAAACCCAAATTCTTAATCCCCCGGCGATGAGTTTCTCGTATA
TAGGCAAAACCGAGGGTTTTAAATAAGTCCAATTATGGAAGATCTCCATGCTGCAATATC
AGATTATCAGGCATTATTTAGACAAGTTCCATCTTAAATTATTACAAAAAAAAGAAATAT
ATAACACATGAAAAATTTGCTGAGTACTTGCAAATCTTTCCAGTTCTTAAGATTAACTCC
ATCACTCGCATGAAGAGACTTCTGCACATCTGCTCTATTGTAAAATGTTCTCGCGTAATC
GTCTAAGCATGGGTCATATCCACAAG


BQ
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AF RR3A566TF C 1
AF RR3A566JQ U 441
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BS 448 566 RR3A566JQ

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TCTTGATGGGTAATTCGAGTGCACTTAAGCTATACCTAGTCGCGAGTACTGGAACTCTTC
CGTCTGTGTCACCACTGTAAACCCAAATTCTTAATCCCCCGGCGATGAGTTTCTCGTATA
TAGGCAAAACCGAGGGTTTTAAATAAGTCCAATTATGGAAGATCTCCATGCTGCAATATC
AGATTATCAGGCATTATTTAGACAAGTTCCATCTTAAATTATTACAAAAAAAAGAAATAT
ATAACACATGAAAAATTTGCTGAGTACTTGCAAATCTT*CCAGTTCTTAAGATTAACTCC
ATCACTCGCATGAAGAGACTTCTGCACATCTGCTCTATTGTAAAATGTTCTCGCGTAATC
GTCTAAGCATGGGTCATATCCAC
AAG

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DS 

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TTGCAAATCTTTCCAGTTCTTAAGATTAACTCCATCACTCGCATGAAGAGACTTCTGCAC
ATCTGCTCTATTGTAAAATGTTCTCGCGTAATCGTCTAAGCATGGGTCATATCCACAAG

QA 8 126 8 126
DS 



CO CL2369Contig2 1222 2 2 U
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GAAATACGTTCTACATCGCAGGCGAAAGCTACGCAGGAAAATACGTACCGGAGCTAGCAC
AAGTCGTGTACGATAACAATAACAAGAACAGTAGTTCATCCTTTCACATCAACCTTAAGG
GTATTTTGCTAGGGAATCCCGAGACATCAGATGCAGAAGATTGGAGAGGTTGGGTGGATT
ACGCATGGAGCCACGCCGTGATATCCGATGAGACGCATAGGATCATAACCAGGACTTGCA
ATTTCAGCAGCGACAATACTTGGAGCGACGACGAGTGCTCTGAAGCCGTAGCAGAAGTTC
AGAAGCAGTACGACGAGATCGATATCTATAGCCTCTATACATCGGTTTGCATAGGAGACT
CTGCACGGTCCTATTACTTGGATTCAGCACAATTCAAAACAAATTCTCACATCAGCCCCA
AAAGGGTGCCACCAAGGCGCTTGGGTGGATATGATCCATGCTTGGACGATTACGCGAGAA
CATTTTACAATAGAGCTGATGTGCAGAAGTCTCTTCATGCGAGTGATGGAGTTAATCTTA
AAAACTGGAAGATTTGCAACATGGAGATCTTCCATAATTGGACTTATTTAAAACCCTCGG
TTTTGCCTATATACGAGAAACTCATCGCCGGGGGATTAAGAATTTGGGTTTACAGTGGTG
ACACAGACGGAAGAGTTCCAGTACTCGCGACTAGGTATAGCTTAAGTGCACTCGAATTAC
CCATCAAGACAGCTTGGAGGCCATGGTACCATGAAAAACAGGTAAGTGGATGGCTTCAGG
AATATGAAGGTCTAACATTTGCTACGTTCAGAGGAGCTGGACATGCTGTGCCTTCCTTTA
AACCAAGTAGCTCTCTCGCCTTTTTTTCGGCCTTTCTCACCGGAGTTCCTCCACCGCCGT
CTCGGTAGAGAAGCAAGTGGACGATTAAACGGGCGATTTACTAAATCTAATGAGTTTTCA
GAAGTTTGAAAGATTTTGGGTTTTGTTACGTTGACTTGTCAGACACGGTATAAGGGAAAG
AGAGAGAAATTGTATACTTTATATGTGATGATCATAATGATCAAAGAAAAAAAACACTTT
AAGAGTGTGTAATCACCAAAATAACTGCTTGGAATACAACCAGCTTAAGATTATAATGAT
ATAAAGGAAGACCTTCAACACC


BQ
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BS 620 1222 RR3F660JQ

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GTATTTTGCTAGGGAATCCCGAGACATCAGATGCAGAAGATTGGAGAGGTTGGGTGGATT
ACGCATGGAGCCACGCCGTGATATCCGATGAGACGCATAGGATCATAACCAGGACTTGCA
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AGAAGCAGTACGACGAGATCGATATCTATAGCCTCTATACATCGGTTTGCATAGGAGACT
CTGCACGGTCCTATTACTTGGATTCAGCACAATTCAAAACAAATTCTCACATCAGCCCCA
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CATTTTACAATAGAGCTGATGTGCAGAAGTCTCTTCATGCGAGTGATGGAGTTAATCTTA
AAAACTGGAAGATTTGCAA
CATGGAGATCTTCC

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DS 

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AAAAACTGGAAGATTTGCAACATGGAGATCTTCCATAATTGGACTTATTTAAAACCCTCG
GTTTTGCCTATATACGAGAAACTCATCGCCGGGGGATTAAGAATTTGGGTTTACAGTGGT
GACACAGACGGAAGAGTTCCAGTACTCGCGACTAGGTATAGCTTAAGTGCACTCGAATTA
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GAATATGAAGGTCTAACATTTGCTACGTTCAGAGGAGCTGGACATGCTGTGCCTTCCTTT
AAACCAAGTAGCTCTCTCGCCTTTTTTTCGGCCTTTCTCACCGGAGTTCCTCCACCGCCG
TCTCGGTAGAGAAGCAAGTGGACGATTAAACGGGCGATTTACTAAATCTAATGAGTTTTC
AGAAGTTTGAAAGATTTTGGGTTTTGTTACGTTGACTTGTCAGACACGGTATAAGGGAAA
GAGAGAGAAATTGTATACTTTATATGTGATGATCATAATGATCAAAGAAAAAAAACACTT
TAAGAGTGTGTAATCACCAAAATAACTGCTTGGAATACAACCAGCTTAAGATTATAATGA
TATAAAGGAAGACCTTCAACACC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 3

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GACCAACGTAGTTTCATCTGAAAACACCCCTTCTCTCTTTACGGCGGCGGATCGGAATTC
ATTATTGCCGACATCAAGTGAGCCTTGTAGAGAGAGAGAGTCCGAGTGTTAATTCTGTTA
TCTCAGAGATTCCCAGTTTTAGGATGAAAAGAGTAGCTCTTAGACGGAGGGCAAGGCATA
TCTCGGTTGTGCTTGTTGTTCTTGTTTGTGCAACCGTTGGCATATGGACATGGGATACAG
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AGGTAAGGAGAATACCTAGTGGACTGAATACAGAAACTGAAGGGAGCTACTCATCAGCTA
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ACTCATTCAGATCCAGAGAGGACTAAACAGTTCGTAGCCAAGAAAGATGATGTTAGTACT
TCAACAGCTCGCATCCCCAATCAAGCTTGTAATTACGCCAAAGGAAAATGGGTTGTGGAC
AACCACCGTCCTTTGTATTCAGGATCTCATTGCAAACAGTGGCTTGCTTCCATGTGGGCG
TGCAGGTTAATGCAGCGTACAGACTTTGCCTTTGAAAGGTTAAGATGGCAACCTAAAGAT
TGCTCTATGGAAGAATTTGAAGGCTCCAAGTTTTTGACAAGGATGCAGATGTCCTTGACG
TAGGACCGGAGTTTGGGTTCATAACTCCCGAAGGTGGAGGTCGTCCTAATGGCTGGGCTT
ACAGATTCCCAGAAACCAACACAACGGTTCTATACCACTGGTCATCGACCCTCTGCGACA
TACAACCGCTCAACGTCTCTGACCTTTTAACTGAACACGCTATGCATCTCGACCGCCCAC
CAGAGTTTCTACGCCAATACCTTCATAAGATTAACGTGCTGGTTATGAACACAGGCCACC
ACTGGAACCGAGGGAAGCTCAACGGCAACAGATGGGTGATGCATCTGAACGGAGTTCCCA
ACGCTAACAAGAAGCTAGCCGCTCTTGGTAACGCCAAGAACTTCACGATCCACAGCACGG
TTAGTTGGGTTAGCTCGCAGCTCCCTCGCCATCCGGGTCTCAAGGCGTTCTACAGAAGCC
TTTCGCCGAGGCATTTCGTGGGCGGGGAGTGGAACACTGGAGGGAGCTGTAATAACACAA
CCCCAATGTCTATCGGGAAAGAAGTTTTGCAAGAGGAGTCTAGCGATTACAGCGCGGGTC
ATGCGGTGAAAGGCACAGGGGTTAAGCTTTTGGACATAACAGCTTTGTCTCATATCAGAG
ACGAAGGTCACATATCACGGTTCAGTCTCTCGGCGTCAAAAGGAGTTCAGGATTGCCTCC
ATTGGTGCTTGCCTGGTGTTCCTGACACGTGGAATGAAATGCTTTTCGCAATGATATAAG
TTTTATAAGTTGCATTCTTTTTTGTATCAGGCAGAAAAGTTCAGAGAAAGGGCTTGAGAG
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GGTGTAAGGTTTAGTATTTATTCTGGTACAGAAGCAAAGCTTATTATTGTCGTAAACCAT
ACATGAGATTGGTTCCGACCATATTTACAGAACAGAATCTAACTCAACTTTTGTCTTTTC
AGTCTATTAATAGAATTTTTTTTTTCAGAATT


BQ
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AF RR3FA10TF U 1
AF RR3DL09TF U 559
AF RR3DL09JQ C 1068
BS 1 580 RR3FA10TF
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BS 753 1125 RR3DL09TF
BS 1126 1832 RR3DL09JQ

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ATTATTGCCGACATCAAGTGAGCCTTGTAGAGAGAGAGAGTCCGAGTGTTAATTCTGTTA
TCTCAGAGATTCCCAGTTTTAGGATGAAAAGAGTAGCTCTTAGACGGAGGGCAAGGCATA
TCTCGGTTGTGCTTGTTGTTCTTGTTTGTGCAACCGTTGGCATATGGACATGGGATACAG
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AGGTAAGGAGAATACCTAGTGGACTGAATACAGAAACTGAAGGGAGCTACTCATCAGCTA
CTCCGTTTGTAAACAAAGAAACCAAAGAGGATTCAACTATTGAACAAGTGGAACATGAAG
TTGTAAGTGAGCCAAAACATGGGAAGACACCAACTAGCAGAGAAAAATAAATTAGAACAG
GTGAAACGTGAGGTTGCTCTTAGAAAAGACCAAACTACAAAGACGACACCTATTAAAGAG
ACTCATTCAGATCCAGAGAGGACTAAACAGTTCGTAGCCATGAAAGATGATGTTAGTACT
TCAACAGCTCGCATCCCCAATCAAGCTTGTAATTACGCCAAAGGAAAATGGGTTGTGGGC
AACCACCGTCCTTTGTATTCAG*ATCTCATTGCAAACAGTGGCTTGCTTCCATGTGGGCG
TGCAGGT*AATGCAGCTTACAGACTTTGCCTT
CG

QA 1 752 1 752
DS 

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G
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ATCAAGCTTGTAATTACGCCAAAGGAAAATGGGTTGTGGACAACCACCGTCCTTTGTATT
CAGGATCTCATTGCAAACAGTGGCTTGCTTCCATGTGGGCGTGCAGGTTAATGCAGCGTA
CAGACTTTGCCTTTGAAAGGTTAAGATGGCAACCTAAAGATTGCTCTATGGAAGAATTTG
AAGGCTCCAAGTTTTTGACAAGGATGCAGATGTCCTTGACGTAGGACCGGAGTTTGGGTT
CATAACTCCCGAAGGTGGAGGTCGTCCTAATGGCTGGGCTTACAGATTCCCAGAAACCAA
CACAACGGTTCTATACCACTGGTCATCGACCCTCTGCGACATACAACCGCTCAACGTCTC
TGACCTTTTAACTGAACACGCTATGCATCTCGACCGCCCACCAGAGTTTCTACGCCAATA
CCTTCATAAGATTAACGTGCTGGTTATGAACACAGGCCACCACTGGAACCGAGGGAAGCT
CAACGGCAACAGATGGGTGATGCATC

QA 2 567 2 567
DS 

RD RR3DL09JQ 765 0 0
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AACGGAGTTCCCAACGCTAACAAGAAGCTAGCCGCTCTTGGTAACGCCAAGAACTTCACG
ATCCACAGCACGGTTAGTTGGGTTAGCTCGCAGCTCCCTCGCCATCCGGGTCTCAAGGCG
TTCTACAGAAGCCTTTCGCCGAGGCATTTCGTGGGCGGGGAGTGGAACACTGGAGGGAGC
TGTAATAACACAACCCCAATGTCTATCGGGAAAGAAGTTTTGCAAGAGGAGTCTAGCGAT
TACAGCGCGGGTCATGCGGTGAAAGGCACAGGGGTTAAGCTTTTGGACATAACAGCTTTG
TCTCATATCAGAGACGAAGGTCACATATCACGGTTCAGTCTCTCGGCGTCAAAAGGAGTT
CAGGATTGCCTCCATTGGTGCTTGCCTGGTGTTCCTGACACGTGGAATGAAATGCTTTTC
GCAATGATATAAGTTTTATAAGTTGCATTCTTTTTTGTATCAGGCAGAAAAGTTCAGAGA
AAGGGCTTGAGAGCCAAAGACCAGCCTTTTGATGTCTTCTAGAAGACACACATTTGAGGT
ACTAATGGCCTGAGGTGTAAGGTTTAGTATTTATTCTGGTACAGAAGCAAAGCTTATTAT
TGTCGTAAACCATACATGAGATTGGTTCCGACCATATTTACAGAACAGAATCTAACTCAA
CTTTTGTCTTTTCAGTCTATTAATAGAATTTTTTTTTTCAGAATT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 3

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AGAAACGGTGAGCTTCCTCCTAGATGGGATGGTCCTAATGGTACAGTGGTTTTGGTGAAC
AAACCCAAAGGATGGACTTCCTTCACCGTTTGTGGTAAGCTACGACGAATAGTCAAAGTG
AAAAAGGTTGGTCACGCTGGAACGCTTGATCCCATGGCTACTGGTCTCTTAATTGTCTGC
GTTGGTAAAGCCACCAAGGTGGTTGACAGGTTTATGATTTCCTTAATCCAGAAAATGTTT
CTCTCTATGATGATCTACATAAAAGAAAAAGCTACAAAGAGTCCTTTTGTATCTGCAGAT
ACCAAGGGATGATCAAAGGTTACAGTGGAGTTTTTCGTCTTGGTGAAGCCACTTCAACTT
TAGACGCTGACTCTCCTGTGATTCAACGAGAGCCTTGGGAGCATATTAAAGACGATGACA
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CAAGGCAAGACGAGGAGAAACCGTAGAGCTTTCTCCCAGACGAATCTCGATTTTCCAGTT
TGACATCGAACGTAGTTTAGATGACAGACAGAATCTGATTTTTCGAGTTGTATGCTCCAA
GGGTACATACATAAGATCTCTCTGTGCAGACCTTGCTAAAGCTCTTGGAAGTTGTGCTCA
CCTCACTGCTCTCCGGCGAGATTCAATCGGTGAATACTCTGCTAACGATGCTTGGGAATT
CAATGAGCTGGAAGCAGCAATTACCAAAAACTACTTCTAGAAGAACACCAAGGCTTTGAT
AGATGCTTCCATAAATGAGTAGAAGATCCATCAAACGGTGGATTCTTATTTCTTGGTGAC
AATTTTACGGAGGCTTACATAGATCACTGTTTGTTCTTGTAAACTCTTAAATTATTGCCT
AATAGTCTATCGAGGACCCTTATCTTTATTTTGGTTCAAAAAGCATTCCCTTTGAACAAG
CTCTTTGGTACTAAATCTCACTGTCTATAACAAGCTCGAGTGATTGGAACTGGAGGATCT
GTGAGCAATCCGCCGAGAGTACGGTCAGCCACATGCTTGTTTGCAGCTTCGGTGTAGTGA
ACTCCATCCCAGCTCACAGCTGTTGCCGGGTTCGGACATGGCCCCCCGTAGATTTCGGTA
TTGTTCACTTTCCCTTTGTTTCCGCACCAGATGTGATCATACCTCTCATGGTATCCACAA
CATACCTTCAATTGGTTTGCAAATCCTAGTTTCTTAGGATTGCTCATCATCTCGTATTTG
GCA


BQ
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G

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CACTGTCTATAACAAGCTCGAGTGATTGGAACTGGAGGATCTGTGAGCAATCCGCCGAGA
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GCAAATCCTAGTTTCTTAGGATTGCTCATCATCTCGTATTTGGCA

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DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD62TF U 1
AF RR3FJ39TF U 604
AF RR3DD62JQ C 342
BS 1 768 RR3DD62TF
BS 769 769 RR3DD62JQ
BS 770 778 RR3DD62TF
BS 779 977 RR3DD62JQ

RD RR3DD62TF 790 0 0
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CTCCAATTCCAAGCATGGCAATATTGCTTGAAGAGATCATTCGATCAGTCGAAGCCTTTC
TGAAGCTCAAAAACTCGTCCCAGAAACCCTACGTCGACCCGAATCTCGACCCGGTTCTCC
TCGTTCCGGGTATCGCTGGCTCCATCCTCAACGCCGTTGATCATGACTCTGGGAAAGAAG
AGCGTGTCTGGGTCAGGATCTTCAGCGCCGATCACGAGTTTCGGACAAAGATGTGGTCCC
GATTCGATCCTTCAACTGGGAAGACGATATCTCTCGACCTGAAGACGAGTATTGTTGTTC
CGCAAGACAGAGCTGGGTTGCTTGCAATTGATGTCTTAGACCCTGATCTGATTGTTGGGC
GTGAGTCTGTGTTTTATTTCCATGAGATGATTGTTGAGATGCTTGGATGGGGTTTCGAAG
AAGGGAAGACTCTTTTTGGTTTTGGTTATGATTTTCGCCAAAGCAACAGGCTGCAGGAAG
CTATGGACGCGTTCGCTAAAAAGTTGGAGTCAGTTTATATAGCTTCAGGAGAGAAGAAGA
TTAATGTTATTAGTCATTCTATGGGAGGTCTGTTGGTGAAATGTTTCATGAGTCTCCACA
GTGATATATTTGAGAAGTATGTACAGAATTGGATTGCTATTGCTGCTCCATTTCGAGGTG
CTCCTGGATACATCACTTCAACTTTACTGAATGAAATGTCATTTGTCA*TGGCTGGGA
CAGACTTTTCGT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3FJ39TF 149 0 0
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ATATATTTGAGAAGTATGTACAGAATTGGATTGCTATTGCTGCTCCATTTCTAGGTGCTC
CTGGATACATCACATCAACTTTACTGAAT

QA 1 149 1 149
DS 

RD RR3DD62JQ 636 0 0
AAG
ACGAGTATTGTTGTTCCGCAAGACAGAGCTGGGTTGCTTGCAATTGATGTCTTAGACCCT
GATCTGATTGTTGGGCGTGAGTCTGTGTTTTATTTCCATGAGATGATTGTTGAGATGCTT
GGATGGGGTTTCGAAGAAGGGAAGACTCTTTTTGGTTTTGGTTATGATTTTCGCCAAAGC
AACAGGCTGCAGGAAGCTATGGACGCGTTCGCTAAAAAGTTGGAGTCAGTTTATATAGCT
TCAGGAGAGAAGAAGATTAATGTTATTAGTCATTCTATGGGAGGTCTGTTGGTGAAATGT
TTCATGAGTCTCCACAGTGATATATTTGAGAAGTATGTACAGAATTGGATTGCTATTGCT
GCTCCATTTCGAGGTGCTCCTGGATACATCACTTCAACTTTACTGAATGAAATGTCATTT
GTCAATGGCTGGGAACAGAACTTTTTCGTCTCCAAGTGGAGTATGCATCAACATGTCGAG
CTTAACGCTGTGTCGGTCTCTGTTGATGCATAAAAACGCATCTTACTATTGAAATGTGTC
AAGTGTAAGTGTCAAGTATCCGCGTCTGTATATAGCAAACGAATCCCAAGGCCTTGTGTA
CATTATTTACCATAATAATAAGTTTCGTGTTCC

QA 4 636 4 636
DS 



AS 1 3

CO CL2374Contig1 1292 3 3 U
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TCATGCAATGATGGGGGAAAACATTCTTATATACAGAAATCGGAAAATAAAAAACACAAC
GATTGAAGTCAAACCTCAAAGAGGGCCATCCATCATAAGTACCAAAACAGGTGTCTGAAA
TAGCCGAACTAAAAAAAACAAAGCATTAAACATTATAAATCAACCCCTCTCCAGAAGTCT
TAATATGAGTGATGATCACTGCCCCACCACCTCGTGGCGCATATTGAGTTTTGATCTTCA
ACTCAACAAAACAAATCCATCCGACGTTCCTTGATTATCTAATTTTTCCTTTTTTTTTCT
TTTTTTTTGGATTTTTTTCAAATGTTCTTTTTTTTTACTTTTTTTTTCTCATAAAAATTT
AACTTACCAAAGGTTATGCACTCTGTCGTCTGTCCACCGCAACATTTTGAGTTGATCTTT
CAGTCTTGGTCATCACGTCAATAGCCTAAAGGACGTTCACACAGTGGACTTTAAGCTCAA
CCTGCTGCTGCTAGCTCCGTCTTCTGCCTTCTCCATCCCGCTGACCAATGACTTTGACTG
AAGGTCTTCAGGTATGCCACTTTGAAAGTACAAGTTTCCCTTTCCCACAAAAGGATCCGA
CTTTGTAGCAGGAAACTCGAATCCTTCGTGATCACGGTTCTGCCCAAAAAATCTGCTACC
ATCCGCAATTTCCCCAGCTATCCGCGTACCACCACAAGACTTTGATCCCCTCTCGGCCTC
ATCGACAACACTGATCGATACAGACATCAAATCACGATCTAAGTTTTCTTCCTGACCACT
TTCAGTTGCTACCACATCACTAGAATCAGGTGTCACACACTTTCCATAAGCCTCAGCCGG
ATCAGAGCATTCCTGAACAAGAGCCATACTATCTACTTCCAGAGCTTGCTCGCTGCCAGA
GTTACACTCATCTCGAGCGAAGTTTGCGAGTTCAGCACTCTCAATGTTCAAATTCGCAGT
CTCAATCTCAATCCCCTCACCAGGTGACCTTCCAAGGTCACATACAGGAGGAGTACAACC
AGTAGTGATAGCGCTGTTGTCAGGAGAAACAATATCTAAACTGTGTGGACTGAGAGATGC
GCGCTTCTCAGGTTTCTCTGGCCGAGCATCCATCATTTCATTATCGTTCTTTCTCTTCAC
CTGCCTCTCCACCACAGAATTGGAAACTGTACCATCTTCACCAGATTTTCAACCCGGTTG
ATTTTGGTGCCTAGAAGGCCGTGGCCTTCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK57JQ U 1
AF RR3AE04JQ U 408
AF RR3AE04TF C 570
BS 1 553 RR3GK57JQ
BS 554 901 RR3AE04JQ
BS 902 1292 RR3AE04TF

RD RR3GK57JQ 558 0 0
GGTATCAAATCAGAAACATCTTTTTTTCCATTGTTTTAAAGCCTTGCGTTATACTACTAC
TCATGCAATGATGGGGGAAAACATTCTTATATACAGAAATCGGAAAATAAAAAACACAAC
GATTGAAGTCAAACCTCAAAGAGGGCCATCCATCATAAGTACCAAAACAGGTGTCTGAAA
TAGCCGAACTAAAAAAAACAAAGCATTAAACATTATAAATCAACCCCTCTCCAGAAGTCT
TAATATGAGTGATGATCACTGCCCCACCACCTCGTGGCGCATATTGAGTTTTGATCTTCA
ACTCAACAAAACAAATCCATCCGACGTTCCTTGATTATCTAATTTTTCCTTTTTTTTTCT
TTTTTTTTGGATTTTTTTCAAATGTTCTTTTTTTTTACTTTTTTTTTCTCATAAAAATTT
AACTTACCAAAGGTTATGCACTCTGTCGTCTGTCCACCGCAACATTTTGAGTTGATCTTT
CAGTCTTGGTCATCACGTCAATAGCCTAAAGGACGTTCACACAGTGGACTTTAAGCTCAA
CCTGCTGCTGCTA
TAAAA

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3AE04JQ 494 0 0
CTCATAAAAATTTAACTTACCAAAGGTTATGCACTCTGTCGTCTGTCCACCGCAACATTT
TGAGTTGATCTTTCAGTCTTGGTCATCACGTCAATAGCCTAAAGGACGTTCACACAGTGG
ACTTTAAGCTCAACCTGCTGCTGCTAGCTCCGTCTTCTGCCTTCTCCATCCCGCTGACCA
ATGACTTTGACTGAAGGTCTTCAGGTATGCCACTTTGAAAGTACAAGTTTCCCTTTCCCA
CAAAAGGATCCGACTTTGTAGCAGGAAACTCGAATCCTTCGTGATCACGGTTCTGCCCAA
AAAATCTGCTACCATCCGCAATTTCCCCAGCTATCCGCGTACCACCACAAGACTTTGATC
CCCTCTCGGCCTCATCGACAACACTGATCGATACAGACATCAAATCACGATCTAAGTTTT
CTTCCTGACCACTTTCAGTTGCTACCACATCACTAGAATCAGGTGTCACACACTTTCCAT
AAGCCTCAGCCGGA

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR3AE04TF 723 0 0
TCTCCATCCCGCTGACCAATGACTTTGACTGAAGGTCTTCAGGTATGCCACTTTGAGAGT
ACAAGTTTCCCTTTCCCACAAAAGGATCCGACTTTGTAGCAGGAAACTCGAATCCTTCGT
GATCACGGTTCTGCCCAGAAGATCTGCTACCATCCGCAATTTCCCCAGCTATCCGCGTAC
CACCACAAGACTTTGATCCCCTCTCGGCCTCATCGACAACACTGATCGATACAGACATCA
AATCACGATCTAAGTTTTCTTCCTGACCACTTTCAGTTGCTACCACATCACTAGAATCAG
GTGTCACACACTTTCCATAAGCCTCAGCCGGATCAGAGCATTCCTGAACAAGAGCCATAC
TATCTACTTCCAGAGCTTGCTCGCTGCCAGAGTTACACTCATCTCGAGCGAAGTTTGCGA
GTTCAGCACTCTCAATGTTCAAATTCGCAGTCTCAATCTCAATCCCCTCACCAGGTGACC
TTCCAAGGTCACATACAGGAGGAGTACAACCAGTAGTGATAGCGCTGTTGTCAGGAGAAA
CAATATCTAAACTGTGTGGACTGAGAGATGCGCGCTTCTCAGGTTTCTCTGGCCGAGCAT
CCATCATTTCATTATCGTTCTTTCTCTTCACCTGCCTCTCCACCACAGAATTGGAAACTG
TACCATCTTCACCAGATTTTCAACCCGGTTGATTTTGGTGCCTAGAAGGCCGTGGCCTTC
CCT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL2375Contig1 308 2 6 U
GAACAAAAAGATCCTCGTAACTTTGTCTTTCCCAATTTACAAAAGAATCCACAGAAGACC
AGAATCTTGAATCTGGTTTTTACATTACGTCCTAAAAGCGCTAAGCTTTACACAAAAAAT
TCCAGCATGGGAGATAATATACCTTCTGAAATTGTACTTTATCAAAGTTTCTATCCATAA
AAACCTGTGGCAACTGAATAAACACTAAAATAAAACAGGTTGATTCAAACTCACAGATTA
ACTTATTTTCTCAAGTGATTTGCTCTTCTTTAAGCATCAGACGCGCAACACGCTGTTCTT
GATTATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS60JQ U 1
AF RR3DF04JQ U 77
BS 1 117 RR3GS60JQ
BS 118 118 RR3DF04JQ
BS 119 164 RR3GS60JQ
BS 165 165 RR3DF04JQ
BS 166 275 RR3GS60JQ
BS 276 308 RR3DF04JQ

RD RR3GS60JQ 283 0 0
GAACAAAAAGATCCTCGTAACTTTGTCTTTCCCAATTTACAAAAGAATCCACAGAAGACC
AGAATCTTGAATCTGGTTTTTACATTACGTCCTAAAAGCGCTAAGCTTTACACAAAAGAT
TCCAGCATGGGAGATAATATACCTTCTGAAATTGTACTTTATCAGAGTTTCTATCCATAA
AAACCTGTGGCAACTGAATAAACACTAAAATAAAACAGGTTGATTCAAACTCACAGATTA
ACTTATTTTCTCAAGTGATTTGCTCTTCTTTAAGC
CTCAAACG

QA 1 275 1 275
DS 

RD RR3DF04JQ 232 0 0
TTTTTACATTACGTCCTAAAAGCGCTAAGCTTTACACAAAAAATTCCAGCATGGGAGATA
ATATACCTTCTGAAATTGTACTTTATCAAAGTTTCTATCCATAGAAACCTGTGGCAACTG
AGTAAACACTAAAATAAAACAGGTTGATTCAAACTCACAGATTAACTTATTTTCTCAAGT
GATTTGCTCTTCTTTAAGCATCAGACGCGCAACACGCTGTTCTTGATTATTC

QA 1 232 1 232
DS 



AS 1 3

CO CL2376Contig1 958 3 11 U
GATCATTGAGAAAATCAGTGTTACTTTTAGTTCAAGCGGCTATATACTGACTTCTGAGAT
TGATGGCACCATTCAAATGAAGAGTTATCTTTCTGGTAATCCAGAAATTCGTATAGCTCT
TAATGAAGACCTAAACATAGGAAGAGGAGGGAGATCAGTATATGACTATAGGAGTTCTTC
AGGTTCAGGGGTGATACTTGATGATTGTAACTTTCATGAGTCTGTTCGTCTTGATAGCTT
CGATTCGGATAGAACTTTGTCCCTGGTTCCACCAGATGGTGAATTTCCAGTTATGAATTA
CCGTATGACCCAGGAGTTCAAGCCTCCTTTTCATGTTAATACCTTGATTGAAGAGGCCGG
ACGCCTTAAGGCTGAAGTGATTATTAAAATACGTGCTGAGTTCCCTTCAGACATAATTGC
AAACACGATTACGGTCCAGATGCCTTTGCCAAATTACACTTCCAGGGCTAGTTTTGAGTT
AGAACCCGGTGCAGCCGGACAGAAGACAGATTTCAAGGAAACCAGCAAAATGCTTGAATG
GAATTTGAAAAAGATTGTTGGTGGAGCTGAACATACACTGCGTGCAAAGCTGACATTTTC
ACAGGAGTTTCATGGTAATCTCACAAAGGAAGCAGG*CCGGTTAGCATGACCTTCACCAT
ACCGATGTACAATGTTTCTAAACTCCAGGTCAAGTACTTGCAGATAGCAAAGAAATCAAG
TAGTTACAATCCATATCGTTGGGTGAGATATGTGACACAGGCCAATTCGTACGTGGCTCG
GATATGACCCTACTTTCAGATAATGTTTGTTCATTTTCAGATCATACTTGTTCTTAAATT
CTAAGAGGATCCTTCACAGTACGTGCTGAATGTTTGTTGTCTCTACTATTTGGATTTTCT
TGGTTTGTTCTCTACGCTGGAAACATGAGTCTGAATGAAACATATTCCAATTTATGGC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY38TF U 1
AF RR3G917TF U 1
AF RR3EY38JQ C 146
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BS 757 958 RR3EY38JQ

RD RR3EY38TF 706 0 0
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CGATTCGGATAGAACTTTGTCCCTGGTTCCACCAGATGGTGAATTTCCAGTTATGAATTA
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ACGCCTTAAGGCTGAAGTGATTATTAAAATACGTGCTGAGTTCCCTTCAGACATAATTGC
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ACCGATGTACAATGTTTCTAAACTCCAGGTCAAGTACTTGCAGATA

QA 1 706 1 706
DS 

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CG
TCATTGAGAAAATCAGTGTTACTTTTAGTTCAAGCGGCTATATACTGACTTCTGAGATTG
ATGGCACCATTCGAATGAAGAGTTATCTTTCTGGTAATCCAGAAATTCGTATAGCTCTTA
ATGAAGACCTAAACATAGGAAGAGGAGGGAGATCAGTATATGACTATAGGAGTTCTTCAG
GTTCAGGGGTGATACTTGATGATTGTAACTTTCATGAGTCTGTTCGTCTTGATAGCTTCG
ATTCGGGTAGAACTTTGTCCCTGGTTCCACCAGATGGTGAATTTTTAGTTATGAATTACC
GTATGACCCAGGAGTTCAAGCCTCCTTTTCATGTTAATACCTTGATTGATGAGGCCGGAC
GCCTTAAGGCTGAAGTGATTATTAAAATACGCGCTGAGTTCCCTTCAGACATAATTGCAA
ACACGATTACGGTCCAGATGCCTTTGCCAAATTACACTTCCAGGGCTAGTTTTGAGTTAG
AACCCGGTGC*GCTGGACAGAAGACAGATTTCAAGGAAACCAGCAAAATGCTTGAATGGA
ATTTGAAAAAGATTGTTGGTGGAGCTGAACATACACTGCGTGCAAAGCTGACATTTTCAC
AGGAGTTTCATGGTAATCTCACAAAGGAAGCAGG*CCGGTTAGCATGACCTTCACCATAC
CGATGTACAATGTTTCTAAACTCCAGGTCAAGTACTTGCAGATAGCAA*GAAATCAAGTA
GT*ACA*TCCATATCGTTGGGTGAGATATGTGAC

QA 3 756 3 756
DS 

RD RR3EY38JQ 813 0 0
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TGTA*CTTTCATGAGTCTGTTCGTCTTGATAGCTTCGATTCGGATAGAACTTTGTCCCTG
GTTCCACCAGATGGTGAATTTCCAGTTATGAATTACCGTATGACCCAGGAGTTCAAGCCT
CCTTTTCATGTTAATACCTTGATTGAAGAGGCCGGACGCCTTAAGGCTGAAGTGATTATT
AAAATACGTGCTGAGTTCCCTTCAGACATAATTGCAAACACGATTACGGTCCAGATGCCT
TTGCCAAATTACACTTCCAGGGCTAGTTTTGAGTTAGAACCCGGTGCAGCCGGACAGAAG
ACAGATTTCAAGGAAACCAGCAAAATGCTTGAATGGAATTTGAAAAAGATTGTTGGTGGA
GCTGAACATACACTGCGTGCAAAGCTGACATTTTCACAGGAGTTTCATGGTAATCTCACA
AAGGAAGCAGGGCCGGTTAGCATGACCTTCACCATACCGATGTACAATGTTTCTAAACTC
CAGGTCAAGTACTTGCAGATAGCAAAGAAATCAAGTAGTTACAATCCATATCGTTGGGTG
AGATATGTGACACAGGCCAATTCGTACGTGGCTCGGATATGACCCTACTTTCAGATAATG
TTTGTTCATTTTCAGATCATACTTGTTCTTAAATTCTAAGAGGATCCTTCACAGTACGTG
CTGAATGTTTGTTGTCTCTACTATTTGGATTTTCTTGGTTTGTTCTCTACGCTGGAAACA
TGAGTCTGAATGAAACATATTCCAATTTATGGC

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL2377Contig1 933 2 6 U
GGAAACTTTCTTCGATTTTATCATTTGGGTCTCGCGAAAAATCTCGCCTTTGAATCTTCC
TCTTCATGGGCAACATCAGCAGCAGCGGAGGAGGCGACGGTAGACGCCGTAGACAACGGC
GGAGCAATTCCCTTCCAACATCTTCTCCACCACAACAACAACCACCGCCTCCTCCTCCGC
CACCACCTAATCGCATCGTCTTCGCCGCGGCTACACCGTACCCAAACCCTAATTACCAGT
ACCCTGGCTACTACCCTCCTCCGGGGCCTTACGACCATCACCACCACATCCACTATCCTC
CTCCTCCGCATCCTTATCACCACCCTTACGGAAGATACCCTTACGGTGGTGGACCCATGA
TGCCTCCGCAGCTCCCCTGCGTCGAACATCAGAAAGCCGTCACCATTCGTAACGACGTGA
ACCTCAAAAAGGAGTCTCTAAAACTCGAACCCGACCCGGATAACCCGGGTCGGTTCCTCG
TCTCCTTCACGTTTGATGCCACCGTCTCCGGAAGAATCACAGTTATTTTCTTCGCAAAAG
AAACCGAACAATGCGTCCTCACAGCTACAAAGGAAGACACTTTACCACCGATCACAATGG
ATTTCGAGAAAGGCCTCGGTCAGAAGTTCAGACAGCCTCCCGGTTCGGGCATAGATCTGT
CGTTATTCGAAGACAGTGAGCTCTTTAAGGCGGCGACGTTGGAGACTGATGTGTATCCGT
TGGCGGTTAAGGCGGAAGCAGCAGTTACTTCTTCAGAAGAAGCAGAAGAAGAGGAGAGTA
AGAACGCGCAGATTACTCAAGCGGTTTACGAGGAGGAGAAAGGAGAGGTTAAGATAAGAG
TGGTGAAGCAGATACTATGGGTTAACGGGACTAGGTACGAGCTGCAAGAGATTTATGGGA
TTGGGAATACGGTTGGTGGGGGTGACGATGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FJ09TF U 1
AF RR3GB91TF U 435
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BS 591 591 RR3GB91TF
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BS 685 933 RR3GB91TF

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ACCTCAAAAAGGAGTCTCTAAAACTCGAACCCGACCCGGATAACCCGGGTCGGTTCCTCG
TCTCCTTCACGTTTGATGCCACCGTCTCCGGAAGAATCACAGTTATTTTCTTCGCAAAAG
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CGTTATTCGAAGACAGTGAGCTCT

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DS 

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G
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GTGAGCTCTTTAAGGCGGCGACGTTGGAGACTGATGTGTATCCGTTGGCGGTTAAGGCGG
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TATGGGTTAACGGGACTAGGTACGAGCTGCAAGAGATTTATGGGATTGGGAATACGGTTG
GTGGGGGTGACGATGATG

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DS 



AS 1 3

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AGCAGTCTTCTGCAAGCTTGTGCGATATCTGACTCTGGAATCTCGATGTTACCACGAACT
TCCTTACTGAAATATCTCTGAAGTAAAAACTCTTTTACCATTCCACACATTCCGTAGAAG
TACAGCAAGTTTGAGACAACTCTGTTGTAAAACCATTCAGACCAAGACGGCGCCTTGCAT
AGCGGTGAGATAAGAATCAAACCCAGAACCCTTTCTCTATGTTTCATTGCGAATAATGTG
AGGATGTAAGCACCTGCAGTCACTCCCATACACATCACAGCTCCAAGGCCGAAAAAGTTG
AGCACTTCAAGGATCTGATCTGCTAAATCATCAGCAGAAGGGATTGAATCAGTAGGAAAG
ATGGGAGCAGCTCCTAACTCATGACCGGGTGGACTGATATGATAAATGCAGAAGTTATGA
AGTAGCAACGAAGCTGCTTCCGGGCAGAAGAATAATCCTTGGAAGCATGATATATGGTTA
AGGGCCAGATCAGGATAAGTAATCAATGGTGGCTTTTCTCGATCTCCATAGACAATGACA
GACACAACACCACACGCAGTTTTAACACGATGCTCCTTGCCACCAAGATAGATCGTTCCA
AGGTCGACGGAAACGGAGTCGTTTGACTCAGCCATTGGCAATAAGAGCTCCTCCGTTTCC
GCCGTCGTTTGCCTTATTTGTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B635JQ U 40
AF RR3F652JQ U 1
AF RR3B635TF C 601
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BS 809 1405 RR3B635TF

RD RR3B635JQ 688 0 0
G
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GGCTAAGAGGACTCCTAGGGCTCTCTGTGAAATAAGATGGTCGATACAATCCATAACCCA
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TCTTCAATCCACTTGAGATGTCAGGTCTCCTATCAATGGCATCAAGAAACCGCACGACAT
TTACACTTTTCCTCTCATCAAGCAGTC

QA 2 688 2 688
DS 

RD RR3F652JQ 813 0 0
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CACAAAAAAACAATTGTTACAATGTCACAACAACAGAACATTTTACATATATGCATAAAA
AATGAAATAATAAAACAACATTTTGTGGCTTTTTAACAAAAGAACTGTCGTCTCTTTATC
ATGGCTGACTACAA**GAATTTGTGTTATAAGGATGGCTGGCTTGAATGATCCGTCTTCG
TCTTCATCTTCTCCTCAGATCTCCCCTAGTGTTTTGTTCTATATCTACAAACAGCCCTAC
GAAGATTTGACCTGTCAGCAAGTCGAAACTCGGGTTTTGATAGGCTTAAGCTTTAATCCC
ATGCTTTCAGGAGAGAGAAGCTCAGGTGAAATGCAACAAGGGCTAAGAGGAATCCTAGGG
CTCTCTGTGAAATAAGATGGTCGATACAATCCATAACCCATCAAGAAATATTCCATTGGA
ACCAACATTGCATGTGGTTGCTCCTCCGTTACCATTGAACCACAAGCCTGAACCTCAACC
AAAGCACAGTATCCTCTATCCAAATTTGCTGCCATGTGAACAGCTTCTGAATAGAAGGGA
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TCAGGTCTCCTATCAATGGCATCAAGAAACCGCATGACATTTACACTTTTCCTCTCATCA
AGCAGTCTTCTGCAAGCTTGTGCGATATCTGACTCTGGAATCTCGATGT*ACCACGAACT
TCCTTACTGAAATATCTCTGAAGTAAAA
CTCTT

QA 1 808 1 808
DS 

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AGCAGTCTTCTGCAAGCTTGTGCGATATCTGACTCTGGAATCTCGATGTTACCACGAACT
TCCTTACTGAAATATCTCTGAAGTAAAAACTCTTTTACCATTCCACACATTCCGTAGAAG
TACAGCAAGTTTGAGACAACTCTGTTGTAAAACCATTCAGACCAAGACGGCGCCTTGCAT
AGCGGTGAGATAAGAATCAAACCCAGAACCCTTTCTCTATGTTTCATTGCGAATAATGTG
AGGATGTAAGCACCTGCAGTCACTCCCATACACATCACAGCTCCAAGGCCGAAAAAGTTG
AGCACTTCAAGGATCTGATCTGCTAAATCATCAGCAGAAGGGATTGAATCAGTAGGAAAG
ATGGGAGCAGCTCCTAACTCATGACCGGGTGGACTGATATGATAAATGCAGAAGTTATGA
AGTAGCAACGAAGCTGCTTCCGGGCAGAAGAATAATCCTTGGAAGCATGATATATGGTTA
AGGGCCAGATCAGGATAAGTAATCAATGGTGGCTTTTCTCGATCTCCATAGACAATGACA
GACACAACACCACACGCAGTTTTAACACGATGCTCCTTGCCACCAAGATAGATCGTTCCA
AGGTCGACGGAAACGGAGTCGTTTGACTCAGCCATTGGCAATAAGAGCTCCTCCGTTTCC
GCCGTCGTTTGCCTTATTTGTTATC

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 3

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TCTTATGTGAAAAATAAGAGAACTAAGATAAGCCATTGCTTTACATAATAAAACAGCAAT
GCTTCACTTTTTACACAACCAAAAGAAGGTTTTAACTTAAGCCAGAGGAAATCCAAAATA
CATTTTATTTACTGACTTAAATTAAAAACCCTCCTTTTTATTTACAAAATTATATATATA
AACATGAACCAGTGCTTTGCTTAGTTAGGCTGTACATATATAGCTCTCTCTGTTCATCAA
ATTATCCCCTCTTTCTCTGGTTGTGTTATGAGCTTGAGGTTTACTTACATGGCTAAGGAG
AAGTATTTGCGGCTAGAGATGATGAGAGCCCGATTCTTCTCTCTCCAGTGGTGATAAGTT
TCTCAACCCGGGCAACGATGTGTTTCCCATATGTGTATCTCTTTAAGGCATTCAAGTGGA
CTTTGATGCGAGAAATAATGAGTGCAAGGCTTTGATCATCGCATGTTTCAAGAACCTTCT
GCACTACGTAGTTCCCGAATGGATCCTTCATCATCGCCTGAAGAGGCTCGTTTTCATCAG
TATAACCAAGCATCTCATTCACTAGAACCTGGCGTTCCTCTGGACCGCCAAATGTTAAGC
ACTTTTCAACAACGTTAGAAGCAAACTTCTGTTGACTCATTGTCACAATCTGCCCAGCAA
GCTTATTGATAATTTCTGTCCGTTCGTGTGGTTTACCGTGTCGTATGATATGCTGAATAA
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TGATCCGTTGGGTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F949JQ U 163
AF RR3EK09JQ U 1
AF RR3F949TF C 541
BS 1 761 RR3EK09JQ
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BS 763 773 RR3EK09JQ
BS 774 854 RR3F949TF

RD RR3F949JQ 214 0 0
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TACAAAATTATATATATAAACATGAACCAGTGCTTTGCTTAGTTAGGCTGTACATATATA
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ACTTACATGGCTAAGGAGAAGTATTTGCGGCTAG

QA 1 214 1 214
DS 

RD RR3EK09JQ 773 0 0
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TCTTATGTGAAAAATAAGAGAACTAAGATAAGCCATTGCTTTACATAATAAAACAGCAAT
GCTTCACTTTTTACACAACCAAAAGAAGGTTTTAACTTAAGCCAGAGGAAATCCAAAATA
CATTTTATTTACTGACTTAAATTAAAAACCCTCCTTTTTATTTACAAAATTATATATATA
AACATGAACCAGTGCTTTGCTTAGTTAGGCTGTACATATATAGCTCTCTCTGTTCATCAA
ATTATCCCCTCTTTCTCTGGTTGTGTTATGAGCTTGAGGTTTACTTACATGGCTAAGGAG
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GCTTATTGATAATTTCTGTCCGTTCGTGTGGTTTACCGTGTTGTATGATATGC

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3F949TF 314 0 0
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TATAACCAAGCATCTCATTCACTAGAACCTGGCGTTCCTCTGGACCGCCAAATGTTAAGC
ACTTTTCAACAACGTTAGAAGCAAACTTCTG***ACTCATTGTCACAATCTGCCCAGCAA
GCTTATTGATAATTTCTGTCCGTTCGTGTGGTTTACCGTGTCGTATGATATGCTGAATAA
CATAATTTCCGTACTGATCTTGAGCTAGAGTGCAGACTGAGTTCATGATTTCCCCCATAA
TGATCCGTTGGGTT

QA 1 314 1 314
DS 



AS 1 2

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CCAAAATAAATGCATTCATT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CF54TF U 6
AF RR3F569JQ C 1
BS 1 5 RR3F569JQ
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RD RR3CF54TF 326 0 0
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AGTAGAAGGCTCCAAAAAATATTAACCTAAAAACACCCATTCATTATTTGTTTTGTTTCC
TCTACACACAATTTAATTATATGGT
C

QA 1 325 1 325
DS 

RD RR3F569JQ 380 0 0
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GATGCAGTAAAGCTTTTGTGCAGCAGGGGATACCCATGCCAAAACGTCGAGATTGGAGAC
ATCGATATCAAGTACAACGGAGCAGATGGTCCAGGGACTTTCCAGTGTTCAAACGTGAGC
CCCAGATTCATGGGAATTCAGAACCCTAAAGCTTGCACTGGTCCATTGACCAATTTACCC
CAATAAGTAGAAGGCTCCAAAAAATATTAACCTAAAAACCCCCATTCATTATTTGTTTTG
TTTCCTTTACACACAATTTAATTATATGGTTTATAATGTATGCTTTCATTTTTTATGATT
CCAAAATAAATGCATTCATT

QA 1 380 1 380
DS 



AS 1 4

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TTACTGTTATCCTCCCTGTTCCAAAACATTTCTTCAACTTTCATCTTTGATCAATTGTTA
CTGTTTTTTTTTTTTATATTCGCAATATGATACTAAGAGACTACCATCTTATGTACTTTG
GGTTTGCCA*CTTCTTTAATATGAAAAATTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CS32TF U 1
AF RR3H018TF U 1
AF RR3DI01TF U 1
AF RR3H018JQ C 114
BS 1 419 RR3CS32TF
BS 420 420 RR3H018TF
BS 421 439 RR3CS32TF
BS 440 440 RR3H018TF
BS 441 613 RR3CS32TF
BS 614 615 RR3H018TF
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BS 685 691 RR3H018JQ

RD RR3CS32TF 688 0 0
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ATCCACGTTCCTAGTCCAG*CTGGCCTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTT
CTGAGCTGCTTGTGTTACATTTCCCCTAGGCCGTTTGCTACATTCTGCTCTAGTGGATCA
TTACTGTTATCCTCCCTGTTCCAAAACATTTCTTCAACTTTCATCTTTGATCAATTGTTA
CTGTTTTTTTTTT**ATATTCGCAATATGATACTAAGAGACTACCATCTTATGTACTTTG
GGTTTGCCA*CTTCTTTAATATGA
AAAA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3H018TF 687 0 0
GGACCGAAACAGAAGTTGCATACTTTATCCGAATCTAAGGTTTCATTCTTCTCTTCTCCC
GATAAATCAGATCATCGAAACGCTACTCCTCGAATCAGGTCTCAGTTTCTCTGTCGTTTG
CCCATCAGATCAACAAAGTTTCATGTCTGAACTTGATTCCCAGGTCCCTACTGCCTTCGA
CCCGTTTGCTGATGTGGATGCTGAGGACTCAGGTGCGGGAACAAAGGAGTACGTCCACAT
ACGTGTCCAGCAGCGGAATGGTAGAAAAAGCTTGACAACAGTCCAGGGGCTGAAGAAAGA
GTATAGTTACAGCAAGATACTTAAGGACCTCAAGAAGGAGTTTTGTTGCAACGGAACTGT
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ATCCACGTTCCTAGTCCAGGCTGGCCTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTT
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CTGTTTTTTTTTTTTATATTCGCAATATGATACTAAGAGACTACCATCTTATGTACTTTG
GGTTTGCCA*CTTCTTTAATATGA
AAA

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DS 

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ATCCACGTTCCTAGTCCAGGCTGGCCTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTT
CTGAGCTGCTTGTGTTACATTTCCCCTAGGCCGTTTGCTACATTCTGCTCTAGTGGATCA
TTACTGTTATCCTCCCTGTTCCAAAACATTTCTTCAACTTTCATCTTTGATCAATTGTTA
CTGTTTTTTTTTTT*ATATTCGCAATATGATACTAAGAGACTACCATCTTATGTACTTTG
GGTTTGC*A*CTTCTTTAATATGA

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GAACTGTGGTTCAAGACTCTGAACTCGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGCGACCAGAGGA
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ATGGTTTTTGAGCTGCTTGTGTTACATTTCCCCTAGGCCGTTTGCTACATTTTGCTCTAG
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TACTTTGGGTTTGCCAACTTCTTTAATATGAAAAATTT

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DS 



AS 1 2

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TGTCCATCATCTCCTTCTCTTCCCTAACTTCTTGAACTCTCAAAAACCCACCAGATGTCT
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GTTTCTGGAACAGATTGGAGATGGGTGTGATGTGTTCGATGGAGATTGGGTTTGGGACGA
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BQ
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AF RR3AB52TF U 1
AF RR3AB52JQ C 636
BS 1 814 RR3AB52TF
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CAGAACAGTAGCTAAA
GCTATA

QA 1 856 1 856
DS 

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QA 1 953 1 953
DS 



AS 1 4

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TAAATTTGTTTTTCACCTTTAAGTTTTGATTACTAATTAATTAAGAGAATGGAAAAAACT
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TTACTCCATTTTTAGCATATTTTAAAGTAAAAAGATAAAAAAACTATTTTAACTTGATTA
GACAAATTTAGAATAACAGCGCAGAATTTTTATTTTATTCTACGTTATTATAGCAATGAT
GCTATCGAGTCACAACCTTAATATTGAACCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU33JQ U 4
AF RR3BY74JQ U 67
AF RR3GU33TF C 1
AF RR3BY74TF C 67
BS 1 3 RR3GU33TF
BS 4 66 RR3GU33JQ
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BS 289 355 RR3BY74JQ
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BS 550 682 RR3BY74JQ
BS 683 739 RR3GU33TF
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RD RR3GU33JQ 640 0 0
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ATAGGAATCCCAGATTTAATCCTAATGGGTTATGGATGACGGATTTTCCTTCTAAACCCA
ATAAAATTTTGAGTTTGGGTTTTGGGATGTTATGCCAAGCTTGAGATCCACAACACAAAA
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DS 

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TGTTTTTCACCTTTAAGTTTTGATTACTAATTAATTAAAAAAATGGAAAAAACTTGAAAT
CAAAAAAAGTGAAAATGATATTTTTTTTACTTTTGACTTAAGTGGAGTGATATATTACTC
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TTTAGAATAACAGCGC

QA 1 616 1 616
DS 

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GGTATAGGAATCCCAGATTTAATCCTAATGGGTTATGGATGACGGATTTTCCTTCTAAAC
CCAATAAAATTTTGAGTTTGGGTTTTGGGATGTTATGCCAAGCTTGAGATCCACAACACA
AAATCCTTCTCTCTCTTGTATTTGAAACCACAATAACAGACTGATCAAAACTGTAGAAAC
CTGAAATCCCCATCATGATGATCATTGAATCTCGAAACTGAGATATGTGATGGATCCTTT
GCCGGAAAGAGCTTCAAACATCGGTTAGGTCTCCTTTCTCGACGCCTTCGCGAGTGCCTT
TAAATTTGTTTTTCACCTTTAAGTTTTGATTACTAATTAATTAAGAGAATGGAAAAAACT
TGAAATCAGAAAAAGTGAAAATGATATTTTTTT*ACTTTTGACTTAAGTGGAGTGATATA
TTACTCCATTTTTAGCATATTTTAAAGTAAAAAGATAAAAAAACTATTTTAACTTGATTA
GACAAATTTAGAATAACAGCGCAGAATTTTTATTTTATTCTACGTTATTATAGCAATGAT
GCTATCGAGTCACAACCTT
C

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DS 

RD RR3BY74TF 685 0 0
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GGAATCCCAGATTTAATCCTAATGGGTTATGGATGACGGATTTTCCTTCTAAACCCAATA
AAATTTTGAGTTTGGGTTTTGGGATGTTATGCCAAGCTTGAGATCCACAACACAAAATCC
TTCTCTCTCTTGTATTTGAAACCACAATAACAGACTGATCAAAACTGTAGAAACCTGAAA
TCCCCATCATGATGATCATTGAACCTCGAAACTGAGATATGTGATGGATCCTTTGCCGGA
AAGAGCTTCAAACATCGGTTAGGTCTCCTTTCTCGACGCCTTCGCGAGTGCCTTTAAATT
TGTTTTTCACCTTTAAGTTTTGATTACTAATTAATTAAGAGAATGGAAAAAACTTGAAAT
CAGAAAAAGTGAAAATGATATTTTTTTTACTTTTGACTTAAGTGGAGTGATATATTACTC
CATTTTTAGCATATTTTAAAGTAAAAAGATAAAAAAACTATTTTAACTTGATTAGACAAA
TTTAGAATAACAGCGCAGAATTTTTATTTTATTCTACGTTATTATAGCAATGATGCTATC
GAGTCACAACCTTAATATTGAACCC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 4

CO CL2384Contig1 923 4 11 U
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AATAATCCACTTTGAGAAATATAATCCAAAATGATTTACTCTTCATCGTCTGTACTAAAA
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TCTATAGATTCTCTTGAGAAGATCGATTACGACAATAACTTTTGTATGTCCAACGCGAAG
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ACGTGGTACAAGGGTGATAGGATGTATGGAATGGTACAGTGTACATATGATCTATCACTA
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AAACGAGGAGCAAGATTTGTGGGTGGGACCTGTACTTTTAGGTTTGAGTTTTACCCTTTT
ATTTCTGAGCCGGTCCGAAATATTTAATGAGCTAAATAAATGTTACACTTTTTGTATGAA
TTTTTTCAGTCAAAAATTTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GT48TF U 1
AF RR3BN40TF U 426
AF RR3G093JQ C 587
AF RR3G093TF U 587
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BS 497 497 RR3BN40TF
BS 498 559 RR3GT48TF
BS 560 560 RR3BN40TF
BS 561 596 RR3GT48TF
BS 597 597 RR3BN40TF
BS 598 610 RR3GT48TF
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BS 627 898 RR3BN40TF
BS 899 923 RR3G093TF

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QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3BN40TF 473 0 0
G
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GATTTTCTTGAGAAGATCGATTACGACAATAACTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGTTG
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TTAGCCACCACCACTAAAGGTAAAGATAATTACACAATGTTCTCTGCGGGGGAGACGTGG
TACAAGGGTGATAGGATGTATGGAATGGTACAGTGTACATATGATCTATCACTAAGAGCT
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QA 2 473 2 473
DS 

RD RR3G093JQ 337 0 0
GG
ATGGACAACCTGACGACTTTAGCCACCACCACTAAAGTTAAAGATAATTACACAATGTTC
TCTGCGGGGGAGACGTGGTACAAGGGTGATAGGATGTATGGAATGGTACAGTGTACATAT
GATCTATCACTAAGAGCTTGTAAGGAGTGTTTGGTTTTTAATGGCTTGCGTTTTAAAGAT
TGTTTGAGTGATAAACGAGGAGCAAGATTTGTGGGTGGGACCTGTACTTTTAGGTTTGAG
TTTTACCCTTTTATTTTTGAGCCGGTCCGAAATATTTAATGAGCTAAATAAATGTTACAC
TTTTTGTATGAATTTTTTCAGTCAAAAATTTATCT

QA 3 337 3 337
DS 

RD RR3G093TF 337 0 0
GG
ATGGACAACCTGACGACTTTAGCCACCACCACTAAAGTTAAAGATAATTACACAATGTTC
TCTGCGGGGGAGACGTGGTACAAGGGTGATAGGATGTATGGAATGGTACAGTGTACATAT
GATCTATCACTAAGAGCTTGTAAGGAGTGTTTGGTTTTTAATGGCTTGCGTTTTAAAGAT
TGTTTGAGTGATAAACGAGGAGCAAGATTTGTGGGTGGGACCTGTACTTTTAGGTTTGAG
TTTTACCCTTTTATTTCTGAGCCGGTCCGAAATATTTAATGAGCTAAATAAATGTTACAC
TTTTTGTATGAATTTTTTCAGTCAAAAATTTATCT

QA 3 337 3 337
DS 



AS 1 3

CO CL2385Contig1 836 3 4 U
GTAGTAATTCCCCATGCATATATTTCACTTGAAACTTGAGAAAAACCATCCTTATTACAA
CGACAACAAAGTAAATTATCAAAACAACAAAACAAAAACAACAACTAATAGAGAAAAAAG
ACTTGACAAAAAAACCAGTGAATTTGCAATAGACAATTACTTTCTAACATCTCAATTTTA
AATCATTCAACAGACCATAGAAACAAACTCATCAATGCTCTTATCAGAGCTACCTCCTTC
AGAAACAGCTTCTCGAGCCAACACTTTCCACTTCTCAGCATTCTTTCTAATCTCTTTCCC
TTTCTCTCCTTCCATAACTTCTCCCACACATCTCACTATCTCCTCTCTTCTCACAAACCC
ATCAGCTTCTGCTTTAACCCTAACCCCAACCTTCCACACATCCTCCACGAACTTAGCATT
TGTAGGTTGATCTGTCCAATGAGGCATACCAATCATTGGAACTCACAAACTTAATCCTTC
TAAAGTCGAGTTCCATCCACAATGTGTCAAGAAACAACCAACAGATTTATGCGCAAGAAC
TTCAAGCTGAGGACTCCAGCTCACAATGAGTCCCTTCTCACCGGTTTCATCTACATAGTT
TTTTGGAATCTTGTTTGTTTCTGTTTCTCTCACAACCCACAAGAAGAAACATCCGCCCTG
TTTCAAACCGGTTGCTAGCTCCATCATTTGATCTTCATTTAGAATCACCAAGCTTCCAAA
TGACACATAAACAACTGAACTAGGCTGCTTTGAGTTTAGCCACTCGATGCATTCAGTCGA
TTTTGCAGTGAAAAGGCTGAATCCGTAGTTCTTGTCTTCAGACAGTCGCTTGTCTA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BM16TF C 1
AF RR3BM16JQ U 1
AF RR3CH70JQ U 125
BS 1 335 RR3BM16JQ
BS 336 337 RR3CH70JQ
BS 338 481 RR3BM16JQ
BS 482 836 RR3CH70JQ

RD RR3BM16TF 313 0 0
GTAGTAATTCCCCATGCATATATTTCACTTGAAACTTGAGAAAAACCATCCTTATTACAA
CGACAACAAAGTAAATTATCAAAACAACAAAACAAAAACAACAACTAATAGAGAAAAAAG
ACTTGACAAAAAAACCAGTGAATTTGCAATAGACAATTACTTTCTAACATCTCAATTTTA
AATCATTCAACAGACCATAGAAACAAACTCATCAATGCTCTTATCAGAGCTACCTCCTTC
AGAAACAGCTTCTCGAGCCAACACTTTCCACTTCTCAGCATTCTTTCTAATCTCTTTCCC
TTTCTCTCCTTCC

QA 1 313 1 313
DS 

RD RR3BM16JQ 482 0 0
GTAGTAATTCCCCATGCATATATTTCACTTGAAACTTGAGAAAAACCATCCTTATTACAA
CGACAACAAAGTAAATTATCAAAACAACAAAACAAAAACAACAACTAATAGAGAAAAAAG
ACTTGACAAAAAAACCAGTGAATTTGCAATAGACAATTACTTTCTAACATCTCAATTTTA
AATCATTCAACAGACCATAGAAACAAACTCATCAATGCTCTTATCAGAGCTACCTCCTTC
AGAAACAGCTTCTCGAGCCAACACTTTCCACTTCTCAGCATTCTTTCTAATCTCTTTCCC
TTTCTCTCCTTCCATAACTTCTCCCACACATCTCA**ATCTCCTCTCTTCTCACAAACCC
ATCAGCTTCTGCTTTAACCCTAACCCCAACCTTCCACACATCCTCCACGAACTTAGCATT
TGTAGGTTGATCTGTCCAATGAGGCATACCAATCATTGGAACTCACAAACTTAATCCTTC
T
C

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR3CH70JQ 712 0 0
GC
CAAAAAAACCAGTGAATTCGCAATAGACAATTACTTTCTAACATCTCAATTTTAAATCAT
TCAACAGACCATAGAAACAAACTCATCAATGCTCTTATCAGAGCTACCTCCTTCAGAAAC
AGCTTCTCGAGCCAACACTTTCCACTTCTCAGCATTCTTTCTAATCTCTTTCCCTTTCTC
TCCTTCCATAACTTCTCCCACACATCTCACTATCTCCTCTCTTCTCACAAACCCATCAGC
TTCTGCTTTAACCCTAACCCCAACCTTCCACACATCCTCCACGAACTTAGCATTTGTAGG
TTGATCTGTCCAATGAGGCATACCAATCATTGGAACTCCCAAACTTAATCCTTCTAAAGT
CGAGTTCCATCCACAATGTGTCAAGAAACAACCAACAGATTTATGCGCAAGAACTTCAAG
CTGAGGACTCCAGCTCACAATGAGTCCCTTCTCACCGGTTTCATCTACATAGTTTTTTGG
AATCTTGTTTGTTTCTGTTTCTCTCACAACCCACAAGAAGAAACATCCGCCCTGTTTCAA
ACCGGTTGCTAGCTCCATCATTTGATCTTCATTTAGAATCACCAAGCTTCCAAATGACAC
ATAAACAACTGAACTAGGCTGCTTTGAGTTTAGCCACTCGATGCATTCAGTCGATTTTGC
AGTGAAAAGGCTGAATCCGTAGTTCTTGTCTTCAGACAGTCGCTTGTCTA

QA 3 712 3 712
DS 



AS 1 4

CO CL2386Contig1 718 4 6 U
GGCCCGGTTTGAGTTTAGGTGGATGGATCAGTTTGCTCTGTCGTTGGACCCTATGACCGC
GATGTCGTTCCACGATGAGACGCTTCCGGCTGATGGAGCCAAGGTTGCGCACTTCTGCTC
CATGTGTGGACCAAAGTT*TGCTCCATGAAGATAACTGAAGACATCAGGAAGTATGCGGA
GGAGAATGGTTATGGCACTGCTGAGGAAGCGCTCAGAAAAGGGATGGAGGCTATGAGCCA
AGAGTTCAATGTTGCAAAAAAAACAATCAGCGGAGAGCAGCACGGTGAAGTTGGTGGTGA
AATCTACTTGCCAGAGAGCTATGTCAAGGCTGCTAAGAAGTAAAAAGGGAAAGGGTGGGA
ACAAGACCTCGCTTACACAAGTCTTGGTGCCTGTTGGACTATACCTGAATAAGGCACAAA
ATGTTGGTAAGCTTTAGCAGTCTCTCTGTCTGTTAAACTTTAGAACTATCTATGGTTTAT
GTTTCTTCTGTTTGTTCCTTTGAGTCTGAGTCAGTAATAAAAAA*GACAAACTGAGTTGA
TGTTTTAAATACTTTACATGTGATTTGGATTGTGAATTGACATACAAAGCACCAGGGGTG
CTTGAACCAGGCTAGCCTGCTAAAGAGCGGGCTATCCTGGGAACAGGCTGAGAAAGTCCC
TTTGAACCTGAACAGGGTAATGCCTGCGCAGGGAGTGTGCAGTTTTCTTTTTTTTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DQ85JQ C 124
AF RR3DQ85TF U 109
AF RR3A024JQ C 1
AF RR3A024TF U 1
BS 1 139 RR3A024TF
BS 140 140 RR3DQ85TF
BS 141 227 RR3A024TF
BS 228 228 RR3DQ85TF
BS 229 671 RR3A024TF
BS 672 718 RR3A024JQ

RD RR3DQ85JQ 325 0 0
GTGTGGACCAAAGTTTTGCTCCATGAAGATAACTGAAGACATCAGGAAGTATGCGGAGGA
GAATGGTTATGGCACTGCTGAGGAAGCGCTCAGAAAAGGGATGGAGGCTATGAGCCAAGA
GTTCAATGTTGCAAAAAAA*CAATCAGGGGAGAGCAGCACGGTGAAGTTGGTGGTGAAAT
TTACTTGCCAGAGAGCTATGTCAAGGCTGCTAAGAAGTAAAAAGGGAAAGGGTGGGAACA
AGACCTCGCTTACACAAGTCTTGGTGCCTGTTGGACTATACCTGAATAAGGCACAAAATG
TTGGTAAGCTTTAGCAGTCTTTCTG

QA 1 325 1 325
DS 

RD RR3DQ85TF 437 0 0
GCACTTCTGCTCCATGTGTGGACCAAAGTTCTGCTCCATGAAGATAACTGAAGACATCAG
GAAGTATGCGGAGGAGAATGGTTATGGCACTGCTGAGGAAGCGCTCAGAAAAGGGATGGA
GGCTATGAGCCAAGAGTTCAATGTTGCAAAAAAA*CAATCAGCGGAGAGCAGCACGGTGA
AGTTGGTGGTGAAATCTACTTGCCAGAGAGCTATGTCAAGGCTGCTAAGAAGTAAAAAGG
GAAAGGGTGGGAACAAGACCTCGCTTACACAAGTCTTGGTGCCTGTTGGACTATACCTGA
ATAAGGCACAAAATGTTGGTAAGCTTTAGCAGTCTCTCTGTCTGTTAAACTTTAGAACTA
TCTATGGTTTATGTTTCTTCTGTTTGTTCCTTTGAGTCTGAGTCAGTAATAAAAAAAGAC
AAACTGAGTTGATGTTT

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR3A024JQ 718 0 0
GGCCCGGTTTGAGTTTAGGTGGATGGATCAGTTTGCTCTGTCGTTGGACCCTATGACCGC
GATGTCGTTCCACGATGAGACGCTTCCGGCTGATGGAGCCAAGGTTGCGCACTTCTGCTC
CATGTGTGGACCAAAGTT**GCTCCATGAAGATAACTGAAGACATCAGGAAGTATGCGGA
GGAGAATGGTTATGGCACTGCTGAGGAAGCGCTCAGAAAAGGGATGGGGGCTATGAGCCA
AGAGTTCAATGTTGCAAAAAAAACAATCAGCGGAGAGCAGCACGGTGAAGTTGGTGGTGA
AATCTACTTGCCAGAGAGCTATGTCAAGGCTGCTAAGAAGTAAAAAGGGAAAGGGTGGGA
ACAAGACCTCGCTTACACAAGTCTTGGTGCCTGTTGGACTATACCTGAATAAGGCACAAA
ATGTTGGTAAGCTTTAGCAGTCTCTCTGTCTGTTAAACTTTAGAACTATCTATGGTTTAT
GTTTCTTCTGTTTGTTCCTTTGAGTTTGAGTCAGTAATAAAAAA*GACAAACTGAGTTGA
TGTTTTAAATACTTTACATGTGATTTGGATTGTGAATTGACATACAAAGCACCAGGGGTG
CTTGAACCAGGCTAGCCTGCTAAAGAGCGGGCTATCCTGGGAACAGGCTGAGAAAGTCCC
TTTGAACCTGAACAGGGTAATGCCTGCGCAGGGAGTGTGCAGTTTTCTTTTTTTTTTT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3A024TF 671 0 0
GGCCCGGTTTGAGTTTAGGTGGATGGATCAGTTTGCTCTGTCGTTGGACCCTATGACCGC
GATGTCGTTCCACGATGAGACGCTTCCGGCTGATGGAGCCAAGGTTGCGCACTTCTGCTC
CATGTGTGGACCAAAGTT**GCTCCATGAAGATAACTGAAGACATCAGGAAGTATGCGGA
GGAGAATGGTTATGGCACTGCTGAGGAAGCGCTCAGAAAAGGGATGGGGGCTATGAGCCA
AGAGTTCAATGTTGCAAAAAAAACAATCAGCGGAGAGCAGCACGGTGAAGTTGGTGGTGA
AATCTACTTGCCAGAGAGCTATGTCAAGGCTGCTAAGAAGTAAAAAGGGAAAGGGTGGGA
ACAAGACCTCGCTTACACAAGTCTTGGTGCCTGTTGGACTATACCTGAATAAGGCACAAA
ATGTTGGTAAGCTTTAGCAGTCTCTCTGTCTGTTAAACTTTAGAACTATCTATGGTTTAT
GTTTCTTCTGTTTGTTCCTTTGAGTCTGAGTCAGTAATAAAAAA*GACAAACTGAGTTGA
TGTTTTAAATACTTTACATGTGATTTGGATTGTGAATTGACATACAAAGCACCAGGGGTG
CTTGAACCAGGCTAGCCTGCTAAAGAGCGGGCTATCCTGGGAACAGGCTGAGAAAGTCCC
TTTGAACCTGA

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 4

CO CL2387Contig1 1290 4 16 U
GGATCCTTCAACCTCTCTCTCTGCATTTTCTCGATCTTTCCGTCATAAACCATGTCTGCC
TTCACCAGCAAATTCGCCGATGAGTTGATCGCTAACGCAGCCTACATAGGCACACCCGGA
AAGGGTATTCTCGCGGCAGATGAGTCTACGGGAACCATCGGGAAGCGTCTTGCAAGCATC
AACGTGGAGAACGTTGAGTCAAACAGGCGTGCTCTCCGTGAGCTTCTCTTCACCGCTCCT
GGTGCTCTCCCTTGCCTTAGCGGTGTTATCCTCTTCGAGGAAACTCTTTACCAAAAGAGC
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CGTGCTGTTCTTAAGATCGGCGAGAACGAGCCATCGGAGCTTTCCATCCACGAGAACGCT
TACGGGTTGGCTAGATACGCTGTTATCTGCCAGGAGAACGGTCTTGTTCCCATCGTCGAG
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GTCCTTGCCGCTTGCTACAAGGCTCTTAGCGACCACCACGTCTTGCTTGAGGGAACTTTG
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GCTGAGCACACCGTCCGTGCCCTTCAGAGGACGGTCCCAGCAACTGTTCCAGCCATTGTG
TTCTTGTCTGGTGGACAGAGCGAGGAGGAGGCGACCAAGAACTTGAACGCGATGAACCAG
TTGAAGACCAAGAAACCAGGGTCGTTGTCTTTCTCTTTCGGACGTGCGTTACAACAGAGC
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GTGAGGTGCAAGGCTAACTCTGAAGCTACGCTTGGAACTTACAAAGGTGATGCTAAGCTT
GGTGATGGAGCCGCAGAGAGCCTTCACGTGAAGGATTACAAGTACTGAGAATCGTCGTTA
TCATTATTACCCTCAGATTTATTTCTAAGGGTTTTTACTTTGACATTATCGGCCCTTTTT
TTCATTTTTCTTTGGATTTGTGTTTTTATTTTTGTTTTATCTACAACTAAGTTTGAAAAA
CGCCCAAATAAGATGTGCCTTTTGAGCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FX38TF U 1
AF RR3DY41TF U 384
AF RR3DY41JQ C 462
AF RR3FX38JQ C 606
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BS 1057 1057 RR3FX38JQ
BS 1058 1290 RR3DY41JQ

RD RR3FX38TF 737 0 0
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GGTGCTCTCCCTTGCCTTAGCGGTGTTATCCTCTTCGAGGAAACTCTTTACCAAAAGAGC
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TTGAA
GCCTACATGGTT

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G
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AAGTACTACGAAGCCGGTGCTCGTTTCGCCAAGTGGCGTGCTGTTCTTAAGATCGGCGAG
AACGAGCCATCGGAGCTTTCCATCCACGAGAACGCTTACGGGTTGGCTAGATACGCTGTT
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CTTAGCGACCACCACGTCTTGCTTGAGGGAACTTTGTTGAA*CCTAACATGGTTACACCA
G*TTCCGACAGTGCTA

QA 2 377 2 377
DS 

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GTGCTCG
TTCGCCAAGTGGCGTGCTGTC**TAAGATCGGCGAGAACGAGC*ATCGGAGCTTTCCATC
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CCCATCGTCGAGC*TGAGATTCTTGTTGACGGTCCCCATGACATCCACAAGTGTGCTGCC
GTCACCGAGCGTGTCCTTGCCGCTTGCTACAAGGCTCTTAGCGACCACCACGTCTTGCTT
GAGGGAACTTTGTTGAAGCCTAACATGGTTACACCAGGTTCCGACAGTGCTAAGGTTGCT
CCTGAGGTGATCGCTGAGCACACCGTCCGTGCCCTTCAGAGGACGGTCCCAGCAACTGTT
CCAGCCATTGTGTTCTTGTCTGGTGGACAGAGCGAGGAGGAGGCGACCAAGAACTTGAAC
GCGATGAACCAGTTGAAGACCAAGAAACCAGGGTCGTTGTCTTTCTCTTTCGGACGTGCG
TTACAACAGAGCACTTTGAAGACATGGGCTGGTAAAGAGGAGAATGTCAAGGCTGCTCAA
GAGGCCTTGTATGTGAGGTGCAAGGCTAACTCTGAAGCTACGCTTGGAGCTTACAAAGGT
GATGCTAAGCTTGGTGATGGAGCCGCAGAGAGCCTTCACGTGAAGGATTACAAGTACTGA
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TCGGCCCTTTTTTTCATTTTTCTTTGGATTTGTGTTTTTATTTTTGTTTTATCTACAACT
AAGTTTGAAAAACGCCCAAATAAGATGTGCCTTTTGAGCTTC

QA 8 829 8 829
DS 

RD RR3FX38JQ 679 0 0
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TGCCGCTTGCTACAAGGCTCTTAGCGACCACCACGTCTTGCTTGAGGGAACTTTGTTGAA
GCCTAACATGGTTACACCAGGTTCCGACAGTGCTAAGGTTGCTCCTGAGGTGATCGCTGA
GCACACCGTCCGTGCCCTTCAGAGGACGGTCCCAGCAGCTGTTCCAGCCATTGTGTTCTT
GTCTGGTGGACAGAGCGAGGAGGAGGCGACCAAGAACTTGAACGCGATGAACCAGTTGAA
GACCAAGAAACCATGGTCGTTGTCTTTCTCTTTCGGACGTGCGTTGCAACAGAGCACTTT
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GTGCAAGGCTAACTCTGAAGCTACGCTTGGAACTTACAAAGGTGATGCTAAGCTTGGTGA
TGGAGCCGCAGAGAGCCTTCACGTGAAGGATTACAAGTACTGAGAATCGTCGTTATCATT
ATTACCCTCAGATTTATTTCTAAGGGTTTTTACTTTGACATTATCGGCCCTTTTTTTCAT
TTTTCTTTGGATTTGTGTTTTTATTTTTGTTTTATCTACAACTAAGTTTGAAAAACGCCC
AAATAAGATGTGCCTTTTG

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 4

CO CL2388Contig1 1474 4 14 U
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TGGTCAAAATTATACTAAACCGGTATCTGAGAGTTTGTTACGTCAGGATCTAGTCTAATG
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TCTTTGCCTTTTTGGTTTATTTTAATGTACTTTCGGATCAAAAATAAAGACATAAAAAGG
TAGTGTCTTTTCGGTGTTTGGGTCCCTCTGTCTATACCCGTGCTCAAGTTCGGTGGCGAT
GGTGGTGGGAGAGCAGCGCAAGAAGATTATCATCGATACTGATCCTGGAATCGATGATGC
AATGGCGATATTCGTGGCTCTAAAGTCACCAGAACTTGATGTCATTGGTCTCACTACTAT
CTATGGCAACGTCTACACCACTCTCGCCACTCGTAACGCCTTGCATTTGTTGGAGGTTGC
GGGTAGGACAGACATTCCTGTTGCTGAAGGAACACATAAAACTATCATGAACGGAACAAA
ACTTCAAATTGCTGACTTCGTTCACGGCAAAGATGGGCTTGGCAACCAAAACTTCCCACC
ACCTAAAGGGAAACCAATTGAAAAATCTGGACCTGAGTTCTTAGTTGAACAAGCTAAGCT
TCACCCTGGCGAAATCACTGTTGTTGCTTTGGGACCTTTGACAAATATAGCACTGGCTGT
TCAGCTTGATCCTGAGTTTTCCAAAAACGTTGGACAAATTGTACTTCTTGGTGGAGCATT
CGCAGTAAATGGAAATGTAAATCCAGCATCAGAAGCTAATATTTTTGGTGATCCAGAAGC
TGCAGATATTGTGTTCACATGTGGCGCCGATGTGATTGCTGTGGGAATCAACGTGACTCA
TCAAGTTATCATGACAGCTGATGACAGAGACAAATTGGCATCATCGAACGGGAAATTAGC
TCAATACCTATGTAAAATCCTTGGTGCGTACTATTCTTATCATCTTGATGCTTATGAGAT
TGAAGGTGTTTATCTTCATGATCCTACAACAATACTTGCGGCTTTCCTTCCTTCTCTATT
CACTTATACAGAAGGAGTTGTTAGAGTACAAACAAACGGTATCACTAGAGGACTCACCTT
ACTCTACAACAATCGAAAGAGGTTTGAGGAAGTGAACGAGTGGTCAGACAAACCATCGGT
GAAAGTGGCAGTGACAGTTGATGCTCCTGCGGTTTTGAAGCTCATAATGGATAGGCTTAT
GGAGTCTTGATCATTTGGGTTATTTACATCTCTATTTGATGTTTGCTCTTCTTGTGAGCC
ATTTTCTCTTTTGGTTTTAACACAATCCATATTGAAATAAGGCTCTTGTTGTTGCATTTT
TTTTCTGAACAACTCTCTTATTGTTGCATTTTAAACTCAAAAAATCATTCTTATTTTTGT
ATCTTACCATTTGAATATTATTTCTCATTTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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AF RR3CM11TF U 1
AF RR3A710TF U 252
AF RR3A710JQ C 657
AF RR3CM11JQ C 822
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TAGTGTCTTTTCGGTGTTTGGGTCCCTCTGTCTATACCCGTGCTCAAGTTCGGTGGCGAT
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AATGGCGATATTCGTGGCTCTAAAGTCACCAGAAGTTGATGTCATTGGTCTCACTACTAT
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GGGTAGGACAGACATTCCTGTTGCTGAAGGAACACATAAAACTATCATGAACGGAACAAA
ACTTCTAATTGCTGACTTCGTTCACGGTAAAGATGGGCTTGGCAACCAAAACTTCCCTCC
AC

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DS 

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G
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CGTGGCTCTAAAGTCACCAGAACTTGATGTCATTGGTCTCACTACTATCTATGGCAACGT
CTACACCACTCTCGCCACTCGTAACGCCTTGCATTTGTTGGAGGTTGCGGGTAGGACAGA
CATTCCTGTTGCTGAAGGAACACATAAAACTATCATGAACGGAACAAAACTTCAAATTGC
TGACTTCGTTCACGGCAAAGATGGGCTTGGCAACCAAAACTTCCCACCACCTAAAGGGAA
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AATCACTGTTGTTGCTTTGGGACCTTTGACAAATATAGCACTGGCTGTTCAGCTTGATCC
TGAGTTTTCCAAAAACGTTGGACAAATTGTACTTCTTGGTGGAGCATT

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AAGCTGCAGATATTGTGTTCACATGTGGCGCCGATGTGATTGCTGTGGGAATCAACGTGA
CTCATCAAGTTATCATGACAGCTGATGACAGAGACAAATTGGCATCATCGAACGGGAAAT
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AGATTGAAGGTGTTTATCTTCATGATCCTACAACAATACTTGCGGCTTTCCTTCCTTCTC
TATTCACTTATACAGAAGGAGTTGTTAGAGTACAAACAAACGGTATCACTAGAGGACTCA
CCTTACTCTACAACAATCGAAAGAGGTTTGAGGAAGTGAACGAGTGGTCAGACAAACCAT
CGGTGAAAGTGGCAGTGACAGTTGATGCTCCTGCGGTTTTGAAGCTCATAATGGATAGGC
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AGCCATTTTCTCTTTTGGTTTTAACACAATCCATATTGAAATAAGGCTCTTGTTGTTGCA
TTTTTTTTCTGAACAACTCTCTTATTGTTGCATTTTAAACTCAAAAAATCATTCTTATTT
TTGT

QA 1 784 1 784
DS 

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TGGGAATCAACGTTACTCATCAAGTTATCATGACAGCTGATGACAGAGACAAATTGGCAT
CATCTAACGGGAAATTAGCTCAATACCTATGTAAAATCCTTGGTGCGTACTATTCTTATC
ATCTTGATGCTTATGAGATTGAAGGTGTTTATTTTCATGATCCTACAACAATACTTGCGG
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TCACTAGAGGACTCACTTTACTTTACAACAATCGAAAGAGGTTTGAGGAAGTGAACGAGT
GGTCAGACAAACCATCGGTGAAAGTGGCAGTGACAGTTGATGCTCCTGCGGTTTTGAAGC
TCATAATGGATAGGCTTATGGAGTCTTGATCATTTGGGTTATTTACATCTCTATTTGATG
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GCTCTTGTTGTTGCATTTTTTTTTTGAACAACTCTTTTATTGTTGCATTTTAAACTCAAA
AAATCATTTTTATTTTTGTATCTTACCATTTGAATATTATTTCTCATTTTACG

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 4

CO CL2389Contig1 1205 4 17 U
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ACTCTTAGTCTCAGATCTCCTATTCGAAACTCTAGACCGAGAATGTCGACGCCTCCTGTT
CTCTCGCTTGCTCTGCCTTCAGACACTGGTCGTGCTCTTAGTATCCAATCTCACACTGTA
CAGGGATATGTTGGTAACAAGTCAGCTGTGTTTCCTCTTCAATTGTTGGGGTATGATGTG
GATCCTATCAACTCGGTACAGTTCTCCAACCATACAGGGTATCCTACATTCAAAGGACAA
GTTTTGAATGGTGAACAGTTGTGGGAGTTGATTGAAGGCCTTCAAGCAAATGATTTATTG
TTCTACACTCACTTATTAACAGGCTATATTGGATCTGTATCTTTTCTGAATACAATTTTG
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ATGGGTGATGAAGGAAAGTTGTATGTACCTGAAGAATTGGTGCATGTTTATCGTGAGAAG
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CTAAGGATAAATTCTGAGGAAGATGGCAGAGAAGCTTGTGCTATTCTTCATGCAGCTGGT
CCTTCAAAGGTGGTGATCACTAGCATTACTATAGGAGGCCTTCTATTACTTATTGGAAGC
CATCAGAAACAAAAGGGCCAGAAGCCTGAGCAATTCAAGATTTTGATAGACAAAATCCCT
GCGTACTTTACGGGAACAGGAGATCTCATGACTGCTCTTCTACTTGGTTGGAGTAATAAA
TACCCTGACAGTCTTGACAAGGCTGCCGAGCTTGCAGTTTCAACGTTGCAGGCGCTTCTG
CGAAGGACGCTTGATGACTACCAACGAGCTGGGTATGATCCCACCTCAAGTAGCTTGGAG
ATTAGATTGATACAGAGCCAGGACGAAATTCGAAACCCAAAAGTTGAACTGAAAGCTGAG
AGATACAGCTGAAGCAGGTGAAAAAAATGTAACATATTTTTATCTCAAAATAAGAAAACA
TAGATATGTCTACGAGGGTAAGTTAGTTGAGATCTCCTTGTTGGGGATACAACTGTACAA
TTCTTTTATACAATATAATACAGTTCAAACTTCAGAGTAAGAGGATTTGAAAGAGCTCAT
ATTAT


BQ
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AF RR3EA61JQ C 662
AF RR3A755JQ C 807
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GG
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AACAGTTGTGGGAGTTGATTGAAGGCCTTCAAGCAAATGATTTATTGTTCTACACTCACT
TATTAACAGGCTATATTGGATCTGTATCTTTTCTGAATACAATTTTGGAAGTTATCAATA
AGCTTCGCTCTGTAAACCCGAATCTTACATATGTATGTGATCCGGTGATGGGTGATGAAG
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TGATCACTAGCATTACTA

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GCGTACTTTACGG

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AGATATGTCTACGAGGGTAAGTTAGTTGAGATCTCCTTGTTGGGGATACAACTGTACAAT
TCTTTTATACAATATAATACAGTTCAGACTTCAGAGTAAGA

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AAACTTCAGAGTAAGAGGATTTGAAAGAGCTCATATTAT

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DS 



AS 1 4

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AATGGCGTCCCTCAATCTTCGATCTCACTCAACTCATCTTCTTCTTCCCTCGCGTGATGT
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AAACAATGTTAGAATGGGAGTGATGTCTGAGGAAGGAGATGTCATCTCTTCTTCCTCTTC
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GGTGACCCGTAAGGAGAACGAGGAGAAACTCCGCACCGCCTTCACGGTTTCTGTGGATGC
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ATACAGAGAAGGCGGTGTTCTTAAAAGAGCAGGGCATACAGAAGCCTCTGTTGATCTAAC
TGTCTTGGCTGGTTTGGAACCTGTTTCGGTTTTGTGTGAGATTGTGGATGACGATGGTTC
CATGGCTAGGTTACCAAGACTCCGCCAGTTTGCTCAAGATAACAACTTGAAAATCATCTC
AATCGCTGATCTAATCAGATACCGAAGGAAAAGAGAGAGACTGGTGGAGTTTACTGCGGT
TGCGCCTATACCGACAATGTGGGGACCATTTAAAGCATATTGCTTCAAGTCATTACTTGA
TGGAGTTGAGCACATTGCAATGGTCAAAGGTGAAGTCGGAGATGGGAAGGATGTTCTGGT
GAGAGTACATGCTGAATGCATCACAGATGATATATTTGGGAATGGCTCTGGTGGAAAGCA
ATTAGCAATCGCTATGAGACAGATTGAAGAAACTGGGAGAGGTGTGTTTGTGTACTTACG
TGGTCCTGAAGCTAAGGGCATTGACCTAACCCACAAGCCTCGTACCTACGACAACAACAC
TTCAGATCAAACCGAGGGTGTTTCATTCCCCGTTGCTTCAAGAGAATACGGCATCGGAGC
ACAAATACTGAGGGATCTAGGAGTTAGAACGATGAAGGTGATGACGAATAATCCAGCTCA
CTACGTTGGCCTTAAAGGCTATGGTTTATCAATCACCGGCAAGGTTCCACTCATTAGTCC
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TCAGTATGTTCTTAGTTGTGGTTTTGGCGCCTAAACTATCATATTAGAAAAATGGTGATT
TATTTTTCTTGCGAATTTTACTTGAGTTCTTC


BQ
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FY23TF U 1
AF RR3B850TF U 412
AF RR3B850JQ C 759
AF RR3FY23JQ C 1274
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RD RR3FY23TF 676 0 0
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AATGGCGTCCCTCAATCTTCGATCTCACTCAACTCATCTTCTTCTTCCCTCGCGTGATGT
TACGAGTTCAAAACGGTTTAGGAAGACATGGATGTGTCCTAAGACCACGCCAAGGAGATT
AAACAATGTTAGAATGGGAGTGATGTCTGAGGAAGGAGATGTCATCTCTTCTTCCTCTTC
CTCCAAGAGTAAGGGAGGATCAATGGGGATTGAGCTGCAGCCGGATTTGGTTTCTTTCGG
AACATTAGCAGCAGAAATGATCCCCACAACAATCGTTTCATCTGACGTTGAGGATGAAGA
GTTCGATCTTGATCGTCCTACTGATGGTTTTGCCTCTATTCCACAAGTTATTGAGGATAT
TCGTCAGGGCAAGTTGGTGATTGTTGTAGATGATGAGGATAGAGAGAACGAAGGAGATTT
GATCATGGCTGCATCGTTGGTGACACCTCAAGCTATGGCTTTTGTGGTGAAGCATGGGAC
TGGAATCGTGTGTGTCAGCATGAAAGGAGAAGACTTGGAGAGGTTAGAGCTTCCTTTGAT
GGTGACCCGTAAGGAGAACGAGGAGAAACTCCGCACCGCCTTCACGGTTTCTGTGGATGC
TAAGAACGGAACTTCC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3B850TF 695 0 0
G
GAGGATATTCGTCAGGGCAAGATGGTGATTGTTGTAGATGATGAGGATAGAGAGAACGAA
GGAGATTTGATCATGGCTGCGTCGCTGGTGACACCTCAAGCTATGGCTTTCGTGGTGAAG
CATGGGACTGGAATCGTGTGTGTCAGCATGAAAGGAGAAGACTTGGAGAGGTTAGAGCTT
CCTTTGATGGTGACCGGTAAGGAGAACGAGGAGAAACTCCGCACCGCCTTCACGGTTTCT
GTGGATGCTAAGAACGGAACTTCCACAGGTGTCTCGGCTCGTGATAGGGCCCAGACGATA
TTAGCCCTTGCGTCAAAAGATTCAAAGCCTCAGGATTTCAACCGTCCTGGTCATATATTT
CCTTTGAGATACAGAGAAGGCGGTGTTCTTAAAAGAGCAGGGCATACAGAAGCCTCTGTT
GATCTAACTGTCTTGGCTGGTTTGGAACCTGTTTCGGTTTTGTGTGAGATTGTGGATGAC
GATGGTTCCATGGCTAGGTTACCAAGACTCCGCCAGTTTGCTCAAGATAACAACTTGAAA
ATCATCTCAATCGCTGATCTAATCAGATACCGAAGGAAAAGAGAGAGACTGGTGGAGTTT
ACTGCGGTTGCGCCTATACCGACAATGTGGGGACCATTTAAAGCATATTGCTTCAAGTCA
TTACTTGATGGAGTTGAGCACATTGCAATGGTCA

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DS 

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CAGAAGCCTCTGTTGATCTAACTGTCTTGGCTGGTTTGGAACCTGTTTCGGTTTTGTGTG
AGATTGTGGATGACGATGGTTCCATGGCTAGGTTACCAAGACTCCGCCAGTTTGCTCAAG
ATAACAACTTGAAAATCATCTCAATCGCTGATCTAATCAGATACCGAAGGAAAAGAGAGA
GACTGGTGGAGTTTACTGCGGTTGCGCCTATACCGACAATGTGGGGACCATTTAAAGCAT
ATTGCTTCAAGTCATTACTTGATGGAGTTGAGCACATTGCAATGGTCAAAGGTGAAGTCG
GAGATGGGAAGGATGTTCTGGTGAGAGTACATGCTGAATGCATCACAGATGATATATTTG
GGAATGGCTCTGGTGGAAAGCAATTAGCAATCGCTATGAGACAGATTGAAGAAACTGGGA
GAGGTGTGTTTGTGTACTTACGTGGTCCTGAAGCTAAGGGCATTGACCTAACCCACAAGC
CTCGTACCTACGACAACAACACTTCAGATCAGACCGAGGGTGTTTCATTCCCCGTTGCTT
CAAGAGAATACGGCATCGGAGCACAAATACTGAGGGATCTAGGAGTTAGAACGATGAAGG
TGATGACGAATAATCCAGCTCACTACGTTGGCCTTAAAGGCTATGGTTTATCAATCACCG
GCAAGGTTTCACTCATTAGTCCCAGCTCCTAACTGTGTGTGACTCTATAAATCTTTGGTA
ACGTCGGTTCTTCTACGAATGCTTAGTATGTTCTTAGTTGTGGTTTTGGCGCCTAAACTA
TCATATTAGAAAAATGGTGATTTATTTTTCTTGCGAATTTTACTTGAGTTCTTC

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DS 

RD RR3FY23JQ 354 0 0
AAA
GGCATTGACCTAACCCACAAGCCTCGTACCTACGACAACAACACTTCGGATCAAACCGAG
GGTGTTTCATTCCCCGTTGCTTCAAGAGAATACGGCATCGGAGCACAAATACTGAGGGAT
CTAGGAGTTAGAACGATGAAGGTGATGACGAATAATCCAGCTCACTACGTTGGCCTTAAA
GGCTATGGTTTATCAATCACCGGTAAGGTTCCACTCATTAGTCCCAGCTCCTAACTGTGT
GTGACTCTATAAATCTTTGGTAACGTTGGTTCTTCTACGAGTGCTCAGTATGTTTTTAGT
TGTGGTTTTGGCGCCTAAACTATCATATTAGAAAAATGGTGATTTATTTTT

QA 4 354 4 354
DS 



AS 1 4

CO CL2391Contig1 1207 4 8 U
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TCTCACCTCCACGGTGTTGATAAAGAGGCTTCGCCTTTAGATTGGGATGCTCGGTTGAAG
ATAGCTCTTGGTGCAGCCCGTGGATTAGCGTATTTACACGAAGACTCCAGCCCTCGAGTC
ATACACAGAGACTTCAAGTCTAGTAACATCTTGCTTGAGCACGACTTCACGCCTAAAGTC
TCTGACTTTGGACTGGCTAGAAACGCACTTGACGATGAAGATAACAGACATATCTCTACA
CGTGTAATGGGAACGTTCGGGTATGTGGCGCCAGAGTACGCAATGACAGGTCATCTTTTG
GTGAAGAGTGATGTGTACAGCTACGGAGTTGTGCTTCTGGAGCTACTCACGGGGAGGAAA
CCAGTGGATATGACTCAGCCACCAGGTCAAGAGAACTTAGTTTCGTGGACTAGGTCTCTC
CTCACGAGCAGAGAAGGGCTTGAAGCTATTATAGACCAGTCTTTAGGACAACCCGAGATT
CCTTTCGATAGCATAGCTAAAGTCGCTGCGATAGCTTCGATGTGCGTTCAACCTTAAGTA
TCGCACCGTCCTTTCATGGGAGAGGTAGTGCAAGCTTTGAAACTTGTGTGCAACGAATGC
GACGAAGCTAAGGATCTCAACTCTGTAGCTTCTTTACGCAAGATGAGAATCGAGCTGAGA
GCTCTTGTGGCGGAGAAGGCTCGGGGAGGATGGCTAGGTATCCGTTGCTACCGAGTTACG
ACTCTGAGCCTGATACGGAGAGAGGACTTTCTGTGTCGGAGATGTTCACCGGTTCAGGGA
GGTTAGAGAGACAGTCTAACTCGGGTCCCTTGGCTTCAGGTCGAGGAAAGAGGTTCTGGC
AGAAGATGAGGAGGTTATCGACGGGAAGCTTGAGCGAGCACGGGTCAGCATCGCTCATGT
TACGATCTGGTTCGCGTTGAAAAGATCGTTTCCGGTTACAGAACATTTGGGGGTTTATGA
TTTGCCCTAAGTTAAGAAAGGAAAAGGAAAGAGAGTGTCTTGTGATACAAGCAACTCTTT
AACCTTCTGGATACCGGTAAAGGAACAGATTGGAAGTGATCATTCCCGGTTAATTAGTCA
TATTTGTATCTTTACACGAAACAAGAGATTCTGTTTGATCTAATTTCAATGTACATAACT
ACATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 10 10 10 10 10 

AF RR3FS27TF U 1
AF RR3FS27JQ C 472
AF RR3CP90JQ C 877
AF RR3CP90TF U 988
BS 1 672 RR3FS27TF
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BS 674 708 RR3FS27TF
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BS 734 987 RR3FS27JQ
BS 988 1202 RR3CP90TF
BS 1203 1207 RR3CP90JQ

RD RR3FS27TF 733 0 0
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ATAGCTCTTGGTGCAGCCCGTGGATTAGCGTATTTACACGAAGACTCCAGCCCTCGAGTC
ATACACAGAGACTTCAAGTCTAGTAACATCTTGCTTGAGCACGACTTCACGCCTAAAGTC
TCTGACTTTGGACTGGCTAGAAACGCACTTGACGATGAAGATAACAGACATATCTCTACA
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CCAGTGGATATGACTCAGCCACCAGGTCAAGAGAACTTAGTTTCGTGGACTAGGTCTCTC
CTCACGAGCAGAGAAGGGCTTGAAGCTATTATAGACCAGTCTTTAGGACAACCCGAGATT
CCTTTCGATAGCATAGCTAAAGTCGCTGCGATAGCTTCGATGTGCGTTCAACCTTAAGTA
TCGCACCGTCCTTTCATGGGAGAGGTAGTGCAAGCTTTGAAACTTGTGTGCAACGAATGC
GACGAAGCTAAG*ATCTCAACTCTGTAGCTTCTTTACGCAAGATGAGA*TCGAGCTGAGA
GCTCTTGTGGCGG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3FS27JQ 731 0 0
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CCCGAGATTCCTTTCGATAGCATAGCTAAAGTCGCTGCGATAGCTTCGATGTGCGTTCAA
CCTTAAGTATCGCACCGTCCTTTCATGGGAGAGGTAGTGCAAGCTTTGAAACTTGTGTGC
AACGAATGCGACGAAGCTAAGGATCTCAACTCTGTAGCTTCTTTACGCAAGATGAGAATC
GAGCTGAGAGCTCTTGTGGCGGAGAAGGCTCGGGGAGGATGGCTAGGTATCCGTTGCTAC
CGAGTTACGACTCTGAGCCTGATACGGAGAGAGGACTTTCTGTGTCGGAGATGTTCACCG
GTTCAGGGAGGTTAGAGAGACAGTCTAACTCGGGTCCCTTGGCTTCAGGTCGAGGAAAGA
GGTTCTGGCAGAAGATGAGGAGGTTATCGACGGGAAGCTTGAGCGAGCACGGGTCAGCAT
CGCTCATGTTACGATCTGGTTCGCGTTGAAAAGATCGTTTCCGGTTACAGAACATTTGGG
GGTTTATGATTTGCCCTAAGTTAAGAAAGGAAAAGGAAAGAGAGTGTCTTGTGATACAAG
CAACTCTTTAACCTTCTGGATACCGGTAAAGGAACAGATTGGAAGTGATCATTCCCGGTT
AATTAGTCATATTTGTATCTTTACACGAAACAAGAGATTCTGTTTGATCTAATTTCAATG
TACATAACTAC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3CP90JQ 331 0 0
G
AGGTCGAGGAAAGAGGTTCTGGCAGAAGATGAGGAGGTTATCGACGGGAAGCTTGAGCGA
GCACGGGTCAGCATCGCTCATGTTACGATCTGGTTCGCGTTGAAAAGATCGTTTCCGGTT
ACAGAACATTTGGGGGTTTATGATTTGCCCTAAGTTAAGAAAGGAAAAGGAAAGAGAGTG
TCTTGTGATACAAGCAACTCTTTAACCTTCTGGATACCGGTAAAGGAACAGATTGGAAGT
GATCATTCCCGGTTAATTAGTCATATTTGTATCTTTACACGAAACAAGAGATTCTGTTTG
ATCTAATTTCAATGTACATAACTACATACC

QA 2 331 2 331
DS 

RD RR3CP90TF 220 0 0
GTTTCCGGTTACAGAACATTTGGGGGTTTATGATTTGCCCTAAGTTAAGAAAGGAAAAGG
AAAGAGAGTGTCTTGTGATACAAGCAACTCTTTAACCTTCTGGATACCGGTAAAGGAACA
GATTGGAAGTGATCATTCCCGGTTAATTAGTCATATTTGTATCTTTACACGAAACAAGAG
ATTCTGTTTGATCTAATTTCAATGTACATAACTAC
ATACC

QA 1 215 1 215
DS 



AS 1 3

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AATTTGAGAATGGACGGAGAAGAGCTCACCGAGCAGGAGACTGCCTTGTACGACCGTCAG
ATTAGGGTTTGGGGGGCTAATGCTCAGCGAAGATTGACCAAATCTCATATCTTGGTCTCT
GGAATCAAGGGGACTGTTGCTGAGTTTTGCAAGAACATTGTGCTGGCAGGAGTCGGTAGT
GTGACTTTAATGGATGATAGCTTAGTGACCGAGGAGTCCTTGAACGCCAACTTCTTGATT
CCACCTGATGAAAATGCTTACAAAGGAAAAACGGTGGCTGAGATTTGTTGTGATTCACTC
AAGGACTTTAACCCTATGGTCCTTGTTTCTGTTGAGAAAGGTGATTTGTCGGCACGCAGC
ACTGAGTTTTTTGAGAAGTTCGATGTAGTGGTTATAGGCTACGGTTCTCTTGCTACCAAA
AAAGCTGTTAACGAAAAATGTAGGAAGCTATCGAAACGAGTGGCATTCTACACAGTGGAT
TGTAGAGACTCATGTGGTGAAATCTTCGTGGACCTTCAAGATTACAAATACACAAAGAAA
AAGCTTGAAGAGAAGGTGGAATGTGAACTAAACTTTCCAAGTTTCCAGGAAGCGGTATCA
GTACCTTGGAAACCGATTCCTAGGAGAACAGCAAAGCTCTACTTTGCCATGAGAGTAATA
GAAGTGTTTGAGGAGAATGAAGGGCGTAAACATGGAGAATGCTCGCTGCTTGATCTTCCC
ACAGTCTTGGAAATCAAAAAGAAGCTCTGTGAGGCCAACTCTGTGAGCGAGAGCCATGTA
CCAGATAGTCTCTTGGAGAGACTTATCACCGGTACTATCGAATTCCCACCAGCTTGTGCC
ATCGTAGGAGGAATACTAGCACAGGAAGTGATAAAAGCTGTATCAGGGAAAGGAGAGCCG
TTAAAGAACTTCTTCTACTATGATGCTCAAGATGGCAAAGGTGTGATGGAAGACATTTCC
AACTCTTTTACCTCTTAAACCAGCGAGAGCTAGTACCATATGTTATCATCAGAGACTGCT
TATTATATCTCAATCGTGTCTTTTGAATTATTCTAAATGTTTCGGTTATGATAATATTTC
CTTGTTTGTAGAATAATTTGTTGAGCAACGGATATTTTGAATTGTCAGTTTCAACTTTCA
AGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF82TF U 1
AF RR3BW68TF U 826
AF RR3FF82JQ C 460
BS 1 636 RR3FF82TF
BS 637 637 RR3FF82JQ
BS 638 638 RR3FF82TF
BS 639 639 RR3FF82JQ
BS 640 679 RR3FF82TF
BS 680 828 RR3FF82JQ
BS 829 1186 RR3BW68TF
BS 1187 1206 RR3FF82JQ

RD RR3FF82TF 679 0 0
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AATTTGAGAATGGACGGAGAAGAGCTCACCGAGCAGGAGACTGCCTTGTACGACCGTCAG
ATTAGGGTTTGGGGGGCTAATGCTCAGCGAAGATTGACCAAATCTCATATCTTGGTCTCT
GGAATCAAGGGGACTGTTGCTGAGTTTTGCAAGAACATTGTGCTGGCAGGAGTCGGTAGT
GTGACTTTAATGGATGATAGCTTAGTGACCGAGGAGTCCTTGAACGCCAACTTCTTGATT
CCACCTGATGAAAATGCTTACAAAGGAAAAACGGTGGCTGAGATTTGTTGTGATTCACTC
AAGGACTTTAACCCTATGGTCCTTGTTTCTGTTGAGAAAGGTGATTTGTCGGCACGCAGC
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TGTAGAGACTCATGTGGTGAAATCTTCGTGGACCTTCAAGATTACAAATACACAAAGAAA
AAGCTTGAAGAGAAGGTGGAATGTGAACTAAACTTTTCCAGTTTCCAGGAAGCGGTATCA
GTACCTTGGAAACCGATTC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3BW68TF 361 0 0
GGA
GAGAGCCATGTACCAGATAGTCTCTTGGAGAGACTTATCACCGGTACTATCGAATTCCCA
CCAGCTTGTGCCATCGTAGGAGGAATACTAGCACAGGAAGTGATAAAAGCTGTATCAGGG
AAAGGAGAGCCGTTAAAGAACTTCTTCTACTATGATGCTCAAGATGGCAAAGGTGTGATG
GAAGACATTTCCAACTCTTTTACCTCTTAAACCAGCGAGAGCTAGTACCATATGTTATCA
TCAGAGACTGCTTATTATATCTCAATCGTGTCTTTTGAATTATTCTAAATGTTTCGGTTA
TGATAATATTTCCTTGTTTGTAGAATAATTTGTTGAGCAACGGATATTTTGAATTGTC

QA 4 361 4 361
DS 

RD RR3FF82JQ 747 0 0
TACGGTTCTCTTGCTACCAAAAAAGCTGTTAACGAAAAATGTAGGAAGCTATCGAAACGA
GTGGCATTCTACACAGTGGATTGTAGAGACTCATGTGGTGAAATCTTCGTGGACCTTCAA
GATTACAAATACACAAAGAAAAAGCTTGAAGAGAAGGTGGAATGTGAACTAAACTTTCCA
AGTTTCCAGGAAGCGGTATCAGTACCTTGGAAACCGATTCCTAGGAGAACAGCAAAGCTC
TACTTTGCCATGAGAGTAATAGAAGTGTTTGAGGAGAATGAAGGGCGTAAACATGGAGAA
TGCTCGCTGCTTGATCTTCCCACAGTCTTGGAAATCAAAAAGAAGCTCTGTGAGGCCAAC
TCTGTGAGCGAGAGCCATGTACCAGATAGTCTCTTGGAGAGACTTATCACCGGTACTATC
GAATTCCCACCAGCTTGTGCCATCGTAGGAGGAATACTAGCACAGGAAGTGATAAAAGCT
GTATCAGGGAAAGGAGAGCCGTTAAAGAACTTCTTCTACTATGATGCTCAAGATGGCAAA
GGTGTGATGGAAGACATTTCCAACTCTTTTACCTCTTAAACCAGCGAGAGCTAGTACCAT
ATGTTATCATCAGAGACTGCTTATTATATCTCAATCGTGTCTTTTGAATTATTCTAAATG
TTTCGGTTATGATAATATTTCCTTGTTTGTAGAATAATTTGTTGAGCAACGGATATTTTG
AATTGTCAGTTTCAACTTTCAAGTTTC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 4

CO CL2393Contig1 1232 4 10 U
GGGCTGCTAGCTCCTCTCAGCTTCTTTCTTTCGGATCTGGGCAATCGATCCTTGAAGAAT
TTGAAATCCTTTCCAAATATGATGGCGCGACAGAGGAATCATAATCACCGTCGGAAAACG
TCTTATTCAACTCTCATCTTCACGGTATTGATTATGTTCACTTTTCTGATTTTGTTCCTT
CTCGCGCTTGGAATCGTCTCGCTGCCCACCAACAATGGCGGGTCCTCCAAAGCCAATGAT
CTCACTTCCATTGTTCGCAAAAACCTTCAGAGAAGTGGCAAAGATGTTACGGAGGAGAAC
GAGCGTTGGGTTGAAATTATCTCTTGGGAACCCAGAGCTTCTATTTACCACAATTTCCTG
ACCAAGGAGGAATGCAAGTATTTAATAGAGCTAGCTAAACCTCATATGGAGAAGTCAACT
GTTGTCGATCAAAAGACTGGAAAGAGCACAGATAGCAGGGTGAGAACGAGCTCTGGGACA
TTTCTTCCAAGAGGACGCGACAAAATCATCCGTCAAATCGAGAAAAGGATATCAGATTTT
ACCTTCATACCTGTTGAGCATGGGGAAGGTCTTCAAGTTCTGCACTATGAAATAGGGCAA
AAGTACGAGCCTCACTATGACTACTTTATGGATGAGTATAACACTAGGTATGGAGGGGAG
CGAATAGCCACTGTTCTCATGTACCTGTCAGATGTTGAGGAGGGGGGTGAAACAGTGTTT
CCTTCAGCCAAGGGAAACTATAGCGCAGTGCCATGGTGGAATGAGCTGTCAGAGTGCGGG
AAAGGAGGGCTCTCCGTGAAACCAAAGATGGGAGATGCATTGCTTTTCTGGAGCATGACA
CCTGATGCCACTCTAGACCCATCTAGTCTTCACGGTGGGTGTGCCGTAATCAAAGGGAAC
AAGTGGTCATCCACAAAATGGTTGCGTGTGCACGAGTACAAGGTTTGATCGAATTACTGA
GGAGGAAGAAGCAAAAAGAGAGAGGGAGAGATGAGGAAGCGTAGGAAAAGGTCAGAAGAA
TTGGAGCCCTCTGCTTGCATCCTTGAGATACTTTTGTTATATTTAAGAGTAGATATTTTG
TACCTCAAAAAAGACAACCACCATTTGAGTTTATTTTATTTGATTAATACCACTACCATT
TGATGGGATTATTGATAAAAGTAATGATAAGGAAATTGTGGTCAGCGGAGAGGAGGTTCC
TTCCTTCTCTAAATGAAATTATATTTTTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT30TF U 1
AF RR3AB87TF U 293
AF RR3FT30JQ C 383
AF RR3AB87JQ C 427
BS 1 357 RR3FT30TF
BS 358 358 RR3AB87TF
BS 359 555 RR3FT30TF
BS 556 939 RR3AB87TF
BS 940 958 RR3FT30JQ
BS 959 959 RR3AB87JQ
BS 960 1082 RR3FT30JQ
BS 1083 1083 RR3AB87JQ
BS 1084 1123 RR3FT30JQ
BS 1124 1232 RR3AB87JQ

RD RR3FT30TF 555 0 0
GGGCTGCTAGCTCCTCTCAGCTTCTTTCTTTCGGATCTGGGCAATCGATCCTTGAAGAAT
TTGAAATCCTTTCCAAATATGATGGCGCGACAGAGGAATCATAATCACCGTCGGAAAACG
TCTTATTCAACTCTCATCTTCACGGTATTGATTATGTTCACTTTTCTGATTTTGTTCCTT
CTCGCGCTTGGAATCGTCTCGCTGCCCACCAACAATGGCGGGTCCTCCAAAGCCAATGAT
CTCACTTCCATTGTTCGCAAAAACCTTCAGAGAAGTGGCAAAGATGTTACGGAGGAGAAC
GAGCGTTGGGTTGAAATTATCTCTTGGGAACCCAGAGCTTCTATTTACCACAATTTCTTG
ACCAAGGAGGAATGCAAGTATTTAATAGAGCTAGCTAAACCTCATATGGAGAAGTCAACT
GTTGTCGATCAAAAGACTGGAAAGAGCACAGATAGCAGGGTGAGAACGAGCTCTGGGACA
TTTCTTCCAAGAGGACGCGACAAAATCATCCGTCAAATCGAGAAAAGGATATCAGATTTT
ACCTTCATACCTGTT

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3AB87TF 647 0 0
G
GGAGAACGAGCGTTGGGTTGAAATTATCTCTTGGGAACCCAGAGCTTCTATTTACCACAA
TTTCCTGACCAAGGAGGAATGCAAGTATTTAATAGAGCTAGCTAAACCTCATATGGAGAA
GTCAACTGTTGTCGATCAAAAGACTGGAAAGAGCACAGATAGCAGGGTGAGAACGAGCTC
TGGGACATTTCTTCCAAGAGGACGCGACAAAATCATCCGTCAAATCGAGAAAAGGATATC
AGATTTTACCTTCATACCTGTTGAGCATGGGGAAGGTCTTCAAGTTCTGCACTATGAAAT
AGGGCAAAAGTACGAGCCTCACTATGACTACTTTATGGATGAGTATAACACTAGGTATGG
AGGGGAGCGAATAGCCACTGTTCTCATGTACCTGTCAGATGTTGAGGAGGGGGGTGAAAC
AGTGTTTCCTTCAGCCAAGGGAAACTATAGCGCAGTGCCATGGTGGAATGAGCTGTCAGA
GTGCGGGAAAGGAGGGCTCTCCGTGAAACCAAAGATGGGAGATGCATTGCTTTTCTGGAG
CATGACACCTGATGCCACTCTAGACCCATCTAGTCTTCACGGTGGGTGTGCCGTAATCAA
AGGGAACAAGTGGTCATCCACAAAATGGTTGCGTGTGCACGAGTAC

QA 2 647 2 647
DS 

RD RR3FT30JQ 741 0 0
TAATAGAGCTAGCTAAACCTCATATGGAGAAGTCAACTGTTGTCGATCAAAAGACTGGAA
AGAGCACAGATAGCAGGGTGAGAACGAGCTCTGGGACATTTCTTCCAAGAGGACGCGACA
AAATCATCCGTCAAATCGAGAAAAGGATATCAGATTTTACCTTCATACCTGTTGAGCATG
GGGAAGGTCTTCAAGTTCTGCACTATGAAATAGGGCAAAAGTACGAGCCTCACTATGACT
ACTTTATGGATGAGTATAACACTAGGAATGGAGGGCAGCGAATAGCCACTGTTCTCATGT
ACCTGTCAGATGTTGAGGAGGGGGGTGAAACAGTGTTTCCTTCAGCCAAGGGAAACTATA
GCGCAGTGCCATGGTGGAATTAGCTGTCAGAGTGCGGGAAAGGAGGGCTCTCCGTGAAAC
CAAAGATGGGAGATGCATTGCTTTTCTGGAGCATGACACCTGATGCCACTCTAGACCCAT
CTAGTCTTCACGGTGGGTGTGCCGTAATCAAAGGGAACAAGTGGTCATCCACAAAATGGT
TGCGTGTGCACGAGTACAAGGTTTGATCGAATTACTTAGGAGGAAGAAGCAAAAAGAGAG
AGGGAGAGATGAGGAAGCGTAGGAAAAGGTCAGAAGAATTGGAGCCCTCTGCTTGCATCC
TTGAGATACTTTTGTTATATTTAAGAGTAGATATTTTGTATCTCAAAAAAGACAACCACC
ATTTGAGTTTATTTTATTTGA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3AB87JQ 806 0 0
GATCAAAAGACTGGAAAGAGCACAGATAGCAGGGTGAGAACGAGCTCTGGGACATTTCTT
CCAAGAGGACGCGACAAAATCATCCGTCAAATCGAGAAAAGGATATCAGATTTTACCTTC
ATACCTGTTGAGCATGGGGAAGGTCTTCAAGTTCTGCACTATGAAATAGGGCAAAAGTAC
GAGCCTCACTATGACTACTTTATGGATGAGTATAACACTAGGTATGGAGGGGAGCGAATA
GCCACTGTTCTCATGTACCTGTCAGATGTTGAGGAGGGGGGTGAAACAGTGTTTCCTTCA
GCCAAGGGAAACTATAGCGCAGTGCCATGGTGGAATGAGCTGTCAGAGTGCGGGAAAGGA
GGGCTCTCCGTGAAACCAAAGATGGGAGATGCATTGCTTTTCTGGAGCATGACACCTGAT
GCCACTCTAGACCCATCTAGTCTTCACGGTGGGTGTGCCGTAATCAAAGGGAACAAGTGG
TCATCCACAAAATGGTTGCGTGTGCACGAGTACAAGGTTTGATCGAATTACTGAGGAGGA
AGAAGCAAAAAGAGAGAGGGAGAGATGAGGA*GCGTAGGAAAAGGTCAGAAGAATT**AG
CCCTCTGCTTGCATCCTTGAGATACTTTTGTTATATTTAAGAGTAGATATTTTGTACCTC
AAAAAAGACAACCACCATTTGAGTTTATTTTATTTGATTAATACCACTACCATTTGATGG
GATTATTGATAAAAGTAATGATAAGGAAATTGTGGTCAGCGGAGAGGAGGTTCCTTCCTT
CTCTAAATGAAATTATATTTTTTCTT

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 4

CO CL2394Contig1 796 4 4 U
TCTTCGTGTACTCTCTTGACTATGCACGTACCCGTCTTGCCAATGACTCTAAGGCAGCGA
AGAAGGGAGGTGAAAGGCAGTTCAATGGTCTTGTTGATGTCTACAAGAAGACCCTCAAGT
CTGATGGTATTGCTGGGCTTTACCGTGGATTCAACATCTCCTGTGTTGGTATCATTGTCT
ATCGTGGTCTCTACTTCGGACTCTACGACTCTTTGAAGCCTCTTCTCCCTGCTGATCTCC
AGGACAGCTTCTTCGCTAGTTTTGCCCTTGGATGGCTCATCACCAACGGTGCTGGTCTTG
CATCTTACCCAATCGACACTGTCCGTAGAAGAATGATGATGACCTCCGGTGAAGCCGTCA
AGTACAAGAGTTCGATGGATGCATTCCAACAGATCCTGAAGAAGGAAGGACCAAAGTCTC
TGTTCAAGGGTGCTGGTGCCAACATCCTTCGTGCCATTGCAGGTGCTGGTGTCCTCTCTG
GATACGACAAGCTGCAGTTACTTCTTCTCGGAAAGAAGTACGGATCTGGATCCGGCTAAG
CATTACTAATCCACCAGTCGCCAACAACAGTTGAAACCTTCGGCTTTATTTTTATTTTTC
TCGATTTAATTTTCAGTTTTTTCAGACTTTTTAAAAAGGTCAAGATGTTGATGAAATCTT
TTGCTATAAAACTAGAGAGAGGAGCAAAGGGACGATTTTCTTATTGAATAAATTTTGTAT
GGGGATGGAGTTTGACTTCCTCCATAAGAACCAAGTTACGATTGCGACTTTTTGTTCTAT
TAAGTTTAACCTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AU15JQ C 446
AF RR3C107TF U 648
AF RR3AN88JQ C 1
AF RR3AU15TF U 446
BS 1 446 RR3AN88JQ
BS 447 450 RR3AU15TF
BS 451 451 RR3AN88JQ
BS 452 796 RR3AU15TF

RD RR3AU15JQ 318 0 0
G
CTTCGTGCCATTGCAGGTGCTGGTGTCCTCTCTGGATACGACAAGCTGCAGTTACTTCTT
CTCGGAAAGAAGTACGGATCTGGATCCGGCTAAGCATTACTAATCCACCAGTCGCCAACA
ACAGTTGAAACCTTCGGCTTTATTTTTATTTTTCTCGATTTAATTTTCAGTTTTTTCAGA
CTTTTTAAAAAGGTCAAGATGTTGATGAAATCTTTTGCTATAAAACTAGAGAGAGGAGCA
AAGGGACGATTTTCTTATTGAATAAATTTTGTATGGGGATGGAGTTTGACTTCCTCCATA
AGAACCAAGTTACGATT

QA 2 318 2 318
DS 

RD RR3C107TF 119 0 0
G
TGATGAAATCTTTTGCTATAAAACTAGAGAGAGGAGCAAAGGGACTATTTTCTTATTGAA
TAAATTTTGTATGGGGATGGAGTTTGACTTCCTCCATAAGAACCAAGTTACGATT
GCG

QA 2 116 2 116
DS 

RD RR3AN88JQ 796 0 0
TCTTCGTGTACTCTCTTGACTATGCACGTACCCGTCTTGCCAATGACTCTAAGGCAGCGA
AGAAGGGAGGTGAAAGGCAGTTCAATGGTCTTGTTGATGTCTACAAGAAGACCCTCAAGT
CTGATGGTATTGCTGGGCTTTACCGTGGATTCAACATCTCCTGTGTTGGTATCATTGTCT
ATCGTGGTCTCTACTTCGGACTCTACGACTCTTTGAAGCCTCTTCTCCCTGCTGATCTCC
AGGACAGCTTCTTCGCTAGTTTTGCCCTTGGATGGCTCATCACCAACGGTGCTGGTCTTG
CATCTTACCCAATCGACACTGTCCGTAGAAGAATGATGATGACCTCCGGTGAAGCCGTCA
AGTACAAGAGTTCGATGGATGCATTCCAACAGATCCTGAAGAAGGAAGGACCAAAGTCTC
TGTTCAAGGGTGCTGGTGCCAACATCCTTCGTGCCATTGCAGGTGCTGGTGTCCTCTCTG
GATACGACAAGCTGCAGTTACTTCTTCTCGGAAAGAAGTACGGATCTGGATCCTGCTAAG
CATTACTAATCCACCAGTCGCCAACAACAGTTGAAACCTTCGGCTTTATTTTTATTTTTC
TCGATTTAATTTTCAGTTTTTTCAGACTTTTTAAAAAGGTCAAGATGTTGATGAAATCTT
TTGCTATAAAACTAGAGAGAGGAGCAAAGGGACGATTTTCTTATTGAATAAATTTTGTAT
GGGGATTGAGTTTGACTTCCTCCATAAGAACCAAGTTACGATTGCGACTTTTTGTTCTAT
TAAGTTTAACCTTTTT

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3AU15TF 351 0 0
G
CTTCATGCCATTGCAGGTGCTGGTGTCCTCTCTGGATACGACAAGCTGCAGTTACTTCTT
CTCGGAAAGAAGTACGGATCTGGATCCGGCTAAGCATTACTAATCCACCAGTCGCCAACA
ACAGTTGAAACCTTCGGCTTTATTTTTATTTTTCTCGATTTAATTTTCAGTTTTTTCAGA
CTTTTTAAAAAGGTCAAGATGTTGATGAAATCTTTTGCTATAAAACTAGAGAGAGGAGCA
AAGGGACGATTTTCTTATTGAATAAATTTTGTATGGGGATGGAGTTTGACTTCCTCCATA
AGAACCAAGTTACGATTGCGACTTTTTGTTCTATTAAGTTTAACCTTTTT

QA 2 351 2 351
DS 



AS 1 4

CO CL2395Contig1 809 4 6 U
GGAGGTTGATGAGCTTCTCTCTCTTAAACGCTCCAACTTCTCTCTAGACTAAATAAAAAT
TGAGTTTGTCTCCGGTGGCCGGTGAGCAATACGCCACCGGTCGCCACCCCTTTTCCTTTT
GCCTTTTGTTGTCTTGTATCATATTATAACTATCTTTCTCGATCTACAGATCGAGTATCT
TCGCTAGGCGATGTTTCGTTTTCCGTTAGTGGATTTCTGTTCGCGATGGCGACTTTTAAT
GATCTTTTGTTTTCTCTTTCGCTGGGCTAAAGAATATCCCGTCAAAGCTTCAGTTTGAAT
CTCATATTCTTTGTTAGTTGAGCACAGATCCCTTTTCTATGAGACTTTTTATCTCTTAAT
TATTAAGAGTTTACAAGTCAACAATAGTGGAGTTTCTCAGATGAAAAAGGACGATGGTGA
TATTGGAAACGTTCGATTGAGTTAAGAGAGATTCAGAAGAATTGGCATCTTCTCTGAAGT
TGGTCCAATAAAGGGTCTTCTTCTTGATTCAATTAGAGATTCCCTGTTCTTGAATCACTG
GCAATTGTATGGGTTTCAGGCTTCTAGCGACGGTTTTAGGCGAAAGTTTAAATATGAGGA
GTACAATATCAAGGTGAATTAAAGTTTGAAGATGGGAACATGAAGTTACGTCGTCGGAAG
AGATCGGGATTTTTCCGGCGGTGAAACGAAGAATCTAGATCTGTTTGTCCCACTTATGCC
ACGTAGATGTTAGATACCTTGCCAACCTACACGTGTATTATCATATATGTGAACGTGTAG
TGTTATGAGAATTGTACTCTTTATATTTA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3GD82TF U 1
AF RR3ES53TF U 1
AF RR3ES53JQ C 346
AF RR3GD82JQ C 471
BS 1 122 RR3ES53TF
BS 123 123 RR3GD82TF
BS 124 655 RR3ES53TF
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BS 657 672 RR3ES53TF
BS 673 809 RR3ES53JQ

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DS 

RD RR3ES53TF 672 0 0
GGAGGTTGATGAGCTTCTCTCTCTTAAACGCTCCAACTTCTCTCTAGACTAAATAAAAAT
TGAGTTTGTCTCCGGTGGCCGGTGAGCAATACGCCACCGGTCGCCACCCCTTTTCCTTTT
GCTTTTTGTTGTCTTGTATCATATTATAACTATCTTTCTCGATCTACAGATCGAGTATCT
TCGCTAGGCGATGTTTCGTTTTCCGTTAGTGGATTTCTGTTCGCGATGGCGACTTTTAAT
GATCTTTTGTTTTCTCTTTCGCTGGGCTAAAGAATATCCCGTCAAAGCTTCAGTTTGAAT
CTCATATTCTTTGTTAGTTGAGCACAGATCCCTTTTCTATGAGACTTTTTATCTCTTAAT
TATTAAGAGTTTACAAGTCAACAATAGTGGAGTTTCTCAGATGAAAAAGGACGATGGTGA
TATTGGAAACGTTCGATTGAGTTAAGAGAGATTCAGAAGAATTGGCATCTTCTCTGAAGT
TGGTCCAATAAAGGGTCTTCTTCTTGATTCAATTAGAGATTCCCTGTTCTTGAATCACTG
GCAATTGTATGGGTTTCAGGCTTCTAGCGACGGTTTTAGGCGAAAGTTTAAATATGAGGA
GTACAATATCAAGGTGAATTAAAGTTTGAAGATGGGAACATGAAGTTACGTCGTCAGAAG
AGATCGGGATTT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3ES53JQ 464 0 0
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AAAGGACGATGGTGATATTGGAAACGTTCGATTGAGTTAAGAGAGATTCAGAAGAATTGG
CATCTTCTCTGAAGTTGGTCCAATAAAGGGTCTTCTTCTTGATTCAATTAGAGATTCCCT
GTTCTTGAATCACTGGCAATTGTATGGGTTTCAGGCTTCTAGCGACGGTTTTAGGCGAAA
GTTTAAATATGAGGAGTACAATATCAAGGTGAATTAAAGTTTGAAGATGGGAACATGAAG
TTACGTCGTCGGAAGAGATCGGGATTTTTCCGGCGGTGAAACGAAGAATCTAGATCTGTT
TGTCCCACTTATGCCACGTAGATGTTAGATACCTTGCCAACCTACACGTGTATTATCATA
TATGTGAACGTGTAGTGTTATGAGAATTGTACTCTTTATATTTA

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DS 

RD RR3GD82JQ 339 0 0
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TGAATCACTGGCAATTGTATGGGTTTCAGGCTTCTAGCGACGGTTTTAGGCGAAAGTTTA
AATATGAGGAGTACAATATCAAGGTGAATTAAAGTTTGAAGATGGGAACATGAAGTTACG
TCGTCGGAAGAGATCGGGATTTTTCCGGCGGTGAAACGAAGAATCTAGATCTGTTTGTCC
CACTTATGCCACGTAGATGTTAGATACCTTGCCAACCTACACGTGTATTATCATATATGT
GAACGTGTAGTGTTATGAGAATTGTACTCTTTATATTTA

QA 1 339 1 339
DS 



AS 1 3

CO CL2396Contig1 1128 3 8 U
GTGATTTTCTTAAGTTTCGGCTCTTCGTCAGGTGAAAAACTAAACTTACGTTCCGATCCG
CGTCAAGCGATTTCCGCCATGTCCATGATGACAACTGTCAAAGTGAGCAATGTTTCTCTA
GGAGCAACCGATCGTGACCTCAAGGAGTTCTTTTCCTTCTCTGGCGACATTCTCTACCTC
GAGACCCTCAGCGAGACAGAACGGTCCAAATTGGCTTATGTCACTTTCAAGGATCTACAA
GGAGCTGAAACTGCTGTTCTTCTCTCGGGAGCAACCATTGTTGATTCTTCAGTCATTGTC
ACTATGGCTCCTGACTACCAACTCTCTCCTGAGGCTTTAGCTTCCTTGGAGCCCAAGGAA
AGCAGCGAGTCTCCCCGTGCAGGTGACTCCGTGTTGAGAAAAGCCGAAGATGTTGTCAGC
AGCATGCTCGCAAAGGGCTTCATTCTAGGCAAAGACGCAATCGCCAAAGCCAAGAGCGTT
GACGAGAAACACCAGCTTACATCCACTGCATCCGCCAAAGTCGCATCTCTCGACAAGAAA
CTCGGTTTCACCGACAAGATCAACACCGGAACGGTCGTGGTGGGTGATAAAGTCAGGGAA
GTTGATCACAAGTACCAAGTCTCGGAGAAGACCAAATCAGCAATCGCTGCAGCTGAGCAG
ACGGTGACCAACGCGGGGTCGGCTATAATGAAGAACCGGTATGTTCTCACGGGTGCCACG
TGGGTCACCGGAGCTTTCAACAAAGTGGCTAAGGCTGCAGAAGAAGTTGGACAAAAGGCC
AAAGAGAAAGTTGGTATGGCTGAGGAAGAAGACAAGAGGAAAGTGGTTGATGAGTTTGCT
AGAGTTCACTTGTCTGAATCACCAAAGGCGCCATCATCTAAGGATGAAGACGTACATGAA
CCAAAACGCTCTGAATCTCCTGAACCAAAAGAATCTGAACATCACGAGCCCCAGCAGCCG
CAGCCGCAGCCGCAGCAGCAACAGTCTCCTCCACCTGTGGCTCCGGCTCAACCTTGAGAT
TTGCAGGCAAGTAAAGACTGAAGACATTTGTGATTCTTGTTGTGAACGGTAATATTTTGA
ACTAATCTCTCCTGGATTATCGAAAATGAATATCGAACTTCTTTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3F631TF U 30
AF RR3EA72TF U 1
AF RR3F644JQ C 409
BS 1 83 RR3EA72TF
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BS 156 156 RR3F631TF
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RD RR3F631TF 309 0 0
GAAAAAACAAAACTTTAA
ACGTTTCGATCCGGGTCAAGCGATTTCCGCCATGTCCATGATGACAACTGTCAAAGTTAG
CAATGTTTCTCTAGGAGCAACCGATCGTGACCTCAAGGAGTTCTTTTCCTTCTCTGGCGA
CATTCTCTACCTCGAGACCCTCAGCGAGACAGAACGGTCCAAATTGGCTTATGTCACTTT
CAAGGATCTACAAGGAGCTGAAACTGCTGTTCTTCTCTCGGGAGCAACCATTGTTGATTC
TTCGGTCATTGTCACTATGGCTCCTGATTACCAACTCTCTCCTGAGGCTTT

QA 19 309 19 309
DS 

RD RR3EA72TF 486 0 0
GTGATTTTCTTAAGTTTCGGCTCTTCGTCAGGTGAAAAACTAAACTTACGTTCCGATCCG
CGTCAAGCGATTTCCGCCATGTCGATGATGACAACTGTCAAAGTGAGCAATGTTTCTCTA
GGAGCAACCGATCGTGACCTCAAGGAGTTCTTTTCTTTCTCTGGCGACATTCTCTACCTC
GAGACCCTCAGCGAGACAGAACGGTCCAAATTGGCTTATGTCACTTTCAAGGATCTACAA
GGAGCTGAAACTGCTGTTCTTCTCTCGGGAGCAACGATTGTTGATTCTTCAGTCATTGTC
ACTATGGCTCCTGACTACCAACTCTCTCCTGAGGCTTTAGCTTCCTTGGAGCCCAAGGAA
AGCAGCGAGTCTCCCCGTGCAGGTGACTCCGTGTTGAGAAAAGCCGAAGATGTTGTCAGC
AGCATGCTCGCAAAGGGCTTCATTCTAGGCAAAGACGCAATCGCCAAAGCCAAGAGCGTT
GACGAG

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR3F644JQ 720 0 0
GATGTTGTCAGCAGCATGCTCGCAAAGGGCTTCATTCTAGGCAAAGACGCAATCGCCAAA
GCCAAGAGCGTTGACGAGAAACACCAGCTTACATCCACTGCATCCGCCAAAGTCGCATCT
CTCGACAAGAAACTCGGTTTCACCGACAAGATCAACACCGGAACGGTCGTGGTGGGTGAT
AAAGTCAGGGAAGTTGATCACAAGTACCAAGTCTCGGAGAAGACCAAATCAGCAATCGCT
GCAGCTGAGCAGACGGTGACCAACGCGGGGTCGGCTATAATGAAGAACCGGTATGTTCTC
ACGGGTGCCACGTGGGTCACCGGAGCTTTCAACAAAGTGGCTAAGGCTGCAGAAGAAGTT
GGACAAAAGGCCAAAGAGAAAGTTGGTATGGCTGAGGAAGAAGACAAGAGGAAAGTGGTT
GATGAGTTTGCTAGAGTTCACTTGTCTGAATCACCAAAGGCGCCATCATCTAAGGATGAA
GACGTACATGAACCAAAACGCTCTGAATCTCCTGAACCAAAAGAATCTGAACATCACGAG
CCCCAGCAGCCGCAGCCGCAGCCGCAGCAGCAACAGTCTCCTCCACCTGTGGCTCCGGCT
CAACCTTGAGATTTGCAGGCAAGTAAAGACTGAAGACATTTGTGATTCTTGTTGTGAACG
GTAATATTTTGAACTAATCTCTCCTGGATTATCGAAAATGAATATCGAACTTCTTTATTT

QA 1 720 1 720
DS 



AS 2 4

CO CL2397Contig1 766 2 11 U
GGCCGTACACGAATCTCTATCCAATGGCTAGGCCATCTATCGAAAACGCCGACGAAGAGA
TCTCTCTTCTCGAGTTTCACGGCGAGGGCGACCGCTCGTGGCAGCTGAACTTCGACGATT
TTCAGGTTTCTCCGGAGCACAAGGAGAAGAAATCTCCGAGCAAACTCCATAACTGTCTTG
GCTGCTTGGGTCCGGAAGACAATGTGGCAGATTACTACCAGCAGCAGGTGGAGATGCTTG
AAGGCTTCACCGAAATGGACGAACTCGCAGAACGTGGATTCGTCCCCGGAATGTCAAAGG
AAGAGCAAGACAATCTTGCTAAAAGCGAGACGTTAGCCATCAGAATATCAAACATCGCGA
ACATGGTTCTTTTCGCCGCTAAAGTCTACGCCTCCGTCACGAGCGGCTCTCTAGCGATCG
TCGCTTCCACGCTAGACTCTCTCCTCGATCTCCTCTCCGGCTTCATCCTCTGGTTCACCG
CCTTCTCCATGCAGACGCCGAACCCTTATCAGTATCCCATCGGCAAGAAACGGATGCAGC
CGCTCGGTATCCTCGTCTTTGCGTCCGTAATGGCCACGCTTGGACTGCAGATCATCCTGG
AGTCTCTTCGCACCATGGTGTCCAGTCACAAAGAGTTCAGCTTAACAAAAGAGCAAGAGA
GCTGGGTGGTTGGGATCATGCTCTCAGTCACACTAGTCAAACTCCTCCTCGTTCTTTACT
GCAGATCATTCAGCAACGAGATCGTTAAAGCCTATGCTCAAGACCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY25TF U 1
AF RR3C286TF U 1
BS 1 250 RR3C286TF
BS 251 251 RR3DY25TF
BS 252 286 RR3C286TF
BS 287 287 RR3DY25TF
BS 288 338 RR3C286TF
BS 339 339 RR3DY25TF
BS 340 568 RR3C286TF
BS 569 569 RR3DY25TF
BS 570 613 RR3C286TF
BS 614 614 RR3DY25TF
BS 615 766 RR3C286TF

RD RR3DY25TF 653 0 0
GGCCGTACACGAATCTCTATCCAATGGCTAGGCCATCTATCGAAAACGCCGACGAAGAGA
TCTCTCTTCTCGAGTTTCACGGCGAGGGCGACCGCTCGTGGCAGCTGAACTTCGACGATT
TTCAGGTTTCTCCGGAGCACAAGGAGAAGAAATCTCCGAGCAAACTCCATAACTGTCTTG
GCTGCTTGGGTCCGGAAGACAATGTGGCAGATTACTACCAGCAGCAGGTGGAGATGCTTG
AAGGCTTCACCGAAATGGACGAACTCGCAGAACGTGGATTCGTCCCCGGAATGTCAAAGG
AAGAGCAAGACAATCTTGCTAAAAGCGAGACGTTAGCCATCAGAATATCAAACATCGCGA
ACATGGTTCTTTTCGCCGCTAAAGTCTACTCCTCCGTCACGAGTGGCTCTCTAGCGATCG
TCGCTTCCACGCTAGACTCTCTCCTCGATCTCCTCTCCGGCTTCATCCTCTGGTTCACCG
CCTTCTCCATGCAGACGCCGAACCCTTATCAGTATCCCATCGGCAAGAAACGGATGCGGC
CGCTCGGTATCCTCGTCTTTGCGTCCGTAATGGCCACGCTTGGACTGCAGATCATCCTGG
AGTCTCTTCGCACCATGGTGTCCAGTCACAAAGAGTTCAGCTTAACAAA
GAAC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3C286TF 766 0 0
GGCCGTACACGAATCTCTATCCAATGGCTAGGCCATCTATCGAAAACGCCGACGAAGAGA
TCTCTCTTCTCGAGTTTCACGGCGAGGGCGACCGCTCGTGGCAGCTGAACTTCGACGATT
TTCAGGTTTCTCCGGAGCACAAGGAGAAGAAATCTCCGAGCAAACTCCATAACTGTCTTG
GCTGCTTGGGTCCGGAAGACAATGTGGCAGATTACTACCAGCAGCAGGTGGAGATGCTTG
AAGGCTTCACTGAAATGGACGAACTCGCAGAACGTGGATTCGTCCCTGGAATGTCAAAGG
AAGAGCAAGACAATCTTGCTAAAAGCGAGACGTTAGCCGTCAGAATATCAAACATCGCGA
ACATGGTTCTTTTCGCCGCTAAAGTCTACGCCTCCGTCACGAGCGGCTCTCTAGCGATCG
TCGCTTCCACGCTAGACTCTCTCCTCGATCTCCTCTCCGGCTTCATCCTCTGGTTCACCG
CCTTCTCCATGCAGACGCCGAACCCTTATCAGTATCCCATCGGCAAGAAACGGATGCAGC
CGCTCGGTATCCTCGTCTTTGCGTCCGTCATGGCCACGCTTGGACTGCAGATCATCCTGG
AGTCTCTTCGCACGATGGTGTCCAGTCACAAAGAGTTCAGCTTAACAAAAGAGCAAGAGA
GCTGGGTGGTTGGGATCATGCTCTCAGTCACACTAGTCAAACTCCTCCTCGTTCTTTACT
GCAGATCATTCAGCAACGAGATCGTTAAAGCCTATGCTCAAGACCA

QA 1 766 1 766
DS 



CO CL2397Contig2 873 2 7 U
GAAATGAACCTTCTTTAATTTAGAAATTTATAGTTTTACTAGTAGAACAACAAAACGAGA
CATAGTTACAATGGTCGTCTACTAAACAAATATGATTGTAAGATTCTTAAATCTCTTAAG
AATTCGTAGACGTAGAAACACCTTCACCGTAAAGCTAACAGTGGGAACTAGCGTGCTCAG
GTTTGCGAGTATACTCATAATCAAGATGCACAAAAGCCCTTTCAATCTCCTGCAGCTGCT
CCAGCTTCTCCTGCAGCGCTTCTCCGATATCATGCGCCACTTGCAGAGGCATATCAGCGG
GGAGAACTATATCAACCTCCACAAAGTAATGAGACCCGAACGTGTACCCCCTCACCGCAT
CGATGTGCCTAATCTCTCTGTGGTGGTTCCAACACAGGTAAGTCAGCTTCTGCAGATACT
CCGGCGTCGCTGATTTGCCTACGAGAGAGTTCACGTTCTCCAGAACCGTCATCGACCATG
TCCTTATAGTGTACAGTGCGAGAATGATGGCACCGAGTGGATCCATCCAGTTATCGAAGT
AGTTAGCGAGGATGACTGCGATGAGTCCGATGATGTTTGTGATGACGTCGAAGAAGTGGT
CTTGAGCATAGGCTTTAACGATCTCGTTGCTGAATGATCTGCAGTAAAGAGCGAGGAGGA
GTTTGACTAGTGTGACGGAGAGCATGATCCCACCACCCAACTCTCTTGTTCCTTTGTTAA
GCTGAACTCTTTGTGACTGGACACCATGGTGCGAAGAGACTCCAGGATGATCTGCAGTCC
AAGCGTGGCCATTACGACGCAAGACGAGGATACCGAGCGGCCGCATCCGTTTCTTGCCGA
TGGGATACTGATAAGGGTCGGCGTCTGCATGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C286JQ U 68
AF RR3DY25JQ U 1
BS 1 185 RR3DY25JQ
BS 186 186 RR3C286JQ
BS 187 347 RR3DY25JQ
BS 348 348 RR3C286JQ
BS 349 358 RR3DY25JQ
BS 359 359 RR3C286JQ
BS 360 873 RR3DY25JQ

RD RR3C286JQ 374 0 0
ACAATGGTCGTCTACTAAACAAATATGATTGTAAGATTCTTAAATCTCTTAAGAATTCTT
AGACGTAGAAACACCTTCACCGTAAAGCTAACAGTGGGAACTAGCGTGCTCAGGTTTGCG
AGTATACTCATAATCAAGATGCACAAAAGCCCTTTCAATCTCCTGCAGCTGCTCCAGCTT
CTCTTGGAGCGCTTCTCCGATATCATGCGCCACTTGCAGAGGCATATCAGCGGGGAGAAC
TATATCAACCTCCACAAAGTAATGCGACCCGAACGTGTACCCCCTCACCGTATCGATGTG
CCTAATCTCTCTGTGGTGGTTCCAACACAGGTAAGTCAGCTTCTGCAGATACTCCGGCGT
CGCTGATTTGCCTA

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR3DY25JQ 873 0 0
GAAATGAACCTTCTTTAATTTAGAAATTTATAGTTTTACTAGTAGAACAACAAAACGAGA
CATAGTTACAATGGTCGTCTACTAAACAAATATGATTGTAAGATTCTTAAATCTCTTAAG
AATTCGTAGACGTAGAAACACCTTCACCGTAAAGCTAACAGTGGGAACTAGCGTGCTCAG
GTTTGTGAGTATACTCATAATCAAGATGCACAAAAGCCCTTTCAATCTCCTGCAGCTGCT
CCAGCTTCTCCTGCAGCGCTTCTCCGATATCATGCGCCACTTGCAGAGGCATATCAGCGG
GGAGAACTATATCAACCTCCACAAAGTAATGAGACCCGAACGTGTACGCCCTCACCGCGT
CGATGTGCCTAATCTCTCTGTGGTGGTTCCAACACAGGTAAGTCAGCTTCTGCAGATACT
CCGGCGTCGCTGATTTGCCTACGAGAGAGTTCACGTTCTCCAGAACCGTCATCGACCATG
TCCTTATAGTGTACAGTGCGAGAATGATGGCACCGAGTGGATCCATCCAGTTATCGAAGT
AGTTAGCGAGGATGACTGCGATGAGTCCGATGATGTTTGTGATGACGTCGAAGAAGTGGT
CTTGAGCATAGGCTTTAACGATCTCGTTGCTGAATGATCTGCAGTAAAGAGCGAGGAGGA
GTTTGACTAGTGTGACGGAGAGCATGATCCCACCACCCAACTCTCTTGTTCCTTTGTTAA
GCTGAACTCTTTGTGACTGGACACCATGGTGCGAAGAGACTCCAGGATGATCTGCAGTCC
AAGCGTGGCCATTACGACGCAAGACGAGGATACCGAGCGGCCGCATCCGTTTCTTGCCGA
TGGGATACTGATAAGGGTCGGCGTCTGCATGGA

QA 1 873 1 873
DS 



AS 1 4

CO CL2398Contig1 1162 4 7 U
GGGGCTTCGTCAAATTCTCAGTCTGCACTTTGAAAAAGTTAAAGAGGAAGATCAATACTT
TGATCGATCTTCTTCCACCCCCAAGGAGAAAGAGAAAGATGGGTTCTCATGTTCTTAGGT
CTCCCATTACCTTGCGCTCTTACAGCAGCTCCCCCGATGGCTTCTTCTCCAAATCTCCTA
ATCCTCTTCTCTCTGCGAGATGGGTTAAAGCAAGAGAAGGCAGTTCCATCAGATGTTTTG
CTTCTGCTATACGTGGAAAGAACAAGAAACAGAGACTGGATGAGGCATGTCTCGAAAGGT
ATCAAGAATACAGTCGCACACTAATACAATCATGGATTCTACAAGGCAAAGTGCTTGTAG
ATGGGAAAAGAGCTAGTAAAGCTGGGATGCCTGTAGGCAATGATGTATCCATAAAGATTA
CAGCTGAGGTTCCCAAATACGTATGTAGAGGTGGGCTGAAGCTTGAAGCTGCAATAGAGA
AGCTAGATGTTGATGTTTCTGAGAAAGTGGTTCTTGATTCTGGACTCTCTACAGGAGGGT
TTACAGATTGTTTGCTTCGTTATGGTGCTGCTCATGTGTATGGTGTAGATGTTGGTTATG
GTCAGGTTGCGGATAAAATTCGTA*TGACAAGAGGGTGACTGTTATGGAAAGGACAAATG
TGAGATACCTCCCAGGTCTCCCTCAAAAAGTCGATGTAGTGACGCTAGATCTCTCCTTCA
TTTCCATTCTCAAGGTGATGCCAGCTGTTATGAATGTGATGAATGAAGATGCAACTTTAG
TTACCCTTGTTAAACCCCAATTTGAAGCTCGGCGATCGCAGGTTGGGAAAGGTGGGATAG
TGAGAGACCCTGAAGTACATCAGGAGGTTCTTGAGAGGATAATAAATGGTGTTGAGAGCT
GTGGCTTCACCAACAAAGGGTTTATCGAATCTCCAATCAAGGGTGCCGATGGAAACATTG
AGTTCTTGGTTCGCTTCGACCGGGGGACAGTTAAAAAACCCGAAGAAGAAGAGTAGTACT
AAGACTTCATATATTTTCGTTGCTGGGGAAATGCTATTGTTTCTTGTCACTCTTCATTTT
TGAACTATTATCTTGTTATGGTGATATCACTTATCCCAAAGATAAAAATTCCAAAGTAAT
CTCAAGTTAATCATTTCTAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BH74TF U 1
AF RR3GB96TF U 39
AF RR3BH74JQ C 240
AF RR3GB96JQ C 706
BS 1 156 RR3BH74TF
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BS 158 729 RR3BH74TF
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BS 990 990 RR3GB96JQ
BS 991 1162 RR3BH74JQ

RD RR3BH74TF 729 0 0
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CTTCTGCTATACGTGGAAAGAACAAGAAACAGAGACTGGATGAGGCATGTCTCGAAAGGT
ATCAAGAATACAGTCGCACACTAATACAATCATGGATTCTACAAGGCAAAGTGCTTGTAG
ATGGGAAAAGAGCTAGTAAAGCTGGGATGCCTGTAGGCAATGATGTATCCATAAAGATTA
CAGCTGAGGTTCCCAAATACGTATGTAGAGGTGGGCTGAAGCTTGAAGCTGCAATAGAGA
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TTACAGATTGTTTGCTTCGTTATGGTGCTGCTCATGTGTATGGTGTAGATGTTGGTTATG
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TGAGATACCTCCCAGGTCTCCCTCAAAAAGTCGATGTAGTGACGCTAGATCTCTCCTTCA
TTTCCATTC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3GB96TF 734 0 0
GG
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GGGTTCTCATGTTCTTAGGTCTCCCATTACCTTGCGCTCTTACAGCAGCTCCCTCGATGG
CTTCTTCTCCAAATCTCCTAATCCTCTTCTCTCTGCGAGATGGGTTAAAGCAAGAGAAGG
CAGTTCCATCAGATGTTTTGCTTCTGCTATACGTGGAAAGAACAAGAAACAGAGACTGGA
TGAGGCATGTCTCGAAAGGTATCAAGAATACAGTCGCACACTAATACAATCATGGATTCT
ACAAGGCAAAGTGCTTGTAGATGGGAAAAGAGCTAGTAAAGCTGGGATGCCTGTAGGCAA
TGATGTATCCATAAAGATTACAGCTGAGGTTCCCAAATACGTATGTAGAGGTGGGCTGAA
GCTTGAAGCTGCAATAGAGAAGCTAGATGTTGATGTTTCTGAGAAAGTGGTTCTTGATTC
TGGACTCTCTACAGGAGGGTTTACAGATTGTTTGCTTCGTTATGGTGCTGCTCATGTGTA
TGGTGTAGATGTTGGCTATGGTCAGGCTGCGGATAAAATTCGTAATGACAAGAGAGTGAC
TGTTATGGAAAGGACAAATGTGAGATACCTCCCAGGTCTCCCTCAAAAAGTCGATGTAGT
GACGCTAGATCTCTCCTTCATTTCCATTCTCAAGGTGATGCCAGCTGTTATGAATGTGAT
GAATGAAGATGC

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR3BH74JQ 923 0 0
TGC
TCTGCTATACGTGGAAAGAACAAGAAACAGAGACTGGATGAGGCATGTCTCGAAAGGTAT
CAAGAATACAGTCGCACACTAATACAATCATGGATTCTACAAGGCAAAGTGCTTGTAGAT
GGGAAAAGAGCTAGTAAAGCTGGGATGCCTGTAGGCAATGATGTATCCATAAAGATTACA
GCTGAGGTTCCCAAATACGTATGTAGAGGTGGGCTGAAGCTTGAAGCTGCAATAGAGAAG
CTAGATGTTGATGTTTCTGAGAAAGTGGTTCTTGATTCTGGACTCTCTACAGGAGGGTTT
ACAGATTGTTTGCTTCGTTATGGTGCTGCTCATGTGTATGGTGTAGATGTTGGTTATGGT
CAGGTTGCGGATAAAATTCGTA*TGACAAGAGGGTGACTGTTATGGAAAGGACAAATGTG
AGATACCTCCCAGGTCTCCCTCAAAAAGTCGATGTAGTGACGCTAGATCTCTCCTTCATT
TCCATTCTCAAGGTGATGCCAGCTGTTATGAATGTGATGAATGAAGATGCAACTTTAGTT
ACCCTTGTTAAACCCCAATTTGAAGCTCGGCGATCGCAGGTTGGGAAAGGTGGGATAGTG
AGAGACCCTGAAGTACATCAGGAGGTTCTTGAGAGGATAATAAATGGTGTTGAGAGCTGT
GGCTTCACCAACAAAGGGTTTATCGAATCTCCAATCAAGGGTGCCGATGGAAACATTGAG
TTCTTGGTTCGCTTCGACCGGGGGACATTTAAAAAACCCGAAGAAGAAGAGTAGTACTAA
GACTTCATATATTTTCGTTGCTGGGGAAATGCTATTGTTTCTTGTCACTCTTCATTTTTG
AACTATTATCTTGTTATGGTGATATCACTTATCCCAAAGATAAAAATTCCAAAGTAATCT
CAAGTTAATCATTTCTAAGG

QA 4 923 4 923
DS 

RD RR3GB96JQ 457 0 0
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AAGATGCAACTTTAGTTACCCTTGTTAAACCCCAATTTGAAGCTCGGCGATCGCAGGTTG
GGAAAGGTGGGATAGTGAGAGACCCTGAAGTACATCAGGAGGTTCTTGAGAGGATAATAA
ATGGTGTTGAGAGCTGTGGCTTCACCAACAAAGGGTTTATCGAATCTCCAATCAAGGGTG
CCGATGGAAACATTGAGTTCTTGGTTCGCTTCGACCGGGGGACAGTTAAAAAACCCGAAG
AAGAAGAGTAGTACTAAGACTTCATATATTTTCGTTGCTGGGGAAATGCTATTGTTTCTT
GTCACTCTTCATTTTTGAACTATTATCTTGTTATGGTGATATCACTTATCCCAAAGATAA
AAATTCCAAAGTAATCTCAAGTTAATCATTTCTAAGG

QA 1 457 1 457
DS 



AS 1 3

CO CL2399Contig1 691 3 1 U
GATTCTAAACGATTTCTCTTTTGTCACACTTCCATTTTTCATATCAAATTAAGGGCAAAG
CAACGTAACATTGAGATTTCTACTTCCCGAAAGAGCCAATTTAAAACATCAGATTGATAT
GTTCTTCAACCAATTACAAAACCAAATCATAAAACCAGATCTAGAAACCCTAATTCAAGA
GCTAGTAAACTTAGTAACCGCCTTGGTCCCTTCGGAAACAGCGTGCTTAGCGAGCTCACC
GGGAAGCACAAGCCTCACAGCGGTCTGGATCTCGCGGGAAGTAATCGTCGGCTTCTTGTT
GTACCTAGCGAGCTTGGAGGCCTCCCCGGCGAGCTTCTCGAAGATGTCATTGATGAAGCT
GTTCATGATCCCATGGCCTTGCTCGAGATCCCGATGTCCGGGTGGACCTGCTTCAGCACC
TTGAAGATGTAGATCTTGTACGTCTCCACGCTCTTCTTGCTCCGCTTCTTCTTCTTGTCC
GTCGCGGAGGACGCGCCGATTGCTTCCTTCGGTAGCTTCTTCCCGGCTTTTGGTTTCTTC
TCCGCCGGTGATTTCTCGGCTACGACGTCCTCCGCTGGCTTCTCCGCCGCGGCGGGTTTC
TTCTCTGCTGGTTTCTTTCCTGCCTTTGGTGCCATTTTTCTCGCTGATTGATTTTCTCGG
GAATTTGATTTGAGTTTTAGTTTTGCGGTCC


BQ
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AF RR3EU32JQ U 1
AF RR3G388JQ U 1
AF RR3G388TF C 1
BS 1 691 RR3EU32JQ

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GTACCTAGCGAGCTTGGAGGCCTCCCCGGCGAGCTTCTCGAAGATGTCATTGATGAAGCT
GTTCATGATCCCATGGCCTTGCTCGAGATCCCGATGTCCGGGTGGACCTGCTTCAGCACC
TTGAAGATGTAGATCTTGTACGTCTCCACGCTCTTCTTGCTCCGCTTCTTCTTCTTGTCC
GTCGCGGAGGACGCGCCGATTGCTTCCTTCGGTAGCTTCTTCCCGGCTTTTGGTTTCTTC
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TTCTCTGCTGGTTTCTTTCCTGCCTTTGGTGCCATTTTTCTCGCTGATTGATTTTCTCGG
GAAT

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DS 

RD RR3G388TF 664 0 0
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GTACCTAGCGAGCTTGGAGGCCTCCCCGGCGAGCTTCTCGAAGATGTCATTGATGAAGCT
GTTCATGATCCCATGGCCTTGCTCGAGATCCCGATGTCCGGGTGGACCTGCTTCAGCACC
TTGAAGATGTAGATCTTGTACGTCTCCACGCTCTTCTTGCTCCGCTTCTTCTTCTTGTCC
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TCCGCCGGTGATTTCTCGGCTACGACGTCCTCCGCTGGCTTCTCCGCCGCGGCGGGTTTC
TTCTCTGCTGGTTTCTTTCCTGCCTTTGGTGCCATTTTTCTCGCTGATTGATTTTCTCGG
GAAT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 4

CO CL2400Contig1 1244 4 7 U
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GTTTCTTAAGCGATCATGCATACAGTTTCATAATTAGACATACAGAGCACACGGACAAGC
AAAGTTACCTAATGTGCAGTCTCTACAGAGCTTAAAGAGTTGTTGTTGCTACTGGTGGAT
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ACCGTCAACCATAGTGGAAGAAACCCTAAAACTGAGGGAAGAGCAGCCAAGAATATTGAC
GTCAAAGCAAGAGCCACGTTTTGCTTGACCAATGATGTTGTCTGGCGAGATTTAGCGACA
CAGAAGGGAACACCGGTGATGTTGTCTCGAAGCAGTAAGATGTCAGCAACAGCAATCGCA
GTGGCACTCGCACGTTGAGCAAGTACAATGCCGACTGTTGCAGCCGCTAGAGCTGGAGCA
TCATTAATTCCTTCTCCTAACATAATTAAACCTCCACCTGCATCTCGAGCGATGTTCTTT
ACATGGTTTAGCTTATCCTCGGGCTTTAGGTTACAGTAGACTTCGCTAATACCCACTGCA
TTGGCAACTCTCCAAGCACTTGAATCATGGTTCCCAGTTAACATCATTACTCGAAGTTGG
GCCCAGCTTTTCAGTTCTGCTATAACTCCCGAGACACCTGGACGAGGCTGATCCTCGAGG
TGAATCAATGTTACCTTGTGATCAACGGAAAGAGCAGCATGAACGAAATCCTCTCCGTAC
AAAGAGGCGTTAACAGCATCCTTGATCTGTTTAGACTCATCTTCTGATTTGAAAAGTGAG
GTAATGAACTCTATAGAACCCAGTGATGCTTTTCGTAATCTACTCTCTTCAGCTACTGAC
TCAACACCGTTTACGGTAGCAGTAAGGCCTCTGCCAGGAAAATATTCGAAGCTTTCAACA
AATATAGAAGGGAGGTCTTTCCCCACACTGTGGTCTACCACAGCTCTTCCAATAGGATGT
GTAGTGCCCTTCTCCATAGCAGCCGCTACGGCAAGAGCTTCTTTCTCACAATTTGAGCTC
GAGCGTCGTCTTCTTCGATCATGCCACCATTGATTCTTTCTGATCTCGCGAAAATGCGTC
TTAGACTCGTCTTTGTTTCACACTTGTTGTAACAGAGGAGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP94JQ U 1
AF RR3CO45JQ U 41
AF RR3EP94TF C 765
AF RR3CO45TF C 582
BS 1 691 RR3EP94JQ
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BS 833 833 RR3EP94TF
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RD RR3EP94JQ 766 0 0
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GTTTCTTAAGCGATCATGCATACAGTTTCATAATTAGACATACAGAGCACACGGACAAGC
AAAGTTACCTAATGTGCAGTCTCTACAGAGCTTAAAGAGTTGTTGTTGCTACTGGTGGAT
TCCCGTGAGCTTAACTTGTTGATTAGATGAGCTATGTCTTGTTTCCACGACCACGATGGA
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ACCGTCAACCATAGTGGAAGAAACCCTAAAACTGAGGGAAGAGCAGCCAAGAATATTGAC
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CAGAAGGGAACACCGGTGATGTTGTCTCGAAGCAGTAAGATGTCAGCAACAGCAATCGCA
GTGGCACTCGCACGTTGAGCAAGTACAATGCCGACTGTTGCAGCCGCTAGAGCTGGAGCA
TCATTAATTCCTTCTCCTAACATAATTAAACCTCCACCTGCATCTCGAGCGATGTTCTTT
ACATGGTTTAGCTTATCCTCGGGCTTTAGGTTACAGTAGACTTCGCTAATACCCACTGCA
TTGGCAACTCTCCAAGCACTTGAATCATGGTCCCCAGTTAACATCATTACTCGAAGTTGG
GCCCAGCTTTTCAGTTCTGCTATAACTCCCGAGACACCTGGACGAG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3CO45JQ 766 0 0
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TACAGAGCACACGGACAAGCAAAGTTACCTAATGTGCAGTCTCTACAGAGCTTAAAGAGT
TGTTGTTGCTACTGGTGGATTCCCGTGAGCTTAACTTGTTGATTAGATGAGCTATGTCTT
GTTTCCACGACCACGATGGATCGTTCAGACCACGTACTGAGTTGAGGCACACCAGAAGAG
TCCCGCCTTCATGTAGAAGTACCGTCAACCATAGTGGAAGAAACCCTAAAACTGAGGGAA
GAGCAGCCAAGAATATTGACGTCAAAGCAAGAGCCACGTTTTGCTTGACCAATGATGTTG
TCTGGCGAGATTTAGCGACACAGAAGGGAACACCGGTGATGTTGTCTCGAAGCAGTAAGA
TGTCAGCAACAGCAATCGCAGTGGCACTCGCACGTTGAGCAAGTACAATGCCGACTGTTG
CAGCTGCTAGAGCTGGAGCATCATTAATTCCTTCTCCTACCATAATTAAACCTCCACCTG
CATCTCGAGCGATGTTCTTTACATGGTTTAGCTTATCCTCGGGCTTTAGGTTACAGTAGA
CTTCGCTAATACCCACTGCATTGGCAACTCTCCAAGCACTTGAATCATGGTTCCCAGTTA
ACATCATTACTCGAAGTTGGGCCCAGCTTTTCAGTTCTGCTATAACTCCCGAGACACCTG
GACGAGGCTGATCCTCGAGGTGAATCAATGTTACCTTGTGATCAAC

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3EP94TF 306 0 0
AGGCTGATCCTCGAGGTGAATCAATGTTACCTTGTGATCAACGGAAAGAGCAGCATGAAC
GAAATCCTCTCCGTACAAAGAGGCGTTAACAGCATCCTTGATCTGTTTAGACTCATCTTC
TGATTTGAAAAGTGAGGTAATGAACTCTATAGAACCCAGTGATGCTTTTCGTAATCTACT
CTCTTCAGCTACTGACTCAACACCGTTTACGGTAGCAGTAAGGCCTCTGCCAGGAAAATA
TTCGAAGCTTTCAACAAATATAGAAGGGAGGTCTTTCCCCACACTGTGGTCTACCACAGC
TCTTCC

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR3CO45TF 663 0 0
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TTCGCTAATACCCACTGCATTGGCAACTCTCCAAGCACTTGAATCATGGTTCCCAGTTAA
CATCATTACTCGAAGTTGGGCCCAGCTTTTCAGTTCTGCTATAACTCCCGAGACACCTGG
ACGAGGCTGATCCTCGAGGTGAATCAATGTTACCTTGTGATCAACGGAAAGAGCAGCATG
AACGAAATCCTTTCCGTACAAAGAGGCGTTAACAGCATCCTTGATCTGTTTAGACTCATC
TTCTGATTTGAAAAGTGAGGTAATGAACTCTATAGAACCCAGTGATGCTTTTCGTAATCT
ACTCTCTTCAGCTACTGACTCAACACCGTTTACGGTAGCAGTAAGGCCTCTGCCAGGAAA
ATATTCGAAGCTTTCAACAAATATAGAAGGGAGGTCTTTCCCCACACTGTGGTCTACCAC
AGCTCTTCCAATAGGATGTGTAGTGCCCTTCTCCATAGCAGCCGCTACGGCAAGAGCTTC
TTTCTCACAATTTGAGCTCGAGCGTCGTCTTCTTCGATCATGCCACCATTGATTCTTTCT
GATCTCGCGAAAATGCGTCTTAGACTCGTCTTTGTTTCACACTTGTTGTAACAGAGGAGA
GCC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 4

CO CL2401Contig1 820 4 31 U
GGGACCACGAAGCTCTGGAAAAGCAGGAAGCCGTAAAACCTTTTCTCCTCCACCTCCTAG
TGTTCTTCGTCGTCGTTTACTGAAACTGCCAAGATGTTCTCTGCTCATAACAAGACCCAC
AAGGATAAGGGTGTTGCACCAACTGAGTTTGAGGAGCGAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGAT
TTGGAGAACACCAATCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCT
GTTTCAATGGATATTGCTGGCAACCGCAAGGCTGTTGTGATCTACGTTCCATTCAGACTG
AGGAAAGCCTTCCGCAAGATCCATCCTCGTCTCGTCAGAGAACTCGAGAAGAAGTTCAGT
GGTAACGATGTTATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGTCCTCCTAAGAAAGGCTCT
GCTGTTCAGAGACCACGCAACAGGACTCTCACTTCCGTCCACGAAGCCATGCTTGAGGAT
GTCGCCTACCCTGCGGAGATTGTCGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAG
ATCATGAAGGTCTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACGGAGTACAAGCTTGAGACA
ATGGTTGGTGTGTACAGGAAACTCACAGGGAAAGATGTAGTTTTCGAGTACCCAGTCGCT
GAAGCTTGAGGAGATAAAATGTTGTTTTAATTCTTCTTTTTTGTCGGATAGTTTTGGTTC
TGTTTGAGAGTAAAAAAACTCTTTGGAAAGATTTTCTTGTTTAAGTTGCTTCACACTCTT
CCTCCTATTTCTGTTTAATAAGACCTCTTATGTTGTTCTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D156TF U 1
AF RR3FT84TF U 1
AF RR3D156JQ C 93
AF RR3FT84JQ C 108
BS 1 11 RR3D156TF
BS 12 12 RR3FT84TF
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BS 56 56 RR3FT84TF
BS 57 87 RR3D156TF
BS 88 88 RR3FT84TF
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BS 116 116 RR3FT84TF
BS 117 332 RR3D156TF
BS 333 333 RR3FT84TF
BS 334 339 RR3D156TF
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BS 341 341 RR3D156TF
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BS 486 486 RR3FT84TF
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BS 496 507 RR3D156TF
BS 508 508 RR3FT84TF
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BS 583 676 RR3D156TF
BS 677 677 RR3FT84TF
BS 678 701 RR3D156TF
BS 702 702 RR3D156JQ
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BS 732 732 RR3FT84TF
BS 733 733 RR3FT84JQ
BS 734 784 RR3FT84TF
BS 785 820 RR3D156JQ

RD RR3D156TF 734 0 0
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GCTGTTCAGAGACCACGCAACAGGACTCTCACTTCCGTCCACGAAGCCATGCTTGAGGAT
GTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTCGGACAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAG
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ATGGTTGGTGTGTACAGGAAACTCACAGGGAAAGATGTAGTTTTCGAGTACCCAGTCGCT
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TGTTTGAGAGT
TGA

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DS 

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AAGGATAAGGGTGTTGCACCAACTGAGTTTGAGGAGCGAGTTGCTCAGGCTTTCTTTGAT
TTGGAGAACACCAATCAGGAGTTGAAAAGTGACTTGAAAGATCTCTACATTAACCAAGCT
GTTTCAATGGATATTGCTGGCAACCGCAAGGCTGTTGTGATCTACGTTCCATTCAGACTG
AGGAAAGCTTTCCGTAAGATCCATCCTCGTCTCGTCAGAGAACTCGAGAAGAAGTTCAGT
GGTAACGATGTTATCTTTGTTGCCACCAGAAGAATCATGCGTCCTCCTAAGAAAGGCTCT
GCTGTTCAGAGACCACGCAACAGGACTCTCACTTCCGTCCACGAAGCCATGCTTGAGGAT
GTCGCCTACCCTGCGGAGATTGTCGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAG
ATCATGAAGGTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACGGAGTACAAGCTTGAGACA
ATGGTTGGTGTGTACAGGAAACTCACAGGGAAAGATGTAGTTTTCGAGTACCCAGTCGCT
GAAGCTTGAG*AGATAAAATGTTGTTTTAATTCTTCTTTTT*GTCGGATAGTTTTGGTTC
TGTTTGAGAGTA*AAAAACTCTTTGGAAAGATTTTCTTGTTTAAGTTGCTTCACACTCTT
CCTC
T

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DS 

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TGTTGTGATCTACGTTCCATTCAGACTGAGGAAAGCCTTCCGCAAGATCCATCCTCGTCT
TGTCAGATAGCTCGAGAAGAAGTTCAGTGGTAACGATGTTATCTTTGTTGCCACCAGAAG
AATCATGCGTCCTCCTAAGAAAGGCTCTGCTGTTCAGAGACCACGCAACAGGACTCTCAC
TTCCGTCCACGAAGCCATGCTTGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTCGGAAAGCG
TACCAGATACCGTGTTGATGGCACCAAGATCATGAAGGTCTATTTGGAGCCTAAGGAGAG
GAATAACACTGAGTACAAGCTTGAGACAATGGTTGGTGTGTACAGGAAACTCACAGGGAA
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CTTCTTTTTTGTCGGATAGTTTTGGTTCTGTTTGAGAGTTGAAAAACTCTTTGGAAAGAT
TTTCTTGTTAAAGTTGCTTCACACTCTTCCTCCTATTTCTGTTTAATAAGACCTCTTATG
TTGTTCTG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3FT84JQ 678 0 0
G
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ATTAACCAAGCTGTTTCAATGGATATTGCTGGCAACCGCAAGGCTGTTGTGATCTACGTT
CCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCCGTAAGATCCATCCTCGTCTCGTCAGAGAACTCGAG
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AAGAAAGGCTCTGCTGTTCAGAGACCACGCAACAGGACTCTCACTTCCGTCCACGAAGCC
ATGCTTGAGGATGTCGCCTACCCTGCGGAGATTGTCGGAAAGCGTACCAGATACCGTGTT
GATGGCACCAAGATCATGAAGGTGTATTTGGAGCCTAAGGAGAGGAATAACACGGAGTAC
AAGCTTGAGACAATGGTTGGTGTGTACAGGAAACTCACAGGGAAAGATGTAGTTTTCGAG
TACCCAGTCGCTGAAGCTTGAGGAGATAAAATGTTGTTTTAATTCTTCTTTTTTGTCGGA
TAGTTTTGGTTCTGTTTGAGAGTAAAAAAACTCTTTGGAAAGATTTTCTTGTTTAAGTTG
CTTCACACTCTTCCTC
T

QA 2 677 2 677
DS 



AS 2 4

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GAAAAAAAACTTGCGTTTCTTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C173JQ C 1
AF RR3C173TF U 1
BS 1 3 RR3C173JQ
BS 4 262 RR3C173TF

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TCTTCTTTGTCCAGGGTTTATACTTTGCTTCTCCTTTTGGTGAGATGAGGATTTCGATTG
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CTTTTTGGTTTTGCTTCAAAAGTTAATTGAAGACTTGCTATGTAGACAGTAATTTTCAAT
GAAAAAAAACTTGCGTTTCTTG

QA 1 262 1 262
DS 

RD RR3C173TF 262 0 0
GCA
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TCTTTGTCCAGGGTTTATACTTTGCTTCTCCTTTTGGTGAGATGAGGATTTCGATTGAGC
TCAATGTTAAGAGACTAGTAGACGTTTCTCTGTTTGCTTTCACAGATAATTTTGTTTCTT
TTTGGTTTTGCTTCAAAAGTTAATTGAAGACTTGCTATGTAGACAGTAATTTTCAATGAA
AAAAAACTTGCGTTTCTTG

QA 4 262 4 262
DS 



CO CL2402Contig2 701 2 5 U
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AGGCCTTCTTCTAAAGTGATCATCAAGTTCCTCACTGTCATGCAGAAACACGGTTACATT
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AGACTTAACAAATGTGGTGTCATCAGTCCCCGTTTCGATGTCGGAGTTAAAGAGATTGAA
AGCTGGACCGCTCGTCTTCTTCCTTCCAGACAGTTTGGCTACATTGTTCTAACAACCTCA
GCCGGTATCATGGACCACGAAGAGGCCAGGAGAAAGAACGTTGGTGGCAAGGTTCTTGGA
TTCTTTTACTGAAGCTTCAAGAGAATCTTCTTTGTCCAGGGTTTTTTATACTTTGCTTCT
CCTTTTGGTGAGATGAGGATTTCGATTGAGCTCAATGTTAAGAGAGTAGTAGACGTTTGT
TTCTCTGTTTGCTTTCACAGATAATTTTGTTTCTTTTTGGTTTTGCTTCAAAAGTTATTT
GAAGACTTGCTATGTAGACAGTAATTTTCAATGAACAAAAA


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN04TF U 1
AF RR3BE31TF U 3
BS 1 387 RR3GN04TF
BS 388 388 RR3BE31TF
BS 389 447 RR3GN04TF
BS 448 448 RR3BE31TF
BS 449 701 RR3GN04TF

RD RR3GN04TF 701 0 0
GGGTATGTAGTAAGCTCAACTTTGTTTCTTCGTCTTTTAGCAGAGGAGAGTTTTGCGCGG
CTGCCACTTCAATCTCCAAGTGTTTTGAGCTTTTGAAAGATGGTGAGAATCAGTGTGCTT
AACGATGGTCTGAAGAGTATGTACAATGCCGAGAAGAGAGGCAAGAGGCAGGTCATGATC
AGGCCTTCTTCTAAAGTGATCATCAAGTTCCTCACTGTCATGCAGAAACACGGTTACATT
GGTGAGTTTGAGTACGTTGATGATCACAGGTCTGGTAAGATTGTTGTTGAGCTCAATGGA
AGACTTAACAAATGTGGTGTCATCAGTCCCCGTTTCGATGTCGGAGTTAAAGAGATTGAA
AGCTGGACCGCTCGTCTTCTTCCTTCCGGACAGTTTGGCTACATTGTTCTAACAACCTCA
GCCGGTATCATGGACCACGAAGAGGCCGGGAGAAAGAACGTTGGTGGCAAGGTTCTTGGA
TTCTTTTACTGAAGCTTCAAGAGAATCTTCTTTGTCCAGGGTTTTTTATACTTTGCTTCT
CCTTTTGGTGAGATGAGGATTTCGATTGAGCTCAATGTTAAGAGAGTAGTAGACGTTTGT
TTCTCTGTTTGCTTTCACAGATAATTTTGTTTCTTTTTGGTTTTGCTTCAAAAGTTATTT
GAAGACTTGCTATGTAGACAGTAATTTTCAATGAACAAAAA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3BE31TF 679 0 0
GG
ATGTAGTAAGCTCAACTTTGTTTCTTCGTCTTTTAGCAGAGGAGAGTTTTGCGCGGCTGC
CACTTCAATCTCCAATTGTTTTGAGCTTTTGAAAGATGGTGAGAATCAGTGTGCTTAACG
ATGGTCTGAAGAGTATGTACAATGCCGAGAAGAGAGGCAAGAGGCAGGTCATGATCAGGC
CTTCTTCTAAAGTGATCATCAAGTTCCTCACTGTCATGCAGAAACACGGTTACATTGGTG
AGTTTGAGTACGTTGATGATCACAGGTCTGGTAAGATTGTTGTTGAGCTCAATGGAAGAC
TTAACAAATGTGGTGTCATCAGTCCCCGTTTCGATGTCGGAGTTAAAGAGATTGAAAGCT
GGACCGCTCGTCTTCTTCCTTCCAGACAGTTTGGCTACATTGTTCTAACAACCTCAGCCG
GTATCATGGACCACGAAGAGGCCAGGAGAAAGAACGTTGGTGGCAAGGTTCTTGGATTCT
TTTACTGAAGCTTCAAGAGAATCTTCTTTGTCCAGGGTTTTTTATACTTTGCTTCTCCTT
TTGGTGAGATGAGGATTTCGATTGAGCTCAATGTTAAGAGAGTAGTAGACGTTTGTTTCT
CTGTTTGCTTTCACAGATAATTTTGTTTCTTTTTGGTTTTGCTTCAAAAGTTATTTGAAG
ACTTGCTATGTAGACAG

QA 3 679 3 679
DS 



AS 1 4

CO CL2403Contig1 296 4 1 U
GGAATCTTCACCAATTCGTCTCGCCTACAATCTCTCTACCCAGTTTTTTTTCTCTCTTAT
CTCGCCGTCGCAGGCTTCGCCGCCGGCAAGCTCCTACCCCTTTTCATCTTCCCTCTCCTC
TAATATCCCCAAAAAGAGAAAAAAAAAACAGAAAAAAGTAAAACGATCAGAAAAAAAAAA
TCGAATCTTTTGTTGTTGTGTTATTACTTTCCGCTTCATTTCTCCTTCGTTCAATCCGAT
TTGGTTTTTACAGTCTAAAATAACGAAGAGGGGAGGGAAGAGTAATTGAAAACCCC


BQ
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3D049JQ C 1
AF RR3GF13JQ C 55
AF RR3D049TF U 1
AF RR3GF13TF U 1
BS 1 296 RR3D049TF

RD RR3D049JQ 296 0 0
GGAATTTTCACCAATTCGTCTCGCCTACAATCTCTCTACCCAGTTTTTTTTCTCTCTTAT
CTCGCCGTCGCAGGCTTCGCCGCCGGCAAGCTCCTACCCCTTTTCATCTTCCCTCTCCTC
TAATATCCCCAAAAAGAGAAAAAAAAAACAGAAAAAAGTAAAACGATCAGAAAAAAAAAA
TCGAATCTTTTGTTGTTGTGTTATTACTTTCCGCTTCATTTCTCCTTCGTTCAATCCGAT
TTGGTTTTTACAGTCTAAAATAACGAAGAGGGGAGGGAAGAGTAATTGAAAACCCC

QA 1 296 1 296
DS 

RD RR3GF13JQ 242 0 0
TCTTATTTCGCCGTCGCAGGCTTCGCCGCCGGCAAGCTCCTATCCCTTTTCATCTTCCCT
CTCCTCTAATATCCCCAAAAAGAGAAAAAAAAA*CAGAAAAAAGTAAAACGATCAGAAAA
AAAAAATCGAATCTTTTGTTGTTGTGTTATTACTTTCCGCTTCATTTCTCCTTCGTTCAA
TCCGATTTGGTTTTTACAGTCTAAAATAACGAAGAGGGGAGGGAAGAGTAATTGAAAACC
CC

QA 1 242 1 242
DS 

RD RR3D049TF 296 0 0
GGAATCTTCACCAATTCGTCTCGCCTACAATCTCTCTACCCAGTTTTTTTTCTCTCTTAT
CTCGCCGTCGCAGGCTTCGCCGCCGGCAAGCTCCTACCCCTTTTCATCTTCCCTCTCCTC
TAATATCCCCAAAAAGAGAAAAAAAAAACAGAAAAAAGTAAAACGATCAGAAAAAAAAAA
TCGAATCTTTTGTTGTTGTGTTATTACTTTCCGCTTCATTTCTCCTTCGTTCAATCCGAT
TTGGTTTTTACAGTCTAAAATAACGAAGAGGGGAGGGAAGAGTAATTGAAAACCCC

QA 1 296 1 296
DS 

RD RR3GF13TF 296 0 0
GGAATCTTCACCAATTCGTCTCGCCTACAATCTCTCTACCCAGTTTTTTTACTCTCTTAT
CTCGCCGTCGCAGGCTTCGCCGCCGGCAAGCTCCTATCCCTTTTCATCTTCCCTCTCCTC
TAATATCCCCAAAAAGAGAAAAAAAAA*CAGAAAAAAGTAAAACGATCAGAAAAAAAAAA
TCGAATCTTTTGTTGTTGTGTTATTACTTTCCGCTTCATTTCTCCTTCGTTCAATCCGAT
TTGGTTTTTACAGTCTAAAATAACGAAGAGGGGAGGGAAGAGTAATTGAAAACCCC

QA 1 296 1 296
DS 



AS 2 4

CO CL2404Contig1 660 2 3 U
TCAAGACCTCCACTTGTTGCTGCGCTACCACACTCTCCTCTTGGAATTTTTGGCAGCATC
ATCGTGAGCACGTGCGCCTTAACGTCTTCTCTAAAGCCTCGAGGACTCTCCCAGTACGGA
GTTTTCGCATCATCCGTGCCAGTAGACTGCGTGACTTTCCCTCACTATCAATGAGACCCA
GTCATCAGCACTCGCTGGTGAAGCAGCAGTCTCCTTAATAGCGGCAGCTCTTTCCTCCTC
AGCAGATACCAAAGCGTATAAGCTTTTCATAGCAGCATTTAAGTCACTCCCATGATCTTC
TAGTGCCTTGACAAGAACGGAGAGTTCAAGATGAGGAAAGGCGGTGCGAAGCTGATCGAG
CGATGAGGAAGGAGAGGAGGAGGAGGACCAGTTTGGAGGATTGGAAGGGGAATAACATCG
GAGCCTCTTCGAAGACGGCGGCGGAGAAGGAGTTTCTTCGAAGTAAGATCTCTTACTTCC
GCAATATACGGCAGACATGGCTGGTGAAATTGACGGATGATTCGATCCGAATGAGCCCTA
AAATCTCAATTAAGTTAGGGTTTGGAGGAGGAAGGAGATGATTAGAGGCAAAGGTAACCC
TCAGATCCGAGATTCGTGAGGAGCGTCCAAGTTTATCTATCAGGTTTTAGGTTTTTCGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP74JQ U 66
AF RR3BP74TF C 1
BS 1 65 RR3BP74TF
BS 66 227 RR3BP74JQ
BS 228 660 RR3BP74TF

RD RR3BP74JQ 162 0 0
GAGCACGTGCGCCTTAACGTCTTCTCTAAAGCCTCGAGGACTCTCCCAGTACGGAGTTTT
CGCATCATCCGTGCCAGTAGACTGCGTGACTTTCCCTCACTATCAATGAGACCCAGTCAT
CAGCACTCGCTGGTGAAGCAGCAGTCTCCTTAATAGCGGCAG

QA 1 162 1 162
DS 

RD RR3BP74TF 660 0 0
TCAAGACCTCCACTTGTTGCTGCGCTACCACACTCTCCTCTTGGAATTTTTGGCAGCATC
ATCGTGAGCACGTGCGC*TTAACGTCTTCTCTAAAGCCTCGAGGACTCTCCCAGTACGGA
GTTT*CGCATCATCCGTGCCAGTAGACTGCGTGACTT*CCCTCACTATCAATGAGACCCA
GTCATCAGCACTCGCTGGTGAAGCAGCAGTCTCCTTAATAGCGGCAGCTCTTTCCTCCTC
AGCAGATACCAAAGCGTATAAGCTTTTCATAGCAGCATTTAAGTCACTCCCATGATCTTC
TAGTGCCTTGACAAGAACGGAGAGTTCAAGATGAGGAAAGGCGGTGCGAAGCTGATCGAG
CGATGAGGAAGGAGAGGAGGAGGAGGACCAGTTTGGAGGATTGGAAGGGGAATAACATCG
GAGCCTCTTCGAAGACGGCGGCGGAGAAGGAGTTTCTTCGAAGTAAGATCTCTTACTTCC
GCAATATACGGCAGACATGGCTGGTGAAATTGACGGATGATTCGATCCGAATGAGCCCTA
AAATCTCAATTAAGTTAGGGTTTGGAGGAGGAAGGAGATGATTAGAGGCAAAGGTAACCC
TCAGATCCGAGATTCGTGAGGAGCGTCCAAGTTTATCTATCAGGTTTTAGGTTTTTCGAT

QA 1 660 1 660
DS 



CO CL2404Contig2 943 2 2 U
ATCGAAAAACCTAAAACCTGATAGATAAACTTGGACGCTCCTCACGAATCTCGGATCTGA
GGGTTACCTTTGCCTCTAATCATCTCCTTCCTCCTCCAAACCAAACCCTAACTTAATTGA
GATTTTAGGCCTCATTCGGATCGAATCATCCGTCAATTTCACCAGCCATGTCTGCCGTAT
ATTGCGGAAGTAAGAGATCTTACTTCGAAGAAACTCCTTCTCCGCCGCCGTCTTCGAAGA
GGTTCCGATGTTATTCCCCTTCCAATCCTCCAAACTGGTCCTCCTCCTCCTCCTCTTGAA
CTCTCCGTTCTTGTGGAGGCGTTGGAAGGACATGGGAGTGACTTAAATGCTGCTATGAAA
AGCTTATACGCTTTGGTATCTGCTGAGGAGGAAAGATCTGCCGCTATTAAGGAGACTGCT
GCTTCACCAGCGAGTGCTGATGACTGGGTCTCATTGATAGTGAGGGAAGTCACGCAGTCT
ACTGGCACGTATGATGCGAAACTCCGTACTGGAAGAGTCCTCGAGGCTTTAGAGAAGACG
TTAAGCGCACGTGCTCACGATGATGCTGCCAAAAAATTCCAAGAGGAGAGTGTGGTAGCG
CAGCAACAAGTGGAGGTCTTGATCAAGGACAACACATTGCTGAAACGTGCTGTTGCTATC
CAGCATGATCGGCAGAAGACCTTAGAAGATGCTAACCAGCAGCTAGAATTTTTTAAGCAA
CTGATTCCTCAGTACCAGGAGAAGGTCAGGAATCTGGAGGTGAATAATTACGCATTGAAA
ATGCAACTGGAGCAAATGGAACACGGCAACTCTATGATGCCGCAAAGATTCAATCCGGAT
GTCTTCTAAAGGTGTCAAAAGAGAAACAAGCAGGGCAGATGATGGGAGGAGAAGATGCGA
ACAATAAAAGCGCAACAAGTAGAGGAGAGATGATCAAAGTAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DG75TF U 1
AF RR3DG75JQ C 331
BS 1 622 RR3DG75TF
BS 623 943 RR3DG75JQ

RD RR3DG75TF 622 0 0
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GGGTTACCTTTGCCTCTAATCATCTCCTTCCTCCTCCAAACCAAACCCTAACTTAATTGA
GATTTTAGGCCTCATTCGGATCGAATCATCCGTCAATTTCACCAGCCATGTCTGCCGTAT
ATTGCGGAAGTAAGAGATCTTACTTCGAAGAAACTCCTTCTCCGCCGCCGTCTTCGAAGA
GGTTCCGATGTTATTCCCCTTCCAATCCTCCAAACTGGTCCTCCTCCTCCTCCTCTTGAA
CTCTCCGTTCTTGTGGAGGCGTTGGAAGGACATGGGAGTGACTTAAATGCTGCTATGAAA
AGCTTATACGCTTTGGTATCTGCTGAGGAGGAAAGATCTGCCGCTATTAAGGAGACTGCT
GCTTCACCAGCGAGTGCTGATGACTGGGTCTCATTGATAGTGAGGGAAGTCACGCAGTCT
ACTGGCACGTATGATGCGAAACTCCGTACTGGAAGAGTCCTCGAGGCTTTAGAGAAGACG
TTAAGCGCACGTGCTCACGATGATGCTGCCAAAAAATTCCAAGAGGAGAGTGTGGTAGCG
CAGCAACAAGTGGAGGTCTTGA

QA 1 622 1 622
DS 

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GAAAGATCTGCCGCTATTAAGGAGACTGCTGCTTCACCAGCGAGTGCTGATGACTGGGTC
TCATTGATAGTGAGGGAAGTCACGCAGTCTACTGGCACGTATGATGCGAAACTCCGTACT
GGAAGAGTCCTCGAGGCTTTAGAGAAGACGTTAAGCGCACGTGCTCACGATGATGCTGCC
AAAAAATTCCAAGAGGAGAGTGTGGTAGCGCAGCAACAAGTGGAGGTCTTGATCAAGGAC
AACACATTGCTGAAACGTGCTGTTGCTATCCAGCATGATCGGCAGAAGACCTTAGAAGAT
GCTAACCAGCAGCTAGAATTTTTTAAGCAACTGATTCCTCAGTACCAGGAGAAGGTCAGG
AATCTGGAGGTGAATAATTACGCATTGAAAATGCAACTGGAGCAAATGGAACACGGCAAC
TCTATGATGCCGCAAAGATTCAATCCGGATGTCTTCTAAAGGTGTCAAAAGAGAAACAAG
CAGGGCAGATGATGGGAGGAGAAGATGCGAACAATAAAAGCGCAACAAGTAGAGGAGAGA
TGATCAAAGTAGA

QA 1 613 1 613
DS 



AS 2 4

CO CL2405Contig1 794 2 4 U
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CAATTGGGATACAAGTTGCAGGTTACAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAAAGGATAGCCA
TAACATCTGAAGCTCTGAGGGCGATGTAGTTGGAACCATCTTTTCCCTTGAAGTCATTGC
CTGCATACTTGGAGTACAAAACTGTGCTTCCAGTCGATATAGGTAATGGCTGAAGTTTAC
CTTCCTCATCTAAAAAACCTGGTCCAACCGCTATAACCGTTCCAATAAAAGGCTTATCTT
TGGTAGTCTCGGTTAGCAACAACCCTCCAGCTGTTTTCTCCTCTGCCTCAGCAACCTTGA
TGAAAACTCGGTCATTCAAGGGTTTGAAATCTTTGATGTCATCTGTCTCGAGAAGGCCAA
CAATATCATCTTCCTTGAGAATGAAATGTTTCACATCGTTAAACTCCACCTCAGTTCCTG
TGTATTTTGAGTAAATAATCTGTGCTCCAGTAGGGACAGTGATATCGATTTTGGTCTTCC
CAATAGTTCTTCCTTCACCCACAGCAACGACTTCACCTTCTTGAGGTTTTGATTGAGCTG
TGGATGGAAGAAAGATACCTCCCATACTCTTTTCCTCTGCCTCCTTGATCTTCACCAAAA
CTCTATCTCCCAATGGCTTAATCGATGTGTACTTAGGAGCAACCACAGAAGCAGCTTTAA
CAACCAAAGGACGGAAGTGACTCTGCCTAAAGTTCCCTGCTTTCAAGTTCCAAAGATGAA
ACTTTGCAGTCGAA


BQ
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AF RR3GB33JQ U 1
AF RR3GM76JQ U 144
BS 1 295 RR3GB33JQ
BS 296 296 RR3GM76JQ
BS 297 462 RR3GB33JQ
BS 463 794 RR3GM76JQ

RD RR3GB33JQ 462 0 0
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CAATTGGGATACAAGTTGCAGGTTACAAAAAAAAAAAAAAAAACTAAAAAAGGATAGCCA
TAACATCTGAAGCTCTGAGGGCGATGTAGTTGGAACCATCTTTTCCCTTGAAGTCATTGC
CTGCATACTTGGAGTACAAAACTGTGCTTCCAGTCGATATAGGTAATGGCTGAAGTTTAC
CTTCCTCATCTAAAAAACCTGGTCCAACCGCTATAACCGTTCCAATAAAAGGCTTCTCTT
TGGTAGTCTCGGTTAGCAACAACCCTCCAGCTGTTTTCTCCTCTGCCTCAGCAACCTTGA
TGAAAACTCGGTCATTCAAGGGTTTGAAATCTTTGATGTCATCTGTCTCGAGAAGGCCAA
CAATATCATCTTCCTTGAGAATGAAATGTTTCACATCGTTAA

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR3GM76JQ 651 0 0
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GTGCTTCCAGTCGATATAGGTAATGGCTGAAGTTTACCTTCCTCATCTAGAGAACCTGGT
CCAACCGCTATAACCGTTCCAATAGAAGGCTTATCTTTGGTAGTCTCGGTTAGCAACAAC
CCTCCAGCTGTTTTCTCCTCTGCCTCAGCAACCTTGATGAAGACTCGGTCATTCAAGGGT
TTGAGATCTTTGATGTCATCTGTCTCGAGAAGGCCAACAATATCATCTTCCTTGAGAATG
AGATGTTTCACATCGTTAAACTCCACCTCAGTTCCTGTGTATTTTGAGTAAATAATCTGT
GCTCCAGTAGGGACAGTGATATCGATTTTGGTCTTCCCAATAGTTCTTCCTTCACCCACA
GCAACGACTTCACCTTCTTGAGGTTTTGATTGAGCTGTGGATGGAAGAAAGATACCTCCC
ATACTCTTTTCCTCTGCCTCCTTGATCTTCACCAAAACTCTATCTCCCAATGGCTTAATC
GATGTGTACTTAGGAGCAACCACAGAAGCAGCTTTAACAACCAAAGGACGGAAGTGACTC
TGCCTAAAGTTCCCTGCTTTCAAGTTCCAAAGATGAAACTTTGCAGTCGAA

QA 1 651 1 651
DS 



CO CL2405Contig2 745 2 5 U
TCTCTTCTGCAACTCTTTAGGGTTTTATCCTCCAAAGTCGCAACCTTTTCTTATCCTCAA
GAAATGGCGGCGACGCAGCTTACATCGTCACCAGTGACTGTGTCAGCGAGGAGCTTAGCC
TCACTGGAAGGTCTCCGTGCTGCTTCGACTGCAAAGTTTTCATCTTTTGGAACTTTGAAA
GCAGGGAACTTTAGGCAGAGTCACTTCCGTCCTTTGGTTGTTAAAGCTGCTTCTGTGGTT
GCTCCTAAGTACACATCGATTAAGCCATTGGGAGATAGAGTTTTGGTGAAGATCAAGGAG
GCAGAGGAAAAGAGTATGGGAGGTATCTTTCTTCCATCCACAGCTCAATCAAAACCTCAA
GAAGGTGAAGTCGTTGCTGTGGGTGAAGGAAGAACTATTGGGAAGACCAAAATCGATATC
ACTGTCCCTACTGGAGCACAGATTATTTACTCAAAATACACAGGAACTGAGGTGGAGTTT
AACGATGTGAAACATCTCATTCTCAAGGAAGATGATATTGTTGGCCTTCTCGAGACAGAT
GACATCAAAGATCTCAAACCCTTGAATGACCGAGTCTTCATCAAGGTTGCTGAGGCAGAG
GAGAAAACAGCTGGAGGGTTGTTGCTAACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCTTCTATTGGA
CGGTTATAGCGGTTGGACCAGGTCTCTAGATGAGAAGTAAACTTCAGCCATTACCTATAT
CGACTGGAAGCACAGTTCTGTACTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GM76TF U 13
AF RR3GB33TF U 1
BS 1 459 RR3GB33TF
BS 460 460 RR3GM76TF
BS 461 681 RR3GB33TF
BS 682 682 RR3GM76TF
BS 683 745 RR3GB33TF

RD RR3GM76TF 681 0 0
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ACGCAGCTTGCATCGTCACCAGTGACTGTGTCAGCGAGGAGCTTAGCCTCACTGGAAGGT
CTCCGTGCTGCTTCGACTGCAAAGTTTTCATCTTTTGGAACTTTGAAAGCAGGGAACTTT
AGGCAGAGTCACTTCCGTCCTTTGGTTGTTAAAGCTGCTTCTGTGGTTGCTCCTAAGTAC
ACATCGATTAAGCCATTGGGAGATAGAGTTTTGGTGAAGATCAAGGAGGCAGAGGAAAAG
AGTATGGGAGGTATCTTTCTTCCATCCACAGCTCAATCAAAACCTCAAGAAGGTGAAGTC
GTTGCTGTGGGTGAAGGAAGAACTATTGGGAAGACCAAAATCGATATCACTGTCCCTACT
GGAGCACAGATTATTTACTCAAAATACACAGGAACTGAGGTGGAGTTTAACGATGTGAAA
CATCTCATTCTCAAGGAAGATGATATTGTTGGCCTTCTCGAGACAGATGACATCAAAGAT
CTCAAACCCTTGAATGACCGAGTCTTCATCAAGGTTGCTGAGGCAGAGGAGAAAACAGCT
GGAGGGTTGTTGCTAACCGAGACTACCAAAGATAAGCCTTCTATTGGACGGTTATAGCGG
TTGGACCAGGTT
CTCTAGATG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3GB33TF 745 0 0
TCTCTTCTGCAACTCTTTAGGGTTTTATCCTCCAAAGTCGCAACCTTTTCTTATCCTCAA
GAAATGGCGGCGACGCAGCTTACATCGTCACCAGTGACTGTGTCAGCGAGGAGCTTAGCC
TCACTGGAAGGTCTCCGTGCTGCTTCGACTGCAAAGTTTTCATCTTTTGGAACTTTGAAA
GCAGGGAACTTTAGGCAGAGTCACTTCCGTCCTTTGGTTGTTAAAGCTGCTTCTGTGGTT
GCTCCTAAGTACACATCGATTAAGCCATTGGGAGATAGAGTTTTGGTGAAGATCAAGGAG
GCAGAGGAAAAGAGTATGGGAGGTATCTTTCTTCCATCCACAGCTCAATCAAAACCTCAA
GAAGGTGAAGTCGTTGCTGTGGGTGAAGGAAGAACTATTGGGAAGACCAAAATCGATATC
ACTGTCCCTACTGGAGCACAGATTATTTACTCAAAATACGCAGGAACTGAGGTGGAGTTT
AACGATGTGAAACATCTCATTCTCAAGGAAGATGATATTGTTGGCCTTCTCGAGACAGAT
GACATCAAAGATCTCAAACCCTTGAATGACCGAGTCTTCATCAAGGTTGCTGAGGCAGAG
GAGAAAACAGCTGGAGGGTTGTTGCTAACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCTTCTATTGGA
CGGTTATAGCGGTTGGACCAGTTCTCTAGATGAGAAGTAAACTTCAGCCATTACCTATAT
CGACTGGAAGCACAGTTCTGTACTC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 4

CO CL2406Contig1 685 4 3 U
GGGTCAACGACTTTATCCTTTCATAACGAACATTCCTTACAATACTATTATTACTGGAAG
GAAAAGAGATAAGAGAGAAGAGAGTGAGAGATGCAGATGAGTAGTAAGGTCACGATATGT
GTAGTGTTATCTCTTCTGGGTTTAATAACAGCTCTTACTGGCTTTGCTGCTGAAGCTACC
AAAATCGAGATAAATGAGGTCACTGTTACCACCTCTGGTTCATTCACACGATGCTCTTAT
CGAAGAAGCTTTGCTTACACTCTCGGCCTCAATTCAGCTGTCTTTCTAATTATGGCTCAG
ATCATCGCGAGCGTTGGAAGCGGTTGTTTCTGTTGTAGAAAAGGTCCTTCTCCTTCAAGA
TCCAAGTGGATCATCTCCTTAGTCTGCTTCATCGTTTCTTGGGTCACTTTTGCTATAGTT
CTCCTTCAAGATCCTGTCTTTGTAAATGAAGATACTCACACGGGAAGACAGCTCACTTAA
AAAATACAGAACAGGGCTTGCTTGGTAAACAAGTTAGGTTTAGGAAGATATATTTAGATA
AAAAGAAGGCTTCGTCTGATTTTTACCTACATTTTTGTATCTTTCTGATTTTTTTTCTTG
TATGTGAGGGTATAAGATCATCTCCAACTTATCTATATACTTTTATTTGTAATAGTGCTT
ACAGAAAAAAAAATTTCATTCCACT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3AA90TF U 1
AF RR3DZ70TF U 1
AF RR3AA90JQ C 218
AF RR3DZ70JQ C 237
BS 1 664 RR3AA90TF
BS 665 673 RR3DZ70TF
BS 674 685 RR3AA90JQ

RD RR3AA90TF 664 0 0
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GAAAAGAGATAAGAGAGAAGAGAGTGAGAGATGCAGATGAGTAGTAAGGTCACGATATGT
GTAGTGTTATCTCTTCTGGGTTTAATAACAGCTCTTACTGGCTTTGCTGCTGAAGCTACC
AAAATCGAGATAAATGAGGTCACTGTTACCACCTCTGGTTCATTCACACGATGCTCTTAT
CGAAGAAGCTTTGCTTACACTCTCGGCCTCAATTCAGCTGTCTTTCTAATTATGGCTCAG
ATCATCGCGAGCGTTGGAAGCGGTTGTTTCTGTTGTAGAAAAGGTCCTTCTCCTTCAAGA
TCCAAGTGGATCATCTCCTTAGTCTGCTTCATCGTTTCTTGGGTCACTTTTGCTATAGTT
CTCCTTCAAGATCCTGTCTTTGTAAATGAAGATACTCACACGGGAAGACAGCTCACTTAA
AAAATACAGAACAGGGCTTGCTTGGTAAACAAGTTAGGTTTAGGAAGATATATTTAGATA
AAAAGAAGGCTTCGTCTGATTTTTACCTACATTTTTGTATCTTTCTGATTTTTTTTCTTG
TATGTGAGGGTATAAGATCATCTCCAACTTATCTATATACTTTTATTTGTAATAGTGCTT
ACAG

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3DZ70TF 673 0 0
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GAAAAGAGATAAGAGAGAAGAGAGTGAGAGATGCAGATGAGTAGTAAGGTCACGATATGT
GTAGTGTTATCTCTTCTGGGTTTAATAACAGCTCTTACTGGCTTTGCTGCTGAAGCTACC
AAAATCGAGATAAATGAGGTCACTGTTACCACCTCTGGTTCATTCACACGATGCTCTTAT
CGAAGAAGCTTTGCTTACACTCTCGGCCTCAATTCAGCTGTCTTTCTAATTATGGCTCAG
ATCATCGCGAGCGTTGGAAGCGGTTGTTTCTGTTGTAGAAAAGGTCCTTCTCCTTCAAGA
TCCAAGTGGATCATCTCCTTAGTCTGCTTCATCGTTTCTTGGGTCACTTTTGCTATAGTT
CTCCTTCAAGATCCTGTCTTTGTAAATGAAGATACTCACACGGGAAGACAGCTCACTTAA
AAAATACAGAACAGGGCTTGCTTGGTAAACAAGTTAGGTTTAGGAAGATATATTTAGATA
AAAAGAAGGCTTCGTCTGATTTTTACCTACATTTTTGTATCTTTCTGATTTTTTTTCTTG
TATGTGAGGGTATAAGATCATCTCCAACTTATCTATATACTTTTATTTGTAATAGTGCTT
ACAGAAAAAAAAA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3AA90JQ 468 0 0
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CTGTCTTTCTAATTATGGCTCAGATCATCGCGAGCGTTGGAAGCGGTTGTTTTTGTTGTA
GAAAAGGTCCTTTTCCTTCAAGATCCAAGTGGATCATCTCCTTAGTTTGCTTCATCGTTT
CTTGGGTCACTTTTGCTATAGTTCTCCTTCAAGATCCTGTCTTTGTAAATGAAGATACTC
ACACGGGAAGACAGCTCACTTAAAAAATACAGAACAGGGCTTGCTTGGTAAACAAGTTAG
GTTTAGGAAGATATATTTAGATAAAAAGAAGGCTTCGTTTGATTTTTACCTACATTTTTG
TATCTTTTTGATTTTTTTTTTTGTATGTGAGGGTATAAGATCATCTCCAACTTATCTATA
TACTTTTATTTGTAATAGTGCTTACAGAAAAAAAAATTTCATTCCACT

QA 1 468 1 468
DS 

RD RR3DZ70JQ 449 0 0
TTATCGAAGAAGCTTTGCTTACACTTTCGGCCTCAATTCAGCTGTCTTTTTAATTATGGC
TCAGATCATCGCGAGCGTTGGAAGCGGTTGTTTTTGTTGTAGAAAAGGTCCTTTTCCTTC
AAGATCCAAGTGGATCATCTCCTTAGTTTGCTTCATCGTTTCTTGGGTCACTTTTGCTAT
AGTTCTCCTTCAAGATCCTGTCTTTGTAAATGAAGATACTCACACGGGAAGACAGCTCAC
TTAAAAAATACAGAACAGGGCTTGCTTGGTAAACAAGTTAGGTTTAGGAAGATATATTTA
GATAAAAAGAAGGCTTCGTCTGATTTTTACCTACATTTTTGTATCTTTTTGATTTTTTTT
CTTGTATGTGAGGGTATAAGATCATCTCCAACTTATCTATATACTTTTATTTGTAATAGT
GCTTACAGAAAAAAAAATTTCATTCCACT

QA 1 449 1 449
DS 



AS 1 4

CO CL2407Contig1 820 4 6 U
GCTGAGAAACACACAGGGGAATTTGGATAACATTAATCATGGCATATACAAAATGTAAAG
AAAAATACAAAAAAAAAACTTGACATTACCAGATTTTTCTTTTACATAATAAAGACGTTA
CGGCATACGGAAAAATGGGTAAAGAAAAATTTCGTCATTTTAGACGATCTGAATCCATTC
ACCAGTGCTGGGAACACCTTTGTAGACGGCGAAAAGAAGATAGTAACCGGGCGGTGCAAC
GTTTCCACTGGGGGGTGCAATCGTCTGGATTTCAAAAGAACCGGCACCAGCAGGGTTGAC
ACCACCGATACCCAACAAAAGCAACCTCATGTTCATGGAGATACTGTGTGTTGTGAAGGA
TGGTGCTAACATGTGAAGCTTGAGATTCTGCTTGGTCACGTCTTTTTGGTTAAGGTTGAC
CTTCACGTTGAAGTTGTTTCCGTACATGATCTGTTTTGGTGACGTGGCGATCTTTGGCCT
CAAGGTGGCTAGTGCCGGGTCGAGGTAAGGTGGTGAGAATTTCTCAACGCGAAGCTCCGT
AGGGAACTCGACGTTGTACTGGTAACCATCGTTGGTGTTGCTACCAGCGACGAGAACCTT
ACCGTCGGGGATAGCGATGGCGACTGAGTGGTACATACGTGGGATGTTGGTGGCTGCGAG
CACTCTGAAACGCTTGCCACGGGCGGCACGTGGCTTGTACAAGGTGGGAGCGAAGTTAGG
GTCTTTACCGTAACCCCATCCTGAACATCCACGTTTGCCTCCGTTGACTAAGAGTATGTC
TCCGTTAGGGAGGAGGACGGTGTCACTCATGACTCGTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GJ90TF C 1
AF RR3GJ90JQ U 215
AF RR3GC70JQ U 217
AF RR3FP83JQ U 104
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BS 117 445 RR3FP83JQ
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BS 447 820 RR3FP83JQ

RD RR3GJ90TF 437 0 0
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AAAAATACAAAAAAAAAACTTGACATTACCAGATTTTTCTTTTACATAATAAAGACGTTA
CGGCATACGGAAAAATGGGTAAAGAAAAATTTCGTCATTTTAGACGATCTGAATCCATTC
ACCAGTGCTGGGAACACCTTTGTAGACGGCGAAGAGAAGATAGTAACCGGGCGGTGCAAC
GTTTCCACTGGGGGGTGCAATCGTCTGGATTTCAAAAGAACCGGCACCAGCAGGGTTGAC
ACCACCGATACCCAACAAAAGCAACCTCATGTTCATGGAGATACTGTGTGTTGTGAAGGA
TGGTGCTAACATGTGAAGCTTGAGATTCTGCTTGGTCACGTCTTTTTGGTTAAGGTTGAC
CTTCACGTTGAAGTT
CC

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR3GJ90JQ 223 0 0
AGAAG
ATAGTAACCGGGCGGTGCAACGTTTCCACTGGGGGGTGCAATCGTCTGGATTTCAAAAGA
ACCGGCACCAGCAGGGTTGACACCACCGATACCCAACAAAAGCAACCTCATGTTCATGGA
GATACTGTGTGTTGTGAAGGATGGTGCTAACATGTGAAGCTTGAGATTCTGCTTGGTCAC
GTCTTTTTGGTTAAGGTTGACCTTCACGTTGAAGTT
CC

QA 6 221 6 221
DS 

RD RR3GC70JQ 317 0 0
AAA
ATAGTAACCGGGCGGTGCAACGTTTCCACTGGGGGGTGCAATCGTCTGGATTTCAAAAGA
ACCGGCACCAGCAGGGTTGACACCACCGATACCCAACAAAAGCAACCTCATGTTCATGGA
GATACTGTGTGTTGTGAAGGATGGTGCTAACATGTGAAGCTTGAGATTCTGCTTGGTCAC
GTCTTTTTGGTTAAGGTTGACCTTCACGTTGAAGTTGTTTCCGTACATGATCTGTTTTGG
TGACGTGGCGATCTTTGGCCTCAAGGTGGCTAGTGCCGGGTCGAGGTAAGGTGGTGAGAA
TTTCTCAACGCGAA

QA 4 317 4 317
DS 

RD RR3FP83JQ 717 0 0
ACATAATAAAGATGTTACGGCATACGGAAAAATGGGTAAAGAAAAATTTCGTCATTTTAG
ACGATCTGAATCCATTCACCAGTGCTGGGAACACCTTTGTAGACGGCGAAAAGAAGATAG
TAACCGGGCGGTGCAACGTTTCCACTGGGGGGTGCAATCGTCTGGATTTCAAAAGAACCG
GCACCAGCAGGGTTGACACCACCGATACCCAACAAAAGCAACCTCATGTTCATGGAGATA
CTGTGTGTTGTGAAGGATGGTGCTAACATGTGAAGCTTGAGATTCTGCTTGGTCACGTCT
TTTTGGTTAAGGTTGACCTTCACGTTGAAGTTGTTTCCGTACCTGATCTGTTTTGGTGAC
GTGGCGATCTTTGGCCTCAAGGTGGCTAGTGCCGGGTCGAGGTAAGGTGGTGAGAATTTC
TCAACGCGAAGCTCCGTAGGGAACTCGACGTTGTACTGGTAACCATCGTTGGTGTTGCTA
CCAGCGACGAGAACCTTACCGTCGGGGATAGCGATGGCGACTGAGTGGTACATACGTGGG
ATGTTGGTGGCTGCGAGCACTCTGAAACGCTTGCCACGGGCGGCACGTGGCTTGTACAAG
GTGGGAGCGAAGTTAGGGTCTTTACCGTAACCCCATCCTGAACATCCACGTTTGCCTCCG
TTGACTAAGAGTATGTCTCCGTTAGGGAGGAGGACGGTGTCACTCATGACTCGTGGC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 4

CO CL2408Contig1 324 4 1 U
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CTAAATCAAGATCGCAATGAACTGATTGTGGTTTTCGAGATTAGTTGTAATCGAATGAGT
TGCGTTTTGAAACCAGTAGTGGATAGACTTTCTTCTCTTTCTTTTTCTTTTTTTGTTTTT
GTTTTTTGTTTTGACGGTTTTGATTCCTTTTTGCTCTTGTATTCTCAGCGACTTATCCTA
AAATATTTGATACTATCCTTGTAC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3AR62JQ C 1
AF RR3BC34JQ C 1
AF RR3AR62TF U 1
AF RR3BC34TF U 1
BS 1 324 RR3AR62TF

RD RR3AR62JQ 324 0 0
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TGCGTTTTGAAACCAGTAGTGGATAGACTTTCTTCTCTTTCTTTTTCTTTTTTTGTTTTT
GTTTTTTGTTTTGACGGTTTTGATTCCTTTTTGCTCTTGTATTCTCAGCGACTTATCCTA
AAATATTTGATACTATCCTTGTAC

QA 1 324 1 324
DS 

RD RR3BC34JQ 324 0 0
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TGCGTTTTGAAACCAGTAGTGGATAGACTTTCTTCTCTTTCTTTTTCTTTTTTTGTTTTT
GTTTTTTGTTTTGACGGTTTTGATTCCTTTTTGCTCTTGTATTCTCAGCGACTTATCCTA
AAATATTTGATACTATCCTTGTAC

QA 1 324 1 324
DS 

RD RR3AR62TF 324 0 0
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GATCACATCGAGTGGTCAGAGAGATCTTTACCAAGTCGCGGGAAGGATCGCTGCTGCCGT
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TGCGTTTTGAAACCAGTAGTGGATAGACTTTCTTCTCTTTCTTTTTCTTTTTTTGTTTTT
GTTTTTTGTTTTGACGGTTTTGATTCCTTTTTGCTCTTGTATTCTCAGCGACTTATCCTA
AAATATTTGATACTATCCTTGTAC

QA 1 324 1 324
DS 

RD RR3BC34TF 324 0 0
GATTCTTCAGCAGCTTCAGACCATGAGCATTGTCGACCTTGACACCAAAGGGGGGAGGAA
GATCACATCGAGTGGTCAGAGAGATCTTTACCAAGTCGCGGGAAGGATCGCTGCTGCCGT
CTAAATCAAGATCGCAATGAACTGATTGTGGTTTTCGAGATTAGTTGTAATCGAATGAGT
TGCGTTTTGAAACCAGTAGTGGATAGACTTTCTTCTCTTTCTTTTTCTTTTTTTGTTTTT
GTTTTTTGTTTTGACGGTTTTGATTCCTTTTTGCTCTTGTATTCTCAGCGACTTATCCTA
AAATATTTGATACTATCCTTGTAC

QA 1 324 1 324
DS 



AS 1 3

CO CL2409Contig1 1149 3 2 U
CCCAATAAAAACCAGTGGCATTATTAAAAAACATTTAACATTTTGTTTAAACTGTATATG
TATATGAATAATAAAACTCAATACACCGATGCTTTCACTGCCCGGTAAAATCTCTTGAAA
CTAAGAAACTCAAAAAAAGAAAAGTTTGTTTTTTTTCTTCGAAGTATCTTTCACAGATTG
CATGGTTACCTGAACGGAAACTGGTAAAAAAAAAGACAGAGAGACTTGCCATCTCTTCTG
GTCTCAGATCTTTATTCATATGTCCAGAAGAAGCCTCTGAGGATCTTCCACAACATCCTT
GATACGGCGCAAGAAATACACAGCCTCTCTTCCATCGATAAGCCTATGATCATAGGTCAG
TGCGACGTACATCATTGGCCTTGGTACTACGCTTCCTCCCACAACCATTGGACGTTGCAC
GATTGAATGCATTCCAAGAATAGCAGACTGAGGAGGGTTGATGATAGGAGTGCTTATGAG
ACTTCCATAGACACCACCATTAGATACTGTGAATGATCCTCCAGCCATCTCGTCGATTGA
TATGGTTCCTTCATTGGCCTTCTTAGCAAGAGAGTTTATCGTTTTCTCTGTAAATGATAA
TCTCCATCGATCACTGCATTTACTACTGGTTGGTGCTGGAGTGCACTAACAGCAGCTTTA
ATGAAACCAGACATAAGCCCCAACTTCACTCCGTGCTTTTCAAAAAATGCGTCCTTGTAT
TGAGATCGGAGCTTCATCAGATTAGTCATATCAACTTCATTGAAAGTTGTAAGCAACGCA
AAAGTGTTTTGAGAGTCTTTCAACCTAGTCGCCACACGCTTGCGTAGTCTTGTCATAGGA
ACCCGTCTTTCCCTATCCTTAGGAGGAAGCTGCGGCTCTTTCGCTGACTATTTAGTCGGC
GGTGGAGGTGATGGTGCCTTGGGCTTCTCCGCAACTTTGGGCCTCAGCAGGAGGAGAAGG
CTTGGCAGCAGGTTTCTCAGCTACCTTCTCTGAGGGTGCAACATGAGACACAGCATCTGC
GGACGTTGAAATGATAGCTACCTTGTTTCCAGGCTCTACAGTATCTCCTTCCTTGACAAG
AAACTCTTGGATCACACCAGTTGCTGGGCTAGCAATATCTATCGTCACCTTGTCAGTTTC
AATTTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC85JQ U 251
AF RR3A793JQ U 1
AF RR3A793TF C 348
BS 1 782 RR3A793JQ
BS 783 1149 RR3A793TF

RD RR3DC85JQ 318 0 0
TTTATTCATATGTCCAGAAGAAGCCTCTGAGGATCTTCCACAACATCCTTGATACGGCGC
AAGAAATACACAGCCTCTCTTCCATCGATAAGCCTATGATCATAGGTCAGTGCGACGTAC
ATCATTGGCCTTGGTACTACGCTTCCTCCCACAACCATTGGACGTTGCACGATTGAATGC
ATTCCAAGAATGGCAGACTGAGGAGGGTTGATGATAGAGGTGCTTATGAAACTTCCATAG
ACACCACCATTAGATACTGTGAATGATCCTCCAGCCATCTCGTCGATTGATATGGTTCCT
TCATTGGCCTTCTTAGCA

QA 1 318 1 318
DS 

RD RR3A793JQ 782 0 0
CCCAATAAAAACCAGTGGCATTATTAAAAAACATTTAACATTTTGTTTAAACTGTATATG
TATATGAATAATAAAACTCAATACACCGATGCTTTCACTGCCCGGTAAAATCTCTTGAAA
CTAAGAAACTCAAAAAAAGAAAAGTTTGTTTTTTTTCTTCGAAGTATCTTTCACAGATTG
CATGGTTACCTGAACGGAAACTGGTAAAAAAAAAGACAGAGAGACTTGCCATCTCTTCTG
GTCTCAGATCTTTATTCATATGTCCAGAAGAAGCCTCTGAGGATCTTCCACAACATCCTT
GATACGGCGCAAGAAATACACAGCCTCTCTTCCATCGATAAGCCTATGATCATAGGTCAG
TGCGACGTACATCATTGGCCTTGGTACTACGCTTCCTCCCACAACCATTGGACGTTGCAC
GATTGAATGCATTCCAAGAATAGCAGACTGAGGAGGGTTGATGATAGGAGTGCTTATGAG
ACTTCCATAGACACCACCATTAGATACTGTGAATGATCCTCCAGCCATCTCGTCGATTGA
TATGGTTCCTTCATTGGCCTTCTTAGCAAGAGAGTTTATCGTTTTCTCTGTAAATGATAA
TCTCCATCGATCACTGCATTTACTACTGGTTGGTGCTGGAGTGCACTAACAGCAGCTTTA
ATGAAACCAGACATAAGCCCCAACTTCACTCCGTGCTTTTCAAAAAATGCGTCCTTGTAT
TGAGATCGGAGCTTCATCAGATTAGTCATATCAACTTCATTGAAAGTTGTAAGCAACGCA
AA

QA 1 782 1 782
DS 

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TTGGACGTTGCACGATTGAATGCATTCCAAGAATAGCAGACTGAGGAGGGTTGATGATAG
GAGTGCTTATGAGACTTCCATAGACACCACCATTAGATACTGTGAATGATCCTCCAGCCA
TCTCGTCGATTGATATGGTTCCTTCATTGGCCTTCTTAGCAAGAGAGTTTATCGTTTTCT
CTGTAAATGATAATCTCCATCGATCACTGCATTTACTACTGGTTGGTGCTGGAGTGCACT
AACAGCAGCTTTAATGAAACCAGACATAAGCCCCAACTTCACTCCGTGCTTTTCAAAAAA
TGCGTCCTTGTATTGAGATCGGAGCTTCATCAGATTAGTCATATCAACTTCATTGAAAGT
TGTAAGCAACGCAAAAGTGTTTTGAGAGTCTTTCAACCTAGTCGCCACACGCTTGCGTAG
TCTTGTCATAGGAACCCGTCTTTCCCTATCCTTAGGAGGAAGCTGCGGCTCTTTCGCTGA
CTATTTAGTCGGCGGTGGAGGTGATGGTGCCTTGGGCTTCTCCGCAACTTTGGGCCTCAG
CAGGAGGAGAAGGCTTGGCAGCAGGTTTCTCAGCTACCTTCTCTGAGGGTGCAACATGAG
ACACAGCATCTGCGGACGTTGAAATGATAGCTACCTTGTTTCCAGGCTCTACAGTATCTC
CTTCCTTGACAAGAAACTCTTGGATCACACCAGTTGCTGGGCTAGCAATATCTATCGTCA
CCTTGTCAGTTTCAATTTGTGC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 4

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TTCTTCTGATCATCCGTCTCCTTCTCAGTTTCAGATGACAAGCAATAATAATAAAGCGGG
GAATATTGTAAAGATCTGTTGAGCTCTGTTTAGGATCTTACTTAATAAAAAAAAAAGAGT
AGGGAAACAAAAGAAAATGGATGATGATAATGGGCTTGAGCTCAGCTTGGGTCTCTCATG
CGGTGGAGGGAAAGCTAAGGGAAATGCTGGAACCTCGTCGGAGAATCATCATCACAATGT
AGAAGGAGATAATAGAAGCGCTAAAGTGATTGATGACTTCAAGAACTTCCTTCATCCTAC
TACTTCTCAAAGACCACCTGCAGCAGACCCGAGTTCTGAACCTCCTCCTCCGCAGAATTT
CTTCAATGACCTCTCCAAAGCTCCTACCACCTCCGACGCTGCCGAAGCTGCTTCCACGAA
GCCTCTGTGGGTGGAGGATGAGGCAATGAGAGAAGCAGGAAGCAGCAAAAGAAAGTTCGA
AAAGAAGAAAGACAATAATGTTGGTCTGCACGAGAAGAAGGCAAAGGCATCCCATGTTTC
GAACGCCACGGATGAAGGTTCAACAGCTGACAACGAAGATGTAGCGGAATCTGAAGCAGG
CGGTGGTGACCTTGCGAAGGATGTGGTGGTGGCTGCTCGTCCAACCGCCGATATGGACAG
CATAGCCGGTCAAAGGAAGAGTAACCATGTTGAAGAGTTTACTGCAAACCGCAACATGAG
TCACAACGTACCTTTCACTGTTCATCCACATAACGTCATCCCTGGTTTACCTTACTCTCT
ACCGGGGAAAGAGTCTGGACAACATGGTGCAGCAGCAGGTACTAGTGTAACGCAGCCTAC
TGCTGGGAATCTCCCGGTTATGTTCGGATACTCACCGGTTCAGCTCCCTATGCTTGACAA
GGATGGTTCAAGCGGGGTCGTCACGCGTAGAGTCCCATCAAACTCAGCTACAGCGAAAGG
CGAGGGGAAACAGCCTGTTGCAGAGGAAGGCTCATCAGAGGATGCAGCAGGAGATGATAC
CAACATCAACATCAGTACAGCCTTTTCTTTCGACTTTTCAGCCATAAAACCAGGAATGGC
AGCTGATGTCAAGTTCGGAGGATCCGGTGCGCGTCCTAACCTCCCCTGGGTCTCAACCAC
TGGCTCAGGCCCTCACGGTCGGACGATCTCTGGTGTGACTTACAGGTACAACGCAAACCA
GATCAAGATTGTATGCGCTTGCCACGGCTCACACATGTCGCCTGAAGAGTTTGTAAGGCA
TGCAAGTGAGGAGTATGTTAGCCCTGAGTCATCCATCGGAATGTCGGCTGCTTCGGCTCA
TACCTGAATAAGTCACAGCCGGAGAAATGTGTTTGATCTTCTGTAAACAATATGGAAAGG
GGGTTTTGTAAACTCAGTGCCAAAGTTTTAACGGCGCTTTCCGCTGTGTTTGTTGTAATC
TCGCTCTCTCTGCTTTGCTTGTTTTGTTACTCTTTTAAGCATTTGTCTCTTCGCTTTTGT
GTACTAGTGTTTGTTGTTTTGTAAGCTCTTTTTTTTTTTGTGTTAAATAAATGTTTAGTT
TGCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ90TF U 1
AF RR3GA80TF U 333
AF RR3GA80JQ C 836
AF RR3GQ90JQ C 917
BS 1 457 RR3GQ90TF
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BS 459 549 RR3GQ90TF
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BS 1583 1627 RR3GQ90JQ

RD RR3GQ90TF 654 0 0
GTACTATGTCGGACACTGAGCACCAAGGAGCGACGCCGCGAAGCAGCTAGGGTTTCTCTT
TTCTTCTGATCATCCGTCTCCTTCTCAGTTTCAGATGACAAGCAATAATAATAAAGCGGG
GAATATTGTAAAGATCTGTTGAGCTCTGTTTAGGATCTTACTTAATAAAAAAAAAAGAGT
AGGGAAACAAAAGAAAATGGATGATGATAATGGGCTTGAGCTCAGCTTGGGTCTCTCATG
CGGTGGAGGGAAAGCTAAGGGAAATGCTGGAACCTCGTCGGAGAATCATCATCACAATGT
AGAAGGAGATAATAGAAGCGCTAAAGTGATTGATGACTTCAAGAACTTCCTTCATCCTAC
TACTTCTCAAAGACCACCTGCAGCAGACCCGAGTTCTGAACCTCCTCCTCCGCAGAATTT
CTTCAATGACCTCTCCAAAGCTCCTACCACCTCCGACTCTGCCGAAGCTGCTTCCACGAA
GCCTCTGTGGGTGGAGGATGAGGCAATGAGAGAAGCAGGAAGCAGCAAAAGAAAGTTCGA
AAAGAAGAA*GACAATAATGTTGGTCTGCACGAGAAGAAGGCAAAGGCATCCCATGTTTC
GAACGCCACGGATGAAGGTTCAACAGCTGACAACGAAGATGTAGCGGAATCTGA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3GA80TF 623 0 0
ATGACTTCAAGAACTTCCTTCATCCTACTACTTCTCAAAGACCACCTGCAGCAGACCCGA
GTTCTGAACCTCCTCCTCCGCAGAATTTCTTCAATGACCTCTCCAAAGCTCCTACCACCT
CCGACGCTGCCGAAGCTGCTTCCACGAAGCCTCTGTGGGTGGAGGATGAGGCAATGAGAG
AAGCAGTAAGCAGCAAAAGAAAGTTCGAAAAGAAGAAAGACAATAATGTTGGTCTGCACG
AGAAGAAGGCAAAGGCATCCCATGTTTCGAACGCCACGGATGAAGGTTCAACAGCTGATA
ACGAAGATGTAGCGGAATCTGAAGCAGGCGGTGGTGACCTTGCGAAGGATGTGGTGGTGG
CTGCTCGTCCAACCGCCGATATGGACAGCATAGCCGGTCAAAGGAAGAGTAACCATGTTG
AAGAGTTTACTGCAAACCGCAACATGAGTCACAACGTACCTTTCACTGTTCATCCACATA
ACGTCATCCCTGGTTTACCTTACTCTCTACCGGGGAAAGAGTCTGGACAACATGGTGCAG
CAGCAGGTACTAGTGTAACGCAGCCTACTGCTGGGAATCTCCCGGTTATGTTCGGATACT
CACCGGTTCAGCTCCCTATGCTT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3GA80JQ 747 0 0
TCTCTACCGGGGAAAGAGTCTGGACAACATGGTGCAGCAGCAGGTACTAGTGTAACGCAG
CCTACTGCTGGGAATCTCCCGGTTATGTTCGGATACTCACCGGTTCAGCTCCCTATGCTT
GACAAGGATGGTTCAGGCGGGGTCGTCACGCGTAGAGTCCCATCAAACTCAGCTACAGCG
AAAGGCGAGGGGAAACAGCCTGTTGCAGAGGAAGGCTCATCAGAGGATGCAGCAGGAGAT
GATACCAACATCAACATCAGTACAGCCTTTTCTTTCGACTTTTCAGCCATAAAACCAGGA
ATGGCAGCTGATGTCAAGTTCGGAGGATCCGGTGCGCGTCCTAACCTCCCCTGGGTCTCA
ACCACTGGCTCAGGCCCTCACGGTCGGACGATCTCTGGTGTGACTTACAGGTACAACGCA
AACCAGATCAAGATTGTATGCGCTTGCCACGGCTCACACATGTCGCCTGAAGAGTTTGTA
AGGCATGCAAGTGAGGAGTATGTTAGCCCTGAGTCATCCATCGGAATGTCGGCTGCTTCG
GCTCATACCTGAATAAGTCACAGCCGGAGAAATGTGTTTGATCTTCTGTAAACAATATGG
AAAGGGGGTTTTGTAAACTCAGTGCCAAAGTTTTAACGGCGCTTTCCGCTGTGTTTGTTG
TAATCTCGCTCTCTCTGCTTTGCTTGTTTTGTTACTCTTTTAAGCATTTGTCTCTTCGCT
TTTGTGTACTAGTGTTTGTTGTTTTGT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3GQ90JQ 711 0 0
GTTATGTTCGGATACTCACCGGTTCAGCTCCCTATGCTTGACAAGGATGGTTCAAGCGGG
GTCGTCACGCGTAGAGTCCCATCAAGCTCAGCTACAGCGAAAGGCGAGGGGAAACAGCCT
GTTGCAGAGGAAGGCTCATCAGAGGATGCAGCAGGAGATGATACCAACATCAACATCAGT
ACAGCCTTTTCTTTCGACTTTTCAGCCATAAAACCAGGAATGGCAGCTGATGTCAAGTTC
GGAGGATCCGGTGCGCGTCCTAACCTCCCCTGGGTCTCAACCACTGGCTCAGGCCCTCAC
GGTCGGACGATCTCTGGTGTGACTTACAGGTACAACGCAAACCAGATCAAGATTGTATGC
GCTTGCCACGGCTCACACATGTCGCCTGAAGAGTTTGTAAGGCATGCAAGTGAGGAGTAT
GTTAGCCC*GAGTCATCCATCGGAATGTCGGCTGCTTCGGCTCATACCTGAATAAGTCAC
AGCCGGAGAAATGTGTTTGATCTTCTGTAAACAATATGGAAAGGGGGTTTTGTAAACTCA
GTGCCAAAGTTTTAACGGCGCTTTCCGCTGTGTTTGTTGTAATCTCGCTCTCTCTGCTTT
GCTTGTTTTGTTACTCTTTTCAGCATTTGTCTCTTCGCTTTTGTGTACTAGTGTTTGTTG
TTTTGTAAGCTCTTTTTTTTTTTGTGTTAAATAAATGTTTAGTTTGCTTTT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 4

CO CL2411Contig1 1378 4 16 U
GGGGATATACATAAGCTTCAAAGTGGGGTCTTGAGAACAAACTGCATAGACTGTTTGGAC
CGTACTAATGTTGCTCAGTACTCCCACGGATTGGTAGCTCTTAATCGGCAGCTGCGTACA
TTGGACACCACTGGACCTCCTATCGTCGATAAGGACAATCCCGTGGCGAAGAAACTGATG
GAAGTTTATGAGAACGCAGGTGATGCAATTGCAATTCAGTATGCTGGCTCGGAGGCACAC
ACTAAGATGTTCTGTGCCCTGAGAGGTGAGTGGAACATGATGATGAGACACCGTGACATC
ATCACAGCTGTTCGTCGTCACTACAACAACGCTTATCAGGATGGTGAAAAGCAGAACGCC
ATCAATGTATTCTTGGGGAAATCAGGGCCTCATTTGGGAAGGCAAGCCCCGTGGGAGTTG
GGTTCTGACAAGCTCAAAACTCGAAGAAATAGTTCTAACCTAGACATTGAAAACCTGAGG
CCAAAAATTTCAAGATCCTTTTCCGATAACCTTCTCTTATTGGGTGAGTTGAATTTGGAG
GAGCCTATACTCGAAAGTCCAGAGCCTTCAGGTGAAGGGTTAAACAGTGTTATTTGGGAA
ACCACTTCAGAATCTGGATTCGTTGAAGCTGAACCAGGTTCTCCAAGCTTCCGCTCGGCT
ATTGGCCATGAAGATCATTTGATACGAACGGGATCAAGACAAATTTTACAAGGGAGTAGC
TCTGTGTCTGATTTTCTCGGCCTGGATGATGTACCTGGTTTTGCACACTCATACAATGCT
AGATTCACTCATGCAGATGAAATGTTTGAACTTTGCAGCTCCGTGTCGTCAGATAACATG
TTTACGGACATGGACGAATCCATCACTTCTACAACTGATACGAACATTTTTGAGTTTCAT
AGCGGTTCGAATCAACCAGGACGTTTCATTGAATATCCTTTAGTCGATGGATACTCAAAT
GAGTTCACTCAGTGGGTTCCACACGAAAAATCATCATTGTCAAGGGTTCCGAGATGAAAC
TTCTGCCTTGCACCGGAAGTTAACGCTGGTTACTTATCACGTAAGGCAGGGTTGGACAGG
CATGATAACAGGAAACGCACACAGTAACAACCACGTCTTTGTTTGACCAAAAAAAAAAAA
AAGCCACGTCTTTGTAAATACCAAGGTCAGCTTTGTAAAGGTCCCCAGCTTCTTGTATTT
CTTTTTTTTTCTACCAAGGTTGATTTCTTTCTCTCTGTTTTCTTCATCACTCACAAAATT
TGATTTTGTTTGTTTTTGGTATATAGAGGTTTTGGTTCGGTTTGATTTTCCTAGTAATTT
GTTGCGGCCCAATGGCTGAACCGCAATGAATCTATTCTATTAATTTTGCAGCATGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B244TF U 1
AF RR3DP57TF U 425
AF RR3DP57JQ C 739
AF RR3B244JQ C 1026
BS 1 469 RR3B244TF
BS 470 470 RR3DP57TF
BS 471 543 RR3B244TF
BS 544 544 RR3DP57TF
BS 545 585 RR3B244TF
BS 586 586 RR3DP57TF
BS 587 650 RR3B244TF
BS 651 651 RR3DP57TF
BS 652 704 RR3B244TF
BS 705 1059 RR3DP57TF
BS 1060 1067 RR3DP57JQ
BS 1068 1068 RR3B244JQ
BS 1069 1297 RR3DP57JQ
BS 1298 1298 RR3B244JQ
BS 1299 1309 RR3DP57JQ
BS 1310 1378 RR3B244JQ

RD RR3B244TF 708 0 0
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CGTACTAATGTTGCTCAGTACTCCCACGGATTGGTAGCTCTTAATCGGCAGCTGCGTACA
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GAAGTTTATGAGAACGCAGGTGATGCAATTGCAATTCAGTATGCTGGCTCGGAGGCACAC
ACTAAGATGTTCTGTGCCCTGAGAGGTGAGTGGAACATGATGATGAGACACCGTGACATC
ATCACAGCTGTTCGTCGTCACTACAACAACGCTTATCAGGATGGTGAAAAGCAGAACGCC
ATCAATGTATTCTTGGGGAAATCAGGGCCTCATTTGGGAAGGCAAGCCCCGTGGGAGTTG
GGTTCTGACAAGCTCAAAACTCGAAGAAATAGTTCTAACCTAGACATTGGAAACCTGAGG
CCAAAAATTTCAAGATCCTTTTCCGATAACCTTCTCTTATTGGGTGAGTTGAATTTGGAG
GAGTCTATACTCGAAAGTCCAGAGCCTTCAGGTGAAGGGTTAAACGGTGTTATTTGGGAA
ACCACTTCAGAATCTGGATTCGTTGAAGCTGAACCAGGTTCTCCAAGCTTTCGCTCGGCT
ATTGGCCATGAAGATCATTTGATACGAACGGGATCAAGACAAAT
GTTA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3DP57TF 635 0 0
G
TGACAAGCTCAAAACTCGAAGAAATAGTTCTAACCTAGACATTGAAAACCTGAGGCCAAA
AATTTCAAGATCCTTTTCCGATAACCTTCTCTTATTGGGTGAGTTGAATTTGGAGGAGCC
TATACTCGAAAGTCCAGAGCCTTCAGGTGAAGGGTTAAACAGTGTTATTTGGGAAACCAC
TTCAGAATCTGGATTCGTTGAAGCTGAACCAGGTTCTCCAAGCTTCCGCTCGGCTATTGG
CCATGAAGATCATTTGATACGAACGGGATCAAGACAAATTTTACAAGGGAGTAGCTCTGT
GTCTGATTTTCTCGGCCTGGATGATGTACCTGGTTTTGCACACTCATACAATGCTAGATT
CACTCATGCAGATGAAATGTTTGAACTTTGCAGCTCCGTGTCGTCAGATAACATGTTTAC
GGACATGGACGAATCCATCACTTCTACAACTGATACGAACATTTTTGAGTTTCATAGCGG
TTCGAATCAACCAGGACGTTTCATTGAATATCCTTTAGTCGATGGATACTCAAATGAGTT
CACTCAGTGGGTTCCACACGAAAAATCATCATTGTCAAGGGTTCCGAGATGAAACTTCTG
CCTTGCACCGGAAGTTAACGCTGGTTACTTATCA

QA 2 635 2 635
DS 

RD RR3DP57JQ 571 0 0
GGCCTGGATGATGTACCTGGTTTTGCACACTCATACAATGCTAGATTCACTCATGCAGAT
GAAATGTTTGAACTTTGCAGCTCCGTGTCGTCAGATAACATGTTTACGGACATGGACGAA
TCCATCACTTTTACAACTGATACGAACATTTTTGAGTTTCATAGCGGTTGGAATCAACCA
GGACGTTTCATTGAATATCCTTTAGTCGATGGATACTCAAATGAGTTCACTCAGTGGGTT
CCCCACGAAAAATCATCATTGTCAAGGGTTCCGAGATGAAACTTTTGCCTTGCACCGGAA
GTTAACGCTGGTTACTTATCACGTAAGGCGGGGTTGGACAGGCATGATAACAGGAAACGC
ACACAGTAACAACCACGTCTTTGTTTGACCAAAAAAAAAAAAAAGCCACGTCTTTGTAAA
TACCAAGGTCAGCTTTGTAAAGGTCCCCAGCTTCTTGTATTTCTTTTTTTTTCTACCAAG
GTTGATTTCTTTCTCTCTGTTTTCTTCATCACTCACAAAATTTGATTTTGTTTGTTTTTG
GTATATAGAGGTTTTGGTTTGGTTTGATTTT

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3B244JQ 353 0 0
CCTTGCACCGGAAGTTAACGCTGGTTACTTATCACGTAAGGCAGGGTTGGACAGGCATGA
TAACAGGAAACGCACACAGTAACAGCCACGTCTTTGTTTGACCAAAAAAAAAAAAAAGCC
ACGTCTTTGTAAATACCAAGGTCAGCTTTGTAAAGGTCCCCAGCTTCTTGTATTTCTTTT
TTTTTCTACCAAGGTTGATTTCTTTCTCTCTGTTTTCTTCATCACTCACAAAATTTGATT
TTGTTTGTTTTTGGTATATAGAGGTTTTGGTTCGGTTTGATTTTCCTAGTAATTTGTTGC
GGCCCAATGGCTGAACCGCAATGAATCTATTCTATTAATTTTGCAGCATGACC

QA 1 353 1 353
DS 



AS 1 4

CO CL2412Contig1 428 4 4 U
GGACAGCAAATAAAGGCATCAAAAAGACAAAAAAAGAATTACAAGTTTACAATCAAAGAG
AAGTAAGAGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGCTTGCAAATGTGGTG
ACTCTTGCAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCCGTGGATCAA
ACTGCAGCTGCGGTGACAGCTGCAGCTGTTGAAGAAATTGTGGTTTAAATCACATGCGTG
CAGGAAAAACTGGGGGAAAAGTGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTTTGAATAAA
GATTTGGCATGATGTTGCCTAATTACTCTCTTAGCCTTGGCCTTTTCTCTATGTGTTTTT
ATTGTGTAATGTTTTCATTTGTAACGTAAGAAAAAAATATCTATTGACTTTTGTGATTGT
TATTATTA


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3B988TF U 1
AF RR3FG61TF U 1
AF RR3FW87JQ C 1
AF RR3FW87TF U 1
BS 1 170 RR3B988TF
BS 171 171 RR3FW87TF
BS 172 424 RR3B988TF
BS 425 428 RR3FG61TF

RD RR3B988TF 424 0 0
GGACAGCAAATAAAGGCATCAAAAAGACAAAAAAAGAATTACAAGTTTACAATCAAAGAG
AAGTAAGAGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGCTTGCAAATGTGGTG
ACTCTTGCAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGTGGATCAA
ACTGCAGCTGCGGTGACAGCTGCAGCTGTTGAAGAAATTGTGGTTTAAATCACATGCGTG
CAGGAAAAACTGGGGGAAAAGTGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTTTGAATAAA
GATTTGGCATGATGTTGCCTAATTACTCTCTTAGCCTTGGCCTTTTCTCTATGTGTTTTT
ATTGTGTAATGTTTTCATTTGTAACGTAAGAAAAAAATATCTATTGACTTTTGTGATTGT
TATT

QA 1 424 1 424
DS 

RD RR3FG61TF 428 0 0
GGACAGCAAATAAAGGCATCAAAAAGACAAAAAAAGAATTACAAGTTTACAATCAAAGAG
AAGTAAGAGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGCTTGCAAATGTGGTG
ACTCTTGCAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCTGTGGATCAA
ACTGCAGCTGCGGTGACAGCTGCAGCTGTTGAAGAAATTGTGGTTTAAATCACATGCGTG
CAGGAAAAACTGGGGGAAAAGTGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTTTGAATAAA
GATTTGGCATGATGTTGCCTAATTACTCTCTTAGCCTTGGCCTTTTCTCTATGTGTTTTT
ATTGTGTAATGTTCTCATTTGTAACGTAAGAAAAAAATATCTATTGACTTTTGTGATTGT
TATTATTA

QA 1 428 1 428
DS 

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AAGTAAGAGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGCTTGCAAATGTGGTG
ACTCTTGCAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCCGTGGATCAA
ACTGCAGCTGCGGTGACAGCTGCAGCTGTTGAAGAAATTGTGGTTTAAATCACATGCGTG
CAGGAAAAACTGGGGGAAAAGTGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTTTGAATAAA
GATTTGGCATGATGTTGCCTAATTACTCTCTTAGCCTTGGCCTTTTCTCTATGTGTTTTT
ATTGTGTAATGTTTTCATTTGTAACGTAAGAAAAAAATATCTATTGACTTTTGTGATTGT
TATT
ATT

QA 1 424 1 424
DS 

RD RR3FW87TF 427 0 0
GGACAGCAAATAAAGGCATCAAAAAGACAAAAAAAGAATTACAAGTTTACAATCAAAGAG
AAGTAAGAGAAGCAATGGCAGGTTCTAACTGTGGATGTGGTTCCGCTTGCAAATGTGGTG
ACTCTTGCAGTTGCGAGAAGAACTACAACACGGAGTGCGACAACTGCAGCCGTGGATCAA
ACTGCAGCTGCGGTGACAGCTGCAGCTGTTGAAGAAATTGTGGTTTAAATCACATGCGTG
CAGGAAAAACTGGGGGAAAAGTGTGTTTGATGTTAAGAGATATGTGTGTGTTTGAATAAA
GATTTGGCATGATGTTGCCTAATTACTCTCTTAGCCTTGGCCTTTTCTCTATGTGTTTTT
ATTGTGTAATGTTTTCATTTGTAACGTAAGAAAAAAATATCTATTGACTTTTGTGATTGT
TATT
ATT

QA 1 424 1 424
DS 



AS 2 4

CO CL2413Contig1 899 2 2 U
GGGCTTCTCCCTCAAACTCAACCCATTCTCTGACACAGATTGTGGCAAGGATAGTCGGCT
GGAAAAAACTTGATCAAATCATACAATTCCTCTGCTCTTGACATTCATTTTCAATGCAGA
AGCAGAGCGTTCTTCACTCGGAGTACCTAAGACTTGGGACCGGATTGGTTCAACCGATAG
AAACTAGTGCACTCCCTAGATGGATCAGTCGCAGCAATAGAGTCAGATTGTCGTTTCTAA
GAGCTGAAGCTTCTTCATCCATGAGCGCAGTAAACAAAAGCTGCACATGGAGAGCGAATA
GCTTAGGACAGGAGATCCAAGCGGACTTGAGTGGTGAAGACGAAGAAGATCTATGTCCGG
TTGAGTGTGTCACTGAGTTCAAGACAGATGAAGAACTTCTCAGAGTCCTGGAGAAAGCCA
AAGAGACTAACACTTTGGTTGCTGTTGATTTCTATCGTCCTTCATGTGGTAGTTGTAAAT
ACATAGAGCAGGGCTTCTCAAAGCTCTGCAAGCAATCTGGTGACCAAGAAGCTCCCGTTA
TCTTCCTTAAGCATAATGTGATAGATGAATATGACGAACAATCTGAAGTCGCTGAAAGGC
TCCGTATCAAGTCAGTTCCTCTCTTCCACTTCTACAAAAATGGAGTTCTGTTAGAAGCGT
TTGCTACTAGAGACAAAGGAGAGGATTGACGCTTCCATAGCCAAATATACTTCCTCTGAA
TCCTCAAGCACATCGGATTAAACCGCACTTTTGGTTCTCTATCTTTCAAATCATAGATAA
TGATGTAAAAACTATATTGAGCTGTTGTAAAGATACCTGAAAAGCCATCATTTTGTATCA
TACTGAATAAGACAGATGCAACATTTTTTTTTCTAATATTGTAATTTGATTTTGAGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK04TF U 1
AF RR3AK04JQ C 19
BS 1 846 RR3AK04TF
BS 847 899 RR3AK04JQ

RD RR3AK04TF 854 0 0
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GGAAAAAACTTGATCAAATCATACAATTCCTCTGCTCTTGACATTCATTTTCAATGCAGA
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TCTTCCTTAAGCATAATGTGATAGATGAATATGACGAACAATCTGAAGTCGCTGAAAGGC
TCCGTATCAAGTCAGTTCCTCTCTTCCACTTCTACAAAAATGGAGTTCTGTTAGAAGCGT
TTGCTACTAGAGACAAAGGAGAGGATTGACGCTTCCATAGCCAAATATACTTCCTCTGAA
TCCTCAAGCACATCGGATTAAACCGCACTTTTGGTTCTCTATCTTTCAAATCATAGATAA
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TACTGA
TAGACAGA

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR3AK04JQ 881 0 0
TCAACCCA
TCTCTGACACAGATTGTGGCAAGGATAGTCGGCTGGAAAAAACTTGATCAAATCATACAA
TTCCTCTGCTCTTGACATTCATTTTCAATGCAGAAGCAGAGCGTTCTTCACTCGGAGTAC
CTAAGACTTGGGACCGGATTGGTTCAACCGATAGAAACTAGTGCACTCCCTAGATGGATC
AGTCGCAGCAATAGAGTCAGATTGTCGTTTCTAAGAGCTGAAGCTTCTTCATCCATGAGC
GCAGTAAACAAAAGCTGCACATGGAGAGCGAATAGCTTAGGACAGGAGATCCAAGCGGAC
TTGAGTGGTGAAGACGAAGAAGATCTATGTCCGGTTGAGTGTGTCACTGAGTTCAAGACA
GATGAAGAACTTCTCAGAGTCCTGGAGAAAGCCAAAGAGACTAACACTTTGGTTGCTGTT
GATTTCTATCGTCCTTCATGTGGTAGTTGTAAATACATAGAGCAGGGCTTCTCAAAGCTC
TGCAAGCAATCTGGTGACCAAGAAGCTCCCGTTATCTTCCTTAAGCATAATGTGATAGAT
GAATATGACGAACAATCTGAAGTCGCTGAAAGGCTCCGTATCAAGTCAGTTCCTCTCTTC
CACTTCTACAAAAATGGAGTTCTGTTAGAAGCGTTTGCTACTAGAGACAA*GGAGAGGAT
TGACGCTTCCATAGCCAAATATACTTCCTCTGAATCCTCAAGCACATCGGATTAAACCGC
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GTAAAGATACCTGAAAAGCCATCATTTTGTATCATACTGAATAAGACAGATGCAACATTT
TTTTTTCTAATATTGTAATTTGATTTTGAGGTT

QA 9 881 9 881
DS 



CO CL2413Contig2 761 2 8 U
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CGAGGATAGTCGCTGGAAAAAAAACTTGATCAGATCATACAATTCCTCTGCTCTTGACAT
TCATTTTCAATGCAGAAGCAGAGCGTTCTTCACTCGGAGTACCTAAGACTTGGAACCGGA
TTGGTTCAACCGATAAAAACTAGTGCATTTCCTAGATGGAACAGTCGCAGCAATAGAGTC
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GAAGTCGCTGAAAGGCTCCGTATCAAGTCAGTTCCTCTCTTCCACTTCTACAAAAATGGA
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TATACTTCCTCTGAATCCTCAAGCACATCGGATTAAACCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E377TF U 1
AF RR3BF37TF U 7
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BS 352 352 RR3BF37TF
BS 353 411 RR3E377TF
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BS 417 656 RR3E377TF
BS 657 761 RR3BF37TF

RD RR3E377TF 656 0 0
GGGGCTTCACTTCATTTGCTTCTCTCTCAAACTCAACCCATTCTCTGACACAGACTGGGG
CGAGGATAGTCGCTGGAAAAAAAACTTGATCAGATCATACAATTCCTCTGCTCTTGACAT
TCATTTTCAATGCAGAAGCAGAGCGTTCTTCACTCGGAGTACCTAAGACTTGGAACCGGA
TTGGTTCAACCGATAAAAACTAGTGCATTTCCTAGATGGAACAGTCGCAGCAATAGAGTC
AGATTGTCGTTTCTAAGAGCTGAAGCTTCTTCATCCATGAGTGCAGTAAACAAAAGTTTC
ACGTGGAGAGTTAACAGCTTAGGACAGGAGATCCAAGCGGACTTGAGTGATTAAGACGAA
GAAGATCTATGTCCGGTTGAGTGTGTCACTGAGTTCAAGACAGATGAAGAATTTCTCAAA
GTCCTGGAGAAAGCCAAAGAGACTAACACTTTGGTTGTGGTTGATTTCTATCGTCCTTCA
TGTGGTAGTTGTAAATACATAGAGCAGGGCTTCTCAAAGCTCTGCAAGCAATCTGGTGAC
CAAGAAGCTCCCGTTGTCTTCCTTAAGCATAATGTGATAGATGAATATGACGAACAATCT
GAAGTCGCTGAAAGGCTCCGTATCAAGTCAGTTCCTCTCTTCCACTTCTACAAAAA

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3BF37TF 755 0 0
GG
ACTTCATTTGCTTCTCTCTCAAACTCAACCCATTCTCTGACACAGACTGGGGCGAGGATA
GTCGCTGGAAAAAAA*CTTGATCAGATCATACAATTCCTCTGCTCTTGACATTCATTTTC
AATGCAGAAGCAGAGCGTTCTTCACTCGGAGTACCTAAGACTTGGAACCGGATTGGTTCA
ACCGATAAAAACTAGTGCATTTCCTAGATGGAACAGTCGCAGCAATAGAGTCAGATTGTC
GTTTCTAAGAGCTGAAGCTTCTTCATCCATGAGTGCAGTAAACAAAAGTTTCACGTGGAG
AGTTAACAGCTTAGGACAGGAGATCCAAGCGGACTTGAGTGATGAAGACGAAGAAGATCT
ATGTCCGGTTGAGTGTGTCACTGAGTTCAAGACAGATGAAGAACTTCCCAAAGTCCTGGA
GAAAGCCAAAGAGACTAACACTTTGGTTGTGGTTGATTTCTATCGTCCTTCATGTGGTAG
TTGTAAATACATAGAGCAGGGCTTCTCAAAGCTCTGCAAGCAATCTGGTGACCAAGAAGC
TCCCGTTGTCTTCCTTAAGCATAATGTGATAGATGAATATGACGAACAATCTGAAGTCGC
TGAAAGGCTCCGTATCAAGTCAGTTCCTCTCTTCCACTTCTACAAAAATGGAGTTCTGTT
AGAAGCATTTGCAACTAGAGACAAGGAGAGGATTGACGCTTCTATAGCCAAATATACTTC
CTCTGAATCCTCAAGCACATCGGATTAAACCGC

QA 3 755 3 755
DS 



AS 1 4

CO CL2414Contig1 635 4 5 U
GGAGAACAAAAGATCCAAAGAGAAAAACATCCAAAGAAAAGAAAGAGGAAGAAGACGCCT
TCAAGCACATTCTCTGGAACTGTTAGCTCGCCGAAGCTGTCGGTGGCAGTGGACATGGAC
AACCCTTTTCTCAACCTCACCGTCGATGGTTTCCTCAAGATCGGAGCTGTTGGAGTCACT
AAATCTCTTGTGGAAGACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGCACT
ATTGAGCATGCGCTTAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCTGGA
GTTTACGTTGGAACAGAGTATGGAATCGAACGTATCCGTGGCACTAGAGATTGGAAAAAC
GCAATGTTGGCAGGAGCGGCGACAGGAGCGGTGATCTCTGCCGCTACTAACAAAGGCAAA
GACAAGGTGGTGGTCGATGCAATTATGGGTGGCGCTCTTGCAACTGCGTCTCAGTTCCTT
AACAATCATTATTTCTACTGAGTTCTCAATCTTCTTATCAGGACCAAGTTTGTTATATCC
AAATTTGGTCCTTATGGTGTGTGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATGTAGTACT
TCTGTATGAATTGCATTTTAGTAATATGAACGTTC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR3BE96JQ C 1
AF RR3BE96TF U 1
AF RR3AW45JQ C 2
AF RR3AW45TF U 77
BS 1 1 RR3BE96JQ
BS 2 118 RR3BE96TF
BS 119 119 RR3AW45TF
BS 120 633 RR3BE96TF
BS 634 635 RR3AW45JQ

RD RR3BE96JQ 635 0 0
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TCAAGCACATTCTCTGGAACTGTTAGCTCGCCGAAGCTGTCGGTGGCAGTGGACATGGGC
AACCCTTTTCTCAACCTCACCGTCGATGGTTTCCTCAAGATCGGAGCTGTTGGAGTCACT
AAATCTCTTGTGGAAGACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGCACT
ATTGAGCATGCGCTTAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCTGGA
GTTTACGTTGGAACAGAGTATGGAATCGAACGTATCCGTGGCACTAGAGATTGGAAAAAC
GCAATGTTGGCAGGAGCGGCGACAGGAGCGGTGATTTCTGCCGCTACTAACAAAGGCAAA
GACAAGGTGGTGGTCGATGCAATTATGGGTGGCGCTCTTGCAACTGCGTCTCAGTTCCTT
AACAATCATTATTTCTACTGAGTTCTCAATCTTCTTATCAGGACCAAGTTTGTTATATCC
AAATTTGGTCCTTATGGTGTGTGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATGTAGTACT
TCTGTATGAATTGCATTTTAGTAATATGAACGT
CC

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3BE96TF 635 0 0
G
GAGAACAAAAGATCCAAAGAGAAAAACATCCAAAGAAAAGAAAGAGGAAGAAGACGCCTT
CAAGCACATTCTCTGGAACTGTTAGCTCGCCGAAGCTGTCGGTGGCAGTGGACATGGGCA
ACCCTTTTCTCAACCTCACCGTCGATGGTTTCCTCAAGATCGGAGCTGTTGGAGTCACTA
AATCTCTTGTGGAAGACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGCACTA
TTGAGCATGCGCTTAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCTGGAG
TTTACGTTGGAACAGAGTATGGAATCGAACGTATCCGTGGCACTAGAGATTGGAAAAACG
CAATGTTGGCAGGAGCGGCGACAGGAGCGGTGATCTCTGCCGCTACTAACAAAGGCAAAG
ACAAGGTGGTGGTCGATGCAATTATGGGTGGCGCTCTTGCAACTGCGTCTCAGTTCCTTA
ACAATCATTATTTCTACTGAGTTCTCAATCTTCTTATCAGGACCAAGTTTGTTATATCCA
AATTTGGTCCTTATGGTGTGTGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATGTAGTACTT
CTGTATGAATTGCATTTTAGTAATATGAACGT
CC

QA 2 633 2 633
DS 

RD RR3AW45JQ 634 0 0
GAGAACAAAAGATCCAAAGAGAAAAACATCCAAAGAAAAGAAAGAGGAAGAAGATGCCTT
CAAGCACATTCTCTGGAACTGTTAGCTCGCCGAAGCTGTCGGTGGCAGTGGACATGGACA
ACCCTTTTCTCAACCTCATCGTCGATGGTTTCCTCAAGATCGGAGCTGTTGGAGTCACTA
AATCTCTTGTGGAAGACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGCACTA
TTGAGCATGCGCTTAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCTGGAG
TTTACGTTGGAACAGAGTATGGAATCGAACGTATCCGTGGCACTAGAGATTGGAAAAACG
CAATGTTGGCAGGAGCGGCGACAGGAGCGGTGATCTCTGCCGCTACTAACAAAGGCAAAG
ACAAGGTGGTGGTCGATGCAATTATGGGTGGCGCTCTTTCAACTGCGTCTCAGTTCCTTA
ACAATCATTATTTCTACTGAGTTCTCAATCTTCTTATCAGGACCAAGTTTGTTATATCCA
AATTTGGTCCTTATGGTGTGTGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATGTAGTACTT
CTGTATGAATTGCATTTTAGTAATATGAACGTTC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3AW45TF 559 0 0
GAACTGTTAGCTCGCCGAAGCTGTCGGTGGCAGTGGACATGGACAACCCTTTTCTCAACC
TCATCGTCGATGGTTTCCTCAAGATCGGAGCTGTTGGAGTCACTAAATCTCTTGTGGAAG
ACACTTACAAAGCCATCGACAAAGGGAGTGTTTCCAAGAGCACTATTGAGCATGCGCTTA
AGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTTTACTGGGGATCTGTGGCTGGAGTTTACGTTGGAACAG
AGTATGGAATCGAACGTATCCGTGGCACTAGAGATTGGAAAAACGCAATGTTGGCAGGAG
CGGCGACAGGAGCGGTGATCTCTGCCGCTACTAACAAAGGCAAAGACAAGGTGGTGGTCG
ATGCAATTATGGGTGGCGCTCTTTCAACTGCGTCTCAGTTCCTTAACAATCATTATTTCT
ACTGAGTTCTCAATCTTCTTATCAGGACCAAGTTTGTTATATCCAAATTTGGTCCTTATG
GTGTGTGGTTTCTTTGTTTGTTTCCAATAAAAAGATGTAGTACTTCTGTATGAATTGCAT
TTTAGTAATATGAACGT
TC

QA 1 557 1 557
DS 



AS 2 4

CO CL2415Contig1 790 2 7 U
GGAGAAAGATTCTGAGATCTCTCTCTCTCTCTCCCACACGCCTAGGTTGCAATTTTTGTT
ACTGCTTTGGAGTGAAGAAGAAGGATCATCAAAAAAATGGAGAGCGACTCAGTGATGGTA
GCGTTGCCTCTGTTACCGATACCGATAGAATCAAACTACAGAGCGTGCACCATTCCTTAT
CGATTCCCTCCTGATAACCCCAAGAAGGCTACCCCCACTGAGATCTCTTGGATCGATCTC
TTCCTCAACTCCATCCCTTCTTTCAAGGAGCGTGCAGAGAGCGATACATCTGTTCCAGAT
GCTCCTGTTCGAGCTGAAAAGTTTGCTCAAAGGTATGCGGAGATTCTTGAGGACTTGAAG
AAAGATCCGGAGAGCCATGGTGGACCACCAGATTGCATTCTTCTTTGTAGAATTCGTGAG
CTAATACTCAGAGAATTGGGATTCAGAGACATTTTCAAGAAAGTTAAGGATGAGGAGAAT
GCAAAGGCTATATCACTATTTCCTGAAGTCGTCCGTCTGAGTGATGCTATTGAAGATGAA
GGAAAGCGCATTGAGAATCTTGTAAGAGGCATCTTCGCTGGAAACATCTTTGATCTCGGT
TCTGCACAGCTTGCGGAGGTATTCTCAAAGGATGGAATGTCATTCTTGGCTAGCTGTCAA
AACTTGGTTCCACGGCCATGGGTCATTGATGACTTGGAACTTTCAAGCTAGATGGCTCAG
AAGCCTTGGAAGACGCTGTGATATTTGTTGACACTCTGGTGCAGACATATTTTGGGTATC
TTGCCGTTTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT63TF U 1
AF RR3CN87TF U 1
BS 1 148 RR3CN87TF
BS 149 149 RR3DT63TF
BS 150 189 RR3CN87TF
BS 190 190 RR3DT63TF
BS 191 351 RR3CN87TF
BS 352 352 RR3DT63TF
BS 353 790 RR3CN87TF

RD RR3DT63TF 656 0 0
GGAGAAAGATTCTGAGATCTCTCTCTCTCTC**CCACACGCCTAGGTTGCAATTTTTGTT
ACTGCTTTGGAGTGAAGAAGAAGGATCATCAAAAAAATGGAGAGCGACTCAGTGATGGTA
GCGTTGCCTCTGTTACCGATACCGATAGAATCAAACTACAGAGCGTGCACCATTCCTTAT
CGATTCCCTCCTGATAACCCCAAGAAGGCTACCCCCACTGAGATCTCTTGGATCGATCTC
TTCCTCAACTCCATCCCTTCTTTCAAGGAGCGTGCAGAGAGCGATACATCTGTTCCAGAT
GCTCCTGTTCGAGCTGAAAAGTTTGCTCAAAGGTATGCGGAGATTCTTGAGGACTTGAAG
AAAGATCCGGAGAGCCATGGTGGACCACCAGATTGCATTCTTCTTTGTAGAATTCGTGAG
CTAATACTCAGAGAATTGGGATTCAGAGACATTTTCAAGAAAGTTAAGGATGAGGAGAAT
GCAAAGGCTATATCACTATTTCCTGAAGTCGTCCGTCTGAGTGATGCTATTGAAGATGAG
GGAAAGCGCATTGAGAATCTTGTAAGAGGCATCTTCGCTGGAAACATCTTTGATCTCGGT
TCTGCACAGCTTGCGGAGGTATTCTCAAAGGATGGAATGTCATTCTTGGCTAGCTG

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3CN87TF 790 0 0
GGAGAAAGATTCTGAGATCTCTCTCTCTCTCTCCCACACGCCTAGGTTGCAATTTTTGTT
ACTGCTTTGGAGTGAAGAAGAAGGATCATCAAAAAAATGGAGAGCGACTCAGTGATGGTA
GCGTTGCCTCTGTTACCGATACCGATAGGATCAAACTACAGAGCGTGCACCATTCCTTAT
CGATTCCCTTCTGATAACCCCAAGAAGGCTACCCCCACTGAGATCTCTTGGATCGATCTC
TTCCTCAACTCCATCCCTTCTTTCAAGGAGCGTGCAGAGAGCGATACATCTGTTCCAGAT
GCTCCTGTTCGAGCTGAAAAGTTTGCTCAAAGGTATGCGGAGATTCTTGAGTACTTGAAG
AAAGATCCGGAGAGCCATGGTGGACCACCAGATTGCATTCTTCTTTGTAGAATTCGTGAG
CTAATACTCAGAGAATTGGGATTCAGAGACATTTTCAAGAAAGTTAAGGATGAGGAGAAT
GCAAAGGCTATATCACTATTTCCTGAAGTCGTCCGTCTGAGTGATGCTATTGAAGATGAA
GGAAAGCGCATTGAGAATCTTGTAAGAGGCATCTTCGCTGGAAACATCTTTGATCTCGGT
TCTGCACAGCTTGCGGAGGTATTCTCAAAGGATGGAATGTCATTCTTGGCTAGCTGTCAA
AACTTGGTTCCACGGCCATGGGTCATTGATGACTTGGAACTTTCAAGCTAGATGGCTCAG
AAGCCTTGGAAGACGCTGTGATATTTGTTGACACTCTGGTGCAGACATATTTTGGGTATC
TTGCCGTTTG

QA 1 790 1 790
DS 



CO CL2415Contig2 772 2 12 U
CAAGAATGTTGAAAGAGTTTTCCAATTCTTATATCTGAGTGCAGAGAGAGAGAGAGAGTA
GAGGGAGTTTAAACTAAAACTTACAAAGCCTAACAGTTTTTAATATAATAAACTGTTTGG
CTTGGTGCAGTAAAAAAAATGAAGGTTGTGGGAATACAATCAGCTCTGAACTTCATTGTA
TTTGATGACGCAGTCATAAAGCCGTCCACCCAGAAACTGTGCTACCTCTGGATGCTTCAC
CATTCCAATCTTGAGGGAATCACACTTGAACTGAGCATAAAGGTTTGTCTCTATTCCACG
TCCCATGCCTTCTAAGATGACCAAGTCTGCATCGGTTGCAAGGTATGCAACCTCCTGTGA
TACTATTGCCAGATCAATAACCGGTAAGTCATTCCCAGAGTTTGCAATCAGAAGATTCGA
GATATCAACGCCCATCAGTTGTCCATTTTCATCCTTAAGCTTTGATAAGATCTCTGCAAG
CTCGGTATAAGTGACATCATTGATAGATGGAAGCTCATTAGCAGCCAGCACCACCTGCAT
TCCTTGACGTAGCATTTCTCTAGCAAACGGCAAGATACCCAAAATTATGTCTGCACCAGA
GTTGTCAACAAATATCACAGCCTTCTTCCAAGGCTTCTTGAGCCATCTAGCTTGAAAGTT
TTCCAAGTCATCAATGACCCATGGCCGTGGAACCAAGTTTTGACAGCTAGCCAAGAATGA
CATTCCATCCTTTGAGAATACCTCCGCAAGCTGTGCAGAACCGAGATCAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 
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AF RR3DT63JQ U 1
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DS 

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C
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GCCAGATCAATAACCGGTAAGTCATTCCCAGAGTTTGCAATCAGAAGATTCGAGATATCA
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QA 2 766 2 766
DS 



AS 1 4

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ATCACTCCTAAACTTAGCCAACGCAAGATTCTTGTCGGCAAGGGAGGCGCTAAAATAGGG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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CAGAAGCCTCTTAATGTCGGCATCATCGGCCCACCGAACGCCGGCAAATCATCCCTCACT
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GGGGCT

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GATT
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GAGGTTCGTGAAGAAGATCAGAAGTCTCTTAATGTCGGCATCATCGGTCCACCGAACGCC
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GAGAAGAAGAAAGACCTCTTGAAGGTTGCTGAGGAGTTCCAGAATCTCCCTGCATATGAA
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AGGCT

QA 5 561 5 561
DS 

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TTACAAAGACATCAAGGCTCGTGTTCAAAATGCTTGGACTTCTGTTGACCTTTTTGATGT
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GCGAGACGGGTCTCTGAGGATTGAACAGCATCTCATCACTCCTAAACTTAGCCAACGCAA
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CTACACGATTTTGATATCTGTCTGTATATTTTGATGTTGTCAAAGATTTTAGAAATATAA
TCTTATACAAACAGGC

QA 1 856 1 856
DS 

RD RR3E829JQ 671 0 0
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GAACAAAGTTGATCTGGTTGAGAAGAAGAAAGACCTCTTGAAGGTTGCTGAGGAGTTCCA
GAATCTCCCTGCATATGAAAGGTATTTCATGATATCAGGGCTCAAGGGATCCGGAGTTAA
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AAACCCTTCTCTGAAGACCTTTAGTTTTTTTTTTTGAGTTTTGATTGGTTTACAGAATCG
TTTGTACACGATTTTGATATCTGTCTGTATATTTT*ATGTTGTCAAAGATTTTAGAAATA
TAATCTCATAC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 4

CO CL2417Contig1 1205 4 13 U
GCAAACGTCATCGTTTTGGGAGATTCCGTTTGTATAAGACCAGATCAGGAGATTCAGAAA
ACCTCTGTTAACCAGAGTGTTTAGGAGGTTCCCAAGTGTTTGAGGTGTGGTGATAAACAG
AGCAACAGGTTCTTCAGAGACCCAAAACAAAAACATCGTTTGGATTTACTTAAGTCAAGA
ACCTGATACCAAAACCTAAAATGAAATTCTAAAGAGAGAGAGAGTTGTAGTATTTGCTAA
CAAGTCCTTGTGGGGGTATTAGGACAATGAGAGTGGAAAACTTGATCGAAAGGATCATTC
GTGGGTTGTGTTTTAAGTGGAGAGACTAGAGTTTTCTCGTTCAAGATCTTAACCAAAATT
GGGTTTTTGGGATGGGTTTATTGACTTAATTAGTGTTAATTTCTGTGTGTTTTTGAGTGC
TAATTCTATGTTTTCAAAGTGCTAATTATGTCCGAAAGAAGGTGATGGAGGTCTTGTTTT
ACCCAGACGTTTTCTGTTTTTGTCTTTTTCCTTTTGTGTCTGATCAGGTAACAAAAACCA
TCGAAGGGTTGCTTCCATTGCCCAAGGTTCGTAGCCCAAATGACCCAAGAATGATCGAGT
TGAAAGAGCTCGAAGCAGCCAAGGCAGCGATCGATGTGAAAGCACACTCTTTGGTGCGGA
GAGAGCTCTGGGCTGGTCTGGGTTACTTGATCCTACAGACCGCGGGGTTCATGAGGCTAA
CGTTTTGGGAACTCTCGTGGGATGTGATGGAACCGATATGTTTTTATGTCACGTCTATAT
ACTTTATGGCTGGGTATGGTTTCTTCCTCAAGACATCGAAAGAGCCTTCCTTTGAAGGGT
TCTATCAAAGCAGGTTCGAAGCGAAACAGAAGAAGCTTATGAATGTTCATGAGTTTGATG
TTGAGAGGTATGATGAGCTCAAGAAGCTGTTTTGCCCTAAAGCTTCAGATCGTGTTTCCA
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TATGAGATTAATCTAAAATGTAAGAGAACCATGTAAATATAAAATATGTAAATGTTTGAA
TTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 

AF RR3GQ31TF U 1
AF RR3FC41TF U 302
AF RR3GQ31JQ C 505
AF RR3FC41JQ C 506
BS 1 457 RR3GQ31TF
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BS 1119 1205 RR3GQ31JQ

RD RR3GQ31TF 711 0 0
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ACCTCTGTTAACCAGAGTGTTTAGGAGGTTCCCAAGTGTTTGAGGTGTGGTGATAAACAG
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ACCTGATACCAAAACCTAAAATGAAATTCTAAAGAGAGAGAGAGTTGTAGTATTTGCTAA
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GGGTTTTTGGGATGGGTTTATTGACTTAATTAGTGTTAATTTCTGTGTGTTTTTGAGTGC
TAATTCTATGTTTTCAAAGTGCTAATTATGTCCGAAATAAGGTGATGGAGGTCTTGTTTT
ACCCAGACGTTTTCTGTTTTTGTCTTTTTCCTTTTGTGTCTGATCAGGTAACAAAAACCA
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TGAAAGAGCTCGAAGCAGCCAAGGCAGCGATCGATGTGAAAGCACACTCTTTGGTGCGGA
GAGAGCTCTGGGCTGGTCTGGGTTACTTGATCCTACAGACCGCGGGGTTCA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3FC41TF 548 0 0
G
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GTTTTTGGGATGGGTTTATTGACTTAATTAGTGTTAATTTCTGTGTGTTTTTGAGTGCTA
ATTCTATGTTTTCAAAGTGCTAATTATGTCCGAAAGAAGGTGATGGAGGTCTTGTTTTAC
CCAGACGTTTTCTGTTTTTGTCTTTTTCCTTTTGTGTCTGATCAGGTAACAAAAACCATC
GAAGGGTTGCTTCCATTGCCCAAGGTTCGTAGCCCAAATGACCCAAGAATGATCGAGTTG
AAAGAGCTCGAAGCAGCCAAGGCAGCGATCGATGTGAAAGCACACTCTTTGGTGCGGAGA
GAGCTCTGGGCTGGTCTGGGTTACTTGATCCTACAGACCGCGGGGTTCATGAGGCTAACG
TTTTGGGAACTCTCGTGGGATGTGATGGAACCGATATGTTTCTATGTCACGTCTATATAC
TTTATGGCTGGGTATGGTTTCTTCCTCAAGACATCGAAAGAGCCTTCCTTTGAAGGGTTC
TATCAAA

QA 2 548 2 548
DS 

RD RR3GQ31JQ 701 0 0
T
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GGTTTGTAGCCCAAATGACCCAAGAATGATCGAGTTGAAAGAGCTCGAAGCAGCCAAGGC
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CTTGATCCTACAGACCGCGGGGTTCATGAGGCTAACGTTTTGGGAACTCTCGTGGGATGT
GATGGAACCGATATGTTTTTATGTCACGTCTATATACTTTATGGCTGGGTATGGTTTTTT
CCTCAAGACATCGAAAGAGCCTTCCTTTGAAGGGTTCTATCAAAGCAGGTTCGAAGCGAA
ACAGAAGAAGCTTATGAATGTTCATGAGTTTGATGTTGAGAGGTATGATGAGCTCAAGAA
GCTGTTTTGCCCTAAAGCTTCAGATCGTGTTTCCAAGATTCTTTGTTGTGTTTGATTTTT
CCTAACTAGAGAATTCTACCGGCCCAAAAGAAAAGAAATGAATAGGTAGGAAGTTCTCAA
GTTTTCGGTTTTCCAAAGAAAAAAATTGTTCGAATTATTGCGGCTTGTGTAACATCAGGG
AAGAGTTGTGTTTTTCGTTTTCAAAGTTTTTCTTTTATGAGATTAATCTAAAATGTAAGA
GAACCATGTAAATATAAAATATGTAAATGTTTGAATTGTT

QA 2 701 2 701
DS 

RD RR3FC41JQ 700 0 0
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GGTTCGTAGCCCAAATGACCCAAGAATGATCGAGTTGAAAGAGCTCGAAGCAGCCAAGGC
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CTTGATCCTACAGACCGCGGGGTTCATGAGGCTAACGTTTTGGGAACTCTCGTGGGATGT
GATGGAACCGATATGTTTTTATGTCACGTCTATATACTTTATGGCTGGGTATGGTTTCTT
CCTCAAGACATCGAAAGAGCCTTCCTTTGAAGGGTTCTATCAAAGCAGGTTCGAAGCGAA
ACAGAAGAAGCTTATGAATGTTCATGAGTTTGATGTTGAGAGGTATGATGAGCTCAAGAA
GCTGTTTTGCCCTAAAGCTTCAGATCGTGTTTCCAAGATTCTTTGTTGTGTCTGATTTTT
CCTAACTAGAGAATTCTACCGGCCCAAAAGAAAAGAAATGAATAGGTAGGAAGTTCTCAA
GTTTTCGGTTTTCCAAAGAAAAAAATTGTTCGAATTATTGCGGCTTGTGTAACATCAGGG
AAGAGTTGTGTTCTTCGTTTTCAAAGTTTTTCTTTTATGAGATTAATCTAAAATGTAAGA
GAACCATGTAAATATAAAATATGTAAATGTTTGAATTGTT

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

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TGCTGGAACGATATGGTTATGATGCTAATGAGTTTGCCTCCTCTCAATCTAAGAAGACGA
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CAACTCATAGGTTGCTTCAGGTTCTTGCAGGAACGGCCAAACGAAAGAAGTTGCTTTCTC
TTAAGGGGATGGATGTTAGACCTATGATGGAAGTTGTCAAAGGGGCAGCTTTTGGGATTC
TCCAGGCAGCTGGTGGTTGTCCGACGTCTCTCCGTCCTGGGAGGTGGTTGGATTTGTACA
GTGGTACAGGATCCGTTGGAATCGAAGCAATCAGCCGAGGATGTTCACAGGCACACTTTG
TTGAGATGGATCCTTGGGTTGTTTCAAATGTTCTACAACCGAACTTGGAACACACTGGGT
TTGTTGAAGCTTCGGTTATACACACTGCTCGTGTCGAAAACTTCTTGGAACGTGCAGATA
AATTACTAGGTAAGGATGGAGCATTTGATTATATCAGCGTTACACCACCGTACATGGAGG
TTGATTATGAGGTTCTGATGGATCAGATTTCTAAGTCGGCAGCAATTGGCGAGAATACAT
TTATTGTGGTTGAGTACCCTTCACGAACCACAATGCTTGATTCATGCGGATGCCTTGAAA
AGATGACTGATCGGAGGTTTGGCCGGACGCATCTAGCTATATATGGACCAAAGTGGGCTC
AAAAGCCAAGAAAATCTTGAATCCAAAGTGAATCTCAGCAGTCACATGTGGCCATTTTGT
CTTTTAAAGGCGTTGAACAGAGGCTGGGATTGAAGAGCTATAGCTTGTTCCAACCTTCGA
TTACTAGAATGTTTTTGTACATTGATCGCCATTTTGTTTGTCCTAAGATGAAAACAAGTT
GCAGTGTTATGATAGTTATGAAACCGGTAATGGTGTGTATGTCGCCCTATGTGTTTTTGA
AGCAGAAATTATAGTTGTACACACTTTGATAAATGATGTCAGTTAGAATTTTCTCATTTT
CCCATTACATATGGCTTCTTTTG


BQ
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AF RR3H324TF U 1
AF RR3H324JQ C 339
BS 1 545 RR3H324TF
BS 546 1103 RR3H324JQ

RD RR3H324TF 545 0 0
TCGTGGTCTCTAGCCGTAAAAATATAGGAACTGGTTTGGCAAGCGAGGATAAGAAACGGT
TGCTGGAACGATATGGTTATGATGCTAATGAGTTTGCCTCCTCTCAATCTAAGAAGACGA
GAAGGAAAGAGGAGGAAAGGAACAGTGGAAAAGAGGAAGAAGTTGCTGTGCAGCCAAGAA
CAACTCATAGGTTGCTTCAGGTTCTTGCAGGAACGGCCAAACGAAAGAAGTTGCTTTCTC
TTAAGGGGATGGATGTTAGACCTATGATGGAAGTTGTCAAAGGGGCAGCTTTTGGGATTC
TCCAGGCAGCTGGTGGTTGTCCGACGTCTCTCCGTCCTGGGAGGTGGTTGGATTTGTACA
GTGGTACAGGATCCGTTGGAATCGAAGCAATCAGCCGAGGATGTTCACAGGCACACTTTG
TTGAGATGGATCCTTGGGTTGTTTCAAATGTTCTACAACCGAACTTGGAACACACTGGGT
TTGTTGAAGCTTCGGTTATACACACTGCTCGTGTCGAAAACTTCTTGGAACGTGCAGATA
AATTA

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3H324JQ 765 0 0
GGGAGGTGGTTGGATTTGTACAGTGGTACAGGATCCGTTGGAATCGAAGCAATCAGCCGA
GGATGTTCACAGGCACACTTTGTTGAGATGGATCCTTGGGTTGTTTCAAATGTTCTACAA
CCGAACTTGGAACACACTGGGTTTGTTGAAGCTTCGGTTATACACACTGCTCGTGTCGAA
AACTTCTTGGAACGTGCAGATAAATTACTAGGTAAGGATGGAGCATTTGATTATATCAGC
GTTACACCACCGTACATGGAGGTTGATTATGAGGTTCTGATGGATCAGATTTCTAAGTCG
GCAGCAATTGGCGAGAATACATTTATTGTGGTTGAGTACCCTTCACGAACCACAATGCTT
GATTCATGCGGATGCCTTGAAAAGATGACTGATCGGAGGTTTGGCCGGACGCATCTAGCT
ATATATGGACCAAAGTGGGCTCAAAAGCCAAGAAAATCTTGAATCCAAAGTGAATCTCAG
CAGTCACATGTGGCCATTTTGTCTTTTAAAGGCGTTGAACAGAGGCTGGGATTGAAGAGC
TATAGCTTGTTCCAACCTTCGATTACTAGAATGTTTTTGTACATTGATCGCCATTTTGTT
TGTCCTAAGATGAAAACAAGTTGCAGTGTTATGATAGTTATGAAACCGGTAATGGTGTGT
ATGTCGCCCTATGTGTTTTTGAAGCAGAAATTATAGTTGTACACACTTTGATAAATGATG
TCAGTTAGAATTTTCTCATTTTCCCATTACATATGGCTTCTTTTG

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL2419Contig1 783 2 2 U
GGTACAAGCTTAAGTATGAAGCACCAGGAGCTATCGAGCTGGCGAAAAGGGTTAGAGAGT
TGCTAATGGGAGGAGGAGGAATGAAGCGTGTTGATGAAGATACAGAGAGAGGACTTGATC
ATGGAGCTTGGGTTCCTCTTATGTTGATGTATCCTGAGGCAGATATACCGGTTTGTCAAC
TCTCTGTTCAATCATCTCAAACCGGGACTTACCATTACAACATGGGCAAAGCATTGGCTC
CACTGAAAGAAGAAGGCGTTCTTATCATTGGATCTGGAAGTGCCACTCATAATTTGAAGA
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GGCTCAAAGACTCTCTCCTACAAGGAGGGTATGGAGATGTGAATGAGTGGGAAGAGAAAG
CTCCAAATGCGAAAATGGCACATCCATGGCCAGAGCATTTCTACCCATTACACGTTGCAA
TCGGTGCAGCTGGTGATGACGCCAAGGCAGAGCAAATCCACACAAGCTGGCAACATGGGA
CTCTGTCTTATTCTTCTTATAGCTTCACTTCTTCCCTTTGAAACATTTCATCTTTACCTC
CTTTCACTTGCCGTGTGACTACGTTAATGTAAGCACTGTGTATTTAATAATCCAAATCCT
TCTATGCAAATACAGTCTCCTCTCTAATAATACATGTGAGAGACTTGGGTTGAGATACTC
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GCG


BQ
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20 20 20 

AF RR3A332JQ C 1
AF RR3A332TF U 1
BS 1 1 RR3A332JQ
BS 2 783 RR3A332TF

RD RR3A332JQ 783 0 0
GGTACAAGCTTAAGTATGAAGCACCAGGAGCTATCGAGCTGGCGAAAAGGGTTAGAGAGT
TGCTAATGGGAGGAGGAGGAATGAAGCGTGTTGATGAAGATACAGAGAGAGGACTTGATC
ATGGAGCTTGGGTTCCTCTTATGTTGATGTATCCTGAGGCAGATATACCGGTTTGTCAAC
TCTCTGTTCAATCATCTCAAACCGGGACTTACCATTACAACATGGGCAAAGCATTGGCTC
CACTGAAAGAAGAAGGCGTTCTTATCATTGGATCTGGAAGTGCCACTCATAATTTGAAGA
AGCTTGACTTTAGTATCACAGATGGATCAGCGGTTCCTTGGGCTTTAGAGTTTGACCATT
GGCTCAAAGACTCTCTCCTACAAGGAGGGTATGGAGATGTGAATGAGTGGGAAGAGAAAG
CTCCAAATGCGAAAATGGCACATCCATGGCCAGAGCATTTCTACCCATTACACGTTGCAA
TCGGTGCAGCTGGTGATGACGCCAAGGCAGAGCAAATCCACACAAGCTGGCAACATGGGA
CTCTGTCTTATTCTTCTTATAGCTTCACTTCTTCCCTTTGAAACATTTCATCTTTACCTC
CTTTCACTTGCCGTGTGACTACGTTAATGTAAGCACTGTGTATTTAATAATCCAAATCCT
TCTATGCAAATACAGTCTCCTCTCTAATAATACATGTGAGAGACTTGGGTTGAGATACTC
TCAATAGAGGATGCTCTAATGTAGATTGGTTTCTGTATAATATGGGATTCCCTTTGATGT
GCG

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3A332TF 783 0 0
G
GTACAAGCTTAAGTATGAAGCACCAGGAGCTATCGAGCTGGCGAAAAGGGTTAGAGAGTT
GCTAATGGGAGGAGGAGGAATGAAGCGTGTTGATGAAGATACAGAGAGAGGACTTGATCA
TGGAGCTTGGGTTCCTCTTATGTTGATGTATCCTGAGGCAGATATACCGGTTTGTCAACT
CTCTGTTCAATCATCTCAAACCGGGACTTACCATTACAACATGGGCAAAGCATTGGCTCC
ACTGAAAGAAGAAGGCGTTCTTATCATTGGATCTGGAAGTGCCACTCATAATTTGAAGAA
GCTTGACTTTAGTATCACAGATGGATCAGCGGTTCCTTGGGCTTTAGAGTTTGACCATTG
GCTCAAAGACTCTCTCCTACAAGGAGGGTATGGAGATGTGAATGAGTGGGAAGAGAAAGC
TCCAAATGCGAAAATGGCACATCCATGGCCAGAGCATTTCTACCCATTACACGTTGCAAT
CGGTGCAGCTGGTGATGACGCCAAGGCAGAGCAAATCCACACAAGCTGGCAACATGGGAC
TCTGTCTTATTCTTCTTATAGCTTCACTTCTTCCCTTTGAAACATTTCATCTTTACCTCC
TTTCACTTGCCGTGTGACTACGTTAATGTAAGCACTGTGTATTTAATAATCCAAATCCTT
CTATGCAAATACAGTCTCCTCTCTAATAATACATGTGAGAGACTTGGGTTGAGATACTCT
CAATAGAGGATGCTCTAATGTAGATTGGTTTCTGTATAATATGGGATTCCCTTTGATGTG
CG

QA 2 783 2 783
DS 



AS 1 4

CO CL2420Contig1 1343 4 3 U
GCCTTTTTGAAGAACACAAATATTTTTCTACTTCCAAATCTTTACGGATTTGTCATGACT
TGCAGAAGCCATCATTCCTGTCATAGGTGACTGAGCTAATGCAGAGATGACACACTCGTG
AGCCGGTATCGTCATACATTTGTTCTCTTTTGTGTTCCACAGCTCCAGCGACTGGTAGCC
ACCAATGACCAAGAGATTGGGATAAGTAGGGTGAAAAACACAAGAGTGGAACTTGTTCCC
ACTAGAGCTGAGCTCCTGGATGCAATCTCCTGAGCTCAGAGACCATAGTTTAACAGAGTC
TTCGCTAACAGAAGCTATCAACTCTCCGTTTGGGTTCCAACAAACAGAATTCACATCTGA
GGAATGTCCCTTAAACAAGTGGACGCGTCTGTCATTATCATAATCATAAATTGACACAGT
GCTTTCCGAAGCAGCAGCAAGCATTTGTCCAAATCTTGGCTGGAACCGAACCTGCGTGCT
AGTACCCTTTATAACACGAAGGCAATTAGCAGATTTGATGCTCCAGAAGCGAATCTCGTT
GTTGCCATCACAAGAGCAGAAAAGGTCTGTTTTGTTAGGGTGAAAATCAAGGGACATTAC
AGGTGCGGTATGACCAGTAATCGTTCTCACAAAGTAACCAGGCTCAGACGCATCCCAGAT
TTTGATAGTTTTGTCAAAGGACGACGTAGCGAGTTGAGTTGAATTAGGTCTGAAGCGAAC
ATCTGTGATGATGTGACCATGTTCTTCAGGAGCGCTCTCAGTTATTAGTGTTTCCATGTT
CCAAATATAAAGCTTCTTATCATGTCCAGCGCTAGCCAACAGTTTCCCATCAGATGAGAA
ATTACAGCAGATGACCTTATTGGAACTCCTTCTTATAGAACTAACCTCACTGAAACTAAA
ACCCTTTGAAGGTTCGGCATGCTCAGAAGGGTTCCGCTTTAGGGTGGTGGTGTTAAACAA
GCTTCCTCCATCTCCATCATCTTGGGACAAAAACGATTCTACATTGTCTTCTAAGGCTCC
CACATCTCCAAAAGGTTCCATGTCATCCAGTTGGTTTGCTGATGATGCAAGAGCACCTAT
TCCATCGGAACCGTACATCATTGACCCTTTTGGCATGTTATTCATATGCTGCATGTTGCC
AGTTATACCAGCTCCGTCGATAGGGGTATGCGTTGACGGAGTTGATGGCTGTGAGTTGGA
TGGCCCCACCGTGTTTCCGGTCCCTGTACTGTTAGCAGGACCAGAAGAAGAAGGTCCCTT
TCTTTTGCGGTTGTTCTGCTGTGATTGCTGTGATAGTTGTAAAGGATCTTGTTGCTGAGA
AGAAGATTGCTGTACTGGCGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DS17JQ U 1
AF RR3DS17TF C 85
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AF RR3B103TF C 496
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TCCGTTTGGGTTCCAACAAACAGAATTCACATCTGAGGAATGTCCCTTAAACAAGTGGAC
GCGTCTGTCATTATCATAATCATAAATTGACACAGTGCTTTCCGAAGCAGCAGCAAGCAT
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TTCAGGAGCGCTCTCAGTTATTAGTGTTTCC
C

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DS 

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ATAGGTAGGGTGAAAAACACAAGAGTGGAACTTGTTCCCACTAGAGCTGAGCTCGTGGAT
GCAATCTCCTGAGCTCAAAGACCAAAGTTTAACAGAGTCTTCGCTAACAGAAGCTATCAA
CTCTCCGTTTGGGTTCCAACAAACAGAATTTACATCCGAGGAATGTCCCTTAAACACGTG
GACGCGTCTGTCATTATCATAATCATAAATTGACACAGTGTTTTTCGAAGCTGCAGCAAG
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AAGGTCTGTTTTGTTAGGGTGAAAATCAAGGGACATTACAGGTGCGGTATGACCAGTAAT
CGTTCTCACAAAGTAACCAGGCTCAGACGCATCCCAGATTTTGATAGTTTTGTCAAAGGA
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QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3B103TF 848 0 0
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ACCATGTTCTTCAGGAGCGCTCTCAGTTATTAGTGTTTCCATGTTCCAAATATAAAGCTT
CTTATCATGTCCAGCGCTAGCCAACAGTTTCCCATCAGATGAGAAATTACAGCAGATGAC
CTTATTGGAACTCCTTCTTATAGAACTAACCTCACTGAAACTAAAACCCTTTGAAGGTTC
GGCATGCTCAGAAGGGTTCCGCTTTAGGGTGGTGGTGTTAAACAAGCTTCCTCCATCTCC
ATCATCTTGGGACAAAAACGATTCTACATTGTCTTCTAAGGCTCCCACATCTCCAAAAGG
TTCCATGTCATCCAGTTGGTTTGCTGATGATGCAAGAGCACCTATTCCATCGGAACCGTA
CATCATTGACCCTTTTGGCATGTTATTCATATGCTGCATGTTGCCAGTTATACCAGCTCC
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TCCGGTCCCTGTACTGTTAGCAGGACCAGAAGAAGAAGGTCCCTTTCTTTTGCGGTTGTT
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TGGCGGCC

QA 1 848 1 848
DS 



AS 1 4

CO CL2421Contig1 772 4 10 U
TTTTTTAGGGTTTTTGATTAGGGGTGGAAGAACAATGTCTTCTTCTTCGGTAATTACACC
AGAAGACGTGCTCGAATCTCTTATGAACGATGGCACCATCGATGCCCTTCGGCTAAAGAT
CATCAATCAACTCAAAGCCAATGAAGAGTTGAAGAGCACAACCATTAAGATGGCAGAGGA
GAGCAAAGTTCTTAACACACCTGGTGCTGAGAAACAGACTAAACGAGAACTCTTTGATGC
TCTTCGCCAAGAACTCTAAGGGCCAGTGCTAGAGAAGGCATCAAAATCGGTTTGGGAATT
GATTCTTGAGAAAGACGGGTTAGGGAAAGAGATAAA*TGAAACAGTAGAGCGCGTCTTTT
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TGATAGAGAAAGAGATGGAAACAAAGGAGGACAATAGCTCAAATACGGAAGCCAAGAAAA
GAAGTCTTAGCGAGGTGAATCACTCCGAAGTTACAATAAGGAAGAAGAAGCAACAAGGGG
ATTCCTCCAATGATCATGTAACGCCATGAGCCTGGTTATGAGACATTCATCATGTAACGT
TCTGTTCATGTTTTTATTTGTGAAATATCCCTTCCCAGCAATATCTTATGTAATTTATAT
TTACATAAAACATTGGACCGAATTAGTAATTACCATCACGTCACATTTCTGCTATGAAAA
TAATCTCTTTACTAGATCTTTGATTCTATACAGATAAATATTTGATTTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A441JQ C 234
AF RR3F450TF U 1
AF RR3F450JQ C 352
AF RR3A441TF U 82
BS 1 256 RR3F450TF
BS 257 257 RR3A441TF
BS 258 302 RR3F450TF
BS 303 303 RR3A441TF
BS 304 434 RR3F450TF
BS 435 435 RR3A441TF
BS 436 514 RR3F450TF
BS 515 515 RR3A441TF
BS 516 633 RR3F450TF
BS 634 772 RR3A441TF

RD RR3A441JQ 347 0 0
TTT
ATGCTCTTCGCCAAGAACTCTAAGGGCCAGTGCTAGAGAAGGCATCAAAATCGGTTTGGG
AATTGATTCTTGAGAAAGACGGGTTAGGGAAAGAGATAAAATGAAACAGTAGAGCGCGTC
TTTTGTCGTCTGAGCGGGCGAGAACCGCCCTTGTTTTCATCATCAAACGTGGAAAACCAT
ATGGTGATAGAGAAAGAGATGGAAACAAAGGAGGACAATAGCTCAAATACGGAAGCCAAG
AAAAGAAGTCTTAGCGAGGTGAATCACTCCGAAGTTACAATAAGGAAGAAGAAGCAACAA
GGGGATTCCTCCAATGATCATGTAACGCCATGAGCCTGGTTATG

QA 4 347 4 347
DS 

RD RR3F450TF 633 0 0
TTTTTTAGGGTTTTTGATTAGGGGTGGAAGAACAATGTCTTCTTCTTCGGTAATTACACC
AGAAGACGTGCTCGAATCTCTTATGAACGATGGCACCATCGATGCCCTTCGGCTAAAGAT
CATCAATCAACTCAAAGCCAATGAAGAGTTGAAGAGCACAACCATTAAGATGGCAGAGGA
GAGCAAAGTTCTTAACACACCTGGTGCTGAGAAACAGACTAAACGAGAACTCTTTGATGC
TCTTCGCCAAGAACTCGAAGGGCCAGTGCTAGAGAAGGCATCAAAATCGGTTTGGGAATT
GACTCTTGAGAAAGACGGGTTAGGGAAAGAGATAAA*TGAAACAGTAGAGCGCGTCTTTT
GTCGTCTGAGCGGGCGAGAACCGCCCTTGTTTTCATCATCAAACGTGGAAAACCAGATGG
TGATAGAGAAAGAGGTGGAAACAAAGGAGGACAATAGCTCAAATACGGAAGCCAAGAAAA
GAAGTCTTAGCGAGGTGAATCACTCCGAAGTTACGATAAGGAAGAAGAAGCAACAAGGGG
ATTCCTCCAATGATCATGTAACGCCATGAGCCTGGTTATGAGACATTCATCATGTAACGT
TCTGTTCATGTTTTTATTTGTGAAATATCCCTT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3F450JQ 365 0 0
GCGTCTTTTGTTGTTTGAGCGGGCGAGAACCGCCCTTGTTTTCATCATCAAACGTGGAAA
ACCAGATGGTGATAGAGAAAGAGGTGGAAACAAAGGAGGACAATAGCTCAAATACGGAAG
CCAAGAAAAGAAGTTTTAGCGAGGTGAATCACTCCGAAGTTACGATAAGGAAGAAGAAGC
AACAAGGGGATTCCTCCAATGATCATGTAACGCCATGAGCCTGGTTATGAGACATTCATC
ATGTAACGTTCTGTTCATGTTTTTATTTGTGAAATATCCCTTCCCAGCAATATTTTATGT
AATTTATATTTACATAAAACATTGGACCGAATTAGTAATTACCATCACGTCACATTTTTG
CTATG

QA 1 365 1 365
DS 

RD RR3A441TF 691 0 0
G
ATGAACGATGGCACCATCGATGCCCTTCGGCTAAAGATCATCAATCAACTCAAAGCCAAT
GAAGAGTTGAAGAGCACAACCATTAAGATGGCAGAGGAGAGCAAAGTTCTTAACACACCT
GGTGCTGAGAAACAGACTAAACGAGAACTCTTTTATGCTCTTCGCCAAGAACTCTAAGGG
CCAGTGCTAGAGAAGGCATCAAAATCGGTTTGGGAATTGATTCTTGAGAAAGACGGGTTA
GGGAAAGAGATAAA*TGAAACAGTAGAGCGCGTCTTTTGTCGTCTGAGCGGGCGAGAACC
GCCCTTGTTTTCATCATCAAACGTGGAAAACCATATGGTGATAGAGAAAGAGATGGAAAC
AAAGGAGGACAATAGCTCAAATACGGAAGCCAAGAAAAGAAGTCTTAGCGAGGTGAATCA
CTCCGAAGTTACAATAAGGAAGAAGAAGCAACAAGGGGATTCCTCCAATGATCATGTAAC
GCCATGAGCCTGGTTATGAGACATTCATCATGTAACGTTCTGTTCATGTTTTTATTTGTG
AAATATCCCTTCCCAGCAATATCTTATGTAATTTATATTTACATAAAACATTGGACCGAA
TTAGTAATTACCATCACGTCACATTTCTGCTATGAAAATAATCTCTTTACTAGATCTTTG
ATTCTATACAGATAAATATTTGATTTTATT

QA 2 691 2 691
DS 



AS 1 4

CO CL2422Contig1 646 4 7 U
GATTGAGTTGTGAAGCGGCTGTCGGAAAATCGAAAAATGGGGAGGAGGATTTTGAACGAT
GCGTTGAGGACGATTGTGAATGCGGAGAGGCGAGGGAAAGCTTCGGTGGAGCTTAAACCA
ATCTCCACCGTCATGTCTTCCTTCCTCCGAATCATGAAGGAAAAAGGTTACATCAAGAAC
TCTCAAGTCTATGATCCACATAGAGTTGGTAGGATAACCGTTGATCTGCAAGGGAGGGCT
AATGACTGCAAAGCTCTTACCTATAGGCAAGACGTTAAGGCAAAAGAGATTGAGGAATAC
ACTGAACGCACACTTCCAACACGTCAGTGGGGTTATGTTGTAGTCACAACTCCTGATGGG
ATTTTGGACCATGAAGAAGCCATTAAACGCAATGTTGGTGGCCAGGTTCTTGGTTTCTTT
TATTGAAGAGCCTATTCTAGCACATGGCAAGAGAGGCATGCTCGAAATTTCGATCCTTAG
GAACATGTTATTCATGTGGTTTCTTTGTTTTGGTATCTTGCATTGTCTTTGAACAAATTG
GCAATCAAAGTACACATTTGCTTGTTATAATTCAAAGACTTATGAAGCATTTCAAACATA
TTATTGTTTGATGAAGTTCATCCGAAAGTTTTACAAACGTTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BT34JQ C 1
AF RR3DT92TF U 5
AF RR3DT92JQ C 5
AF RR3BT34TF U 1
BS 1 6 RR3BT34JQ
BS 7 181 RR3DT92TF
BS 182 182 RR3BT34TF
BS 183 280 RR3DT92TF
BS 281 281 RR3BT34TF
BS 282 637 RR3DT92TF
BS 638 646 RR3BT34JQ

RD RR3BT34JQ 646 0 0
GATTGAGTTGTGAAGCGGCTGTCGGAAAATCGAAAAATGGGGAGGAGGATTTTGAACGAT
GCGTTGAGGACGATTGTGAATGCGGAGAGGCGAGGGAAAGCTTCGGTGGAGTTTAAACCA
ATCTCCACCGTCATGTCTTCCTTCCTCCGAATCATGAAGGAAAAAGGTTACATCAAGAAC
TCTCAAGTCTATGATCCACATAGAGTTGGTAGGATAACCGTTGATCTGCAAGGGAGGGTT
AATGACTGCAAAGCTCTTACCTATAGGCAAGACGTTAAGGCAAAAGAGATTGAGGAATAC
ACTGAACGCACACTTCCAACACGTCAGTGGGGTTATGTTGTAGTCACAACTCCTGATGGG
ATTTTGGACCATGAAGAAGCCATTAAACGCAATGTTGGTGGCCAGGTTCTTGGTTTCTTT
TATTGAAGAGCCTATTCTAGCACATGGCAAGAGAGGCATGCTCGAAATTTCGATCCTTAG
GAACATGTTATTCATGTGGTTTCTTTGTTTTGGTATCTTGCATTGTCTTTGAACAAATTG
GCAATCAAAGTACACATTTGCTTGTTATAATTCAAAGACTTATGAAGCATTTCAAACATA
TTATTGTTTGATGGAGTTCATCCGAAAGTTTTACAAACGTTTGTTT

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3DT92TF 639 0 0
GG
GTTGTGAAGCGGCTGTCGGAAAATCGAAAAATGGGGAGGAGGATTTTGAACGATGCGTTG
AGGACGATTGTGAATGCGGAGAGGCGAGGGAAAGCTTCGGTGGAGCTTAAACCAATCTCC
ACCGTCATGTCTTCCTTCCTCCGAATCATGAAGGAAAAAGGTTACATCAAGAACTTTCAA
GTCTATGATCCACATAGAGTTGGTAGGATAACCGTTGATCTGCAAGGGAGGGCTAATGAC
TGCAAAGCTCTTACCTATAGGCAAGACGTTAAGGTAAAAGAGATTGAGGAATACACTGAA
CGCACACTTCCAACACGTCAGTGGGGTTATGTTGTAGTCACAACTCCTGATGGGATTTTG
GACCATGAAGAAGCCATTAAACGCAATGTTGGTGGCCAGGTTCTTGGTTTCTTTTATTGA
AGAGCCTATTCTAGCACATGGCAAGAGAGGCATGCTCGAAATTTCGATCCTTAGGAACAT
GTTATTCATGTGGTTTCTTTGTTTTGGTATCTTGCATTGTCTTTGAACAAATTGGCAATC
AAAGTACACATTTGCTTGTTATAATTCAAAGACTTATGAAGCATTTCAAACATATTATTG
TTTGATGAAGTTCATCCGAAAGTTTTACAAA
AAAAAA

QA 3 633 3 633
DS 

RD RR3DT92JQ 630 0 0
GG
GTTGTGAAGCGGCTGTCGGAAAATCGAAAAATGGGGAGGAGGATTTTGAACGATGCGTTG
AGGACGATTGTGAATGCGGAGAGGCGAGGGAAAGCTTCGGTGGAGCTTAAACCAATCTCC
ACCGTCATGTCTTCCTTCCTCCGAATCATGAAGGAAAAAGGTTACATCAAGAACTTTCAA
GTCTATGATCCACATAGAGTTGGTAGGATAACCGTTGATCTGCAAGGGAGGGCTAATGAC
TGCAAAGCTCTTACCTATAGGCAAGACGTTAAGGTAAAAGAGATTGAGGAATACACTGAA
CGCACACTTCCAACACGTCAGTGGGGTTATGTTGTAGTCACAACTCCTGATGGGATTTTG
GACCATGAAGAAGCCATTAAACGCAATGTTGGTGGCCAGGTTCTTGGTTTCTTTTATTGA
AGAGCCTATTCTAGCACATGGCAAGAGAGGCATGCTCGAAATTTCGATCCTTAGGAACAT
GTTATTCATGTGGTTTCTTTGTTTTGGTATCTTGCATTGTCTTTGAACAAATTGGCAATC
AAAGTACACATTTGCTTGTTATAATTCAAAGACTTATGAAGCATTTCAAACATATTATTG
TTTGATGAAGTTCATCCGAAAGTTTTAC

QA 3 630 3 630
DS 

RD RR3BT34TF 646 0 0
GATTGA
GTTGTGAAGCGGCTGTCGGAAAATCGAAAAATGGGGAGGAGGATTTTGAACGATGCGTTG
AGGACGATTGTGAATGCGGAGAGGCGAGGGAAAGCTTCGGTGGAGTTTAAACCAATCTCC
ACCGTCATGTCTTCCTTCCTCCGAATCATGAAGGAAAAAGGTTACATCAAGAACTCTCAA
GTCTATGATCCACATAGAGTTGGTAGGATAACCGTTGATCTGCAAGGGAGGGTTAATGAC
TGCAAAGCTCTTACCTATAGGCAAGACGTTAAGGCAAAAGAGATTGAGGAATACACTGAA
CGCACACTTCCAACACGTCAGTGGGGTTATGTTGTAGTCACAACTCCTGATGGGATTTTG
GACCATGAAGAAGCCATTAAACGCAATGTTGGTGGCCAGGTTCTTGGTTTCTTTTATTGA
AGAGCCTATTCTAGCACATGGCAAGAGAGGCATGCTCGAAATTTCGATCCTTAGGAACAT
GTTATTCATGTGGTTTCTTTGTTTTGGTATCTTGCATTGTCTTTGAACAAATTGGCAATC
AAAGTACACATTTGCTTGTTATAATTCAAAGACTTATGAAGCATTTCAAACATATTATTG
TTTGATGGAGTTCATCCGAAAGTTTTACAAA
CGTTTGTTT

QA 7 637 7 637
DS 



AS 1 4

CO CL2423Contig1 962 4 10 U
GGAAGATGTAATAGCGATATTACCATGGGAGGAGTGGTGGGAGTTTGAACAAAAGAAAGA
TGACTCGAATCCTCAGATTGCATTCTTACCTTTGCATCCTGATGTTCGTGCTAAGTTCAA
CGTCACTGCTGCGTGGGAATATGCTCGGAGCATGGAGAATAAACCATATGGTTATCACAA
CTTGATTTTTGCCTGGATCGATACCGTTACTGCAAACTACCCTCCTCCTATAGATGCTCA
TCTTGTTGCTTCATTCATGACTGTTTGGAACAAATTGCAGCCTGAGTATGCAGCTAATAT
GTGGAATGAAGCCTTGAACAAGCGGCTTGGAACAGAGGGTCTTGGTCTTTCAGATGTACT
GGTAGAAGTAGAGAAACGTGGATCTTCTTTTGACAAGTTACTGACTGTACCCGAACAAGA
CGACTGGATCTACAGCGATGGTAAATCAACCTCGTGCATCGCTTTCATACTCGAAATGTA
CAAAGAAGCTGGCCTATTCGGCTCATTGGCTAATTCTATTCAAGTCACAGAGTTCACGCT
GAAAGATGCTTACATGCTAAACTTCTTCGAGAACAATGCAAGCCATCTTCCAAAATGGTG
CAATGACAATGACAATGTGAAGCTTCCTTACTGTCAGATACTAGGGAAATATAGAATGGA
ACTTCCTGGTTACAACACTATGGAACCTTATACGCATATGAATGAACAGTGTCCATCTCT
GCCTCCAAAGTATAACCGACCAGGGAACTGCTAGTACCGCTATAAATTCAACTGTTAGCT
TTCCTCGTATATATATTTGTTAATATAATCGAAAACTCTTAACAGTTTTTAATCTGTTTG
TAAATATATCGATCAGGTTTGTAGCCTACTGACGATACTACATATTATGTAATTTCTCGT
ATTCATGATGCACACAAAATGTAATTAAAAGATTGTCTTTCATAATCATATTATGATTTG
GC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 

AF RR3FQ12TF U 1
AF RR3GZ26TF U 118
AF RR3GZ26JQ C 200
AF RR3FQ12JQ C 429
BS 1 332 RR3FQ12TF
BS 333 333 RR3GZ26TF
BS 334 641 RR3FQ12TF
BS 642 814 RR3GZ26TF
BS 815 815 RR3GZ26JQ
BS 816 834 RR3GZ26TF
BS 835 918 RR3GZ26JQ
BS 919 919 RR3FQ12JQ
BS 920 926 RR3GZ26JQ
BS 927 962 RR3FQ12JQ

RD RR3FQ12TF 641 0 0
GGAAGATGTAATAGCGATATTACCATGGGAGGAGTGGTGGGAGTTTGAACAAAAGAAAGA
TGACTCGAATCCTCAGATTGCATTCTTACCTTTGCATCCTGATGTTCGTGCTAAGTTCAA
CGTCACTGCTGCGTGGGAATATGCTCGGAGCATGGAGAATAAACCATATGGTTATCACAA
CTTGATTTTTGCCTGGATCGATACCGTTACTGCAAACTACCCTCCTCCTATAGATGCTCA
TCTTGTTGCTTCATTCATGACTGTTTGGAACAAATTGCAGCCTGAGTATGCAGCTAATAT
GTGGAATGAAGCCTTGAACAAGCGGCTTGGAATAGAGGGTCTTGGTCTTTCAGATGTACT
GGTAGAAGTAGAGAAACGTGGATCTTCTTTTGACAAGTTACTGACTGTACCCGAACAAGA
CGACTGGATCTACAGCGATGGTAAATCAACCTCGTGCATCGCTTTCATACTCGAAATGTA
CAAAGAAGCTGGCCTATTCGGCTCATTGGCTAATTCTATTCAAGTCACAGAGTTCACGCT
GAAAGATGCTTACATGCTAAACTTCTTCGAGAACAATGCAAGCCATCTTCCAAAATGGTG
CAATGACAATGACAATGTGAAGCTTCCTTACTGTCAGATAC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3GZ26TF 717 0 0
G
AACGTCACTGCTGCGTGGGAATATGCTCGGAGCATGGAGAATAAACCATATGGTTATCAC
AACTTGATTTTTGCCTGGATCGATACCGTTACTGCAAACTACCCTCCTCCTATAGATGCT
CATCTTGTTGCTTCATTCATGACTGTTTGGAACAAATTGCAGCCTGAGTATGCAGCTAAT
ATGTGGAATGAAGCCTTGAACAAGCGGCTTGGAACAGAGGGTCTTGGTCTTTCAGATGTA
CTGGTAGAAGTAGAGAAACGTGGATCTTCTTTTGACAAGTTACTGACTGTACCCGAACAA
GACGACTGGATCTACAGCGATGGTAAATCAACCTCGTGCATCGCTTTCATACTCGAAATG
TACAAAGAAGCTGGCCTATTCGGCTCATTGGCTAATTCTATTCAAGTCACAGAGTTCACG
CTGAAAGATGCTTACATGCTAAACTTCTTCGAGAACAATGCAAGCCATCTTCCAAAATGG
TGCAATGACAATGACAATGTGAAGCTTCCTTACTGTCAGATACTAGGGAAATATAGAATG
GAACTTCCTGGTTACAACACTATGGAACCTTATACGCATATGAATGAACAGTGTCCATCT
CTGCCTCCAAAGTATAACCGACCAGGGAACTGCTAGTACCGCTATAAATTCAACTGTTAG
CTTTCCTCGTATATATATTTGTTAATATAATCGAAA*CTCTTAACAGTTTTTAATC

QA 2 717 2 717
DS 

RD RR3GZ26JQ 727 0 0
GATACCGTTACTGCAAACTACCCTCCTCCTATAGATGCTCATCTTGTTGCTTCATTCATG
ACTGTTTGGAACAAATTGCAGCCTGAGTATGCAGCTAATATGTGGAATGAAGCCTTGAAC
AAGCGGCTTGGAACAGAGGGTCTTGGTCTTTCAGATGTACTGGTAGAAGTAGAGAAACGT
GGATCTTCTTTTGACAAGTTACTGACTGTACCCGAACAAGACGACTGGATCTACAGCGAT
GGTAAATCAACCTCGTGCATCGCTTTCATACTCGAAATGTACAAAGAAGCTGGCCTATTC
GGCTCATTGGCTAATTCTATTCAAGTCACAGAGTTCACGCTGAAAGATGCTTACATGCTA
AACTTCTTCGAGAACAATGCAAGCCATCTTCCAAAATGGTGCAATGACAATGACAATGTG
AAGCTTCCTTACTGTCAGATACTAGGGAAATATAGAATGGAACTTCCTGGTTACAACACT
ATGGAACCTTATACGCATATGAATGAACAGTGTCCATCTCTGCCTCCAAAGTATAACCGA
CCAGGGAACTGCTAGTACCGCTATAAATTCAACTGTTAGCTTTCCTCGTATATATATTTG
TTAATATAATCGAAAACTCTTAACAGTTTTTAATCTGTTTGTAAATATATCGATCAGGTT
TGTAGCCTACTGACGATACTACATATTATGTAATTTCTCGTATTCATGATGCACACAAAG
TGTAATT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3FQ12JQ 534 0 0
TCTACAGCGATGGTAAATCAACCTCGTGCATCGCTTTCATACTCGAAATGTACAAAGAAG
CTGGCCTATTCGGCTCATTGGCTAATTCTATTCAAGTCACAGAGTTCACGCTGAAAGATG
CTTACATGCTAAACTTCTTCGAGAACAATGCAAGCCATCTTCCAAAATGGTGCAATGACA
ATGACAATGTGAAGCTTCCTTACTGTCAGATACTAGGGAAATATAGAATGGAACTTCCTG
GTTACAACACTATGGAACCTTATACGCATATGAATGAACAGTGTCCATCTCTGCCTCCAA
AGTATAACCGACCAGGGAACTGCTAGTACCGCTATAAATTCAACTGTTAGCTTTCCTCGT
ATATATATTTGTTAATATAATCGAAAACTCTTAACAGTTTTTAATCTGTTTGTAAATATA
TCGATCAGGTTTGTAGCCTACTGACGATACTACATATTATGTAATTTCTTGTATTCATGA
TGCACACAAAATGTAATTAAAAGATTGTCTTTCATAATCATATTATGATTTGGC

QA 1 534 1 534
DS 



AS 2 4

CO CL2424Contig1 1245 2 4 U
CAGAACCCTAGGTTCTGCGTCCTCGATTCGCACTACGTCACGCATCTATTCACCTTCAGA
GATCTATCTCCTCCGCCGAACTCTCGATTCAACCACTCTTACCCCGTGACTTCCCCCAAC
GAGTACTCTCTCTTCTTCGCCAACTGCGCTCCCGAGACTAAAGTCTCCATGGCGGTTCGA
ACCGAGATGTACAACAAAGATCCGAACGGATCTAAGGACTACTTACCCGCCGGAGCCACA
CAGCTGCCGTCTCTCTACTCCTTCTTCTTCCTCTGCTACGCAACCTTCCTCGGATACTGG
GTCTACACTTGCTATACCAACAAGCGAGTCGTTCACCGGATCCATCTCCTCATGGCAGGT
CTGCTTCTAATCAAATCGTTGAATCTGATCTGTGCAGCTGAAGACAAACACTACGTGAAG
ATCACGGGGACGCCTCACGGCTGGGACATACTCTTCTACATCTTCCAGTTCATCAGAGTC
GTGCTCCTCTTCACCGTGATCATCTTGATCGGAACGGGATGGTCGTTCTTGAAGCCGTTC
TTGCAGGAGAAGGAGAAGAACGTGTTGATGATTGTGATCCCTCTTCAGGTACTTGCCAAC
ATCGCTTCGATTGTGATCGGTGAGACCGGACCTTTTATTAAGGATTGGGTCACGTGGAAC
CAAGTGTTCTTGCTTGTTGATATAATCTGCTGCTGTGCGATTATCTTCCCTATCGTATGG
TCGATTAGAGCATTGAGGGAAACCTCGAAAACCGATGGTAAAGCGGCGAGGAACTTGTCG
AAGCTGACGTTGTTTAGACAGTTCTACATTGTTGTCATTGGGTATCTTTACTTCACGAGG
ATCGTTGTGTTTGCGCTGAAGACGATTGCGGCTTATAAGTACCAGTGGGTGAGTTTTGCA
GCGGAGGAGATTGTGAGTTTGGTGTTCTATGTGATCATGTTTTATATGTTTAGGCCTGAG
GAGAAGAATGAGTACTTTGCTGTTGATGATGATGAAGAAGAAGCTGCTGCTATTGCGCTT
AGAGACGATGAGTTTGAGCTTTGAGATCAAAAAAGGCAAAAGTCTGAGGCTCTGGAAGAC
ACAGAGTATGTCTTATGTTAATGTCGGCTAATATTTCAACTACCTTTTTTTTTGTTTCCT
GTGTGTTAAATTTTGTTCTTCTTTACATTTAAAACTCCATTGTTACAAACGTTAAACACT
TTTTTATAGCTTTAATCGTTGCAAATTCAAGAAACAATTGTATTG


BQ
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AF RR3G455TF U 1
AF RR3G455JQ C 396
BS 1 642 RR3G455TF
BS 643 643 RR3G455JQ
BS 644 704 RR3G455TF
BS 705 1245 RR3G455JQ

RD RR3G455TF 704 0 0
CAGAACCCTAGGTTCTGCGTCCTCGATTCGCACTACGTCACGCATCTATTCACCTTCAGA
GATCTATCTCCTCCGCCGAACTCTCGATTCAACCACTCTTACCCCGTGACTTCCCCCAAC
GAGTACTCTCTCTTCTTCGCCAACTGCGCTCCCGAGACTAAAGTCTCCATGGCGGTTCGA
ACCGAGATGTACAACAAAGATCCGAACGGATCTAAGGACTACTTACCCGCCGGAGCCACA
CAGCTGCCGTCTCTCTACTCCTTCTTCTTCCTCTGCTACGCAACCTTCCTCGGATACTGG
GTCTACACTTGCTATACCAACAAGCGAGTCGTTCACCGGATCCATCTCCTCATGGCAGGT
CTGCTTCTAATCAAATCGTTGAATCTGATCTGTGCAGCTGAAGACAAACACTACGTGAAG
ATCACGGGGACGCCTCACGGCTGGGACATACTCTTCTACATCTTCCAGTTCATCAGAGTC
GTGCTCCTCTTCACCGTGATCATCTTGATCGGAACGGGATGGTCGTTCTTGAAGCCGTTC
TTGCAGGAGAAGGAGAAGAACGTGTTGATGATTGTGATCCCTCTTCAGGTACTTGCCAAC
ATCGCTTCGATTGTGATCGGTGAGACCGGACCTTTTATTAAG*ATTGGGTCACGTGGAAC
CAAGTGTTCTTGCTTGTTGATATAATCTGCTGCTGTGCGATTAT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3G455JQ 850 0 0
GCAGCTGAGAC
AACACTACGTGAAGATCACGGG*ACGCCTCACGGCTGGGACATACTCTTCTACATCTTCC
AGTTCATCAGAGTCGTGCTCCTCTTCACCGTGATCATCTTGATCGGAACGGGATGGTCGT
TCTTGAAGCCGTTCTTGCAGGAGAAGGAGAAGAACGTGTTGATGATTGTGATCCCTCTTC
AGGTACTTGCCAACATCGCTTCGATTGTGATCGGTGAGACCGGACCTTTTATTAAGGATT
GGGTCACGTGGAACCAAGTGTTCTTGCTTGTTGATATAATCTGCTGCTGTGCGATTATCT
TCCCTATCGTATGGTCGATTAGAGCATTGAGGGAAACCTCGAAAACCGATGGTAAAGCGG
CGAGGAACTTGTCGAAGCTGACGTTGTTTAGACAGTTCTACATTGTTGTCATTGGGTATC
TTTACTTCACGAGGATCGTTGTGTTTGCGCTGAAGACGATTGCGGCTTATAAGTACCAGT
GGGTGAGTTTTGCAGCGGAGGAGATTGTGAGTTTGGTGTTCTATGTGATCATGTTTTATA
TGTTTAGGCCTGAGGAGAAGAATGAGTACTTTGCTGTTGATGATGATGAAGAAGAAGCTG
CTGCTATTGCGCTTAGAGACGATGAGTTTGAGCTTTGAGATCAAAAAAGGCAAAAGTCTG
AGGCTCTGGAAGACACAGAGTATGTCTTATGTTAATGTCGGCTAATATTTCAACTACCTT
TTTTTTTGTTTCCTGTGTGTTAAATTTTGTTCTTCTTTACATTTAAAACTCCATTGTTAC
AAACGTTAAACACTTTTTTATAGCTTTAATCGTTGCAAATTCAAGAAACAATTGTATTG

QA 12 850 12 850
DS 



CO CL2424Contig2 538 2 3 U
GGATTATCTTCCCTATCGTATGGTCGATTAGAGCATTGAGGGAAACCTCGAAAACCGATG
GTAAAGCGGCGAGGAACTTGTCGAAGCTGACGTTGTTTAGACAGTTCTACATTGTTGTCA
TTGGGTATCTTTACTTCACGAGGATCGTTGTGTTTGCGCTGAAGACGATTGCGGCTTATA
AGTACCAGTGGGTGAGTTTTGCAGCGGAGGAGATTGTGAGTTTGGTGTTCTATGTGATCA
TGTTTTATATGTTTAGGCCTGAGGAGAAGAATGAGTACTTTGCTGTTGATGATGATGAAG
AAGAAGCTGCTGCTATTGCCCTTAGAGACGATGAGTTTGAGCTTTGAGATAAAAAAGGCA
AAAGTCTTGAGGCTCTGGAAGACACAGAGTATGTCCTATGTTAATGTCGGCTAATATTGC
AACTACCTTTTTTTTTATTTCCTGTGTGTTAAATTTTGTTCTTCTTTACATTGAAAACTC
CCCATTTGTTACAAACGTTCAACACTTTTTTATAGCTTTAATCGTTCGTTGTAAATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL56JQ C 1
AF RR3GL56TF U 219
BS 1 218 RR3GL56JQ
BS 219 526 RR3GL56TF
BS 527 538 RR3GL56JQ

RD RR3GL56JQ 538 0 0
GGATTATCTTCCCTATCGTATGGTCGATTAGAGCATTGAGGGAAACCTCGAAAACCGATG
GTAAAGCGGCGAGGAACTTGTCGAAGCTGACGTTGTTTAGACAGTTCTACATTGTTGTCA
TTGGGTATCTTTACTTCACGAGGATCGTTGTGTTTGCGCTGAAGACGATTGCGGCTTATA
AGTACCAGTGGGTGAGTTTTGCAGCGGAGGAGATTGTGAGTTTGGTGTTCTATGTGATCA
TGTTTTATATGTTTAGGCCTGAGGAGAAGAATGAGTACTTTGCTGTTGATGATGATGAAG
AAGAAGCTGCTGCTATTGCCCTTAGAGACGATGAGTTTGAGCTTTGAGATAAAAAAGGCA
AAAGTCTTGAGGCTCTGGAAGACACAGAGTATGTCCTATGTTAATGTCGGCTAATATTGC
AACTACCTTTTTTTTTATT*CCTGTGTGTTAAATTTTGTTCTTCTTTACATTGAAAACTC
CCCATT*GTTACAAACGTTCAACACTTTTTTATAGCTTTAATCGTTCGTTGTAAATTC

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3GL56TF 320 0 0
AGTTTGGTGTTCTATGTGATCATGTTTTATATGTTTAGGCCTGAGGAGAAGAATGAGTAC
TTTGCTGTTGATGATGATGAAGAAGAAGCTGCTGCTATTGCCCTTAGAGACGATGAGTTT
GAGCTTTGAGATAAAAAAGGCAAAAGTCTTGAGGCTCTGGAAGACACAGAGTATGTCCTA
TGTTAATGTCGGCTAATATTGCAACTACCTTTTTTTTTATTTCCTGTGTGTTAAATTTTG
TTCTTCTTTACATTGAAAACTCCCCATTTGTTACAAACGTTCAACACTTTTTTATAGCTT
TAATCGTT
CGTTGTAAATTC

QA 1 308 1 308
DS 



AS 1 2

CO CL2425Contig1 557 2 2 U
GCTGAAATGATGATATACATTCAGAAACATCAAAGCTAAAACATTAACAACAAACCCCTC
TCCTCATTTGATCAAAGAGGTTTTTTTTTCCTGAAAAATAACAAAAGACACAACAATCAC
TTACTAAGAAAAACCAATTTACACAAACAACAAAGTCTCTAATTGGTCTTCACACTCACA
AAGACTAAAAAAAACCTAAATGCAGTCCTCCCCCTCCCACGAACTTTAATTAGTAATAGC
AGTAGCAGAATCCTCCACCCCTAGACCATACAAGACACCAGTGAACTTCTCAGTAGACCC
AGGGAAATAACGTTCCTTGAGCTTCCTAAACGAGCCTAACGTGAGCAAGCTATCGGACCC
AGCCTGATGACAAACCCCAACTCTCTCAACCCCCATAAGCTCCGCTAGCCTGTTCAACCC
TCCGAACAGCCCGTTGCAGAACGTCATCAAGTGCTTGATATCGTAAACCGTGGGGAAATA
CACAAACAATAACTTGAAGAAATCAGACTGCTCGAAGGGAAGCTCCCTGCAAGTCAGAAG
CTTGACGAGATACCCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3H413TF C 1
AF RR3H413JQ U 81
BS 1 80 RR3H413TF
BS 81 557 RR3H413JQ

RD RR3H413TF 557 0 0
GCTGAAATGATGATATACATTCAGAAACATCAAAGCTAAAACATTAACAACAAACCCCTC
TCCTCATTTGATCAAAGAGGTTTTTTTTTCCTGAAAAATAACAAAAGACACAACAATCAC
TTACTAAGAAAAACCAATTTACACAAACAACAAAGTCTCTAATTGGTCTTCACACTCACA
AAGACTAAAAAAAACCTAAATGCAGTCCTCCCCCTCCCACGAACTTTAATTAGTAATAGC
AGTAGCAGAATCCTCCACCCCTAGACCATACAAGACACCAGTGAACTTCTCAGTAGACCC
AGGGAAATAACGTTCCTTGAGCTTCCTAAACGAGCCTAACGTGAGCAAGCTATCGGACCC
AGCCTGATGACAAACCCCAACTCTCTCAACCCCCATAAGCTCCGCTAGCCTGTTCAACCC
TCCGAACAGCCCGTTGCAGAACGTCATCAAGTGCTTGATATCGTAAACCGTGGGGAAATA
CACAAACAATAACTTGAAGAAATCAGACTGCTCGAAGGGAAGCTCCCTGCAAGTCAGAAG
CTTGACGAGATACCCG
C

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3H413JQ 477 0 0
TTTTTTTTTCCTGAAAAATAACAAAAGACACAACAATCACTTACTAAGAAAAACCAATTT
ACACAAACAACAAAGTCTCTAATTGGTCTTCACACTCACAAAGACTAAAAAAAACCTAAA
TGCAGTCCTCCCCCTCCCACGAACTTTAATTAGTAATAGCAGTAGCAGAATCCTCCACCC
CTAGACCATACAAGACACCAGTGAACTTCTCAGTAGACCCAGGGAAATAACGTTCCTTGA
GCTTCCTAAACGAGCCTAACGTGAGCAAGCTATCGGACCCAGCCTGATGACAAACCCCAA
CTCTCTCAACCCCCATAAGCTCCGCTAGCCTGTTCAACCCTCCGAACAGCCCGTTGCAGA
ACGTCATCAAGTGCTTGATATCGTAAACCGTGGGGAAATACACAAACAATAACTTGAAGA
AATCAGACTGCTCGAAGGGAAGCTCCCTGCAAGTCAGAAGCTTGACGAGATACCCGC

QA 1 477 1 477
DS 



AS 1 3

CO CL2426Contig1 1401 3 3 U
GTCATCATTAGCCTTTTAGACAACAAAACCATACATATCATAAAGGAAGTACAAATTAAC
TACTAATTTAGTAGTTGTAACTATTATCTGGAGCAGCAAAAATGGAGAGAAAGCCTCTAG
AAGTCGAGTCAACGGATCACCAAAAACCTTCCTCCGCCTTGTACGATGGCTCTGTTCCGG
CGGTTGATTCTGTTGAGGAAGAAGTTAAGGAAACCAAAGTCGTTTATAGAGGCTGGAAAG
TCATGCCCTTTATCATTGGGAATGAGACATTTGAGAAGCTTGGGATCATTGGAACACTAT
CAAACCTTCTGGTTTATTTAACCGCTGTCTTCAACATGAAGAGTATCACAGCTGCAACAA
TCATCAACGCATTCAGTGGCACAATCAACTTCGGAACCTTCCTTGCTGCTTTCCTCTGCG
ACACTTACTTCGGTCGATACAAGACTCTAACCGTCGCTGTCATCGCCTGTTTTCTCGGAT
CACTTGTGATACTATTGACAGCTGCAGTGCCACAACTACATCCAACTCCATGCGGAACAG
CTCTCTCATGTGTCGGGCCTAGCGGTGGCCAGATAGCGTTTCTACTGCTGGGTCTCGGGT
TTCTTGTAGTTGGAGCAGGCGGGATTAGACCGTGTAATCTAGCTTTCGGAGCTGATCAGT
TTAACCCCAAGAGCGAGTCAGGGAAAAGAGGGATCGACAGTTTCTTCAACTGGTACTTCT
TCACCTTCACGTTCGCGCAGATCTTGTCGCTGACACTAATCGTCTATATCCAGTCTAATG
TCAGTTGGACCATCGGTTTAACCATCCCGGTCGTTCTCATGTTCTTGGCCTGCGTGATTT
TCTTTGCTGGAGATAAGCTGTATGTAAAGATCAAAGCCTCGGGTAGTCCATTAGCCAGTA
TAGCTCAAGTTATAGCGGTTGCAATCAAGAAACGTGGGTTAAAGCCAACGAAACAGCCTT
GGCTTAACCTTTACAACTACTACCCACCAAAATACGCAAACTCCAAACTCAAATACACCG
ACCAGTTTAGGTTTCTTGATAAGGCGGCGATCTTGGCTCCCGAAGACAAGTTGGAAGCTG
ATGGAAAGCCTGCGGATCCGTGGAAGCTTTGTACAATGCAACAAGTTGAAGAAGTGAAGT
GCATCGTGAGAGTGCTTCCTATATGGTTTGCCGCATCGATCTATTACTTGACCATCACGC
AACAGATGACCTACCCTGTCTTCCAAGCCCTTCAGAGCGACCGTCGCTTAGGCTCCAGAG
GATTCGTGATCCCGGCAGCCACCTACGTCGTCTTCTTGATGACAGGGATGACGGTTTTCA
TCATATTCTACGACCGTGTCCTCGTGCCTACCTTAAGAAGAATAACCGGCATAGACACGG
GGATAACGCTCTTGCAGAGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC71TF U 1
AF RR3D174TF U 505
AF RR3DU11TF U 771
BS 1 614 RR3DC71TF
BS 615 1251 RR3D174TF
BS 1252 1401 RR3DU11TF

RD RR3DC71TF 614 0 0
GTCATCATTAGCCTTTTAGACAACAAAACCATACATATCATAAAGGAAGTACAAATTAAC
TACTAATTTAGTAGTTGTAACTATTATCTGGAGCAGCAAAAATGGAGAGAAAGCCTCTAG
AAGTCGAGTCAACGGATCACCAAAAACCTTCCTCCGCCTTGTACGATGGCTCTGTTCCGG
CGGTTGATTCTGTTGAGGAAGAAGTTAAGGAAACCAAAGTCGTTTATAGAGGCTGGAAAG
TCATGCCCTTTATCATTGGGAATGAGACATTTGAGAAGCTTGGGATCATTGGAACACTAT
CAAACCTTCTGGTTTATTTAACCGCTGTCTTCAACATGAAGAGTATCACAGCTGCAACAA
TCATCAACGCATTCAGTGGCACAATCAACTTCGGAACCTTCCTTGCTGCTTTCCTCTGCG
ACACTTACTTCGGTCGATACAAGACTCTAACCGTCGCTGTCATCGCCTGTTTTCTCGGAT
CACTTGTGATACTATTGACAGCTGCAGTGCCACAACTACATCCAACTCCATGCGGAACAG
CTCTCTCATGTGTCGGGCCTAGCGGTGGCCAGATAGCGTTTCTACTGCTGGGTCTCGGGT
TTCTTGTAGTTGGA

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3D174TF 753 0 0
G
AGTGCCACAACTACATCCAACTCCATGCGGAACAGCTCTCTCATGTGTCGGGCCTAGCGG
TGGCCAGATAGCGTTTCTACTGCTGGGTCTCGGGTTTTTTGTAGTTGGAGCAGGCGGGAT
TAGACCGTGTAATCTAGCTTTCGGAGCTGATCAGTTTAACCCCAAGAGCGAGTCAGGGAA
AAGAGGGATCGACAGTTTCTTCAACTGGTACTTCTTCACCTTCACGTTCGCGCAGATCTT
GTCGCTGACACTAATCGTCTATATCCAGTCTAATGTCAGTTGGACCATCGGTTTAACCAT
CCCGGTCGTTCTCATGTTCTTGGCCTGCGTGATTTTCTTTGCTGGAGATAAGCTGTATGT
AAAGATCAAAGCCTCGGGTAGTCCATTAGCCAGTATAGCTCAAGTTATAGCGGTTGCAAT
CAAGAAACGTGGGTTAAAGCCAACGAAACAGCCTTGGCTTAACCTTTACAACTACTACCC
ACCAAAATACGCAAACTCCAAACTCAAATACACCGACCAGTTTAGGTTTCTTGATAAGGC
GGCGATCTTGGCTCCCGAAGACAAGTTGGAAGCTGATGGAAAGCCTGCGGATCCGTGGAA
GCTTTGTACAATGCAACAAGTTGAAGAAGTGAAGTGCATCGTGAGAGTGCTTCCTATATG
GTTTGCCGCATCGATCTATTACTTGACCATCACGCAACAGATGACCTACCCTGTCTTCCA
AGCCCTTCAGAGCGACCGTCGCTTAG
CTCCAG

QA 2 747 2 747
DS 

RD RR3DU11TF 631 0 0
G
AGTCTAATGTCAGTTGGACCATCGGTTTAACCATCCCGGTCGTTCTCATGTTCTTGGCCT
GCGTGATTTTCTTTGCTGGAGATAAGCTGTATGTAAAGATCAAAGCCTCGGGTAGTCCAT
TAGCCAGTATATCTCAAGTTATAGCGGTTGCAATCAAGAAACGTGGGTTAAAGCCAACGA
AACAGCCTTGGCTTAACCTTTACAACTACTACCCACCAAAATACGCAAACTCCAAACTCA
AATACACCGACCAGTTTAGGTTTCTTGATAAGGCGGCGATCTTGGCTCCCGAAGACAAGT
TGGAAGCTGATGGAAAGCCTGCGGATCCGTGGAAGCTTTGTACAATGCAACAAGTTGAAG
AAGTGAAGTGCATCGTGAGAGTGCTTCCTATATGGTTTGCCGCATCGATCTATTACTTGA
CCATCACGCAACAGATGACCTACCCTGTCTTCCAAGCCCTTCAGAGCGACCGTCGCTTAG
GCTCCAGAGGATTCGTGATCCCGGCAGCCACCTACGTCGTCTTCTTGATGACAGGGATGA
CGGTTTTCATCATATTCTACGACCGTGTCCTCGTGCCTACCTTAAGAAGAATAACCGGCA
TAGACACGGGGATAACGCTCTTGCAGAGGA

QA 2 631 2 631
DS 



AS 1 3

CO CL2427Contig1 763 3 4 U
CGAAGGGCATAATTTAAAAATTGGATTAGGGCAGTGTAAAATGTTAGACCGGCACTGTTC
GTATCCATTAGAACTTATAAAATGTAAGCCAGAATTAGTGTGGGGGATGATGTTGTTTAA
ACCCATTAATCACTGCATAATATTGTTGCCTTTGATCTTGCTTTAAATTTCCCCAGCCAC
CTTGCAGATTCCTTGATGTATATCCACCGTTTATAATCTCTCGATTCACACCAACACCAT
TGTTATTAACAACACTAAACCCACCAAAGCCACTCGAGTTTACCGCTAATCCGTTCTTGT
TGTTATTGCTATTGTTGAATACACATTGTTGATTATTACTACTATTCCAAGTAACGAGCG
GTTGGTTATGAACTAAGCTTTTGTACAGCTTGAGCTCTTCACTTAGCCTCCTATACTCTC
CGTAAGAGCCAAGGACCGGATCTTTCTGTCTCCATAGAGCTTCCCATGTCAATGATTCAA
ACAGCTTGGTGCGGTCCTCTTCACGTACGGTCCGTACCATTTTCTGTACGTTACTTACAC
CAAACACTTTGTGAACTGCCTGAAACTCCTTGTTCTTCCGAGCGGGGAAATAAGGCGATA
AGATGCATTCGTTGTTGCATTTCTTTCGTTGGTGTTTGCATGAAGCACAAGCTTGATGTG
GCGGTGAGTTACTGGAGATGTTACTGTTGTTAGAGTTCCTTTGCATCATGTCATCTTCTT
TAAGAAGGGTCATACAAACCTCTTGTCTTTCCTTCATTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX12JQ U 6
AF RR3EP68JQ U 1
AF RR3EP68TF C 99
BS 1 456 RR3EP68JQ
BS 457 457 RR3DX12JQ
BS 458 551 RR3EP68JQ
BS 552 763 RR3EP68TF

RD RR3DX12JQ 470 0 0
GGCATAATTTAAAAATTGGATTAGGGCAGTGTAAAATGTTGGACCGGCACTGTTCGTATC
CATTAGAACTTATAAAATGTAAGCCAGAATTAGTGTGGGGGATGATGTTGTTTAAACCCA
TTAATCACTGCATAATATTGTTGCCTTTGATCTTGCTTTAAATTTCCCCAGCCACCTTGC
AGATTCCTTGATGTATATCCACCGTTTATAATCTCTCGATTCACACCAACACCATTGTTA
TTAACAACACTAAACCCACCAAAGCCACTCGAGTTTACCGCTAATCCGTTCTTGTTGTTA
TTGCTATTGTTGAATACACATTGTTGATTATTACTACTATTCCAAGTAACGAGCGGTTGG
TTATGAACTAAGCTTTTGTACAGCTTGAGCTCTTCACTTAGCCTCCTATACTCTCCGTAA
GAACCAAGGACCGGATCTTTCTGTCTCCATAGAGCTTCCCATGTCAATGA

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR3EP68JQ 551 0 0
CGAAGGGCATAATTTAAAAATTGGATTAGGGCAGTGTAAAATGTTAGACCGGCACTGTTC
GTATCCATTAGAACTTATAAAATGTAAGCCAGAATTAGTGTGGGGGATGATGTTGTTTAA
ACCCATTAATCACTGCATAATATTGTTGCCTTTGATCTTGCTTTAAATTTCCCCAGCCAC
CTTGCAGATTCCTTGATGTATATCCACCGTTTATAATCTCTCGATTCACACCAACACCAT
TGTTATTAACAACACTAAACCCACCAAAGCCACTCGAGTTTACCGCTAATCCGTTCTTGT
TGTTATTGCTATTGTTGAATACACATTGTTGATTATTACTACTATTCCAAGTAACGAGCG
GTTGGTTATGAACTAAGCTTTTGTACAGCTTGAGCTCTTCACTTAGCCTCCTATACTCTC
CGTAAGAGCCAAGGACCGGATCTTTCTGTCTCCATAAAGCTTCCCATGTCAATGATTCAA
ACAGCTTGGTGCGGTCCTCTTCACGTACGGTCCGTACCATTTTCTGTACGTTACTTACAC
CAAACACTTTG

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3EP68TF 665 0 0
TGTGGGGGATGATGTTGTTTAAACCCATTAATCACTGCATAATATTGTTGCCTTTGATCT
TGCTTTAAATTTCCCCAGCCAC*TTGCAGATTCCTTGATGTATATCCACCGTTTATAATC
TCTCGATTCACACCAACACCATTGTTATTAACAACACTAAACCCACCAGAGCCACTCGAG
TTTACCGCTAATCCGTTCTTGTTGTTATTGCTATTGTTGAATACACATTGTTGATTATTA
CTACTATTCCAAGTAACGAGCGGTTGGTTATGAACTAAGCTTTTGTACAGCTTGAGCTCT
TCACTTAGCCTCCTATACTCTCCGTAAGAGCCAAGGACCGGATCTTTCTGTCTCCATAGA
GCTTCCCATGTCAATGATTCAGACAGCTTGGTGCGGTCCTCTTCACGTACGGTCCGTACC
ATTTTCTGTACGTTACTTACACCAAACACTTTGTGAACTGCCTGAAACTCCTTGTTCTTC
CGAGCGGGGAAATAAGGCGATAAGATGCATTCGTTGTTGCATTTCTTTCGTTGGTGTTTG
CATGAAGCACAAGCTTGATGTGGCGGTGAGTTACTGGAGATGTTACTGTTGTTAGAGTTC
CTTTGCATCATGTCATCTTCTTTAAGAAGGGTCATACAAACCTCTTGTCTTTCCTTCATT
TGTCC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 4

CO CL2428Contig1 517 4 8 U
CGTTTATATAATAATCACAAGCATGCCATCTAAAAATAAGAATGATCCATTAACCCCATC
TTACAACAAGACAAAAGGGACAAAAGTCACTGGATAAAGCTTTAGAGAAAGAGGGAACAT
CTTTACCAAAAAAGAAGAAACCCGATCAAATCTGGATACTGTACCTATTAGTTATCATGT
GCTCCTCTGTTTTGGACCAACATGAAAAAAAAACTGCAAAAGATAATAGAAAAGCAAAAA
ATAAAACCCTTATATAGTTATGTTTTCTGAAACACTTTTGGTCTTTCGAGTCTTTAGGCT
TAGCATATCCGTTGAAGAAGCTTTCTGTTTAGTTAGTTGAACATCCTAATAAAATTGTTC
GCATATGCCATTGGCTTCACATCCGGGTGAGGCACTGCTGAAAATGTAACAATGTTTGGC
TTCATATCTGGAGCTTCAAAGCGAATGTATGCTCCCTTGTTACCCATCTAGTCACAGTAG
TTTGGCGCAGAGAAGACAGTGATGAGCTTACCGTCAT


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DJ11JQ U 6
AF RR3D179JQ U 1
AF RR3D179TF C 1
AF RR3DK04JQ U 29
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BS 489 517 RR3D179TF

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TCTGTTTTGGACCAACATGAAAAAAAAACTGCAAAA
AA

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DS 

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TTACAACAAGACAAAAGGGACAAAAGTCACTGGATAAAGCTTTAGAGAAAGAGGGAACAT
CTTTACCAAAAAAGAAAAAACCCGATCAAATCTGGATACTGTACCTATTAGTTATCATGT
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ATAAAACCCTTATATAGTTATGTTTTCTGAAACACTTTTGGTCTTTCGAGTCTTTAGGCT
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GCATATGCCATTGGCTTCACATCCGGGTGAGGCACTGCTGAAAATGTAACAATGTTTGGC
TTCATATCTGGAGCTTCAAAGCGAATGTATGCTCCCTTGTTACCCATCTAGTCACAGTAG
TTTGGCGC

QA 1 488 1 488
DS 

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CGTTT
ATATAATAATCACAAGCATGCCATCTAAAAATAAGAATGATCCATTAACCCCATCTTACA
ACAAGACAAAAGGGACAAAAGTCACTGGATAAAGCTTTAGAGAAAGAGGGAACATCTTTA
CCAAAAAAGAAGAAACCCGATCAAATCTGGATACTGTACCTATTAGTTATCATGTGCTCC
TCTGTTTTGGACCAACATGAAAAAAAAACTGCAAAAGATAATAGAAAAGCAAAAAATAAA
ACCCTTATATAGTTATGTTTTCTGAAACACTTTTGGTCTTTCGAGTCTTTAGGCTTAGCA
TATCCGTTGAAGAAGCTTTCTGTTTAGTTAGTTGAACATCCTAATAAAATTGTTCGCATA
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ATCTGGAGCTTCAAAGCGAATGTATGCTCCCTTGTTACCCATCTAGTCACAGTAGTTTGG
CGCAGAGAAGACAGTGATGAGCTTACCGTCAT

QA 6 517 6 517
DS 

RD RR3DK04JQ 466 0 0
G
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CTGGATAAAGCTTTAGAGAAAGAGGGAACATCTTTACCAAAAAAGAAGAAACCCGATCAA
ATCTG**TACTGTACCTATTAGTTATCATGTGCTCCTCTGTTTTGGACCAACATGAAAAA
AAAACTGCAAAAGATAATAGAAAAGCAAAAAATAAAACCCTTATATAGTTATGTTTTCTG
AAACACTTTTGGTCTTTCGAGTCTTTAGGCTTAGCATATCCGTTGAAGAAGCTTTCTGTT
TAGTTAGTTGAACATCCTCATAAAATTGTTCGCATATGCCATTGGCTTCACATCCGGGTG
AGGCACTGCTGAAAATGTAACAATGTTTGGCTTCATATCTGGAGCTTCAAAGCGAATGTA
TGCTCCCTTGTTACCCATCTGGTCACAGTAGTTTGGCGC
AAAAAA

QA 2 460 2 460
DS 



AS 1 4

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CTCTTCTATTGCTTCTTAACCTCTCTTTCTCTTGCTCATGGAGCTTCACTCATTCACATT
TCCCCTACTCAGCCTCCCACAGCTTATGAGAAAACCATTTGGGAAAATTCTACAAAGAAA
TTTATAGTGGCAGAAACGCCATTATATGGACCTACTTACAATAACCCTCAAGTGATTGGA
GACGCTTCAGTGGCTTTAGCTGCTCAAAGAACATTCAGAAAAGATCCTCTCAATGGTTTC
CAGATATATACTGGAGGATGGAATATCAGCAACCACCATTACTGGGCCTCTGTGGGCTAT
ACAGCTGGTCCTCTCTTTGCTGTTGCTGCCGTTTGGTTTCTTGGGTTTGGCATCTGCTTA
TTGGTTATATGCATGTGTCACATATGCCATAGAAGCACATCTATTGGATACTCAAGAGTT
GCTTACTTTCTCTCCCTCATCTTCCTCCTCTTCTTCACTCTTATGGCAATAATTGGATGT
GTTATGCTATACTCGGGTCAGATAAGGTACAATGAAAGCACGACAGAGACATTAGCTTAT
GTGATGAGCCAAGCAGATAGCACGGTTTCACAGCTTAAAGCTATATCAGATTATCTCACA
TCAGCAAGGCAGATTGGAGTTCTTCATGTGACTTTACCTCCAAACGTCCAAACCGAAATC
GATCAGATCGGAGCAAAACTGAGTACTTCAATAGCTACCATCACTGACAAAGCCACTAGT
AGCTCCAATAACATAAGAAATTTCCCCAACTCCGTGAGGGTGGCACTTATAGTAGTTTCA
ATTGTCATGCTTATTTTGACATTTCTTGGTCTCGCTTCTTCAATCTTTGGGATGCAAGTC
ATCGTTTACACCCTTGTGATCCTTGGATGGATTTTGGTGACTGGTACTTTCATCTTGAGC
GGAACGTTCCTTCTGCTGCACAATGCAACTGCAGACACATGTGTGGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F770TF U 353
AF RR3DW45TF U 1
AF RR3H517TF U 228
AF RR3F782TF U 382
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RD RR3F770TF 158 0 0
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TCTGCTTATTGGTTATATGCATGTGTCACATATGCCAT

QA 1 158 1 158
DS 

RD RR3DW45TF 724 0 0
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ACTTCTCTCTTTCTCTCCTCTCTCAAGATTGCATTACACTAGTACTGAATGACTCTTCTT
CTCTTCTATTGCTTCTTAACCTCTCTTTCTCTTGCTCATGGAGCTTCACTCATTCACATT
TCCCCTACTCAGCCTCCCACAGCTTATGAGAAAACCATTTGGGAAAATTCTACAAAGAAA
TTTATAGTGGCAGAAACGCCATTATATGGACCTACTTACAATAACCCTCAAGTGATTGGA
GATGCTTCAGTGGCTTTAGCTGCTCAAATAACATTCAGAAAAGATCCTCTCAATGGTTTC
CAGATATATACTGGAGGATGGAATATCAGCAACCACCATTACTGGGCCTCTGTGGGCTAT
ACAGCTGGTCCTCTCTTTGCTGTTGCTGCTGTTTGGTTTCTTGGGTTTGGCATCTGCTTA
TTGGTTATATGCATGTGTCACATATGCCATAGAAGCACATCTATTGGATACTCAAGAGTT
GCTTACTTTCTCTCCCTCATCTTCCTCCTCTTCTTCACTCTTATGGCAATAATTGGATGT
GTTATGCTATACTCGGGTCAGATAAAGTACAATGAAAGCACGACAGAGACATTAGCTTAT
GTGATGAGCCAAGCAGATAGCACGGTTTCACAGCTTAAAGCTATATCAGATTATCTCACA
TCAG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3H517TF 686 0 0
G
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CAAGTGATTGGAGACGCTTCAGTGGCTTTAGCTGCTCAAAGAACATTCAGAAAAGATCCT
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TCTGTGGGCTATACAGCTGGTCCTCTCTTTGCTGTTGCTGCTGTTTGGTTTCTTGGGTTT
GGCATCTGCTTATTGGTTATATGCATGTGTCACATATGCCATAGAAGCACATCTATTGGA
TACTCAAGAGTTGCTTACATTCTTTCCCTCATCTTCCTCCTCTTCTTCACTCTTATGGCA
ATAATTGGATGTGTAATGCTGTACTCGGGTCAGATAAGGTACAATGAAAGCACGACAGAG
ACATTAGCTTATGTCGTGAGCCAAGCAGATAGCACGGTTTCACAGCTTAAAGCTATATCA
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CAAACTGAAATCGATCAGATCGGAGCAAAACTGAGTACTTCAATAGCTACCATCACTGAC
AAAGCCACTAGTAGCTCCAATAACATAAGAAATTTCCTCAACTCCGTGAGGGTGGCACTT
ATAGTAGTTTCAATTGTCATGCTTA

QA 2 686 2 686
DS 

RD RR3F782TF 687 0 0
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GTTGCTGCCGTTTGGTTTCTTGGGTTTGGCATCTGCTTATTGGTTATATGCATGTGTCAC
ATATGCCATAGAAGCACATCTATTGGATACTCAAGAGTTGCTTACTTTCTCTCCCTCATC
TTCCTCCTCTTCTTCACTCTTATGGCAATAATTGGATGTGTTATGCTATACTCGGGTCAG
ATAAGGTACAATGAAAGCACGACAGAGACATTAGCTTATGTGATGAGCCAAGCAGATAGC
ACGGTTTCACAGCTTAAAGCTATATCAGATTATCTCACATCAGCAAGGCAGATTGGAGTT
CTTCATGTGACTTTACCTGCAAACGTCCAAACCGAAATCGATCAGATCGGAGCAAAACTG
AGTACTTCAATAGCTACCATCACTGACAAAGCCACTAGTAGCTCCAATAACATAAGAAAT
TTCCCCAATTCCGTGAGGGTGGCACTTATAGTAGTTTCAATTGTCATGCTTATTTTGACA
TTTCTTGGTCTCGCTTCTTCAATCTTTGGGATGCAAGTCATCGTTTACACCCTTGTGATC
CTTGGATGGATTTTGGTGACTGGTACTTTCATCTTGAGCGGAACGTTCCTTCTGCTGCAC
AATGCAACTGCAGACACATGTGTGGCA

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 4

CO CL2430Contig1 1154 4 7 U
ATCCGGGAACAAATTACACAAACTGGATTTGGTTTGTAGCTATGGTCCAATATGATATGT
ATATAACATAACATTACAACCAAATTAACAAGGGAAAAAAAAGTTCTGAAGCAACAAAAA
TCCACTTTTCCTTAATACACAATAACGAAGCAGAGGTTTTGCTTTTACGGGCTTCCTCTA
GACATCTCTTTGATCATCATGAGATTTTCAAATGTTCTTCTTCTTCGTCAACCCATTGGT
CCGTACACAGAAGCTGCTGCATTCAGATTCTTTCTCGAACCGGGTCCATCCTGATTCATA
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CTGTAGCCACCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CAACCC

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ATTCTGATCCTTCCAGTTTAATAAGCTTTAGTATACAGTTCCTGAACGACTGAAGAAGCT
TAGCCTCGGCATCGACGGTAGAAGCAGCGTTGTTGTTGTCTATATTTATCGGAGCTGATC
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CATCTCTGTAGCCACCTCC

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DS 



AS 1 2

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CTTCTGTCTGATCGCGTCCGACACACACACACACACTATACATATATGTATATAAAACAT
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GGGATCGTAGTGATTCAAGAATGGTGGGGCGTTGACTTCGAAATCAAGAACCACGCCATC
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CGCTTCACTTCCTGGATGAAACATTACTTGGCTTAATTAAGCATTATGCTTTTTTCTCTC
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GATTTCTCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX15TF U 1
AF RR3BN59JQ C 188
BS 1 374 RR3DX15TF
BS 375 375 RR3BN59JQ
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BS 411 411 RR3BN59JQ
BS 412 538 RR3DX15TF
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BS 546 546 RR3BN59JQ
BS 547 557 RR3DX15TF
BS 558 910 RR3BN59JQ

RD RR3DX15TF 557 0 0
GGGCCGATTCCGCTTTCAAGAAAATCCAAATCCAAAGAGACGACACTGTAAGCTTCTACT
CTTCTGTCTGATCGCGTCCGACACACACACACACACTATACATATATGTATATAAAACAT
TTATTTGGTATGCTGGTTCAGACATTTGATGCGTATGTGGTCGGAAAAGAAGACGCACCA
GGGATCGTAGTGATTCAAGAATGGTGGGGCGTTGACTTCGAAATCAAGAACCACGCCATC
AAAATCTCACAGCTCCTCGACACCGGTTTCAAAGCTCTCATCCCCGATTTGTATCGAGGA
AAGGTTGGTCTCGACACTGCGGAGGCGCAGCATCTGATGGATGGACTTGACTGGCAAGGT
GCTGTTAAAGATATTCGCGCTTCTGTTAACTGGCTTAAAGCTAATGGATCCAAGAAGGTG
GGCGTCACTGGGATGTGTATGGGAGGTGCGTTGGCTATAGCTAGCTCTGTTTTGGTTCCC
GAGGTTGATGCTGTTGTTGGGTTTTACGGTACTCCTTCCTCTGAGCTTGCGGATGTGGGG
CAAGCTAAAGCGCCTGT

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3BN59JQ 723 0 0
TC
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CAGCTCCTCGACACCGGTTTCAAAGCTCTCATCCCCGATTTGTATCGAGGAAAGGTTGGT
CTTGACACTGCGGAGGCGCAGCATCTGATGGATGGACTTGACTGGCAAGGTGCTGTTAAA
GATATCCGTGCTTCTGTTAACTGGCTTAAGGCTAATGGATCAAAGAAGGTTGGTGTGACT
GGGATGTGTATGGGAGGTGCGTTGGCTATAGCTAGCTCTGTTTTGGTTCCGGAGGTTGAT
GCTGTTGTTGGGTTTTACGGTACTCCTTCCTCTGAGCTTGCGGATGTGGCGCAAGCCAAG
GCGCCTGTTCAGGCACATTTTGGAGAGCTTGATAACTTTGTCGGTTTCTCTGATGTCACG
GCAGCTAAGAGTCTCGAAGAGAAGCTGAAATCGTCTGGAGTGGCGCACGAGGTTCATATT
TACGAGGGGAACGGGCACGCGTTCTTGAACAGGAGTCCTGAAGGAGTGAGCAGAAGGAAG
AGCATGGGGCTCTCTGACGAAGATGAAGCTGCGGTGGAGCTTGCTTGGTCTCGCTTCACT
TCCTGGATGAAACATTACTTGGCTTAATTAAGCATTATGCTTTTTTCTCTCAGATTGTGT
TCTTTGTACGTCCTGAAACGTTTTGTGATGCCCCGATCGATCTCAAATAAGGATTTCTCC
T

QA 3 723 3 723
DS 



AS 1 4

CO CL2432Contig1 816 4 6 U
AGACATTTACGTCTTTGTTTCTTTCTGTGTTTAACACTACCTCGAGGGGAGAGACAGACT
TGATAACAACCAACCAAAAAATGAAAACTGTGGGTTTAGATTGAATGGATTATTTCTCTT
ACTAAAATTTTCAAAACATTGTTTGGACGTCATGAAGAAGAGAACTCTAGCCATTGAACA
TAAACACAAATAACAAACAATTGACTGCAACTTTGGGCTTTGGACATTTCACCAAACAAG
GCAAGTCAGTAGGATCTCGGTCTTCTCTACAGATACTTTCTTGCAAGTGCACGCACCTTG
GTGTCAAAATGTGACGATGAAATCCGAAAACCGGGCAGATACAATGGATTCAGAAGAATC
TTAATATAAAAATCATGAACCTCCTGGAAGAAGCTCTTGATGCCGTCTTCATTGCGTGAA
TCATGAAGGAGCATGAGTCGTGTATGGCCAGCGGTAACATAGACAGACACAACCAGATCG
TTAAACCTGTCAACTGACTTCAAGAACATGGCACTTGTAGTCCAAGCAAGGTCTTGGACA
ACATCTAATGCAGCGTGTAGTATAAACTGGTGCAACTGAGCAGCATCTTCTCTTTTGGCA
GCAGAACCAACTTCAGCTTCATAGATGGGAATATCATTCCGACCCACTATTATAAAGCAC
GCTGTGTTAGCCATTCCGTCTACAAAATAGACCAAGATCTTGTGTCTCCTCGTCTAGAAA
TGAATGCAAGTGAGCGATGCGAAAAGCTGCAGTAAATTCAACCAGGCAGGATCGCACAGT
CCTCAAACGCGATGAATCACAACTCCAATTCTTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3CG82JQ U 92
AF RR3CN55JQ U 1
AF RR3CG82TF C 92
AF RR3CN55TF C 146
BS 1 141 RR3CN55JQ
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BS 143 327 RR3CN55JQ
BS 328 328 RR3CG82JQ
BS 329 758 RR3CN55JQ
BS 759 816 RR3CG82TF

RD RR3CG82JQ 466 0 0
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ATGAAAAAAAAAACTCTAGCCATTGAACATAAACACAAATAACAAACAATTGACTGCAAC
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GATACTTTCTTGCAAGTGCACGCCCCTTGGTGTCAAAATGTGACGATGAAATCCGAAAAC
CGGGCAAATACAATGGATTCAAAAAAATCTTAATATAAAGCTCATGAACCTCCTGGAAAA
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CGGTAACATAAACAGACACAACCAGATCGTTAAACCTGTCAACTGACTTCAAAAACATGG
CACTTGTAGTCCAAGCAAGGTCTTGGACAACATCTAATGCAGCGTG

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR3CN55JQ 758 0 0
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TGATAACAACCAACCAAAAAATGAAAACTGTGGGTTTAGATTGAATGGATTATTTCTCTT
ACTAAAATTTTCAAAACATTGCTTGGACGTCATGAAGAAGAGAACTCTAGCCATTGAACA
TAAACACAAATAACAAACAATTGACTGCAACTTTGGGCTTTGGACATTTCACCAAACAAG
GCAAGTCAGTAGGATCTCGGTCTTCTCTACAGATACTTTCTTGCAAGTGCACGCACCTTG
GTGTCAAAATGTGACGATGAAATCCGAGAACCGGGCAGATACAATGGATTCAGAAGAATC
TTAATATAAAAATCATGAACCTCCTGGAAGAAGCTCTTGATGCCGTCTTCATTGCGTGAA
TCATGAAGGAGCATGAGTCGTGTATGGCCAGCGGTAACATAGACAGACACAACCAGATCG
TTAAACCTGTCAACTGACTTCAAGAACATGGCACTTGTAGTCCAAGCAAGGTCTTGGACA
ACATCTAATGCAGCGTGTAGTATAAACTGGTGCAACTGAGCAGCATCTTCTCTTTTGGCA
GCAGAACCAACTTCAGCTTCATAGATGGGAATATCATTCCGACCCACTATTATAAAGCAC
GCTGTGTTAGCCATTCCGTCTACAAAATAGACCAAGATCTTGTGTCTCCTCGTCTAGAAA
TGAATGCAAGTGAGCGATGCGAAAAGCTGCAGTAAATT

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3CG82TF 725 0 0
GGGTTTAGATTGAATGGATTATTTCTCTTACTAAAATTT*CAAAACATTGTTTGGACGTC
ATGAAGAAGAGAACTCTAGCCATTGAACATAAACACAAATAACAAACAATTGACTGCAAC
TTTGGGCTTTGGACATTTCACCAAACAAGGCAAGTCAGTAGGATCTCGGTCTTCTCTACA
GATACTTTCTTGCAAGTGCACGCACCTTGGTGTCAAAATGTGACGATGAAATCCGAAAAC
CGGGCAGATACAATGGATTCAGAAGAATCTTAATATAAAGCTCATGAACCTCCTGGAAGA
AGCTCTTGATGCCGTCTTCATTGCGTGAATCATGAAGGAGCATGAGTCGTGTATGGCCAG
CGGTAACATAGACAGACACAACCAGATCGTTAAACCTGTCAACTGACTTCAAGAACATGG
CACTTGTAGTCCAAGCAAGGTCTTGGACAACATCTAATGCAGCGTGTAGTATAAACTGGT
GCAACTGAGCAGCATCTTCTCTTTTGGCAGCAGAACCAACTTCAGCTTCATAGATGGGAA
TATCATTCCGACCCACTATTATAAAGCACGCTGTGTTAGCCATTCCGTCTGCAAAATAGA
CCAAGATCTTGTGTCTCCTCGTCTAGAAATGAATGCAAGTGAGCGATGCGAAAAGCTACA
GTAAATTCAACCAGGCAGGATCGCACAGTCCTCAAACGCGATGAATCACAACTCCAATTC
TTCGC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3CN55TF 671 0 0
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TGCAACTTTGGGCTTTGGACATTTCACCAAACAAGGCAAGTCAGTAGGATCTCGGTCTTC
TCTACAGATACTTTCTTGCAAGTGCACGCACCTTGGTGTCAAAATGTGACGATGAAATCC
GAGAACCGGGCAGATACAATGGATTCAGAAGAATCTTAATATAAAAATCATGAACCTCCT
GGAAGAAGCTCTTGATGCCGTCTTCATTGCGTGAATCATGAAGGAGCATGAGTCGTGTAT
GGCCAGCGGTAACATAGACAGACACAACCAGATCGTTAAACCTGTCAACTGACTTCAAGA
ACATGGCACTTGTAGTCCAAGCAAGGTCTTGGACAACATCTAATGCAGCGTGTAGTATAA
ACTGGTGCAACTGAGCAGCATCTTCTCTTTTGGCAGCAGAACCAACTTCAGCTTCATAGA
TGGGAATATCATTCCGACCCACTATTATAAAGCACGCTGTGTTAGCCATTCCGTCTACAA
AATAGACCAAGATCTTGTGTCTCCTCGTCTAGAAATGAATGCAAGTGAGCGATGCGAAAA
GCTGCAGTAAATTCAACCAGGCAGGATCGCACAGTCCTCAAACGCGATGAATCACAACTC
CAATTCTTC
CC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL2433Contig1 474 2 2 U
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ATGCCATGCAAGAAGCTCTGTTCTGAAGAATAATATGATCTCACAAAAAAAAAACAGCCT
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GTTGGATCCTATCTTTAATTAAAAAAAAACCTATAAGGAATTTTAGTTCGTGGGAAGAAG
AAAAACAAAGACTCTTTTGATGGGTGTTGTGTCAGTGTCACTAACTAAAACATTAAGAGG
TTGATGTAAATTAGGGGATATTTCCAGTGCTGGATGTTTTCTCTGTTATGAATC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GR90JQ C 1
AF RR3GR90TF U 1
BS 1 1 RR3GR90JQ
BS 2 474 RR3GR90TF

RD RR3GR90JQ 474 0 0
GTGAGCAGCCACAAGCCGTGGTGGAAGAAGTGCAGCCAGAGGAGGCAGCACCACAGACTG
ATGAAGCTGAAGAACCACAAGGAGAGGCAGAGGGAGAGGGACATGAACAAGAAAGAGAAG
GAGAAGGAGGAGAAGAAGAACAAGCCCCGACAGGCCAGACCCAGGTTCAGACAGATGCAG
ATGCCATGCAAGAAGCTCTGTTTTGAAGAATAATATGATCTCACAAAAAAAAAACAGCCT
AGACATTTAAGTCTTGGTGTTTGTGGTGGTTAGGAGGAGTGTTCTTTTTAGTATTTAGGT
GTTGGATCCTATCTTTAATTAAAAAAAAACCTATAAGGAATTTTAGTTCGTGGGAAGAAG
AAAAACAAAGACTCTTTTGATGGGTGTTGTGTCAGTGTCACTAACTAAAACATTAAGAGG
TTGATGTAAATTAGGGGATATTTCCAGTGCTGGATGTTTTCTCTGTTATGAATC

QA 1 474 1 474
DS 

RD RR3GR90TF 474 0 0
G
TGAGCAGCCACAAGCCGTGGTGGAAGAAGTGCAGCCAGAGGAGGCAGCACCACAGACTGA
TGAAGCTGAAGAACCACAAGGAGAGGCAGAGGGAGAGGGACATGAACAAGAAAGAGAAGG
AGAAGGAGGAGAAGAAGAACAAGCCCCGACAGGCCAGACCCAGGTTCAGACAGATGCAGA
TGCCATGCAAGAAGCTCTGTTCTGAAGAATAATATGATCTCACAAAAAAAAAACAGCCTA
GACATTTAAGTCTTGGTGTTTGTGGTGGTTAGGAGGAGTGTTCTTTTTAGTATTTAGGTG
TTGGATCCTATCTTTAATTAAAAAAAAACCTATAAGGAATTTTAGTTCGTGGGAAGAAGA
AAAACAAAGACTCTTTTGATGGGTGTTGTGTCAGTGTCACTAACTAAAACATTAAGAGGT
TGATGTAAATTAGGGGATATTTCCAGTGCTGGATGTTTTCTCTGTTATGAATC

QA 2 474 2 474
DS 



AS 1 4

CO CL2434Contig1 1061 4 7 U
AGAAATCAATTACTAATGTTAAATTCTAATAAGAATCTCTTGATGGAAAACATATTTAAA
AGGTCCAAAAGCACAGATTTATTTTTAATATGTTTCTGCAATAGCAACTATAGCTAAAAC
TGATGATGGTTATCATTTTTCAATGGTAGCCAATCTAAATTCAAGAAAGAAGCAAAAAGA
AAAACGCACCCGACCAAACATCAAAAGGACACAAGCTTGTCGGCGAAAAGGACCAAGCAA
CCATTGTACTTGAAAATATCTCAGATCTATGAAATCTGACCGCAGTCGGCGATCACCACG
GGCCAGGAAAGCTTGTCCCTAACAGATATCTTTGAAATGGTCCTGACCACATCCAATCCT
TCAACAACTTGGCAGAACACGACGTGTTCATCGTCGAGTTCCGGGCACTCCGTCAAGCAG
ATCATAAAGTTAGATTCGTTGGTGTCAGGACCACGGTTGTTCATGGAGATCATACCCGGA
CATGTGTGCTTTTTGATGAAGTTCTCATCCTCGAAAAACCCACTGTCGTAGATTGATTCG
CCTCCGCATCCTTTCCCTTCGTTAGTGAAATCTCCTCCTTCAATCATATAATCGGCGCAC
CTATGGTAGATGACTGATCCTTTGTAATGGAGGGGCTTACCCTTCTTCCCCATGCCTTTC
TCGCCTGTACAGAGGGCGCGGAAATTCTCTGCCGTCCGTGGGGTCGTGTCGGCAAAGAGC
TCCATCACGATCCGACCAATAGGTTTACCGCAAGCCGTCATATCAAAGAAAACCTTAGGG
TTAGATGGATCAGAGCATTCTCGGGGCTTTTGAGAGGAGGGATTCGTACATATAGAGAGA
GGATCTAGTTTACCAGCTGGAGGTTGAATTCGGCCAAAGGCAGCCCCTACCTCGGCTCCC
CCTGGAGCAGAGTTTGGGTTAATGTTAATGGTAAATCCTTCACCCGCCGGAATGTTTATG
TTGATGGTAAATCCACCAGCCATTCTCTGAGATGGATCTAAGAAATTATAGGTTTCCTGG
GAGGAGCTATCGAGAGAGAGAGAACATATAGTTCCAATGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AR33JQ U 94
AF RR3ES20JQ U 1
AF RR3ES20TF C 173
AF RR3AR33TF C 358
BS 1 263 RR3ES20JQ
BS 264 264 RR3AR33JQ
BS 265 419 RR3ES20JQ
BS 420 420 RR3AR33JQ
BS 421 737 RR3ES20JQ
BS 738 1018 RR3ES20TF
BS 1019 1061 RR3AR33TF

RD RR3AR33JQ 622 0 0
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TCTAAATTCAAGAAAGAAGCAAAAAGAAAAACGCACCCGACCAAACATCAAAAGGACACA
AGCTTGTCGGCGAAAAGGACCAAGCAACCATTGTACTTGAAAATATCTCAGATCTATGAA
ATCTGACCGCAGTCGGCGATCACCACGGG**AGGAAAGCTTGTCCCTAACAGATATCTTT
GAAATGGTCCTGACCACATCCAATCCTTCAACAACTTGGCCGAACACGACGTGTTCATCG
TCGAGTTCCGGGCACTCCGTCAAGCAGATCATAAAGTTAGATTCGTTGGTGTCAGGACCA
CGGTTGTTCATGGAGATCATACCCGGACATGTGTGCTTTTTGATGAAGTTCTCATCCTCG
AAAAACCCACTGTCGTAAATTGATTCCCCTCCGCATCCTTTCCCTTCGTTAGTGAAATCT
CCTCCTTCAATCATATAATCGGCGCACCTATGGTAGATGACTGATCCTTTGTAATGGAGG
GGCTTACCCTTCTTCCCCATGCCTTTCTCGCCTGTACAGAGGGCGCGGAAATTCTCTGCC
GTCCGTGGGGTCGTGTCGGCAA

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3ES20JQ 737 0 0
AGAAATCAATTACTAATGTTAAATTCTAATAAGAATCTCTTGATGGAAAACATATTTAAA
AGGTCCAAAAGCACAGATTTATTTTTAATATGTTTCTGCAATAGCAACTATAGCTAAAAC
TGATGATGGTTATCATTTTTCAATGGTAGCCAATCTAAATTCAAGAAAGAAGCAAAAAGA
AAAACGCACCCGACCAAACATCAAAAGGACACAAGCTTGTCGGCGAAAAGGACCAAGCAA
CCATTGTACTTGAAAATATCTCAAATCTATGAAATCTGACCGCAGTCGGCGATCACCACG
GGCCAGGAAAGCTTGTCCCTAACAGATATCTTTGAAATGGTCCTGACCACATCCAATCCT
TCAACAACTTGGCAGAACACGACGTGTTCATCGTCGAGTTCCGGGCACTCCGTCAAGCAA
ATCATAAAGTTAGATTCGTTGGTGTCAGGACCACGGTTGTTCATGGAGATCATACCCGGA
CATGTGTGCTTTTTGATGAAGTTCTCATCCTCGAAAAACCCACTGTCGTAGATTGATTCG
CCTCCGCATCCTTTCCCTTCGTTAGTGAAATCTCCTCCTTCAATCATATAATCGGCGCAC
CTATGGTAGATGACTGATCCTTTGTAATGGAGGGGCTTACCCTTCTTCCCCATGCCTTTC
TCGCCTGTACAGAGGGCGCGGAAATTCTCTGCCGTCCGTGGGGTCGTGTCGGCAAAGAGC
TCCATCACGATCCGACC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3ES20TF 848 0 0
GC
AAAAGAAAAACGCACC*GACCAA*CATCAAAAGGACACAAGCT*GTCGGCGAAA*GGACC
AAGCAACCAT*GTACT*GAAAATATCTCAGATCTATGAAATCTGACCGCAGTCGGCGATC
ACCACGGGCCAGGAAAGCTTGTCCCTAACAGATATCTTTGAAATGGTCCTGACCACATCC
AATCCTTCAACAACTTGGCAGAACACGACGTGTTCATCGTCGAGTTCCGGGCACTCCGTC
AAGCAGATCATAAAGTTAGATTCGTTGGTGTCAGGACCACGGTTGTTCATGGAGATCATA
CCCGGACATGTGTGCTTTTTGATGAAGTTCTCATCCTCGAAAAACCCACTGTCGTAGATT
GATTCGCCTCCGCATCCTTTCCCTTCGTTAGTGAAATCTCCTCCTTCAATCATATAATCG
GCGCACCTATGGTAGATGACTGATCCTTTGTAATGGAGGGGCTTACCCTTCTTCCCCATG
CCTTTCTCGCCTGTACAGAGGGCGCGGAAATTCTCTGCCGTCCGTGGGGTCGTGTCGGCA
AAGAGCTCCATCACGATCCGACCAATAGGTTTACCGCAAGCCGTCATATCAAAGAAAACC
TTAGGGTTAGATGGATCAGAGCATTCTCGGGGCTTTTGAGAGGAGGGATTCGTACATATA
GAGAGAGGATCTAGTTTACCAGCTGGAGGTTGAATTCGGCCAAAGGCAGCCCCTACCTCG
GCTCCCCCTGGAGCAGAGTTTGGGTTAATGTTAATGGTAAATCCTTCACCCGCCGGAATG
TTTATGTTGATGGTAAATCCACCAGCCATTCTCTGAGATGGATCTAAGAAATTATAGGTT
TCCT
CC

QA 3 846 3 846
DS 

RD RR3AR33TF 704 0 0
CG
TTCAACAACTTGGCCGAACACGACGTGTTCATCGTCGAGTTCCGGGCACTCCGTCAAGCA
GATCATAAAGTTAGATTCGTTGGTGTCAGGACCACGGTTGTTCATGGAGATCATACCCGG
ACATGTGTGCTTTTTGATGAAGTTCTCATCCTCGAAAAACCCACTGTCGTAGATTGATTC
GCCTCCGCATCCTTTCCCTTCGTTAGTGAAATCTCCTCCTTCAATCATATAATCGGCGCA
CCTATGGTAGATGACTGATCCTTTGTAATGGAGGGGCTTACCCTTCTTCCCCATGCCTTT
CTCGCCTGTACAGAGGGCGCGGAAATTCTCTGCCGTCCGTGGGGTCGTGTCGGCAAAGAG
CTCCATCACGATCCGACCAATAGGTTTACCGCAAGCCGTCATATCAAAGAAAACCTTAGG
GTTAGATGGATCAGAGCATTCTCGGGGCTTTTGAGAGGAGGGATTCGTACATATAGAGAG
AGGATCTAGTTTACCAGCTGGAGGTTGAATTCGGCCAAAGGCAGCCCCTACCTCGGCTCC
CCCTGGAGCAGAGTTTGGGTTAATGTTAATGGTAAATCCTTCACCCGCCGGAATGTTTAT
GTTGATGGTAAATCCACCAGCCATTCTCTGAGATGGATCTAAGAAATTATAGGTTTCCTG
GGAGGAGCTATCGAGAGAGAGAGAACATATAGTTCCAATGAA

QA 3 704 3 704
DS 



AS 1 4

CO CL2435Contig1 695 4 12 U
GGCTCCCTCTCTAAGCTGAATCTTGATTCTTGAATCTGCTTCTGCAGTTGATTCTCTTCC
TTTATTCCAAAGTCTCGTTATTTTTT*CAAGAGATTAGTATAAGCAAATGGCTTCATACT
ACGCTGGGTTTTCAAGTTATGAAGAGCCACACTTTTTGGAATCTTGCTCTCTTTGCCGTA
AACACCTTCCTCGTAACTCAGACATCTTCATGTACAGAGGAGACAAGGCGTTTTGTAGCA
ATGAGTGTAGAGAAGAACAGATCGAGTCTGATGAAGCCAAGGAGAAAAGCTGGAAACTTT
CTTCAAGATCTCTCCGTAAAAAATCTTCCGAAGCATCAAAAGATTGCAAAACCGTTCGGA
CAGGAACCCTCGTGGTGGCTTAGTTAAAAAAGAAAAAAGAAAAGAACTTTTATTACATAA
AAGCAAATAGCTTTTTCTATATATATCCTTCGAAAGCCCTTCTTAAGAAACAACCTGAGT
AGATTTGCTCTGTGTCTCTCTATGTATCTGGATCGGAGATGATTAGGGTTCTGGGAAAGC
TGTAAAGATCTGGTTCTGCCTAAATGAACCAAGAGCTTGGGGAGTGGGAGAAGTGTGGTC
TAGGGTTTAATTGGCGGGGTTTAAATTTTGTTCCATGTTACAACAAGAAACAGAGCATAC
TATGTTCTAATAAATTCAATTTCTTTTTTTTATCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA80TF U 1
AF RR3E664TF U 1
AF RR3FP59TF U 11
AF RR3EA80JQ C 28
BS 1 86 RR3E664TF
BS 87 87 RR3EA80TF
BS 88 403 RR3E664TF
BS 404 404 RR3FP59TF
BS 405 585 RR3E664TF
BS 586 586 RR3FP59TF
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BS 633 633 RR3FP59TF
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BS 650 650 RR3FP59TF
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TTTATTCCAAAGTCTCGTTATTTTTT*CAAGAGATTAGTATAAGCAAATGGCTTCATACT
ACGCTGGGTTTTCAAGTTATGAAGAGCCACACTTTTTGGAATCTTGCTCTCTTTGCCGTA
AACACCTTCCTCGTAACTCAGACATCTTCATGTACAGAGGAGACAAGGCGTTTTGTAGCA
ATGAGTGTAGAGAAGAACAGATCGAGTCTGATGAAGCCAAGGAGAAAAGCTGGAAACTTT
CTTCAAGATCTCTCCGTAAAAA*TCTTCCGAAGCATCAAAAGAT*GCAAAACCGT*CGGA
CAGGAACCCTCGTGGTGG
TTATTA

QA 1 378 1 378
DS 

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TTTATTCCAAAGTCTCGTTATTTTTTTCAAGAGATTAGTATAAGCAAATGGCTTCATACT
ACGCTGGGTTTTCAAGTTATGAAGAGCCACACTTTTTGGAATCTTGCTCTCTTTGCCGTA
AACACCTTCCTCGTAACTCAGACATCTTCATGTACAGAGGAGACAAGGCGTTTTGTAGCA
ATGAGTGTAGAGAAGAACAGATCGAGTCTGATGAAGCCAAGGAGAAAAGCTGGAAACTTT
CTTCAAGATCTCTCCGTAAAAAATCTTCCGAAGCATCAAAAGATTGCAAAACCGTTCGGA
CAGGAACCCTCGTGGTGGCTTAGTTAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAACTTTTATTACATAA
AAGCAAATAGCTTTTTCTATATATATCCTTCGAAAGCCCTTCTTAAGAAACAACCTGAGT
AGATTTGCTCTGTGTCTCTCTATGTATCTGGATCGGAGATGATTAGGGTTCTGGGAAAGC
TGTAAAGATCTGGTTCTGCCTAAATGAACCAAGAGCTTGGGGAGTAGGAGAAGTGTGGTC
TAGGGTTTAATTGGCGGGGTTTAAATTTTGTTTCATGTTACAACAAGAA*CAGAGCATAC
TATGTTCTAATAAATTCAATTTCT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3FP59TF 654 0 0
GGAAG
CTGAATCTTGATTCTTGAATCTGCTTCTGCAGTTGATTCTCTTCCTTTATTCCAAAGTCT
CGTTATTTTTT*CAAGAGATTAGTATAAGCAAATGGCTTCATACTACGCTGGGTTTTCAA
GTTATGAAGAGCCACACTTTTTGGAATCTTGCTCTCTTTGCCGTAAACACCTTCCTCGTA
ACTCAGACATCTTCATGTACAGAGGAGACAAGGCGTTTTGTAGCAATGAGTGTAGAGAAG
AACAGATCGAGTCTGATGAAGCCAAGGAGAAAAGCTGGAAACTTTCTTCAAGATCTCTCC
GTAAAAAATCTTCCGAAGCATCAAAAGATTGCAAAACCGTTCGGACAGGAACCCTCGTGG
TGGCTTAGTTAAAAAAGAAAAAAGAAAAGAACTTTTATTACATAAAAGCAAATAGCTTTT
TCTATATATATCCTTCGAAAGCCCTTCTTAAGAAACAACCTGAGTAGATTTGCTCTGTGT
CTCTCTATGTATCTGGATCGGAGATGATTAGGGTTCTGGGAAAGCTGTAAAGATCTGGTT
CTGCCTAAATGAACCAAGAGCTTGGGGAGTGGGAGAAGTGTGGTCTAGGGTTTAATTGGC
GGGGTTTAAATTTTGTTCCATGTTACAACAAGAAACAGAGCATACTATG

QA 6 654 6 654
DS 

RD RR3EA80JQ 668 0 0
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CAAGAGATTAGTATAAGCAAATGGCTTCATACTACGCTGGGTTTTCAAGTTATGAAGAGC
CACACTTTTTGGAATCTTGCTCTCTTTGCCGTAAACACCTTCCTCGTAACTCAGACATCT
TCATGTACAGAGGAGACAAGGCGTTTTGTAGCAATGAGTGTAGAGAAGAACAGATCGAGT
CTGATGAAGCCAAGGAGAAAAGCTGGAAACTTTCTTCAAGATCTCTCCGTAAAAAATCTT
CCGAAGCATCAAAAGATTGCAAAACCGTTCGGACAGGAACCCTCGTGGTGGCTTAGTTAA
AAAAGAAAACAGAAAAGAACTTTTATTACATAAAAGCAAATAGCTTTTTCTATATATATC
CTTCGAAAGCCCTTCTTAAGAAACAACCTGAGTAGATTTGCTCTGTGTCTCTCTATGTAT
CTGGATCGGAGATGATTAGGGTTCTGGTAAAGCTGTAAAGATCTGGTTCTGCCTAAATGA
ACCAAGAGCTTGGGGAGTGGGAGAAGTGTGGTCTAGGGTTTAATTGGCGGGGTTTAAATT
TTGTTCCATGTTACAACAAGAAACAGAGCATACTATGTTCTAATAAATTCAATTTCTTTT
TTTTATCT

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 4

CO CL2436Contig1 475 4 6 U
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CTAATGTGCTGGTGGACAAGATCAAGGTTGCTGCTACCTCAGCTGGAGCTTCTGCGCAAA
CCGCGGGGCAGAAGATAACAGAGGCTGCAGGAGGCGCTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAGA
CCGGCATGAAGAAGTAGCCCATTCGAGCATAAAACTGGGAGTTATAGTATCCCTTTTAAA
AAAATTAATCGTTGTGGTTTTAAATAAAAATTGGGTGTTCTAATTGATTCTCATCTTCAT
CGTAGTTCTTGTTGTTGTTGTTAGTGTTTGAATTAATGCTTTCTCCCTTTTAGGTGTAAG
TTTGGCTGTTTATGTATTTAGTTTCCCGTTAATGAACATCTGATTTAAGCTCCAC


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E851TF U 1
AF RR3DL72JQ C 1
AF RR3DO36TF U 1
AF RR3DL72TF U 1
BS 1 20 RR3DO36TF
BS 21 21 RR3DL72TF
BS 22 235 RR3DO36TF
BS 236 236 RR3DL72TF
BS 237 430 RR3DO36TF
BS 431 475 RR3DL72TF

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TGGCAGACAACAAGCAGAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGGAGAAGA
CTAATGTGCTGGTGGACAAGATCAAGGTTGCTGCTACCTCAGCTGGAGCTTCT

QA 1 173 1 173
DS 

RD RR3DL72JQ 475 0 0
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TGGCAGACAACAAGCAGAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGGAGAAGA
CTAATGTGCTGGTGGACAAGATCAAGGTTGCTGCTACCTCAGCTGGAGCTTCTGCGCAAA
CCGCGGGGCAGAAGATAACAGAGGCTGCAGGAGGCGCTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAGA
CCGGCATGAAGAAGTAGCCCATTCGAGCATAAAACTGGGAGTTATAGTATCCCTTTTAAA
AAAATTAATCGTTGTGGTTTTAAATAAAAATTGGGTGTTCTAATTGATTCTCATCTTCAT
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QA 1 475 1 475
DS 

RD RR3DO36TF 430 0 0
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CTAATGTGCTGGTGGACAAGATCAAGGTTGCTGCTACCTCAGCTGGAGCTTCTGCGCAAA
CCGCGGGGCAGAAGATAACAGAGGCTGCAGGAGGCGCTGTTAATCTTGTGAAGGACAAGA
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CGTAGTTCTTGTTGTTGTTGTTAGTGTTTGAATTAATGCTTTCTCCCTTTTAGGTGTAAG
TTTGGCTGTT

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR3DL72TF 475 0 0
GGATCAATCAAAAACAAAAA*CATTCAATAATAAATAAATATATCGTTTTTAAAAAAAAA
TGGCAGACAACAAGCAGAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGGAGAAGA
CTAATGTGCTGGTGGACAAGATCAAGGTTGCTGCTACCTCAGCTGGAGCTTCTGCGCAAA
CCGCGGGGCAGAAGATAACAGAGGCTGCAGGAGGCGCTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAGA
CCGGCATGAAGAAGTAGCCCATTCGAGCATAAAACTGGGAGTTATAGTATCCCTTTTAAA
AAAATTAATCGTTGTGGTTTTAAATAAAAATTGGGTGTTCTAATTGATTCTCATCTTCAT
CGTAGTTCTTGTTGTTGTTGTTAGTGTTTGAATTAATGCTTTCTCCCTTTTAGGTGTAAG
TTTGGCTGTTTATGTATTTAGTTTCCCGTTAATGAACATCTGATTTAAGCTCCAC

QA 1 475 1 475
DS 



AS 1 4

CO CL2437Contig1 1168 4 4 U
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AAGAGGATCTTCTTTTTAAAAGAAACACACGAAAGTACAAAGGATTTCGAACAATACAAA
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AACACCCGATCAGCTCGAGTTTTACAACTCTCAAGGGTATTTGGTAATCGAATCATTCGC
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TTGCTCTGTCTCTTCTATTTTCTCCACTAAAAACCAGAAGAACACGACCGATAATTACTT
CTTTGAGAGCGCTGAAAAAATCTCCTTCTTTTTTGAAGAAAAAGCTTTTGGCGACAATGG
GGAACTGAAGCAACCGAAAGAGCTTTCTATAAACAAAGTTGGCCACGCACTTCACGAGCT
TGACCCTTTGTACAAGGAGTTCACGTATTCGTCCAAGGTTTCAAGCTTGGTATCTTCCTT
AGGTTACAGAAGACCAGTCGTCATGCAGGCCATGTACATTTTCAAGCAACCTGGAATTGG
AGGAGAAGTTTTGCCACACCAAGATAATTCTTTTGTCTACACGGATCCACCTAGTTGCAC
TGGTCTCTGGATGGCTTTAGAAGATTCCACAACGGTTAACGGTTGTCTTTGGGCCATACC
TGGATCTCACAAGAACGGTCTGGTTAGAAGGTTTATCCGTGGTGAAAATGGTGTAACGTT
TGATAGGCCATCACCGTCTTACGACCAGAAAGATTTTGTGTCTATTGAAATGAAAGCAGG
CTCATTGATCGCCATTCATGGTGATCTAATCCATCAAAGTTTCGAGAATCTATCTGCCAA
GTCAAGACATGCATATAGCTTACATGTGGTAGAATCTGATGGATGCAAATGGGCACCAGA
CAACTGGATTCAAAGAGAAAAAATGCCTGAGCCTCTCTATGCCCCTTGATACAAGCCAAT
CTGCGTTTATGAAATTTCTTCCACCCAGGACCATTTGTTGTTAGTACTCTGAGCATGGCT
AAAAAAGGCCCTTCTTTTGTCGTTTACTTGTCGAAATACAATTTGTTTCTGCTTGGTCTT
TTTAGATAATGGTCAATAAAGTATGACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BU45TF U 1
AF RR3B350TF U 81
AF RR3B350JQ C 663
AF RR3BU45JQ C 392
BS 1 181 RR3BU45TF
BS 182 182 RR3B350TF
BS 183 737 RR3BU45TF
BS 738 1168 RR3BU45JQ

RD RR3BU45TF 745 0 0
GGGTGTTCTGTTCTGTTCGTATGTACTTTCGTGGTTGGGGGTAATTAAAGTCAAAAGAGA
AAGAGGATCTTCTTTTTAAAAGAAACACACGAAAGTACAAAGGATTTCGAACAATACAAA
ATCCCCGGAGAAATCTGTACCGGAACCACCACTGGGAATCATGGGAATCACGGGAAGTCT
AGCACCCGATCAGCTCGAGTTTTACAACTCTCAAGGGTATTTGGTAATCGAATCATTCGC
GAGTGAGGATGAGATTGTCGGCTTGAGGAAGAGGATGGATGAGTTGTTGACTCAATTTGA
TTGCTCTGTCTCTTCTATTTTCTCCACTAAAAACCAGAAGAACACGACCGATAATTACTT
CTTTGAGAGCGCTGAAAAAATCTCCTTCTTTTTTGAAGAAAAAGCTTTTGGCGACAATGG
GGAACTGAAGCAACCGAAAGAGCTTTCTATAAACAAAGTTGGCCACGCACTTCACGAGCT
TGACCCTTTGTACAAGGAGTTCACGTATTCGTCCAAGGTTTCAAGCTTGGTATCTTCCTT
AGGTTACAGAAGACCAGTCGTCATGCAGGCCATGTACATTTTCAAGCAACCTGGAATTGG
AGGAGAAGTTTTGCCACACCAAGATAATTCTTTTGTCTACACGGATCCACCTAGTTGCAC
TGGTCTCTGGATGGCTTTAGAAGATTCCACAACGGTTAACGGTTGTCTTTGGGCCATACC
TGGATCTCACAAGAACG
TCTGGTTA

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3B350TF 652 0 0
G
GAAACACACGAAAGTACAAAGGATTTCGAACAATACAAAATCCCCGGAGAAATCTGTACC
GGAACCACCACTGGGAATCATGGGAATCACGGGAAGTCTAACACCCGATCAGCTCGAGTT
TTACAACTCTCAAGGGTATTTGGTAATCGAATCATTCGCGAGTGAGGATGAGATTGTCGG
CTTGAGGAAGAGGATGGATGAGTTGTTGACTCAATTTGATTGCTCTGTCTCTTCTATTTT
CTCCACTAAAAACCAGAAGAACACGACCGATAATTACTTCTTTGAGAGCGCTGAAAAAAT
CTCCTTCTTTTTTGAAGAAAAAGCTTTTGGCGACAATGGGGAACTGAAGCAACCGAAAGA
GCTTTCTATAAACAAAGTTGGCCACGCACTTCACGAGCTTGACCCTTTGTACAAGGAGTT
CACGTATTCGTCCAAGGTTTCAAGCTTGGTATCTTCCTTAGGTTACAGAAGACCAGTCGT
CATGCAGGCCATGTACATTTTCAAGCAACCTGGAATTGGAGGAGAAGTTGTGCCACGCCA
AGATAATTCTTTTGTCTACACGGATCCACCTAGTTGTACTGGCCTCTGGATGGCTTTAGA
AGATTCCACAACGGTTAACGGTTGTCTTTGGGCCATACCTGGATCTCACAA

QA 2 652 2 652
DS 

RD RR3B350JQ 226 0 0
GC
CTCTGGATGGCTTTAGAAGATTCCACAACGGTTAACGGTTGTTTTTGGGCCATACCTGGA
TTTCACAAGAACGGTTTGGTTAGAAGGTTTATCCGTGGTGAAAATGGTGTAACGTTTGAT
AGGCCATCCCCGTTTTACGACCAGAAAGATTTTGTGTTTATTGAAATGAAAGCAGGCTCA
TTGATCGCCATTCATGGTGATTTAATCTATCAAAGTTTCGAGAA

QA 3 226 3 226
DS 

RD RR3BU45JQ 777 0 0
TTTTTGAAGAAAAGC
TTTGGCGACAATGGGGAACTGAAGCAAC*GAAAGAGCTTTCTATAAACAAAGTTGGCCAC
GCACTTCACGAGCTTGACCCTTTGTACAAGGAGTTCACGTATTCGTCCAAGGTTTCAAGC
TTGGTATCTTCCTTAGGTTACAGAAGACCAGTCGTCATGCAGGCCATGTACATTTTCAAG
CAACCTGGAATTGGAGGAGAAGTTTTGCCACACCAAGATAATTCTTTTGTCTACACGGAT
CCACCTAGTTGCACTGGTCTCTGGATGGCTTTAGAAGATTCCACAACGGTTAACGGTTGT
CTTTGGGCCATACCTGGATCTCACAAGAACGGTCTGGTTAGAAGGTTTATCCGTGGTGAA
AATGGTGTAACGTTTGATAGGCCATCACCGTCTTACGACCAGAAAGATTTTGTGTCTATT
GAAATGAAAGCAGGCTCATTGATCGCCATTCATGGTGATCTAATCCATCAAAGTTTCGAG
AATCTATCTGCCAAGTCAAGACATGCATATAGCTTACATGTGGTAGAATCTGATGGATGC
AAATGGGCACCAGACAACTGGATTCAAAGAGAAAAAATGCCTGAGCCTCTCTATGCCCCT
TGATACAAGCCAATCTGCGTTTATGAAATTTCTTCCACCCAGGACCATTTGTTGTTAGTA
CTCTGAGCATGGCTAAAAAAGGCCCTTCTTTTGTCGTTTACTTGTCGAAATACAATTTGT
TTCTGCTTGGTCTTTTTAGATAATGGTCAATAAAGTATGACA

QA 16 777 16 777
DS 



AS 2 4

CO CL2438Contig1 1072 2 4 U
ACTTGGTTATCCGCGGGAGATAGGAGGCTTCTTCAAGGGTCTTCAGTGAGAGCCGATGCT
ACCGTGGCTGCTGACGGTAGCGGTAAATTCAAGACAATTGCGGCTGCGGTTGCAGCGGCC
CCGGATAATAGTAAGAATAGGTATGTGATACATATAAAAGCAGGTGTTTATAGAGAGAAT
GTGGAAGTTTCTAAGAAGAAAAAGAATAATGTTTATGGGCGATGGTCGGACAAGAACTAT
TATTACCGCAAATAGAAATGTCGTCGACGGTAGCACCACCTTTCACTCTGCCACCGTTGC
TGCTGTCGGCGAAAGGTTTCTAGCGCGTGACATCACTTTCCAAAATACGGCAGGTCCGTC
GAAGCACCAAGCGGTGGCTCTCCGCGTCGGTTCTGACTTCTCTGCTTTTTACCAATGCGA
CATATTAGCTTACCAAGACACTCTCTACGTCCACTCTAACCGTCAGTACTTCGTCAAATG
CCTCATCGCTGGAACCGTCGACTTCATCTTCGGAAACGCTGCCGTCGTTCTCCAAGATTG
TGACATCCATGCTCGCCGACCAAACTCCGGCCAGAAAAACATGGTCACAGCTCAAGGAAG
AACCGATCCTAACCAGAACACAGGGATCGTTATCCAAAAATGTAGGATCGGTGCCACGTC
GGATTTGCAGCCCGTGAAAAGTAGTTTCCCGACATATTTTGGTCGACCGTGGAAAGAGTA
TTTTCAGACAGTGATCATGCAGTCGGATATTTCCGACGTCATCCGACCAGAAGGGTGGTC
CGAGTGGACCGGGACTTTTGCGTTGAACACTTTGACATATAGAGAGTATGCGAACAAAGG
AGCAGGGGCTGGAACTGCAAGGAGAGTGAAGTGGAGAGGCTTTAAGGTAATCATTGCTGC
TGCTGAAGCCCAGAGATATACTGCTGGTCAGTTTATCGGTGGTGGGGGCTGGTTAGGTTC
GACCGGTTTCCCTTTCTTGCTCGGTCTTTGAGATGTTATTGTTGTGAAGTGTAACCTACA
TGCTGTTGGTCGAATTTATTGATTTTATCAATAAATTCAAATGTGTTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX53TF U 1
AF RR3CX53JQ C 509
BS 1 596 RR3CX53TF
BS 597 597 RR3CX53JQ
BS 598 638 RR3CX53TF
BS 639 1072 RR3CX53JQ

RD RR3CX53TF 638 0 0
ACTTGGTTATCCGCGGGAGATAGGAGGCTTCTTCAAGGGTCTTCAGTGAGAGCCGATGCT
ACCGTGGCTGCTGACGGTAGCGGTAAATTCAAGACAATTGCGGCTGCGGTTGCAGCGGCC
CCGGATAATAGTAAGAATAGGTATGTGATACATATAAAAGCAGGTGTTTATAGAGAGAAT
GTGGAAGTTTCTAAGAAGAAAAAGAATAATGTTTATGGGCGATGGTCGGACAAGAACTAT
TATTACCGCAAATAGAAATGTCGTCGACGGTAGCACCACCTTTCACTCTGCCACCGTTGC
TGCTGTCGGCGAAAGGTTTCTAGCGCGTGACATCACTTTCCAAAATACGGCAGGTCCGTC
GAAGCACCAAGCGGTGGCTCTCCGCGTCGGTTCTGACTTCTCTGCTTTTTACCAATGCGA
CATATTAGCTTACCAAGACACTCTCTACGTCCACTCTAACCGTCAGTACTTCGTCAAATG
CCTCATCGCTGGAACCGTCGACTTCATCTTCGGAAACGCTGCCGTCGTTCTCCAAGATTG
TGACATCCATGCTCGCCGACCAAACTCCGGCCAGAAAAACATGGTCACAGCTCAAG*AAG
AACCGATCCTAACCAGAACACAGGGATCGTTATCCAAA

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3CX53JQ 564 0 0
TTC
GGAAACGCTGCCGTCGTTCTCCAAGATTGTGACATCCATGCTCGCCGACCAAACTCCGGC
CAGAAAAACATGGTCACAGCTCAAGGAAGAACCGATCCTAACCAGAACACAGGGATCGTT
ATCCAAAAATGTAGGATCGGTGCCACGTCGGATTTGCAGCCCGTGAAAAGTAGTTTCCCG
ACATATTTTGGTCGACCGTGGAAAGAGTATTTTCAGACAGTGATCATGCAGTCGGATATT
TCCGACGTCATCCGACCAGAAGGGTGGTCCGAGTGGACCGGGACTTTTGCGTTGAACACT
TTGACATATAGAGAGTATGCGAACAAAGGAGCAGGGGCTGGAACTGCAAGGAGAGTGAAG
TGGAGAGGCTTTAAGGTAATCATTGCTGCTGCTGAAGCCCAGAGATATACTGCTGGTCAG
TTTATCGGTGGTGGGGGCTGGTTAGGTTCGACCGGTTTCCCTTTCTTGCTCGGTCTTTGA
GATGTTATTGTTGTGAAGTGTAACCTACATGCTGTTGGTCGAATTTATTGATTTTATCAA
TAAATTCAAATGTGTTTGTTT

QA 4 564 4 564
DS 



CO CL2438Contig2 949 2 4 U
GGGGTGATGGTCGGACAAGAACTATTATTACTGGAAATAGAAACGTCGTCGATGGTAGCA
CCACCTTCCACTCCGCCACCGTTGCTGCCGTTGGCGAGAGATTTATAGCGCGTGACATCA
CTTTCCAAAACACAGCGGGTCCATCGAAGCACCAAGCGGTGGCTCTCCGTGTCGGTTCTG
ACTTCTCCGCTTTTTATCAATGCGACATATTAGCTTACCAAGACACTCTTTACGTCCACT
CTAACCGTCAGTACTTCGTCAAGTGTCTCATTGCCGGAACCGTCGACTTCATCTTTGGAA
ACGCCGCTGTCGTTCTCCAAGACTGCGACATCCACGCTCGCCGGCCAAACTCCGGCCAAA
AAAATATGGTCACAGCTCAAGGAAGAACCGATCCTAACCAGAACACAGGGATCGTTATCC
AAAAATGTAGGATCGGTGCCACATCGGATTTGCAGCCCGTGAAAAGTAGTTTCCCGACAT
ATCTTGGTCGACCGTGGAAAGAGTATTCTCAGACAGTGATCATGCAGTCGGATATCTCCG
ACGTGATCCGACCAGAAGGGTGGTCCGAGTGGACCGGAACTTTTGCGTTGAACACTCTGA
CATATAGAGAGTATGCGAACAAAGGAGCAGGGGCTGGAACTGCAAGGAGAGTGAAGTGGA
GAGGCTTTAAGGTAATCACTGCTGCTGCTGGAGCCTAGAGATATACTGCTGGTCAGTTTA
TCGGTGGTGGGGGCTGGTTAGGTTCGACCGGTTTCCCTTTCTTGCTCGGTCTTTGAGATG
TTATTGTTGTGAAGTGTAACCTACATGTTGTTGGTCGAATAATTATTGATTTTATCAATA
AATTCAAATGTGTTTGTTTTGTGTATTTTCATATCTTTAGTTGAGATTGATTACCATATA
TATTGTTGTGAAGTGTACTCCTTTGATATGCAATACGACTTACATTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE48TF U 1
AF RR3BV48JQ C 191
BS 1 447 RR3DE48TF
BS 448 448 RR3BV48JQ
BS 449 626 RR3DE48TF
BS 627 949 RR3BV48JQ

RD RR3DE48TF 626 0 0
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CCACCTTCCACTCCGCCACCGTTGCTGCCGTTGGCGAGAGATTTATAGCGCGTGACATCA
CTTTCCAAAACACAGCGGGTCCATCGAAGCACCAAGCGGTGGCTCTCCGTGTCGGTTCTG
ACTTCTCCGCTTTTTATCAATGCGACATATTAGCTTACCAAGACACTCTTTACGTCCACT
CTAACCGTCAGTACTTCGTCAAGTGTCTCATTGCCGGAACCGTCGACTTCATCTTTGGAA
ACGCCGCTGTCGTTCTCCAAGACTGCGACATCCACGCTCGCCGGCCAAACTCCGGCCAAA
AAAATATGGTCACAGCTCAAGGAAGAACCGATCCTAACCAGAACACAGGGATCGTTATCC
AAAAATGTAGGATCGGTGCCACATCGGTTTTGCAGCCCGTGAAAAGTAGTTTCCCGACAT
ATCTTGGTCGACCGTGGAAAGAGTATTCTCAGACAGTGATCATGCAGTCGGATATCTCCG
ACGTGATCCGACCAGAAGGGTGGTCCGAGTGGACCGGAACTTTTGCGTTGAACACTCTGA
CATATAGAGAGTATGCGAACAAAGGA

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3BV48JQ 759 0 0
C
TTTTATCAATGCGACATATTAGCTTACCAAGACACTCTTTACGTCCACTCTAACCGTCAG
TACTTCGTCAAGTGTCTCATTGCCGGAACCGTCGACTTCATCTTTGGAAACGCCGCTGTC
GTTCTCCAAGACTGCGACATCCACGCTCGCCGGCCAAACTCCGGCCAAAAAAATATGGTC
ACAGCTCAAGGAAGAACCGATCCTAACCAGAACACAGGGATCGTTATCCAAAAATGTAGG
ATCGGTGCCACATCGGATTTGCAGCCCGTGAAAAGTAGTTTCCCGACATATCTTGGTCGA
CCGTGGAAAGAGTATTCTCAGACAGTGATCATGCAGTCGGATATCTCCGACGTGATCCGA
CCAGAAGGGTGGTCCGAGTGGACCGGAACTTTTGCGTTGAACACTCTGACATATAGAGTG
TATGCGAACAAAGGAGCAGGGGCTGGAACTGCAAGGAGAGTGAAGTGGAGAGGCTTTAAG
GTAATCACTGCTGCTGCTGGAGCCTAGAGATATACTGCTGGTCAGTTTATCGGTGGTGGG
GGCTGGTTAGGTTCGACCGGTTTCCCTTTCTTGCTCGGTCTTTGAGATGTTATTGTTGTG
AAGTGTAACCTACATGTTGTTGGTCGAATAATTATTGATTTTATCAATAAATTCAAATGT
GTTTGTTTTGTGTATTTTCATATCTTTAGTTGAGATTGATTACCATATATATTGTTGTGA
AGTGTACTCCTTTGATATGCAATACGACTTACATTCTC

QA 2 759 2 759
DS 



AS 1 4

CO CL2439Contig1 944 4 40 U
GGGAGATCCCTTCTCCAGATTCTCGTGAAAAAAATTCTGAATTCTTTGATGACTCCAATT
GGGCAAGTGCATTTGATGACACTAACGATGATGTCGATTCTGTCTGGGGATTTGATGCAT
CAAAAAGCCAGGATGGAGATTACTTTGGATCTGGTGGCGATTTTGGTGGAAACTCAGGGG
GAGTAGATTCTCCAAGTTCAAGAAGTTTCACCGGTCAGAGAAAGAGCCCATTTGGATTTG
ATGATTCAGTTCCCAGCACTCCACTCTCGAGATTCGGGAACTCTCCTCCTCGGTACAGCG
ACGCGTCAGTAGCCAGAGACGGAAACTTCGATAGCTTCTCCAGATTCGATTCTTTCAACA
CCACCAGTGAAGCTGGCGCAGGTTTCTCCTCCTCC***CAACCTGAAAGACTGTCGCGGT
TCGACTCTATCAACAGCTCCAAATACTTTGGAGGAGCTGCCTTCTCCAGGTTCGATTCAA
TCAACAGTAGCAGAGACTTCGGTGGTCCCTCGCTTTCGAGATTCGACTCCATGAATAGCA
CAAAGGACTTCAGTGGGAGCCATGGATACTCGTTTGATGATGCAGACCCGTTTGGTTCCA
CAGGTCCCTTCAAAGTCTCCTCTGATGATCAGAGCCCCAAGAAAAAGTCAGATAACTGGA
ACTCCTTCTAGCCAGCCACGGTATATGATTTGATTATATTATCTTTTTTTTTTCTTTTTC
TTTTTCCCATATTTCCTCGCTTTGATGAACTTGTGATTGTTTCCTTGAAAAATCTTATAA
TTTTTTCTCCCAAATTCTGGTTTTTTTTTCTGGATGAGACAATAGCTTTAGACTATTTGT
AATGTGTAAAGTTTGTCTTTGTTTTGGTTTCCTACTGAGTACTGTATCTCTGTTCTGTGC
TTGTGAATTCATTTGCTTTATTATTGTCATAACAACATTTTGCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 15 15 15 15 30 30 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GB36TF U 1
AF RR3AJ33TF U 4
AF RR3AJ33JQ C 129
AF RR3GB36JQ C 482
BS 1 27 RR3GB36TF
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BS 918 944 RR3GB36JQ

RD RR3GB36TF 733 0 0
GGGAGATCCCTTCTCCAGATTCTCGTGGAAAAAATTCTGAATTCTTTGATGACTCCAATT
GGGCAAGTGCATTTGATGACACTAACGATGATGTGGATTCTGTCTGGGGATTTGATGCAT
CAAAAAGCCAGGATGGAGATTACTTTGGATCTGGTGGCGATTTTGGTGGAAACTCAGGGG
GAGTAGATTCTCCAAGTTCAAGAAGTTTCACCGGTCAGAGAAAGAGCCCATTTGGATTTG
ATGACTCAGTTCCCAGCACTCCACTCTCGAGATTCGGGAACTCACCTCCTCGGTACAGCG
ACGCATCAGTAGCCAGAGACGGCAACTTCGATAGCTTCTCAAGATTCGACTCTTTCAACA
CCACCAGTGAAGCTGGCGCAGGTTTCTCCTCCTCCTCCCAGCCAGAGAGACTGTCGCGGT
TCGACTCTATCAACAGCTCCAGAGACTTTGGAGGAGCTGCCTCCTCCAGGTTCGATTCGA
TCAACAGTAGCAGAGGCTTCGGTGGTCCCTCGCTTTCGAGATTCGACTCCATGAATAGCA
CAAAGGACTTCAGTGGGAGCCATGGATACTCGTTTGATGATGCAGACCCGTTTGGTTCCA
CAGGTCCCTTCAAAGTCTCCTCTGATGATCAGAGCCCCAAGAAAAAGTCAGATAACTGGA
ACTCCTTCTAGCCAGCCACGGTATATGATTTGATTATATTATCTTTTTTTTTTCTTTTTC
CCATATTTCCTCG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3AJ33TF 764 0 0
G
GATCCCTTCTCCAGATTCTCGTGAAAAAAATTCTGAATTCTTTGATGACTCCAATTGGGC
AAGTGCATTTGATGACACTAACGATGATGTCGATTCTGTCTGGGGATTTGATGCATCAAA
AAGCCAGGATGGAGATTACTTTGGATCTGGTGGCGATTTTGGTGGAAACTCAGGGGGAGT
AGATTCTCCAAGTTCAAGAAGTTTCACCGGTCAGAGAAAGAGCCCATTTGGATTTGATGA
TTCAGTTCCCAGCACTCCACTCTCGAGATTCGGGAACTCTCCTCCTCGGTACAGCGACGC
GTCAGTAGCCAGAGACGGAAACTTCGATAGCTTCTCCAGATTCGATTCTTTCAACACCAC
CAGTGAAGCTGGCGCAGGTTTCTCCTCCTCC***CAACCTGAAAGACTGTCGCGGTTCGA
CTCTATCAACAGCTCCAAATACTTTGGAGGAGCTGCCTTCTCCAGGTTCGATTCAATCAA
CAGTAGCAGAGACTTTGGTGGTCCCTCGCTTTCGAGATTCGACTCGATGAATAGCACAAA
GGATTTCAGTGGGAGCCATGGATACTCGTTTGATGATGCAGACCCGTTTGGTTCCACAGG
TCCCTTCAAAGTCTCCTCTGATGATCAGAGCCCCAAGAAAAAGTCAGATAACTGGAACTC
CTTCTAGCCAGCCACGGTATATGATTTGATTATATTATCTTTTTTTTTTCTTTTTCTTTT
TCCCATATTTCCTCGCTTTGATGAACTTGTGATTGTTTCCTTG

QA 2 764 2 764
DS 

RD RR3AJ33JQ 789 0 0
CAGGATGGAGATTACTTTGGATCTGGTGGCGATTTTGGTGGAAACTCAGGGGGAGTAGAT
TCTCCAAGTTCAAGAAGTTTCACCGGTCAGAGAAAGAGCCCATTTGGATTTGATGATTCA
GTTCCCAGCACTCCACTCTCGAGATTCGGGAACTCTCCTCCTCGGTACAGCGACGCGTCA
GTAGCCAGAGACGGAAACTTCGATAGCTTCTCCAGATTCGATTCTTTCAACACCACCAGT
GAAGCTGGCGCAGGTTTCTCCTCCTCC***CAACCTGAAAGACTGTCGCGGTTCGACTCT
ATCAACAGCTCCAAATACTTTGGAGGAGCTGCCTTCTCCAGGTTCGATTCAATCAACAGT
AGCAGAGACTTTGGTGGTCCCTCGCTTTCGAGATTCGACTCGATGAATAGCACAAAGGAT
TTCAGTGGGAGCCATGGATACTCGTTTGATGATGCAGACCCGTTTGGTTCCACAGGTCCC
TTCAAAGTCTCCTCTGATGATCAGAGCCCCAAGAAAAAGTCAGATAACTGGAACTCCTTC
TAGCCAGCCACGGTATATGATTTGATTATATTATCTTTTTTTTT*CTTTTTCTTTTTCCC
ATATTTCCTCGCTTTGATGAACTTGTGATTGTTTCCTTGAAAAATCTTATAATTTTTTCT
CCCAAATTCTGGTTTTTTTT*CTGGATGAGACAATAGCTTTAGACTATTTGTAATGTGTA
AAGTTTGTCTTTGTTTTGGTTTCCTACTGAGTACTGTATCTCTGTTCTGTGCTTGTGAAT
TCATTTGCT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3GB36JQ 463 0 0
CAACAGTAGCAGAGGCTTCGGTGGTCCCTCGCTTTCGAGATTCGACTCCATGAATAGCAC
AAAGGACTTCAGTGGGAGCCATGGATACTCGTTTGATGATGCAGACCCGTTTGGTTCCAC
AGGTCCCTTCAAAGTCTCCTCTGATGATCAGAGCCCCAAGAAAAAGTCAGATAACTGGAA
CTCCTTCTACCCAGCCACGGTATATGATTTGATTATATTATCTTTTTTTTT******TCT
TTTTCCCATATTTCCTCGCTTTGATGAACTTGTGATTGTTTCCTTGAAAAATCTTATAAT
TTTTTCTCCCAAATTCTGGTTTTTTTTTCTGGATGAGACAATAGCTTTAGACTATTTGTA
ATGTGTAAAGTTTGTCTTTGTTTTGGTTTCCTACTGAGTACTGTATCTCTGTTCTGTGCT
TGTGAATTCATTTGCTTTATTATTGTCATAACAACATTTTGCC

QA 1 463 1 463
DS 



AS 1 4

CO CL2440Contig1 1068 4 6 U
GGAAATGGGATCCTCTTCATCAAGACGTGGATTTCTTTAACATGGAATGGCACGGGTTAT
TATTTGATTATGGGAAGCCAGAAGATAGTGATGATTTTGCACCCGATGATACTGATGCCA
ACCTTGTCCCTGAGCTAGTGGAAAAAGTTGCGATTCCTAAATTGCACCACCAGATAGTTC
GTTGTTGGGATATACTTAGCACCCGGGAGACAAAAAATGCTGTTGCTGCTACAACCTTGG
TGACAAATTATGTTCCTGCTTCAAGCGAGGCCCTGGCAGAACTATTTACCGCTATTCGTT
CTCGTCTTATTGAAGCCATAGCAGCCATTGCGGTTCCGACATGGGATCCTCTGATATTGA
AGGCTGTACCTAATGCTCCACAAGTTGCAGCATATAGGTTTGGAACATCAGTCCGTCTTA
TGAAAAATATATGCATGTGGAAAGACATCCTGGCGCTTCCAGTGCTCGAGAACTTAGCTC
TGAGTGAGCTTTTGTTTGGAAAAGTCCTACCTCATGTCAGAAGCATTGCATCAAATATCC
ATGATGCTGTGACAAGAACCGAAAAGATCGTTGCTTCTTTGTCTGGAGTGTGGACAGGAC
AAAGCGTCACAAGAACTCATAGTCGGCCGTTGCAGCCTCTTGTGGATTGTATTCTGACAC
TTAGGAAAATTCTGGAGGAAAGGCTTGCCTCAGGACTGGACGATGCTGAAACCACTGGTC
TTGCCAGGCGGTTAAAGAAAATACTAGTGGAGGTCCACGAACACGATCACGCCAGGGAAA
TTGTCAGAACATTCAATCTCAAGGAGGCAGTGTGATGAAGCTTTTATTGGTGGGAAACTG
CAAAATCAATTCAGAAATCTGTAACCTCAATGTTATCAGATACACGTTTCTCCCGAGGAT
GTTCCATTTCAAAATTTTATCGGAGTTCTTGTACATTGGCTTTTATGTATGTAACCTCTG
AGCGTGTGCGAACTGATATAAAGGATATTTCTTCATATCTGTACGAGGTTACATGGCAAA
TACAAATTTTCAATTAATATAAAGCCATAACTAGTATCCTTGTGCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GE05JQ C 353
AF RR3F750TF U 410
AF RR3F750JQ C 578
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TGAAAAATATATGCATGTGGAAAGACATCCTGGCGCTTCCAGTGCTCGAGAACTTAGCTC
TGAGTGAGCTTTTGTTTGGAAAAGTCCTACCTCATGTCAGAAGCATTGCATCAAATATCC
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AAAGCGTCACAAGAACTCATAGTCGGCCGTTGCAGTCTCTTGTGGATTGTATTCTGACAC
TTAGGAAAATTCTG

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DS 

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CCGTCTTATGAAAAATATATGCATGTGGAAAGACATCCTGGCGCTTCCAGTGCTCGAGAA
CTTAGCTCTGAGTGAGCTTTTGTTTGGAAAAGTCCTACCTCATGTCAGAAGCATTGCATC
AAATATCCATGATGCTGTGACAAGAACCGAAAAGATCGTTGCTTCTTTGTCTGGAGTGTG
GACAGGACAAAGCGTCACAAGAACTCATAGTCGGCCGTTGCAGTTTCTTGTGGATTGTAT
TCTGACACTTAGGAAAATTCTGGAGGAAAGGCTTGCCTCAGGACTGGACGATGCTGAAAC
CACTGGTCTTGCCAGGCGGTTAAAGAAAATACTAGTGGAGGTCCACGAACACGATCACGC
CAGGGAAATTGTCAGAACATTCAATCTCAAGGAGGCAGTGTGATGAAGCTTTTATTGGTG
GGAAACTGCAAAATCAATTCAGAAATCTGTAACCTCAATGTTATCAGATACACGTTTCTC
CCGAGGATGTTCCATTTCAAAATTTTATCGGAGTTCTTGTACATTGGCTTTTATGTATGT
AACCTCTGAGCGTGTGCGAACTGATATAAAGGATATTTCTTCATATCTGTACGAGGTTGC
ATGGCAAATACAAATTTTCAATTAATATAAAGCCATAACTAGTATC

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DS 

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G
GTCCGTCTTATGAAAAATATATGCATGTGGAAAGACATCCTGGCGCTTCCAGTGCTCGAG
AACTTAGCTCTGAGTGAGCTTTTGTTTGGAAAAGTCCTACCTCATGTCAGAAGCATTGCA
TCAAATATCCATGATGCTGTGACAAGAACCGAAAAGATCGTTGCTTCTTTGTCTGGAGTG
TGGACAGGACAAAGCGTCACAAGAACTCATAGTCGGCCGTTGCAGCCTCTTGTGGATTGT
ATTCTGACACTTAGGAAAATTCTGGAGGAAAGGCTTGCCTCAGGACTGGACGATGCTGAA
ACCACTGGTCTTGCCAGGCGGTTAAAGAAAATACTAGTGGAGGTCCACGAACACGATCAC
GCCAGGGAAATTGTCAGAACATTCAATCTCAAGGAGGCAGTGTGATGAAGCTTTTATTGG
TGGGAAACTGCAAAATCAATTCAGAAATCTGTAACCTCAATGTTATCAGATACACGTTTC
TCCCGAGGATGTTCCATTTCAAAATTTTATCGGAGTTCTTGTACATTGGCTTTTATGTAT
GTAACCTCTGAGCGTGTGCGAACTGATATAAAGGATATTTCTTCATATCTGTACGAG*TT
ACATGGCAAATACAAATTTTCAATTAATATAAAGCCATAACTAGTATCCTTGTGCTGT

QA 2 659 2 659
DS 

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TCTTGTGGATTGTATTCTGACACTTAGGAAAATTCTGGAGGAAAGGCTTGCCTCAGGACT
GGACGATGCTGAAACCACTGGTCTTGCCAGGCGGTTAAAGAAAATACTAGTGGAGGTCCA
CGAACACGATCACGCCAGGGAAATTGTCAGAACATTCAATCTCAAGGAGGCAGTGTGATG
AAGCTTTTATTGGTGGGAAACTGCAAAATCAATTCAGAAATCTGTAACCTCAATGTTATC
AGATACACGTTTCTCCCGAGGATGTTCCATTTCAAAATTTTATCGGAGTTCTTGTACATT
GGCTTTTATGTATGTAACCTCTGAGCGTGTGCGAACTGATATAAAGGATATTTCTTCATA
TCTGTACGAGGTTACATGGCAAATACAAATTTTCAATTAATATAAAGCCATAACTAGTAT
CCTTGTGCTGT

QA 1 491 1 491
DS 



AS 1 2

CO CL2441Contig1 1139 2 2 U
GGAGTTGATTTGTCTGGGAGGAAGCTGAGTTTGCTCCCCGAGGCGTTTGGGAGGATTCAA
GGGTTACTTCTTCTTAATCTCTCCAACAATCTGCTCCAGGCTATTCCTGATTCAATAGCA
GGATTGCATGGTCTTGTTGAATTAGATGTCTCCGGTAATCTTCTGGAGACATTACCAGAT
TCTATCGGTCTACTTTCAAACTTGAAGATTCTGAATGTCCCGACTAACAAGCTCACCGCC
TTGCCTGATTCCATCTGCCGTTGCGGGTCGTTGGTTGTGTTGGACGCGAGCTTCAACCGT
CTCACCTACTCACCAACCAACATCGGATTAGAGCTAGTGAATCTAGAAAAGCTCATGATC
CAATACAACAAGATCCGATCATTACCAAGCAGTATAGGCGAAATGAGATCCCTAAGTTAC
CTCGACGCCCACTTCAACGAACTGCACGGCCTGCCTGACTCTTTCGTCTTGCTCACAAAC
CTAGAGTACTTAAACCTAAGCAGTAACTTCAGCGATCTCAAGGATCTCCCTTCCTCCTTC
GGCGACATCATAAGCCTCCAGAAACTGGACTTGAGTAACAACCAAATCCACTCCCTCCCA
GACACTTTCGGCACGCTCGAGAGCCTGATGGAACTGAACGTGGACCAGAACCCGCTCGTG
GTCCCACCATCGGAAGTGGTGAAGGAAGGTGTGGAGGCTGTGAAGATGTATATGGGTAAG
AGAAGGATCACTATGTTGGAAGAAGAAGAGAGGAGGAGAGTGGAGGAGGAGATGGAGCAG
GCAAACGCTGGGTGGATCACACGAACCACCTCGAAGCTGAAATCTTATGTCTCAGATGTT
TCTGAGTATCTCAATCCGACTTCTCCCCGAGATCCTTACCTTGAGCAGGAACTATGAATG
TGACTTTGGCTTTGAAAAAACGATTCCGCTCTCCTTTTGGCTGGTTTTGTCTCATTATCT
CTCTTTTCAGTCAGTATATAATGAAGGGTTCTCTCTTCGTTACGTTTGTGATTCTTCTGG
CAGGTTATGCCTGTCATTTAACTTGGGTTCATTCTTAAGATGAACCTTGGATTTTTGCCC
TTTTTTAAAGAAAAAACAAATGTTATGTGGGTTAATAAAAGCTCAAAGGAGTTTAACAG


BQ
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AF RR3E187TF U 1
AF RR3E187JQ C 327
BS 1 678 RR3E187TF
BS 679 1139 RR3E187JQ

RD RR3E187TF 678 0 0
GGAGTTGATTTGTCTGGGAGGAAGCTGAGTTTGCTCCCCGAGGCGTTTGGGAGGATTCAA
GGGTTACTTCTTCTTAATCTCTCCAACAATCTGCTCCAGGCTATTCCTGATTCAATAGCA
GGATTGCATGGTCTTGTTGAATTAGATGTCTCCGGTAATCTTCTGGAGACATTACCAGAT
TCTATCGGTCTACTTTCAAACTTGAAGATTCTGAATGTCCCGACTAACAAGCTCACCGCC
TTGCCTGATTCCATCTGCCGTTGCGGGTCGTTGGTTGTGTTGGACGCGAGCTTCAACCGT
CTCACCTACTCACCAACCAACATCGGATTAGAGCTAGTGAATCTAGAAAAGCTCATGATC
CAATACAACAAGATCCGATCATTACCAAGCAGTATAGGCGAAATGAGATCCCTAAGTTAC
CTCGACGCCCACTTCAACGAACTGCACGGCCTGCCTGACTCTTTCGTCTTGCTCACAAAC
CTAGAGTACTTAAACCTAAGCAGTAACTTCAGCGATCTCAAGGATCTCCCTTCCTCCTTC
GGCGACATCATAAGCCTCCAGAAACTGGACTTGAGTAACAACCAAATCCACTCCCTCCCA
GACACTTTCGGCACGCTCGAGAGCCTGATGGAACTGAACGTGGACCAGAACCCGCTCGTG
GTCCCACCATCGGAAGTG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3E187JQ 813 0 0
ATTAGAGCTAGTGAATCTAGAAAAGCTCATGATCCAATACAACAAGATCCGATCATTACC
AAGCAGTATAGGCGAAATGAGATCCCTAAGTTACCTCGACGCCCACTTCAACGAACTGCA
CGGCCTGCCTGACTCTTTCGTCTTGCTCACAAACCTAGAGTACTTAAACCTAAGCAGTAA
CTTCAGCGATCTCAAGGATCTCCCTTCCTCCTTCGGCGACATCATAAGCCTCCAGAAACT
GGACTTGAGTAACAACCAAATCCACTCCCTCCCAGACACTTTCGGCACGCTCGAGAGCCT
GATGGAACTGAACGTGGACCAGAACCCGCTCGTGGTCCCACCATCGGAAGTGGTGAAGGA
AGGTGTGGAGGCTGTGAAGATGTATATGGGTAAGAGAAGGATCACTATGTTGGAAGAAGA
AGAGAGGAGGAGAGTGGAGGAGGAGATGGAGCAGGCAAACGCTGGGTGGATCACACGAAC
CACCTCGAAGCTGAAATCTTATGTCTCAGATGTTTCTGAGTATCTCAATCCGACTTCTCC
CCGAGATCCTTACCTTGAGCAGGAACTATGAATGTGACTTTGGCTTTGAAAAAACGATTC
CGCTCTCCTTTTGGCTGGTTTTGTCTCATTATCTCTCTTTTCAGTCAGTATATAATGAAG
GGTTCTCTCTTCGTTACGTTTGTGATTCTTCTGGCAGGTTATGCCTGTCATTTAACTTGG
GTTCATTCTTAAGATGAACCTTGGATTTTTGCCCTTTTTTAAAGAAAAAACAAATGTTAT
GTGGGTTAATAAAAGCTCAAAGGAGTTTAACAG

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 3

CO CL2442Contig1 884 3 22 U
GATGCTGTGATGAGAAATTTCGCATTAATAAACCATACTTCAAATGCAATTTCAAATGCC
ATTTGACATAATATATCTCTCAATATAACTTCAATTTTTTTTTGTAACACAATTTCAAAA
ATGCTTAAAAACAACAACAAAAGATAAAAACTTTCAATTGGAACTACCGTTTAACTCTTC
CTCCATAACCACCTGGAGCAAGTTCTCATAGTTCTTCTGCCATTGATCATTCATCTGTAA
AGATTTCTTGTACTCAAGTTTCAATCTTTCCATCTCGATCTCCGTTGCTGCAGAACCTTG
TTGCTGAAGCTCTCTAACTTGCTCGTTGATAAGGGCAACACTGGGGTAAGAGGAGTAAAC
AGGAACATCAAAAAGCGGCGGCGGGGCAACGAAAACTATACCTCCATCCATAGTATCGTT
TCCTGTTCTTTCGTATTTTTCCAAAGAAGGAGGTAGTGACGACCCATTTCTTTTCCATGA
AGATTGTGCTTTGTTGGAATTACCAACAACCATTCTTCTGACAACTCGAATGTTGTTCAC
AGGTCCTTTTGGTCCTTTTCCATGGCTGAAAGTACGAACAAGGCGACGTGATTTGGGATC
CCAAAAACAAATCACACCATCTTCCGATCCAGAAATCAAAAGGTTTCCGTCTGCGCAATA
TGCCAAGCAAGTAACAGCTTTGCCTTGTTCAGATACTGAACCAAGACTTTGAGTCGCATA
GTCACTTGAAGAATTCAAGGCACCAACATAAATTTTGCTATCTGTACTACCAGCATAGAA
AAAAGAGCCGCCAGGGTCTAATGCAAGTGCATTGATGGCTGCAGGAAAGATGATGTTTCT
CAACAATTTCCCCTTGGACAAGCTCCAAACCTTGCAAGTCCCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
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AF RR3FR52JQ U 58
AF RR3FA78JQ U 1
AF RR3GX04TF C 522
BS 1 127 RR3FA78JQ
BS 128 128 RR3FR52JQ
BS 129 173 RR3FA78JQ
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BS 175 294 RR3FA78JQ
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BS 296 334 RR3FA78JQ
BS 335 335 RR3FR52JQ
BS 336 343 RR3FA78JQ
BS 344 344 RR3FR52JQ
BS 345 385 RR3FA78JQ
BS 386 386 RR3FR52JQ
BS 387 392 RR3FA78JQ
BS 393 393 RR3FR52JQ
BS 394 639 RR3FA78JQ
BS 640 640 RR3GX04TF
BS 641 737 RR3FA78JQ
BS 738 738 RR3GX04TF
BS 739 751 RR3FA78JQ
BS 752 752 RR3GX04TF
BS 753 783 RR3FA78JQ
BS 784 884 RR3GX04TF

RD RR3FR52JQ 391 0 0
GCCATTTGACATAATATATCTCTCAATATAACTTCAATTTTTTTT*GTAACACAATTTCA
AAAATGCTTAAAAACAACAACAAAAGATAAAAACTTTCAATTGGAACTACCGTTTAACTC
TTCCTCCATAACCACCTGGAGCAAGTTCTCATAGTTCTTCTGCCATTGATCATTCATCTG
TAAAGATTTCTTGTACTCAAGTTTCAATCTTTCCATCTCGATCTCCGTTGCTGCAGAACC
TTGTTGCTGAAGCTCTCTAACTTGCTCGTTGATAAGGGCAACACTGGGGTAAGAGGAGTA
AACAGGAACATCAAAAAGCGGCGGCGGGGCAACGAAAACTATACCTCCATCCATAGTATC
GTTTCCTGTTCTTTCGTATTTTTCCAAA
AAA

QA 1 388 1 388
DS 

RD RR3FA78JQ 783 0 0
GATGCTGTGATGAGAAATTTCGCATTAATAAACCATACTTCAAATGCAATTTCAAATGCC
ATTTGACATAATATATCTCTCAATATAACTTCAATTTTTTTTTGTAACACAATTTCAAAA
ATGCTTAGAAACAACAACAAAAGATAAAAACTTTCAATTGGAACTACCGTTTAGCTCTTC
CTCCATAACCACCTGGAGCAAGTTCTCATAGTTCTTCTGCCATTGATCATTCATCTGTAA
AGATTTCTTGTACTCAAGTTTCAATCTTTCCATCTCGATCTCCGTTGCTGCAGAGCCTTG
TTGCTGAAGCTCTCTAACTTGCTCGTTGATAAGGTCAACACTGTGGTAAGAGGAGTAAAC
AGGAACATCAAAAAGCGGCGGCGGGTCAACGATAACTATACCTCCATCCATAGTATCGTT
TCCTGTTCTTTCGTATTTTTCCAAAGAAGGAGGTAGTGACGACCCATTTCTTTTCCATGA
AGATTGTGCTTTGTTGGAATTACCAACAACCATTCTTCTGACAACTCGAATGTTGTTCAC
AGGTCCTTTTGGTCCTTTTCCATGGCTGAAAGTACGAACAAGGCGACGTGATTTGGGATC
CCAAAAACAAATCACACCATCTTCCGATCCAGAAATCAAGAGGTTTCCGTCTGCGCAATA
TGCCAAGCAAGTAACAGCTTTGCCTTGTTCAGATACTGAACCAAGACTTTGAGTCGCATA
GTCACTTGAAGAATTCA*GGCACCAACATAA*TTTTGCTATCTGTACTACCAGCATAGAA
AAA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3GX04TF 363 0 0
CAACTCGAATGTTGTTCACAGGTCCTTTTGGTCCTTTTCCATGGCTGAAAGTACGAACAA
GGCGACGTGATTTGGGATCCCAAAAACAAATCACACCATCTTCCGATCCAGAAATCAAAA
GGTTTCCGTCTGCGCAATATGCCAAGCAAGTAACAGCTTTGCCTTGTTCAGATACTGAAC
CAAGACTTTGAGTCGCATAGTCACTTGAAGAATTCAAGGCACCAACATAAATTTTGCTAT
CTGTACTACCAGCATAGAAAAAAGAGCCGCCAGGGTCTAATGCAAGTGCATTGATGGCTG
CAGGAAAGATGATGTTTCTCAACAATTTCCCCTTGGACAAGCTCCAAACCTTGCAAGTCC
CAT

QA 1 363 1 363
DS 



AS 2 4

CO CL2443Contig1 766 2 3 U
TTTTTAACTAAAGAGGTCAAGTGAGATGACAAATGCAACCAGTCGCCAAAAGCTACGGGT
TCCTTTCTTACAAGTCTTTCCGTCTCGGTTACAACATTCAATTCATAGATTACTAGTATC
CGTTGCTCAATCCTTTGGTCTCTAGAGATGGCAAGACCAGAGGTTCGAAACCATTTCGAA
GAGCAGCCTCCCACACTCTGGGAGGGTTAACAACTGGACCATCAAGACCGCACTCGTGTT
CCTCCCACCCTTCAAGCGCATGTACTATCCCACCAACTCTCCATGCGCTCATCACTCTCC
TCCCCAGCCAGTTCTCACAAGAATCGATGTTTTGAGCAGAGTCAGGGATGATCATAGCCG
GAGTGGTATGGTAAAAGCAGTCCTTTCCAAGTTGAGTAGGAGGAAACTGTGAGAAAGGAA
AAAAACGAGTTCCTTTTGTTGCCATCTTCTGCTCTTCTTTGCTTAGCCCATCTCCCACCA
ACCAAATCATTGGGGAGTAATCGGTTGTGAGCACCAGATTTTCTTTACAATGCCCGCCAA
GGTATCCGGCTAGCATGCAATGCTCTTCCTCACATAACATCATCACCTTGATGCCATTTT
GGCAAAGAGAAGTGACAATGGCACGAGCAACTCTTGTGATTTTTCCTCGAAAGAGAACTT
CTCTAGTGCCAATGGGAATACTATGGACCACCACCTCAGCTGCAAGACTGCTACCGTCTA
CTATCCTTATCTTTAGCTTTGGGTGCTTCCTTAAATACATTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP54JQ U 38
AF RR3BP54TF C 1
BS 1 37 RR3BP54TF
BS 38 562 RR3BP54JQ
BS 563 766 RR3BP54TF

RD RR3BP54JQ 525 0 0
ACCAGTCGCCAAAAGCTACGGGTTCCTTTCTTACAAGTCTTTCCGTCTCGGTTACAACAT
TCAATTCATAGATTACTAGTATCCGTTGCTCAATCCTTTGGTCTCTAGAGATGGCAAGAC
CAGAGGTTCGAAACCATTTCGAAGAGCAGCCTCCCACACTCTGGGAGGGTTAACAACTGG
ACCATCAAGACCGCACTCGTGTTCCTCCCACCCTTCAAGCGCATGTACTATCCCACCAAC
TCTCCATGCGCTCATCACTCTCCTCCCCAGCCAGTTCTCACAAGAATCGATGTTTTGAGC
AGAGTCAGGGATGATCATAGCCGGAGTGGTATGGTAAAAGCAGTCCTTTCCAAGTTGAGT
AGGAGGAAACTGTGAGAAAGGAAAAAAACGAGTTCCTTTTGTTGCCATCTTCTGCTCTTC
TTTGCTTAGCCCATCTCCCACCAACCAAATCATTGGGGAGTAATCGGTTGTGAGCACCAG
ATTTTCTTTACAATGCCCGCCAAGGTATCCGGCTAGCATGCAATG

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3BP54TF 766 0 0
TTTTTAACTAAAGAGGTCAAGTGAGATGACAAATGCAACCAGTCGCCAAAAGCTACGG*T
TCCTTTCTTACAAGTCTTTC*GTCTCGGTTACAACATTCAATTCATAGATTACTAGTATC
CGTTGCTCAATCCTTTGGTCTCTAGAGATGGCAAGACCAGAGGTTCGAAACCATTTCGAA
GAGCAGCCTCCCACACTCTGGGAGGGTTAACAACTGGACCATCAAGACCGCACTCGTGTT
CCTCCCACCCTTCAAGCGCATGTACTATCCCACCAACTCTCCATGCGCTCATCACTCTCC
TCCCCAGCCAGTTCTCACAAGAATCGATGTTTTGAGCAGAGTCAGGGATGATCATAGCCG
GAGTGGTATGGTAAAAGCAGTCCTTTCGAAGTTGAGTAGGAGGAAACTGTGAGAAAGGAA
GAAAACGAGTTCCTTTTGTTGCCATCTTCTGCTCTTCTTTGCTTAGCCCATCTCCCACCA
ACCAAATCATTGGGGAGTAATCGGTTGTGAGCACCAGATTTTCTTTACAATGCCCGCCAA
GGTATCCGGCTAGCATGCAATGCTCTTCCTCACATAACATCATCACCTTGATGCCATTTT
GGCAAAGAGAAGTGACAATGGCACGAGCAACTCTTGTGATTTTTCCTCGAAAGAGAACTT
CTCTAGTGCCAATGGGAATACTATGGACCACCACCTCAGCTGCAAGACTGCTACCGTCTA
CTATCCTTATCTTTAGCTTTGGGTGCTTCCTTAAATACATTTCTCC

QA 1 766 1 766
DS 



CO CL2443Contig2 857 2 12 U
GCATCTCACCCACCTAACATCACTCGACTCTATTTACCATCTCCGGCTTGGCTTTGCTTC
ATTCTCCTCACACCCACTATCTTCTCGGTGTTACATATTACTCATGAGACCCTTCGCTCT
AGTTATCTCTTTCATACTAACTTCATTCTCTTCCCGAACCTTTGTCTTTGAGAGAAACCG
CTTCCGTGATCTCACCATTCACTCCCACCTCCTTCCCAAGTTCTCCTCTCATTACATATC
GCAGCAGTGTAAAGAATCTATCAACAAAATGATAGAGACGGCTATCATTGAAGCGGACAA
GAGGGGTGTGAAAGTAATGAGTTTGGGGCTATTGAACCAGGGAGAAGAATTAAATGGCTA
CGGAGAAATGTATTTAAGGAAGCACCCAAAGCTAAAGATAAGGATAGTAGACGGTAGCAG
TCTTGCAGCTGAGGTGGTGGTCCATAGTATTCCCATTGGCACTAGAGAAGTTCTCTTTCG
AGGAAAAATCACAAAAGTTGCTCGTGCCATTGTCACTTCTCTTTGCCAAAATGGCATCAA
GGTGATGATGTTATGTGAGGAAGAGCATTGCATGCTAGCCGGATACCTTGGCGGGCATTG
TAAAGAAAATCTGGTGCTCACAACCGATTACTCCCCAATGATTTGGTTGGTGGGAGATGG
GCTAAGCAAAGAAGAGCAGAAGATGGCAACAAAAGGACTCGTTTTCTTCCTTTCTCACAG
TTTCCTCCTACTCAACTTCGAAAGGACTGCTTTTACATACACTCCCGCTATGATCATCCC
TGACTCTGCTCAAACATCGATCTTGTGAGACTGGCTGGGGAGGAGAGTGATGAGCGCATG
GAGAGTGGGACAGTACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CU09TF U 1
AF RR3CU65TF U 37
BS 1 105 RR3CU09TF
BS 106 106 RR3CU65TF
BS 107 294 RR3CU09TF
BS 295 295 RR3CU65TF
BS 296 385 RR3CU09TF
BS 386 386 RR3CU65TF
BS 387 556 RR3CU09TF
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BS 558 680 RR3CU09TF
BS 681 681 RR3CU65TF
BS 682 691 RR3CU09TF
BS 692 857 RR3CU65TF

RD RR3CU09TF 691 0 0
GCATCTCACCCACCTAACATCACTCGACTCTATTTACCATCTCCGGCTTGGCTTTGCTTC
ATTCTCCTCACACCCACTATCTTCTCGGTGTTACATATTACTCATTAGACCCTTCGCTCT
AGTTATCTCTTTCATACTAACTTCATTCTCTTCCCGAACCTTTGTCTTTGAGAGAAACCG
CTTCCGTGATCTCACCATTCACTCCCACCTCCTTCCCAAGTTCTCCTCTCATTACATATC
GCAGCAGTGTAAAGAATCTATCAACAAAATGATAGAGACGGCTATCATTGAAGCTGACAA
GAGGGGTGTGAAAGTAATGAGTTTGGGGCTATTGAACCAGGGAGAAGAATTAAATGGCTA
CGGAGAAATGTATTTAAGGAAGCACTCAAAGCTAAAGATAAGGATAGTAGACGGTAGCAG
TCTTGCAGCTGAGGTGGTGGTCCATAGTATTCCCATTGGCACTAGAGAAGTTCTCTTTCG
AGGAAAAATCACAAAAGTTGCTCGTGCCATTGTCACTTCTCTTTGCCAAAATGGCATCAA
GGTGATGATGTTATGTTAGGAAGAGCATTGCATGCTAGCCGGATACCTTGGCGGGCATTG
TAAAGAAAATCTGGTGCTCACAACCGATTACTCCCCAATGATTTGGTTGGTGGGAGATGG
GCTAAGCAAAGAAGAGCAGA*GATGGCAACA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3CU65TF 821 0 0
G
CATCTCCGGCTTGGCTTTGCTTCATTCTCCTCACACCCACTATCTTCTCGGTGTTACATA
TTACTCATGAGACCCTTCGCTCTAGTTATCTCTTTCATACTAACTTCATTCTCTTCCCGA
ACCTTTGTCTTTGAGAGAAACCGCTTCCGTGATCTCACCATTCACTCCCACCTCCTTCCC
AAGTTCTCCTCTCATTACATATCGCAGCAGTGTAAAGAATCTATCAACAAAATGATAGAG
ACGGCTATCATTGAAGCGGACAAGAGGGGTGTGAAAGTAATGAGTTTGGGGCTATTGAAC
CAGGGAGAAGAATTAAATGGCTACGGAGAAATGTATTTAAGGAAGCACCCAAAGCTAAAG
ATAAGGATAGTAGACGGTAGCAGTCTTGCAGCTGAGGTGGTGGTCCATAGTATTCCCATT
GGCACTAGAGAAGTTCTCTTTCGAGGAAAAATCACAAAAGTTGCTCGTGCCATTGTCACT
TCTCTTTGCCAAAATGGCATCAAGGTGATGATGTTGTGTGAGGAAGAGCATTGCATGCTA
GCCGGATACCTTGGCGGGCATTGTAAAGAAAATCTGGTGCTCACAACCGATTACTCCCCA
ATGATTTGGTTGGTGGGAGATGGGCTAAGCAAAGAAGAGCAGAAGATGGCAACAAAAGGA
CTCGTTTTCTTCCTTTCTCACAGTTTCCTCCTACTCAACTTCGAAAGGACTGCTTTTACA
TACACTCCCGCTATGATCATCCCTGACTCTGCTCAAACATCGATCTTGTGAGACTGGCTG
GGGAGGAGAGTGATGAGCGCATGGAGAGTGGGACAGTACA

QA 2 821 2 821
DS 



AS 1 4

CO CL2444Contig1 1180 4 11 U
GGAAAAATGCCTTGAACTTAGGATCAATCTCCTTCAGCTGCTGCACCACTGTGTTTAGAA
TCAATTCGAGTTTTTTTTTTCATTTTAAATAAATGGCGAATAAGAGTAGCATCCTGTTCA
TCGGAGGAACAGGTTACATCGGGAAATATATAGTGGAAGCGAGCGCGAGATCTGGACACA
CAACCCTTGTTCTCGTTCGAAACTCCACCCTCACAAGCCCCTCGCGATCCACCACCATCG
ACAATTTCAAGAACCTCGGCGTTCGCTTTCTACTCGGAGATCTTAACGATCATACGAGTC
TCGTGAATTCGATCAAGCAAGCTGATGTGGTGATATCCACCGTTGGACACTCTCTCTTGG
GTCAACAAGACAAGATCCTCTCTGCCATTAAAGAAGCTGGTAACGTTAAGAGATTCTTTC
CGTCGGAGTTTGGAAATGATGTGGACCGTGCTGAGAGTGTTGAACCTGCCAAAACAGCCT
ATACTACAAAGGCAATGTTCCGCAGGAGAATTGAGGAAGCAGGGATACCATACACTATTG
TCTCTTGCAACTTCTTTGCTGGCTACTTCCTCCCTACTTTGGCACAGCCTGGTGCTACTT
CTCCTCCACGTGACAAAGTCATCATTATGGGTGATGGTACCCCCAAAGCTGTGTTCAACA
CGGAGGAAGACATAGGGACTTACACAATCAAGGCCGTAGATGATCCAAGAACCTTAAACA
AGATTTTATACGTTAGGCCACCCATGAACACTTACTCGTTCAACGACCTTGTCTCCCTTT
GGGAGAAAAAGATTGGGAAAACACTAGAAAGAATCCACGTTCCAGAAGAACAAATCCTTA
AACAGATAACAGAAGCATCGCCTCCACTGAACGTGTTGCTATCACTTTGTCATTGCGTAT
TCGTGAAAGGAGGACAAACAAACTTCGAAATAGAACCTTCCTTTGGTGTAGAAGCTTCTG
AGCTTTACCCTGATGTCAAATACACTACTGTTGATGAAATCCTCGACAACCACGTCTAAA
GGAGGACCAGCTTCTAACTAAAGTCACTCCCTGACACTTATATTTCTGAATAACTTTGGG
TAAAATATTACCTTTCTGCTTCACCAGTATGATGAATCAATGAAACTGAACTACTTGTCT
TATTATGCGCCGTTTTGAATGTAATAAATTTCTGTAGTAC


BQ
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15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 0 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM75TF U 1
AF RR3CQ62TF U 12
AF RR3CQ62JQ C 599
AF RR3FM75JQ C 483
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TCGTGAATTCGATCAAGCAAGCTGATGTGGTGATATCCACCGTTGGACACTCTCTCTTGG
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RD RR3CQ62TF 763 0 0
GG
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TTTTTTTCATTTTAAATAAATGGCGAATAAGAGTAGCATCCTGTTCATCGGAGGAACAGG
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CGTTCGAAACTCCACCCTCACAAGCCCCTCGCGATCCACCACCATCGACAATTTCAAGAA
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CT

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GAGAAAAAGATTGGGAAAACACTAGAAAGAATCCACGTTCCAGAAGAACAAATCCTTAAA
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AAATATTACCTTTCTGCTTCACCAGTATGATGAATCAATGAAACTGAACTACTTGTCTTA
TTATGCGCCGTTTTGAATGTAATAAATTTCTGTAGTAC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 4

CO CL2445Contig1 1022 4 19 U
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TTGTGACATTTCTTGCTCTTTCTTCTTCATCTCGAGCAGCAGATGTGACAGAGACTGCGT
TCCATTACAAAAAAGGAGAACTAGCCGATCCATCGAAATGGAGCATGATCAAGAAAGAAT
GGGAAATTTGTGGGACTGGGAAGAGGCAATCACCAATAGATCTTTCTCCAGAAATAGCTC
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TAAATAATACTGACTATCAATTGGTTCAAAGCCATTGGCACGCACCTTCAGAGCATCTCC
TCAATGGAGAAAGGTTTGCCATGGAACTTCACATGGTACATAAAAGTGAAGAAGGACACT
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CTCCTCCTTGCACGGAAGATGTCATCTGGACCATCATCAACAAGGTGGGGACTGTTTCAC
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CCTCCATTACTAATTATATTTTACAACATGAATTTACAAATTTATATATTTTCCAGTTAC
TAAAAAAAATGTAAATATGTTGTTGCTTAAAAGTTAAAAACAAAGCAAAGCGCTATATGC
AT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 

AF RR3C105TF U 2
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AF RR3C105JQ C 506
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RD RR3C105TF 285 0 0
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TGTGACATTTCTTGCTCTTTCTTCTTCATCTCGAGCAGCAGATGTGACAGAGACTGCGTT
CTATTACAAAAAAGGAGAACTAGCCGATCCATCGAAGTGGAGCATGATCAAGAAAGAATG
GGAAATTTGTGGGACTGGGAAGAGGCAATCACCAATAGATCTTTCTCCAGAAATAGCTCG
CCTAGTTCACAATTCTACAAAGCTTATTCAGACATATTACAAACC

QA 1 285 1 285
DS 

RD RR3CM62TF 750 0 0
GGATACATAAGTTTGAGAAGAAGAAGAAAAAACATAAGGTGAGCAGCATTATCATCCTAT
TTGTGACATTTCTTGCTCTTTCTTCTTCATCTCGAGCAGCAGATGTGACAGAGACTGCGT
TCCATTACAAAAAAGGAGAACTAGCCGATCCATCGAAATGGAGCATGATCAAGAAAGAAT
GGGAAATTTGTGGGACTGGGAAGAGGCAATCACCAATAGATCTTTCTCCAGAAATAGCTC
GCCTAGTTCACAATTCTACAAAGCTTATTCAGACATATTACAAACCAGTAGAAGCTACTC
TTAAGAACCGTGGACACGACATCATGGTGTCATGGGATGACGACGCAGGGAAGATTGTGA
TAAATAATACTGACTATCAATTGGTTCAAAGCCATTGGCACGCACCTTCAGAGCATCTCC
TCAATGGAGAAAGGTTTGCCATGGAACTTCACATGGTACATAAAAGTGAAGAAGGACACT
TAGCAGTTATAGGAGTTCTCTTCCGAAAAGGAGAGCCGAATGCTTTCATTTCAAGGATAA
TGGAAAAGATCAATTCGATCGCAAACATCCAAGATGGAGAGGCCACCATAGGAAGGCTAC
ATCCAAAAGACTTCGGATGGGATCTTACAAAATTCTACGAATATAGTGGATCTCTCACTA
CTCCTCCTTGCACGGAAGATGTCATCTGGAC*ATCATCAACAAG*TGGGGACTGTTTCAC
ATGAGCAAATTAAAGTATTAGTCGATGCTC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3CM62JQ 705 0 0
CACGACATCATGGTGTCATGGGATGACGACGCAGGGAAGATTGTGATAAATAATACTGAC
TATCAATTGGTTCAAAGCCATTGGCACGCACCTTCAGAGCATCTCCTCAATGGAGAAAGG
TTTGCCATGGAACTTCACATGGTACATAAAAGTGAAGAAGGACACTTAGCAGTTATAGGA
GTTCTCTTCCGAAAAGGAGAGCCGAATGCTTTCATTTCAAGGATAATGGAAAAGATCAAT
TCGATCGCAAACATCCAAGATGGAGAGGCCACCATAGGAAGGCTACATCCAAAAGACTTC
GGATGGGATCTTACAAAATTCTACGAATATAGTGGATCTCTCACTACTCCTCCTTGCACG
GAAGATGTCATCTGGACCATCATCAACAAGGTGGGGACTGTTTCACATGAGCAAATTAAA
GTATTAGTCGATGCTCGCCGCGGTGGTTACGAGGATAACGCAAGACCCGCTCAACCGCTG
AATGACCGTGTGGTTTATCTAAACGAACAGCATACCAGATCAACTCCAAGCTCCCAAGGA
CAAATTGATATAAATTAATTTTGAAGATGTTTGTGGGTTGGCTGCTCCTCCATTACTAAT
TATATTTTACAACATGAATTTACAAATTTATATATTTTCCAGTTACTAAAAAACATGTAA
ATATGTTGTTGCTTAGAAGTTAAAAACAAAGCAAAGTGCTATATG

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3C105JQ 517 0 0
AAAAGGAGAGCCGAATGCTTTCATTTCAAGGATAATGGAAAAGATCAATTCGATCGCAAA
CATCCAAGATGGAGAGGCCACCATAGGAAGGCTACATCCAAAAGACTTCGGATGGGATCT
TACAAAATTTTACGAATATAGTGGATCTCTCACTACTCCTCCTTGCACGGAAGATGTCAT
CTGGACCATCATCAACAAGGTGGGGACTGTTTCACATGAGCAAATTAAAGTATTAGTCGA
TGCTCGCCGCGGTGGTTACGAGGATAACGCAAGACCCGCTCAACCGCTGAATGACCGTGT
GGTTTATCTAAACGAACAGCATACCAGATCAACTCCAAGCTCCCAAGGACAAATTGATAT
AAATTAATTTTGAAGATGTTTGTGGATTGGCTGTTCCTCCATTACTAATTATATTTTACA
ACATGAATTTACGAATTTATATATTTTCCAGTTACTAAAAAAAATGTAAATATGTTGTTG
CTTAAAAGTTAAAAACAAAGCAAAGCGCTATATGCAT

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 4

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TTGCTTCCAAACTGCCTTATTTGTGCGTTTTGTGATTGTAAGAACAGAAACAGCTTTACA
AGAACCAAAGACGCTGAAGAAACATCAAAATGTCACCCTAGCTCACTTTTTATTCTCATC
CTGCATAGATCTAAAGCTTGTCTGACAGAGTTTGTGGACCAACAACACATTCCTCATTTA
GCAACTTTCTTCTTCCTCAGAAGATCTTCCACTTGGAGCTCGTTGATCTTAGCAGCTAGA
ATGAAGTCGTTCTCGGTCAAAACACCTATGGCATGTGTCCATATGTCGATCTTCACATTA
TTCCAGCCTACCAGATGCAAATCTGGGTGATGACCTTCTGATTCAGCGATATCAGCTACA
CGTTTGAAGAAGTCTAGTCCTTTTGTAAAACTTTTCACTGTCCACGACCGATGCAGCTTT
AATGTGCCATTGTCATTAGCCATATCCCATCCAGCAACCTTCTGAAGTAGTTCTTGGGCA
CTTTGTTCAGTCATGGGGTGTAGATCCTTAGCGTTGCATGGGACACACTTTTTTGCTGAT
AAATCTTGTAGGGAGGAGCAGAATGTTTTAGCTCCAGAAGAAGAGTCACCAATTGCACTA
TCTTGCGACATAGCAGCGCTCGTCCAATGAACAAAGCTCCTGTGACGTCGTCCGTACAGA
TTGCGGAACGATGACGCAGCTACAACCTGTTTTCTAGAGATTGAGAAAAGCGTAGGCAGC
AAGAGCCGACTCATCGGTGTCGCAGCAGCGGTTGCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EW89JQ U 1
AF RR3EW89TF C 1
AF RR3CX13JQ U 39
AF RR3CX13TF C 104
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BS 322 322 RR3CX13JQ
BS 323 488 RR3EW89JQ
BS 489 816 RR3CX13JQ

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C

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DS 

RD RR3EW89TF 489 0 0
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TTGCTTCCAAACTGCCTTATTTGTGCGTTTTGTGATTGTAAGAACAGAAACAGCTTTACA
AGAACCAAAGACGCTGAAGAAACATCAAAATGTCACCCTAGCTCACTTTTTATTCTCATC
CTGCATAGATCTAAAGCTTGTCTGACAGAGTTTGTGGACCAACAACACATTCCTCATTTA
GCAACTTTCTTCTTCCTCAGAAGATCTTCCACTTGGAGCTCGTTGATCTTAGCAGCTAGA
ATGAAGTCGTTCTCGGTCAAACCACCTATGGCATGTGTCCATATGTCGATCTTCACATTA
TTCCAGCCTACCAGATGCAAATCTGGGTGATGACCTTCTGATTCAGCGATATCAGCTACA
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AATGTGCC
C

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR3CX13JQ 778 0 0
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TAGCTCACTTTTTATTCTCATCTTGCATAGATCTAAAGCTTGTCTGACAGAGTTTGTGGA
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CTCGTTGATCTTAGCAGCTAGAATGAAGTCGTTCTCGGTCAAAACACCTATGGCATGTGT
CCATATGTCGATCTTCACATTATTCCAGCCTACCAGATGCAAATCTGGGTGATGACCTTC
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T**CCACGACCGATGCAGCTTTAATGTGCCATTGTCATTAGCCATATCCCATCCAGCAAC
CTTCTGAAGTAGTTCTTGGGCACTTTGTTCAGTCATGGGGTGTAGATCCTTAGCGTTGCA
TGGGACACACTTTTTTGCTGATAAATCTTGTAGGGAGGAGCAGAATGTTTTAGCTCCAGA
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CCTGTGACGTCGTCCGTACAGATTGCGGAACGATGACGCAGCTACAACCTGTTTTCTAGA
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QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3CX13TF 702 0 0
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TGATCTTAGCAGCTAGAATGAAGTCGTTCTCGGTCAAAACACCTATGGCATGTGTCCATA
TGTCGATCTTCACATTATTCCAGCCTACCAGATGCAAATCTGGGTGATGACCTTCTGATT
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ACGACCGATGCAGCTTTAATGTGCCATTGTCATTAGCCATATCCCATCCAGCAACCTTCT
GAAGTAGTTCTTGGGCACTTTGTTCAGTCATGGGGTGTAGATCCTTAGCGTTGCATGGGA
CACACTTTTTTGCTGATAAATCTTGTAGGGAGGAGCAGAATGTTTTAGCTCCAGAAGAAG
AGTCACCAATTGCACTATCTTGCGACATAGCAGCGCTCGTCCAATGAACAAAGCTCCTGT
GACGTCGTCCGTACAGATTGCGGAACGATGACGCAGCTACAACCTGTTTTCTAGAGATTG
AGAAAAGCGTAGGCAGCAAGAGCCGACTCATCGGTGTCGCAG

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 3

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GGAGCCATGTCAGACGACGACGATTCACCCTCCGGAAAGCGATCTAAACTCGATCGGTTC
CCTCTTAGCCGATGGGAACTCGCGGTCTCCCTCGGCGTCCTCCTCGTCTTCTCCTCTGGT
CTCTTCTGCATCTACATGACAATGCCCGCTGCCCAATTCGGCAATCTCAAGCTCCCCAGA
AGCATCTCTGACCTTCGCTTGCTCAAAGACAATCTTGCTGACTATGCGAATGAGTACCCG
GCGCAGTTCGTTTTAGGGTACTGTGCGACCTACATTTTCATGCAGACGTTTATGATTCCA
GGGACTATCTTTATGTCGCTTTTGGCTGGAGCTCTCTTTGGGGTTATCAAAGGTGTTGTC
TTGGTTGTTTTCAACGCAACCGCAGGAGCTACTTGCTGTTTCTTTTTGTCTAAGTTGATT
GGTCGGCCGTTGATCACTTGGCTGTGGCCTGACAAGTTGAGATTCTTTCAGGCTGAGTTT
GGTAAGCGAAGAGATAAGCTTCTGAATTATATGTTGTTTCTGAGGATAACACCCACACTG
CCAAATCTGTTCATCAATTTGGCTTCTCCGATTGTTGATGTACCTTTTCATATCTTCTTT
TTGGCGACATTGGTCGGTCTCATTCCCGCAGCTTACATAACCGTTAGAGCTGGACTTGCT
ATTGGAGATCTCAAATCGGTGAAGGACCTGTACGATTTCAAGACATTGTCAGTGCTTTTC
CTCATTGGGTTTATCTCCATACTCCCAACAATACTGAAAAGAAAGAAGATATATGAATAG
CCAAAGAGAAGTCCCTTTACAATACACAGGCTTGCTTAACCTTCGATGTCATAAAGCCTT
ACAGAGGACAAGGCTACACTTTTAACTGATTTAGAGGACACAGCAGAAACAATAATGGCT
GACTCGTTTATACTTTTTTGTGTGTTTGTGTGTTTCCATTTTAGAGTAGAACTGAGGAAG
ATATCATAGAATCAAATACATTTTTTTTTTCTGAATCAAGTTATTATTTTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EH54TF U 1
AF RR3BE47TF U 6
AF RR3BE47JQ C 256
BS 1 43 RR3EH54TF
BS 44 44 RR3BE47TF
BS 45 218 RR3EH54TF
BS 219 739 RR3BE47TF
BS 740 1074 RR3BE47JQ

RD RR3EH54TF 218 0 0
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GGAGCCATGTCAGACGACGACGATTCACCCTCCGGAAAGCGATCTAAACTCGATCGGTTC
CCTCTTAGCCGATGGGAACTCGCGGTCTCCCTCGGCGTCCTCCTCGTCTTCTCCTCTGGT
CTCTTCTGCATCTACATGACAATGCCCGCTGCCCAATT

QA 1 218 1 218
DS 

RD RR3BE47TF 735 0 0
GGA
AAAGTGGTGGGTGATGTCTCTCACACGGAATCTAACCAGAGACGAAGAGCTCGGAGCCAT
GTCAGACGACGACGATTCACCCTCCGGAAAGCGATCTAAACTCGATCGGTTCCCTCTTAG
CCGATGGGAACTCGCGGTCTCCCTCGGCGTCTTCCTCGTCTTCTCCTCTGGTCTCTTCTG
CATCTACATGACAATGCCCGCTGCCCAATTCGGCAATCTCAAGCTCCCCAGAAGCATCTC
TGACCTTCGCTTGCTCAAAGACAATCTTGCTGACTATGCGAATGAGTACCCGGCGCAGTT
CGTTTTAGGGTACTGTGCGACCTACATTTTCATGCAGACGTTTATGATTCCAGGGACTAT
CTTTATGTCGCTTTTGGCTGGAGCTCTCTTTGGGGTTATCAAAGGTGTTGTCTTGGTTGT
TTTCAACGCAACCGCAGGAGCTACTTGCTGTTTCTTTTTGTCTAAGTTGATTGGTCGGCC
GTTGATCACTTGGCTGTGGCCTGACAAGTTGAGATTCTTTCAGGCTGAGTTTGGTAAGCG
AAGAGATAAGCTTCTGAATTATATGTTGTTTCTGAGGATAACACCCACACTGCCAAATCT
GTTCATCAATTTGGCTTCTCCGATTGTTGATGTACCTTTTCATATCTTCTTTTTGGCGAC
ATTGGTCGGTCTCATTCCCGCAGCTTACATAACCGTTAGAGCTGGACTTGCTATTGGAGA
TCTCAAATCGG
T

QA 4 734 4 734
DS 

RD RR3BE47JQ 819 0 0
CGCTTGCTCAAAGACAATCTTGCTGACTATGCGAATGAGTACCCGGCGCAGTTCGTTTTA
GGGTACTGTGCGACCTACATTTTCATGCAGACGTTTATGATTCCAGGGACTATCTTTATG
TCGCTTTTGGCTGGAGCTCTCTTTGGGGTTATCAAAGGTGTTGTCTTGGTTGTTTTCAAC
GCAACCGCAGGAGCTACTTGCTGTTTCTTTTTGTCTAAGTTGATTGGTCGGCCGTTGATC
ACTTGGCTGTGGCCTGACAAGTTGAGATTCTTTCAGGCTGAGTTTGGTAAGCGAAGAGAT
AAGCTTCTGAATTATATGTTGTTTCTGAGGATAACACCCACACTGCCAAATCTGTTCATC
AATTTGGCTTCTCCGATTGTTGATGTACCTTTTCATATCTTCTTTTTGGCGACATTGGTC
GGTCTCATTCCCGCAGCTTACATAACCGTTAGAGCTGGACTTGCTATTGGAGATCTCAAA
TCGGTGAAGGACCTGTACGATTTCAAGACATTGTCAGTGCTTTTCCTCATTGGGTTTATC
TCCATACTCCCAACAATACTGAAAAGAAAGAAGATATATGAATAGCCAAAGAGAAGTCCC
TTTACAATACACAGGCTTGCTTAACCTTCGATGTCATAAAGCCTTACAGAGGACAAGGCT
ACACTTTTAACTGATTTAGAGGACACAGCAGAAACAATAATGGCTGACTCGTTTATACTT
TTTTGTGTGTTTGTGTGTTTCCATTTTAGAGTAGAACTGAGGAAGATATCATAGAATCAA
ATACATTTTTTTTTTCTGAATCAAGTTATTATTTTCTTT

QA 1 819 1 819
DS 



AS 1 2

CO CL2448Contig1 1102 2 6 U
GAACAAAAACTCCAAATCCATACATCTAATGCTTACTTCAAGCTGAGAAAGTACAAGAAA
TGTCTTAAAATCCATCCATCTAATGCTATTTGAAGCTAAAACAGTGCAGATTACAACAGA
TTGCAAGATACCCTTTTAAGTTTAGAGGTATCTCATTCTAGAGATAACAGAAAACTGAAG
GCTACTTCCTAATAAACTAGTTCGTTGATCATCTACTTCAACTACATTTTTAAAAATCTT
AAGATGAGAATCTATCTCCCATTTCGTTACATACTTCGTCTAGAGTAGACAGGAAGTCTC
TCAAAGCCATGAAAACTCTCAGTGTGTGACCTTCTTCTTTGACAGACCCTCCATGGAATA
GCTCTGTGACCTCTTCCAATGCAGACAGCGTTGAGGTCTCTTGTGCTTTGATCGTCAGAA
TCTCCCCTGCAGAAGTTTCCAAGAACCGAGCCATCTTATCCTCGAACTTCAGCCACTGCT
CTCCACAAGATCCACTCTCTTCGCTCAGCATCAGAAGCTCCTTGATGTTCTTGGTTCCCT
GACAAAGCTTCAACACACCGCTTGTTAGAACACCATACTCAACGTCAGCCGACTTCTTAA
CCGCGTCCATCTCTGAGCTCAGGTTTCTAATGCGGTCCAAAACTTTCACAGAGCCTTCTG
ATTTTATCATCTCCTGAACAACGAAATGCAAGACAGTGCTTCTCCCATCTAGCCCCTTGA
CCTCAGCGAGCTTGAGGAGCGTGTCAAATTTAAAAGCATGAGAGTTTGTTCCAACACTCA
TCTTGTTTCCTGTCTTGAGTATAGCTTCAAGAAGTCTAGAGAACATTTTATTGTTCCTTA
GTTCTTCACAAGCAGCCTGCACAACACTGAAAGATCGTCTGAGGTATTCAATCTCGGAGT
TGAAGTTAGCTACACAGAGCAAGGCATCAACCCGTTTGAACACGAACGGCACATGAAGCA
ATTCCTTAAGAAATCTCTCAGCTGGACCAAGCTTGATAATCGCTGAATCATCATCACTAC
AGCTCCTCAACTTCCTCTCTTCTTCTTTACTAGGTGCCAGTCTCGATAGACAGTCAAGAA
GCTCAGCTCCAAGTGCATCAGA


BQ
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AF RR3CH75JQ U 1
AF RR3C433TF C 542
BS 1 598 RR3CH75JQ
BS 599 599 RR3C433TF
BS 600 603 RR3CH75JQ
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BS 605 718 RR3CH75JQ
BS 719 1102 RR3C433TF

RD RR3CH75JQ 718 0 0
GAACAAAAACTCCAAATCCATACATCTAATGCTTACTTCAAGCTGAGAAAGTACAAGAAA
TGTCTTAAAATCCATCCATCTAATGCTATTTGAAGCTAAAACAGTGCAGATTACAACAGA
TTGCAAGATACCCTTTTAAGTTTAGAGGTATCTCATTCTAGAGATAACAGAAAACTGAAG
GCTACTTCCTAATAAACTAGTTCGTTGATCATCTACTTCAACTACATTTTTAAAAATCTT
AAGATGAGAATCTATCTCCCATTTCGTTACATACTTCGTCTAGAGTAGACAGGAAGTCTC
TCAAAGCCATGAAAACTCTCAGTGTGTGACCTTCTTCTTTGACAGACCCTCCATGGAATA
GCTCTGTGACCTCTTCCAATGCAGACAGCGTTGAGGTCTCTTGTGCTTTGATCGTCAGAA
TCTCCCCTGCAGAAGTTTCCAAGAACCGAGCCATCTTATCCTCGAACTTCAGCCACTGCT
CTCCACAAGATCCACTCTCTTCGCTCAGCATCAGAAGCTCCTTGATGTTCTTGGTTCCCT
GACAAAGCTTCAACACACCGCTTGTTAGAACACCATACTCAACGTCAGCCGACTTCTTCA
CCGTGTCCATCTCTGAGCTCAGGTTTCTAATGCGGTCCAAAACTTTCACAGAGCCTTCTG
ATTTTATCATCTCCTGAACAACGAAATGCAAGACAGTGCTTCTCCCATCTAGCCCCTT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3C433TF 561 0 0
ACAAAGCTTCAACACACCGCTTGTTAGAACACCATACTCAACGTCAGCCGACTTCTTAAC
CGCGTCCATCTCTGAGCTCAGGTTTCTAATGCGGTCCAAAACTTTCACAGAGCCTTCTGA
TTTTATCATCTCCTGAACAACGAAATGCAAGACGGTGCTTCTCCCATCTAGCCCCTTGAC
CTCAGCGAGCTTGAGGAGCGTGTCAAATTTAAAAGCATGAGAGTTTGTTCCAACACTCAT
CTTGTTTCCTGTCTTGAGTATAGCTTCAAGAAGTCTAGAGAACATTTTATTGTTCCTTAG
TTCTTCACAAGCAGCCTGCACAACACTGAAAGATCGTCTGAGGTATTCAATCTCGGAGTT
GAAGTTAGCTACACAGAGCAAGGCATCAACCCGTTTGAACACGAACGGCACATGAAGCAA
TTCCTTAAGAAATCTCTCAGCTGGACCAAGCTTGATAATCGCTGAATCATCATCACTACA
GCTCCTCAACTTCCTCTCTTCTTCTTTACTAGGTGCCAGTCTCGATAGACAGTCAAGAAG
CTCAGCTCCAAGTGCATCAGA

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 3

CO CL2449Contig1 1492 3 21 U
GGTGAACCTTAAGAAGCAGAAGAAAAACTTGGTTGCTGCTGTTCAAAAGGAAAAAGCTGA
GAAGGTGCCCAAGAAGGTGGAGAGCTCTGATGAAGAGTCTGATTCTGAGAAAGAGGACAA
GGAGCCCGCACAAAAGAAGGCCGTTGCTTCTACAAACGGAACTGTTGCAAAGAAGGCAAA
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ACCTGCAGCAGCTAAGCCAGCTGTGAAAGATTCTTCCTCCTCTGAAGAGGACGATTCAGA
AGATGAATCTGAGGATGAGAAACCTGTTGCCAAGAAGGCAGCTCCTGTTGCTACCAAGGC
TGCAAGCGGGTCAGATTCATCTGAGGAAGATTCTGATGAGGAAAGTGAAGATGAAAAACC
CGCACCAAAAGAGACCAAGACAGCCAAAAAGGATAGCAGTAGCGATGGCTCTGACTCTGA
TGAGTCTGAGAGTGAAGAAGAGGAAGAAACCCCAAAGAAAAAGAGCTCTGATGTAGAAAT
GGTGGATGCTGAAAAGCAACAGCCAAAGACACCATCAACTCCTGCCACAGGAGGATCAAA
GACACTCTTTGTTGCCAATCTCCCATTCCAGGTTGAAAAATCAGATGTTGAGGAATTCTT
CAAGGGAGCTGGCCAAGTTGTTGATGTTAGATTTGCCATGTCTAAAGATGACGGCAGTTT
CAGAGGCTTTGGCCATGTTGAGTTTGCTTCTGCCGGGGAAGCACAGAAGGCACTTGAATT
TCACGGTAGACCTTTGCTTGGTCGTGAACTTCGTCTTGATGTTGCTCAGGAGAGGGGTGA
AAGACCCGCTTACAACACTCCCCGAAGCGGAAACGGCGGTGGTGGTGGTGGTTCAGAGGT
TTTTGTGAAGGGATTTGACTCTTCTCTTCCTGTGAATGATATCAAGAGCGCCTTGAGTGA
ACACTTTGCTTCATGTGGAGAGATCACGAGAGTCTCTGTTTCCGTTGACCGTGAAACTGG
TGGTTCCAGAGGAATTGCTTACCTTGAATTTAAAGAAGGCACAGAGAAGGCGTTTGAACT
TAATGGTAGTGAAATGGGAGGATGGAATCTCGTTGTTGATGAGCCTAGACCGAAGGAAAA
CAACAATGGTGGTGGATTCAATAGTGGAAGGAGCAACTATGGCGGAGGAAGAGACAGTGG
TCGTGGCCGTGGTCGTGGCAGGGGAAGAGATAATTTCCGTGGTCGTGGCAGAGGAAGAGA
AAACGGTCGTGGAAGACCTAGTTTGACTCATTCAGAAGGTAAGAAGACTACCTTTAGCGA
CGAGTAGAAGAGAATGCTCTTCTTGTTTTCAAGTCTTTAACTTATACATTACATCCTTTT
TTATTGTTTTTGGTTTTTTTGTCTGAGAATCTCTAAATTTTTTTCTTAATGTTATAAATT
AAGCTCAATCTTGAGTACTTTTGGTGTTATTTATCATTATTGTCTTTCGTTT


BQ
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AF RR3B101TF U 1
AF RR3AA07TF U 231
AF RR3AA07JQ C 587
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BS 753 906 RR3AA07TF
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AGATGAATCTGAGGATGAGAAACCTGTTGCCAAGAAGGCAGCTCCTGTTGCTACCAAGGC
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CAAGGAAGCTGGCCAAGTTGTTGATGTTAGATTTGCCATGTCTAAAGATGATGGCAGTTT
CAGAGGTTTTGGCCATGTTGAGTTTGCTTCTG

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DS 

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G
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CGATTCAGAAGATGAATCTGAGGATGAGAAACCTGTTGCCAAGAAGGCAGCTCCTGTTGC
TACCAAGGCTGCAAGCGGGTCAGATTCATCTGAGGAAGATTCTGATGAGGAAAGTGAAGA
TGAAAAACCCGCACCAAAAGAGACCAAGACAGCCAAAAAGGATAGCAGTAGCGATGGCTC
TGACTCTGATGAGTCTGAGAGTGAAGAAGAGGAAGAAACCCCAAAGAAAAAGAGCTCTGA
TGTAGAAATGGTGGATGCTGAAAAGCAACAGCCAAAGACACCATCAACTCCTGCCACAGG
AGGATCAAAGACACTCTTTGTTGCCAATCTCCCATTCCAGGTTGAAAAATCAGATGTTGA
GGAATTCTTCAAGGGAGCTGGCCAAGTTGTTGATGTTAGATTTGCCATGTCTAAAGATGA
CGGCAGTTTCAGAGGCTTTGGCCATGTTGAGTTTGCTTCTGCCGGGGAAGCACAGAAGGC
ACTTGAATTTCACGGTAGACCTTTGCTTGGTCGTGAACTTCGTCTTGATGTTGCTCAGGA
GAGGGGTGAAAGACCCGCTTACAACACTCCCCGAAGCGGAAACGGCGGTGGTGGTGGTGG
TTCAGAGGTTTTTGT

QA 2 676 2 676
DS 

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GTTGAGGAATTCTTCAAGGGAGCTGGCCAAGTTGTTGATGTTAGATTTGCCATGTCTAAA
GATGACGGCAGTTTCAGAGGCTTTGGCCATGTTGAGTTTGCTTCTGCCGGGGAAGCACAG
AAGGCACTTGAATTTCACGGTAGACCTTTGCTTGGTCGTGAACTTCGTCTTGATGTTGCT
CAGGAGAGGGGTGAAAGACCCGCTTACAACACTCCCCGAAGCGGAAACGGCGGTGGTGGT
GGTGGTTCAGAGGTTTTTGTGAAGGGATTTGACTCTTCTCTTCCTGTGAATGATATCAAG
AGCGCCTTGAGTGAACACTTTGCTTCATGTGGAGAGATCACGAGAGTCTCTGTTTCCGTT
GACCGTGAAACTGGTGGTTCCAGAGGAATTGCTTACCTTGAATTTAAAGAAGGCACAGAG
AAGGCGTTTGAACTTAATGGTAGTGAAATGGGAGGATGGAATCTCGTTGTTGATGAGCCT
AGACCGAAGGAAAACAACAATGGTGGTGGATTCAATAGTGGAAGGAGCAACTATGGCGGA
GGAAGAGACAGTGGTCGTGGCCGTGGTCGTGGCAGGGGAAGAGATAATTTCCGTGGTCGT
GGCAGAGGAAGAGAAAACGGTCGTGGAAGACCTAGTTTGACTCATTCAGAAGGTAAGAAG
ACTACCTTTAGCGACGAGTAGAAGAGAATGCTCTTCTTGTTTTCAAGTCTTTAACTTATA
CATTACATCCTTTTTTATTGTTTTTGGTTTTTTTGTCTGAGAATCTCTAAATTTTTTTCT
TAATGTTATAAATTAAGCTCAATCTTGAGTACTTTTGGTGTTATTTATCATTATTGTCTT
TCGTTT

QA 1 906 1 906
DS 



AS 1 2

CO CL2450Contig1 838 2 18 U
CTTCTCCTTCCTTACTCTCTCAATCAATGGCTTCTCTTTTTTCATTTTCTTCTCTCCTTC
AACCAAAAGTCTCTGTTTCTTCTCCCCTTAAACCAAAAGCTGTAAAGACTTCGATTTCAG
CTCCTCAGACACAGACAATAACGGAAGGACTTGAAGAAAAATTCGGACGAAAAGGCATAA
AATTCTCGGAACCAAACATGGTCGAGCTCAAGGTCAGAAACGGAAGCTCTTTAAAGCCGA
GTCTATCAGACGCTCATGTTGTTTCATATCAACCAAAAGTGTACTGGAAAGACGATGGAT
TCGAGGAAGTCCTTTACACAGTAGAGGACGGTAATAAAACCAGAGGAGGGGTTGGTCTTG
TCATCATAAACGAAGAAGAAAAAGCTTCTTCAATACTATCAGGTTGTGATTGGACCGTTA
AGGACACTGATTCAGACGCCATTGACGCTCTTCAGATTGAATTGAGCTGCACGGCAGGAT
TTCTCGACATAACCTACATCGCCTCTCTCTATCCAGTAAGCATAGCAACAGCAGTGGTGG
TGAAGAACAACGGTCGCAAACCGGTTTCCCTTAAACCGGGGATTATAAGTTCCTTGAGAT
TCAAGAAACGGAGTGGTGCTGGAATTCAAGGGCTTAAAGGCTGCTCCTATTGCCCCAGTC
CTCCATTATCTTCGCCTTTCGAGCTACTATCTCCTTCTGAGGCAATGAAGGCGGACTCTT
CCCGGGTGGTTCGGGTCAGAAGATGGGGAGCAACCAGGGATTTGGGCAGTTGAAGACTCT
GTTATTACACTTCTTGAGAAGAAGATGAGTAGAGTCTATGGTGCCCATCCCGCTGAGA


BQ
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AT46TF U 1
AF RR3DR44TF U 190
BS 1 315 RR3AT46TF
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BS 348 484 RR3AT46TF
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BS 486 501 RR3AT46TF
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BS 732 732 RR3DR44TF
BS 733 745 RR3AT46TF
BS 746 838 RR3DR44TF

RD RR3AT46TF 745 0 0
CTTCTCCTTCCTTACTCTCTCAATCAATGGCTTCTCTTTTTTCATTTTCTTCTCTCCTTC
AACCAAAAGTCTCTGTTTCTTCTCCCCTTAAACCAAAAGCTGTAAAGACTTCGATTTCAG
CTCCTCAGACACAGACAATAACGGAAGGACTTGAAGAAAAATTCGGACGAAAAGGCATAA
AATTCTCGGAACCAAACATGGTCGAGCTCAAGGTCAGAAACGGAAGCTCTTTAAAGCCGA
GTCTATCAGACGCTCATGTTGTTTCATATCAACCAAAAGTGTACTGGAAAGACGATGGAT
TCGAGGAAGTCCTTTGCACAGTAGAGGACGGTAATAAAACCAGAGGCGGGGTTGGTCTTG
TCATCATAAACGAAGAAGAAAAAGCTTCTTCAATACTATCAGGTTGTGATTGGACCGTTA
AGGACACTGATTCAGACGCCATTGACGCTCTTCAGATTGAATTGAGCTGCACGGCAGGAT
TTCTTGACATAACCTACATCGTCTCTCTCTATCCAGTAAGCATAGCAACAGCAGTGGTGG
TGAAGAACAACGGTCGCAAACCGGTTTCCCTTAAACCGGGGATTATAAGTTCCTTGAGAT
TCAAGAAACGGAGTGGTGCTGGAATTCAAGGGCTTAAAGGCTGCTCCTATTGTCCCAGTC
CTCCATTATCTTCGCCTTTCGAGCTACTGTCTCCTTCTGAGGCAATGAAG*CGGACTCTT
CCCGGGTGGTTTGGGTCAGAAGATG

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3DR44TF 649 0 0
G
ACCAAACATGGTCGAGCTCAAGGTCAGAAACGGAAGCTCTTTAAAGCTGAGTCTATCGGA
CGCTCATGTTGTTTCATATCAACCAAAAGTGTACTGGAAAGACGATGGGTTCGAGGAAGT
CCTTTACACAGTAGAGGACGGTAATAAAACCATAGGAGGGGTTGGTCTTGTCATCATAAA
CGAAGAAGAAAAAGCTTCTTCAGTACTATCAGGTTGTGATTGGACCGTTAAGGACACTGA
TTCAGACGCCATTGACGCTCTTCAGATTGAATTGAGCTGCACGGCAGGATTTCTCGACAT
AACCTACATCGCCTCTCTCTATCCAGTGAGCATTGCAACAGCAGTGGTGGTGAAGAACAA
CGGTCGCAAACCGGTTTCCCTTAAACCGGGGATTATAAGTTCCTTGAGATTCAAGAAACG
GAGTGGTGCTGGAATTCAAGGGCTTAAGGGCTGCTCCTATTGCCCCAGTCCTCCATTATC
TTCGCCTTTCGAGCTACTATCTCCTTCTGAGGCAATGAAGGCGGACTCTTCC*GGGTGGT
TCGGGTCAGAAGATGGGGAGCAACCAGGGATTTGGGCAGTTGAAGACTCTGTTATTACAC
TTCTTGAGAAGAAGATGAGTAGAGTCTATGGTGCCCATCCCGCTGAGA

QA 2 649 2 649
DS 



AS 1 3

CO CL2451Contig1 944 3 7 U
AAAATTCTCCCATTTATTGAATCCAATGTTTGTCATTCAATATATAAGGGATAGTATTAT
TTAAGAACCTCGAAGAAACCCGGAAGAAACGAATAGTCATTTTTCTTTTCTAATCAAACA
AGCAAAAGAATAGTGTAAAAAACCATTTATTAATACCCAATACTAATAATCGGATGCAGA
TTATTCTCTCAAGCATCAATCTTGAGACTAACATCCCTAGAGGAAGAGTTCCCATTGACG
TTCCTGTTCTCAGTTTCATCAAAATGGTCTTCACGTGCGTTATCAGCGAGCATCAGAGCG
ACCAACCAGAAAAGGCACGAGTCTAATGACACGAAGGCACCTCCACCAAGCAAACCGGTC
TTAGCCGTGGGGCAAGCGGTCTCTAAGTTCCGATGAACATTACGCGTCAAGTGAAGTTGC
TCTGTAATGGTTGGCCATAGCAACAGAGACAGTGCAAGTCCAGATGTGATCAAGGCAATG
TTGAAAAAAACGGAAAAGCTGGTGCTTTTGAACAAAACGGAGTTGGGAACAAACTTTCCC
TTGTAAAACATGAAGAGGGATTTGTATCCAGCTACGGGGGAGGCAAGGAGAAAGGCAGCA
AAAAGGTAACCCAAGGCAACAGTTGGATCAAATGGATACTTGCAAATAACCACTCCCTTT
CCGTTAATTGGAGTCCCAAACGCAGGCTTCTTGTTCTCAGCGATGACACCAAGAAGGAAG
GACAATACGCCAAACAAAGAGACGATCAACGACATATGCTTCATAGTAACCGCCATCTTT
TCTCCCCTTCTCTGTAGATATTCCCTACGGTGATATAAAATTCGATTTCACAAAAACAGA
TAAAAAATTTCACCAAAGAATATAGAAATCGAATCAACGAAGAAGAAGAGCTGCGGGGGA
ATTGAAAAAGCGAAAATGGGAGAGAAAAGAGACACTCAGGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP16JQ U 1
AF RR3D590JQ U 152
AF RR3D590TF C 218
BS 1 248 RR3FP16JQ
BS 249 249 RR3D590JQ
BS 250 356 RR3FP16JQ
BS 357 357 RR3D590JQ
BS 358 485 RR3FP16JQ
BS 486 725 RR3D590JQ
BS 726 944 RR3D590TF

RD RR3FP16JQ 490 0 0
AAAATTCTCCCATTTATTGAATCCAATGTTTGTCATTCAATATATAAGGGATAGTATTAT
TTAAGAACCTCGAAGAAACCCGGAAGAAACGAATAGTCATTTTTCTTTTCTAATCAAACA
AGCAAAAGAATAGTGTAAAAAACCATTTATTAATACCCAATACTAATAATCGGATGCAGA
TTATTCTCTCAAGCATCAATCTTGAGACTAACATCCCTAGAGGAAGAGTTCCCATTGACG
TTCCTGTTGTCAGTTTCATCAAAATGGTCTTCACGTGCGTTATCAGCGAGCATCAGAGCG
ACCAACCAGAAAAGGCACGAGTCTAATGACACGAAGGCACCTCCACCAAGCAAACCAGTC
TTAGCCGTGGGGCAAGCGGTCTCTAAGTTCCGATGAACATTACGCGTCAAGTGAAGTTGC
TCTGTAATGGTTGGCCATAGCAACAGAGACAGTGCAAGTCCAGATGTGATCAAGGCAATG
TTGAA
AAAAA

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR3D590JQ 574 0 0
AATACCCAATACTAATAATCGGATGCAGATTATTCTCTCAAGCATCAATCTTGAGACTAA
CATCCCTAGAGGAAGAGTTCCCATTGACGTTCCTGTTCTCAGTTTCATCAAAATGGTCTT
CACGTGCGTTATCAGCGAGCATCAAAGCGACCAACCAGAAAAGGCACGAGTCTAATGACA
CGAAGGCACCTCCACCAAGCAAACCGGTCTTAGCCGTGGGGCAAGCGGTCTCTAAGTTCC
GATGAACATTACGCGTCAAGTGAAGTTGCTCTGTAATGGTTGGCCATAGCAACAGAAACA
GTGCAAGTCCAGATGTGATCAAGGCAATGTTGAAAAAAACGGAAAAGCTGGTGCTTTTGA
ACAAAACGGAGTTGGGAACAAACTTTCCCTTGTAAAACATGAAGAGGGATTTGTATCCAG
CTACGGGGGAGGCAAGGAGAAAGGCAGCAAAAAGGTAACCCAAGGCAACAGTTGGATCAA
ATGGATACTTGCAAATAACCACTCCCTTTCCGTTAATTGGAGTCCCAAACGCAGGCTTCT
TGTTCTCAGCGATGACACCAAGAAGGAAGGACAA

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3D590TF 727 0 0
TAGAGGAAGAGT*CCCATTGACGT**CTGTTCTCAGTT*CATCAAAATGGTCTTCACGTG
CGTTATCAGCGAGCATCAGAGCGACCAACCAGAAAAGGCACGAGTCTAATGACACGAAGG
CACCTCCACCAAGCAGACCGGTCTTAGCCGTGGGGCAAGCGGTCTCTAAGTTCCGATGAA
CATTACGCGTCAAGTGAAGTTGCTCTGTAATGGTTGGCCATAGCAACAGAGACAGTGCAA
GTCCAGATGTGATCAAGGCAATGTTGAAGAAGACGGAGAAGCTGGTGCTTTTGAACAAGA
CGGAGTTGGGAACAGACTTTCCCTTGTAAGACATGAAGAGGGATTTGTATCCAGCTACGG
TGGAGGCAAGGAGAAAGGCAGCAGAAAGGTAACCCAAGGCAACAGTTGGATCAGATGGAT
ACTTGCAGATAACCACTCCCTTTCCGTTAATTGGAGTCCCAGACGCAGGCTTCTTGTTCT
CAGCGATGACACCAAGAAGGAAGGACAATACGCCAAACAAAGAGACGATCAACGACATAT
GCTTCATAGTAACCGCCATCTTTTCTCCCCTTCTCTGTAGATATTCCCTACGGTGATATA
AAATTCGATTTCACAAAAACAGATAAAAAATTTCACCAAAGAATATAGAAATCGAATCAA
CGAAGAAGAAGAGCTGCGGGGGAATTGAAAAAGCGAAAATGGGAGAGAAAAGAGACACTC
AGGGCCC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 4

CO CL2452Contig1 1059 4 29 U
GGTGTGTATGGCAAACCACTAATAAAATTGTTTTACATATCATCAAGTTGATGAAAACAG
GGTTTGGTCCAACGTCGTACGCATTATTGCGAAAAGAAAAAGAAAAATATACGGAGTCAA
ACCATGACGGAAACATTAAAAACCTGTACAGGCTGAAGTAGCTCCATTGCACAAGCAAGA
GAGTTTTTTGAAAAGGAAATCAAACAAAAGCAAACCACTGCTGGTAGTAGACGACCATGG
ACTCTCTCGGGTAGTAGACGATGATGATAAAAAAGCTGACGATGACTCAGAAGACTTAAC
TTATAGAGCGAGCAATCCTTT*AGGTTTTAACCAGCGATTCTCCTAGAGTAGGGATTTGG
AGGCTGTATAGGTCTGAGGAGCATTTCACCA*TTTCTCCCACCCACCCTGCCTTCATTGC
CGGCCTTTGACTTTGACCTTGACTCAATCTTCCTTCGCCC*ACCGCTCC*ATTTGCCTGT
TTGCTTGCAGTCTCTGATGGTCCACGAGGAAAGACCCAATTCTTCATCGATGAAGGACTC
TTCCTTCCAGGCGGTGGTATATACCTACCATCTCTAACATGATAACTTCCGACAGCTTTG
TTGTTCCATGTTGTCTCCTGGTTAATCTTATTAGGCATCATCTCCAGCTTCCGCTGGGTC
TGACAAGCGCCAAACGAAGGAGCATTCGCCTTTGCAGCAGCATAACTGTTGAATGGCTTA
TTATTAGCAGTATTGGTCAAAGCCGCTGGCAACCTCTTGACGTATTGCTGCTGATGCTCG
AGAGTCCCTCTCTGTCCAGCAGACAGTTTGGCACGGAGAGATGGTGGAACATAGTAGAAA
CTCTGGAAGAACGGATGCTGCAAAACCTCTGCAGCCGTCGGCCTATTGCTGGGATCCCAC
GAGCAGAGGCGCTCGACAAGGTTAACCGCTTCTGCACTAGCATACGGCATCAAGCTTGAA
AGGGGTACACCAGAAAGCCGAGGGAATTGGTAATTGATTACGCTAGCAAGATTAAGCCCC
TCCAACCATGTCTGTTCAGTTGGGCTGCCTATCACAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EA95JQ U 10
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AF RR3AI20JQ U 10
AF RR3AI20TF C 305
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TTATTA
T

QA 1 726 1 726
DS 

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GAAAAGGAAATCAAACAAAAGCAAACCACTGCTGGTAGTAGACGACCATGGACTCTCTCG
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GGCGGTGGTATATACCTACCATCTCTAACATGATAACTTCCGACAGCTTTGTTGTTCCAT
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DS 

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TTGCAGTCTCTGATGGTCCACGAGGAAAGACCCAATTCTTCATCGATGAAGGACTCTTCC
TTCCAGGCGGTGGTATATACCTACCATCTCTAACATGATAACTTCCGACAGCTTTGTTGT
TCCATGTTGTCTCCTGGTTAATCTTATTAGGCATCATCTCCAGCTTCCGCTGGGTCTGAC
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GTACACCAGAAAGCCGAGGGAATTGGTAATTGATTACGCTAGCAAGATTAAGCCCCTCCA
ACCATGTCTGTTCAGTTGGGCTGCCTATCACAATG

QA 1 755 1 755
DS 



AS 2 4

CO CL2453Contig1 955 2 4 U
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ATCGTCGTCACAGCGACTAACTTTTGCCCGCCTAACAACGCTCTACCGAACAACGCTGGA
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TTATTGGTAAGGTTTGTTTGAAGTTATGCTGATGCAGAGGTGGAGTTAAGTACCACCCGC
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CTTTCAAGAATTAGTAGATTGTATTATGTCGTTAAGTCATCATCTACGTTGTAAATTTTC
AATTATTACAAGGAATATTGGAGATTTGTAAGTTTCAAAAAAATATATATATTGG


BQ
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AF RR3DK23TF U 1
AF RR3DK23JQ C 149
BS 1 615 RR3DK23TF
BS 616 616 RR3DK23JQ
BS 617 634 RR3DK23TF
BS 635 955 RR3DK23JQ

RD RR3DK23TF 645 0 0
GGTGGTGCTTGCTTCGAGATACGGTGCCAGAACGACGGCAAATGGTGTCTCCCTGGCTCA
ATCGTCGTCACAGCGACTAACTTTTGCCCGCCTAACAACGCTCTACCGAACAACGCTGGA
GGTTGGTGTAACCCTCCTCAGCAGCATTTCGATCTCTCTCAGCCCGTGTTTCAACGCATC
GCTCAGTACAAAGCTAGCATTGTCCCCGTTGCGTACAGAAGAGTGCCTTGCGTGAGAAGG
GGAGGAATAAGGTTTACTATAAACGGACATTCTTACTTCAACCTTGTTCTGATTACTAAT
GTCGGAGGAGCCGGAGATGTCCACTCGGCGTGGGTGAAAGGGTCAAGAACAGGATGGCAA
GCTATGTCGAGAAACTGGGGACAAAACTGGCAGAGTAACTCTTACCTGAACGGGCAAGCA
CTCTCTTTCAAAGTCACAACCAGTGATGGTCGGACCATCGTTTCTAACAACGTCGCTTCT
GCGGGATGGTCCTTTGGCCAGACCTTCACCGGCGCACAGATACGCTAGGAACGGGTGATT
TCGTAAAAATACTCATATCATTTGACTAAGTAAAAACAAGTGGTTCATGTGTGTTGTAGA
AAGATTGGAAGAGGG*CATATTAGTAATTGGGTC
TGTTGTTACCT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3DK23JQ 807 0 0
TCGATCTCTCTCAGCCCGTGTTTCAACGCATCGCTCAGTACAAAGCTAGCATTGTCCCCG
TTGCGTACAGAAGAGTGCCTTGCGTGAGAAGGGGAGGAATAAGGTTTACTATAAACGGAC
ATTCTTACTTCAACCTTGTTCTGATTACTAATGTCGGAGGAGCCGGAGATGTCCACTCGG
CGTGGGTGAAAGGGTCAAGAACAGGATGGCAAGCTATGTCGAGAAACTGGGGACAAAACT
GGCAGAGTAACTCTTACCTGAACGGGCAAGCACTCTCTTTCAAAGTCACAACCAGTGATG
GTCGGACCATCGTTTCTAACAACGTCGCTTCTGCGGGATGGTCCTTTGGCCAGACCTTCA
CCGGCGCACAGATACGCTAGGAACGGGTGATTTCGTAAAAATACTCATATCATTTGACTA
AGTAAAAACAAGTGGTTCATGTGTGTTGTAGAAAGATTGGAAGAGGGGCATATTAGTAAT
TGGGTCTGTTGTTACCTAAAAAGAAGTGGTGCTTTGAGTGCTTGATTTTCCACAAAGCCT
TGATGACGACGTCTTTTGGGATCTTCTTTCTATTATTGGTAAGGTTTGTTTGAAGTTATG
CTGATGCAGAGGTGGAGTTAAGTACCACCCGCTACTAGTAAATTTCTCGTGCAGTTTGTA
TGTCCCTCTTGAAGCGAGAGGGAGAGTTTCAGCTTTCAAGAATTAGTAGATTGTATTATG
TCGTTAAGTCATCATCTACGTTGTAAATTTTCAATTATTACAAGGAATATTGGAGATTTG
TAAGTTTCAAAAAAATATATATATTGG

QA 1 807 1 807
DS 



CO CL2453Contig2 1008 2 2 U
GAGCCAAGGGTATGGAACCAACACGGCGGCGCTGAGCACAGCTCTGTTCAACAACGGGTT
AAGCTGTGGTGCTTGCTTCGAGATACGATGCCAGAACGACGGCAAATGGTGTCTCCCTGG
CTCAATCGTCGTCACAGCGACTAACTTCTGCCCGCCAAACAACGCTTTACCTAACAACGC
AGGAGGTTGGTGTAACCCTCCTCAGCAGCATTTCGATCTCTCACAGCCCGTGTTTCAACG
CATCGCTCAGTACAAAGCTGGCATTGTCCCCGTTGCATACAGAAGAGTGCCTTGCGTGAG
AAGGGGAGGAATAAGGTTTACTATAAACGGACATTCTTACTTCAACCTTGTTCTGATTAC
TAATGTCGGAGGAGCCGGAGATGTCCACTCGGCGTGGGTTAAAGGGTCAAGAACAGGATG
GCAAGCAATGTCGAGAAACTGGGGACAAAACTGGCAGAGTAACTCTTACCTGAACGGACA
AGCTCTCTCTTTCAAAGTCACAACCAGTGATGGTCGGACCATCGTTTCTAACAACGTTGC
TTCTGCGGGATGGTCCTTTGGCCAGACCTTCACCGGCGCACAGATACGCTAGAAAGGGGT
GATTTCGTAAAAAAAAAACTCATATATCATTTGACTAAGTGAAAACAAGTGGTTCTTGTG
TGTTGTAGAAAGATTGGAAAGGTGGCATATTAGTAATTTGGTCCGTTCTTGCCTAAAAAG
AAGTGGTGCTTCGAGTGCTTGATTTTCCACAAAGCCTTGATGACGACTTCTTTTGGGATC
TTCTTTCTATTATTGGTAAGCTTTGTTTGAATTTATACTGTGATGCAGAGGTGGAGTTAA
GTACCACCCGCTACTAGTAAATTTATCGTGTAGTTTGTCTGTCCCCTCTTGAAGCGAGAG
GGAGAGTTTCAGCTTTCAAGAATTGGTAGATTGTATTATGTCGTTAAGTCATCATCTATG
TTGTAAATTTTCAACTTTTACAAGGAATATTGGAGATTTGTAAGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GN63TF U 1
AF RR3GN63JQ C 362
BS 1 610 RR3GN63TF
BS 611 1008 RR3GN63JQ

RD RR3GN63TF 610 0 0
GAGCCAAGGGTATGGAACCAACACGGCGGCGCTGAGCACAGCTCTGTTCAACAACGGGTT
AAGCTGTGGTGCTTGCTTCGAGATACGATGCCAGAACGACGGCAAATGGTGTCTCCCTGG
CTCAATCGTCGTCACAGCGACTAACTTCTGCCCGCCAAACAACGCTTTACCTAACAACGC
AGGAGGTTGGTGTAACCCTCCTCAGCAGCATTTCGATCTCTCACAGCCCGTGTTTCAACG
CATCGCTCAGTACAAAGCTGGCATTGTCCCCGTTGCATACAGAAGAGTGCCTTGCGTGAG
AAGGGGAGGAATAAGGTTTACTATAAACGGACATTCTTACTTCAACCTTGTTCTGATTAC
TAATGTCGGAGGAGCCGGAGATGTCCACTCGGCGTGGGTTAAAGGGTCAAGAACAGGATG
GCAAGCAATGTCGAGAAACTGGGGACAAAACTGGCAGAGTAACTCTTACCTGAACGGACA
AGCTCTCTCTTTCAAAGTCACAACCAGTGATGGTCGGACCATCGTTTCTAACAACGTTGC
TTCTGCGGGATGGTCCTTTGGCCAGACCTTCACCGGCGCACAGATACGCTAGAAAGGGGT
GATTTCGTAA

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3GN63JQ 647 0 0
AATGTCGGAGGAGCCGGAGATGTCCACTCGGCGTGGGTTAAAGGGTCAAGAACAGGATGG
CAAGCAATGTCGAGAAACTGGGGACAAAACTGGCAGAGTAACTCTTACCTGAACGGACAA
GCTCTTTCTTTCAAAGTCACAACCAGTGATGGTCGGACCATCGTTTCTAACAACGTTGCT
TTTGCGGGATGGTCCTTTGGCCAGACCTTCACCGGCGCACAGATACGCTAGAAAGGGGTG
ATTTCGTAAAAAAAAAACTCATATATCATTTGACTAAGTGAAAACAAGTGGTTCTTGTGT
GTTGTAGAAAGATTGGAAAGGTGGCATATTAGTAATTTGGTCCGTTCTTGCCTAAAAAGA
AGTGGTGCTTCGAGTGCTTGATTTTCCACAAAGCCTTGATGACGACTTCTTTTGGGATCT
TCTTTCTATTATTGGTAAGCTTTGTTTGAATTTATACTGTGATGCAGAGGTGGAGTTAAG
TACCACCCGCTACTAGTAAATTTATCGTGTAGTTTGTCTGTCCCCTCTTGAAGCGAGAGG
GAGAGTTTCAGCTTTCAAGAATTGGTAGATTGTATTATGTCGTTAAGTCATCATCTATGT
TGTAAATTTTCAACTTTTACAAGGAATATTGGAGATTTGTAAGTTTC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 3

CO CL2454Contig1 1246 3 26 U
CATCATTAAATATTTAAGCTTAAATTATGAAACTAAATAGCATAAATCCCAAAATACAAA
AAAACTAAAGTATTTTTGAAAACCAAAAAACTTGGATACAAAAAAAAGTTTCATCACTAC
ATATTTAGGCATAAATTATGAAAAATAAATAGCATGAATCCCATAACAAAACCACTTTGA
AAACACACAAAATTTGTTGTATTGGAACAACAAAACAACCCCTTGTTAGGGACACCTAGT
TACAGGTACCCATGTCATCTGAAAGGACAATATATTTCTGCTGTAAAACTGCTCAAACCT
CTGTTTCTTGATGTGCGTGGACAACGCAATACCACAACGTTCACAACCGTTGGGGTTAGT
AAAAACATAGTATTCCTCTCTCTTTATAGCCATCTTGACCGTAAGCCTCAGTCCATCCAA
GTAACTTCCATCGAGTGTTAAAGCCTTATCGTAATCTTTTATCATATTGATGAAGGCAAA
TCCCATGGGAACACCGGTTTGGCAATGAAAGGGAATAAAAACCGTTGATACCTCTCCCAC
AAGGACTGAAGTGTTTTATCAATGCGCTCTTGATATCACCCCTAGGAGGGGAACACCTGA
ATCCCTCAACGAAAACGGTTTTCTGGTGGTTACGAAACGCATCTTCAGATTCGAAACAGC
ACTCAACCACCTTTTTCTTTGGAGTTTCTTTCTCCTTCTCAAGTAGATCTGAAGTCTCCT
TTAGTTTTTGGACAATTTCAGTCATCTCGTTTAGACGATCACTTAATCCATCTATTATCT
TCTTTAGGTTCTTGTTCGATTCTGGCTCTTGGATTATCTCAACCTTCTTTAGGTTCTTCT
TGGATTCAATCTTGTTTTGCTTCTTCCGCTTCTTGGCCTTCTGCTGATTCTTTGGCGTTA
CTAAGATTTCTGAATCACCCAAACTTATCTCCGGGGTTATTTCAACCTTCTTGAGCTTCT
TAGGATCATCAGAATCTATCTCTGAAGGCTCTGTGGTTGTCACAACCTTCTTCTGCTTCT
TCCTACGCCACTTGTGTTTCTGCAGCTTTTTAGACTTCAATAAGGTGTCTTGATCAACCT
TCTTTTGCTTCTTCCGCCGCTCCTTGTCCTTTTGCTGGTTTTTGGGCGTTCCTAATATCT
CTGAATCACCCAACGCTATTTCCGGGGTTGCTACAACCTTGGAATTGGATTCCTCGCGGT
TGTCTTTCTTTTCGTCCATTGAGAGAAGTTGCGATGAAAGCGAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B558JQ U 18
AF RR3AF77JQ U 1
AF RR3B558TF C 451
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ATGAAAAATAAATAGCATGAATCCCATAACAAAACCACTTTGAAAACACACAAAATTTGT
TGTATTGGAACAACAAAACAACCCCTTGTTAGGGACACCTAGTTACAGGTACCCATGTCA
TCTGAAAGGACAATATATTTCTGCTGTAAAACTGCTCAAACCTCTGTTTCTTGATGTGCG
TGGACAACGCAATACCACAACGTTCACAACCGTTGGGGTTAGTAAAAACATAGTATTCCT
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TTTGGC

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DS 

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AAAACTAAAGTATTTTTGAAAACCAAAAGACTTGGATACAAAAAGAAGTTTCATCACTAC
ATATTTAGGCATAAATTATGAAAAATAAATAGCATGAATCCCATAACAGAACCACTTTGA
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TACAGGTACGCATGTCATCTGAGAGGACAATCTATTTCTGCTGTAAAACTGCTCAAACCT
CTGTTTCTTGATGTGCGTGGACAACGCAATACCACAACGTTCACAACCGTTGTGGTTAGT
AAAAACATAGTATTCCTCTCTCTTTATAGCCATCTTGACCGTAAGCCTCAGTCCATCCAA
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TTAGTTTTTGGACAATTTCAGTCATCTCGTT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3B558TF 796 0 0
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TACGAAACGCATCTTCAGATTCGAAACAGCACTCAACCACCTTTTTCTTTGGAGTTTCTT
TCTCCTTCTCAAGTAGATCTGAAGTCTCCTTTAGTTTTTGGACAATTTCAGTCATCTCGT
TTAGACGATCACTTAATCCATCTATTATCTTCTTTAGGTTCTTGTTCGATTCTGGCTCTT
GGATTATCTCAACCTTCTTTAGGTTCTTCTTGGATTCAATCTTGTTTTGCTTCTTCCGCT
TCTTGGCCTTCTGCTGATTCTTTGGCGTTACTAAGATTTCTGAATCACCCAAACTTATCT
CCGGGGTTATTTCAACCTTCTTGAGCTTCTTAGGATCATCAGAATCTATCTCTGAAGGCT
CTGTGGTTGTCACAACCTTCTTCTGCTTCTTCCTACGCCACTTGTGTTTCTGCAGCTTTT
TAGACTTCAATAAGGTGTCTTGATCAACCTTCTTTTGCTTCTTCCGCCGCTCCTTGTCCT
TTTGCTGGTTTTTGGGCGTTCCTAATATCTCTGAATCACCCAACGCTATTTCCGGGGTTG
CTACAACCTTGGAATTGGATTCCTCGCGGTTGTCTTTCTTTTCGTCCATTGAGAGAAGTT
GCGATGAAAGCGAGGC

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 4

CO CL2455Contig1 1094 4 6 U
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ATTACATATGTCTGTTACAACAAGTATGGTAAACTGAAACTCAGAAGTAAATACATGTAA
CAATACTACAAACAAACAACAACTACTTTCAGAAATTTTGTGTATCATTAGACAAAAACC
ACAGAAACACCTCTCAGTAGACCAGCTCACCAAATCACAGCTGGCGAGTCTCATTATAAT
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TCTCTTCACAAGTCTGAATATCCTCCTTGCGAACACTACGCTTGCTCAGATCAGTGTAAC
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GGACCGGTGGAGCGGTGTGGGCTATGGTTCACTGGAAATCACCCCAAAATCTGTTTACCT
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ACTGCGTCGCTTCC


BQ
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AF RR3ET09JQ U 22
AF RR3FT75JQ U 1
AF RR3ET09TF C 294
AF RR3FT75TF C 339
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RD RR3ET09JQ 652 0 0
ATGATGTCTTCGACTTATAGTGAGGCTTGATGCAAGCAAATTACATATGTTTGTTACAAC
TAGTATGGTAAACTGAAACTCAGAAGTAAATACATGTAACAATACTACAAACAAACAACA
ACTACTTTCAGAAATTTTGTGTATCATTAGACAAAAACCACAGAAACACCTCTCAGTAGA
CCAGCTTACCAAATCACAGCTGGCGAGTCTCATTATAATGTAGATGGCGAGTCTTCCCAT
CCCTACTACGCAAAACTCATAGCGAGTGAGGCAAAATGTTTCTGGGGCATCAAGAAGAAA
CTGCCTTCTATCATCACCGAGTCTCTAGTGTTCAATTGCAGCTCCATTTTACCGCCACTC
TGTGTCTTGACAGAAACAAGATAGAGTCGATTCTTGGGTTCCATTTCAGCCACTCAGTGG
TTACTGAAGTCAAGAAACGAGATCATCGTTAGCCATCAAAAACTAGGGTGCACTCGTCAC
TGCCGCCAAGATAGGAAGTTATCGAGAAGCAGAGGTAGTAGCTAGACTTGTCACTCCATG
AGTTAGACGAGTTTGACATTCGGGTAGCAATCCTCAAAAGCATGACCATACTTTAGGTAC
AAAGGCCAACGAATGTTCATATATAATTCCTCTAAATCGAGAGAAAGACTCT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3FT75JQ 782 0 0
CTACTTAAATTTCAACAAAACATGATGTCTTCGACTTATAGTGAAGCTTGATGCAAGCAA
ATTACATATGTCTGTTACAACAAGTATGGTAAACTGAAACTCAGAAGTAAATACATGTAA
CAATACTACAAACAAACAACAACTACTTTCAGAAATTTTGTGTATCATTAGACAAAAACC
ACAGAAACACCTCTCAGTAGACCAGCTCACCAAATCACAGCTGGCGAGTCTCATTATAAT
GTAGATGGCGAGTCTTCCCATCCCTACTACGCAAAACTCATAGCGAGTGAGGCAAAATGT
TTCTGGGGCATCAAGAAGGAACTGCCTTCTATCATCACCGAGTCTCTAGTGTTCAATTGC
AGCTCCATTTTACCGCCACTCTGTGTCTTGACAGAAACAAGATAGAGTCGATTCTTGGGT
TCCATTTCAGCCACTCAGTGGTTACTGAAATCAAGAAACGAGATCATCGTTAGCCATCAA
AAACTAGGGTGCACTCGTCACTGCCGCCAAGATAGGAAGTTATCGAGAAGCAGAGGTAGT
AGCTAGACTTGTCACTCCATGAGTTAGACGAGTTTGACATTCGGGTAGCAATCCTCAAAA
GCATGACCATACTTTAGGTACAAAGGCCAACGAATGTTCATATATAATTCCTCTAAATCG
AGAGAAAGACTCTCAGAAACATACGCATGATAGAATGAACAATCTTGCTCTTATTACACC
TCTCTTCACAAGTCTGAATATCCTCCTTGCGAACACTACGCTTGCTCAGATCAGTGTAAC
CC

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3ET09TF 801 0 0
AAAATGTTTCTGGGGCATCAAGAAGAAACTGC*TTCTATCATCAC*GAGTCTCTAGTGTT
CAATTGCAGCTCCATTTTACCGCCACTCTGTGTCTTGACAGAAACAAGATAGAGTCGATT
CTTGGGTTCCATTTCAGCCACTCAGTGGTTACTGAAGTCAAGAAACGAGATCATCGTTAG
CCATCAAAAACTAGGGTGCACTCGTCACTGCCGCCAAGATAGGAAGTTATCGAGAAGCAG
AGGTAGTAGCTAGACTTGTCACTCCATGAGTTAGACGAGTTTGACATTCGGGTAGCAATC
CTCAAAAGCATGACCATACTTTAGGTACAAAGGCCAACGAATGTTCATATATAATTCCTC
TAAATCGAGAGAAAGACTCTCAGAAACATACGCATGATAGAATGAACAATCTTGCTCTTA
TTACACCTCTCTTCACAAGTCTGAATATCCTCCTTGCGAACACTACGCTTGCTCAGATCA
GTGTAACCCCGTTCGTTTGCCGGCGAGAATAGGCTCAGATCAGAGGATGATATCGGAGCG
GAGCGGCGGACCGGTGGAGCGGTGTGGGCTATGGTTCACTGGAAATCACCCCAAAATCTG
TTTACCTGTCAGCCTTCGCCATGAGGCCGAGCGTAAGCATAGAGATGGACGAGAACATAG
GCAACGGTGCGGCTCAGATCGAAAGCAGCAGAAACGGCGTGAAGAAATCGATGGAAATCC
TCCAGTCCTCCACCTCCGAGAGAGAAAAAGAGCAACGGCGCTTAGGGTTTTTTTCTTTTT
TTTTGTCACTGCGTCGCTTCC

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3FT75TF 756 0 0
CGAGTCTCTAGTGT*CAATTGCAGCTCCATTT*ACCGCCACTCTGTGTCT*GACAGAAAC
AAGATAGAGTCGATTCTTGGGTTCCATTTCAGCCACTCAGTGGTTACTGAA*TCAAGAAA
CGAGATCATCGTTAGCCATCAAAAACTAGGGTGCACTCGTCACTGCCGCCAAGATAGGAA
GTTATCGAGAAGCAGAGGTAGTAGCTAGACTTGTCACTCCATGAGTTAGACGAGTTTGAC
ATTCGGGTAGCAATCCTCAAAAGCATGACCATACTTTAGGTACAAAGGCCAACGAATGTT
CATATATAATTCCTCTAAATCGAGAGAAAGACTCTCAGAAACATACGCATGATAGAATGA
ACAATCTTGCTCTTATTACACCTCTCTTCACAAGTCTGAATATCCTCCTTGCGAACACTA
CGCTTGCTCAGATCAGTGTAACCCCGTTCGTTTGCCGGCGAGAATAGGCTCAGATCAGAG
GATGATATCGGAGCGGAGCGGCGGACCGGTGGAGCGGTGTGGGCTATGGTTCACTGGAAA
TCACCCCAAAATCTGTTTACCTGTCAGCCTTCGCCATGAGGCCGAGCGTAAGCATAGAGA
TGGACGAGAACATAGGCAACGGTGCGGCTCAGATCGAAAGCAGCAGAAACGGCGTGAAGA
AATCGATGGAAATCCTCCAGTCCTCCACCTCCGAGAGAGAAAAAGAGCAACGGCGCTTAG
GGTTTTTTTCTTTTTTTTTGTCACTGCGTCGCTTCC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL2456Contig1 768 2 7 U
GGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGGAGAAGAAGAGGAAACGGATGAAGAAGAAGAGGTGGACG
CGGTTGCTCTCACAGACGAAGTGCTAGCATTTGCGAGGAACATAGCAATGCATCCTGAAA
CTTGGTTGGATTTTCCTCTCGACCCCGACGAGGATCTTGATGATTTGGAAATGTCTGATG
CTCAAAGAGGCCATGCTTTAGCTATAGAACGTCTTGCTCCGAGGTTAGCTGCACTGAGAA
TCGAACTCTGTCCATGCCATATGACTGTTGGTTACTTCTGGAAAGTCTATTTTGTTCTTC
TCCTCTCAAGGCTCAATAAACATGATGCTCAGCTTTTATCCTCGCCACAGGTGATGGAAG
CAAGAGCATTGTGGATGAAAGAGCTTCATAATCAAAACAGCTCCACAAAACCAGGCTATG
GAGATATTCTGAAGGAGGAGATTACACCATCGACTTCAAATTACTACAACCATGCTCCCC
CTGAGTTTCTGTCTCCAAGAATATATGCCTTCGAACCTCCTTCAATCATGTATCGCGATT
TCGAAACAGCAGATCGCGGTTCTGGTTCGGAGAATGCGGAGTTCATTGATAAAGCTGTTA
TCGAGGAACAACCAATCCAGAAGAACGAGAAAAGTGGTGCAAGCCTAAGCCTAACACCCA
ATGATGAGGATGAGGATGATGATGATGATTGGCCAGAAGAGGAAGATGATGCTCATGATT
GGGCTCCAATGTTCACAGGAATGAGATGATTTTTCTTTCAGTGATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
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AF RR3CX36TF U 1
AF RR3D835TF U 63
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BS 87 87 RR3D835TF
BS 88 284 RR3CX36TF
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BS 286 400 RR3CX36TF
BS 401 401 RR3D835TF
BS 402 768 RR3CX36TF

RD RR3CX36TF 768 0 0
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CGGTTGCTCTCACAGACGAAGTGCTATCATTTGCGAGGAACATAGCAATGCATCCTGAAA
CTTGGTTGGATTTTCCTCTCGACCCCGACGAGGATCTTGATGATTTGGAAATGTCTGATG
CTCAAAGAGGCCATGCTTTAGCTATAGAACGTCTTGCTCCGAGGTTAGCTGCACTGAGAA
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TCCTCTCAAGGCTCAATAAACATGATGCTCAGCTTTTATCCTCGCCACAGGTGATGGAAG
CAAGAGCATTGTGGATGAAAGAGCTTCATAATCAAAACAGTTCCACAAAACCAGGCTATG
GAGATATTCTGAAGGAGGAGATTACACCATCGACTTCAAATTACTACAACCATGCTCCCC
CTGAGTTTCTGTCTCCAAGAATATATGCCTTCGAACCTCCTTCAATCATGTATCGCGATT
TCGAAACAGCAGATCGCGGTTCTGGTTCGGAGAATGCGGAGTTCATTGATAAAGCTGTTA
TCGAGGAACAACCAATCCAGAAGAACGAGAAAAGTGGTGCAAGCCTAAGCCTAACACCCA
ATGATGAGGATGAGGATGATGATGATGATTGGCCAGAAGAGGAAGATGATGCTCATGATT
GGGCTCCAATGTTCACAGGAATGAGATGATTTTTCTTTCAGTGATCTC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3D835TF 662 0 0
GTTGCTCTCACAGACGAAGTGCTAGCATTTGCGAGGAACATAGCAATGCATCCTGAAACT
TGGTTGGATTTTCCTCTCGACCCCGACGAGGATCTTGATGATTTGGAAATGTCTGATGCT
CAAAGAGGCCATGCTTTAGCTATAGAACGTCTTGCTCCGAGGTTAGCTGCACTGAGAATC
GAACTCTGTCCATGCCATATGACTGTTGGTTACTTCTGGAAAGTCTATTTTGTTCTTCTC
CTCTCAAGGCTCAATAAGCATGATGCTCAGCTTTTATCCTCGCCACAGGTGATGGAAGCA
AGAGCATTGTGGATGAAAGAGCTTCATAATCAAAACAGCTCCACAAAACCAGGCTATGGA
GATATTCTGAAGGAGGAGATTACACCATCGACTTCAAATTACTACAACCATGCTCCCCCT
GAGTTTCTGTCTCCAAGAATATATGCCTTCGAACCTCCTTCAATCATGTATCGCGATTTC
GAAACAGCAGATCGCGGTTCTGGTTCGGAGAATGCGGAGTTCATTGATAAAGCTGTTATC
GAGGAACAACCAATCCAGAAGAACGAGAAAAGTGGTGCAAGCCTAAGCCTAACACCCAAT
GATGAGGATGAGGATGATGATGAT***TGGCCAGAAGAGGAAGATGATGCTCATGGTTGG
GC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 3

CO CL2457Contig1 980 3 2 U
CTAAAACAGATGCATCCATTTATTTAAGTTATATATATGCCCAAATGTTCTTCTCGTATT
TAAGATGAAAACAACAACCAACCACGGGGGTGGCTGGTGATTCAATGCACTAAGCTTAAA
TATGAAATCTTGGGGACACAGCTGAACGAAAACACACTCCCAGCTATTGCAGTTACTGGA
TTGTTGGCAGTACGTTTGTTTTGCAGGAAGTAGCCTTGTTGTTGCTATCAAGTAAACTGC
TCACATATCCTAGCTGCCACCTGTCCCAAGGTCTTTGAAAATCAATCTGTAAACAATATT
AGTTACACTATTTGTACGGCTTGTTGCAGCCGTTTCGTCAAGTATTTTGAGACCACCAGG
TGTTGTGACTCGTGAAAGCTGTACCTACGAAGACAGCATCATCGATTCATCTGAAATGGA
CAAATCCACACGGTAACTGCAATACAGCACCTTGACACATGCCAAATTAAGAGTTAAGGG
TAAAGGGTGAAGTTAGCTGCAAAGTAAGTTCAAAGTCTGTTAAGCTAAATGTTGGTTACA
CCTCGCTGGAGCTTCTTGGAGCACTTCGATCAACACCAGCCATTGTCAGATTGAATTCCC
ATTACTTTGCCGGTACAGATAACGTACATTGACTCTCATAGTAACACTGTCCTGCAGCCC
GTTTCAGAGTGAGCAAGGTGGCTCTCACAAAAACACTGCGACCAGCGAAAAAAAGAAACC
AAAGCCATGAGCCGAGCCAGTGGCTCGATCCTTCATGATCACCACTTGTAAAACGAACCG
AAACTCTGAACATCTTACATAATTCCACTTTCATCCGATGAATATGTACAGTTTGGGTCT
TGATTGATCATGTGAACCGATAAAGCTACGATTGTGTTTCTTCCAGAGAGGCGAAAACCA
TTTACAACGCTCGAGAAACCATTCTGGAGTAATCACGACACCTCCGTTACGAAACTCAAA
GGCCATTGCTTCACCGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW71JQ U 41
AF RR3ET45JQ U 1
AF RR3FW71TF C 402
BS 1 597 RR3ET45JQ
BS 598 980 RR3FW71TF

RD RR3FW71JQ 354 0 0
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TTCAATGCACTAAGCTTAGATATGAAATCTTGGGGACACAGCTGAACGAAGACACACTCC
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GTTGCTATCAAGTAAACTGCTCACATATCCTAGCTGCCACCTGTCCCAAGGTCTTTGAAA
ATCAATCTGTAAACAATATTAGTTACACTATTTGTACGGCTTGTTGCAGCCGTTTCGTCA
AGTATTTTGAGACCACCAGGTGTTGTGACTCGTGAAAGCTGTACCTACGAAGAC

QA 1 354 1 354
DS 

RD RR3ET45JQ 597 0 0
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TAAGATGAAAACAACAACCAACCACGGGGGTGGCTGGTGATTCAATGCACTAAGCTTAAA
TATGAAATCTTGGGGACACAGCTGAACGAAAACACACTCCCAGCTATTGCAGTTACTGGA
TTGTTGGCAGTACGTTTGTTTTGCAGGAAGTAGCCTTGTTGTTGCTATCAAGTAAACTGC
TCACATATCCTAGCTGCCACCTGTCCCAAGGTCTTTGAAAATCAATCTGTAAACAATATT
AGTTACACTATTTGTACGGCTTGTTGCAGCCGTTTCGTCAAGTATTTTGAGACCACCAGG
TGTTGTGACTCGTGAAAGCTGTACCTACGAAGACAGCATCATCGATTCATCTGAAATGGA
CAAATCCACACGGTAACTGCAATACAGCACCTTGACACATGCCAAATTAAGAGTTAAGGG
TAAAGGGTGAAGTTAGCTGCAAAGTAAGTTCAAAGTCTGTTAAGCTAAATGTTGGTTACA
CCTCGCTGGAGCTTCTTGGAGCACTTCGATCAACACCAGCCATTGTCAGATTGAATT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3FW71TF 579 0 0
TCGATTCATCTGAAATGGACAAATCCACACGGTAACTGCAATACAGCACCTTGACACATG
CCAAATTAAGAGTTAAGGGTAGAGGGTGAAGTTAGCTGCAAAGTAAGTTCAAAGTCTGTT
AAGCTAAATGTTGGTTACACCTCGCTGGAGCTTCTTGGAGCACTTCGATCAACACCAGCC
ATTGTCAGATTGAATTCCCATTACTTTGCCGGTACAGATAACGTACATTGACTCTCATAG
TAACACTGTCCTGCAGCCCGTTTCAGAGTGAGCAAGGTGGCTCTCACAAAAACACTGCGA
CCAGCGAAAAAAAGAAACCAAAGCCATGAGCCGAGCCAGTGGCTCGATCCTTCATGATCA
CCACTTGTAAAACGAACCGAAACTCTGAACATCTTACATAATTCCACTTTCATCCGATGA
ATATGTACAGTTTGGGTCTTGATTGATCATGTGAACCGATAAAGCTACGATTGTGTTTCT
TCCAGAGAGGCGAAAACCATTTACAACGCTCGAGAAACCATTCTGGAGTAATCACGACAC
CTCCGTTACGAAACTCAAAGGCCATTGCTTCACCGTCCC

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 2

CO CL2458Contig1 889 2 14 U
GGAAAATCAAAATGGCTACCACCACTGCAGCTGCAGCCTCTGGTATCTTTGGAATCCGGA
TCCAAGATCCAAGTTCCGGAGCCGGTAGAGTCCAAGCCAAGTTCAATTTCAGCTTCGGGA
AAAAGAAAGCAGCTCCACCGCCGAAGAAAACCAAGCAAGTCCAAAACGAAGGAGACCGAC
TAGTTTGGTTCCCCGGCGCAAACCCGCCGGAATGGCTAGACGGTTCGATGATCGGAGACC
GTGGATTCGACCCCTTCGGTTTAGGTAAACCGGCTGAGTATCTTCAGTACGATTTCGACG
GGCTTGACCAAAACCTCGCCAAGAACGTGGCGGGTGAAATCCTTGGGGTCAGGCAGGAAT
CGAAGGAGATCAACCCGACGCCGTTTCAGCCATACACTGAAGTGTTCGGGATCGAACGTT
TCAGAGAATGCGAGCTTATCCATGGAAGGTGGGCCATGCTTGGTGTTCTTGGCGCTCTTG
CCGTCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGACGCCGGAAAGGTGGAACTGGTGGAAG
GTTCGTCGTATTTGGGACAGCCATTACCATTTTCCTTGACGACATTGATATGGATCGAGG
TCTTAGTGGTCGGTTACATCGAGTTCCAGCGTAACGCTGAGCTGGATCCGGAGAAACGTA
TTTACCCGGGTGGGTATTTTGACCCGTTAGGACTCGCGGCTGACCCAGCGAAGTTGGATA
CCTTGAAGCTGGCTGAGATCAAGCACTCTCGTCTCGCCATGATCGCATTCCTCATCTTTT
CACTTCAGGCGGCCTTTACCGGCAAAGGCCCCATCAGCTTCCTCGCTACTTTTAGCAGCT
AAAATGAGCCTTTCTATCCTTGTTTTTCTATCTACAATAATCTAAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AA77TF U 1
AF RR3A649TF U 138
BS 1 472 RR3AA77TF
BS 473 473 RR3A649TF
BS 474 589 RR3AA77TF
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BS 690 728 RR3AA77TF
BS 729 889 RR3A649TF

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CGAAGGAGATCAACCCGACGCCGTTTCAGCCATACACTGAAGTGTTCGGGATCGAACGTT
TCAGAGAATGCGAGCTTATCCATGGAAGGTGGGCCATGCTTGGTGTTCTTGGGGCTCTTG
CCGTCGAAGGTCTCACCGGGATCGCCTGGCAAGACGCCGGAAAGGTGGAACTGGTGGAAG
GTTCGTCGTATTTGGGACAGCCATTACCATTTTCCTTGACGACATTGATTTGGATCGAGG
TGTTAGTGGTTGGTTACATCGAGTTCCAGCGTAACGCTGAGCTGGATCCGGAGAAACGTA
TTTATCCGGGTGGGTATTTTGACCCGTTGGGACTCGCGGCTGACCCAGCGAAGTTGGATA
CCTTGAAG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3A649TF 752 0 0
G
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GTTTAGGTAAACCGGCTGAGTATCTTCAGTACGATTTCGACGGGCTTGATCAAAACCTCG
CGAAGAACGTGGCGGGTGAAATCCTTGGGGTCAGGCAGGAATCGAAGGAGATCAACCCGA
CGCCGTTTCAGCCATACACTGAAGTGTT*GGGATCGAACGTTTCAGAGAATGCGAGCTTA
TCCATGGAAGGTGGGCCATGCTTGGTGTTCTTGGCGCTCTTGTCGTCGAAGGTCTCACCG
GGATCGCCTGGCAAGACGCCGGAAAGGTGGAACTGGTGGAAGGTTCGTCGTATTTGGGAC
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TTGACCCGTTAGGACTCGCGGCTGACCCAGCGAAGTTGGATACCTTGAAGCTGGCTGAGA
TCAAGCACTCTCGTCTCGCCATGATCGCATTCCTCATCTTTTCACTTCAGGCGGCCTTTA
CCGGCAAAGGCCCCATCAGCTTCCTCGCTACTTTTAGCAGCTAAAATGAGCCTTTCTATC
CTTGTTTTTCTATCTACAATAATCTAAAACT

QA 2 752 2 752
DS 



AS 1 4

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CTTAAAACCTAACTTCGTCGTCGATTCAGAGCTTTAGCTAAGTAGTACTTGAAAGAAAAT
GAGTTTCAACAAAGTGCCCAACGTCCCAGGATCTCCAGCTCTCTCTGCGCTTCTTAAGGT
CAGCGTTATTGGTGGGCTTGGTGTCTATGCAATTACCAATAGCCTCTACAATGTCGAGGG
TGGACATCGTGCTGTCATGTTCAACCGTTTAACTGGTATCAAGGAAAAGGTGTACCCGGA
AGGAACACATTTTATGTTGCCATGGTTTGAGAGGCCAATCATCTATGACGTCCGTGCACG
ACCCTATCTTGTTGAGAGCACCACCGGTAGTCATGACCTTCAGATGGTGAAAATTGGACT
TAGAGTTCTCACTCGTCCCATGGGTGACCGTTTGCCTCAGATTTACCGAACCCTAGGCGA
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TCAGTACAATGCAAGCCAGCTGATCACTCAGAGAGAAGCTGTGGGCAGAGAGATACGCAA
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TCTCACGTTCGGAAAAGAGTTCACTGCTGCAATCGAGGCAAAACAAGTCGCTGCGCAGGA
AGCTGAACGGGCTAAGTTCATTGTGGAGAAGGCCGAGCAAGACAAGAGAAGTGCGGTTAT
CCGTGCAGAGGGAGAAGCTAAAAGTGCTCAACTTATCGGACAAGCCATTGCAAACAATCA
GGCATTCATAACACTGAGAAAGATTGAAGCTGCCAGAGAGATTGCTCAGACCATTGCACA
GTCAGCTAACAAGGTGTACCTAAGCTCCAATGATCTCTTGCTAAACCTTCAAGGGATGAA
CTTGGAGCCTAGCCCTAAGAAGTAAAAGGAAGGAAATAGTAAGTTCCATTCGTGTCTCTC
CTCCAAAAACATGGTTGGTGTTTTGACCACATGACTATTTGTCCATTACTGTGCTATTCA
GATTTTATTTTCTGCACTAGTTGGCAACTTTTTATATTGGAGGGAAAAATAAGATTAAGT
AC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

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TGGACATCGTGCTGTCATGTTCAACCGTTTAACTGGTATCAAGGAAAAGGTGTACCCGGA
AGGAACACATTTTATGTTGCCATGGTTTGAGAGGCCAATCATCTATGACGTCCGTGCACG
ACCCTATCTTGTTGAGAGCACCACCGGTAGTCATGACCTTCAGATGGTGAAAATTGGACT
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TCTCACGTTCGGA

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G
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G

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CTGCACTAGTTGGCAACTTTTTATATTGGAGGGAAAAATAAGATTAAGTAC

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DS 



AS 1 4

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CAAAAGTGAAATAGAGATTATGACAATGATTATTCAGACCGTTTTTTATTACAATTTTGC
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CAACAAGTACCTCGGAAACAGAAGGATGACAAGAGGCAGCTTGAGAAGCAGCTTCTTGAA
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GGGGGACGAGATTCTTCTTCTTCGTCAGAGCTCTGAGGAGAAGGGCTCTCGTCATTGTTT
TCGCTTCTCC


BQ
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AF RR3DL85JQ U 1
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AF RR3B666TF C 518
AF RR3DL85TF C 604
BS 1 133 RR3DL85JQ
BS 134 134 RR3B666JQ
BS 135 601 RR3DL85JQ
BS 602 673 RR3B666JQ
BS 674 916 RR3B666TF
BS 917 917 RR3DL85TF
BS 918 962 RR3B666TF
BS 963 963 RR3DL85TF
BS 964 1114 RR3B666TF
BS 1115 1115 RR3DL85TF
BS 1116 1270 RR3B666TF

RD RR3DL85JQ 601 0 0
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CAAAAGTGAAATAGAGATTATGACAATGATTATTCAGACCGTTTTTTATTACAATTTTGC
TATGTACACTACTTTACTATGGTCTGCAACCTGAGAGCTTAAAAGTTTCTCATTTCTTTT
CCGGAAGCTTCTCCAGCAACTCTGGTATCACCTCAAAAAAATCTCCAACAAGTCCATAAT
CAGCTACCTGAAAAATAGGTGCATCTGCGTCTTTATTAACTGCCACAATCACCTTAAAAT
CCTTAATTCCAGCTAAGTGTTGAATAGCTCCTGAAACACCAAACGCCATGTATAACTCTG
GGGCTACTATTTTCCCCGTTTGCCCCACCTGAAGATCATTAGGAACATATCCAGCATCAA
CCGCAGCACGAGTCGCACCAACTGCTCCGCCAAGTTTCTCTGCAAGATTTTCGATCAATT
TAAAGTTCTCAACGCTCTTTAACGCCCTTCCACCTGTAACCACAACACGTGCACTTCCAA
GATCAGGCCGTTCTGTATCCTGAGTTGATTGCCCCACGTATCTGGATCTACTCACAAATT
C

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3B666JQ 613 0 0
CAAAAGTGAAATAGAGATTATGACAATGATTATTCAGACCGTTTTTTATTACAATTTTGC
TATGTACACTACTCTACTATGGTCTGCAACCTGAGAGCTTAAGAGTTTCTCATTTCTTTT
CCGGAAGCTTCTCCAGCAACTCTGGTATCACCTCAAAAAGATCTCCAACAAGTCCATAAT
CAGCTACCTGAAAAATAGGTGCATCTGCGTCTTTATTAACTGCCACAATCACCTTAAAAT
CCTTAATTCCAGCTAAGTGTTGAATAGCTCCTGAAACACCAAACGCCATGTATAACTCTG
GTGCTACTATTTTCCCCGTTTGCCCCACCTGAAGATCATTAGGAACATATCCAGCATCAA
CCGCAGCACGAGTCGCACCAACTGCTCCGCCAAGTTTCTCTGCAAGATTTTCGATCAATT
TAAAGTTCTCAACGCTCTTTAACGCCCTTCCACCTGTAACCACAACACGTGCACTTCCAA
GATCAGGCCGTTCTGTATCCTGAGTTGATTGCCCCACGTATCTGGATCTACTCACAAATT
CTTCTTTGAAATTTGAGAGATCAATCTGAGAGATAGTAGCTTTCTTTGACTCAGTTACTG
GGGTAACAGGAAA

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3B666TF 753 0 0
AACCACAACACGTGCACTTCCAAGATCAGGCCGTTCTGTATCGTGAGTTGATTGCCCCAC
GTATCTGGATCTACTCACAAATTCTTCTTTGAAATTTGAGAGATCAATCTGAGAGATAGT
AGCTTTCTTTGACTCAGTTACTGGGGTAACAGGAAAAGATGTAGTTCTAATAGTCAAAAC
ACAAGGACCAGGACCAGTATAACGAACTCTACACAAGGCGTTTCCCGCATATATAGGCCT
GATAAACTCGTTGGGTCCTAAGATTTTGACAACATCAGTAACAGGAGAGACATCCAAAAG
AGCCGCAACTCGGGGTAGTATGTTTTTGCCAAATGAGCTAGAGGAAGCAAGGATGTGAGA
GTAATCTCCTCTTTGTTGCCGAACAAAGTCAACTAATTT*GCCCAAGGTTCAGCTAAAGG
GTACTCAAATCTATCTGAATCAGCAGCAAGTACCTCGGAAACAGAAGGATGACAAGAGGC
AGCTTGAGAAGCAGCTTCTTGAAGAGAAGAGCCGGAACCAACTAATAGCAAAGAAACTGA
AGAGCTCTCACCCAATTGGTTCGCTGCAACTACTGTACTCACTGTCTGAAGTTTGATGGA
ACCGCTCTCATGTTCCACTAGAATCAGAGTGCTAATGCATCAAGAGAGGTTGGTGATGAT
GGAGATGGATCGATGAGCGTTGGGGGGGACGAGATTCTTCTTCTTCGTCAGAGCTCTGAG
GAGAAGGGCTCTCGTCATTGTTTTCGCTTCTCC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3DL85TF 667 0 0
CTTTGAAATTTGAGAGATCAATCTGAGAGATAGTAGCTTTCTTTGACTCAGTTACTGGGG
TAACAGGAAAAGATGTAGTTCTAATAGTCAAAACACAAGGACCAGGACCAGTATAACGAA
CTCTACACAAGGCGTTTCCCGCATATATAGGCCTGATAAACTCGTTGGGTCCTAAGATTT
TGACAACATCAGTAACAGGAGAGACATCCAAAAGAGCCGCAACTCGGGGTAGTATGTTTT
TGCCAAATGAGCTAGAGGAAGCAAGGATGTGAGAGTAATCTCCTCTTTGTTGCCGAACAA
AGTCAACTAATTTTGCCCAAGGTTCAGCTAAAGGGTACTCAAATCTATCTGAATCAGCAA
CAAGTACCTCGGAAACAGAAGGATGACAAGAGGCAGCTTGAGAAGCAGCTTCTTGAAGAG
AAGAGCCGGAACCAGCTAATAGCAAAGAAACTGAAGAGCTCTCACCCAATTGGTTCGCTG
CAACTACTGTACTCACTGTCTGAGGTTTGATAGAACCGCTCTCATGTTCCGCTAGAATCA
GAGTGCTAATGCATTGAGAGAGGTTGGTGATGATGGAGATGGATCGATGAGCGTTGGGGG
GGACGAGCTTCTTCTTCTTCGTCAGAGCTCTGAGGAGAAGGGCTCTCGTCATTGTTTTCG
CTTCTCC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 3

CO CL2461Contig1 896 3 10 U
GTTGGAGAGGAGGTGTCTGCTCAGAAGCAGACTTTGAAGAATGTCACGGACTACATGGTT
GATGTTATCTGCAAGCGTGCTGAGCTTGGTTACAACTACAGTGTTATTCTGATTCCAGAA
GGCCTGATCGATTTTATTCCCGAGGTTCAGGAGCTGATCGCAGAACTGAATGAAATTCTG
GCAAATGAGGTGGTTGATGAAAGTGGACAGTGGAAGAAGAAGCTCACGGAGCAATCCCTG
AAGCTGTTTGATCTTCTGCCTGAAGCGATTCAGGAACAGCTGATGCTCGAGAGAGACCCA
CACGGAAATGTCCAGGTGGCCAAGATTGAGACTGAGAAGATGCTCATTCAAATGGTTGAA
ACTGAATTGGAGAAAAGAAAGCAAGCTGGTTCATACAAGGGACAATTCATGGGCCAGTCT
CATTTCTTCGGGTATGAAGGAAGGTGCGGTTTGCCTACAAACTTTGATGCCACCTACTGT
TATGCACTTGGTTATGGCGCTGGAGTGCTCCTCAACAGTGGGAAGACCGGACTGATTTCG
TCGGTGGGGAACTTGGCTGCTCCTGTGGAAGAATGGACTGTAGGTGGAACTGCTCTCACA
GCTTTGATGGATGTCGAGAGGAGACACGGTAAGTTCAAGCCTGTGATCAAGAAAGCAATG
GTGGAACTTGAAG*TGCACCGTTTAAGAAATTCGCATCGCTGCGTGAGGAATGGGCTTTG
AAGAACCGATACATCAGCCCTGGTCCAATCCAATTCACGGGACCTGGTTCAGATGCTCTC
AGCCACACACTACTCCTTGAACTCGGGGCTCAATAATCTCTCGAGCAACCGGCTTTCCTT
CCATTCTACATCTCGATTTTCTGCTTTCCTTGGGATTTCACGTTTTGTCTTCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB69TF U 1
AF RR3EC58TF U 42
AF RR3C671TF U 262
BS 1 605 RR3HB69TF
BS 606 606 RR3EC58TF
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BS 733 733 RR3EC58TF
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BS 747 755 RR3HB69TF
BS 756 896 RR3C671TF

RD RR3HB69TF 755 0 0
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GATGTTATCTGCAAGCGTGCTGAGCTTGGTTACAACTACAGTGTTATTCTGATTCCAGAA
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GCAAATGAGGTGGTTGATGAAAGTGGACAGTGGAAGAAGAAGCTCACGGAGCAATCCCTG
AAGCTGTTTGATCTTCTGCCTGAAGCGATTCAGGAACAGCTGATGCTCGAGAGAGACCCA
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ACTGAATTGGAGAAAAGAAAGCAAGCTGGTTCATACAAGGGACAATTCATGGGCCAGTCT
CATTTCTTCGGGTATGAAGGAAGGTGCGGTTTGCCTACAAACTTTGATGCCACCTACTGT
TATGCACTTGGTTATGGCGCTGGAGTGCTCCTCAACAGTGGGAAGACCGGACTGATTTCG
TCGGTGGGGAACTTGGCTGCTCCTGTGGAAGAATGGACTGTAGGTGGAACTGCTCTCACA
GCTTTAATGGATGTCGAGAGGAGACACGGTAAGTTCAAGCCTGTGATCAAGAAAGCAATG
GTGGAACTTGAGG*TGCACCGTTTAAGAAATTCGCATCGCTGCGTGAGGAATGGGCTTTG
AAGAACCGATACGTCAGCCCTGGTC*AATCCAATT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3EC58TF 697 0 0
G
GTCACGGACTACATGGTTGATGTTATCTGCAAGCGTGCTGAGCTTGGTTACAACTACGGT
GTTATTCTGATTCCAGAAGGCCTGATCGATTTTATTCCCGAGGTTCAGGAGCTGATCGCA
GAACTGAATGAAATTCTGGCAAATGAGGTGGTTGATGAAAGTGGACAGTGGAAGAAGAAG
CTCACGGAGCAATCCCTGAAGCTGTTTGATCTTCTGCCTGAAGCGATTCAGGAACAGCTG
ATGCTCGAGAGAGACCCACACGGAAATGTCCAGGTGGCCAAGATTGAGACTGAGAAGATG
CTCATTCAAATGGTTGAAACTGAATTGGAGAAAAGAAAGCAAGCTGGTTCATACAAGGGA
CAATTCATGGGCCAGTCTCATTTCTTCGGGTATGAAGGAAGGTGCGGTTTGCCTACAAAC
TTTGATGCCACCTACTGTTATGCACTTGGTTATGGCGCTGGAGTGCTCCTCAACAGTGGG
AAGACCGGACTGATTTCGTCGGTGGGGAACTTGGCTGCTCCTGTGGAAGAATGGACTGTA
GGTGGAACTGCTCTCACAGCTTTGATGGATGTCGAGAGGAGACACGGTAAGTTCAAGCCT
GTGATCAAGAAAGCAATGGTGGAACTTGAAG*TGCACCGTTTAAGAAATTCGCATCGCTG
CGTGAGGA*TGGGCTTTGAAGAACCGATACATCAGC

QA 2 697 2 697
DS 

RD RR3C671TF 635 0 0
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AAGATTGAGACTGAGAAGATGCTTATTCAAATGGTTGAAACTGAATTGGAGAAAAGAAAG
GAAGCTGGTTCATACAAGGGACAATTCATGGGCCAGTCCCATTTCTTTGGGTATGAAGGA
AGATGCGGTTTGCCTACAAACTTTGATGCCACCTACTGTTATGCACTTGGTTATGGCGCT
GGAGTGCTCCTCAACAGTGGGAAAACCGGACTGATTTCTTCGGTGGGGAACTTGGCTGCT
CCTGTGGAAGAATGGACTGTAGGTGAAACTGCTCTCACAGCCTTGATGGATGTCGAGAGG
AGACACGGTAAGTTCAAGCCTGTGATCAAGAAAGCAATGGTGGAACTTGAAGGTGCACCG
TTTAAGAAATTCGCATCGCTGCGTGAGGAATGGGCTTTGAAGAACCGATACATCAGCCCT
GGTCCAATCCAATTCACGGGACCTGGTTCAGATGCTCTCAGCCACACACTACTCCTTGAA
CTCGGGGCTCAATAATCTCTCGAGCAACCGGCTTTCCTTCCATTCTACATCTCGATTTTC
TGCTTTCCTTGGGATTTCACGTTTTGTCTTCTCTT

QA 1 635 1 635
DS 



AS 2 4

CO CL2462Contig1 847 2 8 U
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TCCTACGAGATGTTGGCTGGTCATGTTTGGAGGTCTGTGGGTAAGGCCCGCGGGCTTCCC
GACGATCAAGAGACTAAACTGTATATTGCTACCGATGGAAGGTCGAGACTTCGTCCGCAG
CTTCCCCCTGGTTACTTTGGTAACGTGATATTCACTGCCACGCCACTGGCCGTTGCAGAG
GATCTGCTATCGAAACCGACGTGGTATGCTGCAGGACTGATTCGTGATGTTTGGCTCGCA
TGGACTATAACTATCTGAGGTCAGCTCTCGACTACCTGGAGATGCAGCCTGATCTCTCGG
CTTTGGTCCGCGGTGCGCATACCTACAAATGTCCGAATTTGGGAATCACAAGCTGGGTCA
GATTGCCTATTTACGATGCAGACTTTGGTTGGGGACGTCCCATATTTATGGGACCTGGTG
GAATTCCATACGAGGGTTTGTCGTTTGTGCTACCAATTCCTACAAATGATGGCAGCTTAT
CTGTGGCCACTGCTCTCCAAACTGAACACATGAAACTGTTTGAGAAGTATTTGTACGATA
TATGACAGAGACAAGCAGCAGCAGAACAAGAAGAAGATGATGATGATGATTCCTCCTTTT
CCCCCCCCCCACTTAAGTGGGGCTTTTTTGTTGCTTGATGTCGAAGATGATTCGTTATCC
TGTATTTTAGAGGGTACAATAAAGTTATGTCAACACATAAGTTTTTCTTATGGTCTGTGT
AACATTTGGATCGGTCATGTAGGAACTTTTGCTTTTATGTTTATACTGATGATGATAAGT
GTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GP69TF U 1
AF RR3GP69JQ C 396
BS 1 669 RR3GP69TF
BS 670 670 RR3GP69JQ
BS 671 688 RR3GP69TF
BS 689 689 RR3GP69JQ
BS 690 733 RR3GP69TF
BS 734 734 RR3GP69JQ
BS 735 788 RR3GP69TF
BS 789 847 RR3GP69JQ

RD RR3GP69TF 788 0 0
GGCCAGCTCGTTACTCTCAAGGCTAAAGCCAAGGAGGATGGCAACACCGTTAGCTACAGC
TCCTACGAGATGTTGGCTGGTCATGTTTGGAGGTCTGTGGGTAAGGCCCGCGGGCTTCCC
GACGATCAAGAGACTAAACTGTATATTGCTACCGATGGAAGGTCGAGACTTCGTCCGCAG
CTTCCCCCTGGTTACTTTGGTAACGTGATATTCACTGCCACGCCACTGGCCGTTGCAGAG
GATCTGCTATCGAAACCGACGTGGTATGCTGCAGGACTGATTCGTGATGTTTGGCTCGCA
TGGACTATAACTATCTGAGGTCAGCTCTCGACTACCTGGAGATGCAGCCTGATCTCTCGG
CTTTGGTCCGCGGTGCGCATACCTACAAATGTCCGAATTTGGGAATCACAAGCTGGGTCA
GATTGCCTATTTACGATGCAGACTTTGGTTGGGGACGTCCCATATTTATGGGACCTGGTG
GAATTCCATACGAGGGTTTGTCGTTTGTGCTACCAATTCCTACAAATGATGGCAGCTTAT
CTGTGGCCACTGCTCTCCAAACTGAACACATGAAACTGTTTGAGAAGTATTTGTACGATA
TATGACAGAGACAAGCAGCAGCAGAACAAGAAGAAGATGATGATGATGATTCCTCCTTTT
CCCCCCCCC*ACTTAAGTGGGGCTTTTT*GTTGCTTGATGTCGAAGATGATTCGTTATCC
TGTATTTTAGAGG*TACAATAAAGTTATGTCAACACATAAGTTTTTCTTATGGTCTGTGT
AACATTTG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3GP69JQ 452 0 0
AATTTGGGAATCACAAGCTGGGTCAGATTGCCTATTTACGATGCAGACTTTGGTTGGGGA
CGTCCCATATTTATGGGACCTGGTGGAATTCCATACGAGGGTTTGTCGTTTGTGCTACCA
ATTCCTACAAATGATGGCAGCTTATCTGTGGCCACTGCTCTCCAAACTGAACACATGAAA
CTGTTTGAGAAGTATTTGTACGATATATGACAGAGACAAGCAGCAGCAGAACAAGAAGAA
GATGATGATGATGATTCCTCCTTTTCCCCCCCCCCACTTAAGTGGGGCTTTTTTGTTGCT
TGATGTCGAAGATGATTCGTTATCCTGTATTTTAGAGGGTACAATAAAGTTATGTCAACA
CATAAGTTTTTCTTATGGTCTGTGTAACATTTGGATCGGTCATGTAGGAACTTTTGCTTT
TATGTTTATACTGATGATGATAAGTGTTGTCC

QA 1 452 1 452
DS 



CO CL2462Contig2 810 2 4 U
GATCTTTAAATTATCTCGCGACCAGCTGGTTACTCTCAAGGCTAAAGCCAAGGAGGATGG
CAACACCGTTAGCTACAGCTCCTACGAGATGTTGGCTGGTCATGTTTGGAGGTCTGTGGG
TAAGGCCCGCGGGCTTCCCGACGATCAAGAGACTAAACTGTACATTGCTACCGACGGAAG
GTCGAGACTGCGTCCGCAGCTGCCCCCTGGTTACTTCGGTAACGTGATATTCACTGCCAC
GCCACTGGCCGTTGCAGGGGATCTGCTATCGAAACCGACGTGGTATGCTGCAGGACTGAT
TCATGATGTTTTGGCTCGCATGGACGATAACTATCTGAGGTCAGCTCTCGACTACCTAGA
GATGCAGCCGGATCTCTCGGCTTTGGTCCGCGGTGCGCATACCTACAAATGTCCGAATTT
GGGAATCACAAGCTGGGTCAGATTGCCTATTTACGATGCAGACTTTGGTTGGGGACGTCC
CATATTTATGGGACCTGGTGGAATTCCATACGAGGGTTTGTCGTTTGTGCTACCAAGTCC
TACAAATGATGGCAGCTTATCTGTGGCCATTGCTCTCCAAACTGAACACATGAAACTGTT
TTGAGAAGTATTTGTACGATATATGACAGAGACAAGCAGCAGCAGAACAAGAAGAAGATG
ATGATTCCTCCTTTTCCCCCCAACTTAAGTGGGGCTTTTTTGTTGCTTAATGTCGTTATC
CTGTATTTTGGAGGGTACAATAAAGTTATGTCAACACATAAGTTTTTTCTTATGGTCTTG
TAACATTTGGATCGGTCATGTAGGAACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS17TF U 1
AF RR3GS17JQ C 190
BS 1 734 RR3GS17TF
BS 735 735 RR3GS17JQ
BS 736 758 RR3GS17TF
BS 759 810 RR3GS17JQ

RD RR3GS17TF 758 0 0
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CAACACCGTTAGCTACAGCTCCTACGAGATGTTGGCTGGTCATGTTTGGAGGTCTGTGGG
TAAGGCCCGCGGGCTTCCCGACGATCAAGAGACTAAACTGTACATTGCTACCGACGGAAG
GTCGAGACTGCGTCCGCAGCTGCCCCCTGGTTACTTCGGTAACGTGATATTCACTGCCAC
GCCACTGGCCGTTGCAGGGGATCTGCTATCGAAACCGACGTGGTATGCTGCAGGACTGAT
TCATGATGTTTTGGCTCGCATGGACGATAACTATCTGAGGTCAGCTCTCGACTACCTAGA
GATGCAGCCGGATCTCTCGGCTTTGGTCCGCGGTGCGCATACCTACAAATGTCCGAATTT
GGGAATCACAAGCTGGGTCAGATTGCCTATTTACGATGCAGACTTTGGTTGGGGACGTCC
CATATTTATGGGACCTGGTGGAATTCCATACGAGGGTTTGTCGTTTGTGCTACCAAGTCC
TACAAATGATGGCAGCTTATCTGTGGCCATTGCTCTCCAAACTGAACACATGAAACTGTT
TTGAGAAGTATTTGTACGATATATGACAGAGACAAGCAGCAGCAGAACAAGAAGAAGATG
ATGATTCCTCCTTTTCCCCCCAACTTAAGTGGGGCTTTTTTGTTGCTTAATGTCGTTATC
CTGTATTTTGGAGG*TACAATAAAGTTATGTCAACACA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3GS17JQ 621 0 0
G
CGTCCGCAGCTGCCCCCTGGTTACTTCGGTAACGTGATATTCACTGCCACGCCACTGGCC
GTTGCAGGGGATCTGCTATCGAAACCGACGTGGTATGCTGCAGGACTGATTCATGATGTT
TTGGCTCGCATGGACGATAACTATCTGAGGTCAGCTCTCGACTACCTAGAGATGCAGCCG
GATCTTTCGGCTTTGGTCCGCGGTGCGCATACCTACAAATGTCCGAATTTGGGAATCACA
AGCTGGGTCAGATTGCCTATTTACGATGCAGACTTTGGTTGGGGACGTCCCATATTTATG
GGACCTGGTGGAATTCCATACGAGGGTTTGTCGTTTGTGCTACCAAGTCCTACAAATGAT
GGCAGCTTATCTGTGGCCATTGCTCTCCAAACTGAACACATGAAACTGTTT*GAGAAGTA
TTTGTACGATATATGACAGAGACAAGCAGCAGCAGAACAAGAAGAAGATGATGATTCCTC
CTTTTCCCCCCAACTTAAGTGGGGCTTTTTTGTTGCTTAATGTCGTTATCCTGTATTTTG
GAGGGTACAATAAAGTTATGTCAACACATAAGTTTTTTCTTATGGTCTTGTAACATTTGG
ATCGGTCATGTAGGAACTTT

QA 2 621 2 621
DS 



AS 1 3

CO CL2463Contig1 1025 3 10 U
ACTGTGTAAACCTCACAGTTTCATCAGAATCATTGAAATGAAGAGTATAAATAAAATAAA
TTTCATAAAACCACTTAACAGAATCGTTGAAACAACCTTAAAATCAATGAAAAGTATAAT
TTACAGGTGAAATGAAAAGTATAGATCCGGCGAGCTCTTTTCTCATATCTATGTTCAATA
AAGCCCCAACATTCTAAGTTCCATTACATGACTCTGGTCAAGATCAGGAACATTCTTGCA
GTCTCGGTCTTACACTATATACTCCTTTGTGAGTTCTTGTTTGGCAAGAACATGGTAGTG
CCGCTCATTGATCCTTTGACCACATATAATTGCGATGAAAAACCCATAAAGTAGTCCTAC
CAAGACAATGGCCAAAACAGCTAATGTGTAGAAGCCATAAGGATGTTCCTCATAACCGAA
CATCTCACGTAGTTCTTCGCCGTAAAACTTGTAAACTAGTAACCCCAAGAACGCTACTAC
CATCTGGACAGTGATGAAAATGAAAGCATGATCTCTAGCAACCAGGAGCTGAAATCTCAA
TCACAACCACCACCTATCAGGAGGCACATTGGCTCGGAGTTTGAACACAGCTCTACACTC
TGTACAATGCGAAAACGCAAAACCTTCCTTGGTGGAGCGCCAGTTATCGAGACAAGATCT
GTGGACGTACTTCTGAGTACCTTTACAATTGCAGGGACCAATCAGATCTTCCCCTCCAAC
GTCAAGGCAAATTCGACATTGTGGTTGATCTACAGCAGCAACGAGATGCGTAGTTTCGTT
ATCGTCATCCTCATCATCATCACTCTCAGCTATCTCAGAAACCTCTCCTTCTTCCTCTAC
AACACGATCGCCTCTTTCCGCTGCTACGATTTCGTTGGTGGATGTGGATTCGTCGAATAG
AATAATCTGTTCTTCGTTCCGGTCATCATCACTAGGCACTAACTGCATCTCCGAATTCTC
GAGAAGTTTCTTCTGAGCCAAGCATTGCTTGCAGTTCGCGACTAAGAAATTGCTAACTAT
AGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3FN96JQ U 49
AF RR3AS82JQ U 1
AF RR3AS82TF C 272
BS 1 100 RR3AS82JQ
BS 101 101 RR3FN96JQ
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BS 112 112 RR3FN96JQ
BS 113 136 RR3AS82JQ
BS 137 137 RR3FN96JQ
BS 138 195 RR3AS82JQ
BS 196 196 RR3FN96JQ
BS 197 703 RR3AS82JQ
BS 704 1025 RR3AS82TF

RD RR3FN96JQ 515 0 0
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GAAAAGTATAATTTACAGGTGAAATGAAAAGTATAGATCCGGCGAGCTCTTTTCTCATAT
CTATGTTCAATAAAGCCCCAACATTCTAAGTTCCATTACATGACTCTGGTCAAGATCAGG
AACATTCTTGCAGTCTCGGTCTTCCACTATATACTCCTTTGTGAGTTCTTGTTTGGCAAG
AACATGGTAGTGCCGCTCATTGATCCTTTGACCACATATAATTGCGATGAAAAACCCATA
AAGTAGTCCTACCAAGACAATGGCCAAAACAGCTAATGTGTAAAAGCCATAAGGATGTTC
CTCATAACCGAACATCTCACGTAGTTCTTCGCCATAAAACTTGTAAACTAGTAACCCCAA
GAACGCTACGACCATCTGGACAGTGATGAAAATGAAAGCATGATCTCTAGCAACCAGCAG
CTGAAATCTCAATCGCAACCACCATCTATCAGGAG

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3AS82JQ 703 0 0
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TTTCATAAAACCACTTAACAGAATCGTTGAAACAACCTTAGAATCAATGAAGAGTATAAT
TTACAGGTGAAATGAAGAGTATAGATCCGGCGAGCTCTTTTCTCATATCTATGTTCAATA
AAGCCCCAACATTCTGAGTTCCATTACATGACTCTGGTCAAGATCAGGAACATTCTTGCA
GTCTCGGTCTTACACTATATACTCCTTTGTGAGTTCTTGTTTGGCAAGAACATGGTAGTG
CCGCTCATTGATCCTTTGACCACATATAATTGCGATGAAAAACCCATAAAGTAGTCCTAC
CAAGACAATGGCCAAAACAGCTAATGTGTAGAAGCCATAAGGATGTTCCTCATAACCGAA
CATCTCACGTAGTTCTTCGCCGTAAAACTTGTAAACTAGTAACCCCAAGAACGCTACTAC
CATCTGGACAGTGATGAAAATGAAAGCATGATCTCTAGCAACCAGGAGCTGAAATCTCAA
TCACAACCACCACCTATCAGGAGGCACATTGGCTCGGAGTTTGAACACAGCTCTACACTC
TGTACAATGCGAAAACGCAAAACCTTCCTTGGTGGAGCGCCAGTTATCGAGACAAGATCT
GTGGACGTACTTCTGAGTACCTTTACAATTGCAGGGACCAATC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3AS82TF 754 0 0
AGTTCTTGTTTGGCAAGAACATGGTAGTGCCGCTCATTGATCCTTTGACCACATATAATT
GCGATGAAGAACCCATAAAGTAGTCCTACCAAGACAATGGCCAAAACAGCTAATGTGTAG
AAGCCATAAGGATGTTCCTCATAACCGAACATCTCACGTAGTTCTTCGCCGTAGAACTTG
TAAACTAGTAACCCCAAGAACGCTACTACCATCTGGACAGTGATGAAAATGAAAGCATGA
TCTCTAGCAACCAGGAGCTGAAATCTCAATCACAACCACCACCTATCAGGAGGCACATTG
GCTCGGAGTTTGAACACAGCTCTACACTCTGTACAATGCGAAAACGCAAAACCTTCCTTG
GTGGAGCGCCAGTTATCGAGACAAGATCTGTGGACGTACTTCTGAGTACCTTTACAATTG
CAGGGACCAATCAGATCTTCCCCTCCAACGTCAAGGCAAATTCGACATTGTGGTTGATCT
ACAGCAGCAACGAGATGCGTAGTTTCGTTATCGTCATCCTCATCATCATCACTCTCAGCT
ATCTCAGAAACCTCTCCTTCTTCCTCTACAACACGATCGCCTCTTTCCGCTGCTACGATT
TCGTTGGTGGATGTGGATTCGTCGAATAGAATAATCTGTTCTTCGTTCCGGTCATCATCA
CTAGGCACTAACTGCATCTCCGAATTCTCGAGAAGTTTCTTCTGAGCCAAGCATTGCTTG
CAGTTCGCGACTAAGAAATTGCTAACTATAGCTC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 3

CO CL2464Contig1 998 3 19 U
GGACCACTAAAACGCAAACGCACCCACACAAGAAGAAGACCCGTGTTCCGTTTCGCTGTC
TCCCTGTCTAAATTCTAATTCCATCTCGTGTCCTCTCTTCCTCCTCTAGAAAAAAATCTC
CATGAACATACTCAACAGGTTCGGTTTAGGATCAGGCGGGCAAAGAAGCATGGATCCTTC
TCCGATCGCCCAGGGAAACGACGATGACTCTCCGGCGCCGGGAAATCACTTTGCGCAATT
CGCCGCGGGATGCTTCTGGGGCGTGGAGCTGGCGTTTCAGAGGCTTCCAGGGGTGACTCA
TACAGAGGTTGGATACACACAAGGGATCACCCACAATCCTTCGTACGAGGATGTCTGCTC
TGAAACCACGGGACATGCCGAGGTCGTTAGGGTTCAGTATGATCCCAAAGACTGCACCTT
TGAGTCTCTCCTTGATTTGTTTTGGTCTAGGCATGATCCCACCACCTTGAATCGCCAGGG
AAATGATGTGGGAACCCGATACCGATCAGGGATATACTACTACACACCCGAGCAGGAGAA
ACTAGCCCGCGAGACACTTGAGCGTCACCAGGAAAAAATGGAGAGGAAGATCATGACTGA
GATCTTGCCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCCGAGGAGCAACAGCAGCAGTATCTGTCCAA
GGGGTGGAAGGTTCGGCCTCGGGCAGTCCTGCGCCAAAGGCTGCACCGACCCGATCCGCT
GCTACGGCTAAAAGCCTGAGCTCCTCTGTTTCTCTCCCAAAACAGAGTGTGCTAGTGACT
TTTGTGTGAAAGCTATGTAACGCATGTTTATCGTTTGTACGATTATTTGTTGGTGGTGTT
TCTCAAATTATTGAATGAATAAGAGAATCTTGTGGACAAAAGAAATAGTCCAATAGATAT
AGCCAATGGGCTAATGGTAGGACACTTGGTTTCTTATTGTCCATTTCTGCATGCTTGTAT
ACATCTTATAAGACCATTTGTAATGTTTTTAACTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EB54TF U 1
AF RR3E045TF U 108
AF RR3E045JQ C 246
BS 1 115 RR3EB54TF
BS 116 116 RR3E045TF
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BS 641 657 RR3EB54TF
BS 658 880 RR3E045TF
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RD RR3EB54TF 663 0 0
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TCCCTGTCTAAATTCTAATTCCATCTCGTGTCCTCTCTTCCTCCTCTAGAAAAAAGTCTC
CATGAACATACTCAACAGGTTCGGTTTAGGATCAGGCGGGCAAAGAAGCATGGATCCTTC
TCCGATCGCCCAGGGAAACGACGATGACTCTCCGGCGCCGTGAAATCACTTTGCGCAATT
CGCCGCGGGATGCTTCTGGGGCGTGGAGCTGGCGTTTCAGAGGCTTCCAGGGGTGACTCA
TACAGAGGTTGGATACACACAAGGGATCACCCACAATCCTTCGTACGAGGATGTATGCTC
TGAAACCACGGGACATGCCGAGGTCGTTAGGGTTCAGTATGATCCCAAAGCCTGCACCTT
TGAGTCTCTCCTTGATTTGTTCCGGTCTAGGCATGATCCCACCACCTTGAATCGCCAGGG
AAATGATGTGGGAACCCGATACCGATCAGGGATATACTACTACACGCCCGAGCAGGAGAA
ACTAGCCCGCGAGACACTTGAGCGTCACCAGGAAAAA*TGGAGAGGAAGATCATGACTGA
GATCTTGCCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCCGAGGAGCA*CAGCAGCAGTATCTGTC
AAGGTG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3E045TF 773 0 0
GGG
AAAAAATCTCCATGAACATACTCAACAGGTTCGGTTTAGGATCAGGCGGGCAAAGAAGTA
TGGATCCTTCTCCGATCGCCCAGGGAAACGACGATGACTCTCCGGCGCCGGGAAATCACT
TTTCGCAATTCGCCGCGGGATGCTTCTGGGGCGTGGAGCTGGCGTTTCAGAGGCTTCCAG
GGGTGACTCATACAGAGGTTGGATACACACAAGGGATCACCCACAATCCTTCGTACGAGG
ATGTCTGCTCTGAAACCACGGGACATGCCGAGGTCGTTAGGGTTCAGTATGATCCCAAAG
ACTGCACCTTTGAGTCTCTCCTTGATTTGTTTTGGTCTAGGCATGATCCCACCACCTTGA
ATCGCCAGGGAAATGATGTGGGAACCCGATACCGATCAGGGATATACTACTACACACCCG
AGCAGGAGAAACTAGCCCGCGAGACACTTGAGCGTCACCAGGAAAAAATGGAGAGGAAGA
TCATGACTGAGATCTTGCCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCCGAGGAGCAACAGCAGCAGT
ATCTGTCCAAGGGGTGGAAGGTTCGGCCTCGGGCAGTCCTGCGCCAAAGGCTGCACCGAC
CCGATCCGCTGCTACGGCTAAAAGCCTGAGCTCCTCTGTTTCTCTCCCAAAACAGAGTGT
GCTAGTGACTTTTGTGTGAAAGCTATGTAACGCATGTTTATCGTTTGTACGATTATTTGT
TGGTGGTGTTTCTCAAATTATTGAATGAATAAGAGAATCTTGTGGACAAA

QA 4 773 4 773
DS 

RD RR3E045JQ 753 0 0
CGGGATGCTTCTGGGGCGTGGAGCTGGCGTTTCAGAGGCTTCCAGGGGTGACTCATACAG
AGGTTGGATACACACAAGGGATCACCCACAATCCTTCGTACGAGGATGTCTGCTCTGAAA
CCACGGGACATGCCGAGGTCGTTAGGGTTCAGTATGATCCCAAAGACTGCACCTTTGAGT
CTCTCCTTGATTTGTTTTGGTCTAGGCATGATCCCACCACCTTGAATCGCCAGGGAAATG
ATGTGGGAACCCGATACCGATCAGGGATATACTACTACACACCCGAGCAGGAGAAACTAG
CCCGCGAGACACTTGAGCGTCACCAGGAAAAAATGGAGAGGAAGATCATGACTGAGATCT
TGCCTGCTAAGAAATTCTACAGAGCCGAGGAGCAACAGCAGCAGTATCTGTCCAAGGG*T
GGAAGGTTCGGCCTCGGGCAGTCCTGCGCCAAAGGCTGCACCGACCCGATCCGCTGCTAC
GGCTAAAAGCCTGAGCTCCTCTGTTTCTCTCCCAAAACAGAGTGTGCTAGTGACTTTTGT
GTGAAAGCTATGTAACGCATGTTTATCGTTTGTACGATTATTTGTTGGTGGTGTTTCTCA
AATTATTGAATGAATAAGAGAATCTTGTGGACAAAAGAAATAGTCCAATAGATATAGCCA
ATGGGCTAATGGTAGGACACTTGGTTTCTTATTGTCCATTTCTGCATGCTTGTATACATC
TTATAAGACCATTTGTAATGTTTTTAACTATTT

QA 1 753 1 753
DS 



AS 2 4

CO CL2465Contig1 557 2 3 U
GGAGGGTAAATAGTTCCTCCTCCATTCGAGAGAAGTAGAAGTAGTTCGAAAGTCTCTCCC
AACCCTCACCTTCACCTTCACCTTCACCTTCTTCTTCGTTGTTTAATTGTCGAGAGCAGA
GGAAGGAATCTGCAGGCCGAGAAAAATGTTGTTCTTCTCGTACTTCAAGGATTTGGTGGG
ACAAGAAGTGACGGTTGAGCTGAAGAACGATTTAGCAATCAGAGGGACACTTCATTCTGT
GGATCAGTACCTTAATATCAAGCTCGAGAACACTCGTGTTGTTGATCAGGACAAGTACCC
TCACATGCTGTCGGTGAGAAACTGTTTCATCAGAGGATCAGTGGGTGAGGTACGTGCAGC
TACCTCCTGATGGAGTCGATGTTGATTTACTTCACGATGCAGCTAGAAGAGAGGCCAGAG
GTGGATGATTTTCGCAAAAAACCTACCGTTGTATCTCTAAACTTTTATTAATCTGTTGAT
CAACAAGACTCGAAACTTTTTTCTTTTTTTCATGTAATGGCTTGATGTTGAATGAACCTA
GTTCCATTCTCTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3AI65JQ C 1
AF RR3AI65TF U 9
BS 1 8 RR3AI65JQ
BS 9 555 RR3AI65TF
BS 556 557 RR3AI65JQ

RD RR3AI65JQ 557 0 0
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AACCCTCACCTTCACCTTCACCTTCACCTTCTTCTTCGTTGTTTAATTGTCGAGAGCAGA
GGAAGGAATCTGCAGGCCGAGAAAAATGTTGTTCTTCTCGTACTTCAAGGATTTGGTGGG
ACAAGAAGTGACGGTTGAGCTGAAGAACGATTTAGCAATCAGAGGGACACTTCATTCTGT
GGATCAGTACCTTAATATCAAGCTCGAGAACACTCGTGTTGTTGATCAGGACAAGTACCC
TCACATGCTGTCGGTGAGAAACTGTTTCATCAGAGGATCAGTGG*TGAGGTACGTGCAGC
TACCTCCTGATGGAGTCGATGTTGATTTACTTCACGATGCAGCTAGAAGAGAGGCCAGAG
GTGGATGATTTTCGCAAAAAACCTACCGTTGTATCTCTAAACTTTTATTAATCTGTTGAT
CAACAAGACTCGAAACTTTTTTCTTTTTTTCATGTAATGGCTTGATGTTGAATGAACCTA
GTTCCATTCTCTTTACC

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3AI65TF 549 0 0
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CCTTCACCTTCACCTTCACCTTCTTCTTCGTTGTTTAATTGTCGAGAGCAGAGGAAGGAA
TCTGCAGGCCGAGAAAAATGTTGTTCTTCTCGTACTTCAAGGATTTGGTGGGACAAGAAG
TGACGGTTGAGCTGAAGAACGATTTAGCAATCAGAGGGACACTTCATTCTGTGGATCAGT
ACCTTAATATCAAGCTCGAGAACACTCGTGTTGTTGATCAGGACAAGTACCCTCACATGC
TGTCGGTGAGAAACTGTTTCATCAGAGGATCAGTGGGTGAGGTACGTGCAGCTACCTCCT
GATGGAGTCGATGTTGATTTACTTCACGATGCAGCTAGAAGAGAGGCCAGAGGTGGATGA
TTTTCGCAAAAAACCTACCGTTGTATCTCTAAACTTTTATTAATCTGTTGATCAACAAGA
CTCGAAACTTTTTTCTTTTTTTCATGTAATGGCTTGATGTTGAATGAACCTAGTTCCATT
CTCTTTA
CC

QA 1 547 1 547
DS 



CO CL2465Contig2 543 2 1 U
GGAGAAGTAGTTCGAAAGTCTCTCCCAACCCTCACCTTCACCTTCACCTTCACCTTCACC
TTCTTCTTCGTTGTTTAATTGTCGAGAGCAGAGGAAGGAATCTGCAGGCCGAGAAAAATG
TTGTTCTTCTCGTACTTCAAGGATTTGGTGGGACAAGAAGTGACGGTTGAGCTGAAGAAC
GATTTAGCAATCAGAGGGACACTTCATTCTGTGGATCAGTACCTTAATATCAAGCTCGAG
AACACTCGTGTTGTTGATCAGGACAAGTACCCTCACATGCTGTCGGTGAGAAACTGTTTC
ATCAGAGGATCAGTGGTGAGGTACGTGCAGCTACCTCCTGATGGAGTCGATGTTGATTTA
CTTCACGATGCAGCTAGAAGAGAGGCCAGAGGTGGATGATTTTCCCACAACCACCGTTGT
ATCTCTAAACTTTTATTAATCTGTTGATCAACAAGACTCGAAAGTTTTTTTCTTTTTTCA
TGTAATGGCTTGATGTTGAATGAATCTAGTTCCATTCTCTTTATCAAAGGATTATCTCTT
CCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 

AF RR3F459TF U 1
AF RR3F459JQ C 61
BS 1 543 RR3F459TF

RD RR3F459TF 543 0 0
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TTGTTCTTCTCGTACTTCAAGGATTTGGTGGGACAAGAAGTGACGGTTGAGCTGAAGAAC
GATTTAGCAATCAGAGGGACACTTCATTCTGTGGATCAGTACCTTAATATCAAGCTCGAG
AACACTCGTGTTGTTGATCAGGACAAGTACCCTCACATGCTGTCGGTGAGAAACTGTTTC
ATCAGAGGATCAGTGGTGAGGTACGTGCAGCTACCTCCTGATGGAGTCGATGTTGATTTA
CTTCACGATGCAGCTAGAAGAGAGGCCAGAGGTGGATGATTTTCCCACAACCACCGTTGT
ATCTCTAAACTTTTATTAATCTGTTGATCAACAAGACTCGAAAGTTTTTTTCTTTTTTCA
TGTAATGGCTTGATGTTGAATGAATCTAGTTCCATTCTCTTTATCAAAGGATTATCTCTT
CCC

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR3F459JQ 483 0 0
TTT
TTCTTCGTTGTTTAATTGTCGAGAGCAGAGGAAGGAATCTGCAGGCCGAGAAAAATGTTG
TTCTTCTCGTACTTCAAGGATTTGGTGGGACAAGAAGTGACGGTTGAGCTGAAGAACGAT
TTAGCAATCAGAGGGACACTTCATTCTGTGGATCAGTACCTTAATATCAAGCTCGAGAAC
ACTCGTGTTGTTGATCAGGACAAGTACCCTCACATGCTGTCGGTGAGAAACTGTTTCATC
AGAGGATCAGTGGTGAGGTACGTGCAGCTACCTCCTGATGGAGTCGATGTTGATTTACTT
CACGATGCAGCTAGAAGAGAGGCCAGAGGTGGATGATTTTCCCACAACCACCGTTGTATC
TCTAAACTTTTATTAATCTGTTGATCAACAAGACTCGAAAGTTTTTTTCTTTTTTCATGT
AATGGCTTGATGTTGAATGAATCTAGTTCCATTCTCTTTATCAAAGGATTATCTCTTCCC

QA 4 483 4 483
DS 



AS 1 4

CO CL2466Contig1 1132 4 25 U
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TGGTTATCACCGGTGAGAATGGCACGATTGATGGACAAGGAGAGCCATGGTGGGGAAAAT
TCAAGAGAGGAGAGCTGAAATACACAAGACCATACTTAATTGAGATTATGCATTCCGATG
GTATCCAAATCTCCAATCTCACATTCTTGAATTCTCCTTCTTGGCATATTCACCCGGTCT
ACAGCAGCAATATTGTTATCCAAGGTTTGACGATATTAGCACCAGTCACGGTACCAAACA
CCGACGGGATCAACCCTGATTCTTGTACAAACACGAGGATCGAAGACTGCTACATTGTCT
CCGGAGACGATTGTATCGCCGTCAAGAGTGGATGGGATCAGTACGGAATCAACTACGGCA
TGCCAACGAAACAGCTCTTGATCCGACGGCTCACATGCATTTCACCCGACAGTGCAGTGA
TCGCTCTCGGCAGCGAGATGTCCGGTGGTATTGAAGATGTTCGAGCTGAAGATATCGTCG
CCATTAACTCTGAATCAGGAATCAGGATCAAAACAGCTATTGGACGAGGAGGGTACGTGA
AGGATGTGTACGTAAGAGGCATGACCATGCACACAATGAAATACGTTTTCTGGATGACCG
GGAGTTACGGTTCGCATCCCGACGAGCATTATGATCCGAATGCACTACCGGTAATTCAGA
ACATTAACTATCAAGACATGGTGGCAGAGAACGTGACGATGCCGGCTCAATTGGCTGGGA
TCACGGGAGATCAGTTTACTGGGATATGTATCTCTAACGTGACCATCACGCTGTCGAAGA
AACCTAAGAAAGTGCTTTGGAATTGTACTGACGTATCTGGTTATACGAGCGGTGTGACGC
CTGAGCCGTGTCAGTTGTTGCCGGAGAAGCAGCCGGGGACTATTGTGCCGTGTAACTTCC
CTGAAAGTCCGATTCCCGTTGATGAAGTGAAGCTCCAACGTTGCTACTCAAGGAGAAGGC
TTATGTGAAGATGGAAACATTTTTTCTTTTACAAATACATTTCTTGGGTTATAAGTTAAC
TTTTTATCGAATGGGATGGACTTTATTAAATAAATGAAAAAGCTTTATGGGC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3BQ84TF U 1
AF RR3DQ60TF U 227
AF RR3BQ84JQ C 406
AF RR3DQ60JQ C 463
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RD RR3BQ84TF 793 0 0
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TGGTTATCACCGGTGAGAATGGCACGATTGATGGACAAGGAGAGCCATGGTGGGGAAAAT
TCAAGAGAGGAGAGCTGAAATACACAAGACCATACTTAATTGAGATTATGCATTCCGATG
GTATCCAAATCTCCAATCTCACATTCTTGAATTCTCCTTCTTGGCATATTCACCCGGTCT
ACAGCAGCAATATTGTTATCCAAGGTTTGACGATATTAGCACCAGTCACGGTACCAAACA
CCGACGGGATCAACCCTGATTCTTGTACAAACACGAGGATCGAAGACTGCTACATTGTCT
CCGGAGACGATTGTATCGCCGTCAAGAGTGGGTGGGATCAGTACGGAATCAACTACGGCA
TGCCAACGAAACAGCTCTTGATCCGACGGCTCACATGCATTTCACCCGACAGTGCAGTGA
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CCATTAACTCTGAATCAGGAATCAGGATCAAAACAGCTATTGGACGAGGAGGGTACGTGA
AGGATGTGTACGTAAGAGGCATGACCATGCACACGATGAAATACGTTTTCTGGATGACCG
GGAGTTACG*TTCGCATCCCGACGAGCATTATGATCCGAATGCGCTGCCG*TGATTCAGA
ACATTAACTATCAAGACATGGTGGCAGAGAACGTGACGATGCCG*CTCA*TTGGCTGGGA
TCACGGGAGATCA

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3DQ60TF 694 0 0
G
ATTCACCCGGTCTACAGCAGCAATATTGTTATCCAAGGTTTGACGATATTAGCACCGGTG
ACGGTACCAAACACCGACGGGATCAACCCTGATTCTTGTACAAACACGAGGATCGAAGAC
TGCTACATTGTCTCCGGAGACGATTGTATCGCCGTCAAGAGTGGATGGGATCAGTACGGA
ATCAACTACGGCATGCCCACGAAACAGCTCTTGATCCGACGGCTCACATGCATTTCTCCC
GACAGTGCCGTGATCGCTCTCGGCAGCGAGATGTCCGGTGGTATTGAAGATGTTCGAGCT
GAAGATATCGTCGCCATTAACTCTGAATCAGGAATCAGGATCAAAACAGCTATTGGACGA
TGAGGGTACGTGAAGGATGTGTATGTAAGAGGCATGACGATGCACACAATGAAATACGTT
TTCTGGATGACCGGGAGTTACGGTTCGCATCCCGACGAGCATTATGATCCGAATGCATTA
CCGGTAATTCAGAACATTAACTATCAAGACATGGTGGCAGAGAACGTGACGATGCCGGCT
CAATTGGCTGGGATCACGGGAGATCAGTTTACTGGGATATGTATCTCTAACGTGACCATC
ACGCTGTCGAAGAAACCTAAGAAAGTGCTTTGGAATTGTACTGACGTATCTGGTTATACG
AGCGGTGTGACGCCTGAGCCGTGTCAGTTGTTG

QA 2 694 2 694
DS 

RD RR3BQ84JQ 727 0 0
GAATCAACTACGGCATGCCAACGAAACAGCTCTTGATCCGACGGCTCACATGCATTTCAC
CCGACAGTGCAGTGATCGCTCTCGGCAGCGAGATGTCCGGTGGTATTGAGGATGTTCGGG
CTGAAGATATCGTCGCCATTAACTCTGAATCAGGAATCAGGATCAAAACAGCTATTGGAC
GAGGAGGGTACGTGAAGGATGTGTACGTAAGAGGCATGACCATGCACACGATGAAATACG
TTTTCTGGATGACCGGGAGTTACGGTTCGCATCCCGACGAGCATTATGATCCGAATGCGC
TGCCGGTGATTCAGAACATTAACTATCAAGACATGGTGGCAGAGAACGTGACGATGCCGG
CTCAATTGGCTGGGATCACGGGAGATCAGTTTACTGGGATATGTATCTCTAACGTGACCA
TCACGCTGTCGAAGAAACCTAAGAAAGTGCTTTGGAATTGTACTGACGTATCTGGTTATA
CGAGCGGTGTGACGCCTGAGCCGTGTCAGTTGTTGCCGGAGAAGCAGCCGGGGACTATTG
TGCCGTGTAACTTCCCTGAAAGTCCGATTCCCGTTGATGAAGTGAAGCTCCAACGTTGCT
ACTCAAGGAGAAGGCTTATGTGAAGATGGAAACATTTTTTCTTTTACAAATACATTTCTT
GGGTTATAAGTTAACTTTTTATCGAATGGGATGGACTTTATTAAATAAATGAAAAAGCTT
TATGGGC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3DQ60JQ 669 0 0
CT
CCCGACAGTGCCGTGATCGCTCTCGGCAGCGAGATGTCCGGTGGTATTGAAGATGTTCGA
GCTGAAGATATCGTCGCCATTAACTCTGAATCAGGAATCAGGATCAAAACAGCTATTGGA
CGATGAGGGTACGTGAAGGATGTGTATGTAAGAGGCATGACGATGCACACAATGAAATAC
GTTTTCTGGATGACCGGGAGTTACGGTTCGCATCCCGACGAGCATTATGATCCGAATGCA
TTACCGGTAATTCAGAACATTAACTATCAAGACATGGTGGCAGAGAACGTGACGATGCCG
GCTCAATTGGCTGGGATCACGGGAGATCAGTTTACTGGGATATGTATCTCTAACGTGACC
ATCACGCTGTCGAAGAAACCTAAGAAAGTGCTTTGGAATTGTACTGACGTATCTGGTTAT
ACGAGCGGTGTGACGCCTGAGCCGTGTCAGTTGTTGCCGGAGAAGCAGCCGGGGACTATT
GTGCCGTGTAACTTCCCTGAAAGTCCGATTCCCGTTGATGAAGTGAAGCTCCAACGTTGC
TACTCAAGGAGAAGGCTTATGTGAAGATGGAAACATTTTTTCTTTTACAAATACATTTCT
TGGGTTATAAGTTAACTTTTTATCGAATGGGATGGACTTTATTAAATAAATGAAAAAGCT
TTATGGG

QA 3 669 3 669
DS 



AS 1 4

CO CL2467Contig1 1141 4 16 U
TTTTTTTATCCGGTACGGTCTGCAATTAGGACGAAACCCTAACTGTTTCGAGAGAGTGCG
ATTTTAAAACATTGAGCAAGCAAATGAAAGGGATAGGGAGGATTGTGAACTCTCTTTCGC
GACTCGGTGGTCGCGAGATCATTTCTACAGGAAGTAGTAAGCTTTCTTCTTCTCTTCTGG
TATCTCGTCGCTCGCTCTTCATCTCGGCGGCAGCGCACGTACCGACCAATTCACCTGATC
TCACCTCTTCTAGATCTTCTTTACTTCCTCAGAAATGGGCTTTCCTCGGAGGGCAGAGAA
GGACGATGTTTATACAAACGCAATCAACTCCGAATCCTTCTTCTCTCATGTTTTATCCTG
GAAAGCCAGTCATGGAGGTTGGAAGTGCTGATTTTCCTAACGTTCGTTCAGCTTTAAATT
CTCCATTAGCCAAGTCCATTTACTCCATCGATGGTGTGGTTCGAGTTTTCTTTGGCTCTG
ATTTCGTCACTGTGACAAAGTCAGATGATGTATCATGGGATATACTCAAGCCTGAGATTT
TTGCAGCTGTCATGGATTTCTACTCTTCTGGCCAGCCTCTGTTTCTGGACTCGCAAGCTG
CTGCTGCCAAGGATACTGCTATCAACGAGGATGACTCTGAAACCGTGGCAATGATCAAGG
AACTCTTGGAAACGCGCATCAGACCAGCAGTCCAAGATGATGGTGGGGACATTGAGTATT
GTGGGTTTGATCCTGACAGCGGAATAGTGAAGCTGAGGATGCAAGGAGCTTGTAGCGGTT
GTCCAAGCTCATTTGTTACATTAAAATCTGGAATAGAAAACATGCTCATGCATTATGTAC
CCGAGGTGAAAGGTGTAGAACAAGAGTTCGATGGGGAAGAAGAGGAGGGAACGTTGTCTG
G*AGAGGTGAGAGAGTAGAGTAAGACGTCTCCTCAAGCTTCTCTTTCCTCTTTTCCTCAA
TTAGTGTACAGAAGAATAAATTCCAGTGAGTGAGTGAGTGCACTCTTTTCTGTCACTCTT
TGAGTTGATTTGTTGGTGTTTTGGGGCTTTTGAATTACAGTCAAGAATGTTTTGAGAGAT
CAATAGTTGATTTGGTTTGTAACATTTGTTAACCTACATGAATAAGTTTTTTGAATGGTT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK57TF U 1
AF RR3BD04TF U 199
AF RR3BD04JQ C 564
AF RR3C663JQ C 629
BS 1 653 RR3CK57TF
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BS 655 661 RR3CK57TF
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BS 663 692 RR3CK57TF
BS 693 792 RR3BD04TF
BS 793 793 RR3BD04JQ
BS 794 901 RR3BD04TF
BS 902 902 RR3BD04JQ
BS 903 944 RR3BD04TF
BS 945 945 RR3BD04JQ
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BS 1026 1133 RR3BD04JQ
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RD RR3CK57TF 692 0 0
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ATTTTAAAACATTGAGCAAGCAAATGAAAGGGATAGGGAGGATTGTGAACTCTCTTTCGC
GACTCGGTGGTCGCGAGATCATTTCTACAGGAAGTAGTAAGCTTTCTTCTTCTCTTCTGG
TATCTCGTCGCTCGCTCTTCATCTCGGCGGCAGCGCACGTACCGACCAATTCACCTGATC
TCACCTCTTCTAGATCTTCTTTACTTCCTCAGAAATGGGCTTTCCTCGGAGGGCAGAGAA
GGACGATGTTTATACAAACGCAATCAACTCCGAATCCTTCTTCTCTCATGTTTTATCCTG
GAAAGCCAGTCATGGAGGTTGGAAGTGCTGATTTTCCTAACGTTCGTTCAGCTTTAAATT
CTCCATTAGCCAAGTCCATTTACTCCATCGATGGTGTGGTTCGAGTTTTCTTTGGCTCTG
ATTTCGTCACTGTGACAAAGTCAGATGATGTATCATGGGATATACTCAAGCCTGAGATTT
TTGCAGCTGTCATGGATTTCTACTCTTCTGGCCAGCCTCTGTTTCTGGACTCGCAAGCTG
CTGCTGCCAAGGATACTGCTATCAACGAGGATGACTCTGAAACCGTGGCAATGCTCAAGG
A*CTCTTGGAAACGCGCATCAGACCAGCAGTC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3BD04TF 827 0 0
G
CATCTCGGCGGCAGCGCACGTACCGACCAATTCACCTGATCTCACCTCTTCTAGATCTTC
TTTACTTCCTCAGAAATGGGCTTTCCTCGGAGGGCAGAGAAGGACGATGTTTATACAAAC
GCAATCAACTCCGAATCCTTCTTCTCTCATGTTTTATCCTGGAAAGCCAGTCATGGAGGT
TGGAAGTGCTGATTTTCCTAACGTTCGTTCAGCTTTAAATTCTCCATTAGCCAAGTCCAT
TTACTCCATCGATGGTGTGGTTCGAGTTTTCTTTGGCTCTGATTTCGTCACTGTGACAAA
GTCAGATGATGTATCATGGGATATACTCAAGCCTGAGATTTTTGCAGCTGTCATGGATTT
CTACTCTTCTGGCCAGCCTCTGTTTCTGGACTCGCAAGCTGCTGCTGCCAAGGATACTGC
TATCAACGAGGATGACTCTGAAACCGTGGCAATGATCAAGGAACTCTTGGAAACGCGCAT
CAGACCAGCAGTCCAAGATGATGGTGGGGACATTGAGTATTGTGGGTTTGATCCTGACAG
CGGAATAGTGAAGCTGAGGATGCAAGGAGCTTGTAGCGGTTGTCCAAGCTCATCTGTTAC
ATTAAAATCTGGAATAGAAAACATGCTCATGCATTATGTACCCGAGGTGAAAGGTGTAGA
ACAAGAGTTCGATGGGGAAGAAGAGGAGGGAACGTTGTCTGGGAGAGGTGAGAGAGTAGA
GTAAGACGTCTCCTCAAGCTTCTCTCTCCTCTTTTCCTCAATTAGTGTACAGAAGA*TAA
ATTCCAGTGAGTGAGTGAGTGCACTCTTTTCTGTCACTCTTTGAGT

QA 2 827 2 827
DS 

RD RR3BD04JQ 570 0 0
TCTTCTGGCCAGCCTCTGTTTCTGGACTCGCAAGCTGCTGCTGCCAAGGATACTGCTATC
AACGAGGATGACTCTGAAACCGTGGCAATGATCAAGGAACTCTTGGAAACGCGCATCAGA
CCAGCAGTCCAAGATGATGGTGGGGACATTGAGTATTGTGGGTTTGATCCTGACAGCGGA
ATAGTGAAGCTGAGGATGCAAGGAGCTTGTAGCGGTTGTCCAAGCTCATTTGTTACATTA
AAATCTGGAATAGAAAACATGCTCATGCATTATGTACCCGAGGTGAAAGGTGTAGAACAA
GAGTTCGATGGGGAAGAAGAGGAGGGAACGTTGTCTGG*AGAGGTGAGAGAGTAGAGTAA
GACGTCTCCTCAAGCTTCTCTTTCCTCTTTTCCTCAATTAGTGTACAGAAGAATAAATTC
CAGTGAGTGAGTGAGTGCACTCTTTTCTGTCACTCTTTGAGTTGATTTGTTGGTGTTTTG
GGGCTTTTGAATTACAGTCAAGAATGTTTTGAGAGATCAATAGTTGATTTGGTTTGTAAC
ATTTGTTAACCTACATGAATAAGTTTTTTG

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3C663JQ 513 0 0
GGATGACTCTGAAACCGTGGCAATGATCAAGGAACTCTTGGAAACGCGCATCAGACCAGC
AGTCCAAGATGATGGTGGGGACATTGAGTATTGTGGGTTTGATCCTGACAGCGGAATAGT
GAAGCTGAGGATGCAAGGAGCTTGTAGCGGTTGTCCAAGCTCATTTGTTACATTAAAATT
TGGAATAGAAAACATGCTCGTGCATTATGTACCCGAGGTGAAAGGTGTAGAACAAGAGTT
CGATGGGGAAGAAGAGGAGGGAACGTTGTCTGG*AGAGGTGAGAGAGTAGAGTAAGACGT
TTCCTCAAGCTTCTCTTTCCTCTTTTCCTCAATTAGTGTACATAAGAATAAATTCCAGTG
AGGGAGGGAGTGCACTCTTTTTTGTCACTCTTTGAGTTGATTTGTTGGTGTTTTGGGGCT
TTTGAATTACAGTCAAGAATGTTTTGAGAGATCAATAGTTGATTTGGTTTGTAACATTTG
TTAACCTACATGAATAAGTTTTTTGAATGGTTT

QA 1 513 1 513
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2469Contig1 605 4 3 U
GGAACTCACCAACTCTCTCATGTCTTACTTTTCAGATCTGGTAAGGATGAAGATGATAAT
GGAAACGACAAAGACTGAGACTCGCTGGGACGCGGCACCGAGGCTCACCGGAGAAGAAGA
GCGCCCGAGTCTCTTCTATCTCACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTCTGTTTTCATTACTTATGATTTTGTTTTTG
TTTTTTTTCTGGTAAACGAAGGTAAATGAGGCAGAGAAGATGATGTTCGGTGGTGGTCCA
TTTGTCCGAGGAAGATGTAGAAGAAGAATAAATTGATGGCTTTGAGGAGGAAGAAGACAA
ATCCACCAGCATCTCCACCGGAAACTCGCCGCGAAGGAGGATGGCGAAGAGGCTGAAATT
GACGGCTAAGAGGCTGAAGAGATGTTTGACTATGGATTAGGTTTAGGTTTTTGGTTTATT
TTAGGTTTGTGTGGTTTAGTGTAAGTTTATTTGATTTACTCGGTTTCTTTTTTAATTTTG
GTCAGTTTGTAAACCGAGATTTATATGTAAACCAATTTAAATTTATAAATAGTAATTAAT
TTAAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 

AF RR3B263TF U 1
AF RR3EB59TF U 1
AF RR3EB59JQ C 30
AF RR3B263JQ C 119
BS 1 188 RR3B263TF
BS 189 602 RR3EB59JQ
BS 603 605 RR3B263JQ

RD RR3B263TF 189 0 0
GGAACTCACCAACTCTCTCATGTCTTACTTTTCAGATCTGGTAAGGATGAAGATGATAAT
GGAAACGACAAAGACTGAGACTCGCTGGGACGCGGCACCGAGGCTCACCGGAGAAGAAGA
GCGCCCGAGTCTCTTCTATCTCACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCT
C

QA 1 188 1 188
DS 

RD RR3EB59TF 188 0 0
GGAACTCACCAACTCTCTCATGTCTTACTTTTCAGATCTGGTAAGGATGAAGATGATAAT
GGAAACGACAAAGACTGAGACTCGCTGGGACGCGGCACCGAGGCTCACCGGAGAAGAAGA
GCGCCCGAGTCTCTTCTATCTCACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCT

QA 1 188 1 188
DS 

RD RR3EB59JQ 573 0 0
TTTCAGATCTGGTAAGGATGAAGATGATAATGGAAACGACAAAGACTGAGACTCGCTGGG
ACGCGGCACCGAGGCTCACCGGAGAAGAAGAGCGCCCGAGTCTCTTCTATCTCACCTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTC
TCTGTTTTCATTACTTATGATTTTGTTTTTGTTTTTTTTCTGGTAAACGAAGGTAAATGA
GGCAGAGAAGATGATGTTCGGTGGTGGTCCATTTGTCCGAGGAAGATGTAGAAGAAGAAT
AAATTGATGGCTTTGAGGAGGAAGAAGACAAATCCACCAGCATCTCCACCGGAAACTCGC
CGCGAAGGAGGATGGCGAAGAGGCTGAAATTGACGGCTAAGAGGCTGAAGAGATGTTTGA
CTATGGATTAGGTTTAGGTTTTTGGTTTATTTTAGGTTTGTGTGGTTTAGTGTAAGTTTA
TTTGATTTACTCGGTTTCTTTTTTAATTTTGGTCAGTTTGTAAACCGAGATTTATATGTA
AACCAATTTAAATTTATAAATAGTAATTAATTT

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3B263JQ 487 0 0
GAGCGCCCGAGTCTCTTCTATCTCACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATCTCTCTCTCTCTGTTTTCATTACTTATGATTTTGTTTT
TGTTTTTTTTCTGGTAAACGAAGGTAAATGAGGCAGAGAAGATGATGTTCGGTGGTGGTC
CATTTGTCCGAGGAAGATGTAGAAGAAGAATAAATTGATGGCTTTGAGGAGGAAGAAGAC
AAATCCACCAGCATCTCCACCGGAAACTCGCCGCGAAGGAGGATGGCGAAGAGGCTGAAA
TTGACGGCTAAGAGGCTGAAGAGATGTTTGACTATGGATTAGGTTTAGGTTTTTGGTTTA
TTTTAGGTTTGTGTGGTTTAGTGTAAGTTTATTTGATTTACTCGGTTTCTTTTTTAATTT
TGGTCAGTTTGTAAACCGAGATTTATATGTAAACCAATTTAAATTTATAAATAGTAATTA
ATTTAAT

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 4

CO CL2470Contig1 1241 4 4 U
GCAATACGAGAAAGAGAAGTAGTTCAAACGAAGATGGAGCTAGCAACAACAGCAGCTTAG
CGCGGAGGCTAAGCAGCCATAAGCTTGTTCAGGTTACTTTGTTTCAGAAACCTTTGGTTA
AGGTTAAGCTCGGGGACTTGATGTCCGCGACTAACGGATTCAGCTCTGAGAACGTGATCG
TCACGACGAGGACCGGGACTACGTACAAGGCGGTTCTTCCAGATGGGTCGGCGCTCGCTG
TGAAGCATTTGAGCGAGTGTGAGCTAGGGGAGAAGGAGTTTAGGTACGAGATGAATAGGT
TGTGGGAGCTGCGTCACCCTAACTTGGCGCCGCTTCTTGGCTTCTGCGTAGTGGAGGAGG
AGAGGCTTCTTGTTTATAAGTACATGTCCAACGGTACGCTGAAGAGTTTGATGGAGGGAG
GAGATGAGTTGGATTGGTTAACGAGGTTTAGGATCGGTTTAGGTGCTGCGAGGGGTTTAG
CTTGGCTTCACCATGGATGTAGGCCTTCGATACTTCACCAGAATATTTGTTCGAGTGTGA
TTCTTGTTGATGAAGATTTCGACGCGAGGATTGTGGATTCAGGGCTTGCTAGGCTTATGG
TTCCTTCGGATAATAATGAGAGCAGTTTCGTGACCGGTGACTTGGGTGAGTTTGGGTATG
TAGCTCCAGAGTATTCCACCACAATGCTAGCTTCGCTAAAAGGTGACGTGTATGGACTTG
GTGTTGTCCTCTTGGAGCTAGCTACAGGGGTAAAAGCTCTTGGCAAGGAAGGTTTTAAAG
GGAGCTTGGTTGATTGGGTGAAACAGCTTGAAAGCTCCGGGAGACTGGTTGATGCTATTG
ATGAAGACATTAAAGGGAAAGGGTGTGATGAAGAGATTATTAAGTTTGTTGAGGTTGCTT
GTAACTGTGTGGCTTCAAGGCCTAAAGAGAGATGGTCTATGTTTAAGGCGTATCAGTCAC
TTAGAGCTATGGCTGAGAAACAAGGTTACTCGTTTACAGAACAAGATGAAGACTTCCCTT
TGATTTTCAACACGGAAGAGAATGAGACTGTTTGAAGTTTAAAAATTCTTATCTTGAGGT
ATTATTTTGTGTATAGCATCTTGTACTACTTCCTAGAAGATGATGCATCATTCCCATAAA
GCTTCTAAAAATGTATTTGTAGACTTATGTTATATTGTAAAAGAAAACAAAGTGTATATG
CTAAGTGTCTTCCCTTGTGTCTCTGAAAAAGATATTATGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A338TF U 1
AF RR3HA08TF U 464
AF RR3A338JQ C 518
AF RR3EO42TF U 820
BS 1 744 RR3A338TF
BS 745 1151 RR3HA08TF
BS 1152 1223 RR3EO42TF
BS 1224 1241 RR3A338JQ

RD RR3A338TF 744 0 0
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CGCGGAGGCTAAGCAGCCATAAGCTTGTTCAGGTTACTTTGTTTCAGAAACCTTTGGTTA
AGGTTAAGCTCGGGGACTTGATGTCCGCGACTAACGGATTCAGCTCTGAGAACGTGATCG
TCACGACGAGGACCGGGACTACGTACAAGGCGGTTCTTCCAGATGGGTCGGCGCTCGCTG
TGAAGCATTTGAGCGAGTGTGAGCTAGGGGAGAAGGAGTTTAGGTACGAGATGAATAGGT
TGTGGGAGCTGCGTCACCCTAACTTGGCGCCGCTTCTTGGCTTCTGCGTAGTGGAGGAGG
AGAGGCTTCTTGTTTATAAGTACATGTCCAACGGTACGCTGAAGAGTTTGATGGAGGGAG
GAGATGAGTTGGATTGGTTAACGAGGTTTAGGATCGGTTTAGGTGCTGCGAGGGGTTTAG
CTTGGCTTCACCATGGATGTAGGCCTTCGATACTTCACCAGAATATTTGTTCGAGTGTGA
TTCTTGTTGATGAAGATTTCGACGCGAGGATTGTGGATTCAGGGCTTGCTAGGCTTATGG
TTCCTTCGGATAATAATGAGAGCAGTTTCGTGACCGGTGACTTGGGTGAGTTTGGGTATG
TAGCTCCAGAGTATTCCACCACAATGCTAGCTTCGCTAAAAGGTGACGTGTATGGACTTG
GTGTTGTCCTCTTGGAGCTAGCTA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3HA08TF 688 0 0
G
GCTGCGAGGGGTTTAGCTTGGCTTCACCATGGATGTAGGCCTTCGATACTTCACCAGAAT
ATTTGTTCGAGTGTGATTCTTGTTGATGAAGATTTCGACGCGAGGATTGTGGATTCAGGG
CTTGCTAGGCTTATGGTTCCTTCGGATAATAATGAGAGCAGTTTCGTGACCGGTGACTTG
GGTGAGTTTGGGTATGTAGCTCCAGAGTATTCCACCACAATGCTAGCTTCGCTAAAAGGT
GACGTGTATGGACTTGGTGTTGTCCTCTTGGAGCTAGCTACAGGGGTAAAAGCTCTTGGC
AAGGAAGGTTTTAAAGGGAGCTTGGTTGATTGGGTGAAACAGCTTGAAAGCTCCGGGAGA
CTGGTTGATGCTATTGATGAAGACATTAAAGGGAAAGGGTGTGATGAAGAGATTATTAAG
TTTGTTGAGGTTGCTTGTAACTGTGTGGCTTCAAGGCCTAAAGAGAGATGGTCTATGTTT
AAGGCGTATCAGTCACTTAGAGCTATGGCTGAGAAACAAGGTTACTCGTTTACAGAACAA
GATGAAGACTTCCCTTTGATTTTCAACACGGAAGAGAATGAGACTGTTTGAAGTTTAAAA
ATTCTTATCTTGAGGTATTATTTTGTGTATAGCATCTTGTACTACTTCCTAGAAGATGAT
GCATCATTCCCATAAAGCTTCTAAAAA

QA 2 688 2 688
DS 

RD RR3A338JQ 724 0 0
CCAGAATATTTGTTCGAGTGTGATTCTTGTTGATGAAGATTTCGACGCGAGGATTGTGGA
TTCAGGGCTTGCTAGGCTTATGGTTCCTTCGGATAATAATGAGAGCAGTTTCGTGACCGG
TGACTTGGGTGAGTTTGGGTATGTAGCTCCAGAGTATTCCACCACAATGCTAGCTTCGCT
AAAAGGTGACGTGTATGGACTTGGTGTTGTCCTCTTGGAGCTAGCTACAGGGGTAAAAGC
TCTTGGCAAGGAAGGTTTTAAAGGGAGCTTGGTTGATTGGGTGAAACAGCTTGAAAGCTC
CGGGAGACTGGTTGATGCTATTGATGAAGACATTAAAGGGAAAGGGTGTGATGAAGAGAT
TATTAAGTTTGTTGAGGTTGCTTGTAACTGTGTGGCTTCAAGGCCTAAAGAGAGATGGTC
TATGTTTAAGGCGTATCAGTCACTTAGAGCTATGGCTGAGAAACAAGGTTACTCGTTTAC
AGAACAAGATGAAGACTTCTCTTTGATTTTCAACACGGAAGAGAATGAGACTGTTTGAAG
TTTAAAAATTCTTATCTTGAGGTATTATTTTGTGTATAGCATCTTGTACTACTTCCTAGA
AGATGATGCATCATTCCCATAAAGCTTCTAAAAATGTATTTGTAGACTTATGTTATATTG
TAAAAGAAAACAAAGTGTATATGCTAAGTGTCTTCCCTTGTGTCTCTGAAAAAGATATTA
TGCT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3EO42TF 404 0 0
GGAGACTGGTTGATGCTATTGATGAAGACATTAAAGGGAAAGGGTGTGATGAAGAGATTA
TTAAGTTTGTTGAGGTTGCTTGTAACTGTGTGGCTTCAAGGCCTAAAGAGAGATGGTCTA
TGTTTAAGGCGTATCAGTCACTTAGAGCTATGGCTGAGAAACAAGGTTACTCGTTTACAG
AACAAGATGAAGACTTCCCTTTGATTTTCAACACGGAAGAGAATGAGACTGTTTGAAGTT
TAAAAATTCTTATCTTGAGGTATTATTTTGTGTATAGCATCTTGTACTACTTCCTAGAAG
ATGATGCATCATTCCCATAAAGCTTCTAAAAATGTATTTGTAGACTTATGTTATATTGTA
AAAGAAAACAAAGTGTATATGCTAAGTGTCTTCCCTTGTGTCTC

QA 1 404 1 404
DS 



AS 2 4

CO CL2471Contig1 759 2 11 U
GCAGAAACATATTTGGCTTGAGAACATCAGAGGAACACAAGGAATGAGTCTCTAAAACCA
AATCTCAACTAAAAAACAAAGTTTTCTTACACAAACACTCTCATACAAAATCATAATGTA
CAACAAAGATAACATTCTATTTTTCTTGTCACTCCAAAACTCCCACTTGTTGATCCACTT
TCCAAAAATTGTTATCGTTGAACTCCTTCACTCCCGAACTTTGCTCCTCAACCGTCTCCA
TCTTCCTCTTCATCGCTCCAGCTTCCCCTACTGTCCCTTCTTTCATCGCTTGCTCCATCG
CTTTTTCTGTCCCTTCTGCTTCCACTCCCACAAACTCCACATCCTTCTCGAACAACGATA
TTCCTGTTGGGGACGACGACGACCCGTTTTGAATCACAGGTTCGTTTTTTCCCTCAGGCG
TTGGTATGTCGAGGTTCATCATGTTTTTGCTGTCATCATCATCGTCATCAAGGAATGGGT
TCAGACCAGTGCCACTACTCACTTGCATATCGGAAGATGGTTCGCTCCACCCAACCCATT
CGGGTGGCTGCTCTGCAAAAGCTTCTTCGGTTTTCTCCGGCGTGTTGAAGTCTACGAACC
CCATTGGATTCTCCATTGGGAAGTTGGTTTCAGCTGCGCTATCTTTTGGATTCCTGGTTA
GATCATCGTCTTCTTCTCCAACAACCAACTCGTCGTCGTCGTCACTGCTGCTAGTGTTGG
CATTGAAGGCTCTGTTCAATTCCTCGTCCTGTAACGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F031JQ U 157
AF RR3EX93JQ U 1
BS 1 163 RR3EX93JQ
BS 164 164 RR3F031JQ
BS 165 184 RR3EX93JQ
BS 185 185 RR3F031JQ
BS 186 286 RR3EX93JQ
BS 287 287 RR3F031JQ
BS 288 354 RR3EX93JQ
BS 355 355 RR3F031JQ
BS 356 359 RR3EX93JQ
BS 360 360 RR3F031JQ
BS 361 759 RR3EX93JQ

RD RR3F031JQ 210 0 0
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AACTTTGCTCCTCAACCGTCTCCATCTTCCTCTTCATGGCTCCCGCTTCCCCTACTGTCC
CTTCTTTCATCGCTTGCTCCATCGCTTTTTCTGTCCCTTCTGCTTCCACTCCCACAAACT
CCACATCCTTCTCGAACAACGATATTCCTG

QA 1 210 1 210
DS 

RD RR3EX93JQ 759 0 0
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AATCTCAACTAAAAAACAAAGTTTTCTTACACAAACACTCTCATACAAAATCATAATGTA
CAACAAAGATAACATTCTATTTTTCTTGTCACTCCAAAACTCCGACTTGTTGATCCACTT
TCCAGAAATTGTTATCGTTGAACTCCTTCACTCCCGAACTTTGCTCCTCAACCGTCTCCA
TCTTCCTCTTCATCGCTCCAGCTTCCCCTACTGTCCCTTCTTTCATTGCTTGCTCCATCG
CTTTTTCTGTCCCTTCTGCTTCCACTCCCACAAACTCCACATCCTTCTCGAACAGCGATC
TTCCTGTTGGGGACGACGACGACCCGTTTTGAATCACAGGTTCGTTTTTTCCCTCAGGCG
TTGGTATGTCGAGGTTCATCATGTTTTTGCTGTCATCATCATCGTCATCAAGGAATGGGT
TCAGACCAGTGCCACTACTCACTTGCATATCGGAAGATGGTTCGCTCCACCCAACCCATT
CGGGTGGCTGCTCTGCAAAAGCTTCTTCGGTTTTCTCCGGCGTGTTGAAGTCTACGAACC
CCATTGGATTCTCCATTGGGAAGTTGGTTTCAGCTGCGCTATCTTTTGGATTCCTGGTTA
GATCATCGTCTTCTTCTCCAACAACCAACTCGTCGTCGTCGTCACTGCTGCTAGTGTTGG
CATTGAAGGCTCTGTTCAATTCCTCGTCCTGTAACGTAT

QA 1 759 1 759
DS 



CO CL2471Contig2 767 2 24 U
GAAAACAAGAGCGATTTGATGGTTAACCATATTCTTCGAGAATGCAATATGATTGGAAAA
TTCCTCGCTTCAGACAGGGACTCGGATCTCTCAGGTGATAGCCAGCCTACTGTAGCAGCC
ACTGGGAAGAAACCCCCTCGAGCCGGATATATTGGACACATCACAAGAATATCAAATAAA
ATTGGTCAGTTGAGTAACAGCAATGACCACCTAAAGGCATACCTTCAGGAAAACAGCGAA
TGGAATGAGTGGCAAGGTAGTGTTCTACAGGAGCGCAACACTGTTGAGAATGTCAACAGA
TGGGGATGCGGGCGCCCAACCACAATACAAGATAGGACAAGAGATAGCGATGAGGAAGAC
AAGGATTACGATGTTGCTGCTCTGGCCAATAATTTGAGCCAAGCATTTACGTATAAAATG
TATGGAAACGATGACAATGAAGAGGACCACAATGCTCTCGACAGAGATGATGATGATGTG
TACTTCGACGATGAATCAGCTGAAGTAGTAATCTCATCCTTAAGACTCGGAGATGACCAA
GGAAGCTTGTTTACAAATTCAGATTGGTTCACATTCCAAGACAACAGATTCGGCAGCACG
CCCTCTGACACAGCAGGTTCCAATACGTTACAGGACGAGGAATTGAACAGAGCCTTCAAT
GCCAACACTAGCAGCAGCAACGACGACGACGAGGTGGTCGTTGGAGAAGAAGACGATGAT
CTAACCAGGAATCCAAAGGATAGCGCAGCTGAAACCAACTTCCAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX93TF U 1
AF RR3F031TF U 152
BS 1 209 RR3EX93TF
BS 210 210 RR3F031TF
BS 211 338 RR3EX93TF
BS 339 339 RR3F031TF
BS 340 408 RR3EX93TF
BS 409 409 RR3F031TF
BS 410 446 RR3EX93TF
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BS 448 497 RR3EX93TF
BS 498 498 RR3F031TF
BS 499 506 RR3EX93TF
BS 507 507 RR3F031TF
BS 508 524 RR3EX93TF
BS 525 525 RR3F031TF
BS 526 677 RR3EX93TF
BS 678 679 RR3F031TF
BS 680 693 RR3EX93TF
BS 694 694 RR3F031TF
BS 695 698 RR3EX93TF
BS 699 699 RR3F031TF
BS 700 707 RR3EX93TF
BS 708 710 RR3F031TF
BS 711 730 RR3EX93TF
BS 731 767 RR3F031TF

RD RR3EX93TF 730 0 0
GAAAACAAGAGCGATTTGATGGTTAACCATATTCTTCGAGAATGCAATATGATTGGAAAA
TTCCTCGCTTCAGACAGGGACTCGGATCTCTCAGGTGATAGCCAGCCTACTGTAGCAGCC
ACTGGGAAGAAACCCCCTCGAGCCGGATATATTGGACACATCACAAGAATATCAAATAAA
ATTGGTCAGTTGAGTAACAGCAATGACCAGCTAAAGGCATACCTTCAGGAAAACAGCGAA
TGGAATGAGTGGCAAGGTAGTGTTCTACAGGAGCGCAACACTGTTGAGAATGTCAACAGA
TGGGGATGCGGGCGCCCAACCACAATACAAGATAGGACTAGAGATAGCGATGAGGAAGAC
AAGGATTACGATGTTGCTGCTCTGGCCAATAATTTGAGCCAAGCATTTGCGTATAAAATG
TATGGAAACGATGACAATGAAGAGGATCACAATGCTCTCGACAGAGATGATGATGATGTG
TACTTCGACGATGAATCTGCTGAAGTGGTAATCTCATCCTTAAGGCTCGGAGATGACCAA
GGAAGCTTGTTTACAAATTCAGATTGGTTCACATTCCAAGACAACAGATTCGGCAGCACG
CCCTCTGACACAGCAGGTTCCAATACGTTACAGGACGAGGAATTGAACAGAGCCTTCAAT
GCCAACACTAGCAGCAGTGACGACGACGACGAGTTGGTTGTTGGAGA**GAGACGATGAT
CTAACCAGGA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3F031TF 616 0 0
G
TGGACACATCACAAGAATATCAAATAAAATTGGTCAGTTGAGTAACAGCAATGACCACCT
AAAGGCATACCTTCAGGAAAACAGCGAATGGAATGAGTGGCAAGGTAGTGTTCTACAGGA
GCGTAATACTGTTGAGAATGTCTACAGATGGGGATGCGGGCGCCCAACGACAGTACAAGA
TAGGACAAGAGATAGCGATGAGGAAGACAAGGATTACGATGTTGCTGCTCTGGCCAATAA
TTTGAGCCAAGCATTTACGTATAAAATGTATGGAAACGATGACAATGAAGAGGACCACAA
TGCTCTCGACAGAGATGATGATGATGTGTACTTCGACGATGAATCAGCTGAAGTAGTAAT
CTCATCCTTAAGACTCGGAGATGACCAAGGAAGCTTGTTTACAAATTCAGATTGGTTCAC
ATTCCAAGACAACAGATTCGGGAGCACGCCCTCTGACACATCAGGTTCCAATACGTTACA
GGACGAGGAATTGAACAGAGCCTTCAATGCCAACACTAGCAGCAGCAGTGACGACGACGA
GGTGGTCGTTGGGGAAGAAGACGATGATCTAACCAGGAATCCAAAGGATAGCGCAGCTGA
AACCAACTTCCAAAT

QA 2 616 2 616
DS 



AS 2 4

CO CL2472Contig1 649 2 14 U
GGGCTATCGCAATTCTGAATCTGAAAGCAGAAAGATTCCCCACCTTTTGATTTGAGAAGA
GAGAGAGATGGCTTCAGAGAAGAAGGTTCTAGCTTTCGAAGAAGTTTCACAGCACAACAA
AACCAAGGATTGTTGGCTTATTATCTCTGGCAAGGTCTATGATGTGACCCCTTTCATGGA
TGATCATCCTGGTGGCGATGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAAGATGCTACGAATGA
CTTTGAAGACGTTGGTCACAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACATTGG
CGAGATCGATTCGTCTACTGTTCCAGCGACAAGGACATACGTTGCACCAGTGCAACCGGC
GTACAACCAAGACAAGACACCAGAATTCATCATCAAGATTCTCCAGTTCCTTGTTCCGAT
CATGATCTTGGGTCTTGCTCTCCTCGTCCGTCAGTATACCAAGAAAGAGTAGAGAAGCAA
AGAGGCTTCAACTTTTTGCTTCCCCATTGGATAACTCTTTCTGATCTCTCTGTATTTGCA
AAAAAAATTACATTTACGGTTGTTTGGTTCTAGTCTAGACTGCATCGATGTTCTTAAAAT
GATTCTTGTTGAAGCTACTTCGAACCAATAATCAATGTGTTGATTGAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG41TF U 1
AF RR3F130TF U 4
BS 1 26 RR3EG41TF
BS 27 27 RR3F130TF
BS 28 40 RR3EG41TF
BS 41 41 RR3F130TF
BS 42 42 RR3EG41TF
BS 43 43 RR3F130TF
BS 44 81 RR3EG41TF
BS 82 82 RR3F130TF
BS 83 421 RR3EG41TF
BS 422 422 RR3F130TF
BS 423 457 RR3EG41TF
BS 458 458 RR3F130TF
BS 459 539 RR3EG41TF
BS 540 649 RR3F130TF

RD RR3EG41TF 539 0 0
GGGCTATCGCAATTCTGAATCTGAAATCAGAAAGATTCCCGAGCTTTTGATTTGAGAAGA
GAGAGAGATGGCTTCAGAGAATAAGGTTCTAGCTTTCGAAGAAGTTTCACAGCACAACAA
AACCAAGGATTGTTGGCTTATTATCTCTGGCAAGGTCTATGATGTGACCCCTTTCATGGA
TGATCATCCTGGTGGCGATGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAAGATGCTACGAATGA
CTTTGAAGACGTTGGTCACAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACATTGG
CGAGATCGATTCGTCTACTGTTCCAGCGACAAGGACATACGTTGCACCAGTGCAACCGGC
GTACAACCAAGACAAGACACCAGAATTCATCATCAAGATTCTCCAGTTCCTTGTTCCGAT
CGTGATCTTGGGTCTTGCTCTCCTCGTCCGTCAGTATGCCAAGAAAGAGTAGAGAAGCAA
AGAGGCTTCAACTTTTTGCTTCCCCATTGGATAACTCTTTCTGATCTCTCTGTATTTGC

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR3F130TF 646 0 0
GGATCC
CAATTCTGAATCTGAAAGCAGAAAGATTCTCCACCTTTTGATTTGAGAAGAGAGAGAGAT
GGCTTCAGAGAAGAAGGTTCTAGCTTTCGAAGAAGTTTCACAGCACAACAAAACCAAGGA
TTGTTGGCTTATTATCTCTGGCAAGGTCTATGATGTGACCCCTTTCATGGATGATCATCC
TGGTGGCGATGAAGTCTTGTTGTCCTCAACAGGGAAAGATGCTACGAATGACTTTGAAGA
CGTTGGTCACAGCGACACCGCAAGGGACATGATGGAGAAGTACTACATTGGCGAGATCGA
TTCGTCTACTGTTCCAGCGACAAGGACATACGTTGCACCGGTGCAACCGGCGTACAACCA
AGACAAGACACCAGAATTCATCATCAAGATTCTCCAGTTCCTTGTTCCGATCATGATCTT
GGGTCTTGCTCTCCTCGTCCGTCAGTATACCAAGAAAGAGTAGAGAAGCAAAGAGGCTTC
AACTTTTTGCTTCCCCATTGGATAACTCTTTCTGATCTCTCTGTATTTGCAAAAAAAATT
ACATTTACGGTTGTTTGGTTCTAGTCTAGACTGCATCGATGTTCTTAAAATGATTCTTGT
TGAAGCTACTTCGAACCAATAATCAATGTGTTGATTGAGA

QA 7 646 7 646
DS 



CO CL2472Contig2 726 2 3 U
TTTGAAGAGACTAACAACACATTGATTATTGGTTCGTAGTAGTTTCAACAAGAATCATTT
TAAGGACAACGATGCAGTCTAGACTAGGACCAAACAACCGTAAATGTATTTTTTTTTTGC
AAATACAGAGAGATCAGAAAGAGTTATCCAATGGGGAAGCAAAAGTTGAAGCCTCTCTCT
GCTTCTTACTCTTTCTTGGTATACTGACGGACGAGGAGAGCAAGACCCAAGATCACGATC
GGAACAAGGAACTGGAGAATCTTGATGATGAATTCTTGTGTCTTGTCTTGGTTGTACGCC
GGTTGCACCGGTGCAACGTATGTCCTTGTCGCTGGAACAGTAAACGAATCGATCTCGCCA
ATGTAGTACTTCTCCATCATGTCCCTTGCGGTGTCGCTGTGACCAACGTCTTCAAAGTCA
TTCGTAGCATCTTTCCCTGTTGAGGACAACAAGACTTCGTCGCCACCAGGATGATCATCC
ATGAAAGGGGTCACATCATAGACCTTGCCAGAGATAATAAGCCAACAATCCTTGGTTTTG
TTGTGCTGTGAAACTTCTTCGAAAGCTAGAACCTTCTTCTCTGGAGCCATCTCTCTCTTC
TCAAATCTACCAATAATCAAAGATTAGTAGAGACACACAGATTCAAATCGAAATAATCAG
AACGATGATGATGATGATGAAGATCGTGATACCAAAAGCTCGGGAATCTTTCTGATTTCA
GATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3G117JQ U 4
AF RR3G117TF C 1
BS 1 14 RR3G117TF
BS 15 458 RR3G117JQ
BS 459 726 RR3G117TF

RD RR3G117JQ 461 0 0
GAAGAGACTAA
CAACACATTGATTATTGGTTCGTAGTAGTTTCAACAAGAATCATTTTAAGGACAACGATG
CAGTCTAGACTAGGACCAAACAACCGTAAATGTATTTTTTTTTTGCAAATACAGAGAGAT
CAGAAAGAGTTATCCAATGGGGAAGCAAAAGTTGAAGCCTCTCTCTGCTTCTTACTCTTT
CTTGGTATACTGACGGACGAGGAGAGCAAGACCCAAGATCACGATCGGAACAAGGAACTG
GAGAATCTTGATGATGAATTCTTGTGTCTTGTCTTGGTTGTACGCCGGTTGCACCGGTGC
AACGTATGTCCTTGTCGCTGGAACAGTAAACGAATCGATCTCGCCAATGTAGTACTTCTC
CATCATGTCCCTTGCGGTGTCGCTGTGACCAACGTCTTCAAAGTCATTCGTAGCATCTTT
CCCTGTTGAGGACAACAAGACTTC
GTCCCC

QA 12 455 12 455
DS 

RD RR3G117TF 726 0 0
TTTGAAGAGACTAACAACACATTGATTATTGGTTCGTAGTAGTTTCAACAAGAATCATTT
TAAGGACAACGATGCAGTCTAGACTAGGACCAAACAACCGTAAATGTATTTTTTTTTTGC
AAATACAGAGAGATCAGAAAGAGTTATCCAATGGGGAAGCAAAAGTTGAAGCCTCTCTCT
GCTTCTTACTCTTTCTTGGTATACTGACGGACGAGGAGAGCAAGACCCAAGATCACGATC
GGAACAAGGAACTGGAGAATCTTGATGATGAATTCTTGTGTCTTGTCTTGGTTGTACGCC
GGTTGCACCGGTGCAACGTATGTCCTTGTCGCTGGAACAGTAGACGAATCGATCTCGCCA
ATGTAGTACTTCTCCATCATGTCCCTTGCGGTGTCGCTGTGACCAACGTCTTCAAAGTCA
TTCGTAGCATCTTTCCCTGTTGAGGACAACAAGACTTCGTCGCCACCAGGATGATCATCC
ATGAAAGGGGTCACATCATAGACCTTGCCAGAGATAATAAGCCAACAATCCTTGGTTTTG
TTGTGCTGTGAAACTTCTTCGAAAGCTAGAACCTTCTTCTCTGGAGCCATCTCTCTCTTC
TCAAATCTACCAATAATCAAAGATTAGTAGAGACACACAGATTCAAATCGAAATAATCAG
AACGATGATGATGATGATGAAGATCGTGATACCAAAAGCTCGGGAATCTTTCTGATTTCA
GATTCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 3

CO CL2473Contig1 1338 3 7 U
GACTTTCTCTCTTTATTGTCAATTTAAAATCTCCACGTTTCTTCTTCTCGCTCGCTCGCT
CTCTATCGTCCAGATTCTCTCTGTAGAGTTATCACTCTCCTCTTTGTTTTGAATCATTTC
TACTTCGATTCGATCTGCGATCTGCTCGGAAACAAGGAGGAAAAAATGGATCAATCATCA
AATAGATTTGGCAGTGGTGGTGGTGGTGGAGGAGGAGTGGAATCAATTCTACCAAACTAC
AAGCTTGGCAAAACACTTGGCATTGGATCTTTCGCAAAGGTCAAAATCGCTGAGCATCTT
CTCACTGGCCACAAGGTTGCTATCAAAATCCTCAATCGCCGCAAGATCAAGAACATACAA
ATGGAAGACAAAGTGAGGAGGGAGATTAAGATTCTCAGGTTGTTTATGCATCCTCATATC
ATTCGTCAGTATGAAGTCATAGAGACCCCTAGTGACATTTACGTTGTGATGGAGTATGTC
AAGTCCGGTGAGCTCTTTGATTATATTGTTGAGAAAGGCAGATTACAAGAGGACGAGGGT
CGTAACTTTTTCCAGCAGATAATATCTGGTGTGGAGTATTGCCACCGCAATATGGTTGTC
CACAGAGACTTGAAGCCTGAGAATTTGCTTTTGGACTCGAGGTCCAACATTAAGATTGTT
GACTTCGGCCTCAGTAATGTCATGCGTGACGGTCACTTTCTTAAGACCAGCTGTGGTAGC
CCCAACTACGCTGCTCCCGAGGTTATATCAGGAAAATTATACGCTGGACCTGAAGTAGAT
GTATGGAGTTGCGGAGTTATATTGTATGCTCTTCTCTGTGGCACTCTCCCCTTTGATGAT
GAAAACATTCCAAACCTTTTCAAGAAAATTAAAGGGTGGGATTTACACTCTTCCAAGCCA
TTTATCGGCTGATGCTAGAGACCTGATCCCAAGGATGCTCGTAGTTGACCCGGTGAAACG
AATCACCATTCCTGAGATCCGTCAACACCGTTGGTTCCACACTCATCTCCCTCGTTATCT
TGCTGTTTCTCCACCAGATACAGCTGAGCAAGCTAAAAAGATCAATGAGGAGATAGTTCA
ACAAGTGGTCACCATGGGATTTGACAGAAACCAGGTTATGGAATCTCTTCGCAACAGAGT
GCAAAACGATGCTACTGTTACTTACTACCTGTTATTGGACAACGGGTCCGCGTTACAAGT
GGCTATCTTGAATCTGAGTTTCAGAGACATAGACATGGTTCCATCCTATGCGCCAGCTGA
GCGCTGCTCACTGTCGGCCACTGGGTCTACACATATGATCAGTACGGATGGGAGCTAGAT
CACAAGTCCAGTGACGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FV93TF U 1
AF RR3F292TF U 207
AF RR3D953TF U 547
BS 1 274 RR3FV93TF
BS 275 275 RR3F292TF
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AATAGATTTGGCAGTGGTGGTGGTGGTGGAGGAGGAGTGGAATCAATTCTACCAAACTAC
AAGCTTGGCAAAACACTTGGCATTGGATCTTTCGGAAAGGTCAAAATCGCTGAGCATCTT
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GAC

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G
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AAGATTCTCAGGTTGTTTATGCATCCTCATATCATTCGTCAGTATGAAGTCATAGAGACC
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GTTGAGAAAGGCAGATTACAAGAGGACGAGGGTCGTAACTTTTTCCAGCAGATAATATCT
GGTGTGGAGTATTGCCACCGCAATATGGTTGTCCACAGAGACTTGAAGCCTGAGAATTTG
CTTTTGGACTCGAGGTCCAACATTAAGATTGTTGACTTCGGCCTCAGTAATGTCATGCGT
GACGGTCACTTTCTTAAGACCAGCTGTGGTAGCCCCAACTACGCTGCTCCCGAGGTTATA
TCAGGAAAATTATACGCTGGACCTGAAGTAGATGTATGGAGTTGCGGAGTTATATTGTAT
GCTCTTCTCTGTGGCACTCTCCCCTTTGATGATGAAAACATTCCAAACCTTTTCAAGAAA
ATTAAAGGGTGGGATTTACACTCTTCCAAGCCATTTATCGGCTGATGCTAGAGACCTGAT
CCCAAG*ATGCTCGTAGTTGACCCGGTGAAACGAATCACCATTCCTGAGATCCGT

QA 2 776 2 776
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GGCCTCAGTAATGTCATGCGTGACGGTCACTTTCTTAAGACCAGCTGTGGTAGCCCCAAC
TACGCTGCTCCCGAGGTTATATCAGGAAAATTATACGCTGGACCTGAAGTAGATGTATGG
AGTTGCGGAGTTATATTGTATGCTCTTCTCTGTGGCACTCTCCCCTTTGATGATGAAAAC
ATTCCAAACCTTTTCAAGAAAATTAA*GGGTGGGATTTACACTCTTCCAAGCCATTTATC
GGCTGATGCTAGAGACCTGATCCCAAGGATGCTCGTAGTTGACCCGGTGAAACGAATCAC
CATTCCTGAGATCCGTCAACACCGTTGGTTCCACACTCATCTCCCTCGTTATCTTGCTGT
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CGATGCTACTGTTACTTACTACCTGTTATTGGACAACGGGTCCGCGTTACAAGTGGCTAT
CTTGAATCTGAGTTTCAGAGACATAGACATGGTTCCATCCTATGCGCCAGCTGAGCGCTG
CTCACTGTCGGCCACTGGGTCTACACATATGATCAGTACGGATGGGAGCTAGATCACAAG
TCCAGTGACGAA

QA 1 792 1 792
DS 



AS 2 4

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TGAAGTATACAGATTATGGACATATATTGTCCATGTATATGTAAGAATATAT


BQ
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AF RR3F470JQ C 1
AF RR3F470TF U 1
BS 1 646 RR3F470TF
BS 647 652 RR3F470JQ

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TGAAGTATACAGATTATGGACATATATTGTCCATGTATATGTAAGAATATAT

QA 1 652 1 652
DS 

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GAAGAGAAGCTGAGGTTTCTGCTTCTTCAGCTTAGGGAGAAAGATCAGAAAATAAAGGAG
CTTATACTTGAAATCGGGAGACTGAACGAGTCATTATCATCAAGACGCAGAGTTCGAGTG
GTTCGAATCATGTGACGAGACCAATATATTTGTGTAGTAGAACATTGGCTATTTGTTGTG
TGAAGTATACAGATTATGGACATATATTGTCCATGTATATGTAAGA
TATAT

QA 1 646 1 646
DS 



CO CL2474Contig2 662 2 2 U
TTTTTTTTGCTTAAACTGTATTCCACTCTATTTTCCTTTGATTTTTATATATTCTTACAT
ACACATGGACATTAATATATGTCCATAATCTGTATACTTCACACAACAAATAGCCAATGT
TCTACTACACAAATATATTGGTCTCGTCACATGATTCGAACCACTCGAACTCTGCGTCTT
GATGATAGCGACTCGTTCAGTCTCCCGATTTCAAGTATAAGCTCCTTTATTTTCTGATCT
TTCTCTCTAAGCTGAAGAAGCAGAAACCTCAGCTTCTCTTCTTGTAATCGTCTCCACCAT
CTCACGACCTTTACATAAACAAGGCTCGAGACAAGGGAGAAACCACAAACGAGGGTCAAT
GACCAGAAAACCCTTGTACTACTCACATAATTACAAGACGCCCTCTCGAAAAATCTTGAG
TCCTTCAAACGCTTCTTGGCAGTCTCAATCACCCAAAACGGAAACGACCGATTCACCGTG
GAGGAGGATTCATCTTCTTCCTCTGCTATGACGGGAACAACAGTATCTTCATCATCATGG
CCTTGGCTTGCTTGCGATATCGGTGAGTTTAGAGGGCTAGATGCGTCGATTGATGAGCTT
GTGGGTGAGGTTTGTATCACTACCCATTCACTGAACTCTTCTTCTTACTCTGCGTCAGCG
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 10 

AF RR3GP28TF C 1
AF RR3GP28JQ U 9
BS 1 8 RR3GP28TF
BS 9 662 RR3GP28JQ

RD RR3GP28TF 662 0 0
TTTTTTTTGCTTAAACTGTATTCCACTCTATTTTCCTTTGATTTTTATATATTCTTACAT
ACACATGGACATTAATATATGTCCATAATCTGTATACTTCACACAACAAATAGCCAATGT
TCTACTACACAAATATATTGGTCTCGTCACATGATTCGAACCACTCGAACTCTGCGTCTT
GATGATAGCGACTCGTTCAGTCTCCCGATTTCAAGTATAAGCTCCTTTATTTTCTGATCT
TTCTCTCTAAGCTGAAGAAGCAGAAACCTCAGCTTCTCTTCTTGTAATCGTCTCCACCAT
CTCACGACCTTTACATAAACAAGGCTCGAGACAAGGGAGAAACCACAAACGAGGGTCAAT
GACCAGAAAACCCTTGTACTACTCACATAATTACAAGACGCCCTCTCGAAAAATCTTGAG
TCCTTCAAACGCTTCTTGGCAGTCTCAATCACCCAAAACGGAAACGACCGATTCACCGTG
GAGGAGGATTCATCTTCTTCCTCTGCTATGACGGGAACAACAGTATCTTCATCATCATGG
CCTTGGCTTGCTTGCGATATCGGTGAGTTTAGAGGGCTAGATGCGTCGATTGATGAGCTT
GTGGGTGAGGTTTGTATCACTACCCATTCACTGAACTCTTCTTCTTACTCTGCGTCAGCG
T
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3GP28JQ 654 0 0
GCTTAAACTGTATTCCACTCTATTTTCCTTTGATTTTTATATATTCTTACATACACATGG
ACATTAATATATGTCCATAATCTGTATACTTCACACAACAAATAGCCAATGTTCTACTAC
ACAAATATATTGGTCTCGTCACATGATTCGAACCACTCGAACTCTGCGTCTTGATGATAG
CGACTCGTTCAGTCTCCCGATTTCAAGTATAAGCTCCTTTATTTTCTGATCTTTCTCTCT
AAGCTGAAGAAGCAGAAACCTCAGCTTCTCTTCTTGTAATCGTCTCCACCATCTCACGAC
CTTTACATAAACAAGGCTCGAGACAAGGGAGAAACCACAAACGAGGGTCAATGACCAGAA
AACCCTTGTACTACTCACATAATTACAAGACGCCCTCTCGAAAAATCTTGAGTCCTTCAA
ACGCTTCTTGGCAGTCTCAATCACCCAAAACGGAAACGACCGATTCACCGTGGAGGAGGA
TTCATCTTCTTCCTCTGCTATGACGGGAACAACAGTATCTTCATCATCATGGCCTTGGCT
TGCTTGCGATATCGGTGAGTTTAGAGGGCTAGATGCGTCGATTGATGAGCTTGTGGGTGA
GGTTTGTATCACTACCCATTCACTGAACTCTTCTTCTTACTCTGCGTCAGCGTC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 3

CO CL2475Contig1 1286 3 7 U
GGATCCGTCGGTGTCTCACTCGCTATCTCTACATCCGATCGTCGTCTATTATCTGTGGAA
ATAGCTTTGGATCTAATATAGGCTCTGCGATTCTGCAAGTGATTCGTGTTGCTTTCAGCC
TAGTTTAATCTCGGAAACGATGGATCAGTACGAGAAAGTTGAGAAGATCGGTGAAGGAAC
TTACGGTGTTGTGTACAAGGCACGAGACAAAGTCACCAACGAGACTATCGCTTTGAAGAA
GATCCGACTCGAGCAGGAGGATGAAGGTGTCCCCAGCACTGCCATTAGAGAAATCTCTCT
TTTGAAAGAAATGCAGCACAGCAACATTGTCAAGTTGCAGGATGTAGTGCACAGCGAGAA
GCGTTTGTATCTGGTTTTCGAGTATCTTGACTTGGATCTCAAAAAGCACATGGACTCTTC
TCCTGATTTCTCCAAGGATCTTCATATGATCAAAAGGTATGTTTACCAGATTCTCCGTGG
AATAGCGTATTGCCACTCTCACAGGGTTCTCCATCGTGACCTGAAGCCACAGAATCTGTT
GATTGATCGCCGCACCAACTCACTTAAGCTTGCAGATTTTGGACTGGCCAGAGCATTCGG
TATCCCTGTCAGGACATTTACTCATGAGGTGGTTACTCTCTGGTACCGAGCACCAGAGAT
ACTCCTAGGGTCTCATCACTACTCTACACCGGTTGATATTTGGTCTGTGGGATGCATATT
TGCGGAGATGATAACCCAAAAGCCCCTGTTTCCTGGAGACTCCGAGATTGATCAACTCTT
CAAGATATTCAGAATCATGGGAACTCCAACTGAGGATACATGGCCAGGGGTAACTTCGCT
TCCTGATTATAAATCTGCTTTCCCAAAATGGAAACCAACGGACTTGGAATCTTTTGTCCC
AAACCTTGATCCTAATGGCATAGATCTCCTTTCTAAAATGCTATTGATGGATCCAAGCAA
AAGAATCAACGCAAGAGCTGCCCTGGAGCATGATTACTTCAAGGATCTTGGCGTCATGCC
GTAGAGAATGCTTCAAAACCAGTAATCTCCTACTTTCTCTCTATATATAAGTATCTCGTA
TCTTTCATCCTTAAGAAAACGAGGTACAAAAATACATCAATGGCTTTTGTTTATTCTTTT
TTTCTTTTCTTCTGAGTTTGTTATTCTCTGATACGAAAACAGGAATGATTTTAGAGTGTG
CTTTGTTCATTTCTTCTAAGCTTTTGAGATCATTTTTCTTGTGTATCTTTCTACCAAGTT
CAGTATTATATGGTTTTATTTTTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL95TF U 1
AF RR3H745TF U 159
AF RR3H745JQ C 468
BS 1 408 RR3FL95TF
BS 409 409 RR3H745TF
BS 410 608 RR3FL95TF
BS 609 740 RR3H745TF
BS 741 741 RR3H745JQ
BS 742 773 RR3H745TF
BS 774 1286 RR3H745JQ

RD RR3FL95TF 608 0 0
GGATCCGTCGGTGTCTCACTCGCTATCTCTACATCCGATCGTCGTCTATTATCTGTGGAA
ATAGCTTTGGATCTAATATAGGCTCTGCGATTCTGCAAGTGATTCGTGTTGCTTTCAGCC
TAGTTTAATCTCGGAAACGATGGATCAGTACGAGAAAGTTGAGAAGATCGGTGAAGGAAC
TTACGGTGTTGTGTACAAGGCACGAGACAAAGTCACCAACGAGACTATCGCTTTGAAGAA
GATCCGACTCGAGCAGGAGGATGAAGGTGTCCCCAGCACTGCCATTAGAGAAATCTCTCT
TTTGAAAGAAATGCAGCACAGCAACATTGTCAAGTTGCAGGATGTAGTGCACAGCGAGAA
GCGTTTGTATCTGGTTTTCGAGTATCTTGACTTGGATCTCAAAAAGCATATGGACTCTTC
TCCTGATTTCTCCAAGGATCTTCATATGATCAAAAGGTATGTTTACCAGATTCTCCGTGG
AATAGCGTATTGCCACTCTCACAGGGTTCTCCATCGTGACCTGAAGCCACAGAATCTGTT
GATTGATCGCCGCACCAACTCACTTAAGCTTGCAGATTTTGGACTGGCCAGAGCATTCGG
TATCCCTG

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3H745TF 615 0 0
TTGAGAAGATCGGTGAAGGAACTTACGGTGTTGTGTACAAGGCACGAGACAAAGTCACCA
ACGAGACTATCGCTTTGAAGAAGATCCGACTCGAGCAGGAGGATGAAGGTGTCCCCAGCA
CTGCCATTAGAGAAATCTCTCTTTTGAAAGAAATGCAGCACAGCAACATTGTCAAGTTGC
AGGATGTAGTGCACAGCGAGAAGCGTTTGTATCTGGTTTTCGAGTATCTTGACTTGGATC
TCAAAAAGCACATGGACTCTTCTCCTGATTTCTCCAAGGATCTTCATATGATCAAAAGGT
ATGTTTACCAGATTCTCCGTGGAATAGCGTATTGCCACTCTCACAGGGTTCTCCATCGTG
ACCTGAAGCCACAGAATCTGTTGATTGATCGCCGCACCAACTCACTTAAGCTTGCAGATT
TTGGACTGGCCAGAGCATTCGGTATCCCTGTCAGGACATTTACTCATGAGGTGGTTACTC
TCTGGTACCGAGCACCAGAGATACTCCTAGGGTCTCATCACTACTCTACACCGGTTGATA
TTTGGTCTGTGGGATGCATATTTGCGGAGATGATAACCCAAA*GCCCCTGTTTCCTGGAG
ACTCCGAGATTGATC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3H745JQ 819 0 0
AGATTCTCCGTGGAATAGCGTATTGCCACTCTCACAGGGT*CTCCATCGTGACCTGAAGC
CACAGAATCTGTTGATTGATCGCCGCACCAACTCACTTAAGCTTGCAGATTTTGGACTGG
CCAGAGCATTCGGTATCCCTGTCAGGACATTTACTCATGAGGTGGTTACTCTCTGGTACC
GAGCACCAGAGATACTCCTAGGGTCTCATCACTACTCTACACCGGTTGATATTTGGTCTG
TGGGATGCATATTTGCGGAGATGATAACCCAAAAGCCCCTGTTTCCTGGAGACTCCGAGA
TTGATCAACTCTTCAAGATATTCAGAATCATGGGAACTCCAACTGAGGATACATGGCCAG
GGGTAACTTCGCTTCCTGATTATAAATCTGCTTTCCCAAAATGGAAACCAACGGACTTGG
AATCTTTTGTCCCAAACCTTGATCCTAATGGCATAGATCTCCTTTCTAAAATGCTATTGA
TGGATCCAAGCAAAAGAATCAACGCAAGAGCTGCCCTGGAGCATGATTACTTCAAGGATC
TTGGCGTCATGCCGTAGAGAATGCTTCAAAACCAGTAATCTCCTACTTTCTCTCTATATA
TAAGTATCTCGTATCTTTCATCCTTAAGAAAACGAGGTACAAAAATACATCAATGGCTTT
TGTTTATTCTTTTTTTCTTTTCTTCTGAGTTTGTTATTCTCTGATACGAAAACAGGAATG
ATTTTAGAGTGTGCTTTGTTCATTTCTTCTAAGCTTTTGAGATCATTTTTCTTGTGTATC
TTTCTACCAAGTTCAGTATTATATGGTTTTATTTTTCAG

QA 1 819 1 819
DS 



AS 1 3

CO CL2476Contig1 1220 3 22 U
GAGAACAAACGTGACGCTACTGAGAAGGAGGCTGAGGTTCGTGAAGCTTACGCTGCTTTG
AAGGCTAAGTTGAAGACTGTTGGCAATCTCGTCCACGACTCTGTTCCCGTTAGCAACGAT
GAGGCGAACAATGCTGTGACTAAAGTTTGGGGTGAGAAGCTTGTTGCTTCTCCTGGTCTG
AAGCTGAAAAACCACGTGGATCTCGTCGAGCTTCTCGACATTGCAGATACCAAGAGAGGG
GCTGAGATTGCTGGAGCAAGAGGTTTTTTCCTGAAAGGAGATGGGTTACTGCTTAACCAA
GCTCTTATCAACTTTGGACTGACCTTCTTGAAAAAGAGAGGATTCACTGGACTGCAGCCT
CCGTTTTTCATGAGGAAGGATGTCATGGCCAAGTGCGCACAATTGGCACAGTTCGATGAA
GAGCTTTACAAGGTGACTGGTGAAGGTGATGATAAGTGCCTTATTGCAACTGCTGAGCAA
CCTCTCTGTGCTTACCATATTGATGAATGGATCCATCCGACGGAGGTTCCCAAAAGATAT
GCTGGTTACTCGTCCTGCTTTAGAAAAGAGGCTGGTTCCCACGGAAGAGATACACTCGGC
ATTTTCCGTGTTCACCAGTTTGAGAAGATTGAACAGTTCTGCATCACGGGTCCTAACGAG
AATCATTCGTGGGACATGCTTGAAGAGATGATGAACAACTCTGAAGATTTTTACCAAGCG
CTGAAACTTCCATACCAAATCGTTTCCATAGTCTCTGGGGCATTGAACGATGCAGCTGCA
AAGAAGTACGACTTGGAAGCTTGGTTTCCTTCGTCGGGGACTTACAGAGAGCTTGTGTCC
TGCTCCAACTGCACAGACTACCAAGCTCGAAGACTTGAGATCAGATACGGTCAGAAGAAG
AGCAATGAGCAGGCGAAGCAGTACGTGCACATGCTGAACTCGACTCTCACCGCCACAGAG
AGGACCATCTGCTGCATTCTGGAGAACTACCAGCGCGAGGACGGTGTGGAGATCCCTGAG
GTGTTGCAGCCATTTATGGGCGGAGAGACGTTTTTGCCCTTCAAGGTTAAGCCAGTAGCT
GCAGACACCAAAGGCAAAAAGTCTAAAGCTTGATTGAATTTACTTGATTACTACAACTCT
GATTGAAAAATTTCTATTGTAATGTTGCTTTCTTTAATTCTGTGGAACGTTTTTTTTTGG
GGACTGACGTTGTGCTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C681TF U 67
AF RR3AJ85TF U 1
AF RR3AJ85JQ C 429
BS 1 72 RR3AJ85TF
BS 73 73 RR3C681TF
BS 74 83 RR3AJ85TF
BS 84 84 RR3C681TF
BS 85 185 RR3AJ85TF
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BS 187 194 RR3AJ85TF
BS 195 195 RR3C681TF
BS 196 206 RR3AJ85TF
BS 207 207 RR3C681TF
BS 208 215 RR3AJ85TF
BS 216 216 RR3C681TF
BS 217 284 RR3AJ85TF
BS 285 285 RR3C681TF
BS 286 317 RR3AJ85TF
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BS 342 342 RR3C681TF
BS 343 818 RR3AJ85TF
BS 819 819 RR3AJ85JQ
BS 820 835 RR3AJ85TF
BS 836 1220 RR3AJ85JQ

RD RR3C681TF 497 0 0
AAGTTGAAGACTGTTGGCAATCTCGTCCACGACTCTGTTCCCGTTAGCAACGATGAGGCG
AACAATGCTGTGACTAAAGTTTGGGGTGAGAAGCTTGTTGCTTCTCCTGGTCTGAAGCTG
AAGAACCACGTGGATCTCGTCGAGCTTCTCGACATTGCAGATACCAAGAGAGGGGCTGAG
ATTGCTGGAGCAAGAGGTTTTTTCCTGAAAGGAGATGGGTTGCTGCTTAACCAAGCTCTT
ATCAACTTTGGACTGACCTTCTTGAAAAAGAGAGGATTCACTGGACTGCAGCCTCCGTTT
TTCATGAGGAAGGATGTCATGGCCAAGTGCGCACAATTGGCACAGTTCGATGAAGAGCTT
TACAAGGTGACTGGTGAAGGTGATGATAAGTACCTTATTGCAACTGCTGAGCAACCTCTC
TGTGCTTACCATATTGATGAATGGATCCATCCGACGGAGGTTCCCAAAAGATATGCTGGT
TACTCGTCCTGTTTTAG

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR3AJ85TF 835 0 0
GAGAACAAACGTGACGCTACTGAGAAGGAGGCTGAGGTTCGTGAAGCTTACGCTGCTTTG
AAGGCTAAGTTGGAGACTGTTGGGAATCTCGTCCACGACTCTGTTCCCGTTAGCAACGAT
GAGGCGAACAATGCTGTGACTAAAGTTTGGGGTGAGAAGCTTGTTGCTTCTCCTGGTCTG
AAGCTTAAAAACCATGTGGATCTCGTTGAGCTTCTTGACATTGCAGATACCAAGAGAGGG
GCTGAGATTGCTGGAGCAAGAGGTTTTTTCCTGAAAGGAGATGGTTTACTGCTTAACCAA
GCTCTTATCAACTTTGGGCTGACCTTCTTGAAAAAGAGAGGCTTCACTGGACTGCAGCCT
CCGTTTTTCATGAGGAAGGATGTCATGGCCAAGTGCGCACAATTGGCACAGTTCGATGAA
GAGCTTTACAAGGTGACTGGTGAAGGTGATGATAAGTGCCTTATTGCAACTGCTGAGCAA
CCTCTCTGTGCTTACCATATTGATGAATGGATCCATCCGACGGAGGTTCCCAAAAGATAT
GCTGGTTACTCGTCCTGCTTTAGAAAAGAGGCTGGTTCCCACGGAAGAGATACACTCGGC
ATTTTCCGTGTTCACCAGTTTGAGAAGATTGAACAGTTCTGCATCACGGGTCCTAACGAG
AATCATTCGTGGGACATGCTTGAAGAGATGATGAACAACTCTGAAGATTTTTACCAAGCG
CTGAAACTTCCATACCAAATCGTTTCCATAGTCTCTGGGGCATTGAACGATGCAGCTGCA
AAGAAGTACGACTTGGAAGCTTGGTTTCCTTCGTCGGG*ACTTACAGAGAGCTTG

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR3AJ85JQ 792 0 0
CAAGGTGACTGGTGAAGGTGATGATAAGTGCCTTATTGCAACTGCTGAGCAACCTCTCTG
TGCTTACCATATTGATGAATGGATCCATCCGACGGAGGTTCCCAAAAGATATGCTGGTTA
CTCGTCCTGCTTTAGAAAAGAGGCTGGTTCCCACGGAAGAGATACACTCGGCATTTTCCG
TGTTCACCAGTTTGAGAAGATTGAACAGTTCTGCATCACGGGTCCTAACGAGAATCATTC
GTGGGACATGCTTGAAGAGATGATGAACAACTCTGAAGATTTTTACCAAGCGCTGAAACT
TCCATACCAAATCGTTTCCATAGTCTCTGGGGCATTGAACGATGCAGCTGCAAAGAAGTA
CGACTTGGAAGCTTGGTTTCCTTCGTCGGGGACTTACAGAGAGCTTGTGTCCTGCTCCAA
CTGCACAGACTACCAAGCTCGAAGACTTGAGATCAGATACGGTCAGAAGAAGAGCAATGA
GCAGGCGAAGCAGTACGTGCACATGCTGAACTCGACTCTCACCGCCACAGAGAGGACCAT
CTGCTGCATTCTGGAGAACTACCAGCGCGAGGACGGTGTGGAGATCCCTGAGGTGTTGCA
GCCATTTATGGGCGGAGAGACGTTTTTGCCCTTCAAGGTTAAGCCAGTAGCTGCAGACAC
CAAAGGCAAAAAGTCTAAAGCTTGATTGAATTTACTTGATTACTACAACTCTGATTGAAA
AATTTCTATTGTAATGTTGCTTTCTTTAATTCTGTGGAACGTTTTTTTTTGGGGACTGAC
GTTGTGCTGTGT

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 4

CO CL2477Contig1 764 4 5 U
CAGGCCAAATTCACGTGGCAAATAAGTATACGAAATATGATCAACATAACATTTCATTGT
CCTTCTCCAAAACGAAAAAAACATTTCATTGTCTTTCCATAAAATATAACTTTTGAGTTA
ATAATAAAGCATTCTTTGTTATGTGTCGTCGCACAAAACAGTTTGCTTGTTATAGTTATA
AAGAAAATGATACTAATCCTCGAAATATGTTTAGTTGGTCACTCATTCTTGCCTTCACGA
GCTTCAGCTTCTACTGGTTTATCCCCCATATTCGCGACCGCCTCCTCTTCCGCCGCTGGA
GTCATCAGAGAATCAAATTTATCTGATTTCCCCAACACAATCTCAATCTTTGTCTTCTGA
ACTATTTTCCCTTTGATCTCGTCTTTCATTCCCACTGTCGATGTCAGAACTCTCTTCTCT
GTTGCAAGCCCATTGTTCTTCAATATTTCTGAGATGGTAACCACTGTTGTGATTGCCATT
CCAAGTGCAGAAAGCTCAACCTCGTTGTGTTGTTGAATGTACCTCTTGGCGAGATTAACG
TAGAAGAACAAGGGTTTCTTGGTGCTAGAAACTTGAATCCTGTTCTTCTTTTGAGTTTCT
GCGGCCGTTGTTGCTGATATGATGAGGTTGCTCGCCGGAGGTGTAACCGGTGCATGAATC
GGAGTTGCTATTTCCATCGCCATTTAATCTCAACTGCGATATCACGATCTTTTGATTTTA
ACTAAACTTTTCTTTTTCCTTGGTAAGTGCAAGCATTTGTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3GR52TF C 105
AF RR3FZ55TF C 42
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CC

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C

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DS 



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BQ
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AF RR3EY90JQ U 24
AF RR3AW03JQ U 1
AF RR3AW03TF C 418
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CG
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DS 

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TCTCTGTAAGGATGATTCTCAGGCACAAGTTCTCTAAACTTATCAAACTGTTCCTCTGCT
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CCTGGTTCTTCTTTGACAAGCTCTCCATAAAGCTTCAACGCTTCACCATGCTTCCCTTCA
ATCACACGAATCTGCGCCAAAAGAAGCTTAAAATCACGAAAATCGTTGTGATTATTCTCC
TTGTTGCATCTCAGCATCGCTTCTTCGATTCTACTCTCCACCTCTTTCAAGTCAAGACCC
GCATCTGAATAAGCCATGACCAAGCCGTGATAGGCTTCGACACGAAGAGGGTCTTTAGCA
AGAATCTCTTCGAATGAAGTTTTAGCTGAGTCTATCTCTCCACTGTAAGTAAAGATGTTA
GCTCTAAGGACAGGCCATTCTGTCTCCTCGGGTTCTAGTTTGATAAAACGGTCGACTACT
TCTATGGCTTCTTCGAGCTTACGAGATCTGATCTTTACCTCCATCAAGGAACGAAGAGAG
TCGACGTCAGGAGGGTGTGTTGCTAGATGCTCTTCGAGCGCTCTCTCTTCTT

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR3AW03TF 813 0 0
TCAATCACACGAATCTGCGCCAAAAGAAGCTTAAAATCACGAAAATCGTTGTGATTATTC
TCCTTGTTGCATCTCAGCATCGCTTCTTCGATTCTACTCTCCACCTCTTTCAAGTCAAGA
CCCGCATCTGAATAAGCCATGACCAAGCCGTGATAGGCTTCGACACGAAGAGGGTCTTTA
GCAAGAATCTCTTCGAATGAAGTTTTAGCTGAGTCTATCTCTCCACTGTAAGTAAAGATG
TTAGCTCTAAGGACAGGCCATTCTGTCTCCTCGGGTTCTAGTTTGATAAAACGGTCGACT
ACTTCTATGGCTTCTTCGAGCTTACGAGATCTGATCTTTACCTCCATCAAGGAACGAAGA
GAGTCGACGTCAGGAGGGTGTGTTGCTAGATGCTCTTCGAGCGCTCTCTCTTCTTCTTCC
AAGGTGACGTGTTCTTGTCTTTCCGTTGACGGTGGTGGTGGCGCGACGGGAGCTGCAATC
GCTGGAGTTTTGAGCTGGAGGTTGATGAAGAGGAGGGCGGCGGCGGTTGTTAGAGTGATG
CATGTGGATTTGAGGAGACCGAAAGGTGTTGACTTTAGGGGAGGGGTGATAGGGTTTTGT
GATTTGGAGGAGGAAGCTTTGATTGAAACGTGTTTGAAAGAGGAGTTTGGTCGGATTAAT
GGTCTGAAAGGGGAAGATGTTGGGTGTTTCGGGAACGGTGAAGAGGTGCGAGTGAAGGAA
AGGTGAAATGGCTGGTGATGGAGCTGTAATCCTCCCAGAGACTCCATGATTGTGGTTAAG
AGATAAACCTACCTTGTCCCTTCAAAACCCTCC

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 3

CO CL2479Contig1 820 3 19 U
TCGCTGATCTCCGCCGGGAAGATTCAGTGAAACATAACCCACCGTCTTTTGAGATGGTGT
CGCCCGAAAACGCGAATTGGATATCGGAAATGATCGATGAAGACTATGGGAGCTTCACAA
TCCAAGGTCCTGGCTTCTCCTGGCCTCTTCCCCAACCTATTCCCGCCGTTTCCAGCCTTG
GAGTTGATGGCTCAGCTGGTAATTCAGAAGCCACCAAGGAACCTGCCTCTAAAAAGAGGA
CGAGATGTGAATCGTCCTCTGCCACTAGCTCCAAAGCCTGTAGAGAGAAGCAGCGACGTG
ACAGGCTGAATGACAAGTTTATGGAGTTGGGTGCAATTTTGGAGCCAGGGAATCCTCCCA
AAACAGACAAGGCTGCAATCCTGGTCGATGCTGTCCGCTTGGTTACACAACTACGCGGCG
AGGCACAGAAGTTGAAGGACTCTAATTCAAGTCTTCAAGACAAAATCAAGGAGTTGAAGA
CGGAGAAGAACGAGCTGCGAGATGAGAAGCAGAGGCTGAAGACAGAGAAAGAGAAGCTGG
AGCAACAGCTGAAAGCCATGAATGCTCCTCAACCAAGCTTCTTCCCAGCCCCACCTATGA
TGCCAACTGCTTTTGCTTCTGCGCAAGGCCAAGCTCCAGGAAACAAGATGGTGCCGATCA
TCAGTTACCCAGGTGTTGCCATGTGGCAGTTCATGCCTCCTGCTTCAGTCGATACTTCTC
AGGATCACGTCCTTCGTCCAACAGCTACTTAACTGGGAGTACCAAAAAACCCTCAAGAAA
ATCATCAACTGGTTTGCTTCCTGCTTCCTCTGAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3CR85TF U 1
AF RR3DU06TF U 60
AF RR3DH09TF U 153
BS 1 112 RR3CR85TF
BS 113 113 RR3DU06TF
BS 114 187 RR3CR85TF
BS 188 188 RR3DU06TF
BS 189 611 RR3CR85TF
BS 612 612 RR3DU06TF
BS 613 722 RR3CR85TF
BS 723 723 RR3DH09TF
BS 724 738 RR3CR85TF
BS 739 740 RR3DH09TF
BS 741 744 RR3DU06TF
BS 745 745 RR3DH09TF
BS 746 746 RR3DU06TF
BS 747 747 RR3DH09TF
BS 748 775 RR3DU06TF
BS 776 778 RR3DH09TF
BS 779 798 RR3DU06TF
BS 799 800 RR3DH09TF
BS 801 820 RR3DU06TF

RD RR3CR85TF 741 0 0
TCGCTGATCTCCGCCGGGAAGATTCAGTGAAACATAACCCACCGTCTTTTGAGATGGTGT
CGCCCGAAAACGCGAATTGGATATCGGAAATGATCGATGAAGACTATGGGAGTTTCACAA
TCCAAGGTCCTGGCTTCTCCTGGCCTCTTCCCCAACCTATTCCCGCCGTTTCCAGCCTTG
GAGTTGA*GGCTCAGCTGGTAATTCAGAAGCCACCAAGGAACCTGCCTCTAAAAAGAGGA
CGAGATGTGAATCGTCCTCTGCCACTAGCTCCAAAGCCTGTAGAGAGAAGCAGCGACGTG
ACAGGCTGAATGACAAGTTTATGGAGTTGGGTGCAATTTTGGAGCCAGGGAATCCTCCCA
AAACAGACAAGGCTGCAATCCTGGTCGATGCTGTCCGCTTGGTTACACAACTACGCGGCG
AGGCACAGAAGTTGAAGGACTCTAATTCAAGTCTTCAAGACAAAATCAAGGAGTTGAAGA
CGGAGAAGAACGAGCTGCGAGATGAGAAGCAGAGGCTGAAGACAGAGAAAGAGAAGCTGG
AGCAACAGCTGAAAGCCATGAATGCTCCTCAACCAAGCTTCTTCCCAGCCCCACCTATGA
TGCCAACTGCTATTGCTTCTGCGCAAGGCCAAGCTCCAGGAAACAAGATGGTGCCGATCA
TCAGTTACCCAGGTGTTGCCATGTGGCAGTTCATGCCTCCTGCTTCAGTCGATACTTCTC
AGTATCACGTCCTTCGTC
CAC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3DU06TF 761 0 0
TCGCCCGAAAACGCGAATTGGATATCGGAAATGATCGATGAAGACTATGGGAGCTTCACA
ATCCAAGGTCCTGGCTTCTCCTGGCCTCTTCCCCAACCTATTCCCGCCGTTTCCAGCCTT
GGAGTTGATGGCTCAGCTGGTAATTCAGAAGCCACCAAGGAACCTGCCTCTAAAAAGAGG
ACGAGATGTGAATCGTCCTCTGCCACTAGCTCCAAAGCCTGTAGAGAGAAGCAGCGACGT
GACAGGCTGAATGACAAGTTTATGGAGTTGGGTGCAATTTTGGAGCCAGGGAATCCTCCC
AAAACAGACAAGGCTGCAATCCTGGTCGATGCTGTCCGCTTGGTTACACAACTACGCGGC
GAGGCACAGAAGTTGAAGGACTCTAATTCAAGTCTTCAAGACAAAATCAAGGAGTTGAAG
ACGGAGAAGAACGAGCTGCGAGATGAGAAGCAGAGGCTGAAGACAGAGAAAGAGAAGCTG
GAGCAACAGCTGAAAGCCATGAATGCTCCTCAACCAAGCTTCTTCCCAACCCCACCTATG
ATGCCAACTGCTTTTGCTTCTGCGCAAGGCCAAGCTCCAGGAAACAAGATGGTGCCGATC
ATCAGTTACCCAGGTGTTGCCATGTGGCAGTTCATGCCTCCTGCTTCAGTCGATACTTCT
CAG*ATCACGTCCTTCGTC**ACAGTTGCTTAACTGGGAGTACCAAAAAACCCTCA**GA
AATCATCAACTGGTTTGCT**CTGCTTCCTCTGAAAAAAAA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3DH09TF 667 0 0
G
AACCTATTCCCGCCGTTTCCAGCCTTGGAGTTGATGGCTCAGCTGGTAATTCAGAAGCCA
CCAAGGAACCTGCCTCTAAAAAGAGGACGAGATGTGAATCGTCCTCTGCCACTAGCTCCA
AAGCCTGTAGAGAGAAGCAGCGACGTGACAGGCTGAATGACAAGTTTATGGAGTTGGGTG
CAATTTTGGAGCCAGGGAATCCTCCCAAAACAGACAAGGCTGCAATCCTGGTCGATGCTG
TCCGCTTGGTTACACAACTACGCGGCGAGGCACAGAAGTTGAAGGACTCTAATTCAAGTC
TTCAAGACAAAATCAAGGAGTTGAAGACGGAGAAGAACGAGCTGCGAGATGAGAAGCAGA
GGCTGAAGACAGAGAAAGAGAAGCTGGAGCAACAGCTGAAAGCCATGAATGCTCCTCAAC
CAAGCTTCTTCCCAGCCCCACCTATGTTGCCAACTGCTTTTGCTTCTGCGCAAGGCCAAG
CTCCAGGAAACAATATGGTGCCGATCATCAGTTACCCAGGTGTTGCCATGTGGCAGTTCA
TGCCTCCTGCTTCAGTCGATACTTCTCAGGATCACGTCCTTCGTCCACCAGCTACTTAAC
TGGGAGTACCAAAAAACCCTCAAGAAAATCATCAACTGGTTTGCTTCTTGCTTCCTCTGA
AAAAAA

QA 2 667 2 667
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2481Contig1 1420 4 14 U
GTACCAGACCTACATTTTCTATGAACGATAGAATCCGCAACCAGTTTGCAAATTCTAATC
CGTTTGTGTTCAAGCACATATCTGCCTTGAACAGCATCGATGATTTCAGAGATGTTGGTC
CATGTGTGGTTATGGCTAGTCCTGGAGGTCTTCAGAGCGGTTTCTCGAGGCAGCTCTTTG
ACATCTGGTGTTCAGATAAGAGAAACGCTTGTATCATTCCTGGTTATATGGTGGAAGGTA
CACTGGCCAAAACGATTATCAATGAGCCGAAGGAGGTGACTCTTATGAACGGTCTTACTG
CTCCTCTCAACATGCAAGTGCACTACATCTCCTTCTCTGCTCACGCTGACTATGCGCAGA
CAAGCACTTTCTTGAAAGAGCTCATGCCTCCAAACATCATCCTTGTTCACGGTGAAGCTA
ACGAGATGATGAGGCTCAAACAGAAACTCTTTACGGAGTTTCCTGATGGAAACACGAGGA
TCATGAATCCGAAGAACTGTGAGTCAGTTGAACTGTACTTCAACTCTGAGAAAATGGCTA
AAACCATTGGGAGGTTGGCTGAGAAGACGCCTGATGTTGGCGATTCAGTGAGTGGGATTC
TGGTGAAGAAAGGTTTCACTTATCAGATAATGGCACCTGATGATCTCCATGTTTTCTCAC
AGTTATCAACAGCAACTGTTACTCAGCGGATCACTATCCCTTTCTCAGGAGCTTTTGGTG
TGATAACACATCGCCTCGGGAAGATTTTTGAGAGCGTTGATTCTTCAACGGACGAGGAAA
CGGGTCTTCCAGCACTGAAAGTACACGAGAGAGTAACTGTGAAGCAAGAGTCAGAGAAGC
ACATCTCGCTTTAGTGGTCATCTGATCCAATAAGTGACATGGTTTCAGACTCCATTGTAG
CTCTTGTTCTCAACATCAGCCGGGAAGTACCCAAGATCATCGTGG*AGGAAGAAGTTGCT
GTGAAATCCGAAGAGGAGAATGGGAAGAAAGTGGAAAAAGTGATATATGCTCTTCTTGTG
TCGCTCTCTGGGGATGTGAAACTTGGAGAGAATGGGAAACTGGTGATTAGTGTCGATGGC
AATGTAGCTCATCTTGATAAAGAGACTGGAAAAGTAGAGGGTGAGCACGAAGGTCTAAAA
GAAAGAGTCAGAGTAGCTTTTCATCGGATTCAAAGCGCTGTCAAACCAATCCCTCTCTCA
GCTGAATGAAGTAGCTGTTGAGGTATTTAAGAATCATAATAGAATTTTATCATCAGTTCT
GTTCCTCTATCCAAGTTTACTAGTTCTGGTAATCAATCTATGTATGTTATTAAGAATATG
TTTTAAGAAACTTTGCTGCTTCTGTGAGTTTACTGTGATGCTGACTAGTCCAATGGATGT
TATTGCGACGCTGTTCTTACTCAACAACATTTAGTTTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ93TF U 1
AF RR3FQ58TF U 251
AF RR3FQ58JQ C 624
AF RR3AJ93JQ C 657
BS 1 442 RR3AJ93TF
BS 443 443 RR3FQ58TF
BS 444 704 RR3AJ93TF
BS 705 945 RR3FQ58TF
BS 946 946 RR3FQ58JQ
BS 947 967 RR3FQ58TF
BS 968 977 RR3FQ58JQ
BS 978 978 RR3AJ93JQ
BS 979 1196 RR3FQ58JQ
BS 1197 1197 RR3AJ93JQ
BS 1198 1222 RR3FQ58JQ
BS 1223 1223 RR3AJ93JQ
BS 1224 1391 RR3FQ58JQ
BS 1392 1420 RR3AJ93JQ

RD RR3AJ93TF 704 0 0
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CGTTTGTGTTCAAGCACATATCTGCCTTGAACAGCATCGATGATTTCAGAGATGTTGGTC
CATGTGTGGTTATGGCTAGTCCTGGAGGTCTTCAGAGCGGTTTCTCGAGGCAGCTCTTTG
ACATCTGGTGTTCAGATAAGAGAAACGCTTGTATCATTCCTGGTTATATGGTGGAAGGTA
CACTGGCCAAAACGATTATCAATGAGCCGAAGGAGGTGACTCTTATGAACGGTCTTACTG
CTCCTCTCAACATGCAAGTGCACTACATCTCCTTCTCTGCTCACGCTGACTATGCGCAGA
CAAGCACTTTCTTGAAAGAGCTCATGCCTCCAAACATCATCCTTGTTCACGGTGAAGCTA
ACGAGATGATGAGGCTCAAACATAAACTCTTTACGGAGTTTCCTGATGGAAACACGAGGA
TCATGAATCCGAAGAACTGTGAGTCAGTTGAACTGTACTTCAACTCTGAGAAAATGGCTA
AAACCATTGGGAGGTTGGCTGAGAAGACGCCTGATGTTGGCGATTCAGTGAGTGGGATTC
TGGTGAAGAAAGGTTTCACTTATCAGATAATGGCACCTGATGATCTCCATGTTTTCTCAC
AGTTATCAACAGCAACTGTTACTCAGCGGATCACTATCCCTTTC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3FQ58TF 717 0 0
G
ACGATTATCAATGAGCCGAAGGAGGTGACTCTTATGAACGGTCTTACTGCTCCTCTCAAC
ATGCAAGTGCACTACATCTCCTTCTCTGCTCACGCTGACTATGCGCAGACAAGCACTTTC
TTGAAAGAGCTCATGCCTCCAAACATCATCCTTGTTCACGGTGAAGCTAACGAGATGATG
AGGCTCAAACAGAAACTCTTTACGGAGTTTCCTGATGGAAACACGAGGATCATGAATCCG
AAGAACTGTGAGTCAGTTGAACTGTACTTCAACTCTGAGAAAATGGCTAAAACCATTGGG
AGGTTGGCTGAGAAGACGCCTGATGTTGGCGATTCAGTGAGTGGGATTCTGGTGAAGAAA
GGTTTCACTTATCAGATAATGGCACCTGATGATCTCCATGTTTTCTCACAGTTATCAACA
GCAACTGTTACTCAGCGGATCACTATCCCTTTCTCAGGAGCTTTTGGTGTGATAACACAT
CGCCTCGGGAAGATTTTTGAGAGCGTTGATTCTTCAACGGACGAGGAAACGGGTCTTCCA
GCACTGAAAGTACACGAGAGAGTAACTGTGAAGCAAGAGTCAGAGAAGCACATCTCGCTT
TAGTGGTCATCTGATCCAATAAGTGACATGGTTTCAGACTCCATTGTAGCTCTTGTTCTC
AACATCAGCCGGGAAGTACCCAAGATCATCGTGGGAGGAAGAAGTTGCTGTGAAAT

QA 2 717 2 717
DS 

RD RR3FQ58JQ 769 0 0
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CAGCGGATCACTATCCCTTTCTCAGGAGCTTTTGGTGTGATAACACATCGCCTCGGGAAG
ATTTTTGAGAGCGTTGATTCTTCAACGGACGAGGAAACGGGTCTTCCAGCACTGAAAGTA
CACGAGAGAGTAACTGTGAAGCAAGAGTCAGAGAAGCACATCTCGCTTTAGTGGTCATCT
GATCCAATAAGTGACATGGTTTCAGACTCCATTGTAGCTCTTGTTCTCAACATCAGCCGG
GAAGTACCCAAGATCATCGTGG*AGGAAGAAGTTGCTGTGAAATCCGAAGAGGATAATGG
GAAGAAAGTGGAAAAAGTGATATATGCTCTTCTTGTGTCGCTCTCTGGGGATGTGAAACT
TGGAGAGAATGGGAAACTGGTGATTAGTGTCGATGGCAATGTAGCTCATCTTGATAAAGA
GACTGGAAAAGTAGAGGGTGAGCACGAAGGTCTAAAAGAAAGAGTCAGAGTAGCTTTTCA
TCGGATTCAAAGCGCTGTCAAACCAATCCCTCTTTCAGCTGAATGAAGTAGCTGTTGAGT
TATTTAAGAATCATAATAGAATTTTATCATCAGTTCTGTTCCTCTATCCAAGTTTACTAG
TTCTGGTAATCAATCTATGTATGTTATTAAGAATATGTTTTAAGAAACTTTGCTGCTTCT
GTGAGTTTACTGTGATGCTGACTAGTCCAATGGATGTTATTGCGACGC
C

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3AJ93JQ 764 0 0
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GAAACGGGTCTTCCAGCACTGAAAGTACACGAGAGAGTAACTGTGAAGCAAGAGTCAGAG
AAGCACATCTCGCTTCAGTGGTCATCTGATCCAATAAGTGACATGGTTTCAGACTCCATT
GTAGCTCTTGTTCTCAACATCAGCCGGGAAGTACCCAAGATCATCGTGG*AGGAAGAAGT
TGCTGTGAAATCCGAAGAGGAGAATGGGAAGAAAGTGGAAAAAGTGATATATGCTCTTCT
TGTGTCGCTCTGTGGGGATGTGAAACTTGGAGAGAATGGGAAACTGGTGATTAGTGTCGA
TGGCAATGTAGCTCATCTTGATAAAGAGACTGGAAAAGTAGAGGGTGAGCATGAAGGTCT
AAAAGAAAGAGTCAGAGTAGCTTTTCATCGGATTCAAAGCGCTGTCAAACCAATCCCTCT
CTCAGCTGAATGAAGTAGCTGTTGAGGTATTTAAGAATCATAATAGAATTTTATCATCAG
TTCTGTTCCTCTATCCAAGTTTACTAGTTCTGGTAATCAATCTATGTATGTTATTAAGAA
TATGTTTTAAGAAACTTTGCTGCTTCTGTGAGTTTACTGTGATGCTGACTAGTCCAATGG
ATGTTATTGCGACGCTGTTCTTACTCAACAACATTTAGTTTCAG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 4

CO CL2482Contig1 489 4 3 U
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CCGTGGAGGGATGCACTCTCTCCTCAGATTCTCTTCAAGCACTGCTTCGAACGCTCCTGA
GATTAAGACTTTGCTGTTGGCTGAGATTACGAACCCTAATCTGTTCACATGTGCAGGGCT
TGGATATGGCTGTTACACCACTTGGCAACTCATTCAACTCTATGAATATCGCCGCACGCT
GTGGAGAAATATGGTAGAGGAAGTCCTGGATGCTTGGTCTTCGCAAACCAAAAACTAAAA
ATACTAATTTCTCTAGTTTCATGTTAATCTCTGTAGTGATGATGCTCTTCTTGCTTTTGA
AAAATTAAAAAGAAGGTTAAATTAATGTATGGTTTGCAATTGCTTAGTTTTTGTTTGGTG
CTGTTTTGGTGATAATTAGGAATCGTGTCCCCTTTTTAACGGTTCGATCTCGGATCCGAT
TAAACCTCC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AI15JQ C 3
AF RR3AI15TF U 3
AF RR3DA17TF U 1
AF RR3DA17JQ C 41
BS 1 45 RR3DA17TF
BS 46 46 RR3AI15TF
BS 47 489 RR3DA17TF

RD RR3AI15JQ 463 0 0
GG
GGACGAACCCTAATCCCAATCATGCCACCGAATCTGAGAACACTAGTTGCCAAGTGCCGT
GGAGGGATGGACTCTCTCCTCAGATTCTCTTCAAGCACTGCTTCGAACGCTCCTGAGATT
AAGACTTTGCTGTTGGCTGAGATTACGAACCCTAATCTGTTCACATGTGCAGGGCTTGGA
TATGGCTGTTACACCACTTTGCAACTCATTCAACTCTATGAATATCGCCGCACGCTGTGG
AGAAATATGGTAGAGGAAGTCCTGGATGCTTGGTCTTCGCAAACCAAAAACTAAAAATAC
TAATTTCTCTGGTTTCATGTTAATCTCTGTAGTGATGATGCTCTTCTTGCTTTTGAAAAA
TTAAAAAGAAGGTTAAATTAATGTATGGTTTGCAATTGCTTAGTTTTTGTTTGGTGCTGT
TTTGGTGATAATTAGGAATCGTGTCCCCTTTTTAACGGT
CC

QA 3 461 3 461
DS 

RD RR3AI15TF 463 0 0
GG
GGACGAACCCTAATCCCAATCATGCCACCGAATCTGAGAACACTAGTTGCCAAGTGCCGT
GGAGGGATGGACTCTCTCCTCAGATTCTCTTCAAGCACTGCTTCGAACGCTCCTGAGATT
AAGACTTTGCTGTTGGCTGAGATTACGAACCCTAATCTGTTCACATGTGCAGGGCTTGGA
TATGGCTGTTACACCACTTTGCAACTCATTCAACTCTATGAATATCGCCGCACGCTGTGG
AGAAATATGGTAGAGGAAGTCCTGGATGCTTGGTCTTCGCAAACCAAAAACTAAAAATAC
TAATTTCTCTGGTTTCATGTTAATCTCTGTAGTGATGATGCTCTTCTTGCTTTTGAAAAA
TTAAAAAGAAGGTTAAATTAATGTATGGTTTGCAATTGCTTAGTTTTTGTTTGGTGCTGT
TTTGGTGATAATTAGGAATCGTGTCCCCTTTTTAACGGT
CC

QA 3 461 3 461
DS 

RD RR3DA17TF 489 0 0
GGGAGGACGAACCCTAATCCCAATCATGCCACCGAATCTGAGAACCCTAGTTGCCAAGTG
CCGTGGAGGGATGCACTCTCTCCTCAGATTCTCTTCAAGCACTGCTTCGAACGCTCCTGA
GATTAAGACTTTGCTGTTGGCTGAGATTACGAACCCTAATCTGTTCACATGTGCAGGGCT
TGGATATGGCTGTTACACCACTTGGCAACTCATTCAACTCTATGAATATCGCCGCACGCT
GTGGAGAAATATGGTAGAGGAAGTCCTGGATGCTTGGTCTTCGCAAACCAAAAACTAAAA
ATACTAATTTCTCTAGTTTCATGTTAATCTCTGTAGTGATGATGCTCTTCTTGCTTTTGA
AAAATTAAAAAGAAGGTTAAATTAATGTATGGTTTGCAATTGCTTAGTTTTTGTTTGGTG
CTGTTTTGGTGATAATTAGGAATCGTGTCCCCTTTTTAACGGTTCGATCTCGGATCCGAT
TAAACCTCC

QA 1 489 1 489
DS 

RD RR3DA17JQ 449 0 0
AGAACCCTAGTTGCCAAGTGCCGTGGAGGGATGCACTCTCTCCTCAGATTCTCTTCAAGC
ACTGCTTCGAACGCTCCTGAGATTAAGACTTTGCTGTTGGCTGAGATTACGAACCCTAAT
CTGTTCACATGTGCAGGGCTTGGATATGGCTGTTACACCACTTGGCAACTCATTCAACTC
TATGAATATCGCCGCACGCTGTGGAGAAATATGGTAGAGGAAGTCCTGGATGCTTGGTCT
TCGCAAACCAAAAACTAAAAATACTAATTTCTCTAGTTTCATGTTAATCTCTGTAGTGAT
GATGCTCTTCTTGCTTTTGAAAAATTAAAAAGAAGGTTAAATTAATGTATGGTTTGCAAT
TGCTTAGTTTTTGTTTGGTGCTGTTTTGGTGATAATTAGGAATCGTGTCCCCTTTTTAAC
GGTTCGATCTCGGATCCGATTAAACCTCC

QA 1 449 1 449
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2484Contig1 825 4 15 U
GTACTGTGGGATGCAAGAACTGGGACTAGCCCTGTCACGAAGGTTGAAAAGGCGCATGAT
GCTGATGTCCATTGTGTTGATTGGAATCCTCATGACGACAATCTCATCCTGACAGGGTCA
GCAGACAACACTGTCCGGCTGTATGATCGTAGGAACCTTACCTCAAATGGAGTTGGTACG
CCTATTTACAAATTTGAGGGCCACAAAGCTGCTGTTCTTTGCGTTCAGTGGTCTCCTGAT
AAGGCATCCGGTTTTGGGAGTTCCGCAGAAGATGGTCTCTTGAACATCTGGGATTATGAC
AGGGTCAGTAAGAAGTCTGATCGTGCAGCTAAAAACCCTGCGGGGCTCTTCTTCCAGCAT
GCTGGTCACAGGGACAAAGTTGTTGATTTCCACTGGAATGCGGCGGACCCGTGGACTATT
GTCAGTGTTTCTGATGACTGTGAGACTACTGGTGGAGGTGGAACATTGCAGATATGGCGG
ATGAGTGACTTGATTTACAGACCGGAAGAGGAAGTTGTGACAGAATTGGAGAAGTTCAAG
TCGCATGTCATGACATGTGCCTCCAAGCCTTGACTGGGTTCAAAGAAATAAGAGAAAACC
CCTTT*CTATCTATCTATCGCCTGTATGGTAAAACTAATGCGGTTTAGTTGTGGGTTTAG
CGAGTAAACTTGGTTTTTGTCAAAACGCTGGTTTGTCTTTTGAGATATTAGTAGATTTTA
GGACCTTTCCAAAATCGTTTTAGGGGTACATGGTCTTTTGGTTCTTGATCCCGGTTTCCT
CCAGACTCTTGAAAGTTCTATTTTGTTTAACTTAGATCTTAACGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3FU91TF U 1
AF RR3GU28TF U 10
AF RR3GU28JQ C 153
AF RR3FU91JQ C 36
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BS 686 700 RR3FU91TF
BS 701 721 RR3GU28TF
BS 722 825 RR3FU91JQ

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GCTGATGTCCATTGTGTTGATTGGAATCCTCATGACGACAATCTCATCCTGACAGGGTCA
GCAGACAACACTGTCCGGCTGTATGATCGTAGGAACCTTACCTCAAATGGAGTTGGTACG
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GCTGGTCACAGGGACAAAGTTGTTGATTTCGACTGGAATGCGGCGGACCCGTGGACTATT
GTCAGTGTTTCTGATGACTGTGAGACTACTGGTGGAGGTGGAACATTGCAGATATGGCGG
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CGAGTAAACTTGGTTTT*GTCAAA*CGCTGGTTTGTCTTT
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DS 

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CATTGTGTTGATTGGAATCCTCATGACGACAATCTCATCCTGACAGGGTCAGCAGACAAC
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AAGAAGTCTGATCGTGCAGCTAAAAACCCTGCGGGTCTCTTCTTCCAGCATGCTGGTCAC
AGGGACAAAGTTGTTGATTTCCACTGGAATGCGGCGGACCCGTGGACTATTGTCAGTGTT
TCTGATGACTGTGAGACTACTGGTGGAGGTGGAACATTGCAGATATGGCGGATGAGTGAC
TTGATTTACAGACCGGAAGAGGAAGTTGTGACAGAATTGGAGAAGTTCAAGTCGCATGTC
ATGACATGTGCCTCCAAGCCTTGACTGGGTTCAAATAAATAAGAGAAAACCCCTTTTCTA
TCTATCTATCGCCTGTTTGGTAAAACTAATGCGGTTTAGTTGTGGGTTTAGCGAGTAAAC
TTGTTTTTTGTGAAAACGCTGGTTTGTCTTTTGAGATATTAGTAGATTTTAG
ACCTCTCC

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DS 

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AGTTGTGACAGAATTGGAGAAGTTCAAGTCGCATGTCATGACATGTGCCTCCAAGCCTTG
ACTGGGTTCAAATAAATAAGAGAAAACCCCTTT*CTATCTATCTATCGCCTGTTTGGTAA
AACTAATGCGGTTTAGTTGTGGGTTTAGCGAGTAAACTTGTTTTTTGTGAAAACGCTGGT
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GACCTCTCC

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DS 

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CGACAATCTCATCCTGACAGGGTCAGCAGACAACACTGTCCGGCTGTATGATCGTAGGAA
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TCTTTGCGTTCAGTGGTCTCCTGATAAGGCATCTGTTTTTGGGAGTTCCGCAGAAGATGG
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AGGTGGAACATTGCAGATATGGCGGATGAGTGACTTGATTTACAGACCGGAAGAGGAAGT
TGTGACAGAATTGGAGAAGTTCAAGTCGCATGTCATGACATGTGCCTCCAAGCCTTGACT
GGGTTCAAAGAAATAAGAGAAAACCCCTTT*CTATCTATCTATCGCCTGTATGGTAAAAC
TAATGCGGTTTAGTTGTGGGTTTAGCGAGTAAACTTGGTTTTTGTCAAAACGCTGGTTTG
TCTTTTGAGATATTACTAGATTTTAGGACCTTTCCAAAATCGTTTTAGGGGTACATGGTC
TTTTGGTTCTTGATCCCGGTTTCCTCCAGACTCTTGAAAGTTCTATTTTGTTTAACTTAG
ATCTTAACGG

QA 1 790 1 790
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2486Contig1 1243 4 4 U
GGCCCTCGACGCAGAACGAAAAAGAGAGAAAACACCGTGCGACGACGACGAAGAAGATTC
TCTAATCTCTTCGTGTTAGGTTTAGCTCTTTTGACAAAAAAGGGGAATTAGTGAAGAGTG
ATGCGATTTTCTTCACCAGGCGGTGTTTGATTCGCTTATCGATTTGTTTAGTGTAAAACC
ATATTATATAAATAGACTCTAGAAATGATGATGATGATGGGTTTCGAGATCTCCGATGAG
TTTCTGGGAACGTTCGTGCCGATTTTGGTGTATTGGGTGTATTCAGGGATGTACATTTGC
TTAGGATCTTTGGAGAGGTATCGATTGCATTCCAAGGTGGACGAGGACGAGAAGAATCTC
GTCACTAAATCCGCCGTCGTCAAGGGCGTCCTCCTTCAGCAGGCTCTCCAGGCCATCATC
TCCGTTATCCTCTTCAAGATAACAGGAAGTGATGACCCAGATGCGTCTACGACGCAGCAA
TTCTCCCTT*CTACTTCTCGCTAGGCAGTTCATCATCGCCATGCTCGTTATCGACACTTG
GCAATACTTCATCCATCGCTACATGCACATCAACAAGTTCTTATACAAGCACATCCACTC
TCAGCACCACCGCCTCATCGTTCCCTATTCATACGGAGCTTTATACAACCATCCTTTAGA
AGGCCTTCTCTTGGACACCGTTGGTGGTGCTCTGTCTTTCCTCTTCTCCGGTATGTCCCC
GAGAACCGCCATCTTTTTCTTCTCCTTCGCCACCATCAAGACGGTTGATGATCACTGTGG
ACTCTGGCTCCCCGGGAACCCCTTTCACATCTTCTTCACTAATAACTCTGCTTACCATGG
TGTTCATCATCAGCTCTATGGAACCAAATACAATTTCTCCCAGCCCTTCTTTGTCGTGTG
GGATAGGATTCTCGGTACTTACTTGCCTTATTCGCTTGACAAGAGAGCCACTGGAGGGTT
TGAGACACGGCCTATCAAAGCGTCCAAAGATGAGTAACTTTTCTTCTTCTTTTTTTTTGG
TGTTTCTTTATCACTGCTTTTACGTTACTTCATCATTTACTTGCTAGAGAACCATTGTAA
CCTTTCTGTGTACTTGTAACTGTGTACATACAATTCCAGTCTCTCCTTTTCGATCTGCCG
GCTTATGTGTAAGCTAGCTCTAAATTCATTTTGTATTATCCAAAACTTCAGATATTGGAT
CTGCTTACAGTTTCAGATTATGAGACTTGTGAGGGTCTCGTTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3BC31TF U 1
AF RR3A789TF U 1
AF RR3A789JQ C 383
AF RR3BC31JQ C 397
BS 1 661 RR3A789TF
BS 662 662 RR3A789JQ
BS 663 745 RR3A789TF
BS 746 1243 RR3A789JQ

RD RR3BC31TF 658 0 0
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TCTAATCTCTTCGTGTTAGGTTTAGCTCTTTTGACAAAAAAGGGGAATTAGTGAAGAGTG
ATGCGATTTTCTTCACCAGGCGGTGTTTGATTCGCTTATCGATTTGTTTAGTGTAAAACC
ATATTATATAAATAGACTCTAGAAATGATGATGATGATGGGTTTCGAGATCTCCGATGAG
TTTCTGGGAACGTTCGTGCCGATTTTGGTGTATTGGGTGTATTCAGGGATGTACATTTGC
TTAGGATCTTTGGAGAGGTATCGATTGCATTCCAAGGTGGACGAGGACGAGAAGAATCTC
GTCACTAAATCCGCCGTCGTCAAGGGCGTCCTCCTTCAGCAGGCTCTCCAGGCCATCATC
TCCGTTATCCTCTTCAAGATAACAGGAAGTGATGACCCAGATGCGTCTACGACGCAGCAA
TTCTCCCTT*CTACTTCTCGCTAGGCAGTTCATCATCGCCATGCTCGTTATCGACACTTG
GCAATACTTCATCCATCGCTACATGCACATCAACAAGTTCTTATACAAGCACATCCACTC
TCAGCACCACCGCCTCATCGTTCCCTATTCATACGGAGCTTTATACAACCATCCTTTA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3A789TF 745 0 0
GGCCCTCGACGCAGAACGAAAAAGAGAGAAAACACCGTGCGACGACGACGAAGAAGATTC
TCTAATCTCTTCGTGTTAGGTTTAGCTCTTTTGACAAAAAAGGGGAATTAGTGAAGAGTG
ATGCGATTTTCTTCACCAGGCGGTGTTTGATTCGCTTATCGATTTGTTTAGTGTAAAACC
ATATTATATAAATAGACTCTAGAAATGATGATGATGATGGGTTTCGAGATCTCCGATGAG
TTTCTGGGAACGTTCGTGCCGATTTTGGTGTATTGGGTGTATTCAGGGATGTACATTTGC
TTAGGATCTTTGGAGAGGTATCGATTGCATTCCAAGGTGGACGAGGACGAGAAGAATCTC
GTCACTAAATCCGCCGTCGTCAAGGGCGTCCTCCTTCAGCAGGCTCTCCAGGCCATCATC
TCCGTTATCCTCTTCAAGATAACAGGAAGTGATGACCCAGATGCGTCTACGACGCAGCAA
TTCTCCCTT*CTACTTCTCGCTAGGCAGTTCATCATCGCCATGCTCGTTATCGACACTTG
GCAATACTTCATCCATCGCTACATGCACATCAACAAGTTCTTATACAAGCACATCCACTC
TCAGCACCACCGCCTCATCGTTCCCTATTCATACGGAGCTTTATACAACCATCCTTTAGA
ACGCCTTCTCTTGGACACCGTTGGTGGTGCTCTGTCTTTCCTCTTCTCCGGTATGTCCCC
GAGAACCGCCATCTTTTTCTTCTCC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3A789JQ 861 0 0
AGGGCGTCCTC*TTCAGCAGGCTCTCCAGGCCATCATCTCCGTTATCCTCTTCAAGATAA
CAGGAAGTGATGACCCAGATGCGTCTACGACGCAGCAATTCTCCCTTTCTACTTCTCGCT
AGGCAGTTCATCATCGCCATGCTCGTTATCGACACTTGGCAATACTTCATCCATCGCTAC
ATGCACATCAACAAGTTCTTATACAAGCACATCCACTCTCAGCACCACCGCCTCATCGTT
CCCTATTCATACGGAGCTTTATACAACCATCCTTTAGAAGGCCTTCTCTTGGACACCGTT
GGTGGTGCTCTGTCTTTCCTCTTCTCCGGTATGTCCCCGAGAACCGCCATCTTTTTCTTC
TCCTTCGCCACCATCAAGACGGTTGATGATCACTGTGGACTCTGGCTCCCCGGGAACCCC
TTTCACATCTTCTTCACTAATAACTCTGCTTACCATGGTGTTCATCATCAGCTCTATGGA
ACCAAATACAATTTCTCCCAGCCCTTCTTTGTCGTGTGGGATAGGATTCTCGGTACTTAC
TTGCCTTATTCGCTTGACAAGAGAGCCACTGGAGGGTTTGAGACACGGCCTATCAAAGCG
TCCAAAGATGAGTAACTTTTCTTCTTCTTTTTTTTTGGTGTTTCTTTATCACTGCTTTTA
CGTTACTTCATCATTTACTTGCTAGAGAACCATTGTAACCTTTCTGTGTACTTGTAACTG
TGTACATACAATTCCAGTCTCTCCTTTTCGATCTGCCGGCTTATGTGTAAGCTAGCTCTA
AATTCATTTTGTATTATCCAAAACTTCAGATATTGGATCTGCTTACAGTTTCAGATTATG
AGACTTGTGAGGGTCTCGTTT

QA 1 861 1 861
DS 

RD RR3BC31JQ 847 0 0
CAGCAGGCTCTCCAGGCCATCATCTCCGTTATCCTCTTCAAGATAACAGGAAGTGATGAC
CCAGATGCGTCTACGACGCAGCAATTCTCCCTT*CTACTTCTCGCTAGGCAGTTCATCAT
CGCCATGCTCGTTATCGACACTTGGCAATACTTCATCCATCGCTACATGCACATCAACAA
GTTCTTATACAAGCACATCCACTCTCAGCACCACCGCCTCATCGTTCCCTATTCATACGG
AGCTTTATACAACCATCCTTTAGAAGGCCTTCTCTTGGACACCGTTGGTGGTGCTCTGTC
TTTCCTCTTCTCCGGTATGTCCCCGAGAACCGCCATCTTTTTCTTCTCCTTCGCCACCAT
CAAGACGGTTGATGATCACTGTGGACTCTGGCTCCCCGGGAACCCCTTTCACATCTTCTT
CACTAATAACTCTGCTTACCATGGTGTTCATCATCAGCTCTATGGAACCAAATACAATTT
CTCCCAGCCCTTCTTTGTCGTGTGGGATAGGATTCTCGGTACTTACTTGCCTTATTCGCT
TGACAAGAGAGCCACTGGAGGGTTTGAGACACGGCCTATCAAAGCGTCCAAAGATGAGTA
ACTTTTCTTCTTCTTTTTTTTTGGTGTTTCTTTATCACTGCTTTTACGTTACTTCATCAT
TTACTTGCTAGAGAACCATTGTAACCTTTCTGTGTACTTGTAACTGTGTACATACAATTC
CAGTCTCTCCTTTTCGATCTGCCGGCTTATGTGTAAGCTAGCTCTAAATTCATTTTGTAT
TATCCAAAACTTCAGATATTGGATCTGCTTACAGTTTCAGATTATGAGACTTGTGAGGGT
CTCGTTT

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 3

CO CL2487Contig1 700 3 2 U
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ATATCATCAAGTTCCTCAAGACAAATACAAAGAATACAAAACATGCACACTTGTCTTATT
ATTACCCAACCAAACAAATAACAACATCCTACACTCAAGCACCCATCGGAAGGAAGGAGC
AGAGGTGGCAACCCCAAACAAACAGATGAGAGCAATTGAGACATTCCACACACGAAAAAA
AAATTAATCATCAGCTGACGTTTGTTCTGTTTCTCATTCTGCTCTGGACTGACCAGCTCG
AGAGGATAAGATAATGCCTACAATGAGACCATAGAGAGCAAGTGCTTCCACAAAGATGAG
GATAAGAATCATCCCCACGAAAAGCTTAGGCTGCTGAGCATTTGCCCTGACTCCAGCATC
TCCGACGATTCCAATGGCCATTCCAACCGAGAGACCAGCGAGACCACAAGCAAGACCAGA
GGAGAGGTGCGCGTATCCATCAAAGAGGTAGTAAGACTTAGCCTTTGGGTTGATACCGGT
ACTGATGATAACAGCGATGATGAGTCCATAGATACCCAACACACCAGCCATAACCACGGG
GACAATGGACTTCATCACCAACTCAGGTCTCATAACTCCCATGGAAGCCACACCAACACC
ACTCTTCGCCGTTCCATAAGCAGCTCCCATACAGGAGAAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET93JQ U 1
AF RR3ET93TF C 1
AF RR3E690JQ U 30
BS 1 441 RR3ET93JQ
BS 442 700 RR3E690JQ

RD RR3ET93JQ 448 0 0
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ATATCATCAAGTTCCTCAAGACAAATACAAAGAATACAAAACATGCACACTTGTCTTATT
ATTACCCAACCAAACAAATAACAACATCCTACACTCAAGCACCCATCGGAAGGAAGGAGC
AGAGGTGGCAACCCCAAACAAACAGATGAGAGCAATTGAGACATTCCACACACGAAAAAA
AAATTAATCATCAGCTGACGTTTGTTCTGTTTCTCATTCTGCTCTGGACTGACCAGCTCG
AGAGGATAAGATAATGCCTACAATGAGACCATAGAGAGCAAGTGCTTCCACAAAGATGAG
GATAAGAATCATCCCCACGAAAAGCTTAGGCTGCTGAGCATTTGCCCTGACTCCAGCATC
TCCGACGATTCCAATGGCCAT
CCAGCCC

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR3ET93TF 448 0 0
GGATGAATATCATAACAACACTCGAAGATGGTTTCAGAAGCAAACTTCTTTACAAACAAA
ATATCATCAAGTTCCTCAAGACAAATACAAAGAATACAAAACATGCACACTTGTCTTATT
ATTACCCAACCAAACAAATAACAACATCCTACACTCAAGCACCCATCGGAAGGAAGGAGC
AGAGGTGGCAACCCCAAACAAACAGATGAGAGCAATTGAGACATTCCACACACGAAAAAA
AAATTAATCATCAGCTGACGTTTGTTCTGTTTCTCATTCTGCTCTGGACTGACCAGCTCG
AGAGGATAAGATAATGCCTACAATGAGACCATAGAGAGCAAGTGCTTCCACAAAGATGAG
GATAAGAATCATCCCCACGAAAAGCTTAGGCTGCTGAGCATTTGCCCTGACTCCAGCATC
TCCGACGATTCCAATGGCCAT
CCAGCCC

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR3E690JQ 671 0 0
GC
TTTCAGAAGCAAACTTCTTTACAAACAAAATATCATCAAGTTCCTCAAGACAAATACAAA
GAATGCAAAACATGCACACTTGTCTTATTATTACCCAACCAAACAAATAACAACA**CTA
CACTCAAGCACCCATCGGAAGGAAGGAGCAGAGGTGGCAACCCCAAACAAACAGATGAGA
GCAATTGAGACATTCCACACACGAAAAAAAAATTAATCATCAGCTGACGTTTGTTCTGTT
TCTCATTCTGCTCTGGACTGACCAGCTCGAGAGGATAAGATAATGCCTACAATGAGACCA
TAGAGAGCAAGTGCTTCCGCAAAGATGAGGATAAAAATCATCCCCACGAAAAGCTTAGGC
TGCTGAGCATTTGCCCTGACTCCAGCATCTCCGACGATTCCAATGGCCATTCCAACCGAG
AGACCAGCGAGACCACAAGCAAGACCAGAGGAGAGGTGCGCGTATCCATCAAAGAGGTAG
TAAGACTTAGCCTTTGGGTTGATACCGGTACTGATGATAACAGCGATGATGAGTCCATAG
ATACCCAACACACCAGCCATAACCACGGGGACAATGGACTTCATCACCAACTCAGGTCTC
ATAACTCCCATGGAAGCCACACCAACACCACTCTTCGCCGTTCCATAAGCAGCTCCCATA
CAGGAGAAG

QA 3 671 3 671
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2489Contig1 432 4 1 U
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ATGGTTACTACCCTGTTTCAGGGGTGATGAGTTCTAACAGTTTGTCGTACTCTCCTGTTA
TGGATCCAATGATGGTGATGGTTGGAGAAATGGTAGCGACGAGGCTGTTTGGAACCAGAG
TTATGGATAGGTTCACGTATCCGGACACTTACAATCTGGCAGAGACTAGCTGCCCGAGGA
TGAGAAGACAGATAATGAAAGCCGATAAATCATTGGGAAGAATCTTCTTGTTTTTAATAT
GTTGTGTGGCTCTGTGTCTTGTACTGTTTTAGAGTTCTTCTCCTCACTAGCTTTGTCTTG
CTCTTGTGAGGAAACTTAGACAAAGAATGTACATTTGTGTTGGTAGATGAAAGTTGCTTA
ATGTTGAGTGAG


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3GS10JQ C 1
AF RR3H117JQ C 1
AF RR3GS10TF U 1
AF RR3H117TF U 1
BS 1 432 RR3GS10TF

RD RR3GS10JQ 432 0 0
GGGCGAACTCAAGTACCGATGTTCGGTTATCTCAACGGGTTCATTTCAATAACCGGCATG
ATGGTTACTACCCTGTTTCAGGGGTGATGAGTTCTAACAGTTTGTCGTACTCTCCTGTTA
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TTATGGATAGGTTCACGTATCCGGACACTTACAATCTGGCAGAGACTAGCTGCCCGAGGA
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GTTGTGTGGCTCTGTGTCTTGTACTGTTTTAGAGTTCTTCTCCTCACTAGCTTTGTCTTG
CTCTTGTGAGGAAACTTAGACAAAGAATGTACATTTGTGTTGGTAGATGAAAGTTGCTTA
ATGTTGAGTGAG

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR3H117JQ 432 0 0
GGGCGAACTCAAGTACCGATGTTCGGTTATCTCAACGGGTTCATTTCAATAACCGGCATG
ATGGTTACTACCCTGTTTCAGGGGTGATGAGTTCTAACAGTTTGTCGTACTCTCCTGTTA
TGGATCCAATGATGGTGATGGTTGGAGAAATGGTAGCGACGAGGCTGTTTGGAACCAGAG
TTATGGATAGGTTCACGTATCCGGACACTTACAATCTGGCAGAGACTAGCTGCCCGAGGA
TGAGAAGACAGATAATGAAAGCCGATAAATCATTGGGAAGAATCTTCTTGTTTTTAATAT
GTTGTGTGGCTCTGTGTCTTGTACTGTTTTAGAGTTCTTCTCCTCACTAGCTTTGTCTTG
CTCTTGTGAGGAAACTTAGACAAAGAATGTACATTTGTGTTGGTAGATGAAAGTTGCTTA
ATGTTGAGTGAG

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR3GS10TF 432 0 0
GGGCGAACTCAAGTACCGATGTTCGGTTATCTCAACGGGTTCATTTCAATAACCGGCATG
ATGGTTACTACCCTGTTTCAGGGGTGATGAGTTCTAACAGTTTGTCGTACTCTCCTGTTA
TGGATCCAATGATGGTGATGGTTGGAGAAATGGTAGCGACGAGGCTGTTTGGAACCAGAG
TTATGGATAGGTTCACGTATCCGGACACTTACAATCTGGCAGAGACTAGCTGCCCGAGGA
TGAGAAGACAGATAATGAAAGCCGATAAATCATTGGGAAGAATCTTCTTGTTTTTAATAT
GTTGTGTGGCTCTGTGTCTTGTACTGTTTTAGAGTTCTTCTCCTCACTAGCTTTGTCTTG
CTCTTGTGAGGAAACTTAGACAAAGAATGTACATTTGTGTTGGTAGATGAAAGTTGCTTA
ATGTTGAGTGAG

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR3H117TF 432 0 0
GGGCGAACTCAAGTACCGATGTTCGGTTATCTCAACGGGTTCATTTCAATAACCGGCATG
ATGGTTACTACCCTGTTTCAGGGGTGATGAGTTCTAACAGTTTGTCGTACTCTCCTGTTA
TGGATCCAATGATGGTGATGGTTGGAGAAATGGTAGCGACGAGGCTGTTTGGAACCAGAG
TTATGGATAGGTTCACGTATCCGGACACTTACAATCTGGCAGAGACTAGCTGCCCGAGGA
TGAGAAGACAGATAATGAAAGCCGATAAATCATTGGGAAGAATCTTCTTGTTTTTAATAT
GTTGTGTGGCTCTGTGTCTTGTACTGTTTTAGAGTTCTTCTCCTCACTAGCTTTGTCTTG
CTCTTGTGAGGAAACTTAGACAAAGAATGTACATTTGTGTTGGTAGATGAAAGTTGCTTA
ATGTTGAGTGAG

QA 1 432 1 432
DS 



AS 1 3

CO CL2490Contig1 1334 3 39 U
GGGCTGTGATCTCTCTGTCTCTCTCTTATCCGAAAGAATCGATCTTTCGAAGTGGGTTCT
CTTTGCTTGCTACTCTCGATATGGGTTCGTCTGTGGAGCAGAGCATTTTGTCACTGGTGG
CTGGATTCATCGGGACTCATACCGTCGTTCAGCTCCTGAAAGAAGGTTTCAAAGTCTCGA
TCATCGATAACCTCGACAACTCTGTTATAGAAGCCGTCGACAGGGTTAGGGAGCTCGTTG
GTCCTCATCTCTCCAAGAAGCTCAACTTTACTCAGGGTGATCTAAGAAACAAAGGTGATA
TTGAGAAACTCTTCTCCAAACAGAGGTTTGATGCTGTGATCCATTTCGCGGGTCTTAAAG
CTGTGGGTGAAAGTGTTGCCAACCCTCGCCGCTACTTTGACAACAACTTGGTTGGAACTA
TCAATCTCTACGAGACCATGGCCAAGCACAACTGCAAAAACATGGTGTTCTCATCATCTG
CAACTGTGTATGGACAACCTGAGAAGATTCCATGCATGGAAGACTTTGAGTTGAAGGCTA
TGAACCCTTACGGTCGTACTAAGCTCTTTCTTGAAGAGATAGCTAGAGATATCCAGGCGG
CTGAACCAGAGTGGAGAATCGTGCTGCTGAGGTACTTCAATCCCGTGGGAGCACACGAGA
GTGGCAGAATCGGAGAGGATCCAAAGGGTATCCCCAATAACCTCATGCCTTACATACAGC
AAGTAGCTGTTGGACGCCTACCTGAACTCAACGTCTATGGACATGACTATCCTACAGAGG
ATGGCAGTGCGGTGAGGGACTACATCCATGTGATGGATTTGGCAGATGGACATATCGCGG
CGCTAAGGAAGCTATTTGATGATCCAAAGATTGGCTCTACTGCTTACAATCTAGGGACTG
GACGAGGAACGTCTGTGTTAGAAATGGTTACTGCTTTTGAGAAAGCTTCTGGCAAGAAAA
TACCAATCAAGCTTTGTCCGAGAAGGCCAGGAGATGCAACGGCAGTTTATGCTTCGACAG
AAAGAGCTGAGAAAGAACTTGGCTGGAAGGCAAAGTATGGAGTGGACGAGATGTGCAGAG
ACCAGTGGAATTGGGCAAACAACAATCCATGGGGTTACCAGAAGAAGCATTGACTTTTCA
CTCTTTCTCTGATTCACTCAATATACAAAGAAAAGTGTTACATACACACATCATATAGTT
TGCTTTGCTTCCCATGTAACGAACGGGTCTTGTTACTTCTATGAATAACACAGAAGATTT
ATTTCTATATAACGATGATTTGTATCAAAAAGATCAAGAAAGCATACTCAAAAAGCTTTT
GTTCAGTCTACCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FK04TF U 1
AF RR3BQ61TF U 174
AF RR3FK04JQ C 552
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BS 552 619 RR3FK04TF
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BS 910 922 RR3BQ61TF
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BS 930 930 RR3FK04JQ
BS 931 937 RR3BQ61TF
BS 938 1334 RR3FK04JQ

RD RR3FK04TF 619 0 0
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CTTTGCTTGCTACTCTCGATATGGGTTCGTCTGTGGAGCAGAGCATTTTGTCACTGGTGG
CTGGATTCATCGGGACTCATACCGTCGTTCAGCTCCTGAAAGAAGGTTTCAAAGTCTCGA
TCATCGATAACCTCGACAACTCTGTTATAGAAGCGGTCGATAGGGTTAGGGAGCTCGTTG
GTCCTCATCTCTCCAAGAAGCTCGACTTTATTCAGGGTGATCTAAGAAACAAAGGTGATA
TTGAGAGACTCTTCTCCAAACAGAGGTTTGATGCTGTGATCCATTTCGCGGGTCTTAAAG
CTGTGGGTGAGAGTGTTGCCAACCCTCGCCGCTACTTTGACAACAACTTGGTTGGAACTA
TCAATCTTTACGAGACCATGGCCAAGCACAACTGCAAAAACATGGTGTTCTCATCATCTG
CAACTGTGTATGGACAACCTGAGAAGATTCCATGTATGGAAGACTTTGAGTTGAAGGCTA
TGAACCCTTATGGTCGTACTAAGCTCTTTCTTGAAGAGATAGCTAGAGATATCCAGGCGG
CTGAACCAGAGTGGAGAAT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3BQ61TF 781 0 0
GTCTCGATCATCGATAACCTCGACAACTCTGTTATCGAAGCCGTCGACAGGGTTAGGGAG
CTCGTTGGTCCTCATCTCTCCAAGAAGCTCAACTTTACTCAGGGTGATCTAAGAAACAAA
GGTGATATTGAGAAACTCTTCTCCAAACAGAGGTTTGATGCTGTGATCCATTTCGCGGGT
CTTAAAGCTGTGGGTGAAAGTGTTGCCAACCCTCGCCGCTACTTTGACAACAACTTGGTT
GGAACTATCAATCTCTACGAGACCATGGCCAAGCACAACTGCAAAAACATGGTGTTTTCA
TCGTCTGCGACTGTGTATGGACAACCTGAGAAGATTCCATGCATGGAAGACTTTGAGTTG
AAGGCTATGAATCCTTACGGTCGTACTAAGCTCTTTCTTGAAGACATAGCTAGAGATATC
CAGGCGGCTGAACCAGAGTGGAGAATCGTGCTGCTGAGGTACTTCAATCCCGTGGGAGCA
CACGAGAGTGGCAGAATCGGCGAGGATCCAAAGGGTATCCCCAATAACCTCATGCCTTAC
ATACAGCAAGTAGCTGTTGGACGCCTACCTGAACTCAACGTCTATGGACATGACTATCCT
ACCGAGGATGGCAGTGCGGTGAGGGACTACATCCATGTGATGGATTTGGCTGATGGACAT
ATCGCTGCGCTAAG*AAGCTATTTGATGATCCAAAGATTGGCTGTACTGCTTACAATCTA
GGGACTGGACGAGGA*CGTCTGTGTTAGAGATGGTTGCTGCTTT
GAGAAGCTTCTGGCAGA

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3FK04JQ 783 0 0
GGTCGTACTAAGCTCTTTCTTGAAGAGATAGCTAGAGATATCCAGGCGGCTGAACCAGAG
TGGAGAATTGTGCTGCTGAGGTACTTCAATCCCGTGGGAGCGCACGAGAGTGGCAGAATT
GGAGAGGATCCAAAGGGTATCCCCAATAACCTCATGCCTTACATACAGCAAGTAGCTGTT
GGACGTCTACCTGAACTCAACGTCTATGGACATGACTATCCTACAGAGGATGGTAGTGCG
GTGAGGGACTACATCCATGTGATGGATTTGGCAGATGGACATATCGCGGCGCTAAGGAAG
CTATTTGATGATCCAAAGATTGGCTCTACTGCTTACAATCTAGGGACTGGACGAGGAACG
TCTGTGTTAGAAATGGTTACTGCTTTTGAGAAAGCTTCTGGCAAGAAAATACCAATCAAG
CTTTGTCCGAGAAGGCCAGGAGATGCAACGGCAGTTTATGCTTCGACAGAAAGAGCTGAG
AAAGAACTTGGCTGGAAGGCAAAGTATGGAGTGGACGAGATGTGCAGAGACCAGTGGAAT
TGGGCAAACAACAATCCATGGGGTTACCAGAAGAAGCATTGACTTTTCACTCTTTCTCTG
ATTCACTCAATATACAAAGAAAAGTGTTACATACACACATCATATAGTTTGCTTTGCTTC
CCATGTAACGAACGGGTCTTGTTACTTCTATGAATAACACAGAAGATTTATTTCTATATA
ACGATGATTTGTATCAAAAAGATCAAGAAAGCATACTCAAAAAGCTTTTGTTCAGTCTAC
CAG

QA 1 783 1 783
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL2492Contig1 766 2 6 U
GGGAATTTCAAACTCAAATCCTTGTGGAGGTTCTCTCGTCTCCGCCTTAAATCCTTCTTC
TTCTCCGTTATCGAACCACTCTGGTCCTCTCGCTCATCCAGGTTTGGATTACAATGTTTG
GTTTGAAGAAGCCCCTGGAAAGACGACTCCCCAAGCAAAATAAGCCTTCTCCTTCTGCTT
CCAATCCTTTTGATTCAGATGACGAGTTTGATGATGATATTAAACACACCTTGAAGCCAT
CTAACAAGATCTCCCCTCAGCCTTCTCTACCTACCAAGAAGAAGAGTCACAGCTTCAACC
CTTTTGATGATGATGATCAGGAGGGGGTTGAGAAAAGATTCACTTCATCATCGAGTTCGA
ACCCCTCTTTCAAGAATCATTTCCGTGATTCGGGTGGTGTTGAGAACCAGTCGGTTGAAC
AACTCGAGAGCTACGCTGTGTACAAGTCTGAGGAGACAACCAAGACGGTGCAAGGGTGTT
TGAAAGTAGCGGAAGGGATGAGATCAGAGGCTACCAGAACTTTGGTCATGTTGAATGAGC
AAGGCGAGAAAATCACGAGGACTCACCTCAAGGCTGTTGACATCGATCGTGATCTCAGTC
GGGGTGAGAAACTTCTTGGTAGCCTCGGAGGCATTTTTTCAAGGACTTGGAAGCCTAAAA
GACTCGCTCCATTACCGGTCCTGTCATAACTAGAGTGATCCCCTAAGAGAGAGTTAACAA
CCTGGAGACAGGGAAAGATGGGACCGAACCATCTACCAAACACATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DQ04TF U 1
AF RR3GJ63TF U 8
BS 1 183 RR3DQ04TF
BS 184 184 RR3GJ63TF
BS 185 208 RR3DQ04TF
BS 209 209 RR3GJ63TF
BS 210 290 RR3DQ04TF
BS 291 766 RR3GJ63TF

RD RR3DQ04TF 290 0 0
GGGAATTTCAAACTCAAATCCTTGTGGAGGTTCTCTCGTCTCCGCCTTAAATCCTTCTTC
TTCTCCGTTATCGAACCACTCTGGTCCTCTCGCTCATCCAGGTTTGGATTACAATGTTTG
GTTTGAAGAAGCCCCTGGAAAGACGACTCCCCAAGCAAAATAAGCCTTCTCCTTCTGCTT
CCA*TCCTTTTGATTCAGATGACGAGTT*GATGATGATATTAAACACACCTTGAAGCCAT
CTAACAAGATCTCCCCTCAGCCTTCTCTACCTACCAAGAAGAAGAGTCAC

QA 1 290 1 290
DS 

RD RR3GJ63TF 759 0 0
GG
AAACTCAAATCCTTGTGGAGGTTCTCTCGTCTCCGCCTTAAATCCTTCTTCTTCTCCGTT
ATCGAACCACTCTGGTCCTCTCGCTCATCCAGGTTTGGATTACAATGTTTGGTTTGAAGA
AGCCCCTGGAAAGACGACTCCCCAAGCAAAATAAGCCTTCTCCTTCTGCTTCCAATCCTT
TTGATTCAGATGACGAGTTTGATGATGATATTAAACACACCTTGAAGCCATCTAACAAGA
TCTCCCCTCAGCCTTCTCTACCTACCAAGAAGAAGAGTCACAGCTTCAACCCTTTTGATG
ATGATGATCAGGAGGGGGTTGAGAAAAGATTCACTTCATCATCGAGTTCGAACCCCTCTT
TCAAGAATCATTTCCGTGATTCGGGTGGTGTTGAGAACCAGTCGGTTGAACAACTCGAGA
GCTACGCTGTGTACAAGTCTGAGGAGACAACCAAGACGGTGCAAGGGTGTTTGAAAGTAG
CGGAAGGGATGAGATCAGAGGCTACCAGAACTTTGGTCATGTTGAATGAGCAAGGCGAGA
AAATCACGAGGACTCACCTCAAGGCTGTTGACATCGATCGTGATCTCAGTCGGGGTGAGA
AACTTCTTGGTAGCCTCGGAGGCATTTTTTCAAGGACTTGGAAGCCTAAAAGACTCGCTC
CATTACCGGTCCTGTCATAACTAGAGTGATCCCCTAAGAGAGAGTTAACAACCTGGAGAC
AGGGAAAGATGGGACCGAACCATCTACCAAACACATT

QA 3 759 3 759
DS 



AS 1 4

CO CL2493Contig1 444 4 10 U
GGGTACATAAAATCTCTAAGCTCTTTCATCAAAACAAGAATGGTGTGCAGGGCAGAAGAA
GCTTTGAAGCAGAGAGAGAACCTAAAGAGGTGTAAACGAGATCGTGATCGCCAAAAGAAG
AAGGTGCAATCGATCACAGATTGCAACAAAGAGAAAAGTTGCAGATTCAAGCGAAGCACT
TCTAATCTCGACCAGGACGGCGCTTCCTCAGCCATATTTTTCCTCGCTTGCATTGCCTGC
TCATCCTTCTCCAATAATCTCTAAGTATATTCTTAGCTGTAACAGCATCCACAATTAATT
ACTTTTCAGACAACGTTTCTTAATTAAATTGTAGTTCTTCTATTTGATTCTGTTGTTACC
TTATCCTGTGTTAATTTTCTTATTTTTTATTTTCATATTTTAATAGTACAGATGTTTGAA
CAAAACTTGGAGTGAACTTTTAAG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GS41TF U 1
AF RR3B426TF U 3
AF RR3BJ83JQ C 13
AF RR3BJ83TF U 13
BS 1 50 RR3GS41TF
BS 51 51 RR3BJ83TF
BS 52 97 RR3GS41TF
BS 98 98 RR3BJ83TF
BS 99 103 RR3GS41TF
BS 104 104 RR3BJ83TF
BS 105 307 RR3GS41TF
BS 308 308 RR3B426TF
BS 309 418 RR3GS41TF
BS 419 444 RR3BJ83TF

RD RR3GS41TF 418 0 0
GGGTACATAAAATCTCTAAGCTCTTTCATCAAAACAAGAATGGTGTGCAGAGCAGAAGAA
GCTTTGAAGCAGAGAGAGAACCTAAAGAGGTGTAAACAAGATCATGATCGCCAAAAGAAG
AAGGTGCAATCGATCACAGATTGCAACAAAGAGAAAAGTTGCAGATTCAAGCGAAGCACT
TCTAATCTCGACCAGGACGGCGCTTCCTCAGCCATATTTTTCCTCGCTTGCATTGCCTGC
TCATCCTTCTCCAATAATCTCTAAGTATATTCTTAGCTGTAACAGCATCCACAATTAATT
ACTTTTCTGACAACGTTTCTTAATTAAATTGTAGTTCTTCTATTTGATTCTGTTGTTACC
TTATCCTGTGTTAATTTTCTTATTTTTTATTTTCATATTTTAATAGTACAGATGTTTG

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR3B426TF 418 0 0
GG
ACATAAAATCTCTAAGCTCTTTCATCAAAACAAGAATGGTGTGCAGAGCAGAAGAAGCTT
TGAAGCAGAGAGAGAACCTAAAGAGGTGTAAACAAGATCATGATCGCCAAAAGAAGAAGG
TGCAATCGATCACAGATTGCAACAAAGAGAAAAGTTGCAGATTCAAGCGAAGCACTTCTA
ATCTCGACCAGGACGGCGCTTCCTCAGCCATATTTTTCCTCGCTTGCATTGCCTGCTCAT
CCTTCTCCAATAATCTCTAAGTATATTCTTAGCTGTAACAGCATCCACAATTAATTACTT
TTCAGACAACGTTTCTTAATTAAATTGTAGTTCTTCTATTTGATTCTGTTGTTACCTTAT
CCTGTGTTAATTTTCTTATTTTTTATTTTCATATTTTAATAGTACAGATGTTTG
AA

QA 3 416 3 416
DS 

RD RR3BJ83JQ 432 0 0
GCTT
TAAGCTCTTTCATCAAAACAAGAATGGTGTGCAGGGCAGAAGAAGCTTTGAAGCAGAGAG
AGAACCTAAAGAGGTGTAAACGAGATCGTGATCGCCAAAAGAAGAAGGTGCAATCGATCA
CAGATTGCAACAAAGAGAAAAGTTGCAGATTCAAGCGAAGCACTTCTAATCTCGACCAGG
ACGGCGCTTCCTCAGCCATATTTTTCCTCGCTTGCATTGCCTGCTCATCCTTCTCCAATA
ATCTCTAAGTATATTCTTAGCTGTAACAGCATCCACAATTAATTACTTTTCAGACAACGT
TTCTTAATTAAATTGTAGTTCTTCTATTTGATTCTGTTGTTACCTTATCCTGTGTTAATT
TTCTTATTTTTTATTTTCATATTTTAATAGTACAGATGTTTGAACAAAACTTGGAGTGAA
CTTTTAAG

QA 5 432 5 432
DS 

RD RR3BJ83TF 432 0 0
GCTC
TAAGCTCTTTCATCAAAACAAGAATGGTGTGCAGGGCAGAAGAAGCTTTGAAGCAGAGAG
AGAACCTAAAGAGGTGTAAACGAGATCGTGATCGCCAAAAGAAGAAGGTGCAATCGATCA
CAGATTGCAACAAAGAGAAAAGTTGCAGATTCAAGCGAAGCACTTCTAATCTCGACCAGG
ACGGCGCTTCCTCAGCCATATTTTTCCTCGCTTGCATTGCCTGCTCATCCTTCTCCAATA
ATCTCTAAGTATATTCTTAGCTGTAACAGCATCCACAATTAATTACTTTTCAGACAACGT
TTCTTAATTAAATTGTAGTTCTTCTATTTGATTCTGTTGTTACCTTATCCTGTGTTAATT
TTCTTATTTTTTATTTTCATATTTTAATAGTACAGATGTTTGAACAAAACTTGGAGTGAA
CTTTTAAG

QA 5 432 5 432
DS 



AS 1 4

CO CL2494Contig1 1250 4 3 U
CGTCGGCGTTTGCCCCCGATCCAATCGGGGGATCGAATTGATTATAGAAACATGAGTTTA
ATTAGTCGATTTATTAGTGAACAAGGAAAAATATTATCTAGACGGGTGAATAGAGTAACT
TTAAAACAACAACGATTAATTACTATTGCTATAAAACAAGCTCGTATTTTATCTTTGTTA
CCTTTTCTTAATAATCAGAAACAATTTGAGAGAAGTGAGTAGACCCCTAGAACTACTAGC
CTTAGAACCAGAAAAAAATAGACTTATTCTTCAATTGAATAACTAATCTGAAGGAATTAA
AAAAGAGGTTAATATTTTGTTCGACAAATCCAATCAAGAATTAAAATTTGATTGTTACGT
CTGTGTCTGTCATAAAAATAAAAAAAAAGAATCGTCGAAAAGAAAAAGAATAAGTCTATT
TTTAGCGACTATATACCCTCGTTTTGTTTTGACGACTTTTTTATAATACTAATTTCTACT
CTACCCTCCCCGAGCTTATTATACTTAAGAACTCTATTTCAAATATTTTAGTGGATTTCT
TCCAATCCCCCCATTTTTTGATCTCATTTGAAATCGTATAAAGACAACTCCTATTTAATA
GAGCTATTTGTGCAAGTATTTTTCGATTAAGAAGTAATTGCTTCTTGTACAGATTGTGTA
TGAATCGGTTATAACTATAGAATACCTCCGTTTCGTGAATTACGGCATTTATTCGAGTGA
TCCATAAACGACGAAAATCTCTTTTTCTTTTACCCCTATCCCGACGAGCCGAAACTAAAG
CTCTTATTCTCTGTTGAGTCATAGTTCGTGTAAGTCGTGAATGAGCCCCTTGAAAGCTTG
ATGCAAATAAACGAAGTTTTGTTCTACGCCTCCGAGCTATATATCCGCGTTTAATTCTAG
TCATTGAATAAATCAAACTTTGATGAATAACTAATTCTTTTTTTAGTTATTCTTTTCCCC
TTTACCAGTCATTAATAACCAAACTAATTATTCCAATGTATAAGAAAAAAATTCCAATGG
CTTTTGCTACTCTAACCTTCCCCACCACTATTTTTGGCTAGGTATTTTCCTTTGCTTTGA
AGGGATAAATTGCCTTGGTACTTGATATAAAAAAAATAGAATAACTACAAAAAGTAGTAA
ATAGAAATGGATAAATAGTGGGTTCCTTCGTTTCTATGGTTACTTCTGAAACGGTGAGGT
CCTCTCTATACACCGGAGCTCCTTCTTTTAATTAATCAATACTATTGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EW55JQ U 1
AF RR3EW55TF C 325
AF RR3BV62JQ U 754
AF RR3BV62TF C 754
BS 1 743 RR3EW55JQ
BS 744 753 RR3EW55TF
BS 754 1250 RR3BV62JQ

RD RR3EW55JQ 743 0 0
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ATTAGTCGATTTATTAGTGAACAAGGAAAAATATTATCTAGACGGGTGAATAGAGTAACT
TTAAAACAACAACGATTAATTACTATTGCTATAAAACAAGCTCGTATTTTATCTTTGTTA
CCTTTTCTTAATAATCAGAAACAATTTGAGAGAAGTGAGTAGACCCCTAGAACTACTAGC
CTTAGAACCAGAAAAAAATAGACTTATTCTTCAATTGAATAACTAATCTGAAGGAATTAA
AAAAGAGGTTAATATTTTGTTCGACAAATCCAATCAAGAATTAAAATTTGATTGTTACGT
CTGTGTCTGTCATAAAAATAAAAAAAAAGAATCGTCGAAAAGAAAAAGAATAAGTCTATT
TTTAGCGACTATATACCCTCGTTTTGTTTTGACGACTTTTTTATAATACTAATTTCTACT
CTACCCTCCCCGAGCTTATTATACTTAAGAACTCTATTTCAAATATTTTAGTGGATTTCT
TCCAATCCCCCCATTTTTTGATCTCATTTGAAATCGTATAAAGACAACTCCTATTTAATA
GAGCTATTTGTGCAAGTATTTTTCGATTAAGAAGTAATTGCTTCTTGTACAGATTGTGTA
TGAATCGGTTATAACTATAGAATACCTCCGTTTCGTGAATTACGGCATTTATTCGAGTGA
TCCATAAACGACGAAAATCTCTT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3EW55TF 720 0 0
ACAAATCC
ATCAAGAATTAAAATTTGATTGTTACGTCTGTGTCTGTCATAAAAT**AAAAAAAAGAAT
CGTCGAAAAGAAAAAGAATAAGTCTATTTTTAGCGACTATATACCCTCGTTTTGTTTTGA
CGACTTTTTTATAATACTAATTTCTACTCTACCCTCCCCGAGCTTATTATACTTAAGAAC
TCTATTTCAAATATTTTAGTGGATTTCTTCCAATCCCCCCATTTTTTGATCTCATTTGAA
ATCGTATAAAGACAACTCCTATTTAATAGAGCTATTTGTGCAAGTATTTTTCGATTAAGA
AGTAATTGCTTCTTGTACAGATTGTGTATGAATCGGTTATAACTATAGAATACCTCCGTT
TCGTGAATTACGGCATTTATTCGAGTGATCCATAAACGACGAAAATCTCTTTTTCTTTTA
CCCCTATCCCGACGAGCCGAAACTAAAGCTCTTATTCTCTGTTGAGTCATAGTTCGTGTA
AGTCGTGAATGAGCCCCTTGAAAGCTTGATGCAAATAAACGAAGTTTTGTTCTACGCCTC
CGAGCTATATATCCGCGTTTAATTCTAGTCATTGAATAAATCAAACTTTGATGAATAACT
AATTCTTTTTTTAGTTATTCTTTTCCCCTTTACTAGTCATTAATAACCAAACTAATTATT
CCAATGTATAA*AAAAAAATTCCAATGGCTTTTGCTACTCTAACCTTCCCC
C

QA 9 719 9 719
DS 

RD RR3BV62JQ 497 0 0
CCCTATCCCGACGAGCCGAAACTAAAGCTCTTATTCTCTGTTGAGTCATAGTTCGTGTAA
GTCGTGAATGAGCCCCTTGAAAGCTTGATGCAAATAAACGAAGTTTTGTTCTACGCCTCC
GAGCTATATATCCGCGTTTAATTCTAGTCATTGAATAAATCAAACTTTGATGAATAACTA
ATTCTTTTTTTAGTTATTCTTTTCCCCTTTACCAGTCATTAATAACCAAACTAATTATTC
CAATGTATAAGAAAAAAATTCCAATGGCTTTTGCTACTCTAACCTTCCCCACCACTATTT
TTGGCTAGGTATTTTCCTTTGCTTTGAAGGGATAAATTGCCTTGGTACTTGATATAAAAA
AAATAGAATAACTACAAAAAGTAGTAAATAGAAATGGATAAATAGTGGGTTCCTTCGTTT
CTATGGTTACTTCTGAAACGGTGAGGTCCTCTCTATACACCGGAGCTCCTTCTTTTAATT
AATCAATACTATTGGTC

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR3BV62TF 497 0 0
CCCTATCCCGACGAGCCGAAACTAAAGCTCTTATTCTCTGTTGAGTCATAGTTCGTGTAA
GTCGTGAATGAGCCCCTTGAAAGCTTGATGCAAATAAACGAAGTTTTGTTCTACGCCTCC
GAGCTATATATCCGCGTTTAATTCTAGTCATTGAATAAATCAAACTTTGATGAATAACTA
ATTCTTTTTTTAGTTATTCTTTTCCCCTTTACCAGTCATTAATAACCAAACTAATTATTC
CAATGTATAAGAAAAAAATTCCAATGGCTTTTGCTACTCTAACCTTCCCCACCACTATTT
TTGGCTAGGTATTTTCCTTTGCTTTGAAGGGATAAATTGCCTTGGTACTTGATATAAAAA
AAATAGAATAACTACAAAAAGTAGTAAATAGAAATGGATAAATAGTGGGTTCCTTCGTTT
CTATGGTTACTTCTGAAACGGTGAGGTCCTCTCTATACACCGGAGCTCCTTCTTTTAATT
AATCAATACTATTGGTC

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 4

CO CL2495Contig1 976 4 15 U
AAGAGTCACTTCCGAGAAAATGCTAAATCTTCCCGGCTCAATTCGATTAACAGACCATCG
ATCGATCCAAGAAGATTCCCTAGAAACCTGGGAGTTTCCTGCAAAATCTCAGGTAACGGA
GCCGAGGAGAAGAATCCAGGGAACAATGGGGTTTCTCTCAGATCCAAGAACAAGATGGAA
GATTACAATACAGCTATGAAGAGACTGATGAGGAGCCCATATGAGTATCATCATGATCTC
GGAATGAATTATACATTGATAAGAGAGGAACTGATCGTTGGGTCGCAGCCACAGAAGCCA
GAGGACATAGATCACTTGAGACAAGAAGAGAATGTTGCTTACATACTTAACTTGCAACAA
GACAAGGACGTTGAGTACTGGGGAATCGATCTTGACTCCATTGTCAAAAGATGTAAAGAG
CTCGGAATCCGTCACATGAGAAGACCCGCTAAAGACTTTGATCCGCTGTCGTTAAGAAGC
CAGCTTCCGAAAGCTGTGTCTTCTCTGGAATGGGCGGTGTCAGAAGGTAAAGGGAGAGTT
TACGTGCATTGCACAGCCGGATTGGGAAGAGCTCCTGCGGTTTCTATTGCTTATATGTAT
TGGTTCTGTGACATGAACCTGAACACTGCTTATGACG*CATTGGTGTCAAAGCGTCCATG
TGGGCCTAACAAAGGAGCTATACGTGGGGCTACATATGATCTGGCCAAGAACGATCCGTG
GAAAGATCCCTTTGAGAATCTCCCTGAGAACGCATTCGAGGATGTTGCGGACTGGGAAAG
GAAGTTGATTCAAGAACGTGTTCGGGCCCTCCGTGGTACCTGAAGATCTGTAGAGCTTGT
ATGTAATGGTTTCGGGATAATAAAATATACTTTTTTGTATATTGTAAAGCTCTACTTATG
ACTATACTTGCTAGTTAAAATACCTTGTTGTCATGAACCCCTGTGTTATGATTACTATCG
GTCAAGCCTTCGCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FK46TF U 1
AF RR3BU50JQ C 142
AF RR3BU50TF U 142
AF RR3FK46JQ C 215
BS 1 243 RR3FK46TF
BS 244 244 RR3BU50TF
BS 245 299 RR3FK46TF
BS 300 300 RR3BU50TF
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BS 528 626 RR3FK46TF
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BS 628 636 RR3FK46TF
BS 637 638 RR3BU50TF
BS 639 653 RR3FK46TF
BS 654 840 RR3BU50TF
BS 841 841 RR3FK46JQ
BS 842 850 RR3BU50TF
BS 851 976 RR3FK46JQ

RD RR3FK46TF 653 0 0
AAGAGTCACTTCCGAGAAAATGCTAAATCTTCCCGGCTCAATTCGATTAACAGACCATCG
ATCGATCCAAGAAGATTCCCTAGAAACCTGGGAGTTTCCTGCAAAATCTCAGGTAACGGA
GCCGAGGAGAAGAATCCAGGGAACAATGGGGTTTCTCTCAGATCCAAGAACAAGATGGAA
GATTACAATACAGCTATGAAGAGACTGATGAGGAGCCCATATGAGTATCATCATGATCTC
GGAGTGAATTATACATTGATAAGAGAGGAACTGATCGTTGGGTCGCAGCCACAGAAGCCT
GAGGACATAGATCACTTGAGACAAGAAGAGAATGTTGCTTACATACTTAACTTGCAACAA
GACAAGGACGTTGAGTACTGGGGAATCGATCTTGACTCCATTGTCAAAAGATGTAAAGAG
CTCGGAATCCGTCACATGAGAAGACCCGCTAAAGACTTTGATCCGCTGTCGTTAAGAAGC
CAGCTTCCGAAAGCTGTGTCTTCTCTGGAATGGGCGGTGTCAGAAGTTAAAGGGAGAGTT
TACGTGCATTGCACAGCCGGATTGGGAAGAGCTCCTGCGGTTTCTATTGCTTATATGTAT
TGGTTCTGTGACATGAACCTGAACAC*GCTTATGACCACATTGGTGTCAAAGC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3BU50JQ 660 0 0
G
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GACTGATGAGGAGCCCATATGAGTATCATCATGATCTCGGCATGAATTATAGATTGATAA
GAGAGGAACTGATCGTTGGGTCGCAGCCACAGAAGCCAGAGGACATAGATCACTTGAGAC
AAGAAGAGAATGTTGCTTACATACTTAACTTGCAACAAGACAAGGACGTTGAGTACTGGG
GAATCGATCTTGACTCCATTGTCAAAAGATGTAAAGAGCTCGGAATCCGTCACATGAGAA
GACCCGCTAAAGACTTTGATCCGCTGTCGTTAAGAAGCCAGCTTCCGAAAGCTGTGTCTT
CTCTGGAATGGGCGGTGTCAGAAGGTAAAGGGAGAGTTTACGTGCATTGCACAGCCGGTT
TGGGAAGAGCTCCTGCGGTTTCTATTGCTTATATGTATTGGTTCTGTGACATGAACCTGA
ACACTGCTTATGACG*CATTGGTGTCAAAGCGTCCATGTGGGCCTAACAAAGGAGCTATA
CGTGGGGCTACATATGATCTGGCCAAGAACGATCCGTGGAAAGATCCCTTTGAGAATCTC
CCTGAGAACGCATTCGAGGATGTTGCGGACTGGGAAAGGAAGTTGATTCAAGAACGTGT

QA 2 660 2 660
DS 

RD RR3BU50TF 709 0 0
G
ACAATGGGGTTTCTCTCAGATCCAAGAACAAGATGGAAGATTACAATACAGCTATGAAGA
GACTGATGAGGAGCCCATATGAGTATCATCATGATCTCGGCATGAATTATAGATTGATAA
GAGAGGAACTGATCGTTGGGTCGCAGCCACAGAAGCCAGAGGACATAGATCACTTGAGAC
AAGAAGAGAATGTTGCTTACATACTTAACTTGCAACAAGACAAGGACGTTGAGTACTGGG
GAATCGATCTTGACTCCATTGTCAAAAGATGTAAAGAGCTCGGAATCCGTCACATGAGAA
GACCCGCTAAAGACTTTGATCCGCTGTCGTTAAGAAGCCAGCTTCCGAAAGCTGTGTCTT
CTCTGGAATGGGCGGTGTCAGAAGGTAAAGGGAGAGTTTACGTGCATTGCACAGCCGGTT
TGGGAAGAGCTCCTGCGGTTTCTATTGCTTATATGTATTGGTTCTGTGACATGAACCTGA
ACACTGCTTATGACG*CATTGGTGTCAAAGCGTCCATGTGGGCCTAACAAAGGAGCTATA
CGTGGGGCTACATATGATCTGGCCAAGAACGATCCGTGGAAAGATCCCTTTGAGAATCTC
CCTGAGAACGCATTCGAGGATGTTGCGGACTGGGAAAGGAAGTTGATTCAAGAACGTGTT
CGGGCCCTCCGTGGTACCTGAAGATCTGTAGAGCTTGTGTGTAATGGT

QA 2 709 2 709
DS 

RD RR3FK46JQ 762 0 0
GCCCATATGAGTATCATCATGATCTCGGAGTGAATTATACATTGATAAGAGAGGAACTGA
TCGTTGGGTCGCAGCCACAGAAGCCTGAGGACATAGATCACTTGAGACAAGAAGAGAATG
TTGCTTACATACTTAACTTGCAACAAGACAAGGACGTTGAGTACTGGGGAATCGATCTTG
ACTCCATTGTCAAAAGATGTAAAGAGCTCGGAATCCGTCACATGAGAAGACCCGCTAAAG
ACTTTGATCCGCTGTCGTTAAGAAGCCAGCTTCCGAAAGCTGTGTCTTTTCTGGAATGGG
CGGTGTCAGAAGTTAAAGGGAGAGTTTACGTGCATTGCACAGCCGGATTGGGAAGAGCTC
CTGCGGTTTCTATTGCTTATATGTATTGGTTCTGTGACATGAACCTGAACACGGCTTATG
ACA*CATTGGTGTCAAAGCGTCCATGTGGGCCTAACAAAGGAGCTATACGTGGGGCTACA
TATGATCTGGCCAAGAACGATCCGTGGAAAGAGCCCTTTGAGAATCTCCCTGAGAACGCA
TTCGAGGATGTTGCGGACTGGGAAAGGAAGTTGATTCAAGAACGTGTTCGGGCCCTCCGT
GGTACCTGAAGATCTGTAGAGCTTGTATGTAATGGTTTCGGGATAATAAAATATACTTTT
TTGTATATTGTAAAGCTCTACTTATGACTATACTTGCTAGTTAAAATACCTTGTTGTCAT
GAACCCCTGTGTTATGATTACTATCGGTCAAGCCTTCGCACT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL2496Contig1 833 2 3 U
GGTCTATAATGAAATTGATACTTGAAGTGTCGTGCAAATGGTTGGTATGAGTTCAAATTG
TTTTTACATGCTTAGCAAACCAACAACAAAATGAATGTGTATTTAAAATATGTCCAAAAC
TTGAAATTCGAAATTAACAATTTTACCACCTAATATTTGAAGATTCAGTGGGAGAAGAGC
TTAAAAGGTTTTATAATACCCTAGGAAGCGTCTTCGAGTTTAACGTCTTTTGTTTCAGCG
TTGGTCTCTTTTCCCTCTGCATTTGGCTTCTCCTCATTAACATGCTCCGCAGTTTTCTCA
GGTGTTGTGTTCTTGTTCTTGTCGCGCCACCCTAGTCCAAATGGACGTGCTAGCAAACTG
ATCCTGCTTTGAGGAGGTTCCGGTAACTGATCATTGATGTTTCTGGTAGACGGACTTTGG
TTCCCAGACCGTGGTGAAGGTTGTGCTTTGAGTTGGCCAGACTGATACTGCAAAGTTGCT
TCAAGCATGGACTCTGCCATCACCGCTCTCTTCTCCATCTCAGCGAGTGCAGCAACTGCT
TCCTCATATTTTTCCTGCAAGACTTGAGCAGCATATCTCTGCGCTTCTGCATCCTGCTCA
GCAAATCTTCGTGAATCTTCTGTTACCTTTTGTTCTTGCTCCACTCGCATCAAGACCTGT
AGCATTGCACCTTCTTGTTCCTGCTTATCAGAGAGGTGCCTTTGAACTTCGGCCAGCTCT
TGCTCTAACTCTTCCACCTTGGCACTCAATTGACGACGGTTATCTTGCTTGACAATCTCC
ATGAGAGCAATCTCCAACTCTTCAGCTCTAAGTAGAGCTGATCTTTTCTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AE17JQ U 29
AF RR3CW07JQ U 1
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BS 614 614 RR3AE17JQ
BS 615 833 RR3CW07JQ

RD RR3AE17JQ 624 0 0
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CCTAATATTTGAAGATTCAGTGGGAGAAGAGCTTAAAAGGTTTTATAATACCCTAGGAAG
CGTCTTCGAGTTTAACGTCTTTTGTTTCAGCGTTGGTCTCTTTTCCCTCTGCATTTGGCT
TCTCCTCATTAACATGCTCCGCAGTTTTCTCAGGTGTTGTGTTCTTGTTCTTGTCGCGCC
ACCCTAGTCCAAATGGACGTGCTAGCAAACTGATCCTGCTTTGAGGAGGTTCCGGTAACT
GATCATTGATGTTTCTGGTAGACGGACTTTGGTTCCCAGACCGTGGTGAAGGTTGTGCTT
TGAGTTGGCCAGACTGATACTGCAAAGTTGCTTCAAGCATGGACTCTGCCATCACCGCTC
TCTTCTCCATCTCAGCGAGTGCAGCAACTGCTTCCTCATATTTTTCCTGCAAGACTTGAG
CAGCATATCTCTGCGCTTCTGCATCCTGCTCAGCAAATCTTCGTGAATCTTCTGTTACCT
TTTGTTCTTGCTCCACTCGCATCA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3CW07JQ 833 0 0
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TTTTTACATGCTTAGCAAACCAACAACAAAATGAATGTGTATTTAAAATATGTCCAAAAC
TTGAAATTCGAAATTAACAATTTTACCACCTAATATTTGAAGATTCAGTGGGAGAAGAGC
TTAAAAGGTTTTATAATACCCTAGGAAGCGTCTTCGAGTTTAACGTCTTTTGTTTCAGCG
TTGGTCTCTTTTCCCTCTGCATTTGGCTTCTCCTCATTAACATGCTCCGCAGTTTTCTCA
GGTGTTGTGTTCTTGTTCTTGTCGCGCCACCCTAGTCCAAATGGACGTGCTAGCAAACTG
ATCCTGCTTTGAGGAGGTTCCGGTAACTGATCATTGATGTTTCTGGTAGACGGACTTTGG
TTCCCAGACCGTGGTGAAGGTTGTGCTTTGAGTTGGCCAGACTGATACTGCAAAGTTGCT
TCAAGCATGGACTCTGCCATCACCGCTCTCTTCTCCATCTCAGCGAGTGCAGCAACTGCT
TCCTCATATTTTTCCTGCAAGACTTGAGCAGCATATCTCTGCGCTTCTGCATCCTGCTCA
GCAAATCTTCGTGCATCTTCTGTTACCTTTTGTTCTTGCTCCACTCGCATCAAGACCTGT
AGCATTGCACCTTCTTGTTCCTGCTTATCAGAGAGGTGCCTTTGAACTTCGGCCAGCTCT
TGCTCTAACTCTTCCACCTTGGCACTCAATTGACGACGGTTATCTTGCTTGACAATCTCC
ATGAGAGCAATCTCCAACTCTTCAGCTCTAAGTAGAGCTGATCTTTTCTCTTC

QA 1 833 1 833
DS 



AS 2 4

CO CL2497Contig1 696 2 2 U
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TCGAGTACGTGTCGAGCACCGACGAGCCGACGCATCTATACATCAACGGTTTGCCTTATA
ACGCTCCCGTAACGGAGACTCCAAAAATCGGCACGAGTGAGGTGTGGGAAGTGATTAATC
TGACGGAGGATAACCATCCGTTACACATTCACTTGGGACTGTTCAAAGTGTTGGAGCAGA
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AGTGCCAGATCAGCAAGTACGCACGTGGGAATAAGACGGCAGTTACGGCACACGAGCGGG
GATGGAAGAACGTGTTCAAGATGATGCCGGGACATGTGACGAAGATCCTCGTCAGGTTCT
CTTACGTTCACTCCAACGAGTCTTACTCCTTCGACGCCACTCAAGAGCCAGGCTACGTCT
ACCATTGCCATATATTGGATCACGAAGACAATATGATGATGAGACCTTTTGAGATGGTCA
AGTGATGCGATTTTTTCAGGAAGATGGATAATACACGGTTATGTAAATGATATAAAATGA
TTGCATATCCGAGATGTCTTTGATAAAATATCAAAAATATTGTTTTCGTGTGGAACTTAT
ATTTTGGTGGTGATATAATAACAACTGGATTTTGAC


BQ
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AF RR3C921JQ C 1
AF RR3C921TF U 1
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BS 2 696 RR3C921TF

RD RR3C921JQ 696 0 0
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TCGAGTACGTGTCGAGCACCGACGAGCCGACGCATCTATACATCAACGGTTTGCCTTATA
ACGCTCCCGTAACGGAGACTCCAAAAATCGGCACGAGTGAGGTGTGGGAAGTGATTAATC
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AGTGCCAGATCAGCAAGTACGCACGTGGGAATAAGACGGCAGTTACGGCACACGAGCGGG
GATGGAAGAACGTGTTCAAGATGATGCCGGGACATGTGACGAAGATCCTCGTCAGGTTTT
CTTACGTTCACTCCAACGAGTCTTACTCCTTCGACGCCACTCAAGAGCCAGGCTACGTCT
ACCATTGCCATATATTGGATCACGAAGACAATATGATGATGAGACCTTTTGAGATGGTCA
AGTGATGCGATTTTTTCAGGAAGATGGATAATACACGGTTATGTAAATGATATAAAATGA
TTGCATATCCGAGATGTCTTTGATAAAATATCAAAAATATTGTTTTCGTGTGGAACTTAT
ATTTTGGTGGTGATATAATAACAACTGGATTTTGAC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3C921TF 696 0 0
G
GATCCAATACCCGCGTGCTGACGTGTCAAAATCGGTCCGAACGCGTTACATAGCTATGTT
CGAGTACGTGTCGAGCACCGACGAGCCGACGCATCTATACATCAACGGTTTGCCTTATAA
CGCTCCCGTAACGGAGACTCCAAAAATCGGCACGAGTGAGGTGTGGGAAGTGATTAATCT
GACGGAGGATAACCATCCGTTACACATTCACTTGGGACTGTTCAAAGTGTTGGAGCAGAC
GGCGTTGGTGGAGACCGAGAAGTTCAAGGACTGCATGACGGAGAAAATCGACGCGGTTAA
GTGCCAGATCAGCAAGTACGCACGTGGGAATAAGACGGCAGTTACGGCACACGAGCGGGG
ATGGAAGAACGTGTTCAAGATGATGCCGGGACATGTGACGAAGATCCTCGTCAGGTTCTC
TTACGTTCACTCCAACGAGTCTTACTCCTTCGACGCCACTCAAGAGCCAGGCTACGTCTA
CCATTGCCATATATTGGATCACGAAGACAATATGATGATGAGACCTTTTGAGATGGTCAA
GTGATGCGATTTTTTCAGGAAGATGGATAATACACGGTTATGTAAATGATATAAAATGAT
TGCATATCCGAGATGTCTTTGATAAAATATCAAAAATATTGTTTTCGTGTGGAACTTATA
TTTTGGTGGTGATATAATAACAACTGGATTTTGAC

QA 2 696 2 696
DS 



CO CL2497Contig2 1097 2 2 U
GGACCGGAGATGTTCGTTGATGAGCTTCCTCATATTCCCTCTCTTCATGGCTACCACATC
GTCAATGGCGTCCTAAAACCCAAATCTCTTCAAATCGGCATGTTCTTCAAGAAATGGAAA
TTCCACGGAGATTTGCCTGCCACGCCAGTGTTCGCATACGGTACATCGAAGCGCAAGGCA
ACAGTCCCCGGACCTACAATCGAAGCCGTTTATGGCGTCTCAACCCACGTGACGTGGCGA
AACCACCTCCCTTCATCGGGAGGCAATGTGACCGACGAGAACAGCAAAGTCATGAAGTTC
ATAATCAAACACAAATCAGAATCTGACACGTCAGTAATACCGAGAAAGCTGATCCAATAC
CCGCGTGCTGACGTGTCAAAATCTGTCCGAACGCGTTACGTGTCCATGTTCGAGTACGTG
TCGAGCACCGACGAGCCGACGCATCTATACATCAACGGTTTGCCTTATAATGCTCCCGTA
ACGGAAACTCCGAAAATCGGCACGAGCGAGGTGTGGGAAGTGATTAATCTGACGGAGGAT
AACCATCCGTTACACATTCACTTGGGACTGTTCAGAGTGTTGGAGCAGACGGCGTTGGTG
GAGACTGAGAAGTTCACGGACTGCATGACGGAGAAAAACGACGCGGTTAAGTGCCAGATC
AGCAAGTACGCGCGTGGGAATAAGACGGCGGTGACGGCACACGAGCGGGGATGGAAGAAC
GTGTTCAAGATGATGCCGGGACATGTGACGAAGATCCTCGTTAGGTTCTCTTACGTTCAC
TCCAACGAGTCTTACTCCTTCGACGCCACTCAAGAGCCAGGCTACGTCTACCATTGCCAT
ATATTGGATCACGAAGACAATATGATGATGAGACCTTTTGAGATGGTCAAGTGATACGAT
TTTTCACGGTTATGTAATTCTACAGAAAACAACTTACAATTATGGAATGTAATGTGTAGT
AAGTGAGCTTAAATCCACAAAGAAATGATATAAAAATGACTGCATATCGGAGATATCTTC
GATAAAATCTCAAAAATATTGTTTTCGTGTGGAACTTATACTGTATTTTGGTGGTGATAT
AATAACAATACTTATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G589TF U 1
AF RR3G589JQ C 263
BS 1 705 RR3G589TF
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ACAGTCCCCGGACCTACAATCGAAGCCGTTTATGGCGTCTCAACCCACGTGACGTGGCGA
AACCACCTCCCTTCATCGGGAGGCAATGTGACCGACGAGAACAGCAAAGTCATGAAGTTC
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TCGAGCACCGACGAGCCGACGCATCTATACATCAACGGTTTGCCTTATAATGCTCCCGTA
ACGGAAACTCCGAAAATCGGCACGAGCGAGGTGTGGGAAGTGATTAATCTGACGGAGGAT
AACCATCCGTTACACATTCACTTGGGACTGTTCAGAGTGTTGGAGCAGACGGCGTTGGTG
GAGACTGAGAAGTTCACGGACTGCATGACGGAGAAAAACGACGCGGTTAAGTGCCAGATC
AGCAAGTACGCGCGTGGGAATAAGACGGCGGTGACGGCACACGAG

QA 1 705 1 705
DS 

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CTGACACGTCAGTAATACCGAGAAAGCTGATCCAATACCCGCGTGCTGACGTGTCAAAAT
CTGTCCGAACGCGTTACGTGTCCATGTTCGAGTACGTGTCGAGCACCGACGAGCCGACGC
ATCTATACATCAACGGTTTGCCTTATAATGCTCCCGTAACGGAAACTCCGAAAATCGGCA
CGAGCGAGGTGTGGGAAGTGATTAATCTGACGGAGGATAACCATCCGTTACACATTCACT
TGGGACTGTTCAGAGTGTTGGAGCAGACGGCGTTGGTGGAGACTGAGAAGTTCACGGACT
GCATGACGGAGAAAAACGACGCGGTTAAGTGCCAGATCAGCAAGTACGCGCGTGGGAATA
AGACGGCGGTGACGGCACACGAGCGGGGATGGAAGAACGTGTTCAAGATGATGCCGGGAC
ATGTGACGAAGATCCTCGTTAGGTTCTCTTACGTTCACTCCAACGAGTCTTACTCCTTCG
ACGCCACTCAAGAGCCAGGCTACGTCTACCATTGCCATATATTGGATCACGAAGACAATA
TGATGATGAGACCTTTTGAGATGGTCAAGTGATACGATTTTTCACGGTTATGTAATTCTA
CAGAAAACAACTTACAATTATGGAATGTAATGTGTAGTAAGTGAGCTTAAATCCACAAAG
AAATGATATAAAAATGACTGCATATCGGAGATATCTTCGATAAAATCTCAAAAATATTGT
TTTCGTGTGGAACTTATACTGTATTTTGGTGGTGATATAATAACAATACTTATCC

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 4

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ATTATGAAGCCCTAAAATATAATTAAATGATGAACCATGATCAAGCATATATCCTCAGCT
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CACACCGCTCATTATCGTCGCCGAGACTGCCATCGCCTCCGCCACATCCTTTTCTGGTGA
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TGCTTTTAAAGCTTTGGTTGTTTTCTTTTGTGTTCTTTTCC


BQ
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AF RR3GK46JQ U 1
AF RR3GK46TF C 1
AF RR3F531JQ U 26
AF RR3F531TF C 26
BS 1 439 RR3GK46JQ
BS 440 461 RR3F531JQ

RD RR3GK46JQ 439 0 0
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ATACAGAAGAATCAATGCCAGAAAAAAAAAAGAAACAAACTTAAGAAAATATAATGTATG
ATTATGAAGCCCTAAAATATAATTAAATGATGAACCATGATCAAGCATATATCCTCAGCT
TGTTAATTACTTTAAAAACATCATCCACGTCATTGTCGTCATGTTCTTTGACCGCCTCCA
CACACCGCTCATTATCGTCGCCGAGACTGCCATCGCCTCCGCCACATCCTTTTCTGGTGA
TGTCAGCAGCACCAGACTCAGTTCTCATGAAGAAAGTGCACAAGAGAAGTGTTAATAGGC
AACATATGATAAATTCTCTAGATGCAGCCATTGATCGATAATACAATAGGTCAATCGAAC
TGCTTTTAAAGCTTTGGTT

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DS 

RD RR3GK46TF 439 0 0
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ATACAGAAGAATCAATGCCAGAAAAAAAAAAGAAACAAACTTAAGAAAATATAATGTATG
ATTATGAAGCCCTAAAATATAATTAAATGATGAACCATGATCAAGCATATATCCTCAGCT
TGTTAATTACTTTAAAAACATCATCCACGTCATTGTCGTCATGTTCTTTGACCGCCTCCA
CACACCGCTCATTATCGTCGCCGAGACTGCCATCGCCTCCGCCACATCCTTTTCTGGTGA
TGTCAGCAGCACCAGACTCAGTTCTCATGAAGAAAGTGCACAAGAGAAGTGTTAATAGGC
AACATATGATAAATTCTCTAGATGCAGCCATTGATCGATAATACAATAGGTCAATCGAAC
TGCTTTTAAAGCTTTGGTT

QA 1 439 1 439
DS 

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AAAAA*GAAACAAACTTAAGAAAATATAATGTATGATTATGAAGCCCTAAAATATAATTA
AATGATGAACCATGATCAAGCATATATCCTCAGCTTGTTAATTACTTTAAAAACATCATC
CACGTCATTGTCGTCATGTTCTTTGACCGCCTCCACACACCGCTCATTATCGTCGCCGAG
ACTGCCATCGCCTCCGCCACATCCTTTTCTGGTGATGTCAGCAGCACCAGACTCAGTTCT
CATGAAGAAAGTGCACAAGAGAAGTGTTAATAGGCAACATATGATAAATTCTCTAGATGC
AGCCATTGATCGATAATACAATAGGTCAATCGAACTGCTTTTAAAGCTTTGGTTGTTTTC
TTTTGTGTTCTTTTCC

QA 1 436 1 436
DS 

RD RR3F531TF 436 0 0
GGAGGAAAAAGAAAGATAAAATTAAATTATAACAAATACAGAAGAATCAATGCCAGAAAA
AAAAA*GAAACAAACTTAAGAAAATATAATGTATGATTATGAAGCCCTAAAATATAATTA
AATGATGAACCATGATCAAGCATATATCCTCAGCTTGTTAATTACTTTAAAAACATCATC
CACGTCATTGTCGTCATGTTCTTTGACCGCCTCCACACACCGCTCATTATCGTCGCCGAG
ACTGCCATCGCCTCCGCCACATCCTTTTCTGGTGATGTCAGCAGCACCAGACTCAGTTCT
CATGAAGAAAGTGCACAAGAGAAGTGTTAATAGGCAACATATGATAAATTCTCTAGATGC
AGCCATTGATCGATAATACAATAGGTCAATCGAACTGCTTTTAAAGCTTTGGTTGTTTTC
TTTTGTGTTCTTTTCC

QA 1 436 1 436
DS 



AS 1 3

CO CL2499Contig1 820 3 25 U
GTGTACTTTTGGTTCCCTTTCTGATTTTTTTTTTGGAGAAAGTCATGTAATGTTCCTTTT
GTAACCATACATTTCGAGTGAGTGTATAATGTTTCCTCATCTAAAATTCAATATCTTCTT
CACCAATGAAGAGACTGAGAAAACGTATCATAAAGTTGGAGACAAGGCTTGAAATTAAGA
AATTGGAATGTTAAGGAAGCTTGGTGAATAGATCCTGAAGATGAGTGTGGCTCACCAAGA
CACCAAGTTTCTGTGAGATTGCTTCTCTCAGTGTCTCGGGATCCAAGCTCGCCAATGTAT
CAGCACTGCTCATTGCAATGTACTCACTCAAATTGTGCAAGACTCCATCTTGGGAAACAA
TGGGCTGATGGGGTGGAGGTTGAGCAGTCCAGCTACCATCAGGTTCCTTCAAGTGTCTTC
TATCAGAAGCAAAGTGCTTAAAGAAGAGAGGAGCATGCACAACGCGAAAGAACCTCTGAT
ATTCAGCAAAAAGCTGAAAAGAAGGCTGAATAGTATCAGCTCTGGTACTAGCTTTCTGAT
GCCAAAGTGGAACCTGCTTCTTCTCATTGGAGATGAAAACAACAAACAGATCAGAACCCG
TCGTATCCGCTACGCCGTCCTCGCACAACGTCTTGCATAGTAGGTACACGTTCTCTTCGC
AGTAGAAAGGAGTGTGTTGGAATCGAGTGGTATCCATCGCCGGTAGCTCCGAGATCACGC
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ACCAACTATGATCATCTTCTCCTCTTCTAATGGTGTGTCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF78JQ U 1
AF RR3F435JQ U 35
AF RR3F435TF C 223
BS 1 120 RR3FF78JQ
BS 121 121 RR3F435JQ
BS 122 131 RR3FF78JQ
BS 132 133 RR3F435JQ
BS 134 165 RR3FF78JQ
BS 166 166 RR3F435JQ
BS 167 220 RR3FF78JQ
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BS 294 303 RR3FF78JQ
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BS 323 323 RR3F435JQ
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BS 493 660 RR3F435JQ
BS 661 820 RR3F435TF

RD RR3FF78JQ 492 0 0
GTGTACTTTTGGTTCCCTTTCTGATTTTTTTTTTGGAGAAAGTCATGTAATGTTCCTTTT
GTAACCATACATTTCGAGTGAGTGTATAATGTTTCCTCATCTAAAATTCAATATCTTCTT
TACCAATGAAG**ACTGAGAAAACGTATCATAAAGTTGGAGACAATGCTTGAAATTAAGA
AATTGGAATGTTAAGGAAGCTTGGTGAATAGATCCTGAAGCTGAGTGTGGCTCACCAAGA
CACCAAGTTTCTGTGAGATTGCTTCTCTCAGTGTCTCGGGATCCAAGCTCGCGAATGTAT
CAGAACTGCTCATTGCAATGTATTCACTCAAATTGTGCAAGACTCCATCTTGGGAAACAA
TGGGCTGATGGGGTGGAGGTTGAGCAGTCCAGCTACCATCAGGTTCCTTCATGTGTCTTC
TATCAAAAGCAAAGTGCTTAAAGAAGAAAGGAGCATGCACAACGCGAAAGAACCTCTGAT
ATTCAGGAAAAA

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR3F435JQ 626 0 0
GGAGAAAGTCATGTAATGTTCCTTTTGTAACCATACATTTCGAGTGAGTGTATAATGTTT
CCTCATCTAAAATTCAATATCTTCTTCATCAATGAAGAGACTGAGAAAACGTATCATAAA
GTTGGAGACAAGGCTTGAAATTAAGAGATTGGAATGTTAAGGAAGCTTGGTGAATAGATC
CTGAAGATGAGTGTGGCTCACCAAGACACCAAGTTTCTGTGAGATTGCTTCTCTCAGTGT
CTCGGGATCCAAGCTCGCCAATGTATCAGCACTGCTCATTGCAATGTACTCACTCAAATT
GTGCAAGACTCCATCTTGGGAAACAATGGGCTGATGGGGTGGAGGTTGAGCAGTCCAGCT
ACCATCAGGTTCCTTCAAGTGTCTTCTATCAGAAGCAAAGTGCTTAAAGAAGAGAGGAGC
ATGCACAACGCGAAAGAACCTCTGATATTCAGCAAAAAGCTGAAAAGAAGGCTGAATAGT
ATCAGCTCTGGTACTAGCTTTCTGATGCCAAAGTGGAACCTGCTTCTTCTCATTGGAGAT
GAAAACAACAAACAGATCAGAACCCGTCGTATCCGCTACGCCGTCCTCGCACAACGTCTT
GCATAGTAGGTACACGTTCTCTTCGC

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3F435TF 598 0 0
GAGTGTGGCTCACCAAGACACCAAGTTTCTGTGAGATTGCTTCTCTCAGTGTCTCGGGAT
CCAAGCTCGCCAATGTATCAGCACTGCTCATTGCAATGTACTCACTCAAATTGTGCAAGA
CTCCATCTTGGGAAACAATGGGCTGATGGGGTGGAGGTTGAGCAGTCCAGCTACCATCAG
GTTCCTTCAAGTGTCTTCTATCAGAAGCAAAGTGCTTAAAGAAGAGAGGAGCATGCACAA
CGCGAAAGAACCTCTGATATTCAGCAAAAAGCTGAAAAGAAGGCTGAATAGTATCAGCTC
TGGTACTAGCTTTCTGATGCCAAAGTGGAACCTGCTTCTTCTCATTGGAGATGAAAACAA
CAAACAGATCAGAACCCGTCGTATCCGCTACGCCGTCCTCGCACAACGTCTTGCATAGTA
GGTACACGTTCTCTTCGCAGTAGAAAGGAGTGTGTTGGAATCGAGTGGTATCCATCGCCG
GTAGCTCCGAGATCACGCTGCTCATTTTTTTTTTATTTGGATTTGATTTCAGTACTCTTC
TATTTTTCTCTTACTTCCACCAACTATGATCATCTTCTCCTCTTCTAATGGTGTGTCC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 3

CO CL2500Contig1 936 3 8 U
GCCAGACTCTGGCAAATATGCATCTGCAGCTCCTTCAAACAACGATGATGATTTTGATGA
TTTTGACCCGCGTGGAACTTCCAGCAATAAGCCTTCCACGGGCAGTGTCAACCAAGTGGA
CCTTTTTGGAGCAGATCTGATGGGTGACTTCATGGATTCTGGACCAACTGAAACATCTTC
CACCAACAACAATAACAACGCCAAGTTTCAAGAGGCGGACTTGTTTGCTGATGCAACTTT
TGTATCAGCACCTCCTCAGGGAACAGAATTTGGGTCGCAGACACAGAAAGAAGTTGATCT
GTTCTCTGTGTCTGAGCCTTCTGTCACGCTTGCTTCACCTCCTCCGACGGTTGACCTTTT
TGCATCCAGTGAACCAGTTGCATCCCCAGAAGCCAAGATTCCTAAACCTGAGTCTATCAC
CACTCCCAACATTGTTGACCCATTTGCTGCAGTTCCTATGCAAAGTTTTGATGGATCTGA
TCCTTTTGGTGCCTTCACTTCTGGTCCACAGGCCCCAGTTGTAACAAACACAACATCCCC
TGTATCTTTGGCAGATTCGAAACCACAACAGTTGCAAAAGAAAGATCCTTTCCAGGTGAA
ATCGGGAATATGGGCAGATTCTCTGAGCCGTGGACTAATTGATCTCAATATTACTGCTCC
CAAAAAAGCTTCCCTTGCTGATGTGGGCGTCGTGGGTGGTCTGAGCAACGATGAAGGGAA
CAAGGCATCTGCTGCTGCGTACTACTCAGGATGGTCCATGGGCGCAGGATCCGGGCTCGG
TAAAACCGGACTATACAGTGCACAGCAGCAGCAGCAACAACCACAACAACAAACACCTGA
GATCTCAGATGATTTCTTCTCCAGCCTCAGTAACCAAAGGTACCAAACTGGAGGCTTTAA
GCAGTGACTTTGTCTGGGGTATCACGTTTGATTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FY95TF U 1
AF RR3H062TF U 198
AF RR3H062JQ C 450
BS 1 322 RR3FY95TF
BS 323 323 RR3H062TF
BS 324 567 RR3FY95TF
BS 568 879 RR3H062TF
BS 880 880 RR3H062JQ
BS 881 893 RR3H062TF
BS 894 894 RR3H062JQ
BS 895 936 RR3H062TF

RD RR3FY95TF 567 0 0
GCCAGACTCTGGCAAATATGCATCTGCAGCTCCTTCAAACAACGATGATGATTTTGATGA
TTTTGACCCGCGTGGAACTTCCAGCAATAAGCCTTCCACGGGCAGTGTCAACCAAGTGGA
CCTTTTTGGAGCAGATCTGATGGGTGACTTCATGGATTCTGGACCAACTGAAACATCTTC
CACCAACAACAATAACAACGCCAAGTTTCAAGAGGCGGACTTGTTTGCTGATGCAACTTT
TGTATCAGCACCTCCTCAGGGAACAGAATTTGGGTCGCAGACACAGAAAGAAGTTGATCT
GTTCTCTGTGTCTGAGCCTTCTTTCACGCTTGCTTCACCTCCTCCGACGGTTGACCTTTT
TGCATCCAGTGAACCAGTTGCATCCCCAGAAGCCAAGATTCCTAAACCTGAGTCTATCAC
CACTCCCAACATTGTTGACCCATTTGCTGCAGTTCCTATGCAAAGTTTTGATGGATCTGA
TCCTTTTGGTGCCTTCACTTCTGGTCCACAGGCCCCAGTTGTAACAAACACAACATCCCC
TGTATCTTTGGCAGATTCGAAACCACA

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3H062TF 739 0 0
G
CGCCAAGTTTCAAGAGGCGGACTTGTTTGCTGATGCAACTTTTGTATCAGCACCTCCTCA
GGGAACAGAATTTGGGTCGCAGACACAGAAAGAAGTTGATCTGTTCTCTGTGTCTGAGCC
TTCTGTCACGCTTGCTTCACCTCCTCCGACGGTTGACCTTTTTGCATCCAGTGAACCAGT
TGCATCCCCAGAAGCCAAGATTCCTAAACCTGAGTCTATCACCACTCCCAACATTGTTGA
CCCATTTGCTGCAGTTCCTATGCAAAGTTTTGATGGATCTGATCCTTTTGGTGCCTTCAC
TTCTGGTCCACAGGCCCCAGTTGTAACAAACACAACATCCCCTGTATCTTTGGCAGATTC
GAAACCACAACAGTTGCAAAAGAAAGATCCTTTCCAGGTGAAATCGGGAATATGGGCAGA
TTCTCTGAGCCGTGGACTAATTGATCTCAATATTACTGCTCCCAAAAAAGCTTCCCTTGC
TGATGTGGGCGTCGTGGGTGGTCTGAGCAACGATGAAGGGAACAAGGCATCTGCTGCTGC
GTACTACTCAGGATGGTCCATGGGCGCAGGATCCGGGCTCGGTAAAACCGGACTATACAG
TGCACAGCAGCAGCAGCAACAACCACAACAACAAACACCTGAGATCTCAGATGATTTCTT
CTCCAGCCTCAGTAACCAAAG*TACCAAACTGGAG*CTTTAAGCAGTGACTTTGTCTGGG
GTATCACGTTTGATTCTG

QA 2 739 2 739
DS 

RD RR3H062JQ 463 0 0
CAGTTCCTATGCAAAGTTTTGATGGATCTGATCCTTTTGGTGCCTTCACTTCTGGTCCAC
AGGCCCCAGTTGTAACAAACACAACATCCCCTGTATCTTTGGCAGATTCGAAACCACAAC
AGTTGCAAAAGAAAGATCCTTTCCAGGTGAAATCGGGAATATGGGCAGATTTTTTGAGCC
GTGGACTAATTGATCTCAATATTACTGCTCCCAAAAAAGCTTCCCTTGCTGATGTGGGCG
TCGTGGGTGGTTTGAGCAACGATGAAGGGAACAAGGCATCTGCTGCTGCGTACTACTCAG
GATGGTCCATGGGCGCAGGATCCGGGCTCGGTAAAACCGGACTATACAGTGCACAGCAGC
AGCAGCAACAACCACAACAACAAACACCTGAGATTTCAGATGATTTTTTCTCCAGCCTCA
GTAACCAAAGGTACCAAACTGGAGGCTTTAAGCAGTGACTTTG

QA 1 463 1 463
DS 



AS 1 2

CO CL2501Contig1 289 2 2 U
TAACTCAAAGAACCTTCAGATCAAATTCTCATGAACCACATCAAACTAAAACTGAAAGTT
TTAAAACAGAGAACCAAAAAGATAGACATAGATGAGACACAGCACCAAGCAGCGATGAGA
CATAGTTTAGTGCTCAGGATGATTCGGCAGCGGGTTGAGTCACACCGTGCTTCAGCAACA
GCTTGGTGAGCGAGTCAGGAGAGTGAACATGGTACTTAACACTCCCCGATGGAGTCAAAA
ACACCTCAGCAAGCTTGAGCTTCTCGGACGTCAAACTCGTGCTGTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3AU74TF C 1
AF RR3AU74JQ U 14
BS 1 17 RR3AU74TF
BS 18 289 RR3AU74JQ

RD RR3AU74TF 289 0 0
TAACTCAAAGAACCTTCAGATCAAATTCTCATGAACCACATCAAACTAAAACTGAAAGTT
TTAAAACAGAGAACCAAAAAGATAGACATAGATGAGACACAGCACCAAGCAGCGATGAGA
CATAGTTTAGTGCTCAGGATGATTCGGCAGCGGGTTGAGTCACACCGTGCTTCAGCAACA
GCTTGGTGAGCGAGTCAGGAGAGTGAACATGGTACTTAACACTCCCCGATGGAGTCAAAA
ACACCTCAGCAAGCTTGAGCTTCTCGGACGTCAAACTCGTGCTGTCC
CC

QA 1 287 1 287
DS 

RD RR3AU74JQ 276 0 0
CTTC
AGATCAAATTCTCATGAACCACATCAAACTAAAACTGAAAGTTTTAAAACAGAGAACCAA
AAAGATAGACATAGATGAGACACAGCACCAAGCAGCGATGAGACATAGTTTAGTGCTCAG
GATGATTCGGCAGCGGGTTGAGTCACACCGTGCTTCAGCAACAGCTTGGTGAGCGAGTCA
GGAGAGTGAACATGGTACTTAACACTCCCCGATGGAGTCAAAAACACCTCAGCAAGCTTG
AGCTTCTCGGACGTCAAACTCGTGCTGTCCCC

QA 5 276 5 276
DS 



AS 1 4

CO CL2502Contig1 708 4 10 U
AAATAAACCGGACACGTTTTATTTCATTTTTTTTTCTCTTATTGAATGAAATTCAACGGT
TCTCTTTGCCAAAGCTCTGCAACAATACAAGTAATTTGAGGAAATAGTATGATGCGCCAC
CTATAGTTGCAAACTTAAGCTCTTCTGGTCCTTCGACCTCTAGAAAATCTCCTTCGTTTG
CTCTGTTAAACCCTCCGGTTAACCATCCTAAGCTTTTGTAACCTTCTCTGTGCAGCTTAG
ATATCGCCATCAATGACCTGAGTCCTTCACCGCACGCGACAAGCACTTTACTCTTCTTGT
CCGGGAAAGCCTCTACAACACGGAGGGTAAACTGGTCATTAAACATGGTGAATCTCTGGC
CCGTCCAAAGCCCAATATATCCCAAATGGATCCACTTCTTCAGCAGCGTGATCGGCCCAT
TGTCTGGATCCTCCACGAACAGTGGCACGTGTAGTGATCCTTTCACATGTGCCTTTTCTC
CTTCCCAAGCTGGCCGCACGCCTAACAGCACGTATCCCTCCGACGATACCAATGTTTTCG
CTTCTCTCGGCTCCACCGTCCGGACCTCGCCGGAAGTTACTAGCTGCTGACCGGATACGG
CGGAGATCACTGGTAATCTGTACGGTTTTCTGAGGCGTTGGTTTGGTACTAGTGGTGGCT
TGTGGATACGGTTTGGTTGAGGAAGAAGAAGTGTCGTCATCTCTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3GD08JQ U 1
AF RR3GD08TF C 2
AF RR3CH32JQ U 36
AF RR3CH32TF C 68
BS 1 162 RR3GD08JQ
BS 163 163 RR3CH32JQ
BS 164 239 RR3GD08JQ
BS 240 240 RR3CH32JQ
BS 241 500 RR3GD08JQ
BS 501 501 RR3CH32JQ
BS 502 675 RR3GD08JQ
BS 676 693 RR3CH32JQ
BS 694 706 RR3GD08TF
BS 707 708 RR3CH32TF

RD RR3GD08JQ 675 0 0
AAATAAACCGGACACGTTTTATTTCATTTTTTTTTCTCTTATTGAATGAAATTCAACGGT
TCTCTTTGCCAAAGCTCTGCAACAATACAAGTAATTTGAGGAAATAGTATGATGCGCCAC
CTATAGTTGCAAACTTAAGCTCTTCTGGTCCTTCGACCTCTAAAAAATCTCCTTCGTTTG
CTCTGTTAAACCCTCCGGTTAACCATCCTAAGCTTTTGTAACCTTCTCTGTGCAGCTTAA
ATATCGCCATCAATGACCTGAGTCCTTCACCGCACGCGACAAGCACTTTACTCTTCTTGT
CCGGGAAAGCCTCTACAACACGGAGGGTAAACTGGTCATTAAACATGGTGAATCTCTGGC
CCGTCCAAAGCCCAATATATCCCAAATGGATCCACTTCTTCAGCAGCGTGATCGGCCCAT
TGTCTGGATCCTCCACGAACAGTGGCACGTGTAGTGATCCTTTCACATGTGCCTTTTCTC
CTTCCCAAGCTGGCCGCACGTCTAACAGCACGTATCCCTCCGACGATACCAATGTTTTCG
CTTCTCTCGGCTCCACCGTCCGGACCTCGCCGGAAGTTACTAGCTGCTGACCGGATACGG
CGGAGATCACTGGTAATCTGTACGGTTTTCTGAGGCGTTGGTTTGGTACTAGTGGTGGCT
TGTGGATACGGTTTG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3GD08TF 705 0 0
AAATAAA
CGGACACGTTTTATTTCATTTTTTTT*CTCTTATTGAATGAAATTCAACGGTTCTCTTTG
CCAAAGCTCTGCAACAATACAAGTAATTTGAGGAAATAGTATGATGCGCCACCTATAGTT
GCAAACTTAAGCTCTTCTGGTCCTTCGACCTCTAGAAAATCTCCTTCGTTTGCTCTGTTA
AACCCTCCGGTTAACCATCCTAAGCTTTTGTAACCTTCTCTGTGCAGCTTAGATATCGCC
ATCAATGACCTGAGTCCTTCACCGCACGCGACAAGCACTTTACTCTTCTTGTCCGGGAAA
GCCTCTACAACACGGAGGGTAAACTGGTCATTAAACATGGTGAATCTCTGGCCCGTCCAA
AGCCCAATATATCCCAAATGGATCCACTTCTTCAGCAGCGTGATCGGCCCATTGTCTGGA
TCCTCCACGAACAGTGGCACGTGTAGTGATCCTTTCACATGTGCCTTTTCTCCTTCCCAA
GCTGGCCGCACGTCTAACAGCACGTATCCCTCCGACGATACCAATGTTTTCGCTTCTCTC
GGCTCCACCGTCCGGACCTCGCCGGAAGTTACTAGCTGCTGACCGGATACGGCGGAGATC
ACTGGTAATCTGTACGGTTTTCTGAGGCGTTGGTTTGGTACTAGTGGTGGCTTGTGGATA
CGGTTTGGTTGAGGAAGAAGAAGTGTCGTCATCTCTCC

QA 8 705 8 705
DS 

RD RR3CH32JQ 658 0 0
CTCTTATTGAATGAAATTCAACGGTTCTCTTTGCCAAAGCTCTGCAACAATACAAGTAAT
TTGAGGAAATAGTATGATGCGCCACCTATAGTTGCAAACTTAAGCTCTTCTGGTCCTTCG
ACCTCTAGAAAATCTCCTTCGTTTGCTCTGTTAAACCCTCCGGTTAACCATCCTAAGCTT
TTGTAACCTTCTCTGTGCAGCTTAGATATCGCCATCAATGACCTGAGTCCTTCACCGCAC
GCGACAAGCACTTTACTCTTCTTGTCCGGGAAAGCCTCTACAACACGGAGGGTAAACTGG
TCATTAAACATGGTGAATCTCTGGCCCGTCCAAAGCCCAATATATCCCAAATGGATCCAC
TTCTTCAGCAGCGTGATCGGCCCATTGTCTGGATCCTCCACGAACAGTGGCACGTGTAGT
GATCCTTTCACATGTGCCTTTTCTCTTTCCCAAGCTGGCCGCACGCCTAACAGCACGTAT
CCCTCCGACGATACCAATGTTTTCGCTTCTCTCGGCTCCACCGTCCGGACCTCGCCGGAA
GTTACTAGCTGCTGACCGGATACGGCGGAGATCACTGGTAATCTGTACGGTTTTCTGAGG
CGTTGGTTTGGTACTAGTGGTGGCTTGTGGATACGGTTTGGTTGAGGAAGAAGAAGTG

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3CH32TF 641 0 0
GCCAAAGCTCTGCAACAATACAAGTAATTTGAGGAAATAGTATGATGCGCCACCTATAGT
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AAACCCTCCGGTTAACCATCCTAAGCTTTTGTAACCTTCTCTGTGCAGCTTAGATATCGC
CATCAATGACCTGAGTCCTTCACCGCACGCGACAAGCACTTTACTCTTCTTGTCCGGGAA
AGCCTCTACAACACGGAGGGTAAACTGGTCATTAAACATGGTGAATCTCTGGCCCGTCCA
AAGCCCAATATATCCCAAATGGATCCACTTCTTCAGCAGCGTGATCGGCCCATTGTCTGG
ATCCTCCACGAACAGTGGCACGTGTAGTGATCCTTTCACATGTGCCTTTTCTCTTTCCCA
AGCTGGCCGCACGCCTAACAGCACGTATCCCTCCGACGATACCAATGTTTTCGCTTCTCT
CGGCTCCACCGTCCGGACCTCGCCGGAAGTTACTAGCTGCTGACCGGATACGGCGGAGAT
CACTGGTAATCTGTACGGTTTTCTGAGGCGTTGGTTTGGTACTAGTGGTGGCTTGTGGAT
ACGGTTTGGTTGAGGAAGAAGAAGTGTCGTCATCTCTCCCC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 4

CO CL2503Contig1 694 4 13 U
GGACACACACCAAAGCGGCCTCTGCGACGACACCTAGGGTTTCACGAGGAGTGAAAATCT
CAAATCAAATCCATGGCGGACGACAATTACCAAGATGTCGACGATTTAGGGTACGAGGAC
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GATGATGTGGATGGTGAACCTATTGAGGCAGAGGATAAGGCAGAGGAGGAAGCTGTGCCG
CGTCCGCGTAAAACATCCAAGTTCATGACCAAGTATGAGCGGGCTAGGATACTAGGCACT
CGTGCTCTCCAGATAAGCATGAATGCACCTGTGATGGTGGAGCTGGAGGGTGAAACTGAT
CCACTTGAGATCGCAATGAAGGAGCTTAGACAGCGTAAGATACCTTTCACGATCAGGCGT
TACTTACCCGACGGGAGTTTTGAAGAATGGGGAGTGGATGAACTCATTGTGGAAGACTCG
TGGAAACGTCAAGTCGGTGGTGATTAATCCATAAAATTGCTCTTATTATGTAGACCTTCT
ATGTTATCGTTATATGCAAGTGAATCAACCAAAAGTGGAAACAAATATTTTCTCTAGTGT
TTCAAATTTTGTAGCCTGCTTTAAACAAAGGTCATAAAACCTTTAATGTGATGATGTACG
GGCTGTGACGTATCCAAATTCTCGGACATTCTCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3DA81TF U 1
AF RR3CG34TF U 3
AF RR3DA81JQ C 31
AF RR3CG34JQ C 33
BS 1 107 RR3DA81TF
BS 108 108 RR3CG34TF
BS 109 197 RR3DA81TF
BS 198 198 RR3CG34TF
BS 199 220 RR3DA81TF
BS 221 221 RR3CG34TF
BS 222 267 RR3DA81TF
BS 268 268 RR3CG34TF
BS 269 629 RR3DA81TF
BS 630 630 RR3CG34TF
BS 631 661 RR3DA81TF
BS 662 662 RR3CG34TF
BS 663 694 RR3DA81TF

RD RR3DA81TF 694 0 0
GGACACACACCAAAGCGGCCTCTGCGACGACACCTAGGGTTTCACGAGGAGTGAAAATCT
CAAATCAAATCCATGGCGGACGACAATTACCAAGATGTCGACGATTTGGGGTACGAGGAC
GAGCCAGCGGAGCCGGAGATTGAGGAAGGAATAGAGGAGGATGCTGATATGAAGGAAAAT
GATGATGTGGATGGTGAGCCTATTGAGGCAGAGGATAAGGTAGAGGAGGAAGCTGTGCCG
CGTCCGCGTAAAACATCCAAGTTCATGGCCAAGTATGAGCGGGCTAGGATACTAGGCACT
CGTGCTCTCCAGATAAGCATGAATGCACCTGTGATGGTGGAGCTGGAGGGTGAAACTGAT
CCACTTGAGATCGCAATGAAGGAGCTTAGACAGCGTAAGATACCTTTCACGATCAGGCGT
TACTTACCCGACGGGAGTTTTGAAGAATGGGGAGTGGATGAACTCATTGTGGAAGACTCG
TGGAAACGTCAAGTCGGTGGTGATTAATCCATAAAATTGCTCTTATTATGTAGACCTTCT
ATGTTATCGTTATATGCAAGTGAATCAACCAAAAGTGGAAACAAATATTTTCTCTAGTGT
TTCAAATTTTGTAGCCTGCTTTAAACAAATGTCATAAAACCTTTAATGTGATGATGTACG
GTCTGTGACGTATCCAAATTCTCGGACATTCTCC

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3CG34TF 672 0 0
GG
ACACACCAAAGCGGCCTCTGCGACGACACCTAGGGTTTCACGAG***TGAAAATCTCAAA
TCAAATCCATGGCGGACGACGATTACCAAGATGTCGACGATTTAGGGTACGAGGACGAGC
CAGCGGAGCCGGAGATTGAGGAAGGAATAGAGGAGGATGCTGATATGAAGGAAAATGATG
ATGTGGATGGTGAACCTATTGAGGCAGAGGATAAGGCAGAGGAGGAAGCTGTGCCGCGTC
CGCGTAAAACATCCAAGTTCATGACCAAGTATGAGCGGGCTAGGATACTAGGCACTCGTG
CTCTCCAGATAAGCATGAATGCACCTGTGATGGTGGAGCTGGAGGGTGAAACTGATCCAC
TTGAGATCGCAATGAAGGAGCTTAGACAGCGTAAGATACCTTTCACGATCAGGCGTTACT
TACCCGACGGGAGTTTTGAAGAATGGGGAGTGGATGAACTCATTGTGGAAGACTCGTGGA
AACGTCAAGTCGGTGGTGATTAATCCATAAAATTTCTCTTATTATGTAGCCCTTCTATGT
TATTGTTATATGCAAGTGAATCAACCAAAAGTGGAAACAAATATTTTCTCTAGTGTTTCA
AATTTTGTAGCCTGCTTTAAACAAAGGTCATAAAACCTTTAATGTGATGATGTACGGGCT
GTGACGTATC

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR3DA81JQ 664 0 0
CACCTAGGGTTTCACGAG
GAGTGAAAATCTCAAATCAAATCCATGGCGGACGACAATTACCAAGATGTCGACGATTTG
GGGTACGAGGACGAGCCAGCGGAGCCGGAGATTGAGGAAGGAATAGAGGAGGATGCTGAT
ATGAAGGAAAATGATGATGTGGATGGTGAGCCTATTGAGGCAGAGGATAAGGTAGAGGAG
GAAGCTGTGCCGCGTCCGCGTAAAACATCCAAGTTCATGGCCAAGTATGAGCGGGCTAGG
ATACTAGGCACTCGTGCTCTCCAGATAAGCATGAATGCACCTGTGATGGTGGAGCTGGAG
GGTGAAACTGATCCACTTGAGATCGCAATGAAGGAGCTTAGACAGCGTAAGATACCTTTC
ACGATCAGGCGTTACTTACCCGACGGGAGTTTTGAAGAATGGGGAGTGGATGAACTCATT
GTGGAAGACTCGTGGAAACGTCAAGTCGGTGGTGATTAATCCATAAAATTGCTCTTATTA
TGTAGACCTTCTATGTTATCGTTATATGCAAGTGAATCAACCAAAAGTGGAAACAAATAT
TTTCTCTAGTGTTTCAAATTTTGTAGCCTGCTTTAAACAAAGGTCATAAAACCTTTAATG
TGATGATGTACGGTCTGTGACGTATCCAAATTTTCGGACATTCTCC

QA 19 664 19 664
DS 

RD RR3CG34JQ 662 0 0
GACACTAGGGTTTCAC
GAGTGAAAATCTCAAATCAAATCCATGGCGGACGACGATTACCAAGATGTCGACGATTTA
GGGTACGAGGACGAGCCAGCGGAGCCGGAGATTGAGGAAGGAATAGAGGAGGATGCTGAT
ATGAAGGAAAATGATGATGTGGATGGTGAACCTATTGAGGCAGAGGATAAGGCAGAGGAG
GAAGCTGTGCCGCGTCCGCGTAAAACATCCAAGTTCATGACCAAGTATGAGCGGGCTAGG
ATACTAGGCACTCGTGCTCTCCAGATAAGCATGAATGCACCTGTGATGGTGGAGCTGGAG
GGTGAAACTGATCCACTTGAGATCGCAATGAAGGAGCTTAGACAGCGTAAGATACCTTTC
ACGATCAGGCGTTACTTACCCGACGGGAGTTTTGAAGAATGGGGAGTGGATGAACTCATT
GTGGAAGACTCGTGGAAACGTCAAGTCGGTGGTGATTAATCCATAAAATTTCTCTTATTA
TGTAGCCCTTCTATGTTATTGTTATATGCAAGTGAATCAACCAAAAGTGGAAACAAATAT
TTTCTCTAGTGTTTCAAATTTTGTAGCCTGCTTTAAACAAAGGTCATAAAACCTTTAATG
TGATGATGTACGGGCTGTGACGTATCCAAATTCTCGGACATTCTCC

QA 17 662 17 662
DS 



AS 2 4

CO CL2504Contig1 600 2 2 U
GGAAGAAAAAAAAACATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTGTTCACCCAACGATGGCAACTA
TTGCTACCAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCTGCAAGAGCCAACCAG
CTCGTCTCGCCTGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGGATATTGGTTCAAGAGCAACGA
ACCGCATGGTGAACTTTAGGCCAGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCGGACAAAG
TGGAGAAGAGCATAAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCGGTGAGCGGAGAGT
GTGTGGCCGCATGGGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACA
AGAAGAAAGCTGAAGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCCGAGACAG
ACGAATGTCGTACTTACGACAACTGAAAACTTATCGTTCATGTTCTAGGACTCCGTTCAT
AAATTACATACAAATCTTTGTTCCGGTCAGTTTAGTAATACAATACGATGTGAAAGTTGT
ATTTGAGACTTAAAAAGCTCTGTAAACATTGTAATTTGGTAATGGTAATATTCATAAGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AU12JQ C 1
AF RR3AU12TF U 1
BS 1 583 RR3AU12TF
BS 584 600 RR3AU12JQ

RD RR3AU12JQ 600 0 0
GGAAGAAAAAAAAACATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTGTTCACCCAACGATGGCAACTA
TTGCTACCAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCTGCAAGAGCCAACCAG
CTCGTCTCGCCTGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGGATATTGGTTCAAGAGCAACGA
ACCGCATGGTGAACTTTAGGCCAGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCGGACAAAG
TGGAGAAGAGCATAAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCGGTGAGCGGAGAGT
GTGTGGCCGCATGGGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACA
AGAAGAAAGCTGAAGGTTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCCGAGACAG
ACGAATGTCGTACTTACGACAACTGAAAACTTATCGTTCATGTTCTAGGACTCCGTTCAT
AAATTACATACAAATCTTTGTTCCGGTCAGTTTAGTAATACAATACGATGTGAAAGTTGT
ATTTGAGACTTAAAAAGCTCTGTAAACATTGTAATTTGGTAATGGTAATATTCATAAGCC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3AU12TF 600 0 0
GGAAGAAAAAAAAACATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTGTTCACCCAACGATGGCAACTA
TTGCTACCAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCTGCAAGAGCCAACCAG
CTCGTCTCGCCTGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGGATATTGGTTCAAGAGCAACGA
ACCGCATGGTGAACTTTAGGCCAGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCGGACAAAG
TGGAGAAGAGCATAAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCGGTGAGCGGAGAGT
GTGTGGCCGCATGGGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACA
AGAAGAAAGCTGAAGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCCGAGACAG
ACGAATGTCGTACTTACGACAACTGAAAACTTATCGTTCATGTTCTAGGACTCCGTTCAT
AAATTACATACAAATCTTTGTTCCGGTCAGTTTAGTAATACAATACGATGTGAAAGTTGT
ATTTGAGACTTAAAAAGCTCTGTAAACATTGTAATTTGGTAAT
GGTAATATTCATAAGCC

QA 1 583 1 583
DS 



CO CL2504Contig2 580 2 2 U
GGATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTATTCACCCAACGATGGCAACTATTACTACCAGCCT
TAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCAGCAAGAGCCAACCAGCTCGTCTCGCCTG
TCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGAATCTCGGTTCGAGAGCAACGAACCGCATGGTGAA
CCTTAGGCCGGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCCGACAAAGTGGAGAAGAGCAT
TAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCAGTGAGCGGAGAGTGTGTGGCCGCATG
GGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACAAGAAGAAAGCTGA
AGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCAGAGACTGACGAATGTCGTAC
TTACGACAACTGAAACTTATCGTTCATGTTACAGGACTCCGTCCATAAATTGCATACAAA
TCTTTGTTTTGGTCAGTTTAGTAATACGATATGAAGTGAAAGCTGTATTTGAGACTTCAA
CAGCTCTGTAAACATTATAATTTGGTAATATTCATAAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA23TF U 1
AF RR3CA23JQ C 26
BS 1 569 RR3CA23TF
BS 570 580 RR3CA23JQ

RD RR3CA23TF 580 0 0
GGATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTATTCACCCAACGATGGCAACTATTACTACCAGCCT
TAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCAGCAAGAGCCAACCAGCTCGTCTCGCCTG
TCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGAATCTCGGTTCGAGAGCAACGAACCGCATGGTGAA
CCTTAGGCCGGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCCGACAAAGTGGAGAAGAGCAT
TAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCAGTGAGCGGAGAGTGTGTGGCCGCATG
GGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACAAGAAGAAAGCTGA
AGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCAGAGACTGACGAATGTCGTAC
TTACGACAACTGAAACTTATCGTTCATGTTACAGGACTCCGTCCATAAATTGCATACAAA
TCTTTGTTTTGGTCAGTTTAGTAATACGATATGAAGTGAAAGCTGTATTTGAGACTTCAA
CAGCTCTGTAAACATTATAATTTGGTAAT
ATTCATAAGCT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3CA23JQ 555 0 0
A
TTCACCCAACGATGGCAACTATTACTACCAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCA
TCACCAGCAAGAGCCAACCAGCTCGTCTCGCCTGTCCGGTCCGTTTGAACAATCCGTGGA
ATCTCGGTTCGAGAGCAACGAACCGCATGGTGAACCTTAGGCCGGTTAAAGCAACACCAG
AAGGAGTGATATCCGACAAAGTGGAGAAGAGCATTAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTG
GCGACCCAGTGAGCGGAGAGTGTGTGGCCGCATGGGACGAGGTTGAGGAGCTCAGCGCAG
CAGCTAGCCACGCTAGAGACAAGAAGAAAGCTGAAGGCTCCGACCCTCTGGAGGAATACT
GCAAAGACAATCCAGAGACTGACGAATGTCGTACTTACGACAACTGAAACTTATCGTTCA
TGTTACAGGACTCCGTCCATAAATTGCATACAAATCTTTGTTTTGGTCAGTTTAGTAATA
CGATATGAAGTGAAAGCTGTATTTGAGACTTCAACAGCTCTGTAAACATTATAATTTGGT
AATATTCATAAGCT

QA 2 555 2 555
DS 



AS 2 4

CO CL2505Contig1 1208 2 4 U
GGACACCTCAAGATCCAATCTCTCTTTCTCTTTCCCTTCTCCCCTCCGACAAAATCTCCG
ATCACCGACAAAAATGGGCGCTGAGGCAAACGCATCCTTCAACTTCCTAATCTACGGCCG
AACCGGATGGATCGGCGGACTACTCGGCAAGCTCTGCGAGTCCCAGGGAATCTCCTACAC
TTACGGATCCGGTCGGCTCCAAGACCGTCAATCCATCGTCTCCGACATCGAGACCGTGAA
GCCTAGCTACGTGTTCAACGCCGCCGGAGTCACCGGACTTCCCAACGTCGACTGGTGCGA
GTCCCACAAGGTCGAGACCATCCGTACGAACGTCGCCGGGACCTTGACTCTCGCCGACAT
TTGCAGAGAGAAAGGACTCGTTCTGATCAACTACGCCACCGGTTGTATATTCGAGTACGA
TGCGGGTCATACTCTCGGGTCGGGTGTCGGATTCAAGGAGGAGGATACCCCTAACTTCAC
CGGGTCTTTCTACTCCAAGACCAAAGCTATGGTGGAGGAGCTGCTCAAGAACTATGAAAA
CGTATGCACACTAAGAGTGCGGATGCCCATCTCTTCGGATCTATCAAACCCAAGAAACTT
CATCACCAAGATTGCTCGGTACGAGAAAGTCGTTGACATCCCAAACTCCATGACCATCCT
CGACGAGCTCCTTCCGATATCCATCGAGATGGCAAAGAGGAACTTAACCGGGATCTACAA
CTTCACAAACCCGGGTGTCGTGAGCCACAACGAGATCTTGGAGATGTACAGAGAGTACAT
TGACCCGAGCTTCACCTGGAAGAACTTCACGTTGGAGGAACAAGCTAAAGTGATTGTGGC
TCCAAGGAGTAACAACGAGCTCGATGCCACTAAGTTGAAGACTGAGTTCCCTGAGATGTT
GTCTATCAAAGAATCTCTGATCAAGTTTGTGTTTGAGCCAAACAAGAAGACTGGAGTTAA
AGCTTAAGATGCTGCCAAAGTGTTCTTTTGTTAAGGTAACGGTCCTAAACACTAAAAACA
ATATCAAACCAAAAGAAAGTTGTTGGGGTTTCTATAAATTTTAGTGTTTATGGCCTAAAG
AAATTGTTGTGTGTTTTTTGTATTTTCTTGTTTCCTTCTTCCAATGTTGTTGTATTGTTT
AAATAAACCTTTGTTACAAATAAAAATGTATCATTTGCATTTTCCTTATCCTATAAGTTA
AAATAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AE51TF U 1
AF RR3AE51JQ C 349
BS 1 819 RR3AE51TF
BS 820 820 RR3AE51JQ
BS 821 842 RR3AE51TF
BS 843 1208 RR3AE51JQ

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TTACGGATCCGGTCGGCTCCAAGACCGTCAATCCATCGTCTCCGACATCGAGACCGTGAA
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TTGCAGAGAGAAAGGACTCGTTCTGATCAACTACGCCACCGGTTGTATATTCGAGTACGA
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CGTATGCACACTAAGAGTGCGGATGCCCATCTCTTCGGATCTATCAAACCCAAGAAACTT
CATCACCAAGATTGCTCGGTACGAGAAAGTCGTTGACATCCCAAACTCCATGACCATCCT
CGACGAGCTCCTTCCGATATCCATCGAGATGGCAAAGAGGAACTTAACCGGGATCTACAA
CTTCACAAACCCGGGTGTCGTGAGCCACAACGAGATCTTGGAGATGTACAGAGAGTACAT
TGACCCGAGCTTCACCTGGAAGAACTTCACGTTGGAGGA*CAAGCTAAAGTGATTGTGGC
TC

QA 1 842 1 842
DS 

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ATTCGAGTACGATGCGGGTCATACTCTCGGGTCGGGTGTCGGATTCAAGGAGGAGGATAC
CCCTAACTTCACCGGGTCTTTCTACTCCAAGACCAAAGCTATGGTGGAGGAGCTGCTCAA
GAACTATGAAAACGTATGCACACTAAGAGTGCGGATGCCCATCTCTTCGGATCTATCAAA
CCCAAGAAACTTCATCACCAAGATTGCTCGGTACGAGAAAGTCGTTGACATCCCAAACTC
CATGACCATCCTCGACGAGCTCCTTCCGATATCCATCGAGATGGCAAAGAGGAACTTAAC
CGGGATCTACAACTTCACAAACCCGGGTGTCGTGAGCCACAACGAGATCTTGGAGATGTA
CAGAGAGTACATTGACCCGAGCTTCACCTGGAAGAACTTCACGTTGGAGGAACAAGCTAA
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CCCTGAGATGTTGTCTATCAAAGAATCTCTGATCAAGTTTGTGTTTGAGCCAAACAAGAA
GACTGGAGTTAAAGCTTAAGATGCTGCCAAAGTGTTCTTTTGTTAAGGTAACGGTCCTAA
ACACTAAAAACAATATCAAACCAAAAGAAAGTTGTTGGGGTTTCTATAAATTTTAGTGTT
TATGGCCTAAAGAAATTGTTGTGTGTTTTTTGTATTTTCTTGTTTCCTTCTTCCAATGTT
GTTGTATTGTTTAAATAAACCTTTGTTACAAATAAAAATGTATCATTTGCATTTTCCTTA
TCCTATAAGTTAAAATAGTT

QA 1 860 1 860
DS 



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TCTTGGAGATGTACAGAGAGTACATTGACCCGAGCTTCACCTGGAAGAACTTCACGCTGG
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TGAGGACTGAGTTCCCTGAGATGTTGTCTATCAAAGAATCTCTGATCAAGTTTGTGTTTG
AGCCAAACAAGAAGACTGGAGTTAAAGCTTAAGATGCTGCCAAAGTGTGTTCTTTGTTAA
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TATAAATTTTAGTGTTTATGATGGCCTAAAGAAATCGTTGTGTTTTTTTGTATTTTCTTG
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BQ
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AF RR3G310JQ C 1
AF RR3G310TF U 1
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BS 2 462 RR3G310TF
BS 463 464 RR3G310JQ

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TCTTGGAGATGTACAGAGAGTACATTGACCCGAGCTTCACCTGGAAGAACTTCACGCTGG
TGGAACAAGCTAAAGTGATTGTGGCTCCAAGGAGTAACAACGAGCTCGATGCCACTAAGT
TGAGGACTGAGTTCCCTGAGATGTTGTCTATCAAAGAATCTCTGATCAAGTTTGTGTTTG
AGCCAAACAAGAAGACTGGAGTTAAAGCTTAAGATGCTGCCAAAGTGTGTTCTTTGTTAA
GGTAACGGTCCTAAACACTAAAAACAAATATCAAACCAAAACAAAGTTGTTGGTGGTTTT
TATAAATTTTAGTGTTTATGATGGCCTAAAGAAATCGTTGTGTTTTTTTGTATTTTCTTG
TTTCCTTCATCCAATGTTGTTGTATTGTTTAAATAAACCTTTTT

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR3G310TF 464 0 0
G
GAGGAACTTAACCGGGATCTACGACTTCACAAACCCGGGTGTCGTGAGCCACAACGAGAT
CTTGGAGATGTACAGAGAGTACATTGACCCGAGCTTCACCTGGAAGAACTTCACGCTGGT
GGAACAAGCTAAAGTGATTGTGGCTCCAAGGAGTAACAACGAGCTCGATGCCACTAAGTT
GAGGACTGAGTTCCCTGAGATGTTGTCTATCAAAGAATCTCTGATCAAGTTTGTGTTTGA
GCCAAACAAGAAGACTGGAGTTAAAGCTTAAGATGCTGCCAAAGTGTGTTCTTTGTTAAG
GTAACGGTCCTAAACACTAAAAACAAATATCAAACCAAAACAAAGTTGTTGGTGGTTTTT
ATAAATTTTAGTGTTTATGATGGCCTAAAGAAATCGTTGTGTTTTTTTGTATTTTCTTGT
TTCCTTCATCCAATGTTGTTGTATTGTTTAAATAAACCTTT
TT

QA 2 462 2 462
DS 



AS 1 4

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GGAAACAAAAAAGAAGAAGAAACGAGAAACCACATACATACATTTGTCATTTGTCACCAA
AACCTAAAGCAGAAGATATAGAATGGCACCCACAGGCGAAGCGTCGACCGTGAACAACAA
GCAAGTCATATTGAGAGACTACGTCAACGGCTTCCCCAAGGAATCAGACCTCGTCTTCAA
CGATGCCACCGTGGATCTAAGTGTTCCGGCTGGATCTAACAAGGTTCTGGTGAAGAATCT
CTACTTGTCTTGTGATCCTTACATGCGCATTCGCATGGGCAAGCCTGATCCCTCCGCTGC
AGCCCTCGCTCTACCCTACACCCCTGGCCAGCAAATCTATGGGTATAGAGTGTCAAAAGT
GGTAGATTCAGGGCACCCTGATTACACAAAGGGAGACCTGCTTTGGGGTATTGTTGGATG
GGAGGAGTACAGTGTTATTACTCCAACTACTTACTCACATTTTAAGATCCTACACACTGA
TGTTCCCTTGTCCTACTACACTGGACTTCTCGGTATGGCTGGGATGACTGCTTATTCAGG
GTTTTATGAAATCTGTTCTCCTAAGAAAGGAGAGACTGTCTTCGTGTCAGCTGCATCTGG
TGCTGTTGGTCAGCTCGTGGGACAGCTCGCAAAGATTATGGGATGTTATGTCGTTGGAAG
TGCCGGCAGTAATGAAAAGGTTGATCTTCTCAAGAATAAGTTTGGGTTTGATGAAGCTTT
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CGACATATACTTTGAGAACGTAGGAGGCAAGATGCTAGACGCAGTGCTCCTAAACATGAA
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AGGTGTACGCAACCTAGCGACCGTCATTTACAAGCGGGTTAAGCTTCAAGGCTTTGTGGT
CTCTGATTTCTATGACAAATACTCCAAGTTTTTGGAGTTTGTGCTTCCCTACATTAGAGA
AGGGAAGATCACTTACGTTGAGGATGTAGCCCAAAGACTGGAGCAGGGGCCTTCTGCTTT
GATTGGACTCTTCCATGGTAAGAACGTCGGCAAACAGCTCATTGTGGTGTCTCGTGAGTG
ATGATTGAGAGACGTTTTGAGTTTGGTTATCAGCTGGAGATGAGTTAGTTAATTACGCTT
TAGTTGTTTTGTAAGAAGTTTAAGTTTCGCCTTAAGTACTTCACTTTCGTTATGTAATAA
ATAAACCCTTTTGTTTGTTGTATTAATGTATTAGCCTATATTGAACTTGAAACTTTTGTT
ATATCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3EB72TF U 10
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GACTT

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C

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QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT43JQ U 1
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BS 254 254 RR3BT12TF
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BS 718 747 RR3BT12TF

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ATGGCATGTGAGAAACGTAGCAGCCAAGTGGTCAATGTCACCAGCCTCCCCAGAGTGTGG
CCGTAACGTGATGGTAGTCATGCCCTTTGACTCCCTAAGCTTGTTTAAGACGTAGAG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3BT12TF 714 0 0
CAGTCTTTCATTAGGGCACAACATTAGCCAACTCATATTATTACCCTATCTACTTATTCT
TCCGTCACTCCGTGTACTTCATGGAACAACAACATCTGAGATAGATGCCTTGCCCAAATA
AACTTGTTGCATCTCCTCTTTCCAGATCGTGTCCCTGAACTCCACCCTTATGTGAGGCAC
ATTTGTTTTGTGAATGTCGTTTCCATCAGGTCCTCTTTTGCAGTAGTCTTTCCCAATCCA
GTGCGACTTCAGAGCATGTGAGAAGCCTGACTGGTACACTGAGTTACGAGCTATCTCGCA
CAAGTCACAAGAACTCAGTTTCCAAACTGAGGCAGCAATGCTGTACTCTTCAACAAGAGG
TTCTTTGGTTAAGTGAATCTGAAGAGGATCATCCGTGGACAGGGAAACATTGAGACCTCT
TAAGAAAAACACAGGAAATGGGTTTCTGTGGTAATCTTGAAACAGAGAGTTGTTGCTCAG
TGGAGACATGGCCAGACCAATCTGAGCGAGGTAGTAGAGATACTGAAGCACAGGAGACTT
TCGTAGATTGATTCCATGTGCGATGCTATGGCATGTGAGAAACGTAGCAGCCAAGTGGTC
AATGTCACCAGCCTCCCCAGAGTGTGGCCGTAACGTGATGGTAGTCATGCCCTTTGACTC
CCTAAGCTTGTTTAAGACGTAGAGGTTAGCATAACAGTAGTAGACATAGTAAGA

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 4

CO CL2508Contig1 1041 4 3 U
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ATTGTGCCTACAATACTCTTGATGATGCAGTCTCACTTGTACAGTAGAGGCGGCTTGCAG
GTAGAAGGAATATTCAGGATAAATGGTGAGAATACTCAAGAGGAGTACATAAGAGAAGAG
CTGAACAAAGGTGTTATACCAAACAACATTGATGTACATTGCTTGGCAAGTCTCATTAAG
GCTTGGTTTAGGGAACTTCCAACTGGTGTGCTGGACTCACTCTCACCCGAGCAAGTCATG
GAGTCCGAAACTGAAGACGAGTGCGTGGAGCTTGTAAAGCTTCTTCCTTCGACAGAAGCT
TCTCTGCTAGATTGGTCAATCAACCTGATGGCAGACGTTGTGGAGATGGAACATGTTAAC
AAGATGAACGCTCGAAACATCGCTATGGTTTTCGCGCCCAACATGACTCAGATGTTGGAT
CCGTTGACGGCTCTGATGTATGCAGTGAAAGTCATGAACTTTCTGAAGACGCTTATCGTG
AAAACGCTTAAAGAACGTAAAGAATCTCGAGATAGGTTGGCTCAAGGCTCGAACCCGGGT
CCTAGGGACCATAATGGTGAGGATCAGAGTAGTAGACAGTTGTTGCATCTCATGAAAGCT
AACGAGGAGGAAGCTGTGGATACCTTTGAGGCTGAAATGAAAGACAGAGAAGGATCTGAA
GAACTTATTGGTTTAAAGTCGTCTGTGATTAAAAGCTGTGGAGGTTTTGGAGAGAAAGAG
AATGGTTGGGAGGAGGAGAATAGGAAGATGAAGAGGACAATGTCAAATGCGAGTAGTATT
ATTGGACGTGTGAATTACAGAGTTGAGCTGTTCGAAGCTTGGCGGTGAATAAAGATTACA
TTTTCTATAAAAAAAAAGAATTACGTTTTCTGATGGTTTTGGTCCAACTTTTTGGATTTT
GTTGAATGATTTCGATATTGTGAGGATGAATGGGTTGCTTGTGTCTCAAGAAACGTTACA
TTTTTGCATATAATGTCGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV53TF U 1
AF RR3AV53JQ C 181
AF RR3BQ23JQ C 578
AF RR3BQ23TF U 578
BS 1 725 RR3AV53TF
BS 726 1031 RR3BQ23TF
BS 1032 1041 RR3AV53JQ

RD RR3AV53TF 725 0 0
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GTAGAAGGAATATTCAGGATAAATGGTGAGAATACTCAAGAGGAGTACATAAGAGAAGAG
CTGAACAAAGGTGTTATACCAAACAACATTGATGTACATTGCTTGGCAAGTCTCATTAAG
GCTTGGTTTAGGGAACTTCCAACTGGTGTGCTGGACTCACTCTCACCCGAGCAAGTCATG
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TCTCTGCTAGATTGGTCAATCAACCTGATGGCAGACGTTGTGGAGATGGAACATGTTAAC
AAGATGAACGCTCGAAACATCGCTATGGTTTTCGCGCCCAACATGACTCAGATGTTGGAT
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AAAACGCTTAAAGAACGTAAAGAATCTCGAGATAGGTTGGCTCAAGGCTCGAACCCGGGT
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AACGAGGAGGAAGCTGTGGATACCTTTGAGGCTGAAATGAAAGACAGAGAAGGATCTGAA
GAACT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3AV53JQ 861 0 0
CTGAACAAAGGTGTTATACCAAACAACATTGATGTACATTGCTTGGCAAGTCTCATTAAG
GCTTGGTTTAGGGAACTTCCAACTGGTGTGCTGGACTCACTCTCACCCGAGCAAGTCATG
GAGTCCGAAACTGAAGACGAGTGCGTGGAGCTTGTAAAGCTTCTTCCTTCGACAGAAGCT
TCTCTGCTAGATTGGTCAATCAACCTGATGGCAGACGTTGTGGAGATGGAACATGTTAAC
AAGATGAACGCTCGAAACATCGCTATGGTTTTCGCGCCCAACATGACTCAGATGTTGGAT
CCGTTGACGGCTCTGATGTATGCAGTGAAAGTCATGAACTTTCTGAAGACGCTTATCGTG
AAAACGCTTAAAGAACGTAAAGAATCTCGAGATAGGTTGGCTCAAGGCTCGAACCCGGGT
CCTAGGGACCATAATGGTGAGGATCAGAGTAGTAGACAGTTGTTGCATCTCATGAAAGCT
AACGAGGAGGAAGCTGTGGATACCTTTGAGGCTGAAATGAAAGACAGAGAAGGATCTGAA
GAACTTATTGGTTTAAAGTCGTCTGTGATTAAAAGCTGTGGAGGTTTTGGAGAGAAAGAG
AATGGTTGGGAGGAGGAGAATAGGAAGATGAAGAGGACAATGTCAAATGCGAGTAGTATT
ATGGGACGTGTGAATTACAGAGTTGAGCTGTTCGAAGCTTGGCGGTGAATAAAGATTACA
TTTTCTATAAAAAAAAAGAATTACGTTTTCTGATGGTTTTGATCCAACTTTTTGGATTTT
GTTGAATGATTTCGATATTGTGAGGATGAATGGGTTGCTTGTGTCTCAAGAAACGTTACA
TTTTTGCATATAATGTCGAAG

QA 1 861 1 861
DS 

RD RR3BQ23JQ 454 0 0
G
GGCTCAAGGCTCGAACCCGGGTCCTAGGGACCATAATGGTGAGGATCAGGGTAGTAGACA
GTTGTTGCATCTCATGAAAGCTAACGAGGAGGAAGCTGTGGATACCTTTGAGGCTGAAAT
GAAAGACAGAGAAGGATCTGAAGAACTTATTGGTTTAAAGTCGTCTGTGATTAAAAGCTG
TGGAGGTTTTGGAGAGAAAGAGAATGGTTGGGAGGAGGAGAATAGGAAGATGAAGAGGAC
AATGTCAAATGCGAGTAGTATTATTGGACGTGTGAATTACAGAGTTGAGCTGTTCGAAGC
TTGGCGGTGAATAAAGATTACATTTTCTATAAAAAAAAAGAATTACGTTTTCTGATGGTT
TTGGTCCAACTTTTTGGATTTTGTTGAATGATTTCGATATTGTGAGGATGAATGGGTTGC
TTGTGTCTCAAGAAACGTTACATTTTTGCATAT

QA 2 454 2 454
DS 

RD RR3BQ23TF 454 0 0
G
GGCTCAAGGCTCGAACCCGGGTCCTAGGGACCATAATGGTGAGGATCAGGGTAGTAGACA
GTTGTTGCATCTCATGAAAGCTAACGAGGAGGAAGCTGTGGATACCTTTGAGGCTGAAAT
GAAAGACAGAGAAGGATCTGAAGAACTTATTGGTTTAAAGTCGTCTGTGATTAAAAGCTG
TGGAGGTTTTGGAGAGAAAGAGAATGGTTGGGAGGAGGAGAATAGGAAGATGAAGAGGAC
AATGTCAAATGCGAGTAGTATTATTGGACGTGTGAATTACAGAGTTGAGCTGTTCGAAGC
TTGGCGGTGAATAAAGATTACATTTTCTATAAAAAAAAAGAATTACGTTTTCTGATGGTT
TTGGTCCAACTTTTTGGATTTTGTTGAATGATTTCGATATTGTGAGGATGAATGGGTTGC
TTGTGTCTCAAGAAACGTTACATTTTTGCATAT

QA 2 454 2 454
DS 



AS 1 4

CO CL2509Contig1 551 4 3 U
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AGAAATGGAGCCGAAGCAGATCAAAGCTATGTTCTTTTTCTTAACAATGATTATGGCTTT
GGTTTGTCATCATCAATCAGAAGCTATGCCATATATTGGTCGACTGAAATGCATTATATC
ACTAAGGAGCGTTGAGGGTTGTCTGGAGGCCATAGAGAAAGCTACAAAGGGAGACAATCG
TGGTTTGGATAAGGAATGCTGCGACGCCATTCGTGGCCTCGCCAATGACTGTTTGCCGAT
TATCTTCTCCGGAGGACCCGCCATTGGCTTAGTCGTTCAAGCTGCTTGTTCCCGTATATC
AGATGACGTTAATTAATTATAGTTCATAAGAGCCAGGTCACTAATACAATTGTATCATGC
ATGGCTTTTTTAAAAAAAAGAAGGGGGAAAAGAGACAGATATGTCAAACGTCAATAAACT
GCTATATAATTTTCTTGACCGAAGAGATATGAATCAAAAAGTAGAAACAATATCTATATT
GGAGATTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA96TF U 1
AF RR3FD54JQ C 34
AF RR3FD54TF U 34
AF RR3GA96JQ C 47
BS 1 123 RR3GA96TF
BS 124 487 RR3FD54TF
BS 488 551 RR3GA96JQ

RD RR3GA96TF 123 0 0
GGAAGATCTAAAAGAAACCATATTGTTATTTTGTTTTTGTTTTGTCTCTCTCGAATTAAT
AGAAATGGAGCCGAAGCAGATCAAAGCTATGTTCTTTTTCTTAACAATGATTATGGCTTT
GGT

QA 1 123 1 123
DS 

RD RR3FD54JQ 454 0 0
TTTTTGTTTTGTCTCTCTCGAATTAATAGAAATGGAGCCGAAGCAGATCAAAGCTATGTT
CTTTTTCTTAACAATGATTATGGCTTTGGTTTGTCATCATCAATCAGAAGCTATGCCATA
TATTGGTCGACTGAAATGCATTATATCACTAAGGAGCGTTGAGGGTTGTCTGGAGGCCAT
AGAGAAAGCTACAAAGGGAGACAATCGTGGTTTGGATAAGGAATGCTGCGACGCCATTCG
TGGCCTCGCCAATGACTGTTTGCCGATTATCTTCTCCGGAGGACCCGCCATTGGCTTAGT
CGTTCAAGCTGCTTGTTCCCGTATATCAGATGACGTTAATTAATTATAGTTCATAAGAGC
CAGGTCACTAATACAATTGTATCATGCATGGCTTTTTTAAAAAAAAGAAGGGGGAAAAGA
GACAGATATGTCAAACGTCAATAAACTGCTATAT

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR3FD54TF 454 0 0
TTTTTGTTTTGTCTCTCTCGAATTAATAGAAATGGAGCCGAAGCAGATCAAAGCTATGTT
CTTTTTCTTAACAATGATTATGGCTTTGGTTTGTCATCATCAATCAGAAGCTATGCCATA
TATTGGTCGACTGAAATGCATTATATCACTAAGGAGCGTTGAGGGTTGTCTGGAGGCCAT
AGAGAAAGCTACAAAGGGAGACAATCGTGGTTTGGATAAGGAATGCTGCGACGCCATTCG
TGGCCTCGCCAATGACTGTTTGCCGATTATCTTCTCCGGAGGACCCGCCATTGGCTTAGT
CGTTCAAGCTGCTTGTTCCCGTATATCAGATGACGTTAATTAATTATAGTTCATAAGAGC
CAGGTCACTAATACAATTGTATCATGCATGGCTTTTTTAAAAAAAAGAAGGGGGAAAAGA
GACAGATATGTCAAACGTCAATAAACTGCTATAT

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR3GA96JQ 505 0 0
TCTCTCGAATTAATAGAAATGGAGCCGAAGCAGATCAAAGCTATGTTCTTTTTCTTAACA
ATGATTATGGCTTTGGTTTGTCATCATCAATCAGAAGCTATGCCATATATTGGTCGACTG
AAATGCATTGTATCACTAAGGAGCGTTGAGGGTTGTCTGGAGGCCATAGAGAAAGCTACA
AAGGGAGACAATCGTGGTTTGGATAAGGAATGCTGCGACGCCGTTCGTGGCCTCGCCAAT
GACTGTTTGCCGATTATCTTCTCCGGAGGACCCGCCATTGGCTTAGTCGTTCAAGCTGCT
TGTTCCCGTATATCAGATGACGTTAATTAATTATAGTTCATAAGAGCCAGGTCACTAATA
CAATTGTATCATGCATGGCTTTTTTAAAAAAAAGAAGGGGGAAA*GAGACAGATATGTCA
AACGTCAATAAACTGCTATATAATTTTCTTGACCGAAGAGATATGAATCAAAAAGTAGAA
ACAATATCTATATTGGAGATTTGTT

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 3

CO CL2510Contig1 948 3 8 U
ATACTAATGTGTAGATAATAGAGTAGCTCTGGTTTACAAGTACAGCTCATACATTTTAAA
CCGGTTAAAAAATTGTGATGACAGATGTACATATACAAAACTGTATAATGCTAAAAATGA
TAAAAAAAAATAGTGAATTCTATATTCAAGGAAAGCGGTGTCTAATCTGGTGCTAAATCA
AAATATCGAAGTATGGGAATGAAAAAAATCGTCAATGTCTCCAAGCAGCTATGTATGTTC
CTTGAGCATCTTCATCTTCAGATTTGTAGACAGCAAGAAAGCGGAAAAAAATAACCAGAC
ATGCAAGTTTCATCCGGATATCTGGATCTGTTACGGGTCTTTTTTCAAAGCATCTTAACA
GTCCTAGATACTCGCATCTCTTCGACACCACCAAAGAGCTCCGTCCAATATCATTCTCGT
TAATGTTTTTCTTCCCACCTTTAGCTGCCTGAAAAGTAGAAATCTAGCAAATTGACCTAG
GAAGGGGGGTTTTTCTGTTATATGGACGATCTTACCAAATGGTGACTCCATCATTGTCTT
CTCGGATCAGAATTGCTTAGCTCAGAGACCTATGTCGCTTCGGAGACACCACCGCCTCTG
GTTAGACATGGAATCTAGATTTGCTTAGCTCTGAGACCACCATCGCCTCTCTTGTGCCAT
CTCCAGTTCTAGTTAGCCATGGAATTTGAATTTACTTAGTTCTGAGCTTTTTTCAATAAA
CAGAGAACAAGAAAAGAGGAAACCATGACTTTTTCACTTTTTTTTTTAATGACTTTTTCA
CCTTGATATTATGATGAGAGAAGATGTTGAAATATGAAGGTTATAAGACGAAGAAAGAGA
GAAGAGTTGCAGGTTTCTAAGGAAATCAATGGTTTTTTGCAGAGAATCAAAAGTTTTTCT
TGAAATAGTCACTCCGAACTTCATCATTATTACACCGAAGCGTGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G432JQ U 11
AF RR3G406JQ U 1
AF RR3G432TF C 208
BS 1 96 RR3G406JQ
BS 97 97 RR3G432JQ
BS 98 113 RR3G406JQ
BS 114 114 RR3G432JQ
BS 115 163 RR3G406JQ
BS 164 164 RR3G432JQ
BS 165 548 RR3G406JQ
BS 549 948 RR3G432TF

RD RR3G432JQ 484 0 0
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AATTGTGATGACAGATGTACATATACAAAACTGTATAATGCTAAAAATGATAAAAAAAAA
TAGTGAATTCTATATTCAAGGAAAGCGGTGTCTATTCTGGTGCTAAATCAAAATATCGAA
GTATGGGAATGAAAAAAATCGTCAATGTCTCCAAGCAGCTATGTATGTTCCTTGAGCATC
TTCATCTTCAGATTTGTAGACAGCAAGAAAGCGGAAAAAAATAACCAGACATGCAAGTTT
CATCCGGATATCTGGATCTGTTACGGGTCTTTTTTCAAAGCATCTTAACAGTCCTAGATA
CTCGCATCTCTTCGACACCACCAAAGAGCTCCGTCCAATATCATTCTCGTTAATGTTTTT
CTTCCCACCTTTAGCTGCCTGAAAAGTAGAAATCTAGCAAATTGACCTAGGAAGGGGGGG
TTTT

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR3G406JQ 559 0 0
ATACTAATGTGTAGATAATAGAGTAGCTCTGGTTTACAAGTACAGCTCATACATTTTAAA
CCGGTTAAAAAATTGTGATGACAGATGTACATATACGAAACTGTATAATGCTAGAAATGA
TAAAAAAAAATAGTGAATTCTATATTCAAGGAAAGCGGTGTCTGATCTGGTGCTAAATCA
AAATATCGAAGTATGGGAATGAAAAAAATCGTCAATGTCTCCAAGCAGCTATGTATGTTC
CTTGAGCATCTTCATCTTCAGATTTGTAGACAGCAAGAAAGCGGAAAAAAATAACCAGAC
ATGCAAGTTTCATCCGGATATCTGGATCTGTTACGGGTCTTTTTTCAAAGCATCTTAACA
GTCCTAGATACTCGCATCTCTTCGACACCACCAAAGAGCTCCGTCCAATATCATTCTCGT
TAATGTTTTTCTTCCCACCTTTAGCTGCCTGAAAAGTAGAAATCTAGCAAATTGACCTAG
GAAGGGGGGTTTTTCTGTTATATGGACGATCTTACCAAATGGTGACTCCATCATTGTCTT
CTCGGATC
TATAAAAAAAA

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3G432TF 741 0 0
ATCGTCAATGTCTCCAAGCAGCTATGTATGTTC*TTGAGCATCTTCATCTTCAGATTTGT
AGACAGCAAGAAAGCGGAAAAAAATAACCAGACATGCAAGTTTCATCCGGATATCTGGAT
CTGTTACGGGTCTTTTTTCAAAGCATCTTAACAGTCCTAGATACTCGCATCTCTTCGACA
CCACCAAAGAGCTCCGTCCAATATCATTCTCGTTAATGTTTTTCTTCCCACCTTTAGCTG
CCTGAAAAGTAGAAATCTAGCAAATTGACCTAGGAAGGGGGGTTTTTCTGTTATATGGAC
GATCTTACCAAATGGTGACTCCATCATTGTCTTCTCGGATCAGAATTGCTTAGCTCAGAG
ACCTATGTCGCTTCGGAGACACCACCGCCTCTGGTTAGACATGGAATCTAGATTTGCTTA
GCTCTGAGACCACCATCGCCTCTCTTGTGCCATCTCCAGTTCTAGTTAGCCATGGAATTT
GAATTTACTTAGTTCTGAGCTTTTTTCAATAAACAGAGAACAAGAAAAGAGGAAACCATG
ACTTTTTCACTTTTTTTTTTAATGACTTTTTCACCTTGATATTATGATGAGAGAAGATGT
TGAAATATGAAGGTTATAAGACGAAGAAAGAGAGAAGAGTTGCAGGTTTCTAAGGAAATC
AATGGTTTTTTGCAGAGAATCAAAAGTTTTTCTTGAAATAGTCACTCCGAACTTCATCAT
TATTACACCGAAGCGTGTGTC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 4

CO CL2511Contig1 471 4 4 U
AGTCGAAGATTATAAGATTTTGATCCAAATATATATGATTACATACCAAATTTAAGAAAA
TTTACCGAACAATAGAAAGAGATAGAGAAAGGGACATGAAAGGTGGGATGGTTGGATCAG
TAGCGGCAGATCTTGGCCGTAGGCATTGTGACACAAACTTGAGCGTATTTCTTCTTAGCC
GCTTCTGTCCCTCGTTTGGGCTCCTCCTCATCCGCCATGGCTACCTTAGCCAAGGCACAA
ACGGCTGAAGCTGCAGCCGTGAACATGAGATCCCTCCCCATTGTGGTGCTCTTCTGTTCC
TCCTTGGCCTTGACTTCTAAGCTGGGTGTGTTCTCGCTCGTTGAGGCTCTGACCATGGAC
ATCCTTCTTCCTGCGGTGGGTGACGGAAGCTTAGCGACGGCTGGGAAGAATGTTGCTGTC
ATTGTCATCGATGCCATTGCTCTCTCTGAATCGTTACCTATCGGTTAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK84JQ U 1
AF RR3EK84TF C 1
AF RR3DD68JQ U 7
AF RR3DD68TF C 7
BS 1 406 RR3EK84JQ
BS 407 407 RR3DD68JQ
BS 408 462 RR3EK84JQ
BS 463 471 RR3DD68JQ

RD RR3EK84JQ 464 0 0
AGTCGAAGATTATAAGATTTTGATCCAAATATATATGATTACATACCAAATTTAAGAAAA
TTTACCGAACAATAGAAAGAGATAGAGAAAGGGACATGAAAGGTGGGATGGTTGGATCAG
TAGCGGCAGATCTTGGCCGTAGGCATTGTGACACAAACTTGAGCGTATTTCTTCTTAGCC
GCTTCTGTCCCTCGTTTGGGCTCCTCCTCATCCGCCATGGCTACCTTAGCCAAGGCACAA
ACGGCTGAAGCTGCAGCCGTGAACATGAGATCCCTCCCCATTGTGGTGCTCTTCTGTTCC
TCCTTGGCCTTGACTTCTAAGCTGGGTGTGTTCTCGCTCGTTGAGGCTCTGACCATGGAC
ATCCTTCTTCCTGCGGTGGGTGACGGAAGCTTAGCGACGGCTGGGAGGAATGTTGCTGTC
ATTGTCATCGATGCCATTGCTCTCTCTGAATCGTTACCTATC
CC

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR3EK84TF 464 0 0
AGTCGA
AGATTATAAGATTTTGATCCAAATATATATGATTACATACCAAATTTAAGAAAATTTACC
GAACAATAGAAAGAGATAGAGAAAGGGACATGAAAGGTGGGATGGTTGGATCAGTAGCGG
CAGATCTTGGCCGTAGGCATTGTGACACAAACTTGAGCGTATTTCTTCTTAGCCGCTTCT
GTCCCTCGTTTGGGCTCCTCCTCATCCGCCATGGCTACCTTAGCCAAGGCACAAACGGCT
GAAGCTGCAGCCGTGAACATGAGATCCCTCCCCATTGTGGTGCTCTTCTGTTCCTCCTTG
GCCTTGACTTCTAAGCTGGGTGTGTTCTCGCTCGTTGAGGCTCTGACCATGGACATCCTT
CTTCCTGCGGTGGGTGACGGAAGCTTAGCGACGGCTGGGAGGAATGTTGCTGTCATTGTC
ATCGATGCCATTGCTCTCTCTGAATCGTTACCTATC
CC

QA 7 462 7 462
DS 

RD RR3DD68JQ 465 0 0
AGATTATAAGATTTTGATCCAAATATATATGATTACATACCAAATTTAAGAAAATTTACC
GAACAATAGAAAGAGATAGAGAAAGGGACATGAAAGGTGGGATGGTTGGATCAGTAGCGG
CAGATCTTGGCCGTAGGCATTGTGACACAAACTTGAGCGTATTTCTTCTTAGCCGCTTCT
GTCCCTCGTTTGGGCTCCTCCTCATCCGCCATGGCTACCTTAGCCAAGGCACAAACGGCT
GAAGCTGCAGCCGTGAACATGAGATCCCTCCTCATTGTGGTGCTCTTCTGTTCCTCCTTG
GCCTTGACTTCTAAGCTGGGTGTGTTCTCGCTCGTTGAGGCTCTGACCATGGACATCCTT
CTTCCTGCGGTGGGTGACGGAAGCTTAGCGACGGCTGGGAAGAATGTTGCTGTCATTGTC
ATCGATGCCATTGCTCTCTCTGAATCGTTACCTATCGGTTAGCCC

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR3DD68TF 465 0 0
AGATTATAAGATTTTGATCCAAATATATATGATTACATACCAAATTTAAGAAAATTTACC
GAACAATAGAAAGAGATAGAGAAAGGGACATGAAAGGTGGGATGGTTGGATCAGTAGCGG
CAGATCTTGGCCGTAGGCATTGTGACACAAACTTGAGCGTATTTCTTCTTAGCCGCTTCT
GTCCCTCGTTTGGGCTCCTCCTCATCCGCCATGGCTACCTTAGCCAAGGCACAAACGGCT
GAAGCTGCAGCCGTGAACATGAGATCCCTCCTCATTGTGGTGCTCTTCTGTTCCTCCTTG
GCCTTGACTTCTAAGCTGGGTGTGTTCTCGCTCGTTGAGGCTCTGACCATGGACATCCTT
CTTCCTGCGGTGGGTGACGGAAGCTTAGCGACGGCTGGGAAGAATGTTGCTGTCATTGTC
ATCGATGCCATTGCTCTCTCTGAATCGTTACCTATC
GGTTAGCCC

QA 1 456 1 456
DS 



AS 1 3

CO CL2512Contig1 470 3 3 U
TTTTTCACATTCGGCGGTGGTGCTCGTATCGAAATGGCGAAGAGAACGAAGAAGGTTGGA
ATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGATATGGAGCGAGTATCAGGAAGCAGATCAAGAAGATG
GAGGTGAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGTGAGTTCTGCGGCAAGTACGGAGTGAAGCGA
AAGGCCGTTGGAATCTGGGGATGCAAGGATTGTGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCCTAC
ACCATGAACACCGCCAGTGCCGTCACCGTTAGAAGCACCATCAGGAGGTTGAGGGAGCAG
ATCGAGGGTTAAAAAATCTTCATATGATTTGTCGTCATTCAATTGGCTTCTTCGCTTTTT
TTGACAATCATATGCTATGCTTATCTTTCTTATTCAAGACGCTGTTACATTTAGCCATGA
ATCTATGTTTTGTTGGATTTTTTGGAGTTCCTTAATGAGTTATCGTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C861JQ C 1
AF RR3EV48TF U 1
AF RR3C861TF U 6
BS 1 5 RR3C861JQ
BS 6 437 RR3EV48TF
BS 438 470 RR3C861TF

RD RR3C861JQ 470 0 0
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ATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGATATGGAGCGAGTATCAGGAAGCAGATCAAGAAGATG
GAGGTGAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGTGAGTTCTGCGGCAAGTACGGAGTGAAGCGA
AAGGCCGTTGGAATCTGGGGATGCAAGGATTGTGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCCTAC
ACCATGAACACCGCCAGTGCCGTCACCGTTAGAAGCACCATCAGGAGGTTGAGGGAGCAG
ATCGAGGGTTAAAAAATCTTCATATGATTTGTCGTCATTCAATTGGCTTCTTCGCTTTTT
TTGACAATCATATGCTATGCTTATCTTTCTTATTCAAGACGCTGTTACATTTAGCCATGA
ATCTATGTTTTGTTGGATTTTTTGGAGTTCCTTAATGAGTTATCGTTTAC

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR3EV48TF 440 0 0
TTTTT
CACATTCGGCGGTGGTGCTCGTATCGAAATGGCGAAGAGAACGAAGAAGGTTGGAATCGT
CGGCAAGTACGGTACTCGATATGGAGCGAGTATCAGGAAGCAGATCAAGAAGATGGAGGT
GAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGTGAGTTCTGCGGCAAGTACGGAGTGAAGCGAAAGGC
CGTTGGAATCTGGGGATGCAAGGATTGTGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCCTACACCAT
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GGGTTAAAAAATCTTCATATGATTTGTCGTCATTCAATTGGCTTCTTCGCTTTTTTTGAC
AATCATATGCTATGCTTATCTTTCTTATTCAAGACGCTGTTACATTTAGCCATGAATCTA
TGTTTTGTTGGA
TTT

QA 6 437 6 437
DS 

RD RR3C861TF 465 0 0
CACATTCGGCGGTGGTGCTCGTATCGAAATGGCGAAGAGAACGAAGAAGGTTGGAATCGT
CGGCAAGTACGGTACTCGATATGGAGCGAGTATCAGGAAGCAGATCAAGAAGATGGAGGT
GAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGTGAGTTCTGCGGCAAGTACGGAGTGAAGCGAAAGGC
CGTTGGAATCTGGGGATGCAAGGATTGTGGCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCCTACACCAT
GAACACCGCCAGTGCCGTCACCGTTAGAAGCACCATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGA
GGGTTAAAAAATCTTCATATGATTTGTCGTCATTCAATTGGCTTCTTCGCTTTTTTTGAC
AATCATATGCTATGCTTATCTTTCTTATTCAAGACGCTGTTACATTTAGCCATGAATCTA
TGTTTTGTTGGATTTTTTGGAGTTCCTTAATGAGTTATCGTTTAC

QA 1 465 1 465
DS 



AS 1 4

CO CL2513Contig1 716 4 6 U
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CAAGGTTAAGTGATCAAAGACAAAGACGGAAGGTAAGCACATTTCTCAGTTCTAGAATTG
TCACAAACATTCATTGGTTCAAGAACCGGCATGGCGGAAATAGAGAACCGAGCGGTAGAG
AGCAGCAACATGGAGGAAACAAATCAAGGCTATGAGTAGATCATCAAGCAAACCGACAAC
CCCCAGAACTCCTTCTGGAATGATATCTATTGGACTGACTATGTAAACAGCACTGAGAAT
CATTGCAATATAAGCTCGAGCTCTGATGACAAGTGGAAGTGTTCTTTGTGGATCCATCAT
TTCCCGCAACAATCTCCGAAGTAAGAACGGAAGGTCTTGCATCCTCTGAATTAAACTAGT
TGATTGTCCACCAAAGCGTCGGTTGTAGGTTTCAAGATTAGCAAGAACCTCGGTAACTGT
AGGATCATTACGGTCTCTGATAGTGTCCTCTGTAGGGACGAGCAAGCTTATGGGACGACG
ACACAAGGGGCATTTGCATGGCTGTAATATAGATCCATGACTCCACACAAGCATGATGCA
ATTTCCGCAGAACCAA*TGAGAGCAATTGGCTTGGCAAGGAGCAGTAAAGTGGGAATGAC
ATATCGAGCAAAGATCGTTCTCCGGTGGCCCATTCATCTCCTCCTCCGACGTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GQ28JQ U 1
AF RR3GQ28TF C 48
AF RR3GJ26TF C 29
AF RR3GJ26JQ U 61
BS 1 93 RR3GQ28JQ
BS 94 94 RR3GJ26JQ
BS 95 113 RR3GQ28JQ
BS 114 114 RR3GJ26JQ
BS 115 294 RR3GQ28JQ
BS 295 716 RR3GJ26JQ

RD RR3GQ28JQ 294 0 0
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CAAGGTTAAGTGATCAAAGACAAAGACGGAAGGGAAGCACATTTCTCAGTTCTTGAATTG
TCACAAACATTCATTGGTTCAAGAACCGGCATGGCGGAAATAGAGAACCGAGCGGTAGAG
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CCCCAGAACTCCTTCTGGAATGATATCTATTGGACTGACTATGTAAACAGCACT

QA 1 294 1 294
DS 

RD RR3GQ28TF 584 0 0
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AGTTCTTGAATTGTCACAAACATTCATTGGT*CAAGAACCGGCATGGCGGAAATAGAGAA
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GCAAACCGACAACCCCCAGAACTCCTTCTGGAATGATATCTATTGGACTGACTATGTAAA
CAGCACTGAGAATCATTGCGATATAAACTCGAGCTCTGATGACAAGTGGAAGTGTTCTTT
GTGGATCCATCATTTCCCGCAACAATCTCCGAAGTAAGAACGGAAGGTCTTGCATCCTCT
GAATTAAACTAGTTGATTGTCCACCAAAGCGTCGGTTGTAGGTTTCAAGATCAGCAAGAA
CCTCGGTAACTGTAGGATCATTACGGTCTCTGATAGTGTCCTCTGTAGGGACGAGCAAAC
TTATGGGACGACGACACAAGGGGCATTTGCATGGCTGTAATATAGATCCATGCCTCCACA
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ATTGG

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3GJ26TF 688 0 0
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GAAGGTAAGCACATTTCTCAGTTCTAGAATTGTCACAAACATTCATTGGTTCAAGAACCG
GCATGGCGGAAATGGAGAACCGAGCGGTAGAGAGCAGCAACATGGAGGAAACAAATCAAG
GCTATGAGTAGATCATCAAGCAAACCGACAACCCCCAGAACTCCTTCTGGAATGATATCT
ATTGTACTGACTATGTAAACAGCACTGAGAATCATTGCAATATAAGCTCGAGCTCTGATG
ACAAGTGGAAGTGTTCTTTGTGGATCCATCATTTCCCGCAACAATCTCCGAAGTAAGAAC
GGAAGGTCTTGCATCCTCTGAATTAAACTAGTTGATTGTCCACCAAAGCGTCGGTTGTAG
GTTTCAAGATTAGCAAGAACCTCGGTAACTGTAGGATCATTACGGTCTCTGATAGTGTCC
TCTGTAGGGACGAGCAAGCTTATGGGACGACGACACAAGGGGCATTTGCATGGCTGTAAT
ATAGATCCATGACTCCACACAAGCATGATGCAATTTCCGCAGAACCAA*TGAGAGCAATT
GGCTTGGCAAGGAGCAGTAAAGTGGGAATGACATATCGAGCAAAGATCGTTCTCCGGTGG
CCCATTCATCTCCTCCTCCGACGTTCTC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3GJ26JQ 656 0 0
CAAGGTTAAGTGATCAAAGACAAAGACGGAAGGTAAGCACATTTCTCAGTTCTAGAATTG
TCACAAACATTCATTGGTTCAAGAACCGGCATGGCGGAAATGGAGAACCGAGCGGTAGAG
AGCAGCAACATGGAGGAAACAAATCAAGGCTATGAGTAGATCATCAAGCAAACCGACAAC
CCCCAGAACTCCTTCTGGAATGATATCTATTGTACTGACTATGTAAACAGCACTGAGAAT
CATTGCAATATAAGCTCGAGCTCTGATGACAAGTGGAAGTGTTCTTTGTGGATCCATCAT
TTCCCGCAACAATCTCCGAAGTAAGAACGGAAGGTCTTGCATCCTCTGAATTAAACTAGT
TGATTGTCCACCAAAGCGTCGGTTGTAGGTTTCAAGATTAGCAAGAACCTCGGTAACTGT
AGGATCATTACGGTCTCTGATAGTGTCCTCTGTAGGGACGAGCAAGCTTATGGGACGACG
ACACAAGGGGCATTTGCATGGCTGTAATATAGATCCATGACTCCACACAAGCATGATGCA
ATTTCCGCAGAACCAA*TGAGAGCAATTGGCTTGGCAAGGAGCAGTAAAGTGGGAATGAC
ATATCGAGCAAAGATCGTTCTCCGGTGGCCCATTCATCTCCTCCTCCGACGTTCTC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 4

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TTTTTTTTTCGTAAAAAAAAACATCAATGATGATAAATATATCAAATATTTTGTTTTCAA
ATATTCTAATCATTATTCGAGAATATAACAAATCATTTGTAAGTTTCACTGTTAACTACA
GATGAAACTTCTTTTGTTTTTAAAGTTTTAGTGACATTGAAATCAATCAAAATGAAAGGT
GTCTCATCTCTTGTGTACTGTCATGTTTGCGATGAGAGGTTGGAAGAAAGACTGGTCAAA
AGACTTCAAAGCTGTGGTGACTTCGTTGTATCTCCAACCATTTTTAATGCAACGCATGGC
TCATCCACTGGTACAAAATGACCAGCTCCAAGAATCCAGTAGAAATGGAGATTTTTGAAT
GATTTGGTGAATCCTCTTGTTGTCGTTCTATCATTTTCACAATATAGTGGCTCTCTTTCC
ATCTTCGTAAACTCTTGTAGCCCCTCCACTTGAGCTTGCGAACCCATGCTTCAGTACCAC
TTGTTGAGCAGATAACATCAAGTTGTCCATTGTAGATGGCCACATCTATTCCCTTGGCAA
GAAGTTCATCGACGCCTTCGATTGTGGATCTCATAAAATCAGATTGCATCGCTGTAAACA
CATTACCCGAATTGTTCCCCCATACGAGGTCTTTAGGAATAATCTTGAGCTTCTTTTTGA
TAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 

AF RR3C633TF C 1
AF RR3A013JQ U 10
AF RR3A013TF C 10
AF RR3C633JQ U 10
BS 1 9 RR3C633TF
BS 10 225 RR3A013JQ
BS 226 226 RR3C633JQ
BS 227 331 RR3A013JQ
BS 332 332 RR3C633JQ
BS 333 341 RR3A013JQ
BS 342 342 RR3C633JQ
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BS 491 491 RR3C633JQ
BS 492 665 RR3A013JQ

RD RR3C633TF 665 0 0
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ATATTCTAATCATTATTCGAGAATATAACAAATCATTTGTAAGTTTCACTGTTAACTACA
GATGAAACTTCTTTTGTTTTTAAAGTTTTAGTGACATTGAAATCAATCAGAATGAAAGGT
GTCTCATCTCTTGTGTACTGTCATGTTTGCGATGAGAGGTTGGAAGAAAGACTGGTCAAA
AGACTTCAAAGCTGTGGTGACTTCGTTGTATCTCCAACCATTTTTAATGCAACGCATGGC
TCATCCACTGGTACAAAATGACCAGCTCCAAGAATCCAGTAGAAATGGAGATTTTTGAAT
GATTTGGTGAATCCTCTTGTTGTCGTTCTATCATTTTCACAATATAGTGGCTCTCTTTCC
ATCTTCGTAAACTCTTGTAGCCCCTCCACTTGAGCTTGCGAACCCATGCTTCAGTACCAC
TTGTTGAGCAGATAACATCAAGTTGTCCATTGTAGATGGCCACATCTATTCCCTTGGCAA
GAAGTTCATCGACGCCTTCGATTGTGGATCTCATAAAATCAGATTGCATCGCTGTAAACA
CATTACCCGAATTGTTCCCCCATACGAGGTCTTTAGGAATAATCTTGAGCTTCTTTTTGA
TAACC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3A013JQ 656 0 0
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TCATTATTCGAGAATATAACAAATCATTTGTAAGTTTCACTGTTAACTACAGATGAAACT
TCTTTTGTTTTTAAAGTTTTAGTGACATTGAAATCAATCAAAATGAAAGGTGTCTCATCT
CTTGTGTACTGTCATGTTTGCGATGAGAGGTTGGAAAAAAGACTGGTCAAAAGACTTCAA
AGCTGTGGTGACTTCGTTGTATCTCCAACCATTTTTAATGCAACGCATGGCTCATCCACT
GGTACAAAATGACCAGCTCCAAAAATCCAGTAAAAATGGAGATTTTTGAATGATTTGGTG
AATCCTCTTGTTGTCGTTCTATCATTTTCACAATATAGTGGCTCTCTTTCCATCTTCGTA
AACTCTTGTAGCCCCTCCACTTGAGCTTGCGAACCCATGCTTCAGTACCACTTGTTGAGC
AAATAACATCAAGTTGTCCATTGTAGATGGCCACATCTATTCCCTTGGCAAGAAGTTCAT
CGACGCCTTCGATTGTGGATCTCATAAAATCAGATTGCATCGCTGTAAACACATTACCCG
AATTGTTCCCCCATACGAGGTCTTTAGGAATAATCTTGAGCTTCTTTTTGATAACC

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3A013TF 656 0 0
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TCATTATTCGAGAATATAACAAATCATTTGTAAGTTTCACTGTTAACTACAGATGAAACT
TCTTTTGTTTTTAAAGTTTTAGTGACATTGAAATCAATCAGAATGAAAGGTGTCTCATCT
CTTGTGTACTGTCATGTTTGCGATGAGAGGTTGGAAGAAAGACTGGTCAAAAGACTTCAA
AGCTGTGGTGACTTCGTTGTATCTCCAACCATTTTTAATGCAACGCATGGCTCATCCACT
GGTACAAAATGACCAGCTCCAAGAATCCAGTAGAAATGGAGATTTTTGAATGATTTGGTG
AATCCTCTTGTTGTCGTTCTATCATTTTCACAATATAGTGGCTCTCTTTCCATCTTCGTA
AACTCTTGTAGCCCCTCCACTTGAGCTTGCGAACCCATGCTTCAGTACCACTTGTTGAGC
AGATAACATCAAGTTGTCCATTGTAGATGGCCACATCTATTCCCTTGGCAAGAAGTTCAT
CGACGCCTTCGATTGTGGATCTCATAAAATCAGATTGCATCGCTGTAAACACATTACCCG
AATTGTTCCCCCATACGAGGTCTTTAGGAATAATCTTGAGCTTCTTTTTGATAACC

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3C633JQ 656 0 0
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TCATTATTCGAGAATATAACAAATCATTTGTAAGTTTCACTGTTAACTACAGATGAAACT
TCTTTTGTTTTTAAAGTTTTAGTGACATTGAAATCAATCAAAATGAAAGGTGTCTCATCT
CTTGTGTACTGTCATGTTTGCGATGAGAGGTTGGAAGAAAGACTGGTCAAAAGACTTCAA
AGCTGTGGTGACTTCGTTGTATCTCCAACCATTTTTAATGCAACGCATGGCTCATCCACT
GGTACAAAATGACCAGCTCCAAGAATCCAGTAGAAATGGAGATTTTTGAATGATTTGGTG
AATCCTCTTGTTGTCGTTCTATCATTTTCACAATATAGTGGCTCTCTTTCCATCTTCGTA
AACTCTTGTAGCCCCTCCACTTGAGCTTGCGAACCCATGCTTCAGTACCACTTGTTGAGC
AGATAACATCAAGTTGTCCATTGTAGATGGCCACATCTATTCCCTTGGCAAGAAGTTCAT
CGACGCCTTCGATTGTGGATCTCATAAAATCAGATTGCATCGCTGTAAACACATTACCCG
AATTGTTCCCCCATACGAGGTCTTTAGGAATAATCTTGAGCTTCTTTTTGATAACC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 2 4

CO CL2515Contig1 408 2 3 U
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AGATGAGGTTGTTCGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAGTGGAAACGTACTTGGC
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AGAGAATCCTGCATACTTGTTCTGTGATCTCTCGTTTCCTTTCATTTTTTTTTTGTCTTT
TTCACAACTCTCTAAACAGTGCAAGTTTGAAATGGATTGGTTCCAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3B281JQ C 1
AF RR3B281TF U 1
BS 1 8 RR3B281JQ
BS 9 405 RR3B281TF
BS 406 408 RR3B281JQ

RD RR3B281JQ 408 0 0
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CTGAGGAAGGCGCCAAGAACTCCAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCGACTGATG
TGAAATCTACTTCGAAGAGTGCTTCTGGCTTTTAAACTTTATTCTAATAAACATAAAAAG
AGAGAATCCTGCATACTTGTTCTGTGATCTCTCGTTTCCTTTCATTTTTTTTTTGTCTTT
TTCACAACTCTCTAAACAGTGCAAGTTTGAAATGGATTGGTTCCAAGC

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3B281TF 408 0 0
GGATCGTC
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TTGTTCGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAGTGGAAACGTACTTGGCCGTTTCTC
ACCGGATTCGCCGTAACAGGCGTCCTCATCACCAAGCTCACCGCTGGATTCACTGAGGAA
GGCGCCAAGAACTCCAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCGACTGATGTGAAATCT
ACTTCGAAGAGTGCTTCTGGCTTTTAAACTTTATTCTAATAAACATAAAAAGAGAGAATC
CTGCATACTTGTTCTGTGATCTCTCGTTTCCTTTCATTTTTTTTTTGTCTTTTTCACAAC
TCTCTAAACAGTGCAAGTTTGAAATGGATTGGTTCCA
AGC

QA 9 405 9 405
DS 



CO CL2515Contig2 396 2 3 U
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GCCAAGAACTCCAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCGACTGATGTGAAATCTATT
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ACATACTTGTTTTGTGATCTCTCGTTCCTTTCATTTTTTTTTGCCTTTTCACAACTCTCT
AAACAGTGCAAGTTTGAAATGGATTGATTCCAGTCT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3E082JQ C 1
AF RR3E082TF U 1
BS 1 1 RR3E082JQ
BS 2 392 RR3E082TF
BS 393 396 RR3E082JQ

RD RR3E082JQ 396 0 0
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TTCGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAGTGGAAACGTACTTGGCCGTTTCTCACC
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GCCAAGAACTCCAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCGACTGATGTGAAATCTATT
TCGAAAAGTGCTTCTGGCTTTCAAACTTTATTCTAATAAACATAAAAAAGAGAGAATCCT
ACATACTTGTTTTGTGATCTCTCGTTCCTTTCATTTTTTTTTGCCTTTTCACAACTCTCT
AAACAGTGCAAGTTTGAAATGGATTGATTCCAGTCT

QA 1 396 1 396
DS 

RD RR3E082TF 396 0 0
G
AAAGCAGTCATCTGAAACCAACATTTCGAGAGAGAGAGATTTTGAGAGAGATGAGGTTGT
TCGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAGTGGAAACGTACTTGGCCGTTTCTCACCG
GATTCGCCGTAACAGGCGTCCTCATCACCAAACTCACCGCTGGATTCACTGAGGAAGACG
CCAAGAACTCCAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCGACTGATGTGAAATCTATTT
CGAAAAGTGCTTCTGGCTTTCAAACTTTATTCTAATAAACATAAAAAAGAGAGAATCCTA
CATACTTGTTTTGTGATCTCTCGTTCCTTTCATTTTTTTTTGCCTTTTCACAACTCTCTA
AACAGTGCAAGTTTGAAATGGATTGATTCCA
GTCT

QA 2 392 2 392
DS 



AS 1 2

CO CL2516Contig1 714 2 3 U
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TCTAGAAGCAGGACTAGAGACAGAGAGACAAATGTAATGAAAGTAGTCAACTAACTTTTG
AACCTTTTATTTCAACGGCTTTCCTCTGACCGCGTCTTCCTCAACCTCCCGCGAGTCATC
CTGATTGTCTGCTCCATAACTGTCTCCTTTGGACCTTCCGGGTTCGCGTTTTCACTCACT
GATTCCGCTTCCCCTTCGCCTTCCACTTCTTCTATCTGCATTGGTTCCGCATCCACTTGG
GAGGTTGATTGGGTTGGGGGAGAAGAGACTAACTTTTGTACTATCTGAGTGATACCCGGG
GTTTTGGTATCTGTGGCTGGTCCAGAAGTAGCTTTTGAAGGGCCTGCTGCTTTACTGGTA
GCATCATTACCGTCACTGTCGCTTGAAGATGAGCTAGACGACGCTGCTTCTTCAGGTTCT
GTTTGAACGCTTGGCTGCCACAAGCCAGTTATCCCTGTGGTAACTTTTCTGACACCTCTA
GCTTCAAATTCCGAAGGTCTAAAGGATCGATAGGCCACGCTTTCACGGTTCGTATTCGTA
CTGAAAATCAAAATCAAACGAGCTTTTACCCTTTTGTTCCACACAAAATTTCTGTTCTCG
TTGAGCTCATCTTAGGACACCTGCGTTATCTTTTAACAGATGTGCCGCCCCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C285TF C 1
AF RR3DW40JQ U 581
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BS 688 714 RR3C285TF

RD RR3C285TF 714 0 0
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TCTAGAAGCAGGACTAGAGACAGAGAGACAAATGTAATGAAAGTAGTCAACTAACTTTTG
AACCTTTTATTTCAACGGCTTTCCTCTGACCGCGTCTTCCTCAACCTCCCGCGAGTCATC
CTGATTGTCTGCTCCATAACTGTCTCCTTTGGACCTTCCGGGTTCGCGTTTTCACTCACT
GATTCCGCTTCCCCTTCGCCTTCCACTTCTTCTATCTGCATTGGTTCCGCATCCACTTGG
GAGGTTGATTGGGTTGGGGGAGAAGAGACTAACTTTTGTACTATCTGAGTGATACCCGGG
GTTTTGGTATCTGTGGCTGGTCCAGAAGTAGCTTTTGAAGGGCCTGCTGCTTTACTGGTA
GCATCATTACCGTCACTGTCGCTTGAAGATGAGCTAGACGACGCTGCTTCTTCAGGTTCT
GTTTGAACGCTTGGCTGCCACAAGCCAGTTATCCCTGTGGTAACTTTTCTGACACCTCTA
GCTTCAAATTCCGAAGGTCTAAAGGATCGATAGGCCACGCTTTCACGGTTCGTATTCGTA
CTGAAAATCAGAATCAAACGAGCTTTTACCCTTTTGTTCCACACGAGATTTCTGTTCTCG
TTGAGCTCATCTTAGGACACCTGCGTTATCTTTTAACAGATGTGCCGCCCCAGC

QA 1 714 1 714
DS 

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ACACAAAATTTCTGTTCTCGTTGAGCTCATCTTAGGACACCTGCGTT

QA 1 107 1 107
DS 



AS 1 2

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ATCATCCTTTTGCTGAGATCTAACCATGGCGGATGTGGAACCAGAGGTTGCTGCTGCAGG
AGTCCCGAAGAAGAGGACGTTCAAGAAGTTCGCCTTCAAAGGAGTCGATCTCGATGCTCT
TCTCGACATGTCTACCGACGATCTCGTCAAACTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTT
CTCTAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTGATTAAGAAGCTCCGTAAGGCGAAAAG
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CGTCCCTGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGCCTACAACGGAAAGACTTTCAACCAGGT
CGAGATCAAGCCCGAGATGATTGGTCACTACCTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAAGCC
GGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGATTCATTCCTCTCAA
GTGAAGACCTTGCGGGAATGCGTTCCATCTCTTTACATGGTCTCTTGCCTTGGTTTCTCA
AAGTTTGTTGACCCTTTTTTTGTTGTTGCTTCATGATGAAAACTTCTTTAGATACTATCT
CTCAACTATTATGTGACCAGGATCTT


BQ
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AF RR3EV57TF U 1
AF RR3EV57JQ C 226
BS 1 686 RR3EV57TF

RD RR3EV57TF 686 0 0
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TCTCGACATGTCTACCGACGATCTCGTCAAACTCTTCCCTTCTCGTATTCGCAGAAGGTT
CTCTAGAGGTTTGACCAGGAAGCCAATGGCTCTGATTAAGAAGCTCCGTAAGGCGAAAAG
GGAGGCACCGCAAGGGGAGAAGCCTGAGCCAGTGAGAACCCATTTGAGGAACATGATCAT
CGTCCCTGAGATGATCGGAAGCATCATTGGAGCCTACAACGGAAAGACTTTCAACCAGGT
CGAGATCAAGCCCGAGATGATTGGTCACTACCTGGCTGAGTTCTCCATCTCATACAAGCC
GGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAGATTCATTCCTCTCAA
GTGAAGACCTTGCGGGAATGCGTTCCATCTCTTTACATGGTCTCTTGCCTTGGTTTCTCA
AAGTTTGTTGACCCTTTTTTTGTTGTTGCTTCATGATGAAAACTTCTTTAGATACTATCT
CTCAACTATTATGTGACCAGGATCTT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3EV57JQ 461 0 0
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GACTTTCAACCAGGTCGAGATCAAGCCCGAGATGATTGGTCACTACCTGGCTGAGTTCTC
CATCTCATACAAGCCGGTTAAGCACGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCTACCCACTCCTCCAG
ATTCATTCCTCTCAAGTGAAGACCTTGCGGGAATGCGTTCCATCTCTTTACATGGTCTCT
TGCCTTGGTTTCTCAAAGTTTGTTGACCCTTTTTTTGTTGTTGCTTCATGATGAAAACTT
CTTTAGATACTATCTCTCAACTATTATGTGACCAGGATCTT

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 2

CO CL2518Contig1 972 2 8 U
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GGGTTCCTCGATCCCACCGGCTCCGGCACATGTGGAGAGAGTATATACGGAGGTGTCTTT
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GAGAGTTCATCGAATACTAATGGTAGCCAGTTCTTTTTCACTTTGGATAAGTGTGATTGG
CTTGATAAGAAGCACACTATCTTTGGAAAGGTAACGGGTGATTCAATCTTTAATCTTCTA
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TTATTTGTTGAGGTTCTGTGGAACCCTTTCGAAGATATTGTTCCTAGAGTGTTAGCAAAG
ACCTCACATGCTCCTGTTGATGAAGTCAAGGAATCCCCCAAAAAAGCCTGTGAAGAAATT
GAATCTACTGTCATTCAGAGAAGAAGCTGAGGAAGAGGACAAGGAACTGGCAGCTGTAAA
GCAAAAGATTAAGAGCAGTCATGACGTGTTGAACGATCCTCGACTATTGAAGCCAGAATC
TACAAATAAAGAACGGAATGCGTCTGACTTGAAGGAGGTGCTATCTGTGCGGGAAGCTCT
CGATCTAAGAAGGAAGATGCTCAAAAAGAGAAAAGCTGGCCTGTATCCGATCCAGTTGGA
CATAGTGATGATGACGATGATGGTGGAGACGTGTCTAAATTTGATGCAAAGATGAGGAAT
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AAGTAATTAGTTTGTCCATCTCTCAAAGCTGATATATAGAACTTATGAATTACATAACAA
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TCAAACCAACTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI71TF U 1
AF RR3DI71JQ C 308
BS 1 637 RR3DI71TF
BS 638 638 RR3DI71JQ
BS 639 672 RR3DI71TF
BS 673 673 RR3DI71JQ
BS 674 686 RR3DI71TF
BS 687 687 RR3DI71JQ
BS 688 771 RR3DI71TF
BS 772 972 RR3DI71JQ

RD RR3DI71TF 771 0 0
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GGGTTCCTCGATCCCACCGGCTCCGGCACATGTGGAGAGAGTATATACGGAGGTGTCTTT
TCCGATGAGTTCCACTCGAGGCTGAGATTTAACCACCGGGGGATTGTGGCTATGGCTATT
GAGAGTTCATCGAATACTAATGGTAGCCAGTTCTTTTTCACTTTGGATAAGTGTGATTGG
CTTGATAAGAAGCACACTATCTTTGGAAAGGTAACGGGTGATTCAATCTTTAATCTTCTA
AGACTAGGAGAGGTTGACATTGGTAAAGATGATCGTCCCCTGGATCCTGCTCCCAAAATA
TTATTTGTTGAGGTTCTGTGGAACCCTTTCGAAGATATTGTTCCTAGAGTGTTAGCAAAG
ACCTCACATGCTCCTGTTGATGAAGTCAAGGAATCCCCCAAAAAAGCCTGTGAAGAAATT
GAATCTACTGTCATTCAGAGAAGAAGCTGAGGAAGAGGACAAGGAACTGGCAGCTGTAAA
GCAAAAGATTAAGAGCAGTCATGACGTGTTGAACGATCCTCGACTATTGAAGCCAGAATC
TACAAATAAAGAACGGAATGCGTCTGACTTGAAGGAG*TGCTATCTGTGCGGGAAGCTCT
CGATCTAAGAAG*AAGATGCTCAAAA*GAGAAAAGCTGGCCTGTATCCGATCCAGTTGGA
CATAGTGATGATGACGATGATGGTGGAGACGTGTCTAAATTTGATGCAAAG

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3DI71JQ 665 0 0
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TTGAGGTTCTGTGGAACCCTTTCGAAGATATTGTTCCTAGAGTGTTAGCAAAGACCTCAC
ATGCTCCTGTTGATGAAGTCAAGGAATCCCCCAAAAAAGCCTGTGAAGAAATTGAATCTA
CTGTCATTCAGAGAAGAAGCTGAGGAAGAGGACAAGGAACTGGCAGCTGTAAAGCAAAAG
ATTAAGAGCAGTCATGACGTGTTGAACGATCCTCGACTATTGAAGCCAGAATCTACAAAT
AAAGAACGGAATGCGTCTGACTTGAAGGAGGTGCTATCTGTGCGGGAAGCTCTCGATCTA
AGAAGGAAGATGCTCAAAAAGAGAAAAGCTGGCCTGTATCCGATCCAGTTGGACATAGTG
ATGATGACGATGATGGTGGAGACGTGTCTAAATTTGATGCAAAGATGAGGAATCAGGGGC
TTAGCAGAAGGAAATAGATGGGAGATATTCTCCTCCAAAACCAACTCAGGAAAAAGTAAT
TAGTTTGTCCATCTCTCAAAGCTGATATATAGAACTTATGAATTACATAACAAAAGTTCA
AACCAACTCATTTATGTGCTTAGGGATGCTTCTAACCAAATTATAATAAAAGTTCAAACC
AACTC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 3

CO CL2519Contig1 1048 3 20 U
GAGAAAAATGTATCATTTCACACTTGTAACAAGAAAAAAAAATGTTCATTTGAGAACTTA
AAATGAGTTTTAAAGACAAGTTGTAAACTAGACAAATAGAGACCACTTCACAGGCAATCA
TTTGGTAAAATTATTCAGACATTTAAAGAAAAAACTTTATAGTAAAAAAAAAACAGAAAA
CCTTTAATCACTCTTAACATATAGGAATGGGAGCTCCGTTCCACTCATCGAGACACTCCA
TCAACGGATCAATGATCTTCCCTTCACAAATCGCCGTGAAAACCTTATCAAACTCTTCCC
CCGGCGACGTGACTTTCTCTCCGGTCAAAAGCTCTGTTCCAAGCTCCTCCCTCACGAACC
TATACAAAGGATACGACCTACACTCCTTGATCCTGTTCGGTATAGCAGCCGTACCGTTAT
CATACGCCGCTCTAGCTGCGTCCACTTCTTTAGGAAGCACCGCTTTGAGCTCCTCCTCAA
AAGCTCCAATTTTATGGAAGATCGAAGTCATTGCATTCTTCTCGCTCTCACCGTTGACCA
AAGCATGGTCAACGATGACTTGCCTCAGCTTCTGGATCAACGGGTACGTTGCGCTGCATG
GATCGTCCGCGTACGTGAAGACTTGCTCACGGTCCACGACTTTGAGTAAATCTTTCTCGC
AGAAGCGAGATGGGTGAAGCTCACCGTTGACTCCAGTGGTTAGAACTTTCTTAGCCACTT
GAGAGACTGTGTTCTTGACCGTTTGTTTTAGATTCTCCTCCAAGTGTCTTAGATCGACAG
CTTGGCAGATTCCACAAGGAACGTGGTTGACATGAGTTTGAGTATGTCGACAGCTTCAGC
TGTCTTGCGAGATGAGATCAGTCCTAAAGAGTTCACGTCTTGATTATGTTGGTCTGCTAA
TTGAACATGGCTAGTCACTGGATTGGCCAAGTACTGAAGCTCAGAACAGTACGAAGCCAT
CGCGATCTCCGCTCCTTTGAAACCGTAGTCCAAACTAGGGTTATTCGAAGCGGTTAGGTT
CGAAGGAAGACCGTTGTTGTAATAATCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD87JQ U 1
AF RR3AS68JQ U 1
AF RR3GD87TF C 397
BS 1 234 RR3AS68JQ
BS 235 235 RR3GD87JQ
BS 236 254 RR3AS68JQ
BS 255 255 RR3GD87JQ
BS 256 298 RR3AS68JQ
BS 299 299 RR3GD87JQ
BS 300 439 RR3AS68JQ
BS 440 440 RR3GD87JQ
BS 441 442 RR3AS68JQ
BS 443 444 RR3GD87JQ
BS 445 634 RR3AS68JQ
BS 635 635 RR3GD87TF
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BS 651 697 RR3AS68JQ
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BS 717 768 RR3AS68JQ
BS 769 1048 RR3GD87TF

RD RR3GD87JQ 469 0 0
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CAATGAGTTTTAAAGACAAGTTGTAAACTAGACAAATAGAGACCACTTCACAGGCAATCA
TTTGGTAAAATTATTCAGACATTTAAAGAAAAAACTTTATAGTAAAAAAAAAACAGAGAA
CCTTTAAT*ACTCTTAACATATAGGAATGGGAGCTCCGTTCCACTCATCGGGACACTCCA
TCAACGGATCAATGATCTTCCCTTCACAAATCGCCGTGAAAACCTTATCAAACTCTTCCC
CCGGCGACGTGACTTTCTCTCCGGTCAAAAGCTCTGTTCCAAGCTCCTCCCTCACGAACC
TATACAAAGGATACGACCTACACTCCTTGATCCTGTTCGGTATAGCAGCCGTACCGTTAT
CATACGCCGCTCTAGCTGCGTCCACTTCTTTAGGAAGCACCGCTTTGAG

QA 1 469 1 469
DS 

RD RR3AS68JQ 768 0 0
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AAATGAGTTTTAAAGACAAGTTGTAAACTAGACAAATAGAGACCACTTCACAGGCAATCA
TTTGGTAAAATTATTCAGACATTTAAAGAAAAAACTTTATAGTAAAAAAAAAACAGAAAA
CCTTTAATCACTCTTAACATATAGGAATGGGAGCTCCGTTCCACTCATCGAGACGCTCCA
TCAACGGATCAATGGTCTTCCCTTCACAAATCGCCGTGAAAACCTTATCAAACTCTTCTC
CCGGCGACGTGACTTTCTCTCCGGTCAAAAGCTCTGTTCCAAGCTCCTCCCTCACGAACC
TATACAAAGGATACGACCTACACTCCTTGATCCTGTTCGGTATAGCAGCCGTACCGTTAT
CATACGCCGCTCTAGCTGCATCG*CTTCTTTAGGAAGCACCGCTTTGAGCTCCTCCTCAA
AAGCTCCAATTTTATGGAAGATCGAAGTCATTGCATTCTTCTCGCTCTCACCGTTGACCA
AAGCATGGTCAACGATGACTTGCCTCAGCTTCTGGATCAACGGGTACGTTGCGCTGCATG
GATCGTCCGCGTACGTGAAGACTTGCTCACGGTCGACGACTTTGAGTAAGTCTTTCTCGC
AGAAGCGAGATGGGTGAAGCTCACCGTTGACTCCAGTTGTTAGAACTTTCTTAGCGACTT
GAGAGACTGTGTTCTTGACCGTTTGTTTTAGATTCTCCTCCAAGTGTC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3GD87TF 652 0 0
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GCACCGCTTTGAGCTCCTCCTCAAAAGCTCCAATTTTATGGAAGATCGAAGTCATTGCAT
TCTTCTCGCTCTCACCGTTGACCAAAGCATGGTCAACGATGACTTGCCTCAGCTTCTGGA
TCAACGGGTACGTTGCGCTGCATGGATCGTCCGCGTACGTGAAGACTTGCTCACGGTCCA
CGACTTTGAGTAAATCTTTCTCGCAGAAGCGTGATGGGTGAAGCTCACCGTTGACTCCAG
TGGTTAGAACTTTCTTAGCCACTTGTGAGACTGTGTTCTTGACCGTTTGTTTTAGATTCT
CCTCCAAGTGTCTTAGATCGACAGCTTGGCAGATTCCACAAGGAACGTGGTTGACATGAG
TTTGAGTATGTCGACAGCTTCAGCTGTCTTGCGAGATGAGATCAGTCCTAAAGAGTTCAC
GTCTTGATTATGTTGGTCTGCTAATTGAACATGGCTAGTCACTGGATTGGCCAAGTACTG
AAGCTCAGAACAGTACGAAGCCATCGCGATCTCCGCTCCTTTGAAACCGTAGTCCAAACT
AGGGTTATTCGAAGCGGTTAGGTTCGAAGGAAGACCGTTGTTGTAATAATCC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 4

CO CL2520Contig1 460 4 2 U
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CTCTGTACGGATTCGGCGGTTGATTCGATTGTTTCTGTTTCAGATTTTGTAAAATGTTTT
TATGAGAATCAATGGGAATAATAATATGGCATCTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3DB01JQ C 1
AF RR3DB01TF U 1
AF RR3CH29TF U 5
AF RR3CH29JQ C 50
BS 1 6 RR3DB01JQ
BS 7 460 RR3DB01TF

RD RR3DB01JQ 460 0 0
GGAATCACCAAACATATCACTCTTCTTTAATCGAAGTTTGAAATCTTAATTTTTCCAGAG
GAAAAAAAAAGATGTCAGGGAGAGGAAAGGGAGGAAAAGGATTGGGAAAGGGAGGAGCCA
AGAGGCATCGCAAAGTTTTCCGAGACAACATCCAAGGAATCACCAAACCAGCGATCCGTC
GTCTGGCCAGAAGAGGAGGTGTGAAGCGTATCAGCGGATTGATTTACGAAGAGACTCGCG
GCGTCCTCAAGATCTTTCTGGAGAACGTGATCCGCGACGCCGTTACATACACGGAGCACG
CTCGCCGGAAAACAGTTACGGCTATGGACGTTGTGTACGCTCTCAAGAGGCAGGGAAGAA
CTCTGTACGGATTCGGCGGTTGATTCGATTGTTTCTGTTTCAGATTTTGTAAAATGTTTT
TATGAGAATCAATGGGAATAATAATATGGCATCTTTTTCC

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR3DB01TF 460 0 0
GGAATC
ACCAAACATATCACTCTTCTCTAATCGAAGTTTGAAATCTTAATTTTTCCAGAGGAAAAA
AAAAGATGTCAGGGAGAGGAAAGGGAGGAAAAGGATTGGGAAAGGGAGGAGCCAAGAGGC
ATCGCAAAGTTCTCCGAGACAACATCCAAGGAATCACCAAACCAGCGATCCGTCGTCTGG
CCAGAAGAGGAGGTGTGAAGCGTATCAGCGGATTGATCTACGAAGAGACTCGCGGCGTCC
TCAAGATCTTTCTGGAGAACGTGATCCGCGACGCCGTTACATACACGGAGCACGCTCGCC
GGAAAACAGTTACGGCTATGGACGTTGTGTACGCTCTCAAGAGGCAGGGAAGAACTCTGT
ACGGATTCGGCGGTTGATTCGATTGTTTCTGTTTCAGATTTTGTAAAATGTTTTTATGAG
AATCAATGGGAATAATAATATGGCATCTTTTTCC

QA 7 460 7 460
DS 

RD RR3CH29TF 456 0 0
GG
ACCAAACATATCACTCTTCTCTAATCGAAGTTTGAAATCTTAATTTTTCCAGAGGAAAAA
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CCAGAAGAGGAGGTGTGAAGCGTATCAGCGGATTGATCTACGAAGAGACTCGCGGCGTCC
TCAAGATCTTTCTGGAGAACGTGATCCGCGACGCCGTTACATGCACGGAGCACGCTCGCC
GGAAAACAGTTACGGCTATGGACGTTGTGTACGCTCTCAAGAGGCAGGGAAGAACTCTGT
ACGGATTCGGCGGTTGATTCGATTGTTTCTGTTTCAGATTTTGTAAAATGTTTTTATGAG
AATCAATGGGAATAATAATATGGCATCTTTTTCC

QA 3 456 3 456
DS 

RD RR3CH29JQ 411 0 0
TTTTTCCAGAGGAAAAAAAAAGATGTCAGGGAGAGGAAAGGGAGGAAAAGGATTGGGAAA
GGGAGGAGCCAAGAGGCATCGCAAAGTTTTCCGAGACAACATCCAAGGAATCACCAAACC
AGCGATCCGTCGTCTGGCCAGAAGAGGAGGTGTGAAGCGTATCAGCGGATTGATCTACGA
AGAGACTCGCGGCGTCCTCAAGATCTTTCTGGAGAACGTGATCCGCGACGCCGTTACATG
CACGGAGCACGCTCGCCGGAAAACAGTTACGGCTATGGACGTTGTGTACGCTCTCAAGAG
GCAGGGAAGAACTCTGTACGGATTCGGCGGTTGATTCGATTGTTTCTGTTTCAGATTTTG
TAAAATGTTTTTATGAGAATCAATGGGAATAATAATATGGCATCTTTTTCC

QA 1 411 1 411
DS 



AS 1 4

CO CL2521Contig1 447 4 10 U
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ATTACATGAAAGAAAAACATAACAAAAACATACTTAATCAGATGATTGTCATTAAGAAAA
CAAATTAAACATGATTATCTCTCAAATAAAATTTGATAATATCGTTTAAAAAATCTTGGC
CACATCTTTCAAGAGACCACGGTTGGCACTTGCGAAATCAGAAAATTCTTGGTACGATAT
GTATCCATCACCATCCGTATCAATCTCGGCCATCATACGCTTAATGTCGTCGTGTGTGAC
CGAGCCAAGGTTCTTGAGAGCATCTCCAAGCTCGGAGGCAGATATTTTTCCATCTCCGTT
AGCATCAAATTTCTTGAAAACACGGCCGTGCTCAGCTCTTTCTGTTGCGTCAGCCATTGT
TTATAGGTTTGTGTTCTTTTGGTATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3FM74JQ U 1
AF RR3FM74TF C 1
AF RR3F766JQ U 17
AF RR3F766TF C 17
BS 1 45 RR3FM74JQ
BS 46 46 RR3F766JQ
BS 47 115 RR3FM74JQ
BS 116 116 RR3F766JQ
BS 117 194 RR3FM74JQ
BS 195 195 RR3F766JQ
BS 196 220 RR3FM74JQ
BS 221 221 RR3F766JQ
BS 222 443 RR3FM74JQ
BS 444 447 RR3F766JQ

RD RR3FM74JQ 445 0 0
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ATTACATGAAAGAAAAACATAACAAAAACATACTTAATCAGATGATTGTCATTAAAAAAA
CAAATTAAACATGATTATCTCTCAAATAAAATTTGATAATATCGTTTAAAAAATCTTGGC
CACATCTTTCAAGAAACCACGGTTGGCACTTGCGAAATCAAAAAATTCTTGGTACGATAT
GTATCCATCACCATCCGTATCAATCTCGGCCATCATACGCTTAATGTCGTCGTGTGTGAC
CGAGCCAAGGTTCTTGAGAGCATCTCCAAGCTCGGAGGCAGATATTTTTCCATCTCCGTT
AGCATCAAATTTCTTGAAAACACGGCCGTGCTCAGCTCTTTCTGTTGCGTCAGCCATTGT
TTATAGGTTTGTGTTCTTTTGGT
CC

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR3FM74TF 445 0 0
AGAACCAAATCTTTTTACCGTTAAAAGAATCGAGAATTTTCAAAATTATCATTACAATCC
ATTACATGAAAGAAAAACATAACAAAAACATACTTAATCAGATGATTGTCATTAAGAAAA
CAAATTAAACATGATTATCTCTCAAATAAAATTTGATAATATCGTTTAGAAAATCTTGGC
CACATCTTTCAAGAGACCACGGTTGGCACTTGCGAAATCAGAAAATTCTTGGTACGATAT
GTATCCATCACCATCCGTATCAATCTCGGCCATCATACGCTTAATGTCGTCGTGTGTGAC
CGAGCCAAGGTTCTTGAGAGCATCTCCAAGCTCGGAGGCAGATATTTTTCCATCTCCGTT
AGCATCAAATTTCTTGAAAACACGGCCGTGCTCAGCTCTTTCTGTTGCGTCAGCCATTGT
TTATAGGTTTGTGTTCTTTTGGT
CC

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR3F766JQ 431 0 0
ATCC
TTAAAAGAATCGAGAATTTTCAATTATATCATTACAATCCATTACATGAAAGAAAAACAT
AACAAAAACATACTTAATCAGATGATTGTCATTAAGAAAACAAATTAAACATGATTGTCT
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GGTTGGCACTTGCGAAATCAGAAAATTCTTGGTACGATATGTATCCATCACCATCCGTAT
CAATCTCGGCCATCATACGCTTAATGTCGTCGTGTGTGACCGAGCCAAGGTTCTTGAGAG
CATCTCCAAGCTCGGAGGCAGATATTTTTCCATCTCCGTTAGCATCAAATTTCTTGAAAA
CACGGTCGTGCTCAGCTCTTTCTGTTGCGTCAGCCATTGTTTATAGGTTTGTGTTCTTTT
GGTATCC

QA 5 431 5 431
DS 

RD RR3F766TF 431 0 0
ATCC
TTAAAAGAATCGAGAATTTTCAATTATATCATTACAATCCATTACATGAAAGAAAAACAT
AACAAAAACATACTTAATCAGATGATTGTCATTAAGAAAACAAATTAAACATGATTGTCT
CTCAAATAAAATTTGATAATATCGTTTAGAAAATCTTGGCCACATCTTTCATGAGACCAC
GGTTGGCACTTGCGAAATCAGAAAATTCTTGGTACGATATGTATCCATCACCATCCGTAT
CAATCTCGGCCATCATACGCTTAATGTCGTCGTGTGTGACCGAGCCAAGGTTCTTGAGAG
CATCTCCAAGCTCGGAGGCAGATATTTTTCCATCTCCGTTAGCATCAAATTTCTTGAAAA
CACGGTCGTGCTCAGCTCTTTCTGTTGCGTCAGCCATTGTTTATAGGTTTGTGTTCTTTT
GGT
ATCC

QA 5 427 5 427
DS 



AS 1 2

CO CL2522Contig1 1245 2 4 U
GGATCCTCAATTCCATGGCAGTGACTAATGAACACTTCCACACCGCTCTCGGGAACAGCA
ACCCATCTGCACTTCGTGAAACTGTTGTGGAGGTTCCTAATGTGTCTTGGGATGACATTG
GAGGTCTTGAGAATGTCAAGAGAGAGCTCCAGGAGACTGTTCAATACCCTGTGGAGCACC
CAGAGAAGTTCGAGAAATTTGGTATGTCTCCATCAAAGGGAGTTCTATTCTACGGTCCTC
CTGGTTGTGGCAAAACCCTTTTGGCCAAAGCTATAGCCAACGAGTGCCAAGCAAACTTCG
TCAGTGTCAAAGGTCCCGAGCTTCTCACTATGTGGTTTGGAGAGAGTGAAGCCAATGTCC
GTGAAATCTTTGACAAGGCTCGTCAGTCTGCTCCATGTGTTCTCTTCTTTGATGAGCTCG
ACTCCATTGCGACTCAGAGAGGAGGTGGAGGCGGAGGTGATGCTGGCGGTGCAGCGGATA
GAGTCCTGAACCAGCTTTTGACAGAGATGGATGGAATGAACGCCAAGAAAACCGTCTTCA
TCATCGGAGCGACCAACAGACCCGACATTATTGATTCTGCTCTTCTCCGTCCAGGAAGGC
TCGACCAGCTCATTTACATCCCTTTACCAGACGAGGATTCACGTCTCAATATCTTCAAGG
CATGCTTGAGGAAATCTCCTGTTGCTAAAGATGTAGACATCAATGCTCTCGCTAAGTACA
CACAGGGATTCAGTGGTGCTGATATCACTGAGATTTGTCAGAGGGCTTGCAAATATGCAA
TTAGAGAAAACATCGAGAAGGACATTGAAAGGGAGAAGAGGAAGAGCTTGAACCCAGAGG
CAATGGAGGAAGATGGAGTGGATGAAGTATCAGAGATCAAAGCTGCACACTTTGAGGAGT
CGATGAAGTATGCACGCAGGAGTGTGAGTGATGCAGACATCAGGAAGTACCAAGCCTTTG
CTCAGACGCTGCAGCAGTCTAGAGGGTTTGGTTCTGAGTTCAGGTTCGAGACTAATACTG
GTTCAGGTGCAACCACTGGAGTAGCTGATCCTTTTGCCACGTCTGCAGCTGCTGCTGCAG
ATGATGATGATCTCTACAACTAGTGATCAAACTTATCATCCATCCTCCTTTTTTCTTAAG
TTCGCTATCGAATTCTCTACTTTTGGATGACTGAGGGAAAGTGATACTGATACTTTTCCT
TGTGTTTTTTTTTAAGTTAATCAGAATCGTTTATGTTTGATACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GJ80TF U 1
AF RR3GJ80JQ C 538
BS 1 657 RR3GJ80TF
BS 658 658 RR3GJ80JQ
BS 659 721 RR3GJ80TF
BS 722 1245 RR3GJ80JQ

RD RR3GJ80TF 721 0 0
GGATCCTCAATTCCATGGCAGTGACTAATGAACACTTCCACACCGCTCTCGGGAACAGCA
ACCCATCTGCACTTCGTGAAACTGTTGTGGAGGTTCCTAATGTGTCTTGGGATGACATTG
GAGGTCTTGAGAATGTCAAGAGAGAGCTCCAGGAGACTGTTCAATACCCTGTGGAGCACC
CAGAGAAGTTCGAGAAATTTGGTATGTCTCCATCAAAGGGAGTTCTATTCTACGGTCCTC
CTGGTTGTGGCAAAACCCTTTTGGCCAAAGCTATAGCCAACGAGTGCCAAGCAAACTTCG
TCAGTGTCAAAGGTCCCGAGCTTCTCACTATGTGGTTTGGAGAGAGTGAAGCCAATGTCC
GTGAAATCTTTGACAAGGCTCGTCAGTCTGCTCCATGTGTTCTCTTCTTTGATGAGCTCG
ACTCCATTGCGACTCAGAGAGGAGGTGGAGGCGGAGGTGATGCTGGCGGTGCAGCGGATA
GAGTCCTGAACCAGCTTTTGACAGAGATGGATGGAATGAACGCCAAGAAAACCGTCTTCA
TCATCGGAGCGACCAACAGACCCGACATTATTGATTCTGCTCTTCTCCGTCCAGGAAGGC
TCGACCAGCTCATTTACATCCCTTTACCAGACGAGGATTCACGTCTCAATATCTTCA*GG
CATGCTTGAGGAAATCTCCTGTTGCTAAAGATGTAGACATCAATGCTCTCGCTAAGTACA
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3GJ80JQ 708 0 0
TCATCATCGGAGCGACCAACAGACCCGACATTATTGATTCTGCTCTTCTCCGTCCAGGAA
GGCTCGACCAGCTCATTTACATCCCTTTACCAGACGAGGATTCACGTCTCAATATCTTCA
AGGCATGCTTGAGGAAATCTCCTGTTGCTAAAGATGTAGACATCAATGCTCTCGCTAAGT
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CAGATGATGATGATCTCTACAACTAGTGATCAAACTTATCATCCATCCTCCTTTTTTCTT
AAGTTCGCTATCGAATTCTCTACTTTTGGATGACTGAGGGAAAGTGATACTGATACTTTT
CCTTGTGTTTTTTTTTAAGTTAATCAGAATCGTTTATGTTTGATACTC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 3

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TATTAAAAAAAGAGAGCAACAACAAAGAGAATTTGCACTAAACAACAAGATAGATAGGAA
TAATTGTTTGTTAGACTCTAGACTCTAGACCTCCTACACTCCGGTGGGAATCCTTGAGGA
AACCTTTTAACATCAGAGCAATAATCATAAATCATGAAATACTTTTGAACCCATCTCAAT
CTTCTTCTCCCATAAGCATTAAGCTCGTTAGCCACTTGTGATTCACCATTAGCGAATGTG
CTCCTGAACTTAGGATCACAGTAAGAGGACCCTGACGAAACGGTACAAGACGCAGCGTTG
AAGCCTCTGTAGTAAGCAGTGAAAGGAGCTTTAGACCAATCTGTCTTGACCAAACCACCT
CTCGTGGCCCAGTCATCAGCATTCCATAGGCTCGAGTAGATCCTCATTGGTTGCTTCTTG
GGAAACGGAACACCAAGTTGCTCTGCGTTGTTGAATACTCTGATTGGTACATTATCTACA
ATAAATATGATGTGTTGAGGTCTCCAGACAAGGGAGTAAGTGTGGAAGTTCTTGGTTGGG
TCGAACCAGAGGTAAAACTGTTGCTCTCTGTTTCCTTTGCCTTGTGCAAAGACATTAGTG
TGAAGAACATAAGGCTTCCCTGTCTCGTTACCAAGAAACTCAAAGTCTATCTCGTCGTGT
GTTGGTCCTTCCGACGATAAGTAATAGGCAGTGACGGTTCCGGCGGAGTTTCCGGCGACG
AGCTTGAGCTGCATGTCGATTCTTCCGAATAAGTACTCTTTCTTGGATTTGAAACCTGAC
CCGGAAACCCGGTCTAGTGACAGTGAGAGCATTTTCCCTCCGCTGAAGATTTTGCCTCTG
TGTTCACCCCATGTCAAGTCGAACTCTTCGTTGAAGCTTCCAGAGTAAGCAGTTCCAACC
ATTGTTAGAACAAGAACGGTCGCCAACACGGCGAGGTTCAAGAACTGACCCATTTAGAGT
AGGAGAGGGGGGGGGGGGCTAGATGATAGAATTGAAAGTTAAGGGGTTTATTTCAAAAAT
AGTAGAAGAAGGGAGTTTTTATATGTGTTGTTTGTTTGAGGGATAGTGTGATGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3HB38JQ U 1
AF RR3GK32JQ U 310
AF RR3HB38TF C 421
BS 1 349 RR3HB38JQ
BS 350 350 RR3GK32JQ
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RD RR3HB38JQ 766 0 0
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GTTGGTCCTTCCGACGATAAGTAATAGGCAGTGACGGTTCCCGCGG

QA 1 766 1 766
DS 

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TGCATGTCGAT

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR3HB38TF 717 0 0
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GGAAACGGAACACCAAGTTGCTCTGCGTTGTTGAATACTCTGATTGGTACATTATCTACA
ATAAATATGATGTGTTGAGGTCTCCAGACAAGGGAGTAAGTGTGGAAGTTCTTGGTTGGG
TCGAACCAGAGGTAAAACTGTTGCTCTCTGTTTCCTTTGCCTTGTGCAAAGACATTAGTG
TGAAGAACATAAGGCTTCCCTGTCTCGTTACCAAGAAACTCAAAGTCTATCTCGTCGTGT
GTTGGTCCTTCCGACGATAAGTAATAGGCAGTGACGGTTCCGGCGGAGTTTCCGGCGACG
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AGTAGAAGAAGGGAGTTTTTATATGTGTTGTTTGTTTGAGGGATAGTGTGATGTGTC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 4

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GATTGAGCGGTGTGGCCTCAAGGATAATGGGCGGAAACGGCGTCGTTGCACGATCCAACG
CCTCATCTCTCCGCCAACGCGCCGGCATGGGTCTCCCCGTCGGCAAACACATCGTCCCCG
ATAAGCCCCTATCGGTTAACGACGAGCTGATGTGGGACAACGGGACTGCGTTCCCAGAGC
CTTGCATTGATCGGATTGCTGATACCGTCGGCAAGTACGAAGCATTGGGATGGTTGTGTG
GCGGTCTAGGGTTCTTTGCGACTCTCGGTTTACTCGCTGTTGTGAATGATAAAGCTTCAA
AGGTTCCATTTACACCAAGAGTGTATCCGTATGACAACCTGAGGGTGGAGCTTGGTGGAG
AGCCGTAGAGACCTATCAAGTGATCTGCTCATCAAGCTCAAGCGTGTTTTCTTCACTGCT
TTATTCTTCAAAACTTCTTTTAGTTTCCTGCTCAGAACCTCAAGACAAAAGAATAAAAGA
GACATCGTTTTCATTTAGATGCGTCGTCTCTGTAACTAACAGTGACCATTTGGGTGGTAT
TCATAAGAGAAGACATCTGGCTTTTCAGCCTATGTAGATTTTTTCTTAGGTTGTGTTTAC
ACAAATGAACACAAAGCAGTAGCGGACATGTGTCATGTTAAGGTTTAAGCCTCGTACGAA
TCCAAACAAAGGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BM39JQ C 6
AF RR3BM39TF U 6
AF RR3GT73TF U 1
AF RR3GT73JQ C 1
BS 1 7 RR3GT73JQ
BS 8 183 RR3BM39TF
BS 184 184 RR3GT73TF
BS 185 629 RR3BM39TF
BS 630 644 RR3GT73TF
BS 645 734 RR3GT73JQ

RD RR3BM39JQ 625 0 0
GG
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CGGTGTGGCCTCAAGGATAATGGGCGGAAACGGCGTCGTTGCACGATCCAACGCCTCATC
TCTCCGCCAACGCGCCGGCATGGGTCTCCCCGTCGGCAAACACATCGTCCCCGATAGGCC
CCTATCGGTTAACGACGAGCTGATGTGGGACAACGGGACTGCGTTCCCAGAGCCTTGCAT
TGATCGGATTGCTGATACCGTCGGCAAGTACGAAGCATTGGGATGGTTGTGTGGCGGTCT
AGGGTTCTTTGCGACTCTCGGTTTACTCGCTGTTGTGAATGATAAAGCTTCAAAGGTTCC
ATTTACACCAAGAGTGTATCCGTATGACAACCTGAGGGTGGAGCTTGGTGGAGAGCCGTA
GAGACCTATCAAGTGATCTGCTCATCAAGCTCAAGCGTGTTTTCTTCACTGCTTTATTCT
TCAAAACTTCTTTTAGTTTCCTGCTCAGAACCTCAAGACAAAAGAATAAAAGAGACATCG
TTTTCATTTAGATGCGTCGTCTCTGTAACTAACAGTGACCATTTGGGTGGTATTCATAAG
AGAAGACATCTGGCTTTTCAGC
T

QA 3 624 3 624
DS 

RD RR3BM39TF 625 0 0
GG
GAAACGAAACGAAAAAGAAAAAGCATCAGGGGGGACAGCGAAAATGGCAGGAAGATTGAG
CGGTGTGGCCTCAAGGATAATGGGCGGAAACGGCGTCGTTGCACGATCCAACGCCTCATC
TCTCCGCCAACGCGCCGGCATGGGTCTCCCCGTCGGCAAACACATCGTCCCCGATAGGCC
CCTATCGGTTAACGACGAGCTGATGTGGGACAACGGGACTGCGTTCCCAGAGCCTTGCAT
TGATCGGATTGCTGATACCGTCGGCAAGTACGAAGCATTGGGATGGTTGTGTGGCGGTCT
AGGGTTCTTTGCGACTCTCGGTTTACTCGCTGTTGTGAATGATAAAGCTTCAAAGGTTCC
ATTTACACCAAGAGTGTATCCGTATGACAACCTGAGGGTGGAGCTTGGTGGAGAGCCGTA
GAGACCTATCAAGTGATCTGCTCATCAAGCTCAAGCGTGTTTTCTTCACTGCTTTATTCT
TCAAAACTTCTTTTAGTTTCCTGCTCAGAACCTCAAGACAAAAGAATAAAAGAGACATCG
TTTTCATTTAGATGCGTCGTCTCTGTAACTAACAGTGACCATTTGGGTGGTATTCATAAG
AGAAGACATCTGGCTTTTCAGC
T

QA 3 624 3 624
DS 

RD RR3GT73TF 644 0 0
GGGAAAC
GAAACGAAACGAAAAAGAAAAAGCATCAGGGGGGACAGCGAAAATGGCAGGAAGATTGAG
CGGTGTGGCCTCAAGGATAATGGGCGGAAACGGCGTCGTTGCACGATCCAACGCCTCATC
TCTCCGCCAACGCGCCGGCATGGGTCTCCCCGTCGGCAAACACATCGTCCCCGATAAGCC
CCTATCGGTTAACGACGAGCTGATGTGGGACAACGGGACTGCGTTCCCAGAGCCTTGCAT
TGATCGGATTGCTGATACCGTCGGCAAGTACGAAGCATTGGGATGGTTGTGTGGCGGTCT
AGGGTTCTTTGCGACTCTCGGTTTACTCGCTGTTGTGAATGATAAAGCTTCAAAGGTTCC
ATTTACACCAAGAGTGTATCCGTATGACAACCTGAGGGTGGAGCTTGGTGGAGAGCCGTA
GAGACCTATCAAGTGATCTGCTCATCAAGCTCAAGCGTGTTTTCTTCACTGCTTTATTCT
TCAAAACTTCTTTTAGTTTCCTGCTCAGAACCTCAAGACAAAAGAATAAAAGAGACATCG
TTTTCATTTAGATGCGTCGTCTCTGTAACTAACAGTGACCATTTGGGTGGTATTCATAAG
AGAAGACATCTGGCTTTTCAGCCTATGTAGATTTTTT

QA 8 644 8 644
DS 

RD RR3GT73JQ 734 0 0
GGGAAACGAAACGAAACGAAAAAGAAAAAGCATCAGGGGGGACAGCGAAAATGGCAGGAA
GATTGAGCGGTGTGGCCTCAAGGATAATGGGCGGAAACGGCGTCGTTGCACGATCCAACG
CCTCATCTCTCCGCCAACGCGCCGGCATGGGTCTCCCCGTCGGCAAACACATCGTCCCCG
ATAAGCCCCTATCGGTTAACGACGAGCTGATGTGGGACAACGGGACTGCGTTCCCAGAGC
CTTGCATTGATCGGATTGCTGATACCGTCGGCAAGTACGAAGCATTGGGATGGTTGTGTG
GCGGTCTAGGGTTCTTTGCGACTCTCGGTTTACTCGCTGTTGTGAATGATAAAGCTTCAA
AGGTTCCATTTACACCAAGAGTGTATCCGTATGACAACCTGAGGGTGGAGCTTGGTGGAG
AGCCGTAGAGACCTATCAAGTGATCTGCTCATCAAGCTCAAGCGTGTTTTCTTCACTGCT
TTATTCTTCAAAACTTCTTTTAGTTTCCTGCTCAGAACCTCAAGACAAAAGAATAAAAGA
GACATCGTTTTCATTTAGATGCGTCGTCTCTGTAACTAACAGTGACCATTTGGGTGGTAT
TCATAAGAGAAGACATCTGGCTTTTCAGCCTATGTAGATTTTTTCTTAGGTTGTGTTTAC
ACAAATGAACACAAAGCAGTAGCGGACATGTGTCATGTTAAGGTTTAAGCCTCGTACGAA
TCCAAACAAAGGCT

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 4

CO CL2525Contig1 455 4 3 U
GGATATATCTTCCTCCTCACTTAAAATCAATATATACTCGATAATAACAAGATTGTGTAG
TACTTAGTCAGATAAAGAAATGGCGAAGTTCACAACTTTCTTCTTCATCGCTGCCCTCCT
CCTCTGCTCCACGCTAACATACGCATCAGCCCGGCCCATTTCAACCTCCGTTGATGCGGA
AGAAATCTCCGTTGAGAAACTAGAACAAGAAGAGGTAAACTGTGAAGGTGTTGGAGAAGA
AGAGTGTGTCTTGATACGCAGAACTTTAGTTGCTCACACTGATTACATCTATACCCAAAA
CCACAATCCTTAAATGATTAGTTACTTTATAATCTTTTGAGCAATTCCCCGTAATGATAT
TGTGTCATTGTAATTTCTTTATTACTAGTCAGACTTCATCATATTTGTAATCATCGCTGC
CACTTAATAATATGAATATACTATGGGTTTTGATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3AI02JQ C 1
AF RR3AI02TF U 1
AF RR3A960JQ C 25
AF RR3A960TF U 25
BS 1 161 RR3AI02TF
BS 162 162 RR3A960TF
BS 163 455 RR3AI02TF

RD RR3AI02JQ 455 0 0
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TACTTAGTCAGATAAAGAAATGGCGAAGTTCACAACTTTCTTCTTCATCGCTGCCCTCCT
CCTCTGCTCCACGCTAACATACGCATCAGCCCGGCCCATTT*AACCTCCGTTGATGCGGA
AGAAATCTCCGTTGAGAAACTAGAACAAGAAGAGGTAAACTGTGAAGGTGTTGGAGAAGA
AGAGTGTGTCTTGATACGCAGAACTTTAGTTGCTCACACTGATTACATCTATACCCAAAA
CCCCAATCCTTAAATGATTAGTTACTTTATAATCTTTTGAGCAATTCCCCGTAATGATAT
TGTGTCATTGTAATTTCTTTATTACTAGTCAGACTTCATCATATTTGTAATCATCGCTGC
CACTTAATAATATGAATATACTATGGGTTTTGATT

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR3AI02TF 455 0 0
GGATATATCTTCCTCCTCACTTAAAATCAATATATACTCGATAATAACAAGATTGTGTAG
TACTTAGTCAGATAAAGAAATGGCGAAGTTCACAACTTTCTTCTTCATCGCTGCCCTCCT
CCTCTGCTCCACGCTAACATACGCATCAGCCCGGCCCATTT*AACCTCCGTTGATGCGGA
AGAAATCTCCGTTGAGAAACTAGAACAAGAAGAGGTAAACTGTGAAGGTGTTGGAGAAGA
AGAGTGTGTCTTGATACGCAGAACTTTAGTTGCTCACACTGATTACATCTATACCCAAAA
CCACAATCCTTAAATGATTAGTTACTTTATAATCTTTTGAGCAATTCCCCGTAATGATAT
TGTGTCATTGTAATTTCTTTATTACTAGTCAGACTTCATCATATTTGTAATCATCGCTGC
CACTTAATAATATGAATATACTATGGGTTTTGATT

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR3A960JQ 431 0 0
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ATCAGCCCGGCCCATTTCAACCTCCGTTGATGCGGAAGAAATCTCCGTTGAGAAACTAGA
ACAAGAAGAGGTAAACTGTGAAGGTGTTGGAGAAGAAGAGTGTGTCTTGATACGCAGGAC
TTTAGTTGCTCACACTGATTACATCTATACCCAAAACCACAATCCTTAAATGATTAGTTA
CTTTATAATCTTTTGAGCAATTCCCCGTAATGATATTGTGTCATTGTAATTTCTTTATTA
CTAGTCAGACTTCATCATATTTGTAATCATCGCTGCCACTTAATAATATGAATATACTAT
GGGTTTTGATT

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR3A960TF 431 0 0
AATCAATATATACTCGATAATAACAAGATTGTGTAGTACTTAGTCAGATAAAGAAATGGC
GAAGTTCACAACTTTCTTCTTCATCGCTGCCCTCCTCCTCTGCTCCACGCTAACATACGC
ATCAGCCCGGCCCATTTCAACCTCCGTTGATGCGGAAGAAATCTCCGTTGAGAAACTAGA
ACAAGAAGAGGTAAACTGTGAAGGTGTTGGAGAAGAAGAGTGTGTCTTGATACGCAGGAC
TTTAGTTGCTCACACTGATTACATCTATACCCAAAACCACAATCCTTAAATGATTAGTTA
CTTTATAATCTTTTGAGCAATTCCCCGTAATGATATTGTGTCATTGTAATTTCTTTATTA
CTAGTCAGACTTCATCATATTTGTAATCATCGCTGCCACTTAATAATATGAATATACTAT
GGGTTTTGATT

QA 1 431 1 431
DS 



AS 2 4

CO CL2526Contig1 663 2 2 U
GGTGTGAAGAACAAAGTTTTCTCCCTTGATCTCGTCTCAAAGGACCCATCTGTTATTGCC
TGCGATATGTCTAATACTCCACTTGAGTCTTCATCAGTAGATGTAGCTGTTTTCTGTCTT
TCATTAATGGGAACAAACTATTCTAGTTTCATCAAAGAGGCACATCGTGTTCTTCGTCCA
AGTGGTTGGCTTCTTATAGCGGAAGTCAAAAGCAGGTTTGATCCAAACAATGGAGGAGCA
GATCCAAAAGACTTTGTGAAAGCAGTTTGTGACCTTGGATTTAGCTCGTCTTTAAAGGAC
TTCTCGAACAAGATGTTCATCTTACTGCATTTCAAGAAGAAGGAGCAGTTGAATTCAAAT
AAGAAGAAAATTGATTGGCCTGAGTTGAAAGCATGTTTATATAAACGTCGATGATGGGTT
TATATGCTCTGCAAGATCACACACACCAAGAGTATGTTTCAGTCACTTTCTGCTGGGTTT
ATATGATGCAAGATCACACTAAGTGTATGTTTCAATCACTTTCTGTTGGTTTATATGATG
GAGGATCACACTAAGAGCGTCTCTCCAATGTTGTTATTATCTAGACATTAGTGTTTCACC
GTTCTTTATGAAGTTTTGTAAAAGAGAATCAGTCCCATTGGTCTTTGAGTTAAAATGTTT
TAG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR3BI59JQ C 1
AF RR3BI59TF U 1
BS 1 1 RR3BI59JQ
BS 2 663 RR3BI59TF

RD RR3BI59JQ 663 0 0
GGTGTGAAGAACAAAGTTTTCTCCCTTGATCTCGTCTCAAAGGACCCATCTGTTATTGCC
TGCGATATGTCTAATACTCCACTTGAGTCTTCATCAGTAGATGTAGCTGTTTTCTGTCTT
TCATTAATGGGAACAAACTATTCTAGTTTCATCAAAGAGGCACATCGTGTTCTTCGTCCA
AGTGGTTGGCTTCTTATAGCGGAAGTCAAAAGCAGGTTTGATCCAAACAATGGAGGAGCA
GATCCAAAAGACTTTGTGAAAGCAGTTTGTGACCTTGGATTTAGCTCGTCTTTAAAGGAC
TTCTCGAACAAGATGTTCATCTTACTGCATTTCAAGAAGAAGGAGCAGTTGAATTCAAAT
AAGAAGAAAATTGATTGGCCTGAGTTGAAAGCATGTTTATATAAACGTCGATGATGGGTT
TATATGCTCTGCAAGATCACACACACCAAGAGTATGTTTCAGTCACTTTCTGCTGGGTTT
ATATGATGCAAGATCACACTAAGTGTATGTTTCAATCACTTTCTGTTGGTTTATATGATG
GAGGATCACACTAAGAGCGTCTCTCCAATGTTGTTATTATCTAGACATTAGTGTTTCACC
GTTCTTTATGAAGTTTTGTAAAAGAGAATCAGTCCCATTGGTCTTTGAGTTAAAATGTTT
TAG

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3BI59TF 663 0 0
G
GTGTGAAGAACAAAGTTTTCTCCCTTGATCTCGTCTCAAAGGACCCATCTGTTATTGCCT
GCGATATGTCTAATACTCCACTTGAGTCTTCATCAGTAGATGTAGCTGTTTTCTGTCTTT
CATTAATGGGAACAAACTATTCTAGTTTCATCAAAGAGGCACATCGTGTTCTTCGTCCAA
GTGGTTGGCTTCTTATAGCGGAAGTCAAAAGCAGGTTTGATCCAAACAATGGAGGAGCAG
ATCCAAAAGACTTTGTGAAAGCAGTTTGTGACCTTGGATTTAGCTCGTCTTTAAAGGACT
TCTCGAACAAGATGTTCATCTTACTGCATTTCAAGAAGAAGGAGCAGTTGAATTCAAATA
AGAAGAAAATTGATTGGCCTGAGTTGAAAGCATGTTTATATAAACGTCGATGATGGGTTT
ATATGCTCTGCAAGATCACACACACCAAGAGTATGTTTCAGTCACTTTCTGCTGGGTTTA
TATGATGCAAGATCACACTAAGTGTATGTTTCAATCACTTTCTGTTGGTTTATATGATGG
AGGATCACACTAAGAGCGTCTCTCCAATGTTGTTATTATCTAGACATTAGTGTTTCACCG
TTCTTTATGAAGTTTTGTAAAAGAGAATCAGTCCCATTGGTCTTTGAGTTAAAATGTTTT
AG

QA 2 663 2 663
DS 



CO CL2526Contig2 954 2 8 U
GGGTTTCTGTGCTGTGGAGGAAGAACGAAGACGGCTAACATGAAAGATGTAACTACAAGC
AGAAACAGGAAGAGAAAGAGACAACGAAATAGTAAAGAAGAGCCTTGCGAGTCACCCAAG
AATCAAAACAACGACAAAAAACTTCAAAGAGATACCAAAAACCATGGAGGATCTTCAGCT
CTGTCTAAACGACCTAAACCTTCCAACTTTCTCGACACGCTTCGAGAGAAACTATCAGGT
GGGAACTTCAGGAGGCTCAATGAGAAGCTCTACACTTGCTCTGGAAAAGAAGCTTTAGAC
TATTTTAATGAAGATCCAACCTTGTTTGATATGTATCATACAGGTTATCAGCAACAAATG
ACAAACTGGCCTGAGCTTCCTGTTAACTCCATTATCAATTGGTTATCGTCTAAAAGCTCT
TCTTTAGTTGTCGCTGATTTTGGCTGTGGTGATGCAAGGATTGCAAAGAGTGTGAAGAAC
AAAGTTTTCTCCTTTGATCTCGTCTCAAAGGACCCATCTGTTATTGCCTGCGATATGTCT
AATACTCCACTTGAGTCTTCATCAGTAGATGTAGCTGTTTTCTGTCTTTCATTAATGGGA
ACAAACTATTCTAGTTTCATCAAAGAGGCACATCGTGTTCTTCGTCCAAGTGGTTGGCTT
CTTATAGCGGAAGTCAAAAGCAGGTTTGATCCAAACAATGGAGGAGCAGATCCAAAAGAC
TTTGTGAAAGCAGTTTCTGACCTTGGTTTTAGCTCGTCTTTAAAGGACTTCTCGAACAAG
ATGTTCATCTTACTGCATTTTAAGAAGAAGGAGAAGCCGAATTCAAATAAGAAGAAAATC
GAGTGGCCCGAGTTGAAAGCATGTTTATATAAACGTCGATGATGGTTTTATATGCTGCAA
GATCACACACACTAAGAGTATATTTCAGTCAGTTTCTGCTGGGTTTATATGATG


BQ
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AF RR3DP89TF U 1
AF RR3CT47TF U 221
BS 1 589 RR3DP89TF
BS 590 590 RR3CT47TF
BS 591 625 RR3DP89TF
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BS 685 712 RR3DP89TF
BS 713 954 RR3CT47TF

RD RR3DP89TF 712 0 0
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AGAAACAGGAAGAGAAAGAGACAACGAAATAGTAAAGAAGAGCCTTGCGAGTCACCCAAG
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CTGTCTAAACGACCTAAACCTTCCAACTTTCTCGACACGCTTCGAGAGAAACTATCAGGT
GGGAACTTCAGGAGGCTCAATGAGAAGCTCTACACTTGCTCTGGAAAAGAAGCTTTAGAC
TATTTTAATGAAGATCCAACCTTGTTTGATATGTATCATACAGGTTATCAGCAACAAATG
ACAAACTGGCCTGAGCTTCCTGTTAACTCCATTATCAATTGGTTATCGTCTAAAAGCTCT
TCTTTAGTTGTCGCTGATTTTGGCTGTGGTGATGCAAGGATTGCAAAGAGTGTGAAGAAC
AAAGTTTTCTCCTTTGATCTCGTCTCAAAGGACCCATCTGTTATTGCCTGCGATATGTCT
AATACTCCACTTGAGTCTTCATCAGTAGATGTAGCTGTTTTCTGTCTTTTATTAATGGGA
ACAAACTATTCTAGTTTCATCAAAG*GGCACATCGTGTTCTTCGTCCAAGTGGTTGGCTT
CTTATAGCGGAAGTCAAAAGCAG*TTTGATCCAAACAATGGAGGAGCAGATC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3CT47TF 734 0 0
GGA
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GAAAAGAAGCTTTAGACTATTTTAATGAAGATCCAACCTTGTTTGATATGTATCATACAG
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TATCGTCTAAAAGCTCTTCTTTAGTTGTCGCTGATTTTGGCTGTGGTGATGCAAGGATTG
CAAAGAGTGTGAAGAACAAAGTTTTCTCCTTTGATCTTGTCTCAAAGGACCCTTCTGTTA
TTGCCTGCGATATGTCTAGTACTCCACTTGAGTCTTCATCAGTAGATGTTTCTGTTTTCT
GTCTTTCATTAATGGGAACAAACTATTCTAGTTTCATCAAAGAGGCACATCGTGTTCTTC
GTCCAAGTGGTTGGCTTCTTATAGCGGAAGTCAAAAGCAGGTTTGATCCAAACAATGGAG
GCGCAGATCCAAAAGACTTTGTGAAAGCAGTTTCTGACCTTGGTTTTAGCTCGTCTTTAA
AGGACTTCTCGAACAAGATGTTCATCTTACTGCATTTTAAGAAGAAGGAGAAGCCGAATT
CAAATAAGAAGAAAATCGAGTGGCCCGAGTTGAAAGCATGTTTATATAAACGTCGATGAT
GGTTTTATATGCTGCAAGATCACACACACTAAGAGTATATTTCAGTCAGTTTCTGCTGGG
TTTATATGATG

QA 4 734 4 734
DS 



AS 1 2

CO CL2527Contig1 1309 2 2 U
GCAATTGCTATTGTGGTGCCAGGCCTCACTAGTGATTCTACTGCTGCTTATATTAAACAT
CTTGCCTTTAGGCTGGCAAAGGAAGGATGGAATGTTGTTGTCAGCAACCACCGTGGTCTT
GGTGGCATTTCTTTAACTTCTGACTGCGTCTACAATGCTGGATGGACAGAAGATCTTCGG
AAAGTAATTGATCACATACATTCTCAGTTCCCAGAGGCTCCTCTGTTTGCTGTTGGAACA
AGCATCGGTGCCAACGTCCTGGTAAAATATCTTGGTGAAGATGGCACTGATACACCTCTT
GTTGGAGCTACTGCTGTGTGCTCTCCTTGGGATCTTTTGATATGTGATCGGTTCATCAAC
CGTAAACTCGTGCAAAAACTCTATGACAGAGTGCTTACTGTTGGTCTACAAGGCTATGCA
CAACTGCACCAATCCGTCATTTCTCGTATTGCCGACTGGGAGGGCATTAAGATGTCACGT
TCAGTTCGAGAGTTTGACAACTACGCCACCAGGCTTGTAGCCAAATTCGAGACAACTGAT
TCATACTATAGACATTCGAGCAGTGCGCAGTTTGTGGGAAATGTCGCTGTTCCACTCCTT
TGTATCAGTGCTTTGGATGATCCAGTTTGTACAAAGGAAGCTATTCCTTGGGATGAATGT
AGGGGAAACAAAAACATAGTTCTGGCAACCACAACTCGTGGTGGTCATCTTGCTTATTAT
GAAAGAATTACAGCAACAAGCATGTGGTGGGTTAGGGCTGTGCAAGAATATTTTGAAGTG
CTTCTCTCCAGCCCTTATGCAGACCGAAAACAAAAGACGCAGATCGTCCCGTAACCATTG
GAATCTTCGATTGATCAGGGACCATATATTGTGGAAACAGGAGAAGATGGGATGGTTGCT
GCTGCAGCAGTGGAGACAACAAGAGCTAATGCAGAAGAAGAGAATAAAGCTCCAACTGAA
AATACAAGATATCATCTACACAAAGACAACACTCGTCAGGGTTATAACAGTTTAATCGGT
CCTTTGATGAATAGAGTGGATCAGCTTTCAAGATACAGCAGGAAATCGGTATGGATATTA
GCTTACATTGCTATAGTCACGACATGGCCACTTCTAGGACCTGCGCTTTTGTTATCAATC
AAGAAGAGATTCAGAAGGCTCATAAAAAATTAGAATCATAAGAATCCATGACTGTATTTC
ATTGTAATCTACTCAACACATAAGGCTGCAATAAGCCATTTGCCATTAATACTATACAGA
ACTCTTACAGGACTTTCTACCTCAGCAGTAAAAACTTCATTATCATTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B716TF U 1
AF RR3B716JQ C 457
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BS 811 1309 RR3B716JQ

RD RR3B716TF 810 0 0
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CTTGCCTTTAGGCTGGCAAAGGAAGGATGGAATGTTGTTGTCAGCAACCACCGTGGTCTT
GGTGGCATTTCTTTAACTTCTGACTGCGTCTACAATGCTGGATGGACAGAAGATCTTCGG
AAAGTAATTGATCACATACATTCTCAGTTCCCAGAGGCTCCTCTGTTTGCTGTTGGAACA
AGCATCGGTGCCAACGTCCTGGTAAAATATCTTGGTGAAGATGGCACTGATACACCTCTT
GTTGGAGCTACTGCTGTGTGCTCTCCTTGGGATCTTTTGATATGTGATCGGTTCATCAAC
CGTAAACTCGTGCAAAAACTCTATGACAGAGTGCTTACTGTTGGTCTACAAGGCTATGCA
CAACTGCACCAATCCGTCATTTCTCGTATTGCCGACTGGGAGGGCATTAAGATGTCACGT
TCAGTTCGAGAGTTTGACAACTACGCCACCAGGCTTGTAGCCAAATTCGAGACAACTGAT
TCATACTATAGACATTCGAGCAGTGCGCAGTTTGTGGGAAATGTCGCTGTTCCACTCCTT
TGTATCAGTGCTTTGGATGATCCAGTTTGTACAAAGGAAGCTATTCCTTGGGATGAATGT
AGGGGAAACAAAAACATAGTTCTGGCAACCACAACTCGTGGTGGTCATCTTGCTTATTAT
GAAAGAATTACAGCAACAAGCATGTGGTGGGTTAGGGCTGTGCAAGAATATTTTGAAGTG
CTTCTCTCCAGCCCTTATGCAGACCGAAAA

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3B716JQ 853 0 0
TGGGAGGGCAT
TAAGATGTCACGTTCAGTTCGAGAGTTTGACAACTACGCCACCAGGCTTGTAGCCAAATT
CGAGACAACTGATTCATACTATAGACATTCGAGCAGTGCGCAGTTTGTGGGAAATGTCGC
TGTTCCACTCCTTTGTATCAGTGCTTTGGATGATCCAGTTTGTACAAAGGAAGCTATTCC
TTGGGATGAATGTAGGGGAAACAAAAACATAGTTCTGGCAACCACAACTCGTGGTGGTCA
TCTTGCTTATTATGAAGGAATTACAGCAACAAGCATGTGGTGGGTTAGGGCTGTGCAAGA
ATATTTTGAAGTGCTTCTCTCCAGCCCTTATGCAGACCGAAAACAAAAGACGCAGATCGT
CCCGTAACCATTGGAATCTTCGATTGATCAGGGACCATATATTGTGGAAACAGGAGAAGA
TGGGATGGTTGCTGCTGCAGCAGTGGAGACAACAAGAGCTAATGCAGAAGAAGAGAATAA
AGCTCCAACTGAAAATACAAGATATCATCTACACAAAGACAACACTCGTCAGGGTTATAA
CAGTTTAATCGGTCCTTTGATGAATAGAGTGGATCAGCTTTCAAGATACAGCAGGAAATC
GGTATGGATATTAGCTTACATTGCTATAGTCACGACATGGCCACTTCTAGGACCTGCGCT
TTTGTTATCAATCAAGAAGAGATTCAGAAGGCTCATAAAAAATTAGAATCATAAGAATCC
ATGACTGTATTTCATTGTAATCTACTCAACACATAAGGCTGCAATAAGCCATTTGCCATT
AATACTATACAGAACTCTTACAGGACTTTCTACCTCAGCAGTAAAAACTTCATTATCATT
CC

QA 12 853 12 853
DS 



AS 1 4

CO CL2528Contig1 457 4 5 U
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AGTTTCTTCTAAGTGTAAAAGAGGAGAGATGGAGTCAATGAAGATGAGGCTTATGGTGGT
GTTGATGGTGGCTATTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGAAAGGCGGCAGCTCAGACGGCAGA
GGCTCCAGCTCCAAGTCCGACTTCTGATGCCGCTATGTTCGTCCCGGCATTGTTTGCATC
TGTTGTTGCTTTGGCATCTGGGTTTATCTTTTAAACCAATCTCTACATATCATATAGAGT
TAGGGTTTGTTACTTTGTTTTCCCTTTACTTCCTGTCTATTTTCATCATTTGAGCTTTTC
TGTTATTGTTTCTAATATTTGTTATTAATATAACCTTCGGGTTTGATGTAACTGCATGAG
ATTGTTTGTGTTTATATGTTATATAATTATTACCCCC


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR3FX44JQ C 1
AF RR3FX44TF U 1
AF RR3C821JQ C 2
AF RR3C821TF U 2
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BS 94 454 RR3FX44TF
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RD RR3FX44JQ 457 0 0
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GTTGATGGTGGCTATTGTGGCTTTTTCAGCCGTAGGAAAGGCGGCAGCTCAGACGGCAGA
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TGTTGTTGCTTTGGCATCTGGGTTTATCTTTTAAACCAATCTCTACATATCATATAGAGT
TAGGGTTTGTTACTTTGTTTTCCCTTTACTTCCTGTCTATTTTCATCATTTGAGCTTTTC
TGTTATTGTTTCTAATATTTGTTATTAATATAACCTTCGGGTTTGATGTAACTGCATGAG
ATTGTTTGTGTTTATATGTTATATAATTATTACC
ACC

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DS 

RD RR3FX44TF 457 0 0
GCG
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TTCTTCTAAGTGTAAAAGAGGAGAGATGGGGTCAATGAAGATGAGGCTTATGGTGGTGTT
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TCCAGCTCCAAGTCCGACTTCTGATGCCGCTATGTTCGTCCCGGCATTGTTTGCATCTGT
TGTTGCTTTGGCATCTGGGTTTATCTTTTAAACCAATCTCTACATATCATATAGAGTTAG
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GTTTGTGTTTATATGTTATATAATTATTACC
ACC

QA 4 454 4 454
DS 

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AC
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TTCTTCTAAGTGTAAAAGAGGAGAGATGGAGTCAATGAAGATGAGGCTTATGGTGGTGTT
GATGGTGGCTATTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGAAAGGCGGCAGCTCAGACGGCAGAGGC
TCCAGCTCCAAGTCCGACTTCTGATGCCGCTATGTTCGTCCCGGCATTGTTTGCATCTGT
TGTTGCTTTGGCATCTGGGTTTATCTTTTAAACCAATCTCTACATATCATATAGAGTTAG
GGTTTGTTACTTTGTTTTCCCTTTACTTCCTGTCTATTTTCATCATTTGAGCTTTTCTGT
TATTGTTTCTAATATTTGTTATTAATATAACCTTCGGGTTTGATGTAACTGCATGAGATT
GTTTGTGTTTATATGTTATATAATTATTACCCCC

QA 3 456 3 456
DS 

RD RR3C821TF 456 0 0
AC
ACCACAACTCATCATCGCATCAAAAAAAAACCTCATCAGAAACACATCTATCGACTGAGT
TTCTTCTAAGTGTAAAAGAGGAGAGATGGAGTCAATGAAGATGAGGCTTATGGTGGTGTT
GATGGTGGCTATTGTGGCTTTCTCAGCCGTAGGAAAGGCGGCAGCTCAGACGGCAGAGGC
TCCAGCTCCAAGTCCGACTTCTGATGCCGCTATGTTCGTCCCGGCATTGTTTGCATCTGT
TGTTGCTTTGGCATCTGGGTTTATCTTTTAAACCAATCTCTACATATCATATAGAGTTAG
GGTTTGTTACTTTGTTTTCCCTTTACTTCCTGTCTATTTTCATCATTTGAGCTTTTCTGT
TATTGTTTCTAATATTTGTTATTAATATAACCTTCGGGTTTGATGTAACTGCATGAGATT
GTTTGTGTTTATATGTTATATAATTATTACC
ACC

QA 3 453 3 453
DS 



AS 1 4

CO CL2529Contig1 1195 4 11 U
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CGTGTTGAGTCCGAATATAGAAAGCCCTAAACACATCAAAACTGTTCTTCTAACTAACAT
GTTCGTAGTTTTTAACCTTCTTTTCCTCTGAGTTTTTTATAAAAGAGGTTTTCAAAAAAT
AGGATACTCTTCGGACATTATTAACAAGGTAAGTGCAGACCAGCCAGTGAAGAGACGTGT
GCCTTTGCCTGTTCCCTTATCTTGATCATATTGTTCCCAGATGTACCCCGTCTCATAATA
GTTTCTTACCACGTTCCTTATCAGATTGCTCCTCAGTTCCTTGTAAATTGCTCTTGCCTT
TTCGCTATATGGCCCATCCACTGAAGAGTAATGGTGCAGAAATGAAAGAATCATGTAGTT
CATGTTCATCCATATAGGACCTCTCCAGTATGGTGCATCATGCTCAGTGTTACGTTTCAT
ATACATCGAACTGGTTTTGGCAAGCGAAACTAGTCCATAGTCACTCCATAAGAAGCTCCT
GTTTGAAATGAGATCAAGCTGTTTCTCCAGGATTGGCGATGCAGCTGGGATGATTCTAGA
CATGAAGGGAAAGAAACTGACATAACCGACTTGAGGAACCAATCTTAACTTGGGTTTTCC
AGAAGTCTTCCTTACAAGCTGGCGAGAGAGGTGACCATTTTCTGAAATTACCTCCTTCCA
TACTAACTTAACTTTTTCTGTATGATTACCAAAGTCAAAGTAAGCCCCATGGTCCTTGTC
ATAGTGCATCTGATTTAGAAGATCGAAATTTGAAAGCAGCTTGGCAGTTGAATCGTAATG
CTCCTTTGAAATTTTATTTTCTTTTCCCAAAAGCTTTGTAATGGAATTCATGCAATCTGC
AGCGAGATACATCCAGCATCTAAGATCAACGTGTCGCTCATCTTCACTTGGGTGCGAAGC
CCGGGGATAATCATCCAGCCCTGAGGAAAGCGTCTTAGGGTTAAGTTCTCGAGTTGTTGT
GTTGTCTCTGCCATGCCAAAAGTAGCTTCCTCTCTCCTTTCCTGTCTGGGAAGTATTAAA
CCACTGAAACCATGCATCTAAGCGTACGGAAGTCCGCTCAAGGAATGACAATATTTCATC
CCTTTCTGATGCCATAAACTTTTCCGTATTTATACCATCTATCAGATCACGTATC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3FW14JQ U 4
AF RR3H302JQ U 1
AF RR3H302TF C 253
AF RR3FW14TF C 444
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BS 25 123 RR3H302JQ
BS 124 124 RR3FW14JQ
BS 125 136 RR3H302JQ
BS 137 137 RR3FW14JQ
BS 138 711 RR3H302JQ
BS 712 756 RR3H302TF
BS 757 757 RR3FW14TF
BS 758 798 RR3H302TF
BS 799 1195 RR3FW14TF

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GTTGAGTCCGAATATAGAAAGCCCTAAACACATCAAAACTGTTCTTCTAACTAACATGTT
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ATACTCTTCGGACATTATTAACAAGGTAAGTGCAGACCAGCCAGTGAAGAGACGTGTGCC
TTTGCCTGTTCCCTTATCTTGATCATATTGTTCCCAGATGTACCCCGTCTCATAATAGTT
TCTTACCACGTTCCTTAT

QA 1 318 1 318
DS 

RD RR3H302JQ 711 0 0
TTCGTGTCAAGACTATCAAATGTTGGCATAGATATTACAGAGGTTTTGGTATTATCCTTA
CGTGTTGAGTCCGAATATAGAAAGCCCTAAACACATCAAAACTGTTCTTCTAACTAACAT
GTTTGTAGTTTTTAACTTTCTTTTCCTCTGAGTTTTTTATAAAAGAGGTTTTCAAAAAAT
AGGATACTCTTCGGACATTATTAACAAGGTAAGTGCAGACCAGCCAGTGAAGAGACGTGT
GCCTTTGCCTGTTCCCTTATCTTGATCATATTGTTCCCAGATGTACCCCGTCTCATAATA
GTTTCTTACCACGTTCCTTATCAGATTGCTCCTCAGTTCCTTGTAAATTGCTCTTGCCTT
TTCGCTATATGGCCCATCCACTGAAGAGTAATGGTGCAGAAATGAAAGAATCATGTAGTT
CATGTTCATCCATATAGGACCTCTCCAGTATGGTGCATCATGCTCAGTGTTACGTTTCAT
ATACATCGAACTGGTTTTGGCAAGCGAAACTAGTCCATAGTCACTCCATAAGAAGCTCCT
GTTTGAAATGAGATCAAGCTGTTTCTCCAGGATTGGCGATGCAGCTGGGATGATTCTAGA
CATGAAGGGAAAGAAACTGACATAACCGACTTGAGGAACCAATCTTAACTTGGGTTTTCC
AGAAGTCTTCCTTACAAGCTGGCGAGAGAGGTGACCATTTTCTGAAATTAC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3H302TF 547 0 0
TCCCTTATCTTGATCATATTGTTCCCAGATGTACCCCGTCTCATAATAGTTTCTTACCAC
GTTCCTTATCAGATTGCTCCTCAGTTCCTTGTAAATTGCTCTTGCCTTTTCGCTATATGG
CCCATCCACTGAAGAGTAATGGTGCAGAGATGAGAGAATCATGTAGTTCATGTTCATCCA
TATAGGACCTCTCCAGTATGGTGCATCATGCTCAGTGTTACGTTTCATATACATCGAACT
GGTTTTGGCAAGCGAAACTAGTCCATAGTCACTCCATAAGAAGCTCCTGTTTGAAATGAG
ATCAAGCTGTTTCTCCAGGATTGGCGATGCAGCTGGGATGATTCTAGACATGAAGGGAAA
GAAACTGACATAACCGACTTGAGGAACCAATCTTAACTTGGGTTTTCCAGAAGTCTTCCT
TACAAGCTGGCGAGAGAGGTGACCATTTTCTGAAATTACCTCCTTCCATACTAACTTAAC
TTTTTCTGTATGATTACCAAAGTCGAAGTAAGCCCCATGGTCCTTGTCATAGTGCATCTG
ATTTAG
C

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3FW14TF 752 0 0
TCCAGTATGGTGCATCATGCTCAGTGTTACGTTTCATATACATCGAACTGGTTTTGGCAA
GCGAAACTAGTCCATAGTCACTCCATAAGATGCTC*TGTTTGAAATGAGATCAAGCTGTT
TCTCCAGGATTGGCGATGCAGCTGGGATGATTCTAGACATGAAGGGAAAGAAACTGACAT
AACCGACTTGAGGAACCAATCTTAACTTGGGTTTTCCAGAAGTCTTCCTTACAAGCTGGC
GAGAGAGGTGACCATTTTCTGAAATTACCTCCTTCCATACTAACTTAACTTTTTCTGTAT
GATTACCAAAGTCAAAGTAAGCCCCATGGTCCTTGTCATAGTGCATCTGATTTAGAAGAT
CGAAATTTGAAAGCAGCTTGGCAGTTGAATCGTAATGCTCCTTTGAAATTTTATTTTCTT
TTCCCAAAAGCTTTGTAATGGAATTCATGCAATCTGCAGCGAGATACATCCAGCATCTAA
GATCAACGTGTCGCTCATCTTCACTTGGGTGCGAAGCCCGGGGATAATCATCCAGCCCTG
AGGAAAGCGTCTTAGGGTTAAGTTCTCGAGTTGTTGTGTTGTCTCTGCCATGCCAAAAGT
AGCTTCCTCTCTCCTTTCCTGTCTGGGAAGTATTAAACCACTGAAACCATGCATCTAAGC
GTACGGAAGTCCGCTCAAGGAATGACAATATTTCATCCCTTTCTGATGCCATAAACTTTT
CCGTATTTATACCATCTATCAGATCACGTATC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 4

CO CL2530Contig1 983 4 7 U
GCGCATTAAGAAGTAAATATAATAAACATGAAGCATTTAAGCCTTTGTAGTTTATACAGA
ACAAAATCTATCAAAGGATTTGGCTAAAGATCTGAATAAACAGATTCATAACCGAGCAAA
ATATTTTGAAACAAAGGTTTCACATAACCAGAGACGATAACTAAAAATCTGGTTTATTTT
TCTAAATCAAAGGAAACGCCAATGGCTAAGGATAATACATCAGGGAATAAGTTATTCAAG
GCTCGATCTTGATGCCGTTTTGGCTTGATTCTTGTGATGTCGAAGGAGGAGGAGGAGGAG
GAGGAAGATGACCTTTCTCTTGCAAGCTCTTGACAGTGTCGTAAAGGCTTTGCTTGGTGG
ACGTGAACTCTAAGCCTAAGTCCTTTATCTTTTGGTTAGTGAACTTGTACAGCTTGGCTC
TTGGGTTCTTCTCGTCCTTGCACTTGGTTGGAAGTGGGTACTCAGGGAATAACTTAAACA
AAATCTCAACAACTTCCCCGCGGTGAAGTGCGCTCTCCGCAAGGAGATAACGTCCAGAGG
CCGAGGGTGCCTCGTAAACAAGAACATGAGCTAGTGCGACATCACGAACATCCACATAAG
CCTGAGTCAAATTAGCGTAAGTCTTAGCCGAGCCGGTTAGATACTTTAGTACGTGGAAGA
GACTGGCGTTGATCGTCGGCTGTAACGGCGGACCAAGAACCAGCACCGGATTCAAAACCA
CCAGGTCAACACCTTTCTCCTCTGCCGTCTCCCACGCCGCTTGCTCCGCCACCATCTTGC
CGTAACAATACCAATTCTTAGTGTTTTTGCAGAACTCAAGATCACTCCAACAACTTTCGT
CAACAACGGCTTCAGGGTCACGGTTCGGGTCCATGTAGACCGCACCAATTGAGGAGGTGA
TTACCACGCGCTTCACCTTGGTTTCAGCTGCAGCATTAATTACGAACTTGGCTCCGTTCA
CGGCCGGCTCCACCATTTGTCCC


BQ
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AF RR3GZ67JQ U 1
AF RR3GZ67TF C 1
AF RR3CW51JQ U 177
AF RR3CW51TF C 183
BS 1 449 RR3GZ67JQ
BS 450 784 RR3CW51JQ
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BS 788 807 RR3CW51JQ
BS 808 808 RR3CW51TF
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BS 830 983 RR3CW51TF

RD RR3GZ67JQ 450 0 0
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TCTAAATCAAAGGAAACGCCAATGGCTAAGGATAATACATCAGGGAATAAGTTATTCAAG
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GAGGAAGATGACCTTTCTCTTGCAAGCTCTTGACAGTGTCGTAAAGGCTTTGCTTGGTGG
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TTGGGTTCTTCTCGTCCTTGCACTTGGTT
C

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR3GZ67TF 450 0 0
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ACAAAATCTATCAAAGGATTTGGCTAAAGATCTGAATAAACAGATTCATAACCGAGCAAA
ATATTTTGAAACAAAGGTTTCACATAACCAGAGACGATAACTAAAAATCTGGTTTATTTT
TCTAAATCAAAGGAAACGCCAATGGCTAAGGATAATACATCAGGGAATAAGTTATTCAAG
GCTCGATCTTGATGCCGTTTTGGCTTGATTCTTGTGATGTCGAAGGAGGAGGAGGAGGAG
GAGGAAGATGACCTTTCTCTTGCAAGCTCTTGACAGTGTCGTAAAGGCTTTGCTTGGTGG
ACGTGAACTCTAAGCCTAAGTCCTTTATCTTTTGGTTAGTGAACTTGTACAGCTTGGCTC
TTGGGTTCTTCTCGTCCTTGCACTTGGTT
C

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR3CW51JQ 653 0 0
TTTTTCTAAATCAAAG
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AGCCTAAGTCCTTTATCTTTTGGTTAGTGAACTTGTACGGCTTGGCTCTTGGGTTCTTCT
CGTCCTTGCACTTGGTTGGAAGTGGGTACTCAGGGAATAACTTAAACAAAATCTCAACAA
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CGTAAACAAGAACATGAGCTAGTGCGACATCACGAACATCCACATAAGCCTGAGTCAAAT
TAGCGTAAGTCTTAGCCGAGCCGGTTAGATACTTTAGTACGTGGAAGAGACTGGCGTTGA
TCGTCGGCTGTAACGGCGGACCAAGAACCAGCACCGGATTCAAAACCACCAGGTCAACAC
CTTTCTCCTCTGCCGTCTCCCACGCCGCTTGCTCCGCCACCATCTTGCCGTAC**ATACC
AATTCTTAGTGTTTT*GCAGAACTCAAGATCACTCCA

QA 17 653 17 653
DS 

RD RR3CW51TF 801 0 0
TCTAATCAAA
GAAACGCCAATGGCTAAGGATA*TACATCAGGGAATAAGTA**TCAAGGCTCGATCTTGA
TGCCGTTT*GGCTTGATTCTTGTGATGTCGAAGG*GGA**AGGAGGAGGAGGAAGATGAC
*TTTCTCTTGCAAGCTCTTGACAGTGTCGTAAAGGCTTTGCTTGGTGGACGTGAACTCTA
AGCCTAAGTCCTTTATCTTTTGGTTAGTGAACTTGTACGGCTTGGCTCTTGGGTTCTTCT
CGTCCTTGCACTTGGTTGGAAGTGGGTACTCAGGGAATAACTTAGACAAAATCTCAACAA
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TAGCGTAAGTCTTAGCCGAGCCGGTTAGATACTTTAGTACGTGGAAGAGACTGGCGTTGA
TCGTCGGCTGTAACGGCGGACCAAGAACCAGCACCGGATTCAAAACCACCAGGTCAACAC
CTTTCTCCTCTGCCGTCTCCCACGCCGCTTGCTCCGCCACCATCTTGCCGTAACAATACC
AATTCTTAGTGTTTTTGCAGAACTCAAGATCACTCCAACAACTTTCGTCAACAACGGCTT
CAGGGTCACGGTTCGGGTCCATGTAGACCGCACCAATTGAGGAGGTGATTACCACGCGCT
TCACCTTGGTTTCAGCTGCAGCATTAATTACGAACTTGGCTCCGTTCACGGCCGGCTCCA
CCATTTGTCCC

QA 11 801 11 801
DS 



AS 1 2

CO CL2531Contig1 731 2 1 U
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GCGTGTAAACAAATCCATCATACAACTTTCATTCTCGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAA
AAAAAGGGGAGAAAGCATGAATGATTAGGAAGATAGGTTTGGCATGAAAAGCCCAGAATC
TGGACTGTGTTGCTCTTTCCAGATTTTACCGGTGACTCTAAGTTTAAGCTCTTTCCTATC
TCCTCCGGAGAAGAAGAGAGCCATGTTTCTCTGGATGATGAGACCGTCGTTGCTGTCTCT
TACTTTCCTGTGGCTATCTCTGATGCTTCTCGGTGTTCCTTCCCATGTTAGCTTCCTCCC
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TCTCAGGAACGCCATGTATACCGGACCCATCCCGAGCTGGAACGCCTCGAAATGGAGGCA
GAAGTATTGCCCAAAGCACTGAAACACGGTTAGCATCCAAGTAGCGTTCTCTACTTCACG
CGGATTGGACTTGACATAACGGTGGTTAAAAGTGGAACCAGCGTGCATATCAACTTTGTG
ATCATCCCTGAGATGGGATACAAGGAAAGGGATGTCTCCAACGACACCACACTCAGAGCC
AGCGTAAGGACAACCGTAAGGTCTGAAGTTACAGAGAGACTCGTGCTTGAGTTTGCTGTA
GTAAGGAAAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AY61JQ U 254
AF RR3E231JQ U 1
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AAAAA
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QA 6 465 6 465
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TCCTCCGGAGAAGAAGAGAGCCATGTTTCTCTGGATGATGAGACCGTCGTTGCTGTCTCT
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CGGATTGGACTTGACATAACGGTGGTTAAAAGTGGAACCAGCGTGCATATCAACTTTGTG
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GTAAGGAAAAA

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

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GGAGATGCTGAGATGGATCTGACATAGCTGCCACTTCAAACCAGAGAGGAGCATGGACTG
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AAAGAAATAGGAG


BQ
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30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3GN32TF C 1
AF RR3EC01JQ U 43
AF RR3GN32JQ U 228
AF RR3EC01TF C 43
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BS 43 493 RR3EC01JQ

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AAAGAAATAGGAG

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DS 

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DS 

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CATAACGGGAGAACAAAGAGGTGATGGGGATCTCAGAGGAGAAATAATATATGAAGAGAT
TAACAGATCTGGAAAAGAAATAGGAG

QA 1 266 1 266
DS 

RD RR3EC01TF 451 0 0
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AACTTCTTATATACAGAAGCAAAAATCTAAAACCAAAGAGGTGAAATTAAAGACAACAAA
AGTTGAAAATGTTTGTGTGGAGATGCTGAGATGGATCTGACATAGCTGCCACTTCAAACC
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AAAATTGGACTGCGGATGAGCAGAGAGGAGACTTGACTGCGACCGCTAAATAGACAACCA
CACCGACTCGAAGCAGAGGAGGAGACCAGCGAGGAGATGACCGGAGAGGAAACCACGTCT
TACTACATAACGGGAGAACAAAGAGGTGATGGGGATCTCAGAGGAGAAATAATATATGAA
GAGATTAACAGATCTGGAAAAGAAATAGGAG

QA 1 451 1 451
DS 



AS 1 2

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CAAAGCCAGCAATGGCACCACTACACCTTCGACGTCGCCAGCAACTACCACAACTCCTCC
GGCATCTTCCACTGGAACCGGAGCTTCTTCAACTGCCAAACCAACAAACTCGGCTCCGGC
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CTGATCTACTACTATATGGCATTATGTCTTCTTATTCATTGTTCTGTAGGTTTGCAATTG
AAAATTGTTTGGTTATTTATTATTAATATGCACTTGAAATTTCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN12TF U 1
AF RR3EN12JQ C 123
BS 1 649 RR3EN12TF
BS 650 704 RR3EN12JQ

RD RR3EN12TF 653 0 0
GGAATCCACACAACTTTCAAAGCAAGACAACAAAACCGTTTGTTTCAAACATCAACTCTT
TGTTTCTTTTAAAAAGATGGAGGCCGTTAGATTCGCCATCGCCGTCGTTTTTGTGTTTTT
CTCTGTTTCTTCGTCTAACGCTGAACCTACACCGACAACAGGTGGAGCTGGAGGAAAAGG
AGATGCTCACTCAATGCCGTGTATACAGAAACTGATGCCATGTCAGCCTTATCTCCACTC
GGTGACTCCTCCACCTCCTGCGTCGTGTTGCCTACCGTTGAATGAGATCGTGGCGAAAGA
CGCGACTTGTCTTTGCTCCGTATTCAACAATGTCGACATGCTCAGATCGCTTAACCTCAC
TAAAGAAAACGCTCTAGTTCTCCCTAAAGCTTGTGGCGCCAAGGCTGACATTTCGCTATG
CAAAGCCAGCAATGGCACCACTACACCTTCGACGTCGCCAGCAACTACCACAACTCCTCC
GGCATCTTCCACTGGAACCGGAGCTTCTTCAACTGCCAAACCAACAAACTCGGCTCCGGC
CATCAACTTCGCCGGAGCTAGCTTCGCATCAGCTTTTGTGGCCTTGGCTACAATCTTCTT
CTGATCTACTACTATATGGCATTATGTCTTCTTATTCATTGTTCTGTAG
TTTG

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3EN12JQ 582 0 0
CTGTTTCTTCGTCTAACGCTGAACCTACACCGACAACAGGTGGAGCTGGAGGAAAAGGAG
ATGCTCACTCAATGCCGTGTATACAGAAACTGATGCCATGTCAGCCTTATCTCCACTCGG
TGACTCCTCCACCTCCTGCGTCGTGTTGCCTACCGTTGAATGAGATCGTGGCGAAAGACG
CGACTTGTCTTTGCTCCGTATTCAACAATGTCGACATGCTCAGATCGCTTAACCTCACTA
AAGAAAACGCTCTAGTTCTCCCTAAAGCTTGTGGCGCCAAGGCTGACATTTCGCTATGCA
AAGCCAGCAATGGCACCACTACACCTTCGACGTCGCCAGCAACTACCACAACTCCTCCGG
CATCTTCCACTGGAACCGGAGCTTCTTCAACTGCCAAACCAACAAACTCGGCTCCGGCCA
TCAACTTCGCCGGAGCTAGCTTCGCATCAGCTTTTGTGGCCTTGGCTACAATCTTCTTCT
GATCTACTACTATATGGCATTATGTCTTCTTATTCATTGTTCTGTAGGTTTGCAATTGAA
AATTGTTTGGTTATTTATTATTAATATGCACTTGAAATTTCT

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 2

CO CL2534Contig1 1023 2 2 U
GGGGACTTACATGGGTCACGGTAAAGCCGTGAGGGATATTTGTTTCTCTAATGATGGGAC
TAAGTTCTTGACTGCTGGGTATGATAAGAACATTAAGTATTGGGACACGGAGACTGGGCA
GGTTATATCGACTTTCTCCACTGGGAAGATTCCCTATGTGGTTAAGCTGAATCCTGATGA
TGACAAGCAGAACATTTTGTTGGCGGGGATGAGCGATAAGAAGATTGTGCAGTGGGATAT
TAACTCCGGGGAGATTACTCAAGAGTATGATCAGCATTTGGGTGCGGTTAATACGATCAC
GTTTGTGGATAATAACAGAAGGTTTGTTACGTCGAGTGATGATAAGTCTCTACGTGTGTG
GGAGTTTGGGATACCGGTGGTTATCAAGTATATCAGCGAGCCTCATATGCACTCCATGCC
TGCCATTTCTGTTCACCCGAATGGGAAGTGGCTTGCGGCGCAGAGCTCGGACAACCAGAT
TCTGATCTACGGTACCAGGGAGAGGTTTCAGCTGAATAAGAAGAAGAGGTTTGCAGGGCA
CATTGTGGCCGGTTATGCATGCCAGGTTAATTTCTCGCCGGATGGACGGTTTGTAATGTC
GGGAGATGGTGAGGGTAAGTGCTGGTTTTGGGACTGGAAGAGCTGCAGAGTGTTCAAGAC
TCTTAAATGTCACAACGGAGTATGCATTGGAGCCGAGTGGCATCCTCTGAACAGAGCAAA
GTTGCAACTTGTGGCTGGGACGGCTTGATTAAGTACTGGGACTAAGACGAGAGTCTCGTC
ACGAGACAGAGGCATCACAGAGAAAGAAGTAGTAATGATGGACGGTCTAGCCTCGGATAT
ACAGAATGCTCTGCATCTTTGGGATACAAAGTCCCTTTTTTTTTGAGTTTCGCTTTCCTC
TGTTTTTAGATTCTTCAATGTTGTAACACTCTCTGTTTAATGGATGGTGTAGTCTGTAGA
GGGACGACCAAAACAATTTTAAATGCTGGACTGTATCGTTATAAAGATAGCATCTCAGAC
TCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3F030TF U 1
AF RR3F030JQ C 200
BS 1 737 RR3F030TF
BS 738 1023 RR3F030JQ

RD RR3F030TF 738 0 0
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TAAGTTCTTGACTGCTGGGTATGATAAGAACATTAAGTATTGGGACACGGAGACTGGGCA
GGTTATATCGACTTTCTCCACTGGGAAGATTCCCTATGTGGTTAAGCTGAATCCTGATGA
TGACAAGCAGAACATTTTGTTGGCGGGGATGAGCGATAAGAAGATTGTGCAGTGGGATAT
TAACTCCGGGGAGATTACTCAAGAGTATGATCAGCATTTGGGTGCGGTTAATACGATCAC
GTTTGTGGATAATAACAGAAGGTTTGTTACGTCGAGTGATGATAAGTCTCTACGTGTGTG
GGAGTTTGGGATACCGGTGGTTATCAAGTATATCAGCGAGCCTCATATGCACTCCATGCC
TGCCATTTCTGTTCACCCGAATGGGAAGTGGCTTGCGGCGCAGAGCTCGGACAACCAGAT
TCTGATCTACGGTACCAGGGAGAGGTTTCAGCTGAATAAGAAGAAGAGGTTTGCAGGGCA
CATTGTGGCCGGTTATGCATGCCAGGTTAATTTCTCGCCGGATGGACGGTTTGTAATGTC
GGGAGATGGTGAGGGTAAGTGCTGGTTTTGGGACTGGAAGAGCTGCAGAGTGTTCAAGAC
TCTTAAATGTCACAACGGAGTATGCATTGGAGCCGAGTGGCATCCTCTGAACAGAGCAAA
GTTGCAACTTGTGGCTG
G

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3F030JQ 824 0 0
TTGGCGGGGATGAGCGATAAGAAGATTGTGCAGTGGGATATTAACTCCGGGGAGAT*ACT
CAAGAGTATGATCAGCATTTGGGTGCGGTTAATACGATCACGTTTGTGGATAATAACAGA
AGGTTTGTTACGTCGAGTGATGATAAGTCTCTACGTGTGTGGGAGTTTGGGATACCGGTG
GTTATCAAGTATATCAGCGAGCCTCATATGCACTCCATGCCTGCCATTTCTGTTCACCCG
AATGGGAAGTGGCTTGCGGCGCAGAGCTCGGACAACCAGATTCTGATCTACGGTACCAGG
GAGAGGTTTCAGCTGAATAAGAAGAAGAGGTTTGCAGGGCACATTGTGGCCGGTTATGCA
TGCCAGGTTAATTTCTCGCCGGATGGACGGTTTGTAATGTCGGGAGATGGTGAGGGTAAG
TGCTGGTTTTGGGACTGGAAGAGCTGCAGAGTGTTCAAGACTCTTAAATGTCACAACGGA
GTATGCATTGGAGCCGAGTGGCATCCTCTGAACAGAGCAAAGTTGCAACTTGTGGCTGGG
ACGGCTTGATTAAGTACTGGGACTAAGACGAGAGTCTCGTCACGAGACAGAGGCATCACA
GAGAAAGAAGTAGTAATGATGGACGGTCTAGCCTCGGATATACAGAATGCTCTGCATCTT
TGGGATACAAAGTCCCTTTTTTTTTGAGTTTCGCTTTCCTCTGTTTTTAGATTCTTCAAT
GTTGTAACACTCTCTGTTTAATGGATGGTGTAGTCTGTAGAGGGACGACCAAAACAATTT
TAAATGCTGGACTGTATCGTTATAAAGATAGCATCTCAGACTCT

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 4

CO CL2535Contig1 1236 4 15 U
CCATTCGAGAAGTAACATCTAATTTCACATGAACCACATATGGCGAGTGATAATTAAACA
TTGTTACCTACATAATACGTAGAGACAGTGGAGACACAGAGTCGAGAGAAAATAACTTTA
ACTTCATTTACAAGGGAGCCTGTATGTCTTTGTGATTCGAATCTGTGCAAACGCGTAAAT
TGCTCGTAAGATTCTAGCGTAGTCAGTTTCAAGCATCTGAATAACCAAATCAGCTAGTAA
CGTCCCCCACATCATTGGACCGACTAATTGCATCACTGTTCTTAAGCCAAGGTATCTGGA
TGCAGCTCCTACAAACCCTTGTTTTGCTGCAAGCAGAGCTGCTCTTGATTCCAAGTTAAT
AGCAGCTAACTGTCCACCCTTTTTAAGCATCTCTCTTCTTATCTGGTAGTTGGCAGCTTC
AAGGATTACTTTTCCAGATAGTTTCTTAGCCAACAACTGATAAATCTTGGCAAATGTGAT
CATCCCACCACCCTTGAGAATCATAGATTGGACCTCTGAAGCACCTACTTCTAGAGCAGC
AAGTAGTTCAACTTTCCATTTACTGAGCCCGACTTCTAAGCTTCCCTGCACCTCCGATGC
TTGAGAACTATCCCACAAGCCAGGAAATATCCCTGATGCTTCACTAGAGAAATTGTCAAC
AAGATAAAGAAAGATCTCAGCTTCGAGATCCTCCGTTGGCAAGTGGCTGGAGCAGGGAAT
ACTCAACTTATTCCTCACCGCAAGTAAAACATTTCTGTATGAAGGCCTCCAACCCCTGAG
AGTGGAGCGAGCATCAGCAGCGAGAAACAAGAATCTAGATTCAAGAGATTGGATAAAACC
ATCTCGAACCTCAATATCTTCCCCTATCATCAACCTCTCACCTCTTCCTCCTCCTCTTCC
TTTGTTAGGGATTGATTTCAACAGAGGACTAAAGTAACTGGGACCAAAGAGGATAATCTC
GAGCTCGTATAGCTCGGAATCAGTGGCGAGCTCGAAAACCAAACGGAGCTCCGGATCATA
CGCGGCTTCCGATGGCGATTCTGAAGCCGTAACCGCCGCTAAAGCAACAATGACCTGTTT
CCTCCTCCGTAAGCCAGCGCTAGGAATCTTGGTCAGACTGAGATGATGGCGGGAGAATGG
GCGACGAAGCGGAGGAGAAGATAGGAATGGTAGAACAACGACGCCGGAGACAGTTGTCAT
CGGGTCGTTCAATTTTTTTACTCTCACTCTGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG65JQ U 26
AF RR3BP02JQ U 1
AF RR3BP02TF C 439
AF RR3AG65TF C 527
BS 1 35 RR3BP02JQ
BS 36 36 RR3AG65JQ
BS 37 130 RR3BP02JQ
BS 131 131 RR3AG65JQ
BS 132 135 RR3BP02JQ
BS 136 136 RR3AG65JQ
BS 137 235 RR3BP02JQ
BS 236 236 RR3AG65JQ
BS 237 765 RR3BP02JQ
BS 766 947 RR3BP02TF
BS 948 948 RR3AG65TF
BS 949 1157 RR3BP02TF
BS 1158 1158 RR3AG65TF
BS 1159 1168 RR3BP02TF
BS 1169 1236 RR3AG65TF

RD RR3AG65JQ 658 0 0
CG
CATGAACCACATATGGCGAGTGATAATTAAACATTGTTACCTACATAATACGTAGAGACA
GTGGAGACACAGAGTCGAGAGAAAATAACTTTAACTTCATTTACAAGGGGGCCTGTATGT
CTTTGTGATTCGAATCTGTGCAAACGCGTAAATTGCTCGTAAGATTCTAGCGTAGTCAGT
TTCAAGCATCTGAATAACCAAATCAGCTAGTAACGTCCCCCACATCATTGGACCGACTAA
TTGCATCACTGTTCTTAAGCCAAGGTATCTGGATGCAGCTCCTACAAACCCTTGTTTTGC
TGCAAGCAGAGCTGCTCTTGATTCCAAGTTAATAGCAGCTAACTGTCCACCCTTTTTAAG
CATCTCTCTTCTTATCTGGTAGTTGGCAGCTTCAAGGATTACTTTTCCAGATAGTTTCTT
AGCCAACAACTGATAAATCTTGGCAAATGTGATCATCCCACCACCCTTGAGAATCATAAA
TTGGACCTCTGAAGCACCTACTTCTAGAGCAGCAAGTAGTTCAACTTTCCATTTACTGAG
CCCGACTTCTAAGCTTCCCTGCACCTCCGATGCTTGAGAACTATCCCACAAGCCAGGAAA
TATCCCTGATGCTTCACTAGAGAAATTGTCAACAAGATAAAGAAAGATCTCAGCTT

QA 3 658 3 658
DS 

RD RR3BP02JQ 769 0 0
CCATTCGAGAAGTAACATCTAATTTCACATGAACCGCATATGGCGAGTGATAATTAAACA
TTGTTACCTACATAATACGTAGAGACAGTGGAGACACAGAGTCGAGAGAAAATAACTTTA
ACTTCATTTATAAGGTAGCCTGTATGTCTTTGTGATTCGAATCTGTGCAAACGCGTAAAT
TGCTCGTAAGATTCTAGCGTAGTCAGTTTCAAGCATCTGAATAACCAAATCAGCTGGTAA
CGTCCCCCACATCATTGGACCGACTAATTGCATCACTGTTCTTAAGCCAAGGTATCTGGA
TGCAGCTCCTACAAACCCTTGTTTTGCTGCAAGCAGAGCTGCTCTTGATTCCAAGTTAAT
AGCAGCTAACTGTCCACCCTTTTTAAGCATCTCTCTTCTTATCTGGTAGTTGGCAGCTTC
AAGGATTACTTTTCCAGATAGTTTCTTAGCCAACAACTGATAAATCTTGGCAAATGTGAT
CATCCCACCACCCTTGAGAATCATAGATTGGACCTCTGAAGCACCTACTTCTAGAGCAGC
AAGTAGTTCAACTTTCCATTTACTGAGCCCGACTTCTAAGCTTCCCTGCACCTCCGATGC
TTGAGAACTATCCCACAAGCCAGGAAATATCCCTGATGCTTCACTAGAGAAATTGTCAAC
AAGATAAAGAAAGATCTCAGCTTCGAGATCCTCCGTTGGCAAGTGGCTGGAGCAGGGAAT
ACTCAACTTATTCCTCACCGCAAGTAAAACATTTCTGTATGAAGG
CCTC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3BP02TF 731 0 0
ATAG
TTCTTAGCCAACAACTGATAAATCT*GGCAAATGTGATCATCCCACCACCCTTGAGAATC
ATAGATTGGAC*TCTGAAGCACCTACTTCTAGAGCAGCAAGTAGTTCAACTTTCCATTTA
CTGAGCCCGACTTCTAAGCTTCCCTGCACCTCCGATGCTTGAGAACTATCCCACAAGCCA
GGAAATATCCCTGATGCTTCACTAGAGAAATTGTCAACAAGATAAAGAAAGATCTCAGCT
TCGAGATCCTCCGTTGGCAAGTGGCTGGAGCAGGGAATACTCAACTTATTCCTCACCGCA
AGTAAAACATTTCTGTATGAAGGCCTCCAACCCCTGAGAGTGGAGCGAGCATCAGCAGCG
AGAAACAAGAATCTAGATTCAAGAGATTGGATAAAACCATCTCGAACCTCAATATCTTCC
CCTATCATCAACCTCTCACCTCTTCCTCCTCCTCTTCCTTTGTTAGGGATTGATTTCAAC
AGAGGACTAAAGTAACTGGGACCAAGGAGGATAATCTCGAGCTCGTATAGCTCGGAATCA
GTGGCGAGCTCGAAAACCAAACGGAGCTCCGGATCATACGCGGCTTCCGATGGCGATTCT
GAAGCCGTAACCGCCGCTAAAGCAACAATGACCTGTTTCCTCCTCCGTAAGCCAGCGCTA
GGAATCTTGGTCAGACTGAGATGATGGCGGGAGAATGGGCGACGAAGCGGAGGAGGAGAT
AGGAAT
C

QA 5 730 5 730
DS 

RD RR3AG65TF 710 0 0
ACTTCTAGAGCAGCAAGTAGTTCAACTTTCCATTTACTGAGCCCGACTTCTAAGCTTCCC
TGCACCTCCGATGCTTGAGAACTATCCCACAAGCCAGGAAATATCCCTGATGCTTCACTA
GAGAAATTGTCAACAAGATAAAGAAAGATCTCAGCTTCGAGATCCTCCGTTGGCAAGTGG
CTGGAGCAGGGAATACTCAACTTATTCCTCACCGCAAGTAAAACATTTCTGTATGAAGGT
CTCCAACCCCTGAGAGTGGAGCGAGCATCAGCAGCGAGAAACAAGAATCTAGATTCAAGA
GATTGGATAAAACCATCTCGAACCTCAATATCTTCCCCTATCATCAACCTCTCACCTCTT
CCTCCTCCTCTTCCTTTGTTAGGGATTGATTTCAACAGAGGACTAAAGTAACTGGGACCA
AAGAGGATACTCTCGAGCTCGTATAGCTCGGAATCAGTGGCGAGCTCGAAAACCAAACGG
AGCTCCGGATCATACGCGGCTTCCGATGGCGATTCTGAAGCCGTAACCGCCGCTAAAGCA
ACAATGACCTGTTTCCTCCTCCGTAAGCCAGCGCTAGGAATCTTGGTCAGACTGAGATGA
TGGCGGGAGAATGGGCGACGAAGCGGAGGAGAAGATAGGAATGGTAGAACAACGACGCCG
GAGACAGTTGTCATCGGGTCGTTCAATTTTTTTACTCTCACTCTGCTTCC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 2 4

CO CL2536Contig1 819 2 6 U
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AAAGCTTCCTCTCTCTACCTCACAACAAGAAGATGAAGCATCTGATCCGCCGTCTCTCCC
GCGTGGCTGACTCCACTCACTACAATCTCCTCCGGTCAGATTCGCAACGACGGAGCCGCC
GCTCTGAGTTTCCCCTCCGGTCTTCGATGGCTCGCCGCTTGAAGAAACATACATCCTCTG
TTCCTCAAGGACACGTACCGGTCTACGTGGGAGACGAGATGGAGAGGTTCTTGGTTAGCG
CGGAGGTGCTTAACCACCCGGTTTTCATCGGTTTGCTGAAGCGGTCGGCTCAGGAGTATG
GATACGAACAGAAAGGAGTTCTTCAAATCCCATGCCACGTTCTTGTCTTCGAGCGCATCA
TGGAGTCGGTTCGGCTTGGATTAGCGGTTCCAAGTGACTTGCAAGATCTAATCAGCGAGG
AGTGTATGTGAGAAGATTTTTAGAAGAATCCTTGGTAGGTAGAGAGAGAGAGAGACAGAG
ATGGATCTTAGTTGTGTTTTTGTTCAAACAGAGTAGTAATAATTCGTTGGTGTTGATGTA
CATATCTCCATGTCTACTATATATGTATGTTGTTCGTTGCAAATTTCCTATTTTTCACCG
GTTTAGGTATCGGTTTGAAACTCTTATGGAGATATATATGTGGAAATTGCATCGGTTTAG
TATGTAAGCGTAAGTTCTGGGCTTTGTTACATGAAGATTCCAGTTTTTTTTTGGATTTGA
TGTTCCACCGAAATTAGTTTACAAAAAAAATGTTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A733TF U 1
AF RR3A733JQ C 184
BS 1 191 RR3A733TF
BS 192 192 RR3A733JQ
BS 193 666 RR3A733TF
BS 667 667 RR3A733JQ
BS 668 774 RR3A733TF
BS 775 819 RR3A733JQ

RD RR3A733TF 774 0 0
GGGAACACCACCGAGTCATTCATTCATTCTTACAGCTCATTCAGTTTCATCACTCTGGCA
AAAGCTTCCTCTCTCTACCTCACAACAAGAAGATGAAGCATCTGATCCGCCGTCTCTCCC
GCGTGGCTGACTCCACTCACTACAATCTCCTCCGGTCAGATTCGCAACGACGGAGCCGCC
GCTCTGAGTTTTCCCTCCGGTCTTCGATGGCTCGCCGCTTGAAGAAACATACATCCTCTG
TTCCTCAAGGACACGTACCGGTCTACGTGGGAGACGAGATGGAGAGGTTCTTGGTTAGCG
CGGAGGTGCTTAACCACCCGGTTTTCATCGGTTTGCTGAAGCGGTCGGCTCAGGAGTATG
GATACGAACAGAAAGGAGTTCTTCAAATCCCATGCCACGTTCTTGTCTTCGAGCGCATCA
TGGAGTCGGTTCGGCTTGGATTAGCGGTTCCAAGTGACTTGCAAGATCTAATCAGCGAGG
AGTGTATGTGAGAAGATTTTTAGAAGAATCCTTGGTAGGTAGAGAGAGAGAGAGACAGAG
ATGGATCTTAGTTGTGTTTTTGTTCAAACAGAGTAGTAATAATTCGTTGGTGTTGATGTA
CATATCTCCATGTCTACTATATATGTATGTTGTTCGTTGCAAATTTCCTATTTTTCACCG
GTTTAG*TATCGGTTTGAAACTCTTATGGAGATATATATGTGGAAATTGCATCGGTTTAG
TATGTAAGCGTAAGTTCTGGGCTTTGTTACATGAAGATTCCAGTTTTTTTTTGG

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3A733JQ 636 0 0
CTGAGTTTCCCCTCCGGTCTTCGATGGCTCGCCGCTTGAAGAAACATACATCCTCTGTTC
CTCAAGGACACGTACCGGTCTACGTGGGAGACGAGATGGAGAGGTTCTTGGTTAGCGCGG
AGGTGCTTAACCACCCGGTTTTCATCGGTTTGCTGAAGCGGTCGGCTCAGGAGTATGGAT
ACGAACAGAAAGGAGTTCTTCAAATCCCATGCCACGTTCTTGTCTTCGAGCGCATCATGG
AGTCGGTTCGGCTTGGATTAGCGGTTCCAAGTGACTTGCAAGATCTAATCAGCGAGGAGT
GTATGTGAGAAGATTTTTAGAAGAATCCTTGGTAGGTAGAGAGAGAGAGAGACAGAGATG
GATCTTAGTTGTGTTTTTGTTCAAACAGAGTAGTAATAATTCGTTGGTGTTGATGTACAT
ATCTCCATGTCTACTATATATGTATGTTGTTCGTTGCAAATTTCCTATTTTTCACCGGTT
TAGGTATCGGTTTGAAACTCTTATGGAGATATATATGTGGAAATTGCATCGGTTTAGTAT
GTAAGCGTAAGTTCTGGGCTTTGTTACATGAAGATTCCAGTTTTTTTTTGGATTTGATGT
TCCACCGAAATTAGTTTACAAAAAAAATGTTTCCCC

QA 1 636 1 636
DS 



CO CL2536Contig2 606 2 1 U
GGAACACCACCGAGTCATTCATTCTTACAGCTCATACAGTTTCATCACTCTGGCAAAAGC
TTCCTCTCTCTACCTCTCACACATCACAACAAGAAGATGAAGCATCTGATCCGACGTCTC
TCCCGCGTGGCTGACTCCACTCACTACAATCTCCTCCGGTCAGATTCGCAACGACGGAGC
CGCCGCTCTGAATTTCCCCTCCGGTCTTCCATGGCTCGCCGCTTGAAGAAGCATACATCA
TCTGTTCCTCAAGGACACGTACCGGTCTACGTGGGAGACGAGATGGAGAGGTTCTTGGTT
AGCGCGGAGGTGCTTAACCACCCGGTTTTCATCGGTTTGCTGAGGCGGTCGGCTCAGGAG
TATGGATACGAGCAGAAAGGAGTTCTTCAAATCCCATGCCACGTTCTTGTCTTTGAGCGC
ATCATGGAGTCGGTTCGACTTGGATTAGCGGTTCCAAGTGACTTGCAAGATCTAATCAGC
GAGGAGTGTATGTGAGAAGATTTTTAGAAGAATCCTTGGTAGGTAGAGAGGCAGAGTCAC
AGAGATGGATCTAGTTGTGTTTTTGTTCAGACACAGAGTAATAATAATTCGTTAGTGTTG
ATGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3GY61TF U 1
AF RR3GY61JQ C 73
BS 1 606 RR3GY61TF

RD RR3GY61TF 606 0 0
GGAACACCACCGAGTCATTCATTCTTACAGCTCATACAGTTTCATCACTCTGGCAAAAGC
TTCCTCTCTCTACCTCTCACACATCACAACAAGAAGATGAAGCATCTGATCCGACGTCTC
TCCCGCGTGGCTGACTCCACTCACTACAATCTCCTCCGGTCAGATTCGCAACGACGGAGC
CGCCGCTCTGAATTTCCCCTCCGGTCTTCCATGGCTCGCCGCTTGAAGAAGCATACATCA
TCTGTTCCTCAAGGACACGTACCGGTCTACGTGGGAGACGAGATGGAGAGGTTCTTGGTT
AGCGCGGAGGTGCTTAACCACCCGGTTTTCATCGGTTTGCTGAGGCGGTCGGCTCAGGAG
TATGGATACGAGCAGAAAGGAGTTCTTCAAATCCCATGCCACGTTCTTGTCTTTGAGCGC
ATCATGGAGTCGGTTCGACTTGGATTAGCGGTTCCAAGTGACTTGCAAGATCTAATCAGC
GAGGAGTGTATGTGAGAAGATTTTTAGAAGAATCCTTGGTAGGTAGAGAGGCAGAGTCAC
AGAGATGGATCTAGTTGTGTTTTTGTTCAGACACAGAGTAATAATAATTCGTTAGTGTTG
ATGTAC

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3GY61JQ 534 0 0
CCTCTCACACA
TCACAACAAGAAGATGAAGCATCTGATCCGACGTCTCTCCCGCGTGGCTGACTCCACTCA
CTACAATCTCCTCCGGTCAGATTCGCAACGACGGAGCCGCCGCTCTGAATTTCCCCTCCG
GTCTTCCATGGCTCGCCGCTTGAAGAAGCATACATCATCTGTTCCTCAAGGACACGTACC
GGTCTACGTGGGAGACGAGATGGAGAGGTTCTTGGTTAGCGCGGAGGTGCTTAACCACCC
GGTTTTCATCGGTTTGCTGAGGCGGTCGGCTCAGGAGTATGGATACGAGCAGAAAGGAGT
TCTTCAAATCCCATGCCACGTTCTTGTCTTTGAGCGCATCATGGAGTCGGTTCGACTTGG
ATTAGCGGTTCCAAGTGACTTGCAAGATCTAATCAGCGAGGAGTGTATGTGAGAAGATTT
TTAGAAGAATCCTTGGTAGGTAGAGAGGCAGAGTCACAGAGATGGATCTAGTTGTGTTTT
TGTTCAGACACAGAGTAATAATAATTCGTTAGTGTTGATGTAC

QA 12 534 12 534
DS 



AS 1 3

CO CL2537Contig1 865 3 4 U
AACAATCATATTATTGATCTCGATGCTTTTAACCAAAAAAAGCATCGAAGTGTAAATAAA
ATAACAAAAAAAAACATGAGATATTATATTATAGTATTATTGATCCATGTCTAGATGTTC
AGTGATGAAAAAAAAATACAGCGGAAGCAGATAGCTATAGAGAAAGCGCAAGTTACAGAG
AGAATGAGAATACGAAACAGAGGGGGAGAGAGAGTGATCAATACAGACTCACAATCTCAT
TGCAAGAACTTGTCAATGCTAGATGTGAGTGCGGATTTGGGCACTGTACCCATGAGAGCG
TCTTTCTTCTCGCCGTTGACAAAGATCACGATCGTTGGGATGTTTCTAACTTTGTACTTG
CACGGGGTTGAAGGAGAATCGTCGGTGTTTAGTTTGTAGAACTTGACCTTCCCGGTGTAC
TGTTGCGCTACCTCATTCACAAGAGGGTCAATCATTTTGCAAGGTCCACACCATGGTGCC
CAGAAGTCGACAAGCACAAGCCCGTCTGCCTTGAGAACTAGAGAATCCCACGTCGAGTCG
TTGACTATTGAAACTATGTCGGTAGTAGTTTCCTGAGCTTCGCAGACGACGCCGCCTCTT
CGTAATCGAGGAACCCTAGGTTGAATCGAGGTCAACGACTGAGAAAGACGGATTCTCAAT
CCTCCTGATCCTGGTGACACGGCGAAGAGCCGACGAGCAGAGAGTGAAGCCGATGGTGAC
GATGCGATTCTCGTCTCTGAACAACGGAGAGAAAGCGGAGGAAGAGAGGTGCAGGTGAAA
GCAGCAGCCATGGCTAAGAGAGAGAGAGAGAAGCAGGAGCGACCCTCCTAATCCCATGTG
TACAAAGTATAATAATAATATCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F268JQ U 1
AF RR3F360JQ U 73
AF RR3F360TF C 136
BS 1 219 RR3F268JQ
BS 220 220 RR3F360TF
BS 221 224 RR3F268JQ
BS 225 865 RR3F360TF

RD RR3F268JQ 224 0 0
AACAATCATATTATTGATCTCGATGCTTTTAACCAAAAAAAGCATCGAAGTGTAAATAAA
ATAACAAAAAAAAACATGAGATATTATATTATAGTATTATTGATCCATGTCTAGATGTTC
AGTGATGAAAAAAAAATACAGCGGAAGCAGATAGCTATAGAGAAAGCGCAAGTTACAGAG
AGAATGAGAATACGAAACAGAGGGGGAGAGAGAGTGATCGATAC

QA 1 224 1 224
DS 

RD RR3F360JQ 118 0 0
AACATGAGATATTATATTATAGTATTATTGATCCATGTCTAGATGTTCAGTGATGAAGAA
AAGATACAGCGGAAGCAGATAGCTATAGAGAAAGCGCAAGTTACAGAGAGAATGAGAA

QA 1 118 1 118
DS 

RD RR3F360TF 730 0 0
ATACAGCGGAAGCAGATAGCTATAGAGAAAGCGCAAGTTACAGAGAGAATGAGAATACGA
AACAGAGGGGGAGAGAGAGTGATCAATACAGACTCACAATCTCATTGCAAGAACTTGTCA
ATGCTAGATGTGAGTGCGGATTTGGGCACTGTACCCATGAGAGCGTCTTTCTTCTCGCCG
TTGACAAAGATCACGATCGTTGGGATGTTTCTAACTTTGTACTTGCACGGGGTTGAAGGA
GAATCGTCGGTGTTTAGTTTGTAGAACTTGACCTTCCCGGTGTACTGTTGCGCTACCTCA
TTCACAAGAGGGTCAATCATTTTGCAAGGTCCACACCATGGTGCCCAGAAGTCGACAAGC
ACAAGCCCGTCTGCCTTGAGAACTAGAGAATCCCACGTCGAGTCGTTGACTATTGAAACT
ATGTCGGTAGTAGTTTCCTGAGCTTCGCAGACGACGCCGCCTCTTCGTAATCGAGGAACC
CTAGGTTGAATCGAGGTCAACGACTGAGAAAGACGGATTCTCAATCCTCCTGATCCTGGT
GACACGGCGAAGAGCCGACGAGCAGAGAGTGAAGCCGATGGTGACGATGCGATTCTCGTC
TCTGAACAACGGAGAGAAAGCGGAGGAAGAGAGGTGCAGGTGAAAGCAGCAGCCATGGCT
AAGAGAGAGAGAGAGAAGCAGGAGCGACCCTCCTAATCCCATGTGTACAAAGTATAATAA
TAATATCCCC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 4

CO CL2538Contig1 810 4 7 U
GGATCATCGACTCGATTTCAGATCCGAGATACAAACTTGGAACATGTCTACCTTCAGCGT
CGATGAAACAGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCCGCAGCCGCACTCGTCTTCTCCTG
TATGGGAGCTGCATACGGAACAGCAAAGAGTGGTGTAGGTGTGGCTTCGATGGGAGTGAT
GAGACCCGAGCTTGTGATGAAATCCATCGTCCCTGTCGTTATGGCTGGTGTGTTGGGTAT
CTACGGTTTGATTATTGCTGTTATCATCAGTACCGGGATTAACCCCAAGGCCAAGTCTTA
CTACCTCTTCGACGGATACGCACATCTCTCCTCCGGTCTCGCTTGTGGTCTTGCTGGTCT
CTCCGCTGGAATGGCCATTGGTATTGTCGGCGATGCTGGTGTCAGGGCAAATGCTCAGCA
GCCTAAGCTCTTTGTCGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTA
TGGGCTTATTGTAGGTATCATTCTTTCCTCTAGAGCTGGTCAGTCTAGAGCTGAATGAGA
AAGTTATCTCAAGATTTACCCCGATTGTACTGCTTCCTTTACTTTCTGTGTGCGTTCTTT
AGTATGTATCATCGAAACTGAAACATTTACTGGATTCTTGGAGCTTTGTTTCAGAAACAA
AACCAGATATGGGTTATTTATTGTTTGGTTATGTAATAAAGAGCTCAGAGGAGCTTTGAT
ATTTTTTTTTGTATTCTTGTATTGTCCTGAGGAATTTAAAATACATTTATTTGTAAAGAA
GTATGCTTTTCTTAAACCATCTTGAATCGT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G073TF U 1
AF RR3FZ16TF U 4
AF RR3G073JQ C 117
AF RR3FZ16JQ C 80
BS 1 467 RR3G073TF
BS 468 468 RR3FZ16TF
BS 469 557 RR3G073TF
BS 558 688 RR3FZ16TF
BS 689 689 RR3FZ16JQ
BS 690 713 RR3FZ16TF
BS 714 810 RR3FZ16JQ

RD RR3G073TF 557 0 0
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CGATGAAACAGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCCGCAGCCGCACTCGTCTTCTCCTG
TATGGGAGCTGCATACGGAACAGCAAAGAGTGGTGTAGGTGTGGCTTCGATGGGAGTGAT
GAGACCCGAGCTTGTGATGAAATCCATCGTCCCTGTCGTTATGGCTGGTGTGTTGGGTAT
CTACGGTTTGATTATTGCTGTTATCATCAGTACCGGGATTAACCCCAAGGCCAAGTCTTA
CTACCTCTTCGACGGATACGCACATCTCTCCTCCGGTCTCGCTTGTGGTCTTGCTGGTCT
CTCCGCTGGAATGGCCATTGGTATTGTCGGCGATGCTGGTGTCAGGGCAAATGCTCAGCA
GCCTAAGCTCTTTGTCGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGTGCTTGCTCTTTA
TGGGCTTATTGTAGGTATCATTCTTTCCTCTAGAGCTGGTCAGTCTAGAGCTGAATGAGA
AAGTTATCTCAAGATTT

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3FZ16TF 710 0 0
GG
ATCGACTCGATTTCAGATCCGAGATACAAACTTGGAACATGTCTACCTTCAGCGTCGATG
AAACAGCTCCCTTCTTCGGCTTCCTCGGCGCCGCAGCCGCACTCGTCTTCTCCTGTATGG
GAGCTGCATACGGAACAGCAAAGAGTGGTGTAGGTGTGGCTTCGATGGGAGTGATGAGAC
CCGAGCTTGTGATGAAATCCATCGTCCCTGTCGTTATGGCTGGTGTGTTGGGTATCTACG
GTTTGATTATTGCTGTTATCATCAGTACCGGGATTAACCCCAAGGCCAAGTCTTACTACC
TCTTCGACGGATACGCACATCTCTCCTCCGGTCTCGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTCTCCG
CTGGAATGGCCATTGGTATTGTCGGCGATGCTGGTGTCAGGGCAAATGCTCAGCAGCCTA
AGCTCTTTGTCGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTATGGGC
TTATTGTAGGTATCATTCTTTCCTCTAGAGCTGGTCAGTCTAGAGCTGAATGAGAAAGTT
ATCTCAAGATTTACCCCGATTGTACTGCTTCCTTTACTTTCTGTGTGCGTTCTTTAGTAT
GTATCATCGAAACTGAAACATTTACTGGATTCTTGGAGCTTTGTTTCAGAAACAAAACCA
GATATGGGTTATTTATTGTTTGGGTATGTAATAAAGAGCTCAGAGGAG

QA 3 710 3 710
DS 

RD RR3G073JQ 578 0 0
CCTGTATGGGAGCTGCATACGGAACAGCAAAGAGTGGTGTAGGTGTGGCTTCGATGGGAG
TGATGAGACCCGAGCTTGTGATGAAATCCATCGTCCCTGTCGTTATGGCTGGTGTGTTGG
GTATCTACGGTTTGATTATTGCTGTTATCATCAGTACCGGGATTAACCCCAAGGCCAAGT
CTTACTACCTTTTCGACGGATACGCACATCTCTCCTCCGGTCTCGCTTGTGGTCTTGCTG
GTCTCTCCGCTGGAATGGCCATTGGTATTGTCGGCGATGCTGGTGTCAGGGCAAATGCTC
AGCAGCCTAAGCTCTTTGTCGGGATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGTGCTTGCTC
TTTATGGGCTTATTGTAGGTATCATTCTTTCCTCTAGAGCTGGTCAGTCTAGAGCTGAAT
GAGAAAGTTATCTCAAGATTTACCCCGATTGTACTGCTTCCTTTTTTTTCTGTGTGCGTT
CTTTAGTATGTATCATCGAAACTGAAACATTTACTGGATTCTTGGAGCTTTGTTTCAGAA
ACAAAACCAGATATGGGTTATTTATTGTTTGGTTATGT

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR3FZ16JQ 731 0 0
TTCGGCTTCCTCGGCGCCGCAGCCGCACTCGTCTTCTCCTGTATGGGAGCTGCATACGGA
ACAGCAAAGAGTGGTGTAGGTGTGGCTTCGATGGGAGTGATGAGACCCGAGCTTGTGATG
AAATCCATCGTCCCTGTCGTTATGGCTGGTGTGTTGGGTATCTACGGTTTGATTATTGCT
GTTATCATCAGTACCGGGATTAACCCCAAGGCCAAGTCTTACTACCTTTTCGACGGATAC
GCACATCTCTCCTCCGGTCTCGCTTGTGGTCTTGCTGGTCTCTCCGCTGGAATGGCCATT
GGTATTGTCGGCGATGCTGGTGTCAGGGCAAATGCTCAGCAGCCTAAGCTCTTTGTCGGG
ATGATTCTTATCCTTATTTTCGCAGAAGCGCTTGCTCTTTATGGGCTTATTGTAGGTATC
ATTCTTTCCTCTAGAGCTGGTCAGTCTAGAGCTGAATGAGAAAGTTATCTCAAGATTTAC
CCCGATTGTACTGCTTCCTTTACTTTCTGTGTGCGTTCTTTAGTATGTATCATCGAAACT
GAAACATTTACTGGATTCTTGGAGCTTTGTTTCAGAAACAAAACCAGATATGGGTTATTT
ATTGTTTGGTTATGTAATAAAGAGCTCAGAGGAGCTTTGATATTTTTTTTTGTATTCTTG
TATTGTCCTGAGGAATTTAAAATACATTTATTTGTAAAGAAGTATGCTTTTCTTAAACCA
TCTTGAATCGT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

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ATGTACCAAGCCGGGACACTAAGTGGTAACCCTCTGGCAATGACTGCAGGTATTCATACA
CTGAAGCGGCTAAAGCAGCCAGGAACATACGAGTATCTAGACAAGATCACAAAGGAGCTA
ACCAACGGCATCTTAGAAGCCGGGAAGAAAACCGGACATGCAATGTGCGGCGGTTACACA
AGCGGTATGTTCGGTTTCTTTTTCACGGAAGGACCGGTGTACAACTTTGCGGATGCCAAG
AAGAGTGATACGGAGAAGTTTGGTAGGTTCTTTAGGGGAATGTTGGAAGAAGGTGTTTAC
TTTGCGCCGTCTCAGTTCGAAGCTGGGTTTACTAGCTTGGCTCACACCCAAGAGGATATA
CAGTTCACGATTGCTGCGGCTGAGAGGGTTCTTGGTAGGATCTAAAATGGTCCTGGACCT
AACCTGGAGTCTCGTTCGATGAAGGGGTGTTGTGTTGCAGTAGTGAGATTTTTATTTTAT
TTTTATCATCGGTAGCTTGAGATTTTTTTGTATGATGAAAATTGAAACCATCCGTTTTGT
TAATTTAATGAGAAGTTTAGCAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR3FJ63JQ C 1
AF RR3GS43TF U 87
AF RR3GS43JQ C 87
AF RR3FJ63TF U 1
BS 1 87 RR3FJ63TF
BS 88 272 RR3GS43TF
BS 273 273 RR3FJ63TF
BS 274 517 RR3GS43TF
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BS 519 620 RR3GS43TF
BS 621 623 RR3FJ63JQ

RD RR3FJ63JQ 623 0 0
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ACCAACGGCGTCTTAGAAGCCGGGAAGAAAACCGGACATGCAATGTGCGGCTGTTACATA
AGCGGTATGTTCGGTTTCTTTTTCACGGAAGGACCGGTGTACAACTTTGCGGATGCCAAG
AAGAGTGATACGGAGAAGTTTGGTAGGTTCTTTAGGGGAATGTTGGAAGAAGGTGTTTAC
TTTGCGCCGTCTCAGTTCGAAGCTGGGTTTACTAGCTTGGCTCACACTCAAGAGGATATA
CAGTTCACGATTGCTGCGGCTGAGAGGGTTCTTGGTAGGATCTAAAATGGTCCTGGACCT
AACCTGGAGTCTCGTTCGATGAAGGGGTGTTGTGTTGCAGTAGTGAGATTTTTATTTTAT
TTTTATCATCGGTAGCTTGAGATTTTTTTGTATGATGAAAATTGAAACCATCCGTTTTGT
TAATTTAATGAGAAGTTTAGCAG

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3GS43TF 535 0 0
G
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TTCTTTAGGGGAATGTTGGAAGAAGGTGTTTACTTTGCGCCGTCTCAGTTCGAAGCTGGG
TTTACTAGCTTGGCTCACACCCAAGAGGATATACAGTTCACGATTGCTGCGGCTGAGAGG
GTTCTTGGTAGGATCTAAAATGGTCCTGGACCTAACCTGGAGTCTCGTTCGATGAAGGGG
TGTTGTGTTGTAGTAGTGAGATTTTTATTTTATTTTTATCATCGGTAGCTTGAGATTTTT
TTGTATGATGAAAATTGAAACCATCCGTTTTGTTAATTTAATGAGAAGTTTAG
C

QA 2 534 2 534
DS 

RD RR3GS43JQ 534 0 0
G
AACCCTCTGGCAATGACTGCAGGTATTCATACACTGAAGCGGCTAAAGCAGCCAGGAACA
TACGAGTATCTAGACAAGATCACAAAGGAGCTAACCAACGGCATCTTAGAAGCCGGGAAG
AAAACCGGACATGCAATGTGCGGCGGTTACACAAGCGGTATGTTCGGTTTCTTTTTCACG
GAAGGGCCGGTGTACAACTTTGCGGATGCCAAGAAGAGTGATACGGAGAAGTTTGGTAGG
TTCTTTAGGGGAATGTTGGAAGAAGGTGTTTACTTTGCGCCGTCTCAGTTCGAAGCTGGG
TTTACTAGCTTGGCTCACACCCAAGAGGATATACAGTTCACGATTGCTGCGGCTGAGAGG
GTTCTTGGTAGGATCTAAAATGGTCCTGGACCTAACCTGGAGTCTCGTTCGATGAAGGGG
TGTTGTGTTGTAGTAGTGAGATTTTTATTTTATTTTTATCATCGGTAGCTTGAGATTTTT
TTGTATGATGAAAATTGAAACCATCCGTTTTGTTAATTTAATGAGAAGTTTAG

QA 2 534 2 534
DS 

RD RR3FJ63TF 623 0 0
GCAGTGGGAGCTTATGGTGGAAGACGAGATATTATGGAGATGGTTGCTCCTGCAGGACCA
ATGTACCAAGCCGGGACACTAAGTGGTAACCCTCTGGCAATGACTGCAGGTATTCATACA
CTGAAGCGGCTAAAGCAGCCAGGAACATACGAGTATCTAGACAAGATCACAAAGGAGCTA
ACCAACGGCGTCTTAGAAGCCGGGAAGAAAACCGGACATGCAATGTGCGGCTGTTACATA
AGCGGTATGTTCGGTTTCTTTTTCACGGAAGGACCGGTGTACAACTTTGCGGATGCCAAG
AAGAGTGATACGGAGAAGTTTGGTAGGTTCTTTAGGGGAATGTTGGAAGAAGGTGTTTAC
TTTGCGCCGTCTCAGTTCGAAGCTGGGTTTACTAGCTTGGCTCACACTCAAGAGGATATA
CAGTTCACGATTGCTGCGGCTGAGAGGGTTCTTGGTAGGATCTAAAATGGTCCTGGACCT
AACCTGGAGTCTCGTTCGATGAAGGGGTGTTGTGTTGCAGTAGTGAGATTTTTATTTTAT
TTTTATCATCGGTAGCTTGAGATTTTTTTGTATGATGAAAATTGAAACCATCCGTTTTGT
TAATTTAATGAGAAGTTTAG
CAG

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

CO CL2540Contig1 726 2 4 U
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CATGAAGAACTTTCATGAAAGAGAGGAAGATGAGAGTAATACAAGGAAGAGCTACAAGTC
GAAGAACATGAAGAGGTTAGGAGGCGGTGGTCTTTCTCTCCAAACCTTTGCTAACTTGAA
GTCGAAGAAGAGTCACTACAACCCTGCTTTCATCAAAAAGCAGAAGGAATACTACAAGAA
TGCCAAGTATGTGAGCAAGTTTAGGAAGTCGATGAAGCAGCAGCAGCAGCATCAGAACGT
TCATGAAAAGGATGAGAGTAGTAAAGTGGTTGATGATGATAAGCAGCACAACAAGGGTAA
AAAATCTCACAAGAGAATCGGTGTTGAGGAGGTGTACAAACAGACACGAGAAGAGATGGA
GAAAGCGAGGAGGGAGAGGGAGGAAGCGTTTCAGGCCAAGAAACTAGCCAAAGAAGAGGC
CGAGTCCCGGAGGAAGGCAGCTAAAGGGAAAATGATGAGAAAGACTCGGCATGGTCACCC
TGTTATGAAGTACAGAATTGAGCATCTTCTTGAATCCATCAAGAAAACTTCTCAAAACGA
TGGAATGCACATCTCAGACAAGTAATCCCTTGGCTTTTCATTACGGATACTTATATTTCC
CTTCTTGCCAAACACATTATTACTTGTTTCAAATTTTGCCTTTTTGTGTTGGTTTGAGGT
TAACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

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ATAC

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DS 

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TTTGAGGTTAACAT

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DS 



AS 2 4

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TCAATATTGATGATTGTTGGTCCAATTTGTTACGTGATTCAAAGGGACATTTGGTTCCAC
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GGTC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3BJ66TF U 1
AF RR3BJ66JQ C 676
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TCAAACTCGGTATATATTCTGATGCTGGTGTTTTCACATGTCAAGTTCGTCCCGGATCCC
TTTTCCATGAAGTGGATGATGCTGACATTTTTGCTTCTTGGGGTGTGGATTATCTGAAAT
ATGATAATTGTTTCAACCTGGGGATAAAGCCAATCGAAAGATACCCTCCAATGCGTGATG
CTCTAAACGCAACTGGTCGCTCTATCTTCTACTCGCTTTGTGAATGGGGAGAGGATGATC
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CATGGGCAAGTATGACTACAATTGCTGATTTGAATAACAAGTGGGCTTC

QA 1 889 1 889
DS 

RD RR3BJ66JQ 889 0 0
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AAGAAGTTGGAAACAGTTGGCGCACAACTGATGACATCAATGATACATGGGCAAGTATGA
CTACAATTGCTGATTTGAATAACAAGTGGGCTTCATATGCTGGACCTGGTGGTTGGAATG
ATCCGGATATGTTGGAAGTTGGGAATGGAGGGATGACTTATGAGGAGTATCGTGGTCATT
TTAGCATTTGGGCTTTGATGAAGGCACCACTTTTGATTGGTTGTGATGTAAGAAACATGA
CTGCTGAAACTTTTGAGATTTTGAGCAATAAGGAGGTTATCGCTGTTAACCAAGACCCAC
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CATTACAGCAACGTGGGATATGATCGGTCTTGAATCCACCGTTAGCGTCTCGGTTAGAGA
CTTGTGGCTGCACAAAGATGTAACAGACAATGCGTCTGTCTCTTTTGAAGCTCAAGTAGA
GGCACACGACTGTCACATGTACATCCTCACTCCCCAGGCTGTGGTATCACGCTCTGATGT
ATAGTCCAAAGGCTGCCACTGTGTTTGTGTACAACTTTTGTTATATACTATCTTTGTAAC
ACATGAAAGGTGTTGTTATTCAGACAACTTTCATAGTGTTCCTTTGTACAAAAACCTATA
GAACATATGTGTTCATGAAGTTACTAAATAAAGAAATGCTTTTAAGGTC

QA 1 889 1 889
DS 



CO CL2541Contig2 738 2 3 U
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AAGATGATTGTCAACAGGTGTGGTCAGGGCCTTTAACTGGTGACCGTATGGTAGTTGCTT
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CGTCTGTTTCTTTTGAAGCTCAAGTAGAGGCACACGACTGTCACATGTACATCCTCACTC
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AACTTTTGTTATGTACGATCTTGTAACACAAGAAAGATGTTGTTATTCAGACAACTTTCA
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GAAATACTTTTGAGGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3FA49JQ C 1
AF RR3EE57TF U 584
BS 1 583 RR3FA49JQ
BS 584 736 RR3EE57TF
BS 737 738 RR3FA49JQ

RD RR3FA49JQ 738 0 0
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AAGATGATTGTCAACAGGTGTGGTCAGGGCCTTTAACTGGTGACCGTATGGTAGTTGCTT
TCTGGAACCGTTGTTCAAACCCTGCAACCATTACAGCAACATGGGATATGATCGGTCTTG
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CGTCTGTTTCTTTTGAAGCTCAAGTAGAGGCACACGACTGTCACATGTACATCCTCACTC
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GAAATACTTTTGAGGTGG

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3EE57TF 154 0 0
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TGAAGTTACTAAATAAAGAAATACTTTTGAGGT
G

QA 1 153 1 153
DS 



AS 1 4

CO CL2542Contig1 548 4 7 U
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TTGAGAAAATGGTTGCGGCGAAGAAGACGAAGAAGTCCCATGAGGGAATCAACAGCAGAT
TGGCTTTGGTCATGAAGAGTGGAAAGTACACACTCGGCTACAAATCTGTTCTCAAGTCCC
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CAGAGATTGAGTACTACGCTATGCTTGCTAAAGTTGGCGTTCATCACTACAACGGGAACA
ATGTCGATTTGGGAACTGCTTGCGGGAAGTACTTCCGCGTTCCCTGTCTCAGCATTGTTG
ATCCAGGTGATTCCGACATCATCAAGTCGCTTCCCGGAGACCAGTGATTGTTGATTTTGA
TCGAGCTGTTATGTTTTTTTGTTGTCCTATCTCTCTCTGCTTTATGAAAACTCTTAAATC
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CGTTTCTC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CE50JQ C 3
AF RR3CE50TF U 3
AF RR3BA16JQ C 1
AF RR3BA16TF U 1
BS 1 4 RR3BA16JQ
BS 5 341 RR3CE50TF
BS 342 342 RR3BA16TF
BS 343 402 RR3CE50TF
BS 403 403 RR3BA16TF
BS 404 538 RR3CE50TF
BS 539 548 RR3BA16TF

RD RR3CE50JQ 536 0 0
GG
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GAAAATGGTTGCGGCGAAGAAGACGAAGAAGTCCCATGAGGGAATCAACAGCAGATTGGC
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AGGTGATTCCGACATCATCAAGTCGCTTCCCGGAGACCGGTGATTGTTGATTTTGATCGA
GCTGTTATGTTTTTTTGTTGTCCTATCTCTCTCTGCTTTATGAAAACTCTTAAATCTTTT
TCAAAGATTGTTAGGTTGTTTTTGGTTTCTAAACTCCTTATGGTTAATGATATT

QA 3 536 3 536
DS 

RD RR3CE50TF 536 0 0
GG
GTCACCCCCACGAAAAGGCCTCTCCCTCTTCTTGTTAACTCGGCGATCAGCGACTCTTGA
GAAAATGGTTGCGGCGAAGAAGACGAAGAAGTCCCATGAGGGAATCAACAGCAGATTGGC
TTTGGTCATGAAGAGTGGAAAGTACACACTCGGCTACAAATCTGTTCTCAAGTCCCTTCG
CAGCTCCAAAGGTAAGTTGATTCTTATCTCTAGCAACTGCCCTCCGTTGAGGAGATCAGA
GATTGAGTACTACGCTATGCTTGCTAAAGTTGGCGTTCATCACTACAACGGGAACAATGT
CGATTTGGGAACTGCTTGCGGGAAGTACTTCCGCGTTTCCTGTCTCAGCATTGTTGATCC
AGGTGATTCCGACATCATCAAGTCGCTTCCCGGAGACCGGTGATTGTTGATTTTGATCGA
GCTGTTATGTTTTTTTGTTGTCCTATCTCTCTCTGCTTTATGAAAACTCTTAAATCTTTT
TCAAAGATTGTTAGGTTGTTTTTGGTTTCTAAACTCCTTATGGTTAATGATATT

QA 3 536 3 536
DS 

RD RR3BA16JQ 548 0 0
GGGCGTCACCCCCACGAAAAGGCCTCTCCCTCTTCTTGTTAACTCGGCGATCATCGACTC
TTGAGAAAATGGTTGCGGCGAAGAAGACGAAGAAGTCCCATGAGGGAATCAACAGCAGAT
TGGCTTTGGTCATGAAGAGTGGAAAGTACACACTCGGCTACAAATCTGTTCTCAAGTCCC
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CAGAGATTGAGTACTACG*TATGCTTGCTAAAGTTGGCGTTCATCACTACAACGGGAACA
ATGTCGATTTGGGAACTGCTTGCGGGAAGTACTTCCGCGTTCCCTGTCTCAGCATTGTTG
ATCCAGGTGATTCCGACATCATCAAGTCGCTTCCCGGAGACCAGTGATTGTTGATTTTGA
TCGAGCTGTTATGTTTTTT*GTTGTCCTATCTCTCTCTGCTTTATGAAAACTCTTAAATC
TTTTTCAAAGATTGTTAGGTTGTTTTTGGTTTCTAAACTCCTTATGGTTAATGATATTAT
CGTTTCTC

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3BA16TF 548 0 0
GGGC
GTCACCCCCACGAAAAGGCCTCTCCCTCTTCTTGTTAACTCGGCGATCATCGACTCTTGA
GAAAATGGTTGCGGCGAAGAAGACGAAGAAGTCCCATGAGGGAATCAACAGCAGATTGGC
TTTGGTCATGAAGAGTGGAAAGTACACACTCGGCTACAAATCTGTTCTCAAGTCCCTTCG
CAGCTCCAAAGGTAAGTTGATTCTTATCTCTAGCAACTGCCCTCCGTTGAGGAGATCAGA
GATTGAGTACTACG*TATGCTTGCTAAAGTTGGCGTTCATCACTACAACGGGAACAATGT
CGATTTGGGAACTGCTTGCGGGAAGTACTTCCGCGTTCCCTGTCTCAGCATTGTTGATCC
AGGTGATTCCGACATCATCAAGTCGCTTCCCGGAGACCAGTGATTGTTGATTTTGATCGA
GCTGTTATGTTTTTT*GTTGTCCTATCTCTCTCTGCTTTATGAAAACTCTTAAATCTTTT
TCAAAGATTGTTAGGTTGTTTTTGGTTTCTAAACTCCTTATGGTTAATGATATTATCGTT
TCTC

QA 5 548 5 548
DS 



AS 1 4

CO CL2543Contig1 928 4 13 U
GATTTTAGCACACACCAACGCGCTTCACTTATAAAACTTTTATTTTCTCTCCCAAAGTTT
CTCCCTTTTCGATTCCAAAAGATGAGTGAAGAAGAAACGAAAGAGAACAACCAGAGACCT
GCTCCTCGTCTTAACGAGAGGATCCTCTCTTCCTTGTCCCGACGATCCGTTGCTGCTCAT
CCATGGCATGATCTTGAGATTGGACCTGGAGCTCCACAGATTTTCAATGTGGTCGTTGAG
ATCACAAAGGGGAGCAAGGTCAAATATGAACTTGACAAAAAGACTGGACTCATTAAGGTT
GATCGTATTCTGTACTCATCAGTTGTTTACCCTCACAACTATGGTTTTGTTCCTCGCACT
TTATGTGAAGACAATGACCCTATTGATGTACTAGTCATCATGCAGGAACCTGTGCTTCCA
GGTTGTTTTCTGCGTGCTCGTGCTATTGGATTAATGCCTATGATTGATCAGGGTGAGAAA
GATGACAAGATTATTGCAGTTTGTGTTGATGATCCTGAGTACAAGCATTACACTGACATC
AAAGAACTTCCTCCTCACCGTCTCTCTGAGATCCGTCGTTTCTTTGAAGACTACAAGAAG
AACGAGAACAAGGAAGTTGCAGTTAATGATTTCCTGCCATCCGAGAATGCTATTGAGGCT
ATCCAGTACTCTATGGACCTTTATGCTGAGTACATTCTCCACACTCTGAGACGTTGAAGC
TTTCTCCTTGCAACATCTTGGTTTCTGCTTCTTTCAATGACAATAAAAAACACCTTTATC
TTAATTTGATACTACTTTCTCTGCATTTTCTTTTATAAGACTTTGGATCTATCATTTCTT
CTTCTGAACTCATTACGATTGAAACGTTCACCAACACCCTCGTTATTTTCATTCATGGGT
ATATTAAGAAAATAATCATCCACATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3B795JQ C 202
AF RR3E794JQ C 211
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TTATGTGAAGACAATGACCCTATTGATGTACTAGTCATCATGCAGGAACCTGTGCTTCCA
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TAT

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DS 

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GGG
ACACCAACGCGCTTCACTTATAAAACTTTTATTTTCTCTCCCAAAGTTTCTCCCTTTTCG
ATTCCAAAAGATGAGTGAAGAAGAAACGAAAGAGAACAACCAGAGACCTGCTCCTCGTCT
TAACGAGAGGATCCTCTCTTCCTTGTCCCGACGATCCGTTGCTGCTCATCCATGGCATGA
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CAATGACCCTATTGATGTACTAGTCATCATGCAGGAACCTGTGCTTCCAGGTTGTTTTCT
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DS 

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GGACCTG
GAGCTCCACAGATTTTCAATGTGGTCGTTGAGATCACAAAGGGGAGCAAGGTCAAATATG
AACTTGACAAAAAGACTGGACTCATTAAGGTTGATCGTATTCTGTACTCATCAGTTGTTT
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AAG

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DS 

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TTCCTGCCATCTGAGAATGCTATTGAGGCTATCCAGTACTCTATGGACCTTTATGCTGAG
TACATTCTCCACACTCTGAGACGTTGAAGCTTTCTCCTTGCAACATCTTGGTTTCTGCTT
CTTTCAATGACAATAAAAAACACTTTTATCTTAATTTGATACTACTTTCTCTGCATTTTC
TTTTATAAGACTTTGGATCTATCATTTCTTCTTCTGAACTCATTACGATTGAAACGTTCA
CCAACACCCTCGTTATTTTCATTCATGGGTATATTAAGAAAATAATCATCCACATTTT

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DS 



AS 1 4

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AAAAAAGGCATTGAAAATTTTAAATGGGTCTGTGAGCAGGCACATATACACACATACGTA
AATATTGCAAAAAAAAGTTACATAAGCACACACACAAAGCAGCTTTCTCCTCATGGGAAT
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ATTTGGTGATATTTTATTTTGTATATCGAAACACACCACGAGATGCAAAGTAGTATATAA
TATAATAGGTGATAAGTTCCTCTCCAGGCTATTTATTCTTGTGGTCTTGATTCAATCAAT
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TATCGTATCGTTCACCAAAAATCCGTTTGAAGCCTTGTGCAGTTTGTCCAGCGCCAAAAA
CTTGGGTTCTCCTTTATGGCCATCAAAGCCAAACCAAAGCTGCTGGTCTAATTCATGGTG
ATTGCGCTTGAGTTGGTCCAGCACTCGCAGTTTAAAGACGGCCAACGTATTTGTCTTTGG
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TGAATTATTTTCACCTGTGAAGGACGAAAAACGAGTAATCTTCCAGGTGAATTTAGACTT
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GGTAACGTCCAGGAATCTCGGTTTGACTTCTGTGATCTCGGCTGAGAAAACCGATTTGTC
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CCTGATCATCAGACCAAAGTATAGGGAGTCCTCATATGCGGTCATAATGATGTTCCATTT
TAGACCACCAACATAGATATCCGATGACACAAAATTCTCAACTTGTCGAGTCATTAGCTT
AGACATTCCATCAACCAAAACTAAGTGAACGTTGCTGTGGCTCTTTGCCTCTGTTCTTAC
GGTGTCTTCAAGTGACACAGTTAGACCCATTTCAAGATGGTGGTCGTATAAGACACTACT
CTCGTTTTTTAAGAAAAAAATAAATTTGTTGATCTATAGT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3EX87JQ U 141
AF RR3E478JQ U 1
AF RR3CJ87TF C 639
AF RR3E478TF C 671
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GTATATCGAAACACACCACGTGATGCAAAGTAGTATATAATATAATAGGTGATAAGTTCC
TCTCCAGGCTATTTATTCTTGTGGTCTTGATTCAATCAATTGATACCAATCAGATCATAT
TCTCAGTTGTGGAGACATAGAAGAACTCAACACCGATATATATCGTATCGTTCACCAGAA
ATCCGTTTGAAGCCTTGTGCAGTTTGTCCAGCGCCAAAAA

QA 1 280 1 280
DS 

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AAAAAAGGCATTGAAAATTTTAAATGGGTCTGTGAGCAGGCACATATACACACATACGTA
AATATTGCAAAAAAAAGTTACATAAGCACACACACAAAGCAGCTTTCTCCTCATGGGAAT
ACATAAGACATAACATCAAATTCGGTTGAATGTTATCATCCCAGACAGTACAAGCAACGG
ATTTGGTGATATTTTATTTTGTATATCGAAACACACCACGATATGCAAAGTAGTATATAA
TATAATAGGTGATAAGTTCCTCTCCAGGCTATTTATTCTTGTGGTCTTGATTCAATCAAT
TGATACGAATCAAATCATATTCTCAGTTGTGGAGACATAAAAAAACTCAACACCGATATA
TATCGTATCGTTCACCAAAAATCCGTTTGAAGCCTTGTGCAGTTTGTCCAGCGCCAAAAA
CTTGGGTTCTCCTTTATGGCCATCAAAGCCAAACCAAAGCTGCTGGTCTAATTCATGGTG
ATTGCGCTTGAGTTGGTCCAGCACTCGCAGTTTAAAGACGGCCAACGTATTTGTCTTTGG
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GGTTCCTTGTGGGCACATCCTTAGGTACCATCTCCGTGGTCCAACCGTGAACTGGTAGGA
TGAATTATTTTCACCTGTGAAGGACGAAAAA

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DS 

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TCTTCCAGGTGAATTTAGACTTGTTACTCTCCACCTCCGTCAGTTTAATTCTTTCTGCTG
TCCCTATGGTTCGAGGTATACTGGTAACGTCCAGGAATCTCGGTTTGACTTCTGTGATCT
CGGCTGAGAAAACCGATTTGTCGTTCACAGTATATGACTCCTTCAGGCTATTGAGTGGGA
TGCTTATCAGTACATGAGTATTGTTTGCCTTGAAACAAACCGGAGTCTGGTGGTTTCCAT
GAAGGAGTGAAGAAGTATCAGAGTATAGGGTAAGTTTGACGGTGCAATTGACTTTCCAAT
TAGAACCGATACACTTGCTGTCCCTGATCATCAGACCAAAGTATAGGGAGTCCTCATATG
CGGTCATAATGATGTTCCATTTTAGACCACCAACATAGATATCCGATGACACAAAATTCT
CAACTTGTCGAGTTATTAGCTTAGACATTCCATCAACCAAAACTAAGTGAACGTTGCTGT
GGCTCTTTGCCTCTGTTCTTACGGTGTCTTCAAGTGACACAGTTAGACCCATTTCAAGAT
GGTGGTCGTATAAGACACTACTCTCGTTTTTTAAGAAAAAATTATATTTGTTGATCTATA
GT

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DS 

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TCACCTGTGAAGGACGAAAAACGAGTAATCTTCCAGGTGAATTTAGACTTGTTACTCTCC
ACCTCCGTCAGTTTAATTCTTTCTGCTGTCCCTATGGTTCGAGGTATACTGGTAACGTCC
AGGAATCTCGGTTTGACTTCTGTGATCTCGGCTGAGAAAACCGATTTGTCGTTCACAGTA
TATGACTCCTTCAGGCTATTGAGTGGGATGCTTATCAGTACATGAGTATTGTTTGCCTCG
AAACAAACCGGAGTCTGGTAGTTTTCATGAAGGAGTGAAGAAGTATCAGAGTATAGGGTA
AGTTTGACGGTGCAATTGACTTTCCAATTAGAACCGATACACTTGCTGTCCCTGATCATC
AGACCAAAGTATAGGGAGTCCTCATATGCGGTCATAATGATGTTCCATTTTAGACCACCA
ACATAGATATCCGATGACACAAATTTCTCAACTTGTCGAGTCATTAGCTTAGACATTCCA
TCAACCAAAACTAAGTGAACGTTGCTGTGGCTCTTTGCCTCTGTTCTTACGGTGTCTTCA
AGTGACACAGTTAGACCCATTTCAAGATGGTGGTCGTATAAGACACTGCTCTCGTTTTTT
AAGAAAAAAATAAATTTGTTGATCTATAGT

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 4

CO CL2545Contig1 1245 4 14 U
GGATGGTATTATTATCCACTAGTTTCATAGACTTTTCAAACTCTGCGACCAATGAATCCA
CCTAGTAGTAGTAGTCCATAGATGAAAACCGCCGGAGCGCCGCCGCATAGAGGTGGCTCC
TCCTCTTCCGCCGCATACTTCTACCGTTCTTCTTCATCATCATCATCTTCCTCCTCCGCC
GCCAGCTGTAGAGTTCTCGTCGTGAAGATGGGAGGAAAAAGCAAGAACCATCAATCTAAG
GATTCAGAGCCAGAACCACCAAGAATCAAATCCAATGTGAAGCATAACTTGCAGCTTCTT
AAGTTGTGGAAGGAGTTTCAGAACAGAGGATCTGGTACGGCTAAGCCAGCAACTAGTTAC
AGGAAAAAGAAAGCAGAGAAAGACGAGTTACCTGATGATAGCGACCTCTACCGTGATCCT
ACTAACACACTTTACTACACGAACCAGGGTCTATTGGACGATGCAGTTCCGGTCTTGCTT
GTTGATGGTTATAATGTATGTGGGTATTGGGTGAAGCTGAAGAAACATTTCATGAAGGGT
AGGCTTGACGTTGCTCGCCAGAAGTTAGTTGATGAACTTGCCTCCTTCAGTATGGTTAAA
GAGGTTAAGGTAGTGGTTGTGTTTGATGCTCTCATGTCTGGTCTCCCTACTCACAAGGAA
GACTTTGCTGGTGTTGATGTGATCTTCTCAGGAGAAACTTGTGCTGACTCTTGGATTGAA
AAAGAGGTGGTTGCATTGAGAGAAGATGGATGCCCAAAAGTTTGGGTTGTAACATCTGAT
GTTTGTCAACAACAAGCAGCACATGGAGCGGGAGCTTATGTTTGGAGTAGCAAGGCATTG
GTTTCTGAGATCAAATCAATGCATAAGGAAGTTGAGAGAATGATGCAGGAAACAAGGTCT
ACATCTTTCCAAGGGAGATTGCTGAAACACAATCTTGATTCTGAAGTGGTCGATGCTCTT
AAAGATCTAAGAGACAAATTATCAGAAAACGAAACAAAGAGATGACAAAGATCGATCCGG
GTTATAACTAGGCTTGGTCTCTCTATATAACTTCTGTCCCAAGTAAGCTAATCTGACTTG
TGAAGCAGAGGCTGGCGGGAAAAGAGAGCTCAAGGGCTTTGTTTTTGGGTCTTGTATCTG
AATTTGTTTTTAGCTATAAGCTGTACATTGGCTGGCTCTCTTTGGTCCAAACATTGGTTA
TGAGGTGTACAGATACTTTGTGAAATCTAAATTCTGAAAATTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3E285TF U 1
AF RR3CP70TF U 43
AF RR3CP70JQ C 451
AF RR3E285JQ C 589
BS 1 98 RR3E285TF
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RD RR3E285TF 613 0 0
GGATGGTATTATTATCCACTAGTTTCATAGACTTTTCAAACTCTGCGACCAATGAATCCA
CCTAGTAGTAGTAGTCCATAGATGAAAACCGCCGGAGCTCCGCCGCATAGAGGTGGCTCC
TCCTCTTCCGCCGCATACTTCTACCGTTCTTCTTCATCATCAT***CTTCCTCCTCCGCC
GCCAGCTGTAGAGTTCTCGTCGTGAAGATGGGAGGAAAAAGCAAGAACCATCAATCTAAG
GATTCAGAGCCAGAACCACCAAGAATCAAATCCAATGTGAAGCATAACTTGCAGCTTCTT
AAGTTGTGGAAGGAGTTTCAGAACAGAGGATCTGGTACGGCTAAGCCAGCAACTAGTTAC
AGGAAAAAGAAAGCAGAGAAAGACGAGTTACCTGATGATAGCGACCTCTACCGTGATCCT
ACTAACACACTTTACTACACGAACCAGGGTCTATTGGACGATGCAGTTCCGGTCTTGCTT
GTTGATGGTTATAATGTATGTGGGTATTGGGTGAAGCTGAAGAAACATTTCATGAAGGGT
AGGCTTGACGTTGCTCGCCAGAAGTTAGTTGATGAACTTGTCTCCTTCAGTATGGTTAAA
GAGGTTAAAGTAG

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3CP70TF 609 0 0
GG
GCGACCAATGAATCCGCCTAGTAGTAGTAGTCCATAGATGAAAACCGCCGGAGCGCCGCC
GCATAGAGGTGGCTCCTCCTCTTCCGCCGCATACTTCTACCGTTCTTCTTCATCATCATC
ATCTTCCTCCTCCGCCGCCAGCTGTAGAGTTCTCGTCGTGAAGATGGGAGGAAAAAGCAA
GAACCATCAATCTAAGGATTCAGAGCCAGAACCACCAAGAATCAAATCCAATGTGAAGCA
TAACTTGCAGCTTCTTAAGTTGTGGAAGGAGTTTCGGAACAGAGGATCTGGTACGGCTAA
GCCAGCAACTAGTTACAGGAAAAAGAAAGCAGAGAAAGACGAGTTACCTGATGATAGCGA
CCTCTACCGTGATCCTACTAACACACTTTACTACACGAACCAGGGTCTATTGGACGATGC
AGTTCCGGTCTTGCTTGTTGATGGTTATAATGTATGTGGGTATTGGGTGAAGCTGAAGAA
ACATTTCATGAAGGGTAGGCTTGACGTTGCTCGCCAGAAGTTAGTTGATGAACTTGCCTC
CTTCAGTATGGTTAAAGAGGTTAAGGTAGTGGTTGTGTTTGATGCTCTCATGTCTGGTCT
CCCTACT

QA 3 609 3 609
DS 

RD RR3CP70JQ 794 0 0
TCTA
TGGACGATGCAGTTCCGGTCT*GCTTGTTGATGGTTATAATGTATGTGGGTATTGGGTGA
AGCTGAAGAAACATTTCATGAAGGGTAGGCTTGACGTTGCTCGCCAGAAGTTAGTTGATG
AACTTGCCTCCTTCAGTATGGTTAAAGAGGTTAAGGTAGTGGTTGTGTTTGATGCTCTCA
TGTCTGGTCTCCCTACTCACAAGGAAGACTTTGCTGGTGTTGATGTGATCTTCTCAGGAG
AAACTTGTGCTGACTCTTGGATTGAAAAAGAGGTGGTTGCATTGAGAGAAGATGGATGCC
CAAAAGTTTGGGTTGTAACATCTGATGTTTGTCAACAACAAGCAGCACATGGAGCGGGAG
CTTATGTTTGGAGTAGCAAGGCATTGGTTTCTGAGATCAAATCAATGCATAAGGAAGTTG
AGAGAATGATGCAGGAAACAAGGTCTACATCTTTCCAAGGGAGATTGCTGAAACACAATC
TTGATTCTGAAGTGGTCGATGCTCTTAAAGATCTAAGAGACAAATTATCAGAAAACGAAA
CAAAGAGATGACAAAGATCGATCCGGGTTATAACTAGGCTTGGTCTCTCTATATAACTTC
TGTCCCAAGTAAGCTAATCTGACTTGTGAAGCAGAGGCTTGCGGGAAAAGAGAGCTCAAG
GGCTTTGTTTTTGGGTCTTGTATCTGAATTTGTTTTTAGCTATAAGCTGTACATTGGCTG
GCTCTCTTTGGTCCAAACATTGGTTATGAGGTGTACAGATACTTTGTGAAATCTAAATTC
TGAAAATTTA

QA 5 794 5 794
DS 

RD RR3E285JQ 657 0 0
AGTATGGTTAAAGAGGTTAAGGTAGTGGTTGTGTTTGATGCTCTCATGTCTGGTCTCCCT
ACTCACAAGGAAGACTTTGCTGGTGTTGATGTGATCTTCTCAGGAGAAACTTGTGCTGAC
TCTTGGATTGAAAAAGAGGTGGTTGCATTGAGAGAAGATGGATGCCCAAAAGTTTGGGTT
GTAACATCTGATGTTTGTCAACAACAAGCAGCACATGGAGCGGGAGCTTATGTTTGGAGT
AGCAAGGCATTGGTTTCTGAGATCAAATCAATGCATAAGGAAGTTGAGAGAATGATGCAG
GAAACAAGGTCTACATCTTTCCAAGGGAGATTGCTGAAACACAATCTTGATTCTGAAGTG
GTCGATGCTCTTAAAGATCTAAGAGACAAATTATCAGAAAACGAAACAAAGAGATGACAA
AGATCGATCCGGGTTATAACTAGGCTTGGTCTCTCTATATAACTTCTGTCCCAAGTAAGC
TAATCTGACTTGTGAAGCAGAGGCTGGCGGGAAAAGAGAGCTCAAGGGCTTTGTTTTTGG
GTCTTGTATCTGAATTTGTTTTTAGCTATAAGCTGTACATTGGCTGGCTCTCTTTGGTCC
AAACATTGGTTATGAGGTGTACAGATACTTTGTGAAATCTAAATTCTGAAAATTTAA

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

CO CL2546Contig1 700 2 2 U
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GGCTTTTCGGTTTGTGATTGAAAAAAAAGGAAGGATGGGGGTATCATTCGGGAAGCTGTT
CAGCAGGCTTTTTGCCAAGAAGGAGATGCGTATTCTGATGGTTGGTCTCGATGCTGCTGG
TAAGACCACCATCCTCTACAAGCTCAAACTTGGTGAGATCGTCACTACCATTCCCACCAT
TGGTTTCAATGTTGAGACTGTGGAATACAAGAACATTAGCTTTACCGTCTGGGATGTCGG
GGGTCAGGACAAGATCCGTCCATTGTGGAGGCACTACTTCCAGAACACGCAGGGACTTAT
CTTTGTTGTTGACAGCAACGATCGTGACCGTGTTGTTGAAGCCAGGGACGAGCTTCACAG
GATGCTCAACGAGGATGAATTGAGGGATGCAGTTCTGCTTGTTTTTGCTAACAAGCAAGA
TCTTCCCAATGCAATGAACGCTGCTGAGATCACTGACAAGCTTGGCCTTCACTCTCTCCG
CCAGCGACACTGGTACATTCAGAGCACATGTGCCACCTCTGGAGAAGGACTCTACGAGGG
ACTTGACTGGCTCTCCAACAACATTGCAAACAAAGCGTAGAAAGCAGTAGCAGACTCATC
TTTGCTTGTTTTGTTTCATACATGGCCTCTTTCTAGCACT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW79TF U 1
AF RR3FB62TF U 3
BS 1 624 RR3BW79TF
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RD RR3BW79TF 630 0 0
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TGGTTTCAATGTTGAGACTGTGGAATACAAGAACATTAGCTTTACCGTCTGGGATGTCGG
GGGTCAGGACAAGATCCGTCCATTGTGGAGGCACTACTTCCAGAACACGCAGGGACTTAT
CTTTGTTGTTGACAGCAACGATCGTGACCGTGTTGTTGAAGCCAGGGACGAGCTTCACAG
GATGCTCAACGAGGATGAATTGAGGGATGCAGTTCTGCTTGTTTTTGCTAACAAGCAAGA
TCTTCCCAATGCAATGAACGCTGCTGAGATCACTGACAAGCTTGGCCTTCACTCTCTCCG
CCAGCGACACTGGTACATTCAGAGCACATGTGCCACCTCTGGAGAAGGACTCTACGAGGG
ACTTGACTGGCTCTCCAACAACAT
TGCAAA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3FB62TF 698 0 0
GG
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TTTCGGTTTGTGATTGAAAAAAAAGGAAGGATGGGGGTATCATTCGGGAAGCTGTTCAGC
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ACCACCATCCTCTACAAGCTCAAACTTGGTGAGATCGTCACTACCATTCCCACCATTGGT
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CAGGACAAGATCCGTCCATTGTGGAGGCACTACTTCCAGAACACGCAGGGACTTATCTTT
GTTGTTGACAGCAACGATCGTGACCGTGTTGTTGAAGCCAGGGACGAGCTTCACAGGATG
CTCAACGAGGATGAATTGAGGGATGCAGTTCTGCTTGTTTTTGCTAACAAGCAAGATCTT
CCCAATGCAATGAACGCTGCTGAGATCACTGACAAGCTTGGCCTTCACTCTCTCCGCCAG
CGACACTGGTACATTCAGAGCACATGTGCCACCTCTGGAGAAGGACTCTACGAGGGACTT
GACTGGCTCTCCAACAACATTGCAAACAAAGCGTAGAAAGCAGTAGCAGACTCATCTTTG
CTTGTTTTGTTTCATACATGGCCTCTTTCTAGCACT

QA 3 698 3 698
DS 



AS 1 3

CO CL2547Contig1 1111 3 40 U
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GAACAGGCGGCACCACTGAAGAAAGACGACTCTGCTCCGGAGAGACCCAAAAGAACTCTA
CTGGGCTGGAAAGACAAGGCCCAAGATGCAGAGGAACCCAAACAACCAGCGCCTGAGTTC
AGGAACAAAGAGAAGGTCCTCGTCACATGCTCACGTCGCATCAGTTTCAGGTACCGACAT
CTGATGCTCAACATCGTGTCTCTTCTACCTCACTGTAAGAAAGATAGTAAGGTCGAAGCT
AAGAGCAGTAAAGGCGCCACTCTTAATGAGCTTGTTGAGCTTAAAGGCTCTTCCTCATGC
TTATTCTTTGAGTGTAGGAAGCATGAAGATCTTTACTTGTGGATGGTTAAGTCTCCTAGT
GGACCCTCTGTTAAGTTCCTGGTTAATGCTGTTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACT
GGAAACCATCTGAAAGGGTCAAGGCCACTCTTGACGTTCTCATCTAACTTTGATAAAGAT
GTACACTGGAAGCTTCTGAAAGAGATGTTAACGCAGATTTTTGGAATCCCCAAGGAACAT
AGAAAGTCTAAACCTTACCATGATCATGTGTTTGCTTTCTCCATTGTTGATGACCATATA
TGGTTCCGTAATTACCAGATATCGGTACCTCATAATGAGGCAGACAAG*TTGCAAGAGGT
GGTCTGGATAAAATGACACTTGTTGAGGTTGGTCCAAGGTTTTGTTTAAATCCGATTAAG
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AACCAGATTCGAGCATTGGAGAAAAGAAATAAGGCTGGGTAGTTTGCAAAGAAGATCAAA
GCGAAAACGAGGAAAAAGATGCATGAGCTTTCCAACCCATTGGAGCCTGATGAGTTTGCT
GACATGTGGAAGGATGATGAATGATAATTGATAAGAGTTCTAATCAATTTTTTTGCTGTT
GTGAACTTCCACATATTCATAGAACCATCAACACATTTTTGTATGAACGGCTCTTGACTC
TGTTTTATTTTATCTGTTTTTTTTTCTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 0 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL07TF U 12
AF RR3AC66TF U 1
AF RR3CL07JQ C 199
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RD RR3CL07TF 732 0 0
GG
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CACTGAAGAAAGACGACTCTGCTCCGGAGAGACCCAAAAGAACTCTACTGGGCTGGAAAG
ACAAGGCCCAAGATGCAGAGGAACCCAAACAACCAGCGCCTGAGTTCAGGAACAAAGAGA
AGGTCCTCGTCACATGCTCACGTCGCATCAGTTTCAGGTACCGACATCTGATGCTCAACA
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GCGCCACTCTTAATGAGCTTGTTGAGCTTAAAGGCTCTTCCTCCTGCTTATTCTTTGAGT
GTAGGAAGCATGAAGATCTTTACTTGTGGATGGTTAAGTCTCCTAGTGGACCCTCTGTTA
AGTTCCTGGTTAATGCTGTTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACTGGAAACCATCTGA
AAGGGTCAAGGCCACTCTTGACGTTCTCATCTAACTTTGATAAAGATGTACACTGGAAGC
TTCTGAAAGAGATGTTAACGCAGATTTTTGGAATCCCCAAGGAACATAGAAAGTCTAAAC
CTTACCATGATCATGTGTTTGCTTTCTCCATTGTTGATGACCATATATGGTTCCGTAATT
ACCAGATATCGGTACCTCATAATGAG*CAGACA*G*TTGCAAGAG*TGGTCTGGATAAA*
TGACACTTGT

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GAACAGGCGGCACCACTGAAGAAAGACGACTCTGCTCCGGAGAGACCCAAAAGAACTCTA
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AGGAACAAAGAGAAGGTCCTCGTCACATGCTCACGTCGCATAAGTTTCAGGTACCGACAC
CTTATGCTGAACATCGTGTCACTTCTACCTCACTGTAAGAAAGATAGTAAGGTCGAAGCT
AAGAGCAGTAAAGGCGCCGCTCTTAATGAGCTTGTTGAGCTTAAAGGCTCTTCTTCATGC
TTGTTCTTTGAGTGTAGGAAGCATAAAGATCTTTACTTGTGGATGGTTAAGTCTCCTAGT
GGACCCTCTGTTAAGTTCTTGGTTAATGCTGTTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTAACT
GGAAACCATCTGAAAGGGTCACGCCCACTCTTGACGTTCTCATCTAACTTTGATAAAGAT
GTACACTGGAAGCTTCTGAAAGAGATGTTAACGCAGGTGTTTGGAATCCCCAAGGAACAT
AGAAAGTCTAAACCTTACCATGACCATGTGTTTGCTTTCTCCATTGTTGATGACCATATT
TGGTTCCGTAATTACCAGATATCGGTACCTCATAATGAGGCAGACAAG*TTGCAAGAGGT
GGTCTGGATAAAATGACACTTGTTGAGGTTGGTCCAAGGTTTTGTTTAAATCCGATTAAG
AT

QA 1 782 1 782
DS 

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TCTCT*CTACCTCACTGTAAGAAAGATAGTAAGGTCGAAGCTAAGAGCAGTAAAGGCGCC
ACTCTTAATGAGCTTGTTGAGCTTAAAGGCTCTTCCTC*TGCTTATTCTTTGAGTGTAGG
AAGCATGAAGATCTTTACTTGTGGATGGTTAAGTCTCCTAGTGGACCCTCTGTTAAGTTC
CTGGTTAATGCTGTTCACACAATGGAGGAGCTGAAACTCACTGGAAACCATCTGAAAGGG
TCAAGGCCACTCTTGACGTTCTCATCTAACTTTGATAAAGATGTACACTGGAAGCTTCTG
AAAGAGATGTTAACGCAGATTTTTGGAATCCCCAAGGAACATAGAAAGTCTAAACCTTAC
CATGATCATGTGTTTGCTTTCTCCATTGTTGATGACCATATATGGTTCCGTAATTACCAG
ATATCGGTACCTCATAATGAGGCAGACAAGGTTGCAAGAGGTGGTCTGGATAAAATGACA
CTTGTTGAGGTTGGTCCAAGGTTTTGTTTAAATCCGATTAAGATATTTGGAGGCAGCTTT
GGAGGTCCAACTCTTTACGAGAACCCATTCTATGTACCTCCAAACCAGATTCGAGCATTG
GAGAAAAGAAATAAGGCTGGGTAGTTTGCAAAGAAGATCAAAGCGAAAACGAGGAAAAAG
ATGCATGAGCTTTCCAACCCATTGGAGCCTGATGAGTTTGCTGACATGTGGAAGGATGAT
GAATGATAATTGATAAGAGTTCTAATCAATTTTTTTGCTGTTGTGAACTTCCACATATTC
ATAGAACCATCAACACATTTTTGTATGAACGGCTCTTGACTCTGTTTTATTTTATCTGTT
TTTTTTTCTTTTC

QA 1 913 1 913
DS 



AS 1 3

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ACATGGGGATAGGTGGTGGATGGCATATGGGATATAGATACGACAACGGTGAATACAAAA
GGTATTACCTCAAGGAAGACAATGCAGACTCTCGCCGTGGCTCCATCATCTCTCTTCCTG
GTGGTGGTCCTGATGGAGGAGGCAGCTACATCCACGCTTCAGCACTCGTGAGCAAATCAG
TTCTTGGTCCTAAATCTATCCATGGATCTGCCATGGTTCCCCAAGAGAAAACCGCCCCTA
CGGGACCGCTCTGGTCTGCTCTTCTTGAACCTGGTGTCAAGCGTGCGTTGGTTGTCGGTG
TCGGCATTCAGATACTCCAGCAGTTTTCAGGTATCAATGGTGTTCTCTACTACACTCCTC
AGATTCTTGAACGCGCTGGTGTGGACATTCTTCTCTCAAGCTTTGGACTTAGCTCCATCT
CCGCGTCGTTCCTCATCAGCGGGTTAACTACTTTACTCATGCTTCCATCTATTGTCGTCG
CCATGAGACTCATGGATGTCTCCGGAAGAAGGGCATTACTTCTCTGGACCACCCCTGTTC
TCATCCTCTCGCTCATCGTCCTCGTCATCAGCGAGCTTGTCCACATCAGCAAAGTCGTAA
ACGCAGCCCTCTCCACGGCCTGTGTGATACTCTACTTCTGCTTCTTCGTGATGGGCTACG
GTCCCATTCCGAACATCCTCTGTTCCGAAATCTTCCCGACGAGAGTCCGTGGTCTCTGCA
TTGCTATCTGCGCTACGGTGTTCTGGATTGGAGACATTATTGTCACGTACTCGCTTCCCG
TTCTCCTAAGCTCGATAGGACTCGTCGGTGTATTATCATTTACGGTGCGGTTTGCGTTAT
CTCGTGGATCTTTGTTTACATGAAAGTCCCGGAGACTAAAGGTATGCCCTTGGAGGTTAT
CACAGACTACTTTGCCTTTGGAGCTCAGGCTCAAGCTTCTGCTCCTTCCAAGGATACATA
GTTTGTAACCTTTTATTCTCTTCTTCATTTGCTCTTCTGTACTTAAAGATTTCTTTTGGT
TCTGAGATACCTTCATTTCGTTTCCTTTTTGTCTTTTTCTGTTTTTGTTATCTAAATTAA
TCTAATAATTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CS24TF U 1
AF RR3AH26TF U 186
AF RR3AH26JQ C 403
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BS 198 295 RR3CS24TF
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BS 939 1154 RR3AH26JQ

RD RR3CS24TF 761 0 0
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GGTATTACCTCAAGGAAGACAATGCAGACTCTCGCCGTGGCTCCATCATCTCTCTTCCTG
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CGGGACCGCTCTGGTCTGCTCTTCTTGAACCTGGTGTCAAGCGTGCGTTGGTTGTCGGTG
TCGGCATTCAGATACTCCAGCAGTTTTCAGGTATCAATGGTGTTCTCTACTACACTCCTC
AGATTCTTGAACGTGCTGGTGTAGACAT*CTTCTCTCGAGCTTTGGACTTAGCTCCATCT
CCGCGTCGTTCCTCATCAGCGGGTTAACTACTTTACTCATGCTTCCATCTATTGTCGTCG
CCATGAGACTCATGGATGTCTCCGGAAGAAGGGCATTACTTCTCTGGACCATCCCGGTTC
TCATCCTCTCCCTCATCGTCCTCGTCATCAGCGAGCTTGTCCACATCAGCAAAGTCGTAA
ACGCAGCGCTCTCCACGGCCTGTGTGATACTCTACTTCTGCTTCTTCGTGATGGGTTACG
GCCCCATTCCGAACATCCTCTGTTCTGAGATCTTCCCGACG

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3AH26TF 753 0 0
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GGTCCTAAATCTATCCATGGATCTGCCATGGTTCCCCAAGAGAAAACCGCCCCTACGGGA
CCGCTCTGGTCTGCTCTTCTTGAACCTGGTGTCAAGCGTGCGTTGGTTGTCGGTGTCGGT
ATTCAGATACTCCAGCAGTTTTCGGGTATCAATGGTGTTCTCTACTACACTCCTCAGATT
CTTGAACGCGCTGGTGTGGACATTCTTCTCTCAAGCTTTGGACTTAGCTCCATCTCCGCG
TCGTTCCTCATCAGCGGGTTAACTACTTTACTCATGCTTCCATCTATTGTCGTCGCCATG
AGACTCATGGATGTCTCCGGAAGAAGGGCATTACTTCTCTGGACCACCCCTGTTCTCATC
CTCTCGCTCATCGTCCTCGTCATCAGCGAGCTTGTCCACATCAGCAAAGTCGTAAACGCA
GCCCTCTCCACGGCCTGTGTGATACTCTACTTCTGCTTCTTCGTGATGGGCTACGGTCCC
ATTCCGAACATCCTCTGTTCCGAAATCTTCCCGACGAGAGTCCGTGGTCTCTGCATTGCT
ATCTGCGCTACGGTGTTCTGGATTGGAGACATTATTGTCACGTACTCGCTTCCCGTTCTC
CTAAGCTCGATAGGACTCGTCGGTGTATTATCATTTACGGTGCGGTTTGCGTTATCTCGT
GGATCTTTGTTTACATGAAAGTCCCGGAGACTA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3AH26JQ 752 0 0
TTCTCTACTACACTCCTCAGATTCTTGAACGCGCTGGTGTGGACATTCTTCTCTCAAGCT
TTGGACTTAGCTCCATCTCCGCGTCGTTCCTCATCAGCGGGTTAACTACTTTACTCATGC
TTCCATCTATTGTCGTCGCCATGAGACTCATGGATGTCTCCGGAAGAAGGGCATTACTTC
TCTGGACCACCCCTGTTCTCATCCTCTCGCTCATCGTCCTCGTCATCAGCGAGCTTGTCC
ACATCAGCAAAGTCGTAAACGCAGCCCTCTCCACGGCCTGTGTGATACTCTACTTCTGCT
TCTTCGTGATGGGCTACGGTCCCATTCCGAACATCCTCTGTTCCGAAATCTTCCCGACGA
GAGTCCGTGGTCTCTGCATTGCTATCTGCGCTACGGTGTTCTGGATTGGAGACATTATTG
TCACGTACTCGCTTCCCGTTCTCCTAAGCTCGATAGGACTCGTCGGTGTATTATCATTTA
CGGTGCGGTTTGCGTTATCTCGTGGATCTTTGTTTACATGAAGGTCCCGGAGACTAAAGG
TATGCCCTTGGAGGTTATCACAGACTACTTTGCCTTTGGAGCTCAGGCTCAAGCTTCTGC
TCCTTCCAAGGATACATAGTTTGTAACCTTTTATTCTCTTCTTCATTTGCTCTTCTGTAC
TTAAAGATTTCTTTTGGTTCTGAGATACCTTCATTTCGTTTCCTTTTTGTCTTTTTCTGT
TTTTGTTATCTAAATTAATCTAATAATTACCC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 4

CO CL2549Contig1 1063 4 54 U
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TCCGTTCATTAGTTATCGTAGTTAACTCTATTTCACGGTTGTTTTAGAGCTTTTGTTTCC
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GGCACGCCAGCTCTCTGCTTCATTTTTAGGGAAGGTTATCGAAGGTGTCTGGCATACGGG
AGTGGTTGTGTACGGAAGTGAATACTTTTTCGGAGGAGGGATCCAGCATCTGCCTGCTGG
AACCACCCCATACGGAGCACCGCTGCGAACGGTAGAGTTGGGTGAAACACACGTCCCTAA
AGACGTGTTCGAGATGTACTTGGAGGAGATCAGTCCACGTTACACAGCTGAATCATACAA
TCTGCTGGCGCACAACTGCAACAACTTCAGCAACGAGGTCGCTCAGTTTCTGGTTGGTAA
AGGGATTCCAGACTACATTCTTGACCTTCCGAACGAGGTCATGAACAGCCCCATGGGTGG
TCTTATAATGCCTATGATTCAAAACCTCGAGACGACTCTGAGAGCCGGCGCTGTTCCTAA
CGCTCCCCAGTTTAGGCCTCAGGCGCAGCCTTTTGGTGCTTTTGGCAAGGATGAAAGTCC
GAAACTACCGAGCAAGCCCAAAGAGAATCTCTCGAAATCTGAGGTTGCCAAAACCTCGGT
TCCAGCTGAGAAAGTTGCACCTGCTGTTGCTCAAGCTTCCTCTAGTAAAGAGAAGGTGAA
GGAGGATCCATTGGGTGATGCTAGGACCAAGATTCAGGAAGAGATAACCCGTGAGTTTGT
AGCTCTCATGGCACAAGGCACACTAAAAGCAAGTGAAGCAGCCGCCATGGCCACCAAAAG
AGTGATGCAAAAGTATGGACATCTCAATATATCTGCCTAGTCTAATGAAAACAGATTAAA
CCGTTTATCTTACTGTTGTATTGAAAACCGAGTCCATGATTTTGAACGATTTTTATTACT
ATTTTTTTCCAACTACATTCGTAAATCAATGTTAAATTGACAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 
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AF RR3CY36TF U 1
AF RR3AJ46TF U 209
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TCTTATAATGCCTATGATTCAAAACCTCGAGACGACTCTGAGAGCCGGCGCTGTTCCTAA
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DS 

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A*GATTCACGA*GAGATA**CCGTGAGTTTGTAGCTCTCATG

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DS 

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CAGTCCACGTTACACAGCTGAATCATACAATCTGCTGGCGCACAACTGCAACAACTTCAG
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GAACGAGGTCATGAACAGCCCCATGGGTGGTCTTATAATGCCTATGATTCAAAACCTCGA
GACGACTCTGAGAGCCGGCGCTGTTCCTAACGCTCCCCAGTTTAGGCCTCAGGCGCAGCC
TTTTGGTGCTTTTGGCAAGGATGAAGGTCCGAAACTACCGAGCAAGCCCAAGGAGAATCT
CTCGAAATCTGAGGTTGCCAAAACCTCGGTTCCAGCTGAGAAAGTTGCACCTGCTGTTGC
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ATCTGCCTAGTCTAATGAAAACAGATTAAACCGTTTATCTTGCTGTTGTATTGAAAACCG
AGTCCATGATTTTGAACGATTTTTATTACTATTTTTT
CCAACC

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DS 

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T
TCTAGTAAAGAGAAGGTGAAGGAGGATCCATTGGGTGATGCTAGGACCAAGATTCAGGAA
GAGATCACGCGTGAGTTTGCAGCTCTCATGGCACAAGGCACACTAAAAGCAAGTGAAGCA
GCCGCCATGGCCACCAAAAGAGTGATGCAAAAGTATGGACATCTCAATATATCTGCCTAG
TTTAATGAAAACAGATTAAACCGTTTATCTTACTGTTGTATTGAAA*CCGAGTCCATGAT
TTTGAACGATTTTTATTACTATTTTTTTCCAACTACATTCGTAAATCAATGTTAAATTGA
CAG

QA 2 304 2 304
DS 



AS 1 4

CO CL2550Contig1 916 4 2 U
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AAAATTAAGAGATAATATGTCATATTCATAAGATAAACAAAAGAAAAGATAGAAGAATGT
ATCAAATATCTTACCAAAGACAGAGAAGGTAATGTAGACGAAACTCGCCAGCCAGCAATA
TATACAGATTCGATCATATATTCTTCTGAGCAAAGGAATGAACTTCGGCCAGATTGAAAC
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CTGGAATGGCATCACACTCTCCTGAGGCTCGAGCAATTAACTTTTCCCAAGCTCGCTTGA
TGTACCACCAGAGATTTAGACCCAATTGCTTGCCCTTTT*CAAACTCTTGCGATCTGCTC
TAGTACTTCACCTTTTTCCTTATTCTGAATATTCTTAATGCTTTCTTCAGCTCTGTATAT
CCATCTTCCTGTTCCCTCTTTGTTCAGCCTGCCTCTGGGACCAACTTCCACTATGCTGAC
CAT**AGCTTTTTGTCAGTTTGATCTTCATCGTCAGCCTGAGTCTCCTTAACAACGGGAG
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AGAAAACATCTACGGGTTTGGTTGCGAGGAGAAGCATCTGAGAATCCTCCTCGATGGAGT
GCACAAGGATCGTGAACCTTTCCCTAATCTGATTAATTACGATATAGTACCTCCTTCGGA
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GGTTGGCCAGAGACCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3BR52JQ U 311
AF RR3CM50JQ U 1
AF RR3CM50TF C 208
AF RR3BR52TF C 263
BS 1 670 RR3CM50JQ
BS 671 916 RR3CM50TF

RD RR3BR52JQ 118 0 0
ATCACACTCTCCTGAGGCTCGAGCAATTAACTTTTCCCAAGCTCGCTTGATGTACCACCA
GAGATTTAGACCCAATTGCTTGCCCTTTTTCAAACTCTTGCGATCT*CTCTAGTACTT

QA 1 118 1 118
DS 

RD RR3CM50JQ 670 0 0
AATCAAAGATTAAACTTGCAAACGCAATACATCTGAAAGGCAAGAGTTTTATAAATCTTC
AAAATTAAGAGATAATATGTCATATTCATAAGATAAACAAAAGAAAAGATAGAAGAATGT
ATCAAATATCTTACCAAAGACAGAGAAGGTAATGTAGACGAAACTCGCCAGCCAGCAATA
TATACAGATTCGATCATATATTCTTCTGAGCAAAGGAATGAACTTCGGCCAGATTGAAAC
CGTGTAAAGAGCCCCTTCCTGATTTCTGAGGATTGCAAGAACAAAGGCACAAATGAGATT
CTGGAATGGCATCACACTCTCCTGAGGCTCGAGCAATTAACTTTTCCCAAGCTCGCTTGA
TGTACCACCAGAGATTTAGACCCAATTGCTTGCCCTTTT*CAAACTCTTGCGATCTGCTC
TAGTACTTCACCTTTTTCCTTATTCTGAATATTCTTAATGCTTTCTTCAGCTCTGTATAT
CCATCTTCCTGTTCCCTCTTTGTTCAGCCTGCCTCTGGGACCAACTTCCACTATGCTGAC
CAT**AGCTTTTTGTCAGTTTGATCTTCATCGTCAGCCTGAGTCTCCTTAACAACGGGAG
AAGAAGGTCTCTCTATTTGGTAGGAGATCATCTTCTATGTCATTCCTCTCAGCAGGTTTA
AGAAAACATC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3CM50TF 709 0 0
GAGCAAAGGAATGAACTTCGGCCAGATTGAAACCGTGTAAAGAGCCCTT**CTGATTTCT
GAGGATTGCAAGAACAAAGGCACAAATGAGATTCTGGAATGGCATCACACTCTCCTGAGG
CTCGAGCAATTAACTTTTCCCAAGCTCGCTTGATGTACCACCAGAGATTTAGACCCAATT
GCTTGCCCTTTT*CAAACTCTTGCGATCTGCTCTAGTACTTCACCTTTTTCCTTATTCTG
AATATTCTTAATGCTTTCTTCAGCTCTGTATATCCATCTTCCTGTTCCCTCTTTGTTCAG
CCTGCCTCTGGGACCAACTTCCACTATGCTGACCAT**AGCTTTTTGTCAGTTTGATCTT
CATCGTCAGCCTGAGTCTCCTTAACAACGGGAGAAGAAGGTCTCTCTATTTGGTAGGAGA
TCATCTTCTATGTCATTCCTCTCAGCAGGTTTAAGAAAACATCTACGGGTTTGGTTGCGA
GGAGAAGCATCTGAGAATCCTCCTCGATGGAGTGCACAAGGATCGTGAACCTTTCCCTAA
TCTGATTAATTACGATATAGTACCTCCTTCGGAATAAAATTGGAACGAAGACTTGAACTG
AGAATGATATTGATGTGGAGATGAGAGTAATGAAGCTATAAATCTGGATCTTAGGCGTTA
CATGGGAAGTTTCTAAGAGATGGATAGAGGAAGGGTTGGCCAGAGACCC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3BR52TF 654 0 0
TTTCTGAGGAT*GCAAGAACAAAGGCACAAATGAGATTCTGGAATGGCATCACACTCTCC
TGAGGCTCGAGCAATTAACTTTTCCCAAGCTCGCTTGATGTACCACCAGAGATTTAGACC
CAATTGCTTGCCCTTTT*CAAACTCTTGCGATCT*CTCTAGTACTTCACCTTTTTCCTTA
TTCTGAATATTCTTAATGCTTTCTTCAGCTCTGTATATCCATCTTCCTGTTCCCTCTTTG
TTCAGCCTGCCTCTGGGACCAACTTCCACTATGCTGACCATCTAGCTTTTTGTCAGTTTG
ACCTTCATCGTCAGCCTGAGTCTCCTTAACAACGGGAGAAGAAGGTCTCTCTATTTAGTA
GGAGATCATCTTCTATGTCATTCCTCTCAGCAGGTTTAAGAAAACATCTACGGGTTTGGT
TGCGAGGAGAAGCATCTGAGAATCCTCCTCGATGGAGTGCACAAGGATCGTGAACCTTTC
CCTAATCTGATTAATTACGATATAGTACCTCCTTCGGAATAAAATTGGAACGAAGACTTG
AACTGAGAATGATATTGATGTGGAGATGAGAGTAATGAAGCTATAAATCTGGATCTTAGG
CGTTACATGGGAAGTTTCTAAGAGATGGATAGAGGAAGGGTTGGCCAGAGACCC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 2 4

CO CL2551Contig1 864 2 2 U
GAAGGGGATTTGGATAAAGCTACCTCTTGGATTATCTAACCTTGTTGAATCTGCAGTTAG
CGAAGAGGTTTAGATATCATCACGCAGAGCCAGAGTACTTGATGCTTGTGTCTTGGATCT
CTAACACCCCTGACACCATCCCTGCCAATGCTTCTCACATTGTTGGTGTTGGTGCTCTTG
TCCTCAACAAAGCCACTCGTGAGGTCCTCGTTGTCCAGGAAAAGAGTGGTTATTTCAGAG
ACAAAAATGTCTGGAACCTCCCTACTGGTGTTATCCACGAGGGTGAGGACATTTGCGATG
GAGTTGCTAGGGAAGTTGAAGAAGAAACTGGTATTATTGCAGATTTTGTTGAAGTGTTGT
CTTTCAGGCAAAGCCACAAAGCATTCTTGAAACAGAAATCGGATCTGTTTTTCCTTTGCG
TCTTGGCTCCACGCTCCTACGATATCACTGAACAAAAATCTGAGATCTTGGAAGCTAAGT
GGATGCCGATCAAAGAATACGTAGATCAGCCATGGAACCAGAAGAAGGAGATGTTCAAGA
TCATGGCTGAAATCTGCGAGAAGAAGTGTGATGAAGACTACGTTGGATTCTCCACTGTGG
AAACTGTCACTGGAACTGGTAAAAAGAGCTTTGTCTACTGCAATGCTGATCACGCCGAGA
ATCTTAAAGCAGCGCGTGACCAAGCATCATCCTCTTCTCTCTGAATCGCATTCTCATGGA
ATCTCTGCATTTGTCATTATTGTGTTGTGTCCTTTGTATTTGTATCTCAAATAAGAAAAA
CAAAACCATCTTTCTGGGTCAAATGCTTTCCTTTGGCATTGTCTTAACCGGTTTTAAATT
CTCAGCTTTATATTTTTCGTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CD64TF U 1
AF RR3CD64JQ C 91
BS 1 363 RR3CD64TF
BS 364 864 RR3CD64JQ

RD RR3CD64TF 363 0 0
GAAGGGGATTTGGATAAAGCTACCTCTTGGATTATCTAACCTTGTTGAATCTGCAGTTAG
CGAAGAGGTTTAGATATCATCACGCAGAGCCAGAGTACTTGATGCTTGTGTCTTGGATCT
CTAACACCCCTGACACCATCCCTGCCAATGCTTCTCACATTGTTGGTGTTGGTGCTCTTG
TCCTCAACAAAGCCACTCGTGAGGTCCTCGTTGTCCAGGAAAAGAGTGGTTATTTCAGAG
ACAAAAATGTCTGGAACCTCCCTACTGGTGTTATCCACGAGGGTGAGGACATTTGCGATG
GAGTTGCTAGGGAAGTTGAAGAAGAAACTGGTATTATTGCAGATTTTGTTGAAGTGTTGT
CTT

QA 1 363 1 363
DS 

RD RR3CD64JQ 774 0 0
CAGAGTACTTGATGCTTGTGTCTTGGATCTCTAACACCC*TGACACCATCCCTGCCAATG
CTTCTCACATTGTTGGTGTTGGTGCTCTTGTCCTCAACAAAGCCACTCGTGAGGTCCTCG
TTGTCCAGGAAAAGAGTGGTTATTTCAGAGACAAAAATGTCTGGAACCTCCCTACTGGTG
TTATCCACGAGGGTGAGGACATTTGCGATGGAGTTGCTAGGGAAGTTGAAGAAGAAACTG
GTATTATTGCAGATTTTGTTGAAGTGTTGTCTTTCAGGCAAAGCCACAAAGCATTCTTGA
AACAGAAATCGGATCTGTTTTTCCTTTGCGTCTTGGCTCCACGCTCCTACGATATCACTG
AACAAAAATCTGAGATCTTGGAAGCTAAGTGGATGCCGATCAAAGAATACGTAGATCAGC
CATGGAACCAGAAGAAGGAGATGTTCAAGATCATGGCTGAAATCTGCGAGAAGAAGTGTG
ATGAAGACTACGTTGGATTCTCCACTGTGGAAACTGTCACTGGAACTGGTAAAAAGAGCT
TTGTCTACTGCAATGCTGATCACGCCGAGAATCTTAAAGCAGCGCGTGACCAAGCATCAT
CCTCTTCTCTCTGAATCGCATTCTCATGGAATCTCTGCATTTGTCATTATTGTGTTGTGT
CCTTTGTATTTGTATCTCAAATAAGAAAAACAAAACCATCTTTCTGGGTCAAATGCTTTC
CTTTGGCATTGTCTTAACCGGTTTTAAATTCTCAGCTTTATATTTTTCGTGGTT

QA 1 774 1 774
DS 



CO CL2551Contig2 1102 2 2 U
GGAAAGCAAAGTCTATCCTCTTCTCGAGACACAGTTCGAATTTGATTAATCAAAGCAAAG
TCGTGTCTGGTTTTTAGATCTGCTTGAGAGAGAGAGAGAGATGGATATACTTGTCGGTGA
GACTGACAACTACTATGGCGTTACGGTGACCATGAATGAACCAATGGATTCTGAAGTTTT
CACCCATAAGCTCAGGGCTTCTCTTTCCCATTGTAGACAAGAGGGGAAGAAGGGGATTTG
GATAAAGCTACCTCTTGGTTTAGCTAACCTTGTTGAATCTGCAGTTAGTGAAGGGTTTAG
ATATCATCACGCACAGCCAGAGTACTTGATGCTTGTGTCTTGGATCTCTAACACCCCTGA
CACTATCCCTGCCAATGCTTCTCACATTGTTGGTGTTGGTGCTCTTGTCCTCAACAAAGC
CACTCGTGAGGTCCTCGTTGTCCAGGAAAAGAGCGGTTATTTCAGAGACAAAAATGTCTG
GAAGCTCCCTACTGGTGTTATCCACGAGGGTGAGGATATTTGCGATGGAGTAGCTAGGGA
AGTTGAAGAAGAAACTGGTATTATTGCAGATTTTGTTGAAGTGTTGTCTTTCAGGCAAAG
CCACAAAGCATTCTTGAAACAGAAATCGGATCTGTTTTTCCTTTGCGTCTTGGCTCCACG
CTCCTACGATATCACTGAACAAAAATCTGAGATCTTGGAAGCTAAGTGGATGCCGATCAA
AGAATACGTAGATCAGCCATGGAACCAGAAGAAGGAGATGTTCAAGATCATGGCTGAAAT
CTGCGAGAGAAGTGCGATGAAGACTACGTTGGATTTTCCGCTGTGGAAACTGTCACTGGA
ACTGGTAAAAAGAGCTTTGTCTACTGCAATGCTGATCACGCCGAGAACCTTAAAGCAGCG
CGTGACCAAGCATCATCCTCTTCTCTTTGAATCACATTCTCATGGAATCTCTGCATTTGT
CATTATTGTGTGTGTCCTTTTGTATTTGTATCTCAAATAAAAAAACAAAACCATCTTTCT
GGGACAATTGCTTCTTCCTTTGGCATTGTCTCCACCGGTTTTAAATTCTCAGCTTTATAT
TTTTCATGGTTATTTCTGGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FT34TF U 1
AF RR3FT34JQ C 373
BS 1 590 RR3FT34TF
BS 591 1102 RR3FT34JQ

RD RR3FT34TF 594 0 0
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TCGTGTCTGGTTTTTAGATCTGCTTGAGAGAGAGAGAGAGATGGATATACTTGTCGGTGA
GACTGACAACTACTATGGCGTTACGGTGACCATGAATGAACCAATGGATTCTGAAGTTTT
CACCCATAAGCTCAGGGCTTCTCTTTCCCATTGTAGACAAGAGGGGAAGAAGGGGATTTG
GATAAAGCTACCTCTTGGTTTAGCTAACCTTGTTGAATCTGCAGTTAGTGAAGGGTTTAG
ATATCATCACGCACAGCCAGAGTACTTGATGCTTGTGTCTTGGATCTCTAACACCCCTGA
CACTATCCCTGCCAATGCTTCTCACATTGTTGGTGTTGGTGCTCTTGTCCTCAACAAAGC
CACTCGTGAGGTCCTCGTTGTCCAGGAAAAGAGCGGTTATTTCAGAGACAAAAATGTCTG
GAAGCTCCCTACTGGTGTTATCCACGAGGGTGAGGATATTTGCGATGGAGTAGCTAGGGA
AGTTGAAGAAGAAACTGGTATTATTGCAGATTTTGTTGAAGTGTTGTCTT
TCAG

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3FT34JQ 730 0 0
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CCTCGTTGTCCAGGAAAAGAGCGGTTATTTCAGAGACAAAAATGTCTGGAAGCTCCCTAC
TGGTGTTATCCACGAGGGTGAGGATATTTGCGATGGAGTAGCTAGGGAAGTTGAAGAAGA
AACTGGTATTATTGCAGATTTTGTTGAAGTGTTGTCTTTCAGGCAAAGCCACAAAGCATT
CTTGAAACAGAAATCGGATCTGTTTTTCCTTTGCGTCTTGGCTCCACGCTCCTACGATAT
CACTGAACAAAAATCTGAGATCTTGGAAGCTAAGTGGATGCCGATCAAAGAATACGTAGA
TCAGCCATGGAACCAGAAGAAGGAGATGTTCAAGATCATGGCTGAAATCTGCGAGAGAAG
TGCGATGAAGACTACGTTGGATTTTCCGCTGTGGAAACTGTCACTGGAACTGGTAAAAAG
AGCTTTGTCTACTGCAATGCTGATCACGCCGAGAACCTTAAAGCAGCGCGTGACCAAGCA
TCATCCTCTTCTCTTTGAATCACATTCTCATGGAATCTCTGCATTTGTCATTATTGTGTG
TGTCCTTTTGTATTTGTATCTCAAATAAAAAAACAAAACCATCTTTCTGGGACAATTGCT
TCTTCCTTTGGCATTGTCTCCACCGGTTTTAAATTCTCAGCTTTATATTTTTCATGGTTA
TTTCTGGTTT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 4

CO CL2552Contig1 533 4 9 U
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GAGTGTGAGCATTCTTGTCGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCGGGGCGAAG
CCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCCCGCAGCGATACTGACGTGCAAATCGTTCGTCTGACT
TGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCC
CTCAGGATAGCTGGAGCTCGGAAACGAGTTCTATCGGGTAAAGCCAATGATTAGAGGCAT
CGGGGCTGCAACGCCCTCGACCTATTCTCAAACTTTAAATAGGTAGGACGGGGTAGCTGC
TTTGTTGAGCCATCCCACGGAATCGAGAGCTCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAAC
TGGCGATGCGGGATGAACCGGAAGCCGGGTTACGGTGCCCAACTGCGCGCTAACCTAGAA
CCCACAAAGGGTGTTGGTCGATTAAGACAGCAGGACGGTGGTCATGGAAGTCG


BQ
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AF RR3A638JQ C 201
AF RR3GO23JQ C 1
AF RR3GO23TF U 1
AF RR3A638TF U 226
BS 1 306 RR3GO23TF
BS 307 307 RR3A638TF
BS 308 339 RR3GO23TF
BS 340 340 RR3A638TF
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BS 342 342 RR3A638TF
BS 343 354 RR3GO23TF
BS 355 355 RR3A638TF
BS 356 533 RR3GO23TF

RD RR3A638JQ 276 0 0
G
AATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGCTCGG
AAACGAGTTCTATCGGGTAAAGCCAATGATTAGAGGCATCGGGGGTGCAACGCTCTCGAC
CTATTCTCAAACTTTAAATAGGTAGGACGGGGTAGCTGCTTTGTTGAGCCATCCCACGGA
ATCGAGAGCTCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGG
AAGCCGGGTTACGGTGCCCAACTGCGCGCTAACCT

QA 2 276 2 276
DS 

RD RR3GO23JQ 533 0 0
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GAGTGTGAGCATTCTTGTCGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCGGGGCGAAG
CCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCCCGCAGCGATACTGACGTGCAAATCGTTCGTCTGACT
TGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCC
CTCAGGATAGCTGGAGCTCGGAAACGAGTTCTATCGGGTAAAGCCAATGATTAGAGGCAT
CGGGGC*GCAACGCCCTCGACCTATTCTCAAACTTTAAA*ATGTAGGACGGGGTGGCTGC
TTTGTTGAGCCATCCCACGGAATCGAGAGCTCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAAC
TGGCGATGCGGGATGAACCGGAAGCCGGGTTACGGTGCCCAACTGCGCGCTAACCTAGAA
CCCACAAAGGGTGTTGGTCGATTAAGACAGCAGGACGGTGGTCATGGAAGTCG

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR3GO23TF 533 0 0
GATTGGTAGGATCCCTCACGGGTGCACTACCGACCGACCTTGATCTTCTGAGAAGGGTTC
GAGTGTGAGCATTCTTGTCGGGACCCGAAAGATGGTGAACTATGCCTGAGCGGGGCGAAG
CCAGAGGAAACTCTGGTGGAGGCCCGCAGCGATACTGACGTGCAAATCGTTCGTCTGACT
TGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATCTAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCC
CTCAGGATAGCTGGAGCTCGGAAACGAGTTCTATCGGGTAAAGCCAATGATTAGAGGCAT
CGGGGC*GCAACGCCCTCGACCTATTCTCAAACTTTAAA*ATGTAGGACGGGGTGGCTGC
TTTGTTGAGCCATCCCACGGAATCGAGAGCTCCAAGTGGGCCATTTTTGGTAAGCAGAAC
TGGCGATGCGGGATGAACCGGAAGCCGGGTTACGGTGCCCAACTGCGCGCTAACCTAGAA
CCCACAAAGGGTGTTGGTCGATTAAGACAGCAGGACGGTGGTCATGGAAGTCG

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR3A638TF 308 0 0
CCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGCTCGGAAACGAGTTCTATCGGGTAAAGCC
AATGATTAGAGGCATCGGGGGTGCAACGCTCTCGACCTATTCTCAAACTTTAAATAGGTA
GGACGGGGTAGCTGCTTTGTTGAGCCATCCCACGGAATCGAGAGCTCCAAGTGGGCCATT
TTTGGTAAGCAGAACTGGCGATGCGGGATGAACCGGAAGCCGGGTTACGGTGCCCAACTG
CGCGCTAACCTAGAACCCACAAAGGGTGTTGGTCGATTAAGACAGCAGGACGGTGGTCAT
GGAAGTCG

QA 1 308 1 308
DS 



AS 1 4

CO CL2553Contig1 776 4 12 U
TTTTTTCTTGTGTGGCCGTTATTTGCAAGAAATGTCTTCGTGTGCCATCATCTCAAACCC
AGTTCATACCGTCAAGATATTGAAGAGAAGAAGTCCGTACTGTGGTCTGTTTGGTTGGAA
CTCCGGCGAGAAACTAGACAATCCCCGACCGCCACAGAAAGTGGTCTACCATGACGACGT
CGAACTTCCTTTCTCTCTTTCGTTGGTAAACAAGACCTTCCTAAAGGGAAGAGAACTAAA
ATGTTGCTACAAAGCAAGCATCGATGGGTTTAGTGCAACAAAGTTCCACGAACGTTGCGA
TTTCCAAGGTCCATGTGTTATTATAGCTTACACCAGAGACATGTCTTTCAAGTTTGGCGG
ATTTAGCCCTGAAGGCTATCGAAGCACTGATGATTATTACGATACATTTGACGCTTTCCT
CTTCTACTGGCTCGACGAGAGCGATGAACCAATCATACTTCCTAAGGTTGGAGGAGGTGG
AGCGGCTCTGTTTGATTATGCACACGGAGGGCCTCAGTTTGGAGCTGACGGGCTTCTTAT
TGGACCTCCTTTAGCTCCCGTGATGGGCGGGTTTGCGGGTCCAGATACGAACTCAGGGAT
TGGCGATTTGAGGATGGCTAAATCAAGACTGGGTTTGTCATATGCTAAGAGGAAAGATGG
GAAGGAATCTATCTTTGGAGATGAAAGTAAGGTTACTCTAGACGATGTCTTGGTCTTTTG
TAGCCCTTATATTGCTTCTTTGTATTAAGATTACAAAACCAATCTCACTATATTCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3GR25TF U 1
AF RR3EZ55TF U 10
AF RR3GR25JQ C 21
AF RR3EZ55JQ C 310
BS 1 17 RR3GR25TF
BS 18 18 RR3EZ55TF
BS 19 503 RR3GR25TF
BS 504 504 RR3EZ55TF
BS 505 578 RR3GR25TF
BS 579 579 RR3EZ55TF
BS 580 603 RR3GR25TF
BS 604 604 RR3EZ55TF
BS 605 647 RR3GR25TF
BS 648 699 RR3GR25JQ
BS 700 700 RR3EZ55JQ
BS 701 776 RR3GR25JQ

RD RR3GR25TF 647 0 0
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AGTTCATACCGTCAAGATATTGAAGAGAAGAAGTCCGTACTGTGGTCTGTTTGGTTGGAA
CTCCGGCGAGAAACTAGACAATCCCCGACCGCCACAGAAAGTGGTCTACCATGACGACGT
CGAACTTCCTTTCTCTCTTTCGTTGGTAAACAAGACCTTCCTAAAGGGAAGAGAACTAAA
ATGTTGCTACAAAGCAAGCATCGATGGGTTTAGTGCAACAAAGTTCCACGAACGTTGCGA
TTTCCAAGGTCCATGTGTTATTATAGCTTACACCAGAGACATGTCTTTCAAGTTTGGCGG
ATTTAGCCCTGAAGGCTATCGAAGCACTGATGATTATTACGATACATTTGACGCTTTCCT
CTTCTACTGGCTCGACGAGAGCGATGAACCAATCATACTTCCTAAGGTTGGAGGAGGTGG
AGCGGCTCTGTTTGATTATGCACGCGGAGGGCCTCAGTTTGGAGCTGACGGGCTTCTTAT
TGGACCTCCTTTAGCTCCCGTGATGGGCGGGTTTGCGGTTCCAGATACGAACTCAGGGAT
TGGTGATTTGAGGATGGCTAAATCAAGACTGGGTTTGTCATATGCTA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3EZ55TF 600 0 0
GG
GTGGCCGTTATTTGCAAGAAATGTCTTCGTGTGCCATCATCTCAAACCCAGTTCATACCG
CCAAGATTTTGAAGAGAAGAAGTCCGTACTGTGGTCTGTTTGGTTGGAACTCCGGCGAGA
AACTAGACAATCTCCGACCGCCACAGAAAGTGGTCTACCATGACGACGTCGAACTTCCTT
TCTCTCTTTCGTTGGTAAACAAGACCTTCCTAAAGGGAAGAGAACTAAAATGTTGCTACA
AAGCAAGCATCGATGGGTTTAGTGCAACAAAGTTCCACGAACGTCGCGATTTCCAAGGTC
CATGTGTTATTATAGCTTACACCAGAGACATGTCTTTCAAGTTTGGCGGATTTAGCCCTG
AAGGCTATCGAAGCACTGATGATTATTACGATACATTTGACGCTTTCCTCTTCTTCTGGC
TCGACGAGAGCGATGAGCCAATCGTACTTCCTAAGGTTGGAGGAGGTGGAGCGGCTCTGT
TTGATTATGCACACGGAGGGCCTCAGTTTGGAGCTGACGGGCTTCTTATTGGACCTCCTT
TAGCTCCTGTGATGGGTGGGTTTGCGGGTCC*GATACGAACTCAGGGATTGGCGATTT

QA 3 600 3 600
DS 

RD RR3GR25JQ 756 0 0
ATTTGCAAGAAATGTCTTCGTGTGCCATCATCTCAAACCCAGTTCATACCGTCAAGATAT
TGAAGAGAAGAAGTCCGTACTGTGGTCTGTTTGGTTGGAACTCCGGCGAGAAACTAGACA
ATCCCCGACCGCCACAGAAAGTGGTCTACCATGACGACGTCGAACTTCCTTTCTCTCTTT
CGTTGGTAAACAAGACCTTCCTAAAGGGAAGAGAACTAAAATGTTGCTACAAAGCAAGCA
TCGATGGGTTTAGTGCAACAAAGTTCCACGAACGTTGCGATTTCCAAGGTCCATGTGTTA
TTATAGCTTACACCAGAGACATGTCTTTCAAGTTTGGCGGATTTAGCCCTGAAGGCTATC
GAAGCACTGATGATTATTACGATACATTTGACGCTTTCCTCTTCTACTGGCTCGACGAGA
GCGATGAACCAATCATACTTCCTAAGGTTGGAGGAGGTGGAGCGGCTCTGTTTGATTATG
CACGCGGAGGGCCTCAGTTTGGAGCTGACGGGCTTCTTATTGGACCTCCTTTAGCTCCCG
TGATGGGCGGGTTTGCGGTTCCAGATACGAACTCAGGGATTGGTGATTTGAGGATGGCTA
AATCAAGACTGGGTTTGTCATATGCTAAGAGGAAAGATGGGAAGGAATCTATCTTTGGAG
ATGAAAGTAAGGTTACTCTTGACGATGTCTTGGTCTTTTGTAGCCCTTATATTGCTTCTT
TGTATTAAGATTACAAAACCAATCTCACTATATTCC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3EZ55JQ 464 0 0
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TGAAGGCTATCGAAGCACTGATGATTATTACGATACATTTGACGCTTTCCTCTTCTTCTG
GCTCGACGAGAGCGATGAGCCAATCGTACTTCCTAAGGTTGGAGGAGGTGGAGCGGCTCT
GTTTGATTATGCACACGGAGGGCCTCAGTTTGGAGCTGACGGGCTTCTTATTGGACCTCC
TTTAGCTCCTGTGATGGGTGGGTTTGCGGGTCCGGATACGAACTCAGGGATTGGCGATTT
GAGGATGGCTAAATCAAGACTGGGTTTGTCATATGCTAAGAGGAAAGATGGGAAGGAATC
TATCTTTGGAGATGAAAGTAAGGTTACTCTAGACGATGTCTTGGTCTTTTGTAGCCCTTA
TATTGCTTCTTTGTATTAAGATTACAAAACCAATCTCACTATAT

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 4

CO CL2554Contig1 675 4 1 U
GGGTCTGCGGCTACTAACAATTTTAGTTTAGGGTATTCAGCTTCTTTAACACCTCTCCAG
ATATCAAGTGGGAATAATCATCTTGAGCTATGTCTCCAGCTAAATTTGATACCACGAAGA
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TCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGACTAAGGTTACCTTCCACAGGCCAAAGACTTTGA
CCAAGGCTAGAGACCCCAAGTACCCAAGAATCAGCGCTACTCCAAGGAACAAGTTGGATC
ACTATGGTATCCTTAAGTACCCACTCACCACCGAGTCTGCAATGAAGAAGATTGAAGACA
ACAACACCCTTGTCTTCATTGTTGACATTCGTGCTGACAAGAAGAAGATTAAGGATGCTG
TTAAAAAGATGTATGACATTCAGACCAAGAAGGTCAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAA
CGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACACCAGACTACGATGCTTTAGATGTTGCTAACAAGA
TTGGCATCATCTAAGTTTATCTACCTCTCCTATTATAAAAAGGACTTGTGGTTTTGTCTC
TAGTGGTCAAAACTTTGTTTTACAATACATTCGTGTTGCAGTTAATTGTTGAATTCAAAT
TCTATGTTTTTGGCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CC60TF U 28
AF RR3E728TF U 1
AF RR3BM35TF U 1
AF RR3BM35JQ C 93
BS 1 675 RR3BM35TF

RD RR3CC60TF 628 0 0
GG
AGGGTATTCAGCTTCTTTAACACCTCTCCAGATTTCGAGTGGGAAGAATCATCTAGAGCT
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AAGGTTACCTTCCACAGGCCAAAGACTTTGACCAAGTCTAGAGATCCCAAGTACCCAAGA
ATCAGCGCTACTCCAAGGAACAAGTCGGATCACTATGGTATCCTCAAGTACCCACTCACC
ACCGAGTCTGCAATGAAGAAGATTGAAGACAACAACACTCTTGTCTTCATCGTTGACATT
CGTGCCGACAAGAAGAAGATTAAGGATGCTGTTAAAAAGATGTATGACATTCAGACCAAG
AAGGTCAACACTCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACACCA
GACTACGATGCTTTAGATGTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTCGTCTACCTCTC
CTATTATAAAAAGGACTTGTGGTTTTGTCTCTAGTCGTCAAAACTTTGTTTTACAATACA
TTCGTGTTGCAGTTAATTGTTGAATT

QA 3 628 3 628
DS 

RD RR3E728TF 639 0 0
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TCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGACTAAGGTTACCTTCCACAGGCCAAAGACTTTGA
CCAAGGCTAGAGACCCCAAGTACCCAAGAATCAGCGCTACTCCAAGGAACAAGTTGGATC
ACTATGGTATCCTTAAGTACCCACTCACCACCGAGTCTGCAATGAAGAAGATTGAAGACA
ACAACACCCTTGTCTTCATTGTTGACATTCGTGCTGACAAGAAGAAGATTAAGGATGCTG
TTAAAAAGATGTATGACATTCAGACCAAGAAGGTCAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAA
CGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACACCAGACTACGATGCTTTAGATGTTGCTAACAAGA
TTGGCATCATCTAAGTTTATCCACCTCTCCTATTATAAAAAGGACTTGTGGTTTTGTCTC
TAGTGGTCAAAACTTTGTTTTACAATACATTCGTGTTGC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3BM35TF 675 0 0
GGGTCTGCGGCTACTAACAATTTTAGTTTAGGGTATTCAGCTTCTTTAACACCTCTCCAG
ATATCAAGTGGGAATAATCATCTTGAGCTATGTCTCCAGCTAAATTTGATACCACGAAGA
AGGCTGACCCCAAGGCCAAGGCCTTGAAGGCTGCGAAAGCAGTTAAGTCTGGCCAAGCCT
TCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGACTAAGGTTACCTTCCACAGGCCAAAGACTTTGA
CCAAGGCTAGAGACCCCAAGTACCCAAGAATCAGCGCTACTCCAAGGAACAAGTTGGATC
ACTATGGTATCCTTAAGTACCCACTCACCACCGAGTCTGCAATGAAGAAGATTGAAGACA
ACAACACCCTTGTCTTCATTGTTGACATTCGTGCTGACAAGAAGAAGATTAAGGATGCTG
TTAAAAAGATGTATGACATTCAGACCAAGAAGGTCAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAA
CGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACACCAGACTACGATGCTTTAGATGTTGCTAACAAGA
TTGGCATCATCTAAGTTTATCTACCTCTCCTATTATAAAAAGGACTTGTGGTTTTGTCTC
TAGTGGTCAAAACTTTGTTTTACAATACATTCGTGTTGCAGTTAATTGTTGAATTCAAAT
TCTATGTTTTTGGCC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3BM35JQ 583 0 0
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GCGAAAGCAGTTAAGTCTGGCCAAGCCTTCAAGAAGAAGGACAAGAAGATCAGGACTAAG
GTTACCTTCCACAGGCCAAAGACTTTGACCAAGGCTAGAGACCCCAAGTACCCAAGAATC
AGCGCTACTCCAAGGAACAAGTTGGATCACTATGGTATCCTTAAGTACCCACTCACCACC
GAGTCTGCAATGAAGAAGATTGAAGACAACAACACCCTTGTCTTCATTGTTGACATTCGT
GCTGACAAGAAGAAGATTAAGGATGCTGTTAAAAAGATGTATGACATTCAGACCAAGAAG
GTCAACACCCTCATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCTTACGTTAGGCTTACACCAGAC
TACGATGCTTTAGATGTTGCTAACAAGATTGGCATCATCTAAGTTTATCTACCTCTCCTA
TTATAAAAAGGACTTGTGGTTTTGTCTCTAGTGGTCAAAACTTTGTTTTACAATACATTC
GTGTTGCAGTTAATTGTTGAATTCAAATTCTATGTTTTTGGCC

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

CO CL2555Contig1 785 2 10 U
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TCTTCGAAAAATTAAATTAATCGAGAGATGGTGAGGATGGTGAGAAGCTGCTTACAGTCG
ATGATGAAGCTGGTGAATTCCCTTGTTGGAACGGTTGGTGTCGCCATGATCCTCTACTCT
GTTTGGCTCATCAGGCAATGGCAACAACAAACCGGATCTCTCCCCTTCCCTTACCCTCAT
GATGATCACCCCCTTCCTTGGTTCATTTATGCTTTTCTTTGTCTCGGGGCTCTTCTCTGT
CTTGTCACTTGCGCCGGCCACATCGCTGCTGAAACCGTTAATTCTTGTTGTCTTTACTTT
TATATGGGATTCATCCTCTTGCTTATTATGATTCAAGGTGGTGTCGTTGCCGATACCTTT
CTTAACCCTGACTGGAAACAGGACTTTCCAGATGATCCAAGTGGTGCCTTCATCCGTTTC
TCTAAGTTCGTTGAGTCAAACTTCAAGATTTGCAGATGGATTGGTCTCTCCATTTTCTTT
GTCCAGGGTGCATCAGTTCTATTGGCCATGTTGCTCAAAGCTCTTGGACCTCACCCGCAT
TATGACAGTGACGATGAATATGATTTGAGCACGGTTGCACTCCTACGTGATGCCCGCCAG
CCTCATCGTCCATACGTTGTTGGAGAACCCATTTATGGACCCAAACCGGATTCCTGGACT
GTTGATAATGAAAGAGCCACCGGTAAGAGAGATGGAGCCCAAGAGAAAGCTATGAGAGCA
AAGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 

AF RR3H772TF U 1
AF RR3CA45TF U 13
BS 1 131 RR3H772TF
BS 132 132 RR3CA45TF
BS 133 151 RR3H772TF
BS 152 152 RR3CA45TF
BS 153 314 RR3H772TF
BS 315 315 RR3CA45TF
BS 316 653 RR3H772TF
BS 654 654 RR3CA45TF
BS 655 689 RR3H772TF
BS 690 785 RR3CA45TF

RD RR3H772TF 689 0 0
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TCTTCGAAAAATTAAATTAATCGAGAGATGGTGAGGATGGTGAGAAGCTGCTTACAGTCG
ATGATGAAGCTTGTGAATTCCCTTGTTGGAATGGTTGGTGTCGCCATGATCCTCTACTCT
GTTTGGCTCATCAGGCAATGGCAACAACAAACCGGATCTCTCCCCTTCCCTTACCCTCAT
GATGATCACCCCCTTCCTTGGTTCATTTATGCTTTTCTTTGTCTCGGGGCTCTTCTCTGT
CTTGTCACTTGCGCTGGCCACATCGCTGCTGAAACCGTTAATTCTTGTTGTCTTTACTTT
TATATGGGATTCATCCTCTTGCTTATTATGATTCAAGGTGGTGTCGTTGCCGATACCTTT
CTTAACCCTGACTGGAAACAGGACTTTCCAGATGATCCAAGTGGTGCCTTCATCCGTTTC
TCTAAGTTCGTTGAGTCAAACTTCAAGATTTGCAGATGGATTGGTCTCTCCATTTTCTTT
GTCCAGGGTGCATCAGTTCTATTGGCCATGTTGCTCAAAGCTCTTGGACCTCACCCGCAT
TATGACAGTGACGATGAATATGATTTGAGCACGGTTGCACTCCTACGTGATGCTCGCCAG
CCTCATCGTCCATACGTTGTTGGAGAACC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3CA45TF 773 0 0
GGAGGGATTCAGGGAGGC
GAGAGAGATAGAGAGGTTCATTTCGATTTCTCTTCGAAAAATTAAATTAATCGAGAGATG
GTGAGGATGGTGAGAAGCTGCTTACAGTCGATGATGAAGCTGGTGAATTCCCTTGTTGGA
ACGGTTGGTGTCGCCATGATCCTCTACTCTGTTTGGCTCATCAGGCAATGGCAACAACAA
ACCGGATCTCTCCCCTTCCCTTACCCTCATGATGATCACCCCCTTCCTTGGTTCATTTAT
GCTTTTCTTTGTCTCGGGGCTCTTCTCTGTCTTGTCACTTGCGCCGGCCACATCGCTGCT
GAAACCGTTAATTCTTGTTGTCTTTACTTTTATATGGGATTCATCCTCTTGCTTATTATG
ATTCAAGGTGGTGTCGTTGCCGATACCTTTCTTAACCCTGACTGGAAACAGGACTTTCCA
GATGATCCAAGTGGTGCCTTCATCCGTTTCTCTAAGTTCGTTGAGTCAAACTTCAAGATT
TGCAGATGGATTGGTCTCTCCATTTTCTTTGTCCAGGGTGCTTCAGTTCTATTGGCCATG
TTGCTCAAAGCTCTTGGACCTCACCCGCATTATGACAGTGACGATGAATATGATTTGAGC
ACGGTTTCACTCCTTCGTGATGCCCGCCAGCCTCATCGTCCATACGTTGTTGGAGAACCC
ATTTATGGACCCAAACCGGATTCCTGGACTGTTGATAATGAAAGAGCCACCGGTAAGAGA
GATGGAGCCCAAGAGAAAGCTATGAGAGCAAAGTA

QA 19 773 19 773
DS 



AS 1 2

CO CL2556Contig1 1078 2 10 U
GGAAGGTCTCTGTCTTCTGCAAAAAAGCAGGAGTGTGAAGAAGCAAACTCTCTGTTTTTT
TAACAATGGCTTCTTGTGTTGTGACGACGACAAGCAGTTTCTGTACTCTTTCAGATTCTA
CTAGTATCCGTTTGAAGTCCTCCAAGCTTGTCCCTCTGAGTAATCAGCAGAGAAGACGTT
CTCTTCGGTCAGGAAGTGGTTTAAAGGTTGAAGCTTACTATGGTCTCAAGACCCCTCCTT
ATCCTCTTGATGCTTTGGAACCGTATATGAGTCAGAGAACACTAGAAGTGCATTGGGGTA
AACACCACCGAGGCTATGTGGACAATCTTAATAAACAGTTATGGAAAGACGATAAACTCT
ATGGATACACCATGGAAGAGCTTATCAAGGCCACATACAACAACGGCAATCCTTTGCCTG
AGTTCAACAACGCTGCGCAGGTCTATAACCATGATTTCTTCTGGGAGTCGATGCAACCTG
GTGGTGGAGACATGCCTCAAAAGGGTGTTCTTGAGCAGATTGAGAAAGATTTTGGGTCGT
TTACGAATTTCAGAGAGAAGTTCACTAATGCAGCTCTTACTCAGTTTGGTTCTGGCTGGG
TCTGGCTTGTTTTGAAGAGAGAAGAGAGAAGACTTGAAGTGGTCAAAACCTCAAACGCCA
TTAACCCACTAGTGTGGGACGATATTCCAATCATCAGCTTGGATGTGTGGGAGCACTCTT
ACTATCTGGACTACAAGAACGAGAGGGCTAGGTACATAAACACGTTTCTGAACCATTTGG
TGTCGTGGAACGCTGCAATGAGTAGGATGGCCCGTGCTGAGGCGTTTGTGAACCTTGGTG
AACCCAACATCCCAGTTGCCTAAGCTAAAGAAAAGTCTTGTTCGATAGAGTCCATGTGAA
AGCGTATCTTTGACAGCTTGAGCAGTCTCATTTTTGCAACAGAGGTCCTAAACAAGAAAT
AAGTGCTGCTTCCTCCCTCATGTGACCCATCTTTTTGTCATGTGTAGTTGAGAGAGTCTA
ATATGACATAGACTTGTTTGTTTGTTGTATACCAAAACGATTTTGCTAGTGTTAAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DJ94TF U 1
AF RR3BQ83JQ C 346
BS 1 406 RR3DJ94TF
BS 407 407 RR3BQ83JQ
BS 408 615 RR3DJ94TF
BS 616 616 RR3BQ83JQ
BS 617 721 RR3DJ94TF
BS 722 722 RR3BQ83JQ
BS 723 752 RR3DJ94TF
BS 753 753 RR3BQ83JQ
BS 754 773 RR3DJ94TF
BS 774 1078 RR3BQ83JQ

RD RR3DJ94TF 773 0 0
GGAAGGTCTCTGTCTTCTGCAAAAAAGCAGGAGTGTGAAGAAGCAAACTCTCTGTTTTTT
TAACAATGGCTTCTTGTGTTGTGACGACGACAAGCAGTTTCTGTACTCTTTCAGATTCTA
CTAGTATCCGTTTGAAGTCCTCCAAGCTTGTCCCTCTGAGTAATCAGCAGAGAAGACGTT
CTCTTCGGTCAGGAAGTGGTTTAAAGGTTGAAGCTTACTATGGTCTCAAGACCCCTCCTT
ATCCTCTTGATGCTTTGGAACCGTATATGAGTCAGAGAACACTAGAAGTGCATTGGGGTA
AACACCACCGAGGCTATGTGGACAATCTTAATAAACAGTTATGGAAAGACGATAAACTCT
ATGGATACACCATGGAAGAGCTTATCAAGGCCACATACAACAACGGGAATCCTTTGCCTG
AGTTCAACAACGCTGCGCAGGTCTATAACCATGATTTCTTCTGGGAGTCGATGCAACCTG
GTGGTGGAGACATGCCTCAAAAGGGTGTTCTTGAGCAGATTGAGAAAGATTTTGGGTCGT
TTACGAATTTCAGAGAGAAGTTCACTAATGCAGCTCTTACTCAGTTTGGTTCTGGCTGGG
TCTGGCTTGTTTTGAGGAGAGAAGAGAGAAGACTTGAAGTGGTCAAAACCTCAAACGCCA
TTAACCCACTAGTGTGGGACGATATTCCAATCATCAGCTTGGATGTGTGGGAGCACTCTT
ATTATCTGGACTACAAGAACGAGAGGGCTAGG*ACATAAACACGTTTCTGAAC

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3BQ83JQ 733 0 0
AAGACGATAGACTCTATGGATACACCATGGAAGAGCTTATCAAGGCCACATACAACAACG
GCAATCCTTTGCCTGAGTTCAACAACGCTGCGCAGGTCTATAATCATGATTTCTTCTGGG
AGTCGATGCAACCTGGTGGTGGAGACATGCCTCAAAAGGGTGTTCTTGAGCAGATTGAGA
AAGATTTTGGGTCGTTTACGAATTTCAGAGAGAAGTTCACTAATGCAGCTCTTACTCAGT
TTGGTTCTGGCTGGGTCTGGCTTGTTTTGAAGAGGGAAGAGAGAAGACTTGAAGTGGTCA
AAACCTCAAACGCCATTAACCCACTAGTGTGGGATGATATTCCAATCATCAGCTTGGATG
TGTGGGAGCACTCTTACTATCTGGACTACAAGAACGAGAGGGCTAGGTACATAAACACGT
TTCTGAACCATTTGGTGTCGTGGAACGCTGCAATGAGTAGGATGGCCCGTGCTGAGGCGT
TTGTGAACCTTGGTGAACCCAACATCCCAGTTGCCTAAGCTAAAGAAAAGTCTTGTTCGA
TAGAGTCCATGTGAAAGCGTATCTTTGACAGCTTGAGCAGTCTCATTTTTGCAACAGAGG
TCCTAAACAAGAAATAAGTGCTGCTTCCTCCCTCATGTGACCCATCTTTTTGTCATGTGT
AGTTGAGAGAGTCTAATATGACATAGACTTGTTTGTTTGTTGTATACCAAAACGATTTTG
CTAGTGTTAAAAT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 2 4

CO CL2557Contig1 1212 2 2 U
GGAACTAAACAAAAATGAAAACTCTTCACTTCTTAGCTCCCAGTTCAGCCAAACCAAACA
TCGTCAATCTGAAGCAACAATCTTACGGAGCAATAACACAGACCCAGTTCATGTTGCGCC
GTCAAGACAGACGATCTCTTTCGATAAACTGCTCAAGCAGTGGCAACAACAACGGCAGTG
AAGAGAAGGTCTCTCAGCCGTTGGATGGAGTGGAGATAAGGTTCAGACGAGGGTCAAGAA
GGAGAATGAGGGAGGAAGGTTCAGGAGAAGGGCAAAACGGGAAGAAAGCAGAGAAAAGTG
TTCAGAAGCCGTGGGAAGAGATGACGTTGAACGAGAAAGCGTTGGAGCTTTATGTCGGAG
AGAAAGGTTTGTTGTTTTGGCTGAACAAATTGGCTTATGCGTCAATCTACATTGTGATTG
GTGGTTGGATTCTTTTCCGGTTTGTTGGACCGGCTTTGAATCTTTATCAGCTTGATACGC
CTCCTCTTGATCCTAAAAACATCTTGAAGGGCTAAGCAAGCAGTTAGCTTTTCTGTGTTA
TAAAACATTTTGAAGGCTTATATTCATGCCAGTTTCGGGTAATGTGTACCCAAATCAAAC
AAAGTTGTAATGAAAAGAACACTCTTTTTGATTCTTTAAGATTGTGCTGGAGTTATGGTC
TGCTCAATGATATCTCGTTTAGTCTTGCACCTATTGCACTCTGATCGGGATGCATAATTG
TGATTCTTGCAGTTTGTGCACATCCAGTCTCCATCACGCCATTGTTTTGCTCCGTATCCA
AGTAAAGCAGGTGTTAACTGTTGCTGTAGAAACGGGAGAGGAAGTTGCCAGCTTGAGATA
CTGCCTGAGCTTATACCGGGAAAAGATGCATATAACGATGACTGTGGTTGCATGCTTGTA
TATCCTTGATTCAATCTTTTGCTATCCCACTCATGAGCCAACACTTCTGATGCTAATCTC
TTCGTTCCAAGTGCTAGTGGAGCTGTTTCATTGCACTTTTTACACTGTATACGAAAGGAA
TAGTTGTGAAACCCACAAGTGCAGATCCAGTCACCGCTCCTCCACTCTTTAACAGCCGAA
GCTTGATTTGCTGGATCAGGTCCACGGGTGGTGAAGTAACTGAGATGGGAAGCCGCTCCA
GGGATAGCAAGTGCTGACAAAGCTGCTACTTCCTTTGGCTGTCCGCACTTTTTGCACTTT
TCTCGTGATGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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GTGGTTGGATTCTTTTCCGGTTTGTTGGACCGGCTTTGAATCTTTATCAGCTTGATACGC
CTCCTCTTGATCCTAAAAACATCTTGAAGGGCTAAGCAAGCAGTTAGCTTTTCTGTGTTA
TAAAACATTTTGAAGGCTTATATTCATGCCAGTTTCGGGTAATGTGTACCCAAATCAAAC
AAAGTTGTAATGA
AAAGAACACTCTTTTT

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DS 

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GG
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GCCAGTTTCGGGTAATGTGTACCCAAATCAAACAAGGTTGTAATGAAAAGAACACTCTTT
TTGATTCTTTAAGATTGTGCTGGAGTTATGGTCTGCTCAATGATATCTCGTTTAGTCTTG
CACCTATTGCACTCTGATCGGGATGCATAATTGTGATTCTTGCAGTTTGTGCACATCCAG
TCTCCATCACGCCATTGTTTTGCTCCGTATCCAAGTAAAGCAGGTGTTAACTGTTGCTGT
AGAAACGGGAGAGGAAGTTGCCAGCTTGAGATACTGCCTGAGCTTATACCGGGAAAAGAT
GCATATAACGATGACTGTGGTTGCATGCTTGTATATCCTTGATTCAATCTTTTGCTATCC
CACTCATGAGCCAACACTTCTGATGCTAATCTCTTCGTTCCAAGTGCTAGTGGAGCTGTT
TCATTGCACTTTTTACACTGTATACGAAAGGAATAGTTGTGAAACCCACAAGTGCAGATC
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GTGGTGAAGTAACTGAGATGGGAAGCCGCTCCAGGGATAGCAAGTGCTGACAAAGCTGCT
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QA 3 707 3 707
DS 



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AAACCTTTCTCTCCGACATAAAGCTCCAACGCTTTCTCGTTCAACGTCATCTCTTCCCAC
GGCTTCTGAACACTTTTCTCTGCTTTCTTCCCGTTTTGCCCTTCTCCTGAACCTTCCTCC
CTCATTCTCCTTCTTGACCCTCGTCTGAACCTTATCTCCACTCCATCCAACGGCTGAAAA
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CTTTCTTGACGACGCAACATGAACTGGGTCTGTGTTATTGCTCCGTAAGATTGTTGCTTC
AGATTGATGACGTTTGGTTTAGCTGAGCTGGGAGGTAAGAAGTGAAGAGTTTT


BQ
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AF RR3FQ43JQ U 172
AF RR3FQ43TF C 1
BS 1 171 RR3FQ43TF
BS 172 548 RR3FQ43JQ
BS 549 653 RR3FQ43TF

RD RR3FQ43JQ 377 0 0
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CGGAAAAAAATCCAACCACCAATCACAATGTAGATTGAAGCATAAGCCAATTTGTTCAGC
CAAAACAACAAACCTTTCTCTCCGACATAAAGCTCCAACGCTTTCTCGTTCAACGTCATC
TCTTCCCACGGCTTCTGAACACTTTTCTCTGCTTTCTTCCCGTTTTGCCCTTCTCCTGAA
CCTTCCTCCCTCATTCTCCTTCTTGACCCTCGTCTGAACCTTATCTCCACTCCATCCAAC
GGCTGAAAAACCTTCTCTTCACTGCCGTTGTTGTTGCCACTGCTTGAGCAGTTTATCGAA
AGAAATCGTCTTTCTTG

QA 1 377 1 377
DS 

RD RR3FQ43TF 653 0 0
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ACAACCTTGTTTGATTTGGGGTACACATTACTCGAAACTGGCATGAATATAAGCCTTCAA
AAAGTTTTTATAACACAGAAAAGCTAAAAGCTTGCTTAGCCCTTCAAGATGTTTTTAGGA
TCAAGAGGAGGCGTATAAAGCTGATAAAGATTCAAAGCCGGTCCAACAAACCGGAAAAGA
ATCCAACCACCAATCACAATGTAGATTGAAGCATAAGCCAATTTGTTCAGCCAAAACAAC
AAACCTTTCTCTCCGACATAAAGCTCCAACGCTTTCTCGTTCAACGTCATCTCTTCCCAC
GGCTTCTGAACACTTTTCTCTGCTTTCTTCCCGTTTTGCCCTTCTCCTGAACCTTCCTCC
CTCATTCTCCTTCTTGACCCTCGTCTGAACCTTATCTCCACTCCATCCAACGGCTGAGAG
ACCTTCTCTTCACTGCCGTTGTTGTTGCCACTGCTTGAGCAGTTTATCGAAAGAGATCGT
CTTTCTTGACGACGCAACATGAACTGGGTCTGTGTTATTGCTCCGTAAGATTGTTGCTTC
AGATTGATGACGTTTGGTTTAGCTGAGCTGGGAGGTAAGAAGTGAAGAGTTTT

QA 1 653 1 653
DS 



AS 2 4

CO CL2558Contig1 795 2 5 U
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AACCAAGGTTGCCTCTTTCTAGAAACTCTTTTGCTCCAAGCCATGGTAGCAAGGACGAGT
ACGAGACAGAGACCCACAGTATGAGCAGTTTCAGCAGTCCAAGTCACGCTCACGAGGCTG
TCTCGCTTAGTCCTCTCCCTCAGTATCATACTGCTGGCCCCCGCTTTGCTGCAGGGGCCT
CATCGAATGCTCCAAGGCCACCTCTCAATTCAGCAACCAGTCACATGATCCACTCAACCT
TTGATGAAAAGATAATGCAGAAAGGAAACAAGGCAGATCCATTGTTACACCCTACTCCGG
CTCCTGCTCCTGCAGCTTCTCTTCTGAGAGATGTGAGAAGAACATCAGTTGTTTGGGACC
AAGAAGCAGGTAGATACGTATCAGTACCTACTACAACATCTGAGGCAAGAACCAGATTAA
CTTCACATCACCAGCCAATCGCCACCTCACACACTCAGAATCCAAGATCAGTTCTTCCAC
CTCAAGATTCTTCTTCATCAGGGAAAGCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCCACCTCAGCAAG
GAGAGAGACTGATGTATACAGGTGACTCTATCTTCTTTGGAGGTCCGCTGGTAAATATCC
CGAACAGAGATGGCCTAAGAAACGAAGTGACTCGGGAAGAGAGGGCAGACAGAATGGCAT
TGGCATTACCTCGGGAAGCTAGATCAGAGAGACACACTTCAACCAGCTTCAGTGTTTGCT
CCTGTGGGTACCCGC


BQ
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF08TF U 23
AF RR3EY03TF U 1
BS 1 44 RR3EY03TF
BS 45 45 RR3GF08TF
BS 46 501 RR3EY03TF
BS 502 502 RR3GF08TF
BS 503 795 RR3EY03TF

RD RR3GF08TF 655 0 0
AAATGCGGGTGTGTTGATTAAAGAGATGAGGAACAATGAACCAAGGTTGCCTCTTTCTAG
AAACTCTTTTGCTCCAAGCCATGGTAGCAAGGACGAGTACGAGACAGAGACCCACAGTAT
GAGCAGTTTCAGCAGTCCAAGTCACGCTCACGAGGCTGTCTCGCTTAGTCCTCTCCCTCA
GTATCATACTGCTGGCCCCCGCTTTGCTGCAGGGGCCTCATCGAATGCTCCAAGGCCACC
TCTCAATTCAGCAACCAGTCACATGATCCACTCAACCTTTGATGAAAAGATAATGCAGAA
AGGAAACAAGGCAGATCCATTGTTACGCCCTACTCCGGCTCCTGCTCCTGCAGCTTCTCT
TCTGAGAGATGTGAGAAGAACATCAGTTGTTTGGGACCAAGAAGCAGGTAGATACGTATC
AGTACCTGCTACAACATCTGAGGCAAGAACCAGATTAACTTCACATCACCAGCCAATTGC
CACCTCACACACTCAGAATCCAAGATCAGTTCTTCCACCTCAAGATTCTTCTTCATCAGG
GAAAGCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCCACCTCAGCAAGGAGAGAGACTGATGTATACAG*
TGACTCTATCTTCTTTGGAGGTCCGCTGGTAAATATCCCGAACTGAGATGGCCTA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3EY03TF 795 0 0
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AACCAAGGTTGCCTCTTTCTAGAAACTCTTTTGCTCCAAGCCATGGTAGCAAGGACGAGT
ACGAGACAGAGACCCACAGTATGAGCAGTTTCAGCAGTCCAAGTCACGCTCACGAGGCTG
TCTCGCTTAGTCCTCTCCCTCAGTATCATACTGCTGGCCCCCGCTTTGCTGCAGGGGCCT
CATCGAATGCTCCAAGGCCACCTCTCAATTCAGCAACCAGTCACATGATCCACTCAACCT
TTGATGAAAAGATAATGCAGAAAGGAAACAAGGCAGATCCATTGTTACACCCTACTCCGG
CTCCTGCTCCTGCAGCTTCTCTTCTGAGAGATGTGAGAAGAACATCAGTTGTTTGGGACC
AAGAAGCAGGTAGATACGTATCAGTACCTACTACAACATCTGAGGCAAGAACCAGATTAA
CTTCACATCACCAGCCAATCGTCACCTCACACACTCAGAATCCAAGATCAGTTCTTCCAC
CTCAAGATTCTTCTTCATCAGGGAAAGCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCCACCTCAGCAAG
GAGAGAGACTGATGTATACAGGTGACTCTATCTTCTTTGGAGGTCCGCTGGTAAATATCC
CGAACAGAGATGGCCTAAGAAACGAAGTGACTCGGGAAGAGAGGGCAGACAGAATGGCAT
TGGCATTACCTCGGGAAGCTAGATCAGAGAGACACACTTCAACCAGCTTCAGTGTTTGCT
CCTGTGGGTACCCGC

QA 1 795 1 795
DS 



CO CL2558Contig2 712 2 6 U
ACGATCATAAAAATGAAGAGGTTAGATTCATCATTCATGGAGTCATACAGCAAACTGGTC
TTTAAAGCGAATACGAAGCAATGAAGTAAGATAAGGCTTAAACCCGTGGAAGAAATGTTC
ACAAAGGATTCTTCTACTTTCTACCTCATTGTCCTCCGCAAACCTCTCAATAATCAAATA
CTCAAAAGATTCAATCAACCCCCATTAGACTTTCCTGCAACTGCTGAGCGAACTCCATGA
GTTTTGACTGTCAAACAGCTACGACCCTGACAGCCTCAGATCGATGAGAACAAAGTCCTT
GAAATAGTTTATTGGTGTCTACTTGCGGGTACCCACAGGAGCAAACACTGGAAGCTGGTT
TGAAGTTGTGTCTCTTCTGAATCTAGCTTCCCGAGGTAATGCCAATGCCATTCTGTCTTG
CCCCTCTCTTCCCGAGTCACCTTCGTTTCTTAGGCCATCTCAGTTCGGGATATTTACCAG
CGGACCTCCAAAGAAGATAGAGTCACCTGTATACATCAGTCTCTCTCCTTGCTGAGGTGG
AAGAGGAGGAGGAGGAGGAGCTTTCCCTGATGAAGAAGAATCTTGAGGTGGAAGAACTGA
TCTTGGATTCTGAGTGTGTGAGGTGACGATTGGCTGGTGATGTGAAGTTAATCTGGTTCT
TGCCTCAGATGTTGTAGTAGGTACTGATACGTATCTACCTGCTTCTTGGTCC


BQ
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AF RR3GF08JQ U 1
AF RR3EY03JQ U 6
BS 1 11 RR3GF08JQ
BS 12 12 RR3EY03JQ
BS 13 363 RR3GF08JQ
BS 364 364 RR3EY03JQ
BS 365 541 RR3GF08JQ
BS 542 712 RR3EY03JQ

RD RR3GF08JQ 541 0 0
ACGATCATAAAGATGAAGAGGTTAGATTCATCATTCATGGAGTCATACAGCAAACTGGTC
TTTAAAGCGAATACGAAGCAATGAAGTAAGATAAGGCTTAAACCCGTGGAAGAAATGTTC
ACAAAGGATTCTTCTACTTTCTACCTCATTGTCCTCCGCAAACCTCTCAATAATCAAATA
CTCAAAAGATTCAATCAACCCCCATTAGACTTTCCTGCAACTGCTGAGCGAACTCCATGA
GTTTTGACTGTCAAACAGCTACGACCCTGACAGCCTCAGATCGATGAGAACAAAGTCCTT
GAAATAGTTTATTGGTGTCTACTTGCGGGTACCCACAGGAGCAAACACTGGAAGCTGGTT
TGAGGTTGTGTCTCTTCTGAATCTAGCTTCCCGAGGTAATGCCAATGCCATTCTGTCTTG
CCCCTCTCTTCCCGAGTCACCTTCGTTTCTTAGGCCATCTCAGTTCGGGATATTTACCAG
CGGACCTCCAAAGAAGATAGAGTCACCTGTATACATCAGTCTCTCTCCTTGCTGAGGTGG
A

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3EY03JQ 707 0 0
CG
TAAAAATGAAGAGGTTAGATTCATCATTCATGGAGTCATACAGCAAACTGGTCTTTAAAG
CGAATACGAAGCAATGAAGTAAGATAAGGCTTAAACCCGTGGAAGAAATGTTCACAAAGG
ATTCTTCTACTTTCTACCTCATTGTCCTCCGCAAACCTCTCAATAATCAAATACTCAAAA
GATTCAATCAACCCCCATTAGACTTTCCTGCAACTGCTGAGCGAACTCCATGAGTTTTGA
CTGTCAAACAGCTACGACCCTGACAGCCTCAGATCGATGAGAACAAAGTCCTTGAAATAG
TTTATTGGTGTCTACTTGCGGGTACCCACAGGAGCAAACACTGGAAGCTGGTTTGAAGTT
GTGTCTCTTCTGAATCTAGCTTCCCGAGGTAATGCCAATGCCATTCTGTCTTGCCCCTCT
CTTCCCGAGTCACCTTCGTTTCTTAGGCCATCTCTGTTCGGGATATTTACCAGCGGACCT
CCAAAGAAGATAGAGTCACCTGTATACATCAGTCTCTCTCCTTGCTGAGGTGGAAGAGGA
GGAGGAGGAGGAGCTTTCCCTGATGAAGAAGAATCTTGAGGTGGAAGAACTGATCTTGGA
TTCTGAGTGTGTGAGGTGACGATTGGCTGGTGATGTGAAGTTAATCTGGTTCTTGCCTCA
GATGTTGTAGTAGGTACTGATACGTATCTACCTGCTTCTTGGTCC

QA 3 707 3 707
DS 



AS 1 3

CO CL2559Contig1 1532 3 3 U
CCACCAAAAAAAAACATACAATACCATATATTAAAAACATCACGCAATATTGCCACAATT
ATTAGAATATTACAATGGACCAAGACAAGATTATAAATAACCTTTAAAAACAAATCTCAA
ATCATGGAGGATTGGACGCTCAACTGCTTCACTCTACTTTTCCAGTGTGGACCCGTCTCA
ATACACTCGTTATTAACTTAATGTATAATTGATAATGCATAACAAATGTTTTAAAATCTT
TTTGTTTGTTTGTTTCGCTTAACATTCTGGTGTTTGGGTATGGTCTCTTTTAGGGTCATG
GCAATAGTTATAGACCAAGAAGTTCCTCTGTGCCCATGCCATAGCCCCCCTTTGTTGATT
GCTTAACCCTCGACTCCCCATAGGTGAAGCCGATGGCGGTGTACATGAGCTAGACCCGTC
TGCTGTGCATCCCGCTAACTTAAAGTTTGTGTACTTAGCAATAAATGGTTGGTATCGATA
GTCGGCTTTGATCCTTCCATTTTCCGTGGCCCAGTCCGATGCATCCCATATCGATCCGTA
CAACCACATCGGTCTTGTAGGGAAGATAGCTTCGTTCTTTCTGTCGTACGTACGTATCGG
TACATCATCTACGTAGAATACAATTTGATTAGTGTTCCACAAAATTGCGTAATGGTGGAA
ATCTTGAGTAGGGTCGAACCACAAATTGAATTTCATTTCTCTCCCAATAACATTTCGGTC
ACCACTTCCTCTGACGAATACGTTCGTCTGAAGGCTATATGGTTTCCCGGGCGTTGTTCC
TAGAAATTCGATATCAACCTCGTCGTGGTCTCCGGGATGTTCTTGATTGTTTGAGAGGTA
GAGAGATGTATCAACTCCAGCTGTGTAGCCTGGTTGGAGCTTAATGGAAGCACCAAAGTA
GCCCGACTTGTAAGAACGAAGAGACTTGAATCCACTCCCTGTTCATAATCACAGCTACTA
CTATTGATTAATTAAATACGTCAAAAAACAATAAATATATTCTACCGACACAGTTTTACA
AGTCCTGCGCTGTATTATATAACATTTAAACTAATGCGTGCACTTTGACAAAGATATACA
GAAACCGTCACTTTACTAAATTGATTCAAATTAAATTTGCATTAACTGATATTATTTTTC
TGTGTTTTAATTATTCGAAATGGATAGCATAAAATGATATAAAAAATTAAACGTGTATAT
AAAGCATGGACCACGAATTAAGCCTACACTAAATTTGATTGAAGCGAAAAGATAAAAACT
AAAGAAAAAGACCAGATGATTTGTCCAGCAAAAGAGTGATAACGCCTTGCTCTGTCCGCT
GGTGTTGAGAGCCCCATAGGGTCCGAAATTCACGATCAAAAGGTGAAGTTGGTACTCGAG
AACTCGGGTAGTATCCCGGCGAAGGAGAACGTTGGCTGTAGCCACTAGCACACAACACTA
AGAAAGCTGAAAGAATAAGAGGAAAAGCCATTTGGAGAGAGTGAAGTAAAGTCTTTTGAG
TGGTTACTAGAAAAGGGGTAATAGAGGGGATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F326JQ U 1
AF RR3B962JQ U 134
AF RR3B962TF C 692
BS 1 674 RR3F326JQ
BS 675 978 RR3B962JQ
BS 979 1532 RR3B962TF

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TTTGTTTGTTTGTTTCGCTTAACATTCTGGTGTTTGGGTATGGTCTCTTTTAGGGTCATG
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GCTTAACCCTCGACTCCCCATAGGTGAAGCCGATGGCGGTGTACATGAGCTAGACCCGTC
TGCTGTGCATCCCGCTAACTTAAAGTTTGTGTACTTAGCAATAAATGGTTGGTATCGATA
GTCGGCTTTGATCCTTCCATTTTCCGTGGCCCAGTCCGATGCATCCCATATCGATCCGTA
CAACCACATCGGTCTTGTAGGGAAGATAGCTTCGTTCTTTCTGTCGTACGTACGTATCGG
TACATCATCTACGTAGAATACAATTTGATTAGTGTTCCACAAAATTGCGTAATGGTGGAA
ATCTTGAGTAGGGT

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TAACTTAATGTATAATTGATAATGCATAACAAATGTTTTAAAATCTTTTTGTTTGTTTGT
TTCGCTTAACATTCTGGTGTTTGGGTATGGTCTCTTTTAGGGTCATGGCAATAGTTATAG
ACCAAGAAGTTCCTCTGTGCCCATGCCATAGCCCCCCTTTGTTGATTGCTTAACCCTCGA
CTCCCCATAGGTGAAGCCGATGGCGGTGTACATGAGCTAGACCCGTCTGCTGTGCATCCC
GCTAACTTAAAGTTTGTGTACTTAGCAATAAATGGTTGGTATCGATAGTCGGCTTTGATC
CTTCCATTTTCCGTGGCCCCGTCCGATGCATCCCATATCGATCCGTACAACCACATCGGT
CTTGTAGGGAAGATAGCTTCGTTCTTTCTGTCGTACGTACGTATCGGTACATCATCTACG
TAGAATACAATTTGATTAGTGTTCCACAAAATTGCGTAATGGTGGAAATTTTGAGTAGGG
TCGAACCACAAATTGAATTTCATTTCTCTCCCAATAACATTTCGGTCACCACTTCCTCTG
ACGAATACGTTCGTCTGAAGGCTATATGGTTTCCCGGGCGTTGTTCCTAGAAATTCGATA
TCAACCTCGTCGTGGTCTCCGGGATGTTCTTGATTGTTTGAGAGGTAGAGAGATGTATCA
ACTCCAGCTGTGTAGCCTGGTTGGAGCTTAATGGAAGCACCAAAGTAGCCCGACTTGTAA
GAACGAAGAGACTTGAATCCACTCCCTGTTCATAATCACAGCTACTACTATTGATTAATT
AAATA

QA 1 845 1 845
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TTTCA
TTCTCTCCCAATA*CATTTCGGTCAC*ACT*CCTCTGACGAATACGTTCGTCTGAAGGCT
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ATGTTCTTGATTGTTTGAGAGGTAGAGAGATGTATCAACTCCAGCTGTGTAGCCTGGTTG
GAGCTTAATGGAAGCACCAAAGTAGCCCGACTTGTAAGAACGAAGAGACTTGAATCCACT
CCCTGTTCATAATCACAGCTACTACTATTGATTAATTAAATACGTCAAAAAACAATAAAT
ATATTCTACCGACACAGTTTTACAAGTCCTGCGCTGTATTATATAACATTTAAACTAATG
CGTGCACTTTGACAAAGATATACAGAAACCGTCACTTTACTAAATTGATTCAAATTAAAT
TTGCATTAACTGATATTATTTTTCTGTGTTTTAATTATTCGAAATGGATAGCATAAAATG
ATATAAAAAATTAAACGTGTATATAAAGCATGGACCACGAATTAAGCCTACACTAAATTT
GATTGAAGCGAAAAGATAAAAACTAAAGAAAAAGACCAGATGATTTGTCCAGCAAAAGAG
TGATAACGCCTTGCTCTGTCCGCTGGTGTTGAGAGCCCCATAGGGTCCGAAATTCACGAT
CAAAAGGTGAAGTTGGTACTCGAGAACTCGGGTAGTATCCCGGCGAAGGAGAACGTTGGC
TGTAGCCACTAGCACACAACACTAAGAAAGCTGAAAGAATAAGAGGAAAAGCCATTTGGA
GAGAGTGAAGTAAAGTCTTTTGAGTGGTTACTAGAAAAGGGGTAATAGAGGGGATA

QA 6 841 6 841
DS 



AS 1 4

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TTAACTGGAAGCATGCTTCAAAACCACCAATTAAGATGCCGTTTAAGAAAGTAGAGAACT
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ATGACATAGTTCAAGGGAATAAGAAGCTTATCCTCGGCTTCTTATGGCAGTTGATGAGAA
CCCATATGCTCCAACTTCTCAAGAATCTTCGATCTCGGACGCGAGGCAAAGACATGTCTG
ACGCAGAAATCCTGAGCTGGGCAAACAGGAAAGTCAAAATCATGGGACGTAAATCACAGA
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CGGTTGAGCCAAGAGTTGTTAACTGGAATCTTGTCACCAAGGGTCAAGCAGAGGACGAGA
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TGTTACCAGAAGATATCGTGGACGTAAATCAAAAGATGATGTTGATCTTAACCGCAAGTA
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TCACTGGAGAAGACGATGTCTCTTCCTTAAACGAAGAAGTGTCGAGTCTAACCATCGAAG
AAGACAATGACGCAGACATCTTGTCTGATGTCACATCCGTCTCGGAAGAAGCAGCCATTG
AATAGAACGACATGCTGAAATATCTTTTCCGGAACAGAGTTGCTTTGTCATTATTTCACA
TCTTCTCTGTCTGTGTTCATAATAAAAATTATACAGTATTTGTTACCATTATGAAAAAGG
ATCACATCTTGTGAAAAATATAACTGCGCTGATATTTAAAAGAAATGTTTTGAGCTTGTG
GG


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3GD70TF U 1
AF RR3EO54JQ C 552
AF RR3EO54TF U 552
AF RR3GD70JQ C 222
BS 1 592 RR3GD70TF
BS 593 593 RR3EO54TF
BS 594 634 RR3GD70TF
BS 635 635 RR3EO54TF
BS 636 640 RR3GD70TF
BS 641 641 RR3EO54TF
BS 642 646 RR3GD70TF
BS 647 647 RR3EO54TF
BS 648 697 RR3GD70TF
BS 698 698 RR3EO54TF
BS 699 703 RR3GD70TF
BS 704 1014 RR3EO54TF
BS 1015 1022 RR3GD70JQ

RD RR3GD70TF 703 0 0
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TTAACTGGAAGCATGCTTCAAAACCACCAATTAAGATGCCGTTTAAGAAAGTAGAGAACT
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ATGACATAGTTCAAGGGAATAAGAAGCTTATCCTCGGCTTCTTATGGCAGTTGATGAGAA
CCCATATGCTCCAACTTCTCAAGAATCTTCGATCTCGGACGCGAGGCAAAGACATGTCTG
ACGCAGAAATCCTGAGCTGGGCAAACAGGAAAGTCAAAATCATGGGACGTAAATCACAGA
TTGAAAGCTTCAAGGATAAGAGTCTATCTAGCGGATTGTTCTTCCTAGATCTTCTATGGG
CGGTTGAGCCAAGAGTTGTTAACTGGAATCTTGTCACCAAGGGTCAAGCAGAGGACGAGA
AGAGATTGAATGCTACATACATCGTCAGTGTAGCAAGAAAGCTCGGTTGCTCTGTTTTCT
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TAATGTATTGGAGTCTTCAGCAAAAGTCATCATCTTCAGAGAGTTCGAGTTCTGATACAT
CATCGACGCATAGCACAACCACGACGTGCACAAGCACTGATGC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3EO54JQ 463 0 0
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AGCACAACCACGACGTGCACGAGCACCGATGCTTCACCAGCTCCATCTGTCACTGGAGAA
GACGATGTCTCTTCCTTAAACGAAGAAGTGTCGAGTCTAACCATCGAAGAAGACAATGAC
GCAGACATCTTGTCTGATGTCACATCCGTCTCGGAAGAAGCAGCCATTGAATAGAACGAC
ATGCTGAAATATCTTTTCCGGAACAGAGTTGCTTTGTCATTATTTCACATCTTCTCTGTC
TGTGTTCATAATAAAAATTATACAGTATTTGTTACCATTATGAAAAAGGATCACATCTTG
TGAAAAATATAACTGCGCTGATATTTAAAAGAAATGTTTTGAG

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DS 

RD RR3EO54TF 463 0 0
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AGTCTTCAGCAAAAGTCATCATCGTCAGAAAGTTCAAGTTCTGATACATCATCGACGCAT
AGCACAACCACGACGTGCACGAGCACCGATGCTTCACCAGCTCCATCTGTCACTGGAGAA
GACGATGTCTCTTCCTTAAACGAAGAAGTGTCGAGTCTAACCATCGAAGAAGACAATGAC
GCAGACATCTTGTCTGATGTCACATCCGTCTCGGAAGAAGCAGCCATTGAATAGAACGAC
ATGCTGAAATATCTTTTCCGGAACAGAGTTGCTTTGTCATTATTTCACATCTTCTCTGTC
TGTGTTCATAATAAAAATTATACAGTATTTGTTACCATTATGAAAAAGGATCACATCTTG
TGAAAAATATAACTGCGCTGATATTTAAAAGAAATGTTTTGAG

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR3GD70JQ 801 0 0
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CGAGGCAAAGACATGTCTGACGCAGAAATCCTGAGCTGGGCAAACAGGAAAGTCAAAATC
ATGGGACGTAAATCACAGATTGAAAGCTTCAAGGATAAGAGTCTATCTAGCGGATTGTTC
TTCCTAGATCTTCTATGGGCGGTTGAGCCAAGAGTTGTTAACTGGAATCTTGTCACCAAG
GGTCAAGCAGAGGACGAGAAGAGATTGAATGCTACATACATCGTCAGTGTAGCAAGAAAG
CTCGGTTGCTCTGTTTTCTTGTTACCAGAAGATATCGTGGACGTAAATCAAAAGATGATG
TTGATCTTAACGGCAAGTATAATGTATTGGAGTCTTCAGCAAAAGTCATCATCTTCAGAG
AGTTCGAGTTTTGATACATCATCGACGCATAGCACAACCACGACGTGCACAAGCACTGAT
GCTTCACCAGCTCCATCTGTCACTGGAGAAGACGATGTTTCTTCCTTAAACGAAGAAGTG
TCGAGTCTAACCATCGAAGAAGACAATGACGCAGACATCTTGTCTGATGTCACATCCGTC
TCGGAAGAAGCAGCCATTGAATAGAACGACATGCTGAAATATCTTTGCCGGAACAGAGTT
GCTT*GTCATTATTTCACATCTTCTCTGTCTGTGTCCATAATAAAAATTATACAGTACTT
GTTACCATTATGAAAA*GGATCACATCTTGTGAAAA*TATAATTGCGCTGATATTTAAAA
GAAATGTTTTGAGCTTGTGGG

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 4

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ATAAGCTAAATTCAAATAAACAACGGAAAAATCCGTTGTGTATTCAATTAACATTTTATT
TTTCAAGTACTGAATATTAAAAAAACAACGATAAATTATTTTTAATACAGGGTATCCCTG
TTGAAAGGGCCAGGTTCAGGTTCCGTCCAACCTTTTGAAGACAATCTGAGTTTCTTTATT
ATCGATTATGGTTGTAGCATTGATTTCGTCCTTTGGAGTCTATCGTACCCCAAAAGTCAT
AACCTTTCCCATCCGGCACCCTTGCGGCTGGACAATTTGAACCGTGTGGGTGTGCCGGCG
TCCAATTTAATACGACCATACGTGGCTTCAGGTACATTCTCTTCTCCATAGTAGTTTTTA
GTCCATTTCCAGGAGAAGGTGACTCGTCCCCCGTCGTACAATCCGTGCGGAATATCAAGC
CGGATCTTCTCGCCGTCCGGGGCATATCTGGGGTCAGTGAGCGTACCAGTGAACACAGCG
CCGTGGAAGTGGTGCACACCCTTGGCTTTGTCTCCGAAGAGTTGACTCACATTCTTGCCC
TGTGAGGACTCGGCGACGAGTACATGTCCGCTTTGGTCATCCAGCTTTTGGGTGATATTG
ATCTCAGGCCTTTTGGGCTCTTTATGGTAGAGCTCAATCATTTTGTCGGTGAACGACTCG
GCCATGGTGTGTATAATGGCGACTTCTTTGGGTTCGGCGGTTTCGCTTAAGAGAATGACA
TCGCGGACGGAGCCCTCGAGGTAGTTGCCGAGGGACTGCCAATGTCGGGTCCAATCCCTC
TCCCTATAAGCGATAGCGGCTCGGTTTAGAGAGTACAGGGTGCCGATTACTGGGATATAT
TCGACTATGGAGTAGGCGACCTCTTCGAGTTCGGTGAACCACTCAGACATGATGGCTTAT
ATCTGTGTAAATGGATGATATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B271JQ U 23
AF RR3C595JQ U 1
AF RR3C595TF C 312
AF RR3B271TF C 214
BS 1 47 RR3C595JQ
BS 48 48 RR3B271JQ
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BS 59 59 RR3B271JQ
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BS 112 176 RR3C595JQ
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BS 308 663 RR3C595JQ
BS 664 985 RR3B271TF

RD RR3B271JQ 244 0 0
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AAACAACGATAAATTATTTTTAATACAGGGTATCCCTGTTGAAAGGGCCAGGTTCAGGTT
CCGTCCAACCTTTTGAAAACAATCTGAGTTTCTTTATTATCGATTATGGTTGTAGCATTG
ATTT

QA 1 244 1 244
DS 

RD RR3C595JQ 663 0 0
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ATAAGCTAAATTCAAATAAACAACGGAAAAATCCGTTGTGTATTCAATTAGCATTTTATT
TTTCAAGTACTGAATATTAAAAAAACAACGATAAATTATTTTTAATACAGGGTATCGCTG
TTGAAAGGGCCAGGTTCAGGTTCCGTCCAACCTTTTGAAGACAATCTGAGTTTCTTTATT
ATCGATTATGGTTGTAGCATTGATTTCGTCCTT*GGAGTCTATCGTACCCCAAAAGTCAT
AACCTT*CCCATCCGGCACCCTTGCGGCTGGACAATTTGAACCGTGTGGGTGTGCCGGCG
TCCAATTTAATACGACCATACGTGGCTTCAGGTACATTCTCTTCTCCATAGTAGTTTTTA
GTCCATTTCCAGGAGAAGGTGACTCGTCCCCCGTCGTACAATCCGTGCGGAATATCAAGC
CGGATCTTCTCGCCGTCCGGGGCATATCTGGGGTCAGTGAGCGTACCAGTGAACACAGCG
CCGTGGAAGTGGTGCACACCCTTGGCTTTGTCTCCGAAGAGTTGACTCACATTCTTGCCC
TGTGAGGACTCGGCGACGAGTACATGTCCGCTTTGGTCATCCAGCTTTTGGGTGATATTG
ATC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3C595TF 632 0 0
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ACGACCATACGTGGCTTCAGGTACATTCTCTTCTCCATAGTAGTTTTTAGTCCATTTCCA
GGAGAAGGTGACTCGTCCCCCGTCGTACAATCCGTGCGGAATATCAAGCCGGATCTTCTC
GCCGTCCGGGGCATATCTGGGGTCAGTGAGCGTACCAGTGAACACAGCGCCGTGGAAGTG
GTGCACACCCTTGGCTTTGTCTCCGAAGAGTTGACTCACATTCTTGCCCTGTGAGGACTC
GGCGACGAGTACATGTCCGCTTTGGTCATCCAGCTTTTGGGTGATATTGATCTCAGGCCT
TTTGGGCTCTTTATGGTAGAGCTCAATCATTTTGTCGGTGAACGACTCGGCCATGGTGTG
TATAATGGCGACTTCTTTGGGTTCGGCGGTTTCGCTTAAGAGAATGACATCGCGGACGGA
GCCCTCGAGGTAGTTGCCGAGGGACTGCCAATGTCGGGTCCAATCCCTCTCCCTATAAGC
GATAGCGGCTCGGTTTAGAGAGTACAGGGTGCCGATTACTGGGATATATTCGACTATGGA
GTAGGCGACCTCTTCGAGTTCGGTGAACCAC
C

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3B271TF 772 0 0
TTTGAAGACAATCTGAGTTTCTTTATTATCGATTATGGTTGTAGCATTGATTTCGTCCTT
TGGAGTCTATCGTACCCCAAAAGTCATAACCTTTCCCATCCGGCACCCTTGCGGCTGGAC
AATTTGAACCGTGTGGGTGTGCCGGCGTCCAATTTAATACGACCATACGTGGCTTCAGGT
ACATTCTCTTCTCCATAGTAGTTTTTAGTCCATTTCCAGGAGAAGGTGACTCGTCCCCCG
TCGTACAATCCGTGCGGAATATCAAGCCGGATCTTCTCGCCGTCCGGGGCATATCTGGGG
TCAGTGAGCGTACCAGTGAACACAGCGCCGTGAAAGTGGTGCACACCCTTGGCTTTGTCT
CCGAAGAGTTGACTCACATTCTTGCCCTGTGAGGACTCGGCGACGAGTACATGTCCGCTT
TGGTCATCCAGCTTTTGGGTGATATTGATCTCAGGCCTTTTGGGCTCTTTATGGTAGAGC
TCAATCATTTTGTCGGTGAACGACTCGGCCATGGTGTGTATAATGGCGACTTCTTTGGGT
TCGGCGGTTTCGCTTAAGAGAATGACATCGCGGACGGAGCCCTCGAGGTAGTTGCCGAGG
GACTGCCAATGTCGGGTCCAATCCCTCTCCCTATAAGCGATAGCGGCTCGGTTTAGAGAG
TACAGGGTGCCGATTACTGGGATATATTCGACTATGGAGTAGGCGACCTCTTCGAGTTCG
GTGAACCACTCAGACATGATGGCTTATATCTGTGTAAATGGATGATATGTCC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 4

CO CL2562Contig1 955 4 3 U
GGAAAATAAAATGGAAGAGGGAGAGTAGAGTTGAAGAGGATAGAGAACAAGATCAATAGG
CAAGTGACGTTTGCAAAGAGAAGGAATGGTCTTTTGAAGAAAGCATACGAGCTTTCCGTT
CTATGTGATGCAGAGGTTGCTCTCATCATCTTCTCTAGTAGAGGAAAACAGTACGAGTTT
TGCAGCAGTTCGAGCATGCTTCGGACACTAGACAGGTACCAAAAGTGCAACTATGGAGCT
CCAGAGCCCAATGTGCCTTCAAGGGAAGCCTTAGCAGAACTTAATAGCCAGCATGAGTAT
CTCAAGCTTAAGGAGCGTTACGACGCTTTACAGAGAACTCAAAGGAATCTATTGGGGGAA
GATCTTGGACCTCTTAGTACAAAAGAGCTCGAGTCACTTGAGAGACAGCTTGACTCTTCT
TTGAAGCAGATCAGAGCTCTCCGAACACAATTCATGCTCGACCAACTCAATGATCTTCAG
AGTAAGGAACGCATGTTGGCTGAGACAAATAAAACTCTGAGGCTAAGGTTAGCTGATGGA
TATCAGATGCCTCTCCAACTTAATCCGAACCCAGAAGATCATCACCATGTTGAGTACGGT
CGTCATCAACAAGTACATGAACACTCTCAGCAAGCTTTCTTCCAGCCTTTGGAATGCGAA
CCCATTCTTCAAATGGGGTATCAGGGGCAGCAAGATCATGGAATGGGAGCAGGACCAAGT
GCGAACAATTACATGTTGGGTTGGCTACCTTATGACACCAACTCCATTTGAAACTTTCTT
CCTTTTTCTGTTCACTTTTTGACATTTTTATTTTAAAATTTTCTTCTGCTCTCTTAGGCT
TCCATTATGATTTCCCCTCTCTATAGTCTGTCTTGTGTGCATGTGTGTGTGATGTTCTTT
TTAATTATGTTCGTCTACTATTCAATAATAAATTCAACATGATTTGCTACCCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3FX34TF U 1
AF RR3FX34JQ C 184
AF RR3DD34JQ C 477
AF RR3DD34TF U 477
BS 1 522 RR3FX34TF
BS 523 950 RR3DD34TF
BS 951 955 RR3FX34JQ

RD RR3FX34TF 522 0 0
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CAAGTGACGTTTGCAAAGAGAAGGAATGGTCTTTTGAAGAAAGCATACGAGCTTTCCGTT
CTATGTGATGCAGAGGTTGCTCTCATCATCTTCTCTAGTAGAGGAAAACAGTACGAGTTT
TGCAGCAGTTCGAGCATGCTTCGGACACTAGACAGGTACCAAAAGTGCAACTATGGAGCT
CCAGAGCCCAATGTGCCTTCAAGGGAAGCCTTAGCAGAACTTAATAGCCAGCATGAGTAT
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TTGAAGCAGATCAGAGCTCTCCGAACACAATTCATGCTCGACCAACTCAATGATCTTCAG
AGTAAGGAACGCATGTTGGCTGAGACAAATAAAACTCTGAGG

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR3FX34JQ 772 0 0
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GAGCCCAATGTGCCTTCAAGGGAAGCCTTAGCAGAACTTAATAGCCAGCATGAGTATCTC
AAGCTTAAGGAGCGTTACGACGCTTTACAGAGAACTCAAAGGAATCTATTGGGGGAAGAT
CTTGGACCTCTTAGTACAAAAGAGCTCGAGTCACTTGAGAGACAGCTTGACTCTTCTTTG
AAGCAGATCAGAGCTCTCCGAACACAATTCATGCTCGACCAACTCAATGATCTTCAGAGT
AAGGAACGCATGTTGGCTGAGACAAATAAAACTCTGAGGCTAAGGTTAGCTGATGGATAT
CAGATGCCTCTCCAACTTAATCCGAACCCAGAAGATCATCACCATGTTGAGTACGGTCGT
CATCAACAAGTACATGAACACTCTCAGCAAGCTTTCTTCCAGCCTTTGGAATGCGAACCC
ATTCTTCAAATGGGGTATCAGGGGCGGCAAGATCATGGAATGGGAGCAGGACCAAGTGCG
AACAATTACATGTTGGGTTGGCTACCTTATGACACCAACTCCATTTGAAACTTTCTTCCT
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ATTATGATTTCCCCTCTCTATAGTCTGTCTTGTGTGCATGTGTGTGTGATGTTCTTTTTA
ATTATGTTCGTCTACTATTCAATAATAAATTCAACATGATTTGCTACCCCTC

QA 1 772 1 772
DS 

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G
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AGTGCGAACAATTACATGTTGGGTTGGCTACCTTATGACACCAACTCCATTTGAAACTTT
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GCTTCCATTATGATTTCCCCTCTCTATAGTCTGTCTTGTGTGCATGTGTGTGTGATGTTC
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G

QA 2 474 2 474
DS 

RD RR3DD34TF 475 0 0
G
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GGATATCAGATGCCTCTCCAACTTAATCCGAACCCAGAAGATCATCACCATGTTGAGTAC
GGTCGTCATCAACAAGTACATGAACACTCTCAGCAAGCTTTCTTCCAGCCTTTGGAATGC
GAACCCATTCTTCAAATGGGGTATCAGGGGCAGCAAGATCATGGAATGGGAGCAGGACCA
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GCTTCCATTATGATTTCCCCTCTCTATAGTCTGTCTTGTGTGCATGTGTGTGTGATGTTC
TTTTTAATTATGTTCGTCTACTATTCAATAATAAATTCAACATGATTTGCTAC
G

QA 2 474 2 474
DS 



AS 1 4

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TGATATGAGATCGTTAAGAACTCTTCGTTGACTTC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CD53JQ C 1
AF RR3CD53TF U 1
AF RR3G366TF U 1
AF RR3AF24TF U 273
BS 1 628 RR3CD53TF
BS 629 635 RR3AF24TF

RD RR3CD53JQ 630 0 0
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CGAACTGGGTCAGGTTATTCAGCTTCAAGGAGACCAGAGGAAGAACGTCTCCACGTTCCT
AGTCCAGGCTGGGCTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTTTTGAGCTGTTTG
CTTTATTCTACTCTACTGTTATCACTACTGTTTTCAAAACACACCCAAGTTCCTCTTGTT
TCTGGTTTATTTCGAACGTCTATATTATGTTCTTTGTGTTACAA*ATCTTGCTACTTGTG
TGATATGAGATCGTTAAGAACTCTTCGT
CG

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3CD53TF 629 0 0
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ACAAAGTTTCATGTCTGAACCTGATTCCCAGGTCCCAACTGCCTTCGACCCGTTTGCTGA
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GCGTAATGGTAGGAAAAGCTTGACAACCGTCCAGGGGCTGAAGAAAGAGTACAGCTACAC
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CGAACTGGGTCAGGTTATTCAGCTTCAAGGAGACCAGAGGAAGAACGTCTCCACGTTCCT
AGTCCAGGCTGGGCTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTTCTGAGCTGTTTG
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TCTGGTTTATTTCGAACGTCTATATTATGTTCTTTGTGTTACAA*ATCTTGCTACTTGTG
TGATATGAGATCGTTAAGAACTCTTCGT
C

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3G366TF 629 0 0
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ACAAAGTTTCATGTCTGAACTTGATTCCCAGGTCCCAACTGCCTTCGACCCGTTTGCTGA
TGTGGATGCTGAAGACTCAGGTGCGGGAACAAAGGAGTACGTCCACATTCGTGTGCAGCA
GCGTAATGGTAGGAAAAGCTTGACAACCGTCCAGGGGCTGAAGAAAGAGTACAGCTACAC
CAAGATACTTAAGGATCTCAAGAAAGAGTTTTGTTGCAACGGTACTGTCGTTCAAGACTC
CGAACTGGGTCAGGTTATTCAGCTTCAAGGAGACCAGAGGAAGAACGTCTCCACGTTCCT
AGTCCAGGCTGGGCTTGTGAAGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTTCTGAGCTGTTTG
CTTTATTCTACTCTACTGTTATCACTACTGTTTTCAAAACACACCCAAGTTCCTCTTGTT
TCTGGTTTATTTCGAACGACTATAGTATGTTCTTTGTGTTACAACATCTTGCTACTTGTG
TGATATGAGATCGTTAAGAACTCTTCGT
T

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3AF24TF 363 0 0
G
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TTGCGACGGAACTGTCGTTCAAGACTCCGAACTGGGTCAGGTTATTCAGCTTCAAGGAGA
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CAAGATCCATGGTTTCTGAGCTGTTTGCTTTATTCTACTCTACTGTTATCACTACTGTTT
TCAAAACACACCCAAGTTCCTCTTGTTTCTGGTTTATTTCGAACGTCTATATTATGTTCT
TTGTGTTACAA*ATCTTGCTACTTGTGTGATATGAGATCGTTAAGAACTCTTCGTTGACT
TC

QA 2 363 2 363
DS 



AS 1 3

CO CL2564Contig1 986 3 23 U
GGCCGAAAGCATTATATATTAATTCCATGAGATCTAGTTTAAAACGTATACAAATTGGAC
TGTTACACACACGACACGAATTCGTTGAGAGACATAGCAAACTTCAGAATCAGACTTACC
CTGAACCACATAATACAAAACAAATGACTCACCTGATGATTACACATAAGTATCGATCTT
AAGTTGTAGAACCACAAACTCTAATTAAGATACCTTTTAGTTTGTACGTATCAGAATACG
TCCCCACCTTCATTGTCCCTCACACGTACTCTGCATGCATTTCGATCATGACCGTTCGTC
GTAACATAAATTAATATTAACGAGCCAACAAATTAAACCACTAAATCTCACAAGAGTTGG
TGGTAATCGTTAGAAGAAGGACCCGAGAAATCTGAACTGTTCCAAAGGTACTGGTTTGTT
TGGTTCCCGGGAGACGTCAAACCAGAGACCGGTCTAGACAAGTTAACCAAACCAGGTTGT
TCTTCCATCTTCACTGGGGCGGCCTGATAAGCCCTAGAATCAACCATGGAAGTAGATGAA
AAAGATATTCCTACGTTGTTTAATATATTGCCTTCGTTCTGGAAAGCGTGTAGCCCCGTC
GTTGGATCGAAGAGAGCGAAGTGACTAAGAGATCCAGCCGACGCCATTAGGTTGCTTATT
GAACCGTTATTGTTGTTGCCATGAATGTTTCGTCCATTTCCGACATGAAGAAACCCTAGA
TCGTTCATCAAACTTGAACCAATCTGGTGGCCTTGGTTGTTGCCACTAGTGGCCGCTAAA
TTCAAACCGATACCTCCGAGTTGAGTGAGATTGTGAATAGTTGGCAAAAACGGGAACTGA
TGGTTTGTCCTTAGCTGTCCTGAGTTAGAACTTGGAGCGTTGACTGTGGAAGATGACTGT
TTGGACAAGGAAGAAGAAGATTTTGAATTACTATTCTTGCCCTTTTTGCTATTCTTCCGG
CAGCCTCCACCCACGGGGACGTTCCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
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GTTGGATCGAAGA

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DS 

RD RR3EG26JQ 713 0 0
C
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GTTACACACACGACACGAATTCGTTGAGAGACATAGCAAACTTCAGAATCAGACTTACCC
TGAACCACATAATACAAAACAAATGACTCACT**ATGATTACACATAAGTATCGATCTTA
AGTTGTAGAACCACAAACTCTAATTAAGATACCTTTTAGTTTGTACGTATCAAAATACGT
CCCCACCTTCATTGTCCCTCACACGTACTCTGCATGCATTTTGATCATGACCGTTCGTCG
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GGTTCCCGGGAGACGTCAAACCAGAGACCGGTCTAGACAAGTTAACCAAACCAGGTTGTT
CTTCCATCTTCACTGGGGCGGCCTGATAAGCCCTAGAATCAACCATGGAAGTAGATGAAA
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QA 2 713 2 713
DS 

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GTACGTATCAGAATACGTCCCCAC*TTCAT*GTCCCTCACACGTACTCTGCATGCATTT*
GATCATGACCGTTCGTCGTAACATAAATTAATATTAACGAGCCAACAAATTAAACCACTA
AATCTCACAAGAGTTGGTGGTAATCGTTAGAAGAAGGACCCGAGAAATCTGAACTGTTCC
AAAGGTACTGGTTTGTTTGGTTCCCGGGAGACGTCAAACCAGAGACCGGTCTAGACAAGT
TAACCAAACCAGGTTGTTCTTCCATCTTCACTGGGGCGGCCTGATAAGCCCTAGAATCAA
CCATGGAAGTAGATGAAAAAGATATTCCTACGTTGTTTAATATATTGCCTTCGTTCTGGA
AAGCGTGTAGCCCCGTCGTTGGATCGAAGAGAGCGAAGTGACTAAGAGATCCAGCCGACG
CCATTAGGTTGCTTATTGAACCGTTATTGTTGTTGCCATGAATGTTTCGTCCATTTCCGA
CATGAAGAAACCCTAGATCGTTCATCAAACTTGAACCAATCTGGTGGCCTTGGTTGTTGC
CACTAGTGGCCGCTAAATTCAAACCGATACCTCCGAGTTGAGTGAGATTGTGAATAGTTG
GCAAAAACGGGAACTGATGGTTTGTCCTTAGCTGTCCTGAGTTAGAACTTGGAGCGTTGA
CTGTGGAAGATGACTGTTTGGACAAGGAAGAAGAAGATTTTGAATTACTATTCTTGCCCT
TTTTGCTATTCTTCCGGCAGCCTCCACCCACGGGGACGTTCCC

QA 7 829 7 829
DS 



AS 1 3

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TTTGACGGCGAACAAGTTCCGGTCCCCGGAAACAACAACAACCACAACACAGTAACATAG
AATATCTTACAGAAACAAACTTCTCCATCCCTTATCTTAAACCGATGCAACAGAAATCTC
ATCTGAACCGGTTGTAACCTTGAACACATTCTTGGTTGAAGGCAAACCACCCACTGGTTC
ATCCTCAATTCCACATTCATTTGTTCCTCTCCTAATCATGAAATAACCATCATCACCCCA
GCTTCTGTTCCATTGGTTTGCCAACAACCAATAATCTTCTCCATCATCAGTAGTTCCCCA
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ATGCTTTGACTCGCTCAATAACTGGTTTCCGCTAACGCATTTCCTCATGCATCTCGGTGT
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AATGTTCATTCCAAATTGGATACAGAATCTATCAGATAGTGATTCAACAGCACCAAAGGC
CCAGCAAGAGCCACAATGTCCCTGATCTAAGATGTTTCCAATACTGGTGCACTGAGGCCA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY19JQ U 1
AF RR3D134JQ U 5
AF RR3D134TF C 553
BS 1 482 RR3EY19JQ
BS 483 483 RR3D134JQ
BS 484 606 RR3EY19JQ
BS 607 754 RR3D134JQ
BS 755 1294 RR3D134TF

RD RR3EY19JQ 607 0 0
CGAAGCAAATTCACCATATTATAATTCTTCTTCGGTTGAATTATTTAATGTCTATAACAT
TTTGACGGCGAACAAGTTCCGGTCCCCGGAAACAACAACAACCACAACACAGTAACATAG
AATATCTTACAGAAACAAACTTCTCCATCCCTTATCTTAAACCGATGCAACAGAAATCTC
ATCTGAACCGGTTGTAACCTTGAACACATTCTTGGTTGAAGGCAAACCACCCACTGGTTC
ATCCTCAATTCCACATTCATTTGTTCCTCTCCTAATCATGAAATAACCATCATCACCCCA
GCTTCTGTTCCATTGGTTTGCCAACAACCAATAATCTTCTCCATCATCAGTAGTTCCCCA
ACCAATAAGCTTAACAGCATGACCTCCAATGTTAGAACCTGTTATGTGCTTGTACACTCC
AGATTTGTAATGAGCAAAGTCCTCATAAACTGTGAAAGAGACTTCGACAGGTCCATTCTT
GTGAATCTCAGCCATGATGTCTTGAGGATTAGAGTTCACAACGTAGGTACTAACACTGTA
ATGCTTTGACTCGCTCAATAACTGGTTTCCGCTAACGCATTTCCTCATGCATCTCGGTGT
AGGATA
C

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3D134JQ 754 0 0
GCAAATTCACCATATTATAATTCTTCTTCGGTTGAATTATTTAATGTCTATAACATTTTG
ACGGCGAACAAGTTCCGGTCCCCGGAAACAACAACAACCACAACACAGTAACATAGAATA
TCTTACAGAAACAAACTTCTCCATCCCTTATCTTAAACCGATGCAACAGAAATCTCATCT
GAACCGGTTGTAACCTTGAACACATTCTTGGTTGAAGGCAAACCACCCACTGGTTCATCC
TCAATTCCACATTCATTTGTTCCTCTCCTAATCATGAAATAACCATCATCACCCCAGCTT
CTGTTCCATTGGTTTGCCAACAACCAATAATCTTCTCCATCATCAGTAGTTCCCCAACCA
ATAAGCTTAACAGCATGACCTCCAATGTTAGAACCTGTTATGTGCTTGTACACTCCAGAT
TTGTAATGAGCAAAGTCCTCATAAACTGTGAAAGAGACTTCGACAGGTCCATTCTTGTAA
ATCTCAGCCATGATGTCTTGAGGATTAGAGTTCACAACGTAGGTACTAACACTGTAATGC
TTTGACTCGCTCCATAACTGGTTTCCGCTAACGCATTTCCTCATGCATCTCGGTGTAGGA
TATGCAGGTTCACAACCAGGGTGAGAGCATCCGGTTTGATCAAAGTATGGATCACACTCT
TCAGTGACAACACCACTGTAGGAGAAGTATTTCCAAGCAGCAATTGGGTAGCCACCGTCA
CAACCATCACCACAACGGAATCCACAACAT
ACTA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3D134TF 742 0 0
GCTCCATAAC
TGGTTTCCGCTAACGCATTTCCTCATGCATCTCGGTGTAGGATATGCAGGTTCACAACCA
GGGTGAGAGCATCCGGTTTGATCAAAGTATGGATCACACTCTTCAGTGACAACACCACTG
TAGGAGAAGTATTTCCAAGCAGCAATTGGGTAGCCACCGTCACAACCATCACCACAACGG
AATCCACAACATACTAAGAGGTCATTTACTGATAAAGTAATGTTCATTCCAAATTGGATA
CAGAATCTATCAGATAGTGATTCAACAGCACCAAAGGCCCAGCAAGAGCCACAATGTCCC
TGATCTAAGATGTTTCCAATACTGGTGCACTGAGGCCAAGCGTTTCTAGCATCGAATGAT
TTAGGTAACTTCAGAGACTGATCATGGCTTACAACAGGAACACCTAAGAGTAACTTCTTA
GGTGTTGGTTTAACACCAAGGAGACGCTTAAACTCTGCTACAGTTGCGTTAGAGAAACGA
TCATTAATAGCAGCTTTCCATCCAGCGTTTGGATGTTCGTTGACCTTCTTCACTATCTCT
TCCTGAAGTATCTTCGAGTTCAGTTTCTGTTTGGTAAGATTCTCTGCTGCAACTCCCTGC
AAGTCGAGAGACGAGGAGACAAGGCCTAAGAGCAAGACAACAGAGACCAAACAGAGTTTG
GTTGTAGAATCAGCAGCCATGGTTTTGGAATCCCAGAAGATTAAAAGATCTCGTTGTAGA
AGCAACCTCTCC

QA 11 742 11 742
DS 



AS 1 4

CO CL2566Contig1 700 4 13 U
GGCGGCAAAGCAGTAAACATAATAACTCAAATCTTGTCTACTTTCCTGTTATCAATATTA
CCGTTCTTTACCACTTTGAGATTATGGCAAAGTGTTTTCTCACTCTCTTCTTGGTTCTTG
CCCTAGCCTCAGTTTTTGCTTCTGGAGCAAGAAACATCCCAGGAGGACTCTCTGACCAGA
AGAACTACCTTGGATACGGTGGCGGGTACTCCGGCATCGGAGACAACGGTTTACCTTTCG
GTGGCGTCGGTGGAGGTGTGGCTGGTCCCGGTGGTAACCTTGGTTTTGGTGGACTTGGTG
GTGTTGGTGGAGGATTAGGCGGTGGCTTAGGAAATGGGATAGGCGGTGGCTTAGGAAACG
GGATAGGCGGTGGTGTTGGTTCCGGAGTCGGTGGAGGAAGTACCGGAGGAGTTCATTTCC
CTTGAGTAGTTGAGTTGTTAATTTTGGTTTAAGGATTCGTAAAGGTCCTTGAGCTAGGTC
TAGCTTAAGATGATGTCAGAGCAACAATAATAATCATGTCTTTTTTTTCAAAATTTCATT
AGCTGTTTACGTGCGTTTTAAGTTACTATGGTGTGATGGTGTCCTTAGAATCAGACTCGT
GTCTTTGTCGTGTCGTGGCTTGGTCCAATTTCAAATTCTATTTAACTTCCAGTGTGTCAC
TTAATAAGTTTGTCAACATCTATGACTACTTTTTATCACC


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK66TF U 2
AF RR3DZ05TF U 1
AF RR3BB93TF U 20
AF RR3DZ05JQ C 1
BS 1 3 RR3DZ05JQ
BS 4 12 RR3EK66TF
BS 13 13 RR3DZ05TF
BS 14 150 RR3EK66TF
BS 151 151 RR3DZ05TF
BS 152 315 RR3EK66TF
BS 316 330 RR3DZ05TF
BS 331 331 RR3BB93TF
BS 332 354 RR3DZ05TF
BS 355 355 RR3BB93TF
BS 356 380 RR3DZ05TF
BS 381 643 RR3BB93TF
BS 644 700 RR3DZ05JQ

RD RR3EK66TF 314 0 0
GG
GGCAAAGCAATAAACATAATAACTCAAATCTTGTCTACTTTCCTGTTATCAATATTACCG
TTCTTTACCACTTTGAGATTATGGCAAAGTGTTTTCTCACTCTCTTCTTGGTTCTTGCCC
TAGCCTCAGTTTTTGCTTCTGGAGCAAAAAACATCCCAGGAGGACTCTCTGACCAGAAGA
ACTACCTTGGATACGGTGGCGGGTACTCCGGCATCGGAGACAACGGTTTACCTTTCGGTG
GCGTCGGTGGAGGTGTGGCTGGTCCCGGTGGTAACCTTGGTTTTGGTGGACTTGGTGGTG
TTGGTGGAGGAT

QA 3 314 3 314
DS 

RD RR3DZ05TF 380 0 0
GGC
GGCAAAGCAGTAAACATAATAACTCAAATCTTGTCTACTTTCCTGTTATCAATATTACCG
TTCTTTACCACTTTGAGATTATGGCAAAGTGTTTTCTCACTCTCTTCTTGGTTCTTGCCC
TAGCCTCAGTTTTTGCTTCTGGAGCAAGAAACATCCCAGGAGGACTCTCTGACCAGAAGA
ACTACCTTGGATACGGTGGCGGGTACTCCGGCATCGGAGACAACGGTTTACCTTTCGGTG
GCGTCGGTGGAGGTGTGGCTGGTCCCGGTGGTAACCTTGGTTTTGGTGGACTTGGTGGTG
TTGGTGGAGGATTAGGCGGTGGCTTAG*AAATGGGATAGGCGGTGGCTTAG*AAACGGGA
TAGGCGGTGGTGTTGGT

QA 4 380 4 380
DS 

RD RR3BB93TF 624 0 0
TAATAACTCAAATCTTGTCTACTTTCCTGTTATCAATATTACCGTTCTTTACCACTTTGA
GATTATGGCAAAGTGTTTTCTCACTCTCTTCTTGGTTCTTGCCCTAGCCTCAGTTTTTGC
TTCTGGAGCAAGAAACATCCCAGGAGGACTCTCTGACCAGAAGAACTACCTTGGATACGG
TGGCGGGTACTCCGGCATCGGAGACAACGGTTTACCTTTCGGTGGCGTCGGTGGAGGTGT
GGCTGGTCCCGGTGGTAACCTTGGTTTTGGTGGACTTGGTGGTGTTGGTGGAGGATTAGG
CGGTGGCTTAGGAAATGGGATAGGCGGTGGCTTAGGAAACGGGATAGGCGGTGGTGTTGG
TTCCGGAGTCGGTGGAGGAAGTACCGGAGGAGTTCATTTCCCTTGAGTAGTTGAGTTGTT
AATTTTGGTTTAAGGATTCGTAAAGGTCCTTGAGCTAGGTCTAGCTTAAGATGATGTCAG
AGCAACAATAATAATCATGTCTTTTTTTTCAAAATTTCATTAGCTGTTTACGTGCGTTTT
AAGTTACTATGGTGTGATGGTGTCCTTAGAATCAGACTCGTGTCTTTGTCGTGTCGTGGC
TTGGTCCAATTTCAAATTCTATTT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3DZ05JQ 700 0 0
GGCGGCAAAGCAGTAAACATAATAACTCAAATCTTGTCTACTTTCCTGTTATCAATATTA
CCGTTCTTTACCACTTTGAGATTATGGCAAAGTGTTTTCTCACTCTCTTCTTGGTTCTTG
CCCTAGCCTCAGTTTTTGCTTCTGGAGCAAGAAACATCCCAGGAGGACTCTCTGACCAGA
AGAACTACCTTGGATACGGTGGCGGGTACTCCGGCATCGGAGACAACGGTTTACCTTTCG
GTGGCGTCGGTGGAGGTGTGGCTGGTCCCGGTGGTAACCTTGGTTTTGGTGGACTTGGTG
GTGTTGGTGGAGGATTAGGCGGTGGCTTAGGAAATGGGATAGGCGGTGGCTTAGGAAACG
GGATAGGCGGTGGTGTTGGTTCCGGAGTCGGTGGAGGAAGTACCGGAGGAGTTCATTTCC
CTTGAGTAGTTGAGTTGTTAATTTTGGTTTAAGGATTCGTAAAGGTCCTTGAGCTAGGTC
TAGCTTAAGATGATGTCAGAGCAACAATAATAATCATGTCTTTTTTTTCAAAATTTCATT
AGCTGTTTACGTGCGTTTTAAGTTACTATGGTGTGATGGTGTCCTTAGAATCAGACTCGT
GTCTTTGTCGTGTCGTGGCTTGGTCCAATTTCAAATTCTATTTAACTTCCAGTGTGTCAC
TTAATAAGTTTGTCAACATCTATGACTACTTTTTATCACC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 4

CO CL2567Contig1 897 4 31 U
TTTTTTTTTGTGTAATATTCACTTCCTCGTTGGAATAAGAAAAGATATATAAAATGGCAG
CGTTTACAGGAACGTTGGATAAATGCAAGGCATGTGACAAAACCGTTTACGTGATGGATT
TGTTGACGTTAGAGGGAAACACTTATCACAAATCATGCTTCAGATGCAGCCATTGCAATG
GCACTCTCCAGATGAGTACTTACTCGTCCATGGATGGAGTTCTCTACTGCAAGACCCACT
TCGAGCAGCTTTTCAAAGAATCTGGCAATTTCAGCAAGAATTTTCAGACAGGAAAGACAG
AGAAGCCGAATGATCACATGACTCGAGCTCCAAGCAAGTTGTCTTCATTCTTCAGTGGAA
CGCAAGACAAATGTGCGACTTGTCACAAAACTGTTTATCCACTTGAGAAAGTAAACATGG
AAGGAGAATGTTACCACAAGACTTGCTTCAAGTGCGCACACAGTGGTTGTCCTTTGACTC
ACTCTTCCTACGCTTCTCTTAACGGGGTCCTCTACTGTAAAGTCCATTTCAACCAGCTCT
TTCTCGAGAAAGGAAGTTACAATAACGTTCATGAAGCTGCAGCTAAGCACCGTCGATCCG
CCTCTTCTGGTGCCCCTTCTCCGCCTTCTGAAGATCATAAACCTGAAGATAGCGCCTCGG
TTCCAGAGGGAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAGGAAGCAGCCCCTGAAGCTGCTGCAG
GAGAAGAGCCTGAGCCTGTGGTTGAGTCTTAACTCATCTTATCACTTTCAAGTTTGAAGT
TTAATAAGCTTTTCTAATTAAATATATATGTATTTCTATTTTTTTTGTAAATTCTTGTAA
AGCAAACCCTTAACATCCTTTGATCTTTAGCTATGAGAACCAGTTCTTTTATGAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ38TF U 1
AF RR3B537TF U 14
AF RR3B537JQ C 108
AF RR3GZ38JQ C 345
BS 1 58 RR3GZ38TF
BS 59 59 RR3B537TF
BS 60 67 RR3GZ38TF
BS 68 68 RR3B537TF
BS 69 178 RR3GZ38TF
BS 179 179 RR3B537TF
BS 180 235 RR3GZ38TF
BS 236 236 RR3B537TF
BS 237 316 RR3GZ38TF
BS 317 317 RR3B537TF
BS 318 338 RR3GZ38TF
BS 339 339 RR3B537TF
BS 340 340 RR3GZ38TF
BS 341 341 RR3B537TF
BS 342 361 RR3GZ38TF
BS 362 362 RR3B537TF
BS 363 370 RR3GZ38TF
BS 371 371 RR3B537TF
BS 372 591 RR3GZ38TF
BS 592 592 RR3B537TF
BS 593 642 RR3GZ38TF
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BS 649 655 RR3GZ38TF
BS 656 674 RR3B537TF
BS 675 675 RR3B537JQ
BS 676 691 RR3B537TF
BS 692 825 RR3B537JQ
BS 826 826 RR3GZ38JQ
BS 827 897 RR3B537JQ

RD RR3GZ38TF 655 0 0
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CGTTTACGGGAACGTTGGATAAATGCAAGGCATGTGACAAAACCGTTTACGTGATGGATT
TGTTGACGTTAGAGGGAAACACTTATCACAAATCATGCTTCAGATGCAGCCATTGCAACG
GCACTCTCCAGATGAGTACTTACTCGTCCATGGATGGAGTTCTCTACTGCAAGACTCACT
TCGAGCAGCTTTTCAAAGAATCTGGCAATTTCAGCAAGAATTTTCAGACAGGAAAGACAG
AGAAGCCGAATGATCATATGACTCGAGCTCCAAGCAAGCTATCTTCATTCTTCAGTGGAA
CTCAAGACAAGTGTGCGACTTGTCACAAAACTGTTTATCCACTTGAGAAAGTAAACATGG
AAGGAGAATGTTACCACAAGACTTGCTTCAAGTGCGCACACAGTGGTTGTCCTTTGACTC
ACTCTTCCTACGCTTCTCTTAACGGGGTCCTCTACTGTAAAGTCCATTTCAACCAGCTCT
TTCTCGAGAAAGGAAGTTACAATAACGTTCATGAAGCTGCAGCTAAGCACCTTCGATCCG
CCTCTTCTGGTGCCCCTTCTCCGCCTTCTGAAGATCATAAACTTGAATATAGCGC

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3B537TF 694 0 0
GTAATTCTCG
TCCTCGTTGGAATAAGAAAAGATATATAAAATGGCAGCGTTTACAGGAACGTTGGATAAA
TGCAAGGCATGTGACAAAACCGTTTACGTGATGGATTTGTTGACGTTAGAGGGAAACACT
TATCACAAATCATGCTTCAGATGCAGCCATTGCAATGGCACTCTCCAGATGAGTACTTAC
TCGTCCATGGATGGAGTTCTCTACTGCAAGACCCACTTCGAGCAGCTTTTCAAAGAATCT
GGCAATTTCAGCAAGAATTTTCAGACAGGAAAGACAGAGAAGCCGAATGATCACATGACT
CGAGCTCCAAGCAAGTTGTCTTCATTCTTCAGTGGAACGCAAGACAAATGTGCGACTTGT
CACAAAACTGTTTATCCACTTGAGAAAGTAAACATGGAAGGAGAATGTTACCACAAGACT
TGCTTCAAGTGCGCACACAGTGGTTGTCCTTTGACTCACTCTTCCTACGCTTCTCTTAAC
GGGGTCCTCTACTGTAAGGTCCATTTCAACCAGCTCTTTCTCGAGAAAGGAAGTTACAAT
AACGTTCATGAAGCTGCAGCTAAGCACCGTCGATCCGCCTCTTCTGGTGCCCCTTCTCCG
CCTTCTGAAGATCATAAACCTGAAGATAGCGCCTCGGTTCCAGAGGGAGAAAGAGGAGGA
GGAGGAGA
AGAGGAAGCAGCCCCT

QA 11 678 11 678
DS 

RD RR3B537JQ 790 0 0
TACGTGATGGATTTGTTGACGTTAGAGGGAAACACTTATCACAAATCATGCTTCAGATGC
AGCCATTGCAATGGCACTCTCCAGATGAGTACTTACTCGTCCATGGATGGAGTTCTCTAC
TGCAAGACCCACTTCGAGCAGCTTTTCAAAGAATCTGGCAATTTCAGCAAGAATTTTCAG
ACAGGAAAGACAGAGAAGCCGAATGATCACATGACTCGAGCTCCAAGCAAGTTGTCTTCA
TTCTTCAGTGGAACGCAAGACAAATGTGCGACTTGTCACAAAACTGTTTATCCACTTGAG
AAAGTAAACATGGAAGGAGAATGTTACCACAAGACTTGCTTCAAGTGCGCACACAGTGGT
TGTCCTTTGACTCACTCTTCCTACGCTTCTCTTAACGGGGTCCTCTACTGTAAGGTCCAT
TTCAACCAGCTCTTTCTCGAGAAAGGAAGTTACAATAACGTTCATGAAGCTGCAGCTAAG
CACCGTCGATCCGCCTCTTCTGGTGCCCCTTCTCCGCCTTCTGAAGATCATAAACCTGAA
GATAGCGCCTCGGTTCCAGAGGGAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAGGAAGCAGCCCCT
GAAGCTGCTGCAGGAGAAGAGCCTGAGCCTGTGGTTGAGTCTTAACTCATCTTATCACTT
TCAAGTTTGAAGTTTAATAAGCTTTTCTAATTAAATATATATGTATTTCTATTTTTTT*G
TAAATTCTTGTAAAGCAAACCCTTAACATCCTTTGATCTTTAGCTATGAGAACCAGTTCT
TTTATGAAAC

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3GZ38JQ 550 0 0
TCATTCTTCAGTGGAACTCAAGACAAGTGTGCGACTTGTCACAAAACTGTTTATCCACTT
GAGAAAGTAAACATGGAAGGAGAATGTTACCACAAGACTTGCTTCAAGTGCGCACACAGT
GGTTGTCCTTTGACTCACTCTTCCTACGCTTCTCTTAACGGGGTCCTTTACTGTAAAGTC
CATTTCAACCAGCTCTTTCTCGAGAAAGGAAGTTACAATAACGTTCATGAAGCTGCAGCT
AAGCACCTTCGATCCGCCTCTTCTGGTGCCCCTTCTCCGCCTTTTGAAGATCATAAACTT
GAATATAGCGCCACGGTTCCAGAGGGAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGA***GGAAGCAGCC
CCTGAAGCTGCTGCAGGAGAAGAGCCTGAGCCTGTGGTTGAGTCTTAACTTATCTTATCA
CTTTCAAGTTTGAAGTTTAATATGCTTTTTTAATTAAATATATATGTATTTCTATTTTTT
TTGTAAATTCTTGTAAAGCAAACCCTTAACATCCTTTGATCTTTAGCTATGAGAACCAGT
TCTT
GTTATG

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 4

CO CL2568Contig1 728 4 11 U
GGAGTGTCGTGCAAGCACAGGAGAGACTTTGTTGATCTCGACCTCGCTCCACCCCCGACA
GAGAACTATCATG*TCACCAACAATCCTGAAGAATCAGCGCCACTCTCCTCCTTCTCGTT
TTGCTCTCCGAACCTTTTGGATAAAAGATAAGATGAGCAGTGAAGTTGGTAGAGTATACC
GTGACCTTCTTAAAGCAGTGGTGAAACATGTTGGCAAAGAAGACCACAAGTCTCATTTCT
TAGACTTTGTCAAGCACGAGTTTCGCAAGAACCCAAACTCACTCGACAAAATCAACCTTG
CCCGCAACTACGCTTATCTTCTTAATAGCATTCACTCTCACAAGGATCTGTTGTTCTCGT
ACAATATTGCAGTTGACAGAACTGAAGAAATGAAACGAGTTCTTGGGAAGTCTGCAGCTA
GTGTAGGCCTTCGTCTTCCCGAGGTTTACCAGCCTTGATCATGCAAATTGCATAATAAGC
CACTCTGGTGTCTTCATTTCCTTAGACATATCTTGGTTAACTGGAATAAGTGTGTATCCT
ATTTGTAGCCAGGGCAGAGCTCTTTTGCATTAACAGATCTGTGATGCATGGATTTACAAA
TTTTCCTTGTGTTGTTTACACACACGTTTGGGGACAAAAGTATGGTACCAAGAACATATT
CAGGTTCTTGATATATACACAATATGTTGTGTTGACCAAAAAAAAAATACAATATGTTGT
ATCAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB15TF U 1
AF RR3C185TF U 49
AF RR3C185JQ C 17
AF RR3CB15JQ C 430
BS 1 71 RR3CB15TF
BS 72 72 RR3C185TF
BS 73 73 RR3CB15TF
BS 74 74 RR3C185TF
BS 75 415 RR3CB15TF
BS 416 416 RR3C185TF
BS 417 622 RR3CB15TF
BS 623 623 RR3C185TF
BS 624 659 RR3CB15TF
BS 660 681 RR3C185JQ
BS 682 728 RR3CB15JQ

RD RR3CB15TF 659 0 0
GGAGTGTCGTGCAAGCACAGGAGAGACTTTGTTGATCTCGACCTCGCTCCACCCCCGACA
GAGAACTATCAAGGTCACCAACAATCCTGAAGAATCAGCGCCACTCTCCTCCTTCTCGTT
TTGCTCTCCGAACCTTTTGGATAAAAGATAAGATGAGCAGTGAAGTTGGTAGAGTATACC
GTGACCTTCTTAAAGCAGTGGTGAAACATGTTGGCAAAGAAGACCACAAGTCTCATTTCT
TAGACTTTGTCAAGCACGAGTTTCGCAAGAACCCAAACTCACTCGACAAAATCAACCTTG
CCCGCAACTACGCTTATCTTCTTAATAGCATTCACTCTCACAAGGATCTGTTGTTCTCGT
ACAATATTGCAGTTGACAGAACTGAAGAAATGAAACGAGTTCTTGGGAAGTCTGCGGCTA
GTGTAGGCCTTCGTCTTCCCGAGGTTTACCAGCCTTGATCATGCAAATTGCATAATAAGC
CACTCTGGTGTCTTCATTTCCTTAGACATATCTTGGTTAACTGGAATAAGTGTGTATCCT
ATTTGTAGCCAGGGCAGAGCTCTTTTGCATTAACAGATCTGTGATGCATGGATTTACAAA
TTTTCCTTGTGTTGTTTACACATACGTTTGGGGACAAAAGTATGGTACCAAGAACATAT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3C185TF 613 0 0
CCACCCCCGACAGAGAACTATCATG*TCACCAACAATCCTGAAGAATCAGCGCCACTCTC
CTCCTTCTCGTTTTGCTCTCCGAACCTTTTGGATAAAAGATAAGATGAGCAGTGAAGTTG
GTAGAGTATACCGTGACCTTCTTAAAGCAGTGGTGAAACATGTTGGCAAAGAAGACCACA
AGTCTCATTTCTTAGACTTTGTCAAGCACGAGTTTCGCAAGAACCCAAACTCACTCGACA
AAATCAACCTTGCCCGCAACTACGCTTATCTTCTTAATAGCATTCACTCTCACAAGGATC
TGTTGTTCTCGTACAATATTGCAGTTGACAGAACTGAAGAAATGAAACGAGTTCTTGGGA
AGTCTGCAGCTAGTGTAGGCCTTCGTCTTCCCGAGGTTTACCAGCCTTGATCATGCAAAT
TGCATAATAAGCCACTCTGGTGTCTTCATTTCCTTAGACATATCTTGGTTAACTGGAATA
AGTGTGTATCCTATTTGTAGCCAGGGCAGAGCTCTTTTGCATTAACAGATCTGTGATGCA
TGGATTTACAAATTTTCCTTGTGTTGTTTACACACACGTTTGGGGACAAAAGTATGGTAC
CAAGAACATAT
TC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3C185JQ 665 0 0
GG
AGGAGAGACTTTGTTGATCTCGACCTCGCTCCACCCCCGACAGAGAACTATCATG*TCAC
CAACAATCCTGAAGAATCAGCGCCACTCTCCTCCTTCTCGTTTTGCTCTCCGAACCTTTT
GGATAAAAGATAAGATGAGCAGTGAAGTTGGTAGAGTATACCGTGACCTTCTTAAAGCAG
TGGTGAAACATGTTGGCAAAGAAGACCACAAGTCTCATTTCTTAGACTTTGTCAAGCACG
AGTTTCGCAAGAACCCAAACTCACTCGACAAAATCAACCTTGCCCGCAACTACGCTTATC
TTCTTAATAGCATTCACTCTCACAAGGATCTGTTGTTCTCGTACAATATTGCAGTTGACA
GAACTGAAGAAATGAAACGAGTTCTTGGGAAGTCTGCAGCTAGTGTAGGCCTTCGTCTTC
CCGAGGTTTACCAGCCTTGATCATGCAAATTGCATAATAAGCCACTCTGGTGTCTTCATT
TCCTTAGACATATCTTGGTTAACTGGAATAAGTGTGTATCCTATTTGTAGCCAGGGCAGA
GCTCTTTTGCATTAACAGATCTGTGATGCATGGATTTACAAATTTTCCTTGTGTTGTTTA
CACACACGTTTGGGGACAAAAGTATGGTACCAAGAACATATTCAGGTTCTTGATATATAC
ACA

QA 3 665 3 665
DS 

RD RR3CB15JQ 299 0 0
TTCGTCTTCCCGAGGTTTACCAGCCTTGATCATGCAAATTGCATAATAAGCCACTCTGGT
GTCTTCATTTCCTTAGACATATCTTGGTTAACTGGAATAAGTGTGTATCCTATTTGTAGC
CAGGGCAGAGCTCTTTTGCATTAACAGATCTGTGATGCATGGATTTACAAATTTTCCTTG
TGTTGTTTACACATACGTTTGGGGACAAAAGTATGGTACCAAGAACATATTCAGGTTCTT
GATATATACACAATATGTTGTGTTGACCAAAAAAAAAATACAATATGTTGTATCAAACC

QA 1 299 1 299
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL2570Contig1 1065 3 20 U
ATTATTATGACACTATTTTCTACAAGTAAAAACCATGGAAGGTTCAAGTAACTAAATGAA
ATGGAATCATGGAGTTCAGTTTCCAAGCAGTACAAAAAAAAAATTGTATAAAATCTGAGG
AGAAAACGTTTATGGATGGAATCTACACAAAACCTTTTCAATACACCCTTTTGTGAATTA
TACGGTGACGGTGAACAGATAGAGCTTCAAAACAACCGCAAGCCCTAGCTGCAAAAGAAA
GATGCTTGCTATTATCAGGATTGATCTCTCTCCAGCGGAATTGATATGTGCTTTGAGGTT
CAAAGCCACAAATGTTGCAGACATGAACCCTGCTACACCCGCGATAACCCATCTGAAGAT
CTCCACTGGCACGACCGAGAGGCACAATGCGGGGATAAAAATGAAGAGGGAGTAGCCGTA
GAGACAGAAGAGTTGGACTAGGCCTGAAGGTGCAGAGAAGTATTTGAGAACGACATATAA
CGCGAGAGGAACAAGCGTGACATAGCCATAGAACACTCCTGCCGACCAAGTCACAAGATT
GGTATCGTAGTTCCATTCTTGTTTCTTCCATTTGTGTGCTACGTATGTGACAAAAGTGCC
GATAGATGCCGCCACGAATATCAAGGTCGTGCATATCCAGAATGGACTATACAAGTCAGG
CTTATCGGCAGTCTTCTCAGTAAATGTTCCACGGAACGGGAAGAGAGATTCTTTGAGCCT
GTCCACAACATCAGAAGTGTCGACATCAAAGAAAGGCTTGTAAGCACCAACAGTGAACTT
ATGGAGCCAGCCACCAGACTGAGGTTCATCTGTACTACCGTTACCATTCCCAGAAAAAGT
ATCGTCAGCATCTCGAGGAGGATTACTACCACCAGAGATCTTGCCCTGAGTAGCAGACGG
AGGAAAGGTTTGAAGATTTGACTCTGCGAATTTGACGGTGGTGTGGCCTGGATCTGGAAC
GGAAGGTACAGATCCAGAGACTTTCTGGCTGTCAATAGTCGTGTAGCTCCCGCCGGTCAT
CATCTTGCTGTCCTTCCTTCCCGATCTTCCTTCCGTCTCCGTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ95JQ U 1
AF RR3EU89JQ U 22
AF RR3EU89TF C 263
BS 1 102 RR3EZ95JQ
BS 103 103 RR3EU89JQ
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BS 379 379 RR3EU89JQ
BS 380 420 RR3EZ95JQ
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BS 422 429 RR3EZ95JQ
BS 430 430 RR3EU89JQ
BS 431 431 RR3EZ95JQ
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BS 433 456 RR3EZ95JQ
BS 457 457 RR3EU89JQ
BS 458 541 RR3EZ95JQ
BS 542 542 RR3EU89JQ
BS 543 647 RR3EZ95JQ
BS 648 648 RR3EU89JQ
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BS 679 679 RR3EU89TF
BS 680 716 RR3EZ95JQ
BS 717 1065 RR3EU89TF

RD RR3EZ95JQ 721 0 0
ATTATTATGACACTATTTTCTACAAGTAAAAACCATGGAAGGTTCAAGTAACTAAATGAA
ATGGAATCATGGAGTTCAGTTTCCAAGCAGTACAAAAAAAAA*TTGTATAAAATCTGAGG
AGAAAACGTTTATGGATGGAATCTACACAAAACCTTTTCAATACACCCTTTTGTGAATTA
TACGGTGACGGTGAACAGATAGAGCTTCAAAACAACCGCAAGCCCTAGCTGCAAAAGAAA
GATGCTTGCTATTATCAGGATTGATCTCTCTCCAGCGGAATTGATATGTGCTTTGAGGTT
CAAAGCCACAAATGTTGCAGACATGAACCCTGCTACACCCGCGATAACCCATCTGAAGAT
CTCCACTGGCACGACCGAAAGGCACAATGCGGGGATAAAAATGAAGAGGGAGTAGCCGTA
AAGACAGAAAAATTGGACTAGGCCTGAAGGTGCAGAAAAGTATTTGAGAACGACATATAA
CGCGAGAGGAACAAGCGTGACATAGCCATAGAACACTCCTGCCGACCAAGTCACAAGATT
GATATCGTAGTTCCATTCTTGTTTCTTCCATTTGTGTGCTACGTATGTGACAAAAGTGCC
GATAGATGCCGCCACGAATATCAAGGTCGTGCATATCCAGAATGGACCATACAAGTCAGG
CTTATCGGCAGTCTTCTCTGTAAATGTTCCACGGAACGGGAAGAGAGATTCTTTGA
CTACT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3EU89JQ 657 0 0
ACAAGTAAAAACCATGGAAGGTTCAAGTAACTAAATGAAATGGAATCATGGAGTTCAGTT
TCCAAGCAGTACAAAAAAAAAATTGTATAAAATCTGAGGAGAAAACGTTTATGGATGGAA
TCTACACAAAACCTTTTCAATACACCCTTTTGTGAATTATACGGTGACGGTGAACAGATA
GAGCTTCAAAACAACCGCAAGCCCTAGCTGCAAAAGAAAGATGCTTGCTATTATCAGGAT
TGATCTCTCTCCAGCGGAATTGATATGTGCTTTGAGGTTCAAAGCCACAAATGTTGCAGA
CATGAACCCTGCTACACCCGCGATAACCCATCTGAAGATCTCCACTGGCACGACCGAGAG
GCACAATGCGGGGATAAAAATGAAGAGGGAGTAGCCGTAGAGACAGAAGAGTTGGACTAG
GCCTGAAGGTGCAGAGAAGTATTTGAGAACGACATATAACGCGAGAGGAACAAGCGTGAC
ATAGCCATAGAACACTCCTGCCGACCAAGTCACAAGATTGGTATCGTAGTTCCATTCTTG
TTTCTTCCATTTGTGTGCTACGTATGTGACAAAAGTGCCGATAGATGCCGCCACGAATAT
CAAGGTCGTGCATATCCAGAATGGACTATACAAGTCAGGCTTATCGGCAGTCTTCTC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3EU89TF 803 0 0
GATCTCTCTCCAGCGGAATTGATATGTGCTTTGAGGTTCAAAGCCACAAATGT*GCAGAC
ATGAACC*TGCTACACCCGCGATAACCCATCTGAAGATCTCCACTGGCACGACCGAGAGG
CACAATGCGGGGATAAAAATGAAGAGGGAGTAGCCGTAGAGACAGAAGAGTTGGACTAGG
CCTGAAGGTGCAGAGAAGTATTTGAGAACGACATATAACGCGAGAGGAACAAGCGTGACA
TAGCCATAGAACACTCCTGCCGACCAAGTCACAAGATTGGTATCGTAGTTCCATTCTTGT
TTCTTCCATTTGTGTGCTACGTATGTGACAAAAGTGCCGATAGATGCCGCCACGAATATC
AAGGTCGTGCATATCCAGAATGGACTATACAAGTCAGGCTTATCGGCAGTCTTCTCAGTA
AATGTTCCACGGAACGGGAAGAGAGATTCTTTGAGCCTGTCCACAACATCAGAAGTGTCG
ACATCAAAGAAAGGCTTGTAAGCACCAACAGTGAACTTATGGAGCCAGCCACCAGACTGA
GGTTCATCTGTACTACCGTTACCATTCCCAGAAAAAGTATCGTCAGCATCTCGAGGAGGA
TTACTACCACCAGAGATCTTGCCCTGAGTAGCAGACGGAGGAAAGGTTTGAAGATTTGAC
TCTGCGAATTTGACGGTGGTGTGGCCTGGATCTGGAACGGAAGGTACAGATCCAGAGACT
TTCTGGCTGTCAATAGTCGTGTAGCTCCCGCCGGTCATCATCTTGCTGTCCTTCCTTCCC
GATCTTCCTTCCGTCTCCGTATC

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 4

CO CL2571Contig1 601 4 17 U
GGTCACTCCCGGCTCAGACAGCGCCAAGGTTGCACCCGAAGTGATAGCAGAGTACACAGT
GACTGCTCTCCGCCGCACGGTCCCACCAGCGGTTCCTGGAATCGTGTTCCTATCAGGAGG
ACAGAGCGAAGAGGAAGCAACGCAAAATCTGAACGCAATGAACAAGCTCGAATTGTTGAA
GCCATGGACGCTCACTTTCTCCTTTGGCCGAGCCCTCCAGCAAAGCACTCTCAAGGCTTG
GGGAGGTAAGAAAGAAAACGTAGCCAAAGCTCAGGCCACGTTCTTGGTCAGGTGCAAGGC
TAACTCGGACGCCACACTTGGGAAATACATCCCCGGGGCTTCTGGTGACTCTGCTGCCTC
GGAGAGCTTGTTTGTGAAAGGATACAGTTACTAGGGCGTCTGCGTTTGATACGGTTTGGG
TATATCTTATAATATATATGAATGTTTTGTTGGCGTTGTAACTGTTTTAAATGTCTGCTC
GATTTGGTTTTGCCGTTTGACCAAACCGTATAGTGTGTCTTAAGCTATGTCTATTCTCTA
TTTCTCTCCCTCTTTGTCAACGGCTATTGTGATGGATTTTTATAATGTTATTTTTGGCGC
C


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 

AF RR3B623JQ C 5
AF RR3B623TF U 5
AF RR3G968TF U 1
AF RR3G968JQ C 1
BS 1 5 RR3G968JQ
BS 6 50 RR3B623TF
BS 51 52 RR3G968TF
BS 53 243 RR3B623TF
BS 244 244 RR3G968TF
BS 245 251 RR3B623TF
BS 252 252 RR3G968TF
BS 253 259 RR3B623TF
BS 260 260 RR3G968TF
BS 261 312 RR3B623TF
BS 313 313 RR3G968TF
BS 314 560 RR3B623TF
BS 561 562 RR3G968TF
BS 563 571 RR3B623TF
BS 572 572 RR3G968TF
BS 573 600 RR3B623TF
BS 601 601 RR3G968JQ

RD RR3B623JQ 596 0 0
G
CTCCCGGCTCAGACAGCGCCAAGGTTGCACCCGAAGTGATAGCAG**TACACAGTGACTG
CTCTCCGCCGCACGGTCCCACCAGCGGTTCCTGGAATCGTGTTCCTATCAGGAGGACAGA
GCGAAGAGGAAGCAACGCAAAATCTGAACGCAATGAACAAGCTCGAATTGTTGAAGCCAT
GGACGCTCACTTTCTCCTTTGGCCGAGCCCTCCAGCAAAGCACTCTCAAGGCTTGGGGCG
GTAAGAGAGAAAACTTAGCCAAAGCTCAGGCCACGTTCTTGGTCAGGTGCAAGGCTAACT
CGGACGCTACACTTGGGAAATACATCCCCGGGGCTTCTGGTGACTCTGCTGCCTCGGAGA
GCTTGTTTGTGAAAGGATACAGTTACTAGGGCGTCTGCGTTTGATACGGTTTGGGTATAT
CTTATAATATATATGAATGTTTTGTTGGCGTTGTAACTGTTTTAAATGTCTGCTCGATTT
GGTTTTGCCGTTTGACCAAACCGTATAGTGTGTCTTAAGCTATGTCTATTCTCTATTTCT
CTCCCTCTTTGTCAA**GCTATTGTGCTGGATTTTTATAATGTTATTTTTGGCGC

QA 2 596 2 596
DS 

RD RR3B623TF 596 0 0
G
CTCCCGGCTCAGACAGCGCCAAGGTTGCACCCGAAGTGATAGCAG**TACACAGTGACTG
CTCTCCGCCGCACGGTCCCACCAGCGGTTCCTGGAATCGTGTTCCTATCAGGAGGACAGA
GCGAAGAGGAAGCAACGCAAAATCTGAACGCAATGAACAAGCTCGAATTGTTGAAGCCAT
GGACGCTCACTTTCTCCTTTGGCCGAGCCCTCCAGCAAAGCACTCTCAAGGCTTGGGGCG
GTAAGAGAGAAAACTTAGCCAAAGCTCAGGCCACGTTCTTGGTCAGGTGCAAGGCTAACT
CGGACGCTACACTTGGGAAATACATCCCCGGGGCTTCTGGTGACTCTGCTGCCTCGGAGA
GCTTGTTTGTGAAAGGATACAGTTACTAGGGCGTCTGCGTTTGATACGGTTTGGGTATAT
CTTATAATATATATGAATGTTTTGTTGGCGTTGTAACTGTTTTAAATGTCTGCTCGATTT
GGTTTTGCCGTTTGACCAAACCGTATAGTGTGTCTTAAGCTATGTCTATTCTCTATTTCT
CTCCCTCTTTGTCAA**GCTATTGTGCTGGATTTTTATAATGTTATTTTTGGCGC

QA 2 596 2 596
DS 

RD RR3G968TF 601 0 0
GGTCA
CTCCCGGCTCAGACAGCGCCAAGGTTGCACCGGAAGTGATAGCAGAGTACACAGTGACTG
CTCTCCGCCGCACGGTCCCACCAGCGGTTCCTGGAATCGTGTTCCTCTCAGGAGGACAGA
GCGAAGAGGAAGCAACGCAAAATCTGAACGCAATGAACAAGCTCGATTTGTTGAAGCCAT
GGACGCTCACTTTCTCCTTTGGCCGAGCCCTCCAGCAAAGCACTCTCAAGGCTTGGGGAG
GTAAGAAAGAGAACGTATCCAAAGCTCAGGCCACGTTCTTGGTCAGGTGCAAGGCTAACT
CTGACGCCACACTTGGGAAATACATCCCCGGGGCTTCTGGTGACTCTGCTGCCTCGGAGA
GCTTGTTTGTGAAAGGATACGGTTACTAGGGCGTCTGCGTTTGATACGGTTTGGGTATAT
CTTATAATATAT**GAATGTTTTGTTGGCGTTGTAACTGTTTTAAATGTCTGCTCGATTT
GGTTTTGCCGTTTGACCAAACCGTGTAGTGTGTCTTAAGCTATGTCTATTCTCTATTTCT
CTCCCTCTTTGTCAACGGCTATTGTGATGGATTTTTTTAATGTTATTTTTGGCGC
C

QA 6 600 6 600
DS 

RD RR3G968JQ 601 0 0
GGTCACTCCCGGCTCAGACAGCGCCAAGGTTGCACCGGAAGTGATAGCAGAGTACACAGT
GACTGCTCTCCGCCGCACGGTCCCACCAGCGGTTCCTGGAATCGTGTTCCTCTCAGGAGG
ACAGAGCGAAGAGGAAGCAACGCAAAATCTGAACGCAATGAACAAGCTCGATTTGTTGAA
GCCATGGACGCTCACTTTCTCCTTTGGCCGAGCCCTCCAGCAAAGCACTCTCAAGGCTTG
GGGAGGTAAGAAAGAGAACGTATCCAAAGCTCAGGCCACGTTCTTGGTCAGGTGCAAGGC
TAACTCTGACGCCACACTTGGGAAATACATCCCCGGGGCTTCTGGTGACTCTGCTGCCTC
GGAGAGCTTGTTTGTGAAAGGATACGGTTACTAGGGCGTCTGCGTTTGATACGGTTTGGG
TATATCTTATAATATAT**GAATGTTTTGTTGGCGTTGTAACTGTTTTAAATGTCTGCTC
GATTTGGTTTTGCCGTTTGACCAAACCGTGTAGTGTGTCTTAAGCTATGTCTATTCTCTA
TTTCTCTCCCTCTTTGTCAACGGCTATTGTGATGGATTTTTTTAATGTTATTTTTGGCGC
C

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 4

CO CL2572Contig1 1109 4 5 U
GGCGCCTTCTTCCTCGAGCGGCCTGACTTTCAAGCTTCACCCTTTGGTGATGCTCAACAT
CTCAGATCACTTCACTAGGGTCAAAACTCAGCTCAACCCTCCAGCCTCTTCCTGCGCGGC
CGGGAATAACCCCAGCACCGGCGACGCGACGACGCTCACTCAGGATTTTAGGGTTTATGG
GTGCGTGATCGGTGCCCAGAAAGGACGGACGGTTGAGATCTTCAATAGCTTCGAGCTTCC
GTTAGATCCCACTACTGATACTCTCGACAGATCCTTCTTAGAGAAGAAGCAAGAGCTCTA
TCAGAAGGTGTTCCCTAACTACTACATATTGGGATGGTACTCTACTGGAAGCGACGCTAA
TGAATCTGACATGAGTATCCACAAAGCTCTGATGGACATTAATGAATCGCCTGTTTATGT
CCTTTTGAATCCTGCTATCAATCACGCTCAGAAGGATCTCCCTGTTACTATCTATGAAAG
TGAATTCCATGTCATTGATGGGATTCCTCAGCCAATTTTCGTGAATGCAAGCTACACAAT
CGAGACTGTCGAGGCTGAAAGAATATCGGTTGATCATGTTGCACACCTTAAGCCATCTGA
TGGAGGCTCAGCAGCGACTCAATTGGCTGCTCATCTCACTGGCATACACAGTGCCATCAA
GATGCTTAATAGCAGAATCAGAGTGCTCCATCAATACCTTGGCGCAATGCAGAAAGGTGA
TATTCCTTGCGACAACTCACTTCTGAGGCAAGTAGCTAGTCTGCTCAGAAGTCTGCCTGC
CGCACAATCAGAAAAGTTTGAAGAGGATTTCTTAATGGAGTACAACGACAAATTGCTGAT
GTCTTACCTAGCAATGGTCACAAATTGTACCAGCAACATGAACGAGGTGGTTGACAAATT
CAACACTGCATACGAGAGGAACAGTCGAAGAGGCGGTAGGACTCCATTCATGTAGAGAGA
TTAGTTTCAGCTTGAGACCCTTTTTTTTGCGGTTCCTTAGAGAAATCTAGAACTCCTAAA
GGTATTTCGCTGTTCGGAATCTAAGAGCTAATGACGTTCTTCTTTTAGACTACAAGCTAT
GTTTTAGATTACTTATATTTTTAGCACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW06TF U 1
AF RR3AH84TF U 112
AF RR3AH84JQ C 322
AF RR3BW06JQ C 370
BS 1 716 RR3BW06TF
BS 717 717 RR3AH84TF
BS 718 729 RR3BW06TF
BS 730 882 RR3AH84TF
BS 883 1109 RR3AH84JQ

RD RR3BW06TF 729 0 0
GGCGCCTTCTTCCTCGAGCGGCCTGACTTTCAAGCTTCACCCTTTGGTGATGCTCAACAT
CTCAGATCACTTCACTAGGGTCAAAACTCAGCTCAACCCTCCAGCCTCTTCCTGCGCGGC
CGGGAATAACCCCAGCACCGGCGACGCGACGACGCTCACTCAGGATTTTAGGGTTTATGG
GTGCGTGATCGGTGCCCAGAAAGGACGGACGGTTGAGATCTTCAATAGCTTCGAGCTTCC
GTTAGATCCCACTACTGATACTCTCGACAGATCCTTCTTAGAGAAGAAGCAAGAGCTCTA
TCAGAAGGTGTTCCCTAACTACTACATATTGGGATGGTACTCTACTGGAAGCGACGCTAA
TGAATCTGACATGAGTATCCACAAAGCTCTGATGGACATTAATGAATCGCCTGTTTATGT
CCTTTTGAATCCTGCTATCAATCACGCTCAGAAGGATCTCCCTGTTACTATCTATGAAAG
TGAATTCCATGTCATTGATGGGATTCCTCAGCCAATTTTCGTGAATGCAAGCTACACAAT
CGAGACTGTCGAGGCTGAAAGAATATCGGTTGATCATGTTGCACACCTTAAGCCATCTGA
TGGAGGCTCAGCAGCGACTCAATTGGCTGCTCATCTCACTGGCATACACAGTGCCATCAA
GATGCTTAATAGCAGAATCAGAGTGCTCCATCAATACCTTGGCGCAATGCAGAAAG*TGA
TATTCCTTG

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3AH84TF 771 0 0
G
TGCGCGGCCGGGAATAACCCCAGCACTGGCGACGCGACGACGCTCACTCAGGATTTTAGG
GTTTATGGGTGCGTGATCGGTGCCCAGAAAGGACGGACGGTTGAGATCTTCAATAGCTTC
GAGCTTCTGTTAGATCCCACTACTGATACTCTCGACAGATCCTTCTTAGAGAAGAAGCAA
GAGCTCTATCAGAAGGTGTTCCCTAACTACTACATATTGGGATGGTACTCTACTGGAAGC
GACGCTAATGAATCTGACATGAGTATCCACAAAGCTCTGATGGACATTAATGAATCGCCT
GTTTATGTCCTTTTGAATCCTGCTATCAATCACGCTCAGAAGGATCTCCCTGTTACTATC
TATGAAAGTGAATTCCATGTCATTGATGGGATTCCTCAGCCAATTTTCGTGAATGCAAGT
TACACAATCGAGACTGTCGAGGCTGAAAGAATATCGGTTGATCATGTTGCACACCTTAAG
CCATCTGATGGAGGCTCAGCAGCGACTCAATTGGCTGCTCATCTCACTGGCATACACAGT
GCCATCAAGATGCTTAATAGCAGAATCAGAGTGCTCCATCAATACCTTGGCGCAATGCAG
AAAGGTGATATTCCTTGCGACAACTCACTTCTGAGGCAAGTAGCTAGTCTGCTCAGAAGT
CTGCCTGCCGCACAATCAGAAAAGTTTGAAGAGGATTTCTTAATGGAGTACAACGACAAA
TTGCTGATGTCTTACCTAGCAATGGTCACAAATTGTACCAGCAACATGAA

QA 2 771 2 771
DS 

RD RR3AH84JQ 788 0 0
CTACATATTGGGATGGTACTCTACTGGAAGCGACGCTAATGAATCTGACATGAGTATCCA
CAAAGCTCTGATGGACATTAATGAATCGCCTGTTTATGTCCTTTTGAATCCTGCTATCAA
TCACGCTCAGAAGGATCTCCCTGTTACTATCTATGAAAGTGAATTCCATGTCATTGATGG
GATTCCTCAGCCAATTTTCGTGAATGCAAGTTACACAATCGAGACTGTCGAGGCTGAAAG
AATATCGGTTGATCATGTTGCACACCTTAAGCCATCTGATGGAGGCTCAGCAGCGACTCA
ATTGGCTGCTCATCTCACTGGCATACACAGTGCCATCAAGATGCTTAATAGCAGAATCAG
AGTGCTCCATCAATACCTTGGCGCAATGCAGAAAGGTGATATTCCTTGCGACAACTCACT
TCTGAGGCAAGTAGCTAGTCTGCTCAGAAGTCTGCCTGCCGCACAATCAGAAAAGTTTGA
AGAGGATTTCTTAATGGAGTACAACGACAAATTGCTGATGTCTTACCTAGCAATGGTCAC
AAATTGTACCAGCAACATGAACGAGGTGGTTGACAAATTCAACACTGCATACGAGAGGAA
CAGTCGAAGAGGCGGTAGGACTCCATTCATGTAGAGAGATTAGTTTCAGCTTGAGACCCT
TTTTTTTGCGGTTCCTTAGAGAAATCTAGAACTCCTAAAGGTATTTCGCTGTTCGGAATC
TAAGAGCTAATGACGTTCTTCTTTTAGACTACAAGCTATGTTTTAGATTACTTATATTTT
TAGCACTC

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3BW06JQ 721 0 0
CATGAGTATCCACAAAGCTCTGATGGACATTAATGAATCGCCTGTTTATGTCCTTTTGAA
TCCTGCTATCAATCACGCTCAGAAGGATCTCCCTGTTACTATCTATGAAAGTGAATTCCA
TGTCATTGATGGGATTCCTCAGCCAATTTTCGTGAATGCAAGCTACACAATCGAGACTGT
CGAGGCTGAAAGAATATCGGTTGATCATGTTGCACACCTTAAGCCATCTGATGGAGGCTC
AGCAGCGACTCAATTGGCTGCTCATCTCACTGGCATACACAGTGCCATCAAGATGCTTAA
TAGCAGAATCAGAGTGCTCCATCAATACCTTGGCGCAATGCAGAAAGGTGATATTCCTTG
CGACAACTCACTTCTGAGGCAAGTAGCTAGTCTGCTCAGAAGTCTGCCTGCCGCACAATC
AGAAAAGTTTGAAGAGGATTTCTTAATGGAGTACAACGACAAATTGCTGATGTCTTACCT
AGCAATGATCACAAATTGTACCAGCAACATGAACGAGGTGGTTGACAAATTCAACACTGC
ATACGAGAGGAACAGTCGAAGAGGCGGTAGGACTCCATTCATGTAGAGAGATTAGTTTCA
GCTTGAGACCCTTTTTTTTGCGGTTCCTTAGAGAAATCTAGAACTCCTAAAGGTATTTCG
CTGTTCGGAATCTAAGAGCTAATGACGTTCTTCTTTTAGACTACAAGCTATGTTTTAGAT
C

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 4

CO CL2573Contig1 1021 4 7 U
GCATCGTTACATCTCGCAGTTCTGAATCTGTTGATATGACTGTGAAAGAGCTTCAGCAAA
ACCTCAAAGAGATTATGAGTAAAGCTAGTGAATCAGATAGAAAGAAACTTGGTTATGCTA
AAGTGGTTGGTATTGCCTGTGATGTTTGTAAACCAGAGGACGTTGAGAAGTTGTCGAGTT
TCGCTGTAGAAGAGCTTGGTTCCATTAACATATGGATCAACAATGCTGGTACTAACAAAG
GCTTTAGACCGCTGCTTGATTTCACGGAAGAAGATATCAAGCAGATTGTGTCTACAAACT
TGATAGGATCGATTCTATGCACACGAGGGGCGATGGAAGTGATGAGTAGACAGGACAATG
GCGGACACATCTTTAACATGGATGGTGCTGGTTCTGGAGGCTCTAGCACTCCTCTCACGG
CTGTATATGGGTCAACAAAATGTGGACTTAGGCAATTTCATGGTTCCGTTGTGAAGGAAT
CCCAAAAGACAAAAGTTGGCTTGCACACTGCTTCCCCGGGCATGGTTCTCACCGAACTTC
TTCTCAGTGGTTCGAGTATAAAAAACAAGCAGATGTTTAACATAATCTGCGAGCTTCCCG
AGACGGTAGCTAGAACGCTAGTACCACGAATGCGTGTTGTCAAAGGTTCAGGAAAATCAG
TCAATTACCTAACTCCTCCAAGGATATTGCTAGCTATCGTCACTTCTTGGCTCAGGAGAG
GCCGGTGGTTTGACGACCAAGGACGGGCGTTATATGCAGCGGAAGCGGACAGACTAAGGA
ACTGGGCAGAGAACAGGACGAGGTTGTCGTTAACAGACGCGATGGAGATGTATACTGAGA
ATACTTGGGTCTCTGTTTTCTCTCTTTCTGTTGTTTGTGCATTCATCATCGTATCAAGCA
CCACACCTAGCTCTTTCCCAGGCACTTGACCAAAATGTAAAGTTACTTGTTATGTATAAA
AACTATATGTAATAGGACCAATTTGTTCAACTCTTCTCTGGTGATGACACACTTTCTACG
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 

AF RR3DZ62TF U 1
AF RR3GF90TF U 265
AF RR3GF90JQ C 313
AF RR3AC61JQ C 385
BS 1 361 RR3DZ62TF
BS 362 362 RR3GF90TF
BS 363 365 RR3DZ62TF
BS 366 366 RR3GF90TF
BS 367 711 RR3DZ62TF
BS 712 855 RR3GF90TF
BS 856 1021 RR3GF90JQ

RD RR3DZ62TF 711 0 0
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ACCTCAAAGAGATTATGAGTAAAGCTAGTGAATCAGATAGAAAGAAACTTGGTTATGCTA
AAGTGGTTGGTATTGCCTGTGATGTTTGTAAACCAGAGGACGTTGAGAAGTTGTCGAGTT
TCGCTGTAGAAGAGCTTGGTTCCATTAACATATGGATCAACAATGCTGGTACTAACAAAG
GCTTTAGACCGCTGCTTGATTTCACGGAAGAAGATATCAAGCAGATTGTGTCTACAAACT
TGATAGGATCGATTCTATGCACACGAGGGGCGATGGAAGTGATGAGTAGACAGGACAATG
GTGGATACATCTTTAACATGGATGGTGCTGGTTCTGGAGGCTCTAGCACTCCTCTCACGG
CTGTATATGGGTCAACAAAATGTGGACTTAGGCAATTTCATGGTTCCGTTGTGAAGGAAT
CCCAAAAGACAAAAGTTGGCTTGCACACTGCTTCCCCGGGCATGGTTCTCACCGAACTTC
TTCTCAGTGGTTCGAGTATAAAAAACAAGCAGATGTTTAACATAATCTGCGAGCTTCCCG
AGACGGTAGCTAGAACGCTAGTACCACGAATGCGTGTTGTCAAAGGTTCAGGAAAATCAG
TCAATTACCTAACTCCTCCAAGGATATTGCTAGCTATCGTCACTTCTTGGC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3GF90TF 591 0 0
G
GGAAGAAGATATCAAGCAGATTGTGTCTACAAACTTGATAGGATCGATTCTATGCACACG
AGGGGCGATGGAAGTGATGAGTAGACAGGACAATGGCGGACACATCTTTAACATGGATGG
TGCTGGTTCTGGAGGCTCTAGCACTCCTCTCACGGCTGTATATGGGTCAACAAAATGTGG
ACTTAGGCAATTTCATGGTTCCGTTGTGAAGGAATCCCAAAAGACAAAAGTTGGCTTGCA
CACTGCTTCCCCGGGCATGGTTCTCACCGAACTTCTTCTCAGTGGTTCGAGTATAAAAAA
CAAGCAGATGTTTAACATAATCTGCGAGCTTCCCGAGACGGTAGCTAGAACGCTAGTACC
ACGAATGCGTGTTGTCAAAGGTTCAGGAAAATCAGTCAATTACCTAACTCCTCCAAGGAT
ATTGCTAGCTATCGTCACTTCTTGGCTCAGGAGAGGCCGGTGGTTTGACGACCAAGGACG
GGCGTTATATGCAGCGGAAGCGGACAGACTAAGGAACTGGGCAGAGAACAGGACGAGGTT
GTCGTTAACAGACGCGATGGAGATGTATACTGAGAATACTTGGGTCTCTG

QA 2 591 2 591
DS 

RD RR3GF90JQ 709 0 0
TTCTATGCACACGAGGGGCGATGGAAGTGATGAGTAGACAGGACAATGGCGGACACATCT
TTAACATGGATGGTGCTGGTTCTGGAGGCTCTAGCACTCCTCTCACGGCTGTATATGGGT
CAACAAAATGTGGACTTAGGCAATTTCATGGTTCCGTTGTGAAGGAATCCCAAAAGACAA
AAGTTGGCTTGCACACTGCTTCCCCGGGCATGGTTCTCACCGAACTTCTTCTCAGTGGTT
CGAGTATAAAAAACAAGCAGATGTTTAACATAATCTGCGAGCTTCCCGAGACGGTAGCTA
GAACGCTAGTACCACGAATGCGTGTTGTCAAAGGTTCAGGAAAATCAGTCAATTACCTAA
CTCCTCCAAGGATATTGCTAGCTATCGTCACTTCTTGGCTCAGGAGAGGCCGGTGGTTTG
ACGACCAAGGACGGGCGTTATATGCAGCGGAAGCGGACAGACTAAGGAACTGGGCAGAGA
ACAGGACGAGGTTGTCGTTAACAGACGCGATGGAGATGTATACTGAGAATACTTGGGTCT
CTGTTTTCTCTCTTTCTGTTGTTTGTGCATTCATCATCGTATCAAGCACCACACCTAGCT
CTTTCCCAGGCACTTGACCAAAATGTAAAGTTACTTGTTATGTATAAAAACTATATGTAA
TAGGACCAATTTGTTCAACTCTTCTCTGGTGATGACACACTTTCTACGC

QA 1 709 1 709
DS 

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GACTTAGGCAATTTCATGGTTCCGTTGTGAAGGAATCCCAAAAGACAAAAGTTGGCTTGC
ACACTGCTTCCCCGGGCATGGTTCTCACCGAACTTCTTCTCAGTGGTTCGAGTATAAAAA
ACAAGCAGATGTTTAACATAATCTGCGAGCTTCCCGAGACGGTAGCTAGAACGCTAGTAC
CACGAATGCGTGTTGTCAAAGGTTCAGGAAAATCAGTCAATTACCTAACTCCTCCAAGGA
TATTGCTAGCTATCGTCACTTCTTGGCTCAGGAGAGGCCGGTGGTTTGACGACCAAGGAC
GGGCGTTATATGCAGCGGAAGCGTACAGACTAAGGAACTGGGCAGAGAACAGGACGAGGT
TGTCGTTAACAGACGCGATGGAGATGTATACTGAGAATACTTGGGTCTCTGTTTTCTCTC
TTTCT*TTGTTTGTGCATTCATCATCGTATCAAGCACCACACCTAGCTCTTTCCCAGGCA
CTTGACCAAAATGTAAAGTTACTTGTTATGTATAAAAACTATATGTAATGGGACCAATTT
GTTCAACTCTTCTCTGGTGATGACACACTTTCTACGC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 3

CO CL2574Contig1 766 3 7 U
GGCAAACCAAAGCAGAGAAACTCAACCAGAACTACGCAAACGACACCGTTTCACAGCAAA
AAGATGCTTTCTTCTTCTCCATCCTCCTTCGCTAATCCATTCCTCTCCACTTCCCCGCCT
CTCTCCCCCGTATCTCCTCCGTCTCGCTCCGCCCGTATCTCACCTCCTCCCGTCTCCGCC
TCTTGCTCATACACCTGCACGGAGGACGCCCCGCGGCTGCACCAGATCCCGCTGCGACTG
ACGACGACGACGACGGCGAACGCTTCTCTCTACGAGATCCTGGAGGTTCCTCTCGGCGCG
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GCGGCGGGAACCGATCGGACGTCGGCCGATGAGTTCATGAAGATCCACGCGGCTTACTGT
ACGCTTTCTGATCCCGAGAAACGATCTGTCTACGATCGGAGGATGCTTCGTCGGAGCAGG
CCTTTGACCGTCGGTAACTCGGGGATGGGCGGTTACGTTGGCCGGAACTGGGAAACTGAT
CAGTGCTGGTAGCGAGTTCACGCGGTGTCCGAGTTAACCCGCGTTAATTTGAATTTAAGA
AAACAAGATGAATCGGATTTGTATAAATTAAAATAGGAAACGATAAATCTGGAGCTTGCT
TGACGTTGTAATTAGTAGTAAGTCATTAAGCTACCACGGACGAGGATTTTAGTGTGCTAA
CATATGCTATACGGCGCCGCTTGGTTTGTGTTACGTAGGATCTACG


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3E512TF U 1
AF RR3GA91TF U 2
AF RR3E512JQ C 512
BS 1 235 RR3E512TF
BS 236 236 RR3GA91TF
BS 237 252 RR3E512TF
BS 253 253 RR3GA91TF
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BS 624 727 RR3GA91TF
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RD RR3E512TF 623 0 0
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AAGATGCTTTCTTCTTCTCCATCCTCCTTCGCTAATCCATTCCTCTCCACTTCCCCGCCT
CTCTCCCCCGTATCTCCTCCGTCTCGCTCCGCCCGTATCTCACCTCCTCCCGTCTCCGCC
TCTTGCTCATACACCTGCACGGAGGACGCCCCGCGGCTGCACCAGATCCCGCTGCTACTG
ACGACGACGACGGCGGCGAACGCTTCTCTCTACGAGATCCTGGAGGTTCCTCTCGGCGCG
ACGAGCCAGGATATCAAATCGGCTTACCGGAGACTGGCCAGGATCTGCCATCCAGACGTG
GCGGCGGGAACCGATCGGACGTCGGCCGATGAGTTCATGAAGATCCACGCGGCTTACTGT
ACGCTTTCTGATCCCGAGAAACGATCTGTCTACGATCGGAGGATGCTTCGTCGGAGCAGG
CCTTTGACCGTCGGTAACTCGGGGATGGGCGGTTACGTTGGCCGGAACTGGGAAACTGAT
CAGTGCTGGTAGCGAGTTCACGCGGTGTCCGAGTTAACCCGCGTTAATTTGAATTTAAGA
AAACAAGATGAATCGGATTTGTA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3GA91TF 726 0 0
GG
AAACCAAAGCAGAGAAACTCAACCAGAACTACGCAAACGACACCGTTTCACAGCAAAAAG
ATGCTTTCTTCTTCTCCATCCTCCTTCGCTAATCCATTCCTCTCCACTTCCCCGCCTCTC
TCCCCCGTATCTCCTCCGTCTCGCTCCGCCCGTATCTCACCTCCTCCCGTCTCCGCCTCT
TGCTCATACACCTGCACGGAGGACGCCCCGCGGCTGCACCAGATCCCGCTGCGACTGACG
ACGACGACGACGGCGAACGCTTCTCTCTACGAGATCCTG*AGGTTCCTCTCGGCGCGACG
AGCCAGGATATCAAATCGGCTTACCGGAGACTGGCCAGGATCTGCCATCCAGACGTGGCG
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CTTTCTGATCCCGAGAAACGATCTGTCTACGATCGGAGGATGCTTCGTCGGAGCAGGCCT
TTGACCGTCGGTAACTCGGGGATGGGCGGTTACGTTGGCCGGAACTGGGAAACTGATCAG
TGCTGGTAGCGAGTTCACTCGGTGTCCGAGTTAACCCGCGTTAATTTGAATTTAAGAAAA
CAAGATGAATCGGATTTGTATAAATTAAAATAGGAAACGATAAATCTGGAGCTTGCTTGA
CGTTGTAATTAGTAGTAAGTCATTAAGCTACCACGGACGAGGATTTTAGTGTGCTAACAT
ATGC

QA 3 726 3 726
DS 

RD RR3E512JQ 255 0 0
GTTACGTTGGCCGGAACTGGGAAACTGATCAGTGCTGGTAGCGAGTTCACGCGGTGTCCG
AGTTAACCCGCGTTAATTTGAATTTAAGAAAACAAGATGAATCGGATTTGTATAAATTAA
AATAGGAAACGATAAATCTGGAGCTTGCTTGACGTTGTAATTAGTAGTAAGTCATTAAGC
TACCACGGACGAGGATTTTAGTGTGCTAACATATGCTATACGGCGCCGCTTGGTTTGTGT
TACGTAGGATCTACG

QA 1 255 1 255
DS 



AS 1 3

CO CL2575Contig1 1165 3 35 U
GTTTGGCTTAAAATTTCGTCTGATAGTCCGTTGACGACATCATGTAGTTTTTCTTAGAAA
AATAACAAAAAAGAGAACAGATATTGAAACCACACTAAAATAAAACTCTGCCACTAAATA
AAAGAAAATTTTCGTTTTTTTGTTAAATGTTAAGAAACTGGACAGAGTTTCAGGGTCAAG
TTCCTTCTATAAACCATTAAATAGAAGAGCAGAAGGATGCAACTTATATATTACAGCTTC
AACAAAACAAGATTGTTTGTCTCCATTTCTTGTGCTTGTATTGGTTAAAGATTAGATAGA
ACGAAGTGAGCAAAGGGCATAACCAGAAGCCAAGGAGCAGAAGGCGAATGAGACAAAGGA
GACAAAAGATAACGAGACAGATGCTCTAGCTAAGTCTGGGAACTTGTCTGCTCCCCAATT
TGATAGCCAATCGTCTACGCGGATAGAAGCTGAAGTTGA*GCCGATGCAAGAAGATACGC
TATCATTTGATCAAGAGCAAATTCCAAGAAATGTCGGAGGTTGTGTCGTGATCTGCGAAT
GCTAGTAGATAACAGATAAACGAGATCACATATCATAAAAGCTGAGTAGACAAAACCAAT
CACATTCGCAGCCAAACAGAACCTGAACTCTTTGTATTTGTAGAAAGAATCACGAGCCCA
TCCTTTATCTCTATCAGCAACCATAACAGAGAAGGAGACGAGACACGATACAAACGCAGT
AACCCTAAACCCAAGCAAAGCCTTCCTAACGAAACTCGCCCATTTCGATTCACGCGGAGC
AGTGGAGAAGCTCGGCGGCCTAAGTCGCCTCCTGCTCTCGCCGAGTTTCTGCTCCGCCAA
ATCTGCGTTAGTAACCCTAAAAGGAGTCTCGTCTTTCGTGGCGACGGAAGGAGTTGGGAT
GACGGTGTGAGGAGAAGATCCGTGGCTGTCGGGGATCGAAGAGACGGTGTTGGGTGAGTC
AGGAGGTGAATCAACGGTCGTTGGTGGTAGTGAGTGAAGCGATGATCTTGAAGACATCTC
TGGTACTGGTTCTCGTCTTTGTTTTTTTGTCTTCTTTTTCCTCCTCTTGTTGCTGCTGCT
GCTTCCGAGATTTCTGCGTCTTTTCTTCGTCTTCTTCTTCCATTTTTCGTTGATATTTTT
GGGTTTTTAAATATTATTAATTGCC


BQ
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DS 



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AF RR3DV96TF U 1
AF RR3D276TF U 556
AF RR3D276JQ C 807
AF RR3DV96JQ C 813
BS 1 727 RR3DV96TF
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BS 729 746 RR3DV96TF
BS 747 747 RR3D276TF
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BS 760 1244 RR3D276TF
BS 1245 1480 RR3D276JQ
BS 1481 1485 RR3DV96JQ

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ATTAAGTTGATTCTCTTTCTCAGTTTTCACTTATTTCAAGAGGATTCTTTTGGTTCCCTT
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TGTTAAATCTAATATTCCTTTGCAACTGAACTAAAATGTTATCCTAATCCCCTCTGCTTA
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ATGTTACTGTTGTGTTTGTTACTCTTAATGGGCATTACCAAGTTACTAAATGGGTACTAA
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AAACATGTGTTGTTTCAGGATTTGTCAAATGTCAGTGAACCGAAACAAAGATAAAGTTGT
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TCAAGCAACGGTT

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DS 

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G
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ATAGAGTTTTT*AGCTTTTCAGGAGATTTATGGCTCTATACATCAGCAGAAACATATTAG
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GGAAAGTGTTTGAGAAACTGTTTGTGGA

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DS 

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AACGTT
TTCATTCTTCCATATATTCTTATTAGGTAGATTCAAGAAACTTAATAGAGTTTTT*AGCT
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AGAGGACACAAAACATACATTTCTTGTTCTGAAATCCATTGCACAAGAATATGATTTGCA
GGGCTTTCTTCCGTATCCATATTCAAGACCGATCAAAGTGCAATGGAAAGTGTTTGAGAA
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CAATGACT

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DS 

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TTTCAGGAGATTTATGGCTCTATACATCAGCAGAAACATATTAGGCGTGGATACAGAAGA
CATAGATGAAATGCTGGGACATATTTACTTATTCTTGAAAGATCGGCTTCAACTTTCAAC
TACGCCTGCTTCAGGCGTTCTGCACGGAACCATGATCGACCAATTGATTGTTTGTGGCAA
ATCCAAAGAAGAGGCTGATGAGCTCGTGACAAATATTTGGCTGGCTCTTCTCGACAACTT
AGAGGACACAAAACATACATTTCTTGTTCTGAAATCCATTGCACAAGAATATGAT*****
*GGCTTTCTTCCGTATCCATATTCAAGACCGATCAAAGTGCAATGGAAAGTGTTTGAGAA
ACTGTTTGTGGACTTCCGGGACCTGTTGTTTGATCATTCGGAGTACTGCGACTTAATAGG
AATCGCCAAGAAGAAGTTTCAGACATTACCTCATCTTTGGTTAGGCTATTAACTAACTTA
AACCAAAGACATTCATAAAAGTCTCCATCTTCTGTAAGAAAAACGTATAAAACACTGATT
CTTTATGGGTCATGTAACATTCATGTTTACTTTCCAAAAGTAGAAAAGTCAAAAACCTTT
CAATGACTCTTTT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 3

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CATAAGTTTAATTATTTTATCAAAAGAAATGTTTAAAATTTTATAAATTAGTTAAAAGAT
TAAATTCATAAGCATATTTTTCAAACTTCATTGTTTCATGTAGACTTTTCGTAATGTACT
TTAATATTTTTGTATCACATATATCGGGTCCATAGCCACATTTAGAGGCTCCTCATGAAA
AATCCCTCGAACGTAATTCCCGGTCCGAAGGCTAAACCTAGACCCCACTCTTCTCCACCT
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CTTGCGTTCCCATAATCCATCAACGCCTGTCTGCTGCATTCCAACTTCTCTGGTTTCAGC
TTCAGTTTCGTCTCTAGCCCGTTCAGGATGGCCGGTCCACCGGGATGAACGGCCCAAAAC
AGGTCATTCAACTCCAATGAACCAAAGCCAGCCTTTGCCACCAGCTTCTTGCAAAACTCC
TCTATGTTGTCTTCGATCTTCTGAGGCAGTTCTCTTCCTAGCTTGAAGCTTATGCCCTCC
TCTGACAACCGCCCGTCAATCACCCCATGCGTTCCTGGTAGGAACTGCTGCAGCGCATAG
TGAAGCTCCATGAAGGGACTTTCTGACTCTGTAGGGTCTGCTCCGATGATCAGGGCAGCT
GCTCCGTCTCCAAAGAGAGCAGCCCCGACTAAGTCGTAAGGGCGAGCTTTGTTGGGGGGA
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TCAGCAATGTCCTTGGCCACGCGCATCCCACTCACACCTCCGTAGCATCCCAGAAAATAA
AACAACACCCTCTGCACCTCGTTGCTAAGGCCCAGTTGTGCCGAGAGGTAAAGGTCACCC
CCGGGCAAACGGAACTCACTGGATGAAACATAGACGAGATGTGTGATATCTTCCACTGTC
CTTCCCCATTCCTTGATGCAAGCCAAGCTCGCTTCATATGCCATCTGCACAACCGCCTCG
TTTGCGATCTCAAGCCTCTGTTTGATGGTTGGGGAACCCTCCGTTGCTAGCTCAGGGTAT
TTTTGCATCGTCTCGCTGGACATGACCGTGTAGCGTGTCTTCACAGTTGTGGTTTTACAC
AAGTGTTGCAGCTTCTCTTTGATAGAGGGGTCATCGCATTTGATTTCACGGAGATACTCC
TCCACGAGATTCTCTTGAGAGACTACATTGCTGGGGAGGCCTTACCTAGAGCAAGCACAG
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CCCTTCCGGTGGCCAACATATTTGTCAGGTTTCACAACACAAAGAGTTATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BW50JQ U 1
AF RR3CE68JQ U 109
AF RR3CE68TF C 690
BS 1 457 RR3BW50JQ
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BS 732 835 RR3CE68JQ
BS 836 1372 RR3CE68TF

RD RR3BW50JQ 731 0 0
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TAAATTCATAAGCATATTTTTCAAACTTCATTGTTTCATGTAGACTTTTCGTAATGTACT
TTAATATTTTTGTATCACATATATCGGGTCCATAGCCACATTTAGAGGCTCCTCATGAAA
AATCCCTCGAACGTAATTCCCGGTCCGAAGGCTAAACCTAGACCCCACTCTTCTCCACCT
CTGCCTTTGTTCTCAAGCTCACCTCTTACTTTGTCCATTATGTAAAAAATGGTGTTGCTG
CTTGCGTTCCCATAATCCATCAACGCCTGTCTGCTGCATTCCAACTTCTCTGGTTTCAGC
TTCAGTTTCGTCTCTAGCCCGTTCAGGATGGCCGGTCCACCGGGATGAACGGCCCAAAAC
AGGTCATTCAACTCCAATGAACCAAAGCCAGCCTTTGTCACCAGCTTCTTGCAAAACTCC
TCTATGTTGTCTTCGATCTTCTGAGGCAGTTCTCTTCCTAGCTTGAAGCTTATGCCCTCC
TCTGACAACCGCCCGTCAATCACCCCATGCGTTCCTGGTAGGAACTGCTGCAGCGCATAG
TGAAGCTCCATGAAGGGACTTTCTGACTCTGTAGGGTCTGCTCCGATGATCAGGGCAGCT
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CGGAACCCAAG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3CE68JQ 727 0 0
CGTA
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TCATGAGAAATCCCTCGAACGTAATTCCCGGTCCGAAGGCTAAACCTAGACCCCACTCTT
CTCCACCTCTGCCTTTGTTCTCAAGCTCACCTCTTACTTTGTCCATTATGTAGAAGATGG
TGTTGCTGCTTGCGTTCCCATAATCCATCAACGCCTGTCTGCTGCATTCCAACTTCTCTG
GTTTCAGCTTCAGTTTCGTCTCTAGCCCGTTCAGGATGGCCGGTCCACCGGGATGAACGG
CCCAAAACAGGTCATTCAACTCCAATGAACCAGAGCCAGCCTTTGCCACCAGCTTCTTGC
AAAACTCCTCTATGTTGTCTTCGATCTTCTGAGGCAGTTCTCTTCCTAGCTTGAAGCTTA
TGCCCTCCTCTGACAACCGCCCGTCAATCACCCCATGCGTTCCTGGTAGGAACTGCTGCA
GCGCATAGTGAAGCTCCATGAAGGGACTTTCTGACTCTGTAGGGTCTGCTCCGATGATCA
GGGCAGCTGCTCCGTCTCCAAAGAGAGCAGCCCCGACTAAGTCGTAAGGGCGAGCTTTGT
TGGGGGGACGGAACCCAAGAACCATAGTCTCAGAGGTGGTGAGCAGCACCCGGCTCCCTG
GGTTGTTCTCAGCAATGTCCTTGGCCACGCGCATCCCACTCACACCTCCGTAGCATCCCA
GAA

QA 5 727 5 727
DS 

RD RR3CE68TF 683 0 0
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GGTGAGCAGCACCCGGCTCCCTGGGTTGTTCTCAGCAATGTCCTTGGCCACGCGCATCCC
ACTCACACCTCCGTAGCATCCCAGAAAATAAAACAACACCCTCTGCACCTCGTTGCTAAG
GCCCAGTTGTGCCGAGAGGTAAAGGTCACCCCCGGGCAAACGGAACTCACTGGATGAAAC
ATAGACGAGATGTGTGATATCTTCCACTGTCCTTCCCCATTCCTTGATGCAAGCCAAGCT
CGCTTCATATGCCATCTGCACAACCGCCTCGTTTGCGATCTCAAGCCTCTGTTTGATGGT
TGGGGAACCCTCCGTTGCTAGCTCAGGGTATTTTTGCATCGTCTCGCTGGACATGACCGT
GTAGCGTGTCTTCACAGTTGTGGTTTTACACAAGTGTTGCAGCTTCTCTTTGATAGAGGG
GTCATCGCATTTGATTTCACGGAGATACTCCTCCACGAGATTCTCTTGAGAGACTACATT
GCTGGGGAGGCCTTACCTAGAGCAAGCACAGTTGCCCTTCCTTTATTGGCAACACGCCTT
GTACTTTGGGATATTTCCTTTTGTTTTTCTACCCTTCCGGTGGCCAACATATTTGTCAGG
TTTCACAACACAAAGAGTTATCC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 4

CO CL2578Contig1 1054 4 5 U
GGACATATTTAAGACAATGTTTTCTTTATCCCCAGCTCTGTATCAATTATCAAACATGAG
ACTGAAAGAGCAAGTTGAGTAACCACCACAAAGCAATCATCTTAAACTCAAACCTAAAAA
CAAACAAAAGACAAGAAAAAAAAAACCCGAGTAACTCGAGCAACAAACGTCGCTTGTGGC
TCAAAACTTATTCTTCATCATCTCTATAACTTCATCTTTTATTTTCTCCCTCTCTCTCCC
TCTCCTTCCAGCGCCGTAAGAAATGTCTTCGGACACGTTGGACAAGCTGGTGGTGTTCTT
GGCTAAGAGAGATGGAATAGACAAGCTTGTGAAAACATTCCAATACGTCTCCAAGCTCGC
CTGCTGGCACGTTGAGGCCACACGACCCGAGGCGGCCGAAAAATTCAAGAAATGGGAGGT
CGCGTCTGGTCTCAGCCGCAAAGCATTCAGGACCGGGAGGTCTCTCACGGGTTTCAATGC
CTTGAGACGAAACCCTGGTGCAACACCTGTGATACGTTTCTTGGCGGTCCTAGCCAATTC
AGGAGAGATGGTTTACTTTTTCTTCGATCATTTCCTTTGGTTATCAAGAATCGGTACACT
AGATCCTAAGATCGCTAAGAAAATGAGTTTCATCCCGGCTTTTGGTGAATCTTTTGGCTA
CGTTTTCTTTATCATCATCGATTGCATTTTCATAAGGCAGAGACTCAGATCCTTGAAAAG
ACTCAAGACAAATGATGAACCGAAAGAAGAAACCAGCGGGAAAGTTAGTGAGATTCAAGG
AGATATAGTGATGAGATTGATGGGAATTTCAGCTAACGTTGCGGATTTGATTATCGCATT
GGCGGAAATTCAACCGAACCCGTTTTGTAACCACACGGTTACACTCGGTATAAGCGGTTT
AGTTTCGGCTTGGGCTGGTTGGTATAGGAATTGGCCATCGTGAGAGATATACTAAGATCA
AATGAACGTATCTATATGTATGTATGTTGTAACTTGTAAGTGTGACCAATGCGTAACTTA
CTTGAATATATATATATATGCACACTTTTATTTT


BQ
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AF RR3E652TF U 38
AF RR3GR85TF U 1
AF RR3E652JQ C 391
AF RR3GR85JQ C 490
BS 1 439 RR3GR85TF
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GG
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TCTTAAACTCAAACCTAAAAACAAACAAAAGACAAGAAAAAAAAA*CCCGAGTAACTCGA
GCAACAAACGTCGCTTGTGGCTCAAAACTTATTCTTCATCATCTCTATAACTTCATCTTT
TATTTTCTCCCTCTCTCTCCCTCTCCTTCCAGCGCCGTAAGAAATG*CTTCGGACACGTT
GGACAAG

QA 3 249 3 249
DS 

RD RR3GR85TF 692 0 0
GGACATATTTAAGACAATGTTTTCTTTATCCCCAGCTCTGTATCAATTATCAAACATGAG
ACTGAAAGAGCAAGTTGAGTAACCACCACAAAGCAATCATCTTAAACTCAAACCTAAAAA
CAAACAAAAGACAAGAAAAAAAAAACCCGAGTAACTCGAGCAACAAACGTCGCTTGTGGC
TCAAAACTTATTCTTCATCATCTCTATAACTTCATCTTTTATTTTCTCCCTCTCTCTCCC
TCTCCTTCCAGCGCCGTAAGAAATGTCTTCGGACACGTTGGACAAGCTGGTGGTGTTCTT
GGCTAAGAGAGATGGAATAGACAAGCTTGTGAAAACATTCCAATACGTCTCCAAGCTCGC
CTGCTGGCACGTTGAGGCCACACGACCCGAGGCGGCCGAAAAATTCAAGAAATGGGAGGT
CGCGTCTGGTCTCAGCCGCGAAGCATTCAGGACCGGGAGGTCTCTCACGGGTTTCAATGC
CTTGAGACGAAACCCTGGTGCAACACCTGTGATACGTTTCTTGGCGGTCCTAGCCAATTC
AGGAGAGATGGTTTACTTTTTCTTCGATCATTTCCTTTGGTTATCAAGAATCGGTACACT
AGATCCTAAGATCGCTAAGAAAATGAGTTTCATCCCGGCTTTTGGTGAATCTTTTGGCTA
CGTTTTCTTTATCATCATCGATTGCATTTTCA

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3E652JQ 662 0 0
GGCGGCCGAAAAATTCAAGAAATGGGAGGTCGCGTCTGGTCTCAGCCGCAAAGCATTCAG
GACCGGGAGGTCTCTCACGGGTTTCAATGCCTTGAGACGAAACCCTGGTGCAACACCTGT
GATACGTTTCTTGGCGGTCCTAGCCAATTCAGGAGAGATGGTTTACTTTTTCTTCGATCA
TTTCCTTTGGTTATCAAGAATCGGTACACTAGATCCTAAGATCGCTAAGAAAATGAGTTT
CATCTCGGCTTTTGGTGAATCTTTTGGCTACGTTTTCCTTATCATCATCGATTGCATTTT
CATAAGGCAGAGACTCAGATCCTTGAAAAGACTCAAGACAAATGATGAACCGAAAGAAGA
AACCAGCGGGAAAGTTAGTGAGATTCAAGGAGATATAGTGATGAGATTGATGGGAATTTC
AGCTAACGTTGCGGATTTGATTATCGCATTGGCGGAAATTCAACCGAACCCGTTTTGTAA
CCACACGGTTACACTCGGTATAAGCGGTTTAGTTTCGGCTTGGGCTGGTTGGTATAGGAA
TTGGCCATCGTGAGAGATATACTAAGATCAAATGAACGTATCTATATGTATGTATGTTGT
AACTTGTAAGTGTGACCAATGCGTAACTTACTTGAATATATATATAT
GCACACTTCTATTTT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3GR85JQ 565 0 0
AAACCCTGGTGCAACACCTGTGATACGTTTCTTGGCGGTCCTAGCCAATTCAGGAGAGAT
GGTTTACTTTTTCTTCGATCATTTCCTTTGGTTATCAAGAATCGGTACACTAGATCCTAA
GATCGCTAAGAAAATGAGTTTCATCCCGGCTTTTGGTGAATCTTTTGGCTACGTTTTCTT
TATCATCATCGATTGCATTTTCATAAGGCAGAGACTCAGATCCTTGAAAAGACTCAAGAC
AAATGATGAACCGAAAGAAGAAACCAGCGGGAAAGTTAGTGAGATTCA*GGAGATATAGT
GATGAGATTGATGGGAATTTCAGCTAACGTTGCGGATTTGATTATCTCATTGGCGGAAAT
TCAACCGAACCCGTTTTGTAACCACACGGTTACACTCGGTATAAGCGGTTTAGTTTCGGC
TTGGGCTGGTTGGTATAGGAATTGGCCATCGTGAGAGATATACTAAGATCAAATGAACGT
ATCTATATGTATGTATGTTGTAACTTGTAAGTGTGACCAATGCGTAACTTACTTGAATAT
ATATATATATGCACACTTTTATTTT

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 4

CO CL2579Contig1 1283 4 6 U
GGAATCTACTCCTCTCCTTTGCGTGTTTATTAGTTTAAATACGGATCGCACTCCTCCTCC
GACGGCGGCGGATTACATTTCCGGTGAGATCTAGAGATGGCGGATGAGAAGTATAACCGT
AAGAATCCGGCCGTGAAGAGGATTCTGCAGGAGGTTAAGGAGATGCAAGCTAATCCGTCT
GACGATTTCATGTCTCTCCCCCTTGAGGAGAACATATTTGAGTGGCAATTCGCCATCAGA
GGCCCTGCGGATACTGAGTTTGAAGGTGGGATCTATCATGGGAGGATTCAACTGCCTGCA
GATTACCCTTTCAAACCTCCTTCCTTCATGTTGTTGACTCCTAATGGCCGTTTTGAAACC
AATACCAAGATTTGCTTGAGCATTTCGAATTACCATCCCGAGCATTGGCAGCCTTCATGG
AGTGTTCGCACCGCTTTGGTGGCTCTCATTGCCTACATGCCTACAAGCCCCAACGGAGCA
CTGGGCTCTGTAGAGTATCCGAAAGAAGAGAGGCGTACACTAGCCATTAAATCACGTGAG
GCACCACCCAAGTATGGCTCTCCTGAACGTCAGAAAGTTATAGATGAGATTCATCATAAC
ATCCTTAGCAAAGCGACAGTGGTTTCAAAACCTCTTCCTCTGGAATGTAACCAAACTGCT
TCCACTGAATCAGTAGCTCATTCCCAAACGGAGCCACAAGAAGCCATAACAGTAATT*CA
AGAGACGTCCAGCGCTACAGCACACACCATAGCTGATGATCAAATAATCGAAGAAGCAGC
CCAAGCAGTCCCCACAGCAGGATCTTTAGCAACGGTTGAGGTTGCGGCAAAAGCTTCTGG
AAGTGGTGAGCAAACAATGGTCAGAAGACCTGCTCAGAAGCCAGTCGATGACAGACTGTT
CACGTTGGCAGCGGTTGGGCTCACAATCGCAATCACGGTTCTTCTCCTAAAGAAGTTCAT
AAGGTCAAGTGGTTATGGCACTGGCTTTATGGACGAGTCTTGAACATCGTCGATGCAAAC
CAAACGGTAAAGAAAAGGTGAAAGCTGATCGATGAATAAATTGTGTGAAAAGTCGATGCT
GCTGATGGCGTTTGTTGGTCGTTTGGCATATGAATATGATTAAAGTGCATATAAAATAGG
GTAAATAATTATGTGTGACATTGTCTTGCAGACGTATTTGGTAAAATTCGATTATAGCTT
GTGACCAAGTTAGCAACAATATTGTATTTTGGATTTGAATATTGTACACACTTTTATTAC
TTTCTTACTAGAATTTAAATTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GV45TF U 1
AF RR3C739TF U 322
AF RR3GV45JQ C 504
AF RR3C739JQ C 639
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BS 433 748 RR3GV45TF
BS 749 1106 RR3GV45JQ
BS 1107 1107 RR3C739JQ
BS 1108 1283 RR3GV45JQ

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GACGGCGGCGGATTACATTTCCGGTGAGATCTAGAGATGGCGGATGAGAAGTATAACCGT
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GACGATTTCATGTCTCTCCCCCTTGAGGAGAACATATTTGAGTGGCAATTCGCCATCAGA
GGCCCTGCGGATACTGAGTTTGAAGGTGGGATCTATCATGGGAGGATTCAACTGCCTGCA
GATTACCCTTTCAAACCTCCTTCCTTCATGTTGTTGACTCCTAATGGCCGTTTTGAAACC
AATACCAAGATTTGCTTGAGCATTTCGAATTACCATCCCGAGCATTGGCAGCCTTCATGG
AGTGTTCGCACTGCTTTGGTGGCTCTCATTGCCTACATGCCTACAAGCCCCAACGGAGCA
CTGGGCTCTGTAGAGTATCCGAAAGAAGAGAGGCGTACACTAGCCATTAAATCACGTGAG
GCACCACCCAAGTATGGCTCTCCTGAACGTCAGAAAGTTATAGATGAGATTCATCATAAC
ATCCTTAGCAAAGCGACAGTGGTTTCAAAACCTCTTCCTCTGGAATGTAACCAAACTGCT
TCCACTGAATCAGTAGCTCATTCCCAAACGGAGCCACAAGAAGCCATAACAGTAATT*CA
AGAGACGTCCAGCGCTACAGCACACACC
ATAGCTGATGATCAA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3C739TF 435 0 0
G
CCTTCATGTTGTTGACTCCTAATGGCCGTTTTGAAACCAATACCAAGATTTGCTTGAGCA
TTTCGAATTACCATCCCGAGCATTGGCAGCCTTCATGGAGTGTTCGCACCGCTTTGGTGG
CTCTCATTGCCTTCATGCCTACAAGCCCCAACGGAGCACTGGGCTCTGTAGAGTATCCGA
AAGAAGAGAGGCGTACACTAGCCATTAAATCACGTGAGGCACCACCCAAGTATGGCTCTC
CTGAACGTCAGAAAGTTATAGATGAGATTCATCATAACATCCTTAGCAAAGCGACAGTGG
TTTCAAAACCTCTTCCTCTGGAATGTAACCAAACTGCTTCCACTGAATCAGTAGCTCATT
CCCAAACGGAGTCACAAGAAGCCATAACAGTAATTTCAAGAGACGTCCAGCGCTACAGCA
CACACC
CATAGCTG

QA 2 427 2 427
DS 

RD RR3GV45JQ 780 0 0
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TGAACGTCAGAAAGTTATAGATGAGATTCATCATAACATCCTTAGCAAAGCGACAGTGGT
TTCAAAACCTCTTCCTCTGGAATGTAACCAAACTGCTTCCACTGAATCAGTAGCTCATTC
CCAAACGGAGCCACAAGAAGCCATAACAGTAATT*CAAGAGACGTCCAGCGCTACAGCAC
ACACCATAGCTGATGATCAAATAATCGAAGAAGCAGCCCAAGCAGTCCCCACAGCAGGAT
CTTTAGCAACGGTTGAGGTTGCGGCAAAAGCTTCTGGAAGTGGTGAGCAAACAATGGTCA
GAAGACCTGCTCAGAAGCCAGTCGATGACAGACTGTTCACGTTGGCAGCGGTTGGGCTCA
CAATCGCAATCACGGTTCTTCTCCTAAAGAAGTTCATAAGGTCAAGTGGTTATGGCACTG
GCTTTATGGACGAGTCTTGAACATCGTCGATGCAAACCAAACGGTAAAGAAAAGGTGAAA
GCTGATCGATGAATAAATTGTGTGAAAAGTCGATGCTGCTGATGGCGTTTGTTGGTCGTT
TGGTATATGAATATGATTAAAGTGCATATAAAATAGGGTAAATAATTATGTGTGACATTG
TCTTGCAGACGTATTTGGTAAAATTCGATTATAGCTTGTGACCAAGTTAGCAACAATATT
GTATTTTGGATTTGAATATTGTACACACTTTTATTACTTTCTTACTAGAATTTAAATTCT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3C739JQ 638 0 0
TCTGGAATGTAACCAAACTGCTTCCACTGAATCAGTAGCTCATTCCCAAACGGAGTCACA
AGAAGCCATAACAGTAATT*CAAGAGACGTCCAGCGCTACAGCACACACCATAGCTGATG
ATCAAATAATCGAAGAAGCAGCCCAAGCAGTCCCCACAGCAGGATCTTTAGCAACGGTTG
AGGTTGCGGCAAAAGCTTTTGGAAGTGGTGAGCAAACAATGGTCAGAAGACCTGCTCAGA
AGCCAGTCGATGACAGACTGTTCACGTTGGCAGCGGTTGGGCTCACAATCGCAATCATGG
TTTTTTTCCTAAAGAAGTTCATAAGGTCAAGTGGTTATGGCACTGGCTTTATGGACGAGT
CTTGAACATCGTCGATGCAAACCAAACGGTAAAGAAAAGGTGAAAGCTGATCGATGAATA
AATTGTGTGAAAAGTCGATGCTGCTGATGGCGTTTGTTGGTCGTTTGGCATATGAATATG
ATTAAAGTGCATATAAAATAGGGTAAATAATTATGTGTGACATTGTCTTGCAGACGTATT
TGGTAAAATTCGATTATAGCTTGTGACCAAGTTAGCAACAATATTGTATTTTGGATTTGA
ATATTGTACACACTTTTATTACTTTCTTACTAGAATTT

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 3

CO CL2580Contig1 900 3 17 U
AAAAGGGGCAACAATACAGAAGTAACATTATTCTTACAACCGGAAGGAACAGATAAAAGA
AGATATATATACTTGGGGGGGTGGGGGGGTAACAATATATTTGTGTGGAGTAGAGTGCTA
ATTTAGACGAGGATTTATCCCCGATATCCTCTCATCCTCCAACAGAGCATAAGGATCGAT
GTAGGGTGGTGGTGAAACAGGAGTTCTGCTTCCATCATGAACGAAATCTGCTCCAAAGTA
AAGGTAAAGGGCAGAGAAGGCGCCAAGGGTTAAGACTATCAAGGGCCAAAAAGCCAAGAA
GAAAGTCCCTCCAATCGTCAGCAAGATCCTAGCACGTGGAATCAATCCCTCAAGGCCTTC
ACTGTTTAAAGCAAGTGATCTCTCCCTCTGGTTTAACAAGCTTTGGTCAAACGCAGGAGT
AGTAGTTGCAGTCGTCTTAGAGCTGTTTCTAGTTTCTTTACCACCAGTTTTGATCTCATC
TACATCGACTTCATAGTCTTGAAGCAACGAAGTAGGAGTCATGCCTCGTCTCTTCAACTC
TTTCATAAACAATGATTCTGGAGGTTCTTCCCCTTTTGACTGATTATCGCCGTTGTTCAG
AGCAGATGAATGAACCCGAACACATCGACCAAGACGAACCCAACTACCAGAATCTGCTAA
TCTGAAAACCCTTTTTCTAAATTCCGATTTTACTGGAGATTTATGGCGGGAAATAGACAC
AGGTGAAGCACAGAGTCTAACGATCTCGAGAGACGAAGCCATCTTTCGTTTTTTTTTTCT
TTTCTACTCGATTTTCTAATAATGTTCCAGAGAAACGCCGCTCGCAGAATAACTAAGAAG
GAAGCTCTCACTAATTCAGACAGAAAGATTCGATTTTTTCTTCGGAGAGAATGGAGAGCC


BQ
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25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FK73JQ U 1
AF RR3CS32JQB U 90
AF RR3FT71TF C 173
BS 1 616 RR3FK73JQ
BS 617 618 RR3CS32JQB
BS 619 624 RR3FK73JQ
BS 625 625 RR3CS32JQB
BS 626 679 RR3FK73JQ
BS 680 680 RR3CS32JQB
BS 681 693 RR3FK73JQ
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BS 722 723 RR3FK73JQ
BS 724 724 RR3CS32JQB
BS 725 726 RR3FK73JQ
BS 727 727 RR3CS32JQB
BS 728 737 RR3FK73JQ
BS 738 797 RR3CS32JQB
BS 798 900 RR3FT71TF

RD RR3FK73JQ 741 0 0
AAAAGGGGCAACAATACAGAAGTAACATTATTCTTACAACCGGAAGGAACAGATAAAAGA
AGATATATATACTTGGGGGGGTGGGGGGGTAACAATATATTTGTGTGGAGTAGAGTGCTA
ATTTAGACGAGGATTTATCCCCGATATCCTCTCATCCTCCAACAGAGCATAAGGATCGAT
GTAGGGTGGTGGTGAAACAGGAGTTCTGCTTCCATCATGAACGAAATCTGCTCCAAAGTA
AAGGTAAAGGGCAGAGAAGGCGCCAAGGGTTAAGACTATCAAGGGCCAAAAAGCCAAGAA
GAAAGTCCCTCCAATCGTCAGCAAGATCCTAGCACGTGGAATCAATCCCTCAAGGCCTTC
ACTGTTTAAAGCAAGTGATCTCTCCCTCTGGTTTAACAAGCTTTGGTCAAACGCAGGAGT
AGTAGTTGCAGTCGTCTTAGAGCTGTTTCTAGTTTCTTTACCACCAGTTTTGATCTCATC
TACATCGACTTCATAGTCTTGAAGCAACGAAGTAGGAGTCATGCCTCGTCTCTTCAACTC
TTTCATAAACAATGATTCTGGAGGTTCTTCCCCTTTTGACTGATTATCGCCGTTGTTCAG
AGCAGATGAATGAACCT*AACACACCGACCAAGACGAACCCAACTACCAGAATCTGCTAA
TCTGAAAACCCTTTTTCTAGATTCCGATTTTACCGGAGATTTATGGCGGGAAATAGACAC
TGGAGAGGCACAGAGTC
GAAT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3CS32JQB 708 0 0
TAACAATATATTTGTGTGGAGTAGAGTGCTAATTTAGACGAGGATTTATCCCCGATATCC
TCTCATCCTCCAACAGAGCATAAGGATCGATGTAGGGTGGTGGTGAAACAGGAGTCCTGC
TTCCATCATGAACGAAATCTGCTCCAAAGTAAAGGTAAAGGGCAGAAAAGGCGCCAAGGG
TTAAGACTATCAAGGGCCAAAAAGCCAAGAAAAAAGTCCCTCCAATCGTCAGCAAGATCC
TAGCACGTGGAATCAATCCCTCAAGGCCTTCACTGTTTAAAGCAAGTGATCTCTCCCTCT
GGTTTAACAAGCTTTGGTCAAACGCAGGAGTAGTAGTTGCAGTCGTCTTAAAGCTGTTTC
TAGTTTCTTTACCACCAGTTTTGATCTCATCTACATCGACTTCATAGTCTTGAAGCAACG
AAGTAGGAGTCATGCCTCGTCTCTTCAACTCTTTCATAAACAATGATTCTGGAGGTTCTT
CCCCTTTTGACTGGTTATCGCCGTTGTTCAGAGCAGATGAATGAACCCGAACACATCGAC
CAAGACGAACCCAACTACCAGAATCTGCTAATCTGAAAACCCTTTTTCTAAATTCCGATT
TTACTGGAGATTTATGGCGGGAAATAGACACAGGTGAAGCACAGAGTCTAACGATCTCGA
GAGACGAAGCCATCTTTCGTTTTTTTTTTCTTTTCTACTCGATTTTCT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3FT71TF 728 0 0
GGATCGATGTAGGGTGGTGGTGAAACAGGAGTTCTGCTTCCATCATGAACGAAATCTGCT
CCAAAGTAAAGGTAAAGGGCAGAGAAGGCGCCAAGGGTTAGGACTATCAAGGGCCAAAAA
GCCAAGAAGAAAGTCCCTCCAATCGTCAGAAAGATCCTAGCACGTGGAATCAATCCCTCA
AGGCCTTCACTGTTTAAAGCAAGTGATCTCTCCCTCTGGTTTAACAAGCTTTGGTCAAAC
GCAGGAGTAGTAGTTGCAGTCGTCTTAGAGCTGTTTCTAGTTTCTTTACCACCAGTTTTG
ATCTCATCTACATCGACTTCATAGTCTTGAAGCAACGAAGTAGGAGTCATGCCTCGTCTC
TTCAGCTCTTTCATAAACAATGATTCTGGAGGTTCTTCCCCTTTTGACTGATTATCGCCG
TTGTTCAGAGCGGATGAATGAACCCGAACACATCGACCAAGACGAACCCAACTACCAGAA
TCTGCTAATCTGAAAACCCTTTTTCTAAATTCCGATTTTACTGGAGATTTATGGCGGAAA
ATAGACACAGGTGAAGCACAGAGTCTAACGATCTCGAGAGACGAAGCCATCTTTCGTTTT
TTTTTTCTTTTCTACTCGATTTTCTAATAATGTTCCAGAGAAACGCCGCTCGCAGAATAA
CTAAGAAGGAAGCTCTCACTAATTCAGACAGAAAGATTCGATTTTTTCTTCGGAGAGAAT
GGAGAGCC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 2 4

CO CL2581Contig1 474 2 2 U
GGGGTGCAGAAAAAAGATGAGCTCGTTGCCGTTATCGTCATCGCTCTTTCCATCTTCACT
TTCGACCTTGTCATCTTGTGGCCACGGTCGGAGCCGGAACTTCTGTGTCCGTCGGAAGCA
ACAGTGTCTACGTGTTCAAGCTGCCAAGCTTCCTGAGGGGGTAATAGTGCCAAAAGTACA
ACCCAAGTCTCAACCAGCGTTTCTGGGATTCACACAAACAGCTGAGATATGGAACTCTAG
AGCTTGCATGATTGGTCTCATTGGCACTTTCATCGTCGAACTCATTCTGAACAAGGGAAT
ACTTGAGCTGATCGGCGTAGAGATTGGGAAAGGCCTTGATCTTCCTCTGTAATATGTGTT
ATTCCCCGAACAACATCACCTCTCTTTATGAAATGTAAAAAACTCTTGAGCATTACTCAC
ACATCATAATGTAAAACTTGTTTATTTATATATTCTTCACAACCACTTTAGAGG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AK54JQ C 1
AF RR3AK54TF U 1
BS 1 1 RR3AK54JQ
BS 2 474 RR3AK54TF

RD RR3AK54JQ 474 0 0
GGGGTGCAGAAAAAAGATGAGCTCGTTGCCGTTATCGTCATCGCTCTTTCCATCTTCACT
TTCGACCTTGTCATCTTGTGGCCACGGTCGGAGCCGGAACTTCTGTGTCCGTCGGAAGCA
ACAGTGTCTACGTGTTCAAGCTGCCAAGCTTCCTGAGGGGGTAATAGTGCCAAAAGTACA
ACCCAAGTCTCAACCAGCGTTTCTGGGATTCACACAAACAGCTGAGATATGGAACTCTAG
AGCTTGCATGATTGGTCTCATTGGCACTTTCATCGTCGAACTCATTCTGAACAAGGGAAT
ACTTGAGCTGATCGGCGTAGAGATTGGGAAAGGCCTTGATCTTCCTCTGTAATATGTGTT
ATTCCCCGAACAACATCACCTCTCTTTATGAAATGTAAAAAACTCTTGAGCATTACTCAC
ACATCATAATGTAAAACTTGTTTATTTATATATTCTTCACAACCACTTTAGAGG

QA 1 474 1 474
DS 

RD RR3AK54TF 474 0 0
G
GGGTGCAGAAAAAAGATGAGCTCGTTGCCGTTATCGTCATCGCTCTTTCCATCTTCACTT
TCGACCTTGTCATCTTGTGGCCACGGTCGGAGCCGGAACTTCTGTGTCCGTCGGAAGCAA
CAGTGTCTACGTGTTCAAGCTGCCAAGCTTCCTGAGGGGGTAATAGTGCCAAAAGTACAA
CCCAAGTCTCAACCAGCGTTTCTGGGATTCACACAAACAGCTGAGATATGGAACTCTAGA
GCTTGCATGATTGGTCTCATTGGCACTTTCATCGTCGAACTCATTCTGAACAAGGGAATA
CTTGAGCTGATCGGCGTAGAGATTGGGAAAGGCCTTGATCTTCCTCTGTAATATGTGTTA
TTCCCCGAACAACATCACCTCTCTTTATGAAATGTAAAAAACTCTTGAGCATTACTCACA
CATCATAATGTAAAACTTGTTTATTTATATATTCTTCACAACCACTTTAGAGG

QA 2 474 2 474
DS 



CO CL2581Contig2 433 2 1 U
GGGTGCAGAAAAAAGATGAGCTCGTTGCCGTTATCGTCATCTCTCTTTCCATCTTCACTT
TCGACCTTGTCATCTTGTGGCCACGGTCGGAGCCGGAACTTCTGTGTCCGTCGGAAGCAA
CAGTGTCTACATGTTCAAGCTGCGAAGCTTCCTGAGGGGGTGATAGTGCCAAAAGTACAA
CCCAAGTCACAACCAGCGTTTCTGGGATTCACACAAACAGCTGAGATATGGAACTCTAGA
GCTTGCATGATTGGTCTCATTGGCACTTTCATCGTCGAACTCATTCTGAACAAGGGAATA
CTTGAGTTGATCGGCGTAGAGATTGGGAAAGGCCTTGATCTTCCTCTGTAATATGTGTTC
TTCCCCAAACACACAACACCTCTCTTTATGAAATGTAAAAAACTCTTGAGCATTACTCAC
ACATCATAATGTA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G440JQ C 1
AF RR3G440TF U 1
BS 1 433 RR3G440TF

RD RR3G440JQ 433 0 0
GGGTGCAGAAAAAAGATGAGCTCGTTGCCGTTATCGTCATCTCTCTTTCCATCTTCACTT
TCGACCTTGTCATCTTGTGGCCACGGTCGGAGCCGGAACTTCTGTGTCCGTCGGAAGCAA
CAGTGTTTACATGTTCAAGCTGGGAAGCTTCCTGAGGGGGTGATAGTGCCAAAAGTACAA
CCCAAGTCACAACCAGCGTTTTTGGGATTCACACAAACAGCTGAGATATGGAACTCTAGA
GCTTGCATGATTGGTCTCATTGGCACTTTCATCGTCGAACTCATTTTGAACAAGGGAATA
CTTGAGTTGATCGGCGTAGAGATTGGGAAAGGCCTTGATCTTCCTCTGTAATATGTGTTT
TTCCCCAAACACACAACACCTCTCTTTATGAAATGTAAAAAACTCTTGAGCATTACTCAC
ACATCATAATGTA

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR3G440TF 433 0 0
GGGTGCAGAAAAAAGATGAGCTCGTTGCCGTTATCGTCATCTCTCTTTCCATCTTCACTT
TCGACCTTGTCATCTTGTGGCCACGGTCGGAGCCGGAACTTCTGTGTCCGTCGGAAGCAA
CAGTGTCTACATGTTCAAGCTGCGAAGCTTCCTGAGGGGGTGATAGTGCCAAAAGTACAA
CCCAAGTCACAACCAGCGTTTCTGGGATTCACACAAACAGCTGAGATATGGAACTCTAGA
GCTTGCATGATTGGTCTCATTGGCACTTTCATCGTCGAACTCATTCTGAACAAGGGAATA
CTTGAGTTGATCGGCGTAGAGATTGGGAAAGGCCTTGATCTTCCTCTGTAATATGTGTTC
TTCCCCAAACACACAACACCTCTCTTTATGAAATGTAAAAAACTCTTGAGCATTACTCAC
ACATCATAATGTA

QA 1 433 1 433
DS 



AS 1 4

CO CL2582Contig1 1081 4 7 U
GGGGATGCTCGTGAAAATTCATTAATTTATGTGTTTTCAAGCTAGCAATGCTAGTGCGAC
AGATGTCCGATCCCAGAGTTGATGATTAACCTAGAGCACAAGTGTAAAACACGATCACTC
TCTTTGTTCTCAAAATCAAAATCACCCTTAACTGATTGATAAAACAATCTAGCCTTTTAT
GCGTCTTTTCCGGACCAAACTGAATCGCAATAAAATAGATATCTAGGCGGGCAGATAGGA
CTCCAGCATCAGCTTGGCTGGGGAGGGAGCTAAAATCTCAACGATCAGGTATGTGTACTT
CCATTCCTTATCTGCCTTGTCTTTAAACATCTCCGTGTACACTTTCCCGTGACCATGAGG
CCCACGGATGTAGAAGTTTACCTCCACATGCTCGACTCCGTCTTCATCTGTAAATATTCT
GTTAGGTATACGTTGACGAGCAGCTCGGTTTCTGGTTTCTTGTCCGTAGCCTGTGATGGG
GGATCCAATCCTTACCCTCACCTGACCGTCATCTTGAATTCTCTTCAACGCTTTGTCAAA
GACCTTGTACTCTTTTGGTTGAAAGATGAGCTCTTTAAACACAGCGTACCCAGAAGCCCC
AGCGACCGCAAGCCCGGCCAGAATAACAAAACTGTAGGAAGCACCTTCTGTAAAGGTTAC
AGGCTTTTCCGGGATATGGTAGGTCGGAGAATCAAAAGGATCCTCCACAGTCACCACCTC
TTTCTTAGCCTTATTCTGATGTTTCCCAGGTTCTTTGGAAGTTCTGGACGCAAAAGATCT
AGCCAACAAGTAAGAGGGCCTGATGTTCACTGGACAAGATTCCATACGTTGCGGATTCCG
GAAGCCAAACAAAAACAGTCCCTTAGCTCCATTTGAGACCACACCACCCGTGAGACCAGA
ATCGGTAATGGCTTGTTGCCTTGATGCTCCTCTTTGTACAAGGGTCATCAACGATTTTCG
GATTTCACAAGGTTTTGAGGCGGAGGAAAACCGACCGGTCGAAGCGAGTTTCGATTTGGA
TAGACTGACCATGGATCTCCTGACGAGGTTCATCATCTCTCCTGTCCTGCTTTGTTAATC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 

AF RR3D538JQ U 1
AF RR3B747JQ U 31
AF RR3D538TF C 138
AF RR3B747TF C 248
BS 1 45 RR3D538JQ
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BS 679 828 RR3B747JQ
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AGATGTCCGATCCCAGAGTTGATGATTAACCTAGAGCACAAGTGTAAAACACGATCACTC
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GCGTCTTTTCCGGACCAAACTGAATCGCAATAAAATAGATATCTAGGCGGGCAGATAGGA
CTCCAGCATCAGCTTGGCTGGGGAGGGAGCTAAAATCTCAACGATCAGGTATGTGTACTT
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CCCACGGATGTAGAAGTTTACCTCCACATGCTCGACTCCGTCTTCATCTGTAAATATTCT
GTTAGGTATACGTTGGCGAGCAGCTCGGTTTCTGGTTTCTTGTCCGTAGCCTGTGATGGG
GGATCCAATCCTTACCCTCACCTGACCGTCATCTTGAATTCTCTTCAACGCTTTGTCAAA
GACCTTGTACTCTTTTGGTTGAAAGATGAGCTCTTTAAACACAGCGTACCCAGAAGCCCC
AGCGACCGCAAGCCCGGCCAGAATAACAAAACTGTAGGAAGCACCTTCTGTAAAGGTTAC
AGGCTTTTCCGGGATATG

QA 1 678 1 678
DS 

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CTAGAGCACAAGTGTAAAACACGATCACTCTCTTTGTTCTCAAAATCAAAATCACCCTTA
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TAAAATAGATATCTAGGCGGGCAGATAGGACTCCAGCATCAGCTTGGCTGGGGAGGGAGC
TAAAATCTCAACGATCAGGTATGTGTACTTCCATTCCTTATCTGCCTTGTCTTTAAACAT
CTCCGTGTACACTTTCCCGTGACCATGAGGCCCACGGATGTAGAAGTTTACCTCCACGTG
CTCGACTCCGTCTTCATCTGTAAATATTCTGTTAGGTATACGTTGACGAGCAGCTCGGTT
TCTGGTTTCTTGTCCGTAGCCTGTGATGGGGGATCCAA*****ACCCTCACCTGACCGTC
ATCTTGAATTCTCTTCAACGCTTTGTCAAAGACCTTGTACTCTTTTGGTTGAAAGATGAG
CTCTTTAAACACAGCGTACCCAGAAGCCCCAGCGACCGCAAGCCCGGCCAGAATAACAAA
ACTGTAGGAAGCACCTTCTGTAAAGGTTACAGGCTTTTCCGGGATATGGTAGGTCGGAGA
ATCAAAAGGATCCTCCACAGTCACCACCTCTTTCTTAGCCTTATTCTGATGTTTCCCAGG
TTCTTTGGAAGTTCTGGACGCAAAAGATCTAGCCAACAAGTAAGAGGGCCTGATGTTCAC
TGGACAAGATTCCATACG

QA 1 798 1 798
DS 

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CAAAATCA
CCTTAACTGATTGATAAAACAATCTAGC*TTTTATGCGTCTTTTCCGGACCAAACTGAAT
CGCAATAAAATAGATATCTAGGCGGGCAGATAGGACTCCAGCATCAGCTTGGCTGGGGAG
GGAGCTAAAATCTCAACGATCAGGTATGTGTACTTCCATTCCTTATCTGCCTTGTCTTTA
AACATCTCCGTGTACACTTTCCCGTGACCATGAGGCCCACGGATGTAGAAGTTTACCTCC
ACATGCTCGACTCCGTCTTCATCTGTAAATATTCTGTTAGGTATACGTTGGCGAGCAGCT
CGGTTTCTGGTTTCTTGTCCGTAGCCTGTGATGGGGGATCCAATCCTTACCCTCACCTGA
CCGTCATCTTGAATTCTCTTCAACGCTTTGTCAAAGACCTTGTACTCTTTTGGTTGAAAG
ATGAGCTCTTTAAACACAGCGTACCCAGAAGCCCCAGCGACCGCAAGCCCGGCCAGAATA
ACAAAACTGTAGGAAGCACCTTCTGTAAAGGTTACAGGCTTTTCCGGGATATGGTAGGTC
GGAGAATCAAAAGGATCCTCCACAGTCACCACCTCTTTCTTAGCCTTATTCTGATGTTTC
CCAGGTTCTTTGGAAGTTCTGGACGCAAAAGATCTAGCCAACAAGTAAGAGGGCCTG
C

QA 9 665 9 665
DS 

RD RR3B747TF 834 0 0
ATCAGCTTGGCTGGGGAGGGAGCTAAAATCTCAACGATCAGGTATGTGTACTTCCATTCC
TTATCTGCCTTGTCTTTAAACATCTCCGTGTACACTTTCCCGTGACCATGAGGCCCACGG
ATGTAGAAGTTTACCTCCACGTGCTCGACTCCGTCTTCATCTGTAAATATTCTGTTAGGT
ATACGTTGACGAGCAGCTCGGTTTCTGGTTTCTTGTCCGTAGCCTGTGATGGGGGATCCA
A*****ACCCTCACCTGACCGTCATCTTGAATTCTCTTCAACGCTTTGTCAAAGACCTTG
TACTCTTTTGGTTGAAAGATGAGCTCTTTAAACACAGCGTACCCAGAAGCCCCAGCGACC
GCAAGCCCGGCCAGAATAACAAAACTGTAGGAAGCACCTTCTGTAAAGGTTACAGGCTTT
TCCGGGATATGGTAGGTCGGAGAATCAAAAGGATCCTCCACAGTCACCACCTCTTTCTTA
GCCTTATTCTGATGTTTCCCAGGTTCTTTGGAAGTTCTGGACGCAAAAGATCTAGCCAAC
AAGTAAGAGGGCCTGATGTTCACTGGACAAGATTCCATACGTTGCGGATTCCGGAAGCCA
AACAAAAACAGTCCCTTAGCTCCATTTGAGACCACACCACCCGTGAGACCAGAATCGGTA
ATGGCTTGTTGCCTTGATGCTCCTCTTTGTACAAGGGTCATCAACGATTTTCGGATTTCA
CAAGGTTTTGAGGCGGAGGAAAACCGACCGGTCGAAGCGAGTTTCGATTTGGATAGACTG
ACCATGGATCTCCTGACGAGGTTCATCATCTCTCCTGTCCTGCTTTGTTAATCC

QA 1 834 1 834
DS 



AS 1 4

CO CL2583Contig1 1189 4 2 U
GGAAAGCCTCTCTCTGTGATCTCTTCGTGTTCTCTCTTCCCACTTCGCCAACGACGAGAT
AAAAGTTCAAGACAGAACCATTTCTGTGACTGTGAATGGAAGAAGTTGCTCTGATTCTCC
TTTTCAAGATAATCTTATGAAGAAGGGATGGTGTTGAGATGGGAAGGAGTGATGTGTGGA
GGAACAGGAGATGAAGGAGAGGCAACGTTGAAGTGTTCAAGGAGAAGCAGCAGAGAGAGG
AGAAAGAGAGTAACAAGAGAGTTGAGCCTATTGACGAGAGCAAGTACGATAGGATTCTCG
AGAGTTTCGCTGAGAAGCTTGTGAAAGAACGTTCCAACAGCATTGGCTCTGTTTCTGTCT
CTGTTCCTGTTGCTGCTGCTGCGGCTATGGCTAATTCAAACGGAGGGTTTCTACATTCTG
ATCAACAAGCACCTCCTTCTAATCATGTGATCCCGCCTTGGTTAGCTACTCCTAACAACG
GGAACAATGTTGTTGTGAGACCTCCCTCGGTGACTCTCACTTTGTCACCTTCCTCCGTGG
CTGCAGCTGCGCCTCAACCGCCTATACCATGGCTGCAGCAGCAGCAGCCTGAGAGAGGAA
GTGGAGGAGAGAGTCATGTGTTAGGGAGTATGATACCGTCTTGTGGCGGTAGTAGTAATG
AGAGTGTGTTCATGTCAGAGCTGATGGAGTGTTGTAGAGAGTTGGAGGAAGGACACAGAG
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AGTCAGAGAAGACGTCTAGACAAAGGGAGAAGATGGAGGAGATTGAGGTGAAGATGAAGG
CTTTGAGGGAAGAGCAGAAGATGGCAATGGAGAAGATTGAAGGAGAGTATAGAGAACAGC
TTGTGGGTTTGAGGAGAGACGCTGAGGCCAAGGAGCAGAAACTAGCTGATCAATGGAGCT
CTAAGCATATCAGGCTCACAAAGCTTCTTGAACAGAACATTGGTTGCAGACAGAGGCTAG
ACCGGCCCTGAAACCTGAACCAAGCCATGAAAACACCTACTACTAAGATGTCCTCTCCTC
TTTGTTGTGTCATGTAATGTAAGCTTTTTTGCTTTGAGTTTCTTTTTGTTTCATTTGGTG
TCTCCAATGTTAATCAGACTTTTTGGTTTCTTAACTCAGCTTTTATTGT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3BC33TF U 1
AF RR3BC33JQ C 446
AF RR3H679JQ C 624
AF RR3H679TF U 624
BS 1 725 RR3BC33TF
BS 726 1189 RR3H679TF

RD RR3BC33TF 725 0 0
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AAAAGTTCAAGACAGAACCATTTCTGTGACTGTGAATGGAAGAAGTTGCTCTGATTCTCC
TTTTCAAGATAATCTTATGAAGAAGGGATGGTGTTGAGATGGGAAGGAGTGATGTGTGGA
GGAACAGGAGATGAAGGAGAGGCAACGTTGAAGTGTTCAAGGAGAAGCAGCAGAGAGAGG
AGAAAGAGAGTAACAAGAGAGTTGAGCCTATTGACGAGAGCAAGTACGATAGGATTCTCG
AGAGTTTCGCTGAGAAGCTTGTGAAAGAACGTTCCAACAGCATTGGCTCTGTTTCTGTCT
CTGTTCCTGTTGCTGCTGCTGCGGCTATGGCTAATTCAAACGGAGGGTTTCTACATTCTG
ATCAACAAGCACCTCCTTCTAATCATGTGATCCCGCCTTGGTTAGCTACTCCTAACAACG
GGAACAATGTTGTTGTGAGACCTCCCTCGGTGACTCTCACTTTGTCACCTTCCTCCGTGG
CTGCAGCTGCGCCTCAACCGCCTATACCATGGCTGCAGCAGCAGCAGCCTGAGAGAGGAA
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AGAGTGTGTTCATGTCAGAGCTGATGGAGTGTTGTAGAGAGTTGGAGGAAGGACACAGAG
CTTGG

QA 1 725 1 725
DS 

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CTCGGTGACTCTCACTTTGTCACCTTCCTCCGTGGCTGCAGCTGCGCCTCAACCGCCTAT
ACCATGGCTGCAGCAGCAGCAGCCTGAGAGAGGAAGTGGAGGAGAGAGTCATGTGTTAGG
GAGTATGATACCGTCTTGTGGCGGTAGTAGTAATGAGAGTGTGTTCATGTCAGAGCTGAT
GGAGTGTTGTAGAGAGTTGGAGGAAGGACACAGAGCTTGGGCAGAGCATAAGAAGGAAGC
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AATGGAGAAGATTGAAGGAGAGTATAGAGAACAGCTTGTGGGTTTGAGGTGAGACGCTGA
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TCTTGAACAGAACATTGGTTGCAGACAGAGGCTAGACCGGCCCTGAAACCTGAACCAAAC
CATGAAAACACCTACTACTAAGATGTCCTCTCCTCTTTGTTGTGTCATGTAATGTAAGCT
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QA 1 744 1 744
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CTTCTTGAACAGAACATTGGTTGCAGACAGAGGCTAGACCGGCCCTGAAACCTGAACCAA
GCCATGAAAACACCTACTACTAAGATGTCCTCTCCTCTTTGTTGTGTCATGTAATGTAAG
CTTTTTTGCTTTGAGTTTCTTTTTGTTTCATTTGGTGTCTCCAATGTTAATCAGACTTTT
TGGTTTCTTAACTCAGCTTTTATTGT

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR3H679TF 566 0 0
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ATGGAGT*TTGTAGAGAGTTGGAGGAAGGACACAGAGCTTGGGCAGAGCATAAGAAGGAA
GCCGCTTGGAGGCTAAGGAGGCTGGAGCTGCAGCTAGAGTCAGAGAAGACGTCTAGACAA
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GCAATGGAGAAGATTGAAGGAGAGTATAGAGAACAGCTTGTGGGTTTGAGGAGAGACGCT
GAGGCCAAGGAGCAGAAACTAGCTGATCAATGGAGCTCTAAGCATATCAGGCTCACAAAG
CTTCTTGAACAGAACATTGGTTGCAGACAGAGGCTAGACCGGCCCTGAAACCTGAACCAA
GCCATGAAAACACCTACTACTAAGATGTCCTCTCCTCTTTGTTGTGTCATGTAATGTAAG
CTTTTTTGCTTTGAGTTTCTTTTTGTTTCATTTGGTGTCTCCAATGTTAATCAGACTTTT
TGGTTTCTTAACTCAGCTTTTATTGT

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 3

CO CL2584Contig1 970 3 31 U
GGAACCAAAGAGAAATAACTGGATCACGAGGACAATCCACAAAAGATATCATTCAAGTTA
TAAAAAAAACTAGGTTTAAGATATAACAAATTCAAATAACTTGAGCTACGCTGCGTAATT
TCTTGAACAAGAGTCAATGAAAACTGTAAACAAGGTTCTCCGAGAGTTTTTTTTTTGTGT
TTCTCGACTGAAGATTATGAAAGGAAAACTATATCGCATTACCCGTAGACTTCAGTTGAA
AAGTCCAGGGTTTAGCCAGTCCTTGGTGATGTCATCAAGATGGTCATCAAAATCTGTGAC
GTCCTTCCATTTCTCAGATGAAATGTAATCTGACAAAACTACATTGGCTGAGGGCTCTTT
CAAGAGTAGCTTGCTTCCTCCATCTGCTCCAACCACTCTCCAGTTCTTGGAAGCATCTTT
CACACAAAGCTGCATCACAGGGCTTCGATCTTTACCCTTTGATAAGGCTTCAAGCTTTTT
GTTATTCAACAATAGAATAGGTGCAGGAGGGAAATAGCGAGAGATGTGATCACCAATGTT
CTTAGCCACACCACAGAGCTCCACATCATCAAACCTCTCGTTGGCGTGAAAGTAGCCAAC
AATACTCAAACCTTGAGCCACGTAATGCTCCTCTATCATGATGAGGGAGATCTCGAGAGG
AGGAAGGAGAGCGAGGTTAGAGTGAAAGAGCGGGACGGAATCGGAGATCTCCACGAGGCC
TTCGTCCTTGGGGCTGATTCGACCGACGAGGACTCCGTTGACCGCCGCCGTCTTGTGACG
CAGCGAGTGGAGAACGAGTTTGATGTACGCGTTCTGCGAGATCTCATACTTCAATTCCCC
GTTGTTACTCCCCATCCCTACCCTACCTAACTCGATCGGAGGAGGAGACTCACAGATGAT
GATTCGGTTCTTAAATCTCCACTCGCTGAGAATTATCAAGTCGCGGCGTAATCGAGAGAG
ACAACGTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G471JQ U 1
AF RR3BK87JQ U 65
AF RR3BK87TF C 267
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RD RR3G471JQ 669 0 0
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TAAAAAAAACTAGGTTTAAGATATAACAAATTCAAATAACTTGAGCTACGCTGCGTAATT
*CTTGAACAAGAGTCAATGAAAACTGTAAACAAGGTTCTCCGAGAGTTTTTTTTTTGTGT
TTCTCGACTGAAGATTATGAAAGGAAAACTATATCGCATTACCCGTAGACTTCAGTTGAA
AAGTCCAGGGTTTAGCCAGTCCTTGGTGATATCATCAAGATGGTCATCAACATCTGTGAC
GTCCTTCCATTTCTCAGGGGAAATGTAATCTGACAAAACTACATTGGCTGTGGGCTCTTT
CAAGAGTAGCTTGCTTCCTCCATCTGCTCCAACCACTCTCCAGTTCTTGGACGCATCTTT
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CTTAGCCACACCACAGAGATCCACATCATCAAACCTCTCGTTGGCGTGAAAGTAGCCAAC
AATACTCGAACCTTGAGCCACGTAATGCTCCTCTATCATGATGAGGGAGATCTCGAGAGG
AGGAAG
AAG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3BK87JQ 810 0 0
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AGGAAAACTATATCGCATTACCCGTAGACTTCAGTTGAAAAGTCCAGGGTTTAGCCAGTC
CTTGGTGATGTCATCAAGATGGTCATCAAAATCTGTGACGTCCTTCCATTTCTCAAATGA
AATGTAATCTGACAAAACTACATTGGCTGAGGGCTCTTTCAAGAGTAGCTTGCTTCCTCC
ATCTGCTCCAACCACTCTCCAGTTCTTGGAAGCATCTTTCACACAAAGCTGCATCACAGG
GCTTCGATCTTTACCCTTTGATAAGGCTTCAAGCTTTTTGTTATTCAACAATAGAATAGG
TGCAGGAGGGAAATAGCGAGAGATGTGATCACCAATGTTCTTAGCCACACCACAGAGCTC
CACATCATCAAACCTCTCGTTGGCGTGAAAGTAGCCAACAATACTCAAACCTTGAGCCAC
GTAATGCTCCTCTATCATGATGAGGGAGATCTCGAGAGGAGGAAGGAGAGCGAGGTTAGA
GTGAAAGAGCGGGACGGAATCGGAGATCTCCACGAGGCCTTCGTCCTTGGGGCTGATTCG
ACCGACGAGGACTCCGTTGACCGCCGCCGTCTTGTGACGCAGCGAGTGGAGAACGAGTTT
GATGTACGCGTTCTGCGAGATCTCATACTTCAATTCCCCGTTGTTACTCCCCATCCCTAC
C*TA
CCTAACTCG

QA 18 801 18 801
DS 

RD RR3BK87TF 704 0 0
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AATCTGACAAAACTACATTGGCTGAGGGCTCTTTCAAGAGTAGCTTGCTTCCTCCATCTG
CTCCAACCACTCTCCAGTTCTTGGAAGCATCTTTCACACAAAGCTGCATCACAGGGCTTC
GATCTTTACCCTTTGATAAGGCTTCAAGCTTTTTGTTATTCAACAATAGAATAGGTGCAG
GAGGGAAATAGCGAGAGATGTGATCACCAATGTTCTTAGCCACACCACAGAGCTCCACAT
CATCAAACCTCTCGTTGGCGTGAAAGTAGCCAACAATACTCAAACCTTGAGCCACGTAAT
GCTCCTCTATCATGATGAGGGAGATCTCGAGAGGAGGAAGGAGAGCGAGGTTAGAGTGAA
AGAGCGGGACGGAATCGGAGATCTCCACGAGGCCTTCGTCCTTGGGGCTGATTCGACCGA
CGAGGACTCCGTTGACCGCCGCCGTCTTGTGACGCAGCGAGTGGAGAACGAGTTTGATGT
ACGCGTTCTGCGAGATCTCATACTTCAATTCCCCGTTGTTACTCCCCATCCCTACCCTAC
CTAACTCGATCGGAGGAGGAGACTCACAGATGATGATTCGGTTCTTAAATCTCCACTCGC
TGAGAATTATCAAGTCGCGGCGTAATCGAGAGAGACAACGTTCT

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 4

CO CL2585Contig1 1461 4 12 U
TAAAATGTTAAATGGCCTTTAGGCCTATCGGATTCACAATCTCCTCTCTTCGCAACAACG
CTTCCGCCGCCGCCAACGACCTCCGCTTCTCCTTCCTCTCCATCTCTCCCTCCTCCTCCT
CGAACATCCTCTCCTCTCTCCGTCGATTCGCATCCAGCGCCTCTCTCCACCGCCAGCAAC
GACAACAACAATCCCGCGTGAATAAATCGGAAACGCTGGCGCAGAAGATCGGTAAATCAA
TCCGGCGTGCCGGTGCCCCGTCTAAGGCTAGGGTTTACGCCGATGTCAACGTCATAAAAC
CCAAGGATTATTGGGACTACGAGTCCCTCGCTGTTCAATGGGGTGCACAGGATGATTATG
AGGTGGTGAGGAAGGTGGGAAGGGGAAAATACAGTGAGGTCTTTTGAAGGCATCCACGCC
ACTGATGACGAGAAATGCGTTATCAAGATCTTGAAGCCTGTCAAGAAGAAGAAGATTAAG
AGAGAGATTAAGATCCTGCAGAACCTCTGCGGCGGGCCGAATATTGTCAAGTTGCTCGAC
ATTGTTAGAGATCAGCAGTCCAAGACGCCCAGCTTGATATTCGAGCATGTCAACAATAAG
GATTTTAAAGTCCTCTATCCGACTCTCTCTGACTATGATGTTAGATACTATATCTTTGAA
CTTCTGAAGGCGTTGGATTTCTACCATTCGCGTGGAATCATGCACAGAGATGTGAAACCG
CATAATGTTATGATTGATCATGAGCAACGGAAGCTACGCTTAATCGACTGGGGTTTGGCA
GAGTTCTACCATCCTGGGAAAGAATACAATGTTCGTGTTGCTTCAAGATACTTTAAAGGA
CCAGAGCTGCTGGTGGATTTAATGGATTATGACTATTCATTAGACCTGTGGAGTCTTGGC
TGTATGTTCGCTGGAATGATATTCCGCAAGGAACCCTTCTTTTATGGTCATGACAACTAT
GATCAATTGGTCAAAATCGCTAAGGTACTCGGTACAGACGAACCCAACACCTACCTAAAC
AGATACCGCATTGAGTTGGACCCTAATCTTGCATCCCTCGTTGGGAGACATAGCCGTAAG
CCATGGTCAAAGTTCATCAATTCCGAAAACCAGCACTTGGCAGTTCCTGAGGCTGTTGAT
TTTGTGGACAAGTTACTGAAATATGATCACCAAGAAAGGCCAACTGCTAAAGAAGCAATG
GCACATCCGTATTTCAACCCGATTAGAAATGCAGAAAGCAGTCGCACCACCCCGCGTGGC
CAATGATCCTGTAACATTTGCTTGTTCAGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTTTTCATTTTTAT
TTCCTCACAGGAATTCTATTTGTTTTAAAAGTCGGTTTGCCATGTTTCTTTTTCTTAATT
GTGCGTGTTGCTGTTTTGACCTTTCTCAGTGTTTCCTTTGAATCTTGCATGATTTAAAAC
CCCCCAACATTATTCTTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN40TF U 1
AF RR3AZ25TF U 33
AF RR3AZ25JQ C 521
AF RR3GN40JQ C 700
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BS 1319 1455 RR3AZ25JQ
BS 1456 1461 RR3GN40JQ

RD RR3GN40TF 595 0 0
TAAAATGTTAAATGGCCTTTAGGCCTATCGGATTCACAATCTCCTCTCTTCGCAACAACG
CTTCCGCCGCCGCCAACGACCTCCGCTTCTCCTTCCTCTCCATCTCTCCCTCCTCCTCCT
CGAACATCCTCTCCTCTCTCCGTCGATTCGCATCCAGCGCCTCTTTCCACCGCCAGCA**
*ACAACAACAATCCCGCGTGAATAAATCGGAAACGCTGGCGCAGAAGATCGGTAAATCAA
TCCGGCGTGCCGGTGCCCCGTCTAAGGCTAGGGTTTACGCCGATGTCAACGTCATAAAAC
CCAAGGATTATTGGGACTACGAGTCCCTCGCTGTTCAATGGGGTGCACAGGATGATTATG
AGGTGGTGAGGAAGGTGGGAAGGGGAAAATACAGTGAGGTCTTTTGAAGGCATCCACGCC
ACTGATGACGAGAAATGCGTTATCAAGATCTTGAAGCCTGTCAAGAAGAAGAAGATTAAG
AGAGAGATTAAGATCCTGCAGAACCTCTGCGGCGGGCCGAATATTGTCAAGTTGCTCGAC
ATTGTTAGAGATCAGCAGTCCAAGACGCCCAGCTTGATATTCGAGCATGTCAACA

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3AZ25TF 771 0 0
AGGGG
AATCTCCTCTCTTCGCAACAACGCTTCCGCCGCCGCCT**GACCTCCGCTTCTCCTTCCT
CTCCATCTCTCCCTCCTCCTCCTCGAACATCCTCTCCTCTCTCCGTCGATTCGCATCCAG
CGCCTCTCTCCACCGCCAGCAACGACAACAACAATCCCGCGTGAATAAATCGGAAACGCT
GGCGCAGAAGATCGGTAAATCAATCCGGCGTGCCGGTGCCCCGTCTAAGGCTAGGGTTTA
CGCCGATGTCAACGTCATAAAACCCAAGGATTATTGGGACTACGAGTCCCTCGCTGTTCA
ATGGGGTGCACAGGATGATTATGAGGTGGTGAGGAAGGTGGGAAGGGGAAAATACAGTGA
GGTCTTT*GAAGGCATCCACGCCACTGATGACGAGAAATGCGTTATTAAGATCTTGAAGC
CTGTCAAGAAGAAGAAGATTAAGAGAGAGATTAAGATCCTGCAGAACCTCTGCGGCGGGC
CGAATATTGTCAAGTTGCTCGACATTGTTAGAGATCAGCAGTCCAAGACGCCCAGCTTGA
TATTCGAGCATGTCAACAATAAGGATTTTAAAGTCCTCTATCCGACTCTCTCTGACTATG
ATGTTAGATACTATATCTTTGAACTTCTGAAGGCGTTGGATTTCTACCATTCGCGTGGAA
TCATGCACAGAGATGTGAAACCGCATAATGTTATGATTGATCATGAGCAACGGAAGCTAC
GCTTAATCGACTGGGGTTTGGCAGAGTTCTACCATCCTGGGAAAGA

QA 6 771 6 771
DS 

RD RR3AZ25JQ 936 0 0
GATA
TGTCAAGTTGCTCGACAT*GTTAGAGATCAGCAGTCCAAGACGCCCAGCTTGATATTCGA
GCATGTCAACAATAAGGATTTTAAAGTCCTCTATCCGACTCTCTCTGACTATGATGTTAG
ATACTATATCTTTGAACTTCTGAAGGCGTTGGATTTCTACCATTCGCGTGGAATCATGCA
CAGAGATGTGAAACCGCATAATGTTATGATTGATCATGAGCAACGGAAGCTACGCTTAAT
CGACTGGGGTTTGGCAGAGTTCTACCATCCTGGGAAAGAATACAATGTTCGTGTTGCTTC
AAGATACTTTAAAGGACCGGAGCTGCTGGTGGATTTAATGGATTATGACTATTCATTAGA
CCTGTGGAGTCTTGGCTGTATGTTCGCTGGAATGATATTCCGCAAGGAACCCTTCTTTTA
TGGTCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAATCGCTAAGGTACTCGGTACAGACGAACC
CAACACCTACCTAAACAGATACCGCATTGAGTTGGACCCTAATCTTGCATCCCTCGTTGG
GAGACATAGCCGTAAGCCATGGTCAAAGTTCATCAATTCCGAAAACCAGCACTTGGCAGT
TCCTGAGGCTGTTGATTTTGTGGACAAGTTACTGAAATATGATCACCAAGAAAGGCCAAC
TGCTAAAGAAGCAATGGCACATCCGTATTTCAACCCGATTAGAAATGCAGAAAGCAGTCG
CACCACCCCGCGTGGCCAATGATCCTGTAACATTTGCTTGTTCAGTTTTGTTTTGTTTTT
TTTTTTTCATTTT*ATTTCCTCACAGGAATTCTATTTGTTTTAAAAGTCGGTTTGCCATG
TTTCTTTTTCTTAATTGTGCGTGTTGCTGTTTTGACCTTTCTCAGTGTTTCCTTTGAATC
TTGCATGATTTAAAACCCCCCAACATTATTC
G

QA 5 935 5 935
DS 

RD RR3GN40JQ 762 0 0
ATGCACAGAGATGTGAAACCGCATAATGTTATGATTGATCATGAGCAACGGAAGCTACGC
TTAATCGACTGGGGTTTGGCAGAGTTCTACCATCCTGGGAAAGAATACAATGTTCGTGTT
GCTTCAAGATACTTTAAAGGACCAGAGCTGCTGGTGGATTTAATGGATTATGACTATTCA
TTAGACCTGTGGAGTCTTGGCTGTATGTTCGCTGGAATGATATTCCGCAAGGAACCCTTT
TTTTATGGTCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAATCGCTAAGGTACTCGGTACAGAC
GAACTCAACACCTACCTAAACAGATACCGCATTGAGTTGGACCCTAATCTTGCATCCCTC
GTTGGGAGACATAGCCGTAAGCCATGGTCAAAGTTCATCAATTCCGAAAACCAGCACTTG
GCAGTTCCTGAGGCTGTTGATTTTGTGGACAAGTTACTGAAATATGATCACCAAGAAAGG
CCAACTGCTAAAGAAGCAATGGCACATCCGTATTTCAACCCGATTAGAAATGCAGAAAGC
AGTCGCACCACCCCGCGTGGCCAATGATCCTGTAACATTTGCTTGTTCAGTTTTGTTTTG
TTTTTTTTTTTTCATTTTTATTTCCTCACAGGAATTCTATTTGTTTTAAAAGTCGGTTTG
CCATGTTTCTTTTTTTTAATTGTGCGTGTTGCTGTTTTGACCTTTCTCAGTGTTTCCTTT
GAATCTTGCATGATTTAAAACCCCCCAACATTATTCTTTTGG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 4

CO CL2586Contig1 1070 4 3 U
GGATAAAAACCAGCCGTCGACTTCTCTTACCTTAGAACCTAGCTTAGATCTGTTTCTCTG
CTCTTTAGTTCTCCAGTGTTTCTTGCTCGCGTCACTTTAACTGATTACCACCGTTCTAGT
TCATGTTCGTTGCGTATGAGTTGACGCCATAGTAATTCCCTACTTCTGCTATTCGTTTTG
ATTTTATACGAAGATACCTTTTGTGTGTCTTCAATCGTTGCGAGTTTGCAGTTTAGGGAA
AATCTTGTCTGTAGCTTATTTTATCTAGACAGCCTAAGATCTGGAATGTTTTGTCTGAAA
GTAGATTTTTTTAATTACTTTTGTAGAAAAAAAGTGTAGAAAGGAGAGTTGGAGGTGATG
ACAATTTCCCCAGATGATCGAAACTGATTATACTGAGCGAATAGAATTTTCCTCTCATCA
GAGGAAAGTCAAGCCAATTAGTCTGATCCTTCTCTTTTTTTTTAATCTGATTTGAATTAC
ATTACATTTATTGAGGCGTTTGCTAGTCAAAATTCTGAGATTCATGTTGTTTTCTTAGAA
CTTAATAATGAGATAGTTTGAATATTTAAATAAGGAGAATTGGAGGTGATGACAATTTCC
CCAGATGATCGAATCTGATTATACTGAGCGATATTATATTTCCTCCCATCAGAGGAAGTC
AAGCCAATAGTCTGATCCTTTCTCCTCTACTATTTGAATTACTGTTGATTTATTTTTTGA
CCGTTTGATTAGTTTTTATTTGTTTATATTAATGGAGGTAGGGAGGTGATGACAATTTCC
CCAAATGATCGAATCTGATTATACTAAGCGATTATTATTTGCTCTCATCAGAGGCAATCA
AGCCAATGTGCTGATCCTTTCTCCTTAATGTTTTGTTATAAATCTTGGACTTTTAGTATA
TAATGTGATTCTTTAAAATTTCTGCGATGTCACTGTTAGATAGATTTACACACATTGTAG
CGGTACTTTAAAGTTAAAAGGAGATGTGGAGGTGATGACAATTTCCCCAAATGATCGAAT
CTGATTATGCTAAGCGATTATTATTTCCTCTCATCAGAGGAAGTCGAGAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CE28TF U 1
AF RR3CL09TF U 1
AF RR3CE28JQ C 307
AF RR3CL09JQ C 368
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BS 597 650 RR3CL09TF
BS 651 1070 RR3CE28JQ

RD RR3CE28TF 596 0 0
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ATTACATTTATTGAGGCGTTTGCTAGTCAAAATTCTGAGATTCATGTTGTTTTCTTAGAA
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QA 1 596 1 596
DS 

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CTCTTTAGTTCTCCAGTGTTTCTTGCTCGCGTCACTTTAACTGATTACCACCGTTCTAGT
TCATGTTCGTTGCGTATGAGTTGACGCCATAGTAATTCCCTACTTCTGCTATTCGTTTTG
ATTTTATACGAAGATACCTTTTGTGTGTCTTCAATCGTTGCGAGTTTGCAGTTTAGGGAA
AATCTTGTCTGTAGCTTATTTTATCTAGACAGCCTAAGATCTGGAATGTTTTGTCTGAAA
GTAGATTTTTTTAATTACTTTTGTAGAAAAAAAGTGTAGAAAGGAGAGTTGGAGGTGATG
ACAATTTCCCCAGATGATCGAAACTGATTATACTGAGCGAATAGAATTTTCCTCTCATCA
GAGGAAAGTCAAGCCAATTAGTCTGATCCTTCTCTTTTTTTTTAATCTGATTTGAATTAC
ATTACATTTATTGAGGCGTTTGCTAGTCAAAATTCTGAGATTCATGTTGTTTTCTTAGAA
CTTAATAATGAGATAGTTTGAATATTTAAATAAGGAGAATTGGAGGTGATGACAATTTCC
CCAGATGATCGAATCTGATTATACTGAGCGATATTATATTTCCTCCCATC

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DS 

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TCCCCAGATGATCGAAACTGATTATACTGAGCGAATAGAATTTTCCTCTCATCAGAGGAA
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TTTATTGAGGCGTTTGCTAGTCAAAATTCTGAGATTCATGTTGTTTTCTTAGAACTTAAT
AATGAGATAGTTTGAATATTTAAATAAGGAGAATTGGAGGTGATGACAATTTCCCCAGAT
GATCGAATCTGATTATACTGAGCGATATTATATTTCCTCCCATCAGAGGAAGTCAAGCCA
ATAGTCTGATCCTTTCTCCTCTACTATTTGAATTACTGTTGATTTATTTTTTGACCGTTT
GATTAGTTTTTATTTGTTTATATTAATGGAGGTAGGGAGGTGATGACAATTTCCCCAAAT
GATCGAATCTGATTATACTAAGCGATTATTATTTGCTCTCATCAGAGGCAATCAAGCCAA
TGTGCTGATCCTTTCTCCTTAATGTTTTGTTATAAATCTTGGACTTTTAGTATATAATGT
GATTCTTTAAAATTTCTGCGATGTCACTGTTAGATAGATTTACACACATTGTAGCGGTAC
TTTAAAGTTAAAAGGAGATGTGGAGGTGATGACAATTTCCCCAAATGATCGAATCTGATT
ATGCTAAGCGATTATTATTTCCTCTCATCAGAGGAAGTCGAGAC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3CL09JQ 703 0 0
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GTCAAGCCAATTAGTCTGATCCTTCTCTTTTTTTTTAATCTGATTTGAATTACATTACAT
TTATTGAGGCGTTTGCTAGTCAAAATTCTGAGATTCATGTTGTTTTCTTAGAACTTAATA
ATGAGATAGTTTGAATATTTAAATAAGGAGAATTGGAGGTGATGACAATTTCCCCAGATG
ATCGAATCTGATTATACTGAGCGATATTATATTTCCTCCCATCAGAGGAAGTCAAGCCAA
TAGTCTGATCCTTTCTCCTCTACTATTTGAATTACTGTTGATTTATTTTTTGACCGTTTG
ATTAGTTTTTATTTGTTTATATTAATGGAGGTAGGGAGGTGATGACAATTTCCCCAAATG
ATCGAATCTGATTATACTAAGCGATTATTATTTGCTCTCATCAGAGGCAATCAAGCCAAT
GTGCTGATCCTTTCTCCTTAATGTTTTGTTATAAATCTTGGACTTTTAGTATATAATGTG
ATTCTTTAAAATTTCTGCGATGTCACTGTTAGATAGATTTACACACATTGTAGCGGTACT
TTAAAGTTAAAAGGAGATGTGGAGGTGATGACAATTTCCCCAAATGATCGAATCTGATTA
TGCTAAGCGATTATTATTTCCTCTCATCAGAGGAAGTCGAGAC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 3

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AACTACACAATCATAACAAGCCAATGCAAGGGTCCCAAATACCCACCCAAGAAGTGTTGC
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TGTGCAACCACTATGTTCAGCTATATCAACCTATACGGTAAATACCCACCGGGACTGTTT
GCAAACCGATGCCAAGGTAAAGGAGGTCTCAAGTGCCCCGGTCAAATATGAATTTCTACT
CTAGTTTAACAGGGTGGTCATAGCCTTCCTATCTTCAATAATGTTCTTATTATAATCAAC
TTTATCAATAATTGTAGTCAAAATAAATTGTGGAGGAGACTCCATTGCATCACATGGTCT
TAGCCTTCATATTTTCAATTCATAATATGGTCCTAGCCTTTTCATATTTCCAGTTAATAA
TATGTATCTTAACATGATGAATATCAAGAAGCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3FL05TF U 5
AF RR3EM46TF U 1
AF RR3EM46JQ C 275
BS 1 633 RR3EM46TF
BS 634 635 RR3EM46JQ

RD RR3FL05TF 525 0 0
GG
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TCAGTATTTTCGAGCTTCATCTCAGATAGTGCATTCATCAAATCTGAAACTTTGGCTAAT
GGAAGAAATCTGCTTCAGAAGAAGAAAGCATGTCCAGTGAACTTTGAGTTTATGAACTAC
ACAATCATAACAAGCCAATGCAAGGGTCCCAAATACCCACCCAAGAAGTGTTGCACCGCA
TTCAAGGAATTTGCATGTCCTTACGCTGATGAGCTGAACGACTTGAGCAATGATTGTGCA
ACCACTATGTTCAGCTATATCAACCTATACGGTAAATACCCACCGGGACTGTTTGCAAAC
CGATGCCAAGGTAAAGGAGGTCTCAAGTGCCCCGGTCAAATATGAATTTCTACTCTAGTT
TAACAGGGTGGTCATAGCCTTCCTATCTTCAATAATGTTCTTATTATAATCAACTTTATC
AATAATTGTAGTCAAAATAAATTGTGGAGGAGACTCCATTGCA

QA 3 525 3 525
DS 

RD RR3EM46TF 633 0 0
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CTACTCTCAGTATTTTCGAGCTTCATCTCAGATAGTGCATTCATCAAATCTGAAACTTTG
GCTAATGGAAGAAATCTGCTTCAGAAAAAGAAAGCATGTCCAGTGAACTTTGAGTTTATG
AACTACACAATCATAACAAGCCAATGCAAGGGTCCCAAATACCCACCCAAGAAGTGTTGC
ACCGCATTCAAGGAATTTGCATGTCCTTACGCTGATGAGCTGAACGACTTGAGCAATGAT
TGTGCAACCACTATGTTCAGCTATATCAACCTATACGGTAAATACCCACCGGGACTGTTT
GCAAACCGATGCCAAGGTAAAGGAGGTCTCAAGTGCCCCGGTCAAATATGAATTTCTACT
CTAGTTTAACAGGGTGGTCATAGCCTTCCTATCTTCAATAATGTTCTTATTATAATCAAC
TTTATCAATAATTGTAGTCAAAATAAATTGTGGAGGAGACTCCATTGCATCACATGGTCT
TAGCCTTCATATTTTCAATTCATAATATGGTCCTAGCCTTTTCATATTTCCAGTTAATAA
TATGTATCTTAACATGATGAATATCAAGAAGCT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3EM46JQ 361 0 0
ATGAGCTGAACGACTTGAGCAATGATTGTGCAACCACTATGTTCAGCTATATCAACCTAT
ACGGTAAATACCCCCCGGGACTGTTTGCAAACCGATGCCAAGGTAAAGGAGGTTTCAAGT
GCCCCGGTCAAATATGAATTTTTACTTTAGTTTAACAGGGTGGTCATAGCCTTCCTATTT
TCAATAATGTTTTTATTATAATCAACTTTATCAATAATTGTAGTCAAAATAAATTGTGGA
GGGGACTCCATTGCATCACATGGTTTTAGCCTTCATATTTTCAATTCATAATATGGTCCT
AGCCTTT*CATATTTCCAGTTAATAATATGTATCTTAACATGATGAATATCAAGAAGCTA
T

QA 1 361 1 361
DS 



AS 1 3

CO CL2588Contig1 956 3 6 U
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TATGGACAAGGGAAAGCTTGTTTCTGATGACTTGGTTGTTGGTATCATGGATGAAGCAAT
GAACAGACCCAAATGCCAGAAAGGTTTCATTCTTGATGGCTTCCCTAGGACCGTAACACA
AGCTGAGAAGCTTGATGAGATGCTTAATAGAAGAGGAGCTCAGATTGACAAAGTGCTTAA
TTTTGCAATCGATGATTCGGTTCTTGAAGAAAGAATTACTGGAAGGTGGATTCACCCTTC
AAGTGGAAGGAGCTATCATACCAAATTCGCACCTCCTAAAGTTCCTGGAGTCGATGATGT
GACTGGAGAGCCACTGATTCAACGTAAAGATGACAATGCGGATGTTCTTAGGTCAAGGCT
GGATGCATTCCACAAGCAGACGCAACCGGTATTGACTACTACGCGAAGAAGGGGAATCTG
GTGAACATACCAGCAGAGAAGGCTCCGGAAGAGGTGACCAAAGTGGTGAAGAAGGTTGTG
CCCACATGAGAATTGAGTTCTAAATCTCTCTTTTATGCCTTCTTTTGTTTTCTTTTTGAA
TAAATCTCCTGAGGTTTTTGTTCTCCTGGAATGTCTTGTACTTGAGAGCAAACATTTTGC
TGCAGCTTTTGTGCAGTGTTTTCATTAAGGCCAATGTTTGTTACTGTCTAATTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK43TF U 28
AF RR3FO23TF U 1
AF RR3FO23JQ C 272
BS 1 179 RR3FO23TF
BS 180 180 RR3CK43TF
BS 181 713 RR3FO23TF
BS 714 714 RR3FO23JQ
BS 715 729 RR3FO23TF
BS 730 956 RR3FO23JQ

RD RR3CK43TF 620 0 0
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GGATGAGTTCTGCTTGTGTCATTTGTCCACTGGTGACATGCTTAGAGCTGCTGTTGCTGC
TAAGTCCCCTCTTGGTGTCAAGGCAAAGGAAGCTATGGACAAGGGAGAGCTTGTTTCTGA
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AGATGACAATGCGGATGTTC

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GAACAGACCCAAATGCCAGAAAGGTTTCATTCTTGATGGCTTCCCTAGGACCGTAACACA
AGCTGAGAAGCTTGATGAGATGCTTAATAGAAGAGGAGCTCAGATTGACAAAGTGCTTAA
TTTTGCAATCGATGATTCGGTTCTTGAAGAAAGAATTACTGGAAGGTGGATTCACCCTTC
AAGTGGAAGGAGCTATCATACCAAATTCGCACCTCCTAAAGTTCCTGGAGTCGATGATGT
GACTGGAGAGCCACTGATTCAACGTAAAGATGACAATGCGGATGTTCTTAGGTCAAGGCT
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GTGAACATA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3FO23JQ 685 0 0
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TTGGTTGTTGGTATCATGGATGAAGCAATGAACAGACCCAAATGCCAGAAAGGTTTCATT
CTTGATGGCTTCCCTAGGACCGTAACACAAGCTGAGAAGCTTGATGAGATGCTTAATAGA
AGAGGAGCTCAGATTGACAAAGTGCTTAATTTTGCAATCGATGATTCGGTTCTTGAAGAA
AGAATTACTGGAAGGTGGATTCACCCTTCAAGTGGAAGGAGCTATCATACCAAATTCGCA
CCTCCTAAAGTTCCTGGAGTCGATGATGTGACTGGAGAGCCACTGATTCAACGTAAAGAT
GACAATGCGGATGTTCTTAGGTCAAGGCTGGATGCATTCCACAAGCAGACGCAACCGGTA
TTGACTACTACGCGAAGAAGGGGAATCTGGTGAACATACCAGCAGAGAAGGCTCCGGAAG
AGGTGACCAAAGTGGTGAAGAAGGTTGTGCCCACATGAGAATTGAGTTCTAAATCTCTCT
TTTATGCCTTCTTTTGTTTTCTTTTTGAATAAATCTCCTGAGGTTTTTGTTCTCCTGGAA
TGTCTTGTACTTGAGAGCAAACATTTTGCTGCAGCTTTTGTGCAGTGTTTTCATTAAGGC
CAATGTTTGTTACTGTCTAATTAGT

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 3

CO CL2589Contig1 928 3 5 U
GGAACTTTATTTAACTGAGTTTTTAAGTGCAAATTGTATTTTTACACAAAAATGACAAGA
AAGAAGATCAAACCTTGGAGAATCATGTCACACGATAATATTTGGTTTGTATATATAGAT
ACATTTCTTGATCATTAAACCCTGCACTTACTTACTCATAACTAAGTTGAGATTATTAAA
CGAAAGTAGCTGAACTAAGCAGCATAAGTTTGCTTCAGATACTCTATGATTTCTGCACTC
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TTCATAAGCAATTCCTGCCGTTTGGGACTACCACGAGCACAGCTGCGTTGAATGTGTGGC
AACTCGAGTTCCACAAGAACTTCGCGTACAAGCTTGCAAAACGGAGAACCCTCGTATGCC
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ATGGACACTCCGGTGTTTGGATCAACCATGTAGGGAAACTGTAGTTTGCCGCCCATCTGG
TTAACCATGGGGCGAAAATTAGGACTCCCTCTTGGGCAAGGATAGTAGAGAATATCAAGA
TCCAACACTGTGACCATCTCCCTGACCTTCCGGCAAAAGGGACAGCCTTCAAACTCATAT
ATCTCAATGGGTTTCTGAGGACGAGGCCCGAGCTTTGACGTTTCCTTCACCGTGATCCCG
CCAATTCGCAACGCATACTGATCAGTTGGGATCACGTCCTTGGACACGAAAGAAGCAGAG
TACCCAGAAACGAACACTCCAGTGCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB68JQ U 1
AF RR3C323JQ U 71
AF RR3FB68TF C 323
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BS 185 185 RR3C323JQ
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BS 676 696 RR3C323JQ
BS 697 928 RR3FB68TF

RD RR3FB68JQ 675 0 0
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AAGAAGATCAAACCTTGGAGAATCATGTCACACGATAATATTTGGTTTGTATATATAGAT
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CGAA*GTAGCTGAACTAAGCAGCATAAGTTTGCTTCAGATACTCTATGATTTCTGCACTC
TCAAACATATTTACTCCAGTGTTTGGATCTTCCAGGTAAGGCACCTGAAAGTGACCAGCT
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ATGGACACTCCGGTGTTTGGATCAACCATGTAGGGAAACTGTAGTTTGCCGCCCATCTGG
TTAACCATGGGGCGA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3C323JQ 626 0 0
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ATCATTAAACCCTGCACTTACTTACTCATAACTAAGTTGAGATTATTAAACGAAAGTAGC
TGAACTAAGCAGCATAAGTTTGCTTCAGATACTCTATGATTTCTGCACTCTCAAACATAT
TTACTCCAGTGTTTGGATCTTCCAGGTAAGGCACCTGAAAGTGACCAGCTTTCATAAGCA
ATTCCTGCCGTTTGGGACTACCACGAGCACAGCTGCGTTGAATGTGTGGCAACTCGAGTT
CCACAAGAACTTCGCGTACAAGCTTGCAAAACGGAGAACCCTCGTATGCCCAGAATACGA
GTGGATTAGGTGGTAGTTTTGCTGGTGTGTACAAGTTACCCTTTCCTAGACGTCCAATCG
TTGCCAAGGCAGCTGTTATAGCCGTTAATGGACCAAGTGATAGGCTTAAAGGAACTGTTC
CATCTCCATATTTCTCGGATAGATATTTGATGATTCCATCTGATTCATACATGGACACTC
CGGTGTTTGGATCAACCATGTAGGGAAACTGTAGTTTGCCACCCATCTGGTTAACCATGG
GGCGAAAATTAGGACTCCCTCTTGGG

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3FB68TF 606 0 0
TGGGACTACCACGAGCACAGCTGCGTTGAATGTGTGGCAACTCGAGTTCCACAAGAACTT
CGCGTACAAGCTTGCAAAACGGAGAACCCTCGTATGCCCAGAATACGAGTGGATTAGGTG
GTAGTTTTGCTGGTGTGTACAAGTTACCCTTTCCTAGACGTCCAATCGTTGCCAAGGCAG
CTGTTATAGCCGTTAATGGACCAAGTGATAGGCTTAAAGGAACTGTTCCATCTCCATATT
TCTCGGATAGATATTTGATGATTCCATCTGATTCATACATGGACACTCCGGTGTTTGGAT
CAACCATGTAGGGAAACTGTAGTTTGCCGCCCATCTGGTTAACCATGGGGCGAAAATTAG
GACTCCCTCTTGGGCAAGGATAGTAGAGAATATCAAGATCCAACACTGTGACCATCTCCC
TGACCTTCCGGCAAAAGGGACAGCCTTCAAACTCATATATCTCAATGGGTTTCTGAGGAC
GAGGCCCGAGCTTTGACGTTTCCTTCACCGTGATCCCGCCAATTCGCAACGCATACTGAT
CAGTTGGGATCACGTCCTTGGACACGAAAGAAGCAGAGTACCCAGAAACGAACACTCCAG
TGCCCC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 4

CO CL2590Contig1 1458 4 13 U
GGAATGGCGCTTGCTAACATATCTTTACGTTTCAAGTTTCCACCACTACAGTCTTCTTCT
CCCTCTTCCACATTCAACAACACTTCAATCTCCCTTATAAAACCTTCCTCCATCTCTTGC
TCCAAGGGCGGAGATGACGGCGGCAAAGGAGCTGTCGACGGCGGCGCAAAGCCTCGGAAG
CTATCGGAGCAGTTATCGTGGGAAGTAAAAGATTCAGAAGGGAAAGACTATCTCTACAGG
CTTGGCGCAGAGTCAGATAACGTGAACATAGCCGTGGGAGCAAGAGCCGGCATGATCGAT
GACGTGTTCATCGGAGACTTTCTTGGCAAAGATTCTGACATTGTGTTTGATTACCGTCAG
AAGGCAACAAGGTCCTTTGAACATCTTCAAGGAGATTACTACATTGCTCCAACATTCATG
GATAAAGTTGCTGTTCACATTGTGAAGAACTACCTTGCTAGTTCTCTAAATATAAAAATC
CCTTTGATCTTAGGTATCTGGGGAGGTAAAGGACAAGGGAAAACGTTTCAGACCGAACTT
ATATTCAAAACCATGGGAGTTGAACCTGTTATAATGTCTGCAGGAGAGTTGGAGTCTGAT
AGAGCTGGGGAACCGGGAAAACTCATACGTGACCGCTATAGAACAGCTTCACAAGTCATT
CAGAATCAAGGGAAGATGAGTGTTCTAATGATCAATGATATAGATGCTGGCCTTGGTAGA
TTTGGGGAAACACAAATGACAGTGAACAACCAGATAGTCGTTGGTACTCTGATGAATCTT
GCGGATAATCCTACTAGGGTGAGTATTGGACAAGACTGGAGAGAAGCTGACACTGTAAAC
AGAGTTCCTCTCATTGTCACAGGGAACGATTTCTCCAAGCTATATGCTCCACTGATCCGT
GAAGGGAGAATGGAGAAGTTCTACTGGCAGCCAACTCGTGAAGACATAGTTAACATTGTT
AGCAGAATGTACGAGAAAGATGGGATATCACGGAAAGAAGTTGTAAGCATTGTTGATAAG
TTTCCAAATCAAGCACTTGACTTCTATGGAGCACTGAGGTCACGTACATATGATAGATCT
ATCCTCAAGTGGGTAGATGAAGTTGGAGGAATAGAGGCTCTAGAGAAAACTCTTCTCAGG
CGTAAAAAGACCCAAGAGATTCCTAAATTCATTCCCCCTGAGCAAACAATGGAGGCGTTG
CTGGAATCAGGTTACTCTCTCATTAATGAACAACAACCTATCAACGAAACAAAGCTTTCC
AAGGAGTACATGAAGAACATTGACGATTAATAATACCCTACCAAACATACATTCATGATT
TTTTCTTTCTTTCTTAAGGTCTACTGATAAGTTGTCAGACAAAGCTTAAAAAGCATAACT
CAATCACTCTATAGAGTTTATTTTCTTACCAAACCCATGAGCATGGCCAGTTGTGGTGCT
GATACAAATACATTTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI13TF U 1
AF RR3CU14TF U 223
AF RR3BI13JQ C 721
AF RR3AP65TF U 941
BS 1 338 RR3BI13TF
BS 339 339 RR3CU14TF
BS 340 802 RR3BI13TF
BS 803 811 RR3CU14TF
BS 812 812 RR3BI13JQ
BS 813 905 RR3CU14TF
BS 906 906 RR3BI13JQ
BS 907 941 RR3CU14TF
BS 942 942 RR3AP65TF
BS 943 966 RR3CU14TF
BS 967 967 RR3AP65TF
BS 968 993 RR3CU14TF
BS 994 1458 RR3AP65TF

RD RR3BI13TF 802 0 0
GGAATGGCGCTTGCTAACATATCTTTACGTTTCAAGTTTCCACCACTACAGTCTTCTTCT
CCCTCTTCCACATTCAACAACACTTCAATCTCCCTTATAAAACCTTCCTCCATCTCTTGC
TCCAAGGGCGGAGATGACGGCGGCAAAGGAGCTGTCGACGGCGGCGCAAAGCCTCGGAAG
CTATCGGAGCAGTTATCGTGGGAAGTAAAAGATTCAGAAGGGAAAGACTATCTCTACAGG
CTTGGCGCAGAGTCAGATAACGTGAACATAGCCGTGGGAGCAAGAGCCGGCATGATCGAT
GACGTGTTCATCGGAGACTTTCTTGGCAAAGATTCTGATATTGTGTTTGATTACCGTCAG
AAGGCAACAAGGTCCTTTGAACATCTTCAAGGAGATTACTACATTGCTCCAACATTCATG
GATAAAGTTGCTGTTCACATTGTGAAGAACTACCTTGCTAGTTCTCTAAATATAAAAATC
CCTTTGATCTTAGGTATCTGGGGAGGTAAAGGACAAGGGAAAACGTTTCAGACCGAACTT
ATATTCAAAACCATGGGAGTTGAACCTGTTATAATGTCTGCAGGAGAGTTGGAGTCTGAT
AGAGCTGGGGAACCGGGAAAACTCATACGTGACCGCTATAGAACAGCTTCACAAGTCATT
CAGAATCAAGGGAAGATGAGTGTTCTAATGATCAATGATATAGATGCTGGCCTTGGTAGA
TTTGGGGAAACACAAATGACAGTGAACAACCAGATAGTCGTTGGTACTCTGATGAATCTT
GCGGATAATCCTACTAGGGTGA

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3CU14TF 771 0 0
AAAGACTATCTCTACAGGCTTGGCGCAGAGTCAGATAACGTGAACATAGCCGTGGGAGCA
AGAGCCGGCATGATCGATGACGTGTTCATCGGAGACTTTCTTGGCAAAGATTCTGACATT
GTGTTTGATTACCGTCAGAAGGCAACAAGGTCCTTTGAACATCTTCAAGGAGATTACTAC
ATTGCTCCAACATTCATGGATAAAGTTGCTGTTCACATTGTGAAGAACTACCTTGCTAGT
TCTCTAAATATAAAAATCCCTTTGATCTTGGGTATCTGGGGAGGTAAAGGACAAGGGAAA
ACGTTTCAGACCGAACTTATATTCAAAACCATGGGAGTTGAACCTGTTATAATGTCTGCA
GGAGAGTTGGAGTCTGATAGAGCTGGGGAACCGGGAAAACTCATACGTGACCGCTATAGA
ACAGCTTCACAAGTCATTCAGAATCAAGGGAAGATGTGTGTTCTAATGATCAATGATATA
GATGCTGGCCTTGGTAGATTTGGGGAAACACAAATGACAGTGAACAACCAGATAGTCGTT
GGTACTCTGATGAATCTTGCGGATAATCCTACTAGGGTGAGTATTGGACGAGACTGGAGA
GAAGCTGACACTGTAAACAGAGTTCCTCTCATTGTCACAGGGAACGATTTCTCCAAGCTA
TATGCTCCACTGATCCGTGAAGG*AGAATGGAGAAGTTCTACTGGCAGCCAACTCGTGAG
GACATAGTTAACATTGTTAGCAGA*TGTACGAGAAAGATGGGATATCACGG

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3BI13JQ 670 0 0
TTTGGGGAAACACAAATGACAGTGAACAACCAGATAGTCGTTGGTACTTTGATGAATCTT
GCGGATAATCCTACTAGGGTGAGTATTGGACAAGACTGGAGAGAAGCTGACACTGTAAAC
AGAGTTCCTCTCATTGTCACAGGGAACGATTTCTCCAAGCTATATGCTCCACTGATCCGT
GAAGGGAGAATGGAGAAGTTCTACTGGCAGCCAACTCGTGAAGACATAGTTAACATTGTT
AGCAGAATGTACGAGAAAGATGGGATATCACGGAAAGAAGTTGTAAGCATTGTTGATAAG
TTTCCAAATCAAGCACTTGACTTCTATGGAGCACTGAGGTCACGTACATATGATAGATCT
ATCCTCAAGTGGGTAGATGAAGTTGGAGGAATAGAGGCTCTAGAGAAAACTCTTTTCAGG
CGTAAAAAGACCTAAGAGATTCCTAAATTCATTCCCCCTGAGCAAACAATGGAGGCGTTG
CTGGAATCAGGTTACTCTCTCATTAATGAACAACAACTTATCAACGAAACAAAGCTTTCC
AAGGAGTACATGAAGAACATTGACGATTAATAATACCCTACCAAACATACATTCATGATT
TTTTCTTTCTTTCTTAAGGTCTACTGATAAGTTGTCAGACAAAGCTTAAAAAGCATAACT
CAATCACTCT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3AP65TF 518 0 0
G
AGACATAGTTAACATTGTTAGCAGAATGTACGAGAAAGATGGTATATCACGGAAAGAAGT
TGTAAGCATTGTTGATAAGTTTCCAAATCAAGCACTTGACTTCTATGGAGCACTGAGGTC
ACGTACATATGATAGATCTATCCTCAAGTGGGTAGATGAAGTTGGAGGAATAGAGGCTCT
AGAGAAAACTCTTCTCAGGCGTAAAAAGACCCAAGAGATTCCTAAATTCATTCCCCCTGA
GCAAACAATGGAGGCGTTGCTGGAATCAGGTTACTCTCTCATTAATGAACAACAACCTAT
CAACGAAACAAAGCTTTCCAAGGAGTACATGAAGAACATTGACGATTAATAATACCCTAC
CAAACATACATTCATGATTTTTTCTTTCTTTCTTAAGGTCTACTGATAAGTTGTCAGACA
AAGCTTAAAAAGCATAACTCAATCACTCTATAGAGTTTATTTTCTTACCAAACCCATGAG
CATGGCCAGTTGTGGTGCTGATACAAATACATTTAGT

QA 2 518 2 518
DS 



AS 1 2

CO CL2591Contig1 604 2 1 U
GGAAGAAGTCTGCTCTTGTCCTCAGTCATGCTCAGTTCTCTCCCCCGGACGGGTTAAACT
ATGATCTCTTTGTCTCCAGAAGATCCGACGCTCTTCTGAAACTGATCATGCTAGCGCTCA
GCTGAAGAAACAGGATACGCAGGATTCATCTCTTCCTGTTATTCTTGTTGAGAACAGCGG
GAGATGTCATAAGAATGAAAGCGATGAAAAGATTCTTCCAGACGGAAGTAGTTGGATTAC
GAATCTGTACAAGACAATCACAGAGATCTCTTTTAATGGCAACAAGTCGATCCACGTTGA
CAAGAAACTGGTGGAAGGGCCAAACCCAAACGCAAGAGGAAAACGACTAATCCCATTAAT
CTTTGCATTCCAATACTTGCTAGTCATGAAGCCATTGGTTCGAGCAATCAAGTCGGATGT
CTCCAGAGAGAGCAAACCGGCGTGGGAGATGCGAGAACCGGGTTCATCAGCAACTCGAAG
GTCTTAATTCGGGTTTTGTTTTGGTTTAGTTCGGTTTGTCTCTGAGAAAATTTCCGTACT
CGAATTTATATATGTTTTGACTCTCTGTAATGACATTGTAAGCTTTATGTATTGGTCTTC
TTTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR3BF90JQ C 1
AF RR3BF90TF U 1
BS 1 604 RR3BF90TF

RD RR3BF90JQ 604 0 0
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TTTT

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DS 

RD RR3BF90TF 604 0 0
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ATGATCTCTTTGTCTCCAGAAGATCCGACGCTCTTCTGAAACTGATCATGCTAGCGCTCA
GCTGAAGAAACAGGATACGCAGGATTCATCTCTTCCTGTTATTCTTGTTGAGAACAGCGG
GAGATGTCATAAGAATGAAAGCGATGAAAAGATTCTTCCAGACGGAAGTAGTTGGATTAC
GAATCTGTACAAGACAATCACAGAGATCTCTTTTAATGGCAACAAGTCGATCCACGTTGA
CAAGAAACTGGTGGAAGGGCCAAACCCAAACGCAAGAGGAAAACGACTAATCCCATTAAT
CTTTGCATTCCAATACTTGCTAGTCATGAAGCCATTGGTTCGAGCAATCAAGTCGGATGT
CTCCAGAGAGAGCAAACCGGCGTGGGAGATGCGAGAACCGGGTTCATCAGCAACTCGAAG
GTCTTAATTCGGGTTTTGTTTTGGTTTAGTTCGGTTTGTCTCTGAGAAAATTTCCGTACT
CGAATTTATATATGTTTTGACTCTCTGTAATGACATTGTAAGCTTTATGTATTGGTCTTC
TTTT

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 3

CO CL2592Contig1 839 3 20 U
GGATTGTTTCTAGCCAATGGCTTCCTCCGCTCTTATCCTCCGACCTTTCTTCTCTTCACC
CACTCAAACCTGTCAAACACCAATCTCCGCTCGAACTTCCGACCACCATCCACACACTCT
CTCACGTCGCGACGCACTCTCTCTCTCCTCCGCTTCTCTCCTCCTCTTCTCTCTCTCTCC
AACCGATCCAGCTCTCGCCTTCGGAATCTCAGGACCAAAGGAATGGTTGAAAGATCAGAA
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TCAGAACCTGTTGAGGTCTTCTGCAAGAGATTGTGTTCCTAAAGAGAGAAGCTCTCTTGT
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TCTTGTTAGGTCATTTGGTTCTCTCATCGTGCTTACGAATGGGATTGATATGAATCTTCC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FY53TF U 7
AF RR3F915TF U 1
AF RR3DK84JQ C 104
BS 1 59 RR3F915TF
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BS 180 222 RR3F915TF
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RD RR3FY53TF 704 0 0
TTTT
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TCGAGGTTCTTGTTAGCTCCCATTGATGCTTCTCGCGAAAGCCTCCGCTCTGTTTATCTT
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CTAGATGATAAGGACCCAGTCATTCTTGAAGCAGAGAACATACTAGATGATCTTGTTAGG
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GTCAAGGACTGCCTTGAGATCTGAGAGATGGAGTGTGTCT

QA 5 704 5 704
DS 

RD RR3F915TF 750 0 0
GGATTGTTTCTAGCCAATGGCTTCCTCCGCTCTTATCCTCCGACCTTTCTTCTCTTCACT
CACTCAAACC***CAAACACCAATCTCCGCTCGAACTTCCGACCACCATCCACACACTCT
CTCACGTCGCGACGCACTCTCTCTCTCCTCCGCTTCTCTCCTCCTCTTCTCTCTCTC**C
AACCGATCCAGCTCTCGCCTTCGGAATCTCAGGACCAAAGGAGTGGTTGAAAGATCAGAA
GAAGAAGTCGTCAAGGTTCTTGTTAGCTCCCATTGATGCTTCTCGCGAAAGCCTCCGCTC
TGTTTATCTTTCTCTCACAACTAGAGAAGCTGATTATACGGACAAAGATTTGGAGAGCCT
TCAGAACCTGTTGAGGTCTTCTGCAAGAGATTGTGTTCCTAAAGAGAGAAGCTCTCTTGT
CGATTTTCAGTCTAAAACCGGAGTGGAGGTTTGCACATTCAAGCTTGTTCTGAAGAATGC
TGCTTCGTTGTTAGATGATAAGGACCCAGTCATTCTTGAAGCAGAGAACATACTAAATGA
TCTTGTTAGGTCATTTGGTTCTCTCATCGTGCTTACGAATGGGATTGATATGAATCTTCC
TTCTGGTAGAAAAA*GATTGCGGATGCAGTTATGGAGTCGATCTCTGTTCTTGACAAGTT
TGAGAAGAGTGTCAAGGACTGCCTTGAGATCTGAGAGATGGAGTGTGTCTGTTCTTCTCT
TCTTGAA*GCAGTGTGGAATAAATAGCTGT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3DK84JQ 736 0 0
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CGCGAAAGCCTCCGCTCTGTTTATCTTTCTCTCACAACTAGAGAAGCTTATTATACGGAC
AAAGATTCGGAGAGCCTTCAGAACCTGTTGAGGTCTTCTGCAAGAGATTGTGTTCCTAAA
GAGAGAAGCTCTCTTGTCGATTTTCAGTCTAAAACCGGAGTGGAGGTTTGCACATTCAAG
CTTGTTCTGAAGAATGCTGCTTCGTTGCTAGATGATAAGGACCCAGTCATTCTTGAAGCA
GAGAACATACTAAATGATCTTGTTAGGTCATTTGGTTCTCTCATCGTGCTTACGAATGGG
ATTGATATGAATCTTCCTTCTGATAGAAAAAAGATTGCGGATGCAGTTATGGAGTCGATC
TCTGTTCTTGACAAGTTTGAGAAGAGTGTCAAGGACTGCCTTGAGATCTGAGAGATGGAG
TGTGTCTGTTCTTCTCTTCTTGAAAGCAGTGTGGAATAAATAGCTGTTTAGGGGGTACCA
GCGTTTTGTTACAATTTGTGGAAAGTGAGAGGCAACATCTCTTTTTATATGTAAAATAAT
CCCCTTTTGTTCAAGC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 4

CO CL2593Contig1 1087 4 3 U
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ACATCATATTTTCATTCATTAATGATAAAGCAATTTGAGTTTTAGTAATGTGAGTAGAAA
TTGTTAAGTATTGATCCACTTCATATCACCATGATCTAGTCTCATATTCAGTTTACTGTC
CTCGACTCTGTTCTGTCTTAAACCATTTTAGAACCCAACAAAACTAACCAAAAACCCGAG
AACCAGAACAGCACCAAAACTCAAACCGGTGTTAGAAGCAGAAGTAGGTGGTTCAACTTC
ATCAGCTGCTGCCATTTTCTTCTTACCAGCATTCCCAGGAGCCGGAGCAGGAGAACCATC
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ATCCTCCTCCTCAGATGGTCCAGGAGCTGGAGTGGTTGCAGCCTTCTTGGGAGATGGAGA
CGGTGGTGATGACATGGGTGGTGGTGGAGGAACGTTAACAGGAGATCCGAGTCCAGGAGC
CACAATGGGCATGCTGATTTGGATCACAGAGAGATTGTACGGGTTGCGAAACACGGTTGT
ATGTATTCAGCGGTTTGAGGAGCGCCTTTCACACCAGACCCGAAGTAAATCTTTCCGTTA
GTTTTGGTGCAGTTGAGGAAACCGTTTTGCTGCTGGCCCAAACCGGTAGATTGGTAAAGA
GTAGTGAGCAATGTGCTCCTGTCCTTGAGTGCCTTGAGCTTGAGTTCATCAAAGTAGTCA
AGAACTACATGATTCATAAGAACGTTCTTGAGCTCCTCCTCGGGTCTACCAGAAATGGAA
CCGATAGCATCGTTGCTAAGAGCCAGCACGGTAATTGTCTGACGTTTGTTGATAATTGGT
GTAAGCTCGGTCTTGGCGAAAAGCTCGATCATAGTGCTGAATTCAGGGTATTTCTCGAGT
GCTCGGGTTATGTTAACCGCTGATACAATGGAAGAAACACCAAATAAGATGGTGAGACAG
AGGAGAGAAGAGGAAGCCTTGAGACCCATTTTTCGGGTGTTTATTTAATTATCACCCTTA
TTTTTTG


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G708JQ U 1
AF RR3G708TF C 1
AF RR3C846JQ U 3
AF RR3C846TF C 465
BS 1 583 RR3G708JQ
BS 584 776 RR3C846JQ
BS 777 1087 RR3C846TF

RD RR3G708JQ 584 0 0
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ACATCATATTTTCATTCATTAATGATAAAGCAATTTGAGTTTTAGTAATGTGAGTAGAAA
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CTCGACTCTGTTCTGTCTTAAACCATTTTAGAACCCAACAAAACTAACCAAAAACCCGAG
AACCAGAACAGCACCAAAACTCAAACCGGTGTTAGAAGCAGAAGTAGGTGGTTCAACTTC
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C

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TT
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C

QA 3 583 3 583
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ATCATATTTTCATTCATTAATGATAAAGCAATTTGAGTTTTAGTAATGTGAGTAGAAATT
GTTAAGTATTGATCCACTTCATATCACCATGATCTAGTCTCATATTCAGTTTACTGTCCT
CGACTCTGTTCTGTCTTAAACCATTTTAGAACCCAACAAAACTAACCAAAAACCCGAGAA
CCAGAACAGCACCAAAACTCAAACCGGTGTTAGAAGCAAAAGTAGGTGGTTCAACTTCAT
CAGCTGCTGCCATTTTCTTCTTACCAGCATTCCCAGGAGCCGGAGCAGGAGAACCATCTT
CTGATGGGGCTGATGCAGGTGCGGCTTCTGGAGCTGCACCAGGAGGAGAATCTGCGTAAT
CCTCCTCCTCAGATGGTCCAGGAGCTGGAGTGGTTGCAGCCTTCTTGGGAGATGGAGACG
GTGGTGATGACATGGGTGGTGGTGGAGGAACGTTAACAGGAGATCCGAGTCCAGGAGCCA
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QA 1 774 1 774
DS 

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ATCCGAGTCCAGGAGCCACAATGGGCATGCTGATTTGGATCACAGAGAGATTGTACGGGT
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TCTACCAGAAATGGAACCGATAGCATCGTTGCTAAGAGCCAGCACGGTAATTGTCTGACG
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TTAATTATCACCCTTATTTTTTG

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

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CAGCAAATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F840JQ U 1
AF RR3AE84JQ U 1
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RD RR3F840JQ 609 0 0
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TCACAAAGA

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DS 

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AAAGATGGTCTCACTCTAATCTATATAGAAACTACAAAACATGTCCGAAATCCCCTGAGA
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AACAATGCCATTGATCAACAGAGTTCTTACAAACTATTTGCCTTTTTCTTTTTTTGTTTC
TGGAGCAAATATAGCACCAACTTCGAGGTGGTGGTTCATCTTGAAATGGAAGTGGAACTG
ACATGGCATTTCCGTAGAAATCTTCCAAGTTATAGAAGGTTCTTTGTGGAGGTAAGAAAA
TATGGATCACCACATCTCCATAGTCCAACAATGTCCATGCATTTGGCTTTACATCTCCAT
TAGCAACTCTCCCATACTTCTTCTCAGCCAGGTCTCTCATCCTAGACCCGATTGCATCGA
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TCACAAAGAGAACCTTAATGTCTCCGGCTTTCACTTCACTAGCAACCTTAGCCATTTCAA
CAGCAAATC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 3

CO CL2595Contig1 779 3 12 U
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GAGTTGAACCACATCGTATATAGCCATGGTTGCACTGAGGGAGCCACCAGAGGAGTTGAT
GAAGAGTTTGATGTCTTTCTTAGGATCTTTAGCATCTAAGAGGAGCAACTGACTCACTA


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E831JQ U 1
AF RR3E454JQ U 1
AF RR3E454TF C 616
BS 1 112 RR3E454JQ
BS 113 113 RR3E831JQ
BS 114 142 RR3E454JQ
BS 143 143 RR3E831JQ
BS 144 177 RR3E454JQ
BS 178 178 RR3E831JQ
BS 179 189 RR3E454JQ
BS 190 190 RR3E831JQ
BS 191 438 RR3E454JQ
BS 439 439 RR3E831JQ
BS 440 708 RR3E454JQ
BS 709 779 RR3E454TF

RD RR3E831JQ 602 0 0
GT
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CTGAACAAGCAAAATATGAGATACAAAGGCAAGCAATGTTTGTCAACTTCCATTTCGTAA
AGCCTGATGAAGTTGTCAAGATTTTTCCACTGAACTTACAACTCTCAGTCGCATTCGAAG
ATCCCTGATTCTAGATGAAGCTTGTCTTTTAGTAAATCTCATCATCAGGTATCTCAGGAG
TCAAGAACTTCATCGGATCTTTGCTAATCTCCTCATAGTTCACCCTCGGTTTCACCCTAT
CAGGAACAGGCTCCAGAGGAATGATGCTGTCCCCATCAATAACCCCATCAATCAAACCAT
ACTCAACCGCTTCAATCGGGGACATGTACCGGTCCCTGTCGATATCCTTCAGGACCTGCT
CAAACGAACGGCCAGTACACCCAGCGATAATGCTGGTGACATTGTTCTTGTTGTGCATAA
CTTCTTTCGCTTGGATCTCAACATCTATAGCTTGACCGCTCGCACCTCCAAGTGGCTGAT
GCATCATTATCCTCGTGTTGGGCATCGCAAAGCGCTTGCCTTTAGTTCCCGCACCGAG
GA

QA 3 600 3 600
DS 

RD RR3E454JQ 708 0 0
GGATAAATTCCCAGTAACTATCTTATAATTGCAAGAGAGTAAATTTAACAACAAATATCT
TTCTGAACAAGCAAAATATGAGATACAAAGGCAAGCAATGTCTGTCAACTTCGATTTCGT
AAAGCCTGATGAAGTTGTCAAGCTTTTGCCACTGAACTTACAACTCTCAGTCGCATTTGA
AGATCCCTGGTTCTAGACGAAGCTTGTCTTTTAGTAAATCTCATCATCAGGTATCTCAGG
AGTCAAGAACTTCATCGGATCTTTGCTAATCTCCTCATAATTCACCCTCGGTTTCACCCT
ATCAGGAACAGGCTCCAGAGGAATGATGCTGTCCCCATCAATAACCCCATCAATCAAACC
ATACTCAACCGCTTCAATCGGAGACATGTACCGGTCCCTGTCGATATCCTTCAGGACCTG
CTCAAACGAACGGCCAGTGCACCCAGCGATAATGCTGGTAACATTGTTCTTGTTGTGCAT
AACTTCTTTCGCTTGGATCTCAACATCTATAGCTTGACCGCTCGCACCTCCAAGAGGCTG
ATGCATCATTATCCTCGTGTTGGGCATCGCAAAGCGCTTGCCTTTAGTTCCAGCACCGAG
AATGATCGAAGCTGTTGATGCAGCGATGCCGAGAGCAATCGTGGATACATCGGCTCTCAC
GAGTTGAACCACATCGTATATAGCCATGGTTGCACTGAGGGAGCCACC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3E454TF 164 0 0
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GTATATAGCCATGGTTGCACTGAGGGAGCCACCAGAGGAGTTGATGAAGAGTTTGATGTC
TTTCTTAGGATCTTTAGCATCTAAGAGGAGCAACTGACTCACTA

QA 1 164 1 164
DS 



AS 1 2

CO CL2596Contig1 683 2 2 U
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TTCCTGCTCCTTCATCCTTCAATCTCCAACGGTTTAACGAGAAACGATGGAGGCTAGGTA
GAGACTGCTTCCACTCCTTCTCTCCGAGCTGCGTGGAGAATCGAACCGGACTGATCGCAG
TCAGAGCTGCCAAATCGGAGATGACGGCGTTTACCGCGGCGGAGGAAGAAACTCTCCCGG
AGGGGCTCCAGCCTGAGCTGATGCCGAAGCACGTTGCGGTTATAATGGACGGAAACGGGA
GATGGGCGAAGAATCAAGGTCTACAACCTTGGGACGGTCACAGAGCCGGCGTTGAAGCTT
TGAGAGAGATCGTTGAGCTTTGCGGCAAATGGGGTATTCAAGTCTTAACAGTCTTCGCCT
TCTCTACAGATAACTGGATTAGACCTAAGATCGAGATTGATTTCTTGTTGAGTTTGTTCG
AGAGAACTCTCAAATCAGAACTTGAGACTTTAGCCAATTACTTGTACTGCAAGACTCGTC
GATACTGACAACCTCAGTTCACTCCATATGGAGGGAAAGAAACGATCGACGTCATGGAAC
AACACCTAAGACCCCTATCTTGTTGGTTAAGTTAATTGACAGGCAGATTCGTAACTGGTG
CTTAATGGTTCAAGCTACGGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DX17TF U 1
AF RR3FH58TF U 50
BS 1 495 RR3DX17TF
BS 496 683 RR3FH58TF

RD RR3DX17TF 495 0 0
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TTCCTGCTCCTTCATCCTTCAATCTCCAACGGTTTAACGAGAAACGATGGAGGCTAGGTA
GAGACTGCTTCCACTCCTTCTCTCCGAGCTGCGTGGAGAATCGAACCGGACTGATCGCAG
TCAGAGCTGCCAAATCGGAGATGACGGCGTTTACCGCGGCGGAGGAAGAAACTCTCCCGG
AGGGGCTCCAGCCTGAGCTGATGCCGAAGCACGTTGCGGTTATAATGGACGGAAACGGGA
GATGGGCGAAGAATCAAGGTCTACAACCTTGGGACGGTCACAGAGCCGGCGTTGAAGCTT
TGAGAGAGATCGTTGAGCTTTGCGGCAAATGGGGTATTCAAGTCTTAACAGTCTTCGCCT
TCTCTACAGATAACTGGATTAGACCTAAGATCGAGATTGATTTCTTGTTGAGTTTGTTCG
AGAGAACTCTCAAAT

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3FH58TF 634 0 0
GTCCCTGCGCGTTCCTGCTCCTTCATCCTTCAATCTCCAACGGTTTAACGAGAAACGATG
GAGGCTAGGTAGAGACTGCTTCCACTCCTTCTCTCCGAGCTGCGTGGAGAATCGAACCGG
ACTGATCGCAGTCAGAGCTGCCAAATCGGAGATGACGGCGTTTACCGCGGCGGAGGAAGA
AACTCTCCCGGAGGGGCTCCAGCCTGAGCTGATGCCGAAGCACGTTGCGGTTATAATGGA
CGGAAACGGGAGATGGGCGAAGAATCAAGGTCTACAACCTTGGGACGGTCACAGAGCCGG
CGTTGAAGCTTTGAGAGAGATCGTTGAGCTTTGCGGCAAATGGGGTATTCAAGTCTTAAC
AGTCTTCGCCTTCTCTACAGATAACTGGATTAGACCTAAGATCGAGATTGATTTCTTGTT
GAGTTTGTTCGAGAGAACTCTCAAATCAGAACTTGAGACTTTAGCCAATTACTTGTACTG
CAAGACTCGTCGATACTGACAACCTCAGTTCACTCCATATGGAGGGAAAGAAACGATCGA
CGTCATGGAACAACACCTAAGACCCCTATCTTGTTGGTTAAGTTAATTGACAGGCAGATT
CGTAACTGGTGCTTAATGGTTCAAGCTACGGGTC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 4

CO CL2597Contig1 823 4 24 U
GATGTCATATGAAAAGTTTAAAATATTTCATCAGATATCTCTTCCTTCGAAAAGATTTAA
AAACACACACACAAAAGAATGGCAGCTCTAGCATCAAACCCTCAGATGTTAACGAGACAA
GGTCACAGTAATTACAAGAAGGAACAATTCTGGAGGAAATAGAGTTTGAATACGGAGAAG
AAGTGTGGGGTTTTCTGTGTGAAGGTTTACAATCATGAAAAGCTTGGGAGGTCACAAGTA
GAAAAAGAGTGGAGGTTAAAAGCTTTTTGGTCAAACGTATCACAGCCTGAGACTGTGGAG
ATGGTACCCATTAATGACGTTGATGAGCTTGAAGCTGTTCTCTCCGACGCACGCAACCTC
TCCCAGCCTATCATCATCGAATGGATGGCTTCTT*GGTGTCGGAAATGTATTT*ACTT*G
AAGCCTAAGTT*GGAGAAATT*GGCAGCGGAATATAATAACAGAACAAAGTTTTACTACG
TGGATGTGAACAAGGTCCC*TCAAACTTT*GGTGAAGCGTGGCAACATCTCGAAAATGCC
CACCATT*CAGTT*GTGGAAGGAAGGGGAGATGCAAGAGGAAGTGATAGGAGGTCACAAA
GGATGGCTT*GTTATT*GAAGAAGTCAGAGAATTGATCAACAAATATGTCTGATTCTCTT
CTTTTTTTTT*CTTCCTCATCTTTTCTGTTAATTTGTACAGTAGCTTTTAAATTTTGCAT
TTTTTGATATTTGAGACATATAGAATGGAGAAAGAGAACTAAAACTGATAAGCTGTGTTT
TTAGTTTTCAACAGTTTGTTTGGGAATAGATGACATACAAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI16TF U 18
AF RR3BI16JQ C 18
AF RR3G574TF U 1
AF RR3G574JQ C 337
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BS 66 137 RR3G574TF
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BS 139 159 RR3G574TF
BS 160 160 RR3BI16TF
BS 161 189 RR3G574TF
BS 190 190 RR3BI16TF
BS 191 245 RR3G574TF
BS 246 246 RR3BI16TF
BS 247 263 RR3G574TF
BS 264 264 RR3BI16TF
BS 265 344 RR3G574TF
BS 345 345 RR3BI16TF
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BS 480 587 RR3G574TF
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BS 589 667 RR3G574TF
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BS 671 736 RR3G574TF
BS 737 823 RR3G574JQ

RD RR3BI16TF 614 0 0
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GATGAGCTTGAAGCTGTTCTCTCCGACGCACGCAACCTCTCTCAGCCTATCATCATCGAA
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TGGCAGCGGAATATAATAACAGAACAAAGTTTTACTACGTGGATGTGAACAAGGTCCCCT
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AAGTCAGAGA

QA 5 614 5 614
DS 

RD RR3BI16JQ 678 0 0
GGAG
AATATTTCATCAGATATCTCTTCCTTCGAAAAGATTTAAAAACACACACACAAAAGAATG
GCAGCTCTAGCATCAAACCCTCAGATGTTAACGAGACAAGGTCACAGTAATTACAAGAAG
GAACAATTCTGGAGGAAATAGAGTTTGAATACGGAGAAGAAGTGTGGGGTTTTCTGTGTG
AAGGTTTACAATCATGAAAAGCTTGGGAGGTCACAAGTAGAAAAAGAGTGGAGGTTAAAA
GCTTTTTGGTCAAACGTATCACAGCCTGAGACTGTGGAGATGGTACCCATTAATGACGTT
GATGAGCTTGAAGCTGTTCTTTCCGACGCACGCAACCTCTTTCAGCCTATCATCATCGAA
TGGATGGCTTCTT*GGTGTCGGAAATGTATTT*ACTT*GAAGCCTAAGTT*GGAGAAATT
*GGCAGCGGAATATAATAACAGAACAAAGTTTTACTACGTGGATGTGAACAAGGTCCC*T
CAAACTTT*GGTGAAGCGTGGCAACATCTCGAAAATGCCTACCATT*CAGTT*GTGGAAG
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TTTTCTGTTAATTT

QA 5 678 5 678
DS 

RD RR3G574TF 736 0 0
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AAGTGTGGGTTTTTCTGTGTGAAGGTTTACAATCATGAAAAGCTTGGGAGGTCACAAGTA
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ATGGTACCCATTAATGACGTTGATGAGCTTGAAGCTGTTCTCTCTGACGCACGCAACCTC
TCCCAGCCTATCATCATCGAATGGATGGCTTCTT*GGTGTCGGAAATGTATTT*ACTT*G
AAGCCTAAGTT*GGAGAAATT*GGCAGCGGAATATAATAACAGAACAAAGTTTTACTATG
TGGATGTGAACAAGGTCCC*TCAAACTTT*GGTGAAGCGTGGCAACATCTCGAAAATGCC
CACCATT*CAGTT*GTGGAAGGAAGGGGAGATGCAAGAGGAAGTGATTGGAGGTCACAAA
GGATGGCTT*GTTATT*GAAGAAGTCAGAGAATTGATCAACAAATATGTCTGATTCTCTT
CTTTTTTCT**CTTCCTCATCTTTTCTGTTAATTTGTACAGTAGCTTTTAAATTTTGCAT
TTTTTGATATTTGAGA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3G574JQ 487 0 0
GTTCTTTCT
GACGCACGCAACCTCTCCCAGCCTATCATCATCGAATGGATGGCTTCTT*GGTGTCGGAA
ATGTATTT*ACTT*GAAGCCTAAGTT*GGAGAAATT*GGCAGCGGAATATAATAACAGAA
CAAAGTTTTACTATGTGGATGTGAACAAGGTCCC*TCAAACTTT*GGTGAAGCGTGGCAA
CATCTCGAAAATGCCCACCATT*CAGTT*GTGGAAGGAAGGGGAGATGCAAGAGGAAGTG
ATTGGAGGTCACAAAGGATGGCTT*GTTATT*GAAGAAGTCAGAGAATTGATCAACAAAT
ATGTCTGATTCTCTTCTTTTTTTCT*CTTCCTCATCTTTTCTGTTAATTTGTACAGTAGC
TTTTAAATTTTGCATTTTTTGATATTTGAGACATATAGAATGGAGAAAGAGAACTAAAAC
TGATAAGCTGTGTTTTTAGTTTTCAACAGTTTGTTTGGGAATAGATGACATACAAGAC

QA 10 487 10 487
DS 



AS 1 4

CO CL2598Contig1 1067 4 9 U
GTCCGAAGAACTTCGATGTTGGAAAGTATACTTTTGTATTTGAGATTTTGCTAGATGAGT
CGGCAAATGAAAAAGCTTACATAACCGAAGCTCAAACAAAAGTGCCTATTGCCGCCACAG
GAGCTATTAGCATTGAGAATGCAGAAATTGCTATACTTGATAGTGACGTTGGGAGCGTTG
AGTCTCAGAAAAAGCTAGATTTAACTAAGGACGGAGCAGTATCATTATCAGCAAACCATC
TCCAAAAGCTACGTCTGTCATTCCAATTAACTACTCCACTTGGCCTTGTGTTTAAGCCAC
ACCAGGCATTCCTCAAACTGAAACATGGGTCAAAGGTCGAGCATATCTTTCTCGTGAAAA
CTTCTGGAAAGAAGGCTGAATTAGTTCTAGATTTTCTTGGATTGGTTGAGAAGCTCTACT
ACCTCTCCGGTAAATATGAGGTCCAGTTAACTATTGGAGATGCTTCTATGGAGAACTCTC
TATTGAGTAATATTGGCCACATCGAACTTGACCTACCAGAACGTCCAGAGAAGGCGGCTC
TTCCTCCTCTACAACCAACTGACCCTTACTCAAGATATGAGCCAAAAGCTGAGATATCAC
ACATCTTCCGTGTTCCTGAAAAGCTACCCGCGAAGCAGCTTTCATTAGTTTTCTTGGGTC
TTATAGTCCCCCCATTCATCGCTTTCCTGATTGGGCTGACACGGTTGGGAGTGAACATAA
AGAGCTTCCCATCATCGGTTGGAGCTGCAACATCCGCTTCGCTTTTCCATGGCGGCATCG
GAGCTGTTCTGCTTCTCTACGTGCTTTTCTGGTTAAAGTTGGATCTGTTCACGACGCTTA
AGGCACTATCTTTGTTGGGAGTGTTTTTGTTGTTCGTTGGACACAGAACACTCTCCGGCC
TTGCAGCAGCATCGAACAAGTTGAAATCTGCTTGAAGAATGTATTCGCTATGATGATGAA
TCTTCTGTGTGTTCGTTCCATGGACCAGTTTTTTTTTTTATTTGCAGTTTTGTAGCATTA
CTTTTTATAGATTAAGGTGATAGACAAGTTCAAAGTATTTTCAGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3AT16TF U 1
AF RR3FB83JQ C 607
AF RR3AT16JQ C 288
AF RR3FB83TF U 445
BS 1 652 RR3AT16TF
BS 653 653 RR3FB83TF
BS 654 759 RR3AT16TF
BS 760 760 RR3FB83TF
BS 761 819 RR3AT16TF
BS 820 866 RR3FB83TF
BS 867 867 RR3AT16JQ
BS 868 1063 RR3FB83TF
BS 1064 1067 RR3AT16JQ

RD RR3AT16TF 819 0 0
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CGGCAAATGAAAAAGCTTACATAACCGAAGCTCAAACAAAAGTGCCTATTGCCGCCACAG
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AGTCTCAGAAAAAGCTAGATTTAACTAAGGACGGAGCAGTATCATTATCAGCAAACCATC
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TATTGAGTAATATTGGCCACATCGAACTTGACCTACCAGAACGTCCAGAGAAGGCGGCTC
TTCCTCCTCTACAACCAACTGACCCTTACTCAAGATATGAGCCAAAAGCTGAGATATCAC
ACATCTTCCGTGTTCCTGAAAAGCTACCCGCGAAGCAGCTTTCATTAGTTTT*TTGGGTC
TTATAGTCCCCCCATTCATCGCTTTCCTGATTGGGCTGACACGGTTGGGAGTGAACATAA
AGAGCTTCCCATCATCGGTTGGAGCTGCAACATCCGCTTTGCTTTTCCATGGCGGCATCG
GAGCTGTTCTGCTTCTCTACGTGCTTTTCTGGTTAAAGT

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR3FB83JQ 358 0 0
TCCGTGTTCCTGAAAAGCTACCCGCGAAGCAGCTTTCATTAGTTTTCTTGGGTCTTATAG
TCCTCCCATTCATCGCTTTCCTGATTGGGCTGACACGGTTGGGAGTGAACATAAAGAGCT
TCCCATCATCGGTTGGAGCTGCAACATCCGCTTCGCTTTTCCATGGCGGCATCGGAGCTG
TTTTGCTTCTTTACGTGCTTTTTTGGTTAAAGTTGGATCTGTTCACGACGCTTAAGGCAC
TATCTTTGTTGGGAGTGTTTTTGTTGTTCGTTGGACACAGAACACTTTCCGGCCTTGCAG
CAGCATCGAACAAGTTGAAATTTGCTTGAAGAATGTATTCGCTATGATGATGAAT
TTT

QA 1 355 1 355
DS 

RD RR3AT16JQ 780 0 0
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TTTCTCGTGAAAACTTCTGGAAAGAAGGCTGAATTAGTTCTAGATTTTCTTGGATTGGTT
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ATGGAGAACTCTCTATTGAGTAATATTGGCCACATCGAACTTGACCTACCAGAACGTCCA
GAGAAGGCGGCTCTTCCTCCTCTACAACCAACTGACCCTTACTCAAGATATGAGCCAAAA
GCTGAGATATCACACATCTTCCGTGTTCCTGAAAAGCTACCCGCGAAGCAGCTTTCATTA
GTTTT*TTGGGTCTTATAGTCCCCCCATTCATCGCTTTCCTGATTGGGCTGACACGGTTG
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DS 

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G
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CCTGATTGGGCTGACACGGTTGGGAGTGAACATAAAGAGCTTCCCATCATCGGTTGGAGC
TGCAACATCCGCTTCGCTTTTCCATGGCGGCATCGGAGCTGTTCTGCTTCTCTACGTGCT
TTTCTGGTTAAAGTTGGATCTGTTCACGACGCTTAAGGCACTATCTTTGTTGGGAGTGTT
TCTGTTGTTCGTTGGACACAGAACACTCTCCGGCCTTGCAGCAGCATCGAACAAGTTGAA
ATCTGCTTGAAGAATGTATTCGCTATGATGATGAATCTTCTGTGTGTTCGTTCCATGGAC
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AAGTTCAAAGTATTTTCA

QA 2 619 2 619
DS 



AS 1 3

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GTTAAACTGAAGCGTTGCAATAGCTTTGGCCCTGTGGTAATCACCGTGCCCTCTGCACTT
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GAAAAACGAAACACCCATCTGCAGAAACCACGTCCCTTGCAGGATCAAACCGATCCCGCG
CCCTAGCTTGGCGAACCGATGGCGATGGTTGTTTGAGTCGGATTTAAGCTCGAAGAGGGT
GGAGAAGACGCAGATGGCGATGGGGACGAGCATGAGATCGTAGTAGCGATTCTCGATTCC
GGAAGTGTCCTTCTTCTGGAGGTAGAAGATGAGAAACTCCTCGATGAAGCCGAAGAGAAG
CAGCAGAGTCGTGATCGAAGACGGAAGCGCTGCAAAGGCTGCGTTTTTGGAGTTGGCCAC
TAGATGGGTTACGACGGGCGTAAACTAGGAATAAAACTGCGACGGCCAGGATCTGTAACT
GGAGCATCGATCCGACCCGATCGCTGGATCCGATTGAGCTGAAGGAGGAGTAAATCGAGT
TGGCAATAAACAGAGACGAAAGCAAAGCTACGGGGATGGAGGAAGATCCAAGGGAGTTGG
GCGGAGACGGAGTGATCTGAGCTGTCATAGGGGAAGACGGATCATCACCGGTAGATGAAT
TCGGATCGAGGTTCGATGAGTCCAGTGACTCCCACGCGCCGATTACGGCAAATCCTCCGC
CAGCGACGGCGTAGCTCAATATACCCATGAATTCAACTCTCTCTCTCTCTCCGAGTTTCA
CAGTATCTCTGCGAACCAGGCTTTACTTCCTTGAATCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AM66JQ U 17
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AF RR3BA54TF C 396
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GAA

QA 1 723 1 723
DS 

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GAAAAACGAAACACCCATCTGCAGAAACCACGTCCCTTGCAGGATCAAACCGATCCCGCG
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DS 

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AGGCTGCGTTTTTGGAGTTGGCCACTAGATGGGTTACGACGG*CGTAAACTAGGAATAAA
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GAGCTGAAGGAGGAGTAAATCGAGTTGGCAATAAACAGAGACGAAAGCAAAGCTACGGGG
ATGGAGGAAGATCCAAGGGAGTTGGGCGGAGACGGAGTGATCTGAGCTGTCATAGGGGAA
GACGGATCATCACCGGTAGATGAATTCGGATCGAGGTTCGATGAGTCCAGTGACTCCCAC
GCGCCGATTACGGCAAATCCTCCGCCAGCGACGGCGTAGCTCAATATACCCATGAATTCA
ACTCTCTCTCTCTCTCCGAGTTTCACAGTATCTCTGCGAACCAGGCTTTACTTCCTTGAA
TCC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 3

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GGCTCACTGCTAAAAAAGGTTCTCGAATCGGTCAAAGATCTGGTCAACGATGCCAACTTC
GACTGCTCCAGCACCGGCTTCTCCCTCCAAGCCATGGACTCCAGCCACGTGGCACTGGTC
TCCCTCCTGCTCAGATCCGAAGGCTTCGAGCACTACAGGTGCGACAGGAACCTCTCCATG
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BQ
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX74TF U 1
AF RR3CH21TF U 1
AF RR3CH21JQ C 191
BS 1 20 RR3CH21TF
BS 21 21 RR3EX74TF
BS 22 65 RR3CH21TF
BS 66 66 RR3EX74TF
BS 67 71 RR3CH21TF
BS 72 72 RR3EX74TF
BS 73 95 RR3CH21TF
BS 96 96 RR3EX74TF
BS 97 173 RR3CH21TF
BS 174 174 RR3EX74TF
BS 175 687 RR3CH21TF
BS 688 688 RR3CH21JQ
BS 689 714 RR3CH21TF
BS 715 715 RR3CH21JQ
BS 716 744 RR3CH21TF
BS 745 747 RR3CH21JQ
BS 748 756 RR3CH21TF
BS 757 757 RR3CH21JQ
BS 758 788 RR3CH21TF
BS 789 956 RR3CH21JQ

RD RR3EX74TF 683 0 0
GGAACGCTCTTTCCATAAAAACCCTAGACGACGACAATGTTGGAGCTACGTCTCGTTCAG
GGCTCACTGCTAAAAAAGGTTCTCGAATCGGTCAAAGATCTGGTCAACGATGCCAACTTC
GACTGCTCCAGCACCGGCTTCTCCCTCCAAGCCATGGACTCCAGCCACGTGGCACTGGTC
TCCCTCCTGCTCAGATCCGAAGGCTTCGAGCACTACAGGTGCGACAGGAACCTCTCCATG
GGGATGAATCTCGGCAACATGTCCAAGATGCTCAAATGCGCTGGAAATGATGACATCATC
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GACAAGATTGCGGATTTTGAGATGAAGCTGATGGATATAGACAGTGAGCATTTGGGGATA
CCTGATGCTGAGTACCATTCCATTGTGAGGATGCCGTCTGGTGAGTTCTCGAGGATTTGC
AAAGATCTCAGTACCATCGGTGACACTGTTGTGATCTCTGTGACTAAAGAAGGGGTTAAG
TTCTCTACTGCTGGTGATATTGGGACAGCTAACATTGTCTTACGGCAGAACACAACTGTA
GACAAGCCGGAAGATGCAATTGTGATAGAGATGAACGAGCCTGTGTCACTCTCGTTTGCC
TTGAG*TACATGAATTCCTTCAC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3CH21TF 788 0 0
GGAACGCTCTTTCCATAAAA*CCCTAGACGACAACAATGTTGGAGCTACGTCTCGTTCAG
GGCTCTCTGCTGAAAAAGGTTCTCGAATCGGTCAAGGATCTGGTCAACGATGCCAACTTC
GACTGCTCCAGCACCGGCTTCTCCCTCCAAGCCATGGACTCCAGCCACGTGGCGCTGGTC
TCCCTCCTGCTCAGATCCGAAGGCTTCGAGCACTACAGGTGCGACAGGAACCTCTCCATG
GGGATGAATCTCGGCAACATGTCCAAGATGCTCAAGTGCGCCGGAAACGACGACATCATC
ACCATCAAAGCTGATGACGGCGGCGACACTGTCACCTTCATGTTCGAGAGTCCCACGCGA
GACAAGATTGCGGATTTTGAGATGAAGCTGATGGATATAGACAGTGAGCATCTGGGGATA
CCTGATGCTGAGTACCATTCCATTGTGAGGATGCCGTCTAGTGAGTTCTCGAGGATTTGT
AAAGATCTCAGTACCATCGGTGATACTGTTGTGATCTCTGTGACTAAAGAAGGGGTTAAG
TTCTCTACTGCTGGTGATATCGGGACAGCTAACATTGTCTTAAGACAGAACACAACTGTA
GACAAGCCGGAAGATGCAATTGTGATAGAGATGAACGAGCCTGTGTCACTCTCCTTTGCC
CTGAG*TACATGAACTCCTTCACAAAG*CAACTCCGTTGTCTGACACAGTGACA*TCAGC
TTATCCTCGGAGCTGCCATTTGTG**TGAGTATAAG*TGGCTGAGATGGGTTACATTCGT
TACTACTT

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3CH21JQ 766 0 0
TCAGATCCGAAGGCTTCGAGCACTACAGGTGCGACAGGAACCTCTCCATGGGGATGAATC
TCGGCAACATGTCCAAGATGCTCAAGTGCGCCGGAAACGACGACATCATCACCATCAAAG
CTGATGACGGCGGCGACACTGTCACCTTCATGTTCGAGAGTCCCACGCGAGACAAGATTG
CGGATTTTGAGATGAAGCTGATGGATATAGACAGTGAGCATCTGGGGATACCTGATGCTG
AGTACCATTCCATTGTGAGGATGCCGTCTAGTGAGTTCTCGAGGATTTGTAAAGATCTCA
GTACCATCGGTGATACTGTTGTGATCTCTGTGACTAAAGAAGGGGTTAAGTTCTCTACTG
CTGGTGATATCGGGACAGCTAACATTGTCTTAAGACAGAACACAACTGTAGACAAGCCGG
AAGATGCAATTGTGATAGAGATGAACGAGCCTGTGTCACTCTCCTTTGCCCTGAGGTACA
TGAACTCCTTCACAAAGGCAACTCCGTTGTCTGACACAGTGACAATCAGCTTATCCTCGG
AGCTGCCATTTGTGGTGGAGTATAAGGTGGCTGAGATGGGTTACATTCGTTACTACTTGG
CTCCTAAGATTGAAGAAGAAGAAGATGACAACAAGGCCTAAGACCCCGTTTGTATCCCAA
CAGCTTCTGTTCATCTTTGTTGCTGTCATTGTGTGTGTTTCCGTTGTATGCTCCTCTAGA
ATCAGTTGTTTTTGCTTTAGACTTGTTATGCTTCATGATACCAATG

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL2601Contig1 817 2 16 U
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CACACGATGTTTCACACAAGTAGTAGTAGTAGTAGTACATTCACAAAAGAGAAGTAAACT
AAGAGTAACTCAATCAGCTTCTGGACTTGAATGGGATGGCTCTGATGACAATCACGTGGT
AAAGAGCAGCAAGTGCAGCACCGATGAATGGTCCAACCCAAAACACCCAATGGTCGTCCC
AAGCGTTGTCCTTGTTGAAGATGATTGCAGCTCCAAGACTCCTTGCTGGGTTGATTCCAG
TACCAGTGATGGGGATGGTTGCTAAGTGGACCAAGAACACAGCGAATCCGATAGGAAGAG
GTGCAAGAATGGGAACATGAGAGTCACGAGCGTTCCTCTTGGCGTCAGTAGCGGAGAAGA
CGGTGTAAACAAGGACAAAAGTTCCAATAATCTCAGCTCCGAGACCACTTCCTTTAGTGT
AACCAGGAGCTACAGTGTTGGCACCACCTCCTAGAGCTTGGTACTGCTTTGGTTGGAATC
CCTTGACCACACCAGCTCCACAGATGGCTCCTAAGCACTGCATAACTATGTAGTACACAG
CTCGTGTGAGCGAAAGCTTCCTGGCCAAGAACAGACCGAACGTGACAGCTGGGTTGATGT
GTCCACCAGAGATACCAGCAGTGCAGTAGACGAGAGCGAAGATCATACCACCGAAAGCCC
AAGCGATCCCTTGGATTCCGACAGAAGCACACATGTTGGGTGACCTCTTGACTCCCATGA
CGGCCAAAACTGTGATGTAAAGGAACAAGAACGTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CD17JQ U 1
AF RR3B958TF C 223
BS 1 460 RR3CD17JQ
BS 461 461 RR3B958TF
BS 462 502 RR3CD17JQ
BS 503 503 RR3B958TF
BS 504 583 RR3CD17JQ
BS 584 584 RR3B958TF
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BS 620 620 RR3B958TF
BS 621 667 RR3CD17JQ
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BS 669 679 RR3CD17JQ
BS 680 680 RR3B958TF
BS 681 755 RR3CD17JQ
BS 756 817 RR3B958TF

RD RR3CD17JQ 755 0 0
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CACACGATGTTTCACACAAGTAGTAGTAGTAGTAGTACATTCACAAAAGAGAAGTAAACT
AAGAGTAACTCAATCAGCTTCTGGACTTGAATGGGATGGCTCTGATGACAATCACGTGGT
AAAGAGCAGCAAGTGCAGCACCGATGAATGGTCCAACCCAAAACACCCAATGGTCGTCCC
AAGCGTTGTCCTTGTTGAAGATGATTGCAGCTCCAAGACTCCTTGCTGGGTTGATTCCAG
TACCAGTGATGGGGATGGTTGCTAAGTGGACCAAGAACACAGCGAATCCGATAGGAAGAG
GTGCAAGAATGGGAACATGAGAGTCACGAGCGTTCCTCTTGGCGTCAGTAGCGGAGAAGA
CGGTGTAAACAAGGACAAAAGTTCCAATAATCTCAGCTCCTAGACCACTTCCTTTAGTGT
AACCAGGAGCTACAGTGTTGGCTCCACCTCCTAGAGCTTGGTACTGCTTTGGTTGGAATC
CCTTGACCACACCAGCTCCACAGATGGCTCCTAAGCACTGCATCACTATGTAGTATACAG
CTCGTGTGAGCGAAAGCTTTCTGGCCAAGAACAGACCGAACGTGACAGCTGGGTTGATGT
GTCCACCGGAGATACCAGCGGTGCAGTAGACGAGAGCGAAGATCATACCACCGAAAGCCC
AAGCGATCCCTTGGATTCCGACAGAAGCACACATG

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3B958TF 595 0 0
ACACCCAATGGTCGTCC*AAGCGTTGTC*TTGTTGAAGATGATTGTAGCTCCAAGACTCC
TTGCTGGGTTGATTCCAGTACCAGTGATGGGGATGGTTGCTAAGTGGACCAAGAACACAG
CGAATCCGATAGGAAGAGGTGCAAGAATGGGAACATGAGAGTCACGAGCGTTCCTCTTGG
CGTCAGTGGCGGAGAAGACGGTGTAAACAAGGACAAAAGTTCCAATAATCTCAGCTCCGA
GACCACTTCCTTTAGTGTAACCAGGAGCTACAGTGTTGGCACCACCTCCTAGAGCTTGGT
ACTGCTTTGGTTGGAATCCCTTGACCACACCAGCTCCACAGATGGCTCCTAAGCACTGCA
TAACTATGTAGTACACAGCTCGTGTGAGCGAAAGCTTCCTGGCCAAGAACAGACCGAACG
TGACAGCTGGGTTGATGTGTCCACCAGAGATACCAGCAGTGCAGTAGACGAGAGCGAAGA
TCATACCACCGAAAGCCCAAGCGATCCCTTGGATTCCGACAGAAGCACACATGTTGGGTG
ACCTCTTGACTCCCATGACGGCCAAAACTGTGATGTAAAGGAACAAGAACGTGGC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 4

CO CL2602Contig1 1084 4 21 U
AAAAACTTTATATATCATATCAAGAAGCAAACGTTATATCTACAAAATAGGCCTGACCAA
AGATGCGAAATCGATATGAAGTTTGCTTCACAAGAAAAAAAAAAACCTCAATAAAAACAT
AGGAGTTGAGAAAAATAAAATGAATTATGTATATTGCTTCACAAAAAAGCTCAATGAAAC
AAATGAACAAAACAAACCATCAAGTCTTTTGCTGCTTGCCTTTTTTTTTTAATCTTCAGG
TATCTTCAACCTGTGGATGGAACACAAAACTTGGAAACGTAGTCGTGATATCCTTGAGAT
ACTGAAGAGTCATGTTCTTGAGAAGGCTGGGATGTCTAAGAACAAGGCTTCTCCACTCTT
CCTTATCAATCTTTCCATCATGTTTTGTGTCTGCTTCCTCAAACGTCTTGTCGATTATAT
CCTCAATGACAGTATCCTTCAAGTTCATTCCAGATTCAGCAAGCGTGGCGACAACCATTT
GTTTCACCTCTTGCCGTTCAATGAACCCTTGCTGTTTAAGATCATATAGCTGAAATGAAA
AGTGGATTTTGTCATCTATAGGCGCATTTGGGTGAAAAACGGAGAGAGCACGAGCGAACT
CTTCAAAACCAAGTATTCCATTGTGTTTTGTATCAAACAAATCAAAAACCCGATCAGCAA
ACAAGCTCTCTTTTTTATTTGTCTTAAACAAAGCCAACTGAAACTCTTCCTTGTTGATCA
ACCCATCATCAATGACGGCACTGCTGATTTTCTTAAACAGCTCATAAAGAGCTTCTATTT
CACTCACACTAAAAACAGTATCTCTTGCAAGCAACTCAGGGTCTCCAAGGCCACCAGGTT
GTTTATACAAATCAAGATCAAAACACCCTAAAACAGAGGTGCACAAATGCTTGAAACCGT
CTATGCACTGCGCCATGATATCTTCTTAACCAAATCAAATATCTCCATGCCTTTTAACCA
TTTCCTAGTTTTGTCTGAGAAAGGCTGCGCTCTGCAATTATCTGATCGATTTCGATTGCT
TCGGTTGATTATCAATCCCAAGGCGGCTCTTGGCGTTAGGTTGAAGCTGGGAGAATTGTG
GTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3BB59JQ U 1
AF RR3AC30JQ U 231
AF RR3BB59TF C 231
AF RR3AC30TF C 261
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BS 521 631 RR3BB59JQ
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BS 888 908 RR3BB59TF
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AGGAGTTGAGAAAAATAAAATGAATTATGTATATTGCTTCACAAAAAAGCTCAATGAAAC
AAATGAACAAAACAAACCATCAAGTCTTTTGCTGCTTGCCTTTTTTTTTTAATCTTCAGG
TATCTTCAACCTGTGGATGGAACACAAAACTTGGAAACGTAGTCGTGATATCCTTGAAAT
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CCTTATCAATCTTTCCATCATGTTTTGTGTCTGCTTCCTCAAACGTCTTGTCGATTATAT
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AGTGGATTTTGTCATCTATAGGCGCATTTGGGTGAAAAACGGAGAGAGCACGAGCGAACT
CTTCAAAACCAAGTATTCCATTGTGTTTTGT

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CGAGCGAACTCTTCAAAACCAAGTA

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DS 

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TCCTTGAGATACTGAAGAGTCATGTTCTTGAGAAGGCTGGGATGTCTAAGAACAAGGCTT
CTCCACTCTTCCTTATCAATCTTTCCATCATGTTTTGTGTCTGCTTCCTCAAACGTCTTG
TCGATTATATCCTCAATGACAGTATCCTTCAAGTTCATTCCAGATTCAGCAAGCGTGGCG
ACAACCATTTGTTTCACCTCTTGCCGTTCAATGAACCCTTGCTGTTTAAGATCATATAGC
TGAAATGAAAAGTGGATTTTGTCATCTATAGGCGCATTTGGGTGAAAAACGGAGAGAGCA
CGAGCGAACTCTTCAAAACCAAGTATTCCATTGTGTTTTGTATCAAACAAATCAAAAACC
CGATCAGCAAACAAGCTCTCTTTTTTATTTGTCTTAAACAAAGCCAACTGAAACTCTTCC
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CCACCAGGTTGTTTATACAAATCAAGATCAAAACACCCTAAAACAGAGGTGCACAAGTGC
TTGAAACCGTCTATGCAC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3AC30TF 824 0 0
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AGAAGGCTGGGATGTCTAAGAACAAGGCTTCTCCACTCTTCTTTATCAATCTTTCCATCA
TGTTT*GTGTCTGCTTC*TCAAACGTCTTGTCGATTATATC*TCAATGACAGTATCTTTC
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GGCGCATTTGGGTGAAAAACGGAGAGAGCACGAGCGAACTCTTCAAAACCAAGTATTCCA
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TCTCTTGCAAGCAACTCAGGGTCTCCAAGGCCACCAGGTTGTTTATACAAATCAAGATCA
AAACACCCTAAAACAGAGGTGCACAAATGCTTGAAACCGTCTATGCACTGCGCCATGATA
TCTTCTTAACCAAATCAAATATCTCCATGCCTTTTAACCATTTCCTAGTTTTGTCTGAGA
AAGGCTGCGCTCTGCAATTATCTGATCGATTTCGATTGCTTCGGTTGATTATCAATCCCA
AGGCGGCTCTTGGCGTTAGGTTGAAGCTGGGAGAATTGTGGTCC

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 3

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GAGGCAGTCTCTCCGTGCAGACAACATCAAGATGTTTGTTCTTGATGAAGCTGATGAGAT
GCTCTCCCGTGGTTTCAAAGACCAGATCTATGACATCTTCCAGCTTCTCCCACCTAAGAT
CCAAGTGGGAGTCTTCTCAGCGACAATGCCACCAGAAGCTCTCGAGATCACAAGGAAGTT
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GCAGTTCTACGTCAACGTTGAGAAGGAAGACTGGAAGCTCGAGACGCTCTGCGACCTCTA
CGAGACTCTGGCCATCACTCAGAGCGTCATCTTCGTGAACACCAGGAGGAAGGTGGACTG
GCTCACCGACAAGATGAGAGGGCGCGACCACACGGTCTCGGCGACTCACGGAGACATGGA
CCAGAACACGAGAGACATCATCATGAGGGAGTTCAGGTCCGGCTCCTCCCGTGTGCTCAT
CACCACTGACCTCTTGGCTCGTGGTATCGATGTCCAGCAAGTGTCCTTGGTCATCAACTA
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CCAGAAGTTTTACAACGTTGTTGTTGAGGAGCTTCATTCCAACGTTGCTGATCTGCTTTG
AGGGGAGAAAGAAAGGTCTCTCTCTTTCTTGTTTCGCAAGGCGCCTCTTTGATCTGGTTT
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ATTTTCTTGTCAATTTTCAATTTTTTGGTATGTTTGTGTTTTTTTTTTTTTTTTGTATCA
AACCAAAAGCTTTTATTTTGTATCAAACCGAAAGCTTTCTATT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E241TF U 1
AF RR3EC18TF U 366
AF RR3EC18JQ C 465
BS 1 444 RR3E241TF
BS 445 445 RR3EC18TF
BS 446 459 RR3E241TF
BS 460 460 RR3EC18TF
BS 461 471 RR3E241TF
BS 472 472 RR3EC18TF
BS 473 519 RR3E241TF
BS 520 520 RR3EC18TF
BS 521 531 RR3E241TF
BS 532 532 RR3EC18TF
BS 533 591 RR3E241TF
BS 592 592 RR3EC18TF
BS 593 650 RR3E241TF
BS 651 849 RR3EC18TF
BS 850 1063 RR3EC18JQ

RD RR3E241TF 650 0 0
GCTCCAGGCCGGTGTCCATGTGGTCGTCGGAACTCCAGGTCGTGTGTTCGACATGCTCAA
GAGGCAGTCTCTCCGTGCAGACAACATCAAGATGTTTGTTCTTGATGAAGCTGATGAGAT
GCTCTCCCGTGGTTTCAAAGACCAGATCTATGACATCTTCCAGCTTCTCCCACCTAAGAT
CCAAGTGGGAGTCTTCTCAGCGACAATGCCACCAGAAGCTCTCGAGATCACAAGGAAGTT
CATGAGCAAGCCTGTGAGAATCCTTGTGAAGCGTGACGAGCTTACCCTAGAAGGTATCAA
GCAGTTCTACGTCAACGTTGAGAAGGAAGACTGGAAGCTCGAGACGCTCTGCGACCTCTA
CGAGACTCTGGCCATCACTCAGAGCGTCATCTTCGTGAACACCAGGAGGAAGGTGGACTG
GCTCACCGACAAGATGAGAGGGCGTGACCACACGGTCTCTGCGACTCACGGGGACATGGA
CCAGAACACGAGAGACATCATCATGAGGGAGTTCAGGTCTGGCTCCTCCCGCGTGCTCAT
CACCACTGACCTCTTGGCTCGTGGTATCGATGTCCAGCAAGTGTCCTTGGTTATCAACTA
TGATTTGCCGACTCAGCCTGAGAACTACCTTCACCGTATTGGAAGGAGTG

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3EC18TF 485 0 0
GGCTA
GCCATCACTCAGAGCGTCATCTTCGTGAACACCAGGAGGAAGGTGGACTGGCTCACCGAC
AAGATGAGAGGTCGCGACCACACTGTCTCGGCGACTCACGGAGACATGGACCAGAACACG
AGAGACATCATCATGAGGGAGTTCAGGTCCGGCTCCTCCCGTGTGCTCATCACCACTGAC
CTCTTGGCTCGTGGTATCGATGTCCAGCAAGTGTCCTTGGTCATCAACTATGATTTGCCG
ACTCAGCCTGAGAACTACCTTCACCGTATTGGAAGGAGTGGGAGGTTCGGGAGGAAAGGT
GTGGCGATCAACTTTGTGACCAAGGATGATGAGAGGATGCTGTTTGATATCCAGAAGTTT
TACAACGTTGTTGTTGAGGAGCTTCATTCCAACGTTGCTGATCTGCTTTGAGGGGAGAAA
GAAAGGTCTCTCTCTTTCTTGTTTCGCAAGGCGCCTCTTTGATCTGGTTTTGATACACT
C

QA 6 484 6 484
DS 

RD RR3EC18JQ 599 0 0
CTCACGGAGACATGGACCAGAACACGAGAGACATCATCATGAGGGAGTTCAGGTCCGGCT
CCTCCCGTGTGCTCATCACCACTGACCTCTTGGCTCGTGGTATCGATGTCCAGCAAGTGT
CCTTGGTCATCAACTATGATTTGCCGACTCAGCCTGAGAACTACCTTCACCGTATTGGAA
GGAGTGGGAGGTTCGGGAGGAAAGGTGTGGCGATCAACTTTGTGACCAAGGATGATGAGA
GGATGCTGTTTGATATCCAGAAGTTTTACAACGTTGTTGTTGAGGAGCTTCCTTCCAACG
TTGCTGATCTGCTTTGAGGGGAGAAAGAAAGGTCTCTCTCTTTCTTGTTTCGCAAGGCGC
CTCTTTGATCTGGTTTTGATACACTTTTCGTCTCTCTTTTCCTCAGCATTTATTGTTGTT
ACCTCTCTTGAAATTTCTAAGAACGTATCTCTATCTTGTGAACCATTTTTATTTTTAATA
TTATATGGAGTATTTTATTTTCTTGTCAATTTTCAATTTTTTGGTATGTTTGTGTTTTTT
TTTTTTTTTTGTATCAAACCAAAAGCTTTTATTTTGTATCAAACCGAAAGCTTTCTATT

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 4

CO CL2604Contig1 586 4 3 U
GGGCCGCTCTTTCATTTTCTCCGTGGCGGCCTGAGCTTTGCAAAAATGGTTCAACGGCTT
GTTTACCGATCACGCCACTCTTACGCCACCAAATCAAACCAACACCGCATCGTCAAAACT
CCTGGTGGGAAGTTGACTTTCCAGACGACGAAGAAGAGAGCTAGTGGACCTAAGTGCCCT
GTCACTGGCAAGCGAATCCAAGGGATTCCTCATCTGAGACCTGCTGAGTACAAGAGGTCG
AGGTTGTCGAGGAACAGGAGAACAGTGAACCGTGCATATGGTGGTGTTCTCTCTGGGCTA
GCTGTTAAAGACAGGATCGTTAGGGCGTTCTTGGTTGAAGAGCAGAAGATTGTGAAGAAG
GTTTTGAAGCTTCAGAAGTTTAAGGAGAAGACTGCACCAAAGAGTTAGATAACTTCTTTT
GTGGAGAGTTTTGCAGTAAAGTGATGTGTGAGAGGAATATGTCTTTGTAAGGGAGATCGT
TAGACATGAGTGAGTTTGATTCACCAGATTTTGTTATTTTGACTTCAGTTGAGATATTAC
TTTTCATGACTTTGGTTTACCAATTACCATTATAATTCGTCCCGCC


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3E933TF U 1
AF RR3E933JQ C 1
AF RR3DJ36JQ C 2
AF RR3DJ36TF U 2
BS 1 1 RR3E933JQ
BS 2 234 RR3E933TF
BS 235 586 RR3DJ36TF

RD RR3E933TF 234 0 0
G
GGCCGCTCTTTCATTTTCTCCGTGGCGGCCTGAGCTTTGCAAAAATGGTTCAACGGCTTG
TTTACCGATCACGCCACTCTTACGCCACCAAATCAAACCAACACCGCATCGTCAAAACTC
CTGGTGGGAAGTTGACTTTCCAGACGACGAAGAAGAGAGCTAGTGGACCTAAGTGCCCTG
TCACTGGCAAGCGAATCCAAGGGATTCCTCATCTGAGACCTGCTGAGTACAAG

QA 2 234 2 234
DS 

RD RR3E933JQ 548 0 0
GGGCCGCTCTTTCATTTTCTCCGTGGCGGCCTGAGCTTTGCAAAAATGGTTCAACGGCTT
GTTTACCGATCACGCCACTCTTACGCCACCAAATCAAACCAACACCGCATCGTCAAAACT
CCTGGTGGGAAGTTGACTTTCCAGACGACGAAGAAGAGAGCTAGTGGACCTAAGTGCCCT
GTCACTGGCAAGCGAATCCAAGGGATTCCTCATTTGAGACCTGCTGAGTACAAGAGGTCG
AGGTTGTCGAGGAACAGGAGAACAGTGAACCGTGCATATGGTGGTGTTCTCTCTGGGCTA
GCTGTTAAAGACAGGATCGTTAGGGCGTTCTTGGTTGAAGAGCAGAAGATTGTGAAGAAG
GTTTTGAAGCTTCAGAAGTTTAAGGAGAAGACTGCACCAAAGAGTTAGATAACTTCTTTT
GTGGAGAGTTTTGCAGTAAAGTGATGTGTGAGAGGAATATGTCTTTGTAAGGGAGATCGT
TAGACATGAGTGAGTTTGATTCACCAGATTTTGTTATTTTGACTTCAGTTGAGATATTAC
TTTTCATG

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3DJ36JQ 585 0 0
GGCCGCTCTTTCATTTTCTCCGTGGCGGCCTGAGCTTTGCGAAAATGGTTCAACGGCTTG
TTTACCGATCACGCCACTCTTACGCCACCAAATCAAACCAACACCGCATCGTCAAAACTC
CTGGTGGGAAGTTGACTTTCCAGACGACGAAGAAGAGAGCTAGTGGACCTAAGTGCCCTG
TCACTGGCAAGCGAATCCAAGGGATTCCTCATCTGAGACCTGCTGAGTACAAGAGGTCGA
GGTTGTCGAGGAACAGGAGAACAGTGAACCGTGCATATGGTGGTGTTCTCTCTGGGCTAG
CTGTTAAAGACAGGATCGTTAGGGCGTTCTTGGTTGAAGAGCAGAAGATTGTGAAGAAGG
TTTTGAAGCTTCAGAAGTTTAAGGAGAAGACTGCACCAAAGAGTTAGATAACTTCTTTTG
TGGAGAGTTTTGCAGTAAAGTGATGTGTGAGAGGAATATGTCTTTGTAAGGGAGATCGTT
AGACATGAGTGAGTTTGATTCACCAGATTTTGTTATTTTGACTTCAGTTGAGATATTACT
TTTCATGACTTTGGTTTACCAATTACCATTATAATTCGTCCCGCC

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3DJ36TF 585 0 0
GGCCGCTCTTTCATTTTCTCCGTGGCGGCCTGAGCTTTGCGAAAATGGTTCAACGGCTTG
TTTACCGATCACGCCACTCTTACGCCACCAAATCAAACCAACACCGCATCGTCAAAACTC
CTGGTGGGAAGTTGACTTTCCAGACGACGAAGAAGAGAGCTAGTGGACCTAAGTGCCCTG
TCACTGGCAAGCGAATCCAAGGGATTCCTCATCTGAGACCTGCTGAGTACAAGAGGTCGA
GGTTGTCGAGGAACAGGAGAACAGTGAACCGTGCATATGGTGGTGTTCTCTCTGGGCTAG
CTGTTAAAGACAGGATCGTTAGGGCGTTCTTGGTTGAAGAGCAGAAGATTGTGAAGAAGG
TTTTGAAGCTTCAGAAGTTTAAGGAGAAGACTGCACCAAAGAGTTAGATAACTTCTTTTG
TGGAGAGTTTTGCAGTAAAGTGATGTGTGAGAGGAATATGTCTTTGTAAGGGAGATCGTT
AGACATGAGTGAGTTTGATTCACCAGATTTTGTTATTTTGACTTCAGTTGAGATATTACT
TTTCATGACTTTGGTTTACCAATTACCATTATAATTCGTCCCGCC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 3

CO CL2605Contig1 981 3 12 U
CAAAACTGAATCCTGAAATTTAAAATGATAATGTGGAGGTTTGATCCTGAAAACAAAGGC
CTCAAAGAAAATTAAAGAAAATCTAAAGGATTCAAAACAAGGTCTCAGCAAAAATCCAAC
AAAAGTAAACAACTTCATCATCTTGAAACTTTCTCTCCTTATTCTTGCTTGGAAGCAAGA
GCAGCAGCTTGACCTCTGAAACGACCAGTCCTCCTTGCAGCAATAAAACCGACCTTTTGC
CCGGGTGGTGCATCACGACGAACAGTACTGGCGTGACCGATATGTTGATGGTTACCTCCT
CCGTGAGGATGCTCAACAGGGTTCATAGCCACACCACGAACCTTAGGCCAGCAGTTCCTC
TTCACACGGTACTTGTGGTACGCGTTACCGGCCTTGAGCATCGGCTTCTCAGTTCTTCCA
CCACCAGCAACTTGACCAATCATGGCCCTGCATCCACTTGGGACAATCTTCTTCGATCCA
AATGGCAACTTAACCCTTGTCGTGTCGTTGTCAGGGTTGTGTGAAATAACGATAGCGTAA
TCTCCAGAAGCTCTAGCGAGGACACCACGATCACCGACATGGTGCTCGACGTTGCAGACA
ACAGCTCCCTCGGGAATAGATCTGAGAGGCAGAACATTTCCGACGACGAGGGTCGCCTTC
TTACCGCAGTACAAGAACTGTCCGGTGTACATACCTTCGGCGGCGACGAAGAGCTCCTTC
TGCTTCTTGTAACGGAAAGGATGACGGAACGCGACGCGGGCTAACGGAGCACCGCGACCC
GGATCGTGGATGATCTCCGTGACGACACCCTTGAGGTAACCATTTCTCTCGCCGAAGTCG
AGGCTCCTGAACTTGGCGGGGCCCTTGCGGTGGTGAGTGTGGGACTTGCAGACGGAGCCT
GATCCCTTACGTTGAGCTCTGATGACACGACCCATGGATGATGAGGATGATGATCTTCCT
TCGTCTTCTTGAGTTTACGGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD47JQ U 1
AF RR3FL33JQ U 1
AF RR3FD47TF C 245
BS 1 51 RR3FD47JQ
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BS 53 69 RR3FD47JQ
BS 70 70 RR3FL33JQ
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BS 200 200 RR3FL33JQ
BS 201 226 RR3FD47JQ
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BS 228 596 RR3FD47JQ
BS 597 597 RR3FL33JQ
BS 598 647 RR3FD47JQ
BS 648 981 RR3FD47TF

RD RR3FD47JQ 647 0 0
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AAAAGTAAACAACTTCATCATCTTGAAACTTTCTCTCCTTATTCTTGCTTGGAAGCAAGA
GCAGCAGCTTGACCTCTGAGACGACCAGTCCTCCTTGCAGCAATAAGACCGACCTTTTGC
CCGGGTGGTGCATCACGACGAACAGTACTGGCGTGACCGATATGTTGATGGTTACCTCCT
CCGTGAGGATGCTCAACAGGGTTCATAGCCACACCACGAACCTTAGGCCAGCAGTTCCTC
TTCACACGGTACTTGTGGTACGCGTTACCGGCCTTGAGCATCGGCTTCTCAGTTCTTCCA
CCACCAGCAACTTGACCAATCATGGCCCTGCATCCACTTGGGACAATCTTCTTCGATCCA
AATGGCAACTTAACCCTTGTCGTGTCGTTGTCAGGGTTGTGTGAAATAACGATAGCGTAA
TCTCCAGAAGCTCTAGCGAGGACACCACGATCACCGACATGGTGCTCGACGTTGCAAACA
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QA 1 647 1 647
DS 

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CTCAAAGAAAATTAAAGAAAATCTAAAGGATTCAAAACAAGGTCTCAGCAAAAATCCAAC
AAAAGTAAACAACTTCATCATCTTGAAACTTTCTCTCCTTATTCTTGCTTGGAAGCAAGA
GCAGCAGCTTGACCTCTGAAACGACCAGTCCTCCTTGCAGCAATAAAACCGACCTTTTGC
CCGGGTGGTGCATCACGACAAACAGTACTGGCGTGACCGATATGTTGATGGTTACCTCCT
CCGTGAGGATGCTCAACAGGGTTCATAGCCACACCACGAACCTTAGGCCAGCAGTTCCTC
TTCACACGGTACTTGTGGTACGCGTTACCGGCCTTGAGCATCGGCTTCTCAGTTCTTCCA
CCACCAGCAACTTGACCAATCATGGCCCTGCATCCACTTGGGACAATCTTCTTCGATCCA
AATGGCAACTTAACCCTTGTCGTGTCGTTGTCAGGGTTGTGTGAAATAACGATAGCGTAA
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ACAGCTCCCTCGGGAATA

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3FD47TF 737 0 0
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GAGGATGCTCAACAGGGTTCATAGCCACACCACGAAC*TTAGGCCAGCAGTTCCTCTTCA
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CAGCAACTTGACCAATCATGGCCCTGCATCCACTTGGGACAATCTTCTTCGATCCAGATG
GCAACTTAACCCTTGTCGTGTCGTTGTCAGGGTTGTGTGAAATAACGATAGCGTAATCTC
CAGAAGCTCTAGCGAGGACACCACGATCACCGACATGGTGCTCGACGTTGCAGACAACAG
CTCCCTCGGGAATAGATCTGAGAGGCAGAACATTTCCGACGACGAGGGTCGCCTTCTTAC
CGCAGTACAAGAACTGTCCGGTGTACATACCTTCGGCGGCGACGAAGAGCTCCTTCTGCT
TCTTGTAACGGAAAGGATGACGGAACGCGACGCGGGCTAACGGAGCACCGCGACCCGGAT
CGTGGATGATCTCCGTGACGACACCCTTGAGGTAACCATTTCTCTCGCCGAAGTCGAGGC
TCCTGAACTTGGCGGGGCCCTTGCGGTGGTGAGTGTGGGACTTGCAGACGGAGCCTGATC
CCTTACGTTGAGCTCTGATGACACGACCCATGGATGATGAGGATGATGATCTTCCTTCGT
CTTCTTGAGTTTACGGC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 4

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TATCAGTTTGGCCGCCGCTCTTCGTCTCCGGTGGCTTCCATAGCACCGGAGGCGGCGAGT
CTCTGTATCTTGTCTCGGTTTAGCGTTCCTGGCTCTTGCTATTTTCTATGGTTTAGATCC
TCTTTGTTCCGGGGTGGATCTGGTCCTTGGCTGGGAGGCGAGTGGAGGCGCGTGGAGAGC
TACTCTGTCATGTGGTGATGATAAATCATCATCTGTCAAAGGTTTAGATATGCTTTGGTT
AATTTCTGGTCGTAGTTGTCCGGATCTCTGTGCTGACTTTTGGATCTGAGATTCTTTTCT
CTTTGACGCTTGGATACATGTTGGTGTGTTATTCTCCTCTTTTCGTTTTGGCTCATCTCC
TGTGTCTTGCCTCCACTCAACGGAGAGGGTGAATCCTCTAAATCCTTTTTTGACTCAAAG
ATTGACTTTTAGTCTCTCTTCATCTCTGGTACGGCAGTGGCGTTTTGGCGACCGTGAGCA
GAACAGGTTTAGCATCGTTGTTGTGATGAAGTTGGTTAGTGTCACCTCTCCATTCCTAGT
TGTGGAGGAGTCCTTGCTGCATCTTTTAATAAGAGTTTGGTTTGTTCCCGAATTGTTCGA
TGATCTCTGTTAATTCCTCGGTTGCTTCTCCTTGGATGCTTGAAGCAGTAAAATGAGGTT
GAGGTGTTGGTTCATTCGGAAGAAGGTGCGGTTGGGAAGGTTTGTTCCAGGTGTTTCCGG
TTCAGGGTTACTTGTTTCAGGGGCGGTATGTGTGTTTGATGCTATTCGGCGTGGTTCTGG
CTTTGCACCGTGGACAGGAGAGTTCAGGTGAATTTCGGTTATGTTAAATCGCCGCTTGTT
CGTTTGGCTAACCGTGGTCTCTTGCTAGACATCCGGGTCTCTTAGGCCTTGTCTTTGTCA
TCTTTGGTCTTTTTAAGGTTCATATGAGGGTCTCGTTGTAGGAAATTGGTTTGAGTTTTA
AAGTTATGTTTCAGTTTTTCTTGGATGCCCTTGTGATGGGTTTTAGTCTCCTGTTGTTTG
GGATTGTGTCTCCGGGGATATCAACGTGTTCCGCCGGCTTTTGTGTAACAAGTTGTATTG
CATCCAGTGTTTAATATAAATCATTTGACGGG


BQ
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15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AQ31TF U 1
AF RR3AM27TF U 236
AF RR3AM27JQ C 708
AF RR3AQ31JQ C 327
BS 1 745 RR3AQ31TF
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BS 756 863 RR3AM27TF
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RD RR3AQ31TF 755 0 0
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TATCAGTTTGGCCGCCGCTCTTCGTCTCCGGTGGCTTCCATAGCACCGGAGGCGGCGAGT
CTCTGTATCTTGTCTCGGTTTAGCGTTCCTGGCTCTTGCTATTTTCTATGGTTTAGATCC
TCTTTGTTCCGGGGTGGATCTGGTCCTTGGCTGGGAGGCGAGTGGAGGCGCGTGGAGAGC
TACTCTGTCATGTGGTGATGATAAATCATCATCTGTCAAAGGTTTAGATATGCTTTGGTT
AATTTCTGGTCGTAGTTGTCCGGATCTCTGTGCTGACTTTTGGATCTGAGATTCTTTTCT
CTTTGACGCTTGGATACATGTTGGTGTGTTATTCTCCTCTTTTCGTTTTGGCTCATCTCC
TGTGTCTTGCCTCCACTCAACGGAGAGGGTGAATCCTCTAAATCCTTTTTTGACTCAAAG
ATTGACTTTTAGTCTCTCTTCATCTCTGGTACGGCAGTGGCGTTTTGGCGACCGTGAGCA
GAACAGGTTTAGCATCGTTGTTGTGATGAAGTTGGTTAGTGTCACCTCTCCATTCCTAGT
TGTGGAGGAGTCCTTGCTGCATCTTTTAATAAGAGTTTGGTTTGTTCCCGAATTGTTCGA
TGATCTCTGTTAATTCCTCGGTTGCTTCTCCTTGGATGCTTGAAGCAGTAAAATGAGGTT
GAGGTGTTGGTTCATTCGGAAGAAG*TGCGGTTGG

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3AM27TF 628 0 0
G
GAGCTACTCTGTCATGTGGTGATGATAAATCATCATCTGTCAAAGGTTTAGATATGCTTT
GGTTAATTTCTGGTCGTAGTTGTCCGGATCTCTGTGCTGACTTTTGGATCTGAGATTCTT
TTCTCTTTGACGCTTGGATACATGTTGGTGTGTTATTCTCCTCTTTTCGTTTTGGCTCAT
CTCCTGTGTCTTGCCTCCACTCAACGGAGAGGGTGAATCCTCTAAATCCTTTTTTGACTC
AAAGATTGACTTTTAGTCTCTCTTCATCTCTGGTACGGCAGTGGCGTTTTGGCGACCGTG
AGCAGAACAGGTTTAGCATCGTTGTTGTGATGAAGTTGGTTAGTGTCACCTCTCCATTCC
TAGTTGTGGAGGAGTCCTTGCTGCATCTTTTAATAAGAGTTTGGTTTGTTCCCGAATTGT
TCGATGATCTCTGTTAATTCCCCGGTTGCTTCTCCTTGGATGCTTGAAGCAGTAAAATGA
GGTTGAGGTGTTGGTTCATTCGGAAGAAGGTGCGGTTGGGAAGGTTTGTTCCAGGTGTTT
CCGGTTCAGGGTTACTTGTTTCAGGGGCGGTATGTGTGTTTGATGCTATTCGGCGTGGTT
CTGGCTTTGCACCGTGGACAGGAGAGT

QA 2 628 2 628
DS 

RD RR3AM27JQ 343 0 0
GTAAAATGAGGTTGAGGTGTTGGTTCATTCGGAAGAAGGTGCGGTTGGGAAGGTTTGTTC
CAGGTGTTTCCGGTTCAGGGTTACTTGTTTCAGGGGCGGTATGTGTGTTTGATGCTATTC
GGCGGGGTTCTGGCTTTGCCCCGTGGACAGGAGAGTTCAGGTGAATTTCGGTTATGTTAA
ATCGCCGCTTGTTCGTTTGGCTAACCGTGGTTTCTTGCTAGACATCCGGGTTTTTTAGGC
CTTGTTTTTGTCATTTTTGGTTTTTTTAAGGTTCATATGAGGGTCTCGTTGTAGGAAATT
GGTTTGAGTTTTAAAGTTATGTTTCAGTTTTTTTTGGAT
CCCC

QA 1 339 1 339
DS 

RD RR3AQ31JQ 846 0 0
TCTGTGCTGACTTTTGGATCTGAGATTCTTTTCTCTTTGACGCTTGGATACATGTTGGTG
TGTTATTCTCCTCTTTTCGTTTTGGCTCATCTCCTGTGTCTTGCCTCCACTCAACGGAGA
GGGTGAATCCTCTAAATCCTTTTTTGACTCAAAGATTGACTTTTAGTCTCTCTTCATCTC
TGGTACGGCAGTGGCGTTTTGGCGACCGTGAGCAGAACAGGTTTAGCATCGTTGTTGTGA
TGAAGTTGGTTAGTGTCACCTCTCCATTCCTAGTTGTGGAGGAGTCCTTGCTGCATCTTT
TAATAAGAGTTTGGTTTGTTCCCGAATTGTTCGATGATCTCTGTTAATTCCTCGGTTGCT
TCTCCTTGGATGCTTGAAGCAGTAAAATGAGGTTGAGGTGTTGGTTCATTCGGAAGAAGG
TGCGGTTGGGAAGGTTTGTTCCAGGTGTTTCCGGTTCAGGGTTACTTGTTTCAGGGGCGG
TATGTGTGTTTGATGCTATTCGGCGTGGTTCTGGCTTTGCACCGTGGACAGGAGAGTTCA
GGTGAATTTCGGTTATGTTAAATCGCCGCTTGTTCGTTTGGCTAACCGTGGTCTCTTGCT
AGACATCCGGGTCTCTTAGGCCTTGTCTTTGTCATCTTTGGTCTTTTTAAGGTTCATATG
AGGGTCTCGTTGTAGGAAATTGGTTTGAGTTTTAAAGTTATGTTTCAGTTTTTCTTGGAT
GCCCTTGTGATGGGTTTTAGTCTCCTGTTGTTTGGGATTGTGTCTCCGGGGATATCAACG
TGTTCCGCCGGCTTTTGTGTAACAAGTTGTATTGCATCCAGTGTTTAATATAAATCATTT
GACGGG

QA 1 846 1 846
DS 



AS 1 3

CO CL2607Contig1 885 3 17 U
GGGTCGTCGTCTTGTTTGATTGATCTTTTAGAAATCGGGAAATGGCAGAGTCGAGGGTAG
TAGTTCCGGAGTCAGTCCTGAAGAAGAGGAAGAGAGAGGAGGAGTGGGCTCTCGAGAAGA
AGCAGAGCGCTGAAGCCGCCAAGAAGACGAACGCCGCCAACAGGAAGGTTATCTACAAAA
GAGCCGAGCAGTACGCCAAGGAGTATACCGAGAAGGAGAAGGAGTTGATCTCTTTGAAAC
GTGAGGCTAAGCTTAAGGGAGGTTTCTATGTTGACCCTGAAGCTAAGCTCTTGTTCATCA
TCCGTATTCGTGGTATCAATGCCATTGACCCGAAGACTAAGAAGATTCTTCAGCTCTTGC
GTTTGAGACAGATATTCAACGGTGTGTTTCTCAAAGTTAACAAGGCTACAATGAACATGC
TTCGTCGTGTTGAGCCATATGTGACTTACGGTTTCCCCAATTTGAAGAGTGTTAAGGAAT
TGATCTACAAGAGAGGATACGGAAAGCTTAACCACCAGAGGGTGGCTTTGACTGACAACT
CTATCGTAGAGCAGGCTCTAGGTAAACATGGGATCATATGCACTGAGGATTTGATCCACG
AGATTCTAACGGTTGGACCTCATTTCAAGGAGGCCAACAACTTCCTGTGGCCATTCCAAC
TCAAGGCACCGCTCGGTGGCCTTAAGAAGAAGAGAAACCACTACGTTGAAGTTGGTGATG
CTGGAAACCGTGAGAACTTCATCAATGAGCTTATCAGGAGGATGAATTAGAATGTTTTCT
TTTCAAAATTCAGTCTTATTATCTATGTTGTCTTCACCAAATGCTTCCTCCAGGATTTTG
ATCTTCATTTTGTTCAAGTTAAATGACATTTTGAGTTATTTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F760TF U 1
AF RR3DP84TF U 6
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A

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DS 

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TGAGCTTATCAGGAGGATGAATTAGAATGTTTTCTTTTCAAAATTCAGTCTTATTATCTA
TGTTGTCTTCACCAAATGCTTCCTCCAGGATTTTGATCTTCATTTTGTTCAAGTTAAATG
ACATTTTGAGTTATTTTTGC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 4

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CCTCCGCGTGGTTTTCAGGCGGCGCCATTCCTCCTCTGAACGTGAGACTTTCTGCGCCGT
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TGGTTCAAGTGTACAGAGACAACCAAGATCTTCAGTTCATCTTCCCAGACGACCTTTGAC
CTTTGTAGTTGGACGTTTGTGAATGGTTTGGTTCATGATCTCAAAGGGAAACAGAAACTG
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G283TF U 1
AF RR3H571TF U 73
AF RR3H571JQ C 426
AF RR3G283JQ C 481
BS 1 95 RR3G283TF
BS 96 96 RR3H571TF
BS 97 249 RR3G283TF
BS 250 250 RR3H571TF
BS 251 486 RR3G283TF
BS 487 487 RR3H571TF
BS 488 556 RR3G283TF
BS 557 557 RR3H571TF
BS 558 686 RR3G283TF
BS 687 690 RR3H571TF
BS 691 691 RR3H571JQ
BS 692 740 RR3H571TF
BS 741 1267 RR3H571JQ
BS 1268 1285 RR3G283JQ

RD RR3G283TF 686 0 0
GGACTTCTTCTGGAACCACCAGAGGCTGTCCACACATGGAGACAACTCTCTCGATTCCCG
CCTCCGCGTGGTTTTCAGGCGGCGCCATTCCTCCTTTGAACGTGAGACTTTCTGCGCCGT
ACCTCCTCCGGAAACCGCAGAGCAGGAATTCCAGACGCTTGTCCGCCTTTAACGCCGCTT
CTCGCTCTGTGAGTGAGCTTGTGGGGGAGGAGGATGTGCTACAAATGTTCTTGAAAGACA
GAGAAGAAAGTGGAGATTTCATTTCCAAAGTCTCTGATAGGCTCTGGTTAAGGGAGGTTC
TCGAGTCCATTGATCTTAACTCTAATGCTGCTTCTTCAGCCATCGGACTCGAGGATAATC
AGGAGAGATTGATGATGGATGGCGCAGATGATGATGATGATGAAAGCGGTTTCTTGAAAC
TTAAACCGATACAAGAATGGATTGCTGGAGAAATTGAGTCCGCCCCCATGAATAGAAAAG
CTCTAGTTAAGGCATTACGGGATGATAGCGAGCGGAGGAAGAAACTTAACTTTCTGAAAT
ATGAAGCTCTGAAGCGTGAACTGATGTACCTGTCAATTGTAATTGGAACTGGGTGCAGCG
GATATTGCTTACTAGCTTTACCACCCCAGGCTGCAGTCAGTTATGGAGTTGGAGTTCTTT
TCAGTTGCTTGTACCTTCAGCTTTTG

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3H571TF 675 0 0
TTTCAGGCGGCGCCATTCCTCCTCTGAACGTGAGACTTTCTGCGCCGTACCTCCTCCGGA
AACCGCAGAGCAGGAATTCCAGACGCTTGTCCGCCTTTAACGCCGCTTCTCGCTCTGTGA
GTGAGCTTGTGGGGGAGGAGGATGTGCTACAAATGTTCTTGAAAGACAGAGAAGAAAATG
GAGATTTCATTTCCAAAGTCTCTGATAGGCTCTGGTTAAGGGAGGTTCTCGAGTCCATTG
ATCTTAACTCTAATGCTGCTTCTTCAGCCATCGGACTCGAGGATAATCAGGAGAGATTGA
TGATGGATGGCGCAGATGATGATGATGATGAAAGCGGTTTCTTGAAACTTAAACCGATAC
AAGAATGGATTGCTGGAGAAATTGAGTCCGCCCCCATGAATAGAAAAGCTCTAGCTAAGG
CATTACGGGATGATAGCGAGCGGAGGAAGAAACTTAACTTTCTGAAATATGAAGCTCTGA
AGCGCGAACTGATGTACCTGTCAATTGTAATTGGAACTGGGTGCAGCGGATATTGCTTAC
TAGCTTTATCACCCCAGGCTGCAGTCAGTTATGGAGTTGGAGTTCTTTTCAGTTGCTTGT
ACCTTCAGCTTTTGTACG*ATATGCGGATGGTGTTTCACGTGAAGATGTTCCTAATATCT
TCCTGAAA
GGAGATA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3H571JQ 842 0 0
CCGATACAAGAATGGATTGCTGGAGAAATTGAGTCCGCCCCCATGAATAGAAAAGCTCTA
GCTAAGGCATTACGGGATGATAGCGAGCGGAGGAAGAAACTTAACTTTCTGAAATATGAA
GCTCTGAAGCGCGAACTGATGTACCTGTCAATTGTAATTGGAACTGGGTGCAGCGGATAT
TGCTTACTAGCTTTATCACCCCAGGCTGCAGTCAGTTATGGAGTTGGAGTTCTTTTCAGT
TGCTTGTACCTTCAGCTTTTGTACGGATATGCGGATGGTGTTTCACGTGAAGATGTTCCT
AATATCTTCCTGAAAAGGAAGATTAAAAAAATCGGGATTAGAAGTGAAGACCTTGAAGAC
TTTGTAAAGAGGACAATCAGGGGCAGTGGCATGGCACTCTCTTCCCCACGTCTAGTGATC
CCAGCTGCTATCTATGCTCTGTGGATTCTCTCGCACAAGTACTTCCAGAATGACTTGTTC
GATTTTCAGATAGTTCCAGCCATGGTTGGTTTGTTTGTATACAAAGCTGCAGCTCTGGTT
CAAGTGTACAGAGACAACCAAGATCTTCAGTTCATCTTCCCAGACGACCTTTGACCTTTG
TAGTTGGACGTTTGTGAATGGTTTGGTTCATGATCTCAAAGGGAAACAGAAACTGGACTC
ATCTGCTAAGACTAAAAGCTCAGCCTGAGGATGTAGAGTAACCTGTGTGTTCTCGTTATT
TTTTTCTTTTTTCTTTGACGTCGTCTCCTTGTAAATTTTTGAGGGAAAATACAATATATT
TCGTATGTCAATGTATCAGAACAGAAACTATTGATATATGTATGAGAGGAATAGTTATAA
CC

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR3G283JQ 805 0 0
CTCTAGTTAAGGCATTACGGGATGATAGCGAGCGGAGGAAGAAACTTAACTTTCTGAAAT
ATGAAGCTCTGAAGCGTGAACTGATGTACCTGTCAATTGTAATTGGAACTGGGTGCAGCG
GATATTGCTTACTAGCTTTACCACCCCAGGCTGCAGTCAGTTATGGAGTTGGAGTTCTTT
TCAGTTGCTTGTACCTTCAGCTTTTGTACGGATATGTGGATGGTGTTTCACGTGAAGATG
TTCCTAATATCTTCCTGAAAAGGAAGATTAAAAAAATCGGGATTAGAAGTGAAGACCTTG
AAGACTTTGTAAAGAGGACAATCAGGGGCAGTGGCATGGCACTCTCTTCCCCACGTCTAG
TGATCCCAGCTGCTATCTATGCTCTGTGGATTCTCTCGCACAAGTACTTCCAGAATGACT
TGTTCGATTTTCAGATAGTTCCAGCCATGTTTGGTTTGTTTGTATACAAAGCTGCAGCTC
TGGTTCAAGTGTACAGAGACAACCAAGATCTTCAGTTCATCTTCCCAGACGACCTTTGAC
CTTTGTAGTTGGACGTTTGTGAATGGTTTGGTTCATGATCTCAAAGGGAAACAGAAACTG
GACTCATCTGCTAAGACTAAAAGCTCAGCCTGAGGATGTAGAGTAACCTGTGTGTTCTCG
TTATTTTTTTCTTTTTTCTTTGACGTCGTCTCCTTGTAAATTTTTGAGGGAAAATACAAT
ATATTTCGTATGTCAATGTATCAGAACAGAAACTATTGATATATGTATGAGAGGAATAGT
TATAACCAAGAAATGTTGTGAAACG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 4

CO CL2609Contig1 615 4 2 U
GGATTCCTCTCCAAATCTAAAGTAATTAAAGAAGAAGAAGGATGGCCAACACTTTTGTGA
GGTCTGGTTATATTCTTGCTATTCTGTTTGCTATCGTCGTTGCAGTTACCGGAAACAGAT
TGTATCCGAAGCCTCAGCTGAACGGTGAACAAGTTGACCATTCCATCCTCCAATCTGCCT
TGTCACTAACAAGAGGACCACTATACGGTACATGTTCGCTCTACCAATTCGTTTATGACT
GCAACGATTGCGACAAAAAGTGCAAACAAAAGAACTATAACTGGTGGGGACAGTGTACTA
TGTGGCCGTTCCGCGATTGCTACTGCTATTACAACTGTTGATAGCCAAATCATGATCATA
TATAAATTTATATATTACTCAAGTTTGTGACAAGAATAACGATACGGAGAGTATTTTCCG
TATGTCAAATTCTCGTATGTGCTGCGCTTGCTGTGTGTTTTGGATGCTTTTCCATTTTAC
CATGTTTGATAAGTATTCTTTACGTTTGTTTGTTTCTCTTGAGTTCTTCGTAATGCAGAT
TTCTTGTTGATGTTTAATGAGTACCTTTGTGTCAATATTTTTTTTTATAGATCTTTGATC
GGTTATTATGTGAAG


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS76TF U 139
AF RR3AH40TF U 1
AF RR3FS76JQ C 2
AF RR3DF69TF U 4
BS 1 554 RR3AH40TF
BS 555 615 RR3DF69TF

RD RR3FS76TF 398 0 0
TGAACGGTGAACAAGTTGACCATTCCATCCTCCAATCTGCCTTGTCACTAACAAGAGGAC
CACTATACGGTACATGTTCGCTCTACCAATTCGTTTATGACTGCAACGATTGCGACAAAA
AGTGCAAACAAAAGAACTATAACTGGTGGGGACAGTGTACTATGTGGCCGTTCCGCGATT
GCTACTGCTATTACAACTGTTGATAGCCAAATCATGATCATATATAAATTTATATATTAC
TCAAGTTTGTGACAAGAATAACGATACGGAGAGTATTTTCCGTATGTCAAATTCTCGTAT
GTGCTGCGCTTGCTGTGTGTTTTGGATGCTTTTCCATTTTACCATGTTTGATAAGTATTC
TTTACGTTTGTTTGTTTCTCTTGAGTTCTTCGTAATGC

QA 1 398 1 398
DS 

RD RR3AH40TF 554 0 0
GGATTCCTCTCCAAATCTAAAGTAATTAAAGAAGAAGAAGGATGGCCAACACTTTTGTGA
GGTCTGGTTATATTCTTGCTATTCTGTTTGCTATCGTCGTTGCAGTTACCGGAAACAGAT
TGTATCCGAAGCCTCAGCTGAACGGTGAACAAGTTGACCATTCCATCCTCCAATCTGCCT
TGTCACTAACAAGAGGACCACTATACGGTACATGTTCGCTCTACCAATTCGTTTATGACT
GCAACGATTGCGACAAAAAGTGCAAACAAAAGAACTATAACTGGTGGGGACAGTGTACTA
TGTGGCCGTTCCGCGATTGCTACTGCTATTACAACTGTTGATAGCCAAATCATGATCATA
TATAAATTTATATATTACTCAAGTTTGTGACAAGAATAACGATACGGAGAGTATTTTCCG
TATGTCAAATTCTCGTATGTGCTGCGCTTGCTGTGTGTTTTGGATGCTTTTCCATTTTAC
CATGTTTGATAAGTATTCTTTACGTTTGTTTGTTTCTCTTGAGTTCTTCGTAATGCAGAT
TTCTTGTTGATGTT

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3FS76JQ 554 0 0
GATT
CCTCTCCAAATCTAAAGTAATTAAAGAAGAAGAAGGATGGCCAACACTTTTGTGAGGTCT
GGTTATATTCTTGCTATTCTGTTTGCTATCGTCGTTGCAGTTACCGGAAACAGATTGTAT
CCGAAGCCTCAGCTGAACGGTGAACAAGTTGACCATTCCATCCTCCAATTTGCCTTGTCA
CTAACAAGAGGACCACTATACGGTACATGTTCGCTCTACCAATTCGTTTATGACTGCAAC
GATTGCGACAAAAAGTGCAAACAAAAGAACTATAACTGGTGGGGACAGTGTACTATGTGG
CCGTTCCGCGATTGCTACTGCTATTACAACTGTTGATAGCCAAATCATGATCATATATAA
ATTTATATATTACTCAAGTTTGTGACAAGAATAACGATACGGAGAGTATTTTCCGTATGT
CAAATTCTCGTATGTGCTGCGCTTGCTGTGTGTTTTGGATGCTTTTCCATTTTACCATGT
TTGATAAGTATTCTTTACGTTTGTTTGTTTCTCTTGAGTTCTTCGTAATGCAGATTTCTT
GTTGATGTT
T

QA 5 553 5 553
DS 

RD RR3DF69TF 612 0 0
GG
CCTCTCCAAATCTAAAGTAATTAAAGAAGAAGAAGGATGGCCAACACTTTTGTGAGGTCC
GGTTATATTCTTGCTATTCTGTTTGCTATCGTCGTTGCAGTTACCGGAAACAGATTGTAT
CCGAAGCCTCAGCTGAACGGTGAACAAGTTGACCATTCCATCCTCCAATCTGCCTTGTCA
CTAACAAGAGGACCACTATACGGTACATGTTCGCTCTACCAATTCGTTTATGACTGCAAC
GATTGCGACAAAAAGTGCAAACAAAAGAACTATAACTGGTGGGGACAGTGTACTATGTGG
CCGTTCCGCGATTGCTACTGCTATTACAACTGTTGATAGCCAAATCATGATCATATATAA
ATTTATATATTACTCAAGTTTGTGACAAGAATAACGATACGGAGAGTATTTTCCGTATGT
CAAATTCTCGTATGTGCTGCGCTTGCTGTGTGTTTTGGATGCTTTTCCATTTTACCATGT
TTGATAAGTATTCTTTACGTTTGTTTGTTTCTCTTGAGTTCTTCGTAATGCAGATTTCTT
GTTGATGTTTAATGAGTACCTTTGTGTCAATATTTTTTTTTATAGATCTTTGATCGGTTA
TTATGTGAAG

QA 3 612 3 612
DS 



AS 1 2

CO CL2610Contig1 848 2 4 U
GGAGGTAGAAAGGAAGCAAAGAAAACAAACTGTATCTCCAGGCTTCAGCTTCAGCTTCAG
CTATGGCGGCCGAGAATCCTCCTTCAAGCGGTGGTGTAGACTTCGACACGAGTCTCGATT
CCGGTTCAAACCACAACCCAAACGCTAATGATTTGACCAATCAAGACTCTTCGAACGCAC
TGACACTCCCTTCTACCGCCGTTTGTCTAGGCCGTTTCGCCGGTGATGCTGCTGGCGGCG
CCGTCATGGGCTCTATATTTGGATATGGTTCTGGATTGTTTAAGAAGAAAGGATTTAAGG
GATCATTTGCTGATGCGGGTCAGTCTGCAAAGAATTTTGCAATTTTATCTGGAGTGCACA
GTTTGGTTGTTTGTCTTCTGAAGAAACTGCGAGGGAAAGATGATGCCATTAACGTTGGAA
TTGCTGGATGCTGCACTGGCCTTGCTCTTATTTACCCCGGTGCACCACAAGCAATGCTAC
AAAGCTGTGTCACTTTTGGTGCCTTTTCTTTCATCCTCGAAGGACTCAACAAAAGGCAAC
CGGCTTTAGCTCACTCTGTCTCCTTTAGACATGATGATCAAACCAGAAGTCTCAAAGATG
ATTTACCACTCTCTTTGGCTCTCCCCATCCATGAAGAGATCAAAGGAGCTTTCTCTTCTT
TCTGCAAATCTTTAACTAAACCCAAGAAGCTCGCCTTTCCCAGCTCACGTTGATTCAAGT
TTTTTTTCAATCCAACTACTTCCTTTTTGTAGATGTTAAAAAACAGATGAAAACAAGAAT
CATGTTTCAAAAGTTTTCCATTCTATGTGCTCTCCAATGTCTTTTAAAATGGCCTTTGGC
AATTACCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH06TF U 1
AF RR3EH06JQ C 193
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CTATGGCGGCCGAGAATCCTCCTTCAAGCGGTGGTGTAGACTTCGACACGAGTCTCGATT
CCGGTTCAAACCACAACCCAAACGCTAATGATTTGACCAATCAAGACTCTTCGAACGCAC
TGACACTCCCTTCTACCGCCGTTTGTCTAGGCCGTTTCGCCGGTGATGCTGCTGGCGGCG
CCGTCATGGGCTCTATATTTGGATATGGTTCTGGATTGTTTAAGAAGAAAGGATTTAAGG
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GTTTGGTTGTTTGTCTTCTGAAGAAACTGCGAGGGAAAGATGATGCCATTAACGTTGGAA
TTGCTGGATGCTGCACTGGCCTTGCTCTTATTTACCCCGGTGCACCACAAGCAATGCTAC
AAAGCTGTGTCACTTTTGGTGCCTTTTCTTTCATCCTCGAAGGACTCAACAAAAGGCAAC
CGGCTTTAGCTCACTCTGTCTCCTTTAGACATGATGATCAAACCAGAAGTCTCAAAGATG
ATTTACCACTCTCTTTGGCTCTCCCCATCCATGAAGAGATCAAAG*AGCTTTCTCTTCTT
TCTGCAA

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DS 

RD RR3EH06JQ 656 0 0
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CTATATTTGGATATGGTTCTGGATTGTTTAAGAAGAAAGGATTTAAGGGATCATTTGCTG
ATGCGGGTCAGTCTGCAAAGAATTTTGCAATTTTATCTGGAGTGCACAGTTTGGTTGTTT
GTCTTCTGAAGAAACTGCGAGGGAAAGATGATGCCATTAACGTTGGAATTGCTGGATGCT
GCACTGGCCTTGCTCTTATTTACCCCGGTGCACCACAAGCAATGCTACAAAGCTGTGTCA
CTTTTGGTGCCTTTTCTTTCATCCTCGAAGGACTCAACAAAAGGCAACCGGCTTTAGCTC
ACTCTGTCTCCTTTAGACATGATGATCAAACCAGAAGTCTCAAAGATGATTTACCACTCT
CTTTGGCTCTCCCCATCCATGAAGAGATCAAAGGAGCTTTCTCTTCTTTCTGCAAATCTT
TAACTAAACCCAAGAAGCTCGCCTTTCCCAGCTCACGTTGATTCAAGTTTTTTTTCAATC
CAACTACTTCCTTTTTGTAGATGTTAAAAAACAGATGAAAACAAGAATCATGTTTCAAAA
GTTTTCCATTCTATGTGCTCTCCAATGTCTTTTAAAATGGCCTTTGGCAATTACCT

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 3

CO CL2611Contig1 1180 3 23 U
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GTCTTCGAGTTTGGAGTCGATCGAGGCTAAGAAAGCAATGGCTCCTGATAAACTCGCTGA
GCTTTGGGTCGTTGATCCCAAGAGAGCTAAAAGGATAATAGCTAATCGACAGTCTGCTGC
TCGTTCAAAAGAGAGGAAGGCTCGGTATATTATGGAGCTCGAGAGGAAAGTTCAGACCTC
GCAAACGGAAGCTACTACCCTCTCAGCACAACTCTCCTTGTTCCAGAGAGACACAACCGG
TTTGTCATCCGAGAATACCGAGCTCAAGCTTCGTTTACAAGTCATGGAACAACAAGCCAA
GTTGCGAGATGCACTAAACGACCAGCTGAAAAAGGAAGTCGAGAGGCTCAAATTCGCCAC
GGGAGAAGCCTCACACACTGATGCTTATAACCTCGGGATGGCGCACATGCAGTACGCTCA
ACATCAACCACAACAGCAATCCTTCTTTCAACAACATCATCATCAGCAGCAGCAGCAACA
AACCGATGCTCAAAACCTGCAACAGATGACTCATCAGTTTCATCTCTTCCAGCCCAACAA
CAACAACAACAACCAAAACCAAAACGTTACTTCTTCAGCCACTCGCCAAAACCCTCAGCT
TATTCATCAGGCTGGTTCTAATCCCTCGGCTCAGTCTCACTCCTTTGCAGAGGCAATGCA
TGAAGACCCTCTTGGACGGTTACAGGGGCTTGACATTAGCAGCTGTGGACGAGGCTCAAG
CTTTGGTAGGTCTGACACAGTCAGTGAAAGCAGCAGCACCATGTGAGGCTTGCCTAATGC
AGACTCCAGCTTTGTCGATAAAACCTATTCTTTTGCTCTCCATTGGAGTCCTTTAGCTAT
AAATGGTAACATCTTTGTGACCGTCTGATACATTTTTTTTATTCTGTAAAGCATTTTTTT
AATGTGTGTTAGGGTTTCAACATAGAGACCACAGGTGTTTAAATTTTTTTGCATTACATC
TTGTTCTTCCGTGGTAGCTATTTAAGCCGAACCAAATGTTTTATGTATATTTATGTGTTC
TTGCTTCTATTAGTTTCTTCTTCAATCATCCCTGTAAACAATGGTTGTATTTGGATTTGG
CTTTGCCTTTGCCTTAGAACCAGACAAGAATTGTTTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GV92TF U 1
AF RR3H943TF U 90
AF RR3H943JQ C 463
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BS 521 526 RR3H943TF
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BS 774 774 RR3H943JQ
BS 775 789 RR3H943TF
BS 790 790 RR3H943JQ
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BS 838 859 RR3H943TF
BS 860 1180 RR3H943JQ

RD RR3GV92TF 595 0 0
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GTCTTCGAGTTTGGAGTCGATCGAGGCTAAGAAAGCGATGGCTCCTGATAAACTCGCTGA
GCTTTGGGTCGTTGATCCCAAGAGAGCTAAAAGGATAATAGCTAATCGACAGTCTGCTGC
TCGTTCAAAAGAGAGGAAGGCTCGGTATATTATGGAGCTCGAGAGGAAAGTTCAGACCTT
GCAAACGGAAGCTACTACCCTCTCAGCACAACTCTCCTTGTTCCAGAGAGACACAACTGG
TTTGTCATCCGAGAATACCGAGCTCAAGCTTCGTTTACAAGTCATGGAACAACAAGCCAA
GTTGCGAGATGCACTAAACGACCAGCTGAAAAAGGAAGTCGAGAGGCTCAAATTCGCCAC
GGGAGAAGCCTCACACACTGATGC**ATAACCTCGGGATGGCGCACATGCAGTACGCTCA
ACATCAACCACAACACCAATCCTTCTTTCAACAACATCAT******CAGCAGCAGCAACA
AACCGATGCTCAAAACCTGCAACAGACGACTCATCAGTTTCATCTCTTCCAGCCC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3H943TF 770 0 0
G
GAAAGCAATGGCTCCTGATAAACTCGCTGAGCTTTGGGTCGTTGATCCCAAGAGAGCTAA
AAGGATAATAGCTAATCGACAGTCTGCTGCTCGTTCAAAAGAGAGGAAGGCTCGGTATAT
TATGGAGCTCGAGAGGAAAGTTCAGACCTCGCAAACTGAAGCTACTACCCTCTCTGCACA
ACTCTCCTTGTTCCAGAGAGACACAACCGGTTTGTCATCCGAGAATACCGAGCTCAAGCT
TCGTTTACAAGTCATGGAACAACAAGCCAAGTTGCGAGATGCACTAAACGACCAGCTGAA
AAAGGAAGTTGAGAGGCTCAAATTCGCCACGGGAGAAGCCTCACACACTGATGCTTATAA
CCTCGGGATGGCGCACATGCAGTACGCTCAACATCAACCACAACAGCAATCCTTCTTTCA
ACAACATCATCATCAGCAGCAGCAGCAACAAACCGATGCTCAAAACCTGCAACAGATGAC
TCATCAGTTTCATCTCTTCCAGCCCAACAACAACAACAACAACCAAAACCAAAACGTTAC
TTCTTCAGCCACTCGCCAAAACCCTCAGCTTATTCATCAGGCTGGTTCTAATCCCTCGGC
TCAGTCTCACTCCTTTGCAGAGGCAATGCATGAAGACCCTCTTGGACGGTTACAGGGGCT
TGACATTAGCAGCTGTGGACGAG*CTCAAGCTTTGGTAG*TCTGACACAGTCAGTGAAAG
CAGCAGCACCATGTGAGGCTTGCCTA*TGCAGACTCCAGCTTTGTCGAT

QA 2 770 2 770
DS 

RD RR3H943JQ 718 0 0
GCACATGCAGTACGCTCAACATCAACCACAACAGCAATCCTTCTTTCAACAACATCATCA
TCAGCAGCAGCAGCAACAAACCGATGCTCAAAACCTGCAACAGATGACTCATCAGTTTCA
TCTCTTCCAGCCCAACAACAACAACAACAACCAAAACCAAAACGTTACTTCTTCAGCCAC
TCGCCAAAACCCTCAGCTTATTCATCAGGCTGGTTTTAATCCCTCGGCTCAGTCTCACTC
CTTTGCAGAGGCAATGCATGAAGACCCTCTTGGACGGTTACAGGGGCTTGACATTAGCAG
CTGTGGACGAGGCTCAAGCTTTGGTAGGTCTGACACAGTCAGTGAAAGCAGCAGCACCAT
GTGAGGCTTGCCTAATGCAGACTCCAGCTTTGTCGATAAAACCTATTCTTTTGCTCTCCA
TTGGAGTCCTTTAGCTATAAATGGTAACATCTTTGTGACCGTCTGATACATTTTTTTTAT
TCTGTAAAGCATTTTTTTAATGTGTGTTAGGGTTTCAACATAGAGACCACAGGTGTTTAA
ATTTTTTTGCATTACATCTTGTTCTTCCGTGGTAGCTATTTAAGCCGAACCAAATGTTTT
ATGTATATTTATGTGTTCTTGCTTCTATTAGTTTCTTCTTCAATCATCCCTGTAAACAAT
GGTTGTATTTGGATTTGGCTTTGCCTTTGCCTTAGAACCAGACAAGAATTGTTTTTCT

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 4

CO CL2612Contig1 1134 4 4 U
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CGTTTTCGCACATAACCAACATACATGACTAACAAAAGGCCATTAGAACCACAACGACGG
AACAACTTAAAGAAAAAAAACGACGCAACAACTTGTATCAGCATAATAAGTCCATTGTCA
CGGTCGAGCCATGCCTTAGGCATTCACAACAGCACCTCCGTTAGGGTGAAGAACTTGGCC
TGTGAAGTAAGATGAGCAATGGTTACAAGCCAGGAAAACATAGGAAGGTGCCACCTCAAT
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AAACGAAGCTGGGATAAGGGGGGTCCATATAGGACCAGGTGCTACACCATTAACACGGAT
CCCTTTCTCAGCAAGCTGAAGTGCAAGACCTCGAGTAAACGCCACAATCGCTCCTTTTGT
AGCGGTGTAGTCGAGAAGCGATGCATGTCCCTTATAGGCGTTCACAGATGTTGTGTTTAT
TATGCTGCTTCCTTCCTTCATATGCTTCAACGCATGCCTTGTGAGGAAGAAATAAGAGAA
AATGTTTGTCCGG*AAGACACGTTCCAGCCTAGGCTCATCGATCTCTTCGATGGAATTGC
TCTCGTACTGCTCCGCTGCGTTATTGATCAAGACATCAATACGTCCAAACGCATTAACAA
CCTCGTCTACAACCCTCTTGCAGTGCTCATCGAATCCTAAATCCGTTGGAATTGCAATCG
GGTCCTTAGCCTCCGAGGTATTTGCTTCCTTCAACATTTGTAGAGTCTCTTGTGCGTCCT
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AACTCACGGCTCTACCAATCCCCGAGTCTCCGCCCGTTATCAGGGCGACCTTTCCACGGA
GCTTGTTGGAGGGTTGGTAGTCTGAACTAGAGAATTGTGGAGTTGGGTCCATAACGTGTT
CTTTGCCAGGTTGTACTCCTCCTTGTTTTTGTCTTTCAGATGCCATCTCTCTTACGTACA
CAAGTTGAGATAATATTCGAGTTCTTCCTCTCTTTTCAGGTAGAAGTGACCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A562JQ U 15
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AF RR3A562TF C 339
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QA 1 580 1 580
DS 

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AACAACTTAAAGAAAAAAAACGACGCAACAACTTGTATCAGCATAATAAGTCCATTGTCA
CGGTCGAGCCATGCCTTAGGCATTCACAACAGCACCTCCGTTAGGGTGAAGAACTTGGCC
TGTGAAGTAAGATGAGCAATGGTTACAAGCCAGGAAAACATAGGAAGGTGCCACCTCAAT
GGGCTGCCCGGCTCGTTTCATTGGGACTTCTGTCCCGAAACTCTTAATTTTCTCCTCATT
AAACGAAGCTGGGATAAGGGGGGTCCATATAGGACCAGGTGCTACACCATTAACACGGAT
CCCTTTCTCAGCAAGCTGAAGTGCAAGACCTCGAGTAAACGCCACAATCGCTCCTTTTGT
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TATGCTGCTTCCTTCCTTCATATGCTTCAACGCATGCCTTGTGAGGAAGAAATAAGAGAA
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QA 1 766 1 766
DS 

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TTGTGAGGAAGAAATAAGAGAAAATGTTTGTCCGG*AAGACACGTTCCAGCCTAGGCTCA
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ATACGTCCAAACGCATTAACAACCTCGTCTACAACCCTCTTGCAGTGCTCATCGAATCCT
AAATCCGTTGGAATTGCAATCGGGTCCTTAGCCTCCGAGGTATTTGCTTCCTTCAACATT
TGTAGAGTCTCTTGTGCGTCCTTTTCCTCTTGGCCCTTCACGTACGTGAAGGCAATTGTG
GCACCTTCAAGTGCAAAACAGTAACTCACGGCTCTACCAATCCCCGAGTCTCCGCCCGTT
ATCAGGGCGACCTTTCCACGGAGCTTGTTGGAGGGTTGGTAGTCTGAACTAGAGAATTGT
GGAGTTGGGTCCATAACGTGTTCTTTGCCAGGTTGTACTCCTCCTTGTTTTTGTCTTTCA
GATGCCATCTCTCTT****ACACAAGTTGAGATAATATTCGAGTTCTTCCTCTCTTTTCA
GGTAGAAGTGACCCCC

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3FR78TF 702 0 0
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CTTCCTTCCTTCATATGCTTCAACGCATGCCTTGTGAGGAAGAAATAAGAGAAAATGTTT
GTCCGGGAAGACACGTTCCAGCCTAGGCTCATCGATCTCTTCGATGGAATTGCTCTCGTA
CTGCTCCGCTGCGTTATTGATCAAGACATCAATACGTCCAAACGCATTAACAACCTCGTC
TACAACCCTCTTGCAGTGCTCATCGAATCCTAAATCCGTTGGAATTGCAATCGGGTCCTT
AGCCTCCGAGGTATTTGCTTCCTTCAACATTTGTAGAGTCTCTTGTGCGTCCTTTTCCTC
TTGGCCCTTCACGTACGTGAAGGCAATTGTGGCACCTTCAAGTGCAAAACAGTAACTCAC
GGCTCTACCAATCCCCGAGTCTCCGCCCGTTATCAGGGCGACCTTTCCACGGAGCTTGTT
GG**GGTTGGTAGTCTGAACTAGAGAATTGTGGAGTTGGGTCCATAACGTGTTCTTTGCC
AGGTTGTACTCCTCCTTGTTTTTGTCTTTCAGATGCCATCTCTCTTACGTACACAAGTTG
AGATAATATTCGAGTTCTTCCTCTCTTTTCAGGTAGAAGT
CC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 4

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GCGACCAAACCCGAAGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTATGTGGGAAGCCCCAAAGATT
GACAACCCCAAGTGCGAAACAGCGCCAGGTTGCGGTGAATGGAAGAGACCGACGAAGAAG
AACCCTGCTTACAAGGGAAAGTGGAGTGCGCCTATGATAGATAACCCTGCTTACAAGGGA
ATCTGGAAGCCCAGAGACATCCCTAACCCTGACTACTTCGAGCTAGACAGACCTGATTAC
GAGCCCATTGCAGCCATCGGTATAGAGATCTGGACGATGCAAGACGGTATCCTGTTTGAC
AACATTTTGATAGCGAAAGACGAGAAGGTCGCCGAGAGTTACAGGCAGACGACGTGGAAG
CCTAAGTTCGATGTTGAGAAAGAGAAACAACAGGCGGAAGAGAAGGCTGCTGAATCTGCA
GATGGTCTCAAGAGCTACCAGAAGGTTGTGTTCGATCTGTTGAACAAGGTTGCGGACCTT
TCTTTCCTAAGTGCATACAAGTCTAAGATCACGGAGCTGATTGAGAAAGCTGAGGAACAA
CCGAACTTAACCATTGGTGTTCTAGTCTCCGTTGTCGTAGTATTCTTCTCGCTCTTCATC
AAGCTTAACTTCGGTGGCAAAAAGGTGGCGCCGGCGGCAACTGTGGAGAAGAAGAAGAAA
CCAGAAGTAGGAGAGAGTTCAAAGAGTGGAGATGAGTCAGAGAAGAAGGAAGAAACCGCT
GCTCCCCGCAAAAGGCAACCGAGGCGTGATAATTAGAAGAAAAAAAGTGTTTTAGAATGA
GAAGCAAAGCTGTTTGAAAAGAAAGATTAAGATTTTTTTTCTTCTAAATGTTGTTTTTGA
TTTTATTTGTGTTTTCTGCTGTAGCATATTAAGATAGAGAATTATGGTAATGTTTTGGAC
AAACTGTTATCGCTCATCGCTGAAAACTTGTCTTTGTTCGTTTACTTTTCCACTAAATTG
GTGAGGAAACTTTTGATT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G902TF U 1
AF RR3G902JQ C 202
AF RR3G424JQ C 371
AF RR3G194TF U 491
BS 1 682 RR3G902TF
BS 683 683 RR3G194TF
BS 684 729 RR3G902TF
BS 730 730 RR3G194TF
BS 731 742 RR3G902TF
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BS 744 761 RR3G902TF
BS 762 1038 RR3G194TF

RD RR3G902TF 761 0 0
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GCGACCAAACCCGAAGACTGGGACGATGAGGAAGATGGTATGTGGGAAGCCCCAAAGATT
GACAACCCCAAGTGCGAAACAGCGCCAGGTTGCGGTGAATGGAAGAGACCGACGAAGAAG
AACCCTGCTTACAAGGGAAAGTGGAGTGCGCCTATGATAGATAACCCTGCTTACAAGGGA
ATCTGGAAGCCCAGAGACATCCCTAACCCTGACTACTTCGAGCTAGACAGACCTGATTAC
GAGCCCATTGCAGCCATCGGTATAGAGATCTGGACGATGCAAGACGGTATCCTGTTTGAC
AACATTTTGATAGCGAAAGACGAGAAGGTCGCCGAGAGTTACAGGCAGACGACGTGGAAG
CCTAAGTTCGATGTTGAGAAAGAGAAACAACAGGCGGAAGAGAAGGCTGCTGAATCTGCA
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TCTTTCCTAAGTGCATACAAGTCTAAGATCACGGAGCTGATTGAGAAAGCTGAGGAACAA
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AAGCTTAACTTCGGTGGCAAAA*GGTGGCGCCGGCGGCAACTGTGGAGAAGAAGAAGAAA
CCAGAAGTATGAGAGAGTTCAA*GAGTGGAGATGAGTCAGA

QA 1 761 1 761
DS 

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CCTAACCCTGACTACTTCGAGCTAGACAGACCTGATTACGAGCCCATTGCAGCCATCGGT
ATAGAGATCTGGACGATGCAAGACGGTATCCTGTTTGACAACATTTTGATAGCGAAAGAC
GAGAAGGTCGCCGAGAGTTACAGGCAGACGACGTGGAAGCCTAAGTTCGATGTTGAGAAA
GAGAAACAACAGGCGGAAGAGAAGGCTGCTGAATCTGCAGATGGTCTCAAGAGCTACCAG
AAGGTTGTGTTCGATCTGTTGAACAAGGTTGCGGACCTTTCTTTCCTAAGTGCATACAAG
TCTAAGATCACGGAGCTGATTGAGAAAGCTGAGGAACAACCGAACTTAACCATTGGTGTT
CTAGTCTCCGTTGTCGTAGTATTCTTCTCGCTCTTCATCAAGCTTAACTTCGGTGGCAAA
AAGGTGGCGCCGGCGGCAACTGTGGAGAAGAAGAAGAAACCAGAAGTAGGAGAGAGTTCA
AAGAGTGGAGATGAGTCAGAGAAGAAGGAAGAAACCGCTGCTCCCCGCAAAAGGCAATCG
AGGCGTGATAATTAGAAGAAAAAAAGTGTTTTAGAATGAGAAGCAAAGCTGTTTGAAAAG
AAAGATTAAGATTTTTTTTCTTCTAAATGTTGTTTTTGATTTTATTTGTGTTTTCTGCTG
TAGCATATTAAGATAGAGAATTATGGTAATGTTTTGG
GC

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DS 

RD RR3G424JQ 644 0 0
TAGCGAAAGACGAGAAGGTCGCCGAGAGTTACAGGCAGACGACGTGGAAGCCTAAGTTCG
ATGTTGAGAAAGAGAAACAACAGGCGGAAGAGAAGGCTGCTGAATCTGCAGATGGTCTCA
AGAGCTACCAGAAGGTTGTGTTCGATCTGTTGAACAAGGTTGCGGACCTTTCTTTCCTAA
GTGCATACAAGTCTAAGATCACGGAGCTGATTGAGAAAGCTGAGGAACAACCGAACTTAA
CCATTGGTGTTCTAGTCTCCGTTGTCGTAGTATTCTTCTCGCTCTTCATCAAGCTTAACT
TCGGTGGCATAAAGGTGGCGCCGGCGGCAACTGTGGAGAAGAAGAAGAAACCAGAAGTAG
GAGAGAGTTCAAAGAGTGGAGATGAGTCAGAGAAGAAGGAAGAAACCGCTGCTCCCCGCA
AAAGGCAACCGAGGCGTGATAATTAGAAGAAAAAAAGTGTTTTAGAATGAGAAGCAAAGC
TGTTTGAAAAGAAAGATTAAGATTTTTTTTCTTCTAAATGTTGTTTTTGATTTTATTTGT
GTTTTCTGCTGTAGCATATTAAGATAGAGAATTATGGTAATGTTTTGGACAAACTGTTAT
CGCTCATCGCTGAAAACTTGTCTTTGTTCGTTTACTTTTCCACT

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DS 

RD RR3G194TF 548 0 0
G
GAGCTACCAGAAGGTTGTGTTCGATCTGTTGAACAAGGTTGCGGACCTTTCTTTCCTAAG
TGCATACAAGTCTAAGATCACGGAGCTGATTGAGAAAGCTGAGGAACAACCGAACTTAAC
CATTGGTGTTCTAGTCTCCGTTGTCGTAGTATTCGTCTCGCTCTTCATCAAGCTTAACTT
CGGTGGCAAAAAGGTGGCGCCGGCGGCAACTGTGGAGAAGAAGAAGAAACCAGAAGTAGG
AGAGAGTTCAAAGAGTGGAGATGAGTCAGAGAAGAAGGAAGAAACCGCTGCTCCCCGCAA
AAGGCAACCGAGGCGTGATAATTAGAAGAAAAAAAGTGTTTTAGAATGAGAAGCAAAGCT
GTTTGAAAAGAAAGATTAAGATTTTTTTTCTTCTAAATGTTGTTTTTGATTTTATTTGTG
TTTTCTGCTGTAGCATATTAAGATAGAGAATTATGGTAATGTTTTGGACAAACTGTTATC
GCTCATCGCTGAAAACTTGTCTTTGTTCGTTTACTTTTCCACTAAATTGGTGAGGAAACT
TTTGATT

QA 2 548 2 548
DS 



AS 2 4

CO CL2614Contig1 1232 2 2 U
GCTACAAGGAACCGTGTTGGAAATTGCTATAGAGAGCATCAGTGAAGCTGTAGAGACCCC
GGGGCATAACCGCAGACCAACTCGTGGCAGCGAAGACACAGTTTCAGATGACAGACAAGG
ATCATCTGTTTCAGCAGATGACCTCCTCGTAAACATCTTTTATTCCCTTTAAAAACTCTT
TTCAACAAATTTTTAACCAAACTTAATTCTTGAAACTCGTGATTGTTTTTGTGAACAGGC
TCTAACGAAACAGTACTCAAGCGAATTGCTACAGTTAGAAATGGAAAGAACTCGTCTGAA
CACTGCATGCTTTGCAGAGTCGGTTCCGGTAGAGCCAACGCCTACATTACCCAAAACTGC
GTACAGAGTGTCGATGGATTCTCCAAGTAGAAACTACAGAGGCTCACAATCATCAGGTTC
TCCGGTTCATAGCCGACCCAGACGAAGATAAAAAGACAACTCTCTGTTTTTTTTTTCTTT
TTAAGTAACACCTTTTTGCACGTTAACGATTAACAATTCTTTGCGAGTGTTTGGTATGTT
TGTGCTTCTTAAGAACTTGTCTTTACTTATAAAACTCAGATGGTTTGGGCTGTAATCAAG
AATGGTCCCACGATGAAAAGTAAAACCAAAGAAGTTGGGAGGGAGAAACATTCCAAAGAA
AACACATCTTCTTAAAGCATTTCGAGTTTTGGACGACACATAGTCACGAAGACATTTGTT
TAAAGAGTTGATTAACTTAGGCTTCGGATTTGATGTTTAGCTCAAGTTGTCCTCAGTGGT
GGAGACACCAATATCACTCCATCTCCTCTCACAAATAGATACTGAATATTCCGCTTTGTC
GTCTGCAACCAGAGATAGCAACGAATCAAATCATATAAACAAAAGAAGACTAAACCCCAC
TTATACCCTAGTCAGATCAGAAACTAGTACAACTAGAGAAGTTTCACCACGCTTAATGTG
CCTATGAAAGCTTAAAGAGACTTCATTACAGAGAAACAGCTAATCAATACTCTCCAATTT
TGTTAAGCGTCTAAACTAGGGCAGCTAAGTAAATCTAGTACCCAGACTCATTGGGGATGA
AAACTGTTTTATTGGCGATAAGAATGTGAATGCTAAAAGACATTTCTACATTTCTTCTCT
AATATCACCCCATCCTTAACTTGAGATATTTACTCCAATATCCATCAAAAACTATATAAT
AGTACTATAACATAAACCTATTGAGTTTAAGC


BQ
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AF RR3AT45TF U 1
AF RR3AT45JQ C 377
BS 1 737 RR3AT45TF
BS 738 1232 RR3AT45JQ

RD RR3AT45TF 737 0 0
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GGGGCATAACCGCAGACCAACTCGTGGCAGCGAAGACACAGTTTCAGATGACAGACAAGG
ATCATCTGTTTCAGCAGATGACCTCCTCGTAAACATCTTTTATTCCCTTTAAAAACTCTT
TTCAACAAATTTTTAACCAAACTTAATTCTTGAAACTCGTGATTGTTTTTGTGAACAGGC
TCTAACGAAACAGTACTCAAGCGAATTGCTACAGTTAGAAATGGAAAGAACTCGTCTGAA
CACTGCATGCTTTGCAGAGTCGGTTCCGGTAGAGCCAACGCCTACATTACCCAAAACTGC
GTACAGAGTGTCGATGGATTCTCCAAGTAGAAACTACAGAGGCTCACAATCATCAGGTTC
TCCGGTTCATAGCCGACCCAGACGAAGATAAAAAGACAACTCTCTGTTTTTTTTTTCTTT
TTAAGTAACACCTTTTTGCACGTTAACGATTAACAATTCTTTGCGAGTGTTTGGTATGTT
TGTGCTTCTTAAGAACTTGTCTTTACTTATAAAACTCAGATGGTTTGGGCTGTAATCAAG
AATGGTCCCACGATGAAAAGTAAAACCAAAGAAGTTGGGAGGGAGAAACATTCCAAAGAA
AACACATCTTCTTAAAGCATTTCGAGTTTTGGACGACACATAGTCACGAAGACATTTGTT
TAAAGAGTTGATTAACT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3AT45JQ 856 0 0
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CCCAGACGAAGATAAAAAGACAACTCTCTGTTTTTTTTTTCTTTTTAAGTAACACCTTTT
TGCACGTTAACGATTAACAATTCTTTGCGAGTGTTTGGTATGTTTGTGCTTCTTAAGAAC
TTGTCTTTACTTATAAAACTCAGATGGTTTGGGCTGTAATCAAGAATGGTCCCACGATGA
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QA 1 856 1 856
DS 



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BQ
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AF RR3EW34TF C 1
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DS 

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QA 1 580 1 580
DS 



AS 2 4

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BQ
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AF RR3B354JQ C 1
AF RR3B354TF U 1
BS 1 1 RR3B354JQ
BS 2 594 RR3B354TF

RD RR3B354JQ 594 0 0
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QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3B354TF 594 0 0
G
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GCCTGAGGTCTGAAGAAGGTAGCTCGCTATCAGAAGAAGAGACCTAAAGCACGTCTGAAA
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QA 2 594 2 594
DS 



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AGCCGACTCAATTACCATTATGGGGAAGGAGAAATTTTAGGTTTCAAGAGTGGGTGTTGG
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AAATAGAAAGGTTTAACTCTTTTTACTGCACAGTTATAATCAAGTTTGTGTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E910TF U 1
AF RR3E910JQ C 428
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TGGTGTTTGCTCCTTCTGGATGTATGACACAGTATGCGTTGAAGGCTAATCAGGTTGGGG
ATGGTGGCCATGAGATGGCAGGGTTTGATTTTGAGTCTGGTTCAGAGACTGAAGGGAAAG
TAGGGGTTGAGCCGATAAGGAGGTGGTCCATGATCCAGAACCAGTCTAGAAGAGAGATGC
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TTCCGGAGATTGTTAGGAAGCAGAGTGCTGAGGAGTCTTGGAAAGTTACTAAGAAAGGAA
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AGCCGACTCAATTACCATTATGGGGAAGGAGAAATTTTAGGTTTCAAGAGTGGGTGTTGG
GTGTGGATGAAGAAGAGAGCAATGGTGGAGGAGGAGGGGAGATGGAGATTGAAAGAATCC
AAACAAGAACGGT
C

QA 1 613 1 613
DS 

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TGGGGAGGATAAGCATCAGATGTACATGTCTGAAGCAGAACTGCAAATGTATCAGCCGAC
TCAATTACCATTATGGGGAAGGAGAAATTTTAGGTTTCAAGAGTGGGTGTTGGGTGTGGA
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AACGGTCGAAGGAAGAACAAGAGGTTTGGTTCCAGTGTGGGGTTATCTCCAGTCTCCAAA
ACCCCAACAAGTGATGAGAGAATCATTCCAGAGTCCAAGGAACACTACACAAGGTGATCA
CGTGGCTCCTCGAGAGGTTCATGGAACAGAGACCGAGTTTGGAGTTATACATAGCAAGGA
AGAGAACTTGAGATCAGAAGAAGAGAGCCTGAGGTCTGAAGAAGGTAGCTCGCTATCAGA
AGAAGAAGAGACCTAAAGCACGTCTGAAAACGATGAAGAAGGGTGATGTTGTTATTCGTT
TATTTATTATTTCACCACAAACTCAGCTTCAACTCCAACAACAACAAAAATAAACAGTGG
AAAAAAAAATTGTATAGAAAAAGGAAAAGAAGTTGTAAATAGAAGTTGTATACTACTTTT
CTTTTGTTACGGATGTTCATTGATTCATGAATTATATCTTAGCATGTAAACTAAAATAGA
AAGGTTTAACTCTTTTTACTGCACAGTTATAATCAAGTTTGTGTGGC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 4

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TCTGGTGCAAACAAATACCGTGGACTCGTGCTAAAGAAAAAGCCTCTTATCTCGCAGGAT
CCCAAACGTACTTGGTTTGACTCCGCAGATTGGGCTTTACACAAGCAAGAAGCAAGCCCA
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AAGGAACTTCCCCCTACCTTTGCATCTGGACAAGAGATTCAAACAGATTCAAGCGTTTAG
GGTGCAACGCAAAAAGGGTTTAATGTGGAAATGGAACATGATTGGTTTGGTGTGAGCCAA
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CTTTATAAATACTTATAAAATACTTATCGTTTCAATAAATGTTTAAAACATTGACATTTG
TTGCTGCTTCTTCATTTTCTCTCTCTTTAATATATACAGTAAATCT


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
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AF RR3GL63TF U 1
AF RR3GL63JQ C 27
AF RR3AJ04JQ C 4
AF RR3AJ04TF U 4
BS 1 341 RR3GL63TF
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BS 360 586 RR3AJ04TF

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ATGGCAACAAAGAACAACAGAACCGACGATGTCTTATCCACTCAACAAGAAGAGTCTGCC
TCTGGTGCAAACAAATACCGTGGACTCGTGCTAAAGAAAAAGCCTCTTATCTCGCAGGAT
CCCAAACGTACTTGGTTTGACTCCGCAGATTGGGCTTTACACAAGCAAGAAGCAAGCCCA
GATGAAAGAACAATAGCAGCAATCGAAAATTTAAAACCCAAATATTTTCATATACCTCGA
AAGGAACTTCCCCCTACCTTTGCATCTGGACAAGAGATTCAGACAGATTCAAGCGTTTA

QA 1 359 1 359
DS 

RD RR3GL63JQ 509 0 0
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CGTGCTAAAGAAAAAGCCTCTTATCTCGCAGGATCCCAAACGTACTTGGTTTGACTCCGC
AGATTGGGCTTTACACAAGCAAGAAGCAAGCCCAGATGAAAGAACAATAGCAGCAATCGA
AAATTTAAAACCCAAATATTTTCATATACCTCGAAAGGAACTTCCCCCTCCCTTTGCATC
TGGACAAGAGATTCAGACAGATTCAAGCGTTTAGGGTGCAACGCAAAAAGGGTTTAATGT
GGAAATGGAACATGATTGGTTTGGTGTGAGCCAACTCACGTGTATCATACTTCCATAAAA
GCTCTTATGCAGTTGTTGTGTTTTGCCTCCTGGCCTTTATAAATACTTATAAAATACTTA
TCGTTTCAATAAATGTTTAAAACATTG
GC

QA 1 507 1 507
DS 

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GG
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ACGTACTTGGTTTGATTCCGCAGATTGGGCTTTACACAAGCAAGAAGCAAGCCCAGATGA
AAGAACAATAGTAGCAATCGAAAATTTAAAACCCAAATATTTTCATATACCTCGAAAGGA
ACTTCCCCCTACCTTTGCATCTGGACAAGAGATTCAAACAGATTCAAGCGTTTAGGGTGC
AACGCAAAAAGGGTTTAATGTGGAAATGGAACATGATTGGTTTGGTGTGAGCCAACTCAC
GTGTATCATACTTCCATAAAAGCTCTTATGCAGTTGTTGTGTTTTGCCTCCTGGCCTTTA
TAAATACTTATAAAATACTTATCGTTTCAATAAATGTTTAAAACATTGACATTTGTTGCT
GCTTCTTCATTTTCTCTCTCTTTAATATATACAGTAAATCT

QA 3 583 3 583
DS 

RD RR3AJ04TF 583 0 0
GG
ACCCCGTCTCTGAAACTCTCTTAAGGACGAAATAAAGGCAAAAGGTTCGAGCGAAATGGC
AACAAAGAACAACAGAACCGACGATGTCTTATCCACTCAACAAGAAGAGTCTGCCTCTGG
TGCAAACAAATACCGTGGACTCGTGCTAAAGAAAAAGCCTCTTATCTCGCAGGATCCCAA
ACGTACTTGGTTTGATTCCGCAGATTGGGCTTTACACAAGCAAGAAGCAAGCCCAGATGA
AAGAACAATAGTAGCAATCGAAAATTTAAAACCCAAATATTTTCATATACCTCGAAAGGA
ACTTCCCCCTACCTTTGCATCTGGACAAGAGATTCAAACAGATTCAAGCGTTTAGGGTGC
AACGCAAAAAGGGTTTAATGTGGAAATGGAACATGATTGGTTTGGTGTGAGCCAACTCAC
GTGTATCATACTTCCATAAAAGCTCTTATGCAGTTGTTGTGTTTTGCCTCCTGGCCTTTA
TAAATACTTATAAAATACTTATCGTTTCAATAAATGTTTAAAACATTGACATTTGTTGCT
GCTTCTTCATTTTCTCTCTCTTTAATATATACAGTAAATCT

QA 3 583 3 583
DS 



AS 1 3

CO CL2617Contig1 1726 3 13 U
GGGACACTTGAATTTTCTTCTTTCTCCTCTTAAGGTTTAAGAATCTGTACTGCCATTTTC
TCGGTAAAATGGGAACCCGCATTCAATCCTTCTTACTCCTGTTATTGCTTTCATGTTTAA
TCTTTATATCGGCGACCCATCCGAGCAAAAAGGTGATGGAACCCTTAGAATTGGATTGGA
GAAAAGGAAACTAGACCGGGCCAACAGGCTAGCTTCTCAGCTTTTTTTGAAAAACCGAGG
GTCTTGGTCTTCCAAAGGTTTTTTTCACCTGATTAATGATGGCAATCCGGATACTGTTCC
CCTGAAAAACTATTTGGATGCTCAATACTATGGTGACATTACCATTGGTACACCACCTCA
GAAGTTTACTGCCATTTTTGATACTGGAAGCTCCAATCTCTGGATGCCATCTTCTAAATG
CTACTTATCGATTGCTTGTTATTTTCATTCGAAGTACTCAGCTAGTGAGTCATCAACATA
CAAAAAGAACGGAAAACCTGCATCAATCCGCTATGGGACAGGTGCTATATCTGGTTACTT
TAGCAATGATGATGTTAAAATTGGTGATCTTGTTATCAAGGATCAGGAATTCATAGAGGC
TACCAATGAACCTGGTATTACATTCTTGGTAGCCAAGTTTGATGGAATCCTAGGGTTAGG
ATTCAAAGAGATTGCTGTTGGAAATTCAACACCGGTTTGGTATAACATGGTAGGAAAAGG
TCTGGTTAAGGAACCGATTTTTTCGTTTTGGCTTAATCGTAACCCGCAAGATCAAGAAGG
TGGTGAGATTGTTTTTGGCGGAGTCGACCCTAAGCACTTCAAAGGAGAGCATACTTATGT
TCCCGTGACACGTAAAGGTTACTGGCAATTTGACATGGGTGATCTCAACATCGCTGGCAA
ACCAACGGGATACTGTTCCAAAGGTTGTTCTGCCATTGCTGATTCTGGCACTTCTCTACT
CACCGGTCCAACGAGTGTTATCACAATGATCAATCATGCGATTGGAGCAGTAGGAGTCGC
AAGCAAAGAGTGCAAAACCGTCATAGGTCAATATGGAAAAACCATGCTGAACTCCCTTTT
ATCTCAGACGGATCCTAGGAAGGTATGCTCACAAATAGGGCTTTGCGGTTTCGATCAGAG
TATGGGGATTAAGTCAGTTGTAGATGATGGAACATCGGATCTTATAAACGAAGCAATATG
CAGCGTTTGTGAAATGGCAACCGTGTGGATGCAGAGTGAATTGAATCAGAATGAAACACA
AGATCGTATACTCACTTATGCTGCTGAGCTACGCGACCATACACCAAACCCGAACCAACA
AACAGCAGTGAACTGTGAGAGGGTTTCATCGATGCCTATTGTCACATTCAACATTGGTGG
CAAACCCTTTGATCTCTCACCTCAAGATTATATATTCAAGATTGGGGATGGAGTTCAGTC
TCAGTGCACCAGTGGTTTCACTGCTATGGACATCCCTCCACCTCGTGGACCTCTCTGGAT
CTTGGGTGATATCTTCATGGGACCATACCATACTGTGTTCGATTATGGGAAAGCAAGAGT
TGGATTCGCCAAATCTGCTTAAACAAATATCTCTTCGTTAATAGCCTTTGTTAATATTAT
ATTTGTGAATGTATTTAAATCTTAAATGGTTGTAATAACTTAAAAGCACTGCTATCTTAG
AATGGTGTATAATCTTAAATACAGATTCCCAAGGTTTTACCTTTTT


BQ
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CTACTTATCGATTGCTTGTTATTTTCATTCGAAGTACTCAGCTAGTGAGTCATCAACATA
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TTTTGGCTTAATCGTAACCCGCAAGATCAAGAAGGTGGTGAGATTGTTTTTGGCGGAGTC
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GATGGAACATCGGATCTTATAAACGAAGCAATGTGCAGCGTTTGTGAAATGGCAACCGTG
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QA 1 772 1 772
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ATCTCAGACGGATCCTGGGAAGGTATGCTCACAAATAGGGCTTTGCGGTTTCGATCAGAG
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AACAGCAGTGAACTGTGAGAGGGTTTCATCGATGCCTATTGTCACATTCAACATTGGTGG
CAAACCCTTTGATCTCTCACCTCAAGATTATATATTCAAGATTGGGGATGGAGTTCAGTC
TCAGTGCACCAGTGGTTTCACTGCTATGGACATCCCTCCACCTCGTGGACCTCTCTGGAT
CTTGGGTGATATCTTCATGGGACCATACCATACTGTGTTCGATTATGGGAAAGCAAGAGT
TGGATTCGCCAAATCTGCTTAAACAAATATCTCTTCGTTAATAGCCTTTGTTAATATTAT
ATTTGTGAATGTATTTAAATCTTAAATGGTTGTAATAACTTAAAAGCACTGCTATCTTAG
AATGGTGTATAATCTTAAATACAGATTCCCAAGGTTTTACCTTTTT

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 3

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AACTAGAAGTTGAAGTTCACCAAAACATAAAATGTTAGAGAAACCAAAACACACACAAAA
CCAGATTTTTTTTATTCAAACAGAAAAAGCAGCTTCCAGTTTGGGAAGAAAAGCTCTCCA
GGCATCAGCAATACCGTTTGCTAAGCGAGCTTGTCCTTTGGCGAACTGATGGAACGCTAC
TCCCATCTCTTCCGTCTTCTGTTCTTGGAACCTCACTATCTCCTCGTTCATTCTCTTCAC
TATCCTCTCGAATCTTATCGTTGCTTCCTCGCTCTCTGCTTTTATCTCTCTGTATTCGAT
CTCAGCTTCTCCTACTTTGTCAGAACGTGTGAGCATGAGTTTGTCAAGGTTTATTTCCTT
TAGCTTTGTTGTTTCGGCCAATTCACAATGTTGCTTGAATGCAGTGGCTCGTTCTCCTAT
GGTTGCCTTAATCGACTGCACATAACGAACATAGTCCTTCAAGGGTTCCTCGAAGTTCAT
CAGGACTTGTTGAGCCTCTTTCTGGAGCTTGATAGATACCAGTTCTGATTTAGTTCCAAG
ATCGGAAAATAGTTTTCCTGTAGGTTCACCCTCACAAGCCCCAAGAAGCTTTACAGCCTT
GCCAAAATCCAACAGTGACTGGCCCAACTCTCTATGCCTCTTGACGAGGCGATACGCATG
CTTTTGAGCCTCGGCTAAGTGGTTCTCAAGCTCGAAAACGTAGTGTTTAAGCTTCTCATA
TTCAGGAGTGGTTTCTTCGACAGGTTTTTCTTTTCCTAGGACAGCATCGCTAACCTTTGA
TTGCACATCCCTGAACATTTGCATAAAATCTGCAGGCTTCTTATTGAATATACCAGTTTC
GTGAAACCTGAATCTTTCCATTGTCTCTTCATCCGCTTGCAAAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ39JQ U 1
AF RR3G457JQ U 38
AF RR3G457TF C 276
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AACTAGAAGTTGAAGTTCACCAAAACATAAAATGTTAGAGAAACCAAAACACACACAAAA
CCAGATTTTTTT*ATTCAAACAGAAAAAGCAGCTTCCAGTTTGGGAAGAAAAGCTCTCCA
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TATCCTCTCGAATCTTATCGTTGCTTCCTCGCTCTCTGCTTTTATCTCTCTGTATTCGAT
CTCAGCTTCTACTAATTTGTCACAACGTGTGAG

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DS 

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GAGAAACCAAAACACACACAAAACCAGATTTTTTTTATTCAAACAGAAGAAGCAGCTTCG
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TTGGCGAACTGATGGAACGCTACTCCCATCTCTTCCGTCTTCTGTTCTTGGAACCTCACT
ATCTCCTCGTTCATTCTCTTCACTATCCTCTCGAATCTTATCGTTGCTTCCTCGCTCTCT
GCTTTTATCTCTCTGTATTCGATCTCAGCTTCTCCTACTTTGTCAGAACGTGTGAGCATG
AGTTTGTCAAGGTTTATTTCCTTTAGCTTTGTTGTTTCGGCCAATTCACAATGTTGCTTG
AATGCAGTGGCTCGTTCTCCTATGGTTGCCTTAATCGACTGCACATAACGAACATAGTCC
TTCAAGGGTTCCTCGAAGTTCATCAGGACTTGTTGAGCCTCTTTCTGGAGCTTGATAGAT
ACCAGTTCTGATTTAGTTCCAAGATCGGAAAATAGTTTTCCTGTAGGTTCACCCTCACAA
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ACGTAGTGTTTAAGCTTCTCATA

QA 1 743 1 743
DS 

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ACTATCT
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AGTGGCTCGTTCTCCTATGGTTGCCTTAATCGACTGCACATAACGAACATAGTCCTTCAA
GGGTTCCTCGAAGTTCATCAGGACTTGTTGAGCCTCTTTCTGGAGCTTGATAGATACCAG
TTCTGATTTAGTTCCAAGATCGGAAAATAGTTTTCCTGTAGGTTCACCCTCACAAGCCCC
AAGAAGCTTTACAGCCTTGCCAAAATCCAACAGTGACTGGCCCAACTCTCTATGCCTCTT
GACGAGGCGATACGCATGCTTTTGAGCCTCGGCTAAGTGGTTCTCAAGCTCGAAAACGTA
GTGTTTAAGCTTCTCATATTCAGGAGTGGTTTCTTCGACAGGTTTTTCTTTTCCTAGGAC
AGCATCGCTAACCTTTGATTGCACATCCCTGAACATTTGCATAAAATCTGCAGGCTTCTT
ATTGAATATACCAGTTTCGTGAAACCTGAATCTTTCCATTGTCTCTTCATCCGCTTGCAA
AAA

QA 8 670 8 670
DS 



AS 1 4

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ATCGTATATAAAAAGAGTCAACTGAATCAAGTTAGGATCTAACTTTAGCGAGCCGAGCTC
GAATCTCCTCCAGTTCTTCCTCATCATCAACACCTTCTGCAATTGCCTCTTCCTCGCGGG
AAGTGCTGGTCTTCTGTGCAGGCACCTTTATCCTTTCCTTCCTGACAGCTTCTGGAAGCT
CAGCAGCGGTTTCTCCAGCAATAGCAGTCAATACTTTATCGACCTCTTCGTCGATCTCTT
CTTCCATATCCTCTGAATCTAGTGCGTTGTCAATGGCCTCGTTCACAAACTCCTCAATAA
CTCCAGCCTTAGTCATCTCTTTGCTGAACTCCTGCATAGTAGCAGCCATTTGTGGTGCCT
TCATGAGATTATTGACAAGCTTCATAACCTCTGCGCTCTTGGACAGATGTCCAACTGTTC
GAGCAACAGCAACACTTTCTCCGAGGTGCATTGATATGGAATTCATCTGGGCCTTGTTTT
CATATAAACGGTTGACTGTTCTTCTCGCACCCACAATCTCCTTAGCAAGCGCCTTTGCTG
AGACCATATCGTTCCGCTTAGCAGCTTCTTTAATAGCCTTCTGAACTGTTTTCTCTTCTT
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CCCAATGTTATGTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E221JQ U 1
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AF RR3E221TF C 286
AF RR3D218TF C 220
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CTTCCATATCCTCTGAATCTAGTGCGTTGTCAATGGCCTCGTTCACAAACTCCTCAATAA
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C
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TGAATCTAGTGCGTTGTCAATGGCCTCGTTCACAAACTCCTCAATAACTCCAGCCTTAGT
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CCGCTTAGCAGCTTCTTTA

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AT
CC

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AGCTTCTGGAAGCTCAGCAGCGGTTTCTCCAGCAATAGCAGTCAATACTTTATCGACCTC
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AAACTCCTCAATAACTCCAGCCTTAGTCATCTCTTTGCTGAACTCCTGCATAGTAGCAGC
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ATGTCCAACTGTTCGAGCAACAGCAACACTTTCTCCGAGGTGCATTGATATGGAATTCAT
CTGGGCCTTGTTTTCATATAAACGGTTGACTGTTCTTCTCGCACCCACAATCTCCTTAGC
AAGCGCCTTTGCTGAGACCATATCGTTCCGCTTAGCAGCTTCTTTAATAGCCTTCTGAAC
TGTTTTCTCTTCTTTTTGTATATCTCGGATTTGGCGTTCGATGTTACGGCACTCTTGACG
AAGCTTGCGTTGCCAATCACGCAAGAGTTGCTTCGGATCAGGCTTCGGCTTTATCAGGTT
CATCACTTTCTCCATTCTTTCTGACTTCGCTGCTCCGTCTGTTTTTATTTCACAAGAATA
TGATCTGTTTTGCTCCCAATGTTATGTCCCC

QA 8 698 8 698
DS 



AS 1 4

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GAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGACCAAAGGGTATTGATTCTCGGGTGAGAAGGA
AGTTCAAAGGTGTCACTTTGATGCCCAATGTTGGTTACGGATCCGACAAGAAGACCCGTC
ACTATCTCCCGAATGGATTCAAGAAATTCGTCGTTCACAACTCTGCTGATCTTGAGTTGC
TCATGATGCACAACAGGACGTACTGTGCGGAGATTGCTCACAATGTTTCGACGAAGAAGA
GGAAAGCAATTGTTGAGAGAGCTTCTCAGCTAGACATTGTCGTTACCAACAGGCTTGCTA
GGTTCCGTAGCCAGGAAGACGAGTAAAAAATTAAGCCCTAGGGCTTACTTTTCATCTCTC
ATTGATAATTTCAGACCGTTTTTTTTGCGTATTAAGCTTGTTTTATTCATAATCTGTTTT
ACATTCGATAATACACTTTCATATATTTAAAAGTAAAACATTGAACCG


BQ
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

AF RR3AG39JQ C 1
AF RR3AG39TF U 1
AF RR3AX14JQ C 1
AF RR3AX14TF U 52
BS 1 137 RR3AG39TF
BS 138 139 RR3AX14TF
BS 140 148 RR3AG39TF
BS 149 149 RR3AX14TF
BS 150 355 RR3AG39TF
BS 356 356 RR3AX14TF
BS 357 463 RR3AG39TF
BS 464 464 RR3AX14TF
BS 465 516 RR3AG39TF
BS 517 517 RR3AX14TF
BS 518 587 RR3AG39TF
BS 588 588 RR3AG39JQ

RD RR3AG39JQ 588 0 0
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ACATTCGATAATACACTTTCATATATTTAAAAGTAAAACATTGAACCG

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3AG39TF 588 0 0
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GAATCACCGTCAAGGAA**CTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCTCGGGTGAGAAGGA
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ACTATCTCCCGAATGGATTCAAGAAATTCGTCGTTCACAACTCTGCTGATCTTGAGTTGC
TCATGATGCACAACAGGACGTACTGTGCGGAGATTGCTCACAATGTTTCGACGAATAAGA
GGAAAGCAATTGTTGAGAGAGCTTCTCAGCTAGACATTGTCGTTACCAACAGGCTTGCTA
GGTTCCGTAGCCAGGAAGACGAGTAAAAAATTAAGCCCTAGGGTTTACTTTTCATCTCTC
ATTGATAATTTCAGACCGTTTTTTTTGCGTATTAAGTTTGTTTTATTCATAATCTGTTTT
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G

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3AX14JQ 588 0 0
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TAACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTGCCAAGTTCATCAGACCCCAGAGCGACCGTA
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GGAAAGCAATTGTTGAGAGAGCTTTTCAGCTAGACATTGTCGTTACCAACAGGCTTGTTA
GGTTGCGTAGCCGGGAAGACGAGTAAAAAATTAAGCCCTAGGGCTTACTTTTCATCTCTC
ATTGATAATTTCAGACCGTTTTTTTTGCGTATTAAGCTTGTTTTATTCATAATCTGTTTT
ACATTCGATAATACACTTTCATATATTTAAAAGTAAAACATTGAACC
C

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3AX14TF 537 0 0
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GCGACCGTAGAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGACCAAAGGGTATTGATTCTCGGG
TGAGAAGGAAGTTCAAAGGTGTCACTTTGATGCCCAATGTTGGTTACGGATCCGACAAGA
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CGAAGAAGAGGAAAGCAATTGTTGAGAGAGCTTCTCAGCTAGACATTGTCGTTACCAACA
GGCTTGCTAGGTTGCGTAGCCGGGAAGACGAGTAAAAAATTAAGCCCTAGGGCTTACTTT
TCATCTCTCATTGATAATTTCAGACCGTTTTTTTTGCGTATTAAGCTTGTTTTATTCATA
ATCTGTTTTACATTCGATAATACACTTTCATATATTTAAAAGTAAAACATTGAACC
C

QA 1 536 1 536
DS 



AS 1 4

CO CL2621Contig1 921 4 7 U
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TCAAGCTTCAATCATCCGAACGCGAGAGAGAGAGAGAGATGAAGAGATGTACACGCAACT
CTGTATCACAAAGGCTCCAGTGTGTACAAGTTATCCAAGAATTGCAGGAGGAGATCAAGT
TATTACAGATTCCCTATGAGAAACTTAATGGTGAGGGGCTCAACGGTCTGAGCTACTCTG
AGCTAGCTTCACTTGAGAGCATGTTAAACCAGGGGTCACGCATTGTGGAAAAACAAACCG
ACAAGGCATATGATCAATTAGCAATCCTGCAGATTGTGGAGAGCGGTGTTATGGGGATGG
AATGGATTGAAAAAATCGAGAAAGAGGATTTGGCCTACCAAGTTCTTCTGGCAACTAGAA
GAACAGCTCTGAGGAACAAGTCCAGAGAACTCCGCCTCAGCCCTCAAGACAGCCAACAGG
AGCATAGCTATGACCATGAAGAGCTGATGTTAACCATCGAGTCTTTGAAGAGCGAGAAGA
AGAGATTGTTGCTTTTAAGCCAGCGAATGATTGGTAAAGAGATTGACGGTATGAGTTATG
CCGAGCTATATGTGTTGGGCTTTGATATATCGCGTGGTCTTATGAAAGTAGTGGACGAGA
TGAGGAAGATAAAACGTGTCACGCGAGTCAGCAAGGAATCAATCTCCATGGACACCACCA
TGGCTCTCAGTGACTGCATATAAGTCCTTCTCGTGGGCACATGAAAGAGATGGAATCGTT
TTCTTTAATTATAAGACTGTGTACTTATGATTGGTTGTGTTTTAAAGTCTCTGGTGATAT
GATTATAACTTAAAACTTGTGTTTTCTTTGCTATAGACTCTAGACTCCCTTTTTTTTAAT
TGAGTTGCAAACCACGGTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F233TF U 1
AF RR3EA45TF U 70
AF RR3F233JQ C 240
AF RR3CR63JQ C 195
BS 1 666 RR3F233TF
BS 667 691 RR3EA45TF
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BS 838 921 RR3CR63JQ

RD RR3F233TF 669 0 0
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TCAAGCTTCAATCATCCGAACGCGAGAGAGAGAGAGAGATGAAGAGATGTACACGCAACT
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TATTACAGATTCCCTATGAGAAACTTAATGGTGAGGGGCTCAACGGTCTGAGCTACTCTG
AGCTAGCTTCACTTGAGAGCATGTTAAACCAGGGGTCACGCATTGTGGAAAAACAAACCG
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CCGAGCTATATGTGTTGGGCTTTGATATATCGCGTGGTCTTATGAAAGTAGTGGACGAGA
TGAGGA
GAT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3EA45TF 622 0 0
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GAGAGAGAGAGAGAGATGAAGAGATGTACAGGCAACTCTGTATCACAAAGGCTCCAGTGT
GTACAAGTTATCCAAGAATTGCAGGAGGAGATCAAGTTATTACAGATTCCCTATGAGAAA
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TTAAACCAGGGGTCACGCATTGTGGAAAAACAAACCGACAAGGCATATGATCAATTAGCA
ATCCTGCAGATTGTGGAGAGCGGTGTTATGGGGATGGAATGGATTGAAAAAATCGAGAAA
GAGGATTTGGCCTACCAAGTTCTTCTGGCAACTAGAAGAACAGCTCTGAGGAACAAGTCC
AGAGAACTCCGCCTCAGCCCTCAAGACAGCCAACAGGAGCATAGCTATGACCATGAAGAG
CTGATGTTAACCATCGAGTCTTTGAAGAGCGAGAAGAAGAGATTGTTGCTTTTAAGCCAG
CGAATGATTGGTAAAGAGATTGACGGTATGAGTTATGCCGAGCTATATGTGTTGGGCTTT
GATATATCGCGTGGTCTTATGAAAGTAGTGGACGAGATGAGGAAGATAAAACGTGTCACG
CGAGTCAG

QA 15 622 15 622
DS 

RD RR3F233JQ 659 0 0
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GAATGGATTGAAAAAATCGAGAAAGAGGATTTGGCCTACCAAGTTTTTCTGGCAACTAGA
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GAGCATAGCTATGACCATGAAGAGCTGATGTTAACCATCGAGTCTTTGAAGAGCGAGAAG
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GCCGAGCTATATGTGTTGGGCTTTGATATATCGCGTGGTCTTATGAAAGTAGTGGACGAG
ATGAGGAAGATAAAACGTGTCACGCGAGTCAGCAAGGAATCAATCTCCATGGACACCACC
ATGGCTCTCAGTGACTGCATATAAGTCTTT*TCGTGGGCACATGAAAGAGATGGAATCGT
TTTCTTTAATTATAAGACTGTGTACTTATGATTGGTTGTGTTTTAAAGTCTCTGGTGATA
TGATTATAACTTAAAACTTGTGTTTTCTTTGCTATAGACTCTATACTCCCTTTTTTTT
T

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3CR63JQ 727 0 0
TATGAGAAACTTAATGGTGAGGGGTTCAACGGTCTGAGCTACTCTGAGCTAGCTTCACTT
GAGAGCATGTTAAACCAGGGGTCACGCATTGTGGAAAAACAAACCGACAAGGCATATGAT
CAATTAGCAATCCTGCAGATTGTGGAGAGCGGTGTTATGGGGATGGAATGGATTGAAAAA
ATCGAGAAAGAGGATTTGGCCTACCAAGTTCTTCTGGCAACTAGAAGAACAGCTCTGAGG
AACAAGTCCAGAGAACTCCGCCTCAGCCCTCAAGACAGCCAACAGGAGCATAGCTATGAC
CATGAAGAGCTGATGTTAACCATCGAGTCTTTGAAGAGCGAGAAGAAGAGATTGTTGCTT
TTAAGCCAGCGAATGATTGGTAAAGAGATTGACGGTATGAGTTATGCCGAGCTATATGTG
TTGGGCTTTGATATATCGCGTGGTCTTATGAAAGTAGTGGACGAGATGAGGAAGATAAAA
CGTGTCACGCGAGTCAGCAAGGAATCAATCTCCATGGACACCACCATGGCTCTCAGTGAC
TGCATATAAGTCCTTCTCGTGGGCACATGAAAGAGATGGAATCGTTTTCTTTAATTATAA
GACTGTGTACTTATGGTTGGTTGTGTTTTAAAGTCTCTGGTGGTATGATTATAACTTAAA
ACTTGTGTTTTCTTTGCTATAGACTCTAGACTCCCTTTTTTTTAATTGAGTTGCAAACCA
CGGTTAT

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 4

CO CL2622Contig1 713 4 10 U
AACCTTACCGACGGCGAAGGAAGCTCAAGCTGTTGCCGATGATGTCTTCTCTCTGTTTAT
AAGCGAGGAAGTCGACAAAGTCGAGCTCTTGTACACGAAGTTTGTGTCTTTGGTCAGATC
AGAACCCGTGATCCACACGCTACTGCCTCTATCACCCAAAGGAGAGATCTGTGACATCAA
CGGGAACTGTGTGGACGCTGCTGAAGACGAGTTCTTCAGGTTAACGACAAAAGAAGGGAA
GCTGACGGTCGAGAGAGAGACTTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGCCGATCTTGCA
GTTCGAGCAAGACCCTGTTCAGATTCTTGATGCTTTGTTGCCTTTGTATCTGAACAGTCA
GATTCTTAGGGCGTTACAGGAGTCTTTGGCGAGTGAGCTCGCGGCTCGGATGAGTGCGAT
GAGTAGTGCTTCGGATAATGCGTCGGATCTTAAGAAGTCGCTTTCCATGGTTTATAATAG
AAAACGTCAAGCTAAGATTACTGGTGAGATTCTTGAGATTGTTGCTGGAGCTAATGCACA
GGCTTGATTCGATATGAGCAGGTTGTTTTTTAAATATATATCATTTTCGGTCGTATAATG
TATAATCGTCTAGACTCCTATGATCTTTATATAATCATGCAATTACAAACATAATGCGGT
TGCATTTATTTTGGTCTATCAATGGATAAATGATTAAGAAAAAACTTTGTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED49TF U 301
AF RR3ER03JQ C 13
AF RR3GC63JQ C 1
AF RR3CP76TF U 452
BS 1 192 RR3GC63JQ
BS 193 193 RR3ER03JQ
BS 194 222 RR3GC63JQ
BS 223 223 RR3ER03JQ
BS 224 300 RR3GC63JQ
BS 301 460 RR3ED49TF
BS 461 525 RR3CP76TF
BS 526 526 RR3ED49TF
BS 527 694 RR3CP76TF
BS 695 713 RR3GC63JQ

RD RR3ED49TF 346 0 0
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GATTCTTAGGGCGTTACAGGAGTCTTTGGCGAGTGAGCTCGCGGCTCGGATGAGTGCGAT
GAGTAGTGCTTCGGATAATGCGTCGGATCTTAAGAAGTCGCTTTCCATGGTTTATAATAG
AAAACGTCAAGCTAAGATTACTGGTGAGATTCTTGAGATTGTTGCTGGAGCTAATGCACA
GGCTTGATTCGATATGAGCAGGTTGTTTTTTAAATATATATCATTTTCGGTCGTATAATG
TATAATCGTCTAGACTCTTATTATCTTTATATAATCATGCAATTAC

QA 1 346 1 346
DS 

RD RR3ER03JQ 634 0 0
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CGACAAAGTCGAGCTCTTGTACACGAAGTTTGTGTCTTTGGTCAGGTCAGAACCCGTGAT
CCACACGCTACTGCCTCTATCACCCAAAGGAGAGATCTGTGACATCAACGGGAACTGTGT
GGACGCTGCTGAAGACGAGTTCTTCAGGTTAACGACGAAAGAAGGGAAGCTGACGGTCGA
GAGAGAGACTTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGCCGATCTTGCAGTTCGAGCAAGA
CCCTGTTCAGATTCTTGATGCTTTGTTGCCTTTGTATCTGAACAGTCAGATTCTTAGGGC
GTTACAGGAGTCTTTGGCGAGTGAGCTCGCCGCTAGGATGAGTGCGATGAGTAGTGCTTC
GGATAATGCATCGGATCTTAAGAAATCACTTTCGATGGTTTATAATAGAAAACGTCAAGC
TAATATTACTGGTGAGATTCTTGAGATTGTTGCTGGAGCTAATGCACAGGCTTGATTCGA
TATGAGCAGGTTGTTTTTTAAATATATATCATTTTCGGTCGTATAATGTATAATCGTCTA
GACTCCTATGATCTTTATATAATCATGCAATTAC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3GC63JQ 713 0 0
AACCTTACCGACGGCGAAGGAAGCTCAAGCTGTTGCCGATGATGTCTTCTCTCTGTTTAT
AAGCGAGGAAGTCGACAAAGTCGAGCTCTTGTACACGAAGTTTGTGTCTTTGGTCAGATC
AGAACCCGTGATCCACACGCTACTGCCTCTATCACCCAAAGGAGAGATCTGTGACATCAA
CGGGAACTGTGTTGACGCTGCTGAAGACGAGTTCTTCAGGTTGACGACAAAAGAAGGGAA
GCTGACGGTCGAGAGAGAGACTTTTCGGACAGCAACTGCTGATTTCTCGCCGATCTTGCA
GTTCGAGCAAGACCCTGTTCAGATTCTTGATGCTTTGTTGCCTTTGTATCTGAACAGTCA
GATTCTTAGGGCGTTACAGGAGTCTTTGGCGAGTGAGCTCGCGGCTCGGATGAGTGCGAT
GAGTAGTGCTTCGGATAATGCGTCGGATCTTAAGAAGTCGCTTTCCATGGTTTATAATAG
AAAACGTCAAGCTAAGATTACTGGTGAGATTCTTGAGATTGTTGCTGGAGCTAATGCACA
GGCTTGATTCGATATGAGCAGGTTGTTTTTTAAATATATATCATTTTCGGTCGTATAATG
TATAATCGTCTAGACTCTTATTATCTTTATATAATCATGCAATTACAAACATAATGCGGT
TGTATTTATTTTGGTCTTTCATTGGATAAATGATTAAGAAAAAACTTTGTGAT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3CP76TF 243 0 0
AAGAAGTCG
CTTTCCATGGTTTATAATAGAAAACGTCAAGCTAAGATTACTGGTGAGATTCTTGAGATT
GTTGCGGGAGCTAATGCACAGGCTTGATTCGATATGAGCAGGTTGTTTTTTAAATATATA
TCATTTTCGGTCGTATAATGTATAATCGTCTAGACTCCTATGATCTTTATATAATCATGC
AATTACAAACATAATGCGGTTGCATTTATTTTGGTCTATCAATGGATAAATGAT

QA 10 243 10 243
DS 



AS 2 4

CO CL2623Contig1 735 2 2 U
GCTTCGACTTCGACCACTATAACCGTCCTCTCTTTTCTCTCCTGTCTGATCTCCCTTCTC
ACCACAAGATCGTACTCGTGGGACATAGCATCGGCGGAGGAAGTGTCACTGAAGCTCTAT
GCAAGTTCACAGACAAAATCTCCATGGTCGTTTACCTCGCGGCTGACATGGTTCAACCAG
GATCCACATCTTCAACTCATGACTCAATCATGACTGTTGGAGAAGAAGACATATGGGAGT
ACATATACGGTGAGGGCGCTGATAAGCCACCCACTGGCGTTTTGATGAAAGAGGAGTTTA
GACGTCACTATTACTATAGCCAAAGCCCTCTTGAGGATGTAAGTTTGGCATCTAAGTTGT
TGCGACCAGCTCCAGTCAGGGCTTTGGGAGGTGCTGATAAGCTGGCTCCATACCCTGAAG
CCGGGAAAGTTCCTCGAGTTTACATCAAGACTGCTAATGATAACCTATTTGATCCTCTAC
GCCAAGACCGTTTGGTGGAGAAGTGGCCACCTTCTCAGTTGTATGTCTTGGAGGAGAGTG
ACCATTCTGCTTTCTTCTCTGTCCCAACTACCTTATTCGCTTATCTTCTCCGTGCTGTAT
CTTTCCTTCAACTATAACTCAAAACTTCATTCCTGGTTTGACCATATCTCATCCTCGGTA
CACTATATCGAACATTCTTATTGCTGATTTGAGGAATATTTACTGGAAGGTGATATTGAA
ATGCGATTATAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL31TF U 1
AF RR3FL31JQ C 59
BS 1 693 RR3FL31TF
BS 694 735 RR3FL31JQ

RD RR3FL31TF 700 0 0
GCTTCGACTTCGACCACTATAACCGTCCTCTCTTTTCTCTCCTGTCTGATCTCCCTTCTC
ACCACAAGATCGTACTCGTGGGACATAGCATCGGCGGAGGAAGTGTCACTGAAGCTCTAT
GCAAGTTCACAGACAAAATCTCCATGGTCGTTTACCTCGCGGCTGACATGGTTCAACCAG
GATCCACATCTTCAACTCATGACTCAATCATGACTGTTGGAGAAGAAGACATATGGGAGT
ACATATACGGTGAGGGCGCTGATAAGCCACCCACTGGCGTTTTGATGAAAGAGGAGTTTA
GACGTCACTATTACTATAGCCAAAGCCCTCTTGAGGATGTAAGTTTGGCATCTAAGTTGT
TGCGACCAGCTCCAGTCAGGGCTTTGGGAGGTGCTGATAAGCTGGCTCCATACCCTGAAG
CCGGGAAAGTTCCTCGAGTTTACATCAAGACTGCTAATGATAACCTATTTGATCCTCTAC
GCCAAGACCGTTTGGTGGAGAAGTGGCCACCTTCTCAGTTGTATGTCTTGGAGGAGAGTG
ACCATTCTGCTTTCTTCTCTGTCCCAACTACCTTATTCGCTTATCTTCTCCGTGCTGTAT
CTTTCCTTCAACTATAACTCAAAACTTCATTCCTGGTTTGACCATATCTCATCCTCGGTA
CACTATATCGAACATTCTTATTGCTGATTTGAG
ATATTTA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3FL31JQ 677 0 0
TCACCACAAGATCGTACTCGTGGGACATAGCATCGGCGGAGGAAGTGTCACTGAAGCTCT
ATGCAAGTTCACAGACAAAATCTCCATGGTCGTTTACCTCGCGGCTGACATGGTTCAACC
AGGATCCACATCTTCAACTCATGACTCAATCATGACTGTTGGAGAAGAAGACATATGGGA
GTACATATACGGTGAGGGCGCTGATAAGCCACCCACTGGCGTTTTGATGAAAGAGGAGTT
TAGACGTCACTATTACTATAGCCAAAGCCCTCTTGAGGATGTAAGTTTGGCATCTAAGTT
GTTGCGACCAGCTCCAGTCAGGGCTTTGGGAGGTGCTGATAAGCTGGCTCCATACCCTGA
AGCCGGGAAAGTTCCTCGAGTTTACATCAAGACTGCTAATGATAACCTATTTGATCCTCT
ACGCCAAGACCGTTTGGTGGAGAAGTGGCCACCTTCTCAGTTGTATGTCTTGGAGGAGAG
TGACCATTCTGCTTTCTTCTCTGTCCCAACTACCTTATTCGCTTATCTTCTCCGTGCTGT
ATCTTTCCTTCAACTATAACTCAAAACTTCATTCCTGGTTTGACCATATCTCATCCTCGG
TACACTATATCGAACATTCTTATTGCTGATTTGAGGAATATTTACTGGAAGGTGATATTG
AAATGCGATTATAAATT

QA 1 677 1 677
DS 



CO CL2623Contig2 705 2 18 U
GGGATAGATCAGATAGAGACACGAGTGCGATGGGAGGAGGAGATGGTGGTGACGACTCCG
TAGTTCACTTTGTATTTGTTCATGGCGCCAGCCACGGTGCTTGGTGTTGGTATAAACTCA
CCACTCTTCTTGTCGCCGCTGGTTTCAAAGCCACCTCCGTCGACCTCACCGGCGCTGGCA
TCAACCTCACCGACTCTAACACCGTCTTCGACTTCGACCACTATAACCGTCCTCTCTTTT
CTCTCCTGTCTGATCTCCCTTCTCACCACAAGATCATACTCGTGGGACACAGCATCGGCG
GAGGAAGTGTCACTGAAGCTCTATGCAAGTTCACAGACAAAATCTCCATGGTCGTTTACC
TCGCGGCTGACATGGTTCAACCAGGATCCACATCTTCAACTCATGACTCAATCATGACTG
TTGGAGAAGAAGACATATGGGAGTACATATACGGTGAGGGCGCTGATAAGCCACCCACTG
GCGTTTTGATGAAAGAGGAGTTTAGACGTCACTATTACTATAGCCAAAGCCCTCTTGAGG
ATGCAAGTTTGGCATCTAAGTTGTTGCGACCAGCTCCAGTCAGGGCTTTGGGAGGTGCTG
ATAAGCTGGCTCCAAACCCCGAAGCCGAGAAAGTTCCTCGAGTTTACATCAAGACTGCTA
AGGATAACCTATTTGATCCTCTACGCCAAGACCGTTTGGTGGAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FS82TF U 1
AF RR3DO13TF U 76
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AG*ATAACCTATTTGATCCTC

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DS 

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G
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CCCTTCTCACCACAAGATCATACTCGTGGGACACAGCATCGGCGGAGGAAGTGTCACTGA
AGCTCTATGCAAGTTCACAGGCAAAATCTCCATGGTCGTTTACCTCGCGGCTGACATGGT
TCAACCCGGATCCACATCTTCAACTCATGACTCAATCATGACTGTTGGAGAAGAAGACAT
ATGGTAGTACATATACGGTGAGGGCGCTGATAAGCCACCCACTGGCGTTTTGATGAAAGA
GGAGTTTAGACGTCACTATTACTATAGCCAAAGCCCTCTTGAGGATGCAAGTTTGGCATC
TAAGTTGTTGCGACCAGCTCCAGTCAGGGCTTTGGGAGGTGCTGATAAGCTGTCTCCAAA
CCCCGAAGCCGAGAAAGTTCCTCGAGTTTACATCAAGACTGCTAAGGATAACCTATTTGA
TCCTCTACGCCAAGACCGTTTGGTGGAGA

QA 2 630 2 630
DS 



AS 1 4

CO CL2624Contig1 1004 4 31 U
GCATAAGTCTTATTTGATTTAAATGAAAACTTCGAAAACATGATTCATAACACTCATACA
GAAACATTTCAGATACAACCAAAAGTACAGATAGAAACAGAGGAATCTGAATTAGCATTG
ACTAAACCGGTGTTCGGCTTATGACAGGATCATCTTCACTAAAATGATCACGACTAAACC
TGATTCCAGCTTGACCATGACTCAAAACCACCTCATACTCCCCAGTTTCAACAGACCCAT
CTTTGCTTGCCACCTCTCTTCTCAACTCAACATAAGCGCAGTAGTCAACTTCATACACGG
TTGTATCTTTATAGAACGTCGAAAATGTAGTTCCTACTCCTTCCCCGTGGGTGACTAAGA
GCAAGTTCTCTGTAGGATACTTATCAGCAAGAGCCTTTACAATTTTAACATAACGTTCTC
TACAACCTTCCACAGTCTCTTCCCATTTTGGCATCTCTTTATAAACCATATCCACGTTAT
GATCAACCATCCCTTCAGGAAACAGAGCTTCAAGATCTGATAAACTAAAGTCAAAGTTTC
CATCTTTAGGTGCAACATCACGCCTTATAGCCACTGAGTTCAACATCTCACACAGACCAT
ACTCAATAGCAACCTTGAGCTTAGATGTATCAACGGAAGGGACGTCTTTGGAAGACATGG
CGTTGGGGTCAACATTAACAGCCGAGAGAGCCGAGACAACCTCGGAAGCTGTCTGAATGC
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TTTGACCGGTTCTGAAAGCTCGAATAAAACCGTCTTGAAAGAGAGGCGGATCCCAAGGTC
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CGAACACGTGTTGGTAGGCAGCATTGTTGTTGGGTTTTGGAGATGAGTCCATTGTTTGTT
TATGTTTTTTTTTCTCTCATCGCTGTTGCTTTGATGGAGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3FY93JQ U 1
AF RR3F319JQ U 25
AF RR3F319TF C 198
AF RR3FY93TF C 343
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RD RR3FY93JQ 723 0 0
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AAC

QA 1 723 1 723
DS 

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GG
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ACAGATAGAAACAGAGGAATCTGAATTAGCATTGACTAAACCGGTGTTCTGCTTATGACA
GGATCATCTTCACTAAAATGATCACGACTAAACCTGATTCCAGCTTGACCATGACTCAAA
ACCACCTCATACTCCCCAGTTTCAACAGACCCATCTTTGCTTGCCACCTCTCTTCTCAAC
TCAACATAAGCGCAGTAGTCAACTTCATACACGGTTGTATCTTTATAGAACGTCGAAAAT
GTAGTTCCTACTCCTTCCCCGTGGGTGACTAAGAGCAAGTTCTCTGTAGGATACTTATCA
GCAAGAGCCTTTACAATTTTAACATAACGTTCTCTACAACCTTCCACAGTCTCTTCCCAT
TTTGGCATCTCTTTATAAACCATATCCACGTTATGATCAACCATCCCTTCAGGAAACAGA
GCTTCAAGATCTGATAACCTAAAGTCAAAGTTTCCATCTTTAGGTGCAACATCACGCCTT
ATAGCCACTGAGTTCAACATCTCACACAGTCCATACTCAATAGCAACCTTGAGCTTAGAT
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QA 3 780 3 780
DS 

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CATGACTCAAACCA
CTCATACTCCCCAGTT*CAACAGACCCATCTTTGCTTGCCAC*TCTCT*CTCAACTCAAC
ATAAGCGCAGTAGTCAACTTCATACACGGTTGTATCTT*ATAGAACGTCGAAAATGTAGT
TCCTACTCCTTCCCCGTGGGTGACTAAGAGCAAGTTCTCTGTAGGATACTTATCAGCAAG
AGCCTTTACAATTTTAACATAACGTTCTCTACAACCTTCCACAGTCTCTTCCCATTTTGG
CATCTCTTTATAAACCATATCCACGTTATGATCAACCATCCCTTCAGGAAACAGAGCTTC
AAGATCTGATAACCTAAAGTCAAAGTTTCCATCTTTAGGTGCAACATCACGCCTTATAGC
CACTGAGTTCAACATCTCACACAGTCCATACTCAATAGCAACCTTGAGCTTAGATGTATC
AACGGAAGGGACGTCTTTGGAAGACATGGCGTTGGGGTCAACATTAACCGCGGAGAGAGC
CGAGACAACCTCGGAAGCTGTCTGGATGCAACGGAGGAAAGGGGAGACGAAGACGCGGTG
AACCGGGAACCCGATCTGAGTTCGGATCCTTTGACCGGTTCTGAAAGCTCGAATAAAACC
GTCTTGAAAGAGAGGCGGATCCCAAGGTCTGGCAGCTGTCGAGACCCAGAGCGGCTCGAA
GTTGTCGATTCGATCGCCGTGACGCATCACGAACACGTGTTGGTAGGCAGCATTGTTGTT
GGGTTTTGGAGATGAGTCCATTGTTTGTTTATGTTTTTTTT*CTCTCTTCGCTGTTGCTT
TGATGGAGTGTCC

QA 15 807 15 807
DS 

RD RR3FY93TF 660 0 0
CCCCGTGGGTGACTAAGAGCAAGTTCTCTGTAGGATACTTATCAGCCAGAGCCTTTACAA
TTTTAACATAACGTTCTCTACAATCTTCCACAGTCTCTTCCCATTTTGGCATCTCTTTAT
AAACCATATCCACGTTATGATCAACCATCCCTTCAGGAAACAGAGCTTCAAGATCTGATA
AACTGAAGTCAAAGTTTCCATCTTTAGGTGCAAGCTCACGCCTTATAGCCACTGGGTTCA
ACATCTCACACAGACCATACTCAATAGCAACCTTGAGTTTAGATGTATCAACGGAAGGGA
CGTCTTTGGAAGACATGGCGTTGGGGTCAACATTAACAGCCGAGAGAGCCGAGACAACCT
CGGAAGCTGTCTGAATGCAACGGAGGAAAGGGGAGACGAAGACGCGGTGAACCGGGAACC
CGATCTGAGATCGGATCCTTTGACCGGTTCTGAAAGCTCGAATAAAACCGTCTTGAAAGA
GAGGCGGATCCCAAGGTCTGGCAGCTGTCGAGACCCAGAGTGGCTCGAAGTTGTCGATTC
GGTCGCCGTGACGCATCACGAACACGTGTTGGTAGGCAGCATTGTTGTTGGGTTTTGGAG
ATGAGTCCATTGTTTGTTTATGTTTTTTTTTCTCTCATCGCTGTTGCTTTGATGGAGT
CC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 2 4

CO CL2625Contig1 643 2 3 U
TTCCATATTACAGGGAGAGATACGGAACATATTCAGACAAGCAATAAACGTACAATCGAT
TATAAATACATTGCAGCAATTATTCGACTCGATTCATGTAATTGACATTACTCTTCAACA
CACACTTAATATCGCATCCATCCAAGGTTAAATATCTTCAAACATAACGCAAGTACTTGA
CACAATTTATAAAGACATATCACACCAAACATGTTGTTACTTAATTAGTTTATCTCCTTT
GGTGGCTTCACAATAAGGATGGGACAGTTGGCGTGATGAGCACAGTAGTCGCTAACGCTC
CCAATAAACACTCTTCTGATCTTTCCAAGGCCACGACTACCCACAACGAGAAGATAAACG
TGCATTTGCTCAACCGCCTGGCAAATCATGTCCTTTGCGTCGCCTTCAAGCACCATAGTC
TCAGTACGTATCTGCTTGTCTCGACACATTTGGAGTGCACGCGAGAGAAGGGCTGCAGAG
GCCTCCTGTTGTGCTTTTTTCACTGACTCTATCATCGACGAAGATGCGTAGACTGCTGTT
GCGCCGCCGGGTCCTGCCGGAAAAGCAGCAAAGTGATGGGACGGAGACTGCACATGAACC
AACGTGAGCAAGCCACCTTCCGCTTGAGCCGCCTCAGTGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV49JQ U 30
AF RR3EV49TF C 1
BS 1 29 RR3EV49TF
BS 30 201 RR3EV49JQ
BS 202 643 RR3EV49TF

RD RR3EV49JQ 172 0 0
TATTCAGACAAGCAATAAACGTACAATCGATTATAAATACATTGCAGCAATTATTCGACT
CGATTCATGTAATTGACATTACTCTTCAACACACACTTAATATCGCATCCATCCAAGGTT
AAATATCTTCAAACATAACGCAAGTACTTGACACAATTTATAAAGACATATC

QA 1 172 1 172
DS 

RD RR3EV49TF 643 0 0
TTCCATATTACAGGGAGAGATACGGAACATATTCAGACAAGCAATAAACGTACAATCGAT
TATAAATACATTGCAGCAATTATTCGACTCGATTCATGTAATTGACATTACTCTTCAACA
CACACTTAATATCGCATCCATCCAAGGTTAAATATCTTCAAACATAACGCAAGTACTTGA
CACAATTTATAAAGACATATCACACCAAACATGTTGTTACTTAATTAGTTTATCTCCTTT
GGTGGCTTCACAATAAGGATGGGACAGTTGGCGTGATGAGCACAGTAGTCGCTAACGCTC
CCAATAAACACTCTTCTGATCTTTCCAAGGCCACGACTACCCACAACGAGAAGATAAACG
TGCATTTGCTCAACCGCCTGGCAAATCATGTCCTTTGCGTCGCCTTCAAGCACCATAGTC
TCAGTACGTATCTGCTTGTCTCGACACATTTGGAGTGCACGCGAGAGAAGGGCTGCAGAG
GCCTCCTGTTGTGCTTTTTTCACTGACTCTATCATCGACGAAGATGCGTAGACTGCTGTT
GCGCCGCCGGGTCCTGCCGGAAAAGCAGCAAAGTGATGGGACGGAGACTGCACATGAACC
AACGTGAGCAAGCCACCTTCCGCTTGAGCCGCCTCAGTGGTCC

QA 1 643 1 643
DS 



CO CL2625Contig2 832 2 2 U
GGGACATCATTATTGAATTAGCTAAAAAAAACTATTGGAACAGAGTCCAATGGCGGAGGA
TCAAGCAACGGCGGCGATGGAAACATTGGCGGTGGAGAAGCAGCCGGAGACGACAGCGGC
TGAAGCACCGACAGTGACAATAACAAAGAGGATGATGGTTGCTATCGACGAGAGTGATTC
GAGCTTCTATGCTCTTCAATGGGTTATTGACCATTTCTCTAACCTCTTAATGACCACTGA
GGCGGCTCAAGCGGAAGGTGGCTTGCTCACGGTGGTTCATGTGCAGTCTCCGTCCCATCA
CTTTGCTGCTTTTCCGGCTGGACCCGGCGGCGCAACAGTCTACGCATCTTCGTCGATGAT
AGAGTCAGTGAAAAAAGCACAACAGGAGGCCTCTGCAGCCCTTCTCTCGCGTGCACTCCA
AATGTGTCGAGACAAGCAGATACGTACTGAGACTATGGTGCTTGAAGGCGACGCAAAGGA
CATGATTTGCCAGGCGGTTGAGCAAATGCACGTTGATCTTCTCGTTGTGGGTAGTCGTGG
CCTTGGAAAGATCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGCGTTAGCGACTACTGTGCTCATCACGC
CAACTGTCCCATCCTTATTGTGAAGCCACCAAAGGAGATAAACTAATTAAGTAACAACAT
GTTTGGTGTGATATGTCTTTATAAATTGTGTCAAGTACTTGCGTTATGTTTGAAGATATT
TAACCTTGGATGGATGCGATATTAAGTGTGTGTTGAAGAGTAATGTCAATTACATGAATC
GAGTCGAATAATTGCTGCAATGTATGTATAATCGATTGTACGTTTATTGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FJ91TF U 1
AF RR3FJ91JQ C 109
BS 1 713 RR3FJ91TF
BS 714 832 RR3FJ91JQ

RD RR3FJ91TF 713 0 0
GGGACATCATTATTGAATTAGCTAAAAAAAACTATTGGAACAGAGTCCAATGGCGGAGGA
TCAAGCAACGGCGGCGATGGAAACATTGGCGGTGGAGAAGCAGCCGGAGACGACAGCGGC
TGAAGCACCGACAGTGACAATAACAAAGAGGATGATGGTTGCTATCGACGAGAGTGATTC
GAGCTTCTATGCTCTTCAATGGGTTATTGACCATTTCTCTAACCTCTTAATGACCACTGA
GGCGGCTCAAGCGGAAGGTGGCTTGCTCACGGTGGTTCATGTGCAGTCTCCGTCCCATCA
CTTTGCTGCTTTTCCGGCTGGACCCGGCGGCGCAACAGTCTACGCATCTTCGTCGATGAT
AGAGTCAGTGAAAAAAGCACAACAGGAGGCCTCTGCAGCCCTTCTCTCGCGTGCACTCCA
AATGTGTCGAGACAAGCAGATACGTACTGAGACTATGGTGCTTGAAGGCGACGCAAAGGA
CATGATTTGCCAGGCGGTTGAGCAAATGCACGTTGATCTTCTCGTTGTGGGTAGTCGTGG
CCTTGGAAAGATCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGCGTTAGCGACTACTGTGCTCATCACGC
CAACTGTCCCATCCTTATTGTGAAGCCACCAAAGGAGATAAACTAATTAAGTAACAACAT
GTTTGGTGTGATATGTCTTTATAAATTGTGTCAAGTACTTGCGTTATGTTTGA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3FJ91JQ 724 0 0
GACGACAGCGGCTGAAGCACCGACAGTGACAATAACAAAGAGGATGATGGTTGCTATCGA
CGAGAGTGATTCGAGCTTCTATGCTCTTCAATGGGTTATTGACCATTTCTCTAACCTCTT
AATGACCACTGAGGCGGCTCAAGCGGAAGGTGGCTTGCTCACGGTGGTTCATGTGCAGTC
TCCGTCCCATCACTTTGCTGCTTTTCCGGCTGGACCCGGCGGCGCAACAGTTTACGCATT
TTCGTCGATGATAGAGTCAGTGAAAAAAGCACAACAGGAGGCCTTTGCAGCCCTTTTCTC
GCGTGCACTCCAAATGTGTCGAGACAAGCAGATACGTACTGAGACTATGGTGCTTGAAGG
CGACGCAAAGGACATGATTTGCCAGGCGGTTGAGCAAATGCACGTTGATCTTCTCGTTGT
GGGTAGTCGTGGCCTTGGAAAGATCAGAAGAGCGTTTATTGGGAGCGTTAGCGACTACTG
TGCTCATCACGCCAACTGTCCCATCCTTATTGTGAAGCCACCAAAGGAGATAAACTAATT
AAGTAACAACATGTTTGGTGTGATATGTCTTTATAAATTGTGTCAAGTACTTGCGTTATG
TTTGAAGATATTTAACCTTGGATGGATGCGATATTAAGTGTGTGTTGAAGAGTAATGTCA
ATTACATGAATCGAGTCGAATAATTGCTGCAATGTATGTATAATCGATTGTACGTTTATT
GCTT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL2626Contig1 1141 2 2 U
GATTTGTAATTCGAAGACGATCCAAATGGGTTTCTCCAAAGATAACTTGCTTGCTCGACT
TCAGGAGCTTCAGATTGATTATTCCAAGTATGAACATCCTCCTGTTCTAACAGTTGAAGA
ACAGGCTAAGTATGTAAGTAGTAGCGAGGGGGCACTAAGTAAGAATCTCTTCTTGAAGGA
TAAGAAAAATCGTTATTACATTGTTTCAGCCATGGTGGATACAAAAGTTGACATGAAAGT
TTTATCTCAGAGACTCGGTCTGGGAAAAGGAGGAATAAGAATGGCTCCTGAGGAAGCACT
TGCTGAGCTGTTGCAGGTGACCCTTGGATGTGTTACTCCGTTTACTGTTGTAAATGAATC
AGCAAGAGATGTGTCGCTTTTGTTAGACCAAAAATTCAAGAACCAGACACGCTGCATCTT
CCACCCATTGTCTAACGAAGTCTCAATCTCTCTTAACACATCGGGTCTAGACAAGTTTCT
TCAGTCGATTGGGAGAGATCCTGTATACGTTGACCTTGAGGCTAACCCAGTGGTTGGCAA
AGACCAGCCTCCAGATCTAGCTGTTTATGTTCCGTCTCATTCAGTTGTTGTTCCCGAGCT
TCCGAACAAAGCAGCTTCTATTCAAACTCCTTCAAAGAATGTGTCAACAGAGAAAACTAA
GCCTGTTACTTCGGGTGCAGCCAAACCGAGCAAGCCAGCCCGTAATGTGAAGAGTGCCGT
GGAAAATTCAGCTCTATTAGTATTCAAGAACCCTGAGAAATTTGTGGAGGAGATTTTGGA
CAAAACATTGGCTTTGCTGTTGTTTGAGGTGAAGGGAGAGAATGTAGAAGCTTTAACAGA
AACACTGAGGAAACGTTTGGCCTCAGAGTTTACCAACCTCGCTGTTATGTACAAGAACAC
AGCTTACAGTGAAGGTTTTTACGCCGGTACGCGGTCCCAACCGAAGGGACCGTGAGAGAA
GGTTCGGTTTTTATGGTGAACCGGAGATAATTGGAGGAAAAACTACCGGTTTACTCATTT
TTTACTGTATTTTTTTTTGTTGCACAACCATTTTATTTTAGTCAAGACTAAAAATGATTT
TACTTTATGAGCTCCTCGAACCATTATTGTTTCCCAAATACAGTTTTTTTTTTCCTTTAA
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3A714TF U 1
AF RR3A714JQ C 622
BS 1 746 RR3A714TF
BS 747 1141 RR3A714JQ

RD RR3A714TF 753 0 0
GATTTGTAATTCGAAGACGATCCAAATGGGTTTCTCCAAAGATAACTTGCTTGCTCGACT
TCAGGAGCTTCAGATTGATTATTCCAAGTATGAACATCCTCCTGTTCTAACAGTTGAAGA
ACAGGCTAAGTATGTAAGTAGTAGCGAGGGGGCACTAAGTAAGAATCTCTTCTTGAAGGA
TAAGAAAAATCGTTATTACATTGTTTCAGCCATGGTGGATACAAAAGTTGACATGAAAGT
TTTATCTCAGAGACTCGGTCTGGGAAAAGGAGGAATAAGAATGGCTCCTGAGGAAGCACT
TGCTGAGCTGTTGCAGGTGACCCTTGGATGTGTTACTCCGTTTACTGTTGTAAATGAATC
AGCAAGAGATGTGTCGCTTTTGTTAGACCAAAAATTCAAGAACCAGACACGCTGCATCTT
CCACCCATTGTCTAACGAAGTCTCAATCTCTCTTAACACATCGGGTCTAGACAAGTTTCT
TCAGTCGATTGGGAGAGATCCTGTATACGTTGACCTTGAGGCTAACCCAGTGGTTGGCAA
AGACCAGCCTCCAGATCTAGCTGTTTATGTTCCGTCTCATTCAGTTGTTGTTCCCGAGCT
TCCGAACAAAGCAGCTTCTATTCAAACTCCTTCAAAGAATGTGTCAACAGAGAAAACTAA
GCCTGTTACTTCGGGTGCAGCCAAACCGAGCAAGCCAGCCCGTAATGTGAAGAGTGCCGT
GGAAAATTCAGCTCTATTAGTATTCA
GACCCTG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3A714JQ 520 0 0
TCAAACTCCTTCAAAGAATGTGTCAACAGAGAAAACTAAGCCTGTTACTTCGGGTGCAGC
CAAACCGAGCAAGCCAGCCGGTAATGTGAAGAGTGCCGTGGAAAATTCAGCTTTATTAGT
ATTCAAGAACCCTGAGAAATTTGTGGAGGAGATTTTGGACAAAACATTGGCTTTGCTGTT
GTTTGAGGTGAAGGGAGAGAATGTAGAAGCTTTAACAGAAACACTGAGGAAACGTTTGGC
CTCAGAGTTTACCAACCTCGCTGTTATGTACAAGAACACAGCTTACAGTGAAGGTTTTTA
CGCCGGTACGCGGTCCCAACCGAAGGGACCGTGAGAGAAGGTTCGGTTTTTATGGTGAAC
CGGAGATAATTGGAGGAAAAACTACCGGTTTACTCATTTTTTACTGTATTTTTTTTTGTT
GCACAACCATTTTATTTTAGTCAAGACTAAAAATGATTTTACTTTATGAGCTCCTCGAAC
CATTATTGTTTCCCAAATACAGTTTTTTTTTTCCTTTAAG

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 4

CO CL2627Contig1 892 4 3 U
GCGTGGAAGGAACCTCGGACAAAATCTTAGGAAGTGATGGCCTGACGCGTCTCACTTTCC
ATACTAACAAGGATACATATGGTCCGTATGGTATCGAAGGTAGCGCACACTTTGACTTCA
AGGCGGAAGGTCACAAGATAACGGGGTTCCATGGACGAGCTGGTGCTACTGTTACTGCTA
TTGGAGTTTACTTAGCTCCATTAGGTACCACCCCCTTAATTCCTGCAAAACCAACCAAGA
AGCTAGAAGGTGTGGGTGGTGATGGAGGAACAACGTGGGATGATGGCGCTTTCGACGGCG
TACGGAAAGTGTCTGTAGGGCAAACCTATGATGGTATAGGAGCGGTTAAGTTTGTGTACA
ACAAAGGTTCTTCAGAAATCATAGGAGATGAACATGGAAAGAGTACTCTACTCGGATTCG
AAGATTTTGAGCTTAACTATCCAAGTGAGTACATCACGGAAGTGCATGGCACATACGATA
ATATCTCAGCGAGCAACTCCGCGATCATTACCATGCTTACGTTCAAGACTAATAAGCCAG
CAACACATGGTCCCTATGGGCTTACCGCTGGCCCATCCTTCGAACTCAAAGAGGATGGCC
ACAAGATTGTTGGGTTCCATGGAAGAGCTGGTGATCTGCTTCACAAATTTGGAGTCCATG
TCCTTCCCATCAACTGATCCTGCAGATCTTGAATTAGTCACACTTTTGTGGCTCTTTGCA
CGTTTGAACTTTGAATAAGCTTATTCTGATGTTTCTTTTTTTTTT**TATTCTGATGTTT
CTTGTTTCTGTTTGTTTCATCTCTTCAGTGGTTGAAGTATTTTCTTTGTGTTATTGTTCT
GTCTTATGATGAATTTGTGATCCAATTTTAATAAAAGAAGCTTGTTCCAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EO04TF U 1
AF RR3D220TF U 135
AF RR3D220JQ C 223
AF RR3EO04JQ C 297
BS 1 728 RR3EO04TF
BS 729 787 RR3D220TF
BS 788 892 RR3D220JQ

RD RR3EO04TF 728 0 0
GCGTGGAAGGAACCTCGGACAAAATCTTAGGAAGTGATGGCCTGACGCGTCTCACTTTCC
ATACTAACAAGGATACATATGGTCCGTATGGTATCGAAGGTAGCGCACACTTTGACTTCA
AGGCGGAAGGTCACAAGATAACGGGGTTCCATGGACGAGCTGGTGCTACTGTTACTGCTA
TTGGAGTTTACTTAGCTCCATTAGGTACCACCCCCTTAATTCCTGCAAAACCAACCAAGA
AGCTAGAAGGTGTGGGTGGTGATGGAGGAACAACGTGGGATGATGGCGCTTTCGACGGCG
TACGGAAAGTGTCTGTAGGGCAAACCTATGATGGTATAGGAGCGGTTAAGTTTGTGTACA
ACAAAGGTTCTTCAGAAATCATAGGAGATGAACATGGAAAGAGTACTCTACTCGGATTCG
AAGATTTTGAGCTTAACTATCCAAGTGAGTACATCACGGAAGTGCATGGCACATACGATA
ATATCTCAGCGAGCAACTCCGCGATCATTACCATGCTTACGTTCAAGACTAATAAGCCAG
CAACACATGGTCCCTATGGGCTTACCGCTGGCCCATCCTTCGAACTCAAAGAGGATGGCC
ACAAGATTGTTGGGTTCCATGGAAGAGCTGGTGATCTGCTTCACAAATTTGGAGTCCATG
TCCTTCCCATCAACTGATCCTGCAGATCTTGAATTAGTCACACTTTTGTGGCTCTTTGCA
CGTTTGAA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3D220TF 653 0 0
G
AGATAACGGGGTTCCATGGACGATCTGGTGCTACTGTTACTGCTATTGGAGTTTACTTAG
CTCCATTAGGTACCACCCCCTTAATTCCTGCAAAACCAACCAAGAAGCTAGAAGGTGTGG
GTGGTGATGGAGGAACAACGTGGGATGATGGCGCTTTCGACGGCGTACGGAAAGTGTCTG
TAGGGCAAACCTATGATGGTATAGGAGCGGTTAAGTTTGTGTACAACAAAGGTTCTTCAG
AAATCATAGGAGATGAACATGGAAAGAGTACTCTACTCGGATTCGAAGATTTTGAGCTTA
ACTATCCAAGTGAGTACATCACGGAAGTGCATGGCACATACGATAATATCTCAGCGAGCA
ACTCCGCGATCATTACCATGCTTACGTTCAAGACTAATAAGCCAGCAACACATGGTCCCT
ATGGGCTTACCGCTGGCCCATCCTTCGAACTCAAAGAGGATGGCCACAAGATTGTTGGGT
TCCATGGAAGAGCTGGTGATCTGCTTCACAAATTTGGAGTCCATGTCCTTCCCATCAACT
GATCCTGCAGATCTTGAATTAGTCACACTTTTGTGGCTCTTTGCACGTTTGAACTTTGAA
TAAGCTTATTCTGATGTTTCTTTTTTTTTT**TATTCTGATGTTTCTTGTTT

QA 2 653 2 653
DS 

RD RR3D220JQ 670 0 0
CTGCAAAACCAACCAAGAAGCTAGAAGGTGTGGGTGGTGATGGAGGAACAACGTGGGATG
ATGGCGCTTTCGACGGCGTACGGAAAGTGTCTGTAGGGCAAACCTATGATGGTATAGGAG
CGGTTAAGTTTGTGTACAACAAAGGTTCTTCAGAAATCATAGGAGATGAACATGGAAAGA
GTACTCTACTCGGATTCGAAGATTTTGAGCTTAACTATCCAAGTGAGTACATCACGGAAG
TGCATGGCACATACGATAATATCTCAGCGAGCAACTCCGCGATCATTACCATGCTTACGT
TCAAGACTAATAAGCCAGCAACACATGGTCCCTATGGGCTTACCGCTGGCCCATCCTTCG
AACTCAAAGAGGATGGCCACAAGATTGTTGGGTTCCATGGAAGAGCTGGTGATCTGCTTC
ACAAATTTGGAGTCCATGTCCTTCCCATCAACTGATCCTGCAGATCTTGAATTAGTCACA
CTTTTGTGGCTCTTTGCACGTTTGAACTTTGAATAAGCTTATTCTGATGTTTCTTTTTTT
TTT**TATTCTGATGTTTCTTGTTTCTGTTTGTTTCATCTCTTCAGTGGTTGAAGTATTT
TCTTTGTGTTATTGTTCTGTCTTATGATGAATTTGTGATCCAATTTTAATAAAAGAAGCT
TGTTCCAATT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3EO04JQ 563 0 0
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TACAACAAAGGTTCTTCAGAAATCATAGGAGATGAACATGGAAAGAGTACTTTATTCGGA
TTCGAAGATTTTGAGCTTAACTATCCAAGTGAGTACATCACGGAAGTGCATGGCACATAC
GATAATATTTCAGCGAGCAACTCCGCGATCATTACCATGCTTACGTTCAAGACTAATAAG
CCAGCAACACATGGTCCCTATGGGCTTACCGCTGGCCCATCCTTCGAACTCAAAGAGGAT
GGCCACAAGATTGTTGGGTTCCATGGAAGAGCTGGTGATTTGCTTCACAAATTTGGAGTC
CATGTCCTTCCCATCAACTGATCCTGCAGATCTTGAATTAGTCACACTTTTGTGGCTCTT
TGCACGTTTGAACTTTGAATAAGCTTATTCTGATGTTTTTTTTTTTTTTTTTATTCTGAT
GTTTCTTGTTTCTGTTTGTTTCATCTCTTCAGTGGTTGAAGTATTTTCTTTGTGTTATTG
TTCTGTCTTATGATGAATTTGTG

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 4

CO CL2628Contig1 684 4 4 U
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AAATCATCTTTCAGTACTTAAGGTCGCTACAAAACATATGGAAGGAAAGCTCAAAAACAT
AAGGGGAAGAAAGTAGAACTAATAGCCTCCCTTGAGATCGTTGACGACGTCGTAGGGGAT
AGGAGTGACAGTCTCCAAGGTCATACCCTCAACCATGAATCCTGGCTTGGGGCCTTTAGG
TTGTCTCTTGGTGCTTATTGTATCGCCTCTGGCTTTGGCTGCGGCCTTGAGCTCATCGTT
CTTCTTGATTCTAAGTTTGAACTCCTCTGCACACCTTGACTGCTGCACGTGCTCCACACG
CACATGAAGCCTCTTCCTGATGATTATGTTACCAATCTGCTTGTTCACTTCGACACCGAC
GGCACGCTTGGTGACGTTCCAGACACGACCGGTACGACCATGGTAGAACTTGTGAGGCAT
ACCCTTGTGGATCGCACCGTTCACCTTAACATCGACGTAATCGCCGACCTTGAAGGTCCT
GAGGTAGGTGGACAATGGGATTGTACCCTTCTTCCTGAACCCCCTCGCGAACAGATCCCT
CGTCCTCGCACGAACTCCATGTCCTGCCGGCATTTTTCCTCTTGGGTGGATGCGTCAAGT
GAAACCTAAAATCGCTAGAAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR71TF C 1
AF RR3BR71JQ U 44
AF RR3CL59JQ U 53
AF RR3CL59TF C 53
BS 1 43 RR3BR71TF
BS 44 272 RR3BR71JQ
BS 273 273 RR3CL59JQ
BS 274 684 RR3BR71JQ

RD RR3BR71TF 684 0 0
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AAATCATCTTTCAGTACTTAAGGTCGCTACAAAACATATGGAAGGAAAGCTCAAAAACAT
AAGGGGAAGAAAGTAGAACTAATAGCCTCCCTTGAGATCGTTGACGACGTCGTAGGGGAT
AGGAGTGACAGTCTCCAAGGTCATACCCTCAACCATGAATCCTGGCTTGGGGCCTTTAGG
TTGTCTCTTGGTGCTTATTGTATCGCCTCTGGTTTTGGCTGCGGCCTTGAGCTCATCGTT
CTTCTTGATTCTAAGTTTGAACTCCTCTGCACACCTTGACTGCTGCACGTGCTCCACACG
CACATGAAGCCTCTTCCTGATGATTATGTTACCAATCTGCTTGTTCACTTCGACACCGAC
GGCACGCTTGGTGACGTTCCAGACACGACCGGTACGACCATGGTAGAACTTGTGAGGCAT
ACCCTTGTGGATCGCACCGTTCACCTTAACATCGACGTAATCGCCGACCTTGAAGGTCCT
GAGGTAGGTGGACAATGGGATTGTACCCTTCTTCCTGAACCCCCTCGCGAACAGATCCCT
CGTCCTCGCACGAACTCCATGTCCTGCCGGCATTTTTCCTCTTGGGTGGATGCGTCAAGT
GAAACCTAAAATCGC
TAGAAGTCC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3BR71JQ 641 0 0
AAAACTCATGCTGTTTAAAATCATCTTTCAGTACTTAAGGTCGCTACAAAACATATGGAA
GGAAAGCTCAAAAACATAAGGGGAAGAAAGTAGAACTAATAGCCTCCCTTGAGATCGTTG
ACGACGTCGTAGGGGATAGGAGTGACAGTCTCCAAGGTCATACCCTCAACCATGAATCCT
GGCTTGGGGCCTTTAGGTTGTCTCTTGGTGCTTATTGTATCGCCTCTGGTTTTGGCTGCG
GCCTTGAGCTCATCGTTCTTCTTGATTCTAAGTTTGAACTCCTCTGCACACCTTGACTGC
TGCACGTGCTCCACACGCACATGAAGCCTCTTCCTGATGATTATGTTACCAATCTGCTTG
TTCACTTCGACACCGACGGCACGCTTGGTGACGTTCCAGACACGACCGGTACGACCATGG
TAGAACTTGTGAGGCATACCCTTGTGGATCGCACCGTTCACCTTAACATCGACGTAATCG
CCGACCTTGAAGGTCCTGAGGTAGGTGGACAATGGGATTGTACCCTTCTTCCTGAACCCC
CTCGCGAACAGATCCCTCGTCCTCGCACGAACTCCATGTCCTGCCGGCATTTTTCCTCTT
GGGTGGATGCGTCAAGTGAAACCTAAAATCGCTAGAAGTCC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3CL59JQ 628 0 0
GCTGTTTAAAATCATCTTTCAGTACTTAAGGTCGCTACAAAACATATGGAAGGAAAGCTC
AAAAACATAAGGGGAAGAAAGTAGAACTAATAGCCTCCCTTGAGATCGTTGACGACGTCG
TAGGGGATAGGAGTGACAGTCTCCAAGGTCATACCCTCAACCATGAATCCTGGCTTGGGG
CCTTTAGGTTGTCTCTTGGTGCTTATTGTATCGCCTCTGGCTTTGGCTGCGGCCTTGAGC
TCATCGTTCTTCTTGATTCTAAGTTTGAACTCCTCTGCACACCTTGACTGCTGCACGTGC
TCCACACGCACATGAAGCCTCTTCCTGATGATTCTGTTACCAATCTGCTTGTTCACTTCG
ACACCGACGGCACGCTTGGTGACGTTCCAGACACGACCGGTACGACCATGGTAGAACTTG
TGAGGCATACCCTTGTGGATCGCACCGTTCACCTTAACATCGACGTAATCGCCGACCTTG
AAGGTCCTGAGGTAGGTGGACAATGGGATTGTACCCTTCTTCCTGAACCCCCTCGCGAAC
AGATCCCTCGTCCTCGCACGAACTCCATGTCCTGCCGGCATTTTTCCTCTTGGGTGGATG
CGTCAAGTGAAACCTAAAATCGC
AAGCC

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3CL59TF 628 0 0
GCTGTTTAAAATCATCTTTCAGTACTTAAGGTCGCTACAAAACATATGGAAGGAAAGCTC
AAAAACATAAGGGGAAGAAAGTAGAACTAATAGCCTCCCTTGAGATCGTTGACGACGTCG
TAGGGGATAGGAGTGACAGTCTCCAAGGTCATACCCTCAACCATGAATCCTGGCTTGGGG
CCTTTAGGTTGTCTCTTGGTGCTTATTGTATCGCCTCTGGCTTTGGCTGCGGCCTTGAGC
TCATCGTTCTTCTTGATTCTAAGTTTGAACTCCTCTGCACACCTTGACTGCTGCACGTGC
TCCACACGCACATGAAGCCTCTTCCTGATGATTCTGTTACCAATCTGCTTGTTCACTTCG
ACACCGACGGCACGCTTGGTGACGTTCCAGACACGACCGGTACGACCATGGTAGAACTTG
TGAGGCATACCCTTGTGGATCGCACCGTTCACCTTAACATCGACGTAATCGCCGACCTTG
AAGGTCCTGAGGTAGGTGGACAATGGGATTGTACCCTTCTTCCTGAACCCCCTCGCGAAC
AGATCCCTCGTCCTCGCACGAACTCCATGTCCTGCCGGCATTTTTCCTCTTGGGTGGATG
CGTCAAGTGAAACCTAAAATCGC
AAGCC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 3

CO CL2629Contig1 1042 3 34 U
ACTTAAAATTTACATGTAAATAGATAACATTGCGCCAAGCAATTGGAGTTTACAATGTGC
ATATCATTGTTCAGCAGATAACAGTTGTTCATACGACCATAACACGATAAAACAAAAGCA
ACGATAAGACTAAGAAAGCTGAAAAAGAGGAAGTGAGCAAAACAAATGGACTTTTCTTTC
TCTTTCTTTTTTTCAGCGGAAGCAAGAAGCAAACCAGTTGATGATTTTTTTTTCTTGTCC
AATTTAAGCAACTGGTGGACGAAGGACATGATCCTGAAAGGTATCGACCGAAGTAGGAGG
CATGAACTGCCACATGGCAACTCCAGGGTAACTGATGATTGGCACCATCTTGTTTCCGGG
AGCTCGGCCTTGCGCAGAAGCAAAAGCAGTTGGCATCATAGGTGGAGCTGGGAAAAAGCT
TGGTTGAGGAGCAT*CATGGCTTTCAGCTGCTGCTCCAGTTTCTCTTTCTCTGTCTTCAG
CCTCTGTTTCTCATCTCGTAGCTCGTTTTTCTCGGTCTTTAACTCTTTGATTTTGTCCTG
AAGACTTGAATTGGAGTCTTTCAAATTCTGAGCCTCGCCGCGTAGCTGTGACACCATGCG
GACAGCATCGACCAAGATTGCAGCCTTGTCTGTTTTGGGAGGATTTCCAGGCTCCAAAAT
TACACTCAATTCGGTAAACTTGTCATTCAGCCTGTCTCGGCGCTGCTTCTCTCTACATGC
TTTTGAGCTAGTGGCAGAGGATGATTCACATCTCGCCCTCTTTTTGGGGCCAGGTTCCTT
GCTGGCTTCTGAATTTCCAGCGGAACCATCAACTCCCGCGCTGGAATTGGAAGAAACGTT
TCCAAGAGGTTGTTGGTGAAGGGGCCAAGAGAAACCAGGGCCTTGGATGGTGAAGCTTCC
AAGCTCGGCATCGATCAGGTCGGATATCCAATTAGGGTTTTCGGGCGACACCATCTCCTG
AAACTCCACAGTTAGATCGAATTAGCCAAAAGCGACTTCTCTCTCCCGTTAAAATTTGAT
TGGTGGAAGGAAGCAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 10 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FY22JQ U 1
AF RR3F056JQ U 12
AF RR3F056TF C 313
BS 1 142 RR3FY22JQ
BS 143 143 RR3F056JQ
BS 144 181 RR3FY22JQ
BS 182 182 RR3F056JQ
BS 183 189 RR3FY22JQ
BS 190 192 RR3F056JQ
BS 193 235 RR3FY22JQ
BS 236 236 RR3F056JQ
BS 237 239 RR3FY22JQ
BS 240 240 RR3F056JQ
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BS 278 278 RR3F056JQ
BS 279 362 RR3FY22JQ
BS 363 363 RR3F056JQ
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BS 365 365 RR3F056JQ
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BS 435 435 RR3F056JQ
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BS 565 565 RR3F056JQ
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BS 591 591 RR3F056JQ
BS 592 637 RR3FY22JQ
BS 638 1042 RR3F056TF

RD RR3FY22JQ 637 0 0
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ATATCATTGTTCAGCAGATAACAGTTGTTCATACGACCATAACACGATAAAACAAAAGCA
ACGATAAGACTAAGAAAGCTGAGAAAGAGGAAGTGAGCAAAACAAATGGACTTTTCTTTC
T*TTTCTTT***TCAGCGGAAGCAAGAAGCAAACCAGTTGATGATTTTTTTTTCT*GTC*
AATTTAAGCAACTGGTGGACGAAGGACATGATCCTGAGAGGTATCGACCGAAGTAGGAGG
CATGAACTGCCACATGGCAACTCCAGGGTAACTGATGATTGGCACCATCTTGTTTCCGGG
AGTTTGGCCTTGCGCAGAAGCAAAAGCAGTTGGCATCATAGGTGGAGCTGGGAAAAAGCT
TGGCTGAGGAGCATTCATGGCTTTCAGCTGCCGCTCCAGCTTCTCTTTCTCTGTCTTCAG
CCTCTGTTTCTCATCTCGCAGCTCGTTTTTCTCGGTCTTTAACTCTTTGATTTTGTCCTG
AAGACTTGAATTGGAGTCTTTCAACTTCTGTGCCTCGCCGCGTAGCTGTGTCACCATGCG
GACAGCATCGACCAAGATTGCAGCCTTGTCTGTTTTG

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3F056JQ 597 0 0
G
CATGTAAATAGATAACATTGCGCCAAGCAATTGGAGTTTACAATGTGCATATCATTGTTC
AGCAGATAACAGTTGTTCATACGACCATAACACGATAAAACAAAAGCAACGATAAGACTA
AGAAAGCTGAAAAAGAGGAAGTGAGCAAAACAAATGGACTTTTCTTTTTCTTTCTTTTTT
TCAGCGGAAGCAAGAAGCAAACCAGTTGATGATTTTTTTTTTTTGTCCAATTTAAGCAAC
TGGTGGACGAAGGACATGATCCTGAAAGGTATCGACCGAAGTAGGAGGCATGAACTGCCA
CATGGCAACTCCAGGGTAACTGATGATTGGCACCATCTTGTTTCCGGGAGCTCGGCCTTG
CGCAAAAACAAAAGCAGTTGGCATCATAGGTGGAGCTGGGAAAAAGCTTGGTTGAGGAGC
AT*CATGGCTTTCAGCTGCTGCTCCAGTTTCTCTTTCTCTGTCTTCAGCCTCTGTTTCTC
ATCTCGTAACTCGTTTTTCTCGGTCTTTAACTCTTTGATTTTGTCCTGAAGACTTGAATT
GGAGTCTTTCAAATTCTGAGCCTCGCCGCGTAGCTGTGACACCATGCGGACAGCAT

QA 2 597 2 597
DS 

RD RR3F056TF 730 0 0
CATG
GCAACTCCAGGGTAACTGATGAT*GGCACCATCT*GTTTCCGGGAGCTCGGC*TTGCGCA
GAAGCAAAAGCAGTTGGCATCATAGGTGGAGCTGGGAAAAAGCTTGGTTGAGGAGCAT*C
ATGGCTTTCAGCTGCTGCTCCAGTTTCTCTTTCTCTGTCTTCAGCCTCTGTTTCTCATCT
CGTAGCTCGTTTTTCTCGGTCTTTAACTCTTTGATTTTGTCCTGAAGACTTGAATTGGAG
TCTTTCAAATTCTGAGCCTCGCCGCGTAGCTGTGACACCATGCGGACAGCATCGACCAAG
ATTGCAGCCTTGTCTGTTTTGGGAGGATTTCCAGGCTCCAAAATTACACTCAATTCGGTA
AACTTGTCATTCAGCCTGTCTCGGCGCTGCTTCTCTCTACATGCTTTTGAGCTAGTGGCA
GAGGATGATTCACATCTCGCCCTCTTTTTGGGGCCAGGTTCCTTGCTGGCTTCTGAATTT
CCAGCGGAACCATCAACTCCCGCGCTGGAATTGGAAGAAACGTTTCCAAGAGGTTGTTGG
TGAAGGGGCCAAGAGAAACCAGGGCCTTGGATGGTGAAGCTTCCAAGCTCGGCATCGATC
AGGTCGGATATCCAATTAGGGTTTTCGGGCGACACCATCTCCTGAAACTCCACAGTTAGA
TCGAATTAGCCAAAAGCGACTTCTCTCTCCCGTTAAAATTTGATTGGTGGAAGGAAGCAA
AAAAAA

QA 5 730 5 730
DS 



AS 1 4

CO CL2630Contig1 897 4 8 U
GGAAGCACGACCCTAGAAATTCAAGCCATGAGGGGTCTGATCTCCGGCGCGAAGAGGCTA
TGGACACCATCACCGCAGACGTCGATAACCACCGCCATAGCGAGAAGAAGAAGCTACAGT
GTAATACCGATGGTCATCGAGACTTCATCGCGAGGCGAGAGAGCTTACGACATCTTCTCG
CGACTGCTCAAGGAGCGTATCATCTGCATCAACGGCCCCATAAACGACGACACGTCCCAC
GTCGTCGTGGCTCAGCTCCTCTACCTCGAGTCCGAAAATCCTTCGAAGCCGATTCACATG
TACCTCAATTCACCAGGCGGACACGTCACCGCCGGCCTTGCAATCTATGATACAATGCAG
TACATTCGATCTCCAATAAGCACGATTTGTTTAGGTCAAGCCGCGTCTATGGCGTCTCTT
CTGTTGGCAGCAGGTGCTAAAGGACAGAGACGGTCACTTCCCAATGCGAGCGTCATGATT
CACCAACCTTCGGGAGGATACAGCGGACAAGCCAAGGATATGACTATCCACACGAAGCAG
ATTGTTCGTGTTTGGGATGCTTTGAACCAGCTGTACGTGAAACACACGGGGCAACCCATC
GATGTGGTTGAGAAGAACATGG*ATAGGGATCATTTCATGACTCCTGAAGAGGCTAAAGC
GTTTGGTATAATCGATGAAGTGATTGATGAGAGACCGATGGAGTTGGTCAAGGATGCTGT
TGGAGATGAAAGCAAAGATAAAAGTTAAGAGAAGCTGGTAATCAAAGTAATAAACTTTTT
TTACTCTCTCTTTTTTTCTCATTTTGCTCTTGTTAGAGAGCTATTTTTCCTTGATGATGA
TATTGATAACCTCTCGCAAACCATTTTTATTTTTCCTCGTATCAAATCCTTAAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC49TF U 1
AF RR3DS74TF U 43
AF RR3DS74JQ C 245
AF RR3FC49JQ C 271
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RD RR3FC49TF 648 0 0
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TGGACACCATCACCGCAGACGTCGATAACCACCGCCATAGCGAGAAGAAGAAGCTACAGT
GTAATACCGATGGTCATCGAGACTTCATCGCGAGGCGAGAGAGCTTACGACATCTTCTCG
CGACTGCTCAAGGAGCGTATCATCTGCATCAACGGCCCCATAAACGACGACACGTCCTAC
GTCGTCGTGGCTCAGCTCCTCTACCTCGAGTCCGAAAATCCTTCGAAGCCGATTCACATG
TACCTCAATTCACCAGGCGGACACGTCACCGCCGGCCTTGCAATCTATGATACAATGCAG
TACATTCGATCTCCAATAAGCACGATTTGTTTAGGTCAAGCTGCGTCTATGGCGTCTCTT
CTGTTGGCAGCAGGTGCTAAAGGACAGAGACGGTCACTTCCCAATGCGAGCGTCATGATT
CACCAACCTTCGGGAGGATACAGCGGACAAGCCAAGGATATGACTATCCACACGAAGCAG
ATTGTTCGTGTTTGGGATGCTTTGAACCAGCTGTACGTGAAACACACGGGGCAACCCATC
GATGTGGTTGAGAAGAACATGG*ATAGGGATCATTTCATGACTCCTGA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3DS74TF 695 0 0
TCCGGCGCGAAGAGGCTATGGACACCATCGCCGCAGACGTCGATAACCACCGCCATAGCG
AGAAGAAGAAGCTACAGTGTAATACCGATGGTCATCGAGACTTCATCGCGAGGCGAGAGA
GCTTACGACATCTTCTCGCGACTGCTCAAGGAGCGTATCATCTGCATCAACGGCCCCATA
AACGACGACACGTCCCACGTCGTCGTGGCTCAGCTCCTCTACCTCGAGTCCGAAAATCCT
TCGAAGCCGATTCACATGTACCTCAATTCACCAGGCGGACACGTCACCGCCGGCCTTGCA
ATCTATGATACAATGCAGTACATTCGATCTCCAATAAGCACGATTTGTTTAGGTCAAGCC
GCGTCTATGGCGTCTCTTCTGTTGGCAGCAGGTGCTAAAGGACAGAGACGGTCACTTCCC
AATGCGAGCGTCATGATTCACCAACCTTCGGGAGGATACAGCGGACAAGCCAAGGATATG
ACTATCCACACGAAGCAGATTGTTCGTGTTTGGGATGCTTTGAACCAGCTGTACGTGAAA
CACACGGGGCAACCCATCGATGTGGTTGAGAAGAACATGGGATAGGGATCATTTCATGAC
TCCTGAAGAGGCTAAAGCGTTTGGTATAATCGATGAAGTGATTGATGAGAGACCGATGGA
GTTGGTCAAGGATGCTGTTGGAGATGAAAGCAA
GA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3DS74JQ 639 0 0
TCGTGGCTCAGCTCCTCTACCTCGAGTCCGAAAATCCTTCGAAGCCGATTCACATGTACC
TCAATTCACCAGGCGGACACGTCACCGCCGGCCTTGCAATCTATGATACAATGCAGTACA
TTCGATCTCCAATAAGCACGATTTGTTTAGGTCAAGCCGCGTCTATGGCGTCTCTTCTGT
TGGCAGCAGGTGCTAAAGGACAGAGACGGTCACTTCCCAATGCGAGCGTCATGATTCACC
AACCTTCGGGAGGATACAGCGGACAAGCCAAGGATATGACTATCCACACGAAGCAGATTG
TTCGTGTTTGGGATGCTTTGAACCAGCTGTACGTGAAACACACGGGGCAACCCATCGATG
TGGTTGAGAAGAACATGG*ATAGGGATCATTTCATGACTCCTGAAGAGGCTAAAGCGTTT
GGTATAATCGATGAAGTGATTGATGAGAGACCGATGGAGTTGGTCAAGGATGCTGTTGGA
GATGAAAGCAAAGATAAAAGTTAAGAGAAGCTGGTAATCAAAGTAATAAACTTTTTTTAC
TCTCTCTTTTTTTCTCATTTTGCTCTTGTTAGAGAGCTATTTTTCCTTGATGATGATATT
GATAACCTCTCGCAAACCATTTTTATTTTTCCTCGTA
CC

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3FC49JQ 627 0 0
TCCGAAAATCCTTCGAAGCCGATTCACATGTACCTCAATTCACCAGGCGGACACGTCACC
GCCGGCCTTGCAATCTATGATACAATGCAGTACATTCGATCTCCAATAAGCACGATTTGT
TTAGGTCAAGCTGCGTCTATGGCGTCTCTTCTGTTGGCAGCAGGTGCTAAAGGACAGAGA
CGGTCACTTCCCAATGCGAGCGTCATGATTCACCAACCTTCGGGAGGATACAGCGGACAA
GCCAAGGATATGACTATCCACACGAAGCAGATTGTTCGTGTTTGGGATGCTTTGAACCAG
CTGTACGTGAAACACACGGGGCAACCCATCGATGTGGTTGAGAAGAACATGG*ATAGGGA
TCATTTCATGACTCCTGAAGAGGCTAAAGCGTTTGGTATAATCGATGAAGTGATTGATGA
GAGACCGATGGAGTTGGTCAAGGATGCTGTTGGAGATGAAAGCAAAGATAAAAGTTAAGA
GAAGCTGGTAATCAAAGTAATAAACTTTTTTTACTCTCTCTTTTTTTCTCATTTTGCTCT
TGTTAGAGAGCTATTTTTCCTTGATGATGATATTGATAACCTCTCGCAAACCATTTTTAT
TTTTCCTCGTATCAAATCCTTAAGACC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 4

CO CL2631Contig1 807 4 7 U
AACTCACGGAATTGTTTCTTTTATTTAAAGAAAAAGTTGCAACCACTCCGTACAGACCAA
AAGCACAACTAGTTTCTTTTATTTGGAAGGGAAAAAAAGTCCAAAAATCAACTAGAGAAA
GAGAAAGTGCTTCTCAAGCATAATGTGTCTTAGGATGCAAATAAAAAGACGAAAGTGTCT
TATGAAGTAATCCACTCATGAATTATTAGAGCTTGCCACATGACCAGACAGATCTAGTCA
AGGTAAAACAATTATTGCCACTACACCACTGATTGCAGCTGCAATTGCTCCGACCACAAA
TGCTGGTAGGTTTCCACCTCCGAACCACGAATCGAACTGTCCAGCTCCAAGCGACACCAC
CATTTGTGGTACCACGATTGCCAAATTTAAAACTCCCAGTGAAAGCCCTTGACCAGCGCC
AGAATTGCTTGAGATTATGGAAGCTAATGCAAACGGAATACTAAACGTAATAGCAAGTGG
AATACCAAGAATAGCAAAGAGAGTCAATGCACCAGCTCTAATGCCATCGGTCGGACCGGC
CAATTCACCGGCGGTTTTCCTGTGAGCTTCAGCCAACTTTGTAACCAAAACCGTCATAGC
CAAACACACTGCAAGAATAAAGTTCACAACTCCCCAAAGTCGTTTAGCACCTCCCATTAT
CCGACTATTCCATTCAATACCAAGCGACATGAATCCAAGAACGATGGCATTTATCATCAG
TCCCAACGCACCGGCTTGCACTCCTTGGTTGTAAAGCTTCTTCAAACCATCGTTCCCGCT
CGAGTCTCCACCGTACACCTCACGACC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3FU19JQ U 1
AF RR3FU19TF C 1
AF RR3AB05JQ U 5
AF RR3AB05TF C 88
BS 1 191 RR3FU19JQ
BS 192 193 RR3AB05JQ
BS 194 502 RR3FU19JQ
BS 503 503 RR3AB05JQ
BS 504 525 RR3FU19JQ
BS 526 804 RR3AB05JQ
BS 805 807 RR3AB05TF

RD RR3FU19JQ 526 0 0
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AAGCACAACTAGTTTCTTTTATTTGGAAGGGAAAAAAAGTCCAAAAATCAACTAGAGAAA
GAGAAAGTGCTTCTCAAGCATAATGTGTCTTAGGATGCAAATAAAAAGACGAAAGTGTCT
TATGAAGTAAT**ACTCATGAATTATTAGAGCTTGCCACATGACCAGACAGATCTAGTCA
AGGTAAAACAATTATTGCCACTACACCACTGATTGCAGCTGCAATTGCTCCGACCACAAA
TGCTGGTAGGTTTCCACCTCCGAACCACGAATCGAACTGTCCAGCTCCAAGCGACACCAC
CATTTGTGGTACCACGATTGCCAAATTTAAAACTCCCAGTGAAAGCCCTTGACCAGCGCC
AGAATTGCTTGAGATTATGGAAGCTAATGCAAACGGAATACTAAACGTAATAGCAAGTGG
AATACCAAGAATAGCAAAGAGATTCAATGCACCAGCTCTAATGCC
C

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3FU19TF 526 0 0
AACT
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ACAACTAGTTTCTTTTATTTGGAAGGGAAAAAAAGTCCAAAAATCAACTAGAGAAAGAGA
AAGTGCTTCTCAAGCATAATGTGTCTTAGGATGCAAATAAAAAGACGAAAGTGTCTTATG
AAGTAAT**ACTCATGAATTATTAGAGCTTGCCACATGACCAGACAGATCTAGTCAAGGT
AAAACAATTATTGCCACTACACCACTGATTGCAGCTGCAATTGCTCCGACCACAAATGCT
GGTAGGTTTCCACCTCCGAACCACGAATCGAACTGTCCAGCTCCAAGCGACACCACCATT
TGTGGTACCACGATTGCCAAATTTAAAACTCCCAGTGAAAGCCCTTGACCAGCGCCAGAA
TTGCTTGAGATTATGGAAGCTAATGCAAACGGAATACTAAACGTAATAGCAAGTGGAATA
CCAAGAATAGCAAAGAGATTCAATGCACCAGCTCTAATGCC
C

QA 5 525 5 525
DS 

RD RR3AB05JQ 800 0 0
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ACAACTAGTTTCTTTTATTTGGAAGGGAAAAAAAGTCCAAAAATCAACTAGAGAAAGAGA
AAGTGCTTCTCAAGCATAATGTGTCTTAGGATGCAAGTAAAAAGACGAAAGTGTCTTATG
AAGTAATCCACTCATGAATTATTAGAGCTTGCCACATGACCAGACAGATCTAGTCAAGGT
AAAACAATTATTGCCACTACACCACTGATTGCAGCTGCAATTGCTCCGACCACAAATGCT
GGTAGGTTTCCACCTCCGAACCACGAATCGAACTGTCCAGCTCCAAGCGACACCACCATT
TGTGGTACCACGATTGCCAAATTTAAAACTCCCAGTGAAAGCCCTTGACCAGCGCCAGAA
TTGCTTGAGATTATGGAAGCTAATGCAAACGGAATACTAAACGTAATAGCAAGTGGAATA
CCAAGAATAGCAAAGAGGGTCAATGCACCAGCTCTAATGCCATCGGTCGGACCGGCCAAT
TCACCGGCGGTTTTCCTGTGAGCTTCAGCCAACTTTGTAACCAAAACCGTCATAGCCAAA
CACACTGCAAGAATAAAGTTCACAACTCCCCAAAGTCGTTTAGCACCTCCCATTATCCGA
CTATTCCATTCAATACCAAGCGACATGAATCCAAGAACGATGGCATTTATCATCAGTCCC
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TCTCCACCGTACACCTCACG

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3AB05TF 720 0 0
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TCTTAGGATGCAAGTAAAAAGACGAAAGTGTCTTATGAAGTAATCCACTCATGAATTATT
AGAGCTTGCCACATGACCAGACAGATCTAGTCAAGGTAAAACAATTATTGCCACTACACC
ACTGATTGCAGCTGCAATTGCTCCGACCACAAATGCTGGTAGGTTTCCACCTCCGAACCA
CGAATCGAACTGTCCAGCTCCAAGCGACACCACCATTTGTGGTACCACGATTGCCAAATT
TAAAACTCCCAGTGAAAGCCCTTGACCAGCGCCAGAATTGCTTGAGATTATGGAAGCTAA
TGCAAACGGAATACTAAACGTAATAGCAAGTGGAATACCAAGAATAGCAAAGAGGGTCAA
TGCACCAGCTCTAATGCCATCGGTCGGACCGGCCAATTCACCGGCGGTTTTCCTGTGAGC
TTCAGCCAACTTTGTAACCAAAACCGTCATAGCCAAACACACTGCAAGAATAAAGTTCAC
AACTCCCCAAAGTCGTTTAGCACCTCCCATTATCCGACTATTCCATTCAATACCAAGCGA
CATGAATCCAAGAACGATGGCATTTATCATCAGTCCCAACGCACCGGCTTGCACTCCTTG
GTTGTAAAGCTTCTTCAAACCATCGTTCCCGCTCGAGTCTCCACCGTACACCTCACGACC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL2632Contig1 1266 2 4 U
GGAATTCAAAAAATATCGACATTCTCCTCTTGGTTTATTGATCGGGATCGGTCCGGATCT
CAGACCCTTGTGAGGCTCTTCAATGGCGCAGCTACTCTCCCCAGTTTGCACGGATCTTTT
GAAGTTTCAGAGCTCTGTTCTTAGCTCTAGATCGCGTTTCTCAGCCAAAACTAGCGGTGC
TACCTCGTCTTGGTGCTTACCTGCTTACACCGGAAGGCGACGAAGTGGCTCCATCGGAAG
ATTGAGAGTTGCAACAGAGGACGCTTCTTCTCTTTCCACCGGCGACGTCGCCGATGATTA
CTATGCCGTTCTCGGACTGCTTCCAGATGCGACGCCAGAGGAGATTAAGAAAGCATATTA
TAACTGTATGAAGTCTTGCCATCCTGACTTGAGTGGCAATGACCCTGAAACCACAAACTT
CTGCATGTTCATTAACGATGTCTATGAGATTCTTAGTGACCCTGTACAGAGAATGGTTTA
CGATGAGATTCATGGGTATGCAGTGACTGCCACCAATCCTTTTCTTGATGACTCTAGCCC
TAAGGATCATGTTTTTGTTGATGAGTTTGCATGTATAGGCTGCAAAAACTGTGCCAATGT
GGCTCCAGATATATTTGAGATTGAGGAGGACTTTGGAAGAGCAAGGGCTTGTAACCAGCG
TGGCAACCCTGATTTACTTCAACAAGCAGTTGAAACATGCCCGGTTGATTGTATCCATCA
GACTTCTGCGGCACAGTTGTCTTTGCTTGAAGATGAAATGCGTAGGGTTGAAAGAGTTAA
TGTTGCTCTGATGCTTTCTGGAATGGGGTCAGGAGCAGTTGATGTTTTCAGAATGGCGAG
ATCTCGATGGGAAAAAAGGCAAGCAAAAGTTTTGAATCAAGCTAGAAGTAGAATGATGAA
GCGGAAAAGCACAGATGAAACACCTTCCTATTGGGATAACCTCTGGGGCAAAGATAATCA
ATACCAGAAAAGCGAGGAAGAAGTACAAGAACGAGCTCAACGAGCCGCAGCAGCAGCCAG
AAGATGGAGGGAGTACTCACGAAGAGGCGTGGATAAACGCCCCACGTTCAAACTCCCTGA
CTCCTCATCCTCCAGAGGAGACAACTGAAACCACCCTCCAGACATGAATCTTAATGGTAG
TAAAGTATATATGTAATAACTTCACCGTTCCTAGACTTGTATAGCTCTCTTCCCATATCG
ATTTGTGGAAGAATAAAAACAAGTGTATTAAACGTTTTCATTTTCATGTATGATATACTC
TTATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3DG24TF U 1
AF RR3DG24JQ C 452
BS 1 694 RR3DG24TF
BS 695 695 RR3DG24JQ
BS 696 732 RR3DG24TF
BS 733 1266 RR3DG24JQ

RD RR3DG24TF 732 0 0
GGAATTCAAAAAATATCGACATTCTCCTCTTGGTTTATTGATCGGGATCGGTCCGGATCT
CAGACCCTTGTGAGGCTCTTCAATGGCGCAGCTACTCTCCCCAGTTTGCACGGATCTTTT
GAAGTTTCAGAGCTCTGTTCTTAGCTCTAGATCGCGTTTCTCAGCCAAAACTAGCGGTGC
TACCTCGTCTTGGTGCTTACCTGCTTACACCGGAAGGCGACGAAGTGGCTCCATCGGAAG
ATTGAGAGTTGCAACAGAGGACGCTTCTTCTCTTTCCACCGGCGACGTCGCCGATGATTA
CTATGCCGTTCTCGGACTGCTTCCAGATGCGACGCCAGAGGAGATTAAGAAAGCATATTA
TAACTGTATGAAGTCTTGCCATCCTGACTTGAGTGGCAATGACCCTGAAACCACAAACTT
CTGCATGTTCATTAACGATGTCTATGAGATTCTTAGTGACCCTGTACAGAGAATGGTTTA
CGATGAGATTCATGGGTATGCAGTGACTGCCACCAATCCTTTTCTTGATGACTCTAGCCC
TAAGGATCATGTTTTTGTTGATGAGTTTGCATGTATAGGCTGCAAAAACTGTGCCAATGT
GGCTCCAGATATATTTGAGATTGAGGAGGACTTTGGAAGAGCAAGGGCTTGTAACCAGCG
TGGCAACCCTGATTTACTTCAACAAGCAGTTGAA*CATGCCCGGTTGATTGTATCCATCA
GACTTCTGCGGC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3DG24JQ 815 0 0
CTTAGTGACCCTGTACAGAGAATGGTTTACGATGAGATTCATGGGTATGCAGTGACTGCC
ACCAATCCTTTTCTTGATGACTCTAGCCCTAAGGATCATGTTTTTGTTGATGAGTTTGCA
TGTATAGGCTGCAAAAACTGTGCCAATGTGGCTCCAGATATATTTGAGATTGAGGAGGAC
TTTGGAAGAGCAAGGGCTTGTAACCAGCGTGGCAACCCTGATTTACTTCAACAAGCAGTT
GAAACATGCCCGGTTGATTGTATCCATCAGACTTCTGCGGCACAGTTGTCTTTGCTTGAA
GATGAAATGCGTAGGGTTGAAAGAGTTAATGTTGCTCTGATGCTTTCTGGAATGGGGTCA
GGAGCAGTTGATGTTTTCAGAATGGCGAGATCTCGATGGGAAAAAAGGCAAGCAAAAGTT
TTGAATCAAGCTAGAAGTAGAATGATGAAGCGGAAAAGCACAGATGAAACACCTTCCTAT
TGGGATAACCTCTGGGGCAAAGATAATCAATACCAGAAAAGCGAGGAAGAAGTACAAGAA
CGAGCTCAACGAGCCGCAGCAGCAGCCAGAAGATGGAGGGAGTACTCACGAAGAGGCGTG
GATAAACGCCCCACGTTCAAACTCCCTGACTCCTCATCCTCCAGAGGAGACAACTGAAAC
CACCCTCCAGACATGAATCTTAATGGTAGTAAAGTATATATGTAATAACTTCACCGTTCC
TAGACTTGTATAGCTCTCTTCCCATATCGATTTGTGGAAGAATAAAAACAAGTGTATTAA
ACGTTTTCATTTTCATGTATGATATACTCTTATGT

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 4

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AGAGAGAGAAAGATATTCACAAACGGAAGCAAACGCTGTTCCTGAATTTACATGCTTTGG
TTGCAGACAAGTTAACTCAAAAGTCAGTATAACATACTATGTAGGGAACTTTTCCAGAAC
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CTTGAGCGTTCTTCCCCCTTTCATGGAAGTTCCTTGTTTTGACGAGTCTTAGTTTCAACC
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ATCTTTCCAGGTTCAGATTGGGAACATAAGAAGCCCATAATGCTTTCATGCGTGATTTTG
CTATTGGGAAGACGAGGATTGCCATTCGTAAACAGACAAACAGCAGAGAGAGTACCAAGA
ACGGATCTCGTTTGAATATTTCACTAATAGATGCCCCATTGCGTAACCATGTGATCAGGT
TGTCATCGGTAGCGTCTAAGGTGGTTGCTGGTTCCGCTTCAGCCACATACTGGACAGGTT
TGAGACCTGTTGATTCTTCATAAAACTCAATCAGGGAAGTAAGATCCTTCCGACCACGGT
ATCGCGCCTTAAAAGTTTGGTTTACCATCAGGATTGAAGGTAAGCTATGGATACCATACC
TTGAAAATACAGATGGTAGGGCTTGAGAATGTTCAACAGATAGGTGCTGTATCTGAGGGA
ACATGGAACTCAACATATCAAACTTAGGTCACACCGCACGTGAGAACGGGCACCAAGAAG
CATAAAACAGCACAGACATAAAAGCATTTCCATCATGGTTCAAAGCCATTAACCTGTCCA
GCGAGTCCCCATCTACCTTTATAGGAGGGCTTGGATGGAGAGAAAGAGGGCATTTCGAGT
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CAATTTGGGGCAAATCGTAGATTCGAAAAGGTTAAAAAAAAAAGTTCCGGAGATATTTTC
GGGGTTTTGAACCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GB94JQ U 1
AF RR3AX83JQ U 174
AF RR3GB94TF C 486
AF RR3AX83TF C 671
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AAACTTTAAAGCTTATCTCTTTCCAATGCTGACAAGATAACTAGAAGGATCTCCCAAGGA
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CTTGAGCGTTCTTCCCCCTTTCATGGAAGTTCCTTGTT

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DS 

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TTCAACCATAGCCTCCTCACATCGACCATGTGAAGAGCACGGCTGAACACTTGGCTTACC
TCTCCAAATCTTTCCAGGTTCAGATTGGGAACATAAGAAGCCCATAATGCTTTCATGCGT
GATTTTGCTATTGGGAAGACGAGGATTGCCATTCGTAAACAGAGAAACAGCAGAGAGAGT
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ACAGGTTTGAGACCTGTTGATTCTTCATAAAACTCAATCAGGGAAGTAAGATCCTTCCGA
CCACGGTATCGCGCCTTAAAAGTTTGGTTTACCATCAGGATTGAAGGTAAGCTATGGATA
CCATACCTTGAAAATACAGATGGTAGGGCTTGAGAATGTTCAACAGATAGGTGCTGTATC
TGAGGGAACATGGAACTCAACATATCAAACTTAGGTCACACCGCACGTGAGAACGGGCAC
CAAGAAGCATAAAACAGCACAGACATAAAAGCATTTCCATCATGGTTCAAAGCCATTAAC
CTGTCCAGCGAGTCCCCATCTACCT

QA 1 805 1 805
DS 

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T
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CTCGTTTGAATATTTCACTAATAGATGCCCCATTGCGTAACCATGTGATCAGGTTGTCAT
CGGTAGCGTCTAAGGTGGTTGCTGGTTCCGCTTCAGCCACATACTGGACAGGTTTGAGAC
CTGTTGATTCTTCATAAAACTCAATCAGGGAAGTAAGATCCTTCCGACCACGGTATCGCG
CCTTAAAAGTTTGGTTTACCATCAGGATTGAAGGTAAGCTATGGATACCATACCTTGAAA
ATACAGATGGTAGAGCTTGAGAATGCTCAACAGCTAGGTGCTGTATCTGAGGGAACATGG
AACTCAACATATCAAACTTAGGTCGCACCGCACGTGAGAACGGGCACCAAGAAGCATAAA
ACAGCACAGACATAAAAGTATTTCCATCATGGTTCAAAGCCATTAACCTGTCCAGCGAGT
CCCCATCTACCTTTATAGGAGGGCTTGGATGGAGAGAAAGAGGGCATTTCGAGTGTAGAT
CGAACCGAAACAGCTTGAATTCGTGATTGCAGACGGAGAAGTCAACGGGAGATGAAGCGA
GCCCAGAAGGAAAGCATGACACAGCTATCACACAGAAGAGGAGAATTGGAACGTGGAGAT
CCATGGAGCTTTGATTGCAATTCAAAGAGCAAGGAGAAACAAAGGTAGGATCGAATCGAA
GGATTGAGATAAGATCAAAACCT
CC

QA 2 744 2 744
DS 

RD RR3AX83TF 666 0 0
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AAAAGTTTGGTTTACCATCAGGATTGAAGGTAAGCTATGGATACCATACCTTGAAAATAC
AGATGGTAGGGCTTGAGAATGTTCAACAGATAGGTGCTGTATCTGAGGGAACATGGAACT
CAACATATCAAACTTAGGTCACACCGCACGTGAGAACGGGCACCAAGAAGCATAAAACAG
CACAGACATAAAAGCATTTCCATCATGGTTCAAAGCCATTAACCTGTCCAGCGAGTCCCC
ATCTACCTTTATAGGAGGGCTTGGATGGAGAGAAAGAGGGCATTTCGAGTGTAGATCGAA
CCGAAACAGCCTGAATTCGTGATTGCAGACGGAAAAGTCAACGGGAGATGAAGCGAGCCC
AGAAGGAAAGCATGACACAGCTATCACACAGAAGAGGAGAATTGGAACGTGGAGATCCAT
GGAGCTTTGATTGCAATTCAAAGAGCAAGGAGAAACAAAGGTAGGATCGAATCGAAGGAT
TGAGATAAGATCAAAACCTAATTTCTCAAGAATCAGAACATCTATTAGGACAATTTGGGG
CAAATCGTAGATTCGAAAAGGTTAAAAAAAAAAGTTCCGGAGATATTTTCGGGGTTTTGA
ACCCCC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 3

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ACACGATGGAGAAGAGGACGATATACTCATGGGGAGCATCGATTGTAATCTTCCTCGTTC
TCATGATCGTCACTCCAACCATCCCTCAATCTCAAGCCTATCACGATTTCGCCGATCAAC
GCTCCTTCTTCGGGATTCCGAATGCTCTCAACGTCATCTCCAACTTCCCTTTCCTCATCA
TCGGCCTTCTCGGTCTCGTCCTCTGCTTTTACCCCGATGATTACTTCAGATTCAGTTTGC
GAGGTGAGAAGTTGGGATGGACTTGCTTTTTCATCGGTGTGGCGGCTGTTGCTTTCGGAT
CTTCTTACTATCATCTCCACCCTGACGATGCTCGCCTCGTCTGGGATCGCCTTCCTATGA
CTATTGCCTTCACGTCCATCATGGCTATATTTGTGATCGAGAGGATTGATGAGCACAAGG
GTACTTACTCCATCGTCCCTTTGCTTCTCGTTGGCCTTGTTAGCATTCTCTACTGGAGGT
TTTTCGATGATCTTCGTCCGTATGCTTTAGTCCAGTTTGTTCCCTGCATTGTCATTCCAC
TTATGGCTATCCTCTTACCTCCAATGTATACACATTCCACCTATTGGCTCTGGGCTGCAG
GATTCTATCTCTTAGCTAAGGTGGAAGAGGCTGCAGATAAGCCGATATATAGCTGGACGC
ATCATATTCTTAGTGGTCATTCTATAAAGCATTTGTGTGCTACTATGGTCCCTGTCTTCC
TTACCCTCATGCTCGCTAAAAGAAGCGTTCAAACCGAGAGGATTAGCTTGTATACGACAT
GGAAGATATCATGGAAGAGGAGTAGAGGAAAGGGATCAGAGGAAGAGAGCTTCGAGTGTA
CCTACTCCAACGTAGCAGTCGAAGAGACTCGATAGGTTGTGTTGGTGGTTAATGTAAGAT
CCATCTTTTACTTTTGATATTGTGTGTGTTTAAGATCATTGACAAATGGAGCTTAGTTAT
AGCCGTATAGGTGGGGTAGAGGTTGGTAATTCAAATGGAAAACTCATGATCTTGTGTATT
CTTATTACATTTCATAGTGGTAACAACACTTTGATGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3DU75TF U 1
AF RR3C918TF U 41
AF RR3DU75JQ C 432
BS 1 674 RR3DU75TF
BS 675 1118 RR3DU75JQ

RD RR3DU75TF 679 0 0
GGACTGAACCAAAAAAAGGAAGAGGAATAGTCAAAACGCTCTGAATCTCTCTCAGAAGAA
ACACGATGGAGAAGAGGACGATATACTCATGGGGAGCATCGATTGTAATCTTCCTCGTTC
TCATGATCGTCACTCCAACCATCCCTCAATCTCAAGCCTATCACGATTTCGCCGATCAAC
GCTCCTTCTTCGGGATTCCGAATGCTCTCAACGTCATCTCCAACTTCCCTTTCCTCATCA
TCGGCCTTCTCGGTCTCGTCCTCTGCTTTTACCCCGATGATTACTTCAGATTCAGTTTGC
GAGGTGAGAAGTTGGGATGGACTTGCTTTTTCATCGGTGTGGCGGCTGTTGCTTTCGGAT
CTTCTTACTATCATCTCCACCCTGACGATGCTCGCCTCGTCTGGGATCGCCTTCCTATGA
CTATTGCCTTCACGTCCATCATGGCTATATTTGTGATCGAGAGGATTGATGAGCACAAGG
GTACTTACTCCATCGTCCCTTTGCTTCTCGTTGGCCTTGTTAGCATTCTCTACTGGAGGT
TTTTCGATGATCTTCGTCCGTATGCTTTAGTCCAGTTTGTTCCCTGCATTGTCATTCCAC
TTATGGCTATCCTCTTACCTCCAATGTATACACATTCCACCTATTGGCTCTGGGCTGCAG
GATTCTATCTCTTA
GCTAA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3C918TF 634 0 0
GG
GAATCTCTCTCAGAAGAAACACGATGGAGAAGAGGACGATATACTCATGGGGAGCATCGA
TTGTAATCTTCCTCGTTCTCATGGTCGTCACTCCAACCATCCCTCAATCTCAAGCCTATC
ACGATTTCGCCGATCAACGCTCCTTCTTCGGGATTCCGAATGCTCTCAACGTCATCTCCA
ACTTCCCTTTCCTCATCATCGGCCTTCTCGGTCTCGTCCTCTGCTTTTACCCCGATGATT
ACTTCAGATTCAGTTTGCGAGGTGAGAAGTTGGGATGGACTTGCTTTTTCATCGGTGTGG
CGGCTGTTGCTTTCGGATCTTCTTACTATCATCTCCACCCTGACGATGCTCGCCTCGTCT
GGGATCGCCTTCCTATGACTATTGCCTTCACGTCCATCATGGCTATATTTGTGATCGAGA
GGATTGATGAGCACAAGGGTACTTACTCCATCGTCCCTTTGCTTCTCGTTGGCCTTGTTA
GCATTCTCTACTGGAGGTTTTTCGATGATCTTCGTCCGTATGCTTTAGTCCAGTTTGTTC
CCTGCATTGTCATTCCACTTATGGCTATCCTCTTACCTCCAATGTATACACATTCCACCT
ATTGGCTCTGGGCTGCAGGATTCTATCTCTTA

QA 3 634 3 634
DS 

RD RR3DU75JQ 687 0 0
ACG
TCCATCATGGCTATATTTGTGATCGAGAGGATTGATGAGCACAAGGGTACTTACTCCATC
GTCCCTTTGCTTCTCGTTGGCCTTGTTAGCATTCTCTACTGGAGGTTTTTCGATGATCTT
CGTCCGTATGCTTTAGTCCAGTTTGTTCCCTGCATTGTCATTCCACTTATGGCTATCCTC
TTACCTCCAATGTATACACATTCCACCTATTGGCTCTGGGCTGCAGGATTCTATCTCTTA
GCTAAGGTGGAAGAGGCTGCAGATAAGCCGATATATAGCTGGACGCATCATATTCTTAGT
GGTCATTCTATAAAGCATTTGTGTGCTACTATGGTCCCTGTCTTCCTTACCCTCATGCTC
GCTAAAAGAAGCGTTCAAACCGAGAGGATTAGCTTGTATACGACATGGAAGATATCATGG
AAGAGGAGTAGAGGAAAGGGATCAGAGGAAGAGAGCTTCGAGTGTACCTACTCCAACGTA
GCAGTCGAAGAGACTCGATAGGTTGTGTTGGTGGTTAATGTAAGATCCATCTTTTACTTT
TGATATTGTGTGTGTTTAAGATCATTGACAAATGGAGCTTAGTTATAGCCGTATAGGTGG
GGTAGAGGTTGGTAATTCAAATGGAAAACTCATGATCTTGTGTATTCTTATTACATTTCA
TAGTGGTAACAACACTTTGATGTT

QA 4 687 4 687
DS 



AS 1 3

CO CL2635Contig1 1006 3 9 U
GGGCTTTGATAAATATCATTAATAAAATCATACATTTAATGATAAATCTATCATAATATG
AGAAAAGGAAACAGAAAGAGCTAGGGTGAGATGCTGTAAATTACAATCAACTCATCTCCT
AGTCTCTTGTGTATATCCATACATCTCTATTGATTTGGGTGAGAGTATTCCTAAGGATCT
GAATACGTGATCAAGTGTGTTTGTGTTCTAGAGTAACAATAAGCTATAACCATTTGACTG
ATGCCTCCTCCAAATGTCTCCCACTCACTCATCATCACCTCCTTCCTCCGCGTTGTCCTG
CTCTTCGACCTGGGTTTCTTGAAAACTGGATCTGCAAATTTTTGGAGTCCGGTTCATTTT
CATCCATTCTATAGCCTTGCAGGGCGGTACGAGCAGTTGCTGCACATGCAGGGCTTTCAA
AATCAACAAAACATAGAACAACAGGATCTCCATTCCTTTGCTTTGTATCTTTGGTCACAA
GTCTCGCTTCTTTATATCCCAAAAACGGTCGAAATATATGAGATACTTCCCTCCTGGAGC
AATTAGAAGGAAGTCCTTCAACAAAAAGAGTGTTGGATGCATCTGGAGGCAGACGAAGCA
GTTCCCGTCCAGGTCTACCAACTAAATCTTGTTGACCAAAACCCAAATCTCGACCATTTG
GAGGCCCAAAATCTGGATGCTGAACTCCACCACGCCCAGACATAAGCTCACCCATGTCAC
CTCCTCTGCCGACACCATGAAACCGACCAGATTCTTCAGATGGCCTAGAAGACGTTTGCG
CACTCTGAAGGTAGCGATCATAAGCTGAGCCAATAGTTCTCGTATCTCTTACTGAATGAA
GGATACCTCTATCCTCATCCCGTGACACGTAATCATGTTCGAAGTCAGAACGGTGACGTT
TCAGAGGACCTCCGTGGGGGATCGACGACATCGGAGGCTGGTTCCAGTACCCATCTCCCA
TTGACGACGACTGAAACAATACTTTCTAATTTTCGCCCGATTTCCC


BQ
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AF RR3BC92JQ U 1
AF RR3GB88JQ U 1
AF RR3BC92TF C 205
BS 1 152 RR3BC92JQ
BS 153 153 RR3GB88JQ
BS 154 210 RR3BC92JQ
BS 211 211 RR3GB88JQ
BS 212 435 RR3BC92JQ
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BS 437 562 RR3BC92JQ
BS 563 705 RR3GB88JQ
BS 706 1006 RR3BC92TF

RD RR3BC92JQ 562 0 0
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AGTCTCTTGTGTATATCCATACATCTCTATTGCTTTGGGTGAGAGTATTCCTAAGGATCT
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CTCTTCGACCTGGGTTTCTTGAAAACTGGATCTGCAAATTTTTGGAGTCCGGTTCATTTT
CATCCATTCTATAGCCTTGCAGGGCGGTACGAGCAGTTGCTGCACATGCAGGGCTTTCAA
AATCAACAAAACATAAAACAACAGGATCTCCATTCCTTTGCTTTGTATCTTTGGTCACAA
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AATTAGAAGGAAGTCCTTCAAC

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3GB88JQ 705 0 0
GGGCTTTGATAAATATCATTAATAAAATCATACATTTAATGATAAATCTATCATAATATG
AGAAAAGGAAACAGAGAGAGCTAGGGTGAGATGCTGTAGATTACAATCAACTCATCTCCT
AGTCTCTTGTGTATATCCATACATCTCTATTGATTTGGGTGAGAGTATTCCTAAGGATCT
GAATACGTGATCAAGTGTGTTTGTGTTCTAGAGTAACAATAAGCTATAACCATTTGACTG
ATGCCTCCTCCAAATGTCTCCCACTCACTCATCATCACCTCCTTCCTCCGCGTTGTCCTG
CTCTTCGACCTGGGTTTCTTGAAAGCTGGATCCGCAAATTTTTGGAGTCCGGTTCATTTT
CATCCATTCTATAGCCTTGCAGGGCGGTACGAGCAGTTGCTGCACATGCAGGGCTTTCAA
AATCAGCAAAACATAGAACAACAGGATCTCCATTCCTTTGCTTTGTATCTTTGGTCACAA
GTCTCGCTTCTTTATATCCCAAAAACGGTCGAAATATATGAGATACTTCCCTCCTGGAGC
AATTAGAAGGAAGTCCTTCAACAAAAAGAGTGTTGGATGCATCTGGAGGCAGACGAAGCA
GTTCCCGTCCAGGTCTACCAACTAAATCTTGTTGACCAAAACCCAAATCTCGACCATTTG
GAGGCCCAAAATCTGGATGCTGAACTCCACCACGCCCAGACATAA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3BC92TF 802 0 0
GTTCTAGAGTAACAATAAGCTATAACCATTTGACTGATGCCTCCTCCAAATGTCTCCCAC
TCACTCATCATCACCTCCTTCCTCCGCGTTGTC*TGCTCTTCGACCTGGGTTTCTTGAAA
ACTGGATCTGCAAATTTTTGGAGTCCGGTTCATTTTCATCCATTCTATAGCCTTGCAGGG
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DS 



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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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DS 

RD RR3BA85TF 795 0 0
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A866JQ U 1
AF RR3FA44JQ U 67
BS 1 228 RR3A866JQ
BS 229 229 RR3FA44JQ
BS 230 278 RR3A866JQ
BS 279 279 RR3FA44JQ
BS 280 427 RR3A866JQ
BS 428 428 RR3FA44JQ
BS 429 492 RR3A866JQ
BS 493 493 RR3FA44JQ
BS 494 854 RR3A866JQ
BS 855 888 RR3FA44JQ

RD RR3A866JQ 854 0 0
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AGGTATGAAGGTCAACTCAATTTTAATTAAAAATTCATCAATCTGGCACATTTACAATTA
GAGACATATTATAAACTCTAACGAATATCCAAAGACTGGATGGCGAGTTTGGCTGCAATT
GAAGAAATGTTATCCTTGATGAGTCCCATTGAAAGTTTTAACCTCTCCGTTGTATCTTTT
ATATCCATTGCCTTTAATTTCTCCTGTTGTAACCTTGATAGTTCCGACGGTGTGACTCCG
GAAACCGGTTGAAACGCAGCGAATGATAAACGTTCTTGAAGGGAAGGAAAAAAGGATTCT
TCACATTCTCCCGGTGGCTCATCTTCAGCCCATTTCAAAGAGTTAAAGAGACGAGTTTGA
AGCAGCGGGTCATCTGGAGCCTTAAGTTTGATCTCCAAGCTGTTGAGATTCTTGATAGAT
TCCTTTAGGTTGTATATTTTTGAGGTTATTTCATCGCTGCTCTCATAATTAAAACGATCT
TGTATTGGTCTGACCTCTCCAGACAAATAAGGATCTGCCCCTAAAATTCTCGAAATCTTC
ACACGACCAGCTCCTCTAATCGAGACAAGTGCTCCAATGTCTAATCTCTCGACATTTTCA
ATAAGTACTAAGCAGCCATATCGAGCAGCAAAGGATGCTTCTGTTGCTTCCTCACTAATC
GAAATAGGATCGAGAATGAAATGAACAAACATATTCTTCTTTCTTTTCATCGACTCTTCA
AGTAGTGCCAAGTATCTTGCTTCGTACAAATGCAATGTTTTACTCTCCGTTGGTACAAGA
ACCTCGCTCATGCT

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR3FA44JQ 822 0 0
GGAGGTCATT
TCAATTTTAATTAAAAATTCATCAATCTGGCACATTTACAATTAGAGACATATTATAAAC
TCTAACGAATATCCAAAGACTGGATGGCGAGTTTGGCTGCAATTGAAGAAATGTTCTCCT
TGATGAGTCCCATTGAAAGTTTTAACCTCTCCATTGTATCTTTTATATCCATTGCCTTTA
ATTTCTCCTGTTGTAACCTTGACAGTTCCGACTGTGTGACTCCTGAAACCGGTTGAAACG
CAGCGAATGATAAACGTTCTTGAAGGGAAGGAAAAAAGGATTCTTCACATTCTCCCGGTG
GCTCATCTTCAGCCCATTTCAAAGAGTTAAAGAGACGAGTTTGAAGCAGCGAGTCATCTG
GAGCCTTAAGTTTGATCTCCAAGCTGTTGAGATTCTTGATAGATTCCTTTAGGTTGGATA
TTTTTGAGGTTATTTCATCGCTGCTCTCATAATTAAAACGATCTTGTATTGGTCTGACCT
CTCCAGACAAATAAGGATCTGCCCCTAGAATTCTCGAAATCTTCACACGACCAGCTCCTC
TAATCGAGACAAGTGCTCCAATGTCTAATCTCTCGACATTTTCAATAAGTACTAAGCAGC
CATATCGAGCAGCAAAGGATGCTTCTGTTGCTTCCTCACTAATCGAAATAGGATCGAGAA
TGAAATGAACAAACATATTCTTCTTTCTTTTCATCGACTCTTCAAGTAGTGCCAAGTATC
TTGCTTCGTACAAATGCAATGTTTTACTCTCCGTTGGTACAAGAACCTCGCTCATGCTGA
AGGAGAAGAGAAGATCGAGTGACTTGGCGACA

QA 11 822 11 822
DS 



AS 1 4

CO CL2638Contig1 958 4 8 U
GGCTAGCCGTTGCTTACCCTCACCGTCTCTGGTTCCTTAATAATCCTCCCGGCGATCCTG
GGAAGAAGAGAGAAAGAAAGAGTGTAAAGCAAAGAGAGAATGATCCGCACAACTCTGCTG
TTCCTTATCATCGTCTTCTGGACGCAAGTACTACATGCGCAGCTTGTGCCGCCGGCGAGG
CCCGATGGTTTCGTTTACCCACCGGGTCGTCGCGTTGACCCGGATAGCATACTGATCGAG
GCGTTTTTTGACCCGGTTTGTCCGGATAGTAGAGACGCTTGGCCGCCTCTGAAGCAAGTG
TTTCAACGCTACGGATCTCGCGTTTCTTTTCTACTTCACCTCCTCCCTTTACCGTATCAT
GACAATGCATACTTAAGCTCTCGGGCTTTACACATTGTGAATGCTTTGAACGCCAATGCT
ACGTTCAGTTTACTGGAAGGCTTCTTTGAGCATCAGGCATTGTTCTACAACGCCCAAACA
CAACTCCTGTCAAGACCCGAAGTTGTGGAAAAAATTGTCAAGCTTGGAACAGGAACGTTA
GGAAACTCGTATCAACATGTTCTCAAATCCGGCTTCAACAATACAATATCAGACCGTGCA
ACCAGAGTTTCCTTCAAGTATAGCGCTTCAAGAGGGG*TTTATGGAACACCAACCTTCTA
CGTCAATGGGTTCGTATTGCCAGATGCTGGTTCTCCCTTAGATTTTGGAGGATTGAGAAA
AGTTATTGATCCTCTGGTTCAAACACACAAGGTCCAGATGCAAGATGGTATCATTACCTC
CCTTTGATAAGTGCTTTTGCTAATGAACTAGTATCAAATAAAAAAGAGCGCTTTTGATAT
GTCTTGGTGACGACCATCTGTAAAAGTGTAAAGTAAATATACTCGGTCAAACCCATCTGT
TGTACATTGTAAACTCTCTGTAATGTATCTGTAGATTGACCTCCGTCATCTCTGACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH48TF U 71
AF RR3CP19TF U 1
AF RR3CP19JQ C 177
AF RR3DH48JQ C 315
BS 1 637 RR3CP19TF
BS 638 638 RR3DH48TF
BS 639 710 RR3CP19TF
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RD RR3DH48TF 593 0 0
G
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CGTCTTCTGGACGCAAGTACTACATGCGCAGCTTGTGCCGCCGGCGAGGCCCGATGGTTT
CGTTTACCCACCGGGTCGTCGCGTTGACCCGGATAGCATACTGATCGAGGCGTTTTTTGA
CCCGGTTTGTCCGGATAGTAGAGACGCTTGGCCGCCTCTGAAGCAAGTGTTTCAACGCTA
CGGATCTCGCGTTTCTTTTCTACTTCACCTCCTCCCTTTACCGTATCATGACAATGCATA
CTTAAGCTCTCGGGCTTTACACATTGTGAATGCTTTGAACGCCAATGCTACGTTCAGTTT
ACTGGAAGGCTTCTTTGAGCATCAGGCATTGTTCTACAACGCCCAAACACAACTCCTGTC
AAGACCCGAAGTTGTGGAAAAAATTGTCAAGCTTGGAACAGGAACGTTAGGAAACTCGTA
TCAACATGTTCTCAAATCCGGCTTCAACAATACAATATCAGACCGTGCAACCAGAGTTTC
CTTCAAGTATAGCGCTTCAAGAGGGG*TTTATGGAACACCAACCTTCTACGT

QA 2 593 2 593
DS 

RD RR3CP19TF 745 0 0
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GGAAGAAGAGAGAAAGAAAGAGTGTAAAGCAAAGAGAGAATGATCCGCACAACTCTGCTG
TTCCTTATCATCGTCTTCTGGACGCAAGTACTACATGCGCAGCTTGTGCCGCCGGCGAGG
CCCGATGGTTTCGTTTACCCACCGGGTCGTCGCGTTGACCCGGATAGCATACTGATCGAG
GCGTTTTTTGACCCGGTTTGTCCGGATAGTAGAGACGCTTGGCCGCCTCTGAAGCAAGTG
TTTCAACGCTACGGATCTCGCGTTTCTTTTCTACTTCACCTCCTCCCTTTACCGTATCAT
GACAATGCATACTTAAGCTCTCGGGCTTTACACATTGTGAATGCTTTGAACGCCAATGCT
ACGTTCAGTTTACTGGAAGGCTTCTTTGAGCATCAGGCATTGTTCTACAACGCCCAAACA
CAACTCCTGTCAAGACCCGAAGTTGTGGAAAAAATTGTCAAGCTTGGAACAGGAACGTTA
GGAAACTCGTATCAACATGTTCTCAAATCCGGCTTCAACAATACAATATCAGACCGTGCA
ACCAGAGTTTCCTTCAAGTATAGCGCTTCAAGAGGGGGTTTATGGAACACCAACCTTCTA
CGTCAATGGGTTCGTATTGCCAGATGCTGGTTCTCCCTTAGATTTTGGAG*ATTGAGAAA
*GTTATTGATCCTCTGGTTCAAACA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3CP19JQ 782 0 0
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CGAGGCGTTTTT*GACCCGGTTTGTCCGGATAGTAGAGACGCTTGGCCGCCTCTGAAGCA
AGTGTTTCAACGCTACGGATCTCGCGTTTCTTTTCTACTTCACCTCCTCCCTTTACCGTA
TCATGACAATGCATACTTAAGCTCTCGGGCTTTACACATTGTGAATGCTTTGAACGCCAA
TGCTACGTTCAGTTTACTGGAAGGCTTCTTTGAGCATCAGGCATTGTTCTACAACGCCCA
AACACAACTCCTGTCAAGACCCGAAGTTGTGGAAAAAATTGTCAAGCTTGGAACAGGAAC
GTTAGGAAACTCGTATCAACATGTTCTCAAATCCGGCTTCAACAATACAATATCAGACCG
TGCAACCAGAGTTTCCTTCAAGTATAGCGCTTCAAGAGGGG*TTTATGGAACACCAACCT
TTTACGTCAATGGGTTCGTATTGCCAGATGCTGGTTCTCCCTTAGATTTTGGAGGATTGA
GAAAAGTTATTGATCCTCTGGTTCAAACACACAAGGTCCAGATGCAAGATGGTATCATTA
CCTCCCTTTGATAAGTGCTTTTGCTAATGAACTAGTATCAAATAAAAAAGAGCGCTTTTG
ATATGTCTTGGTGACGACCATCTGTAAAAGTGTAAAGTAAATATACTCGGTCAAACCCAT
CTGTTGTACATTGTAAACTCTCTGTAATGTATCTGTAGATTGACCTCCGTCATCTCTGAC
TG

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3DH48JQ 627 0 0
ATCTCGCGTTTCTTTTCTACTTCACCTCCTCCCTTTACCGTATCATGACAATGCATACTT
AAGCTCTCGGGCTTTACACATTGTGAATGCTTTGAACGCCAATGCTACGTTCAGTTTACT
GGAAGGCTTCTTTGAGCATCAGGCATTGTTTTACAACGCCCAAACACAACTCCTGTCAAG
ACCCGAAGTTGTGGAAAAAATTGTCAAGCTTGGAACAGGAACGTTAGGAAACTCGTATCA
ACATGTTCTCAAATCCGGCTTCAACAATACAATATCAGACCGTGCAACCAGAGTTTCCTT
CAAGTATAGCGCTTCAAGAGGGG*TTTATGGAACACCAACCTTTTACGTCAATGGGTTCG
TATTGCCAGATGCTGGTTCTCCCTTAGATTTTGGAGGATGGAGAAAAGTTATTGATCCTC
TGGTTCAAACACACAAGGTCCAGATGCAAGATGGTATCATTACCTCCCTTTGATAAGTGC
TTTTGCTAATGAACTAGTATCAAATAAAAAAGAGCGCTTTTGATATGTCTTGGTGACGAC
CATCTGTAAAAGTGTAAAGTAAATATACTCGGTCAAACCCATCTGTTGTACATTGTAAAC
TCTCTGTAATGTATCTGTAGATTGACC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 4

CO CL2639Contig1 971 4 7 U
GATCTCGGAGACAGCTTAAACAGCCTGTTAGGGTTATGACAGCTGGATCTCCTCCGCCGG
AGACGGTTATCTCCAACGCAGAGAGTCTAGGTTTTGATGTTGGTCACGGTTACGGCCTGA
CAGAAACTGGCTGTCTGAATGTCTCGCGTGCGTGGAAGCCGGAGTGGGATGGTTTGGAGG
CAAACGAGAGATCAAAACTGAAATCAAGGCAAGGGATTAGAACAGCTGTGTTTGCGGAGG
TTGACGTGAGAGACACGCTAACGGGTAAAAGCGTGGAGCACGATGGAGTAACCGTGGGAG
AGATTGTCTTCAGAGGTGGTTCTGTCATGCTGGGTTACTACAAAGACCCTGAAGGCACCG
CGGCGAGTATGAGAGAAGACGGGTGGTTCTACACTGGAGACATGGGCGTGATGCACCCGG
ACGGTTACTTGGAAGTCAAGGATAGATCAAAGGACGTGATCATATGCGGAGGGGAGAACA
TCAGCAGCACTGAAGTTGAGACGGTTCTGTACACGAACCCTGTGGTTAAGGAAGCGGCTG
TGGTGGCTAAGCCAGACAAGATGTGGGGAGAGACACCGTGCGCGTTCGTGAGCTTGAAGT
CTCGTGACGGGGTGATTGTGTCTGAGAAAGAGATAAGAGAGTTCTGCAAGAGGAAGCTGC
CAAAGTATATGGTTCCAAGGAATGTGGTTTTTCAGGAGGAGCTTCCTAAGACTTCTACTG
GAAAGATTCAGAAGTTTCTTTTCAGACAAATGGCTAAGTCTATGCCTTGATGTGAAGAAC
AATGTTTGATTTGTTGTTATTATTTACATTGTATGCTGCTACCAAGTTCTACTCTCTACC
TTAAAGTACAAGTCTCTGGTTCATTAGTTTGACTCTGTTCCTGTCCTGATGTCTGAAGAT
GTTTCTCTCTTCTTTACTAGTTATTTTGCAGCTTGTACCTCTTTGGAATGGTTATAAATA
ACCAATGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT94TF U 1
AF RR3DP23JQ C 494
AF RR3DP23TF U 44
AF RR3FT94JQ C 268
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TTGACGTGAGAGACACGCTAACGGGTAAAAGCGTGGAGCACGATGGAGTAACCGTGGGAG
AGATTGTCTTCAGAGGTGGTTCTGTCATGCTGGGTTACTACAAAGACCCTGAAGGCACCG
CGGCGAGTATGAGAGAAGACGGGTGGTTCTACACTGGAGACATGGGCGTGATGCACCCGG
ACGGTTACTTGGAAGTCAAGGATAGATCAAAGGACGTGATCATATGCGGAGGGGAGAACA
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CTCGTGACGGGGTGATTGTGTCTGAGAAAGAGATAAGAGAGTTCTGC

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AGACAAGATGTGGGGAGAGACACCGTGCGCGTTCGTGAGCTTGAAGTCTCGTGACGGGGT
GA

QA 1 122 1 122
DS 

RD RR3DP23TF 648 0 0
G
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CACGGTTACGGCCTGACAGAAACTGGCTGTCTGAATGTCTCGCGTGCGTGGAAGCCGGAG
TGGGATGGTTTGGAGGCAAACGAGAGATCAAAACTGAAGTCAAGGCAAGGGATTAGAACA
GCTGTGTTTGCGGAGGTTGACGTGAGAGACACGCTAACGGGTAAAAGCGTGGAGCACGAT
GGAGTAACCGTGGGAGAGATTGTCTTCAGAGGTGGTTCTGTCATGCTGGGTTACTACAAA
GACCCTGAAGGCACCGCGGCGAGTATGAGAGAAGACGGGTGGTTCTACACTGGAGACATG
GGCGTGATGCACCCGGACGGTTACTTGGAAGTCAAGGATAGATCAAAGGACGTGATCATA
TGCGGAGGGGAGAACATCAGCAGCACTGAAGTTGAGACGGTTCTGTACACGAACCCTGTG
GTTAAGGAAGCGGCTGTGGTGGCTAAGCCAGACAAGATGTGGGGAGAGACACCGTGCGCG
TTCGTGAGCTTGAAGTCTCGTGACGGGGTGATTGTGTCTGAGAAAGAGATAAGAGAGTTC
TGCAAGAGGAAGCTGCCAAAGTATATGGTTCCAAGGAATGTGGTTTT

QA 2 648 2 648
DS 

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TGCTGGGTTACTACAAAGACCCTGAAGGCACCGCGGCGAGTATGAGAGAAGACGGGTGGT
TCTACACTGGAGACATGGGCGTGATGCACCCGGACGGTTACTTGGAAGTCAAGGATAGAT
CAAAGGACGTGATCATATGCGGAGGGGAGAACATCAGCAGCACTGAAGTTGAGACGGTTC
TGTACACGAACCCTGTGGTTAAGGAAGCGGCTGTGGTGGCTAAGCCAGACAAGATGTGGG
GAGAGACACCGTGCGCGTTCGTGAGCTTGAAGTCTCGTGACGGGGTGATTGTGTCTGAGA
AAGAGATAAGAGAGTTCTGCAAGAGGAAGCTGCCAAAGTATATGGTTCCAAGGAATGTGG
TTTTTCAGGAGGAGCTTCCTAAGACTTCTACTGGAAAGATTCAGAAGTTTCTTTTCAGAC
AAATGGCTAAGTCTATGCCTTGATGTGAAGAACAATGTTTGATTTGTTGTTATTATTTAC
ATTGTATGCTGCTACCAAGTTCTACTCTCTACCTTAAAGTACAAGTCTCTGGTTCATTAG
TTTGACTCTGTTCCTGTCCTGATGTCTGAAGATGTTTCTCTCTTCTTTACTAGTTATTTT
GCAGCTTGTACCTCTTTGGAATGGTTATAAATAACCAATGTTTT

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 3

CO CL2640Contig1 885 3 40 U
GGGCATCTCTCTGATTCTAGAGAACGCTTCGGCGACGAGAAGATCTAATACACAATGGCG
TCTGGGATCGTCGGAGGAGGCGGATCATTATCGGAGGTATACAGCAGCGCGAAAAAGATT
CTACTCAGAGCTCGCGACGGGATCGAGAGGCTGGAGAGGTTCGAATCCGCTGCTCTCATG
GATTCTTCCGATCTCACCTCCTCCGTGAAACGCGACATCACCGAGGTGCAATCTCTCTGC
GCCACCATGGATGCTCTCTGGCGCTCAATCTCCGTCAAATCCCAACGCGATCTCTGGCGA
AGGAAGACTGAACAAGTTGGGGAAGAGGCTGAGTATTTGAACAAGAGTCTGGAGAAGTAC
ACGTGGAGGAGTCAGAGGAAGGTGATGGAAGCTAAAGAGAGGGCGGATTTGTTGAACAGA
GGGAGCGGAGAAGGAGCGCACATCTTGCAGATATTCGATGACGAGGCTCAGGCGATGAGC
TCTGTCAAGAACTCAAAGAGATTGCTGGAAGACTCCTTCTCAAGTGGAGTTGCTATACTC
GCCAAGTATGCTGAACAAAGGGATCGTCTGAAGAGGGCACAGCGTAAAGCTTTGGATGTT
CTGAACACGGTGGGGCTCTCCAACTCTGTGCTCAGGCTTATTGAGAGGCGCAATCGCGTT
GACACCTGGATCAAGTACGCCGGTATGATCGCTACGATTGTCGTATTGTATCTGTTCATA
AAATGGACTCGCTGAATCTCTTTAAGGATAATTGGAAACGACTTAGTTACACTGAATTGT
ATGTAGAGTTATGGGTAAAGGATGCACTTTTGTTTTGCTTATGACTCTTACAAGACTTCT
CCCCCGCATCTTATATAGTTGTTCATCAAAAGTTTGGGTTTGTCT


BQ
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E347TF U 64
AF RR3FD27TF U 1
AF RR3E347JQ C 89
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RD RR3E347TF 612 0 0
GGGATCGTCGGCGGAGGCGGATCCTTATCGGAGGTATACAGCAGCGCGAAAAAGATTCTA
CTCAGAGCTCGCGACGGGATCGAGAGGCTGGAGAGGTTCGAATCCGCTGCTCTCATGGAT
TCTTCCGATCTCACCTCCTCCGTGAAACGCGACATCACCGAGGTGCAATCTCTCTGCGCC
ACCATGGATGCTCTCTGGCGCTCAATCTCCGTCAAATCCCAACGCGATCTCTGGCGAAGG
AAGACTGAACAAGTTGGGGAAGAGGCTGAGTATTTGAACAAGAGTCTGGAGAAGTACACG
TGGAGGAGTCAGAGGAAGGTGATGGAAGCTAAAGAGAGGGCGGATTTGTTGAACAGAGGG
AGCGGAGAAGGAGCGCACATCTTGCAGATATTCGATGACGAGGCTCAGGCGATGAGCTCT
GTCAAGAACTCAAAGAGATTGCTGGAAGACTCCTTCTCAAGTGGAGTTGCTATACTCGCC
AAGTATGCTGAACAAAGGGATCGTCTGAAGAGGGCACAGCGTAAAGCTTTGGATGTTCTG
AACACGGTGGGGCTCTCCAACTCTGTGCTCAGGCTTATTGAGAGGCGCAATCGCGTTGAC
ACCTGGATCAAG

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3FD27TF 745 0 0
GGGCATCTCTCTGATTCTAGAGAACGCTTCGGCGACGAGAAGATCTAATACACAATGGCG
TCTGGGATCGTCGGAGGAGGCGGATCATTATCGGAGGTTTACAGCGGCGCTAAAAAAATC
CTACTCAGAGCTCGCGACGGGATCGAGAGGCTGGAGAGGTTCGAATCCGCTGCTCTCATG
GATTCTTCCGATCTCACCTCCTCCGTGAAACGCGACATCACCGAGGTGCAATCACTCTGC
GCCACCATGGATGCTCTCTGGCGCTCAATCTCCGTCAAATCCCAACGCGATCTGTGGCGA
AGAAAGACTGAACAAGTTGGGGAAGAAGCTGAGTATCTGAACAAGAGTCTGGAGAAGTAC
ACGTGGAGGAGTCAGAGGAAGATGATGGAAGCTAAAGAGAGGGCGGATTTGTTGAACAGA
GGGAGCGGAGAAGGAGCGCACATCTTGCAGATATTCGATGACGAGGCTCAAGCGATGAGC
TCTGTCAAGAACTCAAAGAGATTGCTAGAAGACTCCTTCTCTAGTGGAGTTGCTATCCTC
GCCAAGTATGCTGAACAAAGGGATCGTCTGAAGAGGGCACAGCGTAAAGCTTTGGATGTT
CTGAACACGGTGGGGCTCTCCAACTCTGTGCTCAG*CTTATTGAGAGGCGTAATCGTGTT
GACACCTGGATCAAGTACGCCGGTATGATCGCTACGATTGTCGTATTGTATCTGTTCATA
AA*TGGACTCGCTGAATCTCTTTAA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3E347JQ 797 0 0
TATCGGAGGTATACAGCAGCGCGAAAAAGATTCTACTCAGAGCTCGCGACGGGATCGAGA
GGCTGGAGAGGTTCGAATCCGCTGCTCTCATGGATTCTTCCGATCTCACCTCCTCCGTGA
AACGCGACATCACCGAGGTGCAATCTCTCTGCGCCACCATGGATGCTCTCTGGCGCTCAA
TCTCCGTCAAATCCCAACGCGATCTCTGGCGAAGGAAGACTGAACAAGTTGGGGAAGAGG
CTGAGTATTTGAACAAGAGTCTGGAGAAGTACACGTGGAGGAGTCAGAGGAAGGTGATGG
AAGCTAAAGAGAGGGCGGATTTGTTGAACAGAGGGAGCGGAGAAGGAGCGCACATCTTGC
AGATATTCGATGACGAGGCTCAGGCGATGAGCTCTGTCAAGAACTCAAAGAGATTGCTGG
AAGACTCCTTCTCAAGTGGAGTTGCTATACTCGCCAAGTATGCTGAACAAAGGGATCGTC
TGAAGAGGGCACAGCGTAAAGCTTTGGATGTTCTGAACACGGTGGGGCTCTCCAACTCTG
TGCTCAGGCTTATTGAGAGGCGCAATCGCGTTGACACCTGGATCAAGTACGGCGGTATGA
TCGCTACGATTGTCGTATTGTATCTGTTCATAAAATGGACTCGCTGAATCTCTTTAAGGA
TAATTGGAAACGACTTAGTTACACTGAATTGTATGTAGAGTTATGGGTAAAGGATGCACT
TTTGTTTTGCTTATGACTCTTACAAGACTTCTCCCCCGCATCTTATATAGTTGTTCATCA
AAAGTTTGGGTTTGTCT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 4

CO CL2641Contig1 618 4 19 U
GAGGGCTACCCACATTGCCACTGCCACCGTTGCCGATTGTGGGTCCTCTTCTTCCTCCAG
GGACAAACCCTCCTAGTTCAGGAGGAAAAGATTGCCCTCCACCCC*GGGTAGCCATAAGT
CCCCACCAGGCACTGGGAAGGCGACATGTCCAATAGACACGCTGAAGTTGGGGGCGTGTG
TTGACTTGTTGGGAGGTTTAGTAAAGATAGGGTTAGGAGACCCAGCCGTTAACAAATGCT
GTCCGATGCTTAAAGGCCTCGTTGAAGTTGAAGCAGCAGCTTGTCTCTGCACTACACTTA
AGCTTAAAGCTCTTAACCTTAAGCTGTACGTTCCAGTTGCTCTTCAGCTTCTTCTTACCT
GTGGCAAAAACCCACCTCCGGGCTACACTTGCTCCATCTGAGAAATTTAGTCCAGTTAAA
GGATAACTTGGAGAAAAAAA*GTGAGAAGACAATGGCAGAGCTCTGGTTTTTCCTTTCAC
GTGTATTAATCATGTCCAATCCTTTCCCTTTGATTCTTTCACATATCTATCGCTTCTGCT
TGTATCGTTGTGGTTCTAGATTTATGATTCTTCTCTTGTATGAAAGTACGATTTGAAATT
ATTTATTTTTAACGAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR3C094TF U 1
AF RR3AI75JQ C 18
AF RR3AI75TF U 18
AF RR3E129TF U 260
BS 1 66 RR3C094TF
BS 67 67 RR3AI75TF
BS 68 105 RR3C094TF
BS 106 106 RR3AI75TF
BS 107 161 RR3C094TF
BS 162 162 RR3AI75TF
BS 163 247 RR3C094TF
BS 248 248 RR3AI75TF
BS 249 261 RR3C094TF
BS 262 262 RR3AI75TF
BS 263 440 RR3C094TF
BS 441 441 RR3AI75TF
BS 442 473 RR3C094TF
BS 474 474 RR3AI75TF
BS 475 531 RR3C094TF
BS 532 532 RR3AI75TF
BS 533 598 RR3C094TF
BS 599 614 RR3AI75TF
BS 615 618 RR3E129TF

RD RR3C094TF 598 0 0
GAGGGCTACCCACATTGCCACTGCCACCGTTGCCGATTGTGGGTCCTCTTCTTCCTCCAG
GGACAACCCCTCCTAGTTCAGGAGGAAAAGATTGCCCTCCACCCCCGGGTAGCCATAAGT
CCCCACCAGGCACTGGGAAGGCGACATGTCCAATAGACACGTTGAAGTTGGGGGCGTGTG
TTGACTTGTTGGGAGGTTTAGTAAAGATAGGGTTAGGAGACCCAGCCGTTAACAAATGCT
GTCCGATACTTAAAGGCCTCGCTGAAGTTGAAGCAGCAGCTTGTCTCTGCACTACACTTA
AGCTTAAAGCTCTTAACCTTAAGCTGTACGTTCCAGTTGCTCTTCAGCTTCTTCTTACCT
GTGGCAAAAACCCACCTCCGGGCTACACTTGCTCCATCTGAGAAATTTAGTCCAGTTAAA
GGATAACTTGGAGAAAAAAAAGTGAGAAGACAATGGCAGAGCTCTGGTTTTTCATTTCAC
GTGTATTAATCATGTCCAATCCTTTCCCTTTGATTCTTTCACATATCTATCCCTTCTGCT
TGTATCGTTGTGGTTCTAGATTTATGATTCTTCTCTTGTATGAAAGTACGATTTGAAA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3AI75JQ 597 0 0
G
CACTGCCACCGTTGCCGATTGTGGGTCCTCTTCTTCCTCCAGGGACAAACCCTCCTAGTT
CAGGAGGAAAAGATTGCCCTCCACCCC*GGGTAGCCATAAGTCCCCACCAGGCACTGGGA
AGGCGACATGTCCAATAGACACGCTGAAGTTGGGGGCGTGTGTTGACTTGTTGGGAGGTT
TAGTAAAGATAGGGTTAGGAGACCCAGCCGTTAACAAATGCTGTCCGATGCTTAAAGGCC
TCGTTGAAGTTGAAGCAGCAGCTTGTCTTTGCACTACACTTAAGCTTAAAGCTCTTAACC
TTAAGCTGTACGTTCCAGTTGCTCTTCAGCTTCTTCTTACCTGTGGCAAAAACCCACCTC
CGGGCTACACTTGCTCCATTTGAGAAATTTAGTCCAGTTAAAGGATAACTTGGAGAAAAA
AA*GTGAGAAGACAATGGCAGAGCTCTGGTTTTTCCTTTCACGTGTATTAATCATGTCCA
ATCCTTTCCCTTTGATTCTTTCACATATCTATCGCTTCTGCTTGTATCGTTGTGGTTCTA
GATTTATGATTCTTCTCTTGTATGAAAGTACGATTTGAAATTATTTATTTTTAACG

QA 2 597 2 597
DS 

RD RR3AI75TF 597 0 0
G
CACTGCCACCGTTGCCGATTGTGGGTCCTCTTCTTCCTCCAGGGACAAACCCTCCTAGTT
CAGGAGGAAAAGATTGCCCTCCACCCC*GGGTAGCCATAAGTCCCCACCAGGCACTGGGA
AGGCGACATGTCCAATAGACACGCTGAAGTTGGGGGCGTGTGTTGACTTGTTGGGAGGTT
TAGTAAAGATAGGGTTAGGAGACCCAGCCGTTAACAAATGCTGTCCGATGCTTAAAGGCC
TCGTTGAAGTTGAAGCAGCAGCTTGTCTCTGCACTACACTTAAGCTTAAAGCTCTTAACC
TTAAGCTGTACGTTCCAGTTGCTCTTCAGCTTCTTCTTACCTGTGGCAAAAACCCACCTC
CGGGCTACACTTGCTCCATCTGAGAAATTTAGTCCAGTTAAAGGATAACTTGGAGAAAAA
AA*GTGAGAAGACAATGGCAGAGCTCTGGTTTTTCCTTTCACGTGTATTAATCATGTCCA
ATCCTTTCCCTTTGATTCTTTCACATATCTATCGCTTCTGCTTGTATCGTTGTGGTTCTA
GATTTATGATTCTTCTCTTGTATGAAAGTACGATTTGAAATTATTTATTTTTAACG

QA 2 597 2 597
DS 

RD RR3E129TF 359 0 0
GGC
TGAAGTTGAAGCAGCAGCTTGTCTCTGCACTACACTTAAGCTTAAAGCTCTTAACCTTAA
GCTGTACGTTCCAGTTGCTCTTCAGCTTCTTCTTACCTGTGGCAAAAACCCACCTCCGGG
CTACACTTGCTCCATCTGAGAAATTTAGTCCAGTTAAAGGATAACTTGGAGAAAAAAAAG
TGAGAAGACAATGGCAGAGCTCTGGTTTTTCATTTCACGTGTATTAATCATGTCCAATCC
TTTCCCTTTGATTCTTTCACATATCTATCCCTTCTGCTTGTATCGTTGTGGTTCTAGATT
TATGATTCTTCTCTTGTATGAAAGTACGATTTGAAATTATTTATTTTTAACGAATG

QA 4 359 4 359
DS 



AS 1 4

CO CL2642Contig1 911 4 12 U
CCTCTAATGAATTGGCATAACCTGAATGCACCGTGACACTAAAATTCAGTCTAAAAACCA
TGTCTTTGAAACATCAGTAACTGAAAAGAAAAAAAAACAAGAACAAAAGCTAAGAATTGT
GATGTATAGCTGAATTCTTTACTGAATCCGACGTAAGATTCAGACATTATTAGGATCGGA
TCAAAACCCCCAACTTCTCAAAAACGATCTCTTTAAGCTTTGTCTCACTGACCACCAATG
GTGGAGCCGTTGATGCTGGCCAACACGGGAGACATGTCCAACCTGGTCTTGCAATGGAAC
TGAAGCTCGTACTGAGCACCGAGGATACGGTAACGCTTCAACCAAAACAGCTTCTTGTTA
AGCTCATGGCTCTGAGCCTTGATGACAAGAAACCGTTTCTTGAACCTCATCTCGAACTGC
TCCCTCGACTTCTTGTCGACGTGAGGGGAACGAAGCACCGTGTACAAGGTCCTCGTGTCG
GGCATCGCGGCGTAGCGACTGTGGGGAGGAAGACACCAAGCTTCCTTCTCCGGGTTATCG
AACGAACGGATCGCAATGCAGATCCTCGTCCCTTTGATCTTCGATGTGCTTTCTTCTCCT
TCTTTCTTCTTCTTGCTCAATGGTTTGACATTCTCTGGAGTGATTTTGATTGAATCTGCG
ACGCTAGTGTCACGCTCAGTGGCGTAGCCTTGAAACGATGCGGAGGAGAGATCAGATCCA
TTTCCAATCGGATTAAGCTTCGCGGACGCTCCGGTGGTGAAATTTCGGGAAAGAGCTGAA
TCAAAAGAGCTCAGTGCGGCGGAGAGAGTCTGCCTTGACGGCAGGGAAGATCTTCGGAAC
ATTCCGGTGATCATTTCAGATTCGACGGCTACGAAGAGGAGAATTGAGAGAGAATAAGGT
AAAGTAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G017JQ U 202
AF RR3ET92JQ U 1
AF RR3BL36TF C 196
AF RR3ET92TF C 261
BS 1 472 RR3ET92JQ
BS 473 542 RR3BL36TF
BS 543 543 RR3ET92TF
BS 544 564 RR3BL36TF
BS 565 565 RR3ET92TF
BS 566 698 RR3BL36TF
BS 699 699 RR3ET92TF
BS 700 712 RR3BL36TF
BS 713 713 RR3ET92TF
BS 714 748 RR3BL36TF
BS 749 749 RR3ET92TF
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AACACGGGAGACATGTCCAACCTGGTCTTGCAATGGAACTGAAGCTCGTACTGAGC
A

QA 1 116 1 116
DS 

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TGTCTTTGAAACATCAGTAACTGAAAAGAAAAAAAAACAAGAACAAAAGCTAAGAATTGT
GATGTATAGCTGAATTCTTTACTGAATCCGACGTAAGATTCAGACATTATTAGGATCGGA
TCAAAACCCCCAACTTCTCAAAAACGATCTCTTTAAGCTTTGTCTCACTGACCACCAATG
GTGGAGCCGTTGATGCTGGCCAACACGGGAGACATGTCCAACCTGGTCTTGCAATGGAAC
TGAAGCTCGTACTGAGCACCGAGGATACGGTAACGCTTCAACCAAAACAGCTTCTTGTTA
AGCTCATGGCTCTGAGCCTTGATGACAAGAAACCGTTTCTTGAACCTCATCTCGAACTGC
TCCCTCGACTTCTTGTCGACGTGAGGGGAACGAAGCACCGTGTACAAGGTCC

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3BL36TF 716 0 0
TCTCAA
AAACGATCTCTTTAAGCTTTGTCTCACTGACCACCAATGGTGGAGCCGTTGATGCTGGCC
AACACGGGAGACATATCCAACCGAGTCTTGCAGTGGAACTGAAGCTCGTACTGAGCTCCG
AGGATACGGTAACGCTTCAACCAAAACAGCTTCTTGTTAAGCTCATGGCTCTGAGCCTTG
ATGACAAGAAACCGTTTCTTGAACCTCATCTCGAACTGCTCCCTCGACTTCTTGTCGACG
TGAGGGGAACGAAGGACCGTGTACAAGGTCCTCGTGTCGGGCATCGCGGCGTAGCGACTG
TGGGGAGGAAGACACCAAGCTTCCTTCTCCGGGTTATCGAAGGAACGGATCGCAATGCAG
ATCGTCGTCCCTTTGATCTTCGATGTGCTTTCTTCTCCTTCTTTCTTCTTCTTGCTCAAT
GGTTTGACATTCTCTGGAGTGATTTTGATTGAATCTGCGACGCTAGTGTCACGCTCAGTG
GCGTAGCCTTGAAACGA*GCGGAGGAGAGATTAGATCCATTTCCAATCGGATTAAGCTTC
GCGGACGGTCCGGTGGTGAAATTTCGGGAAAGAGCTGAATCAAAAGAGCTCAGTGCGGCG
GAGAGAGTCTGCCTTGACGGCAGGGAAGATCTTCGGAACATTCCGGTGATCATTTCAGAT
TCGACGGCTACGAAGAGGAGAATTGAGAGAGAATAAGGTAAAGTAAAAAA

QA 7 716 7 716
DS 

RD RR3ET92TF 647 0 0
CAACACGGGAGACATGTCCAACCTGGTCTTGCAATGGAACTGAAGCTCGTACTGAGCACC
GAGGATACGGTAACGCTTCAACCAAAACAGCTTCTTGTTAAGCTCATGGCTCTGAGCCTT
GATGACAAGAAACCGTTTCTTGAACCTCATCTCGAACTGCTCCCTCGACTTCTTGTCGAC
GTGAGGGGAACGAAGCACCGTGTACAAGGTCCTCGTGTCGGGCATCGCGGCGTAGCGACT
GTGGGGAGGAAGACACCAAGCTTCCTTCTCCGGGTTGTCGAACGAACGGATCGCAATGCA
GATCCTCGTTCCTTTGATCTTCGATGTGCTTTCTTCTCCTTCTTTCTTCTTCTTGCTCAA
TGGTTTGACATTCTCTGGAGTGATTTTGATTGAATCTGCGACGCTAGTGTCACGCTCAGT
GGCGTAGCCTTGAAACGATGCGGAGGAGAGATCAGATCCATTTCCAATCGGATTAAGCTT
CGCGGACGCTCCGGTGGTGAAATTTCGGGAAAGAGCTGAATCAAAAGAGCTCAGTGCGGC
GGAGAGAGTCTGCCTTGACGGCAGGGAAGATCTTCGGAACATTCCGGTGATCATTTCAGA
TTCGACGGCTACGAAGAGGAGAATTGAGAGAGAATAAGGTAAAGT
CC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 4

CO CL2643Contig1 1338 4 9 U
GATGGAGGAGCTAATTGGTTCACCGGAAACGATGAGACACATTATCTTGGAGGTGGTGAA
GATGTTTCTTTTGGGAAAAAGAGGAAAGAGTTTGACTTTGATAAGAAGCTTCTTCTTCAG
GATGAGAGTGACCCATCATCATCATCATCTTCCTCCAAGAAAGCCAGAGTTGTTTGGTCT
TTTGAGCTTCATCAGAAGTTTGTCAACGCTGTTAACCAGATCGGTTGCGATCACAAAGCT
GGTCCAAAGAAGATATTGGACCTCATGAATGTTCCATGGCTCACTAGGGAAAATGTTGCC
AGCCACCTCCAGAAGTACAGGCTTTACCTGAGCAGATTGGAGAAAGGAAAGGAGCTAAAG
TGTTATTCTGGTGGAGTAAAGAATATGGATTCACCCCCAAAAGATTCCGAATTTAGTTCA
GGCCACCAAAGCCCTGGCAAGAACAGCTATGCATTCTCTGGAGGCAGTTCTCTGATCCAT
AAAGCAGAGAGTGATCCAAAGCAACTTGCTGCATCTTCAGTGTCTGACCCCATCAGTGAT
GTTCATATGCCTCCTCCAAAAGCGAAAAAGACGCGTATAGAATTTGATCCTCCCATTTCT
TCAAGTTGTGCGTTTGACTCTCTGCTTCCCTGGGAAGATGTTCCAGACCCACTTGAATCA
AAGCCCCAGATTCTGTACCAGAGCAGCTTTCTCCAGCAACAACCATTGTTACCAAGTCAA
AGTCCCTTTGTCATGGAAAAGGACATGAAGCCTTCTTATGAGACTTGTGTGAATGCGGAT
GAGTTTCTCATACCACAAGACAAGAACTCTACTGTGATCCTTCAAGATCTACACTTGTGT
GCTCCTCCTCCCTCTGCCATGAAGCTGCAGGAGTCAAGCTCAAATGTAACCAACGATACA
GAGTCGATTCTAAGAAGCTTGAACTGGGAACTTCCAGAATCAAATCATTCTGGTTTTATA
GACACTGACTTAGACTTCAGTTGGCTTCACAACGAGCATTTTCTTGCAAACACCTCCGGG
AACTTCCAAAACTTCCAGCTTCAAGATTACAGCTGTAGCCCATCTCTCCTGTCCGAGCTC
CCACCTCACCTTTGGTTTGGAAATGACCCTGACGAGTATACTCTCATGGTAGACCATGGT
TTATTCATATCCTGAACTTGCTCCATTAACTTCTTTCCCTATATTGGTCGGTGTTTTGCA
TAAAGATTTTGTGGGTATACCTGAAAATAATCTTGCTTTACCAAGAACCTTCCATGATCG
AATGCATGTACAATAATAATCCATGAGTGTCATAGTCTAATTACACCACAATGATAAGAC
CACATGTTTCATACTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A296TF U 1
AF RR3HB25JQ C 912
AF RR3HB25TF U 443
AF RR3A296JQ C 608
BS 1 568 RR3A296TF
BS 569 1178 RR3HB25TF
BS 1179 1179 RR3A296JQ
BS 1180 1196 RR3HB25TF
BS 1197 1197 RR3A296JQ
BS 1198 1209 RR3HB25TF
BS 1210 1210 RR3A296JQ
BS 1211 1220 RR3HB25TF
BS 1221 1338 RR3A296JQ

RD RR3A296TF 568 0 0
GATGGAGGAGCTAATTGGTTCACCGGAAACGATGAGACACATTATCTTGGAGGTGGTGAA
GATGTTTCTTTTGGGAAAAAGAGGAAAGAGTTTGACTTTGATAAGAAGCTTCTTCTTCAG
GATGAGAGTGACCCATCATCATCATCATCTTCCTCCAAGAAAGCCAGAGTTGTTTGGTCT
TTTGAGCTTCATCAGAAGTTTGTCAACGCTGTTAACCAGATCGGTTGCGATCACAAAGCT
GGTCCAAAGAAGATATTGGACCTCATGAATGTTCCATGGCTCACTAGGGAAAATGTTGCC
AGCCACCTCCAGAAGTACAGGCTTTACCTGAGCAGATTGGAGAAAGGAAAGGAGCTAAAG
TGTTATTCTGGTGGAGTAAAGAATATGGATTCACCCCCAAAAGATTCCGAATTTAGTTCA
GGCCACCAAAGCCCTGGCAAGAACAGCTATGCATTCTCTGGAGGCAGTTCTCTGATCCAT
AAAGCAGAGAGTGATCCAAAGCAACTTGCTGCATCTTCAGTGTCTGACCCCATCAGTGAT
GTTCATATGCCTCCTCCAAAAGCGAAAA

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3HB25JQ 272 0 0
AAGAAGCTTGAACTGGGAACTTCCAGAATCAAATCATTCTGGTTTTATAGACACTGACTT
AGACTTCAGTTGGGTTCACAACGAGCATTTTCTTGCAAACACCTCCGGGAACTTCCAAAA
CTTCCAGCTTCAAGATTACAGCTGTAGCCCATCTCTCCTGTCGGAGCTCCCACCTCACCT
TTGGTTTGGAAATGACCCTGACGAGTATACTCTCATGGTAGACCATGGTTTATTCATATC
CTGAACTTGCTCCATTAACTTCTTTCC
CTATA

QA 1 267 1 267
DS 

RD RR3HB25TF 795 0 0
G
CAGCTATGCATTCTCTGGAGGCAGTTCTCTGATCCATAAAGCATAGAGTGATCCAAAGCA
ACTTGCTGCATCTTCAGTGTCTGACCCCATCAGTGATGTTCATATGCCTCCTCCAAAAGC
GAAAAAGACGCGTATAGAATTTGATCCTCCCATTTCTTCAAGTTGTGCGTTTGACTCTCT
GCTTCCCTGGGAAGATGTTCCAGACCCACTTGAATCAAAGCCCCAGATTCTGTACCAGAG
CAGCTTTCTCCAGCAACAACCATTGTTACCAAGTCAAAGTCCCTTTGTCATGGAAAAGGA
CATGAAGCCTTCTTATGAGACTTGTGTGAATGCGGATGAGTTTCTCATACCACAAGACAA
GAACTCTACTGTGATCCTTCAAGATCTACACTTGTGTGCTCCTCCTCCCTCTGCCATGAA
GCTGCAGGAGTCAAGCTCAAATGTAACCAACGATACAGAGTCGATTCTAAGAAGCTTGAA
CTGGGAACTTCCAGAATCAAATCATTCTGGTTTTATAGACACTGACTTAGACTTCAGTTG
GCTTCACAACGAGCATTTTCTTGCAAACACCTCCGGGAACTTCCAAAACTTCCAGCTTCA
AGATTACAGCTGTAGCCCATCTCTCCTGTCCGAGCTCCCACCTCACCTTTGGTTTGGAAA
TGACCCTGACGAGTATACTCTCATGGTAGACCATGGTTTATTCATATCCTGAACTTGCTC
CATTAACTTCTTTCC*TATATTGGTCGGTGTTT*GCATAAAGATTT*GTGGGTATAC
TGAAATATCTTGCTTTA

QA 2 778 2 778
DS 

RD RR3A296JQ 731 0 0
GTGCGTTTGACTCTCTGCTTCCCTGGGAAGATGTTCCAGACCCACTTGAATCAAAGCCCC
AGATTCTGTATCAGAGCAGCTTTCTCCAGCAACAACCATTGTTACCAAGTCAAAGTCCCT
TTGTCATGGAAAAGGACATGAAGCCTTTTTATGAGACTTGTGTGAATGCGGATGAGTTTC
TCATACCACAAGACAAGAACTCTACTGTGATCCTTCAAGATCTACACTTGTGTGCTCCTC
CTCCCTCTGCCATGAAGCTGCAGGAGTCAAGCTCAAATGTAACCAACGATACAGAGTCGA
TTTTAAGAAGCTTGAACTGGGAACTTCCAGAATCAAATCATTCTGGTTTTATAGACACTG
ACTTAGACTTCAGTTGGCTTCACAACGAGCATTTTCTTGCAAACACCTCCGGGAACTTCC
AAAACTTCCAGTTTCAAGATTACAGCTGTAGCCCATCTCTCCTGTCCGAGCTCCCACCTC
ACCTTTGGTTTGGAAATGACCCTGACGAGTATACCCTCATGGTAGACCATGGTTTATTCA
TATCCTGAACTTGCTCCATTAACTTCTTTCCCTATATTGGTCGGTGTTTTGCATAAAGAT
TTTGTGGGTATACCTGAAAATAATCTTGCTTTACCAAGAACCTTCCATGATCGAATGCAT
GTACAATAATAATCCATGAGTGTCATAGTCTAATTACACCACAATGATAAGACCACATGT
TTCATACTGTC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

CO CL2644Contig1 1058 4 14 U
CGGATGTTACTCTTATTTCAATTTACTCTTGAAGCTGGAGATCTTTGTCTTTACGTACAA
AGTAACAAAATGATTTAAAAAGATTCCAACGCCTGTTTGGTTTATAAAGATCAGGCTGTT
CAATCTCAAATGCACCGGTTTAGTTTTTGCCTTTTTGGTAAGGACAAAGTGGCAACACAG
AGAGAAAAAAAAAGAAAAACTATACATTCTGGTGTATCCATTTGCAAAAATTAATAAAAG
CAAGAGTAGTTTCTGAATCACCAAAACACATGAAATACATCTTGACGTCTGTTTAACCAC
AACAGCCACCTCCCTGTGCGATCGCACCGTCTCTTCCTCCAGCTGCACCTTGAGGACGCC
CGTAACCAATCTTTATGCCCGATGACTCGTTGGATACATCAAAGACACCGTCCTGAATAT
TCTGGAGAATCTTTGCTGCAGTCTTTATGAAGGCCTCCTCGACGTTCTGAGCTGTTCTTG
CAGAAGCTTCCAAGAACAAGAGTCCATGTTCTTTGGCAAACTGTTCTCCTTCCTCTTTGC
TAACAGCTCTCTTGTGACCAAGATCGCATTTGTTCCCAATCAGCATGATACTCATGTTAG
GATTAGCATGTTGCCGAGCATCCTCTAACCAGCTCGCCAGATGGTTAAAAGTCTCTCTCC
TGGTGATGTCGTAGACAAGTAAGGCTCCAGCAGCTCCTCTGTAGTACGACCTAGTGATGG
ATCTAAACGACTCTTGTCCAGCGGTGTCCCAAATTTGGAGTTTGATTGGGCGTCCATCGA
CAGTGACCATACGAGCACCGAACTCGACACCAATGGTGAGATCGTGGACTGGTTGGAACC
TCTTGTCGGTAAATTGCAGAAGCAAGCAAGATTTCCCCACACCTGTGTCGCCGATGATGA
TGTACTTGAAGAGGTAATCGTAAGACATGGCTCTCTGATGAATTGGAAGCAAGGTGGATG
GATGATTGCTTAGAGAGGAGGAAGAAGAGATGAGATGGAGAGTTACAAGTCACCGACGAG
CTTTTTCGGTTTTTATTTTATTTTTGAGGGTTTCTCCC


BQ
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CC

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GATTAGCATGTTGCCGAGCATCCTCTAACCAGCTCGCCAGATGGTTAAAAGTCTCTCTCC
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GATGATTGCTTAGAGAGGAGGAAGAAGAGATGAGATGGAGAGTTACAAGTCACCGACGAG
CTTTTTCGGTTTTTATTTTATTTTTGAGGGTTTCTCCC

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DS 



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ACACAAAACCAGCTTTCCTCTTTGTATCAGACAGGCAAGTCTATGATCATGGCTTCCTCT
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CAAAACCCTCTTTCGGGTTTCTCCAGTTCCTTCCATAACCTAAGGATCTCATCCAACGGT
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CM20TF U 1
AF RR3G624TF U 82
AF RR3G624JQ C 299
AF RR3CM20JQ C 214
BS 1 428 RR3CM20TF
BS 429 429 RR3G624TF
BS 430 671 RR3CM20TF
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BS 693 763 RR3G624TF
BS 764 979 RR3CM20JQ

RD RR3CM20TF 683 0 0
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ACACAAAACCAGCTTTCCTCTTTGTATCAGACAGGCAAGTCTATGATCATGGCTTCCTCT
GCTGCTGCTGCTGTTGCATCGATCTCTCTTGTAACTCTAAGGTACATCTCTCGCAAACAC
CAAAACCCTCTTTCGGGTTTCTCCAGTTCCTTCCATAACCTAAGGATCTCATCCAACGGT
CCAGCTTTATCCACACGATCAAGATCCACCACCTACTCATCCACTCCAGGTTTCTTCAGA
ACCATGTGCAGCAGCAGCAGCAGCGAGAACTCCAGACCCACTAAGATCCAAGAACTCAAC
GTGTACGAGTTCAACGAAGGCGACCGAAACAGCCCCGCGGTTCTAAAACTCGGCAAGAAC
CCACAACATCTCTGCATCGGCGACCTCGTCCCTTTCACGAACAAACTCTACACCGGAGAC
CTCAAGAAACGCGTCGGGATCACCGCGGGACTCTGCGTTTTGATCCAGCACGTTCCCGAG
AAGAAAGGCGACCGCTTCGAAGCTTCTTACAGCTTCTACTTCGGAGAGTACGGTCACATT
TCCGTTCAGGGACCTTACCTGACTTACGAGGACACGTACCTCGCCATCACCGGTGGCTCC
GGAGTCTTCGA*GGTGCCTACGG

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3G624TF 682 0 0
GG
GTATCAGACAGGCAAGTCTATGATCATGGCTTCCTCTGCTGCTGCTGCTGTTGCATCGAT
CTCTCTTGTAACTCTAAGGTACATCTCTCGCAAACACCAAAACCCTCTTTCGGGTTTCTC
CAGTTCCTTCCATAACCTAAGGATCTCATCCAACGGTCCAGCTTTATCCACACGATCAAG
ATCCACCACCTACTCATCCACTCCAGGTTTCTTCAGAACCATGTGCAGCAGCAGCAGCAG
CGAGAACTCCAGACCCACTAAGATCCAAGAACTCAACGTGTACGAGTTCAACGAAGGCGA
CCGAAACAGCCCCGCGGTTCTAAAACTCGGCAAGAACCCACAACAGCTCTGCATCGGCGA
CCTCGTCCCTTTCACGAACAAACTCTACACCGGAGACCTCAAGAAACGCGTCGGGATCAC
CGCGGGACTCTGCGTTTTGATCCAGCACGTTCCCGAGAAGAAAGGCGACCGCTTCGAAGC
TTCTTACAGCTTCTACTTCGGAGAGTACGGTCACATTTCCGTTCAGGGACCTTACCTGAC
TTACGAGGACACGTACCTCGCCATCACCGGTGGCTCCGGAGTCTTCGAAGGTGCCTACGG
ACAGGTCACGCTTCGTCAGCTTGTGTATCCGACCAAGCTGTTCTACACTTTTTACTTGAA
AGGTGTTGCCTCTGATTTGC

QA 3 682 3 682
DS 

RD RR3G624JQ 664 0 0
GAACCATGTGCAGCAGCAGCAGCAGCGAGAACTCCAGACCCACTAAGATCCAAGAACTCA
ACGTGTACGAGTTCAACGAAGGCGACCGAAACAGCCCCGCGGTTCTAAAACTCGGCAAGA
ACCCACAACAGCTCTGCATCGGCGACCTCGTCCCTTTCACGAACAAACTCTACACCGGAG
ACCTCAAGAAACGCGTCGGGATCACCGCGGGACTCTGCGTTTTGATCCAGCACGTTCCCG
AGAAGAAAGGCGACCGCTTCGAAGCTTCTTACAGCTTCTACTTCGGAGAGTACGGTCACA
TTTCCGTTCAGGGACCTTACCTGACTTACGAGGACACGTACCTCGCCATCACCGGTGGCT
CCGGAGTCTTCGAAGGTGCCTACGGACAGGTCAGGCTTCGTCAGCTTGTGTATCCGACCA
AGCTGTTCTACACTTTTTACTTGAAAGGTGTTGCCTCTGATTTGCCTGTGGAGCTCACCG
GAAAACATGTTGAGCCGTCGAAGGATGTGAAGCCGGCGGCGGAAGCTCAGGCGGCTCAGC
ACGGCGCCACTATCCTAAACTTTACCGAGTAAAAAAATCATTTGCGTCGTTGAGCTTTCT
CTGTTTGTTTTCTCTTGGATCTTAATGGGTCTGTTTAATGGGCCTAAATAATGGGCTTTT
AA
GT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3CM20JQ 766 0 0
CCATAA
CTAAGGATCTCATCCAACGGTCCAGCTTTATCCACACGATCAAGATCCACCACCTACTCA
TCCACTCCAGGTTTCTTCAGAACCATGTGCAGCAGCAGCAGCAGCGAGAACTCCAGACCC
ACTAAGATCCAAGAACTCAACGTGTACGAGTTCAACGAAGGCGACCGAAACAGCCCCGCG
GTTCTAAAACTCGGCAAGAACCCACAACATCTCTGCATCGGCGACCTCGTCCCTTTCACG
AACAAACTCTACACCGGAGACCTCAAGAAACGCGTCGGGATCACCGCGGGACTCTGCGTT
TTGATCCAGCACGTTCCCGAGAAGAAAGGCGACCGCTTCGAAGCTTCTTACAGCTTCTAC
TTCGGAGAGTACGGTCACATTTCCGTTCAGGGACCTTACCTGACTTACGAGGACACGTAC
CTCGCCATCACCGGTGGCTCCGGAGTCTTCGAAGGTGCCTACGGACAGGTCAGGCTTCGT
CAGCTTGTGTATCCGACCAAGCTGTTCTACACTTTTTACTTGAAAGGTGTTGCCTCTGAT
TTGCCTGTGGAGCTCACCGGAAAACATGTTGAGCCGTCGAAGGATGTGAAGCCGGCGGCG
GAAGCTCAGGCGGCTCAGCACGGCGCCACTATCCTAAACTTTACCGAGTAAAAAAATCAT
TTGCGTCGTTGAGCTTTCTCTGTTTGTTTTCTCTTGGATCTTAATGGGTCTGTTTAATGG
GCCTAAATAATGGGCTTTTAAATAATGAGCCGCTTTTCGG

QA 7 766 7 766
DS 



AS 1 4

CO CL2646Contig1 994 4 4 U
ATCCGGTCAGTCATCATTGCATATAAATGATGAAATTATTAAAAGATTGATGTATCCAAT
TAAACCGATTCGATTAAAGCCAAAAGAACATATAAAAAAAGCAGGGGTGGGGGTTGGGGA
AAAGCTAATATTTATTCAAAGGCCCCGTTTTGCCCAAACGGATATATCCCAGTAGACCAA
ATGATGGTTACGTGGTCTCAAGAGATCATATACCTCTCCATGTTTTTTCATTTCTTTTAC
TGCTATAACATCATAGCTACCAAAAATATAGTTTCATATTGTTGTAACTATCCTTGTAAT
GTATAGAGGAGTGTGGTTTCTTAACCTGACTTCCTGTAAATGCTGTAAGCCACAGCTATG
GTTGCTACAGCACCTATTGCGGCAGCTCCCAACAGAAGCTCTTCTTTCTCAATTGTTCTG
AACCAGTTCTGCTTCACGGATCCTTCTTTCTTGACTGGTTCTGGAGTTTGCTCTTGGCAA
CAAGAAACCCCGTTTGCACCTTGGCAACAACCTCCTGTGAATTCCTTCTTCTCCACTTGT
ACGCCGTTTCCGTTTTGGATTTTATGCTCATCCTCTTTCACAGCTTCCTCACCCTCGGGT
ATTAGTCCCATCTTCACCCTGGAAAGGTTTTGTATGATTTCTCCTTTTGCAATATGCTGA
TCAAGCATTGCAGGCACGTCATCAGGAGTCACATAACCATACCAGTGACCAGAAACATTT
CCAGCTGAGTCAGGGCTGAATACAATCAAATTCCCAGCATACTTGTGCCCACCGATATGA
AAACACGGCTTAACGAAAACCTTTCCAGAGAGTCCACGGGAGCCAATCTCCTGCTCAAAC
TTCTCCATAAGAGCTGGTCCACAAACACCACATCTCTTGTCACGGCTTCCATGAGCACAC
ACAAACACAAAAGAACCTGATAACTCTTCCTGAACCCCAGAGGTCCACGGTTTTCCATTA
ACAAGCACATCTTCCACAAAAGCATCCACATCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA83JQ U 1
AF RR3E353JQ U 116
AF RR3GA83TF C 330
AF RR3E353TF C 378
BS 1 709 RR3GA83JQ
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BS 853 986 RR3GA83TF
BS 987 994 RR3E353TF

RD RR3GA83JQ 709 0 0
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TAAACCGATTCGATTAAAGCCAAAAGAACATATAAAAAAAGCAGGGGTGGGGGTTGGGGA
AAAGCTAATATTTATTCAAAGGCCCCGTTTTGCCCAAACGGATATATCCCAGTAGACCAA
ATGATGGTTACGTGGTCTCAAGAGATCATATACCTCTCCATGTTTTTTCATTTCTTTTAC
TGCTATAACATCATAGCTACCAAAAATATAGTTTCATATTGTTGTAACTATCCTTGTAAT
GTATAGAGGAGTGTGGTTTCTTAACCTGACTTCCTGTAAATGCTGTAAGCCACAGCTATG
GTTGCTACAGCACCTATTGCGGCAGCTCCCAACAGAAGCTCTTCTTTCTCAATTGTTCTG
AACCAGTTCTGCTTCACGGATCCTTCTTTCTTGACTGGTTCTGGAGTTTGCTCTTGGCAA
CAAGAAACCCCGTTTGCACCTTGGCAACAACCTCCTGTGAATTCCTTCTTCTCCACTTGT
ACGCCGTTTCCGTTTTGGATTTTATGCTCATCCTCTTTCACAGCTTCCTCACCCTCGGGT
ATTAGTCCCATCTTCACCCTGGAAAGGTTTTGTATGATTTCTCCTTTTGCAATATGCTGA
TCAAGCATTGCAGGCACGTCATCAGGAGTCACATAACCATACCAGTGAC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3E353JQ 737 0 0
GGGGAAAAGCTAATATTTATTCAAAGGCCCCGTTTTGCCCAAACGGATATATCCCAGTAG
ACCAAATGATGGTTACGTGGTCTCAAGAGATCATATACCTCTCCATGTTTTTTCATTTCT
TTTACTGCTATAACATCATAGCTACCAAAAATATAGTTTCATATTGTTGTAACTATCCTT
GTAATGTATAGAGGAGTGTGGTTTCTTAACCTGACTTCCTGTAAATGCTGTAAGCCGCAG
CCATGGTTGCTACAGCACCTATTGCGGCAGCTCCCAACAGAAGCTCTTCTTTCTCAATTG
TTCTGAACCAGTTCTGCTTCACGGATCCTTCTTTCTTGACTGGTTCTGGAGTTTGCTCTT
GGCAACAAGAAACCCCGTTTGCACCTTGGCAACAACCTCCTGTGAATTC*TTCTTCTCCA
CTTGTGCGCCGTTTCCGTTTTGGATTTTATGCTCATCCTCTTTCACAGCTTCCTCACCCT
CGGGTATTAGTCCCATCTTCCCCCTGGAAAGGTTTTGTATGATTTCTCCTTTTGCAATAT
GCTGATCAAGCATTGCAGGCACGTCATCAGGAGTCACATAACCATACCAGTGACCAGAAA
CATTTCCAGCTGAGTCAGGGCTGAATACAATCAAATTCCCAGCATACTTGTGCCCACCGA
TATGAAAACACGGCTTAACGAAAACCTTTCCAGAGAGTCCACGGGAGCCAATCTCCTGCT
CAAACTTCTCCATAAGA

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3GA83TF 657 0 0
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CAACAGAAGCTCTTCTTTCTCAATTGTTCTGAACCAGTTCTGCTTCACGGATCCTTCTTT
CTTGACTGGTTCTGGAGTTTGCTCTTGGCAACAAGAAACCCCGTTTGCACCTTGGCAACA
ACCTCCTGTGAATTCCTTCTTCTCCACTTGTACGCCGTTTCCGTTTTGGATTTTATGCTC
ATCCTCTTTCACAGCTTCCTCACCCTCGGGTATTAGTCCCATCTTCACCCTGGAAAGGTT
TTGTATGATTTCTCCTTTTGCAATATGCTGATCAAGCATTGCAGGCACGTCATCAGGAGT
CACATAACCATACCAGTGACCAGAAACATTTCCAGCTGAGTCAGGGCTGAATACAATCAA
ATTCCCAGCATACTTGTGCCCACCGATATGAGAACACGGCTTAACGAAAACCTTTCCAGA
GAGTCCACGGGAGCCAATCTCCTGCTCAAACTTCTCCATAAGAGCTGGTCCACAAACACC
ACATCTCTTGTCACGGCTTCCATGAGCACACACAAACACAAAAGAACCTGATAACTCTTC
CTGAACCCCAGAGGTCCACGGTTTTCCATTAACAAGCACATCTTCCACAAAAGCATC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3E353TF 617 0 0
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GGATCCTTCTTTCTTGACTGGTTCTGGAGTTTGCTCTTGGCAACAAGAAACCCCGTTTGC
ACCTTGGCAACAACCTCCTGTGAATTC*TTCTTCTCCACTTGTGCGCCGTTTCCGTTTTG
GATTTTATGCTCATCCTCTTTCACAGCTTCCTCACCCTCGGGTATTAGTCCCATCTTCCC
CCTGGAAAGGTTTTGTATGATTTCTCCTTTTGCAATATGCTGATCAAGCATTGCAGGCAC
GTCATCAGGAGTCACATAACCATACCAGTGACCAGAAACATTTCCAGCTGAGTCAGGGCT
GAATACAATCAAATTCCCAGCATACTTGTGCCCACCGATATGAAAACACGGCTTAACGAA
AACCTTTCCAGAGAGTCCACGGGAGCCAATCTCCTGCTCAAACTTCTCCATAAGAGCTGG
TCCACAAACACCACATCTCTTGTCACGGCTTCCATGAGCACACACAAACACAGAAGAACC
TGATAACTCTTCCTGAACCCCAGAGGTCCACGGTTTTCCATTAACAAGCACATCTTCCAC
AAAAGCATCCACATCAC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 4

CO CL2647Contig1 964 4 16 U
GGATCCTTTCGTCTCTCTCAGAAACCCTAAATCGCTCTTACGTCTCTCTCTCTCTCTCTC
TCTCACTCTTTCAAGATGCAAATTTTCGTGAAAACACTCACCGGCAAGACCATCACCCTC
GAGGTCGAGAGCTCTGACACGATCGACAACGTCAAGGCCAAGATCCAGGACAAGGAAGGC
ATTCCTCCCGACCAGCAGAGGCTCATCTTCGCCGGTAAGCAGCTAGAGGACGGACGCACT
CTTGCCGATTACAACATCCAGAAAGAGTCAACTCTCCATCTGGTTCTCAGGTTGAGAGGT
GGTATGCAGATCTTTGTCAAGACTTTGACAGGCAAGACCATCACTCTGGAGGTTGAGAGC
TCAGACACGATCGATAACGTCAAAGCAAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCTCCGGAC
CAGCAGAGACTCATCTTCGCCGGGAAACAGCTCGAGGATGGACGCACGCTTGCGGATTAC
AACATCCAGAAGGAGTCTACGCTTCATCTTGTGTTGCGTCTTCGTGGTGGTATGCAGATC
TTTGTCAAGACATTGACAGGCAAGACTATAACCTTGGAAGTTGAAAGCTCAGACACGATT
GACAATGTGAAGGCTAAGATTCAGGACAAAGAAGGCATCCCTCCGGACCAACAGAGACTC
ATCTTCGCTGGGAAACAGCTTGAGGATGGTCGGACTTTGGCTGATTACAACATCCAAAAG
GAGTCGACTCTTCACTTGGTTCTTCGTCTTCGTGGTGGAAGCTTCTGAGCTATGCGGTCA
AAAGTGTTGTTGTTTGAGCTTCGTTAATGCACTTGGAGGTGATCTCTGTTTGCTTCTGCA
AAAATGGATCGTCTGAACTGTTTTTATTTTTCTGTTTTCTTTTCGCTTTGAACCTTTCGG
TTGTGCTAGTAATGACCCTTTTATGTTTCAAGTTTTAAATAATAATCCAAGTGCATTGTG
AACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3C383TF U 17
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AF RR3FU69JQ C 437
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ACGTCAAAGCAAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCTCCGGACCAGCAGAGACTCATCT
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AGATT

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TC**ACTCTTTCAAGATGCAAATTTTCGTGAAAACACTCACCGGCAAGACCATCACCCTC
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CTTGCCGATTACAACATCCAGAAAGAGTCAACTCTCCATCTGGTTCTCAGGTTGAGAGGT
GGTATGCAGATCTTTGTCAAGACTTTGACAGGCAAGACCATCACTCTGGAGGTTGAGAGC
TCAGACACGATCGATAACGTCAAAGCAAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATTCCTCCGGAC
CAGCAGAGACTCATCTTCGCCGGGAAACAGCTCGAGGATGGACGCACGCTTGCGGATTAC
AACATCCAGAAGGAGTCTACGCTTCATCTTGTGTTGCGTCTTCGTGGTGGTATGCAGATC
TTTGTCAAGACATTGACAGGCAAGACTATAACCTTGGAAGTTGAAAGCTCAGACACGATT
GACAATGTGAAGGCTAAGATTCAGGACAAAGAAGGCATCCCTCCGGACCAACAGAGACTC
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*AGTCGACTCTTCACTTGGT
CTCGTCTTCGTG

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CTCCGGACCAACAGAGACTCATTTTCGCTGGGAAACAGCTTGAGGATGGTCGGACTTTGG
CTGATTACGACATCCAAAAGGAGTCGACTCTTCACTTGGT
TTT

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CTACGCTTCATCTTGTGTTGCGTCTTCGTGGTGGTATGCAGATCTTTGTCAAGACATTGA
CAGGCAAGACTATAACCTTGGAAGTTGAAAGCTCAGACACGATTGACAATGTGAAGGCTA
AGATTCAGGACAAAGAAGGCATCCCTCCGGACCAACAGAGACTCATCTTCGCTGGGAAAC
AGCTTGAGGATGGTCGGACTTTGGCTGATTACAACATCCAAAAGGAGTCGACTCTTCACT
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CCTTTTATGTTTCAAGTTTTAAATAATAATCCAAGTGCATTGTGAACC

QA 1 528 1 528
DS 



AS 1 4

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CAAGAAAAGTTCTGAATCCAATATTAAATAGAATTTCTGCAAAGATGACCATGTGTGTAG
GCATGATTCAAAAGATCAAAAACAATTTGATTCCAGACAAAACAAACTGATGATTATCAA
GGAAAGGGTCTAAGGATAGACAGAGTCGACAGCAAAACTGTGATTAACGAGCTGCTTGCC
CCTGTGTGTGTTCTAAGAGCTGAGTCACTAACTTGTAAGTCCGTCCTGATAAGACTTTGG
TGTGGTTAATCAACTGCTCGTGCACGTTGGGTTGAGTAGGCTCCATGATTACGGTTCCCG
ACTCGGAATCAATCTTGGCATCGAGCTTTGAGGTGCGGATAAGGTTCACAATCCATCTCT
CTGCCTCTTCATAGTTCAGATTCAATTTCTCAGCAAGTACCCCC*ATGTCAATTCTCTGA
TGAATTCTGCAATAGGTTTCGAAAATAAAGAGGCGGGCATTTTCAAGAAACTCATCTCTC
AGTGGAACAGTTGAAAAGTTTCCATTCTCTACTCGCTTTCCGAGGAATGGATCATTCACA
ATGACCTCTTCACACTCTTTCATCTTCTTTTGAGCCCCATCAAAGTCATAATTGACAAAC
ACACATGCCAGGAACTCCACAATAGGATCTTTGTAGGAGTAGTGCTCTTGTTGAATGACC
TTAATGAACTCTTTCAGTTGAGGCCTTTTCCTTTTGTTGACAACGAAAGCAGTTGCCAAG
TAACGCAGCAAGTGTGGAGCACTCGTTTGTATGGCGTTCAGATACTTGTCTTGGTTAAAA
AGATCAATGATTTGAGTCCTTCCGTTATCATGGTTGAAAAAGATATAGAGACCCCAATGC
ATCAACCAAATCCTGTTCTGCACTTGGTTTAACGGTGACGCAAAACTCTTTGAGTCAATA
ATATCTTTAACACGGTTAAGCTCTTCAAATGCAATGTCCCAGTTCTGCATCAATATCTCA
GATGCAAGCTTTCCCCACAAGGCGCTCAGACTCCTCTCAAGGTTAGAGCAAAGAGTCCTG
TACTGGTATAGGTAATCAGCGGCACCAGAATAGTTACCACACTCAAACTGAAATTTGGCG
TACTGATACAACGCCTCAATCTGGTCCGGACCAATCTGGTAACGTTCCTTGAGCATCTGG
AGATTATACTGCTTATCAGCCCTAAGCTCCTGAACAGCAGCAGGGTTCAAAAGGAAAGTC
ACGAGCGGTGCAGCAGCCTCCTCCAGAGACTTGAGCCTCGCGACAACCTCAGCTCTCCTC
TCCACCATATCTTGGGGAGCGTCTTCGGTGTGGTAGAGACTCTTGTGAATGTCCATGGCG
TAATCAACCATGTTGGTCTTGTTCAAAAGCTCGATCTTGAACTTGAGGGTCTGCTCATCG
GGGTAAAGCTGACGCTCCTGAAGAAACTCGAGTATGGGGAACACCAGGTGCCTGTCTAGG
TTGGGGGCTACTCGAGGTGTCAGGTCATAGTTCTCTTTGATTTCCGCCATCGTCGTCATC
TCTCGTATCTCCGTCGAGCTCTCAAGACGGCAGAGATGGAGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL96JQ U 26
AF RR3DX26JQ U 1
AF RR3DX26TF C 121
AF RR3AL96TF C 823
BS 1 58 RR3DX26JQ
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BS 60 72 RR3DX26JQ
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BS 380 466 RR3DX26JQ
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BS 468 777 RR3DX26JQ
BS 778 917 RR3DX26TF
BS 918 1542 RR3AL96TF

RD RR3AL96JQ 626 0 0
AAATCGAAC
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AGACAAAACAAACTGATGATTATCAAGGGAAGGGTCTAAGGATAGACAGAGTCGACAGCA
AAATTGTGATTAACGAGCTGCTTGCCCCTGTGAGTGTTCTAAGAGCTGAGTCACTAACTT
GTAAGTCCGTCCTGACAAGGCTTTGGTGTGGTTAATCAACTGCTCATGCACGTTGGGCTG
AGTAGGCTCCATGATTACGGTTCCTGACTCGGAATCAATCTTGGCATCGAGCTTTGAGGT
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AAGTACCCCC*ATGTCAATTCTCTGATGAATTCTGCAATAGGTTTCGAAAATAAAGAGGC
GGGCATTTTCAAGAAACTCATCTCTCAGTGGAACAGTTGAAAAGTTTCCATTCTCTACTC
GCTTTCCGAGGAATGGATCATTCACAATGACCTCTTCACACTCTTTCATCTTCTTTTGAG
CCCCATCGAAGTCATAATTGACAAACACACATGCCAGGAACTCCACAATAGGATCTTTGT
AGGAGTAGTGCTCTTGT

QA 10 626 10 626
DS 

RD RR3DX26JQ 777 0 0
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GCATGATTCAAA*GATCAAAAACAATT*GATTCCAGACAAAACAAACTGATGATTATCAA
GGAAAGGGTCTAAGGATAGACAGAGTCGACAGCAAAACTGTGATTAACGAGCTGCTTGCC
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TGTGGTTAATCAACTGCTCGTGCACGTTGGGTTGAGTAGGCTCCATGATTACGGTTCCCG
ACTCGGAATCAATCTTGGCATCGAGCTTTGAGGTGCGGATAAGGTTCACAATCCATCTCT
CTGCCTCTTCATAGTTCAAATTCAATTTCTCAGCAAGTACCCCC*ATGTCAATTCTCTGA
TGAATTCTGCAATAGGTTTCGAAAATAAAGAGGCGGGCATTTTCAAAAAACTCATCTCTC
AGTGGAACAGTTGAAAAGTTTCCATTCTCTACTCGCTTTCCGAGGAATGGATCATTCACA
ATGACCTCTTCACACTCTTTCATCTTCTTTTGAGCCCCATCAAAGTCATAATTGACAAAC
ACACATGCCAGGAACTCCACAATAGGATCTTTGTAGGAGTAGTGCTCTTGTTGAATGACC
TTAATGAACTCTTTCAGTTGAGGCCTTTTCCTTTTGTTGACAACGAAAGCAGTTGCCAAG
TAACGCAGCAAGTGTGGAGCACTCGTTTGTATGGCGTTCAGATACTTGTCTTGGTTA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3DX26TF 798 0 0
ATCAGAAAGGTCTA
GATAGACAGAGTCGACAGCAAA*CTGTGAT**ACGAGCTGCTG**CCCTGTGTGTGT*CT
AAGAGCTGAGTCACTAACT*GTAAGTCCGTC*TGATAAGACTTTGGTGTGGTTAATCAAC
TGCTCGTGCACGTTGGGTTGAGTAGGCTCCATGATTACGGTTCCCGACTCGGAATCAATC
TTGGCATCGAGCTTTGAGGTGCGGATAAGGTTCACAATCCATCTCTCTGCCTCTTCATAG
TTCAGATTCAATTTCTCAGCAAGTACCCCCCATGTCAATTCTCTGATGAATTCTGCAATA
GGTTTCGAAGATAAAGAGGCGGGCATTTTCAAGAAACTCATCTCTCAGTGGAACAGTTGA
AAAGTTTCCATTCTCTACTCGCTTTCCGAGGAATGGATCATTCACAATGACCTCTTCACA
CTCTTTCATCTTCTTTTGAGCCCCATCAAAGTCATAATTGACAAACACACATGCCAGGAA
CTCCACAATAGGATCTTTGTAGGAGTAGTGCTCTTGTTGAATGACCTTAATGAACTCTTT
CAGTTGAGGCCTTTTCCTTTTGTTGACAACGAAAGCAGTTGCCAAGTAACGCAGCAAGTG
TGGAGCACTCGTTTGTATGGCGTTCAGATACTTGTCTTGGTTAAAAAGATCAATGATTTG
AGTCCTTCCGTTATCATGGTTGAAAAAGATATAGAGACCCCAATGCATCAACCAAATCCT
GTTCTGCACTTGGTTTAACGGTGACGCAAAACTCTTTGAGTCAATAATATCTTTAACACG
GTT
C

QA 15 797 15 797
DS 

RD RR3AL96TF 720 0 0
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AAACTCTTTGAGTCGATAATATCTTTAACACGGTTAAGCTCTTCAAATGCAATGTCCCAG
TTCTGCATCAATATCTCAGATGCAAGCTTTCCCCACAAGGCGCTCAGACTCCTCTCAAGG
TTAGAGCAAAGAGTCCTGTACTGGTATAGGTAATCAGCGGCACCAGAATAGTTACCACAC
TCAAACTGAAATTTGGCGTACTGATACAACGCCTCAATCTGGTCCGGACCAATCTGGTAA
CGTTCCTTGAGCATCTGGAGATTATACTGCTTATCAGCCCTAAGCTCCTGAACAGCAGCA
GGGTTCAAAAGGAAAGTCACGAGCGGTGCAGCAGCCTCCTCCAGAGACTTGAGCCTCGCG
ACAACCTCAGCTCTCCTCTCCACCATATCTTGGGGAGCGTCTTCGGTGTGGTAGAGACTC
TTGTGAATGTCCATGGCGTAATCAACCATGTTGGTCTTGTTCAAAAGCTCGATCTTGAAC
TTGAGGGTCTGCTCATCGGGGTAAAGCTGACGCTCCTGAAGAAACTCGAGTATGGGGAAC
ACCAGGTGCCTGTCTAGGTTGGGGGCTACTCGAGGTGTCAGGTCATAGTTCTCTTTGATT
TCCGCCATCGTCGTCATCTCTCGTATCTCCGTCGAGCTCTCAAGACGGCAGAGATGGAGC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 2 4

CO CL2649Contig1 961 2 2 U
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GAAAGAGAGAGAGAAATGGGAAGGTCACCTTGTTGCGAGAAAGCTCACATGAACAAAGGA
GCTTGGACTAAAGAAGAAGATCATCTTCTCGTTGATTACATCCGCAAACACGGCGAAGGT
TGCTGGCGATCTCTCCCTCGAGCCGCCGGATTACAAAGATGTGGTAAGAGTTGTAGGTTG
AGATGGATGAATTATCTAAGACCAGATCTCAAGAGAGGTAATTTCACTGAGGAAGAAGAC
GAACTCATCATCAAACTCCATAGCTTACTCGGCAACAAATGGTCGTTGATTGCTGGGAGA
TTAGCAGGAAGAACAGACAACGAGATCAAAAACTATTGGAACACTCACATCAAGAGGAAG
CTTGTCAGCCGCGGGATTGACCCAAACACCCACCGTCCGATCAACGAATCCGCAATCCCT
CCTTCGAAGACAACAACACCGTCACTTCTAAACGACGAGCCTGCACAATTCGATTTGGCT
GGACCGGATCAACATCAGACGGTTAAACCGGAACCGATGGTGCTAGACCGGGGAAGAGGT
TATCAACAATAACTCCACGAGCAGTGGAACAACGTCGGACGACGATTGTGTACTCAATTT
GGAACTCTCTGTTGGTCTGGCTACTACGAGGTACCAGTCAACCCGGAAGGCAAGTCTTGA
CTCGGTCGAGTCCACTGAACGGTGGGGATCCGAGTTGTTCGGGGCTCAGGCTGAAGTGTG
TTTGTGTTGTCGGATAGGGTTTCATAATGAGTCCTGTCGTAATTGTCGTGTTTCGGATGC
TCGAACCATCTGGGAATCGAAAATTCTTTAGGATATTTTATATATTAGTTAATTTGTATT
TTTGTTTTGTTTTGTTATGTTTCTTCTTGTAATGAATGCATCAAGTAACAAAAAGTAGGA
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3G884TF U 1
AF RR3G884JQ C 246
BS 1 635 RR3G884TF
BS 636 961 RR3G884JQ

RD RR3G884TF 635 0 0
CTCTTCCTTGAACAAAAAAAAACACACCAATAGAGATCCAAGAAAAGAGAGGCCATTAAA
GAAAGAGAGAGAGAAATGGGAAGGTCACCTTGTTGCGAGAAAGCTCACATGAACAAAGGA
GCTTGGACTAAAGAAGAAGATCATCTTCTCGTTGATTACATCCGCAAACACGGCGAAGGT
TGCTGGCGATCTCTCCCTCGAGCCGCCGGATTACAAAGATGTGGTAAGAGTTGTAGGTTG
AGATGGATGAATTATCTAAGACCAGATCTCAAGAGAGGTAATTTCACTGAGGAAGAAGAC
GAACTCATCATCAAACTCCATAGCTTACTCGGCAACAAATGGTCGTTGATTGCTGGGAGA
TTAGCAGGAAGAACAGACAACGAGATCAAAAACTATTGGAACACTCACATCAAGAGGAAG
CTTGTCAGCCGCGGGATTGACCCAAACACCCACCGTCCGATCAACGAATCCGCAATCCCT
CCTTCGAAGACAACAACACCGTCACTTCTAAACGACGAGCCTGCACAATTCGATTTGGCT
GGACCGGATCAACATCAGACGGTTAAACCGGAACCGATGGTGCTAGACCGGGGAAGAGGT
TATCAACAATAACTCCACGAGCAGTGGAACAACGT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3G884JQ 716 0 0
GATGAATTATCTAAGACCAGATCTCAAGAGAGGTAATTTCACTGAGGAAGAAGACGAACT
CATCATCAAACTCCATAGCTTACTCGGCAACAAATGGTCGTTGATTGCTGGGAGATTAGC
AGGAAGAACAGACAACGAGATCAAAAACTATTGGAACACTCACATCAAGAGGAAGCTTGT
CAGCCGCGGGATTGACCCAAACACCCACCGTCCGATCAACGAATCCGCAATCCCTCCTTC
GAAGACAACAACACCGTCACTTCTAAACGACGAGCCTGCACAATTCGATTTGGCTGGACC
GGATCAACATCAGACGGTTAAACCGGAACCGATGGTGCTAGACCGGG*AAGAGGTTATCA
ACAATAACTCCACGAGCAGTGGAACAACGTCGGACGACGATTGTGTACTCAATTTGGAAC
TCTCTGTTGGTCTGGCTACTACGAGGTACCAGTCAACCCGGAAGGCAAGTCTTGACTCGG
TCGAGTCCACTGAACGGTGGGGATCCGAGTTGTTCGGGGCTCAGGCTGAAGTGTGTTTGT
GTTGTCGGATAGGGTTTCATAATGAGTCCTGTCGTAATTGTCGTGTTTCGGATGCTCGAA
CCATCTGGGAATCGAAAATTCTTTAGGATATTTTATATATTAGTTAATTTGTATTTTTGT
TTTGTTTTGTTATGTTTCTTCTTGTAATGAATGCATCAAGTAACAAAAAGTAGGAT

QA 1 716 1 716
DS 



CO CL2649Contig2 1002 2 4 U
GGAGGAACTCTCTTCCTTCAACCAAAAAAAACACACCAATAGAGATCCAAGAAAGGAGAG
GCCATTAAAGAAAGAGAGAGAGAAATGGGAAGGTCACCTTGTTGCGAGAAAGCTCACATG
AACAAAGGAGCTTGGACTAAAGAAGAAGATCATCTTCTCGTTGATTACATCCGCAAACAC
GGCGAAGGTTGCTGGCGTTCTCTCCCTCGAGCCGCCGGATTACAAAGATGTGGTAAGAGT
TGTGGGTTGAGATGGATGAATTATCTAAGACCAGATCTCAAGGGAGGTAATTTCACTGAG
GAAGAAGACGAACTCATCATCAAACTCCATAGCTTACTCGGTAACAAATGGTCGTTGATT
GCTGGGAGATTAGCAGGAAGAACAGACAACGAGATCAAAAACTATTGGAACACTCACATC
AAGAGGAAGCTTGTAAGCCGCGGGATTGACCCAAACACCCATCGTCCGATCAACGAATCC
GCAATCCCTCCTTCAAAAACAACAACATCGTCACTTCTAAACGACGAGCCTGTACAATTC
GATTTGGCCGGACCGGATCAACATCAGACGGTTAAACCGGAACCGATGGCGCTAGACCGG
GAAGAGGTTAATAATGATATCAACAATAATAACTCCACGAGCAGTGGAACGACGTCGGAT
GACGATTGTGTACTCAATTTGGAACTCTCTGTTGGTCTGGCTACTACGAGGTACCAGTCA
ACCCGGAAGGCAAGTCTTGACTCGGTCGAGTCCACTGGACGGTGGGGATCCGAGTTGTTC
GGGGCTCAGGCTGAAGTGTGTTTGTGTTGTCGGATAGGGTTTCATAATGAGTCCTGTCCT
AATTGTCGTGTTTCGGATGCTCGAACCATCTGGGAATCGAAAATTCTTTAGGAATATTTT
ATATATTAGTTAATTTGTAACTGTATTTTTGTTTTGTTTTGTTACGTTTCTTCTTGTAAT
GAATGCATCAAGTAACAAAAAGTAGGATAAATTTTCTGCTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX63TF U 1
AF RR3GX63JQ C 236
BS 1 676 RR3GX63TF
BS 677 677 RR3GX63JQ
BS 678 710 RR3GX63TF
BS 711 1002 RR3GX63JQ

RD RR3GX63TF 714 0 0
GGAGGAACTCTCTTCCTTCAACCAAAAAAAACACACCAATAGAGATCCAAGAAAGGAGAG
GCCATTAAAGAAAGAGAGAGAGAAATGGGAAGGTCACCTTGTTGCGAGAAAGCTCACATG
AACAAAGGAGCTTGGACTAAAGAAGAAGATCATCTTCTCGTTGATTACATCCGCAAACAC
GGCGAAGGTTGCTGGCGTTCTCTCCCTCGAGCCGCCGGATTACAAAGATGTGGTAAGAGT
TGTGGGTTGAGATGGATGAATTATCTAAGACCAGATCTCAAGGGAGGTAATTTCACTGAG
GAAGAAGACGAACTCATCATCAAACTCCATAGCTTACTCGGTAACAAATGGTCGTTGATT
GCTGGGAGATTAGCAGGAAGAACAGACAACGAGATCAAAAACTATTGGAACACTCACATC
AAGAGGAAGCTTGTAAGCCGCGGGATTGACCCAAACACCCATCGTCCGATCAACGAATCC
GCAATCCCTCCTTCAAAAACAACAACATCGTCACTTCTAAACGACGAGCCTGTACAATTC
GATTTGGCCGGACCGGATCAACATCAGACGGTTAAACCGGAACCGATGGCGCTAGACCGG
GAAGAGGTTAATAATGATATCAACAATAATAACTCCACGAGCAGTGGAACGACGTCGGAT
GACGATTGTGTACTCA*TTTGGAACTCTCTGTTGGTCTGGCTACTACGAG
TACA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3GX63JQ 767 0 0
AGAGTTGTGGGTTGAGATGGATGAATTATCTAAGACCAGATCTCAAGGGAGGTAATTTCA
CTGAGGAAGAAGACGAACTCATCATCAAACTCCATAGCTTACTCGGTAACAAATGGTCGT
TGATTGCTGGGAGATTAGCAGGAAGAACAGACAACGAGATCAAAAACTATTGGAACACTC
ACATCAAGAGGAAGCTTGTAAGCCGCGGGATTGACCCAAACACCCATCGTCCGATCAACG
AATCCGCAATCCCTCCTTCAAAAACAACAACATCGTCACTTCTAAACGACGAGCCTGTAC
AATTCGATTTGGCCGGACCGGATCAACATCAGACGGTTAAACCGGAACCGATGGCGCTAG
ACCGGGAAGAGGTTAATAATGATATCAACAATAATAACTCCACGAGCAGTGGAACGACGT
CGGATGACGATTGTGTACTCAATTTGGAACTCTCTGTTGGTCTGGCTACTACGAGGTACC
AGTCAACCCGGAAGGCAAGTCTTGACTCGGTCGAGTCCACTGGACGGTGGGGATCCGAGT
TGTTCGGGGCTCAGGCTGAAGTGTGTTTGTGTTGTCGGATAGGGTTTCATAATGAGTCCT
GTCCTAATTGTCGTGTTTCGGATGCTCGAACCATCTGGGAATCGAAAATTCTTTAGGAAT
ATTTTATATATTAGTTAATTTGTAACTGTATTTTTGTTTTGTTTTGTTACGTTTCTTCTT
GTAATGAATGCATCAAGTAACAAAAAGTAGGATAAATTTTCTGCTGG

QA 1 767 1 767
DS 



AS 2 4

CO CL2650Contig1 962 2 2 U
TGACAGCCCTAACACCAAGGCTATGTTGTTCATTAACTTCACCGGTGAAGGAGCTGAGGC
TCTTAAATCAAAGTACCGTGAAGTTGCTGCATCCTTCAAGGGACAAGGTCTTAGCTTCCT
TCTCGGAGATGCTGAGAACAGCCAAGGCGCATTCCAGTACTTTGGACTAGAAGAGAGCCA
AGTTCCTCTCATCATCATCCAGACTACTGACGACAAGAAATATCTTAAAACAAATGTGGA
GATTGACCAGATTGGATCGTGGGTCAAGGACTTCAAAGATGGAAAAGTTGCCCCACACAA
AAAATCTCAACCCATCCCAACCGAAAACAACGAGCCAGTGAAGGTTGTTGTTGCTGAGAA
CCTTGACGAGATGGTCTTCAATTCTGGAAAGAACGTCTTGCTTGAATTCTATGCACCATG
GTGTGGACACTGCCAAAGGCTTGTTCCAATCTTGGACGAAGTCGCTGTGTCATACCAAAG
CGACCCAAGTGTTGTCATAGCTAAGCTAGACGCAACCGCAAACGACTTCCCAAATGATAC
CTTCGATGTGAAGGGCTTCCCGACAATATACTTGAGATCAGCGAGCGGAAACATTGTGGT
TTACGAAGGAGACAGGACAAAGGAAGACATCATAAGCTTCATCGACAAGAACAAGGACAC
AGCTGGAGAGCCTAAGAAGGAGGAAACGACAGCTGAGGTCGTTAAGGACGAGCTCTGAAA
AGGAGAAGTGTGTTGTGTCTCTTAGCTGCTAGCCTAGTTTGGTAGTTTTGAGGAAAATAC
ACAGTAGAGAGAGAAGGTGTTTGTGTCTATTCGTTAGAGTTTTTACATCCACGCTGGCTA
AACAATAATGGCTTTGCCTCTTTTCTTTTGTTTTTCTTTTGGGTCAATTTTTCCTTTTTG
AACTCAGTTCTCTTTTAATGTCATGAGTAGTTTGAGGCAAGCCTTGGGACCGAGTTTTTA
AG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR3AC27TF U 1
AF RR3AC27JQ C 123
BS 1 652 RR3AC27TF
BS 653 962 RR3AC27JQ

RD RR3AC27TF 652 0 0
TGACAGCCCTAACACCAAGGCTATGTTGTTCATTAACTTCACCGGTGAAGGAGCTGAGGC
TCTTAAATCAAAGTACCGTGAAGTTGCTGCATCCTTCAAGGGACAAGGTCTTAGCTTCCT
TCTCGGAGATGCTGAGAACAGCCAAGGCGCATTCCAGTACTTTGGACTAGAAGAGAGCCA
AGTTCCTCTCATCATCATCCAGACTACTGACGACAAGAAATATCTTAAAACAAATGTGGA
GATTGACCAGATTGGATCGTGGGTCAAGGACTTCAAAGATGGAAAAGTTGCCCCACACAA
AAAATCTCAACCCATCCCAACCGAAAACAACGAGCCAGTGAAGGTTGTTGTTGCTGAGAA
CCTTGACGAGATGGTCTTCAATTCTGGAAAGAACGTCTTGCTTGAATTCTATGCACCATG
GTGTGGACACTGCCAAAGGCTTGTTCCAATCTTGGACGAAGTCGCTGTGTCATACCAAAG
CGACCCAAGTGTTGTCATAGCTAAGCTAGACGCAACCGCAAACGACTTCCCAAATGATAC
CTTCGATGTGAAGGGCTTCCCGACAATATACTTGAGATCAGCGAGCGGAAACATTGTGGT
TTACGAAGGAGACAGGACAAAGGAAGACATCATAAGCTTCATCGACAAGAAC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3AC27JQ 840 0 0
TCGGAGATGCTGAGAACAGCCAAGGCGCATTCCAGTACTTTGGACTAGAAGAGAGCCAAG
TTCCTCTCATCATCATCCAGACTACTGACGACAAGAAATATCTTAAAACAAATGTGGAGA
TTGACCAGATTGGATCGTGGGTCAAGGACTTCAAAGATGGAAAAGTTGCCCCACACAAAA
AATCTCAACCCATCCCAACCGAAAACAACGAGCCAGTGAAGGTTGTTGTTGCTGAGAACC
TTGACGAGATGGTCTTCAATTCTGGAAAGAACGTCTTGCTTGAATTCTATGCACCATGGT
GTGGACACTGCCAAAGGCTTGTTCCAATCTTGGACGAAGTCGCTGTGTCATACCAAAGCG
ACCCAAGTGTTGTCATAGCTAAGCTAGACGCAACCGCAAACGACTTCCCAAATGATACCT
TCGATGTGAAGGGCTTCCCGACAATATACTTGAGATCAGCGAGCGGAAACATTGTGGTTT
ACGAAGGAGACAGGACAAAGGAAGACATCATAAGCTTCATCGACAAGAACAAGGACACAG
CTGGAGAGCCTAAGAAGGAGGAAACGACAGCTGAGGTCGTTAAGGACGAGCTCTGAAAAG
GAGAAGTGTGTTGTGTCTCTTAGCTGCTAGCCTAGTTTGGTAGTTTTGAGGAAAATACAC
AGTAGAGAGAGAAGGTGTTTGTGTCTATTCGTTAGAGTTTTTACATCCACGCTGGCTAAA
CAATAATGGCTTTGCCTCTTTTCTTTTGTTTTTCTTTTGGGTCAATTTTTCCTTTTTGAA
CTCAGTTCTCTTTTAATGTCATGAGTAGTTTGAGGCAAGCCTTGGGACCGAGTTTTTAAG

QA 1 840 1 840
DS 



CO CL2650Contig2 678 2 1 U
GATCGTGGGTCAAGGACTTCAAAGACGGAAAAGTTGCCCCACACAAAAAATCTCAACCCA
TCCCAACCGAAAACAACGAGCCAGTGAAGGTTGTTGTTGCTGAGAACCTTGACGAGATGG
TCTTCAACTCTGGAAAGAACGTCTTGCTTGAATTCTATGCACCATGGTGTGGACACTGCC
AAAAGCTTGTACCAATCTTGGACGAAGTCGCTGTGTCATACCAAAGCGACCCAAGTGTTG
TCATAGCTAAGCTAGACGCAACCGCAAACGACTTCCCAAATGATACCTTCGATGTGAAGG
GCTTCCCGACAATATACTTGAGATCAGCGAGCGGAAACGTTGTGGTTTACGAAGGAGACA
GGACAAAGGAAGACATCATAAGCTTCATCGACAAGAACAAGGACACTGCTGGAGAGCCCA
AGAAGGAGGAAGCGACAGCTGAGGTCGTTAAGGACGAGCTCTGAAAAGGAGAAATGTGTT
GTGCCTCTTAGCTGCTAGCCTAGTTTGGTAGTTTTGAGGAAAATACACAGTAGAGAGAGG
TGTTTGTGTCTATTCGTTAGAGTTTTTACGTGCACTCTGGCTAAACAATAATGGCTTTGC
CTCTTTTCTTTTGTTTTTCTTTTCGGATCAACTTTTATGTTTTGAACTCAGTTCTCTTTT
AATGTTATGAGTAGTTTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC08TF U 1
AF RR3AR21TF U 1
BS 1 678 RR3AR21TF

RD RR3DC08TF 170 0 0
GATCGTGGGTCAAGGACTTCAAAGACGGAAAAGTTGCCCCACACAAAAAATCTCAACCCA
TCCCAACCGAAAACAACGAGCCAGTGAAGGTTGTTGTTGCTGAGAACCTTGACGAGATGG
TCTTCAACTCTGGAAAGAACGTCTTGCTTGAATTCTATGCACCATGGTGT

QA 1 170 1 170
DS 

RD RR3AR21TF 678 0 0
GATCGTGGGTCAAGGACTTCAAAGACGGAAAAGTTGCCCCACACAAAAAATCTCAACCCA
TCCCAACCGAAAACAACGAGCCAGTGAAGGTTGTTGTTGCTGAGAACCTTGACGAGATGG
TCTTCAACTCTGGAAAGAACGTCTTGCTTGAATTCTATGCACCATGGTGTGGACACTGCC
AAAAGCTTGTACCAATCTTGGACGAAGTCGCTGTGTCATACCAAAGCGACCCAAGTGTTG
TCATAGCTAAGCTAGACGCAACCGCAAACGACTTCCCAAATGATACCTTCGATGTGAAGG
GCTTCCCGACAATATACTTGAGATCAGCGAGCGGAAACGTTGTGGTTTACGAAGGAGACA
GGACAAAGGAAGACATCATAAGCTTCATCGACAAGAACAAGGACACTGCTGGAGAGCCCA
AGAAGGAGGAAGCGACAGCTGAGGTCGTTAAGGACGAGCTCTGAAAAGGAGAAATGTGTT
GTGCCTCTTAGCTGCTAGCCTAGTTTGGTAGTTTTGAGGAAAATACACAGTAGAGAGAGG
TGTTTGTGTCTATTCGTTAGAGTTTTTACGTGCACTCTGGCTAAACAATAATGGCTTTGC
CTCTTTTCTTTTGTTTTTCTTTTCGGATCAACTTTTATGTTTTGAACTCAGTTCTCTTTT
AATGTTATGAGTAGTTTG

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 4

CO CL2651Contig1 654 4 19 U
GCGGCAACTTCTCTTGTGATTTATAAATCAACCGTGACACACATATCTCGTGACACTACA
AAAGACACTCCAACACACATGTCGAGAGCAGCTAAAAAAGCATAGAACATAATCGATAGA
AAGGCTCCTCCATTTAACGGCGTTGCATAGAACATCGTTTAATAGCGTTGCACCTTAGAA
CGCCTCCTGTTACCTATACCACAAAGACGGCTCGTGTGGACAGCGGTTATTCCCCCACAA
ATAACCTTAAGATGTAACTTGCGTCCATCCATGTAGCATCCATGTTTTTATATCTACAAG
TCTTTGTATTGTTCAACAAGTTGTAAAGCTTTTGACATTGGTTTTGTTGATTACATCAGT
GAGCTTCTCGCCATTTGGCAGAACTTCCTCAATTCCGATGAATTGGTAAGCTTTGCGTTG
GAGATAGCTTTCAACTCATCTACCTCAAGCAATCCTTGTCTCTTGATCGAAACCGATCGA
TCAAAGCTTCTTCTTCGACGAGAATCTACATCGCACGAGCGACGGCCGGAGAGTTTCTCC
TCTTCTTTCCTCTCCTTGTGATGATAACTCAGTGAGAATCTCTTCATCTTCCTGCTCCTC
AATTGTGTTCGCAGGAGACAAACCGAGAGAGAGAGAGAAAAGAACGGAGACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3G136JQ U 15
AF RR3BQ31TF C 1
AF RR3G136TF C 70
AF RR3BQ31JQ U 194
BS 1 14 RR3BQ31TF
BS 15 104 RR3G136JQ
BS 105 105 RR3BQ31TF
BS 106 118 RR3G136JQ
BS 119 119 RR3BQ31TF
BS 120 149 RR3G136JQ
BS 150 150 RR3BQ31TF
BS 151 177 RR3G136JQ
BS 178 178 RR3BQ31TF
BS 179 380 RR3G136JQ
BS 381 381 RR3BQ31JQ
BS 382 422 RR3G136JQ
BS 423 423 RR3BQ31JQ
BS 424 495 RR3G136JQ
BS 496 501 RR3BQ31JQ
BS 502 502 RR3BQ31TF
BS 503 525 RR3BQ31JQ
BS 526 526 RR3BQ31TF
BS 527 654 RR3BQ31JQ

RD RR3G136JQ 481 0 0
TGTGATTTATAAATCAACCGTGACACACATATCTCGTGACACTACAAAAGACACTCCAAC
ACACATGTCGAGAGCAGCTAAAAAAGCATAAAACATAATCGATAAAAAGGCTCCTCCATT
TAACGGCGTTGCATAAAACATCGTTTAATAGCGTTGCACCTTAAAACGCCTCCTGTTACC
TATACCACAAAGACGGCTCGTGTGGACAGCGGTTATTCCCCCACAAATAACCTTAAGATG
TAACTTGCGTCCATCCATGTAGCATCCATGTTTTTATATCTACAAGTCTTTGTATTGTTC
AACAAGTTGTAAAGCTTTTGACATTGGTTTTGTTGATTACATCAGTGAGCTTCTCGCCAT
TTGGCAAAACTTCCTCAATTCCGATGAATTGGTAAGCTTTGCGTTGGAAATAGCTTTCAA
CTCATCTACCTCAAGCAATCCTTGTCTCTTGATCGAAACCGATCGATCAAAGCTTCTTCT
T

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR3BQ31TF 654 0 0
GCGGCAACTTCTCTTGTGATTTATAAATCAACCGTGACACACATATCTCGTGACACTACA
AAAGACACTCCAACACACATGTCGAGAGCAGCTAAAAAAGCATAGAACATAATCGATAGA
AAGGCTCCTCCATTTAACGGCGTTGCATAGAACATCGTTTAATAGCGTTGCACCTTAGAA
CGCCTCCTGTTACCTATACCACAAAGACGGCTCGTGTGGACAGCGGTTATTCCCCCACAA
ATAACCTTAAGATGTAATTTGCGTCCATCCATGTAGCATCCATGTTTTTATATCTACAAG
TCTTTGTATTGTTCAACAAGTTGTAAAGCTTTTGACATTGGTTTTGTTGATTACATCAGT
GAGCTTCTCGCCATTTGGCAGAACTTCCTCAATTCCGATGAATTGGTAAGCTTTGCGTTG
GAGATAGCTTTCAACTCATCTACCTCAAGCAATCCTTGTCTCTTGATCGAAACCGATCGA
TCAAAGCTTCTTCTTCGACGAGAATCTACATCGCACGAGCGACGGCCGGAGAGTTTCTCC
TCTTCTTTCCTCTCCTTGTGATGATAACTCAGTGAGAATCTCTTCATCTTCCTGCTCCTC
AATTGTGTTCGCAGGAGACAAACCGAGAGAGAGAGAGAAAAGAACGGAGACCC
C

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3G136TF 584 0 0
CCAACACACATGTCGAGAGCAGCTAAAAAAGCATAGAACATAATCGATAGAAAGGCTCCT
CCATTTAACGGCGTTGCATAGAACATCGTTTAATAGCGTTGCACCTTAGAACGCCTCCTG
TTACCTATACCACAAAGACGGCTCGTGTGGACAGCGGTTATTCCCCCACAAATAACCTTA
AGATGTAACTTGCGTCCATCCATGTAGCATCCATGTTTTTATATCTACAAGTCTTTGTAT
TGTTCAACAAGTTGTAAAGCTTTTGACATTGGTTTTGTTGATTACATCAGTGAGCTTCTC
GCCATTTGGCAGAACTTCCTCAATTCCGATGAATTGGTAAGCTTTGCGTTGGAGATAGCT
TTCAACTCATCTACCTCAAGCAATCCTTGTCTCTTGATCGAAACCGATCGATCAAAGCTT
CTTCTTCGACGAGAATCTACATCGCACGAGCGACGGCCGGAGAGTTTCTCCTCTTCTTTC
CTCTCCTTGTGATGATAACTCAGTGAGAATCTCTTCATCTTCCTGCTCCTCAATTGTGTT
CGCAGGAGACAAACCGAGAGAGAGAGAGAAAAGAACGGAGACCC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3BQ31JQ 461 0 0
CTATACCACAAAGACGGCTCGTGTGGACAGCGGTTATTCCCCCACAAATAACCTTAAGAA
GTAATTTGCGTCCATCCATGTAGCATCCATGTTTTTATATCTACAAGTCTTTGTATTGTT
CAACAAGTTGTAAAGCTTTTGACATTGGTTTTGTTGATTACATCAGTGAGCTTCTCGCCA
TTTGGCAGAACTTCCTCAATTCCGATGAATTGGTAAGCTTTGCGTTGGAGATAGCTTTCA
ACTCATCTACCTCAAGCAATCCTTGTCTCTTGATCGAAACCGATCGATCAAAGCTTCTTC
TTCGACGAAAATCTACATCGCACGAGCGACGGGCGGAGAGTTTCTCCTCTTCTTTCCTCT
CCTTGTGATGATAACTCAGTGAGAATCTCTTCATCTTCCTGCTCCTCAATTGTGTTCGCA
GGAGACAAACCGAGAGAGAGAGAGAAAAGAACGGAGACCCC

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 4

CO CL2652Contig1 876 4 11 U
GGATCCTTATATCCAAACACATCTCACCCCCCTTCGAGACTTCTTCCTTCTTCCTTCTTC
TTCTTCCTCGCCGATCGCAACTTCCGTCTTCTCTCAGCAAATCCTTTAACGACAATGGAT
TACGACTTCAGAAACAAGTCAGGTCCCTCCTACGGCCGTCCTATGTACCCATCTCCTTCT
CCATCATCTATGTACACCGGTCCTCCCGGATACCCAAAGATCGGTGGCGGCCAACCGTTT
TTCCCTCCGCCGCCGGAGAGAACCCCGTCGTTTCAACACAACCCCTCTTCATCTGGATTA
GGAATCAAGGTGACTCTCAAGCCTGACTATCGTATCACTCCTCCGCCTCCGTTGTTGCCT
CGAGTTGGAGATGTTCCTAGGAGCAGCTTTCAGTTCGATTTCGGACTAGAAAGGAAGGTT
CTTGCTGAGGCGGAGAAGGATAACCCTGATTGGAGCAAGTTTGGGTCCGACCATCCTCCT
CCTCCTCCTCCACCGGCGAACTTCTCACAACCGCCGCCGGCTAATTTTGCACAACCACCA
CCGGCACATTCAATGGGTGTAGATCCTGTAGTGATGAAATATGCTGGGCTAAACCGAGAA
GCTGTCAACATCGCTGTTGCAAACTATGGTGATAATCCCACAAAGGTTCATGAATTTGCA
AATGGGTTCAGTGCGATAAGGGAGATGGGGTTCCCAACGAACGCTGTTGCAGATGCTCTC
TTCATGTTCGAGAACGACACTGAGAAGGCATTGTCACATTTGCTCCATGGTTCTTCTTGA
ACTTTTTTTAGACTTTCAAATTATCCTCCTTCTATAGTGTGTAAGTAAAACATCGAATAA
TGTAAAAGATTGACAAAAGTATAAACATTGTTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 
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AF RR3ES29JQ C 365
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CTTGCTGAGGCGGAGAAGGATAACCCTGATTGGAGCAAGTTTGGGTCCGACCATCCTCCT
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CCGGCACATTCAATGGGTGTAGATCCTGTAGTGATGAAATATGCTGGGCTAAACCGAGAA
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GG
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AGTGCGATAAGGGAGATGGGGTTCCCAACGAACGCTGTTGCAGATGCTCTCTTCATGTTC
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AGACTTTCAA*TTATCCTCCTTCTATAGTGTGTAAGTAAAACATCGA
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TCCGACCATCCTCCTCCTCCTCCTCCACCGGCGAACTTCTCACAACCGCCGCCGGCTAAT
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CTCCTCCACCGGCGAACTTTTCACAACCGCCGCCGGCTAATTTTGCACAACCACCACCGG
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TCAACATCGCTGTTGCAAACTATGGTGATAATCCCACAAAGGTTCATGAATTTGCAAATG
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TGTTCGAGAACGACACTGAGAAGGCATTGTCACATTTGCTCCATGGTTCTTCTTGAACTT
TTTTTAGACTTTCAAATTATCCTCCTTCTATAGTGTGTAAGTAAAACATCGAATAATGTA
AAAGATTGACAAAAGTATAA

QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 4

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GAGAAACATCGAAAACGCTCTTCCCATCTCGCAGGAACGACCTAAGAAGCTTCCGAAACT
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TGAATCAACCATCGACTACATCGCTTCTGAAAATCTCAAACCGTTTCCAGATCCAGAATC
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AAAGCTTATGGTTGTGATGGTGAAAGCGATGAAGAACCCTAGAAGCGCCTTGTGCAAGAC
TTCGATTATGGCTTGTTCTGATATCTTCAAAGCCTACGGAGAAAGGTTAACTCTTTTGAA
AACTATGGACGATCTGTTATTACAGCTGCTAATGAAAGCTTCACAAGACAAAAAGTTTGT
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TCTGCGTAAGCTCAAGACTTATGTTCGCCACAGTAACCCTCGTGTTAGGGCCAAAGCTGC
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TGAAGGTGAAGAAGGAAACAAACAAGAAGCTTGGAAGAGGTTTTGTGAGAAGAATCTAAC
AGGGCTCAATGCACAAGCCATGATCAAGATCGTCTCATCTCAATAACGTTTCTGATGAAG
AAACACCTTGTCTCTTATGTAACGTACGTATTCACATGATTGTAATAACAATCTTTCAGT
TTCTTCTATTTATCATTCCTATTGGATCCATCGTGAATGGAGATGATCTCTTATTTGTGT
ATTGCTTTATCTGTGAAGGACTTATTATTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FV33TF U 1
AF RR3FE64JQ C 628
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GGGCATTACAATATTCAAATCAAAATCTCTCTCTATCTCAAAACTCCCATCAATGGCGCT
GAGAAACATCGAAAACGCTCTTCCCATCTCGCAGGAACGACCTAAGAAGCTTCCGAAACT
CTCAAAGAACCCAGAGATTGGTGGTCTGAACGACGAAAACATCCTCGTACCTCCTCCCAC
TGAATCAACCATCGACTACATCGCTTCTGAAAATCTCAAACCGTTTCCAGATCCAGAATC
CTCTGTTCAGAGGTTACTTGAAGAATTAGCATCAAAGGATTGGATCAAAGTGTGTGAATC
ACTCAACAACACAAGAAGATTAGCAGTTTATCACTCTTCTCTGTTGCTACCAATTCTAGA
AAAGCTTATGGTTGTGATGGTGAAAGCGATGAAGAACCCTAGAAGCGCCTTGTGCAAGAC
TTCGATTATGGCTTGTTCTGATATCTTCAAAGCCTACGGAGAAAGGTTAACTCTTTTGAA
AACTATGGACGATCTGTTATTACAGCTGCTAATGAAAGCTTCACAAGACAAAAAGTTTGT
TTGTGAAGAGGCAGACAAAGCGCTGAACACGATGGTTAACTCGGTGGCTCCTTTGCTTCT
TCTGCGTAAGCTCAAGACTTATGTTCGCCACAGTAACCCTCGTGTTAGG*CCAAAGCTGC
TGTGTCTACTTCAAACTGCGTTTCTAAAAT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3FE64JQ 308 0 0
CCACAGTAACCCTCGTGTTAGGGCCAAAGCTGCTGTGTTTACTTCAAACTGCGTTTTTAA
AATGGAGGTAAATGAAATGGAGGAGTTCGGGATGGTTATGATTGTGCAAATGGCTGCGGA
TTTGTTGAATGATAAGTTACCAGAGGCAAGGGGGGCTGCGAGGAGTATAGTGAACTCTGT
TTACGAGAAATTCACGTGGAATGAAGATGAAGGTGAAGGTGAAGAAGGAAACAAACAAGA
AGCTTGGAAGAGGTTTTGTGAGAAGAATTTAACAGGGCTCAATGCCCAAGCCATGATCAA
AATCGT
TT

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR3FV33JQ 803 0 0
TCCAGAATCCTCTGTTCAGAGGTTACTTGAAGAATTAGCATCAAAGGATTGGATCAAAGT
GTGTGAATCACTCAACAACACAAGAAGATTAGCAGTTTATCACTCTTCTCTGTTGCTACC
AATTCTAGAAAAGCTTATGGTTGTGATGGTGAAAGCGATGAAGAACCCTAGAAGCGCCTT
GTGCAAGACTTCGATTATGGCTTGTTCTGATATCTTCAAAGCCTACGGAGAAAGGTTAAC
TCTTTTGAAAACTATGGACGATCTGTTATTACAGCTGCTAATGAAAGCTTCACAAGACAA
AAAGTTTGTTTGTGAAGAGGCAGACAAAGCGCTGAACACGATGGTTAACTCGGTGGCTCC
TTTGCTTCTTCTGCGTAAGCTCAAGACTTATGTTCGCCACAGTAACCCTCGTGTTAGGGC
CAAAGCTGCTGTGTCTACTTCAAACTGCGTTTCTAAAATGGAGGTAAATGAAATGGAGGA
GTTCGGGATGGTTATGATTGTGCAAATGGCTGCGGATTTGTCGAATGATAAGTTACCAGA
GGCAAGGGAGGCTGCGAGGAGTATGGTTAACTCTGTTTACGAGAAATTCACGTGGAATGA
AGATGAAGGTGAAGGTGAAGAAGGAAACAAACAAGAAGCTTGGAAGAGGTTTTGTGAGAA
GAATCTAACAGGGCTCAATGCACAAGCCATGATCAAGATCGTCTCATCTCAATAACGTTT
CTGATGAAGAAACACCTTGTCTCTTATGTAACGTACGTATTCACATGATTGTAGTAACAA
TCTTTCAGTTTCTTCTATTTA
CC

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3FE64TF 720 0 0
GAAGAACCCTAGAAGCGCCTTGTGCAAGACTTCGATTATGGCTTGTTCTGATATCTTCAA
AGCCTACGGAGAAAGGTTAACTCTTTTGAAAACTATGGACGATCTGTTATTACAGCTGCT
AATGAAAGCTTCACAAGACAAAAAGTTTGTTTGTGAAGAGGCAGACAAAGCGCTGAACAC
GATGGTTAACTCGGTGGCTCCTTTGCTTCTTCTGCGTAAGCTCAATACTCATGTTCGCCA
CAGTAACCCTCGTGTTAGGGCCAAAGCTGCTGTGTCTACTTCAAACTGCGTTTCTAAAAT
GGAGGTAAATGAAATGGAGGAGTTCGGGATGGTTATGATTGTGCAAATGGCTGCGGATTT
GTTGAATGATAAGTTACCAGAGGCAAGGGAGGCTGCGAGGAGTATAGTGAACTCTGTTTA
CGAGAAATTCACGTGGAATGAAGATGAAGGTGAAGGTGAAGAAGGAAACAAACAAGAAGC
TTGGAAGAGGTTTTGTGAGAAGAATCTAACAGGGCTCAATGCACAAGCCATGATCAAGAT
CGTCTCATCTCAATAACGTTTCTGATGAAGAAACACCTTGTCTCTTATGTAACGTACGTA
TTCACATGATTGTAATAACAATCTTTCAGTTTCTTCTATTTATCATTCCTATTGGATCCA
TCGTGAATGGAGATGATCTCTTATTTGTGTATTGCTTTATCTGTGAAGGACTTATTATTC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL2654Contig1 684 2 2 U
CACTAGCAGAGCATTGTTTCATAGAAAAAAAAGTGAACAACATCCATTACAAGACCGTAA
GTAAAACCACGAGGTTACAAAGCCCTTAAACATGTATATCTAGATTCCATTGAGTGTGAC
CACAACTTTGCGTGCTGTTGGAGCATCACGGTGTTCACATAACCATATTCCCTGCCAGGT
TCCCATGCCAAGTTTTCCTTTCGTTATTGGGATTGTAAGCTGACATCCAAACATCGAAGA
TTTGATATGAGCTGGCATGTCATCTGGACCTTCCATGGTATGCCTCCAAGGAGCTGATCT
CCCCTCAGGAACAATGGTGTTCAAGAAAGTCTCAGTATCAGCCTGAACATCTGGATCATA
ATTCTCATTGATTGTAAGAGAAGCGATTGTGTGTTGTAAGAAGACATGAGCAAGACCACA
GTTGAAACCCGAAAGATCTTGTCCAATTTCTTTCAGAATCTTAGAAGTGATGAGATGACA
TCCACGGCGTTGCGGTGGAAGAGTGATGGTTTTCTGAGCCCACTTTGGACCACCAGAGGG
ACTCGCCATGGAAACTCGATCGGTTGCTGGATTCGCTGGAGTGAAGACCGATCTGACACG
TAGAGTAGGAGGAACAACACCAGAGAAGAAGATCGTCGAGCTCTGCATAGCTTTTGTTTC
TCTCTTAAGCCCAAATAACAATCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H256JQ U 1
AF RR3GV39TF C 5
BS 1 371 RR3H256JQ
BS 372 684 RR3GV39TF

RD RR3H256JQ 371 0 0
CACTAGCAGAGCATTGTTTCATAGAAAAAAAAGTGAACAACATCCATTACAAGACCGTAA
GTAAAACCACGAGGTTACAAAGCCCTTAAACATGTATATCTAGATTCCATTGAGTGTGAC
CACAACTTTGCGTGCTGTTGGAGCATCACGGTGTTCACATAACCATATTCCCTGCCAGGT
TCCCATGCCAAGTTTTCCTTTCGTTATTGGGATTGTAAGCTGACATCCAAACATCGAAGA
TTTGATATGAGCTGGCATGTCATCTGGACCTTCCATGGTATGCCTCCAAGGAGCTGATCT
CCCCTCAGGAACAATGGTGTTCAAGAAAGTCTCAGTATCAGCCTGAACATCTGGATCATA
ATTCTCATTGA

QA 1 371 1 371
DS 

RD RR3GV39TF 680 0 0
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AACCACGAGGTTACAAAGCCCTTAAACATGTATATCTAGATTCCATTGAGTGTGACCACA
ACTTTGCGTGCTGTTGGAGCATCACGGTGTTCACATAGCCATATTCCCTGCCAGGTTCCC
ATGCCAAGTTTTCCTTTTGTTATTGGGATTGTGAGCTGACATCCAAACATCGAAGATTTG
ATATGAGCTGGCATGTCATCTGGACCTTCCATGGTATGCCTCCAAGGAGCTGATCTCCCC
TCAGGAACAATGGTGTTCAAGAAAGTCTCAGTATCAGCCTGAACATCTGGATCATAATTC
TCATTGATTGTAAGAGAAGCGATTGTGTGTTGTAAGAAGACATGAGCAAGACCACAGTTG
AAACCCGAAAGATCTTGTCCAATTTCTTTCAGAATCTTAGAAGTGATGAGATGACATCCA
CGGCGTTGCGGTGGAAGAGTGATGGTTTTCTGAGCCCACTTTGGACCACCAGAGGGACTC
GCCATGGAAACTCGATCGGTTGCTGGATTCGCTGGAGTGAAGACCGATCTGACACGTAGA
GTAGGAGGAACAACACCAGAGAAGAAGATCGTCGAGCTCTGCATAGCTTTTGTTTCTCTC
TTAAGCCCAAATAACAATCC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 4

CO CL2655Contig1 650 4 1 U
GGACACTCGTCTAATCTTAAAATCTGTTGCCGCGAACGGAGGAGAGATGTACAGCTCACT
TGAAACGACGGCTCTGGCGACGTTGTCACCGCGAGTTATTGGAAGAGAATCATCGGAGAA
AGACATGTCAATGACTGGAGGAGACAAACTGATACTAAAAGGGCTAAAGTTCTACGGTTA
CCATGGAGCGATTCCAGAAGAGAAGACTTTGGGGCAGATGTTTCTCGTTGACATTGATGC
GTGGGTGAGTCTTAAAAGGGCTGGTGAATCAGACAACTTAGATGACACTATCAGCTACGT
TGACATTTTCAGCATAGCTAAAGAAATTGTAGATGGGTCTCCAAGAAACCTTCTGGAGAC
AGTCGCGGAACTCATCGCGTCCAGAACGCTTGAAACGTTTCCTCGTATAACCGCTGTTCG
GGTGAAGGTATCGAAGCCAAATGTTGCACTTATCAAGACTACTATCGATTACTTAGGGGT
TGAGATTTTCCGACAGCAAAAGCATTGATTCAATGAACCGAATCCTCTGTCGTTACAAAG
AGAATGGTATCCAAGAAATTATGATATTCGTTTCAAAACAAAACTTCAAAACTTTTAGGA
ATTTGAAGAATTAAATAATGATATTCTTTTTCGTATTATTTACTCCCTCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK64TF U 1
AF RR3ED94TF U 2
AF RR3BG83TF U 1
AF RR3BG83JQ C 15
BS 1 650 RR3BG83TF

RD RR3EK64TF 594 0 0
G
GACACTCGTCTAATCTTAAAATCTGTTGCCGCGAACGGAGGAGAGATGTACAGCTCACTT
GAAACGACGGCTCTGGCGACGTTGTCACCGCGAGTTATTGGAAGAGAATCATCGGAGAAA
GACATGTCAATGACTGGAGGAGACAAACTGATACTAAAAGGGCTAAAGTTCTACGGTTAC
CATGGAGCGATTCCAGAAGAGAAGACTTTGGGGCAGATGTTTCTCGTTGACATTGATGCG
TGGGTGAGTCTTAAAAGGGCTGGTGAATCAGACAACTTAGATGACACTATCAGCTACGTT
GACATTTTCAGCATAGCTAAAGAAATTGTAGAAGGGTCTCCAAGAAACCTTCTGG*GACA
GTCGCGGAACTCATCGCGTCCAGAACGCTTGAAACGTTTCCTCGTATAACCGCTGTTCGG
GTGAAGGTATCGAAGCCAAATGTTGCACTTATCAAGACTACTATCGATTACTTAGGGGTT
GAGATTTTCCGACAGCAAAAGCATTGATTCAATGAACCGAATCCTCTGTCGTTACAAAGA
GAATGGTATCCAA**AATTATGATATTCGTTTCAAAACAAAACTTCAAAACTT

QA 2 594 2 594
DS 

RD RR3ED94TF 593 0 0
GACACTCGTCTAATCTTAAAATCTGTTGCCGCGAACGGAGGAGAGATGTACAGCTCACTT
GAAACGACGGCTCTGGCGACGTTGTCACCGCGAGTTATTGGAAGAGAATCATCGGAGAAA
GACATGTCAATGACTGGAGGAGACAAACTGATACTAAAAGGGCTAAAGTTCTACGGTTAC
CATGGAGCGATTCCAGAAGAGAAGACTTTGGGGCAGATGTTTCTCGTTGACATTGATGCG
TGGGTGAGTCTTAAAAGGGCTGGTGAATCAGACAACTTAGATGACACTATCAGCTACGTT
GACATTTTCAGCATAGCTAAAGAAATTGTAGAAGGGTCTCCAAGAAACCTTCTGGAGACA
GTCGCGGAACTCATCGCGTCCAGAACGCTTGAAACGTTTCCTCGTATAACCGCTGTTCGG
GTGAAGGTATCGAAGCCAAATGTTGCACTTATCAAGACTACTATCGATTACTTAGGGGTT
GAGATTTTCCGACAGCAAAAGCATCGATTCAATGAACCGAATCCTCTGTCGTTACAAAGA
GAATGGTATCCAAGAAATTATGATATTCGTTTCAAAACAAAACTTCAAAACTT

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3BG83TF 650 0 0
GGACACTCGTCTAATCTTAAAATCTGTTGCCGCGAACGGAGGAGAGATGTACAGCTCACT
TGAAACGACGGCTCTGGCGACGTTGTCACCGCGAGTTATTGGAAGAGAATCATCGGAGAA
AGACATGTCAATGACTGGAGGAGACAAACTGATACTAAAAGGGCTAAAGTTCTACGGTTA
CCATGGAGCGATTCCAGAAGAGAAGACTTTGGGGCAGATGTTTCTCGTTGACATTGATGC
GTGGGTGAGTCTTAAAAGGGCTGGTGAATCAGACAACTTAGATGACACTATCAGCTACGT
TGACATTTTCAGCATAGCTAAAGAAATTGTAGATGGGTCTCCAAGAAACCTTCTGGAGAC
AGTCGCGGAACTCATCGCGTCCAGAACGCTTGAAACGTTTCCTCGTATAACCGCTGTTCG
GGTGAAGGTATCGAAGCCAAATGTTGCACTTATCAAGACTACTATCGATTACTTAGGGGT
TGAGATTTTCCGACAGCAAAAGCATTGATTCAATGAACCGAATCCTCTGTCGTTACAAAG
AGAATGGTATCCAAGAAATTATGATATTCGTTTCAAAACAAAACTTCAAAACTTTTAGGA
ATTTGAAGAATTAAATAATGATATTCTTTTTCGTATTATTTACTCCCTCC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3BG83JQ 627 0 0
TCTTAAAATCTGTTGCCGCGAACGGAGGAGAGATGTACAGCTCACTTGAAACGACGGCTC
TGGCGACGTTGTCACCGCGAGTTATTGGAAGAGAATCATCGGAGAAAGACATGTCAATGA
CTGGAGGAGACAAACTGATACTAAAAGGGCTAAAGTTTTACGGTTACCATGGAGCGATTC
CAGAAGAGAAGACTTTGGGGCAGATGTTTCTCGTTGACATTGATGCGTGGGTGAGTCTTA
AAAGGGCTGGTGAATCAGACAACTTAGATGACACTATCAGCTACGTTGACATTTTCAGCA
TAGCTAAAGAAATTGTAGATGGGTCTCCAAGAAACCTTCTGGAGACAGTCGCGGAACTCA
TCGCGTCCAGAACGCTTGAAACGTTTCCTCGTATAACCGCTGTTCGGGTGAAGGTATCGA
AGCCAAATGTTGCACTTATCAAGACTACTATCGATTACTTAGGGGTTGAGATTTTCCGAC
AGCAAAAGCATTGATTCAATGAACCGAATCCTCTGTCGTTACAAAGAGAATGGTATCCAA
GAAATTATGATATTCGTTTCAAAACAAAACTTCAAAACTTTTAGGAATTTGAAGAATTAA
ATAATGATATTCTTTT*CGTATTATTT

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 4

CO CL2656Contig1 677 4 8 U
GGGCGCAGACACTGTTTTCAGGTTCACTGGATTTCTAGGGTTTTCAACAATCTGACAAAT
GGCGGATGAGGCTGCTAAGGCCGGGATCGTGAAAAAGAGAACGTTCAAGAAATTCGCCTT
CAAAGGAGTCGATCTCGATGCTCTTCTCGACATGTCTACTGATGATCTTGTCAAGCTCTT
CAGTTCCCGTATTCGCAGAAGGTTCTCTAGAGGGTTGACCAGGAAGCCTATGGCTTTGAT
CAAGAAATTGCGAAAAGCGAAAAGGGATGCGCCAGCTGGTGAGAAGCCAGAAGCAGTGAG
AACCCACCTAAGGAACATGATCATCGTGCCTGAAATGATTGGAAGCATCATTGGTGTATA
CAACGGGAAGACATTTAACCAAGTCGAGATCAAACCAGAGATGATTGGTCATTACTTGGC
TGAGTTTTCAATCTCATATAAGCCTGTTAAGCATGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCCACCAA
TTCCTCCAGGTTTATCCCTCTCAAGTGAATGATCTACTCTTATTATAGCCATGTGTTAAT
GCTCCAAAATAAGACTTTCGTTGTTTTTTTCTTTATAACGTTTTGTCTTTGTTTTTCTGC
TCTCCTTCAGATTTTGTTTAAATTCTTCATGCGTTTCAATAATACTTAGCATTTTTGAGT
ATCCATACTTGTTTACC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO65TF U 1
AF RR3C292TF U 1
AF RR3FO65JQ C 1
AF RR3C292JQ C 209
BS 1 136 RR3C292TF
BS 137 137 RR3FO65TF
BS 138 236 RR3C292TF
BS 237 237 RR3FO65TF
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BS 595 595 RR3FO65JQ
BS 596 644 RR3C292TF
BS 645 677 RR3C292JQ

RD RR3FO65TF 386 0 0
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GGCGGATGAGGCTGCTAAGGCCGGGATCGTGAAAAAGAGAACGTTCAAGAAATTCGCCTT
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CAACGGGAAGACATTTAACCAAGTCG

QA 1 386 1 386
DS 

RD RR3C292TF 647 0 0
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GGCGGATGAGGCTGCTAAGGCCGGGATCGTGAAAAAGAGAACGTTCAAGAAATTCGCCTT
CAAAGGAGTCGATCTCTATGCTCTTCTCGACATGTCTACTGATGATCTTGTCAAGCTCTT
CAGTTCCCGTATTCGCAGAAGGTTCTCTAGAGGGTTGACCAGGAAGCCTATGGCTT*GAT
CAAGAAATTGCGAAAAGCGAAAAGGGATGCGCCAGCTGGTGAGAAGCCAGAAGCAGTGAG
AACCCACCTAAGGAACATGATCATCGTGCCTGAAATGATTGGAAGCATCATTGGTGTATA
CAACGGGAAGACATTTAACCAAGTCGAGATCAAACCAGAGATGATTGGTCATTACTTGGC
TGAGTTTTCAATCTCATATAAGCCTGTTAAGCATGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCCACCAA
TTCCTCCAGGTTTATCCCTCTCAAGTGAATGATCTACTCTTATTATAGCCATGTGTTAAT
GCTCCAAAATAAGACTTTCGTTGTTTTTTTCTTTATAACGTTTTGTCTTTGTTTCTCTGC
TCTCCTTCAGATTTTGTTTAAATTCTTCATGCGTTTCAATAATA
CTT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3FO65JQ 644 0 0
GGGCGCAGACACTGTTTTCAGGTCCACTGGATTTCTAGGGTTTTCAACAATCTGACAAAT
GGCGGATGAGGCTGCTAAGGCCGGGATCGTGAAAAAGAGAACGTTCAAGAAATTCGCCTT
CAAAGGAGTCGATCTCGATGCTCTTCTCGACATGTCTACTGATGATCTTGTCAAGCTCTT
CAGTTCCCGTATTCGCAGAAGGTTCTCTAGAGGGTTGACCAGGAAGCCTATGGCTTTGAT
CAAGAAATTGCGAAAAGCGAAAAGGGATGCGCCAGCTGGTGAGAAGCCAGAAGCAGTGAG
AACCCACCTAAGGAACATGATCATCGTGCCTGAAATGATTGGAAGCATCATTGGTGTATA
CAACGGGAAGACATTTAACCAAGTCGAGATCAAACCAGAGATGATTGGTCATTACTTGGC
TGAGTTTTCAATCTCATATAAGCCTGTTAAGCATGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCCACCAA
TTCCTCCAGGTTTATCCCTCTCAA****ATGATCTACTCTTATTATAGCCATGTGTTAAT
GCTCCAAAATAAGACTTTCGTTGTTTTTTTCTTTATAACGTTTTGTCTTTGTTTTTCTGC
TCTCCTTCAGATTTTGTTTAAATTCTTCATGCGTTTCAATAATA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3C292JQ 469 0 0
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GCGCCAGCTGGTGAGAAGCCAGAAGCAGTGAGAACCCACCTAAGGAACATGATCATCGTG
CCTGAAATGATTGGAAGCATCATTGGTGTATACAACGGGAAGACATTTAACCAAGTCGAG
ATCAAACCAGAGATGATTGGTCATTACTTGGCTGAGTTTTCAATCTCATATAAGCCTGTT
AAGCATGGTAGGCCTGGTGTTGGTGCCACCAATTCCTCCAGGTTTATCCCTCTCAAGTGA
ATGATCTACTCTTATTATAGCCATGTGTTAATGCTCCAAAATAAGACTTTCGTTGTTTTT
TTCTTTATAACGTTTTGTCTTTGTTTTTCTGCTCTCCTTCAGATTTTGTTTAAATTCTTC
ATGCGTTTCAATAATACTTAGCATTTTTGAGTATCCATACTTGTTTACC

QA 1 469 1 469
DS 



AS 2 4

CO CL2657Contig1 754 2 6 U
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TTTCATCCTTCAACCTCCCTCCACTCTCTCGTAGATCCATCTCCGGTCGCTTTAAACCTA
CCGTTAACGCAAACGCTACCAATCTTTTCAAACCACCAACATCGTCTTCTCCATCGTCCT
TCTCCCACCACAAAAACCTTACCTTCCCCAGAGGAATCTCTTTAACTCTTTCGAACGCAA
AACCCTCAAGAGCTCCACCATCTCCTCCGTCTCCTCCTCCTGTGCACGAGAAAGCGGCGT
CAGGATTTGCTGCGGCGCTCGTTAGTGTTTGTCAATCGAAGAACTGTCTTGGTCGGACTC
AAGAAGATGTCAGAAGGCTGATGGCGTTTCTTGAGGGAGAAGACGAAAAGAGGAACAACA
ATAAGGTCTTAGTCAATGAAGTTGCTGAGAGAGGTAAATTTGGTAAACATTTGAAGGGCT
TGGTCAAGATGTTGGTTACAAGAGGCAAATCTGGGATTCTCTTTGATGTCTTAATGGAGT
TTGAGAGAATCTGTAATGAATTGGTCCTTGTCCGTACAACAAAGCTTGTCTGAAACAACT
AAAGATTGTAATAAGATTACATCATCAAATACACAGTTGTGTCATTTGTCTTTTTTCTAA
TCAGATGTTTACATTGTAGACAAAGCGTTCTACGAGTTAAACATTTTGCAGTAAAACCCT
CAAGAAAAAGGTGAAAACAGATTCTGTTATGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F984TF U 1
AF RR3F984JQ C 274
BS 1 655 RR3F984TF
BS 656 656 RR3F984JQ
BS 657 715 RR3F984TF
BS 716 716 RR3F984JQ
BS 717 725 RR3F984TF
BS 726 754 RR3F984JQ

RD RR3F984TF 725 0 0
GGAGTTGGATAACATCGAAGAGACCTAAAACGTCTTCCATGGATACTCTCTCAGCATCCG
TTTCATCCTTCAACCTCCCTCCACTCTCTCGTAGATCCATCTCCGGTCGCTTTAAACCTA
CCGTTAACGCAAACGCTACCAATCTTTTCAAACCACCAACATCGTCTTCTCCATCGTCCT
TCTCCCACCACAAAAACCTTACCTTCCCCAGAGGAATCTCTTTAACTCTTTCGAACGCAA
AACCCTCAAGAGCTCCACCATCTCCTCCGTCTCCTCCTCCTGTGCACGAGAAAGCGGCGT
CAGGATTTGCTGCGGCGCTCGTTAGTGTTTGTCAATCGAAGAACTGTCTTGGTCGGACTC
AAGAAGATGTCAGAAGGCTGATGGCGTTTCTTGAGGGAGAAGACGAAAAGAGGAACAACA
ATAAGGTCTTAGTCAATGAAGTTGCTGAGAGAGGTAAATTTGGTAAACATTTGAAGGGCT
TGGTCAAGATGTTGGTTACAAGAGGCAAATCTGGGATTCTCTTTGATGTCTTAATGGAGT
TTGAGAGAATCTGTAATGAATTGGTCCTTGTCCGTACAACAAAGCTTGTCTGAAACAACT
AAAGATTGTAATAAGATTACATCATCAAATACACAGTTGTGTCATTTGTCTTTTT*CTAA
TCAGATGTTTACATTGTAGACAAAGCGTTCTACGAGTTAAACATTTTGCAGTAAA*CCCT
CAAGA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3F984JQ 481 0 0
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AATCGAAGAACTGTCTTGGTCGGACTCAAGAAGATGTCAGAAGGCTGATGGCGTTTCTTG
AGGGAGAAGACGAAAAGAGGAACAACAATAAGGTCTTAGTCAATGAAGTTGCTGAGAGAG
GTAAATTTGGTAAACATTTGAAGGGCTTGGTCAAGATGTTGGTTACAAGAGGCAAATCTG
GGATTCTCTTTGATGTCTTAATGGAGTTTGAGAGAATCTGTAATGAATTGGTCCTTGTCC
GTACAACAAAGCTTGTCTGAAACAACTAAAGATTGTAATAAGATTACATCATCAAATACA
CAGTTGTGTCATTTGTCTTTTTTCTAATCAGATGTTTACATTGTAGACAAAGCGTTCTAC
GAGTTAAACATTTTGCAGTAAAACCCTCAAGAAAAAGGTGAAAACAGATTCTGTTATGTA
C

QA 1 481 1 481
DS 



CO CL2657Contig2 713 2 2 U
GACACAACTGTGTATTTGATGATGTAATCTTATTACAATCTTTAGTTGTTTCAGACAAGC
TTTGTTGTACGGACAAGGACCAATTCATTACAGATTCTCTCAAACTCCATTAAGACATCA
AAGAGAATCCCAGATTTGCCTCTTGTAACCAACATCTTGACCAAGCCCTTCAAATGTTTA
CCAAATTTACCTCTCTCAGCAACTTCATTGACCAAGACCTTGTTGTTGTTCCTCTTCTTG
TCTTCTCCCACAAGAAACGCCATCAGCCTTCTGACATCTTCTTGAGTCCGACCAAGACAG
TTCTTCGATTGACAAACACTAACGAGCGCCGCAGCAAATCCTGACGCCGCTTTCTCGTGC
ACAGGAGGAGGAGACGGAGGAGATGGTGGAGCTCTTGAGGGTTTTGCGTTCGGAAGAGTT
AAAGAGATTCCTCTGGGTAAGGTTTTTGTGGTGGGAGAAGGAAGATGGAGAAGACGACGT
TGGTGGTTTTGAAAGATTGGTAGGGGTTGCGTTAACGGTGGGTTTAAAGCGACCAGAGAT
GGATCTACGAGATAGTGGAGGGAGGTTGAAGGATGAAACGGATGCAGAGAGAGTATCCAT
TGAAGACGTTTTAGGTCTCTTCGATATTATTATCCACCTGAATGAGAGATGAATGATTCT
TCAAACCTTATCAGTTTTTTTTCTTTCGTTAATATATGATTTTTGTTGAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H892TF C 1
AF RR3H892JQ U 7
BS 1 6 RR3H892TF
BS 7 713 RR3H892JQ

RD RR3H892TF 619 0 0
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TTTGTTGTACGGACAAGGACCAATTCATTACAGATTCTCTCAAACTCCATTAAGACATCA
AAGAGAATCCCAGATTTGCCTCTTGTAACCAACATCTTGACCAAGCCCTTCAAATGTTTA
CCAAATTTACCTCTCTCAGCAACTTCATTGACCAAGACCTTGTTGTTGTTCCTCTTCTTG
TCTTCTCCCACAAGAAACGCCATCAGCCTTCTGACATCTTCTTGAGTCCGACCAAGACAG
TTCTTCGATTGACAAACACTAACGAGCGCCGCAGCAAATCCTGACGCCGCTTTCTCGTGC
ACAGGAGGAGGAGACGGAGGAGATGGTGGAGCTCTTGAGGGTTTTGCGTTCGGAAGAGTT
AAAGAGATTCCTCTGGGTAAGGTTTTTGTGGTGGGAGAAGGAAGATGGAGAAGACGACGT
TGGTGGTTTTGAAAGATTGGTAGGGGTTGCGTTAACGGTGGGTTTAAAGCGACCAGAGAT
GGATCTACGAGATAGTGGAGGGAGGTTGAAGGATGAAACGGATGCAGAGAGAGTATCCAT
TGAAGACGTTTTAGGTCTC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3H892JQ 707 0 0
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GTACGGACAAGGACCAATTCATTACAGATTCTCTCAAACTCCATTAAGACATCAAAGAGA
ATCCCAGATTTGCCTCTTGTAACCAACATCTTGACCAAGCCCTTCAAATGTTTACCAAAT
TTACCTCTCTCAGCAACTTCATTGACCAAGACCTTGTTGTTGTTCCTCTTCTTGTCTTCT
CCCACAAGAAACGCCATCAGCCTTCTGACATCTTCTTGAGTCCGACCAAGACAGTTCTTC
GATTGACAAACACTAACGAGCGCCGCAGCAAATCCTGACGCCGCTTTCTCGTGCACAGGA
GGAGGAGACGGAGGAGATGGTGGAGCTCTTGAGGGTTTTGCGTTCGGAAGAGTTAAAGAG
ATTCCTCTGGGTAAGGTTTTTGTGGTGGGAGAAGGAAGATGGAGAAGACGACGTTGGTGG
TTTTGAAAGATTGGTAGGGGTTGCGTTAACGGTGGGTTTAAAGCGACCAGAGATGGATCT
ACGAGATAGTGGAGGGAGGTTGAAGGATGAAACGGATGCAGAGAGAGTATCCATTGAAGA
CGTTTTAGGTCTCTTCGATATTATTATCCACCTGAATGAGAGATGAATGATTCTTCAAAC
CTTATCAGTTTTTTTTCTTTCGTTAATATATGATTTTTGTTGAATCC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 4

CO CL2658Contig1 698 4 16 U
TTTTTTTTTGTCTTAAACTTCCAAATTAGTACTACATTATTTTTTGTCAACATATATTAG
TACTGTATAATTGTTGAAATAAAGCTAAACTAATTGAGAATCCAACGGTTGACAATAAA*
CAACATCAAGCACGATCTAGACCGTACAAA*CACAAACGACGATACACAATCCAACGGTT
TTTTGAGTATCATCGATCGAAAATCAACATTTTAGTTGGATGGGACTATTATTATTATTT
ATATGATTAGAGAACCCGTGACCCGATCCGGG*TTATCATTCGTTGATCCGAACGGACAC
GTCAGACGCGAGTCGTGACGCGATGGCCGAATGATACATGACTTCGTGGAACGTGGAGAC
TTGGGCGATTTTCATTCGCAGTTGCTTCGCCTTCTCCTCCGTGAGACACCTCCGCGTAGT
CCTCTGATCCAGGTCCGATTCCCGATTCGATGAGGAGCTGTTATCCACGACGTAATCAGG
CTCCGATGACCAGCCGAAAAGAGGAGCCCACCATGAACCGGGCTTCTTTCCGGTTGGATC
GGGTTTTCTGATGGATCCGGAAGATGCACGGATCGAAGGGAGAGCGGAGCAGGAGATGAT
TGTAGCCATTGTAATGGATCGTGAGAGAAATGAGCAAAACGTAAAGAGTGTTGTTGTTTA
TTTGGGGAAGAAGATAAGGAACGTGGATTGGTTATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A588TF C 65
AF RR3A588JQ U 138
AF RR3CC80TF C 1
AF RR3CC80JQ U 10
BS 1 9 RR3CC80TF
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BS 587 698 RR3CC80JQ

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ACCGTACAAAACACAAACGACGATACACAATCCAACGGTTTTTTGAGTATCATCGATCGA
AAATCAACATTTTAGTTGGATGGGACTATTATTATTATTTATATGATTAGAGAACCCGTG
ACCCGTTCCGGGGTTATCATTCGTTGTTCCGAACGGACACGTCAGACGCGAGTCGTGACG
CGATGGCCGAATGATACATGACTTCGTGGAACGTGGAGACTTGGGCGATTTTCATTCGCA
GTTGCTTC

QA 17 324 17 324
DS 

RD RR3A588JQ 449 0 0
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CGAAAATCAACATTTTAGTTGGATGGGACTATTATTATTATTTATATGATTAGAGAACCC
GTGACCCGATCCGGG*TTATCATTCGTTGATCCGAACGGACACGTCAAACGCGAGTCGTG
ACGCGATGGCCGAATGATACATGACTTCGTGGAACGTGGAGACTTGGGCGATTTTCATTC
CCAGTTGCTTCCCCTTCTCCTCCGTGAGACACCTCCGCGTAGTCCTCTGATCCAGGTCCG
ATTCCCGATTCGATGAGGAGCTGTTATCCACGACGTAATCAGGTTCCGATGACCAGCCGA
AAAGAGGAGCCCACCATGAACCGGGCTTCTTTCCGGTTGGATCGGGTTTTCTGATGGATC
CGGAAAATGCATGGATCGAAGGGAGAGCG

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR3CC80TF 602 0 0
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TACTGTATAATTGTTGAAATAAAGCTAAACTAATTGAGAATCCAACGGTTGACAATAAA*
CAACATCAAGCACGATCTAGACCGTACAAA*CACAAACGACGATACACAATCCAACGGTT
TTTTGAGTATCATCGATCGAAAATCAACATTTTAGTTGGATGGGACTATTATTATTATTT
ATATGATTAGAGAACCCGTGACTCGATCCGGG*TTATCATTCGTTGATCCGAACGGACAC
GTCAGACGCGAGTCGTGACGCGATGGCCGAATGATACATGACTTCGTGGAACGTGGAGAC
TTGGGCGATTTTCATTCGCAGTTGCTTCGCCTTCTCCTCCGTGAGACACCTCCGCGTAGT
CCTCTGATCCAGGTCCGATTCCCGATTCGATGAGGAGCTGTTATCCACGACGTAATCAGG
CTCCGATGACCAGCCGAAAAGAGGAGCCCACCATGAACCGGGCTTCTTTCCGGTTGGATC
GGGTTTTCTGATGGATCCGGAAGATGCACGGATCGAAGGGAGAGCGGAGCAGGAGATGAT
TG

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3CC80JQ 689 0 0
GTCTTAAACTTCCAAATTAGTACTACATTATTTTTTGTCAACATATATTAGTACTGTATA
ATTGTTGAAATAAAGCTAAACTAATTGAGAATCCAACGGTTGACAATAAA*CAACATCAA
GCACGATCTAGACCGTACAAA*CACAAACGACGATACACAATCCAACGGTTTTTTGAGTA
TCATCGATCGAAAATCAACATTTTAGTTGGATGGGACTATTATTATTATTTATATGATTA
GAGAACCCGTGACTCGATCCGGG*TTATCATTCGTTGATCCGAACGGACACGTCAGACGC
GAGTCGTGACGCGATGGCCGAATGATACATGACTTCGTGGAACGTGGAGACTTGGGCGAT
TTTCATTCGCAGTTGCTTCGCCTTCTCCTCCGTGAGACACCTCCGCGTAGTCCTCTGATC
CAGGTCCGATTCCCGATTCGATGAGGAGCTGTTATCCACGACGTAATCAGGCTCCGATGA
CCAGCCGAAAAGAGGAGCCCACCATGAACCGGGCTTCTTTCCGGTTGGATCGGGTTTTCT
GATGGATCCGGAAGATGCACGGATCGAAGGGAGAGCGGAGCAGGAGATGATTGTAGCCAT
TGTAATGGATCGTGAGAGAAATGAGCAAAACGTAAAGAGTGTTGTTGTTTATTTGGGGAA
GAAGATAAGGAACGTGGATTGGTTATTCC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 3

CO CL2659Contig1 1259 3 13 U
AAACTAGACAGTGAGAGAGATTGGGTTCAGATCTGAAAAGTGTTCTCTCTTCGGGCCATC
GGGTTCTCCGGCGTCGTTTCGTATATCTAATTCTGTTTACTTGATTTGATTATTATCTGA
GAATATGTCACGACGCCTTTTCTTCCTCAACCTTATCCTCCTCGACTAAAACCATTAGGG
GCTAAGGAAAGCTGACCACATTACTCTAGTTAGTTAGATCCACTTCCTTTCCGTTTTCAG
ATAATTCACATTTCAATCTGAGATCATCCACCGTTCAAGTACTCTTATGAACATGGATTC
TGCACACGATGTGTTCAACAACAAACGCGCTCGATTGTTTGAAGACCGTCAAATAGAAGG
CACTAGGGACACTCAGCCATTGATCCCTGAATCTAATGAAGGGTATGACGGTTCTAACCC
CACCCAGAGCTTGTTCACTGATTCTAAACCTGAAGAGACCCCGAAAGTACCTAAGAAGAG
AGGAAGGAAGAAGAAGAATCCTAATCCCGAGGATATGAGCTCGTCGACGACTCCGGAGAA
CAGCTCAAAGTTCTACAAGAGTGCTTCTGATAGAAAAAGAACTGTAACTACTGAGGAAAG
AGAGAGAGCCATCAGTGCAGCCAAAACCTACGAGCCAACCAATCCGTTCTTTAGAGTTGT
TCTGCGACCATCCTATCTCTACAGAGGCTGCATCATGTACTTGCCTTCTGGGTTTGCTGA
GAAGTACCTAACCGGGATAGCTGGTTTCATCAAGCTCCAGCTCGGGGAGAAACAATGGCC
AGTGAGGTGCCTTTACAAAGCAGGGAGAGCTAAGTTTAGCCAAGGATGGTATGAGTTCAC
ACTCGAGAACAATATAGGGGAAGGAGATGTTTGTGTGTTTGAGCTACTCAAAACTCGAGA
TTTCGTTCTAAAAGTCACTGCCTTCCGCGTCAATCAGTACGTTTGAAACACTACAAAAAA
AGCTATCTGATGTCCTAAAGTTCAGCTTCATGTAGGGTCTTTTAACTAGTTTATCTATCT
CTCTTGCATTTCTTGGAGAATCAGTCTGTGGTTTAGATGTGTTCTGGGTGAAATTTCAGG
TTCCTATGTTTCGTTGTTGATAAGTATTTGAGATTTGGTGCAAAAACTCTATGTTTGAGT
GGTAGTTAGGGTCAATAGTAGCGTTATAATTACATGCATTGGACTGGTGAGTGAATCAGG
AGAATGATGTTTATGTGAATGTTGATTATGATTGTGGTACAAGGGGCTAAAAGAGAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AGAGAGAGCCATCAGTGCAGCCAAAACCTACGAGCCAACCAATCCGTTCTTTAGAGTTGT
TCTGCGACCATCGTATCTCTACCGAGGCTGCATCATGTACTTGCCTTCTGGGTTTGCTGA
GAAGTACCTAACCGGGATAGCTGGTTTCAT

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G
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TCTTTTAACTAGTTTATCTATCTCTCTTGCATTTCTTGGAGAATCAGTCTGTGGTTTAGA
TGTGTTCTGGGTGAAATTTCAGGTTCCTATGTTTCGTTGTTGATAAGTATTTGAGATTTG
GTGCAAAAACTCTATGTTTGAGTGGTAGTTAGGGTCAATAGTAGCGTTATAATTACATGC
ATTGG*****TGAGTGAATCAGGAGAATGATGTTTATGTGAATGTTGATTATGATTGTGG
TACAAGGGGCTAAAAGAGAAAA

QA 2 443 2 443
DS 



AS 2 4

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CTTGGCTTTTCTCTTCTCAGACGCAGTCTCTCACCGCCGGCGTGATTTTCCGAACGAAGC
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TCCACAGTGACTCTTGGCTCATCTCTGTTGCCTTTTGCTTCGGTGCCCGTTTCGGGTTTG
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GACTAATCTGTCTTATGTTTCTGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AM28TF U 1
AF RR3AM28JQ C 181
BS 1 245 RR3AM28TF
BS 246 246 RR3AM28JQ
BS 247 777 RR3AM28TF
BS 778 1105 RR3AM28JQ

RD RR3AM28TF 777 0 0
GGGTCCGAAAAACAAAGTAAACAAATTTGCTCTCCAAAGGGAAAAGAAAAAAAAGCCGAT
CTTGGCTTTTCTCTTCTCAGACGCAGTCTCTCACCGCCGGCGTGATTTTCCGAACGAAGC
TGATTCGTATTGATATGGAGGGAGTACAGAATCCTATCCACCGCACTGTCGAAGAGGTGT
TTAGCGACTTTAAGGGTCGTAGAGCTGGTCTCCTCAAGGCTCTCACATCAGATGGGCAGC
AGTTTTACCTCCAGTGTGACCCTGACAAGGAAAACTTGTGTCTTTATGGACTTCCTAACG
AGACATGGGAGGTTAACCTTCCTGTCGATGAGGTCCCTCCCGAGCTTCCTGAACCAGCTT
TAGGCATCAACTTTGCAAGGAACGGAATGCCTGAAAAAGACTGGATTACTTTGGTTGCTG
TCCACAGTGACTCTTGGCTCATCTCTGTTGCCTTTTGCTTCGGTGCCCGTTTCGGGTTTG
GTAAAAACGAGAGGAAGAGGCTTTTCCAGATGATAAATGATCTCCCAACCCTTTTCGAGG
TTATAACTGGCAACGCAAAGCAATCGAAAGACCATTCTGCTAACCACAACAACAGTAGCA
GAAGCAAACCTAGTGGTGTCACCCTCGTCAATCTGAGTCTCACACCAAGGCTTCAAAGAT
GTCTCCACCACCAAGAGAAGATGATGAGAGCGGAGAAGATGAGGAAGATGATGAGCAAAG
GTGCGGTTTGTGGTGCGTGTGGAGAGAACTATGATGACTTCTGGATATGTTGTGATG

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3AM28JQ 925 0 0
TTAGCGACTTTAAGGGTCGTAGAGCTG*TCTC*TCAAGGCTCTCACATCAGATGGGCAGC
AGTTTA**CTCCAGTGTGACC*TGACAAGGAAAACTTGTGTCTTTATGGACTTCCTAACG
AGACATGGGAGGTTAACCTTCCTGTCGATGAGGTCCCTCCCGAGCTTCCTGAACCAGCTT
TAGGCATCAACTTTGCAAGGAACGGAATGCCTGAAAAAGACTGGATTACTTTGGTTGCTG
TCCACAGTGACTCTTGGCTCATCTCTGTTGCCTTTTGCTTCGGTGCCCGTTTCGGGTTTG
GTAAAAACGAGAGGAAGAGGCTTTTCCAGATGATAAATGATCTCCCAACCCTTTTCGAGG
TTATAACTGGCAACGCAAAGCAATCGAAAGACCATTCTGCTAACCACAACAACAGTAGCA
GAAGCAAACCTAGTGGTGTCACCCTCGTCAATCTGAGTCTCACACCAAGGCTTCAAAGAT
GTCTCCACCACCAAGAGAAGATGATGAGAGCGGAGAAGATGAGGAAGATGATGAGCAA*G
GTGCGGTTTGTGGTGCGTGTGGAGAGAACTATGATGACTTCTGGATATGTTGTGATGCTT
GTGAGAAATGGTTCCATGGAAAATGCGTGAAGATCACACCCGCCAAGGCTGAGCACATCA
AACACTACAAGTTTCCGACTTGCAGTACCAGCAAGAAGATGAGAGCTTGAATGAAAGTGG
TAATAACAGTAGGGACTGTGAAAGAGGATAAAGTTTTCACAGTTGTGAGGAGAAGGGAGA
AGAAGAACCAAAAAGGCTTTTGATTGTGTAGTCTTAATGGGATTTAGACAGCTTTGCAGT
TAGTTATGTCTTTGTGCTTTTTTATTTTATTTTATTTTGCTGTTAATGTTTAAATTCTAT
GACTAATCTGTCTTATGTTTCTGAC

QA 1 925 1 925
DS 



CO CL2660Contig2 960 2 4 U
CTCCGAACGAAGCTGATTCATATTGATATGGAGGGAATACAGAATCCTATCCACCGCACT
GTCGAAGAGGTGTTTAGCGACTTTAAGGGTCGTAGAGCTGGTCTCCTCAAAGCTCTCACA
TCAGATGGGCAGCAGTTTTACCTTCAGTGTGACCCTGACAAGGAAAACTTGTGTCTTTAT
GGACTTCCTAACGAGACATGGGAGGTTAACCTTCCTGTCGATGAGGTCCCTCCCCGAGCT
TCCTGAACCAGCTTTAGGCATCAACTTTGCAAGGAACGGGATGCCTGAAAAAGACTGGAT
TACTTTGGTTGCTGTCCACAGCGACTCATGGCTCATCTCTGTTGCCTTTTACTTCGGTGC
TCGTTTCGGGTTTGGTAAAAACGAGAGGAAGAGGCTCTTCCAGATGATAAATGATCTGCC
AACCCTTTTCGAGGTCATAACTGGCAATGCAAAGCAATCCAAGGACCTATCTGCTAACCA
CAACAACAGTAGCAGAAGCAAACCTAGTGGTGTCAAGCCTCGTCAATCTGAGTCTCACAC
CAAGGCTTCAAAGATGTCTCCACCACCAAGAGAAGATGATGAGAGCGGAGAAGACGAGGA
AGATGATGGACAAGGTGCGGTTTGTGGTGCGTGTGGAGAGAACTATGATGACTTCTGGAT
ATGTTGTGATGCTTGTGAGAAATGGTTCCATGGAAAATGCGTGAAGATCACACCCGCCAA
GGCTGAGCACATCAAACACTACAAGTGTCCGACTTGCGGTACCAGCAAGAAGATGAGAGC
TTGAACGAAGGTGATAATAACAGTAGGGACTGTGAAAGAGGATAAAGTTTTCACAGTTGT
GAGGAGGAGAAGAAGAAGAAGAACCAAAAGGCTTTTGATTGTGTAGTCTTAATGGGATTT
AGACAGCTTTGCAGTTAGTTATGTCTTTGTGCTTTTTTCTTTTTATTTTATTTTGCTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H847TF U 1
AF RR3H847JQ C 221
BS 1 234 RR3H847TF
BS 235 235 RR3H847JQ
BS 236 608 RR3H847TF
BS 609 960 RR3H847JQ

RD RR3H847TF 609 0 0
CTCCGAACGAAGCTGATTCATATTGATATGGAGGGAATACAGAATCCTATCCACCGCACT
GTCGAAGAGGTGTTTAGCGACTTTAAGGGTCGTAGAGCTGGTCTCCTCAAAGCTCTCACA
TCAGATGGGCAGCAGTTTTACCTTCAGTGTGACCCTGACAAGGAAAACTTGTGTCTTTAT
GGACTTCCTAACGAGACATGGGAGGTTAACCTTCCTGTCGATGAGGTCCCTCCC*GAGCT
TCCTGAACCAGCTTTAGGCATCAACTTTGCAAGGAACGGGATGCCTGAAAAAGACTGGAT
TACTTTGGTTGCTGTCCACAGCGACTCATGGCTCATCTCTGTTGCCTTTTACTTCGGTGC
TCGTTTCGGGTTTGGTAAAAACGAGAGGAAGAGGCTCTTCCAGATGATAAATGATCTGCC
AACCCTTTTCGAGGTCATAACTGGCAATGCAAAGCAATCCAAGGACCTATCTGCTAACCA
CAACAACAGTAGCAGAAGCAAACCTAGTGGTGTCAAGCCTCGTCAATCTGAGTCTCACAC
CAAGGCTTCAAAGATGTCTCCACCACCAAGAGAAGATGATGAGAGCGGAGAAGACGAGGA
AGATGATG
G

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3H847JQ 740 0 0
ATGAGGTCCCTCCCCGAGCTTC*TGAACCAGCTTTAGGCATCAACTTTGCAAGGAACGGG
ATGCCTGAAAAAGACTGGATTACTTTGGTTGCTGTCCACAGCGACTCATGGCTCATCTCT
GTTGCCTTTTACTTCGGTGCTCGTTTCGGGTTTGGTAAAAACGAGAGGAAGAGGCTCTTC
CAGATGATAAATGATCTGCCAACCCTTTTCGAGGTCATAACTGGCAATGCAAAGCAATCC
AAGGACCTATCTGCTAACCACAACAACAGTAGCAGAAGCAAACCTAGTGGTGTCAAGCCT
CGTCAATCTGAGTCTCACACCAAGGCTTCAAAGATGTCTCCACCACCAAGAGAAGATGAT
GAGAGCGGAGAAGACGAGGAAGATGATGGACAAGGTGCGGTTTGTGGTGCGTGTGGAGAG
AACTATGATGACTTCTGGATATGTTGTGATGCTTGTGAGAAATGGTTCCATGGAAAATGC
GTGAAGATCACACCCGCCAAGGCTGAGCACATCAAACACTACAAGTGTCCGACTTGCGGT
ACCAGCAAGAAGATGAGAGCTTGAACGAAGGTGATAATAACAGTAGGGACTGTGAAAGAG
GATAAAGTTTTCACAGTTGTGAGGAGGAGAAGAAGAAGAAGAACCAAAAGGCTTTTGATT
GTGTAGTCTTAATGGGATTTAGACAGCTTTGCAGTTAGTTATGTCTTTGTGCTTTTTTCT
TTTTATTTTATTTTGCTGTT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 4

CO CL2661Contig1 840 4 4 U
CCACACGAGAGAATATATCAGAAGGTCCTGATAAAACAGACACACTCCCATTATTATTTT
CTTCTCACCATAATAATAACTAAGAAACATTCGTCAAGACACTAAGAAAACAAAAGAAAG
CTTAATTAATTATTTCGAAGACAACAACAAAACAGCCTCTGAATCACACCACACGTGCAC
ATACATAGGGTTCCATAGATCATCACTCTTCTTCAGTTTCAAGCATTTGCACAATCTGAG
TCACTCCCTCTGCGATTTCATTGCGGATCAAACTGTCTGGCATATCGAATGTTCTTCTCC
TCATGGACAGTGACTTCCCCTGCGGCTGCGGGTCTACAACCTCCAACATTGCTTCCAGCT
CATCCACCATCGATCTCTTTGCTCCTCTAACCATCACATCAACTCCCTCAATGGCATCAA
CAGTGAGGAGGAGGACGATAATCTTCTCAGAGAACTTCTGGCGCTCCTCTGCATCACGAG
AGATCACGCGACGGTAGTTGAAGTTGTGGAAAGAAGCTCTCAACTCCTTGAGTTTGGTCT
TTGCGATGGCAAGATCACGAAGAGCACGTAACGCCTTTGAGCGGCGAATCAAATAGGCTC
TGAAAGCCCTCTGGATCATCGCAGCCGCGTATTCAGGTGGCATTTCCTTGTTCTTCCCTT
TCTTGCTCCTAACTGCTCCACTTCTTCGTGAATACGCCTTCCTGAGAAGGATAGCTCTAT
GTTCCTCCGAGTCATCTTCTTCTTCTACTTCTTCATCCTCCTCAATCAACAACGCGTGGC
TTCTCCTTCTTCTTGATCTTCTTCACCTTCTCCTTCTTCTCGGCTCCTCCAGTTGAAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BQ96JQ U 64
AF RR3F176JQ U 1
AF RR3F176TF C 464
AF RR3BQ96TF C 137
BS 1 374 RR3F176JQ
BS 375 375 RR3BQ96JQ
BS 376 736 RR3F176JQ
BS 737 840 RR3BQ96TF

RD RR3BQ96JQ 628 0 0
CTCACCATAATAATAACTAAGAAACATTCGTCAAGACACTAAGAAAACGAAAGAAAGCTT
AATTAATTATTTCGAAGACAACAACAAAACAGCCTCTGAATCACACCACACGTGCACATA
CATAGGGTTCCATAGATCATCACTCTTCTTCAGTTTCAAGCATTTGCACAATCTGAGTCA
CTCCCTCTGCGATTTCATTGCGGATCAAACTGTCTGGCATATCGAATGTTCTTCTCCTCA
TGGACAGTGACTTCCCCTGCGGCTGCGGGTCTACAACCTCCAACATTGCTTCCAGCTCAT
CCACCATCGATCTCTTTGCTCCTCTAACCATCACATCAACTCCCTCAATGGCATCAACAG
TGAGGAGGAGGACGATAATCTTCTCAGAGAACTTCTGGCGCTCCTCTGCATCACGAGAGA
TCACGCGACGGTAGTTGAAGTTGTGGAAAGAAGCTCTCAACTCCTTGAGTTTGGTCTTTG
CGATGGCAAGATCACGAAGAGCACGTAACGCCTT*GAGCGGCGAATCAGATAGGCTCTGA
AAGCCCTCTGGATCATCGCAGCCGCGTATTCAGGTGGCATTTCCTTGTTCTTCCCTTTCT
TGCTCCTAACTGCTCCACTTCTTCGTGA

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3F176JQ 736 0 0
CCACACGAGAGAATATATCAGAAGGTCCTGATAAAACAGACACACTCCCATTATTATTTT
CTTCTCACCATAATAATAACTAAGAAACATTCGTCAAGACACTAAGAAAACAAAAGAAAG
CTTAATTAATTATTTCGAAGACAACAACAAAACAGCCTCTGAATCACACCACACGTGCAC
ATACATAGGGTTCCATAGATCATCACTCTTCTTCAGTTTCAAGCATTTGCACAATCTGAG
TCACTCCCTCTGCGATTTCATTGCGGATCAAACTGTCTGGCATATCGAATGTTCTTCTCC
TCATGGACAGTGACTTCCCCTGCGGCTGCGGGTCTACAACCTCCAACATTGCTTCCAGCT
CATCCACCATCGATATCTTTGCTCCTCTAACCATCACATCAACTCCCTCAATGGCATCAA
CAGTGAGGAGGAGGACGATAATCTTCTCAGAGAACTTCTGGCGCTCCTCTGCATCACGAG
AGATCACGCGACGGTAGTTGAAGTTGTGGAAAGAAGCTCTCAACTCCTTGAGTTTGGTCT
TTGCGATGGCAAGATCACGAAGAGCACGTAACGCCTTTGAGCGGCGAATCAAATAGGCTC
TGAAAGCCCTCTGGATCATCGCAGCCGCGTATTCAGGTGGCATTTCCTTGTTCTTCCCTT
TCTTGCTCCTAACTGCTCCACTTCTTCGTGAATACGCCTTCCTGAGAAGGATAGCTCTAT
GTTCCTCCGAGTCATC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3F176TF 273 0 0
CTCCTCTGCATCACGAGAGATCACGCGACGGTAGTTGAAGTTGTGGAAAGAAGCTCTCAA
CTCCTTGAGTTTGGTCTTTGCGATGGCAAGATCACGAAGAGCACGTAACGCCTTTGAGCG
GCGAATCAAATAGGCTTTGAAAGCCCTCTGGATCATCGCAGCCGCGTATTCAGGTGGCAT
TTCCTTGTTCTTCCCTTTCTTGCTCCTAACTGCTCCACTTCTTCGTGAATACGCCTTCCT
GAGAAGGATAGCTCTATGTTCCTCCGAGTCATC

QA 1 273 1 273
DS 

RD RR3BQ96TF 704 0 0
GAAGACAACAACAAAACAGC*TCTGAATCACACCACACGTGCACATACATAGGGTTCCAT
AGATCATCACTCTTCTTCAGTTTCAAGCATTTGCACAATCTGAGTCACTCCCTCTGCGAT
TTCATTGCGGATCAAACTGTCTGGCATATCGAATGTTCTTCTCCTCATGGACAGTGACTT
CCCCTGCGGCTGCGGGTCTACAACCTCCAACATTGCTTCCAGCTCATCCACCATCGATCT
CTTTGCTCCTCTAACCATCACATCAACTCCCTCAATGGCATCAACAGTGAGGAGGAGGAC
GATAATCTTCTCAGAGAACTTCTGGCGCTCCTCTGCATCACGAGAGATCACGCGACGGTA
GTTGAAGTTGTGGAAAGAAGCTCTCAACTCCTTGAGTTTGGTCTTTGCGATGGCAAGATC
ACGAAGAGCACGTAACGCCTT*GAGCGGCGAATCAGATAGGCTCTGAAAGCCCTCTGGAT
CATCGCAGCCGCGTATTCAGGTGGCATTTCCTTGTTCTTCCCTTTCTTGCTCCTAACTGC
TCCACTTCTTCGTGAATACGCCTTCCTGAGAAGGATAGCTCTATGTTCCTCCGAGTCATC
TTCTTCTTCTACTTCTTCATCCTCCTCAATCAACAACGCGTGGCTTCTCCTTCTTCTTGA
TCTTCTTCACCTTCTCCTTCTTCTCGGCTCCTCCAGTTGAAGCT

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 3

CO CL2662Contig1 925 3 35 U
GGGAGTTTCTTCGATTCGACGAGAGATGCCGAAGAGAACGACGCATACGTACTCGAGCGA
GGACGCGGCGCCGGAAGGACCCGACTCCGATCTCTTCGTTTACTACTGCAAGCACTGTGG
TTCTCATGTCCTCATCACTGATACGCAATTGCAGAAGATGCCGAAGAGGAAGACCGACAG
ATCCAGTGTGCTGGACAAGAAGAAGCACCTTGCTAGGTTGAATGTCAGCGAGGGAGTCAA
AGTTTTATTAAAACGGGGCGAAGGGAAACTGGAGAAACAGTTTAGAATGAACTGTATTGG
TTGTGAGCTTTTTGTTTGTTATCGCGCTGAAGAGAGTCTGGAAACAGCATCCTTCGTTTA
CATTGTTGATGGTGCACTTAGTGCTGTTGCTGCAGAAACTAACCCACAGGATGCTCCGGT
ACCTCCCTGCATCTCACAGCTAGACGGTGGGCTTGTTCAGGTTGCTATAGAAGTGGAAGA
CCGTGCGCAACGTTCAGCAATCACGAGAGTAAACGCTGATGATGTTCGTGTTACTATTGC
CGCACCAGCAGCTCGTGGGGAAGCTAACAACGAGCTTCTGGAATTCATGGGAA*GGGTAC
TTGGTTTAAGGTTGAGCCAGATGACTCTCCAAAGAGGCTGGAATAGCAAATCGAAACTCC
TCGTGGTCGAGGATTTATCTGCCAGACAGGTGTATGAGAAGCTTCTTGAGGCCGTTGTAC
CATAAATTCTGAGGTCCGTGCATGTTGGTGAAAGACATTAACCGAGAGCTCTGCAATCAC
CCTGTAATTGGTTTATCTCAGAGACGAATGAGTTTTAATATTTTGCTTGGGAAGATAGAC
AAAATTGCTTTCTTATCTCTGTTTTCATGCTTCCAAACCACTACTCTTTTTATACAATCC
CCTATTGTTATAGTCTCTCTAATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D501TF U 1
AF RR3DN31TF U 12
AF RR3DN31JQ C 78
BS 1 144 RR3D501TF
BS 145 145 RR3DN31TF
BS 146 162 RR3D501TF
BS 163 163 RR3DN31TF
BS 164 236 RR3D501TF
BS 237 237 RR3DN31TF
BS 238 255 RR3D501TF
BS 256 256 RR3DN31TF
BS 257 258 RR3D501TF
BS 259 259 RR3DN31TF
BS 260 275 RR3D501TF
BS 276 276 RR3DN31TF
BS 277 348 RR3D501TF
BS 349 349 RR3DN31TF
BS 350 355 RR3D501TF
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BS 395 411 RR3D501TF
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BS 599 599 RR3DN31TF
BS 600 668 RR3D501TF
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BS 690 690 RR3DN31JQ
BS 691 710 RR3DN31TF
BS 711 925 RR3DN31JQ

RD RR3D501TF 668 0 0
GGGAGTTTCTTCGATTCGACGAGAGATGCCGAAGAGAACGACGCATACGTACTCGAGCGA
GGACGCGGCGCCGGAAGGACCCGACTCCGATCTCTTCGTTTACTACTGCAAGCACTGTGG
TTCTCATGTCCTCATCACTGATACTCAATTGCAGAAGATGCCAAAGAGGAAGACCGACAG
ATCCAGTGTGCTGGACAAGAAGAAGCACCTTGCTAGGTTGAATGTCAGCGAGGGAGGCAA
AGTTTTATTAAAACGCGGGGAAGGGAAACTGGAGAGACAGTTTAGAATGAACTGTATTGG
TTGTGAGCTTTTTGTTTGTTATCGCGCTGAAGAGAGTCTGGAAACAGCCTCCTTCATTTA
CATTGTTGATGGTGCACTTAGCGCTGTTGCTGCTGAAACTAACCCACAGGACGCACCGGT
ACCTCCCTGCATTTCACAGCTCGACGGTGGGCTTGTTCAGGTTGCTATAGAAGTGGAAGA
CCGTGCGCAACGTTCAGCAATCACGAGAGTAAACGCTGATGATGTTCGTGTTACTATTGC
CGCACCAGCAGCTCGTGGGGAAGCTAACAACGAGCTTCTGGAATTCATGGGAA*GGGTGC
TTGGTTTAAGGTTGAGCCAGATGACTCTCCAAAGAGGCTGGAATAGCAAATCGAAACTCC
TCGTGGTC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3DN31TF 716 0 0
GGGACGAGG
GAGAGATGCCGAAGAGAACGACGCATACGTACTCGAGCGAGGACGCGGCGCCGGAAGGAC
CCGACTCCGATCTCTTCGTTTACTACTGCAAGCACTGTGGTTCTCATGTCCTCATCACTG
ATACGCAATTGCAGAAGATGCCGAAGAGGAAGACCGACAGATCCAGTGTGCTGGACAAGA
AGAAGCACCTTGCTAGGTTGAATGTCAGCGAGGGAGTCAAAGTTTTATTAAAACGGGGCG
AAGGGAAACTGGAGAAACAGTTTAGAATGAACTGTATTGGTTGTGAGCTTTTTGTTTGTT
ATCGCGCTGAAGAGAGTCTGGAAACAGCATCCTTCGTTTACATTGTTGATGGTGCACTTA
GTGCTGTTGCTGCAGAAACTAACCCACAGGATGCTCCGGTACCTCCCTGCATCTCACAGC
TAGACGGTGGGCTTGTTCAGGTTGCTATAGAAGTGGAAGACCGTGCGCAACGTTCAGCAA
TCACGAGAGTAAACGCTGATGATGTTCGTGTTACTATTGCCGCACCAGCAGCTCGTGGGG
AAGCTAACAACGAGCTTCTGGAATTCATGGGAAAGGGTACTTGGTTTAAG*TTGAGCCAG
ATGACTCTCCAAAGAG*CTGGAATAGCAAATCGAAACTCCTCGTGGTCGAGGATTTATCT
GCCAGACAG*TGTATGAGAAGCTTCTTGAG
CCGTTGTACATAAATTC

QA 10 699 10 699
DS 

RD RR3DN31JQ 848 0 0
GGA
CCGACTCCGATCTCTTCGTTTACTACTGCAAGCACTGTGGTTCTCATGTCCTCATCACTG
ATACGCAAT*GCAGAAGATGCCGAAGAGGAAGACCGACAGATCCAGTGTGCTGGACAAGA
AGAAGCACCTTGCTAGGTTGAATGTCAGCGAGGGAGTCAAAGTTTTATTAAAACGGGGCG
AAGGGAAACTGGAGAAACAGTTTAGAATGAACTGTATTGGTTGTGAGCTTTTTGTTTGTT
ATCGCGCTGAAGAGAGTCTGGAAACAGCATCCTTCGTTTACATTGTTGATGGTGCACTTA
GTGCTGTTGCTGCAGAAACTAACCCACAGGATGCTCCGGTACCTCCCTGCATCTCACAGC
TAGACGGTGGGCTTGTTCAGGTTGCTATAGAAGTGGAAGACCGTGCGCAACGTTCAGCAA
TCACGAGAGTAAACGCTGATGATGTTCGTGTTACTATTGCCGCACCAGCAGCTCGTGGGG
AAGCTAACAACGAGCTTCTGGAATTCATGGGAA*GGGTACTTGGTTTAAGGTTGAGCCAG
ATGACTCTCCAAAGAGGCTGGAATAGCAAATCGAAACTCCTCGTGGTCGAGGATTTATCT
GCCAGACAGGTGTATGAGAAGCTTCTTGAGGCCGTTGTACCATAAATTCTGAGGTCCGTG
CATGTTGGTGAAAGACATTAACCGAGAGCTCTGCAATCACCCTGTAATTGGTTTATCTCA
GAGACGAATGAGTTTTAATATTTTGCTTGGGAAGATAGACAAAATTGCTTTCTTATCTCT
GTTTTCATGCTTCCAAACCACTACTCTTTTTATACAATCCCCTATTGTTATAGTCTCTCT
AATAC

QA 4 848 4 848
DS 



AS 1 4

CO CL2663Contig1 838 4 9 U
GGATCTCTAATCTATTCTCCACTTTCCATGGCGTCGTTTCTCTCCATTATTCGTCGAGTG
TACCTCACTCTCTACAACTGGATCGTCTTTGCTGGATGGGCTCAGGTTTTGTACTTTGCG
GTAAAGACGTTGAAGGAAACGGGACATGAAAATGTCTATGATGCTGTAGAGAAGCCTCTC
CAGCTTGCTCAGACTGCCGCTGTACTCGAGATTCTTCATGGTTTAGTAGGTTTGGTCAGA
TCTCCTGTTTCTGCAACTCTGCCACAGATTGGCTCAAGGCTGTTTCTCACTTGGGGCATC
CTATACAGCTTCCCAGAGGTCCAATCACATTTTCTTGTTGCCTCGCTGGTCATAAGCTGG
TCTATCACGGAGATTATTCGCTACTCCTTCTTTGGTTTCAAGGAAGCTCTAGGCTTTGCA
CCTTCATGGCACTTGTGGCTCAGATACAGCAGCTTTTTAGTGCTATACCCGACCGGTATC
ACCAGTGAAGTAGGTCTTGTCTACCTTGCCTCACCACACATCAAGACGTCTGAGATGTAC
GGCGTTAGGATGCCTAACACATTGAACTTCTCATTCGACTTCTTCTATGCAACCATACTC
GTCCTTGCTATCTATGTCCCAGGTAGTCCACACATGTACAGGTACATGCTTGGTCAGCGT
AAGAGAGCTCTCTCCAAATCTAAGAGAGAATAAAAAAAATCTTACAGAGAGGATACCAAA
AGCTCATCAACTGATTTTCTTCTCTTGTGTGGTTCTTTCATTGTACTTTCCTTTGTTACA
CTTGGTATTTCTTTTTCTTTTGGAGATTATTTAAATTTATGCGGGTTACTACTATATT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB95TF U 1
AF RR3FB95JQ C 1
AF RR3EX25JQ C 228
AF RR3EX25TF U 228
BS 1 305 RR3FB95TF
BS 306 307 RR3EX25TF
BS 308 441 RR3FB95TF
BS 442 442 RR3EX25TF
BS 443 511 RR3FB95TF
BS 512 512 RR3EX25TF
BS 513 581 RR3FB95TF
BS 582 832 RR3EX25TF
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QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3FB95JQ 832 0 0
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TATATT

QA 6 605 6 605
DS 



AS 1 4

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ATAATAAGACTTTATGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3FC82TF U 1
AF RR3EW40JQ C 178
AF RR3EW40TF U 178
AF RR3FC82JQ C 218
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RD RR3FC82TF 719 0 0
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QA 1 719 1 719
DS 

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QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3FC82JQ 580 0 0
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AGGCGTCGAGGATGACCTTGCACAGATTTGGGAATACTTTTTCGAGCTCCATTTGGTATG
AGCTGGCTTACATAGAAGCCAAAGGCAGGATGAAGAAAGGGAACAGGGTTTGGCAGATTG
CTTTTGGAAGTGGGTTTAAGTGTACCAGTGCGGTTTGGGTTGCTCTGCACAATGTCAAGC
CTTCGGTTAGTAGTCCTTGGGAACACTGCATTGACCGATATCCGGTTAAGCTTGACTTCT
GATTCAATCATAAAAACCATTTTATTTGGTGTCATTTGTGGTTAGTCCTCCTAGTAAGTC
TACTACTTCGTTCTCTCTGTCTTAATTATTGTTTTTTTTTTCTTTTCTCTTAATTGGCTT
GTCCGTTGAATGTGATGCTTCTTGGATTATTACTCTCACGTTGAGTTCTATGGCATTACT
TATTGACATACTGGTTGGAACAAATAATAAGACTTTATGC

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 4

CO CL2665Contig1 961 4 13 U
GAACAACAAGGAGTTTCCTTACGTCACCGCGGCAAGGAATAATCCACATCATCCAACAGT
CGACAACTTCAAAACCAAACATGCATTTGGTCTGACTAGCTGCAAAGAACCAAAAGCCAA
CACATGGTCACTTGTAGACAAGTCCAGTGGAAAAATCTGTTGGAGGAACCAATACTCAAC
CGAGAAACCAGAGAAGCCCTTTTGCTTATACAACAGAAAAGCTCTTATATCTTACAATGA
GGAGATAGAACACAAGCAGCTCTATCAAGGTAAGCTTCATTTACAAACAAATGATAAAGC
AGAGTCTTGTTTAGGAGCTTCCTCGAGGCAAAAGCTCACTTCCAAAGAGTATAGCCGCGG
CGCGTTATCACCTTGCAAACTAGACGCAAACCAGATGTGGGAGCTTCACAGTAACGGAAC
ACTAGAGAACAGTTACTCTGGTCTTTGCGCCGTGTTAAATCCAGTGAAATCAGCAGCTGA
AGCTAGCTCCAATGGTGTTCGTTCTTGGATTGCTACGGGAAGAAGAGGAGAAGTGTACGT
CGCCTTTTTCAACTTGAACCCGGTGAAGACGACGGTATCAGCCAAGATATCAGACATTGC
CAAGGCTCTTGAGAACAAGACGCATCTTGAAGGAGGTTCGTGTAAGGGCCACGAGTTATG
GAGCGGCAAAGATTTTGGACCGACGAAAGATTCGGTGACGATTCAAGTTGAATCTCATGG
TCCTGCTCCCTTTGTTCTCCATTGTAGTAGCCATGCATGACTATTTCAGATCAATAGGCT
GCTCTCATGCCTCCTGCTTACGACGTCGTTTTCCATCATATAGTGTAATGTTCTATCTTT
AGCCTAATGAAAACAGAGTTTTATGTAATAATCTATGCTTCAATAACACTGCTCACGATA
ATAATTAGCAAAGAATCTGCAATTAATTAATAAGGAAATTTATAAGAGATCATTTATAAG
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3AN03TF U 296
AF RR3DR80TF U 1
AF RR3DY50JQ C 173
AF RR3AN03JQ C 296
BS 1 302 RR3DR80TF
BS 303 304 RR3DY50JQ
BS 305 474 RR3DR80TF
BS 475 477 RR3AN03TF
BS 478 604 RR3DR80TF
BS 605 605 RR3DY50JQ
BS 606 632 RR3DR80TF
BS 633 716 RR3DY50JQ
BS 717 717 RR3AN03JQ
BS 718 728 RR3DY50JQ
BS 729 729 RR3AN03JQ
BS 730 951 RR3DY50JQ
BS 952 961 RR3AN03JQ

RD RR3AN03TF 287 0 0
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TTATCACCTTGCAAACTAGACGCAAACCAGATGTGGGAGCTTCACAGTAACGGAACACTA
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TTTTTCAACTTGAACCCGGTGAAGACGACGGTATCAGC

QA 10 287 10 287
DS 

RD RR3DR80TF 641 0 0
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CGACAACTTCAAAACCAAACATGCATTTGGTCTGACTAGCTGCAAAGAACCAAAAGCCAA
CACATGGTCACTTGTAGACAAGTCCAGTGGAAAAATCTGTTGGAGGAACCAATACTCAAC
CGAGAAACCAGAGAAGCCCTTTTGCTTATACAACAGAAAAGCTCTTATATCTTACAATGA
GGAGATAGAACACAAGCAGCTCTATCAAGGTAAGCTTCATTTACAAACAAATGATAAAGC
AGTTTCTTGTTTAGGAGCTTCCTCGAGGCAAAAGCTCACTTCCAAAGAGTATAGCCGCGG
CGCGTTATCACCTTGCAAACTAGACGCAAACCAGATGTGGGAGCTTCACAGTAACGGAAC
ACTAGAGAACAGTTACTCTGGTCTTTGCGCCGTGTTAAATCCAGTGAAATCAGC***TGA
AGCTAGCTCCAATGGTGTTCGTTCTTGGATTGCTACGGGAAGAAGAGGAGAAGTGTACGT
CGCCTTTTTCAACTTGAACCCGGTGAAGACGACGGTATCAGCCAAGATATCAGACATTGC
CAAG*CTCTTGAGAACAAGACGCATCTTGAAG
AGTTCGTGT

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3DY50JQ 779 0 0
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TACAATGAGGAGATAGAACACAAGCAGCTCTATCAGGGTAAGCTTCATTTACAAACAAAT
GATAAAGCAGAGTCTTGTTTAGGAGCTTCCTCAAGGCAAAAGCTCACTTCCAAAGAGTAT
AGCCGCGGCGCGTTATCACCTTGCAAACTAGACGCAAACCAGATGTGGGAGCTTCACAGT
AACGGAACACTAGAGAACAGTTACTCTGGTCTTTGCGCCGTGTTAAATCCAGTGAAAGCA
GC***TGAAGCTAGCTCCAGTGGTGTTCGTTCTTGGATTGCTACGGGAAGAGGAGGAGAA
GTGTACGTCGCCTTTTTCAACTTGAACCCGGTGAAGACGACGGTATCAGCCAAGATATCA
GACATTGCCAAGGCTCTTGAGAACAAGACGCATCTTGAAGGAGGTTCGTGTAAGGGCCAC
GAGTTATGGAGCGGCAAAGATTTTGGACCGACGAAAGATTCGGTGACGATTCAAGTTGAA
TCTCGTGGTCCTGCTCTCTTTGTTCTCCATTGTAGTAGCCATGCATGACTATTTCAGATC
AATAGGCTGCTCTCATGCCTCCTGCTTACGACGTCGTTTTCCATCATATAGTGTAATGTT
CTATCTTTAGCCTAATGAAAACAGAGTTTTATGTAATAATCTATGCTTCAATAACACTGC
TCACGATAATAATTAGCAAAGAATCTGCAATTAATTAATAAGGAAATTTATAAGAGATC

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3AN03JQ 666 0 0
GAAGCAGTT
TCTTGTTTAGGAGCTTCCTCGAGGCAAAAGCTCACTTCCAAAGAGTATAGCCGCGGCGCG
TTATCACCTTGCAAACTAGACGCAAACCAGATGTGGGAGCTTCACAGTAACGGAACACTA
GAGAACAGTTACTCTGGTCTTTGCGCCGTGTTAAATCCAGTGAAATCAGCAGCTGAAGCT
AGCTCCAATGGTGTTCGTTCTTGGATTGCTACGGGAAGAAGAGGAGAAGTGTACGTCGCC
TTTTTCAACTTGAACCCGGTGAAGACGACGGTATCAGCCAAGATATCAGACATTGCCAAG
GCTCTTGAGAACGAGACGCATCTTGAAGGAGGTTCGTGTAAGGGCCACGAGTTATGGAGC
GGCAAAGATTTTGGACCGACGAAAGATTCGGTGACGATTCAAGTTGAATCTCATGGTCCT
GCTCCCTTTGTTCTCCATTGTAGTAGCCATGCATGACTATTTCAGATCAATAGGCTGCTC
TCATGCCTCCTGCTTACGACGTCGTTTTCCATCATATAGTGTAATGTTCTATCTTTAGCC
TAATGAAAACAGAGTTTTATGTAATAATCTATGCTTCAATAACACTGCTCACGATAATAA
TTAGCAAAGAATCTGCAATTAATTAATAAGGAAATTTATAAGAGATCATTTATAAGG

QA 10 666 10 666
DS 



AS 1 4

CO CL2666Contig1 635 4 7 U
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CAGATTGGGGTTTTATACCGTTTGGTAGCAACGATAACATGTTTCGTGTGTTTAGGGTTT
AATATTGTGATGTGTTCAGAGTCCGACGACGCCTTGATCAAGACTTACGTGTCATCATCT
CTACCGACTAACGATGGCTTGGTCATGTCCGCCAAGCTTAAGGTACACAAGATCTCTGGA
TCGGAATGGGATTCACTTGTAATCCACTCCGAAGTCCCGGTCATGGTTATGTTCACAGCC
GACTGGTGCGGCCCATGTCGCGTCATGAGCCCTATGCTTGACAAACTCGCCTCCGACTTC
ACGGACCGCTTCAAATTCTACACTCTGGACATTGAGCAGGAACCAGACATTGCAGAACGT
TACGCCATACGCGCGATGCCAACCACTATTATCTTTAAAGGCGGAAACGAGGTGGCTAGA
GTATTTGGACTTGATATTGCGAAATTAACTGAACTCGTGAAGCGATACATTTAATGATGA
CCCTTGGCTCGTCTCGAGTCCTTTTATTTACGTTTGCTTGTGTTCTTTAACTACTGTTTC
AAAATTAAGAATAATAAAATCGAATATTTAATAAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AA47JQ C 1
AF RR3CJ08JQ C 12
AF RR3CJ08TF U 12
AF RR3AA47TF U 1
BS 1 13 RR3AA47TF
BS 14 440 RR3CJ08TF
BS 441 441 RR3AA47TF
BS 442 613 RR3CJ08TF
BS 614 614 RR3AA47TF
BS 615 629 RR3CJ08TF
BS 630 635 RR3AA47JQ

RD RR3AA47JQ 635 0 0
GGAACACTTACAAACGGGTTGGCAGATAATACAAAGTGATATCAGAAAGTATCGATGGCG
CAGATTGGGGTTTTATACCGTTTGGTAGCAACGATAACATGTTTCGTGTGTTTAGGGTTT
AATATTGTGATGTGTTCAGAGTCTGACGACGCCTTGATCAAGACTTACGTGTCATCATCT
CTACCGACTAACGATGGCTTGGTCATGTCCGCCAAGCTTAAGGTACACAAGATCTCTGGA
TCGGAATGGGATTCACTTGTAATCCACTCCGAAGTCCCGGTCATGGTTATGTTCACAGCC
GACTGGTGCGGCCCATGTCGCGTCATGAGCCCTATGCTTGACAAACTCGCCTCCGACTTC
ACGGACCGCTTCAAATTCTACACTCTGGACATTGAGCAGGAACCAGACATTGCAGAACGT
TACGCCATACGCGCGATGCCAACCACTATTATCTTTAAAGGCGGAAACGAGGTGGCTAGA
GTATTTGGACTTGATATTGCGAAATTAACTGAACTCGTGAAGCGATACATTTAATGATGA
CCCTTGGCTCGTCTCGAGTCCTTTTATTTACGTTTGCTTGTGTTCTTTAACTACTGTTTC
AAAATTAAGAATAATAAAATCGAATATTTAATAAT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3CJ08JQ 618 0 0
GG
ACGGGTTGGCAGATAATACAAAGTGATATCAGAAAGTATCGATGGCGCAGATTGGGGTTT
TATACCGTTTGGTAGCAACGATAACATGTTTCGTGTGTTTAGGGTTTAATATTGTGATGT
GTTCAGAGTCCGACGACGCCTTGATCAAGACTTACGTGTCATCATCTCTACCGACTAACG
ATGGCTTGGTCATGTCCGCCAAGCTTAAGGTACACAAGATCTCTGGATCGGAATGGGATT
CACTTGTAATCCACTCCGAAGTCCCGGTCATGGTTATGTTCACAGCCGACTGGTGCGGCC
CATGTCGCGTCATGAGCCCTATGCTTGACAAACTCGCCTCCGACTTCACGGACCGCTTCA
AATTCTACACTCTGGACATTGAGCAGGAACCAGACATTGCAGAACGTTACGCCATACGCG
CGATGCCTACCACTATTATCTTTAAAGGCGGAAACGAGGTGGCTAGAGTATTTGGACTTG
ATATTGCGAAATTAACTGAACTCGTGAAGCGATACATTTAATGATGACCCTTGGCTCGTC
TCGAGTCCTTTTATTTACGTTTGCTTGTGTTCTTTAACTACTGTTTCAAAATTAAGAATA
GTAAAATCGAATATTT

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DS 

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GG
ACGGGTTGGCAGATAATACAAAGTGATATCAGAAAGTATCGATGGCGCAGATTGGGGTTT
TATACCGTTTGGTAGCAACGATAACATGTTTCGTGTGTTTAGGGTTTAATATTGTGATGT
GTTCAGAGTCCGACGACGCCTTGATCAAGACTTACGTGTCATCATCTCTACCGACTAACG
ATGGCTTGGTCATGTCCGCCAAGCTTAAGGTACACAAGATCTCTGGATCGGAATGGGATT
CACTTGTAATCCACTCCGAAGTCCCGGTCATGGTTATGTTCACAGCCGACTGGTGCGGCC
CATGTCGCGTCATGAGCCCTATGCTTGACAAACTCGCCTCCGACTTCACGGACCGCTTCA
AATTCTACACTCTGGACATTGAGCAGGAACCAGACATTGCAGAACGTTACGCCATACGCG
CGATGCCTACCACTATTATCTTTAAAGGCGGAAACGAGGTGGCTAGAGTATTTGGACTTG
ATATTGCGAAATTAACTGAACTCGTGAAGCGATACATTTAATGATGACCCTTGGCTCGTC
TCGAGTCCTTTTATTTACGTTTGCTTGTGTTCTTTAACTACTGTTTCAAAATTAAGAATA
GTAAAATCGAATATTT

QA 3 618 3 618
DS 

RD RR3AA47TF 635 0 0
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CAGATTGGGGTTTTATACCGTTTGGTAGCAACGATAACATGTTTCGTGTGTTTAGGGTTT
AATATTGTGATGTGTTCAGAGTCTGACGACGCCTTGATCAAGACTTACGTGTCATCATCT
CTACCGACTAACGATGGCTTGGTCATGTCCGCCAAGCTTAAGGTACACAAGATCTCTGGA
TCGGAATGGGATTCACTTGTAATCCACTCCGAAGTCCCGGTCATGGTTATGTTCACAGCC
GACTGGTGCGGCCCATGTCGCGTCATGAGCCCTATGCTTGACAAACTCGCCTCCGACTTC
ACGGACCGCTTCAAATTCTACACTCTGGACATTGAGCAGGAACCAGACATTGCAGAACGT
TACGCCATACGCGCGATGCCAACCACTATTATCTTTAAAGGCGGAAACGAGGTGGCTAGA
GTATTTGGACTTGATATTGCGAAATTAACTGAACTCGTGAAGCGATACATTTAATGATGA
CCCTTGGCTCGTCTCGAGTCCTTTTATTTACGTTTGCTTGTGTTCTTTAACTACTGTTTC
AAAATTAAGAATAATAAAATCGAATATTT
AATAAT

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 3

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ACACTTGAGAAGAAAATTACAAAACAAATGAAGCGAGTATTCTAAAAGCAATAATCAATA
ACAAACACAATCACAAGAAAATGTCAACCATCAAGTTCATTTGACTTTCTCATGGCTTTG
TTTGAAAGTCACCGCACGAAGCATTGACCAAACCCAGAGAACAGCTAAATCCAAAAGCAG
ATCTCCCAACGTCAAACTCCAACAAAGTGTTCTCCATCTGATGCATTCCGATCACAACCG
CATACGCCGCCGCATCTCCTCCGTTGAGGAAAGCCAAGCAAGCCACGTTATCACTGACTT
TCGTCATCGAGTTTGCGGTAACCACTTTCCAAATCTTCCCATCAGCAAACTTCAGATCGA
TCCGAGGCACTTGGAAATGTCCCGTTGACTTAAAACAAAACTCCAAGGGTGTTGTGCTAT
TGACACGTGGAATATCCGACGTGGCTTTTGAAAATGCTTTAGTAAAGACTTTGTATATAT
CGCTACCCAACGTAGTGAAAGGGGTTACGCTGCTAAGAGTCACGCCTCCGTCACCCTTGC
CGTCGAAATCAAAAGCGTTTTGTGCAAGCAAGATCTTTTCTCCGTTGACGGAAATACCCT
TGAGCCCCAAGAAATAATTGTTGAGTCTTCTAGGGTTCTTGATCAGTTGGGTGTACGTGA
GCATGGATCTTGCATCAGTATTTCCGAGCTTGTACGGACCTCCACCAAAGAAAATAGCAC
CTTTGTTCGTATCAGAAGGCAGACACAACGCGAACTTCTTCTCGAGGCCGAGCCTAGGTG
GAGTGAGCTGGTTCCATGTGGCGAGGGCCGTGGGTGCAAGCCCCGCGAGGCCCAAAACAC
CAGGTGGGAAGTCTATGAGAAACGGCTTGGGGATACAAAGGTACTTCACGTTGTTAAGCG
TGAGCGAGGGAGATCTAGGGTTTAGGGAAGACATGGAAAAATCTCCATAGGTGTATTGGT
TTGAGCTACATAGACGTTGGAAGGGCTCAAAGGCTGTTGCTTGGCAAGCACATCTTCCAT
TGATGATTGTGTTTTGAGTAGGGGGACACTGGTGAGGGCTGACTCTACGAGTGAGAGCAC
AGGTGGAGGAGCCGCATGGGATGATGGGACGAGGAAGACCATCATTGCAGCTGCGAACAA
GGTAGGGACCGGCGATATGGATGAAATATTCTTCGTTTGTGTTGAGTGTGAAAGTAAAGA
TAAGTAAGATGGCGTTCTTGGTCACGCTTGACACTAGAGTATTTTTGGATGGATAACAAT
GAGCCGAGACGTGACTATAAGCTGAAAACAAAAGGAGGCAGAGGAGAAGACACTTATCCA
TCTCTGAGAGTTTTTGTTTTTCAATTTCTGGAAAGTGTAAGGTTTAGAGATCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FG64JQ U 1
AF RR3GY17JQ U 14
AF RR3GY17TF C 693
BS 1 189 RR3FG64JQ
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ACAAACACAATCACAAGAAAATGTCAACCATCAAGTTCATTTGACTTTCTCATGGCTTTG
TTTGAAAGT*ACCGCACGAAGCATTGACCAAACCCAGAGAACAGCTAAATCCAAAAGCA

QA 1 239 1 239
DS 

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AAATTACAAAACAAATGAAGCGAGTATTCTAAAAGCAATAATCAATAACAAACACAATCA
CAAGAGAATGTCAACCATCAAGTTCATTTGACTTTCTCATGGCTTTGTTTGAAAGTCACC
GCACGAAGCATTGACCAAACCCAGAGAACAGCTAAATCCAAAAGCAGATCTCCCAACGTC
AAACTCCAACAAAGTGTTCTCCATCTGATGCATTCCGATCACAACCGCATACGCCGCCGC
ATCTCCTCCGTTGAGGAAAGCCAAGCAAGCCACGTTATCACTGACTTTCGTCATCGAGTT
TGCGGTAACCACTTTCCAAATCTTCCCATCAGCAAACTTCAGATCGATCCGAGGCACTTG
GAAATGTCCCGTTGACTTAAAACAAAACTCCAAGGGTGTTGTGCTATTGACACGTGGAAT
ATCCGACGTGGCTTTTGAAAATGCTTTAGTAAAGACTTTGTATATATCGCTACCCAACGT
AGTGAAAGGGGTTACGCTGCTAAGAGTCACGCCTCCGTCACCCTTGCCGTCGAAATCAAA
AGCGTTTTGTGCAAGCAAGATCTTTTCTCCGTTGACGGAAATACCCTTGAGCCCCAAGAA
ATAATTGTTGAGTCTTCTAGGGTTCTTGATCAGTTGGGTGTACGTGAGCATGGATCTTGC
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QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3GY17TF 741 0 0
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TACGGACCTCCACCAAAGAAAATAGCACCTTTGTTCGTATCAGAAGGCAGACACAACGCG
AACTTCTTCTCGAGGCCGAGCCTAGGTGGAGTGAGCTGGTTCCATGTGGCGAGGGCCGTG
GGTGCAAGCCCCGCGAGGCCCAAAACACCAGGTGGGAAGTCTATGAGAAACGGCTTGGGG
ATACAAAGGTACTTCACGTTGTTAAGCGTGAGCGAGGGAGATCTAGGGTTTAGGGAAGAC
ATGGAAAAATCTCCATAGGTGTATTGGTTTGAGCTACATAGACGTTGGAAGGGCTCAAAG
GCTGTTGCTTGGCAAGCACATCTTCCATTGATGATTGTGTTTTGAGTAGGGGGACACTGG
TGAGGGCTGACTCTACGAGTGAGAGCACAGGTGGAGGAGCCGCATGGGATGATGGGACGA
GGAAGACCATCATTGCAGCTGCGAACAAGGTAGGGACCGGCGATATGGATGAAATATTCT
TCGTTTGTGTTGAGTGTGAAAGTAAAGATAAGTAAGATGGCGTTCTTGGTCACGCTTGAC
ACTAGAGTATTTTTGGATGGATAACAATGAGCCGAGACGTGACTATAAGCTGAAAACAAA
AGGAGGCAGAGGAGAAGACACTTATCCATCTCTGAGAGTTTTTGTTTTTCAATTTCTGGA
AAGTGTAAGGTTTAGAGATCC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 4

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AGTGTCCTTAGATACTTTTTTCGAACTTATTGCGCTTCTATAGCAAATGAAGGACTACTT
ATGTACAATTCATCTTCACCCAACAAAACAAAACACAAAATTAACACGGCGTCGTTTCGG
GATCCGTTTAGATACTTATTGCGCTTCTATAACTCCCTGATTCAACCCGTACCCGCAGAC
CCGACCCGAGCCTCAGCTCTCTTCGCCGGATCTATCTCCCACAGCTCTACCAGAAACGAT
ATCTCCTGAGGCCGATTCAAAGACACAAAGCCCTAAGAAGCAAATCAAAGATCATCCGCT
TTGGACATAGACGATAGTCTACTAGGCCTAGGCTGATACGCGGACCTCCTTTTCTGCTGA
TGAGAAGACGGCCTTATCAACGTCGTCAACGCCCTCCTCACCC*ACTCACCTTCGACGCC
ACCGATCCTCACCAGAGAATTCGTCATCGCCGATCTTCTCATATTCAAACTGTTCGTCGG
ATACGACGCCGTCACCGCGGCGCCTTGACCGTGCGGATTCGCCACGTTCTTGTGTAAAGC
GCACCGGAACGAACCGGGG*TGAGTCGTCGGCGAGCACATGCATCTCCTCCTCGAATCGG
GGATCTTGTTGTTGCCGCCGCTGGACTTCGAGACGGCGATGGATCGGTGGTTAGGGGATA
TAGATCTGGAATCGATCGAGTAACGGAACGATTGTTTTAACGGTGATGATGCGAAGAGGT
TCACGCGCGTTGGGGACGCGGATCTGTGGTGAGGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGGTTGC
TGAAGAAAGCTGAAGAACGGGACGCGAAGGTGGAGGTTGTGGAGGAAGCGAAGCCTGTCG
AAGACGAACCGGTTGACCTGGTTCTAGAAGATGTAACCGCCATTTTTTCGAAAGACTCTA
AATGAGAGAGAAGGTGTTTCTAGAAGAAGACTAGAGAGGATTTTGAGGCTTTTTTCTAAG
AGTCCCCTGAGGATTAGTTGGTTCGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3D162JQ U 5
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AF RR3F864TF C 255
AF RR3D162TF C 437
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BS 621 716 RR3F864JQ
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BS 780 790 RR3F864JQ
BS 791 1049 RR3F864TF

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AG
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TGGAATCGATCGAGTAACGGAACGATTGTTTTA

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TCACGCGCGT
GGGG

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GACCGTGCGGATTCGCCACGTTCTTGTGTAAAGCGCACCGGAACGAACCGGGG*TGAGTC
GTCGGCGAGCACATGCATCTCCTCCTCGAATCGGGGATCTTGTTGTTGCCGCCGCTGGAC
TTCGAGACGGCGATGGATCGGTGGTTAGGGGATATAGATCTGGAATCGATCGAGTAACGG
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TGGTGAGGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGGTTGCTGAAGAAAGCTGAAGAACGGGACGCG
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CCC

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GAATTCGTCATCGCCGATCTTCTCATATTCAAACTGTTCGTCGGATACGACGCCGTCACC
GCGGCGCCTTGACCGTGCGGATTCGCCACGTTCTTGTGTAAAGCGCACCGGAACGAACCG
GGG*TGAGTCGTCGGCGAGCACATGCATCTCCTCCTCGAATCGGGGATCTTGTTGTTGCC
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GTTGGTTCGGCCC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 2 4

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CAATGTGATCTTTTCTTGTTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AC87TF U 1
AF RR3AC87JQ C 101
BS 1 631 RR3AC87TF
BS 632 923 RR3AC87JQ

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AAGTGCTGAAAGATGCAATCGTTAAGATATTGAAAAGGGTGGACTTTAATACGGCTACAT
TCACGGACATCCTCAACGAACTTGCTAAGGAGTTCAAAGAGGATCTCACCCCAAAAAAGT
CATCTATAAAGCTGATGATCCGAAAAGAGCTCACCAAGTTAGCAGAAGAGGCTGAAGAAG
AGAAGATAGAGGAGGAGAAAGAAGAGGATGCAGAGAGGGAGAAAGCAAGAGGGTCTGCTG
GTAGTGAGAAGGAGATAGAAGAGGATGCAGA
GAAAGAGAAA

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3AC87JQ 823 0 0
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AGTCACACAGAAACGATCATCAGCAAAACGAAAGAAGACAGATGATGACAGTGATACAAG
TCCAAAGGTCTCCTCTAAGAGGAAGAAGTCTGAAAAAGTTACCAAGGCTTCCTCGACCCC
TTCAAAGTCTGCATCAAAAGAGAAGCCAGATGTAAAAGTGGCTGGAAAAGGGAAAGAAAA
GACCAAAGGGCCAAGCGATAAAGTGCTGAAAGATGCAATCGTTAAGATATTGAAAAGGGT
GGACTTTAATACGGCTACATTCACGGACATCCTCAACGAACTTGCTAAGGAGTTCAAAGA
GGATCTCACCCCAAAAAAGTCATCTATAAAGCTGATGATCCGAAAAGAGCTCACCAAGTT
AGCAGAAGAGGCTGAAGAAGAGAAGATAGAGGAGGAGAAAGAAGAGGATGCAGAGAGGGA
GAAAGCAAGAGGGTTTGCTGGTAGTGAGAAGGAGATAGAAGAGGATGCAGAGAAGGAGAA
AGCAGGAGGGTCCACTGGTAGTGAGAAGGAGAAAGAATAGGATGCAGAGAAGGAGGAAGC
ACGAGGGTTTGCTGGTAGTGAGAAGGAGACAGAAGAGGATGCAGAGAAGGAGAAAGAAGG
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CTGAGACTCTCCCCCTAGCCTTCTGTTGTTGTATGATGCTTAGTAGACAGTCATTTGGCA
AATGTACAAGTTAAAACCGTCAATGTGATCTTTTCTTGTTTTG

QA 1 823 1 823
DS 



CO CL2669Contig2 619 2 1 U
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GAGGAGGAGAAAGAAGAAGATGCAGAGAAGGAGAAAGCAAGAGGGTCTGCTGGTAGTAAG
AAGGAGAAAGAAGAGGATGCAGATAAGGAGAAGCAGGAGGGTCTGCTTGTAGTAAGAAGG
AGAAAGAAGAGGATGCAGAGAAGGAGAAAGGAGGGTCTGCTAGTGATGAGGAGGTGAAAG
CCTAGACTCCTTTCTGATCACATGGCACATACTGAGACTCTCCCCCTTAGCCTTCTGTTG
TTGTATGATGCTTAGTAGACATTATCTGGCAAATGTACAAGTTAAAACCGTGAATGTGTT
CTTTTCTTGTTTTGTTTAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AF34JQ C 1
AF RR3AF34TF U 1
BS 1 619 RR3AF34TF

RD RR3AF34JQ 619 0 0
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AGAAAGAAGAGGATGCAGAGAAGGAGAAAGGAGGGTCTGCTAGTGATGAGGAGGTGAAAG
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CTTTTCTTGTTTTGTTTAG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3AF34TF 619 0 0
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AAGCTGATGATCCAAAATGAGCTCACCAAGTTAGCTGAAGAGGCTGAAGAAGAGAAGATA
GAGGAGGAGAAAGAAGAAGATGCAGAGAAGGAGAAAGCAAGAGGGTCTGCTGGTAGTAAG
AAGGAGAAAGAAGAGGATGCAGATAAGGAGAAGCAGGAGGGTCTGCTTGTAGTAAGAAGG
AGAAAGAAGAGGATGCAGAGAAGGAGAAAGGAGGGTCTGCTAGTGATGAGGAGGTGAAAG
CCTAGACTCCTTTCTGATCACATGGCACATACTGAGACTCTCCCCCTTAGCCTTCTGTTG
TTGTATGATGCTTAGTAGACATTATCTGGCAAATGTACAAGTTAAAACCGTGAATGTGTT
CTTTTCTTGTTTTGTTTAG

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 4

CO CL2670Contig1 792 4 8 U
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GATCCAATTTCTAATTTGTGCAATAAGATAAAAACAAACGAAGATTGCAGTTCATCATAA
GACTTAAATAATACACATGGGAGAAACTCACTTATATGAGTATCACAAAGGGAACTATGT
ATCATCATATTCTCTCTCTCATTTGCTCTGCTTAACCTCTTGAAGCATCTCAACTACTTT
CTTCATCTTTGGCCTTTTTGCAGGTGTGAGGTCTGTGCAAAGCAATGCAACTTTCAGAGC
TGCAAGCATCTCTCTCCTCCAAGCAAAGGACACGGTGCTAAGCTTGGCATCAAGTATCTG
TTCCGGTGTTTCTCCTCTCCCTGAAGCTCCATGGACCCATTTCACCAAATCTACTCCTTC
CCCAAACTCTTCCTCCACCGGCGCTCTTGAGGTTAGAATCTCAAGCAACACGACTCCGTA
GCTGTATACATTCCCTGGTGCAGTCACTTGCATTGTATATGCATACTCTGGAGGAATGTA
GCCAAAGGAGCCAGCAACTGAGCTAATACTTGCAGTGCCTCTGGACGGATCCAAAAGTTT
CGATATTTCGATTTCCCCAAGTACAGGTTTGTAACCAGAGTCTAGCAACACATTACTAGA
GGAA*CATCAAGGTGAATAATGGCGACATGGTGAAGAAACGCCAAGCCTTCTGCTACACC
AACGGCTATCGACAGTCTCATTGGCCAGTCAGGTCCGTACTCTGGTTTCTTAGTAGACTC
ATGAATCAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV76JQ U 10
AF RR3D860JQ U 107
AF RR3D860TF C 107
AF RR3AV76TF C 1
BS 1 9 RR3AV76TF
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RD RR3AV76JQ 630 0 0
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TCTAATTTGTGCAATAAGATAAAAACAAACGAAGATTGCAGTTCATCATAAGACTTAAAT
AATACACATGGGAGAAACTCACTTATATGAGTATCACAAAGGGAACTATGTATCATCATA
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TTCTCCTCTCCCTGAAGCTCCATGGACCCATTTCACCAAATCTACTCCTTCCCCAAACTC
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QA 1 630 1 630
DS 

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CCTTCTGCT
C

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3D860TF 610 0 0
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GCAACTTTCAGAGCTGCAAGCATCTCTCTCCTCCAAGCAAAGGACACGGTGCTAAGCTTG
GCATCAAGTATCTGTTCCGGTGTTTCTCCTCTCCCTGAAGCTCCATGGACCCATT**ACC
AAATCTACTCCTTCCCCAAACTCTTCCTCCACCGGCGCTCTTGAGGTTAGAATCTCAAGC
AACACGACTCCGTGGCTGTATACATTCCCTGGTGCAGTCACTTGCATTGTATATGCATAC
TCTGGAGGAATGTAGCCAAAGGAGCCAGCAACTGAGCTAATACTTGCAGTGCCTCTGGAC
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AACACATTACTAGAGGAA*CATCAAGGTGAATAATGGCGACATGGTGAAGAAACGCCAAG
CCTTCTGCT
C

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3AV76TF 792 0 0
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CTTCATCTTTGGCCTTTTTGCAGGTGTGAGGTCTGTGCAAAGCAATGCAACTTTCAGAGC
TGCAAGCATCTCTCTCCTCCAAGCAAAGGACACGGTGCTAAGCTTGGCATCAAGTATCTG
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AACGGCTATCGACAGTCTCATTGGCCAGTCAGGTCCGTACTCTGGTTTCTTAGTAGACTC
ATGAATCAGCCC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 4

CO CL2671Contig1 1169 4 12 U
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ATGGTGAAGATTGGGCTGAGGGTTCTCACGCGTCCCATGGCGGATCAGTTACCTGAGATC
TACAGAACCCTCGGTGAGAACTACAGCGAGAGAGTTCTGCCTTCCATAATCCACGAGACT
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ATTAGGGAGATTAGGAAGATTCTGACTCAACGAGCAACAAACTTCAACATTGCGCTTGAT
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CAGGTGGCTGCTCAAGAGGCTGAGAGGGCTAAGTTCATCGTTGAGAAGGCTGAACAAGAC
AAGAGAAGTGCAGTTATCCGCGCCCAGGGAGAAGCCAAGAGTGCTCAGCTCATAGGTCAA
GCAATTGCAAACAACCAAGCGTTCATAACGCTCAGGAAGACCGAGGCGGCGAGAGAGATT
GCTCAAACCATAGCACACTCGGCCAACAAGGTGTACCTGAGCTCTGATGATCTCTTGCTT
AACCTACAGGAGATGAATTTGGAAGTGAATCCAAAGAAGTAGAGAGGCTTCTAAAAGTAA
AACCCCACATGTGGGTTGTGTCGTCTTTTCAATTTCCTCTCGCATCATTTGGAACAAAAG
ATAAGACCTTTGGATTGTTATATATTGTTACCCACATCTTGGGATCTCATTATCCCATCA
GAAAAAAGGAAGAAGACATCGTCTTTGCTTAATAAGTCAATTGTATAAACTTGTCGTTTG
GGAGAGAATTAAACAAAGTATTGAGACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3DS21TF U 13
AF RR3DS76TF U 1
AF RR3DS21JQ C 465
AF RR3DS76JQ C 886
BS 1 297 RR3DS76TF
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BS 299 541 RR3DS76TF
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BS 680 704 RR3DS76TF
BS 705 1169 RR3DS21JQ

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GG
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GGTTGGGATTATCGGTGGGCTCGGTCTCTACGCTGCCACTCAGAGTCTCTACAATGTCGA
CGGAGGTCATCGAGCCATCATGTTCAACCGTTTAGTCGGTGTTAAAGACAAGGTTTACCC
TGAGGGCACGCACCTTATGGTTCCTTGGTTCGAAAGGCCGGTCATT*ACGACGTTCGTGC
CCGACCTTACCTTGTTGAGAGTACATCTGGAAGCCGTGATCTCCAGATGGTGAAGATTGG
GCTGAGGGTTCTCACGCGTCCCATGGCGGATCAGTTACCTGAGATCTACAGAACCCTCGG
TGAGAACTACAGCGAGAGAGTTCTGCCTTCCATAATCCACGAGACTTTGAAAGCTGTTGT
TGCTCAGTACAATGCAAGCCAGCTTATCACCCAGAGAGAGGCTGTCATTAGGGAGATTAG
GAAGATTCTGACTCAACGAGCAACAAACTTCAACATTGCGCTTGATGATGTGTCCATCAC
GACCCTGACATTTGGGAAAGAGTTCACTGCTGCTATTGAAGCAA

QA 3 646 3 646
DS 

RD RR3DS76TF 704 0 0
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GCCTATCAGATGAATCTCAACAACGTGAAAGTTCCCAAGGTGCCAGGTGGCGGTGCTGTA
TCTGCGTTGCTTAAGGTTGGGATTATCGGTGGGCTCGGTCTCTACGCTGCCACGCAGAGT
CTCTACAATGTCGACGGAGGTCATCGAGCCATCATGTTCAACCGTTTAGTCGGTGTTAAA
GACAAGGTTTACCCTGAGGGCACGCACCTTATGGTTCCTTGGTTCGAAAGGCCGGTCGTT
TACGACGTTCGTGCCCGACCTTACCTTGTTGAGAGTACATCTGGAAGCCGTGATCTCCAG
ATGGTGAAGATTGGGCTGAGGGTTCTCACGCGTCCCATGGCGGATCAGTTACCTGAGATC
TACAGAACCCTCGGTGAGAACTACAGCGAGAGAGTTCTGCCTTCCATAATCCACGAGACT
TTGAAAGCTGTTGTTGCTCAGTACAATGCAAGCCAGCTTATCACCCAGAGAGAGGCTGTC
AGTAGGGAGATTCGGAAGATTCTGACTCAACGAGCAACAAACTTCAACATTGCGCTTGAT
GATGTGTCCATCACGACCCTGACATTTGGGAAAGAGTTCACTGCTGCTATTGAAGCAAAG
CAG*TGGCTGCTCAAGAG*CTGAGAGGGCTAAGTTCATCGTTGA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3DS21JQ 705 0 0
CATAATCCACGAGACTTTGAAAGCTGTTGTTGCTCAGTACAATGCAAGCCAGCTTATCAC
CCAGAGAGAGGCTGTCATTAGGGAGATTAGGAAGATTCTGACTCAACGAGCAACAAACTT
CAACATTGCGCTTGATGATGTGTCCATCACGACCCTGACATTTGGGAAAGAGTTCACTGC
TGCTATTGAAGCAAAGCAGGTGGCTGCTCAAGAGGCTGAGAGGGCTAAGTTCATCGTTGA
GAAGGCTGAACAAGACAAGAGAAGTGCAGTTATCCGCGCCCAGGGAGAAGCCAAGAGTGC
TCAGCTCATAGGTCAAGCAATTGCAAACAACCAAGCGTTCATAACGCTCAGGAAGACCGA
GGCGGCGAGAGAGATTGCTCAAACCATAGCACACTCGGCCAACAAGGTGTACCTGAGCTC
TGATGATCTCTTGCTTAACCTACAGGAGATGAATTTGGAAGTGAATCCAAAGAAGTAGAG
AGGCTTCTAAAAGTAAAACCCCACATGTGGGTTGTGTCGTCTTTTCAATTTCCTCTCGCA
TCATTTGGAACAAAAGATAAGACCTTTGGATTGTTATATATTGTTACCCACATCTTGGGA
TCTCATTATCCCATCAGAAAAAAGGAAGAAGACATCGTCTTTGCTTAATAAGTCAATTGT
ATAAACTTGTCGTTTGGGAGAGAATTAAACAAAGTATTGAGACTT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3DS76JQ 282 0 0
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GGCTTCTAAAAGTAAAACCCCACATGTGGGTTGTGTCGTCTTTTCAATTTCCTCTCGCAT
CATTTGGAACAAAAGATAAGACCTTTGGATTGTTATATATTGTTACCCACATCTTGGGAT
CTCATTATCCCATCAGAAAAAAGGAAGAAGACATCGTCTTTGCTTAATAAGTCAATTGTA
TAAACTTGTCGTTTGGGAGAGAATTAAACAAAGTATTGAGAC

QA 1 282 1 282
DS 



AS 2 4

CO CL2672Contig1 704 2 3 U
TTTTTACCAAAACCCTAGTTTCGAAGCTTTACTCCCCAGAAATGGCTTTCTGCAAAAGTC
TCGGTGGTCTATTGAGGCAAGGTTCGGTTTCTCAGACCGGTAATGTTCCGGCTCAGTCTA
TGCTCGGTTCTCTCCGGTACATGTCTACCAAGCTCTTCGTCGGTGGTCTCTCATGGGGTA
CTGATGACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTGAAGTGATTGACTCTAAGG
TCATCGTTGATAGAGAAACTGGAAGGCCAAGGGGTTTTGGATTTGTCAATTTCTCTGATG
AGAGTGCAGCTAATGCTGCCATTTCCGAGATGGACGGAAAGGAACTGAATGGACGCAACA
TCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGACCAAGTGCTCCACGGGCTTATGGAGGAGGCGGTG
GCTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCTATGGAGGAGGTGGTGATG
GAGGCTACTAAACATAAGAGCATCTCGTGAAGAAGAGTTTGTGGTTTCCGTTTTTTTTTG
TTTTTAAAAATTGAATCTCGTGGTAGTACAAATCCTGAATGTGATTTGTTAAAACTCTAT
TCCTTTTCCTCAGTTTATGTTAGCTTCACATATTTGCATGTTTTTTGTTGAGAAACTAAA
CGTTAGTCCTGCAAGTTTTCAAATGATTAAGTAGAGATTTTTAG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DJ23TF U 1
AF RR3DJ23JQ C 1
BS 1 2 RR3DJ23JQ
BS 3 657 RR3DJ23TF
BS 658 704 RR3DJ23JQ

RD RR3DJ23TF 657 0 0
TT
TTTACCAAAACCCTAGTTTCGAAGCTTTACTCCCCAGAAATGGCTTTCTGCAAAAGTCTC
GGTGGTCTATTGAGGCAAGGTTCGGTTTCTCAGACCGGTAATGTTCCGGCTCAGTCTATG
CTCGGTTCTCTCCGGTACATGTCTACCAAGCTCTTCGTCGGTGGTCTCTCATGGGGTACT
GATGACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTGAAGTGATTGACTCTAAGGTC
ATCGTTGATAGAGAAACTGGAAGGCCAAGGGGTTTTGGATTTGTCAATTTCTCTGATGAG
AGTGCAGCTAATGCTGCCATTTCCGAGATGGACGGAAAGGAACTGAATGGACGCAACATC
CGAGTGAATGTTGCCAACGATAGACCAAGTGCTCCACGGGCTTATGGAGGAGGCGGTGGC
TATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCTATGGAGGAGGTGGTGATGGA
GGCTACTAAACATAAGAGCATCTCGTGAAGAAGAGTTTGTGGTTTCCGTTTTTTTTTGTT
TTTAAAAATTGAATCTCGTGGTAGTACAAATCCTGAATGTGATTTGTTAAAACTCTATTC
CTTTTCCTCAGTTTATGTTAGCTTCACATATTTGCATGTTTTTTGTTGAGAAACT

QA 3 657 3 657
DS 

RD RR3DJ23JQ 704 0 0
TTTTTACCAAAACCCTAGTTTCGAAGCTTTACTCCCCAGAAATGGCTTTCTGCAAAAGTC
TCGGTGGTCTATTGAGGCAAGGTTCGGTTTCTCAGACCGGTAATGTTCCGGCTCAGTCTA
TGCTCGGTTCTCTCCGGTACATGTCTACCAAGCTCTTCGTCGGTGGTCTCTCATGGGGTA
CTGATGACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTGAAGTGATTGACTCTAAGG
TCATCGTTGATAGAGAAACTGGAAGGCCAAGGGGTTTTGGATTTGTCAATTTCTCTGATG
AGAGTGCAGCTAATGCTGCCATTTCCGAGATGGACGGAAAGGAACTGAATGGACGCAACA
TCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGACCAAGTGCTCCACGGGCTTATGGAGGAGGCGGTG
GCTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCTATGGAGGAGGTGGTGATG
GAGGCTACTAAACATAAGAGCATCTCGTGAAGAAGAGTTTGTGGTTTCCGTTTTTTTTTG
TTTTTAAAAATTGAATCTCGTGGTAGTACAAATCCTGAATGTGATTTGTTAAAACTCTAT
TCCTTTTCCTCAGTTTATGTTAGCTTCACATATTTGCATGTTTTTTGTTGAGAAACTAAA
CGTTAGTCCTGCAAGTTTTCAAATGATTAAGTAGAGATTTTTAG

QA 1 704 1 704
DS 



CO CL2672Contig2 707 2 4 U
GGCATCTGCCTCTCTCCCCCCTGTTTACCAAAACCCTAGTTTCCAAGATTTACTCCCCAG
AAAATGGCTTTCTGCAAAAGTCTCGGTGGTCTATTGAGGCAAGGTTCGGTTTCTCAGACC
GCTAATGTTCCCGTTCAGTCTATGCTCGGTTCTCTCCGCTACATGTCTACCAAGCTTTTT
GTCGGTGGTCTCTCATGGGGTACTGACGACCTGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTT
GGTGAAGTGATTGACTCTAAGGTCATCGTTGATAGAGAGACTGGAAGGTCAAGGGGTTTT
GGATTTGTCAATTTCTCTGATGAGAGTGCTGCTAATGCTGCCATTTCTGAGATGGACGGA
AAGGAACTGAATGGACGCAACATCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGACCAAGTGCTCCA
CGGGCTTATGGAGGAGGCGGTGGCTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGT
GGCTATGGAGGAGGTGGTGATGGGAGGCGGTTACTAAACATAAGAGCATCTCGTGAAGAA
GAGTTTGTGGTTTCCGTTTTTTTTTGGTTTTTAAAAATTGAATCTTGTGGTAGTACAAAT
CCTGAATGTGATTTGTTAAAACTCTATTCCTTTTCCTCAGTTTATGTTAGCTTCACATAT
TTGCATGTTTTTTGTTGAGAAACTAAACATTAGTCCTGCAAGTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3EH70TF U 1
AF RR3EH70JQ C 73
BS 1 672 RR3EH70TF
BS 673 673 RR3EH70JQ
BS 674 705 RR3EH70TF
BS 706 707 RR3EH70JQ

RD RR3EH70TF 706 0 0
GGCATCTGCCTCTCTCCCCCCTGTTTACCAAAACCCTAGTTTCCAAGATTTACTCCCCAG
AAAATGGCTTTCTGCAAAAGTCTCGGTGGTCTATTGAGGCAAGGTTCGGTTTCTCAGACC
GCTAATGTTCCCGTTCAGTCTATGCTCGGTTCTCTCCGCTACATGTCTACCAAGCTTTTT
GTCGGTGGTCTCTCATGGGGTACTGACGACCTGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTT
GGTGAAGTGATTGACTCTAAGGTCATCGTTGATAGAGAGACTGGAAGGTCAAGGGGTTTT
GGATTTGTCAATTTCTCTGATGAGAGTGCTGCTAATGCTGCCATTTCTGAGATGGACGGA
AAGGAACTGAATGGACGCAACATCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGACCAAGTGCTCCA
CGGGCTTATGGAGGAGGCGGTGGCTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGT
GGCTATGGAGGAGGTGGTGATGGGAGGCGGTTACTAAACATAAGAGCATCTCGTGAAGAA
GAGTTTGTGGTTTCCGTTTTTTTTTGGTTTTTAAAAATTGAATCTTGTGGTAGTACAAAT
CCTGAATGTGATTTGTTAAAACTCTATTCCTTTTCCTCAGTTTATGTTAGCTTCACATAT
TTGCATGTTTTT*GTTGAGAAACTAAACATTAGTCCTGCAAGTTT
C

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3EH70JQ 635 0 0
TGCAAAAGTCTCGGTGGTCTATTGAGGCAAGGTTCGGTTTCTCAGACCGCTAATGTTCCC
GTTCAGTCTATGCTCGGTTCTCTCCGCTACATGTCTACCAAGCTTTTTGTCGGTGGTCTC
TCATGGGGTACTGACGACCTGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTGAAGTGATT
GACTCTAAGGTCATCGTTGATAGAGAGACTGGAAGGTCAAGGGGTTTTGGATTTGTCAAT
TTCTCTGATGAGAGTGCTGCTAATGCTGCCATTTCTGAGATGGACGGAAAGGAACTGAAT
GGACGCAACATCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGACCAAGTGCTCCACGGGCTTATGGA
GGAGGCGGTGGCTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCTATGGAGGA
GGTGGTGATGG*AGGCGGTTACTAAACATAAGAGCATCTCGTGAAGAAGAGTTTGTGGTT
TCCGTTTTTTTT*GGTTTTTAAAAATTGAATCTTGTGGTAGTACAAATCCTGAATGTGAT
TTGTTAAAACTCTATTCCTTTTCCTCAGTTTATGTTAGCTTCACATATTTGCATGTTTTT
TGTTGAGAAACTAAACATTAGTCCTGCAAGTTTTC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 2 4

CO CL2673Contig1 512 2 3 U
GGGAGCGAGAGAGAGAAGAAATGATGAAGCGTCTGATCCCAACGTTCAACCGCATCCTTG
TGCAGAGAGTCATCCAGCCTGCCAAGACCGAAAGCGGCATCCTCCTCCCTGAGAAGGCCT
CCAAGCTGAACTCGGGAAAGGTGATAGCAGTAGGACCTGGATCAAGGGATAAGGACGGGA
AATTGATTCCAGTCTCTGTTAAGGAAGGCGACACTGTTCTTCTTCCAGAGTACGGCGGTA
CTCAGGTTAAGCTAGGCGAGAAGGAGTACCATCTCTTCCGGGATGAGGACGTCTTGGGGA
CGCTGCACGAAGATTGAGAAAGGCTAAGCGGTGGTCTTGTTGGCGTTTTAATGTTATGGG
AAGAGAAACAAACAAGTTATTTATAATTTTTAGTTTATGTGGTTGGACTTGTCATTGAAA
TTTACTTTAATGGACTATCTTTGTCCCTTCTGAGTCGGTCGTTCCAGTTTTTCCAAATTG
TCATCAATCCTAAGATAAGTTAAGTTAACCGC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AA54JQ C 1
AF RR3AA54TF U 1
BS 1 2 RR3AA54JQ
BS 3 511 RR3AA54TF
BS 512 512 RR3AA54JQ

RD RR3AA54JQ 512 0 0
GGGAGCGAGAGAGAGAAGAAATGATGAAGCGTCTGATCCCAACGTTCAACCGCATCCTTG
TGCAGAGAGTCATCCAGCCTGCCAAGACCGAAAGCGGCATCCTCCTCCCTGAGAAGGCCT
CCAAGCTGAACTCGGGAAAGGTGATAGCAGTAGGACCTGGATCAAGGGATAAGGACGGGA
AATTGATTCCAGTCTCTGTTAAGGAAGGCGACACTGTTCTTCTTCCAGAGTACGGCGGTA
CTCAGGTTAAGCTAGGCGAGAAGGAGTACCATCTCTTCCGGGATGAGGACGTCTTGGGGA
CGCTGCACGAAGATTGAGAAAGGCTAAGCGGTGGTCTTGTTGGCGTTTTAATGTTATGGG
AAGAGAAACAAACAAGTTATTTATAATTTTTAGTTTATGTGGTTGGACTTGTCATTGAAA
TTTACTTTAATGGACTATCTTTGTCCCTTCTGAGTCGGTCGTTCCAGTTTTTCCAAATTG
TCATCAATCCTAAGATAAGTTAAGTTAACCGC

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR3AA54TF 512 0 0
GG
GAGCGAGAGAGAGAAGAAATGATGAAGCGTCTGATCCCAACGTTCAACCGCATCCTTGTG
CAGAGAGTCATCCAGCCTGCCAAGACCGAAAGCGGCATCCTCCTCCCTGAGAAGGCCTCC
AAGCTGAACTCGGGAAAGGTGATAGCAGTAGGACCTGGATCAAGGGATAAGGACGGGAAA
TTGATTCCAGTCTCTGTTAAGGAAGGCGACACTGTTCTTCTTCCAGAGTACGGCGGTACT
CAGGTTAAGCTAGGCGAGAAGGAGTACCATCTCTTCCGGGATGAGGACGTCTTGGGGACG
CTGCACGAAGATTGAGAAAGGCTAAGCGGTGGTCTTGTTGGCGTTTTAATGTTATGGGAA
GAGAAACAAACAAGTTATTTATAATTTTTAGTTTATGTGGTTGGACTTGTCATTGAAATT
TACTTTAATGGACTATCTTTGTCCCTTCTGAGTCGGTCGTTCCAGTTTTTCCAAATTGTC
ATCAATCCTAAGATAAGTTAAGTTAACCG
C

QA 3 511 3 511
DS 



CO CL2673Contig2 599 2 2 U
GGCAGCCCCGAGCGAGAGAGAGAAGAAATGATGAAGCGTCTGATCCCAACGTTCAACCGC
ATCCTTGTGCAGAGAGTCATCCAGCCTGCCAAAACCGAAAGCGGCATCCTACTCCCTGAG
AAAGCCTCCAAGCTGAACTCAGGGAAGGTGATAGCAGTTGGACCTGGATCGAGGGATAAG
GATGGAAAATTGATTCCAGTCTCTGTTAAGGAAGGCGACACTGTTCTTCTCCCAGAGTAC
GGCGGTACTCAGGTCAAGCTTGGCGAGAAGGAGTACCATCTCTTCCGGGATGAGGACGTC
TTGGGGACGTTGCACGAAGATTGAGAAAGGCTTAATTTAGCTACCAGCGGTGGTCTTGTT
GGCGTTTTAATGTTATGGGAAGAGAAACAAACAAGTTATTTTATAATTTTTAGTTTATGT
GGTTGGACTTGTCATTGAAATTTACTTTAATGGACTATCTTTGTCCCTTCTGAGTCGGTC
GTTCCAGTTTTTCCAAATTGTCATCAATCCTAAGATAAGTTAAGTTAACCGGAGTGTTGC
ATCTTGTGATTCCAATCCTTCTGTGACGATGGCTTACTTGAATGTGCGTATTCTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BU96JQ C 1
AF RR3BU96TF U 1
BS 1 9 RR3BU96JQ
BS 10 599 RR3BU96TF

RD RR3BU96JQ 599 0 0
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ATCCTTGTGCAGAGAGTCATCCAGCCTGCCAAAACCGAAAGCGGCATCCTACTCCCTGAG
AAAGCCTCCAAGCTGAACTCAGGGAAGGTGATAGCAGTTGGACCTGGATCGAGGGATAAG
GATGGAAAATTGATTCCAGTCTCTGTTAAGGAAGGCGACACTGTTCTTCTCCCAGAGTAC
GGCGGTACTCAGGTCAAGCTTGGCGAGAAGGAGTACCATCTCTTCCGGGATGAGGACGTC
TTGGGGACGTTGCACGAAGATTGAGAAAGGCTTAATTTAGCTACCAGCGGTGGTCTTGTT
GGCGTTTTAATGTTATGGGAAGAGAAACAAACAAGTTATTTTATAATTTTTAGTTTATGT
GGTTGGACTTGTCATTGAAATTTACTTTAATGGACTATCTTTGTCCCTTCTGAGTCGGTC
GTTCCAGTTTTTCCAAATTGTCATCAATCCTAAGATAAGTTAAGTTAACCGGAGTGTTGC
ATCTTGTGATTCCAATCCTTCTGTGACGATGGCTTACTTGAATGTGCGTATTCTTGATC

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR3BU96TF 599 0 0
GGCAGCCCC
GAGCGAGAGAGAGAAGAAATGATGAAGCGTCTGATCCCAACGTTCAACCGCATCCTTGTG
CAGAGAGTCATCCAGCCTGCCAAAACCGAAAGCGGCATCCTACTCCCTGAGAAAGCCTCC
AAGCTGAACTCAGGGAAGGTGATAGCAGTTGGACCTGGATCGAGGGATAAGGATGGAAAA
TTGATTCCAGTCTCTGTTAAGGAAGGCGACACTGTTCTTCTCCCAGAGTACGGCGGTACT
CAGGTCAAGCTTGGCGAGAAGGAGTACCATCTCTTCCGGGATGAGGACGTCTTGGGGACG
TTGCACGAAGATTGAGAAAGGCTTAATTTAGCTACCAGCGGTGGTCTTGTTGGCGTTTTA
ATGTTATGGGAAGAGAAACAAACAAGTTATTTTATAATTTTTAGTTTATGTGGTTGGACT
TGTCATTGAAATTTACTTTAATGGACTATCTTTGTCCCTTCTGAGTCGGTCGTTCCAGTT
TTTCCAAATTGTCATCAATCCTAAGATAAGTTAAGTTAACCGGAGTGTTGCATCTTGTGA
TTCCAATCCTTCTGTGACGATGGCTTACTTGAATGTGCGTATTCTTGATC

QA 10 599 10 599
DS 



AS 1 4

CO CL2674Contig1 734 4 6 U
GGTTATTGGTAGGATTTATAGAGATCTCTTAGTAAAAAAAATTACAAACATCATAGAATA
TGTATGAACATTGTACAATGAACTTATTACAATCTGAGCCAAAGAATCTATATACAGGAA
GCATAAATAGAATTGCAACTTTTTGTTCTTATCAAACAAGGTCTGATTTAACAATAATCC
ATAAAGAACCAGATTCCAGAAGCAACAAAAACATTCACATGCCAATTCAAAAACATTAAG
TGTCTGAGCCAAACGACCAAGAGCAAAAGCTGACATTTCCATGACCTGCTCATCTGATGA
CTGAAGCATCTTAATATATGGTGTAATGGCACCTCTCTGGGCAATGTGTACCTTGCAATC
TGAATCAGGCGAAGCAAATTGACCTTCAACAAGTAGGCAAACAAGAGCTTATTTATCTCT
GATGTGAGAATTAATGTCTATCTTCTCACTGCTCAGAAGAACTCCAAAGCAATGAAGCAT
ATGAAGCTACCGTCGGCTCCAACCCAAGGCACCAGAAGAGAGCTGAGCAGAGACTCTCTC
CACGAAATCCTCGCCGATGGAACATTCCTCAGCGGAACAGAGAAGAGAGATCGTATCCAT
AATCTGGACAGCGATCGGAGCATCATAGAAGATTGAGAGAGCGTGGACGAGAGGCGATAC
GAGAAAGCGAACGTGTGAGGAGAGTAGAGTTCGGAGGAAGATAGGCTCGGAGAGCGTAGG
AGACGTAAACGTCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GX94JQ U 1
AF RR3GX94TF C 5
AF RR3EF26JQ U 114
AF RR3EF26TF C 140
BS 1 175 RR3GX94JQ
BS 176 176 RR3EF26JQ
BS 177 488 RR3GX94JQ
BS 489 490 RR3EF26JQ
BS 491 621 RR3GX94JQ
BS 622 734 RR3EF26JQ

RD RR3GX94JQ 623 0 0
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GCATAAATAGAATTGCAACTTTTTGTTCTTATCAAACAAGGTCTGATTTAACAATCATCC
ATAAAGAACCAGATTCCAGAAGCAACAAAAACATTCACATGCCAATTCAAAAACATTAAG
TGTCTGAGCCAAACGACCAAGAGCAAAAGCTGACATTTCCATGACCTGCTCATCTGATGA
CTGAAGCATCTTAATATATGGTGTAATGGCACCTCTCTGGGCAATGTGTACCTTGCAATC
TGAATCAGGCGAAGCAAATTGACCTTCAACAAGTAGGCAAACAAGAGCTTATTTATCTCT
GATGTGAGAATTAATGTCTATCTTCTCACTGCTCAGAAGAACTCCAAAGCAATGAAGCAT
ATGAAGCTGTCGTCGGCTCCAACCCAAGGCACCAGAAGAGAGCTGAGCAGAGACTCTCTC
CACGAAATCCTCGCCGATGGAACATTCCTCAGCGGAACAGAGAAGAGAGATCGTATCCAT
AATCTGGACAGCGATCGGAGC
CC

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3GX94TF 619 0 0
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TGAACATTGTACAATGAACTTATTACAATCTGAGCCAAAGAATCTATATACAGGAAGCAT
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AGAACCAGATTCCAGAAGCAACAAAAACATTCACATGCCAATTCAAAAACATTAAGTGTC
TGAGCCAAACGACCAAGAGCAAAAGCTGACATTTCCATGACCTGCTCATCTGATGACTGA
AGCATCTTAATATATGGTGTAATGGCACCTCTCTGGGCAATGTGTACCTTGCAATCTGAA
TCAGGCGAAGCAAATTGACCTTCAACAAGTAGGCAAACAAGAGCTTATTTATCTCTGATG
TGAGAATTAATGTCTATCTTCTCACTGCTCAGAAGAACTCCAAAGCAATGAAGCATATGA
AGCTGTCGTCGGCTCCAACCCAAGGCACCAGAAGAGAGCTGAGCAGAGACTCTCTCCACG
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TGGACAGCGATCGGAGC
CC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3EF26JQ 621 0 0
G
CAGGAAGCATAAATTGAATTGCAACTTTTTGTTCTTATCAAACAAGGTCTGATTTAACAA
TAATCCATAAAGAACCAGATTCCAGAAGCAGCAAAAACATTCACATGCCAATTCAAAAAC
ATTAAGTGTCTGAGCCAAACGACCAAGAGCAAAAGCTGACATTTCCATGACCTGCTCATC
TGATGACTGAAGCATCTTAATATATGGTGTAATGGCACCTCTCTGGGCAATGTGTACCTT
GCAATCTGAATCAGGCGAAGCAAATTGACCTTCAACAAGTAGGCAAACAAGAGCTTATTT
ATCTCTGATGTGAGAATTGATGTCTATCTTCTCACTGCTCAGAAGAACTCCAAAGCAATG
AAGCATATGAAGCTACCGTCGGCTCCAACCCAAGGCACCAGAAGAGAGCTGAGCAGAGAC
TCTCTCCACGAAATCCTCGCCGATGGAACATTCCTCAGCGGAACAGAGAAGAGAGATCGT
ATCCATAATCTGGACAGCGATCGGAGCATCATAGAAGATTGAGAGAGCGTGGACGAGAGG
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QA 2 621 2 621
DS 

RD RR3EF26TF 595 0 0
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GGTGTAATGGCACCTCTCTGGGCAATGTGTACCTTGCAATCTGAATCAGGCGAAGCAAAT
TGACCTTCAACAAGTAGGCAAACAAGAGCTTATTTATCTCTGATGTGAGAATTGATGTCT
ATCTTCTCACTGCTCAGAAGAACTCCAAAGCAATGAAGCATATGAAGCTACCGTCGGCTC
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GCATCATAGAAGATTGAGAGAGCGTGGACGAGAGGCGATACGAGAAAGCGAACGTGTGAG
GAGAGTAGAGTTCGGAGGAAGATAGGCTCGGAGAGCGTAGGAGACGTAAACGTCC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 4

CO CL2675Contig1 1335 4 4 U
TTGTCACTCATTGATTATGGTAGAAACTAGTAAATGGTGGGAAAAGTATTACAGTTTATG
AATTTAGTAGATGACTTCTCTTTCCATAGGTAGACACATACATAATCAAAAATGCATTTG
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TCACTTGCTTCTTTTGATAGCTGATTCTCAAAGGAAGACGAGTTATTATTCCAGCTCCAA
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GCAAACGTGACACCCGTTTCCTCGTGGTAACGCCTGTGAAGCTCCTGCATCGTCAGCATG
TTGCATACTTTGCTGTCTTTGTATGCTTTGGCTCCGTCATACTCTCCTCCATCTATCATC
GAACTGTTTTGCCCGTTCAGTCCCGATGCTAAGCCTCTTAGGTCTCCAAGGTTCGCCTTT
GGCGGTACATTCCCAGCCAATGTGTTTGTGTTCCCTGTTATAGATCCTACGATGATCATA
CGTTTTGATGGATAATCAGACTGTTTCAAGTCATCAAGAAGCAACCTCGAGAGAAGAAAA
TGTCCTAAATGATTGGTTCCAACGCTGAGCTCAAACCCTTCGGCTGTGAAAGAAGGTTCC
TTAGCAGTCGGCTGGTAAACCGCTGCGTTGCAAACAAGAACATCTAACGGCCGTTCTGTT
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ACCGTGTAGTCTTCCTTGGACATCCCAACGAATTTCGCAGCTTTCTCGGCCTTGAGAAAG
TTCCTGCAAGCCATGATCACGTGCCATTTCCCCGTGTCTGCTAAAGCCTTCGCCGTGGCT
AAACCTAGACCGGAGGAAGCTCCGGTGATCACTGCTGTGCCTTTTCTCTGTGTCTTCTTT
TGCTCCGGCGAGGCTTCGTTAGATGGAGGCGTTGCTGTAACGGTCTGTGCGCGAATAACG
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TCGGCTTTAAGATGGTTTGAAAATGAAAAACCAGTTAAAGTCGTCTCCTTTAGATAAGCA
TTGAACTTACCCTCTTTTCGGATTGAGACGGTAGAAGGAAGAAGAGAATATGCAGCCTGA
AGAGCCATTTCTGTC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H160TF C 1
AF RR3H160JQ U 3
AF RR3AH49JQ U 45
AF RR3AH49TF C 601
BS 1 2 RR3H160TF
BS 3 608 RR3H160JQ
BS 609 812 RR3AH49JQ
BS 813 1335 RR3AH49TF

RD RR3H160TF 609 0 0
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AATTTAGTAGATGACTTCTCTTTCCATAGGTAGACACATACATAATCAAAAATGCATTTG
CATCAAGCCAAGCCAACAAGCTTCTCGCTAACCTCCCACAGTTTCTTTGCCTTCTCAGCA
TCACTTGCTTCTTTTGATAGCTGATTCTCAAAGGAAGACGAGTTATTATTCCAGCTCCAA
TACACCCCTGACTTTCCCAAACTCGGATCACTCACAACCTGTGCTAGTCTTTTCCCAGCT
TCCTCTTCAGATACGTAACCTTTGGTGATATACTTCTGAAAAGGGGGAAAGAGAAGCCTG
AACAGAGGTACGTGTTCTCTGAACAACCCCGTAGTAGCGATGCAGCCAGGGTAAAGAGAA
GCAAACGTGACACCCGTTTCCTCGTGGTAACGCCTGTGAAGCTCCTGCATCGTCAGCATG
TTGCATACTTTGCTGTCTTTGTATGCTTTGGCTCCGTCATACTCTCCTCCATCTATCATC
GAACTGTTTTGCCCGTTCAGTCCCGATGCTAAGCCTCTTAGGTCTCCAAGGTTCGCCTTT
GGCGGTAC
C

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3H160JQ 607 0 0
GTCACTCATTGATTATGGTAGAAACTAGTAAATGGTGGGAAAAGTATTACAGTTTATGAA
TTTAGTAGATGACTTCTCTTTCCATAGGTAGACACATACATAATCAAAAATGCATTTGCA
TCAAGCCAAGCCAACAAGCTTCTCGCTAACCTCCCACAGTTTCTTTGCCTTCTCAGCATC
ACTTGCTTCTTTTGATAGCTGATTCTCAAAGGAAGACGAGTTATTATTCCAGCTCCAATA
CACCCCTGACTTTCCCAAACTCGGATCACTCACAACCTGTGCTAGTCTTTTCCCAGCTTC
CTCTTCAGATACGTAACCTTTGGTGATATACTTCTGAAAAGGGGGAAAGAGAAGCCTGAA
CAGAGGTACGTGTTCTCTGAACAACCCCGTAGTAGCGATGCAGCCAGGGTAAAGAGAAGC
AAACGTGACACCCGTTTCCTCGTGGTAACGCCTGTGAAGCTCCTGCATCGTCAGCATGTT
GCATACTTTGCTGTCTTTGTATGCTTTGGCTCCGTCATACTCTCCTCCATCTATCATCGA
ACTGTTTTGCCCGTTCAGTCCCGATGCTAAGCCTCTTAGGTCTCCAAGGTTCGCCTTTGG
CGGTAC
C

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3AH49JQ 768 0 0
GT
TATTACAGTTTATGAATTTAGTAAATGACTTCTCTTTCCATAGGTAGACACATACATAAT
CAAAAATGCATTTGCATCAAGCCAAGCCAACAAGCTTCTCGCTAACCTCCCACAGTTTCT
TTGCCTTCTCAGCATCACTTGCTTCTTTTGATAGCTGATTCTCAAAGGAAGACGAGTTAT
TATTCCAGCTCCAATACACCCCTGACTTTCCCAAACTCGGATCACTCACAACCTGTGCTA
GTCTTTTCCCAGCTTCCTCTTCAGATACGTAACCTTTGGTGATATACTTCTGAAAAGGGG
GAAAGAGAAGCCTGAACAGAGGTACGTGTTCTCTGAACAACCCCGTAGTAGCGATGCAGC
CAGGGTAAAGAGAAGCAAACGTGACACCCGTTTCCTCGTGGTAACGCCTGTGAAGCTCCT
GCATCGTCAGCATGTTGCATACTTTGCTGTCTTTGTATGCTTTGGCTCCGTCATACTCTC
CTCCATCTATCATCGAACTGTTTTGCCCGTTCAGTCCCGATGCTAAGCCTCTTAGGTCTC
CAAGGTTCGCCTTTGGCGGTACATTCCCAGCCAATGTGTTTGTGTTCCCTGTTATAGATC
CTACGATGATCATACGTTTTGATGGATAATCAGACTGTTTCAAGTCATCAAGAAGCAACC
TCGAGAGAAGAAAATGTCCTAAATGATTGGTTCCAACGCTGAGCTCAAACCCTTCGGCTG
TGAAAGAAGGTTCCTTAGCAGTCGGCTGGTAAACCGCTGCGTTGCA

QA 3 768 3 768
DS 

RD RR3AH49TF 735 0 0
GGCGGTACATTCCCAGCCAATGTGTTTGTGTTCCCTGTTATAGATCCTACGATGATCATA
CGTTTTGATGGATAATCAGACTGTTTCAAGTCATCAAGAAGCAACCTCGAGAGAAGAAAA
TGTCCTAAATGATTGGTTCCAACGCTGAGCTCAAACCCTTCGGCTGTGAAAGAAGGTTCC
TTAGCAGTCGGCTGGTAAACCGCTGCGTTGCAAACAAGAACATCTAACGGCCGTTCTGTT
CTGCGGAAACTATCAACGAACTGCTTCACGCTTTCGAGCGAGGCGAGATCGAGATGCATC
ACCGTGTAGTCTTCCTTGGACATCCCAACGAATTTCGCAGCTTTCTCGGCCTTGAGAAAG
TTCCTGCAAGCCATGATCACGTGCCATTTCCCCGTGTCTGCTAAAGCCTTCGCCGTGGCT
AAACCTAGACCGGAGGAAGCTCCGGTGATCACTGCTGTGCCTTTTCTCTGTGTCTTCTTT
TGCTCCGGCGAGGCTTCGTTAGATGGAGGCGTTGCTGTAACGGTCTGTGCGCGAATAACG
GTGGAAAAACGTGGACTTTGTCTTCTCTGTTCCTTGATGGTTAACAGGTTGGAGATATTG
TCGGCTTTAAGATGGTTTGAAAATGAAAAACCAGTTAAAGTCGTCTCCTTTAGATAAGCA
TTGAACTTACCCTCTTTTCGGATTGAGACGGTAGAAGGAAGAAGAGAATATGCAGCCTGA
AGAGCCATTTCTGTC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 4

CO CL2676Contig1 1275 4 10 U
GGGAACCTTGCTGCCCTGAAAGGCAGCCCCTCTTATCCTTAATGATATATCAATTTTAGT
TCTTGTGTTCTTGGTGACAATCTAAAGATCTTTCTTTACTTTCTTGCACAATAAAGCTCA
CTGGGCTACTTCTTATTTATGTTTCAATAAGCTCTTTGAGCATCCAATCTCTATTGTTTG
AGATTGTTATCATGGTATCAGAGCACTAGGGAGTAGATCATGTTCTATGGGTTTTGTCCT
CACCAGCTTTAAACTTACGACCAACCTCTACCACTAAAGCTCCAATCTTTCTCCGTTACT
TTTCCATCACCAAAGCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCCCGAGCTTTTCTA
TGGAAAGAGTCTCACCCGCTTCTACTTCACAAGGGAGGCCGGTTTCTTCTTTGAAGAGAC
GTCATTGGGTTTTCGAAGCTCCATGTCAGATCCGACGAGTATCCATTCTCTCAAACGTTG
CGGTGTCTACAAAAGTGGGCGAGAAAGTTGCTACAAGATGTTGTCGTTGAAGCTTTAGGC
AGGTCTCGGAATGGACAGAGAAGAATGAAGACTTATTCAGTTTCCTCACGACTTATCTAC
GGTTGAGAACTTAGATAGGTTTGGAACACTACGATGCTTAGGCTGGTTCTGGTTTTTGCT
AACGATGGGTATATGGAAGGAGGTTTCCATTTTGATGCACATCAAGTGTTTGGTACAATG
TCAAAGAGACATAGAAGATGATAGTGGCTAATGGATAGGAAGCATAAAGGGAGTAGGATT
GTTTAATATGTATGGAAAGAGGGTTCTTCTTCATGAGATAGTTTAGGAGAATGGGTAAGA
GAAACCCCATATTCTTAGTGAGACAAATAGGCTTTAAGTACCTCTGAGTGAGATTGACTA
AACTCACCAAGTATCAAGAGAATACCTCTGAGTGAGTCATGCAATACTTGCCATGTACAG
ACCTGAAAAGATCTCACACTAAGTTTATTCTCCATGGTGAATTCAACAATCTTCCTACAT
CTCAATCATCTTCAACAGCTCATGCTTCCATCCAGCCACTTTCAGTTGCCTTTACAAACT
TCACACCTTAGAACCGGATGCAAAGTTTGCGGGGGAGTATTAGCAAGGCCCAAGTAAAGA
CCACAAGCCCATTATCTAAGCTCTTGTAACTAGGTTTCTTAGGACTATATATATGTGCTA
TATGCTTAATGTCTTGTAACCTTGCTGCCCTGAAAGGCAGCCCCTCTTATCCTTAATGAT
ATATCAATTTTAGTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3G095TF U 1
AF RR3BU73TF U 12
AF RR3BU73JQ C 490
AF RR3G095JQ C 588
BS 1 341 RR3G095TF
BS 342 343 RR3BU73TF
BS 344 440 RR3G095TF
BS 441 441 RR3BU73TF
BS 442 489 RR3G095TF
BS 490 490 RR3BU73TF
BS 491 637 RR3G095TF
BS 638 747 RR3BU73JQ
BS 748 748 RR3G095JQ
BS 749 1275 RR3BU73JQ

RD RR3G095TF 637 0 0
GGGAACCTTGCTGCCCTGAAAGGCAGCCCCTCTTATCCTTAATGATATATCAATTTTAGT
TCTTGTGTTCTTGGTGACAATCTAAAGATCTTTCTTTACTTTCTTGCACAATAAAGCTCA
CTGGGCTACTTCTTATTTATGTTTCAATAAGCTCTTTGAGCATCCAATCTCTATTGTTTG
AGATTGTTATCATGGTATCAGAGCACTAGGGAGTAGATCATGTTCTATGGGTTTTGTCCT
CACCAGCTTTAAACTTACGACCAACCTCTACCACTAAAGCTCCAATCTTTCTCCGTTACT
TTTCCATCACCAAAGCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA**AGGCCCGAGCTTTTCTA
TGGAAAGAGTCTCACCCGCTTCTACTTCACAAGGGAGGCCGGTTTCTTCTTTGAAGAGAC
GTCATTGGGTTTTCGAAGCTTCATGTCAGATCCGACGAGTATCCATTCTCTCAAACGTTG
CGGTGTCTATAAAAGTGGGCGAGAAAGTTGCTACAAGATGTTGTCGTTGAAGCTTTAGGC
AGGTCTCGGAATGGACAGAGAAGAATGAAGACTTATTCAGTTTCCTCACGACTTATCTAC
GGTTGAGAACTTAGATAGGTTTGGAACACTACGATGC

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3BU73TF 626 0 0
G
GCCCTGAAAGGCAGCCCCTCTTATCCTTAATGATATATCAATTTTAGTTCTTGTGTTCTT
GGTGACAATCTAAAGATCTTTCTTTACTTTCTTGCACAATAAAGCTCACTGGGCTACTTC
TTATTTATGTTTCAATAAGCTCTTTGAGCATCCAATCTCTATTGTTTGAGATTGTTATCA
TGGTATCAGAGCACTAGGGAGTAGATCATGTTCTATGGGTTTTGTCCTCACCAGCTTTAA
ACTTACGACCAACCTCTACCACTAAAGCTCCAATCTTTCTCCGTTACTTTTCCATCACCA
AAGCTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGCCCGAGCTTTTCTATGGAAAGAGTCT
CACCCGCTTCTACTTCACAAGGGAGGCCGGTTTCTTCTTTGAAGAGACGTCATTGGGTTT
TCGAAGCTCCATGTCAGATCCGACGAGTATCCATTCTCTCAAACGTTGCGGTGTCTACAA
AAGTGGGCGAGAAAGTTGCTACAAGATGTTGTCGTTGAAGCTTTAGGCAGGTCTCGGAAT
GGACAGAGAAGAATGAAGACTTATTCAGTTTCCTCACGACTTATCTACGGTTGAGAACTT
AGATAGGTTTGGAACACTACGATGC

QA 2 626 2 626
DS 

RD RR3BU73JQ 786 0 0
C
AAAAGTGGGCGAGAAAGTTGCTACAAGATGTTGTCGTTGAAGCTTTAGGCAGGTCTCGGA
ATGGACAGAGAAGAATGAAGACTTATTCAGTTTCCTCACGACTTATCTACGGTTGAGAAC
TTAGATAGGTTTGGAACACTACGATGCTTAGGCTGGTTCTGGTTTTTGCTAACGATGGGT
ATATGGAAGGAGGTTTCCATTTTGATGCACATCAAGTGTTTGGTACAATGTCAAAGAGAC
ATAGAAGATGATAGTGGTTAATGGATAGGAAGCATAAAGGGAGTAGGATTGTTTAATATG
TATGGAAAGAGGGTTCTTCTTCATGAGATAGTTTAGGAGAATGGGTAAGAGAAACCCCAT
ATTCTTAGTGAGACAAATAGGCTTTAAGTACCTCTGAGTGAGATTGACTAAACTCACCAA
GTATCAAGAGAATACCTCTGAGTGAGTCATGCAATACTTGCCATGTACAGACCTGAAAAG
ATCTCACACTAAGTTTATTCTCCATGGTGAATTCAACAATCTTCCTACATCTCAATCATC
TTCAACAGCTCATGCTTCCATCCAGCCACTTTCAGTTGCCTTTACAAACTTCACACCTTA
GAACCGGATGCAAAGTTTGCGGGGGAGTATTAGCAAGGCCCAAGTAAAGACCACAAGCCC
ATTATCTAAGCTCTTGTAACTAGGTTTCTTAGGACTATATATATGTGCTATATGCTTAAT
GTCTTGTAACCTTGCTGCCCTGAAAGGCAGCCCCTCTTATCCTTAATGATATATCAATTT
TAGTT

QA 2 786 2 786
DS 

RD RR3G095JQ 688 0 0
ACGACTTATCTACGGTTGAGAACTTAGATAGGTTTGGAACACTACGATGCTTAGGCTGGT
TCTGGTTTTTGCTAACGATGGGTATATGGAAGGAGGTTTCCATTTTGATGCACATCAAGT
GTTTGGTACAATGTCAAAGAGACATAGAAGATGATAGTGGCTAATGGATAGGAAGCATAA
AGGGAGTAGGATTGTTTAATATGTATGGAAAGAGGGTTCTTCTTCATGAGATAGTTTAGG
AGAATGGGTAAGAGAAACCCCATATTCTTATTGAGACAAATAGGCTTTAAGTACCTCTGA
GTGAGATTGACTAAACTCACCAAGTATCAAGAGAATACCTCTGAGTGAGTCATGCAATAC
TTGCCATGTACAGACCTGAAAAGATCTCACACTAAGTTTATTCTCCATGGTGAATTCAAC
AATCTTCCTACATCTCAATCATCTTCAACAGCTCATGCTTCCATCCAGCCACTTTCAGTT
GCCTTTACAAACTTCACACCTTAGAACCGGATGCAAAGTTTGCGGGGGAGTATTAGCAAG
GCCCAAGTAAAGACCACAAGCCCATTATCTAAGCTCTTGTAACTAGGTTTCTTAGGACTA
TATATATGTGCTATATGCTTAATGTCTTGTAACCTTGCTGCCCTGAAAGGCAGCCCCTCT
TATCCTTAATGATATATCAATTTTAGT
C

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 3

CO CL2677Contig1 1363 3 8 U
GGGAGTCGGAGGAAAGACAGACAGATGTTAACTTGCAGGTCGTCTCTCTTCAGGATTGAT
CGTGTACTTGCGTTTACGAGTAGATGTCTTAAATCGAAACAAGAAAGTTTCAGTATAATG
AGTTATAAGAGAAACGCTGCAATGGATGGAAGCAAGAAGGAAAAGATGGTGTGGAGACCC
ATCTCCACTCACTCCTCTTCAGTTTTTGTTGTTGCAGAAGCAGAAGGTCAGTGTAGCAAA
TCAAGTGGTGTTTCTGAGGAAGGGAATGAGAGAGCCTCAGCTGGAAAGCATCCAGTTTCT
CTTGAGGTTGGGGCTTCTTTGATCAAGTTTATCAGAGGGAAAGAAGGGACTAAACAGATG
AAAATTGAAGAGGAGATGGGAGTGAAGATCATCTTTCCATCATCAAGGAACGAAGATCAC
ATCATCATTGAAGGTGGATCAGTGGACTGTGTGAGCAAAGCCTCAGAACGAATAGCTACC
GTTATCGATGAGGTTGTAAAGAGTCCGAGTCTTGACTACTCACACTTTGTATCACTTCCA
CTAGCCATACACCCTGAGTTAGTGGGAAAGCTAGTCAACTTTCAAAACTCTATACTCGGT
GACCATAGCATAGCTGTTGATGAAGCAAGGTCATCTACTTTATTTGACTTGGGAATTGAA
AAGTCAATCTTTATTAAACCGACCACTTTTCACTTGACTGTGCTTATGCTAAAGCTATGG
AACAAAGATAGAATCAATGCGGCCCGTGATGTTCTGAAGAGTATATCTCCTAGTGTGATG
GATGCTTTGGATAACCGGCCGTTATTCATTAGACTTAAAGGACTGGATTGTATGAGAGGA
TCACTAGCTAAGGCTCGTGTGCTCTACATTCCTGTTGAAGAAATTGGTGATGAAGGCAGG
CTTTTACGTGCTTGCAAAGTTATCACTGATGCATTTGTGAAAGCTGGACTTGTTCTTGAA
AAAGATGCAAACCAAAGCTTGAAGCTGCACGCGACTGTGATGAACGCTAGGCACAGGAAA
AGAAAGGACAAAAGAAAGAAGATGGATACGTTTGATGCAAGGGAGATACATCAACAGTTT
GGAAATGAAGACTGGGGAGAGTATCTGATCCAAGAAGCTCATCTCTCGCAGCGTTTTGTG
TTTGACCAGACCGGTTATTACCGCTGCTGTGCTTCCATACCCTTTCCCGGAGAACACAGA
GACTGAGAAGAAACGTCAAACCGGCCAGAACCTCAAGTCTCAAGCTGTACCTGAGTCCCA
ACATGTCTCTACTATGTGTGTGACCACTGTGAAATTCTACAACTTTGAGAAGTGAACCGA
ATTGTAAAATTAATCATATATTAATAAAAACAAATCTTATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C419TF U 65
AF RR3BV06TF U 1
AF RR3C419JQ C 636
BS 1 386 RR3BV06TF
BS 387 387 RR3C419TF
BS 388 624 RR3BV06TF
BS 625 625 RR3C419TF
BS 626 736 RR3BV06TF
BS 737 737 RR3C419JQ
BS 738 754 RR3BV06TF
BS 755 1363 RR3C419JQ

RD RR3C419TF 648 0 0
TACTTGCGTTTACGAGTAGATGTCTTAAATCGAAACAAGAAAGTTTCAGTATAATGTGTT
ATAAGAGAAACGCTGCAATGGATGGAAGCAAGAAGGAAAAGATGGTGTGGAGACCCATCT
CCACTCACTCCTCTTCAGTTTTTGTTGTTGCAGAAGCAGAAGGTCAGTGTAGCAAATCAA
GTGGTGTTTCTGAGGAAGGGAATGAGAGAGTCTCAGCTGGAAAGCATTCAGTTTCTCTTG
AGGTTGGGGCTTCTTTGATCAAGTTTATCAGAGGGAAAGAAGGGACTAAACAGATGAAAA
TTGAAGAGGAGATGGGAGTGAAGATCATCTTTCCATCATCAAGGAACGAAGATCACATCA
TCATTGAAGGTGGATCAGTGGACTGTGTGAGCAAAGCCTCAGAACGAATAGCTACCGTTA
TCGATGAGGTTGTAAAGAGTCCGAGTCTTGACTACTCACACTTTGTATCACTTCCACTAG
CCATACACCCTGAGTTAGTGGGAAAGCTAGTCAACTTTCAAAACTCTATACTCGGTGATC
ATAGCATAGCTGTTGATGAAGCAAGGTCATCTACTTTATTTGACTTGGGAATTGAAA*GT
CAATCTTTATTAAACCGACCACTTTTCACTTGACTGTGCTTATGCTAA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3BV06TF 754 0 0
GGGAGTCGGAGGAAAGACAGACAGATGTTAACTTGCAGGTCGTCTCTCTTCAGGATTGAT
CGTGTACTTGCGTTTACGAGTAGATGTCTTAAATCGAAACAAGAAAGTTTCAGTATAATG
AGTTATAAGAGAAACGCTGCAATGGATGGAAGCAAGAAGGAAAAGATGGTGTGGAGACCC
ATCTCCACTCACTCCTCTTCAGTTTTTGTTGTTGCAGAAGCAGAAGGTCAGTGTAGCAAA
TCAAGTGGTGTTTCTGAGGAAGGGAATGAGAGAGCCTCAGCTGGAAAGCATCCAGTTTCT
CTTGAGGTTGGGGCTTCTTTGATCAAGTTTATCAGAGGGAAAGAAGGGACTAAACAGATG
AAAATTGAAGAGGAGATGGGAGTGAATATCATCTTTCCATCATCAAGGAACGAAGATCAC
ATCATCATTGAAGGTGGATCAGTGGACTGTGTGAGCAAAGCCTCAGAACGAATAGCTACC
GTTATCGATGAGGTTGTAAAGAGTCCGAGTCTTGACTACTCACACTTTGTATCACTTCCA
CTAGCCATACACCCTGAGTTAGTGGGAAAGCTAGTCAACTTTCAAAACTCTATACTCGGT
GACCATAGCATAGCTGTTGATGAATCAAGGTCATCTACTTTATTTGACTTGGGAATTGAA
AAGTCAATCTTTATTAAACCGACCACTTTTCACTTGACTGTGCTTATGCTAAAGCTATGG
AACAAAGATAGAATCA*TGCGGCCCGTGATGTTC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3C419JQ 728 0 0
TACTTTATTTGACTTGGGAATTGAAAAGTCAATCTTTATTAAACCGACCACTTTTCACTT
GACTGTGCTTATGCTAAAGCTATGGAACAAAGATAGAATCAATGCGGCCCGTGATGTTCT
GAAGAGTATATCTCCTAGTGTGATGGATGCTTTGGATAACCGGCCGTTATTCATTAGACT
TAAAGGACTGGATTGTATGAGAGGATCACTAGCTAAGGCTCGTGTGCTCTACATTCCTGT
TGAAGAAATTGGTGATGAAGGCAGGCTTTTACGTGCTTGCAAAGTTATCACTGATGCATT
TGTGAAAGCTGGACTTGTTCTTGAAAAAGATGCAAACCAAAGCTTGAAGCTGCACGCGAC
TGTGATGAACGCTAGGCACAGGAAAAGAAAGGACAAAAGAAAGAAGATGGATACGTTTGA
TGCAAGGGAGATACATCAACAGTTTGGAAATGAAGACTGGGGAGAGTATCTGATCCAAGA
AGCTCATCTCTCGCAGCGTTTTGTGTTTGACCAGACCGGTTATTACCGCTGCTGTGCTTC
CATACCCTTTCCCGGAGAACACAGAGACTGAGAAGAAACGTCAAACCGGCCAGAACCTCA
AGTCTCAAGCTGTACCTGAGTCCCAACATGTCTCTACTATGTGTGTGACCACTGTGAAAT
TCTACAACTTTGAGAAGTGAACCGAATTGTAAAATTAATCATATATTAATAAAAACAAAT
CTTATACC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 4

CO CL2678Contig1 589 4 8 U
GCTCAATTCTTTGTTGATATATATAAATACAATAGGACATATCGATGCAATTAACACAAC
ACCCC*ACTCATAAGTTGAGGGTACAACAGCTGCAAGCACACAATGGAAGAGAGAAAGTA
GTTCATTTTACACCTGGAAAACGCACTCCTGATGTATTAATTATCAGAGAAAAAGACAAA
AGACATTATGGTGGTGAGAGGTGGGTCATCATCATCAGTCTTGTGTAGGAAGAACATTCT
GGGTCCAGGCAGAGTAGCCACCGGAGATATCTTTGACTCCCGTGAAACCAGCAGCAAGAA
GCTCAGCGGTGGCTTTCAAAGATCTACCCCCGCTCTGGCAACCAACAACGACTTCATCGG
CTTTACCGAAATGGGAGGAGACTTGTTCCAAGAAGTTAGGATTCTTTGACATCCCTCGGT
TCAAGTAAGGAACGTTGATAGCGCCAGAGGCATGTCCCTGGCTGAATTCTTCTGGAGTCC
TGACGTCCAAATAGCGGTGGCCGGCTTGAAGAAGTTCGTGGGCGACTGTGACCGACACCG
ATGATGGGACTCCCTCCGCCATAATATTATATAACTGGACTCAACACCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3H248JQ U 1
AF RR3H248TF C 1
AF RR3FI19JQ U 29
AF RR3FI19TF C 29
BS 1 132 RR3H248JQ
BS 133 133 RR3FI19JQ
BS 134 233 RR3H248JQ
BS 234 234 RR3FI19JQ
BS 235 347 RR3H248JQ
BS 348 348 RR3FI19JQ
BS 349 585 RR3H248JQ
BS 586 589 RR3FI19JQ

RD RR3H248JQ 587 0 0
GCTCAATTCTTTGTTGATATATATAAATACAATAGGACATATCGATGCAATTAACACAAC
ACCCC*ACTCATAAGTTGAGGGTACAACAGCTGCAAGCACACAATGGAAGAGAGAAAGTA
GTTCATTTTACATCTGGAAAACGCACTCCTGATGTATTAATTATCAGAGAAAAAGACAAA
AGACATTATGGTGGTGAGAGGTGGGTCATCATCATCAGTCTTGTGTAGGAAGACCATTCT
GGGTCCAGGCAGAGTAGCCACCGGAGATATCTTTGACTCCCGTGAAACCAGCAGCAAGAA
GCTCAGCGGTGGCTTTCAAAGATCTACCCCCGCTCTGGCAACCAACAGCGACTTCATCGG
CTTTACCGAAATGGGAGGAGACTTGTTCCAAGAAGTTAGGATTCTTTGACATCCCTCGGT
TCAAGTAAGGAACGTTGATAGCGCCAGAGGCATGTCCCTGGCTGAATTCTTCTGGAGTCC
TGACGTCCAAATAGCGGTGGCCGGCTTGAAGAAGTTCGTGGGCGACTGTGACCGACACCG
ATGATGGGACTCCCTCCGCCATAATATTATATAACTGGACTCAAC
CC

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3H248TF 587 0 0
GCTCAATTCTTTGTTGATATATATAAATACAATAGGACATATCGATGCAATTAACACAAC
ACCCC*ACTCATAAGTTGAGGGTACAACAGCTGCAAGCACACAATGGAAGAGAGAAAGTA
GTTCATTTTACATCTGGAAAACGCACTCCTGATGTATTAATTATCAGAGAAAAAGACAAA
AGACATTATGGTGGTGAGAGGTGGGTCATCATCATCAGTCTTGTGTAGGAAGACCATTCT
GGGTCCAGGCAGAGTAGCCACCGGAGATATCTTTGACTCCCGTGAAACCAGCAGCAAGAA
GCTCAGCGGTGGCTTTCAAAGATCTACCCCCGCTCTGGCAACCAACAGCGACTTCATCGG
CTTTACCGAAATGGGAGGAGACTTGTTCCAAGAAGTTAGGATTCTTTGACATCCCTCGGT
TCAAGTAAGGAACGTTGATAGCGCCAGAGGCATGTCCCTGGCTGAATTCTTCTGGAGTCC
TGACGTCCAAATAGCGGTGGCCGGCTTGAAGAAGTTCGTGGGCGACTGTGACCGACACCG
ATGATGGGACTCCCTCCGCCATAATATTATATAACTGGACTCAAC
CC

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3FI19JQ 561 0 0
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AGCTGCAAGCACACAATGGAAGAGAGAAAGTAGTTCATTTTACACCTGGAAAACGCACTC
CTGATGTATTTATTATCAGAGAAAAAGACAAAAGACATTATGGTGGTGAGAGGTGGGTCA
TCATCATCAGTCTTGTGTAGGAAGAACATTCTGGGTCCAGGCAGAGTAGCCACCGGAGAT
ATCTTTGACTCCCGTGAAACCAGCAGCAAGAAGCTCAGCGGTGGCTTTCAAAGATCTACC
CCCGCTCTGGCAACCAACAACGACTTCATCGGCTTTACCGAAATGGGAGGAGACTTGTTC
CAAGAAGTTAGGATTCTTTGACATCCCTCGGTTCAAGTAAGGAACGTTGATAGCGCCAGA
GGCATGTCCCTGGCTGGATTCTTCTGGAGTCCTGACGTCCAAATAGCGGTGGCCGGCTTG
AAAAAGTTCGTGGGCGACTGTGACCGACACCGATGATGGGACTCCCTCCGCCATAATATT
ATATAACTGGACTCAACACCC

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3FI19TF 561 0 0
ACAATAGGACATATCGATGCAATTAACACAACACCCCCACTCATAAGTTGTGGGTACAAC
AGCTGCAAGCACACAATGGAAGAGAGAAAGTAGTTCATTTTACACCTGGAAAACGCACTC
CTGATGTATTTATTATCAGAGAAAAAGACAAAAGACATTATGGTGGTGAGAGGTGGGTCA
TCATCATCAGTCTTGTGTAGGAAGAACATTCTGGGTCCAGGCAGAGTAGCCACCGGAGAT
ATCTTTGACTCCCGTGAAACCAGCAGCAAGAAGCTCAGCGGTGGCTTTCAAAGATCTACC
CCCGCTCTGGCAACCAACAACGACTTCATCGGCTTTACCGAAATGGGAGGAGACTTGTTC
CAAGAAGTTAGGATTCTTTGACATCCCTCGGTTCAAGTAAGGAACGTTGATAGCGCCAGA
GGCATGTCCCTGGCTGGATTCTTCTGGAGTCCTGACGTCCAAATAGCGGTGGCCGGCTTG
AAGAAGTTCGTGGGCGACTGTGACCGACACCGATGATGGGACTCCCTCCGCCATAATATT
ATATAACTGGACTCAAC
ACCC

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 4

CO CL2679Contig1 873 4 12 U
CAAGAGAAGAAGAGAGAGAGCATCAGTCAGTCACACACAATAGTAACCACTTTCTTTTGG
GCTGCGACGGAAGCTTTCCTCTTCATTCAATCATTCAATGGCGCCGCCGAAGAGTACCGG
AGGAGGAGATAAGGGGAAATCAGTGGCGGTGGCTACGTCGACAAGGCAGACACGAAGCAT
GGATCGGCAGACTCGGAGCCAAACTCAGGCACGCGGTGGTGGTAAATCGCCATCGTCGAA
GCTCATGAACTTCAAATCTCCCGAGAAGAGGAAAAGGAAGACGACGAAAGGCAAGGAAGG
TGGATCAGCGACGAAGAAGATCAAGAAAGAAAAGGAGGAGGAAGCAGTGGTACAAGACGA
CGACGATGAAGACGAAGAAGCCTCCGAGAAAAAGACGATTGTGATCGAGCACTGCAAACA
ACACAAATCATTCACGGAGAGAGCCAACGAGGTGAAGGAAGGTCTGGAGATAGCTGCTCC
TGGCATCATTGTCACTCTCAATCCCGATAAGCCAAGGCGTGGATGCTTTGAGATTCGTGA
GGAAGGCGGCGAAACATTCATCAGTCTTTTGGATATGAAGAAACCATTCACACCGATGAC
GGAACTTGATATGGAAGAGGTCGTTGCTAACATCCTAGAGAAGATTAAATGAGAGAGGCC
TGGCTGCACATAGGGCTCCGCTACGTAATCAAATAGGCGCTTCAGTATCTAACTCTCTAG
AGCAACTGTGCATGCTTCTTTTTTTTTCTTTAGGCTTTCCTTCTGATACTTTGGTGAAAA
CTCTTTAGAGCTCTGTTTGGTCAATTTGTTGTGCTTACTCGGATATATCCAGTTTCTGGA
TGCTATAAATTCATGATATGTTTGGTTGATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3GB79TF U 1
AF RR3FQ57TF U 31
AF RR3GB79JQ C 134
AF RR3FQ57JQ C 236
BS 1 253 RR3GB79TF
BS 254 254 RR3FQ57TF
BS 255 345 RR3GB79TF
BS 346 346 RR3FQ57TF
BS 347 504 RR3GB79TF
BS 505 505 RR3FQ57TF
BS 506 619 RR3GB79TF
BS 620 620 RR3FQ57TF
BS 621 645 RR3GB79TF
BS 646 744 RR3FQ57TF
BS 745 870 RR3GB79JQ
BS 871 873 RR3FQ57JQ

RD RR3GB79TF 652 0 0
CAAGAGAAGAAGAGAGAGAGCATCAGTCAGTCACACACAATAGTAACCACTTTCTTTTGG
GCTGCGACGGAAGCTTTCCTCTTCATTCAATCATTCAATGGCGCCGCCGAAGAGTACCGG
AGGAGGAGATAAGGGGAAATCAGTGGCGGTGGCTACGTCGACAAGGCAGACACGAAGCAT
GGATCGGCAGACTCGGAGCCAAACTCAGGCACGCGGTGGTGGTAAATCGCCATCGTCGAA
GCTCATGAACTTCGAATCTCCCGAGAAGAGGAAAAGGAAGACGACGAAAGGCAAGGAAGG
TGGATCAGCGACGAAGAAGATCAAGAAAGAAAAGGAGGAGGAAGCTGTGGTACAAGACGA
CGACGATGAAGACGAAGAAGCCTCCGAGAAAAAGACGATTGTGATCGAGCACTGCAAACA
ACACAAATCATTCACGGAGAGAGCCAACGAGGTGAAGGAAGGTCTGGAGATAGCTGCTCC
TGGCATCATTGTCACTCTCAATCCGGATAAGCCAAGGCGTGGATGCTTTGAGATTCGTGA
GGAAGGCGGCGAAACATTCATCAGTCTTTTGGATATGAAGAAACCATTCACACCGATGAC
GGAACTTGATATGGAAGAG*TCGTTGCTAACATCCTAGAGAAGAT
AAATGAG

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3FQ57TF 714 0 0
GG
ACACACAGTAGTAACCACTTTCTTTTGGGCTGCGACGGAAGCTTTTCTCTTCATTCAATC
ATTCAATGGCGCCGCCGAAGAGTACCGGAGGAGGAGATAAGGGGAAATCAGTGGCGGTGG
CTACGTCGACAAGGCAGACACGAAGCATGGATCGGCAGACTCGGAGCCAAACTCAGGCAC
GCGGTGGTGGTAAATCGCCATCGTCGAAGCTCATGAACTTCAAATCTCCCGAGAAGAGGA
AAAGGAAGACGACGAAAGGCAAGGAAGGTGGATCAGCGACGAAGAAGATCAAGAAAGAAA
AGGAGGAGGAAGCAGTGGTACAAGACGACGACGATGAAGACGAAGAAGCCTCCGAGAAAA
AGACGATTGTGATCGAGCACTGCAAACAACACAAATCATTCACGGAGAGAGCCAACGAGG
TGAAGGAAGGTCTGGAGATAGCTGCTCCTGGCATCATTGTCACTCTCAATCCCGATAAGC
CAAGGCGTGGATGCTTTGAGATTCGTGAGGAAGGCGGCGAAACATTCATCAGTCTTTTGG
ATATGAAGAAACCATTCACACCGATGACGGAACTTGATATGGAAGAGGTCGTTGCTAACA
TCCTAGAGAAGATTAAATGAGAGAGGCCTGGCTGCACATAGGGCTCCGCTACGTAATCAA
ATAGGCGCTTCAGTATCTAACTCTCTAGAGCAACTGTGCATGCTTCTTTTTT

QA 3 714 3 714
DS 

RD RR3GB79JQ 740 0 0
GGGAAATCAGTGGCGGTGGCTACGTCGACAAGGCAGACACGAAGCATGGATCGGCAGACT
CGGAGCCAAACTCAGGCACGCGGTGGTGGTAAATCGCCATCGTCGAAGCTCATGAACTTC
GAATCTCCCGAGAAGAGGAAAAGGAAGACGACGAAAGGCAAGGAAGGTGGATCAGCGACG
AAGAAGATCAAGAAAGAAAAGGAGGAGGAAGCTGTGGTACAAGACGACGACGATGAAGAC
GAAGAAGCCTCCGAGAAAAAGACGATTGTGATCGAGCACTGCAAACAACACAAATCATTC
ACGGAGAGAGCCAACGAGGTGAAGGAAGGTCTGGAGATAGCTGCTCCTGGCATCATTGTC
ACTCTCAATCCGGATAAGCCAAGGCGTGGATGCTTTGAGATTCGTGAGGAAGGCGGCGAA
ACATTCATCAGTCTTTTGGATATGAAGAAACCATTCACACCGATGACGGAACTTGATATG
GAAGAGGTCGTTGCTAACATCCTAGAGAAGATTAAATGAGAGAGGCCTGGCTGCACATAG
GGCTCCGCTACGTAATCAAATAGGCGCTTCAGTATCTAACTCTCTAGAGCAACTGTGCAT
GCTTCTTTTTTTTTCTTTAGGCTTTCCTTCTGATACTTTGGTGAAAACTCTTTAGAGCTC
TGTTTGGTCAATTTGTTGTGCTTACTCGGATATATCCAGTTTCTGGATGCTATAAATTCA
TGATATGTTTGGTTGAT
CTG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3FQ57JQ 638 0 0
TCGAAGCTCATGAACTTCAAATCTCCCGAGAAGAGGAAAAGGAAGACGACGAAAGGCAAG
GAAGGTGGATCAGCGACGAAGAAGATCAAGAAAGAAAAGGAGGAGGAAGCAGTGGTACAA
GACGACGACGATGAAGACGAAGAAGCCTCCGAGAAAAAGACGATTGTGATCGAGCACTGC
AAACAACACAAATCATTCACGGAGAGAGCCAACGAGGTGAAGGAAGGTTTGGAGATAGCT
GCTCCTGGCATCATTGTCACTTTCAATCCCGATAAGCCAAGGCGTGGATGCTTTGAGATT
CGTGAGGAAGGCGGCGAAACATTCATCAGTTTTTTGGATATGAAGAAACCATTCACACCG
ATGACGGAACTTGATATGGAAGAGGTCGTTGCTAACATCCTAGAGAAGATTAAATGAGAG
AGGCCTGGCTGCACATAGGGCTCCGCTACGTAATCAAATAGGCGCTTCAGTATCTAACTC
TCTAGAGCAACTGTGCATGCTTCTTTTTTTT*CTTTAGGCTTTCCTTTTGATACTTTGGT
GAAAACTCTTTAGAGCTCTGTTTGGTCAATTTGTTGTGCTTACTCGGATATATCCAGTTT
CTGGATGCTATAAATTCATGATATGTTTGGTTGATTTG

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 3

CO CL2680Contig1 1325 3 10 U
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GAAAAAAAACATTACAAAACAATTCTTACCCACATCGGATAGTTTATTGTTTTTGCCCCC
AAAAATTTATCTGTACGAGTAGAGTACATGATCCACCGAAGCACCGACAATCTAAACCGA
CAAATGGTTCGATAACCAGTGATGAAATTGTCCAATTCCAGCTCTTTGGTTTACGCTTCA
TTGTGAAACTCTATTCATCTTCTTTTCAAACCGGAAACTGGTTTTGGGAAATTCGACAAT
CTCTGTGCTAAACCCGAACCGGTATAACCACCATCCGGTTCACTCGCAGACGGATTTCCC
GCGTATTGAACCGAAACAAAACCACCATTAGCTTTTCCGGGGTCTACTAACGGAAATCTC
CCGGAGCTAGCGGCTGCTCTCGGTGGAAATCCTTGCAAAACGAGGACGAAGAAGAATATA
ACGGTGAGAAGCGTGGCCAATACATTGCCGAGAGATGAAGCCGCAGACGCAGCTTTAGCC
GCTCTCGATTTCTTCAGAGCTCTCATACGTTCGACCCTCGCGCGTTTCAGTATCGCCAAC
TCAGCGATCTCTCTTATCAGTTTCCGATCAGCTGCGTCTAGCGACGGTCCACGCGGCGGC
CGGGGAGGCTTCGACGCCGATTTCTTGCGGTTCTCCTTCCTATCGCTCCTTCCCCATCCC
GGTTTCGCAGACTGAACCGGAGCCGCACTGTTTTCTAACGAACCAACGGTTTCTTCTCCG
GTAACCGGTTTGTTATCTGTAGACATCGGTATCATTGGCTCCTCCGAAGATTGTGCATCG
ACGATTCCTTTCTCAAGATCGACATCAAAATCGAGACTCATTCCCATTATCCACTCAAGA
CAAAGATACCAAAACCGAAAAAGAACACAGCCCTCACACTTCAGACAAGAATCGAAGTTC
TTTTAGGTCTTGAATCTCTAATCAAGATCTATCACCGATAGAGATGAAATGATACGCATG
TGCAAACTAGATGTCTCTCTGTGTGAGTTTGTCTTATATTGACGCTTGTGACGCGTTTAA
TAGCCAGTAAATTATTGAATTACAGCTAACGCGTCGTCTCCAGGAAAAAAAAACTAATAA
TATAGATAAAAATAAAAGTAGAGAGTTTGAATTGAAGTTTAGTTGATGCTTTTATTCAAG
ATACTGTCAAAAGTAGGTAACTAATCTCGGACATGAAGGAAGGAACAGCTGTGTTATTGC
TTTTTTCGGTGACGTGACTTAGGGGAAAACATATAAATTAATTATTTTTCAACGTATCAA
ATACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3C974JQ U 9
AF RR3BU58JQ U 1
AF RR3BU58TF C 578
BS 1 68 RR3BU58JQ
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BS 415 415 RR3C974JQ
BS 416 840 RR3BU58JQ
BS 841 1325 RR3BU58TF

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ACATTACAAAACAATTCTTACCCACATCGGATAGTTTATTGTTTTTGCCCCCAAAAATTT
ATCTGTACGAGTAGAGTACATGATCCACCGAAGCACCGACAATCTAAACCGACAAATGGT
TCGATAACCAGTGATGAAATTGTCCAATTCCAGCTCTTTGGTTTACGCTTCATTGTGAAA
CTCTATTCATCTTCTTTTCAAACCGGAAACTGGTTTTGGGAAATTCGACAATCTCTGTGC
TAAACCCGAACCGGTATAACCACCATCCGGTTCACTCGCAGACGGATTTCCCGCGTATTG
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AGCGGCTGCTCTCGGTGGAAATCCTTGCAAAACGAGGACGAAGAAGAATATAACGGTGAG
AAGCGTGGCCAATACATTGCCGAGAGATGAAGCCGCAGACGCAGCTTTAGCCGCTCTCGA
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CTCTCTTATCAGTTTCCGATCAGC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3BU58JQ 840 0 0
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GAAAAAAA*CATTACAAAACAATTCTTACCCACATCGGATAGTTTATTGTTTTTGCCCCC
AAAAATTTATCTGTACGAGTAGAGTACATGATCCACCGAAGCACCGACAATCTAAACCGA
CAAATGGTTCGATAACCAGTGATGAAATTGTCCAATTCCAGCTCTTTGGTTTACGCTTCA
TTGTGAAACTCTATTCATCTTCTTTTCAAACCGGAAACTGGTTTTGGTAAATTCGGCAAT
CTCTGTGCTAAACCCGAACCGGTATAACCACCATCCGGTTCACTCGCAGACGGATTTCCC
GCGTATTGAACCGAAACAAAACCACCATTAGCTTTTCCGGGGTCTACTAACGGAGATCTC
CCGGAGCTAGCGGCTGCTCTCGGTGGAAATCCTTGCAAAACGAGGACGAAGAAGAATATA
ACGGTGAGAAGCGTGGCCAATACATTGCCGAGAGATGAAGCCGCAGACGCAGCTTTAGCC
GCTCTCGATTTCTTCAGAGCTCTCATACGTTCGACCCTCGCGCGTTTCAGTATCGCCAAC
TCAGCGATCTCTCTTATCAGTTTCCGATCAGCTGCGTCTAGCGACGGTCCACGCGGCGGC
CGGGGAGGCTTCGACGCCGATTTCTTGCGGTTCTCCTTCCTATCGCTCCTTCCCCATCCC
GGTTTCGCAGACTGAACCGGAGCCGCACTGTTTTCTAACGAACCAACGGTTTCTTCTCCG
GTAACCGGTTTGTTATCTGTAGACATCGGTATCATTGGCTCCTCCGAAGATTGTGCATCG

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR3BU58TF 748 0 0
TCGCGCGTTTCAGTATCGCCAACTCAGCGATCTCTCTTATCAGTT*CCGATCAGCTGCGT
CTAGCGACGGTCCACGCGGCGGCCGGG*AGGCTTCGACGCCGATTTCTTGCGGT*CTCCT
TCCTATCGCTCCTTCCCCATCCCGGTTTCGCAGACTGAACCGGAGCCGCACTGTTTTCTA
ACGAACCAACGGTTTCTTCTCCGGTAACCGGTTTGTTATCTGTAGACATCGGTATCATTG
GCTCCTCCGAAGATTGTGCATCGACGATTCCTTTCTCAAGATCGACATCAAAATCGAGAC
TCATTCCCATTATCCACTCAAGACAAAGATACCAAAACCGAAAAAGAACACAGCCCTCAC
ACTTCAGACAAGAATCGAAGTTCTTTTAGGTCTTGAATCTCTAATCAAGATCTATCACCG
ATAGAGATGAAATGATACGCATGTGCAAACTAGATGTCTCTCTGTGTGAGTTTGTCTTAT
ATTGACGCTTGTGACGCGTTTAATAGCCAGTAAATTATTGAATTACAGCTAACGCGTCGT
CTCCAGGAAAAAAAAACTAATAATATAGATAAAAATAAAAGTAGAGAGTTTGAATTGAAG
TTTAGTTGATGCTTTTATTCAAGATACTGTCAAAAGTAGGTAACTAATCTCGGACATGAA
GGAAGGAACAGCTGTGTTATTGCTTTTTTCGGTGACGTGACTTAGGGGAAAACATATAAA
TTAATTATTTTTCAACGTATCAAATACG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

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AAAAGGCAAAAGGAACACTTCACGGTACGGTAGCAAAATTTCGTTGTGTCAAATCATCAT
CTTTGAAAGAAAACAACATATCCTCAAAACATACAATTTATTTATCACTCTCGTTCTTCT
TCTTCTCTGCATCTAAGCAACACTCCTGGTATCTGAAGCAGCCAATGAGATGGTCGTTTG
TAAGACCAGCTGCTTGCATGAAGGAGTAAACAACCGTAGGACTCACGCTGCGAAACCCTC
TGCGTACAAGATCCTTGCTTATAAACTCAGCCTTTGATGTCTTCACAGGGACTTGTCTTT
GATACCTGAACTGGCTCTGTGTAGGCTTACTGTTCACAAAGTTGTACATGTACTTGTTGA
ATGATCCATGTTCAGCTATAATCTTGCGCACACAGCGTGAGTTATCGAGGATTGAACGTA
TCTTAACCTCAGATAGCAAGGATAAGGCAGCGGCGGCTACCTTCTTCTCGTTGAGTTCAG
AAACAGCAACCGGATCGAAGTCCATGAAAACTTCCCTGAGTAATGGCCTTCTAGAGAGAA
TGTCGGTCCAAGAGAGCTCGGATAGAGCACCGGAGAGACATAGCAACTCAAAAAGCTTCT
TGTCGTCCTGAACAGGAACTCCCCATTCTTCGTCGTGGAAAGCAACATAACACGTGTCAG
CTTTAGGAGTGATCCAAGCACATCTTTTTCTACCGTCAGCGAAGCAATCAGCATTACTAG
CAGCAGCAGCAGCAGCAGCCTTGTCTTCTTTCTCATCAACCTGCTTCCTTCTCATCGATG
CACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3GM90JQ U 1
AF RR3GK14JQ U 106
BS 1 302 RR3GM90JQ
BS 303 303 RR3GK14JQ
BS 304 720 RR3GM90JQ
BS 721 844 RR3GK14JQ

RD RR3GM90JQ 722 0 0
CCTCGCAACGCTCCACTAACTATGCATAAACCAATAACGAAAACACATCTATACAACGCC
AAAAGGCAAAAGGAACACTTCACGGTACGGTAGCAAAATTTCGTTGTGTCAAATCATCAT
CTTTGAAAGAAAACAACATATCCTCAAAACATACAATTTATTTATCACTCTCGTTCTTCT
TCTTCTCTGCATCTAAGCAACACTCCTGGTATCTGAAGCAGCCAATGAGATGGTCGTTTG
TAAGACCAGCTGCTTGCATGAAGGAGTAAACAACCGTAGGACTCACGCTGCGAAACCCTC
TGTGTACAAGATCCTTGCTTATAAACTCAGCCTTTGATGTCTTCACAGGGACTTGTCTTT
GATACCTGAACTGGCTCTGTGTAGGCTTACTGTTCACAAAGTTGTACATGTACTTGTTGA
ATGATCCATGTTCAGCTATAATCTTGCGCACACAGCGTGAGTTATCGAGGATTGAACGTA
TCTTAACCTCAGATAGCAAGGATAAGGCAGCGGCGGCTACCTTCTTCTCGTTGAGTTCAG
AAACAGCAACCGGATCGAAGTCCATGAAAACTTCCCTGAGTAATGGCCTTCTAGAGAGAA
TGTCGGTCCAAGAGAGCTCGGATAGAGCACCGGAGAGACATAGCAACTCAAAAAGCTTCT
TGTCGTCCTGAACAGGAACTCCCCATTCTTCGTCGTGGAAAGCAACATAACACGTGTCAG
AT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3GK14JQ 739 0 0
GTGTCAAATCATCATCTTTGAAAGAAAACAACATATCCTCAAAACATACAATTTATTTAT
CACTCTCGTTCTTCTTCTTCTCTGCATCTAAGCAACACTCCTGGTATCTGAAGCAGCCAA
TGAGATGGTCGTTTGTAAGACCAGCTGCTTGCATGAAGGAGTAAACAACCGTAGGACTCA
CGCTGCGAAGCCCTCTGCGTACAAGATCCTTGCTTATAAACTCAGCCTTTGATGTCTTCA
CAGGGACTTGTCTTTGATACCTGAACTGGCTCTGTGTAGGCTTACTGTTCACAAAGTTGT
ACATGTACTTGTTGAATGATCCATGTTCAGCTATAATCTTGCGCACACAGCGTGAGTTAT
CGAGGATTGAACGTATCTTAACCTCAGATAGCAAGGATAAGGCAGCGGCGGCTACCTTCT
TCTCGTTGAGTTCAGAAACAGCAACCGGATCGAAGTCCATGAAAACTTCCCTGAGTAATG
GCCTTCTAGAGAGAATGTCGGTCCAAGAGAGCTCGGATAGAGCACCGGAGAGACATAGCA
ACTCAAAAAGCTTCTTGTCGTCCTGAACAGGAACTCCCCATTCTTCGTCGTGGAAAGCAA
CATAACACGTGTCAGCTTTAGGAGTGATCCAAGCACATCTTTTTCTACCGTCAGCGAAGC
AATCAGCATTACTAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCTTGTCTTCTTTCTCATCAACCTGCT
TCCTTCTCATCGATGCACC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 2 4

CO CL2682Contig1 484 2 2 U
GAGATCAGAGAATTGTAGATTGATCGAAGAAGATGAACACTGACATCACTGCCTTAGAGA
AGCCCCAATACCCCGTCGTCGATCGGAATCCACTATTCACTAAAGTCGTCGGAAACTTCA
GCGTACTCGATCACCTCCGTTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTCGGCTACC
TATCAGGGATTAAGCCTGGGATCAAAGGACCGTCAATGGTGACGGGAGGATTGATCGGAC
TCATGGGTGGGTTCATGTATGCGTATCAGAACTCGGCCGGGAGGCTCATGGGTTTCTTCC
CTAACGAAGGCGAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCGTGGTGGGTTCTCGAAATGAGTCTATT
ACTGGATCTCTGGGTTCGAATTCGAAAAGAACTCTCTTTTATTTTATTTTGCTACTGCTT
TTGTTTGTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTTGTTACAACTTATGACGATGATGATCAA
TAAA


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 

AF RR3DT40JQ C 1
AF RR3DT40TF U 1
BS 1 1 RR3DT40JQ
BS 2 484 RR3DT40TF

RD RR3DT40JQ 484 0 0
GAGATCAGAGAATTGTAGATTGATCGAAGAAGATGAACACTGACATCACTGCCTTAGAGA
AGCCCCAATACCCCGTCGTCGATCGGAATCCACTATTCACTAAAGTCGTCGGAAACTTCA
GCGTACTCGATCACCTCCGTTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTCGGCTACC
TATCAGGGATTAAGCCTGGGATCAAAGGACCGTCAATGGTGACGGGAGGATTGATCGGAC
TCATGGGTGGGTTCATGTATGCGTATCAGAACTCGGCCGGGAGGCTCATGGGTTTCTTCC
CTAACGAAGGCGAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCGTGGTGGGTTCTCGAAATGAGTCTATT
ACTGGATCTCTGGGTTCGAATTCGAAAAGAACTCTCTTTTATTTTATTTTGCTACTGCTT
TTGTTTGTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTTGTTACAACTTATGACGATGATGATCAA
TAAA

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR3DT40TF 484 0 0
G
AGATCAGAGAATTGTAGATTGATCGAAGAAGATGAACACTGACATCACTGCCTTAGAGAA
GCCCCAATACCCCGTCGTCGATCGGAATCCACTATTCACTAAAGTCGTCGGAAACTTCAG
CGTACTCGATCACCTCCGTTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTCGGCTACCT
ATCAGGGATTAAGCCTGGGATCAAAGGACCGTCAATGGTGACGGGAGGATTGATCGGACT
CATGGGTGGGTTCATGTATGCGTATCAGAACTCGGCCGGGAGGCTCATGGGTTTCTTCCC
TAACGAAGGCGAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCGTGGTGGGTTCTCGAAATGAGTCTATTA
CTGGATCTCTGGGTTCGAATTCGAAAAGAACTCTCTTTTATTTTATTTTGCTACTGCTTT
TGTTTGTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTTGTTACAACTTATGACGATGATGATCAAT
AAA

QA 2 484 2 484
DS 



CO CL2682Contig2 611 2 1 U
GGATATACTAGTTGAACTAACAAACAAATATCGGGGTCCGAGAGAGCCTGTGTACGAAAC
AGAGTCTCCGCCCTGCATTTGTTGCGGATTGAATAACCTAAAGAGAGAGAGGAAGAAGAT
AGATTCGATTCAGATCAGAGAATTGTAGATTGATCGAAGAAGATGAACACCGACATCACT
GCCTTGGAGAAGCCCCAATACCCCGTCGTCGATCGGAATCCACCATTCACTAAAGTCGTC
GGAAACTTCGTACTCGATTACCTCCGTTTCTCCGCCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTC
GGCTACCTATCAGGGATTAAGCCTGGGATCAAAGGACCGTCAATGGTGACGGGAGGATTG
ATCGGACTCATGGGTGGGTTCATGTATGCGTACCAGAACTCGGCGGGGAGGCTCATGGGT
TTCTTCCCTAACGAAGGCGAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCGTGGTGGGTTCTCGAAATGA
GTCTATTACTGGATCTCTGGGTTCGAATTCGAAAAGAACTCTCTTTTATTTTATTTTGCT
ACTGTTTTTGTTTGTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTTGTTACAACTTATGACGATGA
TGATCAATAAA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EO80JQ C 1
AF RR3EO80TF U 1
BS 1 611 RR3EO80TF

RD RR3EO80JQ 611 0 0
GGATATACTAGTTGAACTAACAAACAAATATCGGGGTCCGAGAGAGCCTGTGTACGAAAC
AGAGTCTCCGCCCTGCATTTGTTGCGGATTGAATAACCTAAAGAGAGAGAGGAAGAAGAT
AGATTCGATTCAGATCAGAGAATTGTAGATTGATCGAAGAAGATGAACACCGACATCACT
GCCTTGGAGAAGCCCCAATACCCCGTCGTCGATCGGAATCCACCATTCACTAAAGTCGTC
GGAAACTTCGTACTCGATTACCTCCGTTTTTCCGCCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTC
GGCTACCTATCAGGGATTAAGCCTGGGATCAAAGGACCGTCAATGGTGACGGGAGGATTG
ATCGGACTCATGGGTGGGTTCATGTATGCGTACCAGAACTCGGCGGGGAGGCTCATGGGT
TTCTTCCCTAACGAAGGCGAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCGTGGTGGGTTCTCGAAATGA
GTCTATTACTGGATCTCTGGGTTCGAATTCGAAAAGAACTCTCTTTTATTTTATTTTGCT
ACTGTTTTTGTTTGTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTTGTTACAACTTATGACGATGA
TGATCAATAAA

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3EO80TF 611 0 0
GGATATACTAGTTGAACTAACAAACAAATATCGGGGTCCGAGAGAGCCTGTGTACGAAAC
AGAGTCTCCGCCCTGCATTTGTTGCGGATTGAATAACCTAAAGAGAGAGAGGAAGAAGAT
AGATTCGATTCAGATCAGAGAATTGTAGATTGATCGAAGAAGATGAACACCGACATCACT
GCCTTGGAGAAGCCCCAATACCCCGTCGTCGATCGGAATCCACCATTCACTAAAGTCGTC
GGAAACTTCGTACTCGATTACCTCCGTTTCTCCGCCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTC
GGCTACCTATCAGGGATTAAGCCTGGGATCAAAGGACCGTCAATGGTGACGGGAGGATTG
ATCGGACTCATGGGTGGGTTCATGTATGCGTACCAGAACTCGGCGGGGAGGCTCATGGGT
TTCTTCCCTAACGAAGGCGAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCGTGGTGGGTTCTCGAAATGA
GTCTATTACTGGATCTCTGGGTTCGAATTCGAAAAGAACTCTCTTTTATTTTATTTTGCT
ACTGTTTTTGTTTGTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTTGTTACAACTTATGACGATGA
TGATCAATAAA

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 4

CO CL2683Contig1 1001 4 4 U
GGAACCATACTCTATGATTATTCATTAATTAATAAATTAAGCCTCCTATCCCATCTCTCT
CTCTCACAAATAAAATCGGAGGTTAAAAAGATCGGTGCTTGAATCATCATCGGGTGGTTC
TGAAATTTCGCTTTCCTCTCGTCGTCGTCGTCTTCGTCATCAGATCTCTCATTACGTTCC
GTCTGTGAGAAAGTAAAAGCTTGAGGATGGCCTCTGAGACTGGAGAAATCACCATCGTAT
GCAACCACTGTGACAGAGACATTCCAGCTCCAAATATCGATCTGCATCGTGTACATTGCG
CCCGGAATCTAGAAAAATGTAAGATTTGTGGTGATATGGTTCCTAAAAAGCATGCTCAGG
AACACTTCTCCAACACACATGCTCCGGTACCATGCTCGATGTGCAAAGAAACCATAGACC
GCGAGGTTTTTAATAGTCATACAGAAGAAATCTGCCCCAAGAGGATGGTAACGTGTGAGT
TCCGCGAGTTTCCGTTGCCTGCAGTTGATCTTCCTGAGCATCAGGAAGTATGTGGCAACC
GCACGGAACTCTGTTATCAATGCAACAGTTATGTTAGATTGCGTGAAACATATAACCATG
AAACGAAATGCCCTGGTTCTGTGCTCAACAATGTTGAATCTTCCAGAAGGGTTCCAAGAG
CAGCAGAAGGAGATGGAAACGGCAGGAGGAGAAGAGGTGGCAACGGTGTATCTAACAAAA
GGCTTTTCTTCACTATAGCTATAACGGGAATAGCTGTGTTATTAGGATCACTCTTCTTCC
AGAGGAAGCCTGAGGGTGGGAGCTAAGCCGAGAGAGAGACATAGCTCGTGTGTAGTTCTG
TAAAGTTGCTCAAACTCCCTTCCAGACAGATTCGAAGGAAGAAGGGGTTTTATACATTTT
AAGTACTTACTGAGACAGAGATGTTCTTCCCTAAGGATTGTTTAAGCTGATCACCATGAG
ACTTTCTTTTACATTTGGTTTTCAATAAAAGAGTTTTCAGG


BQ
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AF RR3EN03TF U 1
AF RR3B385TF U 29
AF RR3B385JQ C 215
AF RR3EN03JQ C 294
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BS 718 952 RR3B385JQ
BS 953 1001 RR3EN03JQ

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CTCTCACAAATAAAATCGGAGGTTAAAAAGATCGGTGCTTGAATCATCATCGGGTGGTTC
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GTCTGTGAGAAAGTAAAAGCTTGAGGATGGCCTCTGAGACTGGAGAAATCACCATCGTAT
GCAACCACTGTGACAGAGACATTCCAGCTCCAAATATCGATCTGCATCGTGTACATTGCG
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GCGAGGTTTTTAATAGTCATACAGAAGAAATCTGCCCCAAGAGGATGGTAACGTGTGAGT
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GCACGGAACTCTGTTATCAATGCAACAGTTATGTTAGATTGCGTGAAACATATAACCATG
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GGTTCCAAGAGCA

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DS 

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GG
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ATCGGTGCTTGAATCATCATCGGGTGGTTCTGAAATTTCGCTTTCCTCTCGTCGTCGTCG
TCTTCGTCATCAGATCTCTCATTACGTTCCGTCTGTGAGAAAGTAAAAGCTTGAGGATGG
CCTCTGAGACTGGAGAAATCACCATCGTATGCAACCACTGTGACAGAGACATTCCAGCTC
CAAATATCGATCTGCATCGTGTACATTGCGCCCGGAATCTAGAAAAATGTAAGATTTGTG
GTGATATGGTTCCTAAAAAGCATGCTCAGGAACACTTCTCCAACACACATGCTCCGGTAC
CATGCTCGATGTGCAAAGAAACCATAGACCGCGAGGTTTTTAATAGTCATACAGAAGAAA
TCTGCCCCAAGAGGATGGTAACGTGTGAGTTCTGCGAGTTTCCGTTGCCTGCAGTTGATC
TTCCTGAGCATCAGGAAGTATGTGGCAACCGCACGGAACTCTGTTATCAATGCAACAGTT
ATGTTAGATTGCGTGAAACATATAACCATGAAACGAAATGCCCTGGTTCTGTGCTCAACA
ATGTTGAATCTTCCAGAAGGGTTCCAAGAGCAGCAGAAGGAGATGGAAACGGCAGGAGGA
GAAGAGGTGGCAACGGTGTATCTAACA

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DS 

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TATCGATCTGCATCGTGTACATTGCGCCCGGAATCTAGAAAAATGTAAGATTTGTGGTGA
TATGGTTCCTAAAAAGCATGCTCAGGAACACTTCTCCAACACACATGCTCCGGTACCATG
CTCGATGTGCAAAGAAACCATAGACCGCGAGGTTTTTAATAGTCATACAGAAGAAATCTG
CCCCAAGAGGATGGTAACGTGTGAGTTCTGCGAGTTTCCGTTGCCTGCAGTTGATCTTCC
TGAGCATCAGGAAGTATGTGGCAACCGCACGGAACTCTGTTATCAATGCAACAGTTATGT
TAGATTGCGTGAAACATATAACCATGAAACGAAATGCCCTGGTTCTGTGCTCAACAATGT
TGAATCTTCCAGAAGGGTTCCAAGAGCAGCAGAAGGAGATGGAAACGGCAGGAGGAGAAG
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TGTGTTATTAGGATCACTCTTCTTCCAGAGGAAGCCTGAGGGTGGGAGCTAAGCCGAGAG
AGAGACATAGCTCGTGTGTAGTTCTGTAAAGTTGCTCAAACTCCCTTCCAGACAGATTCG
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GGATTGTTTAAGCTGATC

QA 1 738 1 738
DS 

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CATTGCGCCCGGAATCTAGAAAAATGTAAGATTTGTGGTGATATGGTTCCTAAAAAGCAT
GCTCAGGAACACTTCTCCAACACACATGCTCCGGTACCATGCTCGATGTGCAAAGAAACC
ATAGACCGCGAGGTTTTTAATAGTCATACAGAAGAAATCTGCCCCAAGAGGATGGTAACG
TGTGAGTTCCGCGAGTTTCCGTTGCCTGCAGTTGATCTTCCTGAGCATCAGGAAGTATGT
GGCAACCGCACGGAACTCTGTTATCAATGCAACAGTTATGTTAGATTGCGTGAAACATAT
AACCATGAAACGAAATGCCCTGGTTCTGTGCTCAACAATGTTGAATCTTCCAG***GGTT
CCAAGAGCAGCAGAAGGAGATGGAAACGGCAGGAGGAGAAGAGGTGGCAACGGTGTATCT
AACAAAAGGCTTTTTTTCACTATAGCTATAACGGGAATAGCTGTGTTATTAGGATCGCTC
TTCTTCCAGAGGAAGCCTGAGGGTGGGAGTTAAGCCGAGAGAGAGACATAGCTCGTGTGT
AGTTCTGTAAAGTTGCTCAAACTCCCTTCCAGACAGATTGGAATGAAGAAGGGGTTTTAT
ACATTTTAAGTACTTACTGAGACAGGGATGTTCTTCCCTAAGGATTGTTTAAGCTGATCA
CCATGAGACTTTCTTTTACATTTGGTTTTCAATAAAAGAGTTTTCAGG

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 4

CO CL2684Contig1 1244 4 15 U
GGAAACACGGAGAAGCGAGAAAGAGAGCCCAAACACACAAAAATGGAGGGAAGCATCTCG
CCGCTTTGTCTACGCTCTTCGTCGAGTCTGTGTTACTTCTCCAGTAACCTCTCACTAGAC
TCTCACCGTTCGCTAGGATTTACATTTGTCGATTCGCTCCGGCCGACGAACTTGGTATCC
CTGCGAACGGGAAACAGAAGGTTGTTTATTTCTCCGACGAGAGGAGCTATCCGTACGCCG
ACGCTTACCGCGGAGGAAGTGAAAGATGTCCCGATGCCGAAGATAGATAAGAGCGGTCGA
TTAAGCAGTCCCCGCGCCGCACGCGAGCTCGCTCTTGTAACACTTTATGCCGCTTGCTTA
GAAGGCCCTGACCCAATTCGTCTCTTTGAGAAGAGGATCAATGCAAGAAGAGAGCCTGGA
TACGAGTTTGACAAGGCTTCTTTGTTGGAATACAACCACATGAGCTTTGGAGGACCTCCG
GTTAAAACAGAGACTAGCGAAGAGGAAGATGAGCTTGTGCGCCATGATGAAAACGAATCC
AAGATTGAAGCAGAAGTGCTTTCAGCTCCCCCTAAGCTGGTGTACAGCAAACTTGTTTTA
AGGTTTGCAAAGAAACTTTTGGCTGCAGTGGCTGATAAATGGGATAGTCATGTCGTCAAC
ATCGAGAAAATTTCCCCTCCGGATTGGAAGAGTGCACCAGCTGGAAGAATACTAGAGTTT
TCGATTCTTCATTTAGCAATGTCTGAAATGGCAGTCCTTGAAACCCGACACCCGATTGTC
ATCAACGAGGCTGTTGATCTTGCGAAACGGTTCTGTGATGGATCAGCGCCACGCATAATC
AACGGGTGCCTTAGGACATTTGTCAAGGACAGAGCAGCAACACCTCAAGCTTTAGAATTG
AAGCAAGAAGTGTCGGTTTAAGTTAGAACAGTCCCGCATGTACGTTTGGAGGCAGGCAAC
CTCAGGTTTTGGTCGTCGGGAATAGCTCGTATCTGAGGATGAGTATCTTCAGGAGAGATT
CTGTCCTGAAAGGCAGCTTCTGGTCTGAAGCTTTTGGTATCTGAGGATGAGTATCTATAG
TTCTATACATTGCAGCTCAGTATGATTATTGCTAAGAACACAACAATCTCATGTCTGTAT
AATGTATTTTTATGTAGTCGTTTTATGTCCTTACCCTGTGTTTCCGTTGTATAATCATTC
AAAACTTTAATCTGCTTTTTTATCAATATAGTGCAAAAGTTAGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CD50TF U 7
AF RR3HB35TF U 1
AF RR3CD50JQ C 474
AF RR3HB35JQ C 564
BS 1 28 RR3HB35TF
BS 29 29 RR3CD50TF
BS 30 149 RR3HB35TF
BS 150 150 RR3CD50TF
BS 151 260 RR3HB35TF
BS 261 261 RR3CD50TF
BS 262 419 RR3HB35TF
BS 420 420 RR3CD50TF
BS 421 772 RR3HB35TF
BS 773 836 RR3CD50JQ
BS 837 837 RR3HB35JQ
BS 838 1164 RR3CD50JQ
BS 1165 1165 RR3HB35JQ
BS 1166 1234 RR3CD50JQ
BS 1235 1244 RR3HB35JQ

RD RR3CD50TF 667 0 0
GG
GGAGAAGCGAGAAAGAGAGCCCAAACACACAAAAATGGAGGGAAGCATCTCGCCGCTTTG
TCTACGCTCTTCGTCGAGTCTGTGTTACTTCTCCAGTAACCTCTCACTAGACTCTCACCG
TTCGCTAGGATTTA**TTTGTCGATTCGCTCCGGCCGACGAACTTGGTATCCCTGCGAAC
GGGAAACAGAAGGTTGTTTATTTCTCCGACGAGAGGAGCTATCCGTACGCCGACGCTTAC
CGCGGAGGAAGTGAAAGATGTCCCGATGCCGAAGATAGATAAGATCGGTCGATTAAGCAG
TCCCCGCGCCGCACGCGAGCTCGCTCTTGTAACACTTTATGCCGCTTGCTTAGAAGGCTC
TGACCCAATTCGTCTCTTTGAGAAGAGGATCAATGCAAGAAGAGAGCCTGGATACGAGTT
TGACAAGGCTTCTTTGTTGGAATACAACCACATGAGCTTTGGAGGACCTCCGGTTAAAAC
AGAGACTAGCGAAGAGGAAGATGAGCTTGTGCGCCATGATGAAAACGAATCCAAGATTGA
AGCAGAAGTGCTTTCAGCTCTCCCTAAGCTGGTGTACAGCAAACTTGTTTTAAG*TTTGC
AAAGAAACTTTTGGCTGCAGTGGCTGATAAATGGGATAGTCATGTCGTCATCATCGAGAA
A
TTTC

QA 3 663 3 663
DS 

RD RR3HB35TF 772 0 0
GGAAACACGGAGAAGCGAGAAAGAGAGCTCAAACACACAAAAATGGAGGGAAGCATCTCG
CCGCTTTGTCTACGCTCTTCGTCGAGTCTGTGTTACTTCTCCAGTAACCTCTCACTAGAC
TCTCACCGTTCGCTAGGATTTACATTTGTTGATTCGCTCCGGCCGACGAACTTGGTATCC
CTGCGAACGGGAAACAGAAGGTTGTTTATTTCTCCGACGAGAGGAGCTATCCGTACGCCG
ACGCTTACCGCGGAGGAAGTTAAAGATGTCCCGATGCCGAAGATAGATAAGAGCGGTCGA
TTAAGCAGTCCCCGCGCCGCACGCGAGCTCGCTCTTGTAACACTTTATGCCGCTTGCTTA
GAAGGCCCTGACCCAATTCGTCTCTTTGAGAAGAGGATCAATGCAAGAAGAGAGCCTGGG
TACGAGTTTGACAAGGCTTCTTTGTTGGAATACAACCACATGAGCTTTGGAGGACCTCCG
GTTAAAACAGAGACTAGCGAAGAGGAAGATGAGCTTGTGCGCCATGATGAAAACGAATCC
AAGATTGAAGCAGAAGTGCTTTCAGCTCCCCCTAAGCTGGTGTACAGCAAACTTGTTTTA
AGGTTTGCAAAGAAACTTTTGGCTGCAGTGGCTGATAAATGGGATAGTCATGTCGTCAAC
ATCGAGAAAATTTCCCCTCCGGATTGGAAGAGTGCACCAGCTGGAAGAATACTAGAGTTT
TCGATTCTTCATTTAGCAATGTCTGAAATGGCAGTCCTTGAAACCCGACACC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3CD50JQ 761 0 0
ACCTCCGGTTAAAACAGAGACTAGCGAAGAGGAAGATGAGCTTGTGCGCCATGATGAAAA
CGAATCCAAGATTGAAGCAGAAGTGCTTTCAGCTCCCCCTAAGCTGGTGTACAGCAAACT
TGTTTTAAGGTTTGCAAAGAAACTTTTGGCTGCAGTGGCTGATAAATGGGATAGTCATGT
CGTCATCATCGAGAAAATTTCCCCTCCGGATTGGAAGAGCGCACCAGCTGGAAGAATACT
AGAGTTTTCGATTCTTCATTTAGCAATGTCTGAAATGGCAGTCCTTGAAACCCGACACCC
GATTGTCATCAACGAGGCTGTTGATCTTGCGAAACGGTTCTGTGATGGATCAGCGCCACG
CATGATCAACGGGTGCCTTAGGACATTTGTCAAGGACAGAGCAGCAACACCTCAAGCTTT
AGAATTGAAGCAAGAAGTGTCGGTTTAAGTTAGAACAGTCCCGCATGTACGTTTGGAGGC
AGGCAACCTCAGGTTTTGGTCGTCGGGAATAGCTCGTATCTGAGGATGAGTATCTTCAGG
AGAGATTCTGTCCTGAAAGGCAGCTTCTGGTCTGAAGCTTTTGGTATCTGAGGATGAGTA
TCTATAGTTCTATACATTGCAGCTCAGTATGATTATTGCTAAGAACACAACAATCTCATG
TCTGTATAATGTATTTTTATGTAGTCGTTTTGTGTCCTTACCCTGTGTTTCCGTTGTATA
ATCATTCAAAACTTTAATCTGCTTTTTTATCAATATAGTGC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3HB35JQ 681 0 0
AGCTCCCCCTAAGCTGGTGTACAGCAAACTTGTTTTAAGGTTTGCAAAGAAACTTTTGGC
TGCAGTGGCTGATAAATGGGATAGTCATGTCGTCAACATCGAGAAAATTTCCCCTCCGGA
TTGGAAGAGTGCACCAGCTGGAAGAATACTAGAGTTTTCGATTCTTCATTTAGCAATGTC
TGAAATGGCAGTCCTTGAAACCCGACACCCGATTGTCATCAACGAGGCTGTTGATCTTGC
GAAACGGTTCTGTGATGGATCAGCGCCACGCATAATCAACGGGTGCCTTAGGACATTTGT
CAAGGACAGAGCAGCAACACCTCAAGCTTTTGAATTGAAGCAAGAAGTGTCGGTTTAAGT
TAGAACAGTCCCGCATGTACGTTTGGAGGCAGGCAACCTCAGGTTTTGGTCGTCGGGAAT
AGCTCGTATCTGAGGATGAGTATCTTCAGGAGAGATTCTGTCCTGAAAGGCAGCTTCTGG
TCTGAAGCTTTTGGTATCTGAGGATGAGTATCTATAGTTCTATACATTGCAGCTCAGTAT
GATTATTGCTAAGAACACAACAATCTCATGTCTGTATAATGTATTTTTATGTAGTCGTTT
TATGTCCTTACCCTGTGTTTCCGTTGTATAATCATTCAAAACTTTAATCTGCTTTTTTAT
CAATATAGTGCAAAAGTTAGC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 4

CO CL2685Contig1 774 4 7 U
GGGACGAAGACCCGGCGGAGGAAGATGAAGCCGAAGCAATTAGAAGGCTTGCTGGGTGAT
CTTCAACAGTTCTCTAATCCTAAAGTTGAATTGGAGCAGTACCCAACTGGTCCTCATATT
GCTTCTCGCACGGTTTTCACCGCAGAGAATTCATATGGAGACATAACTGATAAAGTCGTT
GCGGATTTTGGCTGTGGCTGCGGTACTTTAAGTACTGCTGCTTCTCTTCTAGATGCTGCC
TGTGTGATTGGATACGATATCGACCTTCAGTCTCTTGAAACAGCAACACTTAACGCAGAG
GAACTTGAGGTGGAGATAGATTTAGTTCAATGTGACATTACAAAGTTAGAGTTAAAAGGC
CACCAGATTGTGGATACTGTTGTAATGAATCCTCCCTTTGGAACACGAAAGAAAGGAGCT
GACATGGAGTTCCTTTCTGCGGCTATGAAGGTCGCCTCTCAAGCTGTTTACTCCTTGCAT
AAGACATCTACCAGAGAACACGTTAAAAGGGCAGCGTTGCGTGATTTTAATGCCAAAAGT
GCTGAAGTTATATGTGAGCTCCGGTATGACTTGCCAAAACTCTACAAGTTCCACAAACGA
AAAGAAGTCGATATTGCGGTTGATTTCTGGCGTTTTGAGCCTAGACAGAACTAGACCCGC
CACGTCCTTGCAATGTTTAGCTTTGAGTTGACATTTGGTTATAATGTGGG*ATATTTCAT
GATATGAACTCAAGTTTTATAAATGTTTGCTGATTTGAACTAAGAAAATGAATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3DH82TF U 1
AF RR3DJ82TF U 1
AF RR3DJ82JQ C 278
AF RR3DH82JQ C 297
BS 1 614 RR3DH82TF
BS 615 624 RR3DJ82TF
BS 625 625 RR3DJ82JQ
BS 626 710 RR3DJ82TF
BS 711 711 RR3DJ82JQ
BS 712 741 RR3DJ82TF
BS 742 774 RR3DJ82JQ

RD RR3DH82TF 614 0 0
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CTTCAACAGTTCTCTAATCCTAAAGTTGAATTGGAGCAGTACCCAACTGGTCCTCATATT
GCTTCTCGCACGGTTTTCACCGCAGAGAATTCATATGGAGACATAACTGATAAAGTCGTT
GCGGATTTTGGCTGTGGCTGCGGTACTTTAAGTACTGCTGCTTCTCTTCTAGATGCTGCC
TGTGTGATTGGATACGATATCGACCTTCAGTCTCTTGAAACAGCAACACTTAACGCAGAG
GAACTTGAGGTGGAGATAGATTTAGTTCAATGTGACATTACAAAGTTAGAGTTAAAAGGC
CACCAGATTGTGGATACTGTTGTAATGAATCCTCCCTTTGGAACACGAAAGAAAGGAGCT
GACATGGAGTTCCTTTCTGCGGCTATGAAGGTCGCCTCTCAAGCTGTTTACTCCTTGCAT
AAGACATCTACCAGAGAACACGTTAAAAGGGCAGCGTTGCGTGATTTTAATGCCAAAAGT
GCTGAAGTTATATGTGAGCTCCGGTATGACTTGCCAAAACTCTACAAGTTCCACAAACGA
AAAGAAGTCGATAT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3DJ82TF 741 0 0
GGGACGAAGACCCGGCGGAGGAAGATGAAGCCGAAGCAATTAGAAGGCTTGCTGGGTGAT
CTTCAACAGTTCTCTAATCCTAAAGTTGAATTGGAGCAGTACCCAACTGGTCCTCATATT
GCTTCTCGCACGGTTTTCACCGCAGAGAATTCATATGGAGACATAACTGATAAAGTCGTT
GCGGATTTTGGCTGTGGCTGCGGTACTTTAAGTACTGCTGCTTCTCTTCTAGATGCTGCC
TGTGTGATTGGATACGATATCGACCTTCAGTCTCTTGAAACAGCAACACTTAACGCAGAG
GAACTTGAGGTGGAGATAGATTTAGTTCAATGTGACATTACAAAGTTAGAGTTAAAAGGC
CACCAGATTGTGGATACTGTTGTAATGAATCCTCCCTTTGGAACACGAAAGAAAGGAGCT
GACATGGAGTTCCTTTCTGCGGCTATGAAGGTCGCCTCTCAAGCTGTTTACTCCTTGCAT
AAGACATCTACCAGAGAACACGTTAAAAGGGCAGCGTTGCGTGATTTTAATGCCAAAAGT
GCTGAAGTTATATGTGAGCTCCGGTATGACTTGCCAAAACTCTACAAGTTCCACAAACGA
AAAGAAGTCGATATTGCGGTTGATCTCTGGCGTTTTGAGCCTAGACAGAACTAGACCCGC
CACGTCCTTGCAATGTTTAGCTTTGAGTTGACATTTGGTTATAATGTGGGGATATTTCAT
GATATGAACTCAAGTTTTATA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3DJ82JQ 497 0 0
AAACAGCAACACTTAACGCAGAGGAACTTGAGGTGGAGATAGATTTAGTTCAATGTGACA
TTACAAAGTTAGAGTTAAAAGGCCACCAGATTGTGGATACTGTTGTAATGAATCCTCCCT
TTGGAACACGAAAGAAAGGAGCTGACATGGAGTTCCTTTCTGCGGCTATGAAGGTCGCCT
CTCAAGCTGTTTACTCCTTGCATAAGACATCTACCAGAGAACACGTTAAAAGGGCAGCGT
TGCGTGATTTTAATGCCAAAAGTGCTGAAGTTATATGTGAGCTCCGGTATGACTTGCCAA
AACTCTACAAGTTCCACAAACGAAAAGAAGTCGATATTGCGGTTGATTTCTGGCGTTTTG
AGCCTAGACAGAACTAGACCCGCCACGTCCTTGCAATGTTTAGCTTTGAGTTGACATTTG
GTTATAATGTGGG*ATATTTCATGATATGAACTCAAGTTTTATAAATGTTTGCTGATTTG
AACTAAGAAAATGAATC

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR3DH82JQ 478 0 0
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AGGCCACCAGATTGTGGATACTGTTGTAATGAATCCTCCCTTTGGAACACGAAAGAAAGG
AGCTGACATGGAGTTCCTTTCTGCGGCTATGAAGGTCGCCTCTCAAGCTGTTTACTCCTT
GCATAAGACATCTACCAGAGAACACGTTAAAAGGGCAGCGTTGCGTGATTTTAATGCCAA
AAGTGCTGAAGTTATATGTGAGCTCCGGTATGACTTGCCAAAACTCTACAAGTTCCACAA
ACGAAAAGAAGTCGATATTGCGGTTGATTTCTGGCGTTTTGAGCCTAGACAGAACTAGAC
CCGCCACGTCCTTGCAATGTTTAGCTTTGAGTTGACATTTGGTTATAATGTGGG*ATATT
TCATGATATGAACTCAAGTTTTATAAATGTTTGCTGATTTGAACTAAGAAAATGAATC

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 4

CO CL2686Contig1 808 4 22 U
ACGTTTAGATAGTCGAAGAAAGGGTGCATAGAATGATTTTGCGTGTTCGTGTAAGACAGA
CAACCCACAAAACAATCAGTTATAAAGCGACTGATAAGTGTTTCAAGTCTGCTCCTTTAA
AGGGGTTCCCTTAACTTTAAAACCTACTACACATGTCCCCACAACTTTCTAGCTGTTAAA
TTTAACCCCCTGCCTACAAACTCATCCTTGAATTATACAGCCAAAAGTGCAAACAGCTGC
TTGAAGAAGGCTGCCTGCGGTCGAAATGATCTTCCTTTGCTTTCATATGTTTTTGCATCA
GGATTTTCGAATTCCAAGCTGTATCACAGAATCTGGGCCTACCAGGAATACACGTCTAGT
AGTCTGGATTCGGAACACCACGATTCCTTTATATGCTGTTCGGGGCACACCATCCTTCCA
TTCTTCAAATATGCCAAACTCCCCTGCTATGCGTTCAAACTCTGCTTGGTCTTTATACCG
GATACGAACATCACCCTTTATATTTTGAGCCTTTAACACAAGGTCAGGACCTTGAATTGG
TCGTGCTTGTCTCACTAGGCCAGAAAAGTACTTGGTATAATTTCCCTCTGTCAAGTATCC
CAGGTCCATCGCGTTCCACTCAACCTTCACATCATTTAGCTTTATAGGTTCCGGGTACTG
ACTGAAAAACTGTCCCAAACTAGACCCATGTTCACCAAAATTGTATGTTCGGCAGACTTC
TGGTCGAACAAATTGGCGGCCTTTATGGTTTTCCTTCAATCTCAGCCAATCATCCCAGTA
AGCCTTTGGCCACTTTGGTGATAGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F350TF C 1
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AF RR3D729JQ U 22
AF RR3D729TF C 147
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TTCTTCAAATATGCCAAACTCCCCTGCTATGC

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DS 

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AACAATCAGTTATAAAGCGACTGATAAGTGTTTCAAGTCTGCTCCTTTAAAGGGGTTCCC
TTAACTTTAAAACCTACTACACATGTCACCACAACTTTCTAGCTGTTAAATTTAACCCCC
TGTCTACAAACTCATCCTTCAATTATACAGCCAAAAGTGCAGACAGCTGCTTGAAGAAGG
CTGCCTGCGGTCGAAATGATCTTCCTTTGCTTTCATATGTTTT*GCATCAGGATTTTCGA
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ATGCCAAACTCCCCTGCTATGCGTTCAAACTCTGCTTGGTCTTTATACTGGATACGAACA
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CTCACTAGGCCAGAAAAGTACTTGGTATAGTTTCCCTCTGTCAAGTGTCCCAGGTCCATC
GCGTTCCACTCAACCTTCACATCATTTAGCTTTATAGGTTC

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DS 

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ATAAAGCGACTGATAAGTGTTTCAAGTCTGCTCGTTTAAAGGGGTTCCCTTAACTTTAAA
ACCTACTACACATGTCCCCACAACTTTCTAGCTGTTAAATTTAACCCCCTGCCTACAAAC
TCATCCTTGAATTATACAGCCAAAAGTGCAAACAGCTGCTTGAAAAAGGCTGCCTGCGGT
CGAAATGATCTTCCTTTGCTTTCATATGTTTTTGCATCAGGATTTTCGAATTCCAAGCTG
TATCACAGAATCTGGGCCTACCAGGAATACACGTCTAGTAGTCTGGATTCGGAACACCAC
GATTCCTTTATATGCTGTTCGGGGCACACCATCCTTCCATTCTTCAAATATGCCAAACTC
CCCTGCTATGCGTTCAAACTCTGCTTGGTCTTTATACCGGATACGAACATCACCCTTTAT
ATTTTGAGCCTTTAACACAAGGTCAGGACCTTGAATTGGTCGTGCTTGTCTCACTAGGCC
AGAAAAGTACTTGGTATAATTTCCCTCTGTCAAGTATCCCAGGTCCATCGCGTTCCACTC
AACCTTCACATCATTTAGCTTTATAGGTTCCGGGTACTGACTGAAAAACTGTCCCAAACT
AGACCCATGTTCACCAAAATTGTATGTTCGGCAGACTTCTGGTCGAACAAATTGGCGGCC
TTTATGGTTTTCCTTCAATCTCA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3D729TF 662 0 0
C
TACACATGTCCCCACAACTTTCTAGCTGTTAAATTTAACCCCCTGCCTACAAACTCATCC
TTGAATTATACAGCCAAAAGTGCAAACAGCTGCTTGAAGAAGGCTGCCTGCGGTCGAAAT
GATCTTCCTTTGCTTTCATATGTTTTTGCATCAGGATTTTCGAATTCCAAGCTGTATCAC
AGAATCTGGGCCTACCAGGAATACACGTCTAGTAGTCTGGATTCGGAACACCACGATTCC
TTTATATGCTGTTCGGGGCACACCATCCTTCCATTCTTCAAATATGCCAAACTCCCCTGC
TATGCGTTCAAACTCTGCTTGGTCTTTATACCGGATACGAACATCACCCTTTATATTTTG
AGCCTTTAACACAAGGTCAGGACCTTGAATTGGTCGTGCTTGTCTCACTAGGCCAGAAAA
GTACTTGGTATAATTTCCCTCTGTCAAGTATCCCAGGTCCATCGCGTTCCACTCAACCTT
CACATCATTTAGCTTTATAGGTTCCGGGTACTGACTGAAAAACTGTCCCAAACTAGACCC
ATGTTCACCAAAATTGTATGTTCGGCAGACTTCTGGTCGAACAAATTGGCGGCCTTTATG
GTTTTCCTTCAATCTCAGCCAATCATCCCAGTAAGCCTTTGGCCACTTTGGTGATAGCTC
C

QA 2 662 2 662
DS 



AS 2 4

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GGGATCGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGATATGGCAGAATCTCGCAGTAACAGAGCG
GCGGTGCAGGCTACAAACGACGATGCATCCGCCAGTAAACTGTCTTGTGTCAAAAAGGGT
TACATGAAAGACGATTATGTTCATCTCTTTGTCAAAAGACCCCTTCGAAGATCCCCGATT
ATTAATCGAGGTTACTTTTCCCGTTGGTCTGCCTTCCGAAAGCTTTTGTCTCAGTTTCTG
GAAAGTGGGCCTCCTGCTCAACCCAAGAAACAGATACTCTCACTCGGAGCTGGCTTCGAT
ACTACTTACTTTCAGCTACTGGATGAGGGGAAAGCGCCCTATTTGTATGTGGAACTGGAC
TTTAAGGAGGTCACAAGTAAGAAGGCTGCTGTTATAGAAAATTCCAGCCAGCTGAGGGAC
AAACTAGGAGCTAATTCATCTATTTCAATTGAGGAAGGCCAAGTTCTCACTGATCATTAC
AAGTTACTTCCGGTTGACCTGCGTGATATTCCAAAACTAAGAGATGTTATATCATTTGCT
GGTATGGATCCTAGTTTGCCGACATTTATTATTGCAGAATGTGTTCTGATTTACCTGGAT
CCAGATTCAAGCCGTGCCATCGTCAATTGGGCGTCAGAGACGTTTTCAACTGCAGTTTTT
TTCTTATATGAGCAGATCCGTCCAGATGATGCATTTGGACATCAGATGATTATCAACTTG
GAGAGTCCGGGGTTGTGCACTCTTAAGCATTGATGCAACACCGACTTTACTTGCAAAGGA
GAGGTTGTTTCTTGACAATGGATGGCAGAGAGCTGTTGCCTGGGATATGCTAAAAGTGTA
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ATTTGAAGAGTGGCACATGATGCAGGAACATTACTGCGTCACATATGCTGTCAACGACGC
AATGGGGATATTTGGGGATTTCGGTTTCACAAGAGGAAGCCGTGAAAGCATGAACATCTC
ATCTGCAATATCACCTTGAAAAATGTTTTTGTTTGAAAACGGAAACAAGCTGCTTTTGAG
GTTAAGCTGAATGAATGCTACCGACTGTATCTCTTCGAGTTACGTGGGCCCGTCGTGCGT
CCTCCTCGAGGCTTATTAACTCAGTTTCTTCTTCTTTTTGTTTCTGCTATATTCTCTATT
CTTGTTTGTCATACCAATGAACGACGATGCAAATGCAAATCTGCATTGTCTGTTTAAACG
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AAATTTTGCAAAACG


BQ
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AF RR3A130TF U 1
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BS 1 776 RR3A130TF
BS 777 1335 RR3A130JQ

RD RR3A130TF 780 0 0
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GCGGTGCAGGCTACAAACGACGATGCATCCGCCAGTAAACTGTCTTGTGTCAAAAAGGGT
TACATGAAAGACGATTATGTTCATCTCTTTGTCAAAAGACCCCTTCGAAGATCCCCGATT
ATTAATCGAGGTTACTTTTCCCGTTGGTCTGCCTTCCGAAAGCTTTTGTCTCAGTTTCTG
GAAAGTGGGCCTCCTGCTCAACCCAAGAAACAGATACTCTCACTCGGAGCTGGCTTCGAT
ACTACTTACTTTCAGCTACTGGATGAGGGGAAAGCGCCCTATTTGTATGTGGAACTGGAC
TTTAAGGAGGTCACAAGTAAGAAGGCTGCTGTTATAGAAAATTCCAGCCAGCTGAGGGAC
AAACTAGGAGCTAATTCATCTATTTCAATTGAGGAAGGCCAAGTTCTCACTGATCATTAC
AAGTTACTTCCGGTTGACCTGCGTGATATTCCAAAACTAAGAGATGTTATATCATTTGCT
GGTATGGATCCTAGTTTGCCGACATTTATTATTGCAGAATGTGTTCTGATTTACCTGGAT
CCAGATTCAAGCCGTGCCATCGTCAATTGGGCGTCAGAGACGTTTTCAACTGCAGTTTTT
TTCTTATATGAGCAGATCCGTCCAGATGATGCATTTGGACATCAGATGATTATCAACTTG
GAGAGTCCGGGGTTGTGCACTCTTAAGCATTGATGCAACACCGACTTTACTTGCAA
GGAG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3A130JQ 889 0 0
AA
TTGAGGAAGGCCAAGTTCTCACTGATCATTACAAGTTACTTCCGGTTGACCTGCGTGATA
TTCCAAAACTAAGAGATGTTATATCATTTGCTGGTATGGATCCTAGTTTGCCGACATTTA
TTATTGCAGAATGTGTTCTGATTTACCTGGATCCAGATTCAAGCCGTGCCATCGTCAATT
GGGCGTCAGAGACGTTTTCAACTGCAGTTTTTTTCTTATATGAGCAGATCCGTCCAGATG
ATGCATTTGGACATCAGATGATTATCAACTTGGAGAGTC*GGGGTTGTGCACTCTTAAGC
ATTGATGCAACACCGACTTTACTTGCAAAGGAGAGGTTGTTTCTTGACAATGGATGGCAG
AGAGCTGTTGCCTGGGATATGCTAAAAGTGTATGGAAGTTTCGTTGATACTCAAGAAAGA
CGCAGGATCGAGCGATTGGAGCTGTTTGACGAATTTGAAGAGTGGCACATGATGCAGGAA
CATTACTGCGTCACATATGCTGTCAACGACGCAATGGGGATATTTGGGGATTTCGGTTTC
ACAAGAGGAAGCCGTGAAAGCATGAACATCTCATCTGCAATATCACCTTGAAAAATGTTT
TTGTTTGAAAACGGAAACAAGCTGCTTTTGAGGTTAAGCTGAATGAATGCTACCGACTGT
ATCTCTTCGAGTTACGTGGGCCCGTCGTGCGTCCTCCTCGAGGCTTATTAACTCAGTTTC
TTCTTCTTTTTGTTTCTGCTATATTCTCTATTCTTGTTTGTCATACCAATGAACGACGAT
GCAAATGCAAATCTGCATTGTCTGTTTAAACGTTTCTCTTAAAAAATTAAAAGTAACAGA
GAAAATAGAGATTTATTTTCTTACGTAATAATAAATTTTGCAAAACG

QA 3 889 3 889
DS 



CO CL2687Contig2 1258 2 2 U
GGGATTGATCGGAAGGAAGGAAGATATGGCAGAATCTCGCAGCAATAGAGCGGCGGTTCA
GGCTACAAACGACGATGCATCCGCCAGTAAACTGTCTTGTGTGAAAAAGGGTTACATGAA
AGACGATTATGTTCATCTCTTTGTGAAAAGACCCCTTCGTAGATCCCCCATTATTAATCG
AGGTTACTTTTCCCGTTGGGCTGCCTTCCGAAAGCTTTTGTCTCAGTTTCTGGAAAGTGG
GCCTCCTGCTCAACCCAAGAAACAGATCCTCTCACTCGGAGCTGGCTTCGATACTACTTA
CTTTCAGCTACTGGATGAGGGGAAAGGGCCCTATTTGTACGTGGAACTGGACTTTAAGGA
GGTCACAAGTAAGAAGGCTGCTGTTATAGAAAACTCCAGCCAGCTGAGGGACAAACTAGG
AGCTAATTCATCTATTTCAGTTGAGGAAGGCCAAGTTCTCACTGATCATTACAAGTTACT
TCCAGTTGACCTGCGTGATATACCAAAACTAAGAGATGTTATATCATTTGCTGGTATGGA
TCCTAGTCTGCCGACATTTATTATTGCAGAATGTGTTCTGATATACCTGGACCCAGATTC
AAGCCGTGCCATCGTCGATTGGGCGTCAAAGGCTTTTTCAACTGCAGTATTTTTCTTATA
TGAGCAGATCCGTCCAGATGATGCATTTGGACATCAGATGATTATCAACTTGGAGAGTCG
GGGTTGTGCACTCTTAAGCATTGATGCAACACCGACTTTACTTGCAAAGGAGAGATTGTT
TCTTGACAATGGATGGCAGAGAGCTGTTGCCTGGGATATGCTAAAAGTGTATGGAAGTTT
TGTTGATGCTCAAGAAAAACGCAGGATCGAGCGATTGGAGCTGTTTGACGAATTTGAAGA
GTGGCACATGATGCAGGAACATTACTGCGTCACGTATGCTGTCAACGACGCAATGGGGAT
ATTTGGGGATTTCGGTTTCACAAGAGGAAGCCGTGAAAGCACGAACATCTCATCTGCAAT
GTCACCTTGAAAATGGAAAGGGAGTGTTTTTGTTTTGAAAACAGAAACAAGCTGCTTTTG
AGATTAAGATGAATGAATGCTACCGACTGTATCGCTTCGAGATATGTGGGCCCTTCGTCG
CCTCCTCCTCGAGGCTCAATAACTCAGTTTCTTCTTCTTTTTGTTTCTGCTATATTCTCT
ATTCTTGTTTGTCATACCAATGAACGACGATGCAAATGCAAATCCTCATCGTCTGTTT


BQ
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AF RR3C672TF U 1
AF RR3C672JQ C 506
BS 1 716 RR3C672TF
BS 717 1258 RR3C672JQ

RD RR3C672TF 716 0 0
GGGATTGATCGGAAGGAAGGAAGATATGGCAGAATCTCGCAGCAATAGAGCGGCGGTTCA
GGCTACAAACGACGATGCATCCGCCAGTAAACTGTCTTGTGTGAAAAAGGGTTACATGAA
AGACGATTATGTTCATCTCTTTGTGAAAAGACCCCTTCGTAGATCCCCCATTATTAATCG
AGGTTACTTTTCCCGTTGGGCTGCCTTCCGAAAGCTTTTGTCTCAGTTTCTGGAAAGTGG
GCCTCCTGCTCAACCCAAGAAACAGATCCTCTCACTCGGAGCTGGCTTCGATACTACTTA
CTTTCAGCTACTGGATGAGGGGAAAGGGCCCTATTTGTACGTGGAACTGGACTTTAAGGA
GGTCACAAGTAAGAAGGCTGCTGTTATAGAAAACTCCAGCCAGCTGAGGGACAAACTAGG
AGCTAATTCATCTATTTCAGTTGAGGAAGGCCAAGTTCTCACTGATCATTACAAGTTACT
TCCAGTTGACCTGCGTGATATACCAAAACTAAGAGATGTTATATCATTTGCTGGTATGGA
TCCTAGTCTGCCGACATTTATTATTGCAGAATGTGTTCTGATATACCTGGACCCAGATTC
AAGCCGTGCCATCGTCGATTGGGCGTCAAAGGCTTTTTCAACTGCAGTATTTTTCTTATA
TGAGCAGATCCGTCCAGATGATGCATTTGGACATCAGATGATTATCAACTTGGAGA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3C672JQ 753 0 0
AAACTAAGAGATGTTATATCATTTGCTGGTATGGATCCTAGTCTGCCGACATTTATTATT
GCAGAATGTGTTCTGATATACCTGGACCCAGATTCAAGCCGTGCCATCGTCGATTGGGCG
TCAAAGGCTTTTTCAACTGCAGTATTTTTCTTATATGAGCAGATCCGTCCAGATGATGCA
TTTGGACATCAGATGATTATCAACTTGGAGAGTCGGGGTTGTGCACTCTTAAGCATTGAT
GCAACACCGACTTTACTTGCAAAGGAGAGATTGTTTCTTGACAATGGATGGCAGAGAGCT
GTTGCCTGGGATATGCTAAAAGTGTATGGAAGTTTTGTTGATGCTCAAGAAAAACGCAGG
ATCGAGCGATTGGAGCTGTTTGACGAATTTGAAGAGTGGCACATGATGCAGGAACATTAC
TGCGTCACGTATGCTGTCAACGACGCAATGGGGATATTTGGGGATTTCGGTTTCACAAGA
GGAAGCCGTGAAAGCACGAACATCTCATCTGCAATGTCACCTTGAAAATGGAAAGGGAGT
GTTTTTGTTTTGAAAACAGAAACAAGCTGCTTTTGAGATTAAGATGAATGAATGCTACCG
ACTGTATCGCTTCGAGATATGTGGGCCCTTCGTCGCCTCCTCCTCGAGGCTCAATAACTC
AGTTTCTTCTTCTTTTTGTTTCTGCTATATTCTCTATTCTTGTTTGTCATACCAATGAAC
GACGATGCAAATGCAAATCCTCATCGTCTGTTT

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 3

CO CL2688Contig1 999 3 4 U
CTGCAACTGTTTACTCATTTTCGTCTTGGTTTTTTCTAGGCCTGAGTGTATTGGAATAGT
ACAATTCAGTAGCCATTGCTGCAAACTTAAATATGGTTTAATAAAATATACCCAACATGA
GCTTCTTTTCATATAAGTCCTTCGAGGCTCACTGCATCAAGCCCTAAGGGCATCAATAGA
TACAAAACTTGACTACCTTACGTTCTACCCACTACTGCTACCAAGGTAGTGGGAAGTGCG
ATCCCAAAATATATATTTTGTACACATGGTTAAACCGTGAGCTATTACAGAGCATCCTCG
TGATAAAGATGAAGTCCTAATCCAAGTCTTGCACAGGCACGGCGAAACGCCATAGCTTCG
GCCTTTTGCACAGCATCACCATAGCCTTTGTCATTTACTGAAGTGGTCCCTGTTGATTCC
CTGTAAATCTCAGCATCAGTGCCGTAGAGAGTGACACGGTAAGCAACAGTGACGGTGTTA
CCATCAGGAGAGTAAGTGACACTCCGAACTTCACCAGACCATTCTGGAGCATGCAGGTTC
ATTATCCTATTCACAGTGTGCCAGGGAATGTATTTCATGGCGAACCCATCTTCGACACGT
GTCTTGATGGCGGAATCTGGAACCTTTTTGTTGAGCTCCTTGAGAATCTTGGCGAGAGGT
CTGCCGATTCCTGATGTTGGTACGTCGTTCTCTGGTTCGGAGCAGAATCCGCGACATCTC
TTCGCCAATTCGAGCGAGAAAGGCCTCCAAGGCCTGGATGGTTCGGTGCGTGGCTCGTCT
TGGGTTCGTGATACGTCTCACCAGAGGTTGGCATAGAGAAGGATATGCGGTGTGAGAGCA
CAAGTTCATCACACGTGATGCCTCCGCAACTTGACCGAACAAAAAGAAGGTTAATATGGT
GACGGATACCACGACAGCCACAACATGTAGCTGCAAGGTGTCGCGGCCCGCCATTTATGT
ATATATTTATTTATTTAAATATGTTCAGTTTAGCTGAGG


BQ
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TGATAAAGATGAAGTCCTAATCCAAGTCTTGCACAGGCACGGCGAAACGCCATAGCTTCG
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ACCAGAGGTTGGCATAGAGAAGGATATGCGGTGTGAGAGCACAAGTTCATCACACGTGAT
GCCTCCGCAACTTGACCGAACAAAAAGAAGGTTAATATGGTGACGGATACCACGACAGCC
ACAACATGTAGCTGCAAGGTGTCGCGGCCCGCCATTTATGTATATATTTATTTATTTAAA
TATGTTCAGTTTAGCTGAGG

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DS 



AS 1 4

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GACGTGGAGATGTGTGTTGAGCTGGTTAAGAGTCTGGTCTCTGTGATGAAGAAGGTTCAA
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TCTGGGGATGGTTTTATGTTCAGTCTGCTGTAGTGTTCCTATCTTGTATCTTTGGTTATC
AATGAAAATGAAAGTCAGACGGG


BQ
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AF RR3CK35TF U 1
AF RR3EI68TF U 3
AF RR3EI68JQ C 419
AF RR3CK35JQ C 455
BS 1 413 RR3CK35TF
BS 414 414 RR3EI68TF
BS 415 472 RR3CK35TF
BS 473 473 RR3EI68TF
BS 474 615 RR3CK35TF
BS 616 616 RR3EI68TF
BS 617 640 RR3CK35TF
BS 641 641 RR3EI68TF
BS 642 658 RR3CK35TF
BS 659 832 RR3EI68JQ
BS 833 833 RR3CK35JQ
BS 834 873 RR3EI68JQ
BS 874 874 RR3CK35JQ
BS 875 876 RR3EI68JQ
BS 877 877 RR3CK35JQ
BS 878 990 RR3EI68JQ
BS 991 991 RR3CK35JQ
BS 992 1163 RR3EI68JQ

RD RR3CK35TF 658 0 0
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ATCCTAATTCGGCGGCCGCCGCTTCTCGCGGTCGCCGGATCTAGTTCTTAAATTCGTTGT
GTGTTCTTGTACTCGTCTGTTTCTCTCCTTCTCCTTCTCTTTAAGCTGTCACTTTCCATG
TGTTCTGAAAATAGTTTGAAGTGCCCTTGTTTTCTCAGATCTGTTGAACTTTGGAGAGAT
CTGGAAGTGTGAGAGGATGTATGTCGGTGATCTTTTCGACTGCGCCTTTAACGGCCTCTG
TCCGAGGCTCCAATCTAGGTAAAGTTTCAAGCTTTGGTGGCTCTCATGTTTTTCAGTGGT
TGTGTATTCAGCCTGTTCCGAGTGGGTTTGTGACAGCTTGGTAAGATTGAATCTGGTTCT
TGTCTCTGAGTTTTGAGAGTGTGGCTTAGTTGGTCTTTGATTTAGCATCGGTGTAGCAGT
GACGTGGAGATGTGTGTTGAGCTGGTTAAGAGTCTGGTCTCTGTGATGAAGAAGGTTCAA
GGTTACCTTCTCATCTCCCAGCTTCGAATTGGTCTTCTTCTCCCTTTAATAAGTGATATT
CCTGGTCTGTTTTTGTTCTCTGTTTGCCCTCGGTGGCTTCTTTTGTGAAGCAATAGAA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3EI68TF 656 0 0
GG
ATCCGAAAAAAAAGTGAGAAAAACGCTCTCTACTCGAAGGGAGCTTTTCTGGTGAAATCC
TAATTCGGCGGCCGCCGCTTCTCGCGGTCGCCGGATCTAGTTCTTAAATTCGTTGTGTGT
TCTTGTACTCGTCTGTTTCTCTCCTTCTCCTTCTCTTTAAGCTGTCACTTTCCATGTGTT
CTGAAAATAGTTTGAAGTGCCCTTGTTTTCTCAGATCTGTTGAACTTTGGAGAGATCTGG
AAGTGTGAGAGGATGTATGTCGGTGATCTTTTCGACTGCGCCTTTAACGGCCTCTGTCCG
AGGCTCCAATCTAGGTAAAGTTTCAAGTTTTGGTGGTTCTCATGTTTTTCAGTGGTTGTG
TATTCAGCCTGTTCCGAGTGGGTTTGTGACAGCTTGGTAAGATTGAATCCTGTTCTTGTC
TCTGAGTTTTGAGAGTGTGGCTTAGTTGGTCTTTGATTTAGCATCGGTATAGCAGTGACG
TGGAGATGTGTGTTGAGCTGGTTAAGAGTCTGGTCTCTGTGATGAAGAAGGTTCAAGGTT
ACCTTCTCATCTCCCAGCTTCGGATTGGTCTTCTTTTCCCTTTAATAAGTGATATTCCTG
GTCTGTTTTTGCTCTCTGTTTGCCCTCGGTGGCTTCCTTTGTGAAGCAATAGAA

QA 3 656 3 656
DS 

RD RR3EI68JQ 745 0 0
CTTGTCTCTGAGTTTTGAGAGTGTGGCTTAGTTGGTCTTTGATTTAGCATCGGTATAGCA
GTGACGTGGAGATGTGTGTTGAGCTGGTTAAGAGTCTGGTCTCTGTGATGAAGAAGGTTC
AAGGTTACCTTCTCATCTCCCAGCTTCGGATTGGTCTTCTTTTCCCTTTAATAAGTGATA
TTCCTGGTCTGTTTTTGCTCTCTGTTTGCCCTCGGTGGCTTCCTTTGTGAAGCAATAGAA
TGAGGCTGAGGTGCAAAGGCTTCCAGATGAAGGTGCAGATGAGTTGGAGACTATTTCAGT
TGCTGGTTTTCCTGGTTTCTGCCTTGGTATAGGCGTAGTGTTTGGATGGTTGTCATCGTG
AACTTGTTGTAACTTGTGGTTCAGATGAGATCGTTGTGGTTCTGGTGTTGTCATTGTGAG
CATGTGGCTCAGATGAGGTCTCTGCTCTTCACAAAGAAGTACTCTACGTTGCGTGCTCTT
GTGCTTAGTTCATTGCATGATCTCCGGCTAGTCATAGTCTTTTCTAAGTCTTCTCTTGTT
TCTTTTGAGTGTTTGGCTATGGATTCTTTGAATGAGTATTAGGATTTGTTTTATATTTCA
ATGTTGGTTTGTTGCCCGTGTGTTTGGGCTCTAGCTCCCCTTGTTCCTGTTGGGGTCAAG
TTTCTGGGGATGGTTTTATGTTCAGTCTGCTGTAGTGTTCCTATCTTGTATCTTTGGTTA
TCAATGAAAATGAAAGTCAGACGGG

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3CK35JQ 709 0 0
CTTTGATTTAGCATCGGTGTAGCAGTGACGTGGAGATGTGTGTTGAGCTGGTTAAGAGTC
TGGTCTCTGTGATGAAGAAGGTTCAAGGTTACCTTCTCATCTCCCAGCTTCGAATTGGTC
TTCTTCTCCCTTTAATAAGTGATATTCCTGGTCTGTTTTTGTTCTCTGTTTGCCCTCGGT
GGCTTCTTTTGTGAAGCAATAGAATGAGGCTGAGGTGCAAAGGCTTCCAGATGAAGGTGC
AGATGAGTTGGAGACTATTTCAGTTGCTGGTTTTCCTGGTTTCTGCCTTGGTATAGGCGT
AGTGTTTGGATGGTTGTCATCGTGAACTTGTTGTAACTTGTGGTTCAGATGAGATCGTTG
TGGTTCTGGTGTTGTCATCGTGAGCATGTGGCTCAGATGAGGTCTCTGCTCTTCACAAAA
AAATACTCTATGTTGCGTGCTCTTGTGCTTAGTTCATTGCATGATCTCCGGCTAGTCATA
GTCTTTTCTAAGTCTTCTCTTGTTTCTTTTGAGTGTTTGGCTATGGATTCTTTGAAGGAG
TATTAGGATTTGTTTTATATTTCAATGTTGGTTTGTTGTCCGTGTGTTTGGGCTCTAGCT
CCCCTTGTTCCTGTTGGGGTTAAGTTTCTGGGGATGGTTTTATGTTCAGTCTGCTGTAGT
GTTCCTATCTTGTATCTTTGGTTATCAATGAAAATGAAAGTCAGACGGG

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 4

CO CL2690Contig1 647 4 2 U
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TCGGAACCAGCATCCATGGAAGAGATCACAGAGGGAGTGAACAACATGAACTTGGCCAAT
GATTCCCAGAAGAAGAACCGGATTCAGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTAC
GTCAACCTCGCCAAGAGGTATATGCAAGAGCACAATGATGTCGAATTGTCTGCCCTTGGG
ATGGCCATTGCAACCGTTGTTACCATTGCTGAGATACTCAAGAACAATGGTTTTGTTGTT
GAGAAGAAGATCATGACTTCTACTGTGGATATTAAGGATGGCTCAAGGGGACGTCCTGTG
CAGAAACCTAAGATCGAAATCACGCTTGGGAAGTCAGAGAAGTTTGATGAACTAATGGCT
GCAGCCAATGAAGAAAAAGAAGCTGCAGAAGCTCAGGTCCAGAGCTGAGCATAGCCTTCT
TATGTTATGTTTCATTTCATGGGTCTTTCTCC*TGCTTGATGCTTAATATTATTTGTTTA
ATTTCATTGATTTTTGGCTGAATTTGAGTTGTTATGTTTTGGATGG*TTTGTTGTACCTG
TTGAAACACTTTTACAATTATGATATTAGTTACAAAGAGCATATAGC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 10 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3B418JQ C 1
AF RR3B418TF U 1
AF RR3D816TF U 1
AF RR3FS92TF U 89
BS 1 624 RR3B418TF
BS 625 647 RR3D816TF

RD RR3B418JQ 624 0 0
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GTCAACCTCGCCAAGAGGTATATGCAAGAGCACAATGATGTCGAATTGTCTGCCCTTGGG
ATGGCCATTGCAACCGTTGTTACCATTGCTGAGATACTCAAGAACAATGGTTTTGTTGTT
GAGAAGAAGATCATGACTTCTACTGTGGATATTAAGGATGGCTCAAGGGGACGTCCTGTG
CAGAAACCTAAGATCGAAATCACGCTTGGGAAGTCAGAGAAGTTTGATGAACTAATGGCT
GCAGCCAATGAAGAAAAAGAAGCTGCAGAAGCTCAGGTCCAGAGCTGAGCATAGCCTTCT
TATGTTATGTTTCATTTCATGGGTCTTTCTCC*TGCTTGATGCTTAATATTATTTGTTTA
ATTTCATTGATTTTTGGCTGAATTTGAGTTGTTATGTTTTGGATGG*TTTGTTGTACCTG
TTGAAACACTTTTACAATTATGAT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3B418TF 624 0 0
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TCGGAACCAGCATCCATGGAAGAGATCACAGAGGGAGTGAACAACATGAACTTGGCCAAT
GATTCCCAGAAGAAGAACCGGATTCAGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTAC
GTCAACCTCGCCAAGAGGTATATGCAAGAGCACAATGATGTCGAATTGTCTGCCCTTGGG
ATGGCCATTGCAACCGTTGTTACCATTGCTGAGATACTCAAGAACAATGGTTTTGTTGTT
GAGAAGAAGATCATGACTTCTACTGTGGATATTAAGGATGGCTCAAGGGGACGTCCTGTG
CAGAAACCTAAGATCGAAATCACGCTTGGGAAGTCAGAGAAGTTTGATGAACTAATGGCT
GCAGCCAATGAAGAAAAAGAAGCTGCAGAAGCTCAGGTCCAGAGCTGAGCATAGCCTTCT
TATGTTATGTTTCATTTCATGGGTCTTTCTCC*TGCTTGATGCTTAATATTATTTGTTTA
ATTTCATTGATTTTTGGCTGAATTTGAGTTGTTATGTTTTGGATGG*TTTGTTGTACCTG
TTGAAACACTTTTACAATTATGAT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3D816TF 647 0 0
GGATTGTCTTATTTACTCTCGCCCCCCTTTCCCTCGAAACAAAAATTAGGGTTAACGAAT
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GATTCCCAGAAGAAGAACCGGATTCAGGTTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTAC
GTCAACCTCGCCAAGAGGTATATGCAAGAGCACAATGATGTCGAATTGTCTGCCCTTGGG
ATGGCCATTGCAACCGTTGTTACCATTGCTGAGATACTCAAGAACAATGGTTTTGCTGTT
GAGAAGAAGATCATGACTTCTACTGTGGATATTAAGGATGGCTCAAGGGGACGTCCTGTG
CAGAAACCTAAGATCGAAATCACGCTTGGGAAGTCAGAGAAGATTGATGAACTAATGGCT
GCAGCCAATGAAGAAAAAGAAGCTGCAGAAGCTCAGGTCCAGAGCTGAGCATAGCCTTCT
TATGTTATGGTTCATTTCATGGGTCTTTCTCC*TGCTTGATGCTTAATATTATTTGTTTA
ATTTCATTGATTTTTGGCTGAATTTGAGTTGTTATGTTTTGGATGG*TTTGTTGTACCTG
TTGAAACACTTTTACAATTATGATATTAGTTACAAAGAGCATATAGC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3FS92TF 559 0 0
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TTTCCAACACTAAGAAACCATTGTTCTTCTACGTCAACCTCGCCAAGAGGTATATGCAAG
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CTGAGATACTCAAGAACAATGGTTTTGCTGTTGAGAAGAAGATCATGACTTCTACTGTGG
ATATTAAGGATGGCTCAAGGGGACGTCCTGTGCAGAAACCTAAGATCGAAATCACGCTTG
GGAAGTCAGAGAAGTTTGATGAACTAATGGCTGCAGCCAATGAAGAAAAAGAAGCTGCAG
AAGCTCAGGTCCAGAGCTGAGCATAGCCTTCTTATGTTATGGTTCGTTTCATGGGTCTTT
CTCCCTGCTTGATGCTTAATATTATTTGTTTAATTTCATTGATTTTTGGCTGAATTTGAG
TTGTTATGTTTTGGATGGGTTTGTTGTACCTGTTGAAACACTTTTACAATTATGATATTA
GTTACAAAGAGCATATAGC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 4

CO CL2691Contig1 624 4 10 U
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GAAAACAAACCATGCAACCATTTTCTTAAAGACCTTATTAATTAAGGAGCAACTAAGAAA
CTTAAGCTTTTTTACAAGTGAGTTGAACAAAAAACTTAGCCTCTTTATTGCAGTGACTCG
TACCAAACATCTCGTCCGAAGTCATAAACACACATATGTTTTTTCCAACACAAATCTTTT
TGGCGACCTTCAAGGCAGCTTATGCGCCGCAATTTCCATGTCTATAGTGTTCACACTTGC
CGGAAGGATCTCCATAATCAGCAAAATTGATCTTTGTAAAAACTTCTTTAGACTTATTGC
AACCAAGCACCCACGGATATTCCATAGTAGATTCTGCACAGATAATATATTCCTTGCCCA
TGTCTTTGCCATAATGAGTGTAAGTATATTGATCTTCAAAGAAACTGTCGGTTTTGTTGC
CTCTTGAATCATTGGAAGAAATATTCATATTGGAAGCTAAACCAAGCACAGAGGAATAAG
ATAGAACTAGAAGAAAGATGTAGCCTCGACGAAGGCTATGCGAAGTATCCATTTTGTTGT
CTCCGTAATCAAAAGTAACAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E083JQ U 1
AF RR3E083TF C 1
AF RR3CI86TF C 3
AF RR3CI86JQ U 7
BS 1 110 RR3E083JQ
BS 111 111 RR3CI86JQ
BS 112 112 RR3E083JQ
BS 113 113 RR3CI86JQ
BS 114 233 RR3E083JQ
BS 234 234 RR3CI86JQ
BS 235 261 RR3E083JQ
BS 262 262 RR3CI86JQ
BS 263 537 RR3E083JQ
BS 538 624 RR3CI86JQ

RD RR3E083JQ 537 0 0
AGAATAAATAACTTATATCGGACATTCCTTTAATAATCAATAAGAACTTGATCATTACAA
GAAAACAAACCATGCAACCATTTTCTTAAAGACCTTATTAATTAAGGAGCGAGTAAGAAA
CTTAAGCTTTTTTACAAGTGAGTTGAACAAAAAACTTAGCCTCTTTATTGCAGTGACTCG
TACCAAACATCTCGTCCGAAGTCATAAACACACATATGTTTTTTCCAACACAATTCTTTT
TGGCGACCTTCAAGGCAGCTTCTGCGCCGCAATTTCCATGTCTATAGTGTTCACACTTGC
CGGAAGGATCTCCATAATCAGCAAAATTGATCTTTGTAAAAACTTCTTTAGACTTATTGC
AACCAAGCACCCACGGATATTCCATAGTAGATTCTGCACAGATAATATATTCCTTGCCCA
TGTCTTTGCCATAATGAGTGTAAGTATATTGATCTTCAAAGAAACTGTCGGTTTTGTTGC
CTCTTGAATCATTGGAAGAAATATTCATATTGGAAGCTAAACCAAGCACAGAGGAAT

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR3E083TF 599 0 0
AGAATA
AATAACTTATATCGGACATTCCTTTAATAATCAATAAGAACTTGATCATTACAAGAAAAC
AAACCATGCAACCATTTTCTTAAAGACCTTATTAATTAAGGAGCGAGTAAGAAACTTAAG
CTTTTTTACAAGTGAGTTGAACAAAAAACTTAGCCTCTTTATTGCAGTGACTCGTACCAA
ACATCTCGTCCGAAGTCATAAACACACATATGTTTTTTCCAACACAATTCTTTTTGGCGA
CCTTCAAGGCAGCTTCTGCGCCGCAATTTCCATGTCTATAGTGTTCACACTTGCCGGAAG
GATCTCCATAATCAGCAAAATTGATCTTTGTAAAAACTTCTTTAGACTTATTGCAACCAA
GCACCCACGGATATTCCATAGTAGATTCTGCACAGATAATATATTCCTTGCCCATGTCTT
TGCCATAATGAGTGTAAGTATATTGATCTTCAAAGAAACTGTCGGTTTTGTTGCCTCTTG
AATCATTGGAAGAAATATTCATATTGGAAGCTAAACCAAGCACAGAGGAATAAGATAGAA
CTAGAAGAAAGATGTAGCCTCGACGACGGCTATGCGAAGTATCCATTTTGTT
C

QA 7 598 7 598
DS 

RD RR3CI86TF 622 0 0
TTTT
AATAACTTATATCGGACATTCCTTTAATAATCAATAAGAACTTGATCAT*ACAAGAAAAC
AAACCATGCAACCATTTTCTTAAAGACCTTATTAATTAAGGAGCAACTAAGAAACTTAAG
CTTTTTTACAAGTGAGTTGAACAAAAAACTTAGCCTCTTTATTGCAGTGACTCGTGCCAA
ACATCTCGTCCGAAGTCATAAACACACATATGTTTTTTCCAACACAAAT**TTTTGGCGA
CCTTCAAGGCAGCTTATGCGCCGCAATTTCCATGTCTATAGTGTTCACACTTGCCGGAAG
GATCTCCATAATCAGCAAAATTGATCTTTGTAAAAACTTCTTTAGACTTATTGCAACCAA
GCACCCACGGATATTCCATAGTAGATTCTGCACAGATAATATATTCCTTGCCCATGTCTT
TGCCATAATGAGTGTAAGTATATTGATCTTCAAAGAAACTGTCGGTTTTGTTGCCTCTTG
AATCATTGGAAGAAATATTCATATTGGAAGCTAAACCAAGCACAGAGGAATAAGATAGAA
CTAGAAGAAAGATGTAGCCTCGACGAAGGCTATGCGAAGTATCCATTTTGTTGTCTCCGT
AATCAAAAGTAACAAAAA

QA 5 622 5 622
DS 

RD RR3CI86JQ 618 0 0
AATAACTTATATCGGACATTCCTTTAATAATCAATAAGAACTTGATCAT*ACAAGAAAAC
AAACCATGCAACCATTTTCTTAAAGACCTTATTAATTAAGGAGCAACTAAGAAACTTAAG
CTTTTTTACAAGTGAGTTGAACAAAAAACTTAGCCTCTTTATTGCAGTGACTCGTGCCAA
ACATCTCGTCCGAAGTCATAAACACACATATGTTTTTTCCAACACAAAT**TTTTGGCGA
CCTTCAAGGCAGCTTATGCGCCGCAATTTCCATGTCTATAGTGTTCACACTTGCCGGAAG
GATCTCCATAATCAGCAAAATTGATCTTTGTAAAAACTTCTTTAGACTTATTGCAACCAA
GCACCCACGGATATTCCATAGTAGATTCTGCACAGATAATATATTCCTTGCCCATGTCTT
TGCCATAATGAGTGTAAGTATATTGATCTTCAAAGAAACTGTCGGTTTTGTTGCCTCTTG
AATCATTGGAAGAAATATTCATATTGGAAGCTAAACCAAGCACAGAGGAATAAGATAGAA
CTAGAAGAAAGATGTAGCCTCGACGAAGGCTATGCGAAGTATCCATTTTGTTGTCTCCGT
AATCAAAAGTAACAAAAA

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 3

CO CL2692Contig1 795 3 8 U
GGATCAAAAGAGTTGCTCCGTTTGTTTTGTTCACAGAAAAAATGTACCTATCCTTTATTA
CAAAACTGAAAAGAGGGTTTCATCTCATCTTGACGTTTCAAAACAAACCGGAAGAAGAAA
AAAAACATTCAAAGTCTTTCTTCTTGAACTCTGATTCAGTCAGTTCCCCATTTTCGGACA
ACGCTTTCTTTAGCAGAGACGAAACCTTCATTCTTCCACATCTCCTCTGAGTTATCACCA
TTCACTTTAGAAGCTTGTCTTCCCATGAGCTTGGAGCTTAGAGAAGTCAAACCTTCTCGT
GTTCCTCGCAACGCGTACAACAAAGGGTTTAGCACAAATGCAGCCATTACTTCACCTTTC
GCAACTATCATATACACGAAAAGTATTGCTAAGAGAGTAATGGTGATCTGCTGTGCTTCA
TTCCAGAAATGATCGCCACTGAACCAGCCTCCAAACCAGCCTCCTCCTCCTCCTCCACCA
TTGGCAGCATTACCGTCACCACCGGATTCTTGTCTTTTCTTGATTTCTTGGTCCCATTTG
TCGAACTCATTTTTCTTACCGCCAAGAGCGCTTTCCAATGCTTTACGAGCTTGCTCCTCC
CTCTGGTTGCCGCCGGAGAAAAGACAAGAGAATCTGGCCTTGCTTTTGGTAATTGAGGTT
CGGAGAGAGAAGACATAGTTTGAGTCGAGAGTTGTAGTCCGGCACCTGAGAAGAGGCGAA
GAAGAAGAAGGAGGGTTTATCAGCAGCTGTCGGATTACGTGTCCCATCTCTCACTTCTCC
CTTATCTCTAACTCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D002JQ U 1
AF RR3EE61JQ U 1
AF RR3D002TF C 140
BS 1 62 RR3D002JQ
BS 63 63 RR3EE61JQ
BS 64 80 RR3D002JQ
BS 81 81 RR3EE61JQ
BS 82 280 RR3D002JQ
BS 281 281 RR3EE61JQ
BS 282 701 RR3D002JQ
BS 702 795 RR3D002TF

RD RR3D002JQ 701 0 0
GGATCAAAAGAGTTGCTCCGTTTGTTTTGTTCACAGAAAAAATGTACCTATCCTTTATTA
CAGAACTGAAAAGAGGGTTTGATCTCATCTTGACGTTTCAAAACAAACCGGAAGAAGAAA
AAAAACATTCAAAGTCTTTCTTCTTGAACTCTGATTCAGTCAGTTCCCCATTTTCGGACA
ACGCTTTCTTTAGCAGAGACGAAACCTTCATTCTTCCACATCTCCTCTGAGTTATCACCA
TTCACTTTAGAAGCTTGTCTTCCCATGAGCTTGGAGCTTAAAGAAGTCAAACCTTCTCGT
GTTCCTCGCAACGCGTACAACAAAGGGTTTAGCACAAATGCAGCCATTACTTCACCTTTC
GCAACTATCATATACACGAAAAGTATTGCTAAGAGAGTAATGGTGATCTGCTGTGCTTCA
TTCCAGAAATGATCGCCACTGAACCAGCCTCCAAACCAGCCTCCTCCTCCTCCTCCACCA
TTGGCAGCATTACCGTCACCACCGGATTCTTGTCTTTTCTTGATTTCTTGGTCCCATTTG
TCGAACTCATTTTTCTTACCGCCAAGAGCGCTTTCCAATGCTTTACGAGCTTGCTCCTCC
CTCTGGTTGCCGCCGGAGAAAAGACAAGAGAATCTGGCCTTGCTTTTGGTAATTGAGGTT
CGGAGAGAGAAGACATAGTTTGAGTCGAGAGTTGTAGTCCG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3EE61JQ 669 0 0
A
GATCAAAAGAGTTGCTCCGTTTGTTTTGTTCACAGAAAAA*TGTACCTATCCTTTATTAC
AAAACTGAAAAGAGGTTTTCATCTCATCTTGACGTTTTAAAACAAATCGGAAGAAGAAAA
AAAACATTCAAAGTCTTTCTTCTTGAACTCTGATTCAGTCAGTTCCCCATTTTCGGACAA
CGCTTTCTTTAGCAGAGACGAAACCTTCATTCTTCCACATCTCCTCTGAGTTACCACCAT
TCACTTTAGAAGCTTGTCTTCCCATGAGCTTGGAGCTTAGAGAAGTCAGACCTTCTCGTG
TTCCTCGCAACGCGTACAACAAAGGGTTTAGCACAAATGCAGCCATTACTTCACCTTTCG
CAACTATCATATACACGAAAAGAATTGCTAAGAGAGTAATGGTGATCTGCTGTGCTTCAT
TCCAGAAATGATCGCCACTGAACCAGCCTCCAAACCAGCCTCCTCCTCCTCCTCCACCAT
CGGCAGCATTACCGTCACCACCGGATTCTTGTCTTTTCTTGATTTCTTGGTCCCATTTGT
CGAACTCGTTTTTCTTACCACCAAGAGCGCTTTCCAATGCTTTACGAGCTTGCTCCTCCC
TCTGGTTGCCGCCGGAGAAAAGACAAGAGAATCTGGCCTTGCTTTTGGTAATTGAGGTTC
GGAGAGAG

QA 2 669 2 669
DS 

RD RR3D002TF 656 0 0
CTTCTTGAACTCTGATTCAGTCAGTTCCCCATTTTCGGACAACGCTTTCTTTAGCAGAGA
CGAAACCTTCATTCTTCCACATCTCCTCTGAGTTATCACCATTCACTTTAGAAGCTTGTC
TTCCCATGAGCTTGGAGCTTAGAGAAGTCAAACCTTCTCGTGTTCCTCGCAACGCGTACA
ACAAAGGGTTTAGCACAAATGCAGCCATTACTTCACCTTTCGCAACTATCATATACACGA
AAAGTATTGCTAAGAGAGTAATGGTGATCTGCTGTGCTTCATTCCAGAAATGATCGCCAC
TGAACCAGCCTCCAAACCAGCCTCCTCCTCCTCCTCCACCATTGGCAGCATTACCGTCAC
CACCGGATTCTTGTCTTTTCTTGATTTCTTGGTCCCATTTGTCGAACTCATTTTTCTTAC
CGCCAAGAGCGCTTTCCAATGCTTTACGAGCTTGCTCCTCCCTCTGGTTGCCGCCGGAGA
AAAGACAAGAGAATCTGGCCTTGCTTTTGGTAATTGAGGTTCGGAGAGAGAAGACATAGT
TTGAGTCGAGAGTTGTAGTCCGGCACCTGAGAAGAGGCGAAGAAGAAGAAGGAGGGTTTA
TCAGCAGCTGTCGGATTACGTGTCCCATCTCTCACTTCTCCCTTATCTCTAACTCC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 4

CO CL2693Contig1 1230 4 8 U
GGAGAGAATTAAGAGAAAGGTCGAAATCGTGTCTCCCAAGAAAGAGGCTCCTCCTCCTCC
TTCAGGCGGTGAAAAGAAGATGGCGGATGAGAAGCCTGCCGAGAAGAAGCCCGCCGATGA
AAAACCCGCCGGCGACAAAAAAGAAGAGAAGAAGAAAGACGAAGGAGCGAAGACAGCTCC
TCCTCTTCCTGCTCCACCAAAAGAGAATACGGTGGTTCTGAAGACTAAATTACATTGCGA
AGGTTGTGAACACAAAATCAAAAGAATAGTCAACAAGATTAAGGGGGTTAATTCAGTCGC
CATTGAAAGCGCCAAGGACTTGGTGATAGTGAAAGGGATTATTGACGTTAAACAACTCAC
TCCTTATCTCAACGAGAAGCTTAAACGCACCGTTGAAGTTGTTCCACCGAAAAAAGAGGA
GGCAACCACCGTGGCAGCAGCGGCGGCGGCGGCGGCTCCAGCTGGTGGCGAGAAGAAGGA
TAAAGGTGCTGGTGAAAAAAAAGAAGGCAAAGATGTCGGAGAGAAGAAGGATGGTGGTGG
TGGTGGTGAAAAGAAAGAGAGCAAAGATGTGGGAGAAAAGAAAGACGGTGGTGGTGAAAA
GAAGAAAGAAGTTGCTATAGCCGGAGGAGGAGACGGTGGTGCTACGGTAGATGTGAAGAA
ATCGGAGTATAGCGGTTATGGCTATCCACCTCAGCCGATGTATTACTACCCACCAGGACA
AATGTACGGTCAACACTACATGATGCAAGGTCAATCATCTCAACCGTATGTACAAGAACC
GTATACTAACCAAGGATATGTACATGAATCGTATACAAATCAAGGATACGGCCAAGGGTA
TGGACAAGAAGCACCACCACAACCGTATATGAACCACCAAGGGTATGCAGATCCTTATGC
TCATATGCGTGCTCCTCAGATGTTTAGCGATGAGAATCCAGAAGGATGTTCTGTTATGTA
AGTGGAAATGAGAGGGTAATAAATTGTAAATAACTAAGAAAGGTAGATATGGTAAAATTG
TATCTTAACCGGTGAAACTGGCCGGGGTATAACCGGTTTTTGAAAGAAGTGGGTTGGATT
TTATATGTTGGTTGGTTTACTCTATCGACTATACAAATAAATATAGTTTCCTTCAATGAT
AAGATTAGATGCTCTGTTTAATAACTTTGTGTGTGCTAATGTATGTAATGTTCAAAGTGA
TCATAATGAAAATATTTATCTTTGCTACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3BW09TF U 1
AF RR3BW09JQ C 466
AF RR3D551JQ C 616
AF RR3D551TF U 616
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BS 730 749 RR3BW09TF
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BS 778 813 RR3BW09TF
BS 814 1230 RR3D551TF

RD RR3BW09TF 826 0 0
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ACAATCAAGGATA

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CTACCCACCAGGACAAATGTACGGTCAACACTACATGATGCAAGGTCAATCATCTCAACC
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G
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TATCTTTGCTACTT

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G
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TACATGATGCAAGGTCAATCATCTCAACCGTATGTACAAGAACCGTATACTAACCAAGGA
TATGTACATGAATCGTATACAAATCAAGGATACGGCCAAGGGTATGGACAAGAAGCACCA
CCACAACCGTATATGAACCACCAAGGGTATGCAGATCCTTATGCTCATATGCGTGCTCCT
CAGATGTTTAGCGATGAGAATCCAGAAGGATGTTCTGTTATGTAAGTGGAAATGAGAGGG
TAATAAATTGTAAATAACTAAGAAAGGTAGATATGGTAAAATTGTATCTTAACCGGTGAA
ACTGGCCGGGGTATAACCGGTTTTTGAAAGAAGTGGGTTGGATTTTATATGTTGGTTGGT
TTACTCTATCGACTATACAAATAAATATAGTTTCCTTCAATGATAAGATTAGATGCTCTG
TTTAATAACTTTGTGTGTGCTAATGTATGTAATGTTCAAAGTGATCATAATGAAAATATT
TATCTTTGCTACTT

QA 2 615 2 615
DS 



AS 1 3

CO CL2694Contig1 1085 3 4 U
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ATGATTGATACATGAGATGAGACTGATGATACTTTTGAGGATATTACAAGACATGTTTGT
GTACATAGTAACCAAATCCTTATGTGGAGTGATTATTCTCTACGACGGCTTGAGGTATCC
ATTTTGGTCTAAGTAGGACACAACAATCTCTGCCATTTCTGAAAGAGATGAAGATGAATT
CTCGTCTCTCTTGTTTTGTATCACGATCTCACAATCCAAAGGTGGTTCATAAGGGTCATC
TATTCCTGTGAAACCTTTGATTTCACCAGCGCGTGCACGCTTGTATAAGCCCTTTGGGTC
TCTAGCTTCACAGACATGGAGTGGCACGTCCATGAACACCTCGATGAAATCTCCTTGCGG
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GATGATTCCAGCATCCGCAAACAATTTGGAGACTTCACCAACTCTTCGGATGTTCTCAGC
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GAGTATGTACGAGAGCTTTCCACGGTTGTACAGAGCTCGGCTAACAGAACACGCCAGACT
ACTTTTCCCCGAACCACTTAAGCCAGTAATCCAAATGACACAACCCTTTTGATTAATCAG
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GTTCAGCGTCCGTTGACTTTTCCCGCGAAACATCAAACCGGCGGGCTCCAAGCTCCGGAA
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CCTTCCGGGACATCTTGCCACCGCCGCAACATCCATGAAGCAAAATAATTCGCACGAAGG
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CAGCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3CO31JQ U 1
AF RR3AD69JQ U 1
AF RR3AD69TF C 318
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BS 759 1085 RR3AD69TF

RD RR3CO31JQ 609 0 0
GC
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CGTCTCTCTTGTTTTGTATCACGATCTCACAATCCAAAGGTGGTTCATAAGGGTCATCTA
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GATCTTCCGCTTTGAAACTAAGATCGCTGTTTAAACCATGTCGAACGTTGTCACCATCGA
GTAT
ATA

QA 3 606 3 606
DS 

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GTACATAGTAACCAAATCCTTATGTGGAGTGATTATTCTCTACGACGGCTTGAGGTATCC
ATTTTGGTCTAAGTAGGACACAACAATCTCTGCCATTTCTGAAAGAGATGAAGATGAATT
CTCGTCTCTCTTGTTTTGTATCACGATCTCACAATCCAAAGGTGGTTCATAAGGGTCATC
TATTCCTGTGAAACCTTTGATTTCACCAGCGCGTGCACGCTTGTATAAGCCCTTTGGGTC
TCTAGCTTCACAGACATGGAGTGGCACGTCCATGAACACCTCGATGAAATCTCCTTGCGG
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GATGATTCCAGCATCCGCAAACAATTTGGAGACTTCACCAACTCTTCGGATGTTCTCAGC
TCGATCTTCTGCTTTGAAACTAAGATCGCTGTTTAAACCATGTCGAACGTTGTCACCGTC
GAGTATGTACGAGAGCTTTCCACGGTTGTACAGAGCTCGGCTAACAGAACACGCCAGACT
ACTTTTCCCCGAACCACTTAAGCCAGTAATCCAAATGACACAACCCTTTTGATTAATCAG
TTCTTGTCTGTCGGGTTTAGTGATGGGACAAGCATGCC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3AD69TF 768 0 0
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GGAGTGGCACGTCCATGAACACCTCGATGAAATCTCCTTGCGGTAGCAATGCACGACAAG
CAGCTCGTTCCTTTCGGTAAGGAGAGATGAGACTAGCAATACAGATGATTCCAGCATCCG
CAAACAATTTGGAGACTTCACCAACTCTTCGGATGTTCTCAGCTCGATCTTCTGCTTTGA
AACTAAGATCGCTGTTTAAACCATGTCGAACGTTGTCACCGTCGAGTATGTACGAGAGCT
TTCCACGGTTGTACAGAGCTCGGCTAACAGAACACGCCAGACTACTTTTCCCCGAACCAC
TTAAGCCAGTAATCCAAATGACACAACCCTTTTGATTAATCAGTTCTTGTCTGTCGGGTT
TAGTGATGGGACAAGCATGCCAGACGATGTTTCCGTTGATTTGCTGCGTTTCACTTTGCC
GGGCAGAAATCGACTTGTCTGTCGCCATGATCGGACGGAAGAAGTTCAGCGTCCGTTGAC
TTTTCCCGCGAAACATCAAACCGGCGGGCTCCAAGCTCCGGAAATCAGACAGCGATAACC
TCAGATTCCGCGACTCTCCGAACGCCGCCGGAGAAACATAGCACCTTCCGGGACATCTTG
CCACCGCCGCAACATCCATGAAGCAAAATAATTCGCACGAAGGAAAGAGAAAAGACAGAG
TACGGCAGGCAGGCAACGAGAGAGATTCAACGATTCAATTGAACAGCC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL2695Contig1 1027 2 2 U
GGGATCCTCTTTAGCTGCAACTTCTTTTATTCAAATCTTTCTTCTCAAATCATCATCAAA
CAATGGAATTCTGGGGAGTTGAAGTTCTAGCAGGGAAGTCAGTTAAAGTGAAGCCTGATT
TTGAAACACTCATCCATGTTTCCCAGGCATCACTTGACAAAGGGAAGAAGGGAGAGACCG
CTTTGTTGTATGTGACGGTTGATGGGAAGAAGCTTGTGATGGGAACCCTCTCTCAAGGCA
ACATTCCTCAGATTAGCTTCGATCTCGTCTTTGAGAAAGAGTTTGAGCTTTCCCACAGTT
TGGAGAGCGGGAGTGTCCACTTTATCGGGTACAAATCCCCCAACACGCCCGAAGACGAGG
AGGACTTCTCTGATTCAGAAGAGGAGGAGGAAGCGGCTGCAGTTCCTGCAGCTGTCACTG
TCAAGGCTGACTCGAAACCAAAGGCCAAGCCTGCCGAGGAAGTGAAGCCTGAATCAGACG
ATGATGATGATGATTCTGACGAGGAGGATGATTCTGAAGAGGATGGATCCGACTCTGAGA
AAGGAATGGATGTTGACGAGGATGATTCAGAGGATGAAGATGATTCTGAGGATGAAGATG
ATGAGACCTCTAAGAAGCCTGAGGTGTCCAACAAAAAGAGGCCTAATGAATCTGCTGCTT
CCAAAGCATCTGTTTCAGCAAAGAAGGCAAAACCAGCTACACCACACCCAGCTAAAAAGG
GTGGAAAGAGTCCTGTGAATGCTAACCAGAGCCCTAAATCTGGAGGTCAATCACCCTCCG
GTGGTGGTGCTAACAAGAAGCAATTCAATTCTGGCAAGCAATTTGGTTCTAACAACAAGG
GCAAAGGAAAAGGAAAGGGCAGAGCCTAAGTTTGAAGTGGGAGTTTTGGATGAAAGAAAC
CGGTTTTGTTTTTGTTTTTATTTTTATTTTTGTTGTCTTAAGATTTTTATCTAAATTGCA
ATTTTATAACTATTATGTAATTTCAGTATGAAAAGTGCTGGATTGAGAAAGAATACTTTT
TTGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C280TF U 1
AF RR3C280JQ C 288
BS 1 683 RR3C280TF
BS 684 1027 RR3C280JQ

RD RR3C280TF 683 0 0
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CCAAAGCATCTGTTTCAGCAAAG

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3C280JQ 740 0 0
GCTTC
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TGTCACTGTCAAGGCTGACTCGAAACCAAAGGCCAAGCCTGCCGAGGAAGTGAAGCCTGA
ATCAGACGATGATGATGATGATTCTGACGAGGAGGATGATTCTGAAGAGGATGGATCCGA
CTCTGAGAAAGGAATGGATGTTGACGAGGATGATTCAGAGGATGAAGATGATTCTGAGGA
TGAAGATGATGAGACCTCTAAGAAGCCTGAGGTGTCCAACAAAAAGAGGCCTAATGAATC
TGCTGCTTCCAAAGCATCTGTTTCAGCAAAGAAGGCAAAACCAGCTACACCACACCCAGC
TAAAAAGGGTGGAAAGAGTCCTGTGAATGCTAACCAGAGCCCTAAATCTGGAGGTCAATC
ACCCTCCGGTGGTGGTGCTAACAAGAAGCAATTCAATTCTGGCAAGCAATTTGGTTCTAA
CAACAAGGGCAAAGGAAAAGGAAAGGGCAGAGCCTAAGTTTGAAGTGGGAGTTTTGGATG
AAAGAAACCGGTTTTGTTTTTGTTTTTATTTTTATTTTTGTTGTCTTAAGATTTTTATCT
AAATTGCAATTTTATAACTATTATGTAATTTCAGTATGAAAAGTGCTGGATTGAGAAAGA
ATACTTTTTTGAACC

QA 6 740 6 740
DS 



AS 1 4

CO CL2696Contig1 617 4 24 U
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CTCAATGAACTTAACCAATGTCACCACCAAGAGGGGTGTTGGTAGCAAATAAGAAATCAC
AGGGGAAAATCTGCGAAAACCTCAACACTCAGAGTAAAACCAACAAATAAATAAAATATA
TATATTCTTTCTTCATTTGCTCTGTTTCTTTCAATAATACAAGACGAGACGACGATCACA
AGAAGAACAAGTGTACTTGCGTTTGACCTTGAAACAGAGCGGCAAGAAACAGAACAGCCA
CTTGGTCTCAATATCTACCGCCGCCACTTTTCCGCCGCAATACGGACACACACCCGGTGC
TTGTTGCCGACCAAGCTCTGTTTTCTCCTCGTGATACACAAACTCCAAACACATTATTGC
TTCTTTCTCACTCCAACTCTCAGAGACACCTTTTGTGCTTATATACTGCTTCTGGCTTGT
CTCTGTGTTCTTTTCTGGTACGTTTGCCTGGAAAACTCTAGAAGTGCGAAGAAGAGAAAA
AAGAAAGAAAATTTCCTTTTTTAATTACCAAAAATGGGGAAATATTTGCGTGAAGACGTT
TTCTTTTGTTGCTGTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3GI19TF C 1
AF RR3GI19JQ U 4
AF RR3GB90JQ U 29
AF RR3GB90TF C 29
BS 1 3 RR3GI19TF
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BS 598 617 RR3GI19JQ

RD RR3GI19TF 617 0 0
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CTCAATGAACTTAACCAATGTCACCACCAAGAGGGGTGTTGGTAGCAAATAAGAAATCAC
AGGGGAAAATCTGCGAAAACCTCAACACTCAGAGTAAAACCAACAAATAAATAAAATATA
TATATTCTTTCTTCATTTGCTCTGTTTCTTTCAATAATACAAGACGAGACGACGATCACA
GGAAGAACAGGTGTACTTGCGTTTGACCTTGAAACAGAGTGGCAAGAAACAGAGCAGCCA
CTTGGTCTCAATATCTACCGCCGCCACTTTTCCGCCGCAATACGGACACACACCCGGTGC
TTGTTGCCGACTAAGCTCTGTTTTCTCCTCGTGATACACAAATTCCAAACACATTATTGC
TTCTTTCTCACTCCAACTCTCAGAGACACCTTTTGTGTTTATATACTGCTTCTGGCTTGT
CTCTGTGTTCTTTTCTGGTACGTTTGCCTGGAAAACTCTAGAAGTGCGAAGAAGAGAATA
AAGAAAGAAAATTTCCTTTTTTAATTACCAAAAATGGGGAATTATTTGCGTGAAGATGTT
TTCTTTTGTTGCTGTCC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3GI19JQ 614 0 0
AAAGCTGAAATTCAACTCATGTAATCAACGAAATTATTTACATTATACCCACAAAACCTC
AATGAACTTAACCAATGTCACCACCAAGAGGGGTGTTGGTAGCAAATAAGAAATCACAGG
GGAAAATCTGCGAAAACCTCAACACTCAGAGTAAAACCAACAAATAAATAAAATATATAT
ATTCTTTCTTCATTTGCTCTGTTTCTTTCAATAATACAAGACGAGACGACGATCACAGGA
AGAACAGGTGTACTTGCGTTTGACCTTGAAACAGAGTGGCAAGAAACAGAGCAGCCACTT
GGTCTCAATATCTACCGCCGCCACTTTTCCGCCGCAATACGGACACACACCCGGTGCTTG
TTGCCGACTAAGCTCTGTTTTCTCCTCGTGATACACAAATTCCAAACACATTATTGCTTC
TTTCTCACTCCAACTCTCAGAGACACCTTTTGTGTTTATATACTGCTTCTGGCTTGTCTC
TGTGTTCTTTTCTGGTACGTTTGCCTGGAAAACTCTAGAAGTGCGAAGAAGAGAATAAAG
AAAGAAAATTTCCTTTTTTAATTACCAAAAATGGGGAATTATTTGCGTGAAGATGTTTTC
TTTTGTTGCTGTCC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3GB90JQ 589 0 0
CAACGAAATTATTTACATTAAACCCACAAAACCTCAATGAACTTAACCAATGTCACCACC
AAGAGGGGTGTTGGTAGCAAATAAGAAATTACAGGGGAAAATCTGCGAAAACCTCAACAC
TGAGAGTAAAACCAACAAATAAATAAAATATATAT**TCTTTCTTCATTTGCTCTGTTTC
TTTCAATAATACAAGACGAGACGACGATCACAAGAAGAACAAGTGTACTTGCGTTTGACC
TTGAAACAGAGCGGCAAGAAACAGAACAGCCACTTGGTCTCAATATCTACCGCCGCCACT
TTTCCGCCGCAATACGGACACGCACCCGGTGCTTGTTGCCGACCAAGCTCTGTTTTCTCC
TCGTGATACACAAACTCCAAACACATTATTGCTTCTTTCTCACTCCAACTCTCAGAGACA
CCTTTTGTGCTTATATACTTCTTCTGGCTTGTCTCTGT*TTCTTTTCTGGTACGTTTGCC
TGGAAAACTCTAGAAGTGCGAAGAAGAGAAAAAAGAAAGAAAATTTCCTTTTTTAATTAC
CAAAAATGGGGAAATATTTGCGTGAAGACGTTTTCTTTTGTTGCTGTCC

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3GB90TF 589 0 0
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AAGAGGGGTGTTGGTAGCAAATAAGAAATTACAGGGGAAAATCTGCGAAAACCTCAACAC
TGAGAGTAAAACCAACAAATAAATAAAATATATAT**TCTTTCTTCATTTGCTCTGTTTC
TTTCAATAATACAAGACGAGACGACGATCACAAGAAGAACAAGTGTACTTGCGTTTGACC
TTGAAACAGAGCGGCAAGAAACAGAACAGCCACTTGGTCTCAATATCTACCGCCGCCACT
TTTCCGCCGCAATACGGACACGCACCCGGTGCTTGTTGCCGACCAAGCTCTGTTTTCTCC
TCGTGATACACAAACTCCAAACACATTATTGCTTCTTTCTCACTCCAACTCTCAGAGACA
CCTTTTGTGCTTATATACTTCTTCTGGCTTGTCTCTGT*TTCTTTTCTGGTACGTTTGCC
TGGAAAACTCTAGAAGTGCGAAGAAGAGAAAAAAGAAAGAAAATTTCCTTTTTTAATTAC
CAAAAATGGGGAAATATTTGCGTGAAGACGTTTTCTTTTGTTGCTGTCC

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 4

CO CL2697Contig1 1130 4 3 U
GGGAAATAAAGAAACAAACACGATGAGCAACATAATCCCATCGGAGAAACGATCCATCGT
CACCTTCGTTTTACTTGCCGGTCTTATCGGCAGCGCTCTACTCTTCACAGCCTTCCTACG
ATCAGCCGACGACGCTTTCTTCCTCTGCTCCACCGCAAGCGCCAAAAGCCGAGCGGTGGC
CGCAGCGGCAGATTACTCAGCGACACCGATCCAGCTCCAAGCCATCGTCCACTACGCGAC
CTCCACCATAACCCCACAACAAAACATCCACGAGATCTCAATCTCTTTCAACGTCTTGAA
AGAGCTAGCTCCTGCCAACTTCCTCGTCTTCGGTCTGGGCCTCGACTCCCTCATGTGGGC
TTCTCTTAACCCACGTGGCAAAACCATATTCCTCGAAGAAGATCTCGAGTGGTTTCAGAA
AGTGACCAAAGACTCTCCTTTCCTCCATGCCCATCACGTGCGTTACAGAACGCAGCTACA
AGAAGCCGACAAGCTTCTGCGTTCGTACAAAACCGAACCTAGCTGTTTCCCTGCGAAGGC
GTATCTCAGAGGAAACGAACGTTGTAAGCTCGCTCTCACGGGGCTTCCGGACGAGTTCTA
CGACACGGAGTGGGATCTGATCATGCTCGATGCTCCTAAAGGTTACTTCGCCGAAGCTCC
GGGAAGAATGGCGGCGATTTACTCGGCGGCGGTTATGGCTAGGAACCGGAAGAAACCTGG
AGTCACTCACGTGTTCTTGCACGACGTTGACCGGAGGGTTGAGAAGACTTTCGCGGAGGA
GTTTCTATGCGCAAAATACAGAGTTCATGCCGCCGGGAGGTTATGGCATCTCGCGATTCC
TCCCGTGGCTGCAAACGCTACAATCGACGGTGGCGATTACAGGTTTTGTTAAGGATTGTG
ACACGTCACACAGCTTTTGTCATTTCCACTTTTGCCCCTTTTTTACTTTTCGGATCTTAT
TACATAGCGTTCACTTATTATCTGATTTAGTGCCGACAGTTTTGGATCTCATCTAGTATG
TCGGATCTACTACATCTCGGTGTTGTTTTAGTTTCGTGGACTTTCCTTATCTTGCATAGG
TCATTTTTACGGAATACTTTCGTCATTTATGATAATTTGACACTTATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AN45TF U 1
AF RR3DS82TF U 429
AF RR3DS82JQ C 446
AF RR3AN45JQ C 442
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BS 777 1033 RR3DS82TF
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RD RR3AN45TF 776 0 0
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AGTCACTCACGTGTTCTTGCACGACGTTGACCGGAGGGTTGAGAAGACTTTCGCGG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3DS82TF 605 0 0
G
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CAAGCTTCTGCGTTCGTACAAAACCGAACCTAGCTGTTTCCCTGCGAAGGCGTATCTCAG
AGGAAACGAACGTTGTAAGCTCGCTCTCACGGGGCTTCCGGACGAGTTCTACGACACGGA
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CGCAAAATACAGAGTTCATGCCGCCGGGAGGTTATGGCATCTCGCGATTCCTCCCGTGGC
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ACAGCTTTTGTCATTTCCACTTTTGCCCCTTTTTTACTTTTCGGATCTTATTACATAGCG
TTCACTTATTATCTGATTTAGTGCCGACAGTTTTGGATCTCATCTAGTATGTCGGATCTA
CTAC

QA 2 605 2 605
DS 

RD RR3DS82JQ 588 0 0
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AAGCTCGCTCTCACGGGGCTTCCGGACGAGTTCTACGACACGGAGTGGGATCTGATCATG
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CATGCCGCCGGGAGGTTATGGCATCTCGCGATTCCTCCCGTGGCTGCAAACGCTACAATC
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QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3AN45JQ 689 0 0
CCTC
CATGCCCATCACGTGCGTTACAGAACGCAGCTACAAGAAGCCGACAAGCTTCTGCGTTCG
TACAAAACCGAACCTAGCTGTTTCCCTGCGAAGGCGTATCTCAGAGGAAACGAACGTTGT
AAGCTCGCTCTCACGGGGCTTCCGGACGAGTTCTACGACACGGAGTGGGATCTGATCATG
CTCGATGCTCCTAAAGGTTACTTCGCCGAAGCTCCGGGAAGAATGGCGGCGATTTACTCG
GCGGCGGTTATGGCTAGGAACCGGAAGAAACCTGGAGTCACTCACGTGTTCTTGCACGAC
GTTGACCGGAGGGTTGAGAAGACTTTCGCGGAGGAGTTTCTATGCGCAAAATACAGAGTT
CATGCCGCCGGGAGGTTATGGCATTTCGCGATTCCTCCCGTGGCTGCAAACGCTACAATC
GACGGTGGCGATTACAGGTTTTGTTAAGGATTGTGACACGTCACACAGCTTTTGTCATTT
CCACTTTTGCCCCTTTTTTACTTTTCGGATCTTATTACATAGCGTTCACTTATTATCTGA
TTTAGTGCCGACAGTTTTGGATCTCATCTAGTATGTCGGATCTACTACATCTCGGTGTTG
TTTTAGTTTCGTGGACTTTCCTTATCTTGCATAGGTCATTTTTACGGAATACTTTCGTCA
TTTATGATAATTTGACACTTATACC

QA 5 689 5 689
DS 



AS 1 4

CO CL2698Contig1 986 4 4 U
GGATGGAAACATGGCTACTTCCTCCTCTTCCTCCTTCCTAGTCCCTTGTGCTTCTCCTCC
CTCCTCAGTCCTTCTCCGGCGCTTCTTCCGCCCCTCTTTGCTTTCTTCTAAGAACCTCCA
CCGTCTCCCCCGAGACAGTGGACTCTCAGTCCTGAATAGTTCGAGCAGGACTGAAGTGTC
CGTTGATAAATCAGAAGCGGACAAGCTTGTGGATAAAATTGACTTTGGAGAACTATGCAA
TGAGTTTGAGTGCACAAGTAGCCCCCAGGTCGAATCCACTGCCAGGCAACTTGCTCGCGA
CATTCTTGAAATCAGAGAAGGCAATCGCGCCTTTGCTTGCTACGCTGTCTCTGTTAAATA
TAAGGACTCGGTCAGAAGTTTTACAGGTCGTGAGAAGTATAAAAGACCAATGTGGATCAC
TACTGGGTTAGAGACTCCCACTGTGACGATACAGGAGATGGTGATGTTATCGACCAGCGT
CTTGCGTATTAGATGGACAGTCAAAGGGAAACCCAAATCTATTCTAGCTGCTTTAAGTGG
AGATCTGGTCATCAAAGTCATATCTGAATTCACTCTTAACCAGATCAGTGGCCAAGTGAT
TGAGCATGAAGAGTCTTGGGACTCGTCCTCGTCTTCCCCTATCGCTCAAGCCTATTTCTG
GACATCCCGCCGCCTCTTCGCTGCTTCTGAATCAGCTAAAGACTTGGCCGATGCCACCAA
AGACATAACCGCCAATTTCACAGCTCGGAAAGAGGATACAGAGATATATCGTGATCCAAC
CGATCCAACTAAGTATTTCCAAAGAGACGACAGCTTCGAAAGAGATTTCTATCAGGTTGC
ATTGTTTCTGGCAATTGTCTACTTTGTTGTACAGTTCTTGAGGAACACTCTCTAATTCTC
CCCCTCTCTCTCTCTCATTTCTCTTTTCTCTATAGCATATAGTGTAAGCGTCTATACATT
GTTGTATATGATCTGTATAAAAAAAA


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H595TF U 1
AF RR3A946TF U 4
AF RR3H595JQ C 371
AF RR3GG05JQ C 629
BS 1 625 RR3H595TF
BS 626 746 RR3A946TF
BS 747 978 RR3H595JQ
BS 979 986 RR3GG05JQ

RD RR3H595TF 625 0 0
GGATGGAAACATGGCTACTTCCTCCTCTTCCTCCTTCCTAGTCCCTTGTGCTTCTCCTCC
CTCCTCAGTCCTTCTCCGGCGCTTCTTCCGCCCCTCTTTGCTTTCTTCTAAGAACCTCCA
CCGTCTCCCCCGAGACAGTGGACTCTCAGTCCTGAATAGTTCGAGCAGGACTGAAGTGTC
CGTTGATAAATCAGAAGCGGACAAGCTTGTGGATAAAATTGACTTTGGAGAACTATGCAA
TGAGTTTGAGTGCACAAGTAGCCCCCAGGTCGAATCCACTGCCAGGCAACTTGCTCGCGA
CATTCTTGAAATCAGAGAAGGCAATCGCGCCTTTGCTTGCTACGCTGTCTCTGTTAAATA
TAAGGACTCGGTCAGAAGTTTTACAGGTCGTGAGAAGTATAAAAGACCAATGTGGATCAC
TACTGGGTTAGAGACTCCCACTGTGACGATACAGGAGATGGTGATGTTATCGACCAGCGT
CTTGCGTATTAGATGGACAGTCAAAGGGAAACCCAAATCTATTCTAGCTGCTTTAAGTGG
AGATCTGGTCATCAAAGTCATATCTGAATTCACTCTTAACCAGATCAGTGGCCAAGTGAT
TGAGCATGAAGAGTCTTGGGACTCG

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3A946TF 743 0 0
G
GGAAACATGGCTACTTCCTCCTCTTCCTCCTTCCTAGTCCCTTGTGCTTCTCCTCCCTCC
TCAGTCCTTCTCCGGCGCTTCTTCCGCCCCTCTTTGCTTTCTTCTAAGAACCTCCACCGT
CTCCCCCGAGACAGTGGACTCTCAGTCCTGAATAGTTCGAGCAGGACTGAAGTGTCCGTT
GATAAATCAGAAGCGGACAAGCTTGTGGATAAAATTGACTTTGGAGAACTATGCAATGAG
TTTGAGTGCACAAGTAGCCCCCAGGTCGAATCCACTGCCAGGCAACTTGCTCGCGACATT
CTTGAAATCAGAGAAGGCAATCGCGCCTTTGCTTGCTACGCTGTCTCTGTTAAATATAAG
GACTCGGTCAGAAGTTTTACAGGTCGTGAGAAGTATAAAAGACCAATGTGGATCACTACT
GGGTTAGAGACTCCCACTGTGACGATACAGTAGATGGTGATGTTATCGACCAGCGTCTTG
CGTATTAGATGGACAGTCAAAGGGAAACCCAAATCTATTCTAGCTGCTTTAAGTGGAGAT
CTGGTCATCAAAGTCATATCTGAACTCACTCTTAACCAGATCAGTGGCCAAGTGATTGAG
CATGAAGAGTCTTGGGACTCGTCCTCGTCTTCCCCTATCGCTCAAGCCTATTTCTGGACA
TCCCGCCGCCTCTTCGCTGCTTCTGAATCAGCTAAAGACTTGGCCGATGCCACCAAAGAC
ATAACCGCCAATTTCACAGCTC

QA 2 743 2 743
DS 

RD RR3H595JQ 608 0 0
GTCAGAAGTTTTACAGGTCGTGAGAAGTATAAAAGACCAATGTGGATCACTACTGGGTTA
GAGACTCCCACTGTGACGATACAGGAGATGGTGATGTTATCGACCAGCGTCTTGCGTATT
AGATGGACAGTCAAAGGGAAACCCAAATCTATTCTAGCTGCTTTAAGTGGAGATCTGGTC
ATCAAAGTCATATCTGAATTCACTCTTAACCAGATCAGTGGCCAAGTGATTGAGCATGAA
GAGTCTTGGGACTCGTCCTCGTCTTCCCCTATCGCTCAAGCCTATTTCTGGACATCCCGC
CGCCTCTTCGCTGCTTCTGAATCAGCTAAAGACTTGGCCGATGCCACCAAAGACATAACC
GCCAATTTCACAGCTCGGAAAGAGGATACAGAGATATATCGTGATCCAACCGATCCAACT
AAGTATTTCCAAAGAGACGACAGCTTCGAAAGAGATTTCTATCAGGTTGCATTGTTTCTG
GCAATTGTCTACTTTGTTGTACAGTTCTTGAGGAACACTCTCTAATTCTCCCCCTCTCTC
TCTCTCATTTCTCTTTTCTCTATAGCATATAGTGTAAGCGTCTATACATTGTTGTATATG
ATCTGTAT

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3GG05JQ 358 0 0
TCGTCTTCCCCTATCGCTCAAGCCTATTTCTGGACATCCCGCCGCCTTTTCGCTGCTTCT
GAATCAGCTAAAGACTTGGCCGATGCCACCAAAGACATAACCGCCAATTTCACAGCTCGG
AAAGAGGATACAGAGATATATCGTGATCCAACCGATCCAACTAAGTATTTCCAAAGAGAC
GACAGCTTCGAAAGAGATTTCTATCAGGTTGCATTGTTTCTGGCAATTGTCTACTTTGTT
GTACAGTTCTTGAGGAACACTCTCTAATTCTCCCCCTCTCTCTCTC**ATTTCTCTTTTC
TCTATAGCATATAGTGTAAGCGTCTATACATTGTTGTATATGATCTGTATAAAAAAAA

QA 1 358 1 358
DS 



AS 1 3

CO CL2699Contig1 404 3 6 U
GAGGAACATATTTTTTTTCATAGGGGAAATGTAAGCAACCGAGAAACAAGAAAATTAAGT
GATAAGAAGTAGCTCTTATAAATATAAAATCTGGTAACATAGTCTTGCAGAAATGTAAAA
ATGTCATAACAAAAATCCAGAAAACTTGAGGAAATTCTAAATCCAACAGAAGATAACAAG
TCTTGATCTTTCACTTAGAATCCGAGCTTGGTTCTGCGCCAGTGCCTGCGCTTGGCATTG
TACCTGATAGTGTTGTCGGTACGAAGACGAATCCAGTGAGGAATGGGCCTGTTCTGCCTC
ATCTTCTTGGCCAGCTTCTTCTTGATCATAAACGACTTGTGCGACGGCATCTTGACGTCG
TGCGATGTGCTGCAGTGGGGAGGGGAGCGAAGATGTGCTAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3CM10JQ U 1
AF RR3C968JQ U 98
AF RR3C968TF C 143
BS 1 240 RR3CM10JQ
BS 241 241 RR3C968JQ
BS 242 294 RR3CM10JQ
BS 295 295 RR3C968JQ
BS 296 345 RR3CM10JQ
BS 346 404 RR3C968JQ

RD RR3CM10JQ 346 0 0
GAGGAACATATTTTTTTTCATAGGGGAAATGTAAGCAACCGAGAAACAAGAAAATTAAGT
GATAAGAAGTAGCTCTTATAAATATAAAATCTGGTAACATAGTCTTGCAGAAATGTAAAA
ATGTCATAACAAAAATCCAGAAAACTTGAGGAAATTCTAAATCCAACAGAAGATAACAAG
TCTTGATCTTTCACTTAGAATCCGAGCTTGGTTCTGCGCCAGTGCCTGCGCTTGGCATTG
CACCTGATAGTGTTGTCGGTACGAAGACGAATCCAGTGAGGAATGGGCCTGTTCCGCCTC
ATCTTCTTGGCCAGCTTCTTCTTGATCATAAACGACTTGTGCGAC
C

QA 1 345 1 345
DS 

RD RR3C968JQ 307 0 0
CATAGTCTTGCAGAAATGTAAAAATGTCATAACAAAAATCCAGAAAACTTGAGGAAATTC
TAAATCCAACAGAAGATAACAAGTCTTGATCTTTCACTTAGAATCCGAGCTTGGTTCTGC
GCCAGTGCCTGCGCTTGGCATTGTACCTGATAGTGTTGTCGGTACGAAGACGAATCCAGT
GAGGAATGGGCCTGTTCTGCCTCATCTTCTTGGCCAGCTTCTTCTTGATCATAAACGACT
TGTGCGACGGCATCTTGACGTCGTGCGATGTGCTGCAGTGGGGAGGGGAGCGAAGATGTG
CTAGCCC

QA 1 307 1 307
DS 

RD RR3C968TF 262 0 0
AACTTGAGGAAATTCTAAATCCAACAGAAGATAACAAGTCTTGATCTTTCACTTAGAATC
CGAGCTTGGTTCTGCGCCAGTGCCTGCGCTTGGCATTGTACCTGATAGTGTTGTCGGTAC
GAAGACGAATCCAGTGAGGAATGGGCCTGTTCTGCCTCATCTTCTTGGCCAGCTTCTTCT
TGATCATAAACGACTTGTGCGACGGCATCTTGACGTCGTGCGATGTGCTGCAGTGGGGAG
GGGAGCGAAGATGTGCTAG
CCC

QA 1 259 1 259
DS 



AS 1 4

CO CL2700Contig1 483 4 8 U
GGCATCGTAGAGTGAAACAAGCTGCATCCTCCATTTAGGGTTTTCACCAAGTCGTCTTCT
TCGCATTTCCGGAAGCAATCATGGTTCTCCAAAATGACATCGACCTCCTCAACCCTCCAG
CTGAGCTGGAGAAGAGAAAGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTGCAATCTCCCAACTCTTTCT
TCATGGACGTCAAGTGCCAGGGATGCTTCAACATAACAACTGTGTTCAGCCACTCTCAAA
CAGTTGTAGTATGTGGAAGCTGTCAGACCATTCTGTGCCAGCCCACCGGTGGTAAAGCAT
GGCTCACTGAGGGTTGCTCTTTCAGGAAAAAGTGAAATCATCATCTTTTCAAATATGTTG
CTGTGATGTTCAGTTTGGTTTTTCTAGTTATTGTTATTGTCTTGTGACGTTTCTTATGTT
TCTTATGAAAAGATTTTGAAGACATGAAAACTAGTTGAGTTATTAATCCTATGCTTTATT
TTT


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3GQ52TF U 1
AF RR3CB12JQ C 2
AF RR3CB12TF U 2
AF RR3DK24TF U 3
BS 1 258 RR3GQ52TF
BS 259 259 RR3CB12TF
BS 260 268 RR3GQ52TF
BS 269 270 RR3CB12TF
BS 271 299 RR3GQ52TF
BS 300 300 RR3CB12TF
BS 301 461 RR3GQ52TF
BS 462 483 RR3DK24TF

RD RR3GQ52TF 461 0 0
GGCATCGTAGAGTGAAACAAGCTGCATCCTCCATTTAGGGTTTTCACCAAGTCGTCTTCT
TCGCATTTCCGGAAGCAATCATGGTTCTCCAAAATGACATCGACCTCCTCAACCCTCCAG
CTGAGCTGGAGAAGAGAAAGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTGCAATCTCCCAACTCTTTCT
TCATGGACGTCAAGTGCCAGGGATGCTTCAACATAACAACTGTGTTCAGCCACTCTCAAA
CAGTTGTAGTATGTGGAAACTGTCAGACTGTTCTGTGCCAGCCCACCGGTGGTAAAGCAA
GGCTCACTGAGGGTTGCTCTTTCAGGAAAAAGTGAAATCATCATCTTTTCAAATATGTTG
CTGTGATGTTCAGTTTGGTTTTTCTAGTTATTGTTATTGTCTTGTGACGTTTCTTATGTT
TCTTATGAAAAGATTTTGAAGACATGAAAACTAGTTGAGTT

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR3CB12JQ 463 0 0
GG
ATCGTAGAGTGAAACAAGCTGCATCCTCCATTTAGGGTTTTCACCAAGTCGTCTTCTTCG
CATTTCCGGAAGCAATCATGGTTCTCCAAAATGACATCGACCTCCTCAACCCTCCAGCTG
AGCTGGAGAAGAGAAAGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTGCAATCTCCCAACTCTTTCTTCA
TGGACGTCAAGTGCCAGGGATGCTTCAACATAACAACTGTGTTCAGCCACTCTCAAACAG
TTGTAGTATGTGGAAGCTGTCAGACCATTCTGTGCCAGCCCACCGGTGGTAAAGCATGGC
TCACTGAGGGTTGCTCTTTCAGGAAAAAGTGAAATCATCATCTTTTCAAATATGTTGCTG
TGATGTTCAGTTTGGTTTTTCTAGTTATTGTTATTGTCTTGTGACGTTTCTTATGTTTCT
TATGAAAAGATTTTGAAGACATGAAAACTAGTTGAGTT
ATT

QA 3 460 3 460
DS 

RD RR3CB12TF 463 0 0
GG
ATCGTAGAGTGAAACAAGCTGCATCCTCCATTTAGGGTTTTCACCAAGTCGTCTTCTTCG
CATTTCCGGAAGCAATCATGGTTCTCCAAAATGACATCGACCTCCTCAACCCTCCAGCTG
AGCTGGAGAAGAGAAAGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTGCAATCTCCCAACTCTTTCTTCA
TGGACGTCAAGTGCCAGGGATGCTTCAACATAACAACTGTGTTCAGCCACTCTCAAACAG
TTGTAGTATGTGGAAGCTGTCAGACCATTCTGTGCCAGCCCACCGGTGGTAAAGCATGGC
TCACTGAGGGTTGCTCTTTCAGGAAAAAGTGAAATCATCATCTTTTCAAATATGTTGCTG
TGATGTTCAGTTTGGTTTTTCTAGTTATTGTTATTGTCTTGTGACGTTTCTTATGTTTCT
TATGAAAAGATTTTGAAGACATGAAAACTAGTTGAGTT
ATT

QA 3 460 3 460
DS 

RD RR3DK24TF 481 0 0
G
ATCGTAGAGTGAAACAAGCTGCATCCTCCATTTAGGGTTTTCACCAAGTCGTCTTCTTCA
CATTTCCGGAAGCAATCATGGTTCTCCGAAATGACATCGACCTCCTCAACCCTCCAGCTG
AGCTGGAGAAGAGAAAGCACAAGCTCAAGCGTCTTGTGCAATCTCCCAACTCTTTCTTCA
TGGACGTCAAGTGCCAGGGATGCTTCAACATAACAACTGTGTTCAGCCACTCTCAAACAG
TTGTAGTATGTGGAAACTGTCAGACTGTTCTGTGCCAGCCTACCGGTGGTAAAGCAAGGC
TCACTGAGGGTTGCTCTTTCAGGAAAA*GTGAAATCATCATCTTTTCAAATATGTTGCTG
TGATGTTCAGTTTGGTTTTTCTAGTTATTGTTATTGTCTTGTGACGTTTCTTATGTTTCT
TATGAAAAGATTTTGAAGACATGAAAACTAGTTGAGTTATTAATCCTATGCTTTATTTTT

QA 2 481 2 481
DS 



AS 1 4

CO CL2701Contig1 1373 4 8 U
GGAACGAAGTCGGAGTTTCGCCATTGAAATCGACGGAGAAAGAGGCGGGTGATTACTAGA
TAGATAGAAAGAGAGAGAAAGAGAAGAAGAGAGTAATGGATTTGGATCAATGGATTTCGA
AGGTTAAGGACGGTCAGCATCTCTCCGAGGAAGAGCTTCAGCTTCTCTGCGAATACGTGA
AAGAAATTCTGATTGAGGAGTCAAACGTGCAGCCTGTCAACAGTCCAGTCACCGTCTGTG
GTGATATCCATGGCCAGTTTCATGATCTAATGAAGCTTTTTCAGACCGGAGGTCATGTTC
CCCACACCAATTACATTTTTATGGGGGACTTTGTGGATAGAGGTTACAACAGCCTTGAAG
TCTTCACTATTCTTCTGCTTCTTAAAGCTAGACATCCAGCCAATATTACACTTCTGCGTG
GAAATCATGAAAGTAGGCAGCTAACGCAGGTATATGGTTTCTATGACGAGTGCCAAAGGA
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ATAGTTTTGACGTGATGATGGTGATGAGGAAGCGATTGCTATCATTGGCAATATGGTCAG
GTCTCAAAAAGGTTATTATGTAGATATAATACTTATCTACTGATGGGTTTCACTTATTAT
TGTACTTGCATTATTTTTGTCCTTCTAGGTAAACATTTTCCTTGTGAAATTCAACAATTC
AAGACTTTATAATTTTAAGTCTATTTTTTTCTTTTTTTTTTGTTTTCCCCGATTGTTTCT
TCTGTATTGTTTTACTTACACAGTTGCACTGTTTCCTCCTTTAGTTGTTGTTGTTGTTGT
TGTTGTTGTTGTGAAGATGACATTACTTCTAAAAATAATTTAGAATCTTTACG


BQ
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AF RR3GB73TF U 1
AF RR3E870TF U 404
AF RR3GB73JQ C 462
AF RR3E870JQ C 863
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RD RR3GB73TF 636 0 0
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CAATTGATCAGATAAGACTGGTCGATAGAAATTGTG

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DS 

RD RR3E870TF 687 0 0
G
ATTACACTTCTGCGTGGAAATCATGAAAGTAGGCAGCTAACGCAGGTATATGGTTTCTAT
GACGAGTGCCAAAGGAAATATGGTAACGCTAATGCGTGGCGATATTGCACAGATGTTTTT
GACTATCTTACCCTATCAGCTATTATAGATGGCACCGTTCTATGTGTTCATGGTGGCCTT
TCCCCAGATGTCCGGACAATTGATCAGATAAGACTGGTCGATAGAAATTGTGAAATTCCC
CATGAAGGGCCCTTTTGCGATCTTATGTGGAGCGATCCCGAAGATATTGAAACATGGGCT
GTTAGTCCACGTGGAGCTGGCTGGCTTTTCGGATCCAGGGTTACTACTGAGTTCAATCAC
ATCAACAAACTTGAGCTAGTGTGCCGTGCTCACCAACTGGTACAAGAAGGTCTTAAGTAC
ATGTTCCAAGATAAAGGTCTTGTAACTGTATGGTCTGCGCCTAATTACTGCTACCGCTGT
GGCAATGTCGCTTCTATATTGAGTTTCGATGAGAACATGGAAAGGGATGTGAAGTACTTC
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TGATGAAACGACGATTATAGTTTTGACGTGATGATGGTGATGAGGA*GCGATTGCTATCA
TTGGCAATATGGTCAG*TCTCAAAAA

QA 2 687 2 687
DS 

RD RR3GB73JQ 772 0 0
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TTTGACTATCTTACCCTATCAGCTATTATAGATGGCACCGTTCTATGTGTTCATGGTGGC
CTTTCCCCAGATGTCCGGACAATTGATCAGATAAGACTGGTCGATAGAAATTGTGAAATT
CCCCATGAAGGGCCCTTTTGCGATCTTATGTGGAGCGATCCCGAAGATATTGAAACATGG
GCTGTTAGTCCACGTGGGGCTGGCTGGCTTTTCGGATCCAGGGTTACTACTGAGTTCAAT
CACATCAACAAACTTGAGCTAGTGTGCCGTGCTCACCAACTGGTACAAGAAGGTCTTAAG
TACATGTTCCAAGATAAAGGTCTTGTAACTGTATGGTCTGCGCCTAATTACTGCTACCGC
TGTGGCAATGTCGCTTCTATATTGAGTTTCGATGAGAACATGGAAAGGGATGTGAAGTAC
TTCAACGAGACAGAAGAGAACAATCAAATGAGAGGGCCAAGGACTGGAGTTCCGTATTTC
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TCATTGGCAATATGGTCAGGTCTCAAAAAGGTTATTATGTAGATATAATACTTATCTACT
GATGGGTTTCACTTATTATTGTACTTGCATTATTTTTGTCCTTCTAGGTAAACATTTTCC
TTGTGAAATTCAACAATTCAAGACTTTATAATTTTAAGTCTATTTTTTTCTT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3E870JQ 511 0 0
GCCTAATTACTGCTACCGCTGTGGCAATGTCGCTTCTATATTGAGTTTCGATGAGAACAT
GGAAAGGGATGTGAAGTACTTCAACGAGACAGAAGAGAACAATCAAATGAGAGGGCCAAG
GACCGGAGTTCCGTATTTCCTGTGATGAAACGACGATTATAGTTTTGACGTGATGATGGT
GATGAGGAAGCGATTGCTATCATTGGCAATATGGTCAGGTCTCAAAAAGGTTATTATGTA
GATATAATACTTATCTACTGATGGGTTTCACTTATTATTGTACTTGCATTATTTTTGTCC
TTCTAGGTAAACATTTTCCTTGTGAAATTCAACAATTCAAGACTTTATAATTTTAAGTCT
ATTTTTTTCTTTTTTTTTTGTTTTCCCCGATTGTTTCTTCTGTATTGTTTTACTTACACA
GTTGCACTGTTTCCTCCTTTAGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTGAAGATGACA
TTACTTCTAAAAATAATTTAGAATCTTTACG

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 4

CO CL2702Contig1 626 4 2 U
AACCTAACTTACGGTCTGGTAATGATTTAAAATATGATGATGAGTAGTTAAGTACATATC
TTTTATTTCAAATAGTGAAATAGACAAACTGATCGTGTTGTAAAATATTTAACATGAAAC
CTGAAGGATTGATACATACATATATAATATATATACTAGTTAAGTGGTTGAATCATTATG
CCTTTGTGGTGTCCTTAGTCTCTCCTTCGTTTCCTTTTTCCTTCACATAATCCAAAACTT
TCTGAGCTTCATCCAATGCAGTGTCTTTGGCTTCAACGTTCTTCTCAGCAACGTAGTCTT
TTGCTTTCTCGCCATCTTTCAACGCCTCCTTTGTCTTCTCTGTGACATAATCCGAAGCTC
TCTTTGTGGCCTCGTTGAGGTCATCAAGAATGTTCCCGTCACCTTTATCGGCGTAGATCA
ACGACTTCTTGCGCTGAGCGACGACGACGAGCTCAGTTTTCCGGCCAAAACCGACGGCTC
CAACGCCGCTCTGCTTGGCTGCTCCGCTGGGGAAAGAAGAACAAATCCCACTGAGAACAG
CTCCGGAGAATGACATCGCCATGAAGAGAGCAAAAGAAATCAAAGAAGGAGTTTAAAGAG
GAACAAGACTGAGATGATGAGTATCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CW68JQ U 1
AF RR3CW68TF C 1
AF RR3B005JQ U 43
AF RR3B005TF C 43
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BS 616 626 RR3B005JQ

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CC

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RD RR3CW68TF 617 0 0
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CCTTTGTGGTGTCCTTAGTCTCTCCTTCGTTTCCTTTTTCCTTCACATAATCCAAAACTT
TCTGAGCTTCATCCAATGCAGTGTCTTTGGCTTCAACGTTCTTCTCAGCAACGTAGTCTT
TTGCTTTCTCGCCATCTTTCAACGCCTCCTTTGTCTTCTCTGTGACATAATCCGAAGCTC
TCTTTGTGGCCTCGTTGAGGTCATCAAGAATGTTCCCGTCACCTTTATCGGCGTAGATCA
ACGACTTCTTGCGCTGAGCGACGACGACGAGCTCAGTTTTCCGGCCAAAACCGACGGCTC
CAACGCCGCTCTGCTTGGCTGCTCCGCTGGGGAAAGAAGAACAAATCCCACTGAGAACAG
CTCCGGAGAATGACATCGCCATGAAGAGAGCAAAAGAAATCAAAGAAGGAGTTTAAAGAG
GAACAAGACTGAGAT
CC

QA 1 615 1 615
DS 

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TCTCAGCAACGTAGTCTTTTGCTTTCTCGCCATCTTTCAACGCCTCCTTTGTCTTCTCTG
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QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3B005TF 584 0 0
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AAATATTTAACATGAAACCTGAAGGATTGATACATACATATATAATATATATACTAGTTA
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TCACATAATCCAAAACTTTCTGAGCTTCATCCAATGCAGTGTCTTTGGCTTCAACGTTCT
TCTCAGCAACGTAGTCTTTTGCTTTCTCGCCATCTTTCAACGCCTCCTTTGTCTTCTCTG
TGGCATAATCCGAAGCTCTCTTTGTGGCCTCGTTGAGGTCATCAAGAATGTTCCCGTCAC
CTTTATCGGCGTAGATCAACGACTTCTTGCGCTGAGCGACGACGACGAGCTCAGTTTTCC
GGCCAAAACCGACGGCTCCAACGCCGCTCTGCTTGGCTGCTCCGCTGGGGAAAGAAGAAC
AAATCCCACTGAGAACAGCTCCGGAGAATGACATCGCCATGAAGAGAGCAAAAGAAATCA
AAGAAGGAGTTTAAAGAGGAACAAGACTGAGATGATGAGTATCC

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 4

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CTGGAGTTTCTGCGGCGGCTACGGCAACTTTGACAGCTGTGATGAGCAGCCCGGCTATGG
CTTTGGTGGATGACAGGATGTCAACGGAGGGAACCGGCTTGCCCTTTGGGCTGAGCAACA
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ACACTTCATCTCTCGACGAGGATGAAGAGTCTGGTCTTTCACTCTGAACATGAACTCTAG
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CTGGTTTCTTGTAATTTTAAGTAAACACCCAAAAAACTATTTTCATGTGTACATCCGAAG
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BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CE39JQ C 1
AF RR3CE39TF U 1
AF RR3EG39TF U 1
AF RR3AD73JQ C 2
BS 1 1 RR3CE39JQ
BS 2 450 RR3CE39TF
BS 451 452 RR3EG39TF
BS 453 511 RR3CE39TF
BS 512 513 RR3EG39TF
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BS 635 638 RR3EG39TF
BS 639 652 RR3AD73JQ

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DS 

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G
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DS 

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G
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CAAAA

QA 2 638 2 638
DS 

RD RR3AD73JQ 651 0 0
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QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 4

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3B317JQ C 211
AF RR3B317TF U 1
AF RR3AY57JQ C 69
AF RR3AY57TF U 69
BS 1 81 RR3B317TF
BS 82 82 RR3AY57TF
BS 83 679 RR3B317TF
BS 680 680 RR3AY57JQ

RD RR3B317JQ 208 0 0
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TTCCTGACATTGACAAGAAGAAGTATTTTGTGCCAGCTGATTTAACCGCTGGACAATTTG
TGTACGTTGTGCGCAAAAGAATTAAGCTCGGAGCCGAGAAAGCAATTTTTGTTTTTGTCA
AGAACACGTTACCCCCAACTGCTGCATT

QA 1 208 1 208
DS 

RD RR3B317TF 679 0 0
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ATTTTTTCTCAGGCTTTGATCACCGAACCCTAGTTTCTCTCGATCATCGAATCGCTTCTT
CTTCTTTAGATACTGATCGAATCGACATGGCCAAAAACTCCTTCAAGCTTTCTAATCCTC
TGGAGGTGAGAATGGCTGAATCTACTCGTATCAGAGACAAGTACCAAGACAGAGTTCCTG
TGATTGTGGAGAAAGCTGCACAAAGTGATGTTCCTGACATTGACAAGAAGAAGTATCTTG
TGCCAGCTGATCTAACCGCTGGACAATTTGTGTACGTTGTGCGCAAAAGAATTAAGCTCG
GAGCCGAGAAAGCAATCTTTGTCTTTGTCAAGAACACGTTACCCCCAACTGCTGCATTGA
TGTCTGCAATCTATGAAGAACACAAAGACGAAGATGGGTTTCTCTACATGACATACAGTG
GAGAGAACACGTTTGGATCTTCCTGCTAATATGCTCTGATTTGATAGTTTGATTGTATAT
TCGTTTTCCCCTTTAGCTTCTTTTCTTCTGATTGGTCGACCTTAATAATGTCTTTGACTT
TGTGGTTTTATCTTCGGAGAACTCTCTTTCTCAATGGATTTGAAAAAATATATCTTCAGT
TAATTTGAGACTCTGTTTA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3AY57JQ 612 0 0
GG
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TACTGATCGAATCGACATGGCCAAAAACTCCTTCAAGCTTTCTAATCCTCTGGAGGTGAG
AATGGCTGAATCTACTCGTATCAGAGACAAGTACCAAGACAGAGTTCCTGTGATTGTGGA
GAAAGCTGCACAAAGTGATGTTCCTGACATTGACAAGAAGAGGTATCTTGTGCCAGCTGA
TCTAACCGCTGGACAATTTGTGTACGTTGTGCGCAAAAGAATTAAGCTCGGAGCCGAGAA
AGCAATCTTTGTCTTTGTCAAGAACACGTTACCCCCAACTGCTGCATTGATGTCTGCAAT
CTATGAAGAACACAAAGACGAAGATGGGTTTCTCTACATGACATACAGTGGAGAGAACAC
GTTTGGATCTTCCTGCTAATATGCTCTGATTTGATAGTTTGATTGTATATTCGTTTTCCC
CTTTAGCTTCTTTTCTTCTGATTGGTCGACCTTAATAATGTCTTTGACTTTGTGGTTTTA
TCTTCGGAGAACTCTCTTTCTCAATGGATTTGAAAAAATATATCTTCAGTTAATTTGAGA
CTCTGTTTAC

QA 3 612 3 612
DS 

RD RR3AY57TF 612 0 0
GG
AGGCTTTGATCGCCGAACCCTAGTTTCTCTCGATCATCGAATCGCTTCTTCTTCTTTAGA
TACTGATCGAATCGACATGGCCAAAAACTCCTTCAAGCTTTCTAATCCTCTGGAGGTGAG
AATGGCTGAATCTACTCGTATCAGAGACAAGTACCAAGACAGAGTTCCTGTGATTGTGGA
GAAAGCTGCACAAAGTGATGTTCCTGACATTGACAAGAAGAGGTATCTTGTGCCAGCTGA
TCTAACCGCTGGACAATTTGTGTACGTTGTGCGCAAAAGAATTAAGCTCGGAGCCGAGAA
AGCAATCTTTGTCTTTGTCAAGAACACGTTACCCCCAACTGCTGCATTGATGTCTGCAAT
CTATGAAGAACACAAAGACGAAGATGGGTTTCTCTACATGACATACAGTGGAGAGAACAC
GTTTGGATCTTCCTGCTAATATGCTCTGATTTGATAGTTTGATTGTATATTCGTTTTCCC
CTTTAGCTTCTTTTCTTCTGATTGGTCGACCTTAATAATGTCTTTGACTTTGTGGTTTTA
TCTTCGGAGAACTCTCTTTCTCAATGGATTTGAAAAAATATATCTTCAGTTAATTTGAGA
CTCTGTTTA
C

QA 3 611 3 611
DS 



AS 2 4

CO CL2705Contig1 1058 2 2 U
GCAGCTCAGCTCTTTCCTCAACCAGTCGCCAAATCAGATTCCTCAGACCATTGGTGTGGC
GATACCGATGAAAGCAACCTTCTTTATCACATATATAATGGTTGATGGGTGGGCAGGAAT
TGCAGGAGAGATTCTCATGTTGAAACCTCTCATCATATACCATCTCAAAAACGCTTTCTT
GGTGAAAACAGAGAAAGACAGAGAGGAAGCAATGGACCCCGGAAGCATCGGTTTCAACAC
GGGAGAGCCTCAGATACAGCTTTACTTCCTTCTCGGTCTTGTCTACGCTCCTGTGACACC
AATGCTTCTTCCTTTCATCTTAGTCTTCTTTGCACTTGCTTACATTGTGTACCGTCATCA
GATCATAAATGTGTATAATCAAGAGTATGAGAGCGCTGCTGCGTTTTGGCCAGATGTTCA
TGGGCGTATTATAGCGGCATTGATCATATCTCAGTTGCTTCTGATGGGTTTGTTGGTCAC
AAAGCGTGCTGCTATGGCTGCACCCTTTATCATCGCTCTTCCAGTCATCACCATCGGTTT
CCATCGCTTCTGTAAAGGCCGTTATGAGCCCGCCTTTGTCCGTTACCCCTTGCAGGAGGC
TATGATGAAAGATACGTTGGAGAGAGCAAAAGAACCGAACCTGAACCTGAAAGGCTACCT
GCAAGAAGCTTATGTTCATCCCGTTTTCAAAGGATGTGATGGTGATGATGATGATGACGA
CAGTGTGCTTGGGAAGTTGGAGAGTGAAGTCATCATAGTGCCAACGAAGCGCCAGTCCCG
GAGGAACACTCCGGCTCCAAGCATGATCAGCGGCGAGTCTTCACCGTCTTTGGCCGTTAT
TAGCGGTAAAGAAGTCTAGTCACGGATTGTTTGTATAAACATCACATGCATACCAAAATT
GTATGAAGATAATGTCACATATGTAGTACATATAATCCTACTTTTATATGTACATAGAGA
ACGTTTGGTCATTGCTTGATATAGGTTTGTGTTTGCTGAGACGTTGATGTGTTTTCATGT
TTTATAATCAAAATTTCGATGGCTTTTTTTTTCAGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV27TF U 1
AF RR3AV27JQ C 225
BS 1 734 RR3AV27TF
BS 735 1058 RR3AV27JQ

RD RR3AV27TF 734 0 0
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GATACCGATGAAAGCAACCTTCTTTATCACATATATAATGGTTGATGGGTGGGCAGGAAT
TGCAGGAGAGATTCTCATGTTGAAACCTCTCATCATATACCATCTCAAAAACGCTTTCTT
GGTGAAAACAGAGAAAGACAGAGAGGAAGCAATGGACCCCGGAAGCATCGGTTTCAACAC
GGGAGAGCCTCAGATACAGCTTTACTTCCTTCTCGGTCTTGTCTACGCTCCTGTGACACC
AATGCTTCTTCCTTTCATCTTAGTCTTCTTTGCACTTGCTTACATTGTGTACCGTCATCA
GATCATAAATGTGTATAATCAAGAGTATGAGAGCGCTGCTGCGTTTTGGCCAGATGTTCA
TGGGCGTATTATAGCGGCATTGATCATATCTCAGTTGCTTCTGATGGGTTTGTTGGTCAC
AAAGCGTGCTGCTATGGCTGCACCCTTTATCATCGCTCTTCCAGTCATCACCATCGGTTT
CCATCGCTTCTGTAAAGGCCGTTATGAGCCCGCCTTTGTCCGTTACCCCTTGCAGGAGGC
TATGATGAAAGATACGTTGGAGAGAGCAAAAGAACCGAACCTGAACCTGAAAGGCTACCT
GCAAGAAGCTTATGTTCATCCCGTTTTCAAAGGATGTGATGGTGATGATGATGATGACGA
CAGTGTGCTTGGGA

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3AV27JQ 834 0 0
GCATCGGTTTCAACACGGGAGAGC*TCAGATACAGCTTTACTTCTTTCTCGGTCTTGTCT
ACGCTCCTGTGACACCAATGCTTCTTCCTTTCATCTTAGTCTTCTTTGCACTTGCTTACA
TTGTGTACCGTCATCAGATCATAAATGTGTATAATCAAGAGTATGAGAGCGCTGCTGCGT
TTTGGCCAGATGTTCATGGGCGTATTATAGCGGCATTGATCATATCTCAGTTGCTTCTGA
TGGGTTTGTTGGTCACAAAGCGTGCTGCTATGGCTGCACCCTTTATCATCGCTCTTCCAG
TCATCACCATCGGTTTCCATCGCTTCTGTAAAGGCCGTTATGAGCCCGCCTTTGTCCGTT
ACCCCTTGCAGGAGGCTATGATGAAAGATACGTTGGAGAGAGCAAAAGAACCGAACCTGA
ACCTGAAAGGCTACCTGCAAGAAGCTTATGTTCATCCCGTTTTCAAAGGATGTGATGGTG
ATGATGATGATGACGACAGTGTGCTTGGGAAGTTGGAGAGTGAAGTCATCATAGTGCCAA
CGAAGCGCCAGTCCCGGAGGAACACTCCGGCTCCAAGCATGATCAGCGGCGAGTCTTCAC
CGTCTTTGGCCGTTATTAGCGGTAAAGAAGTCTAGTCACGGATTGTTTGTATAAACATCA
CATGCATACCAAAATTGTATGAAGATAATGTCACATATGTAGTACATATAATCCTACTTT
TATATGTACATAGAGAACGTTTGGTCATTGCTTGATATAGGTTTGTGTTTGCTGAGACGT
TGATGTGTTTTCATGTTTTATAATCAAAATTTCGATGGCTTTTTTTTTCAGAAT

QA 1 834 1 834
DS 



CO CL2705Contig2 1033 2 2 U
GCCTCAACCAGTCGCCAAATCAGATTCCTCAGACCATTGGTGTGGCGATACCGATGAAAG
CAACCTTCTTTATCACATATATAATGGTTGATGGGTGGGCAGGGATTGCAGGAGAGATTC
TCATGTTGAAACCTCTCATCACATACCATCTCAAAAACGCTTTCTTGGTGAAAACAGAGA
AAGACAGAGAGGAAGCAATGGGCCCTGGAAGCATCGGTTTCAACACAGGAGAGCCTCAGA
TACAGCTTTACTTCCTTCTCGGTCTTGTCTACGCTCCTGTGACACCAATGCTTCTTCCTT
TCATCTTAGTCTTCTTTGCACTTGCTTACATTGTCTACCGTCATCAGATCATAAATGTGT
ATAATCAAGAGTATGAGAGCGCTGCCGCGTTTTGGCCAGGTGTTCATGGACGGATTATAG
CGGCATTGATCATATCTCAGCTCCTTCTGATGGGTTTGTTGGTTACAAAGCGTGCTGCTA
TGGCTGCACCCTTTATCATCTCTCTTCCAGTCATCACCATCGGTTTCCACCGCTTCTGTA
AAGGCCGTTATGAGCCCGCCTTTGTCCGTTACCCCTTGCAGGAAGCTATGATGAAAGATA
CTTTGGAAAGAGCAAAAGAGCCCTGAACCTGAAAGGCTACCTTCAAGAAGCTTATGTTCA
TCCAGTTTTCAAAGGATGTGATGGTGATGATGATGATGACGACAGTGTGCTTGGGAAGTT
GGAGAGTGAAGTCATCATAGTGCCAACGAAGCGCCAGTCCCGGAGGAACACTCCGGCTCC
AAGCAGGATCAGCGGCGAGTCTTCACCGTCTTTGGCCGTTATTAGCGGTAAAGAAGTCTA
GTCAAGGATTTTTAAAAACAGCTTATATGCATACTAAAAAAGTATGAACATGGTGTGACA
TGTGTAGTACATATAAGCCTACTTTTATATGTACATAGAGAACGTTTGGTCATTGCTTGA
TATAGGTTTGTGTTTGCTGAGACGCTGATGTGTTTTCATGTTGTGTAATCAAAATTTCGA
TGGCTTTTTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AW83TF U 1
AF RR3AW83JQ C 259
BS 1 755 RR3AW83TF
BS 756 1033 RR3AW83JQ

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AAGACAGAGAGGAAGCAATGGGCCCTGGAAGCATCGGTTTCAACACAGGAGAGCCTCAGA
TACAGCTTTACTTCCTTCTCGGTCTTGTCTACGCTCCTGTGACACCAATGCTTCTTCCTT
TCATCTTAGTCTTCTTTGCACTTGCTTACATTGTCTACCGTCATCAGATCATAAATGTGT
ATAATCAAGAGTATGAGAGCGCTGCCGCGTTTTGGCCAGGTGTTCATGGACGGATTATAG
CGGCATTGATCATATCTCAGCTCCTTCTGATGGGTTTGTTGGTTACAAAGCGTGCTGCTA
TGGCTGCACCCTTTATCATCTCTCTTCCAGTCATCACCATCGGTTTCCACCGCTTCTGTA
AAGGCCGTTATGAGCCCGCCTTTGTCCGTTACCCCTTGCAGGAAGCTATGATGAAAGATA
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DS 

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CACTTGCTTACATTGTCTACCGTCATCAGATCATAAATGTGTATAATCAAGAGTATGAGA
GCGCTGCCGCGTTTTGGCCAGGTGTTCATGGACGGATTATAGCGGCATTGATCATATCTC
AGCTCCTTCTGATGGGTTTGTTGGTTACAAAGCGTGCTGCTATGGCTGCACCCTTTATCA
TCTCTCTTCCAGTCATCACCATCGGTTTCCACCGCTTCTGTAAAGGCCGTTATGAGCCCG
CCTTTGTCCGTTACCCCTTGCAGGAAGCTATGATGAAAGATACTTTGGAAAGAGCAAAAG
AGCCCTGAACCTGAAAGGCTACCTTCAAGAAGCTTATGTTCATCCAGTTTTCAAAGGATG
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AGTGCCAACGAAGCGCCAGTCCCGGAGGAACACTCCGGCTCCAAGCAGGATCAGCGGCGA
GTCTTCACCGTCTTTGGCCGTTATTAGCGGTAAAGAAGTCTAGTCAAGGATTTTTAAAAA
CAGCTTATATGCATACTAAAAAAGTATGAACATGGTGTGACATGTGTAGTACATATAAGC
CTACTTTTATATGTACATAGAGAACGTTTGGTCATTGCTTGATATAGGTTTGTGTTTGCT
GAGACGCTGATGTGTTTTCATGTTGTGTAATCAAAATTTCGATGGCTTTTTTTTC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 4

CO CL2706Contig1 1245 4 9 U
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AGTTCAGAGTTTGTTTTAGAGGTCCCCAACTTGTCCCAAATTCCAAAAAGACTCCCAACT
AAACTACACATTGATCAAAGGAACCCTAAGAGTTATAGCTTAGCCCTTATATTTGTACTA
TGATAATGCCTGTGACCTGTCAATGTCTTTTTCCTTTACTCTTCCTCCTCTTCTTCTTAG
TAGGATGCTTATCGACGGACGACTCGACCTTCTTTTCGAACTTCTTTTCGCATAAAAGGA
CTCTGTAACTTGCGTGAGGTCCTTCGGCAGTTTCACGTAAGGTCGTGCGCCATCTCATTG
CGTTTCCAATCTCTTGAAGCTCGCTCATCACGTTGATAGTGTCCCTTATGTATACACGTC
CTCCAGGTCTCAAAATCCGGTCCATCTCTAGCATGATTGTTGTCATGTTGCACCTTTTTC
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CGAATGGTTCACACCAA*TCGTGCATTACTCCTAGTAGTCCACAGTCATATATAACAGGC
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GCCAAGGCAGCCGCAAATCCGCCAAATCCAGCTCTCATGTCCATGACATTTCTGAGTCCT
ATTTGCTTCCAATGTAAGGCTTTTACATAGTTTGATATTATTTCTTTCCAGTATTTATAT
TCAGCGACGAATAGCTCTTTTCGGGCTATGTACGAATCAATTTGTATTGTCTGCAGCCTA
TCCGGTGGCGTCAGTAAACGGGATGGCCAAGGAGCAAGATTTGCTCCGTATCCATTATCT
TCAATCCTAGTGATGCATGCCTTTAGATCTACGTACCAAACACTATCTGGGTCATCCTCA
GGATTGCACAAAGGAGGCATGATTCCAGCATCACGACTTAGATAACAAGTGTTATTTGTG
GGCTTCTGCCATATAGCTATATATCCTTCCTTCTTCACAAGAACCCAGCACAGCCTTGTG
GTAAGGTTTAGCATCTCTTCCCACTGTTCTTCCAAGGCCTTCTCATGCTTATATACAGGT
TGTGCAGCCCAAACAAAATATCCTCCGCCACGAAGCATCCTATTGACTTCAAGGAGCAAG
ATTCCATCATCACGAGTCCAGTTGATTCGACATCTTGAACAATGC


BQ
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AF RR3G852TF C 326
AF RR3G852JQ U 1
AF RR3EX13JQ U 29
AF RR3EX13TF C 504
BS 1 342 RR3G852JQ
BS 343 343 RR3EX13JQ
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BS 666 734 RR3EX13JQ
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CATCACGTTGATAGTGTCCCTTATGTATACACGTCCTCCAGGTCTCAAAATCCGGTCCAT
CTCTAGCATGATTGTTGTCATGTTGCACCTTTTTCTTTCGATGGAAAAATAGACCAGCGG
GCGTGCAGCAAATCATAGGTTCTTGGGTAAAGTATCGAATGGTTCACACCAAATCGTGCA
TTACTCCTAGTAGTCCACGGTCATATATAACAGGCAGTGTATTTGGCCCACTGACC

QA 1 296 1 296
DS 

RD RR3G852JQ 665 0 0
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AGTTCAGAGTTTGTTTTAGAGGTCCCCAACTTGTCCCAAATTCCAAAAAGACTCCCAACT
AAACTACACATTGATCAAAGGAACCCTAAGAGTTATAGCTTAGCCCTTATATTTGTACTA
TGATAATGCCTGTGACCTGTCAATGTCTTTTTCCTTTACTCTTCCTCCTCTTCTTCTTAG
TAGGATGCTTATCGACGGACGACTCGACCTTCTTTTCGAACTTCTTTTCGCATAAAAGGA
CTCTGTAACTTGCGTGAGGTCCTTCGGCAGTTTCACGTAAGGGCGTGCGCCATCTCATTG
CGTTTCCAATCTCTTGAAGCTCGCTCATCACGTTGATAGTGTCCCTTATGTATACACGTC
CTCCAGGTCTCAAAATCCGGTCCATCTCTAGCATGATTGTTGTCATGTTGCACCTTTTTC
TTTCGATGGAAAA*TAGACCAGCGG*CGTGCAGCAAATCATAGGTTCTTGGGTAA*GTAT
CGAATGGTTCACACCAA*TCGTGCATTACTCCTAGTAGTCCACGGTCATATATAACAGGC
AGTGTATTTGGCCCACTGACCGGAACAACATTGAGAACCCAGCAATCAACCTTTAGCTCA
GCCAA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3EX13JQ 706 0 0
CAACTTTTGTTTAGTGCCTAAACCTTACAAATAGTTCAGAGTTTGTTTTAGAGGTCCCCA
ACTTGTCCCAAATTCCAAAAAGACTCCCAACTAAACTACACATTGATCAAAGGAACCCTA
AGAGTTATAGCTTAGCCCTTATATTTGTACTATGATAATGCCTGTGACCTGTCAATGTCT
TTTTCCTTTACTCTTCCTCCTCTTCTTCTTAGTAGGATGCTTATCGACGGACGACTCGAC
CTTCTTTTCGAACTTCTTTTCGCATAAGAGGACTCTGTAACTTGCGTGAGGTCCTTCGGC
AGTTTCACGTAAGGTCGTGCGCCATCTCATTGCGTTTCCAATCTCTTGAAGCTCGCTCAT
CACGTTGATAGTGTCCCTTATGTATACACGTCCTCCAGGTCTCAAAATCCGGTCCATCTC
TAGCATGATTGTTGTCATGTTGTACCTTTTTCTTTCGATGGAAAA*TAAACCAGCGG*CG
TGCAGCAAATCATAGGTTCTTGGGTAA*GTATCGAATGGTTCACACCAA*TCGTGCATTA
CTCCTAGTAGTCCACAGTCATATATAACAGGCAGTGTATTTGGCCCACTGACCGGAACAA
CATTGAGAACCCAGCAATCAACCTTTAGCTCAGCCAAGGCAGCCGCAAATCCGCCAAATC
CAGCTCTCATGTCCATGACATTTCTGAGTCCTATTTGCTTCCAATG

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3EX13TF 742 0 0
C
GGCGTGCAGCAAATCATAGGTTCTTGGGTAA*GTATCGAATGGTTCACACCAA*TCGTGC
ATTACTCCTAGTAGTCCACAGTCATATATAACAGGCAGTGTATTTGGCCCACTGACCGGA
ACAACATTGAGAACCCAGCAATCAACCTTTAGCTCAGCCAAGGCAGCCGCAAATCCGCCA
AATCCAGCTCTCATGTCCATGACATTTCTGAGTCCTATTTGCTTCCAATGTAAGGCTTTT
ACATAGTTTGATATTATTTCTTTCCAGTATTTATATTCAGCGACGAATAGCTCTTTTCGG
GCTATGTACGAATCAATTTGTATTGTCTGCAGCCTATCCGGTGGCGTCAGTAAACGGGAT
GGCCAAGGAGCAAGATTTGCTCCGTATCCATTATCTTCAATCCTAGTGATGCATGCCTTT
AGATCTACGTACCAAACACTATCTGGGTCATCCTCAGGATTGCACAAAGGAGGCATGATT
CCAGCATCACGACTTAGATAACAAGTGTTATTTGTGGGCTTCTGCCATATAGCTATATAT
CCTTCCTTCTTCACAAGAACCCAGCACAGCCTTGTGGTAAGGTTTAGCATCTCTTCCCAC
TGTTCTTCCAAGGCCTTCTCATGCTTATATACAGGTTGTGCAGCCCAAACAAAATATCCT
CCGCCACGAAGCATCCTATTGACTTCAAGGAGCAAGATTCCATCATCACGAGTCCAGTTG
ATTCGACATCTTGAACAATGC

QA 2 742 2 742
DS 



AS 1 4

CO CL2707Contig1 711 4 21 U
GGGGAGGATCAATCAAATCATCAGCTTCGGGAGATCTCCTCTGGGAATCGAGGATCTGTG
GAGTTATCTGTGGTCATCATGATACATTTTGTGCTCCTAGTTAGTCGACAGGGAAAGGTA
AGGCTCACCAAGTGGTATTCGCCTTACACACAGAAGGAAAGGTCTAAGGTCATACGCGAA
CTCAGCGGTGTAATCCTGAACAGAGGTCCCAAGCTCTGCAATTTCATCGAATGGAGAGGA
TACAAGGTTGTCTACAAAAGGTACGCAAGCCTGTACTTCTGCATGTGCATTGATGAGGCG
GATAACGAGTTAGAGGTACTGGAGATCATTCATCACTACGTCGAGATTCTTGACCGTTAC
TTTGGCAGTGTGTGTGAACTGGATTTGATTTTTAACTTCCACAAGGCGCATTATATATTG
GATGAGCTGTTGATCGCGGGTGAACTTCAAGAGTCGAGCAAGAAAACAGTGGCGAGGATA
ATATCAGCTCAGGATCAATTGGTGGAGGCTGCTAAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAGTAAC
ATCATTGCTCAGGCTACCAAGTAGTTTCTTTCTGATTTGTTGTTAAAAAGCATTCGTTAA
TGGTTTAATATTTCCTTATTTTCTGAGAAATTCTATTCTAAATCACACTTTTCTTTTCCA
TGTTATGTCATGTGTTTTGTCTGTTTGTTAAGAAGAAAGAAACATTTATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 0 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF70TF U 1
AF RR3H294TF U 9
AF RR3EL09TF U 5
AF RR3EL09JQ C 40
BS 1 95 RR3EF70TF
BS 96 96 RR3EL09TF
BS 97 408 RR3EF70TF
BS 409 409 RR3EL09TF
BS 410 426 RR3EF70TF
BS 427 427 RR3EL09TF
BS 428 437 RR3EF70TF
BS 438 438 RR3EL09TF
BS 439 439 RR3EF70TF
BS 440 440 RR3EL09TF
BS 441 443 RR3EF70TF
BS 444 444 RR3EL09TF
BS 445 507 RR3EF70TF
BS 508 508 RR3EL09TF
BS 509 608 RR3EF70TF
BS 609 609 RR3EL09TF
BS 610 629 RR3EF70TF
BS 630 630 RR3EL09TF
BS 631 651 RR3EF70TF
BS 652 683 RR3EL09TF
BS 684 711 RR3EL09JQ

RD RR3EF70TF 653 0 0
GGGGAGGATCAATCAAATCATCAGCTTCGGGAGATCTCCTCTGGGAATCGAGGATCTGTG
GAGTTATCTGTGGTCATCATGATACATTTTGTGCTTCTAGTTAGTCGACAGGGAAAGGTA
AGGCTCACCAAGTGGTATTCGCCTTACACACAGAAGGAAAGGTCTAAGGTCATACGCGAA
CTCAGCGGTGTAATCCTGAACAGAGGTCCCAAGCTCTGCAATTTCATCGAATGGAGAGGA
TACAAGGTTGTCTACAAAAGGTACGCAAGCCTGTACTTCTGCATGTGCATTGATGAGGCG
GATAACGAGTTAGAGGTACTGGAGATCATTCATCACTACGTCGAGATTCTTGACCGTTAC
TTTGGCAGTGTGTGTGAACTGGATTTGATTTTTAACTTCCACAAGGCGTATTATATATTG
GATGAGGTGTTGATCGCCGTTGAGCTTCAAGAGTCGAGCAAGAAAACAGTGGCGAGGATA
ATATCAGCTCAGGATCAATTGGTGGAGACTGCTAAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAGTAAC
ATCATTGCTCAGGCTACCAAGTAGTTTCTTTCTGATTTGTTGTTAAAAAGCATTCGTTAA
TGGTTTAACATTTCCTTATTTTCTGAGAAGTTCTATTCTAAATCACACTTT
CC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3H294TF 645 0 0
GG
AATCAAATCATCAGCTTCGGGAGATCTCCTCTGGGAATCGAGGATCTGTGGAGTTATCTG
TGGTCATCATGATACATTTTGTGCTTCTAGTTAGTCGACAGGGAAAGGTAAGGCTCACCA
AGTGGTATTCGCCTTACACACAGAAGGAAAGGTCTAAGGTCATACGCGAACTCAGCGGTG
TAATCCTGAACAGAGGTCCCAAGCTCTGCAATTTCATCGAATGGAGAGGATACAAGGTTG
TCTACAAAAGGTACGCAAGCCTGTACTTCTGCATGTGCATTGATGAGGCGGATAACGAGT
TAGAGGTACTGGAGATCATTCATCACTACGTCGAGATTCTTGACCGTT**TTTGGCAGTG
TGTGTGAACTGGATTTGATTTTTAACTTCCACAAGGCGTATTATATATTGGATGAGCTGT
TGATCGCGGGTGAACTTCAAGAGTCGAGCAAGAAGACAGTGGCGAGGATAATATCAGCTC
AGGATCAATTGGTGGAGGCTGCTAAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAGTAACATCATTGCTC
AGGCTACCAAGTAGTTTCTTTCTGATTTGTTGTTAAAAAGCATTCGTTAATGGTTTAATA
TTTCCTTATTTTCTGAGAA*TTCTATTCTAA*TCACACTTT
TC

QA 3 643 3 643
DS 

RD RR3EL09TF 679 0 0
GGGATC
AATCAAATCATCAGCTTCGGGAGATCTCCTCTGGGAATCGAGGATCTGTGGAGTTATCTG
TGGTCATCATGATACATTTTGTGCTCCTAGTTAGTCGACAGGGAAAGGTAAGGCTCACCA
AGTGGTATTCGCCTTACACACAGAAGGAAAGGTCTAAGGTCATACGCGAACTCAGCGGTG
TAATCCTGAACAGAGGTCCCAAGCTCTGCAATTTCATCGAATGGAGAGGATACAAGGTTG
TCTACAAAAGGTACGCAAGCCTGTACTTCTGCATGTGCATTGATGAGGCGGATAACGAGT
TAGAGGTACTGGAGATCATTCATCACTACGTCGAGATTCTTGACCGTTACTTTGGCAGTG
TGTGTGAACTGGATTTGATTTTTAACTTCCACAAGGCGCATTATATATTGGATGAGCTGT
TGATCGCGGGTGAACTTCAAGAGTCGAGCAAGAAAACAGTGGCGAGGATAATATCAGCTC
AGGATCAATTGGTGGAGGCTGCTAAAGAGGAGGCTAGTTCCATAAGTAACATCATTGCTC
AGGCTACCAAGTAGTTTCTTTCTGATTTGTTGTTAAAAAGCATTCGTTAATGGTTTAATA
TTTCCTTATTTTCTGAGAAATTCTATTCTAAATCACACTTTTCTTTTCCATGTTATGTCA
TGTGTTTTGTCTG

QA 7 679 7 679
DS 

RD RR3EL09JQ 672 0 0
TCTGGGAATCGAGGATCTGTGGAGTTATCTGTGGTCATCATGATACATTTTGTGCTCCTA
GTTAGTCGACAGGGAAAGGTAAGGCTCACCAAGTGGTATTCGCCTTACACACAGAAGGAA
AGGTCTAAGGTCATACGCGAACTCAGCGGTGTAATCCTGAACAGAGGTCCCAAGCTTTGC
AATTTCATCGAATGGAGAGGATACAAGGTTGTTTACAAAAGGTACGCAAGCCTGTACTTT
TGCATGTGCATTGATGAGGCGGATAACGAGTTAGAGGTACTGGAGATCATTCATCACTAC
GTCGAGATTTTTGACCGTTACTTTGGCAGTGTGTGTGAACTGGATTTGATTTTTAACTTC
CACAAGGCGCATTATATATTGGATGAGCTGTTGATCGCGGGTGAACTTCAAGAGTCGAGC
AAGAAAACAGTGGCGAGGATAATATCAGCTCAGGATCAATTGGTGGAGGCTGCTAAAGAG
GAGGCTAGTTCCATAAGTAACATCATTGCTCAGGCTACCAAGTAGTTTTTTTTTGATTTG
TTGTTAAAAAGCATTCGTTAATGGTTTAATATTTCCTTATTTTTTGAGAAATTTTATTTT
AAATCACACTTTTTTTTTCCATGTTATGTCATGTGTTTTGTCTGTTTGTTAAGAAGAAAG
AAACATTTATTG

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 3

CO CL2708Contig1 853 3 5 U
GGGTTGGAAGAACTCATTCATAAAACTGAATTCAAAGACATCTCTCTTCGGCTCTTACAA
AATAAAAAGTCTACATCACAAAAGCTGCAGAACTAACACACAAACTGGTTGATACATTGC
TAGTGAGCTTCATAGAGTGAATACCACAAGAGTAAACACGACCATAAGTCCCTCGAAGTA
GATTTTACTGTTCCAAAAGCATCTGATTGAAATGCCACGTCCCGTGTCCTTTGCCAACTC
TTCGTAGTTGGGCTACATACTCTGAAATTTTCTTGATTGCTTCCACCTGCTCGGTCAGAA
ACTCGCTCTCAATAAAATCAGCCAAGTGGACATCTCCGTTCTTTGAAGCAACACTGTGGA
GGTTTAAGAGCTTCTCATTAACCAGTTTCTCCAGTGACAGAGCCAGCTCCATCCCGTAAA
GAGCATCTCCTTTATCAACGTGTTCAAACTCCGAGAGAGGCACCACAATAGACTGTAATT
TAACCTTCCCACCACGTTTGTTCTGATACTCCATCAACTTCTCAGCATGCTCTCTTTCTT
CCACACTCGATTCCTTGAAGAACTTGGCAAGACCTTTGAGCGCGACGTTATCCCTATCGA
AGTAAGCATACATGGCGTGATACACATACGAGAGATTGTACTCCACATTGATCTGTTCGT
TAATGGCAGCTTCGCACTCGTCAGAGTACTTTTGACGAGCAAGCGAGAGATCCGAGCTCG
TTGGGACGAGATCGAGCTCCTTCTTCACCTCCTCAAACGGCTGGAAAACGACGCCGCTTA
ACGCGTCGGCGGTTGAGATTTTAGACGCGCGAACAGAGACTGAGAGCTTTCCTTTCGAGG
AGGAATCGAGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GP83JQ U 1
AF RR3CF57JQ U 20
AF RR3GP83TF C 110
BS 1 695 RR3GP83JQ
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CCACACTCGATTCCTTGAAGAACTTGGCAAGACCTTTGAGCGCGACGTTATCCCTATCGA
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TAATGGCAGCTTCGCACTCGTCAGAGTACTTTTGA

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DS 

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AATACCACAAGAGTAAACACGACCATAAGTCCCTCGAAGTAGATTTTACTGTTCCAAAAG
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CTCTGAAATTTTCTTGATTGCTTCCACCCGCTCGGTCAGAAACTCGCTCTCAATAAAATC
TGCCAAGTGGACATCTCCGTTCTTTGAAGCAACACTGTGGAGGTTTAAGAACTTATCATT
AACCAGTTTCTCCAGTGACAGAGCCAGCTCCATCCCATAAAGAGCATCTCCTTTATCAAC
GTGTTCAAACTCCGAGAGAGGCACCACAATGGACTGCAACTTAACCTTCCCGCCACGTTT
GTTCTGATACTCCATCAACTTCTCAGCATGCTCTCTTTCTTCCACACTCGATTCCTTGAA
GAACTTGGCAAGACCTTTGAGCGCGACGTTATCCCTATCGAAGTAAGCATACATGGCGTG
ATACACATACGAGAGATTGTATTCCACATTGATCTGCTCGTTAATAGCAGCTTCGCACTC
GTCGGAGTACTTTTGACGAGCGAGCGA

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DS 

RD RR3GP83TF 744 0 0
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CCCTCGAAGTAGATTTTACTGTTCCAAAAGCATCTGATTGAAATGCCACGTCCCGTGTCC
TTTGCCAACTCTTCGTAGTTGGGCTACATACTCTGAAATTTTCTTGATTGCTTCCACCTG
CTCGGTCAGAAACTCGCTCTCAATAAAATCAGCCAAGTGGACATCTCCGTTCTTTGAAGC
AACACTGTGGAGGTTTAAGAGCTTCTCATTAACCAGTTTCTCCAGTGACAGAGCCAGCTC
CATCCCGTAAAGAGCATCTCCTTTATCAACGTGTTCAAACTCCGAGAGAGGCACCACAAT
AGACTGTAATTTAACCTTCCCACCACGTTTGTTCTGATACTCCATCAACTTCTCAGCATG
CTCTCTTTCTTCCACACTCGATTCCTTGAAGAACTTGGCAAGACCTTTGAGCGCGACGTT
ATCCCTATCGAAGTAAGCATACATGGCGTGATACACATACGAGAGATTGTACTCCACATT
GATCTGTTCGTTAATGGCAGCTTCGCACTCGTCAGAGTACTTTTGACGAGCAAGCGAGAG
ATCCGAGCTCGTTGGGACGAGATCGAGCTCCTTCTTCACCTCCTCAAACGGCTGGAAAAC
GACGCCGCTTAACGCGTCGGCGGTTGAGATTTTAGACGCGCGAACAGAGACTGAGAGCTT
TCCTTTCGAGGAGGAATCGAGTGC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 3

CO CL2709Contig1 1021 3 20 U
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CAAAGCGATGGTCAACGTTAACGGTAACGGTAACGGTAACGGAGGCAAGAAACACCGTCT
GCTCTCGAGCAGGAAAGTCAACTGCACAACGCAAGTCGCTGTGTCTCCCGTGCCGGAGCT
GTTCGAGATGACGATGAGTCAGGTGAAAGAAGCGTCAAAGTCATTCACGGGGATACTACT
GTCTCTGATGCGAGCCGCGCGTTGGGACATCGCAGCTGCTGTTCGGTCCATCGAAGCTGC
TTCGGCTGCACCGGACAGCATCATCGTGTCTACAGCTTCCTCTGTTGTTCCCAACGGACA
CGCGAAGTTCGCTCTCGAGTCTTACATCTGTCGAAAAATCTTCCAAGGGTTCGATCACGA
GACGTTTTACATGGACGGGAGCTTGTCTTCTCTTATCAACCCGGACCAGTACCGTCGCGA
CTGCTTTGCTCAGTTCAAAGACATGAAGGCGATGGATCCCATGGAGCTGCTTGGGATCTT
GCCGACTTGCCATTTTGGTAAGTTCTGCTCGAAGAAGTACCTTTCCATCGTTCACCACAA
GATGGAAGAGTCCTTGTTCGGGGACTCGGAGCAGAGGGAGATGGTTTTAGGTGGTAACCA
CCCGAGAAGTCAGTTCTATGGAGAGTTTCTGGGGTTGGCCAAAGCGGTGTGGCTGCTTCA
CCTCTTGGCCTTTTCGCTCGATCCATCGCCGAGTCACTTTGAAGCAAACAGAGGAGCCGA
GTTTCACCCTCAGTACATGGAGAGTGTGGTGAGGTTCTCGGATGGCCGTGTTCCTGCGGG
TCAGGTCGTAGGGTTTCCTGTGTGTCCGGGATTCAAGCTCAGCCATCAAGGGAAAGGGTC
TATCATCAAATCCAGAGTTTACTTGGTTCCAAGGTCGTAAAACTTATGTTTCATTGAGTT
CATCACTCTTTGTAGTAATGTCATGTTGGTGTGTTGTTAAGATAAAGCTTATAGCTTTTG
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR3AQ01TF U 1
AF RR3H770JQ C 406
AF RR3H770TF U 406
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BS 446 477 RR3AQ01TF
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BS 590 590 RR3H770TF
BS 591 621 RR3AQ01TF
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BS 623 650 RR3AQ01TF
BS 651 651 RR3H770TF
BS 652 660 RR3AQ01TF
BS 661 661 RR3H770TF
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BS 700 700 RR3H770TF
BS 701 732 RR3AQ01TF
BS 733 1021 RR3H770TF

RD RR3AQ01TF 732 0 0
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CGCGAAGTTCGCTCTCGAGTCTTACATCTGTCGAAAAATCTTCCAAGGGTTCGATCACGA
GACGTTTTACATGGACGGGAGCTTATCTTCTCTTATCAACCCGGACCAGTACCGTCGTGA
CTGCTTTGCTCAGTTCAAAGAC*TGAAGGCGATGGATCCCATGGAGCTGCTTGGGATCTT
GCCGACTTACCATTTTGGTAAGTTCTGCTCGAAGAAGTACCTTTCCATCATTCACCACAA
GATGGAAGAGTCCTTGTTCGGAGACTCGGAGCAGAGGGAGATGGTTTTAGCTGGTAACCA
TCCGAGAAGTCAGTTCTATGGAGAGTTTCTGGGGTTGGCTAAAGCGGTGTGGCTGCTTCA
CCTCTTGGCCTT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3H770JQ 616 0 0
GGC
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GCTTGGGATCTTGCCGACTTGCCATTTTGGTAAGTTCTGCTCGAAGAAGTACCTTTCCAT
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TTATAGCTTTTGT

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DS 

RD RR3H770TF 616 0 0
GGC
GTTCGATCACGAGACGTTTTACATGGACGGGAGCTTGTCTTCTCTTATCAACCCGGACCA
GTACCGTCGCGACTGCTTTGCTCAGTTCAAAGACATGAAGGCGATGGATCCCATGGAGCT
GCTTGGGATCTTGCCGACTTGCCATTTTGGTAAGTTCTGCTCGAAGAAGTACCTTTCCAT
CGTTCACCACAAGATGGAAGAGTCCTTGTTCGGGGACTCGGAGCAGAGGGAGATGGTTTT
AGGTGGTAACCACCCGAGAAGTCAGTTCTATGGAGAGTTTCTGGGGTTGGCCAAAGCGGT
GTGGCTGCTTCACCTCTTGGCCTTTTCGCTCGATCCATCGCCGAGTCACTTTGAAGCAAA
CAGAGGAGCCGAGTTTCACCCTCAGTACATGGAGAGTGTGGTGAGGTTCTCGGATGGCCG
TGTTCCTGCGGGTCAGGTCGTAGGGTTTCCTGTGTGTCCGGGATTCAAGCTCAGCCATCA
AGGGAAAGGGTCTATCATCAAATCCAGAGTTTACTTGGTTCCAAGGTCGTAAAACTTATG
TTTCATTGAGTTCATCACTCTTTGTAGTAATGTCATGTTGGTGTGTTGTTAAGATAAAGC
TTATAGCTTTTGT

QA 4 616 4 616
DS 



AS 1 3

CO CL2710Contig1 633 3 2 U
GGGTACGTCTTCTCTTTGGCAAAAATGGCGAAACTAGCGATGCTGATGGTTCTCTGTATC
TTGCCGGCGATAGCCACGGCGGCGAAGGTGCCACGTATCGGTAAGAACACGTTGGTGGTT
CAAGGTATCACTTACTGTGACACTTGCAAGTTCGGCTTCGAGACTGCTGAATCCTCCTAC
CCCGTCCCCGGTGCGACGGTGAAGCTTTCGTGCAGAGACAGGAAGACAATGAAAGAGTTA
TACACAGACGTAGCTGTATCAAACAGGAAGGGAAAGTACATGTTCGTTGTCCACGAGGAC
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GCAGATCAGGCACGCTAACAACATGGGGTTTGAGAAAGATGTTTCGGATGTGTTTTGCTC
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CAGTGTCATGATGGTCTGTTGTTTTTTCTATTTGGTTATGGGAGATATATATTTGTATTT
TCTTGATATAATATTATGAGAAATTAGATGACG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD91TF U 1
AF RR3CT79TF U 3
AF RR3FD91JQ C 58
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BS 618 633 RR3CT79TF

RD RR3FD91TF 628 0 0
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CCCGTCCCCGGTGCGACGGTGAAGCTTTCGTGCAGAGACAGGAAGACAATGAAAGAGTTA
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TCTTGATATAATATTAT
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RD RR3CT79TF 631 0 0
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AGGTATCACTTACTGTGACACTTGCAAGTTCGGCTTCGAGACTGCTGAATCCTCCTACCC
CGTCCCCGGTGCGACGGTGAAGCTTTCGTGCAGAGACAGGAAGACAATGAAAGAGTTATA
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TAAAGACGAGATGTGCGACGTTATGCTTGTCAAAAGCTCAGACAAGGGTTGTTCTAAAAT
CTCGAGGGGG*CGTGAACAGTCGCGTGTGATATTGAACCACTACAATGGCATTGCGTCGC
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QA 1 631 1 631
DS 

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TACCCCGTCCCCGGTGGGACGGTGAAGCTTTCGTGCAGAGACAGGAAGACAATGAAAGAG
TTATACACAGACGTAGCTGTATCAAACAGGAAGGGAAAGTACATGTTCGTTGTCCACGAG
GACCATAAAGACGAGATGTGCGACGTTATGCTTGTCAAAAGCTCAGACAAGGGTTGTTTT
AAAATCTCGAGGGGGGCGTGAACAGTCGCGTGTGATATTGAACCACTACAATGGCATTGC
GTCGCAGATCAGGCACGCTAACAACATGGGGTTTGAGAAAGATGTTTCGGATGTGTTTTG
CTTTGAGTTGATTAAGAAGTATCAGGTTGATGAAGATGAGGTTTAGAGAGACCCATCTTT
AATCAGTGTCATGATGGTCTGTTGTTTTTTCTATTTGGTTATGGGAGATATATATTTGTA
TTTTCTTGATATAATATTAT
GAGAAATTAGATG

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 4

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AAAAGCTTAAACGTTCATGTCGTTCGAAGTGGGAGCAAGAGCTTCTTCGGTCATGGTTCC
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TGGTTGTTGGTATATAGGTGGGCGGTAATATGGTACGGTTGGAGTGCAACCACCGGTTTG
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GCCATACCCGGATCCTCTTCCTTCTCCATAGCCACTGCCTCCACTAGAGCCGATGCCTTC
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GTGGTCAGGATCTTCTGGTTCACCCGGTTCGCCCGGCATGGACTGCTTTACATTGTGATC
CAGCATTTTTTTAGGATCAGGTTCTTCTAGCTCACCCCACATGGATTGCAGTTTATGATC
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A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 

AF RR3EQ37JQ U 1
AF RR3D444JQ U 8
AF RR3D444TF C 8
AF RR3DM84JQ U 8
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RD RR3EQ37JQ 516 0 0
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QA 1 516 1 516
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RD RR3D444JQ 617 0 0
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QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3D444TF 617 0 0
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CCACCGCCACTTCCATA

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3DM84JQ 834 0 0
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CCAGAACCATAGCCAGGATTAACCCTGACTCCTGGAATCACAAAACCGGGAATCCGTGTG
CCTGGAACCGTTATGGGAGGGATTGATATGCTTGGGACAACTACACTTGGCACACTACAA
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CCTTCACCATATCCGCTACATGGAGCTCCAGTGATAGGACCGCAGTTCGGTTGGCCATAC
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CCACCGCCACTTCCATAGCCCCTACCTACACCATACCCCATTGGCTTAACTGTGTGGTCA
GGATCTTCTGGTTCACCCGGTTCGCCCGGCATGGACTGCTTTACATTGTGATCCAGCATT
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AACTTGGCCTCATGCTCCTCTGGTTCACCCTGCATGGATTGCATTTTATGATCA

QA 1 834 1 834
DS 



AS 1 4

CO CL2712Contig1 1249 4 3 U
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ATCAGGCAAATTCAAGTGGAAAGGACATACCAGCAACTGAAACTGCCTCTGTCATGGATA
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AAAAAGACCGTGACAACCCTGTTAGTACTCCACCACAACAGGAACAGCAGATGGAAGCTA
ATCATTCCGGAATCTCCTCGACTTCAAGGCAGAATCAGAAGATTGATGTTGGTGGGAGGT
TGATCAAGGGAATACTTCGGAGAAATGAGACTCGGCCTAGCCAGGCTTCATCTTTTGTCC
AGCCTGAGGAAAGAGTGGAACCCACAGAAGCAGAAAACTCCAAGCGTCCTCCTCGGCCAG
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GTTCCAATATCAGCGAGGATCAACCGACATCTTCAGCAGCAAACAATGGAGAAGTGGTGA
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GAGGTGGTGGTGGGGGTCCCAGTTCACATGAGAAGCAAAAGTGGATCCAAAAATCATCAT
CCGGTACTTGATATATTCGCTTTACATATGGCTTTATATATCAAGCCAATTCCAATGGAC
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ATCACTCTTGGTTTTTGGGGACTTTTGGTCCATCGTCGTAGGTCGCAGTATTGCAGATAA
AAGAAACCCTTCTCATAGTAGGAATCAGCTCAAGATTTATGGTTGTAAGACAAGAAAGAC
TCGGTTGCTACTTGCTTTTGAAGGCTTTTAGCAGTTCACGGTACCTGCATCCCCTTTTGG
CTTGTGTTGTGTTACAGACGAGTAGGTGAGAAGTGAGAACTTACTCCTAAGTAATGACTT
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GAGGTCTCGGAATGTGATTTGCATATGATTTAACCATAATAGTTTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
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AF RR3BZ87TF U 1
AF RR3BZ87JQ C 512
AF RR3FM41JQ C 609
AF RR3FM41TF U 585
BS 1 679 RR3BZ87TF
BS 680 1221 RR3FM41TF
BS 1222 1249 RR3BZ87JQ

RD RR3BZ87TF 687 0 0
GGAAAAAGTATGTGGAAAAAGACAATTCAAAAGGTGTGGGCAGCTCCAAGCAAGATTACA
ATCAGGCAAATTCAAGTGGAAAGGACATACCAGCAACTGAAACTGCCTCTGTCATGGATA
GCTCTCTCCCAGGGATTGCATTGACTATGGATTCTGGGAAGAAAAAGATCTTGCTCCTGA
AAAAAGACCGTGACAACCCTGTTAGTACTCCACCACAACAGGAACAGCAGATGGAAGCTA
ATCATTCCGGAATCTCCTCGACTTCAAGGCAGAATCAGAAGATTGATGTTGGTGGGAGGT
TGATCAAGGGAATACTTCGGAGAAATGAGACTCGGCCTAGCCAGGCTTCATCTTTTGTCC
AGCCTGAGGAAAGAGTGGAACCCACAGAAGCAGAAAACTCCAAGCGTCCTCCTCGGCCAG
CCAACACTCGAGCAGGGAAAGATTATCATGTTTCTGGTACCAACAGTGAAAAGCCAGAGA
GGCGTGCAAGAAACAAGGACAGACCTGATCGTGTTGTGTGGGCTCCTCGCCGGGCTGATG
GTTCCAATATCAGCGAGGATCAACCGACATCTTCAGCAGCAAACAATGGAGAAGTGGTGA
ACTCCTCTGGTGGACACACTCTCGAGAATGGTTCTGCTAGACATTCTAGTCGCCGTAGTG
GAGCTCGCAATAGAAAAGA
GACGCTTT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3BZ87JQ 738 0 0
TGTTGTGTGGGCTCCTCGCCGGGCTGATGGTTCCAATATCAGCGAGGATCAACCGACATC
TTCAGCAGCAAACAATGGAGAAGTGGTGAACTCCTCTGGTGGACACACTCTCGAGAATGG
TTCTGCTAGACATTCTAGTCGCCGTAGTGGAGCTCGCAATAGAAAAGAAGACGGCTTTGC
ATTGACTATTGAGGGTAAAACATCCCGGAGAGGTGGTGGTGGGGGTCCCAGTTCACATGA
GAAGCAAAAGTGGATCCAAAAATCATCATCCGGTACTTGATATATTCGCTTTACATATGG
CTTTATATATCAAGCCAATTCCGATGGACTATGTCCTTCAACGGGAATCTATAGATCTGA
ATCGAAATGGGGAGTAACACTCTATCAACATCACTCTTGGTTTTTGGGGACTTTTGGTCC
ATCGTCGTAGGTCGTAGTATTGCAGATAAAAGAAACCCTTCTCATAGTAGGAATCAGCTC
AAGATTTATGGTTGTAAGACAAGAAAGACTCGGTTGCTACTTGCTTTTGAAGGCTTTTAG
CAGTTCACGGTACCTGCATCCCCTTTTGGCTTGTGTTGTGTTACAGACGAGTGGGTGAGA
AGTGAGAACTTACTCCTACGTAATGACTTGAAGTCAAAGTGTATATGGAGCAGGAAACAC
TGTACGGGGTTATTATTTTTGGTTCCTGAGAGGTCTCGGAATGTGATTTGCATATGATTT
AACCATAATAGTTTTATC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3FM41JQ 613 0 0
GGTGGACACACTCTTGAGAATGGTTCTGCTAGATATTCTAGTCGCCGTAGTGGAGCTCGC
AATAGAAAAGAAGACGGCTTTGCATTGACTATTGAGGGTAAAACATCCCGGAGAGGTGGT
GGTGGGGGTCCCAGTTCACATGAGAAGCAAAAGTGGATCCAAAAATCATCATCCGGTACT
TGATATATTCGCTTTACATATGGCTTTATATATCAAGCCAATTCCAATGGACTATGTCCT
TCAACGGGAATCTATAGATCTGAATCGAAATGGGGAGTAACACTCTATCAACATCACTCT
TGGTTTTTGGGGACTTTTGGTCCATCGTCGTAGGTCGCAGTATTGCAGATAAAAGAAACC
CTTCTCATAGTAGGAATCAGCTCAAGATTTATGGTTGTAAGACAAGAAAGACTCGGTTGC
TACTTGCTTTTGAAGGCTTTTAGCAGTTCACGGTACCTGCATCCCCTTTTGGCTTGTGTT
GTGTTACAGACGAGTAGGTGAGAAGTGAGAACTTACTCCTAAGTAATGACTTAAAGTCAA
AGTGTATATGGAGCATGAAACACTGTACGGGGTTATTATTTTTGGTTCCTGAGAGGTCTC
GGAATGTGATTTG

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3FM41TF 637 0 0
G
ATGGAGAAGCGGTGAACTCCTCTGGTGGACACACTCTTGAGAATGGTTCTGCTAGATATT
CTAGTCGCCGTAGTGGAGCTCGCAATAGAAAAGAAGACGGCTTTGCATTGACTATTGAGG
GTAAAACATCCCGGAGAGGTGGTGGTGGGGGTCCCAGTTCACATGAGAAGCAAAAGTGGA
TCCAAAAATCATCATCCGGTACTTGATATATTCGCTTTACATATGGCTTTATATATCAAG
CCAATTCCAATGGACTATGTCCTTCAACGGGAATCTATAGATCTGAATCGAAATGGGGAG
TAACACTCTATCAACATCACTCTTGGTTTTTGGGGACTTTTGGTCCATCGTCGTAGGTCG
CAGTATTGCAGATAAAAGAAACCCTTCTCATAGTAGGAATCAGCTCAAGATTTATGGTTG
TAAGACAAGAAAGACTCGGTTGCTACTTGCTTTTGAAGGCTTTTAGCAGTTCACGGTACC
TGCATCCCCTTTTGGCTTGTGTTGTGTTACAGACGAGTAGGTGAGAAGTGAGAACTTACT
CCTAAGTAATGACTTAAAGTCAAAGTGTATATGGAGCATGAAACACTGTACGGGGTTATT
ATTTTTGGTTCCTGAGAGGTCTCGGAATGTGATTTG

QA 2 637 2 637
DS 



AS 2 4

CO CL2713Contig1 718 2 2 U
GGGCTCTACGATCAGCGACAAGAGGAAGAAGCAACGATGCCGGCAAAACAGAGGACACCG
AAGGTCAGCCGAAACCCTGATCTCATCAGGGGAGTTGGCAAATACTCAAGGTCTCAGATG
TACCACAAGAGAGGTCTTTGGGCTATCAAGGCCAAAAATGGCGGCGTTTTCCCTCGCCAC
GACGCTAAGTCCAAGGTTGATGCTGTAGCTGAGAAGCCACCAAAGTTCTATCCAGCTGAA
GATGTTAAGAAACCTCTCGCCAACAGGCGCAAGGCAAAGCTGACCAAGCTCAGATCCAGC
ATCACCCCAGGAACAGTTCTGATCATCCTTGCTGGTAGGTTCACGGGCAAGAGAGTTGTC
TTTTTGAAGCAGCTTCCCTCTGGTTTGCTTCTTGTGTCCGAACCGTTCAAGATCAATGGT
GTTCCTTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTATGTGATTGGAACATCCACAAAGGTTGACATC
TCTGGTATTAGCCTTGATAAATTCGATGATAAGTATTTTGGAAAGGTGGCCGAGAAGAAG
AACAAGAAGGGAGAAGGAGAGTTCTTCGAGGCAGAGAAAGAGGAGAAGAAGGTGTTCCCA
CAAGGGAAGAAAGATGACCAGAAAGCTGTGGACGGAGCATTGATCAAAGCCATTGAGTCG
GTTCCAGAGTTGAAGACTTACCTTGGCGCAAGGTTTTCACTGAAACAAGGAATGAAGC


BQ
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AF RR3BQ38TF U 1
AF RR3BQ38JQ C 382
BS 1 688 RR3BQ38TF
BS 689 718 RR3BQ38JQ

RD RR3BQ38TF 688 0 0
GGGCTCTACGATCAGCGACAAGAGGAAGAAGCAACGATGCCGGCAAAACAGAGGACACCG
AAGGTCAGCCGAAACCCTGATCTCATCAGGGGAGTTGGCAAATACTCAAGGTCTCAGATG
TACCACAAGAGAGGTCTTTGGGCTATCAAGGCCAAAAATGGCGGCGTTTTCCCTCGCCAC
GACGCTAAGTCCAAGGTTGATGCTGTAGCTGAGAAGCCACCAAAGTTCTATCCAGCTGAA
GATGTTAAGAAACCTCTCGCCAACAGGCGCAAGGCAAAGCTGACCAAGCTCAGATCCAGC
ATCACCCCAGGAACAGTTCTGATCATCCTTGCTGGTAGGTTCACGGGCAAGAGAGTTGTC
TTTTTGAAGCAGCTTCCCTCTGGTTTGCTTCTTGTGTCCGAACCGTTCAAGATCAATGGT
GTTCCTTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTATGTGATTGGAACATCCACAAAGGTTGACATC
TCTGGTATTAGCCTTGATAAATTCGATGATAAGTATTTTGGAAAGGTGGCCGAGAAGAAG
AACAAGAAGGGAGAAGGAGAGTTCTTCGAGGCAGAGAAAGAGGAGAAGAAGGTGTTCCCA
CAAGGGAAGAAAGATGACCAGAAAGCTGTGGACGGAGCATTGATCAAAGCCATTGAGTCG
GTTCCAGAGTTGAAGACTTACCTTGGCG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3BQ38JQ 337 0 0
GGTTTGCTTCTTGTGTCCGAACCGTTCAAGATCAATGGTGTTCCTTTGAGACGTGTTAAC
CAGTCCTATGTGATTGGAACATCCACAAAGGTTGACATCTCTGGTATTAGCCTTGATAAA
TTCGATGATAAGTATTTTGGAAAGGTGGCCGAGAAGAAGAACAAGAAGGGAGAAGGAGAG
TTCTTCGAGGCAGAGAAAGAGGAGAAGAAGGTGTTCCCACAAGGGAAGAAAGATGACCAG
AAAGCTGTGGACGGAGCATTGATCAAAGCCATTGAGTCGGTTCCAGAGTTGAAGACTTAC
CTTGGCGCAAGGTTTTCACTGAAACAAGGAATGAAGC

QA 1 337 1 337
DS 



CO CL2713Contig2 947 2 2 U
GGACGATCAGCGCCAAGAGGAATAAGCAACGATGCCGGCAAAACAGAGGACGCCGAAGGT
CAGCCGAAACCCTGATCTCATCAGGGGAGTTGGCAAATACTCGAGGTCTCAGATGTACCA
CAAGAGAGGTCTTTGGGCTATCAAGGCCAAAAACGGCGGCGTTTTCCCTCGCCACGATGC
TAAACCCAAGGTTGATGCTGTAGCTGAGAAGCCACCAAAGTTCTATCCAGCTGAAGATGT
TAAGAAACCTCTCGCCAACAGGCGCAAGGCAAAGCCGACCAAGCTCAGATCCAGCATCAC
CCCAGGAACTGTTCTGATCATCCTTGCTGGGAGGTTCGAGGGCAAGAGAGTTGTCTTCTT
GAAGCAGCTTCCCTCTGGTTTGCTTCTTGTGTCCGGACCGTTCAAGATCAATGGTGTGCC
TTTGAGACGTGTTAACCAGTCCTACGTGATTGGAACATCTACAAAGGTTGACATCTCTGG
TGTTAGCCTTGATAACTTCGATGATAAGTATTTTGGAAAGGTGGCTGAGAAGAAGAACGA
GAAGGGAGAAGGGGAGTTCTTCGAAGCAGAGAAAGAGGAGAAGAAGGTGTTCCCACAAGG
GAAGAAAGATGACCAGAAAGCTGTGGACGAAGCATTGATCAAAGCCATTGAGTCTGTTCC
AGAGTTGAAGACTTACCTTGGCGCAAGGTTTTCACTGAAACAAGGAATGAAGCCACATGA
GCTTGTCTTCTAGATTTTCAATAAACTTTATTTGTGTGTTACTCCCAACGTTTGTTTTTG
TTCTTGTCCACTTACTAGAATTTTGGTTTATACATTCTATATTTTATGTTTTCGCATTTG
GTATCTGAATGTGAACTCTGAAGCAATATATTTCAATAGATAGTAGTGCTCTTGTTATGT
TGAAAACCAACTGGGATGAGAGCAAAAATAAACGATGCAGTTTTTCC


BQ
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ATAGTAGTGCTCTTGTTATGTTGAAAACCAACTGGGATGAGAGCAAAAATAAACGATGCA
GTTTTTCC

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DS 



AS 1 3

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AACAATAAATCATTCCTTTCTAT


BQ
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AF RR3BD73TF U 1
AF RR3H474TF U 87
AF RR3BD73JQ C 226
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GC
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CCCTTGTTCTGTAA

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C
CAACCTTCTTTCTCATTTTCTAATAACCAAAACCCTTTTTCATCTGGAGTTACTCCAGTT
TCCATACCGGCAAAGCGAGAATCTCCAGATGATGCAGAGGCTGAAGATGAACCACCTCAA
CCGAGCAGCCCGTCTGTCAAAAAGACCGAAGAGAAGGGTGTTACTGTTGTTCATGAAGTT
AAATGCAAGCTTTATATCAAGTCAAATGACCCAACAGATAAAGGTGCATGGAAAGATAAA
GGAACGGGAAATCTCTACATAAAATGCAAAGAAGGAGTCGACAAGGGGACAAAAGAATCT
AAACCCACAATTCTTGTCAGAAATGATGTGGGGAAACTTCTTCTGAATGCTTTACTGTAC
ACTGGAATCAAGACTAGCGCACAGAAGAACGCACTTGTTGCAATATTCCATTCATCGGAG
GATTCCAACGAGAATGTAACACCTAGAACCTTTCTGATAAGGACAAAGACAGCCGAGGCT
AGGGATAAGTTAGCAACAGCCATACAAGAATACGCACCTTCTTTATGAAAATGCCGAAAC
ACTTGTTAATCTCTTATTGAGCCATCCACTCTATTTTTGTCTCCCTTGTTCTGTAATATT
AGGAAGGCTCTCGAGAGTAACTAAGGCTTGATTAAAGTAATACTCATTGTTGTATGATTG
AGAGGAGTGCCAAATTTATTCTGTAGCCTAATAGAGAATGTTGTGTGACAGTCTTTGTAA
CTTAAAAACTCAGAAACAATAAATCATTCCTTTCTAT

QA 2 758 2 758
DS 



AS 1 4

CO CL2715Contig1 674 4 7 U
GGATGTCCACACACACACAGACACTAAACATTTATCATCACAGAGCCGTAGAGGAAACAA
CAGAGAATGGTGGTGTTAGGGATACAGTCTCTTCACTGGTACGTACATGGAGGATTCATG
GAGAAGAAGAATAAAAAAACATCTGATGAGTATTGTAAAAGCCACTGAAAACGACGACGA
CTCTTCTTCTTCTTCTGCACAGAGATTCGAAATCGATAGAGATAAAGCTAGAGAAGCTCT
GAAACAGCTTGACCAACAAATCGAATCTCAAGCCGACGAAAAACCAAGAACCTTCGTCAA
GACGTCATCGGAGGTTGTCAGAACAAGTAGCGGAGGAGGTTCGTCATCAATGGATCCATT
CATGTTTGAAGAACCACCTGAGATGTCCGGATCATTCCTCACAACTACAGCTTTTCTTCT
CTTAGCTTTTACACTGTTCTATAATATTTTGTTCTTTACAGTGATAAAACCATCAATGGA
TGGACCAGAATCAGTTCCAGAAGCAAAGTCAGTCGCTATGTCTGATTCTGAGCTTATCCA
GTTTCCACTTTCGTCTTTTCCTGAAAACACTTCTAAATAGTAAACCCCACAGAGTGTTTT
TTTAATATGCTTACATAATCATAGCAGTTCTTGTATTCACTAAAATGTTATATCTCAGGA
CACAAAACTCTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 15 15 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G165TF U 1
AF RR3BN22JQ C 10
AF RR3BN22TF U 10
AF RR3G287TF U 60
BS 1 170 RR3G165TF
BS 171 171 RR3BN22TF
BS 172 474 RR3G165TF
BS 475 475 RR3BN22TF
BS 476 603 RR3G165TF
BS 604 610 RR3BN22TF
BS 611 674 RR3G287TF

RD RR3G165TF 603 0 0
GGATGTCCACACACACACAGACACTAAACATTTATCATCACAGAGCCGTAGAGGAAACAA
CAGAGAATGGTGGTGTTAGGGATACAGTCTCTTCACTGGTACGTACATGGAGGATTCATG
GAGAAGAAGAATAAAAAAACATCTGATGAGTATTGTAAAAGCCACTGAAAGCGACGACGA
CTCTTCTTCTTCTTCTGCACAGAGATTCGAAATCGATAGAGATAAAGCTAGAGAAGCTCT
GAAACAGCTTGACCAACAAATCGAATCTCAAGCCGACGAAAAACCAAGAACCTTCGTCAA
GACGTCATCGGAGGTTGTCAGAACAAGTAGCGGAGGAGGTTCGTCATCAATGGATCCATT
CATGTTTGAAGAACCACCTGAGATGTCCGGATCATTCCTCACAACTACAGCTTTTCTTCT
CTTAGCTTTTACACTGTTCTATAATATTTTGTTCTTTACAGTGATAAAACCATCCATGGA
TGGACCAGAATCAGTTCCAGAAGCAAAGTCAGTCGCTATGTCTGATTCTGAGCTTATCCA
GTTTCCACTTTCGTCTTTTCCTGAAAACACTTCTAAATAGTAAACCCCACAGAGTGTTTT
TTT

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3BN22JQ 603 0 0
GGACACACA
AGACACTAAACATTTATCATCACAGAGCCGTAGAGGAAACAACAGAGAATGGTGGTGTTA
GGGATACAGTCTCTTCACTGGTACGTACATGGAGGATTCATGGAGAAGAAGAATAAAAAA
ACATCTGATGAGTATTGTAAAAGCCACTGAAAACGACGACGACTCTTCTTCTTCTTCTGC
ACAGAGATTCGAAATCGATAGAGATAAAGCTAGAGAAGCTCTGAAACAGCTTGACCAACA
AATCGAATCTCAAGCCGACGAAAAACCAAGAACCTTCGTCAAGACGTCATCGGAGGTTGT
CAGAACAAGTAGCGGAGGAGGTTCGTCATCAATGGATCCATTCATGTTTGAAGAACCACC
TGAGATGTCCGGATCATTCCTCACAACTACAGCTTTTCTTCTCTTAGCTTTTACACTGTT
CTATAATATTTTGTTCTTTACAGTGATAAAACCATCAATGGATGGACCAGAATCAGTTCC
AGAAGCAAAGTCAGTCGCTATGTCTGATTCTGAGCTTATCCAGTTTCCACTTTCGTCTTT
TCCTGAAAACACTTCTAAATAGTAAACCCCACAGAGTGTTTTTTTAATATGC
GT

QA 10 601 10 601
DS 

RD RR3BN22TF 603 0 0
GGACACACA
AGACACTAAACATTTATCATCACAGAGCCGTAGAGGAAACAACAGAGAATGGTGGTGTTA
GGGATACAGTCTCTTCACTGGTACGTACATGGAGGATTCATGGAGAAGAAGAATAAAAAA
ACATCTGATGAGTATTGTAAAAGCCACTGAAAACGACGACGACTCTTCTTCTTCTTCTGC
ACAGAGATTCGAAATCGATAGAGATAAAGCTAGAGAAGCTCTGAAACAGCTTGACCAACA
AATCGAATCTCAAGCCGACGAAAAACCAAGAACCTTCGTCAAGACGTCATCGGAGGTTGT
CAGAACAAGTAGCGGAGGAGGTTCGTCATCAATGGATCCATTCATGTTTGAAGAACCACC
TGAGATGTCCGGATCATTCCTCACAACTACAGCTTTTCTTCTCTTAGCTTTTACACTGTT
CTATAATATTTTGTTCTTTACAGTGATAAAACCATCAATGGATGGACCAGAATCAGTTCC
AGAAGCAAAGTCAGTCGCTATGTCTGATTCTGAGCTTATCCAGTTTCCACTTTCGTCTTT
TCCTGAAAACACTTCTAAATAGTAAACCCCACAGAGTGTTTTTTTAATATGC
GT

QA 10 601 10 601
DS 

RD RR3G287TF 615 0 0
GG
AGAGAATGGTGGTGTTAGGGATACAGTCTCTTCACTGGTACGTACATGGAGGATTCATGG
AGAAGAAGAATAAAAAA*CATCTGATGAGTATTGTAAAAGCCACTGAAAGCGACGAC***
TCTTCTTCTTCTTCTGCACAGAGATTCGAAGTCGATAGAGATAAAGCTAGAGAAGCTCTG
AAACAGTTTGACCAACAAATCGAATCTCAAGCCGACGAAAAACCAGGAACCTTCGTCAAG
ACGTCATCGGAGGTTGTCAGAACAAGTAGCGGAGGAGGTTCGTCATCAATGGATCCATTC
ATGTTTGAAGAACCACCTGAGATGTCCGGATCGTTCCTCACAACTACAGCTTTTCTTCTC
TTAGCTTTTACACTGTTCTATAATATTTTGTTCTTTACAGTGATAAAACCATCAATGGAT
GGACCAGAATCAGTTCCAGAAGCAAAGTCAGTCGCTATGTCTGATTCTGAGCTTATCCAG
TTTCCACTTTCGTCTTTTCCTGAAAACACTTCTAAATAGTAAACCCCACAGAGTGTTTTT
TTAATATGCTTACATAATCATAGCAGTTCTTGTATTCACTAAAATGTTATATCTCAGGAC
ACAAAACTCTATT

QA 3 615 3 615
DS 



AS 1 2

CO CL2716Contig1 688 2 4 U
GGGATCAATCCAGATTCTTGCACGAACACGAGGATAGAAGATTGCTACATTGTCTCCGGA
GACGATTGTATCGTCGTGAAGAGTGGATGGGATCAGTACGGAATCAACTACGGCATGCCC
ACGAAACAGCTCTTGATCCGACGGCTCACATGCATCTCCCCTGATAGTGCTGTGATCGCT
CTAGGTAGTGAGATGTCCGGTGGAATTGAAGATGTTCGAGCTGAAGATATCGTCGCCATT
AACTCTGAATCTGGAATCAGGATTAAGACAGCGATTGGACGTGGAGGGTATGTGAAGGAT
GTGTATGTAAGAGGCATGACGATGAAGACAATGAAGTATGTGTTTTGGATGACCGGGAGT
TACGGTTCGCATCCAGACGAGCATTATGATCCGAAAGCGTTACCAATAATACAGAACATT
AATTATCAAGATATGGTCGCGGAGAACGTGACCATGCCGGCTCAGTTGGCTGGAATCACG
GGAGATCAGTTTACTGGGATTTGTATCTCTAACGTGACGATCACGCTTTCTAAGAAACCT
AAGAAAGTGCTTTGGAACTGTACGGATGTTTCTGGTTATACAAGCGGTGTAACTCCGGAG
CCGTGTCAGCTTTTGCCGGAGAAGCAGCCGGGGACGGTTGTGCCGTGTAACTTCCCGGAG
AGTCCGATTCCTATTGAAGAAGTGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG92TF U 1
AF RR3DU32TF U 104
BS 1 155 RR3GG92TF
BS 156 156 RR3DU32TF
BS 157 677 RR3GG92TF
BS 678 688 RR3DU32TF

RD RR3GG92TF 677 0 0
GGGATCAATCCAGATTCTTGCACGAACACGAGGATAGAAGATTGCTACATTGTCTCCGGA
GACGATTGTATCGTCGTGAAGAGTGGATGGGATCAGTACGGAATCAACTACGGCATGCCC
ACGAAACAGCTCTTGATCCGACGGCTCACATGCATTTCCCCTGATAGTGCTGTGATCGCT
CTAGGTAGTGAGATGTCCGGTGGAATTGAAGATGTTCGAGCTGAAGATATCGTCGCCATT
AACTCTGAATCTGGAATCAGGATTAAGACAGCGATTGGACGTGGAGGGTATGTGAAGGAT
GTGTATGTAAGAGGCATGACGATGAAGACAATGAAGTATGTGTTTTGGATGACCGGGAGT
TACGGTTCGCATCCAGACGAGCATTATGATCCGAAAGCGTTACCAATAATACAGAACATT
AATTATCAAGATATGGTCGCGGAGAACGTGACCATGCCGGCTCAGTTGGCTGGAATCACG
GGAGATCAGTTTACTGGGATTTGTATCTCTAACGTGACGATCACGCTTTCTAAGAAACCT
AAGAAAGTGCTTTGGAACTGTACGGATGTTTCTGGTTATACAAGCGGTGTAACTCCGGAG
CCGTGTCAGCTTTTGCCGGAGAAGCAGCCGGGGACGGTTGTGCCGTGTAACTTCCCGGAG
AGTCCGATTCCTATTGA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3DU32TF 585 0 0
G
CAACTACGGCATGCCCACGAAACAGCTCTTGATCCGACGGCTCACATGCATCTCCCCTGA
TAGTGCTGTGATCGCTCTAGGTAGTGAGATGTCCGGTGGAATTGAAGATGTTCGAGCTGA
AGATATCGTCGCCATTAACTCTGAATCTGGAATCAGGATTAAGACAGCGATTGGACGTGG
AGGGTATGTGAAGGATGTGTATGTGAGAGGCATGACGATGAAGACAATGAAGTATGTGTT
TTGGATGACCGGGAGTTACGGTTCGCATCCAGACGAGCATTATGATCCGAAAGCGTTACC
AATAATACAGAACATTAATTATCAAGATATGGTCGCGGAGAACGTGACCATGCCGGCTCA
GTTGGCTGGAATCACGGGAGATCAGTTTACTGGGATTTGTATCTCTAACGTGACGATCAC
GCTTTCTAAGAAACCTAAGAAAGTGCTTTGGAACTGTACGGATGTTTCTGGTTATACAAG
CGGTGTAACTCCGGAGCCGTGTCAGCTTTTGCCGGAGAAGCAGCCGGG*ACGGTTGTGCC
GTGTAACTTCCCGGAGAGTCCGATTCCTATTGAAGAAGTGAAGC

QA 2 585 2 585
DS 



AS 1 2

CO CL2717Contig1 1033 2 2 U
GGATTCGTAACTCCTTTGATCATCATACTCTAGAGTAGGACTCGTAACCATCCTCTGTTC
CAGAACAGAGTATCTCTGAAAACGAAGCAGAGCAGCGACTCCTGTTTTTTTTAATTTTTC
GATTCCATGGCTTTGACTTCGTGCCTAAAGACTGGGGTAGTTCCGATGTCTCCGACCACC
GGATTGTATCTTTCCGGGAGTCTTGTGAAGTCGGACAGTGGCTTCTCCGTTCCGACCAAG
TTACAGAGCATTCGAAGAGAGAGGCTGAGAATCCAAGCGGTGTTCAGCTTTCCTCCGGCG
TTTCTAACGAGAAACGGTCGAGCGGAGAAGCAGAAGCAGCTGAAGCTAGACCTTCTCGAA
GCCATTGAGCCTCTCGAACGTGGCGCTACGGCTTCTCCTGATGACCAGCTTCGTATTGAT
CAGTTGGCGCGAAAAGTGGAAGCAGTGAATCCAACCAGGGAGCCTTTGAAATCTGATTTA
ATCAATGGGAAATGGGAGCTCATTTACACAACCTCTGCTTCTATTCTGCAGGCCAAGAAA
CCAAGGTTCTTGGGATCAATAACAAACTACCAATCTATCAATGTGGATACACTCAAGGTT
CAAAACATGGAGACTTGGCCTTTCTTCAACTCGGTAACTGGAGACATAAGACCTCTCAAT
TCAAGGAAGGTTGCTGTGCAGCTCAAAGTGTTCAAAATTTTCGGCCTTATCCCTGTAAAT
GCACCTGAAACCGCACGTGGTGAACTAGAGATTACCTATGTGGACGAGGAGCTACGGCTG
TCAAGGGGTGACAAGGGAAATTTGTTTATACTGAAGATGTTTGATCCAACTTATCGAATC
CCTCTCTGAAGCAAGCCAATCATACAAACATGCATTACCCCCATCGCTTGTTCTGTCTCT
CTTCATCATATGTATAGATGAGATGAATGTTTCTTCTTCTTTTTTGAGCAACGAATGTCT
AATACGAATGTTTCTTCTTCTTCTACAAACATAACGTCTAATAAGAAAAAGAAAAGAGAC
AAGTTTTTGCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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CAAAACATGGAGACTTGGCCTTTCTTCAACTCGGTAACTGGAGACATAAGACCTCTCAAT
T

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DS 

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AAGCAAGCCAATCATACAAACATGCATTACCCCCATCGCTTGTTCTGTCTCTCTTCATCA
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TGTTTCTTCTTCTTCTACAAACATAACGTCTAATAAGAAAAAGAAAAGAGACAAGTTTTT
GCCCC

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DS 



AS 1 4

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TCCACCATGTCCACTCTCTCATTCTCCCCTTCCATCACAACCACCACCCATGCGCAGTTT
AGCCACCCCCTCTCCTCCATGTCTATCCTGCGCCGCCTCCCCCTCTCACGCAACCTCCGC
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CAGGACGCCGCCCTCTGGACCCCGGCTCCACTCTCTCTGATCGAATCCGCCGCCGAATCG
CTCTTCCACGTCTCCATCGACGTCTCGGGCTCCCCGGATCTCGCCGCCTCCTACACGAGG
TCCGGGCAGTACCTCCAGCTCCGCGTCCCCGACGTCGAGAAGCCTTCGTTCCTGGCGATC
GCCTCTCCTCCTTCGCTCGCGGCGTCTCGAGGAGCTTTCGAGTTCTTGGTGAAGAGTATA
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AAAAACTTTTGACAGATAAATTTATTTGTATGTTGTAGTAACTTATATACTGTGTCATCA
TCATATGATTCTTTTGCTACCAAGATCAAACACAGATTTTTGTAATACCTTAAAGATGAA
TAATAGTACTGTGTTGATTGTCAGATGTCACCCACATCATTCATCTTAATGATTAACCAG
TGTTACCATGGTGACG


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BS 1101 1156 RR3B524JQ

RD RR3B524TF 728 0 0
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TCCACCATGTCCACTCTCTCATTCTCCCCTTCCATCACAACCACCACCCATGCGCAGTTT
AGCCACCCCCTCTCCTCCATGTCTATCCTGCGCCGCCTCCCCCTCTCACGCAACCTCCGC
TTCTCCTCCTCCCGCACCAACAACCGCGTCGCCTCCGTCGTCACCGCCGCGGCGGTTCGC
CAGGACGCCGCCCTCTGGACCCCGGCTCCACTCTCTCTGATCGAATCCGCCGCCGAATCG
CTCTTCCACGTCTCCATCGACGTCTCGGGCTCCCCGGATCTCGCCGCCTCCTACACGAGG
TCCGGGCAGTACCTCCAGCTCCGCGTCCCCGACGTCGAGAAGCCTTCGTTCCTGGCGATC
GCCTCTCCTCCTTCGCTCGCGGCGTCTCGAGGAGCTTTCGAGTTCTTGGTGAAGAGTATA
GCTGGATCCACGGCGGAGGTTCTGTGCGGGTTGAAGAGAGGGGAGACCGTCGAGCTTAGC
GCTGTGATGGGGAATGGTTTCGATATGGGTCAGGTTGATCCTCCCGAGGAGTATCCCACG
GTTTTGATTTTCGCCACTGGATCTGGAATCAGTCCCATCCGCTCACTGATTGAGACAGGA
TTTGGCGCTGATAGAAGATCCGATGTAAGACTATATTATGGAGCTCGGAACCTGAAAAGA
ATGGCTTA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3H224TF 689 0 0
G
GCGTCCCCGACGTCGAGAAGCCTTCGTTCCTGGCGATCGCCTCTCCTCCTTCGCTCGCGG
CGTCTCGAGGAGCTTTCGAGTTCTTGGTGAAGAGTATAGCTGGATCCACGGCGGAGGTTC
TGTGCGGGTTGAAGAGAGGGGAGACCGTCGAGCTTAGCGCTGTGATGGGGAATGGTTTCG
ATATGGGTCAGGTTGATCCTCCCGAGGAGTATCCCACGGTTTTGATTTTCGCCACTGGAT
CTGGAATCAGTCCCATCCGCTCACTGATTGAGACAGGATTTGGCGCTGATAGAAGATCCG
ATGTAAGACTATATTATGGAGCTCGGAACCTGAAAAGAATGGCTTATCAGGAAAAGTTTA
AAGAGTGGGAATCATCGGGTGTCAA*GTTGTGCCTGTATTATCACAGCCAGATGATGGGT
GGACAGGGGAAACCGGATATGTCCAGGCTGCCTTTGCAAGGGCTAAACAAGTTTCAAAAC
CTGAGGCCACAGGAGTGGTGCTGTGCGGACAGAGACAAATGGCTGAGGAGATAACCGCGA
TGCTTGTAGCTGATGGAGTCTCAGATGATAAGATGCTCAAAAACTTTTGACAGATAAATT
TATTTGTATGTTGTAGTAACTTATATACTGTGTCATCATCATATGATTCTTTTGCTACCA
AGATCAAACACAGATTTTT
TGTAATACC

QA 2 680 2 680
DS 

RD RR3FC33TF 613 0 0
G
CACGGCGGAGGTTCTGTGCGGGTTGAAGAGAGGGGAGACCGTCGAGCTTAGCGCTGTGAT
GGGGAATGGTTTCGATATGGGTCAGGTTGATCCTCCCGAGGAGTATCCCACGGTTTTGAT
TTTCGCCACTGGATCTGGAATCAGTCCCATCCGCTCACTGATTGAGACAGGATTTGGCGC
TGC**GAAGATCCGATGTAAGACTCTATTACGGAGCTAGGAACCTGAAAAGAATGGCTTA
TCAGGAAAAGTTTAAAGAGTGGGAATCATCGGGTGTCAAAGTTGTGCCTGTATTATCACA
GCCAGATGATGGGTGGACAGGGGAAACCGGATATGTCCAGGCTGCTTTTGCAAGGGCTAA
ACAAGTTTCAAAACCTGAGGCCACAGGAGTGGTGCTATGCGGACAGAGACAAATGGCTGA
GGAGATAACCGCGATGCTTGTAGCTGATGGAGTCTCAGATGACAAGATGCTCAAAAACTT
TTGACAGATAAATTTATTTGTATGTTGTAGTAACTTATATACTGTGTCGTCATCATATGA
TTCTTTTGCTACCAAAATCAAACACAGATTTTTGTAATACCTTAAAGATGAATAATAGTA
CTGTGTTGATTG

QA 2 613 2 613
DS 

RD RR3B524JQ 705 0 0
GAGCTTTCGAGTTCTTGGTGAAGAGTATAGCTGGATCCACGGCGGAGGTTCTGTGCGGGT
TGAAGAGAGGGGAGACCGTCGAGCTTAGCGCTGTGATGGGGAATGGTTTCGATATGGGTC
AGGTTGATCCTCCCGAGGAGTATCCCACGGTTTTGATTTTCGCCACTGGATCTGGAATCA
GTCCCATCCGCTCACTGATTGAGACAGGATTTGGCGCTGATAGAAGATCCGATGTAAGAC
TATATTATGGAGCTCGGAACCTGAAAAGAATGGCTTATCAGGAAAAGTTTAAAGAGTGGG
AATCATCGGGTGTCAAAGTTGTGCCTGTATTATCACAGCCAGACGATGGGTGGACAGGGG
AAACCGGATATGTCCAGGCTGCCTTTGCAAGGGCTAAACAAGTTTCAAAACCTGAGGCCA
CAGGAGTGGTGCTGTGCGGACAGAGACAAATGGCTGAGGAGATAACCGCGATGCTTGTAG
CTGATGGAGTCTCAGATGACAAGATGCTCAAAAACTTTTGACAGATAAATTTATTTGTAT
GTTGTAGTAACTTATATACTGTGTCATCATCATATGATTCTTTTGCTACCAAGATCAAAC
ACAGATTTTTGTAATACCTTAAAGATGAATAGTAGTACTGTGTTGATTGTCAGATGTCAC
CCACATCATTCATCTTAATGATTAACCAGTGTTACCATGGTGACG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 3

CO CL2719Contig1 789 3 9 U
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TTCTGATTGGCCATCATGAATGAATAAGGAGAAGAAGAAGGATGTGAT*ATGAAGGAGGA
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ATCACAGCTCCGTTCCCGTCGGCTTTCTTGATCACCAGGTTAGATTTCTGGTAAACACCG
GTTCCTCTCAGAGCATCAGCTATGAAGTCATCAAACCCGATTGCTATGGCTGCTTCAGCT
TTCGCTCCATATACCAATCTCTTGAGTCTGGAGAGATGGATGGCTCCGAAGCACATGGGA
CAAGGCTCACAGGATGCGTAAATCTCGCATTCTGAGAGCTCGATTTTGTTAAGTTTCTTG
CATGCCTCTCGAATGGCAGTGACTTCGGCATGAGCAGTAGGGTCAGTGTACTTGAGAACC
ATGTTGTGGCAGCTAGCGACGACCTGGTTATTGTGGACAATAACAGCACCAAAAGGGCCA
CCATCACCACAGTCAACACCCTTGTAAGCTTCTTCAACAGCTTGGGTTAGGAACTTGTGG
TCACTGTCTTGCACAGCTTGCTGGTGACCGGCAAAAGCAGTAGCAACGGAGATGGTTCCG
TCTTTTGCTTCCACTTTAGCTTCTTCCATTGACTGATCGATGACAATTTGAGGGCTTTGA
TTTTTTTTTTTATCTGGGGAGGAGAATTCTACAAGAGGCGATTGTGTTTGTGTGGTGGGT
GAAGGTTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI96JQ U 1
AF RR3H579JQ U 1
AF RR3BI96TF C 36
BS 1 632 RR3BI96JQ
BS 633 694 RR3H579JQ
BS 695 695 RR3BI96TF
BS 696 697 RR3H579JQ
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BS 699 703 RR3H579JQ
BS 704 704 RR3BI96TF
BS 705 711 RR3H579JQ
BS 712 789 RR3BI96TF

RD RR3BI96JQ 638 0 0
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TTCTGATTGGCCATCATGAATGAATAAGGAGAAGAAGAAGGATGTGAT*ATGAAGGAGGA
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CCATCACCACAGTCAACACCCTTGTAAGCTTCTTCAACAGCTTGGGTTAGGAACTTGTGG
TCACTGTCTTGCACAGCTTGCTGGTGACCGGC
GAATGC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3H579JQ 721 0 0
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GAAGAACT*TCTCAGTATAAACGGAACTTCTCCTTAGTGTTCTGGAACACTTGTTCAGCA
ATGACAGCTCCATTCCCGTCGGCTTTCTTGATCACCAGGTTAGATTTCTGGTAAACACCG
GTTCCTCTCAGAGCATCAGCTATGAAGTCATCAAACCCGATTGCTATGGCTGCTTCAGCT
TTCGCTCCACATACCAATCTCTTGAGTCTGGAGAGATGGATGGCTCCGAAGCACATGGGA
CACGGCTCACAGGATGCGTAAATCTCGCATTCTGAGAGCTCGATTTGGTTAAGTTTCTTG
CATGCCTCTCGAATGGCAGTGACTTCGGCATGAGCAGTAGGGTCAGTGTACTTGAGAACC
ATGTTGTGGCAGCTAGCGACGACTTCGTTATTGTGGACAATAACAGCACCGAAAGGGCCA
CCATCACCACAGTCAACACCCTTGTAAGCTTCTTCAACAGCTTGGGTTAGGAACTTGTGG
TCACTGTCTTGCACAGCTTGTTGGTGACCGGCAAAAGCAGTAGCAACGGAGATGGTTCCG
TCTTTTGCTTCCACTTTAGCTTCTTCCATTGACTTATTGATGAGAATTTGA
CGAATTGATT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3BI96TF 754 0 0
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AGTGTTCTGGAACACTTGTTCAGCAATCACAGCTCCGTTCCCGTCGGCTTTCTTGATCAC
CAGGTTAGATTTCTGGTAAACACCGGTTCCTCTCAGAGCATCAGCTATGAAGTCATCAAA
CCCGATTGCTATGGCTGCTTCAGCTTTCGCTCCATATACCAATCTCTTGAGTCTGGAGAG
ATGGATGGCTCCGAAGCACATGGGACAAGGCTCACAGGATGCGTAAATCTCGCATTCTGA
GAGCTCGATTTTGTTAAGTTTCTTGCATGCCTCTCGAATGGCAGTGACTTCGGCATGAGC
AGTAGGGTCAGTGTACTTGAGAACCATGTTGTGGCAGCTAGCGACGACCTGGTTATTGTG
GACAATAACAGCACCAAAAGGGCCACCATCACCACAGTCAACACCCTTGTAAGCTTCTTC
AACAGCTTGGGTTAGGAACTTGTGGTCACTGTCTTGCACAGCTTGCTGGTGACCGGCGAA
TGCAGTAGCAACGGAGATGGTTCCGTCTTTTGCTTCCACTTTAGCTTCTTCCATTGACTG
ATCGATGACAATTTGAGGGCTTTGATTTTTTTTTTTATCTGGGGAGGAGAATTCTACAAG
AGGCGATTGTGTTTGTGTGGTGGGTGAAGGTTCC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 4

CO CL2720Contig1 1349 4 15 U
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AGACTTGGAGAAGATACATATTCCTCCATATCTAAAGTGTCTTGCTCAGGGTGTCTCCAC
GGTTATGGCATCTTACTCCAGCTGAAACGGAAGTAACCTTCACTCCAGTTACTTTCTCTT
AACAGAAGTGCTCAAGGAAAAACTAGGTTTCAAGGGCTTTATAGTTTCAGACTGGGAAGG
TTTGGACCGGCTTAGTGATCCTAGAGGATCGAACTACCGTAACTGCGTTAAAACTGCTGT
CAATGCTGGAATCGACATGGTGATGGTACCATTTAACTATGAACAGTTCATACAAGACAT
GACGGCCCTGGTGGAGTCAGGGGAAATACCAATGGCTCGGGTCAATGACGCTGTTGAAAG
AATACTCAGAGTGAAGTTTGTCGCTAGTCTCTTCAAACATCCTTTGTCGGACAGGTCTTT
GCTGGGAACTGTTGGCTGCAAGGAACATAGAGAATTGGGGCGTGAAGCAGTTAGAAAGTC
GTTAGTGTTGCTAAAAAATGGGAAAAATGCTGATAAACCGTTTCTGCCGCTAGATCGCAC
CGCCAAGAGAATCCTAGTCACTGGAACGCATGCAGATGATCTTGGGTATCAGTGTGGAGG
ATGGACTAAGACATGGTTTGGTCTAAGTGGCAGGATCACAATCGGCACGACGCCTTTGGA
TGCCATAAAAGCAGCGGTCGGAGACAAAACCGAAGTGGTCTACGAGAAAACTCCATCTAA
GGAAACGTTAGACTCGAGTGAAGGATCCTCTTACGCCATTGTTGCAGTGGGGGAATCTCC
CTATGCAGAGACTATTGGTGACAGCTCCGAACTCATAATACCATTAGACGGTAGCAACAC
TGTAACCACGGTGGCAGAGAGAATCCCAGCTCTGGTGATGTTGATCTCAGGAAGACCTGT
GGTTTTGGAGCCGACGGTTCTTGAAAAGACGGAGGCTCTAGTAGCTGCTTGGCTGCCTGG
AACAGAAGGACAAGGAATGGCTGACGTCATTTTTGGTGATTTTGACTTTGAGGGGAAGTT
ACCGGTGAGCTGGTTCAAAACCGTTGAGCATTTGCCGTTAAACGCTCGTGCCAATTCGTA
TGACCCATTGTTCCCTCTTGGTTTCGGTCTCAATTCAAAACCAGTGTAACTTCACCGGTC
TAGTATTATTGTGTACTTTGGGGAAGTATCTAATGACATGTGTTACAAACAAAACAATGT
CGTGTTTGTAAAATAATCTATCGATAAGAACTATTGTATTGTTGGTTTGCTATTAGTACC
ACGGAACGGAACAAGACAAGCTTACAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AE94TF U 1
AF RR3DY07TF U 485
AF RR3DY07JQ C 669
AF RR3AE94JQ C 669
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BS 695 713 RR3AE94TF
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RD RR3AE94TF 823 0 0
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CAATGCTGGAATCGACATGGTGATGGTACCATTTAACTATGAACAGTTCATACAAGACAT
GACGGCCCTGGTGGAGTCAGGGGAAATACCAATGGCTCGGGTCAATGACGCTGTTGAAAG
AATACTCAGAGTGAAGTTTGTCGCTAGTCTCTTCAAACATCCTTTGTCGGACAGGTCTTT
GCTGGGAACTGTTGGCTGCAAGGAACATAGAGAATTGGGGCGTGAAGCAGTTAGAAAGTC
GTTAGTGTTGCTAAAAAATGGGAAAAATGCTGATAAACCGTTTCTGCCGCTAGATCGCAC
CGCCAAGAGAATCCTAGTCACTGGAACGCATGCAGATGATCTTGGGTATCAGTGTGGAGG
ATGGACTAAGACATGGTTTGGTCTAAGTGGCAG*ATCACAATCGGCACGACGCTTTTGGA
TGCCATAAAAGCAGCGGTCGGAGACAAAACCGAAGTGGTCTACGAGAAA*CTCCATCTAA
G*AAACGTTAGACTCGAGTGAAGGATTCTCTTACGC
ATTGTTG

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DS 

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GTGTTGCTAAAAAATGGGAAAAATGCTGATAAACCGTTTCTGCCGCTAGATCGCACCGCC
AAGAGAATCCTAGTCACTGGAACGCATGCAGATGATCTTGGGTATCAGTGTGGAGGATGG
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ATAAAAGCAGCGGTCGGAGACAAAACCGAAGTGGTCTACGAGAAAACTCCATCTAAGGAA
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ACCACGGTGGCAGAGAGAATCCCAGCTCTGGTGATGTTGATCTCAG*AAGACCTGTGGTT
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TAAAATAATCTATCGATAAGAACTATTGTAT
G

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TAGACTCGAGTGAAGGATTCTCTTACGCCATTGTTGCAGTGGGGGAATCTCCCTATGCAG
AGACTATTGGTGACAGCTCCGAACTCATAATACCATTAGACGGTAGCAACACTGTAACCA
CGGTGGCAGAGAGAATCCCAACTCTGGTGATGTTGATCTCAGGAAGACCTGTGGTTTTGG
AGCCGACGGTTCTTGAAAAGACGGAGGCTCTAGTAACTGCTTGGCTGCCTGGAACAGAAG
GACAAGGAATGGCTGACGTCATTTTTGGTGATTTTGACTTTGAGGGGAAGTTACCGGTGA
GCTGGTTCAAAACCGTTGAGCATTTGCCGTTAAACGCTCGTGCCAATTCGTATGACCCAT
TGTTCCCTCTTGGTTTCGGTCTCAATTCAAAACCAGTGTAACTTCACCGGTCTAGTATTA
TTGTGTACTTTGGGGAAGTATCTAATGACATGTGTTACAAACAAAACAATGTCGTGTTTG
TAAAATAATCTATCGATAAGAACTATTGTATTGTTGGTTTGCTATTAGTACCACGGAACG
GAACAAGACAAGCTTACAATT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 4

CO CL2721Contig1 735 4 26 U
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CACTTATGGAACCATTCATACTATAACAAATCACGGTCCATTCGACTCAACACTCTTTAG
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AGATCTTGCTCGTCCATGGAGATCTTGCTCGCGTCAACACCACTCGGGATCTCGTCCTCA
TCGAACACAACATTGTGTGGGAATCCAGCGTTGTTCTTGAACACAATCTTCTCTCCTTTC
GCTATTGTGAACTCGTTGGGAACGAAAGCTAACGCTCCATCTCCTGATCCCAAGAGAACA
TCTATCGCCATGGCGTTTCCAGCCAAAGCGATTGAAGCTGCAGCCGCAACAGCCGCGACT
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ATGGCGGAGGGTTTGGAGATTGTGGATTTGAGACCGGTGAACGATGGGATTGCGACGGTG
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ATATCTTTGTGTCCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
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30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GW59JQ U 1
AF RR3GW59TF C 16
AF RR3G304JQ U 80
AF RR3G304TF C 80
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RD RR3GW59JQ 533 0 0
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CACTTATGGAACCATTCATACTATAACAAATCACGGTCCATTCAACTCAACACTCTTTAA
AATTACAAAAAGGAAAGCCTCTACTTTGGTTCAAAAACACTCTTTCACTTACATTCACAC
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AAGCTGTAAGTCCCAGGCTCGCTCAAAGCAACCTCGTACGTCTCTCCCGCAGCGTTGAGT
AAATCTTGCTCGTCCATGGAAATCTTGCTCGCGTCAACACCACTCGGGATCTCGTCCTCA
TCGAACACAACATTGTGTGGGAATCCAGCGTTGTTCTTGAACACAATCTTCTCTCCTTTC
GCTATTGTGAACTCGTTGGGGACAAAAGCTAACGCTCCATCTCCTGATCCCAAAAAAACA
TCTATCGCCATGGCGTTTCCAGCCAAAGCGATTGAAGCTGCAGC
AGCTACGGC

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR3GW59TF 710 0 0
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TCATACTATAACAAATCACGGTCCATTCGACTCAACACTCTTTAGAATTACAAAAAGGAA
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ATGGAGATCTTGCTCGCGTCAACACCACTCGGGATCTCGTCCTCATCGAACACAACATTG
TGTGGGAATCCAGCGTTGTTCTTGAACACAATCTTCTCTCCTTTCGCTATTGTGAACTCG
TTGGGGACGAAAGCTAACGCTCCATCTCCTGATCCCAAGAGAACATCTATCGCCATGGCG
TTTCCAGCCAAAGCGATTGAAGCTGCAGCAGCTACGGCCGCGACTCCGAAGTCCTTTAGA
GATGACTTCACGGTGAGCTTCCGTGATGTTGTGGGGATTTTGACGATGGCGGAGGGTTTG
GAGATTGTGGATTTGAGACCGGTGAACGATGGGATTGCGACGGTGGCTGAGGTTACTGAG
GCCATGATGAAGAATATTAGAGGCTTAGATTTACTTTTTTTTTT
ATATCC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3G304JQ 622 0 0
G
CTATAACAAATCACGGTCCATTCGACTCAACACTCTTTAGAATTACAAAAAGGAAAGCCT
CTACTTTGGTTCAGAGACACTCTTTCACTTACATTCACACTTTATTTAGTTAACGGTGAC
TTTACCGACCATACCAGCACCCTGATGGGGCGCACAATAGAAGCTGTAAGTCCCAGGCTC
GGTCAAAGCAACCTCGTACGTCTCTCCCGCAGCGTTGAGTAGATCTTGCTCGTCCATGGA
GATCTTGCTCGCGTCAACACCACTCGGGATCTCGTCCTCATCGAACACAACATTGTGTGG
GAATCCAGCGTTGTTCTTGAACACAATCTTCTCTCCTTTCGCTATTGTGAACTCGTTGGG
AACGAAAGCTAACGCTCCATCTCCTGATCCCAAGAGAACATCTATCGCCATGGCGTTTCC
AGCCAAAGCGATTGAAGCTGCAGCCGCAACAGCCGCGACTCCGAAGTCCTTTAGAGATGA
CTTCACGGTGAGCTTCCGTGATGTTTTGGGGATTCTGACGATGGCGGAGGGTTTGGAGAT
TGTGGATTTGAGACCGGTGAACGATGGGATTGCGACGGTGGCTGAGGTTACTGAGGCCAT
GATGAAGAATATTAGAGGCTT

QA 2 622 2 622
DS 

RD RR3G304TF 656 0 0
G
CTATAACAAATCACGGTCCATTCGACTCAACACTCTTTAGAATTACAAAAAGGAAAGCCT
CTACTTTGGTTCAGAGACACTCTTTCACTTACATTCACACTTTATTTAGTTAACGGTGAC
TTTACCGACCATACCAGCACCCTGATGGGGCGCACAATAGAAGCTGTAAGTCCCAGGCTC
GGTCAAAGCAACCTCGTACGTCTCTCCCGCAGCGTTGAGTAGATCTTGCTCGTCCATGGA
GATCTTGCTCGCGTCAACACCACTCGGGATCTCGTCCTCATCGAACACAACATTGTGTGG
GAATCCAGCGTTGTTCTTGAACACAATCTTCTCTCCTTTCGCTATTGTGAACTCGTTGGG
AACGAAAGCTAACGCTCCATCTCCTGATCCCAAGAGAACATCTATCGCCATGGCGTTTCC
AGCCAAAGCGATTGAAGCTGCAGCCGCAACAGCCGCGACTCCGAAGTCCTTTAGAGATGA
CTTCACGGTGAGCTTCCGTGATGTTTTGGGGATTCTGACGATGGCGGAGGGTTTGGAGAT
TGTGGATTTGAGACCGGTGAACGATGGGATTGCGACGGTGGCTGAGGTTACTGAGGCCAT
GATGAAGAATATTAGAGGCTTAGATTTACTTTTTTTTTTGATATCTTTGTGTCCC

QA 2 656 2 656
DS 



AS 1 3

CO CL2722Contig1 850 3 6 U
CAAATCCCTAAAGTTCAATACTGAATTCTTCAGCAGCAGCAAGCAAACACACTCTCTCTA
AAATAATCTCTCTCTCTCTAAGGAAGAAGAATAAGATGGGGTTACAAGGTCAACTCTCTG
ACGTTTCATCAGATTCAATCCCTCTCATGCTCGTCGCTCTCCTCGCTACTCTGTTCAAAC
ACGTCCGCTCTTTCTTCCTCCGCTTCTCCTCCTCCTCCTCCGTTTTGGACGAAGATGCTC
CTCTCTCCATTTCCTCAGGGTTTGCTAACATCGCCGTACTCGCCGACCAGCTCAAACTCA
ACCGTCTCTTCTCATACCCCTACGACCATAAGGCCGCCGCAGCCGCATCCGACTGCATCG
TGTGCTTGTCTACACTCAAGACCGGAGAAGAAGTGAGGAAGCTGGGATGCAGACACGTGT
TCCACAAACAGTGTTTGGAAGATTGGCTTCAACATCTTAATTTCAATTGTCCGCTTTGTA
GATCTCCGTTGGTTGGTCGTGGAGGAGGATGTGAATCGATCTCTTCTCCTCTCTCTCTTC
TCTCAGAAGTTCAGTGAGTTCTGTTCATTGTCTGATGAACAAAAAAAAA*GGGAAAGAGA
AAGAGAGAAGAAGAGTTTGGGCGTTTTTTTGATCTCGCTGGCTTTCTCCTCTTTCTTTTG
TTTTTTTTTCTTTAGGGATTTGTGTGATATTATTATTTTTTTCTTCAAAAGGGGATTCTT
CGAAATCTCTTCTATATATATTTTTTTTTGAGGAATGTCTCAGATCAGATCGGAGAGGTT
CTTTTGTTATTCAAATTTTCGCACATGTAAATTTTCTAGTATGAATTATGAAAAGTGTTT
GTGTTGTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G847TF U 1
AF RR3F618TF U 178
AF RR3G847JQ C 64
BS 1 668 RR3G847TF
BS 669 669 RR3G847JQ
BS 670 771 RR3F618TF
BS 772 772 RR3G847JQ
BS 773 821 RR3F618TF
BS 822 850 RR3G847JQ

RD RR3G847TF 669 0 0
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AAATAATCTCTCTCTCTCTAAGGAAGAAGAATAAGATGGGGTTACAAGGTCAACTCTCTG
ACGTTTCATCAGATTCAATCCCTCTCATGCTCGTCGCTCTCCTCGCTACTCTGTTCAAAC
ACGTCCGCTCTTTCTTCCTCCGCTTCTCCTCCTCCTCCTCCGTTTTGGACGAAGATGCTC
CTCTCTCCATTTCCTCAGGGTTTGCTAACATCGCCGTACTCGCCGACCAGCTCAAACTCA
ACCGTCTCTTCTCATACCCCTACGACCATAAGGCCGCCGCAGCCGCATCCGACTGCATCG
TGTGCTTGTCTACACTCAAGACCGGAGAAGAAGTGAGGAAGCTGGGATGCAGACACGTGT
TCCACAAACAGTGTTTGGAAGATTGGCTTCAACATCTTAATTTCAATTGTCCGCTTTGTA
GATCTCCGTTGGTTGGTCGTGGAGGAGGATGTGAATCGATCTCTTCTCCTCTCTCTCTTC
TCTCAGAAGTTCAGTGAGTTCTGTTCATTGTCTGATGAACAAAAAAAAA*GGGAAAGAGA
AAGAGAGAAGAAGAGTTTGGGCGTTTTTTTGATCTCGCTGGCTTTCTCCTCTTTCTTTTG
TTTTTTTT
C

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3F618TF 644 0 0
AACACGTCCGCTCTTTCTTCCTCCGCTTCTCCTCCTCCTCCTCCGTTTTGGACGAAGATG
CTCCTCTCTCCATTTCCTCAGGGTTTGCTAACATCGCCGTACTCGCCGACCAGCTCAAAC
TCAACCGTCTCTTCTCATACCCCTACGACCATAAGGCCGCCGCAGCCGCATCCGACTGCA
TCGTGTGCTTGTCTACACTCAAGACCGGAGAAGAAGTGAGGAAGCTGGGATGCAGACACG
TGTTCCACAAACAGTGTTTGGAAGATTGGCTTCAACATCTTAATTTCAATTGTCCGCTTT
GTAGATCTCCGTTGGTTGGTCGTGGAGGAGGATGTGAATCGATCTCTTCTCCTCTCTCT*
*TCTCTCAGAAGTTCAGTGAGTTCTGTTCATTGTCTGATGAACAAAAAAAAAAGGGAAAG
AGAAAGAGAGAAGAAGAGTTTGGGCGTTTTTTTGATCTCGCTGGCTTTCTCCTCTTTCTT
TTGTTTTTTTT*CTTTAGGGATTTGTGTGATATTATTATTTTTTTCTTCAAAAGGGGATT
CTTCGAAATCTCTTCTATATATATTTTTTTTTGAGGAATGTCTCAGATCAGATCTGAGAG
GTTCTTTTGTTATTCAAATTTTCGCACATGTAAATTTTCTAGTA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3G847JQ 787 0 0
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TTTCATCAGATTCAATCCCTCTCATGCTCGTCGCTCTCCTCGCTACTCTGTTCAAACACG
TCCGCTCTTTCTTCCTCCGCTTCTCCTCCTCCTCCTCCGTTTTGGACGAAGATGCTCCTC
TCTCCATTTCCTCAGGGTTTGCTAACATCGCCGTACTCGCCGACCAGCTCAAACTCAACC
GTCTCTTCTCATACCCCTACGACCATAAGGCCGCCGCAGCCGCATCCGACTGCATCGTGT
GCTTGTCTACACTCAAGACCGGAGAAGAAGTGAGGAAGCTGGGATGCAGACACGTGTTCC
ACAAACAGTGTTTGGAAGATTGGCTTCAACATCTTAATTTCAATTGTCCGCTTTGTAGAT
CTCCGTTGGTTGGTCGTGGAGGAGGATGTGAATCGATCTCTTCTCCTCTCTCTCTTCTCT
CAGAAGTTCAGTGAGTTCTGTTCATTGTCTGATGAACAAAAAAAAA*GGGAAAGAGAAAG
AGAGAAGAAGAGTTTGGGCGTTTTTTTGATCTCGCTGGCTTTCTCCTCTTTCTTTTGTTT
TTTTTTCTTTAGGGATTTGTGTGATATTATTATTTTTTTCTTCAAAAGGGGATTCTTCGA
AATCTCTTCTATATATATTTTTTTTTGAGGAATGTCTCAGATCAGATCGGAGAGGTTCTT
TTGTTATTCAAATTTTCGCACATGTAAATTTTCTAGTATGAATTATGAAAAGTGTTTGTG
TTGTTCG

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL2723Contig1 904 2 22 U
GAAAATGGAACTAAACGCTTAAAATTATACATTGTTTTATATTATGTACAAACGAAATTT
TAGTAGAATAATTTGATACCAAACTAATTTTAGCAACAGAAGAAAAATTAATGCTAAAAG
GAGACTGTTTTCTAGCATTAACATCTCGGTTTGCTACCTATTCATCCCATCAAGCTTTTC
TTGGTTTACAATACATTGTAACTTTGAAACATCAATAGTATTAAAATGTTTTTTAACACT
TTGTTACTACCCAAGAGAGAATCTGCTGCTCCACTTCTTCCCAATTATGAACTCTAGTAA
CCAAAGGATGTCTGTCCACAGACTCAGTTTTAGACCAAGGGTACGAGTTTTCATAGTCAA
AGAGGAGAACCTTCATTCCTATGTTAGCGCATTCCTCTGCATATCTGGGGTTATCGTCAA
TCAATATCTCTGCTCCAAACGATCTGCAGATTTCAGACTTGGGTTTAGACTCTCCATGAA
GAGCAAAATGATTCCCGAAATGAATCTGTTTAAAAAGTCCTGGAAAATGCATATCGATCC
ACCCAAGTGTGTGATCCTTTATCGCATTCTGCCGGGACGTAACAACTGAGAGCTCGCAGT
ATCTTGATAGCTTGTGAAGAGTCTTATGGGCACCTGGAAGAGGATGGATCCCTTTCTTGA
AATATGATGTCTTAAAGAATTCATGAACACGTAGGTCAGCTTCATTCCGAGAGCAGTTCC
ATATCCTGAAGAATTCGTAGACATGGTACTCTGAGACAGAATGGTTTGACAAATAGCGGT
CGGCAATGAACTTGTTAAGGGCCGAGACAAAGTTTCCAAGAACCTCATCAATGTCAACAG
CCACAACGATCTTATCATTCCCTTGGAACCTCGCCGTGTTACCAACTCCACGTCCATCCG
CTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3AL05JQ U 1
AF RR3CP55JQ U 133
BS 1 140 RR3AL05JQ
BS 141 141 RR3CP55JQ
BS 142 157 RR3AL05JQ
BS 158 158 RR3CP55JQ
BS 159 225 RR3AL05JQ
BS 226 226 RR3CP55JQ
BS 227 235 RR3AL05JQ
BS 236 236 RR3CP55JQ
BS 237 437 RR3AL05JQ
BS 438 438 RR3CP55JQ
BS 439 490 RR3AL05JQ
BS 491 491 RR3CP55JQ
BS 492 523 RR3AL05JQ
BS 524 524 RR3CP55JQ
BS 525 532 RR3AL05JQ
BS 533 533 RR3CP55JQ
BS 534 556 RR3AL05JQ
BS 557 557 RR3CP55JQ
BS 558 580 RR3AL05JQ
BS 581 581 RR3CP55JQ
BS 582 793 RR3AL05JQ
BS 794 904 RR3CP55JQ

RD RR3AL05JQ 793 0 0
GAAAATGGAACTAAACGCTTAAAATTATACATTGTTTTATATTATGTACAAACGAAATTT
TAGTAGAATAATTTGATACCAAACTAATTTTAGCAACAGAAGAAAAATTAATGCTAAAAG
GAGACTGTTTTCTAGCATTACCATCTCGGTTTGCTACTTATTCATCCCATCAAGCTTTTC
TTGGTTTACAATACATTGTAACTTTGAAACATCAATAGTATTAAA*TGTTTTTTAGCACT
TTGTTACTACCCAAGAGAGAATCTGCTGCTCCACTTCTTCCCAATTATGAACTCTAGTAA
CCAAAGGATGTCTGTCCACAGACTCAGTTTTAGACCAAGGGTACGAGTTTTCATAGTCAA
AGAGGAGAACCTTCATTCCTATGTTAGCGCATTCCTCTGCATATCTGGGGTTATCGTCAA
TCAATATCTCTGCTCCAGACGATCTGCAGATTTCAGACTTGGGTTTAGACTCTCCATGAA
GAGCAAAATGGTTCCCGAAATGAATCTGTTTAAAAAGTCCTGGGAAATGCATGTCGATCC
ACCCAAGTGTGTGATCTTTTATCGCATTCTGCCGGGACGTCACAACTGAGAGCTCGCAGT
ATCTTGATAGCTTGTGAAGAGTCTTATGGGCACCTGGAAGAGGATGGATCCCTTTCTTGA
AATATGATGTCTTAAAGAATTCATGAACACGTAGGTCAGCTTCATTCCGAGAGCAGTTCC
ATATCCTGAAGAATTCGTAGACATGGTACTCTGAGACAGAATGGTTTGACAAATAGCGGT
CGGCAATGAACTT

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3CP55JQ 772 0 0
GCAA
ATTAACATCTCGGTTTGCTACCTATTCATCCCATCAAGCTTTTCTTGGTTTACAATACAT
TGTAACTTTGAAACATCAATAGTATTAAAATGTTTTTTAACACTTTGTTACTACCCAAGA
GAGAATCTGCTGCTCCACTTCTTCCCAATTATGAACTCTAGTAACCAAAGGATGTCTGTC
CACAGACTCAGTTTTAGACCAAGGGTACGAGTTTTCATAGTCAAAGAGGAGAACCTTCAT
TCCTATGTTAGCGCATTCCTCTGCATATCTGGGGTTATCGTCAATCAATATCTCTGCTCC
AAATGATCTGCAGATTTCAGACTTGGGTTTAGACTCTCCATGAAGAGCAAAATGATTCCC
GAAATGAATCTGTTTAAACAGTCCTGGAAAATGCATATCGATCCACCCAAGTGTGTGATC
CTTTATTGCATTCTGCCGGGACGTAACAACTGAGAGCTCGCAGTATCTTGATAGCTTGTG
AAGAGTCTTATGGGCACCTGGAAGAGGATGGATCCCTTTCTTGAAATATGATGTCTTAAA
GAATTCATGAACACGTAGGTCAGCTTCATTCCGAGAGCAGTTCCATATCCTGAAGAATTC
GTAGACATGGTACTCTGAGACAGAATGGTTTGACAAATAGCGGTCGGCAATGAACTTGTT
AAGGGCCGAGACAAAGTTTCCAAGAACCTCATCAATGTCAACAGCCACAACGATCTTATC
ATTCCCTTGGAACCTCGCCGTGTTACCAACTCCACGTCCATCCGCTAA

QA 5 772 5 772
DS 



AS 1 4

CO CL2724Contig1 1220 4 7 U
GGAGATATCCAAACAACTCACCCCCTTTTGCTCGCCTCTCTCTCCGATTCTCCAGAGCCG
ATTAGGGTTTCTGGATTCCGATTGAAAAACCGTTCCTTTTTCTCGATTCCAGCGGATTGA
GTGTGCAATCCATCCTCACCCTGAAAAGGTAGCAGAGAAACGAGGAGGAGGATGGCGGAT
TCGAGCGCGACGATGCCGGTGGAGATGGCACAAATCTTCGCGACGGCGATGACGAATTGG
TGGGACGAGGTGAATGAGTCAACTCAGTGGCAAGATGGGATCTTCTTCTCTCTCTGTGGA
GCTTATGCTCTCGTCTCAGCCATCGCTCTCGTCCAGTTGGTGAGGATCCAAATGAGAGTG
CCTGAGTATGGCTGGACCACTCAGAAGGTGTTTCATCTTATGAACTTTGTCGTCAATGGA
GTTCGTGCGGTTCTGTTTGGATTTCACCATCAAGTCTTTCTCGTGCATCCCAAGGCTCTT
TGCTGGATACTATTGGATCTCCC*GGGCCTTCTCTTTTTCTCGGCATACACACTTCTCGT
GCTCTTCTGGGCAGAGATATATCACCAGGCGAGAAGTTTACCAACGGATAAGCTGCGGAT
AACCTATATCTCAGTCAATGTGACTGTATATTTGGCTCAGGTTGTAATCTGGGTATGCAT
CTGGGTAAATGATAACAGCACTGTGGAGTTAGTTGGAAAGATTTTTATGGCAGTTGTGTC
TTTCATCGCTGCGTTAGGCTTCTTGCTTTACGGAGGAAGGTTGTTTATTATGCTAAGAAG
GTTCCCTATTGAGTCAAAAGGAAGAAGGAAGAAGCTCCATGAGGTTGGATCTGTGACCAC
TATATGCTTCACCTGCTTTCTCATAAGATGCATTGTGGTGGGTGTATCAGCTTTTGACAG
GGATTTAACACTAGATGTTCTTGATCATCCAGTTCTGAACTTAATCTACTATATGGTGGT
GGAAGTACTTCCATCGGCACTAGTCCTCTTCATTTTGCGTAAGCTACCTCCAAAGAGAGT
ATCAGCTCAATACCATCCGATCCAGTAGACTTTTGTCTGAAGCCAGACATCACACGGTCA
TTTGATGATGATGTTGCAGGAGAGAGTAAAGATCCAGTTAAGAAAATGTGGTCAGGACAA
GAAGTTTTAAGGATTTGCTGACGGATGTTTGATTTATGTTTTGGTTTGTTGAAAATAATA
TCAAATTGTTTACATTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AM56TF U 1
AF RR3FP80TF U 8
AF RR3AM56JQ C 301
AF RR3FP80JQ C 520
BS 1 636 RR3AM56TF
BS 637 640 RR3FP80TF
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BS 840 1220 RR3AM56JQ

RD RR3AM56TF 636 0 0
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ATTAGGGTTTCTGGATTCCGATTGAAAAACCGTTCCTTTTTCTCGATTCCAGCGGATTGA
GTGTGCAATCCATCCTCACCCTGAAAAGGTAGCAGAGAAACGAGGAGGAGGATGGCGGAT
TCGAGCGCGACGATGCCGGTGGAGATGGCACAAATCTTCGCGACGGCGATGACGAATTGG
TGGGACGAGGTGAATGAGTCAACTCAGTGGCAAGATGGGATCTTCTTCTCTCTCTGTGGA
GCTTATGCTCTCGTCTCAGCCATCGCTCTCGTCCAGTTGGTGAGGATCCAAATGAGAGTG
CCTGAGTATGGCTGGACCACTCAGAAGGTGTTTCATCTTATGAACTTTGTCGTCAATGGA
GTTCGTGCGGTTCTGTTTGGATTTCACCATCAAGTCTTTCTCGTGCATCCCAAGGCTCTT
TGCTGGATACTATTGGATCTCCC*GGGCCTTCTCTTTTTCTCGGCATACACACTTCTCGT
GCTCTTCTGGGCAGAGATATATCACCAGGCGAGAAGTTTACCAACGGATAAGCTGCGGAT
AACCTATATCTCAGTCAATGTGACTGTATATTTGGC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3FP80TF 680 0 0
TT
CAAACAACTCACCCCCTTTTGCTCGCCTCTCTCTCCGATTCTCCAGAGCCGATTAGGGTT
TCTGGATTCCGATTGAAAAACCGTTCCTTTTTCTCGATTCCAGCGGATTGAGTGTGCAAT
CCATCCTCACCCTGAAAAGGTAGCAGAGAAACGAGGAGGAGGATGGCGGATTCGAGCGCG
ACGATGCCGGTGGAGATGGCACAAATCTTCGCGACGGCGATGACGAATTGGTGGGACGAG
GTGAATGAGTCAACTCAGTGGCAAGATGGGATCTTCTTCTCTCTCTGTGGAGCTTATGCT
CTCGTCTCAGCCATCGCTCTCGTCCAGTTGGTGAGGATCCAAATGAGAGTGCCTGAGTAT
GGCTGGACCACTCAGAAGGTGTTTCATCTTATGAACTTTGTCGTCAATGGAGTTCGTGCG
GTTCTGTTTGGATTTCACCATCAAGTCTTTCTCGTGCATCCCAAGGCTCTTTGCTGGATA
CTATTGGATCTCCC*GGGCCTTCTCTTTTTCTCGGCATACACACTTCTCGTGCTCTTCTG
GGCAGAGATATATCACCAGGCGAGAAGTTTACCAACGGATAAGCTGCGGATAACCTATAT
CTCAGTCAATGTGGCTGTATATTTGGCTCAG*TTGTAATCTGGGTATGCATCTGGGTAAA
TGATAACAGCACTGTGGA

QA 3 680 3 680
DS 

RD RR3AM56JQ 920 0 0
GCTTATGCTCTCGTCTCAGCCATCGCTCTCGTCCAGTTGGTGAGGATCCAAATGAGAGTG
C*TGAGTATGGCTGGACCACTCAGAAGGTGTTTCATCTTATGAACTTTGTCGTCAATGGA
GTTCGTGCGGTTCTGTTTGGATTTCACCATCAAGTCTTTCTCGTGCATCCCAAGGCTCTT
TGCTGGATACTATTGGATCTCCCCGGGCCTTCTCTTTTTCTCGGCATACACACTTCTCGT
GCTCTTCTGGGCAGAGATATATCACCAGGCGAGAAGTTTACCAACGGATAAGCTGCGGAT
AACCTATATCTCAGTCAATGTGACTGTATATTTGGCTCAGGTTGTAATCTGGGTATGCAT
CTGGGCAAATGATAACAGCACTGTGGAGTTAGTTGGAAAGATTTTTATGGCAGTTGTGTC
TTTCATCGCTGCGTTAGGCTTCTTGCTTTACGGAGGAAGGTTGTTTATTATGCTAAGAAG
GTTCCCTATTGAGTCAAAAGGAAGAAGGAAGAAGCTCCATGAGGTTGGATCTGTGACCGC
TATATGCTTCACCTGCTTTCTCATAAGATGCATTGTGGTGGGTGTATCAGCTTTTGACAG
GGATTTAACACTAGATGTTCTTGATCATCCAGTTCTGAACTTAATCTACTATATGGTGGT
GGAAGTACTTCCATCGGCACTAGTCCTCTTCATTTTGCGTAAGCTACCTCCAAAGAGAGT
ATCAGCTCAATACCATCCGATCCAGTAGACTTTTGTCTGAAGCCAGACATCACACGGTCA
TTTGATGATGATGTTGCAGGAGAGAGTAAAGATCCAGTTAAGAAAATGTGGTCAGGACAA
GAAGTTTTAAGGATTTGCTGACGGATGTTTGATTTATGTTTTGGTTTGTTGAAAATAATA
TCAAATTGTTTACATTTGGC

QA 1 920 1 920
DS 

RD RR3FP80JQ 694 0 0
CTCGGCATACACACTTCTCGTGCTCTTCTGGGCAGAGATATATCACCAGGCGAGAAGTTT
ACCAACGGATAAGCTGCGGATAACCTATATCTCAGTCAATGTGGCTGTATATTTGGCTCA
GGTTGTAATCTGGGTATGCATCTGGGTAAATGATAACAGCACTGTGGAGTTAGTTGGAAA
GATTTTTATGGCAGTTGTGTCTTTCATCGCTGCGTTAGGCTTCTTGCTTTACGGAGGAAG
GTTGTTTATTATGCTAAGAAGGTTCCCTATTGAGTCAAAAGGAAGAAGGAAGAAGCTCCA
TGAGGTTGGATCTGTGACCACTATATGCTTCACCTGCTTTCTCATAAGATGCATTGTGGT
GGGTGTATCAGCTTTTGACAGGGATTTAACACTAGATGTTCTTGATCATCCAGTTCTGAA
CTTAATCTACTATATGGTGGTGGAAGTACTTCCATCGGCACTAGTCCTCTTCATTTTGCG
TAAGCTACCTCCAAAGAGAGTATCAGCTCAATACCATCCGATCCAGTAGACTTTTGTCTG
AAGCCAGACATCACACGGTCATTTGATGATGATGTTGCAGGAGAGAGTAAAGATCCAGTT
AAGAAAATGTGGTCAGGACAAGAAGTTTTAAGGATTTGCTGACGGATGTTTGATTTATGT
TTTGGTTTGTTGAAAATAATATCAAATTGTTTAC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 2 4

CO CL2725Contig1 1111 2 6 U
AAGAAAGAAGCGCGTCTGCGATAGCAGCTAACCAGACAATGGCGATGATCACGAGGCTGC
AAGAGGAGAAAGCCAAAGTTCAGATGGAGGCGTTGCAGTATCAGAGAATGATGGAGGAGC
AAGCCGAGTATGACCAAGAAGCGTTGCAGCTGTTGAATCATCTGATGGTTAAACGAGAGA
AAGAGAAGGAAGAGCTTCAGAGAGAGCTTGATGTTTGCAAGGCCAAGGTTTTGCAGTATG
AGAAGAACAAAACCAAATGCGAGTCTGATGATGGTGATGATGATGGTGATAAAAAGGAGG
AGGTCTGTTCTGAGACGGATGTGGATTTGGAGAAGATAACATTGGACTGTGTAACGCACA
TGGGGATGCTTGATGAGTCTTTATCAGAGTTTGAGGAAGAGAGGTTAGTGATTTTGGATC
AGCCCAAGGTGTTAGAGGACAGGCTACTAACAATGCAAGACAAAGAATCTGCAGGAGAGT
TCAGCAATAGTTACGAATGAGGGAGCTATGAACACGAAGGAGGACTAACAATGGCATCAA
TGGCGAAGAGTCTGCTTCCTCTTCTAGACGCTGCAGAGAACGAATCAGAAGATGATGAAT
ACCAAGAACAACAGGAATCAGTTGGAAAGAGTGTTGGTTCGGAAAGCGAGAAGCTAGAGA
TCATTAAACAAGTTGATAGTGTATATGAGAGGCTACAGGTGCTTGAAACAGATGGAGAGT
TTATGAAGAGCTGTATGAGTTCGGCTAAGGATGGTGACAAAGGAACGGATCTTCTTCAAG
ATATATTGCAGCATCTTCGTGATTTCAGAAACATTGAACTGACTGCTGACACAATCGACA
ACCAGAAGACGCATGAGGAATGAAGTTCAGTTATACAAGACTTTGTTACCATTATTCAGA
CAGGTTTCAAGAACAGGAATCAATGTCTTGCTACAGTGCTCAATGGAGGAGGATCTGAGA
GTTACAGAAATTCTTAGATGTGTTCTTATGTTGTGTCTTTTTGTTTTTGTTTGGAGTAAA
CAAAAAGGTTTCACATTAGTCTTTGGAGTTGGATCTGTCATGTAAATTGTTTGTGTTTCC
TTTAGTTTTGAAGTTAAGTTGGAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FU42TF U 1
AF RR3FU42JQ C 351
BS 1 644 RR3FU42TF
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BS 668 668 RR3FU42JQ
BS 669 687 RR3FU42TF
BS 688 1111 RR3FU42JQ

RD RR3FU42TF 687 0 0
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TGGGGATGCTTGATGAGTCTTTATCAGAGTTTGAGGAAGAGAGGTTAGTGATTTTGGATC
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TCAGCAATAGTTACGAATGAGGGAGCTATGAACACGAAGGAGGACTAACAATGGCATCAA
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QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3FU42JQ 761 0 0
TGT
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CTAGAGATCATTAAACAAGTTGATAGTGTATATGAGAGGCTACAGGTGCTTGAAACAGAT
GGAGAGTTTATGAAGAGCTGTATGAGTTCGGCTAAGGATGGTGACAAAGGAACGGATCTT
CTTCAAGATATATTGCAGCATCTTCGTGATTTCAGAAACATTGAACTGACTGCTGACACA
ATCGACAACCAGAAGACGCATGAGGAATGAAGTTCAGTTATACAAGACTTTGTTACCATT
ATTCAGACAGGTTTCAAGAACAGGAATCAATGTCTTGCTACAGTGCTCAATGGAGGAGGA
TCTGAGAGTTACAGAAATTCTTAGATGTGTTCTTATGTTGTGTCTTTTTGTTTTTGTTTG
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TGTTTCCTTTAGTTTTGAAGTTAAGTTGGAAAAAAAAA

QA 4 761 4 761
DS 



CO CL2725Contig2 1156 2 4 U
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AAGAGGAGAAAGCCAAAGTTCAGATGGAGGCGTTCAGTATCAGAGAATGATGGAGGAGCA
AGCCGAGTACGACCAAGAAGCCTTGCAGCTGTTGAATCATCTGATGGTTAAACGAGAGAA
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TTCTGAGACGGATGTGGACTTGGAGAAGATAACATTGGACTGTGTAACGCACACGGGGAT
GCTTGATGAGCCTTTATCAGAGTTTGAGGAAGAGAGGTTAGTGATTTTGGATCAGCTCAA
GGTGTTAGAGGACAGGCTACTAACAATGCAAGACAAAGAATCAGCAGGAGAGTTCAGCAA
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CATCAAACAAGTTGATAGTGTATATGAGAGGCTACAGGTGCTTGAAACAGATGGAGAGTT
TATGAAGAGCTGTATGAGTTCGGCTAAGGATGGTGACAAAGGAACGGATCTTCTTCAAGA
TATATTGCAGCATCTTCGTGATCTCAGAAACATTGAACTCGCTGCTGACACAATCGACAA
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TTATAGAAATTCTTAGATGTGTTCTTCTGTTGTGTCTTTTTGTTTTTGTTTGGAGTAAAC
AAAAAGGTTTCACATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT44TF U 1
AF RR3GT44JQ C 339
BS 1 635 RR3GT44TF
BS 636 636 RR3GT44JQ
BS 637 699 RR3GT44TF
BS 700 1156 RR3GT44JQ

RD RR3GT44TF 699 0 0
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AAGAGGAGAAAGCCAAAGTTCAGATGGAGGCGTTCAGTATCAGAGAATGATGGAGGAGCA
AGCCGAGTACGACCAAGAAGCCTTGCAGCTGTTGAATCATCTGATGGTTAAACGAGAGAA
AGAGAAGGAAGAGCTTCAGAGAGAGCTTGATGTTTGCAAGGCCAAGGTTTTGCAGTATGA
GAAGAACAAACCCAAATGCGAGTCTGATGATGGTGATGATAAGAAGGAGGAGGATAACTG
TTCTGAGACGGATGTGGACTTGGAGAAGATAACATTGGACTGTGTAACGCACACGGGGAT
GCTTGATGAGCCTTTATCAGAGTTTGAGGAAGAGAGGTTAGTGATTTTGGATCAGCTCAA
GGTGTTAGAGGACAGGCTACTAACAATGCAAGACAAAGAATCAGCAGGAGAGTTCAGCAA
TAGTTACGAAGGAGAGAGTTATCATGAACACGAAG*AGGACTAACAATGGCATCAATGGC
GAAGAGTCTGCTTCCTCTTCTAGACGCTGCAGAGAACGA

QA 1 699 1 699
DS 

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ATAAGAAGGAGGAGGATAACTGTTCTGAGACGGATGTGGACTTGGAGAAGATAACATTGG
ACTGTGTAACGCACACGGGGATGCTTGATGAGCCTTTATCAGAGTTTGAGGAAGAGAGGT
TAGTGATTTTGGATCAGCTCAAGGTGTTAGAGGACAGGCTACTAACAATGCAAGACAAAG
AATCAGCAGGAGAGTTCAGCAATAGTTACGAAGGAGAGAGTTATCATGAACACGAAGGAG
GACTAACAATGGCATCAATGGCGAAGAGTCTGCTTCCTCTTCTAGACGCTGCAGAGAACG
AATCAGAAGAAGATGATGAGTACCGAGAACAACAGGAATCAGTTGGAAAGAGTGTTGGTT
CGGAAAGCGAGAAGCTAGAGATCATCAAACAAGTTGATAGTGTATATGAGAGGCTACAGG
TGCTTGAAACAGATGGAGAGTTTATGAAGAGCTGTATGAGTTCGGCTAAGGATGGTGACA
AAGGAACGGATCTTCTTCAAGATATATTGCAGCATCTTCGTGATCTCAGAAACATTGAAC
TCGCTGCTGACACAATCGACAACCAGAAGACGCATGAGGAATGAAGTTCAGTTATACAAG
ACTTTGTTACCATTATTCAGACAGGTTTCAAGAACAGGAATCAATGTCTTGCTACAGTGC
TCAATGGAGGAGGATCTGAGAGTTATAGAAATTCTTAGATGTGTTCTTCTGTTGTGTCTT
TTTGTTTTTGTTTGGAGTAAACAAAAAGGTTTCACATT

QA 1 818 1 818
DS 



AS 1 4

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TAGACTTGCACGAGACTCCAGATAAGTTGTTGAATCAGAAAATCCGTGAAGCGAGTGAGA
GATGGGGATGTTTCAAGGTGACAAACCATGGAGTTCCTTTTTCTTTGATGGCTAAGATGA
AGAAAACTGTTACTGACCTCCATGAACGTCCAGTTGAGATGAAAATGCGAAACACTGATT
TAATACTAGGAAGTGGTTACAAGCCTATCATCGAGTTAAATCCTCTTTATGAATCATTTG
GTGTTTTTGACATGGCCTCACCTCTGGCTGCCAATACTTTTTGTGACCTACTTGAGGCCT
CAGCTGATCAGAGGGAGACCATAGTAAAGTATGGCAAAGCTGTTGGTGGCCTTGCAAAGG
ACTTAGCAAGGAGATTAGTCGAGAGTTATGGATTAGCTGGAACTGATTTATGCCAAAAAT
GGCCGTGCCAGTTTCGGATTAGTAAATACCATTTTAAACCGGAAACAATTGGTAGAAATG
GTTTGATATTACACACGGATCCTGGATTCTTAACCGTTCTTCAAGGTGATGACGATGTTA
GTGGACTTGAAGTCGTAGACCCTTCTTCAGGGAACTATTTCCCCATAAACACGCCACCAA
ACACGTTTACTGTCAACCTTGGTGACATGGCTAAGATATGGAGCAATGGGAGGTTGTGCA
ATGTGAAGCATAGAGTGCAATGCAAAGAAGCGAAAACGAGGATTACAATCTCATGTTTCC
TGCTAGCACCAACGGATAGAGTTGTTGAACCTCCAAGTGAGTTTGTGGATGCTGAACACC
CACGCCTATTCAAGCCTGTCAGCGATGGAGAACTAAGAAGGATTAGATTGCGCCACGACA
CTCATGCTGGCGAATCTCTCAACTTTGTAACCTTGAAATACTTAAATGACCAAAACATAG
ATTAAGGAAGTTGATACTTACCAAAATCTATGTCTCTAGAACATTGTTCTAGTTAAGTAT
ACAAATAAATAGTTACCACCACATGTAATGGTTACCACCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B674TF U 1
AF RR3GS73TF U 338
AF RR3GS73JQ C 338
AF RR3B674JQ C 226
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BS 960 1062 RR3B674JQ

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QA 1 859 1 859
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QA 1 622 1 622
DS 

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TTTTTGTGACCTACTTGAGGCCTCAGCTGATCTGAGGGAGACCATAGTAAAGTATGGCAA
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TGGAACTGATTTATGCCAAAAATGGCCGTGCCAGTTTCGGATTAGTAAATACCATTTTAA
ACCGGAAACAATTGGTAGAAATGGTTTGATATTACACACGGATCCTGGATTCTTAACCGT
TCTTCAAGGTGATGACGATGTTAGTGGACTTGAAGTCGTAGACCCTTCTTCAGGGAACTA
TTTCCCCATAAACACGTCACCAAACACGTTTACTGTCAACCTTGGTGACATGGCTAAGAT
ATGGAGCAATGGGAGGTTGTGCAATGTGAAGCATAGAGTGCAATGCAAAGAAGCGAAAAC
GAGGATTACAATCTCATGTTTCCTGCTAGCACCAACGGATAGAGTTGTTGAACCTCCAAG
TGAGTTTGTGGATGCTGAACACCCACGCCTATTCAAGCCTGTCAGCGATGGAGAACTAAG
AAGGATTAGATTGCGCCACGACACTCATGCTGGCGAATCTCTCAACTTTGTAACCTTGAA
ATACTTAAATGACCAAAACATAGATTAAG
T

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3B674JQ 837 0 0
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TTTATGAATCATTTGGTGTTTTTGACATGGCCTCACCTCTGGCTGCCAATACTTTTTGTG
ACCTACTTGAGGCCTCAGCTGATCAGAGGGAGACCATAGTAAAGTATGGCAAAGCTGTTG
GTGGCCTTGCAAAGGACTTAGCAAGGAGATTAGTCGAGAGTTATGGATTAGCTGGAACTG
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CAATTGGTAGAAATGGTTTGATATTACACACGGATCCTG*ATTCTTAACCGTTCTTCAAG
GTGATGACGATGTTAGTGGACTTGAAGTCGTAGACCCTTCTTCAGGGAACTATTTCTCCA
TAAACACGCCACCAAACACGTTTACTGTCAACCTTGGTGACATGGCTAAGATATGGAGCA
ATGGGAGGTTGTGCAATGTGAAGCATAGAGTGCAATGCAAAGAAGCGAAAACGAGGATTA
CAATCTCATGTTTCCTGCTAGCACCAACGGATAGAGTTGTTGAACCTCCAAGTGAGTTTG
TGGATGCTGAACACCCACGCCTATTCAAGCCTGTCAGCGATGGAGAACTAAGAAGGATTA
GATTGCGCCACGACACTCATGCTGGCGAATCTCTAAACTTTGTAACCTTGAAATACTTAA
ATGACCAAAACATAGATTAAGGAAGTTGATACTTACCAAAATCTATGTCTCTAGAACATT
GTTCTAGTTAAGTATACAAATAAATAGTTACCACCACATGTAATGGTTACCACCACC

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DS 



AS 1 3

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ATAAAAGGAGAAATTACATTGGAAATAGAAGACAAGTGAACAAGAAATGTAGCAGGCGCT
TATAAAACATAGTTATGGATTATGTTTAAACACTCGGGAAAGCATCTTAAAATGAACGGT
GTTGTCTGAATATTACAGAGGGCTCATAAAAGCAAAACACCGAAGTTGAGAGACCTCAGA
ACAGCTACGAAGGATTCAAAAGCCTAGGATGGTATCAGGCTGAGCAACGGTAAGATGGAA
ATCCATGTGTTCTATCAAAAATTCACGAACAGTGGAGAACTTGGCGTCTTTTTCTAAGTT
TTCGTCTTTAGAGATTACAAGGACATAGAGTGGTTCATCACTTTCATCACTACAGGTCTG
TGCCCAGAAAATGATGTCTATTAGCATCATGCGGATTCTGGAACCTCTATCCCCTCTAAG
TAAAATGGGGATAATTCCATAGTTGCAATATTCTTGAAGCCGTTAATCAGAGAATTGATT
CTTATCACTATAGAAACCACTGGTTGACACCATCCCATGATAACCTTCGTGCCGTAAATG
GAATCTAACTTTCTCTTTGATTTCCTTTGGTTCATGGATTGGCATATCATCAAAGTCCAC
GATGACATGTATGGATGTCACAGAATTTTTACTGCCGAGATCTTCGAAACCCCGGAGTGA
ATTTCCGGTAGGGCTCATCGAGAAAATTTGAGACGCTTACGATTGGAAGCTATTTGTTGA
GACGGTCGCCTCTGTGAGTTTAGGGTTAGATCTGTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV82JQ U 27
AF RR3BW73JQ U 1
AF RR3EV82TF C 34
BS 1 81 RR3BW73JQ
BS 82 82 RR3EV82JQ
BS 83 92 RR3BW73JQ
BS 93 93 RR3EV82JQ
BS 94 137 RR3BW73JQ
BS 138 138 RR3EV82JQ
BS 139 250 RR3BW73JQ
BS 251 251 RR3EV82JQ
BS 252 398 RR3BW73JQ
BS 399 399 RR3EV82JQ
BS 400 425 RR3BW73JQ
BS 426 426 RR3EV82JQ
BS 427 496 RR3BW73JQ
BS 497 497 RR3EV82JQ
BS 498 524 RR3BW73JQ
BS 525 525 RR3EV82JQ
BS 526 531 RR3BW73JQ
BS 532 532 RR3EV82JQ
BS 533 556 RR3BW73JQ
BS 557 557 RR3EV82JQ
BS 558 559 RR3BW73JQ
BS 560 560 RR3EV82JQ
BS 561 643 RR3BW73JQ
BS 644 644 RR3EV82JQ
BS 645 748 RR3BW73JQ
BS 749 764 RR3EV82TF
BS 765 784 RR3BW73JQ
BS 785 785 RR3EV82TF
BS 786 801 RR3BW73JQ
BS 802 820 RR3EV82TF

RD RR3EV82JQ 623 0 0
AAATTCA
AAAAGGGTCAACAACCAAAGCAATAAAATAAAAGGAGAAATTACATTGGAAATAGAAGAC
AAGTGAACAAGAAATGTAGCAGGCGCTTATAAAACATAGTTATGGATTATGTTTAAACAC
TCGGGAAAGCATCTTAAAATGAACGGTGTTGTCTGAATATTACAGAGGGCTCATAAAAGC
AAAACACCGAAGTTGAGAGACCTCAGAACAGCTACGAAGGATTCAAAAGCCTAGGATGGT
ATCAGGCTGAGCAACGGTAAGATGGAAATCCATGTGTTCTATCAAAAATTCACGAACAGT
GGAGAACTTGGCGTCTTTTTCTAAGTTTTCGTCTTTAGAGATTACAAGGACATAGAGTGG
TTCATCACTTTCATCACTACAGGTCTGTGCCCAGAAAATGATGTCTATTAGCATCATGCG
GATTCTGGAACCTCTATCCCCTCTAAGTAAAATGGGGATAATTCCATAGTTGCAATATTC
TTGAAGCCGTTAATCAGAGAATTGATTCTTATCACTATAGAAACCACTGGTTGACACCAT
CCCATGATAACCTTCGTGCCGTAAATGGAATCTAACTTTCTCTTTGATTTCCTTTGGTTC
ATGGATTGGCATATCA

QA 8 623 8 623
DS 

RD RR3BW73JQ 801 0 0
GGAGGCGAAAAAGGACGAGACATAGTAAATTCAAAAAGGGTCAACAACCAAAGCAATAAA
ATAAAAGGAGAAATTACATTGAAAATAGAAGAAAAGTGAACAAGAAATGTAGCAGGCGCT
TATAAAACATAGTTATGAATTATGTTTAAACACTCGGGAAAGCATCTTAAAATGAACGGT
GTTGTCTGAATATTACAGAGGGCTCATAAAAGCAAAACACCGAAGTTGAGAGACCTCAGA
ACAGCTACGACGGATTCAAAAGCCTAGGATGGTATCAGGCTGAGCAACGGTAAGATGGAA
ATCCATGTGTTCTATCAAAAATTCACGAACAGTGGAGAACTTGGCGTCTTTTTCTAAGTT
TTCGTCTTTAGAGATTACAAGGACATAGAGTGGTTCATTACTTTCATCACTACAGGTCTG
TGCCCGGAAAATGATGTCTATTAGCATCATGCGGATTCTGGAACCTCTATCCCCTCTAAG
TAAAATGGGGATAATTTCATAGTTGCAATATTCTTGAAGCCGTTCATCAGAAAATTGATT
CTTATCACTATAGAAAGCATTGGTTGACACCATCCCATGATAACCTTCGTGCCGTAAATG
GAATCTAACTTTCTCTTTGATTTCCTTTGGTTCATGGATTGGCGTATCATCAAAGTCCAC
GATGACATGTATGGATGTCACAGAATTTTTACTGCCGAGATCTTCGAAACCCCGGAGTGA
ATTTCCGGTAGGGCTCATCGAGAAAATT****************GGAAGCTATTTGTTGA
GACG*TCGCCTCTGTGAGTTT

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3EV82TF 787 0 0
AAAAGGGTCAACAACCAAAGCAATAAA*TAAAAG*AGAAATTACATTGGAAATAGAAGAC
AAGTGAACAAGAAATGTAGCAGGCGCTTATAAAACATAGTTATGGATTATGTTTAAACAC
TCGGGAAAGCATCTTAGAATGAACGGTGTTGTCTGAATATTACAGAGGGCTCATAAAAGC
AAAACACCGAAGTTGAGAGACCTCAGAACAGCTACGAAGGATTCAAAAGCCTAGGATGGT
ATCAGGCTGAGCAACGGTAAGATGGAAATCCATGTGTTCTATCAAAAATTCACGAACAGT
GGAGAACTTGGCGTCTTTTTCTAAGTTTTCGTCTTTAGAGATTACAAGGACATAGAGTGG
TTCATCACTTTCATCACTACAGGTCTGTGCCCAGAAAATGATGTCTATTAGCATCATGCG
GATTCTGGAACCTCTATCCCCTCTAAGTAAAATGGGGATAATTCCATAGTTGCAATATTC
TTGAAGCCGTTAATCAGAGAATTGATTCTTATCACTATAGAAACCACTGGTTGACACCAT
CCCATGATAACCTTCGTGCCGTAAATGGAATCTAACTTTCTCTTTGATTTCCTTTGGTTC
ATGGATTGGCATATCATCAAAGTCCACGATGACATGTATGGATGTCACAGAATTTTTACT
GCCGAGATCTTCGAAACCCCGGAGTGAATTTCCGGTAGGGCTCATCGAGAAAATTTGAGA
CGCTTACGATTGGAAGCTATTTGTTGAGACGGTCGCCTCTGTGAGTTTAGGGTTAGATCT
GTTCTCC

QA 1 787 1 787
DS 



AS 2 4

CO CL2728Contig1 875 2 14 U
GACCGACAATTATGTAGCCTTCAAGGTTAAAACGGCGAATCCAAAGAAGTACTGTGTGAG
GCCTAACACTGGCGTTGTTCTTCCCAGATCCTCTTCCGAAGTTCTTGTGACGATGCAAGC
GCAGAAGGAAGCTCCTGCTGATATGCAGTGCAAGGACAAGTTCTTGCTTCAATGTGTTGT
GGCTACTCCCGGAGTCACTGCCAAAGACGTTACTCCCGAGATGTTTAGCAAAGAGGCGGG
GAATCGAGTTGAGGAGACGAAACTGAGAGTTGTCTACGTTGATCCACCGCAACCACCTTC
ACCGGTTCGTGAAGGATCAGAAGAGGGCTCTTCGCCGAGAGCTTCTGTCTCTGACAATGG
GAACAACAACGCTTCTGACTTTACTGCTGCTCCAAGATTTAGCGTGGACAGGCTTGAACC
TCAGGATAACCCATCTGAGGCGAGAGCGCTCATCACAAGGCTCACCGAGGAAAAGGACTC
TGCGGTTCAACTGAACAATAGACTTCAGCAAGAATTGGAGCAGTTGAAGCGTGGAAGCAA
TAGAAGTCAGAGTAGTGGTGGAATCCCGTTCATGTACGTTCTTCTGGTAGGACTAATAGG
CCTAATCTTGGGATACATTATGAAGAGAACATGATCACGGTCGAAAACTATAATACCGTC
AGAATGACATTCAGTCTTGGTCTTATCGTCTGTTATTTCACCTTTGGTTGAATCTCAAAC
CTAGTTTGCGTTAGTGGATTGATTGTGTTACGGTTTTCATATTTCTTTTTTGTAACACGT
GTTACGGTTTTCGTAATACTTACAATTTTCCTCTTTTTTTTTCCAACTTTTGTAATCCAA
AAGACATTTTGTTTCTGTATGTTCTCTCCTACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG88TF U 1
AF RR3CG88JQ C 139
BS 1 711 RR3CG88TF
BS 712 712 RR3CG88JQ
BS 713 718 RR3CG88TF
BS 719 719 RR3CG88JQ
BS 720 731 RR3CG88TF
BS 732 732 RR3CG88JQ
BS 733 748 RR3CG88TF
BS 749 749 RR3CG88JQ
BS 750 752 RR3CG88TF
BS 753 754 RR3CG88JQ
BS 755 774 RR3CG88TF
BS 775 775 RR3CG88JQ
BS 776 790 RR3CG88TF
BS 791 875 RR3CG88JQ

RD RR3CG88TF 798 0 0
GACCGACAATTATGTAGCCTTCAAGGTTAAAACGGCGAATCCAAAGAAGTACTGTGTGAG
GCCTAACACTGGCGTTGTTCTTCCCAGATCCTCTTCCGAAGTTCTTGTGACGATGCAAGC
GCAGAAGGAAGCTCCTGCTGATATGCAGTGCAAGGACAAGTTCTTGCTTCAATGTGTTGT
GGCTACTCCCGGAGTCACTGCCAAAGACGTTACTCCCGAGATGTTTAGCAAAGAGGCGGG
GAATCGAGTTGAGGAGACGAAACTGAGAGTTGTCTACGTTGATCCACCGCAACCACCTTC
ACCGGTTCGTGAAGGATCAGAAGAGGGCTCTTCGCCGAGAGCTTCTGTCTCTGACAATGG
GAACAACAACGCTTCTGACTTTACTGCTGCTCCAAGATTTAGCGTGGACAGGCTTGAACC
TCAGGATAACCCATCTGAGGCGAGAGCGCTCATCACAAGGCTCACCGAGGAAAAGGACTC
TGCGGTTCAACTGAACAATAGACTTCAGCAAGAATTGGAGCAGTTGAAGCGTGGAAGCAA
TAGAAGTCAGAGTAGTGGTGGAATCCCGTTCATGTACGTTCTTCTGGTAGGACTAATAGG
CCTAATCTTGGGATACATTATGAAGAGAACATGATCACGGTCGAAAACTATAATACCGTC
AGAATGACATTCAGTCTTGGTCTTATCGTCTGTTATTTCACCTTTGGTTGA*TCTCAA*C
CTAGTTTGCGT*AGTGGATTGATTGTGT*ACG**TTTCATATTTCTTTTTTGTA*CACGT
GTTACGGTTT
CGTAATAC

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3CG88JQ 737 0 0
TGATATGCAGTGCAAGGACAAGTTCTTGCTTCAATGTGTTGTGGCTACTCCCGGAGTCAC
TGCCAAAGACGTTACTCCCGAGATGTTTAGCAAAGAGGCGGGGAATCGAGTTGAGGAGAC
GAAACTGAGAGTTGTCTACGTTGATCCACCGCAACCACCTTCACCGGTTCGTGAAGGATC
AGAAGAGGGCTCTTCGCCGAGAGCTTCTGTCTCTGACAATGGGAACAACAACGCTTCTGA
CTTTACTGCTGCTCCAAGATTTAGCGTGGACAGGCTTGAACCTCAGGATAACCCATCTGA
GGCGAGAGCGCTCATCACAAGGCTCACCGAGGAAAAGGACTCTGCGGTTCAACTGAACAA
TAGACTTCAGCAAGAATTGGAGCAGTTGAAGCGTGGAAGCAATAGAAGTCAGAGTAGTGG
TGGAATCCCGTTCATGTACGTTCTTCTGGTAGGACTAATAGGCCTAATCTTGGGATACAT
TATGAAGAGAACATGATCACGGTCGAAAACTATAATACCGTCAGAATGACATTCAGTCTT
GGTCTTATCGTCTGTTATTTCACCTTTGGTTGAATCTCAAACCTAGTTTGCGTTAGTGGA
TTGATTGTGTTACGGTTTTCATATTTCTTTTTTGTAACACGTGTTACGGTTTTCGTAATA
CTTACAATTTTCCTCTTTTTTTTTCCAACTTTTGTAATCCAAAAGACATTTTGTTTCTGT
ATGTTCTCTCCTACTCC

QA 1 737 1 737
DS 



CO CL2728Contig2 970 2 2 U
GGGAGATCTCATCAGAATGAGTAACGCGCTTCTCGACATCGATCCTATCGACCTTCAATT
CCCTTTTGAATTGAAGAAGCAGATCTCTTGCTCTCTCTATTTGGCTAACAAGACCGACAG
TTATGTAGCCTTCAAGGTTAAAACGACGAATCCAAAGAAGTACTGCGTGAGGCCTAACAC
TGGCGTTGTTCTTCCCAGATCCTCTTCTGAAGTTCTTGTGACGATGCAAGCGCAGAAGGA
AGCTCCTGCTGATATGCAGTGCAAAGACAAGTTCTTGCTTCAATGTGTTGTGGCTACTCC
CGGTGTCACTCCCAAGGATGTTACTCCCGAGATGTTTAGCAAAGAGGCGGGGAATCGAGT
TGAGGAGACGAAACTGAGAGTTGTCTATGTTGATCCACCACGACCACCTTCACCGGTTCA
TGAAGGATCAGAAGAGGGCTCTTCACCAAGAGCTTCTGTCTCTGACAATGGGAACAACAA
CAACGCTTCTGACTTTACTGCTGCTCCAAGATTTAGCGTGGACAGGCTTGAACCTCAGGA
TAACCCATCTGAGGCGAGAGCGCTCATCACAAGGCTCACCGAGGAAAAGAACTCTGCGGT
TCAACTGAACAATAGACTTCAACAAGAATTGGAGCAGTTGAAGCGTGGAAGCAATAGAAG
TCAGAGTGGGGGGTGGGATCCCGTTCATGTACGTTCTTCTGGTAGGACTAATAGGTCTAG
TCTTGGGATACATTATGAAGAGGACATGATCACGTTCGAAAACTATAATACCGTCAGAAT
GACATTCAGTCTTGGTCTTATCGTCTGTTATTTCACCTTTGGTTGAATCTTAAACCTAGT
TTGCGTTAGTGTATTGATTGTGCTACGGTTTTCATATTTTTTTTGTAACACGTGTTACGG
TTTTCGTAGTACTTACAATTTTCCTCCTTTTTTTTCAACATTTGTAATCCAAAAGACATT
TTGTTTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO90TF U 1
AF RR3DO90JQ C 122
BS 1 742 RR3DO90TF
BS 743 970 RR3DO90JQ

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C

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AS 1 4

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3A458TF C 1
AF RR3CA09JQ U 6
AF RR3CA09TF C 6
AF RR3A458JQ U 262
BS 1 7 RR3A458TF
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BS 463 511 RR3CA09JQ
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CAACACCAGCCATTGGGAGACTCTGAAGAAGAAAGATATGAACAATGG

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CC

QA 3 506 3 506
DS 

RD RR3CA09TF 508 0 0
GC
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ATTATATGAAAATATAGGATTTAAACAAAACAAAACAGAAATGTTCTCTCATGGGTGAGA
AAGACGAGCATCTTAGGCTGTCTCTACTTCAACAGTCTTCTCCTCTTCTGCCGCCGGCTT
AACATCTTTCTCCTCCCCAGCCGCCGGAGTTTCGACCGGTTTCTCCTCTTTACCCGGAGC
TGTCTCGGTTTTTTCAGTCTCTTTCTCTACCTTTGGTGCTTCTTCATCTTCTTTAATCTC
AACTTCAACCGCAGTGGCTGAGTCATCTGCATGGATGGTTTCCTTAGGCGCCTCAATAAT
CGTTGCTTCGGTCGTCGTCTTCTCTTCTGTATTTGGTACTGTTTTCTCAACCTCAACACC
AGCCATTGGGGGACTCTGAAGAAGAAAGATATGAGCAATGGAAAAAATAAGTGTGTTTGT
ATTTAGGAAAGTAGGGAGAATTGT
CC

QA 3 506 3 506
DS 

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CAGC
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AATTGTGAGTCC

QA 5 256 5 256
DS 



AS 1 4

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ATGAGTGTAACAATGCAAGAGCATGTAGAATACTTCTCTTCAATCACTCTTGTCTTGCAA
TCTCTGATGGGTTTGTGTTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ43TF U 1
AF RR3G218TF U 11
AF RR3GQ43JQ C 141
AF RR3G218JQ C 313
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TGAATTTTGCTTGGAATCCAAGTCCACTATTGGTGTTGAATTCGCCACAAGAACTCTTCA
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GATCATCA

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DS 

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GG
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GGAATCCAAGTCCACTATTGGTGTTGAATTCGCCACAAGAACTCTTCAGGTTGAAGGAAA
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AGTCCACTATTGGTGTTGAATTCGCCACAAGAACTCTTCAGGTTGAAGGAAAGACAGTAA
AAGCCCAAATATGGGACACTGCAGGTCAAGAACGGTACAGAGCCATCACAAGCGCTTATT
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ACGTTGATGACACATCTGGAGTTGCCAATAGAGGTTGCTGCTCTACTTAATTACCTCTCG
AA

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CGCTTATTACAGAGGCGCCGTAGGTGCCTTCCTTGTTTATGACATCACCAAACGCCAGAC
CTTCGACAATGCCCTAAGGTGGCTACGGGAACTAAGAGACCATGCGGATTCCAACATTGT
GATCATGATGGCTGGGAACAAATCCGATCTAAACCACTTGAGGTCGGTTTTTGAGGAAGA
TGGTAGGAGTCTAGCTGAGACAGAAGGTCTCTCTTTCTTGGAGACGTCTTCTCTTGAATC
AACAAATGTCGAGAAATCATTTCAAACCGTGTTGACTGAGATTTATAAGATCATCAGCAA
AAAAGCTTTGGCTGCTCAAGAAGCAGCGGGTGCTAATTTTGCGATTCCTGGTCAAGAAAC
AACGATTAACGTTGATGACACATCTGGAGTTGCCAATAGAGGTTGCTGCTCTACTTAATT
ACCTCTCGAAAGCTTCTCCTCTTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTGGGCTGATGAGTGTAACA
ATGCAAGAGCATGTAGAATACTTCTCTTCAATCACTCTTGTCTTGCAATCTCTGATGGGT
TTGTGTTCAG

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DS 



AS 1 4

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ATTCTGATTCCTAATGCCTCTGTTCTCTCCCTCTCCCAGCTCCAATGCTCCCCTGTGTCG
CCTTCTCAGGCTCCGTTATCCCCCGATGATGCAACAAAGCTCCTCCATAAGGTCTTGGGG
TGGAGTATAATGGAAGATGAAGCGGGTGGTCTGAAAATAAGGTGCATGTGGAAGGTGAGG
GATTTTGGGTGCGGCGTTGAACTCATTAACAGGATCCATAAGGTTGCTGAAGCTTCTGGT
CATTACCCTTCTCTCCATTTGGAAAGTCCTACCCAAGTTAGAGCTGAGCTATCTACCTCT
TCCATTGGTGGGCTGAGTATGAACGATTTCATAATGGCGGCAAAGATAGATGACATCAAG
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TTGCTTATCTCATATTTGTGATATTTTTGTATGATAACATATAATACACGTGATGTATTC
GTTGGTCTTTATGTTAAGTTATATAGAAACTATGTATTATTCATAATCATATTGGAAAGC
ATTTTTTTAGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3GJ38TF U 1
AF RR3FI81TF U 66
AF RR3GJ38JQ C 93
AF RR3FI81JQ C 137
BS 1 204 RR3GJ38TF
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RD RR3GJ38TF 698 0 0
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GATTTTGGGTGCGGCGTTGAACTCATTAACAGGATCCATAAGGTTGCTGAAGCTTCTGGT
CATTACCCTTCTCTCCATTTGGAAAGTCCTACCCAAGTTAGAGCTGAGCTATCTACCTCT
TCCATTGGTGGGCTGAGTATGAACGATTTCATAATGGCGGCAAAGATAGATGACATCAAG
ACTTCTGATCTTTCCCCTAG**AAAGAGCTTGGGCGTA

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3FI81TF 608 0 0
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GATAGCTAGCCAGTTCGGTGATAAAGTGTTGGGACCCCAAAGCACTGAGCACAAGATTCT
GATTCCTAATGCCTCTGTTCTCTCCCTCTCCCAGCTCCAATGCTCCCCTGTGTCGCCTTC
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TATAATGGAAGATGAAGCGGGTGGTCTGAAAATAAGGTGCATGTGGAAGGTGAGGGATTT
TGGGTGCGGCGTTGAACTCATTAACAGGATCCATAAGGTTGCTGAAGCTTCTGGTCATTA
CCCTTCTCTCCATTTGGAAAGTCCTACCCAAGTTAGAGCTGAGCTATCTACCTCTTCCAT
TGGTGGGCTGAGTATGAACGATTTCATAATGGCGGCAAAGATAGATGACATCAAGACTTC
TGATCTTT

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3GJ38JQ 759 0 0
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GGACTGGGGAGCTCGAGACCCTTACCCGGAGGAGATAGCTAGCCAGTTCGGTGATAAAGT
GTTGGGACCCCAAAGCACTGAGCACAAGATTCTGATTCCTAATGCCTCTGTTCTCTCCCT
CTCCCAGCTCCAATGCTCCCCTGTGTCGCCTTCTCAGGCTCCGTTATCCCCCGATGATGC
AACAAAGCTCCTCCATAAGGTCTTGGGGTGGAGTATAATGGAGGATGAAGCGGGTGGTCT
GAAAATAAGGTGCATGTGGAAGGTGAGGGATTTTGGGTGCGGCGTTGAACTCATTAACAG
GATCCATAAGGTTGCTGAAGCTTCTGGTCATTACCCTTCTCTCCATTTGGAAAGTCCTAC
CCAAGTTAGAGCTGAGCTATCTACCTCTTCCATTGGTGGGCTGAGTATGAACGATTTCAT
AATGGCGGCAAAGATAGATGACATCAAGACTTCTGATCTTTCCCCTAGGAAAAGAGCTTG
GGCGTAACAAACTTGTTCTTCTTTTTTTTTGCTTATCTCATATTTGTGATATTTTTGTAT
GATAACATATAATACACGTGATGTATTCGTTGGTCTTTATGTTAAGTTATATAGAAACTA
TGTATTATTCATAATCATATTGGAAAGCATTTTTTTAGC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3FI81JQ 717 0 0
TTGGTTTCTCACGGACCCAGCGTAAACTGGGTGGGTTAACGGTAACCCGGAACAATCTGG
CGCAGGATCTTCTCGGGGACTGGGGAGCTCGAGACCCTTACCCGGAGGAGATAGCTAGCC
AGTTCGGTGATAAAGTGTTGGGACCCCAAAGCACTGAGCACAAGATTCTGATTCCTAATG
CCTCTGTTCTCTCCCTCTCCCAGCTCCAATGCTCCCCTGTGTCGCCTTCTCAGGCTCCGT
TATCCCCCGATGATGCAACAAAGCTCCTCCATAAGGTCTTGGGGTGGAGTATAATGGAAG
ATGAAGCGGGTGGTCTGAAAATAAGGTGCATGTGGAAGGTGAGGGATTTTGGGTGCGGCG
TTGAACTCATTAACAGGATCCATAAGGTTGCTGAAGCTTCTGGTCATTACCCTTCTCTCC
ATTTGGAAAGTCCTACCCAAGTTAGAGCTGAGCTATCTACCTCTTCCATTGGTGGGCTGA
GTATGAACGATTTCATAATGGCGGCAAAGATAGATGACATCAAGACTTCTGATCTTTCCC
CTAGGAAAAGAGCTTGGGCGTAACAAACTTGTTCTTCTTTTTTTTTGCTTATCTCATATT
TGTGATATTTTTGTATGATAACATATAATACACGTGATGTATTCGTTGGTCTTTATGTTA
AGTTATATAGAAACTATGTATTATTCATAATCATATTGGAAAGCATTTTTTTAGCAC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 3

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TGAATCATATCACAGAGAATTTGACACAACTGGAGGCTACTGACTGAGATCAAGCAAGAG
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CTTGGTCTTAACCAGGTCGTGATCTTTAAACTCCGTGAGATGAGAGTTGAGAGTCACTTG
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TTCGTCCGGGTGAGCAAGTTGGTAGTCAGCGAGAATCTTGAAGACGTTCTGAGCGTTTGG
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AAGAACCAATGGGAAGAACACGCCTTCCACCTTGTATGGTGCGAATGTTGGAACGTGGTG
CCATAGCCAGTTAAACTGTTTGTGCACCATTTTCTTGTCCCACACCTTACATAAGGGAGC
ATTGACATGGTCGATGGAGGCAATAATGCGTATGTGAGAACAGGCAGCAAGCTGGGCGAG
AGTTTGCTGTGATTCAGGATCCCTT*AGAGCAGGGCCGTCAATGTTATGAACAACAACGC
ATATGTAGCAGTCTTTGTCTTCGGACTGTGAGCCGTGTAGAAAGGAAAGTATATCATCAA
TGGAGCGTGAAGGGAATGTTTCTTGACCTTTAGATGAGCTCCCAGAACTCTTCCTTCTAG
ATTTCAACATCTCGGACAGAAGTTCAGCAATTGCTAAAAGAACCTGCTTTAGATTTACTG
AAGGGAGGTAGCCATTGATGACAACAACGGAATACTCAGTCAAAGAAGATGAAGCAAAAT
CTTCAATTAAACCCTTTTTAGATCCAAAGCCGTACATTAGAAGGCCAAAGCCACACCTTA
GCTCAAAGACCCACTTAGGGTACATAGTCTTGTACTCGTACAGAAGCTCAGAAATCTCTT
TCTCGTGCTTCGTTTCAATACTAAACGCTGTTTCTCTAAGCTCCTGTTCATCAACAATGT
TAATATCAGAGAGCTTGCGCGCTGACCGCTTGCTTGACCCACCCAACTCTTTAGCCAGAA
AGTAGTTTCTTGAGAAACCAAAATCATCTTCCTCTATGTTATCTATGTCCTCCATTGTCG
TCAAGAAAACAACAAAACCTTAACCCAAGTGTCTCCTACAGAGAATCGTGAATTCGATTA
GGTTTTCAGCGAAGTGAATTGATGAAGTTAGGAAGTTTCAGTCGGTGAGAGTACTCCGAC
GAGAAGAAGATGGAAGCACCCCGGCGGCGAATAGTATAATGCCCTACGATTTTTTTTTTT
TTGATT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 

AF RR3F155JQ U 3
AF RR3B906JQ U 1
AF RR3B906TF C 542
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BS 260 260 RR3F155JQ
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BS 531 837 RR3B906JQ
BS 838 1386 RR3B906TF

RD RR3F155JQ 627 0 0
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TGCTCACAAAGAAGCGTCCACGTGAGGCTGAATAAAGATCTTCAGTGGGCATGACGTCTT
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ATAGCCAGTTAAACTGTTTGTGCACCATTTTCTTGTCCCACACCTTACATAAGGGAGCAT
TGACATGGTCGATGGAGGCAATAATGCGTATGTGAGAACAGGCAGCAAGCTGGGCCAGAG
TTTGCTGTGATTCAGGATCCCTT*AGA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3B906JQ 837 0 0
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TGAATCATATCACAGAGAATTTGACACAACTGGAGGCTACTGACTGAGATCAAGCAAGAG
CTGTCGAAGTGCATCCGGAGAGAGAGGTATGTTCAAACACTCTTGTCCATCGGAGTTTCT
CTTGGTCTTAACCAGGTCGTGATCTTTAAACTCCGTGAGATGAGAGTTGAGAGTCACTTG
ACTGCTCACAAAGAAGCGTTCACGTGAGGCTGAATAAAGATCTTCAGTGGGCATGCCGTC
TTCGTCCGGGTGAGCAAGTTGGTAGTCAGCGAGAATCTTGAAGACGTTCTGAGCGTTTGG
TGTGAGACTCTGTAAGACAATGGCCGCTGTTTTGGCGGTTTGGGCCGTGCTTCCCTGTGC
AAGAACCAATGGGAAGAACACGCCTTCGACCTTGTATGGTGCGAATGTTGGAACGTGGTG
CCATAGCCAGTTAAACTGTTTGTGCACCATTTTCTTGTCCCACA******ATAAGGGAGC
ATTGACATGGTCGATGGAGGCAATAATGCGTATGTGAGAACAGGCAGCAAGCTGGGCGAG
AGTTTGCTGTGATTCAGGATCCCTT*AGAGCAGGGCCGTCAATGTTATGAACAACAACGC
ATATGTAGCAGTCTTTGTCTTCGGACTGTGAGCCGTGTAGAAAGGAAAGTATATCATCAA
TGGAGCGTGAAGGGAATGTTTCTTGACCTTTAGATGAGCTCCCAGAACTCTTCCTTCTAG
ATTTCAACATCTCGGACAGAAGTTCAGCAATTGCTAAAAGAACCTGCTTTAGATTTA

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR3B906TF 845 0 0
A
TGACATGGTCGATGGAGGCAATAATGCGTATGTGAGA*CAGGCAGCAAGCTGGGCGAGAG
TT*GCTGTGATTCAGGATCCCTTTAGAGCAGGGC*GTCAATGTTATGAACAACAACGCAT
ATGTAGCAGTCTTTGTCTTCGGACTGTGAGCCGTGTAGAAAGGAAAGTATATCATCAATG
GAGCGTGAAGGGAATGTTTCTTGACCTTTAGATGAGCTCCCAGAACTCTTCCTTCTAGAT
TTCAACATCTCGGACAGAAGTTCAGCAATTGCTAAAAGAACCTGCTTTAGATTTACTGAA
GGGAGGTAGCCATTGATGACAACAACGGAATACTCAGTCAAAGAAGATGAAGCAAAATCT
TCAATTAAACCCTTTTTAGATCCAAAGCCGTACATTAGAAGGCCAAAGCCACACCTTAGC
TCAAAGACCCACTTAGGGTACATAGTCTTGTACTCGTACAGAAGCTCAGAAATCTCTTTC
TCGTGCTTCGTTTCAATACTAAACGCTGTTTCTCTAAGCTCCTGTTCATCAACAATGTTA
ATATCAGAGAGCTTGCGCGCTGACCGCTTGCTTGACCCACCCAACTCTTTAGCCAGAAAG
TAGTTTCTTGAGAAACCAAAATCATCTTCCTCTATGTTATCTATGTCCTCCATTGTCGTC
AAGAAAACAACAAAACCTTAACCCAAGTGTCTCCTACAGAGAATCGTGAATTCGATTAGG
TTTTCAGCGAAGTGAATTGATGAAGTTAGGAAGTTTCAGTCGGTGAGAGTACTCCGACGA
GAAGAAGATGGAAGCACCCCGGCGGCGAATAGTATAATGCCCTACGATTTTTTTTTTTTT
GATT

QA 2 845 2 845
DS 



AS 1 3

CO CL2733Contig1 711 3 4 U
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GCTGGAACAATAAAATGAAGTCATTTTCATACGTTTAGCTCTTCAACTTCAGGACTTAGT
GGGTTAAAGAGAGCGTCCACTTCAGTATCATCGACCTCATCTAAGCTTGCTGGTTTCCAT
TTCGGGTTCTGGTCCTTGTCAATCAAGACTGCTCTAACACCTTCAGTGAAATCACCGCGC
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TCATTGTCGGTTTTACCCATGGCACAAGCAACTTTGGAGAAGTACTTATGTGTTAGGTTA
AGAAAAAATGGTGCTCCTTTTCCAAGGCCTTGGAGTGCCTCACTTGCCCATTCTGCAACT
GAAGAATCAGTGCTCTGCTGGTACT**TTCAGCTCTTCGATTGTTTCCTTAACAGATTTA
CTAGCACTAAAAGCTGTTTCTATTTGAGGCAACATAATTTTGAGCTGGGCTTCAGAGTCA
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ACAGCTGACAAAAAGGCTTCTTTGAGTGAAGCTAGCTTTCCAGATGGCACATAATGTGTC
CCAATACCCACAAACATTGCATCAGAAGGGGTTGAGATCCTTCTCCCAGTC


BQ
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25 10 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF03JQ U 1
AF RR3EF03TF C 1
AF RR3GU66JQ U 4
BS 1 361 RR3EF03JQ
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BS 363 614 RR3EF03JQ
BS 615 711 RR3GU66JQ

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GCTGGAACAATAAAATGAAGTCATTTTCATACGTTTAGCTCTTCAACTTCAGGACTTAGT
GGGTTAAAGAGAGCGTCCACTTCAGTATCATCGACCTCATCTAAGCTTGCTGGTTTCCAT
TTCGGGTTCTGGTCCTTGTCAATCAAGACTGCTCTAACACCTTCAGTGAAATCACCGCGC
AAGGCAGCTCTCAAAGCAATACGGTACTCCATTTTCATCACACCATTAAGCGTTGCCGTC
TCATTGTCGGTTTTACCCATGGCACAAGCAACTTTGGAGAAGTACTTATGTGTTAGGTTA
AAAAAAAATGGTGCTCCTTTTCCAAGGCCTTGGAGTGCCTCACTTGCCCATTCTGCAACT
GAAGAATCAGTGCTCTGCTGGTACT**TTCAGCTCTTCGATTGTTTCCTTAACAGATTTA
CTAGCACTAAAAGCTGTTTCTATTTGAGGCAACATAATTTTGAGCTGGGCTTCAGAGTCA
GGACCACTGCTGTATTCTGATAAAATTGCTTGAATGTCTTGATGAGGATCTTTGGAAATG
ACAGCTGACAAAAA

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3EF03TF 614 0 0
GCCT
GTGTCCAAATCTTTATTGAAAGTCAATCCAGTAACATAACATGTCACATAGTTTAAGCTG
GAACAATAAAATGAAGTCATTTTCATACGTTTAGCTCTTCAACTTCAGGACTTAGTGGGT
TAAAGAGAGCGTCCACTTCAGTATCATCGACCTCATCTAAGCTTGCTGGTTTCCATTTCG
GGTTCTGGTCCTTGTCAATCAAGACTGCTCTAACACCTTCAGTGAAATCACCGCGCAAGG
CAGCTCTCAGAGCAATACGGTACTCCATTTTCATCACACCATTAAGCGTTGCCGTCTCAT
TGTCGGTTTTACCCATGGCACAAGCAACTTTGGAGAAGTACTTATGTGTTAGGTTAAGAG
AAAATGGTGCTCCTTTTCCAAGGCCTTGGAGTGCCTCACTTGCCCATTCTGCAACTGAAG
AATCAGTGCTCTGCTGGTACT**TTCAGCTCTTCGATTGTTTCCTTAACAGATTTACTAG
CACTAAAAGCTGTTTCTATTTGAGGCAACATAATTTTGAGCTGGGCTTCAGAGTCAGGAC
CACTGCTGTATTCTGATAAAATTGCTTGAATGTCTTGATGAGGATCTTTGGAAATGACAG
CTGACAAAAA

QA 5 614 5 614
DS 

RD RR3GU66JQ 708 0 0
C
GTGTCCAAATCTTTATTGAAAGTCAATCCAGTAACATAACATGTCACATAGTTTAAGCTG
GAACAATAAAATGAAGTCATTTTCATACGTTTAGCTCTTCAACTTCAGGACTTAGTGGGT
TAAAGAGAGCGTCCACTTCAGTATCATCGACCTCATCTAAGCTTGCTGGTTTCCATTTCG
GGTTCTGGTCCTTGTCAATCAAGACTGCTCTAACACCTTCAGTGAAATCACCGCGCAAGG
CAGCTCTCAAAGCAATACGGTACTCCATTTTCATCACACCATTAAGCGTTGCCATCTCAT
TGTCGGTTTTACCCATGGCACAAGCAACTTTGGAGAAGTACTTATGTGTTAGGTTAAGAA
AAAATGGTGCTCCTTTTCCAAGGCCTTGGAGTGCCTCACTTGCCCATTCTGCAACTGAAG
AATCAGTGCTCTGCTGGTACTTCTTCAGCTCTTCGATTGTTTCCTTAACAGATTTACTAG
CACTAAAAGCTGTTTCTATTTGAGGCAACATCATTTTGAGCTGGGCTTCAGAGTCAGGAC
CACTGCTGTATTCTGATAAAGTTGCTTGAATGTCTTGATGAGGATCTTTGGAAATGACAG
CTGACAAAAAGGCTTCTTTGAGTGAAGCTAGCTTTCCAGATGGCACATAATGTGTCCCAA
TACCCACAAACATTGCATCAGAAGGGGTTGAGATCCTTCTCCCAGTC

QA 2 708 2 708
DS 



AS 1 4

CO CL2734Contig1 1115 4 9 U
GACTCCATCAACTCGACAGTACCAAACAATCGAAAACTAGAGGTTTCTGGTTTCTGGAAC
CTCCCGCCTTCGAGGATATTCAACACGGATCTAAGAGCTACTCAGGTTCAGCCTCTGGAG
TTCACATGGCCTCCACTGCCTTTGAAAAACTCTGTTTACTATATCGCGCTCTACTTCGCT
CACGACTCTGATTCGCTACTGGGCGGTGGTGGATCTAGTAGAGTATTTGATGTTTCCGTG
AACGGTGTAACGCATTACAGAGAGCTCTCTGTCACTCCGGCCGGTGCGGTTATATTCGCG
AGCAGGTGGCCTCTGGAAGGTCTCACGACGTCAACTCTGAGTCCTAGGAGCGGCTCGACG
CTTGCTCCTCTGATCAATGGTGGTGAAATGTTTGAGGTGATTGCCCTTGGAGGGAGAACA
CTTGTTCGAGATGCGACTGCTCTGAATGCTATTAAAAGAAGTTTCGAGAACGTACCGGTT
GATTGGAACGGGGATCCTTGTATGCCTAAGAACTACTCGTGGACTGGAGTTACCTGCTCT
GAAGGTCCCCGGATACGAATCATAGCTTTGAACTTAACGAGTATGGGACTTTCAGGTTCG
TTAGCACCTGAAGTTGCAAGATTAACAGCATTGTCCTCCATTTGGCTGGGAAACAATTCT
CTCTCGGGAAGTATACCTGACTTGGGTTCACTCAAACTACTGGAATCAGTGCACTTGGAA
GACAATCGTTTTAGTGGAACTTTTCCTTCATTTTTCAGTGGAGTGCCACGCTTAAGAGAG
CTGTTCTTGCAAAACAATAACCTAACAGGCCAAGTTCCTAGCAACCTTCTTCAGAAGCCA
GGACTTGATCTACGGACTTCTGGTAATCCCTTTCTGACTCAACCGCCACGTTGATTCAGC
ATTTCTAAGAAGAAGACGACATTTGAGTTTGTGTTATATAGTTTTGTTAGAGCTTGTGTG
TAAAATAGAAGCCTCACGTGTATAATTCTTAATGCTTCATTCTTTTAACACATTGGGTGG
GGGGCACAAGGGAATACTGATTGCGTATGTTGTGTAATGAAAAAAATACATTCTGTTGTA
TTATAAATCTTTATGATAAACGGAGTTTATGTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3AO07TF U 1
AF RR3DD87TF U 160
AF RR3AO07JQ C 340
AF RR3DD87JQ C 441
BS 1 281 RR3AO07TF
BS 282 282 RR3DD87TF
BS 283 331 RR3AO07TF
BS 332 332 RR3DD87TF
BS 333 724 RR3AO07TF
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BS 726 789 RR3AO07TF
BS 790 910 RR3DD87TF
BS 911 1115 RR3AO07JQ

RD RR3AO07TF 789 0 0
GACTCCATCAACTCGACAGTACCAAACAATCGAAAACTAGAGGTTTCTGGTTTCTGGAAC
CTCCCGCCTTCGAGGATATTCAACACGGATCTAAGAGCTACTCAGGTTCAGCCTCTGGAG
TTCACATGGCCTCCACTGCCTTTGAAAAACTCTGTTTACTATATCGCGCTCTACTTCGCT
CACGACTCTGATTCGCTACTGGGCGGTGGTGGATCTAGTAGAGTATTTGATGTTTCCGTG
AACGGTGTAACGCATTACAGAGAGCTCTCTGTCACTCCGGCTGGTGCGGTTATATTCGCG
AGCAGGTGGCCTCTGGAAGGTCTCACGACGTTAACTCTGAGTCCTAGGAGCGGCTCGACG
CTTGCTCCTCTGATCAATGGTGGTGAAATGTTTGAGGTGATTGCCCTTGGAGGGAGAACA
CTTGTTCGAGATGCGACTGCTCTGAATGCTATTAAAAGAAGTTTCGAGAACGTACCGGTT
GATTGGAACGGGGATCCTTGTATGCCTAAGAACTACTCGTGGACTGGAGTTACCTGCTCT
GAAGGTCCCCGGATACGAATCATAGCTTTGAACTTAACGAGTATGGGACTTTCAGGTTCG
TTAGCACCTGAAGTTGCAAGATTAACAGCATTGTCCTCCATTTGGCTGGGAAACAATTCT
CTCTCGGGAAGTATACCTGACTTGGGTTCACTCAAACTACTGGAATCAGTGCACTTGGAA
GACA*TCGTTTTAGTGGAACTTTTCCTTCATTTTTCAGTGGAGTGCCACGCTTAAGAGAG
CTGTTCTTG

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3DD87TF 751 0 0
G
ATATCGCGCTCTACTTCGCTCACGACTCTGATTCGCTACTGGGCGGTGGTGGATCTAGTA
GAGTATTTGATGTTTCCGTGAACGGTGTA*CGTATTACAGAGAGCTCTCTGTCACTCCGG
CCGGTGCGGTTATATTCGCGAGCAGGTGGCCTCTGGAAGGTCTCACGACGTCAACTCTGA
GTCCTAGGAGCGGCTCGACGCTTGCTCCTCTGATCAATGGTGGTGAAATGTTTGAGGTGA
TTGCTCTTGGAGGGAGAACACTTGTTCGAGATGCGACTGCTCTGAATGCTATTAAAAGAA
GTTTCGAGAACGTACCGGTTGATTGGAGCGGGGATCCTTGTATGCCTAAGAACTACTCGT
GGACTGGAGTTACCTGCTCTGAAGGTCCCCGGATACGAATCATAGCTTTGAACTTAACGA
GTATGGGACTTTCAGGTTCGTTAGCACCTGAAGTTGCAAGATTAACAGCATTGTCCTCCA
TTTGGCTGGGAAACAATTCTCTCTCGGGAAGTATACCTGACTTGGGTTCACTCAAACTAC
TGGAATCAGTGCACTTGGAAGACAATCGTTTTAGTGGAACTTTTCCTTCATTTTTCAGTG
GAGTGCCACGCTTAAGAGAGCTGTTCTTGCAAAACAATAACCTAACAGGCCAAGTTCCTA
GCAACCTTCTTCAGAAGCCAGGACTTGATCTACGGACTTCTGGTAATCCCTTTCTGACTC
AACCGCCACGTTGATTCAGCATTTCTAAGA

QA 2 751 2 751
DS 

RD RR3AO07JQ 776 0 0
GAGT
CTAGGAGCGGCTCGACGCTTGCTCCTCTGATCAATGGTGGTGAAATGTTTGAGGTGATTG
CCCTTGGAGGGAGAACACTTGTTCGAGATGCGACTGCTCTGAATGCTATTAAAAGAAGTT
TCGAGAACGTACCGGTTGATTGGAACGGGGATCCTTGTATGCCTAAGAACTACTCGTGGA
CTGGAGTTACCTGCTCTGAAGGTCCCCGGATACGAATCATAGCTTTGAACTTAACGAGTA
TGGGACTTTCAGGTTCGTTAGCACCTGAAGTTGCAAGATTAACAGCATTGTCCTCCATTT
GGCTGGGAAACAATTCTCTCTCGGGAAGTATACCTGACTTGGGTTCACTCAAACTACTGG
AATCAGTGCACTTGGAAGACAATCGTTTTAGTGGAACTTTTCCTTCATTTTTCAGTGGAG
TGCCACGCTTAAGAGAGCTGTTCTTGCAAAACAATAACCTAACAGGCCAAGTTCCTAGCA
ACCTTCTTCAGAAGCCAGGACTTGATCTACGGACTTCTGGTAATCCCTTTCTGACTCAAC
CGCCACGTTGATTCAGCATTTCTAAGAAGAAGACGACATTTGAGTTTGTGTTATATAGTT
TTGTTAGAGCTTGTGTGTAAAATAGAAGCCTCACGTGTATAATTCTTAATGCTTCATTCT
TTTAACACATTGGGTGGGGGGCACAAGGGAATACTGATTGCGTATGTTGTGTAATGAAAA
AAATACATTCTGTTGTATTATAAATCTTTATGATAAACGGAGTTTATGTGGC

QA 5 776 5 776
DS 

RD RR3DD87JQ 675 0 0
TCTGAATGCTATTAAAAGAAGTTTCGAGAACGTACCGGTTGATTGGAGCGGGGATCCTTG
TATGCCTAAGAACTACTCGTGGACTGGAGTTACCTGCTCTGAAGGTCCCCGGATACGAAT
CATAGCTTTGAACTTAACGAGTATGGGACTTTCAGGTTCGTTAGCACCTGAAGTTGCAAG
ATTAACAGCATTGTCCTCCATTTGGCTGGGAAACAATTCTCTCTCGGGAAGTATACCTGA
CTTGGGTTCACTCAAACTACTGGAATCAGTGCACTTGGAAGACAATCGTTTTAGTGGAAC
TTTTCCTTCATTTTTCAGTGGAGTGCCACGCTTAAGAGAGCTGTTCTTGCAAAACAATAA
CCTAACAGGCCAAGTTCCTAGCAACCTTCTTCAGAAGCCAGGACTTGATTTACGGACTTC
TGGTAATCCCTTTCTGACTCAACCGCCACGTTGATTCAGCATTTCTAAGAAGAAGACGAC
ATTTGAGTTTGTGTTATATAGTTTTGTTAGAGCTTGTGTGTAAAATAGAAGCCTCACGTG
TATAATTCTTAATGCTTCATTCTTTTAACACATTGGGTGGGGGGCACAAGGGAATACTGA
TTGCGTATGTTGTGTAATGAAAAAAATACATTCTGTTGTATTATAAATCTTTATGATAAA
CGGAGTTTATGTGGC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 4

CO CL2735Contig1 1050 4 12 U
GTGCAAAGAGAGTTGTGTTGATTAGATTAAAAAGTGGTCAATGATGATTCACAAGCTGTA
AAGTCAAGTTATTCTGATTAAACAGATTCGTTGTAATTTGTTTAAAAGCATTTAAAATAT
TGAATTAGCCTTATTCCTGGAGTTCATCTTTGCTCTAAGTTCTTTATACTCTTCGGGCAG
ATCAACCGTTCGTATACTCTTAGCCGTGTTCTGAAGTGCTTTGAGCAGATTTTTGGAGGT
TTTGATGGTGTTCCCACGGATGTACCAAGAAAGCGGCGGTAGATTAAATGGAGGATATAG
CTCAAAGTATTGGTTTACTGTCAATTTTGACGCAATCTTTCCTTGGCCACCACTACATTC
TTTATATTCTTCTCGACTTTTTGGTAACCTCTTTTTGCACAATCGTTCTTGATCTATATA
TATAGGCTCCACTTTAAAGTTGCCTTGGAACACTTTCATCAACATTACTTTCTCTTTCTT
ATACTTTCCCGTAAGATCTTTTTCGTTTTCTTCCACAATTAGATGTAACGGGATAAGTAT
AGACGTCAGCGAAAAGAAGTCATGAACCACAATTTTCTTCACCTTGATGACCCGCCTCGG
ACCATCCTCCGTCAAAACCTTTCGTTTTACGTTTTTCATAAGGTCGCGCCACTTCTTCTC
ATCGAAAAACGAACTGCCCCATGGATCAGTCAACCATAAGAAGGTTTTTTCAGGCGCCGC
TCCTATGGTCACTTCTAAGTTCATATGGTAAACACCCTTCTTTGTTGTCACCTTGACATT
GGGAGGGGGACTATGCCAAGGATGCTTCTTCTCTTCGTCATACCAAAGTATATGTTCTAT
CATCTCCTGTTTTTCACCATAAACATATTCTTTCTTCTTCTTGTTAGCAGGAGCATTATA
ATTAGTGTCTTTCTCTGACACCGACTTAGATTCGACATTTTCAGATCCCTTGGACTCGGC
CTTGAGAAGCTGTTGAGTGTTCTTACTGATCCAGCTACCAAATCCAGGGAATATACCCAT
TTTCTATTACCTGATGAGAGCAAGAGTCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3D536JQ U 1
AF RR3DS93JQ U 1
AF RR3DS93TF C 347
AF RR3CT03TF C 411
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BS 383 535 RR3D536JQ
BS 536 536 RR3DS93JQ
BS 537 541 RR3D536JQ
BS 542 653 RR3DS93JQ
BS 654 789 RR3DS93TF
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BS 791 1032 RR3DS93TF
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A
C

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AAGTCAAGTTATTCTGATTAAACAGATTCGTTGTAATTTGTTTAAAAGCATTTAAAATAT
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ATCAACCGTTCGTATACTCTTAGCCGTGTTCTGAAGTGCTTTGAGCAGATTTTTGGAGGT
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TATAGGCTCCACTTTAAAGTTGCCTTGGAACACTTTCATCAACATTACTTTCTCTTTCTT
ATACTTTCCCGTAAGATCTTTTTCGTTTTCTTCCACAATTAGATGTAACGGGATAAGTAT
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QA 1 653 1 653
DS 

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CCCTTGGACTCGGCCTTGAGAAGCTGTTGAGTGTTCTTACTGATCCAGCTACCAAATCCA
GGGAATATACCCATTTTCTATTACCT
CC

QA 1 686 1 686
DS 

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TATGTTCTATCATCTCCTGTTTTTCATCATAAACATATTCTTTCTTCTTCTTGTTAGCAG
GAGCATTATAATTAGTGTCTTTCTCTGACACCGACTTAGATTCGACATTTTCAGATCCCT
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QA 1 640 1 640
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL2737Contig1 1038 3 5 U
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GTGAAAGAGATAGGGCACAATGTATTTTCGACTTCTCTGTCTTCTCCTCCTCCTAGCTTC
TTGCTTGACACATCAAGCTTTTGGCCGTGGTCGCAACCGGCCACCTAGGGAAATAAGCTC
GTATCCTTCATCTAGCATCACAGTCGTCGGAGTTGTTTACTGTGACACTTGTTCAAGCAA
CACTTTCTCACGACAAAGCTATTTCTTACAAGGAGTGGATGTTCATGTCAGCTGTAGATT
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CAGAAGCGGCGTTTACAAGATCGAGATCCCTCACGTCGACGGGATAGATTGCGTGGACGG
GATCGCCATAGCTTCTCAGTGCAGCGCCAAGCTACTCAGTCCTTCCGACATCAACATCGG
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GGAGAAGAAGTTTAGAGACTCCAAGTTCTTCTGGCCTTATCTGCCACCGTACTGGTTCCC
TTGGCCGTACTCCACTCTCCCGCCGTTGCCTACTCTGCCTCCTCTTCCTTCCTTTCCTTT
CCCTTTTCTTCCTTTAGCAAACCCTAATCCAGCATTGCCCGCGTTTGACTGGAAAGATCC
CACCACTTGGATACCTTATCTTCCACGTTTCCCTCCCAGTGATCACAATCCTTAGGGATC
ACTTTACCTCCACATTTGGCTTTCTTCTTCTCTCTGTTTTGGCTTTCTGCTTCTCTATGT
TTTTTTTTTGTTTGATCTCTTTTGCTTGTGTTTGTGTGTTATTGATTTACTTATTAATAT
GTAAATTACTCTTCCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO51TF U 1
AF RR3D933TF U 70
AF RR3DO51JQ C 298
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BS 155 641 RR3DO51TF
BS 642 776 RR3D933TF
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GTGAAAGAGATAGGGCACAATGTATTTTCGACTTCTCTGTCTTCTCCTCCTCCTAGCTTC
TTGCTTGACACATCAAGCTTTTGGCCGTGGTCGTAACCGGCCACCTAGGGAAATAAGCTC
GTATCCTTCATCTAGCATCACAGTCGTCGGAGTTGTTTACTGTGACACTTGTTCAAGCAA
CACTTTCTCACGACAAAGCTATTTCTTACAAGGAGTGGATGTTCATGTCAGCTGTAGATT
CAAAGCGAGCTCACCAAAGACAACAGAGGAAGTGAACATATCAGTGAACAGAACAACAAA
CAGAAGCGGCGTTTACAAGATCGAGATCCCTCACGTCGACGGGATAGATTGCGTGGACGG
GATCGCCATAGCTTCTCAGTGCAGCGCCAAGCTACTCAGTCCTTCCGACATCAACATCGG
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CCGTGTCTGTATCTACAGCTTAAGCGCACTCAGCTACAAACCATCCCACAAAAACACCAC
ACTTTGCAGCGGCGAAAAGAGACAACATCACGGGCGAGAGA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3D933TF 714 0 0
GGAGGG
CACAATGTATTTTCGACTTCTCTGTCTTCTCCTCCTCCTAGCTTCTTGCTTGACACATCA
AGCTTTTGGCCGTGGTCGCAACCGGCCACCTAGGGAAGTAAGCTCGTATCCTTCATCTAG
CATCACAGTCGTCGGAGTTGTTTACTGTGACACTTGTTCAAGCAACACTTTCTCACGACA
AAGCTATTTCTTACAAGGAGTGGATGTTCATGTCAGCTGTAGATTCAAAGCGAGCTCACC
AAAGACAACAGAGGAAGTGAACATATCAGTGAACAGAACAACAAACGGAAGCGGCGTTTA
CAAGATCGAGATCCCTCACGTCGACGGGATAGATTGCGTGGACGGAATCGCCATAGCTTC
TCAGTGCAGCGCCAAGCTACTCAGTCCTTCCGACATCAACATCGGCTGCAACATCCCTGT
TTTCCAGACAGCAACCAACGAAGTATCCATCAAGTCAAAGCAAGACCGTGTCTGTATCTA
CAGCTTAAGCGCACTCAGCTACAAACCATCCCACAAAAACACCACACTTTGCAGCGGCGG
AAAGAGACAACATCACGGGCGAGAGAAGGAGGAGGAAGAGAAGGTGGAGAAGAAGTTTAG
AGACTCCAAGTTCTTCTGGCCTTATCTGCCACCGTACTGGTTCCCTTGGCCGTACTCCAC
TCTCCCGCCGTTGCCTACTCTGCCTCCTCTTCCTTCCTTTC
CTTTCCC

QA 7 707 7 707
DS 

RD RR3DO51JQ 741 0 0
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AAACAGAAGCGGCGTTTACAAGATCGAGATCCCTCACGTCGACGGGATAGATTGCGTGGA
CGGGATCGCCATAGCTTCTCAGTGCAGCGCCAAGCTACTCAGTCCTTCCGACATCAACAT
CGGCTGCAACATCCCTGTTTTCCAGACAGCAACCAACGAAGTATCCATCAAGTCAAAGCA
AGACCGTGTCTGTATCTACAGCTTAAGCGCACTCAGCTACAAACCATCCCACAAAAACAC
CACACTTTGCAGCGGCGAAAAGAGACAACATCACGGGCGAGAGAAGGAGGAGGAAGAGAA
GGTGGAGAAGAAGTTTAGAGACTCCAAGTTCTTCTGGCCTTATCTGCCACCGTACTGGTT
CCCTTGGCCGTACTCCACTCTCCCGCCGTTGCCTACTCTGCCTCCTCTTCCTTCCTTTCC
TTTCCCTTTTCTTCCTTTAGCAAACCCTAATCCAGCATTGCCCGCGTTTGACTGGAAAGA
TCCCACCACTTGGATACCTTATCTTCCACGTTTCCCTCCCAGTGATCACAATCCTTAGGG
ATCACTTTACCTCCACATTTGGCTTTCTTCTTCTCTCTGTTTTGGCTTTCTGCTTCTCTA
TGTTTTTTTTTTGTTTGATCTCTTTTGCTTGTGTTTGTGTGTTATTGATTTACTTATTAA
TATGTAAATTACTCTTCCATT

QA 1 741 1 741
DS 



AS 2 4

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TCCTTGTCTAGTATGGTCCCGGTCTTGTAGGTATCAACAAACACCGAGAGAGGCTCAGGG
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TCCTACAAGTCAGCAGCAATCTCATCGTTGGTGACAGTTTCATCATGTTGAGTTGAGATC
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BQ
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AF RR3A772JQ U 1
AF RR3GC26JQ U 5
BS 1 9 RR3A772JQ
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AGGTTAATAGCCATCATGCCCGGCATGAAGTCAAAGGCCTCCTTGATCAACACAAGTATG
TCCTTGTCTGGTATGGTCCCGGTCTTGTAGGTATCAACAAACACCGAGAGAGGCTCAGGG
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CCTGAAAAAGCACCTCCACCATGAGCACCCCAACCACCATAAGTGTCGATGATGATCTTC
CTCCCCGTGAGTCCAGCATCACCATGAGGCCCTCCGATGACAAAACGACCAGATGGGTTA
AGGTGAAAGATGGTGTTCTCATCAAGGTACTTGGCAGGAATAACCGGCTTGATCACATGC
TCCTACAAGTCAGCAGCAATCTCATCGTTGGTGACAGTTTCATCATGTTGAGTTGAGATC
AAAACCGTGTGGACTCTAATGGGAATCATAGCTCCACCATCGTTCTTGTACTCGACCGTG
ACTTGTGTCTTACCATCAGGTCTCAACCAGGGACAAGTCTTGTTCTTCCT

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DS 

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CAATGGCGTATGACACCTGGACTATACAGCGGCGTGCAAGTCCAGCAGCAACCACACTCT
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AGAAAGCACCTCCACCATGAGCACCCCAACCACCATAAGTGTCGATGATGATCTTCCTCC
CCGTGAGTCCAGCATCACCATGAGGCCCTCCGATGACAAAACGACCAGATGGGTTAAGGT
GAAAGATGGTGTTCTCATCAAGGTACTTGGCAGGAATAACCGGCTTGATCACATGCTCCT
TCAAGTCAGCAGCAATCTCATCGTTGGTGACAGTTTCATCATGTTGAGTTGAGATCAGAA
CCGTGTGGACTCTAATGGGAATCATAGCTCCACCATCGTTCTTGTACTCGACCGTGACTT
GTGTCTTACCATCAGGTCTCAACCAGGGACAAGTC

QA 1 695 1 695
DS 



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CTCACTCTTTATCTCAATATATCCCTCATCTTCTCCTCGTTACTCTGCTCTTCTCTCCTC
AAGATCTTGAACCCTCTCGTTAATTTAACAGTATTTCAAGAAATGGAAACGTTCCTATCC
ACATCTGAATCAGTCAACGAGGGACATCCCGACAAGCTCTGCGACCAAGTTTCCGACGCC
ATCCTCGATGCTTGTTTAGAACAAGACCCTGAAAGCAAAGTCGCTTGCGAGACATGCACA
AAGACCAACATGGTGATGGTATTCGGTGAGATCACAACCTCTGCTAAAGTAGACTACGAG
AAGATCGTTAGATCCACTTGCAGGGAGATCGGTTTCATCTCAGCTGATGTTGGTCTTGAC
GCTGACAAGTGCAATGTCTTGGTCAACATTGAGCAACAGAGTCCCGACATTGCTCAGGGA
GTTCACGGTCATTTGACCAAGAAGCCTGAAGATATCGGAGCTGGTGATCAGGGACATATG
TTCGGTTACGCTACCGATGAGACACCTGAGCTTATGCCTTTGACTCATGTCTTGGCCACC
AAGCTTGGTGCTAAGCTTACTGAAGTGAGGAAGAACAAGACTTGTCCCTGGTTGAGACCT
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AGAGTCCACACGGTCTTGATCTCAACTCAACATGATGAAACTGTCACCAACGATGAGATT
GCTGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3A772TF U 105
AF RR3GC26TF U 1
BS 1 303 RR3GC26TF
BS 304 304 RR3A772TF
BS 305 713 RR3GC26TF
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BS 737 737 RR3A772TF
BS 738 744 RR3GC26TF
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BS 750 750 RR3A772TF
BS 751 785 RR3GC26TF

RD RR3A772TF 672 0 0
GG
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AAACGTTCCTATTCACATCTGAATCAGTCAACGAGGGACATCCCGACAAGCTCTGCGACC
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GCGAGACATGCACAAAGACCAACATGGTGATGGTGTTCGGTGAGATCACAACCTCTGCTA
AAGTAGACTACGAGAAGATCGTTAGATCCACTTGCAGGGAGATCGGTTTCATCTCAGCTG
ATGTTGGTCTTGACGCTGACAAGTGCAATGTCTTGGTCAACATTGAGCAACAGAGTCCCG
ACATTGCTCAGGGAGTTCACGGTCATTTGAC*AAGAAGCCTGAAGATATCGGAGCTGGTG
ATCAGGGACATATGTTCGGTTACGCTACCGATGAGGCACCTGAGCTTATGCCTTTGACTC
ATGTCTTGGCCACCAAGCTTGGTGCTAAGCTTACTGAAGTGAGGAAGAACAAGACTTGTC
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CTATGATTCCCATTAGAGTCCACACGGTTTTGATCTCAACTCAACATGATGAAACTGTCA
CCAACGATGA

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR3GC26TF 785 0 0
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CTCACTCTTTATCTCAATATATCCCTCATCTTCTCCTCGTTACTCTGCTCTTCTCTCCTC
AAGATCTTGAACCCTCTCGTTAATTTAACAGTATTTCAAGAAATGGAAACGTTCCTATCC
ACATCTGAATCAGTCAACGAGGGACATCCCGACAAGCTCTGCGACCAAGTTTCCGACGCC
ATCCTCGATGCTTGTTTAGAACAAGACCCTGAAAGCAAAGTCGCTTGCGAGACATGCACA
AAGGCCAACATGGTGATGGTATTCGGTGAGATCACAACCTCTGCTAAAGTAGACTACGAG
AAGATCGTTAGATCCACTTGCAGGGAGATCGGTTTCATCTCAGCTGATGTTGGTCTTGAC
GCTGACAAGTGCAATGTCTTGGTCAACATTGAGCAACAGAGTCCCGACATTGCTCAGGGA
GTTCACGGTCATTTGACCAAGAAGCCTGAAGATATCGGAGCTGGTGATCAGGGACATATG
TTCGGTTACGCTACCGATGAGACACCTGAGCTTATGCCTTTGACTCATGTCTTGGCCACC
AAGCTTGGTGCTAAGCTTACTGAAGTGAGGAAGAACAAGACTTGTCCCTGGTTGAGACCT
GATGGTAAGACACAAGTCACGGTCGAGTACAAGAACGATGGTGGAGCTATGAT*CCCATT
AGAGTCCACACGGTCT*GATCTCA*CTCA*CATGATGAAACTGTCACCAACGATGAGATT
GCTGC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 4

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TCAACCAACCAAAAAATGGTGGCTGTCTTTTACAAAGACATGTTGAGCTGGTACTTGCTC
ACCCTCAAGATCCGCGAAAGACTCGAAGCCGAGAACCAAGGACAAGGATCCGAACCGTTT
AATTTAGATCAAAACCTCCCTAATTTACCTGTACTCACCAGATCCGATCAAGATCAAGAA
CAAAGCAATCATAACCACGACTAAACTCTGTCCGAAGTCAGTAAGATCGAGGTAACTAAA
GAGAGTCCAAAAGAGCCACGAGATGACTGGGTGATCTCAATCACAGACAAACTAGAGCAA
GCACATAGAGACGACGACACGACGATCTGGGGCAAACTCTGCATCTACAGAGTTCCGTAT
TACTTGCAAGAAAACGACAACAAATCGTATTTCCCTCAGACCGTCTCGCTTGGTCCTATT
AGAGCCCAAGCCCAAGGCCCATTTACTTATGCAAGTAGGGTTTTCAGATGATAGATTTCT
TATATATCTGTGTATTGACATTGTGCTTGTGTAACTTTGGCTGCTCATAAACGCAGCCTT
TCATAAACCCTTGTATGAGATTAATCAAACTCTTTTAGATTCTTGGTGACAACTTACAAA
TCTTTTACGTTCTTTATTTCTCTGCATAATAAAGCTCATTTGAGCTATCTTCAATAAGTC
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CAAACACGTTC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DP91JQ C 1
AF RR3DP91TF U 1
AF RR3AN39JQ C 571
AF RR3AN39TF U 571
BS 1 623 RR3DP91TF
BS 624 851 RR3AN39TF

RD RR3DP91JQ 623 0 0
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GCACATAGAGACGACGACACGACGATCTGGGGCAAACTCTGCATCTACAGAGTTCCGTAT
TACTTGCAAGAAAACGACAACAAATCGTATTTCCCTCAGACCGTCTCGCTTGGTCCTATT
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TATATATCTGTGTATTGACATTGTGCTTGTGTAACTTTGGCTGCTCATAAACGCAGCCTT
TCATAAACCCTTGTATGAGATTA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3DP91TF 623 0 0
GGACATTTAACAACTACAACTTCTCTCTTCCTCTCTCTTATTCGTGTGGGAGAAAAACCT
TCAACCAACCAAAAAATGGTGGCTGTCTTTTACAAAGACATGTTGAGCTGGTACTTGCTC
ACCCTCAAGATCCGCGAAAGACTCGAAGCCGAGAACCAAGGACAAGGATCCGAACCGTTT
AATTTAGATCAAAACCTCCCTAATTTACCTGTACTCACCAGATCCGATCAAGATCAAGAA
CAAAGCAATCATAACCACGACTAAACTCTGTCCGAAGTCAGTAAGATCGAGGTAACTAAA
GAGAGTCCAAAAGAGCCACGAGATGACTGGGTGATCTCAATCACAGACAAACTAGAGCAA
GCACATAGAGACGACGACACGACGATCTGGGGCAAACTCTGCATCTACAGAGTTCCGTAT
TACTTGCAAGAAAACGACAACAAATCGTATTTCCCTCAGACCGTCTCGCTTGGTCCTATT
AGAGCCCAAGCCCAAGGCCCATTTACTTATGCAAGTAGGGTTTTCAGATGATAGATTTCT
TATATATCTGTGTATTGACATTGTGCTTGTGTAACTTTGGCTGCTCATAAACGCAGCCTT
TCATAAACCCTTGTATGAGATTA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3AN39JQ 281 0 0
GG
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TCTTTTGCTTTACTCAATCTCAGCACATCAAACACGTTC

QA 3 281 3 281
DS 

RD RR3AN39TF 281 0 0
GG
AACTTTGGCTGCTCATAAACGCAGCCTTTCATAAACCCTTGTATGAGATTAATCAAACTC
TTTTAGATTCTTGGTGACAACTTACAAATCTTTTACGTTCTTTATTTCTCTGCATAATAA
AGCTCATTTGAGCTATCTTCAATAAGTCTATAAGACACAAATCTATCCTGTTATAAAATG
TCTTTATGGTATCAGAGCTTCAGGGATTAGATCCTGGAGTTTGAATTTTTATTTTGTTCT
TCTTTTGCTTTACTCAATCTCAGCACATCAAACACGTTC

QA 3 281 3 281
DS 



AS 1 4

CO CL2740Contig1 1204 4 5 U
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ATGGCCCAGCGATTGACATGTGGTCCGTTGGTTGCATATTTGCTGAACTTTTGTATGCAA
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GATCACCTGATGAAAATAATTGGCCTGGGGTTACCAAGATGCCTTGGTTTAATAATTTTA
AGCCATCACGGCCATTGAAGAGACGCGTGAGAGAGTTCTTCGGACAGTACCAAGTCTTTG
ATCGCCATGCACTTGAACTACTGGACAAAATGTTGGTACTTGACCCATCACAGAGAATAA
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CTCGCTTGCCTCCATTACAACACGGTGGCCAATCTCATGCTGCTCCACATTGGCCTGCCC
ATCCTACTAACAACGCACCACCACAAGTACCTGCTGGACCTAGCCACCACTTCTATGGGA
AGCCGCGTGGTCCACCTGGTCCAAATCGGTACCCTCCTAGCGGAAACCAGAGCAGGGGTT
ATAATCAGAGCCGTGGAGGTTACAGCAGCGGATCATACCATCAACAAGGAAGGGGAGCTC
CTTATGTGGGGGGTGCTCCTAGAGGGCCTAGTGGTGGTGGTGCCTCCGGGGTTGGACCAC
CTAACTACACACAAGGTGGTCAGCATGGTGGCTCAGGAAGAGGTCAGAACACAATGGGTG
GTAGTAGAAACCAGCAATACGGATGGCAACAGTAAATGACTCTAAACATTTGTTGCTCCT
GTCATTTGTCTATTATATATTTAACTTGTGAGGGTCAAGTGAGTCTGGTAAAAAACATTA
ATATTGAAACTCTTTTGAAGAC*ACTTTATATGCTATATAAAAATAGAGAAATCAGAACA
AAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3BF05TF U 1
AF RR3DJ33JQ C 591
AF RR3DJ33TF U 591
AF RR3BF05JQ C 527
BS 1 631 RR3BF05TF
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BS 633 787 RR3BF05TF
BS 788 1196 RR3DJ33TF
BS 1197 1204 RR3BF05JQ

RD RR3BF05TF 787 0 0
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TAAAGCTAGCCGATTTTGGGCTTGCAAGGATGTATTCTCAGGATCATTCTGGAAACCTCA
CAAATCGTGTCATCACCTTGTGGTATAGGCCCCCTGAGTTACTGCTAGGGGCCACAAAAT
ATGGCCCAGCGATTGACATGTGGTCCGTTGGTTGCATATTTGCTGAACTTTTGTATGCAA
AACCAATCTTGCCTGGGAAAAACGAGACTGAACAGTTGAACAAGATTTTTGAGCTTTGTG
GATCACCTGATGAAAATAATTGGCCTGGGGTTACCAAGATGCCTTGGTTTAATAATTTTA
AGCCATCACGGCCATTGAAGAGACGCGTGAGAGAGTTCTTCGGACAGTACCAAGTCTTTG
ATCGCCATGCACTTGAACTACTGGACAAAATGTTGGTACTTGACCCATCACAGAGAATAA
CTGCAAAGGATGCTCTTGATGCCGAGTACTTTTGGACGGATCCTCTTCCATGTGACCCAA
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AGCGTCAAAGAGAGGAAGCAGCAAAAAGACAGAAAGTGCATCATCCACAGCAGCAGCACT
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ATCCTACTAACAACGCACCACCACAAGTACCTGCTGGACCTAGCCACCACTTCTATGGGA
AGCCGCG

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3DJ33JQ 606 0 0
GGA
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CAGCACTCTCGCTTGCCTCCATTACAACACGGTGGCCAATCTCATGTTGCTCCACATTGG
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GGACCACCTAACTACACACAAGGTGGTCAGCATGGTGGCTCAGGAAGAGGTCAGAACACA
ATGGGTGGTAGTAGAAACCAGCAATACGGATGGCAACAGTAAATGACTCTAAACATTTGT
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AACATTAATATTGAAACTCTTTTGAAGAC*ACTTTATATGCTATATAAAAATAGAGAAAT
CAG

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DS 

RD RR3DJ33TF 606 0 0
GGA
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CAGCACTCTCGCTTGCCTCCATTACAACACGGTGGCCAATCTCATGTTGCTCCACATTGG
CCTGCCCATCCTACTAACAACGCACCACCACAAGTACCTGCTGGACCTAGCCACCACTTC
TATGGGAAGCCGCGTGGTCCACCTGGTCCAAATCGGTACCCTCCTAGCGGAAACCAGAGC
AGGGGTTATAATCAGAGCCGTGGAGGTTACAGCAGCGGATCATACCATCAACAAGGAAGG
GGAGCTCCTTATGTGGGGGGTGCTCCTAGAGGGCCTAGTGGTGGTGGTGCCTCCGGGGTT
GGACCACCTAACTACACACAAGGTGGTCAGCATGGTGGCTCAGGAAGAGGTCAGAACACA
ATGGGTGGTAGTAGAAACCAGCAATACGGATGGCAACAGTAAATGACTCTAAACATTTGT
TGCTCCTGTCATTTGTCTATTATATATTTAACTTGTGAGGGTCAAGTGAGTCTGGTAAAA
AACATTAATATTGAAACTCTTTTGAAGAC*ACTTTATATGCTATATAAAAATAGAGAAAT
CAG

QA 4 606 4 606
DS 

RD RR3BF05JQ 678 0 0
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AAAGAGGCAAGAGCAGCGTCAAAGAGAGGAAGCAGCAAAAAGACAGAAAGTGCATCATCC
ACAGCAGCAGCACTCTCGCTTGCCTCCATTACAACACGGTGGCCAATCTCATGCTGCTCC
ACATTGGCCTGCCCATCCTACTAACAACGCACCACCACAAGTACCTGCTGGACCTAGCCA
CCACTTCTATGGGAAGCCGCGTGGTCCACCTGGTCCAAATCGGTACCCTCCTAGCGGAAA
CCAGAGCAGGGGTTATAATCAGAGCCGTGGAGGTTATAGCAGCGGATCATATCACCAACA
AGGACGGGGAGCTCCTTATGTGGGCGGTGGTCCTAGAGGGCCTAGTGCTGGTGGTGCCTA
CGGGGTTGGACCACCTAACTACACACAAGGTGGTCAGCATGGTGGCTCAGGAAGAGGTCA
GAACACAATGGGTGGTAGTAGAAACCAGCAATACGGATGGCAACAGTAAATGACTCTAAA
CATTTGTTGCTCCTGTCATTTGTCTATTATATATTTAACTTGTGAGGGTCAAGTGAGTCT
GGTAAAAAACATTAATATTGAAACTCTTTTGAAGACCACTTTATATGCTATATAAAAATA
GAGCAATCAGAACAAAGC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 4

CO CL2741Contig1 916 4 7 U
CGAAGATCTAAGGTCTTTGGTGAAGGCCTATTTTGAGGATACCTTAAAAACTTTAGAGTT
TTTCAAAACTGTAGATAACTTGGTCGACAAAGCATCAATTGGCGACGGTTACATTCAACG
CGCAGTGGAACTCTTTGACAAAGAGTCGGAAGATGGCGGAAATAATAAGAAGAGGTATGA
AAAAACATTGGAGGAGCTGAAGAAGTTTGAAGACATGAAAGAAGATTTTGATGGCGACAA
GTTAAAGGCTCAGTTCGACTTGGTCAAAAAGGAGCAAGAATCCCTTCTGGAGAAAGTGAG
TAAGCTGAAAACAAAGATTGATGAGGCATATGCTGAGTCAATGATGCTTACTCTGGTTAC
GAGTGTATTTCTCCCATGTGTGTTTATCGGTATTGCTCTCATAGAGGTGGCTATAAATGC
GCACAACGGCGAAGCTCTAGTGATAGGTGCAAGTTTATTGTTACCATTCGTCATCCTTGG
TTACTTACCGAAACTGGAAGACATTCTGAAGAAACAGGAAGAAATAGCAAAACAGGTGGA
GAAAGGTTTGGAAGTCAATAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTCGAGAACCT
ATTAGAAAAGATCTCGTCGATGTTGGAGATCGCGGATTTTGCTGGGGAGGATAGCGAGAT
AGACACCAAACTTGCCTTGCAACTAATCAATAAGAAAATGAGTGGATTTACTGACGAAAT
CAACGAGGTTGGCGAAAATGTGGCTAAGCTTAAAGAATTGGTCACTGGGGCGATTATTAA
GGTTCTGGAAAAGATCAAAGGGTAGCGGTAAACTATAAAAATGCGTTTTGAACGTTATTC
ATGTTTCTTGTTCAAGAATCAAGATCCATACTCATGTGTAATTGTAACCACTTATTGATC
TCTTTTCTTTGACAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CE62TF U 1
AF RR3F441TF U 151
AF RR3CE62JQ C 191
AF RR3F441JQ C 289
BS 1 391 RR3CE62TF
BS 392 392 RR3F441TF
BS 393 608 RR3CE62TF
BS 609 609 RR3F441TF
BS 610 669 RR3CE62TF
BS 670 723 RR3F441TF
BS 724 916 RR3CE62JQ

RD RR3CE62TF 669 0 0
CGAAGATCTAAGGTCTTTGGTGAAGGCCTATTTTGAGGATACCTTAAAAACTTTAGAGTT
TTTCAAAACTGTAGATAACTTGGTCGACAAAGCATCAATTGGCGACGGTTACATTCAACG
CGCAGTGGAACTCTTTGACAAAGAGTCGGAAGATGGCGGAAATAATAAGAAGAGGTATGA
AAAAACATTGGAGGAGCTGAAGAAGTTTGAAGACATGAAAGAAGATTTTGATGGCGACAA
GTTAAAGGCTCAGTTCGACTTGGTCAAAAAGGAGCAAGAATCCCTTCTGGAGAAAGTGAG
TAAGCTGAAAACAAAGATTGATGAGGCATATGCTGAGTCAATGATGCTTACTCTGGTTAC
GAGTGTATTTCTCCCATGTGTGTTTATCGGTGTTGCTCTCATAGAGGTGGCTATAAATGC
GCACAACGGCGAAGCTCTAGTGATAGGTGCAAGTTTATTGTTACCATTCGTCATCCTTGG
TTACTTACCGAAACTGGAAGACATTCTGAAGAAACAGGAAGAAATAGCAAAACAGGTGGA
GAAAGGTTTGGAAGTCAATAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTCGAGAACCT
ATTAGAAA*GATCTCGTCGATGTTGGAGATCGCGGATTTTGCTGGGGAGGATAGCGAGAT
AGACACCAA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3F441TF 573 0 0
G
GATGGCGGAAATAATAAGAAGAGGTATGAAAAAACATTGGAGGAGCTGAAGAAGTTTGAA
GACATGAAAGAAGATTTTGATGGCGACAAGTTAAAGGCTCAGTTCGACTTGGTCAAAAAG
GAGCAAGAATCCCTTCTGGAGAAAGTGAGTAAGCTGAAAACAAAGATTGATGAGGCATAT
GCTGAGTCAATGATGCTTACTCTGGTTACGAGTGTATTTCTCCCATGTGTGTTTATCGGT
ATTGCTCTCATAGAGGTGGCTATAAATGCGCACAACGGCGAAGCTCTAGTGATAGGTGCA
AGTTTATTGTTACCATTCGTCATCCTTGGTTACTTGCCGAAACTGGAAGACATTCTGAAG
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GCGACCATAATGAGCTTAGTCGAGAACCTATTAGAAAAGATCTCGTCGATGTTGGAGATC
GCGGATTTTGCTGGGGAGGATAGCGAGATAGACACCAAACTTGCCTTGCAACTAATCAAT
AAGAAAATGAGTGGATTTACTGACGAAATCAA

QA 2 573 2 573
DS 

RD RR3CE62JQ 726 0 0
GAGGAGCTGAAGAAGTTTGAAGACATGAAAGAAGATTTTGATGGCGACAAGTTAAAGGCT
CAGTTCGACTTGGTCAAAAAGGAGCAAGAATCCCTTCTGGAGAAAGTGAGTAAGCTGAAA
ACAAAGATTGATGAGGCATATGCTGAGTCAATGATGCTTACTCTGGTTACGAGTGTATTT
CTCCCATGTGTGTTTATCGGTGTTGCTCTCATAGAGGTGGCTATAAATGCGCACAACGGC
GAAGCTCTAGTGATAGGTGCAAGTTTATTGTTACCATTCGTCACCCTTGGTTACTTACCG
AAACTGGAAGACATTCTGAAGAAACAGGAAGAAATAGCAAAACAGGTGGAGAAAGGTTTG
GAAGTCAATAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTTAGTCGAGAACCTATTAGAAAAG
ATCTCGTCGATGTTGGAGATCGCGGATTTTGCTGGGGAGGATAGCGAGATAGACACCAAA
CTTGCCTTGCAACTAATCAATAAGAAAATGAGTGGATTTACTGACGAAATCAACGAGGTT
GGCGAAAATGTGGCTAAGCTTAAAGAATTGGTCACTGGGGCGATTATTAAGGTTCTGGAA
AAGATCAAAGGGTAGCGGTAAACTATAAAAATGCGTTTTGAACGTTATTCATGTTTCTTG
TTCAAGAATCAAGATCCATACTCATGTGTAATTGTAACCACTTATTGATCTCTTTTCTTT
GACAGC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3F441JQ 613 0 0
GGAGAAAGTGAGTAAGCTGAAAACAAAGATTGATGAGGCATATGCTGAGTCAATGATGCT
TACTCTGGTTACGAGTGTATTTCTCCCATGTGTGTTTATCGGTATTGCTCTCATAGAGGT
GGCTATAAATGCGCACAACGGCGAAGCTCTAGTGATAGGTGCAAGTTTATTGTTACCATT
CGTCATCCTTGGTTACTTGCCGAAACTGGAAGACATTCTGAAGAAACAGGAAGAAATAGC
AAAACAGGTGGAGAAAGGTTTGGAAGTCAATAAAGATGCGATGGCGACCATAATGAGCTT
AGTCGAGAACCTATTAGAAAAGATCTCGTCGATGTTGGAGATCGCGGATTTTGCTGGGGA
GGATAGCGAGATAGACACCAAACTTGCCTTGCAACTAATCAATAAGAAAATGAGTGGATT
TACTGACGAAATCAACGAGGTTGGCGAAAATGTGGCTAAGCTTAAAGAATTGGTCACTGG
GGCGATTATTAAGGTTCTGGAAAAGATCAAAGGGTAGCGGTAAACTATAAAAATGCGTTT
TGAACGTTATTCATGTTTCTTGTTCAAGAATCAAGATCCATACTCATGTGTAATTGTAAC
CACTTATTGATCT

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 4

CO CL2742Contig1 733 4 9 U
GGAAATTAAAAAACGTTATTCTTCATCTTCTTTTCGGAGTGGAGAAAGGTTTCGACTTTC
GTTACGAACCAGACGAGTGATTTGAAGAAGATGCATTCTTTTGGATACAGAGCGAATGCG
CTGCTAACGTTCGCCGTCACGATACTTGCCTTCATATGCGCGATCGCGTCCTTCTCTGAT
AACTTCAGTAACCAAACACCCTCTGCTCAGATCCAGATATTGAATATCAATTGGTTTCAG
AAGCAACCCCATGGAAATGATGAGGTCAGCTTGACACTGAACATAACAGCAGACTTGCAG
TCACTATTTACTTGGAACACAAAGCAGGTATTCGCTTTCGTAGCAGCAGAGTATAAAACC
TCAAAGAATTCTCTGAACCAGGTTTCTCTATGGGATGCCATAATACCAGAGAAGGAGCAA
GCCAACTTCTGGATTCAAATCTCAAACAAGTACCGTTTCATAGACCAGGGACACAACCTC
CGAGGGAAAGAGTTCAACTTGACACTGCACTGGCATGTCATGCCCAAGACTGGCAAGATG
TTTGCTGACAAAATAGTCATGTCTGGTTATCGTTTACCCAATGCATACAGATGATTTTAT
GAAGAGTAATAGGCCTTCATGCATATT**CATCTAGTTGTGT*TTTTCAGTTGTTCAGTC
GTTGAAACATTGTTTTGTAATGGAACTTATGAGCTAATAACTTGTAGACTAATCCTTTTG
ATTCACAAACTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3DM22TF U 59
AF RR3A806TF U 1
AF RR3DM22JQ C 59
AF RR3A806JQ C 180
BS 1 134 RR3A806TF
BS 135 135 RR3DM22TF
BS 136 290 RR3A806TF
BS 291 291 RR3DM22TF
BS 292 479 RR3A806TF
BS 480 480 RR3DM22TF
BS 481 554 RR3A806TF
BS 555 555 RR3DM22TF
BS 556 733 RR3A806TF

RD RR3DM22TF 550 0 0
GG
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CTGCTAACGTTCGCCGTCACGATACTTGCCTTCATATGCGCGATCGCGTCCTTCTCTGAT
AACTTCAGTAACCAAACACCCTCTGCTCAGATCCAGATATTGAATATCAATTGGTTTCAG
AAGCAACCCCATGGAAATGATGAGGTCAGCTTGACACTGAACATAACAGCAGACTTGCAG
TCACTATTTACTTGGAACACAAAGCAGGTATTCGCTTTCGTAGCAGCGGAGTATAAAACC
TCAAAGAATTCTCTGAACCAGGTTTCTCTATGGGATGCCATAATACCAGAGAAGGAGCAA
GCCAACTTCTGGATTCAAATCTCAAACAAGTACCGTTTCATAGACCAGGGACACAATCTC
CGAGGGAAAGAGTTCAACTTGACACTGCACTGGCATGTTATGCCCAAGACTGGCAAGATG
TTTGCTGACAAAATAGTCATGTCTGGTTATCGTTTACCCAATGCATACAGATGATTTTAT
GAAGAGTA

QA 3 550 3 550
DS 

RD RR3A806TF 733 0 0
GGAAATTAAAAAACGTTATTCTTCATCTTCTTTTCGGAGTGGAGAAAGGTTTCGACTTTC
GTTACGAACCAGACGAGTGATTTGAAGAAGATGCATTCTTTTGGATACAGAGCGAATGCG
CTGCTAACGTTCGCTGTCACGATACTTGCCTTCATATGCGCGATCGCGTCCTTCTCTGAT
AACTTCAGTAACCAAACACCCTCTGCTCAGATCCAGATATTGAATATCAATTGGTTTCAG
AAGCAACCCCATGGAAATGATGAGGTCAGCTTGACACTGAACATAACAGCGGACTTGCAG
TCACTATTTACTTGGAACACAAAGCAGGTATTCGCTTTCGTAGCAGCAGAGTATAAAACC
TCAAAGAATTCTCTGAACCAGGTTTCTCTATGGGATGCCATAATACCAGAGAAGGAGCAA
GCCAACTTCTGGATTCAAATCTCAAACAAGTACCGTTTCATAGACCAGGGACACAACCTG
CGAGGGAAAGAGTTCAACTTGACACTGCACTGGCATGTCATGCCCAAGACTGGCAAGATG
TTTGCTGACAAAATTGTCATGTCTGGTTATCGTTTACCCAATGCATACAGATGATTTTAT
GAAGAGTAATAGGCCTTCATGCATATT**CATCTAGTTGTGT*TTTTCAGTTGTTCAGTC
GTTGAAACATTGTTTTGTAATGGAACTTATGAGCTAATAACTTGTAGACTAATCCTTTTG
ATTCACAAACTAT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3DM22JQ 675 0 0
GG
GTTACGAACCAGACGAGTGATTTGAAGAAGATGCATTCTTTTGGATACAGAGCGAATGCG
CTGCTAACGTTCGCCGTCACGATACTTGCCTTCATATGCGCGATCGCGTCCTTCTCTGAT
AACTTCAGTAACCAAACACCCTCTGCTCAGATCCAGATATTGAATATCAATTGGTTTCAG
AAGCAACCCCATGGAAATGATGAGGTCAGCTTGACACTGAACATAACAGCAGACTTGCAG
TCACTATTTACTTGGAACACAAAGCAGGTATTCGCTTTCGTAGCAGCGGAGTATAAAACC
TCAAAGAATTTTCTGAACCAGGTTTCTCTATGGGATGCCATAATACCAGAGAAGGAGCAA
GCCAACTTCTGGATTCAAATCTCAAACAAGTACCGTTTCATAGACCAGGGACACAATCTC
CGAGGGAAAGAGTTCAACTTGACACTGCACTGGCATGTTATGCCCAAGACTGGCAAGATG
TTTGCTGACAAAATAGTCATGTCTGGTTATCGTTTACCCAATGCATACAGATGATTTTAT
GAAGAGTAGTAGGCCTTCATGCATAATGTCATCTAGTTGTGTGTTTTCAGTTGTTCAGTC
GTTGAAACATTGTTTTGTAATGGAACTTATGAGCTAATAACTTGTAGACTAATCCTTTTG
ATTCACAAACTAT

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR3A806JQ 554 0 0
TAACTTCAGTAACCAAACACCCTCTGCTCAGATCCAGATATTGAATATCAATTGGTTTCA
GAAGCAACCCCATGGAAATGATGAGGTCAGCTTGACACTGAACATAACAGCGGACTTGCA
GTCACTATTTACTTGGAACACAAAGCAGGTATTCGCTTTCGTAGCAGCAGAGTATAAAAC
CTCAAAGAATTTTCTGAACCAGGTTTCTCTATGGGATGCCATAATACCAGAGAAGGAGCA
AGCCAACTTCTGGATTCAAATCTCAAACAAGTACCGTTTCATAGACCAGGGACACAACCT
GCGAGGGAAAGAGTTCAACTTGACACTGCACTGGCATGTCATGCCCAAGACTGGCAAGAT
GTTTGCTGACAAAATTGTCATGTCTGGTTATCGTTTACCCAATGCATACAGATGATTTTA
TGAAGAGTAATAGGCCTTCATGCATATT**CATCTAGTTGTGT*TTTTCAGTTGTTCAGT
CGTTGAAACATTGTTTTGTAATGGAACTTATGAGCTAATAACTTGTAGACTAATCCTTTT
GATTCACAAACTAT

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 4

CO CL2743Contig1 609 4 4 U
TTATATAGTAATACAATTCGTAATATTAGTGTGTTTTCCAGTAAAACAGATGATATAAAT
GAAGACATTAGATAAAACAAAAGACAAATGTGTGAGAGTACTTAAGAAACAAGAGAAACG
ATTAACCAATACAAAAACATATTCAGGGTTTGCGGAAGACTCTGCCGGCGATAAGGGCGG
CGTCCATGACAATGGAGATGACATCAATGACTTCATCGGGATCGCATGTGTTACCTGTAA
ACGTCGGTTGCTTCGTATTGCTGAAATTGTCCATGCAGTTTATGAACTTCTGACTACACT
CTTGGCTTAGGTAATCATTATTTTTGGATTGAACACAAGCATCATGCTTCATGCAACATG
AATCAAGACCATCACAAGGTCTCTCTCCAGGACATCCACTGTACAATAGTCCACAGTACT
TCCCATACCTCAAAAGTGGAGGCACTGAACAGAACTCTGATTCGCATTTCCGGCTACATT
CTTTGCTCAGAGAAACGGTGGGATGTGTGAGCTGAACACCGACGTTAAGAGCAGAGACGG
AGACAGAGAAGAATAGGAAAAGGAAAGAGGAAATTATGATCTGAGCCGCCATTGTTTTTG
TTAAAAAAA


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3FI87TF C 1
AF RR3FI87JQ U 3
AF RR3EP88JQ U 38
AF RR3EP88TF C 38
BS 1 2 RR3FI87TF
BS 3 411 RR3FI87JQ
BS 412 412 RR3EP88JQ
BS 413 609 RR3FI87JQ

RD RR3FI87TF 609 0 0
TTATATAGTAATACAATTCGTAATATTAGTGTGTTTTCCAGTAAAACAGATGATATAAAT
GAAGACATTAGATAAAACAAAAGACAAATGTGTGAGAGTACTTAAGAAACAAGAGAAACG
ATTAACCAATACAAAAACATATTCAGGGTTTGCGGAAGACTCTGCCGGCGATAAGGGCGG
CGTCCATGACAATGGAGATGACATCAATGACTTCATCGGGATCGCATGTGTTACCTGTAA
ACGTCGGTTGCTTCGTATTGCTGAAATTGTCCATGCAGTTTATGAACTTCTGACTACACT
CTTGGCTTAGGTAATCATTATTTTTGGATTGAACACAAGCATCATGCTTCATGCAACATG
AATCAAGACCATCACAAGGTCTCTCTCCAGGACATCCACTGTACAATAGTC*ACAGTACT
TCCCATACCTCAAAAGTGGAGGCACTGAACAGAACTCTGATTCGCATTTCCGGCTACATT
CTTTGCTCAGAGAAACGGTGGGATGTGTGAGCTGAACACCGACGTTAAGAGCAGAGACGG
AGACAGAGAAGAATAGGAAAAGGAAAGAGGAAATTATGATCTGAGCCGCCATTGTTTTTG
TTAAAAAAA

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3FI87JQ 607 0 0
ATATAGTAATACAATTCGTAATATTAGTGTGTTTTCCAGTAAAACAGATGATATAAATGA
AGACATTAGATAAAACAAAAGACAAATGTGTGAGAGTACTTAAGAAACAAGAGAAACGAT
TAACCAATACAAAAACATATTCAGGGTTTGCGGAAGACTCTGCCGGCGATAAGGGCGGCG
TCCATGACAATGGAGATGACATCAATGACTTCATCGGGATCGCATGTGTTACCTGTAAAC
GTCGGTTGCTTCGTATTGCTGAAATTGTCCATGCAGTTTATGAACTTCTGACTACACTCT
TGGCTTAGGTAATCATTATTTTTGGATTGAACACAAGCATCATGCTTCATGCAACATGAA
TCAAGACCATCACAAGGTCTCTCTCCAGGACATCCACTGTACAATAGTC*ACAGTACTTC
CCATACCTCAAAAGTGGAGGCACTGAACAGAACTCTGATTCGCATTTCCGGCTACATTCT
TTGCTCAGAGAAACGGTGGGATGTGTGAGCTGAACACCGACGTTAAGAGCAGAGACGGAG
ACAGAGAAGAATAGGAAAAGGAAAGAGGAAATTATGATCTGAGCCGCCATTGTTTTTGTT
AAAAAAA

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3EP88JQ 572 0 0
CCAGTAAAACAGATGATATAAATGAAGACATTAGATAAAACAAAAGACAAATGTGTGAGA
GTACTTAAGAAACAAGGGAAACGATTAACCAATACAAAAACATATTCAGGGTTTGCGGAA
GACTCTGCCGGCGATAAGGGCGGCGTCCATGACAATGGAGATGACATCAATGACTTCATC
GGGATCGCATGTGTTACCTGTAAACGTCGGTTGCTTCGTATTGCTGAAATTGTCCATGCA
GTTTATGAACTTCTGACTACACTCTTGGCTTAGGTAATCATTATTTTTGGATTGAACACA
AGCATCATGCTTCATGCAACATGAATCAAGACCATCACAAGGTCTCTCTCCAGGACATCC
ACTGTACAATAGTCCACAGTACTTCCCATACCTCAAAAGTGGAGGCACTGAACAGAACTC
TGATTCGCATTTCCGGCTACATTCTTTGCTCAAAGAAACGGTGGGATGTGTGAGCTGAAC
ACCGACGTTAAGAGCAGAGACGGAGACAGAGAAGAATAGGAAAAGGAAAGAGGAAATTAT
GATCTGAGCCGCCATTGTTTTTGTTAAAAAAA

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3EP88TF 572 0 0
CCAGTAAAACAGATGATATAAATGAAGACATTAGATAAAACAAAAGACAAATGTGTGAGA
GTACTTAAGAAACAAGGGAAACGATTAACCAATACAAAAACATATTCAGGGTTTGCGGAA
GACTCTGCCGGCGATAAGGGCGGCGTCCATGACAATGGAGATGACATCAATGACTTCATC
GGGATCGCATGTGTTACCTGTAAACGTCGGTTGCTTCGTATTGCTGAAATTGTCCATGCA
GTTTATGAACTTCTGACTACACTCTTGGCTTAGGTAATCATTATTTTTGGATTGAACACA
AGCATCATGCTTCATGCAACATGAATCAAGACCATCACAAGGTCTCTCTCCAGGACATCC
ACTGTACAATAGTCCACAGTACTTCCCATACCTCAAAAGTGGAGGCACTGAACAGAACTC
TGATTCGCATTTCCGGCTACATTCTTTGCTCAGAGAAACGGTGGGATGTGTGAGCTGAAC
ACCGACGTTAAGAGCAGAGACGGAGACAGAGAAGAATAGGAAAAGGAAAGAGGAAATTAT
GATCTGAGCCGCCATTGTTTTTGTTAAAAAAA

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL2744Contig1 967 2 20 U
GCCTGAAACTGTTTATATTTTCAAAAACTTTTGTCTCGAACCTCGAGGCAGAACAAGTCA
CGATGTAACACTCTAAAACATTGATTTAAAACTAGAGTCAAACAAACTCTAAATCAGAGT
TTAACGAAACTTAATTAGAGACATTAAATTAAAAATACGCTTATGTTCTTCAGACATCAA
ACTGTTTCAACCTTGACCTTGGAACAAAACTTGAGAACAGGAACTGAGTCTTCCCATATC
AACTCCAACACAAAAGAGACACCAATCCAGAATACATCATTAGCTTCACAGAAAAGCTTC
CATCCTCTTCCTAGTCCTCTTCTTCCATTGTGTGGTCCCTCCTGCACCAGCCTCGTTAAC
CGCTTCACACCATGCATGTCCATCAAGATTATCTCCTTGTACTTGCTAAGCCCATTAGTA
TTCGTGAAAGCTATAGGAAGAATAAGTTTGGAGCTTATGAAGTTGTAACGGGTGAGAGTG
ATTGTGAGGAATCGGTTTCGCCTTGAAGATGATGAAGCTACCCATCTAGAACGCTTCTTT
GTCTTTTTACTCCATCTCCCTCTGCTCAAGTGTTTGATCACTAGTTCAGAACACTCTTCT
TCAGGACAAACACAGAGCATTGGAGTAGTTTTCCCATCTCCGACCAGATCGAACACAAAT
AACTCTCCTACTTTTCGTCTGTTATCAAGACAGAACCTTCTCCAGCCTTGTCTGATGTAA
TACATTCCTCCTGACTCTCTAAATCTAAACCTCACGGTCCATGATTCTCCCTCTTTGTTC
ACTAGTATTATCTCGTGGCAACTTTTGTTCAAAGCATTTGAACTCGTAGCTCCCACAGGA
AGATTAAGTGTGTCTAGTTTTAGATTTGAAGAAGTGACTTCTGATACAAAACAGTAGTCA
AATGAGAAGAAGACATTGGCTCTGTTTTGGGTTTAGACATTTCTATCTTCTGGTGATCTC
AGAATCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT89JQ U 1
AF RR3F607JQ U 129
BS 1 180 RR3GT89JQ
BS 181 181 RR3F607JQ
BS 182 268 RR3GT89JQ
BS 269 269 RR3F607JQ
BS 270 325 RR3GT89JQ
BS 326 326 RR3F607JQ
BS 327 338 RR3GT89JQ
BS 339 339 RR3F607JQ
BS 340 351 RR3GT89JQ
BS 352 352 RR3F607JQ
BS 353 434 RR3GT89JQ
BS 435 435 RR3F607JQ
BS 436 493 RR3GT89JQ
BS 494 494 RR3F607JQ
BS 495 649 RR3GT89JQ
BS 650 650 RR3F607JQ
BS 651 738 RR3GT89JQ
BS 739 739 RR3F607JQ
BS 740 784 RR3GT89JQ
BS 785 967 RR3F607JQ

RD RR3GT89JQ 784 0 0
GCCTGAAACTGTTTATATTTTCAAAAACTTTTGTCTCGAACCTCGAGGCAGAACAAGTCA
CGATGTAACACTCTAAAACATTGATTTAAAACTAGAGTCAAACAAACTCTAAATCAGAGT
TTAACGAAACTTAATTAGAGACATTAAATTAAAAATACGCTTATGTTCTTCAGACATCAA
*CTGTTTCAACCTTGACCTTGGAACAAAACTTGAGAACAGGAACTGAGTCTTCCCATATC
AACTCCAACACAAAAGAGACACCAATCCCGAATACATCATTAGCTTCACAGAAAAGCTTC
CATCCTCTTCCTAGTCCTCTTCTTCTATTGTGTGGTCCGTCCTGCACCAGCTTCGTTAAC
CGCTTCACACCATGCATGTCCATCAAGATTATCTCCTTGTACTTGCTAAGCCCATTAGTA
TTCGTGAAAGCTATCGGAAGAATAAGTTTGGAGCTTATGAAGTTGTAACGGGTGAGAGTG
ATTGTGAGGAATCTGTTTCGCCTTGAAGATGATGAAGCTACCCATCTAGAACGCTTCTTT
GTCTTTTTACTCCATCTCCCTCTGCTCAAGTGTTTGATCACTAGTTCAGAACACTCTTCT
TCAGGACAAACACAGAGCATTGGAGTAGTTTTCCCATCTCCGACCAGATTGAACACAAAT
AACTCTCCTACTTTTCGTCTGTTATCAAGACAGAACCTTCTCCAGCCTTGTCTGATGTAA
TACATTCCTCCTGACTCTTTAAATCTAAACCTCACGGTCCATGATTCTCCCTCTTTGTTC
ACTA

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3F607JQ 839 0 0
GAAACTTA
AGAGACATTAAATTAAAAATACGCTTATGTTCTTCAGACATCAAACTGTTTCAACCTTGA
CCTTGGAACAAAACTTGAGAACAGGAACTGTGTCTTCCCATATCAACTCCAACACAAATG
AGACACCAATCCAGAATACATCATTAGCTTCACAGAAAAGCTTCCATCCTCTTCCTAGTC
CTCTTCTTCCATTGTGTGGTCCCTCCTGCACCAGCCTCGTTAACCGCTTCACACCATGCA
TGTCCATCAAGATTATCTCCTTGTACTTGCTAAGCCCATTAGTATTCGTGAAGGCTATAG
GAAGAATAAGTTTGGAGCTTGTGAAGTTGTAGCGTGTGAGAGTGATTGTGAGGAATCGGT
TTCTTCTTGAGGATGATGAAGCTACCCATCTAGAACGCTTCTTTGTCTTTTTACTCCTTC
TCCCTCTGCTCAAGTGTTTGATCACTAGTTCAGAACACTCTTCTTCAGGACAAACACAGA
GCATTGGAGTAGTTTTCCCATCTCCGACCAGATCGAACACAAATAACTCTCCTACTTTTC
GTCTGTTATCAAGACAGAACCTTCTCCAGCCTTGTCTGATGTAATACATTCCTCCTGACT
CTCTAAATCTCAACCTCACGGTCCATGATTCTCCCTCTTTGTTCACTAGTATTATCTCGT
GGCAACTTTTGTTCAAAGCATTTGAACTCGTAGCTCCCACAGGAAGATTAAGTGTGTCTA
GTTTTAGATTTGAAGAAGTGACTTCTGATACAAAACAGTAGTCAAATGAGAAGAAGACAT
TGGCTCTGTTTTGGGTTTAGACATTTCTATCTTCTGGTGATCTCAGAATCA

QA 9 839 9 839
DS 



AS 1 4

CO CL2745Contig1 517 4 11 U
TTTTTTTTTGTCTTGAAAGGATGTGAACGTCACATATTTATTCAAAGATAACAAAGTTGT
GTACAATAACCATTTCAATATGTTTTAAGTTTTTTTAGTAGTATGGTTTTGGTACTGTGT
TTCACTCACTGGTTACAAAGATCCATGGATCAATTAACAAAACGCAGCTCCAACTCTGTC
ACGCGGGATGAGTCTTAATTCAGACCCATGCTTCAAGAACACGTTTCCTGCGCTCTGTTG
GGGATTGATCCCGATCCCATCATTGGTGATGATGGCGCTGGTTTGGGGAGGAACCTTGAA
CTCCTCCGCCGCGAATTTCAGAACCGCCGTGAACGGAGCTCCCTCTGGTACGCTGAATAC
TTTGAAAGGAAGCTTAGGAGCCGAAGTGAGAGTGACTTTGAAGGAGACTTTTCCACCAGT
TGCCACTTTCCGGCGACGGGAGGGAGGAGGGAGGAGGGAGGAGATCAAGCTTT*GTTCCT
CGCGTTTCAACGACGCGTACAAGAAAGAGGGTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO83JQ U 20
AF RR3G421TF C 1
AF RR3G421JQ U 15
AF RR3FO83TF C 20
BS 1 19 RR3G421TF
BS 20 205 RR3G421JQ
BS 206 206 RR3FO83JQ
BS 207 379 RR3G421JQ
BS 380 380 RR3FO83JQ
BS 381 425 RR3G421JQ
BS 426 426 RR3FO83JQ
BS 427 436 RR3G421JQ
BS 437 437 RR3FO83JQ
BS 438 491 RR3G421JQ
BS 492 517 RR3FO83TF

RD RR3FO83JQ 441 0 0
GATGTGAACGTCACATATTTATTCAAAGATAACAAAGTTGTGTACAATAACCATTTCAAT
ATGTTTTAAGTTTTTTTAGTAGTATGGTTTTGGTACTGTGTTTCACTCACTGGTTACAAA
GATTCATGGATCAATTAACAAAACGCAGCTCCAACTCTGTCGCGCGGGATGAGTCTTAAT
TCAGACCCATGCTTCAAGAACACGTTTCCTGCGCTCTGTTGGGGATTGATCCCGATTCCA
TCATTGGTGATGATGGCGCTGGTTTGGGGAGGAACCTTGAACTCCTCCGCCGCGAATTTC
AAAACCGCCGTGAACGGAGCTCCCTCTGGTACGCTGAATACTTTGAAAGGAAGCTTAGGA
GCCGAAGTGAGAGTGACTTTGAAGGAGACTTTTCCACCAGTTGCCACTTTCCGGCGACGG
GAGGGAGGAGGGAGGAGGGAG

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR3G421TF 493 0 0
TTTTTTTTTGTCTTGAAAGGATGTGAACGTCACATATTTATTCAAAGATAACAAAGTTGT
GTACAATAACCATTTCAATATGTTTTAAGTTTTTTTAGTAGTATGGTTTTGGTACTGTGT
TTCACTCACTGGTTACAAAGATCCATGGATCAATTAACAAAACGCAGCTCCAACTCTGTC
ACGCGGGATGAGTCTTAATTCAGACTCATGCTTCAAGAACACGTTTCCTGCGCTCTGTTG
GGGATTGATCCCGATCCCATCATTGGTGATGATGGCGCTGGTTTGGGGAGGAACCTTGAA
CTCCTCCGCCGCGAATTTCAGAACCGCCGTGAACGGAGCTCCCTCTGGTACGCTGAATAC
TTTGAAAGGAAGCTTAGGATCCGAAGTGAGAGTGACTTTGAAGGAGACTTTTCCACCAGT
TGCCATTTTCCGGCGATGGGAGGGAGGAGGGAGGAGGGAGGAGATCAAGCTTT*GTTCCT
CGCGTTTCAAC
CC

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR3G421JQ 479 0 0
GAAAG
GATGTGAACGTCACATATTTATTCAAAGATAACAAAGTTGTGTACAATAACCATTTCAAT
ATGTTTTAAGTTTTTTTAGTAGTATGGTTTTGGTACTGTGTTTCACTCACTGGTTACAAA
GATCCATGGATCAATTAACAAAACGCAGCTCCAACTCTGTCACGCGGGATGAGTCTTAAT
TCAGACTCATGCTTCAAGAACACGTTTCCTGCGCTCTGTTGGGGATTGATCCCGATCCCA
TCATTGGTGATGATGGCGCTGGTTTGGGGAGGAACCTTGAACTCCTCCGCCGCGAATTTC
AGAACCGCCGTGAACGGAGCTCCCTCTGGTACGCTGAATACTTTGAAAGGAAGCTTAGGA
TCCGAAGTGAGAGTGACTTTGAAGGAGACTTTTCCACCAGTTGCCATTTTCCGGCGATGG
GAGGGAGGAGGGAGGAGGGAGGAGATCAAGCTTT*GTTCCTCGCGTTTCAAC
CC

QA 6 477 6 477
DS 

RD RR3FO83TF 498 0 0
GATGTGAACGTCACATATTTATTCAAAGATAACAAAGTTGTGTACAATAACCATTTCAAT
ATGTTTTAAGTTTTTTTAGTAGTATGGTTTTGGTACTGTGTTTCACTCACTGGTTACAAA
GATTCATGGATCAATTAACAAAACGCAGCTCCAACTCTGTCGCGCGGGATGAGTCTTAAT
TCAGACCCATGCTTCAAGAACACGTTTCCTGCGCTCTGTTGGGGATTGATCCCGATTCCA
TCATTGGTGATGATGGCGCTGGTTTGGGGAGGAACCTTGAACTCCTCCGCCGCGAATTTC
AGAACCGCCGTGAACGGAGCTCCCTCTGGTACGCTGAATACTTTGAAAGGAAGCTTAGGA
GCCGAAGTGAGAGTGACTTTGAAGGAGACTTTTCCACCAGTTGCCACTTTCCGGCGACGG
GAGGGAGGAGGGTGGAGGGAGGAGATCAAGCTTTTGTTCCTCGCGTTTCAACGACGCGTA
CAAGAAAGAGGGTTTCCC

QA 1 498 1 498
DS 



AS 1 3

CO CL2746Contig1 1365 3 7 U
CAAAACTTTAATTGATAAAAGTGTAGAAAATATAAAACAGACATAGCACATGAACCACAT
TGCAATATAATAGTTAAAAGAGAAAGATGTGTCATCAATCATTATTAACTCAAAAGAAAG
TTGAACTCAAATAAAATGAATATAAAAGAAACCAAAACAAAGAGTAGCTCGCTTCTTGTC
TGAAAAATGATGAACTTCATTACTTAAAAGCACTTCCTGTGAACAATGGACGGGCCTGAC
TCGTCATACTCTGCCTTAGCAATCCACATCTGCTGGAAGGTACTGAGTGAAGCCAAGATG
GACCCTCCAATCCAAACAGAGTATTTCCTCTCAGGAGGTGCAACAACTTTGATCTTCATG
CTGCTTGGAGCCAATGCAGTGATCTCCTTACTCATTCGATCAGCGATCCCCGGGAACATT
GTAGTTCCACCACTGAGGACGATGTTACCATACAAGTCCTTTCTGATGTCGACATCACAC
TTCATTATGGAGTTATAGGTCGTTTCATGGATACCTGGATTCTCCATACCAATCATAGAC
GGCTGGTAAAGAACCTCAGGACAACGGAAACGTTCAGCACCGATGGTGATCACTTGCCCA
TCAGGCATCTCGTAGTTCTTCTCAACAGATGAGCTTGTTTTGGATGTCTCTAGCTCCTGC
TCGTAGTCAAGAGCAATGTAGCAGAGCTTCTCCTTTATGTCTCTGACAATTTCACGCTCT
GCTGTGGTAGTGAAAGAGTACCCACGCTCGGTTAGGATCTTCATAAACGCGTCGGTGAGG
TCACGACCCGCGAGATCAAGACGTAGGATGGCATGTGGAAGTGCATAGCCCTCGTAGATA
GGAACCGTGTGGCTCACACCATCTCCAGAGTCGAGCACAATACCGGTTGTACGACCACTG
GCATAAAGGGAGAGCACAGCCTGAATAGCCACGTACATGGCAGGGGCATTGAAAGTCTCA
AACATGATCTGAGTCATCCTCTCACGGTTAGCTTTAGGGTTGAGAGGTGCTTCCGTGAGG
AGAACGGGGTGCTCCTCGGGTGCAACACGGAGCTCGTTGTAGAAAGTGTGATGCCAGATC
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ATACCACGTTTGGATTGAGCTTCATCACCAACGTACGCATCCTTTTGTCCCATTCCAACC
ATCACACCGGTGTGACGTGGACGACCCACGATGCTGGGGAACACAGCTCGAGGTGCATCA
TCCCCAGCAAAACCAGCTTTAACCATTCCAGTTCCATTGTCGCAGACAAGAGGTTGAATG
TCTTTACCGTCAGCCATTGTTGATACGTTTCTTGAAACCAAAAAA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FQ47JQ U 1
AF RR3GX03JQ U 67
AF RR3GX03TF C 573
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TGCAATATAATAGTTAAAAGAGAAAGATGTGTCATCAATCATTATTAACTCAAAAGAAAG
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TCGTAGTCAAGAGCAATGT

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DS 

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ATGATGAACTTCATTACTTAAAAGCACTTCCTGTGAACAATGGACGGGCCTGACTCGTCA
TACTCTGCCTTAGCAATCCACATCTGCTGGAAGGTACTGAGTGAAGCCAAGATGGACCCT
CCAATCCAAACAGAGTATTTCCTCTCAGGAGGTGCAACAACTTTGATCTTCATGCTGCTT
GGAGCCAATGCAGTGATCTCCTTACTCATTCGATCAGCGATCCCCGGGAACATTGTAGTT
CCACCACTGAGGACGATGTTACCATACAAGTCCTTTCTGATGTCGACATCACACTTCATT
ATGGAGTTATAGGTCGTTTCATGGATACCTGGATTCTCCATACCAATCATAGACGGCTGG
TAAAGAACCTCAGGACAACGGAAACGTTCAGCACCGATGGTGATCACTTGCCCATCAGGC
ATCTCGTAGTTCTTCTCAACAGATGAGCTTGTTTTGGATGTCTCTAGCTCCTGCTCGTAG
TCAAGAGCAATGTAGCAGAGCTTCTCCTTTATGTCTCTGACAATTTCACGCTCTGCTGTG
GTAGTGAAAGAGTACCCACGCTCGGTTAGGATCTTCATAAACGCGTCGGTGA

QA 1 712 1 712
DS 

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GCTT*TTTTGGATGTCTCTAGCTCCTGCTCGTAGTCAAGAGCAATGTAGCAGAGCTTCTC
CTTTATGTCTCTGACAATTTCACGCTCTGCTGTGGTAGTGAAAGAGTACCCACGCTCGGT
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ATGTGGAAGTGCATAGCCCTCGTAGATAGGAACCGTGTGGCTCACACCATCTCCAGAGTC
GAGCACAATACCGGTTGTACGACCACTGGCATAAAGGGAGAGCACAGCCTGAATAGCCAC
GTACATGGCAGGGGCATTGAAAGTCTCAAACATGATCTGAGTCATCCTCTCACGGTTAGC
TTTAGGGTTGAGAGGTGCTTCCGTGAGGAGAACGGGGTGCTCCTCGGGTGCAACACGGAG
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GTGCTCAATAGGGTACTTGAGAGTTAGAATACCACGTTTGGATTGAGCTTCATCACCAAC
GTACGCATCCTTTTGTCCCATTCCAACCATCACACCGGTGTGACGTGGACGACCCACGAT
GCTGGGGAACACAGCTCGAGGTGCATCATCCCCAGCAAAACCAGCTTTAACCATTCCAGT
TCCATTGTCGCAGACAAGAGGTTGAATGTCTTTACCGTCAGCCATTGTTGATACGTTTCT
TGAAACCAAAAAA

QA 1 793 1 793
DS 



AS 2 4

CO CL2747Contig1 732 2 13 U
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TGAACAGATAAGTAACATTATTGCAAACTGCAACCATAAATTTGGAGACTTTAGTATGAA
AATTAAGATGGCATAAATGGAGGATGATAAATGTAACAAAGACACACTATTCATAAAGAA
ATCCAGATTCAGAGGCAAAGGACTCTAACTCTTTAGCTTTTTCATCAGTGAAACCAAGAG
TTGCCAGTATCTTGTGACCAGGAGATTCAACTTCATACCAGATTCCCAGCAATATATGGG
CTGGCATTATTTCCCCAATACCACCTGCTTTGAGATTCTGACTGACAGCAGAGTCAAGAG
CTCTTTGTGCATCTTGGGTTAAAGGAGGATGTTCAGGGCTGAAGGAATACAAATCAGCTT
TACCTAGTAACTTGACTGTTTCTTCACGGACTTTGTAAAGCGTTATCTTATGCGCCCTCA
AGAACTTGGAAGTAAAACTAGTCCCCTCAACCAAGATACCCATGAGAAGTGATTCAGTAC
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CTCTCCATGACCATTTGGGCTTCTTCGCATCAGAAACAGCAGATCCTGGATTCGCGGTGG
GTAAGCTGGCAACGACGGCGATTGGGATCTTTCTGCGTGAGAAGACGGAGGCGGGAGAAT
CGAGAGAGAGAG


BQ
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15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF46JQ U 1
AF RR3AD79JQ U 58
BS 1 469 RR3GF46JQ
BS 470 470 RR3AD79JQ
BS 471 586 RR3GF46JQ
BS 587 587 RR3AD79JQ
BS 588 637 RR3GF46JQ
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BS 639 692 RR3GF46JQ
BS 693 693 RR3AD79JQ
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BS 696 696 RR3AD79JQ
BS 697 701 RR3GF46JQ
BS 702 702 RR3AD79JQ
BS 703 732 RR3GF46JQ

RD RR3GF46JQ 732 0 0
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TGAACAGATAAGTAACATTATTGCAAACTGCAACCATAAATTTGGAGACTTTAGTATGAA
AATTAAGATGGCATAAATGGAGGATGATAAATGTAACAAAGACACACTATTCATAAAGAA
ATCCAGATTCAGAGGCAAAGGACTCTAACTCTTTAGCTTTTTCATCAGTGAAACCAAGAG
TTGCCAGTATCTTGTGACCAGGAGATTCAACTTCATACCAGATTCCCAGCAATATATGGG
CTGGCATTATTTCCCCAATACCACCTGCTTTGAGATTCTGACTGACAGCAGAGTCAAGAG
CTCTTTGTGCATCTTGGGTTAAAGGAGGATGTTCAGGGCTGAAGGAATACAAATCAGCTT
TACCTAGTAACTTGACTGTTTCTTCACGGACTTTGTAAAGCGTTATCTTTTGCGCCCTCA
AGAACTTGGAAGTAAAACTAGTCCCCTCAACCAAGATACCCATGAGAAGTGATTCAGTAC
CAGTGTTGGGATACTTGAGCTTCCTAGCTTCCAGCTCCCCCATTGCGAATGATTTGATTC
CTCTCCATGACCATTTGGGCTTCTTCGCATCAGAAACCGCAGATCCTGGATTCGCGGTGG
GTAAGCTGGCAACGACGGCGATTGGGATCTTTTTGGGTGAGGAGACGGAGGCGGGAGAAT
CGAGAGAGAGAG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3AD79JQ 666 0 0
GGATGAACAGATAAGTAACATTATTGCAAACTGCAACCATAAATTTGGAGAGTTTAGTAT
GAAAATTAAGATGGCATAAATGGAGGATGATAAATGTAACAA*GACACACTATTCATCAA
GAAATCCAGATTCAGAGGCAAAGGACTCTAACTCTTTAGCTTTTTCATCAGTGAAACCAA
GAGTTGCCAGTATCTTGTGACCAGGAGATTCAACTTCATACCAGATTCCCAGCAATATAT
GGGCTGGCATTATTTCTCCAATACCACCTGCTTTGAGATTCTGACTGACAGCAGAGTCAA
GAGCTCTTTGTGCATCTTGGGTTAAAGGAGGATGTTCAGGGCTGAAGGAATACAAATCAG
CTTTACCTAGTAACTTGACTGTTTCTTCACGGACTTTGTAAAGCGTTATCTTATGCGCCC
TCAAGAACTTGGAAGTAAAACTAGTCCCTTCAACCAAGATACCCATGAGAAGTGATTCAG
TACCAGTGTTGGGATACTTGAGCTTCCTAGCTTCCAGCTCCCCCATTGCAAATGATTTGA
TTCCTCTCCATGACCATTTTGGCTTTTTCGCATCAGAAACAGCAGATTTTGGATTCGCGG
TGGGTAAGCTGGCAACGACGGCGATTGGGATCTTTCTGCGTGAGAAGACGGAGGCGGGAG
AATCGA

QA 1 666 1 666
DS 



CO CL2747Contig2 765 2 14 U
AGGGGACCCTCCAAGAATCTCCCGTTATCCAAAACACCACTTTCTCAGCCCTTTTCTCCG
CGACAGAAAATGGCTGCTCAATCTTTTACTCTGGCGAACCTAAAGATCGATTCTTTCTAC
AACCAGAAACTATCTTCTCCACCACACTTCTTCTCCACAAGAAATCCATTAAAATCCCTG
AACCTGACGAATCCATGGATGCGCGGTGATTCTTCTCTCTCTCTCGATTCTCCCGCCTCC
GTCTCCTCACCCAAAAAGATCCCAATCGCCGTCGTTGCCAGCTTACCCACCGCGAATCCA
AAATCTGCGGTTTCTGATGCGAAAAAGCCAAAATGGTCATGGAGAGGAATCAAATCATTC
GCAATGGGGGAGCTGGAAGCTAGGAAGCTCAAGTATCCCAACACTGGTACTGAATCACTT
CTCATGGGTATCTTGGTTGAAGGGACTAGTTTTACTTCCAAGTTCTTGAGGGCGCAAAAG
ATAACGCTTTACAAAGTCCGTGAAGAAACAGTCAAGTTACTAGGTAAAGCTGATTTGTAT
TCCTTCAGCCCTGAACATCCTCCTTTAACCCAAGATGCACAAAGAGCTCTTGACTCTGCT
GTCAGTCAGAATCTCAAAGCAGGTGGTATTGGAGAAATAATGCCAGCCCATATATTGCTG
GGAATCTGGTATGAAGTTGAATCTCCTGGTCACAAGATACTGGCAACTCTTGGTTTCACT
GATGAAAAAGCTAAAGAGTTAGAGTCCTTTGCCTCTGAATCTGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
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AF RR3GF46TF U 1
AF RR3AD79TF U 35
BS 1 90 RR3GF46TF
BS 91 91 RR3AD79TF
BS 92 93 RR3GF46TF
BS 94 94 RR3AD79TF
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BS 301 302 RR3AD79TF
BS 303 323 RR3GF46TF
BS 324 324 RR3AD79TF
BS 325 329 RR3GF46TF
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BS 331 440 RR3GF46TF
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BS 442 619 RR3GF46TF
BS 620 765 RR3AD79TF

RD RR3GF46TF 619 0 0
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CGACAGAAAATGGCTGCTCAATCTTTTACTTTGTCGAACCTAAAGATCGATTCTTTCTAC
AACCAGAAACTATCTTCTCCACCACACTTCTTCTCCACAAGAAATCCATTAAAATCCCTG
AACCTGACGAATCCATGGATGCGCGGTGATTCTTCTCTCTCTCTCGATTCTCCCGCCTCC
GTCTCCTCACCCAAAAAGATCCCAATCGCCGTCGTTGCCAGCTTACCCACCGCGAATCCA
GGATCTGCGGTTTCTGATGCGAAGAAGCCCAAATGGTCATGGAGAGGAATCAAATCATTC
GCAATGGGGGAGCTGGAAGCTAGGAAGCTCAAGTATCCCAACACTGGTACTGAATCACTT
CTCATGGGTATCTTGGTTGAGGGGACTAGTTTTACTTCCAAGTTCTTGAGGGCGCAAAAG
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GTCAGTCAGAATCTCAAAG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3AD79TF 731 0 0
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CTCTCTCTCTCGATTCTCCCGCCTCCGTCTTCTCACGCAGAAAGATCCCAATCGCCGTCG
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CTTCCAAGTTCTTGAGGGCGCATAAGATAACGCTTTACAAAGTCCGTGAAGAAACAGTCA
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ATGCACAAAGAGCTCTTGACTCTGCTGTCAGTCAGAATCTCAAAGCAGGTGGTATTGGAG
AAATAATGCCAGCCCATATATTGCTGGGAATCTGGTATGAAGTTGAATCTCCTGGTCACA
AGATACTGGCAACTCTTGGTTTCACTGATGAAAAAGCTAAAGAGTTAGAGTCCTTTGCCT
CTGAATCTGGA

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

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ATAATATAATCACATGAATCAGGCCATGTGCTTGCTTACACACTCATGCAAATAGAGATC
CTTTAATTCTTCCGCAAACTTCTCTTACACTAACAAAGCATCGTTCTTCCAAAAATATAT
GCGCCTTTGTCTCTCTTTCATATCTCCAAGAAGCTTCGTCGTCTTCGGATCTCGCATTTC
CATTTACTTTCCATTTTTGTAGTTCAGTTTCGGATAAAATCTGACTCAAGACATATCCAA
AGAGAAGGTGCTTTGTTAGGCTACGACGCGCGTCGGACATCTTACAAAACATTTTATGAC
AATGTCAGAAAGATCCTCGAAGGTGGTCGTAAAAGATAACTCGCAGGTCAACACATCGTC
GAGAATCTATTACTACGGCGGAGCTTCCGTGCCGTTCTTGTGGGAGACACGGCCAGGCAC
ACCAAAACACCCTCTCTTCTCTGAATCATTTCATCTTCCACCGTTAACGCCGCCTCCGTC
GTACTACTCATCCTCCTCCTCTTCCTCCGGGAACAAACTAGGCAAAGTTAGAACAAAACA
AACTCGGTTCGTGAAGACCTTGTTCAACGGAAAGCATCACGTATCGCGTCCTTCGTTTTC
TTGGTCATCTACAACATCTTCATCTTCTTCTTCCTCTTCCTTCTCTTCCTCGTCTTCTCC
TAGGTCTAAAACAGTGCATCGTGCCAACAAGTGTTACCTTTCTTGCTCCAGATCGTACGT
TAAGGAAGAAGACGAGGAAGAGATTGGTTCGTACTCGCCGACGTCAACGTTGTGTTATAA
AAGAGGATTTAGTGTGAAAAGAGTTTTGTGTTCTATTCTAAGCCATAAATCTAGTCGTAA
TGATCTTAGCTTGGTGTAATGGCATGTTGTCTTGTTATGGTTGTTGTTATAAACATAGGA
TCTTGATTTTAAAGATCCGTTTGTTTTGTTTCTTTTTTTTGTGCGAATGTCAAATTTTAG
TTTCCTGTGTGTGTGTGTTTGGCTTTTGCAGCTTCGAACACGCATATTAGTGTTTGAATT
GTGTTCATGTTCACATGTTTTTATGATATATTCAGTTGCTCGTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EE96TF U 1
AF RR3EE83TF U 1
AF RR3EE96JQ C 429
AF RR3EE83JQ C 505
BS 1 723 RR3EE83TF
BS 724 724 RR3EE96JQ
BS 725 730 RR3EE83TF
BS 731 731 RR3EE96JQ
BS 732 746 RR3EE83TF
BS 747 1124 RR3EE96JQ

RD RR3EE96TF 599 0 0
GGACCAATAGAAAAAACACAGAAAATAATTCAGATAATACAAAAAGAAAAGAAAAAAATG
ATAATATAATCACATGAATCAGGCCATGTGCTTGCTTACACACTCATGCAAATAGAGATC
CTTTAATTCTTCCGCAAACTTCTCTTACACTAACAAAGCATCGTTCTTCCAAAAATATAT
GCGCCTTTGTCTCTCTTTCATATCTCCAAGAAGCTTCGTCGTCTTCGGATCTCGCATTTC
CATTTACTTTCCATTTTTGTAGTTCAGTTTCGGATAAAATCTGACTCAAGACATATCCAA
AGAGAAGGTGCTTTGTTAGGCTACGACGCGCGTCGGACATCTTACAAAACATTTTATGAC
AATGTCAGAAAGATCCTCGAAGGTGGTCGTAAAAGATAACTCGCAGGTCAACACATCGTC
GAGAATCTATTACTACGGCGGAGCTTCCGTGCCGTTCTTGTGGGAGACACGGCCAGGCAC
ACCAAAACACCCTCTCTTCTCTGAATCATTTCATCTTCCACCGTTAACGCCGCCTCCGTC
GTACTACTCATCCTCCTCCTCTTCCTCCGGGAACAAACTAGGCAAAGTTAGAACAAAAC

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR3EE83TF 753 0 0
GGACCAATAGAAAAAACACAGAAAATAATTCAGATAATACAAAAAGAAAAGAAAAAAATG
ATAATATAATCACATGAATCAGGCCATGTGCTTGCTTACACACTCATGCAAATAGAGATC
CTTTAATTCTTCCGCAAACTTCTCTTACACTAACAAAGCATCGTTCTTCCAAAAATATAT
GCGCCTTTGTCTCTCTTTCATATCTCCAAGAAGCTTCGTCGTCTTCGGATCTCGCATTTC
CATTTACTTTCCATTTTTGTAGTTCAGTTTCGGATAAAATCTGACTCAAGACATATCCAA
AGAGAAGGTGCTTTGTTAGGCTACGACGCGCGTCGGACATCTTACAAAACATTTTATGAC
AATGTCAGAAAGATCCTCGAAGGTGGTCGTAAAAGATAACTCGCAGGTCAACACATCGTC
GAGAATCTATTACTACGGCGGAGCTTCCGTGCCGTTCTTGTGGGAGACACGGCCAGGCAC
ACCAAAACACCCTCTCTTCTCTGAATCATTTCATCTTCCACCGTTAACGCCGCCTCCGTC
GTACTACTCATCCTCCTCCTCTTCCTCCGGGAACAAACTAGGCAAAGTTAGAACAAAACA
AACTCGGTTCGTGAAGACCTTGTTCAACGGAAAGCATCACGTATCGCGTCCTTCGTTTTC
TTGGTCATCTACAACATCTTCATCTTCTTCTTCCTCTTCCTTCTCTTCCTCGTCTTCTCC
TAG*TCTAAA*CAGTGCATCGTGCCA
CAGTGTT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3EE96JQ 696 0 0
ATTACTACGGCGGAGCTTCCGTGCCGTTCTTGTGGGAGACACGGCCAGGCACACCAAAAC
ACCCTCTCTTCTCTGAATCATTTCATCTTCCACCGTTAACGCCGCCTCCGTCGTACTACT
CATCCTCCTCCTCTTCCTCCGGGAACAAACTAGGCAAAGTTAGAACAAAACAAACTCGGT
TCGTGAAGACCTTGTTCAACGGAAAGCATCACGTATCGCGTCCTTCGTTTTCTTGGTCAT
CTACAACATCTTCATCTTCTTCTTCCTCTTCCTTCTCTTCCTCGTCTTCTCCTAGGTCTA
AAACAGTGCATCGTGCCAACAAGTGTTACCTTTCTTGCTCCAGATCGTACGTTAAGGAAG
AAGACGAGGAAGAGATTGGTTCGTACTCGCCGACGTCAACGTTGTGTTATAAAAGAGGAT
TTAGTGTGAAAAGAGTTTTGTGTTCTATTCTAAGCCATAAATCTAGTCGTAATGATCTTA
GCTTGGTGTAATGGCATGTTGTCTTGTTATGGTTGTTGTTATAAACATAGGATCTTGATT
TTAAAGATCCGTTTGTTTTGTTTCTTTTTTTTGTGCGAATGTCAAATTTTAGTTTCCTGT
GTGTGTGTGTTTGGCTTTTGCAGCTTCGAACACGCATATTAGTGTTTGAATTGTGTTCAT
GTTCACATGTTTTTATGATATATTCAGTTGCTCGTT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3EE83JQ 620 0 0
ATCATTTCATCTTCCACCGTTAACGCCGCCTCCGTCGTACTACTCATCCTCCTCCTCTTC
CTCCGGGAACAAACTAGGCAAAGTTAGAACAAAACAAACTCGGTTCGTGAAGACCTTGTT
CAACGGAAAGCATCACGTATCGCGTCCTTCGTTTTCTTGGTCATCTACAACATCTTCATC
TTCTTCTTCCTCTTCCTTCTCTTCCTCGTCTTCTCCTAGGTCTAAAACAGTGCATCGTGC
CAACAAGTGTTACCTTTCTTGCTCCAGATCGTACGTTAAGGAAGAAGACGAGGAAGAGAT
TGGTTCGTACTCGCCGACGTCAACGTTGTGTTATAAAAGAGGATTTAGTGTGAAAAGAGT
TTTGTGTTCTATTCTAAGCCATAAATCTAGTCGTAATGATCTTAGCTTGGTGTAATGGCA
TGTTGTCTTGTTATGGTTGTTGTTATAAACATAGGATCTTGATTTTAAAGATCCGTTTGT
TTTGTTTCTTTTTTTTGTGCGAATGTCAAATTTTAGTTTCCTGTGTGTGTGTGTTTGGCT
TTTGCAGCTTCGAACACGCATATTAGTGTTTGAATTGTGTTCATGTTCACATGTTTTTAT
GATATATTCAGTTGCTCGTT

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

CO CL2749Contig1 713 2 3 U
GGCGGGAAAACATTAGGTGTTGGGGGGGTTGCGGTTGCGATTGCGAAGAAGAAGAAGAAT
GATCAGCTCCACTGGATCATCCCTTTCTCTGTTCTCTTATTGTCATCCGAACCGTAAACA
GAGGAGATGCTCTGTCCTTTGCTCCGGCGTCAGAACCACCGCGGCTAGGAGGCAGAGTCG
GGATCTGTCCGCAACCGAAGCTAGGGTTTCTCTCGTCCTCGCTATCGCCTCCCAGGCGTC
CTCTGTTTCTCAGCGCCTTTTGGCTGATTTGGCTGTGGAGACTGCGAAGTATGTGTTTCC
GAAGAGATTCAATAGCTCGAATCTAGAAGAAGCCTTCATGTCTGTTCCGGATCTCGAGAC
TATGAACTTCAGAGTTCTTAGCAGGACAGACAGATACGAGACCAGAGAAGTCGAGCCTTA
TTATGTGGCCGAGACTATAATGCCAGGGGGAACTGGATTCGACTTCTATGGTGCTTCTAG
GTCTTTTAATGTCTTAGCTGAGTACCTCTTTGGTAAGAACACGGTGAATGAGAAAATGGA
GATGACGACTCCTGTTGTTACTCGTAAAGTCCAGTCCGTTGGAGAAAAGATGGAGATGAC
TACTCCAGTAATAACTAGGAAGGGAAAAGATCAAACCCAATGGCAGATGTCTTTTGTCAT
GCCCTCAAAGTATGGCTCAGATTTGCCACTGCCTAAAGATCCTTCAGTCAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO89TF U 13
AF RR3CI61TF U 1
BS 1 221 RR3CI61TF
BS 222 222 RR3DO89TF
BS 223 713 RR3CI61TF

RD RR3DO89TF 611 0 0
GG
AGGTGTTGGGGGGGTTGCGGTTGCGATTGCGAAGAAGAAGAAGAATGATCAGCTCCACTG
GATCATCCCTTTCTCTGTTCTCTTATTGTCATCCGAACCGTAAACAGAGGAGATGCTCTG
TCCTTTGCTCCGGCGTCAGAACCACCGCGGCTAGGAGGCAGAGTCGGGATCTGTCCGCAA
CCGAAGCTAGGGTTTCTCTCGTCCTCGCTATCGCCTCCCAGGCGTCCTCTGTTTCTCAGC
GCCTTTTGGCTGATTTGGCTGTGGAGACTGCGAAGTATGTGTTTCCGAAGAGATTCAATA
GCTCGAATCTAGAAGAAGCCTTCATGTCTGTTCCGGATCTCGAGACTATGAACTTCAGAG
TTCTTAGCAGGACAGACAGATACGAGACCAGAGAAGTCGAGCCTTATTATGTGGCCGAGA
CTATAATGCCAGGGGGAACTGGATTCGACTTCTATGGTGCTTCTAGGTCTTTTAATGTCT
TAGCTGAGTACCTCTTTGGTAAGAACACGGTGAATGAGAAAATGGAGATGACGACTCCTG
TTGTTACTCGTAAAGTCCAGTCCGTTGGAGAAAAGATGGAGATGACTACTCCAGTAATAA
CTAGGAAGG

QA 3 611 3 611
DS 

RD RR3CI61TF 713 0 0
GGCGGGAAAACATTAGGTGTTGGGGGGGTTGCGGTTGCGATTGCGAAGAAGAAGAAGAAT
GATCAGCTCCACTGGATCATCCCTTTCTCTGTTCTCTTATTGTCATCCGAACCGTAAACA
GAGGAGATGCTCTGTCCTTTGCTCCGGCGTCAGAACCACCGCGGCTAGGAGGCAGAGTCG
GGATCTGTCCGCAACCGAAGCTAGGGTTTCTCTCGTCCTCGTTATCGCCTCCCAGGCGTC
CTCTGTTTCTCAGCGCCTTTTGGCTGATTTGGCTGTGGAGACTGCGAAGTATGTGTTTCC
GAAGAGATTCAATAGCTCGAATCTAGAAGAAGCCTTCATGTCTGTTCCGGATCTCGAGAC
TATGAACTTCAGAGTTCTTAGCAGGACAGACAGATACGAGACCAGAGAAGTCGAGCCTTA
TTATGTGGCCGAGACTATAATGCCAGGGGGAACTGGATTCGACTTCTATGGTGCTTCTAG
GTCTTTTAATGTCTTAGCTGAGTACCTCTTTGGTAAGAACACGGTGAATGAGAAAATGGA
GATGACGACTCCTGTTGTTACTCGTAAAGTCCAGTCCGTTGGAGAAAAGATGGAGATGAC
TACTCCAGTAATAACTAGGAAGGGAAAAGATCAAACCCAATGGCAGATGTCTTTTGTCAT
GCCCTCAAAGTATGGCTCAGATTTGCCACTGCCTAAAGATCCTTCAGTCAGAT

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 4

CO CL2750Contig1 995 4 11 U
AAAGTAAAAAAAAAAAGTTTATTGATCAGAGTAACCTGCTGTATCAGTTGGAGGGACTTA
AACAAACTTAGAGACGAGATATCTCTCTCTACAGACCAAACCCAGGAGAGAAAGCTCAAA
GCTGTACAACTTATATATATACTAAAAAGCTGTAACACCAAACAACATAGCTTGCCTACA
TTTATATGTATTAAACCGAACACTTATCACTTATCTATCCTGAGGTTATGACAGAGATGT
CCAAGTTCCGGCCGTGACCTCATCCAATCCAAGAATTTCATTTCTTTCGGTGACGTGCAG
TAGAGGTATGATCTGAATGTTATCAGATAAAAGTAACGCCTTAAGGCTTTAACACCCATG
TCCATGATGTATGAACGGTCTTCATCTTTTGTATTAGGAAGCTTGTTGAATTCTTTGGTG
TAGTAACAAATGTCTTCCTTCAAATGTCCTGCACCAGCACACTGTTGGATTATTCCATCT
ACGCCTGCTTTGCTTTGAGGACCATGAGAAAGAACTCTTATGAGACTCAGTATGTCACGG
TAATCTCCCATACTCAACGTCTCTTCATCACAAGCGCGTGAAGGCGAATCATCTTCCCCT
AAGGCAGAAGAATCGGTGTTTGGTGTAGCTGTAAGCTTCTGACCAGGTTGAAGCACGAGA
CAGGTAATAGCCATTGCGTAAGAAGCTCCTCCAAAACCGGTGTGCGATACAAA*AAGTAA
CCCCCAGCGGAATCGTCTTTACAATACTGGATCGCATCTAAATCAGTAGCTAATGCATCT
CTTTCTCTGGTTAATGGTATTCTCCGGTAAGATATGTTGTAGTTTTCATCTTTAAGAGCA
GCATATACTTCTGCAGGTGTCTTCACATTCTCCGGTTGAATATTTTCCCAGTATCCTATA
ACCCGAGACTCATTTGATGCTGGGCTATACTCTTCACGGTGTAATAGCATTCGACCTCCA
GTTTCTCTAACCTCTGACAATATATCTTCCTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB27JQ U 105
AF RR3DJ13JQ U 1
AF RR3DJ13TF C 201
AF RR3BB27TF C 261
BS 1 147 RR3DJ13JQ
BS 148 148 RR3BB27JQ
BS 149 293 RR3DJ13JQ
BS 294 294 RR3BB27JQ
BS 295 433 RR3DJ13JQ
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BS 485 816 RR3DJ13JQ
BS 817 895 RR3DJ13TF
BS 896 995 RR3BB27TF

RD RR3BB27JQ 528 0 0
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ACATAGCTTGCCTACATTTATATGTATTAAACCGAACACTTATCACTTATCTATCCTGAG
GTTATGACAGAGATGTCCAAGTTCCGGCCGTGACCTCATCCAATCCAAGAATTTCATTTC
TTTCGGTGACGTGCAGTAGAGGTATGGTCTGAATGTTATCAGATAAAAGTAGCGCCTTAA
GGCTTTAACACCCATGTCCATGATGTATGAACGGTCTTCATCTTTTGTATTAGGAAGCTT
GTTGAGTTCTTTGGTGTAGTAACAAATGTCTTCCTTCAAATGTCCTGCACCAGCACACTG
TTGGATTATTCCATCTACGCCTGCTTTGCTTTGAGGACCATGAGAAAGCACTCTTATGAG
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QA 1 528 1 528
DS 

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GCTGTACAACTTATATATATACTAAAA*GCTGTAACACCAAACAACATAGCTTGCCTACA
TTTATATGTATTAAACCGAACACTTATCACTTATCTATCCTGAGGTTATGACAGAGATGT
CCAAGTTCCGGCCGTGACCTCATCCAATCCAAGAATTTCATTTCTTTCGGTGATGTGCAG
TAGAGGTATGATCTGAATGTTATCAGATAAAAGTAACGCCTTAAGGCTTTAACACCCATG
TCCATGATGTATGAACGGTCTTCATCTTTTGTATTAGGAAGCTTGTTGAATTCTTTGGTG
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ACGTCTGCTTTGCTTTGAGGACCATGAGAAAGAACTCTTATGAGACTCAGTATGTCACGG
TAATCTCCCATACTCAACGTCTCTTCATCACAAGCGCGTGAAGGCGAATCATCTTCCCCT
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CAGGTAATAGCCATTGCGTAAGAAGCTCCTCCAAAACCGGTGTGCGATACAAA*AAGTAA
CCCCCAGCGGAATCGTCTTTACAATACTGGATCGCATCTAAATCAGTAGCTAATGCATCT
CTTTCTCTGGTTAATGGTATTCTCCGGTAAGATATG

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3DJ13TF 695 0 0
CACTTATCACTTATCTATC*TGAGGTTATGACAGAGATGTCCAAGTTCCGGCCGTGACGT
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TATCAGATAAAAGTAACGCCTTAAGGCTTTAACACCCATGTCCATGATGTATGAACGGTC
TTCATCTTTTGTATTAGGAAGCTTGTTGAATTCTTTGGTGTAGTAACAAATGTTTTCCTT
CAAATGTCCTGCACCAGCACACTGTTGGATTATTCCATCTACGTCTGCTTTGCTTTGAGG
ACCATGAGAAAGAACTCTTATGAGACTCAGTATGTCACGGTAATCTCCCATACTCAACGT
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TGGTGTAGCTGTAAGCTTCTGACCAGGTTGAAGCACGAGACAGGTAATAGCCATTGCGTA
AGAAGCTCCTCCAAAACCGGTGTGCGATACAAA*AAGTAACCCCCAGCGGAATCGTCTTT
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TCTCCGGTAAGATATGTTGTAGTTTTCATCTTTAAGAGCAGCATATACTTCTGCAGGTGT
CTTCACATTCTCCGGTTGAATATTTTCCCAGTATC

QA 1 695 1 695
DS 

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TATCAGATAAAAGTAGCGCCTTAAGGCTTTAACACCCATGTCCATGATGTATGAACGGTC
TTCATCTTTTGTATTAGGAAGCTTGTTGAGTTCTTTGGTGTAGTAACAAATGTCTTCCTT
CAAATGTCCTGCACCAGCACACTGTTGGATTATTCCATCTACGCCTGCTTTGCTTTGAGG
ACCATGAGAAAGCACTCTTATGAGACTCAGTATGTCACGGTAATCTCCCATACTCAACGT
TTCTTCATCACAAGCGCGTGAAGGCGAATCATCTTCCCCTAAGGCAGAAGAATCGGTGTT
TGGTGTAGCTGTAAGCTTCTGACCAGGTTGAAGCACGAGACAGGTAATGGCCATTGCGTA
AGAAGCTCCTCCAAAACCGGTGTGCGATACAAACAAGTAACCCCCAGCGGAATCGTCTTT
ACAATACTGGATCGCATCTAAATCAGTAGCTAATGCATCTCTTTCTCTGGTTAATGGTAT
TCTCCGGTAAGATATGTTGTAGTTTTCATCTTTAAGAGCAGCATATACTTCTGCAGGTGT
CTTCACATTCTCCGGTTGAA*ATTTTTCCAGTATCCTATAACCCGAGACTCATTTGATGC
TGGGCTATACTCTTCACGGTGTAATAGCATTCGACCTCCAGTTTCTCTAACCTCTGACAA
TATATCTTCCTTTAC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 0 0

AS 2 4

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AGAGGAAGATTGAAAGGGATGATAATGGGGGAGAGAGGAAGAGGGAGAGCGAGACGCCTC
CAGAGGATGATTGTTGCCCGATCTGCTTCGGCTCCTTTACGGTTCCGTGTCGAGGGGATT
GTGGCCATTGGTATTGCGGAAGTTGCATCTTGCAGTACTGGAACTACGCTGCAGTATCTA
CGCCTTGCAAGTGTCCCATGTGTGTTCGTCACATCACTAAGCTGACACCGGACGCGTCCT
TGCAGCAGCGCCAAGAGCCGGAGGTGAAGGAGGTTCTTGCTAAGATCCGTAGGTATAACC
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TGAAGAGAATGGTGTGGTACATAATGGATCCAGATACAAACAGCCTGTATTTTAGCGAAG
TTCGCATCTTTGCAATGCTGATGAGTACCCTTTACACTGCCTCCGAGTTTAACTTTATCC
CGACGGGAGGGTTCAGAATAGTAACGGTGTTCGAGTACAGTGCTATAGCAATGATCTTGA
TTCTGCGCTTGGTGGGGGTATACAGGAGGAGGCGTCTTGCTCAGCGGGTTAGGCATGTTG
CTGCTGCACAAGTTGAACCAGAATAGAGAACAAACGAATGAATTGTATTAACATGTGAAG
AAGAAGCAAACGTTTGTTCATTGTGGATAGGTTTGATAGATCATAGAAAACCACGAGTCT
TGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3FK22TF U 1
AF RR3FK22JQ C 218
BS 1 672 RR3FK22TF
BS 673 844 RR3FK22JQ

RD RR3FK22TF 672 0 0
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TGAAGAGAATGGTGTGGTACATAATGGATCCAGATACAAACAGCCTGTATTTTAGCGAAG
TTCGCATCTTTGCAATGCTGATGAGTACCCTTTACACTGCCTCCGAGTTTAACTTTATCC
CGACGGGAGGGTTCAGAATAGTAACGGTGTTCGAGTACAGTGCTATAGCAATGATCTTGA
TTCTGCGCTTGG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3FK22JQ 627 0 0
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TAAGCTGACACCGGACGCGTCCTTGCAGCAGCGCCAAGAGCCGGAGGTGAAGGAGGTTCT
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GGTGAAGGAGCTGCCTTTGCTAATGAAGAGAATGGTGTGGTACATAATGGATCCAGATAC
AAACAGCCTGTATTTTAGCGAAGTTCGCATCTTTGCAATGCTGATGAGTACCCTTTACAC
TGCCTCCGAGTTTAACTTTATCCCGACGGGAGGGTTCAGAATAGTAACGGTGTTCGAGTA
CGGTGCTATAGCAATGATCTTGATTTTGCGCTTGGTGGGGGTATACAGGAGGAGGCGTCT
TGCTCAGCGGGTTAGGCATGTTGCTGCTGCACAAGTTGAACCAGAATAGAGAACAAACGA
ATGAATTGTATTAACATGTGAAGAAGAAGCAAACGTTTGTTCATTGTGGATAGGTTTGAT
AGATCATAGAAAACCACGAGTCTTGTG

QA 1 627 1 627
DS 



CO CL2752Contig2 896 2 4 U
GGACTCAGTTTGTTCGTAAATAAACACAAGGAATCTTCCAAGAAAGTGACGAAACGAAAG
AGTCTTAGAGAAAGCAATGGAGGTGATAACCGACGAGGTAAACGCCATGGCGACGGAAAC
TCTTGGTCGAAACGATCCGGAGGAGGAGGCGCTCGTGACCGCAGAGGAGACGAAGATTGA
AAGGGATAATAATGGGGGAGAGAGGAAGAGGGAGAGCGAGACGCCTCCAGAGGATGATTG
TTGCCCGATTTGCTTCGGCTCCTTTACGGTTCCGTGTCGAGGGGATTGTGGCCATTGGTA
TTGCGGAAGCTGCATCTTGCAGTACTGGAACTATGCTGCAGTATCTACGCCTTGCAAGTG
TCCCATGTGCGTTCGTCACATCACTAAGCTGACACCGGACGCGTCCTTGCAGCAGCGCCA
AGAGCCGGAGGTGAAGGAGGTTCTTGCTAAGATCCGTAGGTATAACCGTCTCTTTGTTGG
AGGTTTTACTGGTTTTGTTCAGAAGGTGAAGGAGCTGCCTTTGCTAATGAAGAGAATGGT
ATGGCACATAATGGATCCAGATACAAACAGCCTGTATTTTAGCGAAGTTCGCATCTTTGC
AATGCTGATGAGTACCCTTTACACTGCCTCCGAGTTTAACTTCATCCCAACGGGAGGGTT
CAGAATAGTAACTGTGTTCGAGTACGGTGCTATAGCAATGATCTTGATTCTGCGCTTGGT
GGGGGTATACAGGAGGAGACGTCTTGCTCAGCGGGTTAGGCATGTTGCAGCTGCAGAAGT
TGAACCAGAATAGAGAGAACAAACGAATGAATGTATAAACTAACATGTGAAGAAGAAGCA
AACGTTTGTTCATTGTGGATAGGTTTGGTAGATCATAGAAAACCATGAGTCTTGTG


BQ
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AF RR3H425TF U 1
AF RR3H425JQ C 143
BS 1 686 RR3H425TF
BS 687 687 RR3H425JQ
BS 688 757 RR3H425TF
BS 758 896 RR3H425JQ

RD RR3H425TF 757 0 0
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AGTCTTAGAGAAAGCAATGGAGGTGATAACCGACGAGGTAAACGCCATGGCGACGGAAAC
TCTTGGTCGAAACGATCCGGAGGAGGAGGCGCTCGTGACCGCAGAGGAGACGAAGATTGA
AAGGGATAATAATGGGGGAGAGAGGAAGAGGGAGAGCGAGACGCCTCCAGAGGATGATTG
TTGCCCGATTTGCTTCGGCTCCTTTACGGTTCCGTGTCGAGGGGATTGTGGCCATTGGTA
TTGCGGAAGCTGCATCTTGCAGTACTGGAACTATGCTGCAGTATCTACGCCTTGCAAGTG
TCCCATGTGCGTTCGTCACATCACTAAGCTGACACCGGACGCGTCCTTGCAGCAGCGCCA
AGAGCCGGAGGTGAAGGAGGTTCTTGCTAAGATCCGTAGGTATAACCGTCTCTTTGTTGG
AGGTTTTACTGGTTTTGTTCAGAAGGTGAAGGAGCTGCCTTTGCTAATGAAGAGAATGGT
ATGGCACATAATGGATCCAGATACAAACAGCCTGTATTTTAGCGAAGTTCGCATCTTTGC
AATGCTGATGAGTACCCTTTACACTGCCTCCGAGTTTAACTTCATCCCAACGGGAGGGTT
CAGAATAGTAACTGTGTTCGAGTACG*TGCTATAGCAATGATCTTGATTCTGCGCTTGGT
GGGGGTATACAGGAGGAGACGTCTTGCTCAGCGGGTT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3H425JQ 754 0 0
GAGGAGGCGCTCGTGACCGCAGAGGAGACGAAGATTGAAAGGGATAATAATGGGGGAGAG
AGGAAGAGGGAGAGCGAGACGCCTCCAGAGGATGATTGTTGCCCGATTTGCTTCGGCTCC
TTTACGGTTCCGTGTCGAGGGGATTGTGGCCATTGGTATTGCGGAAGCTGCATCTTGCAG
TACTGGAACTATGCTGCAGTATCTACGCCTTGCAAGTGTCCCATGTGCGTTCGTCACATC
ACTAAGCTGACACCGGACGCGTCCTTGCAGCAGCGCCAAGAGCCGGAGGTGAAGGAGGTT
CTTGCTAAGATCCGTAGGTATAACCGTCTCTTTGTTGGAGGTTTTACTGGTTTTGTTCAG
AAGGTGAAGGAGCTGCCTTTGCTAATGAAGAGAATGGTATGGCACATAATGGATCCAGAT
ACAAACAGCCTGTATTTTAGCGAAGTTCGCATCTTTGCAATGCTGATGAGTACCCTTTAC
ACTGCCTCCGAGTTTAACTTCATCCCAACGGGAGGGTTCAGAATAGTAACTGTGTTCGAG
TACGGTGCTATAGCAATGATCTTGATTTTGCGCTTGGTGGGGGTATACAGGAGGAGACGT
CTTGCTCAGCGGGTTAGGCATGTTGCAGCTGCAGAAGTTGAACCAGAATAGAGAGAACAA
ACGAATGAATGTATAAACTAACATGTGAAGAAGAAGCAAACGTTTGTTCATTGTGGATAG
GTTTGGTAGATCATAGAAAACCATGAGTCTTGTG

QA 1 754 1 754
DS 



AS 2 4

CO CL2753Contig1 442 2 2 U
GGGAGACCAAGAAGCATGTGTGGCCAAAGTTGTTTATAACTTTGTCAAATAAAGAGAAGG
AAGAAGATTTCTTGGCTATGAAAGGGTGCAAGCTTCCTCAAAGACCCAAGAAACGAGCCA
AATCGGTTCAGAAGACATTGCTTCTGGTGAGTCCAGGTACTTGGTTATCAGATCTTTGCA
AAGAGAGGTATGAAGTAAGAGAGAAAAAGACTTCAAAGAAGCGACCAAGAGGGTTGAAGG
CAATGGGGAGCATGGAAAGCGATTCAGAGTGAAGAAGAGTTGAAGTAAAGAAACATTCAA
GATTTTGGTGAAGGCTAGAAGGAAGAATCTGTTTTGTTTCTTTCATTGCATTTTGAGATG
CTCTCTCTCTCTCTCTTCATCACATGTCAAAAACTATGAGGCATTTGTATTTTTTCCTGA
ATGTTTTGCTTTCTGAAGCTAA


BQ
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AF RR3D674JQ C 1
AF RR3D674TF U 1
BS 1 5 RR3D674JQ
BS 6 442 RR3D674TF

RD RR3D674JQ 442 0 0
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AAGAAGATTTCTTGGCTATGAAAGGGTGCAAGCTTCCTCAAAGACCCAAGAAACGAGCCA
AATCGGTTCAGAAGACATTGCTTCTGGTGAGTCCAGGTACTTGGTTATCAGATCTTTGCA
AAGAGAGGTATGAAGTAAGAGAGAAAAAGACTTCAAAGAAGCGACCAAGAGGGTTGAAGG
CAATGGGGAGCATGGAAAGCGATTCAGAGTGAAGAAGAGTTGAAGTAAAGAAACATTCAA
GATTTTGGTGAAGGCTAGAAGGAAGAATCTGTTTTGTTTCTTTCATTGCATTTTGAGATG
CTCTCTCTCTCTCTCTTCATCACATGTCAAAAACTATGAGGCATTTGTATTTTTTCCTGA
ATGTTTTGCTTTCTGAAGCTAA

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR3D674TF 442 0 0
GGGAG
ACCAAGAAGCATGTGTGGCCAAAGTTGTTTATAACTTTGTCAAATAAAGAGAAGGAAGAA
GATTTCTTGGCTATGAAAGGGTGCAAGCTTCCTCAAAGACCCAAGAAACGAGCCAAATCG
GTTCAGAAGACATTGCTTCTGGTGAGTCCAGGTACTTGGTTATCAGATCTTTGCAAAGAG
AGGTATGAAGTAAGAGAGAAAAAGACTTCAAAGAAGCGACCAAGAGGGTTGAAGGCAATG
GGGAGCATGGAAAGCGATTCAGAGTGAAGAAGAGTTGAAGTAAAGAAACATTCAAGATTT
TGGTGAAGGCTAGAAGGAAGAATCTGTTTTGTTTCTTTCATTGCATTTTGAGATGCTCTC
TCTCTCTCTCTTCATCACATGTCAAAAACTATGAGGCATTTGTATTTTTTCCTGAATGTT
TTGCTTTCTGAAGCTAA

QA 6 442 6 442
DS 



CO CL2753Contig2 983 2 6 U
TTTTTTTTTAAAATCAATACACTACCTTGAGTTTGAATCTATATATCTTCCCAGTTTAGA
TTCACAGTTTCTGTCTTCGGTTTCACTCTTGGTGATTCCGGTATTGTGGTAGCCAAAGCC
GCTGAGTTTAAAGTTGCAGATCCTGAGGTTGTGATGGAAGAAGTGAAGGGACAGAGAGGA
AATGGAACCACTGAGGCTGATTTTGTGTTGCAATGGGGGGAGAGAAAAAGGGTTAGGTGC
ATGAAAGTTAAGAAAGATCAAAGCCGCAAGTCAACTGATTGTTTGTCTAATAAGCGCAAA
CTCATGTCGCGGGCTGTGTCTTCTGAGAGAGGCTCTCCTTCTCGCCATCTTAACCGTCCA
AACAAGATGGTAGATCCTCCAGGTGGTAATGTTAGGAGATCGTTTGTGGCATCCCCTGAG
AAGGAAGATAGATACTACACAACGAGGGGTTCTATGGGTACAGATGAGAGTGGCAAAATT
ATAAAGGAAACTGTGAAGGAAACCAAGAAACATGTGTGGCCAAAGTTGTTTATAACTTTG
TCAAATAAAGAGAAGGAAGAAGATTTCTTGGCTATGAAAGGGTGCAAGCTTCCTCAAAGA
CCCAAGAAACGAGCCAAAATGGTTCAGAAGACATTGCTTCTGGCGAGTCCAGGTACTTGG
TTATCAGATCTGTGCAAAGAGAGGTATGAAGTAAGAGAGAAGAAGACTTCAAAAAAGCGA
CCAAGAGGATTGAAGGCAATGGGGAGCATGGAAAGCGATTCAGAGTGAAGAAGAAGATGA
AGAGGACTTGAGAAGCATTCCAGATTTTGGTGAAGGCTAGAAGAGGGAGGAGACAACGCA
CAAGAATCTGTTTTGTTTCTTTTATTACATTTTGAGATGTCTCTCTTCCTCTTCTCTACA
GGTCAAACAAACTATGAGGCACTTGCATTTTTGCATTCGAAGCTAATCTATTAGTCTTCC
TAATCTAAATCTCCTTTTTATTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GW11TF U 1
AF RR3GW11JQ C 325
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BS 736 736 RR3GW11JQ
BS 737 774 RR3GW11TF
BS 775 983 RR3GW11JQ

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AAGGAAGATAGATACTACACAACGAGGGGTTCTATGGGTACAGATGAGAGTGGCAAAATT
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AGATGAAGA

QA 1 774 1 774
DS 

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AAGAAACATGTGTGGCCAAAGTTGTTTATAACTTTGTCAAATAAAGAGAAGGAAGAAGAT
TTCTTGGCTATGAAAGGGTGCAAGCTTCCTCAAAGACCCAAGAAACGAGCCAAAATGGTT
CAGAAGACATTGCTTCTGGCGAGTCCAGGTACTTGGTTATCAGATCTGTGCAAAGAGAGG
TATGAAGTAAGAGAGAAGAAGACTTCAAAAAAGCGACCAAGAGGATTGAAGGCAATGGGG
AGCATGGAAAGCGATTCAGAGTGAAGAAGAAGATGAAGAGGACTTGAGAAGCATTCCAGA
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TTACATTTTGAGATGTCTCTCTTCCTCTTCTCTACAGGTCAAACAAACTATGAGGCACTT
GCATTTTTGCATTCGAAGCTAATCTATTAGTCTTCCTAATCTAAATCTCCTTTTTATTG

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 4

CO CL2754Contig1 1319 4 7 U
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TTCCTTGAAGATGATGCTACCAATCAAAGCCAATGATCCTAAATGTCGACTTGTATTACA
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AGGAATGAACTACAACTTCCTTCGTCCAGATTTAATCGTTGGATCTTGCTTACAGACTCC
TGAAGATGTTGACAAGCTCCGTAAGATTGGTGTTAAAACCATATTCTGCTTGCAACAAGA
TCCTGACTTGGAATATTTTGGAGTAGATATAAGCAGCATTCAAGCATATGCTAAGACATT
TACTGATATTGAGCATATTCGCTGTGAAATAAGAGACTTCGATGCATTTGATCTGAGAAT
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ATACGTCCACTGCACTGCTGGTATGGGAAGGGCTCCTGCTGTTGCGTTGACATGTTCTGG
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TCTGTTACTCTGACACTGAAAGACAAGGGTTTCTCCACTGTAGAAATTTCTGGCCTTGAC
ATCGGATGGGGACAGAGGATACCTCTGACACTGGACAAGGGAACAGGATTCTGGAGCCTG
AAGAGAGAATTGCCTGAGGGACAGTTTGAATATAAATATATCATAGATGGCGAATGGACA
CACAATGAGCTCGAGCCGTTTATAGGACCTAACAAAGATGGTCATACCAATAATTACGCA
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GACCCTGAGCTTTTGGAGGACGAACGCTCGAAGCTAATCCAGTTCTTGGAGACTTCTTCT
GAGGCAGAAGTTTGAGAGTTCAGAGCATCTTTGTAACTCTGTGAATGTACCCTCTACTAG
TAACAATAAAATGCTTTATGTAGGTCATGCATAAAGTTATGTTTATAGGGAAAAAGAAAC
ATAAAGCTAGTTGTATTGTACCATGTTCAAGTATAATAATATTACATAAGACTTTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EG20TF U 36
AF RR3H450TF U 1
AF RR3H450JQ C 571
AF RR3EG20JQ C 738
BS 1 491 RR3H450TF
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GGGG
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TCACAGAGATCCTTCTTGGTCTTCCTTGAAGATGATGCTACCAATCAAAGCCAATGATCC
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TGGATCTTGCTTACAGACTCCTGAAGATGTTGACAAGCTCCGTAAGATTGGTGTTAAAAC
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TCAAGCATATGCTAAGACATTTACTGATATTGAGCATATTCGCTGTGAAATAAGAGACTT
CGATGCATTTGATCTGAGAATGCGTCTTCCTGCTGTGCTTAGTACACTGTACAAAGCTGT
TAAGCGAAATGGAGGTGTTACATACGTCCACTGCACTGCTGGTATGGGAAGGGCTCCTGC
TGTTGCGTTGACAT
ACATGTTCTGGGT

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DS 

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TTCCTTGAAGATGATGCTACCAATCAAAGCCAATGATCCTAAATGTCGACTTGTATTACA
GGCTGTATCAGACAGCGCAGAGATGAGTGGTGTTTCAAAGAAGGAGGAAGAGAAATCTGA
TGAATATAGCCAAGACATGACTCAAGCTATGGGTGCTGTATTAACATACAGGCACGAGCT
AGGAATGAACTACAACTTCCTTCGTCCAGATTTAATCGTTGGATCTTGCTTACAGACTCC
TGAAGATGTTGACAAGCTCCGTAAGATTGGTGTTAAAACCATATTCTGCTTGCAACAAGA
TCCTGACTTGGAATATTTTGGAGTAGATATAAGCAGCATTCAAGCATATGCTAAGACATT
TACTGATATTGGGCATATTCGCTGTGAAATAAGAGACTTCGATGCATTTGATCTGAGAAT
GCGTCTTCCTGCTGTGCTTAGTACACTGTACAAAGCTGTTAAGCGAAATGGAGGTGTTAC
ATACGTCCACTGCACTGCTGGTATGGGAAGGGCTCCTGCTGTTGCGTTGACATGTTCTGG
GTGCAAG*CTATAAACTTATGGATGCTCATAAAATACTTATGAGCAAACGAACGTGCTTC
CCGAAGCTGGATGCTATCAGAAATG

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3H450JQ 749 0 0
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GGCTCCTGCTGTTGCGTTGACATGTTCTGGGTGCAAGGCTATAAACTTATGGATGCTCAT
AAAATACTTATGAGCAAACGAACGTGCTTCCCGAAGCTGGATGCTATCAGAAATGCAACA
ATTGATATTCTTACAGGACTCAAGAAGAAGTCTGTTACTCTGACACTGAAAGACAAGGGT
TTCTCCACTGTAGAAATTTCTGGCCTTGACATCGGATGGGGACAGAGGATACCTCTGACA
CTGGACAAGGGAACAGGATTCTGGAGCCTGAAGAGAGAATTGCCTGAGGGACAGTTTGAA
TATAAATATATCATAGATGGCGAATGGACACACAATGAGCTCGAGCCGTTTATAGGACCT
AACAAAGATGGTCATACCAATAATTACGCAAAAGTGGTGTATGATCCAACGAGCGTTGAT
GGTGCAACTCGGGAGAGGTTAACAAAGGAAGACCCTGAGCTTTTGGAGGACGAACGCTCG
AAGCTAATCCAGTTCTTGGAGACTTCTTCTGAGGCAGAAGTTTGAGAGTTCAGAGCATCT
TTGTAACTCTGTGAATGTACCCTCTACTAGTAACAATAAAATGCTTTATGTAGGTCATGC
ATAAAGTTATGTTTATAGGGAAAAAGAAACATAAAGCTAGTTGTATTGTACCATGTTCAA
GTATAATAATATTACATAAGACTTTAA
TC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3EG20JQ 582 0 0
CAGAAATGCAACAATTGATATTCTTACAGGACTCAAGAAGAAGTCTGTTACTCTGACACT
GAAAGACAAGGGTTTCTCCACTGTAGAAATTTCTGGCCTTGACATCGGATGGGGACAGAG
GATACCTCTGACACTGGACAAGGGAACAGGATTCTGGAGCCTGAAGAGAGAATTGCCTGA
GGGACAGTTTGAATATAAATATATCATAGATGGCGAATGGACACACAATGAGCTCGAGCC
GTTTATAGGACCTAACAAAGATGGTCATACCAATAATTACGCAAAAGTGGTGTATGATCC
AACGAGCGTTGATGGTGCAACTCGGGAGAGGTTAACAAAGGAAGACCCTGAGCTTTTGGA
GGACGAACGCTCGAAGCTAATCCAGTTCTTGGAGACTTCTTTTGAGGCAGAAGTTTGAGA
GTTCAGAGCATCTTTGTAACTCTGTGAATGTACCCTCTACTAGTAACAATAAAATGCTTT
ATGTAGGTCGTGCATAAAGTTATGTTTATAGGGAAAAAGAAACATAAAGCTAGTTGTATT
GTACCATGTTCAAGTATAATAATATTACATAAGACTTTAACC

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 2

CO CL2755Contig1 713 2 12 U
GGGGAGAGAACAGAGAAAGAAAGAGAAACAATCTTTCGTTGAAAAAAAATATCTAAGAGA
GAGAGAGAGAGATTATGGCGGAAATCAATGGTCGGAGGATCGGAGTAGCAGTAGATTTCT
CGGAGTGCAGCAAGAAGGCTCTGAACTGGGCGATCGACAACGTGGTTCGCGATGGCGATT
ATCTAATACTCATCACCGTAGCTCACGATATGCATTACGAGGAAGGCGAGATGCAACTAT
GGGAGACCGTTGGTTCTCCTCTGATTCCGCTGAGTGAGTTCTCGGAAGCGGCTGTGATGA
AGAAGTATGGAGTGAAGCCAGATGCTGAAACCCTTGACATTGCCAACACTGCCTCTAGGC
AGAAATCGATAACAGTAGTGATGAAGATATATTGGGGAGATCCTCGTGAGAAGATTTGCG
AAGCTGTTGAACATATTCCTCTCTCTAGCCTTGTCATCGGTAACCGAGGCCTTGGTGGCC
TTAAGAGGATGATAATGGGAAGTGTAAGCAACCATGTTGTGAACAACGTGGCATGCCCTG
TCACCGTCGTGAAAGCTCACCACTGAGCTCTGTGTTGATACTGCTCCCGAGAAGCTGATA
GCCTACCGGTGTATATCCTAAGATTTGTGTGTCGTTGTGTCGTTGTGTCTTAATATGTAT
TTATAACTCTTGTGTCACTTGTATGTTGTTTATCTTGAGCATCTTTGTCTTTC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP65TF U 1
AF RR3E422TF U 2
BS 1 48 RR3EP65TF
BS 49 49 RR3E422TF
BS 50 235 RR3EP65TF
BS 236 236 RR3E422TF
BS 237 238 RR3EP65TF
BS 239 239 RR3E422TF
BS 240 478 RR3EP65TF
BS 479 479 RR3E422TF
BS 480 620 RR3EP65TF
BS 621 621 RR3E422TF
BS 622 638 RR3EP65TF
BS 639 713 RR3E422TF

RD RR3EP65TF 644 0 0
GGGGAGAGAACAGAGAAAGAAAGAGAAACAATCTTTCGTTGAAAAAAA*TATCTAAGAGA
GAGAGAGAGAGATTATGGCGGAAATCAATGGTCGGAGGATCGGAGTAGCAGTAGATTTCT
CGGAGTGCAGCAAGAAGGCTCTGAACTGGGCGATCGACAACGTGGTTCGCGATGGCGATT
ATCTAATACTCATCACCGTAGCTCACGATATGCATTACGAGGAAGGCGAGATGCAGCTCT
GGGAGACCGTTGGTTCTCCTCTGATTCCGCTGAGTGAGTTCTCGGAAGCGGCTGTGATGA
AGAAGTATGGAGTGAAGCCAGATGCTGAAACCCTTGACATTGCCAACACTGCCTCTAGGC
AGAAATCGATAACAGTAGTGATGAAGATATATTGGGGAGATCCTCGTGAGAAGATTTGCG
AAGCTGTTGAACATATTCCTCTCTCTAGCCTTGTCATCGGTAACCGAGGCCTTGGTGGTC
TTAAGAGGATGATAATGGGAAGTGTAAGCAACCATGTTGTGAACAACGTGGCATGCCCTG
TCACCGTCGTGAAAGCTCACCACTGAGCTCTGTGTTGATACTGCTCCCGAGAAGCTGATA
GCCTACCGGTGTATATCCTA*GATTTGTGTGTCGTTGT
TGTCTT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3E422TF 712 0 0
GGGAGAGAACAGAGAAAGAAAGAGAAACAATCTTTCGTTGAAAAAAAATATCTAAGAGAG
AGAGAGA****TTATGGCGGAGATCAATGGTCGGAGGATCGGAGTAGCAGTGGATTTCTC
GGAGTGCAGCAAGAAGGCTCTGAACTGGGCGATCGACAACGTGGTTCGCGATGGCGATTA
TCTAATACTCATCACCGTAGCTCATGATATGCATTACGAGGACGGCGAGATGCAACTATG
GGAGACCGTTGGTTCTCCTCTGATTCCGCTGAGTGAGTTCTCGGAAGCTGCTGTGATGAA
GAAGTATGGAGTGAAGCCAGATGCTGAAACCCTTGACATTGCCAACACTGCCTCTAGGCA
GAAATCGATAACAGTAGTGATGAAGATATATTGGGGAGATCCTCGTGAGAAGATTTGCGA
AGCTGTTGAACATATTCCTCTCTCTAGCCTTGTCATCGGTAACCGAGGCCTTGGTGGCCT
TAAGAGGATGATAATGGGAAGTGTAAGCAACCATGTTGTGAACAACGTGGCATGCCCTGT
CACCGTCGTGAAGGCTCATCACTGAGCTCTGTGTTGATACTGCTCCGGAGAAGCTGATAG
CCTACCGGTGTATATCCTAAGATTTGTGTGTCGTTGTGTCGTTGTGTCTTAATATGTATT
TATAACTCTTGTGTCACTTGTATGTTGTTTATCTTGAGCATCTTTGTCTTTC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 3

CO CL2756Contig1 900 3 22 U
GGATCACACTAAATTCAAAAGAATCTCGTTTTCGCTTCTAGAAAGGGAAGAAACATCGTA
AACCTATGGCAGAGAAGCTAGAGCCAACAAAAGTTTTGTACTGTGGAGTTTGCTCTCTTC
CAGCTGAATACTGCGAGTTCGGTCCTGATTTCGGGAGATGCAAGCCCTGGCTCGTTGAAA
ACGCACCCGATCTCTATCCTGATCTCCTCAAAGAAGCTAACGAGAAGGCAGCAGATAATG
TCTCTGACAAACTCCAGTCCGTGGGAATCTCTTCAGCTGGCGCTGATGGTGCACCCTCTT
CATCTCAGTCTGGAGGAGGAGGGACATCCAAGAAGGAGGAAGGTAAACGCCTTCCCGGGG
GAAAACTAAAAAAGAAAGAGAGACAAGAAGTTATTATTGAGAAGGTTGTGCGCAACAAGC
GCAAGTGTATCACCATTGTTAAAGGACTAGAACTGTTTGGGATAAAACTCAGTGATGCAT
CTAAAAAGCTTGGGAAGAAGTTTGCCACTGGAGCTTCAGTTGTCAAGGGACCAACTGAGA
AGGACCAAATTGATGTTCAAGGAGATATCATCTATGACATCGTTGAGTTCATTACAGACA
CTTGGCCCGACGTACCTGAAAGATCCATTTTCTTCATTGAAGATGGGAAGAAAGTTCAAG
CTGGTTGATGACCACCTCCTGAGTCCTTTTTTTTTGGCATGGCAG*TTCACGTAGACAAA
GCTAGTTTCCGATTCCTCCTACTTCTATGTGTTTTGGAGGAAACGCTACGCTATAATAAC
TTAAACAACATAACATATATAGCTTCCTTACTCGGGTTGTGATAATTCCTGTTGGTTTCT
CCAAAGCATCTCTGTTTGTGACATTTAAAATGTGCTTGGTAATGACAAATGTGTTTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN02TF U 1
AF RR3CF05TF U 31
AF RR3FN02JQ C 230
BS 1 52 RR3FN02TF
BS 53 53 RR3CF05TF
BS 54 61 RR3FN02TF
BS 62 62 RR3CF05TF
BS 63 86 RR3FN02TF
BS 87 87 RR3CF05TF
BS 88 91 RR3FN02TF
BS 92 92 RR3CF05TF
BS 93 144 RR3FN02TF
BS 145 145 RR3CF05TF
BS 146 184 RR3FN02TF
BS 185 185 RR3CF05TF
BS 186 220 RR3FN02TF
BS 221 221 RR3CF05TF
BS 222 231 RR3FN02TF
BS 232 232 RR3CF05TF
BS 233 652 RR3FN02TF
BS 653 653 RR3CF05TF
BS 654 694 RR3FN02TF
BS 695 695 RR3CF05TF
BS 696 758 RR3FN02TF
BS 759 900 RR3FN02JQ

RD RR3FN02TF 758 0 0
GGATCACACTAAATTCAAAAGAATCTCGTTTTCGCTTCTAGAAAGGGAAGAA*CATCGTA
A*CCTATGGCAGAGAAGCTAGAGCCAGCAAAGGTTTTGTACTGTGGAGTTTGCTCTCTTC
CAGCTGAATACTGCGAGTTCGGTCTTGATTTCGGGAGATGCAAGCCCTGGCTCGTTGAAA
ACGCCCCCGATCTCTATCCTGATCTCCTCAAAGAAGCTAATGAGAAGGCAGTAGATAATG
TCTCTGACAAACTCCAGTCCGTGGGAATCTCTTCAGCTGGCGCTGATGGTGCACCCTCTT
CATCTCAGTCTGGAGGAGGAGGGACATCCAAGAAGGAGGAAGGTAAACGCCTTCCCGGGG
GAAAACTAAAAAAGAAAGAGAGACAAGAAGTTATTATTGAGAAGGTTGTGCGCAACAAGC
GCAAGTGTATCACCATTGTTAAAGGACTAGAACTGTTTGGGATAAAACTCAGTGATGCAT
CTAAAAAGCTTGGGAAGAAGTTTGCCACTGGAGCTTCAGTTGTCAAGGGACCAACTGAGA
AGGACCAAATTGATGTTCAAGGAGATATCATCTATGACATCGTTGAGTTCATTACAGACA
CTTGGCCCGACGTACCTGAAAGATCCATTTTCTTCATTGAAGATGGGAAGAA*GTTCAAG
CTGGTTGATGACCACCTCCTGAGTCCTTTTTTTT*GGCATGGCAG*TTCACGTAGACAAA
GCTAGTTTCCGATTCCTCCTACTTCTATGTGTTTTGGA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3CF05TF 696 0 0
GGGCTTCTGGA
AAAGGGAAGAAACATCGTAAACCTATGGCAGAGAAGCTAGAGCCGACAAAAGTTTTGTAT
TGTGGAGTTTGCTCTCTTCCAGCTGAATACTGCGAGTTCGGTCCTGATTTCGGGAGATGC
AAGCCCTGGCTCGTTGAAAACGCACCCGATCTCTATCCTGATCTCCTCAAAGAAGCTAAC
GAGAAGGCAGCAGATAATGTCTCTGACAAACTCCAGTCCGTGGGAATCTCTTCAGGTGGC
GCTGATGCTGCACCCTCTTCATCTCAGTCTGGAGGAGGAGGGACATCCAAGAAGGAGGAA
GGGAAACGCCTTCCCGGGGGAAAACTAAAAAAGAAAGAGAGACAAGAAGTTATTATTGAG
AAGGTTGTGCGCAACAAGCGCAAGTGTATCACCATTGTTAAAGGACTAGAACTGTTTGGG
ATAAAACTCAGTGATGCATCTAAAAAGCTTGGGAAGAAGTTTGCCACTGGAGCTTCAGTA
GTCAAGGGACCAACTGAAAAGGAGCAAATTGATGTTCAAGGAGATATAATCTATGACATC
GTTGAGTTCATTACAGACACTTGGCCCGACGTACCTGAAAGATCCATTTTCTTCATTGAA
GATGGGAAGAAAGTTCAAGCTGGTTGATGACCACCTCCTGAGTCCTTTTTTTTTGGCATG
GCAG*TTCACGTAGACAAAGCTAGT

QA 12 696 12 696
DS 

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AGT
AGATAATGTCTCTGACAAACTCCAGTCCGTGGGAATCTCTTCAGCTGGCGCTGATGGTGC
ACCCTCTTCATCTCAGTCTGGAGGAGGAGGGACATCCAAGAAGGAGGAAGGTAAACGCCT
TCCCGGGGGAAAACTAAAAAAGAAAGAGAGACAAGAAGTTATTATTGAGAAGGTTGTGCG
CAACAAGCGCAAGTGTATCACCATTGTTAAAGGACTAGAACTGTTTGGGATAAAACTCAG
TGATGCATCTAAAAAGCTTGGGAAGAAGTTTGCCACTGGAGCTTCAGTTGTCAAGGGACC
AACTGAGAAGGACCAAATTGATGTTCAAGGAGATATCATCTATGACATCGTTGAGTTCAT
TACAGACACTTGGCCCGACGTACCTGAAAGATCCATTTTTTTCATTGAAGATGGGAAGAA
GGTTCAAGCTGGTTGATGACCACCTCCTGAGTCCTTTTTTTTTGGCATGGCAGGTTCACG
TAGACAAAGCTAGTTTCCGATTCCTCCTACTTCTATGTGTTTTGGAGGAAACGCTACGCT
ATAATAACTTAAACAACATAACATATATAGCTTCCTTACTCGGGTTGTGATAATTCCTGT
TGGTTTCTCCAAAGCATCTCTGTTTGTGACATTTAAAATGTGCTTGGTAATGACAAATGT
GTTTCTTG

QA 4 671 4 671
DS 



AS 1 2

CO CL2757Contig1 1450 2 2 U
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CGTGTGGCCTCTGGACGCCGCCGTCTTTTTCTCCCCGCCGGAGACTCTGTAACTTCTCTT
CCAGTCGCCGCTCTCCCTTCTCAGTGATCAGATTCGACAGAGAGCGCGTCTCGCGGAGAG
TCTCCTGTAGCTACAACCAGGAGAACGATCGGCCTCAATCTTCCGGAATCCAAGTCTACG
GCGAGATCGAGAGGTTGCTAACGGAGACTGTGAAGCAATCTCAAAGTAGCTCCGCTGGAT
CCGCTGACTGGTCAGAAGTAGAGGGAGCTTGGGTGCTCAGACCTAGAAACTCGAATCCAA
AGATGGTTGCTCATTTCATTGGAGGGATATTCGTTGGTGCGGCACCTCAGCTTACTTATC
GATTGTTTCTTGAGAGATTAGCTGAGAAGGATGTTTTGGTTATTGCCACACCATATGCTA
GTGGTTTTGACCACTTCGCTATTGCGGATGAAGTACAGTTTAAGTTTGATAGATGCTGCC
GATCTCTACATGAATCTGTGCAGGATCTTCCATCTTTTGGGATCGGTCATTCATTGGGAT
CCCTCATTCACCTTCTCATTGGATCACGGTATGCTGTTCAGCGAAATGGGAATGTATTTA
TGGCATTTCACAACAAGGAAGCGAGCTTAGCTATTCCTTTGTTCTCCCCAGTTCTAGTCC
CGATGGCTCAAAGCCTTGGACCACTGTTATCACAGGTAGCAACATCCCCGACAGTCCGCC
TTGGGGCAGAGATGACCCGAAAGCAATTAGAAACTCTCAGCCCTCCCATCATGAAGCAAA
TTCTACCACTAGTGGAACAGCTCCCTCCCCTGTACATGGACTTGGTAAAAGGAAGAGAAG
ACTTTATTCCAAAACCAGAAGAAACAAGACGCCTTATAAGATCCTACTACGGAATCTCAA
GGAATCTGTTGATAAAGTTTGAGGATGATTCAATAGATGAAACATCAATCCTAGCTCAGG
TGCTTGGCGTGGAATCATCCATAAGCTCAAAGCTAGACATGTCTATCCGTACACTTCCAG
GGGATCACGGTCTTCCTCTGCAACAGGCCCTTCCAGATGTCCCACCAGCAATGGCTGATG
CGGTGAACCGAGGAAGTGAGTTTTTGGCGAATATGGCTGTTGGGACACCGTGGGAGTCTG
TGGCTAAAGAGGTTGGAGGTACGTTCGGAATTGACTCGAAGATCCTTCGTTCAGATACGT
CCAAAGATCTTACCCAGCTCGTGGATGCAATCACATCTTGGATGGCGTCAAATATGGGGC
CAAAACTTCTGAGATGATAATGTTGTTACTCACTCATGTACACAAAATAATCTAATAACA
CAGGTAAAAATGTATACATAAAAGTTGATGGAATTATCATTTGTTTATATATTATTATAA
TTTTGTTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AI51TF U 1
AF RR3AI51JQ C 637
BS 1 843 RR3AI51TF
BS 844 1450 RR3AI51JQ

RD RR3AI51TF 843 0 0
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CGTGTGGCCTCTGGACGCCGCCGTCTTTTTCTCCCCGCCGGAGACTCTGTAACTTCTCTT
CCAGTCGCCGCTCTCCCTTCTCAGTGATCAGATTCGACAGAGAGCGCGTCTCGCGGAGAG
TCTCCTGTAGCTACAACCAGGAGAACGATCGGCCTCAATCTTCCGGAATCCAAGTCTACG
GCGAGATCGAGAGGTTGCTAACGGAGACTGTGAAGCAATCTCAAAGTAGCTCCGCTGGAT
CCGCTGACTGGTCAGAAGTAGAGGGAGCTTGGGTGCTCAGACCTAGAAACTCGAATCCAA
AGATGGTTGCTCATTTCATTGGAGGGATATTCGTTGGTGCGGCACCTCAGCTTACTTATC
GATTGTTTCTTGAGAGATTAGCTGAGAAGGATGTTTTGGTTATTGCCACACCATATGCTA
GTGGTTTTGACCACTTCGCTATTGCGGATGAAGTACAGTTTAAGTTTGATAGATGCTGCC
GATCTCTACATGAATCTGTGCAGGATCTTCCATCTTTTGGGATCGGTCATTCATTGGGAT
CCCTCATTCACCTTCTCATTGGATCACGGTATGCTGTTCAGCGAAATGGGAATGTATTTA
TGGCATTTCACAACAAGGAAGCGAGCTTAGCTATTCCTTTGTTCTCCCCAGTTCTAGTCC
CGATGGCTCAAAGCCTTGGACCACTGTTATCACAGGTAGCAACATCCCCGACAGTCCGCC
TTGGGGCAGAGATGACCCGAAAGCAATTAGAAACTCTCAGCCCTCCCATCATGAAGCAAA
TTC

QA 1 843 1 843
DS 

RD RR3AI51JQ 814 0 0
TTCAGCGAAATGGGAATGTATTTATGGCATTTCACAACAAGGAAGCGAGCTTAGCTATTC
CTTTGTTCTCCCCAGTTCTAGTCCCGATGGCTCAAAGCCTTGGACCACTGTTATCACAGG
TAGCAACATCCCCGACAGTCCGCCTTGGGGCAGAGATGACCCGAAAGCAATTAGAAACTC
TCAGCCCTCCCATCATGAAGCAAATTCTACCACTAGTGGAACAGCTCCCTCCCCTGTACA
TGGACTTGGTAAAAGGAAGAGAAGACTTTATTCCAAAACCAGAAGAAACAAGACGCCTTA
TAAGATCCTACTACGGAATCTCAAGGAATCTGTTGATAAAGTTTGAGGATGATTCAATAG
ATGAAACATCAATCCTAGCTCAGGTGCTTGGCGTGGAATCATCCATAAGCTCAAAGCTAG
ACATGTCTATCCGTACACTTCCAGGGGATCACGGTCTTCCTCTGCAACAGGCCCTTCCAG
ATGTCCCACCAGCAATGGCTGATGCGGTGAACCGAGGAAGTGAGTTTTTGGCGAATATGG
CTGTTGGGACACCGTGGGAGTCTGTGGCTAAAGAGGTTGGAGGTACGTTCGGAATTGACT
CGAAGATCCTTCGTTCAGATACGTCCAAAGATCTTACCCAGCTCGTGGATGCAATCACAT
CTTGGATGGCGTCAAATATGGGGCCAAAACTTCTGAGATGATAATGTTGTTACTCACTCA
TGTACACAAAATAATCTAATAACACAGGTAAAAATGTATACATAAAAGTTGATGGAATTA
TCATTTGTTTATATATTATTATAATTTTGTTTGT

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 4

CO CL2758Contig1 955 4 2 U
AATATTGTAAAAATGATATTTGCGGGGAACAACCATGATAATAGAAATAGAGACACATGC
ACGCATAAGATAGTACAAGTAACATCACACTTATGGTTATAACTAATACTTCAGATGATA
TTTGCGCCGAACAAACGCATATTATACTAGTAACCCAATTACCAATAAGAATCATATCTT
CTTAGTGACTGTGACACAGAGACCATGTTTCATACGGAGAAGGATAGAAGGGATTGCTTC
AATCTTGTGACCTTCAGTGACCTTAAAGTCATAGTTTCGTATGATCTCCACAGCTACCAT
CTTCATCTGCGCCAGAGCCAAATTTTTACCCAAGCAAGCTCTCGGACCGGCATTAAAAGC
CATGAACTTGTATGAAGGTTCATGTCTTAAATCTCCACTTTCTGAAATCCATCTCTCCGG
TTTAAAATCCAATGCGTCTTTTCCCCATATAGATCTCATTCTACCCAATGCATACATACA
GAGTACGATCTTTGAATTTTCTTCAACTTTGTGCCCGGTTGGAAGTACATCTGGCTTTGC
AGGAGACTTATGGTTAAAGGGAAGTGGTGGGTAGAGTCTCATTGTTTCGTTCAACGTAGC
ATGTAGATACACGAGCTTCTCTAGATCTTTAGGATCATACTTTGTTTTGATCTCCTCTCG
GATCTTGCTCAAAACTTGAGGATGCTTAGAAAGAAGCCAGAAGAACCAAGTGAGAACCGA
GCTTGTGGTGTCCCTTCCTGCCAACACTAGACTGAAAGCAACGTCTCTTATAAACGTATC
ATCACTTGGTTTCAAGAGCTTATATTTGGTCGTGTCCACGTTCATATAGTACGTTAACGC
GTCCATTGATTGCACGCCTTCCCCGCGACGTATCTCCTCTCTTCTTGTAGATATGATCTT
CGCAAACATACGATTGACAGTCGCCAAAGAAGACCGCATCTTCCTCTCAAGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FH70JQ U 22
AF RR3G372JQ U 22
AF RR3EG21JQ U 1
AF RR3EG21TF C 170
BS 1 698 RR3EG21JQ
BS 699 955 RR3EG21TF

RD RR3FH70JQ 499 0 0
GCGGGGAACAACCATGATAATAGAAATAGAGACACATGCACGCATAAGATAGTACAAGTA
ACATCACACTTATGGTTATAACTAATACTTCAGATGATATTTGCGCCGAACAAACGCATA
TTATACTAGTAACCCAATTACCAATAAGAATCATATCTTCTTAGTGACTGTGACACAGAG
ACCATGTTTCATACGGAGAAGGATAGAAGGGATTGCTTCAATCTTGTGACCTTCAGTGAC
CTTAAAGTCATAGTTTCGTATGATCTCCACAGCTACCATCTTCATCTGCGCCAGAGCCAA
ATTTTTACCCAAGCAAGCTCTCGGACCGGCATTAAAAGCCATGAACTTGTATGAAGGTTC
ATGTCTTAAATCTCCACTTTCTGAAATCCATCTCTCCGGTTTAAAATCCAATGCGTCTTT
TCCCCATATAGATCTCATTCTACCCAATGCATACATACAGAGTACGATCTTTGAATTTTC
TTCAACTTTGTGCCCGGTT

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR3G372JQ 604 0 0
GCGGGGAACAACCATGATAATAGAAATAGAGACACATGCACGCATAAGATAGTACAAGTA
ACATCACACTTATGGTTATAACTAATACTTCAGATGATATTTGCGCCGAACAAACGCATA
TTATACTAGTAACCCAATTACCAATAAGAATCATATCTTCTTAGTGACTGTGACACAGAG
ACCATGTTTCATACGGAGAAGGATAGAAGGGATTGCTTCAATCTTGTGACCTTCAGTGAC
CTTAAAGTCATAGTTTCGTATGATCTCCACAGCTACCATCTTCATCTGCGCCAGAGCCAA
ATTTTTACCCAAGCAAGCTCTCGGACCGGCATTAAAAGCCATGAACTTGTATGAAGGTTC
ATGTCTTAAATCTCCACTTTCTGAAATCCATCTCTCCGGTTTAAAATCCAATGCGTCTTT
TCCCCATATAGATCTCATTCTACCCAATGCATACATACAGAGTACGATCTTTGAATTTTC
TTCAACTTTGTGCCCGGTTGGAAGTACATCTGGCTTTGCAGGAGACTTATGGTTAAAGGG
AAGTGGTGGGTAGAGTCTCATTGTTTCGTTCAACGTAGCATGTAGATACACGAGCTTCTC
TAGA

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3EG21JQ 698 0 0
AATATTGTAAAAATGATATTTGCGGGGAACAACCATGATAATAGAAATAGAGACACATGC
ACGCATAAGATAGTACAAGTAACATCACACTTATGGTTATAACTAATACTTCAGATGATA
TTTGCGCCGAACAAACGCATATTATACTAGTAACCCAATTACCAATAAGAATCATATCTT
CTTAGTGACTGTGACACAGAGACCATGTTTCATACGGAGAAGGATAGAAGGGATTGCTTC
AATCTTGTGACCTTCAGTGACCTTAAAGTCATAGTTTCGTATGATCTCCACAGCTACCAT
CTTCATCTGCGCCAGAGCCAAATTTTTACCCAAGCAAGCTCTCGGACCGGCATTAAAAGC
CATGAACTTGTATGAAGGTTCATGTCTTAAATCTCCACTTTCTGAAATCCATCTCTCCGG
TTTAAAATCCAATGCGTCTTTTCCCCATATAGATCTCATTCTACCCAATGCATACATACA
GAGTACGATCTTTGAATTTTCTTCAACTTTGTGCCCGGTTGGAAGTACATCTGGCTTTGC
AGGAGACTTATGGTTAAAGGGAAGTGGTGGGTAGAGTCTCATTGTTTCGTTCAACGTAGC
ATGTAGATACACGAGCTTCTCTAGATCTTTAGGATCATACTTTGTTTTGATCTCCTCTCG
GATCTTGCTCAAAACTTGAGGATGCTTAGAAAGAAGCC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3EG21TF 786 0 0
AATCATATCTTCT*AGTGACTGTGACACAGAGACCATGTTTCATACG*AGAAGGATAGAA
GGGATTGCTTCAATCTTGTGAC*TTCAGTGAC*TTAAAGTCATAGTTTCGTATGATCTCC
ACAGCTACCATCTTCATCTGCGCCAGAGCCAAATTTTTACCCAAGCAAGCTCTCGGACCG
GCATTAAAAGCCATGAACTTGTATGAAGGTTCATGTCTTAGATCTCCACTTTCTGAAATC
CATCTCTCCGGTTTAAAATCCAATGCGTCTTTTCCCCATATAGATCTCATTCTACCCAAT
GCATACATACAGAGTACGATCTTTGAATTTTCTTCAACTTTGTGCCCGGTTGGAAGTACA
TCTGGCTTTGCAGGAGACTTATGGTTAAAGGGAAGTGGTGGGTAGAGTCTCATTGTTTCG
TTCAACGTAGCATGTAGATACACGAGCTTCTCTAGATCTTTAGGATCATACTTTGTTTTG
ATCTCCTCTCGGATCTTGCTCAAAACTTGAGGATGCTTAGAAAGAAGCCAGAAGAACCAA
GTGAGAACCGAGCTTGTGGTGTCCCTTCCTGCCAACACTAGACTGAAAGCAACGTCTCTT
ATAAACGTATCATCACTTGGTTTCAAGAGCTTATATTTGGTCGTGTCCACGTTCATATAG
TACGTTAACGCGTCCATTGATTGCACGCCTTCCCCGCGACGTATCTCCTCTCTTCTTGTA
GATATGATCTTCGCAAACATACGATTGACAGTCGCCAAAGAAGACCGCATCTTCCTCTCA
AGTCCC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL2759Contig1 770 2 6 U
AGCATAAAAACATGACATCATATTATTTATCCATGTCTAGATGTTCAGTGATGAAAGAAA
AGATACAATGGAAGAAGCAAATAGCTACAAATTACAGAGAGAATGAGAACACAAGACAAG
AGGGGGGGAGACAAAGACACAGGTCTCACAGACTCACGGTGTAGTCTCATTGCAAGAACT
TGTCAATGCTAGATGTGAGTGTGGATCTAGGCACTGCACCAATGATAGCATCTTTCTCCT
CGCCATTGACAAAGATCATGATCGTTGGGATGCTTCTGACATTGTACTTGCTTGGGGTTG
AAGGAGAGTCGTCCGTGTTCAGTTTGTAGAACTTGACCTTCCCGGTGTACTCTCTCGCTA
GCTCGTTCACGAGTGGGTCAATCATTTTGCAAGGTCCACACCATGGAGCCCAAAAATCAA
CCAATACAGGCCCGTCCGCCTTGAGGACTAGAGAGTCCCATGTTGTGTCGTTGACTATCG
TAACTATATCTGTAGTGGTTTCTTGAGCTTCACAGACGACACCTCTTCTTCGTGGTCGAG
GAACCTTCGAGGTCAACGAAGGTGGAGACTGGGAAAGACGGATTCTCAATCCTGCTGAGT
CTGGTGACACGGTGAAGAGTCGCCGAGCGGAGAGTGAAGCGGATGGTGAGGATGCGATTC
TTGCCTCCGAGCGGAGGGAAACGGGAGGGCGAGAGGTACAAGTGAAAGCAGCCATGGCTA
TGAGAGATGGAGAGAGAAGCAACGAGAGATCTTTCCTAATCCCTAAGCGT


BQ
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AF RR3CT90JQB U 1
AF RR3B012TF C 30
BS 1 55 RR3CT90JQB
BS 56 56 RR3B012TF
BS 57 107 RR3CT90JQB
BS 108 108 RR3B012TF
BS 109 113 RR3CT90JQB
BS 114 770 RR3B012TF

RD RR3CT90JQB 129 0 0
AGCATAAAAACATGACATCATATTATTTATCCATGTCTAGATGTTCAGTGATGAA*GAAA
AGATACAATGGAAGAAGCAAATAGCTACAAATTACAGAGAGAATGAGTACACA
GAGGGGGGGGGGGGGG

QA 1 113 1 113
DS 

RD RR3B012TF 741 0 0
TCCATGTCTAGATGTTCAGTGATGAAAGAAAAGATACAATGGAAGAAGCAGATAGCTACA
AATTACAGAGAGAATGAGAACACAAGACAAGAGGGGGGGAGACAAAGACACAGGTCTCAC
AGACTCACGGTGTAGTCTCATTGCAAGAACTTGTCAATGCTAGATGTGAGTGTGGATCTA
GGCACTGCACCAATGATAGCATCTTTCTCCTCGCCATTGACAAAGATCATGATCGTTGGG
ATGCTTCTGACATTGTACTTGCTTGGGGTTGAAGGAGAGTCGTCCGTGTTCAGTTTGTAG
AACTTGACCTTCCCGGTGTACTCTCTCGCTAGCTCGTTCACGAGTGGGTCAATCATTTTG
CAAGGTCCACACCATGGAGCCCAAAAATCAACCAATACAGGCCCGTCCGCCTTGAGGACT
AGAGAGTCCCATGTTGTGTCGTTGACTATCGTAACTATATCTGTAGTGGTTTCTTGAGCT
TCACAGACGACACCTCTTCTTCGTGGTCGAGGAACCTTCGAGGTCAACGAAGGTGGAGAC
TGGGAAAGACGGATTCTCAATCCTGCTGAGTCTGGTGACACGGTGAAGAGTCGCCGAGCG
GAGAGTGAAGCGGATGGTGAGGATGCGATTCTTGCCTCCGAGCGGAGGGAAACGGGAGGG
CGAGAGGTACAAGTGAAAGCAGCCATGGCTATGAGAGATGGAGAGAGAAGCAACGAGAGA
TCTTTCCTAATCCCTAAGCGT

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 4

CO CL2760Contig1 1455 4 10 U
GCACGTGGGATTTACACAAGTGGGCGAGGGAGCTCAGCTGTTGGTTTGACAGCTTATGTA
GCTAAAGATCCTGAGACAGGAGAAACTGTTTTGGAGAGTGGAGCTCTTGTTCTTAGTGGC
CGTGGTATCTGCTGTATTGATGAATTTGACAAAATGTCTGACAGTGCGAGGAGCATGTTG
CATGAGGTTATGGAACAGCAGACTGTTTCAATAGCAAAGGCTGGTATCATTGCATCTCTA
AATGCTAGGACCTCTGTGTTGGCTCGCGCAAATCCTAGTGGCTCACGCTATAATCCGCGG
CTTTCTGTTATTGAGAATATTCACCTTCCTCCGACCTTGCTTTCTAGATTCGATTTAATC
TACTTGATTCTTGACAAGCCTGATGAGCAGACTGACCGAAGGCTTGCAAAGCATATTGTG
GCACTACACTTTGAGAACGCAGAGAGTGCACAAGAGGAAGCTTTGGACATCACTACTCTG
ACAAGCTATGTTAGCTATGCTCGCAAGAACATTCATCCTAAACTATCAGATGAAGCCGCA
GAGGAGTTGACTCGAGGTTATGTTGAGCTTAGAAAAGCAGGGAAATTTGCCGGAAGTAGC
AAAAAGGTCATAACAGCGACTCCTAGGCAAATTGAAAGCCTGATCAGACTTAGTGAGGCC
TTGGCTCATATGCGCTTCTCTGAATGGGTTGAAAAACATGACGTGGACGAGGCATTTCGA
CTTCTCAGAGTCGCAATGCAGCAATCAGCAACCGATCACGCCACTGGAACTATTGACATG
GACCTGATAAACACTGGAGTCTCAGCAAGTGAACGAATGAGACGGGACATCCTTGTGTCG
TCAATTCGAGACATAACACTTGAGAAAATGCAAATAGGAGGATCAGCAATGCGCTTATCA
GAGCTACTGGAAGAACTGAAAAAGCATGGAGGCAACATAAACACGGAAATTCATCTTCAT
GATGTAAGAAAGGCGGTTGGAACCCTAGCTAGTGAAGGGTTTCTGGTGTCTGAAGGTGAC
AGAATCAAGAGAGTATAATCACAGTGCCTTGCAGTTGATGAGAAAAGCTTAATATATGCT
CTGGTTAGAGTTTGAATTTAGTAAGCTTAATTAGTATTGAAACTTAGCAAGTGATTGACG
GGTCCATGTGGCTCAGCCCGTCTTCTCACTGGTTGTTAGTCTGCAATGAGTTTCAACTTT
AAAACACGATCTATCTTCAATGTTTCATTTTGGTCTCAGTTTCCTAAGGGTGTACCTTTA
TCAATTATTAACATGCAAAACATGCTTGTCTGTTAAAGGTTAGGTGGAAAGTAGAAGTTA
GTAAGTAATTTAAAAGATGCAAGTTCTAATAACATCTTTGTGAAGTAGTAATTTTCAAGT
TATATGTTGTCCAACTAAAACTCATTCAGTGAGCAACAAAAGGTTTCAAAGTACTTCTTT
TGAAAAGATTAAATA


BQ
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G
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TGTCTGTTA
G

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CTTCTCACTGGTTGTTAGTCTGCAATGAGTTTCAACTTTAAAACACGATCTATCTTCAAT
GTTTCATTTTGGTCTCAGTTTCCTAAGGGTGTACCTTTATCAATTATTAACATGCAAA*C
ATGCTTGTCTGTTAAAGGTTAGGTGGAAAGTAGAAGTTAGTAAGTAATTTAAAAGATGCA
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TCATTCAGTGAGCAACAAAAGGTTTCAAAGTACTTCTTTTGAAAAGATTAAATA

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DS 



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AGCTCGTCGCCGTCAATCCCTTCAACCCATAGATCTTACCTGATCTCGAAAACTACGTCA
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ACCAGTTTGAGCCAGAGCGCATGAACACTCATGTTGTGGCACGCATCTTAATCAAGGCTC
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TCCAGCAGTTCTGGGATGAAGCTGCCAAGAACCGTCACATTCTCGAGACTGTTCCAGGTT
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CAAGATCTGTGCTTGCTGAGGCTGTTAACATGGATGGTGCATCCCTAGACAAGTTCATTG
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CACAGAACGAGTTTAATCATCCTGAGCTTAAGAAAAACACAAGCGAGAATGTTCCCTTGG
AGCACATCGCCCGCATCTTCCCCATCCTTGGTTAAACCAATTTTTTATGAGAACTCTGCA
AATTTTCATTCGAGTCTGTCTTTCTTGTAATGCAACATTTTAAAACGCTGGAATGTGATT
TTCTTCGTCCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ68TF U 1
AF RR3BY71JQ C 124
BS 1 220 RR3FQ68TF
BS 221 221 RR3BY71JQ
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BS 478 704 RR3FQ68TF
BS 705 792 RR3BY71JQ

RD RR3FQ68TF 709 0 0
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AGCTCGTCGCCGTCAATCCCTTCAACCCATAGATCTTACCTGATCTCGAAAACTACGTCA
ACGAGCAGGTTACATCGCAGACGTATAGTCTCGACGCAAACCTATGCTTGCTTCGTCTCT
ACCAGTTTGAGCCAGAGCGCATGAACACTCATGTTGTGGCTCGTATTTTGATCAAGGCTC
TTATGGCTATGCCATCTCCAGACTTCAGCCTTTGCCTCTTCTTGATTCCTGAGAGAGTGC
AAATGGAGGAGCAGTTCAAGTCTCTCATTGTTCTCTCACACTACCTTGAGACTGGGAGGT
TCCAGCAGTTCTGGGATGAAGCTGCCAAGAACCGTCACATTCTCGAGACTGTTCCAGGTT
TTGAACAAGCTATCCAAGCGTATGCAACTCACCTTCTTAGCTTAAGCTACCAAAAGGTTC
CAAGATCTGTGCTTGCTGAGGCTGTTAACATGGATGGTGCATCCCTAGACAAGTTCATTG
AGCACCAAGTGGCGAACAGTGGATGGACTGTTGAGAAAGAAAATGGAAGTATCGTCTTAC
CACAGAACGAGTTTAATCATCCTGAGCTTAAGAAAAACACAAGCGAGAATGTTCCCTTGG
AGCACATCGCCCGCATCTTCCCCATCCTTGGTTAAACCAATTTT
ATGAG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3BY71JQ 669 0 0
AGCAGGTTACATCGCAGACGTATAGTCTCGACGCAAACCTATGCTTGCTTCGTCTCTACC
AGTTTGAGCCAGAGCGCATGAACACTCATGTTGTGGCACGCATCTTAATCAAGGCTCTTA
CGGCTATGCCATCTCCTGACTTCAGCCTTTGCCTCTTCTTGATTCCTGAGAGAGTGCAAA
TGGAGGAGCAGTTCAAGTCACTCATTGTTCTCTCACACTACCTTGAGACTGGGAGGTTCT
AGCAGTTTTGGGATGAAGCTGCCAAGAACCGTCACATTCTCGAGACTGTTCCAGGTTTTG
AACAAGCTATCCAAGCGTATGCAACTCACCTTCTTAGTTTAAGCTACCAAAAGCTTCCAA
GATCTGTGCTTGCTGAGGCTGTTAACATGGATGGTGCATCCCTAGACAAGTTCATTGAGC
ACCAAGTGGCGAACAGTGGATGGATTGTTGAGAAAGAAAATGGAAGTATCGTCTTACCAC
AGAACGAGTTTAATCATCCTGAGCTTAAGAAAAACACAAGCGAGAATGTTCCCTTGGAGC
ACATTGCCCGCATCTTCCCCATCCTTTTTTAAACCATTTTTTTATGAGAACTCTGCAAAT
TTTCATTCGAGTCTGTCTTTCTTGTAATGCAACATTTTAAAACGCTGGAATGTGATTTTC
TTCGTCCCC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 2 4

CO CL2762Contig1 1356 2 4 U
GAAGAAAAGGCGGAGGATAGGAACAGTGCTCTTGATAAACTTTCGGATATCATTGCTATG
ACGAATGAAGATCTGAACAAGGTTCAGTACAGTTACAACAAGACGGCCATGTCACTGCAG
AGGGTGTTAGACGAGAAGAAAACCTTGCACGAGGCTTATGCTAACGAAACGAAGAAGATG
CAGCAGATGTCGATTCTCAGTATCCAGAAGATCCTTAACGATAAAGAGAGGCTAAGCAAT
GAACTGGAGAAGAAGATGCAGAAACTATCGGAGTGGTCCAAAGCGTTGGACAAAAAAGAA
GCACTAACTGAACTGGAGAGGCAAAAGCTTGATGAAGAGAAAAAAAAGAATGATGCTATG
AACATCTCCCTCCAGTTAGCCTCCCATGAGCAGAAAAAGGCTGACGAGAGCGTTTTGAGA
CTAGTCGAAGAGCATAAGAGGCAAAGAGAAGAGGCCTTGAGCAAGATCCTTCTGCTTGAG
ACTCAGCTGGACACCAAACAGACACTTGAAATGGAGATTCAAGAGCTGAAAGGCAAACTA
CAAGTGATGAAGCATTTGGGGGATGATGATGACGAGGCGGTCAAGCAGAAAATGAAGGAG
ATGAATGATGAGCTGGAGGATAAGAAGTCTGAGTTAGAAAGGGCTGGAGCAGATGAACTC
AGCCCTGATGACAAAAGAACGTCAAAGCAATGATGAGATACAAGCAGCACGGAAGAAACT
CATTGCGGGTCTGACGGGATTGTTGGGTGCCGAAACTGATATTGGGGTCAAGAGGATGGG
AGAACTTGATGAGAAGCCCTTCCTGAATGTGTGCAAGAAGAGATTTTCGGAAGATGAAGC
TACGGTTGAAGCTGCCACCCTTTGCTCTACATGGCAAGAGAACCTCAAGGACTCCTCGTG
GCAACCGTTCAAACGTGAAGGAACCGGGGACAAAGCAAAGGAAGTGGTGGACGAAGATGA
TGAGCAGCTGAAGAAGCTTAAAGGAGAGTGGGGAGAAGAGGTGCATAACGCTGTTAAAAC
AGCTCTCGAGGAGATGAATGAGTACAATGCCAGTGGTCGATACACCACCCCAGAGCTTTG
GAATTTCAAAGAAGGTAGGAAAGCAACACTGAAGGAAGTGATTAATTTCATTTCGAACGA
CATCAAAACTGTGAAACGCAAAAGAACCTGAAGGATGCGGGAGGAAGTAGAAGGAATGGT
TAAGCTTTATGTGTATTTAATAACTGAGATTGAGGAGCTTTAAGTGATGTAAAATAATGG
AGTTACTTATATACTCTCGGTATCCCCCAGACTTAGCTCTTCAGCTTGTAGCTTTGAATA
TTTTTCTTTGGAAGATTTCGAACAGCTAAATAAGCT


BQ
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AF RR3CW36TF U 1
AF RR3CW36JQ C 673
BS 1 737 RR3CW36TF
BS 738 738 RR3CW36JQ
BS 739 770 RR3CW36TF
BS 771 1356 RR3CW36JQ

RD RR3CW36TF 770 0 0
GAAGAAAAGGCGGAGGATAGGAACAGTGCTCTTGATAAACTTTCGGATATCATTGCTATG
ACGAATGAAGATCTGAACAAGGTTCAGTACAGTTACAACAAGACGGCCATGTCACTGCAG
AGGGTGTTAGACGAGAAGAAAACCTTGCACGAGGCTTATGCTAACGAAACGAAGAAGATG
CAGCAGATGTCGATTCTCAGTATCCAGAAGATCCTTAACGATAAAGAGAGGCTAAGCAAT
GAACTGGAGAAGAAGATGCAGAAACTATCGGAGTGGTCCAAAGCGTTGGACAAAAAAGAA
GCACTAACTGAACTGGAGAGGCAAAAGCTTGATGAAGAGAAAAAAAAGAATGATGCTATG
AACATCTCCCTCCAGTTAGCCTCCCATGAGCAGAAAAAGGCTGACGAGAGCGTTTTGAGA
CTAGTCGAAGAGCATAAGAGGCAAAGAGAAGAGGCCTTGAGCAAGATCCTTCTGCTTGAG
ACTCAGCTGGACACCAAACAGACACTTGAAATGGAGATTCAAGAGCTGAAAGGCAAACTA
CAAGTGATGAAGCATTTGGGGGATGATGATGACGAGGCGGTCAAGCAGAAAATGAAGGAG
ATGAATGATGAGCTGGAGGATAAGAAGTCTGAGTTAGAAAGGGCTGGAGCAGATGAACTC
AGCCCTGATGACAAAAGAACGTCAAAGCAATGATGAGATACAAGCAGCACGGAAGAAACT
CATTGCGGGTCTGACGG*ATTGTTGGGTGCCGAAACTGATATTGGGGTCA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3CW36JQ 684 0 0
AAAAGAACGTCAAAGCAATGATGAGATACAAGCAGCACGGAAGAAACTCATTGCGGGTCT
GACGGGATTGTTGGGTGCCGAAACTGATATTGGGGTCAAGAGGATGGGAGAACTTGATGA
GAAGCCCTTCCTGAATGTGTGCAAGAAGAGATTTTCGGAAGATGAAGCTACGGTTGAAGC
TGCCACCCTTTGCTCTACATGGCAAGAGAACCTCAAGGACTCCTCGTGGCAACCGTTCAA
ACGTGAAGGAACCGGGGACAAAGCAAAGGAAGTGGTGGACGAAGATGATGAGCAGCTGAA
GAAGCTTAAAGGAGAGTGGGGAGAAGAGGTGCATAACGCTGTTAAAACAGCTCTCGAGGA
GATGAATGAGTACAATGCCAGTGGTCGATACACCACCCCAGAGCTTTGGAATTTCAAAGA
AGGTAGGAAAGCAACACTGAAGGAAGTGATTAATTTCATTTCGAACGACATCAAAACTGT
GAAACGCAAAAGAACCTGAAGGATGCGGGAGGAAGTAGAAGGAATGGTTAAGCTTTATGT
GTATTTAATAACTGAGATTGAGGAGCTTTAAGTGATGTAAAATAATGGAGTTACTTATAT
ACTCTCGGTATCCCCCAGACTTAGCTCTTCAGCTTGTAGCTTTGAATATTTTTCTTTGGA
AGATTTCGAACAGCTAAATAAGCT

QA 1 684 1 684
DS 



CO CL2762Contig2 926 2 8 U
GAAAAGAAGAGGCTTTGAGCAAGATCCTTCAGCTTGGGACTCAGCTAGACACCAAACAGA
CACTGGAAATGGAGATTCAAGAGCTGAAAGGGAAATTACAAGTGATGAAGCATTTGGGGG
ATGATGATGACGAGGCGGTCAATCAGAAAATGAAGGAGATGAATGATGAGCTGGAGGATA
AGAAGTCTGAGTTAGAAGGGCTGGAGCAGATGAACTCAGCCCTGATGACAAAAGAGCGTC
AAAGCAATGATGAGATACAAGCAGCACGGAAAAAACTCATTGCGGGTTTGACAGGGTTGT
TGGGTGCTGAAACTGATATCGGGGTCAAGAGGATGGGAGAACTTGATGAGAAGCCCTTCC
TGAATGTTTGCAAGAAGAGATTTTCGGAAGATGAAGCTACGGTCGAAGCTGCCACCCTTT
GCTCTACATGGCAAGAGAACCTCAAGGACTCCTCGTGGCAACCGTTCAAACGTGAAGGAA
CCGGGGACAAAGCAAAGGAAGTGGTAGACGAAGATGATGAGCAGCTGAAGAAGCTTAGAG
GAGAGTGGGGAGAAGAGGTGCATAACGCTGTTAAAACAGCTCTCGAGGAGATGAATGAGT
ATAATGCCAGTGGTCGATACACCACCCCAGAACTTTGGAACTTCAAAGAAGGTAGGAAAG
CAACACTGAAGGAAGTGATTAACTTCATTTCGAACGACATCAAAACTGTGAAACGCAAAA
GAACCTGAAGGATGCGGGAGGAAGTAGAAGGAATGGTTAAGCTTTTATGTGTATTTAATA
ACTGAGATGGAGGAGCTTTAAGTGATGTAAAATAATGGAGTTACTTATATACTCTCGGTA
TCCCCCAGACTTAGCTCTTCAGCTTGTGTCTTTGAATATTTTTCTTTGGAAGATTTCGAA
CAGCCAAATAAGCTAGTATGTTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU90TF U 1
AF RR3EU90JQ C 226
BS 1 639 RR3EU90TF
BS 640 640 RR3EU90JQ
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CACTGGAAATGGAGATTCAAGAGCTGAAAGGGAAATTACAAGTGATGAAGCATTTGGGGG
ATGATGATGACGAGGCGGTCAATCAGAAAATGAAGGAGATGAATGATGAGCTGGAGGATA
AGAAGTCTGAGTTAGAAGGGCTGGAGCAGATGAACTCAGCCCTGATGACAAAAGAGCGTC
AAAGCAATGATGAGATACAAGCAGCACGGAAAAAACTCATTGCGGGTTTGACAGGGTTGT
TGGGTGCTGAAACTGATATCGGGGTCAAGAGGATGGGAGAACTTGATGAGAAGCCCTTCC
TGAATGTTTGCAAGAAGAGATTTTCGGAAGATGAAGCTACGGTCGAAGCTGCCACCCTTT
GCTCTACATGGCAAGAGAACCTCAAGGACTCCTCGTGGCAACCGTTCAAACGTGAAGGAA
CCGGGGACAAAGCAAAGGAAGTGGTAGACGAAGATGATGAGCAGCTGAAGAAGCTTAGAG
GAGAGTGGGGAGAAGAGGTGCATAACGCTGTTAAAACAGCTCTCGAGGAGATGAATGAGT
ATAATGCCAGTGGTCGATACACCACCCCAGAACTTTGGA*CTTCAAAGAAG*TAGGAAAG
CAACACTGAAG*AAGTGATTAACTTCATTTCGAACGACATCAAA
CTGTGAACGCAAAGACCT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3EU90JQ 701 0 0
TGAC
AAAAGAGCGTCAAAGCAATGATGAGATACAAGCAGCACGGAAAAAACTCATTGCGGGTTT
GACAGGGTTGTTGGGTGCTGAAACTGATATCGGGGTCAAGAGGATGGGAGAACTTGATGA
GAAGCCCTTCCTGAATGTTTGCAAGAAGAGATTTTCGGAAGATGAAGCTACGGTCGAAGC
TGCCACCCTTTGCTCTACATGGCAAGAGAACCTCAAGGACTCCTCGTGGCAACCGTTCAA
ACGTGAAGGAACCGGGGACAAAGCAAAGGAAGTGGTAGACGAAGATGATGAGCAGCTGAA
GAAGCTTAGAGGAGAGTGGGGAGAAGAGGTGCATAACGCTGTTAAAACAGCTCTCGAGGA
GATGAATGAGTATAATGCCAGTGGTCGATACACCACCCCAGAACTTTGGAACTTCAAAGA
AGGTAGGAAAGCAACACTGAAGGAAGTGATTAACTTCATTTCGAACGACATCAAAACTGT
GAAACGCAAAAGAACCTGAAGGATGCGGGAGGAAGTAGAAGGAATGGTTAAGCTTTTATG
TGTATTTAATAACTGAGATGGAGGAGCTTTAAGTGATGTAAAATAATGGAGTTACTTATA
TACTCTCGGTATCCCCCAGACTTAGCTCTTCAGCTTGTGTCTTTGAATATTTTTCTTTGG
AAGATTTCGAACAGCCAAATAAGCTAGTATGTTCTGC

QA 5 701 5 701
DS 



AS 1 4

CO CL2763Contig1 919 4 8 U
GGATCGTAGTAATTCTCTCTCTCTTAACTGCTCTGCCTTCTCTCTATCTTCTGAAAGTTT
TTTCTGGTTTCAATATTAGTCGGCTCCGGTGGCTTCCTTAGCACCGGAGCTGATTCTCTT
TTTCTGTGTTTAGTTCTCTGTATTTAGATCCCAGCTTTTGGCGGTGTTTCATTTGATCAT
GTGTTGAAGTCTTAAAACCAGATCTCATGTTCTGGTTGAACTCTGAGAAGTCTCTTTACT
TCTCTCTGGTCTCGTTGGATGGTACTAGTGTCTTCAACATATGATCAGTTATGATTCGTT
GGATCCATAACTTGCATGCAAGTCGATTGCTTTATTCCGGTGTTCATCGTTTCGTCTTCA
AACTGACTCTCAGCCTTAATTGTTCCATTGGATCCGTTCTAGGCTCGATCCATTTCTAGT
CTCATCCTTGTGACTAGCTATGGCTGGTTCGGTTCGACTCGCTCTTTGTCTTTTACCCTG
AGATTTGACCAGGATCTCGTCACTTCCGTTGCTTCTCGGCGTTCTGTGGTCGTTCTTAGT
CGACTTCGTCTTGCCGGAATAATATTTCCGGTCTTTGAAGCCCTGTGCTACCTTTGCTTG
TGCTATTCACTATAAGGGGAGTCAGTCATCTTCAAGGATTTGATGACCTTCTGTCTTTGG
CTTTCAAGGTTTTGTCTGTTTTGAAGACTTTAATGATGATCTTGCTATGTTTTGTAAGCG
TTCTTGAGTTTTAGAATTGGATCCATCTTCCGCTTGTCTCTATTGTAATGTGTTGTTTAT
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CCAGCGTCACTTATGTGTGCTGCTGGCTTTGTATCTCACCCTTGTAGTTTTCTTTGTCTG
AATGAATATAGTGTTTAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GE88TF U 1
AF RR3GE88JQ C 616
AF RR3B207JQ C 275
AF RR3B207TF U 139
BS 1 150 RR3GE88TF
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TTTCTGGTTTCAATATTAGTCGGCTCCGGTGGCTTCCTTAGCACCGGAGCTGATTCTCTT
TTTCTGTGTTTAGTTCTCTGTATTTAGATCTCAGCTTTTGGCGGTGTTTCATTTGATCAT
GTGTTGAAGTCTTAAAACCAGATCTCATGTTCTGGTTGAACTCTGAGAAGTCTCTTTACT
TCTCTCTGGTCTCGTTGGATGGTACTAGTGTCTTCAACATATGATCAGTTATGATTCGTT
GGATCCATAACTTGCATGCAAGTCGATTGCTTTATTCCGGTGTTCATCGTTTCGTCTTCA
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CTCATCCTTGTGACTAGCTATGGCTGGTTCGGTTC*ACTCGCTCCTTGTCTTTTACCCTG
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CGACTTCGTCTTGCCGGAATAATATTTCCGGTCTTTGAAGCCCTGTGCTACCTTTGCTTG
TGCTATTCACT

QA 1 611 1 611
DS 

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CTGTTTTGAAGACTTTAATGATGATCTTGCTATGTTTTGTAAGCGTTCTTGAGTTTTAGA
ATTGGATCCATCTTCCGCTTGTCTCTATTGAAATGTGTTGTTTATGTCGTTTCCCTTTGT
TAGGGCTTTACTTCTGGAAAACATGTAGT

QA 1 209 1 209
DS 

RD RR3B207JQ 620 0 0
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TTCCGGTGTTCATCGTTTCGTCTTCAAACTGACTCTCAGCCTTAATTGTTCCATTGGATC
CGTTCTAGGCTCGATCCATTTCTAGTCTCATCCTTGTGACTAGCTATGGCTGGTTCGGTT
CGACTCGCTCTTTGTCTTTTACCCTGAGATTTGACCAGGATCTCGTCACTTCCGTTGCTT
CTCGGCGTTCTGTGGTCGTTTTTAGTCGACTTCGTCTTGCCGGAATAATATTTCCGGTCT
TTGAAGCCCTGTGCTACCTTTGCTTGTGCTATTCACTATAAGGGGAGTCAGTCATCTTCA
AGGATTTGATGACCTTCTGTTTTTGGCTTTCAAGGTTTTGTTTGTTTTGAAGACTTTAAT
GATGATCTTGCTATGTTTTGTAAGCGTTCTTGAGTTTTAGAATTGGATCCATCTTCCGCT
TGTCTCTATTGTAATGTGTTGTTTATGTCGTTTCCCTTTGTTAGGGCTTTACTTTTGGAA
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CTCACCCTTGTAGTTTTCTT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3B207TF 781 0 0
G
GTATTTAGATCCCAGCTTTTGGCGGTGTTTCATTTGATCATGTGTTGAAGTCTTAAAACC
AGATCTCATGTTCTGGTTGAACTCTGAGAAGTCTCTTTACTTCTCTCTGGTCTCGTTGGA
TGGTACTAGTGTCTTCAACATATGATCAGTTATGATTCGTTGGATCCATAACTTGCATGC
AAGTCGATTGCTTTATTCCGGTGTTCATCGTTTCGTCTTCAAACTGACTCTCAGCCTTAA
TTGTTCCATTGGATCCGTTCTAGGCTCGATCCATTTCTAGTCTCATCCTTGTGACTAGCT
ATGGCTGGTTCGGTTCGACTCGCTCTTTGTCTTTTACCCTGAGATTTGACCAGGATCTCG
TCACTTCCGTTGCTTCTCGGCGTTCTGTGGTCGTTCTTAGTCGACTTCGTCTTGCCGGAA
TAATATTTCCGGTCTTTGAAGCCCTGTGCTACCTTTGCTTGTGCTATTCACTATAAGGGG
AGTCAGTCATCTTCAAGGATTTGATGACCTTCTGTCTTTGGCTTTCAAGGTTTTGTCTGT
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GATCCATCTTCCGCTTGTCTCTATTGTAATGTGTTGTTTATGTCGTTTCCCTTTGTTAGG
GCTTTACTTCTGGAAAACATGTAGTTTGTCCAGCTTTGTTTCCAGCGTCACTTATGTGTG
CTGCTGGCTTTGTATCTCACCCTTGTAGTTTTCTTTGTCTGAATGAATATAGTGTTTAAA

QA 2 781 2 781
DS 



AS 1 4

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AATGGATCAAGCTTCGTCTTCATCGAATGTTAAGGATCATGTGGGCGTCGATGATAACGA
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TAAAACCACTGGAGAACTTTACGCTCAGGCCTTTCTCCGAGATGGTGAGCTTCATCCAGT
AGAAGCTGTAATCGACAGTAGCAGATATTTTGTTCTCCGTGTGGAAGAAAACATAGGTGG
TCGTGCTCGTCATGCTTTTATTGGACTCGGATTCAGGGAGAGAACTGAAGCATATGATTT
CCAAGCAGCACTACATGACCACATGAAGTACTTGAACAAGAAGAAAACAGCAGAAGAGAT
GGAACAACACTTTCAGCACACTTCATCTGTTGATTACAGCTTAAAGGAAGGAGAAACCAT
TGTTCTCCAACTCAAAAATATGAGCGAGAAGGACACAAAGTCTAAGGTTGTAGAGAAGAG
TCTGACCAATCTCTCTTTGGAGGATAAGGGAAAGTCTATAGAAACCACCATTCCTCCAAT
CATCCCTCCGCCTCCACCTCCTGGACCGCTTTCTCCTGCCACAACAGCACAGAAGTCCCC
ATCAAGCCTCAGCTTCCAAAGATCATCTGAACAACAAGATCTAGATACAAAGCGAGAAGA
AGTAGAGAAGAAAGAAGACCAAGAAGCTACAGAAACGGGGGTTGAAGATGCACCAGATGA
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GAAAGCATCGTTTTATATAAGTAATGTGACTGATCAAAGTTTGGATTGTTTGCTTTTGAG
AGAGAGAGAAGTCCACCTCCTGTACAATTGCTTACAAAGACTATTTTTCTGAACTTGTGA
TTAGATAGTTAAACTTTGAAGTCTTTTCATTCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AH83TF U 1
AF RR3AF09TF U 33
AF RR3AH83JQ C 459
AF RR3AF09JQ C 433
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DS 

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QA 10 823 10 823
DS 

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C

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3AF09JQ 744 0 0
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TGCTTTTATTGGACTCGGATTCAGGGAGAGAACTGAAGCATATGATTTCCAAGCAGCACT
ACATGACCACATGAAGTACTTGAACAAGAAGAAAACAGCAGAAGAGATGGAACAACACTT
TCAGCACACTTCATCTGTTGATTACAGCTTAAAGGAAGAAGAAACCATTGTTTTCCAACT
CAAAAATATGAGCGAGAAGGACACAAAGTTTAAGGTTGTAGAGAAGAGTCTGACCAATCT
CTCTTTGGAGGATAAGGGAAAGTCTATAGAAACCACCATTCCTCCAATCATCCCTCCGCC
TCCACCTCCTGGACCGCTTTCTCCTGCCACAACAGCACAGAAGTCCCCATCAAGCCTCAG
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AGAAGACCAAGAAGCTACAGAAACGGGGGTTGAAGATGCACCAGATGATGACTTTGGAGA
TTTCCAAGCCGCTGGCTGATTTAGCCATTAAGTATTGTTTACCATACAGAAAGCATCGTT
TTATATAAGTAATGTGACTGATCAAAGTTTGGATTGTTTGCTTTTGAGAGAGAGAGAAGT
CCACCTCCTGTACAATTGCTTACAAAGACTATTTTTCTGAACTTGTGATTAGATAGTTAA
ACTTTGAAGTCTTTTCATTCATCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 3

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GTCTGTATCTTTGTCATTCTTATCGCAGATCTCGAGGAAAGTTTACTCATCGATTCGAAG
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TTTGATTACTTGTTCAAAGTGTTGTTGATCGGAGATTCTGGTGTTGGGAAAAGCTCTCTC
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AAGGTTAAGTATCTTACCATTGGAGACAAGAAACTCAAGCTTGCCATTTGGGATACAGCT
GGGCAAGAGAGGTTTAGGACGCTAACAAGTTCATATTACAGAGGAGCACAGGGCATAATA
ATGGTGTATGATGTGACGCGACGAGACACATTCACAAATCTATCAGATATATGGGCCAAG
GAAATCGACCTGTACTCCACTAATCAGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGGAACAAAGTC
GACAAGGAGAGTGAAAGAGCTGTCTCTAAAAAAGAAGGCATAGACTTTGCTCGGCAGTAC
GGATGTTTGTTTCTCGAGTGCAGTGCAAAGACTCGTGTCAACGTTGAGCAATGTTTCGAA
GAGCTTGTTCTTAAGATTTTGGAAACGCCTAGTCTTACTGCTGAAGGTTCGTCTGGAGGG
AAGAAGAACATCTTCAAACAGAACCCAGCACAAACAAGCAGTGCTTCATCGAGCTACTGC
TGCTCTTCTTAGACATGGCTTTTACGGTTTATGACGCAAAGTACACTCTTGTTTGTTTCT
TGTTCTCGGTTTCTCTGTTTCCCAAAAATACTGTAAGCATCTTGGATGTAAAAATCTTAA
CCTTGATTTCAAAGTTGTGTTCCCTGTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ27TF U 1
AF RR3CS65TF U 40
AF RR3GZ27JQ C 150
BS 1 149 RR3GZ27TF
BS 150 150 RR3CS65TF
BS 151 702 RR3GZ27TF
BS 703 706 RR3CS65TF
BS 707 707 RR3GZ27JQ
BS 708 721 RR3CS65TF
BS 722 931 RR3GZ27JQ

RD RR3GZ27TF 702 0 0
GGATCTCTCTCTTTCCCTGTTTCTGAGATTTTCTTCGGCTTTTTTTTCCCCTGTCTGTCC
GTCTGTATCTTTGTCATTCTTATCGCAGATCTCGAGGAAAGTTTACTCATCGATTCGAAG
TTTGTGCTTGTTTGATTGATTGTTTTTTT*GCGATGGGTACGTCGTCGGGGCAAGCAGAA
TTTGATTACTTGTTCAAAGTGTTGTTGATCGGAGATTCTGGTGTTGGGAAAAGCTCTCTC
TTGTTGAGTTTCACATCTAATACCTTTGATGATCTGTCTCCCACTATCGGTGTGGATTTT
AAGGTTAAGTATCTTACCATTGGAGACAAGAAACTCAAGCTTGCCATTTGGGATACAGCT
GGGCAAGAGAGGTTTAGGACGCTAACAAGTTCATATTACAGAGGAGCACAGGGCATAATA
ATGGTGTATGATGTGACGCGACGAGACACATTCACAAATCTATCAGATATATGGGCCAAG
GAAATCGACCTGTACTCCACTAATCAGGATTGCATCAAGATGCTTGTTGGGAACAAAGTC
GACAAGGAGAGTGAAAGAGCTGTCTCTAAAAAAGAAGGCATAGACTTTGCTCGGCAGTAC
GGATGTTTGTTTCTCGAGTGCAGTGCAAAGACTCGTGTCAACGTTGAGCAATGTTTCGAA
GAGCTTGTTCTTAAGATTTTGGAAACGCCTAGTCTTACTGCT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3CS65TF 683 0 0
TTTTTTTTCCCCTGTCTGTCCGTCTGTATCTTTGTCATTCTTATCGCAGATCTCGAGGAA
AGTTTACTCATCGATTCGAAGTTTGTGTTTGTTTGATTGATTGTTTTTTTTGCGATGGGT
ACGTCGTCGGGGCAAGCAGAATTTGATTACTTGTTCAAAGTGTTGTTGATCGGAGATTCT
GGTGTTGGGAAAAGCTCTCTCTTGTTGAGTTTCACATCTAATACCTTTGATGATCTGTCT
CCCACTATCGGTGTGGATTTTAAGGTTAAGTATCTTACCATTGGAGGCAAGAAACTCAAG
CTTGCCATTTGGGATACAGCTGGGCAAGAGAGGTTTAGGACGCTAACAAGTTCATATTAC
AGAGGAGCACAGGGCATAATAATGGTGTATGATGTGACACGACGAGACACATTCACAAAT
CTATCAGATATATGGGCCAAGGAAATCGACCTGTACTCCACTAATCAGGATTGCATCAAG
ATGCTTGTTGGGAACAAAGTCGACAAGGAGAGTGAAAGAGCTGTCTCTAAAAAAGAAGGC
ATAGACTTTGCTCGGCAGTACGGATGTTTGTTTCTCGAGTGCAGTGCAAAGACTCGTGTC
AACGTTGAGCAATGTTTCGAAGAGCTTGTTCTTAAGATTTTGGAAACGCCTAGTCTTACT
GCTGAAG*TTCGTCTGGAGGGA
G

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3GZ27JQ 782 0 0
TGCGATGGGTACGTCGTCGGGGCAAGCAGAATTTGATTACTTGTTCAAAGTGTTGTTGAT
CGGAGATTCTGGTGTTGGGAAAAGCTCTCTCTTGTTGAGTTTCACATCTAATACCTTTGA
TGATCTGTCTCCCACTATCGGTGTGGATTTTAAGGTTAAGTATCTTACCATTGGAGACAA
GAAACTCAAGCTTGCCATTTGGGATACAGCTGGGCAAGAGAGGTTTAGGACGCTAACAAG
TTCATATTACAGAGGAGCACAGGGCATAATAATGGTGTATGATGTGACGCGACGAGACAC
ATTCACAAATCTATCAGATATATGGGCCAAGGAAATCGACCTGTACTCCACTAATCAGGA
TTGCATCAAGATGCTTGTTGGGAACAAAGTCGACAAGGAGAGTGAAAGAGCTGTCTCTAA
AAAAGAAGGCATAGACTTTGCTCGGCAGTACGGATGTTTGTTTCTCGAGTGCAGTGCAAA
GACTCGTGTCAACGTTGAGCAATGTTTCGAAGAGCTTGTTCTTAAGATTTTGGAAACGCC
TAGTCTTACTGCTGAAGGTTCGTCTGGAGGGAAGAAGAACATCTTCAAACAGAACCCAGC
ACAAACAAGCAGTGCTTCATCGAGCTACTGCTGCTCTTCTTAGACATGGCTTTTACGGTT
TATGACGCAAAGTACACTCTTGTTTGTTTCTTGTTCTCGGTTTCTCTGTTTCCCAAAAAT
ACTGTAAGCATCTTGGATGTAAAAATCTTAACCTTGATTTCAAAGTTGTGTTCCCTGTTT
TT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 4

CO CL2766Contig1 665 4 8 U
GGCTCCATTGCTCTCTCAAGAAACAAGAAAAAGCAAAAATGATGTCATCAATGGCACTCC
ACTCATCTGCTTCCCTCTGCTCTTCTTTCATCTCTCAACATCCAAAACTCTCCACCAAAG
CTTCTCCCTCGTTCCTTAACCAATCCACCAAACCCATCTCTCTAAACCGGAGAACCGTGG
TGGCTCTTGCAGCTCCAGAGACCCTCACATCTGAACCAGTCACCGGCATTGATACTTCCG
ACACTCCACAGCCAAAACAGGTGAAGAATCAACAAGATGAGAAGGCAAGAGTGGTTCTCA
AGTTTGTGTGGATGGAGAAGAACATAGGATTAGGATTGGACCAGCATGCTCCTGGACATG
GCACAATCCCACTGAGTCCTTACTTCTTCTGGCCAAGAAAAGATGCTTGGGAAGAGCTCA
AGACTACTCTTGAAGCCAAGCCATGGATCTCTCAGAAGAAGATGATTATTCTCCTTAATC
AAGCCACTGACATCATCAATCTCTGGCAACAAAGTGGCGGCAACTTAACTTCCCAATAAT
CTCTCCTCTTTTTTTATTTTATTTTGCAATTCAAGAACTCAACCCATTTTTCCTCCATTG
TCTTATTGATATTTTGCTACTCGGAGTTATTTGTTACAATCATATATCTAAACAATACCT
CCCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 

AF RR3GJ37JQ C 139
AF RR3GJ37TF U 5
AF RR3GT42TF U 1
AF RR3GT42JQ C 215
BS 1 24 RR3GT42TF
BS 25 25 RR3GJ37TF
BS 26 102 RR3GT42TF
BS 103 103 RR3GJ37TF
BS 104 227 RR3GT42TF
BS 228 228 RR3GJ37TF
BS 229 663 RR3GT42TF
BS 664 665 RR3GT42JQ

RD RR3GJ37JQ 460 0 0
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AGGTGAAGAATCAACAAGATGAGAAGGCAAGAGTGGTTCTCAAGTTTGTGTGGATGGAGA
AGAACATAGGATTAGGATTGGACCAGCATGCTCCTGGACATGGCACAATCCCACTGAGTC
CTTACTTCTTCTGGCCAAGAAAAGATGCTTGGGAAGAGCTCAAGACTACTCTTGAAGCCA
AGCCATGGATCTCTCAGAAGAAGATGATTATTCTCCTTAATCAAGCCACTGACATCATCA
ATCTCTGGCAACAAAGTGGCGGCAACTTAACTTCCCAATAATCTCTCCTCTTTTTTTATT
TTATTTTGCAATTCAAGAACTCAACTCATTTTTCCTCCAT

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR3GJ37TF 633 0 0
GG
ATTGCTCTCTCAAGAAACAAGAAAAAGCAAAAATGATT**ATCAATGGCACTCCACTCAT
CTGCTTCCCTCTGCTCTTCTTTCATCTCTCAACATCCAAAACTCTCCACCAAAGCTTCTC
CCTCGTTCCTTAACCAATCCACCAAACCCATCTCTCTAAACCGGAGAACCGTGGTGGCTC
TTGCAGCTCCAGAGACCCTCACATCTGAACCAGTCACCGGCATTGATACTTCCGACACTC
CACAGCCAAAACAGGTGAAGAATCAACAAGATGAGAAGGCAAGAGTGGTTCTCAAGTTTG
TGTGGATGGAGAAGAACATAGGATTAGGATTGGACCAGCATGCTCCTGGACATGGCACAA
TCCCACTGAGTCCTTACTTCTTCTGGCCAAGAAAAGATGCTTGGGAAGAGCTCAAGACTA
CTCTTGAAGCCAAGCCATGGATCTCTCAGAAGAAGATGATTATTCTCCTTAATCAAGCCA
CTGACATCATCAATCTCTGGCAACAAAGTGGCGGCAACTTAACTTCCCAATAATCTCTCC
TCTTTTTTTATTTTATTTTGCAATTCAAGAACTCAACTCATTTTTCCTCCATTGTCTTAT
TGATATTTTGCTACTCGGAGTTATTTGTT
GC

QA 3 631 3 631
DS 

RD RR3GT42TF 663 0 0
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ACTCATCTGCTTCCCTCTGCTCTTCTTTCATCTCTCAACATCTAAAACTCTCCACCAAAG
CTTCTCCCTCGTTCCTTAACCAATCCACCAAACCCATCTCTCTAAACCGGAGAACCGTGG
TGGCTCTTGCAGCTCCAGAGACCCTCACATCTGAACCAGTCACCGGCTTTGATACTTCCG
ACACTCCACAGCCAAAACAGGTGAAGAATCAACAAGATGAGAAGGCAAGAGTGGTTCTCA
AGTTTGTGTGGATGGAGAAGAACATAGGATTAGGATTGGACCAGCATGCTCCTGGACATG
GCACAATCCCACTGAGTCCTTACTTCTTCTGGCCAAGAAAAGATGCTTGGGAAGAGCTCA
AGACTACTCTTGAAGCCAAGCCATGGATCTCTCAGAAGAAGATGATTATTCTCCTTAATC
AAGCCACTGACATCATCAATCTCTGGCAACAAAGTGGCGGCAACTTAACTTCCCAATAAT
CTCTCCTCTTTTTTTATTTTATTTTGCAATTCAAGAACTCAACCCATTTTTCCTCCATTG
TCTTATTGATATTTTGCTACTCGGAGTTATTTGTTACAATCATATATCTAAACAATACCT
CCC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3GT42JQ 451 0 0
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AGATGAGAAGGCAAGAGTGGTTTTCAAGTTTGTGTGGATGGAGAAGAACATAGGATTAGG
ATTGGACCAGCATGTTCCTGGACATGGCACAATCCCACTGAGTCCTTACTTTTTCTGGCC
AAGAAAAGATGCTTGGGAAGAGCTCAAGACTATTCTTGAAGCCAAGCCATGGATTTTTCA
GAAGAAGATGATTATTTTCCTTAATCAAGCCACTGACATCATCAATTTCTGGCAACAAAG
TGGGGGCAACTTAACTTCCCAATAATCTTTCCTCTTTTTTTATTTTATTTTGCAATTCAA
GAACTCAACCCATTTTTCCTCCATTGTCTTATTGATATTTTGCTACTCGGAGTTATTTGT
TACAATCATATATCTAAACAATACCTCCCAT

QA 1 451 1 451
DS 



AS 1 4

CO CL2767Contig1 998 4 3 U
AGACCATCAACCACTTTAAAACTTTCTAAGCCAGAGACTGAAGAACTCCAATTTTCTTTC
TAAGTTTCTCAAAGCAACTAATAATGAAATGGCTTTTTGGTCTGCTGAGAATGCTACTAA
AGCCTACCTTACTACATTGAAAACGGATCAGAGAACAAAAGAACCAAACGTGGCTGAATT
CATATCAGCTATAGCCGCCGGAAATAACGCAAGAAAGATCGCCGTCGCTTGTGCCGGAGC
AGCAAACGCTGAGATACTCGTTGCCCTAATCGCTGCGGCTAATCAAACGCGTGGTCAAGT
GGTATGTGTTTTAAGTGGCATCGAAGAACTAATTATATCCAAGAAAATGTTGGAACCATC
AGAGATTCATCACATACAATTCGTAGTCGGAGAATCTAACGACGATACTCTAATTAATGA
TCATTTTGGAGAAGCCGATTTCGTTCTAGTCGATTGTAACCTCGAGAACCACCAAAATAT
TGTTAGAAAGATTGTTAATCACCATGAGGAAAATGCAAGAACAGGCGGTGGAAGCGGTGT
GGCTGTTGTGGTGGGTTATAACGCGTTTTCGAGGGGATCTTGGAGGTTTAGCGATAGGAG
GAAAACGCAGTTTTTACCTATAGGTGCAGGGTTGCTGGTGACGAGGGTCAACGATAATGG
TAGTTATAACCATAAGACGATGAATAAAAACAACGATCATCATCATCATCACCATGACCA
CGTGAGAAAGAGCCGTTGGGTAGTGAAAGTTGACAAGTGCACAGGAGAGGAGCATGTGTT
TAGAGTTAGGGCTCCACGAGGAGAAGCCACTATTGGAGCTTAATTGAAAATTTAGATATC
ATTGGGTACTTTAGAGCAAAAGTCACCTCTGTAATGGTTCAGACGAGTGAGACTAGTATG
AAGATTAGCTATTCTGTATAAGTAATTAAAAAGAGTTTTGATTAGTATTGGAGTGTTATG
TTTGTATGAATAGAAAATGTGCGTTTCATTTTCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EG10TF U 1
AF RR3EG10JQ C 238
AF RR3D626TF U 541
AF RR3D626JQ C 611
BS 1 491 RR3EG10TF
BS 492 540 RR3EG10JQ
BS 541 998 RR3D626TF

RD RR3EG10TF 491 0 0
AGACCATCAACCACTTTAAAACTTTCTAAGCCAGAGACTGAAGAACTCCAATTTTCTTTC
TAAGTTTCTCAAAGCAACTAATAATGAAATGGCTTTTTGGTCTGCTGAGAATGCTACTAA
AGCCTACCTTACTACATTGAAAACGGATCAGAGAACAAAAGAACCAAACGTGGCTGAATT
CATATCAGCTATAGCCGCCGGAAATAACGCAAGAAAGATCGCCGTCGCTTGTGCCGGAGC
AGCAAACGCTGAGATACTCGTTGCCCTAATCGCTGCGGCTAATCAAACGCGTGGTCAAGT
GGTATGTGTTTTAAGTGGCATCGAAGAACTAATTATATCCAAGAAAATGTTGGAACCATC
AGAGATTCATCACATACAATTCGTAGTCGGAGAATCTAACGACGATACTCTAATTAATGA
TCATTTTGGAGAAGCCGATTTCGTTCTAGTCGATTGTAACCTCGAGAACCACCAAAATAT
TGTTAGAAAGA

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR3EG10JQ 680 0 0
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AGTGGTATGTGTTTTAAGTGGCATCGAAGAACTAATTATATCCAAGAAAATGTTGGAACC
ATCAGAGATTCATCACATACAATTCGTAGTCGGAGAATCTAACGACGATACTCTAATTAA
TGATCATTTTGGAGAAGCCGATTTCGTTTTAGTCGATTGTAACCTCGAGAACCACCAAAA
TATTGTTAGAAAGATTGTTAATCACCATGAGGAAAATGCAAGAACAGGCGGTGGAAGCGG
TGTGGCTGTTGTGGTGGGTTATAACGCGTTTTCGAGGGGATCTTGTAGGTTTAGCGATAG
GAGGAAAACGCAGTTTTTACCTATAGGTGCAGGGTTGCTGGTGACGAGGGTCAACGATAA
TGGTAGTTATAACCATAAGACGATGAATAAAAACAACGATCATCATCATCATCACCATGA
CCACGTGAGAAAGAGCCGTTGGGTAGTGAAAGTTGACAAGTGCACAGGAGAGGAGCATGT
GTTTAGAGTTAGGGCTCCACGAGGAGAAGCCACTATTGGAGCTTAATTGAAAATTTAGAT
ATCATTGGGTACTTTAGAGCAAAAGTCACCTCTGTAATGGTTCAGACGAGTGAGACTAGT
ATGAAGATTAGCTATTCTGT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3D626TF 458 0 0
GGCTGTTGTGGTGGGTTATAACGCGTTTTCGAGGGGATCTTGGAGGTTTAGCGATAGGAG
GAAAACGCAGTTTTTACCTATAGGTGCAGGGTTGCTGGTGACGAGGGTCAACGATAATGG
TAGTTATAACCATAAGACGATGAATAAAAACAACGATCATCATCATCATCACCATGACCA
CGTGAGAAAGAGCCGTTGGGTAGTGAAAGTTGACAAGTGCACAGGAGAGGAGCATGTGTT
TAGAGTTAGGGCTCCACGAGGAGAAGCCACTATTGGAGCTTAATTGAAAATTTAGATATC
ATTGGGTACTTTAGAGCAAAAGTCACCTCTGTAATGGTTCAGACGAGTGAGACTAGTATG
AAGATTAGCTATTCTGTATAAGTAATTAAAAAGAGTTTTGATTAGTATTGGAGTGTTATG
TTTGTATGAATAGAAAATGTGCGTTTCATTTTCTTCCC

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR3D626JQ 388 0 0
TTTTTACCTATAGGTGCAGGGTTGCTGGTGACGAGGGTCAACGATAATGGTAGTTATAAC
CATAAGACGATGAATAAAAACAACGATCATCATCATCATCACCATGACCACGTGAGAAAG
AGCCGTTGGGTAGTGAAAGTTGACAAGTGCACAGGAGAGGAGCATGTGTTTAGAGTTAGG
GCTCCACGAGGAGAAGCCACTATTGGAGCTTAATTGAAAATTTAGATATCATTGGGTACT
TTAGAGCAAAAGTCACCTCTGTAATGGTTCAGACGAGTGAGACTAGTATGAAGATTAGCT
ATTCTGTATAAGTAATTAAAAAGAGTTTTGATTAGTATTGGAGTGTTATGTTTGTATGAA
TAGAAAATGTGCGTTTCATTTTCTTCCC

QA 1 388 1 388
DS 



AS 1 3

CO CL2768Contig1 785 3 4 U
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TTGTTTACATTATTTGTGGAAGAAATTGATCAAGCCTACATTATTAATATTGCAAAAGTT
TTCCTTTTCGTAAGATAAAAAGATTACCAATAATATACTAATAAAGATACTTATTAATCA
GATAAAATGGAGGTATTTCTTTACAAGTTTTCTGTTTGATATTTCATAAGCTCTCTGACT
GGGATGGATACCGTCCCAAAACAGATAAGAAGATGTATTGGGACATATTTTTGATGTCCT
CTTTTTGCAGAATACACCTCCTTTCAGCAATCCTGTTTTGCAACACCGTTTCTTTATCTC
CTCAAACCCATAGTCTTCAGGGCTTTCTAGCATCTTACTGAAGATAGAGTAAATGTCTCC
GTAAACAATTGTAGAATTTGGTAGGGTTCTGGACAGTTGACCCAAACTAATTGAGAGCTT
AGCATTGAAAAGCTGAGCAGCATAATTTAGATCTTCATTACATTTTTTTTTCCTTTTAAC
TCTCTGTGAAGGTGTACATCCAAGTGGTGGTGTTCCGACCACTCCTATACGTCTTGTTCC
AAATCCATACAGTTGCAAAACGAAACTGGCAGCAGAATCAGCCATCATGGTGGTAAAAGA
GTCGACGTCATTTCTGAGGCGTTGAGCACGACTTCCAAAATATGTATAAACTAGATCATT
GCTTCCTGCGACCACAATGGCTGCTCCTTTGCTCACTATATGTTTAGTCTTCTTTTTTCC
TACTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3DE22JQ U 1
AF RR3ET43JQ U 13
AF RR3DE22TF C 121
BS 1 92 RR3DE22JQ
BS 93 93 RR3ET43JQ
BS 94 660 RR3DE22JQ
BS 661 785 RR3DE22TF

RD RR3DE22JQ 660 0 0
GGCTGGATCGTTGAGGAATTTGTTTACAAAAACCAAAAGTTTACATGACTATCTCAGATC
TTGTTTACATTATTTGTGGAAGAAATTGATCATGCCTACATTATTAATATTGCAAAAGTT
TTCCTTTTCGTAAGATAAAAAGATTACCAATAATATACTAATAAAGATACTTATTAATCA
GATAAAATGGAGGTATTTCTTTACAAGTTTTCTGTTTGATATTTCATAAGCTCTCTGACT
GGGATGGATACCGTCCCAAAACAGATAAGAAGATGTATTGGGACATATTTTTGATGTCCT
CTTTTTGCAGAATACACCTCCTTTCAGCAATCCTGTTTTGCAACACCGTTTCTTTATCTC
CTCAAACCCATAGTCTTCAGGGCTTTCTAGCATCTTACTGAAGATAGAGTAAATGTCTCC
GTAAACAATTGTAGAATTTGGTAGGGTTCTGGACAGTTGACCCAAACTAATTGAGAGCTT
AGCATTGAAAAGCTGAGCAGCATAATTTAGATCTTCATTACATTTTTTTTTCCTTTTAAC
TCTCTGTGAAGGTGTACATCCAAGTGGTGGTGTTCCGACCACTCCTATACGTCTTGTTCC
AAATCCATACAGTTGCAAAACGAAACTGGCAGCAGAATCAGCCATCATGGTGGTAAAAGA

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3ET43JQ 625 0 0
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TTTGTGGAAGAAATTGATCGAGCCTACATTATTAATATTGCAAAAGTTTTCCTTTTCGTA
AGATAAAAAGATTACCAATAATATACTAATAAAGATACTTATTAATCAGATAAAATGGAG
GTATTTCTTTACAAGTTTTCTGTTTGATATTTCATAAGCTCTCTGACTGGGATGGATACC
GTCCCAAAACAGATAAGAAGATGTATTGGGACATATTTTTGATGTCCTCTTTTTGCAGAA
TACACCTCCTTTCAGCAATCCTGTTTTGCAACACGGTTTCTTTATCTCCTCAAACCCATA
GTATTCAGGGCTTTCTAGCATCTTACTGAAGATAGAGTAAATGTCTCCGTAAACAATTGT
AGAATTTGGTAGGGTTCTGGACAGTTGACCCAAACTAATTGAGAGCTTAGCATTGAAAAG
CTGAGCAGCATAATTTAGATCTTCATTACATTTTTTTTTCCTTTTAACTCTCTGTGAAGG
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TTGCAAAGCGAAACTGGCAGCAGAA

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3DE22TF 665 0 0
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GATAAAATGGAGGTATTTCTTTACAAGTTTTCTGTTTGATATTTCATAAGCTCTCTGACT
GGGATGGATACCGTCCCAAAACAGATAAGAAGATGTATTGGGACATATTTTTGATGTCCT
CTTTTTGCAGAATACACCTCCTTTCAGCAATCCTGTTTTGCAACACCGTTTCTTTATCTC
CTCAAACCCATAGTCTTCAGGGCTTTCTAGCATCTTACTGAAGATAGAGTAGATGTCTCC
GTAAACAATTGTAGAATTTGGTAGGGTTCTGGACAGTTGACCCAAACTAATTGAGAGCTT
AGCATTGAAAAGCTGAGCAGCATAATTTAGATCTTCATTACATTTTTTTTTCCTTTTAAC
TCTCTGTGAAGGTGTACATCCAAGTGGTGGTGTTCCGACCACTCCTATACGTCTTGTTCC
AAATCCATACAGTTGCAAAACGAAACTGGCAGCAGAATCAGCCATCATGGTGGTAAAAGA
GTCGACGTCATTTCTGAGGCGTTGAGCACGACTTCCAAAATATGTATAAACTAGATCATT
GCTTCCTGCGACCACAATGGCTGCTCCTTTGCTCACTATATGTTTAGTCTTCTTTTTTCC
TACTA

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 4

CO CL2769Contig1 932 4 6 U
GGAAAACCATTTTGATATTCACGACAAGCTCCGGTTGTTCGGTTAGGGTTCCTCGCCGAA
CACACATCCATCCATCACCTTCCACACTAGTTCCGCTAAGTGTTTCCGAAGAGCCATGGA
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TGTACTACTCGCTGCAAGCGGAAGCGTCGCCGCCATCAAATTCGGCAATCTCTGCCATTG
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CAGACTCTCTCTCCCAGGGGAAGTGACGCTGTACACTGATGAAGATGAGTGGTCGAGCTG
GAACAAGATCGGCGATCCTGTGCTTCACATCGAGCTCAGACGCTGGGCTGATGTTTTGGT
CATTGCTCCTTTGTCTGCTAACACATTAGGGAAGATTGCTGGTGGGCTGTGTGATAATCT
TCTGACTTGTATCATTCGAGCTTGGGAATATAGCAAACCGCTTTTCGTTGCACCTGCGAT
GAATACTTTGATGTGGAACAATCCTTTTACGGAAAGGCATTTGTTGTCGCTTGATGAACT
TGGAGTCACGCTTATTCCTCCCATCAAGAAGAGATTGGCGTGTGGGGACTATGGTAACGG
CGCAATGGCTGAGCCTTCTCTTATCTATTCCACCGTCAGGCTCTTCTGGGAGTCGCAGGC
TCATCAGCAAAGCGGTGGTACAAGTTAAAACACCATGGTGGTGTCCACTTTGCATTGGTT
GGTTCTGTTTTCAGTGTCATAGATAAATAGATTATTCAGTCTGTAATGCTTGTTTTTTTG
TACATCTTTAAGACAGCTGTCTGGATTGATGTCTCCACCACTCATGTTGCTGTAGAAAAC
TATTTAAGTTCATCTAAGCTTAGTATTAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC25TF U 1
AF RR3CE75TF U 24
AF RR3FC25JQ C 188
AF RR3CE75JQ C 270
BS 1 692 RR3FC25TF
BS 693 699 RR3CE75TF
BS 700 700 RR3FC25JQ
BS 701 718 RR3CE75TF
BS 719 881 RR3FC25JQ
BS 882 932 RR3CE75JQ

RD RR3FC25TF 692 0 0
GGAAAACCATTTTGATATTCACGACAAGCTCCGGTTGTTCGGTTAGGGTTCCTCGCCGAA
CACACATCCATCCATCACCTTCCACACTAGTTCCGCTAAGTGTTTCCGAAGAGCCATGGA
GACTGGGAAACGAGACAGAGAAGACATGGAAGTGCAACCCTCCTCTCCGAGGAAGCCACG
TGTACTACTCGCTGCAAGCGGAAGCGTCGCCGCCATCAAATTCGGCAATCTCTGCCATTG
TTTCACAGAGTGGGCTGAAGTGAGAGCCGTCGTCACGAAATCGTCTCTTCATTTCGTCGA
CAGACTCTCTCTCCCAGGGGAAGTGACGCTGTACACTGATGAAGATGAGTGGTCGAGCTG
GAACAAGATCGGCGATCCTGTGCTTCACATCGAGCTCAGACGCTGGGCTGATGTTTTGGT
CATTGCTCCTTTGTCTGCTAACACATTAGGGAAGATTGCTGGTGGGCTGTGTGATAATCT
TCTGACTTGTATCATTCGAGCTTGGGAATATAGCAAACCGCTTTTCGTTGCACCTGCGAT
GAATACTTTGATGTGGAACAATCCTTTTACGGAAAGGCATTTGTTGTCGCTTGATGAACT
TGGAGTCACGCTTATTCCTCCCATCAAGAAGAGATTGGCGTGTGGGGACTATGGTAACGG
CGCAATGGCTGAGCCTTCTCTTATCTATTCCA

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3CE75TF 702 0 0
GGAG
GCTCCGGTTGTTCGGTTAGGGTTCCTCGCCGAACACACATCCATCCTTCACCTTCCACAC
TAGTTCCGCTAAGTGTTTCCGAAGAGCCATGGAGACTGGGAAACGAGACAGAGAAGACAT
GGAAGTGCAACCCTCCTCTCCGAGGAAGCCACGTGTACTACTCGCTGCAAGCGGAAGCGT
CGCCGCCGTCAAATTCGGCAATCTCTGCCATTGTTTCACAGAGTGGGCTGAAGTGAGAGC
CGTCGTCACGAAATCGTCTCTTCATTTCGTCGACAGACTCTCTCTCCCAGGGGAAGTGAC
GCTGTACACTGATGAAGATGAGTGGTCGAGCTGGAACAAGATCGGCGATCCTGTGCTTCA
CATCGAGCTCGGACGCTGGGCTGATGTTTTGGTCATTGCTCCTTTGTCTGCTAACACATT
AGGGAAGATTGCTGGTGGGCTGTGTGATAATCTTCTGACTTGTATCATTCGAGCTTGGGA
TTATAGCAAACCGCTTTTCGTTGCACCTGCGATGAATACTTTGATGTGGAACAATCCTTT
TACGGAAAGGCATTTGTTGTCGCTTGATGAACTTGGAGTCACGCTTATTCCTCCCATCAA
GAAGAGATTGGCGTGTGGGGACTATGGTAACGGCGCAATGGCTGAGCCTTCTCTTATCTA
TTCCACCGTCAG*CTCTTCTGGGAGTCGCAG
CTCATCA

QA 5 695 5 695
DS 

RD RR3FC25JQ 695 0 0
CTCGCTGCAAGCGGAAGCGTCGCCGCCATCAAATTCGGCAATCTCTGCCATTGTTTCACA
GAGTGGGCTGAAGTGAGAGCCGTCGTCACGAAATCGTCTCTTCATTTCGTCGACAGACTC
TCTCTCCCAGGGGAAGTGACGCTGTACACTGATGAAGATGAGTGGTCGAGCTGGAACAAG
ATCGGCGATCCTGTGCTTCACATCGAGCTCAGACGCTGGGCTGATGTTTTGGTCATTGCT
CCTTTGTCTGCTAACACATTAGGGAAGATTGCTGGTGGGCTGTGTGATAATCTTCTGACT
TGTATCATTCGAGCTTGGGAATATAGCAAACCGCTTTTCGTTGCACCTGCGATGAATACT
TTGATGTGGAACAATCCTTTTACGGAAAGGCATTTGTTGTCGCTTGATGAACTTGGAGTC
ACGCTTATTCCTCCCATCAAGAAGAGATTGGCGTGTGGGGACTATGGTAACGGCGCAATG
GCTGAGCCTTCTCTTATCTATTCCACCGTCAGGCTCTTCTGGGAGTCGCAGGCTCATCAG
CAAAGCGGTGGTACAAGTTAAAACACCATGGTGGTGTCCACTTTGCATTGGTTGGTTCTG
TTTTCAGTGTCATAGATAAATAGATTATTCAGTCTGTAATGCTTGTTTTTTTGTACATCT
TTAAGACAGCTGTCTGGATTGATGTCTCCACCAC
C

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3CE75JQ 663 0 0
TCGTCACGAAATCGTCTCTTCATTTCGTCGACAGACTCTCTCTCCCAGGGGAAGTGACGC
TGTACACTGATGAAGATGAGTGGTCGAGCTGGAACAAGATCGGCGATCCTGTGCTTCACA
TCGAGCTCGGACGCTGGGCTGATGTTTTGGTCATTGCTCCTTTGTCTGCTAACACATTAG
GGAAGATTGCTGGTGGGCTGTGTGATAATCTTCTGACTTGTATCATTCGAGCTTGGGATT
ATAGCAAACCGCTTTTCGTTGCACCTGCGATGAATACTTTGATGTGGAACAATCCTTTTA
CGGAAAGGCATTTGTTGTCGCTTGATGAACTTGGAGTCACGCTTATTCCTCCCATCAAGA
AGAGATTGGCGTGTGGGGACTATGGTAACGGCGCAATGGCTGAGCCTTCTCTTATCTATT
CCACCGTCAGGCTCTTCTGGGAGTCGCAGGCTCATCAGCAAAGCGGTGGTACAAGTTAAA
ACACCATGGTGGTGTCCACTTTGCATTGGTTGGTTCTGTTTTCAGTGTCATAGATAAATA
GATTATTCAGTCTGTAATGCTTGTTTTTTTGTACATCTTTAAGACAGCTGTCTGGATTGA
TGTCTCCACCACTCATGTTGCTGTAGAAAACTATTTAAGTTCATCTAAGCTTAGTATTAA
ACT

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 4

CO CL2770Contig1 604 4 5 U
GGCTGTTGGAGAAAGCGAGAGAAAGTCATGTATGAATTATATGCTAAAGCGCGAGATTTC
AAACCGGACCCGGTATACACCGACCAACATTGTTTGTATTTTACTTTCTCCAATGGGCTT
CCCCTGACTGAAACCCAGATTAAAAACTTTTTCAACAGGGATTACTCACCGTATGTTGCG
GATGTGTTTGTGTTCCGACGTAAGGGAGGAAGGGGGCAACCGTTGTTTGGTAAAGTGGTA
TTCAAGAATACGGACTCACCAGACAAGATCATGCAAAACCGTGGAAAGGCCTTCTTTAAT
GTGGAGGGGCGTCCGCTTTGGTGCCGAAGGTGGGTTTCTAAGAAGAAGGAAACAACAGCC
TCCGCCAGTGACAGCCTCCGTGATGGTGGAACCCACCACGGTGGTGACTAGTGACCTGCG
CGTTAATGAACTTGGTGAAGGGTGTGGATTAAATCTCTTTGTATCGAGAGTTTTATCTGT
GAACCGAGTTCTGAAGAATCTATGTTCCTGGAAAGACATGTTGTTTTCAATTATGGAATA
AGGGAACTGTCAAACTCAGTTCAGACATGTTTTTTAAGATTTATTGATAAACTGTTTTGA
ATCC


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR3AL04JQ C 3
AF RR3AL04TF U 3
AF RR3EN08JQ C 1
AF RR3EN08TF U 1
BS 1 4 RR3EN08JQ
BS 5 506 RR3AL04TF
BS 507 507 RR3EN08TF
BS 508 566 RR3AL04TF
BS 567 604 RR3EN08TF

RD RR3AL04JQ 564 0 0
GG
GTTGGAGAAAGCGAGAGAAAGTCATGTATGAATTATATGCTAAAGCGCGAGATTTCAAAC
CGGACCCGGTATACACCGACCAACATTGTTTGTATTTTACTTTCTCCAATGGGCTTCCCC
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TGTTTGTGTTCCGACGTAAGGGAGGAAGGGGGCAACCGTTGTTTGGTAAAGTGGTATTCA
AGAATACGGACTCACCAGACAAGATCATGCAAAACCGTGGAAAGGCCTTCTTTAATGTGG
AGGGGCGTCCGCTTTGGTGCCGAAGGTGGGTTTCTAAGAAGAAGGAAACAACAGCCTCCG
CCAGTGACAGCCTCCGTGATGGTGGAACCCACCACGGTGGTGACTAGTGACCTGCGCGTT
AATGAACTTGGTGAAGGGTGTGGATTAAATCTCTTTGTATCGAGAGTTTTATCTGTGAAC
CGAGTTCTGAAGAATCTATGTTTCTGGAAAGACATGTTGTTTTCAATTATGGAATAAGGG
AACTGTCAAACTCAGTTCAGAC

QA 3 564 3 564
DS 

RD RR3AL04TF 564 0 0
GG
GTTGGAGAAAGCGAGAGAAAGTCATGTATGAATTATATGCTAAAGCGCGAGATTTCAAAC
CGGACCCGGTATACACCGACCAACATTGTTTGTATTTTACTTTCTCCAATGGGCTTCCCC
TGACTGAAACCCAGATTAAAAACTTTTTCAACAGGGATTACTCACCGTATGTTGCGGATG
TGTTTGTGTTCCGACGTAAGGGAGGAAGGGGGCAACCGTTGTTTGGTAAAGTGGTATTCA
AGAATACGGACTCACCAGACAAGATCATGCAAAACCGTGGAAAGGCCTTCTTTAATGTGG
AGGGGCGTCCGCTTTGGTGCCGAAGGTGGGTTTCTAAGAAGAAGGAAACAACAGCCTCCG
CCAGTGACAGCCTCCGTGATGGTGGAACCCACCACGGTGGTGACTAGTGACCTGCGCGTT
AATGAACTTGGTGAAGGGTGTGGATTAAATCTCTTTGTATCGAGAGTTTTATCTGTGAAC
CGAGTTCTGAAGAATCTATGTTTCTGGAAAGACATGTTGTTTTCAATTATGGAATAAGGG
AACTGTCAAACTCAGTTCAGAC

QA 3 564 3 564
DS 

RD RR3EN08JQ 604 0 0
GGCTGTTGGAGAAAGCGAGAGAAAGTCATGTATGAATTATATGCTAAAGCGCGAGATTTC
AAACCGGACCCGGTATACACCGACCAACATTGTTTGTATTTTACTTTCTCCAATGGGCTT
CCCCTGACTGAAACCCAGATTAAAAACTTTTTCAACAGGGATTACTCACCGTATGTTGCG
GATGTGTTTGTGTTCCGACGTAAGGGAGGAAGGGGGCAACCGTTGTTTGGTAAAGTGGTA
TTCAAGAATACGGACTCACCAGACAAGATCATGCAAAACCGTGGAAAGGCCTTCTTTAAT
GTGGAGGGGCGTCCGCTTTGGTGCCGAAGGTGGGTTTCTAAGAAGAAGGAAACAACAGCC
TCCGCCAGTGACAGCCTCCGTTATGGTGGAACCCACCACGGTGGTGACTAGTGATCTGCG
CGTTAATGAACTTGGTGGAGGGTGTGGATTAAATCTCTTTGTATCGAGAGTTTTATCTGT
GAACCGAGTTCTGAAGAATCTATGTTCCTGGAAAGACATGTTGTTTTCAATTATGGAATA
AGGGAACTGTCAAACTCAGTTCAGACATGTTTTTTAAGATTTATTGATAAACTGTTTTGA
ATCC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3EN08TF 604 0 0
GGCT
GTTGGAGAAAGCGAGAGAAAGTCATGTATGAATTATATGCTAAAGCGCGAGATTTCAAAC
CGGACCCGGTATACACCGACCAACATTGTTTGTATTTTACTTTCTCCAATGGGCTTCCCC
TGACTGAAACCCAGATTAAAAACTTTTTCAACAGGGATTACTCACCGTATGTTGCGGATG
TGTTTGTGTTCCGACGTAAGGGAGGAAGGGGGCAACCGTTGTTTGGTAAAGTGGTATTCA
AGAATACGGACTCACCAGACAAGATCATGCAAAACCGTGGAAAGGCCTTCTTTAATGTGG
AGGGGCGTCCGCTTTGGTGCCGAAGGTGGGTTTCTAAGAAGAAGGAAACAACAGCCTCCG
CCAGTGACAGCCTCCGTTATGGTGGAACCCACCACGGTGGTGACTAGTGATCTGCGCGTT
AATGAACTTGGTGGAGGGTGTGGATTAAATCTCTTTGTATCGAGAGTTTTATCTGTGAAC
CGAGTTCTGAAGAATCTATGTTCCTGGAAAGACATGTTGTTTTCAATTATGGAATAAGGG
AACTGTCAAACTCAGTTCAGACATGTTTTTTAAGATTTATTGATAAACTGTTTTGAATCC

QA 5 604 5 604
DS 



AS 1 4

CO CL2771Contig1 979 4 52 U
GGCTCAGGCTCGTTCTCAAGGAATCTCAGTAAGGGCAATGGTGATCATTAACCCTGGGAA
CCCAACTGGTCAGTGTCTAAGCGAAGCTAACTTAAGAGAGATATTGAGGTTCTGTTATAG
CGAGAAGTTGGTTCTTCTGGGAGATGAGGTTTATCAGCAGAACATATACCAGGATGAGCG
TCCTTTTATCAGCTCCAAGAAGGTGTTGATGGATATGGGTTCGCCGTTCAGCAAAGAAGT
CCAGCTTGTATCTTTCCACACTGTCTCTAAAGGTTACTGGGGAGAATGTGGACAGCGAGG
TGGCTACTTTGAGATGACCAACATACCTCCCAGGGTTGTTGAAGAGATATACAAGGTTGC
ATCAATCGCCCTGAGCCCGAATGTCTCTGCGCAGATCTTCATGGGTTTAATGGTTAGTCC
TCCAAAGCCTGGAGACATTTCATATGACCAGTTCGCCCGTGAAAGCAAGGGGATTCTTGA
ATCTTTGAGAAGAAGAGCAAGGATCATGACTGATGGATTCAACAGCTGCAAAAACGTTGT
CTGCAATTTCACAGAAGGTGCAATGTATTCGTTTCCTCAAATACGGTTACCTCCGGGTGC
TCTCCAAGCTGCTAAACAAGCAGGAAAAGTGCCAGATGTTTTCTACTGTTTGAAGCTCTT
AGAAGCCACAGGAATCTCCACAGTGCCTGGCTCTGGCTTCGGACAGAAAGAAGGTGTGTT
CCATCTGAGGACAACGATCTTGCCTGCGGAAGAAGAGATGCCAGAGATCATGGACAGTTT
CAAGAAGTTCAACGACGAGTTCATGACTCAGTATGAGAATAGCTTTGGTTATTCCAGAAT
GTGATTCACTTCTCTCTTCTTGTTATGATGATGATGAAACAACGACTTGTGTTCTTCTGC
TACACTCTTTAAAAAGCTAAAATCTCTGTAGTACACTCTCTTCTCTATCTATATAATAAA
CTCTTTTTCCCTCTACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 5 25 25 25 25 25 5 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
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BS 887 979 RR3CI55JQ

RD RR3AH64TF 696 0 0
G
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CTGGCTTCGGACAGAAAGAA
AGTGTGTTTCATCTG

QA 2 681 2 681
DS 

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CCAGCTTGTATCTTTCCACACTGTCTCTAAAGGTTATTGGGGAGAATGTGGACAGCGAGG
TGGTTACTTTGAGATGACCAACATCCCTCCCAGGGTTGTTGAAGAGATATACAAGGTTGC
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CCATCTGAG*ACA*CGATCTTGCCTGCGGAG**AGAGATGC*AGAGATCATGGACAGTT

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AGGTGGCTACTTTGAGATGACCAACATACCTCCCAGGGTTGTTGAAGAGATATACAAGGT
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TGAATCTTTGAGAAGAAGAGCAAGGATCATGACTGATGGATTCAACAGCTGCAAAAACGT
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CTTAGAAGCCACAGGAATCTCCACAGTGCCTGGGTCTGGCTTCGGACAGAAAGAAGGTGT
GTTTCATCTGAGGACAACAATCTTGCCTGCGGAAGAAGAGATGCCAGAGATCATGGACAG
TTTCAAGAAGTTCAACGACGAGTTCATGACTCAGTATGAGAATAGCTTTGGTTATTCCAG
AATGTGATTTACTTCTCTCTTCTTGTTATGATGATGATGATGGAACGACTTGTGTTCTTC
TGCTACACTCTTTAAAAAGCTAAA*TCTCTGTAGTACTCTTTCTTCTCTATCT
TATATAAACTTTCTCCC

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DS 

RD RR3CI55JQ 751 0 0
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TGGACAGCGAGGTGGTTACTTTGAGATGACCAACATCCCTCCCAGGGTTGTTGAAGAGAT
ATACAAGGTTGCATCGATCGCCCTGAGTCCGAATGTCTCTGCGCAGATCTTTATGGGTTT
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GGGGATTCTTGAATCTTTGAGAAGAAGAGCAAGGATCATGACTGATGGATTCAACAGCTG
CAAAAACGTTGTCTGCAATTTCACAGAAGGTGCAATGTATTCGTTTCCTCAAATACGGTT
GCCTCCGGGTGTTCTCCAAGCTGCTAAACAAGCAGGAAAAGTGCCAGATGTTTTCTACTG
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AGAAGGTGTGTTCCATCTGAGGACAACGATCTTGCCTGCGGAAGAAGAGATGCCAGAGAT
CATGGACAGTTTCAAGAAGTTCAACGACGAGTTCATGACTCAGTATGAGAATAGCTTTGG
TTATTCTAGAATGTGATTCACTTCTTTCTTCTTGTTATGATGATGATGGAACCACTA*TT
GTGTTCTTCTGCTACACTCTTTAAAAAGCTAAAATCTCTGTAGTACACTCTCTTCTCTAT
CTATATAATAAACTCTTTTTCCCTCTACTTC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 4

CO CL2772Contig1 1012 4 6 U
AAGTCATGTATAACTACATCGAACGTAGGGCACGCCACCAACCACCAACCACCAACCACC
ATCAGAGCAACAATGGAGTCGTCTGCTAATTCGAATACCAACGATGGATACCAAAACATC
TTGATGCTGCGCCACGGTGATCGCGTTGATAGGATCAACCCACTCTGGCTCGATACAGCT
TCGAGACCTTGGGACCCTCCTCTCGTTCAGGACGGTTTGGTTCGTGCGTTTCAAACTGGT
CAACGGATCCGATCTCAGATCCAGTTTCCTATCCACAGGGTCTTCATCTCTCCCTTCATC
CGTTGCGTTCAGACCGCTTCAGAAGCTATCGCCGCTCTCTCCGCCGTTGACTTAAACCCA
AACGCTACTTCCTCTAAAGACGTGCTTGCCATCGATAAATCTAAGCTCAAGGTGTCTATC
GAGTTTGGTTTGAGTGAGATGATGAACAGTATGGCTATTAAGTCTAAGATTGCTCCAAAA
GATGGAAAATTCGATTTCAAGATTTCAGATCTTGAAGCTATGTTTCCTGAGGGAATGGTG
GATCATAACATTGATCCTGTTTATAAAGAGATGCCACGATGGGAAGAGACTGTGGAAGAA
TGCACAGAACGGTTTCTTGGTTTGGTGAAGACTCTTGCTGATAAGTACCCTTCAGAGAAC
TTGCTCTTAGTCACTCACGGGGAAGGAGTAAGGACTACATTTGCAACCTATAAAGACGTA
GATGTGTACGAAGTAGAGTATCGTGCTTGTGCTGAACTGAGAAGACAGGTCTCGAGTCAA
GGAGGGTCTGCTAAAGCTGGAGACTTTGAAGTGGTTACAAGTCTTGGTCAAGCTGGAATC
AAGTACCATTCCTTGAAAACCACACCAGTACCAAGTGTGAAGTGGTTTTGAGTCATGGTC
AAGCTGGGATCAGGTTTAGCCATGATCCTGTCATAAGCCGAACACCGGTTTAGTCAACTG
CCTTTTAGTTCCTCTGTTTATGTACTATCTGGTTGTATTTGAGTTGCTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3AL21TF U 1
AF RR3AP87TF U 43
AF RR3AL21JQ C 307
AF RR3AP87JQ C 543
BS 1 285 RR3AL21TF
BS 286 286 RR3AP87TF
BS 287 618 RR3AL21TF
BS 619 619 RR3AP87TF
BS 620 684 RR3AL21TF
BS 685 1012 RR3AL21JQ

RD RR3AL21TF 690 0 0
AAGTCATGTATAACTACATCGAACGTAGGGCACGCCACCAACCACCAACCACCAACCACC
ATCAGAGCAACAATGGAGTCGTCTGCTAATTCGAATACCAACGATGGATACCAAAACATC
TTGATGCTGCGCCACGGTGATCGCGTTGATAGGATCAACCCACTCTGGCTCGATACAGCT
TCGAGACCTTGGGACCCTCCTCTCGTTCAGGACGGTTTGGTTCGTGCGTTTCAAACTGGT
CAACGGATCCGATCTCAGATCCAGTTTCCTATCCACAGGGTCTTCGTCTCTCCCTTCATC
CGTTGCGTTCAGACCGCTTCAGAAGCTATCGCCGCTCTCTCCGCCGTTGACTTAAACCCA
AACGCTACTTCCTCTAAAGACGTGCTTGCCATCGATAAATCTAAGCTCAAGGTGTCTATC
GAGTTTGGTTTGAGTGAGATGATGAACAGTATGGCTATTAAGTCTAAGATTGCTCCAAAA
GATGGAAAATTCGATTTCAAGATTTCAGATCTTGAAGCTATGTTTCCTGAGGGAATGGTG
GATCATAACATTGATCCTGTTTATAAAGAGATGCCACGATGGGAAGAGACTGTGGAAGAA
TGCACAGAACGGTTTCTTTGTTTGGTGAAGACTCTTGCTGATAAGTACCCTTCAGAGAAC
TTGCTCTTAGTCACTCACGGGGAA
AGGAGT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3AP87TF 646 0 0
G
ACCAACCACCAACCACCATCAGAGCAACAATGGAGTCGTCTGCTAATTCGAATACCAACG
ATGGATACCAAAACATCTTGATGCTGCGTCACGGTGATCGCGTTGATAGGATCAACCCAC
TCTGGCTCGATACAGCTTCGAGACCTTGGGACCCTCCTCTCGTTCAGGACGGTTTGGTTC
GTGCGTTTCAAACTGGTCAACGGATCCGATCTCAGATCCAGTTTCCTATCCACAGGGTCT
TCATCTCTCCCTTCATCCGTTGCGTTCAGACCGCTTCAGAAGCTATCGCCGCTCTCTCCG
CCGTTGACTTAAACCCAAACGCTACTTCCTCTAAAGACGTGCTTGCCATCGATAAATCTA
AGCTCAAGGTGTCTATCGAGTTTGGTTTGAGTGAGATGATGAACAGTATGGCTATTAAGT
CTAAGATTGCTCCAAAAGATGGAAAATTCGATTTCAAGATTTCAGATCTTGAAGCTATGT
TTCCTGAGGGAATGGTGGATCATAATATTGATCCTGTTTATAAAGAGATGCCACGATGGG
AAGATACTGTGGAAGAATGCACAGAACGGTTTCTTGGTTTGGTGAAGACTCTTGCTGATA
AGTACCCTTCAGAGAACTTGCTCTTAGTCACTCACGGGGAA
GGAG

QA 2 642 2 642
DS 

RD RR3AL21JQ 706 0 0
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ACTTCCTCTAAAGACGTGCTTGCCATCGATAAATCTAAGCTCAAGGTGTCTATCGAGTTT
GGTTTGAGTGAGATGATGAACAGTATGGCTATTAAGTCTAAGATTGCTCCAAAAGATGGA
AAATTCGATTTCAAGATTTCAGATCTTGAAGCTATGTTTCCTGAGGGAATGGTGGATCAT
AACATTGATCCTGTTTATAAAGAGATGCCACGATGGGAAGAGACTGTGGAAGAATGCACA
GAACGGTTTCTTTGTTTGGTGAAGACTCTTGCTGATAAGTACCCTTCAGAGAACTTGCTC
TTAGTCACTCACGGGGAAGGAGTAAGGACTACATTTGCAACCTATAAAGACGTAGATGTG
TACGAAGTAGAGTATCGTGCTTGTGCTGAACTGAGAAGACAGGTCTCGAGTCAAGGAGGG
TCTGCTAAAGCTGGAGACTTTGAAGTGGTTACAAGTCTTGGTCAAGCTGGAATCAAGTAC
CATTCCTTGAAAACCACACCAGTACCAAGTGTGAAGTGGTTTTGAGTCATGGTCAAGCTG
GGATCAGGTTTAGCCATGATCCTGTCATAAGCCGAACACCGGTTTAGTCAACTGCCTTTT
AGTTCCTCTGTTTATGTACTATCTGGTTGTATTTGAGTTGCTTTTG

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3AP87JQ 470 0 0
TCATAATATTGATCCTGTTTATAAAGAGATGCCACGATGGGAAGATACTGTGGAAGAATG
CACAGAACGGTTTCTTGGTTTGGTGAAGACTCTTGCTGATAAGTACCCTTCAGAGAACTT
GCTCTTAGTCACTCACGGGGAAGGAGTAAGGACTACATTTGCAACCTATAAAGACGTAGA
TGTGTACGAAGTAGAGTATTGTGCTTGTGCTGAACTGAGAAGACAGGTCTCGAGTCAAGG
AGGGTCTGCTAAAGCTGGAGACTTTGAAGTGGTTACAAGTCTTGGTCAAGCTGGAATCAA
GTACCATTCCTTGAAAACCACACCAGTACCAAGTGTGAAGTGGTTTTGAGTCATGGTCAA
GCTGGGATCAGGTTTAGCCATGATCCTGTCATAAGCCGAACACCGGTTTAGTCAACTGCC
TTTTAGTTCCTCTGTTTATGTACTATCTGGTTGTATTTGAGTTGCTTTTG

QA 1 470 1 470
DS 



AS 1 4

CO CL2773Contig1 1145 4 5 U
AGGGGAAGAGGTTCTGGAGAGTTCCATTCTCTCTAAAACGTGTATGTTTGGGAGATACAG
AGGAGAGAAGAGGAGACACCAAAAAAAAAAACATTTTTCTCCCCTCTCGTCTCCCAACTT
CTTCTTTGATCGTCTACGATCTCCTATCAATCCCTACTCATCCAGAAGATCATTCCCTCG
AGTATGGCGTCGAAAGGGAACGATGATTTGTATGGTGTTCTGGGTTTGAAGAAAGAATGC
ACCACCACGGAGCTTCGTTCTGCTTACAAGAAGCTTGCTCTTAGATGGCATCCAGATCGT
TGTTCATCAATGGGGGATTCGGAGTTTGTAGATGAATCAAAGAAGAAGTTTCAGGCTATC
CAAGAAGCCTACTCTGTTTTGTCTGACTCCAACAAGAGGTTCCTCTATGACGTTGGAGCT
TACAATAGTGATGATGATGATCATGACCAAAACGGAATGGGAGATTTTTTGAACGAAATG
GCTACCATGATGAATCAGTCAAAGCCTAGTGAGAATAACTCAGGAGACAGTTTTGAACAG
TTGCAAGATCTGTTTAATGAGATGTTTCAAGGAGACGCTTCAGCATTCTCCACATCTTCA
TCTTCTTCAACTTTCACTTCCTCTTACAGCTTTGCTTTTGACACTAACGTTCAGCAGTCA
CCATTTGAGACAAACTCGATGGGGATGAATGATCCTTTCGCGTTTGATCCCAGAGCTCAT
CACACCTTCTCTTTAGGGGTGGAACATCAGCAGGACTTCAAGAAGGGGAAGAACAATGGC
GGGAGAAGAAACAGGAGGAAGAGCAATGCTCAGTCAGGTGCTCACGAGACGTCGACGTCT
TCAAACAACTATGGAGTCCCCACTTCATAGTCCTTTGAAGACCATCTTTTTTTTGCTAAC
TCATCTCCACATTTGTCGATTAGTCACACAGAAGAGGACTGGCTCTGGTCTTCTCAACTC
AAAGCGTTGTTGTTTGTAAAACTACCCTTCTCGTTGCTTTTATTTCTCTCTTTACTTTGT
GATTGAATTGTTGTCTCCTAAGCAAGAGTCTTTAACATCTAGAGATTGATGAATTCAACG
AATACTTTGTCCTAAATTCTTAATTGGTTTTCTCAGCATTTGATTATCTCTCTATACACA
TTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3GP42TF U 263
AF RR3FU07TF U 1
AF RR3FY80TF U 94
AF RR3FU07JQ C 354
BS 1 738 RR3FU07TF
BS 739 739 RR3FY80TF
BS 740 749 RR3FU07TF
BS 750 753 RR3FY80TF
BS 754 1145 RR3FU07JQ

RD RR3GP42TF 257 0 0
T
TTACAAGAAGCTTGCTCTTAGATGGCATCCAGATCGTTGTTCATCAATGGGGGATTCGGA
GTTTGTAGATGAATCAAAGAAGAAGTTTCAGGCTATCCAAGAAGCCTACTCTGTTTTGTC
CGACTCCAACAAGAGGTTCCTCTATGACGTTGGAGCTTACAATAGTGATGATGATGATCA
TGACCAAAACGGAATGGGAGATTTTTTGAACGAAATGGCTACCATGATGAATCAGTCAAA
GCCTAGTGAGAATAAC

QA 2 257 2 257
DS 

RD RR3FU07TF 749 0 0
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AGGAGAGAAGAGGAGACACCAAAAAAAAAAACATTTTTCTCCCCTCTCGTCTCCCAACTT
CTTCTTTGATCGTCTACGATCTCCTATCAATCCCTACTCATCCAGAAGATCATTCCCTCG
AGTATGGCGTCGAAAGGGAACGATGATTTGTATGGTGTTCTGGGTTTGAAGAAAGAATGC
ACCACCACGGAGCTTCGTTCTGCTTACAAGAAGCTTGCTCTTAGATGGCATCCAGATCGT
TGTTCATCAATGGGGGATTCGGAGTTTGTAGATGAATCAAAGAAGAAGTTTCAGGCTATC
CAAGAAGCCTACTCTGTTTTGTCTGACTCCAACAAGAGGTTCCTCTATGACGTTGGAGCT
TACAATAGTGATGATGATGATCATGACCAAAACGGAATGGGAGATTTTTTGAACGAAATG
GCTACCATGATGAATCAGTCAAAGCCTAGTGAGAATAACTCAGGAGACAGTTTTGAACAG
TTGCAAGATCTGTTTAATGAGATGTTTCAAGGAGACGCTTCAGCATTCTCCACATCTTCA
TCTTCTTCAACTTTCACTTCCTCTTACAGCTTTGCTTTTGACACTAACGTTCAGCAGTCA
CCATTTGAGACAAACTCGATGGGGATGAATGATCCTTTCGCGTTTGATCCCAGAGCTCAT
CACACCTTCTCTTTAGGG*TGGAACATCA

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3FY80TF 667 0 0
TTTTTCTCCCCTCTCGTCTCCCAACTTCTTCTTTGATCGTCTACGATCTCCTATCAATCC
*TACTCATCCAGAAGATCATTGCCTCGAGTATGGCGTCGAAAGGGAACGATGATTTGTAT
GGTGTTCTGGGTTTGAAGAAAGAATGCACCACCACGGAGCTTCGTTCTGCTTACAAGAAG
CTTGCTCTTAGATGGCATCCAGATTGTTGTTCATCAATGGGGGATTCGGAGTTTGTAGAT
GAATCAAAGAAGAAGTTTCAGGCTATCCAAGAAGCCTACTCTGTTTTGTCTGACTCCAAC
AAGAGGTTCCTCTATGACGTTGGAGCTTACAATAGTGATGATGATGATCATGACCAAAAC
GGAATGGGAGATTTTTTGAACGAAATGGCTACCATGATGAATCAGTCAAAGCCTAGTGAG
AATAACTCAGGAGACAGTTTTGAACAGTCGCAAGATCTGTTTAATGAGATGTTTCAAGGA
GACGCTTCAGCATTCTCCACATCTTCATCTTCTTCAACTTTCACTTCCTCTTACAGCTTT
GCTTTTGACACTAACGTTCAGCAGTCACCGTTTGAGACAAACTCGATGGGGATGAATGAT
CCTTTCGCGTTTGATCCCAGAGCTCATCACACCTTCTCTTTAGGGGTGGAACATCAGCAG
ACTTCAA

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3FU07JQ 792 0 0
GGCTATCCAAGAAGC*TACTCTGTTT*GTCTGACTCCAACAAGAGGTTCCTCTATGACGT
TGGAGCTTACAATAGTGATGATGATGATCATGACCAAAACGGAATGGGAGATTTTTTGAA
CGAAATGGCTACCATGATGAATCAGTCAAAGCCTAGTGAGAATAACTCAGGAGACAGTTT
TGAACAGTTGCAAGATCTGTTTAATGAGATGTTTCAAGGAGACGCTTCAGCATTCTCCAC
ATCTTCATCTTCTTCAACTTTCACTTCCTCTTACAGCTTTGCTTTTGACACTAACGTTCA
GCAGTCACCATTTGAGACAAACTCGATGGGGATGAATGATCCTTTCGCGTTTGATCCCAG
AGCTCATCACACCTTCTCTTTAGGGGTGGAACATCAGCAGGACTTCAAGAAGGGGAAGAA
CAATGGCGGGAGAAGAAACAGGAGGAAGAGCAATGCTCAGTCAGGTGCTCACGAGACGTC
GACGTCTTCAAACAACTATGGAGTCCCCACTTCATAGTCCTTTGAAGACCATCTTTTTTT
TGCTAACTCATCTCCACATTTGTCGATTAGTCACACAGAAGAGGACTGGCTCTGGTCTTC
TCAACTCAAAGCGTTGTTGTTTGTAAAACTACCCTTCTCGTTGCTTTTATTTCTCTCTTT
ACTTTGTGATTGAATTGTTGTCTCCTAAGCAAGAGTCTTTAACATCTAGAGATTGATGAA
TTCAACGAATACTTTGTCCTAAATTCTTAATTGGTTTTCTCAGCATTTGATTATCTCTCT
ATACACATTACC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 4

CO CL2774Contig1 1372 4 11 U
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GAAGACCCAACACCTCTAAAATCTTGTAATGAATAAAAGGAAGATAAAGCTGATTTTCTT
GTATAAATAATGGGTAGAGAAGAATGAGAGTGAAACAAGTTTACAAAATTGATACTATAG
AGGCCATAAACCATTGAAGAAACCTCTCAATTCAGAAAAAATCAAAAGCTAATGGAGAGC
CTCTCTCATACATTAGTAGCTACTTTCCCCGGAATCAACTCCATCGACTCATCATCACCA
CCCTTGTCAGCATTGTTCAACGGACCATTGGTCGGCTTCTTAGCCACTGTAACAGACTGC
TGATAACCAACACCTCCACAGATCGTTACAAGCAGACAAACCAAACCAAACGGAGTCGCA
TGCTTATCCCAAATCACAACATTAATCACAACAGTCAAGAACTTGTTCACAACCCCCGTC
ACGGTAAAAGCAGTGGCGGAGATAGCTTTCCTAGCAGCGAACCCGAAGAAGCTAATAAGG
AAACCAAACACACAGGACAAGGCCACAGCGAAGAACGCAACCGGCTCAAACACGTTCCCT
CCGTTAGCATTCACCGCCGTGAAAACCTCCGCGTGCTCCCCGGTGATGAACCAGAAAAAC
GGCGCGATCATCAAGGACAAGAGGTTGTTGTAATAAACCAACCCCCAGGTGTTGAGCTCG
AGGGTGGAGACCATGTGCTTGATGTAAACCATCTCGGTGGTGATGGTGACGAGGTAAGCA
AGAGCCCAGGAGTAAGCGGTGAGAGTGAAAGCCGAGTCGTTGGCGACGTACCCTACAGCG
CCGGCGAGGATGACGAGGAGAGATAGGAACGTGAGCCTGGAGGGACGAGGCTGGCCGCGG
AAGAGGGTGTCGGCGACGGCGACGAGGAGAGGGGTGAGGGAACGGAAGACGATGAAGGTG
TCGACGTTGGCGTGGCGGAGGAGGTTGGTGTTGGTGAAGATGGCGAGGTAGAAGACGAGG
GCGGCGGGGAGGAACTTCTTGGCGGTGTCCCAGGCGAAGGCGTCGTGGCGGAGGAACCCT
AGTTTGCCGAGGAGCCAGACGCCGGCGGCGGAGGTTAGGTACTGGAGGGCGGTGAGGAGG
CCAGGGTAGTTGAAGTAGGTGATGGCGAACTTGTTGATGACGGCGAGGAGGCTGGAGCAG
AGGGCGTAGCCGATCACGAGGCTGCTCGTCGCGTAGTGTGGCTTGCTGGAATCGGATCGG
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TTGGACTATTAGAGGAGGAGGATGGAAGGCGACGACTTAAAGACTGTCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H451JQ U 1
AF RR3H451TF C 78
AF RR3BS39JQ U 90
AF RR3BS39TF C 622
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BS 942 1372 RR3BS39TF

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AGGCCATAAACCATTGAAGAAACCTCTCAATTCAGAAAAAATCAAAAGCTAATGGAGAGC
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TGCTTATCCCAAATCACAACATTAATCACAACAGTCAAGAACTTGTTCACAACCCCCGTC
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CCGTTAGCATTCACCGCCGTGAAAACCTCCGCGTGCTCCCCGGTGATGAACCAGAAAAAC
GGCGCGATCATCAAGGACAAGAGGTTGTTGTAATAAACCAACCCCCAGGTGT
TGAGCT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3H451TF 665 0 0
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AGCTACTTTCCCCGGAATCAACTCCATCGACTCATCATCACCACCCTTGTCAGCATTGTT
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ACAGATCGTTACAAGCAGACAAACCAAACCAAACGGAGTCGCATGCTTATCCCAAATCAC
AACATTAATCACAACAGTCAAGAACTTGTTCACAACCCCCGTCACGGTAAAAGCAGTGGC
GGAGATAGCTTTCCTAGCAGCGAACCCGAAGAAGCTAATAAGGAAACCAAACACACAGGA
CAAGGCCACAGCGAAGAACGCAACCGGCTCAAACACGTTCCCTCCGTTAGCATTCACCGC
CGTGAAAACCTCCGCGTGCTCCCCGGTGATGAACCAGAAAAACGGCGCGATCATCAAGGA
CAAGAGGTTGTTGTAATAAACCAACCCCCAGGTGTTGAGCTCGAGGGTGGAGACCATGTG
CTTG
C

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3BS39JQ 863 0 0
TTTTTTTTT
GGAAGATAAAGCTGATTTTCTTGTATAAATAATGGGTAGAGAAGAATGAGAGTGAAACAA
GTTTACAAAATTGATACTATAGAGGCCATAAACCATTGAAGAAACCTCTCAATTCAGAAA
AAATCAAAAGCTAATGGAGAGCCTCTCTCATACATTAGTAGCTACTTTCCCCGGAATCAA
CTCCATCGACTCATCATCACCACCCTTGTCAGCATTGTTCAGCGGACCATTGGTCGGCTT
CTTAGCCACTGTAACAGACTGCTGATAACCAACACCTCCACAGATCGTTACAAGCAGACA
AACCAAACCAAACGGAGTCGCATGCTTATCCCAAATCACAACATTAATCACAACAGTCAA
GAACTTGTTCACAACCCCCGTCACGGTAAAAGCAGTGGCGGAGATAGCTTTCCTAGCAGC
GAACCCGAAGAAGCTAATAAGGAAACCAAACACACAGGACAAGGCCACAGCGAAGAACGC
AACCGGCTCAAACACGTTCCCTCCGTTAGCATTCACCGCCGTGAAAACCTCCGCGTGCTC
CCCGGTGATGAACCAGAAAAACGGCGCGATCATCAAGGACAAGAGGTTGTTGTAATAAGC
CAACCCCCAGGTGTTGAGCTCGAGGGTGGAGACCATGTGCTTGATGTAAACCATCTCGGT
GGTGATGGTGACGAGGTAAGCAAGAGCCCAGGAGTAAGCGGTGAGAGTGAAAGCCGAGTC
GTTGGCGACGTACCCTACAGCGCCGGCGAGGATGACGAGGAGAGATAGGAACGTGAGCCT
GGAGGGACGAG*CTGGCCGCGGAAGAGG*TGTCG*CGACG*CGACGAGGAGAGGGGTGAG
GGA
CGGAGACGATG

QA 10 852 10 852
DS 

RD RR3BS39TF 751 0 0
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AGGTTGTTGTAATAAGCCAACCCCCAGGTGT*GAGCTCGAGGGTGGAGACCATGTGCTTG
ATGTAAACCATCTCGGTGGTGATGGTGACGAGGTAAGCAAGAGCCCAGGAGTAAGCGGTG
AGAGTGAAAGCCGAGTCGTTGGCGACGTACCCTACAGCGCCGGCGAGGATGACGAGGAGA
GATAGGAACGTGAGCCTGGAGGGACGAGGCTGGCCGCGGAAGAGGGTGTCGGCGACGGCG
ACGAGGAGAGGGGTGAGGGAACGGAAGACGATGAAGGTGTCGACGTTGGCGTGGCGGAGG
AGGTTGGTGTTGGTGAAGATGGCGAGGTAGAAGACGAGGGCGGCGGGGAGGAACTTCTTG
GCGGTGTCCCAGGCGAAGGCGTCGTGGCGGAGGAACCCTAGTTTGCCGAGGAGCCAGACG
CCGGCGGCGGAGGTTAGGTACTGGAGGGCGGTGAGGAGGCCAGGGTAGTTGAAGTAGGTG
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GGATCGAGACAATAGATCTGGATCGAGACAATAGAGAGATTGGACTATTAGAGGAGGAGG
ATGGAAGGCGACGACTTAAAGACTGTCGTCC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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AATCCAAAATAAAAACATAGTTTAGACTAGTAAGATACTGATGAATGTAACGCAACATCT
AAAACGTTTGTTTAACAGAGTAAAGAGAATGATCGGTTGTTTTGCATCACATGGCCATTG
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GCCAAAGCTGCAATTTATCCCCAGGGTAGAAGTTTCTTGTCACTCCCTCTGAGTTTATTA
TGACAGTCCGTACAACACCTCCACTGGCTCCATCACGGGCGATGGCTAGTGAAACCGCCT
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ACCCGTAAAGGTAACTCGAGCCAGAGCCTCCAATAGCGAACGGTTGCTCCACTACAGTTC
CACCGAGAGGGATCCCGTAGATCTTGCCGCCTTCATACTTATCCCAGCCACCAACTATGA
GGCCAGTTTGCAGCATGTTCTTGTTATTATATGCGAGCATCCTGATAAGGTTGGCAGAAA
CCTTCACAGTGGCAGGCTGTCCGAGCTGGATTGTATGCTGGTGAAGAAAGTAGCGGACAT
AGTCCGAGACAACCTGAGAATCAGCAGCCGAACCAGAACGGCAGACGTAGACATTGTCTG
TTAGTTGTGTGATCTTGTCTGAAGCCCGATTCGCCACGTACATCCCGGTGCTGGTTCGTG
AGTCGGCACCGAGAACGACGCCTCCATTGTAAGTGACGCCGATGATGGTCGTCCCCATAG
AGTGCGGCGCATCGAGATTTAGACCCATCGCTGTAGAATTCGAAAACTTGTATTAGACAG
AAACAATAGTCCTAAGTTGAGAGAGTTTCGCGACTAAAAATCTCGGAAAAGGAAGAAGAG
AAACTGACTTAATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 
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AAA

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DS 

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GCCAAAGCTGCAACTTATCCCCAGGGTAGAAGTTTCTTGTCACTCCCTCTGAGTTTATTA
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ACCCGTAAAGGTAACTCGAGCCAGAGCCTCCAATAGCGAACGGTTGCTCCACTACAGTTC
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DS 

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CGTAAAGGTAACTCGAGCCAGAGCCTCCAATAGCGAACGGTTGCTCCACTACAGTTCCAC
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TCACAGTGGCAGGCTGTCCGAGCTGGATTGTATGCTGGTGAAGAAAGTAGCGGACATAGT
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CGGCACCGAGAACGACGCCTCCATTGTAAGTGACGCCGATGATGGTCGTCCCCATAGAGT
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CAATAGTCCTAAGTTGAGAGAGTTTCGCGACTAAAAATCTCGGAAAAGGAAGAAGAGAAA
CTGACTTAATCCC

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DS 



AS 1 4

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GAGATCGAATGGCGGGAGGGGGAGGTGAATTTGTGGAGGCAGAGGCAATCATCGCAAGGA
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TGAAAACGGCTCTTGAAGGTTCTCCTCCTAAAACTCTCGATGAGCGTTGCAAGTCGGCTA
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CATTGTATTATTGCCACCATTGTATTACTTTAAAAAAGACATGAGTTTTTTTTTGTTTGA
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ATCTTAAATTTAAATCTCATAACCAGGAAACTTAGAATCTGCCGGAGACGCTAGATCGAA
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CATTGTCGCACTCACAAGCTCTCTCCCATCACGACACAAGTAACTCGCAAACGCTTTTGC
TCTCTCTTCGTACACTACATCTCCTGTTAACCTGTAGAGCGACAAGAAAGCATAGGCGTT
GCCAGCAACTCCATCAGCTAAACCTACCTTCTTCACCAACCCACTCTTCCACACTACCTC
TCCAGCTTCAATCGCTGCTTCACGAAAATCCCTCTCCTCTGGAAACACCTGTGACGCTTT
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CAAGATTCCAGCTAATCCATTCGCCGCACCCCAAAACCGTGTCCCGTGGAACCTGTATAA
TAAAGGGCAAGCTTGGTGATCTGCAGCTCCGACTCGTCCACCTGATAAGATGGCTG


BQ
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AF RR3CN69JQ U 475
AF RR3BU82JQ U 539
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CCCTTGATGTTGAGTATTACGACATTTTCATGAAGTACTTATACAGAGGGCTTTCCACTG
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CATTGTATTATTGCCACCATTGTATTACTTTAAAAAAGACATGAGTTTTTTTTTGTTTGA
TGATAATACATTCATTGAAGATTCACTTTCAATAACCACGGAGAGAAAGAACAACGGTTT
AT
TTT

QA 1 602 1 602
DS 

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CCTTATCATTGTATTATTGCCACCATTGTATTACTTTAAAAAAGACATGAGTTTTTTTT*
GTTTGATGATAATACATTCATTGAAGATTCACTTTCAATAACCACGGAGAGAAAGAACAA
CGGTTTATCTTAAATTTAAATCTCATAACCAGGAAACTTAGAATCTGCCGGAGACGCTAG
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TACCTCTCCAGCTTCAATCGCTGCTTCACGAAAATCCCTCTCCTCTGGAAACACCTGTGA
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GTACCTCAACGTCCCTTGCACATCCTTCACATCCTCGTCTGATAATGGGAAGTGTAGCAA
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DS 

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TTATCTTAAATTTAAATCTCATAACCAGGAAACTTAGAATCTGCCGGCGACGCTAGATCG
AACCAGAGACATGCCGGTCCAGCTAGTCCCCTGAAGAGAGAATAGTCATGCTCCGCTTCT
CCCATTGTCGCACTCACAAGCTCTCTCCCATCACGACACAAGTAACTCGCGAACGCTTTT
GCTCTCTCTTCGTACACTACATCTCCTGTTAACCTGTAGAGCGACAAGCAAGCATAGGCG
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TCTCCAGCTTCGATGGCTGCTTCACGAAAATCCCTCTCCTCTGGAAACACCTGTGACGCT
TTAGCCAGAGTAATGGCCATGCCGGTCGCACCGTGAGCCCATTGGACTAGCTTGTCTCTC
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AATAAAGGGCAAGCTTGGTGATCTGCAGCTCCGACTCGTCCACCTGATAAGATGGCTG

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DS 



AS 1 4

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ATTATGGCTAAGAAGTTGCTTCTGCTTCTTTTACTAATTATTTTAAGCCTACATGCATGC
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TTTATCTCGAACCCTTTTTATGTCGCTGGAAATTCGTATTCTGGTAAGACTATTCCTGCC
ACCGTTCAAGAAATCTCCAAAGGAAATGATCTTGGGCTTAAACCTCAAGTAAATCTTAAG
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CCCGTGTGGCAAAGAAGATATCTTCGCCTCCTTAGAGACGTTTCGGCTCCGATAGTTGCA
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GGATACCGATCGCTCATATTCAACGGTGATCACGATTATGTGGTGCCTTTCATTTCAACA
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AGCTTCAATTAGT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG12TF U 1
AF RR3F136TF U 473
AF RR3FG12JQ C 777
AF RR3F136JQ C 1014
BS 1 673 RR3FG12TF
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BS 675 731 RR3FG12TF
BS 732 817 RR3F136TF
BS 818 818 RR3FG12JQ
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BS 946 946 RR3FG12JQ
BS 947 1003 RR3F136TF
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RD RR3FG12TF 731 0 0
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ATTATGGCTAAGAAGTTGCTTCTGCTTCTTTTACTAATTATTTTAAGCCTACATGCATGC
TCTGGCTCTATTGTCAATTTTCTTCCTGGTTTTGAAGGCCCTCTTCCTTTCGAGCTTGAG
ACTGGGTATATTGGTGTTGGTGAAGAAGAGCAAGGGCAATTGTTTTACTACTTCGTTAAA
TCTGAGAAGAATCCAAAAGAAGATCCTCTTCTTCTCTGGTTAACTGGAGGACCTGGCTGT
TCTTCTCTCTCTGCTCTCTTTTTCGAGAACGGGCCTGTGACATTTAACGAAGGTAGTAGA
CCCGCCTTACTTTCTACAACACATTCATGGACAAAGGTGGCAAACATAATCTTTTTGGAC
CAGCCTATTGGTACTGGCTTCTCCTACGCAACAACTGAGCTTCTTGATACACCTAGTGAC
TCAGGACAAGCTAAGCAGATCCAGGAATTTATTCGGAAGTGGTTAAGTAAGCATACAGAG
TTTATCTCGAACCCTTTTTATGTCGCTGGAAATTCGTATTCTGGTAAGACTATTCCTGCC
ACCGTTCAAGAAATCTCCAAAGGAAATGATCTTGGGCTTAAACCTCAAGTAAATCTTAAG
GGTTACATATTAG*AAACCCGGTAACCGACTTGGAATTTGACCATAACTGTGGCGTTCCA
TTTGCCCATGG

QA 1 731 1 731
DS 

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G
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TACAGAGTTTATCTCGAACCCTTTTTATGTCGCTGGAAATTCGTATTCTGGTAAGACTAT
TCCTGCCACCGTTCAAGAAATCTCCAAAGGAAATGATCTTGGGTTTAAACCTCAAGTAAA
TCTTAAGGGTTACATATTAGGAAACCCGGTAACCGACTTGGAATTTGACCATAACTGTGG
CGTTCCATTTGCCCATGGAATGGCATTGATCTCTGATGAACTCTACGAGTCGTTGAAGAG
AAGTTGTAGAGGAAGCTATGAGTATATAGATCCACATAACACAGGGTGCTTGAAATATCA
TGACGAATTTCTAAAGTGTATTTCTGGCCTAAATATTGATCATATTCTAATGCCACGGTG
CGAAGCCCCCGTGTGGCAAAGAAGATATCTTCGCCTCCTTATAGACGTTTCGTCTCCGAT
AGTTGCAGATGGATGCTATAAACAAACAGATTTACTATCTTCCCTCTGGGTCAATGATGA
GAGTGTACGTAAAGCACTTCATGTAGTAAAGGGAAGTATAGGAAAATGGGT

QA 2 592 2 592
DS 

RD RR3FG12JQ 805 0 0
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CGAATTTCTAAAGTGTATTTCTGGCCTAAATATTGATCATATTCTAATGCCACGGTGCGA
AGCCCCCGTGTGGCAAAGAAGATATCTTCGCCTCCTTAGAGACGTTTCGGCTCCGATAGT
TGCAGATGGATGCTATAAACAAACAGATTTACTATCTTCCCTCTGGGCCAATGATGAGAG
TGTACGTAAAGCACTTCATGTAGTAAAGGGAAGTATAGGAAAATGGGTACGGTGTTCTTC
AGGCAAGCCTTATGATTCCGATATCAAAAGCAGCGTACCATACCATATGAATAATAGCAT
CAAAGGATACCGATCGCTCATATTCAACGTTGATCACGATTATGTGGTGCCTTTCATTTC
AACACAAGAGTGGATAAGATCTCTCAGTTATTCCATTATTGATAATTGGAGGCCATGGAT
TATAAACAATCAAGTTGCTGGATACACTCAGACTTATGCCAATAACATGACATATGCTAC
TGTCAAAGGAGGTGGGCATACACTTGATTTCAAACCAAATGAAAGCTTTATCATGTTTCA
GAGGTGGATTAGTGGTCAACCTCTCTAAAATCCCAATAAGGTTCCGCTGGTGTATTCTAA
ACCAGTTTAGTAGTACGTGTTTTGTATTACCATCAGTACCCCTTTTGTTACGAAGTTCCT
GTATCAATTTTATTGTATGTTGCAAAGTTCGTGTACCATTTCTCAGTTTGTGAAATATCG
GAGATATTGGTGTGCGAAGGACATT

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DS 

RD RR3F136JQ 620 0 0
GAGTGTACGTAAAGCACTTCATGTAGTAAAGGGAAGTATAGGAAAATGGGTACGGTGTTC
TTCAGGCAAGCCTTATGATTCCGATATCAAAAGCAGCGTACCATACCATATGAATAATAG
CATCAAAGGATACCGATCGCTCATATTCAACGGTGATCACGATTATGTGGTGCCTTTCAT
TTCAACACAAGAGTGGATAAGATCTCTCAGTTATTCCATTATTGATAATTGGAGGCCACG
GATTATAAACAATCAAGTTGCTGGATACACTCAGACTTATGCCAATAACATGACATATGC
TACTGTCAAAGGAGGTGGGCATACACTTGATTTCAAACCAAATGAAAGCTTTATCATGTT
TCAGAGGTGGATTAGTGGTCAACCTCTCTAAAATCCCAATAAGGTTCCGCTGGTGTATTT
TAAACCAGTTTAGTAGTACGTGTTTTGTATTACCATCAGTACCCCTTTTGTTACGAAGTT
CCTGTATCAATTTTATTGTATGTTACAAAGTTCGTGTACCATTTCTCAGTTTGTGAAATA
TCGGAGATATTGGTGTGCGAAGGACATTAAGTAACACAGTTTCTGTCAAATCAGAGATAT
AGCATTAAGCTTCAATTAGT

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 3

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GGCGAGATTCGTCAACTCTGCTTCAACGCGCGTCAAATCTTCCTCTCTCAACCCAATCTC
CTCGAGCTCCATGCCCCTATTCGCATCTGCGGTCGGTGATATCCATGGCCAGTATCAAGA
TCTTCTGAGGCTATTCGAGTACGGAGGCTACCCTCCTTCAGCCAACTTTCTCTTCCTCGG
CGACCACGTTGACAGAGGCAAGCAAAGTCTCGAGACCATTTGTTTGCTTCTCGCTTACAA
GATTCGTTACCCGTCCAAGATTTTTCTCTTGAGAGGCAACCACGAGGACGCCAAGATCAA
CAGGATTTACGGGTTCTACGACGAGTGCAAACGGAGGTTCAATGTGCAGCTCTGGAAGAT
ATTCACCGACTGTTTCAACTGTTTGCCCGTAGCTGCACTCATCGACGGCAAGATCTTGTG
AATGCACGGTGGGTTGTCGCCGGAGCTGGATAATTTGAACCAGATTCGAGAGAATCAGAG
GCCTACGGAGATTCCAGGCAGTGGTCTTCTTTGTGATTTGCTTTGGTCTGATCCTGATCA
GAAGATTGAAGGGTGGGCTGATAGTGATCGTGGCATCTCTTGTACTTTTGGAGCTGATAA
AGTCGCTGAGTTCTTGGATAA**ATGATCTTGACCTCATTTGCCGAGGCCATCAGGTAGT
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CTATGGGTGGGGAGTTTGACAACGCTGGTGCGTTACTGAGCGTGGACGAGTCTCTTGTTT
GCTCTTTTGAGATTATGAAACCAGCCACAGCTTCTAGCATCGGTCATCCTCTCAAGAAGG
TACCAAAAATGGGGAAGTCTTAGTCTTCTCTCTAAAGAAAACGATTCCATAGCTCAAGCT
AGGCTCCAGATACGGACTTCCACTATAATGTGTCGTCAGTTATGGTTTGAATGCAGCGAA
GAACCCAACCCAAAGGGTCCTTAATCATATCACCAAACAACTTCTGTATAAAAAAGAGTG
AAAGCAAAAACACACTTCCTTTTTTCTGTCTTCTGCCTCGTGGAGATTTGTACCTCCTTG
GTAGTAGTCTCTTTTCTTTCTTCTTTTAACCCTTTTAGTTTAAGTTTGTATCTTGTAGAT
TTTTAGTTCTTGCTTGTTACTTTTTCTACAAAAACCCTTTTGCATATCATCAATGTACAA
CGTTTTCTTCCATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F677JQ U 85
AF RR3HB90TF U 1
AF RR3HB90JQ C 487
BS 1 655 RR3HB90TF
BS 656 656 RR3HB90JQ
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BS 683 741 RR3HB90TF
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BS 793 1216 RR3HB90JQ

RD RR3F677JQ 572 0 0
GGGGAGCTCA
GGTGATATCCATGGCCAGTATCAAGATCTTCTGAGGCTATTCGAGTACGGAGGCTACCCT
CCTTCAGCCAACTTTCTCTTCCTCGGCGACTACGTTGACAGAGGCAAGCAAAGTCTCGAG
ACCATTTGTTTGCTTCTCGCTTACAAGATTCGTTACCCGTCCAAGATTTTTCTCTTGAGA
GGCAACCACGAGGACGCCAAGATCAACAGGATTTACGGGTTCTACGACGAGTGCAAACGG
AGGTTCAATGTGCGGCTCTGGAAGATATTCACCGACTGTTTCAACTGTTTGCCCGTAGCT
GCACTCATCGACGGCAAGATCTTGTGTATGCACGGTGGGTTGTCGCCGGAGCTGGATAAT
TTGAACCAGATTCGAGAGATTCAGAGGCCTACGGAGATTCCAGACAGTGGTCTTCTTTGT
GATTTGCTTTGGTCTGATCCTGATCAGAAAATTGAAGGGTGGGCTGATAGTGATCGTGGC
ATCTCTTGTACTTTTGGAGCTGATAAAGTCGCTGAGTTCTTGGATAAGAATGATCTTGAC
CTCATTTGCCGAGGCCATCAG
G

QA 11 571 11 571
DS 

RD RR3HB90TF 792 0 0
GGCGAGATTCGTCAACTCTGCTTCAACGCGCGTCAAATCTTCCTCTCTCAACCCAATCTC
CTCGAGCTCCATGCCCCTATTCGCATCTGCGGTCGGTGATATCCATGGCCAGTATCAAGA
TCTTCTGAGGCTATTCGAGTACGGAGGCTACCCTCCTTCAGCCAACTTTCTCTTCCTCGG
CGACCACGTTGACAGAGGCAAGCAAAGTCTCGAGACCATTTGTTTGCTTCTCGCTTACAA
GATTCGTTACCCGTCCAAGATTTTTCTCTTGAGAGGCAACCACGAGGACGCCAAGATCAA
CAGGATTTACGGGTTCTACGACGAGTGCAAACGGAGGTTCAATGTGCAGCTCTGGAAGAT
ATTCACCGACTGTTTCAACTGTTTGCCCGTAGCTGCACTCATCGACGGCAAGATCTTGTG
AATGCACGGTGGGTTGTCGCCGGAGCTGGATAATTTGAACCAGATTCGAGAGAATCAGAG
GCCTACGGAGATTCCAGGCAGTGGTCTTCTTTGTGATTTGCTTTGGTCTGATCCTGATCA
GAAGATTGAAGGGTGGGCTGATAGTGATCGTGGCATCTCTTGTACTTTTGGAGCTGATAA
AGTCGCTGAGTTCTTGGATAA**ATGATCTTGACCTCATTTGCCGAGGCCATCAG*TAGT
GGAAGATGGGTACGAGTTTTT*GCTGAACGGAGACTAGTCACGATATTCTCAGCTCCAAA
CTATGGGTGGGGAGTTTGACA*CGCTGGTGCGTTACTGAGCGTGGACGAGTCTCTTGTTT
*CTCTTTTGAGA

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3HB90JQ 730 0 0
GGAGATTCCAGGCAGTGGTCTTCTTTGTGATTTGCTTTGGTCTGATCCTGATCAGAAGAT
TGAAGGGTGGGCTGATAGTGATCGTGGCATCTCTTGTACTTTTGGAGCTGATAAAGTCGC
TGAGTTCTTGGATAA**ATGATCTTGACCTCATTTGCCGAGGCCATCAGGTAGTGGAAGA
TGGGTACGAGTTTTTTGCTGAACGGAGACTAGTCACGATATTCTCAGCTCCAAACTATGG
*TGGGGAGTTTGACAACGCTGGTGCGTTACTGAGCGTGGACGAGTCTCTTGTTTGCTCTT
TTGAGATTATGAAACCAGCCACAGCTTCTAGCATCGGTCATCCTCTCAAGAAGGTACCAA
AAATGGGGAAGTCTTAGTCTTCTCTCTAAAGAAAACGATTCCATAGCTCAAGCTAGGCTC
CAGATACGGACTTCCACTATAATGTGTCGTCAGTTATGGTTTGAATGCAGCGAAGAACCC
AACCCAAAGGGTCCTTAATCATATCACCAAACAACTTCTGTATAAAAAAGAGTGAAAGCA
AAAACACACTTCCTTTTTTCTGTCTTCTGCCTCGTGGAGATTTGTACCTCCTTGGTAGTA
GTCTCTTTTCTTTCTTCTTTTAACCCTTTTAGTTTAAGTTTGTATCTTGTAGATTTTTAG
TTCTTGCTTGTTACTTTTTCTACAAAAACCCTTTTGCATATCATCAATGTACAACGTTTT
CTTCCATTCC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 2 4

CO CL2780Contig1 1024 2 2 U
GGCCTGAATCTTCGTCGAAGATGAGGATCACGCAGATCTTATTACCTCTGCTAATAACTT
CACTCTCTTCAATCTCCTCCCATGTTTTGTCTGATCAGATCTTTCCAGCTCATCTAGTAG
GAACATTCAGCCGAAACAATCGTGAACCAAAGTACACGATCGAGTATCTCCCCGAAGATG
CACCTTTTCACCCGGGTGATAATCTGGAATCGATGGTGATGCATGACAAGCAAGGACGTA
GATTCTTATGTTTCTTACCAAAGGAGGAAGAATCTAGTACCGGATGGACCTCTCCTCAGC
AGAACATCAGCACTGTCTTGATGGAAACTGATAAACAACAACGGCTCAAGCTCAAGACCC
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CCTATGAGTTTTGTCATCTCAAGTCAGTAAGGCAGCTACACCTTGAGGATGGCACCAAGA
TTGTCCAAGAGTTTTCTTTGGGTAATTATGACGCAGAGGCAACTGCTGCTTTTAATCAAA
ATGTATCTCATGCTTCTACTATGAAAGAGAGGTATCATTCTCATATTTTCACCAATGGGA
CCACCTGTGATCTTACCGGAACGCCTCGAGAAGTCGAGGTGAGGTTTGTATGCGCAGAAA
CCAGGGCTATGGTCACTTCTCTCACTGAGCTGTCCACTTGCAAGTACGCACTGACTGTTC
AGTGCCCGACCTTGTGCAAGCATCCGCTGTTTCAGCTAGAGAAACCAGTATCACACACGA
TCCACTGCAATTTGATCCCGGTGGAAGAAGACGCAACAAGAAACGAGGAAGAACGAGTAG
TGAGCGAATCACCTAAGGTTGCCGATTCTTGAAAACCACTTAAGTGAAATACAGGAGTAA
CAGTTAAAGCAGTAACTATATATAAGAAGAGCTAGTATATATCCAGTGTCGGTGAATTGC
TCATGGTTATAAACCTGTTTTCATGAAGAATGAATGAGATTAATCTATCCAAGTTTTACT
TTAG


BQ
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10 10 10 10 

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AF RR3DJ58JQ C 239
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BS 759 1024 RR3DJ58JQ

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DS 

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GTCCTATGAGTTTTGTCATCTCAAGTCAGTAAGGCAGCTACACCTTGAGGATGGCACCAA
GATTGTCCAAGAGTTTTCTTTGGGTAATTATGACGCAGAGGCAACTGCTGCTTTTAATCA
AAATGTATCTCATGCTTTTACTATGAAAGAGAGGTATCATTCTCATATTTTCACCAATGG
GACCACCTGTGATCTTACCGGAACGCCTCGAGAAGTCGAGGTGAGGTTTGTATGCGCAGA
AACCAGGGCTATGGTCACTTCTCTCACTGAGCTGTCCACTTGCAAGTACGCACTGACTGT
TCAGTGCCCGACCTTGTGCAAGCATCCGCTGTTTCAGCTAGAGAAACCAGTATCACACAC
GATCCACTGCAATTTGATCCCGGTGGAAGAAGACGCAACAAGAAACGAGGAAGAACGAGT
AGTGAGCGAATCACCTAAGGTTGCCGATTCTTGAAAACCACTTAAGTGAAATACAGGAGT
AACAGTTAAAGCAGTAACTATATATAAGAAGAGCTAGTATATATCCAGTGTCGGTGAATT
GCTCATGGTTATAAACCTGTTTTCATGAAGAATGAATGAGATTAATCTATCCAAGTTTTA
CTTTAG

QA 1 786 1 786
DS 



CO CL2780Contig2 1077 2 6 U
AGGGGAACTAACATCGTCTCTCCTCCATTGCTGTTCGCTTCGTCGAAGATGAGGATCATG
CAGATCTTATTACCTCTGCTAATAGTTTCACTCTCTTCAATCTCCTGCCATGTCTCGTCC
GATCAGATCTTTCCAGCTCATCTAGTAGGAACATTCAGCCGAAACAATCGTGAACCAAAG
TACACGATCGAGTATCTTCCCGAAGATGCACCTTTTCACCCGGGTGATAATCTGGAATCG
ATGGTGATGCATTACAAGCAAGGACGTAGATTCTTATGTTTCTTACCAAAGGAGGAAGAA
TCTAGTACCGGATGGACCTCTCCTCAGCAGAACATCAGCACTGTCTTGATGGAAACTGAT
AAACAACAACAGCTCAAGCTCAAGACCCCTGATCAACTTCTTCAACCCCTCAACGACCAA
TGCCTTCTCAGGCAAGAGGGTTGGTGGTCCTATGAGTTTTGTCATCTGAAGTCAGTAAGG
CAGCTACACCTTGAGGATGGCACCAAGATTGTCCAAGAGTTTTCTTTGGGTAAGTATGAC
CCAGAGGCAACTGCTGCTTTTAATCAAAATGTATCTCATGCTTCTACTATGAAAGAGAGG
TATCATTCTCATATTTTCACCAATGGGACCACCTGTGATCTTACAGGAACGCCTCGAGAA
GTCGAGGTGAGGTTTGTCTGCGCAGAAACCAGGGCAATGGTCACTTCTCTCACTGAGCTA
TCCACTTGCAAGTACGCACTGACTGTTCAGTGTCCGACCTTGTGCAAGCATCCACTGTTT
CAGCTAGAGAAACCAGTGTCACACACGATCCACTGCAATTTGATCCCACAGGAAGAAGAC
ACAACAAGAAACGAGGAAGAACGAGTAGTAAGCGAATCACCTAAGGTTGCCGATTCTTGA
GAACCACTTAAGTGAATCACAGGATTAACAGTTAAAACAGTAACTATATATAAGAGCTAG
TATATATCCAGTGTCGGTGTTGTTGAATTGTTCATGGTTATAAACCTGTTTTCATGAAGA
ATGAATGAGATGAATCTATCCAAGTTTTTTAGTTCATTCTATTCATCTTATGTCCTC


BQ
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BS 647 647 RR3F276JQ
BS 648 671 RR3F276TF
BS 672 672 RR3F276JQ
BS 673 687 RR3F276TF
BS 688 1077 RR3F276JQ

RD RR3F276TF 687 0 0
AGGGGAACTAACATCGTCTCTCCTCCATTGCTGTTCGCTTCGTCGAAGATGAGGATCATG
CAGATCTTATTACCTCTGCTAATAGTTTCACTCTCTTCAATCTCCTGCCATGTCTCGTCC
GATCAGATCTTTCCAGCTCATCTAGTAGGAACATTCAGCCGAAACAATCGTGAACCAAAG
TACACGATCGAGTATCTTCCCGAAGATGCACCTTTTCACCCGGGTGATAATCTGGAATCG
ATGGTGATGCATTACAAGCAAGGACGTAGATTCTTATGTTTCTTACCAAAGGAGGAAGAA
TCTAGTACCGGATGGACCTCTCCTCAGCAGAACATCAGCACTGTCTTGATGGAAACTGAT
AAACAACAACAGCTCAAGCTCAAGACCCCTGATCAACTTCTTCAACCCCTCAACGACCAA
TGCCTTCTCAGGCAAGAGGGTTGGTGGTCCTATGAGTTTTGTCATCTGAAGTCAGTAAGG
CAGCTACACCTTGAGGATGGCACCAAGATTGTCCAAGAGTTTTCTTTGGGTAAGTATGAC
CCAGAGGCAACTGCTGCTTTTAATCAAAATGTATCTCATGCTTCTACTATGAAAGAGAGG
TATCATTCTCATATTTTCACCAATGGGACCACCTGTGATCTTACAG*AACGCCTCGAGAA
GTCGAGGTGAG*TTTGTCTGCGCAGAA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3F276JQ 685 0 0
TCAACTTCTTCAACCCCTCAACGACCAATGCCTTCTCAGGCAAGAGGGTTGGTGGTCCTA
TGAGTTTTGTCATCTGAAGTCAGTAAGGCAGCTACACCTTGAGGATGGCACCAAGATTGT
CCAAGAGTTTTCTTTGGGTAAGTATGACCCAGAGGCAACTGCTGCTTTTAATCAAAATGT
ATCTCATGCTTCTACTATGAAAGAGAGGTATCATTTTCATATTTTCACCAATGGGACCAC
CTGTGATCTTACAGGAACGCCTCGAGAAGTCGAGGTGAGGTTTGTCTGCGCAGAAACCAG
GGCAATGGTCACTTCTCTCACTGAGCTATCCACTTGCAAGTACGCACTGACTGTTCAGTG
TCCGACCTTGTGCAAGCATCCACTGTTTCAGCTAGAGAAACCAGTGTCACACACGATCCA
CTGCAATTTGATCCCACAGGAAGAAGACACAACAAGAAACGAGGAAGAACGAGTAGTAAG
CGAATCACCTAAGGTTGCCGATTCTTGAGAACCACTTAAGTGAATCACAGGATTAACAGT
TAAAACAGTAACTATATATAAGAGCTAGTATATATCCAGTGTCGGTGTTGTTGAATTGTT
CATGGTTATAAACCTGTTTTCATGAAGAATGAATGAGATGAATCTATCCAAGTTTTTTAG
TTCATTCTATTCATCTTATGTCCTC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 4

CO CL2781Contig1 582 4 13 U
GAAATAACAAACTAAATATTTCGAAGGTTTTAAACTTGGAATTAAGATCCGACAACAGTG
TAGATAATGATGCTGAGATTTCCAAAAACACTAATTGCCAATCCAAAATACAAAA*GAAA
AAAAGACACGCAGATAAATACTCAATTTGATCAAGCAGTGATCTCCTTCTTGAGTTTTGC
AAGCTCTTGCCTGACAACGCCAGCTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTGTC
AAAATCATTGAGGCTAGCCCTACGCTTCTGAACGATAAGCTTCCTACCCCATGAGCTCTT
CTCCCACTTGTTCTTCACGTCAGCCTTCTCCATGGCCTCGATCAAAGCCTCCTTCTTTGG
GACTCTGTTGATCTCAATCACGATATAGGTAAGAGACAACCTCTTGAAGTTCATCTGGAT
CCTCTCCATGTCAGGGGCGTCAACCAAAGCCCTGTTCTGGTCAACGACGTCGACGATGAC
GACGAGCTTTCCATGGTCTTTTCCGTAGTTCACAAGTGCAACTCTCCCAATCTCCACGTA
CCTCTTGAACACCATTTTCGCTTGGAAGGTTAGAAGCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ44JQ U 137
AF RR3EJ44TF C 1
AF RR3BP71JQ U 22
AF RR3BP71TF C 22
BS 1 21 RR3EJ44TF
BS 22 136 RR3BP71JQ
BS 137 339 RR3EJ44JQ
BS 340 340 RR3BP71JQ
BS 341 350 RR3EJ44JQ
BS 351 351 RR3BP71JQ
BS 352 390 RR3EJ44JQ
BS 391 391 RR3BP71JQ
BS 392 432 RR3EJ44JQ
BS 433 433 RR3BP71JQ
BS 434 464 RR3EJ44JQ
BS 465 577 RR3BP71JQ
BS 578 582 RR3BP71TF

RD RR3EJ44JQ 328 0 0
AATACTCAATTTGATCAAGCAGTGATCTCCTTCTTGAGTTTTGCAAGCTCTTGCCTGACA
ACGCCAGCTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTGTCAAAATCATTGAGGCTA
GCCCTACGCTTCTGAACGATAAGCTTCCTACCCCATGAGCTCTTCTCCCACTTGTTCTTC
ACGTCAGCCTTCTCCATGGCCTCCATCAAAGCCTTCTTCTTTGGGACTCTGTTGATCTCA
ATCACGATATAGGTGAGAGACAACCTCTTGAAGTTCATCTGGATCCTCTCCATGTCTGGG
GCGTCAACCAAAGCCCTGTTCTGGTCAA

QA 1 328 1 328
DS 

RD RR3EJ44TF 582 0 0
GAAATAACAAACTAAATATTTCGAAGGTTTTAAACTTGGAATTAAGATCCGACAACAGTG
TAGATAATGAAGCTGAGATTTCCAAAAACACTAATTGCCAATCCAAAATACAAAAAGAAA
AAAAGACACGCAGATAAATACTCAATTTGATCAAGCAGTGATCTCCTTCTTGAGTTTTGC
AAGCTCTTGCCTGACAACGCCAGCTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTGTC
AAAATCATTGAGGCTAGCCCTACGCTTCTGAACGATAAGCTTCCTACCCCATGAGCTCTT
CTCCCACTTGTTCTTCACGTCAGCCTTCTCCATGGCCTCGATCAAAGCCTTCTTCTTTGG
GACTCTGTTGATCTCAATCACGATATAGGTGAGAGACAACCTCTTGAAGTTCATCTGGAT
CCTCTCCATGTCTGGGGCGTCAACCAAAGCCCTGTTCTGGTCAACGACGTCGACGATGAC
GACGAGCTTTCCATGGTCTTTTCCGTAGTTAACAAGTGCAACTCTCCCGATCTCCACGTA
CCTCTTGAACACCCTTTTCGCTTAGAAGGTTAGAAGC
AAAAA

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3BP71JQ 556 0 0
CGAAGGTTTTAAACTTGGAATTAAGATCCGACAACAGTGTAGATAATGATGCTGAGATTT
CCAAAAACACTAATTGCCAATCCAAAATACAAAA*GAAAAAAAGACACGCAGATAA*TAC
TCAATTTGATCAAGCAGTGATCTCCTTCTTGAGTTTTGCAAGCTCTTGCCTGACAACGCC
AGCTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTGTCAAAATCATTGAGGCTAGCCCT
ACGCTTCTGAACGATAAGCTTCCTACCCCATGAGCTCTTCTCCCACTTGTTCTTCACGTC
AGCCTTCTCCATGGCCTCGATCAAAGCCTCCTTCTTTGGGACTCTGTTGATCTCAATCAC
GATATCTGTAAGAGACAACCTCTTGAAGTTCATCTGGATCCTCTCCATGTCAGGGGCGTC
GACCAAAGCCCTGTTCTGGTCAACGACGTCGACGATGACGACGAGCTTTCCATGGTCTTT
TCCGTAGTTCACAAGTGCAACTCTCCCAATCTCCACGTACCTCTTGAACACCATTTTCGC
TTGGAAGGTTAGAAGC

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3BP71TF 561 0 0
CGAAGGTTTTAAACTTGGAATTAAGATCCGACAACAGTGTAGATAATGATGCTGAGATTT
CCAAAAACACTAATTGCCAATCCAAAATACAAAA*GAAAAAAAGACACGCAGATAA*TAC
TCAATTTGATCAAGCAGTGATCTCCTTCTTGAGTTTTGCAAGCTCTTGCCTGACAACGCC
AGCTTTCTTGATTTTGGCCAACATGATCTTGAACCTGTCAAAATCATTGAGGCTAGCCCT
ACGCTTCTGAACGATAAGCTTCCTACCCCATGAGCTCTTCTCCCACTTGTTCTTCACGTC
AGCCTTCTCCATGGCCTCGATCAAAGCCTCCTTCTTTGGGACTCTGTTGATCTCAATCAC
GATATCTGTAAGAGACAACCTCTTGAAGTTCATCTGGATCCTCTCCATGTCAGGGGCGTC
GACCAAAGCCCTGTTCTGGTCAACGACGTCGACGATGACGACGAGCTTTCCATGGTCTTT
TCCGTAGTTCACAAGTGCAACTCTCCCAATCTCCACGTACCTCTTGAACACCATTTTCGC
TTGGAAGGTTAGAAGCAAAAA

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 4

CO CL2782Contig1 1166 4 3 U
GGGGATGAATTTGATGGATGTTAAGAAGCGTTGTTGGTCTAAGCAAGCCTTAGAGGCTAC
AGCTACGGGTTTGGAGGAAAAGCTTGGGAAGTTAGCACCGGCCTATGCTACTGCTGGTTC
CATTTCTCAGTATTTTGTTAAGAGATACGGTTTTGAAAAGAACTGTGTGGTTGTGCAGTG
GTCAGGAGACAATCCTAATAGTTTGGCAGGTCTAACTCTTAGTACTCCAGGAGATCTAGC
GATAAGTCTTGGGACCAGTGACACGGTGTTTGGGATTACCAAAGAACATCAACCCAGTCT
TGAAGGCCATGTGTTTCCTAATCCCGTTGATCCCGAGAGTTACATGGTAATGTTGGTCTA
CAAGAATGCTTCTCTCACCCGTGAAGAAATTCGTGACCGTTGCGCTGAGGGATCTTGGGA
TGTTTTTAACAAGTATCTGGAGCAAACACAGCCACTAAATGATGGGAAACTGGGCTTTTA
CTACACTGAAAATGAAATCCTTCCCCCTCTTCCCGTTGGCTCTCATCGCTACATTCTTGA
TAACTTCTCTGGTGAGTCTCTTGAGGGTGTAAAGGAACGTGAGGTCAAAGAGTTCGACCC
TCCCTCAGAGGTTAGGGCATTGATTGAAGGTCAGTTTCTTTCAAAGCGAGCTCATGCTGA
GAGATTTGGTATGCCTTCCCCTCCTATCCGAATTATAGCCACAGGTGGTGCTTCTGCTAA
CGAGAATATTCTAAGTATGATCTCTGCAATCTTCGGATGTGATGTTTATACCGTCCAAAG
GCCTGATTCAGCATCACTCGGAGCTGCACTGAGAGCTGCTCATGGCTGGCTCTGCAACAA
AAAAGGAACCTTTGTGCCCATCTCCTGTCTCTACGAGGGGAAATTGGAGAAGACGTCTCT
AAACTGCAAGCTCAAGGTAAAAGCAGGAGACGATAATGTGGCTTGCTCCTACGGTTTGTT
GATGAAGAAGAGGATGGAAATAGAGAAGAAGCTTGTGGAGAAGTTAGGACACTTCTGAAT
AAATAAATAAACTCTCTAGTCTTTAAGAATTTAGTAGCTTTTATAATTGTTTACAAATTA
ATAAGATCTAAAAATACGATCTAGTTGTCTCGGAATTAAAGAAAACTAGAACTTAAACAG
ATATTTATATGAAATTTTCGTAACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV14TF U 183
AF RR3DQ84TF U 1
AF RR3BV14JQ C 388
AF RR3DQ84JQ C 490
BS 1 601 RR3DQ84TF
BS 602 1134 RR3BV14JQ
BS 1135 1166 RR3DQ84JQ

RD RR3BV14TF 207 0 0
G
AGGAGACAATCCTAATAGTTTGGCAGGTCTAACTCTTAGTACTCCAGGAGATCTAGCGAT
AAGTCTTGGGACCAGTGACACGGTGTTTGGGATTACCAAAGAACATCAACCCAGTCTTGA
AGGCCATGTGTTTCCTAATCCCGTTGATCCCGAGAGTTGCATGGTAATGTTGGTCTACAA
GAATGCTTCTCTCACCCGTGAAGAAA

QA 2 207 2 207
DS 

RD RR3DQ84TF 601 0 0
GGGGATGAATTTGATGGATGTTAAGAAGCGTTGTTGGTCTAAGCAAGCCTTAGAGGCTAC
AGCTACGGGTTTGGAGGAAAAGCTTGGGAAGTTAGCACCGGCCTATGCTACTGCTGGTTC
CATTTCTCAGTATTTTGTTAAGAGATACGGTTTTGAAAAGAACTGTGTGGTTGTGCAGTG
GTCAGGAGACAATCCTAATAGTTTGGCAGGTCTAACTCTTAGTACTCCAGGAGATCTAGC
GATAAGTCTTGGGACCAGTGACACGGTGTTTGGGATTACCAAAGAACATCAACCCAGTCT
TGAAGGCCATGTGTTTCCTAATCCCGTTGATCCCGAGAGTTACATGGTAATGTTGGTCTA
CAAGAATGCTTCTCTCACCCGTGAAGAAATTCGTGACCGTTGCGCTGAGGGATCTTGGGA
TGTTTTTAACAAGTATCTGGAGCAAACACAGCCACTAAATGATGGGAAACTGGGCTTTTA
CTACACTGAAAATGAAATCCTTCCCCCTCTTCCCGTTGGCTCTCATCGCTACATTCTTGA
TAACTTCTCTGGTGAGTCTCTTGAGGGTGTAAAGGAACGTGAGGTCAAAGAGTTCGACCC
T

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3BV14JQ 747 0 0
AATTCGTGACCGTTGCGCTGAGGGATCTTGGGATGTTTTTAACAAGTATCTGGAGCAAAC
ACAGCCACTAAATGATGGGAAACTGGGCTTTTACTACACTGAAAATGAAATCCCTCCCCC
TCTTCCCGTTGGCTCTCATCGCTACATTCTTGATAACTTCTCTGGTGAGTCTCTTGAGGG
TGTAAAGGAACGTGAGGTCAAAGAGTTCGACCCTCCCTCAGAGGTTAGGGCATTGATTGA
AGGTCAGTTTCTTTCAAAGCGAGCTCATGCTGAGAGATTTGGTATGCCTTCCCCTCCTAT
CCGAATTATAGCCACAGGTGGTGCTTCTGCTAACGAGAATATTCTAAGTATGATCTCTGC
AATCTTCGGATGTGATGTTTATACCGTCCAAAGGCCTGATTCAGCATCACTCGGAGCTGC
ACTGAGAGCTGCTCATGGCTGGCTCTGCAACAAAAAAGGAACCTTTGTGCCCATCTCCTG
TCTCTACGAGGGGAAATTGGAGAAGACGTCTCTAAACTGCAAGCTCAAGGTAAAAGCAGG
AGACGATAATGTGGCTTGCTCCTACGGTTTGTTGATGAAGAAGAGGATGGAAATAGAGAA
GAAGCTTGTGGAGAAGTTAGGACACTTCTGAATAAATAAATAAACTCTCTAGTCTTTAAG
AATTTAGTAGCTTTTATAATTGTTTACAAATTAATAAGATCTAAAAATACGATCTAGTTG
TCTCGGAATTAAAGAAAACTAGAACTT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3DQ84JQ 677 0 0
AAATGAAATCCTTCCCCCTCTTCCCGTTGGCTCTCATCGCTACATTCTTGATAACTTCTC
TGGTGAGTCTCTTGAGGGTGTAAAGGAACGTGAGGTCAAAGAGTTCGACCCTCCCTCAGA
GGTTAGGGCATTGATTGAAGGTCAGTTTCTTTCAAAGCGAGCTCATGCTGAGAGATTTGG
TATGCCTTCCCCTCCTATCCGAATTATAGCCACAGGTGGTGCTTCTGCTAACGAGAATAT
TCTAAGTATGATCTCTGCAATCTTCGGATGTGATGTTTATACCGTCCAAAGGCCTGATTC
AGCATCACTCGGAGCTGCACTGAGAGCTGCTCATGGCTGGCTCTGCAACAAAAAAGGAAC
CTTTGTGCCCATCTCCTGTCTCTACGAGGGGAAATTGGAGAAGACGTCTCTAAACTGCAA
GCTCAAGGTAAAAGCAGGAGACGATAATGTGGCTTGCTCCTACGGTTTGTTGATGAAGAA
GAGGATGGAAATAGAGAAGAAGCTTGTGGAGAAGTTAGGACACTTCTGAATAAATAAATA
AACTCTCTAGTCTTTAAGAATTTAGTAGCTTTTATAATTGTTTACAAATTAATAAGATCT
AAAAATACGATCTAGTTGTCTCGGAATTAAAGAAAACTAGAACTTAAACAGATATTTATA
TGAAATTTTCGTAACAC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 4

CO CL2783Contig1 699 4 5 U
GGAATCCACTGACGATAGTCAAGGCCGAAACAACATCATCGAAGACTCACCGGAGATCGC
TACGATTGGTTTGTGTTCTGTCCCTTGTGGAAAGCACAGACTCAACACTATGAACCCTGA
GAATCATCAGACGACCACCACTCACTCGAAAGTGATCTCACAGGTATTTTTCACCGGTAC
TGCCAAACAAGGCAGTGCTGGGCCACCCCTTGGTCTTGTCGATATTGGTGTGAGCGACAT
TGCCTACATCTTCAGAGTCTCTCTCCCTGGCATGGCCAAAAATCAAGATAAGATCAAATG
TGAGATTCAGAGAGAGGGAAGAGTATGCATACATGGAGTAGTACCTGAGATTGCCATTCC
AAGCGATTCAGGGTGCTTATACAGAATGCAAGTGCAGCAGCTCACCCCACCTGGTCCATT
TTCTATCACGTTTAATCTCCCTGGACAAGTGGATCCTCGCTTGTTTTCTCCAAAGTTTAG
ACCTGATGGGATCTTCGAAGTTGTTGTCGTCAAGCTCGGTGTACGCGTCCCAACGTCATA
GCTCGGTTCTTTTTCCATTAACTAAGTGATGTTCGATTGTGTTGTGTAGAAACATGTTCA
CAGTGTTCCCAATTTCTTGAAGATGCTCTTGAACTGTGAAAGTAGTTAGATGTGAAACTG
GTAATGGTTTGAGCAATTTAATACTCCCTCCATTTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E029TF U 1
AF RR3A245JQ C 40
AF RR3A245TF U 40
AF RR3E029JQ C 121
BS 1 281 RR3E029TF
BS 282 282 RR3A245TF
BS 283 636 RR3E029TF
BS 637 691 RR3A245TF
BS 692 699 RR3E029JQ

RD RR3E029TF 636 0 0
GGAATCCACTGACGATAGTCAAGGCCGAAACAACATCATCGAAGACTCACCGGAGATCGC
TACGATTGGTTTGTGTTCTGTCCCTTGTGGAAAGCACAGACTCAACACTATGAACCCTGA
GAATCATCAGACGACCACCACTCACTCGAAAGTGATCTCACAGGTATTTTTCACCGGTAC
TGCCAAACAAGGCAGTGCTGGGCCACCCCTTGGTCTTGTCGATATTGGTGTGAGCGACAT
TGCCTACATCTTCAGAGTCTCTCTCCCTGGCATGGCCAAAAGTCAAGATAAGATCAAATG
TGAGATTCAGAGAGAGGGAAGAGTATGCATACATGGAGTAGTACCTGAGATTGCCATTCC
AAGCGATTCAGGGTGCTTATACAGAATGCAAGTGCAGCAGCTCACCCCACCTGGTCCATT
TTCTATCACGTTTAATCTCCCTGGACAAGTGGATCCTCGCTTGTTTTCTCCAAAGTTTAG
ACCTGATGGGATCTTCGAAGTTGTTGTCGTCAAGCTCGGTGTACGCGTCCCAACGTCATA
GCTCGGTTCTTTTTCCATTAACTAAGTGATGTTCGATTGTGTTGTGTAGAAACATGTTCA
CAGTGTTCCCAATTTCTTGAAGATGCTCTTGAACTG

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3A245JQ 652 0 0
CGAAGACTCACCGGAGATCGCTACGATTGGTTTGTGTTCTGTCCCTTGTGGAAAGCACAG
ACTCAACACTATGAACCCTGAGAATCATCAGACGACCAC***TCACTCGAAAGTGATCTC
ACATGTCTTTTTCACCGGTACTGCCAAACAAGGCAGTGCTGGGCCACCCCTTGGTCTTGT
CGATATTGGTGTGAGCGACATTGCCTACATCTTCAGAGTCTCTCTCCCTGGCATGGCCAA
AAATCAAGATAAGATCAAATGTGAGATTCAGAGAGAGGGAAGAGTATGCATACATGGAGT
AGTACCTGAGATTGCCATTCCAAGCGATTCAGGGTGCTTATACAGAATGCAAGTGCAGCA
GCTCACCCCACCTGGTCCATTTTCTATCACGTTTAATCTCCCTGGACAAGTGGATCCTCG
CTTGTTTTCTCCAAAGTTTAGACCTGATGGGATTTTCGAAGTTGTTGTCGTCAAGCTCGG
TGTACGCGTCCCAACGTCATAGCTCGGTTCTTTTTCCATTAATTAAGTGATGTTCGATTG
TGTTGTGTAGAAACATGTTCACAGTGTTCCCAATTTCTTGAAGATGCTCTTGAACTGTGA
AAGTAGTTAGATGTGAAACTGGTAATGGTTTGAGCAATTTAATACTCCCTCC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3A245TF 652 0 0
CGAAGACTCACCGGAGATCGCTACGATTGGTTTGTGTTCTGTCCCTTGTGGAAAGCACAG
ACTCAACACTATGAACCCTGAGAATCATCAGACGACCAC***TCACTCGAAAGTGATCTC
ACATGTCTTTTTCACCGGTACTGCCAAACAAGGCAGTGCTGGGCCACCCCTTGGTCTTGT
CGATATTGGTGTGAGCGACATTGCCTACATCTTCAGAGTCTCTCTCCCTGGCATGGCCAA
AAATCAAGATAAGATCAAATGTGAGATTCAGAGAGAGGGAAGAGTATGCATACATGGAGT
AGTACCTGAGATTGCCATTCCAAGCGATTCAGGGTGCTTATACAGAATGCAAGTGCAGCA
GCTCACCCCACCTGGTCCATTTTCTATCACGTTTAATCTCCCTGGACAAGTGGATCCTCG
CTTGTTTTCTCCAAAGTTTAGACCTGATGGGATCTTCGAAGTTGTTGTCGTCAAGCTCGG
TGTACGCGTCCCAACGTCATAGCTCGGTTCTTTTTCCATTAACTAAGTGATGTTCGATTG
TGTTGTGTAGAAACATGTTCACAGTGTTCCCAATTTCTTGAAGATGCTCTTGAACTGTGA
AAGTAGTTAGATGTGAAACTGGTAATGGTTTGAGCAATTTAATACTCCCTCC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3E029JQ 579 0 0
GAATCATCAGACGACC
ACCACTCACTCGAAAGTGATCTCACAGGTATTTTTCACCGGTACTGCCAAACAAGGCAGT
GCTGGGCCACCCCTTGGTCTTGTCGATATTGGTGTGAGCGACATTGCCTACATCTTCAGA
GTCTCTCTCCCTGGCATGGCCAAAAGTCAAGATAAGATCAAATGTGAGATTCAGAGAGAG
GGAAGAGTATGCATACATGGAGTAGTACCTGAGATTGCCATTCCAAGCGATTCAGGGTGC
TTATACAGAATGCAAGTGCAGCAGCTCACCCCACCTGGTCCATTTTCTATCACGTTTAAT
CTCCCTGGACAAGTGGATCCTCGCTTGTTTTCTCCAAAGTTTAGACCTGATGGGATCTTC
GAAGTTGTTGTCGTCAAGCTCGGTGTACGCGTCCCAACGTCATAGCTCGGTTCTTTTTCC
ATTAACTAAGTGATGTTCGATTGTGTTGTGTAGAAACATGTTCACAGTGTTCCCAATTTC
TTGAAGATGCTCTTGAACTGTGAAAGTAGTTAGATGTGAAACTGGTAATGGTTTGAGCAA
TTTAATACTCCCTCCATTTTGAC

QA 17 579 17 579
DS 



AS 1 2

CO CL2784Contig1 275 2 3 U
GGGGGAGGGGCATATGGAGTTAGTCTCCGGTCTGGTCTGATTCGTAAAGAACGATGCCAC
TGTCCGCATCAATATCATCGCCGTCTTCTCTCGCTCTTCTCTCAACCCGATCACGATCGT
CCCTCTCCTTCTTCATCTCCACTCCCAGAACCCTAATCATCTCCAGAACCCCTGATCCTC
CTCCTCCTTCTACCTCTCTTTTCGCTTCCCGGCGACCCCGCGACTTCATCAACGGGAGGA
GGGTGGCTTCTGGACGGTGTCGGAGCTGGAACCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB86TF U 22
AF RR3DY67TF U 1
BS 1 121 RR3DY67TF
BS 122 122 RR3EB86TF
BS 123 275 RR3DY67TF

RD RR3EB86TF 188 0 0
GGAGAGT
GGTCTGGTCTGATTCGTAAAGAACGATGCCACTGTCCGCATCAATATCATCGCCGTCTTC
TCTCGCTCTTCTCTCAACCCGATCACGATCGTGCCTCTCCTTCTTCGTCTCCACTCCCAG
AACCCTAATCATCTCCAGAACCCCTGATCCTCCTCCTCTTTCTACTTCTCTTTTCGCTTC
C

QA 8 188 8 188
DS 

RD RR3DY67TF 275 0 0
GGGGGAGGGGCATATGGAGTTAGTCTCCGGTCTGGTCTGATTCGTAAAGAACGATGCCAC
TGTCCGCATCAATATCATCGCCGTCTTCTCTCGCTCTTCTCTCAACCCGATCACGATCGT
CTCTCTCCTTCTTCATCTCCACTCCCAGAACCCTAATCATCTCCAGAACCCCTGATCCTC
CTCCTCCTTCTACCTCTCTTTTCGCTTCCCGGCGACCCCGCGACTTCATCAACGGGAGGA
GGGTGGCTTCTGGACGGTGTCGGAGCTGGAACCGG

QA 1 275 1 275
DS 



AS 1 4

CO CL2785Contig1 1354 4 12 U
AAAATCGTGTTGGAAGCAAAAACGGAGGTTTACTTCAAAAGCCAATGCCTGTTTTTTTAT
TCTAATCGAAAAACGAGGGAATCAAAGAAGAATCTCAAAGGCTAAAGAAGGGTTAAGCCT
CAAAGGAAGATTCGATAAAGAATTGAGATTTCTTTACGATATGTGTTCAGAGATGATCAC
AGATTGCCTTTGTGAATTCCGTGGTGGTTGAAGTACCTCCAAGATCTGCCGTTCTGTATT
TGCCCTCGGCTATCGTGTTGATGATTGCGCTGTGGATTTGTTCTGCTTGTTCGTTCAGCT
TCAGGTGACGTAACATCATCACTCCACTCAGTAGCAACGCTGTTGGGTTCGCCAAGTTCT
TTCCAGCGATATCAGGTGCAAAACCGTGAACTGCTTCAGCTAGGGCTACACCATCTTCCC
CGATATTACAACTTGGAGTCAATCCTAGTCCTCCCACCAGTCCGGAACACAGGTCACTGA
TAATGTCACCGTAAAGGTTTGGCATCACCAATACATCAAACAGTGCTGGGTTTTTCACAA
GCATCATACAACAGTTGTCAATAACAACCTCTTCGTAAGTTATCTCAGGATACTTCTCAG
CAACCTCACGACAACACTTGAGGAAAAGACCATCAGTTTTCTGCATAATATTAGCTTTGT
GAATAGCAGAAACCCTCGCTCTTCCATGAGTCTTAGCATAGTGAAAAGCATACTCCGCAA
CTCTCAAACTCGCCTGACGTGTAATGATCTTAAGACTCTCCACCACACCTCTAACAACCT
GATGCTCGAGCCCACTGTACTCTCCTTCAGTGTTCTCCCTAATGGTTATAAGATTCACAC
CGTCGTAACGAGTCTTGTAACCAGGGAGACTGTAGCAAGGCCTAACATTGGCGTACAGAT
TCAGCTCTTTCCTGAGAGTCAGATTCAAAGAACGGTGACCTTTCCCGATAGGAGTAGCCA
TCGGACCTTTCAAACCGACTTTGTTTCTACGCACGGATTCGAGACTCTCCCAGGTCAAGA
AACTCTGCGTCCTCGGATCTATCTCTGTGCTAACGTAGTGTTCTTCCCAGTTTATCGGCA
CTCCAGCCGTGGTGAACACCTGTTTGACGGATTCGGCGATCTCGGGACCGATCCCGTCTC
CGGGGAACATGGTTGCGGTGATTGGCGTGGTGGACGACGAGCAGAAGGCTCTAGCGACGG
AAGTGGCCGCGGTTGAGGTAGAGTTAGCAGCCCCGCCGAGGATCTGGCTCGATCGGCTAC
CGATCAGCCGTTTCGCGAAGGTTGCTGCCATGGTCATCTCTTCAAAGCAACAAAGGGGAC
GACGCAGCAAACGAAACTATTCGAAACAGAGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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C
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CC

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DS 



AS 1 3

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AAGCCAGGATGGGCGATACATAACTACTGCTGATGGATCTAGTGTTAAGTTTTGGGACGC
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AGTTGCAGAAGAGAATGATCCCTTCAGTTTATCTTTTTTTTTCTTGGCTTACAAGTTTGA
CCTGTTTTATCTTCTTTTTTTTTCCAATAAATAAATAGGAACACTTCCTCACTC


BQ
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AF RR3GP60TF U 560
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GA

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DS 



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CAGCATCTACTAGGTAGCTTCTACGATGCGGCTCAAAACGTGAACCACCGTCGAAATGAA
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CTTAATTTTTTTTTTGCCCCTGTTCC


BQ
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AF RR3DQ66JQ U 1
AF RR3AK14JQ U 1
AF RR3AK14TF C 428
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RD RR3DQ66JQ 704 0 0
GG
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AAAAGTAATACTCCCACAAAGTGAGAAACGAACAGCTAAAGACATGTGGAAGGAGCAAAA
GACAAAGTTGAGGCCACAATATCAAACTCCCACAAATAATTCTGTTGCATTATGTTCCCA
ACCACATTAGTAGCCGGCGTTCCCGCCGACACAAACCCTAAACACTTCACTCCATGCGCA
GCATCTACTAGGTAGCTTCTCCGATGCGGCTCAAAACGTGCACCACCGTCGAAATGAAAC
ATCAACTGCGGCAGCTTGCTCTCGTTGAACCCTGACGTGACATCAAAACAATACTCTATC
GGTACTCCTTCTGGTTTAACTCTCTTCAGCCCCACAAGGTAACGCTCAAGCCCCGAAACC
ACCGGCTTGTAAGCGGCGTCAGCCAATAACGTGAGGCTGGTTCCAGAGTCCAAGATTGTC
CCACCACCGTTTGTTGCGTCCCATACTTGCGAGGGGATATCAAGCATGTCATCGCCGAGG
GAGATTCCAATGATGTTGATGGCGTAGAAGGGAGGAATGAGGTTGAGATCAAGAGGGGTG
GTCCGTGTGGCGGTTGGTTTGGTGGTAGAGCCGAAGATGAGATAACTGGAGACGTTTTTG
TGGGAGCGATGGTCAACGAGGCAGTATGAGAATTTACCACCG

QA 3 704 3 704
DS 

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TCAAAAGTAATACTCCCACAAAGAGAGAAACGAACAGCTAAAGACATGTAGAAGGAGCAA
AAGACAAAGTTGAGGCCACAACATCAAACTCCCACAAATAATTCTGTTGCATTATGTTCC
CAACCACATTAGTAGCCGGCGTTCCCGCCGACACAAACCCTAAACACTTCACTCCATGCG
CAGCATCTACTAGGTAGCTTCTACGGTGCGGCTCAAAACGTGAACCACCGTCGAAATGAA
ACATCAACTGCGGCAGATTGCTCTCGTTGAACCCTGACGTGACATCAAAACAATACTCTA
TCGGTACTCCTTCTGGTTTAACTCTCTTCAGCCCCACAAGGTAACGCTCAAGCCCCGAAA
CCACCGGCTTGTACGCGGCGTCAGCCAATAACGTTAGGCTGGTTCCAGAGTCCAAGATTG
TCCCACCACCGTTTGTTGCGTCCCATACTTGCGAGGGGATGTCAAGCATGTCATCGCCGA
GGGAGATTCCAATGATGTTGATGGCGTAGAAGGGAGGAATGAGGTTGAGATCAAGAGGGG
TGGTTCGTGTGGCGGTCGGTTTGGTGGTAGAGCCGAAGACGAGATAGCTGGAGACGTTTT
TGTGGGAGCGATGGTCAACGAGGCAGTATGAGAATTTACCACCGAAGAGATTAGTGGCTT
TGGAAGTGAAGGAGTAATCAC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3AK14TF 739 0 0
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ACCGTTTGTTGCGTCCCATACTTGCGAGGGGATGTCAAGCATGTCATCGCCGAGGGAGAT
TCCAATGATGTTGATGGCGTAGAAGGGAGGAATGAGGTTGAGATCAAGAGGGGTGGTTCG
TGTGGCGGTCGGTTTGGTGGTAGAGCCGAAGACGAGATAGCTGGAGACGTTTTTGTGGGA
GCGATGGTCAACGAGGCAGTATGAGAATTTACCACCGAAGAGATTAGTGGCTTTGGAAGT
GAAGGAGTAATCACTAAAGGCTAGACCAAGAACTCCATCGGCTCCTTCGAAGCTATCTCC
ATTGAAGGAGCTGCTGCAACCTATGAGGAGGCCATGGAGTCTAGCTACACGACCGTTGGT
GAGATCAACTGTGAATGTCTCCTTTGCGAATACTCCTTGTGCTGCTGAACCGTCCGCGTA
TTGAGGGAGAAGAGATTCATGAGATCAACTTTACAAGTCTGAGTCAAACATCCAACTTGT
CTGAAACTCGAAGACTCTTCTGCTCTGAACACTCGGCGTTTCTTCTCTTTCCCTTTCCCT
TCTCCTTTCCCTGTGTGATATTTTGAGACGCACTGCCGTATCTTCCGTGGAATCTGCGGC
GGCGGTAAGGAGGATGGTAATGAGACACAAGAGCGCTCTTGTCCTCTTCATCTCTTAATT
TTTTTTTTGCCCCTGTTCC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 4

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AAACTTGGGTTCGTAGAACAAAAAGCCTTCAGCAAGTATGACGATAACAATGAAATCAGA
AGAACAAAAAGAGAACCGGGTGAGAGATTACAAAAACAAAAGCAGACCAAACGGAGGCTG
AAGGACCAGACCAGAGAGAGCCTTACTTTCCCAGAGTAGGGAAGTGTGCAGCGTCTTCAA
TCTTTGGTGCAGGCGCAGCAGCCATTCTCTCAGCTCCTCCTTTTGGTCCACGACCACCCT
CGGCTCCACCTCTTGGTCCACGACCTCCCTCATCAGCTCCTCTTGGTCCACGACCTCCTC
TTCCACCACGGTAACCACCTCTGTACCTCTCTCCATTGGCAGGTTTCAGGAACTCGTTTA
TGCTCAACGACTTCTTGGTCTTCTCTTCCTTCTCAACTGGGCGCTTGTCCTTGTCTGTTC
CCAGCTTGATGAAGACCTCATCGTTGTTGCTCTTTTTGCTAGAGAGCTGTTGCATGGACT
CAAAGACTTTGGTGTCAACCTTCCTCTCCTCAATCTTGGTTGCCTGCAGAGCTTTCCTCT
TCTCTTCCAAAACCTTCCATACTCTTCAAGAGTCATCTCCTTGTCCTCAGGCTCTTTCTC
TGCTTGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EA83TF C 1
AF RR3EA83JQ U 8
AF RR3BB56JQ U 10
AF RR3BB56TF C 10
BS 1 11 RR3EA83TF
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BS 47 47 RR3BB56JQ
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BS 258 564 RR3EA83JQ
BS 565 669 RR3BB56JQ

RD RR3EA83TF 565 0 0
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TCTTTGGTGCAGGCGCGGCAGCCATTCTCTCAGCTCCTCCTTTTGGTCCACGACCACCCT
CGGCTCCACCTCTTGGTCCACGACCTCCCTCATCAGCTCCTCTTGGTCCACGACCTCCTC
TTCCACCACGGTAACCACCTCTGTACCTCTCTCCATTGGCAGGTTTCAGGAACTCGTTTA
TGCTCAACGACTTCTTGGTCTTCTCTTCCTTCTCAACTGGGCGCTTGTCCTTGTCTGTTC
CCAGCTTGATGAAGACCTCATCGTTGTTGCTCTTTTTGCTAGAGAGCTGTTGCATGGACT
CAAAGACTTTGGTGTCAACCTTCC
C

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3EA83JQ 558 0 0
GAGA
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GTGTCAACCTTCC
C

QA 5 557 5 557
DS 

RD RR3BB56JQ 660 0 0
AG
ACTGAACTGATTTTTTTTCTGCCTCATTTAACTTAGCAAAAAAATCCCAAAACTTGGGTT
CGTAGAACAAAAAGCCTTCAGCAAGTATGACGATAACAATGAAATCAGAAGAACAAAAAG
AGAACCGGGTGAGAGATTACAAAAACAAAAGCAGACCAAACGGAGGCTGAAGGACCAGAC
CAGAGAGAGCCTTACTTTCCCAGAGTAGGGAAGTGTGCAGCGTCTTCAATCTTTGGTGCA
GGCGCAGCAGCCTTTCTCTCAGCTCCTCCTTTTGGTCCACGACCACCCTCGGCTCCACCT
CTTGGTCCACGACCTCCCTCATCAGCTCCTCTTGGTCCACGACCTCCTCTTCCACCACGG
TAACCACCTCTGTACCTCTCTCCATTGGCAGGTTTCAGGAACTCGTTTATGCTCAACGAC
TTCTTGGTCTTCTCTTCCTTCTCAACTGGGCGCTTGTCCTTGTCTGTTCCCAGCTTGATG
AAGACCTCATCGTTGTTGCTCTTTTTGCTAGAGAGCTGTTGCATGGACTCAAAGACTTTG
GTGTCAACCTTCCTCTCCTCAATCTTGGTTGCCTGCAGAGCTTTCCTCTTCTCTTCCAAA
ACCTTCCATACTCTTCAAGAGTCATCTCCTTGTCCTCAGGCTCTTTCTCTGCTTGAGC

QA 3 660 3 660
DS 

RD RR3BB56TF 660 0 0
AG
ACTGAACTGATTTTTTTTCTGCCTCATTTAACTTAGCAAAAAAATCCCAAAACTTGGGTT
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AGAACCGGGTGAGAGATTACAAAAACAAAAGCAGACCAAACGGAGGCTGAAGGACCAGAC
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GGCGCAGCAGCCTTTCTCTCAGCTCCTCCTTTTGGTCCACGACCACCCTCGGCTCCACCT
CTTGGTCCACGACCTCCCTCATCAGCTCCTCTTGGTCCACGACCTCCTCTTCCACCACGG
TAACCACCTCTGTACCTCTCTCCATTGGCAGGTTTCAGGAACTCGTTTATGCTCAACGAC
TTCTTGGTCTTCTCTTCCTTCTCAACTGGGCGCTTGTCCTTGTCTGTTCCCAGCTTGATG
AAGACCTCATCGTTGTTGCTCTTTTTGCTAGAGAGCTGTTGCATGGACTCAAAGACTTTG
GTGTCAACCTTCCTCTCCTCAATCTTGGTTGCCTGCAGAGCTTTCCTCTTCTCTTCCAAA
ACCTTCCATACTCTTCAAGAGTCATCTCCTTGTCCTCAGGCTCTTTCTCTGCTTGAGC

QA 3 660 3 660
DS 



AS 1 4

CO CL2789Contig1 1021 4 9 U
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AGCCAAATGGAGGACATTGTTACAGTAACCGACGACGGCTACGCCAACCCCAACGGAGGA
GGAGGGAGAAGCAAGGCGTCGTTTATGATGTGGAGGATGTGCAATCCTGTCCACGTGCTG
AGAGTCCATTGGATACCGTGTTTGTTAGCGCTAGGAGTTCTGTTCTTCACGGGCGTAGAG
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ACGCGCTCCCTGTATCGCCTCTTGGCTTCTTCACCTGATCTAAATACCGTTTTAGCCGCT
CTAAACACGGTGTTCGTAGGGATGCAAACGACATATATTGTATGGACACGGTTGATGGAA
GGACGACCAAGAGCGACCATCTCGGCTTGCTTCATGTTTACTTGTCGTGGCATTCTTGGT
TACTCTACTCAGCTCCCTCTTCCTCAGGATTTTCTAGGATCAGGGGTAGATTT*CCGGTA
GGAAACGTCTCGTTCTTCCTCTTCTACTCAGGCTATGTCGCAGGGTCGACGATAGCATCC
TTGGACATGAGGAGAATGAAGAGGTTGAGACTAGCCTTGCTTTTTGACATCCTCAATGTA
TTACAATCGATCAGGCTTCTCGGGACGAGAGGACAATACACGATCGATCTTGCTGTCGGA
GTTGGCGCTGGGGTTCTCTTTGACTCACTGGCTGGAAAATACGAAGAGATGATGAGCAAG
AGACACAATGTAGGCAATAGTTCTAGTTTGATTTCGGATCGCTAGTTATTAATTTTTTTT
TCTAAAAGTTTTTAGCCTGGACATATTTAATGTAGTTGAAATCTAATTTGTTAAATTTAC
TTTCTTTCAAATTGCTCTAATTAAAATATGAACAATACTAAATTCACCACTTTCCTTTTT
C


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E821TF U 7
AF RR3EW42TF U 1
AF RR3E821JQ C 198
AF RR3EW42JQ C 336
BS 1 155 RR3EW42TF
BS 156 156 RR3E821TF
BS 157 468 RR3EW42TF
BS 469 469 RR3E821TF
BS 470 631 RR3EW42TF
BS 632 900 RR3E821JQ
BS 901 901 RR3EW42JQ
BS 902 968 RR3E821JQ
BS 969 1021 RR3EW42JQ

RD RR3E821TF 567 0 0
GG
AACGGTCATGTCAACTACAACCATCGCCCCTCTCCGTTGGAGTTCTAACTCTCTCAACGG
ATATAACACTAACGCCGTTGCCTTTGACGGAACCGTCGAGTCAATAAGTACTAGCCAAAT
GGAGGACATTGTTACAGTAACCGACGACGGCTACGCCAACCCCAACGGAGGAGGAGGGAG
AAGCAAGGCGTCGTTTATGATGTGGAGGATGTGCAATCCTGTCCACGTGCTGAGAGTCCA
TTGGATACCGTGTTTGTTAGCGCTAGGAGTTCTGTTCTTCACGGGCGTAGAGGAGTACAT
GATCCAGATGATTCCTCCGAGTTCTGAACCGTTCGATATTGGTTTTGTGGCGACGCGCTC
CCTGTATCGCCTCTTGGCTTCTTCACCTGATCTAAATACCGTTTTAGCCGCTCTAAACAC
GGTGTTCGTAGGGATGCAAACGACATATATTGTATGGACACGGTTGATGGAAGGACGACC
AAGAGCGACCATCTCGGCTTGCTTCATGTTTACTTGTCGTGGCATTCTTGGTTACTCTAC
TCAGCTCCCTCTTCCTCACGATTTT

QA 3 567 3 567
DS 

RD RR3EW42TF 638 0 0
GGAAATATAACGGTCATGTCAACTACAACCATCGCCCCTCTCCGTCGGAGTTCTAACTCT
CTCAACGGATATAACACTAACGCCGTTGCCTTTGACGGAACCGTCGAGTCAATAAGTACT
AGCCAAATGGAGGACATTGTTACAGTAACCGACGATGGCTACGCCAACCCCAACGGAGGA
GGAGGGAGAAGCAAGGCGTCGTTTATGATGTGGAGGATGTGCAATCCTGTCCACGTGCTG
AGAGTCCATTGGATACCGTGTTTGTTAGCGCTAGGAGTTCTGTTCTTCACGGGCGTAGAG
GAGTACATGATCCAGATGATTCCTCCGAGTTCTGAACCGTTCGATATTGGTTTTGTGGCG
ACGCGCTCCCTGTATCGCCTCTTGGCTTCTTCACCTGATCTAAATACCGTTTTAGCCGCT
CTAAACACGGTGTTCGTAGGGATGCAAACGACATATATTGTATGGACATGGTTGATGGAA
GGACGACCAAGAGCGACCATCTCGGCTTGCTTCATGTTTACTTGTCGTGGCATTCTTGGT
TACTCTACTCAGCTCCCTCTTCCTCAGGATTTTCTAGGATCAGGGGTAGATTT*CCGGTA
GGAAACGTCTCGTTCTTCCTCTTCTACTCAG
CTATGTC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3E821JQ 771 0 0
GTCGTTTATGATGTGGAGGATGTGCAATCCTGTCCACGTGCTGAGAGTCCATTGGATACC
GTGTTTGTTAGCGCTAGGAGTTCTGTTCTTCACGGGCGTAGAGGAGTACATGATCCAGAT
GATTCCTCCGAGTTCTGAACCGTTCGATATTGGTTTTGTGGCGACGCGCTCCCTGTATCG
CCTCTTGGCTTCTTCACCTGATCTAAATACCGTTTTAGCCGCTCTAAACACGGTGTTCGT
AGGGATGCAAACGACATATATTGTATGGACACGGTTGATGGAAGGACGACCAAGAGCGAC
CATCTCGGCTTGCTTCATGTTTACTTGTCGTGGCATTCTTGGTTACTCTACTCAGCTCCC
TCTTCCTCAGGATTTTCTAGGATCAGGGGTAGATTTTCCGGTAGGAAACGTCTCGTTCTT
CCTCTTCTACTCAGGCTATGTCGCAGGGTCGACGATAGCATCCTTGGACATGAGGAGAAT
GAAGAGGTTGAGACTAGCCTTGCTTTTTGACATCCTCAATGTATTACAATCGATCAGGCT
TCTCGGGACGAGAGGACAATACACGATCGATCTTGCTGTCGGAGTTGGCGCTGGGGTTCT
CTTTGACTCACTGGCTGGAAAATACGAAGAGATGATGAGCAAGAGACACAATGTAGGCAA
TAGTTCTAGTTTGATTTCGGATCGCTAGTTATTAATTTTTTTT*CTAAAAGTTTTTAGCC
TGGACATATTTAATGTAGTTGAAATCTAATTTGTTAAATTTACTTTCTTTC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3EW42JQ 686 0 0
ACCGTTCGATATTGGTTTTGTGGCGACGCGCTCCCTGTATCGCCTCTTGGCTTCTTCACC
TGATCTAAATACCGTTTTAGCCGCTCTAAACACGGTGTTCGTAGGGATGCAAACGACATA
TATTGTATGGACATGGTTGATGGAAGGACGACCAAGAGCGACCATCTCGGCTTGCTTCAT
GTTTACTTGTCGTGGCATTCTTGGTTACTCTACTCAGCTCCCTCTTCCTCAGGATTTTCT
AGGATCAGGGGTAGATTT*CCGGTAGGAAACGTCTCGTTTTTCCTTTTCTACTCAGGCTA
TGTCGCAGGGTCGACGATAGCATCCTTGGACATGAGGAGAATGAAGAGGTTGAGACTAGC
CTTGCTTTTTGACATCCTCAATGTATTACAATCGATCAGGCTTCTCGGGACGAGAGGACA
ATACACGATCGATCTTGCTGTCGGAGTTGGCGCTGGGGTTCTCTTTGACTCACTGGCTGG
AAAATACGAAGAGATGATGAGCAAGAGACACAATGTAGGCAATAGTTCTAGTTTGATTTC
GGATCGCTAGTTATTAATTTTTTTTTCTAAAAGTTTTTAGCCTGGACATATTTAATGTAG
TTGAAATCTAATTTGTTAAATTTACTTTCTTTCAAATTGCTCTAATTAAAATATGAACAA
TACTAAATTCACCACTTTCCTTTTTC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 3

CO CL2790Contig1 1058 3 15 U
GCCTTGTAAATATGAATTCTGTTGGCTTTGTCTTGGTGCATGGATGGATCATGGGGAAAG
AACTGGTGGGTTTTATGCTTGTAACCGGTACGAGGTTGCCAAGCAAGAGGGGCAGTATGA
TGAGACTGAAAGGAGGAGGGAGATGGCAAAAAATTCACTAGAGAGATACACACATTACTA
TGAACGCTGGGCAAGCAATCAAACGTCGAGGCAAAAGGCTATGACGGATCTGCAGCAACT
GCAGACGCATAATCTCGAGAAGCTTAGTGATAAACAGTGCACACCAGAATCTCAGCTCAA
ATTCATCCTAGAAGCTTGGCTGCAGATCATCGAATGTAGGAGAGTCTTGAAATGGACATA
TGCATATGGATACTACCTACCTGATCATGAACATGCCAAGCGAGTGTTTTTCGAGTATTT
GCAAGGGGAAGCTGAGTCAGGTTTGGAGAGACTCCATCAATGCGTAGAGAAGGACTTGCT
TCAGTTTCTCAACGCGGAAGGCCCATCAAAAGATTTCAATGATTTCCGGACAAAACTAGC
TGGTTTGACCAGCGTAACGAAAAATTACTTTGAGAACTTGGTGAAAGCTCTGGAGAACGG
TCTTGCTGATGTAGACTCACACGCGGCTTGCAGCAGCAGATCAACAAGCTCTAAATCAAC
AGGTTGCAGTAGCAAAACAAGAGGCAAAGGCAAAGGAAGTTCCAGAACTGGTTGATCCAG
CATAACAACTGGTGATAAGACGACAAATACCATGTCTTAGTTAAGTTACAAAACCACCCA
AATTGGTCCCCATGATTACTTCCATCAGTTTCTTTGGACATTTTGGAGACTGCACACCAT
CAAAGAAAAACCCCCGAGCTGCACTGCCATAGTGATTCTTTCTCTTTATGTGTGTGTGTG
AGGGTTTGTGATAAGTTTCCTACTCATGTATAGTGTAAAGAATATGTATGTGTTTGTAAC
TTCACTTCTGTCATCTGCTCTTGCTATGACATCTCTGTGAACCGATCAGTGACCTTGTGT
CTGGTTTTATAGAGAAAAAACGAGCCAATGGTGTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO30TF U 1
AF RR3EK22TF U 105
AF RR3BQ42TF U 274
BS 1 300 RR3DO30TF
BS 301 301 RR3EK22TF
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BS 595 623 RR3DO30TF
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BS 625 661 RR3DO30TF
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BS 755 819 RR3EK22TF
BS 820 1058 RR3BQ42TF

RD RR3DO30TF 680 0 0
GCCTTGTAAATATGAATTCTGTTGGCTTTGTCTTGGTGCATGGATGGATCATGGGGAAAG
AACTGGTGGGTTTTATGCTTGTAACCGGTACGAGGTTGCCAAGCAAGAGGGGCAGTATGA
TGAGACTGAAAGGAGGAGGGAGATGGCAAAAAATTCACTAGAGAGATACACACATTACTA
TGAACGCTGGGCAAGCAATCAAACGTCGAGGCAAAAGGCTATGACGGATCTGCAGCAACT
GCAGACGCATAATCTCGAGAAGCTTAGTGATAAACAGTGCACACCAGAATCTCAGCTCAA
GTTCATCCTAGAAGCTTGGCTGCAGATCATCGAATGTAGGAGAGTCTTGAAATGGACATA
TGCATATGGATACTACCTACCTGATCATGAACATGCCAAGCGAGTGTTTTTCGAGTATTT
GCAAGGGGAAGCTGAGTCAGGTTTGGAGAGACTCCATCAATGCGTAGAGAAGGACTTGCT
TCAGTTTCTCAACGCGGAAGGCCCATCAAAAGATTTCAATGATTTCCGGACAAAACTGGC
TGGTTTGACCAGCGTAACGAAAAATTACTTTGAGAACTTGGTGAAAGCTCTGG*GAACGG
TCTTGCTGATGTAGACTCACACGTGGCTTGCAGCAGCAGATCAACAAGCTCTAAATCAAC
ACGTTGCAGTAGCAAA
CAAG

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3EK22TF 715 0 0
AG
GAGGGGCAGTATGATGAGACTGAAAGGAGGAGGGAGATGGCAAAAAATTCACTAGAGAGA
TACACACATTACTATGAACGCTGGGCAAGCAATCAAACGTCGAGGCAAAAGGCTATGACG
GATCTGCAGCAACTGCAGACGCATAATCTCGAGAAGCTTAGTGATAAACAGTGCACACCA
GAATCTCAGCTCAAATTCATCCTAGAAGCTTGGCTGCAGATCATCGAATGTAGGAGAGTC
TTGAAATGGACATATGCATATGGATACTACCTACCTGATCATGAACATGCCAAGCGAGTG
TTTTTCGAGTATTTGCAAGGGGAAGCTGAGTCAGGTTTGGAGAGACTCCATCAATGCGTA
GAGAAGGACTTGCTTCAGTTTCTCAACGCGGAAGGCCCATCAAAAGATTTCAATGATTTC
CGGACAAAACTAGCTGGTTTGACCAGCGTAACGAAAAATTACTTTGAGAACTTGGTGAAA
GCTCTGGAGAACGGTCTTGCTGATGTAGACTCACACGCGGCTTGCAGCAGCAGATCAACA
AGCTCTAAATCAACAGGTTGCAGTAGCAAAACAAGAGGCAAAGGCAAAGGAAGTTCCAGA
ACTGGTTGATCCAGCATAACAACTGGTGATAAGACGACAAATACCC**TCTTAGTTAAGT
TACAAAACCACCCAAATTGGTCCCCATGATTACTTCCATCAGTTTCTTTGGAC

QA 3 715 3 715
DS 

RD RR3BQ42TF 785 0 0
G
CAGTGCACACCAGAATCTCAGCTCAAATTCATCCTAGAAGCTTGGCTGCAGATCATCGAA
TGTAGGAGAGTCTTGAAATGGACATATGCATATGGATACTACCTACCTGATCATGAACAT
GCCAAGCGAGTGTTTTTCGAGTATTTGCAAGGGGAAGCTGAGTCAGGTTTGGAGAGACTC
CATCAATGCGTAGAGAAGGACTTGCTTCAGTTTCTCAACGCGGAAGGCCCATCAAGAGAT
TTCAATGATTTCCGGACAAAACTAGCTGGTTTGACCAGCGTAACGAAAAATTACTTTGAG
AACTTGGTGAAAGCTCTGGAGAACGGTCTTGCTGATGTAGACTCACACGCGGCTTGCAGC
AGCAGATCAACAAGCTCTAAATCAACAGGTTGCAGTAGCAAAACAAGAGGCAAAGGCAAA
GGAAGTTCCAGAACTGGTTGATCCAGCATAACAACTGGTGATAAGACGACAAATACCATG
TCTTAGTTAAGTTACAAAACCACCCAAATTGGTCCCCATGATTACTTCCATCAGTTTCTT
TGGACATTTTGGAGACTGCACACCATCAAAGAAAAACCCCCGAGCTGCACTGCCATAGTG
ATTCTTTCTCTTTATGTGTGTGTGTGAGGGTTTGTGATAAGTTTCCTACTCATGTATAGT
GTAAAGAATATGTATGTGTTTGTAACTTCACTTCTGTCATCTGCTCTTGCTATGACATCT
CTGTGAACCGATCAGTGACCTTGTGTCTGGTTTTATAGAGAAAAAACGAGCCAATGGTGT
CTGC

QA 2 785 2 785
DS 



AS 1 2

CO CL2791Contig1 1117 2 2 U
GGGCAATGAGAAGTGAGAAAACGAAGCGCATACACACACAAGATCCAATATGGAAGAAGA
AAGCACCGCGATCATCATGACGTCACTCTCTACTCTTTCTCCTTCACACCTCACGAGTCT
TACTCACACCATTCTTTCTATCTCCCACCACCATCGCCGTCGTCTCACCTCCGTCCTCTC
CTCTCCGACGCTTTTCTCCCTCACTCTCCGCCACCTCCTTTCTCTCTCCCTTCCTCAAAA
GACCCTCCTCATCGCTACTCACCTCCTTTCTCTTCTCCACCCTCTCCTACTCAACCGCAA
CCACCACCACTCTCTCCCCTCCTCTGCCGCCTTTATGAAGCTCCGGGACCTCGACGCGGT
TGTGCTTCTCCTCTTTCTCTGCGAAACGCACCAGCTAGATCCAGATGTTCTAGAAGCTTC
AGCTGATAACTGGCGGGAAATCCTCGGCGCTATGTGCTCTGACACTATGTTAAACAGTAT
ATCCGGTCTATGGACATGTGACGCCGGAATCTTGATGCCTTACATAGAATCCCTAGTTCG
ATGCAAAAGATTCGTCGACATAATGGGAGGCTACAACCACCACCGTCGTCTACGAGGAGA
GAAAGAAGGATATGAGATCCCAGCGGCTAGAGCGGCTGTGGTGGCGCTACGCGCGGTTGA
GGTGTCTAATGCAACCAGTCTAAATTCCGGAGAAGTAGAATGCGTGATATGCAAAGGGAG
ATATGAGTGAAGGAAGAGATGTTTGTGAAATGCCATGTCAGCATTTGTTCCATTGGAAGT
GTATCTTGCCGTGGCTTAGCAAGAGGAACACGTGTCCTTTCTGTAGGTTTCAGCTTCCCA
CCGACGATGTCTTCTCCGAGATCCAACGGCTATGGGAGATCCTCGTCAAGACCACTGAGT
TACACGTGGCGTGATTAATACACGTGCATATCGTTATCTATACTAGATGTGTCAAGTACT
ATAATCAAATAGGAATGTTTGGACCGTTTCGATGATTCGATCTATAGAATTTATGTTAGT
TTTTTCTTTCGTTTTGATAAGGACACATGTGGTTTCATTATACTCATGGCAACATTTCTT
GTTATAAATTGTGACAACGACGAATTTCGTATATTAT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H845TF U 1
AF RR3DV23TF U 194
AF RR3DV23JQ C 421
AF RR3H845JQ C 502
BS 1 428 RR3H845TF
BS 429 429 RR3DV23TF
BS 430 750 RR3H845TF
BS 751 857 RR3DV23TF
BS 858 886 RR3DV23JQ
BS 887 887 RR3H845JQ
BS 888 893 RR3DV23JQ
BS 894 894 RR3H845JQ
BS 895 1112 RR3DV23JQ
BS 1113 1164 RR3H845JQ

RD RR3H845TF 750 0 0
GGACACACAAAACCATCACAGCACTCTTTGTCCAAGAGTCTTTTAGTTTCATCTACTTAC
AAAAATACTACAAAATTTCAATGGCGTTGGAGGAGGAAAACCACCGGAAAAATGTGGAGG
ACAAGGCTGAGACGGGGAGGAGAAAGAGAGCAATTTGGCAAAGGAAGTGGAAGAGACTGG
ACATTGTGAAAGCTTTTTCTTCTCTCTTTGTGCATTTCCTCTGTCTCTTAGCTCCTTTCA
ATTTCACTTGGCCAGCTTTACGGGTTGCACTCGTTGTCTATACGGTGGGTGGACTCGGTA
TCACCGTCTCTTACCACCGTAACTTGGCTCACCGGAGCTTCAAAGTCCCTAAATGGCTCG
AGTATTTGTTTGCTTATTGTGGCCTCCTTGCCATTCAGGGAGATCCGATTGATTGGGTGA
GCACACACCGATACCATCACCAGTTCACAGACTCGGATAGGGACCCCCATAGTCCAAAGG
AAGGGTTTTGGTTCAGCCATCTCCTATGGCTATTTGATACTGGTTATCTTGTAGAGAAGT
GTGGGAGAAGGACAAATGTGGAAGACTTAAAGAGGCAGTGGTACTATAAATTTCTTCAAA
GAACGGTCATGTACCACATTTTAGCATTTGGTTTCCTCCTCTATTACTACGGTGGTTTGT
CTTTTCTTACTTGGGGAATGGGTATTGGGGTAGCAATGGAGCATCATGTGACTTGCTGCA
TCAACTCTCTTTGCCACATCTGGGGAAGCC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3DV23TF 664 0 0
TTTTTCTTCTCTCTTTGTGCATTTCCTCTGTCTCTTAGCTCCTTTCAATTTCACTTGGCC
AGCTTTACGGGTTGCACTCGTTGTCTATACGGTGGGTGGACTCGGTATCACCGTCTCTTA
CCACCGTAACTTGGCTCACCGGAGCTTCAAAGTCCCTAAATGGCTCGAGTATTTGTTTGC
TTATTGTGGCCTCCTTGCCATTCAGGGAGATCCGATTGATTGGGTGAGCACACATAGATA
CCATCACCAGTTCACAGACTCGGATAGGGACCCCCATAGTCCAAAGGAAGGGTTTTGGTT
CAGCCATCTCCTATGGCTATTTGATACTGGTTATCTTGTAGAGAAGTGTGGGAGAAGGAC
AAATGTGGAAGACTTAAAGAGGCAGTGGTACTATAAATTTCTTCAAAGAACGGTCATGTA
CCACATTTTAGCATTTGGTTTCCTCCTCTATTACTACGGTGGTTTGTCTTTTCTTACTTG
GGGAATGGGTATTGGGGTAGCAATGGAGCATCATGTGACTTGCTGCATCAACTCTCTTTG
CCACATCTGGGGAAGCCGAACCTGGAAGACCAATGACACTTCACGTAACGTTTGGTGGCT
ATCTGTCTTCTCGTTTGGAGAGAGCTGGCACAACAACCACCACGCGTTCGAGTCATCTGC
GAGA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3DV23JQ 692 0 0
GCACACATA
GATACCATCACCAGTTCACAGACTCGGATAGGGACCCCCATAGTCCAAAGGAAGGGTTTT
GGTTCAGCCATCTCCTATGGCTATTTGATACTGGTTATCTTGTAGAGAAGTGTGGGAGAA
GGACAAATGTGGAAGACTTAAAGAGGCAGTGGTACTATAAATTTCTTCAAAGAACGGTCA
TGTACCACATTTTAGCATTTGGTTTCCTCCTCTATTACTACGGTGGTTTGTCTTTTCTTA
CTTGGGGAATGGGTATTGGGGTAGCAATGGAGCATCATGTGACTTGCTGCATCAACTCTC
TTTGCCACATCTGGGGAAGCCGAACCTGGAAGACCAATGACACTTCACGTAACGTTTGGT
GGCTATCTGTCTTCTCGTTTGGAGAGAGCTGGCACAACAACCACCACGCGTTCGAGTCAT
CTGCGAGACAAGGCTTGGAATGGTGGCAAATCGACATCTCTTGGTACATCGTCCGCTTCC
TCGAGATTATCGGTTTGGCTACTGACGTTAAGCTCCCTTCAGAGAGTCAGCGACGTCGTA
TGGCTTTGGTTCGTTGAAAATGGAGAATATTACAGCTCGATTTCTCGTCTCCGTTAAGTA
TACGTTAATATCTACGTACGCTTAAAGTTTTAGGTAACGTAACACTTGTAATAACATTGT
GATATGCGGTGTTTTTCGTTGTC

QA 10 692 10 692
DS 

RD RR3H845JQ 663 0 0
TCCTATGGCTATTTGATACTGGTTATCTTGTAGAGAAGTGTGGGAGAAGGACAAATGTGG
AAGACTTAAAGAGGCAGTGGTACTATAAATTTCTTCAAAGAACGGTCATGTACCACATTT
TAGCATTTGGTTTCCTCCTCTATTACTACGGTGGTTTGTCTTTTCTTACTTGGGGAATGG
GTATTGGGGTAGCAATGGAGCATCATGTGACTTGCTGCATCAACTCTCTTTGCCACATCT
GGGGAAGCCGAACCTGGAAGACCAATGACACTTCACGTAACGTTTGGTGGCTATCTGTCT
TCTCATTTGGAGAGAGCTGGCACAACAACCACCACGCGTTCGAGTCATCTGCGAGACAAG
GCTTGGAATGGTGGCAAATCGACATATCTTGGCACATCGTCCGCTTCCTCGAGATTATCG
GTTTGGCTACTGACGTTAAGCTCCCTTCAGAGAGTCAGCGACGTCGTATGGCTTTGGTTC
GTTGAAAATGGAGAATATTACAGCTCGATT*CTCGTCTCCGTTAAGTATACGTTAATATC
TACGTACGCTTAAAGTTTTAGGTAACGTAACACTTGTAATAACATTGTGATATGCGGTGT
TTTTCGTTGTCATGTCGTGTGTGGTGTTGGAACGAACCTGCTATATGATAAAAGTTACAA
ACT

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL2793Contig1 710 2 20 U
GGACCAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAATCTATACTCGG
GCGTGCGGGCGTGCGTCAATGGCGACTCAAGGACAGGTTATCACATGCAAAGCTGCGGTG
GCATACGAGCCGAACAAACCACTGGTGATCGAAGATGTGCAAGTGGATCCCCCTCAGGCC
GGTGAGGTTCGAATCAAGATCCTCTTCACCGCTCTCTGTCACACCGACGCCTACACTTGG
AGCGGCAAGGATCCCGAAGGTCTCTTTCCTTGTATCCTCGGTCACGAGGCTGCTGGGATT
GTTGAGAGTGTTGGTGAAGGTGTAAGTGAAGTGCAACCAGGGGATCATGTAATCCCTTGT
TACCAAGCGGAGTGCCGTGAATGCAAGTTCTGCAAATCTGGAAAGACTAACCTCTGCGGC
AAGGTTCGATCCGCTACTGGTGTTGGGGTCATGATGAACGACCGCAAGAGCCGCTTCTCC
GTTAATGGCAAACCCATTTATCACTTCATGGGTACCTCCACCTTTAGTCAGTACACTGTT
GTTCATGATGTTAGTGTCGCCAAGATTGATCCTCACGCTCCTTTGGACAAAGTCTGCCTT
CTTGGTTGTGGTGTTCCCACTGGCCTTGGAGCAATTTGGAACACTGCAAAAGTGGAACCT
GGGTCAAATGTTGCCATTTTTGGTCTTGGGACCGTGGGGCTTGCTGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BM08TF U 1
AF RR3F333TF U 21
BS 1 59 RR3BM08TF
BS 60 60 RR3F333TF
BS 61 67 RR3BM08TF
BS 68 68 RR3F333TF
BS 69 166 RR3BM08TF
BS 167 167 RR3F333TF
BS 168 191 RR3BM08TF
BS 192 192 RR3F333TF
BS 193 323 RR3BM08TF
BS 324 324 RR3F333TF
BS 325 332 RR3BM08TF
BS 333 333 RR3F333TF
BS 334 368 RR3BM08TF
BS 369 369 RR3F333TF
BS 370 450 RR3BM08TF
BS 451 451 RR3F333TF
BS 452 479 RR3BM08TF
BS 480 480 RR3F333TF
BS 481 641 RR3BM08TF
BS 642 710 RR3F333TF

RD RR3BM08TF 641 0 0
GGACCAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAATCTATACTCGT
GCGTGCGTGCGTGCGTCAATGGCGACTCAAGGACAGGTTATCACATGCAAAGCTGCGGTG
GCATACGAGCCGAACAAACCACTGGTGATCGAAGATGTGCAAGTGGCTCCCCCTCAGGCC
GGTGAGGTTCGGATCAAGATCCTCTTCACCGCTCTCTGTCACACCGACGCCTACACTTGG
AGCGGCAAGGATCCCGAAGGTCTCTTTCCTTGTATCCTCGGTCACGAGGCTGCTGGGATT
GTTGAGAGTGTTGGTGAAGGTGTTAGTGAAGTTCAACCAGGGGATCATGTAATCCCTTGT
TACCAAGCTGAGTGCCGTGAATGCAAGTTCTGCAAATCTGGAAAGACTAACCTCTGCGGC
AAGGTTCGATCCGCTACTGGTGTTGGGGTCGTGATGAACGACCGCAAGAGCCGCTTCTCT
GTTAATGGCAAACCCATTTATCACTTCATGGGTACCTCCACCTTTAGTCAGTACACTGTT
GTTCATGATGTTAGTGTCGCCAAGATTGATCCTCACGCTCCTTTGGACAAAGTCTGCCTT
CTTGGTTGTGGTGTTCCCACTGGCCTTGGAGCAATTTGGAA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3F333TF 690 0 0
GAG
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAATCTATCCTCGGGCGTGCGGGCGT****CAATGGC
GACTCAAGGACAGGTTATCACATGCAAAGCTGCGGTGGCATACGAGCCGAACAAACCACT
GGTGATCGAAGATGTGCAAGTGGATCCCCCTCAGGCCGGTGAGGTTCGAATCAAGATCCT
CTTCACCGCTCTCTGTCACACCGACGCCTACACTTGGAGCGGCAAGGATCCCGAAGGTCT
CTTTCCTTGTATCCTCGGTCACGAGGCTGCTGGGATTGTTGAGAGTGTTGGTGAAGGTGT
AAGTGAAGTGCAACCAGGGGATCATGTGATCCCTTGTTACCAAGCGGAGTGTCGTGAATG
CAAGTTCTGCAAATCTGGAAAGACTAACCTCTGCGGCAAGGTTCGATCCGCTACTGGTGT
TGGGGTCATGATGAACGACCGTAAGAGCCGCTTCTCCGTTAATGGCAAACCCATTTATCA
CTTCATGGGTACCTCCACCTTTAGTCAGTACACTGTTGTTCATGATGTTAGTGTCGCCAA
GATTGATCCTCACGCTCCTTTGGACAAAGTCTGCCTTCTTGGTTGTGGTGTTCCCACTGG
CCTTGGAGCAGTTTGGAACACTGCAAAAGTGGAACCTGGGTCAAATGTTGCCATTTTTGG
TCTTGGGACCGTGGGGCTTGCTGTTGC

QA 4 690 4 690
DS 



AS 2 4

CO CL2794Contig1 580 2 3 U
GTGGGTCACCCAGTTGAAAACGTGATCTTTACGATGCTGATCATGGAAAGAAAGTACTAA
GCATGGCTCCTGGACTTGAAAGACTCAACATCCTTCCTTTCAGGGTTGCTGCATATGACA
AGACACAAGGCAAAATGGCTTTCTTTGACCCCTCGAGGCCTCAAGATTTCTTGTTCATCT
CCGGCACTAAGATGCGCACATTGGCCAAGAACAAAGAAAACCCTCCGGATGGATTCATGT
GCCCAGGTGGATGGCAAGTTCTTGTTGATTACTATGACAGCTTGTCTCCGGCTGGTAAAC
TACCGGAAGTGGTTCCAGCCTAGGACAACGACAAAGAAACTGTCTCTGCGTCGTTTTTAA
AACTGTCTCTGATTTGTGTTGTGGACCTTTGAGGCAACTGTCGTTGTTGTATAGGAGAAG
CCTATATATAAATCTGGCCGGACCTTTTTTCAAAATAAAATACATAAAAGACTGTTTCCT
TTACGAAAGTTGTAATATTTGATGCAATCACCTTCTGGTGAAAACTTGTACCGTGTGAAA
CGATTGTGTTTATATGAAAACAACAAGAAGCAGTTTTGCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3F807JQ C 1
AF RR3F807TF U 1
BS 1 1 RR3F807JQ
BS 2 579 RR3F807TF
BS 580 580 RR3F807JQ

RD RR3F807JQ 580 0 0
GTGGGTCACCCAGTTGAAAACGTGATCTTTACGATGCTGATCATGGAAAGAAAGTACTAA
GCATGGCTCCTGGACTTGAAAGACTCAACATCCTTCCTTTCAGGGTTGCTGCATATGACA
AGACACAAGGCAAAATGGCTTTTTTTGACCCCTCGAGGCCTCAAGATTTTTTGTTCATTT
CCGGCACTAAGATGCGCACATTGGCCAAGAACAAAGAAAACCCTCCGGATGGATTCATGT
GCCCAGGTGGATGGCAAGTTCTTGTTGATTACTATGACAGCTTGTTTCCGGCTGGTAAAC
TACCGGAAGTGGTTCCAGCCTAGGACAACGACAAAGAAACTGTTTTTGCGTCGTTTTTAA
AACTGTTTTTGATTTGTGTTGTGGACCTTTGAGGCAACTGTCGTTGTTGTATAGGAGAAG
CCTATATATAAATCTGGCCGGACCTTTTTTCAAAATAAAATACATAAAAGACTGTTTCCT
TTACGAAAGTTGTAATATTTGATGCAATCACCTTCTGGTGAAAACTTGTACCGTGTGAAA
CGATTGTGTTTATATGAAAACAACAAGAAGCAGTTTTGCC

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3F807TF 580 0 0
G
TGGGTCACCCAGTTGAAAACGTGATCTTTACGATGCTGATCATGGAAAGAAAGTACTAAG
CATGGCTCCTGGACTTGAAAGACTCAACATCCTTCCTTTCAGGGTTGCTGCATATGACAA
GACACAAGGCAAAATGGCTTTCTTTGACCCCTCGAGGCCTCAAGATTTCTTGTTCATCTC
CGGCACTAAGATGCGCACATTGGCCAAGAACAAAGAAAACCCTCCGGATGGATTCATGTG
CCCAGGTGGATGGCAAGTTCTTGTTGATTACTATGACAGCTTGTCTCCGGCTGGTAAACT
ACCGGAAGTGGTTCCAGCCTAGGACAACGACAAAGAAACTGTCTCTGCGTCGTTTTTAAA
ACTGTCTCTGATTTGTGTTGTGGACCTTTGAGGCAACTGTCGTTGTTGTATAGGAGAAGC
CTATATATAAATCTGGCCGGACCTTTTTTCAAAATAAAATACATAAAAGACTGTTTCCTT
TACGAAAGTTGTAATATTTGATGCAATCACCTTCTGGTGAAAACTTGTACCGTGTGAAAC
GATTGTGTTTATATGAAAACAACAAGAAGCAGTTTTGC
C

QA 2 579 2 579
DS 



CO CL2794Contig2 957 2 12 U
GCTTCGCAAGGAGCTGGGGAAGCGTGGTGCCGATGCTGTCTTTGCTTTCCAGCTTAGGAA
CCCGGTTCACAACGGTCACGCGCTTCTTATGACTGATACTCGGAGGAGACTTCTTGAGAT
GGGATACAAGAACCCTATCCTTTTGCTTCATCCATTGGGAGGGTACACGAAGGCTGATGA
TGTTCCTCTGAGTTGGAGGATGAAGCAGCACGAGAAGGTGTTAGAGGACGGTGTTCTTGA
TCCAGAGACTACAGTGGTTTCCATATTCCCGTCTCCTATGCATTACGCAGGTCCAACCGA
AGTGCAGTGGCACGCAAAGGCTAGAATCAATGCAGGTGCTAACTTCTACATTGTGGGCCG
TGATCCAGCCGGGATGGGTCACCCAGTTGAAAAACGTGATCTGTACGACGCTGATCATGG
AAAGAAAGTACTAAGCATGGCTCCTGGACTTGAAAGACTCAATATCCTTCCTTTCAGGGT
TGCTGCATATGACAAGACACAAGGCAAAATGGCTTTCTTTGATCCCTCGAGGCCTCAAGA
TTTCTTGTTCATCTCCGGCACTAAGATGCGCACATTGGCCAAGAACAAAGAAAACCCTCC
GGATGGATTCATGTGCCCAGGTGTATGGCAAGTTCTTGTTGATTACTATGACAGCTTGTC
TCCGGCAGGTAAACTACCGGAAGTGGTTCCAGCCTAAGACAACGACAAAGAAACTGTCAC
TGCGTCGTTTAAGAAACTGTCTCTGATTTGTGTTGTGGACCTTTGAGGCAACTGTCGTTG
TTGTATAGGATAAGCCTATATATAAATCTGGCCGGACCTTTTTTCAAAATAAAAATACAT
AAAAGACTGTTTCCTTAACGAAAGTTGTAATATTTGATGCAATCACCTTCTGGTGGAAAC
TTGTACCATATGAAACGATTGTGTTTATATGCAAACAACAAGAAGCAGTTTTGCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD05TF U 1
AF RR3GD05JQ C 319
BS 1 667 RR3GD05TF
BS 668 668 RR3GD05JQ
BS 669 701 RR3GD05TF
BS 702 702 RR3GD05JQ
BS 703 731 RR3GD05TF
BS 732 732 RR3GD05JQ
BS 733 760 RR3GD05TF
BS 761 761 RR3GD05JQ
BS 762 767 RR3GD05TF
BS 768 768 RR3GD05JQ
BS 769 784 RR3GD05TF
BS 785 957 RR3GD05JQ

RD RR3GD05TF 784 0 0
GCTTCGCAAGGAGCTGGGGAAGCGTGGTGCCGATGCTGTCTTTGCTTTCCAGCTTAGGAA
CCCGGTTCACAACGGTCACGCGCTTCTTATGACTGATACTCGGAGGAGACTTCTTGAGAT
GGGATACAAGAACCCTATCCTTTTGCTTCATCCATTGGGAGGGTACACGAAGGCTGATGA
TGTTCCTCTGAGTTGGAGGATGAAGCAGCACGAGAAGGTGTTAGAGGACGGTGTTCTTGA
TCCAGAGACTACAGTGGTTTCCATATTCCCGTCTCCTATGCATTACGCAGGTCCAACCGA
AGTGCAGTGGCACGCAAAGGCTAGAATCAATGCAGGTGCTAACTTCTACATTGTGGGCCG
TGATCCAGCCGGGATGGGTCACCCAGTTGAAAAACGTGATCTGTACGACGCTGATCATGG
AAAGAAAGTACTAAGCATGGCTCCTGGACTTGAAAGACTCAATATCCTTCCTTTCAGGGT
TGCTGCATATGACAAGACACAAGGCAAAATGGCTTTCTTTGATCCCTCGAGGCCTCAAGA
TTTCTTGTTCATCTCCGGCACTAAGATGCGCACATTGGCCAAGAACAAAGAAAACCCTCC
GGATGGATTCATGTGCCCAGGTGTATGGCAAGTTCTTGTTGATTACTATGACAGCTTGTC
TCCGGCATGTAAACTACCGGAAGTGGTTCCAGCCTAAGACA*CGACAAAGAAACTGTCAC
TGCGTCGTTTA*GAAACTGTCTCTGATTTGTGTTGTGGAC*TTTGAG*CAACTGTCGTTG
TTGT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3GD05JQ 639 0 0
GGCTAGAATCAATGCAGGTGCTAACTTCTACATTGTGGGCCGTGATCCAGCCGGGATGGG
TCACCCAGTTGAAAAACGTGATCTGTACGACGCTGATCATGGAAAGAAAGTACTAAGCAT
GGCTCCTGGACTTGAAAGACTCAATATCCTTCCTTTCAGGGTTGCTGCATATGACAAGAC
ACAAGGCAAAATGGCTTTCTTTGATCCCTCGAGGCCTCAAGATTTCTTGTTCATTTCCGG
CATTAAGATGCGCACATTGGCCAAGAACAAAGAAAACCCTCCGGATGGATTCATGTGCCC
AGGTGTATGGCAAGTTCTTGTTGATTACTATGACAGCTTGTTTCCGGCAGGTAAACTACC
GGAAGTGGTTCCAGCCTAAGACAACGACAAAGAAACTGTCACTGCGTCGTTTAAGAAACT
GTTTCTGATTTGTGTTGTGGACCTTTGAGGCAACTGTCGTTGTTGTATAGGATAAGCCTA
TATATAAATCTGGCCGGACCTTTTTTCAAAATAAAAATACATAAAAGACTGTTTCCTTAA
CGAAAGTTGTAATATTTGATGCAATCACCTTCTGGTGGAAACTTGTACCATATGAAACGA
TTGTGTTTATATGCAAACAACAAGAAGCAGTTTTGCTAC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 4

CO CL2795Contig1 688 4 4 U
TTTTTTTTTGATTCAAAATTTAAAACTTATAAAGTTCTTCAAAAGTAAACGATCAAGACA
TTGTCAAAACATTATCCAATAACCATAAAGACAAAACTCAAAAGATGATATACTTCAACA
ACTCTTTTCTCGAAACGGTTGAGAGAAGAAAGTAAACACAAACCAGATTTGCTTAACGGT
AACTCTTCTGGAAACGAGAACGAGCACCACGCCCTCCAAACTTCTTCGGCTCGCACCTCC
TCGGATCCGCCACGAGCAGAGTCCTATCGTACCTTATCAGAATGTCCCTTGACCTCCTTC
TTCGACTGCTCATCAACATACTTCTGGTAAAACGCCACAAGCGCCTTCGTGATGCTCTGA
CGAATCGCGTAGACCTGGGAAGTGTGACCACCGCCGTTGACACTGATCCTCATGTCGAAA
CCTGCGAAACGGTGCTTTCCGAGGAGAAAGACCGGCTCGAAGATCTTGAACCGGAGGATC
TCTGGGTTGAATAGCTCGATCGGGGAACCGTTGAGCTTGATCAGGCCGCATCCGCGTTTG
CAGTGAGTGACGGCGACGGCCGTCTTCTTCCTTCCGAAGCATTGCACGGATGCTTTAGCT
TGTTGAGTCGCCATGATTGGGGGTTGAAAGATTCGGTGCTTCACCTGCAGCAGCCAAGAG
AGAAAACCCTAATGCAAAATGTCTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G854TF C 4
AF RR3G854JQ U 18
AF RR3FI65TF C 1
AF RR3FI65JQ U 10
BS 1 9 RR3FI65TF
BS 10 287 RR3FI65JQ
BS 288 288 RR3FI65TF
BS 289 688 RR3FI65JQ

RD RR3G854TF 191 0 0
CTAAGA
GATTCAAAATTTAAAACTTATAAAGTTCTTCAAAAGTAAACGATCAAGACATTGTCAAAA
CATTATCCAATAACCATAAAGACAAAACTCAAAAGATGATATACTTCAACAACTCTTTTC
TCGAAACGGTTGAGAGAAGAAAGTAAACACAAACCAGATTTGCTTAACGGTAACTCTTCT
GGAAA

QA 7 191 7 191
DS 

RD RR3G854JQ 271 0 0
ATTTAAAACTTATAAAGTTCTTCAAAAGTAAACGATCAAGACATTGTCAAAACATTATCC
AATAACCATAAAGACAAAACTCAAAAGATGATATACTTCAACAACTCTTTTCTCGAAACG
GTTGAGAGAAGAAAGTAAACACAAACCAGATTTGCTTAACGGTAACTCTTCTGGAAACGA
GAACGAGCACCACGCCCTCCAAACTTCTTCGGCTCGCACCTCCTCGGATCCGCCACGAGC
AGAGTCCTATCGTACCTTATCAGAATGTCC
C

QA 1 270 1 270
DS 

RD RR3FI65TF 548 0 0
TTTTTTTTTGATTCAAAATTTAAAACTTATAAAGTTCTTCAAAAGTAAACGATCAAGACA
TTGTCAAAACATTATCCAATAACCATAAAGACAAAACTCAAAAGATGATATACTTCAACA
ACTCTTTTCTCGAAACGGTTGAGAGAAGAAAGTAAACACAAACCAGATTTGCTTAACGGT
AACTCTTCTGGAAACGAGAACGAGCACCACGCCCTCCAAACTTCTTCGGCTCGCACCTCC
TCGGATCCGCCACGAGCAGAGTCCTATCGTACCTTATCAGAATGTCCCTTGACCTCCTTC
TTCGACTGCTCATCAACATACTTCTGGTAAAACGCCACAAGCGCCTTCGTGATGCTCTGA
CGAATCGCGTAGACCTGGGAAGTGTGACCACCGCCGTTGACACTGATCCTCATGTCGAAA
CCTGCGAAACGGTGCTTTCCGAGGAGAAAGACCGGCTCGAAGATCTTGAACCGGAGGATC
TCTGGGTTGAATAGCTCGATCGGGGAACCGTTGAGCTTGATCAGGCCGCATCCGCGTTTG
CAGTGAGT

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3FI65JQ 679 0 0
GATTCAAAATTTAAAACTTATAAAGTTCTTCAAAAGTAAACGATCAAGACATTGTCAAAA
CATTATCCAATAACCATAAAGACAAAACTCAAAAGATGATATACTTCAACAACTCTTTTC
TCGAAACGGTTGAGAGAAGAAAGTAAACACAAACCAGATTTGCTTAACGGTAACTCTTCT
GGAAACGAGAACGAGCACCACGCCCTCCAAACTTCTTCGGCTCGCACCTCCTCGGATCCG
CCACGAGCAGAGTCCTATCGTACCTTATCAGAATGTCC*TTGACCTCCTTCTTCGACTGC
TCATCAACATACTTCTGGTAAAACGCCACAAGCGCCTTCGTGATGCTCTGACGAATCGCG
TAGACCTGGGAAGTGTGACCACCGCCGTTGACACTGATCCTCATGTCGAAACCTGCGAAA
CGGTGCTTTCCGAGGAGAAAGACCGGCTCGAAGATCTTGAACCGGAGGATCTCTGGGTTG
AATAGCTCGATCGGGGAACCGTTGAGCTTGATCAGGCCGCATCCGCGTTTGCAGTGAGTG
ACGGCGACGGCCGTCTTCTTCCTTCCGAAGCATTGCACGGATGCTTTAGCTTGTTGAGTC
GCCATGATTGGGGGTTGAAAGATTCGGTGCTTCACCTGCAGCAGCCAAGAGAGAAAACCC
TAATGCAAAATGTCTATCC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 2 4

CO CL2796Contig1 992 2 2 U
GGAGAAGACCAAAGATGATGACGACGGCGACGTGCGTCGTCGGAGCTCCGTTGGTACTTA
CTCGTTCTAGACTGATTCCGACGACCTTAAAGTGCTTCGCTTCCACCGCGAATTCTGAGC
TTCTCCGTTCCCAGCTCGATCGTCTTCACGCGGAGGCAGAGTCCACTCGTGCTAAAGCAA
ATAGTAATAGGTTGAGACTTTTGAGATTATCCGAGGCTGCTGAGAATCTACGGAGACAAG
CATCTGTTCATGTTCAGACAGGGAAAGAGAACGATGCAAGAGAGTTGCTTCTCCAGAAGA
AGAAAGTCATGCAAGCTCTGGACAAGGCCAAATCCCGTATCGAGTTGCTCGATACCCTTT
CTTCCAAACTTAACGAGGCCATATCTGTCAAGGAAACACAGCTGATTGGGAACATATCTT
TAGATCTCCAAGTAGATACTGACAATAATAATACTTCAGATGGAGTTCGCATTGTATCTC
CAAAGCCTGAGTCTACTCAAGAGAATGACACAACTGACTTGGATTCTCAGGAAAGTCAAC
TTACTGAAAACAACTTTGAGGAACAACACCAAGAAGAGGCTTTAACTGGCAGCATCTTCA
GAGAAGTGTCTTCTTATGACTCTTTCCTGGAAAATCTAGACCAGAAACTTGGCAGAATCG
AGGATGAACTCGTCACTGTTGTGAATGTTGCGTCGTTGGTGCTTAGTCATGAAGATAAAC
CCAATAATCTAAAGGTTCAGCAAACATCAGAAATTCTTGAAGAGATTCGTTCTGTGAGGG
AAAGGATTGCAAATATCGTTTACAAAGAAGCAAACATCAGTTAGTGCCTCAAGCTTCTTC
TTGGTATGAACAGTTTAGCATTTTCTATTCAGGTCTATGGCTCTTCTTGATGTGATGTGA
TGTGATATGATGTGAATATTAAATTTCTTGTTAAGTTGGGTACATTAAATTTTGATGAGA
TATATATATGTACAAACTTAGGTGTTAGGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL76TF U 1
AF RR3CL76JQ C 225
BS 1 654 RR3CL76TF
BS 655 992 RR3CL76JQ

RD RR3CL76TF 654 0 0
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TTCTCCGTTCCCAGCTCGATCGTCTTCACGCGGAGGCAGAGTCCACTCGTGCTAAAGCAA
ATAGTAATAGGTTGAGACTTTTGAGATTATCCGAGGCTGCTGAGAATCTACGGAGACAAG
CATCTGTTCATGTTCAGACAGGGAAAGAGAACGATGCAAGAGAGTTGCTTCTCCAGAAGA
AGAAAGTCATGCAAGCTCTGGACAAGGCCAAATCCCGTATCGAGTTGCTCGATACCCTTT
CTTCCAAACTTAACGAGGCCATATCTGTCAAGGAAACACAGCTGATTGGGAACATATCTT
TAGATCTCCAAGTAGATACTGACAATAATAATACTTCAGATGGAGTTCGCATTGTATCTC
CAAAGCCTGAGTCTACTCAAGAGAATGACACAACTGACTTGGATTCTCAGGAAAGTCAAC
TTACTGAAAACAACTTTGAGGAACAACACCAAGAAGAGGCTTTAACTGGCAGCATCTTCA
GAGAAGTGTCTTCTTATGACTCTTTCCTGGAAAATCTAGACCAGAAACTTGGCA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3CL76JQ 768 0 0
G
ATCTACGGAGACAAGCATCTGTTCATGTTCAGACAGGGAAAGAGAACGATGCAAGAGAGT
TGCTTCTCCAGAAGAAGAAAGTCATGCAAGCTCTGGACAAGGCCAAATCCCGTATCGAGT
TGCTCGATACCCTTTCTTCCAAACTTAACGAGGCCATATCTGTCAAGGAAACACAGCTGA
TTGGGAACATATCTTTAGATCTCCAAGTAGATACTGACAATAATAATACTTCAGATGGAG
TTCGCATTGTATCTCCAAAGCCTGAGTCTACTCAAGAGAATGACACAACTGACTTGGATT
CTCAGGAAAGTCAACTTACTGAAAACAACTTTGAGGAACAACACCAAGAAGAGGCTTTAA
CTGGCAGCATCTTCAGAGAAGTGTCTTCTTATGACTCTTTCCTGGAAAATCTAGACCAGA
AACTTGGCAGAATCGAGGATGAACTCGTCACTGTTGTGAATGTTGCGTCGTTGGTGCTTA
GTCATGAAGATAAACCCAATAATCTAAAGGTTCAGCAAACATCAGAAATTCTTGAAGAGA
TTCGTTCTGTGAGGGAAAGGATTGCAAATATCGTTTACAAAGAAGCAAACATCAGTTAGT
GCCTCAAGCTTCTTCTTGGTATGAACAGTTTAGCATTTTCTATTCAGGTCTATGGCTCTT
CTTGATGTGATGTGATGTGATATGATGTGAATATTAAATTTCTTGTTAAGTTGGGTACAT
TAAATTTTGATGAGATATATATATGTACAAACTTAGGTGTTAGGAGC

QA 2 768 2 768
DS 



CO CL2796Contig2 973 2 4 U
GGGTAATAAGAAGACCAAAGATGGTGACGACGGCGACGTGCGTCGTCGGAGCTCCATTGG
TAGTTACTCGTTCTAGACGGATTCCGACGACCTTAAAGTGCTTCGCTTCCACCGCCAATT
CTGAGCTTCTCCGTTCCCAGCTCGATCGTCTTCACGCGGAGGCAGAGTTCACTCGTGCTA
AAGCAAATAGTAATAGGTTGAGACTTTTGAGATTATCCGAAGCTGCAGAGAATCTAAGGA
GACAAGCATCTGTAAGCGTTCAGACAGGGAAAGAGAACGATGCAAGAGAACTGCTTCTCC
AGAAGAAGAAAGTCATGCAAGCTTTGGACAAGGCCAAATCCCGTATCGAGTTGCTCGATG
CCCTTTCTTCCAAACTTAACGAGGCAATATCTGCCAAGGAAACACAGCTGATTGGGAACA
TATCTTTAGATCTCCAAGTAGATACTGACAATAATAATACTTCAGATGGAGTTCGCATTG
TATCTCCAAAGCCTGAGTCTACTCAAGAGAACGACACAGCCGACTTGGATTCTCAGGAAA
GTCAACTTATTGAAAACAACTTTGAGGAACAACACCAAGAAGAGGCTTTAACTGGCAGCA
TCTTCAGAGAAGTGTCTTCTTATGAATCTTTCCTGGAAAAATTAGACCAGAAACTTGGCA
GAATCGAGGCTGAACTAGTCACTGTTGTGAACGTTACGTCCTTGGTGCTTAGTCATGAAG
ATAAACCCAATAATCTAAAGGTTCAGCAAACATCAGAAATTCTTGAAGAGATTCGTTCTG
TCAGGGAAAGGATTGCAAATATCATTTCCAAAGAAGCAAACATCAGTTAGTGCCTCAAGC
TCCTTCTTGGGTATGAACAGTCTAAGCATTTATATACTCATTCAGGTCCATGGCTCTTCT
TTGATGTGATGTGATGTGATGTGAATATTAAATTTCTTGTTAATGTTGGGTACATTAAAT
TTTGATGAGATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES69TF U 1
AF RR3ES69JQ C 272
BS 1 640 RR3ES69TF
BS 641 641 RR3ES69JQ
BS 642 668 RR3ES69TF
BS 669 973 RR3ES69JQ

RD RR3ES69TF 671 0 0
GGGTAATAAGAAGACCAAAGATGGTGACGACGGCGACGTGCGTCGTCGGAGCTCCATTGG
TAGTTACTCGTTCTAGACGGATTCCGACGACCTTAAAGTGCTTCGCTTCCACCGCCAATT
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AAGCAAATAGTAATAGGTTGAGACTTTTGAGATTATCCGAAGCTGCAGAGAATCTAAGGA
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TATCTTTAGATCTCCAAGTAGATACTGACAATAATAATACTTCAGATGGAGTTCGCATTG
TATCTCCAAAGCCTGAGTCTACTCAAGAGAACGACACAGCCGACTTGGATTCTCAGGAAA
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GAATCGAG
CTG

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DS 

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CCTGGAAAAATTAGACCAGAAACTTGGCAGAATCGAGGCTGAACTAGTCACTGTTGTGAA
CGTTACGTCCTTGGTGCTTAGTCATGAAGATAAACCCAATAATCTAAAGGTTCAGCAAAC
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AGAAGCAAACATCAGTTAGTGCCTCAAGCTCCTTCTTGGGTATGAACAGTCTAAGCATTT
ATATACTCATTCAGGTCCATGGCTCTTCTTTGATGTGATGTGATGTGATGTGAATATTAA
ATTTCTTGTTAATGTTGGGTACATTAAATTTTGATGAGATAC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 3

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AACAAACGTATCTATGGCTGTTGAAGCTCGCCACATGAACATTTTCTCTCCTCAGTTGTT
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CGGAGAAACTCTCGCCGTAAATCCTTTGTCTAACGCGGCTGCGAAAGCTAGCCTTAAACA
AATCAGAAAGTGGTCTCACATACAACTTTAACTCTACCAACGTTCTTCCACCGTCCACAA
AACGTCCGCGAGTATCTCAGTACCTTGACTCAGACGCTCAATACGCGTCTGCGTTTAAAC
GGAGGTCCAGCGCGTTTGGTCCACCATCATCACTGATAAACGCTGAACTCATATCTCATA
TCCAAAACCAACAACAGTTGGAGATTGATCAGTTCGTAGCTCAGCAAACAGAGAATCTGA
GAATAGAGATTGAAGCTCGCCAGCGAAATCAAACGCGGATGCTAGCGTCTGCGGTTCAAA
ACGCGATAGCCAAGAAGTTGAAAGAGAAAGACGACGAAATCATACGGATGAGGAACCTTA
ACTGCGTTTTACAAGAGCGCGTCAAAAGTCTTTACGTTGAAAATCATATATGGCGAGATA
TAGCTCAAACCAACGAAGCGCAAGCTAACAATCTTCGTGCAAACCTCTACCAAGTTCTTG
CTCAAATCAAAACGTTACCAACCGCTGTAGAAAACGACGTGGAGTCGAGCCGCGGAAGTT
GCGGTGAAGGTGGTGAAGCTATTGCAGCGGTTAGTGGCGGTTGCAAGCGGTGCGGTGAGA
GAGAAGCGAGTGTGTTGGTGTTACCTTGTCGTCATTTGTGTTTGTGTACGGTTTGTGGTT
TGGCTTTGTTACGGACTTGTCCGGTTTGCGATTCAGTCATGAACGCTAGTGTACATGTCA
ACATGTTTTTTTAACCTTTTTTTTACTTTTGGTGCAATTAAATTGGTACTTTTTCTCTAG
AAACTTTATTTAATTCTTTTGTTTTGTAAGTACGTTTTCTATAAATGTTAATTTTATTTT
TAATTTTGTGTTTTATAATCTCGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX24TF U 1
AF RR3AV73TF U 61
AF RR3AV73JQ C 481
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QA 1 653 1 653
DS 

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AATCA*AAAGTGGTCTCACATACAACTTTAACTCTACCAACGTTCTTCCACCGTCCACAA
AACGTCCGCGAGTATCTCAGTACCTTGACTCAGACGCTCAATACGCGTCTGCGTTTAAAC
GGAGGTCCAGCGCGTTTGGTCCACCATCATCACTGATAAACGCTGAACTCATATCTCATA
TCCAAAACCAACAACAGTTGGAGATTGATCAGTTCGTAGCTCAGCAAACAGAGAATCTGA
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GCG
GT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3AV73JQ 625 0 0
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QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 4

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GTCTTCTTCTCCTTTCCCACGTAATTCCCCCCCCCAAATCAACTCTCTCTCTCTAGGGCT
TAATCAATCATGAACCTTCTTCTTCCTCTCTTCTAAACTTCTCCACGCCTAAACTTCCCC
TCTCTCTCTAATTTATTCCCCTTGATCGGCGACGGAGAAAGCCAAGTCCGAAAATCTGGA
AATGTCCGTCTCCAAGCTCAAAGAGCGCCACGCCGTAGCTACAGAGACCGTTAACAACCT
CCGAGATAGACTTAAACAAAGACGCCTCCAGCTTCTAGATACCGATGTGGCCAAGTACTC
GGTGGCTCAAGGTCGTTCTCCGGTGAAATTCGGAGCCACGGATCTGGTTTGTTGCCGTAC
TCTTCAGGGCCACACCGGAAAAGTTTATTCGTTGGACTGGACGCCTGAGAGGAACCGGAT
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TCATGCTATTAAACTCCCTTGCGCGTGGGTTATGACCTGTGCCTTCTCTCCGAATGGTCA
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GGATAAGGACGGAACTGTACCGGTTTCGAGGATGCTAAGTGGCCACAGGGGGTATGTTTC
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GTCTGGACATACTGCTGATGTACTAAGTGTCTCAATCAGTGGATCAAACCCAAACTGGTT
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TCATCAACTCCAGGTGTATCAGCCACATGGTGATGGTGAGAACGTACCTGTGACCTCCAT
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CGTTTGGGATACTCTTTTGGGAGAAATTGTATTGGATTTAGGGGAACTGCAGGATTCGCA
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CTGGGATTCAAATCTAAAGATATGGGCGTTTGGAGGGCACAGGAGAGTGATATGAAGAAG
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AAATATATTCTGTACTCTTTTGTTTGTAATCTGTGTGAAAAAAATGGGGATGGGGAAGGT
GTGTGTTACTTTTGAATAGTGGAATAGAGGATCAAAACTTCTCTAGTTTACCAGTGTGCG
TTTGATTTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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GG
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GGT

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DS 



AS 1 4

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TTCAGGCATAACTAAATCGAATCATAAGCACTTCAAAGTATAACTAAAACTTCCTGATCT
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AAACTGTACAACTGTGTTTCCCTCAGTTTATGTTTTTCATCTCTCTTTGAATTTGCAATG
GGAACACTTGATTCATGAT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH58TF U 1
AF RR3AC39TF U 6
AF RR3AC39JQ C 454
AF RR3DH58JQ C 355
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BS 840 840 RR3DH58JQ
BS 841 859 RR3AC39TF
BS 860 922 RR3DH58JQ
BS 923 923 RR3AC39JQ
BS 924 933 RR3DH58JQ
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BS 935 972 RR3DH58JQ
BS 973 973 RR3AC39JQ
BS 974 1159 RR3DH58JQ

RD RR3DH58TF 652 0 0
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TTCAGGCATAACTAAATCGAATCATAAGCACTTCAAAGTATAACTAAAACTTCCTGATCT
ATTAACTGACAATAGATTCTTGGGCTCTTCTTTATTTCGACAGATTCTAATCCGTTATAG
TTGTTTCAAACGACACGGTGAAACCTTTGTTTTTATATAATATCAGACTCCTACTTCATC
ATCTGTGAAACTTTTAAGCTAAAAATGGGTGTTGAAAAAATGGTGTGTTTGGTTTCTCGC
ACTGGTCGTCAGTTTCAGAGATACAACAAAGGTCGTCGCCAAGTCGTCGGATGTATTCCG
TACAGATTCAAGTTATCAAGCGATGGTAAAATTAGTGACGAGGTAGAAGTTCTTGTTATC
TCTTCTCAAAAAGGTCACGCCATGATGTTTCCTAAGGGTGGTTGGGAGCTTGATGAATCT
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CATCAGTTAGGAAAATGGGACTTTTTGAGCAAAAGCAGAGGAACATACTATGAAGGACTG
ATGTTCCCTTTGCTTGTAACAGAACAACTTGAGCTTTGGCCTGAGCAACA
TG

QA 1 650 1 650
DS 

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GCATAACTAAATCGAATCATAAGCACTTCAAAGTATAACTAAAACTTCCTGATCTATTAA
CTGACAATAGATTCTTGGGCTCTTCTTTATTTCGACAGATTCTAATCCGTTATAGTTGTT
TCAAACGACACGGTGAAACCTTTGTTTTTATATAATATCAGACTCCTACTTCTTCATCTG
TGAAACTTTTAAGCTAAAAATGGGTGTTGAAAAAATGGTGTGTTTGGTTTCTCGCACTGG
TCGTCAGTTTCAGAGATACAACAAAGGTCGTCGCCAAGTCGTCGGATGTATTCCGTACAG
ATTCAAGTTATCAAGCGATGGTAAAATTAGTGACGAGGTAGAAGTTCTTGTTATCTCTTC
TTAAAAAGGTCACGCCATGATGTTCCCTAAGGGTGGTTGGGAGCTTGATGAATCTGTAGA
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GTTAGGAAAATGGGACTTTTTGAGCAAAAGCAGAGGAACATACTATGAAGGACTGATGTT
CCCTTTGCTTGTAACAGAACAACTTGAGCTTTGGCCTGAGCAACACGCTAGGCAAAGAAT
CTGGATGAACGTAGTTGACGCCAGAGAAGCCTGTAGAGATTGGTGGATGAAAGAAGCATT
AGATGTTTTGGTTGCGAGACTCTCGTCACCAATTATTCAACCAAAGGAAGAGAAGACTCT
TTCCATCTCTATTGAAACAATGTGCTGATGACTGCTGATTGTGATGGGAGTTTT*GGACT
AGTGGGTCTCTGTA

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DS 

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GAAGCTGGAGTTCTTGGCAACGTAGAGCATCAGTTAGGAAAATGGGACTTTTTGAGCAAA
AGCAGAGGAACATACTATGAAGGACTGATGTTCCCTTTGCTTGTAACAGAACAACTTGAG
CTTTGGCCTGAGCAACACGCTAGGCAAAGAATCTGGATGAACGTAGTTGACGCCAGAGAA
GCCTGTAGAGATTGGTGGATGAAAGAAGCATTAGATGTTTTGGTTGCGAGACTCTCGTCA
CCAATTATTCAACCAAAGGAAGAGAAGACTCTTTCCATCTCTATTGAAACAATGTGCTGA
TGACTGCTGATTGTGATGGGAGTTTTTGGACTAGTGGGTCTCTGTACATACAAATAGATG
GGTTTCAGTTAGTATTGAGACTGCTGAAGATCAAAACAAATGCAGAGCCCGAAAACAAAA
ATTATGAGTAGATTTTTAGGTTTAATTTGGAGCAAAAAAATTATCATGTGATTTAACAAG
TCTTGTATGTCGTGTTTATAATGTTTCTGCAAG

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3DH58JQ 805 0 0
TA
TCCGTACAGATTCAAGTTATCAAGCGATGGTAAAATTAGTGACGAGGTAGAAGTTCTTGT
TATCTCTTCTCAAAAAGGTCACGCCATGATGTTTCCTAAGGGTGGTTGGGAGCTTGATGA
ATCTGTAGAAGAAGCTGCATCAAGAGAGTCTCTTGAAGAAGCTGGAGTTCTTGGCAACGT
AGAGCATCAGTTAGGAAAATGGGACTTTTTGAGCAAAAGCAGAGGAACATACTATGAAGG
ACTGATGTTCCCTTTGCTTGTAACAGAACAACTTGAGCTTTGGCCTGAGCAACATGCTAG
GCAAAGAATCTGGATGAACGTAGTTGACGCCAGAGAAGCCTGTAGAGATTGGTGGATGAA
AGAAGCATTAGATGTTTTGGTTGCGAGACTCTCGTCACCAATGATTCAACCAAAGGAAGA
GAAGACTCTTTCCATCTCTATTGAAACAATGTGCTGATGACTGCTGATTGTGATGGGAGT
TTTTGGACTAGTGGGTCTCTGTACATACAAATAGATGGGTTTCAGTTAGTATTGAGACTG
CTGAAGATCAAAACAAATGCAGAGCCGGAAAACAAAAGTTATGAGTAGATTTTTAGGTTT
AATTTGGAGCAAAAAA*TTATCATGTGATTTAACAAGTCTTGTATGTCGTGTTTATAATG
TTTCTGCAAGATTTGATTAAAGGGACGATGAAGTGTTACGGACCTAAACAAAGAAAGCAA
GCAAAAACTGTACAACTGTGTTTCCCTCAGTTTATGTTTTTCATCTCTCTTTGAATTTGC
AATGGGAACACTTGATTCATGAT

QA 3 805 3 805
DS 



AS 1 3

CO CL2800Contig1 983 3 7 U
GCTGAAAACCAAAATGCTTTCACCGCAAAATAATATAAGTGCTAATGATAACGGGCAGAA
GCCCCAAAAATTAGAAGTAGTCTTAGAGAGGACATGTTAAGATTCAAGAACAGAGTATCA
TGCCAAGTTTTGTGTACGCCAAACAAACTCCAGAAAAACAAGGAACACATGCATTGTCAA
TTTACTCCACATTGCTACTCTCAAATCAGTCTTTACTCTTTATCCCACTCCAGCTCCAAC
TGCATCGGATCAGCCTTTGGAAGTGAAGCAAACCCCTGGACAGCAATACCAACGTCACCT
CCTGTTATCCGATCCCAGCCCAGGATGTGTGGAAGGGCAAAACTGAAAGCACTCTTCAGC
ACTGCAAATTCAGCTTTGGAGACAGGAACCACAATACGGTCATTGCTGTTGTGGATGTTA
TCGGCAACGGTCAATTGAAAGAAGTAGCCGGTAGAATCTGCGAGTGGCTTAATGGACAGT
GACTTCCTGACTTGACCAGCATTACTTGATTTCATGGAAGGGTCATGGAAAAACTCAGAG
CTGTCCTGAGGACCCATGCTGATCACGGATCCAACTTCAGTAGGTGACAAAGCAAACAGC
TGTTTCTTCTCCCAGTCGTACTTGCGTTCGCTAACAGCAGGCATAAAAGTCATCATCACG
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CTAGGCTTAGCAGTATCACCACGTTTAGTGGTAGAGGAGGAATCAGCCCAGGTTGCGAGA
CCACGCGACGCGGAAGACTTAGAGATTCCTTCGAAAAGTGAGTTGCTTTGGTTGCAAAGG
CTCCTGGAGAGCAGAGTGCGAGCTTGCTTCATCATATTTCTCCCCAAAGTGAAAACGAGT
ACTAGTGCTGCTGCTGCGTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CU43JQB U 1
AF RR3CR95JQ U 86
AF RR3A708TF C 279
BS 1 279 RR3CU43JQB
BS 280 280 RR3CR95JQ
BS 281 644 RR3CU43JQB
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BS 777 983 RR3A708TF

RD RR3CU43JQB 645 0 0
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TGCCAAGTTTTGTGTACGCCAAACAAACTCCAGAAAAACAAGGAACACATGCATTGTCAA
TTTACTCCACATTGCTACTCTCAAATCAGTCTTTACTCTTTATCCCACTCCAGCTCCAAC
TGCATCGGATCAGCCTTTGGAAGTGAAGCAAACCCCTGGGCAGCAATACCAACGTCACCT
CCTGTTATCCGATCCCAGCCCAGGATGTGTGGAAGGGCAAAACTGAAAGCACTCTTCAGC
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CTGTCCTGAGGACCCATGCTGATCACGGATCCAACTTCAGTAGGTGACAAAGCAAACAGC
TGTTTCTTCTCCCAGTCGTACTTGCGTTCGCTAACAGCAGGCAT
C

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3CR95JQ 695 0 0
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AACTCCAGAAAAACAAGGAACACATGCATTGTCAATTTACTCCACATTGCTACTCTCAAA
TCAGTCTTTACTCTTTATCCCACTCCAGCTCCAACTGCATCGGATCAGCCTTTGGAAGTG
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GAACCACAATACGGTCATTGCTGTTGTGGATGTTATCGGCAACGGTCAATTGAAAGAAGT
AGCCGGTAGAATCTGCGAGTGGCTTAATGGACAGTGACTTCCTGACTTGACCAGCATTAC
TTGATTTCATGGAAGGGTCATGGAAAAACTCAGAGCTGTCCTGAGGACCCATGCCGATCA
CGGATCCAACTTCAGTAGGTGACAAAGCAAACAGCTGTTTCTTCTCCCAGTCGTACTTGC
GTTCGCTAACAGCAGGCATAAAAGTCATCATCACGGATCCACGACGGTCTATCCTGAGAC
TCCCAGGATCGATTTTGGTGAAAGTGGGGAGGACAGGTTCAACAGAGAGAGCAGCTCGTC
CTTTGAAGATAGCGTAAGGTGCGAACACACG
TCCA

QA 1 691 1 691
DS 

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CG
CAGCAATACCAACGTCGCCTC*TGTTATTCGATCCCAGCCCAGGATGTGTGGAAGGGCAA
AACTGAAAGCACTCTTCAGCACTGCAAATTCAGCTTTGGAGACAGGAACCACAATACGGT
CATTGCTGTTGTGGATGTTATCGGCAACGGTCAATTGAAAGAAGTAGCCGGTAGAATCTG
CGAGTGGCTTAATGGACAGTGACTTCCTGACTTGACCAGCATTACTTGATTTCATGGAAG
GGTCATGGAAAAACTCAGAGCTGTCCTGGGGACCCATGCTGATCACGGATCCAACTTCAG
TAGGTGACAAAGCAAACAACTGTTTCTTCTCCCAGTCGTACTTGCGTTCGCTAACAGCAG
GCATAAAAGTCATCATCACGGATCCACGACGGTCTATCCTGAGATTTCCAGGATCGATTT
TGGTGAAAGTGGGGAGGACAGGTTCAACAGAGAGAGCAGCTCTTCCTTTAAAGATAGCGT
AAGGTGCGAACACACGACCACTAGGCTTAGCAGTATCACCACGTTTAGTGGTAGAGGAGG
AATCAGCCCAGGTTGCGAGACCACGCGACGCGGAAGACTTAGAGATTCCTTCGAAAAGTG
AGTTGCTTTGGTTGCAAAGGCTCCTGGAGAGCAGAGTGCGAGCTTGCTTCATCATATTTC
TCCCCAAAGTGAAAACGAGTACTAGTGCTGCTGCTGCGTCCCC

QA 3 705 3 705
DS 



AS 1 3

CO CL2801Contig1 1241 3 4 U
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AGGTTTCGACATTGACTTTTGTATCAATTCGAAGATGACGATTCAAGACCTTGCTCCGGT
TCCAAGGAGGTGCTCTTCATCCAACGACGTGGCGGCTCCGTTACTGCCCAGAGTTCAGAG
AGAAGAAGTTGCTTGCGACGAGTTCAACGGAGCTTCTTTCAGTGGCGCCGTTTTCAATCT
CGCCACGACGATAATCGGTGCTGGCATCATGGCTCTGCCCGCGACGATGAAGATCTTAGG
GCTGGTGCTCGGGATCACGATGATCGTTGTGATGGCTTTCTTGAGCGATGCCTCTATTGA
GTTCTTGCTTAGGTTTAGTAATATTAAGAAGAGTCGGTCTTACGGTGGCTTGATGGGTGA
CTCTTTTGGGAAGCCTGGGAGGGTTTTGCTTCAAGTTGCTGTTTTAGTTAACAACATTGG
TGTTTTGATTGTCTACATGATCATCATTGGTGATGTGTTGGCTGGAAAGACAGAAGATGG
CATCCACCATTATGGTGTTCTTGAAGGATGGTTTGGTCACCATTGGTGGAACGGAAGACT
TGCTATTCTTCTCATTACTACTCTTGGTGTCTTTGCTCCTTTGGCTTGCTTCAAACGAAT
TGATTCTTTGAGATTTACATCTGCCTTATCAGTGGCTCTAGCCGTCGTGTTCCTCATCTC
TGTCATCTTCTTGGGTGCAAACTGCATCCCGAGCATTTGGGATGCGTTCCAGTTCACTGG
AGCCACTGCTGCTGTTTGTCTCGGATTCATATTCCCAGCTTCTATTATACTAAAGGATCG
TCATGGCAGAGCAACAAGCAGGGACACGATCTTAGGAGTTTTCATGGTTGTTCTTGCGGT
GTGGCCAATGCTATCGCTATTTACAGCGATGCTTATGCGTTGTTCAAGAGGAACGCACCT
CGTGAGTGATGTGGAGGATGAGTAAATTGTGCCAGTTTGGGGGTGTTCTTGGATGAAGAA
GGAAAACAAAAGTGTTTGTTTTTATTCCATCTTCTTTTTCTTATGCGAGGTTGAATAAGC
GAGAAGACAGGACTTGTCTTCTCTTTGTGTGTTGTACCGTTGTTGTTGAGTGTTGTTTTA
GGGTGTATGTACTTCTCTGCTTGCTTGTGGTTTTGTATCACCATGAGTGTAGAAACTTTG
TATAAAGATCAAATGTAATGCAGAATACATACTTTTTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F939TF U 5
AF RR3GS75TF U 1
AF RR3GS75JQ C 601
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BS 108 752 RR3GS75TF
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RD RR3F939TF 557 0 0
GG
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CGACATTGACTTTTGTATCAATTCGAAGATGACGATTCAAGACCTTGCTCCGGTTCCAAG
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AGTTGCTTGCGACGAGTTCAACGGAGCTTCTTTCAGTGGCGCCGTTTTCAATCTCGCCAC
GACGATAATCGGTGCTGGCATCATGGCTCTGCCCGCGACGATGAAGATCTTAGGGCTGGT
GCTCGGGATCACGATGATCGTTGTGATGGCTTTCTTGAGCGATGCCTCTATTGAGTTCTT
GCTTAGGTTTAGTAATATTAAGAAGAGTCGGTCTTACGGTGGCTTGATGGGTGACTCTTT
TGGGAAGCCTGGGAGGGTTTTGCTTCAAGTTGCTGTTTTAGTTAACAACATTGGTGTTTT
GATTGTCTACATGATCATCATTGGTGATGTGTTGGCTGGAAAGACAGAAGATGGCATCCA
CCATTATGGTGTTCT

QA 3 557 3 557
DS 

RD RR3GS75TF 752 0 0
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AGGTTTCGACATTGACTTTTGTATCAATTCGAAGATGACGATTCAATACCTTGCTCCGGT
TCCAAGGAGGTGCTCTTCATCCAACGACGTGGCGGCTCCGTTACTGCCCAGAGTTCAGAG
AGAAGAAGTTGCTTGCGACGAGTTCAACGGAGCTTCTTTCAGTGGCGCCGTTTTCAATCT
CGCCACGACGATAATCGGTGCTGGCATCATGGCTCTGCCCGCGACGATGAAGATCTTAGG
GCTGGTGCTCGGGATCACGATGATCGTTGTGATGGCTTTCTTGAGCGATGCCTCTATTGA
GTTCTTGCTTAGGTTTAGTAATATTAAGAAGAGTCGGTCTTACGGTGGCTTGATGGGTGA
CTCTTTTGGGAAGCCTGGGAGGGTTTTGCTTCAAGTTGCTGTTTTAGTTAACAACATTGG
TGTTTTGATTGTCTACATGATCATCATTGGTGATGTGTTGGCTGGAAAGACAGAAGATGG
CATCCACCATTATGGTGTTCTTGAAGGATGGTTTGGTCACCATTGGTGGAACGGAAGACT
TGCTATTCTTCTCATTACTACTCTTGGTGTCTTTGCTCCTTTGGCTTGCTTCAAACGAAT
TGATTCTTTGAGATTTACATCTGCCTTATCAGTGGCTCTAGCCGTCGTGTTCCTCATCTC
TGTCATCTTCTTGGGTGCAAACTGCATCCCGA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3GS75JQ 641 0 0
TGCTATTCTTCTCATTACTACTCTTGGTGTCTTTGCTCCTTTGGCTTGCTTCAAACGAAT
TGATTCTTTGAGATTTACATCTGCCTTATCAGTGGCTCTAGCCGTCGTGTTCCTCATCTC
TGTCATCTTCTTGGGTGCAAACTGCATCCCGAGCATTTGGGATGCGTTCCAGTTCACTGG
AGCCACTGCTGCTGTTTGTCTCGGATTCATATTCCCAGCTTCTATTATACTAAAGGATCG
TCATGGCAGAGCAACAAGCAGGGACACGATCTTAGGAGTTTTCATGGTTGTTCTTGCGGT
GTGGCCAATGCTATCGCTATTTACAGCGATGCTTATGCGTTGTTCAAGAGGAACGCACCT
CGTGAGTGATGTGGAGGATGAGTAAATTGTGCCAGTTTGGGGGTGTTCTTGGATGAAGAA
GGAAAACAAAAGTGTTTGTTTTTATTCCATCTTCTTTTTCTTATGCGAGGTTGAATAAGC
GAGAAGACAGGACTTGTCTTCTCTTTGTGTGTTGTACCGTTGTTGTTGAGTGTTGTTTTA
GGGTGTATGTACTTCTCTGCTTGCTTGTGGTTTTGTATCACCATGAGTGTAGAAACTTTG
TATAAAGATCAAATGTAATGCAGAATACATACTTTTTGTGC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 3

CO CL2802Contig1 977 3 5 U
GGGACAAGAACAGAGAAAAGATAATAAAATGATAAGCCTTAGGTTTCAACCAAGCACCGC
CGGTGTTCTGTCGGCGTCAGTCAGCCGCGCCGGATTTATCAAGCGATGCGGTTTGACTAA
ACCGAGAAGAACCGCCCGGTTAGGAACGATGGCTATGGCGGCTGCTCCTCTCGAAATCTG
CGTCAAAGCTTCCATCACCACACCCAACAAGCTCGGAGACTGCCCTTTTTGCCAAAGGGT
GTTGCTGACGATGGAGGAGAAGCATGTACCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAA
CAAGCCAGAGTGGTTCTTGCAAATTAGTGCAGAAGGTAAAGTCCCAGTGGTGAAGTTTGA
TGAGAAATGGGTTCCGGATTCTGATGTTATAACACAAGCTTTGGAAGACAAGTACCCTGA
GCCTCCTCTAGCAACCCCACCCGAAAAGGCTTCAGTTGGGTCCAAGATCTTCTCCACGTT
TATCGGTTTTCTCAAGAGTAAAGATTCAGGAGATGGAACTGAGCAAGTGTTACTAGATGA
GCTTAGTACATTCAACGATTATCTCAAAGAAAATGGACCTTACATAAACGGAGAGAAGAT
CTCAGCAGCTGATTTGTCCTTGGCACCAAAGTTATACCACATGAAGATTGCACTGGGACA
TTTCAAGAACTGGTCTGTTCCAGATTCACTTCCTTTCCTTAAATCCTACATGGAGAATGT
GTTCTCGAGGGAATCATTCAAGAATACAGAGGCGCAAACAGAGGATGTGATTGCTGGTTG
GAGACCAAAGGTGATGGGTTGAAGAGAGTAAAAAGGTTTAGATGTTTGGCCTCATCACTC
AAGTCAAGGGATCCATCATCTTCTCTCTTACTTCCTTCCTTCTAGTACAATGTAAAAAAA
CATAATCAAATCTTTCTTCAAATGTTGTTAACAACAAGTGTGGCGCGCCAGAGCAATAAA
AACAAGACTATTCAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FO74TF U 1
AF RR3FK81TF U 99
AF RR3FO74JQ C 229
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BS 162 162 RR3FK81TF
BS 163 698 RR3FO74TF
BS 699 724 RR3FK81TF
BS 725 977 RR3FO74JQ

RD RR3FO74TF 698 0 0
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CGGTGTTCTGTCGGCGTCAGTCAGCCGCGCCGGATTTATCAAGCGATGCGGTTTGACTAA
ACCGAGAAGAACCGCCCGGTTAGGAACGATGGCTATGGCGGGTGCTCCTCTCGAAATCTG
CGTCAAAGCTTCCATCACCACACCCAACAAGCTCGGAGACTGCCCTTTTTGCCAAAGGGT
GTTGCTGACGATGGAGGAGAAGCATGTACCTTATGACATGAAAATGGTGGATTTGAGTAA
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TGAGAAATGGGTTCCGGATTCTGATGTTATAACACAAGCTTTGGAAGACAAGTACCCTGA
GCCTCCTCTAGCAACCCCACCCGAAAAGGCTTCAGTTGGGTCCAAGATCTTCTCCACGTT
TATCGGTTTTCTCAAGAGTAAAGATTCAGGAGATGGAACTGAGCAAGTGTTACTAGATGA
GCTTAGTACATTCAACGATTATCTCAAAGAAAATGGACCTTACATAAACGGAGAGAAGAT
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TTTCAAGAACTGGTCTGTTCCAGATTCACTTCCTTTCC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3FK81TF 626 0 0
G
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GGCTGCTCCTCTCGAAATCTGCGTCAAAGCTTCCATCACCACACCCAACAAGCTCGGAGA
CTGCCCTTTTTGCCAAAGGGTGTTGTTGACTATGGAGGAGAAGCATGTACCTTATGACAT
GAAAATGGTGGATTTGAGTAACAAGCCTGAGTGGTTCTTGCAAATTAGTGCAGAAGGTAA
AGTCCCAGTGGTGAAGTTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCTGATGTCATAACACAAAC
TTTGGAAGACAAGTACCCTGAGCCTCCTCTAGCAACTCCACCCGAAAAGGCTTCAGTTGG
GTCAAAGATCTTCTCCACGTTTATCGGTTTTCTCAAGAGCAAAGATTCAGGAGATGGAAC
TGAGCAAGTGTTACTAGATGAGCTTAGTACATTCAACGATTATCTCAAAGAAAATGGACC
TTACATAAACGGAGAGAAGATCTCAGCAGCTGATTTGTCCTTGGCACCAAAGTTATACCA
CATGAAGATTGCACTGGGACATTTCAAGAACTGGTCTGTTCCAGATTCACTTCCTTTCCT
TAAATCCTACATGGAGAATGTGTTC

QA 2 626 2 626
DS 

RD RR3FO74JQ 749 0 0
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GGATTTGAGTAACAAGCCAGAGTGGTTCTTGCAAATTAGTGCAGAAGGTAAAGTCCCAGT
GGTGAAGTTTGATGAGAAATGGGTTCCGGATTCTGATGTTATAACACAAGCTTTGGAAGA
CAAGTACCCTGAGCCTCCTCTAGCAACCCCACCCGAAAAGGCTTCAGTTGGGTCCAAGAT
CTTCTCCACGTTTATCGGTTTTCTCAAGAGTAAAGATTCAGGAGATGGAACTGAGCAAGT
GTTACTAGATGAGCTTAGTACATTCAACGATTATCTCAAAGAAAATGGACCTTACATAAA
CGGAGAGAAGATCTCAGCAGCTGATTTGTCCTTGGCACCAAAGTTATACCACATGAAGAT
TGCACTGGGACATTTCAAGAACTGGTCTGTTCCAGATTCACTTCCTTTCCTTAAATCCTA
CATGGAGAATGTGTTCTCGAGGGAATCATTCAAGAATACAGAGGCGCAAACAGAGGATGT
GATTGCTGGTTGGAGACCAAAGGTGATGGGTTGAAGAGAGTAAAAAGGTTTAGATGTTTG
GCCTCATCACTCAAGTCAAGGGATCCATCATCTTCTCTCTTACTTCCTTCCTTCTAGTAC
AATGTAAAAAAACATAATCAAATCTTTCTTCAAATGTTGTTAACAACAAGTGTGGCGCGC
CAGAGCAATAAAAACAAGACTATTCAGAG

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 4

CO CL2803Contig1 1458 4 3 U
GGGCCACAGTCGAGTAATTTGGTAATAATGGTGGTGGCCGTGGGTGTGCTCCACCTCCTC
TCATCGTCTTCTTCGCGAATCGTTTGTTTATCTACTTCTTCTCGCCCTCCCCTATCAGCT
GCTGTTGCTAAAGTGGTACTTAAAAAGGGAAAGACGCAGCTGTTCAAAGACGGAAGTCCA
ATGGTGTACAGTGGAGCGGTGGACAGGATCATCGGAAAGCCACCTCCAAAGACCGGAGAC
GTCGTCATTGTCGCCAACGGCACCGAGAATCCCATCGGCTGGGGTTTGTATAACTCCGTT
TCTATGTTCTGTGTTCGCCTTATGCAGCTCCAACACGAATCCACCATAGATCCTTCTTGT
GCACTCAACGTTGAGAAGCTTCTCCAGACTAGAATCACTCAAGCTGTTCAGTTAAGGAAT
CATTTGGGACTCCCTCGGAAAATAACCACACTAATGCTTATCGTCTTGTCAACAGTGAGG
GAGATAGATTGTCTGGATTGATAGTGGATGTGTTTGGAGATATAGCTGTGGTTGCATCCT
CAGCTGCTTGGATTGAAAAGTACAGGAATCATGTGGAGGCTTGCTTGAGATCATCAGTCC
ATGGAATTAATCACATCAACTGGAGACCTTCTCTTGATCTTCTCAAAGAAGATGGCTTTG
ATATCTCCTCTTTTAAACTAACACAATCATCATCATCATCTCCTCCTCTCCCCGAGAGAT
CAATGGTGGTGGAAAATGAAATCACTTACGCAATCTCGCTAGAGGGACAGAAGACAGGGT
TCTACACCGATCAACGCGAAAACCGTCACTTCATATCAACCATCTCCGCTGGCAAAAGAG
TTCTTGATCTCTGCTGCTATAGTGGTGGTTTCGCACTTAATGCTGCCAGAGGAGGTGCTA
CCAGTGTCCTCGGGATTGATTCATCTTTACCTGCTTTGGAGCTGGCCAGAGAGAATGTAA
TCCTCAACCATATGGATCCAGGGAAGGTTGTTTTCTTCAAACAAGATTCTACAGAATTCA
TGAAGGGTGCTCTGTCAAGGGAAGAGACTTGGGACATTGTCATCCTTGACCCTCCTAAGC
TAGCTCCAAGGAAAAAGGTTTTACATAACGCGGCAGGAATGTACAGAAATCTCAACTCGT
TGGCAATGAGATTGACAAGTAGTGGAGGTTTGTTGATGACATGCTCATGTTCAGGTGCCA
TGACACAGAGTGGAAAGTTCTTGGGCATTCTTCAGAGCGCTGCAGCAATGGCTGGGAGGA
AGATAACTGTGGTTAGGGAAGCTGGAGCTGCTTCTGATCACCCACTTGACCCATCCTACC
CTCAAGGCCACTATCTCTCCAATATTCTCCTTCGGGTCCTCTGAGTTTTGGTTTCAACAA
TAGCTCAATTTTTTTATTTTTAATGTTGGTTGGGGACCAAAGTAATTTAAGTTTGAAACA
AGAAGAAAAGTTTAAGAT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3AL01TF U 1
AF RR3F282TF U 487
AF RR3AL01JQ C 715
AF RR3F282JQ C 808
BS 1 601 RR3AL01TF
BS 602 1093 RR3F282TF
BS 1094 1458 RR3AL01JQ

RD RR3AL01TF 601 0 0
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TCATCGTCTTCTTCGCGAATCGTTTGTTTATCTACTTCTTCTCGCCCTCCCCTATCAGCT
GCTGTTGCTAAAGTGGTACTTAAAAAGGGAAAGACGCAGCTGTTCAAAGACGGAAGTCCA
ATGGTGTACAGTGGAGCGGTGGACAGGATCATCGGAAAGCCACCTCCAAAGACCGGAGAC
GTCGTCATTGTCGCCAACGGCACCGAGAATCCCATCGGCTGGGGTTTGTATAACTCCGTT
TCTATGTTCTGTGTTCGCCTTATGCAGCTCCAACACGAATCCACCATAGATCCTTCTTGT
GCACTCAACGTTGAGAAGCTTCTCCAGACTAGAATCACTCAAGCTGTTCAGTTAAGGAAT
CATTTGGGACTCCCTCGGAAAATAACCACACTAATGCTTATCGTCTTGTCAACAGTGAGG
GAGATAGATTGTCTGGATTGATAGTGGATGTGTTTGGAGATATAGCTGTGGTTGCATCCT
CAGCTGCTTGGATTGAAAAGTACAGGAATCATGTGGAGGCTTGCTTGAGATCATCAGTCC
A

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3F282TF 607 0 0
GATTGTCTGGATTGATAGTGGATGTGTTTGGAGATATAGCTGTGGTTGCATCCTCAGCTG
CTTGGATTGAAAAGTACAGGAATCATGTGGAGGCTTGCTTGAGATCATCAGTCCATGGAA
TTAATCACATCAACTGGAGACCTTCTCTTGATCTTCTCAAAGAAGATGGCTTTGATATCT
CCTCTTTTAAACTAACACAATCATCATCATCATCTCCTCCTCTCCCCGAGAGATCAATGG
TGGTGGAAAATGAAATCACTTACGCAATCTCGCTAGAGGGACAGAAGACAGGGTTCTACA
CCGATCAACGCGAAAACCGTCACTTCATATCAACCATCTCCGCTGGCAAAAGAGTTCTTG
ATCTCTGCTGCTATAGTGGTGGTTTCGCACTTAATGCTGCCAGAGGAGGTGCTACCAGTG
TCCTCGGGATTGATTCATCTTTACCTGCTTTGGAGCTGGCCAGAGAGAATGTAATCCTCA
ACCATATGGATCCAGGGAAGGTTGTTTTCTTCAAACAAGATTCTACAGAATTCATGAAGG
GTGCTCTGTCAAGGGAAGAGACTTGGGACATTGTCATCCTTGACCCTCCTAAGCTAGCTC
CAAGGAA

QA 1 607 1 607
DS 

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AAAGAGTTCTTGATCTCTGCTGCTATAGTGGTGGTTTCGCACTTAATGCTGCCAGAGGAG
GTGCTACCAGTGTCCTCGGGATTGATTCATCTTTACCTGCTTTGGAGCTGGCCAGAGAGA
ATGTAATCCTCAACCATATGGATCCAGGGAAGGTTGTTTTCTTCAAACAAGATTCTACAG
AATTCATGAAGGGTGCTCTGTCAAGGGAAGAGACTTGGGACATTGTCATCCTTGACCCTC
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ACTCGTTGGCAATGAGATTGACAAGTAGTGGAGGTTTGTTGATGACATGCTCATGTTCAG
GTGCCATGACACAGAGTGGAAAGTTCTTGGGCATTCTTCAGAGCGCTGCAGCAATGGCTG
GGAGGAAGATAACTGTGGTTAGGGAAGCTGGAGCTGCTTCTGATCACCCACTTGACCCAT
CCTACCCTCAAGGCCACTATCTCTCCAATATTCTCCTTCGGGTCCTCTGAGTTTTGGTTT
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GAAACAAGAAGAAAAGTTTAAGAT

QA 1 744 1 744
DS 

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GTTTCGCACTTAATGCTGCCAGAGGAGGTGCTACCAGTGTCCTCGGGATTGATTCATCTT
TACCTGCTTTGGAGCTGGCCAGAGAGAATGTAATCCTCAACCATATGGATCCAGGGAAGG
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CTTGGGACATTGTCATCCTTGACCCTCCTAAGCTAGCTCCAAGGAAAAAGGTTTTACATA
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GTTTGTTGATGACATGCTCATGTTCAGGTGCCATGACACAGAGTGGAAAGTTCTTGGGCA
TTCTTCAGAGCGCTGCAGCAATGGCTGGGAGGAAGATAACTGTGGTTAGGGAAGCTGGAG
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TCCTTCGGGTCCTCTGAGTTTTGGTTTCAACAATAGCTCAATTTTTTTATTTTTAATGTT
GGTTGGGGACCAAAGTAATTTAAGTTTGAAACAAGAAGAAAAGTTT

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 4

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AAAAATGATGAAGATAGTCAAGACTATAAACGAGAGTTGAGGAGTTTTTCTCATCATATA
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 

AF RR3DP08JQ U 1
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AF RR3AM02TF C 51
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BS 557 559 RR3AM02JQ

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TTAAAGGAAAGGTGAT
CC

QA 1 556 1 556
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ATAGTGTTAAAGAAAAATAACAGAAAAAATGTAAAAAAATACTTCAAAGATATTATTGTT
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ATGCATAGGTTTTCTGGTTTTTGACCCAAAGCATACACTCTTTGTCTTAGGTCCGCGTTT
CTCACGACAACTTTTTTGGCATTCAGATTCTACACACATCCCATCTTTATTTACAGGGAG
TGGTTGTTCATCACACCATTTCCCCTCTTCTTTTAATACATTTGCCATCGTTCCTAGCAT
AAAAATGATGAAGATAGTCAAGACTATAAACGAGAGTTGAGGAGTTTTTCTCATCATATA
TGATAGAAGTGAATTGATAATGGTTTTTTTTAGCACTTAACTGATAATGGTTTTAAACTC
TTAAAGGAAAGGTGAT
CC

QA 1 556 1 556
DS 

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QA 1 509 1 509
DS 

RD RR3AM02TF 509 0 0
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CGCAAATGCAATGCATAGGTTTTCTGGTTTTTGACCCAAAGCATACACTCTTTGTCTTAG
GTCCGCGTTTCTCACGACAACTTTTTTGGCATTCAGATTCTACACACATCCCATCTTTAT
TTACAGGGAGTTGTTGTTCATCACACCATTTCCCCTCTTCTTTTAATACATTTGCCATCG
TTCCTAGCATAAAAATGATGAAGATAGTCAAGACTATAAACGAGAGTTGAGGAGTTTTTC
TCATCATATATGATAGAAGTGAATTGATAATGGTTTTTTTTAGCACTTAACTGATAATGG
TTTTAAACTCTTAAAGGAAAGGTGAT
GTC

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 4

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GAGGAAGAATAACCAATGCATTGTTCCCATGACAAGATTGTTTGGACCAGCGATCTTCGA
ATCATCCAAGTTGACAGTATTGTTTGTAGGGGTTGATGAGAAGAAGCATCATCCACCAAC
GCTCCCAAGAACTTACACGCTCACTCACAGTGACATTACTGCTAAACTAACTTTAGCTAT
CTCTCACTCAATTAACAACTCTCAGTTGCAAGGATGGGCAAATAAGCTATACAGAGATGA
AGTGGTAGCAGAGTGGAAGCAAGTGAAAGGCAAAATGTCGCTTCACGTTCACTGCCATAT
CAGCGGTGGACATATCCTTTTAGATTTATTCGCAAAGTTTCGATACTACATCTTTTGCAA
AGAGCTACCAGTTGTGTTGAAGGCTATAGTTCATGGAGATGGGAACTTGTTGAACAACCA
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CAGAGTTGAATGTTGGGGTCCCCTTTGGGAAGCTACTACTACTTCACCTGATGATGATGG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
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15 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 25 
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AF RR3DD58TF U 1
AF RR3DD58JQ C 283
AF RR3B513TF U 459
AF RR3B513JQ C 485
BS 1 496 RR3DD58TF
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BS 595 595 RR3B513TF
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BS 661 661 RR3B513TF
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BS 670 670 RR3B513TF
BS 671 681 RR3DD58TF
BS 682 682 RR3B513TF
BS 683 687 RR3DD58TF
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BS 689 712 RR3DD58TF
BS 713 1063 RR3B513TF
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ATCTCGAGTTGGTTTTTTTTCAAAGTCACAAGCTTTCGATTTGGGTTTCATTGTACGAAG
GCAGCTAGAGATCGTATCGTGTGAGATCTGGTTCCTCAAGCCTCGCAAAAGGGTCTCTCT
CTCTGTGTTCAGTTCTGAAATGTGGAGTTTGTCGGCGAATCTACTGTTACCGACAAGGCT
CAAACCAGGTTATTCAGACAAACGGAGCAACTCACTCCTTGTCTCGAATGGAAGATCCAA
GAGGAAGAATAACCAATGCATTGTTCCCATGACAAGATTGTTTGGACCAGCGATCTTCGA
ATCATCCAAGTTGACAGTATTGTTTGTAGGGGTTGATGAGAAGAAGCATCATCCACCAAC
GCTCCCAAGAACTTACACGCTCACTCACAGTGACATTACTGCTAAACTAACTTTAGCTAT
CTCTCACTCAATTAACTATTCTCAGTTGCAAGGGTGGGCAAATAAGCTATACAGATATGA
AGTGGTAGCAGAGTGGAAGCAAGTGAAAGGCAAAATGTCGCTTCACGTTCACTGTCATAT
CAGCGGTGGACATATCCTTTTAGATTTATTCGCAAAGTTTCGATACTACATCTTTTGCAA
*GAGCTACCTGTTGTGTTGAAAGCTATTGTTCATGGAGATGGGAACTTGTTG

QA 1 712 1 712
DS 

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TCTCGAAT
GAAGATCCAAGAGGAAGAATAACCAATGCATTGTTCCCATGACAAGATTGTTTGGACCAG
CGATCTTCGAATCATCCAAGTTGACAGTATTGTTTGTAGGGGTTGATGAGAAGAAGCATC
ATCCACCAACGCTCCCAAGAACTTACACGCTCACTCACAGTGACATTACTGCTAAACTAA
CTTTAGCTATCTCTCACTCAATTAACTATTCTCAGTTGCAAGGGTGGGCAAATAAGCTAT
ACAGATATGAAGTGGTAGCAGAGTGGAAGCAAGTGAAAGGCAAAATGTCGCTTCACGTTC
ACTGTCATATCAGCGGTGGACATATCCTTTTAGATTTATTCGCAAAGTTTCGATACTACA
TCTTTTGCAAAGAGCTACCTGTTGTGTTGAAGGCTATTGTTCATGGAGATGGGAACTTGT
TGAACAACTATCCTGAGTTGCAAGAAGCCCCTGTTTGGGTTTATTTCCATTCCAATGTCG
ATGAGTTCAACAGAGTTGAATGTTGGGGTCCCCTTTGGGAAGCTACTACTACTTCACCTG
ATGATGATGGTCACACCAGGACTCGAACTCTTCCTGAGTCACAGTGCGTGGATGAGTGCA
CTTGTTGTTTCCCACCTGTTATCTCCATACCATGGTCTCATAGTCTTAGTAATGAAGTGT
ATAATGATTGCTCTCAGATCCAGGCCGAAGGAATGTCTCCTAATCCGGAGAAAGTTTAAT
GAGAAAAACATTTTTGGTGGTTTGTAAATTGAATGAAATGGAAGATCATTGGTTTGGTTT
GGTGTAC

QA 9 795 9 795
DS 

RD RR3B513TF 605 0 0
G
TGCTAAATTAACTTTAGCTATCTCTCACTCCATTAACAACTCTCAGTTGCAAGGATGGGC
AAATAAGCTATACAGAGATGAAGTGGTAGCAGAGTGGAAGCAAGTGAAAGGCAAAATGTC
GCTTCACGTTCACTGCCATATCAGCGGTGGACATATCCTTTTAGATTTATTCGCAAAGTT
TCGATACTACATCTTTTGCAAAGAGTTACCAGTTGTGTTGAAGGCTATAGTTCATGGAGA
TGGGAACTTGTTGAACAACCATCCAGAGTTACAAGAAGCTCCTGTTTGGGTTTATTTCCA
TTCCAGTGTCGATGAGTTCAACAGAGTTGAATGTTGGGGTCCCCTTTGGGAAGCTACTAC
TACTTCACCTGATGATGATGGTCACACCAGGACTCGAACTCTTCCTGAGTCACAGTGCGT
GGATGCGTGCACTTGTTGTTTCCCACCTGTTATCTCCATACCATGGTCTCATAGTCTTAG
TAATGAAGTGTATAATGATTGCTCTCAGATTCAGGCCGAAGGAATGTCTCCTAATCCGGA
GAAAGTTTAATGAGAAAAACATTTTTGGTGGTTTGTAAATTGAATGAAATGGAAGATCAT
TGGT

QA 2 605 2 605
DS 

RD RR3B513JQ 579 0 0
CACTCCATTAACAACTCTCAGTTGCAAGGATGGGCAAATAAGCTATACAGAGATGAAGTG
GTAGCAGAGTGGAAGCAAGTGAAAGGCAAAATGTCGCTTCACGTTCACTGCCATATCAGC
GGTGGACATATCCTTTTAGATTTATTCGCAAAGTTTCGATACTACATCTTTTGCAAAGAG
TTACCAGTTGTGTTGAAGGCTATAGTTCATGGAGATGGGAACTTGTTGAACAACCATCCA
GAGTTACAAGAAGCTCCTGTTTGGGTTTATTTCCATTCCAGTGTCGATGAGTTCAACAGA
GTTGAATGTTGGGGTCCCCTTTGGGAAGCTACTACTACTTCACCTGATGATGATGGTCAC
ACCAGGACTCGAACTTTTCCTGAGTCACAGTGCGTGGATGCGTGCACTTGTTGTTTCCCA
CCTGTTATCTCCATACCATGGTTTCATAGTTTTAGTAATGAAGTGTATAATGATTGCTTT
CAGATTCAGGCCGAAGGAATGTTTCCTAATCCGGAGAAAGTTTAATGAGAAAAACATTTT
TGGTGGTTTGTAAATTGAATGAAATGGAAGATCATTGGT

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 4

CO CL2806Contig1 991 4 8 U
GATTTACCATCGAACTTGGGACTCCACATTGTTTGAAGACAAGGCTCCACAGGTAATAAA
TACAGTTGAAATGGATCATCACAAAAGACATTGTGATCCACGGAACCCACATTTGCATCA
AGTGTAGAAATTATATTTGTATCACAAATAAAAAAAAATACATAGCAGGTTTTTAATTAT
TATGATATGTTTAATATCTCTTCTAGTCCAAGAAAGAGTGATAACTGAAAGCTATATACA
TTACCCTACCCCTGTTTAGGTGGTGGAGCGGGTCTGCAAAAGATGGGGTAAGTAACGCCA
GCAGACCAAACCACCTTAGCTTGATACTCCACGAGAGGCGCATCAGGAGAGTCGGATTCT
TTTGCAGCAAAGGTGATGTAGTACTCAGTCTTGGCTCCTGGGTCGAAATTAGCCCTCAAT
AAATGCTCGAACCTCACATTCTTATTGTTTCTTCGGTTGTGTTTTTCAACACATTCAGAC
ACCATGTTCCCGATGAACTCACGACTGGTGTCAAGATCCCGCTTCGAGACCACACCAATT
CCAGACCAAAGGTACATGGGGAGCTTATTCGATGACTCAAAGAAACCCTTGGTTTCGATA
ACCGTGCGATAGTAATAACGTGCTTTTTCCCCTAGATCCTCGTCTGAGTACTAACTGTCG
TCAGAGGAATGATATTCCCGCCCATCGAAACTGTCCTTCTCCCAATAGAAATCACTACCT
TCCTCCTCCTCCTCCTCCACTTCATCTTCCTCCTCATCTCCGTCGACTTCCTCTTCACCG
GAACTCTCCTGGTCTTGTGTTTCCTCCAACTTGAGCTTCCCTAGCAAGGAAGTGTCAACG
CCGGTGGAAGTTTCCATTGGCTCCGTCTCGATCGAGGATTCCTCCTTTTTCTCGCCGTCG
CTTGATTTTGTATCCATCTCGATTGTCAAACACTAATTTCCCCCTTTCGATCCCAAATTG
TTTTTTGTTGGTCTTTTTAAGTTGACCGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU67JQ U 1
AF RR3A664JQ U 124
AF RR3GU67TF C 256
AF RR3A664TF C 319
BS 1 151 RR3GU67JQ
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BS 153 153 RR3GU67JQ
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BS 639 970 RR3GU67TF
BS 971 991 RR3A664TF

RD RR3GU67JQ 547 0 0
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TACAGTTGAAATGGATCATCACAAAAGACATTGTGATCCACGGAACCCACATTTGCATCA
AGTGTAGAAATTATATTTGTATCACAAATAAGAGAAAATACATAGCAGGTTTTTAATTAT
TATGATATGTTTAATATCTCTTCTAGTCCAAGAAAGAGTGATAACTGAAAGCTATATACA
TTACCCTACCCCTGTTTAGGTGGTGGAGCGGGTCTGCAAAAGATGGGGTAAGTAACGCCA
GCAGACCAAACCACCTTAGCTTGATACTCCACGAGAGGCGCATCAGGAGAGTCGGATTCT
TTTGCAGCAAAGGTGATGTAGTACTCAGTCTTGGCTCCTGGGTCGAAATTAGCCCTCAAT
AAATGCTCGAACCTCACATTCTTATTGTTTCTTCGGTTGTGTTTTTCAACACATTCAGAC
ACCATGTTCCCGATGAACTCACGACTGGTGTCAAGATCCCGCTTCGAGACCACACCAATT
CCAGACC

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR3A664JQ 515 0 0
GTAGAAATTATATTTGTATCACAAATAAAAAAAAATACATAGCAGGTTTTTAATTATTAT
GATATGTTTAATATCTCTTCTAGTCCAAGAAAGAGTGATAACTGAAAGCTATATACATTA
CCCTACCCCTGTTTAGGTGGTGGAGCGGGTCTGCAAAAGATGGGGTAAGTAACGCCAGCA
GACCAAACCACCTTAGCTTGATACTCCACGAGAGGCGCATCAGGAGAGTCGGATTCTTTT
GCAGCAAAGGTGATGTAGTACTTAGTCTTGGCTCCTGGGTCGAAATTAGCCCTCAATAAA
TGCTCGAACCTCACATTCTTATTGTTTCTTCGGTTGTGTTTTTCAACACATTCAGACACC
ATGTTCCCGATGAACTCACGACTGGTGTCAAGATCCCGCTTCGAGACCACACCAATTCCA
GACCAAAGGTACATGGGGAGCTTATTCGATGACTCAAAGAAACCCTTGGTTTCGATAACC
GTGCGATAGTAATAACGTGCTTTTTCCCCTAGATC

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3GU67TF 717 0 0
TTAGGTGGTGGAGCGGGTCTGCAAAAGATGGGGTAAGTAACGCCAGCAGACCAAACCACT
TTAGCTTGATACTCCACGAGAGGCGCATCAGGAGAGTCGGATTCTTTTGCAGCAAAGGTG
ATGTAGTACTCAGTCTTGGCTCCTGGGTCGAAATTAGCCCTCAATAAATGCTCGAACCTC
ACATTCTTATTGTTTCTTCGGTTGTGTTTTTCAACACATTCAGACACCATGTTCCCGATG
AACTCACGACTGGTGTCAAGATCCCGCTTCGAGACCACACCAATTCCAGACCAAAGGTAC
ATGGGGAGCTTATTCGATGACTCAAAGAAACCCTTGGTTTCGATAACCGTGCGATAGTAA
TAACGTGCTTTTTCCCCTAGATCCTCGTCTGAGTACTAACTGTCGTCAGAGGAATGATAT
TCCCGCCCATCGAAACTGTCCTTCTCCCAATAGAAATCACTACCTTCCTCCTCCTCCTCC
TCCACTTCATCTTCCTCCTCATCTCCGTCGACTTCCTCTTCACCGGAACTCTCCTGGTCT
TGTGTTTCCTCCAACTTGAGCTTCCCTAGCAAGGAAGTGTCAACGCCGGTGGAAGTTTCC
ATTGGCTCCGTCTCGATCGAGGATTCCTCCTTTTTCTCGCCGTCGCTTGATTTTGTATCC
ATCTCGATTGTCAAACACTAATTTCCCCCTTTCGATCCCAAATTGTTTTTTGTTG
CC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3A664TF 673 0 0
GCTTGATACTCCACGAGAGGCGCATCAGGAGAGTCGGATTCTTTTGCAGCAAAGGTGATG
TAGTACTTAGTCTTGGCTCCTGGGTCGAAATTAGCCCTCAATAAATGCTCGAACCTCACA
TTCTTATTGTTTCTTCGGTTGTGTTTTTCAACACATTCAGACACCATGTTCCCGATGAAC
TCACGACTGGTGTCAAGATCCCGCTTCGAGACCACACCAATTCCAGACCAAAGGTACATG
GGGAGCTTATTCGATGACTCAAAGAAACCCTTGGTTTCGATAACCGTGCGATAGTAATAA
CGTGCTTTTTCCCCTAGATCCTCGTCTGAGTACTCACTGTCGTCAGAGGAATGATATTCC
CGCCCATCGAAACTGTCCTTCTCCCAATAGAAATCACTACCTTCCTCCTCCTCCTCCTCC
ACTTCATCTTCCTCCTCATCTCCGTCGACTTCCTCTTCACCGGAACTCTCCTGGTCTTGT
GTTTCCTCCAACTTGAGCTTCCCTAGCAAGGAAGTGTCAACGCCGGTGGAAGTTTCCATT
GGCTCCGTCTCGATCGAGGATTCCTCCTTTTTCTCGCCGTCGCTTGATTTTGTATCCATC
TCGATTGTCAAACCCTAATTTCCCCCTTTCGATCCCAAATTGTTTTTTGTTGGTCTTTTT
AAGTTGACCGCCC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 4

CO CL2807Contig1 1260 4 19 U
GGATTTCTTCTTCATCTTCTTCGTTGTCGTCTTCTCAAATTAGCTTCATCTTCTTCCTTT
GAACTTTTAATCTGGTTTCCACGATCCGATCTTAGGTTTTTCGTGTCATATCCTCTCTTT
CATCCCGCATCGAAGTTTCTTCTGAGATCTCTGCGTTTTTTTAATTGGAATCGAAATTAG
AGAATTAGGGCTTTTTTTCCGTTGGGTTTCGAAGAGCATAAGATAAAGAATGCCTTCGGT
GCCCTCTAAGCTTCTCCTCCTCCTCCTTTTGATTCCTTCGTTGACTCCTTATCACTCTGG
TTTATCCTCCAATCGTTGGCGTGGTAATCTTAGTTAACGTTGCTCGATTCTACCTCCTTT
TTAAAACCTTCAACAAGCAAAAAAAAAGTTCCTCCCTTTTTTTTCGGCGTTGATCGATTT
GCAAGTTTACAACCCACAAAAGTTACTATAGTTAGTTGGATATGAGCTCTGTTTGTGGTG
GTGAGTTGGATTTTAAAGATGCTGACTTTGAGATCTCGGCTTCGAGTCCTCCCACGCGAT
GCTCCTCTGATGGCTCGAAGCATTCCTCGCATCATGCTGGATCTGATGATTCTCAGGAGT
CTGATGGAGATGAAACTGGTTATATAAACCAAACCGGGGGTGATGAATCAGCCTTGGAGT
CTTTACCTCTCAAGTCTTCAGATGATGAAGACAAGGATGAGAACCTTACTACTACTACTA
CACCAGTTGTTCTCATCCCTGCCGTAAAAGGCAGCCGGGAGAAGCATGGCTTGTCACTGA
AGAAGTCGAGTGTTTCATGGGCGGACGACGTGTATGATCCTCCTCCCTCCATAGCCTCGC
ACACAAGACACAAGAAGCAGCCGCAGAAATCCAAAAGCAAAGACAGCCACAAGAAGACCG
GGAAGAAAGGGCAGAAGAACAAAGACAGCTCTTCTTCTCGTAGTGGCAAGAACAAGAAGC
AAGCTTCTCGCAAACTCAGTTACGAAAAATTTGATTGGGTTACTCAGATGCCTATAGTTG
CAGCATCTTCTTAAATGGCACTGCCTTCTCTAATAGTCAAGCAGATCTTCATCTCACATC
TATGAGCTTGCCTCTTTCCTTTGTCTAATAAATAATAAAATAACTTAATGTGTGTGTTTG
TTTCCTGTTGAGTTTTTAAAAAACTTTTCTTATGGGTAATGGTTGTTACTAAACACTATT
GTGCAGCTTTTGTTTAAATTTATTGCATGTGAAGAATAACTCAATGAAACCTTGTTATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3FT20TF U 1
AF RR3BW59TF U 97
AF RR3BW59JQ C 457
AF RR3FT20JQ C 586
BS 1 197 RR3FT20TF
BS 198 198 RR3BW59TF
BS 199 279 RR3FT20TF
BS 280 280 RR3BW59TF
BS 281 303 RR3FT20TF
BS 304 304 RR3BW59TF
BS 305 386 RR3FT20TF
BS 387 387 RR3BW59TF
BS 388 440 RR3FT20TF
BS 441 442 RR3BW59TF
BS 443 548 RR3FT20TF
BS 549 549 RR3BW59TF
BS 550 688 RR3FT20TF
BS 689 823 RR3BW59TF
BS 824 840 RR3BW59JQ
BS 841 841 RR3FT20JQ
BS 842 861 RR3BW59JQ
BS 862 862 RR3FT20JQ
BS 863 1260 RR3BW59JQ

RD RR3FT20TF 688 0 0
GGATTTCTTCTTCATCTTCTTCGTTGTCGTCTTCTCAAATTAGCTTCATCTTCTTCCTTT
GAACTTTTAATCTGGTTTCCACGATCCGATCTTAGGTTTTTCGTGTCATATCCTCTCTTT
CATCCCGCATCGAAGTTTCTTCTGAGATCTCTGCGTTTTTTTAATTGGAATCGAAATTAG
AGAATTAGGGCTTTTTT*CCGTTGGGTTTCGAAGAGCATAAGATAAAGAATGCCTTCGGT
GCCCTCTAAGCTTCTCCTCCTCCTCCTTTTGATTCCTTCTTTGACTCCTTATCACTCTGG
TTTGTCCTCCAATCGTTGGCGTGGTAATCTTAGTTAACGTTGCTCGATTCTACCTCCTTT
TTAAAACCTTCAACAAGCAAAAAAAA*GTTCCTCCCTTTTTTTTCGGCGTTGATCGATTT
GCAAGTTTACAACCCACAAAT*TTACTATAGTTAGTTGGATATGAGCTCTGTTTGTGGTG
GTGAGTTGGATTTTAAAGATGCTGACTTTGAGATCTCGGCTTCGAGTCCTCCCACGCGAT
GCTCCTCTCATGGCTCGAAGCATTCCTCGCATCATGCTGGATCTGATGATTCTCAGGAGT
CTGATGGAGATGAAACTGGTTATATAAACCAAACCGGGGGTGATGAATCAGCCTTGGAGT
CTTTACCTCTCAAGTCTTCAGATGATGA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3BW59TF 727 0 0
TTTTTCGTGTCATATCCTCTCTTTCATCCCGCATCGAAGTTTCTTCTGAGATCTCTGCGT
TTTTTTAATTGGAATCGAAATTAGAGAATTAGGGCTTTTTTTCCGTTGGGTTTCGAAGAG
CATAAGATAAAGAATGCCTTCGGTGCCCTCTAAGCTTCTCCTCCTCCTCCTTTTGATTCC
TTCGTTGACTCCTTATCACTCTGGTTTATCTTCCAATCGTTGGCGTGGTAATCTTAGTTA
ACGTTGCTCGATTCTACCTCCTTTTTAAAACCTTCAACAAGCAAAAAAAAAGTTCCTCCC
TTTTTTTTCGGCGTTGATCGATTTGCAAGTTTACAACCCACAAAAGTTACTATAGTTAGT
TGGATATGAGCTCTGTTTGTGGTGGTGAGTTGGATTTTAAAGATGCTGACTTTGAGATCT
CGGCTTCGAGTCCTCCCACGCGATGCTCCTCTGATGGCTCGAAGCATTCCTCGCATCATG
CTGGATCTGATGATTCTCAGGAGTCTGATGGAGATGAAACTGGTTATATAAACCAAACCG
GGGGTGATGAATCAGCCTTGGAGTCTTTACCTCTCAAGTCTTCAGATGATGAAGACAAGG
ATGAGAACCTTACTACTACTACTACACCAGTTGTTCTCATCCCTGCCGTAAAAGGCAGCC
GGGAGAAGCATGGCTTGTCACTGAAGAAGTCGAGTGTTTCATGGGCGGACGACGTGTATG
ATCCTCC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3BW59JQ 804 0 0
TGGATATGAGCTCTGTTTGTGGTGGTGAGTTGGATTT*AAAGATGCTGACTTTGAGATCT
CGGCTTCGAGTCCTCCCACGCGATGCTCCTCTGATGGCTCGAAGCATTCCTCGCATCATG
CTGGATCTGATGATTCTCAGGAGTCTGATGGAGATGAAACTGGTTATATAAACCAAACCG
GGGGTGATGAATCAGCCTTGGAGTCTTTACCTCTCAAGTCTTCAGATGATGAAGACAAGG
ATGAGAACCTTACTACTACTACTACACCAGTTGTTCTCATCCCTGCCGTAAAAGGCAGCC
GGGAGAAGCATGGCTTGTCACTGAAGAAGTCGAGTGTTTCATGGGCGGACGACGTGTATG
ATCCTCCTCCCTCCATAGCCTCGCGCACAAGACACAAGAAGCAGC*GCAGAAATCCAAAA
GCAAAGACAGCCACAAGAAGACCGGGAAGAAAGGGCAGAAGAACAAAGACAGCTCTTCTT
CTCGTAGTGGCAAGAACAAGAAGCAAGCTTCTCGCAAACTCAGTTACGAAAAATTTGATT
GGGTTACTCAGATGCCTATAGTTGCAGCATCTTCTTAAATGGCACTGCCTTCTCTAATAG
TCAAGCAGATCTTCATCTCACATCTATGAGCTTGCCTCTTTCCTTTGTCTAATAAATAAT
AAAATAACTTAATGTGTGTGTTTGTTTCCTGTTGAGTTTTTAAAAAACTTTTCTTATGGG
TAATGGTTGTTACTAAACACTATTGTGCAGCTTTTGTTTAAATTTATTGCATGTGAAGAA
TAACTCAATGAAACCTTGTTATCG

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3FT20JQ 675 0 0
ATGATTCTCAGGAGTCTGATGGAGATGAAACTGGTTATATAAACCAAACCGGGGGTGATG
AATCAGCCTTGGAGTCTTTACCTCTCAAGTTTTCAGATGATGAAGACAAGGATGAGAACC
TTACTACTACTAC***ACCAGTTGTTTTCATCCCTGCCGTAAAAGGCAGCCGGGAGAAGC
ATGGCTTGTCACTGAAGAAGTCGAGTGTTTCATGGGCGGACGACGTGTATGATCCTCCTC
CCTCCATAGCCTCGCACACAAGACACAAGAAGCAGCCGCAGAAATCCAAAAGCAAAGACA
GCCACAAGAAGACCGGGAAGAAAGGGCAGAAGGACAAAGACAGCTTTTTTTTTTGTAGTG
GCAAGAACAAGAAGCAAGCTTTTCGCAAACTCAGTTACGAAAAATTTGATTGGGTTACTC
AGATGCCTATAGTTGCAGCATTTTTTTAAATGGCACTGCCTTCTTTAATAGTCAAGCAGA
TTTTCATTTCACATTTATGAGCTTGCCTCTTTCCTTTGTTTAATAAATAATAAAATAACT
TAATGTGTGTGTTTGTTTCCTGTTGAGTTTTTAAAAAACTTTTTTTATGGGTAATGGTTG
TTACTAAACACTATTGTGCAGCTTTTGTTTAAATTTATTGCATGTGAAGAATAACTCAAT
GAAACCTTGTTAT
TG

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 4

CO CL2808Contig1 640 4 5 U
CGATCTCTTCCAAATCGTAAAAAAAAAAGAAAAAAACTCTGAAGAACTCTCAACCTTCGT
AAAAGTGTTTTGATCTCTTCCAAACTTTTGCAGAAACGGATCCAATTCATTTAACATAGT
AGCTTCACAACGAGAAGAAACAGGGTGATCGAGAGAGATGAGATGGAAGAGCGTAAAGGC
AAAACAACAGCATACATGGGTTTATAGCAGCAGAATGTTTTTGCAGTGACTCCTTGATAC
GTTCCACAGGGTCTACTTCCGTAAGCGTAGCAGAGGAATGGATCAGGGGGAGCAGAGTCG
AGTGGGAACAGAGCCGTTGGAGGGAGATAAGGAAGAAGAAGCAGAGAAGGAAGGAAATAC
TCTGGGGGAGAAAGAGAGTTTGGAGTTGGGCAAAGACTCGGAGAGAGACAGAGGCTTTGC
CACAAGGAATAATGAATAAAGTAGAGAGTTTGTTTTACTTTTTCGTCATGCTTTTTGTAT
GAATCAAAAGAGTGACGTCATGAGTCCTCTGAGAACGATCGCCATGAGATCGTAGTACTT
TTAGCATCATCGCTCTTGTAATTCGTCCTTTGGGAGATTTCGTACTTGTTCTCTTGTAAA
AGGCGTTTATTAAGGAAGAACTTTCATTGTCGTTACATAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DO38JQ C 148
AF RR3DO38TF U 9
AF RR3AW27JQ C 1
AF RR3AW27TF U 1
BS 1 11 RR3AW27TF
BS 12 587 RR3DO38TF
BS 588 588 RR3AW27TF
BS 589 596 RR3DO38TF
BS 597 640 RR3AW27TF

RD RR3DO38JQ 248 0 0
ATCGAGAGAGATGAGATGGAAGAGCGTAAAGGCAAAACAACAGCATACATGGGTTTATAG
CAGCAGAATGTTTTTGCAGTGACTCCTTGATACGTTCCCCAGGGTTTACTTCCGTAAGGG
TAGCAGAGGAATGGATCAGGGGGAGCAGAGTCGAGTGGGAACAGAGCCGTTGGAGGGAGA
TAAGGAAGAAGAAGCAGAGAAGGAAGGAAATACTTTGGGGGAGAAAGAGAGTTTGGAGTT
GGGCAAAG

QA 1 248 1 248
DS 

RD RR3DO38TF 588 0 0
GGA
AAATCGTAAAAAAAAAAGAAAAAAACTCTGAAGAACTCTCAACCTTCGTAAAAGTGTTTT
GATCTCTTCCAAACTTTTGCAGAAACGGATCCAATTCATTTAACATAGTAGCTTCACAAC
GAGAAGAAACAGGGTGATCGAGAGAGATGAGATGGAAGAGCGTAAAGGCAAAACAACAGC
ATACATGGGTTTATAGCAGCAGAATGTTTTTGCAGTGACTCCTTGATACGTTCCACAGGG
TCTACTTCCGTAAGCGTAGCAGAGGAATGGATCAGGGGGAGCAGAGTCGAGTGGGAACAG
AGCCGTTGGAGGGAGATAAGGAAGAAGAAGCAGAGAAGGAAGGAAATACTCTGGGGGAGA
AAGAGAGTTTGGAGTTGGGCAAAGACTCGGAGAGAGACAGAGGCTTTGCCACAAGGAATA
ATGAATAAAGTAGAGAGTTTGTTTTACTTTTTCGTCATGCTTTTTGTATGAATCAAAAGA
GTGACGTCATGAGTCCTCTGAGAACGATCGCCATGAGATCGTAGTACTTTTAGCATCATC
GCTCTTGTAATTCGTCCTTTGGGAGATTTCGTACTTTTTCTCTTG

QA 4 588 4 588
DS 

RD RR3AW27JQ 640 0 0
CGATCTCTTCCAAATCGTAAAAAAAAAAGAAAAAAACTCTGAAGAACTCTCAACCTTCGT
AAAAGTGTTTTGATCTCTTCCAAACTTTTGCAGAAACGGATCCAATTCATTTAACATAGT
AGCTTCACAACGAGAAGAAACAGGGTGATCGAGAGAGATGAGATGGAAGAGCGTAAAGGC
AAAACAACAGCATACATGGGTTTATAGCAGCAGAATGTTTTTGCAGTGACTCCTTGATAC
GTTCCACAGGGTCTACTTCCGTAAGCGTAGCAGAGGAATGGATCAGGGGGAGCAGAGTCG
AGTGGGAACAGAGCCGTTGGAGGGAGATAAGGAAGAAGAAGCAGAGAAGGAAGGAAATAC
TCTGGGGGAGAAAGAGAGTTTGGAGTTGGGCAAAGACTCGGAGAGAGACAGAGGCTTTGC
CACAAGGAATAATGAATAAAGTAGAGAGTTTGTTTTACTTTTTCGTCATGCTTTTTGTAT
GAATCAAAAGAGTGACGTCATGAGTCCTCTGAGAACGATCGCCATGAGATCGTAGTACTT
TTAGCATCATCGCTCTTGTAATTCGTCCTTTGGGAGATTTCGTACTTGTTCTCTTGTAAA
AGGCGTTTATTAAGGAAGAACTTTCATTGTCGTTACATAC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3AW27TF 640 0 0
CGATCTCTTCCAAATCGTAAAAAAAAAAGAAAAAAACTCTGAAGAACTCTCAACCTTCGT
AAAAGTGTTTTGATCTCTTCCAAACTTTTGCAGAAACGGATCCAATTCATTTAACATAGT
AGCTTCACAACGAGAAGAAACAGGGTGATCGAGAGAGATGAGATGGAAGAGCGTAAAGGC
AAAACAACAGCATACATGGGTTTATAGCAGCAGAATGTTTTTGCAGTGACTCCTTGATAC
GTTCCACAGGGTCTACTTCCGTAAGCGTAGCAGAGGAATGGATCAGGGGGAGCAGAGTCG
AGTGGGAACAGAGCCGTTGGAGGGAGATAAGGAAGAAGAAGCAGAGAAGGAAGGAAATAC
TCTGGGGGAGAAAGAGAGTTTGGAGTTGGGCAAAGACTCGGAGAGAGACAGAGGCTTTGC
CACAAGGAATAATGAATAAAGTAGAGAGTTTGTTTTACTTTTTCGTCATGCTTTTTGTAT
GAATCAAAAGAGTGACGTCATGAGTCCTCTGAGAACGATCGCCATGAGATCGTAGTACTT
TTAGCATCATCGCTCTTGTAATTCGTCCTTTGGGAGATTTCGTACTTGTTCTCTTGTAAA
AGGCGTTTATTAAGGAAGAACTTTCATTGTCGTTACATAC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 4

CO CL2809Contig1 564 4 4 U
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TTCAACAAACATCTTTGTCCAGATGCAACAAAAGACCAAACATAACATCAAACTCCTTTG
ACATAGACTTGAGGATAGACACACAGAGCTTAACTCTTTGCTGATTACACCAACAATCCT
AGTTCAAGATATCACCTGTAATGGGTGAAACATGTTGGTTGGTGGATTTCTGTCCGTTCT
TGGAACCAACTACAACCATAGACTTTGGAGGGATCAAACCGGCCCTGAAAAGCATGTTCT
CAACTGAGTCTGTTGGTTGAGCTCCAACCGATAACCAGTACTCGATTCTGTCGAATTTGA
GGCTCACTCTGTTCGCATCGTCCTTCCCTTGGAGTGGGTCATAAAACCCTAAAACCTCGA
TTTGTTTCCCGTCCCTACGCGATTTGTCATCCGCCGCGACCAGACAATAGAAGGGTCGGT
GTTTGCAACCGAAACGCGCGAGCCTGATCTTCACCGTCATTTCTACTGCTTGGAGACTGA
GGTTTAAGCTGGGGGTGGATTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB43JQ U 1
AF RR3HB43TF C 1
AF RR3GC41JQ U 13
AF RR3GC41TF C 13
BS 1 465 RR3HB43JQ
BS 466 466 RR3GC41JQ
BS 467 555 RR3HB43JQ
BS 556 564 RR3GC41JQ

RD RR3HB43JQ 557 0 0
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TTCAACAAACATCTTTGTCCAGATGCAACAAAAGACCAAACATAACATCAAACTCCTTTG
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AGTTCAAGATATCACCTGTAATGGGTGAAACATGTTGGTTGGTGGATTTCTGTCCGTTCT
TGGAACCAACTACAACCATAGACTTTGGAGGGATCAAACCGGCCCTGAAAAGCATGTTCT
CAACTGAGTCTGTTGGTTGAGCTCCAACCGATAACCAGTACTCGATTCTGTCGAATTTGA
GGCTCACTCTGTTCGCATCGTCCTTCCCTTGGAGTGGGTCATAAAACCCTAAAACCTCGA
TTTGTTTCCCGTCCCTACGCGATTTGTCATCCGCCGCGACCAGACGATAGAAGGGTCGGT
GTTTGCAACCGAAACGCGCGAGCCTGATCTTCACCGTCATTTCTACTGCTTGGAGACTGA
GGTTTAAGCTGGGGG
CC

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3HB43TF 557 0 0
TATATCCAACTTAAGAAATCGAAGCCCAATTCATAGTATGCTACAAACCCATATTGAAAA
TTCAACAAACATCTTTGTCCAGATGCAACAAAAGACCAAACATAACATCAAACTCCTTTG
ACATAGACTTGAGGATAGACACACAGAGCTTAACTCTTTGCTGATTACACCAACAATCCT
AGTTCAAGATATCACCTGTAATGGGTGAAACATGTTGGTTGGTGGATTTCTGTCCGTTCT
TGGAACCAACTACAACCATAGACTTTGGAGGGATCAAACCGGCCCTGAAAAGCATGTTCT
CAACTGAGTCTGTTGGTTGAGCTCCAACCGATAACCAGTACTCGATTCTGTCGAATTTGA
GGCTCACTCTGTTCGCATCGTCCTTCCCTTGGAGTGGGTCATAAAACCCTAAAACCTCGA
TTTGTTTCCCGTCCCTACGCGATTTGTCATCCGCCGCGACCAGACGATAGAAGGGTCGGT
GTTTGCAACCGAAACGCGCGAGCCTGATCTTCACCGTCATTTCTACTGCTTGGAGACTGA
GGTTTAAGCTGGGGG
CC

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3GC41JQ 552 0 0
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CTTTGTCCAGATGCAACAAAAGACCAAACATAACATCAAACTCCTTTGACATAGACTTGA
GGATAGACACACAGAGCTTAACTCTTTGCTGATTACACCAACAATCCTAGTTCAAGATAT
CACCTGTAATGGGTGAAACATGTTGGTTGGTGGATTTCTGTCCGTTCTTGGAACCAACTA
CAACCATAGACTTTGGAGGGATCAAACCGGCCCTGAAAAGCATGTTCTCAACTGAGTCTG
TTGGTTGAGCTCCAACCGATAACCAGTACTCGATTCTGTCGAATTTGAGGCTCACTCTGT
TCGCATCGTCCTTCCCTTGGAGTGGGTCATAAAACCCTAAAACCTCGATTTGTTTCCCGT
CCCTACGCGATTTGTCATCCGCCGCGACCAGACAATAGAAGGGTCGGTGTTTGCAACCGA
AACGCGCGAGCCTGATCTTCACCGTCATTTCTACTGCTTGGAGACTGAGGTTTAAGCTGG
GGGTGGATTTCC

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR3GC41TF 552 0 0
AAGAAATCGAAGCCCAATTCATAGTATGCTACAAACCCATATTGAAAATTCAACAAACAT
CTTTGTCCAGATGCAACAAAAGACCAAACATAACATCAAACTCCTTTGACATAGACTTGA
GGATAGACACACAGAGCTTAACTCTTTGCTGATTACACCAACAATCCTAGTTCAAGATAT
CACCTGTAATGGGTGAAACATGTTGGTTGGTGGATTTCTGTCCGTTCTTGGAACCAACTA
CAACCATAGACTTTGGAGGGATCAAACCGGCCCTGAAAAGCATGTTCTCAACTGAGTCTG
TTGGTTGAGCTCCAACCGATAACCAGTACTCGATTCTGTCGAATTTGAGGCTCACTCTGT
TCGCATCGTCCTTCCCTTGGAGTGGGTCATAAAACCCTAAAACCTCGATTTGTTTCCCGT
CCCTACGCGATTTGTCATCCGCCGCGACCAGACAATAGAAGGGTCGGTGTTTGCAACCGA
AACGCGCGAGCCTGATCTTCACCGTCATTTCTACTGCTTGGAGACTGAGGTTTAAGCTGG
GGG
TGGATTTCC

QA 1 543 1 543
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2811Contig1 431 4 18 U
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAA
CCCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGTCTGCGGAGTTCTTTTCGC
TGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGC
CGCAAGCGGGGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGT
GTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAA**ATTGATTTCT
CTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGATAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGC
TAATAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAA
TGTGTTCTTCT


BQ
10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3F685TF U 1
AF RR3BA67JQ C 1
AF RR3BA67TF U 1
AF RR3A209TF U 2
BS 1 3 RR3BA67JQ
BS 4 58 RR3F685TF
BS 59 59 RR3BA67TF
BS 60 65 RR3F685TF
BS 66 66 RR3BA67TF
BS 67 101 RR3F685TF
BS 102 102 RR3BA67TF
BS 103 189 RR3F685TF
BS 190 190 RR3BA67TF
BS 191 286 RR3F685TF
BS 287 287 RR3BA67TF
BS 288 333 RR3F685TF
BS 334 334 RR3BA67TF
BS 335 393 RR3F685TF
BS 394 394 RR3BA67TF
BS 395 412 RR3F685TF
BS 413 430 RR3BA67TF
BS 431 431 RR3A209TF

RD RR3F685TF 412 0 0
GGA
GACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAGACCC
TTCCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGCTGC
TGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGCCGC
AAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGTGTC
TCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAGA**ATTGATTTCTCTA
CCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGCTAA
TAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGGAATGCTGATTAATAAAAA

QA 4 412 4 412
DS 

RD RR3BA67JQ 431 0 0
GGAGACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAA
CCCTTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGTCTGCGGAGTTCTTTTCGC
TGCTGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGC
CGCAAGCGGGGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGT
GTCTCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAA**ATTGATTTCT
CTACCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGATAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGC
TAATAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAA
TGTGTTCTTC
C

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR3BA67TF 431 0 0
GGA
GACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAACCC
TTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGTCTGCGGAGTTCTTTTCGCTGC
TGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGCCGC
AAGCGGGGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGTGTC
TCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAA**ATTGATTTCTCTA
CCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGATAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGCTAA
TAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAATGT
GTTCTTC
C

QA 4 430 4 430
DS 

RD RR3A209TF 430 0 0
GG
GACCTGCAAGAAACAAAAAAAAGTAACAAAACTACCAAACAAAAAGAAGAAAATAAACCC
TTTCAGGTCTCAACTAAAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGCGGAGTTCTTTTCGCTGC
TGCTTCCATGACCGCCGTCATGGCAACAGAAGTTGGAGCTCCAGCACCAGGACCCGCCGC
AAGCGGAGCCTCTGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGTGTC
TCTCTTTACCTACTACTTGAATTAAATTAAGCTTATACCAAAAAAAAATTGATTTCTCTA
CCATGTCCGATTTTGAACGTGTTGTTTAGACAGGCAAAGTGAATAATACGGAAGAGCTAA
TAATTTGATTATGATCAGACAAATTTTATGTAATGCTGATTAATAAAAATAAAGAAATGT
GTTCTTCT

QA 3 430 3 430
DS 



AS 1 3

CO CL2812Contig1 1037 3 25 U
GTCTCAATGAAAAGAAAGTACAGTACTTTGTTTCCGTTTATAAACATTATAAGGTGGTAA
GTACGATGACAATAACATATATGGATTTAACTCGGCCTCCCCTCCTTAACTTACAAGCTC
TAACAATTTTTAACCTCACAAGATTGCTCACTTTCTCATAAAATCACCCAACAACAAAAG
GCGAGTAGACTTTCATTAGTAATCCTCACCAAGCATGGTTGACAAGAACAAACCTCTCAC
AAACTCGCTCTTCTTCGCCTTCTCTCGATCTTCCCCTGAAAGTGGAGCTTATCGAACGTC
TCTTTTGAGAGATTCTTTCTGCGAGAGTTTTGTATCTGAGGTACCCGCTACAACAGGTGT
AGCAGATTTGCTTGAAGGAGAACTAAACATAAAAGACGACAGCAACGGATCAGAATCTAA
ATTGGTGGAAGAAGTGTAACTCGAGGATCCACCGAGAAGAGACTGTAAGTTTGCTTCCCG
GAGCTCTTTCTTCAAAGCGAGATAAGCAGAGCTGTATCCACCACCACCTTTTCTCAACCT
TCTCCTTCGCTGCACCTTGAAAAAGTTGGCATGTTGTGTAGTGATATGGCCGACGATATT
TAATCCCACCCTCTTTGTGCATACAGGACAGACCCCGTTCTTGGCCTCGACAGGATGCTC
TTCGTCAATGTGACAGCATAGCCCGACGATGTCGAAGACTTCAGCGCAAAACGGGCAGAT
GAACTCCGATTTTAAATCGTCTTCTCCTTCCAGATCCTCGTACCCTCCTCCTGCACCTAT
ATACAAATCTGATCGGGATTGTTGACATCGTCGAGAAGCAGAAGAAGAGGAGGATGAGAA
AACGGAAGGACAATTGATCCATGAAGAATTGGAATCCATTTTCCTCTGCTTCTTACAGGA
TTTTTTTTTATAAAAAAAGATGAATTGAGATGAACGGAGATGTGATCAAACGAAACCCTA
GAAGTACGGGAAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGGGGAAGAACAATGGAAGGAGATGGAGAG
AGAGAGAGTGGAAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV33JQ U 1
AF RR3EJ12JQ U 34
AF RR3EJ12TF C 347
BS 1 59 RR3EV33JQ
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TCTCCTTCGCTGCACCTTG

QA 1 559 1 559
DS 

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GGCCTCCCCTCCTTAACTTACAAGCTCTAACAATTTTTAACCTCACAAGATTGCTCACTT
TCTCATAAAATCACCCAACAACAAAAGGCGAGTAGACTTTCATTAGTAATCCTCACCAAG
CATGGTTGACAAGAACAAACCTCTCACAAACTCGCTCTTCTTCGCCTTCTCTCGATCTTC
CCCT**AAGTGGAGCTTATCTAACGTCTCTTTTGAGAGATTCTTTCTGCGAGAGTTTTGT
ATCTGAGGTACCTGCTACAACAGGTGTAGCAGATTTGCTTGAAGGAGAACTAAACATAAA
AGACGACAGCAACGGATCAGAATCTAAATTGGTGGAAGAAGTGTAACTCGAGGATCCACC
GAGAAGAGACTGTAAGTTTGCTTCCCGGAGCTCTTTCTTCAAAGCGAGATAAGCAGAGCT
GTATCCACCACCACCTTTTCTCAACCTTCTCCTTCGCTGCACCTTGAAAAAGTTGGCATG
TTGTGTAGTGATATGGCCGACGATATTTAATCCCACCCTCTTTGTGCATACAGGACAGAC
CCCGTTCTTGGCCTCGACAGGATGCTCTTCGTCAATGTGACAGCATAGCC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3EJ12TF 691 0 0
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GGATCAGAATCTAAATTGGTGGAAGAAGTGTAACTCGAGGATCCACCGAGAAGAGACTGT
AAGTTTGCTTCCCGGAGCTCTTTCTTCAAAGCGAGATAAGCAGAGCTGTATCCACCACCA
CCTTTTCTCAACCTTCTCCTTCGCTGCACCTTGAAAAAGTTGGCATGTTGTGTAGTGATA
TGGCCGACGATATTTAATCCCACCCTCTTTGTGCATACAGGACAGACCCCGTTCTTGGCC
TCGACAGGATGCTCTTCGTCAATGTGACAGCATAGCCCGACGATGTCGAAGACTTCAGCG
CAAAACGGGCAGATGAACTCCGATTTTAAATCGTCTTCTCCTTCCAGATCCTCGTACCCT
CCTCCTGCACCTATATACAAATCTGATCGGGATTGTTGACATCGTCGAGAAGCAGAAGAA
GAGGAGGATGAGAAAACGGAAGGACAATTGATCCATGAAGAATTGGAATCCATTTTCCTC
TGCTTCTTACAGGATTTTTTTTTATAAAAAAAGATGAATTGAGATGAACGGAGATGTGAT
CAAACGAAACCCTAGAAGTACGGGAAAGAGAGAGAGAGAAGAGAAGGGGAAGAACAATGG
AAGGAGATGGAGAGAGAGAGAGTGGAAGTCC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 3

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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D624JQ U 1
AF RR3E968JQ U 1
AF RR3E968TF C 1
BS 1 34 RR3D624JQ
BS 35 35 RR3E968JQ
BS 36 72 RR3D624JQ
BS 73 73 RR3E968JQ
BS 74 78 RR3D624JQ
BS 79 80 RR3E968JQ
BS 81 504 RR3D624JQ
BS 505 559 RR3E968JQ

RD RR3D624JQ 520 0 0
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AATCAAATCACCGGCTCCAAAAGCAGGTACTCCAATCATCAGAAACAAGCATCCAAGAGA
CAGCAACAGCAGAGAGCAGCCAGACATCCTTCTAGAACACCAGGTCCGCTCTGTTGCTGC
TGATGCTGCGGGGGAGGAGGATACTGCGGGGCGTAAGGAGGAGGATAGCCTTGCTGAGGA
TACCCCTGCTGAGGGTATCCCTGAGGCGGATACCCCTGAGGAGGATACCCCTGCGGTGGA
TACGCATCCTTCGGGTATCCCTCCGGTGGATAGCCTTGAGGAGGAGGAACGCCGACGGGA
GGTTGATTGTACTGACTCATTGTT
GTTAGGTTTTGCGATG

QA 1 504 1 504
DS 

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A
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GATGCTGCGGGGGAGGAGGATACTGCGGGGCGTAAGGAGGAGGATAGCCTTGCTGAGGAT
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AGGGGGAAGAAGCGATCC

QA 2 559 2 559
DS 

RD RR3E968TF 559 0 0
A
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ATAAGTTGTTTGTGAATCTAAGAACATAAACCGGAAAAAGAGGAATAGACAAGAGAATGT
ATCCAGCAATTCCATTACAATGCCCATTACTTAATTAAAGTTGCCAAACACTCTGTTGCA
ATCAAATCACCGGCTCCAAAAGCAGGTACTCCAATCATCAGAAACAAGCATCCAAGAGAC
AGCAACAGCAGAGAGCAGCCAGACATCCTTCTAGAACACCAGGTCCGCTCTGTTGCTGCT
GATGCTGCGGGGGAGGAGGATACTGCGGGGCGTAAGGAGGAGGATAGCCTTGCTGAGGAT
ACCCCTGCTGAGGGTATCCCTGAGGCGGATACCCCTGAGGAGGATACCCCTGCGGTGGAT
ACGCATCCTTCGGGTATCCCTCCGGTGGATAGCCTTGAGGAGGAGGAACGCCGACGGGAG
GTTGATTGTACTGACTCATTGTTAGGTTTTGCGATGGAGAGTAGATCGAGAGAAGGTTAT
AGGGGGAAGAAGCGATCC

QA 2 559 2 559
DS 



AS 1 3

CO CL2814Contig1 744 3 6 U
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TAAGTTTACATCCTTTTTTTTCCAAGCACCACGAACATATAACAATACAAGACGAAATGT
TTGTCGACACCTATACAAACGTTCTGACTTGACCACAACAGAGAATTGAATGATCACCAG
TCTTCTGCTCCTTTAGTTACACCAAGAACCACAGCAATCGTTGCAAGAATAGCAGCGATG
GTGCAAGCAATGTATCCTGGCTTCTCCCTGTGGTCGATCCTCCTTCCAACTATCATGATG
AGCATCCCGACGTACCAAGGGATTGCTCCAAGGAAAAACCCAACTATGAACAGGAACCAT
CCAAGACCAATTCCACAGCAAGGAAGGCGGCGTTGTCGCACATGCACAGGTCTTCCTTCA
GCAATACCATATACTGGAACGGTTTGATACCCGTGGGCGTAATGAGGAGCGGGTGGATCG
TAGACTCCAGGCGGAGCAGAGGGTTGAGGAAATCCAGTGACCGGAGGAGAGTTCTGCGGC
CGGGGAGGAGGATAATTGGAAACACCTTGAAACGTACCGTATTGATGATGATGATGCCGG
GTACCTGCTTCATCTGCGAAGCCTTTGCTTTTGTCTACTTCTCCTTGACCCATCCTTTTA
GCTTCAGCTTATCTTCTTCCTCCTTTTCGTCTCGATCGCTCTCTCTTTCTCTCTCTGACT
CGAATCGAGATGGAGATATTTTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW28JQ U 1
AF RR3E549JQ U 1
AF RR3FW28TF C 82
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BS 134 135 RR3FW28JQ
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BS 302 302 RR3FW28JQ
BS 303 737 RR3E549JQ
BS 738 744 RR3FW28TF

RD RR3FW28JQ 506 0 0
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TCTTCTGCTCCTTTAGTTACACCAAGAACCACAGCAATCGTTGCAAGAATAGCAGCGATG
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GCAATACCATATACTGGAACGGTTTGATACCCGTGGGCGTAATGAGGAGCGGGTGGATCG
TAGACTCCAGGCGGAGC
AGAGGGTTG

QA 1 497 1 497
DS 

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TAAGTTTACATCCTTTTTTTTCCAAGCACCACGAACATATAACAATACAAGACGAAATGT
TTGTCGACACCTA**CAAACGTTCTGACTTGACCACAACAGAGAATTGAATGATCACCAG
TCTTCTGCTCCTTTAGTTACACCAAGAACCACAGCAATCGTTGCAAGAATAGCAGCGATG
GTGCAAGCAATGTATCCTGGCTTCTCCCTGTGGTCGATCCTCCTTCCAACTATCATGATG
AACATCCCGACGTACCAAGGGATTGCTCCAAGGAAAAACCCAACTATGAACAGGAACCAT
CCAAGACCAATTCCACAGCAAGGAAGGCGGCGTTGTCGCACATGCACAGGTCTTCCTTCA
GCAATACCATATACTGGAACGGTTTGATACCCGTGGGCGTAATGAGGAGCGGGTGGATCG
TAGACTCCAGGCGGAGCAGAGGGTTGAGGAAATCCAGTGACCGGAGGAGAGTTCTGCGGC
CGGGGAGGAGGATAATTGGAAACACCTTGAAACGTACCGTATTGATGATGATGATGCCGG
GTACCTGCTTCATCTGCGAAGCCTTTGCTTTTGTCTACTTCTCCTTGACCCATCCTTTTA
GCTTCAGCTTATCTTCTTCCTCCTTTTCGTCTCGATCGCTCTCTCTTTCTCTCTCTGACT
CGAATCGAGATGGAGAT
CC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3FW28TF 663 0 0
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TTCTGACTTGACCACAACAGAGAATTGAATGATCACCAGTCTTCTGCTCCTTTAGTTACA
CCAAGAACCACAGCAATCGTTGCAAGAATAGCAGCGATGGTGCAAGCAATGTATCCTGGC
TTCTCCCTGTGGTCGATCCTCCTTCCAACTATCATGATGAGCATCCCGACGTACCAAGGG
ATTGCTCCAAGGAAAAACCCAACTATGAACAGGAACCATCCAAGACCAATTCCACAGCAA
GGAAGGCGGCGTTGTCGCACATGCACAGGTCTTCCTTCAGCAATACCATATACTGGAACG
GTTTGATACCCGTGGGCGTAATGAGGAGCGGGTGGATCGTAGACTCCAGGCGGAGCAGAG
GGTTGAGGAAATCCAGTGACCGGAGGAGAGTTCTGCGGCCGGGGAGGAGGATAATTGGAA
ACACCTTGAAACGTACCGTATTGATGATGATGATGCTGGGTACCTGCTTCATCTGCGAAG
CCTTTGCTTTTGTCTACTTCTCCTTGACCCATCCTTTTAGCTTCAGCTTATCTTCTTCCT
CCTTTTCGTCTCGATCGCTCTCTCTTTCTCTCTCTGACTCGAATCGAGATGGAGATATTT
TTT

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 4

CO CL2815Contig1 1142 4 9 U
GTATGATTGGCACAGGGAAGAAGGGACGACGACTTGCGTTGAATAGAAGATAGTGGAGTC
ATCAGGACCAATTAGGAGACGCTGGTCAGGGACCGTAGACCATGATGATGTGTTAAGAGC
AATGGCCAGGGCGCTAGAAAGCACTGAGGAGGCTTACATGGAAATGGTGGAGAAGTCTCT
TGACATAAACCCGGAGCTTGCGCTGATGGGTTCGTGTGTTCTCGTAATGCTAATGAAGGA
TCAAGATGTTTACGTGATGAATGTTGGGGATAGTAGGGCTATCTTAGCTCAAGAAAGGCT
CCATGATCGTCATTCTAATCCCGGGTTTGGAATTGAGGAAGGGATGGGGCATAAGAGTAG
GTCAAGAGAATCACTAGTGCGTATGGAACTAGATAGAATATCGGAAGAATCTCCAATACA
TAATCTAACCACTCAGATTAGTGTCTCAAACAAAAACAGAGATGTGACTTCTTACCGGTT
AAAGATGAGAGCCGTTCAACTCTCAAGTGACCATAGCACAAGTGTGGAAGAGGAAGTTTC
AAGAATTAGATCCGAACATCCAGAAGATGAGCAGTCCATACTCAAAGACAGAGTCAAAGG
TCAGCTCAAAGTCACTCGAGCTTTTGGTGCTGGTTTTCTCAAAAAGCCGAGTTTCAATGA
AGCTTTGCTTGAGATGTTCAGAGTAGACTACATTGGAACAGATCCGTACATCAGCTGCGA
ACCGCGCACTGTCCATCACAGGCTGACTTCAAGCGACCGGTTCTTGGTTTTATGCTCTGA
TGGATTGTATGAATACTTCAGCAACGAGGAGATAGTTGCTCACGTGACTTGGTTCATAGA
AAACGTACCTGATGGTGATCCTGCTCAATACCTCATTGCAGAGCTTCTGTCTCGTGCAGC
CACCAAGAACGGGATGGAGTTTCATGATCTGTTGGATATACCACAAGGGGATAGAAGGAA
GTACCATGATGATGTCTCAGTGATGTTTGTGTCTCTTGAAGGAAGGATTTGGCGATCGTC
TGGACAATATTATCCAGAGAGAAAACCAAAATCCAGTAGATGAATTTAACAACCAAATGA
ACCCAAAAAAAAGAAGTTAAGGTTTAATTGGGTTATTGTTTTCAAACAATCTTTCAATTT
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 

AF RR3DO09TF U 1
AF RR3GO55JQ C 439
AF RR3GO55TF U 439
AF RR3DO09JQ C 430
BS 1 497 RR3DO09TF
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BS 499 552 RR3DO09TF
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BS 595 1083 RR3GO55TF
BS 1084 1142 RR3DO09JQ

RD RR3DO09TF 594 0 0
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ATCAGGACCAATTAGGAGACGCTGGTCAGGGACCGTAGACCATGATGATGTGTTAAGAGC
AATGGCCAGGGCGCTAGAAAGCACTGAGGAGGCTTACATGGAAATGGTGGAGAAGTCTCT
TGACATAAACCCGGAGCTTGCGCTGATGGGTTCGTGTGTTCTCGTAATGCTAATGAAGGA
TCAAGATGTTTACGTGATGAATGTTGGGGATAGTAGGGCTATCTTAGCTCAAGAAAGGCT
CCATGATCGTCATTCTAATCCCGGGTTTGGAATTGAGGAAGGGATGGGGCATAAGAGTAG
GTCAAGAGAATCACTAGTGCGTATGGAACTAGATAGAATATCGGAAGAATCTCCAATACA
TAATCTAACCACTCAGATTAGTGTCTCAAACAAAAACAGAGATGTGACTTCTTACCGGTT
AAAGATGAGAGCCGTTCGACTCTCAAGTGACCATAGCACAAGTGTGGAAGAGGAAGTTTC
AAGAATTAGATCGGAACATCCAGAAGATGAGCAGTCCATACTTAAAGACAGAGT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3GO55JQ 645 0 0
G
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AGGCTGACTTCAAGCGACCGGTTCTTGGTTTTATGCTCTGATGGATAGTATGAATACTTC
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GTGATGTTTGTGTCTCTTGAAGGAAGGATTTGGCGATCGTCTGGACAATATTATCCAGAG
AGAAAACCAAAATCCAGTAGATGAATTTAACAACCAAATGAACC

QA 2 645 2 645
DS 

RD RR3GO55TF 645 0 0
G
AGTGTCTCAAACAAAAACAGAGATGTGACTTCTTACCGGTTAAAGATGAGAGCCGTTCAA
CTCTCAAGTGACCATAGCA**AGTGTGGAAGAGGAAGTTTCAAGAATTAGATCCGAACAT
CCAGAAGATGAGCAGTCCATACTCAAAGACAGAGTCAAAGGTCAGCTCAAAGTCACTCGA
GCTTTTGGTGCTGGTTTTCTCAAAAAGCCGAGTTTCAATGAAGCTTTGCTTGAGATGTTC
AGAGTAGACTACATTGGAACAGATCCGTACATCAGCTGCGAACCGCGCACTGTCCATCAC
AGGCTGACTTCAAGCGACCGGTTCTTGGTTTTATGCTCTGATGGATTGTATGAATACTTC
AGCAACGAGGAGATAGTTGCTCACGTGACTTGGTTCATAGAAAACGTACCTGATGGTGAT
CCTGCTCAATACCTCATTGCAGAGCTTCTGTCTCGTGCAGCCACCAAGAACGGGATGGAG
TTTCATGATCTGTTGGATATACCACAAGGGGATAGAAGGAAGTACCATGATGATGTCTCA
GTGATGTTTGTGTCTCTTGAAGGAAGGATTTGGCGATCGTCTGGACAATATTATCCAGAG
AGAAAACCAAAATCCAGTAGATGAATTTAACAACCAAATGAACC

QA 2 645 2 645
DS 

RD RR3DO09JQ 713 0 0
CACTCAGATTAGTGTCTCAAACAAAAACAGAGATGTGACTTCTTACCGGTTAAAGATGAG
AGCCGTTCGACTCTCAAGTGACCATAGCACAAGTGTGGAAGAGGAAGTTTCAAGAATTAG
ATCGGAACATCCAGAAGATGAGCAGTCCATACTTAAAGACAGAGTCAAAGGTCAGCTCAA
AGTCACTCGAGCATTTGGTGCTGGTTTTCTCAAAAAGCCGAGTTTCAATGAAGCTTTGCT
TGAGATGTTCAGAGTAGACTACATTGGAACAGATCCGTACATCAGCTGCGAACCGTGCAC
TGTCCATCACAGGCTGACTTCAAGCGACCGGTTCTTGGTTTTATGCTCTGATGGATTGTA
TGAATACTTCAGCAACGAGGAGATAGTTGCTCACGTGACTTGGTTCATAGAAAACGTACC
TGATGGTGATCCTGCTCAATACCTCATTGCAGAGCTTCTGTCTCGTGCAGCCATCAAGAA
CGGGATGGAGTTTCATGATCTGTTGGATATACCACAAGGGGATAGAAGGAAGTACCATGA
TGATGTCTCAGTGATGGTTGTGTCTCTTGAAGGAAGGATTTGGCGATCGTCTGGACAATA
TTATCCAGAGAGAAAACCAAAATCCAGTAGATGAATTTAACAACCAAATGAACCCAAAAA
AAAGAAGTTAAGGTTTAATTGGGTTATTGTTTTCAAACAATCTTTCAATTTCC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 3

CO CL2816Contig1 675 3 8 U
GGAGAATATCTAAAACAAACCTCTCTCTCTCTCTGCTCGATCGTTGAAGCTGAAAGAAGA
ACCTGAAAGATGGGGAAGGA*CGGAAAAGGTGGTGGGAAGGGTAAGGGAAAGCAAGCCAG
TGGCAGTGATGAAGCTCCCTCTAAGGGAAAAGGCAAAGCTGGAAAAGCTGCTGATGGTCT
CGGCACCTGCACCTATGTTAAAGCGAGACATGTTCTGTGTGAAAAGCAAGGAAAGATCAA
CGAGGCCTACAAAAAGTTGCGGGATGGTTGGTTGAGCAACGGTGACAAGGTTCCTCCTGC
TGAGTTTGCAAAGATTGCAGCAGAGTACTCAGAGTGCCCATCAGGGAAAAAAGGAGGAGA
TCTTGGATGGTTCCCAAGGGGAAAGATGGCAGGTCCCTTCCAAGATGTCGCCTTCAACAC
ACCTGTTGGTGTCACTAGTGCACCTTTCAAATCTACGCACGGATACCACATCATCTTGTC
GGAAGGAAGGAAGAACTGACAGATTAGGTCTCTGTTCTGGCCGGCTCTGCTCTTATGGAT
GGATGTCACTTGCTAGTTATTGATGTAACCAATATATAAAAAAAA***TACACATCCTTT
GTTGTTTTGGCCAAAATTGTTTGAAAAATCTCCTGTCCTTTGAATAATGAATTTCTTAAG
GCTGTGATACATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3EX26TF U 1
AF RR3GK56JQ C 32
AF RR3GK56TF U 32
BS 1 80 RR3EX26TF
BS 81 81 RR3GK56TF
BS 82 260 RR3EX26TF
BS 261 261 RR3GK56TF
BS 262 585 RR3EX26TF
BS 586 588 RR3GK56TF
BS 589 616 RR3EX26TF
BS 617 675 RR3GK56TF

RD RR3EX26TF 628 0 0
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ACCTGAAAGATGGGGAAGGATCGGAAAAGGTGGTGGGAAGGGTAAGGGAAAGCAAGCCAG
TGGCAGTGATGAAGCTCCCTCTAAGGGAAAAGGCAAAGCTGGAAAAGCTGCTGATGGTCT
CGGCACCTGCACCTATGTTAAAGCGAGACATGTTCTGTGTGAAAAGCAAGGAAAGATCAA
CGAGGCCTACAAAAAGTTGCAGGATGGTTGGTTGAGCAACGGTGACAAGGTTCCTCCTGC
TGAGTTTGCAAAGATTGCAGCAGAGTACTCAGAGTGCCCATCAGGGAAAAAAGGAGGAGA
TCTTGGATGGTTCCCAAGGGGAAAGATGGCAGGTCCCTTCCAAGATGTCGCCTTCAACAC
ACCTGTTGGTGTCACTAGTGCACCTTTCAAATCTACGCACGGATACCACATCATCTTGTC
GGAAGGAAGGAAGAACTGACAGATTAGGTCTCTGTTCTGGCCGGCTCTGCTCTTATGGAT
GGATGTCACTTGCTAGTTATTGATGTAACCAATATATAAAAAAAAAAATACACATCCTTT
GTTGTTTTGGCCAAAA
TTGTTTGAAAAA

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3GK56JQ 643 0 0
GGG
GCTCGATCGTTGAAGCTGAAAGAAGAACCTGAAAGATGGGGAAGGA*CGGAAAAGGTGGT
GGGAAGGGTAAGGGAAAGCAAGCCAGTGGCAGTGATGAAGCTCCCTCTAAGGGAAAAGGC
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CTGTGTGAAAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAAAGTTGCGGGATGGTTGGTTG
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TGCCCATCAGGGAAAAAAGGAGGAGATCTTGGATGGTTCCCAAGGGGAAAGATGGCAGGT
CCCTTCCAAGATGTCGCCTTCAACACACCTGTTGGTGTCACTAGTGCACCTTTCAAATCT
ACGCACGGATACCACATCATCTTGTCGGAAGGAAGGAAGAACTGACAGATTAGGTCTCTG
TTCTGGCCGGCTCTGCTCTTATGGATGGATGTCACTTGCTAGTTATTGATGTAACCAATA
TATAAAAAAAA***TACACATCCTTTGTTGTTTTGGCCAAAATTGTTTGAAAAATCTCCT
GTCCTTTGAATAATGAATTTCTTAAGGCTGTGATACATTT

QA 4 643 4 643
DS 

RD RR3GK56TF 644 0 0
GGG
GCTCGATCGTTGAAGCTGAAAGAAGAACCTGAAAGATGGGGAAGGA*CGGAAAAGGTGGT
GGGAAGGGTAAGGGAAAGCAAGCCAGTGGCAGTGATGAAGCTCCCTCTAAGGGAAAAGGC
AAAGCTGGAAAAGCTGCTGATGGTCTCGGCACCTGCACCTATGTTAAAGCGAGACATGTT
CTGTGTGAAAAGCAAGGAAAGATCAACGAGGCCTACAAAAAGTTGCGGGATGGTTGGTTG
AGCAACGGTGACAAGGTTCCTCCTGCTGAGTTTGCAAAGATTGCAGCAGAGTACTCAGAG
TGCCCATCAGGGAAAAAAGGAGGAGATCTTGGATGGTTCCCAAGGGGAAAGATGGCAGGT
CCCTTCCAAGATGTCGCCTTCAACACACCTGTTGGTGTCACTAGTGCACCTTTCAAATCT
ACGCACGGATACCACATCATCTTGTCGGAAGGAAGGAAGAACTGACAGATTAGGTCTCTG
TTCTGGCCGGCTCTGCTCTTATGGATGGATGTCACTTGCTAGTTATTGATGTAACCAATA
TATAAAAAAAA***TACACATCCTTTGTTGTTTTGGCCAAAATTGTTTGAAAAATCTCCT
GTCCTTTGAATAATGAATTTCTTAAGGCTGTGATACATTTG

QA 4 644 4 644
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2818Contig1 1035 4 14 U
GGCCGCCGGTGGAAAATGGTGAGCGGAGAAGCATCAACCCAAAAGAGGATCCTGCTCGCT
TCACTATCGGCGATGGTCGCTGAGTCAGTTACGTTTCCGATCGATCTCACAAAGACCAGA
ATGCAGCTCCATGGTTCCGGATCCGCTTCCGCTCACCGTGTCGGGGCTATCGGAGTCGTA
TCTGAGATCATGAGGCAGGAAGGGATGATGGGTCTCTACAAAGGTCTCTCTCCCGCGATT
ATAAGGCACCTGTTCTACACGCCGATCAGAATCATCGGGTACGAGAATCTGAAAGGGATC
TTAGTCAGATCCGAATCTAATAATAAGGACGGCGAGTCTCTTCCTTTAGCCACAAAGGCT
CTCCTCGGAGGGATCTCTGGTGTTTTAGCTCAGGTAGTGGCTAGCCCTGCTGATTTGGTG
AAAGTGAGAATGCAAGCAGATGGTAGATTGGTGAGCCAAGGTATGAAACCGAGGTACTCT
GGACCAGTGGAAGCTTTCGCTAGAATTCTACAATCGGAAGGAGTGAAAGGGCTATGGAAA
GGTGTTGTTCCAAACATTCAGAGAGCGTTTTTAGTGAATATGGGTGAGCTAGCTTGCTAC
GATCACGCCAAACACTTTGTCATCGAGAGAAAGATCTCGGGCGGGGATAACATTTACGCG
CACACTCTTGCATCTGTCATGTCGGGTCTTGCTTCCACGACTTTGAGTTGTCCTGCTGAT
GTGGTGAAGACGAGGATGATGAATCAAGGGGAGAAAGGTGTGTACAGAAGTTCTTACGAT
TGTTTGGTGAAGACGGTTAGGTTTGAAGGAGTAAGAGCTTTGTGGAAAGGGTTTTTGCCG
ACATGGGGAAGGCTTGGACCATGGCAGTTTGTGTTTTGGGTCTCTTACGAGAAGTTTAGA
CAGCTTGCTGGTCTCTCTTCCTTCTAGTAAAACTAAATTTTGAGGCTTTAGGGGGTTCTG
AAATATCTTTTAAATGTAACATCTTACTCTTACTTTCAAGTTTGAGTAAGATTCAATGGT
TTCAAGTCTAGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CY64TF U 1
AF RR3BI23TF U 326
AF RR3CY64JQ C 254
AF RR3BI23JQ C 368
BS 1 504 RR3CY64TF
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BS 758 821 RR3CY64JQ
BS 822 822 RR3BI23JQ
BS 823 957 RR3CY64JQ
BS 958 958 RR3BI23JQ
BS 959 1014 RR3CY64JQ
BS 1015 1035 RR3BI23JQ

RD RR3CY64TF 521 0 0
GGCCGCCGGTGGAAAATGGTGAGCGGAGAAGCATCAACCCAAAAGAGGATCCTGCTCGCT
TCACTATCGGCGATGGTCGCTGAGTCAGTTACGTTTCCGATCGATCTCACAAAGACCAGA
ATGCAGCTCCATGGTTCCGGATCCGCTTCCGCTCACCGTGTCGGGGCTATCGGAGTCGTA
TCTGAGATCATGAGGCAGGAAGGGATGATGGGTCTCTACAAAGGTCTCTCTCCCGCGATT
ATAAGGCACCTGTTCTACACGCCGATCAGAATCATCGGGTACGAGAATCTGAAAGGGATC
TTAGTCAGATCCGAATCTAATAATAAGGACGGCGAGTCTCTTCCTTTAGCCACAAAGGCT
CTCCTCGGAGGGATCTCTGGTGTTTTAGCTCAGGTAGTGGCTAGCCCTGCTGATTTGGTG
AAAGTGAGAATGCAAGCAGATGGTAGATTGGTGAGCCAAGGTATGAAACCGAGGTACTCT
GGACCAGTGGAAGCTTTCGCTAGA*TTCTACAATCGGAAGG

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR3BI23TF 440 0 0
AGGACGGCGAGTCTCTTCCTTTAGCCACAAAGGCTCTCCTCGGAGGGATCTCTGGTGTTT
TAGCTCAGGTAGTGGCTAGCCCTGCTGATTTGGTGAAAGTGAGAATGCAAGCAGATGGTA
GATTGGTGAGCCAAGGTATGAAACCGAGGTACTCTGGACCAGTGGAAGCTTTCGCTAGAA
TTCTACAATCGGAAGGAGTGAAAGGGCTATGGAAAGGTGTTGTTCCAAACATTCAGAGAG
CGTTTCTAGTGAATATGGGTGAGCTAGCTTGCTACGATCACGCCAAACACTTTGTCATCG
AGAGAAAGATCTCGGGCGGGGATAACATTTACGCGCACACTCTTGCATCTGTCATGTCGG
GTCTTGCTTCCACGACTCTGAGTTGTCCTGCTGATGTGGTGAAGACGAGGATGATGAATC
AAGGGGAGAAAG
TGTGTACA

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR3CY64JQ 761 0 0
TCTACACGCCGATCAGAATCATCGGGTACGAGAATCTGAAAGGGATCTTAGTCAGATCCG
AATCTAATAATAAGGACGGCGAGTCTCTTCCTTTAGCCACAAAGGCTCTCCTCGGAGGGA
TCTCTGGTGTTTTAGCTCAGGTAGTGGCTAGCCCTGCTGATTTGGTGAAAGTGAGAATGC
AAGCAGATGGTAGATTGGTGAGCCAAGGTATGAAACCGAGGTACTCTGGACCAGTGGAAG
CTTTCGCTAGAATTCTACAATCGGAAGGAGTGAAAGGGCTATGGAAAGGTGTTGTTCCAA
ACATTCAGAGAGCGTTTTTAGTGAATATGGGTGAGCTAGCTTGCTACGATCACGCCAAAC
ACTTTGTCATCGAGAGAAAGATCTCGGGCGGGGATAACATTTACGCGCACACTCTTGCAT
CTGTCATGTCGGGTCTTGCTTCCACGACTTTGAGTTGTCCTGCTGATGTGGTGAAGACGA
GGATGATGAATCAAGGGGAGAAAGGTGTGTACAGAAGTTCTTACGATTGTTTGGTGAAGA
CGGTTAGGTTTGAAGGAGTAAGAGCTTTTTGGAAAGGGTTTTTGCCGACATGGGGAAGGC
TTGGACCATGGCAGTTTGTGTTTTGGGTCTCTTACGAGAAGTTTAGACAGCTTGCTGGTC
TCTCTTCCTTCTAGTAAAACTAAATTTTGAGGCTTTAGGGGGTTTTGAAATATCTTTTAA
ATGTAACATCTTACTCTTACTTTCAAGTTTGAGTAAGATTC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3BI23JQ 668 0 0
GAGGGATCTCTGGTGTTTTAGCTCAGGTAGTGGCTAGCCCTGCTGATTTGGTGAAAGTGA
GAATGCAAGCAGATGGTAGATTGGTGAGCCAAGGTATGAAACCGAGGTACTCTGGACCAG
TGGAAGCTTTCGCTAGAATTCTACAATCGGAAGGAGTGAAAGGGCTATGGAAAGGTGTTG
TTCCAAACATTCAGAGAGCGTTTTTAGTGAATATGGGTGAGCTAGCTTGCTACGATCACG
CCAAACACTTTGTCATCGAGAGAAAGATCTCGGGCGGGGATAACATTTACGCGCACACTC
TTGCATCTGTCATGTCGGGTCTTGCTTCCACGACTTTGAGTTGTCCTGCTGATGTGGTGA
AGACGAGGATGATGAATCAAGGGGAGAAAGGTGTGTACAGAAGTTCTTACGATTGTTTGG
TGAAGACGGTTAGGTTTGAAGGAGTAAGAGCTTTGTGGAAAGGGTTTTTGCCGACATGGG
GAAGGCTTGGACCATGGCAGTTTGTGTTTTGGGTCTCTTACGAGAAGTTTAGACAGCTTG
CTGGTCTCTCTTCCTTCTAGTAAAACTAAATTTTGAGGCTTTAGGGGGTTCTGAAATATC
TTTTAAATGTAACATCTTACTCTTACTTTCAAGTTTGAGTAAGATTCAATGGTTTCAAGT
CTAGTTTT

QA 1 668 1 668
DS 



AS 2 4

CO CL2819Contig1 789 2 2 U
CCGTCAACAGATTTGATATTCATCCCAAACTGAAATACAAGAGTTCATACATAAGCTGGC
GGTCTAACAGGATAGCCCCAGAAACAAGAGCCCACAGAAAGCGGCAACTAGAACCCACAC
CGGGGCAACTTACTGAAACACAACATAAAGACTAAAACCGCAACAAAACCCTGGACAACG
ATTAACTACTACATTCGAAACTGGAACATATCAACTCATCAGACATAAGAAATAAACCCA
TGCCAATGATCGGGAAATACCGTTGCTGCACATAGCCCCGCCACACGATAACTTCCACTT
CTTACACCCACACCACGACTTATTGCTGCTGCCTACGCACGCCAACAATAACGCCCAAGA
ACCTGAGACTTCATAACCCGACAAGAAGGATCGAAACTCGATCAACTCAACCTTCGGATA
CGGATGCGACGCAATCATAATCGTCCATCTAGTCCTAGATAGAAGCTCAACCAAAACCCC
ACGAAGACAAAGCCTTACTAACCGAAACTTACCAGACGCATTCACGGAAAAGGAAACGGA
CAGCAAGCAATCACTGCACTCACCACCATTGAAAGAAAGTCTGCTAAATCAATGCCGAAC
TCCAAGCGTAGAGATAAATCGGTACCCAGATTTGAGCGAAAACAAAGGACAACCGAGCAC
AGAGCATAGTAATAAACGGGTTTCAACTCCTTACCAACACCCAAGACATCTCGCAGACAC
ACGACCGCCAAAAGGACTGGGCGCGCACTGACAACCACAACTGCCACCTCCCTTGAACAG
TAGCAAACC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FJ53JQ U 1
AF RR3FQ19JQ U 1
BS 1 748 RR3FJ53JQ
BS 749 789 RR3FQ19JQ

RD RR3FJ53JQ 749 0 0
CCGTCAACAGATTTGATATTCATCCCAAACTGAAATACAAGAGTTCATACATAAGCTGGC
GGTCTAACAGGATAGCCCCAGAAACAAGAGCCCACAGAAAGCGGCAACTAGAACCCACAC
CGGGGCAACTTACTGAAACACAACATAAAGACTAAAACCGCAACAAAACCCTGGACAACG
ATTAACTACTACATTCGAAACTGGAACATATCAACTCATCAGACATAAGAAATAAACCCA
TGCCAATGATCGGGAAATACCGTTGCTGCACATAGCCCCGCCACACGATAACTTCCACTT
CTTACACCCACACCACGACTTATTGCTGCTGCCTACGCACGCCAACAATAACGCCCAAGA
ACCTGAGACTTCATAACCCGACAAGAAGGATCGAAACTCGATCAACTCAACCTTCGGATA
CGGATGCGACGCAATCATAATCGTCCATCTAGTCCTAGATAGAAGCTCAACCAAAACCCC
ACGAAGACAAAGCCTTACTAACCGAAACTTACCAGACGCATTCACGGAAAAGGAAACGGA
CAGCAAGCAATCACTGCACTCACCACCATTGAAAGAAAGTCTGCTAAATCAATGCCGAAC
TCCAAGCGTAGAGATAAATCGGTACCCAGATTTGAGCGAAAACAAAGGACAACCGAGCAC
AGAGCATAGTAATAAACGGGTTTCAACTCCTTACCAACACCCAAGACATCTCGCAGACAC
ACGACCGCCAAAAGGACTGGGCGCGCAC
C

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3FQ19JQ 789 0 0
G
CGTCAACAGATTTGATATTCATCCCAAACTGAAATACAAGAGTTCATACATAAGCTGGCG
GTCTAACAGGATAGCCCCAGAAACAAGAGCCCATAGAAAGCGGCAACTAGAACCCACACC
GGGGCAACTTACTGAAACACAACATAAAGACTAAAACCGCAACAAAACCCTGGACAACGA
TTAACTACTACATTCGAAACTGGAACATATCAACTCATCAGACATAAGAAATAAACCCAT
GCCAATGATCGGGAAATACCGTTGCTGCACATAGCCCCGCCACACGATAACTTCCACTTC
TTACACCCACACCACGACTTATTGCTGCTGCCTACGCCCGCCAACAATAACGCCCAAGAA
CCTGAGACTTCATAACCCGACAAGAAGGATCGAAACTCGATCAACTCAACCTTCGGATAC
GGATGCGACGCAATCATAATCGTCCATTTAGTCCTAGATAGAAGCTCAACTAAAACCCCA
CGAAGACAAAGCCTTACTAACCGAAACTTACCAGACGCATTCACGGAAAAGGAAACGGAC
AGCAAGCAATCACTGCACTCACCACCATTGAAAGAAAGTCTGCTAAATCAATGCCGAACT
CCAAGCGTAGAGATAAATCGGTACCCAGATTTGAGCGAAAACAAAGGACAACCGAGCACA
GAGCATAGTAATAAACGGGTTTCAACTCCTTACCAACACCCAAGACATCTCGCAGACACA
CGACCGCCAAAAGGGCTGGGCGCGCACTGACAACCACAACTGCCACCTCCCTTGAACAGT
AGCAAACC

QA 2 789 2 789
DS 



CO CL2819Contig2 705 2 1 U
GGGACAGAAAAATATACGTTCGAGAAAAAAAAAAGCGACAGAAGAGAAAAAAAGCGACAG
AAGAGCGACTTCCTCAGGGCTCTGGTGTTTGGCTTCCTGCCATCACCGGAAGCTCCCTTT
CCCCTTTTTCTTTGTTTTGTTTTGCTTTTTTCCTTCCTCTCTTCATAGATATCGATATGA
TTGGTGTTCTGGTGGTGTATCTTCGCGGCGGAACCCTAGATCTGCTTCGGGGAGAGCTAG
ATCCGGCCGTATGAAGCTCTGATCTGGAATATCATCGAGGCGTCCATGAGTTTGGAGGTA
GACGAGTCGGCTTTTTAGGTTTGATCCCGACAGATCTCGTTTTCACTTTTGTAGATCTGC
TCGGGGTCATCCGTGGTGGCAGCGCGTGAGGTAAGGGACGACTCTCTCTCATGTTCTTCA
AGGTTACAAAGCGGCGGTGGTCGTTTTGAAGTGGCGTTGTGCGCCGGGAGTGGTACGGTT
GGCTTCCTTTTGACTTGAGACTTGGTGTCTTGTCTCGGGAATGGGGTTTGCTACTGTTCA
AGGGAGGTGGCAGTTGTGGTTGTCAGTGCGCGCCCAGTCCTTTTGGCGGTCGTGTGTCTG
CGAGATGTCTTGGGTGTTGGTAAGGAGTTGAAACCCGTTTATTACTATGCTCTGTGCTCG
GTTGTCCTTTGTTTCGCTCAATCTGGGTACCGATTTATCTCTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3FQ19TF U 1
AF RR3FJ53TF U 146
BS 1 705 RR3FQ19TF

RD RR3FQ19TF 705 0 0
GGGACAGAAAAATATACGTTCGAGAAAAAAAAAAGCGACAGAAGAGAAAAAAAGCGACAG
AAGAGCGACTTCCTCAGGGCTCTGGTGTTTGGCTTCCTGCCATCACCGGAAGCTCCCTTT
CCCCTTTTTCTTTGTTTTGTTTTGCTTTTTTCCTTCCTCTCTTCATAGATATCGATATGA
TTGGTGTTCTGGTGGTGTATCTTCGCGGCGGAACCCTAGATCTGCTTCGGGGAGAGCTAG
ATCCGGCCGTATGAAGCTCTGATCTGGAATATCATCGAGGCGTCCATGAGTTTGGAGGTA
GACGAGTCGGCTTTTTAGGTTTGATCCCGACAGATCTCGTTTTCACTTTTGTAGATCTGC
TCGGGGTCATCCGTGGTGGCAGCGCGTGAGGTAAGGGACGACTCTCTCTCATGTTCTTCA
AGGTTACAAAGCGGCGGTGGTCGTTTTGAAGTGGCGTTGTGCGCCGGGAGTGGTACGGTT
GGCTTCCTTTTGACTTGAGACTTGGTGTCTTGTCTCGGGAATGGGGTTTGCTACTGTTCA
AGGGAGGTGGCAGTTGTGGTTGTCAGTGCGCGCCCAGTCCTTTTGGCGGTCGTGTGTCTG
CGAGATGTCTTGGGTGTTGGTAAGGAGTTGAAACCCGTTTATTACTATGCTCTGTGCTCG
GTTGTCCTTTGTTTCGCTCAATCTGGGTACCGATTTATCTCTACG

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3FJ53TF 560 0 0
TTTTTTCCTTCCTCTCTTCATAGATATCGATATGATTGGTGTTCTGGTGGTGTATCTTCG
CGGCGGAACCCTAGATCTGCTTCGGGGAGAGCTAGATCCGGCCGTATGAAGCTCTGATCT
GGAATATCATCGAGGCGTCCATGAGTTTGGAGGTAGACGAGTCGGCTTTTTAGGTTTGAT
CCCGACAGATCTCGTTTTCACTTTTGTAGATCTGCTCGGGGTCATCCGTGGTGGCAGCGC
GTGAGGTAAGGGACGACTCTCTCTCATGTTCTTCAAGGTTACAAAGCGGCGGTGGTCGTT
TTGAAGTGGCGTTGTGCGCCGGGAGTGGTACGGTTGGCTTCCTTTTGACTTGAGACTTGG
TGTCTTGTCTCGGGAATGGGGTTTGCTACTGTTCAAGGGAGGTGGCAGTTGTGGTTGTCG
GTGCGCGCCCAGTCCTTTTGGCGGTCGTGTGTCTGCGAGATGTCTTGGGTGTTGGTAAGG
AGTTGAAACCCGTTTATTACTATGCTCTGTGCTCGGTTGTCCTTTGTTTCGCTCAATCTG
GGTACCGATTTATCTCTACG

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 4

CO CL2820Contig1 917 4 29 U
GGGTCCCCCCCCCTTCCGAGTATCACTGCCAGTGTTGACTTTTGATCAAATCGGCGCCGG
AAATGAGAAACTCGAGAATCTCGATCTTCACTTTGGCGTTTGCAGCATACGTAGTCAAAA
CAATCTCTTACGAACCGGAACTCGGTTCAGCTCGTGTCGTCTTCCAGACTAGTTACGGGG
ATATCGAATTTGGATTCTATCCAACGGTTGCGCCAGTAACGGTGGATCATATCTTCAAGC
TCTTTCGATTAGGAGGCTACAACACTAATCATTTCTTCAGGGTGGATAAAGGTTTCGTTG
CTCAAGTTGCTGATGTGGCGAATGGAAGATCAGCTCCGATGAATGAGGAGCAAAAGAAAA
TAGCTTACAAGACTATTCTCGGAGAGTTCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCATTCTTT
CCATGGGAAGACATGATGATCCAAACAGCGGTGGATCTTCATTCTCGATGCTTCTTGGTG
ATGCTCCTCATCTTGATGGCAAGTACGCTGTGTTCGGTAAAGTGACTAAAGGAGATGAAA
CACTGAGGAAGTTAGAAGAAGTTCCCACTCGCCGTGAAGGGATCTTTGTAATGCCGACGG
AGCGGATCACCATTTTGTCGACATACTATTACGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGG
AGAGATCTGTCCTGAAAAGAAGGCTTGAAGCATCTTTTCTTGAGGTGGAAAGACAGAGAA
TGAAGTGCTTCCTGTGAATCCTTGTGAAGACCTTTCTTAAGTAAAATAACTGTCCAACAA
AGAAAAACCGACATGTATGTTTGCAAAAAAAAAAAAAACTCAGGATGCTAAGACAGATCC
ATTGGTTTTTGAGTGTAACAGTGTAAAAAAACTGGTTGAGAAACATTTGGTCATGGTTTG
TTTCCTTCTTGGTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E744TF U 1
AF RR3AW72TF U 12
AF RR3AW72JQ C 132
AF RR3E744JQ C 385
BS 1 24 RR3E744TF
BS 25 25 RR3AW72TF
BS 26 42 RR3E744TF
BS 43 43 RR3AW72TF
BS 44 106 RR3E744TF
BS 107 107 RR3AW72TF
BS 108 165 RR3E744TF
BS 166 166 RR3AW72TF
BS 167 242 RR3E744TF
BS 243 244 RR3AW72TF
BS 245 247 RR3E744TF
BS 248 248 RR3AW72TF
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BS 312 317 RR3E744TF
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BS 319 355 RR3E744TF
BS 356 356 RR3AW72TF
BS 357 359 RR3E744TF
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BS 361 448 RR3E744TF
BS 449 449 RR3AW72TF
BS 450 542 RR3E744TF
BS 543 543 RR3AW72TF
BS 544 576 RR3E744TF
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BS 682 682 RR3AW72JQ
BS 683 773 RR3AW72TF
BS 774 917 RR3AW72JQ

RD RR3E744TF 576 0 0
GGGTCCCCCCCCCTTCCGAGTATCGCTGCCAGTGTTGACTTT*GATCAAATCGGCGCCGG
AAATGAGAAACTCGAGAATCTCGATCTTCACTTTGGCGTTTGCAGCCTACGTAGTCAAAA
CAATCTCTTACGAACCGGAACTCGGTTCAGCTCGTGTCGTCTTCCGGACTAGTTACGGGG
ATATCGAATTTGGATTCTATCCAACGGTTGCGCCAGTAACGGTGGATCATATCTTCAAGC
TCGCTCGTTTAGGAGGCTACAACACTAATCATTTCTTCAGGGTGGATAAAGGTTTCGTTG
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ATGCTCCTCATCTTGATGGCAAGTACGCTGTGTTCGGTAAAGTGACTAAAGGAGATGAAA
CATTGAGGAAGTTAGAAGAAGTTCCCACTCGCCGTG

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3AW72TF 765 0 0
TCCC
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CGGAACTCGGTTCAGCTCGTGTCGTCTTCCAGACTAGTTACGGGGATATCGAATTTGGAT
TCTATCCAACGGTTGCGCCAGTAACGGTGGATCATATCTTCAAGCTCTTTCGATTAGGAG
GCTACAACACTAATCATTTCTTCAGGGTGGATAAAGGTTTCGTTGCTCAAGTTGCTGATG
TGGCGAATGGAAGATCAGCTCCGATGAATGAGGAGCAAAAGAAAATAGCTTACAAGACTA
TTCTCGGAGAGTTCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCATTCTTTCCATGGGAAGACATG
ATGATCCAAACAGCGGTGGATCTTCATTCTCGATGCTTCTTGGTGATGCTCCTCATCTTG
ATGGCAAGTACGCTGTGTTCGGTAAAGTGACTAAAGGAGATGAAACACTGAGGAAGTTAG
AAGAAGTTCCCACTCGCCGTGAAGGGATCTTTGTAATGCCGACGGAGCGGATCACCATTT
TGTCGACATACTATTACGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGATCTGTCCTGA
AAAGAAAGCTTGAAGCATCTTTTCTTGAGGTGGAAAGACAGAGAATGAAGTGCTTCCTGT
GAATCCTTGTGAAGACCTTTCTTAAGTAAAATAACTGT
CCA

QA 5 762 5 762
DS 

RD RR3AW72JQ 786 0 0
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GGATTCTATCCAACGGTTGCGCCAGTAACGGTGGATCATATCTTCAAGCTCTTTCGATTA
GGAGGCTACAACACTAATCATTTCTTCAGGGTGGATAAAGGTTTCGTTGCTCAAGTTGCT
GATGTGGCGAATGGAAGATCAGCTCCGATGAATGAGGAGCAAAAGAAAATAGCTTACAAG
ACTATTCTCGGAGAGTTCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCATTCTTTCCATGGGAAGA
CATGATGATCCAAACAGCGGTGGATCTTCATTCTCGATGCTTCTTGGTGATGCTCCTCAT
CTTGATGGCAAGTACGCTGTGTTCGGTAAAGTGACTAAAGGAGATGAAACACTGAGGAAG
TTAGAAGAAGTTCCCACTCGCCGTGAAGGGATCTTTGTAATGCCGACGGAGCGGATCACC
ATTTTGTCGACATACTATTACGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGATCTGTC
CTGAAAAGAAGGCTTGAAGCATCTTTTCTTGAGGTGGAAAGACAGAGAATGAAGTGCTTC
CTGTGAATCCTTGTGAAGACCTTTCTTAAGTAAAATAACTGTCCAACAAAGAAAAACCGA
CATGTATGTTTGCAAAAAAAAAAAAAACTCAGGATGCTAAGACAGATCCATTGGTTTTTG
AGTGTAACAGTGTAAAAAAACTGGTTGAGAAACATTTGGTCATGGTTTGTTTCCTTCTTG
GTCTGC

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3E744JQ 523 0 0
AGTTCAGTGATGTCAAGCATGTCAGAGGCATTCTTTCCATGGGAAGACATGATGATCCAA
ACAGTGGTGGATTTTCATTCTCGATGCTTCTTGGTGATGCTCCTCATCTTGATGGCAAGT
ACGCTGTGTTCGGTAAAGTGACTAAAGGAGATGAAACATTGAGGAAGTTAGAAGAAGTTC
CCCCTCGCCGTGAAGGGATTTTTGTAATGCCGACGGAACGGATCCCCATTTTGTCGACAT
ACTATTACGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGATTTGTCCTGAAAAGAAGGC
TTGAAGCATTTTTTTTTGAGGTGGAAAGACAGAGAATGAAGTGCTTCCCGTGAATCCTTG
TGAAGGCCTTTTTTAAGTAAAATAACTGTTCAACAAAGAAAAACCGACATGTATGTTTG*
AAAAAAAAAAAAAACTCAGGATGCTAAGACAGATCCATTGGTTTTTGAGTGTAACAGTGT
AAAAAAACTGGTTGAGAAACATTTGGTCATGGTTTGTTTCCTT

QA 1 523 1 523
DS 



AS 1 4

CO CL2821Contig1 561 4 12 U
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ACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTC
CACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCC
TTCAACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC****TGTTTTCC
CAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTGAAG
TCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAAT
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TTTTATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGT
ATATGAAATCTAGCTTCACTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3GA95TF U 169
AF RR3CN79JQ C 1
AF RR3DV39TF U 1
AF RR3CN79TF U 1
BS 1 37 RR3DV39TF
BS 38 38 RR3CN79TF
BS 39 168 RR3DV39TF
BS 169 347 RR3GA95TF
BS 348 388 RR3DV39TF
BS 389 389 RR3CN79TF
BS 390 428 RR3DV39TF
BS 429 429 RR3CN79TF
BS 430 441 RR3DV39TF
BS 442 442 RR3CN79TF
BS 443 560 RR3DV39TF
BS 561 561 RR3CN79JQ

RD RR3GA95TF 179 0 0
CTCATCATCTCCTTCAACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC
****TGTTTTCCCAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATA
TTTACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCT

QA 1 179 1 179
DS 

RD RR3CN79JQ 561 0 0
GGAATCACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAAATGCAGGGAGCTTTGTGCATCAA
ACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTC
CACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCC
TTCAACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC****TGTTTTCC
CAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTGAAG
TCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAAT
ACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTCTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAG
GAGAGTTCCGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGA
TTTTATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGT
ATATGAAATCTAGCTTCACTT

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3DV39TF 560 0 0
GGAATCACTAAACCAATCTTCTTACCGACATAAAAAA*TGCAGGGAGCTTTGTGCATCAA
ACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTC
CACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCC
TTCAACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTCGTAGTGTTTTCC
CAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTGAAG
TCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAAT
ACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAG
GAGAGTTCTGCGAACCTGACTGTCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGA
TTTTATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGT
ATATGAAATCTAGCTTCACT

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3CN79TF 561 0 0
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ACCAACCATTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCCCACACCATCTC
CACCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAACTCATCATCTCC
TTCAACCTCTGATCCACTCACCGTAAACTACGATGACTCTCCCCTTTC****TGTTTTCC
CAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTCTGCTGATATTTACCCTGAAG
TCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAAT
ACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACAGTCTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAG
GAGAGTTCCGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGA
TTTTATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGT
ATATGAAATCTAGCTTCACT
T

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 2

CO CL2822Contig1 1121 2 2 U
GGGGGGAGCGTGCAAGAGATTACTTTAGGTTTCTTATGGGAAAACCTAAGACTGTTCGAT
TGAGGCGAGCATTGGATGGTTGGAACGGACTCATGGAGATGATGTCGAAGCAAAGAGTGT
ACGAGGAGTACTGGCTAGAAAAGGCCATTATCAACACGCCAACCTGGTATGACAGTCCTG
ACTCCTCAAGTACAAACAAGTACTCAAGGCTTATGTCGACTCAAAGACTGATGAACAGTT
CGAGTAGATCCTTACATGAACAGTTCGTTGTGAGATATCTTACTAGAGTCGAGAGCTTGA
AGAGATATTTCGTAATCACAGTTAATCTTTTTATTATAGGTTCAGTTTTCAGTTCTTGAT
ATTTAGTCGATGTTCGTGTTTAGTTTATCAGATATTTATCATTGTTTATTCAAAGAAGAA
ACGCAAGCCAAAAATCTATATAATGACGAATCAAAATCTCTGATATCTTTTTCAAAATTC
AATTTCTAGGCAACAAAATGCAAATCATTAAGAGAAGAGAATCAAAGTTTCTTGGGTTTA
GTGGTGGTTGAGGTGCCTTCTTTCTTCTCTGCCTCGGTGGATTTCTTACGGTCTTTCCTC
TCCCTCTTCTTCAAAGCAGTCATGTGAGCCTTAAGAATGGTGGCATATGATGCTTGAAAT
CTCTGGTGATCCTTAGCCCCAACCTTGAAACAAAGAGAGCATTGCAACAAGTTTAGCTTC
AGTGTAAACTTAATAGAGGGCTAATAAAGAATGCCATATTGTTACTATCATCTATTCTCC
GGAGAAAGTAAGACTTCAACAACTGGTAGATATTATGGTTTACTCATATATGCATAACGC
TTTGGAAAAAAACTATGTTGGAGAATGTTATTAATCTTGAGTCTGAATGAGTAGAGAAGA
CATACCGAAGTAGAAATGGTTTTCTTAGCATCAGTAGCTCGAATAAGACATCTGTACTCG
ATGGATTCTCCAGCAGAGCTCAGTTTCCTCTTCTGCAGCTTAGACTTCAAAGATGCTGAC
ACAACAAAGTAATATACACATCATATAAGAAGATATAAATATCAAACAAAATAACAAAAG
TGGAGGAAGAAGAAGAAGGTCCATTAAAAGACTAAAGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR61TF U 1
AF RR3BR61JQ C 340
BS 1 610 RR3BR61TF
BS 611 1121 RR3BR61JQ

RD RR3BR61TF 610 0 0
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TGAGGCGAGCATTGGATGGTTGGAACGGACTCATGGAGATGATGTCGAAGCAAAGAGTGT
ACGAGGAGTACTGGCTAGAAAAGGCCATTATCAACACGCCAACCTGGTATGACAGTCCTG
ACTCCTCAAGTACAAACAAGTACTCAAGGCTTATGTCGACTCAAAGACTGATGAACAGTT
CGAGTAGATCCTTACATGAACAGTTCGTTGTGAGATATCTTACTAGAGTCGAGAGCTTGA
AGAGATATTTCGTAATCACAGTTAATCTTTTTATTATAGGTTCAGTTTTCAGTTCTTGAT
ATTTAGTCGATGTTCGTGTTTAGTTTATCAGATATTTATCATTGTTTATTCAAAGAAGAA
ACGCAAGCCAAAAATCTATATAATGACGAATCAAAATCTCTGATATCTTTTTCAAAATTC
AATTTCTAGGCAACAAAATGCAAATCATTAAGAGAAGAGAATCAAAGTTTCTTGGGTTTA
GTGGTGGTTGAGGTGCCTTCTTTCTTCTCTGCCTCGGTGGATTTCTTACGGTCTTTCCTC
TCCCTCTTCT

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3BR61JQ 782 0 0
GTTCAGTTTTCAGTTCTTGATATTTAGTCGATGTTCGTGTTTAGTTTATCAGATATTTAT
CATTGTTTATTCAAAGAAGAAACGCAAGCCAAAAATCTATATAATGACGAATCAAAATCT
CTGATATCTTTTTCAAAATTCAATTTCTAGGCAACAAAATGCAAATCATTAAGAGAAGAG
AATCAAAGTTTCTTGGGTTTAGTGGTGGTTGAGGTGCCTTCTTTCTTCTCTGCCTCGGTG
GATTTCTTACGGTCTTTCCTCTCCCTCTTCTTCAAAGCAGTCATGTGAGCCTTAAGAATG
GTGGCATATGATGCTTGAAATCTCTGGTGATCCTTAGCCCCAACCTTGAAACAAAGAGAG
CATTGCAACAAGTTTAGCTTCAGTGTAAACTTAATAGAGGGCTAATAAAGAATGCCATAT
TGTTACTATCATCTATTCTCCGGAGAAAGTAAGACTTCAACAACTGGTAGATATTATGGT
TTACTCATATATGCATAACGCTTTGGAAAAAAACTATGTTGGAGAATGTTATTAATCTTG
AGTCTGAATGAGTAGAGAAGACATACCGAAGTAGAAATGGTTTTCTTAGCATCAGTAGCT
CGAATAAGACATCTGTACTCGATGGATTCTCCAGCAGAGCTCAGTTTCCTCTTCTGCAGC
TTAGACTTCAAAGATGCTGACACAACAAAGTAATATACACATCATATAAGAAGATATAAA
TATCAAACAAAATAACAAAAGTGGAGGAAGAAGAAGAAGGTCCATTAAAAGACTAAAGAG
CC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 4

CO CL2823Contig1 659 4 8 U
GTCCAAAACTTCAAAACGATTTGTTATTTTCCCGTTTTAACTGATAAGAACAAAACGTAA
TCAAATCTAGTAACGGGTTCCTTCATAATTGAAACAAACAACAACGATAAGAAAAAAAAA
AAAAACAATAGACACCCTCACGCATTCTCTCACGGTGATTTATTCTCGCCGTCGGTTTGC
TGATGATGTAGATCCTCCACACCTCTATACTCCGTGGTGTCAACAGGCTGCCTCACATCC
TTCAGCTCTACCGCGACCTTGTCCTCTTGAATCCTGTCGCCGTTGTCATCATCCCCCGTA
ACGGCTTCGCTGATGTTCTGACCCGTTTCCTTAGCCGCTTTCCAGGCCCCGTCCATCGCA
TCCTTCATGTTATCTCCTGCGTTCACAGCTGCATCGGTCGCTTTCTTCACCCCTTCCTTT
GCCTTATCTGTCACGTAACTCGCTGTGGACCTATCGTCGTGACGGTCTCTCATGCTCTCC
GTTTGCCTAAATGCGGTGAAGAGGCGGTCGAACCGGGTGGTAGCGTGTCGGAGGACATAA
CCGGAGATATCTCCGCCATGAGTTTTTGAAATGGTAACCGTCGTGAGTCTCTTCATCGAA
AGCCTAATCGGCATAGTTAATTTTCTTGATCTCACCTAATCTGTTGCTTTTCCCCATCC


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA86JQ U 2
AF RR3CX14JQ U 1
AF RR3CX14TF C 1
AF RR3CA86TF C 93
BS 1 124 RR3CX14JQ
BS 125 125 RR3CA86JQ
BS 126 500 RR3CX14JQ
BS 501 501 RR3CA86JQ
BS 502 545 RR3CX14JQ
BS 546 546 RR3CX14TF
BS 547 647 RR3CX14JQ
BS 648 659 RR3CA86TF

RD RR3CA86JQ 528 0 0
C
CCAAAACTTCAAAACGATTTGTTATTTTCCCGTTTTAACTGATAAGAACAAAACGTAATC
AAATCTAGTAACGGGTTCCTTCATAATTGAAACAAACAACAACGATAAGAAAAAAAAAAA
AAACAATAGACACCCTCACGCATTCTCTCACGGTGATTTATTCTCGCCGTCGGTTTGCTG
ATGATGTAAATCCTCCACACCTCTATACTCCGTGGTGTCAACAGGCTGCCTCACATCCTT
CAGCTCTACCGCGACCTTGTCCTCTTGAATCCTGTCGCCGTTGTCATCATCCCCCGTAAC
GGCTTCGCTGATGTTCTGACCCGTTTCCTTAGCCGCTTTCCAGGCCCCGTCCATCGCATC
CTTCATGTTATCTCCTGCGTTCACAGCTGCATCGGTCGCTTTCTTCACCCCTTCCTTTGC
CTTATCTGTCACGTAACTCGCTGTGGACCTATCGTCGTGACGGTCTCTCATGCTCTCCGT
TTGCCTAAATGCGGTGAAGAGGCGGTCGAACCGGGTGGTAGCGTGTC

QA 2 528 2 528
DS 

RD RR3CX14JQ 649 0 0
GTCCAAAACTTCAAAACGATTTGTTATTTTCCCGTTTTAACTGATAAGAACAAAACGTAA
TCAAATCTAGTAACGGGTTCCTTCATAATTGAAACAAACAACAACGATAAGAAAAAAAAA
AAAACCAATAGACACCCTCACGCATTCTCTCACGGTGATTTATTCTCGCCGTCGGTTTGC
TGATGATGTAGATCCTCCACACCTCTATACTCCGTGGTGTCAACAGGCTGCCTCACATCC
TTCAGCTCTACCGCGACCTTGTCCTCTTGAATCCTGTCGCCGTTGTCATCATCCCCCGTA
ACGGCTTCGCTGATGTTCTGACCCGTTTCCTTAGCCGCTTTCCAGGCCCCGTCCATCGCA
TCCTTCATGTTATCTCCTGCGTTCACAGCTGCATCGGTCGCTTTCTTCACCCCTTCCTTT
GCCTTATCTGTCACGTAACTCGCTGTGGACCTATCGTCGTGACGGTCTCTCATGCTCTCC
GTTTGCCTAAATGCGGTGAAAAGGCGGTCGAACCGGGTGGTAGCGTGTCGGAGGACATAA
CCGGAAATATCTCCGCCATGAGTTTTTGAAATGGTAACCGTCGTGAGTCTCTTCATCGAA
AGCCTAATCGGCATAGTTAATTTTCTTGATCTCACCTAATCTGTTGC
CC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3CX14TF 649 0 0
GT
CCAAAACTTCAAAACGATTTGTTATTTTCCCGTTTTAACTGATAAGAACAAAACGTAATC
AAATCTAGTAACGGGTTCCTTCATAATTGAAACAAACAACAACGATAAGAAAAAAAAAAA
AACCAATAGACACCCTCACGCATTCTCTCACGGTGATTTATTCTCGCCGTCGGTTTGCTG
ATGATGTAGATCCTCCACACCTCTATACTCCGTGGTGTCAACAGGCTGCCTCACATCCTT
CAGCTCTACCGCGACCTTGTCCTCTTGAATCCTGTCGCCGTTGTCATCATCCCCCGTAAC
GGCTTCGCTGATGTTCTGACCCGTTTCCTTAGCCGCTTTCCAGGCCCCGTCCATCGCATC
CTTCATGTTATCTCCTGCGTTCACAGCTGCATCGGTCGCTTTCTTCACCCCTTCCTTTGC
CTTATCTGTCACGTAACTCGCTGTGGACCTATCGTCGTGACGGTCTCTCATGCTCTCCGT
TTGCCTAAATGCGGTGAAGAGGCGGTCGAACCGGGTGGTAGCGTGTCGGAGGACATAACC
GGAGATATCTCCGCCATGAGTTTTTGAAATGGTAACCGTCGTGAGTCTCTTCATCGAAAG
CCTAATCGGCATAGTTAATTTTCTTGATCTCACCTAATCTGTTGC
CC

QA 3 647 3 647
DS 

RD RR3CA86TF 567 0 0
AACAAACAACACCGATAAGAAAAAAAAAAAAAACAATAGACACCCTCACGCATTCTCTCA
CGGTGATTTATTCTCGCCGTCGGTTTGCTGATGATGTAGATCCTCCACACCTCTATACTC
CGTGGTGTCAACAGGCTGCCTCACATCCTTCAGCTCTACCGCGACCTTGTCCTCTTGAAT
CCTGTCGCCGTTGTCATCATCCCCCGTAACGGCTTCGCTGATGTTCTGACCCGTTTCCTT
AGCCGCTTTCCAGGCCCCGTCCATCGCATCCTTCATGTTATCTCCTGCGTTCACAGCTGC
ATCGGTCGCTTTCTTCACCCCTTCCTTTGCCTTATCTGTCACGTAACTCGCTGTGGACCT
ATCGTCGTGACGGTCTCTCATGCTCTCCGTTTGCCTAAATGCGGTGAAGAGGCGGTCGAA
CCGGGTGGTAGCGTGTCGGAGGACATAACCGGAGATATCTCCGCCATGAGTTTTTGAAAT
GGTAACCGTCGTGAGTCTCTTCATCGAAAGCCTAATCGGCATAGTTAATTTTCTTGATCT
CACCTAATCTGTTGCTTTTCCCCATCC

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 4

CO CL2824Contig1 833 4 27 U
GGATGGCCACCGATCTCTTTCCGGTTATTATAACTTCGCCGCTTCTTCTCAGTCGCTTCT
TCCGTGACGGTATCGTATCAGAGACTGTTCGTCTTTCCTTAAACCCTTAAATCAGGTTTC
TTTGAAGGTATGAGGGATGAGATTGATTTGAGTGGAGATGGAGGCGTCTTGAAACAGATT
GTAAGGAGAGCTAAACCTGATGCTATTGCACCTTCTGATGATTTTCCTGTAGTCGATGTT
CACTATGAGGGTATATTGGCTGAAGATGGAAAGGTCTTTGACACTACACGCGAAGACAAT
CTGGTTTTCTCCTTCGAGTTGGGTTCAGGCAGTGTTATCCGGTCATGGGATATTGCGCTT
AAGACCATGAAGGTTGGGGAAGTTGCGAAAATCACATGTAAGCCAGAGTATGCTTACGGA
AGTGGAGGATCTCCTCCTGACATCCCACCTGATGCAACTCTGATATTTGAAGTGGAATTG
GTTGCTTGTAAACCGAGGAAAGGTGCTAGTGTTGGAAGTGTTTCTGAGGATAGAGCTAGG
CTAGAAGATCTGAAGAAGCAGAGAGAGATTGCTGCAGCTGCTAAAGAGGATGATAAGAAA
AAGAGAGAAGAAGCAAAAGCAGCTGCAGCTGCTAGGATTCAAGCTAAGCTAGACGCTAAG
AAGGGTCAAGGCAAGGGAAAAGGCAAAGGCAAATCTAAATAAGGGACAAAAAAGCATGAG
TCCAACGTTGTTGTAAACTCCTAAAGATTATATAAGTTCATGATTTTAAAGCTTGTTGTT
AAGTGGCACTCATCAATTATCATAATGACCAATACATGAGTTGTTTTGGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 0 0 0 0 0 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL52TF U 1
AF RR3CG44TF U 31
AF RR3CG44JQ C 31
AF RR3FL52JQ C 56
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RD RR3FL52TF 668 0 0
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CACTATGAGGGTATATTGGCTGAAGATGGGAAGGTTTTTGACACTACACGCGAAGACAAT
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AAGG
TCCA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3CG44TF 649 0 0
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QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3CG44JQ 803 0 0
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GTCTTTCCTTGAACC********AGGTTTCTTTGAAGGTATGAGGGATGAGATTGATTTG
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CCTTCTGATGATTTTCCTGTAGTCGATGTTCACTATGAGGGTATATTGGCTGAAGATGGA
AAGGTCTTTGACACTACACGCGAAGACAATCTGGTTTTCTCCTTCGAGTTGGGTTCAGGC
AGTGTTATCCGGTCATGGGATATTGCGCTTAAGACCATGAAGGTTGGGGAAGTTGCGAAA
ATTACATGTAAGCCAGAGTATGCTTACGGAAGTGGAGGATCTCCTCCTGACATCCCACCT
GATGCAACTCTGATATTTGAAGTGGAATTGGTTGCTTGTAAACCGAGGAAAGGTGCTAGT
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QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3FL52JQ 732 0 0
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CTAGGCTAGAAGATCTGAAGAAGCAGAGAGAGATTGCTGCAGTTGCTAAAGAGGATGATA
AGAAAAAGAGAGAAGAAGCAAAAGCAGCTGCAGCTGCTAGGATTCAAGCTAAGCTAGACG
CTAAGAAGGGTCCAGGCAAGGGAAAAGGCAAAGGCAAATCTAAATAAGGGACAAA***GC
ATGAGTCCAACGTTGTTGTAAACTCCTAAAGATTATATAAGTTCATGATTTTAAAGCTTG
TTGTTAAGTGG
T

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 3

CO CL2825Contig1 1148 3 17 U
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GATCGTTTTTATTTCGATTTATTTCGTTCGGCGCTCAGACTCGATGTGAGATCTGTATAA
ATAGTGACTATTTCGAGGGTTTTCTTCTCCGGCTTGAAGTCCGGCAGTTTCTCCTCCGTC
GTCTGTCGTCGAGGCTACGTTGCTGCGGTATTGGGAGGCGAGAATTGTCAAGCATGGTGG
TGAGCTCATGTGGATTGATATGCTCCTCTGGATGTTAATTCAACTTTGATGCAAGCCACC
ACTAATGCTCACTGCCATTCGAAATTCCGGAAGAGGCTCGCCGCTGGTACGATGACTTGA
AGTCCGTGATGTGTCTGTTACACTGAGCCTCCTAGACAATCAGGCTGTTTCTTTTCACAA
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ATTGTTAAAGTTCCTGTCGAGCGTCTTAACCCTGTTGGATTTCAAGGTCACCGAGAATGG
CTGACGAGATCAACTACTTGGGGCAGTGAAAGTCATTAGAACTTAGTTAAACTGATTGGT
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GAGGATCATCTGTTCACATCTAAAGAGCTCGCATTCCTTCATGGCAACCCTGTTAAAAGT
CATATACCGAGACATCAAGGCCTCTAAGATCTTGCTTGACTCGGACTATAAAACCTCTTT
CCGAAGTCTCAATTCTGTTTGAATGGACTTAGAATGGTACTAACTTGGTTGTTTTTGATG
ACAATCTATGCCTACAATGGAAAATTTCCAACTTTGGTTTAGCAAGGAACTGTCAAAGGG
AGAAACAAGCTATGCTATTACAGGTGTCATGACCTCAGTTGGAATGACACCTGATGGCTA
TGACGCTTTTGAGTATGTGTCAACCTGTACATTATATAAATTCTCATATACCAAATTGGT
TTCATTATGAAATTTCAAGAGTAGCCAAAAAAAGCAAACATATATGATTCGATATGGTTG
TGTGATTCTCAGATTGGGATGCTTGCATATTCTCGAAAAATAATGGGATTGACAAATAAT
GTTTGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D343TF U 1
AF RR3GZ82TF U 66
AF RR3D343JQ C 525
BS 1 391 RR3D343TF
BS 392 392 RR3GZ82TF
BS 393 497 RR3D343TF
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BS 771 773 RR3GZ82TF
BS 774 1148 RR3D343JQ

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GATCGTTTTTATTTCGATTTATTTCGTTCGGCGCTCAGACTCGATGTGAGATCTGTATAA
ATAGTGACTATTTCGAGGGTTTTCTTCTCCGGCTTGAAGTCCGGCAGTTTCTCCTCCGTC
GTCTGTCGTCGAGGCTACGTTGCTGCGGTATTGGGAGGCGAGAATTGTCAAGCATGGTGG
TGAGCTCATGTGGATTGATATGCTCCTCTGGATGTTAATTCAACTTTGATGCAAGCCACC
ACTAATGCTCACTGCCATTCGAAATTCCGGAAGAGGCTCGCCGCTGGTACGATGACTTGA
AGTCCGTGATGTGTCTGTTACACTGAGCCTCTTAGACAATCAGGCTGTTTCTTTTCACAA
GAAACTTGAGGGCACGCGTGATGATCCAAAAGTTATTTTTACTACAAGCATAAACCCAAG
ATTGTTAAAGTTCCTGTTGAGCGTCTTAACCCTGTTGGATTTCGAGGTCACCGAGAATGG
CTGACGAGATCAACTACTTGGGGCAGTGAAAGTCATTAGAACTTAGTTAAACTGATTGGT
TATTGCTTGGAAGATGAACAACAGCCTCTTTTGTACGAGTTTATG

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DS 

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GACTATTTCGAGGGTTTTCTTCTCCGGCTTGAAGTCCGGCAGTTTCTCCTCCGTCGTCTG
TCGTCGAGGCTACGTTGCTGCGGTATTGGGAGGCGAGAATTGTCAAGCATGGTGGTGAGC
TCATGTGGATTGATATGCTCCTCTGGATGTTAATTCAACTTTGATGCAAGCCACCACTAA
TGCTCACTGCCATTCGAAATTCCGGAAGAGGCTCGCCGCTGGTACGATGACTTGAAGTCC
GTGATGTGTCTGTTACACTGAGCCTCCTAGACAATCAGGCTGTTTCTTTTCACAAGAAAC
TTGAGGGCATGCGTGATGATCCAAAAGTTATTTTTACTACAAGCATAAACCCAAGATTGT
TAAATTTCCTGTCGAGCGTCTTAACCCTGTTGGATTTCAAGGTCACCGAGAATGGCTGAC
GAGATCAACTACTTGGGGCAGTGAAAGTCATTAGAACTTAGTTAAACTGATTGGTTATTG
CTTGGAAGATGAACAACAGCCTCTTTTGTACGAGTTTATGCATAAGGGTAGTTTTGAGGA
TCATCTGTTCACATCTAAAGAGCTCGCATTCCTTCATGGCAACCCTGTTAAA*GTCATAT
ACCGAGACATCA*GGCCTCTAAGATCTTGCTTGACTCGGACTGTCAAAGG
AGAACAGCTA

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DS 

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AGTTAAACTGATTGGTTATTGCTTGGAAGATGAACAACAGCCTCTTTTGTACGAGTTTAT
GCATAAGGGTAGTTTTGAGGATCATCTGTTCACATCTAAAGAGCTCGCATTCCTTCATGG
CAACCCTGTTAAAAGTCATATACCGAGACATCAAGGCCTCTAAGATCTTGCTTGACTCGG
**TATAAACCCTCTTTCCGAAGTCTCAATTCTGTTTGAATGGACTTAGAATGGTACTAAC
TTGGTTGTTTTTGATGACAATCTATGCCTACAATGGAAAATTTCCAACTTTGGTTTAGCA
AGGAACTGTCAAAGGGAGAAACAAGCTATGCTATTACAGGTGTCATGACCTCAGTTGGAA
TGACACCTGATGGCTATGACGCTTTTGAGTATGTGTCAACCTGTACATTATATAAATTCT
CATATACCAAATTGGTTTCATTATGAAATTTCAAGAGTAGCCAAAAAAAGCAAACATATA
TGATTCGATATGGTTGTGTGATTCTCAGATTGGGATGCTTGCATATTCTCGAAAAATAAT
GGGATTGACAAATAATGTTTGAGG

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 4

CO CL2826Contig1 1262 4 15 U
GGGAGACACAGTGCGCATCAGACTCCACTGTCTAAGGAGAGAGATCGCATTCTCAAAACA
AGTCACATCCACCTTTCCCTCTCTCTCTCTCTAGTGAGTGGAACCGGTAGCAGCTGAGTC
AACTCGGTATAGAGAGTGTGTTTTTCTCAGGTGATGGATCCGGGCGGGATGATGAACGAG
GCTGGGACGTATAACCAACTGGCGGAGATCTGGCCGTCGTATCCCATCAACGGAGGCGGG
ACCGTTAACTCCTCGATGAGGAGCGGCGTCTCGTTCGGTGGACCTAACTTGGTCCATCAT
CAGCTCGCCGACTCGAATCTGATTAGCAAAGATCCGGCTCGTATGAGCCACGCGCTCTCT
CAGGCGGTGGTCGCCGGTATCGCCGGTGCTAGGAAGCGGCGGGAAGCAGGTGCGGAGGAG
AAAGTCTTCTCCGTCAGCAGCGACGGACATGACGCGAATGATGGTGAGAGTAAAAAGCAG
AGGACTACAGGATGCGAAGATGAGGTTGAAACAGGAACGTTGGATCAGAAGAAGCAGTTG
TTGCCTGAACCTCCGAAAGATTATATACATGTGCGAGCTAGAAGGGGACAGGCTACAGAT
AGTCACAGTCTAGCTGAAAGAGCGAGGAGAGAAAAGATAAGCGAGCGGATGAAAATCTTG
CAAGATCTTGTCCCTGGTTGTAGCAAGGTTATCGGAAAGGCGCTTGTTCTAGATGAGATA
ATCAATTACATACAGTCTCTGCAGCGTCAAGTTGAGTTTCTATCGATGAAGCTCGAAGCA
GTCAACTCAAGAATGACTCCTGG*TATCGAGGTTTTCCCGCCAAAAGAGTTTGATCAGCA
AACGTTTGAAAATCCGGGAATGCAGTCCGGGTCACAAGCTACAAGGGACTACAGCAGAGG
AGCATCACCGGAGTGGCTGCATATGCAGGTAGGAGGTGGTTTCGAAAGATCATAGTGAAT
AACAGTGATAACGTAAGAAAGCTGGCACAAGATCACTAAATAAACTTCGATCTCCAATGT
TAGTCACTAAAAAAGAAGCAGCAGCATACGTATAAAACATTTATGAAATATATATATATT
ATTATACAAGGTTTTATTGTTATAGATTCCTAGTTTAGACATGAAGTAAAGCGGAGGTAG
ATTGTGGTACACTTTCCTCTGTTGCTGTCTCAGAACATGTTAATAACTGTTTTAAGCTTT
TCACATGCTTTTCTTTTGTTTTATGTTGTGTTGTAATCTATCTAAGGAAAGGTTTGGTTC
CC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3EI17TF U 1
AF RR3B690TF U 8
AF RR3EI17JQ C 553
AF RR3B690JQ C 342
BS 1 77 RR3EI17TF
BS 78 79 RR3B690TF
BS 80 573 RR3EI17TF
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BS 575 580 RR3EI17TF
BS 581 803 RR3B690TF
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BS 805 825 RR3B690TF
BS 826 826 RR3B690JQ
BS 827 847 RR3B690TF
BS 848 866 RR3B690JQ
BS 867 867 RR3EI17JQ
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BS 1077 1078 RR3EI17JQ
BS 1079 1262 RR3B690JQ

RD RR3EI17TF 580 0 0
GGGAGACACAGTGCGCATCAGACTCCACTGTCTAAGGAGAGAGATCGCATTCTCAAAACA
AGTCACATCCACCTTTC**TCTCTCTCTCTCTAGTGAGTGGAACCGGTAGCAGCTGAGTC
AACTCGGTATAGAGAGTGTGTTTTTCTCAGGTGATGGATCCGGGCGGGATGATGAACGAG
GCTGGGACGTATAACCAACTGGCGGAGATCTGGCCGTCGTATCCCATCAACGGAGGCGGG
ACCGTTAACTCCTCGATGAGGAGCGGCGTCTCGTTCGGTGGACCTAACTTGGTCCATCAT
CAGCTCGCCGACTCGAATCTGATTAGCAAAGATCCGGCTCGTATGAGCCACGCGCTCTCT
CAGGCGGTGGTCGCCGGTATCGCCGGTGCTAGGAAGCGGCGGGAAGCAGGTGCGGAGGAG
AAAGTCTTCTCCGTCAGCAGCGACGGACATGACGCGAATGATGGTGAGAGTAAAAAGCAG
AGGACTACAGGATGCGAAGATGAGGTTGAAACAGGAACGTTGGATCAGAAGAAGCAGTTG
TTGCCTGAACCTCCGAAAGATTATATACATGTGTGAGCTA

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3B690TF 840 0 0
GG
AGTGCGCATCAGACTCCACTGTCTAAGGAGAGAGATCGCATTCTCAAAACAAGTCACATC
CACCTTTCCCTCTCTCTCTCTCTAGTGAGTGGAACCGGTAGCAGCTGAGTCAACTCGGTA
TAGAGAGTGTGTTTTTCTCAGGTGATGGATCCGGGCGGGATGATGAACGAGGCTGGGACG
TATAACCAACTGGCGGAGATCTGGCCGTCGTATCCCATCAACGGAGGCGGGACCGTTAAC
TCCTCGATGAGGAGCGGCGTCTCGTTCGGTGGACCTAACTTGGTCCATCATCAGTTCGCC
GACTCGAATCTGATTAGTAAAGATCCGGCTCGTATGAGCCACGCGCTCTCTCAGGCGGTG
GTCGCCGGTATCGCCGGTGCTAGGAAGCGGCGGGAAGCAGGTGCGGAGGAGAAAGTCTTC
TCCGTCAGCAGCGACGGACATGACGCGAATGATGGTGAGAGTAAAAAGCAGAGGACTACA
GGATGCGAAGATGAGGTTGAAACAGGAACGTTGGATCAGAAGAAGCAGTTGTTGCCTGAA
CCTCCGAAAGATTATATACATGTGCGAGCTAGAAGGGGACAGGCTACAGATAGTCACAGT
CTAGCTGAAAGAGCGAGGAGAGAAAAGATAAGCGAGCGGATGAAAATCTTGCAAGATCTT
GTCCCTGGTTGTAGCAAGGTTATCGGAAAGGCGCTTGTTCTAGATGAGATAATCAATTAC
ATACAGTCTCTGCAGCGTCAAGTTGAGTTTCTATCGATGAAGCTCGAAGCAGTCAACTCA
AGAATGACTCCTGGGTATCGAGGTTTTCCCGCCAAA*GAGTTTGATCAGCAAACGTTT

QA 3 840 3 840
DS 

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GCTGAAAGAGCGAGGAGAGAAAAGATAAGCGAGCGGATGAAAATCTTGCAAGATCTTGTC
CCTGGTTGTAACAAGATTATCGGAAAGGCGCTTGTTCTAGATGAGATAATCAATTACATA
CAGTCTCTGCAGCGTCAAGTTGAGTTTCTATCGATGAAGCTCGAAGCAGTCAACTCAAGA
ATGACTCCTGG*TATCGAGGTTTTCCCGCCAAAAGAGTTTGATCAGCAAACGTTTGAAAA
TCCGGGAATGCAGTCCGGGTCACAAGCTACAAGGGACTACAGCAGAGGAGCATCACCGGA
GTGGCTGCATATGCAGGTAGGAGGTGGTTTCGAAAGATCATAGTGAATAACAGTGATAAC
GTAAGAAAGCTGGCACAAGATCACTAAATAAACTTCGATCTCCAATGTTAGTCACTAAAA
AAGAAGCAGCAGCATACGTATAAAACATTTATGAAATATATATATATTATTATACAAGGT
TTTATTGTTATGGATTCCTAGTTTAGACATGAAGTAAAGCGGAGGTAGATTGTGGTACAC
TTTCCTCTGTTGCTGTCTCAGAACATGTTAATAACTGTTTTAAGCTTT
CC

QA 1 648 1 648
DS 

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TATGAGCCACGCGCTCTCTCAGGCGGTGGTCGCCGGTATCGCCGGTGCTAGGAAGCGGCG
GGAAGCAGGTGCGGAGGAGAAAGTCTTCTCCGTCAGCAGCGACGGACATGACGCGAATGA
TGGTGAGAGTAAAAAGCAGAGGACTACAGGATGCGAAGATGAGGTTGAAACAGGAACGTT
GGATCAGAAGAAGCAGTTGTTGCCTGAACCTCCGAAAGATTATATACATGTGCGAGCTAG
AAGGGGACAGGCTACAGATAGTCACAGTCTAGCTGAAAGAGCGAGGAGAGAAAAGATAAG
CGAGCGGATGAAAATCTTGCAAGATCTTGTCCCTGGTTGTAGCAAGGTTATCGGAAAGGC
GCTTGTTCTAGATGAGATAATCAATTACATACAGTCTCTGCAGCGTCAAGTTGAGTTTCT
ATCGATGAAGCTCGAAGCAGTCAACTCAAGAATGACTCCTGG*TATCGAGGTTTTCCCGC
CAAAAGAGTTTGATCAGCAAACGTTTGAAAATCCGGGAATGCAGTTCGGGTCACAAGCTA
CAAGGGACTACAGCAGAGGAGCATCACCGGAGTGGCTGCATATGCAGGTAGGAGGTGGTT
TCGAAAGATCATAGTGAATAACAGTGATAACGTAAGAAAGCTGGCACAAGATCACTAAAT
AAACTTCGATCTCCAATGTTAGTCACTAAAAAAGAAGCAGCAGCATACGTATAAAACATT
TATGAAATATATATA**TTATTATACAAGGTTTTATTGTTATAGATTCCTAGTTTAGACA
TGAAGTAAAGCGGAGGTAGATTGTGGTACACTTTCCTCTGTTGCTGTCTCAGAACATGTT
AATAACTGTTTTAAGCTTTTCACATGCTTTTCTTTTGTTTTATGTTGTGTTGTAATCTAT
CTAAGGAAAGGTTTGGTTCCC

QA 1 921 1 921
DS 



AS 1 4

CO CL2827Contig1 997 4 14 U
GGAACTACTGCCAAGCCTCCCAAGCCCACCGATTCAAAGGTTCCAGCTCTGGACTATGTC
GACATCCCTCACACTCAGATACAAAAGGTCACAGCCTCACGTTTGGCATTCTCAAAGCAA
ACTATTCCCCACTACTACTTGACCGTGGATACACGTGTTGACAAATTGATGGGTCTTAGG
AGTCAACTGAATTCATTTCAAGAGGCTTCAGGCGGGAAACGTATATCTGTAAATGATCTT
GTTATTAAGGCTGCTGCATTGGCTCTACGGAAAGTTCCTCAGTGCAATAGTTCATGAACA
GACGAATACATCCGCCAATTTAGCAATGTGAACATCAATGTCGCAGTACAAACAGAAAAT
GGGCTTTACGTTCCTGTTGTCAAGGACGCTGACAAGAAAGGGCTGTCTACAATTGGAGGA
GAGGTTCGGTTCTTGGCTCAGAAGGCTACAGAAAACAGCTTGAAGCCTGAAGATTACGAG
GGAGGAACATTCACAGTTTCCAACCTGGGAGGACCTTTTGGCATCAAACAGTTCTGCGCT
GTCATCAATCCACCTCAAGCTGCTATTCTAGCCATCGGATCTGCTGAGAAGAGAGTTGTT
ACTGGTAGTGGTCCTGACCAATACAACGTTGCTTTCTACATGTCTGTAACACTTAGCTGT
GACCACCGTGTAATAGATGGTGCCATTGGAGCTGAATGGTTGAAAGCATTCAAGGGCTAC
ATCGAGACCCCAGAGTCTATGTTGCTCTAAACTCCACACACACACACACGTCAAAGCTAA
AGCTCATAAGAGCATGACATGAAATTTCTCTGGTTTAACAGTTCCTTCCAGATTTGTTCC
CTTTAGCCATGTGCATGCCTTCCAAAGTTTGCTTGCTCTTGCCATTCTTTACGTTGAGTT
GACAAGTTTGCTTGCTCTTGCCATTCTTTACGTTGAGTTGACAGATTTTTTTATCTCAAA
ATAAAATCAGGAATCCAACAAGTTGACTGTTAAATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3D931TF U 73
AF RR3D967TF U 1
AF RR3D967JQ C 393
AF RR3D931JQ C 814
BS 1 82 RR3D967TF
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BS 84 420 RR3D967TF
BS 421 421 RR3D931TF
BS 422 618 RR3D967TF
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BS 620 663 RR3D967TF
BS 664 664 RR3D967JQ
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BS 688 715 RR3D967TF
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BS 717 725 RR3D967TF
BS 726 997 RR3D967JQ

RD RR3D931TF 574 0 0
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TCATTTCAAGAGGCTTCAGGCGGGAAACGTATATCTGTAAATGATCTTGTTATTAAGGCT
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CCTGACCAATACAACGTTGCTTTCTACATGTCTG

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3D967TF 725 0 0
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ACTATTCCCCACTACTACTTGACCGTGGATACACGTGTTGACAAATTGATGGGTCTTAGG
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GGGCTTTACGTTCCTGTTGTCAAGGACGCTGACAAGAAAGGGCTGTCTACAATTGGAGGA
AAGGTTCGGTTCTTGGCTCAGAAGGCTACAGAAAACAGCTTGAAGCCTGAAGATTACGAG
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GTCATCAATCCACCTCAAGCTGCTATTCTAGCCATCGGATCTGCTGAGAAGAGAGTTGTT
ACTGGTAGTGGTCCTGAC*AATACAACGTTGCTTTCTACATGTCTGTAACACTTAGCTGT
GAC*ACCGTGTAATAGATGGTGCCAT*GGAGCTGAATGGTTGAAAGCATTCAAGG*CTAC
ATCGA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3D967JQ 605 0 0
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CATCGGATCTGCTGAGAAGAGAGTTGTTACTGGTAGTGGTCCTGACCAATACAACGTTGC
TTTCTACATGTCTGTAACACTTAGCTGTGACCACCGTGTAATAGATGGTGCCATTGGAGC
TGAATGGTTGAAAGCATTCAAGGGCTACATCGAGACCCCAGAGTCTATGTTGCTCTAAAC
TCCACACACACACACACGTCAAAGCTAAAGCTCATAAGAGCATGACATGAAATTTCTCTG
GTTTAACAGTTCCTTCCAGATTTGTTCCCTTTAGCCATGTGCATGCCTTCCAAAGTTTGC
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AATGC

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DS 

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TGCTCTTGCCATTCTTTACGTTGAGTTGACAAGTTTGCTTGCTCTTGCCATTCTTTACGT
TGAGTTGACAGATTTTTTTATCTCAAAATAAAATCAGGAATCCAACAAGTTGACTGTTAA
ATGC

QA 1 184 1 184
DS 



AS 1 3

CO CL2828Contig1 1167 3 15 U
GGACCTTTATTCGGTCACAGGAACTCTAGAAGCCTTGTTGGAAGTTACCTCTATCTGATT
CTATTGGCAGGCTATGCCGTTTTAGCTGCAGGAGCTCCTTGGATTTTTCATCATCTCCAC
CATCTGACACCTTCTTTGCTCTGCTGCTGCGATGTTGCGCTTTTGATTCTCACTGGTATC
TTTCAACAGTATTTTGTTTTTCAAGTCCAGAAAATACGTCTTCAGGGTTATTACAGTTTC
AGTCAGAAGTTGAAGCATGTTGTTCGTCTTCCATTTGCAATCGCTGCATATGGGACCGCT
GGGATGCTTCTTGTGATAGTATGGGATCCCCAAATCAGCATTCTTTCTACCTCTGCTTTA
CAACGGATCATTATGATTGCTGAATCAGTGTGTGCTGGCTTCTTCATGAGTTTATATATA
GGCTATGCGCATCAATACAATTCCGTTAATTCCAGGCCAGATGTCTTGAAGTCGTTATAC
TCTCCTCTTCAACCGTCAAGTTCTATGGACGGCTTGAGATATTATGAAGGCTGACTTTCT
GATCAACAAACGGCTT*GTTACAATATCAGCGAGAAAACCTCCATTTTCTAAGCGAGGAG
ATTCTGTCTTTGCAAGAGAAACTAAGCAAATATGAACAATCTGATGATGGAAGAACCCCT
CAGGTTGATCTGGCACATCTTTTAGCTTCTCGAGATCAGGAGTTGAGGACCCTTTCAGCT
GAGTCTGAGCTACGGCTTGCTCGTTCTTTGATAGCAGAGAGAGATGCAGAGGCGCAGCGT
GTCAACAATACCAACAGTCAGTATATTGAAGAAAACGAAAGGCTGAGGGCGATACTGAGT
GAATGGAGCATGCGAGCAGCAAATCTTGAGAGAGCTTTGGAAGTGGAGCGTATGTCTAAC
TCGGAACTACAGAAGGAAGTGGCAGCTGGGCGTAGAAAGCAGATGGTAGAGGCATCTGAG
CAGTCTCCATTGTAAAAATGACAAACAAAGCTTAGGTTCTATCAAAGGTTGGTTTTGTAA
CTAGAGATGATGGAATCTCAGAAGTTGGTGCTTTCTTCATGGAATCAAAGCTGCTTGGTT
TTTTTTCTTATAAATGCTCTCTATCATTTACTTCCTTGTAAATTACGACAGCTTTTTGTT
TGCGGTTGAAATGAAGCTATTTGTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ16TF U 1
AF RR3G234TF U 301
AF RR3G234JQ C 486
BS 1 422 RR3CZ16TF
BS 423 423 RR3G234TF
BS 424 531 RR3CZ16TF
BS 532 532 RR3G234TF
BS 533 556 RR3CZ16TF
BS 557 557 RR3G234TF
BS 558 654 RR3CZ16TF
BS 655 655 RR3G234TF
BS 656 663 RR3CZ16TF
BS 664 664 RR3G234TF
BS 665 699 RR3CZ16TF
BS 700 995 RR3G234TF
BS 996 996 RR3G234JQ
BS 997 1052 RR3G234TF
BS 1053 1167 RR3G234JQ

RD RR3CZ16TF 699 0 0
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CTATTGGCAGGCTATGCCGTTTTAGCTGCAGGAGCTCCTTGGATTTTTCATCATCTCCAC
CATCTGACACCTTCTTTGCTCTGCTGCTGCGATGTTGCGCTTTTGATTCTCACTGGTATC
TTTCAACAGTATTTTGTTTTTCAAGTCCAGAAAATACGTCTTCAGGGTTATTACAGTTTC
AGTCAGAAGTTGAAGCATGTTGTTCGTCTTCCATTTGCAATCGCTGCATATGGGACCGCT
GGGATGCTTCTTGTGATAGTATGGGATCCCCAAATCAGCATTCTTTCTACCTCTGCTTTA
CAACGGATCATTATGATTGCTGAATCAGTGTGTGCTGGCTTCTTCATGAGTTTATATATA
GGTTATGCGCATCAATACAATTCCGTTAATTCCAGGCCAGATGTCTTGAAGTCGTTATAC
TCTCCTCTTCAACCGTCAAGTTCTATGGACGGCTTGAGATATTATGAAGGCCGACTTTCT
GATCAACAAACGGCTTTGTTACAATATCAGCGAGAAAACCTCCATTTTCTAAGCGAGGAG
ATTCTGTCTTTGCAAGAGAAACTAAGCAAATATGAACAATCTGATGATGGAAGA*CCCCT
CAG*TTGATCTGGCACATCTTTTAGCTTCTCGAGATCAG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3G234TF 752 0 0
GGGATGCTTCTTGTGATAGTATGGGATCCCCAAATCAGCATTCTTTCTACCTCTGCTTTA
CAACGGATCATTATGATTGCTGAATCAGTGTGTGCTGGCTTCTTCATGAGTTTATATATA
GGCTATGTGCATCAATACAATTCCGTTAATTCCAGGCCAGATGTCTTGAAGTCGTTATAC
TCTCCTCTTCAACCGTCAAGTTCTATGGACGGCTTGAGATATTATGAAGGCTGACTTTCT
GATCAACAAACGGCTT*GTTACAATATCAGCGAGAAAACCTCCATTTTCTAAGCGAGGAG
ATTCTGTCTTTGCAAGAGAAACTAAGCAAATATGAACAATCTGATGATGGAAGAACCCCT
CAGGTTGATCTGGCACATCTTTTAGCTTCTCGAGATCAGGAGTTGAGGACCCTTTCAGCT
GAGTCTGAGCTACGGCTTGCTCGTTCTTTGATAGCAGAGAGAGATGCAGAGGCGCAGCGT
GTCAACAATACCAACAGTCAGTATATTGAAGAAAACGAAAGGCTGAGGGCGATACTGAGT
GAATGGAGCATGCGAGCAGCAAATCTTGAGAGAGCTTTGGAAGTGGAGCGTATGTCTAAC
TCGGAACTACAGAAGGAAGTGGCAGCTGGGCGTAGAAAGCAGATGGTAGAGGCATCTGAG
CAGTCTCCATTGTAAAAATGACAAACAAAGCTTAG*TTCTATCAAAGGTTGGTTTTGTAA
CTAGAGATGATGGAATCTCAGAAGTTGGTGCT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3G234JQ 682 0 0
TCTTCAACCGTCAAGTTCTATGGACGGCTTGAGATATTATGAAGGCTGACTTTCTGATCA
ACAAACGGCTT*GTTACAATATCAGCGAGAAAACCTCCATTTTCTAAGCGAGGAGATTCT
GTCTTTGCAAGAGAAACTAAGCAAATATGAACAATCTGATGATGGAAGAACCCCTCAGGT
TGATCTGGCACATCTTTTAGCTTCTCGAGATCAGGAGTTGAGGACCCTTTCAGCTGAGTC
TGAGCTACGGCTTGCTCGTTCTTTGATAGCAGAGAGAGATGCAGAGGCGCAGCGTGTCAA
CAATACCAACAGTCAGTATATTGAAGAAAACGAAAGGCTGAGGGCGATACTGAGTGAATG
GAGCATGCGAGCAGCAAATCTTGAGAGAGCTTTGGAAGTGGAGCGTATGTCTAACTCGGA
ACTACAGAAGGAAGTGGCAGCTGGGCGTAGAAAGCAGATGGTAGAGGCATCTGAGCAGTC
TCCATTGTAAAAATGACAAACAAAGCTTAGGTTCTATCAA*GGTTGGTTTTGTAACTAGA
GATGATGGAATCTCAGAAGTTGGTGCTTTCTTCATGGAATCAAAGCTGCTTGGTTTTTTT
TCTTATAAATGCTCTCTATCATTTACTTCCTTGTAAATTACGACAGCTTTTTGTTTGCGG
TTGAAATGAAGCTATTTGTACC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 4

CO CL2829Contig1 968 4 5 U
GGATCATAGTTTCTTTCTGAGCTAATAAGAATGGGAAGCAGCGGTGAGATGCCAGTGGTT
CTCATCACGGGATGCTCTCAGGGAGGAATCGGCCACGCGTTGGCTCGTGAGTTCTCGGCG
AATGGTTTTCGAGTGGTGGCGACGAGTCGATCGCAGAGCACGATGGCTGATTTGGAGAAA
GATCCCAAGTTCTTTGTGCAAGAGCTTGATGTTCAGTCCGAACAGAGCGTGAGTCAAGTT
GTGTCGGAAGTTATAGACAAGTTTGGTCAAATCGATGTTCTGGTCAATAACGCCGGAGTT
CAATGTATCGGACCACTTGCAGAGATTCCAATTCAGGCCATGGAAAACACCTTCAACACT
AATGTGTTCGGTTCAATGAGGATGACTCAAGCTGTTGTACCTCACATGGCGTCTAAGAAA
AGGGGAAAGACT*GTGAACATAGGAAGTATCAGCATCATGGCACCTGGACCATGGGCTGG
GGTTT*ATACTGCATCTAAAGCAACTCTTCATGCTCTTACCGATACATTAAGGTTGGAGC
TTAGGCCATTTGGGATCGATGTAATCAACATTGTCCCAGGAGGTATTCAATCAAACATAG
CCGACTCAGCGATAGGGAGCTTCAACAACTTGCCTGAGCTGAAACTATACAAACCTTTCC
AGGAATCTATCCGTGAAAGGGCGTTTCTGTCGCAAAACATAAAACCAACACCTGCCTCGA
CATTTGCGAAAGAGACGGTATCGGTAGTGCTGAAGAAAAACCCGCCGGCTTGGTTCTCTA
CAGGACGGTTGTCTACCGTTATGGCGATCATGCACCATATGCCCATTTTCGTCAAAGATT
TTCTTCTGACGAGGAGCTTTATGAAAAAGGGAGCGAAGACTGAGTAGTAGTAGTCACTAA
AACTGTTTCAATGTATTTAACAAGCCAAACATGTTTATACTTTATACAAGCCACATAAAT
TTTGAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3BG16TF U 396
AF RR3H217TF U 1
AF RR3BG16JQ C 43
AF RR3H217JQ C 169
BS 1 480 RR3H217TF
BS 481 481 RR3BG16TF
BS 482 696 RR3H217TF
BS 697 812 RR3BG16JQ
BS 813 968 RR3H217JQ

RD RR3BG16TF 133 0 0
TGTACCTCACATGGCGTCTAAGAAAAGGGGAAAGATTTGTGAACATAGGAAGTATCAGCA
TCATGGCACCTGGACCATGGGCTGGGGTTTTATACTGCATCTAAAGCAACTCTTCATGCT
CCTACCGATACAT

QA 1 133 1 133
DS 

RD RR3H217TF 700 0 0
GGATCATAGTTTCTTTCTGAGCTAATAAGAATGGGAAGCAGCGGTGAGATGCCAGTGGTT
CTCATCACGGGATGCTCTCAGGGAGGAATCGGCCACGCGTTGGCTCGTGAGTTCTCGGCG
AATGGTTTTCGAGTGGTGGCGACGAGTCGATCGCAGAGCACGATGGCTGATTTGGAGAAA
GATCCCAAGTTCTTTGTGCAAGAGCTTGATGTTCAGTCCGAACAGAGCGTGAGTCAAGTT
GTGTCGGAAGTTATAGACAAGTTTGGTCAAATCGATGTTCTGGTCAATAACGCCGGAGTT
CAATGTATCGGACCACTTGCAGAGATTCCAATTCAGGCCATGGAAAACACCTTCAACACT
AATGTGTTCGGTTCAATGAGGATGACTCAAGCTGTTGTACCTCACATGGCGTCTAAGAAA
AGGGGAAAGACT*GTGAACATAGGAAGTATCAGCATCATGGCACCTGGACCATGGGCTGG
TGTTT*ATACTGCATCTAAAGCAACTCTTCATGCTCTTACCGATACATTAAGGTTGGAGC
TTAGGCCATTTGGGATCGATGTAATCAACATTGTCCCAGGAGGTATTCAATCAAACATAG
CCGACTCAGCGATAGGGAGCTTCAACAACTTGCCTGAGCTGAAACTATACAAACCTTTCC
AGGAATCTATCCGTGAAAGGGCGTTTCTGTCGCAAA
CATA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3BG16JQ 770 0 0
GGTGAGATGCCAGTGGTTCTCATCACGGGATGCTCTCAGGGAGGAATCGGCCACGCGTTG
GCTCGTGAGTTCTCGGCGAATGGTTTTCGAGTGGTGGCGACGAGTCGATCGCAGAGCACG
ATGGCTGATTTGGAGAAAGATCCCAAGTTCTTTGTGCAAGAGCTTGATTTTCAGTCCGAA
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GTCAATAACGCCGGAGTTCAATGTATCGGACCACTTGCAGAGATTCCAATTCAGGCCATG
GAAAACACCTTCAACACTAATGTGTTCGGTTCAATGAGGATGACTCAAGCTGTTGTACCT
CACATGGCGTCTAAGAAAAGGGGAAAGATT*GTGAACATAGGAAGTATCAGCATCATGGC
ACCTGGACCATGGGCTGGGGTTT*ATACTGCATCTAAAGCAACTCTTCATGCTCTTACCG
ATACATTAAGGTTGGAGCTTAGGCCATTTGGGATCGATGTAATCAACATTGTCCCAGGAG
GTATTCAATCAAACATAGCCGACTCAGCGATAGGGAGCTTCAACAACTTGCCTGAGCTGA
AACTATACAAACCTTTCCAGGAATCTATCCGTGAAAGGGCGTTTCTGTCGCAAAACATAA
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QA 1 770 1 770
DS 

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AACGCCGGAGTTCAATGTATCGGACCACTTGCAGAGATTCCAATTCAGGCCATGGAAAAC
ACCTTCAACACTAATGTGTTCGGTTCAATGAGGATGACTCAAGCTGTTGTACCTCACATG
GCGTCTAAGAAAAGGGGAAAGACT*GTGAACATAGGAAGTATCAGCATCATGGCACCTGG
ACCATGGGCTGGTGTTT*ATACTGCATCTAAAGCAACTCTTCATGCTCTTACCGATACAT
TAAGGTTGGAGCTTAGGCCATTTGGGATCGATGTAATCAACATTGTCCCAGGAGGTATTC
AATCAAACATAGCCGACTCAGCGATAGGGAGCTTCAACAACTTGCCTGAGCTGAAACTAT
ACAAACCTTTCCAGGAATCTATCCGTGAAAGGGCGTTTCTGTCGCAAAACATAAAACCAA
CACCTGCCTCGACATTTGCGAAAGAGACGGTATCGGTAGTGCTGAAGAAAAACCCGCCGG
CTTGGTTCTCTACAGGACGGTTGTCTACCGTTATGGCGATCATGCACCATATGCCCATTT
TCGTCAAAGATTTTCTTCTGACGAGGAGCTTTATGAAAAAGGGAGCGAAGACTGAGTAGT
AGTAGTCACTAAAACTGTTTCAATGTATTTAACAAGCCAAACATGTTTATACTTTATACA
AGCCACATAAATTTTGAAGT

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 3

CO CL2830Contig1 1061 3 37 U
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CCATTAATATCAATACAACAAAACTCATCTTGTATCAAAAGAACGTCCTCTAATTGTATA
TTGTCCACTGCTTTTCTTTTGTTTAATCACCAATTAAACCAGAAGAATCAAGAGCAATGG
AGGGATATAAGAGAATGAAGTTGCTTCTCATCTTTCTAACAATCTCCTCAGTGGCAACCA
GCGCAAGTCCATGGCTGCCGATGGACGGAAACTATCCAGGTAGCTACTGCTTAAGCTGGA
GACTAGCAATAGAAACCAACAATGTACGTGCGTGGCGCACCGTTCCTATCCAATGTATGC
GCTATGTTGATGTATACATGCTTGCTGGTCAATATGATAGAGACGTTCAGTTGATTGTAG
AACAAATCAGGGCGTATCTCAATGAGATAGTCCTTCCCGGTGATGGTATGGATGCATGGA
TCTTCGATGTTGATGATACTTGCTTCTCAAACGTCTTTTACTATCGGCTCAAGAGATACG
GATGTGACCCTTATGATCCAACTGGATTTAGAACATGGGCGATGAAAGGAGAGTCTCCAG
CAATACAGCCTGTTCTTGAACTGTTTAACGAACTGATAGAAACACGTTTCAAAGTTATCC
TAGTAACCGGAAGAGATGAAGAAACTCTTGGCCAGGCAACAGAAGAAAATTTGCATAATC
AAGGCTTCACTGGTTATGAAAGGTTGATTATGAGGACGCCAGAGAACAAAAAACACAGCG
CAACAATATACAAAACAACAATCAGAAAGCAAGCGGTGGAAGAAGGTTACAGGATATGGG
GAAACGTGGGAGACCAATGGAGTGACTTACAAGGAGAATACTCAGGAAACCGCACCTTCA
AGCTTCCTAACCCTATGTATTTTGTTCCCTAAGAGTTTTTACCATAATAAACCCATTTTC
TACCAATCAATTACATGTACAACATGATCATCTATATACACAAAGGTACATCTGGACTTG
ACATCAGTCGGTCTGGTTTGTTCTTCCGTGAATCATAATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H185TF U 1
AF RR3FE71TF U 9
AF RR3FE71JQ C 287
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RD RR3H185TF 642 0 0
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QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3FE71TF 715 0 0
G
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TCAATACAACAAAACTCATCTTGTATCAAAAGAACGTCCTCTAATTGTATATTGTCCACT
GCTTTTCTTTTGTTTAATCACCAATTATACCAGAAGAATCAAGAGCAATGGAGGGATATA
AGAGAGTGAAGTTGCTTCTCATCTTTCTAACAATCTCCTCAGTGGCAACCAGCGCAAGTC
CATGGCTGCCGATGGACGGAAACTATCCAGGTAGCTACTGCTTAAGCTGGAGACTAGCAA
TAGAAACCAACAATGTACGTGCGTGGCGCACCGTTCCTATCCAATGTATGCGCTATGTTG
ATGTATACATGCTTGCTGGTCAATATGATAGAGACGTTCAGTTGATTGTAGAACAAATCA
GGGCGTATCTCAATGAGATAGTCCTTCCCGGTGATGGTATGGATGCATGGATCTTCGATG
TTGATGATACTTGCTTCTCAAACGTCTTTTACTATCGGCTCAAGAGATACGGATGTGACC
CTTATGATCCAACTGGATTTAGAACATGGGCGATGAAAGGAGAGTCTCCAGCAATACAGC
CTGTTCTTGAACTGTTTAACGAACTGATAGAAACACGTTTCAAAGTTATCCTAGTAACCG
GAAGAGATGAAGAAACTCTTGGCCAGGCAACAGAAGAAA*TTTGCATAATCAAG

QA 2 715 2 715
DS 

RD RR3FE71JQ 775 0 0
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TATGGATGCATGAATCTTCGATGTTGATGATACTTGCTTCTCAAACGTCTTTTACTATCG
GCTCAAGAGATACGGATGTGACCCTTATGATCCAACTGGATTTAGAACATGGGCGATGAA
AGGAGAGTCTCCAGCAATACAGCCTGTTCTTGAACTGTTTAACGAACTGATAGAAACAGG
TTTCAAAGTTATCCTAGTAACCGGAAGAGATGAAGAAACTCTTGGCCAGGCAACAGAAGA
AAATTTGCATAATCAAGGCTTCACTGGTTATGAAAGGTTGATTATGAGGACGCCAGAGAA
CAAAAAACACAGCGCAACAATATACAAAACAACAATCAGAAAGCAAGCGGTGGAAGAAGG
TTACAGGATATGGGGAAACGTGGGAGACCAATGGAGTGACTTACAAGGAGAATACTCAGG
AAACCGCACCTTCAAGCTTCCTAACCCTATGTATTTTGTTCCCTAAGAGTTTTTACCATA
ATAAACCCATTTTCTACCAATCAATTACATGTACAACATGATCATCTATATACACAAAGG
TACATCTGGACTTGACATCAGTCGGTCTGGTTTGTTCTTCCGTGAATCATAATAA

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 4

CO CL2831Contig1 1160 4 8 U
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CGGAACACCACCATTGCCACCATTACCACCACCAGCTCGACCGCAGTTTCGTCCCCCTGT
TCCCGTGCCATGGTACGCATGGCTCGTGCCTCTCATCTTCGCAGCCAACTTCATCACATT
CGCCACGACAATGTATCTGAACGATTGCCCCTCGAGATCAGATAACTGTCTCTTGTTTGA
TGTCCTTGGAAGGCTTTCGTTTCAACCTATAAAGGAGAATATACTTCTTGGTCCTTCTAT
TCCCACGCTGAGAAGACTTGGAGCTCTAGAAAGGAGACTTGTGGAGGAAGGTGAGAAATG
GCGTCTCATCTCTTGCATATGGCTTCACGGTGGGCTCCTTCACCTGCTGGCCAACATGAT
CAGCCTCCTATGTATTGGAATGCGTCTTGAACAAGAATTCGGGTTTTTGAGAATAGGAGC
TTTGTATGTGATTTCCGGCCTTGGTGGAAGCATTATGTCTTGTTTGACAGGTTCAAGAAG
AGAACGTGTGTCAGTAGGAGCATCAGGCGCCTTGTTCGGGTTATTCGGTGCAATGCTCTC
AGAGCTGATCACAAACTGGACAATCTATGAAAATAAGTGTACATCACTTATGACACTGAT
CCTGATCATTGCACTGAACCTAAGCGTTGGATTCTTACCACGTGTAGACAATTCTGCTCA
TTGTGGAGGATTTTTAGCCGGTTTTTTCCTAGGGTTTGTCCTTTTTCTCCGTCCGCAGTA
CGGATACGTGAACCCCAAGTATATTCCACCTGGTTATGACGTGAAACAGAAGAAAAGACA
CAAGTGTTATCAACATGTCTTCAGGATTGCATCGCTAGCCATTCTTCTTGCGGGATTCAT
TGCGGGATATACTAAGCTTCTAAGAGAACATACCGTAGAGAGCGTGCCATTCAGAGATGT
CAATTAGCATCTGTAAAAGTTCATTTCACAGGATCCCAAGATATTTCCATATTTGATACA
AACACCATCACCAGAAAAGGTTTTTCATTTGATGATTCGAGAAGTAATTACATACTAGAT
TTTGATCCGCGCTCAAAAGTCTGGGTTTATTTTTAAATCATAATAAAAATATACAGGTTC
GGTTCGGCCAAGTTTAGGCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3ED56TF U 1
AF RR3AA45TF U 1
AF RR3ED56JQ C 481
AF RR3AA45JQ C 600
BS 1 732 RR3AA45TF
BS 733 733 RR3ED56JQ
BS 734 763 RR3AA45TF
BS 764 764 RR3ED56JQ
BS 765 816 RR3AA45TF
BS 817 911 RR3ED56JQ
BS 912 912 RR3AA45JQ
BS 913 1160 RR3ED56JQ

RD RR3ED56TF 563 0 0
GGCGTTATACTCTTTTCCAGAAATGGGGAAGAGACCACCGTTACCACCAGACATAGAAAA
CGGAACACCACCATTGCCACCATTACCACCACCAGCTCGACCGCAGTTTCGTCCCCCTGT
TCCCGTGCCATGGTACGCATGGCTCGTGCCTCTCATCTTCGCAGCCAACTTCATCACATT
CGCCACGACAATGTATCTGAACGATTGCCCCTCGAGATCAGATAACTGTCTCTTGTTTGA
TGTCCTTGGAAGGCTTTCGTTTCAACCTATAAAGGAGAATATACTTCTTGGTCCTTCTAT
TCCCACGCTGAGAAGACTTGGAGCTCTAGAAAGGAGACTTGTGGAGGAAGGTGAGAAATG
GCGTCTCATCTCTTGCATATGGCTTCACGGTGGGCTCCTTCACCTGCTGGCCAACATGAT
CAGCCTCCTATGTATTGGAATGCGTCTTGAACAAGAATTCGGGTTTTTGAGAATAGGAGC
TTTGTATGTGATTTCCGGCCTTGGTGGAAGCATTATGTCTTGTTTGACAGGTTCAAGAAG
AGAACGTGTGTCAGTAGGAGCAT

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3AA45TF 816 0 0
GGCGTTATACTCTTTTCCAGAAATGGGGAAGAGACCACCGTTACCACCAGACATAGAAAA
CGGAACACCACCATTGCCACCATTACCACCACCAGCTCGACCGCAGTTTCGTCCCCCTGT
TCCCGTGCCATGGTACGCATGGCTCGTGCCTCTCATCTTCGCAGCCAACTTCATCACATT
CGCCACGACAATGTATCTGAACGATTGCCCCTCGAGATCAGATAACTGTCTCTTGTTTGA
TGTCCTTGGAAGGCTTTCGTTTCAACCTATAAAGGAGAATATACTTCTTGGTCCTTCTAT
TCCCACGCTGAGAAGACTTGGAGCTCTAGAAAGGAGACTTGTGGAGGAAGGTGAGAAATG
GCGTCTCATCTCTTGCATATGGCTTCACGGTGGGCTCCTTCACCTGCTGGCCAACATGAT
CAGCCTCCTATGTATTGGAATGCGTCTTGAACAAGAATTCGGGTTTTTGAGAATAGGAGC
TTTGTATGTGATTTCCGGCCTTGGTGGAAGCATTATGTCTTGTTTGACAGGTTCAAGAAG
AGAACGTGTGTCAGTAGGAGCATCAGGCGCCTTGTTCGGGTTATTCGGTGCAATGCTCTC
AGAGCTGATCACAAACTGGACAATCTATGAAAATAAGTGTACATCACTTATGACACTGAT
CCTGATCATTGCACTGAACCTAAGCGTTGGATTCTTACCACGTGTAGACAATTCTGCTCA
TTGTGGAGGATTCTTAGCCGGTTTTTTCCTAGGGTTTGTCCTTCTTCTCCGTCCGCAGTA
CGGATACGTGAACCCCAAGTATATTCCACCTGGTTA

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3ED56JQ 680 0 0
TTTGTATGTGATTTCCGGCCTTGGTGGAAGCATTATGTCTTGTTTGACAGGTTCAAGAAG
AGAACGTGTGTCAGTAGGAGCATCAGGCGCCTTGTTCGGGTTATTCGGTGCAATGCTCTC
AGAGCTGATCACAAACTGGACAATCTATGAAAATAAGTGTACATCACTTATGACACTGAT
CCTGATCATTGCACTGAACCTAAGCGTTGGATTCTTACCACGTGTAGACAATTCTGCTCA
TTGTGGAGGATTTTTAGCCGGTTTTTTCCTAGGGTTTGTCCTTTTTCTCCGTCCGCAGTA
CGGATACGTGAACCCCAAGTATATTCCACCTGGTTATGACGTGAAACAGAAGAAAAGACA
CAAGTGTTATCAACATGTCTTCAGGATTGCATCGCTAGCCATTCTTCTTGCGGGATTCAT
TGCGGGATATATTAAGCTTCTAAGAGAACATACCGTAGAGAGCGTGCCATTCAGAGATGT
CAATTAGCATCTGTAAAAGTTCATTTCACAGGATCCCAAGATATTTCCATATTTGATACA
AACACCATCACCAGAAAAGGTTTTTCATTTGATGATTCGAGAAGTAATTACATACTAGAT
TTTGATCCGCGCTCAAAAGTCTGGGTTTATTTTTAAATCATAATAAAAATATACAGGTTC
GGTTCGGCCAAGTTTAGGCC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3AA45JQ 561 0 0
CAGAGCTGATCACAAACTGGACAATCTATGAAAATAAGTGTACATCACTTATGACACTGA
TCCTGATCATTGCACTGAACCTAAGCGTTGGATTCTTACCACGTGTAGACAATTCTGCTC
ATTGTGGAGGATTTTTAGCCGGTTTTTTCCTAGGGTTTGTCCTTTTTCTCCGTCCGCAGT
ACGGATACGTGAACCCCAAGTATATTCCACCTGGTTATGACGTGAAACAGAAGAAAAGAC
ACAAGTGTTATCAACATGTCTTCAGGATTGCATCGCTAGCCATTCTTCTTGCGGGATTCA
TTGCGGGATATACTAAGCTTCTAAGAGAACATACCGTAGAGAGCGTGCCATTCAGAGATG
TCAATTAGCATCTGTAAAAGTTCATTTCACAGGATCCCAAGATATTTCCATATTTGATAC
AAACACCATCACCAGAAAAGGTTTTTCATTTGATGATTCGAGAAGTAATTACATACTAGA
TTTTGATCCGCGCTCAAAAGTCTGGGTTTATTTTTAAATCATAATAAAAATATACAGGTT
CGGTTCGGCCAAGTTTAGGCC

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 4

CO CL2832Contig1 812 4 6 U
TAGATGATGGTGCATACATGGTTGTGAAAATTATTATTGAAATGGTGAGAATGAGACTGG
CGGGATCAAAGGAAGGTATCGGTAGCCTGATAGAAGATCTCGAAGAGCCATTAGAATCGG
CTGAGCTGCGGATGAATATTTTGTCGGAGCCAAGAGATGCCAAAGCAAAAGGCATTGAAG
CCATTGAGACATTCAGGCAATACATTGAGGAAGGAAAACTAGAAGGATGGGAATTGGATT
CTTGTGGAGAATGTCGGGTTAGTGAAGGTTGCTTGGTAGACTCAAATGATCATCCATCTG
CCATTGATGCTCACATGTACAGAGCAAAAGTGATGGACAAAAAGAGTGGGGAAGAGTATG
GATGGGTGCACATGAGGCAGAGCATTCACAATCCTAACATTGCTCTTAATATGCAATCAG
TGCTTCCTGGTGGATGTCTCTCCATGACAAGTCTTTTTAGAGACCGGTTTCTGGAAGCTA
GTGGGATAGCTAGATTCCTCGACATAAGTGATATCGACGATTATATCGGAAGTCAATCCT
GAAGGCTCTTCAATCAAATTGCAAATGCTGTCACTAAACGACAGTGTGAA*GGCTACGTT
TTTCCGAAAAAAAGAAAAAAAATTCATGTGCTATGTTTTGTATTCTTTTTGGGGACACTT
AGCTAGCCATTAACCAAAAACGTCCGCCATTTCATTACATGATCATCAGTAACGTATAGT
GATGGGTAGATGTGATTATAAATGAATGTGTAATATACGTGGATATAATTGATGAACGAT
AATAATATCTATGGAAAGTATTAATTGGGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 20 20 0 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DQ36TF U 104
AF RR3BW69JQ C 48
AF RR3BW69TF U 48
AF RR3BB82JQ C 1
BS 1 50 RR3BB82JQ
BS 51 104 RR3BW69TF
BS 105 254 RR3DQ36TF
BS 255 255 RR3BW69TF
BS 256 613 RR3DQ36TF
BS 614 812 RR3BB82JQ

RD RR3DQ36TF 510 0 0
G
GAGCCATTAGAATCGGCTGAGCTGCGGATGAATATTTTGTCGGAGCCAAGAGATGCCAAA
GCAAAAGGCATTGAAGCCATTGAGACATTCAGGCAATACATTGAGGAAGGAAAACTAGAA
GGATGGGAATTGGATTCTTGTGGAGAATGTTGGGTTAGTGAAGGTTGCTTGGTAGACTCA
AATGATCATCCATCTGCCATTGATGCTCACATGTACAGAGCAAAAGTGATGGACAAAAAG
AGTGGGGAAGAGTATGGATGGGTGCACATGAGGCAGAGCATTCACAATCCTAACATTGCT
CTTAATATGCAATCAGTGCTTCCTGGTGGATGTCTCTCCATGACAAGTCTTTTTAGAGAC
CGGTTTCTGGAAGCTAGTGGGATAGCTAGATTCCTCGACATAAGTGATATCGACGATTAT
ATCGGAAGTCAATCCTGAAGGCTCTTCAATCAAATTGCAAATGCTGTCACTAAACGACAG
TGTGAA*GGCTACGTTTTTCCGAAAAAAA

QA 2 510 2 510
DS 

RD RR3BW69JQ 558 0 0
AGG
ATGAGACTGGCGGGATCAAAGGAAGGTATCGGTAGCCTGATAGAAGATCTCGAAGAGCCA
TTAGAATCGGCTGAGCTGCGGATGAATATTTTGTCGGAGCCAAGAGATGCCAAAGCAAAA
GGCATTGAAGCCATTGAGACATTCAGGCAATACATTGAGGAAGGAAAACTAGAAGGATGG
GAATTGGATTCTTGTGGAGAATGTCGGGTTAGTGAATGTTGCTTGGTAGACTCAAATGAT
CATCCATCTGCCATTGATGCTCACATGTACAGAGCAAAAGTGATGGACAAAAAGAGTGGG
GAAGAGTATGGATGGGTGCACATGAGGTAGAGCATTCACAATCCTAACATTGCTCTTAAT
ATGCAATCAGTGCTTCCTGGTGGATGTCTCTCCATGACAAGTCTTTTTAGAGACCGGTTT
CTGGAAGCTAGTGGGATAGCTAGATTCCTCGACATAAGTGATATCGACGATTATATCGGA
AGTCAATCCTGAAGGCTCTTCAATCAAATTGCAAATGCTGTCACTAAACGACAGTGTGAA
*GGCTACGTTTTTCC

QA 4 558 4 558
DS 

RD RR3BW69TF 558 0 0
AGG
ATGAGACTGGCGGGATCAAAGGAAGGTATCGGTAGCCTGATAGAAGATCTCGAAGAGCCA
TTAGAATCGGCTGAGCTGCGGATGAATATTTTGTCGGAGCCAAGAGATGCCAAAGCAAAA
GGCATTGAAGCCATTGAGACATTCAGGCAATACATTGAGGAAGGAAAACTAGAAGGATGG
GAATTGGATTCTTGTGGAGAATGTCGGGTTAGTGAATGTTGCTTGGTAGACTCAAATGAT
CATCCATCTGCCATTGATGCTCACATGTACAGAGCAAAAGTGATGGACAAAAAGAGTGGG
GAAGAGTATGGATGGGTGCACATGAGGTAGAGCATTCACAATCCTAACATTGCTCTTAAT
ATGCAATCAGTGCTTCCTGGTGGATGTCTCTCCATGACAAGTCTTTTTAGAGACCGGTTT
CTGGAAGCTAGTGGGATAGCTAGATTCCTCGACATAAGTGATATCGACGATTATATCGGA
AGTCAATCCTGAAGGCTCTTCAATCAAATTGCAAATGCTGTCACTAAACGACAGTGTGAA
*GGCTACGTTTTTCC

QA 4 558 4 558
DS 

RD RR3BB82JQ 812 0 0
TAGATGATGGTGCATACATGGTTGTGAAAATTATTATTGAAATGGTGAGAATGAGACTGG
CGGGATCAAAGGAAGGTATCGGTAGCCCGATAGAAGATCTCGAAGAGCCATTAGAATCGG
CTGAGCTGCGGATGAATATTTTGTCGGAGCCAAGAGATGCTAAAGCAAAAGGCATTGAAG
CCATTGAGACATTCAGGCAATACATTGAGGAAGGAAAACTAGAAGGATGGGAATTGGATT
CTTGTGGAGAATGTTGGGTTAGTGAAGGTTGCTTGGTAGACTCAAATGATCATCCATCTG
CCATTGATGCTCACATGTACAGGGCAAAAGTGATGGACAAAAAGATTGGGGAAGAGTATG
GATGGGTACACATGAGGCAGAGCATTCACAATCCTAACATTGCTCTTAATATGCAATCAG
TGCTTCCTGGTGGATGTCTCTCCATGACAAGTCTTTTTAGAGACCGGTTTCTGGAAGCTA
GTGGGATAGCTAGATTCCTCGACATAAGTGATATCGACGATTATATCGGAAGTCAATCCT
GAAGGCTCTTTAATCAAATTGCAAATGCTGTCACTAAACGACAGTGTGAAAGGCTACGTT
TTTCCGATAAAAAGAAAAAAAATTCATGTGCTATGTTTTGTATTCTTTTTGGGGACACTT
AGCTAGCCATTAACCAAAAACGTCCGCCATTTCATTACATGATCATCAGTAACGTATAGT
GATGGGTAGATGTGATTATAAATGAATGTGTAATATACGTGGATATAATTGATGAACGAT
AATAATATCTATGGAAAGTATTAATTGGGATG

QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 4

CO CL2833Contig1 886 4 2 U
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GGTTCAGTCCGTATGCCATAAGACCAAAGATCGCTCTTCGTCTCAAATCAGTCGATTATG
ATTACTTTGAAGAAGATCTGTTCGGTTCCAAGAGTGAGTTTCTTCTCAAATCAAATCCGG
TTCACAAGAAAGTCCCGGTTCTCATCCACAACAACAAACCGATTCTAGAGTCTCTCAACA
TCGTTGAGTACATTGATGAGACATGGCACGCATCTGGACCGTCCATACTTCCTTCACATC
CCTATGATCGCGCTCAAGCTCGCTTCTGGTCTGCCTTCGTTGATGACAAGTGGTTTCCGG
CTTTGAAAGCGGCCGCAATCACCAAATCCGAAGAGGCAAAAGAAAAAAGCATGAAAGAAG
TGGAAGAAGGGTTATTGCAACTCGAGGAAGCCTTTGTTTCTATAAGCAAAGGGAATCCGT
TTTTCGGAGGTGAAGCGATCGGGTTTATGGACATTTGCCTCGGAAGCTTTGTGGGTATCT
TGAAGGCTACAGAGAAGCTTAAAGGAGAAAAGCTTTTAGACGAAACAAAAGTTCCTTCTC
TTTGTAAATGGGCGGACCAGTTCTTGTCTGATAATACTGTGAAGAATGTGGTACCAGAGA
TCGATAAAGTGGCTGAGTTTCTAGGAGAGCTTGAGGTTAGAGCTCAATCAGCGGTTTCAA
GAACTTGAGATCATCGTTGAAAAGCAAATGGACGTGTGTAATGTAAGTGCGAAAATAAGT
GAAAGGTCGAAGTGTTGTATTGAATGTATGCTAGTAATTTATACAATGCTGTGTATGGTT
TATGGATAATGCTTTCAATAATTGAAAATGGCAGATTAGTCGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3BC53TF U 1
AF RR3BC53JQ C 74
AF RR3D763JQ C 330
AF RR3D763TF U 330
BS 1 867 RR3BC53TF
BS 868 886 RR3D763TF

RD RR3BC53TF 867 0 0
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QA 1 867 1 867
DS 

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CCCGGTTCTCATCCACAACAACAAACCGATTCTAGAGTCTCTCAACATCGTTGAGTACAT
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CGCAATCACCAAATCCGAAGAGGCAAAAGAAAAAAGCATGAAAGAAGTGGAAGAAGGGTT
ATTGCAACTCGAGGAAGCCTTTGTTTCTATAAGCAAAGGGAATCCGTTTTTCGGAGGTGA
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GAAGCTTAAAGGAGAAAAGCTTTTAGACGAAACAAAAGTTCCTTCTCTTTGTAAATGGGC
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TGAGTTTCTAGGAGAGCTTGAGGTTAGAGCTCAATCAGCGGTTTCAAGAACTTGAGATCA
TCGTTGAAAAGCAAATGGACGTGTGTAATGTAAGTGCGAAAATAAGTGAAAGGTCGAAGT
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TTCAATAATTGAAAATGGCAGATTAGTCGTTCC

QA 1 813 1 813
DS 

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G
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DS 

RD RR3D763TF 557 0 0
G
CTGCCTTCGTTGATGACAAGTGGTTTCCGGCTTTGAAAGCGGCCGCAATCACCAAATCCG
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CCTTTGTTTCTATAAGCATAGGGAATCCGTTTTTCGGAGGTGAAGCGATCGGGTTTATGG
ACATTTGCCTCGGAAGCTTTGTGGGTATCTTGAAGGCTACAGAGAAGCTTAAAGGAGAAA
AGCTTTTAGACGAAACAAAAGTTCCTTCTCTTTGTAAATGGGCGGACCAGTTCTTGTCTG
ATGATACTGTGAAGAATGTGGTACCAGAGATCGATAAAGTGGCTGAGTTTCTAGGAGAGC
TTGAGGTTAGAGCTCAATCAGCGGTTTCAAGAACTTGAGATCATCGTTGAAAAGCAAATG
GACGTGTGTAATGTAAGTGCGAAAATAAGTGAAAGGTCGAAGTGTTGTATTGAATGTATG
CTAGTAATTTATACAATGCTGTGTATGGTTTATGGATAATGCTTTCAATAATTGAAAATG
GCAGATTAGTCGTTCC

QA 2 557 2 557
DS 



AS 1 2

CO CL2834Contig1 1284 2 2 U
GGAGTTTATCTTGGCTTTCAGGTTCTACTTCACCTCTCGCAAGAATCTGACACAAAGGTT
TCATCCTTATCGATTTTCGTTAGAAATTAAGATCAAAGTTTCGAACTTTACGTTTCTGGG
TAGTTAAGTATGCGTCTTTGAACGTTACCACTCTGTTTATGGAATGCTTCTTTAGTGTAT
AGTTTGTTTCAGACGTGGCACTCTGCTAGAGATAGATTTGATTTTTTTCATGTATTAGAT
GGTGGATCGCTGTGTGATCAAAATTGCTTGAAGAAATATGGTTTTTGCGGTTTGTGTTGG
TAATGCATCTCTTGTATCCATGGAAATGAGGTGGGTACGAAGAAGCAAATGCGATGATGA
TGCTCCTCGTTCGATACCTATTTTCATCTCTACCTTGAAGAAGGACATAGATATAGAGGA
GCTGAGGCGTTTGTATTCGCGTTGTGGCCACTCTTGCAACCGTTTGTCCAAGAGTGGTGG
TGGCAGTAGCACTGTTGACATGAAGAAGCTGCGTACAGCTGTCTCCCGCAGCGATGTTGT
TGTCTCTGTGTTCTGCAAACCTCATCACGCGCTTCTTGTTGAAGAGCGCACTAGCGAGGA
CGATAATGATGATGGTGTTCCTGTTTTGTCTTCTTCCTCTTTGTATCCTTCAGACTTGGG
GAGACAAAACAAGGGTGAGGGTTCTCTGGGAGATATGTTTCAGGACGTGTTGCCTCTCAC
TCCTTCGAATGGTCAGCTTGTTGGGTTTTGTCGTGCTTATTCTGATTATGGTTTGACCGC
TTCTATCCACGATCTAATGGTTTTACCTTCACTACAACGGATGGGGATTGGTAAACTGAT
TGTTAACAGGATCACCAGGCTCCTCACAAGTAGAGACATCTATGACATAGCCGCTCTCTG
TTTCGAGCATGAAAGGCCATTCTTCAAAGCCTGTGGGTTTGCAGATGACAGAATGGGTTC
CACAACGATGATGTTCACTAAAGAGCTTGGAGGCCTAATCTGAAATGAGAAGAAGGACGT
TGGATCTTCTGAAACTTACCTACAGGTCAAAGCAAGTTGAATGATCTTTAGACAAAAATC
TTTTACGAATCTCTTTCTCTGCGATGTATCAGAGAAAGAAAAGCCAAAGAGTCAGTGTCT
TTTTTGCATTTGGATTTGATGTTTGTGACAACTCTTTTTCACTTCTATCTTGTCGTGTAA
AAAGCAACGAATATTGGTATACTATTACTCTCTTTCGAGTGGTAGAAATGTTTTATATCA
AAATTGAATACAAACTATTTTGCC


BQ
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AF RR3AH93TF U 1
AF RR3AH93JQ C 528
BS 1 699 RR3AH93TF
BS 700 1284 RR3AH93JQ

RD RR3AH93TF 699 0 0
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TCATCCTTATCGATTTTCGTTAGAAATTAAGATCAAAGTTTCGAACTTTACGTTTCTGGG
TAGTTAAGTATGCGTCTTTGAACGTTACCACTCTGTTTATGGAATGCTTCTTTAGTGTAT
AGTTTGTTTCAGACGTGGCACTCTGCTAGAGATAGATTTGATTTTTTTCATGTATTAGAT
GGTGGATCGCTGTGTGATCAAAATTGCTTGAAGAAATATGGTTTTTGCGGTTTGTGTTGG
TAATGCATCTCTTGTATCCATGGAAATGAGGTGGGTACGAAGAAGCAAATGCGATGATGA
TGCTCCTCGTTCGATACCTATTTTCATCTCTACCTTGAAGAAGGACATAGATATAGAGGA
GCTGAGGCGTTTGTATTCGCGTTGTGGCCACTCTTGCAACCGTTTGTCCAAGAGTGGTGG
TGGCAGTAGCACTGTTGACATGAAGAAGCTGCGTACAGCTGTCTCCCGCAGCGATGTTGT
TGTCTCTGTGTTCTGCAAACCTCATCACGCGCTTCTTGTTGAAGAGCGCACTAGCGAGGA
CGATAATGATGATGGTGTTCCTGTTTTGTCTTCTTCCTCTTTGTATCCTTCAGACTTGGG
GAGACAAAACAAGGGTGAGGGTTCTCTGGGAGATATGTT

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3AH93JQ 757 0 0
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GCACTAGCGAGGACGATAATGATGATGGTGTTCCTGTTTTGTCTTCTTCCTCTTTGTATC
CTTCAGACTTGGGGAGACAAAACAAGGGTGAGGGTTCTCTGGGAGATATGTTTCAGGACG
TGTTGCCTCTCACTCCTTCGAATGGTCAGCTTGTTGGGTTTTGTCGTGCTTATTCTGATT
ATGGTTTGACCGCTTCTATCCACGATCTAATGGTTTTACCTTCACTACAACGGATGGGGA
TTGGTAAACTGATTGTTAACAGGATCACCAGGCTCCTCACAAGTAGAGACATCTATGACA
TAGCCGCTCTCTGTTTCGAGCATGAAAGGCCATTCTTCAAAGCCTGTGGGTTTGCAGATG
ACAGAATGGGTTCCACAACGATGATGTTCACTAAAGAGCTTGGAGGCCTAATCTGAAATG
AGAAGAAGGACGTTGGATCTTCTGAAACTTACCTACAGGTCAAAGCAAGTTGAATGATCT
TTAGACAAAAATCTTTTACGAATCTCTTTCTCTGCGATGTATCAGAGAAAGAAAAGCCAA
AGAGTCAGTGTCTTTTTTGCATTTGGATTTGATGTTTGTGACAACTCTTTTTCACTTCTA
TCTTGTCGTGTAAAAAGCAACGAATATTGGTATACTATTACTCTCTTTCGAGTGGTAGAA
ATGTTTTATATCAAAATTGAATACAAACTATTTTGCC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 4

CO CL2835Contig1 1120 4 3 U
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AGATCTCCGGTTGTTTCGAAAGACGAGGAGATGCTTTCTTTCACCACGGTGGTTCGATCC
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ATCATCGTCGAACCGGAGAAGAAACCGAGGAAACGCGGGAGAAAACCGGCTAACGGAAGA
GAAGAGCCGTTGAACCACGTGGAAGCAGAGAGGCAGAGAAGGGAGAAGCTGAACCAGAGA
TTCTACTCTTTGAGAGCTGTGGTTCCCAACGTTTCGAAAATGGACAAGGCTTCTCTTCTA
GGAGACGCCATCTCGTACATCAACGAGCTTAAGACGAAGCTGCAGCAAGCGGAGGCTGAT
AAGGAAGAGGTTCAGAAGCAGCTAGATGGGATGGGGAAGGAAGGTGGCGGGTCTGGGTCG
AGGAGGGGGAAAGAGCGAAAATCGAATCGAGATTCGGGGAGTTCTGTGGAGATGGAGATT
GATGTGAAGATCATAGGTTGGGATGTGATGATACGTGTACAATGCGGCAAGAAGAATCAT
CCTGGTGCGAGGTTCATGGAAGCGCTCAAGGAGTTGGATTTGGAAGTGAATCATGCTAGT
TTATCTGTGGTGAATGATTTGATGATTCAACAAGCTACTGTGAAGATGGGGAGCCAGTTT
TTCAATCATGATCAGCTCAAGGCTGTTTTGATGTTAAAAGTTGGAGAAGACATTTAAACA
AGCTTCAGCTCAAGATGCAACTCTTGTGTTTTCTTTGATGCACCACCAACTTCATGTTGT
TAACATTGTTGTTCATTAGGGAGAAACAGACCTGTTTTAGCTCTTAGTTTAGTGGGTTTC
ATGTCTTAAAGCGATATCGAAGTTGGAGACCAGAGAGATGTAGTAATATAAGAAATCTTG
TACTGTACTTGTTTGTATATGTATGGAGTAATAAGTGAGATCATTTCTGTTGAAGTGTAC
TTGGTTCTGTGAATGAAGGTTTTGTGTACACTTTTATGTT


BQ
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AF RR3FH24TF U 1
AF RR3FH24JQ C 285
AF RR3EZ53JQ C 1002
AF RR3EZ53TF U 1002
BS 1 686 RR3FH24TF
BS 687 1002 RR3FH24JQ
BS 1003 1120 RR3EZ53TF

RD RR3FH24TF 686 0 0
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TCGAGCTCGGGGTTGAATCAGAGCGGGAACTTTAAGCAAGGGTCGTCGAGCAGCAAGAAG
AGATCTCCGGTTGTTTCGAAAGACGAGGAGATGCTTTCTTTCACCACGGTGGTTCGATCC
GCGGCGAAGTCAGTGGACTCTGATCATTCCGACATCGAGGCGTCGGTGGTTAAGGAGGCG
ATCATCGTCGAACCGGAGAAGAAACCGAGGAAACGCGGGAGAAAACCGGCTAACGGAAGA
GAAGAGCCGTTGAACCACGTGGAAGCAGAGAGGCAGAGAAGGGAGAAGCTGAACCAGAGA
TTCTACTCTTTGAGAGCTGTGGTTCCCAACGTTTCGAAAATGGACAAGGCTTCTCTTCTA
GGAGACGCCATCTCGTACATCAACGAGCTTAAGACGAAGCTGCAGCAAGCGGAGGCTGAT
AAGGAAGAGGTTCAGAAGCAGCTAGATGGGATGGGGAAGGAAGGTGGCGGGTCTGGGTCG
AGGAGGGGGAAAGAGCGAAAATCGAATCGAGATTCGGGGAGTTCTGTGGAGATGGAGATT
GATGTGAAGATCATAGGTTGGGATGTGATGATACGTGTACAATGCGGCAAGAAGAATCAT
CCTGGTGCGAGGTTCATGGAAGCGCT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3FH24JQ 785 0 0
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CAAGGCTTCTCTTCTAGGAGACGCCATCTCGTACATCAACGAGCTTAAGACGAAGCTGCA
GCAAGCGGAGGCTGATAAGGAAGAGGTTCAGAAGCAGCTAGATGGGATGGGGAAGGAAGG
TGGCGGGTCTGGGTCGAGGAGGGGGAAAGAGCGAAAATCGAATCGAGATTCGGGGAGTTC
TGTGGAGATGGAGATTGATGTGAAGATCATAGGTTGGGATGTGATGATACGTGTACAATG
CGGCAAGAAGAATCATCCTGGTGCGAGGTTCATGGAAGCGCTCAAGGAGTTGGATTTGGA
AGTGAATCATGCTAGTTTATCTGTGGTGAATGATTTGATGATTCAACAAGCTACTGTGAA
GATGGGGAGCCAGTTTTTCAATCATGATCAGCTCAAGGCTGTTTTGATGTTAAAAGTTGG
AGAAGACATTTAAACAAGCTTCAGCTCAAGATGCAACTCTTGTGTTTTCTTTGATGCACC
ACCAACTTCATGTTGTTAACATTGTTGTTCATTAGGGAGAAACAGACCTGTTTTAGCTCT
TAGTTTAGTGGGTTTCATGTCTTAAAGCGATATCGAAGTTGGAGACCAGAGAGATGTAGT
AATATAAGAAATCTTGTACTGTACTTGTTTGTATATGTATGGAGTAATAAGTGAGATCAT
TTCTG

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3EZ53JQ 119 0 0
G
GTAATATAAGAAATCTTGTACTGTACTTGTTTGTATATGTATGGAGTAATAAGTGAGATC
ATTTCTGTTGAAGTGTACTTGGTTCTGTGAATGAAGGTTTTGTGTACACTTTTATGTT

QA 2 119 2 119
DS 

RD RR3EZ53TF 119 0 0
G
GTAATATAAGAAATCTTGTACTGTACTTGTTTGTATATGTATGGAGTAATAAGTGAGATC
ATTTCTGTTGAAGTGTACTTGGTTCTGTGAATGAAGGTTTTGTGTACACTTTTATGTT

QA 2 119 2 119
DS 



AS 2 4

CO CL2836Contig1 712 2 6 U
GGAAACCAGTATCTCTCTCTCCTCTTCTTCGCACATTCTCTCTCTTACCGGATAAGGTTC
TTCTAGAGAGATGGCTAGAGTTTGTGTAATGATTATGATGATGGTAGCTATGGTCTTGAA
CATGGCTATAGGTGAGCCTATAGCACCATGCTACTTCATATTTGGTGATTCTTTGGTTGA
CAGTGGAAACAACAATCAGCTTCAGTCCTTAGCAAGAGCTGATTACTTCCCTTACGGCAT
CGACTTCCAGTTTGGTCCAACCGGAAGGTTCTGTAATGGAAAAACAACCGTCGATGTCAT
CACCGAGCTTCTTGGTTTCGATGACTACATTACACCATACTCTCAAGCAAGCGGAGAAGA
CATCCTAAGAGGAGTAAACTACGCTTCTGCAGCTGCTGGTGTTCGAGAAGAAACTGGTCG
CCAGTTGGGAGCTAGAATAACCTTTGCGGGGCAAGTAGCTAATCACGTGAACACAGTGTC
ACAAGTGGTGAACATACTCGGAGACGAGAATGAAGCTGCTAATTACCTAAGTAAATGCAT
CTACTCTATAGGGTTAGGCAGTAACGACTATCTCAATAACTACTTTATGCCTCTCTATTA
CTCCACTGGTAACCAGTACTCCCCGGACTCCTTTGCCAACGACCCCATCAACCGATACAC
CGAGCACTCAGGATATTGTATAACAACGAGCGAGGAAGTTGCGCTAATTGGT


BQ
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AF RR3CA49TF U 1
AF RR3FV15TF U 1
BS 1 178 RR3CA49TF
BS 179 179 RR3FV15TF
BS 180 644 RR3CA49TF
BS 645 645 RR3FV15TF
BS 646 666 RR3CA49TF
BS 667 712 RR3FV15TF

RD RR3CA49TF 668 0 0
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CGACTTCCAGTTTGGTCCAACCGGAAGGTTCTGTAATGGAAAAACAACCGTCGATGTCAT
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CTCCACTGGTAACCAGTACTCCCCGGACTCCTTTGCCAACGACCTCATCAACCGATACAC
CGAGCA
AC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3FV15TF 712 0 0
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TTCTAGAGAGATGGCTAGAGTTTGTGTAATGATTATGATGATGGTAGCTATGGTCTTGAA
CATGGCTATAGGTGAGCCTATAGCACCATGCTACTTCATATTTGGTGATTCTTTGGTTGA
CAGTGGAAACAACAATCAGCTTCAGTCCTTAGCAAGAGCTGATTACTTCCCTTACGGCAT
CGACTTCCAGTTTGGTCCAACCGGAAGGTTCTGTAATGGAAAAACAACCGTCGATGTCAT
CACCGAGCTTCTTGGTTTCGATGACTACATTACACCATACTCTCAAGCAAGCGGAGAAGA
CATCCTAAGAGGAGTAAACTACGCTTCTGCAGCTGCTGGTGTTCGAGAAGAAACTGGTCG
CCAGTTGGGAGCTAGAATAACTTTTGCGGGGCAAGTAGCTAATCACGTGAACACAGTGTC
ACAAGTGGTGAACATACTCGGAGACGAGAATGAAGCTGCTAATTACCTAAGTAAATGCAT
CTACTCTATAGGGTTAGGCAGTAACGACTATCTCAATAACTACTTTATGCCTCTCTATTA
CTCCACTGGTAACCAGTACTCCCCGGACTCCTTTGCCAACGACCCCATCAACCGATACAC
CGAGCACTCAGGATATTGTATAACAACGAGCGAGGAAGTTGCGCTAATTGGT

QA 1 712 1 712
DS 



CO CL2836Contig2 813 2 2 U
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GTTTGCGCTAATTGGTATCGGTGCAATAGGATGTAGCCCTAACGAGCTGGCGCAGAACAG
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GCTCGTGTCTCTGGTCGACTATTTCAACCAAAACACACCGGATGCTAAGTTCACTTACAT
CAATGCTTATGGTATCTTCCAAGACATGGTAGCTAATCCTTCTCGCTATGGGTTTAGGGT
GACAAACGCGGGGTGTTGTGGAGTTGGGAGGAACAATGGACAGATAACTTGTCTTCCAGG
TCAAGCTCCATGTCTGAACAGAGATGAGTTTGTGTTCTGGGATGCGTTTCATCCAGGGGA
AGCAGCGAATGTCGTGATCGGTAGTCGATCTTTTAGGAGAGAATCTCCATCTGATGCTCA
CCCTTATGATATCCAGCAGCTTGCTTTGCTCTAGTTCATGAAAGTTCTTCCACACAGACA
AAGAGAGAAAGAGAGAGAGATTTAATCTTTTGCTTTGTTTGATACTTGTTTTTTTTTTTG
GTTGCAGAAGAACTGTTTCTGGTGTGGTCCGTTGAGCTGATGTATTATTGTTCTATATGA
TGACATGAATTTGCTGTTCTTACATATGATAAGAACGTGGAATGTTTTGACAATCTTTGT
TAGCATAGATCTATGATGAACCAAGAACCAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EE60TF U 1
AF RR3EE60JQ C 76
BS 1 479 RR3EE60TF
BS 480 813 RR3EE60JQ

RD RR3EE60TF 479 0 0
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TGACCTCATCAACCGATACACCGAGCAACTCAGGATATTGTATAACAACGGAGCGAGGAA
GTTTGCGCTAATTGGTATCGGTGCAATAGGATGTAGCCCTAACGAGCTGGCGCAGAACAG
CAGAGACGGGAGGACATGTGACGAAAGGATCAATTCAGCAAACAGGATCTTTAACAGCAA
GCTCGTGTCTCTGGTCGACTATTTCAACCAAAACACACCGGATGCTAAGTTCACTTACAT
CAATGCTTATGGTATCTTCCAAGACATGGTAGCTAATCCTTCTCGCTATGGGTTTAGGGT
GACAAACGCGGGGTGTTGTGGAGTTGGGAGGAACAATGGACAGATAACTTGTCTTCCAGG
TCAAGCTCCATGTCTGAACAGAGATGAGTTTGTGTTCTGGGATGCGTTTCATCCAGGGG

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR3EE60JQ 738 0 0
ATACACCGAGCAACTCAGGATATTGTATAACAACGGAGCGAGGAAGTTTGCGCTAATTGG
TATCGGTGCAATAGGATGTAGCCCTAACGAGCTGGCGCAGAACAGCAGAGACGGGAGGAC
ATGTGACGAAAGGATCAATTCAGCAAACAGGATCTTTAACAGCAAGCTCGTGTCTCTGGT
CGACTATTTCAACCAAAACACACCGGATGCTAAGTTCACTTACATCAATGCTTATGGTAT
CTTCCAAGACATGGTAGCTAATCCTTCTCGCTATGGGTTTAGGGTGACAAACGCGGGGTG
TTGTGGAGTTGGGAGGAACAATGGACAGATAACTTGTCTTCCAGGTCAAGCTCCATGTCT
GAACAGAGATGAGTTTGTGTTCTGGGATGCGTTTCATCCAGGGGAAGCAGCGAATGTCGT
GATCGGTAGTCGATCTTTTAGGAGAGAATCTCCATCTGATGCTCACCCTTATGATATCCA
GCAGCTTGCTTTGCTCTAGTTCATGAAAGTTCTTCCACACAGACAAAGAGAGAAAGAGAG
AGAGATTTAATCTTTTGCTTTGTTTGATACTTGTTTTTTTTTTTGGTTGCAGAAGAACTG
TTTCTGGTGTGGTCCGTTGAGCTGATGTATTATTGTTCTATATGATGACATGAATTTGCT
GTTCTTACATATGATAAGAACGTGGAATGTTTTGACAATCTTTGTTAGCATAGATCTATG
ATGAACCAAGAACCAACT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 4

CO CL2837Contig1 994 4 8 U
CGAATAAAGGCCATTTATTAGGAGTAATCGCTGTTCAAGAA*GCAAAAAAACAAGAGAGA
GAGATATGGCCGTATGAGAGAATATATTTATTTATGTATGGACAAATGGTAAAATGACAG
AAGCTTTTGGTTTTGATCTCTCTCTCTGCTTCCATCAAATCTTCAGACCCCATTCAATAA
TCTTCTTTTTCTCTTTTCTTAATGTTGTTTACTTCCATCAAGAATCTCGAGGACATTTTC
CTCCTCTTCTTTTCCTTTAAATTGAAGAAGTCTTAGCTTCTATACTGCCACTAACACTAG
CCGAGTCACCACCCGTCTCAGCTGGATCTTGACTGCTCAAGCCACTAACCATAGGAGAAG
ACACTACAGCAGCCACAGCCTCTGTGGTGAGTTCACTGCTTGAGCTTACTGGAGCTGAAG
CCCCGCTGAGTGAAGATGAACCAATTGGGTATGGAGCCACAGGCATATCCGTTAACGAAG
AAGCAGACGGGCTGTAGCTTAGTGAAGAAGCCATAGAGTGATCAAACTTACACGCTGGTC
CAAACTTGCAGATTCAATGCTGCGCAAAGTGAGTGCATTGCGCCACGCCGGGACGAAGTG
GAAGGCCAATGGAGCTGAGGAGAACACCAGTTTGAGGCTGAACTGCATCTAGAGGAGGAT
GATGGTATCTACACGAAGCACCGAACTTACAGTCTCCGGTTCTCATGAAGTACTGACAAT
CTGGCTGATCAGGTCGCTGAGGGAACGACTGTTCTTTTGAAGTAGTAGTCAAGGAAGGCC
CACCAGATTGGTATGTTCCTGTTGTATAAGCAGTCCCTGAAGGAGATAACTGCGCTACTC
CTCCATAAACAGAGCTTGATCCAACAGAAGGTTGTGTTCCAGTTCCAGGAGAAGGCATTG
CAGTTAAAGACGCCTGGTAAGGATTCCAATTAGGGTATGTAACCATTCCTGGAGGCAGAA
CCATTGGTGGTGGGCGTATGGGCTTGGAAGATAA


BQ
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0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H101JQ U 1
AF RR3H101TF C 1
AF RR3A589JQ U 14
AF RR3A589TF C 267
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BS 616 646 RR3H101JQ
BS 647 994 RR3A589TF

RD RR3H101JQ 647 0 0
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TCTTCTTTTTCTCTTTTCTTAATGTTGTTTACTTCCATCAAGAATCTCGAGGACATTTTC
CTCCTCTTCTTTTCCTTTAAATTGAAGAAGTCTTAGCTTCTATACTGCCACTAACACTAG
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CCCCGCTGAGTGAAGATGAACCAATTGGGTATGGAGCCACAGGCATATCCGTTAACGAAG
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GAAGGCCAATGGAGTTGAGGAGAACACCAGTTTGAGGCTGAACTGC
C

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DS 

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CGAATAAAGGCCATTTATTAGGAGTAATCGCTGTTCAAGAA*GCAAAAAAACAAGAGAGA
GAGATATGGCCGTATGAGAGAATATATTTATTTATGTATGGACAAATGGTAAAATGACAG
AAGCTTTTGGTTTTGATCTCTCTCTCTGCTTCCATCAAATCTTCAGACCCCATTCAATAA
TCTTCTTTTTCTCTTTTCTTAATGTTGTTTACTTCCATCAAGAATCTCGAGGACATTTTC
CTCCTCTTCTTTTCCTTTAAATTGAAGAAGTCTTAGCTTCTATACTGCCACTAACACTAG
CTGAGTCACCACCCGTCTCAGCTGGATCTTGACTGCTCAAGCCACTAACCATAGGAGAAG
ACACTACAGCAGCCACAGCCTCTGTGGTGAGTTCACTGCTTGAGCTTACTGGAGCTGAAG
CCCCGCTGAGTGAAGATGAACCAATTGGGTATGGAGCCACAGGCATATCCGTTAACGAAG
AAGCAGACGGGCTGTAGCTTAGTGAAGAAGCCATA*AGTGATCAAACTTACACGCTGGTC
CAAACTTGCAGATTCAATGCTGCGCAAAGTGAGTGCATTGCGCCACGCCGGGACGAAGTG
GAAGGCCAATGGAGTTGAGGAGAACACCAGTTTGAGGCTGAACTGC
C

QA 1 646 1 646
DS 

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ATGAGAGAATATATTTATTTATGTATGGACAAATGGTAAAATGACAGAAGCTTTTGGTTT
TGATCTCTCTCTCTGCTTCCACCAAATCTTCAGACCCCATTCAATAATCTTCTTTTTCTC
TTTTCTTAATGTTGTTTACTTCCATCAAGAATCTCGAGGACATTTTCCTCCTCTTCTTTT
CCTTTAAATTGAAGAAGTCTTAGCTTCTATACTGCCACTAACACTAGCCGAGTCACCACC
CGTCTCAGCTGGCTCTTGACTGCTCAAGCCACTAACCATAGGAGAAGACACTACAGCAGC
CACAGCCTCTGTGGTGGGTTCACTGCTTGAGCTTACTGGAGCTGAAGCCCCGCTGAGTGA
AGATGAACCAATTGGGTATGGAGCCACAGGCATATCCGTTAACGAAGAAGCAGACGGGCT
GTAGCTTAGTGAAGAAGCCATAGAGTGATCAAACTTACACGCTGGTCCAAACTTGCAGAT
TCCATGCTGCGCAAAGTGAGTGCATTGCGCTACGCCGGGACGAAGTGGAAGGCCAATGGA
GCTGAGGAGAACACC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3A589TF 728 0 0
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TCTTGACTGCTCAAGCCACTAACCATAGGAGAAGACACTACAGCAGCCACAGCCTCTGTG
GTGGGTTCACTGCTTGAGCTTACTGGAGCTGAAGCCCCGCTGAGTGAAGATGAACCAATT
GGGTATGGAGCCACAGGCATATCCGTTAACGAAGAAGCAGACGGGCTGTAGCTTAGTGAA
GAAGCCATAGAGTGATCAAACTTACACGCTGGTCCAAACTTGCAGATTCCATGCTGCGCA
AAGTGAGTGCATTGCGCTACGCCGGGACGAAGTGGAAGGCCAATGGAGCTGAGGAGAACA
CCAGTTTGAGGCTGAACTGCATCTAGAGGAGGATGATGGTATCTACACGAAGCACCGAAC
TTACAGTCTCCGGTTCTCATGAAGTACTGACAATCTGGCTGATCAGGTCGCTGAGGGAAC
GACTGTTCTTTTGAAGTAGTAGTCAAGGAAGGCCCACCAGATTGGTATGTTCCTGTTGTA
TAAGCAGTCCCTGAAGGAGATAACTGCGCTACTCCTCCATAAACAGAGCTTGATCCAACA
GAAGGTTGTGTTCCAGTTCCAGGAGAAGGCATTGCAGTTAAAGACGCCTGGTAAGGATTC
CAATTAGGGTATGTAACCATTCCTGGAGGCAGAACCATTGGTGGTGGGCGTATGGGCTTG
GAAGATAA

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 4

CO CL2838Contig1 1064 4 3 U
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AAACCACTAGTTAAGAAACTCATTACATGAAAACAGAGCCAGTTTGAGGACCAATAAGCC
CAACAACCTCATCCCAAAGACCATGACTTTGGACATCTGAACCAATCTCAACAACACTTG
AGCTACAAGCAGCCACAGTCCAATACCCTCTCAAGATATCTGCTTTCAACTGCTCTTTTT
CCCAACCACAATACCCATCAAAAAACCTCACCTCACTTCTTCCCACCAACTTCCTCTTCA
CCATCTCTGCAGCCAATCCCACACTCTCTCTCGTCCCATAGTACAATCCTTCCATCACTT
GTCTGAAAACTCCACTCTTCTCAACCTCGCTGTCCCCGCCGTTCCTATGACTCACGAGGA
ACAACCCTTCTTCCAAAGGTCCACCAAAGAAGAGTCTCTTGTCTGCAAACGTTCCCGCCA
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CTCCTACAGGACCTGAGGGTCCAACAGAGAGGATGAGGATCACTGTCTTTTCGAAGATGT
GGACTCCATCTTGCTTCTCTGTGGCTATCAAGAGACATCCTGTCTCTGGCTCGCTGATCT
TGTGTGCCCATTTGTCTCCAAGTGTGATCAGTGAGGAAGATGATGATGAACAGTCCACCA
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AGTCATCTTCTGCTTTAGATTTGTTGACAAAATCCTTGAAGAGATCAGTATTATCCTCCA
GTGGCTTCCATGAATCCGAAAGAGAACATTTTATAGAGATCGGAGCAGCAACCTTCCTGG
TGAGAAACTGGCTGGAGTTTCTCTTGGGACAAGAAAAGACTCTGGTTTTGATGAAGGGGA
CAATCTCTTTAACAACAGAGATTGATCTTGAAGAAAGAAAACAAGCATCCATGTTCACTT
TAGTTCCTCTGACTCTAGCTCTCTCTCTGTTTTTTCTGTCTCCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AZ95JQ U 1
AF RR3A648JQ U 4
AF RR3A648TF C 258
AF RR3AZ95TF C 411
BS 1 749 RR3AZ95JQ
BS 750 826 RR3A648JQ
BS 827 1064 RR3A648TF

RD RR3AZ95JQ 749 0 0
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AAACCACTAGTTAAGAAACTCATTACATGAAAACAGAGCCAGTTTGAGGACCAATAAGCC
CAACAACCTCATCCCAAAGACCATGACTTTGGACATCTGAACCAATCTCAACAACACTTG
AGCTACAAGCAGCCACAGTCCAATACCCTCTCAAGATATCTGCTTTCAACTGCTCTTTTT
CCCAACCACAATACCCATCAAAAAACCTCACCTCACTTCTTCCCACCAACTTCCTCTTCA
CCATCTCTGCAGCCAATCCCACACTCTCTCTCGTCCCATAGTACAATCCTTCCATCACTT
GTCTGAAAACTCCACTCTTCTCAACCTCGCTGTCCCCGCCGTTCCTATGACTCACGAGGA
ACAACCCTTCTTCCAAAGGTCCACCAAAGAAGAGTCTCTTGTCTGCAAACGTTCCCGCCA
TGTCTAAGACCGCTGCTTTTGTCTCCTTGATTGACATAATCGATGGACGGTTGAGGATGA
CTCCTACAGGACCTGAGGGTCCAACAGAGAGGATGAGGATCACTGTCTTTTCGAAGATGT
GGACTCCATCTTGCTTCTCTGTGGCTATCAAGAGACATCCTGTCTCTGGCTCGCTGATCT
TGTGTGCCCATTTGTCTCCAAGTGTGATCAGTGAGGAAGATGATGATGAACAGTCCACCA
CCATGTCAGAGGAGGTTGCAGCTTGTTCC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3A648JQ 823 0 0
C
CTCAAAAATTAGTTGATTAAACATACACAGTATGTATAGTCATGACTCACTGATATAAAC
CACTAGTTAAGAAACTCATTACATGAAAACAGAGCCAGTTTGAGGACCAATAAGCCCAAC
AACCTCATCCCAAAGACCATGACTTTGGACATCTGAACCAATCTCAACAACACTTGAGCT
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ACCACAATACCCATCAAAAAACCTCACCTCACTTCTTCCCACCAACTTCCTCTTCACCAT
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GAAAACTCCACTCTTCTCAACCTCGCTGTCCCCGCCGTTCCTATGACTCACGAGGAACAA
CCCTTCTTCCAAAGGTCCACCAAAGAAGAGTCTCTTGTCTGCAAACGTTCCCGCCATGTC
TAAAACCGCTGCTTTTGTCTCCTTGATTGACATAATCGATGGACGGTTGAGGATGACTCC
TACAGGACCTGAGGGTCCAACAGAGAGGATGAGGATCACTGTCTTTTCGAAGATGTGGAC
TCCATCTTGCTTCTCTGTGGCTATCAAGAGACATCCTGTCTCTGGCTCGCTGATCTTGTG
TGCCCATTTGTCTCCAAGTGTGATCAGTGAGGAAGATGATGATGAACAGTCCACCACCAT
GTCAGAGGAGGTTGCAGCTTGTTCCCCAGCTACGAGCCTTGCCCTGAACTCTTTCCAGTC
ATCTTCTGCTTTAGATTTGTTGACAAAATCCTTGAAGAGATC

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CCCACACTCTCTCTCGTCCCATAGTACAATCCTTCCATCACTTGTCTGAAAACTCCACTC
TTCTCAACCTCGCTGTCCCCGCCGTTCCTATGACTCACGAGGAACAACCCTTCTTCCAAA
GGTCCACCAAAGAAGAGTCTCTTGTCTGCAAACGTTCCCGCCATGTCTAAGACCGCTGCT
TTTGTCTCCTTGATTGACATAATCGATGGACGGTTGAGGATGACTCCTACAGGACCTGAG
GGTCCAACAGAGAGGATGAGGATCACTGTCTTTTCGAAGATGTGGACTCCATCTTGCTTC
TCTGTGGCTATCAAGAGACATCCTGTCTCTGGCTCGCTGATCTTGTGTGCCCATTTGTCT
CCAAGTGTGATCAGTGAGGAAGATGATGATGAACAGTCCACCACCATGTCAGAGGAGGTT
GCAGCTTGTTCCCCAGCTACGAGCCTTGCCCTGAACTCTTTCCAGTCATCTTCTGCTTTA
GATTTGTTGACAAAATCCTTGAAGAGATCAGTATTATCCTCCAGTGGCTTCCATGAATCC
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GAGATTGATCTTGAAGAAAGAAAACAAGCATCCATGTTCACTTTAGTTCCTCTGACTCTA
GCTCTCTCTCTGTTTTTTCTGTCTCCC

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DS 

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GTTCCCGCCATGTCTAAGACCGCTGCTTTTGTCTCCTTGATTGACATAATCGATGGACGG
TTGAGGATGACTCCTACAGGACCTGAGGGTCCAACAGAGAGGATGAGGATCACTGTCTTT
TCGAAGATGTGGACTCCATCTTGCTTCTCTGTGGCTATCAAGAGACATCCTGTCTCTGGC
TCGCTGATCTTGTGTGCCCATTTGTCTCCAAGTGTGATCAGTGAGGAAGATGATGATGAA
CAGTCCACCACCATGTCAGAGGAGGTTGCAGCTTGTTCCCCAGCTACGAGCCTTGCCCTG
AACTCTTTCCAGTCATCTTCTGCTTTAGATTTGTTGACACAATCCTTGAAGAGATCAGTA
TTATCCTCCAGTGGCTTCCATGAATCCGAAAGAGAACATTTTATAGAGATCGGAGCAGCA
ACCTTCCTGGTGAGAAACTGGCTGGAGTTTCTCTTGGGACAAGAAAAGACTCTGGTTTTG
ATGAAGGGGACAATCTCTTTAACACCAGAGATTGATCTTGAAGAAAGAAAACAAGCATCC
ATGTTCACTTTAGTTCCTCTGACTCTAGCTCTCTCTCTGTTTTTTCTGTCTCCC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 4

CO CL2839Contig1 1510 4 25 U
GGGGAGGTGGTTCCGTTTTCGCTCATCTTGTTCAAGCTCCTGAGGATGCTATTCTCGGGG
TGACAATTGCATATAACAAAGACCCTAGCCCAATTAAGCTTAATTTGGGAGTTGGTGCTT
ACCGTACTGAGGAGGGGAAACCTTTGGTTCTTAATGTTGTGAGGAAAGCTGAGCAGCAGC
TTATTAATGACAGGTCACGAATCAAGGAGTATCTTCCCATTGTTGGATTGGGTGAGTTCA
ACAAGTTAAGCGCTAAGCTCATATTAGGCGCTGACAGTCCTGCTATCCGGGAGAATCGTG
TTACAACCGTAGAGTGTTTGTCTGGTACTGGTTCCCTCAGAGTTGGAGGGGAGCTCTTGG
CCAGGCACTATCATCAGAAAACAATTTATATTCCTCAGCCAACATGGGGAAACCATCCGA
AAATTTTCACCTTGGCTGGTTTGTCAGTGAAAACTTACCGCTACTACGATCCATCAACAC
GTGGGTTGAACTTTCAAGGGTTATTAGAAGACCTTGGTGCTGCCCCACAGGGTTCTATAG
TACTTCTCCATGCCTGTGCTCACAACCCAACTGGTGTTGATCCAACCCTTGAACAATGGG
AGCAAATCAGGAAGTTGATGCGTTCCAAAGGATTGATGCCATTCTTCGATAGTGCTTATC
AGGGCTTTGCGAGTGGAAGTTTGGATACAGATGCGAAACCGATTAGGATGTTTGTTGCTG
ATGGAGGAGAATTGCTCGTTGCTCAGAGTTATGCAAAGAACATGGGACTCTATGGAGAAC
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AAGTGAAACTTGTAATAAGGCCAATGTACTCAAATCCTCCGATCCATGGTGCATCCATCG
TCGCTGTAATCCTCCGTGACAGGAACTTGTTCAACGAATGGACTTTAGAACTGAAAGCCA
TGGCTGATCGTATCATCAGCATGAGAAAGCAGCTCTTCGAGGCATTACGTGCTCGGGGGA
CCCCTGGAGACTGGACTCACATCATCAAACAGATCGGCATGTTCACCTTCACAGGGTTGA
ACCCAGCTCAAGTCTCCTACATGACTAAAGAGTACCACATCTACATGACATCCGACGGGA
GGATAAGCATGGCTGGTTTGAGCTCCAAGACTGTACCGCACCTTGCAGACGCTATCCACG
CCGTTGTTACCAAAGCCCTCTGAAAACATCTCACCACCACACTACGGTTGCATACATGGT
GATAATAAAGGATCTCACTTTCGTTTTTTTCAGCATTTCCGGCAGTGACAAGTTAAATGT
CATTATTATTATTTGTCATTTCATCTCAGTGGTTAATAAAGTAGGCAAGAGAGTTTTGTG
CCTCTTTTACTATTCACATTCTCAGTGTCGTAACTTTGTAGGCAGTAACCAACTTTAAAG
TTTTGGTTCTATCTTTTAAGGGTTCTAGCTTATGGAACCTAACATAGAATAAAAATATTG
TTATTGCCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK48TF U 1
AF RR3FV43TF U 220
AF RR3FV43JQ C 698
AF RR3EK48JQ C 797
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RD RR3EK48TF 678 0 0
GGGGAGGTGGTTCCGTTTTCGCTCATCTTGTTCAAGCTCCTGAGGATGCTATTCTCGGGG
TGACAATTGCATATAACAAAGACCCTAGCCCAATTAAGCTTAATTTGGGAGTTGGTGCTT
ACCGTACTGAGGAGGGGAAACCTTTGGTTCTTAATGTTGTGAGGAAAGCTGAGCAGCAGC
TTATTAATGACAGGTCACGAATCAAGGAGTATCTTCCCATTGTTGGATTGGGTGAGTTCA
ACAAGTTAAGCGCTAAGCTCATATTAGGCGCTGACAGTCCTGCTATTCGGGAGAATCGTG
TTACAACCGTAGAGTGTTTGTCTGGTACTGGTTCCCTCAGAGTTGGAGGGGAGTTCTTGG
CCAGGCACTATCATCAGAAAACAATTTATATTCCTCAGCCAACATGGGGAAACCATCCGA
AAATTTTCACCTTGGCTGGTTTGTCAGTGAAAACTTACCGCTACTACGATCCATCAACAC
GTGGGTTGAACTTTCAAGGTTTATTAGAAGACCTTGGTGCTGCCCCACAGGGTTCTATAG
TACTTCTCCATGCCTGTGCTCATAACCCAACTGGTGTTGATCCAACCCTTGAACAATGGG
AGCAAATCAG*AATTTGATGCGTTCCAAAGGATTGATGCCATTCTTCGATAGTGCTTATC
AGG*CTTTGCGAGTGGAA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3FV43TF 731 0 0
GC
GTTGGATTGGGTGAGTTCAACAAGTTAAGCGCTAAGCTCATATTAGGCGCTGACAGTCCT
GCTATCCGGGAGAATCGTGTTACAACCGTGGAGTGTTTGTCTGGTACTGGTTCCCTGAGA
GTTGGAGGGGAGCTTTTGGCTAGGCATTATCATCAGAAAACAATTTATATTCCTCAGCCA
ACATGGGGAAACCATCCGAAAATTTTCACCTTGGCTGGTTTGTCAGTGAAAACTTACCGC
TACTACGATCCATCAACACGTGGGTTGAACTTTCAAGGGTTGTTAGAAGACCTTGGTGCT
GCCCCACAGGGTTCTATAGTACTTCTCCATGCCTGTGCTCACAACCCAACTGGTGTTGAT
CCAACCCTTGAACAATGGGAGCAAATCAGGAAGTTGATGCGTTCCAAAGGATTGATGCCA
TTCTTTGATAGTGCTTATCAGGGCTTTGCGAGTGGAAGTTTGGATACAGATGCGAAACCG
ATTAGGATGTTTGTTGCTGATGGAGGAGAATTGCTCGTTGCTCAGAGTTATGCAAAGAAC
ATGGGACTCTATGGAGAACGTGTTGGAGCTCTCAGCATTGTATGCAAAGCAGCAGATGTG
GCGGGAAGAGTTGAAAGCCAAGTGAAACTTGTAATAAG*CCAATGTACTCAAATCCTCCG
ATCCATGGTGCATCCATCGTCGCTGTAATCCTCCGTGACAG*AACTTGTTCA*CGAATGG
ACTTT
GGAC

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR3FV43JQ 527 0 0
ACCGATTAGGATGTTTGTTGCTGATGGAGGAGAATTGCTCGTTGCTCAGAGTTATGCAAA
GAACATGGGACTCTATGGAGAACGTGTTGGAGCTCTCAGCATTGTATGCAAAGCAGCAGA
TGTGGCGGGAAGAGTTGAAAGCCAAGTGAAACTTGTAATAAGGCCAATGTACTCAAATCC
TCCGATCCATGGTGCATCCATCGTCGCTGTAATCCTCCGTGACAGGAACTTGTTCAACGA
ATGGACTTTGGAACTGAAAGCCATGGCTGATCGTATCATCAGCATGAGAAAGCAGCTCTT
CGAGGCATTACGTGCTCGGGGGACCCCTGGAGACTGGACTCACATCATCAAACAGATCGG
CATGTTCACCTTCACAGGGTTGAACCCAGCTCAAGTCTCCTACATGACTAAAGAGTACCA
CATCTACATGACATCCGACGGGAGGATAAGCATGGCTGGTTTGAGCTCCAAGACTGTACC
GCACCTTGCAGACGCTATCCACGCCGTTGTTACCAAAGCCCTCTGAA

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR3EK48JQ 714 0 0
CATTGTATGCAAAGCAGCAGATGTAGCGGGAAGAGTTGAAAGCCAACTGAAACTTGTAAT
AAGGCCAATGTACTCAAATCCTCCCATCCATGGTGCATCCATCGTCGCTGTAATCCTCCG
CGACAGGAACTTGTTCAACGAATGGACTTTAGAACTGAAAGCCATGGCTGATCGTATCAT
CAGCATGAGAAAGCAGCTCTTCGAGGCATTACGTTCTCGGGGGACGCCTGGAGACTGGAC
TCACATCATCAAACAGATCGGCATGTTCACCTTCACAGGGTTGAACCCAGCTCAAGTTTC
CTACATGACTAAAGAGTACCACATTTACATGACATCCGACGGGAGGATAAGCATGGCTGG
TTTGAGCTCCAAGACTGTACCGCACCTTGCAGACGCTATCCACGCCGTTGTTACCAAAGC
CCTCTGAAAACATCTCACCACCACACTACGGTTGCATACATGGTGATAATAAAGGATCTC
ACTTTCGTTTTTTTCAGCATTTCCGGCAGTGACAAGTTAAATGTCATTATTATTATTTGT
CATTTCATCTCAGTGGTTAATAAAGTAGGCAAGAGAGTTTTGTGCCTCTTTTACTATTCA
CATTCTCAGTGTCGTAACTTTGTAGGCAGTAACCAACTTTAAAGTTTTGGTTCTATCTTT
TAAGGGTTCTAGCTTATGGAACCTAACATAGAATAAAAATATTGTTATTGCCTT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 2 4

CO CL2840Contig1 820 2 3 U
CCGAGCGTATCAAGCTGCCATTTATATTATTACATCGATTAGGTTTGTTAAGTAAAAAGA
TTCGAATATGCAAGAGAGATATATATAAAAAGGAAATGAGAGAAGCTGCATAAAAATAAT
ATAACAAAAGAGAGATCTTCTTCTTCTGGACGAACATCACTCTTCTATTTCCCATAGGAA
CCTAGCGTACTCTCCAAGTATAATGCTGTCATTTGGAGAGGCTTCAACGGCCTTCTCGAA
ATAGAACAAGGCCTTCTCCTGGTCACCATTAATACTCCAAAACGCTTTCGCATATCTGCA
TAGCGTCTCTCCATCTTCTGTTTCAGACAACCTTGAGCTCCGTTTTTCCCCTCCCTCAGG
CTCAGAGCCTTCTCTTCCTTGCTGACTTCTGTCTCCGAAAGAGTCATCAACCTCATCGTC
ATCCTCAGCGTTTATCTCCCAGAGGAAACTAGCATATGCTCCAAGAACATCACTATCCTC
AGGAGATGCTTGAACAGCACGTTCAAAGTAGCTCAACGCTTTAGCTTCATCCCCGTGAAG
CTTCATAACCAATCTACCATAATTCGCTAAAGCTACTCCATCACTAGGCTCAACCACAGT
ACACTTATGATAATACTCTTCTACTCCATTAACATCTCCTTTGTACTCCAAGAAGCTGGC
ATAGTTTCTGAGAAGCAAAGGATGCAACGGATACTCCTCGAGCATCCTCTTGTAGTAATC
AACACGACTCTCATCGTCGAAACTCGTGAAATCGAATTTGATGATCTCACCACTACCATA
CAGATCGAACTTATCGATCCCAAGCCCTGCGGCTAAATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD18JQ U 21
AF RR3AV63JQ U 1
BS 1 367 RR3AV63JQ
BS 368 368 RR3GD18JQ
BS 369 820 RR3AV63JQ

RD RR3GD18JQ 659 0 0
TTTATATTATTACATCGATTAGGTTTGTTAAGTAAAAAGATTCGAATATGCAAGAGAGAT
ATATATAAAAAGGAAATGAGAGAAGCTGCATAAAAATAATATAACAAAAGAGAGATCTTC
TTCTTCTGGATGAACATCACTCTTCTATTTCCCATAGGAACCTAGCGTACTCTCCAAGTA
TAATGCTGTCATTTGGAGAGGCTTCAACGGCCTTCTCGAAATAGAACAAGGCCTTCTCCT
GGTCACCATTAATACTCCAAAACGCTTTCGCATATCTGCATAGCGTCTCTCCATCTTCTG
TTTCAGACAACCTTGAGCTCCGTTTTTCCCTTCCCTCAGGCTCAGAGCCTTCTCTTCCTT
GCTGACTTCTGTCTCCGAAAGAGTCATCAACCTCATCGTCATCCTCAGCGTTTATCTCCC
AGAGGAAACTAGCATATGCTCCAAGAACATCACTATCCTCAGGAGATGCTTGAACAGCAC
GTTCAAAGTAGCTCAACGCTTTAGCTTCATCCCCGTGAAGCTTCATAACCAATCTACCAT
AATTCGCTAAAGCTACTCCATCACTAGGCTCAACCACAGTACACTTATGATAATACTCTT
CTGCTCCATTAACATCTCCTTTGTACTCCAAGAAGCTGGCATAGTTTCTGAGAAGCA
GA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3AV63JQ 820 0 0
CCGAGCGTATCAAGCTGCCATTTATATTATTACATCGATTAGGTTTGTTAAGTAAAAAGA
TTCGAATATGCAAGAGAGATATATATAAAAAGGAAATGAGAGAAGCTGCATAAAAATAAT
ATAACAAAAGAGAGATCTTCTTCTTCTGGACGAACATCACTCTTCTATTTCCCATAGGAA
CCTAGCGTACTCTCCAAGTATAATGCTGTCATTTGGAGAGGCTTCAACGGCCTTCTCGAA
ATAGAACAAGGCCTTCTCCTGGTCACCATTAATACTCCAAAACGCTTTCGCATATCTGCA
TAGCGTCTCTCCATCTTCTGTTTCAGACAACCTTGAGCTCCGTTTTTCCCCTCCCTCAGG
CTCAGAGTCTTCTCTTCCTTGCTGACTTCTGTCTCCGAAAGAGTCATCAACCTCATCGTC
ATCCTCAGCGTTTATCTCCCAGAGGAAACTAGCATATGCTCCAAGAACATCACTATCCTC
AGGAGATGCTTGAACAGCACGTTCAAAGTAGCTCAACGCTTTAGCTTCATCCCCGTGAAG
CTTCATAACCAATCTACCATAATTCGCTAAAGCTACTCCATCACTAGGCTCAACCACAGT
ACACTTATGATAATACTCTTCTACTCCATTAACATCTCCTTTGTACTCCAAGAAGCTGGC
ATAGTTTCTGAGAAGCAAAGGATGCAACGGATACTCCTCGAGCATCCTCTTGTAGTAATC
AACACGACTCTCATCGTCGAAACTCGTGAAATCGAATTTGATGATCTCACCACTACCATA
CAGATCGAACTTATCGATCCCAAGCCCTGCGGCTAAATGC

QA 1 820 1 820
DS 



CO CL2840Contig2 739 2 19 U
GGATTGAATTTTGATACCAAAGTCGAAGACCTTAAGCTCAAGAGAGAGGAGAAAGATGCT
CAAGAGCGAGCCATCTCTCTCAATCTACTGCGGCGAATCCGTAGACGAGCTCAAAAAACC
CGAAGACCCGACGACTGGACTCGACGAGAATTTAGATAGAACGGTTTCGATCGGCGATTC
CGTTGAAGCCGACTTCAGCTTCGCTAAGCACAGCAGCAGCATCATCGATGATGCCTTGTC
GATCAAGGAAGAGGAGGACGAGAAAAGGTTTGAGATTGAGAGACCACCGAGTCCTCCTAT
GCATTTAGCCGCAGGGCTTGGGATCGATAAGTTCGATCTGTACGGTAGTGGTGAGATCAT
CAAATTCGATTTCACGAGTTTCCACGATGAGAGCCGTGGTGATTACTACAAGAGGATGCT
CGAGGAGTATCCGTTGCATCCTCTGCTTCTCAGAAACTATGCCAGCTTCTTGGAGTACAA
AGGAGATGTTAATGGAGCAGAAGAGTATTATCATAAGTGTACTGTGGTTGAGCCTAGTGA
TGGAGTAGCTTTAGCGAATTATGGTAGATTGGTTATGAAGCTTCACGGGGATGAAGCTAA
AGCGTTGAGCTACTTTGAACGTGCTGTTCAAGCATCTCCTGAGGATAGTGATGTTCTTGG
AGCATATGCTAGTTTCCTCTGGGAGATAAACGCTGAGGATGACGATGAGGTTGATGACTC
TTTCGGAGACAGAAGTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD18TF U 1
AF RR3AV63TF U 17
BS 1 30 RR3GD18TF
BS 31 31 RR3AV63TF
BS 32 108 RR3GD18TF
BS 109 109 RR3AV63TF
BS 110 158 RR3GD18TF
BS 159 159 RR3AV63TF
BS 160 362 RR3GD18TF
BS 363 363 RR3AV63TF
BS 364 373 RR3GD18TF
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BS 375 384 RR3GD18TF
BS 385 385 RR3AV63TF
BS 386 394 RR3GD18TF
BS 395 395 RR3AV63TF
BS 396 697 RR3GD18TF
BS 698 698 RR3AV63TF
BS 699 709 RR3GD18TF
BS 710 710 RR3AV63TF
BS 711 739 RR3GD18TF

RD RR3GD18TF 739 0 0
GGATTGAATTTTGATACCAAAGTCGAAGACTTTAAGCTCAAGAGAGAGGAGAAAGATGCT
CAAGAGCGAGCCATCTCTCTCAATCTACTGCGGCGAATCCGTAGACGATCTCAAAAAACC
CGAAGACCCGACGACTGGACTCGACGAGAATTTAGATATAACGGTTTCGATCGGCGATTC
CGTTGAAGCCGACTTCAGCTTCGCTAAGCACAGCAGCAGCATCATCGATGATGCCTTGTC
GATCAAGGAAGAGGAGGACGAGAAAAGGTTTGAGATTGAGAGACCACCGAGTCCTCCTAT
GCATTTAGCCGCAGGGCTTGGGATCGATAAGTTCGATCTGTACGGTAGTGGTGAGATCAT
CAGATTCGATTTCCCGAGTTTCCATGATGAGAGCTGTGGTGATTACTACAAGAGGATGCT
CGAGGAGTATCCGTTGCATCCTCTGCTTCTCAGAAACTATGCCAGCTTCTTGGAGTACAA
AGGAGATGTTAATGGAGCAGAAGAGTATTATCATAAGTGTACTGTGGTTGAGCCTAGTGA
TGGAGTAGCTTTAGCGAATTATGGTAGATTGGTTATGAAGCTTCACGGGGATGAAGCTAA
AGCGTTGAGCTACTTTGAACGTGCTGTTCAAGCATCTCCTGAGGATAGTGATGTTCTTGG
AGCATATGCTAGTTTCCTCTGGGAGATAAACGCTGAG*ATGACGATGAG*TTGATGACTC
TTTCGGAGACAGAAGTCAG

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3AV63TF 709 0 0
GG
AAAGTCGAAGACCTTAAGCTCAAGAGAGAGGAGAAAGATGCTCAAGAGCGAGCCATCTCT
CTCAATCTACTGCGGCGAATCCGTAGACGAGCTCAAAAAACCCGAAGACCCGACGACTGG
ACTCGACGAGAATTTAGATAGAACGGTTTCGATCGGCGATTCCGTTGAAGCCGACTTCAG
CTTCGCTAAGCACAGCAGCAGCATCATCGATGATGCCTTGTCGATCAAGGAAGAGGAGGA
CGAGAAAAGGTTTGAGATTGAGAGACCACCGAGTCCTCCTATGCATTTAGCCGCAGGGCT
TGGGATCGATAAGTTCGATCTGTATGGTAGTGGTGAGATCATCAAATTCGATTTCACGAG
TTTCGACGATGAGAGTCGTGTTGATTACTACAAGAGGATGCTCGAGGAGTATCCGTTGCA
TCCTTTGCTTCTCAGAAACTATGCCAGCTTCTTGGAGTACAAAGGAGATGTTAATGGAGT
AGAAGAGTATTATCATAAGTGTACTGTGGTTGAGCCTAGTGATGGAGTAGCTTTAGCGAA
TTATGGTAGATTGGTTATGAAGCTTCACGGGGATGAAGCTAAAGCGTTGAGCTACTTTGA
ACGTGCTGTTCAAGCATCTCCTGAGGATAGTGATGTTCTTGGAGCATATGCTAGTTTCCT
CTGGGAGATAAACGCTGAGGATGACGATGAGGTTGATGACTCTTTCG

QA 3 709 3 709
DS 



AS 1 3

CO CL2841Contig1 1406 3 9 U
GAATCCAAACCACACACTATTTCTGAGACATCTCCAGTTGTTTTTACAGTTGAGGTCAGT
TTTCATGGAAAGATTTTTACTACAGAACAAAGACAAAACAAGACCAAAATCAGATGTGTA
CATAGAATAATTAATTAATGCTCATAACTCATAAGAGTCTTCTTCGATTTGCTACTAGCA
GACGAGCGACAAGGTGAGGGATGGAGACGTGGGGATATGCGTGCAAGATGCCCATCGGAT
TATCGACTCAGTGACTGCAACATTCACCACCAACTGGTCTAGCTCACCTATTCCTATGGT
CCTGTTTCTTTTGCTGTTCAGACCTAATATTCTTGACCAGTTTCCTCTTTCCCTTCTTGT
CTCTGACTTTCCTGCTGCTGCTTCTGTCTGACTCTCACCTTCTTCCTCACGCCTCTCAAG
TTGCGAGGAAGAATCTGGTGAAGGCAGCAACCTCTTTGGGCTTGAGTCTGTTTCATGAGT
GTTGTTGTTCTGTGTCGTTGCCGGACTCGGACTAAAAAAGGTAAAGCTTGGCATAGATGG
GACACCACTTGATGGAAAGCCAACAGAGGTTGATTCAGGTTGTTCACCACCAAAAGAAAA
CCCACCAAAAACACAAGTTGGCGCTACGTTGTTGCTGCTAACCGCAGGTAAGAAAGAGGA
GAATGAAGATCTACAATCGTTATCTATCGATTCCTCCAACTGCCCCATGCTAAAGCTATA
GTCTTGTTCCCTAGAAACATACTCTGTGGAGAAAGAGCATCCACCATTCTCCAACCCTTC
ACATCCAAACCCATCTTGATCATATTCTTCTTGTCCTGACTCAGATAACTCCTCCATCCA
TGAGTGAGCTAACACATCATCAGCTGTTAACCTTTGGGAAGGATCAACACAAAGCATCTC
ACGGATCAAATCCTTGGCGTATGAAGTTATATGGTCCCATGGCTCACCAGAAAACCTCAA
ATCTGCGGCCCTGACAGCATCAAAAATCTTTGACTTAGTCTTTCCCCAAAAGGGAGGCAC
TCCACTGAGAAGTATGTACAAAATAACCCCTGCACTCCATACATCAGCAGCTTGGTTATA
TCCCCCTGATAACACTTCCGGTGCTATATAAAACGGACTACCAACCGTCCCGTTTAACTT
CTCTCCGGGCTTGATATAGGTTGCCAAACCAAAATCAGCCAATTTGATAGGAGATGATGA
AGACACAGTGGCCATGAGAACGTTCTCAGGTTTCAAGTCCCTGTGGACAATACCATTATC
ATGACAAAACTTGACCACTTGCATCAAATGCTTGAAGAGCACCCTGGCACGGACCTCAGA
GTACCTTCCATACTTCTCAAGCTTGTGAAAAAGCTCACCGCCTGCGCAAAGCTCCATCAC
AAGATGCACATGGTCCTCCTCCTCGC


BQ
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GTCTT

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AGAATAATTAATTAATGCTCATAACTCATAAGAGTCTTCTTCGATTTGCTACTAGCAGAC
GAGCGACAAGGTGAGGGATGGAGACGTGGGGATATGCGTGCAAGATGCCCATCGGATTAT
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GTTTCTTTTGCTGTTCAGACCTAATATTCTTGACCAGTTTCCTCTTTCCCTTCTTGTCTC
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GTTGTTCTGTGTCGTTGCCGGACTCGGACTAAAAAAGGTAAAGCTTGGCATAGATGGGAC
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GTGAGCTA*CACATCATCAGCTGT

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DS 

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TGACTTAGTCTTTCCCCAAAAGGGAGGCACTCCACTGAGAAGTATGTACAAAATAACCCC
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AAACGGACTACCAACCGTCCCGTTTAACTTCTCTCCGGGCTTGATATAGGTTGCCAAACC
AAAATCAGCCAATTTGATAGGAGATGATGAAGACACAGTGGCCATGAGAACGTTCTCAGG
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CTTGAAGAGCACCCTGGCACGGACCTCAGAGTACCTTCCATACTTCTCAAGCTTGTGAAA
AAGCTCACCGCCTGCGCAAAGCTCCATCACAAGATGCACATGGTCCTCCTCCTCGC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 4

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GAGTATCCTTCTCTCTTCTAACAGTGATCATTGTGATGTTCTCTTCCTGTAAAGCTGATT
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CTTTCCTAAGCCCATATTTGCAATCAATCGGATCGGATTTTCGACACGGTGCAAACTTTG
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CTTTCTCACTTGCTATTCAGCTAAATCAGATGAAACAATTTAAGGTTAGAGTCGACGAGT
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CGCTTTATACGTTTTATATCGGCCAAAACGATTTCACCTCCAATTTAGCTTCCATTGGAG
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TCGGAAATTCTTCTGTGACGGCCAAGGCTTGCCGTGATCCGCAAAACTATGTGAGTTGGG
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CTTTTGTCTTATACTTTCACATGCAAGTACTTTTGGGTTTAAAGCTAGTCTATATAATAA
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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CR57TF U 1
AF RR3AW88TF U 206
AF RR3AW88JQ C 552
AF RR3CR57JQ C 558
BS 1 287 RR3CR57TF
BS 288 288 RR3AW88TF
BS 289 770 RR3CR57TF
BS 771 1029 RR3AW88JQ
BS 1030 1030 RR3CR57JQ
BS 1031 1320 RR3AW88JQ

RD RR3CR57TF 770 0 0
GGGACACACTCGCAAACATTTGGCTCAAAGTGAGAGAAATGGGTTATGTTCTAAATAGAA
GAGTATCCTTCTCTCTTCTAACAGTGATCATTGTGATGTTCTCTTCCTGTAAAGCTGATT
CAAAATGTGAATTCAAGGCAATTTTTAATTTCGGAGATTCCAACTCTGACACTGGAGGAT
TTTGGGCTGCTTTTCCGGCTCAGTCCGGTCCATGGGGTATGACTTATTTCAAGAAACCGG
TCGGTCGTGCTTCAGACGGCCGTCTCATCATTGATTTTTTGGCGGAATCTCTTGGGATGC
CTTTCCTAAGCCCATATTTGCAATCAATCGGATCGGATTTTCGACACGGTGCAAACTTTG
CGACCTTAGCGTCGACGGTTCTTTTGCCAAACACGTCCTTGTTCGTCTCCGGGATCAGTC
CTTTCTCACTTGCTATTCAGCTAAATCAGATGAAACAATTTAAGGTTAGAGTCGACGAGT
TCCATTCCTCGGACCTACCAGGGTTGCATATCCTACCGCCTAGCAATATTTTCGGAAAAT
CGCTTTATACGTTTTATATCGGCCAAAACGATTTCACCTCCAATTTAGCTTCCATTGGAG
TGGATGGTGTAAAACAGTATCTTCCACAAGTCATTAGCCAAATTGCTGGAACCATTAAAG
AGATATATGGAATAGGTGGTCGGACATTTTTGGTACTGAATTTAGCACCGGTTGGATGTT
ACCCGGCGATATTAACCGGTTACACTCATTCCAATTCGGATTTAGACAAA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3AW88TF 546 0 0
CGGTCCATGGGGTATGACTTATTTCAAGAAACCGGTCGGTCGTGCTTCAGACGGCCGTCT
CATCATTGATTTTTTGGCGGAACCTCTTGGGATGCCTTTCCTAAGCCCATATTTGCAATC
AATCGGATCGGATTTTCGACACGGTGCAAACTTTGCGACCTTAGCGTCGACGGTTCTTTT
GCCAAACACGTCCTTGTTCGTCTCCGGGATCAGTCCTTTCTCACTTGCTATTCAGCTAAA
TCAGATGAAACAATTTAAGGTTAGAGTCGACGAGTTCCATTCCTCGGACCTACCAGGGTT
GCATATCCTACCGCCTAGCAATATTTTCGGAAAATCGCTTTATACGTTTTATATCGGCCA
AAACGATTTCACTTCCAATTTAGCTTCCATTGGAGTGGATGGTGTAAAACAGTATCTTCC
ACAAGTCATTAGCCAAATTGCTGGAACCATTAAAGAGATATATGGAATAGGTGGTCGGAC
ATTTTTGGTACTGAATTTAGCACCGGTTGGATGTTACCCGGCGATATTAACCGGTTACAC
TCATTC

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3AW88JQ 769 0 0
TTTTAT
ATCGGCCAAAACGATTTCACTTCCAATTTAGCTTCCATTGGAGTGGATGGTGTAAAACAG
TATCTTCCACAAGTCATTAGCCAAATTGCTGGAACCATTAAGGAGATATATGGAATAGGT
GGTCGGACATTTTTGGTACTGAATTTAGCACCGGTTGGATGTTACCCGGCGATATTAACC
GGTTACACTCATTCCAATTCGGATTTAGACAAATTCGGATGTCTCATTCCAGTAAACAAA
GCTGTCGAATATTACAATTCATTATTGAAGAAGACATTATCTGAGACAAGAACCGAATTG
AAAAACGCTGCCATTATATATTTAGACACTCACAAAACACTGCTCGACCTTTTTCAACAC
CCCAAATCCTATGGTATGAAACACGGTATTAAAGCTTGTTGTGGGTACGGTGGACGCCCG
TACAACTTCAATCAGAAGTTATTTTGCGGCACCACAAAAGTGATCGGAAATTTTTCTGTG
ACGGCCAAGGCTTGCCGTGATCCGCAAAACTATGTGAGTTGGGACGGAATTCACGCTACG
GAGGCTGCAAACCACCGCATTTTGACGGCCATTCTCGATGGCTCGATATCATCTCCTCCT
TTTGTGCTCAACCACATGTGTCCGTCTGTTTAGCAATCTTATTCTTTTGTCTTATACTTT
CACATGCAAGTACTTTTGGGTTTAAAGCTAGTCTATATAATAAGGCATGAACACTATTGT
AAATCAATAGTATATAATGCAATCTCCTAACATCCACGTTGTT

QA 7 769 7 769
DS 

RD RR3CR57JQ 755 0 0
ATCGGCCAAAACGATTTCACCTCCAATTTAGCTTCCATTGGAGTGGATGGTGTAAAACAG
TATCTTCCACAAGTCATTAGCCAAATTGCTGGAACCATTAAGGAGATATATGGAATAGGT
GGTCGGACATTTTTGGTACTGAATTTAGCACCGGTTGGATGTTACCCGGCGATATTAACC
GGTTACACTCATTCCAATTCGGATTTAGACAAATTCGGATGTCTCATTCCAGTAAACAAA
GCTGTCGAATATTACAATTCATTATTGAAGAAGACATTATTTGAGACAAGAACCGAATTG
AAAAACGCTGCCATTATATATTTAGACACTCACAAAACACTGCTCGACCTTTTTCAACAC
CCCAAATCCTATGGTATGAAACACGGTATTAAAGCTTGTTGTGGGTACGGTGGACGCCCG
TACAACTTCAATCAGAAGTTATTTTGCGGCACCACAAAAGTGATCGGAAATTCTTCTGTG
ACGGCCAAGGCTTGCCGTGATCCGCAAAACTATGTGAGTTGGGACGGAATTCACGCTACG
GAGGCTGCAAACCACCGCATTTTGACGGCCATTCTCGATGGCTCGATATCATCTCCTCCT
TTTGTGCTCAACCACATGTGTCCGTCTGTTTAGCAATCTTATTCTTTTGTCTTATACTTT
CACATGCAAGTACTTTTGGGTTTAAAGCTAGTCTATATAATAAGGCATGAACACTATTGT
AAATCAATAGTATATAATGCAATCTCCTAACATCC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 4

CO CL2843Contig1 548 4 6 U
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AGACTTATTCGAAGACACATTAAACACACACACAGACACAGTACAACATGGCACTGTAAG
AAATATTAGACAGAAAGAAACAAACACGAGAAAATTTTCGAAAAGAAGAAAAAAGAAACA
AACACGATGAGAAGAGACGAGACGGCGGATTGAAGATTCGAGTTATGAGAATCGATTGAG
ATGGATAAATCAGCAGTGTCTGGTACAGTAGCAACGACGACGGAACCCACGGCATTTACC
TCCATGAAAACCTTCGTTGTGGCACACATTTGCGCAATTGTGTCCGCTCACACAAGGACC
CCGGAACTTATGGCTCTTCGACTCACACGTGCGTGCCTCCACGGTGACTGGACCCATCCC
TGAAGCGACGAATATCATAAACATGAGGAGAACAGCTGAGACCAAACGCAAAGAAAGCTT
CATTTTGCGAGAGAGGAAGAAAGTTTAAGAGAGAGCGAGAGTTGGAAGGAAACAATTGTT
AAGTGTCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3AG15TF C 1
AF RR3D578JQ U 11
AF RR3D578TF C 11
AF RR3AG15JQ U 200
BS 1 10 RR3AG15TF
BS 11 344 RR3D578JQ
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BS 363 363 RR3AG15JQ
BS 364 548 RR3D578JQ

RD RR3AG15TF 548 0 0
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AGACTTATTCGAAGACACATTAAACACACACACAGACACAGTACAACATGGCACTGTAAG
AAATATTAGACAGAAAGAAACAAACACGAGAAAATTTTCGAAAAGAAGAAAAAAGAAACA
AACACGATGAGAAGAGACGAGACGGCGGATTGAAGATTCGAGTTATGAGAATCGATTGAG
ATGGATAAATCAGCAGTGTCTGGTACAGTAGCAACGACGACGGAACCCACGGCATTTACC
TCCATGAAAACCTTCGTTGTGGCACACATTTGCGCAATTGTGTCCGCTCACACAAGGACC
CCGGAACTTATGGCTCTTCGACTCACACGTGCGTGCCTCCACGGTGACTGGACCCATCCC
TGAAGCGACGAATATCATAAACATGAGGAGAACAGCTGAGATCAAACGCAAAGAAAGCTT
CATTTTGCGAGAGAGGAAGAAAGTTTAAGAGAGAGCGAGAGTTGGAAGGAAACAATTGTT
AAGTGTCC

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3D578JQ 538 0 0
AAAAACATTAGAATTTAACATTACAATAAAACGAAAAACACACAAAACAAAGACTTATTC
GAAGACACATTAAACACACACACAGACACAGTACAACATGGCACTGTAAGAAATATTAGA
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GAAGAGACGAGACGGCGGATTGAAGATTCGAGTTATGAGAATCGATTGAGATGGATAAAT
CAGCAGTGTCTGGTACAGTAGCAACGACGACGGAACCCACGGCATTTACCTCCATGAAAA
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AATATCATAAACATGAGGAGAACAGCTGAGACCAAACGCAAAGAAAGCTTCATTTTGCGA
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QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3D578TF 538 0 0
AAAAACATTAGAATTTAACATTACAATAAAACGAAAAACACACAAAACAAAGACTTATTC
GAAGACACATTAAACACACACACAGACACAGTACAACATGGCACTGTAAGAAATATTAGA
CAGAAAGAAACAAACACGAGAAAATTTTCGAAAAGAAGAAAAAAGAAACAAACACGATGA
GAAGAGACGAGACGGCGGATTGAAGATTCGAGTTATGAGAATCGATTGAGATGGATAAAT
CAGCAGTGTCTGGTACAGTAGCAACGACGACGGAACCCACGGCATTTACCTCCATGAAAA
CCTTCGTTGTGGCACACATTTGCGCAATTGTGTCTGCTCACACAAGGACCCCTGAACTTA
TGGCTCTTCGACTCACACGTGCGTGCCTCCACGGTGACTGGACCCATCCCTGAAGCGACG
AATATCATAAACATGAGGAGAACAGCTGAGACCAAACGCAAAGAAAGCTTCATTTTGCGA
GAGAGGAAGAAAGTTTAAGAGAGAGCGAGAGTTGGAAGGAAACAATTGTTAAGTGTCC

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3AG15JQ 349 0 0
AGACGGGGGATTGAAGATTCGAGTTATGAGAATCGATTGAGATGGATAAATCAGCAGTGT
CTGGTACAGTAGCAACGACGACGGAACCCACGGCATTTACCTCCATGAAAACCTTCGTTG
GGGCACACATTTGCGCAATTGTGTCCGCTCACACAAGGACCCCGGAACTTATGGCTCTTC
GACTCACACGTGCGTGCCTCCACGGGGACTGGACCCATCCCTGAAGCGACGAATATCATA
AACATGAGGAGAACAGCTGAAATCAAACGCAAAGAAAGCTTCATTTTGCGAGAGAGGAAG
AAAGTTTAAGAGAGAGCGAGAGTTGGAAGGAAACAATTGTTAAGTGTCC

QA 1 349 1 349
DS 



AS 1 4

CO CL2844Contig1 863 4 8 U
GGAACATTTTCTAGATCTTTCCACAACTTACATTTGCAACTCTTAAATCGTCAAAGGCCA
TCTACTCCATCAGTTAGTATCTATCCTCCATTCTTTTGTTTCCTATGGCGACAGAACAAG
AAGCTGAAGTTGTAAGAGAGACTTCCTCTGTTTCCGCAAGATTTCTAAGAAACAGAGACT
TGTACCCCTTCTTGCCTTTCCTCTTAGGCTTTTCTGATCAAGATTCATCACATGGAGACG
ACGACGTTGCTTCGACGCGTGACCGTATCATTCTGGTCAACCCTTTTACGCAAGGAATGA
TCGTCCTCGAGGAGTCATCGGGATTGAATCCTCTGCTTCGCGGCTTATTTGAATCACGTG
AGGAAGGTCATCCTCCAGCGTCCAAGGCTTCCATCGACGCGATGCCTAACGTTGATGTCG
TTAGCTGTGTAGGAGAGTGTGTGATTTGTCTAGAGGAATGGAAGGCGGAGGAGACGGTGA
AGGAGATGCCGTGTAAGCATAAATTTCATGGAGGATGCATAGAGAAATGGTTAGGGCTTC
ATGGGTCGTGTCCTGTTTGCAGGTACGAAATGCCTGTTGATAGAGATGAGGTTGGAAAGA
AAAGTAATGATGGAAGAGAGATTTGGGTTAGGTTTAGTTTCAACGGTGGTGGTCGGAGTG
TTAGAGAATCTTCTGGTCATGAAGATGGAAACAGTGACGGTGATGGTAACACTGTTACAT
CTGGCGGCACCAGACCTGTTCTTGAGTCCGAGAATTAGGGTTACAAAAGAAGGAACTTGT
TGCCACTCTTTTGGTCCCTTTGTTTTATGTTTTGTTTCTTGAATTCTTGTATCATAATGA
AATGGAACAATTTCTTCTTTTCC


BQ
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AF RR3GP09TF U 1
AF RR3B651TF U 274
AF RR3GP09JQ C 301
AF RR3B651JQ C 335
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CT

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DS 

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G
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ATGGGTCGTGTCCTGTTTGTAGGTACGAAATGCCTGTTGATAGAGATGAGGTTGGAAAGA
AAAGTAATGATGGAAGAGAGATTTGGGTTAGGTTTAGTTTCAACGGTGGTGGTCGGAGTG
TTAGAGAATCTTCTGGTCATGAAGATGGAAACAGTGACGGTGATGGTAACACTGTTACAT
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AATGGAACAATTTCTTCTTTTCC

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CGACGCGATGCCTAACGTTGATGTCGTTAGCTGTGTAGGAGAGTGTGTGATTTGTCTAGA
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TGTTGATAGAGATGAGGTTGGAAAGAAAAGTAATGATGGAAGAGAGATTTGGGTTAGGTT
TAGTTTCAACGGTGGTGGTCGGAGTGTTAGAGAATCTTCTGGTCATGAAGATGGAAACAG
TGACGGTGATGGTAACACTGTTACATCTGGCGGCACCAGACCTGTTCTTGAGTCCGAGAA
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TTTCTTGAATTCTTGTATCATAATGAAATGGAACAATTTCTTCTTTTCC

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 4

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GTTTGAATCACGTTGAAAAGGCGATAAGAAACGTGTTCTCTAAGGAATCATTTCGTGATT
GTGCTTTGATATCTGTGCATTAGATTTAAAATCTCGAAAGCACTCTTCTTCCATGGAGGT
TCAACCCGAAATGGAGCCCAGCTCGTCCATTAGTTTAATCGCACCTGTTTCATATGGCAT
TGCTTCAATGGCTATGGTCTTTATCAACAAAGCTGTCATCATGCAGTATCCACACTCCAT
GACTGTTCTTACACTACAGCAATTGGCTACTTCTTTGCTTATACACTGTGGAAGACGGAT
GGGATACACAAGAGCCAGAGGAATCGATTTGGCCACGGCGAAAAAGCTTCTTCCCATTTC
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TATGTATATCGCAATCAAGAGGCTTACTCCACTTGCTGTTTTGATTGCTGGTTATCTCTT
TGGTAAAGGCGGCAAACCAACAACTCAGGTTGCTCTATCTGTACTACTGACGGCTGCAGG
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AACATCTGTCTTTTTCCAGACCATGTACCTCGTGCTGGTGGAGAAGTCTGGTGCAGAAGA
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TTCTTACTTGCCGTTCTTGGTGCTGCTTGTTCTTTCACTTGTTATGGGCATTGTCCTCAA
CTTCACCATGTTTCTTTGCACCATTGTGAACTCTGCACTAACAACAACCATCGTTGGTGT
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AAAATGAGAATTTCTGGTCCGATTCGGTTTGCACACCAAAAAATAAATTTTATACTGCTC
AGAATATTCAAATATATAAAACCATGGATGTTACGTTAGTCTTAATTGATTAAAAAAGTT
T


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3C575TF U 1
AF RR3D642TF U 178
AF RR3D642JQ C 356
AF RR3C575JQ C 633
BS 1 621 RR3C575TF
BS 622 622 RR3D642TF
BS 623 658 RR3C575TF
BS 659 880 RR3D642TF
BS 881 1177 RR3D642JQ
BS 1178 1201 RR3C575JQ

RD RR3C575TF 658 0 0
GTTTGAATCACGTTGAAAAGGCGATAAGAAACGTGTTCTCTAAGGAATCATTTCGTGATT
GTGCTTTGATATCTGTGCATTAGATTTAAAATCTCGAAAGCACTCTTCTTCCATGGAGGT
TCAACCCGAAATGGAGCCCAGCTCGTCCATTAGTTTAATCGCACCTGTTTCATATGGCAT
TGCTTCAATGGCTATGGTCTTTATCAACAAAGCTGTCATCATGCAGTATCCACACTCCAT
GACTGTTCTTACACTACAGCAATTGGCTACTTCTTTGCTTATACACTGTGGAAGACGGAT
GGGATACACAAGAGCCAGAGGAATCGATTTGGCCACGGCGAAAAAGCTTCTTCCCATTTC
CATCTTCTACAATGCTAACGTTGCATTTGCTCTTGCAAGCTTGAAAGGAGTCAATATTCC
TATGTATATCGCAATCAAGAGGCTTACTCCACTTGCTGTTTTGATTGCTGGTTATCTCTT
TGGTAAAGGCGGCAAACCAACAACTCAGGTTGCTCTATCTGTACTACTGACGGCTGCAGG
TTGTGTAATTGCAGCTCTTGGAGATTTTTCTTTTGATCTTTTCGGGTATGGTTTGGCTTT
AACATCTGTCTTTTTCCAGAC*ATGTACCTCGTGCTGGTGGAGAAGTCTGGTGCAGAA

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3D642TF 715 0 0
G
ATTGCTTCAATGGCTATGGTCTTTATCAACAAAGCTGTCATCATGCAGTATCCACACTCC
ATGACTGTTCTTACACTACAGCAATTGGCTACTT**TTGCTTATACACTGTGGAAGACGG
ATGGGATACACAAGAGCCAGAGGAATCGATTTGGCCACGGCGAAAAAGCTTCTTCCCATT
TCCATCTTCTACAATGCTAACGTTGCATTTGCTCTTGCAAGCTTGAAAGGAGTCAATATT
CCTATGTATATCGCAATCAAGAGGCTTACTCCACTTGCTGTTTTGATTGCTGGTTATCTC
TTTGGTAAAGGCGGCAAACCAACAACTCAGGTTGCTCTATCTGTACTACTGACGGCTGCA
GGTTGTGTAATTGCAGCTCTTGGAGATTTTTCTTTTGATCTTTTCGGGTATGGTTTGGCT
TTAACATCTGTCTTTTTCCAGACCATGTACCTCGTGCTGGTGGAGAAGTCTGGTGCAGAA
GACGGGCTTTCCTCGATCGAGATAATGTTCTATAACAGCTTCCTTTCCCTCCCATTCTTG
TCCTTCCTCATCATAGTTACTGGCGAATTCCCAAACTCTATGTCGTTACTACTTGCAAAG
TGTTCTTACTTGCCGTTCTTGGTGCTGCTTGTTCTTTCACTTGTTATGGGCATTGTCCTC
AACTTCACCATGTTTCTTTGCACCATTGTGAACTCTGCACTA
CACAACCATCGT

QA 2 703 2 703
DS 

RD RR3D642JQ 822 0 0
ATTTCCATCTTCTACAATGCTAACGTTGCATTTGCTCTTGCAAGCTTGAAAGGAGTCAAT
ATTCCTATGTATATCGCAATCAAGAGGCTTACTCCACTTGCTGTTTTGATTGCTGGTTAT
CTCTTTGGTAAAGGCGGCAAACCAACAACTCAGGTTGCTCTATCTGTACTACTGACGGCT
GCAGGTTGTGTAATTGCAGCTCTTGGAGATTTTTCTTTTGATCTTTTCGGGTATGGTTTG
GCTTTAACATCTGTCTTTTTCCAGACCATGTACCTCGTGCTGGTGGAGAAGTTTGGTGCA
GAAGACGGGCTTTCCTCGATCGAGATAATGTTCTATAACAGCTTCCTTTCCCTCCCATTC
TTGTCCTTCCTCATCATAGTTACTGGCGAATTCCCAAACTCTATGTCGTTACTACTTGCA
AAGTGTTCTTACTTGCCGTTCTTGGTGCTGCTTGTTCTTTCACTTGTTATGGGCATTGTC
CTCAACTTCACCATGTTTCTTTGCACCATTGTGAACTCTGCACTAACAACAACCATCGTT
GGTGTCCTCAAAGGCGTTGGTTCCACCACGCTCGGTTTTGTCCTCTTGGGTGGTGTTGAA
GTGCATGCTCTGAACGTGTCCGGTTTGGTGGTCAACACAGCTGGTGGTGTGTGGTACTCT
TATGCCAAGTACCGGCAGAAAAAGGCTAAACCGGCTAAGACATTGTCTGATTTGGAAGCT
CATAAAAAATGAGAATTTCTGGTCCGATTCGGTTTGCACACCAAAAAATAAATTTTATAC
TGCTCAGAATATTCAAATATATAAAACCATGGATGTTACGTT

QA 1 822 1 822
DS 

RD RR3C575JQ 569 0 0
TGCTGGTGGAGAAGTCTGGTGCAGAAGACGGGCTTTCCTCGATCGAGATAATGTTCTATA
ACAGCTTCCTTTCCCTCCCATTCTTGTCCTTCCTCATCATAGTTACTGGCGAATTCCCAA
ACTCTATGTCGTTGCTACTTGCAAAGTGTTCTTACTTGCCGTTCTTGGTGCTGCTTGTTC
TTTCACTTGTTATGGGCATTGTCCTCAACTTCACCATGTTTCTTTGCACCATTGTGAACT
CTGCACTAACAACAACCATCGTTGGTGTCCTCAAAGGCGTTGGTTCCACCACGCTCGGTT
TTGTCCTCTTGGGTGGTGTTGAAGTGCATGCTCTGAACGTGTCCGGTTTGGTGGTCAACA
CAGCTGGTGGTGTGTGGTACTCTTATGCCAAGTACCGGCAGAAAAAGGCTAAACCGGCTA
AGACATTGTCTGATTTGGAAGCTCATAAAAAATGAGAATTTCTGGTCCGATTCGGTTTGC
ACACCAAAAAATAAATTTTATACTGCTCAGAATATTCAAATATATAAAACCATGGATGTT
ACGTTAGTCTTAATTGATTAAAAAAGTTT

QA 1 569 1 569
DS 



AS 2 4

CO CL2846Contig1 662 2 3 U
GGACGCAGTGCCCTAATTTCGGCCGGAGAAAGAACAAAGTTTTTCAAACTTCGGGCTTGG
GGTTAACGATGTCGTACGACGATGTGGAGATAGAGGACATGGAGTGGAACGAAGAGATGA
AGGCGTACACGTACCCTTGCCCCTGTGGCGATCTGTTCCAGATCACCAAGGAGGATCTCC
GTCTCGGCGAAGAGATCGCGAATTGCCCAAGCTGCTCCCTCTATATCACCGTCATCTACA
ACATGTAGGATTTTCAGAACGATACCAAGAAGAATAATAACCAGCCTAAAAGCAGCCAAC
CAGTCGCCGTCACCGTCGCTTGAGATTGTGATGGAATCGATTAGAAAAGATTGTTCAAGA
GCAGTAGGAGAGAGATCGCATTGCTGTTGCGGAATAGTTTTGGATATCATATATGAAAGT
GTGTTGTCACCATTCCTAGATTAGGTGGTTTTGATACTAACAAGGAAACAGAGGTTTGTC
TTGCTGCTTGTGTATGATTATTGAAACCCAATTCATGGTGTTTTCTTACACGTTTTGATC
CGATATTATTTTGAAACTGATTGGTTTGGAAAAGGATTGTACGGCTACATTGCCTTTTCT
TTTCTTGGCTGTTTTGGAGTTTGAGATGAGGAAGCTGAATGATAAAACACAGCTTTGTCA
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3G535TF U 40
AF RR3G535JQ C 1
BS 1 42 RR3G535JQ
BS 43 337 RR3G535TF
BS 338 662 RR3G535JQ

RD RR3G535TF 298 0 0
TTT
TTCAAACTTCGGGCTTGGGGTTAACGATGTCGTACGACGATGTGGAGATAGAGGACATGG
AGTGGAACGAAGAGATGAAGGCGTACACGTACCCTTGCCCCTGTGGCGATCTGTTCCAGA
TCACCAAGGAGGATCTCCGTCTCGGCGAAGAGATCGCGAATTGCCCAAGCTGCTCCCTCT
ATATCACCGTCATCTACAACATGTAGGATTTTCAGAACGATACCAAGAAGAATAATAACC
AGCCTAAAAGCAGCCAACCAGTCGCCGTCACCGTCGCTTGAGATTGTGATGGAAT

QA 4 298 4 298
DS 

RD RR3G535JQ 662 0 0
GGACGCAGTGCCCTAATTTCGGCCGGAGAAAGAACAAAGTTTTTCAAACTTCGGGCTTGG
GGTTAACGATGTCGTACGACGATGTGGAGATAGAGGACATGGAGTGGAACGAAGAGATGA
AGGCGTACACGTACCCTTGCCCCTGTGGCGATCTGTTCCAGATCACCAAGGAGGATCTCC
GTCTCGGCGAAGAGATCGCGAATTGCCCAAGCTGCTCCCTCTATATCACCGTCATCTACA
ACATGTAGGATTTTCAGAACGATACCAAGAAGAATAATAACCAGCCTAAAAGCAGCCAAC
CAGTCGCCGTCACCGTCGCTTGAGATTGTGATGGAATCGATTAGAAAAGATTGTTCAAGA
GCAGTAGGAGAGAGATCGCATTGCTGTTGCGGAATAGTTTTGGATATCATATATGAAAGT
GTGTTGTCACCATTCCTAGATTAGGTGGTTTTGATACTAACAAGGAAACAGAGGTTTGTC
TTGCTGCTTGTGTATGATTATTGAAACCCAATTCATGGTGTTTTCTTACACGTTTTGATC
CGATATTATTTTGAAACTGATTGGTTTGGAAAAGGATTGTACGGCTACATTGCCTTTTCT
TTTCTTGGCTGTTTTGGAGTTTGAGATGAGGAAGCTGAATGATAAAACACAGCTTTGTCA
CC

QA 1 662 1 662
DS 



CO CL2846Contig2 712 2 4 U
GGACATACGCTGTGCCCTAATTTCCGCCGGAGAAGGAACAAAGTTTGTTCAAACTTGCGG
CTTGGGGTTAGCGATGTCGTACGACGATGTGGAGATAGAGGACATGGAGTGGAACGAAGA
GATGAAGGCGTACACGTACCCTTGCCCATGTGGCGATCTGTTCCAGATCACCAAGGAGGA
TCTGCGTCTCGGCGAAGAAATCGCCAATTGCCCAAGCTGCTCGCTCTATATCACCGTCAT
CTACAACATGGAGGATTTTCATAACGATACCAAGAAGAATAATAACCAGCCTAAAAGCAG
CCAACCCATCGCCGTCGCTTGAGATTGTGATGGAATCGATTAGAAAAAAGTGTTCAAGAG
CAGTAGGAGAGAGATCGCATTGCTGTTGCGGAATAGTTTTGGATATCATATATGAAAGTG
TGTTGTCACCATTCCTTGATTAAGTGGTTTTGATACTAACAAGGAAACAGAGGTTTGTCT
TGCTGCTTGTGTATGATTATTGAACCCAATTCAGGGTGTCTTCTTACACGTTTTGATCCG
ATATTATTTTAAAACTGATTGGTTTGGAAAAGGATTGTACGGCTACATTGCCTTTTCTTT
TCTTGGCTGTTTTGGAGTTTGAGATGAGGAAGCTGAATGATAAAACACAGCCTTGTCACC
AGTGATACTCATTTTTTCTCAGATTAGTTAATAGAATATTGAGATCCAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA10TF U 1
AF RR3GA10JQ C 237
BS 1 513 RR3GA10TF
BS 514 514 RR3GA10JQ
BS 515 660 RR3GA10TF
BS 661 712 RR3GA10JQ

RD RR3GA10TF 660 0 0
GGACATACGCTGTGCCCTAATTTCCGCCGGAGAAGGAACAAAGTTTGTTCAAACTTGCGG
CTTGGGGTTAGCGATGTCGTACGACGATGTGGAGATAGAGGACATGGAGTGGAACGAAGA
GATGAAGGCGTACACGTACCCTTGCCCATGTGGCGATCTGTTCCAGATCACCAAGGAGGA
TCTGCGTCTCGGCGAAGAAATCGCCAATTGCCCAAGCTGCTCGCTCTATATCACCGTCAT
CTACAACATGGAGGATTTTCATAACGATACCAAGAAGAATAATAACCAGCCTAAAAGCAG
CCAACCCATCGCCGTCGCTTGAGATTGTGATGGAATCGATTAGAAAAAAGTGTTCAAGAG
CAGTAGGAGAGAGATCGCATTGCTGTTGCGGAATAGTTTTGGATATCATATATGAAAGTG
TGTTGTCACCATTCCTTGATTAAGTGGTTTTGATACTAACAAGGAAACAGAGGTTTGTCT
TGCTGCTTGTGTATGATTATTGAACCCAATTCATGGTGTCTTCTTACACGTTTTGATCCG
ATATTATTTTAAAACTGATTGGTTTGGAAAAGGATTGTACGGCTACATTGCCTTTTCTTT
TCTTGGCTGTTTTGGAGTTTGAGATGAGGAAGCTGAATGATAAAACACAGCCTTGTCACC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3GA10JQ 476 0 0
TCATCTACAACATGGAGGATTTTCATAACGATACCAAGAAGAATAATAACCAGCCTAAAA
GCAGCCAACCCATCGCCGTCGCTTGAGATTGTGATGGAATCGATTAGAAAAAAGTGTTCA
AGAGCAGTAGGAGAGAGATCGCATTGCTGTTGCGGAATAGTTTTGGATATCATATATGAA
AGTGTGTTGTCACCATTCCTTGATTAGGTGGTTTTGATACTAACAAGGAAACAGAGGTTT
GTCTTGCTGCTTGTGTATGATTATTGAACCCAATTCAGGGTGTCTTCTTACACGTTTTGA
TCCGATATTATTTTAAAACTGATTGGTTTGGAAAAGGATTGTACGGCTACATTGCCTTTT
CTTTTTTTGGCTGTTTTGGAGTTTGAGATGAGGAAGCTGAATGATAAAACACAGCCTTGT
CACCAGTGATACTCATTTTTTCTCAGATTAGTTAATAGAATATTGAGATCCAAAGC

QA 1 476 1 476
DS 



AS 1 3

CO CL2847Contig1 770 3 42 U
ATCCGAGATGATTTCCGTTTTATTTCACCAAGTCTTATGTCAAAAGGGTGAAATCAAAAC
TCAACAAAAGTCATTGGTT*AACCGATCCGGTTTACTGATACCGGGGATTCCACAAAAGA
CAAACTACAAAAGCATTTTAAAAAAGAAAGGACAATAGATCAGAAACCGACGAACGACCA
GATCCGACGGCGACAGTTAAACCTCTTTGTTTTCTTCCTCGTCACTCTTCTTCTCCGCCG
GCGAAACGAAGATCCAGGTGAACCCGAACGGATCCGTCACTTTTCCCTTCACTCCACCGT
CAGCTTCACCCTCGGAGACCTCCTCCACTTTCACGGCTCCGGCGTCCACGGCCTTCGCAA
CGGCAGCTTACACGTCATCGGTCTCGAGGAGTGCAGACACAGTCCCCGTCTTCGCATTAG
AACCAGAGTGGACAGAGACGTCGGAGACAACGACGGTAGTGCCAGCGAGCTTGAGCTCAG
CGGAGACAACGTGAGGGAGCTCTTGGTCAGCCTTACGCTTAGGGTAAAGAGAGTGTCCAC
CAGTCTCCGTCGCGTCGAACTCCGCCTTGTAGAAAGCAACAGCTTCACCGACCTTCTGAG
CCTCCACGATCAGCTGGGGCTTGTACGCCGTGAAGGTAACGGACTTCTCCGCCACTGTGG
CACCGTTCGCAGCAGCAGCAACGTCTTCCTGAGCCATCGTTGTTAGTGAGAGAGAGAGAG
AGACAAAGAAAGATTTGTTTGTTAGTGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGTCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA43JQ U 1
AF RR3AX12JQ U 3
AF RR3AX12TF C 25
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BS 371 433 RR3EA43JQ
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BS 435 474 RR3EA43JQ
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BS 675 682 RR3EA43JQ
BS 683 770 RR3AX12TF

RD RR3EA43JQ 682 0 0
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GATCCGACGGCGACAGTTAAACCTCTTTGTTTTCTTCCTCGTCACTCTTCTTCTCCGCCG
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AACCAGAGTGGACGGAGACGTCGGAGACAACGACGGTAGTGCCAGCGAGCTTGATCTCAG
CGGAGACAACGTGAGGGAGCTCTTGGTCAGCCTTACGCTTAGGGTAAAGAGAGTGTCCAC
CAGTCTCCGTCGCGTCGAACACCGCCTTGTAGAAAGCAACAGCTTCACCGACCTTCTGAG
CCTCCACGATCAGCTGAGGCTTGTACGCCGTGAAGGTAACGGACTTCTCCACCACCGTGG
CACCGTTCGCAGCGGCAGCAAC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3AX12JQ 668 0 0
G
CGAGATGATTTCCGTTTTATTTCACCAAGTCTTATGTCAAAAGGGTGAAATCAAAACTCA
ACAAAAGTCATTGGTT*AACCGATCCGGTTTACTGATACCGGGGATTCCACAAAAGACAA
ACTACAAAAGCATTTTAAAAAAGAAAGGACAATAGATCAGAAACCGACGAACGACCAGAT
CCGACGGCGACAGTTAAACCTCTTTGTTTTCTTCCTCGTCACTCTTCTTCTCCGCCGGCG
AAACGAAGATCCAGGTGAACCCGAACGGATCCGTCACTTTTCCCTTCACTCCACCGTCAG
CTTCACCCTCGGAGACCTCCTCCACTTTCACGGCTCCGGCGTCCACGGCCTTCGCAACGG
CAGCTTACACGTCATCGGTCTCGAGGAGTGCAGACACAGTCCCCGTCTTCGCATTAGAAC
CAGAGTGGACAGAGACGTCGGAGACAACGACGGTAGTGCCAGCGAGCTTGAGCTCAGCGG
AGACAACGTGAGGGAGCTCTTGGTCAGCCTTACGCTTAGGGTAAAGAGAGTGTCCACCAG
TCTCCGTCGCGTCGAACTCCGCCTTGTAGAAAGCAACAGCTTCACCGACCTTCTGAGCCT
CCACGATCAGCTGGGGCTTGTACGCCGTGAAGGTAACGGACTTCTCCGCCACTGTGGCAC
CGTTCG
T

QA 2 667 2 667
DS 

RD RR3AX12TF 746 0 0
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GATCCGGTTTACTGATACCGGGGATTCCACAAAAGACAAACTACAAAAGCATTTTAAAAA
AGAAAGGACAATAGATCAGAAACCGACGAACGACCAGATCCGACGGCGACAGTTAAACCT
CTTTGTTTTCTTCCTCGTCACTCTTCTTCTCCGCCGGCGAAACGAAGATCCAGGTGAACC
CGAACGGATCCGTCACTTTTCCCTTCACTCCACCGTCAGCTTCACCCTCGGAGACCTCCT
CCACTTTCACGGCTCCGGCGTCCACGGCCTTCGCAACGGCAGCTTACACGTCATCGGTCT
CGAGGAGTGCAGACACAGTCCCCGTCTTCGCATTAGAACCAGAGTGGACAGAGACGTCGG
AGACAACGACGGTAGTGCCAGCGAGCTTGAGCTCAGCGGAGACAACGTGAGGGAGCTCTT
GGTCAGCCTTACGCTTAGGGTAAAGAGAGTGTCCACCAGTCTCCGTCGCGTCGAACTCCG
CCTTGTAGAAAGCAACAGCTTCACCGACCTTCTGAGCCTCCACGATCAGCTGGGGCTTGT
ACGCCGTGAAGGTAACGGACTTCTCCGCCACTGTGGCACCGTTCGTAGCAGCAGCAACGT
CTTCCTGAGCCATCGTTGTTAGTGAGAGAGAGAGAGAGACAAAGAAAGATTTGTTTGTTA
GTGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGTCC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 4

CO CL2848Contig1 865 4 10 U
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AAGGATTTGTCCGTATGTATCACATTCTCTAGCGATGAAGAGATCAGACTATAAGGCAGA
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TCTTACTATATATATAGAAGAGAAACCGTAGGGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAAGCTAAAA
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GAGCAATATTTATGTCATCATACCGAACCCATGGTTACAGTGGAAACCCTAGAGAAGGGA
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GCTTTTGATGATCTTGGACTTGAGGTTGTTGAAGCTAGGGTTTCATGTATGGACTCATTT
AGCTTGCATGCCATTGGTTCACCAAATAATGATGATTGTGAAAGCATGGATGCTGAATCA
GTGAAACAGGCAGTTGCAGTGGCAGTCAGGACCTGGAGTGATAGCCATGATCCAAAAGGG
TAAAGACAGACCAAGTATTTATGATTATCTCTATATTTATACATTTGTTTGACCAAAAAG
GATTTTAGTTAGACATGCAATCAAGAAAAATAAACTGTATGTCTCTCTGATTAATCAAAT
TTCTAATGAAAAATCTTTCTTCGGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AR90TF U 1
AF RR3AR42TF U 1
AF RR3EC77JQ C 221
AF RR3EC77TF U 221
BS 1 244 RR3AR42TF
BS 245 245 RR3EC77TF
BS 246 402 RR3AR42TF
BS 403 403 RR3EC77TF
BS 404 507 RR3AR42TF
BS 508 508 RR3EC77TF
BS 509 689 RR3AR42TF
BS 690 690 RR3EC77TF
BS 691 771 RR3AR42TF
BS 772 865 RR3EC77TF

RD RR3AR90TF 666 0 0
GGAGAGGCAATTGTGACAAAAAAAAGACATAGAGGCAATCAAGCAATTCACGAGATACCA
AAGGATTTGTCCGTATGTATCACATTCTCTAGCGATGAAGAGATCAGACTATAAGGCAGA
CATGTGAGAGACGAGAGGATCTTATAAACGTTGTAGAAACTCTGACCTCTAATTTATCTT
TCTTACTATATATATAGAAGAGAAACCGTAGGGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAAGCTAAAA
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TTGCTTCGTTCAATCACTAACTCTAATGCTGAAAGTGAAACCTCGATCATAGTGGATGCA
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G
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G
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TTCATGTATGGACTCATTTAGCTTGCATGCCATTGGTTCACCAAATAATGATGATTGTGA
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BQ
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GCGCGCTTATAAGGTTTAGAAATATGATGTTTCCCTCAGGTACACCTTTGCTTATAAGAA
GATTGATTGCTTGAACTGCTGAGTTTCCTGTGCCGAGAATAGGATCCAGTAAGAGGACAT
GCCTTTCCGAGATATCATTAGGCAGTTTCTCATAAACAAGCTGTTGACCGTTGTCGCCTT
CCCTGTGAATTAGGATCTTCCCTATTTTGATACCTTTGCAACATGCTCGCAACGCATTCT
CCATGCTCTCACCACTCCTAATCACGGAGACACCACATAACCGTTTACAGAAATCCACAC
CAGAATATACAGAGCCGGTGGGTGTGATGACCTGCATTT

QA 1 699 1 699
DS 

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CCGTTCACAGAAATCCACACCAGAATATACAGAGCCGGTGGGTGTGATGACCTGCATTTC
AGTAAAAGGCAGATGCCCCAAGACCATGCTCTACAACCAGCCGAATCAATCGATCAGAAT
AAAAGACAAAATCATGTTTGGTTGTCTGGGAATCACGTATAAGTGTGTGCATCCCTCGTA
TCTGAAATGTTGATTGTATGACATATAGATTAGGGTATATTTTACAGAGATCATGCTGGC
CCAGCTTGGTGCAAATATGTTGCACGATTAAGTCAATCGCTACGTGATTATCCCCACCAC
GAGGAATGATGATGTCTGCATACTTCTTCGTTGGAAGAATGAAGTCATCAAAAGCAGGCT
TCACAAACTTTGAGTACTGATCGAGTACTGTGCCAATATCTCTATCATTTTGAGAAGTAT
CTCGTTTTATCCTTCTTGCCAAGCGTACATCAGCATCTGTATCCACAAGGATCTTCATGT
TCATCAATCCTCGGACTCGTGGATCATGGAACAGAAGTATCCCTT*CAAGTAATATTACA
TCCGAAGGGTTTACCCTTCTAGAAACGCTGCTTTTGTAAGTC
C

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3E759TF 586 0 0
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ATTACATCCGAAGGGTTTACCCTTCTAGAAACGCTGCTTTTGTAAGTCTTGAAGTCGTAT
TTTGGAATATCCACCGCTTGTCCTTGCCTCAGTTTCTCCATGCAAGACAACAAATGGTCC
GTGTAAAATGCGTCAGGATGATCAAAGTTGTACTCATGAACCCTAGCAAGTTCTTCTTCA
GTCAAACTGTGGTAGAACGAGTCCTGGTTAACAAGAACAACACGCTGATCGTGCAATTGC
TGAATAATCATATCACAAACAGATGTCTTTCCGGATGCTGCGCCTCCAGCAACACCAATC
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GCACTTGGTTCAACTCTATTGATGTGACCGTTCATGTGGAAACCAGAGTAATGAACCTTG
GAAGAAGCTTCGATCATGTCAACAACTGACTTAGAAGTAGAACCCATCTCGTGTCAACCA
GATTCAGAGGATCTCTGCAAGCACCCCCCGGCCGTAATTCGTGAAC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 4

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AACACATGCAGACAATGGAAGGAAGACAATATTACCAAAACCCCGAAGGAAACAATCATA
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GTTTGGCCGCCATGCTGGCCCTCATCGCCTTCTCTCTTCTCATCCTCACTTGTTCCTACT
GGCGGCTCACTGGCTCGGCTGAGAGTGATCTCGAGGCCGGAGATGATGAAAAACCCGAAG
GGGACACTCACAAGAACAAGACCACAGAGTTGCCAGAGAAGTTTCTCGTCATCATGGCAG
GAGACGTCAAACCCACGTACCTGGCTACGCCGGCGAATCGGTCTGAGAAAAGCTGTACTT
GCGGTGATAATAAGGAAGAGGTTGGTAGTAGTCACTAGTCAGGTGGTGCGGCAGAGCACT
GGAACTTGAAAACAGAGTAATCATTACTGACTCTGAATTATGCGGGCTTTAGAGGAGCGG
ATGGGATAAAACTGGGTTTTATTTCATTATTTTTGTCTGATTAAAACGACGTTTATGCAT
CATTCGTGTGGTTTTGGTTCTTATTAATCTTTGCTTTGTAGTACATTAGATGATTAGTGA
CTACTAATTGAAAAATTGACTCTTAAGTTAATACTTATGAGCTGTTCGACTTTTCATACA
TCATTATTAGTTTAGTTACGTTGGATCGATGCTAATGGTAGTTTGGTCGTAACTAAAGAA
TTGGCCAAGTGAACAAAACTGTAAGTAACTATCAATAATGATATTATGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FA93JQ C 5
AF RR3FA93TF U 5
AF RR3FZ75TF U 1
AF RR3FZ75JQ C 138
BS 1 36 RR3FZ75TF
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BS 229 535 RR3FZ75TF
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BS 591 787 RR3FZ75TF
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GG
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ATTG

QA 3 666 3 666
DS 

RD RR3FA93TF 666 0 0
GG
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CAATGGTGGTGCCACACTCGCCGTGGCACTCTCCGGTTTCTTATCTTTTCGGTGGTTTGG
CCGCCATGCTGGCCCTCATCGCCTTCTCTCTTCTCATCCTCACTTGTTCCTACTGGCGGC
TCACTGGCTCGGCTGAGAGTGATCTCGAGGCCGGAGATGATGAAAAACCCGAAGGTGACA
CTCACAAGAACAAGACCACAGAGTTGCCAGAGAAGTTTCTCGTCATCATGGCAGGAGACG
TCAAACCCACGTACCTGGCTACGCCGGCGAATCGGTCTGAGAAAAGCTGTACTTGCGGTG
ATAATAAGGAAGAGGTTGGTAGTAGTCACTAGTCAGGTGGTGCGGCAGAGCACTGGAACT
TGAAAACAGAGTAATCATTACTGACTCTGAATTATGCGGGCTTTAGAGGAGCGGATGGGA
TAAAACTGGGTTTTATTTCATTATTTTTGTCTGATTAAAACGACGTTTATGCATCATTCG
TGTGGTTTTGGTTCTTATTAATCTTTGCTTTGTAGTACATTAGATGATTAGTGACTACTA
ATTG

QA 3 666 3 666
DS 

RD RR3FZ75TF 791 0 0
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GCGGTGATAATAAGGAAGAGGTTGGTAGTAGTCACTAGTCAGGTGGTGCGGCAGAGCACT
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TTGGCCA
GTGA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3FZ75JQ 693 0 0
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GCTGAGAGTGATCTCGAGGCCGGAGATGATGAAAAACCCGAAGGGGACACTCACAAGAAC
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GAGGTTGGTAGTAGTCACTAGTCAGGTGGTGCGGCAGAGCACTGGAACTTGAAAACAGAG
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TTTATTTCATTATTTTTGTCTGATTAAAACGATGTTTATGCATCATTCGTGTGGTTTTGG
TTCTTATTAATCTTTGCTTTGTAGTACATTAGATGATTAGTGACTACTAATTGAAAAATT
GACTCTTAAGTTAATACTTATGAGCTGTTCGACTTTTCATACATCATTATTAGTTTAGTT
ACGTTGGATCGATGCTAATGGTAGTTTGGTCGTAACTAAAGAATTGGCCAAGTGAACAAA
ACTGTAAGTAACTATCAATAATGATATTATGCG

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 3

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GGCACGTGTGATCGTGACTGAGATCGATCCAATCTGTGCCCTCCAGGCTCTCATGGAAGG
CCTTCAAGTTCTAACCCTTGAGGACGTTGTCTCTGAAGCTGACATCTTTTGCACCACCAC
TGGAAACAAAGACATCATCATGGTCGACCACATGAGGAAGATGAAGAACAACGCCATTGT
CTGCAACATTGTTCACTTTGACAATGAAATCGACATGCAAGGACTTGAGACTTTCCCTGG
TAAAACGCATCACCATCAAGCCACAGACTGATAGGTGGGTGTTCCCTGACACCAAATCAG
GTATCATTGTGCTAGCCGAGGGTCGTCTGATGAACTTGGGATGTGCCACTGGACACCCTA
GTTTCGTGATGTCGTGCTCGTTCACCAACCAGGTGATTGCACAGCTTGAGCTCTGGAACG
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AGGTTGCTGCACTTCACTTAGGCAAGCTAGGTGCTAGACTCACCAAGCTCACCAAGGACC
AATCTGACTACGTTAGCATACCCGTTGAAGGTCCCTACAAGCCTGTTAGCTACAGGTACT
AAGAAGAAAAAAACGGATCAAGCTTTGGTTCTTCGTATGGTTTTATGATTAGACCATTTG
GTTATAATCCAAATGGCTATTGTTTGAGTTGGTTCGGGTTTGGTATGGTTGGGGAAATAT
GAGATATTGGTCTTCTTATGGAGTTGATCAAATATTGGTATCAATAAGGGGTTGTTGTTC
TTTGGTTTTGAGAGGCTGTTTTATGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTCCCTTTCAATTTTAT
GTATCTCAAGATAAATTAATTTTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F611TF U 1
AF RR3F611JQ C 409
AF RR3GE38TF U 575
BS 1 560 RR3F611TF
BS 561 578 RR3F611JQ
BS 579 1048 RR3GE38TF

RD RR3F611TF 560 0 0
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CCACTCTCTCCCTGACGGTCTCATGAGAGCCACTGATGTCATGATCGCCGGAAAGGTCGC
TGTTATCTGCGGTTATGGTGATGTCGGAAAGGGTTGTGCTGCAGCAATGAAAACCGCCGG
GGCACGTGTGATCGTGACTGAGATCGATCCAATCTGTGCCCTCCAGGCTCTCATGGAAGG
CCTTCAAGTTCTAACCCTTGAGGACGTTGTCTCTGAAGCTGACATCTTTTGCACCACCAC
TGGAAACAAAGACATCATCATGGTCGACCACATGAGGAAGATGAAGAACAACGCCATTGT
CTGCAACATTGTTCACTTTGACAATGAAATCGACATGCAAGGACTTGAGACTTTCCCTGG
TAAAACGCATCACCATCAAGCCACAGACTGATAGGTGGGTGTTCCCTGACACCAAATCAG
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GTTTCGTGATGTCGTGCTCG

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3F611JQ 534 0 0
GACTTTCCCTGGTAAAACGCATCACCATCAAGCCACAGACTGATAGGTGGGTGTTCCCTG
ACACCAAATCAGGTATCATTGTGCTAGCCGAGGGTCGTCTGATGAACTTGGGATGTGCCA
CTGGACACCCTAGTTTCGTGATGTCGTGCTCGTTCACCAACCAGGTGATTGCACAGCTTG
AGCTCTGGAACGAAAAGTCAAGTGGGAAGTATGAGAAGAAGGTATACGTTTTGCCTAAAC
ACTTGGATGAGAAGGTTGCTGCACTTCACTTAGGCAAGCTAGGTGCTAGACTCACCAAGC
TCACCAAGGACCAATCTGACTACGTTAGCATACCCGTTGAAGGTCCCTACAAGCCTGTTA
GCTACAGGTACTAAGAAGAAAAAA*CGGATCAAGCTTTGGTTCTTCGTATGGTTTTATGA
TTAGACCATTTGGTTATAATCCAAATGGCTATTGTTTGAGTTGGTTCGGGTTTGGTATGG
TTGGGGAAATATGAGATATTGGTCTTCTTATGGAGTTGATCAAATATTGGTATC

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR3GE38TF 474 0 0
AGGG
GCACAGCTTGAGCTCTGGAACGAAAAGTCAAGTGGGAAGTATGAGAAGAAGGTATACGTT
TTGCCTAAACACTTGGATGAGAAGGTTGCTGCACTTCACTTAGGCAAGCTAGGTGCTAGA
CTCACCAAGCTCACCAAGGACCAATCTGACTACGTTAGCATACCCGTTGAAGGTCCCTAC
AAGCCTGTTAGCTACAGGTACTAAGAAGAAAAAAACGGATCAAGCTTTGGTTCTTCGTAT
GGTTTTATGATTAGACCATTTGGTTATAATCCAAATGGCTATTGTTTGAGTTGGTTCGGG
TTTGGTATGGTTGGGGAAATATGAGATATTGGTCTTCTTATGGAGTTGATCAAATATTGG
TATCAATAAGGGGTTGTTGTTCTTTGGTTTTGAGAGGCTGTTTTATGTTTTGTTTTGTTT
TGTTTTTCCCTTTCAATTTTATGTATCTCAAGATAAATTAATTTTTGTTT

QA 5 474 5 474
DS 



AS 1 4

CO CL2852Contig1 1208 4 13 U
GGAAACTCAAACATCATCATCTGAGATTGATTGATTGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAA
TGGAGAACAATACTAAGAGCGGAGGATCGGCGATGGAAGCGTTCGAGAAGCCAGAGAAAG
TAGGAGAAGGGACATACGGGAAAGTGTACAGAGCAAGAGAGAAGGCAACTGGTCTCATCG
TCGCTTTGAAGAAGACTCGTCTCCATGAGGACGAAGAAGGCGTTCCTCCCACCACTCTCC
GCGAGATCTCCATCCTCCGCATGCTCGCTCGCGATCCCCACATCGTCAGGTTGATGGATG
TTAAGCAAGGATTGAACAAAGAAGGCAAGACTGTGCTCTACCTTGTCTTCGAGTACGTTG
ACACTGATCTCAAGAAGTTCATCAGGAGCTTCAAGCAAGCTGGCCAAAACATTCCCCAGA
ACACTGTCAAGTGTTTGATGTACCAACTATGCAAAGGCATGGCTTTCTGCCATGGCCATG
GAGTGTTACACAGGGATCTTAAGCCTCACAATCTCTTGATGGACCGTCAGAAAATGACCC
TCAAAATAGCTGATCTTGGATTAGCCAGAGCCTTCACTCTCCCCATGAAAAAGTATACAC
ATGAGATACTAACTCTATGGTATAGAGCTCCAGAAGTCCTTCTCGGTGCAACCCATTACT
CAACCGCTGTTGATATGTGGTCTGTTGGCTGCATTTTTGCTGAACTTGTGAACAAGCAAG
CAATCTTTGCTGGAGACTCTGAGCTCCAACAGCTCCTCAGTATTTTCAGGTTGCTGGGAA
CACCAAACGAACAAGTGTGGCCTGGAGTGAGCAAACTCAAGGACTGGCATGAATACCCAC
AGTGGAAACCTTTGAGCCTCTCAACAGCTGTCCCAAACCTGGATGAGTCCGGACTTGATC
TCTTATCAAAAATGCTGGAGTATGAGCCAGTTAAACGAATTTCAGCTAAGAAGGCTATGG
AGCATCCTTACTTCGATGATCTACCTGACAAATCCCTTCTCTGAACATCTCTTTATGAAC
GAACTACTCTCTCTCTCTCTGTAGTCTTGTTTGTTCCAACTTTGTCATTGCTGTCTCAAG
CACCTTATCTTGCTATCTTAGTAGGATGATCAACTTTTTCAAATTTCCCTTGGCATTGGG
GTCTATGTTCCCAGTTGTATAACCAACCCTCTACTTCGTTAACATTGATAACACAATTTG
CAAATGTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT18TF U 1
AF RR3EH09TF U 1
AF RR3FT18JQ C 458
AF RR3EH09JQ C 529
BS 1 397 RR3EH09TF
BS 398 398 RR3FT18TF
BS 399 583 RR3EH09TF
BS 584 584 RR3FT18TF
BS 585 599 RR3EH09TF
BS 600 601 RR3FT18TF
BS 602 746 RR3EH09TF
BS 747 747 RR3FT18JQ
BS 748 765 RR3EH09TF
BS 766 841 RR3FT18JQ
BS 842 842 RR3EH09JQ
BS 843 945 RR3FT18JQ
BS 946 1208 RR3EH09JQ

RD RR3FT18TF 716 0 0
GGAAACTCAAACATCATCATCTGAGATTGATTGATTGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAA
TGGAGAACAATACTAAGAGCGGAGGATCGGCGATGGAAGCGTTCGAGAAGCTAGAGAAAG
TAGGAGAAGGGACATACGGGAAAGTGTACAGAGCAAGAGAGAAGGCAACTGGTCTCATCG
TCGCTTTGAAGAAGACTCGTCTCCATGAGGACGAAGAAGGCGTTCCTCCCACCACTCTCC
GCGAGATCTCCATCCTCCGCATGCTCGCTCGCGATCCCCACATCGTCAGGTTGATGGATG
TTAAGCAAGGATTGAACAAAGAAGGCAAGACTGTGCTCTACCT*GTCTTCGAGTACGTTG
ACACTGATCTCAAGAAGTTCATCAGGAGCTTCAAGCAAGCTGGCCAAACCATTCCCCAGA
ACACTGTCAAGTGTTTGATGTACCAACTATGCAAAGGCATGGCTTTCTGCCATGGCCATG
GAGTGTTACACAGGGATCTTAAGCCTCACAATCTCTTGATGGACCGTCAGAAAATGACCC
TCAAAATAGCTGATCTTGGATTAGCCAGAGCCTTCACTCTCCCCATGAAAAAGTATACAC
ATGAGATACTAACTCTATGGTATAGAGCTCCAGAAGTCCTTCTCGGTGCAACCCATTACT
CAACCGCTGTTGATATGTGGTCTGTTGGCTGCATTTTTGCTGAACTTGTGA
CAGCA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3EH09TF 765 0 0
GGAAACTCAAACATCATCATCTGAGATTGATTGATTGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAA
TGGAGAACAATACTAAGAGCGGAGGATCGGCGATGGAAGCGTTCGAGAAGCCAGAGAAAG
TAGGAGAAGGGACATACGGGAAAGTGTACAGAGCAAGAGAGAAGGCAACTGGTCTCATCG
TCGCTTTGAAGAAGACTCGTCTCCATGAGGACGAAGAAGGCGTTCCTCCCACCACTCTCC
GCGAGATCTCCATCCTCCGCATGCTCGCTCGCGATCCCCACATCGTCAGGTTGATGGATG
TTAAGCAAGGATTGAACAAAGAAGGCAAGACTGTGCTCTACCTTGTCTTCGAGTACGTTG
ACACTGATCTCAAGAAGTTCATCAGGAGCTTCAAGCACGCTGGCCAAAACATTCCCCAGA
ACACTGTCAAGTGTTTGATGTACCAACTATGCAAAGGCATGGCTTTCTGCCATGGCCATG
GAGTGTTACACAGGGATCTTAAGCCTCACAATCTCTTGATGGACCGTCAGAAAATGACCC
TCAAAATAGCTGATCTTGGATTAGCCAGAGCCTTCACTCTCCCTATGAAAAAGTATACA*
*TGAGATACTAACTCTATGGTATAGAGCTCCAGAAGTCCTTCTCGGTGCAACCCATTACT
CAACCGCTGTTGATATGTGGTCTGTTGGCTGCATTTTTGCTGAACTTGTGAACAAGCAAG
CAATCTTTGCTGGAGACTCTGAGCTC*AACAGCTCCTCAGTATTT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3FT18JQ 488 0 0
CATGGCTTTCTGCCATGGCCATGGAGTGTTACACAGGGATCTTAAGCCTCACAATCTCTT
GATGGACCGTCAGAAAATGACCCTCAAAATAGCTGATCTTGGATTAGCCAGAGCCTTCAC
TCTCCCCATGAAAAAGTATACACATGAGATACTAACTCTATGGTATAGAGCTCCAGAAGT
CCTTCTCGGTGCAACCCATTACTCAACCGCTGTTGATATGTGGTCTGTTGGCTGCATTTT
TGCTGAACTTGTGACCAAGCAAGCAATCTTTGCTGGAGACTTTGAGCTCCAACAGCTCCT
CAGTATTTTCAGGTTGCTGGGAACACCAAACGAACAAGTGTGGCCTGGAGTGAGCAAACT
CAAGGACTGGCATGAATACCCACATTGGAAACCTTTGAGCCTCTCAACAGCTGTCCCAAA
CCTGGATGAGTCCGGACTTGATCTCTTATCAAAAATGCTGGAGTATGAGCCAGTTAAACG
AATTTCAG

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR3EH09JQ 680 0 0
AGAAAATGACCCTCAAAATAGCTGATCTTGGATTAGCCAGAGCCTTCACTCTCCCTATGA
AAAAGTATACA**TGAGATACTAACTCTATGGTATAGAGCTCCAGAAGTCCTTCTCGGTG
CAACCCATTACTCAACCGCTGTTGATATGTGGTCTGTTGGCTGCATTTTTGCTGAACTTG
TGAACAAGCAAGCAATCTTTGCTGGAGACTCTGAGCTCCAACAGCTCCTCAGTATTTTCA
GGTTGCTGGGAACACCAAACGAACAAGTGTGGCCTGGAGTGAGCAAACTCAAGGACTGGC
ATGAATACCCACAGTGGAAACCTTTGAGCCTCTCAACAGCTGTCCCAAACCTGGATGAGT
CCGGACTTGATCTCTTATCAAAAATGCTGGAGTATGAGCCAGTTAAACGAATTTCAGCTA
AGAAGGCTATGGAGCATCCTTACTTCGATGATCTACCTGACAAATCCCTTCTCTGAACAT
CTCTTTATGAACGAACTACTCTCTCTCTCTCTGTAGTCTTGTTTGTTCCAACTTTGTCAT
TGCTGTCTCAAGCACCTTATCTTGCTATCTTAGTAGGATGATCAACTTTTTCAAATTTCC
CTTGGCATTGGGGTCTATGTTCCCAGTTGTATAACCAACCCTCTACTTCGTTAACATTGA
TAACACAATTTGCAAATGTC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 4

CO CL2853Contig1 1039 4 5 U
GGGAACTCTGATGTTATGGAGATACTCAAGAAAACGAGGTTTCCTCGTGTCCTGAGCTCT
GCAGGAGAGAAGTCCCCAGAGAATATACTTCAGCATGATCGAGTAATATGGCTTGGGGAT
CTGAATTACCGGATAGCACTCTCTTACCGATCTGCTAAAGCACTTGTGGAGATGAAAAAC
TGGAGAGCATTACTAGAGAACGACCAGTTAAGGATAGAGCAGAAACGAGGACATGTGTTT
AAAGGATGGGACGAAGGGAAGATTTACTTCCCACCAACTTATAAATACTCAACTAACTCA
GATAGATATGCTGGAGATGATTTACATCCCAAGGAGAAACGTCGCACTCCTGCTTGGTGT
GATAGAATACTATGGTATGGAGAAGGACTGCATCAGTTATGTTATGTAAGAGGAGAGTCA
AGATTCTCGGATCATAGACCAGTTTATGGCATATTCAGCGCAGAGGTTGAGTCAAATCAC
AAGAGATTAAAACGAACGGCGAGTTACTCTACTTCAAGGGTCCAAGCTGAAGAACTCTTG
CCTTACCCAAGAGGATACACCGAGCTAACTTTTTTCTAAAACAAAAGGTTCAGTGTGACC
ATATCTATCCATAGAACTAACCAGAAAATTAGGCGATAGCAGATAGAATGTTAGTGTCAG
TGACATGAACCTATCAAGGCCAGTATAGTCTATTGGTAGTAAACTAGTAGTAGTAGTTTT
TGTGGTCCTGAAACTCATAATAGAGACTTAAGTTTATTAAGACACTGGTCCGCATTTATT
ATACATCAGCCAAGAAAGTAGCCCACATGTTTCTCCTATTATGTCATTTAAGGCACTGGA
TTTGATATGATATGATATGATATGATGTGATATGATTATCTCTCCATCGTCAGCGAAAAC
AACTGATTAGGAAACTGTAAGATTCGTTTGTATTATTCTTGAGAAAGGGAAGATTCTGTA
AATCTTGTAAGAGTTAATTATTGTGTATATGAATCTTCATCATATCTTGATCACTTATGG
TATATGATTTTATTCCGCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3ED60TF U 1
AF RR3ED84TF U 1
AF RR3ED60JQ C 357
AF RR3ED84JQ C 845
BS 1 391 RR3ED60TF
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BS 587 587 RR3ED60JQ
BS 588 619 RR3ED84TF
BS 620 1039 RR3ED60JQ

RD RR3ED60TF 391 0 0
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CTGAATTACCGGATAGCACTCTCTTACCGATCTGCTAAAGCACTTGTGGAGATGAAAAAC
TGGAGAGCATTACTAGAGAACGACCAGTTAAGGATAGAGCAGAAACGAGGACATGTGTTT
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GATAGATATGCTGGAGATGATTTACATCCCAAGGAGAAACGTCGCACTCCTGCTTGGTGT
GATAGAATACTATGGTATGGAGAAGGACTGC

QA 1 391 1 391
DS 

RD RR3ED84TF 619 0 0
GGGAACTCTGATGTTATGGAGATACTCAAGAAAACGAGGTTTCCTCGTGTCCTGAGCTCT
GCAGGAGAGAAGTCCCCAGAGAATATACTTCAGCATGATCGAGTAATATGGCTTGGGGAT
CTGAATTACCGGATAGCACTCTCTTACCGATCTGCTAAAGCACTTGTGGAGATGAAAAAC
TGGAGAGCATTACTAGAGAACGACCAGTTAAGGATAGAGCAGAAACGAGGACATGTGTTT
AAAGGATGGGACGAAGGGAAGATTTACTTCCCACCAACTTATAAATACTCAACTAACTCA
GATAGATATGCTGGAGATGATTTACATCCCAAGGAGAAACGTCGCACTCCTGCTTGGTGT
GATAGAATACTATGGTATGGAGAAGGACTGCATCAGTTATGTTATGTAAGAGGAGAGTCA
AGATTCTCGGATCATAGACCAGTTTATGGCATATTCAGCGCAGAGGTTGAGTCAAATCAC
AAGAGATTAAAACGAACGGCGAGTTACTCTACTTCAAGGGTCCAAGCTGAAGAACTCTTG
CCTTACCCAAGAGGATACACCGAGCTAACTTTTTTCTAAAACAAAATGTTCAGTGTGACC
ATATCTATCCATAGAACTA

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3ED60JQ 683 0 0
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GTCAAGATTCTCGGATCATAGACCAGTTTATGGCATATTCAGCGCAGAGGTTGAGTCAAA
TCACAAGAGATTAAAACGAACGGCGAGTTACTCTACTTCAAGGGTCCAAGCTGAAGAACT
CTTGCCTTACCCAAGAGGATACACCGAGCTAACTTTTTTTTAAAACAAAAGGTTCAGTGT
GACCATATCTATCCATAGAACTAACCAGAAAATTAGGCGATAGCAGATAGAATGTTAGTG
TCAGTGACATGAACCTATCAAGGCCAGTATAGTCTATTGGTAGTAAACTAGTAGTAGTAG
TTTTTGTGGTCCTGAAACTCATAATAGAGACTTAAGTTTATTAAGACACTGGTCCGCATT
TATTATACATCAGCCAAGAAAGTAGCCCACATGTTTCTCCTATTATGTCATTTAAGGCAC
TGGATTTGATATGATATGATATGATATGATGTGATATGATTATCTCTCCATCGTCAGCGA
AAACAACTGATTAGGAAACTGTAAGATTCGTTTGTATTATTCTTGAGAAAGGGAAGATTC
TGTAAATCTTGTAAGAGTTAATTATTGTGTATATGAATCTTCATCATATCTTGATCACTT
ATGGTATATGATTTTATTCCGCC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3ED84JQ 195 0 0
ATATGATATGATATGATATGATGTGATATGATTATCTCTCCATCGTCAGCGAAAACAACT
GATTAGGAAACTGTAAGATTCGTTTGTATTATTCTTGAGAAAGGGAAGATTCTGTAAATT
TTGTAAGAGTTAATTATTGTGTATATGAATCTTCATCATATCTTGATCACTTATGGTATA
TGATTTTATTCCGCC

QA 1 195 1 195
DS 



AS 1 4

CO CL2854Contig1 1030 4 17 U
GATTACAAATATCGAGAATTCCAGCAAAGGGGGTTAGGGTTTGTACGATCAAACTGATTT
TCTTCTCTTTGACCAAAATCGATCATCTTCAATTCTTCTCCAATAAATTCCTTTGACAGT
TGATATCATATTTTCCAAAAATGTCATTTTCGAACACAAAGTAAACAGGATTGGAACTCG
ATTGATGTCTCAAAAATCAGTGCATCTCCTTCGTTCAACCATGTCACCCAGCTTTTATAT
CCAGATAAGTTCAAATTCTCTAGCTCTTTATAGCCTTTCTATAATTTGAGAAGATTTTAT
AAGCTTGATTCGGTCATTAGGTGTTCTCTGTCTGAGAATTTTTTCCAATTAACTTTTAAT
TTCATATTCACATAGGTGTTGGAGAGCGTTAATATAAAATCTAATGATTTCATAAAATCT
ACAACTTGTTTTTGCTACAACTTTCGTGAAACCAAACAGGAGAGAAAAAAAAACACTTTA
GGTGTTTCGAAACCAAAAGCATCTCCAAAGTTACTGATACAATATCTGGTTGGAAAAAAA
GTTGTTTGAATAACATATTTGTTGAACTAACGAATCTAAAGCTTAAGTTACTGTCAGTTG
ATGTCTGTTTTTCCTTGTACTTAGTGGCAGTATATTAACATGATTGACACACCATGGATG
TATACAGCTGGGGCAATCAACATTTCAAAAGATGGGAGTCTCATACCTATTTTTAATATC
ATTCGGTATCTTTAAAAGGACATGGGTGGCTGCAGAATGAAAGGTTATATTAACTAAAGG
AGACGACCTAGAAGCAATGACATGTCCAACTCCTCCTTCGAATTATATTATGGAATATAC
ATTTCCAAGTATGGGATTATACAGATTTGTAAGGCTCTCTGTAATCTTTTATTTAAAGTT
AGTCCAATGGCATTGTCTGTAATTACATTAGATTGACGTGGGTATTATTAAAAGTGGTCT
GAGGAGCGCTGTAAATGAGACACATCAGCAAAATAGCACCTCCGTAAATATAGTACATCT
TTAAGGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AU47TF U 1
AF RR3B119TF U 34
AF RR3B119JQ C 345
AF RR3AU47JQ C 236
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BS 764 764 RR3AU47JQ
BS 765 873 RR3B119TF
BS 874 885 RR3AU47JQ
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RD RR3AU47TF 735 0 0
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TCTTCTCTTTGACCAAAATCGATCATCTTCAATTCTTCTCCAATAAATTCCTTTGACAGT
TGATATCATATTTTTCAAAAATGTCATTTTCGAACACAAAGTAAACAGGATTGGAACTCG
ATTGATGTCTCAAAAATCAGTGCATCTCCTTCGTTCAACCATGTCACCCAGCTTTTATAT
CCAGATAAGTTCAAATTCTCTAGCTCTTTATAGCCTTTCTATAATTTGAGAAGATTTTAT
AAGCTTGATTCGGTCATTAGGTGTTCTCTGTCTGAGAATTTTTTCCAATTAACTTTTAAT
TTCATATTCACATAGGTGTTGGAGAGCGTTAATATAAAATCTAATGATTTCATAAAATCT
CCAACTTGTTTTTGCTACAACTTTCGTGAAACCAAACAGGAGAGAAAAAAAAATACTTTA
GGTGTTTCGAAACCAAAAGCATCTCCAAAGTTACTGATACAATATCTGGTTGGAAAAAAA
GTTGTTTGAATAACATATTTGTTGAACTAACGAATCTAAAGCTTAAGTTACTGTCAGTTG
ATGTCTGTTTTTCCTTGTACTTAGTGGCAGTATATTAACATGATTGACACACCATGGATG
TATACAGCTGGGGCAATCAACATTTCAAAAGATGG*AGTCTCATACCTATTTTTAATATC
ATTCGGTATCTTTAA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3B119TF 847 0 0
GG
AGGGTTTGTACGATCAAACTGATTTTCTTCTCTTTGACCAAAATCGATCATCTTCAATTC
TTCTCCAATAAATTCTTTTGACAGTTGATATCATATTTTCCAAAAATGTCATTTTCGAAC
ACAAAGTAAACAGGATTGGAACTCGATTGATGTCTCAAAAATCAGTGCATCTCCTTCGTT
CAACCATGTCACCCAGCTTTTATATCCAGATAAGTTCAAATTCTTGAGCTCTTTATAGCC
TTTCTATAATTTGAGAAGATTTTATAAGCTTGATTCGGTCATTAGGTGTTCTCTGTCTGA
GAATTTTTTCCAATTAGCTTTTAATTTCATATTCACATAGGTGTTGGAGAGCGTTAATAT
AAAATCTAATGATTTCATAAAATCTACAACTTGTTTTTGCTATAACTTTCGTGAAACCAA
ACAGGAGA**AAAAAAAACACTTTAGGTGTTTCGAAACCAAAAGCATCTCCAAAGTTACT
GATACAATATCTGGTTG*AAAAAAAGTTGTTTGAATAACATATTTGTTGAACTAACGAAT
CTAAAGCTTAAGTTACTGTCAGTTGATGTCTGTTTTTCCTTGTACTTAGTGGCAGTATAT
TAACATGATTGACACACCATGGATGTATACAGCTGGGGCAATCAACATTTCAAAAGATGG
GAGTCTCATACCTATTTTTGATATCATTCGGTATCTTTAAAAGGACATGGGTGGCTGCAG
AATGAAAG*TTATATTAACTAAAGGAGACGACCTAGAAGCAATGACATGTCCAACTCCTC
CTTCGAATTATATTATGGAATATACATTTCCAAGTATGGGATTATACAGATTTGTAAG
CTCTCTG

QA 3 840 3 840
DS 

RD RR3B119JQ 611 0 0
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TGATTTCATAAAATCTACAACTTGTTTTTGCTATAACTTTCGTGAAACCAAACAGGAGA*
*AAAAAAAACACTTTAGGTGTTTCGAAACCAAAAGCATCTCCAAAGTTACTGATACAATA
TCTGGTTG*AAAAAAAGTTGTTTGAATAACATATTTGTTGAACTAACGAATCTAAAGCTT
AAGTTACTGTCAGTTGATGTCTGTTTTTCCTTGTACTTAGTGGCAGTATATTAACATGAT
TGACACCCCATGGATGTATACAGCTGGGGCAATCAACATTTCAAAAGATGGGAGTCTCAT
ACCTATTTTTGATATCATTCGGTATCTTTAAAAGGACATGGGTGGCTGCAGAATGAAAGG
TTATATTAACTAAAGGAGACGACCTAGAAGCAATGACATGTCCAACTCCTCCTTCGAATT
ATATTATGGAATATACATTTCCAAGTATGGGATTATACAGATTTGTAAGGCTCTCTGTAA
TCTTTTATTTAAAGTTAGTCCAATGGCATTGTCTGTAATTACATTAGATTGACGTGGGTA
TTATTAAAAGT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3AU47JQ 795 0 0
TATATCCAGATAAGTTCAAATTCTCTAGCTCTTTATAGCCTTTCTATAATTTGAGAAGAT
TTTATAAGCTTGATTCGGTCATTAGGTGTTCTCTGTCTGAGAATTTTTTCCAATTAACTT
TTATTTTCATATTCACATAGGTGTTGGAGAGCGTTAATATAAAATCTAATGATTTCATAA
AATCTCCAACTTGTTTTTGCTACAACTTTCGTGAAACCAAACAGGAGAGAAAAAAAAATA
CTTTAGGTGTTTCGAAACCAAAAGCATCTCCAAAGTTACTGATACAATATCTGGTTGGAA
AAAAAGTTGTTTGAATAACATATTTGTTGAACTAACGAATCTAAAGCTTAAGTTACTGTC
AGTTGATGTCTGTTTTTCCTTGTACTTAGTGGCAGTATATTAACATGATTGACACACCAT
GGATGTATACAGCTGGGGCAATCAACATTTCAAAAGATGG*AGTCTCATACCTATTTTTA
ATATCATTCGGTATCTTTAAAAGGACATGGGTGGCTGCAGAATGAAAGGTTATATTAACT
AAAGGAGACGACCTAGAAGCAATGACATGTCCAACTCCTCCTTCGAATTATATTATGGAA
TATACATTTCCAAGTAGGGGATTATACAGATTTGTAAGGCTCTCTGTAATTTTTTATTTA
AAGTTAGTCCAATGGCATTGTCTGTAATTACATTAGATTGACGTGG*TATTATTAAAAGT
GGTCTGAGGAGCGCTGTAAATGAGACACATCAGCAAAATAGCACCTCCGTAAATATAGTA
CATCTTTAAGGTTGC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 4

CO CL2855Contig1 866 4 8 U
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TTGCTATTTAGCCGGTATCTGCAGCAGTTGGTCATGGAATCACTAGGAAAGGAGTTTGAT
CTTGACGGTAACACTGTTAATCAAGGGCTAACTGTATATGGAAACAAAGGGAGCACAGAT
CAGCACGCCTACATTCAACAACTGAGGGAGGGTGTGCACAACTTCTTTGCAACCTTCATA
GAAGTGCTACGTGACAGACCTCCGGGTCATGATTGGGAGCTTGAGCCAGGTGTCACTTGT
GGTGACTATCTCTTTGGGATGCTTCAGGGAACTAGATCGGCTTTATATGCAAACGGTAGA
GAGTCCATTAGTGTTACCATCGAGGAAGTGACACCAAGATCCGTTGGGGCTATCATAGCT
CTTTATGAAAGAGCGGTCGGGTTGTATGCCTCACTTGTCAATATTAATGCTTACCACCAA
CCTGGTGTGGAAGCCGGTAAGAAGGCGGCAGCTGAAGTTCTGGCCCTGCAAAAGCGTGTA
TTGTCAGTTCTTAACGAAGCCAGTTGTAAAGATCCGGTAGAGCCATTGACACTGGACGAG
ATAGCTGATCGTTGCCATGCTCCTGAAGAAATTGAGATGATATACAAGATCATAGCTCAC
ATGTCTGCAAACGACAGAGTTTTGATAGCTGAAGGTAGCTGCGGATCGCCAAGGAGTGTT
AAAGTGTACCTGGGAGAGTGCAATGTGGATGACATGTACGCATAATAAAAACTTTCTCAA
ACGCACAAATGAGAGTCTCAATCTCTGTTCTGTTGTTTTTTCCTTATTTATTTCTGCCAA
ACGTCTATGATTTTGAAATAAGAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL20TF U 1
AF RR3DL20JQ C 420
AF RR3BO48TF U 183
AF RR3BO48JQ C 237
BS 1 248 RR3DL20TF
BS 249 249 RR3BO48TF
BS 250 314 RR3DL20TF
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BS 690 866 RR3BO48TF

RD RR3DL20TF 689 0 0
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TTGCTATTTAGCCGGTATCTGCAGCAGTTGGTCATGGAATCACTAGGAAAGGAGTTTGAT
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CAGCACGCCTACATTCAACAACTGAGGGAGGGTGTGCACAACTTCTTTGCAACCTTCATA
GAAGTGCTGCGTGACAGACCTCCGGGTCATGATTGGGAGCTTGAGCCAGGTGTCACTTGT
GGTGACTATCTCTTCGGGATGCTTCAGGGAACTAGATCGGCTTTATATGCAAACGGTAGA
GAGTCCATTAGTGTTACCATCGAGGAAGTGACACCAAGATCCGTTGGGGCTATCATAGCT
CTTTATGAAAGAGCGGTCGGGTTGTATGCCTCACTTGTCAATATTAATGCTTACCACCAA
CCTGGTGTGGAAGCCGGTAAGAAGGCGGCAGCTGAAGTTCTGGCCCTGCAAAAGCGTGTA
TTGTCAGTTCTTAACGAAGCCAGTTGTAAAGATCCGGTAGAGCCATTGACACTGGACGAG
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ATGTCTGCAA*CGACAGAGTTTTGATAGC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3DL20JQ 352 0 0
TT
TTTATGAAAGAGCGGTCGGGTTGTATGCCTCACTTGTCAATATTAATGCTTACCACCAAC
CTGGTGTGGAAGCCGGTAAGAAGGCGGCAGCTGAAGTTCTGGCCCTGCAAAAGCGTGTAT
TGTCAGTTTTTAACGAAGCCAGTTGTAAAGATCCGGTAGAGCCATTGACACTGGACGAGA
TAGCTGATCGTTGCCATGCTCCTGAAGAAATTGAGATGATATACAAGATCATAGCTCACA
TGTTTGCAAACGACAGAGTTTTGATAGCTGAAGGTAGCTGCGGATCGCCAAGGAGTGTTA
AAGTGTACCTGGGAGAGTGCAATGTGGATGACATGTACGCATAATAAAAA

QA 3 352 3 352
DS 

RD RR3BO48TF 684 0 0
GCACGCCTACATTCAACAACTGAGGGAGGGTGTGCAC***TTCTTTGCAACCTTCATAGA
AGTGCTACGTGACAGACCTCCGGGTCATGATTGGGAGCTTGAGCCAGGTGTCACTTGTGG
TGACTATCTCTTTGGGATGCTTCAGGGAACTAGATCGGCTTTATATGCAAACGGTAGAGA
GTCCATTAGTGTTACCATCGAGGAAGTGACACCAAGATCCGTTGGGGCTATCATAGCTCT
TTATGAAAGAGCGGTCGGGTTGTATGCCTCACTTGTCAATATTAATGCTTACCACCAACC
TGGTGTGGAAGCCGTTAAGAAGGCGGCAGCTGAAGTTCTGGCCCTGCAAAAGCGTGTATT
GTCAGTTCTTAACGAAGCCAGTTGTAAAGATCCGGTAGAGCCATTGACACTGGACGAGAT
AGCTGATCGTTGCCATGCTCCTGAAGAAATTGAGATGATATACAAGATCATAGCTCACAT
GTCTGCAAACGACAGAGTTTTGATAGCTGAAGGTAGCTGCGGATCGCCAAGGAGTGTTAA
AGTGTACCTGGGAGAGTGCAATGTGGATGACATGTACGCATAATAAAAACTTTCTCAAAC
GCACAAATGAGAGTCTCAATCTCTGTTCTGTTGTTTTTTCCTTATTTATTTCTGCCAAAC
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QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3BO48JQ 619 0 0
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TTGTGGTGACTATCTCTTTGGGATGCTTCAGGGAACTAGATCGGCTTTATATGCAAACGG
TAGAGAGTCCATTAGTGTTACCATCGAGGAAGTGACACCAAGATCCGTTGGGGCTATCAT
AGCTCTTTATGAAAGAGCGGTCGGGTTGTATGCCTCACTTGTCAATATTAATGCTTACCA
CCAACCTGGTGTGGAAGCCGTTAAGAAGGCGGCAGCTGAAGTTCTGGCCCTGCAAAAGCG
TGTATTGTCAGTTCTTAACGAAGCCAGTTGTAAAGATCCGGTAGAGCCATTGACACTGGA
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TGTTAAAGTGTACCTGGGAGAGTGCAATGTGGATGACATGTACGCATAATAAAAACTTTC
TCAAACGCACAAATGAGAGTCTCAATCTCTGTTCTGTTGTTTTTTCCTTATTTATTTCTG
CCAAACGTCTATGATTTTG

QA 1 619 1 619
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL2857Contig1 1242 2 2 U
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GTGCTTCGTCGGGCGGAAAAGCAAATGGATCCCGCCAGGGTGAATTCTCCAAGCACGTGT
ACAGTAACCCTTGAGGTTTTGGGGCACAAATTAAGTTTTGCTCAGGATCCAAACTCGAAG
CATCTAGGAACAACCGTGTGGGATGCATCCATGGTGTTTGCCAAATATCTGGGGAAAAAT
TGCAGGAAGGGAAGGTTTAGTCCGTCTAAACTGAAAGGGAAACGTGTTATTGAGCTAGGA
GCGGGTTGCGGCGTAGCTGGATTTGCTTTGGCGATGCTGGGCAGTGATGTGGTTTCAACT
GACCAGAAGGAGGTATTGCCACTGCTAAAGAGGAACGTAGAATGGAATACCTCCACAATC
TTGCAGATGAACACTGGTTCAGCATCATTTGGATCGCTCCGAGTTGCAGAACTTGACTGG
GGAAATGAAGATCATATAAGGGCCGTTGAGCCGCCTTTTGATTACGTCATCGGAACTGAT
GTTGTATACTCTGAGCAGCTTCTGGAGCCCCTGTTGCACACCATACTCTCGCTGTCAGGG
CCAAAGACAACAGTTATGTTAGGATATGAGATACGTTCGACGATCGTTCATGACAAAATG
CTTCAGATGTGGAAAGACAACTTCGAAGTCAAAACCATACCAAGATCCAAGATGGATGGT
GAATACCAAGACCCCAGCATTCATCTCTACCTCATGTCACAGAAACCTTCTGCGGAGAGC
TCTGGAAACGCGGTCCAGGACGAAGCTGTTGTTGCTGATAAGGCTGAAACGAAGTGTGAG
AAGGAAGTTTCAACCGTAGATTCTTCTTCACCGAATCTGTTGGAAGAGGAAGACGTTGCT
ACACACCGTCCTAAACTTAGAGAAGATAGTTTGTTGATGAGATTACGAGACGGGAAGATG
AGTGAATGGGAGATGAGAAGGTATGGTAAAGTTGCTGCACAGCTTCTACGTGACGTTAAG
ATAGATGTTCAGGTGAAAAAGTGACTCTGCATAAGCCGTTGAGAGCCTTGTTCCTCAGAT
TCTCAACCGTTTTCCGTTTTTACTTTTGGTATCATAGACAATGTATACAAGTGAATCCTC
CTCCAGACTCTTTGTGTTTGCTTGTGCTTCATGAACCGAGACAATGTATAATGGTTAAGT
TCATTCTTGTACCAAATAACAACCAAAAATATATCAAGAAAC


BQ
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AF RR3A771TF U 1
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BS 732 1242 RR3A771JQ

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GTGCTTCGTCGGGCGGAAAAGCAAATGGATCCCGCCAGGGTGAATTCTCCAAGCACGTGT
ACAGTAACCCTTGAGGTTTTGGGGCACAAATTAAGTTTTGCTCAGGATCCAAACTCGAAG
CATCTAGGAACAACCGTGTGGGATGCATCCATGGTGTTTGCCAAATATCTGGGGAAAAAT
TGCAGGAAGGGAAGGTTTAGTCCGTCTAAACTGAAAGGGAAACGTGTTATTGAGCTAGGA
GCGGGTTGCGGCGTAGCTGGATTTGCTTTGGCGATGCTGGGCAGTGATGTGGTTTCAACT
GACCAGAAGGAGGTATTGCCACTGCTAAAGAGGAACGTAGAATGGAATACCTCCACAATC
TTGCAGATGAACACTGGTTCAGCATCATTTGGATCGCTCCGAGTTGCAGAACTTGACTGG
GGAAATGAAGATCATATAAGGGCCGTTGAGCCGCCTTTTGATTACGTCATCGGAACTGAT
GTTGTATACTCTGAGCAGCTTCTGGAGCCCCTGTTGCACACCATACTCTCGCTGTCAGGG
CCAAAGACAACAGTTATGTTAGGATATGAGATACGTTCGACGATCGTTCATGACAAAATG
CTTCAGATGTGGAAAGACAACTTCGAAGTCAAAACCATACCAAGATCCAAGATGGATGGT
GAATACCAAGA

QA 1 731 1 731
DS 

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TATGTTAGGATATGAGATACGTTCGACGATCGTTCATGACAAAATGCTTCAGATGTGGAA
AGACAACTTCGAAGTCAAAACCATACCAAGATCCAAGATGGATGGTGAATACCAAGACCC
CAGCATTCATCTCTACCTCATGTCACAGAAACCTTCTGCGGAGAGCTCTGGAAACGCGGT
CCAGGACGAAGCTGTTGTTGCTGATAAGGCTGAAACGAAGTGTGAGAAGGAAGTTTCAAC
CGTAGATTCTTCTTCACCGAATCTGTTGGAAGAGGAAGACGTTGCTACACACCGTCCTAA
ACTTAGAGAAGATAGTTTGTTGATGAGATTACGAGACGGGAAGATGAGTGAATGGGAGAT
GAGAAGGTATGGTAAAGTTGCTGCACAGCTTCTACGTGACGTTAAGATAGATGTTCAGGT
GAAAAAGTGACTCTGCATAAGCCGTTGAGAGCCTTGTTCCTCAGATTCTCAACCGTTTTC
CGTTTTTACTTTTGGTATCATAGACAATGTATACAAGTGAATCCTCCTCCAGACTCTTTG
TGTTTGCTTGTGCTTCATGAACCGAGACAATGTATAATGGTTAAGTTCATTCTTGTACCA
AATAACAACCAAAAATATATCAAGAAAC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 2 4

CO CL2858Contig1 416 2 3 U
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TGGTATGCAGATTTTCGTGAAGACATTGACCGGTAAGACAATCACGCTTGAGGTGGAGAG
CTCTGACACCATTGACAACGTCAAGGCCAAGATTCAAGACAAGGAAGGGATCCCTCCGGA
TCAGCAGCGTCTCATCTTCGCTGGAAAGCAGCTTGAGGATGGTCGCACCTTAGCAGACTA
CAACATCCAGAAGGAGTCGACCCTTCACTTGGTCCTCCGTCTCCGTGGTGGCATCTAAAA
CTCTCTTCCTGTGTCGGGTTAAAAGTCAGTGTCTTGTTTTCTTTTAAAAACTACTTGTGG
TTTGTGTTTTGGGGTCTTATAAAGCCCCTGATGAATAATTGATGAACTCTTTCTCT


BQ
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AF RR3DH71JQ C 1
AF RR3DH71TF U 1
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BS 3 412 RR3DH71TF
BS 413 416 RR3DH71JQ

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CTCTGACACCATTGACAACGTCAAGGCCAAGATTCAAGACAAGGAAGGGATCCCTCCGGA
TCAGCAGCGTCTCATCTTCGCTGGAAAGCAGCTTGAGGATGGTCGCACCTTAGCAGACTA
CAACATCCAGAAGGAGTCGACCCTTCACTTGGTCCTCCGTCTCCGTGGTGGCATCTAAAA
CTCTCTTCCTGTGTCGGGTTAAAAGTCAGTGTCTTGTTTTCTTTTAAAAACTACTTGTGG
TTTGTGTTTTGGGGTCTTATAAAGCCCCTGATGAATAATTGATGAACTCTTTCTCT

QA 1 416 1 416
DS 

RD RR3DH71TF 416 0 0
GC
TAGCAGACTACAACATCCAGAAAGAGTCAACACTTCACTTGGTGCTCAGGCTTCGTGGTG
GTATGCAGATTTTCGTGAAGACATTGACCGGTAAGACAATCACGCTTGAGGTGGAGAGCT
CTGACACCATTGACAACGTCAAGGCCAAGATTCAAGACAAGGAAGGGATCCCTCCGGATC
AGCAGCGTCTCATCTTCGCTGGAAAGCAGCTTGAGGATGGTCGCACCTTAGCAGACTACA
ACATCCAGAAGGAGTCGACCCTTCACTTGGTCCTCCGTCTCCGTGGTGGCATCTAAAACT
CTCTTCCTGTGTCGGGTTAAAAGTCAGTGTCTTGTTTTCTTTTAAAAACTACTTGTGGTT
TGTGTTTTGGGGTCTTATAAAGCCCCTGATGAATAATTGATGAACTCTTT
CTCT

QA 3 412 3 412
DS 



CO CL2858Contig2 933 2 2 U
GAGTTTCCGAAATTCGATAAATCAAAAAAATCAATCTTTCTCAAATTCTCTCTCTCAATC
GCAAGTTTCAATCAAGATGCAGATATTCGTGAAAACTCTCACAGGAAAGACGATCACCCT
CGAGGTGGAAAGCTCTGACACCATCGACAACGTTAAGGCCGAGATCCAGGATAAGGAAGG
CATTCCTCCGGATCAGCAGAGGCTTATCTTCGCTGGAAAGCAGTTGGAAGAGGGAGAACC
TTGGCTGACTACAATATCCAGAAGGAGTCTACGCTTCACTTGGTTCTCAGGCTTCGTGGT
GGTATGCAGATCTTTGTCAAGACTCTTACCGGAAAGACCATCACTTTGGAGGTGGAGAGC
TCTGACACAATCGATAACGTCAAGGCTAAGATTCAGGATAAGGAGGAGAGCTCCGACACC
ATCGACAACGTGAATGCTAAGATCCAGGACAAGGAAGGCATCCCTCCGGATCAGCAGCGT
CTCATCTTCGCTGGAAAGCAGCTTGAGGATGGTCGCACCTTAGCAGACTACAACATCCAG
AAGGAGTCAACACTTCACTTGGTGCTCAGGCTTCGTGGTGGTATGCAGATTTTCGTGAAG
ACCTTGACCGGTAAGACCATCACACTTGAGGTGGAGAGCTCTGACACCATTGACAACGTG
AAGGCCAAGATCCAAGACAAAGAAGGCATCCCTCCAGATCAGCAGCGTCTCATCTTCGCT
GGTAAGCAGCTCGAGGATGGTCGCACCTTAGCAGACTACAACATCCAGAAGGAGTCGACC
CTTCACTTGGTCCTTCGTCTCCGTGGTGGTATCTAAAACTCTCGTCCTCTGTCGGGTTAA
AAGTCAGTGTCTTGTTTTCTTTTAAAAACTACTTGTGGTTTGTGTTTTGGGGTCTTATAA
AGCCCCTGATGAATAATTGATGAACTCTTTGCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E258TF U 1
AF RR3E258JQ C 170
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BS 564 933 RR3E258JQ

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CGAGGTGGAAAGCTCTGACACCATCGACAACGTTAAGGCCGAGATCCAGGATAAGGAAGG
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GGTATGCAGATCTTTGTCAAGACTCTTACCGGAAAGACCATCACTTTGGAGGTGGAGAGC
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GC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3E258JQ 764 0 0
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AGGTGGAGAGCTCTGACACAATCGATAACGTCAAGGCTAAGATTCAGGATAAGGAGGAGA
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TCATCTTCGCTGGTAAGCAGCTCGAGGATGGTCGCACCTTAGCAGACTACAACATCCAGA
AGGAGTCGACCCTTCACTTGGTCCTTCGTCTCCGTGGTGGTATCTAAAACTCTCGTCCTC
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GGGTCTTATAAAGCCCCTGATGAATAATTGATGAACTCTTTGCG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 4

CO CL2859Contig1 1258 4 22 U
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ACGCTGCTGCTGATCGTCTTCTCCGCCGTCGTTTCTGAAGCTTGGAGAAGAAGACACAGT
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TGCCCTAAGATCTCAGACCCTGCGGAGAAGTATTTGTCATTAATTGTTCCCGCGTTTAAT
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CCACTCGGGAAGAACCAAGGGAAAGGAGAAGCTATTAGAAAACATTGAAATAGGGAATGT
TGCATTCTCGTGGTGAGCTGCTTCTCATGTTGGATGCTGACGGAGCAACCAAAGTAACTG
ACCTCGAAAAACTTGAAAACCAGATCCTTGCAGTAGCCAGAGAAGAGCATTCAATCAGAG
ATCCAACAACGTCAAAGCATGTGGATTTTAGAATAGGTGATGTGCAAGTGTGTGCATTTG
GTTCTCGTGCTCATCTTGAGGAGAAAGCTATTGCTACAAGGAAATGGTATCGCAACTTCT
TGATGAAGGGTTTCCATCTCGTGGTTCTGTTGGCTGCTGGTTCTGGAATCCGAGATACAC
AGTGTGGGTTCAAGATGTTTACTAGAGCTGCTGCTAGAAGACTGTTCACAAACATCCATC
TGAAAAGGTGGTGCTTTGATGTTGAGTTGGTGTTCCTGTGCAAGCGTTTTAATATTCCAA
TGCTTGAGATCTCAGTGAAGTGGTCTGAAATCCCGGGGTCTAAAGTGAGTATGCTGAGCA
TTCCCAACATGGTTTGGGAGCTTGCTTTGATGTCTGTGGGATACAGAACTGGCATGTGGA
AGATCATCCATCAAGCATGACAAGGACACAGACATATATACATAGGAAGAGTTTTCATCG
GCTTTACTGCAGAGAGGCTATAGAAAAGTTTGTTGGGTCTTTTCTTTCTTTCAGTAGATG
TAAACAAATAAAGCTTTAGCGGGATTTTATATAAACGATGTGATGGAAAAAAATACGACC
GCTGGTAGCTTTTATTGACTTTAGTAATAACTTTCAAACGACCGGTGTGGGCTTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FI33TF U 1
AF RR3EA34TF U 7
AF RR3EA34JQ C 418
AF RR3FI33JQ C 498
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BS 701 701 RR3EA34JQ
BS 702 714 RR3EA34TF
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BS 783 1192 RR3EA34JQ
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BS 1194 1235 RR3EA34JQ
BS 1236 1258 RR3FI33JQ

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GGGATCTAAGAAAGAATCTGGGGAATGGAATTTCTGTTAGCAGTAGCGGAGCTCGGCCTC
ACGCTGCTGCTGATCGTCTTCTCCGCCGTCGTTTCTGAAGCTTGGAGAAGAAGACACAGT
CACGTTTCTGTCGAGACTGCTACAATCGAGGATCCGACATCCTTAAAACAGGTTGTTCGA
TGCCCTAAGATCTCAGACCCTGCGGAGAAGTATTTGTCATTAATTGTTCCCGCGTTTAAT
GAAGAGCTGAGACTTCCTTCTGCTCTACAGGAAACTATGGATTACCTTCAAGGTCGTGCA
TCACGGGATAAGAGCTTTTCTTATGAGGTGGTGATTGTTGATGATGGAAGTGTGGATGGA
ACAAAAAGAGTAGCTTTTGATTTCGTTAGAAAGTACACTGTTGGCAACGTAAGGGT

QA 1 416 1 416
DS 

RD RR3EA34TF 776 0 0
G
AAGAAAGAATCTGGGGAAAGGAATTTCTGTTAGCAGTAGCGGAGCTCGGCCTCACGCTGC
TGCTGATCGTCTTCTCCGTCGTCGTTTCTGAAGCTTGGAGAAGAAGACACAGTCACGTTT
CTGTCGAGACTGCTACAATCGAGGATCCGACATCCTTAAAACAGGTTGTTCGATGCCCTA
AGATCTCAGACCCTGCGGAGAAGTATTTGTCATTAATTGTTCCCGCGTTTAATGAAGAGC
TGAGACTTCCTTCTGCTCTACAGGAAACTATGGATTACCTTCAAGGTCGTGCATCACGGG
ATAAGAGCTTTTCTTATGAGGTGGTGATTGTTGATGATGGAAGTGTGGATGGAACAAAAA
GAGTAGCTTTTGATTTCGTTAGAAAGTACACTGTTGACAACGTAAGGGTCATACCACTCG
GGAAGAACCAAGGGAAAGGAGAAGCTATTAGAAAACATTGAAATAGGGAATGTTGCATTC
TCGTGGTGAGCTGCTTCTCATGTTGGATGCTGACGGAGCAACCAAAGTAACTGACCTCGA
AAAACTTGAAAACCAGATCCTTGCAGTAGCCAGAGAAGAGCATTCAATCAGAGATCCAAC
AACGTCAAAGCATGTGGATTTTAGAATAG*TGATGTGCAAGTGTGTGCATTTGGTTCTCG
TGCTCATCTTGAG*AGAAAGCTATTGCTACAAG*AAATGGTATCGCA*CTTCTTGATGAA
GG*TTTCCATCTCGTGGTTCTGTTGGCTGCTGGTTCTGGA*TCCGAGATACACAG

QA 2 776 2 776
DS 

RD RR3EA34JQ 818 0 0
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TGTTGCATTCTCGTGGTGAGCTGCTTCTCATGTTGGATGCTGACGGAGCAACCAAAGTAA
CTGACCTCGAAAAACTTGAAAACCAGATCCTTGCAGTAGCCAGAGAAGAGCATTCAATCA
GAGATCCAACAACGTCAAAGCATGTGGATTTTAGAATAGGTGATGTGCAAGTGTGTGCAT
TTGGTTCTCGTGCTCATCTTGAGGAGAAAGCTATTGCTACAAGGAAATGGTATCGCAACT
TCTTGATGAAGGGTTTCCATCTCGTGGTTCTGTTGGCTGCTGGTTCTGGAATCCGAGATA
CACAGTGTGGGTTCAAGATGTTTACTAGAGCTGCTGCTAGAAGACTGTTCACAAACATCC
ATCTGAAAAGGTGGTGCTTTGATGTTGAGTTGGTGTTCCTGTGCAAGCGTTTTAATATTC
CAATGCTTGAGATCTCAGTGAAGTGGTCTGAAATCCCGGGGTCTAAAGTGAGTATGCTGA
GCATTCCCAACATGGTTTGGGAGCTTGCTTTGATGTCTGTGGGATACAGAACTGGCATGT
GGAAGATCATCCATCAAGCATGACAAGGACACAGACATATATACATAGGAAGAGTTTTCA
TCGGCTTTACTGCAGAGAGGCTATAGAAAAGTTTGTTGGGTCTTTTCTTTCTTTCAGTAG
ATGTAAACAAATAAAGCTTTAGCGGGATTTTATATAAACGATGTGATGGAAAAAACTACG
ACCGCTGGTAGCTTTTATTGACTTTAGTAATAACTTTC

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR3FI33JQ 761 0 0
CTGCTTCTCATGTTGGATGCTGACGGAGCAACCAAAGTAACTGACCTCGAAAAACTTGAA
AACCAGATCCTTGCAGTAGCCAGAGAAGAGCATTCAATCAGAGATCCAACAACGTCAAAG
CATGTGGATTTTAGAATAGGTGATGTGCAAGTGTGTGCATTTGGTTCTCGTGCTCATCTT
GAGGAGAAAGCTATTGCTACAAGGAAATGGTATCGCAACTTCTTGATGAAGGGTTTCCAT
CTCGTGGTTCTGTTGGCTGCTGGTTCTGGAATCCGAGATACACAGTGTGGGTTCAAGATG
TTTACTAGAGCTGCTGCTAGAAGACTGTTCACAAACATCCATCTGAAAAGGTGGTGCTTT
GATGTTGAGTTGGTGTTCCTGTGCAAGCGTTTTAATATTCCAATGCTTGAGATCTCAGTG
AAGTGGTCTGAAATCCCGGGGTCTAAAGTGAGTATGCTGAGCATTCCCAACATGGTTTGG
GAGCTTGCTTTGATGTCTGTGGGATACAGAACTGGCATGTGGAAGATCATCCATCAAGCA
TGACAAGGACACAGACATATATACATAGGAAGAGTTTTCATCGGCTTTACTGCAGAGAGG
CTATAGAAAAGTTTGTTGGGTCTTTTCTTTCTTTCAGTAGATGTAAACAAATAAAGCTTT
AGCGGGATTTTATATAAACGATGTGATGGAAAAAAATACGACCGCTGGTAGCTTTTATTG
ACTTTAGTAATAACTTTCAAACGACCGGTGTGGGCTTTCTT

QA 1 761 1 761
DS 



AS 2 4

CO CL2860Contig1 1249 2 2 U
GGATCCCTAAACTTGGCTTAATACTCAAACAAAGAAGAGAGACAACAATGGCCCTCAAGA
ACTTACTTGCCCTTGTGGTTCTTCTTGCCTTTGTTGGAGTTTCCGTTGCAAAGCCATATG
AGAACCCACTTAGGAACCAAAATGGACCGAGGAAGCCACAGACCATGGGTAATCTTGACC
TTGACTACTACCGCTCCACGTGTCCACAAGTGGAGACCATTGTCCGCCGTGTCACATTTC
AATACGTCTCTCGCAGGCCAACTCTTGCTGCTGCGCTTCTAAGGATGCATTTTCACGACT
GCTTTGTCAGAGGATGTGATGGTTCCATTCTTCTGAAATCACCAAACAAGGATGCCGAAA
GAGACGCTGTCCCAAACTTGTCATTGAGAGGCTTCGAAGTGGTCGATGCTGCCAAATCAG
CTCTCGAGAGGACTTGGGGTTGTCGTGGTGTTGTCTCTTGCGCTGATATTATTGCCTTGG
TCGCTAGAGACGCTGTTTCAGTGATCGGGGGACCATGGTGGCCTGTTCCCCTGGGGAGGA
GGGACGGACGCATCTCGAAGCTTTCCGAAGTTAATTTACCTTCTCCTTTTTCTGACGTAA
AGACACTGAAGAAGAACTTCCTTGACAAGGGTCTTAACACTAAAGACCTAGTCGTCCTCT
CAGGGGCTCACACCAGGTGTGTCTTCTTGCGCAATCATCAACAGCCGTATCCATAACTTC
ACGGGCAGAGGCGACTTTGACCCAGCGATGAACCCTACCTACGTTAGGGCGTTGAAGAAA
AGGTGCAAGCCAACTGATTTCAAGACCCCTTTGGATATGGACCCAGGCAGTGCCAGGAAA
TTTGACTCTCACTACTTCAACATTGTGGCTCAGAAGAAGGGTTTGTTCACATCTGATGCA
ACACTTCTCGATGACCTTGACACCAACCTCTACATTCAGGCGCAGGTCTTGACTAGTGGG
GCTTCCTTCAACAGAGATTTCTCTGAATCAATGGTCAAACTTGGTTTCGTCGAGATTCTT
ACCGGGAAGCAAGGTGAGGTCGGGAGAAGCTGCGCTTTTGTTAAGTAACTTTGGACTGAT
GATTGAAGTTCTAAAACTTTTTCTGCTTATTATGTTCTTTCATTCAAGCCCTTTTTCCAC
GGAAGTTCTTTGTGTTTGAATTTCCAAAATGTGTAATAATGTATTTCTTCCTTTCTCGAA
TGTTATCTGCTGAGTATTGTTTGATTTGAATGAAAAATGTTTGTTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B205TF U 1
AF RR3B205JQ C 413
BS 1 775 RR3B205TF
BS 776 1249 RR3B205JQ

RD RR3B205TF 775 0 0
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ACTTACTTGCCCTTGTGGTTCTTCTTGCCTTTGTTGGAGTTTCCGTTGCAAAGCCATATG
AGAACCCACTTAGGAACCAAAATGGACCGAGGAAGCCACAGACCATGGGTAATCTTGACC
TTGACTACTACCGCTCCACGTGTCCACAAGTGGAGACCATTGTCCGCCGTGTCACATTTC
AATACGTCTCTCGCAGGCCAACTCTTGCTGCTGCGCTTCTAAGGATGCATTTTCACGACT
GCTTTGTCAGAGGATGTGATGGTTCCATTCTTCTGAAATCACCAAACAAGGATGCCGAAA
GAGACGCTGTCCCAAACTTGTCATTGAGAGGCTTCGAAGTGGTCGATGCTGCCAAATCAG
CTCTCGAGAGGACTTGGGGTTGTCGTGGTGTTGTCTCTTGCGCTGATATTATTGCCTTGG
TCGCTAGAGACGCTGTTTCAGTGATCGGGGGACCATGGTGGCCTGTTCCCCTGGGGAGGA
GGGACGGACGCATCTCGAAGCTTTCCGAAGTTAATTTACCTTCTCCTTTTTCTGACGTAA
AGACACTGAAGAAGAACTTCCTTGACAAGGGTCTTAACACTAAAGACCTAGTCGTCCTCT
CAGGGGCTCACACCAGGTGTGTCTTCTTGCGCAATCATCAACAGCCGTATCCATAACTTC
ACGGGCAGAGGCGACTTTGACCCAGCGATGAACCCTACCTACGTTAGGGCGTTGA

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3B205JQ 837 0 0
CAAA
TCAGCTCTCGAGAGGACTTGGGGTTGTCGTGGTGTTGTCTCTTGCGCTGATATTATTGCC
TTGGTCGCTAGAGACGCTGTTTCAGTGATCGGGGGACCATGGTGGCCTGTTCCCCTGGGG
AGGAGGGACGGACGCATCTCGAAGCTTTCCGAAGTTAATTTACCTTCTCCTTTTTCTGAC
GTAAAGACACTGAAGAAGAACTTCCTTGACAAGGGTCTTAACACTAAAGACCTAGTCGTC
CTCTCAGGGGCTCACACCAGGTGTGTCTTCTTGCGCAATCATCAACAGCCGTATCCATAA
CTTCACGGGCAGAGGCGACTTTGACCCAGCGATGAACCCTACCTACGTTAGGGCGTTGAA
GAAAAGGTGCAAGCCAACTGATTTCAAGACCCCTTTGGATATGGACCCAGGCAGTGCCAG
GAAATTTGACTCTCACTACTTCAACATTGTGGCTCAGAAGAAGGGTTTGTTCACATCTGA
TGCAACACTTCTCGATGACCTTGACACCAACCTCTACATTCAGGCGCAGGTCTTGACTAG
TGGGGCTTCCTTCAACAGAGATTTCTCTGAATCAATGGTCAAACTTGGTTTCGTCGAGAT
TCTTACCGGGAAGCAAGGTGAGGTCGGGAGAAGCTGCGCTTTTGTTAAGTAACTTTGGAC
TGATGATTGAAGTTCTAAAACTTTTTCTGCTTATTATGTTCTTTCATTCAAGCCCTTTTT
CCACGGAAGTTCTTTGTGTTTGAATTTCCAAAATGTGTAATAATGTATTTCTTCCTTTCT
CGAATGTTATCTGCTGAGTATTGTTTGATTTGAATGAAAAATGTTTGTTTGCC

QA 5 837 5 837
DS 



CO CL2860Contig2 1223 2 6 U
GGATCCCTAAACTTAGCTTTAATACTCAAACAAAGAAGAGAGACAACAATGGCGCTGAAG
AACTTACTTGTCCTTGTGGTTCTTCTTGGCATTGTTGGAGTTTCCCTTGCAAATCCATAT
GGGAACCCACTTAGGAAACAAAATGGACAAAGGAACCCAAAAATGCAGGGTGATCTTGAC
CTTGACTACTACCGCTCCACGTGTCCACAAGTGGAAACCATTGTCCGCCGTGTCACATTT
CAATACGTCTCTCGCAGGCCAACTCTTGCTGCTGCGCTTCTGAGGATGCATTTTCACGAC
TGTTTTGTCAGAAGATGTGACGGTTCCATTCTTCTGAAATCACCTTTCAAAGATGCGGAA
AGAGACGCTGTGCCCAACTTGTCAGTGAGAGGCTACGAAGTGGTTGATGCCGCCAAGTCA
GCTCTCGACAGGATTAAGGGTTGTCGTGGTGCTGTCTCTTGCGCTGATGTTCTTGCCTTG
GTCGCTAGAGACGCTGTTGCAGTGATCGGAGGACCATGGTGGCCTGTTCCATTGGGGCGG
AGGGACGGACGCATCTCGAAGCTTTCCGAAGTTAATTTACCATCTCCATTTTCCGATGTA
AAGACACTGAAGAAAAACTTCCTTGACAAGGGTCTTAACACTAAAGACCTAGTCGTCCTC
TCAGGGGCGCACACCATAGGTGTGTCTTCTTGCGCTATCATCAACAACCGTATCCATAAC
TTCACGGGCAGAGGCGACTTTGACCCAGCGATGAACCCTAGCTACGTTAGGGCGTTGAAG
AAAAGATGCAAGCCAACTGATTTCAAGACCCCTGTGGATATGGACCCAGGCAGTGCCAAG
AAATTTGACTCTCACTACTTCAACATTGTGGCTCAGAAGAAGGGTTTGTTCACATCTGAT
GCAACACTTCTCGATGACCTTGACACCAACCTCTACATTCAGGCGCAGGTCTTGACCCGT
GGGGCTTCCTTCAACAGAGATTTCTCAGAATCAATGGTCAAACTTGGTTTCGTCGAGATT
CTTACCGGGAAGCAAGGTGATGTCAGGAGGAAATGCGCCTTTGTTAACTAACTTTGGACT
GGATGATTGAAGTTCTAAAACGTTTTCTGTTTATTATGTTCTTTTATTCAACTCCTTTTT
CCACGGAAGTTCTTTGTGTTTGAATTTCAAAAATGTGATGTAATGTATTTCTTCCCTTCT
TGAATAATATTATCTGAGAAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV20TF U 1
AF RR3DV20JQ C 528
BS 1 666 RR3DV20TF
BS 667 667 RR3DV20JQ
BS 668 679 RR3DV20TF
BS 680 680 RR3DV20JQ
BS 681 693 RR3DV20TF
BS 694 1223 RR3DV20JQ

RD RR3DV20TF 693 0 0
GGATCCCTAAACTTAGCTTTAATACTCAAACAAAGAAGAGAGACAACAATGGCGCTGAAG
AACTTACTTGTCCTTGTGGTTCTTCTTGGCATTGTTGGAGTTTCCCTTGCAAATCCATAT
GGGAACCCACTTAGGAAACAAAATGGACAAAGGAACCCAAAAATGCAGGGTGATCTTGAC
CTTGACTACTACCGCTCCACGTGTCCACAAGTGGAAACCATTGTCCGCCGTGTCACATTT
CAATACGTCTCTCGCAGGCCAACTCTTGCTGCTGCGCTTCTGAGGATGCATTTTCACGAC
TGTTTTGTCAGAAGATGTGACGGTTCCATTCTTCTGAAATCACCTTTCAAAGATGCGGAA
AGAGACGCTGTGCCCAACTTGTCAGTGAGAGGCTACGAAGTGGTTGATGCCGCCAAGTCA
GCTCTCGACAGGATTAAGGGTTGTCGTGGTGCTGTCTCTTGCGCTGATGTTCTTGCCTTG
GTCGCTAGAGACGCTGTTGCAGTGATCGGAGGACCATGGTGGCCTGTTCCATTGGGGCGG
AGGGACGGACGCATCTCGAAGCTTTCCGAAGTTAATTTACCATCTCCATTTTCCGATGTA
AAGACACTGAAGAAAAACTTCCTTGACAAGGGTCTTAACACTAAAGACCTAGTCGTCCTC
TCAGGG*CGCACACCATAG*TGTGTCTTCTTGC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3DV20JQ 696 0 0
TCCAT
TGGGGCGGAGGGACGGACGCATCTCGAAGCTTTCCGAAGTTAATTTACCATCTCCATTTT
CCGATGTAAAGACACTGAAGAAAAACTTCCTTGACAAGGGTCTTAACACTAAAGACCTAG
TCGTCCTCTCAGGGGCGCACACCATAGGTGTGTCTTCTTGCGCTATCATCAACAACCGTA
TCCATAACTTCACGGGCAGAGGCGACTTTGACCCAGCGATGAACCCTAGCTACGTTAGGG
CGTTGAAGAAAAGATGCAAGCCAACTGATTTCAAGACCCCTGTGGATATGGACCCAGGCA
GTGCCAAGAAATTTGACTCTCACTACTTCAACATTGTGGCTCAGAAGAAGGGTTTGTTCA
CATCTGATGCAACACTTCTCGATGACCTTGACACCAACCTCTACATTCAGGCGCAGGTCT
TGACCCGTGGGGCTTCCTTCAACAGAGATTTCTCAGAATCAATGGTCAAACTTGGTTTCG
TCGAGATTCTTACCGGGAAGCAAGGTGATGTCAGGAGGAAATGCGCCTTTGTTAACTAAC
TTTGGACTGGATGATTGAAGTTCTAAAACGTTTTCTGTTTATTATGTTCTTTTATTCAAC
TCCTTTTTCCACGGAAGTTCTTTGTGTTTGAATTTCAAAAATGTGATGTAATGTATTTCT
TCCCTTCTTGAATAATATTATCTGAGAAGTC

QA 6 696 6 696
DS 



AS 1 2

CO CL2861Contig1 927 2 2 U
GGGTGTGACATGAACACTGATTATTGCTGATGACTGCTTCAAGCTGTGTAGTGTACCATG
TGATCTGTTGGTGCAGCCTCTAGTTAAATCAGTGGACAAATCATTTGGAGGCAACACTGT
AATAAACAAGATGGATCTTGGAGAATACATCCAAGAGAATGTTCCGAGCCTTAAGCATTT
CATGACAAGTGAGACACAACAAGAGTTCTGTATCCCGTCTCTCATGGCTTTGTCGAGTTC
AATGAGATTGTTACAGAGGTACGAGTTCAAGATGAACCACGGTGAATGGGTCTCGTCGGT
GAAACCAGAGTTTGGTCCTGGAATATCAGAACGGATTGAGGAAGCTATCAGGGTGTCTGA
CGAGAAGATTGACCTTTGCCGGTCTGTTAAAACAGAACTCCTAACGGCTCTTTCAACTTT
GCTTGGGGATAACGGTGTATTGATGATTCCCACGGTACCAGGTCCTCCACCACATCTCCA
AGCTGATGTAGTTGCACTAGAGTCTTTCCGGAGCAGAGCCTTCAGCTTGTTGTCCATCGC
TGGCGTCTCTGGATTGTGTCACGTTAGCATACCATTGGGGCTGCACGAAAATTTTCCCAT
ATCCGTATCATTGGTGGCTAAGCATGGCTCAGATGGTTTTCTTCTCAGTCTTGTGGATTG
CCTTTCGAAATTCATTTGATTTTCAGCGAAAATGTATGTTTTAGCATATCTTATTTGGTT
TAAGTCTGGTCACACCTCATCTTCCCTGCTTCCAACACTCGCCGTTTGCATCTCTAGTCT
ACTCGGTCTCCATCCCTTTGCATCTCTAGTTTACTCACTTTTGACCTCAATCAAAAAACT
GCACGTGTAAGTGGGTGTCAAAGTGAGGGCTAGAGTCATGTATGTGACCAATATTTTGAA
AATTTTACTAAAACGACGTTTTTAACC


BQ
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AF RR3FZ50TF U 1
AF RR3FZ50JQ C 310
BS 1 665 RR3FZ50TF
BS 666 927 RR3FZ50JQ

RD RR3FZ50TF 665 0 0
GGGTGTGACATGAACACTGATTATTGCTGATGACTGCTTCAAGCTGTGTAGTGTACCATG
TGATCTGTTGGTGCAGCCTCTAGTTAAATCAGTGGACAAATCATTTGGAGGCAACACTGT
AATAAACAAGATGGATCTTGGAGAATACATCCAAGAGAATGTTCCGAGCCTTAAGCATTT
CATGACAAGTGAGACACAACAAGAGTTCTGTATCCCGTCTCTCATGGCTTTGTCGAGTTC
AATGAGATTGTTACAGAGGTACGAGTTCAAGATGAACCACGGTGAATGGGTCTCGTCGGT
GAAACCAGAGTTTGGTCCTGGAATATCAGAACGGATTGAGGAAGCTATCAGGGTGTCTGA
CGAGAAGATTGACCTTTGCCGGTCTGTTAAAACAGAACTCCTAACGGCTCTTTCAACTTT
GCTTGGGGATAACGGTGTATTGATGATTCCCACGGTACCAGGTCCTCCACCACATCTCCA
AGCTGATGTAGTTGCACTAGAGTCTTTCCGGAGCAGAGCCTTCAGCTTGTTGTCCATCGC
TGGCGTCTCTGGATTGTGTCACGTTAGCATACCATTGGGGCTGCACGAAAATTTTCCCAT
ATCCGTATCATTGGTGGCTAAGCATGGCTCAGATGGTTTTCTTCTCAGTCTTGTGGATTG
CCTTT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3FZ50JQ 618 0 0
GTTTGGTCCTGGAATATCAGAACGGATTGAGGAAGCTATCAGGGTGTCTGACGAGAAGAT
TGACCTTTGCCGGTCTGTTAAAACAGAACTCCTAACGGCTCTTTCAACTTTGCTTGGGGA
TAACGGTGTATTGATGATTCCCACGGTACCAGGTCCTCCACCACATCTCCAAGCTGATGT
AGTTGCACTAGAGTCTTTCCGGAGCAGAGCCTTCAGCTTGTTGTCCATCGCTGGCGTCTC
TGGATTGTGTCAGGTTAGCATACCATTGGGGCTGCACGAAAATTTTCCCATATCCGTATC
ATTGGTGGCTAAGCATGGCTCAGATGGTTTTCTTCTCAGTCTTGTGGATTGCCTTTCGAA
ATTCATTTGATTTTCAGCGAAAATGTATGTTTTAGCATATCTTATTTGGTTTAAGTCTGG
TCACACCTCATCTTCCCTGCTTCCAACACTCGCCGTTTGCATCTCTAGTCTACTCGGTCT
CCATCCCTTTGCATCTCTAGTTTACTCACTTTTGACCTCAATCAAAAAACTGCACGTGTA
AGTGGGTGTCAAAGTGAGGGCTAGAGTCATGTATGTGACCAATATTTTGAAAATTTTACT
AAAACGACGTTTTTAACC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 4

CO CL2862Contig1 1151 4 8 U
GGAAAGCAAAGCAGAACAAGAAAAAACTAAAACATCAAGAAAAATGGCGCATAATCTCGA
CCTCGAAGGCATCACCAAAGCAATCTCAGGAATGGGAGTTGACGAGGGAGCATTAATAAG
TACTCTGGGGAACTCACACAAGGATCATCGCAAGTTGTTTAGGAAAGCAAGCAAGAGTTT
CTTTGTGGAAGATGAAGAAAGAGCTTTTGAGAAATGTCATGATCACTTTGTCAAACATCT
CAAGCTTGAGTTCTCTCGTTTCACTAACGCGGTGGTGATGTGGTCGATGCATCCATGGGA
GAGAGACGCAAGATTGGTGAAGAAAGCACTTAAGAAAGGAGATGAATCTTACAACCTCAT
CGTAGAGGTGTCATGCACTCGCTCCTCTGAGGATCTCCTAGGGGCACGCAAAGCTTACCA
CTCTCTCTTCGACCAGTCCATGGAAGAAGACATTGCCTCTCACATCCATGGCCCTCAACG
CAAGCTGCTTGTGGGACTCGTAAGTGCTTATAGATACGAAGGAAACAAGGTGAAGGAAGA
TTCAGCCAAATCCGACGCTAAGATTTTGGCCGAGGCAGTGGCTTCTTCCGGAGAGGGAGC
CATAGAGAATGATGAGGTTATTAGGATTCTGAGCACAAGAAGCAAACTTCATCTCCAACA
TCTCTACAAACACTTCAACCAAATCAAAGGCTCTGACCTTCTTGGGGGTGTATCTGAGTC
TTCGCTCATCAATGAAGCATTGCTTTGTTTGCTCAAACCTTCTGTGTATTTCAGCAAGAT
TTTGAATGCGTCTTTGAACAAAGACGCGGACAAGGGTACCAAAAAATGGTTGACAAGAGT
GTTCATTACGAGAGCAGATCATAGTGACATGAAGGAGATAGCAGAAGAGTATAATCAGCT
CTATGGAGAGCCTTTGGCCCAAACAATTCAAGAGAAGATTAAAGGGAACTATAGAGATTT
CTTGCTCACACTACTATCCAAATCGAATTAATTTCGGCTAAGAACGTATTGCCAAGACTT
GTGGTTATTGAACATTTGGATTTCTTTTTCGATATTATGTTTCTATTCCAACATTTGCTT
TTTCTATACCCTTTTTATCGTGTCTGATGATAAAGTTACTGTCGCTGGTGTCTGGTGACA
TGATTCAGGAG


BQ
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AF RR3BF79TF U 1
AF RR3H012JQ C 713
AF RR3BF79JQ C 361
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CTTTGTGGAAGATGAAGAAAGAGCTTTTGAGAAATGTCATGATCACTTTGTCAAACATCT
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QA 1 753 1 753
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TG
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CAAGATTTTGAATGCGTCTTTGAACAAAGACGCGGACAAGGGTACCAAAAAATGGTTGAC
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TCAGCT

QA 3 188 3 188
DS 

RD RR3BF79JQ 791 0 0
CGTAGAGGTGTCATGCACTCGCTCCTCTGAGGATCTCCTAGGGGCACGCAAAGCTTACCA
CTCTCTCTTCGACCAGTCCATGGAAGAAGACATTGCCTCTCACATCCATGGCCCTCAACG
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TTCAGCCAAATCCGACGCTAAGATTTTGGCCGAGGCAGTGGCTTCTTCCGGAGAGGGAGC
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CTTGCTCACACTACTATCCAAATCGAATTAATTTCGGCTAAGAACGTATTGCCAAGACTT
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TGATTCAGGAG

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 4

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GAGAGCTGCTCTTGCCAAAACATACTACAATGGCCTTGGCATAGGTGAAGATGACATCTT
CGTTTCTGATGGTGCCAAATGTGATATCTCACGTCTTCAGGTTATGTTTGGTTCCAATGT
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CTTCTGTTCCCCAAATAACCCTACAGGCGCTGCTGCAACGAGGGATCAACTGACTCAGTT
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TGAACTTGAATTGAAATAATATCGTCTCCGTTGTTTTCTTTAATTGCAGACAACAAAGTA
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN60TF U 1
AF RR3G012TF U 222
AF RR3HB79TF U 1004
AF RR3DN60JQ C 518
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BS 235 235 RR3G012TF
BS 236 303 RR3DN60TF
BS 304 304 RR3G012TF
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BS 334 334 RR3G012TF
BS 335 384 RR3DN60TF
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BS 386 626 RR3DN60TF
BS 627 831 RR3G012TF
BS 832 832 RR3DN60JQ
BS 833 888 RR3G012TF
BS 889 889 RR3DN60JQ
BS 890 943 RR3G012TF
BS 944 1004 RR3DN60JQ
BS 1005 1065 RR3HB79TF
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BS 1067 1115 RR3HB79TF
BS 1116 1161 RR3DN60JQ

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CGTTTCTGATGGTGCCAAATGTGATATCTCACGTCTTCAGGTTATGTTTGGTTCCAATGT
TACAGTTGCCGTTCAAGATCCTTCATATCCGGCTTATGTGGACTCCAGTGTTATTATGGG
TCAGACCGGACAATTTAACACAGACGTGCAGAAGTATGGAAACATCGAGTACATGAGATG
CACTCCAGAGAACGGCTTCTTCCCAGACTTATCCACTGTTGGCAGGACGGACATCATTTT
CTTCTGTTCCCCAAATAACCCTACGGGCGCTGCTGCAACGAGGGATCAACTGACTCAGTT
AGTACAGTTTGCAAAGAAGAACGGATCAATCATAGTGTATGATTCCGCATATGCAATGTA
CATGTCTGATGATAACCCACGCTCCATTTTCGAAATCCCTGGAGCAGAAGAGGTGGCAAT
GGAGACAGCTTCCTTCAGTAAGTACGCTGGTTTCACTGGAGTTAGACTTGGTTGGACAGT
CATCCCGAAGAAGCTGCTCTATTCAG

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DS 

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G
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CATCGAGTACATGAGATGCACCCCAGAGAACGGCTTCTTCCCAGACTTATCAACTGTTGG
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GGATCAACTGACTCAGTTAGTACAGTTTGCAAAGAAGAACGGATCAATCATAGTGTATGA
TTCCGCCTATGCAATGTACATGTCTGATGATAACCCACGCTCCATTTTCGAAATCCCTGG
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TAGACTTGGTTGGACAGTCATCCCGAAGAAGCTGCTCTATTCAGACGGCTTCCCTGTTGC
AAAAGACTTCAATCGAATTGTCTGCACTTGTTTCAACGGTGCCTCCAATCTCTCTCAAGC
TGGTGCTCTTGCTTGCCTTACACCAGAAGGACTCGAGGCAATGCACAAGGTGGTTGGGTT
CTACAAAGAAAACACAAACATAATCATAGACACATTCACTTCTCTCGGATATGATGTGTA
TGGAGGAAAGAATGCGCCGTACGTTTGGGTTCACTTCCCGAAGCAAAGCTCATGGGATGT
GTTTGCTGAGATTCTGGAGAAGACTCACGTGGTTACAACTCCAGGGAGCGGGTTTGGACC
T

QA 2 722 2 722
DS 

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G
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GTCCTCTTTAATGACTTGAACTTGAATTGAAATAATATCGTCTCCGTTGTT

QA 2 112 2 112
DS 

RD RR3DN60JQ 644 0 0
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GGAGTTAGACTTGGTTGGACAGTCATCCCGAAGAAGCTGCTCTATTCAGACGGCTTCCCT
GTTGCAAAAGACTTCAATCGAATTGTCTGCACTTGTTTCAACGGTGCCTCCAATCTCTCT
CAAGCTGGTGCTCTTGCTTGCCTTTCACCAGAAGGACTCGAGGCAATGCACAAGGTGGTT
GGGTTCTACAAAGAAAACACAAACATAATCATAGACACATTCACTTCTCTGGGATATGAT
GTGTATGGAGGAAAAAATGCGCCGTACGTTTGGGT**ACTTCCCGAAGCAAATCTCATGG
GATGTGTTTGCCGAGATTCTGGAGAAGACTCACGTGGTTACAACTCCAGGGAGCGGGTTT
GGACCTGGAGGTGAAGGGTTTGTTCGTGTTAGTGCATTTGGTCACAGAGAGAACATCTTG
GAGGCATGTCGGAGATTCAAGCAGCTTTACAAATGAAGGAGAGTCTTGTAATCATTCATC
TATCTTTGCCCTCTTTAATGACTTGAACTTGAATTGAAATAATATCGTCTCCGTTGTTTT
CTTTAATTGCAGACAACAAAGTAACAAATGTTTCAATCAGTTAC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 3

CO CL2864Contig1 1166 3 25 U
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ATGATCAGAACAATCATGCGCATCCATGGCAGAGACAAGAAGATAAAAATTTGAACAATA
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AACCGGCGAATGGGTGATACATGTAAACAAAAGGGAACCGGAGAAAAATTCTGGCCAATA
CAAAAAAGAACATGAAAGAATTGTAAACTAAAACTGGAGCTAAGAAGAAGCAGCCAAGGG
TTCCTCTGCAGCAGACTCACTAGGTTTCATGGAGTAGAAGAGTTCAAGAACATCTGGATC
GTTACGGATATAGTCTGGACACAAAGAGAGTAGATCCTGCGCCTCACTATGCCTTCCAGA
CTTCATCATAGTTTCGAATACACGCATAACCACTGAGATAGATGGAAAATGATACGAGGT
TACAGCCTTCAGAAAACTGTAAGCTTCGGAGCTTGTTCCAGTTTTCGAGAAGTAGAACAT
GAAAGGGTCGACGAAAGGAGGGAATCCATGATCTTTCATCATTGGTAAGAGACTCAAAGC
TTCCTCAAACCCTCCCTCTAAAGCAACCTTCTTCGTCAGCAGATTCCTCACCAAACACTT
GTACGTGCTATGAAGAGGTTTGAGCTGATTCTGCTTTACATGTGCGCACAAGAGCGTGCA
CGCATCTCTTACCTGCTTCTTGTTGCAGTAAGCATGAACCAGCTCCTCAAACGCATAATC
AGCATTTGACACTACTCCCTCCTTACCAACCATTCTCTCGAAACTCGCTAAAGCTTTCTT
AAGTTCCCCGGAATCACAGTACCCTACAACAAGAGAAGCCATTGCCTTATCATCTAGTTT
CTTCCCGGATTCTTCCATAAAGTCTACAAGCTCATCCCCTTCGTCTTTCTTTCCCTTACG
ACCAATCCCTGATGCAATCACGCTCTGCAGATCACTGCTTGGGAGGTATCCTCCTTTCTT
CATCGCTTTCAACACCTCATTGCTCTGAGCAACCCTATCAGCGCTTGTCAGAGACTTCAA
CACAGACTTCATCAAACCATCCGTCAAAACGTTGTTATCGTTTTTGGTATAAGCTTCCAC
AGCTCTTGAAAACAACTCCACATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW21JQ U 1
AF RR3GO81JQ U 109
AF RR3BW21TF C 491
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BS 831 843 RR3GO81JQ
BS 844 1166 RR3BW21TF

RD RR3BW21JQ 757 0 0
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AAAGAAACCAGAGTATCTTGTAATTATTTTGCCAAGTGCACCAGGTTGATGAAGACACTA
AACCGGCGAATGGGTGATACATGTAAACAAAAGGGAACCGGAGAAAAATTCTGGCCAATA
CAAAAA*GAACATGAAGGAATTGTAAACTAAAACTGGAGCTAAGAAGAAGCAGCCAAGGG
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TACAGCCTTCAGAAAACTGTAAGCTTCGGAGCTTGTTCCAGTTTTCGAGAAGTAGAACAT
GAAAGGGTCGACGAAAGGAGGGAATCCATGATCTTTCATCATTGGTAAGAGACTCAAAGC
TTCCTCAAACCCTCCCTCTAAAGCAACCTTCTTCGTCAGCAGATTCCTCACCAAACACTT
GTACGTGCTATGAAGAGGTTTGAGCTGATTCTGCTTTACATGTGCGCACAAGAGCGTGCA
CGCATCTCTTACCTGCTTCTTGTTGCAGTAAGCATGA

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3GO81JQ 735 0 0
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TTCTGGCCAATACAAAAAAGAACATGAGAGAAT*GTAAACTAAAACTGGAGCTAAGAAGA
AGCAGCCAAGGGTTCCTCTGCAGCAGACTCACTAGGTTTCATGGAGTAGAAGAGTTCAAG
AACATCTGGATCGTTACGGATATAGTCTGGACACACAGAGAGTAGATCCTGCGCCTCACT
ATGCCTTCCAGACTTCATCATAGTTTCGAATACACGCATAACCACTGAGATAGATGGAAA
ATGATACGAGGTTACAGCCTTGAGAAAACTGTAAGCTTCGGAGCTTGTTCCAGTTTTTGA
GAAGTAGAACATGAAAGGTTCAACGAAAGGAGGGAATCCATGATCTTTCATCATTGGTAA
GAGACTCAAAGCTTCTTCAAACCCTCCCTCTATAGCAACCTTCTTCGTCAGCAGATTCCT
CACCAAACACTTGTACGTGCTGTGACGAGGTTTGAGCTGATTCTGCGTTACATGTGCGCA
CAAAAGCTTGCACGCATCTCTTACCTGTTTCTTGTTGCAGTAAGCATGAACCAGCTCCTC
AAAGGCATAATCAGCATTTGACACTACTCCCTCCTTACCAACCATTCTCTCGAAACTCGC
TGAAGCTTTCTTAAG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3BW21TF 676 0 0
AGAAAACTGTAAGCTTCGGAGCTTGTTCCAGTTTTCGAGAAGTAGAACATGAAAGGGTCG
ACGAAAGGAGGGAATCCATGATCTTTCATCATTGGTAAGAGACTCAAAGCTTCCTCAAAC
CCTCCCTCTAAAGCAACCTTCTTCGTCAGCAGATTCCTCACCAAACACTTGTACGTGCTA
TGAAGAGGTTTGAGCTGATTCTGCTTTACATGTGCGCACAAGAGCGTGCACGCATCTCTT
ACCTGCTTCTTGTTGCAGTAAGCATGAACCAGCTCCTCAAACGCATAATCAGCATTTGAC
ACTACTCCCTCTTTACCAACCATTCTCTCGAAACTCGCTAAAGCTTTCTTAAGTTCCCCG
GAATCACAGTACCCTACAACAAGAGAAGCCATTGCCTTATCATCTAGTTTCTTCCCGGAT
TCTTCCATAAAGTCTACAAGCTCATCCCCTTCGTCTTTCTTTCCCTTACGACCAATCCCT
GATGCAATCACGCTCTGCAGATCACTGCTTGGGAGGTATCCTCCTTTCTTCATCGCTTTC
AACACCTCATTGCTCTGAGCAACCCTATCAGCGCTTGTCAGAGACTTCAACACAGACTTC
ATCAAACCATCCGTCAAAACGTTGTTATCGTTTTTGGTATAAGCTTCCACAGCTCTTGAA
AACAACTCCACATCCC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 3

CO CL2865Contig1 1075 3 23 U
AATAGAACATTCCCCTTTTTAAGCTTGTAAATAGAAGTTGATACATAACCGACTGAGAAC
TAAATCACACACATTTATTCATATTCCTAAGAACTTACAAAGCCGCAAAATAAATTATAG
GAATCAAGATCGTTTACCAAAATTACAAGATCAATTACTGAACTTATCTCTGCCAGGTTT
TAACTCACTTGTTGCCGGAGCAAAAACAGATTTCAGGACTCTGGCCCAGTTAGTATTCTC
AGGCTACAAGGACAAACAAAGACCATGCCGGTGTCTTCTTGTGACTTGTTGATCGATGAT
CCATAAAACTTGACTTCAAGTTTCTCCTTTCTCTTCAACAACAAACTTCCCTTTTAAAGC
TGGAGTTTCCTTTTCGGCTTGTGCAAAAAAGTGTTTGGCTTTGTGTGCTACTTCAGCTTC
AAGAACAGCCTCTAGCATTAAATCAGATCCTTTTGCACTCTCTTTGCGATGAGGGAGCAA
CTTTGCCATCTCTACAGAAACTGGAAGAACAGGTGAATCACTAGTTATAGTGTGAGTTCT
GCCACTGACAGACTCAGATAAACGTTCAAACGCTGTTGCTTGGGCGTGCAGATTAACTGA
AGCCGATGACGAACCGCTAAACTCTTGAGCCTTTGTCCAATGATCTGCAACCTTGTGTCT
TTCCTCAACACTGGGAGATGTAACAGTCCCATTGGTGGTTGTATTAGAAGATTCTGGAGA
ATGGTTGTCCACTCTTCGAGTCAAAGGATTGGAGTTAAAGAGAGAGAAACTTGCTCCATG
GCTAATAGCATCAACTTGTGCTCGCAAATCTTGAACTTCTTTCGAAATCTGCTGCATTTG
AGGTTGTTTCATGACACCGTCTATGTGGCCACGAGCCATTTGGATGTAACCAATCGCTCG
TCCGAACAATCTTCCTCCTGCTCTTGCGATTATCAGAAGATCCTTTGGCCCTACAACAGC
AGCTGTTGCGCCGATGATTACTAAAATCTCACCGTAAGAGAGTCCCAGCATCGTTCCTTT
TTCCGGCGTCTGATCCTCGGTTTCTCCCCTGTTCCCCTCGCCGTCTTCGGTGTCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW84JQ U 1
AF RR3AI11JQ U 4
AF RR3AI11TF C 325
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TGGAGTTTCCTTTTCGGCTTGTGCAAAAAAGTGTTTGGCTTTGTGTGCTACTTCAGCTTC
AAGTACAGCCTCTAGCATTAAATCAGATCCTTTTACACTATCTTTGCGATGAGGGAGCAA
CTTTGCCATCTCTGCAGAAACTGGAAGAACAGGTGAATCACTAGTTATAGTGTGAGTTTT
GCCACTGACAGACTCGGATAAACGTTCAAACGCTGTTGCTTGGGCGTGCAAATTAACTGA
AGCCGATGACGAACCACTAAACTCTTGAGCCTTTGTCCAATGATCTGCAACCTTGTGTCT
TTCCTCAACACTGGGAGATGTAAC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3AI11JQ 712 0 0
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ATCACACACATTTATTCATATTCCTAAGAACTTACAAAGCCGCAGAATAAATTATAGGAA
TGAAGATCGTTTACCAAAATTACAAGATCAATTACTGAACTTATCTCTGCCAGGTTT*AA
CTCACTTGTTGCCGGAGCAGAAACCGATTTCAGGACTCTGGCCCAGTTAGTATTCTCAGG
CTACAAGTACAAACAAAGACTATGCCGGTGTCTTCTTGTGACTTGTTGATCGATGATCCA
TAAAACTTGACTTCAAGTTTCTCCTTTCTCTTCAACAACAAACTTCCCTTTTAAAGCTGG
AGTTTCCTTTTCGGCTTGTGCAAAAAAGTGTTTGGCTTTGTGTGCTACTTCAGCTTCAAG
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CGATGACGAACCGCTAAACTCTTGAGCCTTTGTCCAATGATCTGCAACCTTGTGTCTTTC
CTCAACACTGGGAGATGTAACAGTCCCATTGGTGGTTGTATTAGAAGATTCT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3AI11TF 751 0 0
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AAAAAAGTGTTTGGCTTTGTGTGCTACTTCAGCTTCAAGAACAGCCTCTAGCATTAAATC
AGATCCTTTTGCACTCTCTTTGCGATGAGGGAGCAACTTTGCCATCTCTACAGAAACTGG
AAGAACAGGTGAATCACTAGTTATAGTGTGAGTTCTGCCACTGACAGACTCAGATAAACG
TTCAAACGCTGTTGCTTGGGCGTGCAGATTAACTGAAGCCGATGACGAACCGCTAAACTC
TTGAGCCTTTGTCCAATGATCTGCAACCTTGTGTCTTTCCTCAACACTGGGAGATGTAAC
AGTCCCATTGGTGGTTGTATTAGAAGATTCTGGAGAATGGTTGTCCACTCTTCGAGTCAA
AGGATTGGAGTTAAAGAGAGAGAAACTTGCTCCATGGCTAATAGCATCAACTTGTGCTCG
CAAATCTTGAACTTCTTTCGAAATCTGCTGCATTTGAGGTTGTTTCATGACACCGTCTAT
GTGGCCACGAGCCATTTGGATGTAACCAATCGCTCGTCCGAACAATCTTCCTCCTGCTCT
TGCGATTATCAGAAGATCCTTTGGCCCTACAACAGCAGCTGTTGCGCCGATGATTACTAA
AATCTCACCGTAAGAGAGTCCCAGCATCGTTCCTTTTTCCGGCGTCTGATCCTCGGTTTC
TCCCCTGTTCCCCTCGCCGTCTTCGGTGTCC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 3

CO CL2866Contig1 760 3 3 U
GGCTCCAATGTCGGAAAGTCCTCGCTTATCAACTGTTTGGTCCGTAAAAAAGAAGTCGCT
CTCACTTCCAAGAAACCTGGAAAGACTCAGCTTATTAATCACTTCTTGGTGAATAAGAGT
TGGTACATTGTGGATTTGCCTGGTTATGGGTTTGCTAAAGTGTCGGATGCTGCGAAGACG
GATTGGTCTGCGTTTACTAAAGGGTACTTCTTGAATAGAGACACGCTTGTTTGCGTGCTT
CTTCTGATCGATGCAAGTGTTCCTCCTCAGAAGATTGATCTTGATTGTGCGAATTGGCTC
GGTCGCAACAATGTACCGATGACTTTTGTGTTTACTAAGTGTGATAAAATGAAAGCGGCC
AAAGGGAAGAGACCTGATGAGAACATTAAAGCTTTCCAACAGATCATTAGAGAGAACTTT
AAACAACACCCTCCTTGGATTTTGACCAGTAGTGTGTCTGGTTTGGGCAGAGATGAGCTT
CTCCTTCACATGTCGCAGCTGAGAAACTATTGGGATCAGTAGAGAGCTTACGTGGAACAT
AAGATAGATGTTTTGTAATGTTATCAGTTAACAAGTTTGTGTTCTCTCTCTTTGTATACA
TACCTCGTTCTAGAGATAAAATTTAAGAAATGCAATCAACGGAAGCTTCTTTTTTGTTGT
TCTGTTGAAGTGAAAAGCTGTTACGGGTTTTTTCCAAGTCTTTGTTGGTTGCTTTTGTGT
CGATGAGTTTTCAAAGGCTGTGAAGTAGTTTCCATAGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A028JQ C 1
AF RR3A028TF U 90
AF RR3AL47TF U 379
BS 1 89 RR3A028JQ
BS 90 620 RR3A028TF
BS 621 760 RR3AL47TF

RD RR3A028JQ 634 0 0
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CTCACTTCCAAGAAACCTGGAAAGACTCAGCTTATTAATCACTTCTTGGTGAATAAGAGT
TGGTACATTGTGGATTTGCCTGGTTATGGGTTTGCTAAAGTGTCGGATGCTGCGAAGACG
GATTGGTCTGCGTTTACTAAAGGGTACTTCTTGAATAGAGACACGCTTGTTTGCGTGCTT
CTTCTGATCGATGCAAGTGTTCCTCCTCAGAAGATTGATCTTGATTGTGCGAATTGGCTC
GGTCGCAACAATGTACCGATGACTTTTGTGTTTACTAAGTGTGATAAAATGAAAGCGGCC
AAAGGGAAGAGACCTGATGAGAACATTAAAGCTTTCCAACAGATCATTAGAGAGAACTTT
AAACAACACCCTCCTTGGATTTTGACCAGTAGTGTGTCTGGTTTGGGCAGAGATGAGCTT
CTCCTTCACATGTCGCAGCTGAGAAACTATTGGGATCAGTAGAGAGCTTACGTGGAACAT
AAGATAGATGTTTTGTAATGTTATCAGTTAACAAGTTTGTGTTCTCTCTCTTTGTATACA
TACCTCGTTCTAGAGATAAA
GTTTCTAGAAATGC

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3A028TF 545 0 0
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GTTTGCTAAAGTGTCGGATGCTGCGAAGACGGATTGGTCTGCGTTTACTAAAGGGTACTT
CTTGAATAGAGACACGCTTGTTTGCGTGCTTCTTCTGATCGATGCAAGTGTTCCTCCTCA
GAAGATTGATCTTGATTGTGCGAATTGGCTCGGTCGCAACAATGTACCGATGACTTTTGT
GTTTACTAAGTGTGATAAAATGAAAGCGGCCAAAGGGAAGAGACCTGATGAGAACATTAA
AGCTTTCCAACAGATCATTAGAGAGAACTTTAAACAACACCCTCCTTGGATTTTGACCAG
TAGTGTGTCTGGTTTGGGCAGAGATGAGCTTCTCCTTCACATGTCGCAGCTGAGAAACTA
TTGGGATCAGTAGAGAGCTTACGTGGAACATAAGATAGATGTTTTGTAATGTTATCAGTT
AACAAGTTTGTGTTCTCTCTCTTTGTATACATACCTCGTTCTAGAGATAAA
GTTTCTAGAAATGC

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR3AL47TF 382 0 0
GAGAACATTAAAGCTTTCCAACAGATCATTAGAGAGAATTTTAAACAACATCCTCCTTGG
ATTTTGACTAGTAGTGTGTCTGGTTTGGGCAGAGATGAGCTTCTCCTTCACATGTCGCAG
CTGAGAAACTATTGGGATCAGTAGAGAGCGTACCTGGAACATAAGATAGATGTTTTGTAA
TGTTATCAGTTAACAAGTTTGTGTTCTCTGTCTTTGTATACATACCTCTTTCTAGAGATA
AAATTTAAGAAATGCAATCAACGGAAGCTTCTTTTTTGTTGTTCTGTTGAAGTGAAAAGC
TGTTACGGGTTTTTTCCAAGTCTTTGTTGGTTGCTTTTGTGTCGATGAGTTTTCAAAGGC
TGTGAAGTAGTTTCCATAGCTT

QA 1 382 1 382
DS 



AS 1 4

CO CL2867Contig1 787 4 7 U
CTCCTTTTCTTAGAGGCTCTTTCTTCTTCTTAACTACTAGATCTCTCTTTTGTTTCATCT
CATTCTTCTTCTTGTTCTTTATCATCATCTTCTTATTTTATTCTCTGCTTTCTGCTATCT
CGTGGCTCTGACCAGCTCCCGAGTTGTTCGTTTCTGGTTAATGGATATTGAACCCTCTTG
GGATCTTGGGGGGTGGGTTATTTCTTTTTCTAAATTGCATGGCAACATCAAATGACCAAA
CCAATACTAAATCATCACATTCTAATACTCTTCTTCTTTTCATCATATTCTTATCTTTCA
TTCTCTTCATCAACCTTATGATCCCCATGACTCATCATCGATCCACATCTACGGTTGCTC
CCTTCGAGAGGGTTCTTCTCGAATCTTCCGTTTCAGCTTCATCAACAATGGATCTGCATC
CAAAGGCTCGCACACGTCGCAGCCATACTTCTAGAAGGAGAAAGTTTGCAAATGATGATC
ATGAAGTTCCTAGTGGTCCAAACCCTATTTCCAACTAGGTGAGCTGGCGTATCTGGTTTT
ACCCGTGAGTTTGAAGGATTTTTATAGATCAATATGATATCATATGGGCGATGCTTCTTA
TCGACGGAGACCGGAGAAGAACTTAACTGTTATGGATTTAGAATATATCTTTGGATGAAT
CACTTTGGTACCCATCATTTCCTTCTTACGTCTTTTGTCCATTTATATTGCTTGGGTACC
ATGTTTTAAGTTTTGATTAGAGTTGTAAAGAAGAGGTATACTATTATTCGTTAATCGTTT
ACATGTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BJ73TF U 1
AF RR3AF92JQ C 128
AF RR3AF92TF U 128
AF RR3BJ73JQ C 1
BS 1 216 RR3BJ73TF
BS 217 217 RR3AF92TF
BS 218 263 RR3BJ73TF
BS 264 264 RR3AF92TF
BS 265 335 RR3BJ73TF
BS 336 667 RR3AF92TF
BS 668 787 RR3BJ73JQ

RD RR3BJ73TF 335 0 0
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CATTCTTCTTCTTGTTCTTTATCATCATCTTCTTATTTTATTCTCTGCTTTCTGCTATCT
CGTGGCTCTGACCAGCTCCCGAGTTGTTCGTTTCTGGTTAATGGATATTGAACCCTCTTG
GGATCTTGGGGGGTGGGTTATTTCTTTTTCTAAATTTCATGGCAACATCAAATGACCAAA
CCAATACTAAATCATCACATTCTCATACTCTTCTTCTTTTCATCATATTCTTATCTTTCA
TTCTCTTCATCAACCTTATGATCCCCATGACTCAT

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR3AF92JQ 547 0 0
GG
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GGGGTGGGTTATTTCTTTTTTTAAATTGCATGGCAACATCAAATGACCAAACCAATACTA
AATCATCACATTCTAATACTCTTCTTCTTTTCATCATATTCTTATCTTTCATTCTCTTCA
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GGGTTCTTCTCGAATCTTCCGTTTCAGCTTCATCAACAATGGATCTGCATCCAAAGGCTC
GCACACGTCGCAGCCATACTTCTAGAAGGAGAAAGTTTGCAAATGATGATCATGAAGTTC
CTAGTGGTCCAAACCCTATTTCCAACTAGGTGAGCTGGCGTATCTGGTTTTACCCGTGAG
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ACCGGAGAAGAACTTAACTGTTATGGATTTAGAATATATCTTTGGATGAATCACTTTG
ATCTACC

QA 3 540 3 540
DS 

RD RR3AF92TF 547 0 0
GG
GACCAGCTCCCGAGTTGTTCGTTTCTGGTTAATGGATATTGAACCCTCTTGGGATCTTGG
GGGGTGGGTTATTTCTTTTTCTAAATTGCATGGCAACATCAAATGACCAAACCAATACTA
AATCATCACATTCTAATACTCTTCTTCTTTTCATCATATTCTTATCTTTCATTCTCTTCA
TCAACCTTATGATCCCCATGACTCATCATCGATCCACATCTACGGTTGCTCCCTTCGAGA
GGGTTCTTCTCGAATCTTCCGTTTCAGCTTCATCAACAATGGATCTGCATCCAAAGGCTC
GCACACGTCGCAGCCATACTTCTAGAAGGAGAAAGTTTGCAAATGATGATCATGAAGTTC
CTAGTGGTCCAAACCCTATTTCCAACTAGGTGAGCTGGCGTATCTGGTTTTACCCGTGAG
TTTGAAGGATTTTTATAGATCAATATGATATCATATGGGCGATGCTTCTTATCGACGGAG
ACCGGAGAAGAACTTAACTGTTATGGATTTAGAATATATCTTTGGATGAATCACTTTG
ATCTACC

QA 3 540 3 540
DS 

RD RR3BJ73JQ 787 0 0
CTCCTTTTCTTAGAGGCTCTTTCTTCTTCTTAACTACTAGATCTCTCTTTTGTTTCATCT
CATTCTTCTTCTTGTTCTTTATCATCATCTTCTTATTTTATTCTCTGCTTTCTGCTATCT
CGTGGCTCTGACCAGCTCCCGAGTTGTTCGTTTCTGGTTAATGGATATTGAACCCTCTTG
GGATCTTGGGGGGTGGGTTATTTCTTTTTCTAAATTTCATGGCAACATCAAATGACCAAA
CCAATACTAAATCATCACATTCTCATACTCTTCTTCTTTTCATCATATTCTTATCTTTCA
TTCTCTTCATCAACCTTATGATCCCCATGACTCATCATCGATCCACATCTACGGTTGCTC
CCTTCGAGAGGGTTCTTCTCGAATCTTCCGTTCCAGCTTCATCAACAATGGATCTGCATC
GAAAGGCTCGCACACGTCGCAGCCATACTTCTAGAAGGAGAAAGTTTGCAAATGATGATC
ATGAAGTTCCTAGTGGTCCAAACCCTATTTCCAACTAGGTGAGCTGGCGTATCTGGTTTT
ACCCGTGAGTTTGAAGGATTTTTATAGATCAATATGATATCATATGGGCGATGCTTCTTA
TCGATGGAGACCGGAGAAGAGCTTAACTGTTATGGATTTAGAATATATCTTTGGATGAAT
CACTTTGGTACCCATCATTTCCTTCTTACGTCTTTTGTCCATTTATATTGCTTGGGTACC
ATGTTTTAAGTTTTGATTAGAGTTGTAAAGAAGAGGTATACTATTATTCGTTAATCGTTT
ACATGTG

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 3

CO CL2868Contig1 1325 3 11 U
GGAATCATTCGTTTTCTCGATTTGCGATCTAATTCATAATCCAAATTCTTATTCATTGCC
ATGGCTCTCTCAACTCCTCTTTCTCAGATATCTGTTGCACTTCCTATTGGAATTGATGGG
TCGAGCCGATCTATGATTAAGGCGCAAAGTGTAAGCTTCACTGAGAAGTCATGGGGTCCG
CTTCTGAGATTAGATACGGTATCTAGGAAACTGAGTTTGAAGAAACGGTCCACAGTATGT
ATGTCACTTCAGCAGCAAGCTAGCAGATCCAAAGTCTCGGTTACTCCTCTAGAGCTTGAA
GATCCCAAGGAGACTCCGTTGAACTCGTACAGGCCTAAGGAGCCTTACACTGCAAAGATT
GTTTCGGTTGAGAGAATCGTCGGTCCAAAAGCACCGGGTGAGACTTGCCACATTGTGATT
GATCATGATGGGAAGGTTCCTTACTGGGAAGGACAGAGCTATGGAGTGATTCCTCCTGGT
GAGAATCCTAAGAAACCAGGTGCTCCTCACAATGTTCGGCTTTACTCTATTGCGTCAACA
AGATATGGTGATTCTTTTGATGGCAAGACGGCTAGCTTATGCGTTCGCCGAGCTCAGTAC
TATGATCCAGAGACAGGAAAGGAAGATCCTTCAAAAGCTGGTGTGTGTAGTAACTTCTTG
TGCAATGCTAAACCTGGAGATAAGGTCCAAATCACAGGTCCATCTGGAAAGGTAATGCTT
TTACCTGAAGATGATCCAAAAGCTACTCATATAATGATTGCTACTGGAACCGGAGTAGCT
CCATTCAGAGGGTACTTGCGCCGTATGTTCATGGAGAACGTTCCCACGTTCAAGTTTGAT
GGACTCGCGTGGCTCTTCCTCGGTGTGGCTAACTCAGACAGTCTTCTCTACGACGAAGAG
TTCTCAAGCTACCTCAAGGACTATCCAGAGAACTTCAGGTATGATAAAGCGTTGAGCAGA
GAAGAGAAGAACAAGAAAGGTGGGAAGATGTATGTGCAGGACAAGATTGAAGAGTACAGC
GATGAGATCTTTAAGCTTTTGGATGATGGAGCTCATATTTACTTTTGTGGGCTTAAAGGA
ATGATGCCAGGGATCCAAGATACGCTTAAGAGAGTTGCGGAGGAGAGAGGTGAAAGCTGG
GAGCGGAAGCTTACTCAGCTTAGGAAGAACAAGCAATGGCATGTTGAAGTGTATTGAGCT
GTGTAATAGTCTCTCTCTCTGTGTTTTTCTTTACATTTCTGCAATTGAATAAATGTTTGT
GATGATCCATTTTGTATGGATGATAAGACTCTTAAGATATAGCTCAGCTTCGTCTTGTTT
CTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3EY42TF U 1
AF RR3GA06TF U 468
AF RR3GA06JQ C 521
BS 1 494 RR3EY42TF
BS 495 495 RR3GA06TF
BS 496 533 RR3EY42TF
BS 534 534 RR3GA06TF
BS 535 539 RR3EY42TF
BS 540 540 RR3GA06TF
BS 541 632 RR3EY42TF
BS 633 633 RR3GA06TF
BS 634 674 RR3EY42TF
BS 675 1163 RR3GA06TF
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RD RR3EY42TF 674 0 0
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ATGGCTCTCTCAACTCCTCTTTCTCAGATATCTGTTGCACTTCCTATTGGAATTGATGGG
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CTTCTGAGATTAGATACGGTATCTAGGAAACTGAGTTTGAAGAAACGGTCCACAGTATGT
ATGTCACTTCAGCAGCAAGCTAGCAGATCCAAAGTCTCGGTTACTCCTCTAGAGCTTGAA
GATCCCAAGGAGACTCCGTTGAACTCGTACAGGCCTAAGGAGCCTTACACTGCAAAGATT
GTTTCGGTTGAGAGAATCGTCGGTCCAAAAGCACCGGGTGAGACTTGCCACATTGTGATT
GATCATGATGGGAAGGTTCCTTACTGGGAAGGACAGAGCTATGGAGTGATTCCTCCTGGT
GAGAATCCTAAGAAGCCAGGTGCTCCTCACAATGTTCGGCTTTACTCTATTGCATCAACG
AGATATGGTGATTCTTTTGATGGCAAGACGGCTAGCTTATGCGTTCGCCGAGCTCAGTAC
TATGATCCAGAGACAGGAAAGGAAGATCCTTCCAAAGCTGGTGTGTGTAGTAACTTCTTG
TGCAATGCTAAACC

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3GA06TF 697 0 0
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TATTGCGTCAACAAGATATGGTGATTCTTTTGATGGCAAGACGGCTAGCTTATGCGTTCG
CCGAGCTCAGTACTATGATCCAGAGACAGGAAAGGAAGATCCTTCAAAAGCTGGTGTGTG
TAGTAACTTCTTGTGCAATGCTAAACCTGGAGATAAGGTCCAAATCACAGGTCCATCTGG
AAAGGTAATGCTTTTACCTGAAGATGATCCAAAAGCTACTCATATAATGATTGCTACTGG
AACCGGAGTAGCTCCATTCAGAGGGTACTTGCGCCGTATGTTCATGGAGAACGTTCCCAC
GTTCAAGTTTGATGGACTCGCGTGGCTCTTCCTCGGTGTGGCTAACTCAGACAGTCTTCT
CTACGACGAAGAGTTCTCAAGCTACCTCAAGGACTATCCAGAGAACTTCAGGTATGATAA
AGCGTTGAGCAGAGAAGAGAAGAACAAGAAAGGTGGGAAGATGTATGTGCAGGACAAGAT
TGAAGAGTACAGCGATGAGATCTTTAAGCTTTTGGATGATGGAGCTCATATTTACTTTTG
TGGGCTTAAAGGAATGATGCCAGGGATCCAAGATACGCTTAAGAGAGTTGCGGAGGAGAG
AGGTGAAAGCTGGGAGCGGAAGCTTACTCAGCTTAG
A

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3GA06JQ 805 0 0
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GCGTTCGCCGAGCTCAGTACTATGATCCAGAGACAGGAAAGGAAGATCCTTCAAAAGCTG
GTGTGTGTAGTAACTTCTTGTGCAATGCTAAACCTGGAGATAAGGTCCAAATCACAGGTC
CATCTGGAAAGGTAATGCTTTTACCTGAAGATGATCCAAAAGCTACTCATATAATGATTG
CTACTGGAACCGGAGTAGCTCCATTCAGAGGGTACTTGCGCCGTATGTTCATGGAGAACG
TTCCCACGTTCAAGTTTGATGGACTCGCGTGGCTCTTCCTCGGTGTGGCTAACTCAGACA
GTCTTCTCTACGACGAAGAGTTCTCAAGCTACCTCAAGGACTATCCAGAGAACTTCAGGT
ATGATAAAGCGTTGAGCAGAGAAGAGAAGAACAAGAAAGGTGGGAAGATGTATGTGCAGG
ACAAGATTGAAGAGTACAGCGATGAGATCTTTAAGCTTTTGGATGATGGAGCTCATATTT
ACTTTTGTGGGCTTAAAGGAATGATGCCAGGGATCCAAGATACGCTTAAGAGAGTTGCGG
AGGAGAGAGGTGAAAGCTGGGAGCGGAAGCTTACTCAGCTTAGGAAGAACAAGCAATGGC
ATGTTGAAGTGTATTGAGCTGTGTAATAGTCTCTCTCTCTGTGTTTTTCTTTACATTTCT
GCAATTGAATAAATGTTTGTGATGATCCATTTTGTATGGATGATAAGACTCTTAAGATAT
AGCTCAGCTTCGTCTTGTTTCTGTG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL2869Contig1 1192 2 10 U
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ATGATGACGAGAACGGGTCAAGAAAACATAATACTCCACAGCACAGTGGACGTGAGCTGA
AGATCGTTGTTTTTGTTCGTGGTTTCCAGGGGCATCATTTAGACCTTAGGCTCATCCGGA
ACCAGTGGCTCATGATTGATCCAAGGACAGAGTGTCTCATGTCTGAGGCGAATGAGCAGA
AAACACATGGCGATTTCAGGGAGATGGGACAGAGGCTTGCGCATGAAGTTGTCTCTTTCT
TCAAGAAGAAAATGGATAAACATGCGAAATACGGTCGCTTGAAAAACGTTAAGCTGAGTT
TTGTTGGACATTCAATCGGCAATGTCATCATCAGAACCGCACTAGCAGATAGTTTGATGG
AACCATACAGGAAATATCTACATACATATCTATCGCTTTCGGGTCCACACTTGGGTTATC
TATACAGCTCAAACTCCTTGTTTAATTCTGGACTTTGGCTCCTGAAGAAGTTGAAGAGTA
CTCAGGTTATTCATCAGCTCACGCTCACTGATGATCCTGATCTCCAGAATACTTTCTTTT
ACAAGCTCTGCAAGCAAAAGACGCTGGACAGTTTCAAGAATATCATTCTCCTGTCTTCGC
CTCAGGATGGGTATGTTCCATATCACTCAGCTAGGATCGAGCCGTGCCAACCAGCTTCTT
CCGACAACTCAAAAAGAGGTGTCGCTTTCTTGGAGATGCTTAATAACTGTATGGACCAAA
TACGTGGCCCGACCTTGGAAACTCCTCACCACCAGAGAGTATTCATGCGCTGTGACGTCA
ACTTCGACACGACCTTGTACGGTCGTAACCTCAACTCGTTCATCGGTCGAGCTGCTCACA
TCGAGTTCCTGGAGTCTGATATCTTTGCGAGATTCATTATGTGGTCATTCCAAGATCTTT
TCCGCTGACCGAAATCTTGGTTACGGAGAATTGTTTCTTTCTTTTTGGTGGGGGGGATAG
AGAAAGATTTGAAACCTGTTGTATAGTAGTAGTAGGAGACAGTTATTTGGTTAGCTTTTG
TGTACACGTACGTAATCGGATGTTACATTGAAGCAGAAGCTGTTATGTTACCACAACTCT
GGTCTCTGTATGGTTTCAACTTTATTATAGCTTCTAGAATATCGTTAATGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GM29TF U 1
AF RR3GM29JQ C 577
BS 1 665 RR3GM29TF
BS 666 666 RR3GM29JQ
BS 667 726 RR3GM29TF
BS 727 727 RR3GM29JQ
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BS 740 794 RR3GM29TF
BS 795 1192 RR3GM29JQ

RD RR3GM29TF 809 0 0
GCAGTGATAGATCGTGCATGAGACATGTTGATAAAATTGATTCTAGCTTCCTTAATGAGC
ATGATGACGAGAACGGGTCAAGAAAACATAATACTCCACAGCACAGTGGACGTGAGCTGA
AGATCGTTGTTTTTGTTCGTGGTTTCCAGGGGCATCATTTAGACCTTAGGCTCATCCGGA
ACCAGTGGCTCATGATTGATCCAAGGACAGAGTGTCTCATGTCTGAGGCGAATGAGCAGA
AAACACATGGCGATTTCAGGGAGATGGGACAGAGGCTTGCGCATGAAGTTGTCTCTTTCT
TCAAGAAGAAAATGGATAAACATGCGAAATACGGTCGCTTGAAAAACGTTAAGCTGAGTT
TTGTTGGACATTCAATCGGCAATGTCATCATCAGAACCGCACTAGCAGATAGTTTGATGG
AACCATACAGGAAATATCTACATACATATCTATCGCTTTCGGGTCCACACTTGGGTTATC
TATACAGCTCAAACTCCTTGTTTAATTCTGGACTTTGGCTCCTGAAGAAGTTGAAGAGTA
CTCAGGTTATTCATCAGCTCACGCTCACTGATGATCCTGATCTCCAGAATACTTTCTTTT
ACAAGCTCTGCAAGCAAAAGACGCTGGACAGTTTCAAGAATATCATTCTCCTGTCTTCGC
CTCAG*ATGGGTATGTTCCATATCACTCAGCTAGGATCGAGCCGTGCCAACCAGCTTCTT
CCGACA*CTCAAAA*GAG*TGTCGCTTTCTTGGAGATGCTTAATAACTGTATGGACCAAA
TACGTGGCCCGACC
TTGGAACTCTCACAC

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3GM29JQ 616 0 0
CTGATCTCCAGAATACTTTCTTTTACAAGCTCTGCAAGCAAAAGACGCTGGACAGTTTCA
AGAATATCATTCTCCTGTCTTCGCCTCAGGATGGGTATGTTCCATATCACTCAGCTAGGA
TCGAGCCGTGCCAACCAGCTTCTTCCGACAACTCAAAAAGAGGTGTCGCTTTCTTGGAGA
TGCTTAATAACTGTATGGACCAAATACGTGGCCCGCCCTTGGAAACTCCTCACCACCAGA
GAGTATTCATGCGCTGTGACGTCAACTTCGACACGACCTTGTACGGTCGTAACCTCAACT
CGTTCATCGGTCGAGCTGCTCACATCGAGTTCCTGGAGTCTGATATCTTTGCGAGATTCA
TTATGTGGTCATTCCAAGATCTTTTCCGCTGACCGAAATCTTGGTTACGGAGAATTGTTT
CTTTCTTTTTGGTGGGGGGGATAGAGAAAGATTTGAAACCTGTTGTATAGTAGTAGTAGG
AGACAGTTATTTGGTTAGCTTTTGTGTACACGTACGTAATCGGATGTTACATTGAAGCAG
AAGCTGTTATGTTACCACAACTCTGGTCTCTGTATGGTTTCAACTTTATTATAGCTTCTA
GAATATCGTTAATGGC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 4

CO CL2870Contig1 1013 4 15 U
GGAGACTCAAATGTGTGGTTGGTAATGCAGACCATCTTTGATGATCATCCACTTCACTTC
TGTATTCTATAATCATCAAACCTTTAGTGATGATGGCAGCTCCCTTAGTGTTTTCGTTGA
GAATTTCATCTACTCCTCATCATGGGATCAATCGAAATTTTCAACCTTTTCTCCTAACCC
AAAACAGGAGCTCCTCCTAGATATCGTGCTCTTCGTTGCCAAGCAAACTCTGAATCTTCC
GAACCCAAGGAGAAATTGGTGGTAGATAATGGCTCTACTAGTGAAATTTCACCTGCGTCC
AGAGTCACGGAACCATCACCTTCTTCTTCTTCTTCTGCGTTTCCTGAATCTCCAAACAGT
GATATTAACAGAAGAGTCGCTGTTGGTTCTGTTGTTGCCGCTTTGGCCTTGTTTCTATCG
ACAAGGCTTGATTTTGGGATCTCCTTGAAGGATTTAACTGCTTCAGCCTTGCCTTACGAG
GAGGCTTTGTCGAATGGGAAGCCGACAGTGGTTGAGTTCTATGCTGATTGGTGTGAGGTT
TGTCGAGAACTAGCCCCTGATGTTTACAAAATCGAGCAACAATACAAGGACAAAGTGAAC
TTTGTGATGCTAAATGTGGACAACACGAAATGGGAGCAAGAGCTGGATGAGTTTGGTGTT
GAAGGTATTCCTCATTTCGCTTTCCTCGATCGACAAGGGAACGAGGAAGGTAATGTGGTC
GGAAGGCTCCCGAGGCAGTATCTAGTTGAGAATGTCAATGCCCTTGCAGCCGGAAAGCAA
TCAATTCCTCATGCTCGAGCCGTGGGACAGTACAGCAGCGCTGAAGCCCGCAAGGTTCAT
CAGGTTACCGATCCCTTAAGCCATGGATAGAGAGAGACATCACAAACTCTATAGTGCACA
AAAGTAGACAGTAAGGGGAACAACTGAAAAGTAGCAATGTTTCATATTTGATCAAATTGT
AACTAAATGTTTGGTTTCGTTTTATTACATAATAACCTATAAAACTCTAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV54TF U 1
AF RR3EQ44TF U 76
AF RR3BV54JQ C 297
AF RR3EQ44JQ C 348
BS 1 183 RR3BV54TF
BS 184 184 RR3EQ44TF
BS 185 254 RR3BV54TF
BS 255 255 RR3EQ44TF
BS 256 377 RR3BV54TF
BS 378 378 RR3EQ44TF
BS 379 653 RR3BV54TF
BS 654 663 RR3EQ44TF
BS 664 664 RR3BV54JQ
BS 665 691 RR3EQ44TF
BS 692 813 RR3BV54JQ
BS 814 814 RR3EQ44JQ
BS 815 871 RR3BV54JQ
BS 872 872 RR3EQ44JQ
BS 873 1013 RR3BV54JQ

RD RR3BV54TF 653 0 0
GGAGACTCAAATGTGTGGTTGGTAATGCAGACCATCTTTGATGATCATCCACTTCACTTC
TGTATTCTATAATCATCAAACCTTTAGTGATGATGGCAGCTCCCTTAGTGTTTTCGTTGA
GAATTTCATCTACTCCTCATCATGGGATCAATCGAAATTTTCAACCTTTTCTCCTAACCC
AAA*CAGGAGCTCCTCCTAGATATCGTGCTCTTCGTTGCCAAGCAAACTCTGAATCTTCC
GAACCCAAGGAGAATTTGGTGGTAGATAATGGCTCTACTAGTGAAATTTCACCTGCGTCC
AGAGTCACGGAACCATCACCTTCTTCTTCTTCTTCTGCGTTTCCTGAATCTCCAAACAGT
GATATTAACAGAAGAGTTGCTGTTGGTTCTGTTGTTGCCGCTTTGGCCTTGTTTCTATCG
ACAAGGCTTGATTTTGGGATCTCCTTGAAGGATTTAACTGCTTCAGCCTTGCCTTACGAG
GAGGCTTTGTCGAATGGGAAGCCGACAGTGGTTGAGTTCTATGCTGATTGGTGTGAGGTT
TGTCGAGAACTAGCCCCTGATGTTTACAAAATCGAGCAACAATACAAGGACAAAGTGAAC
TTTGTGATGCTAAATGTGGACAACACGAAATGGGAGCAAGAGCTGGATGAGTT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3EQ44TF 616 0 0
GG
AAACCTTTAGTGATGATGGCAGCTCCCTTAGTGTTTTCGTTGAGAATTTCATCTACTCCT
CATCATGGGATCAATCGAAATTTTCAACCTTTTCTCCTAACCCAAAACAGGAGCTCCTCC
TAGATATCGTGCTCTTCGTTGCCAAGCAAACTCTGAATCTTCCGAACCCAAGGAGAAATT
GGTGGTAGATAATGGCTCTACTAGTGAAATTTCACCTGCGTCCAAAGTCACGGAACCATC
ACCTTCTTCTTCTTCT***GCGTTTCCTGAATCTCCAAACAGTGATATTAACAGAAGAGT
CGCTGTTGGTTCTGTTGTTGCCGCTTTGGCCTTGTTTCTATCGACAAGGCTTGATTTTGG
GATCTCCTTGAAGGATTTAACTGCTTCAGCCTTGCCTTACGAGGAGGCTTTGTCGAATGG
GAAGCCGACAGTGGTTGAGTTCTATGCTGATTGGTGTGAGGTTTGTCGAGAACTAGCCCC
TGATGTTTACAAAATCGAGCAACAATACAAGGACAAAGTGAACTTTGTGATGCTAAATGT
GGACAACGCGAAATGGGAGCAAGAGCTGGATGAGTTTGGTGTTGAAAGTATTCCTCATTT
CGCTTTCCTCGATC

QA 3 616 3 616
DS 

RD RR3BV54JQ 717 0 0
GTCCAGAGTCACGGAACCATCACCTTCTTCTTCTTCTTCTGCGTTTCCTGAATCTCCAAA
CAGTGATATTAACAGAAGAGTTGCTGTTGGTTCTGTTGTTGCCGCTTTGGCCTTGTTTCT
ATCGACAAGGCTTGATTTTGGGATCTCCTTGAAGGATTTAACTGCTTCAGCCTTGCCTTA
CGAGGAGGCTTTGTCGAATGGGAAGCCGACAGTGGTTGAGTTCTATGCTGATTGGTGTGA
GGTTTGTCGAGAACTAGCCCCTGATGTTTACAAAATCGAGCAACAATACAAGGACAAAGT
GAACTTTGTGATGCTAAATGTGGACAACACGAAATGGGAGCAAGAGCTGGATGAGTTTGG
TGTTGAAGGTATTCCTCATTTCGCTTTCCTCGATCGACAAGGGAACGAGGAAGGTAATGT
GGTCGGAAGGCTCCCGAGGCAGTATCTAGTTGAGAATGTCAATGCCCTTGCAGCCGGAAA
GCAATCAATTCCTCATGCTCGAGCCGTGGGACAGTACGGCAGCGCTGAAGCCCGCAAGGT
TCATCAGGTTACCGATCCCTTAAGCCATGGATAGATAGAGACATCACAAACTCTATAGTG
CACAAAAGTAGACAGTAAGGGGAACAACTGAAAAGTAGCAATGTTTCATATTTGATCAAA
TTGTAACTAAATGTTTGGTTTCGTTTTATTACATAATAACCTATAAAACTCTAAATC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3EQ44JQ 661 0 0
ATCTCCAAACAGTGATATTAACAGAAGAGTCGCTGTTGGTTCTGTTGTTGCCGCTTTGGC
CTTGTTTCTATCGACAAGGCTTGATTTTGGGATCTCCTTGAAGGATTTAACTGCTTCAGC
CTTGCCTTACGAGGAGGCTTTGTCGAATGGGAAGCCGACAGTGGTTGAGTTCTATGCTGA
TTGGTGTGAGGTTTGTCGAGAACTAGCCCCTGATGTTTACAAAATCGAGCAACAATACAA
GGACAAAGTGAACTTTGTGATGCTAAATGTGGACAACGCGAAATGGGAGCAAGAGCTGGA
TGAGTTTGGTGTTGAAGGTATTCCTCATTTCGCTTTCCTCGATCGACAAGGGAACGAGGA
AGGTAATGTGGTTGGAAGGCTCCCGAGGCAGTATCTAGTTGAGAATGTCAATGCCCTTGC
AGCCGGAAAGCAATCAATTCCTCATGCTCGAGCCGTGGGACAGTACAGCAGCGCTGAAGC
CCGCAAGGTTCATCAGGTTACCGATCCCTTAAGCCATGGATAGAGAGAGACATCACAAAC
TCTATAGTGCACAAAAGTAGACAGTAAGGGGAACAACTGAAAAGTAGCAATGTTTCATAT
TTGATCAAATTGTAACTAAATGTTTGGTTTCGTTTTATTACATAATAACTTATAAAACTC
C

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 3

CO CL2871Contig1 1338 3 7 U
GGCTTCCACAAATAAACAAAAAATCTTCTTCTTCGATCTCTGAACAGCCATGATCTTATG
TCTTCTCTTCAGATAAACGAAACGTTTCTCCTAATTGATTCATCCCTTTATCATGCTTCT
CAACACCATCACCCCTCTTCGAACACCATCTGTTTAGAGAAAGCGAGGATATCAGCATGA
TGCCAATACCTTGTAGGCTTGGAGCGATGGTGATCTTCCTGCCTAAACCAATCTGCTTTC
TCTGCGTTCCCATCCCTGCTTTCACCGGTAACTTGCTTAGCCTTAGGAAATAGTGCGTGC
TCTGAGGTCCCAGAAGAGTCCACTACAACCAACCTTAATCGGTCTCCTCTGATAACTGAT
TTCCTGAGAAAGTTTTGCCCAGCCGAGTTTGATTGTCTTAATGGAGACTGAAATGATGGA
GGTTTGACGCAGTACGCGTACTTCATGGAAGACTCGCCATAAAGAATAAGGGGATGGATC
ACAGAAACCAGGCCTGGTAAAATCAAAGCTAAGTTAAAATCAAGAAACATATTCTTATTT
TAGCTCCGGGCTCTTTGCTTTGTTTTACTTCATTTTCTACTATTTCTAATTATCATTTCT
GAGTATGCAGGCAGGATAACACGCTAGATTGAGATGCTTCCGTAAACAAGTTTTACATAC
AATAACTTTAAAGTTCTACAAGGCTATGTCTTGACTGAGCCGGCGGCTATAGTTGCTTCT
ATTTTTGCTGAAGAAGAGACTGAGAGGTACGAATCCTCTGGTTTGTTTTCTCCAGATGTG
GAGGCTAAGATTGTGGATCCGGATGCGGGTCGTGTCTTGGGGGTTAATTAGACTGGCATG
GCGAGCTCTGGTTCCAGAGTCCTACTGTGATGAACGGTTATTTCAAGAACGAAGAAGCTA
CTGCTTTTACTATTGATTCAGAAGGATGGTTGAGACTGGAGTTTTGTGTTACATTGACAG
TGAAGGTTTTGTCTTTGTTGTTGATAGATTAAAGGAGCTAATCTACTGCAATGCTTATCA
GAACTTATAAATTTGGTTAGGTTAGAAGCAGTGTTGCTAACTCATCCAGAGATTGCTGAT
GCAGCAGTAATACCGTCAGGCCTTGCTTTAAAACTTGCTTTATCTATACTATTAAAGCAG
GATCCTATTGGTTTTTTACTAAACTTACCCTTCTGTTATAAGGAAGTTGCATGTTTCATT
AAGGGTATTTCTGTTATTTTGTATCATTTTCAAGTAATGGGTCTTTTAATTATAAGCCCA
AACTTTTTCTGTTCCTTTAATTTCACGGTTTTGGGCTATTTGGGCCGATTTTAATATTTA
TCTAAGTTCACATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GP16TF U 1
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GG
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CACTACAACCAACCTTAATCGGTCTCCTCTGATAACTGATTTCCTGAGAAAGTTTTGCCC
AGCCGAGTTTGATTGTCTTAATGGAGACTGAAATGATGGAGGTTTGACGCAGTACGCGTA
CTTCATGGAAGACTCGCCATAAAGAATAAGGGGATGGATCACAGAAACCAGGCCTGGTAA
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ACGCTAGATTGAGATGCTTCCGTAAACAAGTTTTACATACAATAACTTTAAAGTTCTACA
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GGATGCGGGTCGTGTCTTGGGGGTTAATTAGACTGGCATGGCGAGCTCTGGTTCCAGAGT
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AATGGGTCTTTTAATTATAAGCCCAAACTTTTTCTGTTCCTTTAATTTCACGGTTTTGGG
CTATTTGGGCCGATTTTAATATTTATCTAAGTTCACATTTTCC

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DS 



AS 1 3

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CGCTGTCGAAGGGGGAGAATTCGGCGAAGGTTTTGATATTGGTGAAGCTAGCTCATCTAC
TCAGCTTCGCTACAGCTTGGGGAGCTGCTCTCTGGGCTACCTTCATCGGCGGAATCATCA
TGTTCAAGAACTTACCGAGGCATCAGTTCGGTAACCTTCAGAGCAAGATGTTTCCAGCTT
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TTGATGTGTGAATACTATTACAGAAGAGTAATGCCT


BQ
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AF RR3DI41TF U 1
AF RR3E593TF U 79
AF RR3E593JQ C 206
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QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3E593TF 678 0 0
G
CATCGGAAGCATCATCTCGGCGATGGGTTGGCTGACGAGATTCTTAACAGCGGTAGCGTT
TTTAGCCGCCGGAGTAATATTCTCACCGGAGACATTCGGATCGCTGTCGAAGGGGGAGAA
TTCGGCGAAGGTTTTGATATTGGTGAAGCTAGCTCATCTACTCAGCTTCGCTACAGCTTG
GGGAGCTGCTCTCTGGGCTACCTTCATCGGCGGAATCATCATGTTCAAGAACTTACCGAG
GCATCAGTTCGGTAACCTTCAGAGCAAGATGTTTCCAGCTTATTTCACTCTTGTTGGTTC
TTGCTGCGCCATTTCACTCTCTGCCTTTGGGTATCTGCATCCATGGAAGTCATCTTCTTC
TGTGGAGAAGTATCAGCTAGGGTTCCTTGGCTCGGCTTTTGCTTTCAATCTCACTAATTT
GCTCGTCTTCACTCCCATGACCATCGATATGATGAAGCAAAGGCACAAAGTAGAGAGAGA
GAACAACATTGGAGATGAAGTTGGTTGGTCCAAGAACAGGGAGAAGGCAAAGACTATCTC
TCAGCTAGCTGCCATGAACAAGAAGTTTGGTATGATTCACGGGTTATCATCTCCGCTAAC
ATCTTCTCTTTTGGAAGCCTTGCCATGCATTCTTGGTACCTTGCTGGGAAGATGGATCTC
TAAGTTTCTTGTCACAA

QA 2 678 2 678
DS 

RD RR3E593JQ 731 0 0
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TGCTCTCTGGGCTACCTTCATCGGCGGAATCATCATGTTCAAGAACTTACCGAGGCATCA
GTTCGGTAACCTTCAGAGCAAGATGTTTCCAGCTTATTTCACTCTTGTTGGTTCTTGCTG
CGCCATTTCACTCTCTGCCTTTGGGTATCTGCATCCATGGAAGTCATCTTCTTCTGTGGA
GAAGTATCAGCTAGGGTTCCTTGGCTCGGCTTTTGCTTTCAATCTCACTAATTTGCTCGT
CTTCACTCCCATGACCATCGATATGATGAAGCAAAGGCACAAAGTAGAGAGAGAGAACAA
CATTGGAGATGAAGTTGGTTGGTCCAAGAACAGGGAGAAGGCAAAGACTATCCCTCAGCT
AGCTGCCATGAACAAGAAGTTTGGTATGATTCACGGGTTATCATCTCCGCTAACATCTTC
TCTTTTGGAAGCCTTGCCATGCATTCTTGGTACCTTGCTGGGAAGATGGATCTCTAAGTT
TCTTGTCACAAAAGGTCTGAGCTTTTATGCCTCCCTTCATGAATAAAATCTCTTGCTTTG
TGAGATTATTATACCAGAAGGTGAAACAGTTTGTTATAATGATATCGTTTTTTTTTCTTT
TAAACACTAGATGTTTTCTTTTTTTTTTGAAATAATTGATGTGTGAATACTATTACAGAA
GAGTAATGCCT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

CO CL2873Contig1 1252 4 27 U
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CCTAACCTATGCTAAGGAGCTTGTGGCACGAATGGGTTTAGGTAAATCCGACACCGGAGT
TGAACCTCCAGAGTTTGGTGCCGCTGCTGATGGTGATGCAGACCGTAACATGATCCTTGG
TAAAAGGTTCTTTGTAACTCCTTCTGATTCAGTTGCTATAATTGCTGCAAATGCTATTGG
GGCCATACCGTACTTCAGCTCTGGTTTGAAAGGTGTTGCAAGGAGCATGCCGACCTCAGC
CGCTCTTGATGTCGTTGCAAAAAGCTTGAATCTGAAGTTCTTTGAGGTTCCAACAGGCTG
GAAGTTTTTCGGTAATCTGATGGATGCTGGAATGTGTTCTGTTTGCGGGGAAGAAAGTTT
TGGAACTGGCTCTGATCATATCCGTGAGAAAGATGGGATTTGGGCAGTACTTGCGTGGTT
GTCCATACTTGCTCACAAGAACAAGGAAAATCTTGGGGGTGACAATAAATTGGTGACGGT
TGAAGACATTGTCCGCAAACACTGGGCTACCTATGGTCGTCACTATTACACTCGTTACGA
CTATGAGAATGTAGATGCAGGTAAAGCTAAGGAACTGATGGAGCATTTGGTCAAACTGCA
ATCTTCAATCCCTGAAGTCAACAAGATGGTGAAAGGAATTCGTTCGGACGTGGCGAATGT
ATCCAGTGCAGATGAATTCGAGTACAAAGATCCAGTTGATGGCTCCATCTCCAAGCACCA
GGGAATCCGTTACTTGTTTGAAGATGGATCACGACTTGTCTTCCGTCTATCTGGAACTGG
CTCGGAAGGAGCAACCATCCGACTATACATTGAACAGTACGAGAAGGATGCTTCGAAAAC
CGGACGAGAGTCTCATGAAGCTCTGTCTCCTCTGGTGGACATAGCTCTGAAGCTGTCCAA
GATGGAGGAGTTCACTGGCCGATCAGCCCCCACCGTCATAACATAAGAGAAAAGGCGGGT
CAAGTGCAACGGTCTCAAATCATTCACTTCTTTGTCTGCGTGCGTCTTTTGGGGATGCTT
TTCTTTCTTCTCATTATATGATGCTATGAATAATTTAGTCTTGGGGAGGCTTTCATATTT
CATGACTTATCGTGAAGCTTATACTTGGATTTGTCTTTCTCGGTTTTTGTTATTTTACAT
GTATTACGTACGTACGTGATTAAGATTTGTTATTGCAGTTCAATGATTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H218TF U 1
AF RR3AR65TF U 137
AF RR3AR65JQ C 497
AF RR3EB55JQ C 931
BS 1 405 RR3H218TF
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RD RR3H218TF 721 0 0
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CCTAACCTATGCTAAGGAGCTTGTGGCACGAATGGGTTTAGGTAAATCCGACACCGGAGT
TGAACCTCCAGAGTTTGGTGCCGCTGCTGATGGTGATGCAGACCGTAACATGATCCTTGG
TAAAAGGTTCTTTGTAACTCCTTCTGATTCAGTTGCTATAATTGCTGCAAATGCTATTGG
GGCCATACCGTACTTCAGCTCTGGTTTGAAAGGTGTTGCAAGGAGCATGCCGACCTCAGC
CGCTCTTGATGTCGTTGCAAAAAGCTTGAATCTGAAGTTCTTTGAGGTTCCAACAGGCTG
GAAGTTTTTCGGTAATCTGATGGATGCTGGAATGTGTTCTGTTTGTGGGGAAGAAAGTTT
TGGAACTGGCTCTGATCATATCCGTGAGAAAGATGGGATTTGGGCAGTTCTTGCGTGGTT
GTCCATACTTGCTCACAAGAACAAGGGAAACCTTGAGGGTGACAATAAATTGGTGACGGT
TGAAGACATTGTCCGCAAACACTGGGCTACCTATGGCCGTCACTATTACACTCGTTACGA
CTATGAGAATGTAGATGCAGGTAAAGCTAAGGAACTGATGGAGCATTTGGTCAAACTGCA
ATCTTCA*TCCCTGAAGTCA**CAGATGGTGAAAGGA*TTCGTTCGGACGTGGCGGATGT
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3AR65TF 799 0 0
GGTGCCGCTGCTGATGGTGATGCAGACCGTAACATGATCCTTGGTAAAAGGTTCTTTGTA
ACTCCTTCTGATTCAGTTGCTATAATTGCTGCAAATGCTATTGGGGCCATACCGTACTTC
AGCTCTGGTTTGAAAGGTGTTGCAAGGAGCATGCCGACCTCAGCTGCTCTTGATGTCGTT
GCAAAAAGCTTGAATTTGAAGTTCTTTGAGGTTCCAACAGGCTGGAAGTTTTTCGGTAAT
CTGATGGATGCTGGAATGTGTTCTGTTTGCGGGGAAGAGAGTTTTGGAACTGGCTCTGAT
CATATCCGTGAGAAAGATGGGATTTGGGCTGTACTTGCGTGGTTGTCCATACTTGCTCAC
AAGAACAAGGAAAATCTTGGGGGTGACAATAAATTGGTGACGGTTGAAGACATTGTCCGC
AAACACTGGGCTACCTATGGTCGTCACTATTACACTCGTTACGACTATGAGAATGTAGAT
GCAGGTAAAGCTAAGGAACTGATGGAGCATTTGGTCAAACTGCAATCTTCAATCCCTGAA
GTCAACAAGATGGTGAAAGGAATTCGTTCGGACGTGGCGAATGTATCCAGTGCAGATGAA
TTCGAGTACAAAGATCCAGTTGATGGCTCCATCTCCAAGCACCAGGGAATCCGTTACTTG
TTTGAAGATGGATCACGACTTGTCTTCCGTCTATCTGGAACTGGCTCGGAAGGAGCAACC
ATCCGACTATACATTGAACAGTACGAGAAG*ATGCTTCGAAAACCGGACGAGAGTCTCAT
GAAGCTCTGTCTCCTCTGG

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3AR65JQ 756 0 0
AAGAACAAGGAAAATCTTGGGGGTGACAATAAATTGGTGACGGTTGAAGACATTGTCCGC
AAACACTGGGCTACCTATGGTCGTCACTATTACACTCGTTACGACTATGAGAATGTAGAT
GCAGGTAAAGCTAAGGAACTGATGGAGCATTTGGTCAAACTGCAATCTTCAATCCCTGAA
GTCAACAAGATGGTGAAAGGAATTCGTTCGGACGTGGCGAATGTATCCAGTGCAGATGAA
TTCGAGTACAAAGATCCAGTTGATGGCTCCATCTCCAAGCACCAGGGAATCCGTTACTTG
TTTGAAGATGGATCACGACTTGTCTTCCGTCTATCTGGAACTGGCTCGGAAGGAGCAACC
ATCCGACTATACATTGAACAGTACGAGAAGGATGCTTCGAAAACCGGACGAGAGTCTCAT
GAAGCTCTGTCTCCTCTGGTGGACATAGCTCTGAAGCTGTCCAAGATGGAGGAGTTCACT
GGCCGATCAGCCCCCACCGTCATAACATAAGAGAAAAGGCGGGTCAAGTGCAACTGTCTC
AAATCATTCACTTCTTTGTCTGCGTGCGTCTTTTGGGGATGCTTTTCTTTCTTCTCATTA
TATGATGCTATGAATAATTTAGTCTTGGGGAGGCTTTCATATTTCATGACTTATCGTGAA
GCTTATACTTGGATTTGTCTTTCTCGGTTTTTGTTATTTTACATGTATTACGTACGTACG
TGATTAAGATTTGTTATTGCAGTTCAATGATTTTGC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3EB55JQ 311 0 0
TCTGGTGGACATAGCTCTGAAGCTGTCCAAGATGGAGGAGTTCACTGGCCGATCAGCCCC
CACCGTCATAACATAAGAGAAAAGGCGGGTCAAGTGCAACGGTCTCAAATCATTCACTTC
TTTGTCTGCGTGCGTCTTTTGGGGATGCTTTTCTTTCTTCTCATTATATGATGCTATGAA
TAATTTAGTCTTGGGGAGGCTTTCATATTTCATGACTTATCGTGAAGCTTATACTTGGAT
TTGTCTTTCTCGGTTTTTGTTATTTTACATGTATTACGTACGTACGTGATTAAGATTTGT
TATTGCAGTTC

QA 1 311 1 311
DS 



AS 1 4

CO CL2874Contig1 870 4 11 U
GCAACGAATATGGTGATAGAGTGAAGCATTTGGAACCAATAACACATGGAGACTACCCTC
AGACCATGAAAGATAACGTTGGTGCTAGATTACCGTCGTTTACAGCCAAGCAGAAGGAGA
AACTGAAGGGTTCTTGTGATTTTATTGGTGTCAACTACTTCACTTCTGCATTTGTTTCTC
ATGTGGACACTGTTGATCAAGAGAGGCCGAGCTGGGAAGCTGATTCTAGCTTCAAGTTAC
ATTCACAAAATCCAGATGGGTACAAGATTGGTTCTCAGCCGGCTACTGCCAAATATCCAG
TGTGTGCTGATGGGTTAAGAAAAGTTTTGAAATACATCAAAGAGAACTATGATGACCCGG
AGATCATCGTCACTGGAAACGGGTACAAGGAGACACTTGGAGAGAAAGATGTACTTCCTG
ATGCCCTCAGCGACAGTAACAGAAAGTATTATCATATGAGACATCTCATGGCATTACATG
GAGCAGTCTGTGAGGACAAGGTAAATGTTAAAGGGTACTTTGTGTCGTCGCTTATGGATG
GACTAGAGTGGGAAGATGGATACAAGACGAGGTCCGGACTGTACTATGTTGACTACGCAC
ACAACATGGAAAGGCACGAGAAACAATCTGCCAAGTGGCTCTCTAAGCTACTTGAGAAAG
CTCCTATTCAGTCCAAGGTAGATTTGGAATCAAGGAAGGAGTTATAAATATGATCAGAGA
AGATACTATAATATGCTTTCCACAAATCTCTGTTCAACCGCTCATATTATGTAATGTGTG
TGTTCCTCTTCCTTTATATCGTCAAAAGAGTTTACGAGAACGATATATGTAGCTATGTAA
TAGTAATCAATAAATAAAGAACCTTCTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR3GT94TF U 1
AF RR3GT94JQ C 143
AF RR3G820JQ C 396
AF RR3G820TF U 396
BS 1 442 RR3GT94TF
BS 443 443 RR3G820TF
BS 444 574 RR3GT94TF
BS 575 575 RR3G820TF
BS 576 605 RR3GT94TF
BS 606 606 RR3G820TF
BS 607 649 RR3GT94TF
BS 650 650 RR3G820TF
BS 651 690 RR3GT94TF
BS 691 865 RR3G820TF
BS 866 870 RR3G820JQ

RD RR3GT94TF 690 0 0
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AGACCATGAAAGATAACGTTGGTGCTAGATTACCGTCGTTTACAGCCAAGCAGAAGGAGA
AACTGAAGGGTTCTTGTGATTTTATTGGTGTCAACTACTTCACTTCTGCATTTGTTTCTC
ATGTGGACACTGTTGATCAAGAGAGGCCGAGCTGGGAAGCTGATTCTAGCTTCAAGTTAC
ATTCACAAAATCCAGATGGGTACAAGATTGGTTCTCAGCCGGCTACTGCCAAATATCCAG
TGTGTGCTGATGGGTTAAGAAAAGTTTTGAAATACATCAAAGAGAACTATGATGACCCGG
AGATCATCGTCACTGGAAACGGGTACAAGGAGACACTTGGAGAGAAAGATGTACTTCCTG
ATGCCCTCAGCGACAGTAACAGGAAGTATTATCATATGAGACATCTCATGGCATTACATG
GAGCAGTCTGTGAGGACAAGGTAAATGTTAAAGGGTACTTTGTGTCGTCGCTTATGGATG
GACTAGAGTGGGAAGATGGATACAAGACGAGGTCTGGACTGTACTATGTTGACTACGCAC
ACAACTTGGAAAGGCACGAGAAACAATCTGCCAAGTGGCTCTCTAAGCTCCTTGAGAAAG
CTCCTATTCAGTCCAAGGTAGATTTGGAAT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3GT94JQ 728 0 0
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GAGGCCGAGCTGGGAAGCTGATTCTAGCTTCAAGTTACATTCACAAAATCCAGATGGGTA
CAAGATTGGTTCTCAGCCGGCTACTGCCAAATATCCAGTGTGTGCTGATGGGTTAAGAAA
AGTTTTGAAATACATCAAAGAGAACTATGATGACCCGGAGATCATCGTCACTGGAAACGG
GTACAAGGAGACACTTGGAGAGAAAGATGTACTTCCTGATGCCCTCAGCGACAGTAACAG
GAAGTATTATCATATGAGACATCTCATGGCATTACATGGAGCAGTCTGTGAGGACAAGGT
AAATGTTAAAGGGTACTTTGTGTCGTCGCTTATGGATGGACTAGAGTGGGAAGATGGATA
CAAGACGAGGTCTGGACTGTACTATGTTGACTACGCACACAACTTGGAAAGGCACGAGAA
ACAATCTGCCAAGTGGCTCTCTAAGCTCCTTGAGAAAGCTCCTATTCAGTCCAAGGTAGA
TTTGGAATCAAGGAAGGAGTTATAAATATGATCAGAGAAGATACTATTATATCCTTTCCA
CAAATCTCTGTTCAACCGCTCATATTATGTAATGTGTGTGTTCCTCTTCCTTTATATCTT
CAAAAGAGTTTACGAGAACGATATATGTAGCTACGTAATAGTAATCAATAAATAAAGAAC
CTT
GTGTC

QA 1 723 1 723
DS 

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G
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QA 2 475 2 475
DS 

RD RR3G820TF 475 0 0
G
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TGAGACATCTCATGGCATTACATGGAGCAGTCTGTGAGGATAAGGTGAATGTTAAAGGGT
ACTTTGTGTCGTCGCTTATGGATGGACTAGAGTGGGAAGATGGATACAAGACGAGGTCCG
GACTGTACTATGTTGACTACGCACACAACATGGGACGGCACGAGAAACAATCTGCTAAGT
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AGGAGTTATAAATATGATCAGAGAAGATACTATAATATGCTTTCCACAAATCTCTGTTCA
ACCGCTCATATTATGTAATGTGTGTGTTCCTCTTCCTTTATATCGTCAAAAGAGTTTACG
AGAACGATATATGTAGCTATGTAATAGTAATCAATAAATAAAGAACCTT
CTGAC

QA 2 470 2 470
DS 



AS 1 4

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TTCTGTCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3GI84JQ U 18
AF RR3GQ84JQ U 1
AF RR3GQ84TF C 1
AF RR3GI84TF C 18
BS 1 213 RR3GQ84JQ
BS 214 216 RR3GI84JQ
BS 217 296 RR3GQ84JQ
BS 297 297 RR3GI84JQ
BS 298 404 RR3GQ84JQ
BS 405 405 RR3GI84JQ
BS 406 548 RR3GQ84JQ

RD RR3GI84JQ 393 0 0
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TCTTCTTCTTGCTGACTTAGGTGGGGGATTTGGCTTTGGACTTGATCATTAGGAGCAGCA
TCTTCTTCTTCTTCTTCTTGCAGACTTAGGTGGAGCATTTGGCTTTGGACTTGATCATTA
GGAGCAGCATCTTTTTCTTCTGAACTTGATCCGAGGATTCGGCTTTGGACTTGATCATTA
GGAGCAGCATCTTCTTCTTTTGAACTTGATCCGAGCTTCTTACTTTTTCTGTCCCTTGAT
GCCTTAGCCTGGCGCTTCATGATTCTCCCCACC

QA 1 393 1 393
DS 

RD RR3GQ84JQ 548 0 0
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TAAGTTAAACAACATCTTCTTCTTCTTGCTGACTTAGGTGGGGGATTTGGCTTTGGACTT
GATCATTAGGAGCAGCATCTTCTTCTTCTTCTT***GCAGACTTAGGTGGAGCATTTGGC
TTTGGACTTGATCATTAGGAGCAGCATCTTTTTCTTCTGAACTTGATCCGAGGATTTGGC
TTTGGACTTGATCATTAGGAGCAGCATCTTCTTCTTTTGAACTTGATCCGAGCTTCTTAC
TTTTTCTGTCCCTTGATGCCTTAGACCGGCGCTTCATGATTCTCTCCACCGCAGCATAAT
CAATATTAGTGCGCCCTGGCATATGAGAAGTACAAAAGAACACTGGCCTACGCGCATTCG
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TTCTGTCC

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DS 

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TAAGTTAAACAACATCTTCTTCTTCTTGCTGACTTAGGTGGGGGATTTGGCTTTGGACTT
GATCATTAGGAGCAGCATCTTCTTCTTCTTCTT***GCAGACTTAGGTGGAGCATTTGGC
TTTGGACTTGATCATTAGGAGCAGCATCTTTTTCTTCTGAACTTGATCCGAGGATTTGGC
TTTGGACTTGATCATTAGGAGCAGCATCTTCTTCTTTTGAACTTGATCCGAGCTTCTTAC
TTTTTCTGTCCCTTGATGCCTTAGACCGGCGCTTCATGATTCTCTCCACCGCAGCATAAT
CAATATTAGTGCGCCCTGGCATATGAGAAGTACAAAAGAACACTGGCCTACGCGCATTCG
AGAGGCGCCGCCTACCGGTACCATAATAATTATCAGCTCTTAGATACAGCATTGCAACAC
TTCTGTCC

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DS 

RD RR3GI84TF 531 0 0
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TCTTCTTCTTGCTGACTTAGGTGGGGGATTTGGCTTTGGACTTGATCATTAGGAGCAGCA
TCTTCTTCTTCTTCTTCTTGCAGACTTAGGTGGAGCATTTGGCTTTGGACTTGATCATTA
GGAGCAGCATCTTTTTCTTCTGAACTTGATCCGAGGATTCGGCTTTGGACTTGATCATTA
GGAGCAGCATCTTCTTCTTTTGAACTTGATCCGAGCTTCTTACTTTTTCTGTCCCTTGAT
GCCTTAGCCTGGCGCTTCATGATTCTCCCCACCGCAGCATAATCAATATTAGTGCGCCCT
GGCATATGAGAAGTACAAAAGAACACTGGCCTACGCGCATTCGAGAGGCGCCGCCTACCG
GTACCATAATAATTATCAGCTCTTAGATACAGCATTGCAACACTTCTGTCC

QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 4

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ATTTGTTTTCTTTACATCAATATACATTAATTTAGTGTCCTTGGAGGAAGTGAATTGATC
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GGAAGCTGTTTCAATGGTCTTGATACATTCAAGAACAGATGCATTGTTGGACATTGCAGC
CATTAGAGCTTCATGGATGGTCCTGTTGTTCTTTAGAAGAGAAGCAGAATAAAGAACAGC
CCATCTAGTTAGATTTTGCTGCTGTTCATTGCTGATTTTAGGTTGGCTCCTGTTGATGAA
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GGCGGCAAGTCCAGCCAT*GCAACAGCAGCCAACCTATCAAGCTCCTTAGAGTCAAGCTG
ACCGCTGTATATTAGTTTAGCAAGCCTCTCGTCGATGAGATTAACGTGTTCTTTACCAAT
ATCTAACGAGTAGCCGAGGATTGGAAGTCCAATTAAGTAAGCCACTAAGAAGTGGGCTGC
TTCATGTGCAGCAAGACGTTCTTGATAATCAGGGAAGAACGTCGAAAAACCCGGAAATAG
CAGCTTGAAGAAGCCCCGGTGAAACGCTTCCCACGCCCAAAACTACCAAGGATATGCTCC
CGACTAAGTAAGGCACAAAGAATCCCCAGTCCCCGGGAAGTTGGCCGGCAATTACAGCTA
AGACGCTCGTTGTTCCGACAACAGTTACAAGAAACGCAGCATCGTTCCTGACACTAGGGA
TGGCAAGATTCTCTGCATTCTTGATTCCGAGATTTGTCAGCTCCCGAAGCGACGTCGTAC
GACGCGACATGTAAGGCTGAGAACTCCATTTCTTAGCCCAACCTTCTTCACTCAATTGGT
CCAGAGCTTCCTTCACGCCACTACTATCTTTCTTGTTAATGGCGGACTCGAGGGTACTCA
AATCAAACCCAGGGGAAGCCGCCGAAGAAGAAGACGAAACCGCTGCCTGAATCGGTGGGT
TTCGAGGACGACGTAACTGGAAGCTGTAATGACGGCGAAACGAAGCAATGCCCGAGGAAG
AAACAGCTAATGCAACCATTGTTTTCTTTCTCGGAGTTTCACGAACCAAGAATCAGACAA
TGCTTCTTCTTCTTCTCGGACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3A318TF C 358
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AGCCCATCTAGTTAGATTTTGCTGCTGTTCATTGCTGATTTTAGGTTGGCTCCTGTTGAT
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CTGACCGCTGTATATTAGTTTAGCAAGCCTCTCGTCGATGAAATTAACGTGTTCTTTACC
AATATCTAACGAGTAGCCGAGGATTGGAAGTCCAATTAAGTAAGCCACTAAGAAGTGGGC
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TACGACGCGACATG

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TCATGTGCAGCAAGACGTTCTTGATAATCAGGGAAGAACGTCGAAAAACCCGGAAATAGC
AGCTTGAAGAAGCCCCGGTGAAACGCTTCCCACGCCCAAAACTACCAAGGATATGCTCCC
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GCTTCTTCTTCTTCTCGGACCC

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DS 



AS 1 3

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TCTCTTCTCTTCTCCTCTCTGCCTATCAATCATAGGTGGGGATCAGGGATCTCGATTCCA
ATGTCTTACGCTTACCTCTTCAAGTACATCATCATCGGCGATACAGGAGTAGGGAAATCA
TGCCTTCTGCTACAGTTCACGGACAAGAGGTTTCAGCCGGTGCATGATCTCACCATTGGT
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ATAAAGACAGCGGCAACAATATACAAAAAGATCGAAGATGGTGTGTTTGATGTGTCAAAT
GAGTCGTATGGAATTAAAGTTGGATATGGAGGAATCCCGGGGCCATCAGGTGGAAGAGAC
GGATCCACATCGCAAGGAGGAGGTTGCTGCGGCTAAGATGGGGAATAGTGTTTTTTTTAT
CATATAAGCAAAAATTTTTTCTGTTTAAACTATATAATAGTTGTAAATCGTTTGGTTTTC
GATTTGGTGACTTGTCTTGTGGTGGATTTCGGATTATTCATTTATATATAATATGTGTTT
TGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3F810TF U 35
AF RR3GG04TF U 1
AF RR3GG04JQ C 488
BS 1 303 RR3GG04TF
BS 304 304 RR3F810TF
BS 305 709 RR3GG04TF
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BS 723 734 RR3GG04TF
BS 735 903 RR3GG04JQ

RD RR3F810TF 661 0 0
GG
GAAATAGATTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCCTCTCTGCCTATCAATCATAGG
TGGGGATCAGGGATCTCGATTTCAATGTCTTACGCTTACCTCTTCAAGTACATCATCATC
GGCGATACAGGAGTAGGGAAATCATGCCTTCTGCTACAGTTCACGGACAAGAGGTTTCAG
CCGGTGCATGATCTCACCATTGGTGTTGAATTTGGGGCTAGGATGATCACCATCGACAAC
AAGCCCCTCAAACTCCAGATCTGGGATACGGCTGGTCAAGAATCTTTCAGGTCTATTACA
AGGTCTTACTATAGAGGTGCTGCAGGTGCATTGCTTGTCTATGATATCACAAGGAGGGAG
ACGTTTAACCATCTAGCTAGCTGGCTAGAGGATGCGAGGCAGCATGCAAATGCAAATATG
ACGATAATGCTCATTGGGAATAAGTCTGATCTTGACCACAGGAGGGCAGTGACCACGGAG
GAAGGAGAGCAGTTTGCAAAGGAGCACGGTCTTATTTTCATGGAAGCCTCTGCCAAGACT
GCTCAGAATGTCGAAGAAGCATTCATAAAGACAGCGGCAACAATATACAAAAAGATCGAA
GATGGTGTGTTTGATGTGTCAAATGAGTCGTATGGAATTAAAGTTGGATATGGAGGAAT

QA 3 661 3 661
DS 

RD RR3GG04TF 734 0 0
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TCTCTTCTCTTCTCCTCTCTGCCTATCAATCATAGGTGGGGATCAGGGATCTCGATTCCA
ATGTCTTACGCTTACCTCTTCAAGTACATCATCATCGGCGATACAGGAGTAGGGAAATCA
TGCCTTCTGCTACAGTTCACGGACAAGAGGTTTCAGCCGGTGCATGATCTCACCATTGGT
GTTGAATTTGGGGCTAGGATGATCACCATCGACAACAAGCCCCTCAAACTCCAGATCTGG
GATGCGGCTGGTCAAGAATCTTTCAGGTCTATTACAAGGTCTTACTATAGAGGTGCTGCA
GGCGCATTGCTTGTCTATGATATCACAAGGAGGGAGACGTTTAACCATCTAGCTAGCTGG
CTAGAGGATGCGAGGCAGCATGCAAATGCAAATATGACGATAATGCTCATTGGGAATAAG
TCTGATCTTGACCACAGGAGGGCAGTGACCACGGAGGAAGGAGAGCAGTTTGCAAAGGAG
CACGGTCTTATTTTCATGGAAGCCTCTGCCAAGACTGCTCAGAATGTCGAAGAGGCATTC
ATAAAGACAGCGGCAACAATATACAAAAAGATCGAAGATGGTGTGTTTGATGTGTCAAAT
GAGTCGTATGGAATTAAAGTTGGATATGGAGGAATCCCGGGGCCATCAG*TGGAAGAGAC
G*ATCCACATCGCA

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3GG04JQ 416 0 0
TTGACCACAGGAGGGCAGTGACCACGGAGGAAGGAGAGCAGTTTGCAAAGGAGCACGGTT
TTATTTTCATGGAAGCCTCTGCCAAGACTGCTCAGAATGTCGAAGAGGCATTCATAAAGA
CAGCGGCAACAATATACAAAAAAATCGAAGATGGTGTGTTTGATGTGTCAAATGAGTCGT
ATGGAATTAAAGTTGGATATGGAGGAATCCCGGGGCCATCAGGTGGAAGAGACGGATCCA
CATCGCAAGGAGGAGGTTGCTGCGGCTAAGATGGGGAATAGTGTTTTTTTTATCATATAA
GCAAAAATTTTTTCTGTTTAAACTATATAATAGTTGTAAATCGTTTGGTTTTCGATTTGG
TGACTTGTCTTGTGGTGGATTTCGGATTATTCATTTATATATAATATGTGTTTTGC

QA 1 416 1 416
DS 



AS 1 4

CO CL2878Contig1 1130 4 9 U
GGATAAACACTTCCCCCTTTGAGTCACCAATAAGATCAAACATGTTGAAAACAACCACGA
AGGCGACCCTTCTCCGTTTCTTTCTCGCCGCCTTGGTTCTGATGGACCAAACTTCCTCCA
CCGCCACATACAACCCGACCTCCTCCGCCCCCACAGACACGTTCATATTCGCAAAGTGTT
CACCTGACAAATTCTCACCTGGCTCCGCCTACGAGACCAACCTCAAATCCCTTCTCTCTT
CCCTCGTCAGCTCCACCGTCGCCAGCCGATACAATAACCTCACCGTTGGGGTAAAACCCG
AACCGGCCGCTACGGTATATGGTCTCTTCCAGTGCAGCGTTGACCTTGACGCAACATCTT
GCTCATCATGCATATCACGCGCCATAGAACTGGTCGGAAGCACATGTCCCAACTCGTACT
CAGTGTTCTTGCAGATGCAAAGTTGTCTGGTCCGGTTCGACAAGAACTCGTTCTTTGGCG
TTCAGGACAAAACAGAGATGCTCCAGAAATGTGGACAGCCGTTGGGATTCAACGACCAAG
ATGCGTTGACCAGAGTCAGTGACGTCATGGGTTCTTTAAGTTCAGGAACTGGACCCGACA
GGACTGGAGGGAACGGGGATGTTGGGGGTGTGGCTCAGTGCATGGGTGATCTAAGTTCAG
CACAGTGTCAAGATTGCTTGACTGATGCAATCGGACGGCTCAGATCTGATTGTGGAATGT
CCCAGGGAGGATACGTTTACTTGTCCAAGTGTTACGCGCGTTTTAGCTACGGTGGTAGTC
ACGCACGTCAGACCCCAAACTCAAACTTTGGAGAAGGCAAAGACGATAAAGATAATGGCG
GCATCGGAAAAACATGGGCGATTATAATAGGGATCATCACCTTAGTCATCTTGCTCGTCG
TGTTTCTCGCTTTTATTGGAAAGCTATTGAGAAAACTACAAGACGAGAAATGTTGTAAAT
GAATGGTAAAAGTGGGAAAGAGATCAATCAACAACTCGAGTCAAGCAGTGCTAGTTTTAT
TTTTGTAAAAAAGAAAATTGTGACCCGCTGTCTCACAAGATGTAGTTATATAGTGTTTCA
ACGATTGTATTTTGGACTCGATTTTAGTATATTATTACCGGACTTCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ88TF U 1
AF RR3EK78TF U 21
AF RR3EK78JQ C 565
AF RR3EZ88JQ C 313
BS 1 74 RR3EZ88TF
BS 75 75 RR3EK78TF
BS 76 210 RR3EZ88TF
BS 211 211 RR3EK78TF
BS 212 579 RR3EZ88TF
BS 580 721 RR3EK78TF
BS 722 855 RR3EZ88JQ
BS 856 856 RR3EK78JQ
BS 857 1130 RR3EZ88JQ

RD RR3EZ88TF 579 0 0
GGATAAACACTTCCCCCTTTGAGTCACCAATAAGATCAAACATGTTGAAAACAACCACGA
AGGCGACCCTTCTCTGTTTCTTTCTCGCCGCCTTGGTTCTGATGGACCAAACTTCCTCCA
CCGCCACATACAACCCGACCTCCTCCGCCCCCACAGACACGTTCATATTCGCAAAGTGTT
CACCTGACAAATTCTCACCTGGCTCCGCCTGCGAGACCAACCTCAAATCCCTTCTCTCTT
CCCTCGTCAGCTCCACCGTCGCCAGCCGATACAATAACCTCACCGTTGGGGTAAAACCCG
AACCGGCCGCTACGGTATATGGTCTCTTCCAGTGCAGCGTTGACCTTGACGCAACATCTT
GCTCATCATGCATATCACGCGCCATAGAACTGGTCGGAAGCACATGTCCCAACTCGTACT
CAGTGTTCTTGCAGATGCAAAGTTGTCTGGTCCGGTTCGACAAGAACTCGTTCTTTGGCG
TTCAGGACAAAACAGAGATGCTCCAGAAATGTGGACAGCCGTTGGGATTCAACGACCAAG
ATGCGTTGACCAGAGTCAGTGACGTCATGGGTTCTTTAA

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3EK78TF 701 0 0
GG
GTCACCAATAAGATCAAACATGTTGAAAACAACCACGAAGGCGACCCTTCTCCGTTTCTT
TCTCGCCGCCTTGGTTCTGATGGACCAAACTTCCTCCACCGCCACATACAACCCGACCTC
CTCCGCCCCCACAGACACGTTCATATTCGCAAAGTGTTCACCTGACAAATTCTCACCTGG
CTCCGCCTACGAGACCAACCTCAAATCCCTTCTCTCTTCCCTCGTCAGCTCCACCGTCGC
CAGCCGATACAATAACCTCACCGTTGGGGTAAAACCCGAACCGGCCGCTACGGTATATGG
TCTCTTCCAGTGCAGCGTTGACCTTGACGCAACATCTTGCTCATCATGCATATCACGCGC
CATAGAACTGGTCGGAAGCACATGTCCCAACTCGTACTCAGTGTTCTTGCAGATGCAAAG
TTGTTTGGTCCGGTTCGACAAGAACTCGTTCTTTGGCGTTCAGGACAAAACAGAGATGCT
CCAGAAATGTGGACAGCCGTTGGGATTCAACGACCAAGATGCGTTGACCAGAGTCAGTGA
CGTCATGGGTTCTTTAAGTTCAGGAACTGGACCCGACAGGACTGGAGGGAACGGGGATGT
TGGGGGTGTGGCTCAGTGCATGGGTGATCTAAGTTCAGCACAGTGTCAAGATTGCTTGAC
TGATGCAATCGGACGGCTCAGATCTGATTGTGGAATGTC

QA 3 701 3 701
DS 

RD RR3EK78JQ 370 0 0
TCATGGGTTCTTTAAGTTCAGGAACTGGACCCGACAGGACTGGAGGGAACGGGGATGTTG
GGGGTGTGGCTCAGTGCATGGGTGATCTAAGTTCAGCACAGTGTCAAGATTGCTTGACTG
ATGCAATCGGACGGCTCAGATTTGATTGTGGAATGTCCCAGGGAGGATACGTTTACTTGT
CCAAGTGTTACGCGCGTTTTAGCTACGGTGGTAGTCACGCACGTCAGACCCCAAACTCAA
ACTTTGGAGAAGGCAAAGACGATAAAGATAATGGCGGCATCGGAAAAACATGGG*GATTA
TAATAGGGATCATCCCCTTAGTCATTTTGCTCGTCGTGTTTCTCGCTTTTATTGGAAAGC
TATTGAGAAA

QA 1 370 1 370
DS 

RD RR3EZ88JQ 818 0 0
TACGGTATATGTCTC
TCCAGTGCAGCGTTGACCT*GACGCAACATCTTGCTCATCATGCATATCACGCGCCATAG
AACTGGTCGGAAGCACATGTCCCAACTCGTACTCAGTGTTCTTGCAGATGCAAAGTTGTC
TGGTCCGGTTCGACAAGAACTCGTTCTTTGGCGTTCAGGACAAAACAGAGATGCTCCAGA
AATGTGGACAGCCGTTGGGATTCAACGACCAAGATGCGTTGACCAGAGTCAGTGACGTCA
TGGGTTCTTTAAGTTCAGGAACTGGACCCGACAGGACTGGAGGGAACGGGGATGTTGGGG
GTGTGGCTCAGTGCATGGGTGATCTAAGTTCAGCACAGTGTCAAGATTGCTTGACTGATG
CAATCGGACGGCTCAGATCTGATTGTGGAATGTCCCAGGGAGGATACGTTTACTTGTCCA
AGTGTTACGCGCGTTTTAGCTACGGTGGTAGTCACGCACGTCAGACCCCAAACTCAAACT
TTGGAGAAGGCAAAGACGATAAAGATAATGGCGGCATCGGAAAAACATTGGCGATTATAA
TAGGGATCATCACCTTAGTCATCTTGCTCGTCGTGTTTCTCGCTTTTATTGGAAAGCTAT
TGAGAAAACTACAAGACGAGAAATGTTGTAAATGAATGGTAAAAGTGGGAAAGAGATCAA
TCAACAACTCGAGTCAAGCAGTGCTAGTTTTATTTTTGTAAAAAAGAAAATTGTGACCCG
CTGTCTCACAAGATGTAGTTATATAGTGTTTCAACGATTGTATTTTGGACTCGATTTTAG
TATATTATTACCGGACTTCTTTT

QA 16 818 16 818
DS 



AS 1 4

CO CL2879Contig1 1113 4 3 U
GGGTCCTCCACAATACAGAACAGGGCCGTGAAGTCAGAGAGACAGAGGGAGAGAGACACA
CAAAGAGAATTTCGCCGGAGAAATTAGCGGTTACGGTGGTCTTACTCAGTAACAAGACAT
CAGAATCTCCAGTCCCTTCTTCCCCCAGGAAAAATCATCGGTCTCTTATTATACAATCGG
AGAAAGAAGCTCGAGAAATGTCGTCGTTAGAACAAGAAATGTTCTTACAGTGGGGAAACA
AGAAGAGAATGAGACGCCTAAGAGCCGCCAACAAGGACAAACACATCTCACGCCGCGAAT
CTAATTCCTCATCAGCTCCTCAATACTCAGATCTGGAGGACTAGCAGAGAAAGAGAAAGA
GAAAGAGAAAGAGGAGAGGTATTACACTACGAGAGCTGTAGTTGATACAATTGGGAAAGC
TTGCTTATTAGATGGAGAAGACAGCAATAGCAAGGGAGAGGAGCTTCGTTGCGCAAATCG
GTGAAGAGAGAGATAGAGAGAAGATGTCTTCGTTTCTAAAAACCTTCCTCGACCCAAAGA
AGAACTTCCTCGCTCGTATGCACATGAAAGCCGTCTCCACTCGCCTCCGTAGATACGGTC
TGAGGTACGACGACACGTACGATCAGTATTACCACATGGACATCAAAGAGGCCCTGAACA
GATTGCCCAGGGAGGTCGTCGACGCTCGTAACCAGCGTCTCAAGCGTGCCATGGATCTCT
CCATGAAGCACGAGTATCTTTCCGAGGAACTTCAGGCGTTGCAGACTCCATTCCGTAGCT
ACCTTCAGGAGATGCTGGCTCTCGTTGAGAGAGAAAGAAAGGAACGTGAAGCCTTGGGAG
CTTTGCCACTCTACCAGCGCACTCTTCCTTAAGCATATTTTCCCACCCTTTTCTTATGAT
GATGATCAACTCTTCTTCTCTGCATAAAACTCATCTCCAAATGGATGACATTTATATTTT
CGAAATCATATTCTGAACCTGAGCTGTTTACTCTCTTAAAATGCATAAGTCTTGTAATAG
TTTCTCTAAACCTGGGATATGTTACTCGTCTGTTGTTACATTTTCATGTTTGCTGGTTTG
AATAAAATCGAAACACAAGTCTGGTTTTAAAAG


BQ
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AF RR3AD66TF U 1
AF RR3AD66JQ C 249
AF RR3H495JQ C 460
AF RR3H495TF U 460
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BS 565 1088 RR3H495TF
BS 1089 1113 RR3AD66JQ

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CTAATTCCTCATCAGCTCCTCAATACTCAGATCTGGAGGACTAGCAGAGAAAGAGAAAGA
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TTGCTTATTAGATGGAGAAGACAGCAATAGCAAGGGAGAGGAGCTTCGTTGCGCAAATCG
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AGAACTTCCTCGCTCGTATGCACA

QA 1 564 1 564
DS 

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TCATCAGCTCCTCAATACTCAGATCTGGAGGACTAGCAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGA
AAGAGGAGAGGTATTACACTACGAGAGCTGTAGTTGATACAATTGGGAAAGCTTGCTTAT
TAGATGGAGAAGACAGCAATAGCAAGGGAGAGGAGCTTCGTTGCGCAAATCGGTGAAGAG
AGAGATAGAGAGAAGATGTCTTCGTTTCTAAAAACCTTCCTCGACCCAAAGAAGAACTTC
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GACGACACGTACGATCAGTATTACCACATGGACATCAAAGAGGCCCTGAACAGATTGCCC
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ACTCTTCTTCTCTGCATAAAACTCATCTCCAAATGGATGACATTTATATTTTCGAAATCA
TATTCTGAACCTGAGCTGTTTACTCTCTTAAAATGCATAAGTCTTGTAATAGTTTCTCTA
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TGCAGACTCCATTCCGTAGCTACCTTCAGGAGATGCTGGCTCTCGTTGAGAGAGAAAGAA
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TTCCCACCCTTTTCTTATGATGATGATCAACTCTTCTTCTCTGCATAAAACTCATCTCCA
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AATGCATAAGTCTTGTAATAGTTTCTCTAAACCTGGGATATGTTACTCGTCTGTTGTTAC
ATTTTCATGTTTGCTGGTTTGAATAAAATCGAAACACAAGTCTGGTTTT
C

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DS 

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AAACCTTCCTCGACCCAAAGAAGAACTTCCTCGCTCGTATGCACATGAAAGCCGTCTCCA
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ACATCAAAGAGGCCCTGAACAGATTGCCCAGGGAGGTCGTCGACGCTCGTAACCAGCGTC
TCAAGCGTGCCATGGATCTCTCCATGAAGCACGAGTATCTTTCCGAGGAACTTCAGGCGT
TGCAGACTCCATTCCGTAGCTACCTTCAGGAGATGCTGGCTCTCGTTGAGAGAGAAAGAA
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TTCCCACCCTTTTCTTATGATGATGATCAACTCTTCTTCTCTGCATAAAACTCATCTCCA
AATGGATGACATTTATATTTTCGAAATCATATTCTGAACCTGAGCTGTTTACTCTCTTAA
AATGCATAAGTCTTGTAATAGTTTCTCTAAACCTGGGATATGTTACTCGTCTGTTGTTAC
ATTTTCATGTTTGCTGGTTTGAATAAAAT

QA 1 629 1 629
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2881Contig1 1080 4 8 U
GGAGACAGAGAAAGCCCTAAATCCACCAAAGACTTCTTTTCTCCTCGCTGTCGTTTCTGT
CTTCTTTCCTTAACATTTCACCGACGACGAATCCAACTCTCATCTTCTTCTCTTCTCTTC
TCTTCCCTCTAAGAGTTTCAGGTTTTTAGTTGGGTACTTCAGAACAGCAGATACTTTGGT
TCTAGATAATTGTCAACAAAGATGGATGATTGGGAGGCTGACGATTTTCAACCACTTCCT
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GACTCCTGGGAGGAGGATGATGAACCTGTTCCTCCTGCACCTGTAGTAAAGCCTGCTACT
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GAAAAAAGTATCAATATTTTTATTCCCAAGTCTGAAAGCGATTTCTTGGAATATGCTGAA
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TCCGTTACTGCAATAGCAAACGAAAAACTCAAGGCAGAGAAAGAAGCTGCTGCTGGCAAA
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GGTCCTTATGGCGCTATGGACGATGATGATTTCATGTAAAAATTGCATTTTGGAAGTTGC
AGTTACCTCCTTAGGAGAGATTTAAATCATCGGCGTTTTTTTTTTAATACATCTATTGAA
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TGGTTTGTTTTCGAAATTATGTATTAATATTTCTTTTTTGAAGAAATGATTTTTGGATGG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3F724TF U 1
AF RR3GF45TF U 1
AF RR3GF45JQ C 339
AF RR3F724JQ C 346
BS 1 74 RR3F724TF
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BS 76 547 RR3F724TF
BS 548 692 RR3GF45TF
BS 693 693 RR3GF45JQ
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BS 733 1079 RR3GF45JQ
BS 1080 1080 RR3F724JQ

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CTTCTTTCCTTAACGTTTCACCGACGACGAATCCAACTCTCATCTTCTTCTCTTCTCTTC
TCTTCCCTCTAAGAGTTTCAGGTTTTTAGTTGGGTACTTCAGAACAGCAGATACTTTGGT
TCTAGATAATTGTCAACAAAGATGGATGATTGGGAGGCTGACGATTTTCAACCACTTCCT
GCAAAAGTTGTACTCAAAAGTAACTGGGATGACGAGGATGTGGATGAGAATGATATCAAG
GACTCCTGGGAGGAGGATGATGAACCTGTTCCTCCTGCACCTGTAGTAAAGCCTGCTACT
GAGAAGGCTGCAAAGAAAGCAGCAGTAGCAGCAAAGGGTGTGGAGAAGAAGGCTAAAACT
GTTGAAGCTTCATCAAAGGAAGAACCTTTAGATCCTGTTTCTGAGAAACTTCGCATGCAG
AGGCTAGTGGAGGAAGCTGATTACCAGGCAACTGCTGAACTCTTTGGAGCCAAGACTGAA
GAAAAAA

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR3GF45TF 741 0 0
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CTTCTTTCCTTAACATTTCACCGACGACGAATCCAACTCTCATCTTCTTCTCTTCTCTTC
TCTTCCCTCTAAGAGTTTCAGGTTTTTAGTTGGGTACTTCAGAACAGCAGATACTTTGGT
TCTAGATAATTGTCAACAAAGATGGATGATTGGGAGGCTGACGATTTTCAACCACTTCCT
GCAAAAGTTGTACTCAAAAGTAACTGGGATGACGAGGATGTGGATGAGAATGATATCAAG
GACTCCTGGGAGGAGGATGATGAACCTGTTCCTCCTGCACCTGTAGTAAAGCCTGCTACT
GAGAAGGCTGCAAAGAAAGCAGCAGTAGCAGCAAAGGGTGTGGAGAAGAAGGCTAAAACT
GTTGAAGCTTCATCAAAGGAAGAACCTTTAGATCCTGTTTCTGAGAAACTTCGCATGCAG
AGGCTAGTGGAGGAAGCTGATTACCAGGCAACTGCTGAACTCTTTGGAGCCAAGACTGAA
GAAAAAAGTATCAATATTTTTATTCCCAAGTCTGAAAGCGATTTCTTGGAATATGCTGAA
ATGATTTCTCGTAAACTTGTACCTTATGAGAAAAGCTTTCACTATATTGGGCTACTCAAA
GCAGTGATGAGACTTTCTGTGGCTAATATGAA*GCAGCTGATGTTAAAGATGTTGCTTCC
TCCGTTACTGCA
TAGCAACGA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3GF45JQ 741 0 0
ACCTGTAGTAAAGC
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AGACTGAAGAAAAAAGTATCAATATTTTTATTCCCAAGTCTGAAAGCGATTTCTTGGAAT
ATGCTGAAATGATTTCTCGTAAACTTGTACCTTATGAGAAAAGCTTTCACTATATTGGGC
TACTCAAAGCAGTGATGAGACTTTCTGTGGCTAATATGAAAGCAGCTGATGTTAAAGATG
TTGCTTCCTCCGTTACTGCAATAGCAAACGAAAAACTCAAGGCAGAGAAAGAAGCTGCTG
CTGGCAAAAAGAAGACAGGTAAGAAGAAGCAACTTCATGTGGATAAGCCTGACGATGATC
TTGTTTCGGGTCCTTATGGCGCTATGGACGATGATGATTTCATGTAAAAATTGCATTTTG
GAAGTTGCAGTTACCTCCTTAGGAGAGATTTAAATCATCGGCGTTTTTTTTTTAATACAT
CTATTGAAGTAACACTTTTTTAGTAAAACTAAAACACACTCGTCCGTCTTTTCTCAGTTT
TCTTTGCTTGGTTTGTTTTCGAAATTATGTATTAATATTTCTTTTTTGAAGAAATGATTT
TTGGATG

QA 15 741 15 741
DS 

RD RR3F724JQ 735 0 0
AGTAAAG
CTGCTACTGAGAAGGCTGCAAAGAAAGCAGCAGTAGCAGCAAAGGGTGTGGAGAAGAAGG
CTAAAACTGTTGAAGCTTCATCAAAGGAAGAACCTTTAGATCCTGTTTCTGAGAAACTTC
GCATGCAGAGGCTAGTGGAGGAAGCTGATTACCAGGCAACTGCTGAACTCTTTGGAGCCA
AGACTGAAGAAAAAAGTATCAATATTTTTATTCCCAAGTCTGAAAGCGATTTCTTGGAAT
ATGCTGAAATGATTTCTCGTAAACTTGTACCTTATGAGAAAAGCTTTCACTATATTGGGC
TACTCAAAGCAGTGATGAGACTTTCTGTGGCTAATATGAAAGCAGCTGATGTTAAAGATG
TTGCTTCCTCCGTTACTGCAATAGCAAACGAAAAACTCAAGGCATAGAAAGAAGCTGCTG
CTGGCAAAAAGAAGACAGGTAAGAAGAAGCAACTTCATGTGGATAAGCCTGACGATGATC
TTGTTTCGGGTCCTTATGGCGCTATGGACGATGATGATTTCATGTAAAAATTGCATTTTG
GAAGTTGCAGTTACCTCCTTAGGAGAGATTTAAATCATCGGCGTTTTTTTTT*AATACAT
CTATTGAAGTAACACTTTTTTAGTAAAACTAAAACACACTCGTCCGTCTTTTCTCAGTTT
TCTTTGCTTGGTTTGTTTTCGAAATTATGTATTAATATTTCTTTTTTGAAGAAATGATTT
TTGGATGG

QA 8 735 8 735
DS 



AS 1 3

CO CL2882Contig1 1230 3 29 U
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ATCGAAACTTTATTAGATTTCCTGAAAGATGGGTAACGCTCTTGGATATCTCTACGGAAA
ATGCTGCAAACCCACCACGGACGACGACTCTCTCGGCCCTCACGGCGTTTCCACCGTCGG
TCTTTCAGCTCTCGCTCACGATCTCTTCAACTTCGGATCACTTCCCAAGTTCCTGAAGGA
CTTGGGAGGTACGTTGTGTCATCAAGAAAAGCTCAAGCAAACTGGTATAGAAAAATACTT
GAGGCATGGAAGCAAGCAAAACCTCCACCACAGACAGCAGAGGATGCTTCTAGGCTTGTT
ACTGAGATATTGAAAAGGCATCAGAAAGCAGATGTTGAGGGACTTTTGTCTTTCTATGGA
CTCCCTTTGCCTCACACTCTCGTTGAGCTCTCTACTGAAGCTCCTCCTGTATCTTTACCC
GAAGGAGTTCTTTTCGAGTTTCAAACACTCCCGGTGGATCCAAAAGCTGTGGCAGATGGA
GACACCATCACAGTCTATGTCAGTAGTTCAGACCCGGTTGTGTCATCTTCTGTTCCAAGG
GAAATGAATGTTGCAGCGGTTAAAAGAGCAAAGGCGAGAGAGAGGAAAGATTACACAAAA
GCAGACGCGCTTCACCAGAAGATCATTGATTCTGGTTACAGAGTGCTAAACATTCAGAAT
GAAGAAGTGCTTGCTCGCAAGTTCAGAATCAGACTAAGGGGAATAGATGCACCAGAAAGC
CAGATGCCGTTTGGGAAAGAGGCACAAGAAGAGCTGCTTAAGATTGTTCAATGGAAAAGC
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TTATGACAAGCGCATTGTTCTTGCAAAGTGGGAAAAGGAAGCAAGGCAGAAGCGTATTGG
CTTGTGGGCTTCTTCGAATCCAGAAAAGCCATGGGACTGGAGAAAGAATAGGCGTGAACA
AAACAACTGATTAAACTGAAATCCGAGTTTAAGACAGTTGAGATTTTATGATTATTGAAG
TTTTTTTTTCTGATTTGGACTTATCTGATTCTATCGTAAGATGTTTAAAAATGGTAAACT
TATGTATAAAATGGTGCTTACATTGATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EC56TF U 1
AF RR3FI03TF U 316
AF RR3FI03JQ C 513
BS 1 440 RR3EC56TF
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BS 555 555 RR3FI03TF
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BS 667 747 RR3EC56TF
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BS 1038 1038 RR3FI03JQ
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BS 1048 1064 RR3FI03TF
BS 1065 1230 RR3FI03JQ

RD RR3EC56TF 786 0 0
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ATCGAAACTTTATTAGATTTCCTGAAAGATGGGTAACGCTCTTGGATATCTCTACGGAAA
ATGCTGCAAACCCACCACGGACGACGACTCTCTCGGCCCTCACGGCGTTTCCACCGTCGG
TCTTTCAGCTCTCGCTCACGATCTCTTCAACTTCGGATCACTTCCCAAGTTCCTGAAGGA
CTTGGGAGGTACGTTGTGTCATCAAGAAAAGCTCAAGCAAACTGGTATAGAAAAATACTT
GAGGCATGGAAGCAAGCAAAACCTCCACCACAGACAGCAGAGGATGCTTCTAGGCTTGTT
ACTGAGATATTGAAAAGGCATCAGAAAGCAGATGTTGAGGGACTTTTGTCTTTCTATGGA
CTCCCTTTGCCTCACACTCTGGTTGAGCTCTCTACTGAAGCTCCTCCTGTATCTTTACCC
GAAGGAGTTCTTTTCGAGTTTCAAACACTCCCGGTGGATCCAAAAGCTGTGGCAGATGGA
GACACCATCACAGTTTACGTCAGTAGCTCAGACCCGGTTGTGTCATCTTATGTTCCAAGG
GAAGTGAATGTTGCAGCGGTTAAAAGAGCAAAG*CAAGAGAGAGGAAAGATTACACAAAA
GCAGATGCGCTTCACCAGAAGATCATTGATTCTGGTTACAGAGTGCTAAACATTCAGAAT
GAAGAAGTGCTTGCTCGCAAGTTCAGA*TCAGACTAAGGG**ATAGATGCACCAGAAAGC
AGATGC

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3FI03TF 749 0 0
GCAAAACCTCCACCACAGACAGCAGAGGATGCTTCTAGGCTTGTTATTGAGATCTTGAAA
AGGCATCAGAAAGCAGATGTTGAGGGACTTTTGTCTTTCTATGGACTCCCTTTGCCTCAC
ACTCTCGTTGAGCTCTCTACTGAAGCTCCTCCTGTATCTTTACCCGAAGGAGTTCTTTTC
GAGTTTCAAACCCTCCCGGTGGATCCAAAAGCTGTGGCAGATGGAGACACCATCACAGTC
TATGTCAGTAGTTCAGACCCGGTTGTGTCATCTTCTGTTCCAAGGGAAATGAATGTTGCA
GCGGTTAAAAGAGCAAAGGCGAGAGAGAGGAAAGATTACACAAAAGCAGACGCGCTTCAC
CAGAAGATCATTGATTCTGGTTACAGAGTGCTAAACATTCAGAATGAAGAAGTGCTTGCT
CGCAAGTTCAGAATCAGACTAAGGGGAATAGATGCACCAGAAAGCCAGATGCCGTTTGGG
AAAGAGGCACAAGAAGAGCTGCTTAAGATTGTTCAATGGAAAAGCTTGAAGGTGTTAGTT
TATGGAGAAGATCGGTATGGGGAGGTGTGTTGGAGATTTATACTGCAATGGAGTTTTTGT
TCAGGAGGCAATGCTAAAGAAAGGTCTTGCTTGGCATTATATAGCTTATGACAAGCGCAT
TGTTCTTGCAAAGTGGGAAAAGGAAGCAAGGCAGAAGCGTATTGGCTTGTGGGCTTCTTC
GA*TCCAGAAA*GCCATGGGACTGGAGAA

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3FI03JQ 718 0 0
GGTGGATCCAAAAGCTGTGGCAGATGGAGACACCATCACAGTCTATGTCAGTAGTTCAGA
CCCGGTTGTGTCATCTTCTGTTCCAAGGGAAATGAATGTTGCAGCGGTTAAAAGAGCAAA
GGCGAGAGAGAGGAAAGATTACACAAAAGCAGACGCGCTTCACCAGAAGATCATTGATTC
TGGTTACAGAGTGCTAAACATTCAGAATGAAGAAGTGCTTGCTCGCAAGTTCAGAATCAG
ACTAAGGGGAATAGATGCACCAGAAAGCCAGATGCCGTTTGGGAAAGAGGCACAAGAAGA
GCTGCTTAAGATTGTTCAATGGAAAAGCTTGAAGGTGTTAGTTTATGGAGAAGATCGGTA
TGGG*AGGTGTGTTGGAGATTTATACTGCAATGGAGTTTTTGTTCAGGAGGCAATGCTAA
AGAAAGGTCTTGCTTGGCATTATATAGCTTATGACAAGCGCATTGTTCTTGCAAAGTGGG
AAAAGGAAGCAAGGCAGAAGCGTATTGGCTTGTGGGCTTCTTCGAATCCAGAAAAGCCAT
GGGACTGGAGAAAGAATAGGCGTGAACAAAACAACTGATTAAACTGAAATCCGAGTTTAA
GACAGTTGAGATTTTATGATTATTGAAGTTTTTTTTTCTGATTTGGACTTATCTGATTCT
ATCGTAAGATGTTTAAAAATGGTAAACTTATGTATAAAATGGTGCTTACATTGATCCT

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 4

CO CL2883Contig1 1078 4 11 U
GGGACTGTCTCTTGTAGGGGGTAGAGTAGTGATGGTTGCTCGGCTGCTAAGCCTTGAAGA
CACAGAGAAACAACGTGGATATGAAGCAGTGGATGAAATTTCAAAGTATCCGCAGCAAGA
CCATTCGACTTGGGACGAAGTTAGGAATGAGCCTGAGGTTGAAATGAAAGAGCCTATGAA
TCTGGCCACGACAATACCAATCCCTCAGCCTGAGCTGAAAACCTTCTTGGGAAAGGAGAA
GAGCGACCTCATGTTGACAGCTTCAAAATGGGCTAAAGAGGATGACGATGCTGACGATGA
ACCAAAGAAGAGCTACTCTCCGGGAAGCGGCAATACTGGTGGGGTAACTTTTAAGGCCGA
TGACGAGGATCTCAAGAGTAATGATCGTGTTCGTACCCAACCTGATAATGGAATGGACGA
GGAACAAAGACAAAAGAGGAGACGCATAGAAGTTGCGTTGATAGAGTATCGTGAAACACT
CGAGGAACAGGGGATGAAAAACTCCGAGGAGATAGAGAAAAAAGTAGAAATCAAACGAAA
GAGGCTTGAAGTTGATTATGGCTTAACAGGATCTAACGAGGGCAATAGAAATCAAAAATC
AATAGTAGAGAGGAA*GGAGAGGCCCGAAGAGTCTCGAGAATCGTCTAAGAAGCGACAGC
GTGGGGAAAACCAGAGCCAAAGCCCACCAAGGAAATCATCAACCAGGGAGAGAGATCATG
ACTTGGACCGAGACAGGGACAGGGGGAGAGTCAGAGACAGAGATAGGCAACATGATTCGA
ACAAGGATCGACGTGAAAAGAGTTCAAGCCACGAGCGAGACGATCATAGTACAAGCAGAG
AAAGAGACAGGGAGTGGCGCAGACGAGGCATGAGATGATTATTGTTCCTTGAGCTCATGG
TTTGTTCTCTGCATTACTGGAAAAAAATTTCCTATGATAAGATTTCAATGTTTTTGTGTT
TCTAAACCCAAGAAGATATGTAAAACTCATTTTCAGACACAGCTTGTAGTAGTGTATTCC
AGTTCCAGTCTCTAAGCTTTCTCACTCATTGTTTCTTCTGCAGTTATAAATATTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI32TF U 1
AF RR3G319TF U 15
AF RR3G319JQ C 254
AF RR3DI32JQ C 305
BS 1 59 RR3DI32TF
BS 60 60 RR3G319TF
BS 61 631 RR3DI32TF
BS 632 632 RR3G319TF
BS 633 651 RR3DI32TF
BS 652 652 RR3G319TF
BS 653 669 RR3DI32TF
BS 670 670 RR3G319TF
BS 671 687 RR3DI32TF
BS 688 1030 RR3G319JQ
BS 1031 1078 RR3DI32JQ

RD RR3DI32TF 687 0 0
GGGACTGTCTCTTGTAGGGGGTAGAGTAGTGATGGTTGCTCGGCTGCTAAGCCTTGAAGG
CACAGAGAAACAACGTGGATATGAAGCAGTGGATGAAATTTCAAAGTATCCGCAGCAAGA
CCATTCGACTTGGGACGAAGTTAGGAATGAGCCTGAGGTTGAAATGAAAGAGCCTATGAA
TCTGGCCACGACAATACCAATCCCTCAGCCTGAGCTGAAAACCTTCTTGGGAAAGGAGAA
GAGCGACCTCATGTTGACAGCTTCAAAATGGGCTAAAGAGGATGACGATGCTGACGATGA
ACCAAAGAAGAGCTACTCTCCGGGAAGCGGCAATACTGGTGGGGTAACTTTTAAGGCCGA
TGACGAGGATCTCAAGAGTAATGATCGTGTTCGTACCCAACCTGATAATGGAATGGACGA
GGAACAAAGACAAAAGAGGAGACGCATAGAAGTTGCGTTGATAGAGTATCGTGAAACACT
CGAGGAACAGGGGATGAAAAACTCCGAGGAGATAGAGAAAAAAGTAGAAATCAAACGAAA
GAGGCTTGAAGTTGATTATGGCTTAACAGGATCTAACGAGGGCAATAGAAATCAAAAATC
AATAGTAGAGAGGAA*GGAGAGGCCCGAAGATTCTCGAGAATCGTCTAAGA*GCGACAGC
GTGGGGAAA*CCAGAGCCAAAGCCCAC

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3G319TF 674 0 0
GG
GGGGGTAGAGTAGTGATGGTTGCTCGGCTGCTAAGCCTTGAAGACACAGAGAAACAACGT
GGATATGAAGCAGTGGATGAAATTTCAAAGTATCCGCAGCAAGACCATTCGACTTGGGAC
GAAGTTAGGAATGAGCCTGAGGTTGAAATGAAAGAGCCTATGAATCTGGCCACGACAATA
CCAATCCCTCAGCCTGAGCTGAAAACCTTCTTGGGAAAGGAGAAGAGCGACCTCATGTTG
ACAGCTTCAAAATGGGCTAAAGAGGATGACGATGCTGACGATGAACCAAAGAAGAGCTAC
TCTCCGGGAAGCGGCAATACTGGTGGGGTAACTTTTAAGGCCGATGACGAGGATCTCAAG
AGTAATGATCGTGTTCGTACCCAACCTGATAATGGAATGGACGAGGAACAAAGACAAAAG
AGGAGACGCATAGAAGTTGCGTTGATAGAGTATCGTGAAACACTCGAGGAACAGGGGATG
AAAAACTCCGAGGAGATAGAGAAAAAAGTAGAAATCAAACGAAAGAGGCTTGAAGTTGAT
TATGGCTTAACAGGATCTAACGAGGGCAATAGAAATCAAAAATCAATAGTAGAGAGGAAA
GGAGAGGCCCGAAGAGTCTCGAGAATTGTCTAAGAAGCGACAGCGTGGGGAAAACCAGAG
CCAAAGCCCAC
C

QA 3 673 3 673
DS 

RD RR3G319JQ 777 0 0
TTGACAGCTTCAAAATGGGCTAAAGAGGATGACGATGCTGACGATGAACCAAAGAAGAGC
TACTCTCCGGGAAGCGGCAATACTGGTGGGGTAACTTTTAAGGCCGATGACGAGGATCTC
AAGAGTAATGATCGTGTTCGTACCCAACCTGATAATGGAATGGACGAGGAACAAAGACAA
AAGAGGAGACGCATAGAAGTTGCGTTGATAGAGTATCGTGAAACACTCGAGGAACAGGGG
ATGAAAAACTCCGAGGAGATAGAGAAAAAAGTAGAAATCAAACGAAAGAGGCTTGAAGTT
GATTATGGCTTAACAGGATCTAACGAGGGCAATAGAAATCAAAAATCAATAGTAGAGAGG
AA*GGAGAGGCCCGAAGAGTCTCGAGAATTGTCTAAGAAGCGACAGCGTGGGGAAAACCA
GAGCCAAAGCCCACCAAGGAAATCATCAACCAGGGAGAGAGATCATGACTTGGACCGAGA
CAGGGACAGGGGGAGAGTCAGAGACAGAGATAGGCAACATGATTCGAACAAGGATCGACG
TGAAAAGAGTTCAAGCCACGAGCGAGACGATCATAGTACAAGCAGAGAAAGAGACAGGGA
GTGGCGCAGACGAGGCATGAGATGATTATTGTTCCTTGAGCTCATGGTTTGTTCTCTGCA
TTACTGGAAAAAAATTTCCTATGATAAGATTTCAATGTTTTTGTGTTTCTAAACCCAAGA
AGATATGTAAAACTCATTTTCAGACACAGCTTGTAGTAGTGTATTCCAGTTCCAGTC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3DI32JQ 774 0 0
AAGAAGAGCTACTCTCCGGGAAGCGGCAATACTGGTGGGGTA*CTTTTAAGGCCGATGAC
GAGGATCTCAAGAGTAATGATCGTGTTCGTACCCAACCTGATAATGGAATGGACGAGGAA
CAAAGACAAAAGAGGAGACGCATAGAAGTTGCGTTGATAGAGTATCGTGAAACACTCGAG
GAACAGGGGATGAAAAACTCCGAGGAGATAGAGAAAAAAGTAGAAATCAAACGAAAGAGG
CTTGAAGTTGATTATGGCTTAACAGGATCTAACGAGGGCAATAGAAATCAAAAATCAATA
GTAGAGAGGAA*GGAGAGGCCCGAAGATTCTCGAGAATCGTTTAAGAAGCGACAGCGTGG
GGAAAACCAGAGCCAAAGCCCACCAAGGAAATCATCAACCAGGGAGAGAGATCATGACTT
GGACCGAGACAGGGACAGGGGGAGAGTCAGAGACAGAGATAGGCAACATGATTCGAACAA
GGATCGACGTGAAAAGAGTTCAAGCCACGAGCGAGACGATCATAGTACAAGCAGAGAAAG
AGACAGGGAGTTGCGCAGACGAGGCATGAGATGATTATTGTTCCTTGAGCTCATGGTTTG
TTCTCTGCATTACTGGAAAAAAATTTCCTATGATAAGATTTCAATGTTTTTGTGTTTCTA
AACCCAAGAAGATATGTAAAACTCATTTTCAGACACAGCTTGTAGTAGTGTATTTCAGTT
CCAGTCTCTAAGCTTTCTCACTCATTGTTTCTTCTGCAGTTATAAATATTTTGG

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 3

CO CL2884Contig1 1286 3 5 U
GGCGAAAAGGGAAAACATAAGGAAAGCGATTGCCTTTCTCAAGGAAACTGATGGACTTCT
AAAGATTGAAGATATTTTGCCATTCTTTCCGGACTTTGCCTTAATTGATGATTTCAAGGA
AGCGATTTGCTCATCTCTGGAGGATTACAACAAGCAAATAGAACAATTGAAAGAGGAGAT
GAATGATGCCACACGTGGTGCAGATAATATTAGAAATGACATCAGTGCCCTAACTCAAAG
ATATGCTGTAATCGACCGTGAAGAGGAATGCGGGGTTTGTAAACGTAAAATCTTGACGAT
GACCGGGGATTTCAGAATGGCTCAGGGATATACTTCATCCGGACCACTGGCTCCTTTTTA
TGTTTTTCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCGCAGTGCTTGATTACACACGTCACAAGCTG
TGCACACGAGGAGCAAGCCGAGCATATACTCGATCTGCAGAAGCAGCTGACATTGCTTGG
TAGCGAAACCCGGAGGGATATAAATGGTAATCGATCTGATGAACCTGTAACTAGCACAAC
TACTGCAGACAAGCTTCGATCAGAGCTAGATGATGCTATCGCCAGCGAATGCCCCTTCTG
TGGAGAATTAATGATCAATGAGATCACTCTGCCTTTTATCAAACCTGAGGAAACACAACA
CTCTGTTTCATGGGACCTCCGACCACAGACTAACTTAGCAAACCAGAGGACCATTTCTTT
ACCTGTTTGATTTGTGTAACACCGTGATATCTTTGGAGTTGTGAATGTGATTTTGAGTGC
GAATGTAATATAATTATTAAACATGCTTCTTGAGATACATACAACAAGTTTGATACCTAC
TTGTAACTCTATATCTAAATGCTCTCTTGACTTATTTCAATCTGAAAATATCCTTTTGTT
GTTCGTGATTTTCATCAGTGATGCGATTCGTCATCGGGTTCAATATCCTTTTCTGCAGAT
ATTTTCTTGGCCAGAGCCTGCTTGCTCCAGCGCTTCAAGTCATAAGCTCTTTTGAAAGGT
TTCTTCTCCTTGCTAAGTCTTTTATTTGTAATAGCGATTGCAAGATCGTTCGGGAACAAA
GTTTGCCAGACAAAGCCGTGGAGAAGCGTGGAGACGAACAAAACGCAGACCATGGCCGAA
GAAAAGAAGGAAAGAGTGAGTGCTAGAGCTCGGGTTGGGACACAAGGTACTGCTTCCGCA
TACTTTATTGTTGCTACTGAGGCTGTTGTCATAGGAAAAGTATATGACCACCACGCCACT
GAGAACTTAAACCCGGTGAAGAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E413TF U 1
AF RR3E413JQ C 108
AF RR3FR75JQ U 776
BS 1 645 RR3E413TF
BS 646 776 RR3E413JQ
BS 777 824 RR3FR75JQ
BS 825 825 RR3E413JQ
BS 826 1286 RR3FR75JQ

RD RR3E413TF 645 0 0
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AAAGATTGAAGATATTTTGCCATTCTTTCCGGACTTTGCCTTAATTGATGATTTCAAGGA
AGCGATTTGCTCATCTCTGGAGGATTACAACAAGCAAATAGAACAATTGAAAGAGGAGAT
GAATGATGCCACACGTGGTGCAGATAATATTAGAAATGACATCAGTGCCCTAACTCAAAG
ATATGCTGTAATCGACCGTGAAGAGGAATGCGGGGTTTGTAAACGTAAAATCTTGACGAT
GACCGGGGATTTCAGAATGGCTCAGGGATATACTTCATCCGGACCACTGGCTCCTTTTTA
TGTTTTTCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCGCAGTGCTTGATTACACACGTCACAAGCTG
TGCACACGAGGAGCAAGCCGAGCATATACTCGATCTGCAGAAGCAGCTGACATTGCTTGG
TAGCGAAACCCGGAGGGATATAAATGGTAATCGATCTGATGAACCTGTAACTAGCACAAC
TACTGCAGACAAGCTTCGATCAGAGCTAGATGATGCTATCGCCAGCGAATGCCCCTTCTG
TGGAGAATTAATGATCAATGAGATCACTCTGCCTTTTATCAAACC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3E413JQ 766 0 0
ATGATTTCAAGGAAGCGATTTGCTCATCTCTGGAGGATTACAACAAGCAAATAGAACAAT
TGAAAGAGGAGATGAATGATGCCACACGTGGTGCAGATAATATTAGAAATGACATCAGTG
CCCTAACTCAAAGATATGCTGTAATCGACCGTGAAGAGGAATGCGGGGTTTGTAAACGTA
AAATCTTGACGATGACCGGGGATTTCAGAATGGCTCAGGGATATACTTCATCCGGACCAC
TGGCTCCTTTTTATGTTTTTCCTTGTGGGCACTCTTTCCATGCGCAGTGCTTGATTACAC
ACGTCACAAGCTGTGCACACGAGGAGCAAGCCGAGCATATACTCGATCTGCAGAAGCAGC
TGACATTGCTTGGTAGCGAAACCCGGAGGGATATAAATGGTAATCGATCTGATGAACCTG
TAACTAGCACAACTACTGCAGACAAGCTTCGATCAGAGCTAGATGATGCTATCGCCAGCG
AATGCCCCTTCTGTGGAGAATTAATGATCAATGAGATCACTCTGCCTTTTATCAAACCTG
AGGAAACACAACACTCTGTTTCATGGGACCTCCGACCACAGACTAACTTAGCAAACCAGA
GGACCATTTCTTTACCTGTTTGATTTGTGTAACACCGTGATATCTTTGGAGTTGTGAATG
TGATTTTGAGTGCGAATGTAATATAATTATTAAACATGCTTCTTGAGATACATACAACAA
GTTTGATACCTACTTGTAACTCTATATCTAAATGCTCTCTTGACT
C

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3FR75JQ 511 0 0
G
GTGCGAATGTAATATAATTATTAAACATGCTTCTTGAGATACATACAATAAGTTTGATAC
CTACTTGTAACTCTATATCTAAATGCTCTCTTGACTTATTTCAATCTGAAAATATCCTTT
TGTTGTTCGTGATTTTCATCAGTGATGCGATTCGTCATCGGGTTCAATATCCTTTTCTGC
AGATATTTTCTTGGCCAGAGCCTGCTTGCTCCAGCGCTTCAAGTCATAAGCTCTTTTGAA
AGGTTTCTTCTCCTTGCTAAGTCTTTTATTTGTAATAGCGATTGCAAGATCGTTCGGGAA
CAAAGTTTGCCAGACAAAGCCGTGGAGAAGCGTGGAGACGAACAAAACGCAGACCATGGC
CGAAGAAAAGAAGGAAAGAGTGAGTGCTAGAGCTCGGGTTGGGACACAAGGTACTGCTTC
CGCATACTTTATTGTTGCTACTGAGGCTGTTGTCATAGGAAAAGTATATGACCACCACGC
CACTGAGAACTTAAACCCGGTGAAGAAATT

QA 2 511 2 511
DS 



AS 1 2

CO CL2885Contig1 894 2 2 U
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TTTATCTTCCGTCCCGTGGACTCTGTAATCTCACGGTTGAAATCACCTTACTGCCTCGGA
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ATTTCTGATACATCTGTGATGGATCCAGCACAGAACGCAAGCGCAGCAGGGATTGGTGGA
AGCAATGGTACAACGACGATGGGATATCAAACCAACGATGGAACTGCAACAGCGTCAGAA
GATTCGAAAGAGAATCTGAACCAAGTCATAAACTCTATTCAGAAGACTTTGGGACTCCTT
CATCAGTTACACCTTACTGTCTCTTCTTTCACTCCCGCTTCCCAGCTTCATCTCCTCCAG
CGCCTCAACTCTCTCGTGTCGGAGCTGAATAGCATGGCTAAGCTGTCCGAGAAATGCAAC
ATTCAAGTCCCCATGGAGGTTCTTAGCTTGATTGATGATGGAAAGAACCCGGATGAGTTT
ACAAGGGATGTTATTAATAGCTGCGTCGCCAGGAATCAAGTTACTAAGGGCAAGACTGAT
GCTTTTAAGGATTTGAGAAAACATATTCTGGAGGAGCTTGAAGAGACTTTCCCTGATGAA
GTTGATAAGTACAGAGAGATCCGTGCTGCTTCTGCCGCTGAAGCAAAACGGCAGGCGCAA
TCGCAAAGTGTGTTGCTACCCAATGGGGATGCTAAGGTCAAGAACGAGCTATAAGTTTCT
CCTGTGGATCTTCTTAAACTTGTAGAACCGAGATTCTGTGTAGAAAAACGAATAAGACCC
ACTTTGCAATTTCTACAATAAATATCTGTTTGTTTGTTTTGAAGTTTTTTCTCC


BQ
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AF RR3CA35TF U 1
AF RR3CA35JQ C 176
BS 1 689 RR3CA35TF
BS 690 894 RR3CA35JQ

RD RR3CA35TF 689 0 0
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TTTATCTTCCGTCCCGTGGACTCTGTAATCTCACGGTTGAAATCACCTTACTGCCTCGGA
GGAAACGCTAATTCATCCGAAGAATCGCTACCTCTCTCTCCGTCTTTTCGCCAAACCCCC
ATTTCTGATACATCTGTGATGGATCCAGCACAGAACGCAAGCGCAGCAGGGATTGGTGGA
AGCAATGGTACAACGACGATGGGATATCAAACCAACGATGGAACTGCAACAGCGTCAGAA
GATTCGAAAGAGAATCTGAACCAAGTCATAAACTCTATTCAGAAGACTTTGGGACTCCTT
CATCAGTTACACCTTACTGTCTCTTCTTTCACTCCCGCTTCCCAGCTTCATCTCCTCCAG
CGCCTCAACTCTCTCGTGTCGGAGCTGAATAGCATGGCTAAGCTGTCCGAGAAATGCAAC
ATTCAAGTCCCCATGGAGGTTCTTAGCTTGATTGATGATGGAAAGAACCCGGATGAGTTT
ACAAGGGATGTTATTAATAGCTGCGTCGCCAGGAATCAAGTTACTAAGGGCAAGACTGAT
GCTTTTAAGGATTTGAGAAAACATATTCTGGAGGAGCTTGAAGAGACTTTCCCTGATGAA
GTTGATAAGTACAGAGAGATCCGTGCTGC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3CA35JQ 719 0 0
CCCCCATTTCTG
ATACATCTGTGATGGATCCAGCACAGAACGCAAGCGCAGCAGGGATTGGTGGAAGCAATG
GTACAACGACGATGGGATATCAAACCAACGATGGAACTGCAACAGCGTCAGAAGATTCGA
AAGAGAATCTGAACCAAGTCATAAACTCTATTCAGAAGACTTTGGGACTCCTTCATCAGT
TACACCTTACTGTCTCTTCTTTCACTCCCGCTTCCCAGCTTCATCTCCTCCAGCGCCTCA
ACTCTCTCGTGTCGGAGCTGAATAGCATGGCTAAGCTGTCCGAGAAATGCAACATTCAAG
TCCCCATGGAGGTTCTTAGCTTGATTGATGATGGAAAGAACCCGGATGAGTTTACAAGGG
ATGTTATTAATAGCTGCGTCGCCAGGAATCAAGTTACTAAGGGCAAGACTGATGCTTTTA
AGGATTTGAGAAAACATATTCTGGAGGAGCTTGAAGAGACTTTCCCTGATGAAGTTGATA
AGTACAGAGAGATCCGTGCTGCTTCTGCCGCTGAAGCAAAACGGCAGGCGCAATCGCAAA
GTGTGTTGCTACCCAATGGGGATGCTAAGGTCAAGAACGAGCTATAAGTTTCTCCTGTGG
ATCTTCTTAAACTTGTAGAACCGAGATTCTGTGTAGAAAAACGAATAAGACCCACTTTGC
AATTTCTACAATAAATATCTGTTTGTTTGTTTTGAAGTTTTTTCTCC

QA 13 719 13 719
DS 



AS 2 4

CO CL2886Contig1 701 2 2 U
TTTTTTGAACAATAACAAAGCTGAAGATTAGTCTGGAAAGGGCTCAATTCGAACCAAGTT
TCAGGAGATTATAAAATCACATTTTAAAACAGGGGAAAAACTAGAGACAGAACGAACAAA
AGAGTATTATTACAGGACATCCAAGATTCAGATGAGTTGGTTACTTGGAAACTTTCTTCT
TACCAGCAATAGCAATTTTCTTGCCTTTAAGAGTTCTACAGTTGTTCTTGGTTCTCTGTC
CACGACACGGCAGCCCTTGGATGTGCCTTACACCACGGTAACACTGTATCTCCTTCAACC
TCTTGATAGCAAGCGCATTGAATCTCCTCAGATCACCCTCGATCATGTACTTGGAGACTT
CATCACGAAGAATGATGAGCTCTTCCTCAGCCATGTCTTTGGTGATCTTGTTCTCCATCT
GGAGATCAACGAGGATCTGGCGAGCCCTAGTTCGGCCAATCCCATGAATATACTGCAGAG
AGTACTCAATCCTCTTGTTACTCGGAATCTCCACACCTCCAACACGAGCACATCTGATGC
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GGTTTGATTTAGTCCAATTGCAAATGAGTGAGAGGGAGTGCGCTACGGGCATCGCAACCA
TCTGCGCCATTGTTCTCTCTCTATCTATCCTCTTCCTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C472TF C 1
AF RR3C472JQ U 20
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BS 20 701 RR3C472JQ

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GGAGATCAACGAGGATCTGGCGAGCCCTAGTTCGGCCAATCCCATGAATATACTGCAGAG
AGTACTCAATCCTCTTGTTACTCGGAATCTCCACACCTCCAACACGAGCACATCTGATGC
TCAGACTCTGCTTACTGGGAGCGTTAGTAGGTGGCAGAGCGAGAGTGTTGCGAGTGAGGG
GGTTTGATTTAGTCCAATTGCAAATGAGTGAGAGGGAGTGCGCTACGGGCATCGCAACCA
TCTGCGCCATTGTTCTCTCTCTATCTATCCTCTTCCTTCAC

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DS 

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CATTTTAAAACAGGGGAAAAACTAGAGACAGAACGAACAAAAGAGTATTATTACAGGACA
TCCAAGATTCAGATGAGTTGGTTACTTGGAAACTTTCTTCTTACCAGCAATAGCAATTTT
CTTGCCTTTAAGAGTTCTACAGTTGTTCTTGGTTCTCTGTCCACGACACGGCAGCCCTTG
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GAATCTCCTCAGATCACCCTCGATCATGTACTTGGAGACTTCATCACGAAGAATGATGAG
CTCTTCCTCAGCCATGTCTTTGGTGATCTTGTTCTCCATCTGGAGATCAACGAGGATCTG
GCGAGCCCTAGTTCGGCCAATCCCATGAATATACTGCAGAGAGTACTCAATCCTCTTGTT
ACTCGGAATCTCCACACCTCCAACACGAGCACATCTGATGCTCAGACTCTGCTTACTGGG
AGCGTTAGTAGGTGGCAGAGCGAGAGTGTTGCGAGTGAGGGGGTTTGATTTAGTCCAATT
GCAAATGAGTGAGAGGGAGTGCGCTACGGGCATCGCAACCATCTGCGCCATTGTTCTCTC
TCTATCTATCCTCTTCCTTCAC

QA 1 682 1 682
DS 



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AGATGGTTGCGATGCCCGTAGCGCACTCCCTCTCCCTCATTTGCAATTGGGCTAAATCAA
ATCCTCTCACTCGCAACACTCTCGCTCTGCCACCTACTAACGCTCCCAGTAAGCAGAGTC
TGAGTATCAGATGTGCTCGTGTGGGAGGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGAGT
ACTCTCTCCAGTACATTCATGGGATTGGCCGAACCAGGGCTCGCCAGATCCTCGTTGATC
TCCAGATGGAGAACAAAATCACCAAAGACATGGCCGAGGAAGAGCTCATCATTCTTCGTG
ATGAAGTCTCCAAGTACATGATCGAGGGTGATCTGAGGAGATTCAATGCGCTTGCTATCA
AGAGGTTGAAGGAGATACAGTGTTACCGTGGTGTAAGGCACATCCAAGGGCTGCCATGTC
GTGGACAGAGAACCAAGAACAACTGTAGAACTCTTAAAGGCAAGAAAATTGCTATTGCTG
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BQ
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AF RR3H250TF U 1
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BS 1 711 RR3H250TF

RD RR3H250TF 711 0 0
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AGATGGTTGCGATGCCCGTAGCGCACTCCCTCTCCCTCATTTGCAATTGGGCTAAATCAA
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AGAGGTTGAAGGAGATACAGTGTTACCGTGGTGTAAGGCACATCCAAGGGCTGCCATGTC
GTGGACAGAGAACCAAGAACAACTGTAGAACTCTTAAAGGCAAGAAAATTGCTATTGCTG
GTAAGAAGAAAGTTTCTAAGTAACCAACTCATCTGAATCTTGGATGTCCTGTAATAATAC
TCTTTTGTTCTGTCTCTAGTTTTTTCGCTGTTTAAAATGTGATTTTGTAATGTCCTGAAA
CTTGGTTCGAATTGAGCCCTTTCCAAACTAATCTTCAGCTTTGTTATTGTT

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CATGGCCGAGGAAGAGCTCATCATTTTTCGTGATGAAGTCTCCAAGTACATGATCGAGGG
TGATTTGAGGAGATTCAATGCGCTTGCTATCAAGAGGTTGAAGGAGATACAGTGTTACCG
TGGTGTAAGGCACATCCAAGGGCTGCCATGTCGTGGACAGAGAACCAAGAACAACTGTAG
AACTCTTAAAGGCAAGAAAATTGCTATTGCTGGTAAGAAGAAAGTTTTTAAGTAACCAAC
TCATTTGAATCTTGGATGTCCTGTAATAATACTCTTTTGTTCTGTCTCTAGTTTTTTCGC
TGTTTAAAATGTGATTTTGTAATGTCCTGAAACTTGGTTCGAATTGAGCCCTTTCCAAAC
TAATCTTCAGCTTTGTTATTGTT

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 4

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AAGAAGTTGAAATAAATGTACCATCTGGTCCTGCTGATGAGCAGCAGGAATCTCAACTCT
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CGATGGTTGAGGAATCTGACTACCTAGTTGCTATCATAACTGAGTTCCTTCGCAGTATAA
GCGCAGAGAAACTCAAAGTGGATCTCAACATTTATGTGATGACCATCAGACTTTTAGCAC
ACAGTAAACGATTTGCAGAACTGTCACTATTCATCACAAACAAGATAATCGAACCATCAA
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CGTCACTGTTTCTGGAAGCAGCATTCGCGTCGAATGATATACAACATTTGGCTGCAATAC
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ATGGTCTTCTTAATGAGACCAGTTCCTCAGTTGCTGTCTGAGAGAGAACTTCTTACCATG
TTTTATGTTCTCAATAAACCTAAAATAATACTTGGTTGTTGTTTGGATCTTTACAAGGAA
ACGATTTTCTGGTTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3C084TF U 1
AF RR3BL70JQ C 143
AF RR3C084JQ C 81
AF RR3BL70TF U 162
BS 1 368 RR3C084TF
BS 369 369 RR3BL70TF
BS 370 394 RR3C084TF
BS 395 395 RR3BL70TF
BS 396 490 RR3C084TF
BS 491 491 RR3BL70TF
BS 492 511 RR3C084TF
BS 512 512 RR3BL70TF
BS 513 725 RR3C084TF
BS 726 777 RR3BL70TF
BS 778 778 RR3C084JQ
BS 779 796 RR3BL70TF

RD RR3C084TF 725 0 0
GAGCATCATCTCCTGGTAACGAAAGAGGTGCAGCATCCGGAAGCAGTATTGATGAAGAAG
AAGAAGTTGAAATAAATGTACCATCTGGTCCTGCTGATGAGCAGCAGGAATCTCAACTCT
CGTCACCAGCCATTTCACCTGATGAGCTCTACAAGTTTGTGTTTGCTTCTGTGGAGGAAA
CGATGGTTGAGGAATCTGACTACCTAGTTGCTATCATAACTGAGTTCCTTCGCAGTATAA
GCGCAGAGAAACTCAAAGTGGATCTCAACATTTATGTGATGACCATCAGACTTTTAGCAC
ACAGTAAACGATTTGCAGAACTGTCACTATTCATCACAAACAAGATAATCGAACCATCAA
AGGAAGTC*CGCTCCAGCTTCTCGAGAGTGGTCGTCAAAACCTGCGGGTAAGGAAACTTG
GGCTTGATATGCTGAGACAGCTCTCGTTGCACCATGAGTATATCTCTTCCCTTGTGCAAG
ATGGATACTATCTTGAAGCTCTGCGTTATGCTCAGAAGCGTAAGGTGACGAGTGTGCGAT
CGTCACTGTTTCTGGAAGCAGCATTCGCGTCGAATGATATACAACATTTGGCTGCAATAC
TAAGGGTCTTGTCGGAACTGATTCCCGGATTCAAAGAAACTTCAGAGTATTACACGTTCC
ATGGTCTTCTTAATGAGACCAGTTCCTCAGTTGCTGTCTGAGAGAGAACTTCTTACCATG
TTTTA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3BL70JQ 642 0 0
TGAGCTCTACAAGTTTGTGTTTGCTACCGTGGAGGAAACGATGGTTGAGGAATCTGACTA
CCTAGTTGCTATCATAACTGAGTTCCTTCGCAGTATAAGCGCAGAGAAACTGAAAGTGGA
TCTCAACATTTATGTGATGACCATCAGACTTT*AGCACACAGTAAACGATTTGCAGAACT
GTCACTATTCATCACAAACAAGATAATCGAACCATCAAAGGAAGTCGCGCTCCAGCTTCT
CGAGAGTGGTCGGCAAAACCTTCGGGTAAGGAAACTTGGGCTTGATATGCTGAGACAGCT
CTCGTTGCACCATGAGTATATCTCTTCCCTTGTGCAAGATGGATACTACCTTGAAGCTTT
GCGTTATGCCCAGAAGCGTAAGGTGACGAGTGTGTGATCGTCACTGTTTCTGGAAGTAGC
ATTCGCGTCGAATGATATGCAACATTTGGCTGCAATACTAAGGGTCTTGTCGGAACTGAT
TCCTGGATTCAAAGAAACTTCAGAGTATTACACGTTCCATGGTCTTCTTAATGAGACCAG
TTCCTCAGTTGCTGTCTGAGAGAGAACTTCTTACCATGTTTTATGTTCTCAATAAACCTA
AAATAATACTTGGTTGTTGTTTGGATCTTTACAAG
GAAACGA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3C084JQ 715 0 0
CCATCTGGTCCTGCTGATGAGCAGCAGGAATCTCAACTCTCGTCACCAGCCATTTCACCT
GATGAGCTCTACAAGTTTGTGTTTGCTTCTGTGGAGGAAACGATGGTTGAGGAATCTGAC
TACCTAGTTGCTATCATAACTGAGTTCCTTCGCAGTATAAGCGCAGAGAAACTCAAAGTG
GATCTCAACATTTATGTGATGACCATCAGACTTTTAGCACACAGTAAACGATTTGCAGAA
CTGTCACTATTCATCACAAACAAGATAATCGAACCATCAAAGGAAGTC*CGCTCCAGCTT
CTCGAGAGTGGTCGTCAAAACCTGCGGGTAAGGAAACTTGGGCTTGATATGCTGAGACAG
CTCTCGTTGCACCATGAGTATATCTCTTCCCTTGTGCAAGATGGATACTATCTTGAAGCT
CTGCGTTATGCTCAGAAGCGTAAGGTGACGAGTGTGCGATCGTCACTGTTTCTGGAAGCA
GCATTCGCGTCGAATGATATACAACATTTGGCTGCAATACTAAGGGTCTTGTCGGAACTG
ATTCCCGGATTCAAAGAAACTTCAGAGTATTACACGTTCCATGGTCTTCTTAATGAGACC
AGTTCCTCAGTTGCTGTCTGAGAGAGAACTTCTTACCATGTTTTATGTTCTCAATAAACC
TAAAATAATACTTGGTTGTTGTTTGGATCTTTATAAGGAAACGATTTTCTGGT
AC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3BL70TF 635 0 0
TTTGCTACC
GTGGAGGAAACGATGGTTGAGGAATCTGACTACCTAGTTGCTATCATAACTGAGTTCCTT
CGCAGTATAAGCGCAGAGAAACTGAAAGTGGATCTCAACATTTATGTGATGACCATCAGA
CTTT*AGCACACAGTAAACGATTTGCAGAACTGTCACTATTCATCACAAACAAGATAATC
GAACCATCAAAGGAAGTCGCGCTCCAGCTTCTCGAGAGTGGTCGGCAAAACCTTCGGGTA
AGGAAACTTGGGCTTGATATGCTGAGACAGCTCTCGTTGCACCATGAGTATATCTCTTCC
CTTGTGCAAGATGGATACTACCTTGAAGCTCTGCGTTATGCCCAGAAGCGTAAGGTGACG
AGTGTGTGATCGTCACTGTTTCTGGAAGTAGCATTCGCGTCGAATGATATGCAACATTTG
GCTGCAATACTAAGGGTCTTGTCGGAACTGATTCCTGGATTCAAAGAAACTTCAGAGTAT
TACACGTTCCATGGTCTTCTTAATGAGACCAGTTCCTCAGTTGCTGTCTGAGAGAGAACT
TCTTACCATGTTTTATGTTCTCAATAAACCTAAAATAATACTTGGTTGTTGTTTGGATCT
TTACAAG*AAACGATTTTCTGGTTCA

QA 10 635 10 635
DS 



AS 1 2

CO CL2888Contig1 962 2 2 U
GGCCGTCCCACAGACACAACAAAAAAACCCTAAAACCACTTCTCCTCAAAGCTGCCCCCC
AATGTCGAAGAAGCGTAACCCTCTCGAAGATCCACCCGCCGCATCCTCAAGCGACGACGA
AGAAGTCGAGTCTTCCGCCGAGGAAGACGAAATTGCCGTGTTACAAGGTATGATCGATTT
CAAGAAGGAGACAGGGAAGTCTCCTTTCGAGGACACGAATGTGTACTATGATTATATCAA
GAAGTCTATTAGCTTTGAGGTTAGCAAGAACCAGTTTATGGATAAGATTAGGAGCTTAAG
GAAGAAGTACATTGGTAAAGAGAAACCGTCATTCACCAAACCTCATGATCAGAAGTCTTA
TAGGTTGTGTCAGTACATCTGGGGACCTGATGGGATGGGTCTTGAGTCTGCGGTTAAGTC
GAACGGCGCGTCGAAAAAGAGCCAGAAGAAGACTAAGAAGCTTGACACTGTGAAGCAAGA
GCTTTCTTTCGGCGGCGCCTCGCCGAATGGTAAAGCGGTTGGGGTTGGTGATGATGATGA
GAAAGATGTGGAGTCGTCTGTTGCTGCTAAGAAACATGACTGGTTCGAGAACTCGTTTCT
TGTTAAGGGGTTTGCGGGGTTTGGTGTTGATGAGCATTGTGTGAAACAGAGGTGGGAGTT
TGGTTCCGGTGGAGACCAAGAAGAAAGTTGAAGAGAAGCTTAAGCTGTTGCAGGCCAAGG
AAATTGAGTATGTGTTGCAGAAGACTGAGGTTTTGCATGAAGTGACCTCTATGATCGCTG
AAGCAACTAAGAACAAGCTGTTAGATATATAAGATTGAGTGCAAGTGCCTCTCTTTTTGT
TTTGTTTTTATTCCCTGTTATGATCTATCTATGTAGTTTTCGGGTTTATTTTGATGGTTT
TCTCTCATATGAAACTTCTCTGTTTTGGTTTTGTTGCTTATATATAAAAGCACCATTGAA
GC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3A153TF U 1
AF RR3A153JQ C 114
BS 1 709 RR3A153TF
BS 710 962 RR3A153JQ

RD RR3A153TF 709 0 0
GGCCGTCCCACAGACACAACAAAAAAACCCTAAAACCACTTCTCCTCAAAGCTGCCCCCC
AATGTCGAAGAAGCGTAACCCTCTCGAAGATCCACCCGCCGCATCCTCAAGCGACGACGA
AGAAGTCGAGTCTTCCGCCGAGGAAGACGAAATTGCCGTGTTACAAGGTATGATCGATTT
CAAGAAGGAGACAGGGAAGTCTCCTTTCGAGGACACGAATGTGTACTATGATTATATCAA
GAAGTCTATTAGCTTTGAGGTTAGCAAGAACCAGTTTATGGATAAGATTAGGAGCTTAAG
GAAGAAGTACATTGGTAAAGAGAAACCGTCATTCACCAAACCTCATGATCAGAAGTCTTA
TAGGTTGTGTCAGTACATCTGGGGACCTGATGGGATGGGTCTTGAGTCTGCGGTTAAGTC
GAACGGCGCGTCGAAAAAGAGCCAGAAGAAGACTAAGAAGCTTGACACTGTGAAGCAAGA
GCTTTCTTTCGGCGGCGCCTCGCCGAATGGTAAAGCGGTTGGGGTTGGTGATGATGATGA
GAAAGATGTGGAGTCGTCTGTTGCTGCTAAGAAACATGACTGGTTCGAGAACTCGTTTCT
TGTTAAGGGGTTTGCGGGGTTTGGTGTTGATGAGCATTGTGTGAAACAGAGGTGGGAGTT
TGGTTCCGGTGGAGACCAAGAAGAAAGTTGAAGAGAAGCTTAAGCTGTT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3A153JQ 849 0 0
ACGACGAAGAAGTCGAGTCTTCCGCCGAGGAAGACGAAATTGCCGTGTTACAAGGTATGA
TCGATTTCAAGAAGGAGACAGGGAAGTCTCCTTTCGAGGACACGAATGTGTACTATGATT
ATATCAAGAAGTCTATTAGCTTTGAGGTTAGCAAGAACCAGTTTATGGATAAGATTAGGA
GCTTAAGGAAGAAGTACATTGGTAAAGAGAAACCGTCATTCACCAAACCTCATGATCAGA
AGTCTTATAGGTTGTGTCAGTACATCTGGGGACCTGATGGGATGGGTCTTGAGTCTGCGG
TTAAGTCGAACGGCGCGTCGAAAAAGAGCCAGAAGAAGACTAAGAAGCTTGACACTGTGA
AGCAAGAGCTTTCTTTCGGCGGCGCCTCGCCGAATGGTAAAGCGGTTGGGGTTGGTGATG
ATGATGAGAAAGATGTGGAGTCGTCTGTTGCTGCTAAGAAACATGACTGGTTCGAGAACT
CGTTTCTTGTTAAGGGGTTTGCGGGGTTTGGTGTTGATGAGCATTGTGTGAAACAGAGGT
GG*AGTTTGGTTCCGGTGGAGACCAAGAAGAAGGTTGAAGAGAAGCTTAAGCTGTTGCAG
GCCAAGGAAATTGAGTATGTGTTGCAGAAGACTGAGGTTTTGCATGAAGTGACCTCTATG
ATCGCTGAAGCAACTAAGAACAAGCTGTTAGATATATAAGATTGAGTGCAAGTGCCTCTC
TTTTTGTTTTGTTTTTATTCCCTGTTATGATCTATCTATGTAGTTTTCGGGTTTATTTTG
ATGGTTTTCTCTCATATGAAACTTCTCTGTTTTGGTTTTGTTGCTTATATATAAAAGCAC
CATTGAAGC

QA 1 849 1 849
DS 



AS 1 4

CO CL2889Contig1 1195 4 16 U
GTGTGTAATCCCTGTAATGATTAGTCTATGATAGATATAATCATACAGTCTCTGTAACAT
ATACGATTTTCCGCTCAAATATTGTTATATACGTGTATATGTTATCGTTCATAATCTTTG
TGTGTCCACCACAGAAAAGTATTGCATATAATTTCTATGTAAGGAAAAAACTAAAATTAA
TACTCATCAAGGGCGGATGAAACAACATATTAAAACTTGTTCTTGGGGATTTTGATCTCT
AAGAAAGAGTAGTCATCTTTGTTTGAGATGAACGCTTCCGATTTTTTGAGGTCGGCATCG
CCGGGAAGCTCGAGACGACGTACGTAGCCGTATTCCCACCACCGGCCGCTTCTCCAATCG
CCGTTGGCCGCCGTTTTCCATTGGCCACTAATCTCCATCACTTTCCCATTAACGTCCACA
TACACCTGCACGTTATTTTTCCCCACCACTAATATACAAGAGTATCAAAAAGATTATGAT
CAGTTTTTTCTTGAACCCTCTACGAAAAGGATAATATAATATAATTATTTGGTTTCATTT
ATTTCCGTATTTCTCATTTAATTAGTACGTAAAAGTTGTACGATACGATTCACTTGACTA
AAAAAAAATTGTAACTAGTTAAAGGAATATATGGGTATTCTGTCTATGTTTTAATCAAAA
CTATATATTTAGCTTAACAAAACAAATTCAATTCCTTTTTACCTTTTGGATATAAACTAA
CATTCAATATGATTTTTTATATCAGTTTTTTTTAATTCTCGTTCGGATCAGATGTAAGAC
ATTATATATGCCATTGTTCTCTTGAAAAGCTTTAAAAATAGAGAATAGTAAGAAAATATA
TACCAGGGAGGTCAGATTTAAGGACATAAGCTTGATCGGTTTGAGACCAGTCCACTCTAC
ACTGTCCTAAGCTCCTGAGGCTCGCCAGCAAAACATCCGCCTCGAATTCCCATAGTGGAA
ACGCGTCTGACGGATCAAAGTACTTCCCGAACAAAAATGGGCTGAAAATAGATCCCTCGC
TGAACACAACCTTCTCCGAGCCTCCCCCTCCGCTCAAGAACCTCCGGAAAACGTCCTCAC
CTAGCGGTACGCGCCACTTTCCCGGCGTCTTGTCGTCGGTGTGGATCTCTAATTTGAGGC
TACCATTACTACCCGTCATGAGAGAAATAAGAGAGAGAATGGGACGAATAAAAAA


BQ
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL39TF U 1
AF RR3FW25TF U 12
AF RR3DL39JQ C 545
BS 1 81 RR3DL39TF
BS 82 82 RR3FW25TF
BS 83 99 RR3DL39TF
BS 100 100 RR3FW25TF
BS 101 107 RR3DL39TF
BS 108 108 RR3FW25TF
BS 109 162 RR3DL39TF
BS 163 163 RR3FW25TF
BS 164 299 RR3DL39TF
BS 300 300 RR3FW25TF
BS 301 353 RR3DL39TF
BS 354 354 RR3FW25TF
BS 355 539 RR3DL39TF
BS 540 540 RR3FW25TF
BS 541 617 RR3DL39TF
BS 618 636 RR3FW25TF
BS 637 637 RR3DL39JQ
BS 638 740 RR3FW25TF
BS 741 1063 RR3DL39JQ

RD RR3DL39TF 617 0 0
GGAGTGAAGCACTGAAACCTGAATCGTTATTCCACTAAATCCTCAGCGACAATGCGCTCA
CTTCACCTAATCGCCTTCTTCTTCATCATCATCATCAGTGTTTTTGTTAAAGCTTCGAAA
AGCGATGACGGGTTTTGTTCAGCGCCTTCGATCACTGAATCAGACGAGGAGAAGCCGAAA
CCAATTTACTGGAAAGTCACGAATCCAACACTCTCTCCTTCCCATCTCCAAGACTTGCCG
GGTTATACAAGAAGCGTATACAAACGAGATCATGCGTTGATAACACCTGAAAGTCATGTT
TACAGCCCTTTACCTGACTGGACAAACACATTAGGGGCGTATTTGATCACACCTGCAATG
GGTTCCCATTTTGTCATGTACTTTGCGAAAATGAAAGAAATGTCAAGTTCAGGTTTACCT
CCAAAAGACATAGAGCGTCTTGTATTCGTTGTCGAGGGTGCTGTGACACTGACTAACACT
TCCAGTTCCTCAACAAAACTGACGGTTGATACATATGCATACCTACCTCCAAACTTTTAT
CATTCCCTGGACTGTGCCGAGTCTGCAACACTTATTGTCTTTGAGCGGAGGTATGAACGT
CTAGGAAGTCACACAAC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3FW25TF 729 0 0
GG
GAAACCTGAATCGTTATTCCACTAAATCCTCAGCGACAATGCGCTCACTTCACCTAATCG
CCTTCTTCATCATCATCATCATCAGTCTTTTTGTCGAAGCTTCGAAAAGCGATGACGGGT
TTTGTTCAGCGCCTTCGATCACTGAATCAAACGAGGAGAAGCCGAAACCTATTTACTGGA
AAGTCACGAATCCAACTCTCTCTCCTTCCCATCTCCAAGACTTGCCGGGTTATACAAGAA
GTGTATACAAACGAGATCATGCGTTGATAACACCTGAAAGTCATGTGTACAGCCCTTTAC
CTGACTGGACAAACACATTAGGGGCGTATTTGATCACACCGGCAATGGGTTCCCATTTTG
TCATGTACTTTGCGAAAATGAAAGAAATGTCAAGTTCAGGTTTACCTCCAAAAGACATAG
AGCGTCTTGTATTCGTTGTCGAGGGTGCTGTGACACTGACTAACACTTCCAGTTCCTCAA
CAAAATTGACGGTTGATTCATATGCATACCTACCTCCAAACTTTTACCATTCCTTGGACT
GTGCCGAGTCTGCAACACTTGTTGTCTTTGAGCGGAGGTATGAACATCTAGGAAGTCACA
CAACAGAGCTTATCGTTGGCTCCTCAGACAAGCAACCACTACTTGAGACTCCCGGTGAAG
TTTTTGAGCTGCGGAAACTTCTTCCGGTCTCCCTTGCTTATGACTTCAACATCCATATTA
TGGATTT

QA 3 729 3 729
DS 

RD RR3DL39JQ 519 0 0
CCC
TGGACTGTGCCGAGTCTGCAACACTTATTGTCTTTGAGCGGAGGTATGAACGTCTAGGAA
GTCACACAACAGAGCTTATCGTTGGCTCCACAGACAAGCAACCATTACTTGAGACTCCCG
GTGAAGTTTTTGAGCTGCGGAAACTTCTTCCGGTCTCCCTTGCTTATGACTTCAACATCC
ATATTATGGATTTTCAGCCCGGAGAGTTTCTCAATGTTAAGGAAGTTCATTATAACCAAC
ATGGTTTGTTGCTTCTGGAAGGCCAAGGCATTTATCGCTTGGGTGATAACTGGTATCCAG
TTCAGGCTGGTGATGTCATATGGATGGCTCCTTTTGTTCCTCAGTGGTATGCTGCGCTTG
GAAAGACTAGGTCTCGGTATTTGTTGTACAAAGATGTGAATCGGAATCCCTTGTAATCAA
AAAGATCCAAATGACTTGATGTGAAGAGTTCTTTGTTCTAGAAGCCAGAATCTTGTTCTT
TTAGCTTTCAGTCATAAAAAAAAAGCCTCATGTGCC

QA 4 519 4 519
DS 



AS 1 4

CO CL2891Contig1 720 4 2 U
GGCTCGCGCTCTGATCTCTGTTTCCTCCGTTAATTTCTCGCTTCCTCTATCCTCATCCAA
GCTGTCATTCAGACAAGGATGGCTCATTCCCTGAGCTTCATCTCCACCAACTCCAACACT
CTCCTCCTCGATCAGAGGCTCGGAGCGTTTGTCTCGCCATCTAGATCCAAAAGGAGATTC
TCAAGAGTCGTTAGAGCTGTGCAACAAGAGTCTCAAGGAGGAGGTCCAAGAAGACTGATC
GACATCATCAGAACGGTTCCCGACATCTCCAGGAACTACTTCAAGAAACCGTCGAGAAGG
ACGCTCTTCGGAGGGATCTCGCTGTTGGGTGGGTTCTACGTCGCGCAGACCATTTCTCTT
TCGTTTGGAGCGTTGGGAGTGAACGACGTTATCGCTGCGGTTTTGTGTGTTCTTTTGACG
GAGTATGTGACGAGATTCTACTACAGCCGAACCACCGTGACGTTCCCCATCGCTCTTCTG
AATAATTTTAAGATGGGTTTCACTTATGGTCTCTTCATTGATGCCTTCAAGCTCGCTAGC
TAGTGTCACATGTGAAAATTTTTTAAAGCTACATTTAGTGTTATTAGTAAATGATTTCAC
ATCAGCTCTGATTGTTTGTGTTTGCTTCAATGATGTGAGATATCATTGAGACAATGTACC
AAAAGCTCAGCATATGAATGTGTATGAGATTAAAGAAGTCTAAAATTGAGGTTAAACACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX07TF U 1
AF RR3F679TF U 6
AF RR3DX07JQ C 17
AF RR3F679JQ C 95
BS 1 651 RR3DX07TF
BS 652 720 RR3DX07JQ

RD RR3DX07TF 657 0 0
GGCTCGCGCTCTGATCTCTGTTTCCTCCGTTAATTTCTCGCTTCCTCTATCCTCATCCAA
GCTGTCATTCAGACAAGGATGGCTCATTCCCTGAGCTTCATCTCCACCAACTCCAACACT
CTCCTCCTCGATCAGAGGCTCGGAGCGTTTGTCTCGCCATCTAGATCCAAAAGGAGATTC
TCAAGAGTCGTTAGAGCTGTGCAACAAGAGTCTCAAGGAGGAGGTCCAAGAAGACTGATC
GACATCATCAGAACGGTTCCCGACATCTCCAGGAACTACTTCAAGAAACCGTCGAGAAGG
ACGCTCTTCGGAGGGATCTCGCTGTTGGGTGGGTTCTACGTCGCGCAGACCATTTCTCTT
TCGTTTGGAGCGTTGGGAGTGAACGACGTTATCGCTGCGGTTTTGTGTGTTCTTTTGACG
GAGTATGTGACGAGATTCTACTACAGCCGAACCACCGTGACGTTCCCCATCGCTCTTCTG
AATAATTTTAAGATGGGTTTCACTTATGGTCTCTTCATTGATGCCTTCAAGCTCGCTAGC
TAGTGTCACATGTGAAAATTTTTTAAAGCTACATTTAGTGTTATTAGTAAATGATTTCAC
ATCAGCTCTGATTGTTTGTGTTTGCTTCAATGATGTGAGATATCATTGAGA
CATGTA

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3F679TF 646 0 0
GG
GCTCTGATCTCTGTTTCCTCCGTTAATTTCTCGCTTCCTCTATCCTCATCCAAGCTGTCA
TTCAGACAAGGATGGCTCATTCCCTGAGCTTCATCTCCACCAACTCCAACACTCTCCTCC
TCGATCAGAGGCTCGGAGCGTTTGTCTCGCCATCTAGATCCAAAAGGAGATTCTCAAGAG
TCGTTAGAGCTGTGCAACAAGAGTCTCAAGGAGGAGGTCCAAGAAGACTGATCGACATCA
TCAGAACGGTTCCCGACATCTCCAGGAACTACTTCAAGAAACCGTCGAGAAGGACGCTCT
TCGGAGGGATCTCGCTGTTGGGTGGGTTCTACGTCGCGCAGACCATTTCTCTTTCGTTTG
GAGCGTTGGGAGTGAACGACGTTATCGCTGCGGTTTTGTGTGTTCTTTTGACGGAGTATG
TGACGAGATTCTACTACAGCCGAACCACCGTGACGTTCCCCATCGCTCTTCTGAATAATT
TTAAGATGGGTTTCACTTATGGTCTCTTCATTGATGCCTTCAAGCTCGCTAGCTAGTGTC
ACATGTGAAAATTTTTTAAAGCTACATTTAGTGTTATTAGTAAATGATTTCACATCAGCT
CTGATTGTTTGTGTTTGCTTCAATGATGTGAGATATCATTGAGA

QA 3 646 3 646
DS 

RD RR3DX07JQ 704 0 0
TCTGTTTCCTCCGTTAATTTCTCGCTTCCTCTATCCTCATCCAAGCTGTCATTCAGACAA
GGATGGCTCATTCCCTGAGCTTCATCTCCACCAACTCCAACACTCTCCTCCTCGATCAGA
GGCTCGGAGCGTTTGTCTCGCCATCTAGATCCAAAAGGAGATTCTCAAGAGTCGTTAGAG
CTGTGCAACAAGAGTCTCAAGGAGGAGGTCCAAGAAGACTGATCGACATCATCAGAACGG
TTCCCGACATCTCCAGGAACTACTTCAAGAAACCGTCGAGAAGGACGCTCTTCGGAGGGA
TCTCGCTGTTGGGTGGGTTTTACGTCGCGCAGACCATTTTTCTTTCGTTTGGAGCGTTGG
GAGTGAACGACGTTATCGCTGCGGTTTTGTGTGTTCTTTTGACGGAGTATGTGACGAGAT
TCTACTACAGCCGAACCACCGTGACGTTCCCCATCGCTCTTCTGAATAATTTTAAGATGG
GTTTCACTTATGGTCTCTTCATTGATGCCTTCAAGCTCGCTAGCTAGTGTCACATGTGAA
AATTTTTTAAAGCTACATTTAGTGTTATTAGTAAATGATTTCACATCAGCTCTGATTGTT
TGTGTTTGCTTCAATGATGTGAGATATCATTGAGACAATGTACCAAAAGCTCAGCATATG
AATGTGTATGAGATTAAAGAAGTCTAAAATTGAGGTTAAACACT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3F679JQ 606 0 0
GCTTCATCTCCACCAACTCCAACACTCTCCTCCTCGATCAGAGGCTCGGAGCGTTTGTCT
CGCCATCTAGATCCAAAAGGAGATTCTCAAGAGTCGTTAGAGCTGTGCAACAAGAGTCTC
AAGGAGGAGGTCCAAGAAGACTGATCGACATCATCAGAACGGTTCCCGACATCTCCAGGA
ACTACTTCAAGAAACCGTCGAGAAGGACGCTCTTCGGAGGGATCTCGCTGTTGGGTGGGT
TCTACGTCGCGCAGACCATTTCTCTTTCGTTTGGAGCGTTGGGAGTGAACGACGTTATCG
CTGCGGTTTTGTGTGTTCTTTTGACGGAGTATGTGACGAGATTCTACTACAGCCGAACCA
CCGTGACGTTCCCCATCGCTCTTCTGAATAATTTTAAGATGGGTTTCACTTATGGTCTCT
TCATTGATGCCTTCAAGCTCGCTAGCTAGTGTCACATGTGAAAATTTTTTAAAGCTACAT
TTAGTGTTATTAGTAAATGATTTCACATCAGCTCTGATTGTTTGTGTTTGCTTCAATGAT
GTGAGATATCATTGAGACAATGTACCAAAAGCTCAGCATATGAATGTGTATGAGATTAAA
GAAGTC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

CO CL2892Contig1 1130 2 2 U
CGCTTTTGCTCAAGGGGCGTTTGGTAAGCTGTACAGAGGGACTTACAAAGGAGAGGATGT
AGCCATCAAGCTACTCGAGAGGCCAGAGAACAGTCCCGAAAAGGCGCAAGCCCTGGAACA
GCAGTTTCAGCAGGAGGTTTCTATGCTCTCGTTTTTGAAACACCCCAACATCGTTAGGTT
CATCGGCGCGTGCATTAAACCGATGGTGTTGTGCATCGTTACTGAATATGCAAAAGGAGG
TTCGGTCAGACAGTTCTTGACTAAGAGACAAAATCGAGCTGTGCCGTTGAAGTTGGCTGT
TAAGCAGGCATTGGATGTTGCTAGGGGTATGGCTTATGTCCATGAGCGGAACTTTATACA
CAGGGATCTGAAGTCAGATAACCTCCTCATATCAGCTGATCGCTCCATCAAGATTGCTGA
TTTTGGCGTTGCAAGAATTGAAGTTCAAACCGAAGGGATGACACCAGAGACCGGGACTTA
CAGATGGATGGCGCCAGAGATGATCCAGCATAGACCCTACACTCAGAAAGTAGACGTGTA
TAGCTTTGGGATCGTGCTGTGGGAGTTGATAACGGGTCTGTTACCGTTCCAGAACATGAC
TGCAGTTCAAGCTGCATTTGCGGTAGTGAACCGGGGAGTGCGTCCGACCGTCCCAGCGGA
CTGTCTCCCTGTGCTTGGGGAGATCATGACGCGTTGCTGGGATGCAGACCCTGAAGTCCG
TCCTTGTTTCGCAGAGATTGTCAATCTTCTTGAGGGGGCTGAAACCGAGGTAATGACGAC
TGTGAGGAAAGCCCGTTTCAGGTGTTGCATGACGCAACCAATGACAATCGACTAAGAGAG
AGAGCAAGAAAGGGCTTTAGATATATGTAAGTTTGTGTGTGTGTGTATTGGTATTTAATA
TCCGTTTGTATCTCTTTTACCATGATAGGAGAAGTAACCCAACCATTTTAGACTACTGAT
ATAGAAAAAAGGTATGTACTGTGACTGTCTCAAGTGTTTGGTTTAGTTTTGAATTCATTG
TCCTCTACTGTGGACCGAAGAGGCATTTGATGTGTGATGAATGCCTTATTCTGTCTCCCT
CTCTCTCTTCTAAATTCGTGTATCAGTAGCATCTCACTAAGTATGACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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CAGATGGATGGCGCCAGAGATGATCCAGCATAGACCCTACACTCAGAAAGTAGACGTGTA
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TCTTCTAAATTCGTGTATCAGTAGCATCTCACTAAGTATGACATG

QA 1 885 1 885
DS 



AS 1 3

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ATCTTGCCCATAGTGTTCAGACAACCAGTCCTTTGCTGATGAGACCAATGTATACATCAT
TGCCATACCAAGATTTTCAGTCGCCTCTTGTTCAAGCTTCTCTTTTAAGATGGTGAGGTC
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CATCTCCTGTTCCTCCTTATACTCCGTCATGATGACCAAATTTGAAAGCTTTGTCGTGAA
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BQ
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TGTGGATGTGGAGACTGAATGCTACTCAATATAAGGCCAGTCTCTTGCATCCTGATCTCT
ATCCAGAAAAGAGCTTTAAAACTCAGTATAATAAGGCTCCTCCCTAGCTTCAGGCCCTTG
ATGTGGAGCAGAAGCATCAGATTTCTCAGCCAAATAGTGCTCAAGCATGTCTTCTTCATC
ATCTTCAAAGTCATCGTCTTCAAAGTCAATGTCTTCATCATCTTCCTCCTCAGATTCTTG
ATCAGCAGTGACCACTACTCCTCTCGCTTTGCCACTCTCGAACCACTGTCTTCCTGTAAG
CTTCTTCTCCTTGGGTGCCGTAAGAACAGACTCTGGCATCAGTTTGGCTCGCTCAAGTGC
AAGCTCTGCCTCATATCTCTCTCTCCATGCCACAAATGTCTCCAGAGTAACAGGTTCTCC
ATGAGGAACAATTACCTCATCCTCTTTGGCGGCTTCTTCCTCAGCATAGTCAGCCCCATC
ATCTTGCCCATAATGTTCAGACAACCAGTCCTTTGCTGATGAGACCAATGTATACATCAT
TGCCATACCAAGATTTTCAGTCGCCTCTTGTTCAAGCTTCTCTTTTAAGATGG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3EX62JQ 766 0 0
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TCTTATAATTTGTTCTTATAAACGAACAGAAGGTGAAGGTGATTA*TATAAGCCAGAAGA
CAAATGTAAATCTCCAGTACTCTTGAGCAGATCAAAGCTGGGAAAACTGTGGATGTGGAG
ACTGAATGCTACTCAATGTAAGGCCAGCCTCTTGCATCCTGATCTCTATACAGAAAAGAG
CTTTAAAACTCAGTATAATAAGGCTCCTCCCTAGCTTCAGGCCCTTGATGTGGAGCAAAA
GCATCAGATTTCTCAGCCAAATAGTGCTCAAGCATGTCTTCTTCATCATCTTCAAAGTCA
TCGTCTTCAAAGTCAATGTCTTCATCATCTTCCTCCTCAAATTCTTGATCAGCAGTGACC
ACTACTCCTCTCGCTTTGCCACTCTCGAACCACTGTCTTCCTGTAAGCTTCTTCTCCTTG
GGTGCCGTAAGAGCAGACTCTGGCATCAGCTTGGCTCGCTCAAGTGCAAGCTCTGCCTCA
TATCTCTCTCTCCATGCCACAAATGTCTCCAGAGTAACAGGTTCTCCATGAGGAACAATT
ACCTCATCCTCTTTGGCGGCTTCTACCTCAGCATAGTCAGCCCCATCATCTTGCCCATAG
TGTTCAGACAACCAGTCCTTTGCTGATGAGACCAATGTATACATCATTGCCATACCAAGA
TTTTCAGTCGCCTCTTGTTCAAGCTTCTCTTTTAAGATGG
TGAGGT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3EX62TF 637 0 0
GGTGCCGTAAGAGCAGACTCTGGCATCAGCTTGGCTCGCTCAAGTGCAAGCTCTGCCTCA
TATCTCTCTCTCCATGCCACAAATGTCTCCAGAGTAACAGGTTCTCCATGAGGAACAATT
ACCTCATCCTCTTTGGCGGCTTCTACCTCAGCATAGTCAGCCCCATCATCTTGCCCATAG
TGTTCAGACAACCAGTCCTTTGCTGATGAGACCAATGTATACATCATTGCCATACCAAGA
TTTTCAGTCGCCTCTTGTTCAAGCTTCTCTTTTAAGATGGTGAGGTCACCAACATGGATT
CCTCGAATACTTTTAACATCCAAGAGAGGTGCCTCATCTGGGTAGTTCTCTGTGTGGGAG
AAAACCAAACCAAGCTGAACTGGTGGGATTGATGATGACTCATCTATATCATCATCCTGA
GGAGTGACTGTAATCTGAAAGCATCGATTCGAAGTGTTAAGCCCACTTTCGCCAGTGTGA
ATCTCTTTGAAGTCATCGGCAAGTATAGATTCAAGAGCTTCAATCTCCATCTCCTGTTCC
TCCTTATACTCCGTCATGATGACCAAATTTGAAAGCTTTGTCGTGAAAGCTTCGAGATTT
CGTCTGAATATCCAAACTCCACAGTGAGTCGCCGTCC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

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AAACTTCTCCATCGTTGGAATGAACGTCAGCCTTATGTGGAACTCTGTCGGTTTTTATCA
GATTGCTAAGCTCAGCATGATTCCTGTATCCTGCTTGTTGGAAATGGTGTTAGATAAGAT
CCGTTACTCCAGAGACACTAAGCTTAGCATAGGATTGGTTCTTGTGGGTGTTGGTGTTTG
CACTGTCACTGATGTTAGTGTGAATAGCAAAGGCTTTCTAGCCGCTTTTGTTGCTGTGTG
GAGTACTTCTCTGCAACAATACTATGTACATTACCTTCAGCGCAAGTACTCGCTTAGCTC
ATTCAACCTATTGGGACATACCGCTCCAGCCCAAGCTGCAACATTACTGGTTGTTTGTCC
GTTTCTTGATTATTGGCTCACGGAAAAAAGAGTAGACATGTACGACTACAACTTGGTCTC
TGTGCTGTTTATAACCCTCTCGTGCACAATAGCGATTGGGACGAACCTGAGTCAGTTCAT
CTGCATCGGGAGATTCACAGCGGTGTCGTTCCAAGTCCTGGGACATATGAAGACGATCCT
GGTGCTGGTAATGGGATTCTTCTTCTTTGGTAGAGAAGGTCTAAACTTGCACGTGGTTAT
TGGAATGATCATTGCAGTACTTGGTATGATCTGGTACGGCAATGCCTCTTCTAAGCCAGG
TGGGAAAGAGAGACGAAGCTATTCTCTTCCAACGACTCGTCAGCAGAAACTTGGGGCTGC
TTCTGATTCTGACGACAACGAAGACAAAGCTTAGTATTAGTATCTAAGTAGTAGATGTTC
TGGACAATCACATAGTTTAAAATTTTGTTTTTAAGTTCCGTTTTCTTGCTGGGGTCGACG
AACAAGGGATTTTTTATACAGATGATTGAGATTTTTTGTAATACTCAACGGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED03TF U 1
AF RR3ED03JQ C 227
BS 1 638 RR3ED03TF
BS 639 639 RR3ED03JQ
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BS 799 807 RR3ED03TF
BS 808 954 RR3ED03JQ

RD RR3ED03TF 808 0 0
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GATTGCTAAGCTCAGCATGATTCCTGTATCCTGCTTGTTGGAAATGGTGTTAGATAAGAT
CCGTTACTCCAGAGACACTAAGCTTAGCATAGGATTGGTTCTTGTGGGTGTTGGTGTTTG
CACTGTCACTGATGTTAGTGTGAATAGCAAAGGCTTTCTAGCCGCTTTTGTTGCTGTGTG
GAGTACTTCTCTGCAACAATACTATGTACATTACCTTCAGCGCAAGTACTCGCTTAGCTC
ATTCAACCTATTGGGACATACCGCTCCAGCCCAAGCTGCAACATTACTGGTTGTTTGTCC
GTTTCTTGATTATTGGCTCACGGAAAAAAGAGTAGACATGTACGACTACAACTTGGTCTC
TGTGCTGTTTATAACCCTCTCGTGCACAATAGCGATTGGGACGAACCTGAGTCAGTTCAT
CTGCATCGGGAGATTCACAGCGGTGTCGTTCCAAGTCCTGGGACATATGAAGACGATCCT
GGTGCTGGTAATGGGATTCTTCTTCTTTGGTAGAGAAG*TCTAAACTTGCACGTGGTTAT
TGGAATGATCATTGCAGTACTTGGTATGATCTGGTACGGCAATGCCTCTTCTAAGCCAGG
TGGGAAAGAGAGACGA*GCTATTCTCTTC**ACGACTCGTCAGCAGAA*CTTGGGGCTGC
TTCTGATTCTGACGACA*CGAAGACAA
G

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3ED03JQ 728 0 0
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TTTGTTGCTGTGTGGAGTACTTCTCTGCAACAATACTATGTACATTACCTTCAGCGCAAG
TACTCGCTTAGCTCATTCAACCTATTGGGACATACCGCTCCAGCCCAAGCTGCAACATTA
CTGGTTGTTTGTCCGTTTCTTGATTATTGGCTCACGGAAAAAAGAGTAGACATGTACGAC
TACAACTTGGTCTCTGTGCTGTTTATAACCCTCTCGTGCACAATAGCGATTGGGACGAAC
CTGAGTCAGTTCATCTGCATCGGGAGATTCACAGCGGTGTCGTTCCAAGTCCTGGGACAT
ATGAAGACGATCCTGGTGCTGGTAATGGGATTCTTCTTCTTTGGTAGAGAAGGTCTAAAC
TTGCACGTGGTTATTGGAATGATCATTGCAGTACTTGGTATGATCTGGTACGGCAATGCC
TCTTTTAAGCCAGGTGGGAAAGAGAGACGAAGCTATTCTCTTCCAACGACTCGTCAGCAG
AAACTTGGGGCTGCTTCTGATTCTGACGACAACGAAGACAAAGCTTAGTATTAGTATCTA
AGTAGTAGATGTTCTGGACAATCACATAGTTTAAAATTTTGTTTTTAAGTTCCGTTTTCT
TGCTGGGGTCGACGAACAAGGGATTTTTTATACAGATGATTGAGATTTTTTGTAATACTC
AACGGAAT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 4

CO CL2895Contig1 1420 4 11 U
GGAAGACCACGAGCAGAGAAGTTCTGTTTCTCCTCCAGAACTCATGTGACTCTTGTCCAA
TTCATTCCTCCTTCTTCGATCTGCTTCCTTCTGTCTAGCGAAAATCTCAAAAACCGCTTT
GCACTCTGCAGCTAGGAACGGGCACACGGAGATCGTGAAAGAGCTGATTGCGAAGAAAGT
TGGAATGGTTACGAGAGTCGACAAGAAAGGTCAAACCGCGCTTCATATGGCGGTTAAAGG
ACAGAACGCTGAGATCGTCGATGCGTTGATGAAAGCAGATCCTTCCTTGATCAATGCTGC
TGATAATAAAGGAAACACTCCTCTCCATATTGCTGTCCGTAAAAACAGAGTAGAGATTGT
TCAGACAGTTTTACAGTATGGTGAAGTGAGTAGAGTGGCGGTTAATAAATCAGGAGAAAC
AGCTCTTGACATCGCTGAGAAAACCGGTCTGCACGAGATTGTACCGCTTCTTCAGAAGAT
CGGTATGCAGAACGCAAGATCCATCAAACCAGCTGCAAGGGTGGAACCGTCAGGATCTTC
TAAGAAACTGAAAGAAACGGTCAGCGAAATAGGTCACGAGGTGCATACTCAGCTCGAACA
AACCGTGAGAACGAGAAGAGAGATCCAAGGAATCGGTAAACGCGTCAACAAAATCCACAC
GGAAAGGACTCAACAACGCCATAAACTCCACGACCGTTGTAGCCATTCTCATAGCAACCG
TTGCTTTTGGAGCTATCTTCAACGTTCCGGGCCAGTACACGGATGATCCTAAAAACGTTC
CTCCAGAGTATACACTCGGAGAAGCTAGAGCAGCTTCGAGACCCGAGTTCTTGATCTTTG
TAGTGTTTGATTCTTTCGCCCTCTTCATCTCTTTAGCAGTGGTTGTGGTTCAGACATCGG
TGGTAGTTATAGAGAGGAAAGCTAAGAAGCAAATGATGGCGATTATCAACAAGCTAATGT
GGATGGCTTGCATAATGATCTCGGTGGCGTTTTTATCGCTGTCTTTTGTTGTTGTGGGAG
ATAAGCAGAGGCCATTGGCGATTGGTATAACAGCCATTGGAGCTTTAATCATGGTTTCAA
CGCTTGGGACTATGTGTTATTGGGTGGTTGCTAATCGGATTGAAGGTTCTAAGTCGTCTC
CAGCTTCAATGATGTCTGATTCTGAGTTAGTTGATCACAAGCATAACAGGAAGCTTTATG
CGGTTTGATTGGAGTGAAGGAAAGGAGCAGCTAAAAAGCCGTTTTAAGAACAGAGAGATT
TTTGTATCCAGAAATAAAGTAGATCTCCTTGTTTAAGGTTCTGTACTTCTGTATATATGT
AAGAAATGAAAAATAGTATATATCAATATATCATTGTATAAGCTTTTACATGAACATTAC
GTTGCAAGTAACAGAAGAAATGCAATGGATTACTTATACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G115TF U 1
AF RR3FS10TF U 373
AF RR3FS10JQ C 796
AF RR3G115JQ C 731
BS 1 546 RR3G115TF
BS 547 547 RR3FS10TF
BS 548 656 RR3G115TF
BS 657 657 RR3FS10TF
BS 658 712 RR3G115TF
BS 713 713 RR3FS10TF
BS 714 746 RR3G115TF
BS 747 1029 RR3FS10TF
BS 1030 1128 RR3G115JQ
BS 1129 1129 RR3FS10JQ
BS 1130 1420 RR3G115JQ

RD RR3G115TF 746 0 0
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TTCATTCCTCCTTCTTCGATCTGCTTCCTTCTGTCTAGCGAAAATCTCAAAAACCGCTTT
GCACTCTGCAGCTAGGAACGGGCACACGGAGATCGTGAAAGAGCTGATTGCGAAGAAAGT
TGGAATGGTTACGAGAGTCGACAAGAAAGGTCAAACCGCGCTTCATATGGCGGTTAAAGG
ACAGAACGCTGAGATCGTCGATGCGTTGATGAAAGCAGATCCTTCCTTGATCAATGCTGC
TGATAATAAAGGAAACACTCCTCTCCATATTGCTGTCCGTAAAAACAGAGTAGAGATTGT
TCAGACAGTTTTACAGTATGGTGAAGTGAGTAGAGTGGCGGTTAATAAATCAGGAGAAAC
AGCTCTTGACATCGCTGAGAAAACCGGTCTGCACGAGATTGTACCGCTTCTTCAGAAGAT
CGGTATGCAGAACGCAAGATCCATCAAACCAGCTGCAAGGGTGGAACCGTCAGGATCTTC
TAAGAA*CTGAAAGAAACGGTCAGCGAAATAGGTCACGAGGTGCATACTCAGCTCGAACA
AACCGTGAGAACGAGAAGAGAGATCCAAGGAATCGGTAAACGCGTCAACAAAATCC*CAC
GGAAAGGACTCAACAACGCCATAAACTCCACGACCGTTGTAGCCATTCTCAT*GCAACCG
TTGCTTTTGGAGCTATCTTCAACGTT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3FS10TF 657 0 0
G
CAGTATGGTGAAGTGAGTAGAGTGGCGGTTAATAAATCAGGAGAAACAGCTCTTGACATC
GCTGAGAAAACCGGTCTGCACGAGATTGTACCGCTTCTTCAGAAGATCGGTATGCAGAAC
GCAAGATCCATCAAACCAGCTGCAAGGGTGGAACCGTCAGGATCTTCTAAGAAACTGAAA
GAAACGGTCAGCGAAATAGGTCACGAGGTGCATACTCAGCTCGAACAAACCGTGAGAACG
AGAAGAGAGATCCAAGGAATCGGTAAACGCGTCAACAAAATGCACACGGAA*GGACTCAA
CAACGCCATAAACTCCACGACCGTTGTAGCCATTCTCATAGCAACCGTTGCTTTTGGAGC
TATCTTCAACGTTCCGGGCCAGTACACGGATGATCCTAAAAACGTTCCTCCAGAGTATAC
ACTCGGAGAAGCTAGAGCAGCTTCGAGACCCGAGTTCTTGATCTTTGTAGTGTTTGATTC
TTTCGCCCTCTTCATCTCTTTAGCAGTGGTTGTGGTTCAGACATCGGTGGTAGTTATAGA
GAGGAAAGCTAAGAAGCAAATGATGGCGATTATCAACAAGCTAATGTGGATGGCTTGCAT
AATGATCTCGGTGGCGTTTTTATCGCTGTCTTTTGTTGTTGTGGGAGATAAGCAGA

QA 2 657 2 657
DS 

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TCGCCCTCTTCATCTCTTTAGCAGTGGTTGTGGTTCAGACATCGGTGGTAGTTATAGAGA
GGAAAGCTAAGAAGCAAATGATGGCGATTATCAACAAGCTAATGTGGATGGCTTGCATAA
TGATCTCGGTGGCGTTTTTATCGCTGTCTTTTGTTGTTGTGGGAGATAAGCAGAGGCCAT
TGGCGATTGGTATAACAGCCATTGGAGCTTTAATCATGGTTTCAACGCTTGGGACTATGT
GTTATTGGGTGGTTGCTAATCGGATTGAAGGTTCTAAGTCGTCTCCAGCTTCAATGATGT
CTGATTTTGAGTTAGTTGATCACAAGCATAACAGGAAGCTTTATGCGGTTTGATTGGAGT
GAAGGAAAGGAGCAGCTAAAAAGCCGTTTTAAGAACAGAGAGATTTTTGTATCCAGAAAT
AAAGTAGATCTCCTTGTTTAAGGTTCTGTACTTCTGTATATATGTAAGAAATGAAAAATA
GTATATATCAATATATCATTGTATAAGCTTTTACATG

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3G115JQ 690 0 0
AGCTATCTTCAACGTTCCGGGCCAGTACGCGGATGATCCTAAAAACGTTCCTCCAGAGTA
TACACTCGGAGAAGCTAGAGCAGCTTCGAGACCCGAGTTCTTGATCTTTGTAGTGTTTGA
TTCTTTCGCCCTCTTCATCTCTTTAGCAGTGGTTGTGGTTCAGACATCGGTGGTAGTTAT
AGAGAGGAAAGCTAAGAAGCAAATGATGGCGATTATCAACAAGCTAATGTGGATGGCTTG
CATAATGATCTCGGTGGCGTTTTTATCGCTGTCTTTTGTTGTTGTGGGAGATAAGCAGAG
GCCATTGGCGATTGGTATAACAGCCATTGGAGCTTTAATCATGGTTTCAACGCTTGGGAC
TATGTGTTATTGGGTGGTTGCTAATCGGATTGAAGGTTTTAAGTCGTCTCCAGCTTCAAT
GATGTCTGATTCTGAGTTAGTTGATCACAAGCATAACAGGAAGCTTTATGCGGTTTGATT
GGAGTGAAGGAAAGGAGCAGCTAAAAAGCCGTTTTAAGAACAGAGAGATTTTTGTATCCA
GAAATAAAGTAGATCTCCTTGTTTAAGGTTCTGTACTTCTGTATATATGTAAGAAATGAA
AAATAGTATATATCAATATATCATTGTATAAGCTTTTACATGAACATTACGTTGCAAGTA
ACAGAAGAAATGCAATGGATTACTTATACG

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL2896Contig1 723 2 17 U
AAACAAGAGTTATAATCCATCAAAAAACGAGAACGAAAAACAGTCGCAAAGAGGTAGAAG
TTCTCTTAACAAAACTCCACAACATTAGTTTTTCTTGCCAAACATGAAAAAAAACAAATC
TATAAATATTCTATGCTCCGATGATTTCAGTTGGTTCCTCAGCTGTCTCTTCAGCTGGCC
TGTCTACCTTCACACCAACATCCTCCGCTGTGTAGTCACCATGAACCTCCATGAGCTTTC
CAAGGTCAAACTTAGGAGCCTTGAGGATCTTGACTTTACGGATGAACACATTCTGCAATG
GGTAGATGTTCTGTGTAGCCTTCTCAATCGCCTTCCCAATGGACTCCGGGATGAACTTGG
CCACAAGCTCCTTAAGGTCACATGATGAAGCCTCCTTCACCATAATCTCACTCATCTTTC
TCCGAATCTGGCGGACTTGGCTGGACTGAGCATAGCAAGTACGCTTCACCTGGTTAGCAC
GACTCTTGGTGAAACCAATGCAGAACATCCTCAAAGTGTAGCTGTCAGTGGTCTTCACAT
CGACATGGGCTTCAATCAAAGTCTGCCACTTCTTCACCAACGACCTCACCTTGTCGGTTG
TGAAATCCATACCCCAGAACTGGGTCAACACATTCCTGCCCTGAACATCTTCAGCCCTGA
GACGGATCTTCCTGTAAGAATGATCCTCATCGATTTGAAGATCAGCAAGAGAGACCTCAA
AAA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 0 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 

AF RR3GM67JQ U 1
AF RR3D757JQ U 9
BS 1 127 RR3GM67JQ
BS 128 128 RR3D757JQ
BS 129 205 RR3GM67JQ
BS 206 206 RR3D757JQ
BS 207 346 RR3GM67JQ
BS 347 347 RR3D757JQ
BS 348 425 RR3GM67JQ
BS 426 426 RR3D757JQ
BS 427 514 RR3GM67JQ
BS 515 515 RR3D757JQ
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BS 638 638 RR3D757JQ
BS 639 655 RR3GM67JQ
BS 656 656 RR3D757JQ
BS 657 706 RR3GM67JQ
BS 707 707 RR3D757JQ
BS 708 723 RR3GM67JQ

RD RR3GM67JQ 723 0 0
AAACAAGAGTTATAATCCATCAAAAAACGAGAACGAAAAACAGTCGCAAAGAGGTAGAAG
TTCTCTTAACAAAACTCCACAACATTAGTTTTTCTTGCCAAACATGAAAAAAAACAAATC
TATAAATCTTCTATGCTCCGATGATTTCAGTTGGTTCCTCAGCTGTCTCTTCAGCTGGCC
TGTCTACCTTCACACCAACATCCTCTGCTGTGTAGTCACCATGAACCTCCATGAGCTTTC
CAAGGTCAAACTTAGGAGCCTTGAGGATCTTGACTTTACGGATGAACACATTCTGCAATG
GGTAGATGTTCTGTGTAGCCTTCTCAATCGCCTTCCCAATGGACTCTGGGATGAACTTGG
CCACAAGCTCCTTAAGGTCACATGATGAAGCCTCCTTCACCATAATCTCACTCATCTTTC
TCCGAGTCTGGCGGACTTGGCTGGACTGAGCATAGCAAGTACGCTTCACCTGGTTAGCAC
GACTCTTGGTGAAACCAATGCAGAACATCCTCAAGGTGTAGCTGTCAGTGGTCTTCACAT
CGACATGGGCTTCAATCAAAGTCTGCCACTTCTTCACCAACGACCTCACCTTGTCGGTTG
TGAAATCCATACCCCAGAACTGGGTCAACACATTCCTTCCCTGAACATCTTCAGCTCTGA
GACGGATCTTCCTGTAAGAATGATCCTCATCGATTTGAAGATCAGCGAGAGAGACCTCAA
AAA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3D757JQ 715 0 0
GTG
ATAATCCATCAAAAAA*GAGAAC*AAAAACAGTCGCAAAGAGGTAGAAGTTCTCTTAACA
AAACTCCACAACATTAGTTTTTCTTGCCAAACATGAAAAAAA*CAAATCTATAAATATTC
TATGCTCCGATGATTTCAGTTGGTTCCTCAGCTGTCTCTTCAGCTGGCCTGTCTACCTTC
ACACCAACATCCTCCGCTGTGTAGTCACCATGAACCTCCATGAGCTTTCCAAGGTCAAAC
TTAGGAGCCTTGAGGATCTTGACTTTACGGATGAACACATTCTGCAATGGGTAGATGTTC
TGTGTCGCCTTCTCAATCGCCTTCCCAATGGACTCCGGGATGAACTTGGCCACAAGCTCC
TTAAGGTCACATGATGAAGCCTCCTTCACCATAATCTCACTCATCTTTCTGCGGATCTGG
CGGACTTGGCTGGACTGAGCGTAGCAAGTACGCTTGACCTGGTTAGCACGCCTCTTGGTG
AAACCAATGCAGAACATCCTCAAAGTGTAGCTGTCTGTGGTCTTCACATCGACATGGGCT
TCAATCAAAGTCTGCCACTTCTTCACCAACGACCTCACCTTGTCGGTTGTGAAATCCATA
CCCCAGAACTGGGTCAACACATTCCTGCCCTGAACATCTTCAGCCCTGAGACGGATCTTC
CTGTAAGAATGATCCTCATCGCTTTGAAGATCAGCAAGAGAGACCTCAAAAA

QA 4 715 4 715
DS 



AS 1 4

CO CL2897Contig1 1103 4 16 U
AGGGGTAACGTCGCTGTTCACCACCATCAAAGCTATTAATAGCTTTGAATCCATTATGTC
ATTCATACTCTTCATCTCCCCCTTGACTACATCTATATAAATTCCCCTGAACCCAAATCT
CCTCAGGTAGCTTTCATGGATGAGAAACAATAAGATTTCCAGATCCGAAGATTCTGATAA
ATCTAGCGCCAAAGCTTCGGAAATATCGACCAGCGTATTCCATGGCTAAGAATCCAGCGA
AATCACCACCAAAACTCCAACTGAATCGACCACTGGTTCCATGGATAAGAAAAATTAGGT
TGCTTGGCTCCATCTAAAGCCCTAATGAGAACAATTCGGTTTTCCATAGATTTATTCCGG
CTGCTCGCTCCACTCACTACCGTCCATCTTTACGAGTTCCATAAAGAGTGTTCGAGAATT
CGTTGCAGTATGCAAGTGATTTAGCCATTACAAGAATCTAAATGCTGTTCAACAAGTTCA
AGAGTATCCTTTTTCTCGATTTAGTTGTTTCATAGTGTTTAATCCATGGTTGCCTTTTGA
CATGTTTGCATCTTTATGAGAATGCATTAGTTCCGCTTTTCTTAGCACTAATGGTCCTGT
CAGATTAGTTTCAGGTAAAGCGAGTTTAGATTTGATTTGTGTTTAGTTTGGTTAGAAGAA
TTGTTTTTGTTTGTTAATTCGTTTTTAAGGTACAGTCATCTGATGCTGAACATGGTGTCA
CTTCTGCAGTAAACGAGCGACTCTTAGCGAGTTTGTTGAGCTTAGCAGAAGATCAAAGAA
CATGTGGCAACGAAAAATGATGTCCATATCAGAAGCCATGTTCAAACAATCCTTATCCTA
CAAAGACCAGAACTGGAACATGTGTCTGAATGATAGAAAAGAGTCCTTTCGATCAGAAAA
AGTTTCCCTTCCTGAGGTCAAATTTCATGGTCAACATGACATCTAGATGGAAAAGAGTCT
TATTTCTCCTCATGTAACCACCAGTAAACGTATTTTTACTGGTAAACATATTTTTTCCCC
TTTCGGTTCAATTAACCATTCGTTTTATGTAACAATACAAATTAAAATCCATTAGTAGCC
CAATAACTAAAGTTAATTAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G045TF U 1
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AF RR3G045JQ C 577
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BS 1030 1103 RR3G045JQ

RD RR3G045TF 687 0 0
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AGAGTATCCTTTTTTTCGATTTAGTTGTTTCATAGTGTTTAATCCATGGTTGCCTTTTGA
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TTGTTTTTGTTTGTTAATTCGTTTTTA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3EU34TF 770 0 0
GG
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ATTCCCCTGAACCCAAATCTCCTCAGGTAGCTTTCATGGATGAGAAACAATAAGATTTCC
AGATCCGAAGATTCTGATAAATCTAGCGCCAAAGCTTCGGAAATATCGACCAGCGTATTC
CATGGCTAAGAATCCAGCGAAATCACCACCAAAACTCCAACTGAATCGACCACTGGTTCC
ATGGATAAGAAAAATTAGGTTGCTTGGCTCCATCTAAAGCCCTAATGAGAACAATTCGGT
TTTCCATAGATTTATTCCGGCTGCTCGCTCCACTCACTACCGTCCATCTTTACGAGTTCC
ATAAAGAGTGTTCGAGAATTCGTTGCAGTATGCAAGTGATTTAGCCATTACAAGAATCTA
AATGCTGTTCAACAAGTTCAAGAGTATCCTTTTTCTCGATTTAGTTGTTTCATAGTGTTT
AATCCATGGTTGCCTTTTGACATGTTTGCATCTTTATGAGAATGCATTAGTTCCGCTTTT
CTTAGCACTAATGGTCCTGTCAGATTAGTTTCAGGTAAAGCGAGTTTAGATTTGATTTGT
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CTTAGCAGA*GATCAAAGAACATGTGGCAACGAAAA*TGATGTCCATA

QA 3 770 3 770
DS 

RD RR3EU34JQ 702 0 0
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CTTTACGAGTTCCATAAAGAGTGTTCGAGAATTCGTTGCAGTATGCAAGTGATTTAGCCA
TTACAAGAATCTAAATGCTGTTCAACAAGTTCAAGAGTATCCTTTTTCTCGATTTAGTTG
TTTCATAGTGTTTAATCCATGGTTGCCTTTTGACATGTTTGCATCTTTATGAGAATGCAT
TAGTTCCGCTTTTCTTAGCACTAATGGTCCTGTCAGATTAGTTTCAGGTAAAGCGAGTTT
AGATTTGATTTGTGTTTAGTTTGGTTAGAAGAATTGTTTTTGTTTGTTAATTCGTTTTTA
AGGTACAGTCATCTGATGCTGAACATGGTGTCACTTCTGCAGTAAACGAGCGACTCTTAG
CGAGTTTGTTGAGCTTAGCAGAAGATCAAAGAACATGTGGCAACGAAAAATGATGTCCAT
ATCAGAAGCCATGTTCAAACAATCCTTATCCTACAAAGACCAGAACTGGAACATGTGTCT
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TGGTCAACATGACATCTAGATGGAAAAGAGTCTTATTTCTCCTCATGTAACCACCAGTAA
ACGTATTTTTACTGGTAAACATATTTTTTCCCCTTTCGGTTC

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DS 

RD RR3G045JQ 527 0 0
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TTGTGTTTAGTTTGGTTAGAAGAATTGTTTTTGTTTGTTAATTCGTTTTTAAGGTACAGT
CATCTGATGCTGAACATGGTGTCACTTCTGCAGTAAACGAGCGACTCTTAGCGAGTTTGT
TGAGCTTAGCAGAAGATCAAAGAACATGTGGCAACGAAAAATGATGTCCATATCAGAAGC
CATGTTCAAACAATCCTTATCCTACAAAGACCAGAACTGGAACATGTGTCTGAATGTTAG
AAAAGAGTCCTTTCGATCAGAAAAAGTTTCCCTTCCTGAGGTCAAATTTCATGGTCAACA
TGACATCTAGATGGAAAAGAGTCTTATTTCTCCTCATGTAATCACCAGTAAACGTATTTT
TACTGGTAAACATATTTTTTCCCCTTTCGGTTCAATTAACCATTCGTTTTATGTAACAAT
ACAAATTAAAATCCATTAGTAGCCCAATAACTAAAGTTAATTAATCC

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 4

CO CL2898Contig1 1122 4 13 U
GGACTCAGATAACACACATACATCTGAGACTTGTTGTAATGGCAACTCCTCTCCAAGCCA
CCGCAACTTTTCTTCAGCCTGCGAAGATCGCCACTTCTTCTCCTTCTCGCAACGTTGTCC
ATCTCCGATCTAACCAAACCGTGGGCAAGTCCTTTGGCCTAGAATCTTCACCTGCTAGAC
TCACTTGCTCCATCCACTCTGACTTCAAAGACTTCGTCGGAAAGTGCTCTGATGCAGCCA
AAATTGCTGGTTTCGCTCTCGCCACCTCTGCCCTCGTTGTCTCGGGGGCGAGTGCGGAGG
GAGCACCAAAGAGGTTAACGTACGACGAGATACAGAGCAAGACTTACATGGAGGTTAAGG
GGACTGGTACAGCGAACCAGTGTCCCACAATCGACGGTGGCTCGGAAACATTCTCATTCA
AACCTAGTAAGTACACAGGCAAGAAATTCTGCTTCGAGCCTACTTCCTTCACCGTCAAGG
CAGATAGCGTCAGCAAGAACGCCCCGCCGGATTTCCAAAACACCAAGCTCATGACCCGTC
TCACTTACACTCTCGACGAGATCGAAGGACCCTTGGAGGTTAGTTCAGATGGAAGCGTGA
AGTTCAAGGAAGAAGATGGGATCGATTATGCAGCAGTCACAGTTCAGCTTCCGGGAGGAG
AACGCGTGCCGTTCCTCTTCACGGTGAAACAGCTCGAGGCCTCAGGCAAACCCGACAACT
TCAGTGGCAAATTCTTAGTTCCTTCGTACCGTGGCTCGTCTTTCTTGGACCCTAAGGGAC
GTGGTGGATCCACTGGATACGATAATGCAGTGGCTTTGCCTGCGGGAGGCAGAGGTGACG
AGGAAGAGCTGTCCAAGGAAAACGTCAAGAACACTGCTGCTTCGGTGGGAGAGATCACTT
TGAAGATCACAAAGAGTAAACCAGAGACAGGAGAAGTGATCGGAGTGTTCGAGAGTCTTC
AGCCGTCTGATACTGACTTGGGTGCTAAGGTACCAAAGGATGTTAAGATCCAAGGGGTTT
GGTATGGTCAGCTTGAGTGATTGTTCTAATCCGAATCTGTTTGTCACAAGTTGTATTAAA
ACATCTTCTATATATATCAATAAAAATGCTCGATAAATAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB24TF U 4
AF RR3AD10TF U 1
AF RR3AD10JQ C 329
AF RR3EB24JQ C 418
BS 1 50 RR3AD10TF
BS 51 51 RR3EB24TF
BS 52 139 RR3AD10TF
BS 140 140 RR3EB24TF
BS 141 235 RR3AD10TF
BS 236 236 RR3EB24TF
BS 237 425 RR3AD10TF
BS 426 426 RR3EB24TF
BS 427 700 RR3AD10TF
BS 701 701 RR3EB24JQ
BS 702 828 RR3AD10JQ
BS 829 829 RR3EB24JQ
BS 830 1122 RR3AD10JQ

RD RR3EB24TF 559 0 0
GTG
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CTTTTCTTCAGCCTGCGAAGATCGCCACTTCTTCTCCTTCTCGCAACGTTGTTCATCTCC
GATCTAACCAAACCGTGGGCAAGTCCTTTGGCCTAGAATCTTCACCTGCTAGACTCACTT
GCTCCATCCACTCTGACTTCAAAGACTTCGTCGGAAAGTGCTCTGATGCAGCCAAAATTG
CTGGTTTCGCTCTCGCCACCTCTGCCCTCGTTGTCTCGGGGGCGAGTGCGGAGGGAGCAC
CAAAGAGGTTAACGTACGACGAGATACAGAGCAAGACTTACATGGAGGTTAAGGGGACTG
GTACAGCGAACCAGTGTCCCACAATCGACGGTGGCTCGGAAACATTCTCATTCAAACCTA
GTAAGTACACAGGCAAGAAATTCTGCTTCGAGCCTACTTCCTTCACCGTCAAGGCAGATA
GCGTCAGCAAGAACGCCCCGCCGGATTTCCAAAGCACCAAGCTCATGACCCGTCTCACTT
ACACTCTCGACGAGAT

QA 4 559 4 559
DS 

RD RR3AD10TF 701 0 0
GGACTCAGATAACACACATACATCTGAGACTTGTTGTAATGGCAACTCCT*TCCAAGCCA
CCGCAACTTTTCTTCAGCCTGCGAAGATCGCCACTTCTTCTCCTTCTCGCAACGTTGTCC
ATCTCCGATCTAACCAAACTGTGGGCAAGTCCTTTGGCCTAGAATCTTCACCTGCTAGAC
TCACTTGCTCCATCCACTCTGACTTCAAAGACTTCGTCGGAAAGTGCTCTGATGCGGCCA
AAATTGCTGGTTTCGCTCTCGCCACCTCTGCCCTCGTTGTCTCGGGGGCGAGTGCGGAGG
GAGCACCAAAGAGGTTAACGTACGACGAGATACAGAGCAAGACTTACATGGAGGTTAAGG
GGACTGGTACAGCGAACCAGTGTCCCACAATCGACGGTGGCTCGGAAACATTCTCATTCA
AACCTGGTAAGTACACAGGCAAGAAATTCTGCTTCGAGCCTACTTCCTTCACCGTCAAGG
CAGATAGCGTCAGCAAGAACGCCCCGCCGGATTTCCAAAACACCAAGCTCATGACCCGTC
TCACTTACACTCTCGACGAGATCGAAGGACCCTTGGAGGTTAGTTCAGATGGAAGCGTGA
AGTTCAAGGAAGAAGATGGGATCGATTATGCAGCAGTCACAGTTCAGCTTCCGGGAGGAG
AACGCGTGCCGTTCCTCTTCACGGTGAAACAGCTCGAGGC
T

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DS 

RD RR3AD10JQ 794 0 0
GATACAGAGCAAGACTTACATGGAGGTTAAGGGGACTGGTACAGCGAACCAGTGTCCCAC
AATCGACGGTGGCTCGGAAACATTCTCATTCAAACCTGGTAAGTACACAGGCAAGAAATT
CTGCTTCGAGCCTACTTCCTTCACCGTCAAGGCAGATAGCGTCAGCAAGAACGCCCCGCC
GGATTTCCAAAACACCAAGCTCATGACCCGTCTCACTTACACTCTCGACGAGATCGAAGG
ACCCTTGGAGGTTAGTTCAGATGGAAGCGTGAAGTTCAAGGAAGAAGATGGGATCGATTA
TGCAGCAGTCACAGTTCAGCTTCCGGGAGGAGAACGCGTGCCGTTCCTCTTCACGGTGAA
ACAGCTCGAGGCTTCAGGCAAACCCGACAACTTCAGTGGCAAATTCTTAGTTCCTTCGTA
CCGTGGCTCGTCTTTCTTGGACCCTAAGGGACGTGGTGGATCCACTGGATACGATAATGC
AGTGGCTTTGCCTGCGGGAGTCAGAGGTGACGAGGAAGAGCTGTCCAAGGAAAACGTCAA
GAACACTGCTGCTTCGGTGGGAGAGATCACTTTGAAGATCACAAAGAGTAAACCAGAGAC
AGGAGAAGTGATCGGAGTGTTCGAGAGTCTTCAGCCGTCTGATACTGACTTGGGTGCTAA
GGTACCAAAGGATGTTAAGATCCAAGGGGTTTGGTATGGTCAGCTTGAGTGATTGTTCTA
ATCCGAATCTGTTTGTCACAAGTTGTATTAAAACATCTTCTATATATATCAATAAAAATG
CTCGATAAATAAAT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3EB24JQ 697 0 0
TCAAACCTAGTAAGTACACAGGCAAGAAATTCTGCTTCGAGCCTACTTCCTTCACCGTCA
AGGCAGATAGCGTCAGCAAGAACGCCCCGCCGGATTTCCAAAGCACCAAGCTCATGACCC
GTCTCACTTACACTCTCGACGAGATCGAAGGACCCTTTGAGTTTAGTTCAGATGGAAGCG
TGAAGTT*AAGGAAGAAGATGGGATCGATTATGCAGCAGTCACAGTTCAGCTTCCGGGAG
GAGAACGCGTGCCGTTCCTCTTCACGGTGAAACAGCTCGAGGCCTCAGGCAAACCCGACA
ACTTCAGTGGCAAATTCTTAGTTCCTTCGTACCGTGGCTCGTCTTTCTTGGACCCTAAGG
GACGTGGTGGATCCACTGGATACGATAATGCAGTGGCTTTGCCTGCGGGAGGCAGAGGTG
ACGAGGAAGAGCTGTCCAAGGAAAACGTCAAGAACACTGCTGCTTCGGTGGGAGAGATCA
CTTTGAAGATCACAAAGAGTAAACCAGAGACAGGAGAAGTGATCGGAGTGTTCGAGAGTC
TTCAGCCGTCTGATACTGACTTGGGTGCTAAGGTACCAAAGGATGTTAAGATCCAAGGGG
TTTGGTATGGTCAGCTTGAGTGATTGTTCTAATCCGAATCTGTTTGTCACAAGTTGTATT
AAAACATCTTCTATATATATCAATAAAAATGCTCGAT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 3

CO CL2899Contig1 830 3 2 U
GAGGTAAAAAAAAGAGAATTAAGAATCTATGATCATAACAAACATAGAGCCATAAAAACT
TAGCTGCAAACATGAAGATAGCACAACTTTTCCATTACCCGTAGAATCAGAATCAGAATC
AGAATCAGTGGGAGATAGTGATAGCTTACTAAACAGAAACATGAGAAAAAATAAAAGCAG
CCTCGTTAACAATTTAAGAGAAAGAAAAACATGAGAGAGATCCTTTATATAATATGCTGC
CAACTTCAACTTGTTAGTCAATCGTCTTCCTCCTCATCACTCTTATCATCAGCATCCTCC
TCTTCACTAACGTCAGAGACTGACTTATCATCAGATTCCTCGTCCTCCTTTGGACCTTCC
TCCAGCTTCTTGTTGTAGGCCTTCATGGTCTTCTCATACTCAACCTTGCGCTTATCAGCC
TTAGCTACATAGGGAGCCTTCTCAGAGTCAGACAAGGATTTCCACTTCTCTCCACCAGCT
TTTCCAACAGCAGCAACAGATTTGTTGTTGGGATGCTCCTTCTTATAAGTCTGACGGAAG
TCCTCCATGAAAACGAAGAAAGCACTGGCAGGCCTCTTAGGTTTGTTAGGATCTTTACCA
GCAGCTGCTCCTTTGCTCGCCTTCGTTGGCTTCTTGTTCACAGACAGCTTTGAGTTTCTG
GAGTCGGCCTTTGAATTACCTCCTTTCATTGCCTCTCGATTTCAACAGAGATCGATCCAT
ATAAAACAAAATCGAGAGGAAGGAAATAACCTTTGATGAGCAGGAGGAGGAAGAGCTAGG
GTTTGAAATTAGGGGAGGAGTAAAAGGGAATACTGCGTGTTTGTGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DZ30JQ U 80
AF RR3E321JQ U 1
AF RR3E321TF C 186
BS 1 759 RR3E321JQ
BS 760 830 RR3E321TF

RD RR3DZ30JQ 618 0 0
G
GCACAACTTTTCCATTACCCGTAGAATCAGAATCAGAATCAGAATCAGTGGGAGATAGTG
ATAGCTTACTAAACAGAAACATGAGAAAAAATAAAAGCAGCCTCGTTAACAATTTAAGAG
AAAGAAAAACATGAGAGAGATCCTTTATATAATATGCTGCCAACTTCAACTTGTTAGTCA
ATCGTCTTCCTCCTCATCACTTTTATCATCAGCATCCTCCTCTTCACTAACGTCAGAAAC
TGACTTATCATCAGATTCCTCGTCCTCCTTTGGACCTTCCTCCAGCTTCTTGTTGTAGGC
CATCATGGTCTTCTCATACTCAACCTTGCGCTTATCAGCCTTAGCTACATAGGGAGCCTT
CTCAGAGTCAGACAAGGATTTCCACTTCTCTCCACCAGCTTTTCCAACAGCAGCAACAGA
TTTGTTGTTGGGATGCTCCTTCTTATAAGTCTGACGGAAGTCCTCCATGAAAACGAAGAA
AGCACTGGCAGGCCTCTTAGGTTTGTTAGGATCTTTACCAGCAGCTGCTCCTTTGCTCGC
CTTAGTTGGCTTCTTGTTCACAGACAGCTTTGAGTTTCTGGAGTCGGCCTTTGAATTACC
TCCTTTCATTGTCTCTC

QA 2 618 2 618
DS 

RD RR3E321JQ 759 0 0
GAGGTAAAAAAAAGAGAATTAAGAATCTATGATCATAACAAACATAGAGCCATAAAAACT
TAGCTGCAAACATGAAGATAGCACAACTTTTCCATTACCCGTAGAATCAGAATCAGAATC
AGAATCAGTGGGAGATAGTGATAGCTTACTAAACAGAAACATGAGAAAAAATAAAAGCAG
CCTCGTTAACAATTTAAGAGAAAGAAAAACATGAGAGAGATCCTTTATATAATATGCTGC
CAACTTCAACTTGTTAGTCAATCGTCTTCCTCCTCATCACTCTTATCATCAGCATCCTCC
TCTTCACTAACGTCAGAGACTGACTTATCATCAGATTCCTCGTCCTCCTTTGGACCTTCC
TCCAGCTTCTTGTTGTAGGCCTTCATGGTCTTCTCATACTCAACCTTGCGCTTATCAGCC
TTAGCTACATAGGGAGCCTTCTCAGAGTCAGACAAGGATTTCCACTTCTCTCCACCAGCT
TTTCCAACAGCAGCAACAGATTTGTTGTTGGGATGCTCCTTCTTATAAGTCTGACGGAAG
TCCTCCATGAAAACGAAGAAAGCACTGGCAGGCCTCTTAGGTTTGTTAGGATCTTTACCA
GCAGCTGCTCCTTTGCTCGCCTTCGTTGGCTTCTTGTTCACAGACAGCTTTGAGTTTCTG
GAGTCGGCCTTTGAATTACCTCCTTTCATTGCCTCTCGATTTCAACAGAGATCGATCCAT
ATAAAACAAAATCGAGAGGAAGGAAATAACCTTTGATGA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3E321TF 645 0 0
TTAACAATTTAAGAGAAAGAAAAACATGAGAGAGATCCTTTATATAATATGCTGCCAACT
TCAACTTGTTAGTCAATCGTCTTCCTCCTCATCACTCTTATCATCAGCATCCTCCTCTTC
ACTAACGTCAGAGACTGACTTATCATCAGATTCCTCGTCCTCCTTTGGACCTTCCTCCAG
CTTCTTGTTGTAGGCCTTCATGGTCTTCTCATACTCAACCTTGCGCTTATCAGCCTTAGC
TACATAGGGAGCCTTCTCAGAGTCAGACAAGGATTTCCACTTCTCTCCACCAGCTTTTCC
AACAGCAGCAACAGATTTGTTGTTGGGATGCTCCTTCTTATAAGTCTGACGGAAGTCCTC
CATGAAAACGAAGAAAGCACTGGCAGGCCTCTTAGGTTTGTTAGGATCTTTACCAGCAGC
TGCTCCTTTGCTCGCCTTCGTTGGCTTCTTGTTCACAGACAGCTTTGAGTTTCTGGAGTC
GGCCTTTGAATTACCTCCTTTCATTGCCTCTCGATTTCAACAGAGATCGATCCATATAAA
ACAAAATCGAGAGGAAGGAAATAACCTTTGATGAGCAGGAGGAGGAAGAGCTAGGGTTTG
AAATTAGGGGAGGAGTAAAAGGGAATACTGCGTGTTTGTGATTCC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 4

CO CL2900Contig1 1146 4 19 U
GGGACATGCTGCAAATTACAAGGATAATATGTTTACTTTTGATATTGAGAAACAGGAGTT
CGGGCTCAAACCTATGAATTGCCCTGGTCACTGCTTGATGTTCCAACACAGGGTTCGCTC
ATACAGAGAGTTACCTATCAGAATGGCTGACTTTGGAGTGTTACACCGCAATGAGGCAAG
TGGAGCCCTTAGTGGGTTGACTCGCGTCCGACGGTTCCAGCAGGATGATGCACACATATT
CTGTACAGAGGATCAGATTACGGAAGAAGTGAAAGGTATGTTGGAGTTCATTGACTATGC
GTACAAAATCTTCGGGTTCACCTATGAGCTGAAGCTTTCAACGAGGCCAGAAAAGTACCT
TGGAGATTTGGCGACATGGGATAAAGCTGAAAACGATCTCAAAGTTGCTCTAGATGCCTT
TGGAAAGACATGGCAGTTGAACGAAGGAGATGGTGCCTTTTATGGCCCTAAGATAGATAT
TACTGTCTCTGATGCGCTTAACAGGAAATTTCAGTGCGCAACTTTACAGCTTGATTTTCA
ACTTCCTGACCGCTTCAAACTGGAGTACTCAGGTGACGACGAAGCGAAGAGGAACAGGCC
TGTGATGATACACAGAGCCGTGCTGGGATCTGTGGAACGCATGTTCGCCATTTTACTGGA
GCACTACAAAGGGAAATGGCCGTTCTGGTTGAGTCCGCGACAGGCCATAGTGTGCCCTAT
ATCGAAGAAGTCTGAGGAGTATGCTTTGAAGGTGAAAGCCCAAATTCATGACGCTGGGTA
CTACGTGGATGCTGACATAACTGACAGAAAGATTGATAAAAAGGTGCGAGAAGCTCAGCT
TGCGCAGTACAACTACATACTTGTGGTTGGTGAAACCGAAGCTGCTACAGGACAGGTGAG
TGTACGGATAAGAGACAGTGCAGCCCACTCGGTGAAGAGCATCGAAGATTTACTGGAAGA
ATTCAAGACCAAGACTGCCGAGTATCAATGAGAGATCAGACTCTTAAAAGTTCAAGTTTG
ATTTTATTTTGATGAATACTGCTTTGTTTTTTAATTTAATTATGCAAAAAATAGAGTAAA
GACCAGATTGAAATGTTTACTTCTTCTTCAACATTAAACCAGATTCTAAAGTTTCATTTC
TTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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G
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CC

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TCT*CTTTAACATTAAACCAGATTCTAAAGTTTCATTTCTTCTCC

QA 5 829 5 829
DS 



AS 1 4

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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AX31TF U 27
AF RR3DE29TF U 1
AF RR3DE29JQ C 434
AF RR3AX31JQ C 232
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BS 771 1079 RR3AX31JQ

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GCCATCAAAACAAATAAATCTGTTTTCCCTTGTTTTTACTGTTCAATATCTTTTATAAAC
TACCGTCGTTTCAAAAAGTTTGAATCAATGGAAACAATATCAGTGCAACGTTCGTCACCG
GGTAAGCAAGCTTCTGGTATGAGGCCATTCAAGAACCCTAGAAGAAGGAGTTCTCGTGGT
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TCTTCGCCGGCGTATCCTCCGCCGCCACCTAACTACTCACAGCCTCCTCTTCTCCCTCTT
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GTAGACTACGTTGAATCTGTACCGAGATTGGCTCGAACCGGCTCGGT

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DS 

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CTATTAATCCGGCTTCTTCGTGGGGATCTTCGCCGGCGTATCCTCCGCCGCCACCTAACT
ACTCACAGCCTCCTCTTCTCCCTCTTCCACGTGTCAACAGCTCAACTCTTCCTCTGCAAT
GCATCAACAGTTCTCGCCCACGTGTGAACAGCTCTGCTCTTCCTTGGGCTCAGACAAGAG
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GTTATCCCGGTCCAGCGATCTTGCTGCTATCTCCTCCACCAAGTAGTTTGCCCATGCCCA
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CTGACG

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TCGCCCACGTGTGAACAGCTCTGCTCTTCCTTGGGCTCAGACAAGAGCAACGTCTGAAAC
ACAGCACAAGAAAGTAGACTACGTTGAATCTGTACCGAGATTGGCTCGAACCGGCTCGGT
TCCGGTCTTGTCAAACCCCCCGCATGATTTCCCTAAGGGATTTGATGGTTATCCCGGTCC
AGCGATCTTGCTGCTATCTCCTCCACCAAGTAGTTTGCCCATGCCCAAGTTTTCGATCAA
ATCGAAGCTTCGTTGCAAAGCAGAAGCTGGAGGCAAAACTGACGTAGCCACTGATAACAT
CAGGCGAGTTTTACAGCTCCGGTGAAAGGTGGTGCTACTGCTACGTAACGTTGATTATAT
TACTAATAAAAATAAGCCCATGGGCTTTTATGGGCTTGTGCCTATCTTATTTTTAAAGTG
ATAGAGCCTCTCTCCTTTTGTGTGATTTGCTAAGCCGTAACTTTTTAAAAGGTTCTGTTG
ACACAAAGCATTCCTTTGCCGGAAATAT

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DS 

RD RR3AX31JQ 848 0 0
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CATTCAAGAACCCTAGAAGAAGGAGTTCTCGTGGTTCTCTGTCGAGATCCGGAGGAAGCT
TGGCAATCCCTATTAATCCGGCTTCTTCGTGGGGATCTTCGCCGGCGTATCCTCCGCCGC
CACCTAACTACTCACAGCCTCCTCTTCTCCCTCTTCCACGTGTCAACAGCTCAACTCTTC
CTCTGCAATGCATCAACAGTTCTCGCCCACGTGTGAACAGCTCTGCTCTTCCTTGGGCTC
AGACAAGAGCAACGTCTGAAACACGGCACAAGAAAGTAGACTACGTTGAATCTGTACCGA
GATTGGCTCGAACCGGCTCGGTTCCGGTCTTGTCAAACCACCCGCATGATTTCCCTAAGG
GATTTGATGGTTATCCCGGTCCAGCGATCTTGCTGCTATCTCCTCCACCAAGTAGTTTGC
CCATGCCCAAGTTTTCGATCAAATCGAAGCTTCGTTGCAAAGCAGAAGCTGCAGGCAAAA
CTGACGTAGCCACTGATAACATCAGGCGAGTTTTACAGCTCCGGTGAAAGGTGGTGCTAC
TGCTACGTAACGTTGATTATATTACTAATAAAAATAAGCCCATGGGCTTTTATGGGCTTG
TGCCTATCTTATTTTTAAAGTGATAGAGCCTCTCTCCTTTTGTGTGATTTGCTAAGCCGT
AACTTTTTAAAAGGTTCTGTTGACACAAAGCATTCCTTTGCCGGAAATATATTTTCTTTT
TGTACTGTATCCTTTCTCTATGATGATTATTCCAAATACTAATAAGAAAAAGTTCCAGAT
GATTAAAT

QA 1 848 1 848
DS 



AS 1 4

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GGACCATATCTCACAATCTCTCTCTCTCCTTCTCTCAAGATCAAGATTCAAGATCACTAC
TCAATCCTCCAAAATGACAATGAGCACACTCCACAGACAAGTTCTTGCACTTCCAGCAGC
CAAGACTGCTCCATCAGATTACTTGTCTGACCTAGCTTCCATCAACAAGCTCCAAATCCC
AACTTCTTCCAAAAAATCTGAACAAATGAAGAAAACATCAATCCTTAGAAAGGAGAAAAC
CGATAGCTTCACAAACGGAACGAGAGATCAGAGTAAGTTAGGGCCCAAGTTGACTGAAAC
AGTCAAGAGAAAGCTATCCTTAGGAGCTAAGATCATTCAAATGGGAGGCTTAGAGAAGAT
TTACAAACGGCTCTTCAAAGTCTACGATGAAGAGAAACTCTTCAAGGCGTACCAGTGTTA
CCTATCCACAACCGCAGGTCCCATCGCAGGCTTACTCTTCATCTCATCAAAGAAGATTGC
TTTCTGTAGCGAAAGATCGATCGAAGTGGCTTCTCCTCAGGGAGATCTAACCAGGGTTCA
CTACAAAGTGTCAATCCCATTGTCCAAGATCAATGGAGTGAACCAGAGTGTAGACACGAA
GAAGCCATTTCAGAAATACCTAGAAGTAGTCACTGTGGATGGCTTTGAGTTCTGGTTCAT
GGGTTTCTTGAACAACAAGAAAACTTTCAACTGTCTTCAGCAAGCGCTTTCTATGAGCAT
GGAGCAATAACAAGCCTAAGGCTGAAGAAGAAGTATTTTATTTCTATTTCTAATTAGGAT
AGAGCCTAGAAAAGTCAGACAATATTGTACAAACTCTTTTTATTTTAGCTTTTAACCCTT
TTGTTATCCATTGTTGACAAGAGCAAGATATTGAATATATTTAGCTTGATCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CN86TF U 254
AF RR3AS72TF U 1
AF RR3AS72JQ C 211
AF RR3CN86JQ C 229
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AGATCGATCGGAGTGGCTTCTCCTCAGGGAGATCTAACCAGGGTTCACTACAAAGTGTCA
ATCCCATTGTCCAAGATCAATGGAGTGAACCAGGGTGTAGACAC

QA 1 344 1 344
DS 

RD RR3AS72TF 736 0 0
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AACTTCTTCCAAAAAATCTGAACAAATGAAGAAAACATCAATCCTTAGAAAGGAGAAAAC
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AGTCAAGAGAAAGCTATCCTTAGGAGCTAAGATCATTCAAATGGGAGGCTTAGA**AGAT
TTACAAACGGCTCTTCAAAGTCTACGATGAAGAGAAACTCTTCAAGGCGTACCAGTGTTA
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GGAGCAATAACAAGCC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3AS72JQ 683 0 0
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CACTGTGGATGGCTTTGAGTTCTGGTTCATGGGTTTCTTGAACAACAAGAAAACTTTCAA
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AAACTCTTTTTATTTTAGCTTTTAACCCTTTTGTTATCCATTGTTGACAAGAGCAAGATA
TTGAATATATTTAGCTTGATCAC

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DS 

RD RR3CN86JQ 665 0 0
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AAAGAAGATTGCTTTCTGTAGCGAAAGATCGATCGAAGTGGCTTCTCCTCAGGGAGATCT
AACCAGGGTTCACTACAAAGTGTCAATCCCATTGTCCAAGATCAATGGAGTGAACCAGGG
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TTCTATGAGCATGGAGCAATAACAAGCCTAAGGCTGAAGAAGAAGTATTTTATTTCTATT
TTTAATTAGGATAGAGCCTAGAAAAGTCAGACAATATTGTACAAACTCTTTTTATTTTAG
CTTTTAACCCTTTTGTTATCCATTGTTGACAAGAGCAAGATATTGAATATATTTAGCTTG
ATC
GC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL2903Contig1 1073 2 2 U
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GAGGCTGAGTATATGGACATGAATACACTTTTGGACCGTGCAAACGACGCCATTAACACC
ATAATCCGACTCGATGAAACCACTGAAACTGGGGAGTTTCTTCAGCCTTGTATTGAAGCT
GCATTGCATTTGGGTTGCACGCCAAGAAGAGCTTCAAGAAGCCAACGGAACATAAACCCG
AGACGTTATCTTAGCCAAGACTCAACTAAGTTGGACAACATTATGTCTCCGCATTACCAA
GTCTTCATGAAACAGAACAACTTTGCTCCAAAGACTCTTCCGGTTATGAGTTTTCACAAC
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CTCAGAGTTCCATCTTTGCCAGTCTCTAACAATGTCACTGACTCGTGCAAGTCCGACAAG
AACAGAAGAGAGGTGAGTGTGAAAGATGCAAGTAATGGCATTACCTTTGGTGGTTGTGAT
CTATCTCTGCGCTTAGGCCCTCTTGGAGATGATATCATATCTCCTACTCAAAAACGGATT
AAGATAAGCAGCAACAACAACAAAGGCTAAAAAATCAGAACAGAACTGTGTTTTGATTAG
CTAGTCAGTCTTGTGTTATAGAATGCGTCTTAGTTAGCTCTTTTAGTTCCTCTGTAGTTT
TTAGGGTTCTTTACATGTAAATAGAGAGAGAGAGAGAGAGCATGATGAAAACAGAACAGT
TCTTCTTCTTCTTGCATTAATCTCGAATCTTCAAAATTCATGAACAAGATTTC


BQ
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AATCTTCAAAATTCATGAACAAGATTTC

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DS 



AS 1 4

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AAAACAATGGCAGGAGTTGCCTTTGGTTCTTTTGATGATTCTTTCAGCTTGGCTTCTCTA
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GCCATTGCCTACGCGAAACTAACGTCTGATGCGGCTCTTGATACGCCGGGACTTGTCGCC
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ACATCATTTAATGGAAGCATGTTTCAGC


BQ
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GGAT
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CCTACGCGAAACTAACGTCTGATGCGGCTCTTGATACGCCGGGACTTGTCGCCATCGCTG
TGTGCCATGGTTTCGCCCTCTTCGTGGCGGTTGCAATCGGAGCCAATATCTCCGGTGGCC
ATGTGAACCCAGCCGTTACTTTTGGCCTTGCTCTCGGAGGTCAAATCACACTCATCACCG
GAATTTTCTACTGGATCGCTCAGCTTCTCGGCTCCACCGCCGCTTGCTTCCTTCTTAAGT
TCGTCACCGGTGGCTTGGCGGTTCCAATACACAGCGTTGCGGCTGGAGTAGGAGCCATTG
AAGGAGTAGTGATGGAGATCATCATCACCTTCGCTTTGGTCTACACAGTCTATGCCACCG
CCGCTGATCCCAAGAAAGGTTCGCTTGGAACCATCGCTCCTCTCGCCATTGGTCTCATCG

QA 5 604 5 604
DS 

RD RR3FF60JQ 738 0 0
AC
GCGAAACTAACGTCTGATGCGGCTCTTGATACGCCGGGACTTGTCGCCATCGCTGTGTGC
CATGGTTTCGCCCTCTTCGTGGCGGTTGCAATCGGAGCCAATATCTCCGGTGGCCATGTG
AACCCAGCCGTTACTTTTGGCCTTGCTCTCGGAGGTCAAATCACACTCATCACCGGAATT
TTCTACTGGATCGCTCAGCTTCTCGGCTCCACCGCCGCTTGCTTCCTTCTTAAGTTCGTC
ACCGGTGGCTTGGCGGTTCCAATACACAGCGTTGCGGCTGGAGTAGGAGCCATTGAAGGA
GTAGTGATGGAGATCATCATCACCTTCGCTTTGGTCTACACAGTCTATGCCACCGCCGCT
GATCCCAAGAAAGGTTCGCTTGGAACCATCGCTCCTCTCGCCATTGGTCTCATCGTTGGT
GCCAACATTCTCGCCGCTGGTCCATTCTCAGGTGGATCCATGAACCCAGCACGTTCCTTT
GGACCAGCTGTTGCGGCTGGAGACTTCTCTGGTCACTGGGTCTACTGGGTGGGACCACTC
ATTGGTGGTGGACTCGCTGGACTTGTCTACGGAAATGTCTTCATGCCTTCTTCCGAACAT
GTTCCTCTTGTCTCTGAATTCTAAGCAGAAATGTAATGATTCTTGTTTGTTTTCTTTGTC
TCTCCATATATTACT***TTTGGTGTTTGGTTTGGTTTCGTTGTATGAACATCATTTAAT
GGAAGCCTGTTTCA
TT

QA 3 736 3 736
DS 

RD RR3CI54JQ 736 0 0
GCGAAACTAACGTCTGATGCGGCTCTTGATACGCCGGGACTTGTCGCCATCGCTGTGTGC
CATGGTTTCGCCCTCTTCGTGGCGGTTGCAATCGGAGCCAACATCTCCGGTGGCCATGTG
AACCCAGCCGTTACTTTTGGCCTTGCTCTCGGAGGTCACATCACACTCATCACCGGAATT
TTCTACTGGATCGCTCAGCTTTTCGGCTCCACCGCCGCTTGCTTCCTTCTTAAGTTCGTC
ACCGGTGGCTTGGCGGTTCCAACACACAGCGTTGCGGCTGGAGTAGGAGCCATTGAAGGA
GTAGTGATGGAGATCATCATCACCTTCGCTTTGGTCTACACAGTCTATGCCACCGCCGCT
GATCCCAAGAAAGGTTCGCTTGGAACCATCGCTCCTCTCGCCATTGGTCTCATCGTTGGT
GCCAACATCCTCGCCGCTGGTCCATTCTCAGGTGGATCCATGAACCCAGCACGTTCCTTT
GGACCAGCTGTTGCAGCTGGAGACTTCTCTGGTCACTGGGTCTACTGGGTGGGACCACTC
ATTGGTGGTGGACTCGCTGGACTTGTCTACGGAAATGTCTTCATGCCTTCTTCCGAACAT
GTTCCTCTTGTCTCTGAATTCTAAGCAAAAATGTAATGATTCTTGTTTGTTTTCTTTGTC
TCTCCATATGTTACTTTGTTTGGTGTTTGGTTTGGTTTCGTTGTATGAACATCATTTAAT
GGAAGCATGTTTCAGC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 4

CO CL2905Contig1 684 4 4 U
TTTTTATCCTCTTTCAAATGGGAAGTCTCTCCATCTCCACCCTTCCTCTGTCGCCGTTTC
GGATTCAGACTCAAACCCGATTTACGATAATCAGTACCCAAACGAATACCGGATCATTCA
ATCTCAAGCAGGCAAGGATTTGCACGAAAGTTGGAGGTTTGGGAGGAAATCGAAGAGAGC
AGAATGATTCGAGATTCGTCGATGAAAATGGCGACATGGAAGGTTACTTGGATCATCTCT
CTCTCGAATACGACTCCGTATGGGATACAAAGCCCTCCTGGTGTCAACCATGGACGATAG
TGGTGACGGGTTTGTCAATAGTGGCTTGTAGCTGGGCAATACTACATTCGGTTTTAGTTT
CATCGCTTGCCGTTGGTTTGATTGGTGCTTGGTGGTACATTTTCCTTTATAGCTACCCAA
AGTCTTACTCAGAAATGATTGCTGAAAGAAGGAAAAGAGTAGCTGATGGTTTTGAAGATA
TATACGGCAAAAACAAGACTTCGTAGTCAATCAATCCCCACTCCTAATGTTCGAAATATC
ATTAGTCGCTTAAAACCTTGTAACTAATCTTTATATGAGTTTATCTAAGTTTCATTCATC
AGATGTTTTTATAACAAAACTCTTGAATTTTGAAGATCATATGCAAACAGATCAAACCAA
ACAACATAAGTTTTTACTGAAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CC74JQ C 4
AF RR3CC74TF U 4
AF RR3BN48JQ C 1
AF RR3BN48TF U 1
BS 1 9 RR3BN48JQ
BS 10 579 RR3CC74TF
BS 580 668 RR3BN48TF
BS 669 684 RR3BN48JQ

RD RR3CC74JQ 576 0 0
GGATCT
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AAAACAAGACTTCGTAGTCAATCAATCCCCACTCCTAATGTTCGAAATATCATTAGTCGC
TTAAAACCTTGTAACTAATCTTTATATGAG

QA 7 576 7 576
DS 

RD RR3CC74TF 576 0 0
GGATCT
TCTTTCAAATGGGAAGTCTCTCCATCTCCACCCTTCCTCTGTCGCCGTTTCGGATTCAGA
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CGAGATTCGTCGATGAAAATGGCGACATGGAAGGTTACTTGGATCATCTCTCTCTCGAAT
ACGACTCCGTATGGGATACAAAGCCCTCCTGGTGTCAACCATGGACGATAGTGGTGACGG
GTTTGTCAATAGTGGCTTGTAGCTGGGCAATACTACATTCGGTTTTAGTTTCATCGCTTG
CCGTTGGTTTGATTGGTGCTTGGTGGTACATTTTCCTTTATAGCTACCCAAAGTCTTACT
CAGAAATGATTGCTGAAAGAAGGAAAAGAGTAGCTGATGGTTTTGAAGATATATACGGCA
AAAACAAGACTTCGTAGTCAATCAATCCCCACTCCTAATGTTCGAAATATCATTAGTCGC
TTAAAACCTTGTAACTAATCTTTATATGAG

QA 7 576 7 576
DS 

RD RR3BN48JQ 684 0 0
TTTTTATCCTCTTTCAAATGGGAAGTCTCTCCATCTCCACCCTTCCTCTGTCGCCGTTTC
GGATTCAGACTCAAACCCGATTTACGATAATCAGTACCCAAACGAATACCGGATCATTCA
ATCTCAAGCAGGCAAGGATTTGCACGAAAGTTGGAGGTTTGGGAGGAAATCGAAGAGAGC
AGAATGATTCGAGATTCGTCGATGAAAATGGCGACATGGAAGGTTACTTGGATCATCTCT
CTCTCGAATACGACTCCGTATGGGATACAAAGCCCTCCTGGTGTCAACCATGGACGATAG
TGGTGACGGGTTTGTCAATAGTGGCTTGTAGTTGGGCAATACTACATTCGGTTTTAGTTT
CATCGCTTGCCGTTGGTTTGATTGGTGCTTGGTGGTACATTTTCCTTTATAGCTACCCAA
AGTCTTACTCAGAAATGATTGCTGAAAGAAGGAAAAGAGTAGCTGATGGTTTTGAAGATA
TATACGGCAAAAACAAGACTTCGTAGTCAATCAATCCCCACTCCTAATGTTCGAAATATC
ATTAGTCGCTTAAAACCTTGTAACTAATCTTTATATGAGTTTATCTAAGTTTCATTCATC
AGATGTTTTTATAACAAAACTCTTGAATTTTGAAGATCATATGCAAACAGATCAAACCAA
ACAACATAAGTTTTTACTGAAATG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3BN48TF 668 0 0
TTTTTATCC
TCTTTCAAATGGGAAGTCTCTCCATCTCCACCCTTCCTCTGTCGCCGTTTCGGATTCAGA
CTCAAACCCGATTTACGATAATCAGTACCCAAACGAATACCGGATCATTCAATCTCAAGC
AGGCAAGGATTTGCACGAAAGTTGGAGGTTTGGGAGGAAATCGAAGAGAGCAGAATGATT
CGAGATTCGTCGATGAAAATGGCGACATGGAAGGTTACTTGGATCATCTCTCTCTCGAAT
ACGACTCCGTATGGGATACAAAGCCCTCCTGGTGTCAACCATGGACGATAGTGGTGACGG
GTTTGTCAATAGTGGCTTGTAGTTGGGCAATACTACATTCGGTTTTAGTTTCATCGCTTG
CCGTTGGTTTGATTGGTGCTTGGTGGTACATTTTCCTTTATAGCTACCCAAAGTCTTACT
CAGAAATGATTGCTGAAAGAAGGAAAAGAGTAGCTGATGGTTTTGAAGATATATACGGCA
AAAACAAGACTTCGTAGTCAATCAATCCCCACTCCTAATGTTCGAAATATCATTAGTCGC
TTAAAACCTTGTAACTAATCTTTATATGAGTTTATCTAAGTTTCATTCATCAGATGTTTT
TATAACAAAACTCTTGAATTTTGAAGATCATATGCAAACAGATCAAACCAAACAACATA

QA 10 668 10 668
DS 



AS 1 2

CO CL2906Contig1 742 2 5 U
GGAAAGGTAATTTTGTATTTGATTTTGATTATTCAGATAATTTACTTTAGAAAGAACAAG
AGGGCAATAAGATTAAAGATACCAAGTGCCAAGGGAAAAAATTGCTAATGGCAAAAACGA
GAAGCTCAACCTATAGGTGGACCTTTTGGTGTATCACTGGAATTCTTATGCGACTTGTGC
TTCGATCTTTTCTCCCGTTTCTTACTCTCGTCATGTGAAGAGCTATGTCCTAGACAAGAT
TTTAGCTTCCTGTTGATATGCTTCATGTCCTTTTCACTTGGGTACTTATAGTTCTTTACC
AAATATTCAACGTCATCTAGTAATTTTATGAGCTCTGAAGTCGTGTGCTCAGAGTTCGGT
TGAGAAACAATGTTCTCTAGGTACCTATCAAAGTCAACCACTCCAAGAACCCCATTTGCA
ATACGCAAAGCAGCCAACGCCAACTGGCCAGGAGGAAAGAGGAGTGGAGCATCTGTAAGC
ATAATTTTATCGGCTTCTGCTGTTGCAGCTTTGAGCAAACTCTCCAGCTTTTGGATTTCA
TCATCTCTAGCTTGAAGAAATTCCTCCATGTTGCTGACAAAGCCTTCGATTGCACGATAC
GGTGCATAAGCAATCAGATCAAATTCCAAACTCTGGAGAACAGCCATCTCGTACTTGAGA
ATTACATGGTGATCTTGTTTAATCCCCTTGCCTATCTCCTCAGCAGATACATGATTCTCC
TCTATTTTACAGGCTGCATACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F605JQ U 43
AF RR3C155JQ U 1
BS 1 194 RR3C155JQ
BS 195 195 RR3F605JQ
BS 196 233 RR3C155JQ
BS 234 234 RR3F605JQ
BS 235 742 RR3C155JQ

RD RR3F605JQ 207 0 0
TACTTTAGAAAGAACAAGAGGGCAATAAGATTAAA*ATACCAAGTGCCAAGGGAAAAAAT
TGCTAATGGCAAAAACGAGAAGCTCAACCTATAGGTGGACCTTTTGGTGTATCACTGGAA
TTCTTATGCGACTTGTGCTTCGATCTTTTCTCCCGTTTCTTACTCTCGTCATGTGAAGAG
CTATGTCCTAGACAAGATTTTAGCTTC

QA 1 207 1 207
DS 

RD RR3C155JQ 742 0 0
GGAAAGGTAATTTTGTATTTGATTTTGATTATTCAGATAATTTACTTTAGAAAGAACAAG
AGGGCAATAAGATTAAAGATACCAAGTGCCAAGGGAAAAAATTGCTAATGGCAAAAACGA
GAAGCTCAACCTATAGGTGGACCTTTTGGTGTATCACTGGAATTCTTATGCGACTTGTGC
TTCGATCTTTTCTCTCGTTTCTTACTCTCGTCATGTGAAGAGCTATGTCCTAGTCAAGAT
TTTAGCTTCCTGTTGATATGCTTCATGTCCTTTTCACTTGGGTACTTATAGTTCTTTACC
AAATATTCAACGTCATCTAGTAATTTTATGAGCTCTGAAGTCGTGTGCTCAGAGTTCGGT
TGAGAAACAATGTTCTCTAGGTACCTATCAAAGTCAACCACTCCAAGAACCCCATTTGCA
ATACGCAAAGCAGCCAACGCCAACTGGCCAGGAGGAAAGAGGAGTGGAGCATCTGTAAGC
ATAATTTTATCGGCTTCTGCTGTTGCAGCTTTGAGCAAACTCTCCAGCTTTTGGATTTCA
TCATCTCTAGCTTGAAGAAATTCCTCCATGTTGCTGACAAAGCCTTCGATTGCACGATAC
GGTGCATAAGCAATCAGATCAAATTCCAAACTCTGGAGAACAGCCATCTCGTACTTGAGA
ATTACATGGTGATCTTGTTTAATCCCCTTGCCTATCTCCTCAGCAGATACATGATTCTCC
TCTATTTTACAGGCTGCATACA

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 3

CO CL2907Contig1 694 3 13 U
GCACAGAAATGACCTCAAATGGTCTTTTTATTTGGGCGTTTTTAAACCACTCATCATTCT
AAAATTGAACACGCAACAGAAATCAAAACACAAATCGAAAAGCCGATAATGTCAAAGCAA
AATGTAGAAGAAGCCCATAGAAATATATCGAGGGTGTTTAATGAGGACGTCACAGACGAT
TCTCTCAGTACTTGTAGTCCTTCACGTGAAGGCTCTCCGCGGCACCATCACCAAGCTTAG
CATCACCTTTGTACGTTCCGAGTGTGGCTTCAGAGTTAGCCTTGCACCTCACATACAACG
CCTCTTGAGCAGCCTTAACATCCTCCTCTTTCCCTGCCCAAGTCTTCAAAGTGCTCTGTT
GCAACGCACGTCCGAACGAGAAAGACAACGACCATGGCTTCTTGGTCTTCAACTGGTTCA
TCGCGTTCAAGTTCTTAGTCGCCTCCTCCTCGCTCTGTCCACCTGACAAAAACACGATGG
CTGGAACAGCTGCTGGTACCGTTCTCTGAAGAGCACGGACGGCGTGCTCAGCGATAACCT
CTGGCGCAACCTTGGCACTGTCGGATCCAGGTGTGACCATGTTGGGCTTCAAGAGAGTCC
CCTCGAGCAAAACGTGGTGGTCGCTAAGAGCCTTGTAGCAAGCTGCGAGGACACGCTCGG
TGACGGCAGCACACTTGTGGATGTCATGGGATCC


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H173JQ U 1
AF RR3H173TF C 1
AF RR3CJ38JQ U 1
BS 1 10 RR3CJ38JQ
BS 11 11 RR3H173JQ
BS 12 321 RR3CJ38JQ
BS 322 322 RR3H173JQ
BS 323 326 RR3CJ38JQ
BS 327 327 RR3H173JQ
BS 328 340 RR3CJ38JQ
BS 341 341 RR3H173JQ
BS 342 411 RR3CJ38JQ
BS 412 412 RR3H173JQ
BS 413 522 RR3CJ38JQ
BS 523 523 RR3H173JQ
BS 524 694 RR3CJ38JQ

RD RR3H173JQ 575 0 0
CG
ACAGAAATGACCTCAAATGGTCTTTTTATTTGGGCGTTTTTAAACCACTCATCATTCTAA
AATTGAACACGCAACAGAAATCAAAACACAAATCGAAAAGCCGATAATGTCAAAGCAAAA
TGTAGAAGAAGCCCATAGAAATATATCGAGGGTGTTTAATGAGGACGTCACAGACGATTC
TCTCAGTACTTGTAGTCCTTCACGTGAAGGCTCTCCGCGGCACCATCACCAAGCTTAGCA
TCACCTTTGTACGTTCCGAGTGTGGCTTCAGAGTTAGCCTTGCACCTCACATACAACGCC
TCTTGAGCAGCCTTAACATCCTCCTCTTTCCCTGCCCAAGTCTTCAAAGTGCTCTGTTGC
AACGCACGTCCGAACGAGAAAGACAACGACCATGGCTTCTTGGTCTTCAACTGGTTCATC
GCGTTCAAGTTCTTAGTCGCCTCCTCCTCGCTCTGTCCACCTGACAAAAACACGATGGCT
GGAACAGCTGCTGGTACCGTTCTCTGAAGAGCACGGACGGCGTGCTCAGCGATAACCTCT
GGCGCAACCTTGGCACTGTCGGATCCAGGTGT
C

QA 3 574 3 574
DS 

RD RR3H173TF 575 0 0
CG
ACAGAAATGACCTCAAATGGTCTTTTTATTTGGGCGTTTTTAAACCACTCATCATTCTAA
AATTGAACACGCAACAGAAATCAAAACACAAATCGAAAAGCCGATAATGTCAAAGCAAAA
TGTAGAAGAAGCCCATAGAAATATATCGAGGGTGTTTAATGAGGACGTCACAGACGATTC
TCTCAGTACTTGTAGTCCTTCACGTGAAGGCTCTCCGCGGCACCATCACCAAGCTTAGCA
TCACCTTTGTACGTTCCGAGTGTGGCTTCAGAGTTAGCCTTGCACCTCACATACAACGCC
TCTTGAGCAGCCTTAACATCCTCCTCTTTCCCTGCCCAAGTCTTCAAAGTGCTCTGTTGC
AACGCACGTCCGAACGAGAAAGACAACGACCATGGCTTCTTGGTCTTCAACTGGTTCATC
GCGTTCAAGTTCTTAGTCGCCTCCTCCTCGCTCTGTCCACCTGACAAAAACACGATGGCT
GGAACAGCTGCTGGTACCGTTCTCTGAAGAGCACGGACGGCGTGCTCAGCGATAACCTCT
GGCGCAACCTTGGCACTGTCGGATCCAGGTGT
C

QA 3 574 3 574
DS 

RD RR3CJ38JQ 694 0 0
GCACAGAAATAACCTCAAATGGTCTTTTTATTTGGGCGTTTTTAAACCACTCATCATTCT
AAAATTGAACACGCAACAGAAATCAAAACACAAATCGAAAAGCCGATAATGTCAAAGCAA
AATGTAGAAGAAGCCCATAGAAATATATCGAGGGTGTTTAATGAGGACGTCACAGACGAT
TCTCTCAGTACTTGTAGTCCTTCACGTGAAGGCTCTCCGCGGCACCATCACCAAGCTTAG
CATCACCTTTGTACGTTCCGAGTGTGGCTTCAGAGTTAGCCTTGCACCTCACATACAACG
CCTCTTGAGCAGCCTTAACATTCTCCACTTTCCCTGCCCATGTCTTCAAAGTGCTCTGTT
GCAACGCACGTCCGAACGAGAAAGACAACGACCATGGCTTCTTGGTCTTCAGCTGGTTCA
TCGCGTTCAAGTTCTTAGTCGCCTCCTCCTCGCTCTGTCCACCTGACAAAAACACGATGG
CTGGAACAGCTGCTGGTACCGTTCTCTGAAGAGCACGGACGGTGTGCTCAGCGATAACCT
CTGGCGCAACCTTGGCACTGTCGGATCCAGGTGTGACCATGTTGGGCTTCAAGAGAGTCC
CCTCGAGCAAAACGTGGTGGTCGCTAAGAGCCTTGTAGCAAGCTGCGAGGACACGCTCGG
TGACGGCAGCACACTTGTGGATGTCATGGGATCC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 4

CO CL2908Contig1 640 4 2 U
CTTGGTTTCTGAAAAAAATAAGGGCAAAACAAGACGTTACGAAGCTCCATAGTTGGTGGT
GGTCGAGATCCGGCGCCGACGGGTTTCCTCCTCCGCCTCCGTTAATGATGATGATGAAGA
TTCCGAGCAGCGTTGTTGCTTCAGTCATTGTGTTCTCCACCGCCGCTCTCTCTTCTTCTT
CCTCCGCTATTCCACCAATCTCCCCAAAGGGCTGGGAATCGAGGAAGATGGAGCCTAGAT
TTGATGGGTTGAGGTTCATAGAGACGCTGGTCACAGCACACAGATAGATAGATTCATTTA
TCACTTTTGGCCTTTGGTGCTGCAAAAGCTTTGACACACAAAGCGTGAGTGCTCTCGCTA
GGGTCTTTTTTTTCTTCTCTTTTGTCCTGTTGTCTTCTATTATACAGTACTCGATACCAA
AACACTCTTTTCTTTTACAATTAACATTTGTGTACTGAGACTTATATCATTCTTTTCTTT
GTTTGCCCCCTTTGCTTCAAAGGTTAGGCTAAATTGAGAGCCAATCAACTGCCATTCAGT
TATGTTTTTTTCATATTTATTTTTTTGGTATCAGCCCAAACATGTATTGAGTTTGACAAA
ACTTGTAGATTTATTTATAAAAAGAGAAACTCTTATAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3BG63JQ C 1
AF RR3B106TF U 7
AF RR3BG63TF U 7
AF RR3B106JQ C 187
BS 1 9 RR3BG63JQ
BS 10 640 RR3B106TF

RD RR3BG63JQ 640 0 0
CTTGGTTTCTGAAAAAAATAAGGGCAAAACAAGACGTTACGAAGCTCCATAGTTGGTGGT
GGTCGAGATCCGGCGCCGACGGGTTTCCTCCTCCGCCTCCGTTAATGATGATGATGAAGA
TTCCGAGCAGCGTTGTTGCTTCAGTCATTGTGTTCTCCACCGCCGCTCTCTCTTCTTCTT
CCTCCGCTATTCCACCAATCTCCCCAAAGGGCTGGGAATCGAGGAAGATGGAGCCTAGAT
TTGATGGGTTGAGGTTCATAGAGACGCTGGTCACAGCACACAGATAGATAGATTCATTTA
TCACTTTTGGCCTTTGGTGCTGCAAAAGCTTTGACACACAAAGCGTGAGTGCTCTCGCTA
GGGTCTTTTTTTTCTTCTCTTTTGTCCTGTTGTCTTCTATTATACAGTACTCGATACCAA
AACACTCTTTTCTTTTACAATTAACATTTGTGTACTGAGACTTATATCATTCTTTTCTTT
GTTTGCCCCCTTTGCTTCAAAGGTTAGGCTAAATTGAGAGCCAATCAACTGCCATTCAGT
TATGTTTTTTTCATATTTATTTTTTTGGTATCAGCCCAAACATGTATTGAGTTTGACAAA
ACTTGTAGATTTATTTATAAAAAGAGAAACTCTTATAAAT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3B106TF 634 0 0
TTA
TGAAAAAAATAAGGGCAAAACAAGACGTTACGAAGCTCCATAGTTGGTGGTGGTCGAGAT
CCGGCGCCGACGGGTTTCCTCCTCCGCCTCCGTTAATGATGATGATGAAGATTCCGAGCA
GCGTTGTTGCTTCAGTCATTGTGTTCTCCACCGCCGCTCTCTCTTCTTCTTCCTCCGCTA
TTCCACCAATCTCCCCAAAGGGCTGGGAATCGAGGAAGATGGAGCCTAGATTTGATGGGT
TGAGGTTCATAGAGACGCTGGTCACAGCACACAGATAGATAGATTCATTTATCACTTTTG
GCCTTTGGTGCTGCAAAAGCTTTGACACACAAAGCGTGAGTGCTCTCGCTAGGGTCTTTT
TTTTCTTCTCTTTTGTCCTGTTGTCTTCTATTATACAGTACTCGATACCAAAACACTCTT
TTCTTTTACAATTAACATTTGTGTACTGAGACTTATATCATTCTTTTCTTTGTTTGCCCC
CTTTGCTTCAAAGGTTAGGCTAAATTGAGAGCCAATCAACTGCCATTCAGTTATGTTTTT
TTCATATTTATTTTTTTGGTATCAGCCCAAACATGTATTGAGTTTGACAAAACTTGTAGA
TTTATTTATAAAAAGAGAAACTCTTATAAAT

QA 4 634 4 634
DS 

RD RR3BG63TF 634 0 0
TTC
TGAAAAAAATAAGGGCAAAACAAGACGTTACGAAGCTCCATAGTTGGTGGTGGTCGAGAT
CCGGCGCCGACGGGTTTCCTCCTCCGCCTCCGTTAATGATGATGATGAAGATTCCGAGCA
GCGTTGTTGCTTCAGTCATTGTGTTCTCCACCGCCGCTCTCTCTTCTTCTTCCTCCGCTA
TTCCACCAATCTCCCCAAAGGGCTGGGAATCGAGGAAGATGGAGCCTAGATTTGATGGGT
TGAGGTTCATAGAGACGCTGGTCACAGCACACAGATAGATAGATTCATTTATCACTTTTG
GCCTTTGGTGCTGCAAAAGCTTTGACACACAAAGCGTGAGTGCTCTCGCTAGGGTCTTTT
TTTTCTTCTCTTTTGTCCTGTTGTCTTCTATTATACAGTACTCGATACCAAAACACTCTT
TTCTTTTACAATTAACATTTGTGTACTGAGACTTATATCATTCTTTTCTTTGTTTGCCCC
CTTTGCTTCAAAGGTTAGGCTAAATTGAGAGCCAATCAACTGCCATTCAGTTATGTTTTT
TTCATATTTATTTTTTTGGTATCAGCCCAAACATGTATTGAGTTTGACAAAACTTGTAGA
TTTATTTATAAAAAGAGAAACTCTTATAAAT

QA 4 634 4 634
DS 

RD RR3B106JQ 454 0 0
CTATTCCACCAATCTCCCCAAAGGGCTGGGAATCGAGGAAGATGGAGCCTAGATTTGATG
GGTTGAGGTTCATAGAGACGCTGGTCACAGCACACAGATAGATAGATTCATTTATCACTT
TTGGCCTTTGGTGCTGCAAAAGCTTTGACACACAAAGCGTGAGTGCTCTCGCTAGGGTCT
TTTTTTTCTTCTCTTTTGTCCTGTTGTCTTCTATTATACAGTACTCGATACCAAAACACT
CTTTTCTTTTACAATTAACATTTGTGTACTGAGACTTATATCATTCTTTTCTTTGTTTGC
CCCCTTTGCTTCAAAGGTTAGGCTAAATTGAGAGCCAATCAACTGCCATTCAGTTATGTT
TTTTTCATATTTATTTTTTTGGTATCAGCCCAAACATGTATTGAGTTTGACAAAACTTGT
AGATTTATTTATAAAAAGAGAAACTCTTATAAAT

QA 1 454 1 454
DS 



AS 1 4

CO CL2909Contig1 1346 4 19 U
GGAACGTGGAAGCTGGAATTCAAAGTTCTTGAATTGGGCGTCTGGTTTAGTTGGTGGTCG
TCAACAATCGATGAAGGAAGTTACCAAAAAGGAGAACGAGAAGGGTGGGCGACATGGTAA
AACGATAAATATATTCTCCATCGCATCAGGACATTTATATGAGCGTTTCCTTAAGATCAT
GATTCTCAGTGTCCTGAAGAACACTAATCGTCCTGTAAAGTTCTGGTTCATAAAGAATTA
TCTTTCTCCTCAATTTAAGGATGTGATTCCACATATGGCACAAGAATATAACTTTGAGTA
CGAGCTGATTACGTACAAATGGCCTTCCTGGTTGCATAAACAGAAAGAAAAGCAACGAAT
TATTTGGGCCTACAAAATCCTTTTCCTTGATGTTATATTTCCCCTCTCATTGGAAAAGGT
TATATTTGTGGACGCCGATCAAATTATAAGGACAGACATGGGCGAACTGTACGATATGGA
TATAAAAGGAAGACCTCTCGCGTATACTCCTTTTTGTGACAACAACAAGGAAATGGATGG
CTATCGGTTTTGGAGACAGGGTTTCTGGAGAGAACATTTACGTGGTAGGCCATACCATAT
CAGTGCTCTGTACGTTGTTGACTTGGTTAAATTCCGAGAGACGGCGGCAGGAGACAATCT
AAGAGTATTCTATGAGACGCTTAGCAAGGATCCAAACAGTTTGTCCAATCTAGATCAGGA
TCTTCCTAATTATGCTCAGCACACTGTTCCTATATTTTCACTTCCCCAAGAGTGGTTATG
GTGTGAATCATGGTGTGGAAACGCCACCAAATCAAAGGCTAGAACAATAGACCTGTGCAA
TAATCCCATGACAAAGGAGCCAAAGCCTCAGGGTGCCAGAAGAATTGTAACTGAATGGCC
CGATCTTGATCTCGAGGCACGGAAGTTCACAGCAAAAATCTTGGGTGAAGATTTGGAACT
CAACGAGCCAGTAGCTCCTGCTGCTGTAGACACGCCTAATCCTCCTCCATCAAGCGACAT
CTCTGACGATTCAGAACAAGACTTGGAATCTAAGGATGAACTTTAAATGCAGGTTCCTGT
AGCTTTTAAAGAGGAGAAGATAGCATCATCACGCGTTGTTATTTTCAATGGATGGGGCTA
GATAAGGTTTCTAGTATTTTTGTACCATTTTCCAAGACATAATATTTTCAGCAGAACTAT
AGTTTAGCAGGGAGAATGAACAAACAACTACAGTTCGCAATGTTAGATTCAACATTATCT
GAAGGTTACTTAACACTTATGCAGGTGAATAATATCAGTATAATATGGTTTATTCACTAC
TCAAATAATAACAAAAGTTGAACAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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GATTCTCAGTGTCCTGAAGAACACTAATCGTCCTGTAAAGTTCTGGTTCATAAAGAATTA
TCTTTCTCCTCAATTTAAGGATGTGATTCCACATATGGCACAAGAATATAACTTTGAGTA
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TATTTGGGCCTACAAAATCCTTTTCCTTGATGTTATATTTCCCCTCTCATTGGAAAAGGT
TATATTTGTGGACGCCGATCAAATTATAAGGACAGACATGGGCGAACTGTACGATATGGA
TATAAAAGGAAGACCTCTCGCGTATACTCCTTTTTGTGACAACAACAAGGAAATGGATGG
CTATCGGTTTTGGAGACAGGGTTTCTGGAGAGAACATTTACGTGGTAGGCCATACCATAT
CAGTGCTCTGTACGTTGTTGACTTGGTTAAATTCCGAGAGACGGCGGCAGGAGACAATCT
AAGAGTATTCTATGAGACGCTTAGCAAGGATCCAAACAGTTTGTCCAATCTAGATCAG*A
TCTTCCTAATTATGCTCAGCACACTGTTCCTATATTTTCACTTCCCCA*GAGTGGTTATG
GTGTGAATCATGGT

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G
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ATATTTCCCCTCTCATTGGAAAAGGTTATATTTGTGGACGCCGATCAAATTATAAGGACA
GACATGGGCGAACTGTACGATATGGATATAAAAGGAAGACCTCTCGCGTATACTCCTTTT
TGTGACAACAACAAGGAAATGGATGGCTATCGGTTTTGGAGACAGGGTTTCTGGAGAGAA
CATTTACGTGGTAGGCCATACCATATCAGTGCTCTGTACGTTGTTGACTTGGTTAAATTC
CGAGAGACGGCGGCAGGAGACAATCTAAGAGTATTCTATGAGACGCTTAGCAAGGATCCG
AACAGTTTGTCCAATCTAGATCAGGATCTTCCTAATTATGCTCAGCACACTGTTCCTATA
TTTTCACTTCCCCAAGAGTGGTTATGGTGTGAATCATGGTGTGGAAACGCCACCAAATC

QA 2 540 2 540
DS 

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GTGCAATAATCCCATGACAAAGGAGCCAAAGCTTCAGGGTGCCAGAAGAATTGTAACTGA
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CGACATCTCTGACGATTCAGAACAAGACTTGGAATCTAAGGATGAACTTTAAATGCAGGT
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GGGCTAGATAAGGTTTCTAGTATTTTTGTACCATTTTCCAAGACATAATATTTTCAGCAG
AACTATAGTTTAGCAGGGAGAATGAACAAACAACTACAGTTCGCAATGTTAGATTCAACA
TTATCTGAAGGTTACTTAACACTTATGCAGGTGAATAATATCAGTATAATATGGTTTATT
CACT

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DS 

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GTTGTTGACTTGGTTAAATTCCGAGAGACGGCGGCAGGAGACAATCTAAGAGTATTCTAT
GAGACGCTTAGCAAGGATCCAAACAGTTTGTCCAATCTAGATCAGGATCTTCCTAATTAT
GCTCAGCACACTGTTCCTATATTTTCACTTCCCCAAGAGTGGTTATGGTGTGAATCATGG
TGTGGAAACGCCACCAAATCAAAGGCTAGAACAATAGACCTGTGCAATAATCCCATGACA
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GAGGCACGGAAGTTCACAGCAAAAATCTTGGGTGAAGATTTGGAACTCAACGAGCCAGTA
GCTCCTGCTGCTGTAGACACGCCTAATCCTCCTCCATCAAGCGACATTTTTGACGATTCA
GAACAAGACTTGGAATCTAAGGATGAACTTTAAATGCAGGTTCCTGTAGCTTTTAAAGAG
GAGGAGATAGCATCATCACGCGTTGTTATTTTCAATGGATGGGGCTAGATAAGGTTTTTA
GTATTTTTGTACCATTTTCCAAGACATAATATTTTCAGCAGAACTATAGTTTAGCAGGGA
GAATGAACAAACAACTACAGTTCGCAATGTTAGATTCAACATTATTTGAAGGTTACTTAA
CACTTATGCAGGTGAATAATATCAGTATAATATGGTTTATTCACTACTCAAATAATAACA
AAAGTTGAACAGG

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 4

CO CL2910Contig1 1007 4 5 U
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TCGTATCGTTTTGAGAAAATAAAATATTCCTTAAACCAGCGCCGATTATCGGAGGATAAG
ATGGAGGTTATGGTGGGCTCATCGTTTGGAATCGGTATGGCGGCGTGCGTTAGGGATCGC
GGCGGTGTTTCGGCGCAGGATAAGACCGTTCCGCCGCCGGCTCTGTTTATGGCGGGTGAA
TCGGGACGAGGTGGATCTCAGATCGGGCTTGCGAGACGTATCGGGTTAAGTATGAGTCGT
AGTAAATCAGGGGAGGAATCGCCGGAGGATAGCTCATCGTCGTCGATCGGAGAGATCAGC
GAAAACGAGGAGGAAGACGACGACGTTTCGTCCCAAGGAGAAGGAGGAGGAGCCCTTGAT
TCGTTTAGTTCCTCTTTAGAAGACTCTCTGCCGATTAAGAGAGGGTTATCGAACCATTAC
GTGGGCAAATCAAAATCTTTTGGGAATTTAATGGAAGCGAGCAACATCAAGGCGAAGGAT
CTGGAAAAAGTAGAAAACCCGTTTAATAAGAAGAGGAGGTTGATTATTGCTAATAAGCTG
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ACGCCTTTACTTGCACTACAAGAACCCGATAAAGTGGATGATAATCAAACTGTTAGTTTG
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TGTTTCTGTCTTAGTAGTTTGCAAGAGGAAGATGATGATGTTGGTAGTGGTGATGATAAT
GAGTGATATAATTCTCAGTTTTTAATTACAGAAAAATTTAGTGGTGGAAGATTTTATTTG
TGAAGGATATTATTATTTATTGGTAACACATTAAAACTACTTTCATCATCTTTTTGTGTC
TGATAATATGTTTAAAATCATCTGAAATTTATTTTCACAGTTGTCGG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA57TF U 1
AF RR3B234TF U 7
AF RR3B234JQ C 356
AF RR3CA57JQ C 218
BS 1 680 RR3CA57TF
BS 681 681 RR3B234TF
BS 682 723 RR3CA57TF
BS 724 773 RR3B234TF
BS 774 1007 RR3CA57JQ

RD RR3CA57TF 723 0 0
TTTTTTCTCTCGATCGGCGGTGTTTGTTTGATTGAGCTTTCTTCTCTCTCTCTTTCTTGA
TCGTATCGTTTTGAGAAAATAAAATATTCCTTAAACCAGCGCCGATTATCGGAGGATAAG
ATGGAGGTTATGGTGGGCTCATCGTTTGGAATCGGTATGGCGGCGTGCGTTAGGGATCGC
GGCGGTGTTTCGGCGCAGGATAAGACCGTTCCGCCGCCGGCTCTGTTTATGGCGGGTGAA
TCGGGACGAGGTGGATCTCAGATCGGGCTTGCGAGACGTATCGGGTTAAGTATGAGTCGT
AGTAAATCAGGGGAGGAATCGCCGGAGGATAGCTCATCGTCGTCGATCGGAGAGATCAGC
GAAAACGAGGAGGAAGACGACGACGTTTCGTCCCAAGGAGAAGGAGGAGGAGCCCTTGAT
TCGTTTAGTTCCTCTTTAGAAGACTCTCTGCCGATTAAGAGAGGGTTATCGAACCATTAC
GTGGGCAAATCAAAATCTTTTGGGAATTTAATGGAAGCGAGCAACATCAAGGCGAAGGAT
CTGGAAAAAGTAGAAAACCCGTTTAATAAGAAGAGGAGGTTGATTATTGCTAATAAGCTG
AGGAGCAGAGGAAGATCTATGTCAGTTTCCAGTTTCTACACTTGGCAAAACCCTAATTCT
ACGCCTTTACTTGCACTACA*GAACCCGATAAAGTGGATGATAATCAAACTGTTAGTTTG
TTT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3B234TF 767 0 0
CTCTCGATCGGCGGTGTTTGTTTGATTGAGCTTTCTTCTCTCTCTCTTTCTTGATCGTAT
CGTTTTGAGAAAATAAAATATTCCTTAAACCAGCGCCGATTATCGGAGGATAAGATGGAG
GTTATGGTGGGCTCATCGTTTGGAATCGGTATGGCGGCGTGCGTTAGGGATCGCGGCGGT
GTTTCGGCGCAGGATAAGACCGTTCCGCCGCCGGCTCTGTTTATGGCGGGTGAATCGGGA
CGAGGTGGATCTCAGATCGGGCTTGTGAGACGTATCGGGTTAAGTATGAGTCGTAGTAAA
TCAGGGGAGGAATCGCCGGAGGATAGCTCATCGTCGTCGATCGGAGAGATCAGCGAAAAC
GAGGAGGAAGACGACGACGTTTCGTCCCAAGGAGAAGGAGGAGGAGCCCTTGATTCGTTT
AGTTCCTCTTTAGAAGACTCTCTGCCGATTAAGAGAGGGTTATCGAACCATTACGTGGGC
AAATCAAAATCTTTTGGGAATTTAATGGAAGCGAGCAACATCAAGGCGAAGGATCTGGAA
AAAGTAGAAAACCCGTTTAATAAGAAGAGGAGGTTGATTATTGCTAATAAGCTGAGGAGC
AGAGGAAGATCTATGTCAGTTTCCAGTTTCTACACTTGGCAAAACCCTAATTCTACGCCT
TTACTTGCACTACAAGAACCCGATAAAGTGGATGATAATCAAACTGTTAGTTTGTTTGAG
AGGAGGAAGATGATGATGCAGAGTAAGAAAGATTTGATGGCTCAGAC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3B234JQ 592 0 0
TCAGCGAAAACGAGGAGGAAGACGACGACGTTTCGTCCCAAGGAGAAGGAGGAGGAGCCC
TTGATTCGTTTAGTTCCTCTTTAGAAGACTTTCTGCCGATTAAGAGAGGGTTATCGAACC
ATTACGTGGGCAAATCAAAATCTTTTGGGAATTTAATGGAAGCGAGCAACATCAAGGCGA
AGGATCTGGAAAAAGTAGAAAACCCGTTTAATAAGAAGAGGAGGTTGATTATTGCTAATA
AGCTGAGGAGCAGAGGAAGATTTATGTCAGTTTCCAGTTTTTACACTTGGCAAAACCCTA
ATTTTACCCCTTTACTTGCACTACAAGAACCCGATAAAGTGGATGATAATCAAACTGTTA
GTTTGTTTGAGAGGAGGAAGATGATGATGCAGAGTAAGAAAGATTTGATGGCTCAGACTC
AAAGTTGTTTCTGTCTTAGTAGTTTGCAAGAGGAAGATGATGATGTTGGTAGTGGTGATG
ATAATGAGTGATATAATTCTCAGTTTTTAATTACAGAAAAATTTAGTGGTGGAAGATTTT
ATTTGTGAAGGATATTATTATTTATTGGTAACACATTAAAACTACTTTCATC

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3CA57JQ 790 0 0
CGGCTCTGTTTATGGCGGGTGAATCGGGACGAGGTGGATCTCAGATCGGGCTTGCGAGAC
GTATCGGGTTAAGTATGAGTCGTAGTAAATCAGGGGAGGAATCGCCGGAGGATAGCTCAT
CGTCGTCGATCGGAGAGATCAGCGAAAACGAGGAGGAAGACGACGACGTTTCGTCCCAAG
GAGAAGGAGGAGGAGCCCTTGATTCGTTTAGTTCCTCTTTAGAAGACTCTCTGCCGATTA
AGAGAGGGTTATCGAACCATTACGTGGGCAAATCAAAATCTTTTGGGAATTTAATGGAAG
CGAGCAACATCAAGGCGAAGGATCTGGAAAAAGTAGAAAACCCGTTTAATAAGAAGAGGA
GGTTGATTATTGCTAATAAGCTGAGGAGCAGAGGAAGATCTATGTCAGTTTCCAGTTTCT
ACACTTGGCAAAACCCTAATTCTACGCCTTTACTTGCACTACAAGAACCCGATAAAGTGG
ATGATAATCAAACTGTTAGTTTGTTTGAGAGGAGGAAGATGATGATGCAGAGTAAGAAAG
ATTTGATGGCTCAGACTCAAAGTTGTTTCTGTCTTAGTAGTTTGCAAGAGGAAGATGATG
ATGTTGGTAGTGGTGATGATAATGAGTGATATAATTCTCAGTTTTTAATTACAGAAAAAT
TTAGTGGTGGAAGATTTTATTTGTGAAGGATATTATTATTTATTGGTAACACATTAAAAC
TACTTTCATCATCTTTTTGTGTCTGATAATATGTTTAAAATCATCTGAAATTTATTTTCA
CAGTTGTCGG

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 4

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GGACCCGAGAGAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAGAAGATTAA
GCAAAAGCGATGGGTGTAGAGAAGCAAGTCATCAGACCCGGCACTGGTGCCAAACCCGCT
CCAGGTCAAACCGTCACCGTCCACTGCACTGGATTTGGGAAAGGTGGTGATCTTTCCCAA
CAGTTCTGGAGTACAAAGGACGCTGGGCAAAAACCTTTCTCCTTCCAAATCGGTGAAGGT
GCTGTCATCAAAGGATGGGATGAAGGCGTTATGGGAATGCAAATTGGAGAGGTTGCTCGC
TTGCGGTGCTCACCGGATTACGCATATGGTCCTGGTGGATTTCCCGCGTGGGGAATCCAG
CCAAACTCGGTTCTCGACTTTGAAATCGAAGTACTCAGCGTGCAGTAATGCTCTCTCTAT
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ATCTTTGTTCAAATAAAACTTTGTGATGTCACTCTTGTCAGTACTTGTCTAAACTCGGTG
GACAACGTTCTATCTTAAATAAAAGACCCCCGTTACTCTTGTTCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 

AF RR3CR93TF U 1
AF RR3DF20JQ C 10
AF RR3DF20TF U 10
AF RR3CR93JQ C 34
BS 1 570 RR3CR93TF
BS 571 571 RR3DF20TF
BS 572 583 RR3CR93TF
BS 584 585 RR3CR93JQ

RD RR3CR93TF 585 0 0
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CCAGGTCAAACCGTCACCGTCCACTGCACTGGATTTGGGAAAGGTGGTGATCTTTCCCAA
CAGTTCTGGAGTACAAAGGACGCTGGGCAAAAACCTTTCTCCTTCCAAATCGGTGAAGGT
GCTGTCATCAAAGGATGGGATGAAGGCGTTATGGGAATGCAAATTGGAGAGGTTGCTCGC
TTGCGGTGCTCACCGGATTACGCATATGGTCCTGGTGGATTTCCCGCGTGGGGAATCCAG
CCAAACTCGGTTCTCGACTTTGAAATCGAAGTACTCAGCGTGCAGTAATGCTCTCTCTAT
TGACAAAAGCACAACAAAACTTATGTGGTGTTTACCCTTTTTATGTTTATCGCTTCGGGG
ATCTTTGTTCAAATAAAACTTTGTGATGTCACTCTTGTCAGTACTTGTCTAAACTCGGTG
GACAACGTTCTATCTTAAATAAAAGACCCCTGTTACTCTTGTT
CC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3DF20JQ 576 0 0
GGGAGAG
AGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAGAAGATTAAGCAAAAGCGATGGGTG
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CCGTCCACTGCACTGGATTTGGGAAAGGTGGTGATCTTTCCCAACAGTTCTGGAGTACAA
AGGACGCTGGGCAAAAACCTTTCTCCTTCCAAATCGGTGAAGGTGCTGTCATCAAAGGAT
GGGATGAAGGCGTTATGGGAATGCAAATTGGAGAGGTTGCTCGCTTGCGGTGCTCACCGG
ATTACGCATATGGTCCTGGTGGATTTCCCGCGTGGGGAATCCAGCCAAACTCGGTTCTCG
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AAACTTATGTGGTGTTTACCCTTTTTATGTTTATCGCTTCGGGGATCTTTGTTCAAATAA
AACTTTGTGATGTCACTCTTGTCAGTACTTGTCTAAACTCGGTGGACAACGTTCTATCTT
AAATAAAAGCCCCCCGTTACTCTTGTT
TC

QA 8 574 8 574
DS 

RD RR3DF20TF 576 0 0
GGGAGAG
AGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAAGAGAGAAGATTAAGCAAAAGCGATGGGTG
TAGAGAAGCAAGTCATCAGACCCGGCACTGGTGCCAAACCCGCTCCAGGTCAAACCGTCA
CCGTCCACTGCACTGGATTTGGGAAAGGTGGTGATCTTTCCCAACAGTTCTGGAGTACAA
AGGACGCTGGGCAAAAACCTTTCTCCTTCCAAATCGGTGAAGGTGCTGTCATCAAAGGAT
GGGATGAAGGCGTTATGGGAATGCAAATTGGAGAGGTTGCTCGCTTGCGGTGCTCACCGG
ATTACGCATATGGTCCTGGTGGATTTCCCGCGTGGGGAATCCAGCCAAACTCGGTTCTCG
ACTTTGAAATCGAAGTACTCAGCGTGCAGTAATGCTCTCTCTATTGACAAAAGCACAACA
AAACTTATGTGGTGTTTACCCTTTTTATGTTTATCGCTTCGGGGATCTTTGTTCAAATAA
AACTTTGTGATGTCACTCTTGTCAGTACTTGTCTAAACTCGGTGGACAACGTTCTATCTT
AAATAAAAGACCCCCGTTACTCTTGTT
TC

QA 8 574 8 574
DS 

RD RR3CR93JQ 552 0 0
AGAAGAGAAGAGAAGAGAGAAGATTAAGCAAAAGCGATGGGTGTAGAGAAGCAAGTCATC
AGACCCGGCACTGGTGCCAAACCCGCTCCAGGTCAAACCGTCACCGTCCACTGCACTGGA
TTTGGGAAAGGTGGTGATCTTTCCCAACAGTTCTGGAGTACAAAGGACGCTGGGCAAAAA
CCTTTCTCCTTCCAAATCGGTGAAGGTGCTGTCATCAAAGGATGGGATGAAGGCGTTATG
GGAATGCAAATTGGAGAGGTTGCTCGCTTGCGGTGCTCACCGGATTACGCATATGGTCCT
GGTGGATTTCCCGCGTGGGGAATCCAGCCAAACTCGGTTCTCGACTTTGAAATCGAAGTA
CTCAGCGTGCAGTAATGCTCTCTCTATTGACAAAAGCACAACAAAACTTATGTGGTGTTT
ACCCTTTTTATGTTTATCGCTTCGGGGATCTTTGTTCAAATAAAACTTTGTGATGTCACT
CTTGTCAGTACTTGTCTAAACTCGGTGGACAACGTTCTATCTTAAATAAAAGACCCCTGT
TACTCTTGTTCC

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 4

CO CL2912Contig1 1463 4 12 U
GGAACAAAAAAAAAGTATACACAGGCTAATAGAAATTAGATAGAGATATATCATACATGC
ATAGAGAGTAAGTGGGTCTTTACTACTCTTTAGTGCTCTGTTTCCTGCTATGCAACTTCA
TGGCTATTTTTGAAGATATGGGAGAGAATCAGTGGGACTGTTTTTTTCTCTCAGGTCCAT
TGAAACTATAACCCACCAAGTCTCAAAAGCAAAAGCAAACAAAAACAAAAACAAACGGAT
CAATTTTCTTTATGATTTTCCTGTTTTTGTTTCTTTCTTCTTCCTTCCCTCTCAAGCACA
ACGTTTTATGTTACATCGATGAGTAAGAAAGTCGCGAGTAAAAACATCCCTTTTTTTCCT
TCTCTGTTTCAAATAAAGCTCTCATCTTTTCATTTCTTTTCTATTTGTACACTTTCAGTT
TTTTTTAAAAATCATGAAGCTTTCTGATCGTTGAGTGAATTATGCTGAAGAAGAGAACGA
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CACGGCTATTCACAGCTTTCACCAGCTTCAAAAGCTTCACCGAAAACGACGCCGTCGCCA
GCCCAACCTCAATCCTCGACACCAAACCTTTCTCTGTTTTCAAAAACCCTTTTGGACCCG
AGAGCCCGAAAACCCACGAACCCAAAAGAACCGGACTAGCCATTGTCGACTCTCTCATCC
AAGACGAACCCGGATTCTCCCGACCAAGATCCGGATCCATTCTATTCGGGTCACAGCTCC
GGATCCGGGTCCCCGATTCTCCACGATCCTCCTCGGATTTCGGGACCAAAACGGAGAATT
CTCCGATCTCCCCTCCTCCGGAAGAGATCAAGAAAACGGTTTCCGGGTCGGGTCTCGGGT
CGGCCCGAATCTTGACGGGCTATTTCTCGACCAGCGATATGGAACTATCGGAGGACTACA
CGTGCGTGACTTGTCATGGGCCTAACCCGAGAACGATCCATATATTCGATAACTTTGTCG
TTGAGAGCCAACCCGGCGTCGTTTTCTTCCGGAGCTCCGACCCGGTTACCGAATCGAATC
ATTTACCACCCGGTAACTTTCTCAGTACCTGCTGTAACTGTAAGAAGAATCTTGGCCATT
GCGATGACATTTTCATATATAGAGGAGACAGAGCCTTCTGTAGCAGCGAATGCAGGTCTC
TGGAGATGATGTCGGAGGGAGAAGACATTTGATGAAATCAGTTTTTTTTTAGATTAAAAA
AAATGTTATGATAATGACTAAAATAAATAACTCGTAATATTAAGATGAAAATCTGTGTTA
CAAAAAAAAGAAGAAAATATTAAGATGAAAATGTTAGATAATAAATTTTGCTTAGTTGCT
TTTTTGCTCGCGGCAGAGTTGGTATCTGTATCTTCTTTTTTTTGTCACTGAGTTGGTATC
TGTATCTATGTGTGTTATGTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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A
G

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CGAATCATTTACCACCCGGTAACTTTCTCAGTACCTGCTGTAACTGTAAGAAGAATCTTG
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TAAAAAAAATGTTATGATAATGACTAAAATAAATAACTCGTAATATTAAGATGAAAATCT
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GTTGC

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TCTTCACGATCCTCCTCGGATTTCGGGACCAAAACGGAGGATTCTCCGATCTCCCCTCCT
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GTTGGTATCTGTATCTTCTTTTTTTTGTCACTGAGTTGGTATCTGTATCTATGTGTGTTA
TGTGCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 4

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GGAGATTTTGGTGTGAAAATGAACATTGCCACCTATCATCGTCGCTCAAATCTCATGTTA
AATCCTCACATAGACAAGACTATAGCGAGGAGTGGGCAAGCAAGCTCAAATAATGTTACA
TTCATGACAAGAACACAAGGAAGAAGAAGAAATATGGGACTGTGTTCAGTAAGAGCATGT
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ATATTAAGTCGAAATATTAAAATTTCTTCATTAATAGAC


BQ
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30 30 0 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GW06JQ C 1
AF RR3GW06TF U 1
AF RR3CP69JQ C 8
AF RR3CP69TF U 77
BS 1 7 RR3GW06JQ
BS 8 94 RR3GW06TF
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BS 96 219 RR3GW06TF
BS 220 220 RR3CP69TF
BS 221 326 RR3GW06TF
BS 327 327 RR3CP69TF
BS 328 374 RR3GW06TF
BS 375 375 RR3CP69TF
BS 376 426 RR3GW06TF
BS 427 427 RR3CP69TF
BS 428 492 RR3GW06TF
BS 493 493 RR3CP69TF
BS 494 518 RR3GW06TF
BS 519 519 RR3CP69TF
BS 520 544 RR3GW06TF
BS 545 547 RR3CP69TF
BS 548 639 RR3GW06TF

RD RR3GW06JQ 639 0 0
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GGAGATTTTGGTGTGAAAATGAACATTGCCACCTCTCATCGTCGCTCAAATCTCATGTTA
AATCCTCACATAGACAAGACTATAGCGAGGAGTGGGCAAGCAAGCTCAAATAATGTTACA
TTCATGACAAGAACACAAGGAAGAAGAAGAAATATGGGATTGTGTTCAGTAAGAGCATGT
GCAGGCGAAGAAGAATCCGACAATCAAAGTAAGCCCGAGAGAAGAAGTTTTTTGAGCTTA
GCAGAAGCTGGTCTTGTCGAAATCTCGGGCCTTGGTGCACACGAGAAGTTTCTCTGTCGA
CTAACGATATCGTCGTTGAATTTACTAAGAGTGATATCGGAGCAAGAAGGATGTTCAATA
GAAGAGTTGAATGCTGGAAAAATATGCGACTGGTTCTTAAAAGATAAGCTGAAGAGAGAG
CAGAACATGGAATCCGCCGTTCTTCAATGGGATGATCCTGATTTTCCATTTTAATATTTT
CTTA***TCATTAAATTTTAAGACACAAAAGAGTATGTATGATCATCCATTAATTGGAAA
ATATTAAGTCGAAATATTAAAATTTCTTCATTAATAGAC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3GW06TF 639 0 0
GGGATAA
GTGTTATCCTCATCTTCATCTTCTCTATCTAACTCACTGAGAAGGAAAAGCAAGGAGATT
TTGGTGTGAAAATGAACATTGCCACCTCTCATCGTCGCTCAAATCTCATGTTAAATCCTC
ACATAGACAAGACTATAGCGAGGAGTGGGCAAGCAAGCTCAAATAATGTTACATTCATGA
CAAGAACACAAGGAAGAAGAAGAAATATGGGATTGTGTTCAGTAAGAGCATGTGCAGGCG
AAGAAGAATCCGACAATCAAAGTAAGCCCGAGAGAAGAAGTTTTTTGAGCTTAGCAGAAG
CTGGTCTTGTCGAAATCTCGGGCCTTGGTGCACACGAGAAGTTTCTCTGTCGACTAACGA
TATCGTCGTTGAATTTACTAAGAGTGATATCGGAGCAAGAAGGATGTTCAATAGAAGAGT
TGAATGCTGGAAAAATATGCGACTGGTTCTTAAAAGATAAGCTGAAGAGAGAGCAGAACA
TGGAATCCGCCGTTCTTCAATGGGATGATCCTGATTTTCCATTTTAATATTTTCTTA***
TCATTAAATTTTAAGACACAAAAGAGTATGTATGATCATCCATTAATTGGAAAATATTAA
GTCGAAATATTAAAATTTCTTCATTAATAGAC

QA 8 639 8 639
DS 

RD RR3CP69JQ 604 0 0
GTGTTATCCTCATCTTCATCTTCTCTATCTAACTCACAGAGAAGGAAAAGCAAAGAGATT
TTGGTGTGAAAATGAACATTGCCACCTATCATCGTCGTTCAAATGTCATGTTAAATCCTC
ACATAGACAAGACTATAGCGAGGAGTGGGCAAGCAAGCTCAAATAATGTTACATTCATGA
CAAGAACACAAGGAAGAAGAAGAAATATGGGACTGTGTTTAGTAAGAGCATGTGCAGGCG
AAGAAGAATCCGACAATCAAAGTAAGCCCGAGAGAAGAAGTTTTTTGAGCTTAGCAGAAG
CTGGTCTTGTCGAAATCTCCGGCCTTGGTGCACACGAGAAGTTTCTCTGTCGACTAACGA
TATCGTCATTGAATTTACTAAGAGTGATATCGGAGCAAGAAGGATGTTCAATAGAAGAGC
TGAATGCTGGAAAAATATGCGACTGGTTCTTAAAAGATAAGCTGAAGAGAGAGCAGAACA
TGGAAACCGCCGTTCTTCAATGGGATGATCCCGATTTTCCATTTTAGTATTTTCTTATTA
TCATTAAATTTTAAGACACAAAAGAGTATGTATGATCATCCATTAATTGGAAAATGTTAA
GT
TG

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3CP69TF 535 0 0
AAATGAACATTGCCACCTATCATCGTCGTTCAAATGTCATGTTAAATCCTCACATAGACA
AGACTATAGCGAGGAGTGGGCAAGCAAGCTCAAATAATGTTACATTCATGACAAGAACAC
AAGGAAGAAGAAGAAATATGGGACTGTGTTTAGTAAGAGCATGTGCAGGCGAAGAAGAAT
CCGACAATCAAAGTAAGCCCGAGAGAAGAAGTTTTTTGAGCTTAGCAGAAGCTGGTCTTG
TCGAAATCTCCGGCCTTGGTGCACACGAGAAGTTTCTCTGTCGACTAACGATATCGTCAT
TGAATTTACTAAGAGTGATATCGGAGCAAGAAGGATGTTCAATAGAAGAGCTGAATGCTG
GAAAAATATGCGACTGGTTCTTAAAAGATAAGCTGAAGAGAGAGCAGAACATGGAAACCG
CCGTTCTTCAATGGGATGATCCCGATTTTCCATTTTAGTATTTTCTTATTATCATTAAAT
TTTAAGACACAAAAGAGTATGTATGATCATCCATTAATTGGAAAATGTTAAGT
TG

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 3

CO CL2914Contig1 1065 3 2 U
GATAGAAACTCAGAATTTTATTTTCTAAATCACAAATTAGAGTAATCTTGCAGCTGATAC
TCTCTTGGAGGGCTCCTTTAGTAAATAGCAGCTTCTTCAGGTAGATTCCTACTGTAAAAA
GGAAGCTCGAAGAGAAAGACTCTCTTGCACCATCCTGGTAAGTTCCCATACACTCCTCTC
GGCAAAAGAATCAGAGGACTTGTACTCTTCTTATAGAATCGGTAAGCTCCCAAGTGGCCA
TGCTTTTTGTCAGCCGATGCCTCTAGTAAAGGTATGCCGCTGACGAAAAGAAGTAGCAAA
GTGAGAAAGACTGGTCCGAACACTACAAGATACTCAGCACCTTCTAGAACAGGCGATGCA
GCCACAAAGATTCCCCACCACAGTAACATC*****AAAGTAGTTTGGATGTCTTGAATAC
TTCCAAAGACCAGCATCACACCATTTACCTCTGTTCTCTGGAGCGTTTTTAAAAGAGAGC
TTCTGTTGATCAGCCGCAGCTTCAATCAAGAAACCGAAAACCCACATCGTCCAGCCGATA
ACATCTGCGGGTTTAAGAGATCCTCCTCCACCATCATCACTTGAGTTAACGACGGTTAGA
GGTAAGCTCACGGTCCAAACCCACACGGCCTGAAAAGTCCAGAAAACTATTAGTTTCACC
AGATTTTGACGCATTTTCAAAGCGTCGATCTTCACCCCATTGCAGGATCCTCATTAGAAG
AAATGTTCCCAAGCGAAGACCCCATACCACAACCAGCAAAGTCAAGACTATCTATGAGGA
GGATACAAAACAGAACACAAAACATGTAAGGAAAAACAAGAGAGGGAGATAAGTGAGACT
CACCTGGCGAAAATGCCACGTGGATTTAAGAACAAGAGTCAGTAGAGCAAGTATAACGAA
GTTTGTGCTTCCTGCAAAGTCAGTGACTTGATCGATCTTGAAAAGAGCTGTGATTACAAA
GAATATTAACTGGTAAACCACAGTGACAATGGCAGTGAGAGACAGGAAATGCGAATCCAG
AACCGTTCCCATTCTATCCAACGAGAAAAAAAGAGAGAGTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE78JQ U 1
AF RR3GY63JQ U 76
AF RR3DE78TF C 292
BS 1 701 RR3DE78JQ
BS 702 1065 RR3DE78TF

RD RR3DE78JQ 701 0 0
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TCTCTTGGAGGGCTCCTTTAGTAAATAGCAGCTTCTTCAGGTAGATTCCTACTGTAAAAA
GGAAGCTCGAAGAGAAAGACTCTCTTGCACCATCCTGGTAAGTTCCCATACACTCCTCTC
GGCAAAAGAATCAGAGGACTTGTACTCTTCTTATAGAATCGGTAAGCTCCCAAGTGGCCA
TGCTTTTTGTCAGCCGATGCCTCTAGTAAAGGTATGCCGCTGACGAAAAGAAGTAGCAAA
GTGAGAAAGACTGGTCCGAACACTACAAGATACTCAGCACCTTCTAGAACAGGCGATGCA
GCCACAAAGATTCCCCACCACAGTAACATC*****AAAGTAGTTTGGATGTCTTGAATAC
TTCCAAAGACCAGCATCACACCATTTACCTCTGTTCTCTGGAGCGTTTTTAAAAGAGAGC
TTCTGTTGATCAGCCGCAGCTTCAATCAAGAAACCGAAAACCCACATCGTCCAGCCGATA
ACATCTGCGGGTTTAAGAGATCCTCCTCCACCATCATCACTTGAGTTAACGACGGTTAGA
GGTAAGCTCACGGTCCAAACCCACACGGCCTGAAAAGTCCAGAAAACTATTAGTTTCACC
AGATTTTGACGCATTTTCAAAGCGTCGATCTTCACCCCATT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3GY63JQ 595 0 0
CTTTAGTAAATAGCAGCTTCTTCAGGTAGATTCCTACTGTAAAAAGGAAGCTCGAAGAGA
AAGACTCTCTTGCACCATCCTGGTAAGTTCCCATACACTCCTCTCGGCAAAAGAATCAGA
GGACTTGTACTCTTCTTATAGAATCGGTAAGCTCCCAAGTGGCCATGCTTTTTGTCAGCC
GATGCCTCTAGTAAAGGTATGCCGCTGACGAAAAGAAGTAGCAAAGTGAGAAAGACTGGT
CCGAACACTACAAGATACTCAGCACCTTCTAGAACAGGCGATGCAGCCACAAAGATTCCC
CACCACAGTAACATCTCACCAAAGTAGTTTGGATGTCTTGAATACTTCCAAAGACCAGCA
TCACACCATTTACCTCTGTTCTCTGGAGCGTTTTTAAAAGAGAGCTTCTGTTGATCAGCC
GCAGCTTCAATCAAGAAACCGAAAACCCACATCGTCCAGCCGATAACATCTGCGGGTTTA
AGAGATCCTCCTCCACCATCATCACTTGAGTTAACGACGGTTAGAGGTAAGCTCACGGTC
CAAACCCACACGGCCTGAAAAGTCCAGAAAACTATTAGTTTCACCAGATTTTGAC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3DE78TF 774 0 0
AGTAGCAAAGTGAGAAAGACTG*TCCGAACACTACAAGATACTCAGCAC*TTCTAGAACA
G*CGATGCAGCCACAAAGATTCCCCACCACAGTAACATC*****AAAGTAGTT*GGATGT
CTTGAATACTTCCAAAGACCAGCATCACACCATTTACCTCTGTTCTCTGGAGCGTTTTTA
AAAGAGAGCTTCTGTTGATCAGCCGCAGCTTCAATCAAGAAACCGAAAACCCACATCGTC
CAGCCGATAACATCTGCGGGTTTAAGAGATCCTCCTCCACCATCATCACTTGAGTTAACG
ACGGTTAGAGGTAAGCTCACGGTCCAAACCCACACGGCCTGAAAAGTCCAGAAAACTATT
AGTTTCACCAGATTTTGACGCATTTTCAAAGCGTCGATCTTCACCCCATTGCAGGATCCT
CATTAGAAGAAATGTTCCCAAGCGAAGACCCCATACCACAACCAGCAAAGTCAAGACTAT
CTATGAGGAGGATACAAAACAGAACACAAAACATGTAAGGAAAAACAAGAGAGGGAGATA
AGTGAGACTCACCTGGCGAAAATGCCACGTGGATTTAAGAACAAGAGTCAGTAGAGCAAG
TATAACGAAGTTTGTGCTTCCTGCAAAGTCAGTGACTTGATCGATCTTGAAAAGAGCTGT
GATTACAAAGAATATTAACTGGTAAACCACAGTGACAATGGCAGTGAGAGACAGGAAATG
CGAATCCAGAACCGTTCCCATTCTATCCAACGAGAAAAAAAGAGAGAGTAAAAA

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 4

CO CL2915Contig1 1052 4 17 U
GGGCCCAACACTTTTGAGTCTTGAAGAAAGGTCATCATCATCATCAACGTCGAGAATAAT
GGCTTCTCTTTGTGCTTCTTCTGCCATTGCCGCCATATCTTCTCCTAGCTTCTTGGGAGG
CAAGAAACTAAGGCTGAACAAGAAGTTGAGTGTTCCAGCTGTTTCCAAATCAGCTGCGTC
TGTGCGGGCCGTTGCAGCGGATCCCGAGAGACCAATCTGGTTCACTGGAAGCACTCCTCC
AGAGTGGCTCGACGGTAGCCTCCCTGGTGACTTCGGATTTGATCCTCTTGGTCTTTCATC
TGACCCGGATAGTCTAAAATGGAACGTACAAGCAGAGATAGTCCACTGCCGGTGGGCAAT
GCTAGGCGCCGCCGGGATTTTTATCCCGGAGTTTCTAACCAAGATCGGGATCCTCAACAC
TCCCTCGTGGTACACCGCCGGAGAGCAAGAGTATTTCACGGACAAGACCACACTCTTCGT
CGTTGAGCTCATCTTAATCGGATGGGCCGAGGGTCGTAGATGGGCTGATATCATTAAGCC
AGGTAGCGTCAACACTGACCCAATCTTCCCAAACAACAAACTGACGGGTACAGACGTTGG
ATACCCGGGTGGGTTATGGTTCGACCCGTTGGGTTGGGGATCTGGTAGCCCGGCTAAGAT
CAAGGAGCTGAGGACTAAAGAGATCAAGAACGGAAAGTTGGCTATGTTGGCAGTGATGGG
TGCTTGGTTCCAACATATATACACTGGGACTGGTCCTATCGATAACCTTTTTGCACATCT
TGCTGATCCTGGTCATGCTACTATCTTCGCTGCTTTCACACCCAAGTGAGACGTCAAGAA
AGGAGGATTTGGGAGGGAGAATGCGTTTATGTGATCATGTTTGTACAAATATGGTTTTTG
AACTTAAAATATTATGTATTTAAGCAAATGGTGGTCGAATGGAAGTTAGGGTTCGCCGTG
ACACTACTCTTTTCCTGACTAAATGCTCATACATTGTGATTCGTGGTATGATAGTCAATC
TCTTCTATTCTTTGTTGGTTAATGCATCTCAT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CM96TF U 1
AF RR3B609TF U 1
AF RR3CM96JQ C 488
AF RR3EJ30TF U 768
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BS 527 588 RR3B609TF
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BS 760 760 RR3CM96JQ
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BS 886 1026 RR3EJ30TF
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GGCTTCTCTTTGTGCTTCTTCTGCCATTGCCGCCATATCTTCTCCTAGCTTCTTGGGAGG
CAAGAAACTAAGGCTGAACAAGAAGTTGAGTGTTCCAGCTGTTTCCAAATCAGCTGCGTC
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AGAGTGGCTCGACGGTAGCCTCCCTGGTGACTTCGGATTTGATCCTCTTGGTCTTTCATC
TGACCCGGATAGTCTAAAATGGAACGTACAAGCAGAGATAGTTCACTGCCGGTGGGCAAT
GCTAGGCGCCGCCGGGATTTTTATCCCGGAGTTTCTAACCAAGATCGGGATCCTCAACAC
TCCCTCGTGGTACACCGCCGGAGAGCAAGAGTATTTCACGGACAAGACCACACTCTTCGT
CGTTGAGCTCATCTTAATCGGATGGGCCGAGGGTCGTAGATGGGCCGATATCATTAAGCC
AGGTAGCGTCAACACTGACCCAATCTTCCCAAACAACAAACTGACGGGCACAGACGTCGG
ATACCCGGGTGGGTTATGGTTCGACCCGTTGGGTTGGGGATCTGGTAGCCCGGCTAAGAT
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CCTGGTCATGCTACTATTTTCGCTGCTTTCACACCCAAGTGAGACGTCAAGAAAGGAGGA
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TTCTTTGTTGGTTAATGCATCTCAT

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AATATGGTTTTTGAACTTAAAATATTATGTATTTAAGCAAATGGTGGTCGAATGGAAGTT
AGGGTTCGCCGTGACACTACTCTTTTCCTGACTAAATGCTCATACATTGTGATTCGTGGT
ATGATAGTCAATCTCTTCT

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DS 



AS 1 4

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ATTCATACTATTCTACGAGTCTGTGAATTGACTTGATGATCCGACCAAGAAGTTGTTGAG
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GATGAGGGAAGCGGTTTGAGCCGTGTGGGGGGAGTATGGTCAGGACGGACGGTGGATTAC
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AAGAACAGAGCATTGAAGTCTATGAGTTGTTTTGCTCTCTCAGATCTGCAGGAAGAAGAA
GAAGATGAAGATGATGAGTGATCAATAATGCATTCATGATTTTTTTTTTCTTTGTTCATA
GTTTATTATAACTTTTATTTGGTGGAGCGAATTAATGTTATCTTTTTTTATTAATTCGGG
AAATTAATTATAAATTATGTCGACTGGAGGAAATTAATTAGT


BQ
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AF RR3EB68TF U 50
AF RR3GX44TF U 1
AF RR3GX44JQ C 304
AF RR3EB68JQ C 405
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GG
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QA 3 596 3 596
DS 

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ATTCATACTATTCTACGAGTCTGTGAATTGACTTGATGATCCGACCAAGAAGTTGTTGAG
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ATGCCTCTTTTGCCTGTTCATGAAGATGATAATGACGACGATGAGGA*GAGGGAGACG

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TATTATAACTTTTATTTGGTGGAGCGAATTAATGTTATCTTTTTTTATTAATTCGGGAAA
TTAATTATAAATTATGTCGACTGGAGG

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DS 

RD RR3EB68JQ 598 0 0
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TCTCGAAGATTCTCTCCCAAGCAAAGGTTTATCGAGTCATTACAAAGGTAAGTCAAAATC
GTTTGGGAACTTAGGAGAGATAGGGAGTGTGAAAGAAGTGCCGAAGCAAGAGAATCCATT
GAATAAGAAAAGAAGGTTACAGATCTACAACAAGTTGGCAAGAAAGTCGTTCTACTCGTG
GCAGAACCCTAAGTCTATGCCTCTTTTGCCTGTTCATGAAGATGATAATGACGACGATGA
GGAAGAGGGAGACGATGGAGATTTGAGCGATGAAGAGAGAGGAGGAGGAGTTGTTGTTGC
AAGGAGACCATCGTTCAAGAACAGAGCATTGAAGTCTATGAGTTGTTTTGCTCTCTCAGA
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TTTTTCTTTGTTCATAGTTTATTATAACTTTTATTTGGTGGAGCGAATTAATGTTATCTT
TTTTTATTAATTCGGGAAATTAATTATAAATTATGTCGACTGGAGGAAATTAATTAGT

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 4

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GGACCAGAGGAGAGAAGTTCGTGGAAACGCCACTAACGAACGAGATCTAGCACTAGCACG
GACCGACCCCGTAGTTGCGGGGTGTACCGAAGGAGACGAAAATAAGCAAGAGAGGGAGCT
TCACTGAACCCTAGAAGAAGGAGAGGATAAGATTCAGCACAGATCGATCGATCGAAGAAG
AAGAAGAAGATGAACATTTTCAGATTAGCAGGTGATATGACTCACCTGGCCAGTGTCCTC
GTCTTGCTCCTCAAGATCCACACCATCAAATCCTGCGCTGGTGTGTCATTGAAGACTCAA
GAGCTCTACGCCATTGTATTCGCGACGCGTTATTTGGATATTTTCACGAGCTTTGTCTCC
CTCTACAACACCTTCATGAAGTTGGTCTTCTTAGGAAGCTCCTTCTCCATTGTTTGGTAC
ATGAGGTATCACAAGGCCGTCCAAAGGACTTACGACAGGGAGCAAGATACCTTTCGTCAT
TGGTTCCTTGTCCTTCCCTGCCTTCTCTTGGCTCTTCTCATTCACGAAAAGTTCACCTTT
CTTGAGGTACTGTGGACGTTTTCGTTGTACTTGGAGGCTGTTGCTATATTACCTCAGCTT
GTCTTGCTGCAAAGGACTAGAAATATCGATAACTTGACCGGGCAATACATATTCCTCCTT
GGTGGGTACAGGGGATTGTACATCCTAAACTGGATCTACCGTTACTTCACTGAGCCTCAC
TTTGTGCACTGGATAACATGGATCGCGGGGTTTGTTCAGACATTGCTCTATGCCGACTTC
TTCTATTATTATTTCCTAAGCTGGAAGAACAACAAAAAGCTCCAGTTGCCAGCTTAATCT
GGATTTTCGATGCTCGGAAACCCTACCGGGTGCCTGGATACAATATCTGCTGGAAAGTTT
ACCAGTTTACTCTGTTGTTAGTTAATGGAGGAGACGAGCATAGATTTTATGTACCAGAGA
TCTAACTTGTTGTTACACATTTTTGAACTTTTTCGTGTCTCAGCTTCTGTTAAGTGTTAC
TAAAATATTTCGACAGTACAAATCTTGCAAGTATGACTAGTCTACCGTTTCCTATATACA
AAATTATTATGTTCTTACCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3EA74TF U 21
AF RR3A216TF U 1
AF RR3A216JQ C 336
AF RR3EA74JQ C 405
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RD RR3EA74TF 596 0 0
GG
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CCATCAAATCCTGCGCTGGTGTGTCATTGAAGACTCAAGAGCTCTACGCCATTGTATTCG
CGACGCGTTATTTGGATATTTTCACGACCTTTGTCTCCCTCTACAACACCTTCATGAAGT
TGGTCTTCTTAGGAAGCTCCTTCTCCATTGTTTGGTACATGAGGTATCACAAGGCCGTCC
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CGTTGTACTTGGAGGCTGTTGCTATATTACCTCAGCTTGTCTTGCTGCAAAGGA

QA 3 596 3 596
DS 

RD RR3A216TF 872 0 0
GGACCAGAGGAGAGAAGTTCGTGGAAACGCCACTAACGAACGAGATCTAGCACTAGCACG
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AAGAAGAAGATGAACATTTTCAGATTAGCAGGTGATATGACTCACCTGGCCAGTGTCCTC
GTCTTGCTCCTCAAGATCCACACCATCAAATCCTGCGCTGGTGTGTCATTGAAGACTCAA
GAGCTCTACGCCATTGTATTCGCGACGCGTTATTTGGATATTTTCACGAGCTTTGTCTCC
CTCTACAACACCTTCATGAAGTTGGTCTTCTTAGGAAGCTCCTTCTCCATTGTTTGGTAC
ATGAGGTATCACAAGGCCGTCCAAAGGACTTACGACAGGGAGCAAGATACCTTTCGTCAT
TGGTTCCTTGTCCTTCCCTGCCTTCTCTTGGCTCTTCTCATTCACGAAAAGTTCACCTTT
CTTTAGGTACTGTGGACGTTTTCGTTGTACTTGGAGGCTGTTGCTATATTACCTCAGCTT
GTCTTGCTGCAAAGGACTAGAAATATCGATAACTTGACCGGGCAATACATATTCCTCCTT
GGTGGGTACAGGGGATTGTACATCCTAAACTGGATCTACCGTTACTTCACTGAGCCTCAC
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TTCTATTATTATTTCCTAAGCTGGAAGA*CAACAAAAAGCTCCAGTTGCCAGCTTAATCT
GGATTTTCGATGCTCG*AAACCCTACCGG
TGC

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DS 

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AAGCTCCTTCTCCATTGTTTGGTACATGAGGTATCACAAGGCCGTCCAAAGGACTTACGA
CAGGGAGCAAGATACCTTTCGTCATTGGTTCCTTGTCCTTCCCTGCCTTCTCTTGGCTCT
TCTCATTCACGAAAAGTTCACCTTTCTTTAGGTACTGTGGACGTTTTCGTTGTACTTGGA
GGCTGTTGCTATATTACCTCAGCTTGTCTTGCTGCAAAGGACTAGAAATATCGATAACTT
GACCGGGCAATACATATTCCTCCTTGGTGGGTACAGGGGATTGTACATCCTAAACTGGAT
CTACCGTTACTTCACTGAGCCTCACTTTGTGCACTGGATAACATGGATCGCGGGGTTTGT
TCAGACATTGCTCTATGCCGACTTCTTCTATTATTATTTCCTAAGCTGGAAGAACAACAA
AAAGCTCCAGTTGCCAGCTTAATCTGGATTTTCGATGCTCGGAAACCCTACCGGGTGCCT
GGATACAATATCTGCTGGAAAGTTTACCAGTTTACTCTGTTGTTAGTTAATGGAGGAGAC
GAGCATAGATTTTATGTACCAGAGATCTAACTTGTTGTTACACATTTTTGAACTTTTTCG
TGTTTCAGCTTCTGTTAAGTGTTACTAAAATATTTCGACAGTACAAATCTTGCAAGTATG
ACTAGTCTACCGTTTCCTATATACAAAATTATTATGTTCTTACCT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3EA74JQ 694 0 0
CTCCATTGTTTGGTACATGAGGTATCACAAGGCCGTCCAAAGGACTTACGACAGGGAGCA
ATATACCTTTCGTCATTGGTTCCTTGTCCTTCCCTGCCTTCTCTTGGCTCTTCTCATTCA
CGAAAAGTTCACCTTTCTTGAGGTACTGTGGACGTTTTCGTTGTACTTGGAGGCTGTTGC
TATATTACCTCAGCTTGTCTTGCTGCAAAGGACTAGAAATATCGATAACTTGACCGGGCA
ATACATATTCCTCCTTGGTGGGTACAGGGGATTGTACATCCTAAACTGGATCTACCGTTA
CTTCACTGAGCCTCACTTTGTGCACTGGATAACATGGATCGCGGGGTTTGTTCAGACATT
GCTCTATGCCGACTTCTTCTATTATTATTTCCTAAGCTGGAAGAACAACAAAAAGCTCCA
GTTGCCAGCTTAATCTGGATTTTCGATGCTCGGAAACCCTACCGGGTGCCTGGATACAAT
ATCTGCTGGAAAGTTTACCAGTTTACTCTGTTGTTAGTTAATGGAGGAGACGAGCATAGA
TTTTATGTACCAGAGATCTAACTTGTTGTTACACATTTTTGAACTTTTTCGTGTCTCAGC
TTCTGTTAAGTGTTACTAAAATATTTCGACAGTACAAATCTTGCAAGTATGACTAGTCTA
CCGTTTCCTATATACAAAATTATTATGTTCTTAC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 4

CO CL2918Contig1 921 4 11 U
CAGCCCAAGTTCTGGGGTAGAATATCTCATATAGAACACTTGAAAAAAGTTTTAACTAAC
TTAAAAGACCAAGTCACAACATCCAATTTATATATAACTGCATCCCTATTGCGGGGAGTT
TATTTGTTCCGAAAGGGCTCTCAGAAATCCGTCTTGAAAGGTCTGTAACTCTTGAGATCA
GTAACAATCCCAACCACAGATCCTGCGGCCGCGGCCACAGACACAACAAGACAAGCCAGA
CTTAAAACCTGAAGACAAACCCACATCGTGCTCCATCTCCGCACATTCTTCTGCACAATG
TACATCTCCACAGGGAAATAGACCGTAAGAGGCCAAAAACCGATGGCCCCCAAGAGACCA
AGCACATCGTTGAAGAAAGGCATCAGCATAGAGATCAACGTTGTTGTAATCACAAAGATG
GTCCTCCACACGAGCCTAAAGAGGTTCAAGTTGAAAGGCTTGGATCCTGGGAAGAGGTGG
ATCTTGGTCTCGTTTGTGATGAACTTGCTCTCTGGATACCTCTTGGCGGCTTCTTTCTCC
ACAAAGGCAAAGAGTGGCTGGCAGTAGACTTGGTAAGCTCCAACTAGGTGGATCACTATG
GCGAGGTTGGCTATGTCGAGCAACCAATAGGGGTTTCTGAATCCTCCAGCGGCGAGGAGG
TTTCCAGGTGAGGAGTCCCCAAAAGCTGCATACCCTACGCAGCCACAGAGCATATAGAAG
AGCGTTGTCACTGCTACACTTATGAGAGTCGCTTTCCTCATTGTGCTTTCCTCTGCAGGT
GGTGATTTCAACGTGTCCTGGATCTCGATGAGAATCATGGAGTAAGCATAGGCAAATGCA
ATGTTCCCAAGAGACTGAAAAGTTCTCCAGACTTTCTGGGTGGGTGTCACGGTCCCACTC
GATGTCACTGTCCCAATGGTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AT10JQ U 80
AF RR3AT10TF C 207
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GTAACAATCCCAACCACAGATCCTGCGGCCGCGGCCACAGACACAACAAGACAAGCCAGA
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ATCTTGGTCTCGTTTGTGATGAACTTGCTCTCTGGATACCTCTTGGCGGCTTCTTTCTCC
ACAAAGGC

QA 1 548 1 548
DS 

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A

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DS 



AS 1 3

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CCTCATTCAAGCCAAACCCATAAAATAAGGTTGAAAAGGTTGGATCC


BQ
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AF RR3DP42JQ U 1
AF RR3G702JQ U 285
AF RR3G702TF C 929
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GATGTTGATAGTCTGTTGTGTGAGAAGCTATCAAGTACCTGTATGCATCAGATTTCTTTC
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GCCAATAATAGAGAATCAGTGGAAAGATTTTGAACACAGGTAAGCAAACATGTTTGAAGC
TCAAGTCAAGAATCAGAAAATCAAAATAAAGTCTTGACTCTGATGTATATTATTGGAAAA
AAA*GTTTCATGTCAAAAATGCAATCTTTGGGTAAAATTAACAGGCAATAATTAAGCTCT
GTGAAAGCATGTCTGCATAAGAAGAAGTAAGAAAGGGCAAAAAGAAAGCATCTCTTTTTT
CCAACAATTGATAGGAGGAGACAAAGCACAAGGTGGGGGCATACAAGGATCAAGATAGTT
TTAACTATCTATAATAATAACAACCAAAGGGACAGAGACAGAGCATCTCTAGTCTTCTCC
ATTGGATCTAATCTTATCTAGGTGAAGAATAATAGTGCAAAT

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AAAAAAGGACAAAAGAGCTATTCATTACCAATTTCTTAAAGCTAATGAAGATGGTGAAAC
AAGGACATAATGCAAACTCAAACTCAGGTTTGAAAGGAGAAGGGAGCTTACAAGACGATG
GGAACAACGGTGAGGAACTTGCGGTTACGAGTGAGCTGCTTGCCGTTGTCAATCTGTTCC
CACCAAGTCAACCTGTTGTAGATCCCTTGATCATCCCCAAACGGTGTTCCCTTCTTCCAA
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GAAATGGGCGAGGTGGACGATGGTCCAGGCGATGCCAGGGGAGCAGTGGAAGACGGAGAG
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GAACCACTCCGTGTTCCGATTCACATCTGTCGTCGGAAGCGCTCTCACGTACATCCTTTT
TTCACCGGAGTTTGAAGATTAACAAATGGCTCTTTCTTTCTTTCTGGGCTTTTCCTCGAT
TTTATTTAAAATTTACCTTTTATTCTACTTCTCCTCATTCAAGCCAAACCCATAAAATAA
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DS 



AS 1 2

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AACCGAAACTGTTGATGCGTTGAGGAGTGGAGCTTCTGCTATGAAAGCTATGCAGAAAGC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H884TF U 1
AF RR3D927TF U 36
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CCAGACATTAGACAAGCTCAACGAGACGCTTGAGATGCTAGAGAAGAAGGAGAAAGTGCT
GTTAAAGAAAGCTGGACAAGAGGTCGAGAAAGCCAAAGAATACACTCGTTCTAAAAACAA
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DS 

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GG
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CCAAAGCATGAGGGTAATGCTCTCCAGACATTAGACAAGCTCAACGAGACGCTTGAGATG
CTAGAGAAGAAGGAGAAAGTGCTGTTAAAGAAAGCTGGACAAGAGGTCGAGAAAGCCAAA
GAATACACTCGTTCTAAAAACAAACGCGCGGCTATTCAGTGCTTGAAAAGGAAGAGGTTG
TATGAGCAACAAGTTGAACAGCTTGGCAACTTCCAGCTCCGTATTCATGATCAAATGATT
ATGTTAGAAGGCGCAAAAGCAACAACCGAAACTGTTGATGCGTTGAGGAGTGGAGCTTCT
GCTATGAAAGCTATGCAGAAAGCTACGAACATAGATGATGTAGACAAGACCATGGACGAG
ATCAATGAGCAGACAGAGAACATGAAACAGATCCAAGAAGCTTTGTCTACTCCAATCGGT
GCGGCTGCTGACTTCGATGAGGATGAGCTCGAAGCTGAGCTTGAAGAATTAGAAAGTGCA
GAGCTTGAAGAACAACTTCTTCAGCCAACACCAATGCCTTCTGTTCCAGGGCGTCAACCA
GTCCGTCCTGTTGCTCCTAAACGGACAGCCG

QA 3 693 3 693
DS 



AS 1 4

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ATGTTTAGCAAGAAAAAAAAAAACAAAATGAAATGTATGAAACCAAGAAAACCATTTTTT
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AATCCTATATATTAGTTTGATGAGGTGGTGGCTTAGAGATCTTGTTCGAGGAGGTAATCA
CCCAGCCTCTCGACGACCATGTTGCACTGTCCTGGTGTCACGGGCTCTTCATAGATCCCA
AACACACATGACTGTCCTGTTTTCTTTATGGCTATGCCTCCCGCTCCCTTCTTTCCACGG
ATAACAGCGCCAGGCTCGCCTTGGATCACCATGTACTTGGCTCCTGCTAGAAATAACCCT
GTGGGCGCTAAGTGACCCGGTTCATCAAAATCCTTCATTATACCAGTGAACTCTTGTGCC
TTGAACTGAGGGAAGTTGGCGCTCTGAGCCCAAACGCTACCGTCATGACCAACGATTGCT
GCAGCGGTTAGGTGATGACCCTGACCATCACCAACATCACACATCAAATGCTCATCAACG
TAAGTTTGCCACGACATCTTTTCGTATCTTCTTCTTCTTTTTCTTTCTCTACGTTATATG
TTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR3GC17TF C 1
AF RR3GC17JQ U 42
AF RR3E978JQ U 97
AF RR3E978TF C 242
BS 1 41 RR3GC17TF
BS 42 106 RR3GC17JQ
BS 107 107 RR3E978JQ
BS 108 215 RR3GC17JQ
BS 216 216 RR3E978JQ
BS 217 329 RR3GC17JQ
BS 330 335 RR3E978JQ
BS 336 625 RR3GC17JQ
BS 626 664 RR3E978JQ

RD RR3GC17TF 627 0 0
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ATGTTTAGCAAGAAAAAAAAAAACAAAATGAAATGTATGAAACCAAGAAAACCATTTTTT
AAGAATCAGACATTGATTAAGGCTTCAGCTTCTTAGAGAGAATCCAGAAACCAAAAACCA
AATCCTATATATTAGTTTGATGAGGTGGTGGCTTAGAGATCTTGTTCGAGGAGGTAATCA
CCCAGCCTCTCGACGACCATGTTGCACTGTCCTGGTGTCACGGGCTCTTCATAGATCCCA
AACACACATGACTGTCCTGTTTTCTTTAT******GCCTCCCGCTCCCTTCTTTCCACGG
ATAACAGCGCCAGGCTCGCCTTGGATCACCATGTACTTGGCTCCTGCTAGAAATAACCCT
GTGGGCGCTAAGTGACCCGGTTCATCAAAATCCTTCATTATACCAGTGAACTCTTGTGCC
TTGAACTGAGGGAAGTTGGCGCTCTGAGCCCAAACGCTACCGTCATGACCAACGATTGCT
GCAGCGGTTAGGTGATGACCCTGACCATCACCAACATCACACATCAAATGCTCATCAACG
TAAGTTTGCCACGACATCTTTTCGT
CC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3GC17JQ 586 0 0
AATAGAAAATTAATTAAATATGTTTAGCAAGAAAAAAAAAAACAAAATGAAATGTATGAA
ACCAAAAAAACCATTTTTTAAGAATCAGACATTGATTAAGGCTTCAGCTTCTTAGAGAGA
ATCCAGAAACCAAAAACCAAATCCTATATATTAGTTTGATGAGGTGGTGGCTTAAAGATC
TTGTTCGAGGAGGTAATCACCCAGCCTCTCGACGACCATGTTGCACTGTCCTGGTGTCAC
GGGCTCTTCATAGATCCCAAACACACATGACTGTCCTGTTTTCTTTAT******GCCTCC
CGCTCCCTTCTTTCCACGGATAACAGCGCCAGGCTCGCCTTGGATCACCATGTACTTGGC
TCCTGCTAGAAATAACCCTGTGGGCGCTAAGTGACCCGGTTCATCAAAATCCTTCATTAT
ACCAGTGAACTCTTGTGCCTTGAACTGAGGGAAGTTGGCGCTCTGAGCCCAAACGCTACC
GTCATGACCAACGATTGCTGCAGCGGTTAGGTGATGACCCTGACCATCACCAACATCACA
CATCAAATGCTCATCAACGTAAGTTTGCCACGACATCTTTTCGT
CC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3E978JQ 568 0 0
ATGAAACCAAGAAAACCATTTTTTAAGAATCAGACATTGATTAAGGCTTCAGCTTCTTAG
AGAGAATCCAGAAACCAAAAACCAAATCCTATATATTAGTTTGATGAGGTGGTGGCTTAG
AGATCTTGTTCGAGGAGGTAATCACCCAGCCTCTCGACGACCATGTTGCACTGTCCTGGT
GTCACGGGCTCTTCATAGATCCCAAACACACATGACTGTCCTGTTTTCTTTATGGCTATG
CCTCCCGCTCCCTTCTTTCCACGGATAACAGCGCCAGGCTCGCCTTGGATCACCATGTAC
TTGGCTCCTGCTAGAAATAACCCTGTGGGCGCTAAGTGACCCGGTTCATCAAAATCCTTC
ATTATACCAGTGAACTCTTGTGCCTTGAACTGAGGGAAGTTGGCGCTCTGAGCCCAAACG
CTACCGTCATGACCAACGATTGCTGCGGCGGTTAGGTGATGACCCTGACCATCACCAACA
TCGCACATCAAATGCTCATCAACGTAAGTTTGCCACGACATCTTTTCGTATCTTCTTCTT
CTTTTTCTTTCTCTACGTTATATGTTAT

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3E978TF 423 0 0
CCAGCCTCTCGACGACCATGTTGCACTGTCCTGGTGTCACGGGCTCTTCATAGATCCCAA
ACACACATGACTGTCCTGTTTTCTTTATGGCTATGCCTCCCGCTCCCTTCTTTCCACGGA
TAACAGCGCCAGGCTCGCCTTGGATCACCATGTACTTGGCTCCTGCTAGAAATAACCCTG
TGGGCGCTAAGTGACCCGGTTCATCAAAATCCTTCATTATACCAGTGAACTCTTGTGCCT
TGAACTGAGGGAAGTTGGCGCTCTGAGCCCAAACGCTACCGTCATGACCAACGATTGCTG
CGGCGGTTAGGTGATGACCCTGACCATCACCAACATCGCACATCAAATGCTCATCAACGT
AAGTTTGCCACGACATCTTTTCGTATCTTCTTCTTCTTTTTCTTTCTCTACGTTATATGT
TAT

QA 1 423 1 423
DS 



AS 1 4

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ATTTCCTCTCTCCTCCGTTTTATCTTCGCCCTTTCTCTCTGCTCTCTTATCTCCTCCCTC
CTCCGGTAGAAGAACCATGGCTTCAACCACCGATTTCACAAAGTCTTTACTATCTCCCTT
CTCCCAACATGGCTTTAATTCCCAGAGAGGAAGTAGTAGACAGAACAAGAACGCGACATG
GCCAAACCAGCACAAGCCCAATAGGCCTCTTCGTGTGAATGGGTTGTTCGGAGGTGGAAA
CAACAAAGATAATAACAATACTGAGGATGGACAGTCAAAGGCAGGAGGAATCTTTGGTAA
TATGCAGAATATGTATGAGACTGTCAAGAAAGCTCAAATGGTTGTTCAAGTTGAGGCTGT
TCGTGTTCAAAAAGAGTTAGCTGCCGCAGAGTTTGATGGTTATTGTGAAGGCGAGCTTGT
TAAGGTTACGTTATCAGGTAACCAGCAACCAATCCGTACTGATATAACTGAGGCAGCTAT
GGAGTTAGGCTCTGAGAAACTTTCACTGTTGGTCACGGAGGCTTACAAGGACGCACACGC
AAAGAGTGTTGTGGCTATGAAAGAAAGAATGAGTGACCTTGCGCAGAGCTTAGGCATGCC
GCCAGGCCTCAGCGAAGTAATGAAATGAAGAAACTGTTTTTGGTTTGTTTGTCACATTTA
AGTTTCAGGTGTGAGCTTTCTTTTTCTCTATTTATCAGTCAGGCAGAGAGAAGCAAAGAC
CTTTGTACTTTACTCTTATGGAATCAGATATTTGTCTTATTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C637JQ C 291
AF RR3C637TF U 15
AF RR3FR26TF U 1
AF RR3FR26JQ C 494
BS 1 186 RR3FR26TF
BS 187 187 RR3C637TF
BS 188 366 RR3FR26TF
BS 367 367 RR3C637TF
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TT
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GAGGCTGTTTGTGTTCAAAAAGAGTTAGCTGCCGCAGAGTTTGATGGTTATTGTGAAGGC
GAGCTTGTTAAGGTTACGTTATCAGGTAACCAGCAACCAATCCGTATTGATATAACTGAG
GCAGCTATGGAGTTAGGCTTTGAGAAACTTTCACTGTTGGTTACGGAGGCTTACAAGGAC
GCCCACGCAAAGAGTGTTGTGGCTATGAA

QA 3 271 3 271
DS 

RD RR3C637TF 650 0 0
GG
GTTTTATCTTCGCCCTTTCTCTCTGCTCTCTTATCTCCTCC****TCCGGTAGAAGAACC
ATGGCTTCAACCACCGATTTCACAAAGT*TTTACTATCTCCCTTCTCCCAACATGGCTTT
AATTCCCAGAGAGGAAGTAGTAGACAGAACAAGAACGCGACATGGCCAAACCAGCACAAG
CCCAATAGGTCTCTTCGTGTGAATGGGTTGTTCGGAGGTGGAAACAACAAAGATAATAAT
AATACTGAGGATGGACAGTCAAAGGCAGGAGGAATCTTTGGTAATATGCAGAATATGTAT
GAGACTGTCAAGAAAGCTCAAATGGTTGTTCAAGTTGAGGCTGTTCGTGTTCAAAAAGAG
TTAGCTGCCGCAGAGTTTGATGGTTATTGTGAAGGCGAGCTTGTTAAGGTTACGTTATCA
GGTAACCAGCAACCAATCCGTACTGATATAACTGAGGCAGCTATGGAGTTAGGCTCTGAG
AAACTTTCACTGTTGGTTACGGAGGCTTACAAGGACGCACACGCAAAGAGTGTTGTGGCT
ATGAAAGAAAGAATGAGTGACCTTGCGCAGAGCTTAGGCATGCCGCCAGGCCTCAGCGAA
GGAATGAAGTAAAGAAACTGTTTTTGGTTTGTTTGTCACATTCAAGTT

QA 3 650 3 650
DS 

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CTCCGGTAGAAGAACCATGGCTTCAACCACCGATTTCACAAAGTCTTTACTATCTCCCTT
CTCCCAACATGGCTTTAATTCCCAGAGAGGAAGTAGTAGACAGAACAAGAACGCGACATG
GCCAAATCAGCACAAGCCCAATAGGCCTCTTCGTGTGAATGGGTTGTTCGGAGGTGGAAA
CAACAAAGATAATAACAATACTGAGGATGGACAGTCAAAGGCAGGAGGAATCTTTGGTAA
TATGCAGAATATGTATGAGACTGTCAAGAAAGCTCAAATGGTTGTTCAAGTTGAGGCTGT
TCGTGTCCAAAAAGAGTTAGCTGCCGCAGAGTTCGATGGTTATTGTGAAGGCGAGCTTGT
CAAGGTTACGTTATCAGGTAACCAGCAACCAATCCGTACGGATATAACTGAGGCAGCTAT
GGAGTTAGGCTCTGAGAAACTTTCACTGTTGGTCACGGAGGCTTACAAGGACGCACACGC
AAAGAGTGTTGTGGCTATGAAAGAAAGAATGAGTGACCTTGCGCAGAGCTTAGGCATGCC
GCCAGGCCTCAGCGAAGTAATGAAATGAAGAAACTGTTTTTGGTTTGTT*GTCACATTTA
AGTTTCAG*TGTGAGCTTTCTTTTTCTCTATTTATCAGTCAG*CAGAGAGA*GCAA*GAC
CTTTGTACTT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3FR26JQ 271 0 0
GAGAAACTTTCACTGTTGGTCACGGAGGCTTACAAGGACGCACACGCAAAGAGTGTTGTG
GCTATGAAAGAAAGAATGAGTGACCTTGCGCAGAGCTTAGGCATGCCGCCAGGCCTCAGC
GAAGTAATGAAATGAAGAAACTGTTTTTGGTTTGTTTGTCACATTTAAGTTTCAGGTGTG
AGCTTTCTTTTTCTCTATTTATCAGTCAGGCAGAGAGAAGCAAAGACCTTTGTACTTTAC
TCTTATGGAATCAGATATTTGTCTTATTACC

QA 1 271 1 271
DS 



AS 2 4

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ACTAGAGGAAATTACTTACATCTCTGTGTCTCACTTAAAACACTAGAGATCACAACAAGA
AAGAAAGTACGGATCATAAAACAAAGCAAGTCCCTTTGCTCTTGACGCTAACAAACCCCA
TTAAACAACTTATTGATTTCAAACATTTAACAAAGAATTAGACTCAAAAATAGTCCTGAG
CTCTTCTTGAAGAAGAAGATAAAATATTTTTTCTACTTCCAAATCTTTACGGACTTGTCA
TGACTTGCAGACGCCAACATTCCTGTCGAAGATGACTGAGCTAAGGCAGAGATCACACAC
TCGTGAGCCGCTAATGTCATACATTTGTTCTCTCCTGTGTCCCACAACTCTATCGACTGG
TACCCACCGATGACCAAGAGATTGGGATAGGAAGGGTGATAAACGCAAGAGTGGAATTTG
TTTCCACTAGAACTGAGCTCGTGGATGCAATCTCCTGAGACCACAGACCATACTTTAACA
CTGTCCTCGCTAACAGAAGCTACCAACTCTCCGGTTGCGTTCCAACAAATAGAATGCACA
GTTGAGGAATATCCTTTAAGCGAATGGACCCCTCTGTACTGTTCAACATCGAAAATTGAC
ACAATATTTTCCGAAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GE93JQ U 1
AF RR3GH72JQ U 38
BS 1 67 RR3GE93JQ
BS 68 68 RR3GH72JQ
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BS 546 546 RR3GH72JQ
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BS 603 678 RR3GH72JQ

RD RR3GE93JQ 602 0 0
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ACTAGAG*AAATTACTTACATCTCTGTGTCTCACTTAAAACACTAGAGATCACAACAAGA
AAGAAAGTACGGATCATAAAACAAAGCAAGTCCCTTTGCTCTTGACGCTAACAAACCCCA
TTAAACAACTTATTGATTTCAAACATTTAACAAAGAATTAGACTCAAAAATAGTCCTGAG
CTCTTCTTGAAGAAGAATATAAAATATTTTTTCTACTTCCAAATCTTTACGGACTTGTCA
TGACTTGCAGACGCCAACATTCCTGTCGAAGATGACTGAGCTAAGGCAGAGATCACACAC
TCGTGAGCCGCTAATGTCATACATTTGTTCTCTCCTGTGTCCCACAACTCTATTGACTGG
TACCCACCGATGACCAAGAGATTGGGATAGGAAGGGTGATAAACGCAAGAGTGGAATTTG
TTTCCACTAGAACTGAGCTCGTGGATGCAATCTCCTGAGACCACTGACCATACTTTAACA
CTGTCTTCGCTAACAGAAGCTACCAACTCTCCGGTTGCGTTCCAACAAATAGAATGCACA
GT

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3GH72JQ 641 0 0
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AAACACTAGAGATCACAACAAGAAAGAAAGTACGGATCATAAAACAAAGCAAGTCCCTTT
GCTCTTG*CGCTAACAAACCC*ATTAAACAACTTATTGATTTCAAACATTTAACAAAGAA
TTAGACTCAAAAATAGTCCTGAGCTCTTCTTGAAGAAGAAGATAAAATATTTTTTCTACT
TCCAAATCTTTACGGACTTGTCATGACTTGCAGACGCCAGCATTCCTGTTGAAGATGACT
GAGCTAAGGCAGAGATCACACACTCGTGAGCCGCTAGTGTCATACATTTGTTCTCTCCTG
TGTCCCACAACTCTATCGACTGGTACCCACCGATGACCAAGAGGTTGGGATAGGTAGGGT
GATAAACGCAAGAGTGGAATTTGTTTCCACTAGAACTGAGCTCGTGGATGCAATCTCCTG
AGTTCACAGACCATACTTTAACACTGTCCTCGCTAACAGAAGCTACCAACTCTCCGGTTG
GGTTCCAACAAATAGAATGCACAGTTGAGGAATATCCTTTAAGCGAATGGACCCCTCTGT
ACTGTTCAACATCGAAAATTGACACAATATTTTCCGAAGCT

QA 1 641 1 641
DS 



CO CL2923Contig2 893 2 14 U
GGTCATGTGAATAACATGCCAAAAGGACCTATGATGTATGGTTCCGATGCGATAGGTGGT
CTTGCATCACCAGCAAACCAACTGCTGCAGGATGACATAGAAGCGTTTGGAGATGTGGGA
GCCCTAGAAGATAACGTAGAATCGTTTTTATCCCAAGATGATGGAGATGGAGGAAGCTTG
TTTGGCACCCTAAAGCGGAACCCTTCTGAGCATACCGAAACCTTAAAGGCTTTTAGTTTC
AGTGAGGTTGGCTCTATAAGAAGAAGTGCCAGTAAAGTCATCTGCTGTAATTTCCCATCT
GATGGGAAGTTGTTAGCAAGCGCTGGACATGATAAGAAGGTTTTTATTTGGAACATGGAA
ACGCTACACACTGAGATCCCTCCGGAAGAACATGGTCATATCATCACAGATGTTCGTTTC
CAACCTAATTCAACTCAACTGGCTACGTCTTCGTTCGACAAAACTATCAAAATATGGGAT
GTTTCTAAGCCTGGTTACTTCGTACGAACAATTTCTGGTCACAATGCACCTGTAATGTCC
CTTGATTTTCACCCTAAGAAAACCGATTTGTTCTGCTCTTGTGACACCAACAATGAGATT
CGTTTCTGGAGCATCAACGCTGCTAATTGCCTTCGTGGTATAAAGGGTGCTAGCACGCAA
GTACGGTTCCAGCCAAAAGTTGGACAATTTCTTGCTGCAGCTTCGGAAAATATTGTGTCA
ATTTTCGATGTTGAACAGTACAGAGGGGTCCATTCGCTTAAGGGACATTCCTCAACTGTG
CATTCTATTTGTTGGACGCAACCGGAGAGTTGGTAGCTTCTGTTAGCGAAGACAGTGTTA
AAGTATGGTCAGTGGTCTCAGAGATGCATCCCGAGCTCAGTTCTAGTGGAACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GH72TF U 1
AF RR3GE93TF U 96
BS 1 275 RR3GH72TF
BS 276 276 RR3GE93TF
BS 277 294 RR3GH72TF
BS 295 295 RR3GE93TF
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BS 586 665 RR3GH72TF
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BS 667 701 RR3GH72TF
BS 702 893 RR3GE93TF

RD RR3GH72TF 701 0 0
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CTTGCATCACCAGCAAACCAACTGCTGCAGGATGACATAGAAGCGTTTGGAGATGTGGGA
GCCCTAGAAGATAACGTAGAATCGTTTTTATCCCAAGATGATGGAGATGGAGGAAGCTTG
TTTGGCACCCTAAAGCGGAACCCTTCTGAGCATACCGAAACCTTAAAGGCTTTTAGTTTC
AGTGAGGTTGGCTCTATAAGAAGAAGTGCCAGTAAGGTCATCTGCTGTAATTTCTCATCT
GATGGGAAGTTGTTAGCTAGCGCTGGACATGATAAGAAGGTTTTTATTTGGAACATGGAA
ACGCTACACACTGAGATCCCTCCGGAAGAGCATGGTCATATCATCACAGATGTTCGTTTC
CAACCTAATTCAACTCAACTGGCTACGTCTTCGTTCGACAAAACTATCAAAATATGGGAT
GTTTCTAAGCCTGGTTACTTCGTACGAACAATTTCTGGTCACAATGCACCTGTAATGTCC
CTTGATTTTCACCCTAAGAAAACCGATTTGTTCTGCTCTTGTGATACCAACAATGAGATT
CGTTTCTGGAGCATCAACGCTGCTAATTGCCTTCGTGGTATAAAGGGTGCTAGCACGCAA
GTACG*TTCCAGCCAAAAGTTGGACAATTTCTTGCTGCAGC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3GE93TF 798 0 0
GGTG
GAAGCGTTTGGAGATGTGGGAGCCCTAGAAGATAACGTAGAATCGTTTTTATCCCAAGAT
GATGGAGATGGAGGAAGCTTGTTTGGCACCCTAAAGCGGAACCCTTCTGAGCATACCGAA
ATCTTAAAGGCTTTTAGTTTCAGTGAGGTTGGCTCTATAAGAAGAAGTGCCAGTAAAGTC
ATCTGCTGTAATTTCCCATCTGATGGGAAGTTGTTAGCAAGCGCTGGACATGATAAGAAG
GTTTTTATTTGGAACATGGAAACGCTACACACTGAGATCCCTCCGGAAGAACATGGTCAT
ATCATCACAGATGTTCGTTTCCAACCTAATTCAACTCAACTGGCTACGTCTTCGTTCGAC
AAAACTATCAAAATATGGGATGTTTCTAAGCCTGGTTACTTCGTACGAACAATTTCTGGT
CACAATGCACCTGTAATGTCCCTTGATTTTCACCCTAAGAAAACCGATTTGTTCTGCTCT
TGTGACACCAACAATGAGATTCGTTTCTGGAGCATCAACGCTGCTAATTGCCTTCGTGGT
ATAAAGGGTGCTAGCACGCAAGTACGGTTCCAGCCAAAAGTTGGACAATTTCTTGCTGCA
GCTTCGGAAAATATTGTGTCAATTTTCGATGTTGAACAGTACAGAGGGGTCCATTCGCTT
AAGGGACATTCCTCAACTGTGCATTCTATTTGTTGGACGCAACCGGAGAGTTGGTAGCTT
CTGTTAGCGAAGACAGTGTTAAAGTATGGTCAGTGGTCTCAGAGATGCATCCCGAGCTCA
GTTCTAGTGGAACA

QA 5 798 5 798
DS 



AS 1 4

CO CL2924Contig1 835 4 2 U
GGAACTAATCACGTGCCTGCTGCTTCATACACACTTGTGCATTCAGGTCCTCTTTTTTTA
TGAGAAAATTTTGCATTCAGGTCTTCCTAGTCATTATTATAAATCTCCTCTCTTTCTTAC
ATTCCTCATTTGTTCTCTCTCTCTCTCTCCCCCCCTAGAAACACAAATATATTTACATAA
AGGCTAGAGTCAATAGAAAAGGTGTGCTGTGTGATGGAGATAAAAACGAAGAGGTACTGG
CGGAGGTGGAGAGGATACGAGAAGCTTGATGGGTCATCAACGCCGGGCCGAAGGATTGAA
AAAGGGGTCAAAATGGATCCGACCCGGAAGAAACGCTTTTGGAGGATCAAGATCATGCCA
AAACTGAGGATCCTCAGAAGGGCTTCGCCCAAGAAGCTTCTGGTTTGGTTACGTGATTCT
TATGTTAATATGATGATGCGGTTGGCGAACTCGCGGACCGTCGGAGCTTCTGGATACGGT
GGATCCGGTTTCGGGCAGCGTCAGATGAAGGAGTATGATGAGAAAGTGCTTGTGGAGATT
TACAAGTCCATATTGATGGCGGAGGCACATGGGAATCTCGTGCAACGAGACACAGCTAAT
AAGCTTCCTTCTGAACCAGCGGTTGTCCCGGTCTCTTCTGTCGTTTTGTAATTAAAATTA
AAGAACGGAAACAACTATATATCCGTTTTCCTTATAATAAAAGAGAATCAAAATTCTTGA
CTTGTTTGATATAGTTCTCGAGATTGCTGATAGCACAGTTGCTTTTGATATGTATCAAAA
TCACAAAATTGGAGTTATTAGAAAGAAATAATTAGTAAATGGTTGATTTTGGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3F671TF U 1
AF RR3F671JQ C 176
AF RR3AI69JQ C 257
AF RR3AI69TF U 257
BS 1 659 RR3F671TF
BS 660 835 RR3AI69TF

RD RR3F671TF 659 0 0
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TGAGAAAATTTTGCATTCAGGTCTTCCTAGTCATTATTATAAATCTCCTCTCTTTCTTAC
ATTCCTCATTTGTTCTCTCTCTCTCTCTCCCCCCCTAGAAACACAAATATATTTACATAA
AGGCTAGAGTCAATAGAAAAGGTGTGCTGTGTGATGGAGATAAAAACGAAGAGGTACTGG
CGGAGGTGGAGAGGATACGAGAAGCTTGATGGGTCATCAACGCCGGGCCGAAGGATTGAA
AAAGGGGTCAAAATGGATCCGACCCGGAAGAAACGCTTTTGGAGGATCAAGATCATGCCA
AAACTGAGGATCCTCAGAAGGGCTTCGCCCAAGAAGCTTCTGGTTTGGTTACGTGATTCT
TATGTTAATATGATGATGCGGTTGGCGAACTCGCGGACCGTCGGAGCTTCTGGATACGGT
GGATCCGGTTTCGGGCAGCGTCAGATGAAGGAGTATGATGAGAAAGTGCTTGTGGAGATT
TACAAGTCCATATTGATGGCGGAGGCACATGGGAATCTCGTGCAACGAGACACAGCTAAT
AAGCTTCCTTCTGAACCAGCGGTTGTCCCGGTCTCTTCTGTCGTTTTGTAATTAAAATT

QA 1 659 1 659
DS 

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TTGAAAAAGGGGTCAAAATGGATCCGACCCGGAAGAAACGCTTTTGGAGGATCAAGATCA
TGCCAAAACTGAGGATCCTCAGAAGGGCTTCGCCCAAGAAGCTTCTGGTTTGGTTACGTG
ATTCTTATGTTAATATGATGATGCGGTTGGCGAACTCGCGGACCGTCGGAGCTTCTGGAT
ACGGTGGATCCGGTTTCGGGCAGCGTCAGATGAAGGAGTATGATGAGAAAGTGCTTGTGG
AGATTTACAAGTCCATATTGATGGCGGAGGCACATGGGAATCTCGTGCAACGAGACACAG
CTAATAAGCTTCCTTCTGAACCAGCGGTTGTCCCGGTCTCTTCTGTCGTTTTGTAATTAA
AATTAAAGAACGGAAACAACTATATATCCGTTTTCCTTATAATAAAAGAGAATCAAAATT
CTTGACTTGTTTGATATAGTTCTCGAGATTGCTGATAGCACAGTTGCTTTTGATATGTAT
CAAAATCAC
GT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3AI69JQ 579 0 0
G
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AAGGGCTTCGCCCAAGAAGCTTCTGGTTTGGTTACGTGATTCTTATGTTAATATGATGAT
GCGGTTGGCGAACTCGCGGACCGTCGGAGCTTCTGGATACGGTGGATCCGGTTTCGGGCA
GCGTCAGATGAAGGAGTATGATGAGAAAGTGCTTGTGGAGATTTACAAGTCCATATTGAT
GGCGGAGGCACATGGGAATCTCGTGCAACGAGACACAGCTAATAAGCTTCCTTCTGAACC
AGCGGTTGTCCCGGTCTCTTCTGTCGTTTTGTAATTAAAATTAAAGAACGGAAACAACTA
TATATCCGTTTTCCTTATAATAAAAGAGAATCAAAATTCTTGACTTGTTTGATATAGTTC
TCGAGATTGCTGATAGCACAGTTGCTTTTGATATGTATCAAAATCACAAAATTGGAGTTA
TTAGAAAGAAATAATTAGTAAATGGTTGATTTTGGGCC

QA 2 579 2 579
DS 

RD RR3AI69TF 579 0 0
G
CGAGAATCTTGATGGGTCATCAACGCCGGGCCGAAGGATTGAAAAAGGGGTCAAAATGGA
TCCGACCCGGAAGAAACGCTTTTGGAGGATCAAGATCATGCCAAAACTGAGGATCCTCAG
AAGGGCTTCGCCCAAGAAGCTTCTGGTTTGGTTACGTGATTCTTATGTTAATATGATGAT
GCGGTTGGCGAACTCGCGGACCGTCGGAGCTTCTGGATACGGTGGATCCGGTTTCGGGCA
GCGTCAGATGAAGGAGTATGATGAGAAAGTGCTTGTGGAGATTTACAAGTCCATATTGAT
GGCGGAGGCACATGGGAATCTCGTGCAACGAGACACAGCTAATAAGCTTCCTTCTGAACC
AGCGGTTGTCCCGGTCTCTTCTGTCGTTTTGTAATTAAAATTAAAGAACGGAAACAACTA
TATATCCGTTTTCCTTATAATAAAAGAGAATCAAAATTCTTGACTTGTTTGATATAGTTC
TCGAGATTGCTGATAGCACAGTTGCTTTTGATATGTATCAAAATCACAAAATTGGAGTTA
TTAGAAAGAAATAATTAGTAAATGGTTGATTTTGGGCC

QA 2 579 2 579
DS 



AS 1 4

CO CL2925Contig1 895 4 5 U
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AAACGAAGAAGAACCCAATAAAATATAGTTGGAAGAAAAGAGAGAGAAAGAGAGGATCTC
AGAGTAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGATGGAGATGGAGAAGAGAAAGATGGT
GATGTGTGGTGTGCTATCACTTCTGGGTTTATTATCTGCTGTTACTGCCTTCGCTGCTGA
AGCTACCCGAATCAAGAAATCTCAGATCAACTTAGCGGCTCCTATCTTCCGTCTTCTCTG
CTTAAGGAACTAGAAAGAAAAAAGTTGAAGAAAAGCTATGGCGTATGCACCACCGATGAA
GCAAGGAAAGGCAGGATTTGAGGAGACACAAGAGCAGATTCACAAGATCAGAATCACTCT
CTCCTCTAAGAACGTCAAGAACCTTGAGAAGGTGTGCACTGACTTGGCCCGCGGAGCTAA
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CACCAGAAAAGCTCCTTGTGGTGAAGGAACAAACACATGGGACAGATTTGAGCTACGTGT
GCACAAGCGTGTGATCGATCTCTTCAGCTCTCCTGATGTGGTGAAGCAGATCACTTCCAT
CACCATCGAGCCTGGTGTCGAGGTCGAGGTCACCATTGCTGATTCTTAGATGGTTGCTGT
TTAGTTTTTTAAACTTTTTGTCTTTGAATTCCAGCTACTTCTCGCTTTCCTTTTTTT*GT
TGCAAGGTTCAGACTTCTTGTTTTGGTCCTTGTATATGTTATCCTTTGGAGTTTTTCTTT
TGTTGAACATGCGACTTCTTGTTCTGTTTTGCTAAAGCCTTTGGGCCTTACCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3FU28TF U 1
AF RR3FU28JQ C 97
AF RR3DV81JQ C 263
AF RR3DV81TF U 263
BS 1 422 RR3FU28TF
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BS 894 895 RR3DV81JQ

RD RR3FU28TF 669 0 0
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AAACGAAGAAGAACCCAATAAAATATAGTTGGAAGAAAAGAGAGAGAAAGAGAGGATCTC
AGAGTAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGATGGAGATGGAGAAGAGAAAGATGGT
GATGTGTGGTGTGCTATCACTTCTGGGTTTATTATCTGCTGTTACTGCCTTCGCTGCTGA
AGCTACCCGAATCAAGAAATCTCAGATCAACTTAGCGGCTCCTATCTTCCGTCTTCTCTG
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CTTCTCTAAGAACGTCAAGAACCTTGAGAAGGTGTGCACTGACTTGGCCCGCGGAGCTAA
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CACCAGAAAAGCTCCTTGTGGTGAAGGAACAAACACATGGGACAGATTTGAGCTACGTGT
GCACAAGCGTGTGATCGATCTCTTCAGCTCTCCTGATGTGGTGAAGCAGATCACTTCCAT
CACCATCGA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3FU28JQ 799 0 0
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GGCTCCTATCTTCCGTCTTCTCTGCTTAAGGAACTAGAAAGAAAAAAGTTGAAGAAAAGC
TATGGCGTATGCACCACCGATGAAGCAAGGAAAGGCAGGATTTGAGGAGACACAAGAGCA
GATTCACAAGATCAGAATCACTCTCTCCTCTAAGAACGTCAAGAACCTTGAGAAGGTGTG
CACTGACTTGGCCCGCGGAGCTAAAGACAAGAGATTGAGAGTCAAAGGACCAGTGAGGAT
GCCAACTAAGGTTCTCAAGATCACCACCAGAAAAGCTCCTTGTGGTGAAGGAACAAACAC
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TGTGGTGAAGCAGATCACTTCCATCACCATCGAGCCTGGTGTCGAGGTCGAGGTCACCAT
TGCTGATTCTTAGATGGTTGCTGTTTAGTTTTTTAAACTTTTTGTCTTTGAATTCCAGCT
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TGTTATCCTTTGGAGTTTTTCTTTTGTTGAACATGCGACTTCTTGTTCTGTTTTGCTAAA
GCCTTTGGGCCTTACCT
TG

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3DV81JQ 633 0 0
GGC
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AGCTCTCCTGATGTGGTGAAGCAGATCACTTCCATCACCATCGAGCCTGGTGTCGAGGTC
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GTTTTGCTAAAGCCTTTGGGCCTTACCTCG

QA 4 633 4 633
DS 

RD RR3DV81TF 633 0 0
GGC
ATCAACTTAGCGGCTCCTATCTTCCGTCTTCTCTGCTTAAGGAACTAGAAAGAAAAAAGT
TGAAGAAAAGCTATGGCGTATGCACCACCGATGAAGCAAGGAAAGGCAGGATTTGAGGAG
ACACAAGAGCAGATTCACAAGATCAGAATCACTCTCTCCTCTAAGAACGTCAAGAACCTT
GAGAAGGTGTGCACTGACTTGGTCCGCGGAGCTAAAGACAAGAGATTGAGAGTCAAAGGA
CCAGTGAGGATGCCAACTAAGGTTCTCAAGATCACCACCAGAAAAGCTCCTTGTGGTGAA
GGAACAAACACATGGGACAGATTTGAGCTACGTGTGCACAATCGTGTGATCGATCTCTTC
AGCTCTCCTGATGTGGTGAAGCAGATCACTTCCATCACCATCGAGCCTGGTGTCGAGGTC
GAGGTCACCATTGCTGATTCTTAGATGGTTGCTGTTTAGTTTTTTAAACTTTTTGTCTTT
GAATTCCAGCTACTTCTCGCTTTCCTTTTTTT*GTTGCAAGGTTCAGACTTCTTGTTTTG
GTCCTTGTATATGTTATCCTTTGGAGTTTTTCTTTTGTTGAACATGCGACTTCTTGTTCT
GTTTTGCTAAAGCCTTTGGGCCTTACCT
CG

QA 4 631 4 631
DS 



AS 1 2

CO CL2926Contig1 766 2 13 U
GGATATCACCAACCTACAAAGTAACAGAAGTCAAGTAAATATGTCTAGTACTGAAGATAT
GTCAAAAGCTCTCAAAGGCACTACTCCTACTTTTAGCGACATACCATCTACCATCGTTCG
AGCTACCATCGTCCAGGCCTCCACCGTCTACAACGATACTCCCAAAACTATAGAAAAGGC
AGAGAAGTATATTGCACAGGCGGCCAGTGATGGAGCGCAGCTGGTGCTGTTCCCCGAGGG
GTATATCGGTGGCTATCCTCGTGGATATAGGTTTGGCATAGCGGTTGGTGTTCATAACGA
AGATGGTGGTGACTCTTTCCGCAAATATCATGCTTCTGCCATCGCGGTTCCCGGCCCTGA
GGTAGACAAGCTGGCGGAGATGGCAAGGAAACACAAAGTGTACCTGGTGATGGGAGCGAT
AGAGAAGGATGGGTATACACTCTACTGCACAGCCCTTTTCTTCAGTTCCGAAGGTCGCTT
CTTGGGCAAGCACCGTAAAGTCATGCCCACATCTCTGGAACGTTGCATATGGGGGTGCCG
GGGATGGATCAACCATCCCTGTCTACGACACCCCCCTTGGCAAACTCGGTGCTGCTATCT
GCTGGGAAAATAGGATGCCTCTCTTCAGAACTGCCTTGTACGGGAAAGGAATTGAATTAT
ACTGTGCACCTACTGCTGACGGTACCAAGAATTGGCAATCGTCTATGATGCACATTGCCA
TAGAGGGGTGGATGTTTCGTATTGTCGGCTTGCCAGTTCTCTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 0 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G379TF U 13
AF RR3A841TF U 1
BS 1 19 RR3A841TF
BS 20 20 RR3G379TF
BS 21 102 RR3A841TF
BS 103 103 RR3G379TF
BS 104 196 RR3A841TF
BS 197 197 RR3G379TF
BS 198 281 RR3A841TF
BS 282 282 RR3G379TF
BS 283 510 RR3A841TF
BS 511 511 RR3G379TF
BS 512 536 RR3A841TF
BS 537 538 RR3G379TF
BS 539 766 RR3A841TF

RD RR3G379TF 620 0 0
G
CTACAAAGTAACAGAAGTCAAGTAAATATGTCTAGTACTGAAGATATGTCAAAAGCTCTC
AAAGGCACTACTCCTACTTTTAGCGACATACCATCTACCATCGTTCGAGCTACCATCGTC
CAGGCCTCCACCGTCTACAACGATACTCCCAAAACTATAGAAAAGGCAGGGGAGTTTATT
GCACAGGCGGCCAGTGATGGAGCGCAGCTGGTGCTGTTCCCCGAGGGGTATATCGGTGGC
TATCCTCGTGGATATAGGTTTGGCATAGCGGTTGGTGTTCATAACGAAGATGGTGGTGAC
TCTTTCCGCAAATATCATGCTTCTGCCATCGCGGTTCCCGGCCCTGAGGTAGACAAGCTG
GCGGAGATGGCAAGGAAACACAAAGTGTACCTGGTGATGGGAGCGATAGAGAAGGATGGG
TATACACTCTACTGCACAGCCCTTTTCTTCAGTTCCGAAGGTCGCTTCTTGGGCAAGCAC
CGTAAAGTCATGCCCACATCTCTGGAACGTTGCATATGGGGTTGCGGGGGATGGATCAAC
CATCCCTGTCTACGACACCCCCCTTGGCAAACTCGGTGCTGCTATCTGCTGGGAAAATAG
GATGCCTCTCTTCAGAACT

QA 2 620 2 620
DS 

RD RR3A841TF 766 0 0
GGATATCACCAACCTACAAGGTAACAGAAGTCAAGTAAATATGTCTAGTACTGAAGATAT
GTCAAAAGCTCTCAAAGGCACTACTCCTACTTTTAGCGACATGCCATCTACCATCGTTCG
AGCTACCATCGTCCAGGCCTCCACCGTCTACAACGATACTCCCAAAACTATAGAAAAGGC
AGAGAAGTATATTGCAGAGGCGGCCAGTGATGGAGCGCAGCTGGTGCTGTTCCCCGAGGG
GTATATCGGTGGCTATCCTCGTGGATATAGGTTTGGCATAGTGGTTGGTGTTCATAACGA
AGATGGTGGTGACTCTTTCCGCAAATATCATGCTTCTGCCATCGCGGTTCCCGGCCCTGA
GGTAGACAAGCTGGCGGAGATGGCAAGGAAACACAAAGTGTACCTGGTGATGGGAGCGAT
AGAGAAGGATGGGTATACACTCTACTGCACAGCCCTTTTCTTCAGTTCCGAAGGTCGCTT
CTTGGGCAAGCACCGTAAAGTCATGCCCACGTCTCTGGAACGTTGCATATGGGGGTTGCG
GGGATGGATCAACCATCCCTGTCTACGACACCCCCCTTGGCAAACTCGGTGCTGCTATCT
GCTGGGAAAATAGGATGCCTCTCTTCAGAACTGCCTTGTACGGGAAAGGAATTGAATTAT
ACTGTGCACCTACTGCTGACGGTACCAAGAATTGGCAATCGTCTATGATGCACATTGCCA
TAGAGGGGTGGATGTTTCGTATTGTCGGCTTGCCAGTTCTCTGTGC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL2927Contig1 638 2 8 U
GGATTCATCGTCGTCGCGCATTTAGCGTTTCTCTTAAGCAGAGCTCAGTTTCTCCAGAGT
TTAAAAAGCAAAAAAAAGGGATGGGGTTGAGTTTCGCGAAGCTGTTCAGCAGGCTCTTTG
CCAAGAAAGAGATGAGGATTCTGATGGTTGGTCTCGATGCTGCTGGTAAGACCACCATTC
TCTACAAGCTCAAGCTCGGTGAGATTGTCACCACCATCCCCACTATTGGTTTCAATGTGG
AAACTGTGGAGTACAAGAACATCAGTTTCACTGTGTGGGATGTCGGGGGTCAGGACAAGA
TCCGTCCTTTGTGGAGGCACTACTTCCAGAACACTCAGGGTCTGATCTTTGTCGTCGACA
GCAACGACAGAGACAGAGTTGTTGAAGCTAGAGATGAACTTCACAGGATGCTCAATGAGG
ATGAGCTGCGTGATGCTGTGTTGCTTGTGTTTGCCAACAAGCAAGATCTTCCAAATGCCA
TGAATGCAGCTGAAATCACAGATAAGCTTGGCCTTCACTCCCTGCGTCAGCGTCACTGGT
ACATTCAGAGCACATGCGCCACTTCAGGTGAAGGACTCTACGAAGGTCTTGACTGGCTGT
CCAACAACATCGCTGGCAAGGCTTAATGAAGTGAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC65TF U 1
AF RR3CN09TF U 15
BS 1 76 RR3FC65TF
BS 77 77 RR3CN09TF
BS 78 119 RR3FC65TF
BS 120 120 RR3CN09TF
BS 121 478 RR3FC65TF
BS 479 479 RR3CN09TF
BS 480 615 RR3FC65TF
BS 616 638 RR3CN09TF

RD RR3FC65TF 615 0 0
GGATTCATCGTCGTCGCGCATTTAGCGTTTCTCTTAAGCAGAGCTCAGTTTCTCCAGAGT
TTAAAAAGCAAAAAAA*GGGATGGGGTTGAGTTTCGCGAAGCTGTTCAGCAGGCTCTTTT
CCAAGAAAGAGATGAGGATTCTGATGGTTGGTCTCGATGCTGCTGGTAAGACCACCATTC
TCTACAAGCTCAAGCTCGGTGAGATTGTCACCACCATCCCCACTATTGGTTTCAATGTGG
AAACTGTGGAGTACAAGAACATCAGTTTCACTGTGTGGGATGTCGGGGGTCAGGACAAGA
TCCGTCCTTTGTGGAGGCACTACTTCCAGAACACTCAGGGTCTGATCTTTGTCGTCGACA
GCAACGACAGAGACAGAGTTGTTGAAGCTAGAGATGAACTTCACAGGATGCTCAATGAGG
ATGAGCTGCGTGATGCTGTGTTGCTTGTGTTTGCCAACAAGCAAGATCTTCCAAATGCTA
TGAATGCAGCTGAAATCACAGATAAGCTTGGCCTTCACTCCCTGCGTCAGCGTCACTGGT
ACATTCAGAGCACATGCGCCACTTCAGGTGAAGGACTCTACGAAGGTCTTGACTGGCTGT
CCAACAACATCGCTG

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3CN09TF 624 0 0
TTTTTT
TTTAGCGTTTCTCTTAAGCAGAGCTCAGTTTCTCCAGAGTTTAAAAAGCAAAAAAAAGGG
ATGGGGTTGAGTTTCGCGAAGCTGTTCAGCAGGCTCTTTGCCAAGAAAGAGATGAGGATT
CTGATGGTTGGTCTCGATGCTGCTGGTAAGACCACCATTCTCTACAAGCTCAAGCTCGGT
GAGATTGTCACCACCATCCCCACTATTGGTTTCAATGTGGAAACTGTGGAGTACAAGAAC
ATCAGTTTCACTGTGTGGGATGTCGGGGGTCAGGACAAGATCCGTCCTTTGTGGAGGCAC
TACTTCCAGAACACTCAGGGTCTGATCTTTGTCGTCGACAGCAACGACAGAGACAGAGTT
GTTGAAGCTAGAGATGAACTTCACAGGATGCTCAATGAGGATGAGCTGCGTGATGCTGTG
TTGCTTGTGTTTGCCAACAAGCAAGATCTTCCAAATGCCATGAATGCAGCTGAAATCACA
GATAAGCTTGGCCTTCACTCCCTGCGTCAGCGTCACTGGTACATTCAGAGCACATGCGCC
ACTTCATGTGAAGGACTCTACGAAGGTCTTGACTGGCTGTCCAACAACATCGCTGGCAAG
GCTTAATGAAGTGAAAGC

QA 7 624 7 624
DS 



AS 1 4

CO CL2928Contig1 813 4 33 U
GGGCCGAGAAGAAGCAAAGCAACCACTCTCTGAGACGGCGGGAGGAGATCATGGCAGGGT
ACAGAGTGGAAGATGACTATGATTACCTCTTCAAAGTAGTTCTCATAGGCGACTCTGGAG
TAGGAAAATCAAATCTCCTATCAAGATTCACCAAAAACGAGTTCAATCTCGAGTCTAAAT
CCACCATTGGGGTCGAGTTCGCCACTCGCACCTTAACAGTCGAGGGTAAGGTCATCAAAG
CTCAGATTTGGGACACCGCTGGTCAAGAGAGGTACCGTGCCATCACCAGTGCATACTACC
GTGGAGCCGCTGGCGCACCCCTAGTATATGACGTAACCCGCCGTGCAACGTTTGAGAACG
TAGACCGGTGGTTAAAGGAGCTCAAGAACCACACAGACCCAAACATCGTGGTGATGCTCG
TTGGTAACAAATCTGACCTGCGCCATTTACTAGCCGTTCCCACGGAAGATGGGAAATCCT
ATGCTGAGCAGGAATCGCTTTGCTTCATGGAAACATCTGCCCTCGAAGCCACAAACGTCG
AGGACGCCTTTGCAGAGGTGTTAACACAGATTTACCGCATCACGAGCAAGAAGCAAGTCG
AAGCTGGGGAAGATGGGAACGGATCTGTCCCCAAAGGTGAGAAAATCGAAGTTAAAAACG
ATGTATCTGCTCTGAAGAAACTTGGCTGCTGCTCAAATTGATAGGCTTCTCTTTTAAAAA
TCTGTTGAGAAAGAGTTATAACCCCCATGGTCCATTGTTTTATTCTCTTCTTGTCGTGTA
ACAATATGAACATCAATATGAGTTTTAGACTAT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3EO67TF U 1
AF RR3E718TF U 4
AF RR3E718JQ C 98
AF RR3EO67JQ C 139
BS 1 29 RR3EO67TF
BS 30 30 RR3E718TF
BS 31 115 RR3EO67TF
BS 116 116 RR3E718TF
BS 117 133 RR3EO67TF
BS 134 134 RR3E718TF
BS 135 214 RR3EO67TF
BS 215 215 RR3E718TF
BS 216 316 RR3EO67TF
BS 317 317 RR3E718TF
BS 318 394 RR3EO67TF
BS 395 395 RR3E718TF
BS 396 406 RR3EO67TF
BS 407 407 RR3E718TF
BS 408 460 RR3EO67TF
BS 461 461 RR3E718TF
BS 462 510 RR3EO67TF
BS 511 511 RR3E718TF
BS 512 544 RR3EO67TF
BS 545 545 RR3E718TF
BS 546 547 RR3EO67TF
BS 548 548 RR3E718TF
BS 549 607 RR3EO67TF
BS 608 608 RR3E718TF
BS 609 617 RR3EO67TF
BS 618 636 RR3E718TF
BS 637 637 RR3E718JQ
BS 638 648 RR3E718TF
BS 649 729 RR3E718JQ
BS 730 730 RR3EO67JQ
BS 731 766 RR3E718JQ
BS 767 767 RR3EO67JQ
BS 768 813 RR3E718JQ

RD RR3EO67TF 617 0 0
GGGCCGAGAAGAAGCAAAGCAACCACTCTTTGAGACGGCGGGAGGAGATCATGGCAGGGT
ACAGAGTGGAAGATGACTATGATTACCTCTTCAAAGTAGTTCTCATAGGCGACTCCGGAG
TAGGAAAATCAAACCTCCTATCAAGATTCACCAAAAACGAGTTCAATCTCGAGTCTAAAT
CCACCATTGGGGTCGAGTTCGCCACTCGCACCTTGACAGTCGAGGGTAAGGTCATCAAAG
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GTGGAGCCGCTGGCGCGCCCCTAGTATATGACGTAACCCGCCGTGCAACGTTTGAGAACG
TAGACCGGTGGTTAAAGGAGCTCAAGAACCACACTGACCCAAACATTGTGGTGATGCTCG
TTGGTAACAAATCTGACCTGCGCCATTTACTAGCCGTTCCGACGGAAGATGGGAAATCCT
ATGCTGAGCAGGAATCGCTTTGCTTCATGGGAACATCTGCCCTCGAAGCCACAAACGTCG
AGGATGCGTTTGCAGAGGTGTTAACACAGATTTACCGCATCACGAGCAAGAAGCAAGTCG
AAGCTGGTGAAGATGGG

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3E718TF 645 0 0
GG
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GTGGAAGATGACTATGATTACCTCTTCAAAGTAGTTCTCATAGGCGACTCTGGAGTAGGA
AAATCAAATCTCCTATCCAGATTCACCAAAAACGAGTTCAATCTCGAGTCTAAATCCACC
ATTGGGGTCGAGTTCGCCACTCGCACCTTAACAGTCGAGGGTAAGGTCATCAAAGCTCAG
ATTTGGGACACCGCTGGTCAAGAGAGGTACCGTGCCATCACCAGTGCATACTACCGTGGA
GCCGTTGGCGCACTCCTAGTATATGACGTTACCCGCCGTGCAACGTTTGAGAACGTAGAC
CGGTGGTTAAAGGAGCTCAAGAACCATACAGACCCAAACATCGTGGTGATGCTCGTTGGT
AACAAATCTGATCTGCGCCATTTACTAGCTGTTCCCACGGAAGATGGGAAATC*TATGCT
GAGCAGGAATCGCTTTGCTTCATGGAAACATCTGCCCTCGAAGCCACAAACGTCGAGGAC
GCCTTTGCAGAGGTGTTAACACAGATTTACCGCATCACGAGCAAGAAGCAAGT*GAAGCT
GGGGAAGATGGGAACGGATCTGTCCCCAAAG*TGAGAAAATCG

QA 3 645 3 645
DS 

RD RR3E718JQ 716 0 0
AGTTCTCATAGGCGACTCTGGAGTAGGAAAATCAAATCTCCTATCCAGATTCACCAAAAA
CGAGTTCAATCTCGAGTCTAAATCCACCATTGGGGTCGAGTTCGCCACTCGCACCTTAAC
AGTCGAGGGTAAGGTCATCAAAGCTCAGATTTGGGACACCGCTGGTCAAGAGAGGTACCG
TGCCATCACCAGTGCATACTACCGTGGAGCCGTTGGCGCACTCCTAGTATATGACGTTAC
CCGCCGTGCAACGTTTGAGAACGTAGACCGGTGGTTAAAGGAGCTCAAGAACCATACAGA
CCCAAACATCGTGGTGATGCTCGTTGGTAACAAATCTGATCTGCGCCATTTACTAGCTGT
TCCCACGGAAGATGGGAAATC*TATGCTGAGCAGGAATCGCTTTGCTTCATGGAAACATC
TGCCCTCGAAGCCACAAACGTCGAGGACGCCTTTGCAGAGGTGTTAACACAGATTTACCG
CATCACGAGCAAGAAGCAAGT*GAAGCTGGGGAAGATGGGAACGGATCTGTCCCCAAAGG
TGAGAAAATCGAAGTTAAAAACGATGTATCTGCTCTGAAGAAACTTGGCTGCTGCTCAAA
TTGATAGGCTTCTCTTTTAAAAATCTGTTGAGGAAGAGTTATAACCCCCATGGTCCATTG
TTTTATTCTGTTCTTGTCGTGTAACAATATGAACATCAATATGAGTTTTAGACTAT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3EO67JQ 675 0 0
TATCAAGATTCACCAAAAACGAGTTCAATCTCGAGTCTAAATCCACCATTGGGGTCGAGT
TCGCCACTCGCACCTTGACAGTCGAGGGTAAGGTCATCAAAGCTCAGATTTGGGACACCG
CTGGTCAAGAGAGGTACCGTGCCATCACCAGTGCATACTACCGTGGAGCCGCTGGCGCGC
CCCTAGTATATGACGTAACCCGCCGTGCAACGTTTGAGAACGTAGACCGGTGGTTAAAGG
AGCTCAAGAACCACACTGACCCAAACATTGTGGTGATGCTCGTTGGTAACAAATCTGACC
TGCGCCATTTACTAGCCGTTCCGACGGAAGATGGGAAATCCTATGCTGAGCAGGAATCGC
TTTGCTTCATGGGAACATCTGCCCTCGAAGCCACAAACGTCGAGGATGCGTTTGCAGAGG
TGTTAACACAGATTTACCGCATCACGAGCAAGAAGCAAGTCGAAGCTGGTGAAGATGGGA
ACGGATCTGTCCCCAAAGGTGAGAAAATCGCAGTTAAAAACGATGTATCTGCTCTGAAGA
AACTTGGCTGCTGCTCAAATTGATAGGCTTCTCTTTTAAAAATCTGTTGAGAAAGAGTTA
TAACCC**ATGGTCCATTGTTTTATTCTCTTCTTGTCTTGTAACAATATGAACATCAATA
TGAGTTTTAGACTAT

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 4

CO CL2929Contig1 632 4 7 U
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TGGTTGGGTACTGCCGGACACAAACATTGCAACGACTTTTGCATTAACGAAGGAGCCGCT
AAAGGCGAGTGCGTCTCACACCCCGCCTCTAACTCCCACGCTTGTGTCTGTCGCAAGCCC
GGCTGCTCCTAATTTTACAAATTTCAACCCCTAACCACACGCGCTCACTTGTGTATTCTA
CATACTCATATGTCCAAGCAGCCAAGTTGTTACTGTTAGGGGTTGAATTGAAAAAAAGAA
ACTTTTGTTGTGATTGGTTGTCGTGAATTGTAATGGATTTTCTTTTTAAAATAAAATGTT
GGGGTGATCATGGAACCCTATTTATATTATATATGTGTTTGTATTCTGTATTCCTAAACA
CAACGTTGATCTTGCTTGTTCTCCACCATTGTTTGCTTTTATTGCTCGAGCAGTACTATT
GTAAAATATTATTATACATCTCCTTCGTATTT


BQ
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AT66TF U 1
AF RR3GF53TF U 1
AF RR3E139JQ C 1
AF RR3E139TF U 1
BS 1 205 RR3AT66TF
BS 206 206 RR3E139TF
BS 207 508 RR3AT66TF
BS 509 565 RR3GF53TF
BS 566 566 RR3E139TF
BS 567 600 RR3GF53TF
BS 601 632 RR3E139TF

RD RR3AT66TF 508 0 0
GGAAGTTCATTTTCATTGAACTATAGCTAATAAGCAACAAACAAAGAAAAAATGGGGAAG
ATCATCATCAACCTCTCTGCCCTTCTATTCGTATTCTTGTTGGTTTCTACAGGATTAATG
GACAAGGGAGAAGCGCAAGGGTGTAAGTGGGAATGCAAGGGTCTTCCAAACTTTAAGTGT
TGGTTGGGTACTGCCGGACACAAACTTTGCAACGACTTTTGCATTAACGAAGGAGCCGCT
AAAGGCGAGTGCGTCTCACACCCCGCCTCTAACTCCCACGCTTGTGTCTGTCGCAAGCCC
GGCTGCTCCTAATTTTACAAATTTCAACCCCTAACCACACGCGCTCACTTGTGTATTCTA
CATACTCATATGTCCAAGCAGCCAAGTTGTTACTGTTAGGGGTTGAATTGAAAAAAAGAA
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GGGGTGATCATGGAACCCTATTTATATT

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR3GF53TF 600 0 0
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ATCATCATCAACCTCTCTGCCCTTCTATTCGTATTCTTGTTGGTTTCTACAGGATTAATG
GACAAGGGAGAAGCGCAAGGGTGTAAGTGGGAATGCAAGGGTCTTCCAAACTTTAAGTGT
TGGTTGGGTACTGCCGGACACAAACTTTGCAACGACTTTTGCATTAACGAAGGAGCCGCT
AAAGGCGAGTGCGTCTCACACCCCGCCTCTAACTCCCACGCTTGTGTCTGTCGCAAGCCC
GGCTGCTCCTAATTTTACAAATTTCAACCCCTAACCACACGCGCTCACTTGTGTATTCTA
CATACTCATATGTCCAAGCAGCCAAGTTGTTACTGTTAGGGGTTGAATTGAAAAAAAGAA
ACTTTTGTTGTGATTGGTTGTCGTGAATTGTAATGGATTTTCTTTTTAAAATAAAATGTT
GGGGTGATCATGGAACCCTATTTATATTATATATGTGTTTGTATTCTGTATTCCTAAACA
CAACGTTGATCTTGCTTGTTCTCCATCATTGTTTGCTTTTATTGCTCGAGCAGTACTATT

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3E139JQ 632 0 0
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ATCATCATCAACCTCTCTGCCCTTCTATTCGTATTCTTGTTGGTTTCTACAGGATTAATG
GACAAGGGAGAAGCGCAAGGGTGTAAGTGGGAATGCAAGGGTCTTCCAAACTTTAAGTGT
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AAAGGCGAGTGCGTCTCACACCCCGCCTCTAACTCCCACGCTTGTGTCTGTCGCAAGCCC
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CATACTCATATGTCCAAGCAGCCAAGTTGTTACTGTTAGGGGTTGAATTGAAAAAAAGAA
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GGGGTGATCATGGAACCCTATTTATATTATATATGTGTTTGTATTCTGTATTCCTAAACA
CAACGTTGATCTTGCTTGTTCTCCACCATTGTTTGCTTTTATTGCTCGAGCAGTACTATT
GTAAAATATTATTATACATCTCCTTCGTATTT

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3E139TF 632 0 0
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GACAAGGGAGAAGCGCAAGGGTGTAAGTGGGAATGCAAGGGTCTTCCAAACTTTAAGTGT
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AAAGGCGAGTGCGTCTCACACCCCGCCTCTAACTCCCACGCTTGTGTCTGTCGCAAGCCC
GGCTGCTCCTAATTTTACAAATTTCAACCCCTAACCACACGCGCTCACTTGTGTATTCTA
CATACTCATATGTCCAAGCAGCCAAGTTGTTACTGTTAGGGGTTGAATTGAAAAAAAGAA
ACTTTTGTTGTGATTGGTTGTCGTGAATTGTAATGGATTTTCTTTTTAAAATAAAATGTT
GGGGTGATCATGGAACCCTATTTATATTATATATGTGTTTGTATTCTGTATTCCTAAACA
CAACGTTGATCTTGCTTGTTCTCCACCATTGTTTGCTTTTATTGCTCGAGCAGTACTATT
GTAAAATATTATTATACATCTCCTTCGTATTT

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL2930Contig1 860 2 24 U
AGGCTACAATAATCTATTCATATTCCATTGATAAAAAGCTCTTACAAGAAACAGAAGATT
ACATGAAGATGTCCAAATTGTTCTTTATTATTCTTAGGATTGAGACCCACATGTATTTAA
GAAGAAAATAAATTATAAATCGAGAAGAATGCAACCTTAGGTTGATATACACATAAACAC
ATCCCACTGGTCTGGCCACAGAAAAGAGTGTCATCCTTCTCTTAAAACATTTAAATAAGA
CTACTGGTTTCAAATGTGGCCAGTTGAGAAACACGGCTGAATCTTTGTATTAATCGAGCT
TCACGTTTGAATACAAGAGCGTGTCCTTCGTCAAAGGCATGTACATAAGGAAGTACACCC
CAAGAATAGTTGCAATGAGAAGGATTATTCCAGTTAACCATGCAAGCGTAAGCCTAACAA
GTATAACTTGAGCGATAATGGCTGCACTTGGAACTCCCTCTACCTCAGCCATCGACCTTG
CATATGAACGAGAAGAAGAAGACCCAACGCTCAGCAGATTAGCTGATTCTTGGTTTACTC
TATCATCAAAGACGACCACTCCAACAAGTTGCCCTTTATGAGATGTCTCCAACAGATCGA
ATAGCTTCGATAGTGTGGCAAGTAATACATTCATCCCTTTCTTAGCCATACCTTGTCCAT
ACTCCTGAGCTAAAGCATCGATACCACCAAAGCGCCCAACTGTTAATTCAGGATGAGATA
AATCCTCATGAAGGTTGACAGCTCGTTTGACATTCTTATATAGTTCCAAAAGGTTCAAAG
CAAATTTCCTCTCTGCTTCCTTTTCCAAATGGAACTCAACGTTAGCCGCACCAACCAGAG
ACACTGGCTTCACCCTTGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H963JQ U 1
AF RR3DR08JQ U 68
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BS 687 728 RR3H963JQ
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AATCCTCA

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DS 

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A
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TAAATTATAAATCGAGAAGAATGCAACCTTAGGTTGATATACACATAAACACATCCCACT
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TTCAAATGTGGCCAGTTGAGAAACACGGCTGAATCTT*GTATTAATCGAGCTTCACGTTT
GAATACAGGAGCGTGTCCTTCGTCAAAGGCATGTACATAAGGAAGTACACCCCAAGAATA
GTTGCAATGAGAAGGATTATTCCAGTTAACCATGCAAGCGTCAGCCTAACAAGTATAACT
TGAGCGATAATGGCTGCACTTGGAACTCCCTCTACCTCAGCCATCGACCTTGCATATGAA
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AGGACGACCACTCCAACAAGTTGCCCTTTATGAGATGTCTCCAACAGATCGAATAGCTTC
GATAGTGTGGCAAGTAATACATTCATCCCTTTCTTAGCCATACCTTGTCCATACTCCTGT
GCTAAAGCATCGATACCACCAAAGCGCCCAACTGTTAATTCAGGATGAGATAAATCCTCA
TGAAGGTTGACAGCTCGTTTGACATTCTTATATAGTTCCAAAAGGTTCAAAGCAAATTTC
CTCTCTGCTTCCTTTTCCAAATGGAACTCAACGTTAGCCGCACCAACCAGAGACACTGGC
TTCACCCTTGAA

QA 2 793 2 793
DS 



AS 1 3

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TATATATGCGTATATATATCGTGGGACTGCTAGGACTAAAGATATTCGTTCGTTTCATAA
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TGACTCAGACGGAACTAAGATATCATATTCCGTGGTGAAGTTGTAGCTCTCTCCAATGGC
CCTCAGAAACTGGTACACCTCAAACATGGTAGGCCTCTGCTTTGCTACTTCCGGTAGAAC
GCAGTTGCATGCTACTTTGAGCACTTTGAAGATCTCATCATTCACACCTTTCCCAAGTAA
AGACCTGTCAATCGCTTCCTGCAGTTTTGACTCACTCGACAGCTTAGTAACCCACTCCAC
GAGGTTACCCTTAAAGCTATTATCTTCTTCCTCCTCGGCTTCTTCAGATCCTAGTGTAGT
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ATCTCCCTTCGGAGTCGCCACCATGGTTCTCGAATACTCCGGAGCAACGTAACCAAAATC
ACCAAACTCCCCATTGACAAACGTGCTCAAATGCGTATCAATAGGATTCATCAGCCTAGC
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TATGTTGCGATGGATGATCCTCGGGTTGCAGCTGTGGTGTAGCCACGCTAGTCCTTTGGC
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CAC


BQ
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10 10 10 

AF RR3DE09JQ U 57
AF RR3BZ89JQ U 1
AF RR3DE09TF C 345
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RD RR3DE09JQ 587 0 0
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CTTATATATATGCGTATATATATCGTGGGACTGCTAGGACTAAAGATATTCGTTCGTTTC
ATAAGTCTTACCCGTTTCTCTTTGATCAGCGAACTATGAGCTCTTCAACGAAGTCGGCTT
CTCCTGACTCAGACGGAACTAAGATATCATATTCCGTGGTGAAGTTGTAGCTCTCTCCAA
TGGCCCTCAGAAACTGGTACACCTCAAACATGGTAGGCCTCTGCTTTGCTACTTCCGGTA
GAACGCAGTTGCATGCTACTTTGAGCACTTTGAAGATCTCATCATTCACACCTTTCCCAA
GTAAAGACCTGTCAATCGCTTCCTGCAGTTTTGACTCACTCGACAGCTTAATAACCCACT
CCACGAGGTTACCCTTAAAGCTATTATCTTCTTCCTCCTCGGCTTCTTCAGATCCTAGTG
TAGTCACACTAGTAGCTTTTTGACCCGTTACAAGCTCAAGAAGCACAACCCCGAAGCTGT
ACACATCTCCCTTCGGAGTCGCCACCATGGTTCTCGAATACTCCGGA

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3BZ89JQ 780 0 0
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CTAACAGTTTCTTATATTACAACCACACACACCATCAACGAGAAATACAATACTTACTTA
TATATATGCGTATATATATCGTGGGACTGCTAGGACTAAAGATATTCGTTCGTTTCATAA
GTCTTACCCGTTTCTCTTTGATCAGCGAACTATGAGCTCTTCAACGAAGTCGGCTTCTCC
TGACTCAGACGGAACTAAGATATCATCTTCCGTGGTGAAGTTGTAGCTCTCTCCAATGGC
CCTCAGAAACTGGTACACCTCAAACATGGTAGGCCTCTGCTTTGCTACTTCCGGTAGAAC
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AGACCTGTCAATCGCTTCCTGCAGTTTTGACTCACTCGACAGCTTAGTAACCCACTCCAC
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CACACTAGTAGCTTTTTGACCCGTTACAAGCTCAAGAAGCACAACCCCGAAGCTGTACAC
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ACCAAACTCCCCATTGACAAACGTGCTCAAATGCGTATCAATAGGATTCATCAGCCTAGC
CAAACCGAAATCCGAGATCTTAGCCTCGAAATCTGCGTTCA*CAGTATGCATTTCGAGCT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3DE09TF 739 0 0
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CCCCGAAGCTGTACACATCTCCCTTCGGAGTCGCCACCATGGTTCTCGAATACTCCGGAG
CAACGTAACCAAAATCACCAAACTCCCCATTGACAAACGTGCTCAAATGCGTATCAATAG
GATTCATCAGCCTAGCCAAACCGAAATCCGAGATCTTAGCCTCGAAATCTGCGTTCAACA
GTATGCATTTCGAGCTTATGTTGCGATGGATGATCCTCGGGTTGCAGCTGTGGTGTAGCC
ACGCTAGTCCTTTGGCCGCCCCCAACGCGATCTTCAGCCTCGTAGGCCAGTCCATAGGCT
TGAAGGAAGACTCTTCGTCTCCGCCTCCGGGATGCAACTGATCATAAAGGTAACCCTTGG
GCATGTACTCGTATATCAGAAGCCTCTCCTTTTTGGCGATACAATACCCCAAGAGAGGGA
CCAGGTTTCTGTGTTTTACGGATCCCAAAGTCTTCATCTCTGAGTCAAGCTCTTTCTCAG
AGTGTTGAGAATCCTGCAC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

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AAGAGTTTTCACCGATGTGGTTGCTGAAGGGTTGGGGATAAAAAGAATTGTACCAGCTTA
TCGTAGGATGCGTCGCATCAAGCCTGACGACCTTAAAACTGGCGTTTGTTTCGCATCAGG
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GATGAAAGATATCATTTCAAACGCAGTGTTTCTTGTTTCTAGAGGAAATAACGATATTGG
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CCTGGTTTTTTGGACAAAAACATTCCTACAAAAAATTCGCGGTGATGGGAGTACTGCCGG
CAGGGTGTTTGCCGCTCCATCGATTTCTATTTGGTGAAGGATTCGCATGGTGTAACTTCA
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AGTAGAAGAGTCTTTTAAAGGTGCAAAGTTTGTTTACGTTGACATGTATGGCAGTCTTAT
GGATATTATCAACCATCCCAAGGCTTATGGTACGTATTAAATACACGTCTTATAAATATA
TGCATGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D995TF U 1
AF RR3FZ17TF U 121
BS 1 223 RR3D995TF
BS 224 224 RR3FZ17TF
BS 225 406 RR3D995TF
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BS 408 608 RR3D995TF
BS 609 911 RR3FZ17TF

RD RR3D995TF 608 0 0
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CCTGGTTT

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3FZ17TF 791 0 0
G
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TACTGGCCATATGGATTGAAATATGACTTTAAGATACTGACCAGAAGATTTACAAGTGGA
AGAGTTTTCACCGATGTGGTTGCTGAAGGGTTGGGGATAAAAAGAATTGTACCAGCTTAT
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GGTTCAGGAATCGACGATCTTACATCTGGACTACACAGAGTCTTACCGACAGAGGACCAA
GTAAGAGATTTCAAAAAATATTTGAAGCAACTAAAAAATGAGACGAAAAAAAAGAAAGAG
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TACTTCGTGAGTCCCGCTCGTTATATGCGATTACAATCCAAAGATAAATACACAAGTAAC
CTGGTTTTTTGGACAAAAACATTCCTACAAAAAATTCGCGGTGATGGGAGTACTGCCGGC
AGGGTGTTTGCCGCTCCATCGATTTCTATTTGGTGAAGGATTCGCATGGTGTAACTTCAT
AATGAATAGACTTTCGGTGAACTTTAACACAAATTGCAGAAAGCTCTAATTGGTTACGGA
GTAGAAGAGTCTTTTAAAGGTGCAAAGTTTGTTTACGTTGACATGTATGGCAGTCTTATG
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GCATGAAAAA

QA 2 791 2 791
DS 



AS 1 3

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AGAGTGAGAGAGGGAGAGAGAGATAACAATCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GY65JQ U 46
AF RR3BW16JQ U 1
AF RR3BW16TF C 1
BS 1 633 RR3BW16JQ

RD RR3GY65JQ 549 0 0
G
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TTTCTATTTCTGTCTTTCATCTAAAGACATCAAATTAAAAAAAAAACGCTGAAACAATAG
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TCTTCATCATCGTTCCTCTTACGGGCGACGCGGACTCTGATTCTCCTAGGAGGACCTCGG
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CTTCTTCCCTTCCCTTTCTCCATTTTTCCTCGATCTCTCTTCTCTTCTCTTCACAAAGGA
GTTGGAG
C

QA 2 548 2 548
DS 

RD RR3BW16JQ 633 0 0
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AATCTGTTTGTTGAGCTTAACATCGACTCTAACATCCTTGGTTCCCATAGCTTTCAATGC
AAACTTCCTGATCTCTTTGATTGCATTGGGTGCCTTCTTCTTGAATGTGCAGCTATGAAG
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TTTCTCCATTTTTCCTCGATCTCTCTTCTCTTCTCTTCACAAAGGAGTTGGAGACGGCAC
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QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3BW16TF 633 0 0
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CGGGATCTCAGCGACAGTAACAAGAGAGTAGAACTCCTCCTTGGCATCTTCATCATCGTT
CCTCTTACGGGCGACGCGGACTCTGATTCTCCTAGGAGGACCTCGGATACCTTTGCTCCA
AATCTGTTTGTTGAGCTTAACATCGACTCTAACATCCTTGGTTCCCATAGCTTTCAATGC
AAACTTCCTGATCTCTTTGATTGCATTGGGTGCCTTCTTCTTGAATGTGCAGCTATGAAG
GCGCCTGTGGAGGTTGATAGTGTACTCCCTGGTAACGATCTCCTCCTTTCTTCCCTTCCC
TTTCTCCATTTTTCCTCGATCTCTCTTCTCTTCTCTTCACAAAGGAGTTGGAGACGGCAC
AGAGTGAGAGAGGGAGAGAGAGATAACAATCCC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 4

CO CL2934Contig1 580 4 12 U
GAACCCCAAAAAGAAAAACATGTTCACAAAACCGATCTTTTTAGCTTCCCTTCTCCTCAT
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BQ
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AF RR3DL34TF U 1
AF RR3E951JQ C 1
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QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 3

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AAACGCCATTGAAGAAAACTCTGGTCTTAAACGGATCGACAAAAGCGTTAACCCATCGAG
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BQ
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AF RR3DT18JQ U 1
AF RR3GU55JQ U 1
AF RR3GU55TF C 515
BS 1 337 RR3DT18JQ
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RD RR3DT18JQ 455 0 0
GGTATCTAAAACGTTGTTTTATTCAAGAATCAAAGGCCACAATACAAGATTAACTAAAAA
TATATAGATAGTTATTCAGTAACTTAGACATTTGTATAAAGGAAGAGAGATTTCAAGAGA
AAAGTTTAGAGTAAAAGAGTATGTTCCAAGTATCAGGTAAACCAGGAAGACACCAATGGC
TACAGTCGTTACCGGGATGGTTCCCACTGAAAGCAGAAGGGTGAGCATCTTTACGAAGCT
GAAATAGACCGGTTATGTCGAGCCAATGGACCGGTTTCTTCAATCTCATCATCACTTTGG
CTAAAACTACCCAAGCCATTGGTATCCCTCCTGGATACTTCCTCCCGTAAAATGGCTGTG
TTTGACTTTTACATGTCTTCATTGGTTCTCCCCAATCCTTACCCTCGTAGTGAGTAGGAA
AAACGCCATTGAAGAAAACTCTGGTCTTAAACGGA

QA 1 455 1 455
DS 

RD RR3GU55JQ 742 0 0
GGTATCTAAAACGTTGTTTTATTCAAGAATCAAAGGCCACAATACAAGATTAACTAAAAA
TATATAGATAGTTATTCAGTAACTTAGACATTTGTATAAAGGAAGAGAGATTTCAAGAGA
AAAGTTTAGAGTAAAAGAGTATGTTCCAAGTATCAGGTAAACCAGGAAGACACCAATGGC
TACAGTCGTTACCGGGATGGTTCCCACTGAAAGCAGAAGGGTGAGCATCTTTACGAAGCT
GAGATAGACCGGTTATGTCGAGCCAATGGACCGGTTTCTTCAATCTCATCATCACTTTGG
CTAAAACTACCCAAGCCATTGGTATCCCTCCTGGATAATTCCTCCCGTAGAATGGCTGTG
TTTGACTTTTACATGTCTTCATTGGTTATCCCCAATCCTTACCCTCGTAGTGAGTAGGAG
AAACGCCATTGAAGAAGACTCTGGTCTTAGACGGATCGACAAAAGCGTTAACCCATCGAG
ACCAAGTGGTCATACCTTTGTAGTAAGCGACCAGCCTGTTCATGTCTTTGTATAATCTAT
GCCCATCTTCCATGTAATCCCACGGCTGGATGTGACCGGTATGGGTCCACCAATGCCAAC
TGTTGAAAACCAAGGCGTCCATGCCTCTCCACATTCTGCCTTGTTTAATAGAATCCAGCT
TAAGCACTCTCCCAACTTTCTCAGAATCTAAATCTACTAAGAACTGTGTTCTGTATAGCT
TCAACGTCACTCTATATTCCTC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3GU55TF 761 0 0
C
CTGTTCATGTCTTTGTATAATCTATGCCCATCTCCCATGTAATCCCACGGCTGGATGTGA
CCGGTATGGGTCCACCAATGCCAACTGTTGAAAACCAAGGCGTCCATGCCTCTCCACATT
CTGCCTTGTTTAATAGAATCCAGCTTAAGCACTCTCCCAACTTTCTCAGAATCTAAATCT
ACTAAGAACTGTGTTCTGTATAGCTTCAACGTCACTCTATATTCCTCAAAGGTGAGGGAA
ACGAGACCCTTTTGTCGAAGAAGAGTGTAACGAGTTTTAGGAACCCAAGAGTGAATTAGA
CAAGCAAGAGACTGCCACATGTTTGTGCTTAGTGAATCTCCAACTAACATTATCTTCTTC
CCTCTCATCTTTCTCAAGAAATACAACCCATTGAATCTGGGGAGAGAGCAAGAGGATGGT
TGCCATCGATACTTAAGGTAAAGATTGTCGGGACGACCGTACTTCTTGCAGTTAAACTGT
GGATCTATGAACGGACATTTATAAGGATCGTAAAGTGGATACTTTACGTCATAAACCCAA
TTCCCTCTAAACCAGTTGCATCTCCCAGAACGTAGCTCTCTTCTTACTGCTTCATCACCG
TTGTTGCTTGAGTTGGTGTAAGCAGAGACTGTGGAGAGACATAGGAAAAAGAAGAAGAAG
AGAGAAGGGTTTTCTTGGGAAGAGAACCTCATTTTCTCCCAGTTTCTTCGATCTGAGAGT
GAGATTCTATGTGTTTTCTAGTGAGGGATCGGTGTGGTCC

QA 2 761 2 761
DS 



AS 1 2

CO CL2936Contig1 688 2 2 U
CAGTCTGAGCCAAATGTATATAAAGACTTGTAGGTTGTTACAAAATATATATTTTTCAAT
TTTCAGCATAAATCAAGATTCACATTTTTGTTGTTGTTCGGACAACGAGTAACAAAATTA
CACTTTAAACCAAACAAGAAATCATTTTAAAAACAGATTCTTTTATCAACTCTTCACCAA
TTTTTCCAATCAGTAAGGTCTGGAGTTAGATTTTCTGCAAACCCTCCTGATCTCTCCAGT
ACGATCTTCAGCAGTAATGACACCGACATTCACCAGCTTAGCCATCGACACAGCAAACTG
ATGTCTGAACATCTGAGCCGGCTGCTCCGCGAAAGCCTTTACAAGCGGAGCGGTCCTCGG
ATCCTTCACAAGCTCCTGATCGGTGGTCAAGACTCCCATATTCTTCTGAAGATTGATGTA
ATACTGATTATCGAATACCACCGGAGTATCCACGTCTAGGTAAACGGTCTCTGAGGCCCA
TCGACACTTGCGTCTCAAGTAATCTGCGAATTTGGGATCTATGGACGGATCAGTTCCATG
TGTTGCATTGAAGTTGTAAAGCCTCGACTGGATGGTTCCGCAGTAGGCTTTCCCGATGGT
GTGGGCCCCGGAAAGGACGACAAGGTCGAGGACGTTGAGTCCGTATGACTGAAACGTCTC
GAGAAGGGCAGTGATGTCACGGCGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3BJ64TF C 1
AF RR3BJ64JQ U 57
BS 1 56 RR3BJ64TF
BS 57 688 RR3BJ64JQ

RD RR3BJ64TF 688 0 0
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TTTCAGCATAAATCAAGATTCACATTTTTGTTGTTGTTCGGACAACGAGTAACAAAATTA
CACTTTAAACCAAACAAGAAATCATTTTAAAAACAGATTCTTTTATCAACTCTTCACCAA
TTTTTCCAATCAGTAAGGTCTGGAGTTAGATTTTCTGCAAACCCTCCTGATCTCTCCAGT
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ATCCTTCACAAGCTCCTGATCGGTGGTCAAGACTCCCATATTCTTCTGAAGATTGATGTA
ATACTGATTATCGAATACCACCGGAGTATCCACGTCTAGGTAAACGGTCTCTGAGGCCCA
TCGACACTTGCGTCTCAAGTAATCTGCGAATTTGGGATCTATGGACGGATCAGTTCCATG
TGTTGCATTGAAGTTGTAAAGCCTCGACTGGATGGTTCCGCAGTAGGCTTTCCCGATGGT
GTGGGCCCCGGAAAGGACGACAAGGTCGAGGACGTTGAGTCCGTATGACTGAAACGTCTC
GAGAAGGGCAGTGATGTCACGGCGGCC
C

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3BJ64JQ 632 0 0
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ACTGATGTCTGAACATCTGAGCCGGCTGCTCCGCGAAAGCCTTTACAAGCGGAGCGGTCC
TCGGATCCTTCACAAGCTCCTGATCGGTGGTCAAGACTCCCATATTCTTCTGAAGATTGA
TGTAATACTGATTATCGAATACCACCGGAGTATCCACGTCTAGGTAAACGGTCTCTGAGG
CCCATCGACACTTGCGTCTCAAGTAATCTGCGAATTTGGGATCTATGGACGGATCAGTTC
CATGTGTTGCATTGAAGTTGTAAAGCCTCGACTGGATGGTTCCGCAGTAGGCTTTCCCGA
TGGTGTGGGCCCCGGAAAGGACGACAAGGTCGAGGACGTTGAGTCCGTATGACTGAAACG
TCTCGAGAAGGGCAGTGATGTCACGGCGGCCC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 3

CO CL2937Contig1 1234 3 9 U
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TGGCTGCGAAACGACAACGATAGTCTGTTTGGATTGTAATCAAAATACTAAAAACAGAGG
CAGTGCACATGTGCTAAACATTCAAAGGCATAATCCTCCTACCCTCTATTGAACCAAATA
GCAAGTTTTGGGAGTAGCTTTATAACCACAAGTTACTAGGAGATCCTTGGCTCATCCAAT
CATAGTACGCTTTCTTCCTCGTTGCCTCACTTGTGCGAGCTTGTTAAACGTGGCTGACCA
TTGCTTTGAGGACTTCCTATATGCTGTCATTATACGATCCATCACGTTTCCGCATGAAGA
ATGCATTGAGAGCAAGGCTCTTTCAAGTACATATAGATCAACAGCTTTGTCTTCCGGCAA
GGTCGACGTGAAACTCAACCCGAAATCAATTAGTACCAGCTGATTTGTACCACTTCTGAG
TAACATGTTTGAAGTGGTCAAGTCACCGTGAGACAAGCCACCATCATGGAGCTTAGCGAT
GGCCTCACCAATCTGAGCAGCGATATCATCCAACCGTTGTTCCTCGACGATCCCATTGGC
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ATGAAGCAGAGGATCCACCGCGTAGAGGACTGGAGTACAAACTCCGAGCTTTCTTGCTTT
CGTCATACACCTTGCCTCGGCATTCAATCGTTTGAGTGTGAGTTTCACATCCAGAACCGG
GTGTCTATACTTCTTCGAGAATCGCTCTTTAACGATGGACCTTCTTCCCACAAATGTAGA
CTCGAACACCCTAGCTTCAGCTCCTTGTTTTATCAGAAGGAGAGATTCCTTCCCAATGTC
TCCCTCACTGTCCATCTTTTAAGTTTCTTGGAAGCCTTGCTGCACAAACCGCTTAACAGC
AAGTCTCTGCAACTTTGTCACGCATGGAAAAAAACTTTGTCAGTGTGCTTAAACGAACTC
AGAATCGCTTGAAAGACCCATTTTTAAACAAACCCACAAATTAATTGAAAGAACAGTAAT
GAAATCGGTCTGAAACAGCAATTTCAGTAATTTTTTTTTTAAACGAACGTTGACTGTCTC
TAAGAAGCGAGGAAGAGAGAGTGAAGAAGAAGAAGAAGTAGAAGAAGACACGAGATGAAC
ATACAAATCGAAACCCTAGAAGCCACTCATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ65JQ U 1
AF RR3FB44JQ U 26
AF RR3FB44TF C 549
BS 1 192 RR3AJ65JQ
BS 193 193 RR3FB44JQ
BS 194 204 RR3AJ65JQ
BS 205 205 RR3FB44JQ
BS 206 673 RR3AJ65JQ
BS 674 780 RR3FB44JQ
BS 781 781 RR3FB44TF
BS 782 841 RR3FB44JQ
BS 842 1234 RR3FB44TF

RD RR3AJ65JQ 673 0 0
GGTTAAACAAACACAAATAAAGAAAAGTAGCTAACAATGTGCTCTCACTCTCTAACACAC
TGGCTGCGAAACGACAACGATAGTCTGTTTGGATTGTAATCAAAATACTAAAAACAGAGG
CAGTGCACATGTGCTAAACATTCAAAGGCATAATCCTCCTACCCTCTATTGAACCAAATA
GCAAGTTTTGGGGGTAGCTTTATAGCCACAAGTTACTAGGAGATCCTTGGCTCATCCAAT
CATAGTACGCTTTCTTCCTCGTTGCCTCACTTGTGCGAGCTTGTTAAACGTGGCTGACCA
TTGCTTTGAGGACTTCCTATATGCTGTCATTATACGATCCATCACGTTTCCGCATGAAGA
ATGCATTGAGAGCAAGGCTCTTTCAAGTACATATAGATCAACAGCTTTGTCTTCCGGCAA
GGTCGACGTGAAACTCAACCCGAAATCAATTAGTACCAGCTGATTTGTACCACTTCTGAG
TAACATGTTTGAAGTGGTCAAGTCACCGTGAGACAAGCCACCATCATGGAGCTTAGCGAT
GGCCTCACCAATCTGAGCAGCGATATCATCCAACCGTTGTTCCTCGACGATCCCATTGGC
ACCAAACTCTAGGAAAACGTCTTTGACAGAGACGCCTTGGATGTACTCGAGCGTCAAGGA
ATGAAGCAGAGGA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3FB44JQ 816 0 0
AGTAGCTAACAATGTGCTCTCACTCTCTAACACACTGGCTGCGAAACGACAACGATAGTC
TGTTTGGATTGTAATCAAAATACTAAAAACAGAGGCAGTGCACATGTGCTAAACATTCAA
AGGCATAATCCTCCTACCCTCTATTGAACCAAATAGCAAGTTTTGGGAGTAGCTTTATAA
CCACAAGTTACTAGGAGATCTTTGGCTCATCCAATCATAGTACGCTTTCTTCCTCGTTGC
CTCACTTGTGCGAGCTTGTTAAACGTGGCTGACCATTGCTTTGAGGACTTCCTATATGCT
GTCATTATACGATCCATCACGTTTCCGCATGAAGAATGCATTGAGAGCAAGGCTCTTTCA
AGTACATATAGATCAACAGCTTTGTCTTCCGGCAAGGTCGACGTGAAACTCAACCCGAAA
TCAATTAGTATCAGCTGATTTGTACCACTTCTGAGTAACATGTTTGAAGTGGTCAAGTCA
CCGTGAGACAAGCCACCATCATGGAGCTTAGCGATGGCCTCACCAATCTGAGCAGCGATA
TCATCCAACCGTTGTTCCTCGACGATCCCATTGGCACCAAACTCTAGGAAAACGTCTTTG
ACAGAGACGCCTTGGATGTACTCGAGCGTCAAGGAATGAAGCAGAGGATCCACCGCGTAG
AGGACTGGAGTACAAACTCCGAGCTTTCTTGCTTTCGTCATACACCTTGCCTCGGCATTC
AATCGTTTGAGTGTGAGTTTCACATCCAGAACCGG*TGTCTATACTTCTTCGAGAATCGC
TCTTTAACGATGGACCTTCTTCCCACAAATGTAGAC

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3FB44TF 686 0 0
CAATCTGAGCAGCGATATCATCCAACCGTTGTTCCTCGACGATCCCATTGGCACCAAACT
CTAGGAAAACGTCTTTGACAGAGACGCCTTGGATGTACTCGAGCGTCAAGGAATGAAGCA
GAGGATCCACCGCGTAGAGGACTGGAGTACAAACTCCGAGCTTTCTTGCTTTCGTCATAC
ACCTTGCCTCGGCATTCAATCGTTTGAGTGTGAGTTTCACATCCAGAACCGGGTGTCTAT
ACTTCTTCGAGAATCGCTCTTTAACGATGGACCTTCTTCCCACAAATGTAGACTCGAACA
CCCTAGCTTCAGCTCCTTGTTTTATCAGAAGGAGAGATTCCTTCCCAATGTCTCCCTCAC
TGTCCATCTTTTAAGTTTCTTGGAAGCCTTGCTGCACAAACCGCTTAACAGCAAGTCTCT
GCAACTTTGTCACGCATGGAAAAAAACTTTGTCAGTGTGCTTAAACGAACTCAGAATCGC
TTGAAAGACCCATTTTTAAACAAACCCACAAATTAATTGAAAGAACAGTAATGAAATCGG
TCTGAAACAGCAATTTCAGTAATTTTTTTTTTAAACGAACGTTGACTGTCTCTAAGAAGC
GAGGAAGAGAGAGTGAAGAAGAAGAAGAAGTAGAAGAAGACACGAGATGAACATACAAAT
CGAAACCCTAGAAGCCACTCATTTCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 3

CO CL2938Contig1 989 3 12 U
GGCGACCTTCGTTACGATCATCAGTACTGTCGTCACCGCTTTGTCCACCTCCTCCTCCGT
AATCACCACCGACAACCCTACTTATCGAATATAGCTCGATAGCGTTGACGATTGGAGGCA
AAGTCGAGTCCTTGGTAGATTTAAAGCTCACCTTGGACTCCGAAGTGGCTACGATGTCTC
TTGTGACGAACTCTGTAGCTTTCCCGAGAACCGGTACGATGGGAACTGAATTCAGTTGTT
TGTTGTCCAGAAAAACGTTGAACGACCGTGTCATGGTCCGACCTAGACTTTCGGGCTCTG
AGAAGTATAGAGCCAAGTAAATCGGTCTGCCAGCTGAGGGTAAGGTTTTGTAAGAGAGTC
TTATGATGTCTTGCGACAAAGCCTTTTCCATAACATTAGCGGGAGGTTTATTGGGCACGC
CAGTGATGTCAATCGATCGCGCTGAGATTTTTAACTCGCTGG*ATCCTGGGTCGTCGGGT
TCTAACGGG**AACCATAACCTACCGAATGGGTCGCGTTCAACGTTTTTGTAACCATACG
GAACTAGATTTCGGCGGATGAGAGCTTCGTCGGGTCCAAGATCGTCGTACATGTCAGCAT
CCAAACCATAAACTTCAATGGAGGATATAAAAGGAACATCTGACACATGCGTACGG*ATT
AGG*CAAACGCTGATACTCTCACTCGCAGGGAGAATATATCACCTTCCGATATAAAAATC
GCCCTTGTTATTGAGCTTCGGTGAAACAGTAAAATTCAACTGTGTCACGGTGTTTCTCGT
CGTAAACAACGTCGAAAGAGGGCGCCAAGGGATTTTTCGTCGTAGTTCCCGTAGAAAAAC
ATTGTTCTAACAAGTGTTTTACGGCCTCTTGTCGCCGGAATGTTGCTATAGCAATTTTTA
TTTTTTGAGGGAAAGAACCGGAGGGTGTTGAGAGGCTTCGTCCGTTTAGTCTCGAGTGAC
TTACCACTGGTGGTGAAGTCTTTGTCTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D856JQ U 1
AF RR3AI46JQ U 1
AF RR3AI46TF C 284
BS 1 690 RR3AI46JQ
BS 691 691 RR3AI46TF
BS 692 705 RR3AI46JQ
BS 706 706 RR3AI46TF
BS 707 723 RR3AI46JQ
BS 724 724 RR3AI46TF
BS 725 753 RR3AI46JQ
BS 754 754 RR3AI46TF
BS 755 810 RR3AI46JQ
BS 811 811 RR3AI46TF
BS 812 834 RR3AI46JQ
BS 835 989 RR3AI46TF

RD RR3D856JQ 685 0 0
GGCGACCTTCGTTACGATCATCAGTACTGTCGTCACCGCTTTGTCCACCTCCTCCTCCGT
AATCACCACCGACAACCCTACTTATCGAATATAGCTCGATAGCGTTGACGATTGGAGGCA
AAGTCGAGTCCTTGGTAGATTTAAAGCTCACCTTGGACTCCGAAGTGGCTACGATGTCTC
TTGTGACGAACTCTGTAGCTTTCCCGAGAACCGGTACGATGGGAACTGAATTCAGTTGTT
TGTTGTCCAGAAAAACGTTGAACGACCGTGTCATGGTCCGACCTAGACTTTCGGGCTCTG
AGAAGTATAGAGCCAAGTAAATCGGTCTGCCAGCTGAGGGTAAGGTTTTGTAAGAAAGTC
TTATGATGTCTTGCGACAAAGCCTTTTCCATAACATTAGCGGGAGGTTTATTGGGCACGC
CAGTGATGTCAATCGATCGCGCTGAGATTTTTAACTCGCTGG*ATCCTGGGTCGTCGGGT
TCTAACGGG**AACCATAACCTACCGAATGGGTCGCGTTCAACGTTTTTGTAACCATACG
GAACTAGATTTCGGCGGATGAGAGCTTCGTCGGGTCCAAGATAGTCGTACATGTCAGCAT
CCAAACCATA**CTTCAATGGAGGATATAAAAGGAACATCTGACACATGCGTACGG*ATT
AGG*CAAACGCTGATACTCTCACTC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3AI46JQ 834 0 0
GGCGACCTTCGTTACGATCATCAGTACTGTCGTCACCGCTTTGTCCACCTCCTCCTCCGT
AATCACCACCGACAACCCTACTTATCGAATATAGCTCGATAGCGTTGACGATTGGAGGCA
AAGTCGAGTCCTTGGTAGATTTAAAGCTCACCTTGGACTCCGAAGTGGCTACGATGTCTC
TTGTGACGAACTCTGTAGCTTTCCCGAGAACCGGTACGATGGGAACTGAATTCAGTTGTT
TGTTGTCCAGAAAAACGTTGAACGACCGTGTCATGGTCCGACCTAGACTTTCGGGCTCTG
AGAAGTATAGAGCCAAGTAAATCGGTCTGCCAGCTGAGGGTAAGGTTTTGTAAGAGAGTC
TTATGATGTCTTGCGACAAAGCCTTTTCCATAACATTAGCGGGAGGTTTATTGGGCACGC
CAGTGATGTCAATCGATCGCGCTGAGATTTTTAACTCGCTGG*ATCCTGGGTCGTCGGGT
TCTAACGGG**AACCATAACCTACCGAATGGGTCGCGTTCAACGTTTTTGTAACCATACG
GAACTAGATTTCGGCGGATGAGAGCTTCGTCGGGTCCAAGATCGTCGTACATGTCAGCAT
CCAAACCATAAACTTCAATGGAGGATATAAAAGGAACATCTGACACATGCGTACGG*ATT
AGG*CAAACGCTGATACTCTCACTCGCAGG*AGAATATATCACCT*CCGATATAAAAATC
GCC*TTGTTATTGAGCTTCGGTGAAACAGTAAA*TTCAACTGTGTCACGGTGTTTCTCGT
CGTAAACAACGTCGAAAGAGGGCGCCAAGG*ATTTTTCGTCGTAGTTCCCGTAG

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR3AI46TF 706 0 0
TAGACTTTCGGGCTCTGAGAAGTATAGAGCCAAGTAAATCGGTCTGCCAGCTGAGGGTAA
GGTTTTGTAAGAGAGTCTTATGATGTCTTGCGACAAAGCCTTTTCCATAACATTAGCGGG
AGGTTTATTGGGCACGCCAGTGATGTCAATCGATCGCGCTGAGATTTTTAACTCGCTGGG
ATCCTGGGTCGTCGGGTTCTAACGGGGAACCCATAACCTACCGAATGGGTCGCGTTCAAC
GTTTTTGTAACCATACGGAACTAGATTTCGGCGGATGAGAGCTTCGTCGGGTCCAAGATC
GTCGTACATGTCAGCATCCAAACCATAAACTTCAATGGAGGATATAAAAGGAACATCTGA
CACATGCGTACGGGATTAGGGCAAACGCTGATACTCTCACTCGCAGGGAGAATATATCAC
CTTCCGATATAAAAATCGCCCTTGTTATTGAGCTTCGGTGAAACAGTAAAATTCAACTGT
GTCACGGTGTTTCTCGTCGTAAACAACGTCGAAAGAGGGCGCCAAGGGATTTTTCGTCGT
AGTTCCCGTAGAAAAACATTGTTCTAACAAGTGTTTTACGGCCTCTTGTCGCCGGAATGT
TGCTATAGCAATTTTTATTTTTTGAGGGAAAGAACCGGAGGGTGTTGAGAGGCTTCGTCC
GTTTAGTCTCGAGTGACTTACCACTGGTGGTGAAGTCTTTGTCTCC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 4

CO CL2939Contig1 947 4 6 U
AAAGAAAAGTAAGATGTTTATTCGTATAAAAGAGACACAGAGAGTATACACTTTAAGAGT
TACAAATGGGATATAGATCAAAAGAGAAATACAAAATACAACAATAGATCAAAGAAGGTA
ACACTGAGTGCACAGTTTTGCATTGTTTTACAGAACATCCTCCATTAATGGGTATGAGGG
TATTTGAGCTACTTCTTCATCCGTCTTTCTGCATATGTAGATAAAATGGGAATCAGGATC
CTCCAGAACATAATCATGTGGCAACATTCCTTCACTTGTCAATGGTATTGCTTCAAGACA
CGACTTCGATGACGAGCTACAGTCACCAGGCTTTTTAAATCCTGGTCTTGGGATGATGTA
TAAGGAGATCTTCCAGTTGTAAGCAGAAGGATTCAGATGAGGCATTCTCACTTTCGAGTC
ACCGTAGGTTATCAGGAAATAGGTCCCTCCAGGTTTAATCAGCCTGCTAACTTCACCCAA
CATTCTCGAAGCACTTAGAGGAGCATCAGTCCCACACATCAATGAATCAAGGGTTCCTTT
GTCAATGACAGTGCCAAAGGAATCGTCCGCAAAGTAACTCATATCTCTAACATCCATTTG
CATATATTTGAGCTGAGGAACAGAAGCATATTTGGTTTGCATCATCTCAACAGCCACTGA
AGATATGTCAACGTTCATAATGTCCTCGTATCCGTCCTTGACCATATCCTCTGACATAAG
G*AATTGCCACAGCCGACCATGAGGACTCGTGAAGAAGTAGGGACGAAGCTTCGGACGAA
AGGGCGGAGAGAAGAGTAGCGTTGGTACCAGTCGAAGGAAAGCGCGTCTTGCACGTAACG
AGCGTCCCAGTAGTGAGCGTCTCCATAGTTGTAAGTGTTGCAGCTCGACACGTCCCTCTG
CATCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGCGCGAAGGATCCCC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3BW49JQ U 4
AF RR3D543JQ U 1
AF RR3BW49TF C 153
AF RR3D543TF C 206
BS 1 351 RR3D543JQ
BS 352 352 RR3BW49JQ
BS 353 753 RR3D543JQ
BS 754 912 RR3BW49TF
BS 913 914 RR3D543TF
BS 915 947 RR3BW49TF

RD RR3BW49JQ 605 0 0
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AAATGGGATATAGATCAAAAGAGAAATACAAAATACAACAATAGATCAAAGAAGGTAACA
CTGAGTGCACAGTTTTGCATTGTTTTACAGAACATCCTCCATTAATGGGTATGAGGGTAT
TTGAGCTACTTCTTCATCCGTCTTTCTGCATATGTAAATAAAATGGGAATCAGGATCCTC
CAAAACATAATCATGTGGCAACATTCCTTCACTTGTCAATGGTATTGCTTCAAGACACGA
CTTCCATGACGAGCTACAGTCACCAGGCTTTTTAAATCCTGGTCTTGGGATGATGTATAA
GGAGATCTTCCAGTTGTAAGCAGAAGGATTCAAATGGGGCATTCTCACTTTCGGGTCACC
GTAGGTTATCAGGAAATAGGTCCCTCCAGGTTTAATCAGCCTGCTAACTTCACCCAACAT
TCTCGAAGCACTTAGAGGAGCATCAGTCCCACACATCAATGAATCAAGGGTTCCTTTGTC
AATGACAGTGCCAAAGGAATCGTCCGCAAAGTAACTCATATCTCTAACATCCATTTGCAT
ATATT

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3D543JQ 753 0 0
AAAGAAAAGTAAGATGTTTATTCGTATAAAAGAGACACAGAGAGTATACACTTTAAGAGT
TACAAATGGGATATAGATCAAAAGAGAAATACAAAATACAACAATAGATCAAAGAAGGTA
ACACTGAGTGCACAGTTTTGCATTGTTTTACAGAACATCCTCCATTAATGGGTATGAGGG
TATTTGAGCTACTTCTTCATCCGTCTTTCTGCATATGTAGATAAAATGGGAATCAGGATC
CTCCAGAACATAATCATGTGGCAACATTCCTTCACTTGTCAATGGTATTGCTTCAAGACA
CGACTTCGATGACGAGCTACAGTCACCAGGCTTTTTAAATCCTGGTCTTGGTATGATGTA
TAAGGAGATCTTCCAGTTGTAAGCAGAAGGATTCAGATGAGGCATTCTCACTTTCGAGTC
ACCGTAGGTTATCAGGAAATAGGTCCCTCCAGGTTTAATCAGCCTGCTAACTTCACCCAA
CATTCTCGAAGCACTTAGAGGAGCATCAGTCCCACACATCAATGAATCAAGGGTTCCTTT
GTCAATGACAGTGCCAAAGGAATCGTCCGCAAAGTAACTCATATCTCTAACATCCATTTG
CATATATTTGAGCTGAGGAACAGAAGCATATTTGGTTTGCATCATCTCAACAGCCACTGA
AGATATGTCAACGTTCATAATGTCCTCGTATCCGTCCTTGACCATATCCTCTGACATAAG
G*AATTGCCACAGCCGACCATGAGGACTCGTGA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3BW49TF 795 0 0
GAACATCCTCCAT*AATGGGTATGAGGGTATT*GAGCTACTTCT*CATC*GTCTT*CTGC
ATATGTAGATAAA*TGGGAATCAGGATCCTCCAGAACATAATCATGTGGCAACATTCCTT
CACTTGTCAATGGTATTGCTTCAAGACACGACTTCGATGACGAGCTACAGTCACCAGGCT
TTTTAAATCCTGGTCTTGGGATGATGTATAAGGAGATCTTCCAGTTGTAAGCAGAAGGAT
TCAGATGGGGCATTCTCACTTTCGGGTCACCGTAGGTTATCAGGAAATAGGTCCCTCCAG
GTTTAATCAGCCTGCTAACTTCACCCAACATTCTCGAAGCACTTAGAGGAGCATCAGTCC
CACACATCAATGAATCAAGGGTTCCTTTGTCAATGACAGTGCCAAAGGAATCGTCCGCAA
AGTAACTCATATCTCTAACATCCATTTGCATATATTTGAGCTGAGGAACAGAAGCATATT
TGGTTTGCATCATCTCAACAGCCACTGAAGATATGTCAACGTTCATAATGTCCTCGTATC
CGTCCTTGACCATATCCTCTGACATAAGGGAATTGCCACAGCCGACCATGAGGACTCGTG
AAGAAGTAGGGACGAAGCTTCGGACGAAAGGGCGGAGAGAAGAGTAGCGTTGGTACCAGT
CGAAGGAAAGCGCGTCTTGCACGTAACGAGCGTCCCAGTAGTGAGCGTCTCCATAGTTGT
AAGTGTTGCAGCTCGACACGTCCCTCTGCATCTCTCTCTC**TCTCTCTCTCTCTCTCTA
GCGCGAAGGATCCCC

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3D543TF 742 0 0
T
TTCTGCATATGTAGATAAAATGGGAATCAGGATC*TCCAGAACATAATCATGTG*CAACA
TTCTTTCACTTGTCAATGGTATTGCTTCAAGACACGACTTCGATGACGAGCTACAGTCAC
CAGGCTTTTTAAATCCTGGTCTTGGTATGATGTATAAGGAGATCTTCCAGTTGTAAGCAG
AAGGATTCAGATGAGGCATTCTCACTTTCGAGTCACCGTAGGTTATCAGGAAATAGGTCC
CTCCAGGTTTAATCAGCCTGCTAACTTCACCCAACATTCTCGAAGCACTTAGAGGAGCAT
CAGTCCCACACATCAATGAATCAAGGGTTCCTTTGTCAATGACAGTGCCAAAGGAATCGT
CCGCAAAGTAACTCATATCTCTAACATCCATTTGCATATATTTGAGCTGAGGAACAGAAG
CATATTTGGTTTGCATCATCTCAACAGCCACTGAAGATATGTCAACGTTCATAATGTCCT
CGTATCCGTCCTTGACCATATCCTCTGACATAAGG*AATTGCCACAGCCGACCATGAGGA
CTCGTGAAGAAGTAGGGACGAAGCTTCGGACGAAAGGGCGGAGAGAAGAGTAGCGTTGGT
ACCAGTCGAAGGAAAGCGCGTCTTGCACGTAACGAGCGTCCCAGTAGTGAGCGTCTCCAT
AGTTGTAAGTGTTGCAGCTCGACACGTCCCTCTGCATCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTC
TCTCTAGCGCGAAGGATCCCC

QA 2 742 2 742
DS 



AS 1 4

CO CL2940Contig1 699 4 6 U
GGGGGACGGGAAATGGCAGCAGCGGAAGATAGGAAGGTTTCGAGGGCGGATTCGTTCGGT
GCGGTCGTTCTCGGTGGTACGTTTGATCGATTACACGATGGTCATCGCACGTTCCTCAAG
GCGGCGGCGGAGCTAGCGAGGGATCGAATAGTGGTGGGAGTATGTGATGGCCCTATGTTG
AAGAACAAACTATTTGCTGAGATGATACAACCCATTGAAGAAAGGATGCTTAATGTGCAG
ACCTTTGTCAAGTCTATCAAACCTGAGCTGGCTGTGCAAACCGAACCCATTACCGATCCA
TATGGTCCTTCAATTGTCGATGAAGCATTGGAAGCTATAGTTGTCAGCAAAGAGACATTA
CCAGGTGGCTTATCAGTTAACAGAAAAAGAGCAGAAAGAGGTCTTTCTCAACTCAAGATT
GAGGTTGTGGAAATAGTTTCTGATGGATCGAGTGGGAATAAGATAAGTTCGAGTACTCTG
AGGAAGTTAGAGGCAGAGAAAGCTGAGAAACTAAAACAACAAGAAGCATCGTCAACTTGA
ACTATTCATATGTAAAAGATCAACTTTGTTTGTAACTTTTAATACCCTCGTTTGTATAAT
GATCGAAACTGATCAATAACAGGTCAACGCTTTGTGTTTAAAAAACTGGTCGTACTACTT
TGTTGATCTCAATAACCTATAAACGACGTCGGTTCGTAG


BQ
10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EM55TF U 1
AF RR3EM55JQ C 2
AF RR3B783JQ C 3
AF RR3B783TF U 3
BS 1 431 RR3EM55TF
BS 432 432 RR3B783TF
BS 433 622 RR3EM55TF
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BS 624 639 RR3EM55TF
BS 640 699 RR3B783TF

RD RR3EM55TF 639 0 0
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GCGGTCGTTCTCGGTGGTACGTTTGATCGATTACACGATGGTCATCGCACGTTCCTCAAG
GCGGCGGCGGAGCTAGCGAGGGATCGAATAGTGGTGGGAGTATGTGATGGCCCTATGTTG
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ACCTTTGTCAAGTCTATCAAACCTGAGCTGGCTGTGCAAACCGAACCCATTACCGATCCA
TATGGTCCTTCAATTGTCGATGAAGCATTGGAAGCTATAGTTGTCAGCAAAGAGACATTA
CCAGGTGGCTTATCAGTTAACAGAAAAAGAGCAGAAAGAGGTCTTTCTCAACTCAAGATT
GAGGTTGTGGAGATAGTTTCTGATGGATCGAGTGGGAATAAGATAAGTTCGAGTACTCTG
AGGAAGTTAGAGGCAGAGAAAGCTGAGAAACTAAAACAACAAGAAGCATCGTCAACTTGA
ACTATTCATATGTAAAAGATCAACTTTGTTTGTAACTTTTAATACCCTCGTTTGTATAAT
GATCGAAACTGATCAATAACAG*TCAACGCTTTGTGTTT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3EM55JQ 638 0 0
G
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TATTCATATGTAAAAGATCAACTTTGTTTGTAACTTTTAATACCCTCGTTTGTATAATGA
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QA 2 638 2 638
DS 

RD RR3B783JQ 697 0 0
GGGACGGGAAATGGCAGCAGCGGAAGATAGGAAGGTTTCGAGGGCGGATTCGTTCGGTGC
GGTCGTTCTCGGTGGTACGTTTGATCGATTACACGATGGTCATCGCACTTTCCTCAAGGC
GGCGGCGGAGCTAGCGAGGGATCGAATAGTGGTGGGAGTATGTGATGGCCCTATGTTGAA
GAACAAACTATTTGCTGAGATGATACAACCCATTGAAGAAAGGATGCTTAATGTGCAGAC
CTTTGTCAAGTCTATCAAACCTGAGCTGGCTGTGCAAACCGAACCCATTACCGATCCATA
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GGTTGTGGAAATAGTTTCTGATGGATCGAGTGGGAATAAGATAAGTTCGAGTACTCTGAG
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TATTCATATGTAAAAGATCAACTTTGTTTGTAACTTTTAATACCCTCGTTTGTATAATGA
TCGAAACTGATCAATAACAGGTCAACGCTTTGTGTTTAAAAAACTGGTCGTACTACTTTG
TTGATCTCAATAACCTATAAACGACGTCGGTTCGTAG

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3B783TF 697 0 0
GGGACGGGAAATGGCAGCAGCGGAAGATAGGAAGGTTTCGAGGGCGGATTCGTTCGGTGC
GGTCGTTCTCGGTGGTACGTTTGATCGATTACACGATGGTCATCGCACTTTCCTCAAGGC
GGCGGCGGAGCTAGCGAGGGATCGAATAGTGGTGGGAGTATGTGATGGCCCTATGTTGAA
GAACAAACTATTTGCTGAGATGATACAACCCATTGAAGAAAGGATGCTTAATGTGCAGAC
CTTTGTCAAGTCTATCAAACCTGAGCTGGCTGTGCAAACCGAACCCATTACCGATCCATA
TGGTCCTTCAATTGTCGATGAAGCATTGGAAGCTATAGTTGTCAGCAAAGAGACATTACC
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GGTTGTGGAAATAGTTTCTGATGGATCGAGTGGGAATAAGATAAGTTCGAGTACTCTGAG
GAAGTTAGAGGCAGAGAAAGCTGAGAAACTAAAACAACAAGAAGCATCGTCAACTTGAAC
TATTCATATGTAAAAGATCAACTTTGTTTGTAACTTTTAATACCCTCGTTTGTATAATGA
TCGAAACTGATCAATAACAGGTCAACGCTTTGTGTTTAAAAAACTGGTCGTACTACTTTG
TTGATCTCAATAACCTATAAACGACGTCGGTTCGTAG

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 4

CO CL2941Contig1 761 4 7 U
GGACCTTACGCTCAATCAAAAACAGAGACAACAATCAACATTTTTTTGGTTCACTTAGTA
CAGAGTTCGCGATGACAACAGTAGCCTCCGGCTTCGTATCATTTTCGCCGGCGCTGTATC
TGGCCAAATCTCGACGGTCCTGTCGCAGCATTGGAACTCGGTCTGCATGTCTTCCTGTAG
TTTCCTCATCGTTAACCCAAGTCGAAGTAGACACAGCAACAACAAGCCTCTATTCAAGTA
TTATCTCGTCAAAACCGATCTCGGAGGCCTTGCATAACATATCTCTAGCAGATCTGGATC
CAGGAACTGCAAAGCTTGCGATTGGGATCCTGGGTCCTGCCTTATCAGCTTTTGGGTTTC
TCTTTATTTTGAGGATTGTTATGTCTTGGTACCCGAAGCTTCCCGTTGACAAGTTCCCTT
ACGTTTTGGCGTACGCTCCTACCGAACCAATCCTTGTTCAGACGAGGAAAGTGATTCCGC
CACTTGCAGGAGTCGATGTAACTCCAGTGGTTTGGTTCGGGCTTGTGAGTTTCCTTAGTG
AGATTTTGGTTGGTCCACAGGGACTTCTCGTTCTTGTTTCTCAACAACAAATTAGCTAGA
ATCTGAGGGTCATACTCCGTAATACATTTGTTTCTGTACACTCTTTTGGAATCTGTTGAT
GGTATCTCTTTGTGTATGTGCTGCTCAGTACTCATTGAACTCTGGTCATCGATATTTTGA
GATTTTGGTGCAAATACTCAAAAAGTCAAAATGTTGCTTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DP38JQ C 1
AF RR3DP38TF U 1
AF RR3C552JQ C 93
AF RR3C552TF U 295
BS 1 301 RR3DP38TF
BS 302 302 RR3C552TF
BS 303 329 RR3DP38TF
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BS 331 637 RR3DP38TF
BS 638 743 RR3C552TF
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RD RR3DP38JQ 642 0 0
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TGGCCAAATCTCGACGGTCCTGTCGCAGCATTGGAACTCGGTCTGCATGTCTTCCTGTAG
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TCTTTATTTTGAGGATTGTTATGTCTTGGTACCCGAAGCTTCCCGTTGACAAGTTCCCTT
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ACGCC

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3DP38TF 637 0 0
GGACCTTACGCTCAATCAAAAACAGAGACAACAATCAACATTTTTTTGGTTCACTTAGTA
CAGAGTTCGCGATGACAACAGTAGCCTCCGGCTTCGTATCATTTTCGCCGGCGCTGTATC
TGGCCAAATCTCGACGGTCCTGTCGCAGCATTGGAACTCGGTCTGCATGTCTTCCTGTAG
TTTCCTCATCGTTAACCCAAGTCGAAGTAGACACAGCAACAACAAGCCTCTATTCAAGTA
TTATCTCGTCAAAACCGATCTCGGAGGCCTTGCATAACATATCTCTAGCAGATCTGGATC
CGGGAACTGCAAAGCTTGCGATTGGGATCTTGGGTCCTGCCTTATCAGCTTTTGGGTTTC
TCTTTATTTTGAGGATTGTTATGTCTTGGTACCCGAAGCTTCCCGTTGACAAGTTCCCTT
ACGTTTTGGCGTACGCTCCTACCGAACCAATCCTTGTTCAGACGAGGAAAGTGATTCCGC
CACTTGCAGGAGTCGATGTAACTCCAGTGGTTTGGTTCGGGCTTGTGAGTTTCCTTAGTG
AGATTTTGGTTGGTCCACAGGGACTTCTCGTTCTTGTTTCTCAACAACAAATTAGCTAGA
ATCTGAGGGTCATACTCCGTAATACATTTGTTTCTGT

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3C552JQ 669 0 0
TTCGTATCATTTTCGCCGGCGCTGTATCTGGCCAAATCTCGACGGTCCTGTCGCAACATT
CGAACTCGGTCTGCATGTCTTCCTGTAGCTTCCTCATCGTTAACCCAAGTCGAAGTAGAC
ATAGCAACAACAAGCCTCTATTCAAGTATTATCTCGTCAAGACCGATCTCGGAGGCCTTG
CATAACATATCTCTAGCAGATCTGGATCCAGGAACTGCAAAGCTTGCGATTGGGATCCTG
GGTCCTGCCTTATCAGCTTTTGGGTTTCTCTTTATTTTGAGGATTGTTATGTCTTGGTAC
CCGAAGCTTCCCGTTGACAAGTTCCCTTACGTTTTGGCGTACGCTCCTACCGAACCAATC
CTTGTTCAGACGAGGAAAGTGATTCCGCCACTTGCAGGAGTCGATGTAACTCCAGTGGTT
TGGTTCGGGCTTGTGAGTTTCCTTAGTGAGATTTTGGTTGGTCCACAGGGACTTCTCGTT
CTTGTTTCTCAACAACAAATTAGCTAGAATCTGAGGGTCATACTCCGTAATACATTTGTT
TCTGTACACTCTTTTGGAATCTGTTGATGGTATCTCTTTGTGTATGTGCTGCTCAGTACT
CATTGAACTCTGGTCATCGATATTTTGAGATTTTGGTGCAAATACTCAAAAAGTCAAAAT
GTTGCTTCT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3C552TF 467 0 0
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GGTTTCTCTTTATTTTGAGGATTGTTATGTCTTGGTACCCGAAGCTTCCCGTTGACAAGT
TCCCTTACGTTTTGGCGTACGCTCCTACCGAACCAATCCTTGTTCAGACGAGGAAAGTGA
TTCCGCCACTTGCAGGAGTCGATGTAACTCCAGTGGTTTGGTTCGGGCTTGTGAGTTTCC
TTAGTGAGATTTTGGTTGGTCCACAGGGACTTCTCGTTCTTGTTTCTCAACAACAAATTA
GCTAGAATCTGAGGGTCATACTCCGTAATACATTTGTTTCTGTACACTCTTTTGGAATCT
GTTGATGGTATCTCTTTGTGTATGTGCTGCTCAGTACTCATTGAACTCTGGTCATCGATA
TTTTGAGATTTTGGTGCAAATACTCAAAA
GTCAAATGTTGCTTCTAA

QA 1 449 1 449
DS 



AS 1 3

CO CL2942Contig1 1589 3 11 U
GTACAAATACCCAACCTAGCATTTTCAGTACACCTTCCACTGGATTCCCGAACATGTCTA
CAAGCTCTCCATCCTTTAATACAAGCATCTCTCCCTTTAGTCAAACAAAGGCTGTTGGTT
TGACACCCCAACAATCAACTCAGCCAGCTCAACCATCTTTTAGTTTTAACAACTCTGGTC
AGACCCAAGCAACTCAACCATCCTTTAGCTTCAACAACTCTGGTCAGACCCAAGCAGGTG
CCTTTCAAGTGCCTGCCATGGCTAACCCCACTCCTACGCAACCAAACCCTGTTGCAAGCC
CATTTGGAACGCTTCCTGCTTTGCCACAGGTTTCAATCGGTCAAGGTGGAAATTCACCTT
CGATTCAGTATGGAATCTCCAGCTTGCCTGTCGTTGATAGACCTGCACCGGCCAGAGTAT
CACCACTCATGACTTCTCGACACCTTTTGCAAAGACGGGTCATGCTGCCTGCAAGAAAGT
ACCGTCCTGGGGATGATAGTCCAAAGGTTCCATTCTTCATGGATGAAGAGAACTTCAATA
CACCTAAGGCCGATGCGTCTTTCACTCCAAGGGAAAACCCAAGAGCCTTGTTTATACACT
CATTTAAAAAGGAAACAGCAGCACCGCTGAAAGATGAGACGACCCCGCTGCAGGAGAATG
GTAAGAGATCGAACGGGGTTATTACTAATGGAGCCAACAATGAGAATAAGAATAATGATG
AAGTTCTTGATGCTCCTCCGGTCAAAGCCAATGAGAAACTTAACGTGGCAAATGAAAATC
ACGGAGGCGACAAGAACGGCGCAAATAATTCACCAAGTAGAGCAGAAATCGAGTCATTGC
TACCAAAGCTGCATCACGCTGAGTATTTCACAGAGCCTCGGATCCAAGAACTTTCTGCAA
AGGAAAGAGCTAATCCTGGTTATACCGGACGGGTGAGGGACTTTGTCGTCGGGAGACACG
GTTACGGAAGTATAAGGTTTCTGGGAGAGACGGACGTGCGGAAGCTCGAGTTGGAGAAGT
TGGTTCAGTTCAACAACCGAGAAGTGCTTGTGTACATGGACTAGAGCGAGAAACCTCCTG
TTGGTCAGGGACTGAACAAGCCAGCGGAAGTAACGTTGTTCAACATAAAATGCATGGACA
AGAAGAGCGGGCAGCAAGTGAAGGAAGGCCCGAGGGTGGAAAAGTATAAGGAGACGCTCA
AGAGGAAAGCTGAAGAACAAGGAGCTGAGTTTGTGTCTTATGATGCTGTGAGTGGCGAGT
GGAAGCTTAAGGTCGAGCATTTTTAGTTCTTACAAGCTTGGAAATGAAGATGATGAGTAG
AAAAGATCTAACGTCGTTGTCGTTTTGGTGTCTGTCTGTCGGTCTTTCGCTTTTACCTCA
ACCTCCGTTATCAGTTCTTTTAGGAAAATATTGCAAGTTTGTTTTTGGATTGGTGGCTGT
GGTCTACTGATTTTCTCTCTTTTTGGTTCTAATTCGGTGGAGATTTCAGGATTTATTCTG
TACTCAGTGCTTCTTTTTAATGAAAAGAAAAAGTGTAATATTCAGCAATGGTCTAATGGT
TTTCAATCTATTTGTACTACGGTGGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX48TF U 1
AF RR3AY78TF U 76
AF RR3AY78JQ C 763
BS 1 235 RR3BX48TF
BS 236 236 RR3AY78TF
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BS 655 690 RR3BX48TF
BS 691 929 RR3AY78TF
BS 930 1589 RR3AY78JQ

RD RR3BX48TF 690 0 0
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CAAGCTCTCCATCCTTTAATACAAGCATCTCTCCCTTTAGTCAAACAAAGGCTGTTGGTT
TGACACCCCAACAATCAACTCAGCCAGCTCAACCATCTTTTAGTTTTAACAACTCTGGTC
AGACCCAAGCAACTCAACCATCCTTTAGCTTCAACAACTCTGGTCAGACCCAAGCTGGTG
CCTTTCAAGTGCCTGCCATGGCTAACCCCACTCCTACGCAACCAAACCCTGTTGCAAGCC
CATTTGGAACGCTTCCTGCTTTGCCACAGGTTTCAATCGGTCAAGGTGGAAATTCACCTT
CGATTCAGTATGGAATCTCCAGCTTGCCTGTCGTTGATAGACCTGCACCGGCCAGAGTAT
CACCACTCATGACTTCTCGACACCTTTTGCAAAGACGGGTCATGCTGCCTGCAAGAAAGT
ACCGTCCTGGGGATGATAGTCCAAAGGTTCCATTCTTCATGGATGAAGAGAACTTCAATA
CACCTAAGGCCGATGCGTCTTTCACTCCAAGGGAAAACCCAAGAGCTTTGTTTATAC**T
CATTTAAAAAGGAAACAGCAGCACCGCTGAAAGATGAGACGACCCCGCTGCAG*AGAATG
GTAAGAGATCGAACGGGGTTATTACTAATG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3AY78TF 854 0 0
G
TAATACAAGCATCTCTCCCTTTAGTCAAACAAAGGCTGTTGGTTTGACACCCCAACAATC
AACTCAGCCAGCTCAACCATCTTTTAGTTTTAACAACTCTGGTCAGACCCAAGCAACTCA
ACCATCCTTTAGCTTCAACAACTCTGGTCAGACCCAAGCAGGTGCCTTTCAAGTGCCTGC
CATGGCTAACCCCACTCCTACGCAACCAAACCCTGTTGCAAGCCCATTTGGAACGCTTCC
TGCTTTGCCACAGGTTTCAATCGGTCAAGGTGGAAATTCACCTTCGATTCAGTATGGAAT
CTCCAGCTTGCCTGTCGTTGATAGACCTGCACCGGCCAGAGTATCACCACTCATGACTTC
TCGACACCTTTTGCAAAGACGGGTCATGCTGCCTGCAAGAAAGTATCGTCCTGGGGATGA
TAGTCCAAAGGTTCCATTCTTCATGGATGAAGAGAACTTCAATACACCTAAGGCCGATGC
GTCTTTCACTCCAAGGGAAAACCCAAGAGCCTTGTTTATACACTCATTTAAAAAGGAAAC
AGCAGCACCGCTGAAGGATGAGACGACCCCGCTGCAGGAGAATGGTAAGAGATCGAATGT
GGTTATTACTAATGGAGCCAACAATGAGAATAAGAATAATGATGAAGTTCTTGATGCTCC
TCCGGTCAAAGCCAATGAGAAACTTAACGTGGCAAATGAAAATCACGGAGGCGACAAGAA
CGGCGCAAATAATTCACCAAGTAGAGCAGAAATCGAGTCATTGCTACCAAAGCTGCATCA
CGCTGAGTATTTCACAGAGCCTCGGATCCAAGAACTTTCTGCAAAGGAAAGAGCTAATCC
TGGTTATACCGGA

QA 2 854 2 854
DS 

RD RR3AY78JQ 827 0 0
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CAGAAATCGAGTCATTGCTACCAAAGCTGCATCACGCTGAGTATTTCACAGAGCCTCGGA
TCCAAGAACTTTCTGCAAAGGAAAGAGCTAATCCTGGTTATACCGGACGGGTGAGGGACT
TTGTCGTCGGGAGACACGGTTACGGAAGTATAAGGTTTCTGGGAGAGACGGACGTGCGGA
AGCTCGAGTTGGAGAAGTTGGTTCAGTTCAACAACCGAGAAGTGCTTGTGTACATGGACT
AGAGCGAGAAACCTCCTGTTGGTCAGGGACTGAACAAGCCAGCGGAAGTAACGTTGTTCA
ACATAAAATGCATGGACAAGAAGAGCGGGCAGCAAGTGAAGGAAGGCCCGAGGGTGGAAA
AGTATAAGGAGACGCTCAAGAGGAAAGCTGAAGAACAAGGAGCTGAGTTTGTGTCTTATG
ATGCTGTGAGTGGCGAGTGGAAGCTTAAGGTCGAGCATTTTTAGTTCTTACAAGCTTGGA
AATGAAGATGATGAGTAGAAAAGATCTAACGTCGTTGTCGTTTTGGTGTCTGTCTGTCGG
TCTTTCGCTTTTACCTCAACCTCCGTTATCAGTTCTTTTAGGAAAATATTGCAAGTTTGT
TTTTGGATTGGTGGCTGTGGTCTACTGATTTTCTCTCTTTTTGGTTCTAATTCGGTGGAG
ATTTCAGGATTTATTCTGTACTCAGTGCTTCTTTTTAATGAAAAGAAAAAGTGTAATATT
CAGCAATGGTCTAATGGTTTTCAATCTATTTGTACTACGGTGGTTTT

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 4

CO CL2943Contig1 1056 4 12 U
GAACAAAGATCAATGTAGTGCATTTCTTATTTTTGAAATCTTAACAAAATGCTCTTGAAA
CAATTTGGGTTTAAAAAAGCCATAATCAAAGAGAACGGTTTCCAAGAATACAAAAAACCT
CAATTGCTCTTCCTAGCAAGCTTAGTCCACTCCGGGGGGGACGCACCAAAACGATCAATC
CTCTCGTAAGTATGAGCTCCAAACAGATCTCTCTGCGCCTGCACCAGATTCGCCGGCAAT
CTCGCACGCCTATACGTATCAAAATACGCAAGACTCGCACACATTCCAGGGGTGCTAATC
CCAGCAGAGACGGCCAAACCCACCACTCTCCTCCAAGCAGCTTGTCTCTGAACCATCTCT
TTAGCAAACTCAGGATCAACCACAAGGTTCGCCAAATCCGGATTCCTCTGGTAAGCTTTC
TTGATCCTATCCAAGAACACCGCTCTTATGATACACCCACCTTTCCAAATCCTAGCCAAC
TCGCCGAAATTCAAGTCCCAGCTCTTATCCAAGCTCTTGGCTCTAAGCAGATTCATCCCT
TGCGCGTAGCTACATATCTTCGACGCGTACAGAGCTTGCCTAACATCATCAACCAACCTC
TCCTTATCAATCCCACCTGAACCAGCAGTACCAATCTCTTCCTCCAACCCAGCTTCTCTC
AACACTCTAGCAGCATTCTCCCTCTCATCCTTCAATCCGCTCAAGTACCGACAATCCAAA
GAAGCGGCAATCGTCGGAGCCGCAACAGAGAGCTCCGCCGCCTGCTGAACAGTCCATTTC
CCCGTACCTTTCATCCCAGTCTTATCCAAAATCTTATCCACCAACTCTCCACCACCAAAC
TCATCCTTAACCCTAAAGATATCCGAAGTAATCTCAACCAAGAAACTCTCCAGCTCACCT
CGGTTCCACTCCGCGAAAATCTCCGCGAGCTCCTCGTTGCTCAACCCTCCAACGTTCTTC
AAAACATCGTACGCCTCGGAGATGAGCTGCATATCTCCGTACTCGATCCCGTTGTGCACC
ATCTTGACGAAGTTCCCAGATCCGCCTTCTCCGATC


BQ
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AF RR3AQ83JQ U 20
AF RR3DI48JQ U 1
AF RR3DI48TF C 172
AF RR3AQ83TF C 335
BS 1 154 RR3DI48JQ
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BS 161 168 RR3DI48JQ
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BS 507 507 RR3AQ83JQ
BS 508 752 RR3DI48JQ
BS 753 1056 RR3AQ83TF

RD RR3AQ83JQ 701 0 0
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CCATAATCAAAGAGAACGGTTTCCAAGAATACAAAAAACCTCAATTGCTCTTCCTAGCAA
GCTTAGTCCACTCCGGGGGGGACGCACCAAAACGATCAATCCTCTCGTAAGTATGAGCTC
CAAACAGATCTCTCTGCGCCCGCACCAAATTCGCCGGGAATCTCGCACGCCTATACGTAT
CAAAATACGCAAGACTCGCACACATTCCAGGGGGGCTAATCCCAGCAAAAACGGCCAAAC
CCACCACTCTCCTCCAAGCAGCTTGTCTCTGAACCATCTCTTTAGCAAACTCAGGATCAA
CCACAAGGTTCGCCAAATCCGGATTCCTCTGGTAAGCTTTCTTGATCCTATCCAAAAACA
CCGCTCTTATGATACACCCACCTTTCCAAATCCTAGCCAACTCGCCGAAATTCAAGTCCC
AGCTCTTATCCAAGCTCTTGGCTCTAAGCAGATTCATCCCTTGCGCGTAGCTACATATCT
TCGACGCGTACAGAGCTTGCCTAACATCATCAACCAACCTCTTCTTATCAATCCCACCTG
AACCAGCAGTACCAATCTCTTCCTCCAACCCAGCTTCTCTCAACACTCTGGCAGCATTCT
CCCTCTCATCTTTCAATCCGCTCAAGTACCGACAATCC
GAA

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3DI48JQ 752 0 0
GAACAAAGATCAATGTAGTGCATTTCTTATTTTTGAAATCTTAACAAAATGCTCTTGAAA
CAATTTGGGTTTAAAAAAGCCATAATCAAAGAGAACGGTTTCCAAGAATACAAAAAACCT
CAATTGCTCTTCCTAGCAAGCTTAGTCCACTCCGTGTGGTACGCACCAGAACGATCAATC
CTCTCGTAAGTATGAGCTCCAAACAGATCTCTCTGCGCCTGCACCAGATTCGCCGGCAAT
CTCGCACGCCTATACGTATCAAAATACGCAAGACTCGCACACATTCCAGGGGTGCTAATC
CCAGCAGAGACGGCCAAACCCACCACTCTCCTCCAAGCAGCTTGTCTCTGAACCATCTCT
TTAGCAAACTCAGGATCAACCACAAGGTTCGCCAAATCCGGATTCCTCTGGTAAGCTTTC
TTGATCCTATCCAAGAACACCGCTCTTATGATACACCCACCTTTCCAAATCCTAGCCAAC
TCGCCGAAATTCAAGTCCCAGCTCTTCTCCAAGCTCTTGGCTCTAAGCAGATTCATCCCT
TGCGCGTAGCTACATATCTTCGACGCGTACAGAGCTTGCCTAACATCATCAACCAACCTC
TCCTTATCAATCCCACCTGAACCAGCAGTACCAATCTCTTCCTCCAACCCAGCTTCTCTC
AACACTCTAGCAGCATTCTCCCTCTCATCCTTCAATCCGCTCAAGTACCGACAATCCAAA
GAAGCGGCAATCGTCGGAGCCGCAACAGAGAG

QA 1 752 1 752
DS 

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GCCGGCAATCTCGCACGCCTATACGTATCAAAATACGCAAGACTCGCACACATTCCAGGG
GTGCTAATCCCAGCAGAGACGGCCAAACCCACCACTCTCCTCCAAGCAGCTTGTCTCTGA
ACCATCTCTTTAGCAAACTCAGGATCAACCACAAGGTTCGCCAAATCCGGATTCCTCTGG
TAAGCTTTCTTGATCCTATCCAAGAACACCGCTCTTATGATACACCCACCTTTCCAAATC
CTAGCCAACTCGCCGAAATTCAAGTCCCAGCTCTTCTCCAAGCTCTTGGCTCTAAGCAGA
TTCATCCCTTGCGCGTAGCTACATATCTTCGACGCGTACAGAGCTTGCCTAACATCATCA
ACCAACCTCTCCTTATCAATCCCACCTGAACCAGCAGTACCAATCTCTTCCTCCAACCCA
GCTTCTCTCAACACTCTAGCAGCATTCTCCCTCTCATCCTTCAATCCGCTCAAGTACCGA
CAATCCAAAGAAGCGGCAATCGTCGGAGCCGCAACAGAGAG

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3AQ83TF 722 0 0
AAGCAGCTTGTCTCTGAACCATCTCTTTAGCAAACTCAGGATCAACCACAAGGTTCGCCA
AATCCGGATTCCTCTGGTAAGCTTTCTTGATCCTATCCAAGAACACCGCTCTTATGATAC
ACCCACCTTTCCAAATCCTAGCCAACTCGCCGAAATTCAAGTCCCAGCTCTTATCCAAGC
TCTTGGCTCTAAGCAGATTCATCCCTTGCGCGTAGCTACATATCTTCGACGCGTACAGAG
CTTGCCTAACATCATCAACCAACCTCTTCTTATCAATCCCACCTGAACCAGCAGTACCAA
TCTCTTCCTCCAACCCAGCTTCTCTCAACACTCTGGCAGCATTCTCCCTCTCATCTTTCA
ATCCGCTCAAGTACCGACAATCCGAAGAAGCGGCAATCGTCGGAGCCGCAACAGAGAGCT
CCGCCGCCTGCTGAACAGTCCATTTCCCCGTACCTTTCATCCCAGTCTTATCCAAAATCT
TATCCACCAACTCTCCACCACCAAACTCATCCTTAACCCTAAAGATATCCGAAGTAATCT
CAACCAAGAAACTCTCCAGCTCACCTCGGTTCCACTCCGCGAAAATCTCCGCGAGCTCCT
CGTTGCTCAACCCTCCAACGTTCTTCAAAACATCGTACGCCTCGGAGATGAGCTGCATAT
CTCCGTACTCGATCCCGTTGTGCACCATCTTGACGAAGTTCCCAGATCCGCCTTCTCCGA
TC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 4

CO CL2944Contig1 767 4 11 U
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GTTAGAAACGTAAAAGACAGTTCCAAAGAAGAAAATAACACAAGACTTCTAAGATAAAAC
ATATAGACTTCTAAGATAAACATATTCATACCAGTTTTGTCTAATTAACATTACCAAAGA
TCACATGATACTACAACCAACTGGATTCTCATCACTGAACATATCAGTATAAGGACCCGA
GTGTGGAGGCGGCATTGGCGGCGGATGAGCATAATTCACTGCTGGATACTGCCGTGCATA
CATCATCGGATGGTACATTTCACCACCGTGACCACCACCATATCCTCCATGAGCTGCAGC
AGCTTGTTGTTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGGTGCATCATCATTTGCATATACTGTTGTTG
GTTCATTTGATGATTTGCCTGAGGTGGTGGTTGATAATATCCTCCTCCTCCACTCATCGG
CAACCCTTGTACCGCCGGATAGGAGCCGCCTTGGTGTCCCATTTGACCACCTTGACCCAT
CATGCCCATTGGATGACCACCTTGACTCATCATGCCCATAGGACCACCCGGACCCATTGG
ACCACCTTGGCCCATCATCCCCATCTGACCACCTTGTCCCATGTGGTTACCCATCCCCTT
GGCGCTATGATTACCCTTGTTACCTCCTCCGCCTGCTTTGTTGTGTTTCATTAGATCATC
AATACCATGGGCCCCATGAGCTCCTCCTTTCGATTTACCTCCTCCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HA16JQ U 1
AF RR3HA16TF C 1
AF RR3E470JQ U 26
AF RR3E470TF C 40
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BS 105 105 RR3E470JQ
BS 106 199 RR3HA16JQ
BS 200 200 RR3E470JQ
BS 201 376 RR3HA16JQ
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BS 590 635 RR3HA16JQ
BS 636 685 RR3E470JQ
BS 686 767 RR3E470TF

RD RR3HA16JQ 641 0 0
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ACCACCTTGGCCCATCATCCCCATCTGACCACCTT
GTCCCC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3HA16TF 640 0 0
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ATATAGACTTCTAAGATAAACATATTCATACCAGTTTTGTCTAATTAACATTACCAAAGA
TCACATGATACTACAACCAGCTGGATTCTCATCACTGAACATATCAGTATAAGGACCCGA
GTGTGGAGGCGGCATTGGCGGCGGATGAGCATAATTCACTGCTGGATACTGCCGTGCATA
CATCATCGGATGGTACATTTCACCACCGTGACCACCACCATATCCTCCATGAGCTGCAGC
AGCTTGTTGTTGTTGT***TGTTGCTGCTGGTGCATCATCATTTGCATATACTGTTGTTG
GTTCATTTGATGATTTGCCTGAGGTGGTGGTTGATAATATCCTCCTCCTCCACTCATCGG
CAACCCTTGTACCGCCGGATAGGAGCCGCCTTGGTGTCCCATTTGACCACCTTGACCCAT
CATGCCCATTGGATGACCACCTTGACTCATCATGCCCATAGGACCACCTGGACCCATTGG
ACCACCTTGGCCCATCATCCCCATCTGACCACCTT
TCCCC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3E470JQ 660 0 0
CA
CCACCCAAAAAAAAAGTTCATATCTTAGGCAGAGTTAGAAACGTAAAAGACAGTTCCAAA
GAAAAAAATAACACAAGACTTCTAAGATAAAACATATAGACTTCTAAAATAAACATATTC
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CTCATCACTGAACATATCAGTATAAGGACCCGAGTGTGGAGGCGGCATTGGCGGCGGATG
AGCATAATTCACTGCTGGATACTGCCGTGCATACATCATCGGATGGTACATTTCACCACC
GTGACCACCACCATATCCTCCATGAGCTGCAGCAGCTTGTTGTTGTTGTTGCTGTTGCTG
CTGGTGCATCATCATTTGCATATACTGTTGTTGGTTCATTTGATGATTTGCCTGAGGTGG
TGGTTGATAATATCCTCCTCCTCCACTCATCGGCAACCCTTGTACCGCCGGATAGGAGCC
GCCTTGGTGTCCCATTTGACCACCTTGACCCATCATGCCCATTGGA***CCACCTTGACT
CATCATGCCCATAGGACCACCCTGACCCATTGGACCACCTTGGCCCATCATCCCCATCTG
ACCACCTTGTCCCATGTGGTTACCCATCCCCTTGGCGCTATGATTACCCTTGTTACCT

QA 3 660 3 660
DS 

RD RR3E470TF 728 0 0
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TCTAATTAACATTACCAAAGATCACATGATACTACAACCAACTGGATTCTCATCACTGAA
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TGCTGGATACTGCCGTGCATACATCATCGGATGGTACATTTCACCACCGTGACCACCACC
ATATCCTCCATGAGCTGCAGCAGCTTGTTGTTGTTGTTGCTGTTGCTGCTGGTGCATCAT
CATTTGCATATACTGTTGTTGGTTCATTTGATGATTTGCCTGAGGTGGTGGTTGATAATA
TCCTCCTCCTCCACTCATCGGCAACCCTTGTACCGCCGGATAGGAGCCGCCTTGGTGTCC
CATTTGACCACCTTGACCCATCATGCCCATTGGA***CCACCTTGACTCATCATGCCCAT
AGGACCACCCTGACCCATTGGACCACCTTGGCCCATCATCCCCATCTGACCACCTTGTCC
CATGTGGTTACCCATCCCCTTGGCGCTATGATTACCCTTGTTACCTCCTCCGCCTGCTTT
GTTGTGTTTCATTAGATCATCAATACCATGGGCCCCATGAGCTCCTCCTTTCGATTTACC
TCCTCCCC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL2945Contig1 690 2 3 U
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CAACACAAGACTTGACAATTAAAAGTTCTGCAAAGGTAAATTAGTCAGGGTACATAATCC
TGATTTGACAAATATATAGAAATACATCCAAGAGAGTGACAACGGTGAAGAAAACAGTCT
TGAGAGATTAATCGCCACTGGCGCATCCTTGACAACCGCAGTGAACGCACTCAATCGCTT
TCTCTTCACGCAAGTATTGGGAACACGACATACACAAGTTGTTCCGTAGTTGTGGTCTCT
CGGCTGTATGCACCGCAAGCAACATAGACGCTCATACCCTGATTTCTTCCATTTGGCAAT
GAGGTTACGATCAGCATAGCCCTGGTCCAAGCAGAACTCATAGAGCTCTTTAGAAATCTC
CTTCCTCCGGTAATAAAGGTCATAGACATAGCGGCTCCTCTGATGAGAGAGTTTGAAGAT
TGGCCATAAAGCTTCACACTTTCTCTTGCCATCATGTGTATCCATCTCAGCTTCTCTCAT
CTTGGCATCAAGCTCACGAAGAGTAGGCTCGATCAACTCCCACCCTTCTGGGTACTTGAC
TCGGTTAGTCTTCACCTTTGGCATCCTTCTCTTTGGAGAAACTAATCGACAGAGACGACG
GAGTTTAAGGAGGAGGAGATCGCGGCTCCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AR08JQ U 4
AF RR3AR08TF C 1
BS 1 3 RR3AR08TF
BS 4 650 RR3AR08JQ
BS 651 690 RR3AR08TF

RD RR3AR08JQ 653 0 0
ATTCTCTCATAATTCCTTTATTTACTAAACCGAGAACTGTTTTTCTAATCTCAATAGCAA
CACAAGACTTGACAATTAAAAGTTCTGCAAAGGTAAATTAGTCAGGGTACATAATCCTGA
TTTGACAAATATATAGAAATACATCCAAGAGAGTGACAACGGTGAAGAAAACAGTCTTGA
GAGATTAATCGCCACTGGCGCATCCTTGACAACCGCAGTGAACGCACTCAATCGCTTTCT
CTTCACGCAAGTATTGGGAACACGACATACACAAGTTGTTCCGTAGTTGTGGTCTCTCGG
CTGTATGCACCGCAAGCAACATAGACGCTCATACCCTGATTTCTTCCATTTGGCAATGAG
GTTACGATCAGCATAGCCCTGGTCCAAGCAGAACTCATAGAGCTCTTTAGAAATCTCCTT
CCTCCGGTAATAAAGGTCATAGACATAGCGGCTCCTCTGATGAGAGAGTTTGAAGATTGG
CCATAAAGCTTCACACTTTCTCTTGCCATCATGTGTATCCATCTCAGCTTCTCTCATCTT
GGCATCAAGCTCACGAAGAGTAGGCTCGATCAACTCCCACCCTTCTGGGTACTTGACTCG
GTTAGTCTTCACCTTTGGCATCCTTCTCTTTGGAGAAACTAATCGAC
AGAGAC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3AR08TF 690 0 0
TTTATTCTCTCATAATTCCTTTATTTACTAAACCGAGAACTGTTTTTCTAATCTCAATAG
CAACACAAGACTTGACAATTAAAAGTTCTGCAAAGGTAAATTAGTCAGGGTACATAATCC
TGATTTGACAAATATATAGAAATACATCCAAGAGAGTGACAACGGTGAAGAAAACAGTCT
TGAGAGATTAATCGCCACTGGCGCATCCTTGACAACCGCAGTGAACGCACTCAATCGCTT
TCTCTTCACGCAAGTATTGGGAACACGACATACACAAGTTGTTCCGTAGTTGTGGTCTCT
CGGCTGTATGCACCGCAAGCAACATAGACGCTCATACCCTGATTTCTTCCATTTGGCAAT
GAGGTTACGATCAGCATAGCCCTGGTCCAAGCAGAACTCATAGAGCTCTTTAGAAATCTC
CTTCCTCCGGTAATAAAGGTCATAGACATAGCGGCTCCTCTGATGAGAGAGTTTGAAGAT
TGGCCATAAAGCTTCACACTTTCTCTTGCCATCATGTGTATCCATCTCAGCTTCTCTCAT
CTTGGCATCAAGCTCACGAAGAGTAGGCTCGATCAACTCCCACCCTTCTGGGTACTTGAC
TCGGTTAGTCTTCACCTTTGGCATCCTTCTCTTTGGAGAAACTAATCGACAGAGACGACG
GAGTTTAAGGAGGAGGAGATCGCGGCTCCC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 4

CO CL2946Contig1 598 4 6 U
GGATCTCGGCGACGGTTTAGCGAATCTCCGGCGAAGAAGATAAAAAGCTATGACGACAAT
CAGTATGCGCAAGCAAAACACGAGGCTCCCACCTGAGGTGAACCGCGTGCTCTACGTCCG
TAACCTCCCGTTCAACATAACGAGCGAGGAGATGTACGACATCTTCGGCAAGTACGGCGC
GATTCGCCAGATTCGCATCGGCTGCAACAAGGACACGAAAGGCACGGCCTTCGTCGTGTA
CGAGGATATCTACGATGCGAAGAACGCTGTGGATCATCTCTCGGGCTTCAACGTGGCGAA
TCGGTACTTGATTGTGTTGTACTACCAGCACGCGAAGATGAGCAAGAAGTTCGATCAGAA
GAAGAATGAGGAAGAGGTT*GCGAAGTTGCAGGAGAAGTATGGTGTCTCTACTAAAGATA
AGTGAACATGTGTGTCGTTGATTCGATGATTTAGGGTTTTTAATTGGGGAAAGTGTTGAA
CTTTTGTTTTCGTATCTGTATTGGGGTTTGGGTGGAGTTTGTTT*GTATGTTGAACTTGT
TTGGTTCTTTTGTCCTTTATATCGACGAATCAATGAAAAAAGAACCTCGTTTTTAAGG


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

AF RR3B870JQ C 1
AF RR3B870TF U 276
AF RR3DD64JQ C 2
AF RR3DD64TF U 2
BS 1 1 RR3B870JQ
BS 2 275 RR3DD64TF
BS 276 379 RR3B870TF
BS 380 380 RR3DD64TF
BS 381 597 RR3B870TF
BS 598 598 RR3B870JQ

RD RR3B870JQ 598 0 0
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CAGTATGCGCAAGCAAAACACGAGTTTCCCACCTGAGGTGAACCGCGTGCTCTACGTCCG
TAACCTCCCGTTCAACATAACGAGCGAGGAGATGTACGACATCTTCGGCAAGTACGGCGC
GATTCGCCAGATTCGCATCGGCTGCAACAAGGACACGAAAGGCACGGCCTTCGTCGTGTA
CGGGGATATCTACGATGCGAAGAACGCTGTGGATCATCTCTCGGGCTTCAACGTGGCGAA
TCGGTACTTGATTGTGTTGTACTACCAGCACGCGAAGATGAGCAAGAAGTTCGATCAGAA
GAAGAATGAGGAAGAGGTT*GCGAAGTTGCAGGAGAAGTATGGTGTCTCTACTAAAGATA
AGTGAACATGTGTGTCGTTGATTCGATGATTTAGGGTTTTTAATTGGGGAAAGTGTTGAA
CTTTTGTTTTCGTATCTGTATTGGGGTTTGG*TGGAGTTTGTTT*GTATGTTGAACTTGT
TTGGTTCTTTTGTCCTTTATATCGACGAATCAATGAAAAAAGAACCTCGTTTTTAAGG

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3B870TF 322 0 0
ATCTCTCGGGCTTCAACGTGGCGAATCGGTACTTGATTGTGTTGTACTACCAGCACGCGA
AGATGAGCAAGAAGTTCGATCAGAAGAAGAATGAGGAAGAGGTTTGCGAAGTTGCAGGAG
AAGTATGGTGTCTCTACTAAAGATAAGTGAACATGTGTGTCGTTGATTCGATGATTTAGG
GTTTTTAATTGGGGAAAGTGTTGAACTTTTGTTTTCGTATCTGTATTGGGGTTTGGGTGG
AGTTTGTTT*GTATGTTGAACTTGTTTGGTTCTTTTGTCCTTTATATCGACGAATCAATG
AAAAAAGAACCTCGTTTTTAAG

QA 1 322 1 322
DS 

RD RR3DD64JQ 597 0 0
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AGTATGCGCAAGCAAAACACGAGGCTCCCACCTGAGGTGAACCGCGTGCTCTACGTCCGT
AACCTCCCGTTCAACATAACGAGCGAGGAGATGTACGACATTTTCGGCAAGTACGGCGCG
ATTCGCCAGATTCGCATCGGCTGCAACAAGGACACGAAAGGCACGGCCTTCGTCGTGTAC
GAGGATATTTACGATGCGAAGAACGCTGTGGATCATCTCTCGGGCTTCAACGTGGCGAAT
CGGTACTTGATTGTGTTGTACTACCAGCACGCGAAGATGAGCAAGAAGTTCGATCAGAAG
AA**ATGAGGAAGAGGTT*GCGAAGTTGCAGGAGAAGTATGGTGTCTCTACTAAAGATAA
GTGAACATGTGTGTCGTTGATTCGATGATTTAGGGTTTTTAATTGGGGAAAGTGTTGAAC
TTTTGTTTTCGTATCTGTATTGGGGTTTGG*TGGAGTTTGTTT*GTATGTTGAACTTGTT
TGGTTCTTTTGTCCTTTATATCGACGAATCAATGAAAAAAGAACCTCGTTTTTAAG
C

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3DD64TF 597 0 0
GATCTCGGCGACGGTTTAGCGAATCTCCGGCGAAGAAGATAAAAAGCTATGACGACAATC
AGTATGCGCAAGCAAAACACGAGGCTCCCACCTGAGGTGAACCGCGTGCTCTACGTCCGT
AACCTCCCGTTCAACATAACGAGCGAGGAGATGTACGACATCTTCGGCAAGTACGGCGCG
ATTCGCCAGATTCGCATCGGCTGCAACAAGGACACGAAAGGCACGGCCTTCGTCGTGTAC
GAGGATATCTACGATGCGAAGAACGCTGTGGATCATCTCTCGGGCTTCAACGTGGCGAAT
CGGTACTTGATTGTGTTGTACTACCAGCACGCGAAGATGAGCAAGAAGTTCGATCAGAAG
AA**ATGAGGAAGAGGTT*GCGAAGTTGCAGGAGAAGTATGGTGTCTCTACTAAAGATAA
GTGAACATGTGTGTCGTTGATTCGATGATTTAGGGTTTTTAATTGGGGAAAGTGTTGAAC
TTTTGTTTTCGTATCTGTATTGGGGTTTGGGTGGAGTTTGTTTTGTATGTTGAACTTGTT
TGGTTCTTTTGTCCTTTATATCGACGAATCAATGAAAAAAGAACCTCGTTTTTAAG
C

QA 1 596 1 596
DS 



AS 2 4

CO CL2947Contig1 1227 2 10 U
GGATGCTTACATTTGTATAAAAGACACACTAATCCACCTCTCTAGCTTCTCACACCATTC
CATCTCCTTCCTCCCTCTTCTGTCTTTCAGAGATTTGTTCTGTCGCGTGAACAAGTTGTT
GACTTTCAGACAAGCACTTATATATTTCCTTGTCGTAGTCTCTTTCTTTCGGTCCAAGAA
GAGCAATTTTCTCTAAAAAAAAACATAATGGAGGGTTACACAAGAAACTGGTTTCACGAT
GGCAAATCCTCTGTTTACAAGTCCGAAGAGAAGAAACTCGAGCTAAAGCTTGGTCCACCT
GGTGAAGACGAAGATGGTTCATCGATTATAAGACACATCAAGAAAGAACCAAAAGACAAA
TCTATCCTCTCTCTCGCTGCCAACCACTTCTCTTCTCCTTCTTCCACCACCACCAACAAA
ACCACATCTCGGAAAAGAACTGCTCCTGGTCCAGTGGTGGGTTGGCCTCCGGTTAGATCA
TTCAGGAAGAACTCAACAAATGGAAGCTCTTCAAAGCTTGGAAACGAGTCCACCTCCAAT
GATGTTTTCCTCAAGAACCAGAAGTGTGATGATGATAATGGCCGAGAAAAGCCAATGGGA
GCAAAGAGGCAAGGAGGCTTGTTCGTGAAGATCAACATGCACGGCGTTCCCATTGGTCGT
AAAGTCGACCTCAACGCACACAATAGCTATGAACAGTTATCTCTCACTGTAGACAAGCTC
TTTAGAGGTCTTCTTGCAGCCCAAAAAGAGTCATCATTTGGAGAAGAAGAGAAACCAATC
ACTGGATTGTTGGATGGGAATGGAGAATATACTCTTACTTACGAGGACAATGAAGGAGAC
AAGATGCTTGTAGGAGATGTCCCATGGCATATGTTTGTATCTTCAGTGAAAAGGCTGCGT
GTGATCAAAACCTCTGAGATTTCTTCAGCATTAACACATGGAAATGGAAATGGTAAGCAA
GAGAAGAACAGAAGCTGATGAAATTAACTTCCACAGCTTTAATGAAGTAGGAATGGTTTT
TATTTTTGCTTTTGCCTTTTTTTCTCAACTCTGATGAGTTTTGTGGTATTTGAAATGTGT
TTCTAATTCAAGTCTGATGTACATTCTGGTGTGTTACATCTTCTTTTGAGAATTTCATAC
ATGAGTTTTCTTGGAACTCGAAACCAGACAAATGAAAAAAATATGGTTTTGGTTCTTGAG
AGTATGTTACGTATACTACTTTTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BG78TF U 1
AF RR3BG78JQ C 500
BS 1 829 RR3BG78TF
BS 830 830 RR3BG78JQ
BS 831 835 RR3BG78TF
BS 836 836 RR3BG78JQ
BS 837 841 RR3BG78TF
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BS 854 854 RR3BG78JQ
BS 855 881 RR3BG78TF
BS 882 1227 RR3BG78JQ

RD RR3BG78TF 888 0 0
GGATGCTTACATTTGTATAAAAGACACACTAATCCACCTCTCTAGCTTCTCACACCATTC
CATCTCCTTCCTCCCTCTTCTGTCTTTCAGAGATTTGTTCTGTCGCGTGAACAAGTTGTT
GACTTTCAGACAAGCACTTATATATTTCCTTGTCGTAGTCTCTTTCTTTCGGTCCAAGAA
GAGCAATTTTCTCTAAAAAAAAACATAATGGAGGGTTACACAAGAAACTGGTTTCACGAT
GGCAAATCCTCTGTTTACAAGTCCGAAGAGAAGAAACTCGAGCTAAAGCTTGGTCCACCT
GGTGAAGACGAAGATGGTTCATCGATTATAAGACACATCAAGAAAGAACCAAAAGACAAA
TCTATCCTCTCTCTCGCTGCCAACCACTTCTCTTCTCCTTCTTCCACCACCACCAACAAA
ACCACATCTCGGAAAAGAACTGCTCCTGGTCCAGTGGTGGGTTGGCCTCCGGTTAGATCA
TTCAGGAAGAACTCAACAAATGGAAGCTCTTCAAAGCTTGGAAACGAGTCCACCTCCAAT
GATGTTTTCCTCAAGAACCAGAAGTGTGATGATGATAATGGCCGAGAAAAGCCAATGGGA
GCAAAGAGGCAAGGAGGCTTGTTCGTGAAGATCAACATGCACGGCGTTCCCATTGGTCGT
AAAGTCGACCTCAACGCACACAATAGCTATGAACAGTTATCTCTCACTGTAGACAAGCTC
TTTAGAGGTCTTCTTGCAGCCCAAAAAGAGTCATCATTTGGAGAAGAAGAGAAACCAATC
ACTGGATTGTTGGATGGGAATGGAGAATATACTCTTACTTACGAGGACA*TGAAG*AGAC
A*GATGCTTGTAG*AGATGTCCCATGGCATATGTTTGTATC
TTCAGTG

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DS 

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TGTTCGTGAAGATCAACATGCACGGCGTTCCCATTGGTCGTAAAGTCGACCTCAACGCAC
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CCCAAAAAGAGTCATCATTTGGAGAAGAAGAGAAACCAATCACTGGATTGTTGGATGGGA
ATGGAGAATATACTCTTACTTACGAGGACAATGAAGGAGACAAGATGCTTGTAGGAGATG
TCCCATGGCATATGTTTGTATCTTCAGTGAAAAGGCTGCGTGTGATCAAAACCTCTGAGA
TTTCTTCAGCATTAACACATGGAAATGGAAATGGTAAGCAAGAGAAGAACAGAAGCTGAT
GAAATTAACTTCCACAGCTTTAATGAAGTAGGAATGGTTTTTATTTTTGCTTTTGCCTTT
TTTTCTCAACTCTGATGAGTTTTGTGGTATTTGAAATGTGTTTCTAATTCAAGTCTGATG
TACATTCTGGTGTGTTACATCTTCTTTTGAGAATTTCATACATGAGTTTTCTTGGAACTC
GAAACCAGACAAATGAAAAAAATATGGTTTTGGTTCTTGAGAGTATGTTACGTATACTAC
TTTTCAGC

QA 1 728 1 728
DS 



CO CL2947Contig2 1148 2 12 U
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AATTCTCAAAAGAAGATGTAACACACCAGAATGTACATCAGACTTGAATTAGAAACACAT
TTCAAATACCACAAAACTCATCAGAGTTAAGAAAAAAAAAAGGCAAAAGCAAAAATAAAA
CCATCCCTACTTCATTAAGCTGTGAAAGTTAATTTCATCAGCTTCTGTTCTTCTCTTGCT
TACCGTTTCCATTTCCATATGTTAATGCTGAAGAAATCTCAAAGGTTTTGATCACACGCA
GCCTTTTCACGGAAGATACAAACATATGCCATGGGACATCTCCTACAAGCATCTTGTCTC
CTTCATTGTCCTCGTAAGTAAGAGTATATTCTCCATTCCCATCCAACAATCCAGTGATTG
GCTTCTCTTCTTCTCCAAATGATGATGACTCTCTTTGGGCTGCAAGAAGACCTCTAAAGA
GCTTGTCGACAGTGAGAGACAACTGTTCATAGCTATTATGTACAATGAGGTCGACTTTAC
GACCAATGGGAACGCCGTGCATGTTGATCTTCACGAACAAGCCTCCTTGCCTCTTGGCTC
CCATTGGCTTTTCTCGGCCATTATCATCACTACACTTCTGGTTCGTGAGGACCACTTCAT
TGGAGGTGGACTCGTTTCCAAGCTTTGAAGAGCTTCCATTTGTTAAGTTCTTCCTGAATG
ATCTAACCGGAGGCCAACCCACCACTGGACCAGGAGCAGTTCTTTTCTGAGATGTGGTTT
TGTTGGTGGTGGTGGAAGAAGGAGAAGAGAAGTGGTTGGCAGCGAGAGAGAGGATCGATT
TGTCTTTTGGTTCTTTCTTGATGTGTCTTATAATCGATGAACCATCTTCGTCTTCACCAG
GGGGACCAAGCTTTAGCTCAAGTTTCTTCTCTTCGGAGTTGTAAACAGGGGCTTTGCCAT
TGTGATACCAGTTTCTTGTGTAACCCTCCATTATGTTTTTTTAATAGAAAATTGCTCTTC
TTGGACCGAAAGAAAGAGATTCCGACAAGGAAATAAGTGTTTGTCCGAAAGTCGACAACT
TGTTCACGCGACAGAACAGATCTCCGAAAGACAGAAGAGGGAGGAAGGAGATGGAATGGT
GTGAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CU35JQB U 1
AF RR3AP50TF C 315
BS 1 421 RR3CU35JQB
BS 422 422 RR3AP50TF
BS 423 452 RR3CU35JQB
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BS 500 500 RR3AP50TF
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BS 553 789 RR3CU35JQB
BS 790 1148 RR3AP50TF

RD RR3CU35JQB 791 0 0
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TACCGTTTCCATTTCCATATGTTAATGCTGAAGAAATCTCAAAGGTTTTGATCACACGCA
GCCTTTTCACGGAAGATACAAACATATGCCATGGGACATCTCCTACAAGCATCTTGTCTC
CTTCATTGTCCTCGTAAGTAAGAGTATATTCTCCATTCCCATCCAACAATCCAGTGATTG
GTTTCTCTTCTTCTCCAAATGATGATGACTCTTTTTGGGCTGCAAGTAGACCTCTAAAGA
GCTTGTCGACAGTGAGAGATAACTGTTCATAGCTATTATGTACAATGAGGTCGACTTTAC
GACCAATGGGAGCGCCGTGCATGTTGATCTTCACGAACAAGCCTCCTTGCCTCTTGGCTC
CCATTGGCTTTTCTCGGCCATTATCATCACTACACTTCTGGTTCGTGAGGACCACTTCAT
TGGAGGTGGACTCGTTTCCAAGCTTTGAAGAGCTTCCATTTGTTAAGTTCTTCCTGAATG
ATCTAACCGGAGGCCAACCCACCACTGGACCAGGAGCAGTTCTTTTCTGAGATGTGGTTT
TGTTGGTGG
GG

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3AP50TF 834 0 0
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TAAGTAAGAGTATATTCTCCATTCCCATCCAACAATCCAGTGATTGGCTTCTCTTCTTCT
CCAAATGATGATGACTCTCTTTGGGCTGCAAGAAGACCTCTAAAGAGCTTGTCGACAGTG
AGGGACAACTGTTCATAGCTATTATGTGCAATGAGGTCGACTTTACGACCAATGGGAACG
CCGTGCATGTTTATCTTCACGAACAAGCCTCCTTGCCTCTTGGCTCCCATTGGCTTTTCT
CGGCCATTATCATCACTACACTTCTGGTTCGTGAGGGCCACTTCATTGGAGGTGGACTCG
TTTCCAAGCTTTGAAGAGCTTCCATTTGTTAAGTTCTTCCTGAATGATCTAACCGGAGGC
CAACCCACCACTGGACCAGGAGCAGTTCTTTTCTGAGATGTGGTTTTGTTGGTGGTGGTG
GAAGAAGGAGAAGAGAAGTGGTTGGCAGCGAGAGAGAGGATCGATTTGTCTTTTGGTTCT
TTCTTGATGTGTCTTATAATCGATGAACCATCTTCGTCTTCACCAGGGGGACCAAGCTTT
AGCTCAAGTTTCTTCTCTTCGGAGTTGTAAACAGGGGCTTTGCCATTGTGATACCAGTTT
CTTGTGTAACCCTCCATTATGTTTTTTTAATAGAAAATTGCTCTTCTTGGACCGAAAGAA
AGAGATTCCGACAAGGAAATAAGTGTTTGTCCGAAAGTCGACAACTTGTTCACGCGACAG
AACAGATCTCCGAAAGACAGAAGAGGGAGGAAGGAGATGGAATGGTGTGAGACC

QA 1 834 1 834
DS 



AS 1 2

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ATCTTCTCTCCGATCAAAAAGTCGCTAAAGTGATCAGGTTACACAGCAAGGGAAGAATTG
AGGTTTGAGAAGCACAACAACAGAAGAAGAAGGGACCTTTTACTCGGCTTGATCAAATTG
AAACTTGCAGCCATGGCGCTTAACCCTCAGTTGATGCCCAATGGGATGCCTGTTCCCTTT
GTTAATGAAATGTTTGTTCTTGTCCGAGATGGCGTTGAGTTTGAAGTCGACAAGATTCCT
GGAGGACATGGAGGTCATGTTAAGGCCAAGGGAATGATATACTTGTCTAACATTCGGATG
GTCTTTGTTGCAAGCAAGCCTGTTGAGAACTTTGTTGCTTTTGACATGCCTATGCTTTAC
ATCCACGCGGAGAAATTCAACCAGCCAATATTCCACTGCAACAATATATCTGGACAAGTC
GAGCCTGTGGTACCAGAGAACGAGCACAGAGCACTGTATTCAACACACAGTTTCAAGATC
TTATTCAAGGAAGGTGGCTGCGGGACGTTTGTTCCGCTCTTCTTGAATCTCATATCGTCA
GTGAGGCAGTACAACAGACAAATGCAACAAGCAGCGGCTGCACCACGTGTTGATCCTCTT
CAAGCCGCACAGACCCCTGTCGATGAAATGATGAGACATGCATATGTGGATCCTAATGAT
CCAACGAAGATATATCTGCAGCAGCCATTTGGGGAATTTCAGTTGAGGCGTCGAGCTTAC
CATTCGAGTGCAGCGGATCATTGATGATACAGAAACACCGAAGATACAAGAGGGTGGTGG
GGATGCAGATAAGCAGAGCAACAGATGTGTGTTGTTGCAAATAAGTAAAAGCGTTGTTGG
TTTGGTCAAACATAAGTAAAACTAAAACCACTTTCTGTCCTTGACAGAAAAGAAAAAAAA
AACACTTGTTGGTTATGTATATGTGAAAATTTGGATTTCTCTATAATTAAAAATTTAAAA
GTGTGTTCAAGGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI89TF U 1
AF RR3DU76JQ C 414
BS 1 506 RR3GI89TF
BS 507 507 RR3DU76JQ
BS 508 554 RR3GI89TF
BS 555 1035 RR3DU76JQ

RD RR3GI89TF 557 0 0
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AAACTTGCAGCCATGGCGCTTAACCCTCAGTTGATGCCCAATGGGATGCCTGTTCCCTTT
GTTAATGAAATGTTTGTTCTTGTCCGAGATGGCGTTGAGTTTGAAGTCGACAAGATTCCT
GGAGGACATGGAGGTCATGTTAAGGCCAAGGGAATGATATACTTGTCTAACATTCGGATG
GTCTTTGTTGCAAGCAAGCCTGTTGAGAACTTTGTTGCTTTTGACATGCCTATGCTTTAC
ATCCACGCGGAGAAATTCAACCAGCCAATATTCCACTGCAACAATATATCTGGACAAGTC
GAGCCTGTGGTACCAGAGAACGAGCATAGAGCACTGTATTCAACACACAGTTTCAAGATC
TTATTCAAGGAAGG
GGT

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3DU76JQ 622 0 0
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ACAAGTCGAGCCTGTGGTACCAGAGAACGAGCACAGAGCACTGTATTCAACACACAGTTT
CAAGATCTTGTTCAAGGAAGGTGGCTGCGGGACGTTTGTTCCGCTCTTCTTGAATCTCAT
ATCGTCAGTGAGGCAGTACAACAGACAAATGCAACAAGCAGCGGCTGCACCACGTGTTGA
TCCTCTTCAAGCCGCACAGACCCCTGTCGATGAAATGATGAGACATGCATATGTGGATCC
TAATGATCCAACGAAGATATATCTGCAGCAGCCATTTGGGGAATTTCAGTTGAGGCGTCG
AGCTTACCATTCGAGTGCAGCGGATCATTGATGATACAGAAACACCGAAGATACAAGAGG
GTGGTGGGGATGCAGATAAGCAGAGCAACAGATGTGTGTTGTTGCAAATAAGTAAAAGCG
TTGTTGGTTTGGTCAAACATAAGTAAAACTAAAACCACTTTCTGTCCTTGACAGAAAAGA
AAAAAAAAACACTTGTTGGTTATGTATATGTGAAAATTTGGATTTCTCTATAATTAAAAA
TTTAAAAGTGTGTTCAAGGCAC

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 3

CO CL2949Contig1 784 3 2 U
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GTCCATAATCAATTAGCAAATCAGTAAAAGCAAGAGAGTAGAGAGCGTGAAGCTTCTTTT
TTCTTGCAAGAAAACTGAACCATTGTTTATTCAGTACACCCTCAACATGTGGTCTAATAC
ATGCATCAAGAATAAAATCATTGGATTTGATTTTTTGCTATCTAATTGCGTATGCTTCTT
CCAACCTCCTCTGCTGGAGAAATAACCC**AAAAGATACACAGAGAAATGCTAAGACTAC
AAACATGTATTACCAAGTTCGGCATAAGTGTTACTGCTGAACTTTCAGAACAGGAAACGC
AATGACGTCTCTTATACTCGCAGAGTTTGTCAACAGCATCACCAGCCTGTCAATACCAAG
CCCCATTCCAGAGGTAGGAGGCATTCCGTATTCCAGGGCAGTGAGAAAGTCTTCGTCTAG
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ACAGATGAACAGCTCAAATCTTTCAGTCAAACCTGCATTACCGCGATGTGGCTTGGCCAA
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AACA


BQ
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10 10 

AF RR3EG15JQ U 1
AF RR3EG15TF C 1
AF RR3BW10JQ U 61
BS 1 578 RR3EG15JQ
BS 579 784 RR3BW10JQ

RD RR3EG15JQ 579 0 0
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TTCTTGCAAGAAAACTGAACCATTGTTTATTCAGTACACCCTCAACATGTGGTCTAATAC
ATGCATCAAGAATAAAATCATTGGATTTGATTTTTTGCTATCTAATTGCGTATGCTTCTT
CCAACCTCCTCTGCTGGAGAAATAACCC**AAAAGATACACAGAGAAATGCTAAGACTAC
AAACATGTATTACCAAGTTCGGCATAAGTGTTACTGCTGAACTTTCAGAACAGGAAACGC
AATGACGTCTCTTATACTCGCAGAGTTTGTCAACAGCATCACCAGCCTGTCAATACCAAG
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TGTCACTTCATGTGAATCGTCATCATCATCATCATCATCATCTTTCTTTGCCTTTTGCTC
AGGAGTCTCTGATGCAGCCGCTGCTCGCTTTGCGTTAT
C

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR3EG15TF 579 0 0
GGTTAAAGTTCCTTTTGTATTAGCTTTGTCCCTAACCTAAACAACAGGAGATCATATCTT
GTCCATAATCAATTAGCAAATCAGTAAAAGCAAGAGAGTAGAGAGCGTGAAGCTTCTTTT
TTCTTGCAAGAAAACTGAACCATTGTTTATTCAGTACACCCTCAACATGTGGTCTAATAC
ATGCATCAAGAATAAAATCATTGGATTTGATTTTTTGCTATCTAATTGCGTATGCTTCTT
CCAACCTCCTCTGCTGGAGAAATAACCC**AAAAGATACACAGAGAAATGCTAAGACTAC
AAACATGTATTACCAAGTTCGGCATAAGTGTTACTGCTGAACTTTCAGAACAGGAAACGC
AATGACGTCTCTTATACTCGCAGAGTTTGTCAACAGCATCACCAGCCTGTCAATACCAAG
CCCCATTCCAGAGGTAGGAGGCATTCCGTATTCCAGGGCAGTGAGAAAGTCTTCGTCTAG
TGTCACTTCATGTGAATCGTCATCATCATCATCATCATCATCTTTCTTTGCCTTTTGCTC
AGGAGTCTCTGATGCAGCCGCTGCTCGCTTTGCGTTAT
C

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR3BW10JQ 724 0 0
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TTCTTGCAAGAAAACTGAACCATTGTTTATTCAGTACACCCTCAACATGTGGTCTAATAC
ATGCATCAAGAATAAAATCATTGGATTTGATTTTT*GCTATCTAATTGCGTATGCTTCTT
CCAACCTCCTCTGCTGGAGAAATAACCCCAAAAAGATACACAAATAA*TGCTAAGGCTAC
ACACATGTATTACCAAGTTCCGCATAAGTGTTACTGCTGAACTTTCAGAACTGGGAACGC
AATGACGTCTCTTATACTCGCAGAGTTTGTCAACAGCATCACCAGCCTGTCAATACCAAG
CCCCATTCCAGAGGCAGGAGGCATTCCGTATTCCAGGGCAGTGAGAAAGTCTTCGTCTAG
TGTCACTTCATATGAATCGTCATCATCATCATCATCATC***TTTCTTTGCCTTTTGCTC
AGGAGTCTCTGATGCAGCCGCTGCTCGCTTTGCATTATGCTGCCTTACTTGCTCTTCCAA
CCGCCTCCTCTGGTCCACAGGATCAGTCAATTCAGAGAATGCGTTTGCCATTTCACGGCC
ACAGATGAACAGCTCAAATCTTTCAGTCAAACCTGCATTACCGCGATGTGGCTTGGCCAA
GGGAGATATCTCGATTGGGTAGTCCAATACAAAAGTTGGCTGCACAAGCTTTGGCTCTAC
AACA

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 4

CO CL2950Contig1 1105 4 5 U
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TAAATGATTAAATTCTAATGAAGAAACACACAACTATATCTTAAATAAAAGATACTAGTG
TTTTATGACGTGAAAGAAGATAAACAGCTTCATGATAAACCAAACATAGCTGTATGTGTC
TTATCATCTTCACAACTTCTGAATATATCAGACCACGCACTGATAAAATTTTGATAAGAA
GAACCCAAATAACACTGAATAGGAGGCATTGTTGTGTCTCCAATAAGAAGAGCACACCGT
CAACCTTTGGATTCGGCAACTGACCGTAGAGCTTCTAGTCCGGAACAAAGCCAACTCGTG
GTGCAGAACATAGACATCCCAATGAAACAATTTTTTTGTAAAATTGTAACTCTTATTCGG
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GCATCCCTGGAGACCGAGAGAAGAAAAGTAACAACCCTGAAATCACACACCAAGGAAAAA
GAATCCACTGTCTGAAGTTCCAGAGTGCACCAAGAGAAGAGCAAACACACCAACATCAAC
TCATCCACGAACTCACCAATACCATCTGCCATGCCATAGTGGACGACGAGACATGCTTAG
AGAGGAACAACCCGACGACTAGGAGCCATCATCGGGTCCATCTCAAGCAACACAGAAACC
CACCGAGTATCACTAGATCTGAAACGGGAGACAATAGATCTAAACCCACAGATAACTTTC
ACCAGCCACGAAAAATCCAAAGTTACAAAAAGAATATAGAAGCAAGGAATACAAAGGAGA
GAAACAAATAAAGAGAAGACGAAGGATCCGGCGACCGCAAAAAAAAAAAACGAAGGTAGC
GGCCGCCGGAAAGGAAGATCTTAGTAAGAGGAAACCCTAAACCTCTATGAATTGGGTAAA
TCTGTTTTTATAAGATAGATAATCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D138JQ U 2
AF RR3GB81JQ U 1
AF RR3GB81TF C 388
AF RR3D138TF C 405
BS 1 799 RR3GB81JQ
BS 800 1011 RR3GB81TF
BS 1012 1012 RR3D138TF
BS 1013 1051 RR3GB81TF
BS 1052 1105 RR3D138TF

RD RR3D138JQ 427 0 0
A
ACACTGAAAAAGTATTTTATTTCAAATAGTCTTCAACGAGTACTGTTTACCAAAAGGTAG
AAACAGAATACAATAGATCAGAAACTAACAAATCCACGCACACCAGTAGGGGCTATGGTA
AATGATTAAATTCTAATGAAGAAACACACAACTATATCTTAAATAAAAGATACTAGTGTT
TTATGACGTGAAAGAAGATAAACAGCTTCATGATAAACCAAACATAGCTGTATGTGTCTT
ATCATCTTCACCACTTCTGAATATATCAGACCACGCACTGATAAAATTTTGATAAGAAGA
ACCCAAATAACACTGAATAGGAGGCATTGTTGTGTCTCCAATAAGAAGAGCACACCGTCA
ACCTTTGGATTCGGCAACTGACCGTAGAGCTTCTAGTCCGGAACAAAGCCAACTCGTGGT
GCAGAA

QA 2 427 2 427
DS 

RD RR3GB81JQ 799 0 0
CGACACTGAAAAAGTATTTTATTTCAAATAGTCTTCAACGAGTACTGTTTACCAAAAGGT
AGAAACAGAATACAATAGATCAGAAACTAACAAATCCACGCACACCAGTAGGGGCTATGG
TAAATGATTAAATTCTAATGAAGAAACACACAACTATATCTTAAATAAAAGATACTAGTG
TTTTATGACGTGAAAGAAGATAAACAGCTTCATGATAAACCAAACATAGCTGTATGTGTC
TTATCATCTTCACAACTTCTGAATATATCAGACCACGCACTGATAAAATTTTGATAAGAA
GAACCCAAATAACACTGAATAGGAGGCATTGTTGTGTCTCCAATAAGAAGAGCACACCGT
CAACCTTTGGATTCGGCAACTGACCGTAGAGCTTCTAGTCCGGAACAAAGCCAACTCGTG
GTGCAGAACATAGACATCCCAATGAAACAATTTTTTTGTAAAATTGTAACTCTTATTCGG
GAAGTAAAAAATAACAATATGTGCCACCAGAACCGCACAAGTTATATAAGCAACAGAAAC
GACCAACAAACCAATGCTCAGATCCACGGACACAAGAGAACACCACATCTAATGCTAATC
GCATCCCTGGAGACCGAGAGAAGAAAAGTAACAACCCTGAAATCACACACCAAGGAAAAA
GAATCCACTGTCTGAAGTTCCAGAGTGCACCAAGAGAAGAGCAAACACACCAACATCAAC
TCATCCACGAACTCACCAATACCATCTGCCATGCCATAGTGGACGACGAGACATGCTTAG
AGAGGAACAACCCGACGAC

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3GB81TF 664 0 0
AGAGCTTCTAGTCCGGAACAAAGCCAACTCGTGGTGCAGAACATAGACATCCCAATGAAA
CAATTTTTTTGTAAAATTGTAACTCTTATTCGGGAAGTAAAAAATAACAATATGTGCCAC
CAGAACCGCACAAGTTATATAAGCAACAGAAACGACCAACAAACCAATGCTCAGATCCAC
GGACACAAGAGAACACCACATCTAATGCTAATCGCATCCCTGGAGACCGAGAGAAGAAAA
GTAACAACCCTGAAATCACACACCAAGGAAAAAGAATCCACTGTCTGAAGTTCCAGAGTG
CACCAAGAGAAGAGCAAACACACCAACATCAACTCATCCACGAACTCACCAATACCATCT
GCCATGCCATAGTGGACGACGAGACATGCTTAGAGAGGAACAACCCGACGACTAGGAGCC
ATCATCGGGTCCATCTCAAGCAACACAGAAACCCACCGAGTATCACTAGATCTGAAACGG
GAGACAATAGATCTAAACCCACAGATAACTTTCACCAGCCACGAAAAATCCAAAGTTACA
AAAAGAATATAGAAGCAAGGAATACAAAGGAGAGAAACAAATAAAGAGAAGACGAAGGAT
CCGGCGACCGCAAAAAAAAAAAAC*AAGGTAGCGGCCGCCGGAAAGGAAGATCTTAGTAA
GAGG

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3D138TF 701 0 0
ACAAAGCCAACTCGTGGTGCAGAACATAGACATCCCAATGAAACAATTTTT**GTAAAAT
TGTAACTCTTATTCGGGAAGTAAAAAATAACAATATGTGCCACCAGAACCGCACAAGTTA
TATAAGCAACAGAAACGACCAACAAACCAATGCTCAGATCCACGGACACAAGAGAACACC
ACATCTAATGCTAATCGCATCCCTGGAGACCGAGAGAAGAAAAGTAACAACCCTGAAATC
ACACACCAAGGAAAAAGAATCCACTGTCTGAAGTTCCAGAGTGCACCAAGAGAAGAGCAA
ACACACCAACATCAACTCATCCACGAACTCACCAATACCATCTGCCATGCCATAGTGGAC
GACGAGACATGCTTAGAGAGGAACAACCCGACGACTAGGAGCCATCATCGGGTCCATCTC
AAGCAACACAGAAACCCACCGAGTATCACTAGATCTGAAACGGGAGACAATAGATCTAAA
CCCACAGATAACTTTCACCAGCCACGAAAAATCCAAAGTTACAAAAAGAATATAGAAGCA
AGGAATACAAAGGAGAGAAACAAATAAAGAGAAGACGAAGGATCCGGCGACCGCAAAAAA
AAAAAACGAAGGTAGCGGCCGCCGGAAAGGAAGATCTTAGTAAGAGGAAACCCTAAACCT
CTATGAATTGGGTAAATCTGTTTTTATAAGATAGATAATCC

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 4

CO CL2951Contig1 640 4 5 U
GGAGAGCTATTCATCACACCACTTTCTCTCAAAGCTCTCTTTTTCTCTCTAAAAAAAAGC
AATGATGGAAACTCTCCAGATTCGCAAACAAGTTTCTCTCCCCGTTTCTCAGCAGCGTCC
TACTTCCTCCTCCACCACCACCACCGATGATAATAAGCCTGGTATCATCCGACGTAGCCT
TTCTTCACTCTCACTCAATCTCTCAAACAAACCAAAGGAGATTGGAGAACACGCAAGAAC
CTGGTGGGAATGGATCCTTCCCAAGAATCTTGACCAGTCGGTTCATAAAGCAGAGGAAGT
AGTATAATGCACGTCTTCTTCAAACTCCGATCTCAGATCCCCAATCTCGTGGCCTCTCTT
TTTCTTCTGATCATATGCAAATATAAACGTCAACGATAATCAGGATTGTTCGCTCTATTG
TGTCATAAACGGTTAAGTTTTTTTTTTTGTAATTTGTCTCTTAAAAAAATATGATCTTCA
TATCAATCAATTGGATTCAACCATAAGGGAAGTGGTTTGGTGTTGTATTTTGCTGCTATA
GTTAATTTTTCCTGTCAAATTATTCATCATTCATGTGATTTGTGTTATATTTTTGTATTT
AATAACCATGAAATTTATATAGAATCATGTTATTCTGTTT


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 
30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 

AF RR3EF58JQ C 1
AF RR3EF58TF U 1
AF RR3E030TF U 2
AF RR3E030JQ C 105
BS 1 1 RR3EF58JQ
BS 2 447 RR3EF58TF
BS 448 448 RR3E030TF
BS 449 638 RR3EF58TF
BS 639 640 RR3E030JQ

RD RR3EF58JQ 638 0 0
GGAGAGCTATTCATCACACCACTTTCTCTCAAAGCTCTCTTTTTCTCTCTAAAAAAAAGC
AATGATGGAAACTCTCCAGATTCGCAAACAAGTTTCTCTCCCCGTTTCTCAGCAGCGTCC
TACTTCCTCCTCCACCACCACCACCGATGATAATAAGCCTGGTATCATCCGACGTAGCCT
TTCTTCACTCTCACTCAATCTCTCAAACAAACCAAAGGAGATTGGAGAACACGCAAGAAC
CTGGTGGGAATGGATCCTTCCCAAGAATCTTGACCAGTCGGTTCATAAAGCAGAGGAAGT
AGTATAATGCACGTCTTCTTCAAACTCCGATCTCAGATCCCCAATCTCGTGGCCTCTCTT
TTTTTTCTGATCATATGCAAATATAAACGTCAACGATAATCAGGATTGTTCGCTCTATTG
TGTCATAAACGGTTAAGTTTTTTTTTT*GTAATTTGTCTCTTAAAAAAATATGATCTTCA
TATCAATCAATTGGATTCAACCATAAGGGAAGTGGTTTGGTGTTGTATTTTGCTGCTATA
GTTAATTTTTCCTGTCAAATTATTCATCATTCATGTGATTTGTGTTATATTTTTGTATTT
AATAACCATGAAATTTATATAGAATCATGTTATTCTGT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3EF58TF 638 0 0
G
GAGAGCTATTCATCACACCACTTTCTCTCAAAGCTCTCTTTTTCTCTCTAAAAAAAAGCA
ATGATGGAAACTCTCCAGATTCGCAAACAAGTTTCTCTCCCCGTTTCTCAGCAGCGTCCT
ACTTCCTCCTCCACCACCACCACCGATGATAATAAGCCTGGTATCATCCGACGTAGCCTT
TCTTCACTCTCACTCAATCTCTCAAACAAACCAAAGGAGATTGGAGAACACGCAAGAACC
TGGTGGGAATGGATCCTTCCCAAGAATCTTGACCAGTCGGTTCATAAAGCAGAGGAAGTA
GTATAATGCACGTCTTCTTCAAACTCCGATCTCAGATCCCCAATCTCGTGGCCTCTCTTT
TTCTTCTGATCATATGCAAATATAAACGTCAACGATAATCAGGATTGTTCGCTCTATTGT
GTCATAAACGGTTAAGTTTTTTTTTT*GTAATTTGTCTCTTAAAAAAATATGATCTTCAT
ATCAATCAATTGGATTCAACCATAAGGGAAGTGGTTTGGTGTTGTATTTTGCTGCTATAG
TTAATTTTTCCTGTCAAATTATTCATCATTCATGTGATTTGTGTTATATTTTTGTATTTA
ATAACCATGAAATTTATATAGAATCATGTTATTCTGT

QA 2 638 2 638
DS 

RD RR3E030TF 617 0 0
GAGAGCTATTCATCACACCACTTTCTCTCAAAGCTCTCTGTTTCTCTCTAAAAAAAAGCG
ATGATGGAAACTCTCCAGATTCGCAAACAAGTTTCTCTCCCCGTTTCTCAGCAGCGTCCT
ACTTCCTCCTCCACCACCACCACCGATGATAATAAGCCTGGTATCATCCGACGTAGCCTT
TCTTCACTCTCACTCAATCTCTCAAACAAACCAAAGGAGATTGGAGAACACGCAAGAACC
TGGTGGGAATGGATCCTTCCCAAGAATCTTGACCAGTCGGTTCATAAAGCAGAGGAAGTA
GTATAATGCACGTCTTCTTCAAACTCCGATCTCAGATCCCCAATCTCGTGGCCTCTCTTT
TTCTTCTGATCATATGCAAATATAAACGTCAACGATAATCAGGATTGTTCGCTCTATTGT
GTCATAAACGGTTAAGTTTTTTTTTTTGTAATTTGTCTCTTAAAAAAATATGATCTTCAT
ATCAATCAATTGGATTCAACCATAAGGGAAGTGGTTTGGTGTTGTATTTTGCTGCTATAG
TTAATTTTTCCTGTCAAATTATTCATCATTCATGTGATTTGTGTTATATTTTTGTATTTA
ATAACCATGAAATTTAT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3E030JQ 536 0 0
TTTT
TCAGCAGGGTCCTACTTCCTCCTCCACCACCACCACCGATGATAATAAGCCTGGTATCAT
CCGAGGTAGCCTTTTTTCACTCTCACTCAATTTTTCAAACAAACCAAAGGAGATTGGAGA
ACACGCAAGAACCTGGTGGGAATGGATCCTTCCCAAGAATTTTGACCAGTCGGTTCATAA
AGCAGAGGAAGTAGTATAATGCACGTTTTTTTCAAACTCCGATTTCAGATCCCCAATTTC
GTGGCCTTTTTTTTTTTTTTGATCATATGCAAATATAAACGTCAACGATAATCAGGATTG
TTCGCTTTATTGTGTCATAAACGGTTAAGTTTTTTTTTTTGTAATTTGTTTTTTAAAAAA
ATATGATTTTCATATCAATCAATTGGATTCAACCATAAGGGAAGTGGTTTGGTGTTGTAT
TTTGCTGCTATAGTTAATTTTTCCTGTCAAATTATTCATCATTCATGTGATTTGTGTTAT
ATTTTTGTATTTAATAACCATGAAATTTATATAGAATCATGTTATTCTGTTT

QA 5 536 5 536
DS 



AS 1 4

CO CL2952Contig1 1160 4 20 U
GGAGTCTTCTCTTCTCGTTTCTTTTCTCAGCAGAGGAAAATGGATTCTCGAAATTTTCTT
CTCGCGTTATCGCTGTCTCTTATCCTGATTTTCCCTCCAATTTCGTCTGCTTCCATCAGA
TTCCTCCCTCGATGGAGTAGTAATAACAGAGAAGGGTCAGTGATTAAGCAGAAGACAAGT
GGTTCGTCTCAAGTTATTGATCCAAGTCGTGTCACTCAGCTCTCTTGGACTCCTAGGGTG
TTTTTGTACAAGGGACTTCTTACTGATGAGGAATGTGATCATTTCATCAATTTGGCGAAA
GGGAAGCTTGAGAAGTCAATGGTTGCTGATAATGATTCAGGTGAGAGCGTGGAAAGTGAA
GTGCGCACTAGTTCTGGAATGTTTCTTTCCAAAAGACAGGATGATGTAGTTGCTAATGTC
GAGGCAAAACTTGCCGCGTGGACCTTTCTTCCCGAGGAAAATGGAGAATCTATGCAAATA
TTGCACTACGAGAATGGTCAGAAATATGAACCGCATTTTGACTACTTTCACGACCAAGTA
AACCTACAGCTTGGTGGTCATCGGATCGCCACTGTATTGATGTACTTGTCCAACGTCGAA
AAGGGTGGAGAAACTGTGTTTCCCATGTGGAA*GGGCGCAACAGCTCAACCCAAAGACGA
TAGCTGGACCCAATGTGCCAAACAAGGTTATGCAGTGAAACCGAGGAAAGGGGACGCATT
GCTATTCTTCAATCTCCATCCAAATGCAACAACAGATCCGAGCAGCTTACATGGAAGCTG
TCCAGTGGTTGAGGGAGAGAAATGGTCAGCAGC*AGATGGATTCATGTGAAGTCATTCGA
AAGACCTGTTTCCAGGACAACTGGGTGTGTGGACGAGAACGAGAGCTGCGAGAAATGGGC
AAAGGCAGGGGAATGTCAGAAGAATCCAACGTACATGATGGGTTCAGAAACAGACCAAGG
TTACTGCAGAAAGAGCTACAAAGCCTGCTCATCTTAACAACAACCAAGTAAAAAAATCAA
AGGTCTTATTAAAGGATTGAAAACTTTTTGTGTGTAGAGAAGAAACCTTTGGTCTATATA
AGGAAATATGTTTGAACAAATAATAAAAAAGAATAATTATGATGCTATGTTCTTAATAAG
CAGCTTCTTGTTTCATGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3FR24TF U 147
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G
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GAGGAATGTGATCATTTCATCAATTTGGCGAAAGGGAAGCTTGAGAAGTCAATGGTTGCT
GATAATGATTCAGGTGAGAGCGTGGAAAGTGAAGTGCGCACTAGTTCTGGAATGTTTCTT
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CTTCCCGAGGAAAATGGAGAATCTATGCAAATATTGCACTACGAGAATGGTCAGAAATAT
GAACCGCATTTTGACTACTTTCACGACCAAGTAAACCTACAGCTTGGTGGTCATCGGATC
GCCACTGTATTGATGTACTTGTCCAACGTCGAAAAGGGTGGAGAAACTGTGTTTCCCATG
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TTATGCAGTGAAACCGAGGAAAGGGGACGCATTGCTATTCTTCAATCTCCATCCAAATGC
AACAACAGGTCCGAGCAGCTTACATGGAAGCTGTCCAGTGGTTGAGGGAGAGAAATGGTC
AGCA
A

QA 2 665 2 665
DS 

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GGTTCGTCTCAAGTTATTGATCCAAGTCGTGTCACTCAGCTCTCTTGGACTCCTAGGGTG
TTTTTGTACAAGGGACTTCTTACTGATGAGGAATGTGATCATTTCATCAATTTGGCGAAA
GGGAAGCTTGAGAAGTCAATGGTTGCTGATAATGATTCAGGTGAGAGCGTGGAAAGTGAA
GTGCGCACTAGTTCTGGAATGTTTCTTTCCAAAAGACAGGATGATGTAGTTGCTAATGTC
GAGGCAAAACTTGCCGCGTGGACCTTTCTTCCCGAGGAAAATGGAGAATCTATGCAAATA
TTGCACTACGAGAATGGTCAGAAATATGAACCGCATTTTGACTACTTTCACGACCAAGTA
AACCTACAGCTTGGTGGTCATCGGATCGCCACTGTATTGATGTACTTGTCCAACGTCGAA
AAGGGTGGAGAAACTGTGTTTCCCATGTGGAAAGGGCGCAACAGCTCAACCCAAAGACGA
TAGCTGGACCCAATGTGCCAAACAAAGTTATGCAGTGAAACCGAGGAAAGGGGACGCATT
GCTATTCTTCA*TCTCCATCCAA*TGCAACAACAGATCCGAGCAGCTTACATGGAAGCTG
TCCAGTGGTTGAGGGAGAGAA*TGGTCAGCAGC*AGATGGATTCATGTGAAGTCATTCGA
A*GACCTGTTTCCAG*ACA*CTGGGTGTGTGGACGAGA*CGAGAGCTGCGAG

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DS 

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GGTTGCTGATAATGATTCAGGTGAGAGCGTGGAAAGTGAAGTGCGCACTAGTTCTGGAAT
GTTTCTTTCCAAAAGACAGGATGATGTAGTTGCTAATGTCGAGGCAAAACTTGCCGCGTG
GACCTTTCTTCCCGAGGAAAATGGAGAATCTATGCAAATATTGCACTACGAGAATGGTCA
GAAATATGAACCGCATTTTGACTACTTTCACGACCAAGTAAACCTACAGCTTGGTGGTCA
TCGGATCGCCACTGTATTGATGTACTTGTCCAACGTCGAAAAGGGTGGAGAAACTGTGTT
TCCCATGTGGAA*GGGCGCAACAGCTCAACCCAAAGACGATAGCTGGACCCAATGTGCCA
AACAAGGTTATGCAGTGAAACCGAGGAAAGGGGACGCATTGCTATTCTTCAATCTCCATC
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AATGGTCAGCAGC*AGATGGATTCATGTGAAGTCATTCGAAAGACCTGTTTCCAGGACAA
CTGGGTGTGTGGACGAGAACGAGAGCTGCGAGAAATGGGCAAAGGCAGGGGAATGTCAGA
AGAATCCAACGTACATGATGGGTTCAGAAACAGACCAAGGTTACTGCAGAAAGAGCTACA
AAGCCTGCTCATCTTAACAACAACCAAGTAAAAAAATCAAAGGTCTTATTAAAGGATTGA
AAACTTTTTGTGTGTAGAGAAGAAACCTTTGGTCTATATAAGGAAATATGTTTGAACAAA
TAATAAAAAAGAATAATTATGATGCTATGTTCTTAATAAGCAGCTTCTTGTTTCATGTTT

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DS 

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GAAACTGTGTTTCCCATGTGGAA*GGGCGCAACAGCTCAACCCAAAGACGATAGCTGGAC
CCAATGTGCCAAACAAGGTTATGCAGTGAAACCGAGGAAAGGGGACGCATTGCTATTCTT
CAATCTCCATCCAAATGCAACAACAGGTCCGAGCAGCTTACATGGAAGCTGTCCAGTGGT
TGAGGGAGAGAAATGGTCAGCAACCAGATGGATTCATGTGAAGTCATTCGAAAGACCTGT
TTCCAGGACAACTGGGTGTGTGGACGAGAACAAGAGCTGCGAGAAATGGGCAAAGGCAGG
GGAATGTCAGAAGAATCCAACGTACATGATGGGTTCAGAAACAGACCAAGGTTACTGCGG
AAAGAGCTGCAAAGCCTGCTCATCTTAACAACAACCAAGTAAAAAAATCAAAGGTCTTAT
TAAAGGATTGAAAACTTTTTGTGTGTAGAGAAGAAACCTTTGGTCTATATAAGGAAATAT
GTTTGAACAAATAATAAAAAAGAATAATTATGATGCTATGTTCTTAATAAGCAGCTTCTT
GTTTCATGT

QA 1 609 1 609
DS 



AS 2 4

CO CL2953Contig1 782 2 4 U
GGTCTTAAAAGTCACCAACATGACAGTATTATTATTGTTGTTGTATATACAAATTTACAT
AAGAAAACATAACACATTCGTCTTTTATAACCCATCAAAACTATGAACACACGAACTAAA
TATGACAAACACGAAACATAAGATTCAAATCACTAGCAAACTAATTGATTTCTAAAAGAA
GAGATCTGTTCAAAGATTGGGAGCCTCTTAGATCTATAATTACTGGCTGTCATCTCTTCA
AGCCCAAGAACAAAGTCATCGTCCAAGATATTTCCCAAGACATCCTCCATCTCAGCATCT
AGCCGACGTGGCAGCGAAGCCTCTAGCTCACTCAGAAGCTCATCAGCCCGTTGCCTTGTC
CTACAATCATCTGCACCTAAAACCCTAAACGTAAATACATCGTCAAGAAGTGGTCTTGCC
TCTTCAAACCTGCCTTGTTTGATAAGGCACATCGCTAGGTTGCACGATTTGTTAGCGTCT
GGCTCAACCATCTGAGCTTTTCTGTATACCGCTTCTGCGGATAAGTACTTGGCTTGTTGC
ATATATGCCCATCCCAAGTTCCCCAGTAATCTTGCGATTTCTTGTTGAACGGTCACTTGA
AACTTCTTGCCATGGGATCTAGCGGTCTTGGTGGGTTTGCCGTTGAAAGCCTCTCCTTGA
TAGATCTGCCTTAGCTTCCTCTTCAACAGCTCAACTTGCTCCTCCATTCTCCCGCACTTC
TTGTATAGGTCGATTAGGACATTGTCTAGGGAATCTTGAGAGTTCTTGGAACAACGAGGA
CG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3AE33JQ U 1
AF RR3C621JQ U 13
BS 1 447 RR3AE33JQ
BS 448 448 RR3C621JQ
BS 449 733 RR3AE33JQ
BS 734 782 RR3C621JQ

RD RR3AE33JQ 733 0 0
GGTCTTAAAAGTCACCAACATGACAGTATTATTATTGTTGTTGTATATACAAATTTACAT
AAGAAAACATAACACATTCGTCTTTTATAACCCATCAAAACTATGAACACACGAACTAAA
TATGACAAACACGAAACATAAGATTCAAATCACTAGCAAACTAATTGATTTCTAAAAGAA
GAGATCTGTTCAAAGATTGGGAGCCTCTTAGATCTATAATTACTGGCTGTCATCTCTTCA
AGCCCAAGAACAAAGTCATCGTCCAAGATATTTCCCAAGACATCCTCCATCTCAGCATCT
AGCCGACGTGGCAGCGAAGCCTCTAGCTCACTCAGAAGCTCATCAGCCCGTTGCCTTGTC
CTACAATCATCTGCACCTAAAACCCTAAACGTAAATACATCGTCAAGAAGTGGTCTTGCC
TCTTCAAACCTGCCTTGTTTGATAAGGGACATCGCTAGGTTGCACGATTTGTTAGCGTCT
GGCTCAACCATCTGAGCTTTTCTGTATACCGCTTCTGCGGATAAGTACTTGGCTTGTTGC
ATATATGCCCATCCCAAGTTCCCCAGTAATCTTGCGATTTCTTGTTGAACGGTCACTTGA
AACTTCTTGCCATGGGATCTAGCGGTCTTGGTGGGTTTGCCGTTGAAAGCCTCTCCTTGA
TAGATCTGCCTTAGCTTCCTCTTCAACAGCTCAACTTGCTCCTCCATTCTCCCGCACTTC
TTGTATAGGTCGA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3C621JQ 770 0 0
CACCAACATGACAGTATTATTATTGTTGTTGTATATACAAATTTACATAAGAAAACATAA
CACATTCGTCTTTTATAACCCATCAAAACTATGAACACACGAACTAAATATGACAAACAC
GAAACATAAGATTCAAATCACTAGCAAACTAATTGATTTCTAAAAGAAGAGATCTGTTCA
AAGATTGGGAGCCTCTTAGATCTATAATTACTGGCTGTCATCTCTTCAAGCCCAAGAACA
AAGTCATCGTCCAAGATATTTCCCAAGACATCCTCCATCTCAGCATCTAGCCGACGTGGC
AGCGAAGCCTCTAGCTCACTCAGAAGCTCATCAGCCCGTTGCCTTGTCCTACAATCATCT
GCACCTAAAACCCTAGACGTAAATACATCGTCAAGAAGTGGTCTTGCCTCTTCAAACCTG
CCTTGTTTGATAAGGCACATCGCTAGGTTGCACGATTTGTTAGCGTCTGGCTCAACCATC
TGAGCTTTTCTGTATACCGCTTCTGCGGATAAGTACTTGGCTTGTTGCATATATGCCCAT
CCCAAGTTCCCCAGTAATCTTGCGATTTCTTGTTGAACGGTCACTTGAAACTTCTTGCCA
TGGGATCTAGCGGTCTTGGTGGGTTTGCCGTTGAAAGCCTCTCCTTGATAGATCTGCCTT
AGCTTCCTCTTCAACAGCTCAACTTGCTCCTC*****TCCCGCACTTCTTGTATAGGTCG
ATTAGGACATTGTCTAGGGAATCTTGAGAGTTCTTGGAACAACGAGGACG

QA 1 770 1 770
DS 



CO CL2953Contig2 708 2 8 U
GACAGCCTGTCTATAAAGACATTTGCATACTTAATTATTCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAGATAAGCTTTCGAAGAAGATGAAGAATGATAATACCAACTCAGCAAGAA
GCAATCTGGTGAAAGATAATGAACTGTTTCATGTGATTCACAAAGTCCCTTGTGGAGATA
CTCCCTATGTCAAAGCCAAACATGCTCAGTTGATAGAGAAGAACCCGGAGATGGCAATAG
TGTGGTTTTGGAAAGCCATAAACACAGGAGACAGAGTAGACAGTGCTCTCAAGGACATGG
CTGTCGTAATGAAACAACTTGACCGTTCCGAAGAAGCTATCGAAGCCATTAAATCCTTTC
GTCCTCGTTGTTCCAAGAACTCTCAAGATTCCCTAGACAATGTCCTAATCGACCTATACA
AGAAGTGCGGGAGAATGGAGGAGCAAGTTGAGCTGTTGAAGAGGAAGCTAAGGCAGATCT
ATCAAGGAGAGGCTTTCAACGGCAAACCCACCAAGACCGCTAGATCCCATGGCAAGAAGT
TTCAAGTGACCGTTCAACAAGAAATCGCAAGATTACTGGGGAACTTGGGATGGGCATATA
TGCAACAAGCCAAGTACTTATCCGCAGAAGCGGTATACAGAAAAGCTCAGATGGTTGAGC
CAGACGCTAACAAATCGTGCAACCTAGCGATGTGCCTTATCAAACAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3C621TF U 1
AF RR3AE33TF U 33
BS 1 162 RR3C621TF
BS 163 163 RR3AE33TF
BS 164 434 RR3C621TF
BS 435 439 RR3AE33TF
BS 440 681 RR3C621TF
BS 682 682 RR3AE33TF
BS 683 704 RR3C621TF
BS 705 708 RR3AE33TF

RD RR3C621TF 704 0 0
GACAGCCTGTCTATAAAGACATTTGCATACTTAATTATTCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAGATAAGCTTTCGAAGAAGATGAAGAATGATAATACCAACTCAGCAAGAA
GCAATCTGGTGAAAGATAATGAACTGTTTCATGTGATTCACAGAGTCCCTTGTGGAGATA
CTCCCTATGTCAAAGCCAAACATGCTCAGTTGATAGAGAAGAACCCGGAGATGGCAATAG
TGTGGTTTTGGAAAGCCATAAACACAGGAGACAGAGTAGACAGTGCTCTCAAGGACATGG
CTGTCGTAATGAAACAACTTGACCGTTCCGAAGAAGCTATCGAAGCCATTAAATCCTTTC
GTCCTCGTTGTTCCAAGAACTCTCAAGATTCCCTAGACAATGTCCTAATCGACCTATACA
AGAAGTGCGGGAGA*****GGAGCAAGTTGAGCTGTTGAAGAGGAAGCTAAGGCAGATCT
ATCAAGGAGAGGCTTTCAACGGCAAACCCACCAAGACCGCTAGATCCCATGGCAAGAAGT
TTCAAGTGACCGTTCAACAAGAAATCGCAAGATTACTGGGGAACTTGGGATGGGCATATA
TGCAACAAGCCAAGTACTTATCCGCAGAAGCGGTATACAGAAAAGCTCAGATGGTTGAGC
CAGACGCTAACAAATCGTGCA*CCTAGCGATGTGCCTTATCAAA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3AE33TF 676 0 0
GGAGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAAGCTTTCGAAGAAGATGAAGAATGA
TAATACCAACTCAGCAAGAAGCAATCTGGTGAAAGATAATGAACTGTTTCATGTGATTCA
CAAAGTCCCTTGTGGAGATACTCCCTATGTCAAAGCCAAACATGCTCAGTTGATAGAGAA
GAACCCGGAGATGGCAATAGTGTGGTTTTGGAAAGCCATAAACACAGGAGACAGAGTAGA
CAGTGCTCTCAAGGACATGGCTGTCGTAATGAAACAACTTGACCGTTCCGAAGAAGCTAT
CGAAGCCATTAAATCCTTTCGTCCTCGTTGTTCCAAGAACTCTCAAGATTCCCTAGACAA
TGTCCTAATCGACCTATACAAGAAGTGCGGGAGAATGGAGGAGCAAGTTGAGCTGTTGAA
GAGGAAGCTAAGGCAGATCTATCAAGGAGAGGCTTTCAACGGCAAACCCACCAAGACCGC
TAGATCCCATGGCAAGAAGTTTCAAGTGACCGTTCAACAAGAAATCGCAAGATTACTGGG
GAACTTGGGATGGGCATATATGCAACAAGCCAAGTACTTATCCGCAGAAGCGGTATACAG
AAAAGCTCAGATGGTTGAGCCAGACGCTAACAAATCGTGCAACCTAGCGATGTGCCTTAT
CAAACAAG

QA 9 676 9 676
DS 



AS 1 4

CO CL2954Contig1 930 4 7 U
TTTTTGTCCCTTTTAAACGAAACAAGGATCCAAAGATGAGTGAAGAAACATATGAAGAAA
CGATGGAAACAAGTCAATCTCCTCGTCCTGCTCCAAAGCTGAACGAGAGGATCCTCTCAA
CTCTATCCAGGAGATCTGTAGCTGCGCATCCGTGGCACGACCTTGAGATCGGTCCTGAAG
CTCCATTAGTCTTCAACGTGGAGGTTGAGATCACAAAGGGGAGCAAAGTGAAATATGAAC
TTGACAAAAAGACTGGTCTTATCAAGGTTGATCGAATCTTGTACTCATCGGTTGTTTATC
CTCACAACTACGGATTCATCCCAAGGACATTGTGTGAAGACAACGATCCTCTTGATGTTC
TTGTCCTCATGCAGGAACCAGCGCTTCCAGGATGTTTTCTTCGTGCTAGAGCCATTGGAT
TAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGGACGACAAGATCATAGCCGTATGTGCAGACG
ATCCAGAGTACAAACATTTCACCGACATCAAACAACTCGCTCCTCACCGCCTCTCAGAAA
TCCGCCGTTTCTTCGAAGACTACAAGAAGAACGAGCACAAGGAGGTGGCTGTAAACGATT
TCTTGCCATCGGAGAAGGCACATGAAGCGATCCAGTACTCCATGGATCTGTACGCTGAGT
ATATTCTCCATACCTTGAGGAGATGAACCAACAACAACACGTTATCTTCACATATACGGA
AAGAAGTTTACGCTTCCAGTATCCCCCTGCAATAAAATATTTTACGGAATTTATTATTTT
GAATATTCATTTTTCCGACTTTATTTTGAATATTCATAGTTACATATATATGTTCAAATT
TTCAAGTTTCGTGTTGTTAAATTTTTATTTCGTTTCTTTTTCTTGTGATGTTGAAATTTT
GTTGATTTGTGTAATTTGAAACTGATACAA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM82TF U 1
AF RR3AD43TF U 6
AF RR3AD43JQ C 60
AF RR3DM82JQ C 477
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BS 202 202 RR3AD43TF
BS 203 381 RR3DM82TF
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BS 383 577 RR3DM82TF
BS 578 613 RR3AD43TF
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CGATGGAAACAAGTCAATCTCCTCGTCCTGCTCCAAAGCTGAACGAGAGGATCCTCTCAA
CTCTATCCAGGAGATCTGTAGCTGCGCATCCGTGGCACGACCTTGAGATCGGTCCTGAAG
CTCCATTAGTCTTCAACGTGGCGGTTGAGATCACAAAGGGGAGCAAAGTGAAATATGAAC
TTGACAAAAAGACTGGTCTTATCAAGGTTGATCGAATCTTGTACTCATCGGTTGTTTATC
CTCACAACTACGGATTCATCCCAAGGACATTGTGTGAAGACAACGATCCTCTTGATGTTC
TTGTCCTCATGCAGGAACCAGTGCTTCCAGGATGTTTTCTTCGTGCTAGAGCCATTGGAT
TAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGGACGACAAGATCATAGCCGTATGTGCAGACG
ATCCAGAGTACAAACATTTCACCGACATCAAACAACTCGCTCCTCACCGCCTCTCAGAAA
TCCGCCGTTTCTTCGAAGACTACAAGAAGAACGAGCA

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3AD43TF 608 0 0
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TCCAGGAGATCTGTAGCTGCGCATCCGTGGCACGACCTTGAGATCGGTCCTGAAGCTCCA
TTAGTCTTCAACGTGGAGGTTGAGATCACAAAGGGGAGCAAAGTGAAATATGAACTTGAC
AAAAAGACTGGTCTTATCAAGGTTGATCGAATCTTGTACTCATCGGTTGTTTATCCTCAC
AACTACGGATTCATCCCAAGGACATTGTGTGAAGACAACGATCCTCTTGATGTTCTTGTC
CTCATGCAGGAACCAGCGCTTCCAGGATGTTTTCTTCGTGCTAGAGCCATTGGATTAATG
CCCATGATTGATCAGGGAGAGATGGACGACAAGATCATAGCCGTATGTGCAGACGATCCA
GAGTACAAACATTTCACCGACATCAAACAACTCGCTCCTCACCGCCTCTCAGAAATCCGC
CGTTTCTTCGAAGACTACAAGAAGAACGAGCACAAGGAGGTGGCTGTAAACGATTTCTTG
CCATCGGA

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DS 

RD RR3AD43JQ 871 0 0
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GCTCCATTAGTCTTCAACGTGGAGGTTGAGATCACAAAGGGGAGCAAAGTGAAATATGAA
CTTGACAAAAAGACTGGTCTTATCAAGGTTGATCGAATCTTGTACTCATCGGTTGTTTAT
CCTCACAACTACGGATTCATCCCAAGGACATTGTGTGAAGACAACGATCCTCTTGATGTT
CTTGTCCTCATGCAGGAACCAGCGCTTCCAGGATGTTTTCTTCGTGCTAGAGCCATTGGA
TTAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGGACGACAAGATCATAGCCGTATGTGCAGAC
GATCCAGAGTACAAACATTTCACCGACATCAAACAACTCGCTCCTCACCGCCTCTCAGAA
ATCCGCCGTTTCTTCGAAGACTACAAGAAGAACGAGCACAAGGAGGTGGCTGTAAACGAT
TTCTTGCCATCGGAGAAGGCACATGAAGCGATCCAGTACTCCATGGATCTGTACGCTGAG
TATATTCTCCATACCTTGAGGAGATGAACCAACAACAACACGTTATCTTCACATATACGG
AAAGAAGTTTACGCTTCCAGTATCCCCCTGCAATAAAATATTTTACGGAATTTATTATTT
TGAATATTCATTTTTCCGACTTTATTTTGAATATTCATAGTTACATATATATGTTCAAAT
TTTCAAGTTTCGTGTTGTTAAATTTTTATTTCGTTTCTTTTTCTTGTGATGTTGAAATTT
TGTTGATTTGTGTAATTTGAAACTGATACAA

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DS 

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GATTTCTTGCCATCGGAGAAGGCACATGAAGCGATCCAGTACTCCATGGATCTGTACGCT
GAGTATATTCTCCATACCTTGAGGAGATGAACCAACAACAACACGTTATCTTCACATATA
CGGAAAGAAGTTTACGCTTCCAGTATCCCCCTGCAATAAAATATTTTACGGAATTTATTA
TTTTGAATATTCATTTTTCCGACTTTATTTTGAATATTCATAGTTACATATATATGTTCA
AATTTTCAAGTTTTGTGTTGTTAAATTTTTATTTCGTTTCTTTTTCTTGTGATGTTGAAA
TTTTGTTGATTTGTGTAATTTGAAACTG

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DS 



AS 1 4

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GCTGAACGAGCAAGTTGCCATCGAGAGTCAAGGTCTGAAGGTTCTTGATCTCGTGAACAC
AGGAATCCAGTGCAGCCTAAGGCAGCTCCTGGAGTATGGTTTTTTCCACGCTGACCCTCA
TCCTGGTAACCTCTTGGCAACACCTGACGGGAAACTCGCCTTTCTAGACTTCGGCATGAT
GAGTGAGACGCCGGAGGAAGCTAGGTTTGCGATCATAGGCCATGTTGTTCATTTGGTCAA
CAGAGATTACGAAGCCATGGCCAGAGACTACTACGCTTTGAAGTTCTTGTCTCCTGATGT
GGATGTTACTCCCATCATACCAGCTCTGAGAGGCTTCTTCGACGACGCGCTTAACTACAC
GGTCAGCGAGCTCAATTTCAAGACATTGGTTGATGGTTTAGGTGCTGTCTTCTATCAGTA
TCCGTTTGATGTCCCTGCCTACTACGCTTTGATCCTGAGGTCGCTCACCGTGCTCGAAGG
TTTGGCGCTTTACGCAGATCCTGACTTCAAAGTGTTGGCTGCGTCTTACCCCTACTTTGC
CAAGAGGCTTCTCACTGATCAGAACCCGTATCTGAGAGATGCGCTTATCGAGCTACTGTT
CAAAGATGGGAAGTTCAGGTGGAACAGGCTCTAGAACCTTCTGCAACAGGGGAGCAAAGA
TAGGGACTTCTCGTCGAAAGACGCTCTGCAGCCTGTGTTGAAGCTGCTGCTGGATCCGAA
CGGAGAAGAGCTTAGATTGCTGGTGATAAAAGAAGCTGTGAGAGTCAGTGAAGCGTTTGC
TCTTGGAAGTGTTGTTGACACGTACAACTCCATGCCTGAGTTTATGAGGTCTTTCGTCTT
CAATGGAAATGGGAACGGTGGTGGCCCTCTGACAATGAATCCCACGGAGCTGGAAAGCAC
GCTTGAGCTAAGAGACCAGGTCGCAAGAATCTGGGGGCTTCTACAGTCTTCAGAAAGCTT
TGACCCAGCTATTTTGCAGCCAATAGTACAGGTGTTGCAACAACCGGAAGCAAGAAGATT
AGGAGGACGTGTTGCAGGAGGTGTAGGGCAACGTCTTGCAGCTAGGTTTCTGCAACAACT
CCTCCGAGCCACAACGCCATCTCCTTCACCAATCGCATAGTTCCTCTTCTCTTGTCATCA
GTGAAATGGTAAAATTGTATATTAAAGGCGAGAATACATTCTCGCAAACCACAGAATTGA
TTCACGTTATAGTAATATATAGTGTCATTCTTTGTCTTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CR80TF U 1
AF RR3FO17JQ C 715
AF RR3CR80JQ C 571
AF RR3FO17TF U 650
BS 1 651 RR3CR80TF
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BS 653 726 RR3CR80TF
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BS 1179 1226 RR3FO17TF
BS 1227 1242 RR3CR80JQ

RD RR3CR80TF 772 0 0
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AGGAATCCAGTGCAGCCTAAGGCAGCTCCTGGAGTATGGTTTTTTCCACGCTGACCCTCA
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GAGTGAGACGCCGGAGGAAGCTAGGTTTGCGATCATAGGCCATGTTGTTCATTTGGTCAA
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GGATGTTACTCCCATCATACCAGCTCTGAGAGGCTTCTTCGACGACGCGCTTAACTACAC
GGTCAGCGAGCTCAATTTCAAGACATTGGTTGATGGTTTAGGTGCTGTCTTCTATCAGTA
TCCGTTTGATGTCCCTGCCTACTACGCTTTGATCCTGAGGTCGCTCACCGTGCTCGAAGG
TTTGGCGCTTTACGCAGATCCTGACTTCAAAGTGTTGGCTGCGTCTTACCCCTACTTTGC
CAAGAGGCTTCTCACTGATCAGAACCCGTATCTGAGAGATGCGCTTATCGAGCTACTGTT
CAAAGATGGGAAGTTCAGGTGGAACAGGCTCTAGAACCTTCTGCAACAGGG*AGCAAAGA
TAGGGACTTCTCGTCGAAAGACGCTCTGCAGCCTGTGTTGAAGCTGCTGCTGGATCCGAA
CGGAGA*GAGCTTAGATTGCTGGTGATAAAG**AGCTGTGAGAGTCAGTGAA

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3FO17JQ 346 0 0
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GTTTGCTCTTGGAAGTGTTGTTGACACGTACAACTCCATGCCTGAGTTTATGAGGTCTTT
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AAGCTTTGACCCAGCTATTTTGCAGCCAATAGTACAGGTGTTGCAACAACCGGAAGCAAG
AAGATTAGGAGGACGTGTTGCAGGAGGTGTAGGGCAACGTTTTGCA

QA 1 346 1 346
DS 

RD RR3CR80JQ 672 0 0
TCTGAGAGATGCGCTTATCGAGCTACTGTTCAAAGATGGGAAGTTCAGGTGGAACAGGCT
CTAGAACCTTCTGCAACAGGGGAGCAAAGATAGGGACTTCTCGTCGAAAGACGCTCTGCA
GCCTGTGTTGAAGCTGCTGCTGGATCCGAACGGAGAAGAGCTTAGATTGCTGGTGATAAA
AGAAGCTGTGAGAGTCAGTGAAGCGTTTGCTCTTGGAAGTGTTGTTGACACGTACAACTC
CATGCCTGAGTTTATGAGGTCTTTCGTCTTCAATGGAAATGGGAACGGTGGTGGCCCTCT
GACAATGAATCCCACGGAGCTGGAAAGCACGCTTGAGCTAAGAGACCAGGTCGCAAGAAT
CTGGGGGCTTCTACAGTCTTCAGAAAGCTTTGACCCAGCTATTTTGCAGCCAATAGTACA
GGTGTTGCAACAACCGGAAGCAAGAAGACTAGGAGGACGTGTTGCAGGAGGTGTAGGGCA
ACGTCTTGCAGCTAGGTTTCTGCAACAACTCCTCCGAGCCACAACGCCATCTCCTTCACC
AATCGCATAGTTCCTCTTCTCTTGTCATCAGTGAAATGGTAAAATTGTATATTAAAGGCG
AGAATACATTCTCGCAAACCACAGAATTGATTCACGTTATAGTAATATATAGTGTCATTC
TTTGTCTTTTAC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3FO17TF 577 0 0
GGGAGCAAAGATAGGGACTTCTCGTCGAAAGACGCTCTGCAGCCTGTGTTGAAGCTGCTG
CTGGATCCGAACGGAGAAGAGCTTAGATTGCTGGTGATAAAAGAAGCTGTGAGAGTCAGT
GAAGCGTTTGCTCTTGGAAGTGTTGTTGACACGTACAACTCCATGCCTGAGTTTATGAGG
TCTCTCGTCTTCAATGGAAATGGGAACGGTGGTGGCCCTCTGACAATGAATCCCACGGAG
CTGGAAAGCACGCTTGAGCTAAGAGACCAGGTCGCAAGAATCTGGGGGCTTCTACAGTCT
TCAGAAAGCTTTGACCCAGCTATTTTGCAGCCAATAGTACAGGTGTTGCAACAACCGGAA
GCAAGAAGATTAGGAGGACGTGTTGCAGGAGGTGTAGGGCAACGTCTTGCAGCTAGGTTT
CTGCAACAACTCCTCCGAGCCACAACGCCATCTCCTTCACCAATCGCATAGTTCCTCTTC
TCTTGTCATCAGTGAAATGGTAAAATTGTATATTAAAGGCGAGAATACGTTCTCGCAAAC
CACAGAATTGATTCACGTTATAGTAATATATAGTGTC

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 4

CO CL2956Contig1 1239 4 9 U
GAATTAATTTCATTTTAGACAGAAGCAAGGAAGAAGAAGGAAGAACTTTGATTGCTTCCG
TCTCACCTTTTTTAACAGATTCCCAACTCCAAACGAGTCATGGCCGAGTTGACTCAGTCC
GACGTCGTTTACTCGCCTCGTTCCCTCCAAGTGTGGAAGACTTTCATGAACTGCCTCGCG
TTTTTCTACCAGATCTTCCTTCAGATCCTCCGCGCCGTCGGCTACCATCCTCTCCTCTCT
TCCTCCTCCTCCTCTAAAGCCGCCGCCGATGGCTTCAAACCCTTGCCGTCCATCGAATTG
CCGGAATCTCCCACCACCGTCGAAATCGCCTCCGAAGGTCGCTTCCAGAGACTAAAGGTA
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AGACCGACACTTTATGATAGGTTCCGAATGCCTGAATGGTTTGAGAAGCAAGGCATACCA
CCTTCTTGCTGGAATCCTTAACCGGTTAAGTAGAAACTAATGGAGAAAACTGAAAATATA
TCTTTGGTCCACACAAAAAAAAAAGGGAAAGGACTTGTTTCGTACAGTAGTTTCAGCAAT
GAAAAAAAAATGTGAGAAGGGCACATAAACTACCATTCGTAGTGTTTATAATCTTTGGTA
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ATCTGTAGTTTTGTTAATGATCAAGCATTTTTTTTTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EG79TF U 11
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AF RR3FA87JQ C 510
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ATTCGTAGTGTTTAT

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3FA87JQ 730 0 0
GAC
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GTTTGCTGATCTTGTTCTGTTTACCGCTGGTCTTGAAGGATATGCGAGACCGCTTGTGGA
TATAATAGATACAAGGAAAGTACTGAGCAACCGGCTTTACCGACCTTCAACAGTCAGCAC
ACCATACCGAGATCATGTGAAGGATCTGTTAAGCACATCAAAGAACATGTCTAGGACTGT
AATCGTTGACAACAATCCTTTCAGCTTTCTATTGCAACCGTCAAATGGGATTCCGTGTAT
TGCATTCTTTGCCGGGCAGCCTAATGACACTCAGCTTTTGGACGTTATTCTTCCACTTCT
GAAGCAACTTTCAGAGGAAGAAGATGTAAGACCGACACTTTATGATAGGTTCCGAATGCC
TGAATGGTTTGAGAAGCAAGGCATACCACCTTCTTGCTGGAATCCTTAACCGGTTAAGTA
GAAACTAATGGAGAAAACTGAAAATATATCTTTGGTCCACACAAAAAAAA**GGGAAAGG
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TTTTCCT

QA 4 730 4 730
DS 



AS 1 4

CO CL2957Contig1 1688 4 4 U
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AATCAAAAGATTTTCAATTAAATCTTTCCTAATTTTGACATCTTTATTTTTTATCTGCAA
GATCTCCTTTGCTCACATGGTGTTCAATGAACTTCTTGTACCAATAAGCTGATTTCTTTG
GCGTTCTTTTGAGAGTTGTGTAGTCCACGTGGAATAATCCAAATCGAAGTTTGTATCCAT
AAAACCACTCAAAATTATCTAATAGCGACCATGCGAGATAACCCTTCACATTTGCTCCAT
CGCTCATTGCTGCTGTCAAAGCATCCAAATATCCACTCATGTAGCGTACCCTTTTTGTAT
CATTTAGAAGTTCTTTTACAATTGTCTCAGGTTTTTGTAACTCTCCGAGACCGTTTTCGG
TGATGAAAATTGGTATGTTGGGGTATCTTTCTGTTAGATAGTTCAACATCTTTCGGAATC
CTACAGGATCGATGTTCAACCAACTTACGTCGGTAACTTCTCCGATTGGAATATTGCCTT
TCTGGATTAATTTCAGTGCGAATCCTTCACTTCTAGAAGCTCCATCTCCAGAATTGCAAG
CAGAGATTAAACAATCTTGGATGAAGTAACTTGTATAGTGATTAATGCCCAAAAAATCTG
ATTTATATCTTTTAAGGTTTTTAATTTCGTTTCTGGAAAATTGCGGCAAAGCTGATCCAA
GTAGATTCACCATTTCTTCAGGATATTTCCCATATACAACGGGATCTAGAATCCAGTTAG
AATAAAATGACTGAGCTCTCTCTGCAGCATTCTTATCTGCAATGGAGTCGCTTAGGTTCA
AACCATGATGTTTGTACCACAATACCGATGCTTCCTTTTTGTTGTTTCTTATATTTGGTT
TGGTATATTTGTACTGCCTTTGCGTGTGCCAGGATTGTGTTATGTGCAGCTATAAAAGGC
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TGGTTCAACGTCACAAATGGCGTAATCCCATTTCTAATGAGAGCGTCGATCAACATGTTG
TAATGTTTTATGACCAAATGGTTTAGGCCTCCAAGTCTTCCTTTAGGTAAGACTCTAGAC
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ATGTATCGATTATATTGATCAACAGCTATGTCTCCATTGCCCCCATCCATTATTCTCCCA
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GAATCATCTGAAGAATTTTGATGAAGACATGAACTGTAAGGAGGAAACAAGAAGCTTTGT
AATAAAAATAGAGTTACGAAGTTGGCAGAACTTTTCATTTTCCTCTCTTGTGTTTTGTTT
ATCTTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH12JQ U 1
AF RR3BU07JQ U 7
AF RR3FH12TF C 292
AF RR3BU07TF C 1012
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BS 804 1074 RR3FH12TF
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AAAACCACTCAAAATTATCTAATAGCGACCATGCGAGATAACCCTTCACATTTGCTCCAT
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CATTTAGAAGTTCTTTTACAATTGTCTCAGGTTTTTGTAACTCTCCGAGACCGTTTTCGG
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TCTGGATTAATTTCAGTGCGAATCCTTCACTTCTAGAAGCTCCATCTCCAGAATTGCAAG
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AAGATTTTCAATTAAATCTTTCCTAATTTTGACATCTTTATTTTTTATCTGCAAGATCTC
CTTTGCTCACATGGTGTTCAATGAACTTCTTGTACCAATAAGCTGATTTCTTTGGCGTTC
TTTTGAGAGTTGTGTAGTCCACGTGGAATAATCCAAATCGAAGTTTGTATCCATACAACC
ACTCAAAATTATCTAATAGCGACCATGCGAGATAACCCTTCACATTTGCTCCATCGCTCA
TTGCTGCTGTCAAAGCATCCAAATATCCACTCATGTAGCGTACCCTTTTTGTATCATTTA
GAAGTTCTTTTACAGTTGTCTCAGGTTTTTGTAACTCTCCGAGACCGTTTTCGGTGATGA
AAATTGGTATGTTGGGGTATCTTTCTGTTAGATAGTTCAACATCTTTCGGAATCCTTCAG
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TTAAACAATCTTGGATGAAGTAACTTGTATAGTGATTAATGCCCAAAAAATCTGATTTAT
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TCACCATTTCTTCAGGATATTTCCCATATACAACGGGATCTAGAATCCAGTTAGAATAAA
ATGACTGAGCTCTCTCT

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TTTTTGTATCATTTAGAAGTTCTTTTACAATTGTCTCAGGTTTTTGTAACTCTCCGAGAC
CGTTTTCGGTGATGAAAATTGGTATGTTGGGGTATCTTTCTGTTAGATAGTTCAACATCT
TTCGGAATCCTACAGGATCGATGTTCAACCAACTTACGTCGGTAACTTCTCCGATTGGAA
TATTGCCTTTCTGGATTAATTTCAGTGCGAATCCTTCACTTCTAGAAGCTCCATCTCCAG
AATTGCAAGCAGAGATTAAACAATCTTGGATGAAGTAACTTGTATAGTGATTAATGCCCA
AAAAATCTGATTTATATCTTTTAAGGTTTTTAATTTCGTTTCTGGAAAATTGCGGCAAAG
CTGATCCAAGTAGATTCACCATTTCTTCAGGATATTTCCCATATACAACGGGATCTAGAA
TCCAGTTAGAATAAAATGACTGAGCTCTCTCTGCAGCATTCTTATCTGCAATGGAGTCGC
TTAGGTTCAAACCATGATGTTTGTACCACAATACCGATGCTTCCTTTTTGTTGTTTCTTA
TATTTGGTTTGGTATATTTGTACTGCCTTTGCGTGTGCCAGGATTGTGTTATGTGCAGCT
ATAAAAGGCTCAATTTCTGAATTCCCCTGACTACAGTTTCCGAACGGCATAGAGCACCGG
TTTGGTGGAAACACACCCTTTAGATAGCTTAAGATTATTTGTTGATTTGGTTCGTTTATC
GTT
C

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DS 

RD RR3BU07TF 677 0 0
G
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TTATCCAGAGTTTAACTCGATCTCCAAAATGTTTGAAACATGTATCAGCTAAGTACCCGA
ATTCTCTCTGCATTTCAGGGCTTAACCAGCTTTTAAACTGGTTTTCAAGTTCTTGAGGAT
AGTCGAAATGGTTCAACGTCACAAATGGCGTAATCCCATTTCTAATGAGAGCGTCGATCA
ACATGTTGTAATGTTTTATGACCAAATGGTTTAGGCCTCCAAGTCTTCCTTTAGGTAAGA
CTCTAGACCAAGATATTGAAAGTCTGTAACTGTTGACGCCAAGATATTTCATTGATTGGA
TATCCTCCATGTATCGATTATATTGATCAACAGCTATGTCTCCATTGCCCCCATCCATTA
TTCTCCCAGGGTTTTCATGGCTAAAGACATCCCAATTGGTCAAACCTTTTCCATCGGTTA
AGTACGCACCTTCATACTGATAAGCAGAAGATGATGTGCCAAAGAGGAAATCAGAAGGAA
ATGGAGATGAATCATCTGAAGAATTTTGATGAAGACATGAACTGTAAGGAGGAAACAAGA
AGCTTTGTAATAAAAATAGAGTTACGAAGTTGGCAGAACTTTTCATTTTCCTCTCTTGTG
TTTTGTTTATCTTCCC

QA 2 677 2 677
DS 



AS 1 4

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GTTCAACATTACCCTTCACTGTCACCTTTTGCTCCTTTATATCAATGTCAAATGACTCAA
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BQ
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AF RR3FT90JQ U 1
AF RR3FT90TF C 227
AF RR3FM62JQ U 36
AF RR3FM62TF C 36
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RD RR3FT90JQ 593 0 0
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AAACTTGTGATGGCTTAGTCTCAGCTTCAGCGAGTTTTGGCTCAACATCAGCCGTTGCAT
CAACCTTAGCCTCAGTCTTAGTCTCAGTCTCGGTTTTACTCTCAGTCGCAGCCTCAGTCT
CCACAGGCCAGTAAGAAGTCTTCTTTCCAGTCTTTGAAACCGTTTGAAAAACTGCTTCAG
GTTCAACATTACCTTTCACTGTCACCTTTTGCTCCTTTATATCAATGTCAAATGACTCAA
CCCCTTCCATTTTCCCCAAGACTCTATTGACGGCACCAACGCAGCCTTGGCATGACATAC
CAACTTTGAGGACAACGGTCTGAGACGTGGCTACAATTTGATGAAACGAGGCGAGAAGCT
CTGAGACTAATGATCCGAAATAGATAATGAGGTCTTTGTAATTTGTTGAGTCC

QA 1 593 1 593
DS 

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CGCAGCCTCAGTCTCCACAGGCCAGTAAGAAGTCTTCTTTCCAGTCTTTGAAACCGTTTG
AAAAACTGCTTCAGGTTCAACATTACCTTTCACTGTCACCTTTTGCTCCTTTATATCAAT
GTCAAATGACTCAACCCCTTCCATTTTCCCCAAGACTCTATTGACGGCACCAACGCAGCC
TTGGCATGACATACCAACTTTGAGGACAACGGTCTGAGACGTGGCTACAATTTGATGAAA
CGAGGCGAGAAGCTCTGAGACTAATGATCCGAAATAGATAATGAGGTCTTTGTAATTTGT
TGAGTCC

QA 1 367 1 367
DS 

RD RR3FM62JQ 558 0 0
CCAACATCTTGTTTTCAATAGTAGAAAAAGTATTAGGTACATAGAGAAACCATAAATCTC
TTAGTTCTTACAATAACAAACAAGCCAAATATAATAGAAGTACTGGAAATACGGATAAGA
AGTCTCATTGTTATCTTTTGTTTCTAAACTTGTGATGGCTTAGTCTCAGCTTCAGCGAGT
TTTGGCTCAACATCAGCCGTTGCATCAACCTTAGCCTCAGTCTTAGTCTCAGTCTCGGTT
TTACTCTCAGTCGCAGCCTCAGTCTCCACAGACCAGTAAGAAGTCTTCTTTCCAGTCTTT
GAAACCGTTTGAAAAACTGCTTCAGGTTCAACATTACCCTTCACTGTCACCTTTTGCTCC
TTTATATCAATGTCAAATGACTCAACCCCTTCCATTTTCCCCAAGACTCTATTGACGGCA
CCAACGCGGCCTTGGCATGACATACCAACTTTGAGGACAACGGTCTGAGACATGGCTACA
ATTTGATGAAACGAGGCGAGAAGCTCTGAGACTAATGATCCGAAATAGATAATGAGGTCT
TTGTAATTTGTTGAGTCC

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR3FM62TF 558 0 0
CCAACATCTTGTTTTCAATAGTAGAAAAAGTATTAGGTACATAGAGAAACCATAAATCTC
TTAGTTCTTACAATAACAAACAAGCCAAATATAATAGAAGTACTGGAAATACGGATAAGA
AGTCTCATTGTTATCTTTTGTTTCTAAACTTGTGATGGCTTAGTCTCAGCTTCAGCGAGT
TTTGGCTCAACATCAGCCGTTGCATCAACCTTAGCCTCAGTCTTAGTCTCAGTCTCGGTT
TTACTCTCAGTCGCAGCCTCAGTCTCCACAGACCAGTAAGAAGTCTTCTTTCCAGTCTTT
GAAACCGTTTGAAAAACTGCTTCAGGTTCAACATTACCCTTCACTGTCACCTTTTGCTCC
TTTATATCAATGTCAAATGACTCAACCCCTTCCATTTTCCCCAAGACTCTATTGACGGCA
CCAACGCGGCCTTGGCATGACATACCAACTTTGAGGACAACGGTCTGAGACATGGCTACA
ATTTGATGAAACGAGGCGAGAAGCTCTGAGACTAATGATCCGAAATAGATAATGAGGTCT
TTGTAATTTGTTGAGTCC

QA 1 558 1 558
DS 



AS 1 2

CO CL2959Contig1 744 2 20 U
GGACTCTCCTTCTCCCTTTTCTTCGCAGCCGGAAACGTTCATTTCCGTTAGCGCCGAGAG
AAAATCACGATGCCGGCAAAACAGAGGACACCGAAGGTCAGCCGAAACCCTGATCTGATC
AGGGGAGTAGGTAAATACTCAAGGTCTCAGATGTACCACAAGAGAGGTCTTTGGGCTATC
AAGGCCAAAAACGGCGGCGTTTTCCCCCGCCACGACGCTAAGTCCAAAGTCGATTCTCCT
GCGGAGAAGCCCCCGAAGTTCTATCCTGCTGAAGACGTCAAGAAACCTCTCGCCAACAGA
CGCAAACCAAAGCCTACCAAGCTCAGATCCAGCATTACGCCAGGGACAGTGCTGATCATC
CTTGCTGGTAGGTTCAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTCTTGAAGCAGCTTACTTCGGGTTTA
CTTCTTGTGTCCGGACCATTCAAGATCAATGGTGTTCCTTTGAGACGTGTGAACCAGTCC
TACGTGATTGGCACTTCCACAAAGGTTGACATTTCTGGAGTTAGCGTCGACAAATTCGAT
GATAAGTATTTTGGAAAGGTTGCTGAGAAGAAGAACAAGAAGGGAGAAAGAGAGTTCTTT
GAGGCAGAGAAAGAGGAGAAGAAGAGATTCCACAAGGGAAGAAAGATGACCAGAAGCCGT
TGATGCAGCTTTGATCAAAGCCATTGAAGCAGTTACAGAGTTGAAGACTACTTGGGCGCA
AGGTCTCATTGAAACAGGGATGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F458TF U 1
AF RR3D027TF U 42
BS 1 77 RR3F458TF
BS 78 78 RR3D027TF
BS 79 89 RR3F458TF
BS 90 90 RR3D027TF
BS 91 92 RR3F458TF
BS 93 93 RR3D027TF
BS 94 184 RR3F458TF
BS 185 185 RR3D027TF
BS 186 588 RR3F458TF
BS 589 589 RR3D027TF
BS 590 678 RR3F458TF
BS 679 679 RR3D027TF
BS 680 681 RR3F458TF
BS 682 682 RR3D027TF
BS 683 690 RR3F458TF
BS 691 691 RR3D027TF
BS 692 694 RR3F458TF
BS 695 695 RR3D027TF
BS 696 702 RR3F458TF
BS 703 744 RR3D027TF

RD RR3F458TF 702 0 0
GGACTCTCCTTCTCCCTTTTCTTCGCAGCCGGAAACGTTCATTTCCGTTAGCGCCGAGAG
AAAATCACGATGCCGGCGAAACAGAGGACGCCTAAGGTCAGCCGAAACCCTGATCTGATC
AGGGGAGTAGGTAAATACTCAAGGTCTCAGATGTACCACAAGAGAGGTCTTTGGGCTATC
AAGGTCAAAAACGGCGGCGTTTTCCCCCGCCACGACGCTAAGTCCAAAGTCGATTCTCCT
GCGGAGAAGCCCCCGAAGTTCTATCCTGCTGAAGACGTCAAGAAACCTCTCGCCAACAGA
CGCAAACCAAAGCCTACCAAGCTCAGATCCAGCATTACGCCAGGGACAGTGCTGATCATC
CTTGCTGGTAGGTTCAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTCTTGAAGCAGCTTACTTCGGGTTTA
CTTCTTGTGTCCGGACCATTCAAGATCAATGGTGTTCCTTTGAGACGTGTGAACCAGTCC
TACGTGATTGGCACTTCCACAAAGGTTGACATTTCTGGAGTTAGCGTCGACAAATTCGAT
GATAAGTATTTTGGAAAGGTTGCTGAGAAGAAGAACAAGAAGGGAGAAGGAGAGTTCTTT
GAGGCAGAGAAAGAGGAGAAGAAGAGATTCCACAAGGGAAGAAAGATGACCAGAAGCCGT
TGATGCAGCTTTGATCAA*GCTATTGAAGCGGTTCCAGAGTT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3D027TF 703 0 0
GGAGGATCAC
CGCCGAGATAAACTCACGATGCCGGCAAAGCAGAGGACACCGAAGGTCAGCCGAAACCCT
GATCTGATCAGGGGAGTTGGTAAATACTCAAGGTCTCAGATGTACCACAAGAGAGGTCTT
TGGGCTATCAAGGCCAAAAACGGCGGCGTTTTCCCCCGCCATGACGCTAAGTCCAAAGTT
GATTCTCCTGCGGAGAAGCCCCCGAAGTTCTATCCTGCTGAAGACGTCAAGAAACCTCTC
GCCAACAGACGCAAGCCAAAGCCTACCAAGCTCAGATCCAGCATTACGCCAGGGACAGTG
CTGATCATCCTTGCTGGTAGGTTCAAGGGCAAGAGAGTTGTCTTCTTGAAGCAGCTTACT
TCTGGTTTACTTCTTGTGTCCGGACCGTTCAAGATCAATGGTGTTCCTTTGAGACGTGTT
AACCAGTCCTACGTGATTGGCACTTCCACAAAGGTTGACATTTCTGGAGTTAGCGTCGAC
AAATTCGATGATAAGTATTTTGGAAAGGTTGCTGAGAAGAAGAACAAGAAGGGAGAAAGA
GAGTTCTTTGAGGCAGAGAAAGAGGAGAAGAGGAGATTCCACAAGGGAAGAAAGATGACC
AGAAGCCGTTGATGTAG*TTTGATCAAAGCCATTGAAGCAGTTACAGAGTTGAAGACTAC
TTGGGCGCAAGGTCTCATTGAAACAGGGATGAG

QA 11 703 11 703
DS 



AS 1 3

CO CL2960Contig1 468 3 8 U
TTTTTTATCAATCCAAAAGAATGTCTTTCCAGTTTATTTATTTTGATCATCCAGAGAAAA
CGTTTAAAAACGAAAGAGTTGGGGTCTCAACAATCAATCCGTCCACACGACCTTCTTCTG
GCCTTAAAGCATAAAATGATAAAAGAGAGCCTGATCTTGCTCAAATCAGAGAGGACCAGG
GAAAGTTCCGGTCTCCCTCTGCTCATTCCACTTGTCAACCCATTCTCCAGGGCAGAGAGC
GCGGTAGTACTTGGCGAACCTCTCGCATTCATTGGAGTCCTCTCCCTTTGCAGTTGTACA
CCTGTGGAACTCAATGTAGCGGGTGAAACAGTGCCTTGTCTGGTTCGTTGTAGGGAACCG
GAAATCAGCAGGGGCAGTTTTCAACTCAATCTCATCCTCCATGGCTGATATGATCTGATC
TGATCTGATCTGATCAGAAGACGAACGGTGAGAAGATTGTGTTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C337JQ U 1
AF RR3B481JQ U 9
AF RR3B481TF C 9
BS 1 49 RR3C337JQ
BS 50 50 RR3B481JQ
BS 51 85 RR3C337JQ
BS 86 86 RR3B481JQ
BS 87 100 RR3C337JQ
BS 101 101 RR3B481JQ
BS 102 456 RR3C337JQ
BS 457 468 RR3B481JQ

RD RR3C337JQ 456 0 0
TTTTTTATCAATCCAAAAGAATGTCTTTCCAGTTTATTTATTTTGATCACCCAGAGAAAA
CGTTTAAAAACGAAAGAGTTGGGGTTTCAACAATCAATCCATCCACACGACCTTCTTCTG
GCCTTAAAGCATAAAATGATAAAAGAGAGCCTGATCTTGCTCAAATCAGAGAGGACCAGG
GAAAGTTCCGGTCTCCCTCTGCTCATTCCACTTGTCAACCCATTCTCCAGGGCAGAGAGC
GCGGTAGTACTTGGCGAACCTCTCGCATTCATTGGAGTCCTCTCCCTTTGCAGTTGTACA
CCTGTGGAACTCAATGTAGCGGGTGAAACAGTGCCTTGTCTGGTTCGTTGTAGGGAACCG
GAAATCAGCAGGGGCAGTTTTCAACTCAATCTCATCCTCCATGGCTGATATGATCTGATC
TGATCTGATCTGATCAGAAGACGAACGGTGAGAAGA

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR3B481JQ 460 0 0
CAATCCAAAAGAATGTCTTTCCAGTTTATTTATTTTGATCATCCAGAGAAAACGTTTAAA
AACGAAAGAGTTGGGGTCTCAACAATCAATCCGTCCACACGACCTTCTTCTGGCCTTAAA
GCATAAAATGATAAAAGAGAGCCTGATCTTGCTCAAATCAAAGAGGACCAGGGAAAGTTC
CGGTCTCCCTCTGCTCATTCCACTTGTCAACCCATTCTCCAGGGCAGAGAGCGCGGTAGT
ACTTGGCGAACCTCTCGCATTCATTGGAGTCCTCTCCCTTTGCAGTTGTACACCTGTGGA
ACTCAATGTAGCGGGTGAAACAGTGCCTTGTCTGGTTCGTTGTAGGGAACCGGAAATCAG
CAGGGGCAGTTTTCAACTCAATCTCATCCTCCATGGCTGATATGATCTGATCTGATCTGA
TCTGATCAGAAAACGAACGGTGAGAAGATTGTGTTTGTCC

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR3B481TF 460 0 0
CAATCCAAAAGAATGTCTTTCCAGTTTATTTATTTTGATCATCCAGAGAAAACGTTTAAA
AACGAAAGAGTTGGGGTCTCAACAATCAATCCGTCCACACGACCTTCTTCTGGCCTTAAA
GCATAAAATGATAAAAGAGAGCCTGATCTTGCTCAAATCAGAGAGGACCAGGGAAAGTTC
CGGTCTCCCTCTGCTCATTCCACTTGTCAACCCATTCTCCAGGGCAGAGAGCGCGGTAGT
ACTTGGCGAACCTCTCGCATTCATTGGAGTCCTCTCCCTTTGCAGTTGTACACCTGTGGA
ACTCAATGTAGCGGGTGAAACAGTGCCTTGTCTGGTTCGTTGTAGGGAACCGGAAATCAG
CAGGGGCAGTTTTCAACTCAATCTCATCCTCCATGGCTGATATGATCTGATCTGATCTGA
TCTGATCAGAAGACGAACGGTGAGAAGATTGTGTTTGTCC

QA 1 460 1 460
DS 



AS 2 4

CO CL2961Contig1 772 2 4 U
CGCAATTATCTTCTTAAACTTAATCTCTTATGAATGAAATTCAGTGAAAAAAGGTTTACA
ACTTCACATTACTCTGCTAAGTTGCTGATACATATATTACAGTACACACTTGGATACTTC
CCATATAGGAACTCACGCACTACTCTCTTACTCCATAAACTTTTAAATTCTGAGACAATG
CTAAAAGTTGCAAGTTCAGTCGTTAAGGATGAAAGGAGACGCGACCATTTACGCATCTGA
GCTGCTTTCCTGAATATTTATTGAGTTTGTGGGTATCAAGCACATCCAAAGAAATCTTCT
ATTGATTGTGAGGTGAACACGTTCGGAGCCGTTCGCTCTGGTTTCGCTGCAAAAACGTGC
AGCTGAAACTTTATGAACCTAGCTAGTTGTGTGCTGATTTCTGGATTTGTATCAATGTGC
CAGTCAGGTTCTAGTTGTCTAACAAATGAAGTTCTTCCGATCTCTGTACTACAAAACAGC
ACCTTGTCTTTGACCAAACCACCAGATGTGAAAACGCCTGCAGTCTCTAGAGCCTGTAAA
ACTTTGGCTTCGCTTTGGTCGTCAAGAACTCTTTCCATGAGATACAAATCACAACACTTT
GTAATCTCCAGGAGAACTTCGACAACGGATGACCTCACCGTTGCTTGTTTTTGAAGTTCT
TCAGGACTTGATTCCTCAAGAATGACACCAAGAAGACGGCATGTTACCTTTCTTCCTTCA
CTAAGTCTCTGCCTAACTAACTGCCCCAATGTAGGTTTTCCAGTCTGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG68JQ U 1
AF RR3BM74JQ U 16
BS 1 633 RR3EG68JQ
BS 634 634 RR3BM74JQ
BS 635 750 RR3EG68JQ
BS 751 772 RR3BM74JQ

RD RR3EG68JQ 750 0 0
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ACTTCACATTACTCTGCTAAGTTGCTGATACATATATTACAGTACACACTTGGATACTTC
CCATATAGGAACTCACGCACTACTCTCTTACTCCATAAACTTTTAAATTCTGAGACAATG
CTAAAAGTTGCAAGTTCAGTCGTTAAGGATGAAAGGAGACGCGACCATTTACGCATCTGA
GCTGCTTTCCTGAATATTTATTGAGTTTGTGGGTATCAAGCACATCCAAAGAAATCTTCT
ATTGATTGTGAGGTGAACACGTTCGGAGCCGTTCGCTCTGGTTTCGCTGCAAAAACGTGC
AGCTGAAACTTTATGAACCTAGCTAGTTGTGTGCTGATTTCTGGATTTGTATCAATGTGC
CAGTCAGGTTCTAGTTGTCTAACAAATGAAGTTCTTCCGATCTCTGTACTACAAAACAGC
ACCTTGTCTTTGACCAAACCACCAGATGTGAAAACGCCTGCAGTCTCTAGAGCCTGTAAA
ACTTTGGCTTCGCTTTGGTCGTCAAGAACTCTTTCCATGAGATACAAATCACAACACTTT
GTAATCTCCAGGAGAACTTCGACAACGGATGACTTCACCGTTGCTTGTTTTTGAAGTTCT
TCAGGACTTGATTCCTCAAGAATGACACCAAGAAGACGGCATGTTACCTTTCTTCCTTCA
CTAAGTCTCTGCCTAACTAACTGCCCCAAT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3BM74JQ 757 0 0
AAACTTAATCTCTTATGAATGAAATTCAGTGAAAAAAGGTTTACAACTTCACATTACTCT
GCTAAGTTGCTGATACATATATTACAGTACACACTTGGATACTTCCCATATAGGAACTCA
CGCACTACTCTCTTACTCCATAAACTTTTAAATTCTGAGACAATGCTAAAAGTTGCAAGT
TCAGTCGTTAAGGATGAAAGGAGACGCGACCATTTACGCATCTGAGCTGCTTTCCTGAAT
ATTTATTGAGTTTGTGGGTATCAAGCACATCCAAAGAAATCTTCTATTGATTGTGAGGTG
AACACGTTCGGAGCCGTTCGCTCTGGTTTCGCTGCAGAAACGTGCAGCTGAAACTTTATG
AACCTAGCTAGTTGTGTGCTGATTTCTGGATTTGTATCAATGTGCCAGTCAGGTTCTAGT
TGTCTAACAAATGAAGTTCTTCCGATCTCTGTACTACAAAACAGCACCTTGTCTTTGACC
AAACCACCAGATGTGAAAACGCCTGCAGTCTCTAGAGCCTGTAGAACTTTGGCTTCGCTT
TGGTCGTCAAGAACTCTTTCCATGAGATACAAATCACAACACTTTGTAATCTCCAGGAGA
ACTTCGACAACGGATGACCTCACTGTTGCTTGTTTTTGAAGTTCTTCAGGACTTGATTCC
TCAAGAATGACACCAAGAAGACGGCATGTTACCTTTCTTCCTTCACTAAGTCTCTGTCTA
ACTAACTGCCCCAATGTAGGTTTTCCAGTCTGAAAAA

QA 1 757 1 757
DS 



CO CL2961Contig2 806 2 8 U
GGGATTTGTTCTGGGGAAAAAGTAAGAGCTCTGCCTTGAGACCGACCGGTGGCGAAAGCT
AGGAACCTCCTGATTGTTGTTCGTGTTAAAACGACGACGGTTTTGAGTTATGTCGTCGTC
GACAGAAGAGATCGGTCGACTAATCAAACGATTAAGCGGTTACGTAGCTGTCAAGATGTC
TGGCCTCTTCTCTACACCTATTCGCAATCTGGATTCAAGATCGATTGGTGCAATTGCGGG
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ACCAAAACGCAGGATTCAATCAGATCATGAAACCTCTACTGCTCCTTCGCCTCATGAGGA
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TAGACAGAGACTTAGTGAAGGAAGAAAGGTAACATGCCGTCTTCTTGGTGTCATTCTTGA
GGAATCAAGTCCTGAAGAACTTCAAAAACAAGCAACAGTGAAGTCATCCGTTGTCGAAGT
TCTCCTGGAGATTACAAAGTGTTGTGATTTGTATCTCATGGAAAGAGTTCTTGACGACCA
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AACCTGACTGGCACATTGATACAAATCCAGAAATCAGCACACACTAGCTAGGTCATAAGT
TTCAGCTGCACGTTTCTGCAGCGAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EG68TF U 1
AF RR3BM74TF U 6
BS 1 300 RR3EG68TF
BS 301 301 RR3BM74TF
BS 302 423 RR3EG68TF
BS 424 424 RR3BM74TF
BS 425 516 RR3EG68TF
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BS 518 666 RR3EG68TF
BS 667 806 RR3BM74TF

RD RR3EG68TF 668 0 0
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AGGAACCTCCTGATTGTTGTTCGTGTTAAAACGACGACGGTTTTGAGTTATGTCGTCGTC
GACAGAAGAGATCGGTCGACTAATCAAACGATTAAGCGGTTACGTAGCTGTCAAGATGTC
TGGCCTCTTCTCTACACCTATTCGCAATCTGGATTCAAGATCGATTGGTGCAATTGCGGG
GCTTGCAATCGCTGTGATTTTCACATGGAGGGCAATAAGAAGACAGCCTGAAAGAAGGAG
GCCAAAACGCAGGATTCAATCAGATCATGAAACCTCTACTGCTCCTTCGCCTCATGAGGA
TAATGGTGGTGTTGTTGATCAGTTTTTTCAGACTGGAAAACCTACATTGGGGCAGTTAGT
TAGGCAGAGACTTAGTGAAGGAAGAAAGGTAACATGCCGTCTTCTTGGTGTCATTCTTGA
GGAATCAAGTCCTGAAGAACTTCAAAAACAAGCAACGGTGAAGTCATCCGTTGTCGAAGT
TCTCCTGGAGATTACAAAGTGTTGTGATTTGTATCTCATGGAAAGAGTTCTTGACGACCA
AAGCGAAGCCAAAGTTCTACAGGCTCTAGAGACTGCAGGCGTTTTCACATCTGGTGGTTT
GGTCAA
AG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3BM74TF 801 0 0
GG
GTTCTGGGGAAAAAGTAAGAGCTCTGCCTTGAGACCGACCGGTGGCGAAAGCTAGGAACC
TCCTGATTGTTGTTCGTGTTAAAACGACGACGGTTTTGAGTTATGTCGTCGTCGACAGAA
GAGATCGGTCGACTAATCAAACGATTAAGCGGTTACGTAGCTGTCAAGATGTCTGGCCTC
TTCTCTACACCTATTCGCAATCTGGATTCAAGATCGATTGGTGCAATTGCGGGGCTTGCA
ATCGCTGTGATTTTCACATGGAGGGCAATAAGAAGACAGCCTGAAAGAAGGAGACCAAAA
CGCAGGATTCAATCAGATCATGAAACCTCTACTGCTCCTTCGCCTCATGAGGATAATGGT
GGTGTTGTTGATCAGTTTTTTCAGACTGGAAAACCTACATTGGGGCAGTTAGTTAGACAG
AGACTTAGTGAAGGAAGAAAGGTAACATGCCGTCTTCTTGGTGTCATTCTTGAGGAATCA
AGTCCTGAAGAACTTCAAAAACAAGCAACAGTGAGGTCATCCGTTGTCGAAGTTCTCCTG
GAGATTACAAAGTGTTGTGATTTGTATCTCATGGAAAGAGTTCTTGACGACCAAAGCGAA
GCCAAAGTTCTACAGGCTCTAGAGACTGCAG*CGTTTTCACATCTGGTGGTTTGGTCAAG
ACAAGTGCTGTTTTGTAGTACAGAGATCGGAGACTTCATTTGTTAGACACTAGAACCTGA
CTGGCACATTGATACAAATCCAGAAATCAGCACACACTAGCTAGGTCATAAGTTTCAGCT
GCACGTTTCTGCAGCGAAC

QA 3 801 3 801
DS 



AS 1 4

CO CL2962Contig1 917 4 8 U
GCACAATCGTCAACCTCAGCAAAAAGAAAACACATACAGAGAGAGAGAGATGGCGACGAC
AACAGCAGAGGCAACGAAGACATCTACTAATAATGGAGAAGACAAGCAATCTCAGAATCT
CCGACATCAAGAAGTTGGTCACAAGAGTCTCTTACAGAGCGACGATCTCTACCAGTATAT
TCTGGAGACAAGTGTGTATCCAAGAGAACCAGAATCAATGAAAGAACTCAGGGAAGTGAC
AGCGAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCAGCAGATGAAGGACAGTTTCTGAACAT
GCTCATCAAGCTTGTTAACGCCAAGAACACAATGGAGATCGGTGTTTACACTGGCTACTC
TCTCCTCGCCACTGCTCTTGCTCTCCCCGAAGACGGCAAAATTCTTGCTATGGATGTTAA
CAGAGAGAATTACGAATTGGGTTTGCCGATCATCGAAAAAGCCGGCGTTGCTCACAAGAT
TGATTTCAGGGAAGGCCCTGCTCTTCCCGTTCTTGATCAACTCGTTGCTGACGAGAAGAA
CCCTGGAACATATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAGGACAACTATATCAACTATCA
TAAGCGTTTGATTGATCTTGTGAAAGTTGGTGGAGTGATTGGCTATGACAACACTTTGTG
GAACGGTTCTGTCGTTGCTCCTCCTGATACACCAATGAGGAAGTATGTTCGTTATTACAG
AGACTTTGTTCTTGAGCTTAACAAGGCTCTTGCTGCTGACCCTAGGATTGAGATCTGCAT
GCTTCCTGTTGGTGATGGAATCACTATCTGCCGTCGGATCAGTTGATTTGATACCTCCAA
CACTCTGAGCTTGTCTGCAGTGGATCAATTCTCTCTCTCTACTACCTACCAAATTGGACA
CTCATATGTATTTGTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3CY88TF U 159
AF RR3C179JQ C 504
AF RR3BY09TF U 105
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AGCGAAACACCCTTGGAACATAATGACAACATCAGCAGATGAAGGACAGTTTCTGAACAT
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TAAGCGTTTGATTGATCTTGTGAAAGTTGGTGGAGTGATTGGCTATGACAACACTTTGTG
GAACGGTTCTGTCGTTGCTCCTCCTGAT
GCACAAT

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DS 

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TC

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TCGTTGATGCTGACAAGGACAACTATATCAACTATCATAAGCGTTTGATTGATCTTGTGA
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AT

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DS 

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G
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TCTCTACCAGTATATTCTGGAGACAAGTGTGTATCCAAGAGAACCA*AATCAATGAAAGA
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ACAGTTTCTGAACATGCTCATCAAGCTTGTTAACGCCAAGAACACAATGGGGATCGGTGT
TTACACTGGCTACTCTCTCCTCGCCACTGCTCTTGCTCTCCCCGAAGACGGCAAAATTCT
TGCTATGGATGTTAACAGAGAGAATTACGAATTGGGTTTGCCGATCATCGAAAAAGCCGG
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TGCTGACGAGAAGAACCATGGAACATATGACTTTATATTCGTTGATGCTGACAAGGACAA
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TGTTCGTTATTACAGAGACTTTGTTCTTGAGCTTAACAAGGCTCTTGCTGCTGACCCTAG
*ATTGAGATCTGCATGCTTCCTGTTGGTGATGGAATCACTATCTGCCGTCG*ATCAGTTG
ATTTGATACCTCCAACACTCTGAG*TTGTCTGCAGTGGATCAATTCTCTCTCTCTACTAC
CTACCAAATTGGACACTCATATGTATTTGTTA

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DS 



AS 1 3

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TCTTTTCCTTGCGGATTTAATACAAAGAGATATTAGGGAAAGAAAAAGAAAAGGGATTTC
AAGCCTTCTTGGCTCTTTTAACCTTTTTAATTGCATCAAAGATCGCTCTCCTTCTTTTCG
CAGTGGTCTTGCTCATCTCTCCACCATTGTTGTTGTTTTGGGCGTTTGTTCCACCAGAGC
TCTTGTTAGCTGCTTTCAATGCTTCTTGCACAAACACCTTCAGCCTCCACAAAGTCACAT
CAGTCTGAAGATCGATGTCAAGCTCAACTTCTGGTGCTCCGGCCGGGAACTGCGGGTTGC
CCTCTGAAACCATTTTCAGTGCCTTAAACAGATCCTCAGGAGAGAGACGACCTAAAGCTG
CAGAAAGTCCCTTCTTTTCTTGAGTAGACAGCTTTCTGCACTTCTGGACCACTACCTCCC
GAAGTTTCTCAAGCTCCTGATCGATCTCATACAGTTCGTTGCTTAAATCTCTAGCCTTCT
CTGCTTGAGCAGCCTCCACAGCAAGCTGCCTATTCGCACGATCCTGAGCCTCTTCCTCTG
CTTGTTTCTTTTCCTCTTCGACGAGTCTAGGCATAATGGTAAGCCACTTCTCCTCAAACT
TCTCCAAAAGAGACTCAGCCATCACATAGACATCATCTTTCTCTTCGTTATATCTCATAG
CGTTCTTGAAAACTAGCCTAACGTCAGCATATATCTCCCGGACATTGCTATACTCCGAAC
CTTCCATTTTAGTTTTAATAGTTCCCAAATCCATTGGCTTCTCTATAACCTTGTGATAAT
CATCGAGTCCAAGCCCTTTAACATCAACAGGTTGCAGAAATGGCCACGCCCATTTTTGTT
GAGCAATCTGACGAAAAATTGTAGCAAACTGACGCATAAGTTCAGGGCTGGAAACATGTT
TCCCTCTTGCTTTCTCTTTCCCAGCAGAGCTACACTTGGAGGGTTGAGAGATAGCAACTT
TTTTCCCACCGGAGTTACTCTTGGAAGTGTTTGTTTGACCTGCTCCGTCTTTGGTAGAGT
AAAACTGTTCAACCTCCACAACTTTCTGCTCAAGCTGATTGACTCTCTCGGTTATAACAT
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CTGTGTTATCGACGACATCGCAGTTAGGCGCAAGCACAGGCTCCTCCTTGACGTTTACGG
ACATTGATGGTACAGACTCACAAAAGCTTTTCGACGGATGACAGACAGGTCGTAGGAGGA
AGAAGAGAAGAGAAGGTCAGCTAACCCTTTGTATTCC


BQ
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AF RR3B173JQ U 23
AF RR3CJ09JQ U 1
AF RR3CJ09TF C 612
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BS 192 192 RR3B173JQ
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BS 258 295 RR3CJ09JQ
BS 296 296 RR3B173JQ
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BS 388 804 RR3CJ09JQ
BS 805 1357 RR3CJ09TF

RD RR3B173JQ 602 0 0
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CTTTTTAATTGCATCAAAGATCGCTCTCCTTCTTTTCGCAGTGGTCTTGCTCATCTCTCC
ACCATTGTTGTTGTTTTGGGCGTTTGTTCCACCAGAGCTCTTGTTAGCTGCTTTCAATGC
TTCTTGCACAAACACCTTCAGCCTCCACAAAGTCACATCAGTCTGAAGATCGATGTCAAG
CTCAACTTCTGGTGCTCCGGCCGGGAACTGCGGGTTGCCCTCTGAAACCATTTTCAGTGC
CTTAAACAGATCCTCAGGAGAGAGACGACCTAAAGCTGCAGAAAGTCCCTTCTTTTCTTG
AGTGGACAGCTTTCTGCACTTCTGGACCACTACCTCCCGAAGTTTCTCAAGCTCCTGATC
GATCTCATACAGTTCGTTGCTTAAATCTCTAGCCTTCTCTGCTTGAGCAGCCTCCACAGC
AAGCTGCCTATTCGCACGATCCTGGGCCTCTTCCTCTGCTTGTTTCTTTTCCTCTTCGAC
GA

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3CJ09JQ 804 0 0
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TCTTTTCCTTGCGGATTTAATACAAAGAGATATTAGGGAAAGAAAAAGAAAAGGGATTTC
AAGCCTTCTTGGCTCTTTTAACCTTTTTAATTGCATCAAAGATCGCTCTCCTTCTTTTCG
CAGTGGTCTTGTTCATCTCTCCACCATTGTTGTTGTTTTGGGCGTTTGTTCCACCAGAGC
TCTTGTTAGCTGCTTTTAATGCTTCTTGCACAAACACCTTCAGCCTCCACAAAGTTACAT
CAGTCTGAAGATCGATGTCAAGCTCAACTTCTGGTGCTCCGGCCGGGAACTGCGGGTTGC
CCTCTGAAACCATTTTCAGTGCCTTAGACAGATCCTCAGGAGAGAGACGACCTAAAGCTG
CAGAAAGTCCCTTCTTTTCTTGAGTAGACAGCTTTCTGCACTTCTGGACCACTACCTCCC
GAAGTTTCTCAAGCTCCTGATCGATCTCATACAGTTCGTTGCTTAAATCTCTAGCCTTCT
CTGCTTGAGCAGCCTCCACAGCAAGCTGCCTATTCGCACGATCCTGAGCCTCTTCCTCTG
CTTGTTTCTTTTCCTCTTCGACGAGTCTAGGCATAATGGTAAGCCACTTCTCCTCAAACT
TCTCCAAAAGAGACTCAGCCATCACATAGACATCATCTTTCTCTTCGTTATATCTCATAG
CGTTCTTGAAAACTAGCCTAACGTCAGCATATATCTCCCGGACATTGCTATACTCCGAAC
CTTCCATTTTAGTTTTAATAGTTC

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3CJ09TF 746 0 0
TCCTCTTCGACGAGTCTAGGCATAATGGTAAGCCACTTCTCCTCAAACTTCTCCAAAAGA
GACTCAGCCATCACATAGACATCATCTTTCTCTTCGTTATATCTCATAGCGTTCTTGAAA
ACTAGCCTAACGTCAGCATATATCTCCCGGACATTGCTATACTCCGAACCTTCCATTTTA
GTTTTAATAGTTCCCAAATCCATTGGCTTCTCTATAACCTTGTGATAATCATCGAGTCCA
AGCCCTTTAACATCAACAGGTTGCAGAAATGGCCACGCCCATTTTTGTTGAGCAATCTGA
CGAAAAATTGTAGCAAACTGACGCATAAGTTCAGGGCTGGAAACATGTTTCCCTCTTGCT
TTCTCTTTCCCAGCAGAGCTACACTTGGAGGGTTGAGAGATAGCAACTTTTTTCCCACCG
GAGTTACTCTTGGAAGTGTTTGTTTGACCTGCTCCGTCTTTGGTAGAGTAAAACTGTTCA
ACCTCCACAACTTTCTGCTCAAGCTGATTGACTCTCTCGGTTATAACATCAACGCAAGTC
CCATAATCCTCAAGCTTACTTCCCTCATCTCCATTGACAACTTCAAGCTCTGTGTTATCG
ACGACATCGCAGTTAGGCGCAAGCACAGGCTCCTCCTTGACGTTTACGGACATTGATGGT
ACAGACTCACAAAAGCTTTTCGACGGATGACAGACAGGTCGTAGGAGGAAGAAGAGAAGA
GAAGGTCAGCTAACCCTTTGTATTCC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 4

CO CL2964Contig1 1450 4 16 U
GGACAACCAATGACAACGCAAAGAACTCGACTTCTCAACCAAGTTCCCATTTTACCCTTT
TAACCCTCTTTCCCCAAAAAAAAAAACGACCTCGGTCCATCCTCCGCCGCCGCCGCCGCC
GCCGCCGAGACACCACCATGGAGTCATCCCCAATCAACCGTCTCTCACCGGATTCACTCC
ACCAGATCTTCTCATCTCTCCCTCTCCGTCAGATCATGATCTGCAGATCCGTCTGCAAGT
TCTTTAACCAGCTCTTGACCTCGCAGTGCTTCACCGAGATCATCTCCTCCCGTCCTCCTC
TGAACCTCCTCGCTCTCCGCCCTCCTCACCACCACCGCCACGTGGCCAACGCGCATCCCT
ACATCCACGTGTACGATCCGGACGAGAACCAGTGGTTCAGATTCAATCTCGATTTCCTCC
CTTTCCGATCGCCGCAGCCTGTGGCGTCCTCGAGCGGGTTGATCTACCTATGGGGTGACT
CGGTCGGCTCGGCTGACTCGAGCAAGTCGCTCGTCGCGTGTAACCCGTTGACTCGTCAGT
TCAAGGTGTTGCCCCAGCTCGGCTCGGCTTGGTCACGTCACGGCTCTGTTCTTGTCGACT
CGGCTAATAGAGTCATGGTCCTCACGGAGCTAGCTGCTCTGTATTTCTCATGACGGGTGG
TAGCTAACCAGTGGCTCAAATTCTCATCGAACTTACCGTCGAAACCTAGAAGCCCTGTGT
TAATGTCATGTTCTGTTTTCGCCTTGTGCGACGTGGGGTCACCATGGAGAAGCCAGTGGA
AGCTCTTCTCGTGTAAGCTAACGAACCTGACAGTAACTCACACGAACTGGACTTGCTTGG
AGAGACACGAGTGGGGAGATATTTTCGATATCATAAAACGACCGCGTTTACTGCGAGGGG
AAGGTGATTCTAAGCTGTTGATGATTGGTGGGTTAAAGTCAACGTTCTCGTTGAACCCGG
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GGAGGATGCCTCTTGATATGTACAGAGGGTTTCAAGAATCGAGTAAGTTTAAGGTTTTTG
GAGGTGGTGATAGGGTTTACTTCTCTGCTAAAAGGATGGGGAAGCTTGCAATGTGGGATC
TTTGGGGAGGATGGAGATGGGTTGACGGTGTTTCTGGTTATGGAGATGGGTTGTGTCGTG
GGTTTGTGTTTGAAGCTAAGCTTACGATGATGCAATGAAGAAAAAAATATTGTGATGTTT
ATGTTTTATGATTTGCTTGTGTTTCTTAAGCTGTTTTATCTCTTGTCATTGTGTTTTTCC
TTGTGTTGTTCTTGAATCCAAGTCTGTGCTTACATGAATTATATCCCTTTCATACTGTCT
TATAAGTGTGCAGCAATACAAACGATCATCATGTTCATTTGTTGGTCCTGATTTGAAGGT
TACGTTGCAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG14TF U 1
AF RR3C247TF U 519
AF RR3C247JQ C 600
AF RR3CG14JQ C 701
BS 1 553 RR3CG14TF
BS 554 554 RR3C247TF
BS 555 650 RR3CG14TF
BS 651 651 RR3C247TF
BS 652 722 RR3CG14TF
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BS 724 738 RR3CG14TF
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BS 740 742 RR3CG14TF
BS 743 743 RR3C247TF
BS 744 762 RR3CG14TF
BS 763 1059 RR3C247TF
BS 1060 1275 RR3C247JQ
BS 1276 1276 RR3CG14JQ
BS 1277 1291 RR3C247JQ
BS 1292 1450 RR3CG14JQ

RD RR3CG14TF 771 0 0
GGACAACCAATGACAACGCAAAGAACTCGACTTCTCAACCAAGTTCCCATTTTACCCTTT
TAACCCTCTTTCCCCAAAAAAAAAAACGACCTCGGTCCATCCTCCGCCGCCGCCGCCGCC
GCCGCCGAGACACCACCATGGAGTCATCCCCAATCAACCGTCTCTCACCGGATTCACTCC
ACCAGATCTTCTCATCTCTCCCTCTCCGTCAGATCATGATCTGCAGATCCGTCTGCAAGT
TCTTTAACCAGCTCTTGACCTCGCAGTGCTTCACCGAGATCATCTCCTCCCGTCCTCCTC
TGAACCTCCTCGCTCTCCGCCCTCCTCACCACCACCGCCACGTGGCCAACGCGCATCCCT
ACATCCACGTGTACGATCCGGACGAGAACCAGTGGTTCAGATTCAATCTCGATTTCCTCC
CTTTCCGATCGCCGCAGCCTGTGGCGTCCTCGAGCGGGTTGATCTACCTATGGGGTGACT
CGGTCGGCTCGGCTGACTCGAGCAAGTCGCTCGTCGCGTGTAACCCGTTGACTCGTCAGT
TCAAGGTGTTGCCTCAGCTCGGCTCGGCTTGGTCACGTCACGGCTCTGTTCTTGTCGACT
CGGCTAATAGAGTCATGGTCCTCACGGAGCTAGCTGCTCTGTATTTCTCACGACGGGTGG
TAGCTAACCAGTGGCTCAAATTCTCATCGAACTTACCGTCGAAACCTAGAAGCCCTGTGT
TA*TGTCATGTTCTGTTT*CGC*TTGTGCGACGTGGGGTCAC
ATGAGAGCA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3C247TF 541 0 0
G
GTAACCCGTTGACTCGTCAGTTCAAGGTGTTGCCCCAGCTCGGCTCGGCTTGGTCACGTC
ACGGCTCTGTTCTTGTCGACTCGGCTAATAGAGTCATGGTCCTCACGGAGCTAGCTGCTC
TGTATTTCTCATGACGGGTGGTAGCTAACCAGTGGCTCAAATTCTCATCGAACTTACCGT
CGAAACCTAGAAGCCCTGTGTTAATGTCATGTTCTGTTTTCGCCTTGTGCGACGTGGGGT
CACCATGGAGAAGCCAGTGGAAGCTCTTCTCGTGTAAGCTAACGAACCTGACAGTAACTC
ACACGAACTGGACTTGCTTGGAGAGACACGAGTGGGGAGATATTTTCGATATCATAAAAC
GACCGCGTTTACTGCGAGGGGAAGGTGATTCTAAGCTGTTGATGATTGGTGGGTTAAAGT
CAACGTTCTCGTTGAACCCGGCCTGTTCGACGATCCTTATACTGAGGCTTGATTTAGAGA
GCTTGGAGTGGGAAGAAGCGGGGAGGATGCCTCTTGATATGTACAGAGGGTTTCAAGAAT

QA 2 541 2 541
DS 

RD RR3C247JQ 693 0 0
TCGGCTAATAGAGTCATGGTCCTCACGGAGCTAGCTGCTCTGTATTTCTCATGACGGGTG
GTAGCTAACCAGTGGCTCAAATTCTCATCGAACTTACCGTCGAAACCTAGAAGCCCTGTG
TTAATGTCATGTTCTGTTTTCGCCTTGTGCGACGTGGGGTCACCATGGAGAAGCCAGTGG
AAGCTCTTCTCGTGTAAGCTAACGAACCTGACAGTAACTCACACGAACTGGACTTGCTTG
GAGAGACACGAGTGGGGAGATATTTTCGATATCATAAAACGACCGCGTTTACTGCGAGGG
GAAGGTGATTCTAAGCTGTTGATGATTGGTGGGTTAAAGTCAACGTTCTCGTTGAACCCG
GCCTGTTCGACGATCCTTATACTGAGGCTTGATTTAGAGAGCTTGGAGTGGGAAGAAGCG
GGGAGGATGCCTCTTGATATGTACAGAGGGTTTCAAGAATCGAGTAAGTTTAAGGTTTTT
GGAGGTGGTGATAGGGTTTACTTCTCTGCTAAAAGGATGGGGAAGCTTGCAATGTGGGAT
CTTTGGGGAGGATGGAGATGGGTTGACGGTGTTTCTGGTTATGGAGATGGGTTGTGTCGT
GGGTTTGTGTTTGAAGCTAAGCTTACGATGATGCAATGAAGAAAAAAATATTGTGATGTT
TATGTTTTATGATTTGTTTGTGTTTCTTAAGC
C

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3CG14JQ 750 0 0
GAAACCTAGAAGCCCTGTGTTAATGTCATGTTCTGTTTTCGCCTTGTGCGACGTGGGGTC
ACCATGGAGAAGCCAGTGGAAGCTCTTCTCGTGTAAGCTAACGAACCTGACAGTAACTCA
CACGAACTGGACTTGCTTGGAGAGACACGAGTGGGGAGATATTTTCGATATCATAAAACG
ACCGCGTTTACTGAGAGGGGAAGGTGATTCTAAGCTGTTGATGATTGGTGGGTTAAAGTC
GACGTTCTCGTTGAACCCGGCCTGTTCGACGATCCTTATACTTAGGCTTGATTTAGAGAG
CTTGGAGTGGGAAGAAGCGGGGAGGACGCCTCTTGATATGTACAGAGGGTTTCAAGAATC
GAGTAAGTTTAAGGTTTTTGGAGGTGGTGATAGGGTTTACTTCTCTGCTAAAAGGATGGG
GAAGCTTGCAATGTGGGATCTTTGGGGAGGATGGAGATGGGTTGATGGTGTTTCTGGTTA
TGGAGATGGGTTGTGTCGTGGGTTTGTGTTTGAAGCTAAGCTTACGATGATGCAATGAAG
AAAAAAATATTGTGATGTTTATGTTTTATGATTTGCTTGTGTTTCTTAAGCTGTTTTATC
TCTTGTCATTGTGTTTTTCCTTGTGTTGTTCTTGAATCCAAGTCTGTGCTTACATGAATT
ATATCCCTTTCATACTGTCTTATAAGTGTGCAGCAATACAAACGATCATCATGTTCATTT
GTTGGTCCTGATTTGAAGGTTACGTTGCAT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 3

CO CL2965Contig1 916 3 4 U
GGTAGATTAGATATGTTCCATTTACTACTAATTCAAAATGAAAAATTAAAGTATCCCACA
TCACATGATCATACAACAGTAACAAATGTATGGTTTTTTTCTTGTACATCATCAAAAAGT
TTTATTGATATATGAATAATTATTACTAGTTGGGGATTTTGATTCAGAGCCTGGAGGGCA
TTCCTCCGGCGACCACTAAAGTTTCTCCGGTGATGTAAGAAGCATCATCAAAAGCAAAGA
AAGCGGTTGCAGCGGCCATGTCATCCGTTGTTCCCAGCCTGTTGAGCAGAGTTTTCTCCT
CATTGGCTCTTCTCACTTCAGAGTTCCGGGTGATGAAAGAGGCAAAGTGTGTTGGCACAA
CACCAGGAGCTACTGCGTTCACTCTTGTGTCCGGTCCCATCTCAGCAGCAAGTGCCTTGG
TTAGGCCGAGAAGAGCTGTTTTAGTAACTCCATACATTGCCGTTGGTACTTGCGGTTGAA
ACGCAGCAATGGAGGTTATGAAGATTACAGAAGAACCCTTCTCTAAGTGAGGAGCCATAT
CCTGGAGGAGAAGGATAGATGATTTGACATTGACTTCCCAAAGCTTGTCAAGAGCAGATT
CTTGAGTAGATAAGATTGGGTCAGTAGATGGATTCACCGCTGCATTACACACAACAATAT
CTATCTTCCCATATCTTTGAACTGTCTTTTGGACGAGAATCTGGCGATGTTGAGCATTAG
AGACATGACAAACGATTCCAAATGCATCAATCCCCTGAGCTTTAAGCTTCTCTACCGCCT
CATCCACATTTCTCTGTTTGCGAGAGGAGACGACGACAGAAGCGCCTTCGAGGCCAAGCC
GCTCAACGATACCGAAGCCTATCCCTTGCGTCGATGCCGTCACGATCGCTACTTTACCTT
GGAGTCTTTTTGGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G814JQ U 25
AF RR3AN36JQ U 1
AF RR3AN36TF C 233
BS 1 230 RR3AN36JQ
BS 231 231 RR3G814JQ
BS 232 677 RR3AN36JQ
BS 678 916 RR3AN36TF

RD RR3G814JQ 587 0 0
CTACTAATTCAAAATGAGAAATTAAAGTATCCCA*ATCACATGATCATACAACAGTAACA
AATGTATGGTTTTTT*CTTGTACATCATCAAAAAGTTTTATTGATATATGAATAATTATT
ACTAGTTGGGGATTTTGATTCAGAGCCTGGAGGGCATTCCTCCGGCGACCACTAAAGTTT
CTCCGGTGATGTAAGAAGCATCATCAAAAGCCAAGAAAGCGGTTGCAGCGGCCATGTCAT
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TCCGGGTGATGAAAGAGGCAAAGTGTGTTGGCACAACACCAGGAGCTACTGCGTTCACTC
TTGTGTCCGGTCCCATCTCAGCAGCAAGTGCCTTGGTTAGGCCGAGAAGAGCTGTTTTAG
TAACTCCATACATTGCCGTTGGTACTTGCGGTTGAAACGCAGCAATGGAGGTTATGAAGA
TTACAGAAGAACCCTTCTCTAAGTGAGGAGCCATATCCTGGAGGAGAAGGATAGATGATT
TGACATTGACTTCCCAAAGCTTGTCAAGAGCAGATTCTTGAGTAGAT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3AN36JQ 677 0 0
GGTAGATTAGATATGTTCCATTTACTACTAATTCAAAATGAAAAATTAAAGTATCCCACA
TCACATGATCATACAACAGTAACAAATGTATGGTTTTTTTCTTGTACATCATCAAAAAGT
TTTATTGATATATGAATAATTATTACTAGTTGGGGATTTTGATTCAGAGCCTGGAGGGCA
TTCCTCCGGCGACCACTAAAGTTTCTCCGGTGATGTAAGAAGCATCATCAGAAGCAAAGA
AAGCGGTTGCAGCGGCCATGTCATCCGTTGTTCCCAGCCTGTTGAGCAGAGTTTTCTCCT
CATTGGCTCTTCTCACTTCAGAGTTCCGGGTGATGAAAGAGGCAAAGTGTGTTGGCACAA
CACCAGGAGCTACTGCGTTCACTCTTGTGTCCGGTCCCATCTCAGCAGCAAGTGCCTTGG
TTAGGCCGAGAAGAGCTGTTTTAGTAACTCCATACATTGCCGTTGGTACTTGCGGTTGAA
ACGCAGCAATGGAGGTTATGAAGATTACAGAAGAACCCTTCTCTAAGTGAGGAGCCATAT
CCTGGAGGAGAAGGATAGATGATTTGACATTGACTTCCCAAAGCTTGTCAAGAGCAGATT
CTTGAGTAGATAAGATTGGGTCAGTAGATGGATTCACCGCTGCATTACACACAACAATAT
CTATCTTCCCATATCTT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3AN36TF 684 0 0
AGCA
AAGAAAGCGGTTGCAGCGGCCATGTCATCCGTTGTTCCCAGCCTGTTGAGCAGAGTTTTC
TCCTCATTGGCTCTTCTCACTTCAGAGTTCCGGGTGATGAAAGAGGCAAAGTGTGTTGGC
ACAACACCAGGAGCTACTGCGTTCACTCTTGTGTCCGGTCCCATCTCAGCAGCAAGTGCC
TTGGTTAGGCCGAGAAGAGCTGTTTTAGTAACTCCATACATTGCCGTTGGTACTTGCGGT
TGAAACGCAGCAATGGAGGTTATGAAGATTACAGAAGAACCCTTCTCTAAGTGAGGAGCC
ATATCCTGGAGGAGAAGGATAGATGATTTGACATTGACTTCCCAAAGCTTGTCAAGAGCA
GATTCTTGAGTAGATAAGATTGGGTCAGTAGATGGATTCACCGCTGCATTACACACAACA
ATATCTATCTTCCCATATCTTTGAACTGTCTTTTGGACGAGAATCTGGCGATGTTGAGCA
TTAGAGACATGACAAACGATTCCAAATGCATCAATCCCCTGAGCTTTAAGCTTCTCTACC
GCCTCATCCACATTTCTCTGTTTGCGAGAGGAGACGACGACAGAAGCGCCTTCGAGGCCA
AGCCGCTCAACGATACCGAAGCCTATCCCTTGCGTCGATGCCGTCACGATCGCTACTTTA
CCTTGGAGTCTTTTTGGCAC

QA 5 684 5 684
DS 



AS 1 3

CO CL2966Contig1 1246 3 16 U
GGACTGAGGCCTGAAAATGCTGATGACGGATGTCTCCAGTCGGCTTTCACCGGAGATCCT
CCCAAACAGTTTATCAGTTTCGCGGTTGCTTTCAGTCAAGTACGCCCCACAGAGACTCCC
TGTTTTCGTTTTCAGATCAGCTCGTGCATCTTATGACTCCGTTGAGACGAATCCTAGTGT
GGATTCTGTGATCGAGAAAGAGGAGAAGAACATTCTAGCTTGTCCCATCTGTTATAACTC
CTTAAAATCATTGATTAGTCATCCCCATGGATCAGTAGGATCTCCTGCCTCTGGTAGTAC
TCAACTACAATGCAGTACCTGTAAAAAGAGTTACTCAGCTAATGAGACACATCTTGATTT
GGCTGTGGCTAGTGGAACCAAGCATTACACTGAACCACTGCCTCTTTCAATCGAGTTATT
CAGGAATCCATTAGTCTCTTTCCTTTACGAGAGAGGTTGGCGTCAAAATTTCATATGGGG
TGGTTTTCCAGGACCAGAGAAAGAGTTTGAAATGGCTAAGGAATACTTGAAGCATGTTTT
GGGAGGTAATATTATTGACGCCAGTTGCGGAAGCGGCATGTTCTCGAGATTATTTGGTAA
GAGTGAGCATTTTGCTATGGTGTTCGCCCTTGACTACTCGGAGAATATGCTGCGACAGTG
TTACGAGTTCTTGAAACAGGAAGCTAACCTAATCGACAAAAAGATCGTTGTGCTGGCTCG
AGCAGACGTAGCTAGACTCCCGTTTCTTTCGGGCTCAGTTGATGCTGTCCATGCTGGTGC
TGCGTTACATTGCTGGCCTTCACCATCTTCAGCTGTTGCTGAGATAAGCCGTGTTTTTAG
ACCTGGAGGAGTATTTGTTGCCACCACGTTCATCTATGATGGCCTTTTCCGTTTTATACC
GTTCTTGGAGGATTTTCGGCAGTTGCTGTTTTGCACATTGGTGTGGTCCGCGGCTAATAA
TGAGTTCTGGTGCTGCCAATGATAGGAAGTAATGAGATATTCTGGTTCTCACATGTTTCT
GAGCGAACGTGAGCTGGAAGATCTCTGCAAATCATGTGGACTCGTTGGTTTCACTTGTGT
TAGAAACGGGCTATTTATAATGCTTTCGGCCACAAAACCCAGCCAGATAAGCTCAGCTTC
CTGTGAAGAGCTTTAGTCTTCGGAAGTATATATACACAATCTTTCCGTTGTTGAAAATTT
GGTTTAATTAGAGTTTTAACAATGTAATAACATGCATTTTAAATTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BH63TF U 4
AF RR3DE82TF U 1
AF RR3BH63JQ C 495
BS 1 53 RR3DE82TF
BS 54 54 RR3BH63TF
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BS 333 333 RR3BH63TF
BS 334 679 RR3DE82TF
BS 680 680 RR3BH63JQ
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BS 703 747 RR3DE82TF
BS 748 1246 RR3BH63JQ

RD RR3BH63TF 672 0 0
GG
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ACAGTTTATCAGTTTTGCGGTTTCTTTCAGTCAAGTACGCCCCACAGAGACTCCCTGTTT
TCGTTTTCAGATCAGCTCGTGCATCTTATGACTCCGTTGAGACGAATCCTAGTGTGGATT
CTGTGATCGAGAAAGAGGAGAAGAACATTCTAGCTTGTCCCATCTGTTATAACTCCTTAA
AATCATTGATTAGTCATCCCCATGGATCAGTAGGATCTGCTGCCTCTGGTAGTACTCAAC
TACAATGCAGTACCTGTAAAAAGAGTTACTCAGCTAATGAGACACATCTTGATTTGGCTG
TGGCTAGTGGAACCAAGCATTACACTGAACCACTGCCTCTTTCAATCGAGTTATTCAGGA
ATCCATTAGTCTCTTTCCTTTACGAGAGAGGTTGGCGTCAAAATTTCATATGGGGTGGTT
TTCCAGGACCAGAGAAAGAGTTTGAAATGGCTAAGGAATACTTGAAGCATGTTTTGGGAG
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AGCATTTTGCTATGGTGTTCGCCCTTGACTACTCGGAGAATATGCTGCGACAGTGTTACG
AGTTCTTGAA

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DS 

RD RR3DE82TF 747 0 0
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GGATTCTGTGATCGAGAAAGAGGAGCAGAACATTCTAGCTTGTCCCATCTGTTATAACTC
CTTAAAATCATTGATTAGTCATCCCCATGGATCAGTAGGATCTCCTGCCTCTGGTAGTAC
TCAACTACAATGCAGTACCTGTAAAAAGATTTTCTCAGCTAATGAGACACATCTTGATTT
GGCTGTGGCTAGTGGAACCAAGCATTACACTGAACCACTGCCTCTTTCAATCGAGTTATT
CAGGAATCCATTAGTCTCTTTCCTTTACGAGAGAGGTTGGCGTCAAAATTTCATATGGGG
TGGTTTTCCAGGACCAGAGAAAGAGTTTGAAATGGCTAAGGAATACTTGAAGCATGTTTT
GGGAGGTAATATTATTGACGCCAGTTGCGGAAGCGGCATGTTCTCGAGATTATTTGGTAA
GAGTGAGCATTTTGCTATGGTGTTCGCCCTTGACTACTCGGAGAATATGCTGCGACAGTG
TTACGAGTTCTTGAAACAG*AAGCTAACCTAATCGACAAAA*GATCGTTGTGCTGGCTCG
AGCAGACGTAGCTAGACTCCCGTTTCT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3BH63JQ 752 0 0
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TTGACGCCAGTTGCGGAAGCGGCATGTTCTCGAGATTATTTGGTAAGAGTGAGCATTTTG
CTATGGTGTTCGCCCTTGACTACTCGGAGAATATGCTGCGACAGTGTTACGAGTTCTTGA
AACAGGAAGCTAACCTAATTGACAAAAAGATCGTTGTGCTGGCTCGAGCAGACGTAGCTA
GACTCCCGTTTCTTTCGGGCTCAGTTGATGCTGTCCATGCTGGTGCTGCGTTACATTGCT
GGCCTTCACCATCTTCAGCTGTTGCTGAGATAAGCCGTGTTTTTAGACCTGGAGGAGTAT
TTGTTGCCACCACGTTCATCTATGATGGCCTTTTCCGTTTTATACCGTTCTTGGAGGATT
TTCGGCAGTTGCTGTTTTGCACATTGGTGTGGTCCGCGGCTAATAATGAGTTCTGGTGCT
GCCAATGATAGGAAGTAATGAGATATTCTGGTTCTCACATGTTTCTGAGCGAACGTGAGC
TGGAAGATCTCTGCAAATCATGTGGACTCGTTGGTTTCACTTGTGTTAGAAACGGGCTAT
TTATAATGCTTTCGGCCACAAAACCCAGCCAGATAAGCTCAGCTTCCTGTGAAGAGCTTT
AGTCTTCGGAAGTATATATACACAATCTTTCCGTTGTTGAAAATTTGGTTTAATTAGAGT
TTTAACAATGTAATAACATGCATTTTAAATTT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 3

CO CL2967Contig1 1161 3 8 U
GGAATCTATCTCTGTTTGTTTGGTCGGAAGAATCCATGGCTTCTCTCATGAGGCAAACGC
CTGGGACACCTTCTTCACCTCCAAAGCTCGGTCCAACTCTTCTTCATCACCATCCTCTCA
CCTCTGTAATCTATTTCCCGAACCAGAGAAGAAACCCAACCAATCTTACTCTCGGTCTCT
GTCGTTGCTCGTCGTCACCCATGACCGTGCCGAGCAGCCCAAAGAAGAAGAGAACAAAGT
ACAGGAAACAGTACCCAGGAGAGATCGTTGGGATAACCGAGGAAATGAGATTCGTCGCCA
TGAGATTACGCAACGTTAATGGAAAGAAAGTGGACCCTGCAAAGGACAAGGCACAGGAAG
AAGATGATGAATTGGAGGGAGAGACTTGGAGTCCCAGCAAGGAAGGCTTTCTTAACTTCT
TGGTGGATAGCAAGCTTGTCTTCGAGACTATCGAACGTATTGTAGACGAATCTGAGGATG
TGTCCTATGCTTACTTTAGGAGAACAGGGTTAGAGCGATGTGAAAGTATTGAGAGAGATC
TAGAATGGTTTAGAACCACACAAGAATTGGCGATACCGGAACCAAGTCAGGTAGGAGTGT
CGTATGCAAAGTACTTGGAATAAGAGGCAAAAGAGAATGCGGCTTTGTTTCTAACTCACT
TCTACAGTATCTACTTCTTCCACATCGCTGGTGGTCAAGTTATAGTAAGACGGGTGTCGG
AGAAGCTTCTAGAAGGGAAAGAGCTGGAGTTTGTTAGGTGGGAAGGGGATGCACAAGAGT
TGCTTAAAGGCGTCCGTGAGAAGCTCAACGTGCTCGGGGAGCATTGGACTCGGGACGAGA
AAAACAAATGCTTGAAGGAAACCGCAAAGGCATATAAGTATATGGGGCAGATAGTTCGCT
TGATTGTCTTGTAAGAAAAAAATAAAACCGTTCCCAGTACCAGAGAGGACTCCTGTTCAC
TAATCACTATGGTCAAGGTGTAGGCAAAGAGTTTGTGTGCCTTACTCTGAGGAATGCTTG
ATGAGATATCGTTGTTGCTTAGATTTAAGTCCTTTTCTGCACTTGAAACAAGCAGCAACT
AACTATCTAATCATTTTGATTTTTTTCTTAAATACATTTTTTTCGTTAAAACTTCATCTT
GTTGTCAATCTTGGTATGTGT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E220TF U 1
AF RR3E220JQ C 276
AF RR3BN74TF U 542
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BS 714 714 RR3BN74TF
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BS 738 757 RR3E220TF
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RD RR3E220TF 761 0 0
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AGAAGCTTCTAGAAGG*AAAGAGCTGGAGTTTGTTAG
TGGG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3E220JQ 859 0 0
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C*TGCAAAGGACAAGGCACAGGAAGAAGATGATGAATTGGAGGGAGAGACTTGGAGTCCC
AGCAAGGAAGGCTTTCTTAACTTCTTGGTGGATAGCAAGCTTGTCTTCGAGACTATCGAA
CGTATTGTAGACGAATCTGAGGATGTGTCCTATGCTTACTTTAGGAGAACAGGGTTAGAG
CGATGTGAAAGTATTGAGAGAGATCTAGAATGGTTTAGAACCACACAAGAATTGGCGATA
CCGGAACCAAGTCAGGTAGGAGTGTCGTATGCAAAGTACTTGGAATAAGAGGCAAAAGAG
AATGCGGCTTTGTTTCTAACTCACTTCTACAGTATCTACTTCTTCCACATCGCTGGTGGT
CAAGTTATAGTAAGACGGGTGTCGGAGAAGCTTCTAGAAGGGAAAGAGCTGGAGTTTGTT
AGGTGGGAAGGGGATGCACAAGAGTTGCTTAAAGGCGTCCGTGAGAAGCTCAACGTGCTC
GGGGAGCATTGGACTCGGGACGAGAAAAACAAATGCTTGAAGGAAACCGCGAAGGCATAT
AAGTATATGGGGCAGATAGTTCGCTTGATTGTCTTGTAAGAAAAAAATAAAACCGTTCCC
AGTACCAGAGAGGACTCCTGTTCACTAATCACTATGGTCAAGGTGTAGGCAAAGAGTTTG
TGTGCCTTACTCTGAGGAATGCTTGATGAGATATCGTTGTTGCTTAGATTTAAGTCCTTT
TCTGCACTTGAAACAAGCAGCAACTAACTATCTAATCATTTTGATTTTTT*CTTAAATAC
ATTTTTTTCGTTAAAAC
CT

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR3BN74TF 620 0 0
G
GAATGGTTTAGAACCACACAAGAATTGGCGATACCGGAACCAAGTCAGGTAGGAGTGTCG
TATGCAAAGTACTTGGAAGAAGAGGCCAAAGAGAATGCGGCTTTGTTTCTAACTCACTTC
TACAGTATCTACTTCTCCCACATCGCTGGTGGTCAAGTTATAGTAAGACGGGTGTCGGAG
AAGCTTCTAGAAGGGAAAGAGCTGGAGTTTGTTAGGTGGGAAGGGGATGCACAAGAGTTG
CTTAAAGGCGTCCGTGAGAAGCTCAACGTGCTCGGGGAGCATTGGACTCGGGACGAGAAA
AACAAATGCTTGAAGGAAACCGCAAAGGCATATAAGTATATGGGGCAGATAGTTCGCTTG
ATTGTCTTGTAAGAAAAAAATAAAACCGTTCCCAGTACCAGAGAGGACTCCTGTTCACTA
ATCACTATGGTCAAGGTGTAGGCAAAGAGTTTGTGTGCCTTACTCTGAGGAATGCTTGAT
GAGATATCGTTGTTGCTTAGTTTTAAGTCCTTTTCTGCACTTGAAACAAGCAGCAACTAA
CTATCTAATCATTTTGATTTTTTTCTTAAATACATTTTTTTCGTTAAAACTTCATCTTGT
TGTCAATCTTGGTATGTGT

QA 2 620 2 620
DS 



AS 1 4

CO CL2968Contig1 1223 4 5 U
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CAGTAGCTATGGTGAACGATTTGGTGGGTCCTCTTTTACGGGTTTTGAGGATAGCTTGTT
CTGAGAAGAGGCCTGGGATGGGGTATGTCTATGCAGCACTGTACCGAGCGAAGGAAGCGA
TCAAGAGAGATATGGTGAACAAGGAGGATTACATGGTGTACTGGAGGATTATAGATCAAT
GGTGGGAGCAGCAGCAGCATGTTCATTTGTATGCTGCTAGTTTCTTTCTCAATCCCAAGT
TTTTCTACAGCGCCAGTGAAGAGATGCGTAGTGAGATCATCCCGTTTCCGATCGACTGCA
TCGAGAATTTGGTTCCTGATCACGATACTCAAGATAAGATCAGCAAGGAGCTCAACTCTT
ACAAGAATGCTGTTGGAGTTTTTGGAAGGAACTTGGCTATTAGAGCTAGGGACACTATGC
TTCCTGCTGAGTGGTGGTCTACATATGGAGAAAGCTGCTTGAACCTCTTACGCTTTGCGA
TACGCGTTCTCAGTCAGACGTGCAGCTCATCGGTTGGATGCAGGAGAAACCTGATACCGG
TTGAACAAATATACCAGTCAAAGACCTCCATTGAGCAAAAAAGGCTCAGCGATCTTGTGT
TTGTTCAGTACAACATGCGCCTCAAACAACTGGATTCTGAAAGCGGAGATGACACATTAG
ACCCGTTATCACACAGCAGGATGGACGTACTTAAAGAATGGGTTTCGAGAGACGAAGCTT
GTGTGGAAAATGGAAACTCGGACTGGAAGTCACTCGAGGCTGTTAAGAGGACACTTGTAC
CAACGATGGATGAAACAGATAACTTGGGGTCAGGTTTCGATGATCCAGAGATATTCAAGG
TAGAAAAGGAAGTGAGAGATGAAGGCTACTACGAAAACACATCAGAGAAGGCATTCACGT
GACCTCTCTCTCTCTTAAGATTTGTTATCGTTGGTTTAAGCCTCTTGTCGTCGTCTCTTT
GTAAAACTTACCTGGAGAAGGTGTTTGTAGTACTAGGTTGTGATTTGTACTTTCAAAGTC
TTTTACCATTGGGAACATTCATTGTCCTATTATTAGGTGTCATAGAATTTGGGTGTTTAC
TGTCAGTTCCTGTCCAAGATTTTTAAATTGATTGACAAAATAATGTCCGTGTTCTATTAA
TCAGAATATGCCTAATCTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI06TF U 1
AF RR3GI22TF U 225
AF RR3GI22JQ C 700
AF RR3BI06JQ C 319
BS 1 233 RR3BI06TF
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BS 235 814 RR3BI06TF
BS 815 895 RR3GI22TF
BS 896 1223 RR3BI06JQ

RD RR3BI06TF 814 0 0
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TCAAGAGAGATATGGTGAACAAGGAGGATTACATGGTGTACTGGAGGATTATATATCAAT
GGTGGGAGCAGCAGCAGCATGTTCATTTGTATGCTGCTAGTTTCTTTCTCAATCCCAAGT
TTTTCTACAGCGCCAGTGAAGAGATGCGTAGTGAGATCATCCCGTTTCCGATCGACTGCA
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ACAAGAATGCTGTTGGAGTTTTTGGAAGGAACTTGGCTATTAGAGCTAGGGACACTATGC
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ACCCGTTATCACACAGCAGGATGGACGTACTTAAAGAATGGGTTTCGAGAGACGAAGCTT
GTGTGGAAAATGGAAACTCGGACTGGAAGTCACT

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR3GI22TF 671 0 0
G
GGATTATAGATCAATGGTGGGAGCAGCAGCAGCATGTTCATTTGTATGCTGCTAGTTTCT
TTCTCAATCCCAAGTTTTTCTACAGCGCCAGTGAAGAGATGCGTAGTGAGATCATTTCGT
TTCCGATCGACTGCATCGAGAATTTGGTTCCTGATCACGATACTCAAGATAAGATCAGCA
AGGAGCTCAACTCTTACAAGAATGCTGTTGGAGTTTTTGGAAGGAACTTGGCTATTAGAG
CTAGGGACACTATGCTTCCTGCTGAGTGGTGGTCTACATATGGAGAAAGCTGCTTGAACC
TCTCACGCTTTGCGATACGCGTTCTCAGTCAGACGTGCAGCTCATCGGTTGGATGCAGGA
GAAACCTGATACCGGTTGAACAAATATACCAGTCAAAGAACTCCATTGAGCAAAAAAGGC
TCAGCGATCTTGTGTTTGTTCAGTACAACATGCGCCTCAAACAACTGGATTCTGAAAGCG
GAGATGACACATTAGACCCGTTATCACACAGCAGGATGGATGTACTTAAAGAATGGGTTT
CGAGAGACGAAGCTTGTGTGGAAAATGGAAACTCGGACTGGAAGTCACTCGAGGCTGTTA
AGAGGACACTTGTACCAACGATGGATGAAACAGATAACTTGGGGTCAGGTTTCGATGATC
CAGAGATATT

QA 2 671 2 671
DS 

RD RR3GI22JQ 304 0 0
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GGGTTTCGAGAGACGAAGCTTGTGTGGAAAATGGAAACTCGGACTGGAAGTCACTCGAGG
CTGTTAAGAGGACACTTGTCCCAACGATGGATGAAACAGATAACTTGGGGTCAGGTTTCG
ATGATCCAGAGATATTCAAGGTAGAAAAGGAAGTGAGAGATGAAGGCTACTACGAAAACA
CATCAGAGAAGGCATTCACGTGACTTCTCTCTCTCTTAAGATTTGTTATCGTTGGTTTAA
GCCT

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR3BI06JQ 905 0 0
AAGAGATGCGTAGTGAGATCATCCCGTTTCCGATCGACTGCATCGAGAATTTGGTTCCTG
ATCACGATACTCAAGATAAGATCAGCAAGGAGCTCAACTCTTACAAGAATGCTGTTGGAG
TTTTTGGAAGGAACTTGGCTATTAGAGCTAGGGACACTATGCTTCCTGCTGAGTGGTGGT
CTACATATGGAGAAAGCTGCTTGAACCTCTTACGCTTTGCGATACGCGTTCTCAGTCAGA
CGTGCAGCTCATCGGTTGGATGCAGGAGAAACCTGATACCGGTTGAACAAATATACCAGT
CAAAGACCTCCATTGAGCAAAAAAGGCTCAGCGATCTTGTGTTTGTTCAGTACAACATGC
GCCTCAAACAACTGGATTCTGAAAGCGGAGATGACACATTAGACCCGTTATCACACAGCA
GGATGGACGTACTTAAAGAATGGGTTTCGAGAGACGAAGCTTGTGTGGAAAATGGAAACT
CGGACTGGAAGTCACTCGAGGCTGTTAAGAGGACACTTGTACCAACGATGGATGAAACAG
ATAACTTGGGGTCAGTTTTCGATGATCCAGAGATATTCAAGGTAGAAAAGGAAGTGAGAG
ATGAAGGCTACTACGAAAACACATCAGAGAAGGCATTCACGTGACCTCTCTCTCTCTTAA
GATTTGTTATCGTTGGTTTAAGCCTCTTGTCGTCGTCTCTTTGTAAAACTTACCTGGAGA
AGGTGTTTGTAGTACTAGGTTGTGATTTGTACTTTCAAAGTCTTTTACCATTGGGAACAT
TCATTGTCCTATTATTAGGTGTCATAGAATTTGGGTGTTTACTGTCAGTTCCTGTCCAAG
ATTTTTAAATTGATTGACAAAATAATGTCCGTGTTCTATTAATCAGAATATGCCTAATCT
CTCCC

QA 1 905 1 905
DS 



AS 1 2

CO CL2969Contig1 715 2 12 U
GGGGATCGATATCGGAAAGAGAGAAGAAAATTGGATAAGACGGTGGCAGTTCGCAGAGCT
TTGCCAATGACGGCGCCTCCGCCTCCGCCTCCCGACGATGCTTGGATTCGTTCTCATGAC
CGCTTACTCCCCGAATCTCAATCGCTTCTCTCTTCCCACCGATCAGTTATAGCGGTTGCA
ATCTCAAGAGTAAATCAGTTCGACGCTGCAAGACTAGATGTTGAAATGTCTGCCATGTTG
AAAGAACAGTTGGTTAAGGTTTTCACTTTGGCTAAGCCAGGAATGATGTTTCAATACGAA
CCAGAACTAGATGCATTCCCTCGAGTTTCTAATTTGGAGATTCTCTATTTGGGTTGACAA
ACCTACCCCTGGAAATGCTCTCATGAATATTAGATACAGAGATGAACGAGTTACTCCTGC
ACAACTCTCTGGGAAAGTCAGAACAGGACTCGAAGGCCCGGGACTTTCTGCTCCTCAAAA
GATTTGGTACTGTGTTGCCTCAGTTGGTGGTCAGTACCTCTTCTCCCGTTTGCAGTCATT
TTCTGCTTTCCGTAGATGGGGTGATTCTGAGCAGAGACCACTGGCTAGGCGGCTCTGGAC
CCTCATTCAACGCATCGAAAGCTTCTATAAAGCTGCTTCTTTTCTTAACCTCTTGTCATT
TCTCTATACCGGAAGGACCTCATTGAAAAGCTTTAGAGCAAGCTTGTCTATAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS82TF U 1
AF RR3H554TF U 87
BS 1 319 RR3GS82TF
BS 320 320 RR3H554TF
BS 321 321 RR3GS82TF
BS 322 322 RR3H554TF
BS 323 358 RR3GS82TF
BS 359 359 RR3H554TF
BS 360 388 RR3GS82TF
BS 389 389 RR3H554TF
BS 390 663 RR3GS82TF
BS 664 664 RR3H554TF
BS 665 671 RR3GS82TF
BS 672 715 RR3H554TF

RD RR3GS82TF 671 0 0
GGGGATCGATATCGGAAAGAGAGAAGAAAATTGGATAAGACGGTGGCAGTTCGCAGAGCT
TTGCCAATGACGGCGCCTCCGCCTCCGCCTCCCGACGATGCTTGGATTCGTTCTCATGAC
CGCTTACTCCCCGAATCTCAATCGCTTCTCTCTTCCCACCGATCAGTTATAGCGGTTGCA
ATCTCAAGAGTAAATCAGTTCGACGCTGCAAGACTAGATGTTGAAATGTCTGCCATGTTG
AAAGAACAGTTGGTTAAGGTTTTCACTTTGGCTAAGCCAGGAATGATGTTTCAATACGAA
CCAGAACTAGATGCATTCCTT*GAGTTTCTAATTTGGAGATTCTCTATTTGGGTTGACGA
ACCTACCCCTGGAAATGCTCTCATGAATCTTAGATACAGAGATGAACGAGTTACTCCTGC
ACAACTCTCTGGGAAAGTCAGAACAGGACTCGAAGGCCCGGGACTTTCTGCTCCTCAAAA
GATTTGGTACTGTGTTGCCTCAGTTGGTGGTCAGTACCTCTTCTCCCGTTTGCAGTCATT
TTCTGCTTTCCGTAGATGGGGTGATTCTGAGCAGAGACCACTGGCTAGGCGGCTCTGGAC
CCTCATTCAACGCATCGAAAGCTTCTATAAAGCTGCTTCTTTTCTTAACCTCTTGTCATT
TCTTTATACCG

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3H554TF 629 0 0
GCCTCCCGACGATGCTTGGATTCGTTCTCATGACCGCTTACTCCCCGAATCTCAATCGCT
TCTCTCTTCCCACCGATCAGTTATAGCGGTTGCAATCTCAAGAGTAAATCAGTTCGACGC
TGCAAGACTAGATGTTGAAATGTCTGCCATGTTGAAAGAACAGTTGGTTAAGGTTTTCAC
TTTGGCTAAGCCAGGAATGATGTTTCAATACGAACCAGAACTAGATGCATTCCCTCGAGT
TTCTAATTTGGAGATTCTCTATTTGGGTTGACAAACCTACCCCTGGAAATGCTCTCATGA
ATATTAGATACAGAGATGAACGAGTTACTCCTGCACAACTCTCTGGGAAAGTCAGAACAG
GACTCGAAGGCCCGGGACTTTCTGCTCCTCAAAAGATTTGGTACTGTGTTGCCTCAGTTG
GTGGTCAGTACCTCTTCTCCCGTTTGCAGTCATTTTCTGCTTTCCGTAGATGGGGTGATT
CTGAGCAGAGACCACTGGCTAGGCGGCTCTGGACCCTCATTCA*CGCATCGAAAGCTTCT
ATAAAGCTGCTTCTTTTCTTAACCTCTTGTCATTTCTCTATACCGGAAGGACCTCATTGA
AAAGCTTTAGAGCAAGCTTGTCTATAATA

QA 1 629 1 629
DS 



AS 2 4

CO CL2970Contig1 672 2 2 U
GGAACCATCGAACCAATAAATGTAAAATTCAAAAGAAAAAAAAAAACAAACTTGTTTGTA
ACGTAAGAATATTACAAAGAACAATATGTCGTCATCACAGTTCGTTATCTTTTGTATTAT
CTTGATTACTTTATTTCCTCGTCGTGAATTTGTTGATGGCCAAGTTCTTGGCGTGGGTAA
AGAAGCTTGTAAGCAAATCAAATGCGGCGAAGACATAACACATTCACACACACATAGAAG
AGATAACAAGAATGGTTTCTTCGCTTCTCATGTCATTTGCTCCGGCCACCGTGAGGGTTT
ACGCCACAGGCAAGGGAACTTCAGGGGGCGCCGCCAAGGAAGAAAAAAATCCTCTCGACT
TTGTGCTGGGTTATTTGACAAAGCAAGATCAGTTCTACGAGACTGATCCAATTCTCAAGA
AGGTGGAGGAGAAAGGCGGCACCACTACTGGAGGCCGAGGAACCGTTCGCGGCGGTAAAA
GCTCGGCTCCGGTGCCTGTTGCCCCCAAGAAGAACGATGGTGGATTTGCCGGCTTAGGTG
GCTTCTTCAACAAAAAGTAAAATGAAAAACGTATACTACTTACTTACTTTGCATTGTTTA
TTCCCTCTGTTTTTGCATTATCTATAATTCATCAGACTTCAATTTGTTATATATAGAAAC
TGCCCTTACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B334TF U 1
AF RR3B334JQ C 265
BS 1 508 RR3B334TF
BS 509 672 RR3B334JQ

RD RR3B334TF 508 0 0
GGAACCATCGAACCAATAAATGTAAAATTCAAAAGAAAAAAAAAAACAAACTTGTTTGTA
ACGTAAGAATATTACAAAGAACAATATGTCGTCATCACAGTTCGTTATCTTTTGTATTAT
CTTGATTACTTTATTTCCTCGTCGTGAATTTGTTGATGGCCAAGTTCTTGGCGTGGGTAA
AGAAGCTTGTAAGCAAATCAAATGCGGCGAAGACATAACACATTCACACACACATAGAAG
AGATAACAAGAATGGTTTCTTCGCTTCTCATGTCATTTGCTCCGGCCACCGTGAGGGTTT
ACGCCACAGGCAAGGGAACTTCAGGGGGCGCCGCCAAGGAAGAAAAAAATCCTCTCGACT
TTGTGCTGGGTTATTTGACAAAGCAAGATCAGTTCTACGAGACTGATCCAATTCTCAAGA
AGGTGGAGGAGAAAGGCGGCACCACTACTGGAGGCCGAGGAACCGTTCGCGGCGGTAAAA
GCTCGGCTCCGGTGCCTGTTGCCCCCAA

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR3B334JQ 408 0 0
TTCTCATGTCATTTGCTCCGGCCACCGTGAGGGTTTACGCCACAGGCAAGGGAACTTCAG
GGGGCGCCGCCAAGGAAGAGAAGAATCCTCTCGACTTTGTGCTGGGTTATTTGACAAAGC
AAGATCAGTTCTACGAGACTGATCCAATTCTCAAGAAGGTGGAGGAGAAAGGCGGCACCA
CTACTGGAGGCCGAGGAACCGTTCGCGGCGGTAAAAGCTCGGCTCCGGTGCCTGTTGCCC
CCAAGAAGAACGATGGTGGATTTGCCGGCTTAGGTGGCTTCTTCAACAAAAAGTAAAATG
AAAAACGTATACTACTTACTTACTTTGCATTGTTTATTCCCTCTGTTTTTGCATTATCTA
TAATTCATCAGACTTCAATTTGTTATATATAGAAACTGCCCTTACTTC

QA 1 408 1 408
DS 



CO CL2970Contig2 364 2 2 U
GGATACACATTCACACACACAGAGAAGAGATAACAAGAATGGTTTCTTCGCTTCTCATGT
CGTTTGCTCCGGCCACTGTGAGGGTTTACGCCACAGGCAAGGGAACTTCAGGGGGCGCAG
CCAAGGAAGAGAAGAATCCCCTCGACTTTGTGCTGGGTTATTTGACAAAGCAAGATCAGT
TCTACGAGACTGATCCAATTCTCAAGAAGGTGGAGGAGGAAGGCGGCACCACCTCCGGAG
GCCGAGGAACCGTTCGCGGCGGTAAAAGCTCGGCTCCGGTGCCTGTGGCCCCCAAGAAGA
ACGATGGTGGATTTGCCGGATTGGGTGGCTTCTTCAACAAAAAGTAAAAAGAAACAACGT
ATAC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 

AF RR3F816JQ C 1
AF RR3F816TF U 1
BS 1 4 RR3F816JQ
BS 5 364 RR3F816TF

RD RR3F816JQ 364 0 0
GGATACACATTCACACACACAGAGAAGAGATAACAAGAATGGTTTTTTCGCTTCTCATGT
CGTTTGCTCCGGCCACTGTGAGGGTTTACGCCACAGGCAAGGGAACTTCAGGGGGCGCAG
CCAAGGAAGAGAAGAATCCCCTCGACTTTGTGCTGGGTTATTTGACAAAGCAAGATCAGT
TTTACGAGACTGATCCAATTCTCAAGAAGGTGGAGGAGGAAGGCGGCACCACCTCCGGAG
GCCGAGGAACCGTTCGCGGCGGTAAAAGCTCGGCTCCGGTGCCTGTGGCCCCCAAGAAGA
ACGATGGTGGATTTGCCGGATTGGGTGGCTTCTTCAACAAAAAGTAAAAAGAAACAACGT
ATAC

QA 1 364 1 364
DS 

RD RR3F816TF 364 0 0
GGAT
ACACATTCACACACACAGAGAAGAGATAACAAGAATGGTTTCTTCGCTTCTCATGTCGTT
TGCTCCGGCCACTGTGAGGGTTTACGCCACAGGCAAGGGAACTTCAGGGGGCGCAGCCAA
GGAAGAGAAGAATCCCCTCGACTTTGTGCTGGGTTATTTGACAAAGCAAGATCAGTTCTA
CGAGACTGATCCAATTCTCAAGAAGGTGGAGGAGGAAGGCGGCACCACCTCCGGAGGCCG
AGGAACCGTTCGCGGCGGTAAAAGCTCGGCTCCGGTGCCTGTGGCCCCCAAGAAGAACGA
TGGTGGATTTGCCGGATTGGGTGGCTTCTTCAACAAAAAGTAAAAAGAAACAACGTATAC

QA 5 364 5 364
DS 



AS 1 4

CO CL2971Contig1 1000 4 8 U
TTTTTATTATTTCTTGTCCCCCTAGATTTGATTTCTTGGTCTCTCATTTCAGCTTTCGTA
GTTGTCACTTCACAAAGAAAGATCAAAATCAAAAATGGAGACTCCCTTTTCAACAACAAT
AGTCGCTGGATCGCAGGCCACCATTTTTGCCAACAACCCTGATTCTGACTGCAAAACAGA
GGACTCGAGCTTGTCTCAAAGGCAGAACACCACCAAAGCACAAGAAGTCAGATCGGCCCT
CATCGACATAACCAACGACTCGCCGATAGTGGGTCTAGCGATGCAGACTCCTCCTTCAGG
GTTCGTGTGTAAGAGACAGAACAGCAGAATCATCAAGAGCACCCCCGGTTCTGGTGAACC
CCTTCTGAGAGGACAAGTCAAAACACTTTTGGAAAAAGTCGAAGAAGGAACAGAGCTTGC
CCATTCTATAAAGCCTCTCCCTTTCATCCATCTCGTCACTTCCCCAATGAGACTTCTCGC
CCCAACTCCAGCAAACACTCCCCAGTTTCCAAACTTCTCAGATGATAAAGTGCAGATCAA
GATCGCATCTCCCGTTGTTGCTGGACACTTGAGAACTTCTCAATTAAGCTATGTCAATGG
GATTTTGAAGGGAAGTGAGATATTTGAAGAGGAGGTAGAAATGAGTATGAGCATAAGCCG
TTCTTTGCTGTTTGATTTCACGGATAAGGCAGAAGCATTATGGGAGGAGGAAGAAGAAAA
AGAAGAGGTGGAGAAGACTCAGGCTGGATTTGCAGGGAAACATAGTAGATTTGTGTACAA
CAGTGAAGATGATGCGAATATCATAAAGGCCAAAAAAGTTTGCTACTAAAGAAAAGTCTT
CTAATCAATAACTTCCACATATTATATTGTATTGGGCTGCTTTGTATTTTGTCACGTAAG
AGTGATCTAAACACAATTGTGAGATCATAACAAAAGTTGTGATTTTTAGGCCCAAAAGGA
GCCCATTAATGAGACGAACAGCAGAAAGTTCGTTGTCCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ43TF U 1
AF RR3A275TF U 19
AF RR3A275JQ C 370
AF RR3EQ43JQ C 405
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CAAAACACTTTTGGAAAAAGTCGAAGAAGGAACAGAGCTTGCCCATTCTATAAAGCCTCT
CCCTTTCATCCATCTCGTCACTTCCCCAATGAGACTTCTCGCCCCAACTCCAGCAAACAC
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CACGGATA

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AGCAAACACTCCCCAGTTTCCAAACTTCT*AGATGATAAAGTGCAGATCAAGATCGCATC
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GTTTGATTTCACGGATAAGGCAGAAGCATTATGGGAGGAGGAAGAAGAAAAAGAAGAGGT
GGAGAAGACTCAGGCTGGATTTGCAGGGAAACATAGTAGATTTGTGTACAACAGTGAAGA
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AACACAATTGTGAGATCATAACAAAAGTTGTGATTTTTAGGCCCAAAAGGAGCCC
GTT

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ATAAAGTGCAGATCAAGATCGCATCTCCCGTTGTTGCTGGACACTTGAGAACTTCTCAAT
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GTAGATTTGTGTACAACAGTGAAGATGATGCGAATATCATAAAGGCCAAAAAAGTTTGCT
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TATTTTGTCACGTAAGAGTGATCTAAACACAATTGTGAGATCATAACAAAAGTTGTGATT
TTTAGGCCCAAAAGGAGCCCATTAATGAGACGAACAGCAGAAAGTTCGTTGTCCGC

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DS 



AS 1 4

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AACCAGATATGAAACATGCAAACTCTTAGATTTTATTCAGAGCAGCTAGTATGGATCATA
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CACTTCCATTCACGGACAGAAAATGACATTGTAGTTGGTTCCGCTAGGGCAAGTGAAAAG
GCTGGTGGGATCATCCTTAGGATAACTATAGGCATCTGGACAACGTTGCTTGAAAAACAT
AGAGAGTGGGGTCGGTCCACAATTACCCAGAGTTGCAACAATGTTCCTCCGTCTTCAACA
CCGGACACGGTCCGTTGCAAGCGCCGTCCATTCTTAGTTGGCCTGGACATTGAGCTATAA
TATCTCCGGTACACCTAATTTTGCGGGTGCATTGTCCAGATGCAGAACTGAATTCCATTG
GAATATTGAATCCATCGATCACAGAAATATCGATGAAATCTTGGTCTGCATATTGTTTAA
GAGCATATTCTGCCAATGTATTTGGTGCGCGTCCATAAGATTTGCACTCAAGTACACCAT
TACAGTCTCCAGTTTGGCATCCACCTCTTCCAGAGGCATCGAAGTTGCAGTTGGTACGAC
CCCAAATCCGAGCCTGGGTGGTACCTGGATTACCATTAACGATCCACGTTTCGCCTTGAT
TGAGTCGCTTCCCACCGCCAGGCGTCCCCGGAGCAGATGCGGCAGCCCACACAACATATG
GGCAATTGTTCCTTACTGTGAACGTAGTCGCATCTGCTAAGATAGCAAAGTATAGAGTGA
CAAATGCAAAGAAAAAGACTATGGGAAGTGTTTTACGATAAACCATTTTTGAAACTAATC
AAGCTTAACCAAGCAAGTAATTGGTATACGAGGCTTAGTCTTTGTTGGAGGGTGTTTATA
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AAATTGTATGGTTCTGCCACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G430JQ U 1
AF RR3DZ41JQ U 34
AF RR3G430TF C 247
AF RR3DZ41TF C 367
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CACTTCCATTCACGGACAGAAAATGACATTGTAGTTGGTTCCGCTAGGGCAAGTGAAAAG
GCTGGTGGGATCATCCTTAGGATAACTATAGGCATCTGGACAACGTTGCTTGAAAAA

QA 1 297 1 297
DS 

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TATGATATTCCAGCCTCTTGATAATCACACTTCCATTCACGGACAGAAAATGACATTGTA
GTTGGTTCCGCTAGGGCAAGTGAAAAGGCTGGTGGGATCATCCTTAGGATAACTATAGGC
ATCTGGACAACGTTGCTTGAAAAACATAGAGAGTGGGGTCGGTCCACAATTACC*AGAGT
TGCGACAATGTTCCTCCGTCTTCAACACCGGACACGGTCCGTTGCAAGCGCCGTCCATTC
TTAGTTGGCCTGGACATTGAGCTATAATATCTCCGGTACACCTAATTTTGCGGGTGCATT
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TGAAATCTTGGTCTGCATATTGTTTAAGAGCATATTCTGCCAATGTATTTGGTGCGCGTC
CATAAGATTTGCACTCAAGTACACCATTACAGTCTCCAGTTTGGCATCCACCTCTTCCAG
AGGCATCGAAGTTGCAGTTGGTACGACCCCAAATCCGAGCCTGGGTGGTACCTGGATTAC
CATTAACGATCCACGTTTCGCCTTGATTGAGTCGCTTCCCACCGCCAGGCGTCCCCGGAG
CAGATGCGGCAGCCCACACAACATATGGGCAATTGTTCCTTACTGTGAACGTAGTCGCAT
CTGCTAAGATAGCAAAGTATAG
AGTG

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3G430TF 685 0 0
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TGGGGTCGGTCCACAATTACCCAGAGTTGCAACAATGTTCCTCCGTCTTCAACACCGGAC
ACGGTCCGTTGCAAGCGCCGTCCATTCTTAGTTGGCCTGGACATTGAGCTATAATATCTC
CGGTACACCTAATTTTGCGGGTGCATTGTCCAGATGCAGAACTGAATTCCATTGGAATAT
TGAATCCATCGATCACAGAAATATCGATGAAATCTTGGTCAGCATATTGTTTAAGAGCAT
ATTCTGCCAATGTATTTGGTGCGCGTCCATAAGATTTGCACTCAAGTACACCATTACAGT
CTCCAGTTTGGCATCCACCTCTTCCAGAGGCATCGAAGTTGCAGTTGGTACGACCCCAAA
TCCGAGCCTGGGTGGTACCTGGATTACCATTAACGATCCACGTTTCGCCTTGATTGAGTC
GCTTCCCACCGCCAGGCGTTCCCGGAGCAGATGCGGCAGCCCGCACAACATATGGGCAAT
TGTTCCTTACTGTGAACGTAGTCGCATCTGCTAAGATAGCAAAGTATAGGGTGACAAATG
CAAAGAAAAAGACTATGGGAAGTGTTTTACGATAAACCATTTTTGAAACTAATCAAGCTT
AACCAAGCAAGTAATTGGTATAC
CC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3DZ41TF 676 0 0
ACGGTCCGTTGCAAGCGC*GTCCATTCTTAGTTGGCCTGGACATTGAGCTATAATATCTC
CGGTACACCTAATTTTGCGGGTGCATTGTCCAGATGCAGAACTGAATTCCATTGGAATAT
TGAATCCATCGATCACAGAAATATCGATGAAATCTTGGTCTGCATATTGTTTAAGAGCAT
ATTCTGCCAATGTATTTGGTGCGCGTCCATAAGATTTGCACTCAAGTACACCATTACAGT
CTCCAGTTTGGCATCCACCTCTTCCAGAGGCATCGAAGTTGCAGTTGGTACGACCCCAAA
TCCGAGCCTGGGTGGTACCTGGATTACCATTAACGATCCACGTTTCGCCTTGATTGAGTC
GCTTCCCACCGCCAGGCGTCCCCGGAGCAGATGCGGCAGCCCACACAACATATGGGCAAT
TGTTCCTTACTGTGAACGTAGTCGCATCTGCTAAGATAGCAAAGTATAGAGTGACAAATG
CAAAGAAAAAGACTATGGGAAGTGTTTTACGATAAACCATTTTTGAAACTAATCAAGCTT
AACCAAGCAAGTAATTGGTATACGAGGCTTAGTCTTTGTTGGAGGGTGTTTATATAGAGA
TATATCAATGAAGGGGTAACATTGTAATTCATGGATAGCAATTTTGACGGTGAGAAATTG
TATGGTTCTGCCACCC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 4

CO CL2973Contig1 908 4 20 U
GGTATGGCTAAACATGATATTTAGTCAAAATACATGTGAAGCACTTCTGCAAA*TGGCTG
AGAGACAGTATATCTCACTAAACAACAGAAGAACAAAGATGGAAAATAAGGTTTGTTGAT
AAAAGTAGAGCATCTCTCAAAACGTAAATGATCAATTAAAATATGAGACCATCTCAAATG
GCTTTCAAAGTAGGTAGATAATTATCTTTACCAGTTCAGTCATCTTCTTCATCTTCCTCC
TCAGAAGCATCCTTGAGCCACTGTATGAACGTCTCACATTGCTGCAGATAAACTTTGTCA
GCTTCATCCGCACTGGCTTTCTCTTCCGCCCATCTCAAGATCGCATCTTCCTGCACCACA
TCTTTATCATACAGAACATGCAGAATCTGAGCAAACAAAGGTCCCAACTCCTTTGCAGTT
TCTTGACACATCTCTTCAAACTTCATTATCACTTCTATCTGTTCATCAGTTTGCTTCACA
TAGAACCCGAGAAGTCCCTTCCACTTTGCAATGATGTTCGAGGCGTTTTTAAACAGCTCA
CTAGCAGAGCTGTGTGGATTATCAACTGCATGCTTCATCATAGAGTAGAATATTGCTCCA
GCACAATCCGCAGATTCCATGTTGTATGACAAACGAAGTGAGTTAATCTCCAAAATTCCA
AGTTCCACTTTGATACCCTCCTCAACGGCCCTTAAGAAGGTACCTTCAACTTCTTTCTCA
AAGTAGCTATAATCATCACCTGGATCATTCACATCAGTGTTGATACTATCAGCATCAGAT
TTCAACTCTCCAGAAGTCGGGACAACACTTTCGTCCTCCATGTCATCATCATCCATGGCC
TGAGCGATCTCAGCAAGTTTATCCTCAGGATGGTGCACAGAATGCTTCACTCTCATCGTG
TGCCCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H918TF C 1
AF RR3H834JQ U 6
AF RR3H918JQ U 10
AF RR3CT16JQB U 56
BS 1 9 RR3H918TF
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BS 532 532 RR3CT16JQB
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BS 588 650 RR3H918JQ
BS 651 908 RR3CT16JQB

RD RR3H918TF 517 0 0
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GCTTTCAAAGTAGGTAGATAATTATCTTTACCAGTTCAGTCATCTTCTTCATCTTCCTCC
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GCTTCATCCGCACTGGCTTTCTCTTCCGCCCATCTCAAGATCGCATCTTCCTGCACCACA
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TCTTGACACATCTCTTCAAACTTCATTATCACTTCTATCTGTTCATCAGTTTGCTTCACA
TAGAACCCGAGAAGTCCCTTCCACTTTGCAATGATGT

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR3H834JQ 522 0 0
GGCT
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TCCTTGAGCCACTGTATGAACGTCTCACATTGCTGCAGATAAACTTTGTCAGCTTCATCC
GCACCGGCTTTCTCTTCCGCCCATCTCAAAATCGCATCTTCCTGCACCACATCTTTATCA
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QA 5 522 5 522
DS 

RD RR3H918JQ 641 0 0
AAACATGATATTTAGTCAAAATACATGTGAAGCACTTCTGCAAA*TGGCTGAAAGACAGT
ATATCTCACTAAACAACAGAAGAACAAAGATGGAAAATAAGGTTTGTTGATAAAAGTAGA
GCATCTCTCAAAACGTAAATGATCAATTAAAATATGAGACCATCTCAAATGGCTTTCAAA
GTAGGTAGATAATTATCTTTACCAGTTCAGTCATCTTCTTCATCTTCCTCCTCAGAAGCA
TCCTTGAGCCACTGTATGAACGTCTCACATTGCTGCAGATAAACTTTGTCAGCTTCATCC
GCACTGGCTTTCTCTTCCGCCCATCTCAAGATCGCATCTTCCTGCACCACATCTTTATCA
TACAGAACATGCAGAATCTGAGCAAACAAAGGTCCCAACTCCTTTGCAGTTTCTTGACAC
ATCTCTTCAAACTTCATTATCACTTCTATCTGTTCATCAGTTTGCTTCACATAGAACCCG
AGAAGTCCCTTTCACTTTGCAATGATGTTCGAGGCGTTTTTAGACAGTTCACTAGCAGAG
CTGTGTGGATTATCAACTGCATGCTTCATCATAGAGTGGAATATTGCTCCAGCACAATCC
GCAGATTCCATGTTGTATGACAAACGAAGTGAGTTAATCTC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3CT16JQB 853 0 0
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AAATGGCTTTCAAAGTAGGTAGATAATTATCTTTACCAGTTCAGTCATCTTCTTCATCTT
CCTCCTCAAAAGCATCCTTGAGCCACTGTATGAACGTCTCACATTGCTGCAGATAAACTT
TGTCAGCTTCATCCGCACCGGCTTTCTCTTCCGCACATCTCAAAATCGCATCTTCCTGCA
CCACATCTTTATCATACAGAACATGCAGAATCTGAGCAAACAAAGGTCCCAACTCCTTTG
CAGTTTCTTGACACATCTCTTCAAACTTCATTATCACTTCTATCTGTTCATCAGTTTGCT
TCACATAGAACCCGAGAAGTCCCTTCCACTTTGCAATGATGTTCGAGGCGTTTTTAAACA
GCTCACTAGCAGAGCTGTGTGGATTATCAACTGCATGCTTCATCATAGAGTAGAATATTG
CTCCAGCACAATCCGCAGATTCCATGTTGTATGACAAACGAAGTGAGTTAATCTCCAAAA
TTCCAAGTTCCACTTTGATACCCTCCTCAACGGCCCTTAAGAAGGTACCTTCAACTTCTT
TCTCAAAGTAGCTATAATCATCACCTGGATCATTCACATCAGTGTTGATACTATCAGCAT
CAGATTTCAACTCTCCAGAAGTCGGGACAACACTTTCGTCCTCCATGTCATCATCATCCA
TGGCCTGAGCGATCTCAGCAAGTTTATCCTCAGGATGGTGCACAGAATGCTTCACTCTCA
TCGTGTGCCCTTC

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 4

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TACCATATCAGCAAAAGAGAATGTTTGGGTTTGTGACTTTTTTGTACCCTGAGACCGTCA
AGAGCATTCTTGCCAAAGGGAATCCTCACTTTGTGTGTGATTCAAGGGTTCTTGTTAAGC
CTTACAAGGAGAAAGGCAAAGTCCCTGACAAATACAGAACTAACCAAACAACAGAGCTAG
AACTGCCCCCAACAGGGCTTGATTCTAGCCCCAGAGATGTATTAGGAGGGAGAGGGTTCT
ATAACAACCCCCAAGATGTTATGTGGAGGAGTAAGTTTGAAGAAGAGATTCCTGAGCTTC
AAAGCAGAAGGCTAATGAATCTGCAGCTTCATGACGTTAAGAATCATTTCCAGCTCAATT
CCCCATCTACGCACATTCATTCTCCAAATCCTTTTAGCCAGACACTTGTGTCTCCACGCC
CAGGTGGGGTTAAAGCAGGAGGAGAGATAGGGAAAGGAAGTTCCAAAGAAGGATCTGATG
ATGATACAATAAATCTACAAGAGAAGTTGGAGGAATGCTTGCCAGATAGTCCATTTGCAT
CGTCAACTAACCATTTGCTTCTGTTCGCTGATTCGGTGGACAATAATGGATCAGATCTGT
GGTCTCCTTCTTCTGATAATGATGATAATTCTACTCCTTCTACACTCTCTGACTCCTTCA
ACTCTTTCAACTGCCAAATGCCTAGGTCACCGGCATTTGGGAT*TTACCCGGTAGGGGTG
GACCAGCATGTCGTGTTGGGATATAAACAGGAAGAGAAGTGAGAAAGAAAGAAAGAAACT
GAGGTAAGTTAAAAAAACTAATAATGTAGAGACTCTTAATAACAAAAAGATGCAGAGGTA
TAAAAGTAAAGCAGGAAAATTGATGTAAGAGATAGAGAAGTGAAGAGAAGAAAAAAAAAG
ATTGTTGTACCATTTCTCTAGTTTTAATGTGTAATGTTTATGGACCTCAGAAGATGATGT
AATATGATATGATATAAATATATAGGACAAGAAGTGTAATCTCTCTACAGATTTACAGAA
GAAAGAGATTACAATATGGGTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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GTTA

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G
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ACA
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CC

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AAAAAAAAGATTGTTGTACCATTTCTCTATTTTTAATGTGTAATGTTTATGGACCTCAGA
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TTTACAGAAGAAAGAGATTACAATATGGGTTCG

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 4

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CGTCGTGTGATCTATGTTTTTTACCGGCTTATTGTGTGAAAAAAATGAAAAATACATTAG
TAAATTAATCTCTCATGCATCATAATCTTATAT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FX56TF U 1
AF RR3CQ63TF U 1
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CTCCTCTCTTTTAACATCTTCTTCTTGAATCCTCCATCTCCTTCATCTAACCCTAAAGAA
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CCTTCATCCGCCGTATCAGACGGAGACTCCCTCCAGATTCCAACGATGGTTCAAAAACGT
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ATCGACGGAGACGGCGGGAACGTCGGTAGCTTACGTCAAGTCCACGTCGTCTCTGGCCTC
CCCGCCGCGAGCTCCACCGAGCGTCTTGACATACTAGACGACGAGAGGCACGTCATTAGT
TTCAGCGTCGTCGGTGGTGACCATAGGCTCTCTAACTACCGATCCGTCACGACTCTTCAC
TCTTCTCCGGTTCCCGGGACCGTCGTTGTTGAGTCTTACGTCGTCGATGTGCCTCCGGGG
AACAC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3CQ63TF 752 0 0
TTTTTCGCAAGTCTCTGCATTAAAGTTGATTTTGCTCCTTTTTTATAATACACACATCTC
CTCCTCTCTTTTAACATCTTCTTCTTGAATCCTCCATCTCCTTCATCTAACCCTAAAGAA
CTTCATCAAAGATCGATCAAGATTCTATAAAGAAACAAGAACATGCTTGCCGTTCACCGC
CCTTCATCCGCCGCATCAGACGGAGACTCCCTCCAGATTCCAACGATGGTTCAAAAACGT
TTCCCTTCACTCTCATGCGACGCAACAGCAGCTCGTTTCCACACGCACGAGGTCGGTCCA
AACCAGTGCTGCTCCGCTGTGATACAAGAGATCTCCGCCCCTATCTCCACCGTATGGTCC
GTCGTCAGACGCTTCGACAACCCGCAAGCCTACAAACACTTCCTCAAAAGCTGCAGCGTC
ATCGACGGAGACGGCGGGAACGTCGGTAGCTTGCGTCAAGTCCACGTCGTCTCTGGCCTC
CCCGCTGCTAGCTCCACCGAGCGTCTTGACATACTAGACGACGAGAGGCACGTCATTAGT
TTCAGCGTCGTCGGTGGTGACCATAGGCTCTCTAACTACCGATCCGTCACGACTCTTCAC
TCTTCTCCGGTCTCCGGGACCGTCGTTGTTGAGTCTTACGTCGTCGATGTGCCTCCGGGG
AACACGAAAGAAGAGACATGCGACTTTGTTGACGTTATAGTACGATGCAATCTTCAGTCT
CTTGCTAAGATAGCTGAGATATCTGCGGCGGA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3FX56JQ 776 0 0
AAGATTCTATAAA*ACACAAGAACATGCTTGCCGTTCACCGCCCTTCATCCGCCGTATCA
GACGGAGACTCCCTCCAGATTCCAACGATGGTTCAAAAACGTTTCCCTTCACTCTCATGC
GACGCAACAGCAGCTCGTTTCCACACGCACGAGGTCGGTCCAAACCAGTGCTGCTCCGCC
GTGATACAAGAGATCTCCGCCCCTATCTCCACCGTATGGTCCGTCGCCAGACGCTTCGAC
AACCCGCAAGCCTACAAACACTTCCTCAAAAGCTGCAGCGTCATCGACGGAGACGGCGGG
AACGTCGGTAGCTTACGTCAAGTCCACGTCGTCTCTGGCCTCCCCGCCGCGAGCTCCACC
GAGCGTCTTGACATACTAGACGACGAGAGGCACGTCATTAGTTTCAGCGTCGTCGGTGGT
GACCATAGGCTCTCTAACTACCGATCCGTCACGACTCTTCACTCTTCTCCGGTTCCCGGG
ACCGTCGTTGTTGAGTCTTACGTCGTCGATGTGCCTCCGGGGAACACGAAGGAAGAGACA
TGCGACTTTGTTGACGTTATAGTACGATGCAATCTTCAGTCTCTTGCTAAGATAGCTGAG
ATATCTGCGGCGGAGGGGAACAAGAAGACGTCCATTTGATATGTGTTTACGTCGTCTGAA
TAGTTTCGTTGAGATCCGACGTCGTTTCTTGATTTTTTTAGCCGTCGTGTGATCTATGTT
TTTTACCGGCTTATTGTGTGAAAAAAATGAAAAATACATTAGTAAATTAATCTCTC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3CQ63JQ 777 0 0
AAGAACATGCTTGCCGT*CACCGCC*TTCATCCGCCGCATCAGACGGAGACTCCCTCCAG
ATTCCAACGATGGTTCAAAAACGTTTCCCTTCACTCTCATGCGACGCAACAGCAGCTCGT
TTCCACACGCACGAGGTCGGTCCAAACCAGTGCTGCTCCGCTGTGATACAAGAGATCTCC
GCCCCTATCTCCACCGTATGGTCCGTCGTCAGACGCTTCGACAACCCGCAAGCCTACAAA
CACTTCCTCAAAAGCTGCAGCGTCATCGACGGAGACGGCGGGAACGTCGGTAGCTTGCGT
CAAGTCCACGTCGTCTCTGGCCTCCCCGCTGCTAGCTCCACCGAGCGTCTTGACATACTA
GACGACGAGAGGCACGTCATTAGTTTCAGCGTCGTCGGTGGTGACCATAGGCTCTCTAAC
TACCGATCCGTCACGACTCTTCACTCTTCTCCGGTCTCCGGGACCGTCGTTGTTGAGTCT
TACGTCGTCGATGTGCCTCCGGGGAACACGAAGGAAGAGACATGCGACTTTGTTGACGTT
ATAGTACGATGCAATCTTCAGTCTCTTGCTAAGATAGCTGAGATATCTGCGGCGGAGGGG
AACAAGAAGACGTCCATTTGATATGTGTTTACGTCGTCTGAATAGTTTCGTTGAGATCCG
ACGTCGTTTCTTGATTTTTTTAGCCGTCGTGTGATCTATGTTTTT*ACCGGCTTATTGTG
TGAAAAAA*TGAAAAATACATTAGTAAATTAATCTCTCATGCATCATAATCTTATAT

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 4

CO CL2976Contig1 1051 4 8 U
GGAATTCCTCTCTGCCTTACATTCTCTGTCTCGAATCCATTGCCTCCATGGCTTCCTGTA
GCCTAGGAGTCCCTAAGATTAAAATCTCAGCAGTAGACCTCAGTAGGGTGAGATCTGGAA
GCTTACAGGTACCATGCAATCAAAGAGTGTTGATTGGTCAAAGGCCGGTTAAGTACTTGA
GTCTCAGGACAACTCTTGGATCTGTGAAAGCTGTCCAAGTGTCTACTGTCACACCTGCTG
AATCTGCAGCTACTCTAAAAGTAGAAGACGCTGAGAAGGCGAAGCCATCTCCATTGAACG
CTCAGCTCGTTCCCAAGCCCTCTGAGGTGGAAGCTCTTGTAACTGAAATATGCGATTCCT
CATCAATTGCATAGTTTGAACTGAAACTGGGGGGTTTCCGCCTATATGTAGCAAGGAACT
TAGCTGACAACAACAGTAGCCCACCACAACCTCAGCCCATTCCTGCTGCCGTTTCTGCAA
ATGCAACCACGGAGAGTGTTGATTCGAATGGATCAGCTTCCTCTACTTCACTGGCTATCA
TAAAACCAAAATCCTCAGCTGCTGATCAGGGTTTGGTGGTTCTCCAATCTCCAAAAGTAG
GGTTCTTTAGGAGATCCAAAACCATAAAGGGTAAACGTACTCCTTCGTCATGTAAAGAGA
AAGACCAAGTGAAAGAAGGTCAAGTTCTTTGCTACATTGAACAACTCGGTGGCCAATTCC
CTATCGAGTCTGATGTCACTGGCGAGGTTGTCAAAATACTCCGAGAGGATGGAGAGCCTG
TAGGATACAATGATGCTCTCATCTCGATCCTTCCTTCCTTCCCTGGGATCAAGAAGCTTC
AGTAGTACTAAGAACCAGACCTGAGCTGGTTTTTTGAGTTGTGAAACTGTGCCTTGTGTA
TGTTTTTTCTTTAGAACAAATAAAACTTCATTCATGTCCCCATGTTTCTGTTTGTCTTTT
TACTTGTCTGAAAGTTCTTTCTCAAGACACTGTTTTATTCTCTTCTTTTTTTTTTTATAT
AAACAAAAAACAATATGATACTTTTTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DF88TF U 1
AF RR3DF88JQ C 350
AF RR3A271JQ C 409
AF RR3A271TF U 409
BS 1 438 RR3DF88TF
BS 439 439 RR3A271TF
BS 440 678 RR3DF88TF
BS 679 679 RR3A271TF
BS 680 755 RR3DF88TF
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BS 757 767 RR3DF88TF
BS 768 1051 RR3A271TF

RD RR3DF88TF 767 0 0
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GCCTAGGAGTCCCTAAGATTAAAATCTCAGCAGTAGACCTCAGTAGGGTGAGATCTGGAA
GCTTACAGGTACCATGCAATCAAAGAGTGTTGATTGGTCAAAGGCCGGTTAAGTACTTGA
GTCTCAGGACAACTCTTGGATCTGTGAAAGCTGTCCAAGTGTCTACTGTCACACCTGCTG
AATCTGCAGCTACTCTAAAAGTAGAAGACGCTGAGAAGGCGAAGCCATCTCCATTGAACG
CTCAGCTCGTTCCCAAGCCCTCTGAGGTGGAAGCTCTTGTAACTGAAATATGCGATTCCT
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TAGCTGACAACAACAGTATCCCACCACAACCTCAGCCCATTCCTGCTGCCGTTTCTGCAA
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TAAAACCAAAATCCTCAGCTGCTGATCAGGGTTTGGTGGTTCTCCAATCTCCAAAAGTAG
GGTTCTTTAGGAGATCCAAAACCATAAAGGGTAAACGTACTCCTTCGTCATGTAAAGAGA
AAGACCAAGTGAAAGAAG*TCAAGTTCTTTGCTACATTGAACAACTCGGTGGCCAATTCC
CTATCGAGTCTGATGTCACTGGCGAGGTTGTCAAA*TACTCCGAGAG

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3DF88JQ 693 0 0
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CGTTTCTGCAAATGCAACCACGGAGAGTGTTGATTCGAATGGATCAGCTTCCTCTACTTC
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ATGTAAAGAGAAAGACCAAGTGAAAGAAGGTCAAGTTTTTTGCTACATTGAACAACTCGG
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TGGAGAGCCTGTAGGATACAATGATGCTCTCATCTCGATCCTTCCTTCCTTCCCTGGGAT
TAAGAAGCTTCAGTAGTACTAAGAACCAGACCTGCGCTGGTTTTTTGAGTTGTGAAACTG
TGCCTTGTGTATGTTTTTTCTTTAGAACAAATAAAACTTCATTCATGTCCCCATGTTTCT
GTTTGTCTTTTTACTTGTCTGAAAGTTCTTTCTCAAGACACTGTTTTATTCTTTTCTTTT
TTTTTT*ATATAAACAAAAGACAATATGATACT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3A271JQ 643 0 0
G
AGCAAGGAACTTAGCTGACAACAACAGTAGCCCACCACAACCTCAGCCCATTCCTGCTGC
CGTTTCTGCAAATGCAACCACGGAGAGTGTTGATTCGAATGGATCAGCTTCCTCTACTTC
ACTGGCTATCATAAAACCAACGTCCTCAGCTGCTGATCAGGGTTTGGTGGTTCTCCAATC
TCCAAAAGTAGGGTTCTTTAGGAGATCCAAAACCATAAAGGGTAAACGTACTCCTTCGTC
ATGTAAAGAGAAAGACCAAGTGAAAGAAGGTCAAGTTCTTTGCTACATTGAACAACTCGG
TGGCCAATTCCCTATCGAGTCTGATGTTACTGGCGAGGTTGTCAAAATACTCCGAGAGGA
TGGAGAGCCTGTAGGATACAATGATGCTCTCATCTCGATCCTTCCTTCCTTCCCTGGGAT
CAAGAAGCTTCAGTAGTACTAAGAACCAGACCTGAGCTGGTTTTTTGAGTTGTGAAACTG
TGCCTTGTGTATGTTTTTTCTTTAGAACAAATAAAACTTCATTCATGTCCCCATGTTTCT
GTTTGTCTTTTTACTTGTCTGAAAGTTCTTTCTCAAGACACTGTTTTATTTTCTTCTTTT
TTTTTTTATATAAACAAAAAACAATATGATACTTTTTCTTCC

QA 2 643 2 643
DS 

RD RR3A271TF 643 0 0
G
AGCAAGGAACTTAGCTGACAACAACAGTAGCCCACCACAACCTCAGCCCATTCCTGCTGC
CGTTTCTGCAAATGCAACCACGGAGAGTGTTGATTCGAATGGATCAGCTTCCTCTACTTC
ACTGGCTATCATAAAACCAACGTCCTCAGCTGCTGATCAGGGTTTGGTGGTTCTCCAATC
TCCAAAAGTAGGGTTCTTTAGGAGATCCAAAACCATAAAGGGTAAACGTACTCCTTCGTC
ATGTAAAGAGAAAGACCAAGTGAAAGAAGGTCAAGTTCTTTGCTACATTGAACAACTCGG
TGGCCAATTCCCTATCGAGTCTGATGTTACTGGCGAGGTTGTCAAAATACTCCGAGAGGA
TGGAGAGCCTGTAGGATACAATGATGCTCTCATCTCGATCCTTCCTTCCTTCCCTGGGAT
CAAGAAGCTTCAGTAGTACTAAGAACCAGACCTGAGCTGGTTTTTTGAGTTGTGAAACTG
TGCCTTGTGTATGTTTTTTCTTTAGAACAAATAAAACTTCATTCATGTCCCCATGTTTCT
GTTTGTCTTTTTACTTGTCTGAAAGTTCTTTCTCAAGACACTGTTTTATTCTCTTCTTTT
TTTTTTTATATAAACAAAAAACAATATGATACTTTTTCTTCC

QA 2 643 2 643
DS 



AS 1 2

CO CL2977Contig1 838 2 18 U
GGGGGGTAACCAACTCATTCATTACGATTAAGCTTAAAGTAGCACATTTGTGTCTCTCAA
TCTCAAACCAACTAAGCACAAGGTTTCCAAAGGATCAACATATCAAAAGAAGAGTAATTA
GGACATTAGCCGACTCTTGAGTTTAAGGGGCCAAAACAGATACACATCTTCTTTCTCGAG
CTATCCAAATACATTAAACAAAGCAGACCATCTAACTTCCCGCTTGATGAGAGCTGAAAG
CAGAAACCTTCCACTTGTTTGACCTCTGGAGAAAAATTCTAGTCTCTGGGGCGATCGTAT
GGAGCACGGCCATGCCTCTCACCTCCTGAACCTCCACGGCTGCCATCATCCCTGCTACGT
CCTCCACCAGAACGTTCCCCACTGCGATCAGGTCCATACCGATCCCTACCATACCTATCT
TCTTTTCCACCATACCTATCATCCTTTGACCTGTACCTATCATCCCTAGAGCTGTACCTA
TCATCTCTCGAGCTGTACCTTCCCCCACCACCACCTCTACCGGATTCATCAGGACACTCC
CTCGCAAAATGTCCAGGCTTGCCACATTTAAAGCAATCACCACCACCTGAACCACCTCTC
CCACCACCAGATGGACGGCTACTACGGTCACGGTCACAACCACGATCACGATCACGATCA
CGACTGCGGTCACCATCATGATCCCTGCCGGATCCACCACCCTGTGGCTGAGCTTTATCA
ACAGTGATAGTCCGCCCATCTAAATCCACCCCATTCATTGCCGCAATGGCTTCATCCATA
GCTTTCTCTCATCAAAGTGATGAACCCAAACCACGTGAACGCCCAGAAAACTTGTCAG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB56JQ U 1
AF RR3CW73JQ U 2
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RD RR3AB56JQ 655 0 0
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DS 

RD RR3CW73JQ 837 0 0
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CTCAAACCAACTAAGCACAAGGTTTCCAAAGGATCAACATATCAAAAGGAGAGTACTTAG
GACATTAGCCGACTCTTGAGTTTAAGGTGCCAAAACAGATACACATCTTCTTTCTCGAGC
TATCCAAATACATTAAACAAAGCAGACCATCTAACTTCCCGCTTGATGAGAGCTGAAAGC
AGAAACCTTCCACTTGTTTGACCTCTGGAGAAGAATTCTAGTCTCTGGGGCGATCGTATG
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CTCCACCAGAGCGTTCCCCACTGCGATCAGGTCCATACCGATCCCTACCATACCTATCTT
CTTTTCCACCATACCTATCATCCTTTGACC*GTACCTATCATCCCTAGAGCTGTACCTAT
CATCTCTCGAGCTGTACCTTCCCCCACCACCACCTCTACCGGATTCATCAGGACACTCCC
TCGCAAAATGTCCAGGCTTGCCACATTTAAAGCAATCACCGCCACCTGAACCACCTCTCC
CACCACCAGATGGACGGCTAC***GGTCACGGTCATACCCGCGATCACGATCACGATCAC
GACTGCGGTCACCATCATGATCCCTGCCGGATCCACCACCCTGTGGCTGAGCTTTATCAA
CAGTGATAGTCCGCCCATCTAAATCCACCCCATTCATTGCCGCAATGGCTTCATCCATAG
CTTTCTCTCATCAAAGTGATGAACCCAAACCACGTGAACGCCCAGAAAACTTGTCAG

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DS 



AS 1 3

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ACAACAATGCCAATAATTAAATCTTAACCAGACCCTTCTCTCACTCTCTCTCTCTCTCTC
TTACGCACACCACAAAACTGCTTAGTCTTGATTGTCTGTTCATTCAAGATGAAAAAAACG
CTTCTGCTTCTGCTCCTTCTGCGCTTCCTTGTGCAACGGCTACTTCTCCTTCAGTTTCAC
CTGCCTTTTCTGGTCCGGGTCCAGCTGATACTTTCACCATTGAAGGACGTAAAAGTCTTT
CCCCTAGCAAGAAACCTTTCCTGTATTCTTCAAGTACTATACCCTCTTCGTATTCCGCAA
AATCCTCCCTCATTATTGCCTCGTGAAGCATCGGATCAAACTGCTTGCCGACAGTCTCCA
CAGTGACAACACCAAGCGAACCTAGAATCTCAACAAACTGTTTGTATATGCTCTGGTAGC
TGTTGGTAACTTTCTCTTCTCCCTCGGTCTCCACCTTGATCTGGGACTTAGCTCTCTCGA
AATTATCCAAAACCGCCAACAGATTCTCAACAACCTCCCCTTGAGCATTTGAAACAAGGT
TCAGCCTCTCCCTCTCGTTCCTCTTCCTGAAGTTGTCGAAGTCCGCACTGATCCTTATCA
GCCGATCCCTCTCTACAGTTAACTCATTAGATAAAGAGGCGGCTTTCTCCTGGAGTTGAA
ACTTTTCATCTTAGATGGACTTCAGTGACGCTTCTATCTCAGCAATCTTCTCCTCGTTGT
TCTCTGCTAAAGCTTCTTTGTACGAACTCAGCAATGCTATGGTAACCGCCGCTTCTTCTT
CCTCACCGCCAGCGTTTTCACCCTCAGCACCATCCGTCTCCTGGACTTCGGGTTCGCTCG
ATTCCACCTCAGTCTCAGTCGTTTCGGCTTCTCCAGAAGCAAAGGGTACGAAGTTAAGTA
AACGGAGAGGACAGCCACCAGAGACGGAACGCAGAGAAGCTCGGCGAGAGAGTGAGAAGC
TAGTTCTCCTTCCTCCGGCGAAGGAGACACAGAAGGGCTTGAAGGGCGCAGAGGGTGCAT
GAGTGAGAGACGGCGTGAGGTGTAAAGACGGCGTTTTAAGTAGACCGGTCATTGTAGAGT
GGTGGAGAGTGAGAGAGGGATCC


BQ
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AF RR3AN48JQ U 1
AF RR3D302JQ U 5
AF RR3D302TF C 498
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RD RR3AN48JQ 634 0 0
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ACAACAATGCCAATAATTAAATCTTAACCAGACCCTTCTCTCACTCTCTCTCTCTCTCTC
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CTTCTGCTTCTGCTCCTTCTGCGCTTCCTTGTGCAACGGCTACTTCTCCTTCGGTTTCAC
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AATCCTCCCTCATTATTGCCTCGTGAAGCATTGGATCAAACTGTTTGCCGACAGTCTCCA
CAGTGACAACACCAAGCGAACCTAGAATCTCAACAAACTGTTTGTATATGCTCTGGTAGC
TGTTGGTGACTTTCTCTTCTCCCTCAGTCTCCACCTTGATCTGGGACTTGGCTCTCTCGA
AATTATCCAAAACCGCCAGAAGATTCTCAACAACCTCCCCTTGAGCATTTGAAACAAGGT
TCAGCCTCTCCCTCTCGTTCCTCTTCCTGAAGTT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3D302JQ 730 0 0
AA
AAAATCTCATTCTATTTTCGCTAAACTCTGTAAAAATAATTTAGTGTAACAACAACAACA
ATGCCAATAATTAAATCTTAACCAGACCCTTCTCTCACTCTCTCTCTCTCT****TACGC
ACACCACAAAACTGCTTAGTCTTGATTGTCTGTTCATTCAAGATGAAAAAAACGCTTCTG
CTTCTGCTCCTTCTGCGCTTCCTTGTGCAACGGCTACTTCTCCTTCAGTTTCACCTGCCT
TTTCTGGTCCGGGTCCAGCTGATACTTTCACCATTGAAGGACGTAAAAGTCTTTCCCCTA
GCAAGAAACCTTTCCTGTATTCTTCAAGTACTATACCCTCTTCGTATTCCGCAAAATCCT
CCCTCATTATTGCCTCGTGTAGCATCGGATCAAACTGCTTGCCGACAGTCTCCACAGTGA
CAACACCAAGCGAACCTAGAATCTCAACAAACTGTTTGTATATGCTCTGGTAGCTGTTTG
TAACTTTCTCTTCTCCCTCGGTCTCCACCTTGATCTGGGACTTAGCTCTCTCGAAATTAT
CCAAAACCGCCAACAGATTCTCAACAACCTCCCCTTGAGCATTTGAAACAAGGTTCAGCC
TCTCCCTCTCGTTCCTCTTCCTGAAGTTGTCGAAGTCCGCACTGATCCTTATCAGCCGAT
CCCTCTCTACAGTTAACTCATTAGATAAAGAGGCGGCTTTCTCCTGGAGTTGAAACTTTT
CATCTT
AG

QA 3 728 3 728
DS 

RD RR3D302TF 666 0 0
TCTCCCTCGGTCTCCAC*TTGATCTGGGACTTAGCTCTCTCGAAATTATCCAAAACCGCC
AACAGATTCTCAACAACCTCCCCTTGAGCATTTGAAACAAGGTTCAGCCTCTCCCTCTCG
TTCCTCTTCCTGAAGTTGTCGAAGTCCGCACTGATCCTTATCAGCCGATCCCTCTCTACA
GTTAACTCATTAGATAAAGAGGCGGCTTTCTCCTGGAGTTGAAACTTTTCATCTTAGATG
GACTTCAGTGACGCTTCTATCTCAGCAATCTTCTCCTCGTTGTTCTCTGCTAAAGCTTCT
TTGTACGAACTCAGCAATGCTATGGTAACCGCCGCTTCTTCTTCCTCACCGCCAGCGTTT
TCACCCTCAGCACCATCCGTCTCCTGGACTTCGGGTTCGCTCGATTCCACCTCAGTCTCA
GTCGTTTCGGCTTCTCCAGAAGCAAAGGGTACGAAGTTAAGTAAACGGAGAGGACAGCCA
CCAGAGACGGAACGCAGAGAAGCTCGGCGAGAGAGTGAGAAGCTAGTTCTCCTTCCTCCG
GCGAAGGAGACACAGAAGGGCTTGAAGGGCGCAGAGGGTGCATGAGTGAGAGACGGCGTG
AGGTGTAAAGACGGCGTTTTAAGTAGACCGGTCATTGTAGAGTGGTGGAGAGTGAGAGAG
GGATCC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 4

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TAGCCAACACTCAGACCCTCTTCGGTCTCAAGTCAGGAACCGCACGTGGCGGACGCGTCA
CAGCCATGGCCACATACAAGGTCAAGTTCGTCACTCCAGAAGGAGAGCAAGTGGTTGAGT
GCGACGACGACGTTTACGTCCTCGACGCTGCTGAGGAGGCCGGGCTCGACTTGCCTTACT
CTTGCCGTGCCGGTTCTTGCTCGAGCTGTGCAGGTAAAGTTGTGTCTGGTTCCGTTGACC
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CGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAAAGAAGAAGACATGGTTTAAG
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TGAGTTGAGTTTGTTGTTTACTTTAGTATAATCTATTGTTGTCTGCTGTAATTGTTCTTG
GTTTTGAACATCTTTT*GGTGAGATCAATGGATAACTGTTTTAAACTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 5 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 

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DS 

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CAGCCATGGCCACATACAAGGTCAAGTTCGTCACTCCAGAAGGAGAGCAAGTGGTTGAGT
GCGACGACGACGTTTACGTCCTCGACGCTGCTGAGGAGGCCGGGCTCGACTTGCCTTACT
CTTGCCGTGCCGGTTCTTGCTCGAGCTGTGCAGGTAAAGTTGTGTCTGGTTCCGTTGACC
AGTCTGACCAGAGCTTCCTCGATGATGACCAGATTGCTGAAGGGTTTGTTTTGACTTGTG
CGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAAAGAAGAAGACATGGTTTAAG
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TGAGTTGAGTTTGTTGTTTACTTTAGTATAATCTATTGTTGTCTGCTGTAATTGTTCTTG
GTTTTGAACATCTTTTTGGTGAGATCAATGGATAACTGTTTTAAACT

QA 1 647 1 647
DS 

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G
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CTT

QA 2 364 2 364
DS 

RD RR3DU38TF 364 0 0
A
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TTGTCCTGACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAAAGAAG
AAGACATGGTTTAAGACAAAAGCTCCGTAACATGCTGCTTTTGATGGTTTCGTAATCATT
CATGTCTTTACATTTTGAGCTGAGTTTGTTGTTTACTTTAGTATAATCTATTGTTGTCTG
CTGTAATTGTTCTTGGTTTGGAACATCTTTT*GGTAAGATCAATAGATAACTGTTTTAAA
CT
T

QA 2 363 2 363
DS 



AS 1 3

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GCGGCTGAATTTCTGGAGAAGAAACGCTTTCATGTCCATGCTACCCGGTGGATTCCCAAT
TCCAATTGATAAGCGGGGGAAGCTACGACAGCCATTTAGATGTTCTGTCACATTCTTCAA
CCCGTTGTGGTGGCTATGTCCTCCTTTTGGTTGAAGCTTCAAGACACCATTAGGCAAACC
CATGTCATCATATATCATCAGAATGTGGTGTAAGGGTACTTGATAATAAGCAGCTAATGG
CCCAACCGATTCGCCACTAAAATTCATGTAAGCTTGAGGTTTAACCAACAAAATCGGCAC
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TGTCGTTCGAGCTATATGATCAATCATCTCAAAACCAATATTGTGTCTTGTTCCGTAGTA
CTTTATTCCAGGGTTACCAAGTCCGACGATAAGCCATGGTGTGTACTCAGCTTTAAGCTT
GGTATCGTATACAGGCAACGAGGAAGCACGAAGAGAGAATAATCTTTTTGAGTTCGATTT
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GGGACGATGCGTGTTTTTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F588JQ U 11
AF RR3CM08JQ U 1
AF RR3CM08TF C 280
BS 1 85 RR3CM08JQ
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G
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GGCTATGTCCTCCTTTTGGTTGAAGCTTCAAGACACCATTAGGCAAACCCATGTCATCAT
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CGCCACTAAAATTCATGTAAGCTTGAGGTTTAACCAACAAAATCGGCACT

QA 2 591 2 591
DS 

RD RR3CM08JQ 790 0 0
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TCCAATTGATAAGCGGGGGAAGCTACGACAGCCATTTAGATGTTCTGTCACATTCTTCAA
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CATGTCATCATATATCATCAGAATGTGGTGTAAGGGTACTTGATAATAAGCAGCTAATGG
CCCAACCGATTCGCCACTAAAATTCATGTAAGCTTGAGGTTTAACCAACAAAATCGGCAC
TTCTCCAACCGCACCTATTCCGACCAAACCCTTGGACTGAATTGTGTTCATGGATATGTC
TGTCGTTCGAGCTATATGATCAATCATCTCAAAACCAATATTGTGTCTTGTTCCGTAGTA
CTTTATTCCAGGGTTACCAAGTCCGACGATAAGCCATGGTGTGTACTCAGCTTTAAGCTT
GGTATCGTAT

QA 1 790 1 790
DS 

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QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 4

CO CL2981Contig1 1839 4 8 U
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GAAGCTCTTCGTCATCTTTACAAGCAGTCTCAAGTACCTTGGCCCAAGATGGGTAGTCGT
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CGCGTTTCTGTAAATCAACAAAGCTCGAGTTGAGTATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FU70JQ C 1
AF RR3AW91TF U 553
AF RR3AZ92JQ U 723
AF RR3AZ92TF C 1040
BS 1 552 RR3FU70JQ
BS 553 830 RR3AW91TF
BS 831 1118 RR3AZ92JQ
BS 1119 1119 RR3AZ92TF
BS 1120 1201 RR3AZ92JQ
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BS 1203 1614 RR3AZ92JQ
BS 1615 1839 RR3AZ92TF

RD RR3FU70JQ 784 0 0
GATAAAGCTGCAGAGGTAATGGGGCAGCACGATCAATTTGTCAGCTCTATGCAGTCTCGT
TTGGCTAAGTTACAGGTTGTCCGAAGATATTGGGAAAGAAACGATGTTAAAAACTCGATA
AGTTCAATAGAGAAGATGGCTGATAATGCTGTCGTTGCGGATGTATTGGTTATAATCACT
GAGAGAACTGAGATATTGACACTGGATACATGTACCTCTCTTCTTCCCCTTTTGACAGCT
CTTTTGGGGAGTAACATGGATAGACATTTGAGTGTCTGCCTAGACTTGCTGCTTAAACTG
GTAAGGATCTATGGGTCACAAATTTACTCGTCGCTGTCAGCTCCATCATCTGTTGGTGTA
GATATTGAGGCTGAGCAAAGGATGGAGCGGTACAGTCGTTGCTTTGTTGAACTCGAGAAA
ATCAAGGCTTGTCTTCCCTCTTTAGAAAGAAGAGGAGGATTAGTGGCGAAGACTATCCAT
GAACTCAACTTAATATTCCAAGAAGTATCGTCATGAGGAGGCTCCCTACGGTTTGGATGT
GGATTTGGTTGCAGTGTGGTGTTTTAACAAAAAAACAAGAGAGCTAATTCTACCAAAGCT
AACCACGGAAGACTAACTAATTGCTCGAGTATTACGTGTGGGCGCACTGCTCGGGTCACT
AACCTTTGGATTTGCAGAAGCAGAATCTCTGCAATTCTGTCTTGGCTTCAAGTCAAATTT
GTGTGTAAAGAGCCATTTCGGCGGTTGTGTATTGATCTAAGCTCAAATCTTTTCATTAAC
ACTG

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3AW91TF 278 0 0
AGTGTGGTGTTTTAACAAAAAAACAAGAGAGCTAATTCTACCAAAGCTAACCACGGAAGA
CTAACTAATTGCTCGAGTATTACGTGTGGGCGCACTGCTCGGGTCACTAACCTTTGGATT
TGCAGAAGCAGAATCTCTGCAATTCTGTCTTGGCTTCAAGTCAAATTTGTGTGTAAAGAG
CCATTTCGGCGGTTGTGTATTGATCTAAGCTCAAATCTTTTCATTAACACTGTTTTTAGT
TATGTTTTCTAGAGCACAAAAGAGAAGCCTATATTATA

QA 1 278 1 278
DS 

RD RR3AZ92JQ 892 0 0
GC
GTAAAGAGCCATTTCGGCGGTTGTGTATTGATCTAAGCTCAAATCTTTTCATTAACACTG
TTTTTAGTTATGTTTTCTAGAGCACAAAAGAGAAGCCTATATTATATTATTACAAAACTG
TTTTCAGAAGATGTAGAATCCTTCATATCTTGAAGTACTTGTAGCCAAAATCAGGATTTG
TCATCCCCTCTTCCCAATCTCCCATTCGTTTACCACCAAATACTACTTGCTGAATGCCCA
AGTACTCTGAACTCATGACAGTCAAACTGTTGAGAAGCACATCCAAGGCGAATATATCAG
AAGTGCCTAGATCAACCCAGACACGACCCCAGTTGTCCTGAAATTCAACGTCGCTGATGT
CATGGAAGGATGAAGGCATCACTTTGAAGCCCTT*CTCTGCGTCGTAGAGAGGATCATAT
TCCATAGATGAGTTTGCTAGCTGCAAATTAGATGTATTGAAAGCGCCCAATCTCCCC*AT
AACATACCATGCCTGTATAACACTTCCGAAAAGATCAACATCTCGATCTGAAGGCGATCC
ATAGAGCTCAAACCATATGAAGGAGTCAACAGGATTGAAATCTCTAAAGCTAACTTTGAA
AGAAAGAACAGAGCCAGTCTTCTGCTTCTGGAAATCTTTTCCCTTCTTCCTCACCCTTTC
CTCAACCTTCTTTCTCATGAGCTCAGGGTTTCCAATGCTATCACCAAGAACAGCTCGAAG
CTCTTCGTCATCTTTACAAGCAGTCTCAAGTACCTTGGCCCAAGATGGGTAGTCGTGGAG
ACGATCGTAGTCACGTTTTCTCTTCTCTTCTCTAACTTTTAGTAGTCTCCTTCCTCTCGC
CGTCGTTCCCGACCCTTTCTTCTCTACTTCCGACATCCCTCCGTCATTTT

QA 3 892 3 892
DS 

RD RR3AZ92TF 800 0 0
CCAGAC
CACGACCCCAGTTGTCCTGAAATTCAACGTCGCTGATGTCATGGAAGGATGAAGGCATCA
CTTTGAAGCCCTTTCTCTGCGTCGTAGAGAGGATCATATTCCATAGATGAGTTTGCTAGC
TGCAAATTAGATGTATTGAAAGCGCCCAATCTCCCCCATAACATACCATGCCTGTATAAC
ACTTCCGAAAAGATCAACATCTCGATCTGAAGGCGATCCATAGAGCTCAAACCATATGAA
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CTGCTTCTGGAAATCTTTTCCCTTCTTCCTCACCCTTTCCTCAACCTTCTTTCTCATGAG
CTCAGGGTTTCCAATGCTATCACCAAGAACAGCTCGAAGCTCTTCGTCATCTTTACAAGC
AGTCTCAAGTACCTTGGCCCAAGATGGGTAGTCGTGGAGACGATCGTAGTCACGTTTTCT
CTTCTCTTCTCTAACTTTTAGTAGTCTCCTTCCTCTCGCCGTCGTTCCCGACCCTTTCTT
CTCTACTTCCGACATCCCTCCGTCATTTTCGCCGGCGATGTTGTCGGAATTAGCAGAAAC
AGCGACCAGAGAGGGATAAGAGTTGAGTTTGTTGTGGAGAGAAAGTGTTCGAGTATGGGA
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GTACATTTCTGTTTCCTTCCTTCTTCGATTCTATTCGCGTTTCTGTAAATCAACAAAGCT
CGAGTTGAGTATCC

QA 7 800 7 800
DS 



AS 1 4

CO CL2982Contig1 1210 4 2 U
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TCCTTACTCGATCAAATTCCCGGTGATCGTGGTGGCTCCATTCCCGTGCAAAAGGATGAG
TTAGAGCATATACTGAAAGAGCTTAACGCACATATCAGTGCGGCTCCGTTAAAGAAGATG
GCTGGTGGAAGTGTGGCTAATACTGTTCGAGGATTGTGTGTTGGGTTTGGTATACCCACG
GGGATCATCGGGGCTTATTGAGACGATGAGCAAGGGCAGTTGTTTGTGAGCAATGTGGGC
TTCAGTGGTGTCAGTATCTCAAGGTTGAGGAAGAAGAAAGGTTCCACTGGGCAGTGCGTT
TTCTTGGTTGATGACTCTGGTAATCGAACAATGCGTCCATGTCTCTCCAGTGCTGTCAAG
ATTCAGGCTGATGAATTAAGCAAAGAAGATTTCACTGGCTCTAAGTGGTTGGTCCTAAGA
TATGCAGTTCTTAACTTAGAAGTAATTAAAGCAGCTATTGGATTTGCCAAGCAAGAAGGT
CTTTCTGTTTCTTTGGATTTAGCTAGTTTTGAGATGGTCAGGAATTATAGATCAGAGCTG
AGACAGCTTCTGGAGTCTGGTAACATAGATCTTTGCTTTGCTAACGAGGATGAAGCAGCT
GAACTGCTTAGGGGTGAGCAAGAAGCGGGCCCGGAGGCTGCTCTTGAGTTCCTAAGCAGG
CATTGCAGTTGGGCTGTGGTAACTTTAGGCCCTAAAGGTTGCATTGCAAAACATGATAAG
GAGGTGGTACAAGTACCGGCCATAGGTGAGACAATAGCTACTGATGCCACGGGAGCAGGT
GACCTATTCGCCAGCGGGTTTCTATATGGATTGATAAAGGGATTGCCTTTGGAAGAGTGT
TGCAAAATGGGATCATGCAGTGGAGGATCGGTCATCCGTTCTCTCGGAGGAGAAGTAACT
GCAGAGAACTGGCAATGGATGCACAAACAGTTGCAGTTGAAGAACTTGCCTGTTCCTGAC
ATTCGCAACTGATGTTCAACTAGCAGATTCTGGCTTTCAAATTTCAAGTGATTACGCCTT
AAAAAGGGCCGTTTCATATTTGAATTACTCTTATGCTTTTATGTTCTTCACAGAGAATCT
TTCAGCATGCATTGTATCTGTACTGAAGTCTCACTTTAATTCAGTAACATAATTGGTTGT
TTCCAAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B357TF U 1
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AF RR3A721JQ C 624
AF RR3A721TF U 642
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CTTTCTGTTTCTTTGGATTTAGCTAGTTTTGAGATGGTCAGGAATTATAGATCAGAGCTG
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GAACTGC

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DS 

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CTTTGGAAGAGTGTTGCAAAATGGGATCATGCAGTGGAGGATCGGTCATCCGTTCTCTCG
GAGGAGAAGTAACTGCAGAGAACTGGCAATGGATGCACAAACAGTTGCAGTTGAAGAACT
TGCCTGTTCCCGACATTCGCAACTGATGATCAACTAGCAGATTCTGGCTTTCAAATTTCA
AGTGATTACGCCTTAAAAAGGGCCGTTTCATATTTGAATTACTCTTATGCTTTTATGTTC
TTCACAGAGAATCTTTCAGCATGCATTGTATCTGTACTGGAGTCTCACTTTAATTCAGTA
ACA

QA 1 843 1 843
DS 

RD RR3A721JQ 587 0 0
G
ATAGATCTTTGCTTTGCTAACGAGGATGAAGCAGCTGAACTGCTTAGGGGTGAGCAAGAA
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TTAGGCCCTAAAGGTTGCATTGCAAAACATGATAAGGAGGTGGTACAAGTACCGGCCATA
GGTGAGACAATAGCTACTGATGCCACGGGAGCAGGTGACCTATTCGCCAGCGGGTTTCTA
TATGGATTGATAAAGGGATTGCCTTTGGAAGAGTGTTGCAAAATGGGATCATGCAGTGGA
GGATCGGTCATCCGTTCTCTCGGAGGAGAAGTAACTGCAGAGAACTGGCAATGGATGCAC
AAACAGTTGCAGTTGAAGAACTTGCCTGTTCCTGACATTCGCAACTGATGTTCAACTAGC
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TTACTCTTATGCTTTTATGTTCTTCACAGAGAATCTTTCAGCATCCATTGTATCTGTACT
GAAGTCTCCCTTTAATTCAGTAACATAATTGGTTGTTTCCAAGTTT

QA 2 587 2 587
DS 

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CATTGCAAAACATGATAAGGAGGTGGTACAAGTACCGGCCATAGGTGAGACAATAGCTAC
TGATGCCACGGGAGCAGGTGACCTATTCGCCAGCGGGTTTCTATATGGATTGATAAAGGG
ATTGCCTTTGGAAGAGTGTTGCAAAATGGGATCATGCAGTGGAGGATCGGTCATCCGTTC
TCTCGGAGGAGAAGTAACTGCAGAGAACTGGCAATGGATGCACAAACAGTTGCAGTTGAA
GAACTTGCCTGTTCCTGACATTCGCAACTGATGTTCAACTAGCAGATTCTGGCTTTCAAA
TTTCAAGTGATTACGCCTTAAAAAGGGCCGTTTCATATTTGAATTACTCTTATGCTTTTA
TGTTCTTCACAGAGAATCTTTCAGCATGCATTGTATCTGTACTGAAGTCTCACTTTAATT
CAGTAACATAATTGGTTGTTTCCAAGTTT

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 3

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TTTTTAAGCGTTTTTACATGGTCATGGCTTCTTCTTCTTCTTCTATCTCTGCGTTTCCAT
CGCCTCACACTCCAAGATTCTCACAAACCCTAAGTTCTCATTTCCTCGCCCCTTGTTCTG
TTTTGAACCTAAAACACGCATCTTCGCTGCTTCAATCGAGGATTCGAATCTCCTCTCGTC
GTGTGCGGACAAAAACACTGGTTGTTGTGTCTGCCCAGACTAGTCTCCTGAAAGTTCTTA
GAACCGCGTGGAATATTGGGAAAGATGGAATCGAAGCAGGAACCAACCTAGTACCTGTTT
CTGTGCCTAGACCTGTTGCTAGGATCTCAGTGACAATTGCAGCATTGGCGGTTTCATTGT
TTGTTCTCAAGTCGTTTGTATCAACTGCTTTCTTTGTATTGGGTACAATGGGATTTGCAT
ATTTCTTATTCATAGCCTTGAACAAAGACGAAGCTCCGAAACGGAGAGGAGCAGATACTA
TTTCTGGTTCCAACAAACCAATGGATGATCCACTTGAAGAAGCAAAGAAAATTATGGACA
AGTACAAGTAAGCAGCTTATCAGTTTTTGAGAGAGAGAGATCTCTAATGTATACGGATAA
AACACTTTGGCAATGTTGGGTATGTGG*TTTTGATGTTAAGATAAACTTGTAATAGAGAT
CTCAAGAG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BS58TF U 1
AF RR3A896TF U 6
AF RR3A896JQ C 29
BS 1 150 RR3BS58TF
BS 151 151 RR3A896TF
BS 152 471 RR3BS58TF
BS 472 472 RR3A896TF
BS 473 627 RR3BS58TF
BS 628 628 RR3A896TF
BS 629 633 RR3BS58TF
BS 634 634 RR3A896TF
BS 635 661 RR3BS58TF
BS 662 668 RR3A896JQ

RD RR3BS58TF 661 0 0
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CGCCTCACACTCCAAGATTCTCACAAACCCTAAGTTCTCATTTCCTCGCCCCTTGTTCTG
TTTTGAACCTAAAACACGCATCTTCGCTGCCTCAATCGAGGATTCGAATCTCCTCTCGTC
GTGTGCGGACAAAAACACTGGTTGTTGTGTCTGCCCAGACTAGTCTCCTGAAAGTTCTTA
GAACCGCGTGGAATATTGGGAAAGATGGAATCGAAGCAGGAACCAACCTAGTACCTGTTT
CTGTGCCTAGACCTGTTGCTAGGATCTCAGTGACAATTGCAGCATTGGCGGTTTCATTGT
TTGTTCTCAAGTCGTTTGTATCAACTGCTTTCTTTGTATTGGGTACAATGGGATTTGCAT
ATTTCTTATTCATAGCCTTGAACAAAGACGAAGCTCCGAAACGGAGAGGAGAAGATACTA
TTTCTGGTTCCAACAAACCAATGGATGATCCACTTGAAGAAGCAAAGAAAATTATGGACA
AGTACAAGTAAGCAGCTTATCAGTTTTTGAGAGAGAGAGATCTCTAATGTATACGGATAA
AACACTTTGGCAATGTTGGGTATGTGGGTTTTGGTGTTAAGATAAACTTGTAATAGAGAT
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3A896TF 663 0 0
AAGCGTTTTTACATGGTCATGGCTTCTTCTTCTTCTTCTATCTCTGCGTTTCCATCGCCT
CACACTCCAAGATTCTCACAAACCCTAAGTTCTCATTTCCTCGCCCCTTGTTCTGTTTTG
AACCTAAAACACGCATCTTCGCTGCTTCAATCGAGGATTCGAATCTCCTCTCGTCGTGTG
CGGACAAAAACACTGGTTGTTGTGTCTGCCCAGACTAGTCTCCTGAAAGTTCTTAGAACC
GCGTGGAATATTGGGAAAGATGGAATCGAAGCAGGAACCAACCTAGTACCTGTTTCTGTG
CCTAGACCTGTTGCTAGGATCTCAGTGACAATTGCAGCATTGGCGGTTTCATTGTTTGTT
CTCAAGTCGTTTGTATCAACTGCTTTCTTTGTATTGGGTACAATGGGATTTGCATATTTC
TTATTCATAGCCTTGAACAAAGACGAAGCTCCGAAACGGAGAGGAGCAGATACTATTTCT
GGTTCCAACAAACCAATGGATGATCCACTTGAAGAAGCAAAGAAAATTATGGACAAGTAC
AAGTAAGCAGCTTATCAGTTTTTGAGAGAGAGAGATCTCTAATGTATACGGATAAAACAC
TTTGGCAATGTTGGGTATGTGG*TTTTGATGTTAAGATAAACTTGTAATAGAGATC
TCAAGAG

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3A896JQ 640 0 0
TTCTTCTTCTTCTTCTATCTCTGCGTTTCCATCGCCTCACACTCCAAGATTCTCACAAAC
CCTAAGTTCTCATTTCCTCGCCCCTTGTTCTGTTTTGAACCTAAAACACGCATCTTCGCT
GCTTCAATCGAGGATTCGAATCTCCTCTCGTCGTGTGCGGACAAAAACACTGGTTGTTGT
GTCTGCCCAGACTAGTCTCCTGAAAGTTCTTAGAACCGCGTGGAATATTGGGAAAGATGG
AATCGAAGCAGGAACCAACCTAGTACCTGTTTCTGTGCCTAGACCTGTTGCTAGGATCTC
AGTGACAATTGCAGCATTGGCGGTTTCATTGTTTGTTCTCAAGTCGTTTGTATCAACTGC
TTTCTTTGTATTGGGTACAATGGGATTTGCATATTTTTTATTCATAGCCTTGAACAAAGA
CGAAGCTCCGAAACGGAGAGGAGCAGATACTATTTCTGGTTCCAACAAACCAATGGATGA
TCCACTTGAAGAAGCAAAGAAAATTATGGACAAGTACAAGTAAGCAGCTTATCAGTTTTT
GAGAGAGAGAGATCTCTAATGTATACGGATAAAACACTTTGGCAATGTTGGGTATGTGG*
TTTTGATGTTAAGATAAACTTGTAATAGAGATCTCAAGAG

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 3

CO CL2984Contig1 886 3 7 U
TAGTATCCATCCCCGCCAATTACACAAGCTGCGTTGGTGTACTATGTCTTTTAGACTGTG
TTTTTCTTTTTTGACTCTAAAAGTCAAAGCTGTATTAACATATAGATTTACATATCCTAT
GTCAAAGCATCGTTAACTATATGGATGGATTTTCCCATTGGGATCATTGGTATAGAAAAC
TCTCAACCCAAATTCTCAAAGCAATTACTCAAAGCAGTTTGTGCTTCAGTGTCTTTCTTC
TTGATGTTCTCAGACGAACACGGTTCTTTGCTCTTCTTCCGCTTTATAGAGCCACTGATA
TTCTTTTCTTGTGGGGTGTCAGGAAAGGGGTTGAAACCAAGCTTAATGGTGTTGACGATA
TCATCTGCAGATGATCCAGCATTGGGATTTTCGAAGACAGGGACATAATGTGAAGGAGCT
TGTCTACATGGAAAGAAGACTGATCCTCTCGGCTCATTAGCAGTTTCTTCCTGCGTAATA
GCTTGAGTTTTAAAATTCTCTTCATTCTTATTCCATGGTTCCTGAGTCACTTCACTTATC
AATCACCACAACATCATGCAACATCTCTTTCAAACCATCTTCTGCTTTTGAGTTCTCAAC
TTCTTCAATGATATCTTCATCTTCAAGTAGACATTGCGTTATTGCTCTGGACTCCAGTTT
CGTCATCATTTCTGGTTGCAACCGTAGTGGAGTAGAGGTACTGTTACAGAAAGTCTCGAC
ATCCTCTTGGGAAACTTTGTCCTCCACATATTCATTCTCTTCTTCCTCCGTCTTATAATC
ATACCTCTTGCAGTTGTAAAACAGTGAAAAAAAGAAGAAATTAATGTTGTCTTCTAGCTT
CCGCTCTATCCAACCGAAGCTACTGTCTGAAATGCAGTAAAACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H703JQ U 1
AF RR3C356JQ U 73
AF RR3GG47TF C 116
BS 1 191 RR3H703JQ
BS 192 192 RR3C356JQ
BS 193 493 RR3H703JQ
BS 494 678 RR3C356JQ
BS 679 679 RR3GG47TF
BS 680 790 RR3C356JQ
BS 791 886 RR3GG47TF

RD RR3H703JQ 497 0 0
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TTTTTCTTTTTTGACTCTAAAAGTCAAAGCTGTATTAACATATAGATTTACATATCCTAT
GTCAAAGCATCGTTAACTATATGGATGGATTTTCCCATTGGGATCATTGGTATAGAAAAC
TCTCAACCCAAGTTCTCAAAGCAATTACTCAAAGCAGTTTGTGCTTCAGTGTCTTTCTTC
TTGATGTTCTCAGACGAACACGGTTCTTTGCTCTTCTTCCGCTTTATAGAGCCACTGATA
TTCTTTTCTTGTGGGGTGTCAGGAAAGGGGTTGAAACCAAGCTTAATGGTGTTGACGATA
TCATCTGCAGATGATCCAGCATTGGGATTTTCGAAGACAGGGACATAATGTGAAGGAGCT
TGTCTACATGGAAAGAAGACTGATCCTCTCGGCTCATTAGCAGTTTCTTCCTGCGTAATA
GCTTGAGTTTTAA
GATT

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR3C356JQ 718 0 0
GACTCTAAAAGTCAAAGCTGTATTAACATATAGATTTACATATCCTATGTCAAAGCATCG
TTAACTATATGGATGGATTTTCCCATTGGGATCATTGGTATAAAAAACTCTCAACCCAAA
TTCTCAAAGCAATTACTCAAAGCAGTTTGTGCTTCAGTGTCTTTCTTCTTGATGTTCTCA
AACGAACACGGTTCTTTGCTCTTCTTCCGCTTTATAGAGCCACTGATATTCTTTTCTTGT
GGGGTGTCAGGAAAGGGGTTGAAACCAAGCTTAATGGTGTTGACGATATCATCTGCAGAT
GATCCAGCATTGGGATTTTCGAAAACAGGGACATAATGTGAAGGAGCTTGTCTACATGGA
AAGAAAACTGATCCTCTCGGCTCATTAGCAGTTTCTTCCTGCGTAATAGCTTGAGTTTTA
AAATTCTCTTCATTCTTATTCCATGGTTCCTGAGTCACTTCACTTATCAATCACCACAAC
ATCATGCAACATCTCTTTCAAACCATCTTCTGCTTTTGAGTTCTCAACTTCTTCAATGAT
ATCTTCATCTTCAAGTAGACATTGCGTTATTGCTCTGGACTCCAGTTTCGTCATCATTTC
TGGTTGTAACCGTAGTGGAGTAGAGGTACTGTTACAGAAAGTCTCGACATCCTCTTGGGA
AACTTTGTCCTCCACATATTCATTCTCTTCTTCCTCCGTCTTATAATCATACCTCTTG

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3GG47TF 771 0 0
T
CTATGTCAAAGTGTCGTTAACTATATGGATGAATTTCCCAATTGGGATCATTGGTATAGA
AAACTCTCAACCCAAATTCTCAAAGCAATTACTCAAAGCAGTTTGTGCTTTAGTGTCTTT
CTTCTTGATGTTCTCAGACGAACACGGTTCTGTGCTCTTCTTCCGCTTTTTAGAGCCACT
GATATTCTTTTCTTGTGGGGTGTCAGGACAGGGGTTGAAACCAAGCTTAATGGTGTTGAC
GATATCATCTGCAGGTGATCCAGCATTGGGATTTTCGAAGACAGGGACAGAATGTGAAGG
AGCTTGTCTACATGGAAAGAAGACTGATCCTCTCAGCTCATTAGTAGTTTCTTCCTGCGT
AGTAGCTTGAGTTTTAAGATTCTCTTCATTCTTATTCCATGGTTCCTGAGTCACTTCACT
TATCAATCACCACAACATCCTGCAAGATCTCTTTCAAACCATCTTCTGCTTTTGAGTTCT
CAACTTCTTCAATGATATCTTCATCTTCAAGTAGGCATTGCGTTATTGCTCTGGACTCCA
GTTTCGTCATCCTTTCTGGTTGCAACCGTAGTGGAGTAGAGGTATTGTTACAGAAAGTCT
CGACATCTTCTTGGGAAACTTTGTCCTCCACATATTCATTCTCTTCTTCCTCCGTCTTAT
AATCATACCTCTTGCAGTTGTAAAACAGTGAAAAAAAGAAGAAATTAATGTTGTCTTCTA
GCTTCCGCTCTATCCAACCGAAGCTACTGTCTGAAATGCAGTAAAACTTC

QA 2 771 2 771
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL2986Contig1 980 4 7 U
GGAGAACCATACAATCACAAAATCAAAAGGGTCGTAAATACTCATTTTAGGACAAAAGTG
TATCAAGTTATCGACCAAGAAAGAAAAAAAGAAAAAAGGGGGGTGACCTGAGTTTTTTCA
ACACAACACAAAGAATGGCCGGAGTTTTGAAAACGGTGACATCTATGTTTTTGGTTTTAG
CTGCGGTTGTTTTCGCAGAGGATTATGATGTTGGTGATGATACCGAATGGGCGAGACCTA
GCGATCCCAAGTTCTATGATACATGGGCTGCCGGTAAAACTTTCCGTGTAGGTGACGAGC
TCGAATTTGATTTCACCGCTGGGAGACATGATGTGGCTGTTGTAACAAAAGATGCATATG
AGAACTGTGTGAAAGAGAAACCCCTCAGCGTCATGATGACTCCTCCGGTAAAAATTGTGC
TAAACACCACCGGACCACAATACTACATCTGCACCTTCGGTGACCATTGCCGCTTTGGTC
AAAAACTTTCCATCAACGTAGTTGGTGCTGGTGGTGCTACCACCCCAGCTGCTGGAGGAA
CCACTCCCACCACCCCGGGAGCCGGGACCACTACTACACCTACGGCTAGAAGTGCCGCTT
CTACATTAGGTGGTGCCTCTTTTTTGGTCGCCTTTGTTTCTGCTGTTGTTGCTCTCTTTT
GAGTTAGATTCGATCGATCGGAATACTGAGTATATGTTTGTTTCAGCTTGGTATACATAC
GTAGTTTAACAATCATGCATTTTCTTTATGGGAATAAAACTCCTTTCATTCAGGTCATTG
TAGAGAGATTAGACATATGATAACTAGGTTATAAATTCAAGATTGATTTTCCACATCATC
GATATGTATATACTATATACGATACATCATATTTCGTGGAAAGGTGTGTAATTTTCTTGA
TCCAGTATGTTTTTTTTTTTGAAACTGATTGATCCAGTATGTTTAGTGTTTTCTTGTATG
ATATAAACAACTTTGCCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT91TF U 7
AF RR3BJ12TF U 1
AF RR3GT91JQ C 119
AF RR3BJ12JQ C 445
BS 1 212 RR3BJ12TF
BS 213 213 RR3GT91TF
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GG
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TATCGACCAAGAAAGAAAAAAAGAAAAAAGGGGGGTGACCTGAGTTTTTTCAACACAACA
CAAAGAATGGCCGGAGTTTTGAAAACGGTGACATCTATGTTTTTGGTTTTAGCTGCGGTT
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AAGTTCTATGATACATGGGCTGCCGGTAAAACTTTCCGTGTAGGTGACGAGCTCGAATTT
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GTGAAAGAGAAACCCCTCAGCGTCATGATGACTCCTCCGGTAAAAA

QA 3 408 3 408
DS 

RD RR3BJ12TF 767 0 0
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TATCAAGTTATCGACCAAGAAAGAAAAAAAGAAAAAAGGGGGGTGACCTGAGTTTTTTCA
ACACAACACAAAGAATGGCCGGAGTTTTGAAAACGGTGACATCTATGTTTTTGGTTTTAG
CTGCGGTTGTTTTCGCAGAGGATTATGATGTTTGTGATGATACCGAATGGGCGAGACCTA
GCGATCCCAAGTTCTATGATACATGGGCTGCCGGTAAAACGTTCCGTGTAGGTGACGAGC
TCGAATTTGATTTCACCGCTGGGAGACATGATGTGGCTGTTGTAACAAAAGATGCATATG
AGAACTGTGTGAAAGAGAAACCCCTCAGCGTCATGATGACTCCTCCGGTAAAAATTGTGC
TAAACACCACCGGACCACAATACTACATCTGCACCTTCGGTGACCATTGCCGCTTTGGTC
AAAAACTTTCCATCAACGTAGTTGGTGCTGGTGGTGCTACCACCCCAGCTGCTGGAGGAA
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CTACATTAGGTGGTGCCTCTTTTTTGGTCGCCTTTGTTTCTGCTGTTGTTGCTCTCTTTT
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GTAGTTTAACAATCATGCATTTTCTTTATGGGAATAAAACTCCTTTC

QA 1 767 1 767
DS 

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TCAAAAACTTTCCATCAAGGTAGTTGGTGCTGGTGGTGCTACCACCCCAGCTGCTGGAGG
AACCACTCCCACCACCCCGGGAGCCGGGACCACTACTACACCTACGGCTAGAAGTGCCGC
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DS 

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GGACCACTACTACACCTACGGCTAGAAGTGCCGCTTTTACATTAGGTGGTGCCTCTTTTT
TGGTCGCCTTTGTTTCTGCTGTTGTTGCTTTCTTTTGAGTTAGATTCGATCGATCGGAAT
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TTTATGGGAATAAAACTCCTTTCATTCAGGTCATTGTAGAGAGATTAGACATATGATAAC
TAGGTTATAAATTCAAGATTGATTTTCCACATCATCGATATGTATATACTATATACGATA
CATCATATTTCGTGGAAAGGTGTGTAATTTTCTTGATCCAGTATGTTTTTTTTTTTGAAA
CTGATTGATCCAGTATGTTTAGTGTTTTCTTGTATGATATAAACAACTTTGCCTTC

QA 1 536 1 536
DS 



AS 1 3

CO CL2987Contig1 945 3 42 U
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CTACATTCTCCAGAGCCTTACCTTCCTCATCAAGCAAAACTTCTCCCTCCTTCATTCCCT
TCCGATCTCCTTCCCTCAAAATCACCAGTTCCGCTTACTTCCTCCCATCATCTATCTCCC
TCTCTTCACGTCGCGCATCCTTCATCATCCCACGCGCCACTCCCTCCTCCTCCGAGGGAT
CCGACTCGCTAGCCAAAACCACCTTCCACGGTCTATGCTTCGTCTTGAAAGACAACATAG
ACACCGACCAGATCATCCCAGCAGACAAAGCGTGCATTTTCCCTTCCAACCAGCAAGAAC
GTGACGAGATCGGCTCTAACGCCCTCTCCGGTCTACCAGACTCCCACAAACCCCGCTTCG
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TGCTGGAGTTATATATGTTGTCTTCCACGTTGTTGTTGTTGTTTTTATGTAATGAATAAG
AAATCTAAAGGCAAGAAGAAAACATGTTCCAAGAAAATGGTTGAC


BQ
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AF RR3E360TF U 1
AF RR3DE45TF U 5
AF RR3DE45JQ C 267
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BS 19 19 RR3DE45TF
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RD RR3E360TF 718 0 0
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TCTCTTCACGTCGCGCATCCTTCATCATCCCACGTGCCACTGCCTCTTCCTCCGAGGGAT
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TTGAGCCAGGAGAGATCAAATCTAAATACTCCATCATAGTCGCCGGTGAGAACTTTGGTT
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TTGCTCAGACTTACGCAAGGATCTTTTTCCGTAACTCGGTGGCTACGGGAGAGGTGTTTC
CCCTCGAGTCAGAGGTTAGAGTCTGCGACGAGTGTACGACAGGAGACACGGTGACGATCG
AGCTGAGGGATAGTGGTGGTTTACTGACTAATCACACGACTGGTAAGCAGTATAAGCT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3DE45TF 659 0 0
GG
AGACAACAACTTCGATAGTAGAGCCCAAACACACACAAATGACGTCTTCTCTACCTACAT
TCTCCAGAGTCTTACCTTCTTCATCAAGCAAAACTTCTCCCTCCTTCGTTCCCTTCCGAT
CTCCTTCCCTCAAGATCACCAGTTCCGCTTACTTCCTCCCATCATCTATCTCCCTCTCTT
CACGTCGCGCATCCTTCATCATCCCACGCGCCACTCCCTCCTCCTCCGAGGGATCCGACT
CGCTAGCCAAAACCACCTTCCACGGTCTATGCTTCGTCTTGAAAGACAACATAGACACCG
ACCAGATCATCCCAGCAGACAAAGCGTGCATTTTCCCTTCCAACCAGCAAGAACGTGACG
AGATCGGCTCTAACGCCCTCTCCGGTCTACCAGACTCCCACAAACCCCGCTTCGTTGAGC
CAGGAGAGATCAAATCTAAATATTCCATCATAGTCGCCGGTGAAAACTTTGGTTGCGGGT
CCTCACGTGAACACGCTCCTGTCTGTCTAGGAGCAGCAGGAGCTAAAGCCGTTGTTGCTC
AGACTTACGCGAGGATCTTTTTCCGTAACTCGGTGGCTACGGGAGAGGTGTTTCCCCTCG
AATCAGATGTTAGAGTCTGCGACGAGTGTACGACAGGAGACACGGTGACGATCGAGC

QA 3 659 3 659
DS 

RD RR3DE45JQ 679 0 0
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AAAGCGTGCATTTTCCCTTCCAACCAGCAAGAACGTGACGAGATCGGCTCTAACGCCCTC
TCCGGTCTACCAGACTCCCACAAACCCCGCTTCGTTGAGCCAGGAGAGATCAAATCTAAA
TATTCCATCATAGTCGCCGGTGAAAACTTTGGTTGCGGGTCCTCACGTGAACACGCTCCT
GTCTGTCTAGGAGCAGCAGGAGCTAAAGCCGTTGTTGCTCAGACTTACGCGAGGATCTTT
TTCCGTAACTCGGTGGCTACGGGAGAGGTGTTTCCCCTCGAATCAGATGTTAGAGTTTGC
GACGAGTGTACGACAGGAGACACGGTGACGATCGAGCTGAGGGATAGTGGTGGTTTACTG
ACTAATCACACAACCGGTAAGCAGTATAAGCTGAAGGCGATCGGTGATGCCGGACCTGTT
ATTGATGCTGGTGGTATCTTTGCTTATGCGAGGAAGATGGGAATGATCCCATCTCCATCA
GTAGCTTAACTATCTTCATATTTTGTATGATGTGTGCTGGAGTTATATATGTTGTCTTCC
ACGTTGTTGTTGTTGTTTTTATGTAATGAATAAGAAATCTAAAGGCAAGAAGAAAACATG
TTCCAAGAAAATGGTTGAC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL2988Contig1 685 2 8 U
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CGTTTAAATTCGTCACAGTTCTTCAAATTCAAAGAAACCCACAAGAAAAAATATCAGTAT
CACTTCTCTTTGGTGAGAGAGATCACACCAAGCAACCCAAAAACAAGAGAAATCTGAAAA
TCTTTACATCATCCATCAATGGCATCATCAGGCCTGACTCGTTCGGGAAGTGCGCCGCAG
TTCCATCTAGACGAGAAGTGGAAGCTGGCCAAGAAAGACAGTTTAAGCGGGGGCGCGGCA
AGGATCACTCGCTCCTCCTCGACGTCTTCTATCCCCATGAACGGCGGCAAGAAGTCACAC
AAACAGGGGAGATGCGCTTTTACGAGGAAGTGCGCGAGATTAGTCAAAGAACAGAGAGCT
CGTTTCTACATCATGCGTCGATGCGTGATCATGCTTGTCTGCTGGAGAGATAATTACTCA
GATTCTTGAAAAAACCAAACACCAATCTCTCTCTATCTCTCTGTGTTTCTTCATCTCTCT
GTTGTGAAACAGAAGTAGATAGATCATATACGCAGGGGACATATGCTCTTTTGTTTTCTG
TTTCTTTAGATTAAAAATTAGATTTGTAACTTTTTATGTATGAGTTCTTGCAAGAGAGAG
ATGTATGAAAGCCTTTTTCAAAAAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV60TF U 1
AF RR3FE33TF U 1
BS 1 27 RR3DV60TF
BS 28 28 RR3FE33TF
BS 29 576 RR3DV60TF
BS 577 577 RR3FE33TF
BS 578 578 RR3DV60TF
BS 579 579 RR3FE33TF
BS 580 658 RR3DV60TF
BS 659 685 RR3FE33TF

RD RR3DV60TF 659 0 0
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TCTTTACATCATCCATCAATGGCATCATCAGGCCTGACTCGTTCGGGAAGTGCGCCGCAG
TTCCATCTAGACGAGAAGTGGAAGCTGGCCAAGAAAGACAGTTTAAGCGGGGGCGCGGCA
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AAACAGGGGAGATGCGCTTTTACGAGGAAGTGCGCGAGATTAGTCAAAGAACAGAGAGCT
CGTTTCTACATCATGCGTCGATGCGTGATCATGCTTGTCTGCTGGAGAGATAATTACTCA
GATTCTTGAAAAAACCAAACACCAATCTCTCTCTATCTCTCTGTGTTTCTTCATCTCTCT
GTTGTGAAACAGAAGTAGATAGATCATATACGCAGGTGTCATATGCTCTTTTGTTTTCTG
TTTCTTTAGATTAAAAATTAGATTTGTAACTTTTTATGTATGAGTTCTTGCAAGAGAG
G

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3FE33TF 685 0 0
GGGCTGACTTAAATCTCCAAACTCCGAAAAAATCTCCAAATTTCCGAGTTAGTTTTTTAT
CGTTTAAATTCGTCACAGTTCTTCAAATTCAAAGAAACCCACAAGAAAAAATATCAGTAT
CACTTCTCTTTGGTGAGAGAGATCACACCAAGCAACCCAAAAACAAGAGAAATCTGAAAA
TCTTTACATCATCCATCAATGGCATCATCAGGCCTGACTCGTTCGGGAAGTGCGCCGCAG
TTCCATCTAGACGAGAAGTGGAAGCTGGCCAAGAAAGACAGTTTAAGCGGGGGCGCTGCA
AGGATCACTCGCTCCTCCTCGACGTCTTCTATCCCCATGAACGGCGGCAAGAAGTCACAC
AAACAGGG*AGATGCGCTTTTACGAGGAAGTGCGCGAGATTAGTCAAAGAACAGAGAGCT
CGTTTCTACATCATGCGTCGATGCGTGATCATGCTTGTCTGCTGGAGAGATAATTACTCA
GATTCTTGAAAAAACCAAACACCAATCTCTCTCTATCTCTCTGTGTTTCTTCATCTCTCT
GTTGTGAAACAGAAGTAGATAGATCATATACGCAGTGTACATATGCTCTTTTGTTTTCTG
TTTCTTTAGATTAAAAATTAGATTTGTAACTTTTTATGTATGAGTTCTTGCAAGAGAGAG
ATGTATGAAAGCCTTTTTCAAAAAA

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 3

CO CL2989Contig1 973 3 13 U
GGGATATATAAGGAAAAAAATTATGAAAGGGCAACACTCTGAGTTTAGGTTATATCTGAA
AACTAGAGGAAGCAAAAGCAAAATTACATTTCTTTAGTTCCTTTTTCACCTTATAATAGC
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ACTAAGCTGCTTCTCCATCTTCTTCACTATAAACACTTGCGACTCCTCACACACTGTAAC
CACCGTCCCTTTCCTTCCCAGCCTGCCCGTCCTCCCAGCTCTATGCGCGTAGTGAACCGC
GTCCGTTGGGAGTTCAAGATTCACCACCAGATCACATTCCGCAACGTCAAGACCCCGAGC
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TGATCTCCCTAGCTTCCCGAGATCCCCATGCAGCTCGGCGCAGCTCATACCACGGGCTTC
GAGTTTGTAGACAACGTCTTTGAGCTGCTTTGAGTGGTTCATGAAAGCTATAACGGACTG
GGCTTCAAGGGCGTGGACGCATCTCCTCAAGGCGTCGACTTTGTGTTGATGCTTTGAGAT
GCAGTAGAAGTGTTTTAGCGCTGGAGGTAGGCTCTGGATAGTAGACTGAATCTGGCCGTT
AGCCTCAGAAGTTGTGTGGGTTAAGCTAATAGCCGGTGCGGTTGGTTGAACGGTGTCAAG
AGGAGTGACTTTGTTAGCTTGGACAAGAACAGGCTCGTGACTCCAGCTCTTAGCTGCTCG
AATAACAGAGAAGGGCACAGTCGCAGAGACTAGAATGGTCTGCCGGTTAGCACGTTCATC
AACTTCTCCTTTAGGACCAGCGCCAGCTCTCCTCCCTACATGCTCAATAATCCGATGGAT
ATCTTCTCGGAAGTTGAAAGATAAAAGCTCATCCACTTCGTCTAGCACCAAGAATCTACA
CCCGTGAGTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CE38JQ U 1
AF RR3FL44JQ U 70
AF RR3CE38TF C 265
BS 1 132 RR3CE38JQ
BS 133 285 RR3FL44JQ
BS 286 286 RR3CE38TF
BS 287 381 RR3FL44JQ
BS 382 382 RR3CE38TF
BS 383 386 RR3FL44JQ
BS 387 387 RR3CE38TF
BS 388 567 RR3FL44JQ
BS 568 568 RR3CE38TF
BS 569 569 RR3FL44JQ
BS 570 570 RR3CE38TF
BS 571 602 RR3FL44JQ
BS 603 973 RR3CE38TF

RD RR3CE38JQ 140 0 0
GGGATATATAAGGAAAAAAATTATGAAAGGGCAACACTCTGAGTTTAGGTTATATCTGAA
AACTAGAGGAAGCAAAAGCAAAATTACATTTCTTTAGTTCCTTTTTCACCTTATAATAGC
TTTATCTTCCTC
TGGGACAA

QA 1 132 1 132
DS 

RD RR3FL44JQ 533 0 0
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CTCAGTGACAACAAGCTCTCCATCAACAAACTCGCAATACTCGAAAGGCAAACTAAGCTG
CTTCTCCATCTTCTTCACTATAAACACTTGCGACTCCTCACACACTGTAACCACCGTCCC
TTTCCTTCCCAGCCTGCCCGTCCTCCCAGCTCTATGGGCGTAGTGAACCGCGTCCGTTGG
GAGTTCAAGATTCACCACCAGATCACATTCCGCAACGTCAAGACCCCGAGCAGAGAGCTC
GTTAGTCACGAGTACCCTGACTTCCCCGTTCTTGAACTTCTTCAGAACCGTTGATCTCCC
TAGCTTCCCGAGATCCCCATGCAGCTCGGCGCAGCTCATACCACGGGCTTCGAGTTTGTA
GACAACGTCTTTGAGCTGCTTTGAGTGGTTCATGAAAGCTATAACGGACTGGGCTTCAAG
GGCGTGGACGCATCTCCTTAGGGCGTCGACTTTGTGTTGATGCTTTGAGATGC

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR3CE38TF 709 0 0
CTCCCGT
CTCCCAGCTCTATGCGCGTAGTGAACCGCGTCCGTTGGGAGTTCAAGATTCACCACCAGA
TCACATTCCGCAACGTCAAGACCCCGAGCAGAGAGCTCGTTAGTCACGAGCACTCCGACT
TCCCCGTTCTTGAACTTCTTCAGAACCGTTGATCTCCCTAGCTTCCCGAGATCCCCATGC
AGCTCGGCGCAGCTCATACCACGTGCTTCGAGTTTGTAGACCACGTCTTTGAGCTGCTTT
GAGTGGTTCATGAAGGCTATAACGGACTGGGCTTCGAGGGCGTGGACGCATCTCCTCAAG
GCGTCGACTTTGTGTTGGTGCTTTGAGATGCAGTAGAAGTGTTTTAGCGCTGGAGGTAGG
CTCTGGATAGTAGACTGAATCTGGCCGTTAGCCTCAGAAGTTGTGTGGGTTAAGCTAATA
GCCGGTGCGGTTGGTTGAACGGTGTCAAGAGGAGTGACTTTGTTAGCTTGGACAAGAACA
GGCTCGTGACTCCAGCTCTTAGCTGCTCGAATAACAGAGAAGGGCACAGTCGCAGAGACT
AGAATGGTCTGCCGGTTAGCACGTTCATCAACTTCTCCTTTAGGACCAGCGCCAGCTCTC
CTCCCTACATGCTCAATAATCCGATGGATATCTTCTCGGAAGTTGAAAGATAAAAGCTCA
TCCACTTCGTCTAGCACCAAGAATCTACACCCGTGAGTGTGC

QA 8 709 8 709
DS 



AS 1 4

CO CL2990Contig1 1119 4 15 U
GGATCGGAAGAAAAAGCTTTAGAAAAAAGAAAAAAAAACAGTTAAGAAAGAAAGATGGAG
AGAAGCACACCAGTGAGAAACCCTCACACTTCCACCGCCGATCTGCTTTCCTGGTCGGAA
ACTCCTCCTCCTCCTGATCACTCTTCCTCTTCCGCCGCTCGTTCTCACCAGCCGTCAGAT
GGAATCAGCAAGGTTCTTGGCGGCGGTCAGATCACAGAAGAGGAAGCTCAGTCCCTCAAT
AAGCTGAAGAACTGCTCAGGATACAAGTTAAAAGAGATGACTGGTAGTGGCATCTTTACC
AATGAGCCCAAAGGCGTATCTGAATCCGATTATGCTTCTACTGATCCAAAGACTGGACTT
CGTTACTATCAACAAACTCTGAACGGAGTGAGTCAGATATCTTTCAGCGCTGACGGGAAT
GTTTCCCCTAAGAAACCAACCACTTTAACCGAGGTTGCAAAGCAGAGAGAGCTGAGCGGG
AACCTGTTGACCGAGGCAGACTTGAAGAGCAAGAAGCAGATCTCGAGTGCTAAGATCGAA
GAGATAAGCGGTCACAACATCTTCGGACCTCCAACTGAGATTCAGCCTCGATCCTTGGCT
GCTGAACAAGAAGCTAGAAGAGGTAACAGAGACATGGGGGAGCCTGCACCAAGGAACCTA
CGCACTTCTGTTAAAGTCTCCAATCCTGCAGGAGGACAGAGCAACATACTGTTTAGTGAA
GAACCTGAAGTGAAGACATCGAAGAAGATACATGACCAGAAGTTTCAGGAGCTCACGGGC
AATGGTATCTTCAAAGGAGATGAGACCCCTGGAACTGGAGACAAGCAGCTAAGCTCAGCT
AAACTCAGGGAGATGAGCGGGAACAATATATTCGCAGACGGGAAGTCAGAGTCCCGAGAC
TATTTTGGAGGTGTGAGGAAGCCACCAGGCGGTGAGAGCAGCATCTCTTTGGTCTAATAA
AAACTTGTGACAGTTTGGTATTCAAAAAAATCCAAAGCTTCTCACGTTTAATGTTGTTCT
CTTTAGAATCTTAGTTTTCTTAGATGGTCGAAAACCCCTTTGAGCTTAATCTTTGTATGG
ATTATTGTCTTTGACTTCAAACCTTTTGGTGTTCGTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AA30TF U 22
AF RR3DD32TF U 1
AF RR3CF03TF U 181
AF RR3CF03JQ C 329
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GGGAAAGA
AAAAAAAAACAGTTAAGAAAGAAAGATGGAGAGAAGCACGCCAGTGAGAAACCCTCACAC
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TTCCGCCGCTCGTTCTCACCAGCCGTCAGATGGAATCAGCAAGGTTCTTGGCGGCGGTCA
GATCACAGACGAGGAAGCTCAGTCCCTCAATAAGCTGAAGAACTGCTCAGGTTACAAGTT
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TTATGCTTCTACTGATCCGAAGACTGGACTTCGTTACTATCAACAAACTCTAAACGGAGT
GAGTCAGATATCATTCAGCGCTGACGGGAATGTTTCCCCAAAGAAACCAACCACTTTAAC
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CAAGAAGC

QA 9 496 9 496
DS 

RD RR3DD32TF 647 0 0
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GGAATCAGCAAGGTTCTTGGCGGCGGTCAGATCACAGAAGAGGAAGCTCAGTCCCTCAAT
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CGTTACTATCAACAAACTCTGAACGGAGTGAGTCAGATATCTTTCAGCGCTGACGGGAAT
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GAGATAAGCGGTCACAACATCTTCGGACCTCCAACTGAGATTCAGCCTCGATCCTTGGCT
GCTGAACAAGAAGCTAGAAGAGGTAACAGAGACATCGGGGAGCCTGC

QA 1 647 1 647
DS 

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AAGCTGAAGAACTGCTCAGGATACAAGTTAAAAGAGATGACTGGTAGTGGCATCTTTACC
AATGAGCCCAAAGGCGTATCTGAATCCGATTATGCTTCTACTGATCCAAAGACTGGACTT
CGTTACTATCAACAAACTCTGAACGGAGTGAGTCAGATATCTTTCAGCGCTGACGGGAAT
GTTTCCCCTAAGAAACCAACCACTTTAACCGAGGTTGCAAAGCAGAGAGAGCTGAGCGGG
AACCTGTTGACCGAGGCAGACTTGAAGAGCAAGAAGCAGATCTCGAGTGCTAAGATCGAA
GAGATAAGCGGTCACAACATCTTCGGACCTCCAACTGAGATTCAGCCTCGATCCTTGGCT
GCTGAACAAGAAGCTAGAAGAGGTAACAGAGACATGGGGGAGCCTGCACCAAGGAACCTA
CGCACTTCTGTTAAAGTCTCCAATCCTGCAGGAGGACAGAGCAACATACTGTTTAGTGAA
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AATGGTATCTTCAAAGGAGATGAGACCCCTGGAACTGGAGACAAGCAGCTAAGCTCAGCT
AAACTCAGG*AGATGAGCGGGAACA*TATATTCGCAGACGG*AAGTCAGAGTCCCGAGAC
TATTTTGGAG
TGTG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3CF03JQ 791 0 0
ATTATGCTTCTACTGATCCAAAGACTGGACTTCGTTACTATCAACAAACTCTGAACGGAG
TGAGTCAGATATCTTTCAGCGCTGACGGGAATGTTTCCCCTAAGAAACCAACCACTTTAA
CCGAGGTTGCAAAGCAGAGAGAGCTGAGCGGGAACCTGTTGACCGAGGCAGACTTGAAGA
GCAAGAAGCAGATCTCGAGTGCTAAGATCGAAGAGATAAGCGGTCACAACATCTTCGGAC
CTCCAACTGAGATTCAGCCTCGATCCTTGGCTGCTGAACAAGAAGCTAGAAGAGGTAACA
GAGACATGGGGGAGCCTGCACCAAGGAACCTACGCACTTCTGTTAAAGTCTCCAATCCTG
CAGGAGGACAGAGCAACATACTGTTTAGTGAAGAACCTGAAGTGAAGACATCGAAGAAGA
TACATGACCAGAAGTTTCAGGAGCTCACGGGCAATGGTATCTTCAAAGGAGATGAGACCC
CTGGAACTGGAGACAAGCAGCTAAGCTCAGCTAAACTCAGGGAGATGAGCGGGAACAATA
TATTCGCAGACGGGAAGTCAGAGTCCCGAGACTATTTTGGAGGTGTGAGGAAGCCACCAG
GCGGTGAGAGCAGCATCTCTTTGGTCTAATAAAAACTTGTGACAGTTTGGTATTCAAAAA
AATCCAAAGCTTCTCACGTTTAATGTTGTTCTCTTTAGAATCTTAGTTTTCTTAGATGGT
CGAAAACCCCTTTGAGCTTAATCTTTGTATGGATTATTGTCTTTGACTTCAAACCTTTTG
GTGTTCGTCTC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 4

CO CL2991Contig1 1020 4 3 U
GGAATCTTTCATTCTTTGTGGTGGTTCATTCATCTCTCTCAGAATCTACAAAAAGAAAAA
AGAAAAAAACTTTTCATTTCTGTGAGATTCTCAGAAACCAAATTCTTGTTTCACCAACTC
CTCCAAAGAATCATGCATGAGAAGAGTATTGTAGAGGATGTTATCGGCGATTTAGTTGAT
AACTTCACCGAGACGGTTAATAAGAAAAAGAACGTTTCTTTCTTCGAACAAGAAGAAGAT
ACCGTCGCTTCTCGTTTCAACCGCTTGTTCGGTCGTGAGAAGCCGATTCATCATGTCTTA
GGCGGTGGCAAATCTGCTGATGTGTTGTTGTGGAGGAACAAGAAGATCTCTGCGAGTGTT
CTGATGGGAGCTACTGCAATCTGGGTGCTTTTCGAGTGGATCAACTTCCACTTTCTGTCT
CTCGTTTGTTACGGTCTCTTGCTTGGTATGATCGTGCAGTTCGTTTGGTCTAATGCCTCA
GGGGCTCTAAACCGCTCATCACAGTCTAGAGTGCCTCGCCTTGTTCTTCCAAAGGATTTC
TTTGCTGATGTCGGTGTGACCGTTGGTACAGAGGTTAACCGTGGTTTGATGTTTCTTCAG
GACTTGGCTTGTAGAGGGAGTTTGAAACAGTTCCTCATGGCTGTGATTGGACTATGGCTA
GCCGCAATAATAGGGAGCTGTTGCAACTTCCTAACTGTTTTGTATATTGGGTTTGTGGGG
GCACACACAATGCCGGTTCTGTATGAGAGATATGAAGACGAAGTTGATGGTTTTGTTGAT
TCTCTGCTTATGAAGTTTCATAGTCACTACAAGAAGATTGATACTGGTTTTCTCAGTCGA
ATCCCAAGTGGAAAGTTTGGGTTCAAGAAGTATGACTAAAATCAACTTCCTTATCTTTGT
TTCTTTTTTTTGTAAGAACAATGGATCATGGTTTTCTCTTTGCTAAGTTAATGTTTCATG
AATACTCGTGTAGATTTGTGTATTGAGTCTTTTTATTTTGTTATTACAAAACTTGTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C635TF U 30
AF RR3CH59TF U 1
AF RR3EX36TF U 50
AF RR3CH59JQ C 253
BS 1 696 RR3CH59TF
BS 697 708 RR3EX36TF
BS 709 1020 RR3CH59JQ

RD RR3C635TF 560 0 0
GG
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TAGAGGATGTTATCGGCGATTTAGTTGATAACTTCACCGAGACGGTTAATAAGAAAAAGA
ACGTTTCTTTCTTCGAACAAGAAGAAGATACCGTCGCTTCTCGTTTCAACCGCTTGTTCG
GTCGTGAGAAGCCGATTCATCATGTCTTAGGCGGTGGCAAATCTGCTGAGGTGTTGTTGT
GGAGGAACAAGAAGATCTCTGCGAGTGTTCTGATGGGAGCTACTGCAATCTGGGTGCTTT
TCGAGTGGATCAACTTCCACTTTCTGTCTCTCGTTTGTTACGGTCTCTTGCTTGGTATGA
TCGTGCAGTTCGTTTGGTCTAATGCCTCAGGGGCTCTAAACCGCTCATCACAGTCTAGAG
TGCCTCGCCTTGTTCTTCCAAAGGATTTCTTAGCTGATGTCGGTGTGACCGTTGGTACAG
AGGTTAACCGTGGTTTGA

QA 3 560 3 560
DS 

RD RR3CH59TF 696 0 0
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AGAAAAAAACTTTTCATTTCTGTGAGATTCTCAGAAACCAAATTCTTGTTTCACCAACTC
CTCCAAAGAATCATGCATGAGAAGAGTATTGTAGAGGATGTTATCGGCGATTTAGTTGAT
AACTTCACCGAGACGGTTAATAAGAAAAAGAACGTTTCTTTCTTCGAACAAGAAGAAGAT
ACCGTCGCTTCTCGTTTCAACCGCTTGTTCGGTCGTGAGAAGCCGATTCATCATGTCTTA
GGCGGTGGCAAATCTGCTGATGTGTTGTTGTGGAGGAACAAGAAGATCTCTGCGAGTGTT
CTGATGGGAGCTACTGCAATCTGGGTGCTTTTCGAGTGGATCAACTTCCACTTTCTGTCT
CTCGTTTGTTACGGTCTCTTGCTTGGTATGATCGTGCAGTTCGTTTGGTCTAATGCCTCA
GGGGCTCTAAACCGCTCATCACAGTCTAGAGTGCCTCGCCTTGTTCTTCCAAAGGATTTC
TTTGCTGATGTCGGTGTGACCGTTGGTACAGAGGTTAACCGTGGTTTGATGTTTCTTCAG
GACTTGGCTTGTAGAGGGAGTTTGAAACAGTTCCTCATGGCTGTGATTGGACTATGGCTA
GCCGCAATAATAGGGAGCTGTTGCAACTTCCTAACT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3EX36TF 659 0 0
GGACAAAAAGAAAA
AAAAAACTTTTCATTTCTGTGAGATTCTCAGAAACCAAATTCTTGTTTCACCAACTCCTC
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TTCACCGAGACGGTTAATAAGAAAAAGAACGTTTCTTTCTTCGAACAAGAAGAAGATACC
GTCGCTTCTCGTTTCAACCGCTTGTTCGGTCGTGAGAAGCCGATTCATCATGTCTTAGGC
GGTGGCAAATCTGCTGATGTGTTGTTGTGGAGGAACAAGAAGATCTCTGCAAGTGTTCTG
ATGGGAGCTACTGCAATCTGGGTGCTTTTCGAGTGGATCAACTTCCACTTTCTGTCTCTC
GTTTGTTACGGTCTCTTGCTTGGTATGATCATGCAGTTCGTTTGGTCTAATGCCTCAGGG
GCTCTAAACCGCTCATCACAGTCTAGAGTGCCTCGCCTTGTTCTTCCAAAGGATTTCTTT
GCTGATGTCGGTGTGACCGTTGGTACAGAGGTTAACCGTGGTTTGATGTTTCTTCAGGAC
TTGGCTTGTAGAGGGAGTTTGAAACAGTTCCTCATGGCTATGATTGGACTATGGCTAGCC
ACAATAATAGGGAGCTGTTGCAACTTCCTAACTGTTTTGTATATT

QA 15 659 15 659
DS 

RD RR3CH59JQ 768 0 0
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TCTGCTGATGTGTTGTTGTGGAGGAACAAGAAGATCTCTGCGAGTGTTCTGATGGGAGCT
ACTGCAATCTGGGTGCTTTTCGAGTGGATCAACTTCCACTTTCTGTCTCTCGTTTGTTAC
GGTCTCTTGCTTGGTATGATCGTGCAGTTCGTTTGGTCTAATGCCTCAGGGGCTCTAAAC
CGCTCATCACAGTCTAGAGTGCCTCCCCTTGTTCTTCCAAAGGATTTCTTTGCTGATGTC
GGTGTGACCGTTGGTACAGAGGTTAACCGTGGTTTGATGTTTCTTCAGGACTTGGCTTGT
AGAGGGAGTTTGAAACAGTTCCTCATGGCTGTGATTGGACTATGGCTAGCCGCAATAATA
GGGAGCTGTTGCAACTTCCTAACTGTTTTGTATATTGGGTTTGTGGGGGCACACACAATG
CCGGTTCTGTATGAGAGATATGAAGACGAAGTTGATGGTTTTGTTGATTCTCTGCTTATG
AAGTTTCATAGTCACTACAAGAAGATTGATACTGGTTTTCTCAGTCGAATCCCAAGTGGA
AAGTTTGGGTTCAAGAAGTATGACTAAAATCAACTTCCTTATCTTTGTTTCTTTTTTTTG
TAAGAACAATGGATCATGGTTTTCTCTTTGCTAAGTTAATGTTTCATGAATACTCGTGTA
GATTTGTGTATTGAGTCTTTTTATTTTGTTATTACAAAACTTGTCTCC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 3

CO CL2992Contig1 902 3 15 U
AAAAAAAAAACCTTATGATTGAATTAATTTTACATAAATTGTTTTTTTATACTTTTAGTT
CTTAAATATTACGGACCGACTTGGTAATAAAAGGGTAAAATTCAAGCCTAAAAGTACAAA
TCCTACCTACAACCCTCGCTCCTCGAAAATTATCCACGCAACGGTGAAAATGAAAGGTTT
TATACCACACACACTCCTTACAAGCTTTTTGCGATAAGTCTCTCGCACACTGCACCATTC
CGTATACCATCTCACCCTTGTACCGCTTCTCCCCCACAGAGTACAATGTAGAATTATCTC
CAGTGGTGGCTAATTCCGTCAGATCGTCAACGAGAATATTCCAAACTTTTATAAATCCGA
GGGGGACTCCATTGTCTACCACCTTCTTCGCGTTGGAAATACAAAAGTTATTGTCGTAAT
CGATCTGCCCAATAGAATATTTGGAATCCATCGAGAGAAGACATTGGTCATACCATATTA
TTCTCCCCTTGTACCACGGACATCTCCTACGAAGCGCAGCGAGGGCGGTGACAAAGCAGT
CGTGGCACTTGGGCCCGTAGGAGTCGCCGCAACACTGGAGGACAGCGGTAAAATTAGAAT
CGCCAAAAAAGTCGTAACCTCTAATACTGTTTTTATAGAACATTTTCATGATATTTTTTG
AACGTTTCTCGTACTCACTTCCCGTCTTGTATTTTCCCTGACTAACCAAACATGTGTGGC
TGAGATACTCATTGGTCGTGTTTACGGACAATCCGCTGTTTATAAGGAGTAGTTGTATGG
CAAAGATATAGATCAAAATGAGGTGTTCTGATACAGACGATGAAGAGTACATTACTTGAA
TAATTTTTGTCAAAAGTTCTTTTCTATAAATGGTTAGTTGAGATTGACGTGTTCATGGAC
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR3FH07JQ U 1
AF RR3GM50JQ U 11
AF RR3GM50TF C 172
BS 1 237 RR3FH07JQ
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BS 514 742 RR3GM50JQ
BS 743 902 RR3GM50TF

RD RR3FH07JQ 513 0 0
AAAAAAAAAACCTTATGATTGAATTAATTTTACATAAATTGTTTTTTTATACTTTTAGTT
CTTAAATATTACGGACCGACTTGGTAATAAAAGGGTAAAATTCAAGCCTAAAAGTACAAA
TCCTACCTACAACCCTCGCTCCTCGAAAATTATCCACGCAACGGTGAAAATGAAAGGTTT
TATACCACACACACTCCTTACAAGCTTTTTGCGATAAGTCTCTCGCACACTGCACCACTC
CGTATACCATCTCACCCTTGTACCGCTTCTCCCCCACAGAGTACAATGTAAAATTATCTC
CAGTGGTGGCTAATTCCGTCAAATCGTCAACGAAAATATTCCAAACTTTTATAAATCCGA
GGGGGACTCCATTGTCTACCACCTTCTTCGCGTTGGAAATACAAAAGTTATTGTCGTAAT
CGATCTGCCCAATAAAATATTTGGAATCCATCGAGAGAAAACATTGGTCATACCATATTA
TTCTCCCCTTGTACCACGGACATCTCCTACGAA

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3GM50JQ 732 0 0
CCTTATGATTGAATTAATTTTACATAAATTGTTTTTTTATACTTTTAGTTCTTAAATATT
ACGGACCGACTTGGTAATAAAAGGGTAAAATTCAAGCCTAAAAGTACAGCTCCTACCTAC
AACCCTCGCTCCTCGAAAATTATCCACGCAATGGTGAAAATGAAAGGTTTTATACCACAC
ACACTCCTTACAAGCTTTTTGCGATAAGTCTCTCGCACACTGCACCATTCCGTATACCAT
CTCACCCTTGTACCGCTTCTCCCCCACAGAGTACAATGTAGAATTATCTCCAGTGGTGGC
TAATTCCGTCAGATCGTCAACGAGAATATTCCAAACTTTTATAAATCCGAGGGGGACTCC
ATTGTCTACCACCTTCTTCGCGTTGGAAATACAAAAGTTATTGTCGTAATCGATCTGCCC
AATAGAATATTTGGAATCCATCGAGAGAAGACATTGGTCATACCATATTATTCTCCCCTT
GTACCACGGACATCTCCTACGAAGCGCAGCGAGGGCGGTGACAAAGCAGTCGTGGCACTT
GGGCCCGTAGGAGTCGCCGCAACACTGGAGGACAGCGGTAAAATTAGAATCGCCAAAAAA
GTCGTAACCTCTAATACTGTTTTTATAGAACATTTTCATGATATTTTTTGAACGTTTCTC
GTACTCACTTCCCGTCTTGTATTTTCCCTGACTAACCAAACATGTGTGGCTGAGATACTC
ATTGGTCGTGTT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3GM50TF 731 0 0
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GCACCATTCCGTATACCATCTCACCCTTGTACCGCTTCTCCCCCACAGAGTACAATGTAG
AATTATCTCCAGTGGTGGCTAATTCCGTCAGATCGTCAACGAGAATATTCCAAACTTTTA
TAAATCCGAGGGGGACTCCATTGTCTACCACCTTCTTCGCGTTGGAAATACAAAAGTTAT
TGTCGTAATCGATCTGCCCAATAGAATATTTGGAATCCATCGAGAGAAGACATTGGTCAT
ACCATATTATTCTCCCCTTGTACCACGGACATCTCCTACGAAGCGCAGCGAGGGCGGTGA
CAAAGCAGTCGTGGCACTTGGGCCCGTAGGAGTCGCCGCAACACTGGAGGACAGCGGTAA
AATTAGAATCGCCAAAAAAGTCGTAACCTCTAATACTGTTTTTATAGAACATTTTCATGA
TATTTTTTGAACGTTTCTCGTACTCACTTCCCGTCTTGTATTTTCCCTGACTAACCAAAC
ATGTGTGGCTGAGATACTCATTGGTCGTGTTTACGGACAATCCGCTGTTTATAAGGAGTA
GTTGTATGGCAAAGATATAGATCAAAATGAGGTGTTCTGATACAGACGATGAAGAGTACA
TTACTTGAATAATTTTTGTCAAAAGTTCTTTTCTATAAATGGTTAGTTGAGATTGACGTG
TTCATGGACCC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

CO CL2993Contig1 679 4 2 U
GCAACTCTATTAGCACTAGCAGGTCTTAAAAGACTGAGCATGACAGAGAATGTTGCAGCT
ATACTATCGCTCGATGATATGCTACCAGCTGTTGCTCAAGGAGCTACTGGAATTGCCTGC
AGAACGGATGATGATAAAATGGCAAATTACTTAGCCTCATTGAACCACGAGGAAACAAGA
CTAGCGGTTGCATGCGAGAGAGCGTTTCTTGAAACACTGGACGGCTCATGTCGTACTCCG
ATTGCTGGATACGCGGCCAAGGACGAAGAAGGCAACTGCTATTTCAGAGGATTGGTTGCA
TCACCTGACGGTACCCGAGTTCTTGAGACCTCAAGAAAAGGACCATACGTGTTTGAGGAC
ATGGTGAAGATGGGAAAAGACGCCGGGCAAGAACTGCTTTCCCGTGCTGGTCCAGGCTTC
TTTGGCAACTAAGCCATTCGAAGAAGAGGAGGAAGAAGATGAAGAAGGGCTGTGGACATT
GACAGAGTCTAGGTTTTTAGGAGTTTTCCAACATCATAGACAGATCCCTTTTCTTCCTCT
TAAATCTGTTGTAACTTTTTTGATTTAGAGAGAAAGATATTGATTGTTTTCTTGTATGCA
GAGATAAAATTTCCTCTTGCAGTTGTACCTTTTTCATCCCACTATGAAACTTTTCCTCTA
GTTCCCAAGAAATTAGAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3FF51JQ C 1
AF RR3FF51TF U 1
AF RR3H981TF U 82
AF RR3D380JQ C 39
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C

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ATACTATCGCTCGATGATATGCTACCAGCTGTTGCTCAAGGAGCTACTGGAATTGCCTGC
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CTAGCGGTTGCATGCGAGAGAGCGTTTCTTGAAACACTGGACGGCTCATGTCGTACTCCG
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ATGGTGAAGATGGGAAAAGACGCCGGGCAAGAACTGCTTTCCCGTGCTGGTCCAGGCTTC
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GACAGAGTCTAGGTTTTTAGGAGTTTTCCAACATCATAGACAGATCCCTTTTCTTCCTCT
TAAATCTGTTGTAACTTTTTTGATTTAGAGAGAAAGATATTGATTGTTTTCTTGTATGCA
GAGATAAAATTTCCTCTTGCAGTTGTACCTTTTTC
C

QA 1 635 1 635
DS 

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G
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CCGGGCAAGAACTGCTTTCTCGTGCTGGTCCAGGCTTCTTTGGCAACTAAGCCATTCGAA
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ATGAAGAAGGGCTGTGGACATTGACAGAGTCCAGGTTTTTAGGAGTTTTCCAACATCATA
GACAGATCCCTTTTCTTCCTCTTAAATCTGTTGTAACTTTTTTGATTTAGAGAGAAAGAT
ATTGATTGTTTTCTTGTATGCAGAGATAAAATTTCCTCTTGCAGTTGTACCTTTTTCATC
CCACTATGAAACTTTTCCTCTAGTTCCCAAGAAATTAGAGG

QA 1 641 1 641
DS 



AS 2 4

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GAGGAGGAGGTGATCCTAGTAAACCCCAGCCCAAAAATGGCTTTGCTGCATGCAATCTCC
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AF RR3FQ52TF U 1
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TTT
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DS 

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GAGGAGGAGGTGATCCTAGTAAACCCCAGCCCAAAAATGGCTTTGCTGCATGCAATCTCC
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AAAATCGTGTTGCCACTGTATCTATTATGTAATGCTTCCCG

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DS 



CO CL2994Contig2 619 2 1 U
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AAGATGGATTTTGCTTGCTTCCCCTCCCCTAAAGAAAGGTCACATTGCTTAGAGATCTAA
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BQ
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AF RR3H144TF U 1
AF RR3H144JQ C 49
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AAGATGGATTTTGCTTGCTTCCCCTCCCCTAAAGAAAGGTCACATTGCTTAGAGATCTAA
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DS 

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TCTA
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AGTAAACCCCAGCCTAAAAAATGGCTCTGCTGCATGCAATCTCCAGCTGTGGACTCCTGA
ATGACACAAAGATGGATTTTGCTTGCTTCCCCTCCCCTAAAGAAAGGTCACATTGCTTAG
AGATCTAAAGCAATGATATTTTATGTTTTTTATTGTCTTTCTTGAAAGTACCCACAACAA
CAAAAAAAAAGGGTTCCTAAGATGAGTTTGGAGCAACCCACTTTTAGTATCACGATTATG
ATTCCATTTTCTTTGAAAGTCGTTTGTTCTTCTTAAAAAAATGCTGTAAAATCGTGTTGC
CACTGTATCTATTATGTAATGCTTCCC

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DS 



AS 1 4

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TCTCTCTTCTTCAGCTTTCTCAGGTACTCGCAGATGCATCTTCACCCAGCAACGGTGAAA
CTTCCTCTCTTTCTCAGATTCAGATGAACGACGAGAACCAAGAGGAGGCTTTTAAGAGAA
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CGAGGAAGAAAGTGTGTTACAGAGCTTGTGGAAGTTGCTGCGCAAAATGTCAGTGCGTAC
CGCCGGGGACCTCAGGCAACACAGCATCATGTCCTTGCTACGCTAATCTCCGTACACATG
GCAATAAGCTCAAGTGTCCTTGAGACTACAAAAAAACCTCTATGTTACATGCTCTGGTCA
TCTTCTAGCTAATAAACTATATGTTTGCTTCTATTGTATCTTGTGTGAGCTTATATATTT
CCCATTATGCTGCCATTATTCAAAACATTGTATCGATTTCCGAATAATAAGATGAGTGAT
TTTATTGTTTAAGAGTAACACAAAATGTCCTTACAAAATAAACATAAGAGAGAGACACCG
TTTATTGGTTTCTTCGTCACCGTTTCTTGGACTTAACCGCCACAACGTCTTTATAGAGCT
TAACGCGATCCTTCAACGCATCTCTTCGAGGCCGAGCCACCTTGTTGTTCGGATCAAACA
ACAAAACCTCTTCAAACGCTTTCAACGCCAAAGGCAGCTCCTTCTTCTTCTCGTAAGCAT
CTCCAAGGTTGTTCCAAGCCGTTACATAACCAGGCTGAATCTTCACCGCCATCTCAAACT
GAGCGATTCCTTTGTCCAGTTTGTCCTCTCGGACATAACTCACTCCGAGAGCGTTGTAGA
CCTGAGCAAGATCTTGATCGTCACCGTCCCATTTCTGGATGGCTTGAAGCAAGAACTTGT
TGGCTGCAGGATAAAATTTGCGTCTCAGCATCCCCGCTCCTTACTTGTTCCTGTAGTTCT
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GTCC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3FF45JQ C 1
AF RR3FF45TF U 1
AF RR3A843JQ U 467
AF RR3A843TF C 467
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CGCCGGGGACCTCAGGCAACACAGCATCATGTCCTTGCTACGCTAATCTCCGTACACATG
GCAATAAGCTCAAGTGTCCTTGAGACTACAAAAAAACCTCTATGTTACATGCTCTGGTCA
TCTTCTAGCTAATAAACTATATGTTTGCTTCTATTGTATCTTGTGTGAGCTTATATATTT
CCCATTATGCTGCCATTATTCAAAACATTGTATCGATTTCCGAATAATAAGATGAGTGAT
TTTATTGT

QA 1 548 1 548
DS 

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GAAAATCCACGAGTGTCC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 4

CO CL2996Contig1 1340 4 3 U
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GGTGAATTTGACCGTGAAACGACCATAATAGTTGACAAACTCGGAGAAAGTTGTCGGACA
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GCACGGGTTGGAGGCGATGAAATGCTCTTGATGAAACTTAACGGGTGGATGGAAGCTGTG
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GCGACGACCAAGGGATGATTAGATGCGGAGACGGCGGCGGCGATGTGAGAGACGATGGAG
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GGCGGCGTGGTCTTTTGCTAAAGGAACCCTTCGTTTGCCCTAAGTGAGAGAAAACGTAAT
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BQ
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AF RR3E094TF C 89
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GCTCTATAACCGTCTACACTGCCCCGGGAGACTAGGTGAATCTCAAGAGATCCGGATGAC
AAGAAGATCGGTAAGCGACATGGTGAGATGGTTGAAACTCTTTTCATCTCCGATTCCATT
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CCACTAAAGAGACTCCCCGACGAGACTATGTGAATCTCGAATAAATCGGAAAGCAAAACA
GACCTGAAACGCCTAGATTTAGAGATAAAGATCCAGTGTAACCTTAGGGTCAGAGTCGTT

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ATCCGCAGATAATCTTTACTTGAATCCTTGAAACCACAGCTCTTTCGAGCTTCAAATAGT
C*GAAGAGACGTTGAAATACCCTAATGAAAGGGATTTGAAGAGGGTCGGGAACCCGATTG
AAGCTAGCAACTCCGTCAAATAGAAGGGAAAAGCTCTATAACCGTCTACACTGCCCCGGG
AGACTAGGTGAATCTCAAGAGATCCGGATGACAAGAAGATCGGTAAGCGACATGGTGAGA
TGGTTGAAACTCTTTTCATCTCCGATTCCATTGGTGAATTTGACCGTGAAACGACCATAA
TAGTTGACAAACTCGGAGAAAGTTGTCGGACATAACCGTGGTATATAGGTCTTATGCGCC
TGCAATTTGAACCACTAAGGAGACTTTCCGAGCCACTAAAGAGACTCCCCGACGAGACTA
TGTGAATCTCGAATAAATCGGAAAGCAAAACAGACCTGAAACGCCTAGATTTAGAGATAA
AGATCCAGTGTAACCTTAGGGTCAGAGTCGTTGCACGGGTTGGAGGCGATGAAATGCTCT
TGATGAAACTTAACGGGTGGATGGAAGCTGTGGCCATGGTGAGAACTAGGACTCCAATAT
TACCGTATTGAGACCTGTTGCTCTCAACAGAACCTAAGCTGAGCCATAAGCCCATTATTA
AGATTTGAAAAACCACTCCAAGAGATCTGTGGGATTGAACCCATC

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GGATGGAAGCTGTGGCCATGGTGAGAACTAGGACTCCAATATTACCGTATTGAGACCTGT
TGCTCTCAACAGAACCTAAGCTGAGCCATAAGCCCATTATTAAGATTTGAAAAACCACTC
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TAGGCTGTGCTCCAAGCAGGGACCCAGGTGGTGCGAGAAGGTGTGCAGATCCGGTGAGTT
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AAACAGGGGAGGCGGCGACGACCAAGGGATGATTAGATGCGGAGACGGCGGCGGCGATGT
GAGAGACGATGGAGATGAAAGCACATGGGATGAAGACGACGATGAACTGCAGAGATGACG
GTGATGAGACGGCGGTACACAGGACCCGACGCCGGCGGCCTGAGGCCCCACCGGCGTCGA
GAGATGAAGGTTGCGGCGGCGTGGTCTTTTGCTAAAGGAACCCTTCGTTTGCCCTAAGTG
AGAGAAAACGTAATTGACAATGTGACATCCTCCC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 3

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GAAATATCACATATAGAAATCTTATTTCAAGAGTTATCATTATTCGTGTATAGAGAATCA
TAGGAAGTGCAAATTCTTTGAAAGGAGAAACAGAGACTTCTGAGAGATGAAATATGAATA
TAAAACAATTATTCTGCAGGCCCTAGAGAACCATATTCTTCCTGCTTCAAGGTGTCTTGA
CCTTGGGACGTGCAGGGAGTAGCTGATAACAAGAGATAAGAGAGGTGGTAAAACCGAGAG
CGCCAGTGACGCGAGGAGTAACAGTCTTTGGAGCTAACTGAAGCAGACCAATGGCTACAA
CAATGTCTATGCTTGTTTTAACCAAAGCTAGAGTTCGGTCATTTGATTTCTGAAGCTTAG
CACGATACACCTCATCATGCTGCTTTTCAGCACCTTTGAGTTCCTTCTCCATCTTCTTGA
TAGATGAAGAGAGCCTTCCAAGCTCACCAATCTCGACTGCTGTTGTACAGACAGATGACC
CAAGCCAGCAGAAAAGTGATATACGTCCAAGCAACTCAGTTCGTTCTTTGTTCTTGTATA
TGCCGGATCTACCAAGCCAGACGATTTGATCAAGAAACAAGAAGGTAGACAAGAGCGCAT
TCTTGGACTTCCCGAGTAAGACAAGAGGAAGGGGGGTCCCTTTAGGCACAGGGCTAATAA
GACCGTGAAAATCATTGACAAACTTGAAAAGACGAAAGACTTTTCTAGCCAAGCTGGTGT
TTTTGTCAACAGTTTGAGCAGTACCAGGCTGCCCACCGCTCACGAATTTGGAACCATATT
GTATAGCTCTGCATATCTTATCTCTAGCCTCAGCTTTGTTCAAGTAAAGGACTACTAGAG
CTAGCTCGGCTCTGGTCAAATCTAACGTTGTCATCTTCTCTCTTAATGATCTCTATTAGG
AACCTGGAGATTATACAAATGAGATCAATTCAGCTTTCAAAAACGTAAACCCACAAAGAT
TAAAGATAGAAAGTAATCGAATTTCCAAAGAGAAGGGATCCAGTGCCTTAATATATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG37JQ U 1
AF RR3EI18JQ U 66
AF RR3EI18TF C 498
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BS 397 397 RR3EI18JQ
BS 398 507 RR3AG37JQ
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BS 539 539 RR3EI18JQ
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BS 693 701 RR3AG37JQ
BS 702 874 RR3EI18JQ
BS 875 1078 RR3EI18TF

RD RR3AG37JQ 701 0 0
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GAAATATCACATATAGAAATCTTATTTCAAGAGTTATCATTATTCGTGTATAGAGAATCA
TAGGAAGTGCAAATTCTTTGAAGGGAGAAACAGAGGCTTCTGAGAGATGAAATATGAATA
TAAAACAATTATTCTGCAGGCCCTAGAGAACCATATTCTTCCTGCTTCAAGGTGTCTTGA
CCTTGGGACGTGCAGGGAGTAGCTGATAACAAGAGATAAGAGAGGTGGTAAAACCGAGAG
CGCCAGTGACGCGAGGGGTAACAGTCTTTGGAGCTAACTGAAGCAGACCAATGGCTACAA
CAATGTCTATGCTTGTTTTAACCAAAGCTAGAGTTCTGTCATTTGATTTCTGAAGCTTAG
CACGATACACCTCATCATGCTGCTTTTCAGCACCTTTGAGTTCCTTCTCCATCTTCTTGA
TAGATGAAGAGAGCCTTCCAAGCTCACTAATCTCGACTGCTGTTGTACAGACAGATGATC
CAAGCCAACAGAAAAGTGATATACGTCCAAGTAACTCAGTTCGTTCTTTATTCTTGTATA
TGCCGGATCTACCAAGCCAAACGATTTGATCAAGAAACAAGAAGGTGGACAAGAGCGCAT
TCTTGGACTTCCCGAGTAAGACAAGAGGAAGTGGGGTCCCT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3EI18JQ 809 0 0
G
TCACATATAGAAATCTTATTTTAAGAGTTATCATTATTCGTGTATAGA**ATCATAGGAA
GTGCAAATTCTTTGAAAGGAGAAACAGAGACTTCTGAGAGATGAAATATGAATATGAAAC
AATTATTCTGCAGGCCCTAGAGAACCATCTTCTTCCTGCTTCAAGGTGTCTTGACCTTGG
GACGTGCAGGGAGTAGCTGATAACAAGAGATAAGAGAGGTGGTAAAACCGAGAGCGCCAG
TGACGCGAGGAGTAACAGTCTTTGGAGCTAACTGAAGCAGACCAATGGCTACAACGATGT
CTATGCTTGTTTTAACCAAAGCTAGCGTTCGGTCGTTTGATTTCTGAAGCTTAGCACGAT
ACACCTCATCATGCTGCTTTTCAGCACCTTTGAGTTCCTTCTCCATCTTCTTGATAGATG
AAGAGAGCCTTCCAAGCTCACCAATCTCGACTGCTGTTGTACAGACAGATGACCCAAGCC
AGCAGAAAAGTGATATACGTCCAAGCAACTCAGTTCGTTCTTTGTTCTTGTATATGCCGG
ATCTACCAAGCCAGACGATTTGATCAAGAAACAAGAAGGTAGACAAGAGCGCATTCTTGG
ACTTCCCGAGTAAGACAAGAGGAAGGGGGGTCCCTTTAGGCACAGGGCTAATAAGACCGT
GAAAATCATTGACAAACTTGAAAAGACGAAAGACTTTTCTAGCCAAGCTGGTGTTTTTGT
CAACAGTTTGAGCAGTACCAGGCTGCCCACCGCTCACGAATTTGGAACCATATTGTATAG
CTCTGCATATCTTATCTCTAGCCTCAGC

QA 2 809 2 809
DS 

RD RR3EI18TF 581 0 0
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GATATACGTCCAAGCAACTCAGTTCGTTCTTTGTTCTTGTATATGCCGGATCTACCAAGC
CAGACGATTTGATCAAGAAACAAGAAGGTAGACAAGAGCGCATTCTTGGACTTCCCGAGT
AAGACAAGAGGAAGGGGGGTCCCTTTAGGCACAGGGCTAATAAGACCGTGAAAATCATTG
ACAAACTTGAAAAGACGAAAGACTTTTCTAGCCAAGCTGGTGTTTTTGTCAACAGTTTGA
GCAGTACCAGGCTGCCCACCGCTCACGAATTTGGAACCATATTGTATAGCTCTGCATATC
TTATCTCTAGCCTCAGCTTTGTTCAAGTAAAGGACTACTAGAGCTAGCTCGGCTCTGGTC
AAATCTAACGTTGTCATCTTCTCTCTTAATGATCTCTATTAGGAACCTGGAGATTATACA
AATGAGATCAATTCAGCTTTCAAAAACGTAAACCCACAAAGATTAAAGATAGAAAGTAAT
CGAATTTCCAAAGAGAAGGGATCCAGTGCCTTAATATATCC

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 4

CO CL2998Contig1 964 4 4 U
GGACTCTCACCGGTCACAAAAGAAAAAAAACACAAAACAAAAAAAGAAGAAGAAAAGTTC
TAATGGCTGCTTCAACCATGTCTCTCTCCTCCCCTGCCTTAGCCGGAAAGGCCGTGAAGC
TCTCACCAGGAGCCTCCGAAGTCTTTGGAACCGGCCGTGTCACCATGCGTAAAACCGTCA
AACCCACCGGTCCATCAGGCTCCCCATGGTACGGATCCGACAGGGTTAAGTACTTGGGTC
CATTCTCCGGCGAGCCCCCGAGCTACCTCACCGGAGAGTTCCCTGGAGATTACGGATGGG
ACACCGCTGGTCTCTCAGCCGACCCCGAGACTTTTGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTA
TCCACTGCAGATGGGCTATGCTTGGAGCCCTAGGCTGCGTTTTCCCTGAACTTTTGGCTC
GTAACGGAGTGAAGTTCGGAGAAGCGGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGCG
AGGGAGGATTAGACTACTTGGGCAACCCTAGCTTGGTCCACGCTCAAAGCATCTTAGCCA
TTTGGGCTACTCAGGTGATCCTCATGGGAGCTGTTGAAGGTTACAGAGTGGCTGGAGAAG
GACCATTGGGAGAAGCAGAGGATTTGCTTTACCCAGGTGGCAGCTTCGACCCGTTGGGTC
TCGCTACCGATCCAGAAGCTTTCGCAGAGTTGAAGGTGAAAGAGATCAAGAACGGAAGGT
TGGCTATGTTCTCTATGTTTGGATTCTTTGTGCAGGCCATTGTCACCGGAAAGGGACCTT
TGGAGAATCTTGCTGACCATTTGGCTGATCCAGTCAACAACAACGCATGGGCCTTCGCCA
CCAACTTCGTCCCTGGAAAGTGAGCTAAGTTATGTGAGTGAGAGCAGAGAAAGAGAGTTT
GTGTTGTGATGTTTCCATTGTCGTACCATTGTATTATTTATCAGAAATCGAACCTCTTTT
TCTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 

AF RR3EG65TF U 1
AF RR3C065TF U 1
AF RR3C065JQ C 253
AF RR3EG65JQ C 477
BS 1 179 RR3C065TF
BS 180 180 RR3EG65TF
BS 181 692 RR3C065TF
BS 693 964 RR3C065JQ

RD RR3EG65TF 616 0 0
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TAATGGCTGCTTCAACCATGTCTCTCTCCTCCCCTGCCTTAGCCGGAAAGGCCGTGAAGC
TCTCACCAGGAGCCTCCGAAGTCTTTGGAACCGGCCGTGTCACCATGCGTAAAACCGTCA
AACCCATCGGTCCATCAGGCTCCCCATGGTACGGATCCGACAGGGTTAAGTACTTGGGTC
CATTCTCCGGCGAGCCCCCGAGCTACCTCACCGGAGAGTTCCCTGGAGATTACGGATGGG
ACACCGCTGGTCTCTCAGCCGACCCCGAGACTTTTGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTA
TCCACTGCAGATGGGCTATGCTTGGAGCCCTAGGCTGCGTTTTCCCTGAACTTTTGGCTC
GTAACGGAGTGAAGTTCGGAGAAGCGGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGCG
AGGGAGGATTAGACTACTTGGGCGACCCTAGCTTGGTCCACGCTCAAAGCATCTTAGCCA
TTTGGGCTACTCAG*TGATCCTCATGGGAGCTGTTGAAAGTTACAGAGTGGCTGGAGAAG
*ACCATTGGGAGAAGC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3C065TF 692 0 0
GGACTCTCACCGGTCACAAAAGAAAAAAAACACAAAACAAAAAAAGAAGAAGAAAAGTTC
TAATGGCTGCTTCAACCATGTCTCTCTCCTCCCCTGCCTTAGCCGGAAAGGCCGTGAAGC
TCTCACCAGGAGCCTCCGAAGTCTTTGGAACCGGCCGTGTCACCATGCGTAAAACCGTCG
AACCCACCGGTCCATCAGGCTCCCCATGGTACGGATCCGACAGGGTTAAGTACTTGGGTC
CATTCTCCGGCGAGCCCCCGAGCTACCTCACCGGAGAGTTCCCTGGAGATTACGGATGGG
ACACCGCTGGTCTCTCAGCCGACCCCGAGACTTTTGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTA
TCCACTGCAGATGGGCTATGCTTGGAGCCCTAGGCTGCGTTTTCCCTGAACTTTTGGCTC
GTAACGGAGTGAAGTTCGGAGAAGCGGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGCG
AGGGAGGATTAGACTACTTGGGCAACCCTAGCTTGGTCCACGCTCAAAGCATCTTAGCCA
TTTGGGCTACTCAGGTGATCCTCATGGGAGCTGTTGAAGGTTACAGAGTGGCTGGAGAAG
GACCATTGGGAGAAGCAGAGGATTTGCTTTACCCAGGTGGCAGCTTCGACCCGTTGGGTC
TCGCTACCGATCCAGAAGCTTTCGCAGAGTTG

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3C065JQ 712 0 0
AGCCCCCGAGCTACCTCACCGGAGAGTTCCCTGGAGATTACGGATGGGACACCGCTGGTC
TCTCAGCCGACCCCGAGACTTTTGCCAGGAACCGTGAGCTAGAAGTTATCCACTGCAGAT
GGGCTATGCTTGGAGCCCTAGGCTGCGTTTTCCCTGAACTTTTGGCTCGTAACGGAGTGA
AGTTCGGAGAAGCGGTTTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGCGAGGGAGGATTAG
ACTACTTGGGCAACCCTAGCTTGGTCCACGCTCAAAGCATTTTAGCCATTTGGGCTACTC
AGGTGATCCTCATGGGAGCTGTTGAAGGTTACAGAGTGGCTGGAGAAGGACCATTGGGAG
AAGCAGAGGATTTGCTTTACCCAGGTGGCAGCTTCGACCCGTTGGGTCTCGCTACCGATC
CAGAAGCTTTCGCAGAGTTGAAGGTGAAAGAGATCAAGAACGGAAGGTTGGCTATGTTCT
CTATGTTTGGATTCTTTGTGCAGGCCATTGTCACCGGAAAGGGACCTTTGGAGAATCTTG
CTGACCATTTGGCTGATCCAGTCAACAACAACGCATGGGCCTTCGCCACCAACTTCGTCC
CTGGAAAGTGAGCTAAGTTATGTGAGTGAGAGCAGAGAAAGAGAGTTTGTGTTGTGATGT
TTCCATTGTCGTACCATTGTATTATTTATCAGAAATCGAACCTCTTTTTCTC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3EG65JQ 488 0 0
AGCGAGGGAGGATTAGACTACTTGGGCGACCCTAGCTTGGTCCACGCTCAAAGCATTTTA
GCCATTTGGGCTACTCAGGTGATCCTCATGGGAGCTGTTGAAGGTTACAGAGTGGCTGGA
GAAGGACCATTGGGAGAAGCAGAGGATTTGCTTTACCCAGGTGGCAGCTTCGACCCGTTG
GGTCTCGCTACCGATCCAGAAGCTTTCGCAGAGTTGAAGGTGAAAGAGATCAAGAACGGA
AGGTTGGCTATGTTCTTTATGTTTGGATTCTTTGTGCAGGCCATTGTCACCGGAAAGGGA
CCTTTGGAGAATCTTGCTGACCATTTGGCTGATCCAGTCAACAACAACGCATGGGCCTTC
GCCACCAACTTCGTCCCTGGAAAGTGAGCTAAGTTATGTGAGTGAGAGCAGAGAAAGAGA
GTTTGTGTTGTGGTGTTTCCATTGTCGTACCATTGTATTATTTATCAGAAATCGAACCTC
TTTTT
TTC

QA 1 485 1 485
DS 



AS 1 2

CO CL2999Contig1 860 2 18 U
GAGGTTAACCAGGTTTGGCAGGTTGGACCTGGAGTGTCACCTAACGGGAGGATACAGCCA
CACGATTTTAACCCTCCGAATATTAACACCGTTGGATCGCTCGATTTGAGCGGCGCCACT
ACAGGGGTATCTGCCTCCGGCGGCGGCGGCGGTGCTGGAAACTCAAGGATTCGTAAGAGA
AACATCCATGGGATATTGAATGCGGTGAGTTGGGGAATTTTGTTTCCGATTGGAGCAATG
ATAGCAAGATACATGAGAATTTTTGAATCCGCGGATCCTGCTTGGTTTTACCTCCACGTG
TCATGTCAGTTCTCTGCTTACGTCATCGGTGTTGCCGGATGGGCCACCGGACTCAAGCTC
GGCTCCGAGTCTAAAGGAATTACATTCAACAGTCATCGCAACATCGGCATTGCTCTCTTC
GCTATGGCCACGCTTCAGATGTTTGCGATGCTGTTGCGGCCACGGAAGGACCACAAGTTG
AGATTCTTTTGGAATATTTACCACCATGGAGTTGGATACTCTATCCTTATCCTTGGAATC
ATCAATGTTTTCAAAGGTCTTAGCATCTTGAACCCAGAGCATACTTACAAGACCGCTTAT
ATCGCTGTTATTGCGACTTTGGGAGGCATTACTTTGCTCTTGGAAGCTGTAACTTGGGTC
ATTGTCCTCAAGAGGAAATCTGATAATTCCAACAACCCTCCCAAGCCCTGAGTAATTCAA
AAGATCGCTATTTTTATCTCTTAAGTTACAAACACGTTCTTTTTCTCCCAACTTTTTTAT
TCAACTCAAGATGTTGCTTGTGTTTTGATGATGATGACTTTTAGTGTTTATGTATAGTAG
GAGAAAAAACTGATGTATTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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DS 

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AACTTTTTTATTCAACTCAAGATGTTGCTTGTGTTTTGATGATGATGACTTTTAGTGTTT
ATGTATAGTAGGAGAAAAAACTGATGTATTA

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 4

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ATGTCTGGACACTCTCTGAAGTAGCCACCTTTTTACTATGTAGCATTACATTATCAGTCT
CAGCGACGCTAATAATGACCAGATTAAACTTGTCA


BQ
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AF RR3A145TF U 1
AF RR3BG72TF U 52
AF RR3BG72JQ C 548
AF RR3A872TF U 579
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BS 82 82 RR3BG72TF
BS 83 106 RR3A145TF
BS 107 107 RR3BG72TF
BS 108 117 RR3A145TF
BS 118 118 RR3BG72TF
BS 119 120 RR3A145TF
BS 121 121 RR3BG72TF
BS 122 127 RR3A145TF
BS 128 128 RR3BG72TF
BS 129 171 RR3A145TF
BS 172 172 RR3BG72TF
BS 173 312 RR3A145TF
BS 313 313 RR3BG72TF
BS 314 321 RR3A145TF
BS 322 322 RR3BG72TF
BS 323 351 RR3A145TF
BS 352 352 RR3BG72TF
BS 353 438 RR3A145TF
BS 439 439 RR3BG72TF
BS 440 588 RR3A145TF
BS 589 589 RR3BG72TF
BS 590 613 RR3A145TF
BS 614 614 RR3BG72TF
BS 615 648 RR3A145TF
BS 649 649 RR3BG72TF
BS 650 672 RR3A145TF
BS 673 673 RR3BG72TF
BS 674 678 RR3A145TF
BS 679 679 RR3BG72TF
BS 680 758 RR3A145TF
BS 759 1295 RR3A872TF

RD RR3A145TF 760 0 0
AAGAGTCACAAAGATTAGCGCAGAAACAGCAACTTGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAAAAC
AATGATGCTTGCTCGATTTGCCTTTCGATCTCAACAGAGAGCTTCTTTCTCGGTTCGTCA
GTCTGCGTATTACTCGTCTTCATCATCATCATCAGCAGCTTCAGCTGAAGCTGAAAGGAC
GATTCGGGAAGGTCCGAGGAATGACTGGAGTAGAGATGAAATCAAGGCTGTTTATGATTC
TCCTCTTCTTGACCTCCTCTTCCATGGCGCTCAGGTTCACAGACATGTTCATAACTTCAG
GGAAGTGCAGCAGTGTACTCTTCTCTCCATAAAGACTGGTGGGTGCAGCGAGGACTGTTC
CTATTGTCCTCAGTCCTCCAGATATAGCACTGGAGTCAAGGCCCAAAAACTCATGTCCAA
GGACGCCGTCATTGAAGCCGCAAAGAAGGCAAAAGAAGCTGGTAGCACCCGTTTTTGCAT
GGGTGCTGCTTGGAGAGATACAATAGGAAGGAAAACCAATTTCAACCAGATACTTGATTA
CATCAAAGAGATAAGAGGCATGGGGATGGAGGTTTGCTGCACATTGGGCATGATTGAGAA
GCAGCAAGCGTTAGACCTAAAGAAGGCCGGCCTCACTGCTTATAACCACAATCTTGATAC
TTCAAGAGAGTACTACCCAAACGTCATCACTACTAGAAGTTACGACGACCGACTTGAGAC
TCTTGACCATGTTCGTGAAGCTGGAATCAATGTCTGTT
CA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3BG72TF 707 0 0
GGGAGATAA
AATGATGCTTGCTCGATTTGTATTTCGATCTCAACTGAGAGCTTCTCTCTCGGTTCGCCA
CTCTGCTCCTTACTCGTCTTCATCATCATCA***GCAGCTTCAGCTGAAGCAGAAAGGAC
GATTCGGGAAGGTCCGAGGAATGACTGGAGTTGAGATGAAGTCAAGGCTGTTTATGATTC
TCCTCTTCTTGACCTCCTCTTCCATGGCGCTCAGGTTCATAGACATGTTCATAACTTCAG
GGAAGTGCAGCAATGTACTCTCCTCTCCATAAAGACTGGTGGGTGCAGTGAAGACTGTTC
GTATTGTCCTCAGTCCTCCAGATATAGCACTGGAGTCAAGGCCCAAAGACTCATGTCCAA
GGACGCTGTCATTGAAGCAGCAAAGAAGGCAAAAGAAGCTGGTAGCACTCGTTTTTGCAT
GGGTGCTGCTTGGAGAGATACCATAGGACGGAAAACCAATTTCAACCAGATACTTGATTA
CATCAAAGAGATAAGAGGCATGGGGATGGAGGTTTGCTGCACATTGGGAATGATTGAGAA
GCAGCAAGCGTTAAACCTAAAGAAGGCCGGCCTCACTGCTTATAACCATAATCTTGATAC
TTCAAGAGAGTATTACCCTAACGTCATCACTACTAGAAGTTACGACGACCGACTTGAGAC
TCTTGACCATGTTCGTGAAGCTGGAATCAATGTCTGTT

QA 10 707 10 707
DS 

RD RR3BG72JQ 214 0 0
GAGATAAGAGGCATGGGGATGGAGGTTTGCTGCACATTGGGAATGATTGAGAAGCAGCAA
GCGTTAAACCTAAAGAAGGCCGGCCTCACTGCTTATAACCATAATCTTGATACTTCAAGA
GAGTATTACCCTAACGTCATCACTACTAGAAGTTACGACGACCGACTTGAGACTCTTGAC
CATGTTCGTGAAGCTGGAATCAATGTCTGTT
CAG

QA 1 211 1 211
DS 

RD RR3A872TF 717 0 0
GCACATTGGGCATGATTGAGAAGCAGCAAGCGTTAGACCTAAAGAAGGCCGGCCTCACTG
CTTATAACCACAATCTTGATACTTCAAGAGAGTACTACCCAAACGTCATCACTACTAGAA
GTTACGACGACCGACTTGAGACTCTTGACCATGTTCGTGAAGCTGGAATCAATGTCTGTT
CAGGAGGAATCATAGGGCTTGGAGAGGCAGAGGAAGACAGAGTAGGATTATTACACACAC
TGGCAACACTTCCTTCTCACCCTGAGAGTGTTCCTATCAATGCTCTGCTTGCAGTGAAAG
GCACTCCTCTTGAAGACCAGAAGCCGGTTGAGATATGGGAGATGATCAGGATGATTGGAA
CAGCAAGAATAGTGATGCCAAAAGCAATGGTGAGGCTATCTGCTGGCAGAGTCCGTTTCA
CCATGCCAGAGCAAGCCTTGTGTTTCCTTGCTGGTGCAAACTCTATCTTCACTGGAGAGA
AGCTGTTAACAACACCAAACAATGACTTTGACGCCGATCAGCTCATGTTCAAGACTTTAG
GACTCACTCCTAAACCCCCAAGCTTCTCTGAAGATGATTCTGAATCAGAAAATTGCGAGA
AAGTTGCTTCTACTTCTCACTAATGTCTGGACACTCTCTGAAGTAGCCACCTTTTTACTA
TGTAGCATTACATTATCAGTCTCAGCGACGCTAATAATGACCAGATTAAACTTGTCA

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 3

CO CL3001Contig1 643 3 8 U
GGACTCACCAAAGCATCAAATACATTTTACTTCTCTTCTATTTCTCTTTATATCTATCAT
CTTTAGCTTGTCGTTTGGAAATGGCCACCGTTGAGGTTGAACAAGTGATTGCTCCAGCAG
CAGAGAACGTTGAGGTGGCAGCAAAGGCAGTGGTGGATCCAGATGTGGAGACCAAACAGC
CGGAAGAAGTCGTGGCCGCCACGACAGAATCTGCTGCTGCTCCAGCCGCCGTAACTGAAC
AAGAATCTGAATCACCAGTCGTAGAAACGAGCAAAGAAGTGGTTGTTGAAGAGGCAGATA
AAAAAGATGAAGAAATAAAAGAGCCACAGGAAGAAGAGAAGACGGAAGCTCCGGTGGCTG
AGGAGGAGGCGAAGATAGAAAAGAAGGAGGAGGTGACTGAAACTCCGGCTGTTGTGGAGG
AGGAGAAGACTGAGTCAGAGGAAGTTGTCGCTGCTGGGGAAGTCGCCGCCGAGAAGGCCG
AGGAGTAAAGATGAAGAAACAATATGTGACCTTCTTTGGTCTCATTTCGTTGTTTTAAAA
AAGATTACTTCGCAAAATTTCATAAGTATTTTCTATCGTGTGTTATGATGAAATGATATT
TGGTTATGATGAAATGATATATTTGGGAGTTCTGATGGTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3D024TF U 1
AF RR3A057JQ C 1
AF RR3A057TF U 1
BS 1 12 RR3D024TF
BS 13 13 RR3A057TF
BS 14 280 RR3D024TF
BS 281 281 RR3A057TF
BS 282 541 RR3D024TF
BS 542 542 RR3A057TF
BS 543 642 RR3D024TF
BS 643 643 RR3A057JQ

RD RR3D024TF 642 0 0
GGACTCACCAAATCATCAAATACATTTTACTTCTCTTCTATTTCTCTTTATATCTATCAT
CTTTAGCTTGTCGTTTGGAAATGGCCACCGTTGAGGTTGAACAAGTGATTGCTCCAGCAG
CAGAGAACGTTGAGGTGGCAGCAAAGGCAGTGGTGGATCCAGATGTGGAGACCAAACAGC
CGGAAGAAGTCGTGGCCGCCACGACAGAATCTGCTGCTGCTCCAGCCGCCGTAACTGAAC
AAGAATCTGAATCACCAGTCGTAGAAACGAGCAAAGAAGTTGTTGTTGAAGAGGCAGATA
AAAAAGATGAAGAAATAAAAGAGCCACAGGAAGAAGAGAAGACGGAAGCTCCGGTGGCTG
AGGAGGAGGCGAAGATAGAAAAGAAGGAGGAGGTGACTGAAACTCCGGCTGTTGTGGAGG
AGGAGAAGACTGAGTCAGAGGAAGTTGTCGCTGCTGGGGAAGTCGCCGCCGAGAAGGCCG
AGGAGTAAAGATGAAGAAACAATATGTGACCTTCTTTGGTCTCATTTCGTTGTTTTAAAA
A*GATTACTTCGCAAAATTTCATAAGTATTTTCTATCGTGTGTTATGATGAAATGATATT
TGGTTATGATGAAATGATATATTTGGGAGTTCTGATGGTTGT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3A057JQ 643 0 0
GGACTCC
CCAAAGCATCAAATACATTTTACTTCTCTTCTATTTCTCTTTATATCTATCATCTTTAGC
TTGTCGTTTGGAAATGGCCACCGTTGAGGTTGAACAAGTGATTGCTCCAGCAGCAGAGAA
CGTTGAGGTGGCAGCAAAGGCAGTGGTGGATCCAGATGTGGAGACCAAACAGCCGGAAGA
AGTCGTGGCCGCCACGACAGAATTTGCTGCTGCTCCAGCCGCCGTAACTGAACAAGAATT
TGAATCACCAGTCGTAGAAACGAGCAAAGAAGTGGTTGTTGAAGAGGCAGATAAAAAAGA
TGAAGAAATAAAAGAGCCACAGGAAGAAGAGAAGACGGAAGCTCCGGTGGCTGAGGAGGA
GGCGAAGATAGAAAAGAAGGAGGAGGTGACTGAAACTCCGGCTGTTGTGGAGGAGGAGAA
GACTGAGTCAGAGGAAGTTGTCGCTGCTGGGGAAGTCGCCGCCGAGAAGGCCGAGGAGTA
AAGATGAAGAAACAATATGTGACCTTCTTTGGTCTCATTTCGTTGTTTTAAAAAAGATTA
CTTCGCAAAATTTCATAAGTATTTTCTATCGTGTGTTATGATGAAATGATATTTGGTTAT
GATGAAATGATATATTTGGGAGTTTTGATGGTTGTT

QA 8 643 8 643
DS 

RD RR3A057TF 643 0 0
GGACTCC
CCAAAGCATCAAATACATTTTACTTCTCTTCTATTTCTCTTTATATCTATCATCTTTAGC
TTGTCGTTTGGAAATGGCCACCGTTGAGGTTGAACAAGTGATTGCTCCAGCAGCAGAGAA
CGTTGAGGTGGCAGCAAAGGCAGTGGTGGATCCAGATGTGGAGACCAAACAGCCGGAAGA
AGTCGTGGCCGCCACGACAGAATCTGCTGCTGCTCCAGCCGCCGTAACTGAACAAGAATC
TGAATCACCAGTCGTAGAAACGAGCAAAGAAGTGGTTGTTGAAGAGGCAGATAAAAAAGA
TGAAGAAATAAAAGAGCCACAGGAAGAAGAGAAGACGGAAGCTCCGGTGGCTGAGGAGGA
GGCGAAGATAGAAAAGAAGGAGGAGGTGACTGAAACTCCGGCTGTTGTGGAGGAGGAGAA
GACTGAGTCAGAGGAAGTTGTCGCTGCTGGGGAAGTCGCCGCCGAGAAGGCCGAGGAGTA
AAGATGAAGAAACAATATGTGACCTTCTTTGGTCTCATTTCGTTGTTTTAAAAAAGATTA
CTTCGCAAAATTTCATAAGTATTTTCTATCGTGTGTTATGATGAAATGATATTTGGTTAT
GATGAAATGATATATTTGGGAGTTCTGATGGTTGT
T

QA 8 642 8 642
DS 



AS 1 4

CO CL3002Contig1 1009 4 26 U
GGACATTCCACATTCAACAATTCAGAGAAATTATACTTTCAGTTTCAGCCCAAACCTTTT
AAAAAATTTTAATTCACACCCTTATTAAAAAATCTTGGCAAAAATGTGTGGAGGAGCAGT
GATTTCCGATTACATAGCGCCGCCGCGATCCACCGGAGTAACAGCCAACCAGTTGTGGTC
AGCTGGTAAGCTTTCCTGGAGACGCGACGACGTTGTTGACCTGACACTCGACGACTTGGA
GGGAGAGTCTCAGTATTATTATCCATGGCTAGGTATGAAAAGAGAAGATGGGAAGAGGAG
GAGGAGGAAGAAGAGTATTAGTAGTGAGTACAAAGGAATCAGGAGACGTCCATGGGGAAG
ATGGGCGGCTGAGATACGTGACCCGATCAAAGGAGTTAGAGTTTGGTTAGGGACGTTCAA
CACTGCAGAGGATGCTGCAAGAGCTTATGACCTTGAGGCTAAGAGACTCCGAGGAGCCAA
AGCTAAACTCAACTTCCCTAACGAATCATCCTCTAGGAAGCGTAAAGCTTCTTCTTCTTC
TTTACAGCCACCACAACAACAACCTCAGGTTCAGAAGATAGAAGAGGAGGAGGAGGATCT
TGGTGGCTGTCTTGATTTCTTGTGGGAGGAAAATAATAACGAGGACACGACTCAGGTCGA
TACTCAGTGGCTTGAAGATGTTATATTGGGTGATGCGGCGGAGAAGAGACAGAAAGGTTG
TTATGACTGTGGAGCGGACGTGAATGGTCTGCTTTCGGATGAGCTTCTGGCTTTTGAGAA
CCAGACGGAGTGTTTCTCCCAGATGCCGTTTATGGAGAGGAGAAACTGTGGTTCATCGAC
GTCTCTGAGTAGTCTCTTAGATGAAGTCAATGTCATGGATCTTTGGTCCTGAATTTTTTT
TTTTTTTTTAACCGAATGACATTAGTGTTTGTTGTTCTGTTTTGTACAAAAATGAGTTCT
TGTGTTCGTTTGTGTGTTCCAACTTCCTAGTTAAGTGTCTTGACTCTCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 5 10 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CV77TF U 1
AF RR3H431TF U 1
AF RR3DA53TF U 125
AF RR3H431JQ C 263
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BS 865 1009 RR3H431JQ

RD RR3CV77TF 195 0 0
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AAAAAATTTTAATTCACACCCTTATTAAAAAATCTTGGCAAAAATGTGTGGAGGAGCAGT
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AGCTGGTAAGCTTTC

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DS 

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AAAAAATTTTAATTCACACCCTTATTAAAAAATCTTGGCAAAAATGTGTGGAGGAGCAGT
GATTTCCGATTACATAGCGCCGCCGCGATCCACCGGAGTAACAGCCAACCAGTTGTGGTC
AGCTGGTAAGCTTTCCTGGAGACGCGACGACGTTGTTGACCTGACACTCGACGACTTGGA
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GAGGAGGAAGAAGAGTATTAGTAGTGAGTACAAAGGAATCAGGAGACGTCCATGGGGAAG
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CACTGCAGAGGATGCTGCAAGAGCTTATGACCTTGAGGCTAAGAGACTCCGAGGAGCCAA
AGCTAAACTCAACTTCCCTAACGAATCATCCTCTAGGAAGCGTAAAGCTTCTTCTTCTTC
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TACTCAGTGGCTTGA*GATGTTATATTGGGTGA

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G
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AGTCTCAGTATTATTATCCATGGCTAGGTATGAAAAGAGAAGATGGGAAGAGGAGGAGGA
GGAAGAAGAGTATTAGTAGTGAGTACAAAGGAATCAGGAGACGTCCATGGGGAAGATGGG
CGGCTGAGATACGTGACCCGATCAAAGGAGTTAGAGTTTGGTTAGGGACGTTCAACACTG
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AACTCAACTTCCCTAACGAATCATCCTCTAGGAAGCGTAAAGCTTCTTCCTCTTCTTTAC
AGCCACCACAACAACAACCTCAGGTTCAGAAGATAGAAGAGGAGGAGGAGGATCTTGGTG
GCTGTCTTGATTTCTTGTGGGAGGAAAATAATAACGAGGACACGACTCAGGTCGATACTC
AGTGGCTTGAAGATGTTATATTGGGTGATGCGGCGGAGAAGAGACAGAAAGGTTGTTATG
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CG*AGTGTTTCTCC*AGATGCCGTTTATGGAGAG*AGAAACTGTG*TTCATCGACGTCTC
TGAGTAGTCTCTTAGATGA
GTCATGTCATGGATC

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DS 

RD RR3H431JQ 747 0 0
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CCGATCAAAGGAGTTAGAGTTTGGTTAGGGACGTTCAACACTGCAGAGGATGCTGCAAGA
GCTTATGACCTTGAGGCTAAGAGACTCCGAGGAGCCAAAGCTAAACTCAACTTCCCTAAC
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CCTCAGGTTCAGAAGATAGAAGAGGAGGAGGAGGATCTTGGTGGCTGTCTTGATTTCTTG
TGGGAGGAAAATAATAACGAGGACACGACTCAGGTCGATACTCAGTGGCTTGAAGATGTT
ATATTGGGTGATGCGGCGGAGAAGAGACAGAAAGGTTGTTATGACTGTGGAGCGGACGTG
AATGGTCTGCTTTCGGATGAGCTTCTGGCTTTTGAGAACCAGACGGAGTGTTTCTCCCAG
ATGCCGTTTATGGAGAGGAGAAACTGTGGTTCATCGACGTCTTTGAGTAGTCTCTTAGAT
GAAGTCAATGTCATGGATCTTTGGTCCTGAATTTTTTTTTTTTTTTTAACCGAATGACAT
TAGTGTTTGTTGTTCTGTTTTGTACAAAAATGAGTTCTTGTGTTCGTTTGTGTGTTCCAA
CTTCCTAGTTAAGTGTCTTGACTCTCG

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

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CTTCGTGCGCCGCGCTGGCTTCATTTCCAGACATCGATCCTTGTCTTTTTCTCCGATCAC
GCAACCATACGAATCTCCACTTCCTCTGCGGCGGAGGAGTATTCATGTGGAAGGAGGAAT
GGTTGGATGCAGTACTTGTCCCCGCGGGTCTCGCCGTGATGGCCGCATACCATGTCTGGC
TCGGCTACGCTATAATCAACCGTCCCAAGCTCACTGTTATCTCCCTCAACGCTGAGTCTC
GACGCCAATGGGTCTTCTCTATGATGACCGAGCCGCTGAAGAATGGTACTTTAGCAGTAC
AGACAATAAGGAACAACATAATGGCATCAACTCTTTTAGCCACGACAGCAATCACTCTCT
GTTCCATCATCGGAGTCTTCGTAAACAACACCACCTCTGCTTCCAAATCAACAGCCTCGG
CTATCATATACGGAAATAAAAGCCCTCTCCTTTCGACAATCAAGAACTTCGCGATCCTCG
TCTGTTTCCTCATGGCCTTTCTCTGCAACGTCCAGTCCATAAGGTACTACGCTCACGTGA
GTTTCCTCATCACGGTTCCCGTCTCTAGAGGGAAGAGAGAGCATTGTGAGTACGTGTCTA
GAAACCTGAACCGAGCTAGCTACTTCTGGTCTCTTGGACTTCGAGCTTTCTACTTCTCCT
TCCCGCTCTTCTTGTGGAACTTCGGTCCAATCCCTATGTTTGTGTGTTGCTGTTTGATGT
CGTCGATTCTTTATCTTGGATACCACCACTAGCTTCACTAGGCATCTCCATAGCGAATCT
TTCAGAGAGATTGCTGAGTCTATGGACGGTGAAATCGAATCAGCCGTTCATTCTCTGTAG
AATCTTCTCTGTTTTCTTGTGTGGATGAAGAGTTGTAGTATTAGCGGAGTTTGTTTGTAA
TGTGATGAAACAACCTTGGCTGTGTCCCAGAGCGCAAACGCTTATGTAAAACGCAAATAA
ACTGTCCAAATAACATGTTACATGGAATGTAGACTATGTAATCTCTTGCACATTGTTGTC
ATTATTGGTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL94TF U 1
AF RR3AL94JQ C 302
BS 1 740 RR3AL94TF
BS 741 1092 RR3AL94JQ

RD RR3AL94TF 740 0 0
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GGTTGGATGCAGTACTTGTCCCCGCGGGTCTCGCCGTGATGGCCGCATACCATGTCTGGC
TCGGCTACGCTATAATCAACCGTCCCAAGCTCACTGTTATCTCCCTCAACGCTGAGTCTC
GACGCCAATGGGTCTTCTCTATGATGACCGAGCCGCTGAAGAATGGTACTTTAGCAGTAC
AGACAATAAGGAACAACATAATGGCATCAACTCTTTTAGCCACGACAGCAATCACTCTCT
GTTCCATCATCGGAGTCTTCGTAAACAACACCACCTCTGCTTCCAAATCAACAGCCTCGG
CTATCATATACGGAAATAAAAGCCCTCTCCTTTCGACAATCAAGAACTTCGCGATCCTCG
TCTGTTTCCTCATGGCCTTTCTCTGCAACGTCCAGTCCATAAGGTACTACGCTCACGTGA
GTTTCCTCATCACGGTTCCCGTCTCTAGAGGGAAGAGAGAGCATTGTGAGTACGTGTCTA
GAAACCTGAACCGAGCTAGCTACTTCTGGTCTCTTGGACTTCGAGCTTTCTACTTCTCCT
TCCCGCTCTTCTTGTGGAAC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3AL94JQ 791 0 0
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GACAATAAGGAACAACATAATGGCATCAACTCTTTTAGCCACGACAGCAATCACTCTCTG
TTCCATCATCGGAGTCTTCGTAAACAACACCACCTCTGCTTCCAAATCAACAGCCTCGGC
TATCATATACGGAAATAAAAGCCCTCTCCTTTCGACAATCAAGAACTTCGCGATCCTCGT
CTGTTTCCTCATGGCCTTTCTCTGCAACGTCCAGTCCATAAGGTACTACGCTCACGTGAG
TTTCCTCATCACGGTTCCCGTCTCTAGAGGGAAGAGAGAGCATTGTGAGTACGTGTCTAG
AAACCTGAACCGAGCTAGCTACTTCTGGTCTCTTGGACTTCGAGCTTTCTACTTCTCCTT
CCCGCTCTTCTTGTGGAACTTCGGTCCAATCCCTATGTTTGTGTGTTGCTGTTTGATGTC
GTCGATTCTTTATCTTGGATACCACCACTAGCTTCACTAGGCATCTCCATAGCGAATCTT
TCAGAGAGATTGCTGAGTCTATGGACGGTGAAATCGAATCAGCCGTTCATTCTCTGTAGA
ATCTTCTCTGTTTTCTTGTGTGGATGAAGAGTTGTAGTATTAGCGGAGTTTGTTTGTAAT
GTGATGAAACAACCTTGGCTGTGTCCCAGAGCGCAAACGCTTATGTAAAACGCAAATAAA
CTGTCCAAATAACATGTTACATGGAATGTAGACTATGTAATCTCTTGCACATTGTTGTCA
TTATTGGTTAA

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL3004Contig1 696 2 10 U
GGGAGTTGTCGAAGCCGCTTCTTCATCTTCTTCATCTCCCTAGCTGTTGCTCGTTCGTCA
GCAGCAGCTTGTGAAGATCACCAAACCATGGCTGTCGGGAAGAACAAGAGGATCTCAAAG
GGTCGTAAAGGAGGGAAGAAGAAGATTGTTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTGGTATGAC
ATCAAGGCTCCCTCTAACTTCACTCACAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACT
CAGGGTACCAAGATTGCATCTGAGGGGCTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTGTCTCTTGCT
GATCTCAACAAGGATGAGGACCACTCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTC
CAGGGCAGGAATGTCTTGACCCAGTTCTGGGGTATGGACTTCACAACCGACAAGCTGAGG
TCATTGGTGAAGAAGTGGCAGACACTGATTGAAGCCCATGTAGATGTGAAGACCACTGAC
AGTTACACCTTGAGGCTGTTCTGCATTGGTTTCACCAAGAGGCGTGCTAACCAGGTCAAG
CGTACTTGTTATGCTCAATCCAGCCAAGTCCGCCAGATCCGCAGGAAGATGAGTGAGATT
ATGGTGAAAGAGCTTCGTCTTGTGACCTTAAAGAGCTTGTGGCTAAGTTCATCTCTGAGC
CATTGGAAAAGAGATTGAGAAGCGACTCAGAACATT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK60TF U 1
AF RR3E318TF U 1
BS 1 70 RR3DK60TF
BS 71 71 RR3E318TF
BS 72 257 RR3DK60TF
BS 258 258 RR3E318TF
BS 259 267 RR3DK60TF
BS 268 268 RR3E318TF
BS 269 422 RR3DK60TF
BS 423 423 RR3E318TF
BS 424 603 RR3DK60TF
BS 604 696 RR3E318TF

RD RR3DK60TF 606 0 0
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ATCAAGGCTCCCTCTAACTTCACTCACAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACT
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ATG
ATC

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3E318TF 696 0 0
GGGAGTTGTCGAAGCCGCTTCTTCTTCTTCTTCATCTTCTTAGCTGTTGCTCGTTCGTCA
GCAGCAGCTTGTGAAGATCACCAAACCATGGCTGTCGGGAAGAACAAGAGGATCTCAAAG
GGTCGTAAAGGAGGGAAGAAGAAGATTGTTGATCCTTTCTCCAAGAAGGATTGGTATGAC
ATCAAGGCTCCCTCTAACTTCACTCACAGAAATGTCGGAAAGACACTTGTTTCCAGAACT
CAGGGTACCAAGATTGCATCTGAGGGGCTGAAACACAGAGTTTTCGAGGTGTCTCTTGCT
GATCTCAACAAGGATGAGGACCACTCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTC
CAGGGCAGGAATGTCTTGACCCAGTTCTGGGGTATGGACTTCACAACTGACGAGCTGAGG
TCATTGGTGAAGAAGTGGCAGACACTGATTGAAGCCCATGTAGATGTGAAGACCACTGAC
AGTTACACCTTGAGGCTGTTCTGCATTGGTTTCACCAAGAGGCGTGCTAACCAGGTCAAG
CGTACTTGTTATGCTCAATCCAGCCAAGTCCGCCAGATCCGCAGGAAGATGAGTGAGATT
ATGGTGAAAGAGCTTCGTCTTGTGACCTTAAAGAGCTTGTGGCTAAGTTCATCTCTGAGC
CATTGGAAAAGAGATTGAGAAGCGACTCAGAACATT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 4

CO CL3005Contig1 755 4 8 U
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TTGTGGCTCGTGCTTCGGCTTTTAGCCTGGGTCTCGTCTACGGGAGCATGAAGCTCAAGT
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TTATTCATTTTTTCAGCGCTAAAAAGAAACCAGCTTTGTGTCTGAAAAGCTTGTTATACG
TTTCCTAAGACCATCTCCAATGTATCTTGCTACTTTCATCTCTAAAATAGAGGAATTCTA
TAATAGAGGTGGGATATGCTCCAATGTATTTCTCTAAAATAGCAATCTCTATTTTATAGA
GTAAAAAATAAAGGATTGCTATTTCTTCCTCTATAAATAGAGGAAAAAATAGAGATCTCT
ATAATAGAGGAAGAAATAGAGGTGGATTGGAGCATTTTCACTTCTAAATGCTATTATAGA
GATGAAAATAACAATGGGTTGGAGATGCTTTAAGACCTTCTTTTTTGCGCCAAATATTTG
CCACTGGTTTACAAAACTCGAGTCAAGAGGATATTTACCTTTGTTATCACCATCCCAATT
CACTTCACCTCTTAAATATATTCATTATTACACCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN48JQ C 1
AF RR3FN48TF U 1
AF RR3F246TF U 1
AF RR3F246JQ C 89
BS 1 38 RR3F246TF
BS 39 39 RR3FN48TF
BS 40 112 RR3F246TF
BS 113 113 RR3FN48TF
BS 114 312 RR3F246TF
BS 313 313 RR3FN48TF
BS 314 628 RR3F246TF
BS 629 755 RR3F246JQ

RD RR3FN48JQ 365 0 0
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TTGTGGCTCGTGCTTCGGCTTTTAGCCTGGGTCTCGTCTACGGGAGCATGAAGCTCAAGT
TCTTGAAGATGGCGAAGCCTCACAAGGTTGAAGCCAATGCTCATCATTAAACGAGTTTTT
CTCTCTTTACAATAAAGCAGGGGGGAGGTTATGTCTCCCCATCCCGGTTCTCAATTTTTC
TTATTCATTTTTTCAGCGCTAAAAAGAAACCAGCTTTGTGTCTGAAAAGCTTGTTATACG
TTTCC

QA 1 365 1 365
DS 

RD RR3FN48TF 365 0 0
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CATAGGAATCGACGATGACGCTGCCTCCAGGACTTTACTCCGGCACCAGCTCCCTTGCTC
TTGTGGCTCGTGCTTCGGCTTTTAGCCTGGGTCTCGTCTACGGGAGCATGAAGCTCAAGT
TCTTGAAGATGGCGAAGCCTCACAAGGTTGAAGCCAATGCTCATCATTAAACGAGTTTTT
CTCTCTTTACAATAAAGCAGGGGGGAGGTTATGTCTCCCCATCCCGGTTCTCAATTTTTC
TTATTCATTTTTTCAGCGCTAAAAAGAAACCAGCTTTGTGTCTGAAAAGCTTGTTATACG
TTTCC

QA 1 365 1 365
DS 

RD RR3F246TF 628 0 0
TTTTTCAGAAGCTTGGATCGATTTGGGAATTTAGGGTTTTTGTTTCTGCGAAGACTACGA
CATAGGAATCGACGATGACGCTGCCTCCAGGACTTTACTCCGGCACCAGCTCTCTTGCTC
TTGTGGCTCGTGCTTCGGCTTTTAGCCTGGGTCTCGTCTACGGGAGCATGAAGCTCAAGT
TCTTGAAGATGACGAAGCCTCACAAGGTTGAAGCCAATGCTCATCATTAAACGAGTTTTT
CTCTCTTTACAATAAAGCAGGGGGGAGGTTATGTCTCCCCATCCCGGTTCTCAATTTTTC
TTATTCATTTTT*CAGCGCTAAAAAGAAACCAGCTTTGTGTCTGAAAAGCTTGTTATACG
TTTCCTAAGACCATCTCCAATGTATCTTGCTACTTTCATCTCTAAAATAGAGGAATTCTA
TAATAGAGGTGGGATATGCTCCAATGTATTTCTCTAAAATAGCAATCTCTATTTTATAGA
GTAAAAAATAAAGGATTGCTATTTCTTCCTCTATAAATAGAGGAAAAAATAGAGATCTCT
ATAATAGAGGAAGAAATAGAGGTGGATTGGAGCATTTTCACTTCTAAATGCTATTATAGA
GATGAAAATAACAATGGGTTGGAGATGC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3F246JQ 667 0 0
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GGGTCTCGTCTACGGGAGCATGAAGCTCAAGTTCTTGAAGATGACGAAGCCTCACAAGGT
TGAAGCCAATGCTCATCATTAAACGAGTTTTTCTCTCTTTACAATAAAGCAGGGGGGAGG
TTATGTCTCCCCATCCCGGTTCTCAATTTTTCTTATTCATTTTT*CAGCGCTAAAAAGAA
ACCAGCTTTGTGTCTGAAAAGCTTGTTATACGTTTCCTAAGACCATCTCCAATGTATCTT
GCTACTTTCATCTCTAAAATAGAGGAATTCTATAATAGAGGTGGGATATGCTCCAATGTA
TTTCTCTAAAATAGCAATCTCTATTTTATAGAGTAAAAAATAAAGGATTGCTATTTCTTC
CTCTATAAATAGAGGAAAAAATAGAGATCTCTATAATAGAGGAAGAAATAGAGGTGGATT
GGAGCATTTTCACTTCTAAATGCTATTATAGAGATGAAAATAACAATGGGTTGGAGATGC
TTTAAGACCTTCTTTTTTGCGCCAAATATTTGCCACTGGTTTACAAAACTCGAGTCAAGA
GGATATTTACCTTTGTTATCACCATCCCAATTCACTTCACCTCTTAAATATATTCATTAT
TACACCC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 3

CO CL3006Contig1 1006 3 9 U
GGCACTGATCCTTTCTTTCATCTTCAGACGCTGCAAGCAGCACACCACACAAAATACAAA
ATGGCTCAAACCATGCTGCTTACTTCAGGCGTCTCTGCAAACCAATTTTTAAGGAACAAC
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GTTCTACCATCTCGAAGACCATCATTAGTTCCTCTCGCCATCTTCAAACCCAAAACCAAA
GCTGTTCCCAAAAAGGTTGAGAAGGTGAAGCCAAAGGCTGAAGACGGTATCTTCGGAACA
TCTGGTGGGATAGGTTTCACGAAGCAGAACGAGCTCTTTGTGGGTCGTGTTGCTATGATC
GGTTTTGCTGCATCGTTGCTGGGTGAGGCGTTGACAGGGAAAGGTATATTAGCACAGTTG
AATCTGGAGACAGGGATACCGATTTACGAAGCAGAGCCATTGCTTCTCTTCTTCATATTG
TTCACTCTGTTGGGTGCTATCGGAGCTCTTGGGGACAGAGGAAAATTCGTCGACGATCCT
CCCACCGGACTTGAGAAAGCCGTCATTCCTCCCGGCAAAGGCATCCGATCTGCCCTCGGT
CTTAAAGAACAAGGTCCATTGTTTGGGTTCACGAAGGCAAACGAGTTGTTCGTAGGAAGA
TTGGCACAGTTGGGAATAGCATTTTCATTGATAGGAGAGATTATAACCGGGAAAGGAGCA
TTGGCTCAACTCAACATTGAGACTGGTATTCCAATTCAAGATATCGAACCCCTCGTCCTC
TTAAACGTTGCTTTCTTTTTCTTTGCAGCCATTAATCCTGGTAATGGAAAGTTCATTACT
GATGATGGTGAAGAAAGCTAAACTATTTATGTACTTAAAATTTGTAGTTTGTGAACCCTC
TTCATGTTGAGACAAAAGGAAATGGGCAGCTTAAACTGTTGTAATTCTTAAATCCTCTTG
TTTTAACTTGAGTTTTCAGATTATATATAGCTCCATAAATGATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3D648TF U 1
AF RR3GG71TF U 18
AF RR3D648JQ C 326
BS 1 277 RR3D648TF
BS 278 278 RR3GG71TF
BS 279 524 RR3D648TF
BS 525 525 RR3GG71TF
BS 526 608 RR3D648TF
BS 609 655 RR3GG71TF
BS 656 656 RR3D648JQ
BS 657 698 RR3GG71TF
BS 699 1006 RR3D648JQ

RD RR3D648TF 608 0 0
GGCACTGATCCTTTCTTTCATCTTCAGACGCTGCAAGCAGCACACCACACAAAATACAAA
ATGGCTCAAACCATGCTGCTTACTTCAGGCGTCTCTGCAAACCAATTTTTAAGGAACAAC
AAGAACCCTCTCGCTCAGCCCAAAGTTCACCATCTCTTCCTCTCGGGAAACTCTCATGTT
GTTCTACCATCTCGAAGACCATCATTAGTTCCTCTCGCCATCTTCAAACCCAAAACCAAA
GCTGTTCCCAAAAAGGTTGAGAAGGTGAAGCCAAAGGTTGAAGACGGTATCTTCGGAACA
TCTGGTGGGATAGGTTTCACGAAGCAGAACGAGCTCTTTGTGGGTCGTGTTGCTATGATC
GGTTTTGCTGCATCGTTGCTGGGTGAGGCGTTGACAGGGAAAGGTATATTAGCACAGTTG
AATCTGGAGACAGGGATACCGATTTACGAAGCAGAGCCATTGCTTCTCTTCTTCATATTG
TTCACTCTGTTGGGTGCTATCGGAGCTCTTGGGGACAGAGGAAA*TTCGTCGACGATCCT
CCCACCGGACTTGAGAAAGCCGTCATTCCTCCCGGCAAAGGCATCCGATCTGCCCTCGGT
CTTAAAGA

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3GG71TF 681 0 0
GG
ATCTTCAGACGCTGCAAGCAGCACACCACACAAAATACAAAATGGCTCAAACCATGCTGC
TTACTTCAGGCGTCTCTGCAAACCAATTTTTAAGGAACAACAAGAACCCTCTCGCTCAGC
CCAAAGTTCACCATCTCTTCCTCTCGGGAAACTCTCATGTTGTTCTACCATCTCGAAGAC
CATCATTAGTTCCTCTCGCCATCTTCAAACCCAAAACCAGAGCTGTTCCCAAAAAGGTTG
AGAAGGTGAAGCCAAAGGCTGAAGACGGTATCTTCGGAACATCTGGTGGGATAGGTTTCA
CGAAGCAGAACGAGCTCTTTGTGGGTCGTGTTGCTATGATCGGTTTTGCTGCATCGTTGC
TGGGTGAGGCGTTGACAGGGAAAGGTATATTAGCACAGTTGAATCTGGAGACAGGGATAC
CGATTTACGAAGCAGAGCCATTGCTTCTCTTCTTCATATTGTTCACTCTGTTGGGTGCTA
TCGGAGCTCTTGGGGACGGAGGAAAATTCGTCGACGATCCTCCCACCGGACTTGAGAAAG
CCGTCATTCCTCCCGGCAAAGGCGTCCGATCTGCCCTCGGTCTTAAAGAACAAGGTCCAT
TGTTTGGGTTCACGAAGGCAAACGAGTTGTTCGTAG*AAGATTGGCACAGTTGGGAATAG
CATTTTCATTGATAGGAGA

QA 3 681 3 681
DS 

RD RR3D648JQ 681 0 0
AGAACGAGCTCTTTGTGGGTCGTGTTGCTATGATCGGTTTTGCTGCATCGTTGCTGGGTG
AGGCGTTGACAGGGAAAGGTATATTAGCACAGTTGAATCTGGAGACAGGGATACCGATTT
ACGAAGCAGAGCCATTGCTTCTCTTCTTCATATTGTTCACTCTGTTGGGTGCTATCGGAG
CTCTTGGGGACAGAGGAAAATTCGTCGACGATCCTCCCACCGGACTTGAGAAAGCCGTCA
TTCCTCCCGGCAAAGGCATCCGATCTGCCCTCGGTCTTAAAGAACAAGGTCCATTGTTTG
GGTTCACGAAGGCAAACGAGTTGTTCGTAGGAAGATTGGCACAGTTGGGAATAGCATTTT
CATTGATAGGAGAGATTATAACCGGGAAAGGAGCATTGGCTCAACTCAACATTGAGACTG
GTATTCCAATTCAAGATATCGAACCCCTCGTCCTCTTAAACGTTGCTTTCTTTTTCTTTG
CAGCCATTAATCCTGGTAATGGAAAGTTCATTACTGATGATGGTGAAGAAAGCTAAACTA
TTTATGTACTTAAAATTTGTAGTTTGTGAACCCTCTTCATGTTGAGACAAAAGGAAATGG
GCAGCTTAAACTGTTGTAATTCTTAAATCCTCTTGTTTTAACTTGAGTTTTCAGATTATA
TATAGCTCCATAAATGATTTG

QA 1 681 1 681
DS 



AS 2 4

CO CL3007Contig1 699 2 3 U
GGATGATCCTGATTGTAATGACGAGGAATGTGCTCCCGACAAAGAGGTTGGGACAGTGAG
TATGGAATGGTTGGCTGGAGAGAAGACGAAAGTGGTGGGAACGTTTCCACCTCGGAAACG
TGGCTGGACTGGCTATGTTGAGAAAGATACTGCCGGTCAGACTAATGTTTACTCTATTGA
GCCTGCAGTATATGTTGCAGAGAGTGCCGTAAGCTCAGGTACTGCAGGGTCTTCGTCTGA
TGGGGCTGAGAACACAGCAGCAATCGTAGGAGGCCTTGCCCTTATCGCAATCGCTGCTGC
GTCCTCTATACTCCTCCAAGTCGGCAAAGATGCCCCCGGCTCGACCTAAACCAGTGGATT
ACAGTGGACCGTCTCTTAGCTACTACATCAACAAGTTCAAGCCTTCACAAGTTGTTCAAG
CCTCTTCACCCGCCCCTCACCGAAGCTCCCACCGGTGGCTCAGGAAGAAACTTCATTTGC
CCGAAACTACGGCCCAGTGAGGCTCAGCCAGAGGAGGCGTCTTCTGTTCCGGCAACAAGT
AGCACCTCTTTAAGGGGTTCTTATTAGCCTAGGGAGGGATTCAACATATGTTGTGTAAAG
ATGAAATGAAGCCTATACCAAGATCCATGCGTCTTGTTAATATTCGGATATAACTATTAT
GTATACTTTTTCCCCTCTATGAGTTGGTGTTATAATTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AH78JQ C 1
AF RR3AH78TF U 204
BS 1 203 RR3AH78JQ
BS 204 697 RR3AH78TF
BS 698 699 RR3AH78JQ

RD RR3AH78JQ 699 0 0
GGATGATCCTGATTGTAATGACGAGGAATGTGCTCCCGACAAAGAGGTTGGGACAGTGAG
TATGGAATGGTTGGCTGGAGAGAAGACGAAAGTGGTGGGAACGTTTCCACCTCGGAAACG
TGGCTGGACTGGCTATGTTGAGAAAGATACTGCCGGTCAGACTAATGTTTACTCTATTGA
GCCTGCAGTATATGTTGCAGAGAGTGCCGTAAGCTCAGGTACTGCAGGGTCTTCGTCTGA
TGGGGCTGAGAACACAGCAGCAATCGTAGGAGGCCTTGCCCTTATCGCAATCGCTGCTGC
GTCCTCTATACTCCTCCAAGTCGGCAAAGATGCCCC*GGCTCGACCTAAACCAGTGGATT
ACAGTGGACCGTCTCTTAGCTACTACATCAACAAGTTCAAGCCTTCACAAGTTGTTCAAG
CCTCTTCACCCGCCC*TCACCGAAGCTCC*ACCGGTGGCTCAGGAAGAAACTTCATT*GC
CCGAAACTACGGCC*AGTGAGGCTCAGCCAGAGGAGGCGTCTTCTGTTCCGGCAACAAGT
AGCACCTCTT*AAGGGGTTCTTATTAGCCTAGGGAGGGATTCAACATATGTTGTGTAAAG
ATGAAATGAAGCCTATACCAAGATCCATGCGTCTTGTTAATATTCGGATATAACTATTAT
GTATACTTTTTCCCCTCTATGAGTTGGTGTTATAATTGG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3AH78TF 496 0 0
GTGCCGTAAGCTCAGGTACTGCAGGGTCTTCGTCTGATGGGGCTGAGAACACAGCAGCAA
TCGTAGGAGGCCTTGCCCTTATCGCAATCGCTGCTGCGTCCTCTATACTCCTCCAAGTCG
GCAAAGATGCCCCCGGCTCGACCTAAACCAGTGGATTACAGTGGACCGTCTCTTAGCTAC
TACATCAACAAGTTCAAGCCTTCACAAGTTGTTCAAGCCTCTTCACCCGCCCCTCACCGA
AGCTCCCACCGGTGGCTCAGGAAGAAACTTCATTTGCCCGAAACTACGGCCCAGTGAGGC
TCAGCCAGAGGAGGCGTCTTCTGTTCCGGCAACAAGTAGCACCTCTTTAAGGGGTTCTTA
TTAGCCTAGGGAGGGATTCAACATATGTTGTGTAAAGATGAAATGAAGCCTATACCAAGA
TCCATGCGTCTTGTTAATATTCGGATATAACTATTATGTATACTTTTTCCCCTCTATGAG
TTGGTGTTATAATT
GG

QA 1 494 1 494
DS 



CO CL3007Contig2 875 2 2 U
TTTTTTTTATCAAACCTGAAATCTCCTCGAATCTTGTCCAACCATGATGTCTTGCGCTTC
CAATGTCTTGCTATCCCCAAACGGCTGCGTTTTGGCATCACCTAAGCCTCTTGGCAGATT
CCTCAGCGCCAGGTCGGTAGGACGGAAGCTTTTCGTATCCGTCGTCAGAGCTTCTTCCGA
TGATCCTGATTGTAATGACGAGGAATGTGCTCCTGACAAAGAGGTTGGGACAGTGAGTAT
GGAATGGTTGGCTGGAGAGAAGACAAAAGTGGTGGGAACGTTTCCACCTCGGAAGCGTGG
TTGGACTGGTTATGTTGAGAAAGATACTGCCGGTCAGACTAATGTTTACTCTATTGAGCC
TGCAGTATATGTTGCAGAGAGTGCCATAAGCTCAGGTACTGCAGGATCTTCGTCTGATGG
GGCTGAGAACACAGCAGCAATCGTTGGAGGCCTTGCCCTTATCGCAATCGCTGCTGCGTC
CTCTATACTCCTCCAAGTCGGAAAAGATGCCCCGGCTCGACCTAAACCAGTGGATTACAG
TGGACCCTCTCTTAGCTACTACATCAACAAGTTCAAGCCTTCACAAGTTGTTCAAGCCTC
TTCACCCGCCCTCACCGAAGCTCCACCCGTGTCTCAGGAAGAAACTTCACTGCCCGAAAC
CACAGCCAGTGAGGCTCAGACAGAGGAGGCATCTCCTGTTCCGGCCACAAGTAGCACCTC
TTAAGGGGTTATTAGCCTAGGGAGAGGGATTCAACATACTGTATGTTGTGTAAAGATGAA
ATGAAAGCCTATACCAAGATCCATGCGTCTTGTTAATATTCGGATATAACTATTATGTAT
ACTTTTTTCCCTCTATGAGTTGGTGTTATAATTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CY70TF U 1
AF RR3CY70JQ C 112
BS 1 624 RR3CY70TF
BS 625 875 RR3CY70JQ

RD RR3CY70TF 633 0 0
TTTTTTTTATCAAACCTGAAATCTCCTCGAATCTTGTCCAACCATGATGTCTTGCGCTTC
CAATGTCTTGCTATCCCCAAACGGCTGCGTTTTGGCATCACCTAAGCCTCTTGGCAGATT
CCTCAGCGCCAGGTCGGTAGGACGGAAGCTTTTCGTATCCGTCGTCAGAGCTTCTTCCGA
TGATCCTGATTGTAATGACGAGGAATGTGCTCCTGACAAAGAGGTTGGGACAGTGAGTAT
GGAATGGTTGGCTGGAGAGAAGACAAAAGTGGTGGGAACGTTTCCACCTCGGAAGCGTGG
TTGGACTGGTTATGTTGAGAAAGATACTGCCGGTCAGACTAATGTTTACTCTATTGAGCC
TGCAGTATATGTTGCAGAGAGTGCCATAAGCTCAGGTACTGCAGGATCTTCGTCTGATGG
GGCTGAGAACACAGCAGCAATCGTTGGAGGCCTTGCCCTTATCGCAATCGCTGCTGCGTC
CTCTATACTCCTCCAAGTCGGAAAAGATGCCCCGGCTCGACCTAAACCAGTGGATTACAG
TGGACCCTCTCTTAGCTACTACATCAACAAGTTCAAGCCTTCACAAGTTGTTCAAGCCTC
TTCACCCGCCCTCACCGAAGCTCC
ACCCGTGTC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3CY70JQ 764 0 0
CTGGCAGA
TCCTCAGCGCCAGGTCGGTAGGACGGAAGCTTTTCGTATCCGTCGTCAGAGCTTCTTCCG
ATGATCCTGATTGTAATGACGAGGAATGTGCTCCTGACAAAGAGGTTGGGACAGTGAGTA
TGGAATGGTTGGCTGGAGAGAAGACAAAAGTGGTGGGAACGTTTCCACCTCGGAAGCGTG
GTTGGACTGGTTATGTTGAGAAAGATACTGCCGGTCAGACTAATGTTTACTCTATTGAGC
CTGCAGTATATGTTGCAGAGAGTGCCATAAGCTCAGGTACTGCAGGATCTTCGTCTGATG
GGGCTGAGAACACAGCAGCAATCGTTGGAGGCCTTGCCCTTATCGCAATCGCTGCTGCGT
CCTCTATACTCCTCCAAGTCGGAAAAGATGCCCCGGCTCGACCTAAACCAGTGGATTACA
GTGGACCCTCTCTTAGCTACTACATCAACAAGTTCAAGCCTTCACAAGTTGTTCAAGCCT
CTTCACCCGCCCTCACCGAAGCTCCACCCGTGTCTCAGGAAGAAACTTCACTGCCCGAAA
CCACAGCCAGTGAGGCTCAGACAGAGGAGGCATCTCCTGTTCCGGCCACAAGTAGCACCT
CTTAAGGGGTTATTAGCCTAGGGAGAGGGATTCAACATACTGTATGTTGTGTAAAGATGA
AATGAAAGCCTATACCAAGATCCATGCGTCTTGTTAATATTCGGATATAACTATTATGTA
TACTTTTTTCCCTCTATGAGTTGGTGTTATAATTCG

QA 9 764 9 764
DS 



AS 1 2

CO CL3008Contig1 1178 2 2 U
GGACACATTTTGACATAATTTCGATCCATAGAATGGCTTCTTCGTCTCCCTCTCCTACGG
CGATGCAAGAAGGAGACTACGCGAACTGGGCGGAGCTTCCGCCGGAGTTGACGTCATCGA
TTCTCCACCGGCTCGGCGCGATCGAGATAGTGGAAACCGCTCAGAAAGTGTGCAGATCGT
GGCGTCGCGTCTGTAAAGACCCTTCGATGTGGCGCGAAATCGACATGAGTAACCTCGGAG
ACTGTGAAGACAAGTACTACGAGAAATTGTGCCGTCACGCAGTTGATCTTAGCCGTGGCG
AGTTGGCTGAGATCAATCTCTGCCACTTCGCTACTGATTCTCTCCTCAATTACATCGCCG
ATAGTTCAAGTGACCTGAGAAGCCTTAAAGTTGCAATGTGCTATGAAATAACAAGCGAGG
GACTTACGGAAGCAGTTGCGAAACTTCCCTTGCTTGAAGTACTCGAGGTTTCATACTGCT
CCGTATCAGGAGAGTCTCTTAAAGTTGTAGGCCAGTCTTGTCCGAATCTCAAGACTCTGA
AGAAAAACTGCGTGGGTTACAAGCGTCCTCGAGATGAATGTGATGATGTTGCGCTGGCGA
TCGCTGAAACTATGCCCGGACTTTGCCACCTCCAGCTTTTCGGGGACAGGTTAACAGACG
TTGGGTTAAACGCCGTTCTTGAGGGTTGTCCTAACCTGGAACATCTTGATCTGCGCCAGT
GTTTCAACGTTAACCTTGTTGGGGATCTGGAGAAGCGGTGTCTCGAGAGGATTAAAGTTG
TGAGACGCCCTAATGACTCGGTTCATGATTACCCATTCGATGCTACGGTTAATGACGTGT
GTTCATCCGACGATGACGACCTTTATGGTTTATCTGATGTTGATATAATGTCAGAAGATG
AGTTTTACTATGATGACCTCTCAGATGCTAGTGACAATTCTGACTTTGACCCGTACTATT
ATTATTAGCATGATCTGTGTTTCTAAACCGTTTTCAAACTCGTTAATGGCCCTCCTTTAA
GCATATGCTTTTACTTTCGTTGGACTTCATGTGTCCTTGTGTAATGTGTGTGTGTGAGCT
TTAGCAGTATTTTCTATATGCCTTTGTCTTTCTGGAAGGTCAAAATGATGTGTTAGTTTC
ATCTTCCCTTGACTAAATAAGTTAAGAGTTTATTTTGC


BQ
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AF RR3FC76TF U 1
AF RR3FC76JQ C 452
BS 1 646 RR3FC76TF
BS 647 1178 RR3FC76JQ

RD RR3FC76TF 646 0 0
GGACACATTTTGACATAATTTCGATCCATAGAATGGCTTCTTCGTCTCCCTCTCCTACGG
CGATGCAAGAAGGAGACTACGCGAACTGGGCGGAGCTTCCGCCGGAGTTGACGTCATCGA
TTCTCCACCGGCTCGGCGCGATCGAGATAGTGGAAACCGCTCAGAAAGTGTGCAGATCGT
GGCGTCGCGTCTGTAAAGACCCTTCGATGTGGCGCGAAATCGACATGAGTAACCTCGGAG
ACTGTGAAGACAAGTACTACGAGAAATTGTGCCGTCACGCAGTTGATCTTAGCCGTGGCG
AGTTGGCTGAGATCAATCTCTGCCACTTCGCTACTGATTCTCTCCTCAATTACATCGCCG
ATAGTTCAAGTGACCTGAGAAGCCTTAAAGTTGCAATGTGCTATGAAATAACAAGCGAGG
GACTTACGGAAGCAGTTGCGAAACTTCCCTTGCTTGAAGTACTCGAGGTTTCATACTGCT
CCGTATCAGGAGAGTCTCTTAAAGTTGTAGGCCAGTCTTGTCCGAATCTCAAGACTCTGA
AGAAAAACTGCGTGGGTTACAAGCGTCCTCGAGATGAATGTGATGATGTTGCGCTGGCGA
TCGCTGAAACTATGCCCGGACTTTGCCACCTCCAGCTTTTCGGGGA

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3FC76JQ 727 0 0
GCTTGAAGTACTCGAGGTTTCATACTGCTCCGTATCAGGAGAGTCTCTTAAAGTTGTAGG
CCAGTCTTGTCCGAATCTCAAGACTCTGAAGAAAAACTGCGTGGGTTACAAGCGTCCTCG
AGATGAATGTGATGATGTTGCGCTGGCGATCGCTGAAACTATGCCCGGACTTTGCCACCT
CCAGCTTTTCGGGGACAGGTTAACAGACGTTGGGTTAAACGCCGTTCTTGAGGGTTGTCC
TAACCTGGAACATCTTGATCTGCGCCAGTGTTTCAACGTTAACCTTGTTGGGGATCTGGA
GAAGCGGTGTCTCGAGAGGATTAAAGTTGTGAGACGCCCTAATGACTCGGTTCATGATTA
CCCATTCGATGCTACGGTTAATGACGTGTGTTCATCCGACGATGACGACCTTTATGGTTT
ATCTGATGTTGATATAATGTCAGAAGATGAGTTTTACTATGATGACCTCTCAGATGCTAG
TGACAATTCTGACTTTGACCCGTACTATTATTATTAGCATGATCTGTGTTTCTAAACCGT
TTTCAAACTCGTTAATGGCCCTCCTTTAAGCATATGCTTTTACTTTCGTTGGACTTCATG
TGTCCTTGTGTAATGTGTGTGTGTGAGCTTTAGCAGTATTTTCTATATGCCTTTGTCTTT
CTGGAAGGTCAAAATGATGTGTTAGTTTCATCTTCCCTTGACTAAATAAGTTAAGAGTTT
ATTTTGC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 4

CO CL3009Contig1 595 4 9 U
CACCATAAAAACACCACCATTACAACTCAAATCCAGATACATTACATAATCAAACTTTAT
TCTTATAGTTTGCCTTCCCAATTCATTACATAACTGAACCCTATTCTTATAGTTTTCATT
CCCAATTCATCATGTTCTTCGCTACATAACAAAAATTCAAGGAACATCCATAAATTACAG
ACGCGCACCCCACGGTACTTGTACTTATAAACACAGATAAATGTACATATGGTGGTGGTT
AATACATGATCCACTTTTAGTGGCCGGGCTGTGTCTGAACAGGTTCTCCGGCATAAGAAC
AACACCTATAGCAGATGCCACCTTTTTTTGGAGCAGCAGTCATGGCCACATAAACCTCCG
CCACCTCCTTCTATGTTGTAGCCTCCATGGCCGCCGTGACCACCACCATATTGATCATGT
TCCACAGTTTCCTCACTCCCTGAGTTCACTGTACCTGACCGCAATTCAGATGCTGCGGCA
ACTTCTGACAGGACGAAAATAAGTGCAAAGAGACCCACCAAAACCAAAGACTTGGAAGCC
ATTTTCTTCAAGAGTGAATAATGTTTTGTTGAATGGAGAAACAGTTGATGAATCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 

AF RR3F938JQ U 1
AF RR3GV89TF C 2
AF RR3F674JQ U 95
AF RR3F674TF C 95
BS 1 100 RR3F938JQ
BS 101 101 RR3GV89TF
BS 102 328 RR3F938JQ
BS 329 329 RR3F674JQ
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BS 469 469 RR3F674JQ
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BS 591 591 RR3F674JQ
BS 592 595 RR3F938JQ

RD RR3F938JQ 595 0 0
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TCTTATAGTTTGCCTTCCCAATTCATTACATAACTGAACCTTATTCTTATAGTTTTCATT
CCCAATTCATCATGTTCTTCGCTACATAACAAAAATTCAAGGAACATCCATAAATTACAG
ACGCGCACCCCACGGTACTTGTACTTATAAACACAGATAAATGTACATATGGTGGTGGTT
AATACATGATCCACTTTTAGTGGCCGGGCTGTGTCTGAACAGGTTCTCCGGCATAAGAAC
AACACCTATAGCAGATGCCACCTTTTTT*GGAGCAGCAGTCATGGCCACATAAACCTCCG
CCACCTCCTTCTATGTTGTAGCCTCCATGGCCGCCGTGACCACCACCATATTGATCATGT
TCCACAGTTTCCTCACTCCCTGAGTTCACTGTACCTGACCGCAATTCAAATGCTGCGGCA
ACTTCTGACAGGACGAAAATAAGTGCAAAGAGACCCACCAAAACCAAAGACTTGGAAGCC
ATTTTCTTCAAGAGTGAATAATGTTTTGTTGAATGGAGAAACAGTTGATGGATCC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3GV89TF 594 0 0
G
CCATAAAAACACCACCATTACAACTCAAATCCAGATACATTACATAATCAAACTTTATTC
TTATAGTTTGCCTTCCCAATTCATTACATAACTGAACCCTATTCTTATAGTTTTCATTCC
CAATTCATCATGTTCTTCGCTACATAACAAAAATTCAAGGAACATCCATAAATTACAGAC
GCGCACCCCACGGTACTTGTACTTATAAACACAGATAAATGTACATATGGTGGTGGTTAA
TACACGATCCACTTTTAGTGGCCGGGCTGTGTCTGAACAGGTTCTCCGGCATAAGAACAA
CGCCTATAGCAGATGCCACCTTTTTT*GGAGCAGCAGTCATGGCCACATAAACCTCCGCC
ACCTCCTTCTATGTTGTAGCCTCCATGGCCGCCGTGACCACCACCATATTGATCATGTTC
CACAGTTTCCTCACTCCCTGAGTTCACTGCACCTGACCGCAATTCAGATGCTGCGGCAAC
TTCTGACAGGACGAAAATAAGTGCAAAGAGACCCACCAAAACCAAAGACTTGGAAGCCAT
TTTCTTCAAGAGTGAATAATGTTTTGTTGAATGGAGAAACAGTTGATGAATCC

QA 2 594 2 594
DS 

RD RR3F674JQ 501 0 0
CGGACCT
TATTCTTATAGTTTTCATTCCCAATTCATCATGTTCTTCGCTACATAACAAAAATTCAAG
GAACATCCATAAATTACAGACGCGCACCCCACGGTACTTGTACTTATAAACACAGATAAA
TGTACATATGGTGGTGGTTAATACATGATCCACTTTTAGTGGCCGGGCTGTGTCTGAACA
GGTTCTCCGGCATAAGAACAACACCTATAGCAGATGCCACCTTTTTTTGGAGCAGCAGTC
ATGGCCACATAAACCTCCGCCACCTCCTTCTATGTTGTAGCCTCCATGGCCGCCGTGACC
ACCACCATATTGATCATGTTCCACAGTTTCCTCACTCCCTGAGTTCACTGTACCTGACCG
CAATTCAGATGCTGCGGCAACTTCTGACAGGACGAAAATAAGTGCAAAGAGACCCACCAA
AACCAAGGACTTGGAAGCCATTTTCTTCAAGAGTGAATAATGTTTTGTTGAATGGAGAAA
CAGTTGATGAATCC

QA 8 501 8 501
DS 

RD RR3F674TF 501 0 0
CGGACCT
TATTCTTATAGTTTTCATTCCCAATTCATCATGTTCTTCGCTACATAACAAAAATTCAAG
GAACATCCATAAATTACAGACGCGCACCCCACGGTACTTGTACTTATAAACACAGATAAA
TGTACATATGGTGGTGGTTAATACATGATCCACTTTTAGTGGCCGGGCTGTGTCTGAACA
GGTTCTCCGGCATAAGAACAACACCTATAGCAGATGCCACCTTTTTTTGGAGCAGCAGTC
ATGGCCACATAAACCTCCGCCACCTCCTTCTATGTTGTAGCCTCCATGGCCGCCGTGACC
ACCACCATATTGATCATGTTCCACAGTTTCCTCACTCCCTGAGTTCACTGTACCTGACCG
CAATTCAGATGCTGCGGCAACTTCTGACAGGACGAAAATAAGTGCAAAGAGACCCACCAA
AACCAAGGACTTGGAAGCCATTTTCTTCAAGAGTGAATAATGTTTTGTTGAATGGAGAAA
CAGTTGATGAATCC

QA 8 501 8 501
DS 



AS 1 3

CO CL3010Contig1 1148 3 8 U
TACCTTTCGCTACAACAAACATGGATTCTGCTATGCTTGCTATGGATCTGGGATGGATGG
GGCCAAACTATTCTATTTCGACTGCTTGTGCAACAAGCAACTTTTGCATTTTGAATTCTG
CAAACCACATTATCAGAGGGGAAGCTGATGTAATGCTCTGTGGTGGCTCAGATGCAGTGA
TTATTCCAATAGGGCTGGGAGGTTTTGTTGCATGCCGGGCTCTTTCACAAAGGAATAATG
ATCCCACAAAAGCTTCACGTCCTTGGGATAGCAACCGAGATGGTTTCGTGATGGGAGAAG
GAGCTGGAGTTCTGCTTTTGGAAGAACTTGAGCATGCTAAGAAAAGAGGAGCAACAATCT
ACGCAGAGTTCCTTGGTGGGAGTTTCACATGTGATGCATACCACATGACCGAGCCTCGCC
CTGATGGGGCTGGTGTCATTCTCTGTATCGAGAGAGCATTAGCTGATGCTGGAATTTCAA
AGGAGCAGATAAACTACATAAATGCACATGCAACCTCAACCCCTGCTGGTGACCTTAAAG
AATACCAAGCCCTTGCTCACTGCTTTGGTCAAAACCCTGAGCTAAAAGTAAATTCCACAA
AATCTACGATCGGACACTTGCTGGGAGCTGCTGGGGCCGTAGAAGCTGTCGCAACCGTGC
AGGCAATAAGGACAGGATGGGTTCATCCAAACATCAACCTCGAGAATCCAGACAATGGAG
TGGATACAAGTTTGTTGGTGGGTCCTAAAAAGGAGAGATTGAACATTAAAGCAGCCCTGT
CAAATTCATTTGGGTTTGGTGGCCATAACTCCAGCATCATTTTTGTTCCATACAAGTGAA
AGCTATATTCGTTTTCTTGTACTCCAGAACTGTGTTTACAAGAACTCATCCCCAGGTTAT
TTTGTGGTGGGAATCGACACCAGTTTGTTTAAACTACCAAGAGCTAAGCTAAGTTTTTTA
GGATCAAGATCTTATGTGCCATAGAGCTTGGATTGGAGCAAACGTAGCAGAGTTTGGATT
TTCCATGAAAATTCTGTTCATTGTGATATGTTTTTTTTTTAAATATGTTTCAGACTCAGA
TTCTCAAAACAAAGTTAAAACTATTACTTGTTGTCCTAATCAACTACATACCTGGTGAGA
GTTAGCCG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GJ60TF U 1
AF RR3GV06TF U 1
AF RR3GV06JQ C 538
BS 1 194 RR3GJ60TF
BS 195 195 RR3GV06TF
BS 196 413 RR3GJ60TF
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BS 608 659 RR3GJ60TF
BS 660 1148 RR3GV06JQ

RD RR3GJ60TF 665 0 0
TACCTTTCGCTACAACAAACATGGATTCTGCTATGCTTGCTATGGATCTGGGATGGATGG
GGCCAAACTATTCTATTTCGACTGCTTGTGCAACAAGCAACTTTTGCATTTTGAATTCTG
CAAACCACATTATCAGAGGGGAAGCTGATGTAATGCTCTGTGGTGGCTCAGATGCAGTGA
TTATTCCAATAGGGTTGGGAGGTTTTGTTGCATGCCGGGCTCTTTCACAAAGGAATAATG
ATCCCACAAAAGCTTCACGTCCTTGGGATAGCAACCGAGATGGTTTCGTGATGGGAGAAG
GAGCTGGAGTTCTGCTTTTGGAAGAACTTGAGCATGCTAAGAAAAGAGGAGCAACAATCT
ACGCAGAGTTCCTTGGTGGGAGTTTCACATGTGATGCATACCACATGACCGAGTCTCGCC
CTGATGGGGCTGGTGTCATTCTCTGTATCGAGAGAGCATTAGCTGATGCTGGAATTTCAA
AGGAGCAGATAAACTACATAAATGCACATGCAACCTCAACCCCTGCTGGTGACCTTAAAG
AATACCAAGCCCTTGCTCACTGCTTTGGTCAAAACCCTGAGCTAAAAGTAAATTCCACAA
AATCTATGATCGGACACTTGCTGGGAGCTGCTGGGGCCGTAGAAGCTGTCGCAACCGTG
CAGCAA

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3GV06TF 659 0 0
G
ACCTTTCGCTACAACAAACATGGGTTCTGCTATGCTTGCTATGGATCTGGGATGGATGGG
GCCAAACTATTCTATTTCGACTGCTTGTGCAACAAGCAACTTTTGCATTTTGAATTCTGC
AAACCACATTATCAGAGGGGAAGCTGATGTAATGCTCTGTGGTGGCTCAGATGCAGTGAT
TATTCCAATAGGGCTGGGAGGTTTTGTTGCATGCCGGGCTCTTTCACAAAGGAATAATGA
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TGATGGGGCTGGTGTCATTCTCTGTATCGAGAGAGCATTAGCTGATGCTGGAATTTCAAA
GGAGCAGATAAACTACATAA*TGCACATGCAACCTCAACCCCTGCTGGTGACCTTAAAGA
ATACCAAGCCCTTGCTCACTGCTTTGGTCAAAACCCTGAGCTAAAAGTAAATTCCACAAA
ATCTACGATCGGACACTTGCTGGGAGCTGCTGGGGCCGTAGAAGCTGTCGCAACCGTG

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DS 

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CAAAATCTACGATCGGACACTTGCTGGGAGCTGCTGGGGCCGTAGAAGCTGTCGCAACCG
TGCAGGCAATAAGGACAGGATGGGTTCATCCAAACATCAACCTCGAGAATCCAGACAATG
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TGTCAAATTCATTTGGGTTTGGTGGCCATAACTCCAGCATCATTTTTGTTCCATACAAGT
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AGATTCTCAAAACAAAGTTAAAACTATTACTTGTTGTCCTAATCAACTACATACCTGGTG
AGAGTTAGCCG

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 4

CO CL3011Contig1 1589 4 10 U
GGAAGCCAAACGACTCATTTAAGAGGAAGAGTCACCGACACTAAATACAACAACAAAAAA
AAAAACTTTCTTTTGAGAAAATACAATAATCTTCTTGTCTTCACATATAGTACAATCTCA
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TCTGGTCTCTTGTCAACAATATGCGAAGAAAGCTTCATCTCTCTAACTTGCTGAGCACGT
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TGCGGACACGACCATCTAACCGGAGTATGATGTACACATCCTCCCCAGGGACAACACCTT
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AATCTTCCCCAATGGAAGGAAGAAACGTAGCAGCAGCCTTTGAAGAAGCTCCAAACCCTC
TTTTCTTCTCCACTTCCTGTGTTTTACGTTCACCCCATACGACAGGAACTAAGAGAACAC
CTCTTCTCAGGAGCTCTGTTCTGAACCTATCTGCCTTTTGCATTGCGACTGTCACTGTCT
CTTTCTTTCCCGCTAGTATAACGGGTCGAACTGTATCCCTAAGCTGCACAAGTTCAACAA
CACGGTTTGTTGACAGACGTAGAGGCAACCGAGAAAGAGTTTCGTCTCGAGTTATCTGAA
CCATTTGTTCTTCCCCTTTCTTGTTTTCCCATATGAACAACGCAACCAGAACAACAATAC
CTCCAATGTTAATTGCAGCATTCCCCGTAGTTTCAAGAAGATCAGGAGCTCCATCACCGC
CTCCAACCGCCTGAATCAGTCTTGGTATGGTAAAGAGGGTTGAGATACCTGCTGCTGCTG
AAAATGCAAAGTAGAAGAACTTTCTAAAGCCGCGGAAGGGTGCTCGTACTTCGCTGATGA
GTTTCAGGTCTCTTCTGAAACTATCTCCAATGTCTTCTCCTCCTAACCTAGCCTCTTCTT
GGAGCAGCTTAAACTCGGGTAATGCACGAAAGGAAGCTAAGTCAGGATCATTAAGGATGG
TGGCAAACTTGAGATTATAATCTCTAAAAGCGACTCTCAAGCAATCAGCAGCCTTGTTTC
CTTCCCCTCGGTAAGCATGACAACAAGCTTTGTTATAGTAAGCAGCTTGGGACTCTATAG
GATTTGGATCTAAACTCAGTGCTGTTTCAAACTGAACAATTGCATCTTTCACCCGTCCTC
TCTTAAAGAGATCGAGGCCAGTGTTGACGCAAGACTCCGCCGTGAGAGCATCCGTCGGAG
AAGACGACGGAGACGGAGAGGAAGCGAAAACACGGAGATGTGAATCCCAATTCCGGCGAG
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AGAACGAACTCGAGACGCGGCGGAGGAGATGGCGGTTGAGCGACGGAGCCGTAGCCACAG
CCATTCAATTTCTTCTCCGCTTCCCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FV56JQ U 1
AF RR3DM42JQ U 58
AF RR3GZ70TF C 703
AF RR3DM42TF C 953
BS 1 435 RR3FV56JQ
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BS 437 480 RR3FV56JQ
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BS 482 744 RR3FV56JQ
BS 745 877 RR3DM42JQ
BS 878 1428 RR3GZ70TF
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BS 1442 1589 RR3DM42TF

RD RR3FV56JQ 744 0 0
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AAAAACTTTCTTTTGAGAAAATACAATAATCTTCTTGTCTTCACATATAGTACAATCTCA
TGGAATTTGTGTACACAATACAAACAACGCAGAAATTTTCTTCTCCTATGAGTAACTCTC
TCTGGTCTCTTGTCAACAATATGCGAAGAAAGCTTCATCTCTCTAACTTGCTGAGCACGT
CATCCATGGGCGGCAACTCATTTGAGATCTCAGCCCAATCAGGCATCCCTTTACCCGATC
TGCGGACACGACCATCTAACCGGAGTATGATGTACACATCCTCCCCAGGGACAACACCTT
CAGCTATTTGTTGATCTCTTATCCACCTTTCCCATTCACCAGGCGAGACAATCTCGGACT
TGAACCTGATTTCACTTTTCAGCTTTGACTGAGCAACTACCGATTGAGCCCGTGTATCAA
GATCTTCCCCAATGGAAGGAAGAAACGTAGCAGCAGCCTTTGAAGAAGCTCCAAACCCTC
TTTTCTTCTCCACTTCCTGTGTTTTACGTTCACCCCATACGACAGGAACTAAGAGAACAC
CTCTTCTCAGGAGCTCTGTTCTGAACCTATCTGCCTTTTGCATTGCGACTGTCACTGTCT
CTTTCTTTCCCGCTAGTATAACGGGTCGAACTGTATCCCTAAGCTGCACAAGTTCAACAA
CACGGTTTGTTGACAGACGTAGAG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3DM42JQ 820 0 0
AAAAAAAACTTTCTTTTGAGAAAATACAATAATCTTCTTGTCTTCACATATAGTACAATC
TCATGGAATTTGTGTACACAATACAAACAACGCAGAGATTTTCTTCTCCTATGAGTAACT
CTCTCTGGTCTCTTGTCAACAATATGCGAAGAAAGCTTCATCTCTCTAACTTGCTGAGCA
CGTCATCCATGGGCGGCAACTCATTTGAGATCTCAGCCCAATCTGGCATCCCTTTACCCG
ATCTGCGGACACGACCATCTAACCGGAGTATGATGTACACATCCTCCCCAGGGACAACAC
CTTCAGCTATTTGTTGATCTCTTATCCACCTTTCCCATTCACCAGGCGAGACAATCTCGG
ACTTGAACCTTATTTCAGATTTCAGCTTTGA**GAGCAACTACCGATTGAGCCCGTGTAT
CAAAATCTTCCCCAATGGAAGGAAGAGACGTAGCAGCAGCCTTTGAAGAAGCTCCAAACC
CTCTTTTCTTCTCCACTTCCTGTGTTTTACGTTCACCCCATACGACAGGAACTAAGAGAA
CACCTCTTCTCAGGAGCTCTGTTCTGAACCTATCTGCCTTTTGCATTGCGACTGTCACTG
TCTCTTTCTTTCCCGCTAGTATAACGGGTCGAACTGTATCCCTAAGCTGCACAAGTTCAA
CAACACGGTTTGTTGACAGACGTAGAGGCAACCGAGAAAGAGTTTCGTCTCGAGTTATCT
GAACCATTTGTTCTTCCCCTTTCTTGTTTTCCCATATGAACAACGCAACCAGAACAACAA
TACCTCCAATGTTAATTGCAGCATTCCCCGTAGTTTCAAG

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3GZ70TF 740 0 0
GCTGCACAAGCTCAACAACACGGTTTGTTGACAGACGTAGAGGCAACCGAGAAAGAGTTT
CGTCTCGAGTTATCTGAACCATTTGTTCTTCCTCTTTCTTGTTTTCCCATATGAACAACG
CAACCAGAACAACAATACCTCCAATGTTAATTGCAGCATTCCCCGTAGTTTCAAGAAGAT
CAGGAGCTCCATCACCGCCTCCAACCGCCTGAATCAGTCTTGGTATGGTAAAGAGGGTTG
AGATACCTGCTGCTGCTGAAAATGCAAAGTAGAAGAACTTTCTAAAGCCGCGGAAGGGTG
CTCGTACTTCGCTGATGAGTTTCAGGTCTCTTCTGAAACTATCTCCAATGTCTTCTCCTC
CTAACCTAGCCTCTTCTTGGAGCAGCTTAAACTCGGGTAATGCACGAAAGGAAGCTAAGT
CAGGATCATTAAGGATGGTGGCAAACTTGAGATTATAATCTCTAAAAGCGACTCTCAAGC
AATCAGCAGCCTTGTTTCCTTCCCCTCGGTAAGCATGACAACAAGCTTTGTTATAGTAAG
CAGCTTGGGACTCTATAGGATTTGGATCTAAACTCAGTGCTGTTTCAAACTGAACAATTG
CATCTTTCACCCGTCCTCTCTTAAAGAGATCGAGGCCAGTGTTGACGCAAGACTCCGCCG
TGAGAGCATCCGTCGGAGAAGACGACGGAGACGGAGAGGAAGCGAAAACACGGAGATGTG
AATCCCGATTCCGGCGAGA
C

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3DM42TF 637 0 0
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GCTGATGAGTTTCAGGTCTCTTCTGAAACTATCTCCAATGTCTTCTCCTCCTAACCTAGC
CTCTTCTTGGAGCAGCTTAAACTCGGGTAATGCACGAAAGGAAGCTAAGTCAGGATCATT
AAGGATGGTGGCAAACTTGAGATTATAATCTCTCAAAGCGACTCTCAAGCAATCAGCAGC
CTTGTTTCCTTCCCCTCGGTAAGCATGACAACAAGCTTTGTTATAGTAAGCAGCTTGGGA
CTCTATAGGATTTGGATCTAAACTCAGTGCTGTTTCAAACTGAACAATTGCATCTTTCAC
CCGTCCTCTCTTAAAGAGATCGAGGCCAGTGTTGACGCAAGACTCCGCCGTGAGAGCATC
CGTCGGAGAAGACGACGGAGACGGAGAGGAAGCGAAAACACGGAGATGTGAATCCCAATT
CCGGCGAGAATTGAAAAGATTCGAGTCCCCTGCTGGTAGAAGCCACATCCGTCGTTTTTT
CACTTTAGAGAACGAACTCGAGACGCGGCGGAGGAGATGGCGGTTGAGCGACGGAGCCGT
AGCCACAGCCATTCAATTTCTTCTCCGCTTCCCCCCC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 4

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AAACAAACAATAGGATCAAGACCATCCTATGAATTATTAGCAATAAAAAAAGAGTCTCAA
ACCGAAATTAACCGAAACATGAAGAAACAAAAGAACATATGCAACAACTTCAAAAGAAAG
CTTAGCCGAGGATGGTGGTTTCAGCTATCATGGAGGTAACAAGATAAGGATCCATATTAG
ACGAAGGCCTTCGATCTTCAAAATAACCTTTCCCTTCCTTCTCCGTATCTCTTCCCACCC
TCACCGATGCTCCACGATCCGCCACTCCCCAAGAGAACTTGTTGATGTCTGCGGTTTCAT
GCTTCCCAGTGAGACGCCTCTCATTGCCTTCACCATAAGCAGCAATGTGTTGTTTATGCT
TTACTTCAAGCTTCCCTATTGCTTTCTTGATCAAGTCTAATCCTCCTTCTTTCCTCATTG
ATTTTGTACTGAAGTTTGTATGAGCAGCTGCTCCGTTCCAATCACCCTCGATTGGTTTGG
GATCAAATGAGACAATCACGCCGCATATCTCAGTAATCCTCTCGAGTATGTAGCGAGCAA
CCCATAACTGATCACCTGCACCAATACCAACAGTAGGGCTGATCTGAAACTCCCACTGTC
CAGGCATGACTTCACCATTGGCACCACCTATGCTTAAACCAGCGTAAAGACAAGCTTTGT
AGTGACCATCCACAATGTCACGACCAAAGGCTTTATCTGCACCCACCGCACAATAGTACG
GTCCCTGAGGACCAGGAAAGCCACCAATGGGCCAACCTAATGGCAACTTGACGTCTTTCT
TAAGTAATGTGTATTCTTGCTCTATCCCAAACCAAGGCTCTTCAGCCTTCACATTGGGAT
GATCGAAGATTTTCACGGCTTTGTGCCTATTGTTGGTTGGGATTGGATCTCCTTTCGGTG
TGTAGGCATCACACATCACGAGAATGTTATTCCCTTTCCTGAATGGGTCTTTAAAAATGG
CCTGAGGATATAGAATGACTTCACTGTCATCTCCGGCGGCTTGATTGGTGCTGGATCCAT
CGTAGTTCCATTTCGGAAGCTTTGATGGATCACTTACTGGTCCTGGTAATGTTCCGCCTT
TGCTTCTAATGTCCATTCCAGACCCACCTATCCATATGTATTCAGCGATGATTTGCTTGG
TGTCGAGATTGAGGTTAAGGAGATCTGAGAGTGGAGACATTTTTTTTCTTTCCATCGAGC
TGAAAAAGAAGATGATCGAGTTATAATAACCAGCCTGTGGTGAACATTGGCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU49JQ U 1
AF RR3FU49TF C 76
AF RR3C081JQ U 138
AF RR3C081TF C 560
BS 1 694 RR3FU49JQ
BS 695 695 RR3C081JQ
BS 696 712 RR3FU49JQ
BS 713 725 RR3C081JQ
BS 726 770 RR3FU49TF
BS 771 1256 RR3C081TF

RD RR3FU49JQ 712 0 0
AAACAAACAATAGGATCAAGACCATCCTATGAATTATTAGCAATAAAAAAAGAGTCTCAA
ACCGAAATTAACCGAAACATGAAGAAACAAAAGAACATATGCAACAACTTCAAAAGAAAG
CTTAGCCGAGGATGGTGGTTTCAGCTATCATGGAGGTAACAAGATAAGGATCCATATTAG
ACGAAGGCCTTCGATCTTCAAAATAACCTTTCCCTTCCTTCTCCGTATCTCTTCCCACCC
TCACCGATGCTCCACGATCCGCCACTCCCCAAGAGAACTTGTTGATGTCTGCGGTTTCAT
GCTTCCCAGTGAGACGCCTCTCATTGCCTTCACCATAAGCAGCAATGTGTTGTTTATGCT
TTACTTCAAGCTTCCCTATTGCTTTCTTGATCAAGTCTAATCCTCCTTCTTTCCTCATTG
ATTTTGTACTGAAGTTTGTATGAGCAGCTGCTCCGTTCCAATCACCCTCGATTGGTTTGG
GATCAAATGAGACAATCACGCCGCATATCTCAGTAATCCTCTCGAGTATGTAGCGAGCAA
CCCATAACTGATCACCTGCACCAATACCAACAGTAGGGCTGATCTGAAACTCCCACTGTC
CAGGCATGACTTCACCATTGGCACCACCTATGCTTAAACCAGCGTAAAGACAAGCTTTGT
AGTGACCATCCACAATGTCACGACCAAAGGCTTTGTCTGCACCCACCGCACA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3FU49TF 696 0 0
AACATGAAGAAACAAAAGAACATATGCAACAACTTCAAAAGAAAGCTTAGCCGAGGATGG
TGGTTTCAGCTATCATGGAGGTAACAAGATAAGGATCCATATTAGACGAAGGCCTTCGAT
CTTCAAAATAACCTTTCCCTTCCTTCTCCGTATCTCTTCCCACCCTCACCGATGCTCCAC
GATCCGCCACTCCCCAAGAGAACTTGTTGATGTCTGCGGTTTCATGCTTCCCAGTGAGAC
GCCTCTCATTGCCTTCACCATAAGCAGCAATGTGTTGTTTATGCTTTACTTCAAGCTTCC
CTATTGCTTTCTTGATCAAGTCTAATCCTCCTTCTTTCCTCATTGATTTTGTACTGAAGT
TTGTATGAGCAGCTGCTCCGTTCCAATCACCCTCGATTGGTTTGGGATCAAATGAGACAA
TCACGCCGCATATCTCAGTAATCCTCTCGAGTATGTAGCGAGCAACCCATAACTGATCAC
CTGCACCAATACCAACAGTAGGGCTGATCTGAAACTCCCACTGTCCAGGCATGACTTCAC
CATTGGCACCACCTATGCTTAAACCAGCGTAAAGACAAGCTTTGTAGTGACCATCCACAA
TGTCACGACCAAAGGCTTTGTCTGCACCCACCGCACAATAGTACGGTCCCTGAGGACCAG
GAAAGCCACCAATGGGCCAACCTAATGGCAACTTG
C

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3C081JQ 588 0 0
GTTTCAGCTATCATGGAGGTAACAAGATAAGGATCCATATTAGACGAAGGCCTTCGATCT
TCAAAATAACCTTTCCCTTCCTTCTCCGTATCTCTTCCCACCCTCACCGATGCTCCACGA
TCCGCCACTCCCCAAGAAAACTTGTTGATGTCTGCGGTTTCATGCTTCCCAGTGAGACGC
CTCTCATTGCCTTCACCATAAGCAGCAATGTGTTGTTTATGCTTTACTTCAAGCTTCCCT
ATTGCTTTCTTGATCAAGTCTAATCCTCCTTCTTTCCTCATTGATTTTGTACTGAAGTTT
GTATGAGCAGCTGCTCCGTTCCAATCACCCTCGATTGGTTTGGGATCAAATGAAACAATC
ACGCCGCATATCTCAGTAATCCTCTCGAGTATGTAGCGAGCAACCCATAACTGATCACCT
GCACCAATACCAACAGTAGGGCTGATCTGAAACTCCCACTGTCCAGGCATGACTTCACCA
TTGGCACCACCTATGCTTAAACCAGCGTAAAGACAAGCTTTGTAGTGACCATCCACAATG
TCACGACCAAAGGCTTTATCTGCACCCACCGCACAATAGTACGGTCCC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3C081TF 697 0 0
ACCAATACCAACAGTAGGGCTGATCTGAAACTCCCACTGTCCAGGCATGACTTCACCATT
GGCACCACCTATGCTTAAACCAGCGTAAAGACAAGCTTTGTAGTGACCATCCACAATGTC
ACGACCAAAGGCTTTATCTGCACCCACCGCACAATAGTACGGTCCCTGAGGACCAGGAAA
GCCACCAATGGGCCAACCTAATGGCCACTTGACGTCTTTCTTAAGTAATGTGTATTCTTG
CTCTATCCCAAACCAAGGCTCTTCAGCCTTCACATTGGGATGATCGAAGATTTTCACGGC
TTTGTGCCTATTGTTGGTTGGGATTGGATCTCCTTTCGGTGTGTAGGCATCACACATCAC
GAGAATGTTATTCCCTTTCCTGAATGGGTCTTTAAAAATGGCCTGAGGATATAGAATGAC
TTCACTGTCATCTCCGGCGGCTTGATTGGTGCTGGATCCATCGTAGTTCCATTTCGGAAG
CTTTGATGGATCACTTACTGGTCCTGGTAATGTTCCGCCTTTGCTTCTAATGTCCATTCC
AGACCCACCTATCCATATGTATTCAGCGATGATTTGCTTGGTGTCGAGATTGAGGTTAAG
GAGATCTGAGAGTGGAGACATTTTTTTTCTTTCCATCGAGCTGAAAAAGAAGATGATCGA
GTTATAATAACCAGCCTGTGGTGAACATTGGCTCTCC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 4

CO CL3013Contig1 582 4 3 U
GGAAGAAAAAAAAACATTCAAAGCCTGCCTTATCTTCTATTCACCCAACGATGGCAACTA
TTGCTACTAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCAGCAGCAAGAGCCAAC
CAGCTCGTCTCGCCTGTCCGGTCCGCTTGAACAACCCGTGGAATCTTGGTTCGAGAGCAA
CGAACCGCTTGGTGAACCTTAGGCCGGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCGGATA
AAGTGGAGAAGAGTATTAAAGACGCAGAGGAGACTTGTGCTGGCGACCCAGTGAGCGGAG
AGTGTGTAGCTGCGTGGGACGAGGTTGAGGAGCTTAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAG
ACAAGAAGAAAGCTGAAGGCTCCGACCCTTTGGAGGAATACTGCAAAGACAATCCCGAGA
CCAATGAGTGCCGTACTTACGACAACTGAAACTTATCGTTCATGTTCCAGGACTCCGTCC
ATAAATTACATACAAAGCTTTGTTTTGGTCAGTTTAGTAATACAATATGATGTGAAAGCT
GTATTTGAGACTTAAACAGCTCTGTAAACATTATAATTTGGT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D347TF U 50
AF RR3D347JQ C 36
AF RR3CB94JQ C 1
AF RR3CB94TF U 1
BS 1 49 RR3CB94TF
BS 50 177 RR3D347TF
BS 178 582 RR3CB94TF

RD RR3D347TF 128 0 0
GATGGCAACTATTGCTACTAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCCGTCATCACCAGCAG
CAAGAGCCAACCAGCTCGTCTCGCCTGTCCGGTCCGCTTGAACAACCCGTGGAATCTTGG
TTCGAGAG

QA 1 128 1 128
DS 

RD RR3D347JQ 475 0 0
TCTATTCACCCAACGATGGCAACTATTGCTACTAGCCTTAACATCGCAACCCAACCAGCC
GTCATCACCAGCAGCAAGAGCCAACCAGCTCGTCTCGCCTGTCCGGTCCGCTTGAACAAC
CCGTGGAATCTTGGTTCGAGAGCAACGAACCGCTTGGTGAACCTTAGGCCGGTTAAAGCA
ACACCAGAAGGAGTGATATCGGATAAAGTGGAGAAGAGTATTAAAGACGCAGAGGAGACT
TGTGCTGGCGACCCAGTGAGCGGAGAGTGTGTAGCTGCGTGGGACGAGGTTGAGGAGCTT
AGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAGACAAGAAGAAAGCTGAAGGCTCCGACCCTTTGGAG
GAATACCGCAAAGACAATCCCGAGACCAACGAGTGCCGTACTTACGACAACTGAAACTTA
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CC

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DS 

RD RR3CB94TF 582 0 0
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CGAACCGCTTGGTGAACCTTAGGCCGGTTAAAGCAACACCAGAAGGAGTGATATCGGATA
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AGTGTGTAGCTGCGTGGGACGAGGTTGAGGAGCTTAGCGCAGCAGCTAGCCACGCTAGAG
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CCAATGAGTGCCGTACTTACGACAACTGAAACTTATCGTTCATGTTCCAGGACTCCGTCC
ATAAATTACATACAAAGCTTTGTTTTGGTCAGTTTAGTAATACAATATGATGTGAAAGCT
GTATTTGAGACTTAAACAGCTCTGTAAACATTATAATTTGGT

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 4

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CTGCACCGCTGGTATCTCCGGTGGGCACATCAACCCAGCTGTCACGTTTGGTCTATTCTT
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TATCTGTGGAGCTGGTGTGGTGAAGGGTTTCCAGCCTAAGCAATACCAAGCTCTAGGTGG
TGGAGCCAACACTGTAGCTCCTGGTTACACCAAAGGGAGTGGTCTTGGTGCTGAGATTAT
TGGAACCTTTGTCCTCGTTTACACCGTTTTCTCCGCCACTGACGCCAAGAGAAACGCTCG
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CTTAGCAACCATCCCCATCACTGGAACTGGAATCAACCCAGCGAGAAGTCTTGGAGCTGC
CATCATCTTCAACAAGGATAACGCTTGGGACGACCATTGGGTCTTTTGGGTTGGACCATT
CATCGGTGCTGCTCTTGCTGCTCTGTACCACGTGATAGTCATCAGAGCCATCCCATTCAA
GTCCAGAAGCTGATCCAGTCACTCTTAAAAATCTAGCTTTGTGCTATTATTAGTTTGCTT
TCTTTTTGTGAATTGTGTGAAGCATCGTGTGTGTATTTGCTTGCTCCTCTTCTTTGCCTA
ATGCAAGACTATTTGTAAAACAAAGACATTCCCCCTTGCAAAAATTGTAATCTCTCTTCT
AT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 

AF RR3E274TF U 1
AF RR3FF69JQ C 792
AF RR3FF69TF U 792
AF RR3E274JQ C 344
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G
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DS 

RD RR3FF69TF 289 0 0
G
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QA 2 289 2 289
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CTTGGTGCTGAGATTATTGGAACCTTTGTCCTCGTTTACACCGTTTTTTCCGCCACTGAC
GCCAAGAGAAACGCTCGTGACTCTCATGTTCCCATTCTTGCACCTCTCCCAATCGGATTC
GCTGTGTTCTTGGTCCACTTAGCAACCATCCCCATCACTGGAACTGGAATCAACCCAGCG
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DS 



AS 1 4

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ACCATTCGGTTTACAAGAGTCTCACCACAGATGTTACACTCCGCACCAATTCTACTTTGG
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CTCTCTTTGATTCTTCTGTTCCTAATTCTGGCAAGATCGAAGTTCAGTTCATGCATGACT
ATGCTGCTTTTAAAGCAAGCATTGGTGGTTTGTTTCATGACACAAACATTGCCCTATCTC
CAGTAATTGGTACCAAGTTTCTCTCCTTTGGAATGGATGTCTTGTTGCAAACTAACACAC
AGATGATCACAACGTGCAATGCTGCTTTTGCCTACACTAGTTCAGAAAACAGAACTTCTT
CCATTGCCTTGAATGAATTGGGTCAAGTCTTGATGGCATCATATCATCAGTTAGTTGATT
CAAACACATCGATTGGTGCTCAGTTCAGATACCACTTCACGCACAAAACCAGTGTTCTTA
CTATGGGGATGGAGCACAAGTTTGATGGCATCACTTCATTGAAGGCAAAAGCTGATAGTA
CTGGCCATTTGAACTTCATTTTCAAGTGGTCTGTGTTCAAAGTTGTCGGAGAGTTGAGAT
CCATGCAATTGCCTAGGATTGGATTGGGGATTGCCCTTAGTTTCTGAAATTGCTGGTCTT
TGTTTAGTTTTTTGTAAGTCTCACACTTAGCATTTTTGTTACATTATGTTAACTTCGGCA
GTGTCACTTCGTTTATGTCTTATGGAAATTATGTTTATGCTAAAG


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3AM79TF U 1
AF RR3AM91TF U 1
AF RR3AM79JQ C 281
AF RR3AM91JQ C 678
BS 1 743 RR3AM79TF
BS 744 812 RR3AM91TF
BS 813 1185 RR3AM79JQ

RD RR3AM79TF 743 0 0
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GTGGGTCGTACATTGATGGGTTAATTTCCGAGGTTCTGTCCTTCTATCCATCTGATTTCA
TGGGAAAGTATCTTCCAAGAGGTGCAGAGCCCGGTTTCTACAGTGAAATCGGTAGGAAAT
CCAGAGATCTGCTGTTTGAGGATTATACAGTATGCAGTAAAATATCTTTGGATAAGTACC
CATTCTCTGCGTCTTTGACTCATACTCAGCTCAATGACATAACCTTGGGTAAATTCAACT
ACCATTCGGTTTACAAGAGTCTCACCACAGATGTTACACTCCGCACCAATTCTACTTTGG
CTATCAAGTCAACTATTAAACAGGTTGCTTGGGGACTTATGCCTGGTCTATCTTGTGTCT
CTCTCTTTGATTCTTCTGTTCCTAATTCTGGCAAGATCGAAGTTCAGTTCATGCATGACT
ATGCTGCTTTTAAAGCAAGCATTGGTGGTTTGTTTCATGACACAAACATTGCCCTATCTC
CAGTAATTGGTACCAAGTTTCTCTCCTTTGGAATGGATGTCTTGTTGCAAACTAACACAC
AGATGATCACAACGTGCAATGCT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3AM91TF 812 0 0
GGGGCTCCTCTTCTCTTTTGCGATAAACCCTAAAGCTGTCGAGCAACTCGATGCTTCCAA
GAAAGAAAGGAGCACCACCCTTGAGGATGAGCACGGGAAAGAAGAAGAATCGTTTTCTTC
CAGTAAAAATCACGGATGGTTTACTCAAATGCCTTGGACCAATTTCTCTTGTAACATACG
GTGGGTCGTACATTGATGGGTTAATTTCCGAGGTTCTGTCCTTCTATCCATCTGATTTCA
TGGGAAAGTATCTTCCAAGAGGTGCAGAGCCCGGTTTCTACAGTGAAATCGGTAGGAAAT
CCAGAGATCTGCTGTTTGAGGATTATACAGTATGCAGTAAAATATCTTTGGATAAGTACC
CATTCTCTGCGTCTTTGACTCATACTCAGCTCAATGACATAACCTTGGGTAAATTCAACT
ACCATTCGGTTTACAAGAGTCTCACCACAGATGTTACACTCCGCACCAATTCTACTTTGG
CTATCAAGTCAACTATTAAACAGGTTGCTTGGGGACTTATGCCTGGTCTATCTTGTGTCT
CTCTCTTTGATTCTTCTGTTCCTAATTCTGGCAAGATCGAAGTTCAGTTCATGCATGACT
ATGCTGCTTTTAAAGCAAGCATTGGTGGTTTGTTTCATGACACAAACATTGCCCTATCTC
CAGTAATTGGTACCAAGTTTCTCTCCTTTGGAATGGATGTCTTGTTGCAAACTAACACAC
AGATGATCACAACGTGCAATGCTGCTTTTGCCTACACTAGTTCAGAAAACAGAACTTCTT
CCATTGCCTTGAATGAATTGGGTCAAGTCTTG

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3AM79JQ 905 0 0
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AATATCTTTGGATAAGTACCCATTCTCTGCGTCTTTGACTCATACTCAGCTCAATGACAT
AAC*TTGGGTAAATTCAACTACCATTCGGTTTACAAGAGTCTCACCACAGATGTTACACT
CCGCACCAATTCTACTTTGGCTATCAAGTCAACTATTAAACAGGTTGCTTGGGGACTTAT
GCCTGGTCTATCTTGTGTCTCTCTCTTTGATTCTTCTGTTCCTAATTCTGGCAAGATCGA
AGTTCAGTTCATGCATGACTATGCTGCTTTTAAAGCAAGCATTGGTGGTTTGTTTCATGA
CACAAACATTGCCCTATCTCCAGTAATTGGTACCAAGTTTCTCTCCTTTGGAATGGATGT
CTTGTTGCAAACTAACACACAGATGATCACAACGTGCAATGCTGCTTTTGCCTACACTAG
TTCAGAAAACAGAACTTCTTCCATTGCCTTGAATGAATTGGGTCAAGTCTTGATGGCATC
ATATCATCAGTTAGTTGATTCAAACACATCGATTGGTGCTCAGTTCAGATACCACTTCAC
GCACAAAACCAGTGTTCTTACTATGGGGATGGAGCACAAGTTTGATGGCATCACTTCATT
GAAGGCAAAAGCTGATAGTACTGGCCATTTGAACTTCATTTTCAAGTGGTCTGTGTTCAA
AGTTGTCGGAGAGTTGAGATCCATGCAATTGCCTAGGATTGGATTGGGGATTGCCCTTAG
TTTCTGAAATTGCTGGTCTTTGTTTAGTTTTTTGTAAGTCTCACACTTAGCATTTTTGTT
ACATTATGTTAACTTCGGCAGTGTCACTTCGTTTATGTCTTATGGAAATTATGTTTATGC
TAAAG

QA 1 905 1 905
DS 

RD RR3AM91JQ 508 0 0
TTTCTCTCCTTTGGAATGGATGTCTTGTTGCAAACTAACACACAGATGATCACAACGTGC
AATGCTGCTTTTGCCTACACTAGTTCAGAAAACAGAACTTCTTCCATTGCCTTGAATGAA
TTGGGTCAAGTCTTGATGGCATCATATCATCAGTTAGTTGATTCAAACACATCGATTGGT
GCTCAGTTCAGATACCACTTCACGCACAAAACCAGTGTTCTTACTATGGGGATGGAGCAC
AAGTTTGATGGCATCACTTCATTGAAGGCAAAAGCTGATAGTACTGGCCATTTGAACTTC
ATTTTCAAGTGGTCTGTGTTCAAAGTTGTCGGAGAGTTGAGATCCATGCAATTGCCTAGG
ATTGGATTGGGGATTGCCCTTAGTTTCTGAAATTGCTGGTCTTTGTTTAGTTTTTTGTAA
GTCTCACACTTAGCATTTTTGTTACATTATGTTAACTTCGGCAGTGTCACTTCGTTTATG
TCTTATGGAAATTATGTTTATGCTAAAG

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 4

CO CL3016Contig1 1018 4 11 U
GGGGCGGTCATGCTGGCTGATATGGCTCACATTAGTGGGTTGGTTGCTGCTGGCGTTATT
CCTTCTCCTTTTGAGTATGCAGATGTTGTTACGACTACTACTCACAAATCCCTCCGAGGT
CCCAGAGGGGCTATGATATTCTTTAGGAAGGGGTTGAAAGAGGTTAACAAACAAGGCAAA
GAGGTCATGTATGACTATGAGGACAGAATTAACGCAGCTGTCTTCCCTGGACTGCAAGGT
GGTCCACATAATCACACTATAACAGGTCTAGCAGTTACTCTGAAGCAGGTGAAAACGCCA
GAGTATAAGGCCTACCAGGATCAAGTACTCAGTAATTGCTCAAAGTTTGCAGATTCTTTG
CTATCAAAAGGATATGACTTAGTCTCTGGAGGCACTGACAATCATTTAGTCTTGGTGAAC
TTGAAAAATAAGGGAATAGATGGATCAAGAGTGGAGAAAGTATTAGAATCAGTACATATT
GCAGCAAATAAGAATACGGTTCCAGGTGATGTTTCCGCCATGGTTCCAGGTGGCATCCGT
ATGGGAACACCAGCTCTCACATCAAGAGGGTTCATTGAGGAAGATTTTGCAAAAGTGGCG
GAATACTTTGATATAGCCGTCAAGATAGCCTTGAAGATCAAGGCAGAGTCGCAAGGAACA
AAGCTGAAGGACTTTGTAGCAACAATGCAAACAAATGAGAAACTAAAGTCAGAGATGGCA
AAGCTGCGTGAGATGGTTGAAGAGTATGCTAAACAGTTTCCAACGATTGGGTTCGAGAAA
GAGACTATGCGATACAAAGAGTAGTTTTGATTCATCGAAATGAATCGACACACGTTTCCA
CAAAGCATTCACAATGGTTCCTAAGAGATACAATGAAGTTCTTAGTTGTAATGATTTCAT
TTGCTACCTCTTTTGATTTTCCTTTTTTACATTTTACTCATTACTTTTCAGATATTGAAC
AGATGAGAATAAAAGGGGTTTTATATATTGTGAATGCAAAATTATACCTACATTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3CG21TF U 1
AF RR3D048TF U 213
AF RR3CG21JQ C 173
AF RR3FH42JQ C 255
BS 1 642 RR3CG21TF
BS 643 643 RR3D048TF
BS 644 669 RR3CG21TF
BS 670 670 RR3D048TF
BS 671 721 RR3CG21TF
BS 722 722 RR3D048TF
BS 723 779 RR3CG21TF
BS 780 780 RR3D048TF
BS 781 811 RR3CG21TF
BS 812 913 RR3D048TF
BS 914 1018 RR3CG21JQ

RD RR3CG21TF 823 0 0
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CCTTCTCCTTTTGAGTATGCAGATGTTGTTACGACTACTACTCACAAATCCCTCCGAGGT
CCCAGAGGGGCTATGATATTCTTTAGGAAGGGGTTGAAAGAGGTTAACAAACAAGGCAAA
GAGGTCATGTATGACTATGAGGACAGAATTAACGCAGCTGTCTTCCCTGGACTGCAAGGT
GGTCCACATAATCACACTATAACAGGTCTAGCAGTTACTCTGAAGCAGGTGAAAACGCCA
GAGTATAAGGCCTACCAGGATCAAGTACTCAGTAATTGCTCAAAGTTTGCAGATTCTTTG
CTATCAAAAGGATATGACTTAGTCTCTGGAGGCACTGACAATCATTTAGTCTTGGTGAAC
TTGAAAAATAAGGGAATAGATGGATCAAGAGTGGAGAAAGTATTAGAATCAGTACATATT
GCAGCAAATAAGAATACGGTTCCAGGTGATGTTTCCGCCATGGTTCCAGGTGGCATCCGT
ATGGGAACACCAGCTCTCACATCAAGAGGGTTCATTGAGGAAGATTTTGCAAAAGTGGCG
GAATACTTTGATATAGCCGTCAAGATAGCCTTGAAGATCAAG*CAGAGTCGCAAGGAACA
AAGCTGAAG*ACTTTGTAGCAACAATGCAAACAAATGAGAAACTAAAGTCAGAGATGGCA
A*GCTGCGTGAGATGGTTGAAGAGTATGCTAAACAGTTTCCAACGATTGGGTTCGAGAA*
GAGACTATGCGATACAAAGAGTAGTTTTGAT
CATCGAATGAAT

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3D048TF 701 0 0
G
GCAGCTGTCTTCCCTGGACTGCAAGGTGGTCCACATAATCACACTATAACAGGTCCAGCA
GTTACTCTGAAGCAGGTGAAAACGCCAGAGTATAAGGCCTACCAGGATCAAGTACTCAGT
AATTGCTCAAAGTTTGCAGATTCTTTGCTATCAAAAGGATGTGACTTAGTCTCTGGAGGC
ACTGACAATCATTTAGTCTTGGTGAACTTGAAAAATAAGGGAATAGATGGATCAAGAGTG
GAGAAAGTATTAGAATCAGTACATATTGCAGCAAATAAGAATACGGTTCCAGGTGATGTT
TCCGCCATGGTTCCAGGTGGCATCCGTATGGGAACACCAGCTCTCACATCAAGAGGGTTC
ATTGAGGAAGATTTTGCAAAAGTGGCGGAATACTTTGATATAGCCGTCAAGATAGCCTTG
AAGATCAAGGCAGAGTCGCAAGGAACAAAGCTGAAGGACTTTGTAGCAACAATGCAAACA
AATGGGAAACTAAAGTCAGAGATGGCAAAGCTGCGTGAGTTGGTTGAAGAGTATGCTAAA
CAGTTTCCAACGATTGGGTTCGAGAAAGAGACTATGCGATACAAAGAGTATTTCTGATTC
ATCGAAATGAATCGACACACGTTTCCACAAAGCATTCACAATGGTTCCTAAGAGATACAA
TGAAGTTCTTAGTTGTAATGATTTCATTTGCTACCTCTTT

QA 2 701 2 701
DS 

RD RR3CG21JQ 846 0 0
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TGCAAGGTGGTCCACATAATCACACTATAACAGGTCTAGCAGT*ACTCTGAAGCAGGTGA
AAACGCCAGAGTATAAGGCCTACCAGGATCAAGTACTCAGTAATTGCTCAAAGTTTGCAG
ATTCTTTGCTATCAAAAGGATATGACTTAGTCTCTGGAGGCACTGACAATCATTTAGTCT
TGGTGAACTTGAAAAATAAGGGAATAGATGGATCAAGAGTGGAGAAAGTATTAGAATCAG
TACATATTGCAGCAAATAAGAATACGGTTCCAGGTGATGTTTCCGCCATGGTTCCAGGTG
GCATCCGTATGGGAACACCAGCTCTCACATCAAGAGGGTTCATTGAGGAAGATTTTGCAA
AAGTGGCGGAATACTTTGATATAGCCGTCAAGATAGCCTTGAAGATCAAGGCAGAGTCGC
AAGGAACAAAGCTGAAGGACTTTGTAGCAACAATGCAAACAAATGAGAAACTAAAGTCAG
AGATGGCAAAGCTGCGTGAGATGGTTGAAGAGTATGCTAAACAGTTTCCAACGATTGGGT
TCGAGAAAGAGACTATGCGATACAAAGAGTAGTTTTGATTCATCGAAATGAATCGACACA
CGTTTCCACAAAGCATTCACAATGGTTCCTAAGAGATACAATGAAGTTCTTAGTTGTAAT
GATTTCATTTGCTACCTCTTTTGATTTTCCTTTTTTACATTTTACTCATTACTTTTCAGA
TATTGAACAGATGAGAATAAAAGGGGTTTTATATATTGTGAATGCAAAATTATACCTACA
TTTGTG

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR3FH42JQ 764 0 0
CACTATAACAGGTCTAGCAGT*ACTCTGAAGCAGGTGAAAACGCCAGAGTATAAGGCCTA
CCAGGATCAAGTACTCAGTAATTGCTCAAAGTTTGCAGATTCTTTGCTATCAAAAGGATA
TGACTTAGTCTCTGGAGGCACTGACAATCATTTAGTCTTGGTGAACTTGAAAAATAAGGG
AATAGATGGATCAAGAGTGGAGAAAGTATTAGAATCAGTACATATTGCAGCAAATAAGAA
TACGGTTCCAGGTGATGTTTCCGCCATGGTTCCAGGTGGCATCCGTATGGGAACACCAGC
TCTCACATCAAGAGGGTTCATTGAGGAAGATTTTGCAAAAGTGGCGGAATACTTTGATAT
AGCCGTCAAGATAGCCTTGAAGATCAAGGCAGAGTCGCAAGGAACAAAGCTGAAGGACTT
TGTAGCAACAATGCAAACAAATGAGAAACTAAAGTCAGAGATGGCAAAGCTGCGTGAGGT
GGTTGAAGAGTATGCTAAACAGTTTCCAACGATTGGGTTCGAGAAAGAGACTATGCGATA
CAAAGAGTAGTTTTGATTCATCGAAATGAATCGACACACGTTTCCACAAAGCATTCACAA
TGGTTCCTAAGAGATACAATGAAGTTTTTAGTTGTAATGATTTCATTTGCTACCTCTTTT
GATTTTCCTTTTTTACATTTTACTCATTACTTTTCAGATATTGAACAGATGAGAATAAAA
GGGGTTTTATATATTGTGAATGCAAAATTATACCTACATTTGTG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 4

CO CL3017Contig1 1379 4 6 U
AGGGGAGGCCCATTTTCAAATCGATCTTATATCATAATCAGACCGACCATCACTGTCGTG
ACGTCTCTTTTAAAACAATGTCGTGCTTCAAATCCAAATACGCCGATGAGCTCATCGCCA
ATGCCGCATACATTGGTACTCCAGGGAAAGGTATTCTCGCCGCTGATGAATCCACAGGAA
CCATAGGAAAACGTTTCGCAAGCATTAACGTCGAGAACGTTGAATCCAACAGACGTGCTC
TAC*TGAGCTTTTGTTCACCACTCCAGGAGTTCTCCAATACATCAGTGGTATCATCCTCT
TTGAGGAAACTCTCTACCAGAAAACAGCTTCAGGTAAACCATTTGTTGATGTAATGAAGG
GAGCTGGAGTCCTTCCTGGTATCAAAGTCGATAAAGGAACTGTCGAGCTCGCTGGTACAA
ACGGTGAAACCACAACCATTGGCCTCGACGGGCTCGGAGACCGTTGCAAGAAATACTATG
AAGCCGGTGCACGTTTTGCCAAATGGCGTGCCGTTCTCAAAATCGGAGCCAACGAGCCTT
CCGAGTTAGCCATCCACGAGAACGCTTACGGTCTAGCGAGGTATGCCGTCATTTGCCAGG
AGAACGGTCTCGTCCCCATCGTCGAACCAGAGATCCTCGTGGACGGATCTCATGATATTG
AGAAATGTGCTTACGTCACGGAACTTGTCCTCGCAGCTTGTTACAAG*CTCTTAATGATC
ACCATGTGATCTTAGAAGGAACACTCTTGAAACCGAACATGGTTACTCCAGGTTCCGACA
GTAAGTCTAGGGCTGAACCCAAAGTGATCGCAGAGCACACGGTCCGTGCTTTACAGCGTA
CTGTCCCCGCCGCGGTTCCAGCCGTTGTGTTCTTGTCTGGAGGACAGAGTGAGGAACAAG
CAACTGTGAATTTAAACGCTATTAATCAGCTCAAAGGTAAGAAACCATGGAGCCTGACGT
TTTCATATGGACGTGCGCTTCAGCAGAGTACGCTCAAGGCTTGGGGAGGTAAAGAGGAGA
ATGTTGAGAAGGCTCAAAAGGCGTTCTTGGCTAGAGCCAAGGCTAACTCGGAGGCAACTA
CTGGTGCCTACAAAGGTGATGCTCAGCTCGGTGAAGGTGCTTCTGAGAGCCTTCACGTTA
AAGACTACAAATACTAAAAAATGTATTTTGGGGATTTAATTAATTTGCTGAAAATTTTGG
TATTTACGTAATATTATTTAATCATAACCTAACCGTCTTTAATTATTTGTTTTTCGGCTT
TTTGGGTGGTATATATATTATCCTGGTGTACATAATTTTTGACATTTTCACTATTTTGTA
ATGATGAAAAATCCTCTCTAGGGGAAATTTTGTTGTAATAATGATATGCATTGTAAACC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 5 5 5 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D696TF U 1
AF RR3D672TF U 1
AF RR3FJ21TF U 2
AF RR3FJ21JQ C 657
BS 1 727 RR3D672TF
BS 728 728 RR3FJ21TF
BS 729 738 RR3D672TF
BS 739 739 RR3FJ21JQ
BS 740 769 RR3FJ21TF
BS 770 1379 RR3FJ21JQ

RD RR3D696TF 621 0 0
AGGGG
AGGCCCATTTTCAAATCGATCTTATATCATAATCAGACCGACCATCACTGTCGTGACGTC
TCTTTTAAAACAATGTCGTGCTTCAAATCCAAATACGCCGATGAGCTCATCGCCAATGCC
GCATACATTGGTACTCCAGGGAAAGGTATTCTCGCCGCTGATGAATCCACAGGAACCATA
GGAAAACGTTTCGCAAGCATTAACGTCGAGAACGTTGAATCCAACAGACGTGCTCTAC*T
GAGCTTTTGTTCACCACTCCAGGAGTTCTCCAATACATCAGTGGTATCATCCTCTTTGAG
GAAACTCTCTACCAGAAAACAGCTTCAGGTAAACCATTTGTTGATGTAATGAAGGGAGCT
GGAGTCCTTCCTGGTATCAAAGTCGATAAAGGAACTGTCGAGCTCGCTGGTACAAACGGT
GAAACCACAACCATTGGCCTCGACGGGCTCGGAGACCGTTGCAAGAAATACTATGAAGCC
GGTGCACGTTTTGCCAAATGGCGTGCCGTTCTCAAAATCGGAGCCAACGAGCCTTCCGAG
TTAGCCATCCACGAGAACGCTTACGGTCTAGCGAGGTATGCCGTCATTTGCCAGGAGAAC
GGTCTCGTCCCCATCG

QA 6 621 6 621
DS 

RD RR3D672TF 741 0 0
AGGGGAGGCCCATTTTCAAATCGATCTTATATCATAATCAGACCGACCATCACTGTCGTG
ACGTCTCTTTTAAAACAATGTCGTGCTTCAAATCCAAATACGCCGATGAGCTCATCGCCA
ATGCCGCATACATTGGTACTCCAGGGAAAGGTATTCTCGCCGCTGATGAATCCACAGGAA
CCATAGGAAAACGTTTCGCAAGCATTAACGTCGAGAACGTTGAATCCAACAGACGTGCTC
TAC*TGAGCTTTTGTTCACCACTCCAGGAGTTCTCCAATACATCAGTGGTATCATCCTCT
TTGAGGAAACTCTCTACCAGAAAACAGCTTCAGGTAAACCATTTGTTGATGTAATGAAGG
GAGCTGGAGTCCTTCCTGGTATCAAAGTCGATAAAGGAACTGTCGAGCTCGCTGGTACAA
ACGGTGAAACCACAACCATTGGCCTCGACGGGCTCGGAGACCGTTGCAAGAAATACTATG
AAGCCGGTGCACGTTTTGCCAAATGGCGTGCCGTTCTCAAAATCGGAGCCAACGAGCCTT
CCGAGTTAGCCATCCACGAGAACGCTTACGGTCTAGCGAGGTATGCCGTCATTTGCCAGG
AGAACGGTCTCGTCCCCATCGTCGAACCAGAGATCCTCGTGGACGGATCTCATGATATTG
AGAAATGTGCTTACGTCACGGAACTTGTCCTCGCAGCTTGTTACAAG*CTCTTAATGATC
ACCATGTTATCTTAGAAG
ACA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3FJ21TF 768 0 0
GGAT
AGGCCCATTTTCAAATCGATCTTATATCATAACCAGACCGACCATCATTGTCGTGACTT*
***TTTTAAACAATGTCGTGCTTCAAATCCAAATACGCCGATGAGCTCATCGCCAATGCC
GCATACATTGGGACTCCAGGGAAAGGTATTCTCGCCGCTGATGAATCCACAGGAACCATA
GGAAAACGTTTCGCAAGCATTAACGTCGAGAACGTTGAATCAAACAGACGTGCTCTACGT
GAGCTTTTGTTCACCACTCCAGGAGCTCTCCAATACATCAGTGGTATCATCCTCTTTGAG
GAAACTCTCTACCAGAAAACAGCATCAGGTAAACCATTTGTTGATGTAATGAAGGGAGCT
GGAGTCCTTCCTGGTATCAAAGTCGATAAAGGAACTGTCGAGCTCGCTGGTACAAACGGT
GAAACCACAACCATTGGCCTCGACGGGCTCGGAGACCGTTGCAAGAAATACTATGAAGCC
GGTGCACGTTTTGCCAAATGGCGTGCCGTTCTCAAAATCGGAGCCAACGAGCCTTCCGAG
TTAGCCATCCACGAGAACGCTTACGGTCTAGCGAGGTATGCCGTCATTTGCCAGGAGAAC
GGTCTCGTCCCCATCGTCGAACCAGAGATCCTCGTGGACGGATCTCATGATATTGAGAAA
TGTGCTTACGTCACGGAACTTGTCCTCGCAGCTTGTTACAAG*CTCTTAATGATCACCAT
GTGATCTTAGAAG*AACACTCTTGAAACCGAACATGGTTACTCC

QA 5 768 5 768
DS 

RD RR3FJ21JQ 723 0 0
TA
TGAGAAATGTGCTTACGTCACGGAACTTGTCCTCGCAGCTTGTTACAAGGCTCTTAATGA
TCACCATGTGATCTTAGAAGGAACACTCTTGAAACCGAACATGGTTACTCCAGGTTCCGA
CAGTAAGTCTAGGGCTGAACCCAAAGTGATCGCAGAGCACACGGTCCGTGCTTTACAGCG
TACTGTCCCCGCCGCGGTTCCAGCCGTTGTGTTCTTGTCTGGAGGACAGAGTGAGGAACA
AGCAACTGTGAATTTAAACGCTATTAATCAGCTCAAAGGTAAGAAACCATGGAGCCTGAC
GTTTTCATATGGACGTGCGCTTCAGCAGAGTACGCTCAAGGCTTGGGGAGGTAAAGAGGA
GAATGTTGAGAAGGCTCAAAAGGCGTTCTTGGCTAGAGCCAAGGCTAACTCGGAGGCAAC
TACTGGTGCCTACAAAGGTGATGCTCAGCTCGGTGAAGGTGCTTCTGAGAGCCTTCACGT
TAAAGACTACAAATACTAAAAAATGTATTTTGGGGATTTAATTAATTTGCTGAAAATTTT
GGTATTTACGTAATATTATTTAATCATAACCTAACCGTCTTTAATTATTTGTTTTTCGGC
TTTTTGGGTGGTATATATATTATCCTGGTGTACATAATTTTTGACATTTTCACTATTTTG
TAATGATGAAAAATCCTCTCTAGGGGAAATTTTGTTGTAATAATGATATGCATTGTAAAC
C

QA 3 723 3 723
DS 



AS 1 3

CO CL3018Contig1 747 3 1 U
AGTTCAATTCAAAAAGTATAGATGAATCCTGAAGAAAGAAAACAACAACAAATTACTCAA
AAGAATTGAGTGTGGCATTACAACAAAACTCTAAATCGGTAGTCAAGTCTTTTTGGCTTA
AGACCACAAACAAAGAGAGGTCATCAATCAAGCCTTTCTTTCTGCCACTTCCCTAATACT
ATCCGTAAAACAAAAGAAATAAGAATCTAAACCATCACAGGTAAAAGAGTATCAAAGACA
AAAAAGAAAAGTTTTTAAATGAATTGTTCTTTTTTTTTATGCAGAGAGGACCAGCAAGAA
TCCATATCTGAGTTGGTTCATCCTCCTGACTTGGCCTTGAGCATCTCTCTTCTTTTCTGT
TCTTCAACTTGTATGGTGCAGTGTAGTTTAAAACGAGGAAAGGTGTTTTTTATATAAACT
AACTGGCCTGTTCTCCGATCAAATCAAGACCAACAATCACGAAAGTGAGTCCCTGGAACA
AGAGGAAGTAGAAGTGTATCCCTTGTGCCGACAACAAGCTTCTCACCGAGGCTGCCAAGA
GAATGAAAGCCAAAGCAATCTCTGTTCTGTACAGACGGTGTCTTTTGGTCTTCCCTGCTT
TCTTAGCTGCTCCTAGTTTGCTAAGCTCGGTTAAACCCGAATCAGATGATGATCTTTGGA
TGCTTGTGGAGTCAACCAAAGAGCCTGACTCCGCGTACGCAATCAGATCAGCCTCAGAGG
ATCTCCCTAGCTTTTTGGTGACCACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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C

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AS 1 4

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BQ
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C

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TCTGAACAACCCTTCTGCTACCAACTCTTGTCAATGCTAAGAGTCCAGCGTTTTCTATAG
AGACAGAGGATCCAGCACCAGTACCAAACAGCCCTGATATCAGAATAGCCACTCCCTGCC
AGCCAATACCACGGCTGAGAATAGAAGGTGGCATCATTGTTGCACTTGCATATCTTGAGA
CAGCTAC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 4

CO CL3020Contig1 770 4 6 U
CAATGTAATGTTTGATGTGTGAAACAACATCTGTAAATTTGACAATTTGTGTAATCCTGC
CAAGTGTACTGCATCTTTAAGATTCATTCATATACATGATTCTGAGACATCAGCACTTAT
ATAACTCACATCGAGATAAATATTTAACATCGTGTTCTCACTTTGAAGCTCTGTACTAAA
A*GTATGAAACTTTCTTGGCTTCAAAAGGTGGTCGTTTCTCAACAGTTCTACTTTGAGAA
AGCTTCCTCTTCTTCTTTTCCAGCATCTGCTGTTTCTGACTCAATCTTCTTGAAAATGAG
CTTCTGCTGAGGTAACTGACCATTAGAGAACGCAGTGACCTCCGTATCAATCAAAATACC
ATCTTCTTCCTTGAAATCTCCTCTCAAGATACCTTTAGCGAGCTCGTTCTCGATGTTCTG
CTGTATCACACGCTTCACAGGTCTAGCTCCATAGTTAGGATCGTACCCAAGGCTTCCAAG
AAGATCCACCGCCGCATCCGTGATCTCTATCTTCATTTTCCTATCTGCAATCCGCTTCTG
CACACGAGCAAGCTGTAACCGGACAATGCTGTTGATCTGGTCACGGTCAAGAGGCTGGAA
AACAATATACTCATCAACCCTATTCATAAACTCAGGACGAAAGATCGACCTCGCAGCACC
CATCACTCTCTGTTTAATCGTTTCATAACCGAGCTCCTTCCCCTCATCATCACTACTGTT
CAAGATATACTGAGAGCCAACGTTCGAGGTCATGATAATAACCGTGTTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C976JQ U 1
AF RR3C976TF C 1
AF RR3BA64JQ U 53
AF RR3BA64TF C 55
BS 1 148 RR3C976JQ
BS 149 149 RR3BA64JQ
BS 150 658 RR3C976JQ
BS 659 659 RR3BA64JQ
BS 660 738 RR3C976JQ
BS 739 770 RR3BA64JQ

RD RR3C976JQ 738 0 0
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CAAGTGTACTGCATCTTTAAGATTCATTCATATACATGATTCTGAGACATCAGCACTTAT
ATAACTCACATCGAGATAAATATTTAACGTCGTGTTCTCACTTTGAAGCTCTGTACTAAA
A*GTATGAAACTTTCTTGGCTTCAAAAGGTGGTCGTTTCTCAACAGTTCTACTTTGAGAA
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CTTCTGCTGAGGTAACTGACCATTAGAGAACGCAGTGACCTCCGTATCAATCAAAATACC
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CTGTATCACACGCTTCACAGGTCTAGCTCCATAGTTAGGATCGTACCCAAGGCTTCCAAG
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AACAATATACTCATCAACCCTATTCATAAACTCAGGACGAAAGATCGACCTCGCAGCATC
CATCACTCTCTGTTTAATCGTTTCATAACCGAGCTCCTTCCCCTCATCATCACTACTGTT
CAAGATATACTGAGAGCC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3C976TF 749 0 0
CAATGTAATGTTTGATGTGTGAAACAACATCTGTAAATT*GACAATTTGTGTAATC*TGC
CAAGTGTACTGCATCTTTAAGATTCATTCATATACATGATTCTGAGACATCAGCACTTAT
ATAACTCACATCGAGATAAATATTTAACGTCGTGTTCTCACTTTGAAGCTCTGTACTAAA
A*GTATGAAACTTTCTTGGCTTCAAAAGGTGGTCGTTTCTCAACAGTTCTACTTTGAGAA
AGCTTCCACTTCTTCTTTTCCAGCATCTGCTGTTTCTGACTCAATCTTCTTGAAAATGAG
CTTCTGCTGAGGTAACTGACCATTAGAGAACGCAGTGACCTCCGTATCAATCAAAATACC
ATCTTCTTCCTTGAAATCTCCTCTCAAGATACCTTTAGCGAGCTCGTTCTCGATGTTCTG
CTGTATCACACGCTTCACAGGTCTAGCTCCATAGTTAGGATCGTACCCAAGGCTTCCAAG
AAGATCCACCGCCGCATCCGTGATCTCTATCTTCATTTTCCTATCTGCAATCCGCTTCTG
CACACGAGCAAGCTGTAACCGGACAATGCTGTTGATCTGGTCACGGTCAAGAGGCTGGAA
AACAATATACTCATCAACCCTATTCATAAACTCAGGACGAAAGATCGACCTCGCAGCATC
CATCACTCTCTGTTTAATCGTTTCATAACCGAGCTCCTTCCCCTCATCATCACTACTGTT
CAAGATATACTGAGAGCCAACGTTCGAGG

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3BA64JQ 718 0 0
AATC
CTGCCAAGTGTACTGCATCTTTAAGATTCATTCATATACATGATTCTGAGACATCAGCAC
TTATATAACTCACATCGAGATAAATATTTAACATCGTGTTCTCACTTTGAAGCTCTGTAC
TAAAA*GTATGAAACTTTCTTGGCTTCAAAAGGGGGTCGTTTCTCAACAGTTCTACTTTG
AGAAAGCTTCCTCTTCTTCTTTTCCAGCATCTGCTGTTTCTGACTCAATCTTCTTGAAAA
TGAGCTTCTGCTGAGGTAACTGACCATTAGAGAACGCAGTGACCTCCGTATCAATCAAAA
TACCATCTTCTTCCTTGAAATCTCCTCTCAAGATACCTTTAGCGAGCTCGTTCTCGATGT
TCTGCTGTATCACACGCTTCACAGGTCTAGCTCCATAGTTAGGATCGTACCCAAGGCTTC
CAAGAAGATCCACCGCCGCATCCGTGATCTCTATCTTCATTTTCCTATCTGCAATCCGCT
TCTGCACACGAGCAAGCTGTAACCGGACAATGCTGTTGATCTGGTCACGGTCAAGAGGCT
GGAAAACAATATACTCATCAACCCTATTCATAAACTCAGGACGAAAGATCGACCTCGCAG
CACCCATCACTCTCTGTTTAATCGTTTCATAACCGAGCTCCTTCCCCTCATCATCACTAC
TGTTCAAGATATACTGAGAGCCAACGTTCGAGGTCATGATAATAACCGTGTTGC

QA 5 718 5 718
DS 

RD RR3BA64TF 716 0 0
TC
CTGCCAAGTGTACTGCATCTTTAAGATTCATTCATATACATGATTCTGAGACATCAGCAC
TTATATAACTCACATCGAGATAAATATTTAACATCGTGTTCTCACTTTGAAGCTCTGTAC
TAAAAAGTATGAAACTTTCTTGGCTTCAAAAGGTGGTCGTTTCTCAACAGTTCTACTTTG
AGAAAGCTTCCTCTTCTTCTTTTCCAGCATCTGCTGTTTCTGACTCAATCTTCTTGAAAA
TGAGCTTCTGCTGAGGTAACTGACCATTAGAGAACGCAGTGACCTCCGTATCAATCAAAA
TACCATCTTCTTCCTTGAAATCTCCTCTCAAGATACCTTTAGCGAGCTCGTTCTCGATGT
TCTGCTGTATCACACGCTTCACAGGTCTAGCTCCATAGTTAGGATCGTACCCAAGGCTTC
CAAGAAGATCCACCGCCGCATCCGTGATCTCTATCTTCATTTTCCTATCTGCAATCCGCT
TCTGCACACGAGCAAGCTGTAACCGGACAATGCTGTTGATCTGGTCACGGTCAAGAGGCT
GGAAAACAATATACTCATCAACCCTATTCATAAACTCAGGACGAAAGATCGACCTCGCAG
CACCCATCACTCTCTGTTTAATCGTTTCATAACCGAGCTCCTTCCCCTCATCATCACTAC
TGTTCAAGATATACTGAGAGCCAACGTTCGAGGTCATGATAATAACCGTGTTGC

QA 3 716 3 716
DS 



AS 1 3

CO CL3021Contig1 834 3 7 U
GGAAAGTGAAATCTTATTGTCTACAGTGAGCAAATGATAATAGAACAACACAGACAAAGC
TCATAAGTTAGTTTGCAAATATGGGCAAACGAGTCTTAAATACCCACCCAAGTTATACAT
ATTCATAGAGTACAAATCTTTTTCTTTCCTGTTTTAGAAAAAAAAGGATTCTAGATAAAA
CCTTGAGATAAAAGTGTTTCACCATATAGATTGTTATTTAAAATGACAAGGAACGTTCTC
CTTTTTGCACTCTATATCAAGCGCCACTTGCATATAGACGAGTCCACTCCTTAGCTGTCT
CCACAGCTTCTGCTTCATTGCTTTTCCAGTGCTTAGCTATGTTCTCAGAGAGGGGATCAT
CTGGGTTTGGTGCACTTAGAAGAGCTTGAATACTCAAGAGCACGGTCCTTATTTGTAGAG
CAGGACTCCACTTGTCTTTCAGTATGTCAAGGCAGATTCTTCCAAGCTTGTCAATGTTAG
GATGGTATATCTTGGTGAGAAACCTAACCTTGGGAGCTGCCATCGGATATTCTTCAGGCA
AAAATAGCTCCAACTTGAAAACGCCTCCTTCATAAGGAGACTGGGTAGGACCAAGAATCA
TAACATTGAAGTAGCGCATATTTTCCTCAGATGGAGACGCACTTATCCCAGGAGCAGGTT
CACTAAGCAGACGTTGAGTTTCCTTGATGATCCTCCGTGGAAGATTACTATTGGCCATTA
TTGCGTGCTATCCGATTTGATCGATCTCTCAGAGAATTTAGGTTTTCTTTTTTTTTTTTC
TAGCTAAAGAAGCTTCTTCGTCTCTCGTCTCGTTGATATATCCCCGGCGTATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D601JQ U 42
AF RR3BY89JQ U 1
AF RR3BY89TF C 156
BS 1 761 RR3BY89JQ
BS 762 762 RR3BY89TF
BS 763 778 RR3BY89JQ
BS 779 779 RR3BY89TF
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BS 788 789 RR3BY89TF
BS 790 834 RR3BY89JQ

RD RR3D601JQ 692 0 0
C
GAACAACACAGACAAAGCTCATAAGTTAGTTTGCAAATATGGGCAAACGAGTCTTAAATC
CCCACCCAAGTTATACATATTCATAGAGTACAAATCTTTTTCTTTCCTGTTTTGGAAAAG
AA*GGATTCTAGATAAAACCTTGAGATAAGAGTGTTTCACCAGATAGATTGTTATTTAAA
ATGACAAGGAACTTTCTCCTTTTTGCACTCTATATCAAGCGCCACTTGCATAAAGACGAG
TCCACTCCTTAGCTGTCTCCACAGCTTCTGCTTCATTGCTTTTCCAGTGCTTAGCTATGT
TCTCAGAGAGGGGATCATCTGGGTTTGGTGCACTTAGAAGGGCTTGAATACTCAAGAGCA
CCGTCCTTATTTGTAGAGCAGGACTCCACTTGTCTTTCAGTATGTCAAGGCAGATTCTTC
CAAGCTTGTCAATGTTAGGATGGTATATCTTGGTGAGAAACCTAACCTTGGGAGCTGCCA
TCGGATATTCTTCAGGCAAAAAGAGCTCCAATTTGAAAACGCCTCCTTCATAAGGAGACT
GGGTAGGACCAAGAATCATAACATTGAAGTAGCGCATATTTTCCTCTGATGGAGACGCAC
TTATCCCAGGAGCAGGTTCACTAAGCAGACGTTGAGTTTCCTTGATGATCCTTCGCGGAA
GATTACCATTGGCCATTATTGCGTGCTATCC

QA 2 692 2 692
DS 

RD RR3BY89JQ 834 0 0
GGAAAGTGAAATCTTATTGTCTACAGTGAGCAAATGATAATAGAACAACACAGACAAAGC
TCATAAGTTAGTTTGCAAATATGGGCAAACGAGTCTTAAATACCCACCCAAGTTATACAT
ATTCATAGAGTACAAATCTTTTTCTTTCCTGTTTTAGAAAAAAAAGGATTCTAGATAAAA
CCTTGAGATAAAAGTGTTTCACCATATAGATTGTTATTTAAAATGACAAGGAACGTTCTC
CTTTTTGCACTCTATATCAAGCGCCACTTGCATATAGACGAGTCCACTCCTTAGCTGTCT
CCACAGCTTCTGCTTCATTGCTTTTCCAGTGCTTAGCTATGTTCTCAGAGAGGGGATCAT
CTGGGTTTGGTGCACTTAGAAGAGCTTGAATACTCAAGAGCACGGTCCTTATTTGTAGAG
CAGGACTCCACTTGTCTTTCAGTATGTCAAGGCAGATTCTTCCAAGCTTGTCAATGTTAG
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TAG
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TCATCTCTTTCGCTTCTTTGTCCGCCAGCAATGGCTTTAGTTGTTCTGTAAAAGATTCCA
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CCCCACATAACGTTCCAACGATTCTCTCAGAGATGTGAGCAAGGACATCGCGCAAAACCC
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TCAACGGAACTCCCGAAAGTTGTGCAGCGTGTCGGAAGAAGAAATCGCAAGCACGCTCAA
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C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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C

QA 1 750 1 750
DS 

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QA 7 845 7 845
DS 

RD RR3B506TF 876 0 0
ACGGT
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ATGGATCTCTGAGTTTCTCAGAAACAGCCGCAACTTTCCTGTAATCCAAAGCGTTGTAGC
TTCTTTCTCTGATCACAGGGTTCACGAAATTCTCAGGGTGGCTACTCAGAAGCAAGTTAA
TCAACTGTCTTATCTCGACAAAAGCTGTTTTCATCTCTTTCGCTTCTTTGTCCGCCAGCA
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GCGCGGTGGAGACCAAAGTCTCTACGTAGATTATTACTTCGTTCATGTACTCATTCCCGC
CTTGTGGAACATCGTCGCTTGTCCAGTTCACATTCTCTATCAACGTCATGAACCCGTCTA
TCTTCTTCTTAAGCAGACCCGAGAGAGTATCTTCCGCAGCGTTTTGGGATTTGGTTAATG
GGAAATGTCTTCTACCTCTCTCAGCCATTCTCAACGGAACTCCCGAAAGTTGTGCAGCGT
GTCGGAAGAAGAAATCGCAAGCACGCTCAAACAGCCATGTTTGCTGCGACCTGCATTGCC
TGAGAAACTCCATGAACCGATGTGTTGATCC

QA 6 876 6 876
DS 



AS 1 4

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TACTCTCTGCTTCTCAAGAAGGAGAAGGCGATCATCGTGCAGCCGGATCGGGTTACGATC
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TGTCAGAAGCTGAAGCTCCCTGAAGGATGTGGTTACGAGTTCCAGATGCAGTACGGGTCG
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ATCGCTTGTATTGGAGACGGGAGTTTCCAGGTTACCGCGCAGGATGTGTCGACGATGATA
CGGTGTGGGCAGAAGACCATAGTCTTTCTCATCAACAATGGAGGGTACACGATTGAAGTG
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GCTATTCACAATGGAGAAGGTAAATGCTGGACTGCGAAAGTGAGGTGCGAGGAGGAGCTT
ATGAAGGCCATTAGCACGGCGACGAATGAGGAAAAGGAGAGCTTTTGTTTCATTGAAGTG
ATTGTGCATAAAGATGACACAAGCAAGGAGCTTTTGGAGTGGGGATCTAGAGTCTCTGCT
GCTAACAGTCGTCCTCCAAATC*TCAGTAGAGTTCGGAGATGTCCTCATCTTTTATATAT
TTGCAATTTGGTAGTTCCTTTGTGTTGCTTTGTGAAAAGTAGTTTGTATCCTTAGGAGAA
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TTTGTGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3EA54TF U 1
AF RR3AL24TF U 336
AF RR3AL24JQ C 393
AF RR3EA54JQ C 428
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QA 5 736 5 736
DS 

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GG

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DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR3CM52JQ U 1
AF RR3H966JQ U 1
AF RR3FK27TF C 147
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BS 431 583 RR3CM52JQ
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CTGTGGAGCAACATCGACCGCAGCAA

QA 1 746 1 746
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TATTAAAACCCACAGATTAAGCAAACTACAAACGTATAAATAGAACCCTTTTTCTTTGGT
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TTTCTTGAGCTCAGCTTCCACAGCTGCTTTCTTGTTGTTCTCCCATGACCCAATTGAAAA
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CTGTGGAGCAAC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3FK27TF 745 0 0
ATACAATGAAAATT
AAAATAAAAAAAAAAACAGCAACGATTCATTCATGTCTTCACATCGATGTATGAT*AGAT
CACATGCATCCAAATAGCTTTTTAGGCGCAGTTCCAGTGGCACGGTACTTGGCAGCTAAT
TCCTCGGCTTTGAGAACCTCTTCTCCACGTCTAGCTTCGATCATGGCCCTCTTCTCTTCT
GCCTGTTTGTGAATTTGAGCTATTTTGTTCTTCATTTGCTCCACATACTCTGCCTTCTTC
TTCTCCAATTGTTCCTCCATTTTCTTGAGCTCAGCTTCCACAGCTGCTTTCTTGTTGTTC
TCCCATGACCCAATTGAAGAAAGTTTCTTTTCAGCTTTGTTCTCCACTTTGCACTTCTCA
GCCTCTTCCCAAGCTTTGATAAGTGACATCCTCTTCTCTGTCTCAACTCTAGCCAGAACA
GCATCTCGATTAATTGAGCCTTCTTTCTTTTCTTCCACTACTTCCTTTGCGACGATGGGA
ACAATAGCCTTGGAGTCCTCTAGCTTCTCCTCTGCAGGCGCCGGAGATGGAAGAACTGGT
GGTGGAGCCACAGGCTTCTCCTGTGGAGCAACATCCACCGCAGCAACAGGTGATTTCTCC
TCCGGAGCTGGCGCTGATGGAGTTGGTTCAGATACGGTGGTAACATTCTCAGTCACCTTC
TTAGGTTCCTCTTCGGCCATGTCGTATATGACGTGAGGTATAACAACTAAAGATTACAAG
AGAACAAAAAA

QA 15 745 15 745
DS 



AS 1 4

CO CL3025Contig1 864 4 23 U
GGACTCCTCTCCGCCGTCTCTACACTCTCTCTCTCTCTCACTTATCATCATCACACACAC
TCTCTGCTTCACAAGAAGAGCTTTCTGATTCGTCTCTGTTGTTTCTGCTTCTGGTTGATA
CTTTCAGCTTAAGCTCCAAGTCGATCAATATGTCAATGACGGAAGAGAGTAAGACGACGA
AGCTCGAATCGGCGGGAGACTCTTCGGATGTCGAGAACGGGAACTGTAGCAGTAGCGGAA
GTGGAGGAGGAGGAGGAGGCGATACTAAGAAGACTTGCGTTGATTGCGGAACTAACAAGA
CTCCTCTCTGGCGTGGTGGCCCTGCTGGTCCTAAATCATTGTGCAATGCGTGTGGGATCA
AGAGCAGGAAGAAGAGACAAGCAGCTCTTGGGATTAAACAAGAGGATAATAAGATGAAGA
ACAACAAAAGTAATGATAG*TGTCTCGCTCCCGACAATCAGACCGTCAAAAACGGAAAAG
GCGATTCAGGAAGCGTCAAGAACAAGATCAAGAAGACGGAGAGTGAGGATTGTAATGACA
AGAAGAGTGTGAAAAGGGGTGGTAGATTTTTGGATTTGGGATTTAAAGTGCCGGTGATGA
AGAGATCGGTGGTGGAGAAGAAGAGGGTATGGATGAAGCTGGGCGAAGAAGAACGAGCAG
CAGTGCTTCTCATGGCTCTTTCTTGTGGTTGAGCTTTTTTTTGTCTCAACTCCTTTTTTT
TGGCCGGAATGGTTTAGGAGAAGAGATTAGGGCAAATAATAAGTTAGTAAGGAAATGATG
AATTTTTATATGTGTAATCCTGTCTGAAGGCTAAAGCTAATGTTATGCTACTTTACTAAT
TAATTAATTAATCGTCTTCACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3DB08TF U 1
AF RR3HA52TF U 11
AF RR3HA52JQ C 92
AF RR3DB08JQ C 463
BS 1 205 RR3DB08TF
BS 206 206 RR3HA52TF
BS 207 396 RR3DB08TF
BS 397 397 RR3HA52TF
BS 398 439 RR3DB08TF
BS 440 440 RR3HA52TF
BS 441 628 RR3DB08TF
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BS 630 649 RR3DB08TF
BS 650 650 RR3HA52TF
BS 651 652 RR3DB08TF
BS 653 653 RR3HA52TF
BS 654 701 RR3DB08TF
BS 702 702 RR3HA52JQ
BS 703 708 RR3DB08TF
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BS 710 720 RR3DB08TF
BS 721 723 RR3HA52JQ
BS 724 724 RR3DB08JQ
BS 725 855 RR3HA52JQ
BS 856 856 RR3DB08JQ
BS 857 863 RR3HA52JQ
BS 864 864 RR3DB08JQ

RD RR3DB08TF 732 0 0
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GTGGAGGAGGAGGAGGAGGCGATACTAAGAAGACTTGCGTTGATTGCGGAACTAACAAGA
CTCCTCTCTGGCGTGGTGGCCCTGCTGGTCCTAAATCATTGTGCAATGCGTGTGGGATCA
AGAGCAGGAAGAAGAGACAAGCAGCTCTTGGGATTAGACAAGAGGATAATAAGATGAAGA
ACAACAAAAGTAATGATAGCTGTCTCGCTCCCGACAATCAGACCGTCAAAAACGGAAAAG
GCGATTCAGGAAGCGTCAAGAACAAGATCAAGAAGACGGAGAGTGAGGATTGTAATGACA
AGAAGAGTGTGAAAAGGGGTGGTAGATTTTTGGATTTGGGATTTAAAGTGCCGGTGATGA
AGAGATCGGTGGTGGAGAAGAAGAGGGTGTGGATGAAGCTGGGCGAAGAGGA*CGAGCAG
CAGTGCTTCTCATGGCTCTTTCTTGTGGTTGAGCTTTTTTT*GTCTCA*CTCCTTTTTTT
GGCCGGAATGGT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3HA52TF 711 0 0
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GATTCGTCTCTGTTGTTTCTGCTTCTGGTTGATACTTTCAGCTTAAGCTCCAAGTCGATC
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AAGAAGACTTGCGTTGATTGCGGAACTAACAAGACTCCTCTCTGGCGTGGTGGCCCTGCT
GGTCCTAAATCATTGTGCAATGCGTGTGGGATCAAGAGCAGGAAGAAGAGACAAGCAGCT
CTTGGGATTAAACAAGAGGATAATAAGATGAAGAACAACAAAAGTAATGATAG*TGTCTC
GCTCCCGACAATCAGACCGTCAAAAACGGAAAAGGCGATTCAGGAAGCGTCAAGAACAAG
ATCAAGAAGACGGAGAGTGAGGATTGTAATGACAAGAAGAGTGTGAAAAGGGGTGGTAGA
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GTATGGATGAAGCTGGGCGAAGAAGAACGAGCAGCAGTGCTTCTCATGGCTCTTTCTTGT
GGTTGAGCTTTTTTT*GTCTCA*CTCCTTTTTTT
G

QA 17 710 17 710
DS 

RD RR3HA52JQ 773 0 0
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GTCAATGACGGAAGAGAGTAAGACGACGAAGCTCGAATCGGCGGGAGACTCTTCGGATGT
CGAGAACGGGAACTGTAGCAGTAGCGGAAGTGGAGGAGGAGGAGGAGGCGATACTAAGAA
GACTTGCGTTGATTGCGGAACTAACAAGACTCCTCTCTGGCGTGGTGGCCCTGCTGGTCC
TAAATCATTGTGCAATGCGTGTGGGATCAAGAGCAGGAAGAAGAGACAAGCAGCTCTTGG
GATTAAACAAGAGGATAATAAGATGAAGAACAACAAAAGTAATGATAG*TGTCTCGCTCC
CGACAATCAGACCGTCAAAAACGGAAAAGGCGATTCAGGAAGCGTCAAGAACAAGATCAA
GAAGACGGAGAGTGAGGATTGTAATGACAAGAAGAGTGTGAAAAGGGGTGGTAGATTTTT
GGATTTGGGATTTAAAGTGCCGGTGATGAAGAGATCGGTGGTGGAGAAGAAGAGGGTATG
GATGAAGCTGGGCGAAGAAGAACGAGCAGCAGTGCTTCTCATGGCTCTTTCTTGTGGTTG
AGCTTTTTTTTGTCTCAACTCCTTTTTTTTGGTCGGAATGGTTTAGGAGAAGAGATTAGG
GCAAATAATAAGTTAGTAAGGAAATGATGAATTTTTATATGTGTAATCCTGTCTGAAGGC
TAAAGCTAATGTTATGCTACTTTACTAATTAATTAATTAATCGTTTTCACTC
G

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3DB08JQ 402 0 0
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GTGAGGATTGTAATGACAAGAAGAGTGTGAAAAGGGGTGGTAGATTTTTGGATTTGGGAT
TTAAAGTGCCGGTGATGAAGAGATCGGTGGTGGAGAAGAAGAGGGTGTGGATGAAGCTGG
GCGAAGAGGAACGAGCAGCAGTGCTTCTCATGGCTCTTTCTTGTGGTTGAGCTTTTTTTT
GTCTCAACTCCTTTTTTTTGGCCGGAATGGTTTAGGAGAAGAGATTAGGGCAAATAATAA
GTTAGTAAGGAAATGATGAATTTTTATATGTGTAATCCTGTCTGAAGGCTAAAGCTAATG
TTATGCTACTTTACTAATTAATTAATTAATCGTCTTCACTCC

QA 1 402 1 402
DS 



AS 1 4

CO CL3026Contig1 683 4 5 U
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TTATTTCTCTCTCTCTCTCTATCTCCCCCGCCCGCGAAAAACGAATCCGAATCTCGTAAA
AACGAAAGAAGCATCTTTCCGAATCTCTCAATCGATCAATTAATCAGCTTCAATGGCAGG
GAGAATCATTGCGCAATTGATTGTGATGGGTTCTGGGATATTGGGTCGTGCTTTCTTTCA
AGCCTATCGTCAGGCTCTTGCAAATGCTTCTAAAACTGGCGTAGCGCAGGAAGCAACGCA
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TGTCACCGAGCAGACCTCTTGGGAAGAGATAGTACAGAAATACGATAAGCTGTTTGAGAA
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AATGTTTTTTTCTCTTTACAGAATTACATTTCTTGCTCATTATGTAAAATCAAAGACAGT
ATCACAGTTCTTTGAGATGATGTGTAAAACTTTGAAAGACGGCCATAGCTTTCTTCACCC
ATTGTTTACTAATAACGAAGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AY13JQ C 1
AF RR3AS63JQ C 78
AF RR3AS63TF U 3
AF RR3AY13TF U 1
BS 1 9 RR3AY13JQ
BS 10 470 RR3AS63TF
BS 471 471 RR3AY13TF
BS 472 673 RR3AS63TF
BS 674 683 RR3AY13TF

RD RR3AY13JQ 683 0 0
GGAAAACAAAAAAAAACAAAAGACAACCCTAGATTGTTCTATCGCCTTCCTGTCCCAGGT
TTATTTCTCTCTCTCTCTCTATCTCCCCCGCCCGCGAAAAACGAATCCGAATCTCGTAAA
AACGAAAGAAGCATCTTTCCGAATCTCTCAATCTATCAATTAATCAGCTTCAATGGCAGG
GAGAATCATTGCGCAATTGATTGTGATGGGTTCTGGGATATTGGGTCGTGCTTTCTTTCA
AGCCTATCGTCAGGCTCTTGCAAATGCTTCTAAAACTGGCGTAGCGCAGGAAGCAATGCA
GAACGCAGTACGTAAAGCAGGAAAATCCATTACTGAGCAAGAGGCTAGGCAGATTCTCGG
TGTCACCGAGCAGACCTCTTGGGAAGAGATAGTACAGAAATACGATAAGCTGTTTGAGAA
CAACGCCAAAGCTGGGAGCTTTTACCTTCAATCGAAAGTTCATCGAGCCAAAGAATGTCT
TGAAGAGGTGTACAGGAGCAAAGCCAACGGTACACCTAGTTAAAGACTTTTTTATCTTTA
AATGTTTTTTTCTCTTTACAGAATTACATTTCTTGCTCATTATGTAAAATCAAAGACAGT
ATCACAGTTCTTTGAGATGATGTGTAAAACTTTGAAAGACGGCCATAGCTTTCTTCACCC
ATTGTTTACTAATAACGAAGAGT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3AS63JQ 596 0 0
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DS 

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TAAT

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DS 

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AGCATCTTTCCGAATCTCTCAATCTATCAATTAATCAGCTTCAATGGCAGGGAGAATCAT
TGCGCAATTGATTGTGATGGGTTCTGGGATATTGGGTCGTGCTTTCTTTCAAGCCTATCG
TCAGGCTCTTGCAAATGCTTCTAAAACTGGCGTAGCGCAGGAAGCAATGCAGAACGCAGT
ACGTAAAGCAGGAAAATCCATTACTGAGCAAGAGGCTAGGCAGATTCTCGGTGTCACCGA
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AGCTGGGAGCTTTTACCTTCAATCGAAAGTTCATCGAGCCAAAGAATGTCTTGAAGAGGT
GTACAGGAGCAAAGCCAACGGTACACCTAGTTAAAGACTTTTTTATCTTTAAATGTTTTT
TTCTCTTTACAGAATTACATTTCTTGCTCATTATGTAAAATCAAAGACAGTATCACAGTT
CTTTGAGATGATGTGTAAAACTTTGAAAGACGGCCATAGCTTTCTTCACCCATTGTTTAC
TAATAACGAAGAGT

QA 10 683 10 683
DS 



AS 1 4

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AGGCTTCCTATGTTTCTTCTACCTCGTCACTGGTCACTGGTTCATGTCACTACTTGGCGT
CCCTTATCTCTACTACAACTTCCAACTTTACTCGAAAAGACAGCATTTGGTAGATGTGAC
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TTT*ATTACTGAAGAGTATGTTGTTAGGGTTTGTGGTGGGCATTAGAGATTTGTGTAACC
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TGGAACCCTCTAACTTGTCCAGAGGTTTTGTTTTATTTTTTAGCTCCAAATTAATCTGAA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B460TF U 1
AF RR3CF48TF U 53
AF RR3CF48JQ C 147
AF RR3B460JQ C 160
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G
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ATATATGTTT*ATTACTGAAGAGTATGTTGTTAGGGTTTGTGGTGGGCATTAGAGATT*G
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QA 2 732 2 732
DS 

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GGACATGGATTATTTCATTCTTAATCCTTATCACTCTTGTCGGATTCATCGTCTACCAGC
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TTTGTTTT
G

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3B460JQ 794 0 0
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TTCATTCTTAATCCTTATCACTCTTGTCGGATTCATCGTCTACCAGCTTATTTGCTTAGC
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ATTACCTGAGTTCATTCTTCAAGGCTTCCTATGTTTCTTCTACCTCGTCACTGGTCACTG
GTTCATGTCACTACTTGGCGTCCCTTATCTTTACTACAACTTCCAACTTTACTCGAAAAG
ACAGCATTTGGTAGATGTGACAGAGATCTTCAACTTGCTTGATTGGGAAAAGAAGAAACG
CCTC**CAAACTCGCCTACATGATCCTCACTTTCTTCCTCACCATTTTCTGGTTAATCTA
TTCAACATTGGATGATCACGAGGACTGAAGGCAAAACACACTACCGCCATGTGACATGGA
AA**AAGGTTTATGATATATGTTT*ATTACTGAAGAGTATGTTGTTAGGGTTTGTGGTGG
GCATTAGAGATTTGTGTAACCAGATTTTAGTCTGTAGTGAAACATTCTTCTGATCTTGCG
GTGATGATATAACATTACATTTGGAACCCTCTAACTTGTCCAGAGGTTTTGTTTTATTTT
TTAGCTCCAAATTAATCTGAAGTTCCAGACGAAATTAACAAATTCTTGAATTGTATGAAA
TCAAAAGGTTAGAC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 4

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CAATGCTCAAAGCCAACATTCTCACCGGCCTTTTCCTCCTCTTCTTCACTCTCTCCTCCG
CGCAGACCCCTCCGGCACCAGAACCAGTGCCCGCAGATGGACCTTCTTCTCCGACGAACT
GTCTAGTGAGTATGCTAAACGTATCAGACTGTCTCTCGTACGTTCAGGTAGGGAGTACCG
AGACTAAGCCAGAATCTGCCTGTTGCCCTGAGCTTGCTGGGATGGCTCAGAGCTCGCCGG
AGTGCGTCTGTAATCTTCTCGGCGGCGGTGCATCGCCGCGTTTCGGAGTCAAGCTTGATA
AGCAGAGAGCTGAGGAACTTTCTTCAATCTGCGGTGTGAAAGCTCCATCGCCTAGTCTGT
GTTCAGTTCTTGGTTTTCCAACCATCTCTCCAGCAGGAAGTGAAGATTCATCATCTGGAG
GTTCTGAAGGATCGGACAAAGATAAGAAAAACGGAGGCGGCATGGCCACTAAAGGTTATG
GATTAGCTTTGAACTCTCTTGTGTTGGCCTTGTTCACGATTTTTTCTTTATACTGAGCAT
TACCTAGCTTTACTAGGTGATGCATCATATATTTATATCATCATTCTTACTATATATCCC
CTTTTGTGATTCCGCGTAAGAATCTTTGTTCTCGTGTGTTTCTTACAGAAATTGAGTTCT
GTTATAATGTTATAGTGTAGTGAGCTTGTATTGTTATGGATGTTGATTTACGAATAAAGA
TATCATTTTTCCAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

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TACCTAGCTTTA

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GG
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CTCTTCTTCACTCTCTCCTCCGCGCAGACCCCTCCGGCACCAGAACCAGTGCCCGCAGAT
GGACCTTCTTCTCCGACGAACTGTCTAGTGAGTATGCTAAACGTATCAGACTGTCTCTCG
TACGTTCAGGTAGGGAGTACCGAGACTAAGCCAGAATCTGCCTGTTGCCCTGAGCTTGCT
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CATCATTCTTACTATATATCCCCTTTTGTGATTCCGCGTAAGAATCTTTGTTCTCGTGTG
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GATGTTGATTTACGAATAAAGATATCATTTTTCC

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CTTCTTCTCCGACGAACTGTCTAGTGAGTATGCTAAACGTATCAGACTGTCTCTCGTACG
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AAGATTCATCATCTGGAGGTTCTGAAGGATCGGACAAAGATAAGAAAAACGGAGGCGGCA
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ATTCTTACTATATATCCCCTTTTGTGATTCCGCGTAAGAATCTTTGTTCTCGTGTGTTTC
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TTGATTTACGAATAAAGATATCATTTTTCCAATT

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CGAGACTAAGCCAGAATCTGCCTGTTGCCCTGAGCTTGCTGGGATGGCTCAGAGCTCGCC
GGAGTGCGTCTGTAATCTTCTCGGCGGCGGTGCATCGCCGCGTTTCGGAGTCAAGCTTGA
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ATTACCTAGCTTTACTAGGTGATGCATCATATATTTATATCATCATTCTTACTATATATC
CCCTTTTGTGATTCCGCGTAAGAATCTTTGTTCTCGTGTGTTTCTTACAGAAATTGAGTT
CTGTTATAATGTTATAGTGTAGTGAGCTTGTATTGTTATGGATGTTGATTTACGAATAAA
GATATCATTTTTCC
AATC

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DS 



AS 1 4

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GTGCTGGTGTGGGTGAATTTAGATATGGCTGGAGTTGTTCGAATATCTTCGACGTCGGTT
CAGGCCATTCGCGTCTCTTCCTCCTTTGCAACCACTCTCAACTCTCTGAAACCTCGCTCA
CCTCCAAATCTGAATTCCGACAAGAGAGTTCGTCAGCTCTCTTCTTCTCCCTCGTGCTCG
TCTTCTCACTACACATCTTTAGGTCTCGCTAGCCACATCCCTCTTAAACGATCCAAGAGC
AAAGTGGTTCACGTCAAGGTAGATGAGAGTGTGGCGGAGACAGAGCCACCGAAATGGTGG
GAGAGGAATGCTGGACCAAACATGGTCGACATTCATTCCACTGAAGAATTCTTGAAGGCT
TTAAGCGAAGCTGGCGAAAGACTAGTTATTGTAGAGTTTTATGGAACTTGGTGCGCTTCT
TGCAGAGCATTGTTCCCCAAGCTTTGCAAGACAGCGGTAGAACATCCGGATATATTGTTC
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CCTTATTTCCACTTTTACCGTGGAGCTGATGGCCAGCTCGAGTCCTTCTCATGTTCTCTT
GCCAAGTTTCAGAAGATAAAAGATGCCATCCGACTACACAACACAGATCGTTGCAGCATC
GGTCCAGCCAAGGGACCTGAAGGGTTTACGTTGGAATCTTTGTCCGTGCAGACGAATGCA
GCCAAACCAGCTGGATCAAGTTGAATTTGCCATACGTCTAGATTCATTACTGCAACAGTC
TCCGATTTGGTCAAGCAAACACCGAGCTTTATATTCTCTGTATATCTGTCACTTTATTGG
TATAAAAGAATCCTCCCTGTTCCTGAAGCGTGTTATGATACTTTTGCCAATAGGCAAAAT
TGCAAATGTATTTTAACTGTGTCCGTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H725TF U 1
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AF RR3H725JQ C 160
AF RR3A973JQ C 283
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GCC

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GG
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DS 

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AACTCTCTGAAACCTCGCTCACCTCCAAATCTGAATTCCGACAAGAGAGTTCGTCAGCTC
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GAGTCCTTCTCATGTTCTCTTGCCAAGTTTCAGAAGATAAAAGATGCCATCCGACTACAC
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GTATATCTGTCACTTTATTGGTATAAAAGAATCCTCCCTGTTCCT

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DS 

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GAGCCACCGAAATGGTGGGAGAGGAATGCTGGACCAAACATGGTCGACATTCATTCCACT
GAAGAATTCTTGAAGGCTTTAAGCGAAGTTGGCGAAAGACTAGTTATTGTAGAGTTTTAT
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TTGAACGTCAAAGTGCTTCCTTATTTCCACTTTTACCGTGGAGCTGATGGCCAGCTCGAG
TCCTTCTCATGTTCTCTTGCCAAGTTTCAGAAGATAAAAGATGCCATCCGACTACACAAC
ACAGATCGTTGCAGCATCGGTCCAGCCAAGGGACCTGAAGGGTTTACGTTGGAATCTTTG
TCCGTGCAGACGAATGCAGCCAAACCAGCTGGATCAAGTTGAATTTGCCATACGTCTAGA
TTCATTACTGCAACAGTTTTTGATTTGGTCAAGCAAACACCGAGCTTTATATTCTCTGTA
TATCTGTCACTTTATTGGTATAAAAGAATCCTCCCTGTTCCTGAAGCGTGTTATGATACT
TTTGCCAATAGGCAAAATTGCAAATGTATTTTAACTGTGTCCGTAGG

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 4

CO CL3030Contig1 756 4 13 U
TTTTTACATAATGACATTAGTTTAATTTGCTCGGAAAGTTATAATTAATTATTTTAATTA
CCCATTTTTGTATTTTATCATATTACACCTTTACATATAAGAAAACAAACAATTGATGAT
GCAGTAAAATAACGATCTCTGAGATAGAAGTCGTAATCATATTTAGAAGGTGACGTCAGG
AACGATTCCGAGCTCCTTAAAAGCGGCGGGACATTCAGCTGACGGCGTCTTAACCATGAA
ACCGAGAGGGTTAACGATACGTGTCTCGTGAGAGACGATACCGTCATTTGCCGTCAGGCT
AACCTTAGCGGCGTTACGTAAGTAAGCATCTTGGCTGACGTCACTGCAAGCACTGTCAGG
TGACTGGAGGAGAACGAGCTCGCAGACTTCCTCCTCGTGGTCACCGGTCACTTCCATTGT
GTAGCTGCATGTTTTGCCAGTCACCGCTTCTTTTGTCAACGCAACGGTTCCGTTTGTTAT
GCTCCTGCACTCTAGCTTCACTTTCGCTCCTTCAAGGAATTTGCTGAGACGGGTAACGAA
TTGGACACGGCATGTGTCACAGTAAACCGATCCCTGAATTTTGAAACTGTCAAAGTCATC
GGCATCGGCCATAGCCTTGCCGGCTAGAGACGACAGGCACAAGGCGGAGACAAAGAAGAA
GATAGCCTTGGTTGCCATTTGATTGACTAAGTTACAAGATTTGTCTTTCTTCTCCTTTTG
AATCGTTTTCTTTGTTGAGAT*AGAGAAGAGGACCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3EX86TF C 1
AF RR3EX86JQ U 6
AF RR3AR06JQ U 41
AF RR3AR06TF C 70
BS 1 5 RR3EX86TF
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BS 89 89 RR3AR06JQ
BS 90 428 RR3EX86JQ
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BS 480 523 RR3EX86JQ
BS 524 524 RR3AR06JQ
BS 525 728 RR3EX86JQ
BS 729 756 RR3AR06JQ

RD RR3EX86TF 756 0 0
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CCCATTTTTGTATTTTATCATATTACACTTTTACATATAAGAAAACAAACAATTGATGAT
GCAGTAAAATAACGATCTCTGAGATAGAAGTCGTAATCATATTTAGAAGGTGACGTCAGG
AACGATTCCGAGCTCCTTAAAAGCGGCGGGACATTCAGCTGACGGCGTCTTAACCATGAA
ACCGAGAGGGTTAACGATACGTGTCTCGTGAGAGACGATACCGTCATTTGCCGTCAGGCT
AACCTTAGCGGCGTTACGTAAGTAAGCATCTTGGCTGACGTCACTGCAAGCACTGTCAGG
TGACTGGAGGAGAACGAGCTCGCAGACTTCCTCCTCGTGGTCACCGGTCACTTCCATTGT
GTAGCTGCCTGTTTTGCCTGTCACCGCTTCTTTTGTCAACGCAACGGTTCCGTTTGTTCT
GCTCCTGCACTCTAGCTTCACTTTCGCTCCTTCAAGGAATTTGTTGAGACGGGTAACGAA
TTGGACACGGCATGTGTCACAGTAAACCGATCCCTGAATTTTGAAACTGTCAAAGTCATC
GGCATCGGCCATAGCCTTGCCGGCTAGAGACGACAGGCACAAGGCGGAGACAAAGAAGAA
GATAGCCTTGGTTGCCATTTGATTGACTAAGTTACAAGATTTGTCTTTCTTCTCCTTTTG
AATCGTTTTCTTTGTTGAGATTAGAGAAGAGGACCC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3EX86JQ 723 0 0
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TTTTGTATTTTATCATATTACACTTTTACATATAAGAAAACAAACAATTGATGATGCAGT
AAAATAACGATCTCTGAGATAGAAGTCGTAATCATATTTAGAAGGTGACGTCAGGAACGA
TTCCGAGCTCCTTAAAAGCGGCGGGACATTCAGCTGACGGCGTCTTAACCATGAAACCGA
GAGGGTTAACGATACGTGTCTCGTGAGAGACGATACCGTCATTTGCCGTCAGGCTAACCT
TAGCGGCGTTACGTAAGTAAGCATCTTGGCTGACGTCACTGCAAGCACTGTCAGGTGACT
GGAGGAGAACGAGCTCGCAGACTTCCTCCTCGTGGTCACCGGTCACTTCCATTGTGTAGC
TGCCTGTTTTGCCTGTCACCGCTTCTTTTGTCAACGCAACGGTTCCGTTTGTTCTGCTCC
TGCACTCTAGCTTCACTTTCGCTCCTTCAAGGAATTTGTTGAGACGGGTAACGAATTGGA
CACGGCATGTGTCACAGTAAACCGATCCCTGAATTTTGAAACTGTCAAAGTCATCGGCAT
CGGCCATAGCCTTGCCGGCTAGAGACGACAGGCACAAGGCGGAGACAAAGAAGAAGATAG
CCTTGGTTGCCATTTGATTGACTAAGTTACAAGATTTGTCTTTCTTCTCCTTTTGAATCG
TTT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3AR06JQ 716 0 0
ATAATTAATTATTTTAATTACCCATTTTTGTATTTTATCATATTACACCTTTACATATAA
GAAAACAAACAATTGATGATGCAGTAAAATAACGATCTCTGAGATAGAAGTCGTAATCAT
ATTTAGAAGGTGACGTCAGGAACGATTCCGAGCTCCTTAAAAGCGGCGGGACATTCAGCT
GACGGCGTCTTAACCATGAAACCGAGAGGGTTAACGATACGTGTCTCGTGGGAGACGATA
CCGTCATTTGCCGTCAGGCTAACCTTAGCGGCGTTACGTAAGTAAGCATCTTGGCTGACG
TCACTGCAAGCACTGTCAGGTGACTGGAGGAGAACGAGCTCGCAGACTTCCTCCTCGTGG
TCACCGGTCACTTCCATTGTGTAGCTGCATGTTTTGTCAGTCACCGCTTCTTTTGTCAAC
GCAACGGTTCCGTTTGTTATGCTCCTGCACTCTAGCTTCACTTTCGCTCCTTCAAGGAAT
TTGCTGAGACGGGTAACGAATTGGACACGGCATGTGTCACAGTAAACCGATCCCTGAATT
TTGAAACTGTCAAAGTCATCGGCATCGGCCATAGCCTTGCCGGCTAGAGACGACAGGCAC
AAGGCGGAGACAAAGAAGAAGATAGCCTTGGTTGCCATTTGATTGACTAAGTTACAAGAT
TTGTCTTTCTTCTCCTTTTGAATCGTTTTCTTTGTTGAGAT*AGAGAAGAGGACCC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3AR06TF 687 0 0
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TAACGATCTCTGAGATAGAAGTCGTAATCATATTTAGAAGGTGACGTCAGGAACGATTCC
GAGCTCCTTAAAAGCGGCGGGACATTCAGCTGACGGCGTCTTAACCATGAAACCGAGAGG
GTTAACGATACGTGTCTCGTGGGAGACGATACCGTCATTTGCCGTCAGGCTACCCTTAGC
GGCGTTACGTAAGTAAGCATCTTGGCTGACGTCACTGCAAGCACTGTCAGGTGACTGGAG
GAGAACGAGCTCGCAGACTTCCTCCTCGTGGTCACCGGTCACTTCCATTGTGTAGCTGCA
TGTTTTGTCAGTCACCGCTTCTTTTGTCAACGCAACGGTTCCGTTTGTTATGCTCCTGCA
CTCTAGCTTCACTTTCGCTCCTTCAAGGAATTTGCTGAGACGGGTAACGAATTGGACACG
GCATGTGTCACAGTAAACCGATCCCTGAATTTTGAAACTGTCAAAGTCATCGGCATCGGC
CATAGCCTTGCCGGCTAGAGACGACAGGCACAAGGCGGAGACAAAGAAGAAGATAGCCTT
GGTTGCCATTTGATTGACTAAGTTACAAGATTTGTCTTTCTTCTCCTTTTGAATCGTTTT
CTTTGTTGAGAT*AGAGAAGAGGACCC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 4

CO CL3031Contig1 1001 4 3 U
GGAGGGCTTCCGCGTCTCTCTTGCTCTCTCTCAAATCACGTTCATTAGGGTTCTCTCAGA
CTCGGTATCGTCACCGTCTTCGCCCCCGCGAAGCTCAGTTCGAAGATGTTCACGGCGGAT
ATACCACCGAATCAGTCAATCTACATCAAAAACCTCAATGAGAGAATCAAGAAAGAAGAA
TTGAAGAGATCTCTTTACTGTTTGTTCTCACAGTTTGGGAGGATACTTGATGTGGTTGCT
TTGAAGACTCCTAAGCTCCGTGGTCAAGCTTGGGTTGCCTTTAGTGACGTCACTGCTGCT
ACTAATGCCGTTCGCCAGATGCAGAACTTCCCTTTCTATGATAAGCCTATGCGCATACAG
TTCGCAAAGGAAAAGTCAGATTGTATTGCTAAAGAGGAAGGAACTTTCGTTCCCAAAGAT
AAGAAGAGGAAGAAACAAGAGAAAGCTGAAAGAAAGCGTGAAGAAACCCAACGACCAAAC
ACAGCTAATGGCCCAACTCCACAGAACGGAGCCCCTCCGCCATCATCGTTCAAGCCGAGC
GGACAAGATGCAATGCCACCAAACAACATACTCTTCATTCAGAATCTTCCGCACGATACA
ACAACCGCTATGCTTGAGTTTCTCTTCCGTCAGTATCCTGGATTCAAAGAGATAAGAATG
GTCGCCGCTAAACCAGGGATCGCATTTGCTGAGTTCGAAGACGATGTTAAATCTTCCATG
GCTATGCACGGTCTTCAGGACTTCAAAATCACTCCCCAGTATCCGATGCTCATCTCTTTC
GCCAAGAAATGAAGAGAAATTGCTTGTGTTTGTTGTGTCTTTTAAGATGATGACAATGAG
ACTGTTAGTGTGTATAACCGACGGTTTAATGTTTTAGTTCGATTGACTCCGGTTTGGTTT
TAATCAGGGACCCCTTAATACGCGGTTTCACACTATCTCATTGTCACTTGTCAACCATTT
ATAAAAATATTAAATTTAAAATGATATTTTAGACCAAGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G405TF U 1
AF RR3GW01TF U 30
AF RR3BF06TF U 583
AF RR3G405JQ C 149
BS 1 726 RR3G405TF
BS 727 889 RR3BF06TF
BS 890 1001 RR3G405JQ

RD RR3G405TF 726 0 0
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CTCGGTATCGTCACCGTCTTCGCCCCCGCGAAGCTCAGTTCGAAGATGTTCACGGCGGAT
ATACCACCGAATCAGTCAATCTACATCAAAAACCTCAATGAGAGAATCAAGAAAGAAGAA
TTGAAGAGATCTCTTTACTGTTTGTTCTCACAGTTTGGGAGGATACTTGATGTGGTTGCT
TTGAAGACTCCTAAGCTCCGTGGTCAAGCTTGGGTTGCCTTTAGTGACGTCACTGCTGCT
ACTAATGCCGTTCGCCAGATGCAGAACTTCCCTTTCTATGATAAGCCTATGCGCATACAG
TTCGCAAAGGAAAAGTCAGATTGTATTGCTAAAGAGGAAGGAACTTTCGTTCCCAAAGAT
AAGAAGAGGAAGAAACAAGAGAAAGCTGAAAGAAAGCGTGAAGAAACCCAACGACCAAAC
ACAGCTAATGGCCCAACTCCACAGAACGGAGCCCCTCCGCCATCATCGTTCAAGCCGAGC
GGACAAGATGCAATGCCACCAAACAACATACTCTTCATTCAGAATCTTCCGCACGATACA
ACAACCGCTATGCTTGAGTTTCTCTTCCGTCAGTATCCTGGATTCAAAGAGATAAGAATG
GTCGCCGCTAAACCAGGGATCGCATTTGCTGAGTTCGAAGACGATGTTAAATCTTCCATG
GCTATG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3GW01TF 697 0 0
GG
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AGCTCAGTTCGAAGATGTTCACGGCGGATATACCACCGAATCAGTCAATCTACATCAAAA
ACCTCAATGAGAGAATCAAGAAAGAAGAATTGAAGAGATCTCTTTACTGTTTGTTCTCAC
AGTTTGGGAGGATACTTGATGTGGTTGCTTTGAAGACTCCTAAGCTCCGTGGTCAAGCTT
GGGTTGCCTTTAGTGACGTCACTGCTGCTACTAATGCCGTTCGCCAGATGCATAACTTCC
CTTTCTATGATAAGCCTATGCGCATACAGTTCGCAAAGGAAGAGTCAGATTGTATTGCTA
AAGAGGAAGGAACTTTCGTTCCCAAAGATAAGAAGAGGAAGAAACAAGAGAAAGCTGAAA
GAAAGCGTGAAGAAACCCAACGACCAAACACAGCTAATGGCCCAACTCCACAGAACGGAG
CCCCTCCGCCATCATCGTTCAAGCCGAGCGGACAAGATGCAATGCCACCAAACAACATAC
TCTTCATTCAGAATCTTCCGCACGATACAACAACCGCTATGCTTGAGTTTCTCTTCCGTC
AGTATCCTGGATTCAAAGAGATA*GAATGGTCGCCGCTAAACCAGGGATCGCATTTGCTG
AGTTCGAAGACGATGTTAAATCTTCCATGGCTATG

QA 3 697 3 697
DS 

RD RR3BF06TF 307 0 0
G
ATCTTCCGCACGATACAACAACCGCTATGCTTGAGTTTCTCTTCCGTCAGTATCCTGGAT
TCAAAGAGATAAGAATGGTCGCCGCTAAACCAGGGATCGCATTTGCTGAGTTCGAAGACG
ATGTTAAATCTTCCATGGCTATGCACGGTCTTCAGGACTTCAAAATCACTCCCCAGTATC
CGATGCTCATCTCTTTCGCCAAGAAATGAAGAGAAATTGCTTGTGTTTGTTGTGTCTTTT
AAGATGATGACAATGAGACTGTTAGTGTGTATAACCGACGGTTTAATGTTTTAGTTCGAT
TGACTC

QA 2 307 2 307
DS 

RD RR3G405JQ 853 0 0
AAAACCTCAATGAGAGA*TCAAGAAAGAAGAATTGAAGAGATCTCTT*ACTGTTTGTTCT
CACAGTTTGGGAGGATACTTGATGTGGTTGCTTTGAAGACTCCTAAGCTCCGTGGTCAAG
CTTGGGTTGCCTTTAGTGACGTCACTGCTGCTACTAATGCCGTTCGCCAGATGCAGAACT
TCCCTTTCTATGATAAGCCTATGCGCATACAGTTCGCAAAGGAAAAGTCAGATTGTATTG
CTAAAGAGGAAGGAACTTTCGTTCCCAAAGATAAGAAGAGGAAGAAACAAGAGAAAGCTG
AAAGAAAGCGTGAAGAAACCCAACGACCAAACACAGCTAATGGCCCAACTCCACAGAACG
GAGCCCCTCCGCCATCATCGTTCAAGCCGAGCGGACAAGATGCAATGCCACCAAACAACA
TACTCTTCATTCAGAATCTTCCGCACGATACAACAACCGCTATGCTTGAGTTTCTCTTCC
GTCAGTATCCTGGATTCAAAGAGATAAGAATGGTCGCCGCTAAACCAGGGATCGCATTTG
CTGAGTTCGAAGACGATGTTAAATCTTCCATGGCTATGCACGGTCTTCAGGACTTCAAAA
TCACTCCCCAGTATCCGATGCTCATCTCTTTCGCCAAGAAATGAAGAGAAATTGCTTGTG
TTTGTTGTGTCTTTTAAGATGATGACAATGAGACTGTTAGTGTGTATAACCGACGGTTTA
ATGTTTTAGTTCGATTGACTCCGGTTTGGTTTTAATCAGGGACCCCTTAATACGCGGTTT
CACACTATCTCATTGTCACTTGTCAACCATTTATAAAAATATTAAATTTAAAATGATATT
TTAGACCAAGTAG

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 3

CO CL3032Contig1 660 3 17 U
GGACAACTACAAAACCAAAAAAAAAAACAATCTCGTTTGATCAAGGCTTGTGAGTTTGGA
AAAGCTAAAAGACAATGGCAAGCTTCACTTCCTCCGTCACTTGTCCTAATCTTCTTATGA
AGCCTTCAGTCACAGCTATCTCCACTGAGATTGTCTATGGTCTTCCAAGGATGATCAAGA
GAAGCAGTGGAGTGAAGTGCTCGATGGAGACAAAGCAGCCCAAGCAAGAAAAGAGCTCAA
CGGCAGGTTCGTCCGT*TTGGCGCTTATGTTAACAGCTGTGGTGAGTAGTAGCCCAGCAA
TGGCATTGGTGGACGAGAGGATGTCCACAGAAGGAACAGGACTGCCTTTTGGTCTGAGCA
ATAACCTGTTGGGTTGGATTTTGTTGGGCGTGTTTGGTTTGATATGGGCTGTTTACTTTA
ACTACACGTCTTCCCTCGATGAGGATGATGATTCTGGGCTTTCCCTCTGAAAGTTCCCAC
TCTCTGTTTCTCTCTCATTTTTCAGTGAACATGAAAGTGAAAATGCTCTGTACCTTCTTG
TAAAGTTTCAAGTGAAAAAAAAA*GAGAGAGACCAGACCTTGTGTAAAATGCAGTAAAAT
GTGTATTGTTTGTGGGTTCAATAAATTTATTGGGCCAATACGAAAGCCCATTAATGTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR3E723JQ C 1
AF RR3FE81TF U 37
AF RR3E723TF U 1
BS 1 38 RR3E723TF
BS 39 163 RR3FE81TF
BS 164 164 RR3E723TF
BS 165 196 RR3FE81TF
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BS 198 239 RR3FE81TF
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BS 536 563 RR3FE81TF
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BS 643 657 RR3FE81TF
BS 658 660 RR3E723JQ

RD RR3E723JQ 660 0 0
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AAAGCTAAAAGACAATGGCAAGCTTCACTTCCTCCGTCACTTGTCCTAATCTTCTTATGA
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ATAACCTGTTGGGTTGGATTTTGTTGGGCGTGTTTGGTTTGATATGGGCTGTTTACTTTA
ACTACACGTCTTCCCTCGATGAGGATGATGATTCTGGGCTTTCCCTCTGAAAGTTCCCAC
TCTCTGTTTCTCTCTCATTTTTCAGTGAACATGAAAGTGAAAATGCTCTGTACCTTCTTG
TAAAGTTTCAAGTGAAAAAAAAA*GAGAGAGACCAGACCTTGTGTAAAATGCAGTAAAAT
GTGTATTGTTTGTGGGTTCAATAAATTTATTGGGCCAATACGAAAGCCCATTAATGTTCC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3FE81TF 621 0 0
GG
GATCAAGGCTTGTGAGTTTGGAAAAGCTAAAAGACAATGGCAAGCTTCACTTCCTCCGTC
ACTTGTCCTAATCTTCTTATGAAGCCTTCAGTCACAGCTATCTCCACTGAGATTGTCTAT
GGTCTCCCAAGGATGATCAAGAGAAGCAGTGGAGTGAAATGCTCGATGGAGACAAAGCAG
CCCAAGCAAGAAAAGAGCTCATCGGCAGGTTCGTCCGTGTTGGCGCTTATGTTAACAGCT
GTGGTGAGTAGTAGCCCAGCAATGGCATTGGTGGACGAGAGGATGTCCACAGAAGGAACA
GGACTGCCTTTTGGTCTGAGCAATAACCTGTTGGGTTGGATTTTGTTGGGCGTGTTTGGT
TTGATATGGGCTGTTTACTTTAACTACACGTCTTCCCTCGATGAGGATGATGATTCTGGG
CTTTCCCTCTGAAAGTTCCCACTCTCTGTTTCTCTCTCATTTTTCAGTGAACATGAAAGT
GAAAATGCTCTGTACCCTCTTGTAAAGTTTCAAGTGAAAAAAAAAAGAGAGAGACCAGAC
CTTGTGTAAAATGCAGTAAAATGTGTATTGTTTGTGGGTTCAATAAATTTATTGGGCCAA
TACAAAAGCCCATTAATGT

QA 3 621 3 621
DS 

RD RR3E723TF 659 0 0
GGACAACTACAAAACCAAAAAAAAAAACAATCTCGTTTGATCAAGGCTTGTGAGTTTGGA
AAAGCTAAAAGACAATGGCAAGCTTCACTTCCTCCGTCACTTGTCCTAATCTTCTTATGA
AGCCTTCAGTCACAGCTATCTCCACTGAGATTGTCTATGGTCTTCCAAGGATGATCAAGA
GAAGCAGTGGAGTGAAGTGCTCGATGGAGACAAAGCAGCCCAAGCAAGAAAAGAGCTCAA
CGGCAGGTTCGTCCGT*TTGGCGCTTATGTTAACAGCTGTGGTGAGTAGTAGCCCAGCAA
TGGCATTGGTGGACGAGAGGATGTCCACAGAAGGAACAGGACTGCCTTTTGGTCTGAGCA
ATAACCTGTTGGGTTGGATTTTGTTGGGCGTGTTTGGTTTGATATGGGCTGTTTACTTTA
ACTACACGTCTTCCCTCGATGAGGATGATGATTCTGGGCTTTCCCTCTGAAAGTTCCCAC
TCTCTGTTTCTCTCTCATTTTTCAGTGAACATGAAAGTGAAAATGCTCTGTACCTTCTTG
TAAAGTTTCAAGTGAAAAAAAAA*GAGAGAGACCAGACCTTGTGTAAAATGCAGTAAAAT
GTGTATTGTTTGTGGGTTCAATAAATTTATTGGGCCAATACGAAAGCCCATTAATGT
TC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 4

CO CL3033Contig1 770 4 2 U
GGGAGTTTACTCAGTCTAATACTGTGCATCAGAGCTTGATTGAGTTTAGGCCGGCACACA
AAGGTTTCCAGTGCAGATTGGCGAGGGATCAAAGTGTTACTTTATGTGACATTCTGTCAT
TGGTGGAGCTTATTGCTTGTTACACGGTATGGGATTGGACAAGTGCGAACATTGTTTCTC
CACTGCTTAAGACGCTGGGAATGACATTGCCAATGAACGTTTCTGTTGCAGTAATCTCTC
TTCTTGGGCAGCTTAGCAGTGTTGGAGTGGATGCTGGTGGCTATGAAAATGAAGGGATAT
CAAACTTGAGAGAGAAACTGTCATCATTTCTTCAGTGTGAGAAGACACTAGAAGCTGGTT
TTACAGTCCAGATAGCAACTGTGAGCTCCCTCTTGAAGACGCTTCAGCTGGATCTCGCAA
AAGTCTTTCAAGGCGAAATCACCAAGCTTCCAGATTGTGGCGACCAAAGCTTATCTGTTC
CAGCCAATGTGGTCACCAAGTGGTTCTCTTTGTTGAGCGAGGAACAGCGAGCTTTCGCAG
CCGAGTTCTTGCAAACCTCTGTTGTTAGATAATTACTTAAGTTGAAAAAGTCATCAAAAG
CAGTACAGTTTTGGGTATGTCTCTTACTGCTTGATTCTTCTTCATTGACTGATGTTTTTT
GGTTCAAGGATGGAGACTATCACCATGTATTGTAGTCTACCAATTGGAACATGTTACATA
GTTTTTTTAAAACATTTTTATTCAGACAAAGCCTAACCACATCACCGCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3EN56TF U 1
AF RR3EN56JQ C 2
AF RR3BL89JQ C 80
AF RR3BL89TF U 206
BS 1 728 RR3EN56TF
BS 729 770 RR3BL89TF

RD RR3EN56TF 728 0 0
GGGAGTTTACTCAGTCTAATACTGTGCATCAGAGCTTGATTGAGTTTAGGCCGGCACACA
AAGGTTTCCAGTGCAGATTGGCGAGGGATCAAAGTGTTACTTTATGTGACATTCTGTCAT
TGGTGGAGCTTATTGCTTGTTACACGGTATGGGATTGGACAAGTGCGAACATTGTTTCTC
CACTGCTTAAGACGCTGGGAATGACATTGCCAATGAACGTTTCTGTTGCAGTAATCTCTC
TTCTTGGGCAGCTTAGCAGTGTTGGAGTGGATGCTGGTGGCTATGAAAATGAAGGGATAT
CAAACTTGAGAGAGAAACTGTCATCATTTCTTCAGTGTGAGAAGACACTAGAAGCTGGTT
TTACAGTCCAGATAGCAACTGTGAGCTCCCTCTTGAAGACGCTTCAGCTGGATCTCGCAA
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CAGCCAATGTGGTCACCAAGTGGTTCTCTTTGTTGAGCGAGGAACAGCGAGCTTTCGCAG
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CAGTACAGTTTTGGGTATGTCTCTTACTGCTTGATTCTTCTTCATTGACTGATGTTTTTT
GGTTCAAGGATGGAGACTATCACCATGTATTGTAGTCTACCAATTGGAACATGTTACATA
GTTTTTTT

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DS 

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GGGAG
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TCCAGTGCAGATTGGCGAGGGATCAAAGTGTTACTTTATGTGACATTCTGTCATTGGTGG
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AGGATGGAGACTATCACCATGTATTGTAGTCTACCAATTGGAACATGTTACATAGTTTTT
TTAAAACATTTTTATTC

QA 6 742 6 742
DS 

RD RR3BL89JQ 689 0 0
GC
CGAGGGATCAAAGTGTTACTTTATGTGACATTCTGTCATTGGTGGAGCTTATTGCTTGTT
ACACGGTATGGGATTGGACAAGTGCGAACATTGTTTCTCCACTGCTTAAGACGCTGGGAA
TGACATTGCCAATGAACGTTTCTGTTGCAGTAATCTCTCTTCTTGGGCAGCTTAGCAGTG
TTGGAGTGGATGCTGGTGGCTATGAAAATGAAGGGATATCAAACTTGAGAGAGAAACTGT
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TGAGCTCCCTCTTGAAGACGCTTCAGCTGGATCTCGCAAAAGTCTTTCAAGGCGAAATCA
CCAAGCTTCCAGATTGTGGCGACCAAAGCTTATCTGTTCCAGCCAATGTGGTCACCAAGT
GGTTCTCTTTGTTGAGCGAGGAACAGCGAGCTTTCGCAGCCGAGTTCTTGCAAACCTCTG
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ACCATGTATTGTAGTCTACCAATTGGAACATGTTACATAGTTTTTTTAAAACATTTTTAT
TCAGACAAAGCCTAACCACATCACCGC

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DS 

RD RR3BL89TF 565 0 0
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ATTTCTTCAGTGTGAGAAGACACTAGAAGCTGGTTTTGCAGTCCAGATAGCAACTGTGAG
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CTCTTTGTTGAGCGAGGAACAGCGAGCTTTCGCAGCCGAGTTCTTGCAAACCTCTGTTGT
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TGTATTGTAGTCTACCAATTGGAACATGTTACATAGTTTTTTTAAAACATTTTTATTCAG
ACAAAGCCTAACCACATCACCGCAA

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 3

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AAAAAAAAGGTTATTTCATGCAATGCATAACGGGTGGGCCCCCTATGGATTCCTCTAACT
CAATGAATGAAGGGAGGAGTATGAGGAAGGCCGGCTTTCTAAATGAAAATGAAAACAAAA
AGGAAAAGGGTCAAACCATATCTTACTTAATAATCTGACTGAATGACGAAAAGCTCTTTA
TGTGGTCTCACTTTACCACCATCTGAAATGCGCGAAACTTCGATTGGGGGAAGCCAGTCC
ATGAAAATTCTCCCTTTTCCTACGTACACTTCCCCTCTTTTGGTAAGCATCCAGTATCTC
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AAGGATCCAACGAATAGCTAAGGTTTGTCGACAATCCCTGGCTACAATCCCAGGGACATC
ATAAATAGTACCCGCTACTCCTACTTTTGCTACTTCGCATATGGGCTTTATATTCTCTAC
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ATAAACAATAGCACGAACTCTCGTTCTTTTACCTTCTTTCATGCGAAAATTGACCAACTT
CTTGATCAATAGTTTTTGCTCACCATCCAAGCCCCCTATATAGCTGAAAATTTCCGAGCA
ATTGGAAGCCGCTTTCGATGACGAGGCAGAACAATTTATATTACGCAATCGTTACTGTCC
ATCTTTATCAGCCAACTCCCCAGTTTCCATCTTTCCCTTTAGAGTTTACCACTCTTCATA
GCTTCTTGAACTTTCTTTAGGGTCTTGCTCCCTGAGTTCCAGAGTCTACACTCTCGCGTC
ATATGGCTCCGCCCCGGAATCATGCTTACGCCCTCTCCTTTTAGAAATACTCTCGTTCCT
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TGGGATGAGCGTCCTCTGATCTAAATAAGAGCTCCTGTTTGCTTTCTGGCAATGAGCTAG
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AACCCGCAACCGAGGAACGCCTCTCCTTGCAGTCGAATTCCGTTGGACCTCTACTCCGCC
TACTTCTTGTGCCGACTTCGACTGCCTTATTTCGGGTGAAGAGTAAGGGGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EM22JQ U 14
AF RR3C979JQ U 1
AF RR3EM22TF C 705
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RD RR3EM22JQ 573 0 0
C
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TTCATGCAATGCATAACGGG*GGGCCCCCTATGGATTCCTCTAACTCAATGAATGAAGGG
AGGAGTATGAGGAAGGCCGGCTTTCTAAATGAAAATGAAAACAAAAAGGAAAAGGGTCAA
ACCATATCTTACTTAATAATCTGACTGAATGACGAAAAGCTCTTTATGTGGTCTCACTTT
ACCACCATCTGAAATGCGCGAAACTTCGATTGGGGGAAGCCAGTCCATGAAAATTCTCCC
TTTTCCTACGTACACTTCCCCTCTTTTGGTAAGCATCCAGTATCTCAGCAAATGAACATT
TCTCTAAGCTTATCCTGTAGCTTATACGTCGTTTGAAAGCTGCTTCAAGGATCCAACGAA
TAGCTAAGGTTTGTTGACAATCCCTGGCTACAATCCCAGGGACATCATAAATAGTACCCG
CTACTCCTACTTTTGCTACTTCGCATATGGGCTTTATATTCTCTACGGCGTCAACCATAA
GTTTGATTACATCGCGTTCAGTTCGAGCTGGG

QA 2 573 2 573
DS 

RD RR3C979JQ 790 0 0
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AAAAGAAAGGTTATTTCATGCAATGCATAACGGGTGGGCCTCCTATGGATTCCTCTAACT
CAATGAATGAAGGGGGGAGTATGAGGAAGGCCGGCTTTCTAGATGAAAATGAAAACAAAA
AGGAAAAGGGTCAAACCATATCTTACTTAATAATCTGACTGAATGACGAAGAGCTCTTTA
TGTGGTCTCACTTTACCACCATCTGAAATGCGCGAAACTTCGATTGGTGGAAGCCAGTCC
ATGAAGATTCTCCCTTTTCCTACGTGCACTTCCCCTCTTTTGGTAAGCATCCAGTATCTC
AGCAAATAAACATTTCTCTAAGCTTATCCTGTAGCTTATACGTCGTTTGAAAGCTGCTTC
AAGGATCCAACGAATAGCTAAGGTTTGTCGACGATCCCTGGCTACAATCCCAGGGACATC
ATAAATAGTACCCGCTACTCCTACTTTTGCTACTTCGCATATGGGCTTTATATTCTCTAC
GGCGTCAACCATAAGTTTGATTACATCGCGTTCAGTTCGAGCTGGGCGATGAAAAGTTTG
ATAAACAATAGCACGAACTCTCGTTCTTTTACCTTCTTTCATGCGAAAATTGACCAACTT
CTTGATCAATAGTTTTTGCTCACCATCCAAGCCCCCTATATAGCTGAAAATTTCCGAGCA
ATTGGAAGCCGCTTTCGATGACGAGGCCGAACAATTTATATTACGCAATCGTTACTGTCC
ATCTTTATCA

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3EM22TF 669 0 0
TGAAAATTTCCGAGCAATTGGAAGCCGCTTTCGATGACGAGGCAGAACAATTTATATTAC
GCAATCGTTACTGTCCATCTTTATCAGCCAACTCCCCAGTTTCCATCTTTCCCTTTAGAG
TTTACCACTCTTCATAGCTTCTTGAACTTTCTTTAGGGTCTTGCTCCCTGAGTTCCAGAG
TCTACACTCTCGCGTCATATGGCTCCGCCCCGGAATCATGCTTACGCCCTCTCCTTTTAG
AAATACTCTCGTTCCTCTCTAGACAAGTGCTCGAGTAAGAAATACCTCTCCTTTTCAGTC
GAGTTGCTAAAGCACCTGGGATGAGCGTCCTCTGATCTAAATAAGAGCTCCTGTTTGCTT
TCTGGCAATGAGCTAGCTTAACCCTGATTGCGACAGGCTTAATACAGTCATGTTGGATCT
CCTATTCGTTCTGCTACCAGGAAGAGAAAGACTGATTGCGACAGCTCAACCGGATGAGAC
ATCTCTTATTTACAGAACTGTGCCAACCGAGGAACGCCTACCAACTCCGCCAACCCCATT
GATTTAGCCGCACCTGAACCCGCAACCGAGGAACGCCTCTCCTTGCAGTCGAATTCCGTT
GGACCTCTACTCCGCCTACTTCTTGTGCCGACTTCGACTGCCTTATTTCGGGTGAAGAGT
AAGGGGTGC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 3

CO CL3035Contig1 941 3 13 U
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AAAAAGAGAAGAAATCTGAACACAAAAGCCCTAATTCACACAAAATGCTGTAACGTTTCA
GACAATAACACCATACAAGAATCAGAATCAGAGTCCTCCCCACTTCCACACAACTCTAAC
AAAGTACTGACAAATGTGTATATATATGTTTCCCCCACTAACCGATGCTCTAACCAGATA
ACCAACTTCCAAAGTCATCAACAAAAACTCTCCAAAAACCTCCAACTGATCACTATCGCC
GCAAACCAACAGCTTTTTCAAGTTACCATTTACCATACGACCTTCTTCTTTTTTCTTCAA
CTTAGACATCGCCTTTTGATTTCTTCCCAGTGACAATCTGCATGATACGAAGCCCTCTGC
TAAAGGCTTCATTGAATAAGATCCTTGTTTGCATAGATTGAAACCCAGGCATCCACGACA
TGAACGCTACGGGAACCATGATGAGTATCCCGAACAGTATGTCATATACCCTAGCAAGGG
AGACAACCGCGTTCCAGATAAGCCTAAACTTCGTCAGCGCTGGCCTTAAAGCCTGTGCGA
TCAGCAAGATTCCCCATCCGGTTGGGACGAACGCAAGAAGACTCGTGAAGATATCCACGA
AGCTGAAATGCGTGAACTCTAGCAAAGCAACAATCACCAGAATACCAAACACGATCAGGA
GGAACTGAACGAGCCTGTACCGTATGTGGTTTCTCGCAGAGTACTTGTCACGGGCGTACT
GGATTATCAGGAAGAACACAAACACTGCAAAGATGTATATCCATGACAACAAGTAGACGA
GAATGCTGGTTGATCCGTTTGCGATTTTGAGCTGGTAAACAATCCCGTACTGGAAGAAGA
AAAACCGAAGGTCCAAGATTATCTCAACAACTCTTCCTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3D778JQ U 1
AF RR3AZ01JQ U 19
AF RR3AZ01TF C 378
BS 1 93 RR3D778JQ
BS 94 94 RR3AZ01JQ
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BS 408 585 RR3D778JQ
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BS 652 652 RR3AZ01JQ
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BS 713 723 RR3D778JQ
BS 724 786 RR3AZ01JQ
BS 787 941 RR3AZ01TF

RD RR3D778JQ 723 0 0
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AAAAAGAGAAGAAATCTGAACACAAAAGCCCTACTTCACACAAAATGCTGTAACGTTTCA
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AAAGTACTGACAAATGTGTATATATATGTTTCCCCCACTAACCGATGCTCTAACCAGATA
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CTTAGACATCGCCTTTTGATTTCTTCCCAGTGACAATCTGCATGATGCGAAGCCCTCTGC
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AGACAACCGCGTTCCAGATAAGCCTAAACTTCGTCAGCGCTGGCCCTAAAGCCTGTGCGA
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GGA

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DS 

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GAATCAGAATCAGAGTCCTCCCCACTTCCACACAACTCTAACAAAGTACTGACAAATGTG
TATATATATGTTTCCCCCACTAACCGATGCTCTAACCAGATAACCAACTTCCAAAGTCAT
CAACAAAAACTCTCCAAAAACCTCCAACTGATCACTATCGCCGCAAACCAACAGCTTTTT
CAAGTTACCATTTACCATACGACCTTCTTCTTTTTTCTTCAACTTAGACATCGCCTTTTG
ATTTCTTCCCAGTGACAATCTGCATGATACGAAGCCCTCTGCTAAAGGCTTCATTGAATA
AGATCCTTGTTTGCATAGATTGAAACCCAGGCATCCACGACATGAACGCTACGGGAACCA
TGATGAGTATCCCGAACAGTATGTCATATACCCTAGCAAGGGAGACAACCGCGTTCCAGA
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CTAGCAAAGCAACAATCACCAGAATACCAAACACGATCAGGAGGAACTGAACGAGCCTGT
ACCGTATGTGGTTTCTCGCAGAGTACTTGTCACGGGCGTACTGGATTA

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3AZ01TF 564 0 0
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AAGATCCTTGTTTGCATAGATTGAAACCCAGGCATCCACGACATGAACGCTACGGGAACC
ATGATGAGTATCCCGAACAGTATGTCATATACCCTAGCAAGGGAGACAACCGCGTTCCAG
ATAAGCCTAAACTTCGTCAGCGCTGGCCTTAAAGCCTGTGCGATCAGCAAGATTCCCCAT
CCGGTTGGGACGAACGCAAGAAGACTCGTGAAGATATCCACGAAGCTGAAATGCGTGAAC
TCTAGCAAAGCAACAATCACCAGAATACCAAACACGATCAGGAGGAACTGAACGAGCCTG
TACCGTATGTGGTTTCTCGCAGAGTACTTGTCACGGGCGTACTGGATTATCAGGAAGAAC
ACAAACACTGCAAAGATGTATATCCATGACAACAAGTAGACGAGAATGCTGGTTGATCCG
TTTGCGATTTTGAGCTGGTAAACAATCCCGTACTGGAAGAAGAAAAACCGAAGGTCCAAG
ATTATCTCAACAACTCTTCCTACC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 3

CO CL3036Contig1 1013 3 12 U
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TGATCAACAATGGAATTTTGGGGAGTTGAAGTTAAGGCTGGGATGCCACTTAAAGTGAGG
CCTCAAGTAGACCATCTCATCCACCTTTCTCAGGCAACAATCGATGCCAAAAAGGGAGAA
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TCTTTGGAGAGTGGTAGTGTCCACTTTGTTGGCTACAGATCTCCCAACATCGATCAAGAG
GAGGACTACCCTTCTGATTCCGAGGAGGAGGAAGTGGTTCCTGCTACTTCAACTGTCACT
TCTGTTGGGAATGCTGCTGCTGCTGCTTCCAATGTTGTCAAGGCTGCTGACTCAAAACCA
AAAGCCAAGCCTGCTGAAGTGAAACCTGAGTCTGACGGGGAGGATGAGTCTGAGGAGGAG
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CCTGAGGAGCCGAGCAACAAGAAGAGGGCCACTGCATCTGCTTCCAAAACACCTGTCCCA
GCAAAGAAGACAAAAACTGCAGTAGCACCCACTCCTCAGA*CACTGAAGAGAAGAAGAAG
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CTAGTTTGCAACTTTATGAATATTGCCTTGAATGATAAAGAACTTGGTCTGCT


BQ
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AF RR3FM27TF U 1
AF RR3DV28TF U 8
AF RR3DV28JQ C 375
BS 1 118 RR3FM27TF
BS 119 119 RR3DV28TF
BS 120 408 RR3FM27TF
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BS 505 636 RR3FM27TF
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BS 677 712 RR3FM27TF
BS 713 1013 RR3DV28JQ

RD RR3FM27TF 713 0 0
GGATTGTTCTCTAGATAGCAGAACCCTAAAACTCTCCTGTCGAATCTCTCTTTTCCTCCT
TGATCAACAATGGAATTTTGGGGAGTTGAAGTTAAGGCTGGGATGCCACTTAAAGTGATG
CCTCAAGTAGACCATCTCATCCACCTTTCTCAGGCAACAATCGATGCCAAAAAGGGAGAA
TCTGGTCTCTTGTACGTGACTATTGATTGGAAGAAACATGTCATTGGAACGCTCTCTCAA
GACCACATTCCTCAGATGACCTTTGACCTTGTCTTCGAGCAGGAGTTTGAGCTTTCTCAC
TCTTTGGAGAGTGGTAGTGTCCACTTTGTTGGCTACAGATCTCCCAACATCGATCAAGAG
GAGGACTACCCTTCTGATTCCGAGGAGGAGGAAGTGGTTCCTGCTACTCCAACTGTCACT
TCTGTTGGGAATGCTGCTGCTGCTGCTTCCAATGTTGTCAAGGCTGCTGACTCAAAACCA
AAAGCCAAGCCTGCTGAAGTGAAGCCTGAGTCTGACGGGGAGGATGAGTCTGAGGAGGAG
GATGAAGAAGATGACTCTGAGGAGGAGGATGAAGAAGAGGAGGAGGAGACCCCTAAGCAG
CCTGAGGAGCCGAGCAACAAGAAGAGGGCCACTGCACCTGCTTCCAAAACACCTGTCCCA
GCAAAGAAGACAAAA*CTGCAGTAGCACCCACTCCTCAGA*CACTGAAGAGA
G

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3DV28TF 707 0 0
TCTCTAGATAGCAGAACCCTAAAACTCTCCTGTCGAATCTCTCTTTTCCTCCTTGATCAA
CAATGGAATTTTGGGGAGTTGAAGTTAAGGCTGGGATGCCACTTAAAGTGAGGCCTCAAG
TAGACCATCTCATCCACCTTTCTCAGGCAACAATCGATGCCAAAAAGGTAGAATCTGGTC
TCTTGTACGTGACTATTGATTGGAAGAAACATGTCATTGGAACGCTCTCTCAAGACCACA
TTCCTCAGATGACCTTTGACCTTGTCTTCGAGCAGGAGTTTGAGCTTTCTCACTCTTTGG
AGAGTGGTAGTGTCCACTTTGTTGGCTACAGATCTCCCAACATCGATCAAGAGGAGGACT
ACCCTTCTGATTCCGAGGAGGAGGAAGTGGTTCCTGCTACTTCAACTGTCACTTCTGTTG
GGAATGCTGCTGCTGCTGCTTCCAATGTTGTCAAGGCTGCTGACTCAAAACCAAAAGCCA
AGCCTGCTGAAGTGAAACCTGAGTCTGACGGGGAGGATGAGTCTGAGGAGGAGGATGAAG
AAGATGACTCTGAGGAGGAGGATGAAGAAGAGGAGGAGGAGACCCCTAAGCAGCCTGAGG
AGCCGAGCAACAAGAAGAGGGCCACTGCATCTGCTTCCAAAACACCTGTCCCAGCAAAGA
AGACAAAAACTGCAGTAGCACCCACTCCTCAGA*CACTGAAGAGA
GA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3DV28JQ 639 0 0
TGATTCCGAGGAGGAGGAAGTGGTTCCTGCTACTTCAACTGTCACTTCTGTTGGGAATGC
TGCTGCTGCTGCTTCCAATGTTGTCAAGGCTGCTGACTCAAAACCAAAAGCCAAGCCTGC
TGAAGTGAAACCTGAGTCTGACGGGGAGGATGAGTCTGAGGAGGAGGATGAAGAAGATGA
CTCTGAGGAGGAGGATGAAGAAGAGGAGGAGGAGACCCCTAAGCAGCCTGAGGAGCCGAG
CAACAAGAAGAGGGCCACTGCATCTGCTTCCAAAACACCTGTCCCAGCAAAGAAGACAAA
AACTGCAGTAGCACCCACTCCTCAGAACACTGAAGAGAAGAAGAAGGGCGGGCACACAGC
TGCACCACACCCAGCAAAAAAGGGTGGAAAGAGTCCTAACCAGAGCCCAGGTCAATCATC
CGGTGGTAACAAGAAGCAAGTCAATTCTGGCAAGCAGTCTGGTTCTAACAACAAGGGCAA
GGGAAAAGGAAAGGGCAGAGCCTAAGTTGCTTGTGTGAACAAATAAGTAGTTTTTGGTTT
TTACTTATGTCTTAAGATTTTATCTATCATCGGAAAAGTTATCTAACTAGTTTGCAACTT
TATGAATATTGCCTTGAATGATAAAGAACTTGGTCTGCT

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 4

CO CL3037Contig1 824 4 2 U
GACAAGTTCAACATCTATCCAGATCAGATCCCTTCGTGGTTGGCGGACTTTATGCCTAAC
AGAGGAGGTTATTTGATTGGAAACCTTCAGCCAGCTCACATGGATTTCAGATTCTTTTCC
TTGGGGAACCTTTGGTCTATTGTGAGCAGTTTGGCTACTAATGATCAGTCGCACGTAATT
CTTGATTTGGTCGAAGCAAAATGGGCGGAACTTGTAGCAGACATGCCGTTTAAGATCTGT
TACCCTGCTATGGAAGGTGAAGAATGGAGGATTATAACCGGAAGTGATCCAAAGAACACT
CCTTGGTCTTATCACAATGGAGGTTCCTGGCCAACTCTGTTATGGCAGCTGACGGTAGCA
AGCATCAAAATGGGTAGACCAGAGATTGCAGAGAAGGCTGTTGAGTTAGCCGAGAGACGG
ATTGCTATCGACAAATGGCCAGAGTACTATGATACCAAGAGGGCAAGATTCATAGGTAAA
CAGGCACGGCTTTACCAGACCTGGTCCATCGCAGGCTACCTCGTGGCCAAGCTCCTCTTG
GCAAATCCATCTGCAGCAAAGTTCCTCACTAGTGAAGAGGATTATGATTTGAGGAATGCC
TTCTCTTGCATGATCAGCGCCAACCCTAGAAGGACACGAGGTCGCAAGAAGACTCAACAA
CCATTTATTGTATGAAAAGCTCACAAATCTTCTCTTTTTTTTCCAAATGTGAGCAACGGA
CTATGTCCTCCTCCCCTGTTCTGTCCCTTCAAAAGAATGATACAGAATTCTTGTGTAAAT
AGTCTCTTAGAAACTAATCATAAAAGAGAATGGTATTTTATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3FP62TF U 133
AF RR3FP29TF U 1
AF RR3FP29JQ C 87
AF RR3FP62JQ C 87
BS 1 632 RR3FP29TF
BS 633 824 RR3FP29JQ

RD RR3FP62TF 152 0 0
TGGTCTATTGTGAGCAGTTTGGCTACTAATGATCAGTCGCACGTAATTCTTGATTTGGTC
GAAGCAAAATGGGCGGAACTTGTAGCAGACATGCCGTTTAAGATCTGTTACCCTGCTATG
GAAGGTGAAGAATGGAGGATTATAACCGGAAG

QA 1 152 1 152
DS 

RD RR3FP29TF 646 0 0
GACAAGTTCAACATCTATCCAGATCAGATCCCTTCGTGGTTGGCGGACTTTATGCCTAAC
AGAGGAGGTTATTTGATTGGAAACCTTCAGCCAGCTCACATGGATTTCAGATTCTTTTCC
TTGGGGAACCTTTGGTCTATTGTGAGCAGTTTGGCTACTAATGATCAGTCGCACGTAATT
CTTGATTTGGTCGAAGCAAAATGGGCGGAACTTGTAGCAGACATGCCGTTTAAGATCTGT
TACCCTGCTATGGAAGGTGAAGAATGGAGGATTATAACCGGAAGTGATCCAAAGAACACT
CCTTGGTCTTATCACAATGGAGGTTCCTGGCCAACTCTGTTATGGCAGCTGACGGTAGCA
AGCATCAAAATGGGTAGACCAGAGATTGCAGAGAAGGCTGTTGAGTTAGCCGAGAGACGG
ATTGCTATCGACAAATGGCCAGAGTACTATGATACCAAGAGGGCAAGATTCATAGGTAAA
CAGGCACGGCTTTACCAGACCTGGTCCATCGCAGGCTACCTCGTGGCCAAGCTCCTCTTG
GCAAATCCATCTGCAGCAAAGTTCCTCACTAGTGAAGAGGATTATGATTTGAGGAATGCC
TTCTCTTGCATGATCAGCGCCAACCCTAGAAG
ACACGAGTCGCAAG

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3FP29JQ 738 0 0
TCAGCCAGCTCACATGGATTTCAGATTCTTTTCCTTGGGGAACCTTTGGTCTATTGTGAG
CAGTTTGGCTACTAATGATCAGTCGCACGTAATTCTTGATTTGGTCGAAGCAAAATGGGC
GGAACTTGTAGCAGACATGCCGTTTAAGATCTGTTACCCTGCTATGGAAGGTGAAGAATG
GAGGATTATAACCGGAAGTGATCCAAAGAACACTCCTTGGTCTTATCACAATGGAGGTTC
CTGGCCAACTCTGTTATGGCAGCTGACGGTAGCAAGCATCAAAATGGGTAGACCAGAGAT
TGCAGAGAAGGCTGTTGAGTTAGCCGAGAGACGGATTGCTATCGACAAATGGCCAGAGTA
CTATGATACCAAGAGGGCAAGATTCATAGGTAAACAGGCACGGCTTTACCAGACCTGGTC
CATCGCAGGCTACCTCGTGGCCAAGCTCCTCTTGGCAAATCCATCTGCAGCAAAGTTCCT
CACTAGTGAAGAGGATTATGATTTGAGGAATGCCTTCTCTTGCATGATCAGCGCCAACCC
TAGAAGGACACGAGGTCGCAAGAAGACTCAACAACCATTTATTGTATGAAAAGCTCACAA
ATCTTCTCTTTTTTTTCCAAATGTGAGCAACGGACTATGTCCTCCTCCCCTGTTCTGTCC
CTTCAAAAGAATGATACAGAATTCTTGTGTAAATAGTCTCTTAGAAACTAATCATAAAAG
AGAATGGTATTTTATCTC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3FP62JQ 738 0 0
TCAGCCAGCTCACATGGATTTCAGATTCTTTTCCTTGGGGAACCTTTGGTCTATTGTGAG
CAGTTTGGCTACTAATGATCAGTCGCACGTAATTCTTGATTTGGTCGAAGCAAAATGGGC
GGAACTTGTAGCAGACATGCCGTTTAAGATCTGTTACCCTGCTATGGAAGGTGAAGAATG
GAGGATTATAACCGGAAGTGATCCAAAGAACACTCCTTGGTCTTATCACAATGGAGGTTC
CTGGCCAACTCTGTTATGGCAGCTGACGGTAGCAAGCATCAAAATGGGTAGACCAGAGAT
TGCAGAGAAGGCTGTTGAGTTAGCCGAGAGACGGATTGCTATCGACAAATGGCCAGAGTA
CTATGATACCAAGAGGGCAAGATTCATAGGTAAACAGGCACGGCTTTACCAGACCTGGTC
CATCGCAGGCTACCTCGTGGCCAAGCTCCTCTTGGCAAATCCATCTGCAGCAAAGTTCCT
CACTAGTGAAGAGGATTATGATTTGAGGAATGCCTTCTCTTGCATGATCAGCGCCAACCC
TAGAAGGACACGAGGTCGCAAGAAGACTCAACAACCATTTATTGTATGAAAAGCTCACAA
ATCTTCTCTTTTTTTTCCAAATGTGAGCAACGGACTATGTCCTCCTCCCCTGTTCTGTCC
CTTCAAAAGAATGATACAGAATTCTTGTGTAAATAGTCTCTTAGAAACTAATCATAAAAG
AGAATGGTATTTTATCTC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 3

CO CL3038Contig1 910 3 16 U
ATCATCGAACATAACATAAACTGTTGATAATAATAACACACATGTGCCCTTACAATATCT
CTCAGCTGTATATAACAAACACATAAAAAACGAATAACAAAAGCGAAAATGGCTTCCTAA
AAAGCAGCAACTGCCTCGGCGGGCTTGGTTTCAGGAACATTCTTTGGAGGAGGAGCCTCA
AATGGAGGAGGTTGAGGAATGAGTTTGAGGTGAGCAGGCGGGTTCTGTTTGAGCTTCAGC
AATATCTGTCTCATTCTCGAGAGATCCGTTGGCTTACCAGGCTTTGGTCCTTGAATCACA
GAGATTGTAGTAGGCTTCTTGGGATCTTCCTCTTTCTTCTTCCCTCTTCTTTTCTCTATA
GTTGGAACCTCTTTAGGCACTAGCTCTGCTATTGCCTTCCAGTAGTTCTTGCTGGCTTCC
GCGTAAAACTTCTCTTGGGTCTCCACATATAGCTTTTCTTTCTCCCTGTTAGCTGCTTTG
TTGTTTTCACAAGCTAACTCCCTCTTCTTATGGAACTCCTCTTTGAACTGATCAGCTTCC
TCGATTATTTGGTTCCTCAACTCCTTTTCTCTCTTCTCCTTCTCCTCAAGTTGAATCGCA
TTCTGTCTTCTCCATTCTCTGAGAGCAGCTCCCTCATCAGTCTCCATCTCCGAAGGAGGA
GGCAAGATAGGACCGTCGTTGGATCCGAAGACGTCGTCTCCGTTAGAGTAACCGCCGTAA
TCCGAAGACGGCGCCGCGAAAACGTCATCATCGATCGAATCATCTACTTGGGCTGAGACC
GGAGGAACAGACTCAGATGCATCATCTCCGAGTATAACGAACGAATCATCATCAAAGACA
GACATCTCCAGGGAACAGGAAGGTAGGTAGCTTTCAGACCGAACAGTAAGAAATGACGAA
TCTGTTTTCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GM24JQ U 1
AF RR3D974JQ U 1
AF RR3GM24TF C 204
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BS 87 87 RR3GM24JQ
BS 88 107 RR3D974JQ
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BS 121 121 RR3GM24JQ
BS 122 180 RR3D974JQ
BS 181 181 RR3GM24JQ
BS 182 198 RR3D974JQ
BS 199 199 RR3GM24JQ
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BS 613 613 RR3GM24TF
BS 614 634 RR3D974JQ
BS 635 910 RR3GM24TF

RD RR3GM24JQ 257 0 0
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AATATCTGTCTCATTCT

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DS 

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AATATCTGTCTCATTCTCGAGAGATCCGTTGGCTTACCAGGCTTTGGTCCTTGAATCACA
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GTTGGAACCTCTTTAGGCACTAGCTCTGCTATTGCCTTCCAGTAGTTCTTGCTGGCTTCC
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TTGTTTTCACAAGCTAACTCCCTCTTCTTATGGAACTCCTCTTTGAACTGATCAGCTTCC
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TTCTGTCTTCTC*ATTCTCTGAGAGCAGCTCCCT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3GM24TF 707 0 0
TTTGAG
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TGGCTTACCAGGCTTTGGTCCTTGAATCACAGAGATTGTAGTAGGCTTCTTGGGATCTTC
TTCTTTCTTCTTCCCTCTTCTTTTCTCTATAGTTGGAACCTCTTTAGGCACTAGCTCTGC
TATTGCCTTCCAGTAGTTCTTGCTGGCTTCCGCGTAAAACTTCTCTTGGGTCTCCACATA
TAGCTTTTCTTTCTCCCTGTTAGCTGCTTTGTTGTTTTCACAAGCTAACTCCCTCTTCTT
ATGGAACTCCTCTTTGAACTGATCAGCTTCCTCGATTATTTGGTTCCTCAACTCCTTTTC
TCTCTTCTCCTTCTCCTCAAGTTGAATCGCATTCTGTCTTCTCCATTCTCTGAGAGCAGC
TCCCTCATCAGTCTCCATCTCCGAAGGAGGAGGCAAGATAGGACCGTCGTTGGATCCGAA
GACGTCGTCTCCGTTAGAGTAACCGCCGTAATCCGAAGACGGCGCCGCGAAAACGTCATC
ATCGATCGAATCATCTACTTGGGCTGAGACCGGAGGAACAGACTCAGATGCATCATCTCC
GAGTATAACGAACGAATCATCATCAAAGACAGACATCTCCAGGGAACAGGAAGGTAGGTA
GCTTTCAGACCGAACAGTAAGAAATGACGAATCTGTTTTCA

QA 7 707 7 707
DS 



AS 1 3

CO CL3039Contig1 847 3 47 U
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TAAACAAGAGCATGTCTACAAGCATCCGTGGGAGCGGGTGAGCGCTGCCTCCTGGAGGAA
GTTTGCTGACCCCGAAAACAAACGCATCCTTTCCCACATCCTTGAAGTCGACACCTTGAA
CCACAAACTCGACACTGTCACCGGGAAACTCCACACCACCCGTGCACTCACCATTCATGC
TCCCGGTCCTTGGTTCCTTCACAGGATCATAGGCCAGGACATCTGTCACTGTGTTGAATC
TACTGTTGTGGATGCCAAATCACGTTCTATGCAGCTTACAACAAAGAGCATTACTCTTAA
AAAGTTCATTGAAGTGGAAGAGAGGATAAGATACGATCCTCATCCAGAAAATCCATCGGC
CTGGACGGTTTGTAGCCAGGAGACAAGCATTCTAATCAAACCCTTGTCGGCCCCGGCCTC
AATGGCTGAGAAAGTTGAGCAGAAGTGCGCCGAGAAGTTCATGCAAAACAGCGTGAAAGG
GCGAGAGGTTATGGAAAGGATTTGTAGGTATATGGAAGCAGAGTCCGCTCCAGTCTGAAG
ATCCAAACCTATTGTAAGATTCCAGTATCTTGGCGTTTGGTATTATTTTTGT*GTAATTC
AAGAGTACTACATGTTGGAGTCATGGTAGTAATAAAATCTATGAGACAGTTAAGATCAAG
TTGCTGTTTGTTTGTTTTTTCAGCTACTTCTCTGGTTTGTGTTAGCAACGAATGTTGTTG
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CCAGTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3A735TF U 1
AF RR3BY66TF U 1
AF RR3BY66JQ C 165
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RD RR3A735TF 705 0 0
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AAGACGACTGCATGTTGGAGTCATGGTAGTAATAAAATGTATGAG

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3BY66TF 792 0 0
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GTTTGCTGACCCCGAAAACAAACGCATCCTTTCCCACATCCTTGAAGTCGACACCTTGAA
CCACAAACTCGACACTGTCACCGGGAAACTCCACACCACCCGTGCACTCACCATTCATGC
TCCCGGTCCTTGGTTCCTTCACAGGATCATAGGCCAGGACATCTGTCACTGTGTTGAATC
TACTGTTGTGGATGCCAAATCACGTTCTATGCAGCTTACAACAAAGAGCATTACTCTTAA
AAAGTTCATTGAAGTGGAAGAGAGGATAAGATACGATCCTCATCCAGAAAATCCATCGGC
CTGGACGGTTTGTAGCCAGGAGACAAGCATTCTAATCAAACCCTTGTCGGCCCCGGCCTC
AATGGCTGAGAAAGTTGAGCAGAAGTGCGCCGAGAAGTTCATGCAAAACAGCGTGAAAGG
GCGAGAGGTTATGGAAAGGATTTGTAGGTATATGGAAGCAGAGTCCGCTCCAGTCTGAAG
ATCCAAACCTATTGTAAGATTCCAGTATCTTGGCGTTTGGTATTATTTTTGT*GTAATTC
AAGAGTACTACATGTTGGAGTCATGGTAGTAATAAAATCTATGAGACAGTTAAGATCAAG
TTGCTGTTTGTTTGTTTTT*CAGCTACTTCTCTGGTTTGTGT*AGCAACGAATGT*GTTG
AGCAGAGA
GTCT

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3BY66JQ 683 0 0
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CACTCACCATTCATGCTCCCGGTCCTTGGTTCCTTCACAGGATCATAGGCCAGGACATCT
GTCACTGTGTTGAATCTACTGTTGTGGATGCCAAATCACGTTCTATGCAGCTTACAACAA
AGAGCATTACTCTTAAAAAGTTCATTGAAGTGGAAGAGAGGATAAGATACGATCCTCATC
CAGAAAATCCATCGGCCTGGACGGTTTGTAGCCAGGAGACAAGCATTTTAATCAAACCCT
TGTCGGCCCCGGCCTCAATGGCTGAGAAAGTTGAGCAGAAGTGCGCCGAGAAGTTCATGC
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CCGCTCCAGTTTGAAGATCCAAACCTATTGTAAGATTCCAGTATCTTGGCGTTTGGTATT
ATTTTTGT*GTAATTCAAGAGTACTACATGTTGGAGTCATGGTAGTAATAAAATCTATGA
GACAGTTAAGATCAAGTTGCTGTTTGTTTGTTTTTTCAGCTACTTTTTTGGTTTGTGTTA
GCAACGAATGTTGTTGAGCAGAGAAGTCTTTTTATCCAATTTTGATTTTAAGTCATCTGA
TCCAGTTGGGCCTGACCCAGTTT

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 3

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AGAATCTTTTCTTGCCCCAAGAGAAGTTCCTGCCAGTTCCTCACCAGGAAGTTTGCTTCT
CCGTTCTCTGTAAATTGTTCTCTTTCGGACTCATGGAAGCCACTGGATGATGATTGCGTC
AACAACTCGACAGCTGATGCTGACTGGAGAGAGTTCAGGGCAAGGCTGGTGGCTGGAGAG
CAAGCTGCAACCTCTGAGAAGGACACGTCCTCGTGGTCTAACCCTGACATGGTGGTTGAC
TATCCTTCATCATCGTCCTCACTGATCACAGTTGGAAACAAATGGGCACACAAGATCCAC
GAGCCAGAGCCAGGGTGTCTCCTAATCGCTACAGAGAAGCTAGATGGAGTCCACATCTTC
GAAAAGACAGTGATCCTCATCCTCTCTTGGACCTTCAGGTCCTATAGGAGTCATACTCAA
CCGTCCATCGCTCATGTCTATCAAGGAGACTAAATCAACGGTCTTAGACGTGGCGGGAAC
GTTTTCAGACAAGAGGCTCTTCTTTGGTGGACCTTTGGAAGAAGGGTTGTTCCTGGTGAG
TCCGAGGAGTGGCGGGGACAACGAGGTTGCGAAGAGCGGAGTGTTCAGACAAGTGATGAA
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GCTGGTGGGAAGAAGTGAGCTAATATTCTTTGATGGGTATTGCGGTTGGGAAAAGGAGCA
GTTGAAAGCAGAGATCTTGGGAGGATACTGGACTGTGGCTGCTTGTAGCTCGAGTGTTGT
TGAGCTTGGTTCTGCTGTTCAGAGTCATGGTCTTTGGGATGAGGTTCTTGGACTTATCGG
TCCTCAAACTGGCTCTGTTATCTAAACTCTAGCTTCTGCAATGTTTTTTACTAATGGTTT
TTACTTTTTACTATTGTGTATGTTTTGTTGATGTATGTATGTATTCAGGATTCATCCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AN43TF U 1
AF RR3D278TF U 1
AF RR3D278JQ C 476
BS 1 418 RR3AN43TF
BS 419 419 RR3D278TF
BS 420 507 RR3AN43TF
BS 508 615 RR3D278TF
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RD RR3AN43TF 515 0 0
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GAAAAGACAGTGATCCTCATCCTCTCT
GTTGGACC

QA 1 507 1 507
DS 

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TGTTTTCTTACCTCAAGATCAATCTCCGGTGTCAAAGAGCTTGTCCCGTTCATCAAACCT
AGAATCTTTTCTTGCCCCAAGAGAAGTTCCTGCCAGTTCCTCACCAGGAAGTTTGCTTCT
CCGTTCTCTGTAAATTGTTCTCTTTCGGACTCATGGAAGCCACTGGATGATGATTGCGTC
AACAACTCGACAGCTGATGCTGACTGGAGAGAGTTCAGGGCAAGGCTGGTGGCTGGAGAG
CAAGCTGCAACCTCTGAGAAGGACACGTCCTCGTGGTCTAACCCTGACATGGTGGTTGAC
TATCCTTCATCATCGTCCTCACTGATCACAGTTGGAAACAAATGGGCACACAAGATCCAC
GAGCCAGAGCCAGGGTGTCTCCTAATCGCTACAGAGAAGCTAGATGGAGTCCACATCTTC
GAAAAGACAGTGATCCTCATCCTCTCTTGGACCTTCAGGTCCTATAGGAGTCATACTCAA
CCGTCCATCGCTCATGTCTATCAAGGAGACTAAATCAACGGTCTTAGACGTGGCGGGAAC
GTTTTCAGACAAGAG*CTCTTCTTTGGTGGACCTTTG

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3D278JQ 604 0 0
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GAGCAGTTGAAAGCAGAGATCTTGGGAGGATACTGGACTGTGGCTGCTTGTAGCTCGAGT
GTTGTTGAGCTTGGTTCTGCTGTTCAGAGTCATGGTCTTTGGGATGAGGTTCTTGGACTT
ATCGGTCCTCAAACTGGCTCTGTTATCTAAACTCTAGCTTCTGCAATGTTTTTTACTAAT
GGTTTTTACTTTTTACTATTGTGTATGTTTTGTTGATGTATGTATGTATTCAGGATTCAT
CCCC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 4

CO CL3041Contig1 806 4 17 U
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GGATACGGAGCCAACTGGTCTCCGGCTGGCGCTGTGGTCGCGTGGGCCAGCGAGAAGAGG
TTTTATCATTATGGCTCCAACTCGTGCGACGCTGGACAGATGTGTGGGCATTACACACAG
CTCGTGTGGAAGAACACGAGGAGGATCGGGTGCGCACGTGTAGTGTGCGACAACGGTGGG
ATCTTCATGACTTGTAACTATGATCCTCACGGTAACTACATCGGCCAGAAACCCTATTGA
TCGATCATTCATCTTATCTTTTAGAAGTTCTTATGACTTTTTAAAGGAAGTTAGATGGAT
GTATTTTGTATTTTACTAGAAATAGAAGTGTTTGTGGGGTTTGTGATATTGAATACGTTT
GTATCGCTATACATGATTTTGTTCACGTCAAGGTTGTAATTGCATTTCGGTTGTTTATAT
CTTTATATATAGCCGTTAGAATGACC


BQ
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AF RR3FK30TF U 1
AF RR3GR93JQ C 1
AF RR3GR93TF U 1
AF RR3FK30JQ C 395
BS 1 77 RR3FK30TF
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BS 695 744 RR3GR93TF
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RD RR3FK30TF 694 0 0
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TGTGCTTTGCAACACTCTTTCCAAGACGGAGAGTTTACTCTCGGCGAGAATATTTTCTGG
GGATACGGAGCCAACTGGTCTCCGGCTGACGCTGTGGTCGCGTGGGCCAGCGAGAAGAGG
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CTCGTGTGGAAGAACACGAGGAGGATTGGGTGCGCACGTGTAGTGTGCGACAACGGTGGG
ATCTTCATGACTTGTAACTATGATCCTCACGGTAACTACATCGGCCAGAAACCCTATTGA
TCGATCATTCATCTTATCTTTTAGAAGTTCTTATGACTTTTTAAAGGAAGTTAGATGGAT
GTATTTTGTATTTTACTAGAAATAGAAGTGTTTG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3GR93JQ 744 0 0
GGT
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QA 4 744 4 744
DS 

RD RR3GR93TF 744 0 0
GGT
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GTAATATTGCTCTTGGGTGCTATTAATCTTTTCGTAACAATATCAACAACCAAAGCTGCA
ACACTCGGTCAAGTATTTGAAATCTGTAGGAGTTTATGCCCGGGATGTGACTACGACTCG
TTACAGTTCTTGTTCCGACACAACTTGGTCCGTGCCGCAAGATTCGAACCTCCTTTGATA
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GCCTTGCAACACTCTTTCCAAGACGGAGAGTTTACTCTCGGCGAGAATATTTTCTGGGGA
TACGGAGCCAACTGGTCTCCGGCTGGCGCTGTGGTCGCGTGGGCCAGCGAGAAGAGGTTT
TATCATTATGGCTCCAACTCGTGCGACTCTGGACAGATGTGTGGGCATTACACACAGCTC
GTGTGGAAGAACACGAGGAGGATCGGGTGCGCACGTGTAGTGTGCGATAACGGTGGGATC
TTCATGACTTGTAACTATGATCCTCCCGGTAACTACATCGGCCAGAAACCCTATTGATCG
ATCATTCATCTTAT*TTTTAGAAGTTCTTATGACTTTTTAAAGGAATTTAGGTGGATGTA
TTTTGTATTTTACTAGAAATTGAAGTGTTTGTGGGGTTTGTGATATTGAATACGTTTGTA
TCGCTATACATGATTTTGTTC

QA 4 744 4 744
DS 

RD RR3FK30JQ 412 0 0
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QA 1 412 1 412
DS 



AS 1 4

CO CL3042Contig1 1671 4 10 U
GCTCCTAAAATGGACTTTGATATCATTTATGAGTGAAAAGCTTTTACACAAAACACATTC
TTTTCCTTCTGCATCACATCATCCAGGTGAAACGAAACAACAACAAAAACTTAAGATAAA
TAAAACTCACACGTTAATCAAGTCACAGAAGATAAAGATTAAACAATTCTAAGAACAAGG
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GGAGACAAGTTGACAAACTCCAAAGCCTGTGTTCTGAGCTGAACCGGGTAATCAGCGGCA
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TCAAGTATTCCATTGCCTTTTTCATCCGTTTCAGCTTCTGCGTTGGATGGCGTTGGCTCC
TCTTTCTTTAAAGACTTTGTTCCATCTCCATTGGGTTTAATGTAATCATCGTAGTTGTCG
GAATCTTCACTAGCTTTGTGCACCTCAACACCGTCAAGATTCACTTCGTTCTCTCTAAGA
AACGAGAGAAATGTGACAAGGCTATCATCTGACGGCCTGTAATGTCCACTGTATGCAGAG
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GCCAAAAAGCTAGAGTGATGGAACCTTCCTTTTCTTCTTCAGACCGGCATATAGTTTCTT
GAAAGTACTCATAACAAAGATCCACTTTGTCCCCTCAGATCCGTGCATGGTGTGTAGAAA
CTGTCCAGTTAACTTGTGAACAATCTTCCCTT*CAACGATCTCATACTCATACTCTTCCC
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CAAGATCCAGATCTTTCCCTTCTCCAACATCCAACCAGTAGAAAAATGGCTGACCGGCAT
CAGCGTTGCACCACACTTCATAGTACAAATGCAGGTTGTGTCCATACCGGTGCATAGGAT
CAAAAGCTTCAATCCAATGCTGAAAGGCCAATTTCTGAGCTTTGTCGACTATGGACAGAC
CCTTCCCCACCTTAGAAGCATTCAAGCTCACACGATTCCACCTGGAAACCGCAGTTTCAG
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GCCACCAGAGCTCTTCAGCGACAACCACAGAATCAGCTAATCTCCGGCGAGTGCGATAAC
TCCTGTAAACCTTCTGCACTTTCACCGCCGCCAAGCTAGGAGGCGAGTCAGGACAAGCTC
CTCGAAGGGACTCGGTGAAGTTAGCGAAAGATTCTTCTCTGCGGTCTACCGGAGAAATGA
GGATCTCTCCGGCGGCGTGAGAGAACGGCGGAGACTGGAAATCGAAGTTGGAGACGACCT
GCATCTTCTTCTCTTCTGAGGATTAAGTCCAGACAAAACTTACTTCAATCTTAAATGTCT
GAACAAGAAACAGAACTCAAAGAAGATCCAAAGGGAAGACTTGTGCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ60JQ U 1
AF RR3B209JQ U 47
AF RR3EZ60TF C 824
AF RR3B209TF C 826
BS 1 368 RR3EZ60JQ
BS 369 371 RR3B209JQ
BS 372 675 RR3EZ60JQ
BS 676 676 RR3B209JQ
BS 677 714 RR3EZ60JQ
BS 715 994 RR3B209JQ
BS 995 1270 RR3EZ60TF
BS 1271 1271 RR3B209TF
BS 1272 1535 RR3EZ60TF
BS 1536 1671 RR3B209TF

RD RR3EZ60JQ 714 0 0
GCTCCTAAAATGGACTTTGATATCATTTATGAGTGAAAAGCTTTTACACAAAACACATTC
TTTTCCTTCTGCATCACATCATCCAGGTGAAACGAAACAACAACAAAAACTTAAGATAAA
TAAAACTCACACGTTAATCAAGTCACAGAAGATAAAGATTAAACAATTCTAAGAACAAGG
AAAACCTTTGATCAGACATCAAGCCTCCCGGTCGGAGACTGTGTGCTGCTCCGGTTTCTA
GGAGACAAGTTGACAAACTCCAAAGCCTGTGTTCTGAGCTGAACCGGGTAATCAGCGGCA
CAACCGATCCTTGGACCAGCTCCTGTCGACCATTTCAGCATTAACTGATGACCCAACTGT
AAAGATTT**TCTGTTTCTTGGAGTTGATCCTTTGTAAGATTGCTTTCTGTGGAACGTCA
GCTTTTGGGCTTTCAAGCCCACCTGAGAGCGTTCTTTGGTAACTACTCCGCTTCGACTCC
TCAAGTATTCCATTGCCTTTTTCATCCGTTTCAGCTTCTGCGTTGGATGGCGTTGGCTCC
TCTTTCTTTAAAGACTTTGTTCCATCTCCATTGGGTTTAATGTAATCATCGTAGTTGTCG
GAATCTTCACTAGCTTTGTGCACCTCAACACCGTCAAGATTCACTTCGTTCTCTCTAAGA
AACGAGAGAAATGTGTCAAGGCTATCATCTGACGGCCTGTAATGTCCACTGTAT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3B209JQ 948 0 0
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AAACTTAAGATAAATAAAACTCGCACGTTAATCAAGTCACAGAAGATAAAGATTAAACAA
TTCTAAGAACAAGGAAAACCTTTGATCAGACATCAAGCCTCCCGGTCGGAGACTGTGTGC
TGCTCCGGTTTCTAGGAGACAAGTTGACAAACTCCAAAGCCTGTGTTCTGAGCTGAACCG
GGTAATCAGCGGCACAACCGATCCTTGGACCAGCTCCTGTCGACCATTTCAGCATTAACT
GATGACCCAACTGTAAAGATTTCGACTGTTTCTTGGAGTTGATCCTTTGTAAGATTGCTT
TCTGTGGAACGTCAGCTTTTGGGCTTTCAAGCCCACCTGAGAGCGTTCTTTGGTAACTAC
TCCGCTTCGACTCCTCAAGTATTCCATTGCCTTTTTCATCCGTTTCAGCTTCTGCGTTGG
ATGGCGTTGGCTCCTCTTTCTTTAAAGACTTTGTTCCATCTCCATTGGGTTTAATGTAAT
CATCGTAGTTGTCGGAATCTTCACTAGCTTTGTGCACCTCAACACCGTCAAGATTCACTT
CGTTCTCTCTAAGAAACGAGAGAAATGTGACAAGGCTATCATCTGACGGCCTGTAATGTC
CACTGTATGCAGAGATTGTCTTGAGGACTCCATTGTCAACAACCACTCTCCCTGCGGCTA
GTGTCGCTCCTCCGGCCAAAAAGCTAGAGTGATGGAACCTTCCTTTTCTTCTTCAGACCG
GCATATAGTTTCTTGAAAGTACTCATAACAAAGATCCACTTTGTCCCCTCAGATCCGTGC
ATGGTGTGTAGAAACTGTCCAGTTAACTTGTGAACAATCTTCCCTT*CAACGATCTCATA
CTCATACTCTTCCCTCTCTTGAGGTCCAAGATATCTGATGCATTGCTG

QA 1 948 1 948
DS 

RD RR3EZ60TF 713 0 0
CC
GGCATATAGTTTCTTGAAAGTACTCATAACAAAGATCCACTTTGTCCC*TCAGATCCGTG
CATGGTGTGTAGAAACTGTCCAGTTAACTTGTGAACAATCTTCCCTTTCAACGATCTCAT
ACTCATACTCTTCCCTCTCTTGAGGTCCAAGATATCTGATGCATTGCTGCTTAAGCTTCG
ACCTTGGACATTCTACAAGATCCAGATCTTTCCCTTCTCCAACATCCAACCAGTAGAAAA
ATGGCTGACCGGCATCAGCGTTGCACCACACTTCATAGTACAAATGCAGGTTGTGTCCAT
ACCGGTGCATAGGATCAAAAGCTTCAATCCAATGCTGAAAGGCCAATTTCTGAGCTTTGT
CGACTATGGACAGACCCTTCCCCACCTTAGAAGCATTCAAGCTCACACGATTCCACCTGG
AAACCGCAGTTTCAGGTCTTGAGTA*TCAAAGAACGAGATCGTACTATGATTCAATCTTG
CATAATCCATCGCTTGCCACCAGAGCTCTTCAGCGACAACCACAGAATCAGCTAATCTCC
GGCGAGTGCGATAACTCCTGTAAACCTTCTGCACTTTCACCGCCGCCAAGCTAGGAGGCG
AGTCAGGACAAGCTCCTCGAAGGGACTCGGTGAAGTTAGCGAAAGATTCTTCTCTGCGGT
CTACCGGAGAAATGAGGATCTCTCCGGCGGCGTGAGAGAACGGCGGAGAC
C

QA 3 712 3 712
DS 

RD RR3B209TF 846 0 0
GGCATATAGTTTCTTGAAAGTACTCATAACAAAGATCCACTTTGTCCCCTCAGATCCGTG
CATGGTGTGTAGAAACTGTCCAGTTAACTTGTGAACAATCTTCCCTT*CAACGATCTCAT
ACTCATACTCTTCCCTCTCTTGAGGTCCAAGATATCTGATGCATTGCTGCTTAAGCTTCG
ACTTTGGACATTCTACAAGATCCAGATCTTTCCCTTCTCCAACATCCAACCAGTAGAAAA
ATGGCTGACCGGCATCAGCGTTGCACCACACTTCATAGTACAAATGCAGGTTGTGTCCAT
ACCGGTGCCTAGGATCAATAGCTTCAATCCAATGCTGAAAGGCCAATTTCTGAGCTTTGT
CGACTATGGACAGACCCTTCCCCACCTTAGAAGCATTCAAGCTCACACGATTCCACCTGG
AAACTGCAGTTTCAGGTCTTGAGTAATCAAAGAACGAGATCGTACTATGATTCAATCTTG
CATAATCCATCGCTTGCCACCAGAGCTCTTCAGCGACAACCACAGAATCAGCTAATCTCC
GGCGAGTGCGATAACTCCTGTAAACCTTCTGCACTTTCACCGCCGCCAAGCTAGGAGGCG
AGTCAGGACAAGCTCCTCGAAGGGACTCGGTGAAGTTAGCGAAAGATTCTTCTCTGCGGT
CTACCGGAGAAATGAGGATCTCTCCGGCGGCGTGAGAGAACGGCGGAGACTGGAAATCGA
AGTTGGAGACGACCTGCATCTTCTTCTCTTCTGAGGATTAAGTCCAGACAAAACTTACTT
CAATCTTAAATGTCTGAACAAGAAACAGAACTCAAAGAAGATCCAAAGGGAAGACTTGTG
CTTCCC

QA 1 846 1 846
DS 



AS 1 4

CO CL3043Contig1 764 4 9 U
GGGAGGACAAAAAACAAAAACAAAAGAAAACAAAAGAAAAAGTCCCATCTCTCTTGCCTC
CATCAACCAAACGCAATGGCGAACGCGGCGTCGGGAATGGCGGTGGAAGACGAATGTAAG
CTCAAGTTTTTGGAGCTAAAATCGAAAAGAAACTATAGGTTCATAATATTCAGGATAGAC
GGACAACAAGTGGTGGTGGAAAAGCTGGGAAGTCCTGAGGAAAACTACGACGATTTCTCC
AATTCCCTACCTGCCAACGAGTGTCGCTATGCTGTCTTTGACTTTGACTTCACCACTGCT
GAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCAAAGCATGGTCACCAGATTCATCGAGGGTG
AGGATGAAGATGGTGTATGCCAGCTCGAAAGACAGGTTTAAAAGAGAATTGGATGGAATT
CAAGTGGAGTTACAAGCCACGGACCCGAGCGAAATGAGTTTCGACATCATCAAAAGCCGA
GCTCTCTAGATTCATTTATGTCTGATTCTTATAATATATCCATTCATAAATGATACATCA
TCATCATTTAAATTAAAAAGCTGATCTCCATGAAATTTTGTAACTTTCTTGCATGGTTCC
ATTCATTCTTGTTCATCTTAAATATTTCCTTTCTTTTCCTTTTACATTTTACATGACATG
TGTTTAATACATTGGCTTTGGAGAAGCTCAAAACCATGTAGGTTTTTGTGTAATAGTTGC
ATACTTTTTGTTGTAAAATAAAATATATTATTTCTCTTTATCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BL17JQ C 1
AF RR3BL17TF U 59
AF RR3B822TF U 9
AF RR3B822JQ C 9
BS 1 10 RR3BL17JQ
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BS 59 331 RR3BL17TF
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BS 333 598 RR3BL17TF
BS 599 599 RR3B822TF
BS 600 618 RR3BL17TF
BS 619 697 RR3B822TF
BS 698 764 RR3B822JQ

RD RR3BL17JQ 618 0 0
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CTCAAGTTTTTGGAGCTAAAATCGAAAAGAAACTATAGGTTCATAATATTCAGGATAGAC
GGACAACAAGTGGTGGTGGAAAAGCTGGGAAGTCCTGAGGAAAACTACGACGATTTCTCC
AATTCCCTACCTGCCAACGAGTGTCGCTATGCTGTCTTTGACTTTGACTTCACCACTGCT
GAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCATAGCATGGTCACCAGATTCATCGAGGGTG
AGGATGAAGATGGTGTATGCCAGCTCGAAAGACAGGTTTAAAAGAGAATTGGATGGAATT
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GCTCTCTAGATTCATTTATGTCTGATTCTTATAATATATCCATTCATAAATGATACATCA
TCATCATTTAAATTAAAAAGCTGATCTCCATGAAATTTTGTAACTTTCTTGCATGGTTTC
ATTCATTCTTGTTCATCT

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3BL17TF 560 0 0
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AGCTCAAGTTTTTGGAGCTAAAATCGAAAAGAAACTATAGGTTCATAATATTCAGGATAG
ACGGACAACAAGTGGTGGTGGAAAAGCTGGGAAGTCCTGAGGAAAACTACGACGATTTCT
CCAATTCCCTACCTGCCAACGAGTGTCGCTATGCTGTCTTTGACTTTGACTTCACCACTG
CTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATCTTCTTCATAGCATGGTCACCAGATTCATCGAGGG
TGAGGATGAAGATGGTGTATGCCAGCTCGAAAGACAGGTTTAAAAGAGAATTGGATGGAA
TTCAAGTGGAGTTACAAGCCACGGACCCGAGCGAAATGAGTTTCGACATCATCAAAAGCC
GAGCTCTCTAGATTCATTTATGTCTGATTCTTATAATATATCCATTCATAAATGATACAT
CATCATCATTTAAATTAAAAAGCTGATCTCCATGAAATTTTGTAACTTTCTTGCATGGTT
TCATTCATTCTTGTTCATCT

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3B822TF 689 0 0
GG
AAAACAAAAACAAAAGAAAACAAAAGAAAAAGTCCCATCTCTCTTGCCTCCATCAACCAA
ACGCAATGGCGAACGCGGCGTCGGGAATGGCGGTGGAAGACGAATGTAAGCTCAAGTTTT
TGGAGCTAAAATCGAAAAGAAACTATAGGTTCATAATATTCAGGATAGACGGACAACAAG
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CTGCCAACGAGTGTCGCTATGCTGTCTTTGACTTTGACTTCACCACTGCTGAGAATTGCC
AGAAGAGCAAGATCTTCTTCAAAGCATGGTCACCAGATTCATCGAGGGTGAGGATGAAGA
TGGTGTATGCCAGCTCGAAAGACAGGTTTAAAAGAGAATTGGATGGAATTCAAGTGGAGT
TACAAGCCACGGACCCGAGCGAAATGAGTTTCGACATCATCAAAAGCCGAGCTCTCTAGA
TTCATTTATGTCTGATTCTTATAATATATCCATTCATAAATGATACATCATCATCATTTA
AATTAAAAAGCTGATCTCCATGAAATTTTGTAACTTTCTTGCATGGTTCCATTCATTCTT
GTTCATCTTAAATATTTCCTTTCTTTTCCTTTTACATTTTACATGACATGTGTTTAATAC
ATTGGCTTTGGAGAAGCTCAAAACCAT

QA 3 689 3 689
DS 

RD RR3B822JQ 756 0 0
GG
AAAACAAAAACAAAAGAAAACAAAAGAAAAAGTCCCATCTCTCTTGCCTCCATCAACCAA
ACGCAATGGCGAACGCGGCGTCGGGAATGGCGGTGGAAGACGAATGTAAGCTCAAGTTTT
TGGAGCTAAAATCGAAAAGAAACTATAGGTTCATAATATTCAGGATAGACGGACAACAAG
TGGTGGTGGAAAAGCTGGGAAGTCCTGAGGAAAACTACGACGATTTCTCCAATTCCCTAC
CTGCCAACGAGTGTCGCTATGCTGTCTTTGACTTTGACTTCACCACTGCTGAGAATTGCC
AGAAGAGCAAGATCTTCTTCAAAGCATGGTCACCAGATTCATCGAGGGTGAGGATGAAGA
TGGTGTATGCCAGCTCGAAAGACAGGTTTAAAAGAGAATTGGATGGAATTCAAGTGGAGT
TACAAGCCACGGACCCGAGCGAAATGAGTTTCGACATCATCAAAAGCCGAGCTCTCTAGA
TTCATTTATGTCTGATTCTTATAATATATCCATTCATAAATGATACATCATCATCATTTA
AATTAAAAAGCTGATCTCCATGAAATTTTGTAACTTTCTTGCATGGTTCCATTCATTCTT
GTTCATCTTAAATATTTCCTTTCTTTTCCTTTTACATTTTACATGACATGTGTTTAATAC
ATTGGCTTTGGAGAAGCTCAAAACCATGTAGGTTTTTGTGTAATAGTTGCATACTTTTTG
TTGTAAAATAAAATATATTATTTCTCTTTATCGT

QA 3 756 3 756
DS 



AS 2 4

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CAAAAGATCCAAACATTCAAAAGGTTCAAAACATGAAAACATAATACATAACTTGTTTTT
GGGGAAGCAACATCCTATCTAAACCTAGATACCAAGCTCTGCATTGCACCACCTATCAAA
TGCAAAAGGGTTATCAGCGATGAAATGTTGAGGTTGTGTATGACCTGGAGCTTGAGGCTG
ATCCTGGGCTGGAGATGGAGCTTGACCTTGACCTTCAAATTGAGCTTGAAAATGAAAGGG
AAACTGACGTTGAAACTGAAATGGTTGTGCAGCAAAAAACTGAGGCTGTAAAAGTTGCAA
AATCGTGGCGAGAGTTGATTGAGTTCTAGCTGTCGCTTCATTGAAGTCAGTCTTCAAAGC
ATGAACATCAGACTTCAAAGTACTAACATCAGACTTGACTTCTTGAGTGATAGACTCCAA
GCCATTAACCCGCATCTCCATGTCATTGTTTCGCTTGAGTGCAGCAGGGACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX68JQ U 13
AF RR3AN53JQ U 1
BS 1 532 RR3AN53JQ

RD RR3EX68JQ 175 0 0
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ACATTCAAAAGGT*CAAAACATGAAAACATAATACATAACTTGTTTTTGGGGAAGCAACA
TCCTATCTAAACCTAGATACCAAGTTCTGCATTGCACCACCTATCAAATGCA
GAA

QA 1 172 1 172
DS 

RD RR3AN53JQ 532 0 0
ATTATAATAAGCTTTTTAAAAGATCAAAAAGATCCAAAAGCTTCAAAATATTCAAACATT
CAAAAGATCCAAACATTCAAAAGGTTCAAAACATGAAAACATAATACATAACTTGTTTTT
GGGGAAGCAACATCCTATCTAAACCTAGATACCAAGCTCTGCATTGCACCACCTATCAAA
TGCAAAAGGGTTATCAGCGATGAAATGTTGAGGTTGTGTATGACCTGGAGCTTGAGGCTG
ATCCTGGGCTGGAGATGGAGCTTGACCTTGACCTTCAAATTGAGCTTGAAAATGAAAGGG
AAACTGACGTTGAAACTGAAATGGTTGTGCAGCAAAAAACTGAGGCTGTAAAAGTTGCAA
AATCGTGGCGAGAGTTGATTGAGTTCTAGCTGTCGCTTCATTGAAGTCAGTCTTCAAAGC
ATGAACATCAGACTTCAAAGTACTAACATCAGACTTGACTTCTTGAGTGATAGACTCCAA
GCCATTAACCCGCATCTCCATGTCATTGTTTCGCTTGAGTGCAGCAGGGACA

QA 1 532 1 532
DS 



CO CL3044Contig2 828 2 8 U
GAGCATCTGTTTCTCGCTGTTCTGCTCCTCCACAGCAGAAGATGCACGTCCATGGTGCAG
GACCACGCACCTTCGCAAATATTGCGTATAAAATGGTTGTTGAAGAAGGTTTTGAGGAAC
CTGTTTCATATCCCGACCTTGTGAGGAGGACTCACTGCCGTAAAGATGGGACCTTCATGG
ACGAACGAGCAGAGTCAATTGTTATGGAGGTTGAGGGAGCGGTTGAGGAGATGCTACAAG
AGGGGTCTACATTTGGAGATAGCCAAACTGACACAACAACTTCAAAGCGCCTTCTCCTAA
ACCAAGAATACATCAAGCGTGGACAGACACGCAGGGGCACCATTTATGGACTTGGCAATC
TTCAATACAAGAACAAAGGTCCTTCTGAGTCTGTCCCTGCTGCACTCAAGCGAAACAATG
ACATGGAGATGCGGGTTAATGGCTTGGAGTCTATCACTCAAGAAGTCAAGTCTGATGTTA
GTACTTTGAAGTCTGATGTTCATGCTTTGAAGACTGACTTCAATGAAGCGACAGCTAGAA
CTCAATCAACTCTCGCCACGATTCTGCAACTTCTACAGCCTCAGTCTTCTGCTGCACAAC
CATCTCAGTCTCAACGTCAGTCTCCCTCTCATTCTCAAGCTCAATCTGAAGGTCAAGGTC
AAGCTCCATCTCCAGCCCACGATCAGCCTCAAGCTCCAGGTCATACACAACCTCAACATC
TCATCGCTGATAACCCTTCTGCATTTGATAGGTGGTGCAATGCAGAGCTTGGTATCTAGG
TTTAGATAGGATGTTGCTTCCCCAAAACAAGTTATGTATATGTTTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX68TF U 1
AF RR3AN53TF U 30
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BS 533 533 RR3AN53TF
BS 534 676 RR3EX68TF
BS 677 677 RR3AN53TF
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BS 717 732 RR3EX68TF
BS 733 828 RR3AN53TF

RD RR3EX68TF 737 0 0
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GACCACGCACCTTCGCAAATATTGCGTATAAAATGGTTGTTGAAGAAGGTTTTGAGGAAC
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ACGAACGAGCAGAGTCAATTGTTATGGAGGTTGAGGGAGCGGTTGAGGAGATGCTACAAG
AGGGGTCTACATTTGGAGATAGCCAAACTGACACAACAACTTCAAAGCGCCTTCTCCTAA
ACCAAGAATACATCAAGCGTGGACAGACACGCAGGGGCACCATTTATGGACTTGGCAATC
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ACATGGAGATGCGGGTTAATGGCTTGGAGTCTATCACTCAAGAAGTCAAGTCTGATGTTA
GTACTTTGAAGTCTGATGTTCATGCTTTGAAGACTGACTTCAATGAAGCGACGGCTAGAA
CTCAATCAACTCTCGCCACGATTCTGCAACTTCTACAGCCTCAGTCTTCTGCTGCACAAC
CATCTCAGTCTCAACGTCAGTCTCCCTCTCATTCTCAAGCTCAATCTGAAGGTCAAGGTC
AAGCTCCATCTCCAGCTCACGATCAGCCTCAAGCTCCAGGTCATACACAACCTCA*CATC
TCATCGCTGATA
CCCTT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3AN53TF 799 0 0
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AAAATGGTTGTTGAAGAAGGTTTTGAGGAGCCTGTTTCATATCCCGACCTTGTGAGGAGG
ACTCACTGCCGTAAAGATGGGACCTTCATGGACGAACGAGCAGAGTCAATTGTTATGGAG
GTTGAGGGAGCGGTTGAGGAGATGCTACAAGAGGGGTCTACATTTGGAGATAGCCAAACT
GACACAACAACTTCAAAGCGCCTTCTCCTAAACCAAGAATACATCAAGCGTGGACAGACA
CGCAGGGGCACCATTTATGGACTTGGCAATCTTCAATACAAGAACAAAGGTCCTTCTGAG
TCTGTCCCTGCTGCACTCAAGCGAAACAATGACATGGAGATGCGGGTTAATGGCTTGGAG
TCTATCACTCAAGAAGTCAAGTCTGATGTTAGTACTTTGAAGTCTGATGTTCATGCTTTG
AAGACTGACTTCAATGAAGCGACAGCTAGAACTCAATCAACTCTCGCCACGATTCTGCAA
CTTCTACAGCCTCAGTCTTCTGCTGCACAACCATCTCAGTCTCAACGTCAGTCTCCCTCT
CATTCTCAAGCTCAATCTGAATGTCAAGGTCAAGCTCCATCTCCAGCCCAGGATCAGCCT
CAAGCTCCAGGTCATACACAACCTCAACATCTCATCGCTGATAACCCTTCTGCATTTGAT
AGGTGGTGCAATGCAGAGCTTGGTATCTAGGTTTAGATAGGATGTTGCTTCCCCAAAACA
AGTTATGTATATGTTTCAT

QA 1 799 1 799
DS 



AS 2 4

CO CL3045Contig1 555 2 2 U
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GATCCTCCTCCAAGGTCGTTACGCCGGCAAGAGGGCAGTGATCATCCGTTCCTTCGACGA
CGGCAACCGCGAGCGTCCCTACGGACACTGTCTCGTCGCCGGGCTCAAGAAGTATCCGAG
CAAGCTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGAGTCAAGTGTTT
CATCAAGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGATCT
GAAGGAGGTTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCTTAA
GGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGTAAGAACAGGTGGTTCTTCAC
CAAGCTCAGGTTCTGAGAAATGTGTTTTCTTTTTTTATCTTCTGTAGTGGAATTTACGGA
TTACTTTTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTAAGACTTGTTGGTTTGAAAG
ATTTTGCCTTTTTTT


BQ
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AF RR3DA56JQ C 1
AF RR3DA56TF U 1
BS 1 8 RR3DA56JQ
BS 9 555 RR3DA56TF

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GATCCTCCTCCAAGGTCGTTACGCCGGCAAGAGGGCAGTGATCATCCGTTCCTTCGACGA
CGGCAACCGCGAGCGTCCCTACGGACACTGTCTCGTCGCCGGGCTCAAGAAGTATCCGAG
CAAGCTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGAGTCAAGTGTTT
CATCAAGGTCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGATCT
GAAGGAGGTTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCTTAA
GGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGTAAGAACAGGTGGTTCTTCAC
CAAGCTCAGGTTCTGAGAAATGTGTTTTCTTTTTTTATCTTCTGTAGTGGAATTTACGGA
TTACTTTTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTAAGACTTGTTGGTTTGAAAG
ATTTTGCCTTTTTTT

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3DA56TF 555 0 0
GGAGAGAG
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TCGTGAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGATCTGAAGGAGG
TTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCTTAAGGAAGCTA
AGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGTAAGAACAGGTGGTTCTTCACCAAGCTCA
GGTTCTGAGAAATGTGTTTTCTTTTTTTATCTTCTGTAGTGGAATTTACGGATTACTTTT
GTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTAAGACTTGTTGGTTTGAAAGATTTTGCC
TTTTTTT

QA 9 555 9 555
DS 



CO CL3045Contig2 690 2 4 U
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GCTGTGATCCTCCTCCAAGGTCGTTATGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGTTCATTC
GACGACGGCAACCGCGAGCGTCCCTACGGACACTGTCTCGTCGCCGGGCTCAGGAAGTAT
CCGAGCAAGGTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGAGTCAAG
TGTTTCATCAAGGTCGTTAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTG
GATCTGAAGGAGGTTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCT
CTTAAGGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGTAAGAACAGGTGGTTC
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ACGGATTACTTTTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTTTGGATGTGTTTAAG
ACTTGTTTGTTTGAAAGATTTTGCCTTTTTTTTTTATCATTTATCATCATTTGCTTAGCT
TGAATTCTCAAGATTTACTTACAGTGCCAGATTAGTAGTGAAATGTGCTTGTCTGAATTT
ATGTTTCATTGCCAACTGTTATGAATCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FJ02JQ C 1
AF RR3FJ02TF U 1
BS 1 13 RR3FJ02JQ
BS 14 673 RR3FJ02TF
BS 674 674 RR3FJ02JQ
BS 675 690 RR3FJ02TF

RD RR3FJ02JQ 690 0 0
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GCTGTGATCCTCCTCCAAGGTCGTTATGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGTTCATTC
GACGACGGCAACCGCGAGCGTCCCTACGGACACTGTCTCGTCGCCGGGCTCAGGAAGTAT
CCGAGCAAGGTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGAGTCAAG
TGTTTCATCAAGGTCGTTAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTG
GATCTGAAGGAGGTTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCT
CTTAAGGAAGCTAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGTAAGAACAGGTGGTTC
TTCACCAAGCTCAGGTTCTGAGAAATGAGGTTTTCTTTTTTATCTTTTGTAATGGAATTT
ACGGATTACTTTTGTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTT*GGATGTGTTTAAG
ACTTGTTTGTTTGAAAGATTTTGCCTTTTTTTTTTATCATTTATCATCATTTGCTTAGCT
TGAATTCTCAAGATTTACTTACAGTGCCAGATTAGTAGTGAAATGTGCTTGTCTGAATTT
ATGTTTCATTGCCAACTGTTATGAATCAAA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3FJ02TF 690 0 0
GGGCCGGCAAGGT
AGAGAGAGAGAGACGACGCCATGGTTAAGTTTCTGAAGCAGAACAAAGCTGTGATCCTCC
TCCAAGGTCGTTATGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGTTCATTCGACGACGGCAACC
GCGAGCGTCCCTACGGACACTGTCTCGTCGCCGGGCTCAGGAAGTATCCGAGCAAGGTCA
TCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCGAGAGTCAAGTGTTTCATCAAGG
TCGTTAACTACCAGCATCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGATCTGAAGGAGG
TTGCGACTCTCGAGGCTCTGTCTTCGAAGGATAAGAAGGTGGCGGCTCTTAAGGAAGCTA
AGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGTAAGAACAGGTGGTTCTTCACCAAGCTCA
GGTTCTGAGAAATGAGGTTTTCTTTTTTATCTTTTGTAATGGAATTTACGGATTACTTTT
GTAGTTCTAAAATGGTGATGTGGATCGTGTTTTTGGATGTGTTTAAGACTTGTTTGTTTG
AAAGATTTTGCCTTTTTTTTTTATCATTTATCATCATTTGCTTAGCTTGAATTCTCAAGA
TTTACTTACAGTGCCAGATTAGTAGTGAAATGTGCTTGTCTGAATTTATGTTTCATTGCC
CACTGTTATGAATCAAA

QA 14 690 14 690
DS 



AS 1 3

CO CL3046Contig1 827 3 12 U
GCATGAACATATTTTACTGTTAGATCAATTATTCCCTTAATAATTCTATAACAATATAAA
CTCAAACCTGAAAAAAACCCTCAAGGTTTCAAGATCTACGCATTATGCTGGTTCTCCTTG
GTTTTGTTTTCTTTTTTTTTCTCCAAGACCCTCAGAAGAATAGGCTTTACCGTCCGAACA
AGTCTCATCACGGCTAAATTAAAATGATGCATACCAAAACAAAGTGTCAAAGATGAAGAT
CGAGACTCACATGATCTTTCACATTAGGTTTCATCAATCTGTACGGCCAGTTCGGCTCTT
TACGCTCCTGCTCGTGCGTTCTAAACGCTGAAGCTGGTGAAGCTGAGTAAACGCCATGAA
TAGCGTTTGCTGACGTGGAAGGCGGTGGTACACGCCACACACCCAAAGGACTTCCGTTGA
TCGTCGGTGGGTTAGAAGAAGGAGGGGGAAGAAGAGTGCGTGAGTAATACGACGGCGTTT
GTTGTCCTCCTACTCCACCACCGTAGAATCTAGCTTCCGTCGTCCACGTGGGATAGTGAC
GGTGGTGGTGGTGGTTGTTTAGGAAGCCGTAGACGTGGTGAGAGTCAGACTGATGAAGGT
ATGATGGCATAGAACCGCGTTTGGCGTGTTGGCGTTCGCGTTTGTGAGCGTTTTGGTGTC
CACCTAGGGCTTGAGAAGTAGGGAAGTTTCTGAAACAGTAGTGACACTCGAATCTCCTGT
TGTTGTTGCTGTCGTCTTTCTCCTTGTCTTTGTCCTTCTCCTTGACATTCTCAGAGTTCT
CTTCGTTGATCTTGATCGTTGTGGTCTCACAGAAGTCTTCTTGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3F882JQ U 1
AF RR3E409JQ U 143
AF RR3E409TF C 143
BS 1 162 RR3F882JQ
BS 163 163 RR3E409JQ
BS 164 246 RR3F882JQ
BS 247 247 RR3E409JQ
BS 248 445 RR3F882JQ
BS 446 446 RR3E409JQ
BS 447 524 RR3F882JQ
BS 525 525 RR3E409JQ
BS 526 559 RR3F882JQ
BS 560 560 RR3E409JQ
BS 561 677 RR3F882JQ
BS 678 827 RR3E409JQ

RD RR3F882JQ 677 0 0
GCATGAACATATTTTACTGTTAGATCAATTATTCCCTTAATAATTCTATAACAATATAAA
CTCAAACCTGAAAAAAACCCTCAAGGTTTCAAGATCTACGCATTATGCTGGTTCTCCTTG
GTTTTGTTTTCTTTTTTTTTCTCCAAGACCCTCAGAAGAATAAGCTTTACCGTCCGAACA
AGTCTCATCACGGCTAAATTAAAATGATGCATACCAAAACAAAGTGTCAAAGATGAAGAT
CGAGACCCACATGATCTTTCACATTAGGTTTCATCAATCTGTACGGCCAGTTCGGCTCTT
TACGCTCCTGCTCGTGCGTTCTAAACGCTGAAGCTGGTGAAGCTGAGTAAACGCCATGAA
TAGCGTTTGCTGACGTGGAAGGCGGTGGTACACGCCACACACCCAAAGGACTTCCGTTGA
TCGTCGGTGGGTTAGAAGAAGGAGGAGGAAGAAGAGTGCGTGAGTAATACGACGGCGTTT
GTTGTCCTCCTACTCCACCACCGTAGAATCTAGCTTCCGTCGTCAACGTGGGATAGTGAC
GGTGGTGGTGGTGGTTGTTGAGGAAGCCGTAGACGTGGTGAGAGTCAGACTGATGAAGGT
ATGATGGCATAGAACCGCGTTTGGCGTGTTGGCGTTCGCGTTTGTGAGCGTTTTGGTGTC
CACCTAGGGCTTGAGAA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3E409JQ 685 0 0
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AATGATGCATACCAAAACAAAGTGTCAAAGATGAAGATCGAGACTCACATGATCTTTCAC
ATTAGGTTTCATCAATCTGTACGGCCAGTTCGGCTCTTTACGCTCCTGCTCGTGCGTTCT
AAACGCTGAAGCTGGTGAAGCTGAGTAAACGCCATGAATAGCGTTTGCTGACGTGGAAGG
CGGTGGTACACGCCACACACCCAAAGGACTTCCGTTGATCGTCGGTGGGTTAGAAGAAGG
AGGGGGAAGAAGAGTGCGTGAGTAATACGACGGCGTTTGTTGTCCTCCTACTCCACCACC
GTAGAATCTAGCTTCCGTCGTCCACGTGGGATAGTGACGGTGGTGGTGGTGGTTGTTTAG
GAAGCCGTAAACGTGGTGAGAGTCAGACTGATGAAGGTATGATGGCATAGAACCGCGTTT
GGCGTGTTGGCGTTCGCGTTTGTGAGCGTTTTGGTGTCCACCTAGGGCTTGAGAAGTAGG
GAAGTTTCTGAAACAGTAGTGACACTCGAATCTCCTGTTGTTGTTGCTGTCGTCTTTCTC
CTTGTCTTTGTCCTTCTCCTTGACATTCTCAGAGTTCTCTTCGTTGATCTTGATCGTTGT
GGTCTCACAGAAGTCTTCTTGTTGC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3E409TF 685 0 0
CCAAGACCCTCAGAAGAATAGGCTTTACCGTCCGAACAAGTCTCATCACGGCTAAATTAA
AATGATGCATACCAAAACAAAGTGTCAAAGATGAAGATCGAGACTCACATGATCTTTCAC
ATTAGGTTTCATCAATCTGTACGGCCAGTTCGGCTCTTTACGCTCCTGCTCGTGCGTTCT
AAACGCTGAAGCTGGTGAAGCTGAGTAAACGCCATGAATAGCGTTTGCTGACGTGGAAGG
CGGTGGTACACGCCACACACCCAAAGGACTTCCGTTGATCGTCGGTGGGTTAGAAGAAGG
AGGGGGAAGAAGAGTGCGTGAGTAATACGACGGCGTTTGTTGTCCTCCTACTCCACCACC
GTAGAATCTAGCTTCCGTCGTCCACGTGGGATAGTGACGGTGGTGGTGGTGGTTGTTTAG
GAAGCCGTAGACGTGGTGAGAGTCAGACTGATGAAGGTATGATGGCATAGAACCGCGTTT
GGCGTGTTGGCGTTCGCGTTTGTGAGCGTTTTGGTGTCCACCTAGGGCTTGAGAAGTAGG
GAAGTTTCTGAAACAGTAGTGACACTCGAATCTCCTGTTGTTGTTGCTGTCGTCTTTCTC
CTTGTCTTTGTCCTTCTCCTTGACATTCTCAGAGTTCTCTTCGTTGATCTTGATCGTTGT
GGTCTCACAGAAGTCTTCTTGTTG
C

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 4

CO CL3047Contig1 870 4 18 U
GGACCGCACGCTATCTCCCTCCCCTGCGAACGCTTCGCTCTAAAAAGAAAAACAGAGCTA
AGAGGAGGAGAGAAAACAAAGATCGTAGAGAGACAGCAATATATAAAAAATTAATCAAAG
TTAAATGAGCACGACGGGTCCGGCAAAGAAAAGCTCGCTAATGGACACTCTCTTGGGACT
CCTTAGAATCCGCATCAAACGTGGCGTCAATCTCGCCGTCCGTGACATTAATAGCAGTGA
TCCTTACGTCGTCGTTAAAATGGGCAAACAGAAATTGAAAACTCGTGTCATCAACAAGGA
CGTAAATCCAGAATGGAACGAAGATCTGACCCTCTCCGTCACGGACCCCAGTCTTACCGT
TCTCTTGACGGTGTACGACCACGACATGTTTAGCAAGGACGACAAGATGGGTGATGCAGA
GTTCGAGATAAAGCCGTATATCGAGGCTTTAAAGATGCAACTTGACGGTCTTCCTAGTGG
TACCATCGTCACCACGGTTCAGCCATGTCGTCGCAACTGTCTAGCTGAGGAGTCTAAAAT
AACTTGGGTCGACGGTAAGCTCGTCCAGGATCTCGTTCTCAGATTACGACATGTTGAATG
TGGAGAGGTCGAGGCTCAGCTTCAGTGGATTGACCTCCCTGGCTCCAAGGGTCTATAAAT
CTTTTTTGAGATTTGGATTAAACCTCAAAAACAAAACAAGAACCGAACCATGTTGAAGTA
CAAAACGCGTATTAATCCATGCATGAGAGTATGAGGATTAAGAACGTTTGAGGGATGTTT
TGTTTCCCATATGGTGATCGAGTCGTTTTTTTATTGTCCTTGTATATTTGGATTAGCTAT
GTGCCTTGAATAAAAGCTTTGATTACCACG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3FF44TF U 1
AF RR3FG13TF U 1
AF RR3FG13JQ C 110
AF RR3FF44JQ C 145
BS 1 220 RR3FF44TF
BS 221 221 RR3FG13TF
BS 222 666 RR3FF44TF
BS 667 667 RR3FG13TF
BS 668 690 RR3FF44TF
BS 691 691 RR3FG13JQ
BS 692 732 RR3FG13TF
BS 733 733 RR3FG13JQ
BS 734 758 RR3FG13TF
BS 759 759 RR3FG13JQ
BS 760 763 RR3FG13TF
BS 764 764 RR3FG13JQ
BS 765 780 RR3FG13TF
BS 781 781 RR3FG13JQ
BS 782 787 RR3FG13TF
BS 788 788 RR3FG13JQ
BS 789 809 RR3FG13TF
BS 810 870 RR3FG13JQ

RD RR3FF44TF 696 0 0
GGACCGCACGCTATCTCCCTCCCCTGCGAACGCTTCGCTCTAAAAAGAAAAACAGAGCTA
AGAGGAGGAGAGAAAACAAAGATCGTAGAGAGACAGCAATATATAAAAAATTAATCAAAG
TTAAATGAGCACGACGGGTCCGGCAAAGAAAAGCTCGCTAATGGACACTCTCTTGGGACT
CCTTAGAATCCGCATCAAACGTGGCGTCAATCTCGCCGTCTGTGACATTAATAGCAGTGA
TCCTTACGTCGTCGTTAAAATGGGCAAACAGAAATTGAAAACTCGTGTCATCAACAAGGA
CGTAAATCCAGAATGGAACGAAGATCTGACCCTCTCCGTCACGGACCCCAGTCTTACCGT
TCTCTTGACGGTGTACGACCACGACATGTTTAGCAAGGACGACAAGATGGGTGATGCAGA
GTTCGAGATAAAGCCGTATATCGAGGCTTTAAAGATGCAACTTGACGGTCTTCCTAGTGG
TACCATCGTCACCACGGTTCAGCCATGTCGTCGCAACTGTCTAGCTGAGGAGTCTAAAAT
AACTTGGGTCGACGGTAAGCTCGTCCAGGATCTCGTTCTCAGATTACGACATGTTGAATG
TGGAGAGGTCGAGGCTCAGCTTCAGTGGATTGACCTCCCTGGCTCCAAGGGTCTATAAAT
CTTTTT*GAGATTTGGATTAAACCTCAAAA
CAAACA

QA 1 690 1 690
DS 

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AGAGGAGGAGAGAAAACAAAGATCGTAGAGAGACAGCAATATATAAAAAATTAATCAAAG
TTAAATGAGCACGACGGGTCCGGCAAAGAAAAGCTCGCTAATGGACACTCTCTTGGGACT
CCTTAGAATCCGCATCAAACGTGGCGTCAATCTCGCCGTCCGTGACATTAATAGCAGTGA
TCCTTACGTCGTCGTTAAAATGGGCAAACGGAAATTGAAAACTCGTGTCATCAACAAGGA
CGTAAATCCAGAATGGAACGAAGATCTGACCCTCTCCGTCACGGACCCCAGTCTTACCGT
TCTCTTGACGGTGTACGACCACGACATGTTTAGCAAGGACGACAAGATGGGTGATGCAGA
GTTCGAGATAAAGCCGTATATCGAGGCTTTAAAGATGCAACTTGACGGTCTTCCTAGTGG
TACCATCGTCACCACGGTTCAGCCATGTCGTCGCAACTGTCTAGCTGAGGAGTCTAAAAT
AACTTGGGTCGACGGTAAGCTCGTCCAGGATCTCGTTCTCAGATTACGACATGTTGAATG
TGGAGAGGTCGAGGCTCAGCTTCAGTGGATTGACCTCCCTGGCTCCAAGGGTCTATAAAT
CTTTTTTGAGATTTGGATTAAACCTCAAAA*CAAAACAAGAACCGAACCATGTTGAAGTA
CAAAACGCGTAT*AATCCATGCATGAGAGTATGAGGAT*AAGA*CGTTTGAGGGATGTTT
*GTTTCC*ATATGGTGATCGAGTCGTTTT

QA 1 809 1 809
DS 

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CTCTTGGGACTCCTTAGAATCCGCATCAAACGTGGCGTCAATCTCGCCGTCCGTGACATT
AATAGCAGTGATCCTTACGTCGTCGTTAAAATGGGCAAACGGAAATTGAAAACTCGTGTC
ATCAACAAGGACGTAAATCCAGAATGGAACGAAGATCTGACCCTCTCCGTCACGGACCCC
AGTCTTACCGTTCTCTTGACGGTGTACGACCACGACATGTTTAGCAAGGACGACAAGATG
GGTGATGCAGAGTTCGAGATAAAGCCGTATATCGAGGCTTTAAAGATGCAACTTGACGGT
CTTCCTAGTGGTACCATCGTCACCACGGTTCAGCCATGTCGTCGCAACTGTCTAGCTGAG
GAGTCTAAAATAACTTGGGTCGACGGTAAGCTCGTCCAGGATCTCGTTCTCAGATTACGA
CATGTTGAATGTGGAGAGGTCGAGGCTCAGCTTCAGTGGATTGACCTCCCTGGCTCCAAG
GGTCTATAAATCTTTTTTGAGATTTGGATTAAACCTCAAAAACAAAACAAGAACCGAACC
ATGTTGAAGTACAAAACGCGTATTAATCCATGCATGAGAGTATGAGGATTAAGAACGTTT
GAGGGATGTTTTGTTTCCCATATGGTGATCGAGTCGTTTTTTTATTGTCCTTGTATATTT
GGATTAGCTATGTGCCTTGAATAAAAGCTTTGATTACCACG

QA 1 761 1 761
DS 

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CAAA
AAAAGCTCGCTAATGGACACTCTCTTGGGACTCCTTAGAATCCGCATCAAACGTGGCGTC
AATCTCGCCGTCTGTGACATTAATAGCAGTGATCCTTACGTCGTCGTTAAAATGGGCAAA
CAGAAATTGAAAACTCGTGTCATCAACAAGGACGTAAATCCAGAATGGAACGAAGATTTG
ACCCTTTCCGTCACGGACCCCAGTCTTACCGTTCTCTTGACGGTGTACGACCACGACATG
TTTAGCAAGGACGACAAGATGGGTGATGCAGAGTTCGAGATAAAGCCGTATATCGAGGCT
TTAAAGATGCAACTTGACGGTCTTCCTAGTGGTACCATCGTCACCACGGTTCAGCCATGT
CGTCGCAACTGTCTAGCTGAGGAGTCTAAAATAACTTGGGTCGACGGTAAGCTCGTCCAG
GATCTCGTTCTCAGATTACGACATGTTGAATGTGGAGAGGTCGAGGCTCAGCTTCAGTGG
ATTGACCTCCCTGGCTCCAAGGGTCTATAAATCTTTTT*GAGATTTGGATTAAACCTCAA
AAACAAAACAAGAACCGAACCATGTTGAAGTACAAAACGCGTATTAATCCATGCATGAGA
GTATGAGGATTAAGAACGTTTGAGGGATGTTTTTTTTCCCATATGGTGATCGAGTCGTTT
TTTTATTGTCCTTGTATATTTGGATTAGCTATGTGCCTTGAATAAAAGCTTTGATTACCA
CG

QA 5 726 5 726
DS 



AS 1 4

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GTCCAATCTCTTTTCTCTCCATAGAGAAGAGAAGAGGGAAGTCATTTCTGTTCCTCATTT
TCTCTTCTCCTCTTCTTCTGAATCCGAATCCACCGCCCAGATTTTCTAAGAGGAAGAAAG
CCACAAAAACGATGCCGTATTGCGAGGTTGTGAGAGAACACGTGGACGCAGAAACGACGC
TAAACAATGCCGGCGTCAAGATCTTCTACAGAACCTACGGCCACGGTCTCACCAAAGCTC
TTCTCATCATAGGTTTAGCCGGAACCCATGAATCGTGGGGACCTCAAATCAAGGGCTTGA
CGGGGACGGATCAACCCAACGACGGAGACGGAATCGTTTCCGATGATTCAGGAACCGAGG
TCTGCGCTTTCGACAATCGTGGTATGGGTCGAAGCTCCGTGCCCACCCACAAATCTGACT
ACACAACAAGTATAATGGCAAAGGATTCGATTAGTTTGTTGGATCATTTGGGATGGGAGA
AAGCTCACGTTATTGGCCACTCTATGGGAGCTATGATAGCTTGCAAGTTAGCTGCAATGG
TGCCCGAGCGGGTTCTTTCTCTTGCGTTACTTAACGTTACTGGTGGTGGTTTTGAGTGTT
TCCCCAAGCTTGACCAGCTCACTCTTTCCATTGCGTTTCGTTTCTGGATGGCTAAGACCC
CTCAACAAAGAGCTAAAGTTGATTTGGATACACATTATTCACAGGATTACCTAAAAGAAC
CCATAGCACCAACACAAGCGGGATGTCCTATATGAGCAATATGTAAAAGAATATCAGAAA
CTGGAATGCAGT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP90TF U 102
AF RR3B124TF U 1
AF RR3B204TF U 1
AF RR3EP69TF U 222
BS 1 237 RR3B124TF
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RD RR3EP90TF 619 0 0
GG
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QA 3 619 3 619
DS 

RD RR3B124TF 756 0 0
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CCACAAAAACGATGCCGTATTGCGAGGTTGTGAGAGAACACGTGGACGCAGAAACGATGC
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DS 

RD RR3B204TF 798 0 0
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TCTCTTCTCCTCTTCTTCTGAATCCGAATCCACCGCCCAGATTTTCTAAGAGGAAGAAAG
CCACAAAAACGATGCCGTATTGCGAGGTTGTGAGAGAACACGTGGACGCAGAAACGATGC
TAAACAATGCCGGCGTCAAGATCTTCTACAGAACCTACGGCCACGGTCTCACCAAAGCTC
TTCTCATCATAGGTTTAGCCGGAACCCATGAATCGTGGGGACCTCAAATCAAGGGCTTGA
CGGGGACGGATCAACCCAACGACGGAGACGGAATCGTTTCCGATGATTCAGGAACCGAGG
TCTGCGCTTTCGACAATCGTGGTATGGGTCGAAGCTCCGTGCCCACCCACAAATCTGACT
ACACAACAAGTATAATGGCAAAGGATTCGATTAGTTTGTTGGATCATTTGGGATGGGAGA
AAGCTCACGTTATTGGCCACTCTATGGGAGCTATGATAGCTTGCAAGTTAGCTGCAATGG
TGCCCGAGCGGGTTCTTTCTCTTGCGTTACTTAACGTTACTGGTGGTGGTTTTGAGTGTT
TCCCCAAGCTTGACCAGCTCACTCTTTCCATTGCGTTTCGTTTCTGGATGGCTAAGACCC
CTCAACAAAGAGCTAAAGTTGATTTGGATACACATTATTCACAGGATTACCTAAAAGAAC
GCATAGCACCAACACAAG

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3EP69TF 631 0 0
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CACGGTCCCACCAAAGCTCTTCTCATCGTAGGTTTAGCCGGAACCCATGAATCGTGGGGA
CCTCAAATCAAGGGCTTGACGGGGACGGATCAACCCAACGACGGAGACGGAATCGTTTCC
GATGATTCAGGCACGGAGGTCTGCGCTTTCGACAATCGTGGTATGGGTCGAAGCTCCGTG
CCCACCCACAAATCCGACTACACAACAAGTATAATGGCAAAGGATTCAATTAGTTTGTTG
GATCATTTGGGATGGGAGAAAGCTCACGTTATTGGCCACTCTATGGGAGCTATGATAGCT
TGCAAGTTAGCTGCAATGGTGCCTGAACGGGTTCTTTCTCTTGCGTTACTTAACGCTACT
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TTCTGGATGGCTAAGACCCCTCAACAAAGAGCAAAAGTTGATTTGGACACACATTATTCA
CAGGATTACCTAAAAGAACCCATAGCACCAGCACAAGCGGGATGTCCTATATGAGCAATA
TGTAAAAGAATATCAGAAACTGGAATGCAGT

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 4

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AAAGTTATGATGAGGAGTTGAAGTAAGAGATGTGAATTAAATCCCAGTTAACAACATAAA
ACAAGGGAAAACATAGCAATAGAGTAAAACTATTCTTCTCCCTAAAACTAGTAGAGCTAA
CACATAAGAAGAGAAGATACTCCATTAAACAAACAGCTGCTGATCCATCTCTTAATCATC
ATCTTCCTCCTCATCACTAGCAGCATCATTCTCATCGTTGACTTCAGACTTGGACTTGTC
AGAGTCATCATCTCCAGCTGTACTCGTTCCATTAGCCAATTTCATGTTGTATTTTTGCAT
AGTCTTGGCGTATTCAGTCTTTTTGGTCTCAGCCTTTTCTACATAAGGCGCTTTATCATC
AGCAGTCATGGATTTCCATTTGGCTCCAGCAGCTTTACCAACAGCTCCGACGGATTTGTT
GTTAGGGTTAGCTAGATTGAACTCCTTCCGGAATCCCTCCAGGAAGACGAAGAAAGCACT
TGGCGGCCTCTTTGGCTTGTTTGGATCCTTCACTTTCTTCCCCGCTTTCTTCCCTCTCGT
TTTCAATCTCTCGTCGGTGCTCTTCGCTTGAGCCTTGGTTTCACCACCTTTCATCTCTCG
AGATCTGTGAACGAACGAACGAACGTTAGGGTTTTCTTTTTTTCCTTCTTTTGTTTTTGA
CGACGATTCAGATCTTTTTCTCCGCTTCTTTGCTAAATCTGATGTGCTGTTTAATTGATT
TATTTAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G630JQ U 80
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AF RR3BJ77JQ U 7
AF RR3BJ77TF C 1
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GG
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AACGTT
CCC

QA 3 608 3 608
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RD RR3G630TF 611 0 0
GG
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GAGTAAAACTATTCTTCTCCCTAAAACTAGTAGAGCTAACACATAAGAAGAGAAGATACT
CCATTAAACAAACAGCTGCTGATCCATCTCTTAATCATCATCTTCCTCCTCATCACTAGC
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TTTGGTCTCAGCCTTTTCTACATAAGGCGCTTTATCATCAGCAGTCATGGATTTCCATTT
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CTCCTTCCGGAATCCCTCCAGGAAGACGAAGAAAGCACTTGGCGGCCTCTTTGGCTTGTT
TGGATCCTTCACTTTCTTCCCCGCTTTCTTCCCTCTCGTTTTCAATCTCTCGTCGGTGCT
CTTCGCTTGAGCCTTGGTTTCACCACCTTTCATCTCTCGAGATCTGTGAACGAACGAACG
AACGTT
CCC

QA 3 608 3 608
DS 

RD RR3BJ77JQ 715 0 0
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TCTCTCGTCGGTGCTCTTCGCTTGAGCCTTGGTTTCACCACCTTTCATCTCTCGAGATCT
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QA 1 715 1 715
DS 

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ATCTTCCTCCTCATCACTAGCAGCATCATTCTCATCGTTGACTTCAGACTTGGACTTGTC
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AGTCTTGGCGTATTCAGTCTTTTTGGTCTCAGCCTTTTCTACATAAGGCGCTTTATCATC
AGCAGTCATGGATTTCCATTTGGCTCCAGCAGCTTTACCAACAGCTCCGACGGATTTGTT
GTTAGGGTTAGCTAGATTGAACTCCTTCCGGAATCCCTCCAGGAAGACGAAGAAAGCACT
TGGCGGCCTCTTTGGCTTGTTTGGATCCTTCACTTTCTTCCCCGCTTTCTTCCCTCTCGT
TTTCAATCTCTCGTCGGTGCTCTTCGCTTGAGCCTTGGTTTCACCACCTTTCATCTCTCG
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CGACGATTCAGATCTTTTTCTCCGCTTCTTTGCTAAATCTGATGTGCTGTTTAATTGATT
TATTTAGCC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 4

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TGAACCTTTGCCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

AF RR3F648TF U 1
AF RR3F648JQ C 31
AF RR3CP87JQ C 54
AF RR3CP87TF U 54
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RD RR3F648TF 617 0 0
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QA 1 617 1 617
DS 

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ATGACCATGTCTACGTCCACCGTAGTGGCTAAAGGAGGTGGTGTGTTGGACAAACCAATT
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GAAGCCCACATCAACGGTTTGGCTGTTGTCATCGTCTGTGCTCAGGCCGATGCAGAGCAA
CACTGTATGCAGCTTCGCGGTAACGGTCTTCTCAGTTCTGTTGAACCTGATGGTGGAGGC
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TCTATTTAGTAAAAAAAGAAAATGTCCTTTGGTGTATATAAATATCAGAAAATTTGGTAC
TAAAGACTGTTACAGTGTTACTATATGCAGTGAACCTTTGCCTTTC

QA 1 706 1 706
DS 

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GGAT
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CT

QA 5 679 5 679
DS 

RD RR3CP87TF 681 0 0
GGAT
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GGTCTCGCACCAAGCACTCTCTTCCATTCTTCTATTTCAGGGGACAAACATTCTGTCTCA
AAAGGACCTCACTCGAGTAACCGTGGAGTTCTCATGACCATGTCTACGTCCACCGTAGTG
GCTAAAGGAGGTGGTGTGTTGGACAAACCAATTATAGAAAAAACTACTCCTGGTCGCGAA
TCCGAATTTGATTTGAGGAAATCAAAGAAGATGGCTCCACCTTACAGAGTGATACTACAC
AACGACAACTTCAACAAGAGGGAATATGTGGTTCAGGTGTTGATGAAGGTCATACCAGGC
ATGACTGTAGACAACGCAGTTAACATTATGCAAGAAGCCCACATCAACGGTTTGGCTGTT
GTCATCGTCTGTGCTCAGGCCGATGCAGAGCAACACTGTATGCAGCTTCGCGGTAACGGT
CTTCTCAGTTCTGTTGAACCTGATGGTGGAGGCTGCTGAAACAAAAGAAACTAGTTTAAA
TTTCGTATAGGTTTTTCACACCTCTCAGGACACTCTATTTAGTAAAAAAAGAAAATGTCC
TTTGGTGTATATAAATATCAGAAAATTTGGTACTAAAGACTGTTACAGTGTTACTATATG
CAGTGAACCTTTGCC
CT

QA 5 679 5 679
DS 



AS 1 4

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TAGTTGGGTGACATAAGAAAGAGATTACAAGTTGGAATTGAAGTCTGAAACATCAACCTC
AACTTGAGAGACGCTTGTCACAATGGTGTTATTAAAAAGGCTTAAAAGCCAGTGGATATC
TTTTGCTTAAAAACTAGCAATCGAAAAGAGATCTGTACTGAGAAGCCTCGTTAGCCATCT
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CCTTCTCATCAATTGCATCGTAAATCTCATCATTCTTCTCAAAGTCACCACCTTTACGAG
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AAGAAGTCGACATCTGTCTCCGACAACGAACACTGGACAAGATCGCCTTCCCGCTTACTT
GTAGCTTCAGCATCATCTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV69JQ U 3
AF RR3BN50TF C 22
AF RR3BV69TF C 1
AF RR3BN50JQ U 22
BS 1 5 RR3BV69TF
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BS 643 727 RR3BN50JQ
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RD RR3BV69JQ 640 0 0
GCA
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QA 10 667 10 667
DS 

RD RR3BV69TF 742 0 0
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CCTTCTCATCAATTGCATCGTAAATCTCATCATTCTTCTCAAAGTCACCACCTTTACGAG
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QA 1 742 1 742
DS 

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GTGTCATGT
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ATCTGTACTGAGAAGCCTCGTTAGCCATCTCCTCAATGCTCCTATCAACACGGTCTTTGT
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CATTCTTCTCAAAGTCACCACCTTTACGAGGCAAGACGTGAATGTG*ACATGTGGAACAC
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TCTCAATCCGAGAGCCAACCTTCTGAGCAGTAAGCCACAGATCACTGGTCTCATCAGCTG
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CACTGGACAAGATCGCCTTCCCGCTTACTTGTAGCTT

QA 10 706 10 706
DS 



AS 1 4

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TGCTCTTACCTCCCGCGATAAGATCGATACCCATGGCTTGTGCTGTCGACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3FF56JQ U 1
AF RR3AL33JQ U 68
AF RR3FF56TF C 170
AF RR3AL33TF C 218
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RD RR3FF56JQ 701 0 0
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QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3AL33JQ 670 0 0
AACTTA
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ATCAGTTATCGTCCCAACCAACACAGCAATCTTACCATCCTTGCCGTTCATGAACTCCAC
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CGCG

QA 7 670 7 670
DS 

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CC

QA 1 598 1 598
DS 

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GCACTCTCCACCAGCTTTCTCAATTCTAGCCCTAGCTCTCTCGGTAAACCTCAAGGCAGT
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AGCAATCTTACCATCCTTGCCGTTCATGAACTCCACGAGCTTGGAGGGGGAAAGAGGAGC
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TTGTGCTGTCGACCC

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 4

CO CL3053Contig1 654 4 7 U
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AGATATCCCCACGCGAGTTACCTGCGCGAAATTGACGGCTCTCAGAATCGGCGGCATCGT
CAAGGTACGCTCGCTCTCCTTCGAGAGACGATGGTCTGGTCGGGCGGGGCTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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BQ
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DS 

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CCGGCCGACGTCGTTTCATCAATGCCATTAAACATGTTACAGAAGCTCTCTTCTTGAACC
ACTTCATTATTCTGTTGATGATGGTCATGATTATGTGTAGAAAACGGAATCGATGAAGGG
AAAAGGTTTTTGATCGTGTTCACATGTGTTGTAGTGGTCTCTCTAGGAATCTCCAGATTT
ATGTCTGAACTATTTTCTGTGCTTCCATTGTTGCTCCATGAAGCTTCTGTTTCCCTCTTT
ATTATGCTTGCTTCGTTACAATCTTTGTTCTTTAAA

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3BP34TF 781 0 0
TCTCT
CTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGATAATGACATGGTGGTGG
TGCCCTCGAGCTATATATAGGATCATGAATCAGTTGAATTGGTGGTCGTGATTTGGGTCA
GACCATCCCCAGTAACCGGC*GACGTCGTTTCATCAATGCCATTAAACATGTTACAGAAG
CTCTCTTCTTGAACCACTTCATTATTCTGTTGATGATGGTCATGATTATGTGTAGAAGAC
GGAATCGATGAAGGGAAAAGGTTTTTGATCGTGTTCACATGTGTTGTAGTGGTCTCTCTA
GGAATCTCCAGATTTATGTCTGAGCTATTTTCTGTGCTTCCATTGTTGCTCCATGAAGCT
TCTGTTTCCCTCTTTATTATGCTTGCTTCGTTACAATCTTTGTTCTTTAAAGACATTACC
TCAGCAAGGAGTTTCTTGTTGTGGGCAAGAAGAGAATCATTGTCAGACTTAAGAGAATCA
AACTGTTTCTTGAGTGCATCATAGTCTCTTTCGAGCTGTCTAGTCTTCCACCTAGCTCTC
CTGTTTTGAAACCAGATCGCTATTTGCCTCGGTTGCATCCCCAATGCTTTAGCTAGTTGT
ATCTTCCTCTCTGGATCAAGCTTGTTACCAAGCTCGAAGCTCTTTTCTAATACCTTAACT
TGCTCTAATTGCAGCCTCTTCTTCTTCTCTCCAAGCATCATATGTGACCCATCGTCTGAT
AAATTCTCCTCATCACCAGATTGATGAGGATCGTCTCGCACGTTCGTTAATGACA
C

QA 6 780 6 780
DS 

RD RR3B396TF 862 0 0
ACCATTTCATTATTCTGTTGATGATGGTCATGATTATGTGTAGAAGACGGAATCGATGAA
GGGAAAAGGTTTTTGATCGTGTTCACATGTGTTGTAGTGGTCTCTCTAGGAATCTCCAGA
TTTATGTCTGAGCTATTTTCTGTGCTTCCATTGTTGCTACATGAAGCTTCTGTTTCCCTC
TTTATTATGCTTGCTTCGTTACAATCTTTGTTCTTTAAAGACATTACCTCAGCAAGGAGT
TTCTTGC*GTGGGCAAGAAGAGAATCATTGTCAGACTTAAGAGAATCAAACTGTTTCTTG
AGTGCATCATAGTCTCTTTCGAGCTGTCTAGTCTTCCACCTAGCTCTCCTGTTTTGAAAC
CAGATCGCTATTTGCCTCGGTTGCATCCCCAATGCTTTAGCTAGTTGTATCTTCCTCTCT
GGATCAAGCTTGTTACCAAGCTCGAAGCTCTTTTCTAATACCTTAACTTGCTCTAATTGC
AGCCTCTTCTTCTTCTCTCCAAGCATCATATGTGACCCATCGTCTGATAAATTCTCCTCA
TCAACAGATTGATGAGGATCGTCTCGCACGTTCGTTAATGACATAGATCTGTTCATCATG
TAGTTTCCTCCTCCATTGAAGGGATGAGGAGGAAGACAAGAAGGGAGCTGATCAGGGGTA
ATGTCTTCATGAAGTTGTTGGAACATAAAACCATGTTGAGGAAATGCCATTTCCAATCTA
AATCCTGCGGCTGCGTCTGTGGTTGGATCAAACACATGCAAATTAACTCAACCTGCAGTG
AGTGATATATTTGGATTGGGAAGTTATCAGCTAGGAGTGTTCAAATGCTTATATTTTGGA
AATGAAGAACAAATGAATCTCC

QA 1 862 1 862
DS 



AS 1 4

CO CL3055Contig1 838 4 22 U
ACACTGACCACATTTCTCTATCTCTAATCATTTTATTCATTACTATTACAGCTCAACTAC
CGCTCTAGCGAGTTCTGTAAACATATATCGGAATCAAACCGAGCGGGCTACAACAATAGT
AGGTTCATTAAGATTAGACATACATTCATAAAGAAACTGAGTTTTGCTTTTGGTCTTTT*
**TTTTTTAATCACTGACAACCGCTCAATCTCGCCCAATCCACAAACTGCATCCCACCAT
AGATGTTATTAGCAAACCGTACACCAACGGTAAACGCCAAAGCCACAGGAGGCACTTTCT
TGGCGAAAGGCGATGCTTCAACCACTCTCTCCAGACCATTGATGATCTGATAACGAGTAT
TCGAAGAAACACTCAAGAATACACCCCAGAGAGCTGCACTCTTGATGAGAGGTGGTACCG
GGATGTCTTCTTCTGATTTATTTATGCTCCGTTTAGCAGTCATGATGAGATTAGCAATGC
CTTGACCTACAATGCCACATCCAAACCCAACTGCACCATACATTATACCCTTGTAGAAGT
AGGTAGCAAGTCTCTGTTGAGCAGAGAAACTACATCCTGGTCTCTCAGCTTCAAACACGC
TGCTGGGAAGCGCATTATAAGCATTAAGCATGCGTCCTAAGAAGCCACTAGACGCAGACG
AGGGTTGGCCAAAACGGACAAAAGGAGCCAACATACCGACGAGAGCAACGTTAACGACAA
CTCCAACAAGAAGATCAGCAACATAGAGCTCGAACTCAGCCCAGAAATCTTTCCCTCTCT
TTTGAACTTCAGCAACAGTGGCGCAACAAGAATCAATGACTATCTCAGTCCCTATTTT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 10 
30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BC78JQ U 50
AF RR3BH10TF C 23
AF RR3FY77JQ U 1
AF RR3AQ52JQ U 2
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BS 787 803 RR3FY77JQ
BS 804 838 RR3AQ52JQ

RD RR3BC78JQ 619 0 0
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ATAACGAGTATTCGAAGAAACACTCAAGAATACACCCCAGAGAGCTGCACTCTTGATGAG
AGGTGGTACCGGGATGTCTTCTTCTGATTTATTTATGCTCCGTTTAGCAGTCATGATGAG
ATTAGCAATGCCTTGACCTACAATGCCACATCCAAACCCAACTGCACCATACATTATACC
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TTCAAACACGCTGCTGGGAAGCGCATTATAAGCATTAAGCATGCGTCCTAAGAAGCCACT
AGACGCAGACGAGGGTTGG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3BH10TF 740 0 0
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ATATATCGGAATCAAACCGAGCGGGCTACAACAATAGTAGGTTCATTAAGATTAGACATA
CATTCATAAAGAAACTGAGTTTTGCTTTTGGTCTTTT****TTTTTAATCACTGACAACC
GCTCAATCTCGCCCAATCCACAAACTGCATCCCACCATAGATGTTATTAGCAAACCGTAC
ACCAACGGTAAACGCCAAAGCCACAGGAGGCACTTTCTTGGCGAAAGGCGATGCTTCAAC
CACTCTCTCCAGACCATTGATGATCTGATAACGAGTATTCGAAGAAACACTCAAGAATAC
ACCCCAGAGAGCTGCACTCTTGATGAGAGGTGGTACCGGGATGTCTTCTTCTGATTTATT
TATGCTCCGTTTAGCAGTCATGATGAGATTAGCAATGCCTTGACCTACAATGCCACATCC
AAACCCAACTGCACCATACATTATACCCTTGTAGAAGTAGGTAGCAAGTCTCTGTTGAGC
AGAGAAACTACATCCTGGTCTCCCAGCTTCAAACACGCTGCTGGGAAGCGCATTATAAGC
ATTAAGCATGCGTCCTAAGAAGCCACTAGACGCAGACGAGGGTTGGCCAAAACGGACAAA
AGGAGCCAACATACCGACGAGAGCAACGTTAACGACAACTCCAACAAGAAGATCAGCAAC
ATAGAGCTCGAACTCAGCCC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3FY77JQ 803 0 0
ACACTGACCACATTTCTCTATCTCTAATCATTTTATTCATTACTATTACAGCTCAACTAC
CGCTCTAGCGAGTTCTGTAAACATATATCGGAATCAAACCGAGCGGGCTACAACAATAGT
AGGTTCATTAAGATTAGACATACATTCATAAAGAAACTGAGTTTTGCTTTTGGTCTTTT*
**TTTTT*AATCACTGACAACCGCTCAATCTCGCCCAATCCACAAACTGCATCCCACCAT
AGATGTTATTAGCAAACCGTACACCAACGGTAAACGCCAAAGCCACAGGAGGCACTTTCT
TGGCGAAAGGCGATGCTTCAACCACTCTCTCCAGACCATTGATGATCTGATAACGAGTAT
TCGAAGAAACACTCAAGAATACACCCCAGAGAGCTGCACTCTTAATGAGAGGTGGTACCG
GGATGTCTTCTTCTGATTTATTTATGCTCCGTTTAGCAGTCATGATGAGATTAGCAATGC
CTTGACCTACAATGCCACATCCAAACCCAACTGCACCATACATTATACCCTTGTAGAAGT
AGGTAGCAAGTCTCTGTTGAGCAGAGAAACTACATCCTGGTCTCTCAGCTTCAAACACGC
TGCTGGGAAGCGCATTATAAGCATTAAGCATGCGTCCTAAGAAGCCACTAGATGCAGACG
ACGGTTGGCCAAAACGGACAAAAGGAGCCAACGTACCGACGAGAGCAACGTTGACCACAA
CTCCAACAAGAAGATCAGCAACATAGAGCTCAAACTCAGCCCAGAAATCTTTCC*TCTCT
TTTGA*CTTCAGCAACAGTGGCG

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3AQ52JQ 837 0 0
CG
CTGACCACATTTCTCTATTTCTAATCATTTTATTCATTACTATTACAGCTCAACTACCGC
TCTAGCGAGTTCTGTAAACATATATCGGAATCAAACCGAGCGGGCTACAACAATAGTAGG
TTCATTAAGATTAGACATACATTCATAAAGAAACTGAGTTTTGCTTT*GGTCTTTTCTTT
TTTT*AATCACTGACAACCGCTCAATCTCGCCCAATCCACAAACTGCATCCCACCATAGA
TGTTATTAGCAAACCGTACACCAACGGTAAACGCCAAAGCCACAGGAGGCACTTTCTTGG
CGAAAGGCGATGCTTCAACCACTCTCTCCAGACCATTGATGATCTGATAACGAGTATTCG
AAGAAACACTCAAGAATACACCCCAGAGAGCTGCACTCTTGATGAGAGGTGGTACCGGGA
TGTCTTCTTCTGATTTATTTATGCTCCGTTTAGCAGTCATGATGAGATTAGCAATGCCTT
GACCTACAATGCCACATCCAAACCCAACTGCACCATACATTATACCCTTGTAGAAGTAGG
TAGCAAGTCTCTGTTGAGCAGAGAAACTACATCCTGGTCTCTCAGCTTCAAACACGCTGC
TGGGAAGCGCATTATAAGCATTAAGCATGCGTCCTAAGAAGCCACTAGACGCAGACGAGG
GTTGGCCAAAACGGACAAAAGGAGCCAACATACCGACGAGAGCAACGTTAACGACAACTC
CAACAAGAAGATCAGCAACATAGAGCTCGAACTCAGCCCAGAAATCTTTCCCTCTCTTTT
GAACTTCAGCAACAGTGGCGCAACAAGAATCAATGACTATCTCAGTCCCTATTTT

QA 3 837 3 837
DS 



AS 1 4

CO CL3056Contig1 945 4 2 U
GCTGTTTAGGGTTCGCATAACGTAAACCTCACACCACATGTGTGTGACTACAAAACAAGG
ACATGGTTTGATCTAAGTTATTACAAAGACCTTCATACACCATATGTAATGTCTTAAAAA
GTTTTTCTATCTTCCTCGGTAGAACTAGAAGGAAAAGAGGAGAAAAAAAGTTTTATTTTG
TAGTGAAAGTGACTAGTCTCTCAGCTAATGATCATCTTGTTGAAGAAATCAGCTTGCTCA
GGGAAGAACTCCAAAAGCTCATCTTTGGTTACCCACACAAAATCCTCGCAGTTACTTATG
TTGTACTTCGATGCTGCTACTACACTGCATTTGAAGAAGAACCTCTTGTAAGATGGCAAA
TCAGGTGTTTCTTCTGTAGGTTGAATAGCCATGTGAGCCATTGGAGCATTCCCAACAAAG
TAAGTGTGAGTTAGGTCTCCCAAGACTCCCTTCAAAGCAGATTCAGCGCACTTGCGAAGA
GTAGGCTCAGAATCGTAGACTTTTTCAGGGAAATGCCAGACAGGTTCGTCACTAGTAGCT
CCAAATGGCTTGCCGAAGATGAGTAGATACAACTTTTTGTCAAGAGCTCTATATAATGAC
TTCCTGTCGTTATTCTTGTCAGCCTCTGTGATTCTGGGAGCAGGCACATAGTCCATTTGA
TACTCACCCTTGGCTCTGTTCTTAGCAATGTCCAAGAACTCATCTGGGTATCTACGACGA
AACTGCTGTTGCCAATTGAATTTGAACTCCTGAAAGGCGTAGACGGCAGGATCTGGTTTG
GGAATCACAACGCGTAATCTCTCGAAAAGCACCGAAGCTACGATCTTTTCCGAGGAGCTC
GTGCAATAATACCCTCGAAGCCTGCTGCTCTCTTCCAAGAGAGGCTTCACCAGTGACCGA
CAAGATCTCATTCCCTGCATTTTCTCTCGCTCTCTAATCTCAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AE44JQ U 36
AF RR3BM67JQ U 1
AF RR3AE44TF C 127
AF RR3BM67TF C 173
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BS 762 945 RR3AE44TF

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TACACCATATGTAATGTCTTAAAAAGTTTTTCTATCTTCCTCGGTAGAACTAGAAGGAAA
AGAGGAGAAAAAAAGTTTTATTTTGTAGTGAAAGTGACTAGTCTCTCAGCTAATGATCAT
CTTGTTGAAGAAATCAGCTTGCTCAGGGAAGAACTCCAAAAGCTCATCTTTGGTTACCCA
CACAAAATCCTCGCAGTTACTTATGTTGTACTTCGATGCTGCTACTACACTGCATTTGAA
GAAGAACCTCTTGTAAGATGGCAAATCAGGTGTTTCTTCTGTAGGTTGAATAGCCATGTG
AGCCATTGGAGCATTCCCAACAAAGTAAGTGTGAGTTAGGTCTCCCAAGACTCCCTTCAA
AGCAGATTCAGCGCACTTGCGAAGAGTAGGCTCAGAATCGTAGACTTTTTCAGGGAAATG
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QA 1 521 1 521
DS 

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ACATGGTTTGATCTAAGTTATTACAAAGACCTTCATACACCATATGTAATGTCTTAAAAA
GTTTTTCTATCTTCCTCGGTAGAACTAGAAGGAAAAGAGGAGAAAAAAAGTTTTATTTTG
TAGTGAAAGTGACTAGTCTCTCAGCTAATGATCATCTTGTTGAAGAAATCAGCTTGCTCA
GGGAAGAACTCCAAAAGCTCATCTTTGGTTACCCACACAAAATCCTCGCAGTTACTTATG
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TCAGGTGTTTCTTCTGTAGGTTGAATAGCCATGTGAGCCATTGGAGCATTCCCAACAAAG
TAAGTGTGAGTTAGGTCTCCCAAGACTCCCTTCAAAGCAGATTCAGCGCACTTGCGAAGA
GTAGGCTCAGAATCGTAGACTTTTTCAGGGAAATGCCAGACAGGTTCGTCACTAGTAGCT
CCAAATGGCTTGCCGAAGATGAGTAGATACAACTTTTTGTCAAGAGCTCTATATAATGAC
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TACTCACCCTTGGCTCTGTTCTTAGCAATGTCCAAGAACTCATCTGGGTATCTACGACGA
AACTGCTGTTGCCAATTGAATTTGAACTCCTGAAAGGCGTA

QA 1 761 1 761
DS 

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AAGTGACTAGTCTCTCAGCTAATGATCATCTTGTTGAAGAAATCAGCTTGCTCAGGGAAG
AACTCCAAAAGCTCATCTTTGGTTACCCACACAAAATCCTCGCAGTTACTTATGTTGTAC
TTCGATGCTGCTACTACACTGCATTTGAAGAAGAACCTCTTGTAAGATGGCAAATCAGGT
GTTTCTTCTGTAGGTTGAATAGCCATGTGAGCCATTGGAGCATTCCCAACAAAGTAAGTG
TGAGTTAGGTCTCCCAAGACTCCCTTCAAAGCAGATTCAGCGCACTTGCGAAGAGTAGGC
TCAGAATCGTAGACTTTTTCAGGGAAATGCCAGACAGGTTCGTCACTAGTAGCTCCAAAT
GGCTTGCCGAAGATGAGTAGATACAACTTTTTGTCAAGAGCTCTATATAATGACTTCCTG
TCGTTATTCTTGTCAGCCTCTGTGATTCTGGGAGCAGGCACATAGTCCATTTGATACTCG
CCCTTGGCTCTGTTCTTAGCAATGTCCAAGAACTCATCTGGGTATCTACGACGAAACTGC
TGTTGCCAATTGAATTTGAACTCCTGAAAGGCGTAGACGGCAGGATCTGGTTTGGGAATC
ACAACGCGTAATCTCTCGAAAAGCACCGAAGCTACGATCTTTTCCGAGGAGCTCGTGCAA
TAATACCCTCGAAGCCTGCTGCTCTCTTCCAAGAGAGGCTTCACCAGTGACCGACAAGAT
CTCATTCCCTGCATTTTCTCTCGCTCTCTAATCTCAAAG

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR3BM67TF 771 0 0
TTTA
TTTGTAGTGAAAGTGACTAGTCTCTCAGCTAATGATCATCTG**TGAAGAAATCAGCT*G
CTCAGAGAAGAACTCCAAAAGCTCATCTTTGGTTACCCACACAAAATCCTCGCAGTTACT
TATGTTGTACTTCGATGCTGCTACTACACTGCATTTGAAGAAGAACCTCTTGTAAGATGG
CAAATCAGGTGTTTCTTCTGTAGGTTGAATAGCCATGTGAGCCATTGGAGCATTCCCAAC
AAAGTAAGTGTGAGTTAGGTCTCCCAAGACTCCCTTCAAAGCAGATTCAGCGCACTTGCG
AAGAGTAGGCTCAGAATCGTAGACTTTTTCAGGGAAATGCCAGACAGGTTCGTCACTAGT
AGCTCCAAATGGCTTGCCGAAGATGAGTAGATACAACTTTTTGTCAAGAGCTCTATATAA
TGACTTCCTGTCGTTATTCTTGTCAGCCTCTGTGATTCTGGGAGCAGGCACATAGTCCAT
TTGATACTCACCCTTGGCTCTGTTCTTAGCAATGTCCAAGAACTCATCTGGGTATCTACG
ACGAAACTGCTGTTGCCAATTGAATTTGAACTCCTGAAAGGCGTAGACGGCAGGATCTGG
TTTGGGAATCACAACGCGTAATCTCTCGAAACGCACCGAAGCTACGATCTTTTCCGAGGA
GCTCGTGCAATAATACCCTCGAAGCCTGCTGCTCTCTTCCAAGAGAGGCTTCACCAGTGA
CCGACAAGATCTCATTCCCTGCATTTTCTCTCGCTCTCTAATCTC
CC

QA 5 769 5 769
DS 



AS 1 4

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CTTACAAACTGTAACAGCTACATATTCCAAAGTGACTAAGCAAATTGAGATTCAAACATT
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GGTCTTCCCATGGCTCTCTGGGCAAGAAACCCATCGTAATCCCGTTTCTCGAAGGAACTA
TCCTGAGAGTCAGCTATCTTGTCTGCGACTCCATAGTCAATGGCTGCTTGTGCTTGGAGA
TATTTCGGTCGCTTGATGTCCTCGTTGATCTGCTCTTTAGTTTTACCTGTTCCCTTAGCT
AACAGCTCGATGTAATACTCAGTATTTGCATCAAGTTCCTTGGCCTTTATCCACATGTCT
ATGGCAGCTCCCCTCGATCTGGTTACTTTTGGCAAATATAGTTTTGTTGATGAATGTGGT
TGTACGGCACGATAACCCTTTTTCCCAAGAGAAAGAAGCATTGCTGCTTGTCCAAAAGCC
ATGCCACAGTTGATTGTGTATACATCTGATTTGCAATAAGAAATGGTGTCAGCTATGGCA
TAAGCCTCTGTTTCTGACCCAACAGTTTCCATCTTCTCATTCTGAGTCCCAGGTGAGTTT
ATGTATAGATAGATGGGCTTTGCTGGGTTATCATAGTCTAACCACATAAACTGTGCAACG
AGTAACTCAGTAACTGCAGGAACAATAGGCATGCCAAGATAGCAGATCCTAGCATCCAAG
AGCAAAGAAGACAAATCTGGAGGAGCAGTTCTTGGTCTTGCAGATCCTCCACCGCCGCCT
CCTCCACCTCTGTACATTTGGACACTCATGCTATATCTTCTAGGATCTGCTACATTCATA
CCAGACATACTCCATGTCCCTCCATTGTCTAAATAATTTCTTCTAGACGAGATGCTTTCC
TCAGTAACTTTTTCCGCTTGCCTACGGACAGGGCTATCCTCGGTCATGAACATATCCATT
TGAGCTGGGTTAAGCCCGTAGAAGTATTGCGGTACATTCTTGAAGTTTTGCATCACTCCA
TCTTTGAGATTGTCTCCTCGAAACTGCTTGGGGATGTGGTCAAAGCTCATGTTTTTGGCA
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GAGAAGAGCTTAGTAGATCCCGACATGAAGGGTGAGTTGCGAAGCACAGACTTGGAACAG
AGAGCTTCGTTGTTGAGTTGAGAAGTAAGAGGAGAGACCATAGAAGTCGCCATCTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FZ35JQ U 1
AF RR3BF44JQ U 25
AF RR3BF44TF C 502
AF RR3FZ35TF C 541
BS 1 65 RR3FZ35JQ
BS 66 66 RR3BF44JQ
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BS 792 1319 RR3BF44TF

RD RR3FZ35JQ 513 0 0
AGCAGGAAAAAAAAAATCCTTTTTGCCAACACTTTTGTATGTTAATACTACACGTGTTTG
CTTACGA*CTGTAACAGCTACATATTCCAAAGTGACTAAGCAAATTGAGATTCAAACATT
TGTAAGTGTGAATTAACTGATCATCTAAGTCCTGCTGAAGCTGTTGGATTGCCTCCTCCA
GGTCTTCCCATGGCTCTCTGGGCAAGAAACCCATCGTAATCCCGTTTCTCGAAGGAACTA
TCCTGAGAGTCAGCTATCTTGTCTGCGACTCCATAGTCAATGGCTGCTTGTGCTTGGAGA
TATTTCGGTCGCTTGATGTCCTCGTTGATCTGCTCTTTAGTTTTACCTGTTCCCTTAGCT
AACAGCTCGATGTAATACTCAGTATTTGCATCAAGTTCCTTGGCCTTTATCCACATGTCT
ATGGCAGCTCCCCTCGATCTGGTTACTTTTGGCAAATATAGTTTTGTTGATGAATGTGGT
TGTACGGCACGATAACCCTTTTTCCC
GAAAGAA

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DS 

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TTCCAGAGTGACTAAGCAAATTGAGATTCAAACATTTGTAAGTGTGAATTAACTGATCAT
CTAAGTCCTGCTGAAGCTGTTGGATTGCCTCCTCCAGGTCTTCCCATGGCTCTCTGGGCA
AGAGACCCATCGTAATCCCGTTTCTCGAAGGAACTATCCTGAGAGTCAGCTATCTTGTCT
GCGACTCCATAGTCAATGGCTGCTTGTGCTTGGAGATATTTCGGTCGCTTGATGTCCTCG
TTGATCTGCTCTTTAGTTTTACCTGTTCCCTTAGCTAACAGCTCGATGTAATACTCAGTA
TTTGCATCAAGTTCCTTGGCCTTTATCCACATGTCTATGGCAGCTCCGCTCGATCTGGTT
ACTTTTGGCAGATATAGTTTTGTTGATGAATGTGGTTGTACGGCACGATAACCCTTTTTC
CCAAGAGAAAGAAGCATTGCTGCTTGTCCAAAAGCCATGCCACAGTTGATTGTGTATACA
TCTGATTTGCAATAAGAAATGGTGTCAGCTATGGCATAAGCCTCTGTTTCTGACCCAACA
GTTTCCATCTTCTCATTCTGAGTCCCAGGTGAGTTTATGTATAGATAGATGGGCTTTGCT
GGGTTATCATAGTCTAACCACATAAACTGTGCAACGAGTAACTCAGTAACTGCAGGAACA
ATAGGCATGCCAAGATAGCAGA

QA 1 742 1 742
DS 

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ACATCTGATTTGCAATAAGAAATGGTGTCAGCTATGGCATAAGCCTCTGTTTCTGACCCA
ACAGTTTCCATCTTCTCATTCTGAGTCCCAGGTGAGTTTATGTATAGATAGATGGGCTTT
GCTGGGTTATCATAGTCTAACCACATAAACTGTGCAACGAGTAACTCAGTAACTGCAGGA
ACAATAGGCATGCCAAGATAGCAGATCCTAGCATCCAAGAGCAAAGAAGGCAAATCTGGA
GGAGCAGTTCTTGGTCTTGCAGATCCTCCACCGCCGCCTCCTCCACCTCTGTACATTTGG
ACACTCATGCTATATCTTCTAGGATCTGCTACATTCATACCAGACATACTCCATGTCCCT
CCATTGTCTAAATAATTTCTTCTAGACGAGATGCTTTCCTCAGTAACTTTTTCCGCTTGC
CTACGGACAGGGCTATCCTCGGTCATGAACATATCCATTTGAGCTGGGTTAAGCCCGTAG
AAGTATTGCGGTACATTCTTGAAGTTTTGCATCACTCCATCTTTGAGATTGTCTCCTCGA
AACTGCTTGGGGATGTGGTCAAAGCTCATGTTTTTGGCAGAAGCGAAGCAGTGTGATCTT
CTTGTGCGTTGAGGGACAGTAGAGCAAGGCATGTTCGAGGAGAAGAGCTTAGTAGATCCC
GACATGAAGGGTGAGTTGCGAAGCACAGACTTGGAACAGAGAGCTTCGTTGTTGAGTTGA
GAAGTAAGAGGAGAGACCATAGAAGTCGCCATCTCCCC

QA 1 818 1 818
DS 

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TAAGC*TCTGTTTCTGACCCAACAGTTTCCATCT*CTCATTCTGAGTCCCAGGTGAGTTT
ATGTATAGATAGATGGGCTTTGCTGGGTTATCATAGTCTAACCACATAAACTGTGCAACG
AGTAACTCAGTAACTACAGGAACAATAGGCATGCCAAGATAGCAGATCCTAGCATCCAAG
AGCAAAGAAGACAAATCTGGAGGAGCAGTTCTTGGTCTTGCAGATCCTCCACCGCCGCCT
CCTCCACCTCTGTACATTTGGACACTCATGCTATATCTTCTAGGATCTGCTACATTCATA
CCAGACATACTCCATGTCCCTCCATTGTCTAAATAATTTCTTCTAGACGAGATGCTTTCC
TCAGTAACTTTTTCCGCTTGCCTACGGACAGGGCTATCCTCGGTCATGAACATATCCATT
TGAGCTGGGTTAAGCCCGTAGAAGTATTGCGGTACATTCTTGAAGTTTTGCATCACTCCA
TCTTTGAGATTGTCTCCTCGAAACTGCTTGGGGATGTGGTCAAAGCTCATGTTTTTGGCA
GAAGCGAAGCAGTGTGATCTTCTTGTGCGTTGAGGGACAGTAGAGCAAGGCATGTTCGAG
GAGAAGAGCTTAGTAGATCCCGACATGAAGGGTGAGTTGCGAAGCACAGACTTGGAACAG
AGAGCTTCGTTGTTGAGTTGAGAAGTAAGAGGAGAGACCATAGAAGTCGCCATCTCCCC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 4

CO CL3058Contig1 1488 4 9 U
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TCAGATCATTCAGCATTTGAGTGGGCAGCCTAACATTGTGGAGTTTAAAGGAGCGTATGA
GGATGAGAAGGCTGTGAATCTGGTCATGGAGCTTTGCGCTGGTGGCGAGTTGTTTGATAG
GATCATTGCTAAAGGGCATTACAGTGAGAGAGCAGCTGCTTCTGTGTGTAGACAGATTGT
GAGTGTTGTCAAGATTTGTCATTTCATGGGTGTGTTGCATAGAGACTTGAAGCCTGAGAA
TTTCTTGCTTTCTAGCAAAGATGACAAGGCTTTGATCAAGGCTACTGATTTTGGCTTGTC
TGTCTTCATTGAAGAGGGAAAAGTATATAGAGACATTGTTGGGAGTGCATACTATGTTGC
TCCTGAAGTCTTGCGACGTAGATACGGGAAAGAAGTTGATATATGGAGTGCTGGAATCAT
ATTATACATTCTACTTAGTGGTGTGCCCCCGTTTTGGGCTGAGACCGAGAAAGGGATATT
TGATGCTATATTGGAAGGCCATATCGACTTTGAAAGCCAACCTTGGCCATCAATCTCCAA
CAGTGCTAAAGATCTTGTGCGTAAAATGCTGACTGCTGATCCAAAAAGGAGGATCTCTGC
TGCTGATGTTCTTGAGCATCCATGGCTTAGAGAAAGGAGAAGCATCGGACAAGCCGATCG
ACAGTGCTGTTCTCTCAAGGATGAAACAGTTTAGAGCAATGAATAAGCTAAAGCAACTTG
CCTTAAAGGTCATTGCCGAGAATATTAACACGGAAGAGATCCAAGGATTGAAGGCAATGT
TTGCTAACATAGACACAGACAACAGTGGCACAATCACATATGAAGAACTGAAAGAAGGAT
TGGCCAAGTTAGGGTCTAAACTCACAGAAGCTGAAGTGAAGCAGCTCATGGATGCTGCTG
ATGTTGATGGGAACGGGTCAATGGACTACATAGAGTTCATTACTGCAACTATGCATAGAC
ACAGGCTTGAAAGTGGTGAGAATCTTTACAAGGCCTTCCAGCATTTTGACAAAGACGGCA
GCGGATACATTACAATAGACGAGCTGGAAGTTGCGTTGAAGGAGTATGGAATGGGAGATG
ATGCAACAATCAAAGAGGTTCTCTCAGATGTTGACTCTGATAACGATGGTAGAATCAACT
ATGAAGAATTCTGTGCGATGATGAGAAGTGGAAATCCACAACAACAACAGCAACAACCGC
GGCTGTTCTAAGGGGACATTGCTCCAGGATTCAAAGTATGAAGAGGAGGAGAAATGGTAT
GTATCTAATCCAGAAAGTCATGAGCTGTATTTATCAATGTTTATTCAGACAAAAGCTACA
TAAAACCAGAAAGATACTCAGAACTCTTTGATTGCTTGTGTTTTGTGACTTTTCTTCTGT
TTTGTCTATTCTTTGTGTGTTCTGTTGTACCAAGGCTGTTGTGCTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3B376TF U 1
AF RR3AP84TF U 517
AF RR3B376JQ C 704
AF RR3AP84JQ C 774
BS 1 579 RR3B376TF
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BS 1273 1306 RR3AP84TF
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RD RR3B376TF 809 0 0
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TCAGATCATTCAGCATTTGAGTGGGCAGCCTAACATTGTGGAGTTTAAAGGAGCGTATGA
GGATGAGAAGGCTGTGAATCTGGTCATGGAGCTTTGCGCTGGTGGCGAGTTGTTTGATAG
GATCATTGCTAAAGGGCATTACAGTGAGAGAGCAGCTGCTTCTGTGTGTAGACAGATTGT
GAGTGTTGTCAAGATTTGTCATTTCATGGGTGTGTTGCATAGAGACTTGAAGCCTGAGAA
TTTCTTGCTTTCTAGCAAAGATGACAAGGCTTTGATCAAGGCTACTGATTTTGGCTTGTC
TGTCTTCATTGAAGAGGGAAAAGTATATAGAGACATTGTTGGGAGTGCATACTATGTTGC
TCCTGAAGTCTTGCGACGTAGATACGGGAAAGAAGTTGATATATGGAGTGCTGGAATCAT
ATTATACATTCTACTTAGTGGTGTGCCCCCGTTTTGGGCTGAGACCGAGAAAGGGATATT
TGATGCTATATTGGAAGGCCATATCGACTTTGAAAGCCAGCCTTGGCCATCAATCTCCAA
CAGTGCTAAAGATCTTGTGCGTAAAATGCTGACTGCTGATCCAAAAAGGAGGATCTCTGC
TGCTGATGTTCTTGAGCATCCATGGCTTAGAGAAAGGAGAAGCATCGGACAAGCCGATCG
ACAGTGCTGTTCTCTCAAG*ATGAAACAGTTTAGAGCAATGAATAAGCTAAAGCAACTTG
CCTTAAAGGTCATTGCCGAGAATATTAAC

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR3AP84TF 790 0 0
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TGATCCAAAAAGGAGGATCTCTGCTGCTGATGTTCTTGAGCATCCATGGCTTAGAGAA*G
GAGAAGCATCGGACAAGCCGATCGACAGTGCTGTTCTCTCAAGGATGAAACAGTTTAGAG
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AGATCCAAGGATTGAAGGCAATGTTTGCTAACATAGACACAGACAACAGTGGCACAATCA
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TGAAGCAGCTCATGGATGCTGCTGATGTTGATGGGAACGGGTCAATGGACTACATAGAGT
TCATTACTGCAACTATGCATAGACACAGGCTTGAAAGTGGTGAGAATCTTTACAAGGCCT
TCCAGCATTTTGACAAAGACGGCAGCGGATACATTACAATAGACGAGCTGGAAGTTGCGT
TGAAGGAGTATGGAATGGGAGATGATGCAACAATCAAAGAGGTTCTCTCAGATGTTGACT
CTGATAACGATGGTAGAATCAACTATGAAGAATTCTGTGCGATGATGAGAAGTGGAAATC
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TATGAAGAGG

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3B376JQ 785 0 0
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TAAGCTAAAGCAACTTGCCTTAAAGGTCATTGCCGAGAATATTAACACGGAAGAGATCCA
AGGATTGAAGGCAATGTTTGCTAACATAGACACAGACAACAGTGGCACAATCACATATGA
AGAACTGAAAGAAGGATTGGCCAAGTTGGGATCTAAACTCACAGAAGCTGAAGTGAAGCA
GCCCATGGATGCTGCTGATGTTGATGGGAACGGGTCAATGGACTACATAGAGTTCATTAC
TGCAACTATGCATAGACACAGGCTTGAAAGTGATGAGAATCTTTACAAGGCCTTCCAGCA
TTTTGACAAAGACGGCAGCGGATACATTACAATAGACGAGCTGGAAGTGGCGTTGAAGGA
GTATGGAATGGGAGATGATGCAATAATCAAAGAGGTTCTCTCAGATGTTGACTCTGATAA
CGATGGTAGAATCAACTATGAAGAATTCTGTGCGATGATGAGAAGTGGAAATCCACAACA
ACAACAGCAACAACCGCGGCTGTTCTAAGGGGACATTGCTCCAGGATTCAAAGTATGAAG
AGGAGGAGAAATGGTATGTATCTAATCCAGAAAGTCATGAGCTGTATTTATCAATGTTTA
TTCAGACAAAAGCTACATAAAACCAGAAAGATACTCAGAACTCTTTGATTGCTTGTGTTT
TGTGACTTTTCTTCTGTTTTGTCTATTCTTTGTGTGTTCTGTTGTACCAAGGCTGTTGTG
CTATG

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3AP84JQ 715 0 0
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GCAATGTTTGCTAACATAGACACAGACAACAGTGGCACAATCACATATGAAGAACTGAAA
GAAGGATTGGCCAAGTTAGGGTCTAAACTCACAGAAGCTGAAGTGAAGCAGCTCATGGAT
GCTGCTGATGTTGATGGGAACGGGTCAATGGACTACATAGAGTTCATTACTGCAACTATG
CATAGACACAGGCTTGAAAGTGGTGAGAATCTTTACAAGGCCTTCCAGCATTTTGACAAA
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GGAGATGATGCAACAATCAAAGAGGTTCTCTCAGATGTTGACTCTGATAACGATGGTAGA
ATCAACTATGAAGAATTCTGTGCGATGATGAGAAGTGGAAATCCACAACAACAACAGCAA
CAACCGCGGCTGTTCTAAGGGGACATTGCTCCAGGATTCAAAGTATGAAGAGGAGGAGAA
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AGCTACATAAAACCAGAAAGATACTCAGAACTCTTTGATTGCTTGTGTTTTGTGACTTTT
CTTCTGTTTTGTCTATTCTTTGTGTGTTCTGTTGTACCAAGGCTGTTGTGCTATG

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 4

CO CL3059Contig1 894 4 19 U
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AAATGACTACAACATCAAACGATAATGACAACAAAAGCAAAACCAATTTACAAAGACAGA
ATGACAAATCCCATCCTATCACTCTTCTCTCTATCTGAATGTTCACTTAACTTCCCAGCC
AATCACGTAACGCCGTGTCACAACCAAATCCAAACCCACGTCAGCGTGAATCACCAAGAC
CCTAGCAAGACAAATGTGATGACGCTGAAAAGTAAGAAGTGGACCACATGGTACGGGTGC
TGAATTAAAATTGATGAGCCGTTAGAGAATTCGGAAGAGTCAACAGCTAAAGGCATGCCG
TCACCGCCGAGAGCACATGACCGTGGCTCGCCGTTTTGGTTGAGCATGACGGCTCGGAGG
ACTGAAGTGACAGTGGGGAAGTAAGCCGTACGGTTCTTAGCGAGAAGCCAAGTGAGACCC
ATGAGAACACAGTCTTTGTTGTGCATCTTTGTTGTTCTGTTTCTGTCTTCCTTCGATGGG
TTTCTTGTCCCTGACGTTTTCTTAGGGTTTAGCTTATAGAGGCTGTTCAAGCACTTGTTA
CATCTACCGAGAGGAGTTAATCTATCTCCATTGTCGTGGCTTACACTCAAACAATCAGTC
TCCAACCGATCAACACTCTCATCTCCAACAAGCCTCCCTTCTCCGTTCACACTAAACGCC
TCGGAACAGCTCAAGTGATGCAACCTTATCCCGCAGTAGCAGTCAACCAGGCCGCACGTC
TCGTTCGGACTCGTCAGCTCAATCCCTCTCCTCCTCAGAGATTTCTCCAATCCGTCGACG
CAAGTCTCCGAGTCGTCGGGAAGCAAAGGCATATCTTCTTCCGGCGTTGTCGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 10 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 0 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D828JQ U 1
AF RR3D828TF C 57
AF RR3CL53JQ U 34
AF RR3CL53TF C 119
BS 1 134 RR3D828JQ
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BS 610 686 RR3D828JQ
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BS 843 843 RR3CL53TF
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BS 858 894 RR3CL53TF

RD RR3D828JQ 786 0 0
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TCGTTC

QA 1 786 1 786
DS 

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CCTAGCAAGACCAATGTGATGACGCTGAAAAGTAAGAAGTGGACCACATGGTACGGGTGC
TGAATTAAAGTTGATGAGCCGTTAGAGAATTCGGAAGAGTCAACAGCTAAAGGCATGCCG
TCACCGCCGAGAGCACATGACCGTGGCTCGCCGTTTTGGTTGAGCATGACGGCTCGGAGG
ACTGAAGTGACAGTGGGGAAGTAAGCCGTACGGTTCTTAGCGAGAAGCCAAGTGAGACCC
ATGAGAACACAGTCTTTGTTGTGCATCTTTGTTGTTCTGTTTCTGTCTTCCTTCGATGGG
TTTCTTGTCCCTGACGTTTTCTTCGGGTTTAGCTTATAGAGGCTGTTCAAGCACTTGTTA
CATCTACCTAGAGGAGTTAATCTATCTCCATTGTCGTGGCTTACACTCAAACAATCAGTC
TCCAACCGATCAACACTCTCATCTCCGACAAGCCTCCCTTCTCCGTTCACACTAAACGCC
TCGGAACAGCTCAAGTGATGCAACCTTATCCCGCAGTAGCAGTCAACCAGGCCGCACGTC
TCGTTC

QA 5 730 5 730
DS 

RD RR3CL53JQ 825 0 0
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TCCCACGTCAGCGTGAGTCACCAAGACCCTAGCAAGACAAATGTGATGACGCTGAAAAGT
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TTTTGGTTGAGCATGACGGCTCGGAGGACTGAAGTGACGGTGGGGAAGTAAGCCGTACGG
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CTCAGAGATTTCTCCAATCCGTCGACGCA*GTCTCCGAGTCGTC
A

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR3CL53TF 776 0 0
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TCTCGTTCGGACTCGTCAGCTCAATCCCTCTCCTCCTCAGAGATTTCTCCAATCCGTCGA
CGCAAGTCTCCGAGTCGTCGGGAAGCAAAGGCATATCTTCTTCCGGCGTTGTCGCC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 4

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BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3EC16JQ C 1
AF RR3EC16TF U 1
AF RR3BT09TF U 7
AF RR3BT09JQ C 70
BS 1 6 RR3EC16JQ
BS 7 685 RR3EC16TF
BS 686 689 RR3BT09TF

RD RR3EC16JQ 685 0 0
GGATTTCAGAAAGACAACGAATACAGAAGTCTACTTTTCTTGTAATAACTAACGATCGAA
AATGTCGATGATTCCGAGCTTCTTCGGCAACAACAGGCGTGGAGGCAACAGCTTCTTCGA
CCCCTTTTCTCTCGACGTTTGGGACCCGCTCAAGGACTTTCCATCTTCTTCCTTCTCTCG
GGAGAACTCCGCGATCGCGAACGCGCGCGTGGACTGGAGGGAGACTCCTGAGGCGCACGT
GTTCAAGGCGGATTTACCTGGGCTGAAGAAAGAGGAAGTGAAGGTGGAGATCGAGGATGA
CAGCGTGTTGAAGATCAGCGGAGAGAGACACGTGGAGAAGGAGGATAAGAACGACACGTG
GCACCGCGTGGAGAGGTCGAGCGGACAGTTCACGAGGAAGTTTAGGCTTCCCGAGAATGT
GAAGATGGATCAGGTGAAGGCGGCGATAGAGAACGGAGTTTTGACTGTGACTGTGCCGAA
GGCTGAGGTGAAGAAACCTGATGTCAAATCTATTCAGATCTCTGGTTGAGCATCTGACTC
AGCGTACTTCGTATCAATGTGTTTATCTTTGTGCGTTTTGGGGTCTTGTCACAGTTGTGG
TCTTAGTGAGTCGTCTGTTGGTCTGTTGGTGTCTTTATGTAACGGTTGTGAAATGGCTAT
GATGTGGAATAAACTATATTAGTAC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3EC16TF 685 0 0
GGATTT
CAGAAAGACAACGAATACAGAAGTCTACTTTTCTTGTAATAACTAACGATCGAAAATGTC
GATGATTCCGAGCTTCTTCGGCAACAACAGGCGTGGAGGCAACAGCTTCTTCGACCCCTT
TTCTCTCGACGTTTGGGACCCGCTCAAGGACTTTCCATCTTCTTCCTTCTCTCGGGAGAA
CTCCGCGATCGCGAACGCGCGCGTGGACTGGAGGGAGACTCCTGAGGCGCACGTGTTCAA
GGCGGATTTACCTGGGCTGAAGAAAGAGGAAGTGAAGGTGGAGATCGAGGATGACAGCGT
GTTGAAGATCAGCGGAGAGAGACACGTGGAGAAGGAGGATAAGAACGACACGTGGCACCG
CGTGGAGAGGTCGAGCGGACAGTTCACGAGGAAGTTTAGGCTTCCCGAGAATGTGAAGAT
GGATCAGGTGAAGGCGGCGATAGAGAACGGAGTTTTGACTGTGACTGTGCCGAAGGCTGA
GGTGAAGAAACCTGATGTCAAATCTATTCAGATCTCTGGTTGAGCATCTGACTCAGCGTA
CTTCGTATCAATGTGTTTATCTTTGTGCGTTTTGGGGTCTTGTCACAGTTGTGGTCTTAG
TGAGTCGTCTGTTGGTCTGTTGGTGTCTTTATGTAACGGTTGTGAAATGGCTATGATGTG
GAATAAACTATATTAGTAC

QA 7 685 7 685
DS 

RD RR3BT09TF 683 0 0
CAGAAAGACAACGAATACAGAAGTCTACTTTTCTTGTAATAACTAACGATCGAAAATGTC
GATGATTCCGAGCTTCTTCGGCAACAACAGGCGTGGAGGCAACAGCTTCTTCGACCCCTT
TTCTCTCGACGTTTGGGACCCGCTCAAGGACTTTCCATCTTCTTCCTTCTCTCGGGAGAA
CTCCGCGATCGCGAACGCGCGCGTGGACTGGAGGGAGACTCCTGAGGCGCACGTGTTCAA
GGCGGATTTACCTGGGCTGAAGAAAGAGGAAGTGAAGGTGGAGATCGAGGATGACAGCGT
GTTGAAGATCAGCGGGGAGAGACACGTGGAGAAGGAGGATAAGAACGACACGTGGCACCG
CGTGGAGAGGTCGAGCGGACAGTTCACGAGGAAGTTTAGGCTTCCCGAGAATGTGAAGAT
GGATCAGGTGAAGGCGGCGATAGAGAACGGAGTTTTGACTGTGACTGTTCCGAAGGCTGA
GGTGAAGAAACCTGATGTCAAATCTATTCAGATCTCTGGTTGAGCATCTGACTCAGCGTA
CTTCGTATCAATGTGTTTATCTTTGTGCGTTTTGGGGTCTTGTCACAGTTGTGGTCTTAG
TGAGTCGTCTGTTGGTCTGTTGGTGTCTTTATGTAACGGTTGTGAAATGGCTATGATGTG
GAATAAACTATATTAGTACAAAA

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3BT09JQ 616 0 0
GATTCCGAGCTTCTTCGGCAACAACAGGCGTGGAGGCAACAGCTTCTTCGACCCCTTTTC
TCTCGACGTTTGGGACCCGCTCAAGGACTTTCCATCTTCTTCCTTCTCTCGGGAGAACTC
CGCGATCGCGAACGCGCGCGTGGACTGGAGGGAGACTCCTGAGGCGCACGTGTTCAAGGC
GGATTTACCTGGGCTGAAGAAAGAGGAAGTGAAGGTGGAGATCGAGGATGACAGCGTGTT
GAAGATCAGCGGGGAGAGACACGTGGAGAAGGAGGATAAGAACGACACGTGGCACCGCGT
GGAGAGGTCGAGCGGACAGTTCACGAGGAAGTTTAGGCTTCCCGAGAATGTGAAGATGGA
TCAGGTGAAGGCGGCGATAGAGAACGGAGTTTTGACTGTGACTGTTCCGAAGGCTGAGGT
GAAGAAACCTGATGTCAAATCTATTCAGATCTCTGGTTGAGCATCTGACTCAGCGTACTT
CGTATCAATGTGTTTATCTTTGTGCGTTTTGGGGTCTTGTCACAGTTGTGGTCTTAGTGA
GTCGTCTGTTGGTCTGTTGGTGTCTTTATGTAACGGTTGTGAAATGGCTATGATGTGGAA
TAAACTATATTAGTAC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL3061Contig1 749 2 22 U
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TGGATCCAACGACACAATGGAGGTTTCTACTACGTGGTGTTCAGAGTCCTAGGCATCATA
GTCGCATCCTTGGAGCTAAGCAAGAGCAACAAGGATCGGATCAACACTTCTTCAGCTTTC
AATTCTTTCAAAAACAACTATCTCGTCGTTTACTCGCTCATGATGGCGGGTGACTGGTTG
CAAGGGCCATATGTGTACTATCTTTACAGTACTTATGGGTTCAGCAAAGGGGACATTGGC
CAGCTTTTCATTGCTGGTTTTGGTTCCTCTATGCTCTTTGGTACTATCGTTGGATCTCTT
GCCGACAAACAGGGTCGTAAGAGAGCGTGTGTTACTTACTGTATTACCTACATATTGAGC
TGCATCACCAAGCACTCTCCTCAATACAAGGTTTTGATGGTGGGCCGTGTGTTGGGAGGC
ATCGCTACTTCCCTTCTCTTTTCATCATTTGAATCTTGGCTAGTCGCTGAGCACAACAAG
AGGGGCTTTGAGCAGCAATGGCTGTCCATAACATTCTCAAAGGCTGTGTTTTTTGGAAAT
GGTCTCGTTGCAATAATCGCTGGGTTGTTTGGGAACTTGCTTGTGCATTCCTTCTCTCTT
GGCCCTGTTGCGCCATTTGACGCTGCTGCTTGCTTTCTTGCTATTGGAATGGCTGTCATT
CTATCTTCATGGTCAGAAAACTATGGTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3H162TF U 1
AF RR3FN72TF U 143
BS 1 179 RR3H162TF
BS 180 180 RR3FN72TF
BS 181 242 RR3H162TF
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BS 244 245 RR3H162TF
BS 246 246 RR3FN72TF
BS 247 248 RR3H162TF
BS 249 249 RR3FN72TF
BS 250 299 RR3H162TF
BS 300 300 RR3FN72TF
BS 301 383 RR3H162TF
BS 384 384 RR3FN72TF
BS 385 425 RR3H162TF
BS 426 426 RR3FN72TF
BS 427 464 RR3H162TF
BS 465 465 RR3FN72TF
BS 466 567 RR3H162TF
BS 568 568 RR3FN72TF
BS 569 572 RR3H162TF
BS 573 573 RR3FN72TF
BS 574 746 RR3H162TF
BS 747 749 RR3FN72TF

RD RR3H162TF 746 0 0
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TGGATCCAACGACACAATGGAGGTTTCTACTACGTGGTGTTCAGAGTCCTAGGCATCATA
GTCGCATCCTTGGAGCTAAGCAAGAGCAACAAGGATCGGATCAACACTTCTTCAGCTTTT
AATTCTTTCAAAAACAACTATCTCGTCGTTTACTCGCTCATGATGGCGGGTGACTGGTTG
CAGGGTCCGTATGTGTACTATCTTTACAGTACTTATGGGTTCAGCAAAGGGGACATTGGT
CAGCTTTTCATTGCTGGTTTTGGTTCCTCTATGCTCTTTGGTACTATCGTTGGATCTCTT
GCCGACAAACAGGGTCGTAAGAGGGCGTGTGTTACTTACTGTATTACCTACATATTGAGC
TGCATTACCAAGCACTCTCCTCAATACAAGGTTTTGATGGTGGGTCGTGTGTTGGGAGGC
ATCGCTACTTCCCTTCTCTTTTCATCATTTGAATCTTGGCTAGTCGCTGAGCACAACAAG
AGGGGCTTTGAGCAGCAATGGCTGTCCGTAACTTTCTCAAAGGCTGTGTTTTTTGGAAAT
GGTCTCGTTGCAATAATCGCTGGGTTGTTTGGGAACTTGCTTGTGCATTCCTTCTCTCTT
GGCCCTGTTGCGCCATTTGACGCTGCTGCTTGCTTTCTTGCTATTGGAATGGCTGTCATT
CTATCTTCATGGTCAGAAAACTATGG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3FN72TF 607 0 0
GGAACAAT
AAGGATCGGATCAACACTTCTTCAGCTTTCACTTCTTTCAAGAACAATTATCTCGTCGTT
TACTCGCTCATGATGGCGGGTGACTGGTTGCAAGGGCCATATGTGTACTATCTTTACAGT
ACTTATGGGTTCAGCAAAGGGGACATTGGCCAGCTTTTCATTGCTGGTTTTGGTTCCTCT
ATGCTCTTTGGTACTATCGTTGGATCTCTTGCCGACAAACAGGGTCGTAAGAGAGCGTGT
GTTACTTACTGTATTACCTACATATTGAGCTGCATCACCAAGCATTCTCCTCAATACAAG
GTTTTGATGGTTGGCCGTGTGTTGGGAGGCATCGCTACTTCCCTTCTGTTTTCATCTTTT
GAATCTTGGCTAGTTGCTGAGCACAACAAGAGGGGCTTTGAGCAGCAATGGCTGTCTATA
ACATTTTCAAAGGCTGTTTTTTTTGGAAATGGTCTTGTTGCAATTATCGCTGGGTTGTTT
GGGAACTTGCTTGTGCATTCCTTCTCTCTTGGCCCTGTTGCGCCATTTGACGCTGCTGCT
TGCTTTCTTGCTATTGGAATGGCTGTCATTCTCTCTTCATGGTCAGAAAACTATGGTGA

QA 9 607 9 607
DS 



AS 1 3

CO CL3062Contig1 1516 3 8 U
AACAAAATATGTTGTGCTCATTTTATTTTAAAAATGGGATCATTCTTGGCAATGGCAAAC
AACTCCAACCAAGAAGATCACCAAAGCAAAGAGATTTTCCAGTTTCAACATCTGTCTTGT
TTTTTTTTGTTTCTTTATCATTAGAACACACACAATACAAAAAGACAGGTAGGCCTCAGC
TTTGTTGTTGAATAGCTGAAACAACTTCACCAATACACTTGAACTTTCTCCTTTCCTTGA
GAAGCAGCTTCCCAAACTCTAGCGCCTTTCTCTCGCAAACCGCTCGTTCTTCATCTTCTT
TGATCGATTCAAAGTCTTCCACATGTGCCACTCCCACTATTCTCCTAATCATCTTTGCGG
CGCCGAATCCGAGCGAGTCATGAAACAAATTCTTCATGTAGTTCTCTTGAACAAGCTGCA
TAACCTCGGTATTGTTATAGATATCGGCAAGGTATGCTTCTCCATGACCATCTTTGTTTT
GATCCCATAGCGCAATGAACCTTTTGCTAAACATATTCCAAGTCTGCTCAATGGTCCTCA
AGATCCACTGCTTGTATTCCTTCCGATCATTTCCCTCAGCCGCGTGTCCATCTTGTGCAA
AGAAAGCAAGAATCAAGTTACCAAGATAAGCTCCAATGTCGAAACCCATTGGTCCATAAA
AAGAAAACTCAGGATCTATAACTTGAGTTGAGTCTTGTGTAACCATTACAGAACCAGTGT
GAAGATCACCATGTATCAGAGCTTGAGCTCTTTCACAGAACATTGATTTAAGCTCTGCGA
TTTCGAGCTTCAAGGCACTATCTTCACGCACAGCCCTAGCATCATCATCAAGATAAGGTG
AAGTCCAACGATTAAACGTAGAAACTCTATATGGGTCCGAGAACACTACTTGCTCCGTTA
ACCGGCATAACTCAACATTACCACAAAACTCGGTTACTGCTCTTCTGTGCTCTGTGGTAT
CGTGGTAGAGGAGAGAAGTGAAGAGGGTTTTGGCCATGTAATCCGACATGTGTTCTGCAA
GGAAAGGGTACTGGATTCCAGCAACGAGTCCTTTGCGGAGGATGATGTGAGGGGGCTCCA
GATACCTCATTCCGATCAAAGCCATGGTTCTGTCAAAATGGTAGACTTGAGGAACATGAT
CAGGGGACAAACCTCCGTGCTTTCTCAGAGTTGTTGCTTCGAAGTAAGCTCTCTCTTTCG
TCATTGGCCAAGACTCCCCAATACACCGTATATGGAAGCGCCTGTTTGATTACGAGTGAG
CCAGTGGATCCGACAACGATGAAGACAAAGTTGAGATTGCCATCTCCAACTTCCTTGATC
ACCAGATCCTCGTACTTGTCTCCGAGCCTGGGGGAGAGGGAAGGCGTTGCCTTTATGTAC
TCTACGAGAGATTTCTCGTTCAATGGCTTGAACTCCTCGAACGACATCTCTTTTGCTCTC
TCTGCTTCAGTTTCAAGCAGATGACTGCGATGAATCGAGTTTTTAAAAGGTTCTATTTTT
TTCAAAGATTCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CY67JQ U 81
AF RR3FL26JQ U 1
AF RR3FL26TF C 739
BS 1 115 RR3FL26JQ
BS 116 116 RR3CY67JQ
BS 117 245 RR3FL26JQ
BS 246 246 RR3CY67JQ
BS 247 318 RR3FL26JQ
BS 319 321 RR3CY67JQ
BS 322 826 RR3FL26JQ
BS 827 1516 RR3FL26TF

RD RR3CY67JQ 667 0 0
CCC
AAGCAAAGAGATTTTCCAGTTTCAACATCTGTCTTGTTTTTTTTTGTTTCTTTATCATTA
GAACACACACAATACAAAAAGACAGGTAGGCCTCAGCTTTGTTGTTGAATAGCTGAAACA
ACTTCACCAATACACTTGAACTTTCTCCTTTCCTTGAGAAGCAGCTTCCCAAACTCTAGC
GCCTTTCTCTCGCAAACCGCTCGTTCTTCATCTTCTTTGATCGATTCAAAGTCTTCCACA
TGTGCCACTCCCACTATTCTCCTAATCATCTTTGCGGCGCCGAATCCGAGCGAGTCATGA
AACAAATTCTTCATGTAGTTCTCTTGAACAAGCTGCATAACCTCGGTATTGTTATAGATG
TCGGCAAGGTATGCTTCTCCATGACCATCTTTGTTTTGATCCCATAGCGCAATGAACCTT
TTGCTAAACATATTCCAAGTCTGCTCAATGGTCCTCAAGATCCACTGCTTGTATTCCTTC
CGATCATTTCCCTCAGCCGCGTGTCCATCTTGTGCAAAGAAAGCAAGAATCAAGTTACCA
AGATAAGCTCCAATGTCGAAACCCATTGGTCCATAAAAAGAAAACTCGGGATCTATAACT
TGAGTTGAGTCTTGTGTAACCATTACAGAACCAGTGTGAAGATCACCATGTATCAGAGCT
TGAG

QA 4 667 4 667
DS 

RD RR3FL26JQ 826 0 0
AACAAAATATGTTGTGCTCATTTTATTTTAAAAATGGGATCATTCTTGGCAATGGCAAAC
AACTCCAACCAAGAAGATCACCAAAGCAAAGAGATTTTCCAGTTTCAACATCTGTTTTGT
TTTTTTTTGTTTCTTTATCATTAGAACACACACAATACAAAAAGACAGGTAGGCCTCAGC
TTTGTTGTTGAATAGCTGAAACAACTTCACCAATACACTTGAACTTTCTCCTTTCCTTGA
GAAGCTGCTTCCCAAACTCTAGCGCCTTTCTCTCGCAAACCGCTCGTTCTTCATCTTCTT
TGATCGATTCAAAGTCTT***CATGTGCCACTCCCACTATTCTCCTAATCATCTTTGCGG
CGCCGAATCCGAGCGAGTCATGAAACAAATTCTTCATGTAGTTCTCTTGAACAAGCTGCA
TAACCTCGGTATTGTTATAGATATCGGCAAGGTATGCTTCTCCATGACCATCTTTGTTTT
GATCCCATAGCGCAATGAACCTTTTGCTAAACATATTCCAAGTCTGCTCAATGGTCCTCA
AGATCCACTGCTTGTATTCCTTCCGATCATTTCCCTCAGCCGCGTGTCCATCTTGTGCAA
AGAAAGCAAGAATCAAGTTACCAAGATAAGCTCCAATGTCGAAACCCATTGGTCCATAAA
AAGAAAACTCAGGATCTATAACTTGAGTTGAGTCTTGTGTAACCATTACAGAACCAGTGT
GAAGATCACCATGTATCAGAGCTTGAGCTCTTTCACAGAACATTGATTTAAGCTCTGCGA
TTTCGAGCTTCAAGGCACTATCTTCACGCACAGCCCTAGCATCATC

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR3FL26TF 778 0 0
AGAGC
TGAGCTCTTTCACAGAACAT*GATTTAAGCTCTGCGATTTCGAGCTTCAAGGCACTATCT
TCACGCACAGCCCTAGCATCATCATCAAGATAAGGTGAAGTCCAACGATTAAACGTAGAA
ACTCTATATGGGTCCGAGAACACTACTTGCTCCGTTAACCGGCATAACTCAACATTACCA
CAAAACTCGGTTACTGCTCTTCTGTGCTCTGTGGTATCGTGGTAGAGGAGAGAAGTGAAG
AGGGTTTTGGCCATGTAATCCGACATGTGTTCTGCAAGGAAAGGGTACTGGATTCCAGCA
ACGAGTCCTTTGCGGAGGATGATGTGAGGGGGCTCCAGATACCTCATTCCGATCAAAGCC
ATGGTTCTGTCAAAATGGTAGACTTGAGGAACATGATCAGGGGACAAACCTCCGTGCTTT
CTCAGAGTTGTTGCTTCGAAGTAAGCTCTCTCTTTCGTCATTGGCCAAGACTCCCCAATA
CACCGTATATGGAAGCGCCTGTTTGATTACGAGTGAGCCAGTGGATCCGACAACGATGAA
GACAAAGTTGAGATTGCCATCTCCAACTTCCTTGATCACCAGATCCTCGTACTTGTCTCC
GAGCCTGGGGGAGAGGGAAGGCGTTGCCTTTATGTACTCTACGAGAGATTTCTCGTTCAA
TGGCTTGAACTCCTCGAACGACATCTCTTTTGCTCTCTCTGCTTCAGTTTCAAGCAGATG
ACTGCGATGAATCGAGTTTTTAAAAGGTTCTATTTTTTTCAAAGATTCTCTCC

QA 6 778 6 778
DS 



AS 1 4

CO CL3063Contig1 698 4 9 U
GGCCGCTCCGGCATCATCACCATCTAAACCCGAGTCTATCTCTCTCTCTCACTGTTTTGG
AAATGGCGACAGTACCAGGACAATTGGTATGGGAGATCGTTAAGACCAACAACTGTTTCT
TGGTCAAACAGTTCGGTAGAGGCAACGCCAAGGTTCAGTTCAGCAAAGAGAAGAACAATC
TCTGCAACCTCAACTCCTACAAGCACTCTGGTCTTGCAAACAAGAAGACAGTGACCATCC
AGCCAGCTGACAAGGAACAAGGTGTTGTCCTCGCCACCACCAAGACCAAGAAGCAGAACA
AGCCTAAGGTCTCTGTTAACAAGTCTATCCTTAAGAAGGAATTCCCCAGGATGTCCAAGG
CTGTTGCTAACCAGGTGGTTGACAACTACTACAGGCCAGACTTGAAGAAATTCGCTCTTG
CCAGACTCAGTGTCATCAGCAAAAGCATTAGAGTTGCCAAGTCCGGTGCCAAGCAAAGAA
ACCGTCAAGCTTAAGCTTTTATTTCAGAAACTGTTTGTTTTTTTCTGAGTAAAAGCTTTA
GCTGAAGAGTTTATTTTAAGTTGTTTTTGTTGAAGTTGAACCATAACATTATGCTATGCT
CCTTTCGTTATCCTTTTCAAAAGGAGTTAGAACTTTCTCTTATTATGCACTTGTTTCGTG
TTGCACCTTTTTTAAATTAAATCAATGTTGACCAAAAA


BQ
10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR3GY55JQ C 1
AF RR3FM38JQ C 2
AF RR3GY55TF U 1
AF RR3FM38TF U 2
BS 1 4 RR3GY55JQ
BS 5 51 RR3GY55TF
BS 52 53 RR3FM38TF
BS 54 191 RR3GY55TF
BS 192 192 RR3FM38TF
BS 193 451 RR3GY55TF
BS 452 452 RR3FM38TF
BS 453 693 RR3GY55TF
BS 694 698 RR3FM38TF

RD RR3GY55JQ 698 0 0
GGCCGCTCCGGCATCATCACCATCTAAACCCGAGTCTATCTCTCTCTCTCAG*GTTTTGG
AAATGGCGACAGTACCAGGACAATTGGTATGGGAGATCGTTAAGACCAACAACTGTTTCT
TGGTCAAACAGTTCGGTAGAGGCAACGCCAAGGTTCAGTTCAGCAAAGAGAAGAACAATC
TTTGCAACCTCGACTCCTACAAGCACTTTGGTCTTGCAAACAAGAAGACAGTGACCATCC
AGCCAGCTGACAAGGAACAAGGTGTTGTCCTCGCCACCACCAAGACCAAGAAGCAGAACA
AGCCTAAGGTCTCTGTTAACAAGTCTATCCTTAAGAAGGAATTCCCCAGGATGTCCAAGG
CTGTTGCTAACCAGGTGGTTGACAACTACTACAGGCCAGACTTGAAGAAATTCGCTCTTG
CCAGACTCAGTGTCATCAGCAAAAGCATTAGGGTTGCCAAGTCCGGTGCCAAGCAAAGAA
ACCGTCAAGCTTAAGCTTTTATTTCAGAAACTGTTTGTTTTTTTTTGAGTAAAAGCTTTA
GCTGAAGAGTTTATTTTAAGTTGTTTTTGTTGAAGTTGAACCATAACATTATGCTATGCT
CCTTTCGTTATCCTTTTCAAAAGGAGTTAGAACTTTCTCTTATTATGCACTTGTTTCGTG
TTGCACCTTTTTTAAATTAAATCAATGTTGACC
ATGTG

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3FM38JQ 692 0 0
GGG
GCTCCGGCATCATCACCATCTAAACCCGAGTCTATCTCTCTCTCTCACTGTTTTGGAAAT
GGCGACAGTACCAGGACAATTGGTATGGGAGATCGTTAAGGCCAACAACTGTTTCTTGGT
CAAACAGTTCGGTAGAGGCAACGCCAAGGTTCAGTTCAGCAAAGAGAAGAACAATTTCTG
CAACCTCAACTCCTACAAGCACTCTGGTCTTGCAAACAAGAAGACAGTGACCATCCAGCC
AGCTGACAAGGAACAAGGTGTTGTCCTCGCCACCACCAAGACCAAGAAGCAGAACAAGCC
TAAGGTTTCTGTTAACAAGTCTATCCTTAAGAAGGAATTCCCCAGGATGTCCAAGGCTGT
TGCTAACCAGGTGGTTGACAACTACTACAGGCCAGACTTGAAGAAATTCGCTCTTGCCAG
ACTCAGTGTCATCAGCAAAAGCATTAGAGTTGCCAAGTCCGGTGCCAAGCAAAGAAACCG
TCAAGCTTAAGCTTTTATTTCAGAAACTGTTTGTTTTTTTCTGAGTAAAAGCTTTAGCTG
AAGAGTTTATTTTAAGTTGTTTTTGTTGAAGTTGAACCATAACATTATGCTATGCTCCTT
TCGTTATCCTTTTCAAAAGGAGTTAGAACTTTCTCTTATTATGCACTTGTTTCGTGTTGC
ACCTTTTTTAAATTAAATCAATGTTGACC

QA 4 692 4 692
DS 

RD RR3GY55TF 698 0 0
GGCC
GCTCCGGCATCATCACCATCTAAACCCGAGTCTATCTCTCTCTCTCAG*GTTTTGGAAAT
GGCGACAGTACCAGGACAATTGGTATGGGAGATCGTTAAGACCAACAACTGTTTCTTGGT
CAAACAGTTCGGTAGAGGCAACGCCAAGGTTCAGTTCAGCAAAGAGAAGAACAATCTCTG
CAACCTCGACTCCTACAAGCACTCTGGTCTTGCAAACAAGAAGACAGTGACCATCCAGCC
AGCTGACAAGGAACAAGGTGTTGTCCTCGCCACCACCAAGACCAAGAAGCAGAACAAGCC
TAAGGTCTCTGTTAACAAGTCTATCCTTAAGAAGGAATTCCCCAGGATGTCCAAGGCTGT
TGCTAACCAGGTGGTTGACAACTACTACAGGCCAGACTTGAAGAAATTCGCTCTTGCCAG
ACTCAGTGTCATCAGCAAAAGCATTAGGGTTGCCAAGTCCGGTGCCAAGCAAAGAAACCG
TCAAGCTTAAGCTTTTATTTCAGAAACTGTTTGTTTTTTTCTGAGTAAAAGCTTTAGCTG
AAGAGTTTATTTTAAGTTGTTTTTGTTGAAGTTGAACCATAACATTATGCTATGCTCCTT
TCGTTATCCTTTTCAAAAGGAGTTAGAACTTTCTCTTATTATGCACTTGTTTCGTGTTGC
ACCTTTTTTAAATTAAATCAATGTTGACC
ATGTG

QA 5 693 5 693
DS 

RD RR3FM38TF 697 0 0
GGG
GCTCCGGCATCATCACCATCTAAACCCGAGTCTATCTCTCTCTCTCACTGTTTTGGAAAT
GGCGACAGTACCAGGACAATTGGTATGGGAGATCGTTAAGGCCAACAACTGTTTCTTGGT
CAAACAGTTCGGTAGAGGCAACGCCAAGGTTCAGTTCAGCAAAGAGAAGAACAATCTCTG
CAACCTCAACTCCTACAAGCACTCTGGTCTTGCAAACAAGAAGACAGTGACCATCCAGCC
AGCTGACAAGGAACAAGGTGTTGTCCTCGCCACCACCAAGACCAAGAAGCAGAACAAGCC
TAAGGTCTCTGTTAACAAGTCTATCCTTAAGAAGGAATTCCCCAGGATGTCCAAGGCTGT
TGCTAACCAGGTGGTTGACAACTACTACAGGCCAGACTTGAAGAAATTCGCTCTTGCCAG
ACTCAGTGTCATCAGCAAAAGCATTAGAGTTGCCAAGTCCGGTGCCAAGCAAAGAAACCG
TCAAGCTTAAGCTTTTATTTCAGAAACTGTTTGTTTTTTTCTGAGTAAAAGCTTTAGCTG
AAGAGTTTATTTTAAGTTGTTTTTGTTGAAGTTGAACCATAACATTATGCTATGCTCCTT
TCGTTATCCTTTTCAAAAGGAGTTAGAACTTTCTCTTATTATGCACTTGTTTCGTGTTGC
ACCTTTTTTAAATTAAATCAATGTTGACCAAAAA

QA 4 697 4 697
DS 



AS 2 4

CO CL3064Contig1 723 2 3 U
ATGAAAAACAACAAAAATCAAAACCTTCTTTTCACATGAGAAAGAAAAATTAAAAGTGTA
AGCTGGTTGGCAGCATTATGGGGGGAGAGAAAGAGAGATGTGTGGATAGTTTGGACCTTT
TGGTGATGTTATTTATACTCAAATGCTACTTGAGTCTCTACCAAAGATGAAACGCCTCAT
CCAATCAAAAACCACAAGGACTCTCGTGCGCCAGCTCACTTGCTTACTGGCGTAAACGGA
ATACCAAAACCACTGGCTGCTATGTCCAATAAAAACCCAATCTCCTGGAAGTTCTGCGGC
CGTTTGTTCCCCTCCCAATGGTGCAAATGATCCCAAATGCCTATACCTGAAGGGGCGGAA
ACGGTGACGACCTTCTCCTCTCATCCTAATGGGGCCTTCTGGATTCTTCTCACACTCTTC
CATTCCATCAAAGCATTTAACAAGGTATGTGCCTTGCTGCGCAGCAACCTGTGCTGTTGC
TGGAAGAAACTTCACTTGCGAGTCAACCTGAGAAAGAGCCGATTTGAACTCTTCGATCTT
CAACTCGATGTTCTTCTTGGATCCATCATCAGCTTCGGCTTCTTTTAGAAGATCCGCAAT
GCCACGCATACGTTTACTCTTCAAGTAGAGCTCCACTTGAGGGTACCTAACACAGATGTC
ATCCATTGCCTCTTGAAACTCTTTCAGAGTCAGCGTCCCAGAATTGTCTTTGTCCGCTTT
GCT


BQ
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10 10 10 

AF RR3A042JQ U 102
AF RR3A042TF C 1
BS 1 101 RR3A042TF
BS 102 462 RR3A042JQ
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GCTTACTGGCGTAAACGGAATACCAAAACCACTGGCTGCTATGTCCAATAAAAACCCAAT
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TATACCTGAAGGGGCGGAAACGGTGACGACCTTCTCCTCTCATCCTAATGGGGCCTTCTG
GATTCTTCTCACACTCTTCCATTCCATCAAAGCATTTAACAAGGTATGTGCCTTGCTGCG
C

QA 1 361 1 361
DS 

RD RR3A042TF 723 0 0
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ATACCAGAGCCACTGGCTGCTATGTCCAATAGAAACCCAATCTCCTGGAAGTTCTGCGGC
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TGGAAGAAACTTCACTTGCGAGTCAACCTGAGAAAGAGCCGATTTGAACTCTTCGATCTT
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GCCACGCATACGTTTACTCTTCAAGTAGAGCTCCACTTGAGGGTACCTAACACAGATGTC
ATCCATTGCCTCTTGAAACTCTTTCAGAGTCAGCGTCCCAGAATTGTCTTTGTCCGCTTT
GCT

QA 1 723 1 723
DS 



CO CL3064Contig2 767 2 3 U
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TCTAAAAGAAGCCGAAGCTGATGATGGATCCAAGAAAAACATTGAGTTGAAGATCGAAGA
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TCCAGGAGATTGGGTTTCTATTGGACATAGCAGCCAGTGGCTCTGGTATTCCGTCTACGC
CAGTAAGCAAGTGAGCTGGCGTACGAGAGTCCTTGTGGTTTCTGATTGGATGAGGCGTTT
CATCTTTGGTAGAGACTCCAGTAGCATCTGAGTATAAATAACATCACCAAAAGGTCCAAA
CTATCCACACATCTCTCTGTCTCTCAACCCTTAATGCTGCCAACCAGCTTACACTTTTAA
CTTTTCTTTCTCATGTGAAAAGAAAGTTTTGATATTTGTTGTTTTCCATTTCGGCTCTGC
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BQ
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AF RR3AU79TF U 1
AF RR3AU79JQ C 1
BS 1 1 RR3AU79JQ
BS 2 683 RR3AU79TF
BS 684 767 RR3AU79JQ

RD RR3AU79TF 683 0 0
G
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CCAGGAGATTGGGTTTCTATTGGACATAGCAGCCAGTGGCTCTGGTATTCCGTCTACGCC
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ATCTTTGGTAGAGACTCCAGTAGCATCTGAGTATAAATAACATCACCAAAAGGTCCAAAC
TATCCACACATCTCTCTGTCTCTCAACCCTTAATGCTGCCAACCAGCTTACACTTTTAAC
TTTTCTTTCTCATGTGAAAAGA

QA 2 683 2 683
DS 

RD RR3AU79JQ 767 0 0
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TCTAAAAGAAGCCGAAGCTGATGATGGATCCAAGAAAAACATTGAGTTGAAGATCGAAGA
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GAAGAATCCAGAAGGCCCCATTAGGATGAGAGGAGAAGGTCGTCACCGTTTCCGCCCCTT
CAGGTATAGGCATTTGGGATCATTTGCACCATTGGGAGGGGAACAAACGGCCGCAGAACT
TCCAGGAGATTGGGTTTCTATTGGACATAGCAGCCAGTGGCTCTGGTATTCCGTCTACGC
CAGTAAGCAAGTGAGCTGGCGTACGAGAGTCCTTGTGGTTTCTGATTGGATGAGGCGTTT
CATCTTTGGTAGAGACTCCAGTAGCATCTGAGTATAAATAACATCACCAAAAGGTCCAAA
CTATCCACACATCTCTCTGTCTCTCAACCCTTAATGCTGCCAACCAGCTTACACTTTTAA
CTTTTCTTTCTCATGTGAAAAGAAAGTTTTGATATTTGTTGTTTTCCATTTCGGCTCTGC
ACTTGTAATAAAAATCACTACAAAGATGCGAAGAGATTGCTTCGTTC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 4

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AGACAAATGATATATAAAGACATTCAAATCTCCCCTCTAGGCTCCTTTTCAGGACATTTA
GCTTGATGAGCTCGGCTCGTCCTGGGCCTCCTCCTGGCTTGGTTCTGTTTTAATTTCTTC
TTTTGCTTCTTCTTCTGCTTCTGCTTCGGTGGTCTCGGATGGATTAGGCTTCTTGAACTG
GACCAAGATGATGGTCATATTATCACAGCCTTCACCACTCGCAGTGTCTGGAGCCAAACA
TCTATCAACAATCTTTTCACATACCGTCGAAAGCTTTGTTTCAGATTTTAACTGTTCATG
GATAAAATCAACCAGTTGCTGGCTTGTCATACAATCCCAGATTCCATCACATGCAACAAC
AAGAAAGTCATCATCATCACATAGATCAATAGTGTTTATATCTGGATTAGCAGTGACCAT
TTGCTTATCAGATGGTAAGAACTTATTCTGCTTGAACTCCATGTCACCAATGGCTCTGGT
CAGATTCAAGCTTCCATTAATACGCCCAGCATGAATGAAGCCACCAGCTTTTAAAATCCT
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CCTCGATATCACACAAAGTGAGTCACCAGCATTTGCAACAAAGAGCTTCTTATCTTTAAT
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CCACCCTCTCTGTCCTTGCATCATGTCATCCATTATAAAGAATGCTCTTCGAAGAGTTGT
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ATCATCCAGATCAAGAATTGCAGCATGCGCATCTTCCATGGTGGCACGCCAACCTTGCAT
AGAGGACGAACCATATCTAAGCGTATCATTTTCACCTTCTTCTGATATCTTTTCAGTTTT
GGGAGAACTCAGGTAAGTCCCCATCTCTTTTAAGGTAGAAG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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CC

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AS 2 4

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BJ05TF U 1
AF RR3BJ05JQ C 75
BS 1 788 RR3BJ05TF
BS 789 789 RR3BJ05JQ
BS 790 804 RR3BJ05TF
BS 805 805 RR3BJ05JQ
BS 806 824 RR3BJ05TF
BS 825 825 RR3BJ05JQ
BS 826 859 RR3BJ05TF
BS 860 921 RR3BJ05JQ

RD RR3BJ05TF 859 0 0
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GACAAAAGAAAAAACGAGAGTTCAATGGCAGTTTCTAGTGCTCTAACAATCTCTCCAAAA
AAACTTCGGTCTGATCTTTACTCTTACTCGAACCAAGATAATACCAAGACACCTTTGGTT
ATCTCTGTTCTAGCTTCTCTTATCGACCGAACTCTAACTCGGAACCAGAGGATCAATCGT
AGAGCTTCGCCGGCGTCGCCTACTTCCGGCCGGAGTGGCAAAACCCAGATCTTCGATTGC
CGTGAAATACCAGATATGACCATCCAATCGTACCTAGAGAGAATTTTCCGGTACACTAAA
GCCGGTCCATCGGTTTACGTGGTGGCTTATGTCTACATTGACCGGTTCTGTCAACTAAAT
CCCGGTTTTAGAATCAGTCTCGCTAATGTACATCGTCTCCTCATCACCACCATCATGATC
GCTTCTAAATACGTCGAAGATTTGAACTACAGAAATTCATATTTCGCGAAAGTAGGTGGA
TTAGAGACAGAGGATTTGAACAGATTAGAGTTAGAGTTTCTGTTCTCGGTGGGGGTTCAA
GCTACATGTCAATGTGAGTGTGTTCGAGAGTTATTGTTGTCATCTTGAGAGAGAGGTTAG
CTTTGGAGGACGTTATCAGATTGAGAAGGCATTGCGTTGCGCCGAAGAGATCAAATCCAG
ACAAATGATCGTTCAAGATCCTAAACATCATCACCACCACCAGCTTGCTCGAGTCTTGTT
GTAGAAAA*GAAACTCTTCTTTTT*ATTTATAGTTTAGTCGTTT*GTGCTTGTGATCTTG
ACTTTCTGTTTGTTAGAGT

QA 1 859 1 859
DS 

RD RR3BJ05JQ 847 0 0
CG
AGAGTTCAATGGCAGTTTCTAGTGCTCTAACAATCTCTCCAAAAAAACTTCGGTCTGATC
TTTACTCTTACTCGAACCAAGATAATACCAAGACACCTTTGGTTATCTCTGTTCTAGCTT
CTCTTATCGACCGAACTCTAACTCGGAACCAGAGGATCAATCGTAGAGCTTCGCCGGCGT
CGCCTACTTCCGGCCGGAGTGGCAAAACCCAGATCTTCGATTGCCGTGAAATACCAGATA
TGACCATCCAATCGTACCTAGAGAGAATTTTCCGGTACACTAAAGCCGGTCCATCGGTTT
ACGTGGTGGCTTATGTCTACATTGACCGGTTCTGTCAACTAAATCCCGGTTTTAGAATCA
GTCTCGCTAATGTACATCGTCTCCTCATCACCACCATCATGATCGCTTCTAAATACGTCG
AAGATTTGAACTACAGAAATTCATATTTCGCGAAAGTAGGTGGATTAGAGACAGAGGATT
TGAACAGATTAGAGTTAGAGTTTCTGTTCTCGGTGGGG*TTCAAGCTACATGTCAATGTG
AGTGTGTTCGAGAGTTATTGTTGTCATCTTGAGAGAGAGGTTAGCTTTGGAGGAGGTTAT
CAGATTGAGAAGGCATTGCGTTGCGCCGAAGAGATCAAATCCAGACAAATGATCGTTCAA
GATCCTAAACATCATCACCACCACCAGCTTGCTCGAGTCTTGTTGTAGAAAAAGAAACTC
TTCTTTTTTATTTATAGTTTAGTCGTTTTGTGCTTGTGATCTTGACTTTCTGTTTGTTAG
AGTTACTTTTGGCTCGGTATTGGTGTAAATGTAAATATAATTTAGAGATGAGCAGTGATG
TAAGT

QA 3 847 3 847
DS 



CO CL3066Contig2 977 2 2 U
GGACTTCAACTTAGATTACATCGATCACTTCAAAGAAAATCGTCTCTTCCTCGTCGATAC
AAGTTTGCTAACTTTCCGACAAAAAAAAAAAACAAGAGTCCAATGGCAGTTTCTAATGCT
CTAACAATCTCTCCAAAAAAACTTCGGTCTGATCTTTACTCTTACTCGAACCAAGATAAT
ACCAAGACACCTTTGGTTATCTCTGTTCTAGCTTCTCTTATCGACCGAACTCTAACTCGG
AACCAGAGAATCAATCGTAGAGCTTCGCCGGCGTCGCCTACTTCCGGCCGGAGTGGCAAA
ACCCAGATCTTCGATTGCCGTGAAATACCAGATATGACCATCCAATCGTACCTAGAGAGA
ATTTTCCGGTACACTAAAGCCGGTCCATCGGTTTACGTGGTGGCTTATGTCTACATTGAC
CGGTTCTGTCGACTCAATTCCGGTTTTAGAATCAGTCTCGCTAATGTACACCGTCTCCTC
ATCACCACCATCATGATCGCTTCTAAATACGTCGAAGATTTGAACTACAGAAATTCATAT
TTCGCCAAAGTAGGTGGATTAGAGACAGAGGATTTGAACAGATTAGAGTTAGAGTTACTG
TTCTCGGTGGGGTTCAAGCTACATGTTAATGTGAGTGTGTTCGAGAGTTATTGTTGTCAT
CTTGAGAGAGAGGTTAGCTTTGGAGGAGGTTGTCAGATTGAGAAGGCACTGCGTTGCGCC
GAAGAGATCAAATCCAGACAAATGATCGTTCAAGATCCTAAACATCATCACCACCACCAG
CTTGCTCGAGTCTTGTTGTAGAAAAAGAAACACTTTTTATTTGTAGTTTAGTCGTTTTGT
GCTTGTGATCTTGACTTTCTGTTTGTTAGAGTTACTTTTGGCACGGTATTGGTGTAAATG
TAAATATAGTTGAGTAGAGATGAGCAGTGATGTAAGTACGAGCATTGAATATTTGTATAT
AGATTCACTATTTATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI96TF U 1
AF RR3GI96JQ C 463
BS 1 553 RR3GI96TF
BS 554 977 RR3GI96JQ

RD RR3GI96TF 559 0 0
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AAGTTTGCTAACTTTCCGACAAAAAAAAAAAACAAGAGTCCAATGGCAGTTTCTAATGCT
CTAACAATCTCTCCAAAAAAACTTCGGTCTGATCTTTACTCTTACTCGAACCAAGATAAT
ACCAAGACACCTTTGGTTATCTCTGTTCTAGCTTCTCTTATCGACCGAACTCTAACTCGG
AACCAGAGAATCAATCGTAGAGCTTCGCCGGCGTCGCCTACTTCCGGCCGGAGTGGCAAA
ACCCAGATCTTCGATTGCCGTGAAATACCAGATATGACCATCCAATCGTACCTAGAGAGA
ATTTTCCGGTACACTAAAGCCGGTCCATCGGTTTACGTGGTGGCTTATGTCTACATTGAC
CGGTTCTGTCGACTCAATTCCGGTTTTAGAATCAGTCTCGCTAATGTACACCGTCTCCTC
ATCACCACCATCATGATCGCTTCTAAATACGTCGAAGATTTGAACTACAGAAATTCATAT
TTCGCCAAAGTAG
TGGATT

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3GI96JQ 515 0 0
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AACTACAGAAATTCATATTTCGCCAAAGTAGGTGGATTAGAGACAGAGGATTTGAACAGA
TTAGAGTTAGAGTTACTGTTCTCGGTGGGGTTCAAGCTACATGTTAATGTGAGTGTGTTC
GAGAGTTATTGTTGTCATCTTGAGAGAGAGGTTAGCTTTGGAGGAGGTTGTCAGATTGAG
AAGGCACTGCGTTGCGCCGAAGAGATCAAATCCAGACAAATGATCGTTCAAGATCCTAAA
CATCATCACCACCACCAGCTTGCTCGAGTCTTGTTGTAGAAAAAGAAACACTTTTTATTT
GTAGTTTAGTCGTTTTGTGCTTGTGATCTTGACTTTCTGTTTGTTAGAGTTACTTTTGGC
ACGGTATTGGTGTAAATGTAAATATAGTTGAGTAGAGATGAGCAGTGATGTAAGTACGAG
CATTGAATATTTGTATATAGATTCACTATTTATCG

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 4

CO CL3067Contig1 774 4 22 U
GCGCTCGACAACCGTCAGATCGTGTCGGCGTCTCGCGACCGCACGATCAAGCTCTGGAAC
ACTCTCGGCGAGTGTAAGTACACCATCGCCGAGGGAGGTGAGGGACACAATGAGTGGGTT
AGCTGCGTCAGGTTCAGTCCCAACACGCTCCAGCCGACGATCGTGTCGGCTTCTTGGGAC
AAGACAGTGAAAGTGTGGAACTTGTCGAACTGCAAGCTCAGGTCGACTCTCGCTGGCCAC
ACTGGGAACGTCAACACTGTTGCTGTTTCGCCTGATGGTTCTCTTTGCGCGAGTGGAGGC
AAAGACGGTGTCGTTTTGCTGTGGGATTTGGCTGAGGGGAAGAAGCTTTACTCTCTTGAG
GCCAACTCCGAGATCCACGCGCTTTGCTTTAGCCCTAACAGGTACTGGCTGTGTGCTGCG
ACTCAGCAGGGTATTAAAATTTGGGATCTTGAGAGCAAGAGCGTTGTTGAGGACTTGAAG
GTTGATCTCAAGGCTGAGGCCGAGAAGTCTGACGGAAGTGCTACTGCTGCCAACAAAAGG
AAGGTTATTTACTGCACCAGCCTGAACTGGAGTGCTGATGGAAGCACTTTGTTCAGTGGT
TACACGGACGGAGTTATCAGAGTTTGGGGTATTGGCCGTTACTAGTTATCCCATCTCTTC
TATGCCTTTCTCCTTTGTTGGTTTTATCTATCACTCTTTTGTTTTGTGAGCAAACTCATA
CACGTTGCATCATAAAGTACTCTGAAGGATATTTTGTTTTATGTCAATTTTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3F347TF U 15
AF RR3DS13TF U 1
AF RR3F347JQ C 15
AF RR3DS13JQ C 127
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G
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AAGTACACCATCGCCGAGGGAGGTGAGGGACACAATGAGTGGGTTAGCTGCGTCAGGTTC
AGTCCCAACACGCTCCAGCCGACGATCGTGTCGGCTTCTTGGGACAAGACAGTGAAAGTG
TGGAACTTGTCGAACTGCAAGCTCAGGTCGACTCTCGCTGGCCACACTGGGAACGTCAAT
ACTGTTGCTGTTTCGCCTGATGGTTCTCTTTGCGCGAGTGGAGGCAAAGACGGTGTCGTT
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CACGCGCTTTGCTTTAGCCCTAACAGGTACTGGCTGTGTGCTGCGACTCAGCAGGGTATT
AAGATTTGGGATCTTGAGAGCAAGAGCGTTGTTGAGGACTTGAAGGTTGATCTCAAGGCT
GAGGCTGAGAAGTCTGACGGAAGTGCTACTGCTGCCAACAAAAGGAAGGTTATTTACTGC
ACCAGCCTGAACTGGAGTGCTGATGGAAGCACTTTGTTCAGTGGTTACACGGACGGAGTT
ATCAGAGTTTGGGGTATTGGCCGTTACTAGTTATCCCATCTCTTCTATGCCTTTCTCCTT
TGTTGGTTT*ATCTATCACTCTTTTGTTT
GTGA

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DS 

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ACTCTCGGCGAGTGTAAGTACACCATCGCCGAGGGAGGTGAGGGACACAATGAGTGGGTT
AGCTGCGTCAGGTTCAGTCCCAACACGCTCCAGCCGACGATTGTGTCGGCTTCTTGGGAC
AAGACAGTGAAAGTGTGGAACTTGTCGAACTGCGAGCTCAGGTCGACTCTTGCTGGCCAC
ACTGGGAACGTCAACACTGTTGCTGTTTCGCCTGATGGTTCTCTTTGCGCGAGTGGAGGC
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GCGAACTCCGAGATCCACGCGCTTTGCTTTAGCCCTAATAGGTACTGGCTGTGTGCTGCG
ACTCAGCAGGGTATTAAAATTTGGGATCTTGAGAGCAAGAGCGTTGTTGAGGACTTGAAG
GTTGATCTCAAGGCTGAGGCCGAGGAGTCTGACGGAAGTGCTACTGCTGCCAACAAAAGG
AAGGTTATTTACTGCACCAGCCTGAACTGGAGTGCTGATGGAAGCACTTTGTTCAGTGGT
TACACGGATGGAGTTATCAGAGTTTGGGGTATTGGCCGTTACTAGTTATCCCATCTCTTC
TATGTCTTTCTCCTTTGTTGGTTTTATCTATCACTCTTTTGTTTTGTGAGCAA*CTCATA
CACGTTGCATCATAAAGTACTCTGAAG*ATATTTTGTTTTATGTCAATTTTAG

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DS 

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G
CAGATCGTGTCGGCGTCTCGCGACCGCACGATCAAGCTCTGGAACACTCTCGGCGAGTGT
AAGTACACCATCGCCGAGGGAGGTGAGGGACACAATGAGTGGGTTAGCTGCGTCAGGTTC
AGTCCCAACACGCTCCAGCCGACGATCGTGTCGGCTTCTTGGGACAAGACAGTGAAAGTG
TGGAACTTGTCGAACTGCAAGCTCAGGTCGACTCTCGCTGGCCACACTGGGAACGTCAAT
ACTGTTGCTGTTTCGCCTGATGGTTCTCTTTGCGCGAGTGGAGGCAAAGACGGTGTCGTT
TTGCTGTGGGATTTGGCTGAGGGGAAGAAGCTTTACTCTCTTGAGGCCAACTCTGAGATC
CACGCGCTTTGCTTTAGCCCTAACAGGTACTGGCTGTGTGCTGCGACTCAGCAGGGTATT
AAGATTTGGGATCTTGAGAGCAAGAGCGTTGTTGAGGACTTGAAGGTTGATCTCAAGGCT
GAGGCTGAGAAGTCTGACGGAAGTGCTACTGCTGCCAACAAAAGGAAGGTTATTTACTGC
ACCAGCCTGAACTGGAGTGCTGATGGAAGCACTTTGTTCAGTGGTTACACGGACGGAGTT
ATCAGAGTTTGGGGTATTGGCCGTTACTAGTTATCCCATCTCTTCTATGCCTTTCTCCTT
TGTTGGTTTTATCTATCACTCTTTTGTTTTGTGAGCAAACTCATACACGTTGCATCATAA
AGTACTCTGAAG
G

QA 2 733 2 733
DS 

RD RR3DS13JQ 648 0 0
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GTGAAAGTGTGGAACTTGTCGAACTGCGAGCTCAGGTCGACTCTTGCTGGCCACACTGGG
AACGTCAACACTGTTGCTGTTTCGCCTGATGGTTCTCTTTGCGCGAGTGGAGGCAAAGAC
GGTGTCGTTTTGCTGTGGGATTTGGCTGAGGGGAAGAAGCTTTACTCTCTTGAGGCGAAC
TCCGAGATCCACGCGCTTTGCTTTAGCCCTAATAGGTACTGGCTGTGTGCTGCGACTCAG
CAGGGTATTAAAATTTGGGATCTTGAGAGCAAGAGCGTTGTTGAGGACTTGAAGGTTGAT
CTCAAGGCTGAGGCCGAGGAGTCTGACGGAAGTGCTACTGCTGCCAACAAAAGGAAGGTT
ATTTACTGCACCAGCCTGAACTGGAGTGCTGATGGAAGCACTTTGTTCAGTGGTTACACG
GATGGAGTTATCAGAGTTTGGGGTATTGGCCGTTACTAGTTATCCCATCTCTTCTATGTC
TTTCTCCTTTGTTGGTTTTATCTATCACTCTTTTGTTTTGTGAGCAAACTCATACACGTT
GCATCATAAAGTACTCTGAAGGATATTTTGTTTTATGTCAATTTTAGG

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 4

CO CL3068Contig1 1147 4 12 U
GGAAAGAACGAGTTTTTAGCACATTATCAAACAAACTCGTTTAGTATAATAATTAATTAC
TTATTTCCACATCTAAGTAATAGGTACAGATGATATATAAATACTTCCAACTGATGCTTT
CTTCGTCAACATCTCCCAAACTTTGAGTTAAGCGTTCACGACTCATCCATAAACACAGCA
CCATGACCACTTGACCTTACCAACTTCTTCAGCAAAAGAACCACTATCGCAATCGTGAGT
CCAACCGCTGCCCACGTGAACAGCCTATCATCACCCCTTCTCTGAGCCGCCCTAACAACA
ACAGTGCCTTGCTCCCTCCGCCTCACCAAACCGTTTCTGTTGTCTCCTGCTGCAACCTCC
ACCGTTGCATTTGCTCCAGGAACAACTGTCTGACCTGCCTCTTCAGCGATTTGATCGACT
ACATTCTCTGCCACAGCGGTGACAGGCTCGGCTATAGCAGCTTCAGTGTCCTGCGGCTTG
GTTTGGAACTGACCGTCCGAATCAGCAGAAGAGGGTTTGTTACATCCCTCAGGAATAGGT
TTAGGAGAAGGTGTTTTGCTTAGCATGTATTGATGAATCTCATCAATAACTTTTTGACGC
TCAGGAGAACCAAATTTGGGTAGTGACTCGCGTGATTTAGTGGCAAGCACACGTCTCTCC
TCTTTTGGGTAATCTACAGAGCCTATTGCTCCACTGGGGTTTGAAGGCATGAACGCAATG
AGAGCCACTAATGCAGTCCGAACACTCCATGAGGGTTGCCAATGCTCAGGATGGTAATTA
GAAATACTCAAACAAATCTTGGTGTTAGTTTCAAAACGACCACTAGGGGTCAATAACAAG
AAGGAAGGAGGCTTGAAAGGATAATCGGAAGGCAACTGAATCCTCCCGTGATAAATCCCT
CCTTCAAATTCACTCTCGCTCGGCCCTCTGATCGCGAATTGCCACTCAAATATATTCTCC
TCGAGGGGAAGAGACATGAAATCGTCAGAGGGATTAGCTTGCATCTCCTTAACCTCCTGG
AGAATCCTCTTCACCGCCGGGTTCTTCCGGTTATATCTCTCGTCCGCCATCTTCTTCTCT
CCCGCTCTGATCAGATCCAAATCCAATCCGCCGCTTAAAAGTCTCGATAATGTTGTCAAC
AGAAGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BO96JQ U 18
AF RR3CB74JQ U 1
AF RR3CB74TF C 734
AF RR3BO96TF C 502
BS 1 179 RR3CB74JQ
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BS 181 359 RR3CB74JQ
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BS 710 727 RR3CB74JQ
BS 728 790 RR3BO96TF
BS 791 791 RR3CB74TF
BS 792 1147 RR3BO96TF

RD RR3BO96JQ 485 0 0
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AAACTTTGAGTTAAGCGTTCACGACTCATCCATAAACACAGCACCATGACCACTTGACCT
TACCAACTTCTTCAGCAAAAGAACCACTATCGCAATCGTGAGTCCAACCGCTGCCCACGT
GAACAGCCTATCATCACCCCTTCTCTGAGCCGCCCTAACAACAACAGTGCCTTGCTCCCT
CCGCCTCACCAAACCGTTTCTGTTGTCTCCTGCTGCAACCTCCACCGTTGCATTTGCTCC
AGGAACAACTGTCTGACCTGCCTCTTCAGCGATTTGATCGACTACATTCTCTGCCACAGC
GGTGACAGGCTCGGCTATAGCAGCTTCAGTGTCCTGCGGCTTGGTTTGGAACTGACCGTC
CGAAT

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DS 

RD RR3CB74JQ 727 0 0
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TTATTTCCACATCTAAGTAATAGGTACAGATGATATATAAATACTTCCAACTGATGCTTT
CTTCGTCAACATCTCCCAAACTTTGAGTTAAGCGTTCACGACTCATCCATAAACACAGCG
CCATGACCACTTGACCTTACCAACTTCTTCAGCAAAAGAACCACTATCGCAATCGTGAGT
CCAACCGCTGCCCACGTGAACAGCCTATCATCACCCCTTCTCTGAGCCGCCCTAACAACA
ACAGTGCCTTGCTCCCTCCGCCTCACCAAACCGTTTCTGTTGTCTCCTGCTGCAACCTCG
ACCGTTGCATTTGCTCCAGGAACAACTGTCTGACCTGCCTCTTCAGCGATTTGATCGACT
ACATTCTCTGCCACAGCGGTGACAGGCTCGGCTATAGCAGCTTCAGTGTCCTGCGGCTTG
GTTTGGAACTGACCGTCCGAATCAGCAGAAGAGGGTTTGTTACATCCCTCAGGAATAGGT
TTAGGAGAAGGTGTTTTGCTTAGCATGTATTGATGAATCTCATCAATAACTTTTTGACGC
TCAGGAGAACCAAATTTGGGTAGTGACTCGCGTGATTTAGTGGCAAGCACACGTCTCTCC
TCTTTTGGGTAATCTACAGAGTCTATTGCTCCACTGGGGTTTGAAGGCGTGAACGCAATG
AGAGCCA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3CB74TF 394 0 0
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AAATCTTGGTGTTAGTTTCAAAACGACCACTAGGGGTCAATAACAAGAAGGAAGGAGGCT
TGAAAGGATAATCGGAAGGCAACTGAATCCTCCCGTGATAAATCCCTCCTTCAAATTCAC
TCTCGCTCGGCCCTCTGATCGCGAATTGCCACTCAAATATATTCTCCTCGAGGGGAAGAG
ACATGAAATCGTCAGAGGGATTAGCTTGCATCTCCTTAACCTCCTGGAGAATCCTCTTCA
CCGCCGGGTTCTTCCGGTTATATCTCTCGTCCGCCATCTTCTTCTCTCCCGCTCTGATCA
GATCCAAATCCAATCCGCCGCTTAAAAGTCTC
CC

QA 1 392 1 392
DS 

RD RR3BO96TF 646 0 0
TCAGCAGAAGAGGGTTTGTTACATCCCTCAGGAATAGGTTTAGGAGAAGGTGTTTTGCTT
AGCATGTATTGATGAATCTCATCAATAACTTTTTGACGCTCAGGAGAACCAAATTTGGGT
GGTGACTCGCGTGATTTAGTGGCAAGCACACGTCTCTCCTCTTTTGGGTAATCTACAGAG
CCTATTGCTCCACTGGGGTTTGAAGGCATGAACGCAATGAGAGCCACTAATGCAGTCCGA
ACACTCCATGAGGGTTGCCAATGCTCAGGATGGTAATTAGAAATACTCAGACAAATCTTG
GTGTTAGTTTCAAAACGACCACTAGGGGTCAATAACAAGAAGGAAGGAGGCTTGAAAGGA
TAATCGGAAGGCAACTGAATCCTCCCGTGATAAATCCCTCCTTCAAATTCACTCTCGCTC
GGCCCTCTGATCGCGAATTGCCACTCAAATATATTCTCCTCGAGGGGAAGAGACATGAAA
TCGTCAGAGGGATTAGCTTGCATCTCCTTAACCTCCTGGAGAATCCTCTTCACCGCCGGG
TTCTTCCGGTTATATCTCTCGTCCGCCATCTTCTTCTCTCCCGCTCTGATCAGATCCAAA
TCCAATCCGCCGCTTAAAAGTCTCGATAATGTTGTCAACAGAAGCA

QA 1 646 1 646
DS 



AS 2 4

CO CL3069Contig1 822 2 3 U
TTGGCTCAACATCCATTTTCTTACATAGTAAATGTTTCAATTTTACAGAGAAATTAGGAA
GAAAAAAGAAAACTGGAAACAAACGGGATAGATTTATAAATTAAAAACCATATTACCATT
TAATTTATTTCTTTTGATTTTAATATCTGAAATTGGCTTCTTTTTTTGCTCAATAAGGTG
AAACGATAGATTCTATGAGCTCTTGTAGAGGCGCCAGTTCTTTCTTGTCAATCAGTCCAA
ACTCATGAGTAAAGAGGATGAAGTGTTTGAAGCAAGTGTTGAGATGAGCTTCTTCTTTAA
GGCTAACGATTTTCTGGAAATGAGAATGGTATATGTGGGCATACACACGGAACAGTCGTT
TAAATATTGTCTTCACCACATCCTTGAAGTTCTGGGGAAATGGTGCTCCAAGCCTTTGAG
GGAATAAAGTCTCATCATCGAGCTGTGTCTCGATCCAATCCATCAAGTACTCGACATACT
TTGGAGCAGAAACCTCTATTGGCTTCTTGATCTGCACACCATCTGCCCATCTATACTCGT
ACTTGGGGCCAGCAGTCATAGTAGGACAGTTATCAGGTGTGCAGAACTCGGTAAGGGTAC
CATATAGCAAGTTCACTTGATTAAAAAAATCCACAGTGTTGACAGCAAGCCACTCGTTGG
CATCCTCTCCAGGAGGAAGTCGAACAGCTTCTCTCAAGTTGCCACTTCCTAAAGTTGCAT
CTATATGCTGTCGAAGCTGTGCACCCTTGCTTCCAGAAGGTGCACTCTTCTTAGGACGGA
ATGTCTTCTGATTTCTTCCCAATCCAAACAGACTCATGGCGC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A333JQ U 3
AF RR3A333TF C 1
BS 1 5 RR3A333TF
BS 6 770 RR3A333JQ
BS 771 822 RR3A333TF

RD RR3A333JQ 768 0 0
GGC
TCAACATCCATTTTCTTACATAGTAAATGTTTCAATTTTACAGAGAAATTAGGAAGAAAA
AAGAAAACTGGAAACAAACGGGATAGATTTATAAATTAAAAACCATATTACCATTTAATT
TATTTCTTTTGATTTTAATATCTGAAATTGGCTTCTTTTTTTGCTCAATAAGGTGAAACG
ATAGATTCTATGAGCTCTTGTAGAGGCGCCAGTTCTTTCTTGTCAATCAGTCCAAACTCA
TGAGTAAAGAGGATGAAGTGTTTGAAGCAAGTGTTGAGATGAGCTTCTTCTTTAAGGCTA
ACGATTTTCTGGAAATGAGAATGGTATATGTGGGCATACACACGGAACAGTCGTTTAAAT
ATTGTCTTCACCACATCCTTGAAGTTCTGGGGAAATGGTGCTCCAAGCCTTTGAGGGAAT
AAAGTCTCATCATCGAGCTGTGTCTCGATCCAATCCATCAAGTACTCGACATACTTTGGA
GCAGAAACCTCTATTGGCTTCTTGATCTGCACACCATCTGCCCATCTATACTCGTACTTG
GGGCCAGCAGTCATAGTAGGACAGTTATCAGGTGTGCAGAACTCGGTAAGGGTACCATAT
AGCAAGTTCACTTGATTAAAAAAATCCACAGTGTTGACAGCAAGCCACTCGTTGGCATCC
TCTCCAGGAGGAAGTCGAACAGCTTCTCTCAAGTTGCCACTTCCTAAAGTTGCATCTATA
TGCTGTCGAAGCTGTGCACCCTTGCTTCCAGAAGGTGCACTCTTC

QA 4 768 4 768
DS 

RD RR3A333TF 822 0 0
TTGGCTCAACATCCATTTTCTTACATAGTAAATGTTTCAATTT*ACAGAGAAATTAGGAA
GAAAAAAGAAAACTGGAAACAAACGGGATAGATTTATAAATTAAAAACCATATTACCATT
TAATTTATTTCTTTTGATTTTAATATCTGAAATTGGCTTCTTTTTTTGCTCAATAAGGTG
AAACGATAGATTCTATGAGCTCTTGTAGAGGCGCCAGTTCTTTCTTGTCAATCAGTCCAA
ACTCATGAGTAAAGAGGATGAAGTGTTTGAAGCAAGTGTTGAGATGAGCTTCTTCTTTAA
GGCTAACGATTTTCTGGAAATGAGAATGGTATATGTGGGCATACACACGGAACAGTCGTT
TAAATATTGTCTTCACCACATCCTTGAAGTTCTGGGGAAATGGTGCTCCAAGCCTTTGAG
GGAATAAAGTCTCATCATCGAGCTGTGTCTCGATCCAATCCATCAAGTACTCGACATACT
TTGGAGCAGAAACCTCTATTGGCTTCTTGATCTGCACACCATCTGCCCATCTATACTCGT
ACTTGGGGCCAGCAGTCATAGTAGGACAGTTATCAGGTGTGCAGAACTCGGTAAGGGTAC
CATATAGCAAGTTCACTTGATTAAAAAAATCCACAGTGTTGACAGCAAGCCACTCGTTGG
CATCCTCTCCAGGAGGAAGTCGAACAGCTTCTCTCAAGTTGCCACTTCCTAAAGTTGCAT
CTATATGCTGTCGAAGCTGTGCACCCTTGCTTCCAGAAGGTGCACTCTTCTTAGGACGGA
ATGTCTTCTGATTTCTTCCCAATCCAAACAGACTCATGGCGC

QA 1 822 1 822
DS 



CO CL3069Contig2 765 2 2 U
GCTTGAGAGAAGCTGTTCGACTTCCTCCTGGAGAGGATGCCAACGAGTGGCTTGCTGTCA
ACACTGTGGATTTTTTTAATCAAGTGAACTTGCTATATGGTACCCTTACCGAGTTCTGCA
CACCTGATAACTGTCCTACTATGACTGCTGGCCCCAAGTACGAGTATAGATGGGCAGATG
GTGTGCAGATCAAAAGCCAATAGAGGTTTCTGCTCCAAAGTATGTCGAGTACTTGATGGA
TTGGATCGAGACACAGCTCGATGATGAGACTTTATTCCCTCAAAGGCTTGGAGCACCGTT
TCCTCAGAACTTCAATGATGTGGTGAAGACAATATTTAAACGACTTTTCCGTGTGTATGC
CCACATATACCATTCTCATTTCCAGAAAATCGTTAGCCTTAAATAAGAAGCTCATCTCAA
CACTTGCTTCAAACACTTCATCCTCTTCACTCATGAGTTTGGACTGATTGACAAGAAAGA
ACTGGCGCCTCTACAAGAGCTCATAGAATCTATCGTTTCACCGTATTGAGCAAAAGAAGC
CAACTTCAGATATTAAAATCAAAAGAAATAAATTAAATGGTAATATGGTTTTTAATTATA
AATCTATCCCGTTTGTTTCCAGTTTTCTTTTTCTTCCTAATTTTCTCTGTAAAATTGAAA
CATTTACTATGTAAGAAAATCGATGTTGATGAGTCCTTGAATATCTCCTTTACTCATGTG
TTTGATGCATGTGAAAGAAAAAGGAACTTTACATTATTTTAATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D148TF U 1
AF RR3D148JQ C 214
BS 1 711 RR3D148TF
BS 712 765 RR3D148JQ

RD RR3D148TF 711 0 0
GCTTGAGAGAAGCTGTTCGACTTCCTCCTGGAGAGGATGCCAACGAGTGGCTTGCTGTCA
ACACTGTGGATTTTTTTAATCAAGTGAACTTGCTATATGGTACCCTTACCGAGTTCTGCA
CACCTGATAACTGTCCTACTATGACTGCTGGCCCCAAGTACGAGTATAGATGGGCAGATG
GTGTGCAGATCAAAAGCCAATAGAGGTTTCTGCTCCAAAGTATGTCGAGTACTTGATGGA
TTGGATCGAGACACAGCTCGATGATGAGACTTTATTCCCTCAAAGGCTTGGAGCACCGTT
TCCTCAGAACTTCAATGATGTGGTGAAGACAATATTTAAACGACTTTTCCGTGTGTATGC
CCACATATACCATTCTCATTTCCAGAAAATCGTTAGCCTTAAATAAGAAGCTCATCTCAA
CACTTGCTTCAAACACTTCATCCTCTTCACTCATGAGTTTGGACTGATTGACAAGAAAGA
ACTGGCGCCTCTACAAGAGCTCATAGAATCTATCGTTTCACCGTATTGAGCAAAAGAAGC
CAACTTCAGATATTAAAATCAAAAGAAATAAATTAAATGGTAATATGGTTTTTAATTATA
AATCTATCCCGTTTGTTTCCAGTTTTCTTTTTCTTCCTAATTTTCTCTGTAAAATTGAAA
CATTTACTATGTAAGAAAATCGATGTTGATGAGTCCTTGAATATCTCCTTT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3D148JQ 552 0 0
TCCAAAGTATGTCGAGTACTTGATGGATTGGATCGAGACACAGCTCGATGATGAGACTTT
ATTCCCTCAAAGGCTTGGAGCACCGTTTCCTCAGAACTTCAATGATGTGGTGAAGACAAT
ATTTAAACGACTTTTCCGTGTGTATGCCCACATATACCATTCTCATTTCCAGAAAATCGT
TAGCCTTAAATAAGAAGCTCATCTCAACACTTGCTTCAAACACTTCATCCTCTTCACTCA
TGAGTTTGGACTGATTGACAAGAAAGAACTGGCGCCTCTACAAGAGCTCATAGAATCTAT
CGTTTCACCGTATTGAGCAAAAGAAGCCAACTTCAGATATTAAAATCAAAAGAAATAAAT
TAAATGGTAATATGGTTTTTAATTATAAATCTATCCCGTTTGTTTCCAGTTTTCTTTTTC
TTCCTAATTTTCTCTGTAAAATTGAAACATTTACTATGTAAGAAAATCGATGTTGATGAG
TCCTTGAATATCTCCTTTACTCATGTGTTTGATGCATGTGAAAGAAAAAGGAACTTTACA
TTATTTTAATTG

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 4

CO CL3070Contig1 1453 4 5 U
GGAAGAACAGAGCCTGCAAAAAAAAAAAAGAAAATTAGAAACATTTGACAAAAAATGGCA
GAATCATTGGTGGAAACTCGAATCCCTAAGTGTGGAGGAGAGACACCGATTGTGTTGAGT
CATGTTGTGTACGAGAGGATGAAAGAGAAGCATCCAGAGTTTGTTCAGAGGTTGGAGGAA
CACGGTTTGGTCTACGTTAGGGTTTTAGGTGAAGATGATGATCCTTCTTCACCCATTGGC
CGTGGCTGGAAATCAACTTTCTTGACACACGACAAGGACGTTGCTGAGGAAAGGGCAACT
AAGCTGGGGATGAAGCTGGAATGGACCGAGGAAGGAGGAGCCAAGACAATAATGGGTCCA
ATCCCGGCTATCAAGTACGACAAGTCGAGGAACCGTAAAGTGTGGTTCAACAGCATGGTG
GCTGCTTACACAGGGTGGGAGGATAAGAGGAATGATCCAAGAAAGACTGTGACTTTTGGA
GACGGAGAGTCTTTACCGGAAGATATAGTACACGACTGTTTAAGGATACTCGAAGAGGAA
TGTGTTGCTGTTCCTTGGCAGAGAGGTGATGTTCTGCTTATAGACAACTGGGCTGTTCTT
CGCTCACGAAGACCGTTTGATCCTCCTCGCAGAGTTCTTGCATCTCTCTGCAAATAGATT
TATTATCTTGTCTTGTTCCACGCAACTAAACAATCATAAGAAAGAACCTTATGGTATTGT
TGTCACACGTGTGTAAAGCTTTGTATCCTTCTTACATTATTGCTAGAGAAAAAAATATTG
AATCTAGATGAACAAACATCGTCTTTTACTTTTTATTCGTATCGTTTCTTCTGCTTGTCA
GTAACCTCTGGTGGCAAAGATAGGAACTGAGTGATTTTCTGGACCTGGGAGACGTCAATC
CTGTAGTTTTTGGCAATCTCGTTCACACTCATTGGACCGTTGTGATCCTGAGCCTTGCCC
TGATAGAGAAGCATGATGTGTTTCACTTGAGCCACGTTCAGTGTCCCTTGCGGCACCGGT
TTTTCCTCGTACCTTGTAGATTCAGGGGTTGTGTTCCGGAGCTTTGGGAGTGGCCTTTTC
GAGGTTTCCACTATCGATGCCTCTCCCATCTCAGCTTTGCCACCGGGTTTAGCCTTTATC
CTCCCAACCATTTGGTTCAACATTGTATCGTATTGCGGGTCTCTTTCTTCTAAAACAGTA
TCACCACTGCTTCCTCTAGCTTCATCAGAAACATCACTAACGGCGGGGATGGACGGAGAC
TTCACGGCGCTGCTGAGTTCTTCCTTAGGAAGAGATCTCCGATCGACGACGGAGACCCTT
GACGGAAACTTTTCAACTTGTTTGACTCTCCCAACGGCTCGACGCAGTTGCTGACCCATT
TACGCACGCAGATACACCCTCCCCCACTCTTGTCGTATAGATATAGATTACAAAGGCAAA
TACACAACTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AATGATCCAAGAAAGACTGTGACTTTTGGAGACGGAGAGTCTTTACCGGAAGATATAGTA
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GACGGAGACCCTTGACGGAAACTTTT

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TTTCAACTTGTTTGACTCTCCCAACGGCTCGACGCAGTTGCTGACCCATTTACGCACGCA
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TCC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 4

CO CL3071Contig1 1029 4 2 U
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GTTTCAGTGCTAAGGATACTGTACCTTATATAATCTGCTATGACCAGGGCAATGCTAGCT
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CATGCCCCAGCTGCTCTGCTTCTTTCAACTGTCCATCTACTACTAGTTCAGTTTGTGCGT
CGATCAGTAATAAGTCTGGTTCTTCTACATTCTGGCTTAAACTGCACTGTTTGAAATGCA
AGGGAAGAATATCCCCTGCAATGATAGCTAACCAGGTGAAAAGGAAGATTGATGGGTTCG
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CTAGCTGTAATGGAACCCTCTTAAGAAAGTACACTGAAGCAGACCTGTACGTGCAGCTGT
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TAGCTCGGAGTTTCCGAGACCGGTGTGATTACGGATGGGTGCAACCCACGGACCTCTTTT
GATAGTTGTAATAATTATTCTCATCGCATGTAATTTAAATTTATATCACCTTCTGACATC
ATTAAAAAT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3C241TF U 1
AF RR3AD18TF U 1
AF RR3AD18JQ C 142
AF RR3C241JQ C 360
BS 1 826 RR3AD18TF
BS 827 1029 RR3AD18JQ

RD RR3C241TF 686 0 0
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GTTTCAGTGCTAAGGATACTGTACCTTATATAATCTGCTATGACCAGGGCAATGCTAGCT
CTGCCAGCTCAGCAGGGATTGCCAAACGCGCTAGGCATCCTGATGAGGTGAAATCAGAAG
ACAGCAGATGGTTGGTTGACATAGATTACTACCTGGCGCAGCAGATTCATCCCGTGGTGT
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TTGACTCATCAAAGTATCAAAGCAGATCAAACGATACTACTGGCAGTGATCCTTGTGCAT
CCCTCTTGTTTGCTACAAGCGATGAAGAAAGATATAAAAGCTGTGAGCCGTTAACACTAA
CATGCCCCAGCTGCTCTGCTTCTTTCAACTGTCCATCTACTACTAGTTCAGTTTGTGCGT
CGATCAGTAATAAGTCTGGTTCTTCTACATTCTGGCTTAAACTGCACTGTTTGAAATGCA
AGGGAAGAATATCCCCTGCAATGATAGCTAACCAGGTGAAAAGGAAGATTGATGGGTTCG
TGTCAATGTACTACAAAGGCATAATGATGTGTGACGATGAGTCTTGCAAACACACTACTC
GCAGCCCCAACTTTCGTCTGCTCGGT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3AD18TF 826 0 0
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GTTTCAGTGCTAAGGATACTGTACCTTATATAATCTGCTATGACCAGGGCAATGCTAGCT
CTGCCAGCTCAGCAGGGATTGCCAAACGCGCTAGGCATCCTGATGAGGTGAAATCAGAAG
ACAGCAGATGGTTGGTTGACATAGATTACTACCTGGCGCAGCAGATTCATCCCGTGGTGT
CTCGTCTATGCGCAGAGATTCAGGGAACAAGTCCTGAGAGGTTAGCCGAGTGTTTAGGAC
TTGACTCATCAAAGTATCAAAGCAGATCAAACGATACTACTGGCAGTGATCCTTGTGCAT
CCCTCTTGTTTGCTACAAGCGATGAAGAAAGATATAAAAGCTGTGAGCCGTTAACACTAA
CATGCCCCAGCTGCTCTGCTTCTTTCAACTGTCCATCTACTACTAGTTCAGTTTGTGCGT
CGATCAGTAATAAGTCTGGTTCTTCTACATTCTGGCTTAAACTGCACTGTTTGAAATGCA
AGGGAAGAATATCCCCTGCAATGATAGCTAACCAGGTGAAAAGGAAGATTGATGGGTTCG
TGTCAATGTACTACAAAGGCATAATGATGTGTGACGATGAGTCTTGCAAACACACTACTC
GCAGCCCCAACTTTCGTCTGCTCGGTGACCGAGAAAGGGGAACAGTTTGCCCAAACTATC
CTAGCTGTAATGGAACCCTCTTAAGAAAGTACACTGAAGCAGACCTGTACGTGCAGCTGT
CATACTTTTGCCACATCTTAGACACACAGTGCTCTCCAGAAAAGAT

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR3AD18JQ 888 0 0
CCAAACGCGCTAGGCATC*TGATGAGGTGAAATCAGAAGACAGCAGATGGTTGGTTGACA
TAGATTACTACCTGGCGCAGCAGATTCATCCCGTGGTGTCTCGTCTATGCGCAGAGATTC
AGGGAACAAGTCC*GAGAGGTTAGCCGAGTGTTTAGGACTTGACTCATCAAAGTATCAAA
GCAGATCAAACGATACTACTGGCAGTGATCCTTGTGCATCCCTCTTGTTTGCTACAAGCG
ATGAAGAAAGATATAAAAGCTGTGAGCCGTTAACACTAACATGCCCCAGCTGCTCTGCTT
CTTTCAACTGTCCATCTACTACTAGTTCAGTTTGTGCGTCGATCAGTAATAAGTCTGGTT
CTTCTACATTCTGGCTTAAACTGCACTGTTTGAAATGCAAGGGAAGAATATCCCCTGCAA
TGATAGCTAACCAGGTGAAAAGGAAGATTGATGGGTTCGTGTCAATGTACTACAAAGGCA
TAATGATGTGTGACGATGAGTCTTGCAAACACACTACTCGCAGCCCCAACTTTCGTCTGC
TCGGTGACCGAGAAAGGGGAACAGTTTGCCCAAACTATCCTAGCTGTAATGGAACCCTCT
TAAGAAAGTACACTGAAGCAGACCTGTACGTGCAGCTGTCATACTTTTGCCACATCTTAG
ACACACAGTGCTCTCCAGAAAAGATGGATGTTGGTGTGAGGATTCAAGTAGAGAAAGCAA
TGACGAAGATTAGACCTGCGGTTGAGTCAGCAGCATCAATAGCTCGGAGTTTCCGAGACC
GGTGTGATTACGGATGGGTGCAACCCACGGACCTCTTTTGATAGTTGTAATAATTATTCT
CATCGCATGTAATTTAAATTTATATCACCTTCTGACATCATTAAAAAT

QA 1 888 1 888
DS 

RD RR3C241JQ 670 0 0
TCCCTCTTGTTTGCTACAAGCGATGAAGAAAGATATAAAAGCTGTGAGCCGTTAACACTA
ACATGCCCCAGCTGCTCTGCTTCTTTCAACTGTCCATCTACTACTAGTTCAGTTTGTGCG
TCGATCAGTAATAAGTCTGGTTCTTCTACATTCTGGCTTAAACTGCACTGTTTGAAATGC
AAGGGAAGAATATCCCCTGCAATGATAGCTAACCAGGTGAAAAGGAAGATTGATGGGTTC
GTGTCAATGTACTACAAAGGCATAATGATGTGTGACGATGAGTCTTGCAAACACACTACT
CGCAGCCCCAACTTTCGTCTGCTCGGTGACCGAGAAAGGGGAACAGTTTGCCCAAACTAT
CCTAGCTGTAATGGAACCCTCTTAAGAAAGTACACTGAAGCAGACCTGTACGTGCAGCTG
TCATACTTTTGCCACATCTTAGACACACAGTGCTCTCCAGAAAAGATGGATGTTGGTGTG
AGGATTCAAGTAGAGAAAGCAATGACGAAGATTAGACCTGCGGTTGAGTCAGCAGCATCA
ATAGCTCGGAGTTTCCGAGACCGGTGTGATTACGGATGGGTGCAACCCACGGACCTCTTT
TGATAGTTGTAATAATTATTCTCATCGCATGTAATTTAAATTTATATCACCTTCTGACAT
CATTAAAAAT

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 4

CO CL3072Contig1 929 4 10 U
CCGTACAAAGATCCTCGTTGATTATTATGAATACAAATAAGAAACTTGAGAAGTGAAACA
TATAATCCAAACCATAAGTCTCAACACAAACCAGAAGGAGCATTTAAAGTAACAAGATAG
AGTAAAGGCTTTTTATGCAGCTGCAGTGATGTATTCGATTGCCTCCTTGCAGATACCTGT
CATTGTTGCTTCAGGACCATACGCCTCGATGGGGACACCGATTTCATCTCCAAGGGATCT
CATTTTAGCAAGTCCCTTTTGGTAGTTTGGTCCTCCTCTCCTAACATATATATGCATCCT
TGCTGCTTTCAGCTTTGCTTCCTTTTCCTTGAGAGCTCGGATAATGCCATTGAAGGTAGC
AGCAACATCGGTGAAGTTAGCAATTCCACCTCCGATCACCAGTGCTCTGGTTTTTCCATC
CGGATTCGCTGTAGCACAATCAATGACGACTCTAGCGTACTGCAAAACCTCGTCTTCTTT
TGGTGCTCCACTGTATTCAGCATAGTTTCCAAGCTCAGATGCATACCCGAGATCTCCAAC
CGTATCTGCGTAGATGACACTTGCACCTCCTCCAGCGACCATAGTCCAAATCCTTCCCTT
GGGATTCAGGACGGTGAACTTCAAAGATGCGCTTGTCTTCTCATCTAGACCGTGGATGAA
GCTCTCTGTGGGGCTCGTCACTCTTCCAAATGGCATGGGGAATTCAATGTCTCCCCACTT
CTTAAAGTTTTTGAAAGCAGCGGTGTCATCAAGCTCACCCCTCATATCCAGAGGATAAGG
CTTCCCATCAACCAGTGCAAAAGGATTCATCTCCAAGAAAGTGAAATCAAGATCTTGGAA
AAGGGTGAAAATAACTTGAATAAAATCTTCAAGTTCCCCTTTGATCTCAAGAGGAAGGGT
AGCAACAAGAGGTGCACATATCTCAGTGT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 
30 30 30 10 10 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BM86JQ U 36
AF RR3F125JQ U 1
AF RR3E449JQ U 2
AF RR3BM86TF C 116
BS 1 93 RR3F125JQ
BS 94 94 RR3BM86JQ
BS 95 185 RR3F125JQ
BS 186 186 RR3BM86JQ
BS 187 202 RR3F125JQ
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BS 677 677 RR3BM86JQ
BS 678 775 RR3F125JQ
BS 776 929 RR3BM86TF

RD RR3BM86JQ 668 0 0
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CTCGGATAATGCCATTGAAGGTAGCAGCAACATCGGTGAAGTTAGCAATTCCACCTCCGA
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CGTACTGCAAAACCTCGTCTTCTTTTGGTGCTCCACTGTATTCAGCATAGTTTCCAAGCT
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CGACCATAGTCCAAATCCTTCCCTTGGGATTCAGGACGGTGAACTTCAAAGATGCGCTTG
TCTTCTCATCTAGACCGTGGATGAAGCTCTCTGTGGGGCTCGTCACTCTTCCAAATGGCA
TGGGGAAT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3F125JQ 775 0 0
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TATAATCCAAACCATAAGTCTCAACACAAACCAAAAGGAGCATTTAAAGTAACAAGATAG
AGTAAAGGCTTTTTATGCAGCTGCAGTGATGTATTCGATTGCCTCCTTGCAGATACCTGT
CATTGCTGCTTCAGGACCATACACCTCGATGGGGACACCGATTTCATCTCCAAGGGATCT
CATTTTAGCAAGTCCCTTTTGGTAGTTTGGTCCTCCTCTCCTAACATATATATGCATCCT
TGCTGCTTTCAGCTTTGCTTCCTTTTCCTTGAGAGCTCGGATAATGCCATTGAAGGTAGC
AGCAACATCGGTGAAGTTAGCAATTCCACCTCCGATCACCAGTGCTCTGGTTTTTCCATC
CGGATTCGCTGTAGCACAATCAATGACGACTCTAGCGTACTGCAAAACCTCGTCTTCTTT
TGGTGCTCCACTGTATTCAGCATAGTTTCCAAGCTCAGATGCATACCCGAGATCTCCAAC
CGTATCTGCGTAGATGACACTTGCACCTCCTCCAGCGACCATAGTCCAAATCCTTCCCTT
GGGATTCAGGACGGTGAACTTCAAAGATGCGCTTGTCTTCTCATCTAGACCGTGGATGAA
GCTCTCTGTGGGGCTCATCACTCTTCCAAATGGCATGGGGAATTCAATGTCTCCCCACTT
CTTAAAGTTTTTGAAAGCAGCGGTGTCATCAAGCTCACCCCTCATATCCAGAGGA

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3E449JQ 731 0 0
A
GTACAAAGATCCTCGTTGATTATTATGAATACAAATAAGAAACTTGAGAAGTGAAACATA
TAATCCAAACCATGAGTCTCAACACAAACCAGAAGGAGCATTTAAAGTAACAAGATAGAG
TAAAGGCTTTTTATGCAGCTGCAGTGATGTATTCGATTGCCTCCTTGCAGATACCTGTCA
TTGTTGCTTCAGGACCATACACCTCGATGGGGACACCGATTTCATCTCCAAGGGATCTCA
TTTTAGCAAGTCCCTTTTGGTAGTTTGGTCCTCCTCTCCTAACATATATATGCATCCTTG
CTGCTTTCAGCTTTGCTTCCTTTTCCTTGAGAGCTCGGATAATGCCATTGAAGGTAGCAG
CAACATCGGTGAAGTTAGCAATTCCACCTCCGATCACCAGTGCTATGGTTTTTCCATCCG
GATTCGCTGTAGCACAATCAATGACGACTCTAGCGTACTGCAAAACCTCGTCTTCTCTTG
GTGCTCCACTGTATTCAGCATAGTTTCCAAGCTCAGATGCATACCCGAGATCTCCAACCG
TATCTGCGTAGATGACACTTGCACCTCCTCCAGCGACCATAGTCCAAATCCTTCCCTTGG
GATTCAGGACGGTGAACTTCAAAGATGCGCTTGTCTTCTCATCTAGACCGTGGATGAAGC
TCTCTGTGGGGCTCATCACTCTTCCAAATGGCATGGGGAATTCAATGTCTCCCCACTTCT
TAAAGTTTTT

QA 2 731 2 731
DS 

RD RR3BM86TF 814 0 0
CAGATAGAGTAAAGC
TTTTATGCAGCTGCAGTGATGTAT*CGAT*GCCTC*TTGCAGATAC*TGTCATG**TGCT
TCAGGACCATACGCCTCGATGGG*ACAC*GATTTCATCTCCAAGGGATCTCATTTTAGCA
AGTCCCTTTTGGTAGTTTGGTCCTCCTCTCCTAACATATATATGCATCCTTGCTGCTTTC
AGCTTTGCTTCCTTTTCCTTGAGAGCTCGGATAATGCCATTGAAGGTAGCAGCAACATCG
GTGAAGTTAGCAATTCCACCTCCGATCACCAGTGCTCTGGTTTTTCCATCCGGATTCGCT
GTAGCACAATCAATGACGACTCTAGCGTACTGCAAAACCTCGTCTTCTTTTGGTGCTCCA
CTGTATTCAGCATAGTTTCCAAGCTCAGATGCATACCCGAGATCTCCAACCGTATCTGCG
TAGATGACACTTGCACCTCCTCCAGCGACCATAGTCCAAATCCTTCCCTTGGGATTCAGG
ACGGTGAACTTCAAAGATGCGCTTGTCTTCTCATCTAGACCGTGGATGAAGCTCTCTGTG
GGGCTCGTCACTCTTCCAAATGGCATGGGGAATTCAATGTCTCCCCACTTCTTAAAGTTT
TTGAAAGCAGCGGTGTCATCAAGCTCACCCCTCATATCCAGAGGATAAGGCTTCCCATCA
ACCAGTGCAAAAGGATTCATCTCCAAGAAAGTGAAATCAAGATCTTGGAAAAGGGTGAAA
ATAACTTGAATAAAATCTTCAAGTTCCCCTTTGATCTCAAGAGGAAGGGTAGCAACAAGA
GGTGCACATATCTCAGTGT

QA 16 814 16 814
DS 



AS 2 4

CO CL3073Contig1 815 2 4 U
GACTCCCCTCTTTCTCTCTCTCTAGGCTCTCTCAGAAAACATTAGAAAGGTGGTGAGAAT
GGCGGCGACGGCAGCTTCAAGCTTGCAATTTGCTACAATAAGGCCAAGCATCTCTAGCAA
AGTTTTTAAAGCAGGGACCTGCATTGTCGGTGCCAATCCCAGGAACGCATCATGGGACAA
ACTTGCTTGCACTCGCCCTCTATCGAACCTCGGATGTTTGAGAAACAACAGTTCTCTTCC
AACTTCTAAAAAGAGTTTTTCCTTTTCAACAAAGGCAATGTCTGAATCCAGCCAGAACAG
CGCTTCTTCTGGACTTCCTATTGATTTGAGAGGGAAAAGGGCTTTCATTGCTGGTATTGC
TGATGATAATGGATATGGTTGGGCCATAGCCAAATCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAAAT
ATTGGTTGGGACATGGGTTCCTGCACTTAACATTTTTGAGACGAGCCTGAGACGTGGAAA
ATTTGACCAGTCACGCGTGCTGCCTGACGGGTCATTGATGGAGATTAAAAAGGTCTATCC
TTTGGATGCTGTGTTTGACAATCCTGAAGATGTGCCTGAGGATGTGAAAGCGAATAAGCG
ATATGCTGGATCATCAAACTGGACAGTACAGGAAGCTGCTGAATGTGTGAGAAAAGATTT
CGGAACCATTGACATTCTTGTCCACTCACTTGCAAATGGGACCAGAGGTTAGCAAACCTC
TTCTGGAGACATCAAGAAAAGGCTACCTCGCTGCTATCTCTGCTTCGAGTTACTCTTTTG
TTTCCCTCCTCACGCATTTCCTGCCAATTATGAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ28TF U 1
AF RR3CC39TF U 173
BS 1 664 RR3AJ28TF
BS 665 665 RR3CC39TF
BS 666 733 RR3AJ28TF
BS 734 815 RR3CC39TF

RD RR3AJ28TF 737 0 0
GACTCCCCTCTTTCTCTCTCTCTAGGCTCTCTCAGAAAACATTAGAAAGGTGGTGAGAAT
GGCGGCGACGGCAGCTTCAAGCTTGCAATTTGCTACAATAAGGCCAAGCATCTCTAGCAA
AGTTTTTAAAGCAGGGACCTGCATTGTCGGTGCCAATCCCAGGAACGCATCATGGGACAA
ACTTGCTTGCACTCGCCCTCTATCGAACCTCGGATGTTTGAGAAACAACAGTTCTCTTCC
AACTTCTAAAAAGAGTTTTTCCTTTTCAACAAAGGCAATGTCTGAATCCAGCCAGAACAG
CGCTTCTTCTGGACTTCCTATTGATTTGAGAGGGAAAAGGGCTTTCATTGCTGGTATTGC
TGATGATAATGGATATGGTTGGGCCATAGCCAAATCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAAAT
ATTGGTTGGGACATGGGTTCCTGCACTTAACATTTTTGAGACGAGCCTGAGACGTGGAAA
ATTTGACCAGTCACGCGTGCTGCCTGACGGGTCATTGATGGAGATTAAAAAGGTCTATCC
TTTGGATGCTGTGTTTGACAATCCTGAAGATGTGCCTGAGGATGTGAAAGCGAATAAGCG
ATATGCTGGATCATCAAACTGGACAGTACAGGAAGCTGCTGAATGTGTGAGAAAAGATTT
CGGA*CCATTGACATTCTTGTCCACTCACTTGCAAATGGGACCAGAGGTTAGCAAACCTC
TTCTGGAGACATC
AAGA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3CC39TF 643 0 0
G
GGGACAAACTTGCTTGCACTCGCCCTCTATCGAACCTCGGATGTTTGAGAAACAACAGTT
CTCTTCCAACTTCTAAAAAGAGTTTTTCCTTTTCAACAAAGGCAATGTCTGAATCCAGCC
AGAACAGCGCTTCTTCTGGACTTCCTATTGATTTGAGAGGGAAAAGGGCTTTCATTGCTG
GTATTGCTGATGATAATGGATATGGTTGGGCCATAGCCAAATCTCTTGCTGCTG***GTG
CTGAAATATTGGTTGGGACATGGGTTCCTGCACTTAACATTTTTGAGACGAGCCTGAGAC
GTGGAAAATTTGACCAGTCACGCGTGCTGCCTGACGGGTCATTGATGGAGATTAAAAAGG
TCTATCCTTTGGATGCTGTGTTTGACAATCCTGAAGATGTGCCTGAGGATGTGAAAGCGA
ATAAGCGATATGCTGGATCATCAAACTGGACAGTACAGGAAGCTGCTGAATGTGTGAGAA
AAGATTTCGGAACCATTGACATTCTTGTCCACTCACTTGCAAATGG*ACCAGAGGTTAGC
AAACCTCTTCTGGAGACATCAAGAAAAGGCTACCTCGCTGCTATCTCTGCTTCGAGTTAC
TCTTTTGTTTCCCTCCTCACGCATTTCCTGCCAATTATGAAC

QA 2 643 2 643
DS 



CO CL3073Contig2 807 2 8 U
GATCCTTTGGATGCTGTGTTTGACAATCCTGAAGATGTCCCTGAAGATGTGAAAGCGATA
TGCTGGATCATCAAACTGGACTGTACAGGAAGCTGCAGAATGTGTGAGGAAAGATTTCGG
AAGCATTGACATTCTTGTCCACTCACTTGCAAATGGACCAGAGGTTAGCAAACCTCTTCT
GGAGACATCGAGGAAAGGCTATCTTGCTGCTATCTCTGCTTCTAGTTACTCCTTTGTTTC
TCTCCTCAGCCATTTTCTGCCAATTATGAACCCAGGAGGTGCTTCTATTTCTCTTACTTA
CATTGCCTCTGAAAGGATCATTCCCGGGTATGGTGGAGGTATGAGTTCTGCCAAAGCCGC
ACTAGAGAGTGACACACGTGTGCTTGCATTTGAAGCTGGGAGGAAACAAAACATTAGGGT
CAACACTATCTCTGCAGGTCCTTTGGGAAGCCGAGCAGCTAAAGCAATTGGGTTCATAGA
TACAATGATCGAGTATTCATACAATAACGCGCCTATTCAGAAAACACTGACCGCAGATGA
AGTTGGGAATGCGGCAGCCTTCTTGGCATCTCCATTGGCCTCTGCCATAACTGGTGCAAC
CATCTATGTGGACAATGGCTTGAATTCAATGGGTGTTGCTCTTGACAGCCCTGTTTTTAA
AGACCTCAACAATTAAAGTCTTTAATCGAGGAATAGAGAGCATATGTGACCCCTATCGGC
TTTGTATTTTTCTCTTCCTTTTAAAGAAGATGTTATGTTTCTAGTTTGTCCACTTTAGCA
ATCTAATAAGTGCTGCACTATTTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU07TF U 1
AF RR3GU07JQ C 33
BS 1 692 RR3GU07TF
BS 693 693 RR3GU07JQ
BS 694 730 RR3GU07TF
BS 731 731 RR3GU07JQ
BS 732 753 RR3GU07TF
BS 754 754 RR3GU07JQ
BS 755 763 RR3GU07TF
BS 764 807 RR3GU07JQ

RD RR3GU07TF 763 0 0
GATCCTTTGGATGCTGTGTTTGACAATCCTGAAGATGTCCCTGAAGATGTGAAAGCGATA
TGCTGGATCATCAAACTGGACTGTACAGGAAGCTGCAGAATGTGTGAGGAAAGATTTCGG
AAGCATTGACATTCTTGTCCACTCACTTGCAAATGGACCAGAGGTTAGCAAACCTCTTCT
GGAGACATCGAGGAAAGGCTATCTTGCTGCTATCTCTGCTTCTAGTTACTCCTTTGTTTC
TCTCCTCAGCCATTTTCTGCCAATTATGAACCCAGGAGGTGCTTCTATTTCTCTTACTTA
CATTGCCTCTGAAAGGATCATTCCCGGGTATGGTGGAGGTATGAGTTCTGCCAAAGCCGC
ACTAGAGAGTGACACACGTGTGCTTGCATTTGAAGCTGGGAGGAAACAAAACATTAGGGT
CAACACTATCTCTGCAGGTCCTTTGGGAAGCCGAGCAGCTAAAGCAATTGGGTTCATAGA
TACAATGATCGAGTATTCATACAATAACGCGCCTATTCAGAAAACACTGACCGCAGATGA
AGTTGGGAATGCGGCAGCCTTCTTGGCATCTCCATTGGCCTCTGCCATAACTGGTGCAAC
CATCTATGTGGACAATGGCTTGAATTCAATGGGTGTTGCTCTTGACAGCCCTGTTTTTAA
AGACCTCAACAATTAAAGTCTTTAATCGAGGA*TAGAGAGCATATGTGACCCCTATCGGC
TTTGTATTTT*CTCTTCCTTTTAAAGAAGATGT*ATGTTTCTA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3GU07JQ 775 0 0
AGATGTCCCTGAAGATGTGAAAGCGATATGCTGGATCATCAAACTGGACTGTACAGGAAG
CTGCAGAATGTGTGAGGAAAGATTTCGGAAGCATTGACATTCTTGTCCACTCACTTGCAA
ATGGACCAGAGGTTAGCAAACCTCTTCTGGAGACATCGAGGAAAGGCTATCTTGCTGCTA
TCTCTGCTTCTAGTTACTCCTTTGTTTCTCTCCTCAGCCATTTTCTGCCAATTATGAACC
CAGGAGGTGCTTCTATTTCTCTTACTTACATTGCCTCTGAAAGGATCATTCCCGGGTATG
GTGGAGGTATGAGTTCTGCCAAAGCCGCACTAGAGAGTGACACACGTGTGCTTGCATTTG
AAGCTGGGAGGAAACAAAACATTAGGGTCAACACTATCTCTGCAGGTCCTTTGGGAAGCC
GAGCAGCTAAAGCAATTGGGTTCATAGATACAATGATCGAGTATTCATACAATAACGCGC
CTATTCAGAAAACACTGACCGCAGATGAAGTTGGGAATGCGGCAGCCTTCTTGGCATCTC
CATTGGCCTCTGCCATAACTGGTGCAACCATCTATGTGGACAATGGCTTGAATTCAATGG
GTGTTGCTCTTGACAGCCCTGTTTTTAAAGACCTCAACAATTAAGGTCTTTAATCGAGGA
ATAGAGAGCATATGTGACCCCTATCGGCTTTGTATTTTTCTCTTCCTTTTAAAGAAGATG
TTATGTTTCTAGTTTGTCCACTTTAGCAATCTAATAAGTGCTGCACTATTTCTCT

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 4

CO CL3074Contig1 1056 4 6 U
GGGGGAACTCTACTGATATCCAAAATCCGTGAGGAATATCCAGACAGGATGATGCTCACA
TTCTCTGTTTTCCCATCTCCAAAGGTCTCAGACACTGTCGTTGAGCCTTACAACGCCACT
CTCTCTGTCCACCAGCTCGTGGAGAACGCTGATGAATGCATGGTCCTCGACAACGAAGCT
CTCTACGACATCTGTTTCCGTACTCTCAAACTCAGCACTCCTAGCTTTGGAGACTTGAAC
CATTTGATCTCGGCGACAATGAGTGGTGTGACGTGCTCTCTAAGGTTCCCTGGACAACTC
AACTCCGACCTAAGGAAACTCGCCGTGAACCTCATCCCATTCCCTCGTCTCCACTTCTTC
ATGGTTGGTTTCGCGCCTCTCACTTCCCGTGGCTCCCAGCAATACATCTCTCTCACAGTC
CCCGAGCTCACCCAGCAAATGTGGGACGCCAAGAACATGATGTGCGCAGCTGATCCTCGC
CACGGACGTTACCTCACAGCCTCAGCCATGTTCAGAGGAAAGATGAGCACAAAGGAAGTC
GACGAGCAGATCTTGAACGTCCAGAACAAGAACTCATCCTACTTCGTCGAGTGGATCCCA
AACAACGTCAAGTCCAGCGTCTGCGACATCCCGCCGACCGGTATCAAAATGGCGTCTACC
TTTGTCGGAAACTCGACCTCGATCCAGGAGATGTTTAGGAGAGTGAGTGAACAGTTCACG
GCTATGTTTAGGCGTAAGGCTTTTCTGCATTGGTACACTGGAGAAGGTATGGACGAGATG
GAGTTTACTGAAGCTGAGAGTAATATGAATGATCTGGTGGCTGAGTACCAGCAATACCAA
GATGCTACTGCTGAGGAAGAGGGAGAGTACGAGGATGAAGAGGAAGAAGCTTACGAATCT
TGATTCTCTCTATGCCTACTACTACAAGTATAATATACATATCAAGTTGAGTTTGTTTAA
AAAAGTATTTGAGTTTACTTTCTTATGGTTTTTACTTGTTTATTGTATTTGCTATTTGGT
TTGTACTTTCCTTCGAAATGCCTTGTCTTGTAATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3CR14TF U 1
AF RR3AQ90TF U 283
AF RR3CR14JQ C 428
AF RR3AQ90JQ C 314
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BS 521 646 RR3CR14TF
BS 647 1056 RR3AQ90TF

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CTCTACGACATCTGTTTCCGTACTCTCAAACTCAGCACTCCTAGCTTTGGAGACTTGAAC
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AACTCCGACCTAAGGAAACTCGCCGTGAACCTCATCCCATTCCCTCGTCTCCACTTCTTC
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AACAACGTCAAGTCCAGCGTCTGCGACATCCCGCCGACCGGTATCA

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DS 

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G
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CTCGTCTCCACTTCTTCATGGTTGGTTTCGCGCCTCTCACTTCCCGTGGCTCCCAGCAAT
ACATCTCTCTCACAGTCCCCGAGCTCACCCAGCAAATGTGGGACGCCAAGAACATGATGT
GCGCAGCTGATCCTCGCCACGGACGTTACCTCACAGCCTCAGCCATGTTCAGAGGAAAGA
TGAGCACAAAGGAAGTCGACGAGCAGATCTTGAACGTCCAGAACAAGAACTCATCCTACT
TCGTCGAGTGGATCCCAAACAACGTCAAGTCCAGCGTCTGCGACATCCCGCCGACCGGTA
TCAAAATGGCGTCTACCTTTGTCGGAAACTCGACCTCGATCCAGGAGATGTTTAGGAGAG
TGAGTGAACAGTTCACGGCTATGTTTAGGCGTAAGGCTTTTCTGCATTGGTACACTGGAG
AAGGTATGGACGAGATGGAGTTTACTGAAGCTGAGAGTAATATGAATGATCTGGTGGCTG
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AAGTTGAGTTTGTTTAAAAAAGTATTTGAGTTTACTTTCTTATGGTTTTTACTTGTTTAT
TGTATTTGCTATTTGGTTTGTACTTTCCTTCGAAATGCCTTGTCTTGTAATAA

QA 2 774 2 774
DS 

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TCACCCAGCAAATGTGGGACGCCAAGAACATGATGTGCGCAGCTGATCCTCGCCACGGAC
GTTACCTCACAGCCTCAGCCATGTTCAGAGGAGAGATGAGCACAAAGGAAGTCGACGAGC
AGATCTTGAACGTCCAGAACAAGAACTCATCCTACTTCGTCGAGTGGATCCCAAACAACG
TCAAGTCCAGCGTCTGCGACATCCCGCCGACCGGTATCAAAATGGCGTCTACCTTTGTCG
GAAACTCGACCTCGATCCAGGAGATGTTTAGGAGAGTGAGTGAACAGTTCACGGCTATGT
TTAGGCGTAAGGCTTTTCTGCATTGGTACACTGGAGAAGGTATGGACGAGATGGAGTTTA
CTGAAGCTGAGAGTAATATGAATGATCTGGTGGCTGAGTACCAGCAATACCAAGATGCTA
CTGCTGAGGAAGAGGGAGAGTACGAGGATGAAGAGGAAGAAGCTTACGAATCTTGATTCT
CTCTATGCCTACTACTACAAGTATAATATACATATCAAGTTGAGTTTGTTTAAAAAAGTA
TTTGAGTTTACTTTCTTATGGTTTTTACTTGTTTATTGTATTTGCTATTTGGTTTGTACT
TTCCTTCGAAATGCCTTGTCTTGTAATAA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3AQ90JQ 743 0 0
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CGCCTCTCACTTCCCGTGGCTCCCAGCAATACATCTCTCTCACAGTCCCCGAGCTCACCC
AGCAAATGTGGGACGCCAAGAACATGATGTGCGCAGCTGATCCTCGCCACGGACGTTACC
TCACAGCCTCAGCCATGTTCAGAGGAAAGATGAGCACAAAGGAAGTCGACGAGCAGATCT
TGAACGTCCAGAACAAGAACTCATCCTACTTCGTCGAGTGGATCCCAAACAACGTCAAGT
CCAGCGTTTGCGACATCCCGCCGACCGGTATCAAAATGGCGTCTACCTTTGTCGGAAACT
CGACCTCGATCCAGGAGATGTTTAGGAGAGTGAGTGAACAGTTCACGGCTATGTTTAGGC
GTAAGGCTTTTCTGCATTGGTACACTGGAGAAGGTATGGACGAGATGGAGTTTACTGAAG
CTGAGAGTAATATGAATGATCTGGTGGCTGAGTACCAGCAATACCAAGATGCTACTGCTG
AGGAAGAGGGAGAGTACGAGGATGAAGAGGAAGAAGCTTACGAATCTTGATTCTCTCTAT
GCCTACTACTACAAGTATAATATACATATCAAGTTGAGTTTGTTTAAAAAAGTATTTGAG
TTTACTTTCTTATGGTTTTTACTTGTTTATTGTATTTGCTATTTGGTTTGTACTTTCCTT
CGAAATGCCTTGTCTTGTAATAA

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 3

CO CL3075Contig1 926 3 2 U
GGACTCAAATATTACCACTTTATTAAAATAGAAAACCTTCTTGCAAGGTTGATACTATTT
CTAACCTCGAGAGTTTTAAAGATAGATACAGAAAACAAGACCAAATCACATACAATAATT
TTTTGAATCATGTAAATTAGTTTCAACATTTCTCGTACAAGTACAACAACCTACTACTTA
ACTCCTCGAAATTCAGATTGCAGTTATCCATCTGAAAATGCATAGTGTAAAAGAGTCTCT
CTCCTTGAGACCTTGAAGATGAAGCATCCACAAGAACCAACCCATCTTCTTCTATTCCAC
TCAATAAGTTACCAAACGAACACTTCACAGTCTGTAACGATGAAATCTGGACCATTAATC
CCGTCTCACCGATCCTAGTCGCAGACACCGTTGATGCATAACGAGTGTCCCCTTTCTCTG
GGTTACCGTTTTGGTTAGTGTTAAGGAGATCTTTTTGACCCGAGATTTGAAACGAGAGCT
CGTCTTTCTTCTTTATGAGCATGTTGACTTGCTCTTGCAGCTCTGGTATGTACTCTAAGG
CCTGTGAAACTGTTGCTGAAACACTTAACTTCTTCGATTTATCGGTAGATGGGAGACAAG
AACGGAGAGCTGAGAACATTGAGTTGATCTTCTTGCGACGACCACGCTCGCTCGCGTTGT
GATTAAGCTTCTTCATCAGGACAGGATTATTCACTAACCCTAAAGTTCTATGTCTCTCCG
ATGACGCATTCTGATGATCCACGTCCAAGTCCGGCAACGGAAAATCAAGAAACGTATTGG
CTATGTCGTCGTTTACATAGAAGCCTTGGTCTCCGCAAGGCCCCGAAATTGGGAAACAAT
GGAGGGACAAGTGCACACATGTTAAGTTTAGACACAGTTAAAGACAGTGTTTCGGTTGGG
ATTAATCAGGCAAGTGAGTTAGTTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG81JQ U 1
AF RR3DY16JQ U 61
AF RR3CG81TF C 142
BS 1 749 RR3CG81JQ
BS 750 926 RR3CG81TF

RD RR3CG81JQ 749 0 0
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DS 

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TTTTGAATCATGTAAATTAGTTTCAACATTTCTCGTACAAGTACAACAACCTACTACTTA
ACTCCTCGAAATTCAGATTGCAATTATCCATCTGAAAATGCGTAGTGTAAAAGAGTCTCT
CTCCTTGAGACCTTGAAGATGAAGCATCCACAAGAACCAACCCATCTTCTTCTATTCCAC
TCAATAAGTTACCAAACGAACACTTCACAGTCTGTAACGATGAAATCTGGACCATTAATC
CCGTCTCACCGATCCTAGTCGCAGACACCGTTGATGCATAACGAGTGTCCCCTTTCTCTG
GGTTACCGTTTTGGTTAGTGTTAAGGAGATCTTTTTGACCCGAGATTTGAAACGAGAGCT
CGTCTTTCTTCTTTATGAGCATGTTGACTTGCTCTTGCAGCTCTGGTATGTACTCTAAGG
CCTGTGAAACTGTTGCTGAAACACTTAACTTCTTCGATTTATCGGTAGATGGGAGACAAG
AACGGAGAGCTGAGAACATTGAGTTGATCTTCTTGCGACGACCACGCTCGCTCGCGTTGT
GATTAAGCTTCCTCATCAGGACTGGATTATTCACTAACCCTAAAGTTCTATGTCTCTCCG
ATGACGCATTCTGATGATCCACGTCCAAG
TC

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DS 

RD RR3CG81TF 785 0 0
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AAGCATCCACAAGAACCAACCCATCTTCTTCTATTCCACTCAATAAGTTACCAAACGAAC
ACTTCACAGTCTGTAACGATGAAATCTGGACCATTAATCCCGTCTCACCGATCCTAGTCG
CAGACACCGTTGATGCATAACGAGTGTCCCCTTTCTCTGGGTTACCGTTTTGGTTAGTGT
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TGTTGACTTGCTCTTGCAGCTCTGGTATGTACTCTAAGGCCTGTGAAACTGTTGCTGAAA
CACTTAACTTCTTCGATTTATCGGTAGATGGGAGACAAGAACGGAGAGCTGAGAACATTG
AGTTGATCTTCTTGCGACGACCACGCTCGCTCGCGTTGTGATTAAGCTTCTTCATCAGGA
CAGGATTATTCACTAACCCTAAAGTTCTATGTCTCTCCGATGACGCATTCTGATGATCCA
CGTCCAAGTCCGGCAACGGAAAATCAAGAAACGTATTGGCTATGTCGTCGTTTACATAGA
AGCCTTGGTCTCCGCAAGGCCCCGAAATTGGGAAACAATGGAGGGACAAGTGCACACATG
TTAAGTTTAGACACAGTTAAAGACAGTGTTTCGGTTGGGATTAATCAGGCAAGTGAGTTA
GTTGC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 4

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GCTTTCTTGGTAGATCAGACTCATACTCGCTCTCCAGACGGAAGAATCTTAAGTTGCTCT
CTATCTGAAAGCTACAGCTAGGGCAAAACCACCTAAGCCCTAATCTACCTTTCGTCGCGT
TTCCAAAACCATAGTTGAGACAGTTGTTGCAGTCTTTCTCAGACAAATCTGGCGTGCACT
GCACGGAGGCGAAGAATGTCGTGTTAGATTTCGGACCAGTGCCATTTCCTTGAGCATACT
TCCTCATAATTCCACCTGATGCAGCTTCTTGTCTGAGTCGGTTAAGTAACTCGCCCTGCA
ACCGGATAAACTCCTTTATATCCCCCGTTGCGTTTTTAGGGTTTGGAGCCTCCAAGACAG
GGACTCTTTCGAGTTTCCCTATAATAGGATTGTCTGAATAACGAAACATACATTTCGTGG
CACGTACGTAAGCTTCTCTATGAGCTGGACAGTACGTTGTGGTTAGGTTTATTGCAGCTT
GGAAGATACAGTTGAGACAATCTCCTCGCGTGACTACTCTGTTGCAGAGTCCCATGGCTT
CTACACGTTCTTGATCTCCGACCAAGAAGTTGTAGAAGTTGTAGGTGTTGGGCTGGCGAG
AAGGGATTGAAGAGACAAGACGGTTAAGGTTGTTGGAGAATAAAGATCCGGAGAAGTTTC
TTTGTTGGGGGGATAAACATGTTGCGTTTGAAGTAAGGTTCCATATAGAACTGTTAATGT
TTATGGTGATTGGTTGTGCTAAGCTGAGAAATGGGACGAACAAGAAGAAGAACAACAACA
ACAAGTGCTGTGGTCGAGAAGAAGAACAAGAACACGTCATGACTATAGTAAATGTTCTCA
GACTTTGAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3DR16JQ U 1
AF RR3AD52JQ U 12
AF RR3AD52TF C 277
AF RR3DR16TF C 759
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GGAAGATACAGTTGAGACAATCTCCCCGCGTGACTACTCTGTTGCAGAGTCCCATGGCTT
CTACACG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3AD52JQ 862 0 0
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GTTGATAAACTCATTATATAGAGAGTACTCTGTTTCTTATAACAAAGTTTGATAAACACA
AGAGTAGCTAATGCAAGTACTCTTCTTCTTTTACTCTGTCCTGGTCTTGGCTTTCTTGGT
AGATCAGACTCATACTCGCTCTCCAGACGGAAGAATCTTAAGTTGCTCTCTATCTGAAAG
CTACAGCTAGGGCAAAACCACCTAAGCCCTAATCTACCTTTCGTCGCGTTTCCAAAACCA
TAGTTGAGACAGTTGTTGCAGTCTTTCTCAGACAAATCTGGCGTGCACTGCACGGAGGCG
AAGAATGTCGTGTTAGATTTCGGACCAGTGCCATTTCCTTGAGCATACTTCCTCATAATT
CCACCTGATGCAGCTTCTTGTCTGAGTCGGTTAAGTAACTCGCCCTGCAACCGGATAAAC
TCCTTTATATCCCCCGTTGCGTTTTTAGGGTTTGGAGCCTCCAAGACAGGGACTCTTTCG
AGTTTCCCTATAATAGGATTGTCTGAATAACGAAACATACATTTCGTGGCACGTACGTAA
GCTTCTCTATGAGCTGGACAGTACGTTGTGGTTAGGTTTATTGCAGCTTGGAAGATACAG
TTGAGACAATCTCCTCGCGTGACTACTCTGTTGCAGAGTCCCATGGCTTCTACACGTTCT
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GAGACAAGACGGTTAAGGTTGTTGGAGAATAAAGATCCGGAGAAGTTTCTTTGTTGGGGG
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QA 1 862 1 862
DS 

RD RR3AD52TF 756 0 0
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TCTCAGACAAATCTGGCGTGCACTGCACGGAGGCGAAGAATGTCGTGTTAGATTTCGGAC
CAGTGCCATTTCCTTGAGCATACTTCCTCATAATTCCACCTGATGCAGCTTCTTGTCTGA
GTCGGTTAAGTAACTCGCCCTGCAACCGGATAAACTCCTTTATATCCCCCGTTGCGTTTT
TAGGGTTTGGAGCCTCCAAGACAGGGACTCTTTCGAGTTTCCCTATAATAGGATTGTCTG
AATAACGAAACATACATTTCGTGGCACGTACGTAAGCTTCTCTATGAGCTGGACAGTACG
TTGTGGTTAGGTTTATTGCAGCTTGGAAGATACAGTTGAGACAATCTCCTCGCGTGACTA
CTCTGTTGCAGAGTCCCATGGCTTCTACACGTTCTTGATCTCCGACCAAGAAGTTGTAGA
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CGAACAAGAAGAAGAACAACAACAACAAGTGCTGTGGTCGAGAAGAAGAACAAGAACACG
TCATGACTATAGTAAATGTTCTCAGACTTTGAATCC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3DR16TF 273 0 0
GTTGTA
GTGTTGGGCTGGCGAGAAGGGAT*GAAGAGACAAGACGGTTAAGGTTGTTGGAGAA*AAA
GATCCGGAGAAGTTTCTTTGTTGGGGGGATAAACATGTTGCGTTTGAAGTAAGGTTCCAT
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AAGAAGAACAACAACAACAAGTGCTGTGGTCGAGAAGAAGAACAAGAACATGTCATGACT
ATAGTAAATGTTCTCAGACTTTGAATC

QA 7 273 7 273
DS 



AS 2 4

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AGTCAATGACTTTGGACTTGAAAAGAAGCCTGAAGTAGTTGCAGACAAAGAGGATAACTT
TACTAGTGAAGCTCAAGATGCAGTCGAAGAGAGAATCTTCACTAGTGAGGCTCAATCTGA
AGACGAGCAAACTCAAGCCTCCTTAGAGTTCTTCAACGATATCAAGCTTGACTCAGACAA
CACGTATTCAATCGTGCTCTACGGGTTTGGTGCGGTGCTTGCTATCTACTTGACTTCTGC
AATCGTTGGTTCTCTTGAATCAGTTCCCCTGTTACCTAAGCTGATGGAAGTGGTTGGTCT
CGGATACACACTCTGGTTCACTACACGTTATTTGCTCTTTAAGAGTAATAGAGAAGAACT
CAAGACGAAGATTAGTGACATCAAGAAGCAAGTTCTTGGCTCTGATAGTGATTTTGAGTA
GTTGGTCTTTTTTTTTTTGTTGCGTGTGTAGAATGGAAAAAAGAAAAACATGTTTCCCTT
TCCACTGAACTGTTCTTAGGAAAAAATAAATATTTGGTCGTTTTTTTTTTGGTTCAGAGT
GTTGAAGAACATCTTTTGATATATAGAAGAATTTTTAGAAAAGGTTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AA

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BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3H540TF U 1
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TT*GTTGCGTGTGTAGAATGGAAAAA
GAAAAA

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DS 

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TTGTTGCGTGTGTAGAATGGAAAAAAGAAAAACATGTTTCCCTTCCCACTGAACTGTTCT
TAGG

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DS 



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TTCTATC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ28TF U 451
AF RR3B078TF U 1
AF RR3CZ28JQ C 344
AF RR3B078JQ C 273
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BS 507 507 RR3CZ28TF
BS 508 715 RR3B078TF
BS 716 967 RR3B078JQ

RD RR3CZ28TF 121 0 0
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A

QA 1 121 1 121
DS 

RD RR3B078TF 716 0 0
GGGTGAAGATACTTGCTGTTTAGCGAAGACAGGCGATAACTCCGAAGCAAAGAGATATTA
TTAAAATTTAAAAGACTTGTTGGTAGAAACGATCAGATGGAGACGGAGAAGAGAGATAGC
AAGGAGCTAGGTCTGAAACACCTAGGGTTCGTGAGAGTCGCGGCGATCCATGTTCTCGTC
AGCCTCTCTAATCTCTACGACTACGCGAAACAAAACTCTGGTCCTCTTAAACCGGCGGTG
GGGAAGGTGGAAGGAGCCGTCACCACCGTCGTCACCCCTGTCTGCAACAAACTCAAGGAT
GTTCCAGATACTCTCCTCCTCTTTCTAGATCACAAGGTCGGTGAAGTTTCAGACAAGTTT
GATAAGCATGCTCCAACGATGGCTAAGAAAGCAGCAAATCAAGCTAATGTGTTGATCCAG
AAGGCTCGATCCTTTGTGAAAAAGGCTCGTACCGGTGGTCCCAGAGCTGCTTTTAACTAT
GCTGCATCCGAGTACAAGTGTTTCCTTGTGTACAGCTCTGTTAAAGTCTGGGCTAAACTC
AACCGGTACAAACCGATTCATGCAGTGGGGAACAAAGCTTTGCCCGTGGCTGCGCACTTG
TCTGGTATTTACAACGATTTGGTGACGGACATGACCCAGATGGGTTACCCTGTGGTTGGT
TATCTCCCTTTAGTTCCTGTTGATGACATTGTCAAGGCTTATGAAAAGGAGGAAG
T

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3CZ28JQ 416 0 0
AAGTTTCAGACAAGTTTGATAAGCATGCTCCAACGATGGCTAAGAAAGCAGCAAATCAAG
CTAATGTGTTGATCCAGAAGGCTCAATCCTTTGTGAAAAAGGCTCGTACCGGTGGTCCCA
GAGCTGCTTTTAACTATGCTGCATCCGAGTACAAGTGTTTCCTCGTGTACAGCTCTGTTA
AAGTTTGGGCTAAACTCAACCGGTACAAACCGATTCATGCAGTGGGGAACAAAGCTTTGC
CCGTGGCTGCGCACTTGTCTGGTATTTACAAAGATTTGGTGACGGACATGACCCAGATGG
GTTACCCTGTGGTTGGTTATCTCCCTTTAGTTCCTGTTGATGACATTGTCAAGGCTTATG
AAAAGGAGGAAGGTGCAGCGCAGAGGAAAGGAGATGGTGCTGCTGATGGAAACAAA

QA 1 416 1 416
DS 

RD RR3B078JQ 695 0 0
CACCCCTGTCTGCAACAAACTCAAGGATGTTCCAGATACTCTCCTCCTCTTTCTAGATCA
CAAGGTCGGTGAAGTTTCAGACAAGTTTGATAAGCATGCTCCAACGATGGCTAAGAAAGC
AGCAAATCAAGCTAATGTGTTGATCCAGAAGGCTCGATCCTTTGTGAAAAAGGCTCGTAC
CGGTGGTCCCAGAGCTGCTTTTAACTATGCTGCATCCGAGTACAAGTGTTTCCTTGTGTA
CAGCTCTGTTAAAGTCTGGGCTAAACTCAACCGGTACAAACCGATTCATGCAGTGGGGAA
CAAAGCTTTGCCCGTGGCTGCGCACTTGTCTGGTATTTACAACGATTTGGTGACGGACAT
GACCCAGATGGGTTACCCTGTGGTTGGTTATCTCCCTTTAGTTCCTGTTGATGACATTGT
CAAGGCTTATGAAAAGGAGGAAGGTGCAGCGCAGAGGAAAGGAGATGGTGCTGCTGATGG
AAACAAATCGTCGTCTGATTCGGATACTGATTGAAAAACGCTTCTGTGATTTAAAGCTGT
TTGGTTTTTTGGTTGGGTTTTGGTTACTTGTGTAAATGATCTTATTAGGCCCTCTCTTTT
GTTTTCCTTTTTGTTCACAGAACTTGGTCTTGTAGTTTTTTAGCAAGTGTTTCATTTCTT
GGTGTGTGTGACAATGTGATGCGTTTGTTTCTATC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 4

CO CL3079Contig1 577 4 8 U
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GAAGAATGTAACACACATAGAGATATATAAGAGAACACAGACATAATTAATTACTAGAGG
AAATCAAAATAAATCAAAGCTATCAGAAGAAGAAACACAAAAACAAAAAGAGAAAGTTCA
CCACCAGCCATAGACGACCTGTGTGTACCTATGCCTAAGCCATCTAAAGCTTTTTCGAAA
AGAGCCTTTGACTTTGCCTTCAACACTATACATCTTGTAACTCGCCACTCTTTTCTTCCG
CTGCAGCTCCGGGTCCGTTATTATCCCCAACGACTTCGACCTCCCTATCGATTTTCCCTT
CTTCACATCGTACATGTTGTTCTCCGTCGCCGTCCCGTAAGAAGCGCTATAGCTCCTGAA
ATCACCGTTACCGTTGTAAGGCTGGATCTGCATCCCTCCGTACGGTCGTTGACTGCCGTA
ATCTTTCATTAAAGCCGGCCAGAGAGTTCAAGAGATTTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
TCTCTCTCTCTCT**TTGGTTACTTCTTACAGCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DW83JQ U 76
AF RR3DW83TF C 1
AF RR3CI37JQ U 17
AF RR3CI37TF C 17
BS 1 16 RR3DW83TF
BS 17 75 RR3CI37JQ
BS 76 214 RR3DW83JQ
BS 215 215 RR3CI37JQ
BS 216 382 RR3DW83JQ
BS 383 383 RR3CI37JQ
BS 384 497 RR3DW83JQ
BS 498 577 RR3CI37JQ

RD RR3DW83JQ 422 0 0
CATAGAGATATATAAGAGAACACAGACATAATTAATTACTAGAGGAAATCAAAATAAATC
AAAGCTATCAGAAGAAGAAACACAAAAACAAAAAGAGAAAGTTCACCACCAGCCATAGAC
GACCTGTGTGTACCTATGCTTAAGCCATCTAAAGCTTTTTCGAAAAGAGCCTTTGACTTT
GCCTTCAACACTATACATCTTGTAACTCGCCACTCTTTTCTTCCGCTGCAGCTCCGGGTC
CGTTATTATCCCCAACGACTTCGACCTCCCTATCGATTTTCCCTTCTTCACATCGTACAT
GTTGTTCCCCGTCGCCGTCCCGTAAGAAGCGCTATAGCTCCTGAAATCACCGTTACCGTT
GTAAGGCTGGATCTGCATCCCTCCGTACGGTCGTTGACTGCCGTAATCTTTCATTAAAGC
CG

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR3DW83TF 570 0 0
GATTTGAAACTTTATTAACTATGTAATCATAAATAATTTTGTGGCCATCACACTTACATT
GAAGAATGTAACACACATAGAGATATATAAGAGAACACAGACATAATTAATTACTAGAGG
AAATCAAAATAAATCAAAGCTATCAGAAGAAGAAACACAAAAACAAAAAGAGAAAGTTCA
CCACCAGCCATAGACGACCTGTGTGTACCTATGCTTAAGCCATCTAAAGCTTTTTCGAAA
AGAGCCTTTGACTTTGCCTTCAACACTATACATCTTGTAACTCGCCACTCTTTTCTTCCG
CTGCAGCTCCGGGTCCGTTATTATCCCCAACGACTTCGACCTCCCTATCGATTTTCCCTT
CTTCACATCGTACATGTTGTTCTCCGTCGCCGTCCCGTAAGAAGCGCTATAGCTCCTGAA
ATCACCGTTACCGTTGTAAGGCTGGATCTGCATCCCTCCGTACGGTCGTTGACTGCCGTA
ATCTTTCATTAAAGCCGGCCAGAGAGTTCAAGAGATTTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTTTGGTTACTTCTT
CC

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3CI37JQ 561 0 0
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ATAGAGATATATAAGAGAACACAGACATAATTAATTACTAGAGGAAATCAAAATAAATCA
AAGCTATCAGAAGAAGAAACACAAAAACAAAAAGAGAAAGTTCACCACCAGCCATAGACG
ACCTGTGTGTACCTATGCCTAAGCCATCTAAAGCTTTTTCGAAAAGAGCCTTTGACTTTG
CCTTCAACACTATACATCTTGTAACTCGCCACTCTTTTCTTCCGCTGCAGCTCCGGGTCC
GTTATTATCCCCAACGACTTCGACCTCCCTATCGATTTTCCCTTCTTCACATCGTACATG
TTGTTCTCCGTCGCCGTCCCGTAAGAAGCGCTATAGCTCCTGAAATCACCGTTACCGTTG
TAAGGCTGGATCTGCATCCCTCCGTACGGTCGTTGACTGCCGTAATCTTTCATTAAAGCC
GGCCAGAGAGTTCAAGAGATTTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT**T
TGGTTACTTCTTACAGCTCCC

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3CI37TF 561 0 0
AACTATGTAATCATAAATAATTTTGTGGCCATCACACTTACATTGAAGAATGTAACACAC
ATAGAGATATATAAGAGAACACAGACATAATTAATTACTAGAGGAAATCAAAATAAATCA
AAGCTATCAGAAGAAGAAACACAAAAACAAAAAGAGAAAGTTCACCACCAGCCATAGACG
ACCTGTGTGTACCTATGCCTAAGCCATCTAAAGCTTTTTCGAAAAGAGCCTTTGACTTTG
CCTTCAACACTATACATCTTGTAACTCGCCACTCTTTTCTTCCGCTGCAGCTCCGGGTCC
GTTATTATCCCCAACGACTTCGACCTCCCTATCGATTTTCCCTTCTTCACATCGTACATG
TTGTTCTCCGTCGCCGTCCCGTAAGAAGCGCTATAGCTCCTGAAATCACCGTTACCGTTG
TAAGGCTGGATCTGCATCCCTCCGTACGGTCGTTGACTGCCGTAATCTTTCATTAAAGCC
GGCCAGAGAGTTCAAGAGATTTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT**T
TGGTTACTTCTT
ACAGCTCCC

QA 1 552 1 552
DS 



AS 2 4

CO CL3080Contig1 537 2 4 U
AAAACAAAACAATTCATGCATCATAAAGAGTGATAACAGAACACACCAATGTGTCTGAAA
AAAAATCCACACGCAGCATATATGTATATATATATGTCTTAAACCCCTAATCTATTACAA
ACCAAAAAAGTACTCATACCTCCTAAGTTTCTCTACGCAGTCATGAAGCTTTATACTAGT
AGTGCTGATACTAACTGATATAGTATACCACACACAAAAAAAAAAAAACTTAAAACCCAA
ACTCTTTACAAGGCACACCAAACCAGAGACATCATCATCAGTAGTATTCAGTGGAACTTG
CATCTCTTTCCCCAAAAAAAAACTAAAATGATACCGTCAAGCGATTCCTCGGTGGTCCAA
ACATCGACTGTATATCTCCAGAAAATTGCTTCTTCAAATCATCATCACCACGAGGCTCAG
CGAGACGATCAACGACGGAACGGCGCTCGAACTCGAACTCCGCTGCGGTGCAATCGCGAG
GCGACTCGAACAGGGACAGAAAGAGCTGCTTATCAGCGACGCCGACGTCGAAGTGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV74JQ U 1
AF RR3EG90JQ U 95
BS 1 256 RR3BV74JQ
BS 257 257 RR3EG90JQ
BS 258 520 RR3BV74JQ
BS 521 537 RR3EG90JQ

RD RR3BV74JQ 523 0 0
AAAACAAAACAATTCATGCATCATAAAGAGTGATAACAGAACACACCAATGTGTCTGAAA
AAAAATCCACACGCAGCATATATGTATATATATATGTCTTAAACCCCTAATCTATTACAA
ACCAAAAAAGTACTCATACCTCCTAAGTTTCTCTACGCAGTCATGAAGCTTTATACTAGT
AGTGCTGATACTAACTGATATAGTATACCACACACAAAAAAAAAAAAACTTAAAACCCAA
ACTCTTTACAAGGCACGCCAAACCAGAGACATCATCATCAGTAGTATTCAGTGGAACTTG
CATCTCTTTCCCCAAAAAAAAACTAAAATGATACCGTCAAGCGATTCCTCGGTGGTCCAA
ACATCGACTGTATATCTCCAGAAAATTGCTTCTTCAAATCATCATCACCACGAGGCTCAG
CGAGACGATCAACGACGGAACGGCGCTCGAACTCGAACTCCGCTGCGGTGCAATCGCGAG
GCGACTCGAACAGGGACAGAAAGAGCTGCTTATCAGCGAC
CCC

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3EG90JQ 443 0 0
TGTCTTAAACCCCTAATCTATTACAAACCAAAAAAGTACTCATACCTCCTAAGTTTCTCT
ACGCAGTCATGAAGCTTTATACTAGTAGTGCTGATACTAACTGATATAGTATACCACACA
CAAAAAAAAAAAAACTTAAAACCCAGACTCTTTACAAGGCACACCAAACCAGAGACATCA
TCATCAGTAGTATTCAGTGGAACTTGCATCTCTTTCCCCAAAAAAAAACTAAGATGATAC
TGTCAAGCGATTCCTCGGTGGTCCAAACATCGACTGTATATCTCCAGAAAATTGCTTCTT
CAGATCATCATCACCACGAGGCTCAGCGAGACGATCAACGACGGAACGGCGCTCGAACTC
GAACTCCGCTGCGGTGCAATCGCGAGGCGACTCGAACAGGGACAGAAAGAGCTGCTTATC
AGCGACGCCGACGTCGAAGTGGA

QA 1 443 1 443
DS 



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CGCGGGGATAGTCCCCAAGGGAGTCACCAACTTCTCGATCGACGTCAAAACGGGCCGTTT
CACCGTCGCCCTCCCCGTCCCCTGCGACGCGAAGTTCGAGAACCAGTTCCACTTCGACTA
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CATCCACTTCGACGTCGGCGTCGCTGATAAGCAGCTCTCTCTGTCCCTGTTCGAGTCGCC
TCGCGATTGCACCGCAGCGGAGTTCGAGTTCGAGCGCCGTTCCGTCGTTGATCGTCTCGC
TGAGCCTCGTGGTGATGATGATCTGAAGAAGCAATCTTCTGGAGATATACAGTCGATGTT
TGGACCACCGAGGAATCGCTTGACAGTATCATCTTAGTTTTTTTTTGGGGAAAGAGATGC
AAGTTCCACTGAATACTACTGATGATGATGTCTCTGGTTTGGCGTGCCTTGTAAAGAGTC
TGGGTTTTAAGTTTTTTTTTTTTGTGTGTGGTATACTATATCAGTTAGTATCAGCACTAC
T


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3EG90TF U 1
AF RR3BV74TF U 1
BS 1 624 RR3BV74TF
BS 625 625 RR3EG90TF
BS 626 645 RR3BV74TF
BS 646 647 RR3EG90TF
BS 648 650 RR3BV74TF
BS 651 651 RR3EG90TF
BS 652 714 RR3BV74TF
BS 715 715 RR3EG90TF
BS 716 727 RR3BV74TF
BS 728 728 RR3EG90TF
BS 729 781 RR3BV74TF

RD RR3EG90TF 771 0 0
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CGCGGGGATAGTCCCCAAGGGAGTCACCAACTTCTCGATCGACGTCAAAACGGGCCGTTT
CACCGTCGCCCTCCCCGTCCCCTGCGACGCGAAGTTCGAGAACCAGTTCCACTTCGACTA
CAACATCTCCGGCGTCCTCTCCGACGGCCGGATCGGGAACCTGTCCGGCGTCACGCAGAA
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TCGCGATTGCACCGCAGCGGAGTTCGAGTTCGAGCGCCGTTCCGTCGTTGATCGTCTCGC
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TGGACCACCGAGGAATCGCTTGACAGTATCATCTTAGTTTTTTTTTGGGGAAAGAGATGC
AAGTTCCACTGAATACTACTGATGATGATGTCTCTGGTTTGGTGTGCCTTGTAAAGAGTC
TGGGTTTTAAGTTTTTTTTTTTTGTGTGTGGTATACTATATCAGTTAGTAT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3BV74TF 781 0 0
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TACTATTCGTAGAGATCTGTTCTTCATCACCATCGTCATCATCGCCACTCTCTTCCTCGA
CACCTCCTCCTCCCTCCCCGATCCTTCCTTCTACGATTACCTCCGCGAGAGCGGCCTCCC
CGCGGGGATAGTCCCCAAGGGAGTCACCAACTTCTCGATCGACGTCAAAACGGGCCGTTT
CACCGTCGCCCTCCCCGTCCCCTGCGACGCGAAGTTCGAGAACCAGTTCCACTTCGACTA
CAACATCTCCGGCGTCCTCTCCGACGGCCGGATCGGGAACCTGTCCGGCGTCACGCAGAA
GGAGCTCTTCCTGTGGTTCGCCGTCAAGGGGATACACGTTGATCCCGTCAGCTCGGGGCT
CATCCACTTCGACGTCGGCGTCGCTGATAAGCAGCTCTCTCTGTCCCTGTTCGAGTCGCC
TCGCGATTGCACCGCAGCGGAGTTCGAGTTCGAGCGCCGTTCCGTCGTTGATCGTCTCGC
TGAGCCTCGTGGTGATGATGATCTGAAGAAGCAATCTTCTGGAGATATACAGTCGATGTT
TGGACCACCGAGGAATCGCTTGACGGTATCATCTTAGTTTTTTTT**GGGGAAGAGATGC
AAGTTCCACTGAATACTACTGATGATGATGTCTCTGGTTTGGCGTGCCTTGTAA*GAGTC
TGGGTTT*AAGTTTTTTTTTTTTGTGTGTGGTATACTATATCAGTTAGTATCAGCACTAC
T

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 4

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AGGAGAAGGGAGTTCTCAGCGTCAGCGAGTTCGCTCTCGCCGGTGATAACCTCGTCTCCA
AGTGCCCTACCTGGTCATGGGAAGCTGGTGATCCAAGCAAAAGGAAGCCGTACTTGCCTT
TAGACAAGCAGTTTTTGACCACTAGGAATGTACCTTGTCTACGAAGAGCTGCGTCTGTGG
CGGAGGATTACGAAGCTGCTGGGGGTGAAGTTTTGGTTGATGATGAAGATAATGATGGTT
GGCTCGCTACTCATGGAAGACCTAAAGATAAAAGCAATGAAGATGAAGACTTGCCATCCA
TGGATGCCTTGGATATAAACGAGAGAGATACTACTCAACCTATGTGTGATGGAGGCGAGG
AGGAGGAAGAGGAAGATATTCCAGACATGGAAGATTTTGATGAGATTGATAATGATCCTG
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TAACCGGCTATGATGAGTCAAGGATGTTACTGCAACCTGAACTTGTAATGGAAGATGTTA
GTCAAGACCATGCGCGTAAAACGGTAACAATAGAAGATCATCCGCACTTACCTGGGAAAC
ATGCTTCAGTTCATCCATGTCGTCATGGAGCTGTTATGAAGAAGATCATTGATGTCTTAA
TGTCACGTGGAGTAGAGCCTGAAGTTGACAAGTATCTCTTCTTGTTCTTGAAGTTTATGG
CATCGGTTATTCCAACAATCGAGTATGATTACACAATGGACTTTGATCTCGGTAGCTCAA
GCACTTGAATTGCAGATGGAACACACACATTTGCTCTTAATTGTGAGAAGCAAGGAAGTT
ACTGGAGTGGGCCCTTCACTGTGTATAATATGGAGTCCTGTTTTTATTTCTTTTCAAGTT
ATTTTCCATTTTTCTTTTGTGACCTTCAAATATTTTCTATATTAAAAAGTGTTTTCTACC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

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AF RR3G731TF U 3
AF RR3G731JQ C 589
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AGGAGAAGGGAGTTCTCAGCGTCAGCGAGTTCGCTCTCGCCGGTGATAACCTCGTCTCCA
AGTGCCCTACCTGGTCATGGGAAGCTGGTGATCCAAGCAAAAGGAAGCCGTACTTGCCTT
TAGACAAGCAGTTTTTGACCACTAGGAATGTACCTTGTCTACGAAGAGCTGCGTCTGTGG
CGGAGGATTACGAAGCTGCTGGGGGTGAAGTTTTGGTTGATGATGAAGATAATGATGGTT
GGCTCGCTACTCATGGAAGACCTAAAGATAAAAGCAATGAAGATGAAGACTTGCCATCCA
TGGATGCCTTGGATATAAACGAGAGAGATACTACTCAACCTATGTGTGATGGAGGCGAGG
AGGAGGAAGAGGAAGATATTCCAGACATGGAAGATTTTGATGAGATTGATAATGATCCTG
CAACTCTTCAGTCGAATTTTCTTGTGGCTCACGAACC***TGACGATAATATCCTTAGGA
CCAGAACATATGATGTTAGCATCACGTATGACAAGTGTTACCAAACTCCCCGTGTTTGGT
TAACCGGCTATGATG

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DS 

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GG
ACGAAAACATATTGTTTCCTTCCTTATTGATATTGTCGTCGCCAATTCAGAGGGA*TTTT
GATCAAAAATCGAATCTCGAATTCGTCGCGAGCAATGGTGCTTTCGCAGAAGATTCATGG
AGCATTCAAAGGCGCAGTGGAGAGGATGACGGGTCCTCGAACGGTCTCAGCTTTCAAGGA
GAAGGGAGTTCTCAGCGTCAGCGAGTTCGTTCTCGCCGGTGATAACCTCGTCTCCAAGTG
CCCTACCTGGTCATGGGAAGCTGGTGATCCAAGCAAAAGGAAGCCGTACTTGCCTTTAGA
CAAGCAGTTTTTGATCACTAGGAATGTACCTTGTCTACGAAGAGCTGCGTCTGTGGCGGA
GGATTACGAAGCTGCTGGGGGTGAAGTTTTGGTTGATGATGAAGATAATGATGGTTGGCT
TGCTACTCATGGAAGACCTAAAGATAAAAGCAATGAAGATGAAGACTTGCCATCCATGGA
TGCCTTGGATATAAACGAGAGAGATACTACTCAACCTATGTGTGATGGAGGCGAGGAGGA
GGAAGAGGAAGATATTCCAGACATGGAAGATTTTGATGAGATTGATAATGATCCTGCAAC
TCTTCAGTCGAATTTTCTTGTGGCTCACGAACCAGATGACGATAATATCCTTAGA**CAG
AACATATGATGTTAGCATCACGTATGACAAGTATTACCAAACTCCCCGTGTTTGGT*AAC
CGGCTATGATGAGTCAAGGATGTTACTGCA*CCTGA*CTTGTAATGGAAGATGTTAGTCA
GACATGC

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DS 

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ATATCCTTAGGACCAGAACATATGATGTTAGCATCACGTATGACAAGTATTACCAAACTC
CCCGTGTTTGGTTAACCGGCTATGATGAGTCAAGGATGTTACTGCAACCTGAACTTGTAA
TGGAAGATGTTAGTCAAGACCATGCGCGTAAAACGGTAACAATAGAAGATCATCCGCACT
TACCTGGGAAACATGCTTCAGTTCATCCATGTCGTCATGGAGCTGTTATGAAGAAGATCA
TTGATGTCTTAATGTCACGTGGAGTAGAGCCTGAAGTTGACAAGTATCTCTTCTTGTTCT
TGAAGTTTATGGCATCGGTTATTCTAACAATCGAGTATGATTACACAATGGACTTTGATC
TCGGTAGCTCAAGCACTTGAATTGCAGATGGAACACACACATTTGCTCTTAATTGTGAGA
AGCAAGGAAGTTACTGGAGTGGGCTCTTCACTGTGTATAATATGGAGTCCTGTTTTTATT
TCTTTTCAAGTTATTTTCCATTTTTCTTTTGTGACCTTCAAATATTTTCTATATTAAAAA
GTGTTTTCTA
TC

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DS 

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GCAACTCTTCAGTCGAATTTTCTTGTGGCTCACGAACC***TGACGATAATATCCTTAGG
ACCAGAACATATGATGTTAGCATCACGTATGACAAGTGTTACCAAACTCCCCGTGTTTGG
TTAACCGGCTATGATGAGTCAAGGATGTTACTGCAACCTGAACTTGTAATGGAAGATGTT
AGTCAAGACCATGCGCGTAAAACGGTAACAATAGAAGATCATCCGCACTTACCTGGGAAA
CATGCTTCAGTTCATCCATGTCGTCATGGAGCTGTTATGAAGAAGATCATTGATGTCTTA
ATGTCACGTGGAGTAGAGCCTGAAGTTGACAAGTATTTTTTCTTGTTCTTGAAGTTTATG
GCATCGGTTATTCCAACAATCGAGTATGATTACACAATGGACTTTGATCTCGGTAGCTCA
AGCACTTGAATTGCAGATGGAACACACACATTTGCTTTTAATTGTGAGAAGCAAGGAAGT
TACTGGAGTGGGCCCTTCACTGTGTATAATATGGAGTCCTGTTTTTATTTCTTTTCAAGT
TATTTTCCATTTTTCTTTTGTGACCTTCAAATATTTTCTATATTAAAAAGTGTTTTCTAC
C

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 4

CO CL3082Contig1 1565 4 6 U
TCCGACGGCTATTATGATTGCAAGGACTGCTGTTGCACAGGATGACATAAGTGGCGATGG
TACTACTTCCACTGTCATTTTCATTGGTGAGCTCATGAAACAGTCCGAACGCTGCATTGA
TGAAGGAATGCACCCACGTGTCTTAGTTGATGGTTTTGAGATTGTTAAAAGAGCTACTCT
TCAATTCCTCGACAACTTCAAGACTCCTGTGGTCATGGGTGATGAACCTGATAAAGAGAC
CCTAAAAATGGTGGCGAGAACAACACTTAGAACAAAGCTGTACGAAGGATTGGCTGATCA
ACTGACTGACATTGTCGTTAATTCAGTTCTCTGTATCCGGAAGCCTGAGGAAGGCATTGA
TCTGTTTATGGTGGAGATAATGCACATGCGCCACAAATTTGATGTTGACACACGATTGGT
CGTGGGGCTTGTTCTAGACCATGGTTCGAGACACCCTGATATGAAACGACGCGCAGAGAA
TTGCCACATCCTAACTTGCAATGTGTCGCTGGAGTATGAGAAGAGTGAAATCAATGCAGG
GTTTTTCTACTCTAATGCGGAGCAGAGGGAAGCCATGGTTACTGCCGAGAGGAAATCTGT
TGATGAAAGAGTTCAGAAAATTATCGATCTGAAGAACAAGGTGTGTGCTGGTAATGATAA
CAACTTTGTTATCATCAACCAAAAGGGTATTGACCCACCATCGTTGGATCTTCTTGCTAG
AGAAGGGATTATTGCCCTTAGAAGAGCAAAGAGAAGAAACATGGAACGTTTAGTTTTGGC
ATGTGGTGGAGATGCTGTGAATTCTGTTGACGACTTGTCCCCTGAGTCGCTTGGGTGGGC
TGGACTTGTCTATGAGCACGTTCTTGGAGAGGAAAAGTACACCTTCGTGGAGCAAGTTAA
GAACCCTAATTCGTGTACCATCCTCATCAAAGGGCCTAATGACCACACCATTGCTCAAAT
TAAGGATGCGGTTCGTGATGGTCTAAGATCGGTCAAGAACACCATAGAAGACGAGTGTGT
TGTGCTAGGAGCAGGAGCTTTTGAAGTTGCAGCAAGGCAACACTTACTCAATGAAGTCAA
GAAAACCGTTCAAGGGCGTGCCCAACTTGGCGTTGAAGCTTTTGCTAATGCCCTTCTCGT
GGTGCCCAAGACACTTGCAGAAAACGCAGGTCTTGACACCCAAGACGTGATCATCTCTCT
AACGAGCGAGCATGACAAAGGAAACGTAGTTGGATTGAACATTGAGGACGGTGAACCAAT
TGACCCGCAGCTCGCTGGTATCTTCGACAATTACTCAGTGAAACGCCAACTTATCAACTC
AGGGCCAGGGATTGCCTCACAGTTGCTTTTGGTGGACGAAGTGATTCGTGCAGGAAGAAA
TATGAGGAAGCCTACTTGAAGCCCTTTGCTTTTTTAATTTGCTTTTCTTCGTTCTGAGCA
TCTCAAGTTCTCTGTCTTTTTGTTTTAACCCTGAAAGTTGTGTGAAACCTATGTTTTTGT
TATGATAAACATCTTTGAATCTGATCTTGTAGATCTAGTGGATTTTTACGAACTGAGAAA
AAAAA


BQ
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10 10 10 10 10 

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AF RR3CW64JQ C 826
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TACTACTTCCACTGTCATTTTCATTGGTGAGCTCATGAAACAGTCCGAACGCTGCATTGA
TGAAGGAATGCACCCACGTGTCTTAGTTGATGGTTTTGAGATTGTTAAAAGAGCTACTCT
TCAATTCCTCGACAACTTCAAGACTCCTGTGGTCATGGGTGATGAACCTGATAAAGAGAC
CCTAAAAATGGTGGCGAGAACAACACTTAGAACAAAGCTGTACGAAGGATTGGCTGATCA
ACTGACTGACATTGTCGTTAATTCAGTTCTCTGTATCCGGAAGCCTGAGGAAGGCATTGA
TCTGTTTATGGTGGAGATAATGCACATGCGCCACAAATTTGATGTTGACACACGATTGGT
CGTGGGGCTTGTTCTAGACCATGGTTCGAGACACCCTGATATGAAACGACGCGCAGAGAA
TTGCCACATCCTAACTTGCAATGTGTCGCTGGAGTATGAGAAGAGTGAAATCAATGCAGG
GTTTTTCTACTCTAATGCGGAGCAGAGGGAAGCCATGGTTACTGCCGAGAGGAAATCTGT
TGATGAA*GAGTTCAGAAA
T

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3AE39TF 679 0 0
G
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TACTCTAATGCGGAGCAGAGGGAAGCCATGGTTACTGCCGAGAGGAAATCTGTTGATGAA
AGAGTTCAGAAAATTATCGATCTGAAGAACAAGGTGTGTGCTGGTAATGATAACAACTTT
GTTATCATCAACCAAAAGGGTATTGACCCACCATCGTTGGATCTTCTTGCTAGAGAAGGG
ATTATTGCCCTTAGAAGAGCAAAGAGAAGAAACATGGAACGTTTAGTTTTGGCATGTGGT
GGAGATGCTGTGAATTCTGTTGACGACTTGTCCCCTGAGTCGCTTGGGTGGGCTGGACTT
GTCTATGAGCACGTTCTTGGAGAGGAAAAGTACACCTTCGTGGAGCAAGTTAAGAACCCT
AATTCGTGTACCATCCTCATCAAAGGGCCTAATGACCACACCATTGCTCAAATTAAGGAT
GCGGTTCGTGATGGTCTAAGATCGGTCAAGAACACCATAGAAGACGAGTGTGTTGTGCTA
GGAGCAGGAGCTTTTGAAGTTGCAGCAAGGCAACACTTACTCAATGAAGTCAAGAAAACC
GTTCAAGGGCGTGCCCAACTTGGCGTTGAAGCTTTTGCTAATGCCCTTCTCGTGGTGCCC
AAGACACTTGCAGAAAAC

QA 2 679 2 679
DS 

RD RR3AE39JQ 744 0 0
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CTGGACTTGTCTATGAGCACGTTCTTGGAGAGGAAAAGTACACCTTCGTGGAGCAAGTTA
AGAACCCTAATTCGTGTACCATCCTCATCAAAGGGCCTAATGACCACACCATTGCTCAAA
TTAAGGATGCGGTTCGTGATGGTCTAAGATCGGTCAAGAACACCATAGAAGACGAGTGTG
TTGTGCTAGGAGCAGGAGCTTTTGAAGTTGCAGCAAGGCAACACTTACTCAATGAAGTCA
AGAAAACCGTTCAAGGGCGTGCCCAACTTGGCGTTGAAGCTTTTGCTAATGCCCTTCTCG
TGGTGCCCAAGACACTTGCAGAAAACGCAGGTCTTGACACCCAAGACGTGATCATCTCTC
TAACGAGCGAGCATGACAAAGGAAACGTAGTTGGATTGAACATTGAGGACGGTGAACCAA
TTGACCCGCAGCTCGCTGGTATCTTCGACAATTACTCAGTGAAACGCCAACTTATCAACT
CAGGGCCAGGGATTGCCTCACAGTTGCTTTTGGTGGACGAAGTGATTCGTGCAGGAAGAA
ATATGAGGAAGCCTACTTGAAGCCCTTTGCTTTTTTAATTTGCTTTTCTTCGTTCTGAGC
ATCTCAAGTTCTCTGTCTTTTTGTTTTAACCCTGAAAGTTGTGTGAAACCTATGTTTTTG
TTATGATAAACATCTTTGAATCTG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3CW64JQ 740 0 0
GTCGCTTGGGTGGGCTGGACTTGTCTATGAGCACGTTCTTGGAGAGGAAAAGTACACCTT
CGTGGAGCAAGTTAAGAACCCTAATTCGTGTACCATCCTCATCAAAGGGCCTAATGACCA
CACCATTGCTCAAATTAAGGATGCGGTTCGTGATGGTCTAAGATCGGTCAAGAACACCAT
AGAAGACGAGTGTGTTGTGCTAGGAGCAGGAGCTTTTGAAGTTGCAGCAAGGCAACACTT
ACTCAATGAAGTCAAGAAAACCGTTCAAGGGCGTGCCCAACTTGGCGTTGAAGCTTTTGC
TAATGCCCTTCTCGTGGTGCCCAAGACACTTGCAGAAAACGCAGGTCTTGACACCCAAGA
CGTGATCATCTCTCTAACGAGCGAGCATGACAAAGGAAACGTAGTTGGATTGAACATTGA
GGACGGTGAACCAATTGACCCGCAGCTCGCTGGTATCTTCGACAATTACTCAGTGAAACG
CCAACTTATCAACTCAGGGCCAGTGATTGCCTCACAGTTGCTTTTGGTGGACGAAGTGAT
TCGTGCAGGAAGAAATATGAGGAAGCCTACTTGAAGCCCTTTGCTTTTTTAATTTGCTTT
TCTTCGTTCTGAGCATCTCAAGTTTTCTGTCTTTTTGTTTTAACCCTGAAAGTTGTGTGA
AACCTATGTTTTTGTTATGATAAACATCTTTGAATCTGATCTTGTAGATCTAGTGGATTT
TTACGAACTGAGAAAAAAAA

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 4

CO CL3083Contig1 1031 4 10 U
CAACCTGAGAGTAGTAGTCTACTCGTTTCTTTCGCAATGGCAGAGTCTCCTCTAAAAGAA
AGAGATTCTCGATCTCCTTCACCACGAAAACAACGGTCCATTTCTAGGTCCAGATCCAGA
TCCATGCCGAGGTCCAAGTCCAGGTCCAGATCCAGATCTTCGCCAAGGGCTAGGTCTAGG
TCTAAGTCTAGATCTTTGCCACGGGCTAGGTCTAGGTCTAGGTCAGGATCTTTGCCAAGG
CATATATCTCCATCAAGAACCCGTGGAAGGACTGAAGTTGAAAACCCTGGTACCACTCTC
TATGTGACTGGCCTATCCACAAGAGTCACTGACAAGGATCTTGAATCACATTTCTCCAAG
GAAGGCAAGGTAGCTTCTTGCTTTCTTGTAATAGAGCCGCGCACCCGCGAGTCTCGTGGT
TTTGGCTTTGTTACAATGGATACCC*TTAAAGACGCTGACCGTTGCATCAAGTATCTCAA
CCAATCTGTACTTGAAGGCCGTTACATCACTGTCGAAAGGTCTCGAAGAAAGCGTCCCAG
AACTCCCACCCCAGGCCACTATCTTGGCTTGAAAAGCTCCAGAGACAGTGACCGAGATGG
ACGTAGCAGTCGAGGGAGGCACTATGATCGTGATGATTATGGGCACCGTAGGTCGCCAAG
ACGTGACTATTCACCTCGTGGTGGTGGAAGGAGGTCACCAAGACGTGAGTATTCACCTCG
TGGTGGTGGCGGAAGAAGTTCTAGAAGAGATCGATCTTACTCTCCTTATGGAAGAAGAAG
CCCAGAGAGAAGGTCCGAGAGAAGGTATTAAACCTGTCTGTGGTTGGCTCGAGATGACCT
GTTTAGCTCTCTTGACGAAAAAAACTTCATTGTTGATTTAGGTTTGTGTGATTGATCGTC
TTTCTTTAAAATATTACAGAGATTCTGTTTGGATGACATTGACAACTATGATTCTATGTG
TCTTTTTATCTTATGTATGCCGCAGAACGAAGTGAAACTTGCAATGTATGCTACTTTTGT
TATTTGAGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GB64TF U 1
AF RR3C555TF U 432
AF RR3C555JQ C 291
AF RR3GB64JQ C 328
BS 1 618 RR3GB64TF
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BS 620 637 RR3GB64TF
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BS 639 647 RR3GB64TF
BS 648 651 RR3C555TF
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BS 1020 1031 RR3GB64JQ

RD RR3GB64TF 647 0 0
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AGAGATTCTCGATCTCCTTCACCACGAAAACAACGGTCCATTTCTAGGTCCAGATCCAGA
TCCATGCCGAGGTCCAAGTCCAGGTCCAGATCCAGATCTTCGCCAAGGGCTAGGTCTAGG
TCTAAGTCTAGATCTTTGCCACGGGCTAGGTCTAGGTCTAGGTCAGGATCTTTGCCAAGG
CATATATCTCCATCAAGAACCCGTGGAAGGACTGAAGTTGAAAACCCTGGTACCACTCTC
TATGTGACTGGCCTATCCACAAGAGTCACTGACAAGGATCTTGAATCACATTTCTCCAAG
GAAGGCAAGGTAGCTTCTTGCTTTCTTGTAATAGAGCCGCGCACCCGCGAGTCTCGTGGT
TTTGGCTTTGTTACAATGGATACCC*TTAAAGACGCTGACCGTTGCATCAAGTATCTCAA
CCAATCTGTACTTGAAGGCCGTTACATCACTGTCGAAAGGTCTCGAAGAAAGCGTCCCAG
AACTCCCACCCCAGGCCACTATCTTGGCTTGAAAAGCTCCAGAGACAGTGACCGAGATGG
ACGTAGCAGTCGAGGGAG*CACTATGATCGTGATGAT*ATGGGCACC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3C555TF 252 0 0
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TTGAAGGCCGTTACATCACTGTCGAAAGGTCTCGAAGAAAGCGTCCCAGAACTCCCACCC
CAGGCCACTATCTTGGCTTGAAAAGCTCCAGAGACAGTGACCGAGATGGACGTAGCAGTC
GAGGGAG*CACTATGATCGTGATGATTATGGGCACCGTAG*TCGCCAAGACGTGACTATT
CACCTCGTGGTG

QA 1 252 1 252
DS 

RD RR3C555JQ 731 0 0
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TTTCTCCAAGGAAGGCAAGGTAGCTTCTTGCTTTCTTGTAATAGAGCCGCGCACCCGCGA
GTCTCGTGGTTTTGGCTTTGTTACAATGGATACCC*TTAAAGACGCTGACCGTTGCATCA
AGTATCTCAACCAATCTGTACTTGAAGGCCGTTACATCACTGTCGAAAGGTCTCGAAGAA
AGCGTCCCAGAACTCCCACCCCAGGCCACTATCTTGGCTTGAAAAGCTCCAGAGACAGTG
ACCGAGATGGACGTAGCAGTCGAGGGAGGCACTATGATCGTGATGATTATGGGCACCGTA
GGTCGCCAAGACGTGACTATTCACCTCGTGGTGGTGGAAGGAGGTCACCAAGACGTGAGT
ATTCACCTCGTGGTGGTGGCGGAAGAAGTTCTAGAAGAGATCGATCTTACTCTCCTTATG
GAAGAAGAAGCCCAGAGAGAAGGTCCGAGAGAAGGTATTAAACCTGTCTGTGGTTGGCTC
GAGATGACCTGTTTAGCTCTCTTGACGAAAAAAACTTCATTGTTGATTTAGGTTTGTGTG
ATTGATCGTCTTTCTTTAAAATATTACAGAGATTCTGTTTGGATGACATTGACAACTATG
ATTCTATGTGTCTTTTTATCTTATGTATGCCGCAGAACGAAGTGAAACTTGCAATGTATG
CTACTTTTG
CC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3GB64JQ 704 0 0
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GTAATAGAGCCGCGCACCCGCGAGTCTCGTGGTTTTGGCTTTGTTACAATGGATACCC*T
TAAAGACGCTGACCGTTGCATCAAGTATCTCAACCAATCTGTACTTGAAGGCCGTTACAT
CACTGTGGAAAGGTCTCGAAGAAAGCGTCCCAGAACTCCCACCCCAGGCCACTATTTTGG
CTTGAAAAGCTCCAGAGACAGTGACCGAGATGGACGTAGCAGTCGAGGGAGGCACTATGA
TCGTGATGATTATGGGCACCGTAGGTCGCCAAGACGTGACTATTCACCTCGTGGTGGTGG
AAGGAGGTCACCAAGACGTGAGTATTCACCTCGTGGTGGTGGCGGAAGAAGTTCTAGAAG
AGATCGATCTTACTCTCCTTATGGAAGAAGAAGCCCAGAGAGAAGGTCCGAGAGAAGGTA
TTAAACCTGTCTGTGGTTGGCTCGAGATGACCTGTTTAGCTCTCTTGACGAAAAAAACTT
CATTGTTGATTTAGGTTTGTGTGATTGATCGTCTTTCTTTAAAATATTACAGAGATTCTG
TTTGGATGACATTGACAACTATGATTCTATGTGTCTTTTTATCTTATGTATGCCGCAGAA
CGAAGTGAAACTTGCAATGTATGCTACTTTTGTTATTTGAGTAC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 3

CO CL3084Contig1 1067 3 10 U
AAGATAAGAATATGAACTCATAAACGTTCCCGTATCTAAGAACAAAGTGATTGCAGTTTA
TTAAATCTTCAAAATCAGACTCTACTCGCAGGAGCTTTCATTGCGAGGCATTGTTCTTAT
TCCAAACAAACACTATTCGAAAGACAAAACTAAAAGTGTTTTTATCAATTCTCTTTACTA
CTTCTTGACAAAGGTAACACCTTTCGCAATACTCCCTCCAAGCTCTTTCTTCGCCTTCTC
TAATCCCATCCTCTCGTATTCGTTCAATGGTCCGAGACCATACACTTCATCGACCCCACA
TCTTCCTAGACGCACCTTTGATGCGAAGAAGGGAAGCTCAGTCACATGAGATGCCACAAA
TGCGCACTCGACAATGTTTGCATCGCCTCGTAAACCCCTGAGACAAGCATCTGCAAATTT
CACTGCTGCGTAAGCCATTGATAGTGTTGCAGAACCTGCACCAGCTTTTGCCTCGACAAC
TTCAGTGCCACCATTTTGGATGCGGTCTGTGAGATATTCAATCTCTTTCTGAGTGAAAGA
GCAAGGAGGTTTCACCTGAGAAAGAAGAGGCAAGATTGTAACTCCTGCGTGTCCTCCAAC
GACCGGAACATCAACTTCTCGAGAATCAAGACTCATTACTTCCGCCACAAAAGTATTAGC
TCTAACAACATCAAGCATGGTGACTCCCATGAATTTCTTCGGATCGAAAGTACCAGCTTT
CTTGAAAACCTCGGCTGCGATTGGCACCGTGGAGTTCACAGGATTACTGATGATATTCAC
AATCGCTTTGGGACAACACTTAGCTATAGCTTCAGAGAGCGTCCTGACGACGCCAGCGTT
GATGTTGAAAAGATCATCCCTCGTCATCCCTGGCTTCCTCGGAACTCCCGCTGGTATAAT
CACCAGATCCATACCCGTAAGTGCCTCCTCTAGTTGCGGTTGCCCGAGAAATCCACGAAC
GATGGCACTAGTGTCCATGTGACTAATATCAGCGGTGACACCAGGAGCGTTAGCAACGTC
GTAGAGATGGAGAAGCGAGACCAGAGGATTCATTTTCATCAACATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM78JQ U 1
AF RR3DT79JQ U 36
AF RR3DT79TF C 268
BS 1 532 RR3DM78JQ
BS 533 536 RR3DT79JQ
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BS 560 560 RR3DT79JQ
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BS 694 749 RR3DM78JQ
BS 750 1067 RR3DT79TF

RD RR3DM78JQ 749 0 0
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TTAAATCTTCAAAATCAGACTCTACTCGCAGGAGCTTTCATTGCGAGGCATTGTTCTTAT
TCCAAACAAACACTATTCGAAAGACAAAACTAAAAGTGTTTTTATCAATTCTCTTTACTA
CTTCTTGACAAAGGTAACACCTTTCGCAATACTCCCTCCAAGCTCTTTCTTCGCCTTCTC
TAATCCCATCCTCTCGTATTCGTTCAATGGTCCGAGACCATACACTTCATCGACCCCACA
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TGCGCACTCGACAATGTTTGCATCGCCTCGTAAACCCCTGAGACAAGCATCTGCAAATTT
CACTGCTGCGTAAGCCATTGATAGTGTTGCAGAACCTGCACCAGCTTTTGCCTCGACAAC
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GACCGGAACATCAACTTCTCGAGGATCAAGACTCATTACTTCCGCCACAAAAGTATTAGC
TCTAACAACATCAAGCATGGTGACTCCCATGAGTTTCTTCGGATCGAAAGTACCAGCTTT
CTTGAAAACCTCGGCTGCGATTGGCACCG

QA 1 749 1 749
DS 

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CTCCAAGCTCTTTCTTCGCCTTCTCTAATCCCATCCTCTCGTATTCGTTCAATGGTCCGA
GACCATACACTTCATCGACCCCACATCTTCCTAGACGCACCTTTGATGCGAAGAAGGGAA
GCTCAGTCACATGAGATGCCACAAATGCGCACTCGACAATGTTTGCATCGCCTCGTAAAC
CCCTGAGACAAGCATCTGCAAATTTCACTGCTGCGTAAGCCATTGATAGTGTTGCAGAAC
CTGCACCAGCTTTTGCCTCGACAACTTCAGTGCCACCATTTTGGATGCGGTCTGTGAGAT
ATTCAATCTCTTTCTGAGTGAAAGAGCAAGGAGGTTTCACCTGAGAAAGAAGAGGCAAGA
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TTACTTCCGCCACAAAAGTATTAGCTCTAACAACATCAAGCATGGTGACTCCCATGAATT
TCTTCGGATCGAAAGTACCAGCTTTCTTGAAAACCTCGGCTGCGATTGGCACCG

QA 1 714 1 714
DS 

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AT
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CAGAAC*TGCACCAGCTTTTGCCTCGACAACTTCAGTGCCACCATTTTGGATGCGGTCTG
TGAGATATTCAATCTCTTTCTGAGTGAAAGAGCAAGGAGGTTTCACCTGAGAAAGAAGAG
GCAAGATTGTAACTCCTGCGTGTCCTCCAACGACCGGAACATCAACTTCTCGAGAATCAA
GACTCATTACTTCCGCCACAAAAGTATTAGCTCTAACAACATCAAGCATGGTGACTCCCA
TGAATTTCTTCGGATCGAAAGTACCAGCTTTCTTGAAAACCTCGGCTGCGATTGGCACCG
TGGAGTTCACAGGATTACTGATGATATTCACAATCGCTTTGGGACAACACTTAGCTATAG
CTTCAGAGAGCGTCCTGACGACGCCAGCGTTGATGTTGAAAAGATCATCCCTCGTCATCC
CTGGCTTCCTCGGAACTCCCGCTGGTATAATCACCAGATCCATACCCGTAAGTGCCTCCT
CTAGTTGCGGTTGCCCGAGAAATCCACGAACGATGGCACTAGTGTCCATGTGACTAATAT
CAGCGGTGACACCAGGAGCGTTAGCAACGTCGTAGAGATGGAGAAGCGAGACCAGAGGAT
TCATTTTCATCAACATCG

QA 3 800 3 800
DS 



AS 1 4

CO CL3085Contig1 792 4 18 U
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GTGAATTCCCAGAGGCACGTGAAGACTTGGCGGCACTGGAGAAAGATTATGAAGAAGTGG
GTGCTGAAGGTGGAGACGATGAGGAAGATGAAGGTGAAGAGTATTGACACATTCTTCTCT
CAAGCAATATGCAACCAAAAACCCTTTTCAAATTTCTATTTCTACTTATGATTCTTGTGG
ATTACATGTTGCTTTTTATAATCCTGTAGAATATTCGTTGCACTTCCTGTTTTTATTTTG
GTTTATTCATTTGGTAAAACGACCATTGGGAATTTAAGTGTTCATTTCTGTAACCAAACT
TTCATCTTCTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 15 0 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GO25JQ C 70
AF RR3GO25TF U 1
AF RR3E489JQ C 20
AF RR3CN26TF U 320
BS 1 46 RR3GO25TF
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GGACTGTTCAGTTTGTGGACTGGTGTCCCACTGGTTTCAAATGTGGAATCAACTACCAAC
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GTGGAGACGATGAGGAAGATGAAGGTGAAGAGTATTGACACATTCT

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR3GO25TF 749 0 0
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GTTTGATGTACCGTGGAGATGTTGTTCCTAAAGATGTTAATGCTGCTGTTGGTACTATCA
AGACTAAGAGGACTGTTCAGTTTGTGGACTGGTGTCCCACTGGTTTCAAATGTGGAATCA
ACTACCAACCTCCAACAGTCGTTCCTGGAGGTGACCTCGCTAAGGTCCAGAGAGCGGTGT
GCATGATCAGCAACAACACAGCCGTTGCAGAGGTGTTCTCACGGATCGACCACAAATTTG
ATCTGATGTACGCTAAGAGAGCGTTTGTGCACTGGTACGTTTGTGAAGGAATGGAGGAAG
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GTGCTGAAGGTGGAGACGATGAGGAAGATGAAGGTGAAGAGTATTGACACATTCTTCTCT
CAAGCAATATGCAACCAAAAACCCTTTTCAAATTTCTATTTCTACTTATGATTCTTGTGG
ATTACATGTTGCTTTTTATAATCCTGTACAATATTCGTTGCACTTCCTGTTTTTATTTTG
GTTCATTCATTTGGTAAAACGACCATTGG

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3E489JQ 731 0 0
A
CCCCGAATCCATTTCATGCTGTCGTCATATGCTCCGGTTATCTCAGCAGCAAAGGCTTAC
CATGAGCAGCTTTCAGTTCCTGAGATCACCAATGCCGTGTTTGAGCCAGCTAGCATGATG
GCCAAGTGTGACCCGAGGCATGGGAAGTACATGGCTTGTTGTTTGATGTACCGTGGAGAT
GTTGTTCCTAAAGATGTTAATGCTGCTGTTGGTACTATCAAGACTAAGAGGACCGTTCAG
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GTTCCAGGAGGTGACCTCGCTAAGGTCCAGAGAGCGGTCTGCATGATCAGCAACAACACA
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GAAGACTTGGCGGCACTGGAGAAAGATTATGAAGAAGTGGGTGCTGAAGGTGGAGACGAT
GAGGAAGATGAAGGTGAAGAGTATTGACACATTCTTCTCTCAAGCAATATGCAACCAAAA
ACCCTTTTCAAAATTCTATTTCTACTTATGATTCTTGTGGATTACATGTTGCTTTTTATA
ATCCTGTAGAATATTCGTTGCACTTCCTGTTTTTATTTTGGTTTATTCATTTGGTAAAAC
GACCATTGG
G

QA 2 730 2 730
DS 

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G
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GCCGTTGCAGAGGTGTTCTCACGGATCGACCACAAGTTTGATCTGATGTACGCGAAGAGA
GCGTTTGTGCACTGGTACGTTGGTGAAGGAATGGAAGAAGGTGAATTCTCGGAGGCGCGT
GAAGACTTGGCGGCACTGGAGAAAGATTATGAAGAAGTGGGTGCTGAAGGCGGAGACGAT
GAGGAAGATGAAGGTGAAGAGTATTGACACATTCTTCTCTCAAGCAATATGCAACCAAAA
ACCCTTTTCAAATTTCTATTTCTACTTATGATTCTTGTGGATTACATGTTGCTTTTTATA
ATCCTGTAGAATATTCGTTGCACTTCCTGTTTTTATTTTGGTTTATTCATTTGGTAAAAC
GACCATTGGGAATTTAAGTGTTCATTTCTGTAACCAAACTTTCATCTTCTTA

QA 2 473 2 473
DS 



AS 1 4

CO CL3086Contig1 821 4 9 U
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CGTTCAACTGTCCATCGATTTTCAAGATATAATGTGGAAACAAGTGGTTGGCAAGTATTC
TATAAGTAAAGCAGTTTATGGAAATAACAGAGCAAAGCTTCAACCTTTCTTATGTCAAAC
CAGTTGTGGGTTTCACAATGGACGAACGGTTCATGCACCGAGAAGCTTCTTTGGCGTAGA
AGACTACGTGGACGACGACACAAGCCGACCATACACATACCAAAAGGAGAAAAAATCAAA
GAACCCAGACAAACACGTCTCCTTCAAGCAACGAACAGTCGCATACATGGAGCCCTTCAC
ACTCGACGTCTTCATCTCAAAACGTTTCGTCTCAGCGTCCCTCACCCACCGTGTCACATG
TAAGCAAGTCGCTGTCGCGGGAACGAACTCTAAAGACGTGAAAGCGGTTTTGAGGTCGAG
ATGCGATATCCCAGCGTGTATGTCCATAGGGAGGATCTTGTCTGAGCGTGCGAAAGAGGC
TGATGTGTACACAGCTTCTTACACGCCGCGAGACCAAGACAAGTTCGAAGGGAAGATCAG
AGCTGCTGTCCAGTCTCTTATTGATAACGGGATCGATGTCAAAATCTATCTGGATTAGAG
TCATCTAGACGCAAGCGAGTCACTGCTCATTGTTCATTTCATGACAATTTCGTTTCATAT
CGTAATTGTGACGAATTGAAAGTTCTTATAAAGCAGTGATATAAAACCATTTTTCCTGGG
TAAGTATCCTTTATTGACCAAGAAAAGAATTGTTGAAATTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX02TF U 1
AF RR3AV83TF U 1
AF RR3BX02JQ C 65
AF RR3AV83JQ C 67
BS 1 99 RR3AV83TF
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RD RR3BX02TF 700 0 0
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QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3AV83TF 731 0 0
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CGTTCAACTGTCCATCGATTTTCAAGATATAATGTGGAAGCAAGTGGTTGGCAAGTATTC
TATAAGTAAAGCAGTTTATGGAAATAACAGAGCAAAGCTTCAACCTTTCTTATGTCAAAC
CAGTTGTGGGTTTCACAATGGACGAACGGTTCATGCACCGAGAAGCTTCTTTGGCGTAGA
AGACTACGTGGACGACGACACAAGCCGACCATACATATACCAAAAGGAGAAAAAATCAAA
GAACCCAGACAAACACGTCTCCTTCAAGCAACGAACAGTCGCATACATGGAGCCCTTCAC
ACTCGACGTCTTCATCTCAAAACGTTTCGTCTCAGCGTCCCTCACCCACCGTGTCACATG
TAAGCAAGTCGCTGTCGCGGGAACGAACTCTAAAGACGTGAAAGCGGTTTTGAGGTCGAG
ATGCGATATCCCAGCGTGTATGTCCATAGGGAGGATCTTGTCTGAGCGTGCGAAAGAGGC
TGATGTGTACACAGCTTCTTACACGCCGCGAGACCAAGACAAGTTCGAAGGGAAGATCAG
AGCTGTTGTCCAGTCTCTTATTGATAACGGGATCGATGTCAAAATCTATCTGGATTAGAG
TCATCTAGACGCAAGCGAGTCACTGCTCATTGTTCATTTCATGACAATTTCGTTTCATAT
CGTAATTGTGA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3BX02JQ 690 0 0
CA
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TGTGACGAATTGAAAGTTCTTATAAAGC

QA 3 690 3 690
DS 

RD RR3AV83JQ 755 0 0
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TGGGTTTCACAATGGACGAACGGTTCATGCACCGAGAAGCTTCTTTGGCGTAGAAGACTA
CGTGGACGACGACACAAGCCGACCATACATATACCAAAAGGAGAAAAAATCAAAGAACCC
AGACAAACACGTCTCCTTCAAGCAACGAACAGTCGCATACATGGAGCCCTTCACACTCGA
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AGTCGCTGTCGCGGGAACGAACTCTAAAGACGTGAAAGCGGTTTTGAGGTCGAGATGCGA
TATCCCAGCGTGTATGTCCATAGGGAGGATCTTGTCTGAGCGTGCGAAAGAGGCTGATGT
GTACACAGCTTCTTACACGCCGCGAGACCAAGACAAGTTCGAAGGGAAGATCAGAGCTGT
TGTCCAGTCTCTTATTGATAACGGGATCGATGTCAAAATCTATCTGGATTAGAGTCATCT
AGACGCAAGCGAGTCACTGCTCATTGTTCATTTCATGACAATTTCGTTTCATATCGTAAT
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TCCTTTATTGACCAAGAAAAGAATTGTTGAAATTG

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 4

CO CL3087Contig1 1330 4 11 U
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GGCTGCTGAACATGGAGGATATCAACAGGTTGTCACGCACATTGCCAAACTGCATTGTCC
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TACCTCCAATGATAGCTCAACTCCTGAAAGAAAGGAACATTCACTTGCGTGGGTTGACGC
ATCCGATTGTTTTTATGAACAAGTGGATAGTACACGACATACTCGACCCGCAGATATTTG
ACAAATATAAGATAACGGGTGGAGCTCCTGTCTCTCATGCCAATATCTACAAGTTACTGC
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TCTGGACTCCTATGATCAAAGGAACATACCGATCCTGAATGATTTAATTGAAAGGGCAAC
AAAGGAAGCTGGCAACCTAAGGAAAGGCAACGAGAGCGAATTGGGAAACCAAGATTTTTA
TATACCAGGACTTGTACCTAAGGTTCCAGGGAGGTTCTATTATTACTTTGGAAAACCAAT
AGAAACCGCAGGTAAGGAACACGAGCTAAGAGACAAAGAAAAAGCCCAAGAGCTTTACTT
GCAAGTCAAGTCTCAGGTAGAACAATGCATTGCCTATTTGAAAATGAAAAGAGAGAGTGA
TCCCTACAGAAACTTGCTGCCAAGGATGTTGTATCAGGCTTCACATGGTTTTTCTTTTGA
AATTCCAACGTTTGATCTTTGAAATGATCTTCCTTTTGATCATTTACACGACTTTATATA
TTTTATTTTATTCAAATCGTGGATTAAACAGCTAATTGTTTTTAAAAGTAGCATAGATAA
ATATTAGCAGCAAAATAAAACTTTTTGTGTTAAATGGTAGTCTTTCTAATGATTATTCTC
TTTTCATATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AS37TF U 1
AF RR3BG08TF U 31
AF RR3BG08JQ C 448
AF RR3AS37JQ C 495
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BS 804 824 RR3BG08TF
BS 825 936 RR3BG08JQ
BS 937 937 RR3AS37JQ
BS 938 1258 RR3BG08JQ
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BS 1260 1292 RR3BG08JQ
BS 1293 1330 RR3AS37JQ

RD RR3AS37TF 751 0 0
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GGCTGCTGAACATGGAGGATATCAACAGGTTGTCACGCACATTGCCAAACTGCATTGTCC
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GGTGAAGAGTACAAGTTGTTCTGGCCAGAGCAACCTGAGTTTGTGAGAGTTGCATCTAAA
TTTGGAGCCACAATCGTACCTTTTGG
TGTTG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3BG08TF 794 0 0
G
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GTCACGCACATTGCCAAACTGCATTGTCCGTAAGTTCAACGACACTGGACCATTTCTCCT
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GAGGTCTCATGATTACATTTCAGATTACATTATGCCTACCCCATTTGAGTTAA**AAACA
ACTAGAGGAACACAGATTACTAATATATGCTACTTCCCCTGTAATGCTGTCAACTCTTGA
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TGGCTATCACATGATAATGGGATTTGAGTTACCTCCAATGATAGCTCAACTCCTGAAAGA
AAGGAACATTCACTTGCGTGGGTTGACGCATCCGATTGTTTTTATGAACAAGTGGATAGT
ACACGACATACTCGACCCGCAGATATTTGACAAATATAAGATAACGGGTGGAGCTCCTGT
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GTTGGAGAAGACGACATCTGCAAGATTGTTCTGGACTCCTATGATCAAAG**ACATACCG
ATCCTGAATGATT

QA 2 794 2 794
DS 

RD RR3BG08JQ 845 0 0
AAGAAAGGAACATTCACTTGCGTGGGTTGACGCATCCGATTGTTTTTATGAACAAGTGGA
TAGTACACGACATACTCGACCCGCAGATATTTGACAAATATAAGATAACGGGTGGAGCTC
CTGTCTCTCATGCCAATATCTACAAGTTACTGCGTTTAAAGTGTCATGTGCTTTT*GTAT
CCTGGTGGTGTCCGTGAAGCTCTCCATAGAAAGGGTGAAGAGTACAAGTTGTTCTGGCCA
GAGCAACCTTAGTTTGTGAGAGTTGCATCTAAATTTGGAGCCACAATCGTACCTTTTGG*
TGTTGTTGGAGAAGACGACATCTGCAAGATTGTTCTGGACTCCTATGATCAAAGGAACAT
ACCGATCCTGAATGATTTAATTGAAAGGGCAACAAAGGAAGCTGGCAACCTAAGGAAAGG
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CATTGCCTATTTGAAAATGAAAAGAGAGAGTGATCCCTACAGAAACTTGCTGCCAAGGAT
GTTGTATCAGGCTTCACATGGTTTTTCTTTTGAAATTCCAACGTTTGATCTTTGAAATGA
TCTTCCTTTTGATCATTTACACGACTTTATATATTTTATTTTATTCAAATCGTGGATTAA
ACAGCTAATTGTTTTTAAAAGTAGCATAGATGAATATTAGCAGCAAAATAAAACTTTTTG
TGTTA

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DS 

RD RR3AS37JQ 836 0 0
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GTGCTTTT*GTATCCTGGTGGTGTCCGTGAAGCTCTCCATAGAAAGGGTGAAGAGTACAA
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CGTACCTTTTGG*TGTTGTTGGAGAAGACGACATCTGCAAGATTGTTCTGGACTCCTATG
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TACCTAAGGTTCCAGGGAGGTTCTATTATTACTTTGGAAAACCAATAGAAACCGCAGGTA
AGGAACACGAGCTAAGAGACAAAGAAAAAGCCCAAGAGCTTTACTTGCAAGTCAAGTCTC
AGGTAGAACAATGCATTGCCTATTTGAAAATGAAAAGAGAGAGTGATCCCTACAGAAACT
TGCTGCCAAGGATGTTGTATCAGGCTTCACATGGTTTTTCTTTTGAAATTCCAACGTTTG
ATCTTTGAAATGATCTTCCTTTTGATCATTTACACGACTTTATATATTTTATTTTATTCA
AATCGTGGATTAAACAGCTAATTGTTTTTAAAAGTAGCATAGATAAATATTAGCAGCAAA
ATAAAACTTTTTGTGTTAAATGGTAGTCTTTCTAATGATTATTCTCTTTTCATATG

QA 1 836 1 836
DS 



AS 1 3

CO CL3088Contig1 875 3 16 U
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ATATTGGACAAAGAAGTTGAGGATGGACATGTGAAGCGTTGCCATGATGATGACATACAC
TCCAATGTACTTGAAGTAGTTGGATCAAACATACAGTCTACATACATTACATGCCCCGCT
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AAGATGGATGAGGGATGGAATCAGATCCAGCTGAACTTGACTGATCTTACAAGGAGAGCT
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AGATAGACCTAGAGCGTCTTAGGTGAGAGCTTCAG*ATGGCTTGTTGCATCCATGGTATT
T*GAATTTGCCGTACCTTGAGCAGCTTAGCTTTGATAACTTATGTTTGTTGTCTTTGTGA
AATGGGATCATATACGCTTAAGACTTTCAATGAATATTGTAACATGATCTTGAATCAATG
CAGACAAGAAAAATACGGACTGAATCATTATCATC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BN62TF U 1
AF RR3CF17TF U 1
AF RR3BN62JQ C 109
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BS 782 782 RR3BN62JQ
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BS 810 810 RR3BN62JQ
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BS 815 833 RR3CF17TF
BS 834 875 RR3BN62JQ

RD RR3BN62TF 769 0 0
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QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3CF17TF 845 0 0
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TCCAATGTACTTGAAGTAGTTGGATCAAACATACAGTCTACATACATTACATGCCCCGCT
GATCTTTCCGCAACTCTTGGTATCAAACTACCCTTTT*GGTATTGGTTGTGAAGAACATG
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CGAGCTTCTAACTTTCAATCTGTGACTAGAGTAAAGCCATATATATGCACAATGCCATTG
AAGATGGATGAGGGATGGAATCAGATCCAGCTGAACTTGACTGATCTTACAAGGAGAGCT
TATGGGACTAATTACGCTGAGACTTTGCGGGTTCAGGTTCATGCTAACTGCCGTCTCAGA
AGGATATATTTTGCTGACCGTCTCTACTCGGATGAAGAGCTTCCTCCAGAGTTCAAACTC
TACCTCCCAGTGCAGAAAGCATGAGCGTGTTCCTGCCCCTTTGTCGTGGAAACTACTTTT
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T*GAATTTGCCGTACCTTGAGCAGCTTAGCTTTGATA*CTTATGTTTGT*GTCTT*GTGA
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TCATGCAGACAA

QA 1 833 1 833
DS 

RD RR3BN62JQ 767 0 0
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GATGACATACACTCCAATGTACTTGAAGTAGTTGGATCAAACATACAGTCTACATACATT
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CGCAGGCGTTTCCGAGCTTTTAACTTTCAATCTGTGACTAGAGTAAAGCCATATATATGC
ACAATGCCATTGAAGATGGATGAGGGATGGAATCAGATCCAGCTGAACTTGACTGATCTT
ACAAGGAGAGCTTATGGGACTAATTACGCTGAGACTTTGCGGGTTCAGGTTCATGCTAAC
TGCCGTTTCAGAAGGATATATTTTGCTGACCGTCTCTACTCGGATGAAGAGCTTCCTCCA
GAGTTCAAACTCTACCTCCCAGTGCAGAAAGCATGAGCGTGTTCCTGCCCCTTTGTCGTG
GAACCTACTTTTAGATAGACCTAGAGCGTCTTAGGTGAGAGCTTCAGGATGGCTTGTTGC
ATCCATGGTATTTTGAATTTGCCGTACCTTGAGCAGCTTAGCTTTGATAACTTATGTTTG
TTGTCTTTGTGAAATGGGATCATATACGCTTAAGACTTTCAATGAATATTGTAACATGAT
CTTGAATCAATGCAGACAAGAAAAATACGGACTGAATCATTATCATC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 4

CO CL3089Contig1 905 4 6 U
GGAATCCTTTACCCTCAGAAACTGATCCGTCCTCTTCGTCTCGGGCGAGATGAAAAACGC
AAAACGTGTAAACTGGGCGGAGCTTCCATCGGAGCTGATATATACGATTCTTCTCCGTCT
CAGCGTGCCTGATAGACTACGAAACGCTCGGAGCGTCTGCAGATCGTGGCGACGCGTCTG
TCAAGACCCCTTGATGTGGCGAAAAATTGAGATGCGAGACATGGGAGACTACCAAGAAGC
CATGGATTATTACGATGCGGCGGAGGCCATGTGCCGTAGCGCCGTAGATCTAAGCCAGGG
CGGCTTGCTGGAGATCAAGATCGAGTACTTCGGCTCCGATTCTCTCCTCGCCTACATCGC
CGACAGGTCAAGTAACCTGAAACGCCTCGTGCTTACTGAGTGCGATCACGTGACGGGTAT
GGGAATTTCGGAAGCAGTCATGAAGCTAACACGTCTTGAACACCTTGAGCTTTCGGACTT
TTATTTTATGGAATTGGATTTGGGATCTATAGGCCTTTCTTGCCCGCTTCTCAAGACTCT
GAAGCTAAACAATGTTGGGTACTACTACAAGGAGGACGAGTGTGATGATGAAGCTTTGGC
GATTGCTGGAACAATGCCCGGTCTTCACCACCTCCAGCTTGTTGGGAACATGTTGACAAA
CGCCGGCTTAAACGCCATTGTTGAGAATTGTCATCACCTCAAGTGCCTTGATTTACGCAA
CTGTGGCCACGTCAACCTTGCCGCCCCCCAATGATTTTTCATAAGTTATATGAAAGAGTG
GGTCGAAGATGTAGTTGATTTTACATTTGCATTTTGTTGATGAGGTTACACTCCTACAAA
CCATACTCTTTTTTTCTTTTGTGAACTTTTGATGCATTATATTTGAAGTTCCCGGAGTTT
ATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3H638TF U 1
AF RR3H638JQ C 38
AF RR3GC07TF U 41
AF RR3GC07JQ C 310
BS 1 742 RR3H638TF
BS 743 748 RR3GC07TF
BS 749 749 RR3H638JQ
BS 750 783 RR3GC07TF
BS 784 824 RR3H638JQ
BS 825 905 RR3GC07JQ

RD RR3H638TF 742 0 0
GGAATCCTTTACCCTCAGAAACTGATCCGTCCTCTTCGTCTCGGGCGAGATGAAAAACGC
AAAACGTGTAAACTGGGCGGAGCTTCCATCGGAGCTGATATATACGATTCTTCTCCGTCT
CAGCGTGCCTGATAGACTACGAAACGCTCGGAGCGTCTGCAGATCGTGGCGACGCGTCTG
TCAAGACCCCTTGATGTGGCGAAAAATTGAGATGCGAGACATGGGAGACTACCAAGAAGC
CATGGATTATTACGATGCGGCGGAGGCCATGTGCCGTAGCGCCGTAGATCTAAGCCAGGG
CGGCTTGCTGGAGATCAAGATCGAGTACTTCGGCTCCGATTCTCTCCTCGCCTACATCGC
CGACAGGTCAAGTAACCTGAAACGCCTCGTGCTTACTGAGTGCGATCACGTGACGGGTAT
GGGAATTTCGGAAGCAGTCATGAAGCTAACACGTCTTGAACACCTTGAGCTTTCGGACTT
TTATTTTATGGAATTGGATTTGGGATCTATAGGCCTTTCTTGCCCGCTTCTCAAGACTCT
GAAGCTAAACAATGTTGGGTACTACTACAAGGAGGACGAGTGTGATGATGAAGCTTTGGC
GATTGCTGGAACAATGCCCGGTCTTCACCACCTCCAGCTTGTTGGGAACATGTTGACAAA
CGCCGGCTTAAACGCCATTGTTGAGAATTGTCATCACCTCAAGTGCCTTGATTTACGCAA
CTGTGGCCACGTCAACCTTGCC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3H638JQ 795 0 0
GTCTC
GGGCGAGATGAAAAACGCAAAACGTGTAAACTGGGCGGAGCTTCCATCGGAGCTGATATA
TACGATTCTTCTCCGTCTCAGCGTGCCTGATAGACTACGAAACGCTCGGAGCGTCTGCAG
ATCGTGGCGACGCGTCTGTCAAGACCCCTTGATGTGGCGAAAAATTGAGATGCGAGACAT
GGGAGACTACCAAGAAGCCATGGATTATTACGATGCGGCGGAGGCCATGTGCCGTAGCGC
CGTAGATCTAAGCCAGGGCGGCTTGCTGGAGATCAAGATCGAGTACTTCGGCTCCGATTC
TCTCCTCGCCTACATCGCCGACAGGTCAAGTAACCTGAAACGCCTCGTGCTTACTGAGTG
CGATCACGTGACGGGTATGGGAATTTCGGAAGCAGTCATGAAGCTAACACGTCTTGAACA
CCTTGAGCTTTCGGACTTTTATTTTATGGAATTGGATTTGGGATCTATAGGCCTTTCTTG
CCCGCTTCTCAAGACTCTGAAGCTAAACAATGTTGGGTACTACTACAAGGAGGACGAGTG
TGATGATGAAGCTTTGGCGATTGCTGGAACAATGCCCGGTCTTCACCACCTCCAGCTTGT
TGGGAACATGTTGACAAACGCCGGCTTAAACGCCATTGTTGAGAATTGTCATCACCTCAA
GTGCCTTGATTTACGCAACTGTGGCCACGTCAACCTTGCCGCCCCCCAATGATTTTTCAT
AAGTTATATGAAAGAGTGGGTCGAAGATGTAGTTGATTTTACATTTGCATTTTGTTGATG
AG
TCCGTAGC

QA 6 787 6 787
DS 

RD RR3GC07TF 743 0 0
GG
GGGCGAGATGAAAAACGCAAAACGTGTAAACTGGGCGGAGCTTCCATCGGAGCTGATATA
TACGATTCTTCTCCGTCTCAGCGTGCCTGATAGACTACGAAACGCTCGGAGCGTCTGCAG
ATCGTGGCGACGCGTCTGTCAAGACCCCTTGATGTGGCGAAAAATCGAGATGCGAGACAT
GGGAGACTACCAAGAAGCCATGGATTATTACGATGCGGCGGAGGCCATGTGCCGTAGCGC
CGTAGATCTAAGCCAGGGCGGCTTGCTGGAGATCAAGATCGAGTACTTCGGCTCCGATTC
TCTCCTCGCCTACATCGCCGACAGGTCAAGTAACCTGAAACGCCTCGTGCTTACTGAGTG
CGATCACGTGACGGGTATGGGAATTTCGGAAGCAGTCATGAAGCTAACACGTCTTGAACA
CCTTGAGCTTTCGGACTTTTATTTTATGGAATTGGATTTGGGATCTATAGGCCTTTCTTG
CCCGCTTCTCAAGACTCTGAAGCTAAACAATGTTGGGTACTACTACAAGGAGGACGAGTG
TGATGATGAAGCTTTGGCGATTGCTGGAACAATGCCCGGTCTTCACCACCTCCAGCTTGT
TGGGAACATGTTGACAAACGCCGGCTTAAACGCCATTGTTGAGAATTGTCATCACCTCAA
GTGCCTTGATTTACGCAACTGTGGCCACGTCAACCTTGCCGCCCCC*AATGATTTTTCAT
AAGTTATATGAAAGAGTGGGT

QA 3 743 3 743
DS 

RD RR3GC07JQ 596 0 0
GGAGATCAAGATCGAGTACTTCGGCTCCGATTCTCTCCTCGCCTACATCGCCGACAGGTC
AAGTAACCTGAAACGCCTCGTGCTTACTGAGTGCGATCACGTGACGGGTATGGGAATTTC
GGAAGCAGTCATGAAGCTAACACGTCTTGAACACCTTGAGCTTTCGGACTTTTATTTTAT
GGAATTGGATTTGGGATCTATAGGCCTTTCTTGCCCGCTTCTCAAGACTCTGAAGCTAAA
CAATGTTGGGTACTACTACAAGGAGGACGAGTGTGATGATGAAGCTTTGGCGATTGCTGG
AACAATGCCCGGTCTTCACCACCTCCAGCTTGTTGGGAACATGTTGACAAACGCCGGCTT
AAACGCCATTGTTGAGAATTGTCATCACCTCAAGTGCCTTGATTTACGCAACTGTGGCCA
CGTCAACCTTGCCGCCCCCCAATGATTTTTCATAAGTTATATGAAAGAGTGGGTCGAAGA
TGTAGTTGATTTTACATTTGCATTTTGTTGATGAGGTTACACTCCTACAAACCATACTCT
TTTTTTCTTTTGTGAACTTTTGATGCATTATATTTGAAGTTCCCGGAGTTTATACC

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 4

CO CL3090Contig1 481 4 7 U
TAAACGTAGCAAATCTTGAATTTATTGGGGGGAAATAAACAAAATTAAAAATACTCGAGA
GATTTATTGAGAGATATACTACTCCAGTGTTCAGTTACAGGAACTATAATATGGATAGTT
GCTTATAACAAAATCATATTGAGAAGAAAAGAATGTTAACATTTTCAAAAATAAGACGAT
GGCAAATACTACCATTTTAGAAAACTTTGGCAACATCCTTCATAAGTCCAGGATTGGCAG
CTGCAAAATCAGTGAATTCTTGAAACGATATGTTTCCATCACCATCAGTATCGATTTTAG
CCATCATACGAGTCACGTCATCAGGGGTCACCGAGCCAAGTTTCTTAAGAGCTTCTTCAA
GTTCGGCTGCTGATATTTTACCATCGCCGTCAGTATCAAATTTCTTGAATATACGTTCGT
GCTCAGCTTTATCCGCCATTATGTGTGTCTATGTGTTTTAAAGATCGTTTTCCTTTTTTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 
10 

AF RR3CZ84JQ U 47
AF RR3CZ84TF C 47
AF RR3CT93JQB U 47
AF RR3AO52TF C 1
BS 1 46 RR3AO52TF
BS 47 314 RR3CZ84JQ
BS 315 316 RR3CT93JQB
BS 317 424 RR3CZ84JQ
BS 425 425 RR3CT93JQB
BS 426 478 RR3CZ84JQ
BS 479 481 RR3AO52TF

RD RR3CZ84JQ 434 0 0
AAAAATACTCGAGAGATTTATTGAGAGATATACTACTCCAGTGTTCAGTTACAGGAACTA
TAATATGGATAGTTGCTTATAACAAAATCATATTGAGAAGAAAAGAATGTTAACATTTTC
AAAAATAAGACGATGGCAAATACTACCATTTTAGAAAACTTTGGCAACATCCTTCATAAG
TCCAGGATTGGCAGCTGCAAAATCAGTGAATTCTTGAAACGATATGTTTCCATCACCATC
AGTATCGATTTTAGCCATCATACGAGTCGTGTCATCAGGGGTCACCGAGCCAAGTTTCTT
AAGAGCTTCTTCAAGTTCGGCTGCTGATATTTTACCATCGCCGTCAGTATCAAATTTCTT
GAATATACGTTCGTGCTCGGCTTTATCCGCCATTATGTGTGTCTATGTGTTTTAAAGATC
GTTTTCCTTTTT
CC

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR3CZ84TF 434 0 0
AAAAATACTCGAGAGATTTATTGAGAGATATACTACTCCAGTGTTCAGTTACAGGAACTA
TAATATGGATAGTTGCTTATAACAAAATCATATTGAGAAGAAAAGAATGTTAACATTTTC
AAAAATAAGACGATGGCAAATACTACCATTTTAGAAAACTTTGGCAACATCCTTCATAAG
TCCAGGATTGGCAGCTGCAAAATCAGTGAATTCTTGAAACGATATGTTTCCATCACCATC
AGTATCGATTTTAGCCATCATACGAGTCGTGTCATCAGGGGTCACCGAGCCAAGTTTCTT
AAGAGCTTCTTCAAGTTCGGCTGCTGATATTTTACCATCGCCGTCAGTATCAAATTTCTT
GAATATACGTTCGTGCTCGGCTTTATCCGCCATTATGTGTGTCTATGTGTTTTAAAGATC
GTTTTCCTTTTT
CC

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR3CT93JQB 433 0 0
AAAAATACTCGAGACATTTATTGAGAGATATACTACTCCAGTGTTCAGTTACATGAATTA
TAATATGGATAGTTGCTTATAACAAAATCATATTGAGAAGAAAAGAATGTTAACATTTTC
AAAAATAAGACGATGGCAAATACTACCATTTTAGAAAACTTTGGCAACATCCTTCATAAG
TCCGGGATTGGCAGCTGCAAAATCAGTGAATTCTTGAAACGATATGTTTCCATCACCATC
AGTATCGATTTTAGCCATCATACGAGTCACGTCATCAGGGGTCACCGAGCCAAGTTTCTT
AAGAGCTTCTTCAAGTTCGGCTGCTGATATTTTACCATCGCCGTCAGTATCAAATTTCTT
GAATATACGTTCGTGCTCAGCTTTATCCGCCATTATGTGTGTCTATGTGTTTTAAAGATC
GTTTTCCTTTTT
C

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR3AO52TF 481 0 0
TAAACGTAGCAAATCTTGAATTTATTGGGGGGAAATAAACAAAATTAAAAATACTCGAGA
GATTTATTGAGAGATATACTACTCCAGTGTTCAGTTACATGAACTATAATATGGATAGTT
GCTTATAACAAAATCATATTGAGAAGAAAAGAATGTTAACATTTTCAAAAATAAGACGAT
GGCAAATACTACCATTTTAGAAAACTTTGGCAACATCCTTCATAAGTCCAGGATTGGCAG
CTGCAAAATCAGTGAATTCTTGAAACGATATGTTTCCATCACCATCAGTATCGATTTTAG
CCATCATACGAGTCACGTCATCAGGGGTCACCGAGCCAAGTTTCTTAAGAGCTTCTTCAA
GTTCGGCTGCTGATATTTTACCATCGCCGTCAGTATCAAATTTCTTGAATATACGTTCGT
GCTCAGCTTTATCCGCCATTATGTGTGTCTATGTGTTTTAAAGATCGTTTTCCTTTTTTC
C

QA 1 481 1 481
DS 



AS 1 4

CO CL3091Contig1 1036 4 10 U
GGTCATTCTTTGTTCCTTACAGTGTGTGAGAAAATGGAGAGTGGGCTAAGCGAGATCGGA
AGCACGAAGATGTTCGATGGATACAACAAAAGATACAAACACAACAGTGAGACACTCGGC
TGTTCCATGACTTTCTCCATCTACTTCCCTCCTTCTTCCCACAAATCCCCTGTGCTATAC
TGGCTCTCTGGGCTCACATGCACAGACGAGAACTTCATCATCAAGTCCGGTGCTCAACGT
GCTGCTTCTACTCACGGCATTGCTCTTGTTGTTCCCGATACTTCTCCAAGAGGACTCAAT
ATTGAAGGTGAAGCAGACAGTTACGACTTTGGTGTAGGAGCTGGATTCTACCTCAATGCT
ACTCAGGAGAAGTGGAAGAACTGGCGTATGTATGACTATGTTGTCAAAGAGTTGCCAAAG
CTCCTGAGTGACAACTTCTCTCAGCTTGACACAGCAAGAGCATCTATCTCTGGACATTCC
ATGGGTGGACATGGTGCTCTTACTATTTACCTCAAGAACCTCGATAAGTATAAGTCTGTG
TCTGCCTTTGCACCAATTGCCAATCCCATTAATTGTCCATGGGGACAGAAAGCATTCACC
AATTATCTTGGTGACAACAAGACTGCTTGGGAGGAATACGATGCTACTTGTCTCATTTCA
AAGTTCAACAATCTTTCTGCCACAATTCTAATTGATCAGGGAGAAAACGACCAGTTCTAC
CCTGATCAGTTATTGCCCAACAAGTTTGAAGAGGCGTGCAGGAAAGTGAATGCGCCGCTC
TTAGTGCGTCTGCAGCCAGGATACGACCACTCCTACTACTTCATTGCAACTTTCATCGAA
GACCACATCAGTCACCATGCTCAAGCCCTTGAGTTGTAGCTCACTCATGTTGCTCCGCAT
CATCCAGCTTTGCCTTTGTCCAAATACTAGATATATCAATAAAGCAAGTGGACTTGTAAT
GTTTTTGTGTTCAGTGACTGCTCTGTGTAGTGTGTTATGTCTACAATAATAAAATAAATC
GAAACTTCCAATGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3GR19TF U 1
AF RR3GT38TF U 34
AF RR3GT38JQ C 273
AF RR3BL41JQ C 312
BS 1 265 RR3GR19TF
BS 266 674 RR3GT38TF
BS 675 675 RR3GT38JQ
BS 676 753 RR3GT38TF
BS 754 754 RR3GT38JQ
BS 755 764 RR3GT38TF
BS 765 765 RR3GT38JQ
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BS 817 1033 RR3GT38JQ
BS 1034 1036 RR3BL41JQ

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GCTGCTTCTACTCACGGCATTGCTC

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GG
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GAACCTCGATAAGTATAAGTCTGTGTCTGCCTTTGCACCAATTGCCAATCCCATTAATTG
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TCAGGGAGAAAACGACCAGTTCTACCCTGATCAGTTATTGCCCAACAAGTTTGAAGAG*C
GTGCAGGAA*GTGAATGCGCCGCTCTTAGTGCGTCTGCAGCCAGGATACGACCACTCCTA
C

QA 3 783 3 783
DS 

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TGACTATGTTGTCAAAGAGTTGCCAAAGCTCCTGAGTGACAACTTCTCTCAGCTTGACAC
AGCAAGAGCATCTATCTCTGGACATTCCATGGGTGGACATGGTGCTCTTACTATTTACCT
CAAGAACCTCGATAAGTATAAGTCTGTGTCTGCCTTTGCACCAATTGCCAATCCCATTAA
TTGTCCATGGGGACAGAAAGCATTCACCAATTATCTTGGTGACAACAAGACTGCTTGGGA
GGAATACGATGCTACTTGTCTCATTTCAAAGTTCAACAATCTTTCTGCCACAATTCTAAT
TGATCAGGGAGAAAACGACCAGTTCTACCCTGATCAGTTATTGCCCAACAAGTTTGAAGA
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GTTGTAGCTCACTCATGTTGCTCCGCATCATCCAGCTTTGCCTTTGTCCAAATACTAGAT
ATATCAATAAAGCAAGTGGACTTGTAATGTTTTTGTGTTCAGTGACTGCTCTGTGTAGTG
TGTTATGTCTACAATAATAAAATAAATCGAAACTTCCAATG

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DS 

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TGGTGCTCTTACTATTTACCTCAAGAACCTCGATAAGTATAAGTCTGTGTCTGCCTTTGC
ACCAATTGCCAATCCCATTAATTGTCCATGGGGACAGAAAGCATTCACCAATTATCTTGG
TGACAACAAGACTGCTTGGGAGGAATACGATGCTACTTGTCTCATTTCAAAGTTCAACAA
TCTTTCTGCCACAATTCTAATTGATCAGGGAGAAAACGACCAGTTCTACCCTGATCAGTT
ATTGCCCAACAAGTTTGAAGAGGCGTGCAGGAAAGTGAATGCGCCGCTCTTAGTGCGTCT
GCAGCCAGGATACGACCACTCCTACTACTTCATTGCAACTTTCATCGAAGACCACATCAG
TCACCATGCTCAAGCCCTTGAGTTGTAGCTCACTCATGTTGCTCCGCATCATCCAGCTTT
GCCTTTGTCCAAATACTAGTTATATCAATAAAGCAAGTGGACTTGTAATGTTTTTGTGTT
CAGTGACTGCTCTGTGTAGTGTGTTATGTCTACAATAATAAAATAAATCGAAACTTCCAA
TGAGC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 4

CO CL3092Contig1 834 4 7 U
GGGAAACAGTCGGGGATTTAGGGTTTCAACGGGGACTCAGAGTACTCGACTCTCCGAAGT
CCGATCCCTTCTTCTCCGGCTCGAAAATTCTCCTCCTTCGCATTTGATCGACTCGTCTCA
GCTCAATTCTCTGCCGTTTTCACGTTACAGCTTCGTTTAGTTAAAGGCGTTGGCCAAAAG
ACTTGGGATTAAGTACTCTGGTTTGCGGGAGAGATGAATCACGGCCAACATTCTGGCGAA
GCAAAGCATGAAGATGATGCTGCTCTTACCGAGTTCCTTGCGTCTCTCATGGATTATACT
CCTACTATTCCTGATGATCTAGTGGAGCACTACTTGGCTAAGAGTGGGTTTCAGTGCCCC
GACGTACGATTAATAAGGCTAGTTGCTGTGGCTACACAAAAGTTTGTTGCAGATGTTGCC
AGCGATGCTCTTCAGCACTGCAAGGCTAGACCAGCACCAGTTGTGAAAGACAAAAAACAG
CAGAAGGATAAGCGTTTAGTATTGACAATGGAAGACCTTTCAAAAGCTTTGCGTGAGTAT
GGTGTGAACGTGAAGCATCCAGAATATTTTGCTGATAGCCCTTCGACCGGAATGGATCCT
GCGACAAGAGACGAATAGCAACCAGGAAGTCTCGATCGTCTTTCCCAGTATGGATGATCG
TGTGTGAGTTACTTGATTTTCTATTGTGTTTTAGTTGAAACAAAACTCTCTTCTCCTCTT
CGTAGTCATCGATTACTTGTATATCATTCCTCCTGTTGTTTGTTTCTTGACTTACGTCCT
TGTGTTATTGAGTTTCATACGATACTTTTATCAACACATTTTCTTATATTGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G678TF U 1
AF RR3B806TF U 11
AF RR3G678JQ C 36
AF RR3B806JQ C 75
BS 1 67 RR3G678TF
BS 68 68 RR3B806TF
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CCGATCCTTTCTTCTCCGGCTCGAAAATTCTCCTCCTTCGCATTTGATCGACTCGTCTCA
GCTCAATTCTCTGCCGTTTTCACGTTACAGCTTCGTTTAGTTAAAGGCGTTGGCCAAAAG
ACTTGGGATTAAGTACTCTGGTTTGCGGGAGAGATGAATCACGGCCAACATTCTGGCGAA
GCAAAGCATGAAGATGATGCTGCTCTTACCGAGTTCCTTGCGTCTCTCATGGATTATACT
CCTACTATTCCTGATGATCTAGTGGAGCACTACTTGGCTAAGAGTGGGTTTCAGTGCCCC
GACGTACGATTAATAAGGCTAGTTGCTGTGGCTGCACAAAAGTTTGTTGCAGATGTTGCC
AGCGATGCTCTTCAGCACTGCAAGGCTAGACCAGCACCAGTTGTGAAAGACAAAAAACAG
CAGAAGGATAAGCGTTTAGTATTGACAATGGAAGACCTTTCAAAAGCTTTGCGTGAGTAT
GGTGTGAACGTGAAGCATCCAGAATATTTTGCTGATAGCCCTTCGACCGGAATGGATCCT
GCGACAAGAGACGAATAGCAACCAGGAAGTCTCGATCGTCTTTCCCAGTATGGATGATCG
TGTGTGAGTTACTTGATTTTCTATTGTGTTTTAGTTGAAACAAAACTCTCTTCTCCTCTT
CGTAGTCATCGATTACTTGTATATCATTCCTCCTGTTG

QA 1 758 1 758
DS 

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G
GGGGATTTAGGGTTTCAACGGGGACTCAGAGTACTCGACTCTCCGAAGTCCGATCCCTTC
TTCTCCGGCTCGAAAATTCTCCTCCTTTGCATTTGATCGACTCGTCTCAGCTCAATTCTC
TGCCGTTTTCACGTTACAGCTTCGTTTAGTTAAAGGCGTTGGCCAAAAGACTTGGGATTA
AGTACTCTGGTTTGCGGGAGAGATGAATCACGGCCAACATTCTGGCGAAGCAAAGCATGA
AGATGATGCTGCTCTTACCGAGTTCCTTGCGTCTCTCATGGATTATACTCCTACTATTCC
TGATGATCTAGTGGAGCACTACTTGGCTAAGAGTGGGTTTCAGTGCCCCGACGTACGATT
AATAAGGCTAGTTGCTGTGGCTACACAAAAGTTTGTTGCAGATGTTGCCAGCGATGCTCT
TCAGCACTGCAAGGCTAGACCAGCACCAGTTGTGAAAGACAAAAAACAGCAGAAGGATAA
GCGTTTAGTATTGACAATGGAAGACCTTTCAAAAGCTTTGCGTGAGTATGGTGTGAACGT
GAAGCATCCAGAATATTTTGCTGATAGCCCTTCGACCGGAATGGATCCTGCGACAAGAGA
CGAATAGCAACCAGGAAGTCTCGATCGTCTTTCCCAGTATGGATGATCGTGTGTGAGTTA
CTTGATTTTCTATTGTGTTTTAGTTGAAACAAAACTCTCTTCTCCTCTTCGTAGTCATCG
ATTACTTGTATATCATTCCTCCTGTTGTTTGTTTCTTGACTTACGTCCTTGTGTTATTGA
GTTTCATACGATACTTTTATCAACACATTTTCTT

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DS 

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TTTAGTTAAAGGCGTTGGCCAAAAGACTTGGGATTAAGTACTCTGGTTTGCGGGAGAGAT
GAATCACGGCCAACATTCTGGCGAAGCAAAGCATGAAGATGATGCTGCTCTTACCGAGTT
CCTTGCGTCTCTCATGGATTATACTCCTACTATTCCTGATGATCTAGTGGAGCACTACTT
GGCTAAGAGTGGGTTTCAGTGCCCCGACGTACGATTAATAAGGCTAGTTGCTGTGGCTGC
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ACCAGTTGTGAAAGACAAAAAACAGCAGAAGGATAAGCGTTTAGTATTGACAATGGAAGA
CCTTTCAAAAGCTTTGCGTGAGTATGGTGTGAACGTGAAGCATCCAGAATATTTTGCTGA
TAGCCCTTCGACCGGAATGGATCCTGCGACAAGAGACGAATAGCAACCAGGAAGTCTCGA
TCGTCTTTCCCAGTATGGATGATCGTGTGTGAGTTACTTGATTTTCTATTGTGTTTTAGT
TGAAACAAAACTCTCTTCTCCTCTTCGTAGTCATCGATTACTTGTATATCATTCCTCCTG
TTGTTTGTTTCTTGACTTACGTCCTTGTGTTATTGAGTTTCATACGATACTTTTATCAAC
ACATTTTCTTATATTGATG

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3B806JQ 753 0 0
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CGTTTTCACGTTACAGCTTCGTTTAGTTAAAGGCGTTGGCCAAAAGACTTGGGATTAAGT
ACTCTGGTTTGCGGGAGAGATGAATCACGGCCAACATTCTGGCGAAGCAAAGCATGAAGA
TGATGCTGCTCTTACCGAGTTCCTTGCGTCTCTCATGGATTATACTCCTACTATTCCTGA
TGATCTAGTGGAGCACTACTTGGCTAAGAGTGGGTTTCAGTGCCCCGACGTACGATTAAT
AAGGCTAGTTGCTGTGGCTACACAAAAGTTTGTTGCAGATGTTGCCAGCGATGCTTTTCA
GCACTGCAAGGCTAGACCAGCACCAGTTGTGAAAGACAAAAAACAGCAGAAGGATAAGCG
TTTAGTATTGACAATGGAAGACCTTTCAAAAGCTTTGCGTGAGTATGGTGTGAACGTGAA
GCATCCAGAATATTTTGCTGATAGCCCTTCGACCGGAATGGATCCTGCGACAAGAGACGA
ATAGCAACCAGGAAGTCTCGATCGTCTTTCCCAGTATGGATGATCGTGTGTGAGTTACTT
GATTTTCTATTGTGTTTTAGTTGAAACAAAACTCTCTTCTCCTCTTCGTAGTCATCGATT
ACTTGTATATCATTCCTCCTGTTGTTTGTTTCTTGACTTACGTCCTTGTGTTATTGAGTT
TCATACGATACTTTTATCAACACATTTTCTT
AT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 4

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GGACGCTCTTCTTCCCCCTTTCGGTTTCGAAATTAGGGTTTCGCTCAGCGCTCTCCTTCA
ATCCCCAGTCAGGAAGATGCCTCGCTATGATGATCGTTACGGGAACACTCGTCTTTATGT
CGGACACTTGTCATCCAGAACTCGTACCAGAGACCTTGAACGCCTTTTCAACAGATACGG
AAGAGTGCGAGATGTGGATATGAAGAGGGACTATGCTTTTGTTGAGTTTAGTGATCCCCG
TGATGCTGATGACGCGAGACATTACTTGGATGGACGAGACTTCGATGGAAGTCGCATCAC
TGTGGAGTTTTCAAGAGGGGCACCTCGTGGCTCTCGGGACTATGACAGCAGAGGCCCGCC
TCCTGGAGCTGGTCGCTGCTTTAACTGTGGTGTTGACGGTCACTGGGCTCGAGACTGCAC
TGCAGGGGACTGGAAGAACAAGTGTTACCGCTGTGGGGAGAGAGGACACATTGAGAGAAA
CTGCAAGAACAGTCCCAAGAAGCTCAGGCGAAGTGGAAGCTACTCCAGGTCACCTGTAAG
ATCCCGTTCTCCTCCTCGTCGTAGAAGAAGCCCAAGCCGTAGCAGGAGTCTGAGCCGAAG
CTACAGCCGATCAAGATCCCCAGTGAAAAGAAGAGAGAGAAGTGTCGAGGAGAGATCTCG
CAGTCCAAAGAGAATGGAGGACTCTCTATCGCCAAGAGGCAGGGACCGTAGTCCGATTAT
GGATGATGAAGGTAGCCCAAGGATCATAGACGGGAGCCCTCCACCTTCTCCGAAGCTTGA
AAAGCAAGCAGGATCAGACCATGACGGTGGTGGCAGCCCTCAAAACAATGGCAATGGCAG
CAACACTGTGGGACGCAGTGCTGACAGCCCGAGAGAGGACAGAAGCCCCGTTGATGATGA
TTACGAGGCCAACCGTGCTTCCCCTAGAGGAAGCGAGTCTCCTTGACTTCTGATGGCTCA
TGGCCTCAAGTCACAGGCACTCTAGCATGTTGTACTATTATATCAGACTGCTCCAGAAAT
TACTCTCTCTTTTCATGTGTGTTTGCTTTTGGATCTTCTTATGTTCATGTTGTCAGGATT
TTTTTCTTTTACCCAATTGAGATGATGGTTAAACTTGCAAGAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3AL29TF U 1
AF RR3DR32TF U 1
AF RR3DR32JQ C 381
AF RR3AL29JQ C 592
BS 1 694 RR3AL29TF
BS 695 698 RR3DR32TF
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BS 700 703 RR3DR32TF
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BS 742 1123 RR3DR32JQ

RD RR3AL29TF 694 0 0
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ATCCCCAGTCAGGAAGATGCCTCGCTATGATGATCGTTACGGGAACACTCGTCTTTATGT
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ATCCCGTTCTCCTCCTCGTCGTAGAAGAAGCCCAAGCCGTAGCAGGAGTCTGAGCCGAAG
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CAGTCCAAAGAGAATGGAGGACTCTCTATCGCCA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3DR32TF 748 0 0
GGACGCTCTTCTTCCCCCTTTCGGTTTCGAAATTAGGGTTTCGCTCAGCGCTCTCCTTCA
ATCCCCAGTCAGGAAGATGCCTCGCTATGATGATCGTTACGGGAACACTCGTCTTTATGT
CGGACACTTGTCATCCAGAACTCGTACCAGAGACCTTGAACGCCTTTTCAACAGATACGG
AAGAGTGCGAGATGTGGATATGAAGAGGGACTATGCTTTTGTTGAGTTTAGTGATCCCCG
TGATGCTGATGACGCGAGACATTACTTGGATGGACGAGACTTCGATGGAAGTCGCATCAC
TGTGGAGTTTTCAAGAGGGGCACCTCGTGGCTCTCGGGACTATGACAGCAGAGGCCTGCC
TCCTGGAGCTGGTCGCTGCTTTAACTGTGGTGTTGACGGTCACTGGGCTCGAGACTGCAC
TGCAGGGGACTGGAAGAACAAGTGTTACCGCTGTGGGGAGAGAGGACACATTGAGAGAAA
CTGCAAGAACAGTCCCAAGAAGCTCAGGCGAAGTGGAAGCTACTCCAGGTCACCTGTAAG
ATCCCGTTCTCCTCCTCGTCGTAGAAGAAGCCCAAGCCGTAGCAGGAGTCTGAGCCGAAG
CTACAGCCGATCAAGATCCCCAGTGAAAAGAAGAGAGAGAAGTGTCGAGGAGAGATCTCG
CAGTCCAAAGAGAATGGAGGACTCTCTATCGCCAAGAG*CAGG*ACCGTAGTCCGATTAT
GGATGATGAAG*TAGCCCAAG
ATCATAG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3DR32JQ 743 0 0
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AGTGTTACCGCTGTGGGGAGAGAGGACACATTGAGAGAAACTGCAAGAACAGTCCCAAGA
AGCTCAGGCGAAGTGGAAGCTACTCCAGGTCACCTGTAAGATCCCGTTCTCCTCCTCGTC
GTAGAAGAAGCCCAAGCCGTAGCAGGAGTCTGAGCCGAAGCTACAGCCGATCAAGATCCC
CAGTGAAAAGAAGAGAGAGAAGTGTCGAGGAGAGATCTCGCAGTCCAAAGAGAATGGAGG
ACTCTCTATCGCCAAGAGGCAGGGACCGTAGTCCGATTATGGATGATGAAGGTAGCCCAA
GGATCATAGACGGGAGCCCTCCACCTTCTCCGAAGCTTGAAAAGCAAGCAGGATCAGACC
ATGACGGTGGTGGCAGCCCTCAAAACAATGGCAATGGCAGCAACACTGTGGGACGCAGTG
CTGACAGCCCGAGAGAGGACAGAAGCCCCGTTGATGATGATTACGAGGCCAACCGTGCTT
CCCCTAGAGGAAGCGAGTCTCCTTGACTTCTGATGGCTCATGGCCTCAAGTCACAGGCAC
TCTAGCATGTTGTACTATTATATCAGACTGCTCCAGAAATTACTCTCTCTTTTCATGTGT
GTTTGCTTTTGGATCTTCTTATGTTCATGTTGTCAGGATTTTTTTCTTTTACCCAATTGA
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QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3AL29JQ 532 0 0
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GAGATCTCGCAGTCCAAAGAGAATGGAGGACTCTCTATCGCCAAGAGGCAGGGACCGTAG
TCCGATTATGGATGATGAAGGTAGCCCAAGGATCATAGACGGGAGCCCTCCACCTTCTCC
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CAATGGCAGCAACACTGTGGGACGCAGTGCTGACAGCCCGAGAGAGGACAGAAGCCCCGT
TGATGATGATTACGAGGCCAACCGTGCTTCCCCTAGAGGAAGCGAGTCTCCTTGACTTCT
GATGGCTCATGGCCTCAAGTCACAGGCACTCTAGCATGTTGTACTATTATATCAGACTGC
TCCAGAAATTACTCTCTCTTTTCATGTGTGTTTGCTTTTGGATCTTCTTATGTTCATGTT
GTCAGGATTTTTTTCTTTTACCCAATTGAGATGATGGTTAAACTTGCAAGAC

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 4

CO CL3094Contig1 1242 4 30 U
ATATCATCAATAAACAACACAATCCATTAATTAAAAGTATATCAAATACAAAGAAATTTG
TATGTATGAAACATACAAATATAACAAAATGCAAGAAAACATGTATCAAAAAAAAAAGAA
AAGTATGGCTACTAAGGAAACGATGATGAGATAGACAGACACAAGTGTATATCTCTGGAA
ATGGACAAAACAAGACAAGACAAGACAAGTGTGATATAGTAGTTTAAGATCATAGGGTGG
GCCTGATTCTAATAGGCTTAGTGAGTTCCAGGAACCTTTGGGAGTTCTGACAACTTGGGA
AATTCAGGTATCTTTGGTAGTTCTGGTTTTGGAATCTCTGGAACTTTTGGAACCTCTGGA
ACGGTTGGCAGTTCTGGTTTCACAATCTCTGGCAACTTAGGAACCTCAGGCTTTGGAACC
TCAGGTATCTTTGGCAGCTCCGGTTTTTTAATTTCTGGCATCTTTGGCAACTCAGGCTTT
GGAATCTCTGGCATCTTTGGTAGCTCCGGCTTCTGAATCTCTGGCAACTTAGGAGCTTCA
GGCTTTTGAACCTCTGGAATCTTTGGTAGCTCTGGCTTAGGAACCTCTAGCACCTTTGGT
AACTCAGGCTTTGGAATCTCCGGCACCTTTGGTAGCTCAGGCTTTGCAACCTCTGGCACC
TTTGGTAGCTCAGGCTTAGGAATCTCTGGCATTTTTGGTAGCTCAGGCTTTGCAACCTCT
GGTACCTTAGGAGCCTCAGGCTTCGG*AGTCTCCATCAACTTAGGCATCTCAGGGCTTAG
AAACCTCCGGTATCTTTGGCAATTCTGGTTTTGGGAATCTCCGGGGAACTTAGGCAACTC
AGGGCTTGGGAATCTCTGGTACTTTTGGCAAACTCAGGGCTTCGGCATTTCAGGAATCTT
GGGCAGCTCAGGGCTTTGGAAGGTCAGGTAACTTGGGCATCTCTGGTTTAGGGAGCTCCG
GTAACTTGGGAACTTCAAACTTCGGTAGCTCCGGGTGAGGAAGTTCAGGAAACTTTGGCA
GCTCCGGTTTAGGGACCTCCTCAACTAACCGGCGAGCTCCGACTGAAACTGGACCAGCCA
GCAATGCGATAAGACAGATGATCAGAATTGGTGATGAGAGGAGAAGAGAGAGAGACTCTT
CTTCATCAGTGCCATGCTTGCTTGCGTGAGAAGTTAACCTTTTTTTCTTTTGTATGCTTC
TTTTGCTTTGTGGTGTGTTTGTTTGTTGTTGGTTTGTGATCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 
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AS 1 4

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CACTCGTATTTCTTTCCAAGATTAGTTTTTACTATATGGTTTTTGATGGATTATGTAATA
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TTTTTGTAAATTTAAAACATATATATTCTGTAAAGGTAGATATTTT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL62JQ C 275
AF RR3GL62TF U 1
AF RR3AX32TF U 259
AF RR3AX32JQ C 328
BS 1 336 RR3GL62TF
BS 337 337 RR3AX32TF
BS 338 363 RR3GL62TF
BS 364 364 RR3AX32TF
BS 365 399 RR3GL62TF
BS 400 400 RR3AX32TF
BS 401 600 RR3GL62TF
BS 601 601 RR3AX32TF
BS 602 705 RR3GL62TF
BS 706 706 RR3AX32TF
BS 707 714 RR3GL62TF
BS 715 715 RR3AX32TF
BS 716 740 RR3GL62TF
BS 741 973 RR3AX32TF
BS 974 1186 RR3AX32JQ

RD RR3GL62JQ 424 0 0
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QA 1 424 1 424
DS 

RD RR3GL62TF 740 0 0
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TCCATTCCTGGAGAGGCTCATCAAAAAGGGATACGAGGTCATCTTCTTCACAGACCCCGT
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AAAAGAAGGACTGAAGGTTGGGAAAGATTCGAAAGTGAAGGAGCTGAAAGAAGCATTCAA
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CAGTAACCGATTGGCCGACACTCCCTGTGTAGTTGTGACGTCCAAGTTTGGATGGAGTGC
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GACAGCTTCGATCGAGAGTGGATTCATACTCAACGACCCAAAGGACTTTGCAGGCCGTAT
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CGAGGCAGAGGAGACAGAGACCAGTGAGGAAGCTACTGAGACAAA*TCAGATGACTTGCC
TGGTGGTCTAAACATTGAAG

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3AX32TF 715 0 0
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CACTCCCTGTGTAGTTGTAACGTCCAAGTTTGGATGGAGTGCAAACATGGAGAGGATCAT
GCAGTCCCAAACTCTCTCCGACGCAAACAAGCAAGCTTACATGCGAGGAAAGCGAGTCCT
TGAGATCAACCCACGACACCCAATCATCAAAGAACTCAAGGAAAGAGTTGCTAGCGACCC
AGAGGATGAGAGTGTGAAAGAAACAGCACAGCTCATGTACCAGACAGCTTTGATCGAGAG
TGGATTCATACTCAACGACCCAAAGGACTTTGCAGGCCGTATTTACAACTCCGTCAAGAG
CAGCCTGAAGATCAGCCCTGATGCCGTAGCCGAAGAGGAAGTCGAGGCAGAGGAGACAGA
GACCAGTGAGGAAGCTACTGAGACAAAATCAGATGATTTGCCTGGTGGTCTAAACATTGA
AGCCGAACCTGTTGAGGAAGAGACACCAACCAAGGACGAACTGTAGATTTCACTTCTGAT
GTTTTTCTCTACTCTCTTAGTTAAAGACAGAACATCGTGTTTCACTCGTATTTCTTTCCA
AGATTAGTTTTTACTATATGGTTTTTGATGGATTATGTAATAGCAGCACGACGTTGAGTC
TAGATCATTGCTGAATGAGTTCATCCATCATATCACTGTTCCTCAATTAAACTAA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3AX32JQ 859 0 0
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GCTGAATGAGTTCATCCATCATATCACTGTTCCTCAATTAAACTAAACAACAATGCGAAC
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TTGTAGCTTTCTGTAGTGTTAGCCACCTATAATGCATATCTACTTGGGTATTTTTACTTG
TATTCTACATGACCAAGTTTTGAAAAGCTATGTTTTTTGTAAATTTAAAACATATATATT
CTGTAAAGGTAGATATTTT

QA 1 859 1 859
DS 



AS 1 4

CO CL3096Contig1 790 4 17 U
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CAGTCCATGGCTGATAAAACCAAGTTCAACAAAGCAGTGATCACAACGTTTATTTTATGT
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GCACTTGTTGCTTCTTCTGTTTGTTCTGCTTTCCTTATCCCATTTTTTGGTCTTGTGATG
GCTCTGATAGGATCTCTTCTCAGTATACTTGTGGCTATAGTAATGCCAGCTCTATGCTTC
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ATTAGTGAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3G008TF U 1
AF RR3CO66TF U 96
AF RR3G008JQ C 1
AF RR3CO66JQ C 36
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BS 681 695 RR3G008TF
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BS 697 738 RR3G008TF
BS 739 739 RR3CO66TF
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RD RR3G008TF 751 0 0
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*AATTATTAAAATGAAGAAAGCCATCATATAGTCATCTTCTTTTCTTTGAGTTTAAATGT
TTTATGTTGATGCTGATA*GATCTTTGATTA

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3CO66TF 687 0 0
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TAATTTGGACTTTTGAAGTA
TAAATTA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3G008JQ 790 0 0
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TCTCAGATCACACTAAACATGCCAAAGGGCTTGTTTTTCTCCAAAGTGGCTCAGTGGACA
ACTGTTGTGAGTCCGTTTACAAAATACGCTCTCTTGATGAACCCACTTGCAAGGAGTATA
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GCACTTGTTGCTTCTTCTGTTTGTTCTGCTTTCCTTATCCCATTTTTTGGTCTTGTGATG
GCTCTGATAGGATCTCTTCTCAGTATACTTGTGGCTATAGTAATGCCAGCTCTATGCTTC
ATAAGGATAATGGGTAACAAAGCTACAAGAACACAGATGATTCTGAGTTCAATAATAGTG
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ATTAGTGAAA

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3CO66JQ 755 0 0
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TAATTTGGACTTTTGAAGTAATAAAATTAGTGAAA

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 3

CO CL3097Contig1 1291 3 21 U
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CTTTTTTCCTCGATCTTACGGCTCCTT*GCAACCCATGATAGAGCATCAGAAGCTTCTTC
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TTGCTCTTTCCCACTTGGTGCAGCGTCAGCATTACCCTCAGCTTCATACGAACCTCTGTT
GTCGTGATGGTCTTTTATTTCGGCAGGTTTTTCAGTCTCATCCTCATCCTCGTGGCTTTT
CTTACTCGATCTATCCTTAGCTCTTGACCTATCCTTGTCTTTGTACGCTTCCTTCTCCTT
TTCCTTAGACTTCTCTTTCAATTTATCCTTCTCCCTATGTTTATCTCTTCCTTTTTCCCT
CTCCTTGTCTTTCACACGATCTCTCTCCCTATCCCTATCCCTCTCTCTATCCCAATCTCT
GCTCTTTTCCTTCTCAGTGTCTCCTTCTTTGTCCCTCTTTCGGTCCCTTTCTTTCTCCTT
ATCTCTTCGATGGTTCTTTTCACGGTCATAGTCCTTCTCTTTATCCTTGCTCCTATGATC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ92JQ U 1
AF RR3B014JQ U 26
AF RR3B014TF C 499
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RD RR3CZ92JQ 746 0 0
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GGCTCATCATACTGCGGAAGCATCTTCTTTTCTGCACCGGGATCATCGTTAAACTTATCA
TCATATATTCCCTTTTTCTTCTTGGCTGCTTCATAAGCTTCATTCCGGCGCATCTGTTCT
CCAATTTCAACATTTTCTAGCATGTCAATCTCATTGTTGACATCTCCATCGGCAAGGACA
CTCTGGTCTTTTAGTGTCAAAATAACTGCTCCACCTTCCGCCACCTTCTCCAAACCATGT
AGAACTTTAACACCAGATAGATGATCACCATCCTCGCCGTCTTCATTTTCACCTTGAATA
AGATTGTCCTGCTCCTCAAAAATTCACGACATCTGATGAGCTCTTTGCTTCTCAGCATTT
CTTTTTTCCTCGATCTTACGGCTCCTT*GCAACCCATGATAGAGCATCAGAAGCTTCTTC
AGCTTTCTTCTTTCTCTCCTCTCTCATCTTCTTAATGCGCTCCTCAACTTCCGTTGCAGA
TTGCTCTTTCCCACTTGGTGCAGCGTCAGCATTATTTTCACCTTCATTCGAACCTCTGTT
GTCCTGATGATCTTTTATTTC
CGCAA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3B014JQ 929 0 0
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GACCCTGGATTCTTTTACGCAGCTCTTCCAGCTTCTTCTCTGCTTCACCAGTAAAGCGAC
CCTTTGCATCCAAAATTATTCCCTCATCAGTATCGGGCTCATCATACTGCGGAAGCATCT
TCTTTTCTGCACCGGGATCATCGTTAAACTTATCATCATATATTCCCTTTTTCTTCTTGG
CTGCTTCATAAGCTTCATTCCGGCGCTTCTGTTCTCCAATTTCCACATTTTCTAGCATGT
CAATCTCATTGTTGACATCTCCATCGGCAAGGACACTCTGGTCTTTTAGTGTCAAAATAA
CTGCTCCACCTTCCGCCACCTTCTCCAAACCATGTAGAACTTTAACACCAGATAGATGAT
CACCATCCTCGCCGTCTTCATTTTCACCTTGAATAAGATTGTCCTGCTCCTCAAAAATTC
TCGACATCTGATGAGCTCTTTGCTTCTCAGCATTTCTTTTTTCCTCGATCTTACGGCTCC
TT*GCAACCCATGATAGAGCATCAGAAGCTTCTTCAGCTTTCTTCTTTCTCTCCTCTCTC
ATCTTCTTAATGCGCTCCTCAACTTCCGTTGCAGATTGCTCTTTCCCACTTGGTGCAGCG
TCAGCATTACCCTCAGCTTCATACGAACCTCTGTTGTCGTGATGGTCTTTTATTTCGGCA
GGTTTTTCAGTCTCATCCTCATCCTCGTGGCTTTTCTTACTCGATCTATCCTTAGCTCTT
GACCTATCCTTGTCTTTGTACGCTTCCTTCTCCTTTTCCTTAGACTTCTCTTTCAATTTA
TCCT*CTCCCTATGTTTATCTCTTC**TTTTCCCTCTCCT*GTCTTTCACACGATCTCTC
TCCCTATCCCTATCCCTCTCTCTATCCCA

QA 1 929 1 929
DS 

RD RR3B014TF 793 0 0
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CGGCTCCTTTGCAACCCATGATAGAGCATCAGAAGCTTCTTCAGCTTTCTTCTTTCTCTC
CTCTCTCATCTTCTTAATGCGCTCCTCAACTTCCGTTGCAGATTGCTCTTTCCCACTTGG
TGCAGCGTCAGCATTACCCTCAGCTTCATACGAACCTCTGTTGTCGTGATGGTCTTTTAT
TTCGGCAGGTTTTTCAGTCTCATCCTCATCCTCGTGGCTTTTCTTACTCGATCTATCCTT
AGCTCTTGACCTATCCTTGTCTTTGTACGCTTCCTTCTCCTTTTCCTTAGACTTCTCTTT
CAATTTATCCTTCTCCCTATGTTTATCTCTTTCTTTTTCCCTCTCCTTGTCTTTCACACG
ATCTCTCTCCCTATCCCTATCCCTCTCTCTATCCCAATCTCTGCTCTTTTCCTTCTCAGT
GTCTCCTTCTTTGTCCCTCTTTCGGTCCCTTTCTTTCTCCTTATCTCTTCGATGGTTCTT
TTCACGGTCATAGTCCTTCTCTTTATCCTTGCTCCTATGATCCTTATCTTTCCTCCTTCC
ATCTCTGCTTTCTCTACCAGGCGACCCCTTATTATCAGCCCTCTCTTCCCTACTTTCATG
CCTTGATTTAGACTTCTCCACTTCCATTCTCAAAGAAACCCAGAAACTTCAATCACCACC
GCGAAGGATCGAAAGCTCGCCGTAGAAAGAGACGGAGAAACTCAGATAGACGCGAGAGGG
GAACCGATTGTCC

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 3

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TGCTTGTCCACGGATCATGTCATGGAGCATGGTGCTGGTTCAAGCTGGCTGGAAAGCTCA
AGGCCAACGGTCAACGAGTGACAGCTATTGAACTAGGCGGGTCCGGTATCGACAAGAGGA
GGCTCGACGAGGTTCGTTCTGTTTCCGAGTATCTAGAGCCTTTGATGAGTTTCATGGAGG
CCCTTCCTGAGGAAGAGAAGGTGGTCCTTGTTGGTCATAGCTATGGTGGCATTGGAACCT
CTCTCGCAATGGAAAGGTTTCCGACCAAAATCTCTGTCGGAATCTTCATCTCTGCTTATA
TGCCACACCATGAGTCTCCTCCTTCCGTTCTCATTCAAGAGTATTTCAAACGTCTCCCTG
ATGGATTCGCCATGGATTGTGAGTTTACATTCGAGGAAGGACCAGGACAGCCGCCAAGTT
CAGTTATGTTCGGTAATAGTTTCATGAAGGAGAAGGCTTACAGTAATTGCCAGTCAGAGG
ATATAGAACTAGCCATGGCGTTGGTGAAACCGAGCTGGTTATACCCAAAGGAAATGGAAA
GTAAAGATTTGCTGACCAAGGAAGGGTATGGATCTGGGAAGAGAGCGTATATCGTCTGCG
AAGGCGACAATGTGGTTCCAGAGGAGATTCAGAAGTGGATGATTAGTAACTACGAACCTA
ATGAAGTAAAAGTGGTTGAAGAAGCTGGTCACATGGCTATGATCACTAAACCTCAACAGC
TTTCTCAACTGCTACAGGAAATAGCAGCAGAATACAACTGAAAAAAAAGAGTTGTGACAT
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TTATGATATGAATAAGAGGGGGTTTTGTGGGATACTTATATTCTTACGTTACATTGCTTG
CTGTATTGGATGGGCAGTTTCACATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI94TF U 1
AF RR3CW75JQ C 356
AF RR3GW27TF U 188
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BS 518 518 RR3GW27TF
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BS 623 623 RR3GW27TF
BS 624 645 RR3BI94TF
BS 646 646 RR3GW27TF
BS 647 656 RR3BI94TF
BS 657 657 RR3GW27TF
BS 658 662 RR3BI94TF
BS 663 663 RR3GW27TF
BS 664 691 RR3BI94TF
BS 692 692 RR3GW27TF
BS 693 727 RR3BI94TF
BS 728 728 RR3GW27TF
BS 729 797 RR3BI94TF
BS 798 827 RR3GW27TF
BS 828 828 RR3CW75JQ
BS 829 858 RR3GW27TF
BS 859 859 RR3CW75JQ
BS 860 882 RR3GW27TF
BS 883 883 RR3CW75JQ
BS 884 901 RR3GW27TF
BS 902 902 RR3CW75JQ
BS 903 911 RR3GW27TF
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BS 913 921 RR3GW27TF
BS 922 922 RR3CW75JQ
BS 923 987 RR3GW27TF

RD RR3BI94TF 802 0 0
GGGCCAAACAATATCAAATGCAAACACAGCACATGCAACACCACCACCACCACCATTTCG
TGCTTGTCCACGGATCATGTCATGGAGCATGGTGCTGGTTCAAGCTGGCTGGAAAGCTCA
AGGCCAACGGTCAACGAGTGACAGCTATTGAACTAGGCGGGTCCGGTATCGACAAGAGGA
GGCTCGACGAGGTTCGTTCTGTTTCCGAGTATCTAGAGCCTTTGATGAGTTTCATGGAGG
CCCTTCCTGAGGAAGAGAAGGTGGTCCTTGTTGGTCATAGCTATGGTGGCATTGGAACCT
CTCTCGCAATGGAAAGGTTTCCGACCAAAATCTCTGTCGGAATCTTCATCTCTGCTTATA
TGCCACACCATGAGTCTCCTCCTTCCGTTCTCATTCAAGAGTATTTCAAACGTCTCCCTG
ATGGATTCGCCATGGATTGTGAGTTTACATTCGAGGAAGGACCAGGACAGCCGCCAAGTT
CAGTTATGTTCGGTAATAGTTTCATGAAGGAGAAGGCATACAGTAATTGCCAGTCAGAGG
ATATAGAACTAGCCATGGCGTTGGTGAAACCGAGCTGGTTATACCCAAAGGAAATGGAAA
GTAAAGATTTGCTGACCAAGGAGGGGTATGGATCTGGGAAGAGAGTGTATATCGTCCGCG
AAAGCGACAATGTGGTTCCAGAGGAGATTCAAAAGTGGATGATTAGTAACTACGAACCTA
ATGAAGTGAAAGTGGTTGAAGAAGCTGGTCACATGGCTATGATCACTAAACCTCAACAGC
TTTCTCAACTGCTACAG
GAAAT

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3CW75JQ 578 0 0
TTATATGCCACACCATGAGTCTCCTCCTTCCGTTTTCATTCAAGAGTATTTCAAACGTCT
CCCTGATGGATTCGCCATGGATTGTGAGTTTACATTCGAGGAAGGACCAGGACAGCCGCC
AAGTTCAGTTATGTTCGGTAATAGTTTCATGAAGGAGAAGGCTTACAGTAATTGCCAGTC
AGAGGATATAGAACTAGCCATGGCGTTGGTGAAACCGAGCTGGTTATACCCAAAGGAAAT
GGAAAGTAAAGATTTGCTGACCAAGGAAGGGTATGGATCTGGGAAGAGAGCGTATATCGT
CTGCGAAGGCGACAATGTGGTTCCAGAGGAGATTCAGAAGTGGATGATTAGTAACTACGA
ACCTAATGAAGTAAAAGTGGTTGAAGAAGCTGGTCACATGGCTATGATCACTAAACCTCA
ACAGCTTTTTCAACTGCTACAGGAAATAGCAGCAGAATACAACTGAAAAAAAAGAGTTGT
GACATTGTATTGAGTATGCTGAAACTAAAGGAGTGTGTGTGTGTGTCTCTCACGCTTCGT
TATATTTATGATATGAATAAGAGGGGGTTTTGTGGGAT

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR3GW27TF 800 0 0
G
GAGGTTCGTTCTGTTTCCGAGTATCTAGAGCCTTTGATGAGTTTCATGGAGGCCCTTCCT
GAGGAAGAGAAGGTGGTCCTTGTTGGTCATAGCTATGGTGGCATTGGAACCTCTCTCGCT
ATGGAAAGGTTTCCGACCAAAATCTCTGTCGGAATCTTCATCTCTGCTTATATGCCACAC
CATGAGTCTCCTCCTTCCGTTCTCATTCAAGAGTATTTCAAACGTCTCCCTGATGGATTC
GCCATGGATTGTGAGTTTACATTCGAGGAAGGACCAGGACAGCCGCCAAGTTCAGTTATG
TTCGGTAATAGTTTCATGAAGGAGAAGGCTTACAGTAATTGCCAGTCAGAGGATATAGAA
CTAGCCATGGCGTTGGTGAAACCGAGCTGGTTATACCCAAAGGAAATGGAAAGTAAAGAT
TTGCTGACCAAGGAAGGGTATGGATCTGGGAAGAGAGCGTATATCGTCTGCGAAGGCGAC
AATGTGGTTCCAGAGGAGATTCAGAAGTGGATGATTAGTAACTACGAACCTAATGAAGTA
AAAGTGGTTGAAGAAGCTGGTCACATGGCTATGATCACTAAACCTCAACAGCTTTCTCAA
CTGCTACAGGAAATAGCAGCAGAATACAACTGAAAAAAA*GAGTTGTGACATTGTATTGA
GTATGCTGAA*CTAAAGGAGTGTGTGTGTGTGTC*CTCACGCTTCGTTATATT*ATGATA
TGA*TAAGAGGGG*TTTTGTGGGATACTTATATTCTTACGTTACATTGCTTGCTGTATTG
GATGGGCAGTTTCACATGT

QA 2 800 2 800
DS 



AS 1 2

CO CL3099Contig1 759 2 16 U
GAGATTAAGATTAAAAACGCTAAGAAGCCAGTGGACTGGGATGATAGAGAATATATTGAT
GACCCTGATGATGTCAAACCCGAGGGTTATGATTCAATCCCTCGTGAAATTAAAGATCAG
AAAGCTGAAGAGCCTGAGGACTGGGACGAAGAAGAAAATGGTGCCTGGGAAGCCCCTAAG
ATCCCAAATCCAGCGTACAAAGGTCCTTGGAAAGCAAAGAAAATCAAGAACCCAAACTAC
AAGGGAAAATGGAAGAACCCATGGATAGATAATCCAGAGTTTGAAGATGATCCAGATCTT
TATGTTCTGAAGCCTATAAAATATATAGGCATTGAAGTATGGCAGGTGAAGGCTGGGTCA
ATATTTGACAATATCTTGATCACTGATGACCCTCAATATGCAAGAACCATGGTGGATGAC
TATTTTGATCAGCACAGGGAGTCTGAGAAGGAGTTATTTGCGGAAGCTGAGAAAGAAAGA
AAAGCTAGAGAAGATGAGGAATCTCGGAAAGCAAGAGAAGAAGGGGAACGTAGAAGGAAG
GAGAGGGACCACCGGTATGGAGACAGGAGGAGGCGTTACAAACGGCCCAATCCACGTGAT
TACATGGATGATTACCATGACGAGCTGTAAGGCGCAGTGGTGGGCGTTACAAAGTGACAA
ACCAATGAAAGCAAGTATTGATGGAAATAAGAGACATGCAGAGAACATTGGGAACTATTT
GGTTGTCTTCTTGTGTGATTGTAATTTGTAACCTTCTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP22TF U 1
AF RR3FF26TF U 36
BS 1 152 RR3CP22TF
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BS 154 173 RR3CP22TF
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BS 659 705 RR3CP22TF
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RD RR3CP22TF 715 0 0
GAGATTAAGATTAAAAACGCTAAGAAGCCAGTGGACTGGGATGATAGAGAATATATTGAT
GACCCTGATGATGTCAAACCCGAGGGTTATGATTCAATCCCTCGTGAAATTAAAGATCAG
AAAGCTGAAGAGCCTGAGGACTGGGACGAAGACGAAAATGGTGCCTGGGAAGCGCCTAAG
ATCCCAAATCCAGCGTACAAAGGTCCTTGGAAAGCAAAGAAAATCAGGAACCCAAACTAC
AAGGGAAAATGGAAGAACCCATGGATAGATAATCCAGAGTTTGAAGATGATCCAGATCTT
TATGTTCTGAAGCCTATAAAATATATAGGGATTGAAGTATGGCAGGTGAAGGCTGGGTCA
ATATTTGACAATATCTTGATCACTGATGACCCTCAATATGCAAGAACCATGGTGGATGAC
TATTTTGATCAGCACAGGGAGTCTGAGAAGGAGTTATTTGCGGAAGCTGAGAAAGAAAGA
AAAGCTAGAGAAGATGAGGAATTTCGGAAAGCAAGAGAAGAAGGGGAACGTAGAAGGAAG
GAGAGGGACCACCGGTATGGAGACAGGAGGAGGCGTTACAAACGGCCCAATCCACGTGAT
TACATGGATGATTACCATGACGAGCTGTAAGGCGCAGTGGTTGGCGTTACAAAGTGATAA
ACCAATGAAAGCAAGTATTGATGGAAATAAGAGACATGCAGAGAA
TTGGTTGATC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3FF26TF 724 0 0
GG
GGGATGATAGAGAATATATTGATGACCCTGATGATGTCAAACCCGAGGGTTATGATTCAA
TCCCTCGTGAAATTAAAGATCAGAAAGCTGAAGAGCCTGAGGACTGGGACGAGGAAGAGA
ATGGTGCCTGGGAAGCCCCTAAGATCCCAAATCCAGCGTACAAAGGTCCTTGGAAAGCAA
AGAAAATCAAGAACCCAAACTACAAGGGAAAATGGAAGAACCCATGGATAGATAATCCAG
AGTTTGAAGATGATCCAGATCTTTATGTTCTGAAGCCTATAAAATATATAGGCATTGAAG
TATGGCAGGTGAAGGCTGGGTCAATATTTGACAATATCTTGATCACTGATGACCCTCAAT
ATGCAAGAACCATGGTGGATGACTATTTTGATCAGCACAGGGAGTCTGAGAAGGAGTTAT
TTGCTGAAGCTGAGAAAGAAAGAAAAGCTAGAGAAGATGAGGAATCTCGGAGAGCAAGAG
AAGAAGGGGAACGTAGAAGGAAGGAGAGGGACCACCGGTATGGGGACAGGAGGAGGCGTT
ACAAACGGCCCAATCCACGTGATTACATGGATGATTACCATGACGAGCTGTAAGGCGCAG
TGGTGGGCGTTACTAAGTGACAAACCAATGAAAGCAAGTATTGATGGAAGTAAGAGACAT
GCAGAGAACATTGGGAACTATTTGGTTGTCTTCTTGTGTGATTGTAATTTGTAACCTTCT
GA

QA 3 724 3 724
DS 



AS 1 4

CO CL3100Contig1 927 4 14 U
GGTTCGCTCAAATCAAACTAAAGAAAAGAGAGGATGAGTAGCATTGGAACTGGATACGAT
CTGTCGGTGACGACTTTCTCACCCGATGGGCGGGTTTTCCAGATCGAGTACGCCGCCAAA
GCTGTCGACAACAGTGGAACCGTTGTCGGAATCAAGTGCAAGGACGGGATTGTTATGGGT
GTGGAGAAACTTATAGCATCAAAGATGATGCTACCAGGATCTAACAGGAGAATCCATTCT
GTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCAGCTGACGGCAGGCAAATTGTT
GCAAGGGCCAAATCTGAAGCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATGGGGACGCTGTACCAGTG
AAGGAACTTTCAGAGCGTGTTGCAAGCTACGTTCATTTGTGTACCCTTTATTGGTGGCTC
AGGCCTTTTGGATGTGGGGTCATTCTTGGTGGTTATGATAAAGATTGACCTCAATTGTAC
ATGATTGAGCCTTCCGGGATATCATACAGATGTTTTGGTGCTGCGATTGGCAAAGGCAAA
CAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAACTGAAATTATCTGAGATGACATGCAAAGAAGGC
GTTATTGAAGTGGCGAAAATCATTTACAAGCTACATGATGAAGCCAAAGACAAGGCATTT
GAATTGGAGATGAGCTGGATATGTGAGGAGTCTAAACGAGAGCATCAGAAGGTCCCTGAT
GATCTTCTGGAAGAAACAAAGACGGCAGCTAAAACTGCACTCGAGGAGATGGATGCTGAC
TAAACTGAGGAAAAATGGGTCAAATTAATTTTTTTTTGTTTAATGCAACGTTTGGTCGTG
TTCTGTTGTAAGACCTTGAATTGTGTCTCTAGGGGCAATTTGTTGCAGTTTCTCATGAAA
CCTTTGGACTCTTTCGTCATTATTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB70TF U 1
AF RR3FX79TF U 8
AF RR3FX79JQ C 44
AF RR3CB70JQ C 153
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BS 707 911 RR3FX79JQ
BS 912 927 RR3CB70JQ

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CTGTCGGTGACGACTTTCTCACCCGATGGGCGGGTTTTCCAGATCGAGTACGCCGCCAAA
GCTGTCGACAACAGTGGAACCGTTGTCGGAATCAAGTGCAAGGACGGGATTGTTATGGGT
GTGGAGAAACTTATAGCATCAAAGATGATGCTACCAGGATCTAACAGGAGAATCCATTCT
GTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCAGCTGACGGCAGGCAAATTGTT
GCAAGGGCCAAATCTGAAGCCAGAA*TTATGAAAGTGTT*ATGGGGACGCTGTACCAGTG
AAGGAACTTTCAGAGC

QA 1 376 1 376
DS 

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GG
AAATCAAACTAAAGAAAAGAGAGGATGAGTAGCATTGGAACTGGATACGATCTGTCGGTG
ACGACTTTCTCACCCGATGGGCGGGTTTTCCAGATCGAGTACGCCGCCAAAGCTGTCGAC
AACAGTGGAACCGTTGTCGGAATCAAGTGCAAGGACGGGATTGTTATGGGTGTGGAGAAA
CTTATAGCATCAAAGATGATGCTACCAGGATCTAACAGGAGAATCCATTCTGTTCATCGT
CATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCAGCTGACGGCAGGCAAATTGTTGCAAGGGCC
AAATCTGAAGCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATGGGGACGCTGTACCAGTGAAGGAACTT
TCAGAGCGTGTTGCAAGCTACGTTCATTTGTGTACCCTTTATTGGTGGCTCAGGCCTTTT
GGATGTGGGGTCATTCTTGGTGGTTATGATAAAGATTGACCTCAATTGTACATGATTGAG
CCTTCCGGGATATCATACAGATGTTTTGGTGCTGCGATTGGCAAAGGCAAACAAGCTGCT
AAAACGGAAATTGAGAAACTGAAATTATCTGAGATGACATGCAAAGAAGGCGTTATTGAA
GTGGCGAAAATCATTTACAAGCTACATGATGAAGCCAAAGACAAG*CATTTGAATTGGAG
ATGAGCTGGATATGTGAG*AGTCTAAACGAGAGCATC

QA 3 699 3 699
DS 

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CATGG
ACTGGATACGATCTGTCGGTGACGACTTTCTCACCCGATGG*CGGGTTT*CCAGATCGAG
TACGCCGCCAAAGCTGTCGACAACAGTGGAACCGTTGTCGGAATCAAGTGCAAGGACGGG
ATTGTTATGGGTGTGGAGAAACTTATAGCATCAAAGATGATGCTACCAGGATCTAACAGG
AGAATCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGGGCTTGCAGCTGACGGC
AGGCAAATTGTTGCAAGGGCCAAATCTGAAGCCAGAAGTTACGAAAGTGTTTATGGGGAC
GCTGTACCAGTGAAGGAACTTTCAGAGCGTGTTGCAAGCTACGTTCATTTGTGTACCCTT
TATTGGTGGCTCAGGCCTTTTGGATGTGGGGTCATTCTTGGTGGTTATGATAAAGATTGA
CCTCAATTGTACATGATTGAGCCTTCCGGGATATCATACAGATGTTTTGGTGCTGCGATT
GGCAAAGGCAAACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAACTGAAATTATCTGAGATGACA
TGCAAAGAAGGCGTTATTGAAGTGGCGAAAATCATTTACAAGCTACATGATGAAGCCAAA
GACAAGGCATTTGAATTGGAGATGAGCTGGATATGTGAGGAGTCTAAACGAGAGCATCAG
AAGGTCCCTGATGATCTTCTGGAAGAAACAAAGACGGCAGCTAAAACTGCACTCGAGGAG
ATGGATGCTGACTAAACTGAGGAAAAATGGGTCAAATTAATTTTTTTTTGTTTAATGCAA
CGTTTGGTCGTGTTCTGTTGTAAGACCTTGAATTGTGTCTCTAGGGGCAATTTGTTGCAG
TTTCTCATGAAACCTTTGGACTC

QA 6 868 6 868
DS 

RD RR3CB70JQ 775 0 0
CAAGTGCAAGGACGGGATTGTTATGGGTGTGGAGAAACTTATAGCATCAAAGATGATGCT
ACCAGGATCTAACAGGAGAATCCATTCTGTTCATCGTCATGCTGGCATGGCTGTTGCTGG
GCTTGCAGCTGACGGCAGGCAAATTGTTGCAAGGGCCAAATCTGAAGCCAGAAGTTATGA
AAGTGTTTATGGGGACGCTGTACCAGTGAAGGAACTTTCAGAGCGTGTTGCAAGCTACGT
TCATTTGTGTACCCTTTATTGGTGGCTCAGGCCTTTTGGATGTGGGGTCATTCTTGGTGG
TTATGATAAAGATGGACCTCAATTGTACATGATTGAGCCTTCCGGGATATCATACAGATA
TTTTGGTGCTGCGATTGGCAAAGGCAAACAAGCTGCTAAAACGGAAATTGAGAAACTGAA
ATTATCTGAGATGACATGCAAAGAAGGCGTTATTGAAGTGTCGAAAATCATTTACAAGCT
ACATGATGAAGCCAAAGACAAGGCATTTGAATTGGAGATGAGCTGGATATGTGAGGAGTC
TAAACGATAGCATCAGAAGGTCCCTGATGATCTTCTGGAAGAAGCAAAGACGGCAGCTAA
AACTGCACTCGAGGAGATGGATGCTGACTAAACTGAGGAAAAATGGGTCAAATTAGTTTT
TTTT*GTTTAATGCAACGTTTGGTCGTGTTCTGTTGTAAGACCTTGAATTGTGTCTCTAG
GGGCAATTTGTTGCAGTTTCTCATGAAACCTTTGGACTCTTTCGTCATTATTGAT

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 4

CO CL3101Contig1 1236 4 9 U
GTGACTTCAACTCTATCAAGATCATCTCTCTTCTCGCTGCTCTTATGTCTTTCTTGTACT
CAATGATAGCGTCTGTAGCGTCGATAGTGAAAGGAACGAAGCATCATCCAGCTGAGTACG
GAGTCAGAGGACGCACCACGGCCTCAATGATCTTTGACGCGTTTAATGGCATTGGAACCA
TAGCGTTTGCGTTCGCAGGACACAGTGTGGTTCTTGAGATCCAAGCTACTATTCCTTCAA
CACCTGAAGTCCCTTCTAAGAAACCAATGTGGAAAGGAGTCGTCGTTGCTTACTTCATCG
TCATCGTTTGTTACCTCTGTGTGGCTATCTCTGGTTACTGGGCTTTTGGTGCTCATGTTG
AGGATGATGTCCTTATTTCCCTTGAGAGACCTGTTTGGCTTATTGCTGCAGCTAATTTCA
TGGTCTTTATCCATGTCATTGGAAGTTACCAGGTTTTTGCGATGTCGGTGTTTGACACGA
TCGAGTCATATCTGGTGCAAACACTGAAGCTCACTCCTTCAGCAATGCTGCGTCTAGCTG
CACGTAGCACATACGTTGCAATTGTATGTCTTATTGCAATTTGTATACCCTTCTTCGGAG
GTCTTTTAGGGTTCTTCGGTGGCCTAGTCTTCGCATCAACCTCATACTTCATACCTTGCA
TTATATGGTTGGTCATGAAGCGACCAAAACTATTTAGCTTCCATTGGTTTGCCTCTTGGT
TTGCAATAACAATTGGGGTCTTGATAGCAATCTTCGCGCCCATTGGAGGAATGAGACACA
TTATCCTTTCAGCAAAAAGCTACAAGCTCTTCTCATAGGCTTTTAAGAAAAGAAAAAACA
CAAAAGCAACCACCATCGCATCAACTTCTTATAAAAGTTTTTTCTACCATTTAATTTAGC
ATAGTTTAGATATTTTGATTTTCTGGGGTTTCTTTTTTTTGTGTCTTCGTTTTATGGAGT
GTCACCTTTTTTTTTTTTTGCTACAATCCTTCCGTCAAGAACTGCCTTCCGAATTGCTTC
TGGATATCCGTGAAAGCTTCTACGTGGTTTGGACCGAGGCTGTGACGGATGTTCTCTCCA
ACCAGTCATTTGCAATCACCTTACAAAGAAATACCATATGGTCTATAGATTTTCTACCGC
AGTTACAGCACTATATGGCTGTGTAGAATTCAAAGCTTTTGGGTTTGGATTGTAATAAAA
CATCTGAATAATATGATTGGCTATCCGTTAATTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AD77TF U 1
AF RR3AD77JQ C 93
AF RR3FV29TF U 460
AF RR3D838TF U 777
BS 1 631 RR3AD77TF
BS 632 682 RR3FV29TF
BS 683 683 RR3AD77JQ
BS 684 754 RR3FV29TF
BS 755 755 RR3AD77JQ
BS 756 939 RR3FV29TF
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BS 941 1154 RR3FV29TF
BS 1155 1236 RR3D838TF

RD RR3AD77TF 631 0 0
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CAATGATAGCGTCTGTAGCGTCGATAGTGAAAGGAACGAAGCATCATCCAGCTGAGTACG
GAGTCAGAGGACGCACCACGGCCTCAATGATCTTTGACGCGTTTAATGGCATTGGAACCA
TAGCGTTTGCGTTCGCAGGACACAGTGTGGTTCTTGAGATCCAAGCTACTATTCCTTCAA
CACCTGAAGTCCCTTCTAAGAAACCAATGTGGAAAGGAGTCGTCGTTGCTTACTTCATCG
TCATCGTTTGTTACCTCTGTGTGGCTATCTCTGGTTACTGGGCTTTTGGTGCTCATGTTG
AGGATGATGTCCTTATTTCCCTTGAGAGACCTGTTTGGCTTATTGCTGCAGCTAATTTCA
TGGTCTTTATCCATGTCATTGGAAGTTACCAGGTTTTTGCGATGTCGGTGTTTGACACGA
TCGAGTCATATCTGGTGCAAACACTGAAGCTCACTCCTTCAGCAATGCTGCGTCTAGCTG
CACGTAGCACATACGTTGCAATTGTATGTCTTATTGCAATTTGTATACCCTTCTTCGGAG
GTCTTTTAGGGTTCTTCGGTGGCCTAGTCTT

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DS 

RD RR3AD77JQ 735 0 0
GGAACGAAGCATCATCCAGCTGAGTACGGAGTCAGAGGACGCACCACGGCCTCAATGATC
TTTGACGCGTTTAATGGCATTGGAACCATAGCGTTTGCGTTCGCAGGACACAGTGTGGTT
CTTGAGATCCAAGCTACTATTCCTTCAACACCTGAAGTCCCTTCTAAGAAACCAATGTGG
AAAGGAGTCGTCGTTGCTTACTTCATCGTCATCGTTTGTTACCTCTGTGTGGCTATCTCT
GGTTACTGGGCTTTTGGTGCTCATGTTGAGGATGATGTCCTTATTTCCCTTGAGAGACCT
GTTTGGCTTATTGCTGCAGCTAATTTCATGGTCTTTATCCATGTCATTGGAAGTTACCAG
GTTTTTGCGATGTCGGTGTTTGACACGATCGAGTCATATTTGGTGCAAACACTGAAGCTC
ACTCCTTCAGCAATGCTGCGTCTAGCTGCACGTAGCACATACGTTGCAATTGTATGTCTT
ATTGCAATTTGTATACCCTTCTTCGGAGGTCTTTTAGGGTTCTTCGGTGGCCTAGTCTTC
GCATCAACCTCATACTTCATACCTTGCATTATATGGTTGGTCATGAAGCGACCAAAACTA
TTTAGCTTCCATTGGTTTGCCTCTTGGTTTGCAATAACAATTGGGGTCTTGATAGCAATC
TTCGCGCCCATTGGAGGAATGAGACACATTATCCTTTCAGCAAAAAGCTACAAGCTCTTC
TCATAGGCTTTTAAG

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DS 

RD RR3FV29TF 695 0 0
G
GATGTCGGTGTTTGACACGATCGAGTCATATCTGGTGCAAACACTGAAGCTCACTCCTTC
AGCAATGCTGCGTCTAGTTGCACGTAGCACATATGTTGCAATTGTATGTCTTATTGCAAT
TTGTATCCCCTTCTTCGGAGGTCTTTTAGGGTTCTTCGGTGGCCTAGTCTTCGCATCAAC
CTCATACTTCATACCTTGCATTATATGGTTGGTCATGAAGCGTCCAAAACTATTTAGCTT
CCATTGGTTTGCCTCTTGGTTTGCAATAACAATTGGGGTCTTGATAGCAATCTTTGCGCC
CATTGGAGGAATGAGACACATTATCCTTTCAGCAAAAAGCTACAAGCTCTTCTCATAGGC
TTTTAAGAAAAGAAAAAACACAAAAGCAACCACCATCGCATCAACTTCTTATAAAAGTTT
TTTCTACCATTTAATTTAGCATAGTTTAGATATTTTGATTTTCTGGGGTTTCTTTTTTT*
GTGTCTTCGTTTTATGGAGTGTCACCTTTTTTTTTTTTTGCTACAATCCTTCCGTCAAGA
ACTGCCTTCCGAATTGCTTCTGGATATCCGTGAAAGCTTCTACGTGGTTTGGACCGAGGC
TGTGACGGATGTTCTCTCCAACCAGTCATTTGCAATCACCTTACAAAGAAATACCATATG
GTCTATAGATTTTCTACCGCAGTTACAGCACTAT

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DS 

RD RR3D838TF 460 0 0
G
ACATTATCCTTTCAGCAAAAAGCTACAAGCTCTTCTCATAGGCTTTTAAGAAAAGAAAAA
ACACAAAAGCAACCACCATCGCATCAACTTCTTATAAAAGTTTTTTCTACCATTTAATTT
AGCATAGTTTAGATATTTTGATTTTCTGGGGTTTCTTTTTTTTGTGTCTTCGTTTTATGG
AGTGTCACCTTTTTTTTTTT**GCTACAATCCTTCCGTCAAGAACTGCCTTCCGAATTGC
TTCTGGATATCCGTGAAAGCTTCTACGTGGTTTGGACCGAGGCTGTGACGGATGTTCTCT
CCAACCAGTCATTTGCAATCACCTTACAAAGAAATACCATATGGTCTATAGATTTTCTAC
CGCAGTTACAGCACTATATGGCTGTGTAGAATTCAAAGCTTTTGGGTTTGGATTGTAATA
AAACATCTGAATAATATGATTGGCTATCCGTTAATTTCG

QA 2 460 2 460
DS 



AS 1 3

CO CL3102Contig1 978 3 4 U
CCAAGCAAACTCTATATCGTTTTTTTCAGAAAAAATATTAGAATCGTTTATACCCAAAGA
ATAACAACATAAGTGTCATGACAGAAAAAAAAAACTGGGGTAAGCTAAAGGTAGACATGA
GAGCATGTAAACATATAAATCATCATCACTAAAGGAACTTTTCACATCTTTTTGAGAAAC
TCAATGATGTGAATACAAAAAGCGTTACACACAACTTTGATGCCATGAAAGCCGGATCCT
TTGGCCAATGCCTTGAATTCTTTCTCGGTCCGTTCTATACCTCCGCAACTATGTGCCAAC
ATAATGCAATCCACATGAACTGCTTGTCTGGTCAAGAGGCTTGAGTCTGGATTCTCTGGA
AGAATACACTCAATTACTATCACTTTCCCATTTTCTGGAAGCGCATTGTAGCAATTCTTC
AAGAATATAAGACATTGTTGGTCGCTCCGAGCATGACATATCCACTTCATGATCATGGCA
TCACCTTTAGGGACACTTACAAACATATCTCCTCCAACATGCTCAATACCGGGATAAGGA
GGAGCATCTTTGATGACATGGGGGAGATCAAAGTTGATGCATGTAAGGTTGGGATACTTG
GAGACAATCATTTTGAGTGTAGCACCATTGCCACCACCGACATCAACAAGAGAAGACAAG
CCATTAAAACCCTTATACGTCTCGAGAATCTTCTTCATGGCGATTGTGGAATGGTTTGAC
ATTCCATCGTTGACGACTTTGTTGAATCTCGTGTCAGTTCTTTGGTACTCTAACACGCTC
ATGCCATAGGCTTTGTTGAATGGACTCCCACCAACCAGAATTGCATCCTTTAAATGGTAC
CAGCTTTCCGTGAAGACTTTATCTTGGTTCATGAGACAAAGAGGAGCAATGGAGACGCCG
TCTTCGTTCTTGATCAAGTACTTGCAAACTGGACCGAGCCCGTAAAGTCGCTCGACGCAG
CTGCCTCCGGGAAGCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C532JQ U 1
AF RR3GX53JQ U 27
AF RR3C532TF C 237
BS 1 93 RR3C532JQ
BS 94 94 RR3GX53JQ
BS 95 785 RR3C532JQ
BS 786 978 RR3C532TF

RD RR3C532JQ 785 0 0
CCAAGCAAACTCTATATCGTTTTTTTCAGAAAAAATATTAGAATCGTTTATACCCAAAGA
ATAACAACATAAGTGTCATGACAGAAAAAAAAA*CTGGGGTAAGCTAAAGGTAGACATGA
GAGCATGTAAACATATAAATCATCATCACTAAAGGAACTTTTCACATCTTTTTGAGAAAC
TCAATGATGTGAATACAAAAAGCGTTACACACAACTTTGATGCCATGAAAGCCGGATCCT
TTGGCCAATGCCTTGAATTCTTTCTCGGTCCGTTCTATACCTCCGCAACTATGTGCCAAC
ATAATGCAATCCACATGAACTGCTTGTCTGGTCAAGAGGCTTGAGTCTGGATTCTCTGGA
AGAATACACTCAATTACTATCACTTTCCCATTTTCTGGAAGCGCATTGTAGCAATTCTTC
AAGAATATAAGACATTGTTGGTCGCTCCGAGCATGACATATCCACTTCATGATCATGGCA
TCACCTTTAGGGACACTTACAAACATATCTCCTCCAACATGCTCAATACCGGGATAAGGA
GGAGCATCTTTGATGACATGGGGGAGATCAAAGTTGATGCATGTAAGGTTGGGATACTTG
GAGACAATCATTTTGAGTGTAGCACCATTGCCACCACCGACATCAACAAGAGAAGACAAG
CCATTAAAACCCTTATACGTCTCGAGAATCTTCTTCATGGCGATTGTGGAATGGTTTGAC
ATTCCATCGTTGACGACTTTGTTGAATCTCGTGTCAGTTCTTTGGTACTCTAACACGCTC
ATGCC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3GX53JQ 759 0 0
CG
GAAAAAATATTAGAATCGTTTATACCCAAAGAATAACAACATAAGTGTCATGACAGAAAA
AAAAAACTGGGGTAAGCTAAAGGTAGACATGAGAGCATGTAAACATATAAATCATCATCA
CTAAAGGAACTTTTCACATCTTTTTGAGAAACTCAATGATGTGAATACCAAAAGCGTTAC
ACACAACTTTGATGCCATGAAAGCCGGATCCTTTGGCCAATGCCTTGAATTCTTTCTCGG
TCCGTTCTATACCTCCGCAACTATGTGCCAACATAATACAATCCACATGAACTGCTTGTC
TGGTCAAGAGGCTTGAGTCTGGATTCTCTGGAAGAATACACTCAATTACTATCACTTTCC
CATTTTCTGGAAGCGCATTGTAGCAATTCTTCAAGAATATAAAACATTGTTGGTCGCTCC
GAGCATGACATATCCACTTCATGATCATGGCATCACCTTTAGGGACACTTACAAACATAT
CTCCTCCAACATGCTCAATACCGGGATAAGGAGGAGCATCTTTGATGACATGGGGGAGAT
CAAAGTTGATGCATGTAAGGTTGGGATACTTGGAGACAATCATTTTGAGTGTAGCACCAT
TGCCACCACCGACATCAACAAGAGAAGTCAAGCCATTAAAACCCTTATACGTCTCGAGAA
TCTTCTTCATGGCGATTGTGGAATGGTTTGACATTCCATCGTTGACGACTTTGTTGAATC
TCGTGTCAGTTCTTTGGTACTCTAACACGCTCATGCC

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DS 

RD RR3C532TF 742 0 0
AT
CTTTGGCCAATGCCTTGAATTCTTTCTCGGTCCGTTCTATACCTCCGCAACTATGTGCCA
ACATAATGCAATCCACATGAACTGCTTGTCTGGTCAAGAGGCTTGAGTCTGGATTCTCTG
GAAGAATACACTCAATTACTATCACTTTCCCATTTTCTGGAAGCGCATTGTAGCAATTCT
TCAAGAATATAAGACATTGTTGGTCGCTCCGAGCATGACATATCCACTTCATGATCATGG
CATCACCTTTAGGGACACTTACAAACATATCTCCTCCAACATGCTCAATACCGGGATAAG
GAGGAGCATCTTTGATGACATGGGGGAGATCAAAGTTGATGCATGTAAGGTTGGGATACT
TGGAGACAATCATTTTGAGTGTAGCACCATTGCCACCACCGACATCAACAAGAGAAGACA
AGCCATTAAAACCCTTATACGTCTCGAGAATCTTCTTCATGGCGATTGTGGAATGGTTTG
ACATTCCATCGTTGACGACTTTGTTGAATCTCGTGTCAGTTCTTTGGTACTCTAACACGC
TCATGCCATAGGCTTTGTTGAATGGACTCCCACCAACCAGAATTGCATCCTTTAAATGGT
ACCAGCTTTCCGTGAAGACTTTATCTTGGTTCATGAGACAAAGAGGAGCAATGGAGACGC
CGTCTTCGTTCTTGATCAAGTACTTGCAAACTGGACCGAGCCCGTAAAGTCGCTCGACGC
AGCTGCCTCCGGGAAGCATC

QA 3 742 3 742
DS 



AS 1 4

CO CL3103Contig1 1177 4 13 U
CCGACCCCAAAATGAAATAGAGAAGGATACAAAACTAGTAAATGCAACTTGGGTCATGGA
CCCCTTCCGGCTACACTTTTCTGCTATTGTTAAGAATGTCTGGTCTCTTAAGTTTTTAAA
CTTTAAGCTACAACAGTGTACATTCTAAAAATTATCCATATCTTCTTTTTTTTTTCATAT
CAAGCATTGTCGTGCGATTTGTCTCTCGCTCTTTGCTGCTGCTGGTTTTAGATTGATTTG
GTACAGCTTCGGCCACAGTTTCCCCGTTACAAAGAGACGCTTCTTGTCGCTGTCCCATGC
TACACCATTCAAGACATCAATACCCCCGTGTCCAGATCGCAGCAATCCTTCTCTTAATTC
AGGAAGAAGTATCCATCCAAGTAGCGAGCCGTCCTTGGGAGAAATTCTAGCAATGCAATC
AGACTGCCACACGTTTGCCCAAACTTCATTGTTTATGTACTCGAGTTCATTAAGGTATCG
CACCTCACGGCCATTATATTTGATTACATGCTTATCAGTAACTTTCATTGTTAGAGGGTC
CATCCGGTATAGTGTAGAAGTGCCATCACTTCCAAACAAGACATGTCCATCGGTAGCCAA
TCCCCATCCATCTTTCATATGGTGTTTAAATGGCTTTACTTTGGTTAAGTTGCGAAGATC
ATATGTGAAACCGGTGGTCGTCAGCCATGCAACTTGAAAGAGGCTTTCTCCAAGGAGTGT
CAAACCCTCTCCAAAGAACTTATCGCCCATTTTTTCGATAACTTCAACCTTTCCTGTCCG
GAGAGACACTTTCCTGACTGAGGACTCTCCGTATAGACCAGTAGATTCAAAGAGTGTATC
ATCTCCCGCATAAAGAAGTCCCTGAGTGAACGCCTTTGGATCATGAGGAAACTCAGCAAC
CACTTCAATCTCATGGATGGTATGCGAAAGATCAAACGAATCAGACGATCTCCCCGAGCC
GTTGAAGGGCATGAAGAATAGAAAAACGGCGGCGGAGAAGAGAGCGATGGGGATCATCAT
CATCCAGAGCCTCCTCCGAGTAACGAATCGGCGAATCTGGAAATGAGGAGAATGAGGAGG
CATTGAACGCTTCGTTTGACTCTTCTTCTTATAGGAGGAAGATCGAGTGGCCATCAAAAG
TTTCTCTCAGCAGTCGAACGTTGACGGCTGTAGATCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GH49JQ U 1
AF RR3BH51JQ U 21
AF RR3BH51TF C 355
AF RR3GH49TF C 420
BS 1 148 RR3GH49JQ
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BS 150 276 RR3GH49JQ
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BS 278 302 RR3GH49JQ
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BS 304 670 RR3GH49JQ
BS 671 885 RR3BH51JQ
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BS 1136 1136 RR3GH49TF
BS 1137 1138 RR3BH51TF
BS 1139 1139 RR3GH49TF
BS 1140 1177 RR3BH51TF

RD RR3GH49JQ 670 0 0
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CCCCTTCCGGCTACACTTTTCTGCTATTGTTAAGAATGTCTGGTCTCTTAAGTTTTTAAA
CTTTAAGCTACAACAGTGTACATTCTAACAATTATCCATATCTTCTTTTTTTTTTCATAT
CAAGCATTGTCGTGCGATTTGTCTCTCGCTCTTTGCTGCTGCTGGTTTTAGATTGATTTG
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TATACCATTCAAGACATCAATACCCCCGTGTCCAGATCGCAGCAATCCTTCTCTTAATTC
AGGAAGAAGTATCCATCCAAGTAGCGAGCCGTCCTTGGGAGAAATTCTAGCAATGCAATC
AGACTGCCACACGTTTGCCCAAACTTCATTGTTTATGTACTCGAGTTCATTAAGGTATCG
CACCTCACGGCCATTATATTTGATTACATGCTTATCAGTAACTTTCATTGTTAGAGGGTC
CATCCGGTATAGTGTAGAAGTGCCATCACTTCCAAACAAGACATGTCCATCGGTAGCCAA
TCCCCATCCATCTTTCATATGGTGTTTAAATGGCTTTACTTTGGTTAAGTTGCGAAGATC
ATATGTGAAA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3BH51JQ 865 0 0
GT
AAGGATACAAAACTAGTAAATGCAACTTGGGTCATGGACCCCTTCCGGCTACACTTTTCT
GCTATTGTTAAGAATGTCTGGTCTCTTAAGTTTTTAAACTTTAAGCTACAACAGTGTACA
TTCTAAAAATTATCCATATCTTCTTTTTTTTTTCATATCAAGCATTGTCGTGCGATTTGT
CTCTCGCTCTTTGCTGCTGCTGGTTTTAGATTGATTTGGTACAGCTTCGGCCACAGTTTC
CCCGTTACAAAGAGACGCTTCTTGTCGCTGTCCCATGCTACACCATTCAAGACATCAATA
CCCCCGTGTCCAGATCGCAGCAATCCTTCTCTTAATTCAGGAAGAAGTATCCATCCAAGT
AGCGAGCCGTCCTTGGGAGAAATTCTAGCAATGCAATCAGACTGCCACACGTTTGCCCAA
ACTTCATTGTTTATGTACTCGAGTTCATTAAGGTATCGCACCTCACGGCCATTATATTTG
ATTACATGCTTATCAGTAACTTTCATTGTTAGAGGGTCCATCCGGTATAGTGTAGAAGTG
CCATCACTTCCAAACAAGACATGTCCATCGGTAGCCAATCCCCATCCATCTTTCATATGG
TGTTTAAATGGCTTTACTTTGGTTAAGTTGCGAAGATCATATGTGAAACCGGTGGTCGTC
AGCCATGCAACTTGAAAGAGGCTTTCTCCAAGGAGTGTCAAACCCTCTCCAAAGAACTTA
TCGCCCATTTTTTCGATAACTTCAACCTTTCCTGTCCGGAGAGACACTTTCCTGACTGAG
GACTCTCCGTATAGACCAGTAGATTCAAAGAGTGTATCATCTCCCGCATAAAGAAGTCCC
TGAGTGAACGCCTTTGGATCATG

QA 3 865 3 865
DS 

RD RR3BH51TF 823 0 0
CTAA
TCAGGAAGAAGTATCCATCCAAGTAGCGAGCCGTCCTTGGGAGAAATTCTAGCAATGCAA
TCAGACTGCCACACGTT*GCCCAAACTTCATTGTTTATGTACTCGAGTTCATTAAGGTAT
CGCACCTCACGGCCATTATATTTGATTACATGCTTATCAGTAACTTTCATTGTTAGAGGG
TCCATCCGGTATAGTGTAGAAGTGCCATCACTTCCAAACAAGACATGTCCATCGGTAGCC
AATCCCCATCCATCTTTCATATGGTGTTTAAATGGCTTTACTTTGGTTAAGTTGCGAAGA
TCATATGTGAAACCGGTGGTCGTCAGCCATGCAACTTGAAAGAGGCTTTCTCCAAGGAGT
GTCAAACCCTCTCCAAAGAACTTATCGCCCATTTTTTCGATAACTTCAACCTTTCCTGTC
CGGAGAGACACTTTCCTGACTGAGGACTCTCCGTATAGACCAGTAGATTCAAAGAGTGTA
TCATCTCCCGCATAAAGAAGTCCCTGAGTGAACGCCTTTGGATCATGAGGAAACTCAGCA
ACCACTTCAATCTCATGGATGGTATGCGAAAGATCAAACGAATCAGACGATCTCCCCGAG
CCGTTGAAGGGCATGAAGAATAGAAAAACGGCGGCGGAGAAGAGAGCGATGGGGATCATC
ATCATCCAGAGCCTCCTCCGAGTAACGAATCGGCGAATCTGGAAATGAGGAGAATGAGGA
GGCATTGAACGCTTCGTTTGACTCTTCTTCTTATAGGAGGAAGATCGAGTGGCCATCGAA
*GTTTCTCTCAGCAGTCGAACGTTGACGGCTGTAGATCC

QA 5 823 5 823
DS 

RD RR3GH49TF 758 0 0
CAGACTGCCACACGTT*GCCCAAACTTCATTGTTTATGTACTCGAGTTCATTAAGGTATC
GCAC*TCACGGCCATTATATTTGATTACATGCTTATCAGTAACTTTCATTGTTAGAGGGT
CCATCCGGTATAGTGTAGAAGTGCCATCACTTCCAAACAAGACATGTCCATCGGTAGCCA
ATCCCCATCCATCTTTCATATGGTGTTTAAATGGCTTTACTTTGGTTAAGTTGCGAAGAT
CATATGTGAAACCGGTGGTCGTCAGCCATGCAACTTGAAAGAGGCTTTCTCCAAGGAGTG
TCAAACCCTCTCCAAAGAACTTATCGCCCATTTTTTCGATAACTTCAACCTTTCCTGTCC
GGAGAGACACTTTCCTGACTGAGGACTCTCCGTATAGACCAGTAGATACAAAGAGTGTAT
CATCTCCCGCATAAAGAAGTCCCTGAGTGAACGCCTTTGGATCATGAGGAAACTCAGCAA
CCACTTCAATCTCATGGGTGGTATGCGAAAGATCAAACGAATCAGACGATCTCCCCGAGC
CGTTGAAGGGCATGAAGAATAGAAAAACGGCGGCGGAGAAGAGAGCGATGGGGATCATCA
TCATCCAGAGCCTCCTCCGAGTAACGAATCGGCGAATCTGGAAATGAGGAGAATGAGGAG
GCATTGAACGCTTCGTTTGACTCTTCTTCTTATAGGAGGAAGATCGAGTGGCCATCAAAA
GTTTCTCTCAGCAGTCGAACGTTGACGGCTGTAGATCC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL3104Contig1 735 2 2 U
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GGATAACATTGTGGACTCGTTGAACAAGGCTTACGAGAAGTTCGTTATTGCCTCAGCTGA
TGTTCTGGAGTCCAAGGAGAGTGCAGGCGGGGTAAAAGCTTCTGTAACCGATGCTGCGTT
AGAGAATTTCAAGGAGAAGTGGGAGCTGTTCCGTGTGGCTTGCGATCAAGCTGAGGAGTT
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AACAACAACAACAACAGGTAATAATAATAATAACTCAGGAGGCCAAACAACAGCGACTGT
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GGTTCGGTGGCTTGTGCTTGAGCTGCAACGTGGGTCTGGTGGTGCAGCTGCTGGTTCTGT
GCATTCTTCAGGGTTTGATCCTAGGTTCCCTGAAGACTCGACTCAATAGAGTGTGTGTGC
CTACTACTCACCTTTTCAATTAGTTAACACATACTTTGTAAGCTACTCTCTTGAGTGTGT
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AGAAGCAACGCTTGATTGTTGATCGGTTTTATCTTGTTGTAATTCTTTATAATATTATGT
TTATGTTGGTTAGGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3FN35TF U 1
AF RR3FN35JQ C 5
BS 1 730 RR3FN35TF
BS 731 735 RR3FN35JQ

RD RR3FN35TF 730 0 0
GGAATCATCGACTCTCCGTTTCAGCTCTGATTTGGAAGTGGTAGGAGGAGAACGTAAAAT
GGATAACATTGTGGACTCGTTGAACAAGGCTTACGAGAAGTTCGTTATTGCCTCAGCTGA
TGTTCTGGAGTCCAAGGAGAGTGCAGGCGGGGTAAAAGCTTCTGTAACCGATGCTGCGTT
AGAGAATTTCAAGGAGAAGTGGGAGCTGTTCCGTGTGGCTTGCGATCAAGCTGAGGAGTT
TGTGGAGTCAGTGAAGCAGAGGATTGGATCCGAGTGTTTGGTTGATGAGGCTACTGGTTT
AACAACAACAACAACAGGTAATAATAATAATAACTCAGGAGGCCAAACAACAGCGACTGT
TGGTGCTGCGACTAGTCTCCCTCCAATTAGTGCAGTGAGGCTGGAACAGATGAGTAGAGC
GGTTCGGTGGCTTGTGCTTGAGCTGCAACGTGGGTCTGGTGGTGCAGCTGCTGGTTCTGT
GCATTCTTCAGGGTTTGATCCTAGGTTCCCTGAAGACTCGACTCAATAGAGTGTGTGTGC
CTACTACTCACCTTTTCAATTAGTTAACACATACTTTGTAAGCTACTCTCTTGAGTGTGT
TATAATGGATGATGCCTTCTCTTCTTTTGGCCTAATGAGTCTTTACATTCTGACCAAGCA
AGAAGCAACGCTTGATTGTTGATCGGTTTTATCTTGTTGTAATTCTTTATAATATTATGT
TTATGTTGGT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3FN35JQ 731 0 0
TCATCGACTCTCCGTTTCAGCTCTGATTTGGAAGTGGTAGGAGGAGAACGTAAAATGGAT
AACATTGTGGACTCGTTGAACAAGGCTTACGAGAAGTTCGTTATTGCCTCAGCTGATGTT
CTGGAGTCCAAGGAGAGTGCAGGCGGGGTAAAAGCTTCTGTAACCGATGCTGCGTTAGAG
AATTTCAAGGAGAAGTGGGAGCTGTTCCGTGTGGCTTGCGATCAAGCTGAGGAGTTTGTG
GAGTCAGTGAAGCAGAGGATTGGATCCGAGTGTTTGGTTGATGAGGCTACTGGTTTAACA
ACAACAACAACAGGTAATAATAATAATAACTCAGGAGGCCAAACAACAGCGACTGTTGGT
GCTGCGACTAGTCTCCCTCCAATTAGTGCAGTGAGGCTGGAACAGATGAGTAGAGCGGTT
CGGTGGCTTGTGCTTGAGCTGCAACGTGGGTCTGGTGGTGCAGCTGCTGGTTCTGTGCAT
TCTTCAGGGTTTGATCCTAGGTTCCCTGAAGACTCGACTCAATAGAGTGTGTGTGCCTAC
TACTCACCTTTTCAATTAGTTAACACATACTTTGTAAGCTACTCTCTTGAGTGTGTTATA
ATGGATGATGCCTTCTCTTCTTTTGGCCTAATGAGTCTTTACATTCTGACCAAGCAAGAA
GCAACGCTTGATTGTTGATCGGTTTTATCTTGTTGTAATTCTTTATAATATTATGTTTAT
GTTGGTTAGGC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

CO CL3105Contig1 867 4 18 U
GGACCACCCTTCGCCTAAAATCTAATCTTTATCATCCTTCTCCACCTCTAATCGCATAAA
AACATGGAGGCAGTAACGGCGATGAAGCCACTGATCAGAGTCGCTGCTATCTCCGGTTCT
CTCCGGAAAGGCTCTTTCAACACCGGTCTCCTCCGCGCCGCGATGGAGTTGACGAAGGAA
TCGGTTCCGGGGATCCAGATTGAGCATATAGACATATCTCCGTTGCCGTTGATCAACACC
GATCTGGAAACCAACGGGACTTACCCTCCCGTCGTCGAAGCTTTCCGGCAGAAGATCCTT
GAAGCCGACAGCATTCTCTTCGCTTCCCCTGAGTACAACTTCTCTGTCGCAGCTCCACTT
AAGAACGCGATCGATTGGGCTTCGAGATCACCTAACGTTTGGGCTGACAAACCTGCTGCC
GTCGTAATGCGCCGGTGGAGGTTTTGGTGGAGGAAGGTCGCAGTACCATCTTCGACAGAT
CGGAGTGTTCCTTGATCTTCATTTCATCAACAAACCGGAGTTTACTATCAATGCGTTTCA
GCCGCCTCAGAAGTTCGATGCAGAAGGGAACTTGGTCGATGAAGTGGCTAAGGAGAGGTT
AAAACAAGTGCTTGTCTCGTTGCAGGCTTTTACTCTGCGGCTTCAAG*TAAGTGAGAGTG
GAGGGCGGTACTTGATCGTTTGTGTGAGTGAAAATAATGTCGATTCTTGTGAGATAAGAA
ACAGTGTCGTTGCCACTTGTCCTATCAATATTTCTATTTCTCATTAATATCGTATGTGTT
GGCATATGATACAACTATGTTTATTAAACGAGTGATGCTTTTTGTTTCATATTTCCTCTT
AAATAATAAGAATGTGATAGATTTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BQ54JQ C 63
AF RR3DS27TF U 1
AF RR3BQ54TF U 20
AF RR3DS27JQ C 128
BS 1 214 RR3DS27TF
BS 215 216 RR3BQ54TF
BS 217 427 RR3DS27TF
BS 428 428 RR3BQ54TF
BS 429 625 RR3DS27TF
BS 626 626 RR3BQ54TF
BS 627 693 RR3DS27TF
BS 694 696 RR3DS27JQ
BS 697 741 RR3BQ54TF
BS 742 742 RR3DS27JQ
BS 743 747 RR3BQ54TF
BS 748 748 RR3DS27JQ
BS 749 758 RR3BQ54TF
BS 759 759 RR3DS27JQ
BS 760 779 RR3BQ54TF
BS 780 780 RR3DS27JQ
BS 781 793 RR3BQ54TF
BS 794 867 RR3DS27JQ

RD RR3BQ54JQ 404 0 0
CATGGAGGCAGTAACGGCGATGAAGCCACTGATCAGAGTCGCTGCTATCTCCGGTTCTCT
CCGGAAAGGCTCTTTCAACACCGGTCTCCTCCGCGCCGCGATGGAGTTGACGAAGGAATC
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TCTGGAAACCAACGGGACTTACCCTCCCGTCGTCGAAGCTTTCCGGCAGAAGATCCTTGA
AGCCGACAGCATTCTCTTCGCTTCCCCTGAGTACAACTTCTCTGTCGCAGCTCCACTTAA
GAACGCGATCGATTGGGCTTCGAGATCACCTAACGTTTGGGCTGACAAACCTGCTGCCGT
CGTAATGCGCCGGTGGAGGTTTTGGTGGAGGAAGGTCGCAGTAC

QA 1 404 1 404
DS 

RD RR3DS27TF 696 0 0
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AACATGGAGGCAGTAACGGCGATGAAGCCACTGATCAGAGTCGCTGCTATCTCCGGTTCT
CTCCGGAAAGGCTCTTTCAACACCGGTCTCCTCCGCGCCGCGATGGAGTTGACGAAGGAA
TCGGTTCCGGGGATCCAGATTGAGCATATAGACA**TCTCCGTTGCCGTTGATCAACACC
GATCTGGAAACCAACGGGACTTACCCTCCCGTCGTCGAAGCTTTCCGGCAGAAGATCCTT
GAAGCCGACAGCATTCTCTTCGCTTCCCCTGAGTACAACTTCTCTGTCGCAGCTCCACTT
AAGAACGCGATCGATTGGGCTTCGAGATCACCTAACGTTTGGGCTGACAAACCTGCTGCC
GTCGTAA*GCGCCGGTGGAGGTTTTGGTGGAGGAAGGTCGCAGTACCATCTTCGACAGAT
CGGAGTGTTCCTTGATCTTCATTTCATCAACAAACCGGAGTTTACTATCAATGCGTTTCA
GCCGCCTCAGAAGTTCGATGCAGAAGGGAACTTGGTCGATGAAGTGGCTAAGGAGAGGTT
AAAACAAGTGCTTGTCTCGTTGCAG*CTTTTACTCTGCGGCTTCAAG*TAAGTGAGAGTG
GAGGGCGGTACTTGATCGTTTGTGTGAGTGAAA
ATA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3BQ54TF 792 0 0
ATCTAATCTTTATCATCCTTCTCCACCTCTAATCGCATAAAAACATGGAGGCAGTAACGG
CGATGAAGCCACTGATCAGAGTCGCTGCTATCTCCGGTTCTCTCCGGAAAGGCTCTTTCA
ACACCGGTCTCCTCCGCGCCGCGATGGAGTTGACGAAGGAATCGGTTCCGGGGATCCAGA
TTGAGCATATAGACATATCTCCGTTGCCGTTGATCAACACCGATCTGGAAACCAACGGGA
CTTACCCTCCCGTCGTCGAAGCTTTCCGGCAGAAGATCCTTGAAGCCGACAGCATTCTCT
TCGCTTCCCCTGAGTACAACTTCTCTGTCGCAGCTCCACTTAAGAACGCGATCGATTGGG
CTTCGAGATCACCTAACGTTTGGGCTGACAAACCTGCTGCCGTCGTAATGCGCCGGTGGA
GGTTTTGGTGGAGGAAGGTCGCAGTACCATCTTCGACAGATCGGAGTGTTCCTTGATCTT
CATTTCATCAACAAACCGGAGTTTACTATCAATGCGTTTCAGCCGCCTCAGAAGTTCGAT
GCAGAAGGGAACTTGGTCGATGAAGTGGCTAAGGAGAGGTTAAAACAAGTGCTTGTCTCG
TTGCAGGCTTTTACTCTGCGGCTTCAAG*TAAGTGAGAGTGGAGGGCGGTACTTGATCGT
TTGTGTGAGTGAAAT**ATGTCGATTCTTGTGAGATAAGAAACAGTGTCGTTGCCACTTG
TC*TATCA*TATTTCTATT*CTCATTAATATCGTATGTGT*GGCATATGATACA
CTATGTTATAAACGAGTG

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3DS27JQ 740 0 0
AAGGCTCTTTCAACACCGGTCTCCTCCGCGCCGCGATGGAGTTGACGAAGGAATCGGTTC
CGGGGATCCAGATTGAGCATATAGACA**TCTCCGTTGCCGTTGATCAACACCGATCTGG
AAACCAACGGGACTTACCCTCCCGTCGTCGAAGCTTTCCGGCAGAAGATCCTTGAAGCCG
ACAGCATTCTCTTCGCTTCCCCTGAGTACAACTTCTCTGTCGCAGCTCCACTTAAGAACG
CGATCGATTGGGCTTCGAGATCACCTAACGTTTGGGCTGACAAACCTGCTGCCGTCGTAA
*GCGCCGGTGGAGGTTTTGGTGGAGGAAGGTCGCAGTACCATCTTCGACAGATCGGAGTG
TTCCTTGATCTTCATTTCATCAACAAACCGGAGTTTACTATCAATGCGTTTCAGCCGCCT
CAGAAGTTCGATGCAGAAGGGAACTTGGTCGATGAAGTGGCTAAGGAGAGGTTAAAACAA
GTGCTTGTCTCGTTGCAGGCTTTTACTCTGCGGCTTCAAGGTAAGTGAGAGTGGAGGGCG
GTACTTGATCGTTTGTGTGAGTGAAAATAATGTCGATTCTTGTGAGATAAGAAACAGTGT
CGTTGCCACTTGTCCTATCAATATTTCTATTTCTCATTAATATCGTATGTGTTGGCATAT
GATACAACTATGTTTATTAAACGAGTGATGCTTTTTGTTTCATATTTCCTCTTAAATAAT
AAGAATGTGATAGATTTCGC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 3

CO CL3106Contig1 937 3 6 U
AAAGCTGCATAGTAGTTAGGTTCACAACAAGAACAAACTTGAGAGAGTTTTAAACATGGT
TTCGTTATGAAAAGACAAGAACATGCACAAGTGAGAGAGTAACACAATCACAGAAACAAA
GAAAAACAATTCGAAACCAGTTTTGGTAGTAACACCTTTTTTCCAAACTTAAGATTCAGA
GACGGCTTCTACATCAGCGGCAGCAGCAGCAGCTGTGGCCGCAGCAGCGGCGGAGCGTTT
GATGGAAGCAGATTTGATGAGGTGATTGTAACTTCCTTTCTCCTTGAAAAGCTGAGCGAA
ATGGTGTTTGCAGTACAAGATCCCTTCGAGAGCTGCGTAGTTGGAAGGAGAGATGGGACA
GCCTCCGTGGGAGCACTTGAAGCAGGACTTGTGGTAACACTGGCTCTCCACGGTTACCTT
CTCGATAGGGTACACGGTTTTACTGCAAGTAGCGCATTTATCTTGCGTTCCAGAGAACAT
TCCAGCGACTCGGCTAGGTGTCCTTGTCAGCTCAGGGGTTGGCTTGTCAGTTAATGGCTT
TGCAGGTGATTGGAAGTTCTTGTTGAAACTACCAGTCTCCTTGAAGAGCTGCTCAAAGTG
AGGCTTACAGTACAACACACCTTCCATCGATGAATAATTGCTCAGTTGAAGGGTGGATTT
GCAGTGGGAGCATTTGAAGCAAGACTTGTGAAAAGGGACACCATCAGCTGAGAGAAGCTC
CATAGGGTACACTGTCTTCTCACACGCCCTGCATTTCTGCTGCGTTCCTGTAAACGACAT
CGTCTTCCTTCTTCTTTGGGCTTTTTCTTCACTATCTGTCCTCCCCTCCCCTCTCTCGCT
CACTCACCGTCGATATGACACAAACGCCGACAGAAAATGCGAAATCGAAAAAGTTAAGAT
GTGGAGAAGACGAAGTTAAAGATGAAAGGGGTAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B837JQ U 1
AF RR3CY89JQ U 16
AF RR3B837TF C 178
BS 1 474 RR3B837JQ
BS 475 475 RR3CY89JQ
BS 476 825 RR3B837JQ
BS 826 828 RR3B837TF
BS 829 847 RR3CY89JQ
BS 848 937 RR3B837TF

RD RR3B837JQ 828 0 0
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GAAAAACAATTCGAAACCAGTTTTGGTAGTAACACCTTTTTTCCAAACTTAAGATTCAGA
GACGGCTTCTACATCAGCGGCAGCAGCAGCAGCTGTGGCCGCAGCAGCGGCGGAGCGTTT
GATGGAAGCAGATTTGATGAGGTGATTGTAACTTCCTTTCTCCTTGAAAAGCTGAGCGAA
ATGGTGTTTGCAGTACAAGATCCCTTCGAGAGCTGCGTAGTTGGAAGGAGAGATGGGACA
GCCTCCGTGGGAGCACTTGAAGCAGGACTTGTGGTAACACTGGCTCTCCACGGTTACCTT
CTCGATAGGGTACACGGTTTTACTGCAAGTAGCGCATTTATCTTGCGTTCCAGAAAACAT
TCCAGCGACTCGGCTAGGTGTCCTTGTCAGCTCAGGGGTTGGCTTGTCAGTTAATGGCTT
TGCAGGTGATTGGAAGTTCTTGTTGAAACTACCAGTCTCCTTGAAGAGCTGCTCAAAGTG
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CATAGGGTACACTGTCTTCTCACACGCCCTGCATTTCTGCTGCGTTCCTGTAAACGACAT
CGTCTTCCTTCTTCTTTGGGCTTTTTCTTCACTATCTGTCCTCCC
CTC

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR3CY89JQ 844 0 0
C
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AAGAACATGCACAAGTGAGAGAGTAACACAATCACAGAAACAAAGAAAAACAATTTGAAA
CCAGTTTTGGTAGTAACACCTTTTTTCCAAACTTAAGATTCAGAGACGGCTTCTACATCA
GCGGCAGCAGCAGCAGCTGTGGCCGCAGCAGCGGCGGAGCGTTTGATGGAAGCAGATTTG
ATGAGGTGATTGTAACTTCCTTTCTCCTTGAAAAGCTGAGCGAAATGGTGTTTGCAGTAC
AAGATCCCTTCGAGAGCTGCGTAGTTGGAAGGAGAGATGGGACAGCCTCCGTGGGAGCAC
TTGAAGCAGGACTTGTGGTAACACTGGCTCTCCACGGTTACCTTCTCGATAGGGTACACG
GTTTTACTGCAAGTAGCGCATTTATCTTGCGTTCCAGAGAACATTCCAGCGACTCGGCTA
GGTGTCCTTGTCAGCTCAGGGGTTGGCTTGTCAGTTAATGGCTTTGCAGGTGATTGGAAG
TTCTTGTTGAAACTACCAGTCTCCTTGAAGAGCTGCTCAAAGTGAGGCTTACAGTACAAC
ACACCTTCCATCGATGAATAATTGCTCAGTTGAAGGGTGGATTTGCAGTGGGAGCATTTG
AAGCAAGACTTGTGAAAAGGGACACCATCAGCTGAGAGAAGCTCCATAGGGTACACTGTC
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DS 

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GAAATGGTGTTTGCAGTACAAGATCCCTTCGAGAGCTGCGTAGTTGGAAGGAGAGATGGG
ACAGCCTCCGTGGGAGCACTTGAAGCAGGACTTGTGGTAACACTGGCTCTCCACGGTTAC
CTTCTCGATAGGGTACACGGTTTTACTGCAAGTAGCGCATTTATCTTGCGTTCCAGAGAA
CATTCCAGCGACTCGGCTAGGTGTCCTTGTCAGCTCAGGGGTTGGCTTGTCAGTTAATGG
CTTTGCAGGTGATTGGAAGTTCTTGTTGAAACTACCAGTCTCCTTGAAGAGCTGCTCAAA
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TTTGCAGTGGGAGCATTTGAAGCAAGACTTGTGAAAAGGGACACCATCAGCTGAGAGAAG
CTCCATAGGGTACACTGTCTTCTCACACGCCCTGCATTTCTGCTGCGTTCCTGTAAACGA
CATCGTCTTCCTTCTTCTTTGGGCTTTTTCTTCACTATCTGTCCTCCCCTCCCCTCTCTC
GCTCACTCACCGTCGATATGACACAAACGCCGACAGAAAATGCGAAATCGAAAAAGTTAA
GATGTGGAGAAGACGAAGTTAAAGATGAAAGGGGTAATCC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 4

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GGAAACTTGTGAGGCCCAGAAATGACTATCCTTCTTCTCCATGTTCCTCCTCCGACAACG
ACCATCCTCTTCTCAAACTCATCTTCTCCACGCTCCACCACCACAAGAACTCTCAATCTC
ACGCAGCGCCTTCGTTGCCGTGCCTCTAATTCCTCAGAGGTTAAATCGGAGTACAAGCCT
GGAGCTCTCGACGATTTCTTCATGCAATCTTTCCGAAGCAAACTGATCGAGGAAGTCGGG
TCGGATTCAGACAAACCCGGTTACGTTGGTCTCATTGAGTTGGTCAAGCTTCTCTTGTTG
CAAGGTCGTACTAGGTCCGAGACCAATGACGCAGCGGTGCGGATACTGAAGTCGTTGTTT
CCACCGCTCATATTAGAGCTTTACAAGCTTCTTATTGCTCCTTTAGCACAAGGGAAGATA
GCTGCATTGATGGTTGCGAGAGTTACTGTAGTTACATGTCAATGGCTCATGGGACCTTGC
AAAGTAAATACCATAGATCTTCCTAATGGAGAATCTTGGGAGAGTGGGGTTTTTGTGGAG
AAATGTCAGTATCTAGAAGAGAGCAAATGTGTGGGAGTATGCATCAATACTTGTAAACTA
CCAACTCAGACATTCTTTAAAGACTACATGGG*AGTTCCTCTGTTGATGGAGCCAGACTT
CAAAGATTATAGTTGCCAGTTTAAATTTGGGGTAGCTCCACCGAAGGATGATAGCAATGT
TAACGAACCGTGTCTTGAGACATGCTCCATCGCCAGCCGCAGGAAATTAAATGCCGTGGA
GTGTCCTATGGCGTAAACCTTCGTCTTATATGAAAAGTAGTATGTTAATGCACCGACTTT
ATATTGTTGTGGTATAAATGTCCAACAACCATCTCGATTTGATCACAGATATTTACGAAA
TAACAAAAAATAAAAATGATTTCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B428TF U 1
AF RR3AZ91TF U 1
AF RR3AZ91JQ C 184
AF RR3AT55TF U 214
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BS 707 762 RR3AZ91TF
BS 763 763 RR3AT55TF
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BS 808 824 RR3AZ91TF
BS 825 904 RR3AT55TF
BS 905 924 RR3AZ91JQ

RD RR3B428TF 758 0 0
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AAATGTCAGTATCTAGAAGAGAGCAAATGTGTGGGAGTATGCATCAATACTTGTAAACTA
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QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3AZ91TF 824 0 0
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ACCATCCTCTTCTCCAACTCATCTTCTCCACGCTCCACCACCACAAGAACTCTCAATCTC
ACGCAGCGCCTTCGTTGCCGTGCCTCTAATTCCTCAGAGGTTAAATCGGAGTACAAGCCT
GGAGCTCTCGACGATTTCTTCATGCAATCTTTCCGAAGCAAACTGATCGAGGAAGTCGGG
TCGGATTCAGACAAACCCGGTTACGTTGGTCTCATTGAGTTGGTCAAGCTTCTCTTGTTG
CAAGGTCGTACTAGGTCCGAGACCAATGACGCAGCGGTGCGGATACTGAAGTCGTTGTTT
CCACCGCTCATATTAGAGCTTTACAAGCTTCTTATTGCTCCTTTAGCACAAGGGAAGATA
GCTGCATTGATGGTTGCGAGAGTTACTGTAGTTACATGTCAATGGCTCATGGGACCTTGC
AAAGTAAATACCATAGATCTTCCTAATGGAGAATCTTGGGAGAGTGGGGTTTTTGTGGAG
AAATGTCAGTATCTAGAAGAGAGCAAATGTGTGGGAGTATGCATCAATACTTGTAAACTA
CCAACTCAGACATTCTTTAAAGACTACATGGGGAGTTCCTCTGTTGATGGAGCCAGACTT
CAAAGATTATAGTTGCCAGTTTAAATTTGGGGTAGCTCCACCGAAAGATGATAGCAATGT
TAACGAACCGTGTCTTGAGACATGCTCCATCGCCAGCCGCAG*AAATTAAATGCCGTGGA
GTGTCCTATGGCGTAAACCTTCGTCT*ATATGAAAAGTAGTATG

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR3AZ91JQ 741 0 0
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GATTCAGACAAACCCGGTTACGTTGGTCTCATTGAGTTGGTCAAGCTTCTCTTGTTGCAA
GGTCGTACTAGGTCCGAGACCAATGACGCAGCGGTGCGGATACTGAAGTCGTTGTTTCCA
CCGCTCATATTAGAGCTTTACAAGCTTCTTATTGCTCCTTTAGCACAAGGGAAGATAGCT
GCATTGATGGTTGCGAGAGTTACTGTAGTTACATGTCAATGGCTCATGGGACCTTGCAAA
GTAAATACCATAGATCTTCCTAATGGAGAATCTTGGGAGAGTGGGGTTTTTGTGGAGAAA
TGTCAGTATCTAGAAGAGAGCAAATGTGTGGGAGTATGCATCAATACTTGTAAACTACCA
ACTCAGACATTCTTTAAAGACTACATGGG*AGTTCCTCTGTTGATGGAGCCAGACTTCAA
AGATTATAGTTGCCAGTTTAAATTTGGGGTAGCTCCACCGAAGGATGATAGCAATGTTAA
CGAACCGTGTCTTGAGACATGCTCCATCGCCAGCCGCAGGAAATTAAATGCCGTGGAGTG
TCCTATGGCGTAAACCTTCGTCTTATATGAAAAGTAGTATGTTAATGCACCGACTTTATA
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CAAAAAATAAAAATGATTTCG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3AT55TF 691 0 0
G
GAAGCAAACTGATCGAGGAAGTCGGGTCGGATTCAGACAAACCCGGTTACGTTGGTCTCA
TTGAGTTGGTCAAGCTTCTCTTGTTGCAAGGTCGTACTAGGTCCGAGACCAATGACGCAG
CGGTGCGGATACTGAAGTCGTTGTTTCCACCGCTCATATTAGAGCTTTACAAGCTTCTTA
TTGCTCCTTTAGCACAAGGGAAGATAGCTGCATTGATGGTTGCGAGAGTTACTGTAGTTA
CATGTCAATGGCTCATGGGACCTTGCAAAGTAAATACCATAGATCTTCCTAATGGAGAAT
CTTGGGAGAGTGGGGTTTTTGTGGAGAAATGTCAGTATCTAGAAGGGAGCAAATGTGTGG
GAGTATGCATCAATACTTGTAAACTACCAACTCAGACATTCTTTAAAGACTACATGGG*A
GTTCCTCTGTTGATGGAGCCAGACTTCAAAGATTATAGTTGCCAGTTTAAATTTGGGGTA
GCTCCACCGAAGGATGATGGCAATGTTAACGAACCGTGTCTTGAGACATGCTCCATCGCC
AGCCGCAGGAAATTAAATGCCGGGGAGTGTCCTATGGCGTAAACCTTCGTCTTATATGAA
AAGTAGTATGTTAATGCACCGACTTTATATTGTTGTGGTATAAATGTCCAACAACCATCT
CGATTTGATCACAGATATTTACGAAATAAC

QA 2 691 2 691
DS 



AS 1 3

CO CL3108Contig1 927 3 3 U
GAAAATGAAACCTGATTATATAATATAAGTTAATGGAGCTTACAGAAAGTCAACAAAAGT
GAAAATCATCAAGCAGTACAAAGCATTCTTGTTTAGTCTCGTCTTAAGCACGTTCGTACT
GAGGAGTACTATTATTAACGGAAGCTTCTTCACGGTTTTTCCGTCTCTGTCTTCGTTGAG
CTCTCTTCTGTTTGCGAGTTTGCGCTTTGCTTGAAGCTTTCGCATTAACCGGCGCAGCAG
GAACGCTCTCTGTTGGTTCTGAACCACC*AAATACACTGTCAAGAGCATCATCTTCTTCA
TCCGCCATTTCGCCATCCGAATTTCCAGAGGCATTTTGGAGCACTGGTTTAGTCTTTGAA
GCATCAGTGTTGTTGGTTCTCTGAGGTTTGGCATCATCTACATCACCATCATCATAAGAA
GCGGGGATTTCAGTGAAAGTTCTCCTCTTACGCCAGCGCATCTGAGGTTTCTCTCCTTGA
TCGTTGTAAACAGCTTCAGGGTAGAAGTGCTTGGACATAAGCTGCCATCTCCAAGCTTCA
CCTCTGTTGTACTTGACTAAGACATTGACAAGCTCTCTCTGCATCCGTGTAGCATCTTGC
CTAAGAATGTTATCAAGGCATGAAACTGCAGTAGTGGAGTTTGACCAATCCCAAGCAGCA
GTAAAAGCCGCCACAGCAGGTAAAACTGTAAGAGGAAGCTTCAGCATTTTCATCTTTTTC
GCCACTTGCCAACCTAAACCACCAGCTAGACCAGAGGCAAAGCCAGCAGTCCAGAGAACT
TTGATATGGCAAGAGGCAATCACACTCATCTCTTCCGCCGTTATCTTCTCCTGCTCGGGT
TTATCCGCGAGGGCAAGATAGAGCTGATTCAAAGCGGACAACGCCATCGTCGTTCCTTAA
GAATCAATTTCTCAGAAGCGACTCCCC


BQ
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AF RR3BG26JQ U 1
AF RR3H074JQ U 159
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BS 523 690 RR3H074JQ
BS 691 927 RR3BG26TF

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TTCGCATTAACCGGCGCAGCAGGAACGCTCTCTGTTGGTTCTGAACCACC*AAATACACT
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GAGCACTGGTTTAGTCTTTGAAGCATCAGTGTCGTTGGTTCTCTGAGGTTTGGCATCATC
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GCCATCCGAATTTCCAGAGGCATTTTGGAGCACTGGTTTAGTCTTTGAAGCATCAGTGTT
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GGCAAGATAGAGCTGATTCAAAGCGGACAACGCCATCGTCGTTCCTTAAGAATCAATTTC
TCAGAAGCGACTCCCC

QA 1 856 1 856
DS 



AS 1 4

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TATGGAGAGAGTGTCTCGTCTTTTCGAGATCATTATATTCACAGCTAGCCAGAGTATCTA
CGCCGAGCAGCTTCTGAATGTGCTTGACCCCAAGAGGAAGCTCTTTCGCCATAGAGTGTA
CCGTGACTCGTGTGTTTTCTTTGACGGTAACTACCTCAAGGACTTGTCTGTCCTTGGGCG
TGACTTATCTCGTGTGATCATCGTCGACAACTCCCCACAGGCATTTGGGTTCCAAGTGGA
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GCTGCCGTTTCTTGAAAGCTTAATAGGAGCTGAAGATGTGAGGCCGATGATCGCCAAGAA
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3DS33TF U 1
AF RR3BV71TF U 1
AF RR3BV71JQ C 653
AF RR3DS33JQ C 869
BS 1 737 RR3BV71TF
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BS 753 1333 RR3BV71JQ

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GGTGAAAGAGAGTTCCTTTACAAGGTTGTTTGTAATGGAAGACGATGGTTCTGCTTCTTC
TTCTTCCCATTCTTCTCGAGATTTGGATGCACAGAACCCTTATGATCGATTGCTTGCTCT
AGATACATCAAACTCCGTTGATTCAAATCGTAACTTGGATTCGGTTTCTGCTATTTATCT
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CATCACCTCCGTATGCAACGTGGAGGACGAAGAAGAGGATGAGGAGCTCGATGAGTTCGA
TCCTTATCTCTTCATCAAGAACCTGCCCAACCTGTCCTCCGTTGTCCCTACTTTTATACC
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CGAAACGCTTGTGCACTCTACTCTAGAACCGTGTGATGACGTGGATTTCACATTCCCTGT
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TATGGAGAGAGTGTCT

QA 1 676 1 676
DS 

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GTTCGAGCTAGCTTTTACGGAGTCTGGATCTAGTTTAGCTCCGGTTCTTCTCATTTCGTG
GGTGAAAGAGAGTTCCTTTACAAGGTTGTTTGTAATGGAAGACGATGGTTCTGCTTCTTC
TTCTTCCCATTCTTCTCGAGATTTGGATGCACAGAACCCTTATGATCGATTGCTTGCTCT
AGATACATCAAACTCCGTTGATTCAAATCGTAACTTGGATTCGGTTTCTGCTATTTATCT
AGCGATGACGACGGCGAGCTCGAAGCTGGAGTGCGTCGATGAGCGTGACCAAGATTCCCT
CATCACCTCCGTATGCAACGTGGAGGACGAAGAAGAGGATGAGGAGCTCGATGAGTTCGA
TCCTTATCTCTTCATCAAGAACCTGCCCAACCTGTCCTCCGTTGTCCCTACTTTTATACC
CGTCTTGCTTCCTAAACAGACCCGAAGCTGCCCTCCTATCTCTCTAGTCCTAGACCTCGA
CGAAACGCTTGTGCACTCTACTCTAGAACCGTGTGATGACGTGGATTTCACATTCCCTGT
GCATTTCAACGAAGAAGAGCATACGGTGTACGTGCGTTGCCGTCCCCACCTACAAGAGTT
TATGGAGAGAGTGTCTCGTCTTTTCGAGATCATTATATTCACAGCTAGCCAGAGTATCTA
CGCCGAGCAGCTTCTGA*TGTGCTTGACCCCA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3BV71JQ 681 0 0
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AGTATCTACGCCGAGCAGCTTCTGAATGTGCTTGACCCCAAGAGGAAGCTCTTTCGCCAT
AGAGTGTACCGTGACTCGTGTGTTTTCTTTGACGGTAACTACCTCAAGGACTTGTCTGTC
CTTGGGCGTGACTTATCTCGTGTGATCATCGTCGACAACTCCCCACAGGCATTTGGGTTC
CAAGTGGAGAACGGTGTGCCAATAGAGAGCTGGTTTAACGACCCGTTATATAAAGAGCTA
CTTCACTTGCTGCCGTTTCTTGAAAGCTTAATAGGAGCTGAAGATGTGAGGCCGATGATC
GCCAAGAAGTTCAATCTCAAGGAAAAGATTGACGCGGCTGTAGATGTACCTGAGTATCCT
GCTGAGGCAGGGGATCCTTTCGAAAGGTAAAGTCTTGATGGAAGCTTTTAAGGCAGAATC
TGGCGTAAAAGTTCGGTGACACAAAGGAGAAGACTTGCTCTTTGGGGAAAATGCTGTGGA
AAGTTTCTCTTCTTCCTCTTTGGGTTTGGAGGGGAACTTGCAAGATATATAATATATCAA
ATGTTGTTTTCTTATTAGTTTAAAGGATGTTGGTATACAGAGAAGTCACAGAATAATTAT
TATAAATTGGGCAATTCTCCC

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DS 

RD RR3DS33JQ 465 0 0
AACTCCCCACAGGCATTTGGGTTCCAAGTGGAGAACGGTGTGCCAATAGAGAGCTGGTTT
AACGACCCGTTATATAAAGAGCTACTTCACTTGCTGCCGTTTCTTGAAAGCTTAATAGGA
GCTGAAGATGTGAGGCCGATGATCGCCAAGAAGTTCAATCTCAAGGAAAAGATTGACGCG
GCTGTAGATGTACCTGAGTATCCTGCTGAGGCAGGGGATCCTTTCGAAAGGTAAAGTCTT
GATGGAAGCTTTTAAGGCAGAATCTGGCGTAAAAGTTCGGTGACACAAAGGAGAAGACTT
GCTCTTTGGGGAAAATGCTGTGGAAAGTTTTTCTTCTTCCTCTTTGGGTTTGGAGGGGAA
CTTGCAAGATATATAATATATCAAATGTTGTTTTCTTATTAGTTTAAAGGATGTTGGTAT
ACAGAGAAGTCACAGAATAATTATTATAAATTGGGCAATTCTCCC

QA 1 465 1 465
DS 



AS 1 4

CO CL3110Contig1 943 4 5 U
CCTCTTCCACCCAAAAGATTTAAAAAATGTAACAAGAATTATAAGAAGTATGTTGATATT
TGATAAGCTACATTTTAGTATCTATATTAATCTATCGTCTTAAACTAACGTTCTTTTTAG
GTTTTAGATCAGAAGAGAGACGGAATAGCTGCACGACAACGACCAGGCTCGTGCCAAAGC
TGAGAACGAGAGAACAAACATGACTAATGGCACAAATCAAACATAGCTAAGACAGATGTT
TTTCTTCAGCAAGCACATCCTCCTCTTTGCTCAGGCTCTGAACCAGACTCTGGAATCCCC
TGAAAATATATATCTTGGTCGCGCTCATTGGCAAGGGCAAGTTTTGTGATGCACAAGAAC
GATTCATCTACGTTGTAATCTTCTTTAGCAGATGTCTCGTAATAGCATATGTTTCCCTTT
TGAGCACACCATTCTCTAGCTTTCTTCTCTGATACCACTCGACTGTTTCCTCCATCAATA
TCAATCTTGTTACCAAGCAATATGAACGGGAACGCGGTTGGATCCCGTGGGCTAGCCTGC
TTAAGAAACTCCTCGTGCCAATTGTCCAGAGAATCAAATGACTTGAGGTAGTTAACATCA
TAAACAAGCACACAACAATCTGCACCTCTATAGAAAGCAACACCAAGACTCTGGAACCTC
TCTTGCCCAGCAGTGTCCCAAATTTGGAGTGTGACGAGCCTGTCATCGATTTGAAGCTCC
TTGGTGACAAAATCAGCTCCAATCGTGGCTTTGTACTGTTGACTAAACTTATTATTTACA
TATTGATTCATCAACGATGTTTTGCCAACCCCGCTGTCTCCAAGGACAATAACCTTAAGC
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TTCAAGAAAGCAAAGAAGCGCCAAGTTCGATCTACAATGTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3EF72JQ U 1
AF RR3AE59JQ U 41
AF RR3AE59TF C 99
AF RR3EF72TF C 318
BS 1 183 RR3EF72JQ
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BS 185 691 RR3EF72JQ
BS 692 896 RR3AE59JQ
BS 897 943 RR3AE59TF

RD RR3EF72JQ 691 0 0
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GTTTTAGATCAGAAGAGAGACGGAATAGCTGCACGACAACGACCAGGCTCGTGCCAAAGC
TGAAAACGAGAGAACAAACATGACTAATGGCACAAATCAAACATAGCTAAGACAGATGTT
TTTCTTCAGCAAGCACATCCTCCTCTTTGCTCAGGCTCTGAACCAGACTCTGGAATCCCC
TGAAAATATATATCTTGGTCGCGCTCATTGGCAAGGGCAAGTTTTGTGATGCACAAGAAC
GATTCATCTACGTTGTAATCTTCTTTAGCAGATGTCTCGTAATAGCATATGTTTCCCTTT
TGAGCACACCATTCTCTAGCTTTCTTCTCTGATACCACTCGACTGTTTCCTCCATCAATA
TCAATCTTGTTACCAAGCAATATGAACGGGAACGCGGTTGGATCCCGTGGGCTAGCCTGC
TTAAGAAACTCCTCGTGCCAATTGTCCAGAGAATCAAATGACTTGAGGTAGTTAACATCA
TAAACAAGCACACAACAATCTGCACCTCTATAGAAAGCAACACCAAGACTCTGGAACCTC
TCTTGCCCAGCAGTGTCCCAAATTTGGAGTG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3AE59JQ 856 0 0
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GACCAGGCTCGTGCCAAAGCTGAGAACGAGAGAACAAACATGACTAATGGCACAAATCAA
ACATAGCTAAGACAGATGTTTTTCTTCAGCAAGCACATCCTCCTCTTTGCTCAGGCTCTG
AACCAGACTCTGGAATCCCCTGAAAATATATATCTTGGTCGCGCTCATTGGCAAGGGCAA
GTTTTGTGATGCACAAGAACGATTCATCTACGTTGTAATCTTCTTTAGCAGATGTCTCGT
AATAGCATATGTTTCCCTTTTGAGCACACCATTCTCTAGCTTTCTTCTCTGATACCACTC
GACTGTTTCCTCCATCAATATCAATCTTGTTACCAAGCAATATGAACGGGAACGCGGTTG
GATCCCGTGGGCTAGCCTGCTTAAGAAACTCCTCGTGCCAATTGTCCAGAGAATCAAATG
ACTTGAGGTAGTTAACATCATAAACAAGCACACAACAATCTGCACCTCTATAGAAAGCAA
CACCAAGACTCTGGAACCTCTCTTGCCCAGCAGTGTCCCAAATTTGGAGTGTGACGAGCC
TGTCATCGATTTGAAGCTCCTTGGTGACAAAATCAGCTCCAATCGTGGCTTTGTACTGTT
GACTAAACTTATTATTTACATATTGATTCATCAACGATGTTTTGCCAACCCCGCTGTCTC
CAAGGACAATAACCTTAAGCAAACTT**TCTTCGCATCGACATGTTCCACAGCTTCTTGT
ACTTAGCTCGGTTCTT

QA 1 856 1 856
DS 

RD RR3AE59TF 845 0 0
TCTAG
ACTAACGTTCTTTT*AGGTTTTAGATCAGAAGAGAGACGGAATAGCTGCACGACAACGAC
CAGGCTCGTGCCAAAGCTGAGAACGAGAGAACAAACATGACTAATGGCACAAATCAAACA
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CAGACTCTGGAATCCCCTGAAAATATATATCTTGGTCGCGCTCATTGGCAAGGGCAAGTT
TTGTGATGCACAAGAACGATTCATCTACGTTGTAATCTTCTTTAGCAGATGTCTCGTAAT
AGCATATGTTTCCCTTTTGAGCACACCATTCTCTAGCTTTCTTCTCTGATACCACTCGAC
TGTTTCCTCCATCAATATCAATCTTGTTACCAAGCAATATGAACGGGAACGCGGTTGGAT
CCCGTGGGCTAGCCTGCTTAAGAAACTCCTCGTGCCAATTGTCCAGAGAATCAAATGACT
TGAGGTAGTTAACATCATAAACAAGCACACAACAATCTGCACCTCTATAGAAAGCAACAC
CAAGACTCTGGAACCTCTCTTGCCCAGCAGTGTCCCAAATTTGGAGTGTGACGAGCCTGT
CATCGATTTGAAGCTCCTTGGTGACAAAATCAGCTCCAATCGTGGCTTTGTACTGTTGAC
TAAACTTATTATTTACATATTGATTCATCAACGATGTTTTGCCAACCCCGCTGTCTCCAA
GGACAATAACCTTAAGCAAACTT**TCTTCGCATCGACATGTTCCACAGCTTCTTGTACT
TAGCTCGGTTCTTCGGATTCAAGAAAGCAAAGAAGCGCCAAGTTCGATCTACAATGTTAC

QA 6 845 6 845
DS 

RD RR3EF72TF 626 0 0
GTCGCGCTCATTGGCAAGGGCAAGTTTTGTGATGCACAAGAACGATTCATCTACGTTGTA
ATCTTCTTTAGCAGATGTCTCGTAATAGCATATGTTTCCCTTTTGAGCACACCATTCTCT
AGCTTTCTTCTCTGATACCACTCGACTGTTTCCTCCATCAATATCAATCTTGTTACCAAG
CAATATGAACGGGAACGCGGTTGGATCCCGTGGGCTAGCCTGCTTAAGAAACTCCTCGTG
CCAATTGTCCAGAGAATCAAATGACTTGAGGTAGTTAACATCATAAACAAGCACACAACA
ATCTGCACCTCTATAGAAAGCAACACCAAGACTCTGGAACCTCTCTTGCCCAGCAGTGTC
CCAAATTTGGAGTGTGACGAGCCTGTCATCGATTTGAAGCTCCTTGGTGACAAAATCAGC
TCCAATCGTGGCTTTGTACTGTTGACTAAACTTATTATTTACATATTGATTCATCAACGA
TGTTTTGCCAACCCCGCTGTCTCCAAGGACAATAACCTTAAGCAAACTTCTTCTTCGCAT
CGACATGTTCCACAGCTTCTTGTACTTAGCTCGGTTCTTCGGATTCAAGAAAGCAAAGAA
GCGCCAAGTTCGATCTACAATGTTAC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 2 4

CO CL3111Contig1 681 2 2 U
GGAAATACGGAGTTAGCTTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTGTCGAATCGAAT
TGGGCGTTAGGGTTTCTTCATCAATCAATCTCTTGGGAGACGACGAAGATGGTGTGTGAT
AAGTGTGAGAAGAAGTTATCAAAGGTGATAGTTCCAGATAAGTGGAAGGATGGTGCTCGT
AATGTTACCGAAGGTGGTGGCCGCAAGATCAACGAGAACAAACTTCTCTCCAAGAAGAAC
AGATGGACACCTTACGGTACTGCTACCACCAAGTGCACGATCTGCAAGCAGCAAGTGCAT
CAAGATGGTAAATATTGTCACACTTGTGCCTATAGCAAAGGAGTGTGTGCCATGTGCGGG
AAGCAAGTGTTGGACACCAAGATGTATAATCAGAGCAATGTTTAACCAAATCTACTAGTT
TTTTCACCCTGCTAGCACTACCAGGGGGGAGACTTATATCTGGTGATATCCTGAGCTCTT
TGAACAATCTCTGTCATGTGTTATAATTCTCTGTACCTCTCTCTCATTTGTTTCTAGTAA
TAACAACAACCAAAAGCTTCCTCTTTTATGTGATCATGATAGTTCTAATCTTTCGTATTA
ATCATTGGGTGAACATGAAGTTAGTCGAAACAACAACTTGTATACGCTAAACTGAGATTT
GATTCGTGGTACCGTTCAAGC


BQ
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AATGTTACCGAAGGTGGTGGCCGCAAGATCAACGAGAACAAACTTCTCTCCAAGAAGAAC
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AAGCAAGTGTTGGACACCAAGATGTATAATCAGAGCAATGTTTAACCAAATCTACTAGTT
TTTTCACCCTGCTAGCACTACCAGGGGGGAGACTTATATCTGGTGATATCCTGAGCTCTT
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TTAATCATTGGGTGAACATGAAGTTAGTCGAAACAACAACTTGTATACGCTAAACTGAGA
TTTGATTCGTGGTACCGTTCAAGC

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DS 



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CTTACGGTACTGCTACCACCAAGTGCACGATCTGCAAGCAGCAAGTGCATCAAGATGGTA
AATATTGTCACACTTGTGCCTATAGCAAAGGATTGTGTGCCATGTGCGGGAAGCAAGTGT
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GCTAGCACTACCAGGGGGGAGACTTATATCTGGTGATATCCTGAGCTCTTTGAACAATCT
CTGTCATGTGTTATAATTCTCTGTACCTCTCTCTCATTTGTTTCTAGTAATAACAACAAA
CAAAAGCTTCCTCTTTTATGCG


BQ
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AF RR3F263JQ C 1
AF RR3F263TF U 1
BS 1 2 RR3F263JQ
BS 3 560 RR3F263TF
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CTTACGGTACTGCTACCACCAAGTGCACGATCTGCAAGCAGCAAGTGCATCAAGATGGTA
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CAAAAGCTTCCTCTTTTATGCG

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DS 

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GG
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AAGTTATCAAAGGTGATAGTTCCAGATAAGTGGAAGGATGGTGCTCGTAATGTTACCGAA
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TACGGTACTGCTACCACCAAGTGCACGATCTGCAAGCAGCAAGTGCATCAAGATGGTAAA
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GTCATGTGTTATAATTCTCTGTACCTCTCTCTCATTTGTTTCTAGTAATAACAACAAACA
AAAGCTTCCTCTTTTATG
CG

QA 3 560 3 560
DS 



AS 1 4

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AACCATTCATGGGAGAGGTAATGACTATTAAAAGTATTTAAAACTATTACTCTTGATATC
ATCTTATGGTGTCTTTCTAAGACCTTTGGGACTTTGATGCCCAACCATGTGAACTTGACT
TCTCTTCATGGGTCGGTTCAGTCGTTGGAACCGTGGTCGGTGTATGTTATGTTTAATTAT
ATATCTATTTGTGGCATTTTGCTCAATCCAACGGCTTGAACGAGAACTCATCATCCTAGA
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TATTTCACCTGCTTTTTTTCTTTCCGCCTAATCTTAAACTGGGAAATGATTTGTTTCCGC
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GTTGTCAAACCCACAATCACTTAACTC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3D948TF U 1
AF RR3B740TF U 1
AF RR3B740JQ C 125
AF RR3D948JQ C 286
BS 1 808 RR3B740TF
BS 809 1047 RR3B740JQ

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ATGGATGAGGATGATTTGATTGAAAGAGAATTGGAAGATGTGGAACTAGCTGTTGAGGAT
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AACCATTCATGGGAGAGGTAATGACTATTAAAAGTATTTAAAACTATTACTCTTGATATC
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ATATCTATTTGTGGCATTT
GCTCAA

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ACAGGTGATGCGCCAATCATCCAATCGCCAAAAGACTTGAAATTGCTTCGGGATAAAGTG
AAGGCAAAGCGAGAAAAGGCTAAGAAGTTGCTAGGTGAGAGAATGAGGGAGAAGGATGTG
ATGGATGAGGATGATTTGATTGAAAGAGAATTGGAAGATGTGGAACTAGCTGTTGAGGAT
GAAAAGGCTAAGCAAAGAAATGTACAGAGCAGGCCAAAGGCCGAGAACTCTGATCTCATG
GTTACAGAACATGGTGAGATTCGAGATGCTAAAGGAAATAAAAATGCTGCAGAAGGTGAA
ATGGTACACGATGCGTCTCCAGTGCATAGCCGAAAGAGAAAAATGGGAAGCCCTCCTGAA
AAGCAGTCAGAAGGAAAGAGACACCACAGTAGTGAGAACGGTGAAGAAGGCCACAAGACT
GTGAGCAGAGGTAGTAGTCATCATGATGATAGAGCGCAGAGAAGACGCTCACAAGAGAAC
AACCATTCATGGGAGAGGTAATGACTATTAAAAGTATTTAAAACTATTACTCTTGATATC
ATCTTATGGTGTCTTTCTAAGACCTTTGGGACTTTGATGCCCAACCATGTGAACTTGACT
TCTCTTCATGGGTCGGTTCAGTCGTTGGAACCGTGGTCGGTGTATGTTATGTTTAATTAT
ATATCTATTTGTGGCATTTTGCTCAATCCAACGGCTTGAACGAGAACTCATCATCCTAGA
AGGATTTTGATAAGCTAATCAAGCTTTC

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DS 

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AGGCTAAGCAAAGAAATGTACAGAGCAGGCCAAAGGCCGAGAACTCTGATCTCATGGTTA
CAGAACATGGTGAGATTCGAGATGCTAAAGGAAATAAAAATGCTGCAGAAGGTGAAATGG
TACACGATGCGTCTCCAGTGCATAGCCGAAAGAGAAAAATGGGAAGCCCTCCTGAAAAGC
AGTCAGAAGGAAAGAGACACCACAGTAGTGAGAACGGTGAAGAAGGCCACAAGACTGTGA
GCAGAGGTAGTAGTCATCATGATGATAGAGCGCAGAGAAGACGCTCACAAGAGAACAACC
ATTCATGGGAGAGGTAATGACTATTAAAAGTATTTAAAACTATTACTCTTGATATCATCT
TATGGTGTCTTTCTAAGACCTTTGGGACTTTGATGCCCAACCATGTGAACTTGACTTCTC
TTCATGGGTCGGTTCAGTCGTTGGAACCGTGGTCGGTGTATGTTATGTTTAATTATATAT
CTATTTGTGGCATTTTGCTCAATCCAACGGCTTGAACGAGAACTCATCATCCTAGAAGGA
TTTTGATAAGCTAATCAAGCTTTCTTTTAATAAGTAAGCTTGATTAAAGTATGCATTATT
TCACCTGCTTTTTTTCTTTCCGCCTAATCTTAAACTGGGAAATGATTTGTTTCCGCTGCT
AAACTTTATACTTCTATTTGCTTAAATATAACGATTATGATAAACTTTCCTCCACCTATT
GTAAGATGAGAGTTGCCATTGCCTGAGATACCCTATCATATGAAGTGTAAGTTGTGGTTG
TCAAACCCACAATCACTTAACTC

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GCTGCAGAAGGTGAAATGGTACACGATGCGTCTCCAGTGCATAGCCGAAAGAGAAAAATG
GGAAGCCCTCCTGAAAAGCAGTCAGAAGGAAAGAGACACCACAGTAGTGAGAACGGTGAA
GAAGGCCACAAGACTGTGAGCAGAGGTAGTAGTCATCATGATGATAGAGCGCAGAGAAGA
CGCTCACAAGAGAACAACCATTCATGGGAGAGGTAATGACTATTAAAAGTATTTAAAACT
ATTACTCTTGATATCATCTTATGGTGTCTTTCTAAGACCTTTGGGACTTTGATGCCCAAC
CATGTGAACTTGACTTCTCTTCATGGGTCGGTTCAGTCGTTGGAACCGTGGTCGGTGTAT
GTTATGTTTAATTATATATCTATTTGTGGCATTTTGCTCAATCCAACGGCTTGAACGAGA
ACTCATCATCCTAGAAGGATTTTGATAAGCTAATCAAGCTTTCTTTTAATAAGTAAGCTT
GATTAAAGTATGCATTATTTCACCTGCTTTTTTTCTTTCCGCCTAATCTTAAACTGGGAA
ATGATTTGTTTCCGCTGCTAAACTTTATACTTCTATTTGCTTAAATATAACGATTATGAT
AAACTTTCCTCCACCTATTGTAAGATGAGAGTTGCCATTGCCTGAGATACCCTATCATAT
GAAGTGTAAGTTGTGGTTGTCAAACCCACAATCACTTAACTC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 4

CO CL3113Contig1 1118 4 6 U
GGAACGGCGAACCGACACATCGAGGTGGAGAATCCTGAGCTTATGAAGTACTTGAAGCAT
ATGACTAAACTCAAGCTTCTGAGCTTTCAAGGGATCTCAAGAATTGAAAGACTTGATGAT
GCTGTCTGTAAGCTTCATGATCTGATGATATTGGACCTCAGAGCTTGCTACAATCTTGAG
AAGCTTCCAAACAAGATAGACTCACTCAAGGCACTGACTTACTTGGACATTACAGATTGC
TACATAATAGACCGCATGCCCAAGAGGTTGTCATGGCTGGATAACTTGGAGGTTCTCAAA
GGCTTTGTGGTTAGTGATGCTACTGATGAGGAGACGTTCTGTTTACTGTCTGAGCTGAAG
CACTTGAAGAAGCTGAGAAAGCTAAGCATTACTATAAACAAAGGTGGTGACTTCACTGTT
GCTCAACTGTTTGTGGACATTCAAGATTTCTCCAAACTTGAGAAGTTGAAAGTGGCATGG
GGAGGTATTAATGAACACAACAAAGCCGCACCTTCTGCTGGAGCAGTAAAAGAATTCCTC
AGGTCGATGACACGCCTTCCTAATGGCTCAGTTACAGAGCCAAAGGTTCACAAGGCTCCA
AAGAAGGTAGACGTTCCAAGTCACCTTCCAGAGAAGTTGATGAAACTGGACCTACAGTGT
TTTCCTGATGCGGAACTTCCATCATTGCTTGAGCCTGGTAAGCTAAAGACACTGGAAAAA
CTCTACATAAAAGGAGGAACCAAACTTACTGGCTTAGGGAAGTCAGTGCCTGAGGAGCCA
ACGGAGTGCAGTGTCAAGGTTTTGCGTCTAAAGTTCCTTCCCAGGCTAAAAGTGGAGTGG
AGGGAGCTGAGGGAACTCTACTTTCCAAAACTGGAGTTCTTGGATAAGTATCAGTGCCCT
CATGTTAGTTTCTGCCCCTGTGATGGTATTGGAATCTGGCGCCACAAGTCTATGTAAAAC
TCTGAGCTGAGAGTTTCTCAGTTTTCCACATGTTTTATCTTTTCTTTTTGTTGCTGTTTC
TGTTGTTGTGTGAGTGTTTGCTTCCTCATCTCCCATTGATGTCTTCCTCAAGTGTTGTTG
TTTGTTACCAGTTGAATAAAAGAGTTTGTTGGAGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3C289TF U 1
AF RR3BN96TF U 187
AF RR3C289JQ C 304
AF RR3BN96JQ C 434
BS 1 245 RR3C289TF
BS 246 246 RR3BN96TF
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BS 826 1116 RR3C289JQ
BS 1117 1118 RR3BN96JQ

RD RR3C289TF 588 0 0
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ATGACTAAACTCAAGCTTCTGAGCTTTCAAGGGATCTCAAGAATTGAAAGACTTGATGAT
GCTGTCTGTAAGCTTCATGATCTGATGATATTGGACCTCAGAGCTTGCTACAATCTTGAG
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CACTTGAAGAAGCTGAGAAAGCTAAGCATTACTATAAACAAAGGTGGTGACTTCACTGTT
GCTCAACTGTTTGTGGACATTCAAGATTTCTCCAAACTTGAGAAGTTGAAAGTGGCATGG
GGAGGTATTAATGAACACAACAAAGCCGCACCTTCTGCTGGAGCAGTAAAAGAATTCCTC
AGGTCGATGACACGCCTTCCTAATGGCTCAGTTACAGAGCCAAAGGTT

QA 1 588 1 588
DS 

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G
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AGAAGCTGAGAAAGCTAAGCATTACTATAAACAAAGGTGGTGACTTCACTGTTGCTCAAC
TGTTTGTGGACATTCAAGATTTCTCCAAACTTGAGAAGTTGAAAGTGGCATGGGGAGGTA
TTAATGAACACAACAAAGCCGCACCTTCTGCTGGAGCAGTAAAAGAATTCCTCAGGTCGA
TGACACGCCTTCCTAATGGCTCAGTTACAGAGCCAAAGGTTCACAAGGCTCCAAAGAAGG
TAGACGTTCCAAGTCACCTTCCAGAGAAGTTGATGAAACTGGACCTACAGTGTTTTCCTG
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TAAAAGGAGGAACCAAACTTACTGGCTTAGGGAAGTCAGTGCCTGAGGAGCCAACGGAGT
GCAGTGTCAAGGTTTTGCGTCTAAAGTTCCTTCCCAGG

QA 2 639 2 639
DS 

RD RR3C289JQ 813 0 0
TTTGTGGTTAGTGATGCTACTGATGAGGAGACGTTCTGTTTACTGTCTGAGCTGAAGCAC
TTGAAGAAGCTGAGAAAGCTAAGCATTACTATAAACAAAGGTGGTGACTTCACTGTTGCT
CAACTGTTTGTGGACATTCAAGATTTCTCCAAACTTGAGAAGTTGAAAGTGGCATGGGGA
GGTATTAATGAACACAACAAAGCCGCACCTTCTGCTGGAGCAGTAAAAGAATTCCTCAGG
TCGATGACACGCCTTCCTAATGGCTCAGTTACAGAGCCAAAGGTTCACAAGGCTCCAAAG
AAGGTAGACGTTCCAAGCCACCTTCCAGAGAAGTTGATGAAACTGGACCTACAGTTTTTT
CCTGATGCGGAACTTCCATCATTGCTTGAGCCTGGTAAGCTAAAGACACTGGAAAAACTC
TACATAAAAGGAGGAACCAAACTTACTGGCTTAGGGAAGTCAGTGCCTGAGGAGCCAACG
GAGTGCAGTGTCAAGGTTTTGCGTCTAAAGTTCCTTCCCAGGCTAAAAGTGGAGTGGAGG
GAGCTGAGGGAACTCTACTTTCCAAAACTGGAGTTCTTGGATAAGTATCAGTGCCCTCAT
GTTAGTTTCTGCCCCTGTGATGGTATTGGAATCTGGCGCCACAAGTCTATGTAAAACTCT
GAGCTGAGAGTTTCTCAGTTTTCCACATGTTTTATCTTTTCTTTTTGTTGCTGTTTCTGT
TGTTGTGTGAGTGTTTGCTTCCTCATCTCCCATTGATGTCTTCCTCAAGTGTTGTTGTTT
GTTACCAGTTGAATAAAAGAGTTTGTTGGAGTG

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR3BN96JQ 685 0 0
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AACACAACAAAGCCGCACCTTCTGCTGGAGCAGTAAAAGAATTCCTCAGGTCGATGACAC
GCCTTCCTAATGGCTCAGTTACAGAGCCAAAGGTTCACAAGGCTCCAAAGAAGGTAGACG
TTCCAAGTCACCTTCCAGAGAAGTTGATGAAACTGGACCTACAGTGTTTTCCTGATGCGG
AACTTCCATCATTGCTTGAGCCTGGTAAGCTAAAGACACTGGAAAAACTCTACATAAAAG
GAGGAACCAAACTTACTGGCTTAGGGAAGTCAGTGCCTGAGGAGCCAACGGAGTGCAGTG
TCAAGGTTTTGCGTCTAAAGTTCCTTCCCAGGCTAAAAGTGGAGTGGAGGGAGCTGAGGG
AACTCTACTTTCCAAAACTGGAGTTCTTGGATAAGTATCAGTGCCCTCATGTTAGTTTCT
GCCCCTGTGATGGTATTGGAATCTGGCGCCACAAGTCTATGTAAAACTCTGAGCTGAGAG
TTTCTCAGTTTTCCACATGTTTTATCTTTTCTTTTTGTTGCTGTTTCTGTTGTTGTGTGA
GTGTTTGCTTCCTCATCTCCCATTGATGTCTTCCTCAAGTGTTGTTGTTTGTTACCAGTT
GAATAAAAGAGTTTGTTGGAGTGTT

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 4

CO CL3114Contig1 1130 4 13 U
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TGCAGCTGCACAAAAGAGATGGAACCTGAGTGATTTTGACATTGGAAAGGCTCTTGGTAG
AGGCAAGTTTGGTCACGTTTATCTCGCTCGAGAAAAGCGGAGCAACCACATTGTCGCTCT
AAAGGTTCTTTTCAAGACCCAGCTTCAAGAATCTCAAGTTGAACACCAGCTCAGAAGAGA
AGTTGAGATTCAGTCTCATCTTCGCCACCCCAATATCCTGCGTCTCTATGGTTATTTCTA
TGATCAGAAAAGAGTTTATTTGATACTTGAGTATGCTGCTAGGGGAGAGCTTTACAAGGA
GCTTCAGAAATGCAAGTACTTCAGCGAGAGACGAGCTGCAACTTATGTTGCATCGTTGGC
GAGAGCTCTCATCTATTGCCATGGCAAGCACGTGATACACAGAGATATCAAACCAGAGAA
CCTGTTAATCGGTGCTCAGGGTGAGCTCAAGATTGCGGACTTTGGTTGGTCAGTACACAC
ATTTAACAGGAGAAGGACCATGTGTGGCACGCTTGATTACCTTCCTCCTGAGATGGTTGA
AAGCGTAGAGCATGATGCAAGTGTAGATATCTGGAGCCTAGGGATTCTCTGTTACGAGTT
CCTTTATGGCGTTCCTCCTTTTGAAGCGGTGGAACACTCGGACACATACAGAAGGATTGT
GCAGGTGGACCTCAAGTTCCCTCCCACACCAATTGTATCTCCATCTGCAAAGGATCTTAT
TAGCCAGATGCTTGTCAAGGAGTCTGCAAAACGTCTGCCTCTGCACAAACTTCTCGAGCA
CCCATGGATTGTGCAGAACGCTGATCCTTCTGGAATCTACAGAGGTTGAAAACGAACCAG
CTTTTTTTATTCATTCTCCTGCTAGTAACGCTTCAGTTCTTGGCAGTCTCGAGCCATATT
GTTGTTCATTTTAAATTCTGTTCATTGTAAAAGTAAGACAATGTAGAACAAACAAAAAAA
ATCCTTCATAACGCGACCATATCCACGATATTAATAAACACCATTTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3B494TF U 1
AF RR3FX90TF U 57
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AF RR3FX90JQ C 491
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BS 786 828 RR3FX90TF
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RD RR3B494TF 780 0 0
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AGGCAAGTTTGGTCACGTTTATCTCGCTCGAGAAAAGCGGAGCAACCACATTGTCGCTCT
AGAGGTTCTTTTCAAGACCCAGCTTCAAGAATCTCAAGTTGAACACCAGCTCAGAAGAGA
AGTTGAGATTCAGTCTCATCTTCGCCACCCCAATATCCTGCGTCTCTATGGTTATTTCTA
TGATCAGAAAAGAGTTTATTTGATACTTGAGTATGCTGCTAGGGGAGAGCTTTACAAGGA
GCTTCAGAAATGCAAGTACTTCAGCGAGAGACGAGCTGCAACTTATGTTGCATCGTTGGC
GAGAGCTCTCATCTATTGCCATGGCAAGCACGTGATACACAGAGATATCAAACCAGAGAA
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ATTTAACAGGAGAAGGACCATGTGTGGCACGCTTGATTACCTTCCTCCTGAGATGGTTGA
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CCTTTATGGCGTTCCTCCTTTTGAAGCGGTGGAACACTCGGGCACATACAGAA
CGATTGT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3FX90TF 781 0 0
GG
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AGAGGCAAGTTTGGTCACGTTTATCTCGCTCGAGAAAAGCGGAGCAACCACATTGTCGCT
CTAAAGGTTCTTTTCAAGACCCAGCTTCAAGAATCTCAAGTTGAACACCAGCTCAGAAGA
GAAGTTGAGATTCAGTCTCATCTTCGCCACCCCAATATCCTGCGTCTCTATGGTTATTTC
TATGATCAGAAAAGAGTTTATTTGATACTTGAGTATGCTGCTAGGGGGGAGCTTTACAAG
GAGCTTCAGAAATGCAAGTACTTCAGCGAGAGACGAGCTGCAACTTATGTTGCATCGTTG
GCGAGAGCTCTCATCTATTGCCATGGCAAGCACGTGATACACAGAGATATCAAACCAGAG
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ACATTTAACAGGAGAAGGACCATGTGTGGCACGCTTGATTACCTTCCTCCTGAGATGGTT
GAAAGCGTAGAGCATGATGCAAGTGTAGATATCTGGAGCCTAGGGATTCTCTGTTACGAG
TTCCTTTATGGCGTTCCTCCTTTTGAAGCGGTGGAACACTCGGACACATACAGAAG*ATT
GTGCAG*TGGACCTCAAGTTCCCTCCCACACCAATTGTATCTCCATCTGC
GGATCTTAT

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR3B494JQ 728 0 0
GGGA
GAGCTTTACAAGGAGCTTCAGAAATGCAAGTACTTCAGCGAGAGACGAGCTGCAACTTAT
GTTGCATCGTTGGCGAGAGCTCTCATCTATTGCCATGGCAAGCACGTGATACACAGAGAT
ATCAAACCAGAGAACCTGTTAATCGGTGCTCAGGGTGAGCTCAAGATTGCGGACTTTGGT
TGGTCAGTACACACATTTAACAGGAGAAGGACCATGTGTGGCACGCTTGATTACCTTCCT
CCTGAGATGGTTGAAAGCGTAGAGCATGATGCAAGTGTAGATATCTGGAGCCTAGGGATT
TTCTGTTACGAGTTCCTTTATGGCGTTCCTCCTTTTGAAGCGGTGGAACACTCGGGCACA
TACAGAAGGATTGTGCAGGTGGACCTCAAGTTCCCTCCCACGCCAATTGTATCTCCATCT
GCAAAGGATCTTATTAGCCAGATGCTTGTCAAGGAGTCTGCAAAACGTCTGCCTCTGCAC
AAACTTCTCGAGCACCCATGGATTGTGCAGAACGCTGATCCTTCTGGAATCTACAGAGGT
TGAAAACGAACCAGCTTTTTTTATTCATTCTCCTGCTAGTAACGCTTCAGTTCTTGGCAG
TCTCGAGCCATATTGTTGTTCATTTTAAATTCTGTTCATTGTAAAAGTAAGACAATGTAG
AACAAACAAAAAAAATCCTTCATAACGCGACCATATCCACGATATTAATAAACACCATTT
TGCC

QA 5 728 5 728
DS 

RD RR3FX90JQ 640 0 0
ATCTATTGCCATGGCAAGCACGTGATACACAGAGATATCAAACCAGAGAACCTGTTAATC
GGTGCTCAGGGTGAGCTCAAGATTGCGGACTTTGGTTGGTCAGTACACACATTTAACAGG
AGAAGGACCATGTGTGGCACGCTTGATTACCTTCCTCCTGAGATGGTTGAAAGCGTAGAG
CATGATGCAAGTGTAGATATCTGGAGCCTAGGGATTTTCTGTTACGAGTTCCTTTATGGC
GTTCCTCCTTTTGAAGCGGTGGAACACTCGGACACATACAGAAGGATTGTGCAGGTGGAC
CTCAAGTTCCCTCCCACACCAATTGTATCTCCATCTGC***GGATCTTATTAGCCAGATG
CTTGTCAAGGAGTCTGCAAAACGTCTGCCTCTGCACAAACTTCTCGAGCACCCATGGATT
GTGCAGAACGCTGATCCTTCTGGAATCTACAGAGGTTGAAAACGAACCAGCTTTTTTTAT
TCATTCTCCTGCTAGTAACGCTTCAGTTCTTGGCAGTCTCGAGCCATATTGTTGTTCATT
TTAAATTCTGTTCATTGTAAAAGTAAGACAATGTAGAACAAACAAAAAAAATCCTTCATA
ACGCGACCATATCCACGATATTAATAAACACCATTTTGCC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 3

CO CL3115Contig1 852 3 4 U
CTCACTCTGATTCCTTTATAGAGATAGAAGGGGAAAAAAACTGATTTGTTTAATGGAGTG
CAAGGCATTTTAACATATAATATCTTACTCTTCATTTTTGAGAAAAAAACAATGGAGAGT
AGAAATAACAAATTATCAGGAAAATGCAAAGACTGATTTAACAATTACCAGTCGGGTATG
AGAGTCATTAGCACTAATACAAGTTGATTAGTTATAAATGATAAAAAGGAAGAATTTTAT
ATGATACCTGTTATTTACTCTTCCGTTTCCACTGAATCTCCAGCTGAGGTGTCATATTTA
GGATGATTCTCAATGCAGTTAAGTAAGTACTTGAAAGTCTCGACCTCGCAGGGTATGGTT
AAGGCGCCGCTATGATCAAATCCGTATTCTTCCTCAGCTTTCTCGAGCAAAACCTTGAAC
AGGGAGTGGCTTAAAAAGTTTGTAGGAATTATAAATCTCCGGAGCTCGGGTCCTACATAA
ACCGCCAAATACCCTTGGGGGACATCAAACGGTGGCTCAGGACTTTGGCTAGTTTCCTCA
TCCGAATCACATGTCTTCATATCCAATAGCCTCTGGTTGATAACCGGTGAAATGATGGCT
GTGTGCTTTCTTGCTCCCAACTCGGTATCATCTGACTTTGAACCTATTGTGACAGATTGC
CATTTCTGCAGAATCTCCTTTAGCCTGACAATCTGCTTGATCCCGGTTAACCTTCCTGCG
TTGTTTTCATCCATTTTTCTCCTTGTTAAGGATATATAAGATCTTCCCAGGAAAGCAGAA
GAGGAAATGGAAATGAAGCACTCTTAGACACAAAGAGGAACGCCATACAACGGATTTAGC
AGCTCTGGAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC45JQ U 1
AF RR3FC45TF C 74
AF RR3BW39JQ U 72
BS 1 748 RR3FC45JQ
BS 749 749 RR3BW39JQ
BS 750 784 RR3FC45JQ
BS 785 852 RR3BW39JQ

RD RR3FC45JQ 784 0 0
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CAAGGCATTTTAACATATAATATCTTACTCTTCATTTTTGAGAAAAAAACAATGGAGAGT
AGAAATAACAAATTATCAGGAAAATGCAAAGACTGATTTAACAATTACCAGTCGGGTATG
AGAGTCATTAGCACTAATACAAGTTGATTAGTTATAAATGATAAAAAGGAAGAATTTTAT
ATGATACCTGTTATTTACTCTTCCGTTTCCACTGAATCTCCAGCTGAGGTGTCATATTTA
GGATGATTCTCAATGCAGTTAAGTAAGTACTTGAAAGTCTCGACCTCGCAGGGTATGGTT
AAGGCGCCGCTATGATCAAATCCGTATTCTTCCTCAGCTTTCTCGAGCAAAACCTTGAAC
AGGGAGTGGCTTAAAAAGTTTGTAGGAATTATAAATCTCCGGAGCTCGGGTCCTACATAA
ACCGCCAAATACCCTTGGGGGACATCAAACGGTGGCTCAGGACTTTGGCTAGTTTCCTCA
TCCGAATCACATGTCTTCATATCCAATAGCCTCTGGTTGATAACCGGTGAAATGATGGCT
GTGTGCTTTCTTGCTCCCAACTCGGTATCATCTGACTTTGAACCTATTGTGACAGATTGC
CATTTCTGCAGAATCTCCTTTAGCCTGACAATCTGCTTGATCCCGGTTAACCTTCCTGCG
TTGTTTTCATCCATTTTTCTCCTTGTTA*GGATATATAAGATCTTCCCAGGAAAGCAGAA
GAGG

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DS 

RD RR3FC45TF 738 0 0
CATATAATATCTTACTCTTCATTTT*GAGAAAAAAACAATGGAGAGTAGAAATAACAAAT
TATCAGGAAAATGCAAAGACTGATTTAACAATTACCAGTCGGGTATGAGAGTCATTAGCA
CTAATACAAGTTGATTAGTTATAAATGATAAAAAGGAAGAATTTTATATGATACCTGTTA
TTTACTCTTCCGTTTCCACTGAATCTCCAGCTGAGGTGTCATATTTAGGATGATTCTCAA
TGCAGTTAAGTAAGTACTTGAAAGTCTCGACCTCGCAGGGTATGGTTAAGGCGCCGCTAT
GATCAAATCCGTATTCTTCCTCAGCTTTCTCGAGCAAAACCTTGAACAGGGAGTGGCTTA
GAAAGTTTGTAGGAATTATAAATCTCCGGAGCTCGGGTCCTACATAAACCGCCAAATACC
CTTGGGGGACATCAAACGGTGGCTCAGGACTTTGGCTAGTTTCCTCATCCGAATCACATG
TCTTCATATCCAATAGCCTCTGGTTGATAACCGGTGAAATGATGGCTGTGTGCTTTCTTG
CTCCCAACTCGGTATCATCTGACTTTGAACCTATTGTGACAGATTGCCATTTCTGCAGAA
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TGAAGCACTCTTAGAC
CC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3BW39JQ 781 0 0
AA
CATATAATATCTTACTCTTCATTTTTGAGAAAAAAGCAATGGAGAGTAGAAATAACAAAT
TATCAGGAAAATGCAAAGACTGATTTGACAATTACCAGTCGGGTATGAGAGTCATTAGCA
CTAATACAAGTTGATTAGTTATAAAGGATAAAAAGGAACAATTTTATATGATACTTGTTA
TTTACTCTTCCGTTTCCACTGAATCTCCAGCTGATGTGTCATCTTTAGGATGATTCTCAA
TGCAGTTAAGTAAGTACTTGAAAGTCTCGACCTCGCAAGGTATGGTTAAGGCGCCGCTAT
GGTCAAATCCGTATTCTTCCTCGGCTTTCTCGAGCAAAACCTTGAACAGAGAGTGGCTTA
AAAAGTTTGTAGGAATTATAAATCTCCGGAGCTCGGGTCCTACATAGACCGCCAAATACC
CTTGGGGGACATCAAACGGTGGCTCAGGACTTTGGCTAGTTTCCTCATCCGAATCACATG
TCTTCATATC*AATAGCCTCTGGTTGATAACCGGTGAAATGATGGCTGTGTGCTTTCTTG
CTCCCAACTCGGTATCATCTGACTTTGAACCTATTGTGACAGTTTGCCATTTCTGCAGAA
TCTCCTTTAGCCTCACAATCTGCCTGATCCCGGTTAACTTTCCTGCGTTGTTTTCATCCA
TTTTTCTCCTTGTTAAGGATATATAAGATCTTCCCAGGAAAGCAGAAGAGGAAATGGAAA
TGAAGCACTCTTAGACACAAAGAGGAACGCCATACAACGGATTTAGCAGCTCTGGAGAT

QA 3 781 3 781
DS 



AS 1 3

CO CL3116Contig1 1029 3 2 U
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AGTGTTGGCTTTATCAACATTATTGTAACAAAAAAAAAGAGTTCAGGGAAAAGAGATTGA
TTCAAAAACAAAGCACCAAATAGAGATGTTTACAGTTTTTGACAACTACATATGATTGAA
GCTGTTGTCTCCGTTTATTAGCCTCACTCTCAATGTAAGGTAGATCAGTATCAATGTTCC
CACACTTGATAAGATGGAGAATAAGATGACGATTTTCCTAGAATCAAATGAAGCAGCACG
TTTGTATCTTCTCCACCTGTTCGTTGGTGCATCATGGCATCTCTCTGAGATAGCTTTATC
AGTGCTCAAGCTTGCTTGTCTAAGCAATACCTTTTGCATATGTACATCCGACTCAGCACC
GTTCCCTTTCTCGACGTTGATGTCAACAACGCAAGACTGGTAGGAATCTGTGCCTCCAAG
TAGCACATTGATGCGATTCTGAGTTTTCTGACAGTTGAGTTGGGCATCGACGAGCATCTG
GTTTTTAGAAGGAAGCAGAGACTTGACGAAGCTCAAGAGAGTAAACCGGTGAGGGGTTAT
GTTTCCTTCATCAGGTAAGACTGCTATAGTGCACACGTCTTGGATTAGTGAATGATCGAT
GCAACGGTCTTGTTTCAAAGTAAATACAGACTCCTTACCAAGAAGAGGAAACACATCTAT
GGAGGTATGTTTGGCAACATCAGTGAAGCTAGGCTTAGAAGCCTTGAAGCTTGGATACTT
GATGACTGGGGCATTCAAGTCTGCA*CACTTGGGGAGTTGTTGCTTCCCCCCTTCACCAC
AAGTAGTCGCAGCCATCGCAGAGAGAATCGTGTGAACCCACGGAGTAGCAGTTCTCAAGA
GACTTGTTGTTGCATGTAAACAAGCAGAAGTGTAGATACAGAGAGAGAGAGAGTTCAGAA
CAAGGCTCTACTCTTATTCCTCAGGTCCCGGCTGTGATTAGCCTGTCACTGTGAATTGTT
GTGAATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F506JQ U 25
AF RR3AY55JQ U 1
AF RR3AY55TF C 194
BS 1 916 RR3AY55JQ
BS 917 1029 RR3AY55TF

RD RR3F506JQ 796 0 0
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GTAACAAAAAAAAAGAGTTCAGGGAAAAGAGATTGATTCAAAAACAAAGCACCAAATAGA
GATGTTTACAGTTTTTGACAACTACATATGATTGAAGCTGTTGTCTCCGTTTATTAGCCT
CACTCTCAATGTAAGGTAGATCAGTATCAATGTTCCCGCACTTGATAAGATGGAGAATAA
GATGACGATTTTCCTAGAATCAAATGAAGCAGCACGTTTGTATCTTCTCCACCTGTTCGT
TGGTGCATCATGGCATCTCTCTGAGATAGCTTTATCAGTGCTCAAGCTTGCTTGTCTCTG
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AACAACGCAAGACTGGTAGGAATCTGTGCCTCCAAGTAGCACATTGATGCGGTTCTGAGT
TTTCTGACAGTTGAGTTGGGCATCGACGAGCATCTGGTTTTTAGAAGGAAGCAGAGACTT
GACGAAGCTCAAGAGAGTAAACCGGTGAGGGGTTATGTTTCCTTCATCAGGTAAGACTGC
AATAGTGCACACGTCTTGGATTAGTGAATGATCGATGCAACGGTCTTGTTTCAAAGGAAA
TGCAGACTCCTTAACAAGA***GGAAACACATCTATGGAGGTATGTTTGGCAACATCAGT
GAAGCTAGGCTTAGA*GCCTTGAAGCTTGGATACTTGATGACTGGGGCATTCAAGTCCGC
A*CACTTGGG
AGTTGT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3AY55JQ 916 0 0
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AGTGTTGGCTTTATCAACATTATTGTAACAAAAAAAAAGAGTTCAGGGAAAAGAGATTGA
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GCTGTTGTCTCCGTTTATTAGCCTCACTCTCAATGTAAGGTAGATCAGTATCAATGTTCC
CACACTTGATAAGATGGAGAATAAGATGACGATTTTCCTAGAATCAAATGAAGCAGCACG
TTTGTATCTTCTCCACCTGTTCGTTGGTGCATCATGGCATCTCTCTGAGATAGCTTTATC
AGTGCTCAAGCTTGCTTGTCTAAGCAATACCTTTTGCATATGTACATCCGACTCAGCACC
GTTCCCTTTCTCGACGTTGATGTCAACAACGCAAGACTGGTAGGAATCTGTGCCTCCAAG
TAGCACATTGATGCGATTCTGAGTTTTCTGACAGTTGAGTTGGGCATCGACGAGCATCTG
GTTTTTAGAAGGAAGCAGAGACTTGACGAAGCTCAAGAGAGTAAACCGGTGAGGGGTTAT
GTTTCCTTCATCAGGTAAGACTGCTATAGTGCACACGTCTTGGATTAGTGAATGATCGAT
GCAACGGTCTTGTTTCAAAGTAAATACAGACTCCTTACCAAGAAGAGGAAACACATCTAT
GGAGGTATGTTTGGCAACATCAGTGAAGCTAGGCTTAGAAGCCTTGAAGCTTGGATACTT
GATGACTGGGGCATTCAAGTCTGCA*CACTTGGGGAGTTGTTGCTTCCCCCCTTCACCAC
AAGTAGTCGCAGCCATCGCAGAGAGAATCGTGTGAACCCACGGAGTAGCAGTTCTCAAGA
GACTTGTTGTTGCATG

QA 1 916 1 916
DS 

RD RR3AY55TF 836 0 0
TTTATTAGCCTCACTCTCAATGTAAGGTAGATCAGTATCAATGTTCCCACACTTGATAAG
ATGGAGAATAAGATGACGATTTTCCTAGAATCAAATGAAGCAGCACGTTTGTATCTTCTC
CACCTGTTCGTTGGTGCATCATGGCATCTCTCTGAGATAGCTTTATCAGTGCTCAAGCTT
GCTTGTCTAAGCAATACCTTTTGCATATGTACATCCGACTCAGCACCGTTCCCTTTCTCG
ACGTTGATGTCAACAACGCAAGACTGGTAGGAATCTGTGCCTCCAAGTAGCACATTGATG
CGATTCTGAGTTTTCTGACAGTTGAGTTGGGCATCGACGAGCATCTGGTTTTTAGAAGGA
AGCAGAGACTTGACGAAGCTCAAGAGAGTAAACCGGTGAGGGGTTATGTTTCCTTCATCA
GGTAAGACTGCTATAGTGCACACGTCTTGGATTAGTGAATGATCGATGCAACGGTCTTGT
TTCAAAGTAAATACAGACTCCTTACCAAGAAGAGGAAACACATCTATGGAGGTATGTTTG
GCAACATCAGTGAAGCTAGGCTTAGAAGCCTTGAAGCTTGGATACTTGATGACTGGGGCA
TTCAAGTCTGCAACACTTGGG*AGTTGTTGCTTCCCCCCTTCACCACAAGTAGTCGCAGC
CATCGCAGAGAGAATCGTGTGAACCCACGGAGTAGCAGTTCTCAAGAGACTTGTTGTTGC
ATGTAAACAAGCAGAAGTGTAGATACAGAGAGAGAGAGAGTTCAGAACAAGGCTCTACTC
TTATTCCTCAGGTCCCGGCTGTGATTAGCCTGTCACTGTGAATTGTTGTGAATTCC

QA 1 836 1 836
DS 



AS 1 2

CO CL3117Contig1 765 2 2 U
GGCCAAGAGAAAGGCAAGGAAAGCTGGAGCCCTAGTTATATTCGTGGTTGACGCAAGTGG
CAGCATGGCGTTGAATCGTATCAAAACGCCAAAGGTGCTGCACTCAAACTGCTTGCAGAG
AGCTATACAAGCAGGGATCAGGTAGCGATTATTCCATTCAGAGGAGATGCTGCGGAAGTG
CTATTGCCCCCATCTAGATCAATTGCAATGGCAAGAAATCGTCTTGAGAGACTTCCTTGT
GGTGGTGGTTCTCCTCTTGCCCATGGTCTAACAACGGCGGTAAGAGTGGGACTTAACGCA
GAGAAGAGTGGTGATGTGGGGCGTATAATGATTGTTGCAATAACCGATGGTCGAGCCAAC
ATTACGCTGAAAAGATCAACTGATCCAGAGGGTATTGCCCCAGATGCTCCTAGACCCTCC
TCACAAGAATTGAAGGATGAGATTCTGGAAGTTGCAGGGAAGATATACAAGGCTGGGATG
TCTCTACTAGTGATAGATACAGAGAACAAGCTTGTCTCAACTGGTTTTGCCAAGGAGATT
GCAAGAGTTGCTCAAGGAAAATATTATTACTTGCCAAATGCTTCAGATGCAGTCATCTCG
GCTACCACTAAAGATGCTTTATCAGCTCTGAAGAACTCTTAGACCTTCACTTTGTCTGCA
ATACTTGGTTTATGATTCCGGTTTACATTTTGTACATTCTAATTTCCTTTTTTGACCCAA
CTAAACCAACATTTCATTCATCAAATATGGAAACGATATAGAGCG


BQ
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AF RR3AW53JQ C 1
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CG

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AS 2 4

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BQ
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G

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CG
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GC

QA 3 844 3 844
DS 



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BQ
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AF RR3CN38TF U 60
AF RR3F859TF U 1
BS 1 771 RR3F859TF

RD RR3CN38TF 653 0 0
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GAATCATCCTTCTTCTCTCTTTTTTTGGTTTTTGCTTCCCCTTATCAAAATCTCTGAGAT
CTCTGTTCAGGATTCGAAATTAGAGAAGTAGGGCTTCTCCGTTGGGTAATAGGGTTACAG
AAGAGCATAAAGATATAATGCCTTGGGTGCCCTCAAAGCTTCTCCTTTTGGCTCCTTCCT
TGACTCCTTATCATTCTGGTTTGTCTTCCCATCGTCTTAAACCTCTTCAAAAGTCTGATT
GGCGTGGTAATCTTAGTTAACATCTCCTCCTTCTCCTTCCTCCTCTTCTTCTCTCCTCCT
CCTCTGATCCCTCTGAGATTCTCCTTTAGCTCCATCATCGAAAAGACGCAAACTTTACTT
GATCTTTGGTGTGTTTGATTTGCATCCCCAACGAAAGTTACTACTACTAAGTTTGATCTC
CTGCTATTAGTTGGATATGAGCTCTGTTTCTGGTAAAGGTGAAGACTTTGACATCTCGGC
TTCGAGTCCCACGCAATGCTCTGATGGCTCCAAGCATTATTCGCATCCTGGATCTGAAGA
ATCTCTTGAACCTGATGGCGATGAAACTGGTTATATAAACCAAACTGTGAATG

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3F859TF 771 0 0
GGAAATTAGCTTCCCCTCTTTTGTCGTCTTCCTCCTCACACTCAAATCTATCTCTCTCTT
GTCCTTAGATTTTTGGTCTGGTTTCCATGATCTGATACATATCTGTCTCTGCTCGTAGAG
AATCATCCTTCTTCTCTCTTTTTTTGGTTTTTGCTTCCCCTTATCAAAATCTCTGAGATC
TCTGTTCAGGATTCGAAATTAGAGAAGTAGGGCTTCTCCGTTGGGTAATAGGGTTACAGA
AGAGCATAAAGATATAATGCCTTGGGTGCCCTCAAAGCTTCTCCTTTTGGCTCCTTCCTT
GACTCCTTATCATTCTGGTTTGTCTTCCCATCGTCTTAAACCTCTTCAAAAGTCTGATTG
GCGTGGTAATCTTAGTTAACATCTCCTCCTTCTCCTTCCTCCTCTTCTTCTCTCCTCCTC
CTCTGATCCCTCTGAGATTCTCCTTTAGCTCCATCATCGAAAAGACGCAAACTTTACTTG
ATCTTTGGTGTGTTTGATTTGCATCCCCAACGAAAGTTACTACTACTAAGTTTGATCTCC
TGCTATTAGTTGGATATGAGCTCTGTTTCTGGTAAAGGTGAAGACTTTGACATCTCGGCT
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TCTCTTGAACCTGATGGCGATGAAACTGGTTATATAAACCAAACTGTGAATGAGAGATCA
TCAGATACGATAATGAGCTAGATCAGCTGCCACTGAGATCTCGGCAATCCA

QA 1 771 1 771
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL3120Contig1 820 4 9 U
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TGCCTTCCAGGAGCACAAGAAATTCATGTCTTATGAGGAGTCAGAAGGAGGATACTTTGA
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GAGCAGCCAGAGCCACCGCACTACGGTGCTGCCAAATCACGGCAAAAACCACCACCAACA
GCCACCTCATATGAACTTCATGCCCCCACCTCCGATGGCTCAACTTCACCACAATGGAAA
GATGGGTAATGGATGGCAGGGGATGCATGAAGATGCATATCATGGAGGATACGGGATGCA
GCAACACGGTGGACACGGGATAAAGCAGCACGGTGCGCAAGGGATGGAGCACCAGGACAG
GCTTATGGCTCCTCAGGTTCCACCACATCATACCTACATGAACCCCAGCCATGGCAGTGG
CAGTGGCCATGCAGTAATGTTCAAGGCTTCGGAGAACTGGCGATTCAGCAACTATAGCGG
CGGCCACCACAAAGCCGGGTGGGGGAATAAGGGACTCTGACCCAACTATGCCGGTTTAAA
AAGAAGTAATGATTATGTATGCTAAATAATAAAATTATAATTAAGATGTGTGCGTGATAA
ACATATTTCAGTATCGTACTAAAACCAAACAAGGGACTTT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EI22TF U 1
AF RR3B422TF U 3
AF RR3B422JQ C 154
AF RR3EI22JQ C 176
BS 1 571 RR3EI22TF
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BS 573 625 RR3EI22TF
BS 626 626 RR3B422TF
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BS 719 778 RR3B422TF
BS 779 820 RR3EI22JQ

RD RR3EI22TF 718 0 0
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TATCGGAGGGTATCGGTATGGCAACGGGTACGGCCACAAGGACCACAGAAGCAGCGGCTA
TGCCTTCCAGGAGCACAAGAAATTCATGTCTTATGAGGAGTCAGAAGGAGGATACTTTGA
CCGTCAATCCCACTACGATCACCACATGAGGCTTCCGGCCAACTACAGCCGTCCACTCAT
GGCTCACATGCCTGTCTTTGATGAAGAAGACTCAGACTCAGACGTAGAGGATTTCTATAA
GAGCAGCCAGAGCCACCGCACTACGGTGCTGCCAAATCACGGCAAAAACCACCACCAACA
GCCACCTCATATGAACTTCATGCCCCCACCTCCGATGGCTCAACTTCACCACAATGGAAA
GATGGGTAATGGATGGCAGGGGATGCATGAAGATGCATATCATGGAGGATACGGGATGCA
GCAACACGGTGGACACGGGATAAAGCAGCACGGTGCGCAAGGGATGGAGCACCAGGACAG
GCTTATGGCTCCTCAGGTTCCACCACATCATGCCTACATGAACCCCAGCCATGGCAGTGG
CAGTGGCCATGCAGTAATGTTCAAG*CTTCGGAGAACTGGCGATTCAGCAACTATAGCGG
CGGCCACCACAAAGCCGGGTGGGGGAATAAGG*ACTCTGACCCAACTATGCCGGTTTA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3B422TF 776 0 0
GATCCATATAAAAAAACACCAAGATAAGTATATATAAAGAAAAAATGCTTGACAAACTTA
TCGGAGGGTATCGGTATGGCAACGGGTACGGCCACAAGGACCACAGAAGCAGCGGCTATG
CCTTCCAGGAGCACAAGAAATTCATGTCTTATGAGGAGTCAGAAGGAGGATACTTTGACC
GTCAATCCCACTACGATCACCACATGAGGCTTCCGGCCAACTACAGCCGTCCACTCATGG
CTCACATGCCTGTCTTTGATGAAGAAGACTCAGACTCAGACGTAGAGGATTTCTATAAGA
GCAGCCAGAGCCACCGCACTACGGTGCTGCCAAATCACGGCAAAAACCACCACCAACAGC
CACCTCATATGAACTTCATGCCCCCACCTCCGATGGCTCAACTTCACCACAATGGAAAGA
TGGGTAATGGATGGCAGGGGATGCATGAAGATGCATATCATGGAGGATACGGGATGCAGC
AACACGGTGGACACGGGATAAAGCAGCACGGTGCGCAAGGGATGGAGCACCAGGACAGGC
TTATGGCTCCTCAGGTTCCACCACATCATATCTACATGAACCCCAGCCATGGCAGTGGCA
GTGGCCATGCAGTAATGTTCAAGGCTTCGGAGAACTGGCGATTCAGCAACTATAGCGGCG
GCCACCACAAAGCCGGGTGGGGGAATAAGGGACTCTGACCCAACTATGCCGGTTTAAAAA
GAAGTAATGATTATGTATGCTAAATAATAAAATTATAATTAAGATGTGTGCGTGAT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3B422JQ 625 0 0
TGAGGAGTCAGAAGGAGGATACTTTGACCGTCAATCCCACTACGATCACCACATGAGGCT
TCCGGCCAACTACAGCCGTCCACTCATGGCTCACATGCCTGTCTTTGATGAAGAAGACTC
AGACTCAGACGTAGAGGATTTTTATAAGAGCAGCCAGAGCCACCGCACTACGGTGCTGCC
AAATCACGGCAAAAACCACCACCAACAGCCACCTCATATGAACTTCATGCCCCCACCTCC
GATGGCTCAACTTCACCACAATGGAAAGATGGGTAATGGATGGCAGGGGATGCATGAAGA
TGCATATCATGGAGGATACGGGATGCAGCAACACGGTGGACACGGGATAAAGCAGCACGG
TGCGCAAGGGATGGAGCACCAGGACAGGCTTATGGCTCCTCAGGTTCCACCACATCATAT
TTACATGAACCCCAGCCATGGCAGTGGCAGTGGCCATGCAGTAATGTTCAAGGCTTCGGA
GAACTGGCGATTCAGCAACTATAGCGGCGGCCACCACAAAGCCGGGGGGGGGAATAAGGG
ACTTTGACCCAACTATGCCGGTTTAAAAAGAAGTAATGATTATGTATGCTAAATAATAAA
ATTATAATTAAGATGTGTGCGTGAT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3EI22JQ 645 0 0
TTTGACCGTCAATCCCACTACGATCACCACATGAGGCTTCCGGCCAACTACAGCCGTCCA
CTCATGGCTCACATGCCTGTCTTTGATGAAGAAGACTCAGACTCAGACGTAGAGGATTTC
TATAAGAGCAGCCAGAGCCACCGCACTACGGTGCTGCCAAATCACGGCAAAAACCACCAC
CAACAGCCACCTCATATGAACTTCATGCCCCCACCTCCGATGGCTCAACTTCACCACAAT
GGAAAGATGGGTAATGGATGGCAGGGGATGCATGAAGATGCATATCATGGAGGATACGGG
ATGCAGCAACACGGTGGACACGGGATAAAGCAGCACGGTGCGCAAGGGATGGAGCACCAG
GACAGGCTTATGGCTCCTCAGGTTCCACCACATCATGCCTACATGAACCCCAGCCATGGC
AGTGGCAGTGGCCATGCAGTAATGTTCAAGGCTTCGGAGAACTGGCGATTCAGCAACTAT
AGCGGCGGCCACCACAAAGCCGGGTGGGGGAATAAGGGACTCTGACCCAACTATGCCGGT
TTAAAAAGAAGTAATGATTATGTATGCTAAATAATAAAATTATAATTAAGATGTGTGCGT
GATAAACATATTTCAGTATCGTACTAAAACCAAACAAGGGACTTT

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 4

CO CL3121Contig1 1021 4 9 U
GTACAACTTTGTAGCGGCATGGATGAGAATGCTGTTGGAACGTGTGCTGAACTTATATTT
GCTCCAATTGATGCTTCTTTTGCTGATGATGCGCCTCTGCTTCCTTCTGGTTTCCGTATC
ATCCCTCTTGACTCCACAAAGGAAGTGTCTAGTCCAAACCGAACCTTGGATCTTGCTTCA
GCGCTGGAGATTGGCTCAGCCGGAACAACAAAAGCCTCAACTGATCAATCAGGAAACTCC
ACATGTGCAAGATCTGTGATGACAATAGCATTCGAGTTTGGTATTGAGAGCCATATGCAA
GAACATGTAGCATCCATGGCTAGGCAGTATGTTCGAGGTATCATCTCATCGGTCCAGAGA
GTTGCATTGGCTCTCTCTCCTTCTCACATCAGCTCACAAGTCGGTCTACGCACTCCTTTG
GGTACTCCTGAAGCCCAAACACTTGCTCGTTGGATCTGCCAGAGTTACAGGTGCTACATG
GGCGTTGAGCTACTTAAATCAACAAGTGAAGGCAATGAATCTGTTCTCAAGAACCTTTGG
CACCATACAGATGCTATAGTCTGCTGCTCAATGAAGGCCATGCCAGTCTTCACATTTGCA
AACCAGGCGGGGCTTGACATGCTGGAGACTACATTGGTTTCTCTTCAAGATATCTCTTTA
GAGAAGATATTTGATGACAGTGGAAGAAAGACTCTCTGCTCTGAGTTCCCACAGATCATG
CAACAGGGTTTTGCGAGTCTTCAAGGTGGGATATGTCTGTCAAGCATGGGGAGACCAGTT
TCATACGAGAGAGCAGTTGCTTGGAAAGTACTCAATGAAGAAGAGAACGCTCATTGTATC
AGCTTTGTGTTCATCAATTGGTCCTTTGTTTGAGATTTATGCAATCCTTAAAAATAATCT
CTGTTTTTATTGCAGACGACACTTTGGTTGTATTTTGTAAGACGATCTTTGTTTGTGTGT
TCTTGATGTTTGCTGTGAAACACATTAAACAGTATTTTGTTTGAAAACTCAAGAAAATTG
T


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR3B714TF U 1
AF RR3H939JQ C 356
AF RR3H939TF U 341
AF RR3B714JQ C 225
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AACCAGGCGGGGCTTGACATGCTGGAGACTACATTGGTTTCTCTTCAAGATATCTCTTTA
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CAACAGGGTTTTGCGAGTCTT

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DS 

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ACATGGGCGTTGAGCTACTTAAATCAACAAGTGAAGGCAATGAATCTGTTCTCAAGAACC
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A
ATTGT

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G
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CGGTCTACGCACTCCTTTGGGTACTCCTGAAGCCCAAACACTTGCTCGTTGGATCTGCCA
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TGTTCTCAAGAACCTTTGGCACCATACAGATGCTATAGTCTGCTGCTCAATGAAGGCCAT
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AAGCATGGGGAGACCAGTTTCATACGAGAGAGCAGTTGCTTGGAAAGTACTCAATGAAGA
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TGAAA*CTCAAGAAA
TTGT

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TGAGAGCCATATGCAAGAACATGTAGCATCCATGGCTAGGCAGTATGTTCGAGGTATCAT
CTCATCGGTCCAGAGAGTTGCATTGGCTCTCTCTCCTTCTCACATCAGCTCACAAGTCGG
TCTACGCACTCCTTTGGGTACTCCTGAAGCCCAAACACTTGCTCGTTGGATCTGCCAGAG
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TCAAGATATCTCTTTAGAGAAGATATTTGATGACAGTGGAAGAAAGACTCTTTGCTTTGA
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CATGGGGAGACCAGTTTCATACGAGAGAGCAGTTGCTTGGAAAGTACTCAATGAAGAAGA
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ATCTTTGTTTGTGTGTTCTTGATGTTTGCTGTGAAACACATTAAACAGTATTTTGTTTGA
AAACTCAAGAAAATTGT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 4

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GATGAGGAGTGACGTTGCACGGCTCAGGTGTGGGAAGATGATTCCATTGCTTGGAATGGG
AACTTATTGTCCTCAAAAAGATCGAGAGAGCACCATCTTAGCCGTCCATCAAGCCATCAA
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TGCATTAGGTCAAGCTATCTCCTATGGAACTGTCCAAAGAGAAGACATCTTTGTGACTTC
AAAGTTATGGTCTAGTGATCACCATGACCCTATCTCTGCCCTCACACAAACTCTCAAGAC
AATGGGGCTAGAGTATCTAGATAACTACTTGGTGCATTGGCCAATAAAGCTTAAACCAGG
AGTGAGTGAGCCAATCCCAAAGGAAGAGGAGTTTGAGAAAGATGTAGGAATTGAAGAAAC
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CTTCTCTTCTAAAAAGATCTATGATCTCCTCGATTTTGCTTCTGTCTATCCTTCCGTTAA
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TCAGGTGGCTCTAAGGTGGGGAATGTCAAAGGGGGCAAGTGTGATAGTGAAAAGTTTTAA
TGGAGAAAGAATGAGAGAAAACAAGAGAGCCTTGGATATAAAATTGGATGATCAGGACTT
ATCATTCATTGACCAATTGGAGGAGTGGAAGATCATAAGGGGAGATTTCCTTGTTAATCA
AACTACAAGCCCTTACAAATCGATCCAACAACTTTGGGACGATGAGATATAATTGATTAG
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GGTTTTCTCATTTGGTATATAAAGTCATTACAACATGAAAGAACACCATTTTGCTC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI13TF U 1
AF RR3FD77TF U 252
AF RR3GI13JQ C 334
AF RR3FD77JQ C 347
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BS 1008 1096 RR3GI13JQ
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RD RR3GI13TF 717 0 0
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GATGAGGAGTGACGTTGCACGGCTCAGGTGTGGGAAGATGATTCCATTGCTTGGAATGGG
AACTTATTGTCCTCAAAAAGATCGAGAGAGCACCATCTTAGCCGTCCATCAAGCCATCAA
GATAGGGTATAGACATTTCGACACCGCAAAGATATATGGATCAGAAGAAGCTCTAGGAAC
TGCATTAGGTCAAGCTATCTCCTATGGAACTGTCCAAAGAGAAGACATCTTTGTGACTTC
AAAGTTATGGTCTAGTGATCACCATGACCCTATCTCTGCCCTCACACAAACTCTCAAGAC
AATGGGGCTAGAGTATCTAGATAACTACTTGGTGCATTGGCCAATAAAGCTTAAACCAGG
ATTGAGTGAGCCAATCCCAAAGGAAGAGGAGTTTGAGAAAGATGTAGGAATTGAAGAAAC
TTGGCAAGGCATGGAGAGATGCTTAGAGATGGGTTTGTGTAGATCCATTGGTGTTAGCAA
CTTCTCTTCTAAAAAGATCTATGATCTCCTCGATTTTGCTTCTGTCTATCCTTCCGTTAA
CCAGGTGGAGATGCATCCATTGTGGAGACAAAGCAAGCTAAAGAAAGTGTGTAACGAGAA
CAAGATCCATGTAAGTGGATAT*CACCACTTGGTGGGC*AGGAAATTGTTGGGGATC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3FD77TF 756 0 0
G
AGCTATCTCCTATGGAACTGTCCAAAGAGAAGACATCTTTGTGACTTCAAAGTTATGGTC
TAGTGATCACCATGACCCTATCTCTGCCCTCACACAAACTCTCAAGACAATGGGGCTAGA
GTATCTAGATAACTACTTGGTGCATTGGCCAATAAAGCTTAAACCAGGAGTGAGTGAGCC
CATCCCAAAGGAAGAGGAGTTTGAGAAAGATGTAGGAATTGAAGAAACTTGGTAAGGCAT
GGAGAGATGCTTAGAGATGGGTTTGTGTAGATCCATTGGTGTTAGCAACTTCTCTTCTAA
AAAGATCTATGATCTCCTCGATTTTGCTTCTGTCTATCCTTCCGTTAACCAGGTGGAGAT
GCATCCATTGTGGAGACAAAGCAAGCTAAGGAAAGTGTGTAACGAGAACAAGATCCATGT
AAGTGGATATTCACCACTTGGTGGGCCAGGAAATTGTTGGGGATCAACGGCTGTGATTGA
ACATCCTGTCATCAAATCTATTGCTCTCAAGCATAGTGTCACTCCAGCTCAGGTGGCTCT
AAGGTGGGGAATGTCAAAGGGGGCAAGTGTGATAGTGAAAAGTTTTAATGGAGAAAGAAT
GAGAGAAAACAAGAGAGCCTTGGATATAAAATTGGATGATCAG*ACTTATCATTCATTGA
CCAATTGGAGGAGTGGAAGATCATAAAGGGAGATTTCCTTGTTAATCAA*CTACAAGCCC
TTACAAATCGATCCAACAACTTTGGGACGATGAGA

QA 2 756 2 756
DS 

RD RR3GI13JQ 763 0 0
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GCATTGGCCAATAAAGCTTAAACCAGGATTGAGTGAGCCAATCCCAAAGGAAGAGGAGTT
TGAGAAAGATGTAGGAATTGAAGAAACTTGGCAAGGCATGGAGAGATGCTTAGAGATGGG
TTTGTGTAGATCCATTGGTGTTAGCAACTTCTCTTCTAAAAAGATCTATGATCTCCTCGA
TTTTGCTTCTGTCTATCCTTCCGTTAACCAGGTGGAGATGCATCCATTGTGGAGACAAAG
CAAGCTAAGGAAAGTGTGTAACGAGAACAAGATCCATGTAAGTGGATATTCACCACTTGG
TGGGCCAGGAAATTGTTGGGGATCAACGGCTGTGATTGAACATCCTGTCATCAAATCTAT
TGCTCTCAAGCATAGTGTCACTCCAGCTCAGGTGGCTCTAAGGTGGGGAATGTCAAAGGG
GGCAAGTGTGATAGTGAAAAGTTTTAATGGAGAAAGAATGAGAGAAAACAAGAGAGCCTT
GGATATAAAATTGGATGATCAGGACTTATCATTCATTGACCAATTGGAGGAGTGGAAGAT
CATGAGGGGAGATTTCCTTGTTAATCAAACTACAAGCCCTTACAAATCGATCCAACAACT
TTGGGACGATGAGATATAATTGATTAGGGTTTCACATAACTTCATCCAAAATGTAATTTC
ATCTTCTGTTATGTTGCTTATGATCATGGTTTTCTCATTTGGT

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DS 

RD RR3FD77JQ 790 0 0
CACAAACTCTCAGAC
ATGGGGCTAGAGTATCTAGATAACTACTTGGTGCATTGGCCAATAAAGCTTAAACCAGGA
GTGAGTGAGCCCATCCCAAAGGAAGAGGAGTTTGAGAAAGATGTAGGAATTGAAGAAACT
TGGTAAGGCATGGAGAGATGCTTAGAGATGGGTTTGTGTAGATCCATTGGTGTTAGCAAC
TTCTCTTCTAAAAAGATCTATGATCTCCTCGATTTTGCTTCTGTCTATCCTTCCGTTAAC
CAGGTGGAGATGCATCCATTGTGGAGACAAAGCAAGCTAAGGAAAGTGTGTAACGAGAAC
AAGATCCATGTAAGTGGATATTCACCACTTGGTGGGCCAGGAAATTGTTGGGGATCAACG
GCTGTGATTGAACATCCTGTCATCAAATCTATTGCTCTCAAGCATAGTGTCACTCCAGCT
CAGGTGGCTCTAAGGTGGGGAATGTCAAAGGGGGCAAGTGTGATAGTGAAAAGTTTTAAT
GGAGAAAGAATGAGAGAAAACAAGAGAGCCTTGGATATAAAATTGGATGATCAGGACTTA
TCATTCATTGACCAATTGGAGGAGTGGAAGATCATAAGGGGAGATTTCCTTGTTAATCAA
ACTACAAGCCCTTACAAATCGATCCAACAACTTTGGGACGATGAGATATAATTGATTAGG
GTTTCACATAACTTCATCCAAAATGTAATTTCATCTTCTGTTATGTTGCTTATGATCATG
GTTTTCTCATTTGGTATATAAAGTCATTACAACATGAAAGAACACCATTTTGCTC

QA 16 790 16 790
DS 



AS 1 4

CO CL3123Contig1 1101 4 8 U
GGAGGCGTAGCTTGAAAGCTGTGAAAATCGAATCGGAGAAGAGATGGCTGAGGAACACAA
ACACGACGAATCTGTGACGGCTCCGGAGCCAGCTGTGGAGATCGTGGAGAGGGAATCGTT
GATGGACAAGATAACGGAGAAGATCCACCACGGTGGCGATTCCTCGTCGTCGTCTTCATC
GTCTGATGACGAGGACGATAAGAAGAAGAAGGAGAAGAAGCCGGAGTCTCCGTCTTCTGT
GAAATCGAAAGTCTTCCGCTTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTGCATAAGGTTCTCGGCGG
TGGAAAGCCGGCGGATATATTCATGTGGAAGGATAAGAAGATGTCTGGTGGTGTGCTTGG
TGGTGCTACAGCGGCGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTACCATCTTCTCACTTTGCT
TTGCCACGTTATGATTGTTGTCCTCGCTGTGTTGTTTCTTTGGTCTAATGCAACCATGTT
CATCAACAAGTCGCCGCCAAAGATACCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTATCCTTCA
GCTCGCATCTGGGCTCAGAATCGAGATCAACCGTGGACTCTCCTCTCTTCGTGAGATTGC
TTCTGGCAGGGATCTCAAGAAATTCCTCTGTGCTATAGCCGGCTTGTGGGTTCTATCCAT
CATGGGCGGCTGGTTCAATTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTTGTGCTGCTCTTCAC
GGTTCCTCTTGTATACGACAAGTACGAAGACAAGGTCGACCCGTTAGGTGAGAAGGCAAT
GATCGAGATCAAGAAGCAGTATGCAGTGTTGGACGAGAAGTTGTTGAGCAAGATCCCATT
GGGCCCGATGAAGAACAAGAAGAAAGATTAGGGTTTACAAAATGGTGATCGTGTTCGTCA
GATAGCAAGAAAAAAGGGTGTTGTGAAATGGTGTTTGTTGAAGCTTTATGTTAGATCTTT
TAATATGTTTTGTGAATGAACGTGGATTTTCCTCGTTTTGTTTTTCTTTTCGTTTATGCC
ATTGTTGGTGAACGTGGAAGGGATACGATTAGTGTTGGTTCTTTTTCTCTCTAAACCTAC
TATATAACCATTTGAATCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
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25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV93TF U 1
AF RR3DQ20TF U 250
AF RR3DQ20JQ C 297
AF RR3DV93JQ C 363
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RD RR3DV93TF 713 0 0
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GAAATCGAAAGTCTTCCGCTTGTTCGGAAGGGAGAAGCCTGTGCATAAGGTTCTCGGCGG
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TGGTGCTACAGCGGCGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTACCATCTTCTCACTTTGCT
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GCTCGCATCTGGGCTCAGAATCGAGATCAACCGTGGACTCTCCTCTCTTCGTGAGATTGC
TTCTGGCAGGGATCTCAAGAAATTCCTCTGTGCTATAGCCGGCTTGTGGGTTCTATCCAT
CATGGGCGGCTGGTTCAATTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTTGTGCTGC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3DQ20TF 699 0 0
G
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GCGGATATATTCATGTGGAAGGATAAGAAGATGTCTGGTGGTGTGCTTGGTGGTGCTACA
GCGGCGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTACCATCTTCTCACTTTGCTTTGCCACGTT
ATGATTGTTGTCCTCGCTGTGTTGTTTCTTTGGTCTAATGCAACCATGTTCATCAACAAG
TCGCCGCCAAAGATACCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTATCCTTCAGCTCGCATCT
GGGCTCAGAATCGAGATCAACCGTGGACTCTCCTCTCTTCGTGAGATTGCTTCTGGCAGG
GATCTCAAGAAATTCCTCTGTGCTATAGCCGGCTTGTGGGTTCTATCCATCATGGGCGGC
TGGTTCAATTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTTGTGCTGCTCTTCACGGTTCCTCTT
GTATACGACAAGTACGAAGACAAGGTCGACCCGTTAGGTGAGAAGGCAATGATCGAGATC
AAGAAGCAGTATGCAGTGTTGGACGAGAAGTTGTTGAGCAAGATCCCATTGGGCCCGATG
AAGAACAAGAAGAAAGATTAGGGTTTACAAAATGGTGATCGTGTTCGTCAGATAGCAAGA
AAAAAGG*TGTTGTGAAATGGTGTTTGTTGAAGCTTTA

QA 2 699 2 699
DS 

RD RR3DQ20JQ 776 0 0
GCGGTGGAAAGCCGGCGGATATATTCATGTGGAAGGATAAGAAGATGTCTGGTGGTGTGC
TTGGTGGTGCTACAGCGGCGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTACCATCTTCTCACTT
TGCTTTGCCACGTTATGATTGTTGTCCTCGCTGTGTTGTTTCTTTGGTCTAATGCAACCA
TGTTCATCAACAAGTCGCCGCCAAAGATACCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTATCC
TTCAGCTCGCATCTGGGCTCAGAATCGAGATCAACCGTGGACTCTCCTCTCTTCGTGAGA
TTGCTTCTGGCAGGGATCTCAAGAAATTCCTCTGTGCTATAGCCGGCTTGTGGGTTCTAT
CCATCATGGGCGGCTGGTTCAATTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTTGTGCTGCTCT
TCACGGTTCCTCTTGTATACGACAAGTACGAAGACAAGGTCGACCCGTTAGGTGAGAAGG
CAATGATCGAGATCAAGAAGCAGTATGCAGTGTTGGACGAGAAGTTGTTGAGCAAGATCC
CATTGGGCCCGATGAAGAACAAGAAGAAAGATTAGGGTTTACAAAATGGTGATCGTGTTC
GTCAGATAGCAAGAAAAAAGGGTGTTGTGAAATGGTGTTTGTTGAAGCTTTATGTTAGAT
CTTTTAATATGTTTTGTGAATGAACGTGGATTTTCCTCGTTTTGTTTTTCTTTTCGTTTA
TGCCATTGTTGGTGAACGTGGAGGGGATACGATTAGTGTTGGTTCTTTTTCTCTCT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3DV93JQ 739 0 0
GTGCTACAGCGGCGTGGGTTCTGTTTGAGTTGATGGAGTACCATCTTCTCACTTTGCTTT
GCCACGTTATGATTGTTGTCCTCGCTGTGTTGTTTCTTTGGTCTAATGCAACCATGTTCA
TCAACAAGTCGCCGCCAAAGATACCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTATCCTTCAGC
TCGCATCTGGGCTCAGAATCGAGATCAACCGTGGACTCTCCTCTCTTCGTGAGATTGCTT
CTGGCAGGGATCTCAAGAAATTCCTCTGTGCTATAGCCGGCTTGTGGGTTCTATCCATCA
TGGGCGGCTGGTTCAATTTCTTGACATTGGCATACATAGCTCTTGTGCTGCTCTTCACGG
TTCCTCTTGTATACGACAAGTACGAAGACAAGGTCGACCCGTTAGGTGAGAAGGCAATGA
TCGAGATCAAGAAGCAGTATGCAGTGTTGGACGAGAAGGTGTTGAGCAAGATCCCATTGG
GCCCGATGAAGAACAAGAAGAAAGATTAGGGTTTACAAAATGGTGATCGTGTTCGTCAGA
TAGCAAGAAAAAAGGGTGTTGTGAAATGGTGTTTGTTGAAGCTTTATGTTAGATCTTTTA
ATATGTTTTGTGAATGAACGTGGATTTTCCTCGTTTTGTTTTTCTTTTCGTTTATGCCAT
TGTTGGTGAACGTGGAAGGGATACGATTAGTGTTGGTTCTTTTTCTCTCTAAACCTACTA
TATAACCATTTGAATCTTC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 4

CO CL3124Contig1 843 4 4 U
CCGTTTTTAAAAAAGTTTTTCCATTTCTAATTTTTCAAAATACATTAATTTAAAATATAC
ACTAATCTTATTTAAGCGTGACAAAATCACACAACTCTCAAGTAACAAGCATCAAAACCA
TACACAAAATATAGCTTTTGCCATCTAATTTATATAAATCAGCCAAAGAATGTATCCAAA
GTACCAAAAAAAGAAACGTGGAACTGAAATCAAAGCTTGAGTTGGAATGGGTAAGAAGGC
CAATCCTTGAGATCTTCTTCTTGCCTCTGGAACTTACCTCCGTCATCTACAACGCTCTCA
TCCAAATAGTCACTATACTTCAACAAGAACGCTAACACAAGAACAACCCACTCTAAGCAG
AACATTACTACACACAAACCACCTGCCAGTTTAAGAATCACCGCTCCGTCTTCTACAAGA
ACATACGATTTAAGAACCCTAAGGAAATCCCCTGTTCTCGTGAATATCAAAACAGAGACT
GCCCCTTGGAAAATGGCAGCGAGGACTGTGGCCACCATGTGTACACCGTACAATCTGTCG
CTTGTGGTTGCAGCGGTTGAAGAGGCGAAAACGGAGCAGCCGGTGACAGCAGTGGCGATG
GTGAGAGTGTGGAGGAAGATGAGAGAGAGGCCGGAGAGAGAAGGGAAGAGACGGAGGGAG
ATTGTGTGGAAGATGCAACTTGAGGCGGAGCCTAAGAGGATGTAGTTGCAGAGTAGGAAG
ATGTTGTGTGTGTTTCCTTTAGATCTTGAGATTCCCATTTCTCTGGTTAAGTAAGGGTTT
ATACAATTTTTGGCTAGGGAAGAGATACTCAGTTTTTTTTTATGTAAGATGTTCTGTTCG
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3CQ55JQ U 21
AF RR3H835JQ U 1
AF RR3H835TF C 105
AF RR3CQ55TF C 52
BS 1 67 RR3H835JQ
BS 68 68 RR3CQ55JQ
BS 69 756 RR3H835JQ
BS 757 843 RR3CQ55TF

RD RR3CQ55JQ 456 0 0
G
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CAAAATCACACAACTCTCAAGTAACAAGCATCAAAACCATACACAAAATATAGCTTTTGC
CATCTAATTTATATAAATCAGCCAAAGAATGTATCCAAAGTACCAAAAAAAGAAACGTGG
AACTGAAATCAAAGCTTGAGTTGGAATGGGTAAGAAGGCCAATCCTTGAGATCTTCTTCT
TGCCTCTGGAACTTACCTCCGTCATCTACAACGCTCTCATCCAAATAGTCACTATACTTC
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CCTGCCAGTTTAAGAATCACCGCTCCGTCTTCTACAAGAACATACGATTTAAGAACCCTA
AGGAAATCCCCTGTTCTCGTGAATATCAAAACAGA

QA 2 456 2 456
DS 

RD RR3H835JQ 756 0 0
CCGTTTTTAAAAAAGTTTTTCCATTTCTAATTTTTCAAAATACATTAATTTAAAATATAC
ACTAATCCTATTTAAGCGTGACAAAATCACACAACTCTCAAGTAACAAGCATCAAAACCA
TACACAAAATATAGCTTTTGCCATCTAATTTATATAAATCAGCCAAAGAATGTATCCAAA
GTACCAAAAAAAGAAACGTGGAACTGAAATCAAAGCTTGAGTTGGAATGGGTAAGAAGGC
CAATCCTTGAGATCTTCTTCTTGCCTCTGGAACTTACCTCCGTCATCTACAACGCTCTCA
TCCAAATAGTCACTATACTTCAACAAGAACGCTAACACAAGAACAACCCACTCTAAGCAG
AACATTACTACACACAAACCACCTGCCAGTTTAAGAATCACCGCTCCGTCTTCTACAAGA
ACATACGATTTAAGAACCCTAAGGAAATCCCCTGTTCTCGTGAATATCAAAACAGAGACT
GCCCCTTGGAAAATGGCAGCGAGGACTGTGGCCACCATGTGTACACCGTACAATCTGTCG
CTTGTGGTTGCAGCGGTTGAAGAGGCGAAAACGGAGCAGCCGGTGACAGCAGTGGCGATG
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ATTGTGTGGAAGATGCAACTTGAGGCGGAGCCTAAGAGGATGTAGTTGCAGAGTAGGAAG
ATGTTGTGTGTGTTTCCTTTAGATCTTGAGATTCCC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3H835TF 729 0 0
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AAAGAATGTATCCAAAGTACCAAAAAAAGAAACGTGGAACTGAAATCAAAGCTTGAGTTG
GAATGGGTAAGAAGGCCAATCCTTGAGATCTTCTTCTTGCCTCTGGAACTTACCTCCGTC
ATCTACAACGCTCTCATCCAAATAGTCACTATACTTCAACAAGAACGCTAACACAAGAAC
AACCCACTCTAAGCAGAACATTACTACACACAAACCACCTGCCAGTTTAAGAATCACCGC
TCCGTCTTCTACAAGAACATACGATTTAAGAACCCTAAGGAAATCCCCTGTTCTCGTGAA
TATCAGAACAGAGACTGCCCCTTGGAAAATGGCAGCGAGGACTGTGGCCACCATGTGTAC
ACCGTACAATCTGTCGCTTGTGGTTGCAGCGGTTGAAGAGGCGAAAACGGAGCAGCCGGT
GACAGCAGTGGCGATGGTGAGAGTGTGGAGGAAGATGAGAGAGAGGCCGGAGAGAGAAGG
GAAGAGACGGAGGGAGATTGTGTGGAAGATGCAACTTGAGGCGGAGCCTAAGAGGATGTA
GTTGCAGAGTAGGAAGATGTTGTGTGTGTTTCCTTTAGATCTTGAGATTCCCATTTCTCT
GGTTAAGTAAGGGTTTATACAATTTTTGGCTAGGGAAGAGATACTCAGTTTTTTTTT
TATGTAAGCTCC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3CQ55TF 792 0 0
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TCAAAACCATACACAAAATATAGCTTT*GCCATCTAATTTATATAAATCAGCCAAAGAAT
GTATCCAAAGTACCAAAAAAAGAAACGTGGAACTGAAATCAAAGCTTGAGTTGGAATGGG
TAAGAAGGCCAATCCTTGAGATCTTCTTCTTGCCTCTGGAACTTACCTCCGTCATCTACA
ACGCTCTCATCCAAATAGTCACTATACTTCAACAAGAACGCTAACACAAGAACAACCCAC
TCTAAGCAGAACATTACTACACACAAACCACCTGCCAGTTTAAGAATCACCGCTCCGTCT
TCTACAAGAACATACGATTTAAGAACCCTAAGGAAATCCCCTGTTCTCGTGAATATCAGA
ACAGAGACTGCCCCTTGGAAAATGGCAGCGAGGACTGTGGCCACCATGTGTGCACCGTAC
AATCTGTCGCTTGTGGTTGCAGCGGTTGAAGAGGCGAAAACGGAGCAGCCGGTGACAGCA
GTGGCGATGGTGAGAGTGTGGAGGAAGATGAGAGAGAGG**GGAGAGAGAAGGGAAGAGA
CGGAGGGAGATTGTGAGGAAGATGCAACTTGAGGCGGAGCCTAAGAGGATGTAGTTGCAG
AGTAGGAAGATGTTGTGTGTGTTTCCTTTAGATCTTGAGATTCCCATTTCTCTGGTTAAG
TAAGGGTTTATACAATTTTTGGCTAGGGAAGAGATACTCAGTTTTTTTTTATGTAAGATG
TTCTGTTCGTCC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 4

CO CL3125Contig1 1259 4 16 U
GGGCAACGATGCTGCTGCTGCTGCTGTGATCGAAATGGCGTCGTCTTCTCCAACTCAGCG
TACTCACGTCCCGATCCCTCCTGAGCCAGGAGGAAAGTCATTGACGCAAGATGCGAATGA
GCCACCTGTTCCTATTCACATAGTGACAGAGCCTTTGCAGCTTCCCGCTGATTTCTTAAA
CCCTTCTCCTGAAAACAAGCTGGTCGTTGGTTTTGACTGCGAGGGTGTTGACCTCTGCCG
ACATGGCAAGCTTTGTATCATGCAGATTGCATTCCCTAATGCAATATACCTGGTTGATGT
CATCCAAGGTGGAGATGTGCTTATGAGAGCATGTAAGCCTGCACTCGAGTCTACTTACAT
CACCAAAGTCATTCACGATTGCAAACGTGACAGTGAGGCCTTGCACTTTCAGTTTGGGAT
AAGGTTGCACAATGTTGTGGACACTCAAATTGCTTTTTCTCTGATAGAAGAACAAGAAGG
CAGGAGGAGACCTCTAGATGACTACATATCGTTTGTTTCCCTCCTTGCTGATCCACGCTA
CTGCGGCATATCTTATGAAGAGAAAGAAGAAGTTCGTGTGCTCATGCG*CAGGACCCAAA
GTTCTGGACATACAGGCCAATGACTGAGCTCATGATCCGTGCAGCCGCAGATGATGTCCG
CTTCCTTCTGTATCTCTATCACAAAATGATGGCCAAT*TGAGCCAGCGGTCATTATGGCA
CCTGGCAGTTCGTGGCTCTTTGTACTGTAGGTGTCTCTGCTGCATGAATGATACTGATTT
TGCTAATTGGCCAACTGTCCCGCCGCTTCCAGATAACTTGAAGATCGGAGATCAATGTCC
TGAAGAAGAAATATTGTCAGTGCTTGATGTTCCACCAGGAAAGATGGGACGTGTGATTGG
AAGGAAAGAAGCATCAATCCTTGCCATTAAGGAAGCTTGCAATGCTGAAATTCTAATTGG
AGGGGCAAAGGGTCCACCTGACAAGATATTTGCGATTGGACCCGTGAAGGAGGTGCGTAA
GGCGGAGGCGATACTAAGAGGAAGGATGATAGACTATTGAAGGGAGGGAGATGCCGAGAT
GAGAGGGTCATCTCAAAAATCCATTGTGATAAAACACTTGAAACCCTTTTTAAAACTTGG
AACTCAATGGTTCGGGTACTGAGTACGACCTGAGAGAATCCCTTCTCCAATAAAAGTTAC
ATCTATTACTGGAAACTATCCTTACATTTTGCCAAATTATCGGCAGTATGTTCTGTCTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D178TF U 1
AF RR3DC32TF U 1
AF RR3DC32JQ C 459
AF RR3D178JQ C 494
BS 1 95 RR3D178TF
BS 96 96 RR3DC32TF
BS 97 114 RR3D178TF
BS 115 115 RR3DC32TF
BS 116 522 RR3D178TF
BS 523 523 RR3DC32TF
BS 524 589 RR3D178TF
BS 590 592 RR3DC32TF
BS 593 615 RR3D178TF
BS 616 616 RR3DC32JQ
BS 617 696 RR3D178TF
BS 697 717 RR3DC32TF
BS 718 992 RR3DC32JQ
BS 993 993 RR3D178JQ
BS 994 1211 RR3DC32JQ
BS 1212 1259 RR3D178JQ

RD RR3D178TF 710 0 0
GGGCAACGATGCTGCTGCTGCTGCTGTGATCGAAATGGCGTCGTCTTCTCCAACTCAGCG
TACTCACGTCCCGATCCCTCCTGAGCCAGGAGGAAGGTCATTGACGCAAGATGCTAATGA
GCCACCTGTTCCTATTCACATAGTGACAGAGCCTTTGCAGCTTCCCGCTGATTTCTTAAA
CCCTTCTCCTGAAAACAAGCTGGTCGTTGGTTTTGACTGCGAGGGTGTTGACCTCTGCCG
ACATGGCAAGCTTTGTATCATGCAGATTGCATTCCCTAATGCAATATACCTGGTTGATGT
CATCCAAGGTGGAGATGTGCTTATGAGAGCATGTAAGCCTGCACTCGAGTCTACTTACAT
CACCAAAGTCATTCACGATTGCAAACGTGACAGTGAGGCCTTGCACTTTCAGTTTGGGAT
AAGGTTGCACAATGTTGTGGACACTCAAATTGCTTTTTCTCTGATAGAAGAACAAGAAGG
CAGGAGGAGACCTCTAGATGACTACATATCGTTTGTTTCCCTTCTTGCTGATCCACGCTA
CTGCGGCATATCTTATGAAGAGAAAGAAGAAGTTCGTGTGCTCATGCG*GCAGACCCAAA
GTTCTGGACATACAG*CCAATGACTGAGCTCATGATCCGTGCAGCCGCAGATGATGTCCG
CTTCCTTCTGTATCTCTATCACAAAATGATGGCCAA
ACTGGGCAGCGGTC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3DC32TF 722 0 0
GGGCAACGATGCTGCTGCTGCTGCTGTGATCGAAATGGCGTCGTCTTCTCCAACTCAGCG
TACTCACGTCCCGATCCCTCCTGAGCTAGGAGGAAAGTCATTGACGCAAGATGCGAATGA
GCCACCTGTTCCTATTCACATAGTGACAGAGCCTTTGCAGCTTCCCGCTGATTTCTTAAA
CCCTTCTCCTGAAAACAAGCTGGTCGTTGGTTTTGACTGCGAGGGTGTTGACCTCTGCCG
ACATGGCAAGCTTTGTATCATGCAGATTGCATTCCCTAATGCAATATACCTGGTTGATGT
CATCCAAGGTGGAGATGTGCTTATGAGAGCATGTAAGCCTGCACTCGAGTCTACTTACAT
CACCAAAGTCATTCACGATTGCAAACGTGACAGTGAGGCCTTGTACTTTCAGTTTGGGAT
AAGGTTGCACAATTTTGTGGACACTCAAATTGCTTTTTCTCTGATAGAAGAACAAGAAGG
CAGGAGGAGACCTCTAGATGACTACATATCGTTTGTTTCCCTCCTTGCTGATCCACGCTA
CTGCGGCATATCTTATGAAGAGAAAGAAGAAGTTCGTGTGCTCATG*G*CAGGACCCAAA
GTTCTGGACATACAG*CCAATGACTGAGCTCATGATCCGTGCAGCCGCAGATGATGTCCG
CTTCCTTCTGTATCTCTATCACAAA*TGATGGCCAAT*TGAGCCAGCGGTCATTATG
CACTG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3DC32JQ 754 0 0
CTCTGATAGAAGAACAAGAAGGCAGGAGGAGACCTCTAGATGACTACATATCGTTTGTTT
CCCTCCTTGCTGATCCACGCTACTGCGGCATATCTTATGAAGAGAAAGAAGAAGTTCGTG
TGCTCATG*G*CAGGACCCAAAGTTCTGGACATACAGGCCAATGACTGAGCTCATGATCC
GTGCAGCCGCAGATGATGTCCGCTTCCTTCTGTATCTCTATCACAAAATGATGGCCAAT*
TGAGCCAGCGGTCATTATGGCACCTGGCAGTTCGTGGCTCTTTGTACTGTAGGTGTCTCT
GCTGCATGAATGATACTGATTTTGCTAATTGGCCAACTGTCCCGCCGCTTCCAGATAACT
TGAAGATCGGAGATCAATGTCCTGAAGAAGAAATATTGTCAGTGCTTGATGTTCCACCAG
GAAAGATGGGACGTGTGATTGGAAGGAAAGAAGCATCAATCCTTGCCATTAAGGAAGCTT
GCAATGCTGAAATTCTAATTGGAGGGGCAAAGGGTCCACCTGACAAGATATTTGTGATTG
GACCCGTGAAGGAGGTGCGTAAGGCGGAGGCGATACTAAGAGGAAGGATGATAGACTATT
GAAGGGAGGGAGATGCCGAGATGAGAGGGTCATCTCAAAAATCCATTGTGATAAAACACT
TGAAACCCTTTTTAAAACTTGGAACTCAATGGTTCGGGTACTGAGTACGACCTGAGAGAA
TCCCTTCTCCAATAAAAGTTACATCTATTACTG
C

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3D178JQ 766 0 0
CTAGATGACTACATATCGTTTGTTTCC*TTCTTGCTGATCCACGCTACTGCGGCATATCT
TATGAAGAGAAAGAAGAAGTTCGTGTGCTCATGCGGCAGGACCCAAAGTTCTGGACATAC
AGGCCAATGACTGAGCTCATGATCCGTGCAGCCGCAGATGATGTCCGCTTCCTTCTGTAT
CTCTATCACAAAATGATGGCCAAACTGGGCCAGCGGTCATTATGGCACCTGGCAGTTCGT
GGCTCTTTGTACTGTAGGTGTCTCTGCTGCATGAATGATACTGATTTTGCTAATTGGCCA
ACTGTCCCGCCGCTTCCAGATAACTTGAAGATCGGAGATCAATGTCCTGAAGAAGAAATA
TTGTCAGTGCTTGATGTTCCACCAGGAAAGATGGGACGTGTGATTGGAAGGAAAGGAGCA
TCAATCCTTGCCATTAAGGAAGCTTGCAATGCTGAAATTCTAATTGGAGGGGCAAAGGGT
CCACCTGACAAGATATTTGCGATTGGACCCGTGAAGGAGGTGCGTAAGGCGGAGGCGATA
CTAAGAGGAAGGATGATAGACTATTGAAGGGAGGGAGATGCCGAGATGAGAGGGTCATCT
CAAAAATCCATTGTGATAAAACACTTGAAACCCTTTTTAAAACTTGGAACTCAATGGTTC
GGGTACTGAGTACGACCTGAGAGAATCCCTTCTCCAATAAAAGTTACATCTATTACTGGA
AACTATCCTTACATTTTGCCAAATTATCGGCAGTATGTTCTGTCTC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 4

CO CL3126Contig1 740 4 8 U
GGACGATTCCCAAAAAAAATGGCTCTTGTTCAATCCACAGCTCTTGCTAACTTCAACGTC
CGGTTATCGCCGGTTCTATCCACACTCCAAGCTCCGTCGTCTCTCTTCCTCCGGAGGGAA
ATCCGTCCTTTAACCTCTCCGTTGTCGTCCTCCTCCTCCTCCACCGCTGGGAGCTTGTCC
TTGTCGCCGTTGACGCATCAGCGGAAGCCTCTCTGCCCTCCGCCTCGCGGCAAGTCTGTT
AGAGAAGATTATCTTGTGAGGAAACTGTCAGCTGAAGAACTTCAGGAGCTGGTGAAAGGA
GAGAGGAAGGTGCCGCTGATTGTTGATTTTTATGCAACTTGGTGTGGACCTTGTATCTTG
ATGGCTCAGGAACTCGAAATGCTTGCAGTAGAGTATGAGAGCAATGCAATGATTGTGAAA
GTTGATACAGATGATGAGTACGAGTTTGCACGCGACATGCAGGTTCGAGGCTTACCTACA
TTGTTATTCATCAGTCCTGACCCAAGCAAAGATGCAATCAGGACAGAAGGGCTAATCCCA
ATACAAATGATGCGCGATATCATCGACAACGACATGTGAAGTCTTGTATCCCGAAGAAAA
CACTTTCTTGCTTTAGGATTTGAATAGTTGTTATGTGGGTTTTTTGAGGATGCGGTGAGA
AGAATGTCATCTAGTTTCATAAGAAAAATGTAAACGAATGTAATCTTGGAATTTATATGT
ATGCAGTGTTATTTTCGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D733TF U 1
AF RR3D733JQ C 1
AF RR3GX61JQ C 100
AF RR3GX61TF U 2
BS 1 11 RR3D733JQ
BS 12 192 RR3D733TF
BS 193 193 RR3GX61TF
BS 194 687 RR3D733TF
BS 688 688 RR3D733JQ
BS 689 706 RR3D733TF
BS 707 734 RR3GX61TF
BS 735 740 RR3D733JQ

RD RR3D733TF 706 0 0
GGACGATTCCC
AAAAAAAATGGCTCTTGTTCAATCCACAGCTCTTGCTAACTTCAACGTCCGGTTATCGCC
GGTTCTATCCACACTCCAAGCTCCGTCGTCTCTCTTCCTCCGGAGGGAAATCCGTCCTTT
AACCTCTCCGTTGTCGTCCTCCTCCTCCTCCACCGCTGGGAGCTTGTCCTTGTCGCCGTT
GGCGCATCAGCGGAAGCCTCTCTGCCCTCCGCCTCGCGGCAAGTCTGTTAGAGAAGATTA
TCTTGTGAGGAAACTGTCAGCTGAAGAACTTCAGGAGCTGGTGAAAGGAGAGAGGAAGGT
GCCGCTGATTGTTGATTTTTATGCAACTTGGTGTGGACCTTGTATCTTGATGGCTCAGGA
ACTCGAAATGCTTGCAGTAGAGTATGAGAGCAATGCAATGATTGTGAAAGTTGATACAGA
TGATGAGTACGAGTTTGCACGCGACATGCAGGTTCGAGGCTTACCTACATTGTTATTCAT
CAGTCCTGACCCAAGCAAAGATGCAATCAGGACAGAAGGGCTAATCCCAATACAAATGAT
GCGCGATATCATCGACAACGACATGTGAAGTCTTGTATCCCGAAGAAAACACTTTCTTGC
TTTAGGATTTGAATAGTTGTTATGTGGGTTTTTTGAGGATGCGGTGAGAAGAATGTCATC
TAGTTTCATAAGAAAA*TGTAAACGAATGTAATCT

QA 12 706 12 706
DS 

RD RR3D733JQ 740 0 0
GGACGATTCCCAAAAAAAATGGCTCTTGTTCAATCCACAGCTCTTGCTAACTTCAACGTC
CGGTTATCGCCGGTTCTATCCACACTCCAAGCTCCGTCGTCTCTCTTCCTCCGGAGGGAA
ATCCGTCCTTTAACCTCTCCGTTGTCGTCCTCCTCCTCCTCCACCGCTGGGAGCTTGTCC
TTGTCGCCGTTGGCGCATCAGCGGAAGCCTCTCTGCCCTCCGCCTCGCGGCAAGTCTGTT
AGAGAAGATTATCTTGTGAGGAAACTGTCAGCTGAAGAACTTCAGGAGCTGGTGAAAGGA
GAGAGGAAGGTGCCGCTGATTGTTGATTTTTATGCAACTTGGTGTGGACCTTGTATCTTG
ATGGCTCAGGAACTCGAAATGCTTGCAGTAGAGTATGAGAGCAATGCAATGATTGTGAAA
GTTGATACAGATGATGAGTACGAGTTTGCACGCGACATGCAGGTTCGAGGCTTACCTACA
TTGTTATTCATCAGTCCTGACCCAAGCAAAGATGCAATCAGGACAGAAGGGCTAATCCCA
ATACAAATGATGCGCGATATCATCGACAACGACATGTGAAGTCTTGTATCCCGAAGAAAA
CACTTTCTTGCTTTAGGATTTGAATAGTTGTTATGTGGGTTTTTTGAGGATGCGGTGAGA
AGAATGTCATCTAGTTTCATAAGAAAAATGTAAACGAATGTAATCTTGGAATTTATATGT
ATGCAGTGTTATTTTCGGCC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3GX61JQ 641 0 0
TCTCTCTTCCTCCGGAGGGAAATCCGTCCTTTAACCTCTCCGTTGTCGTCCTCCTCCTCC
TCCACCGCTGGGAGCTTGTCCTTGTCGCCGTTGACGCATCAGCGGAAGCCTCTCTGCCCT
CCGCCTCGCGGCAAGTTTGTTAGAGAAGATTATCTTGTGAGGAAACTGTCAGCTGAAGAA
CTTCAGGAGCTGGTGAAAGGAGAGAGGAAGGTGCCGCTGATTGTTGATTTTTATGCAACT
TGGTGTGGACCTTGTATCTTGATGGCTCAGGAACTCGAAATGCTTGCAGTAGAGTATGAG
AGCAATGCAATGATTGTGAAAGTTGATACAGATGATGAGTACGAGTTTGCACGCGACATG
CAGGTTCGAGGCTTACCTACATTGTTATTCATCAGTTCTGACCCAAGCAAAGATGCAATC
AGGACAGAAGGGCTAATCCCAATACAAATGATGCGCGATATCATCGACAACGACATGTGA
AGTCTTGTATCCGGAAGAAAACACTTTCTTGCTTTAGGATTTGAATAGTTGTTATGTGGG
TTTTTTGAGGATGCGGTGAGAAGAATGTCATCTAGTTTCATAAGAAAAATGTAAACGAAT
GTAATCTTGGAATTTATATGTATGCAGTGTTATTT
TCGGTC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3GX61TF 733 0 0
GGATTCCCAA
AAAAAAAATGGCTCTTGTTCAATCCACAGCTCTTGCTAACTTCAACGTCCGGTTATCGCC
GGTTCTATCCACACTCCAAGCTCCGTCGTCTCTCTTCCTCCGGAGGGAAATCCGTCCTTT
AACCTCTCCGTTGTCGTCCTCCTCCTCCTCCACCGCTGGGAGCTTGTCCTTGTCGCCGTT
GACGCATCAGCGGAAGCCTCTCTGCCCTCCGCCTCGCGGCAAGTTTGTTAGAGAAGATTA
TCTTGTGAGGAAACTGTCAGCTGAAGAACTTCAGGAGCTGGTGAAAGGAGAGAGGAAGGT
GCCGCTGATTGTTGATTTTTATGCAACTTGGTGTGGACCTTGTATCTTGATGGCTCAGGA
ACTCGAAATGCTTGCAGTAGAGTATGAGAGCAATGCAATGATTGTGAAAGTTGATACAGA
TGATGAGTACGAGTTTGCACGCGACATGCAGGTTCGAGGCTTACCTACATTGTTATTCAT
CAGTTCTGACCCAAGCAAAGATGCAATCAGGACAGAAGGGCTAATCCCAATACAAATGAT
GCGCGATATCATCGACAACGACATGTGAAGTCTTGTATCCGGAAGAAAACACTTTCTTGC
TTTAGGATTTGAATAGTTGTTATGTGGGTTTTTTGAGGATGCGGTGAGAAGAATGTCATC
TAGTTTCATAAGAAAA*TGTAAACGAATGTAATCTTGGAATTTATATGTATGCAGTGTTA
TTT

QA 11 733 11 733
DS 



AS 1 4

CO CL3127Contig1 750 4 10 U
TCAAAGAATCACATCCATCTCTTTTGACAATTGAAACTAGTGAAAAATGGGGATAATCAG
AAAGAAACACGATAAAAAATCCCGAAGGCCGTCGTTTAAGAGTGTTTTAACCTCAGTACT
AGCTACACAAGCCGCAATATTCCTCTTATTGCTCGCCGGTGTATCCCTCGCTGGCACAGC
CGTCGCATTTATTGCCACCATGCCGCTATTCATAGTATTCAGTCCGATTCTCGTACCAGC
GGGTATTGCCACTAGTTTACTGGCTACGGGTTTAGCAGCCACCGGTAGCACCGGTGCAAT
GGCTGTCTCCCTCATCCTGTGGCTCTTCAAGCGAGCAACGGGCAAGGAGCCGCCAAAAAT
CATGACAAAAATCTTGAGAAAGGTGTTTCCGGGTGGAGGTACTAGTCATGCAGCTAAACT
GGCAGCAAAACCAGAAGCCGAGACAGCAGCCTCACCAGCGGCCGCACCAGCAGCCGCACC
AGCAGCCGCACCGAGTACATGAAAAGAACCGGTGGGTATAAGCAAAGGATGATAGATAAA
CAATCCAACTTTAAAAAAAATAAATAATAATTATTACGTGGGGATGGAAGTTAAATTTTC
AGATATTATTATACTAACGGATATCGTGGTACAAAATAGTAACAAATGTAAGCATTTTTA
TTGTATAACATTTTAAGAACGAAGCGATGTATCGTTGATGTTAACCCTATTCAAGTTCAA
CAATGTTATTCTGATTCAAGTTCTTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY89TF U 6
AF RR3CA28TF U 1
AF RR3DY89JQ C 10
AF RR3AH01TF U 232
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RD RR3DY89TF 637 0 0
GGAT
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TTTAAAAAAA*TAAATAATAATTATTACGTGGGGATGGAAGTTAAATTTTCAGATATTAT
TATACTAACGGATATCGTGGTACAAAATAGTAA

QA 5 637 5 637
DS 

RD RR3CA28TF 719 0 0
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AAAGAAACACGATAAAAAATCCCGAAGGCCGTCGTTTAAGAGTGTTTTAACCTCAGTACT
AGCTACACAAGCCGCAATATTCCTCTTATTGCTCGCCGGTGTATCCCTCGCTGGCACAGC
CGTCGCATTTATTGCCACCATGCCGCTATTCATAGTATTCAGTCCGATTCTCGTACCAGC
GGGTATTGCCACTGGTTTACTGGCTACGGGTTTAGCAGCCACCGGTAGCACCGGTGCAAT
GGCTGTCTCCCTCATCCTGTGGCTCTTCAAGCGAGCAACGGGCAAGGAGCCGCCAAAAAT
CATGACAAAAATCTTGAGAAAGGTGTTTCCGGGTGGAGGTACTAGTCATGCAGCTAAACT
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CAATCCAACTTTAAAAAAAATAAATAATAATTATTACGTGGGGATGGAAGTTAAATTTTC
AGATATTATTATACTAACGGATATCGTGGTACAAAATAGTAACAAATGTAAGCATTTTTA
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GTTCGA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3DY89JQ 733 0 0
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CGATAAAAAATCCCGAAGGCCGTCGTTTAAGAGTGTTTTAACCTCAGTACTAGCTACACA
AGCCGCAATATTCCTCTTATTGCTCGCCGGTGTATCCCTCGCTGGCACAGCCGTCGCATT
TATTGCCACCATGCCGCTATTCATAGTATTCAGTCCGATTCTCGTACCAGCGGGTATTGC
CACTAGTTTACTGGCTACGGGTTTAGCAGCCACCGGTAGCACCGGTGCAATGGCTGTCTC
CCTCATCCTGTGGCTCTTCAAGCGAGCAACGGGCAAGGAGCCGCCAAAAATCATGACAAA
AATCTTGAGAAAGGTGTTTCCGGGTGGAGGTACTAGTCATGCAGCTAAACTGGCAGCAAA
ACCAGAAGCCGAGACAGCAGCCTCACCAGCGGCCGCACCAGCAGCCGCACCAGCAGCCGC
ACCGAGTACATGAAAAGAACCGGTGGGTATAAGCAAAGGATGATAGATAAACAATCCAAC
TTTAAAAAAAATAAATAATAATTATTACGTGGGGATGGAAGTTAAATTTTCAGATATTAT
TATACTAACGGATATCGTGGTACAAAATAGTAACAAATGTAAGCATTTTTATTGTATAAC
ATTTTAAGAACGAAGCGATGTATCGTTGATGTTAACCCTATTCAAGTTCAACAATGTTAT
TCTGATTCAAGTT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3AH01TF 519 0 0
G
GTACCAGCGGGTATTGCCACTGGTTTACTGGCTACGGGTTTAGCAGCCACCGGTAGCACC
GGTGCAATGGCTGTCTCCCTCATCCTGTGGCTCTTCAAGCGAGCAACGGGCAAGGAGCCG
CCAAAAATCATGACAAAAATCTTGAGAAAGGTGTTTCCGGGTGGAGGTACTAGTCATGCA
GCTAAACTGGCAGCAAAACCAGAAGCCGAGACAGCAGCCTCACCAGCGGCCGCACCTGCA
GCCGCACCAGCAGCCGCACCGAGTACATGAAAAGAACCGGTGGGTATAAGCAAAGGATGA
TAGATAAACAATCCAACTTTAAAAAAAATAAATAATAATTATTACGTGGGGATGGAAGTT
AAATTTTCAGATATTATTATACTAACGGATATCGTGGTACAAAATAGTAACAAATGTAAG
CATTTTTATTGTATAACATTTTAAGAACGAAGCGATGTATCGTTGATGTTAACCCTATTC
AAGTTCAACAATGTTATTCTGATTCAAGTTCTTGTTTT

QA 2 519 2 519
DS 



AS 1 4

CO CL3128Contig1 1034 4 10 U
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CCGCGATTCTTGCGGCGAGGCGTGAGCTTAAGGAGATAAGCAAGGATGAGATCTCTGATG
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AGAGACTTGTTGCATACCATGAGGCTGGTCATGCTCTAGTGGGTGCTCTTATGCCAGAGT
ATGATCCTGTTGCCAAGATTTCCATCATTCCTCGTGGCCAAGCTGGTGGGCTTACCTTTT
TTGCTCCCAGTGAAGAAAGACCCGAGTCTGGATTGTACAGTAGAAGCTACCTCGAGAATC
AGATGGCTGTTGCACTTGGTGGAAGGGTTGCAGAGGAGGTGATCTTTGGAGATGACAATG
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AGAGGTTCGGGTTCAGCAAAAAGATTGGACAAGTAGCCGTTGGTGGCCCTGGTGGAAATC
CCTTCATGGGTCAACAAATGTCTTCACAGAAAGATTACTCAATGGCAACTGCTGATATCG
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CAACTCACATTGATATCTTGCACAAGCTTGCGCAGCTCTTGATCGAGAAGGAAACTGTTG
ATGGAGAAGAGTTCATGAGTCTCTTTATTGACGGCCAAGCTGAGTTGTATGTTTCTTAGA
TTCATAAAATTCCCTTGCTTTCAAATACCATTAGCTTATTAATGTATACTAGACCGTTAC
CCATTGCGTATATATTTTTATTTTGTAAAATACTACTATGTTTTGTTGGCAGTAGCAACT
TCATATAGATGCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT93TF U 1
AF RR3A260TF U 133
AF RR3GT93JQ C 275
AF RR3A260JQ C 292
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BS 824 965 RR3GT93JQ
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RD RR3GT93TF 757 0 0
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TCAAGATTCTTCAGGTTCATTCTAGAGGGAAGGCGATTGGTAAAGATGTGGACTTTAATA
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CCGCGATTCTTGCGGCGAGGCGTGAGCTTAAGGAGATAAGCAAGGATGAGATCTCTGATG
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ATGATCCTGTTGCCAAGATTTCCATCATTCCTCGTGGCCAAGCTGGTGGGCTTACCTTTT
TTGCTCCCAGTGAAGAAAGACCCGAGTCTGGATTGTACAGTAGAAGCTACCTCGAGAATC
AGGTGGCTGTTGCACTTGGTGGAAGGGTTGCAGAGGAGGTGATCTTTGGAGATGACAATG
TGACGACTGGAGCATCAAATGATTTCATGCAGGTGTCTCGTGTGGCACGTCAAATGATCG
AGAGGTTCGGGTTCAGCAAAAAGATTGGACAAGTAGCCGTTGGTGGCCCTGGTGGAAATC
CCTTCATGGGTCAACAAATGTCTTCACAGAAAGATTACTCAATGGCAACTGCTGATATCG
TAGATGCTGAG*TGAGAGAGCTGGTGGAGAATGCGTA

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3A260TF 691 0 0
GGACTCCTGGTTTCACCGGTGCTGACTTGCAGAACCTGATGAATGAAGCCGCGATTCTTG
CGGCGAGGCGTGAGCTTAAGGAGATAAGCAAGGATGAGATCTCTGATGCGCTTGAGAGGA
TCATTGCTGGACCTGAGAAGAAGAATGCTGTTGTCTCTGATGAGAAGAAGAGACTTGTTG
CATACCATGAGGCTGGTCATGCTCTAGTGGGTGCTCTTATGCCAGAGTATGATCCTGTTG
CCAAGATTTCCATCATTCCTCGTGGCCAAGCTGGTGGGCTTACCTTTTTTGCTCCCAGTG
AAGAAAGACTCGAGTCTGGATTGTACAGTAGAAGCTACCTCGAGAATCAGATGGCTGTTG
CACTTGGTGGAAGGGTTGCAGAGGAGGTGATCTTTGGAGATGACAATGTGACGACTGGAG
CATTAAATGATTTCATGCAGGTGTCTCGTGTGGCACGTCAAATGATCGAGAGGTTCGGGT
TCAGCAAAAAGATTGGACAAGTAGCCGTTGGTGGCCCTGGTGGAAATCCCTTCATGGGTC
AACAAATGTCTTCACAGAAAGATTACTCAATGGCAACTGCTGATATCGTAGATGCTGAGG
TGAGAGAGCTGGTGGAGAAGGCGTACAAGAGAGCCACGGACATCATAACAACTCACATTG
ATATCTTGCACAAGCTTGCGCAGCTCTTGAT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3GT93JQ 694 0 0
GAATGCTGTTGTCTCTGATGAGAAGAAGAGACTTGTTGCATACCATGAGGCTGGTCATGC
TCTAGTGGGTGCTCTTATGCCAGAGTATGATCCTGTTGCCAAGATTTCCATCATTCCTCG
TGGCCAAGCTGGTGGGCTTACCTTTTTTGCTCCCAGTGAAGAAAGACCCGAGTCTGGATT
GTACAGTAGAAGCTACCTCGAGAATCAGGTGGCTGTTGCACTTGGTGGAAGGGTTGCAGA
GGAGGTGATCTTTGGAGATGACAATGTGACGACTGGAGCATCAAATGATTTCATGCAGGT
GTCTCGTGTGGCACGTCAAATGATCGAGAGGTTCGGGTTCAGCAAAAAGATTGGACAAGT
AGCCGTTGGTGGCCCTGGTGGAAATCCCTTCATGGGTCAACAAATGTCTTCACAGAAAGA
TTACTCAATGGCAACTGCTGATATCGTAGATGCTGAGGTGAGAGAGCTGGTGGAGAATGC
GTACAAGAGAGCCACGGACATCATAACAACTCACATTGATATCTTGCACAAGCTTGCGCA
GCTCTTGATCGAGAAGGAAACTGTTGATGGAGAAGAGTTCATGAGTCTCTTTATTGACGG
CCAAGCTGAGTTGTATGTTTCTTAGATTCATAAAATTCCCTTGCTTTCAAATACCATTAG
CTTATTAATGTATACTAGACCGTTACCCATT
ACG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3A260JQ 743 0 0
ATGAGAAGAAGAGACTTGTTGCATACCATGAGGCTGGTCATGCTCTAGTGGGTGCTCTTA
TGCCAGAGTATGATCCTGTTGCCAAGATTTCCATCATTCCTCGTGGCCAAGCTGGTGGGC
TTACCTTTTTTGCTCCCAGTGAAGAAAGACTCGAGTCTGGATTGTACAGTAGAAGCTACC
TCGAGAATCAGATGGCTGTTGCACTTGGTGGAAGGGTTGCAGAGGAGGTGATCTTTGGAG
ATGACAATGTGACGACTGGAGCATTAAATGATTTCATGCAGGTGTCTCGTGTGGCACGTC
AAATGATCGAGAGGTTCGGGTTCAGCAAAAAGATTGGACAAGTAGCCGTTGGTGGCCCTG
GTGGAAATCCCTTCATGGGTCAACAAATGTCTTCACAGAAAGATTACTCAATGGCAACTG
CTGATATCGTAGATGCTGAGGTGAGAGAGCTGGTGGAGAAGGCGTACAAGAGAGCCACGG
ACATCATAACAACTCACATTGATATCTTGCACAAGCTTGCGCAGCTCTTGATCGAGAAGG
AAACTGTTGATGGAGAAGAGTTCATGAGTCTCTTTATTGACGGCCAAGCTGAGTTGTATG
TTTCTTAGATTCATAAAATTCCCTTGCTTTCAAATACCATTAGCTTATTAATGTATACTA
TACCGTTACCCATTGCGTATATATTTTTATTTTGTAAAATACTACTATGTTTTGTTGGCA
GTAGCAACTTCATATAGATGCAT

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 4

CO CL3129Contig1 743 4 4 U
GACACACACACACAAGCTGATCAATTTCATCGTTCCGACACTCTTTCGCCGAACTCAACA
ATGCCTCTGTCTCTCCGTTTAGCTCCATCTCCTACGGCTTTATATCCGACAACCGGTGGA
TTTGGAGCTGCGAAAAGGCAGTGTCGTATCCCTTACTCCGGCGTGGCGACGGCGACGACG
ACGAGGATTGGTTTCTGCTCACTGGATTCTGTGAGAAGGGGAGACTCCTCTGTGGTGAGG
TGTAGCCTAGAGACTGTGAATGTTAGTGTTGGCCAAGTGACGGAAGTGGACAAGGATACC
TTCTGGCCCATCGTTAAAGCAGCCGGGGAAAAGATTGTGGTACTTGACATGTACACTCAA
TGGTGTGGTCCATGTAAAGTGATTGCTCCTAAGTACAAAGCTTTATCAGAGAAATATGAG
GACGTTGTGTTTCTTAAGCTTGACTGCAACCCTGAAAACAGGCCATTAGCAAAGGAACTA
GGAATAAGAGTGGTTCCAACTTTTAAAATATTGAAGGATAACCAAGTGGTGAAGGAAGTT
ACGGGTGCCAAATATGATGATCTAGTTGCAGCCATTGAAACAGCAAGGTCTGCTAGTTCT
TCGGGATGAGCCAATCAACCTCCATGTCTTTACTTGTAATATGGCTGTATCAATGTAACA
AGCTTTCTGTTGGTGCTCTTATTGTGACTCTGCTTTTGTATGTGTAAATGTTTTCAAGCA
ATATAATGATCAAATATAATTTC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3DN01TF U 5
AF RR3CO26TF U 28
AF RR3C948TF U 1
AF RR3C948JQ C 93
BS 1 88 RR3C948TF
BS 89 89 RR3DN01TF
BS 90 741 RR3C948TF
BS 742 743 RR3C948JQ

RD RR3DN01TF 661 0 0
G
ACACACACAAGCTGATCAATTTCATCGTTCCGACACTCTTTCGCCGAACTCAACAATGCC
TCTGTCTCTCCGTTTAGCTCCATCTCCTACGGCTTTATATCCGACAACCGGTGGATTTGG
AGCTGCGAAAAGGCAGTGTCGTATCCCTTACTCCGGCGTGGCGACGGCGACGACGACGAG
GATTGGTTTCTGCTCACTGGATTCTGTGAGAAGGGGAGACTCCTCTGTGGTGAGGTGTAG
CTTAGAGACTGTGAATGTTAGTGTTGGTCAAGTGACGGAAGTGGATAAGGATACCTTCTG
GCCCATCGTTAAAGCAGCCGGGGAAAAGATTGTGGTACTTGACATGTACACTCAATGGTG
TGGTCCATGTAAAGTGATTGCTCCTAAGTACAAAGCTTTATCAGAGAAATATGAGGACGT
TGTGTTTCTTAAGCTTGACTGCAACCCTGAAAACAGGCCATTAGCAAAGGAACTAGGAAT
AAGAGTGGTTCCAACTTTTAAAATATTGAAGGATAACCAAGTGGTGAAGGAAGTTACGGG
TGCCAAATATGATGATCTAGTTGCAGCCATTGAAACAGCAAGGTCTGCTAGTTCTTCGGG
ATGAGCCAATCAACCTCCATGTCTTTACTTGTAATATGGCTGTATCAATGTAACAAGCTT

QA 2 661 2 661
DS 

RD RR3CO26TF 674 0 0
CATCGTTCCGACACTCTTTCGCCGAACTCAACAATGCCTCTGTCTCTCCGTTTAGCTCCA
TCTCCTACGGCTTTATATCCGACAACCGGTGGATTTGGAGCTGCGAAAAGGCAGTGTCGT
ATCCCTTACTCCGGCGTGGCGACGGCGACGACGACGAGGATTGGTTTCTGCTCACTGGAT
TCTGTGAGAAGGGGAGACTCCTCTGTGGTGAGGTGTAGCTTAGAGACTGTGAATGTTAGT
GTTGGTCAAGTGACGGAAGTGGATAAGGATACCTTCTGGCCCATCGTTAAAGCAGCCGGG
GAAAAGATTGTGGTACTTGACATGTACACTCAATGGTGTGGTCCATGTAAAGTGATTGCT
CCTAAGTACAAAGCTTTATCAGAGAAATATGAGGACGTTGTGTTTCTTAAGCTTGACTGC
AACCCTGAAAACAGGCCATTAGCAAAGGAACTAGGAATAAGAGTGGTTCCAACTTTTAAA
ATATTGAAGGATAACCAAGTGGTGAAGGAAGTTACGGGTGCCAAATATGATGATCTAGTT
GCAGCCATTGAAACAGCAAGGTCTGCTAGTTCTTCGGGATGAGCCAATCAACCTCCATGT
CTTTACTTGTAATATGGCTGTATCAATGTAACAAGCTTTCTGTTGTTGCTCTTATTGTGA
CTCTGCTTTTGTAT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3C948TF 741 0 0
GACACACACACACAAGCTGATCAATTTCATCGTTCCGACACTCTTTCGCCGAACTCAACA
ATGCCTCTGTCTCTCCGTTTAGCTCCATTTCCTACGGCTTTATATCCGACAACCGGTGGA
TTTGGAGCTGCGAAAAGGCAGTGTCGTATCCCTTACTCCGGCGTGGCGACGGCGACGACG
ACGAGGATTGGTTTCTGCTCACTGGATTCTGTGAGAAGGGGAGACTCCTCTGTGGTGAGG
TGTAGCCTAGAGACTGTGAATGTTAGTGTTGGCCAAGTGACGGAAGTGGACAAGGATACC
TTCTGGCCCATCGTTAAAGCAGCCGGGGAAAAGATTGTGGTACTTGACATGTACACTCAA
TGGTGTGGTCCATGTAAAGTGATTGCTCCTAAGTACAAAGCTTTATCAGAGAAATATGAG
GACGTTGTGTTTCTTAAGCTTGACTGCAACCCTGAAAACAGGCCATTAGCAAAGGAACTA
GGAATAAGAGTGGTTCCAACTTTTAAAATATTGAAGGATAACCAAGTGGTGAAGGAAGTT
ACGGGTGCCAAATATGATGATCTAGTTGCAGCCATTGAAACAGCAAGGTCTGCTAGTTCT
TCGGGATGAGCCAATCAACCTCCATGTCTTTACTTGTAATATGGCTGTATCAATGTAACA
AGCTTTCTGTTGGTGCTCTTATTGTGACTCTGCTTTTGTATGTGTAAATGTTTTCAAGCA
ATATAATGATCAAATATAATT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3C948JQ 651 0 0
TACGGCTTTATATCCGACAACCGGTGGATTTGGAGCTGCGAAAAGGCAGTGTCGTATCCC
TTACTCCGGCGTGGCGACGGCGACGACGACGAGGATTGGTTTCTGCTCACTGGATTCTGT
GAGAAGGGGAGACTCCTCTGTGGTGAGGTGTAGCCTAGAGACTGTGAATGTTAGTGTTGG
CCAAGTGACGGAAGTGGACAAGGATACCTTCTGGCCCATCGTTAAAGCAGCCGGGGAAAA
GATTGTGGTACTTGACATGTACACTCAATGGTGTGGTCCATGTAAAGTGATTGCTCCTAA
GTACAAAGCTTTATCAGAGAAATATGAGGACGTTGTGTTTCTTAAGCTTGACTGCAACCC
TGAAAACAGGCCATTAGCAAAGGAACTAGGAATAAGAGTGGTTCCAACTTTTAAAATATT
GAAGGATAACCAAGTGGTGAAGGAAGTTACGGGTGCCAAATATGATGATCTAGTTGCAGC
CATTGAAACAGCAAGGTCTGCTAGTTCTTCGGGATGAGCCAATCAACCTCCATGTCTTTA
CTTGTAATATGGCTGTATCAATGTAACAAGCTTTCTGTTGGTGCTCTTATTGTGACTCTG
CTTTTGTATGTGTAAATGTTTTCAAGCAATATAATGATCAAATATAATTTC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 4

CO CL3130Contig1 1052 4 2 U
GCAATGGAAAGAGGGTATAGAGACTCTCGTAGGGATACACCGAGGGAAAGCTCCATTAGC
AGCAGCAGCCGTCTTCAGGGTAGAATAAAGCTTCGTGAGAGAAGCAATGACGACGAAGCT
CACTTTGATAGGAGGGTTGAGAGAGGAAGGGACAGAAGCGACTTATCTCAAAGTAGAGTC
CGAGATAGAATTAATGGTAGGTTAGAGGAAAACCACAGTGGTAATCAGGAAAGAGATCTC
CGAGCTCCATGGGTGAGAAGGAGAGAAATGGAAGAGGGATTTTCAGCTTCTAAAAGCAGC
AAAAGAGAGGAAAGTAAGACAGAGACATCTCTTGGGAAGAGAAAAAGCCAGGAGGAGGAT
CACCATCCTTATAAGCGATCAGGAGATTCATTTGCAGCTCCATTGCCTTTCAGTGAGATT
CTCAAGAGAAAAAGAGCGGCTGCATCTGGTGGTAGCATCAAGAAGAAGGACCAGACTCCT
GAAGAAACGGTATCAAAAGAAGAAGCTGGAGATGAGACCAAACTCATTACAGAAGAGAAA
ACTGAGGTTGTGTCTGAACCCAATCCAACCCACGAAGCTGGACTAGAAGAAGGAACGATT
ATGGAGGAAGGAGAAGAAGTGAATGGGGAAGAGGAGGGGCAAGTGTATGAAGAGGAGCAA
GTGTATGAAAGGCGATGAGCTAAACGGAGAGTACTATTACGAAGAAGATGGAGAATACGC
CTATGAAGAAGGCGAAGAAGTTGCTTACGTGGCTGAGGAAGGAGAAGAAGCAACAGAAGT
AGTTGAAGCGGAGGGTGAAGAAGACTGCTGGGATGTTGTCGTAGAAAAAGAAGCTTTTGA
AGGAGGAAATGATGAATGATTCCGACAAAAAAAAGCTTTGCTCCTTCGGGCTTCTGCTAA
ATGCAAATCTAGAGCGAATAGTGCTATGTCGCTTTTATCTTCTTTGGCTTGACAGTGAGT
TTTAAGTCGCCATGTTTTTCCGTTATGATTTCTTAAATTGTAACAGTAGAAGAAAGAAAA
GAACGATAGTACAAGTACAATCCACAAATTCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BD72TF U 1
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CTCAAGAGAAAAAGAGCGGCTGCATCTGGTGGTAGCATCAAGAAGAAGGACCAGACTCCT
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CACTTTGATAGGAGGGTTGAGAGAGGAAGGGACAGAAGCGACTTATCTCAAAGTAGAGTC
CGAGATAGAATTAATGGTAGGTTAGAGGAAAACCACAGTGGTAATCAGGAAAGAGATCTC
CGAGCTCCATGGGTGAGAAGGAGAGAAATGGAAGAGGGATTTTCAGCTTCTAAAAGCAGC
AAAAGAGAGGAAAGTAAGACAGAGACATCTCTTGGGAAGAGAAAAAGCCAGGAGGAGGAT
CACCATCCTTATAAGCGATCAGGAGATTCATTTGCAGCTCCATTGCCTTTCAGTGAGATT
CTCAAGAGAAAAAGAGCGGCTGCATCTGGTGGTAGCATCAAGAAGAAGGACCAGACTCCT
GAAGAAACGGTATCAAAAGAAGAAGCTGGAGATGAGACCAAACTCATTACAGAAGAGAAA
ACTGAGGTTGTGTCTGAACCCAATCCAACCCACGAAGCTGGACTAGAAGAAGGAACGATT
ATGGAGGAAGGAGAAGAAGTGAATGGGGAAGAGGAGGGGCAAGTGTATGAAGAGGAGCAA
GTGTATGAAAGGCGATGAGCTAAACGGAGAGTACTATTACGAAGAAGATGGAGAATACGC
CTATGAA

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TCTGGTGGTAGCATCAAGAAGAAGGACCAGACTCCTGAAGAAACGGTATCAAAAGAAGAA
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CCAACCCACGAAGCTGGACTAGAAGAAGGAACGATTATGGAGGAAGGAGAAGAAGTGAAT
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CAAATTCT

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AAAACTGAGGTTGTGTCTGAACCCAATCCAACCCACGAAGCTGGACTAGAAGAAGGAACG
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CGCCTATGAAGAAGGCGAAGAAGTTGCTTACGTGGCTGAGGAAGGAGAAGAAGCAACAGA
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TGAAGGAGGAAATGATGAATGATTCCGACAAAAAAAAGCTTTGCTCCTTCGGGCTTCTGC
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AAAGAACGATAGTACAAGTACAATCCACAAATTCT

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DS 



AS 1 4

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ACATCCCTCCAAGCCATGCTCTGGATATGATACGTGGCAAGAATATTATTCTGTTGATGG
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TTGCACCCTTGCAGACTAAATCAGACGTCGCTTCTTATGTGATGCTTGGAATAAAGAAGC
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GCTCGAGAATGGATCTCACAGCTATTCATCAGATCTTGGTCATGACACACTACAGAGACG
ACGAAGGGACTAACGAGTTATCTTTCCAAGAATGGACTCAACAGATGAAAGACATGCTTG
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GTTACTCACAGTTTATAGACGTTGGAACAATGGTGTCACCAACTGTGTTTGGTCGGAGAA
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AATGCGTGTATCCTGACTGGCCAACGGCTTTCTACATGCAGTCTGTAGCTTTGGCAAAGC
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GACAGCGAGGAGGAGGAGGAGGCAAATGATCTTTTGATTCTTGGATACAAGACTTGTTCA
CATCCTTTTGTTAAATTTGATCAGCTTCAAAAGATTCTTTTAAAAAGAAAAATGTTAAAA
CCTGTTGATGTGATTGTTCATTGGGATGTAATGTAATAACCATAGAGGGAGAGAAAGAAA
AAGAATGAAAATCAATGTTTGTTTGTTTGTAATGCAATCAATACATGTAACTAAATTATA
TGCATGGTCTCTATTTT


BQ
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AF RR3D158TF U 1
AF RR3BH26TF U 1
AF RR3BH26JQ C 566
AF RR3D158JQ C 684
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TTGTCGCTGAGTTCATGCCTAACGATACACTCGCTAAGCATTTGTTCCATTGGGAAAGTC
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ATGAGGATGGTGATCCTCGTCTCTCATGTTTCGGCTTGATGAAGAACAGTCGTGATGGTA
AAAGCTATAGCACTAACCTAGCATATACACCACCTGAATACCTAAGAAATGGAAGAGTGA
CACCTGAAAGTGTTACTTACAGCTTTGGAACGGTGCTTCTTGATTTGCTTAGCGGAAAAC
ACATCCCTCCAAGCCATGCTCTGGATATGATACGTGGCAAGAATATTATTCTGTTGATGG
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CCCAATGCTTGCAGTATGAGCCTCGAGAGAGACCCAATACAAAAGACCTTGTGGCA*CAC
TTGCACCCTTGCAGACTAAATCAGACGTCGCTTCTTATGTGATGCTTGGAATAAAGAAGC
ACGAGGAGGCACCTTCGCCGCCGCCGCCACAGAG*CCACTTACGCCG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3BH26TF 811 0 0
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TTGTCGCTGAGTTCATGCCTAACGATACACTCGCTAAGCATTTGTTCCATTGGGAAAGTC
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AAAGCTATAGCACTAACCTAGCATATACACCACCTGAATACCTAAGAAATGGAAGAGTGA
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GCTCGAGAATGGATCTCACAGCTATTCATCAGATCTTGGTCATGACACACTACAGAGACG
ACGAAGG*ACTAACGAGTTATCTTTCCA
GAT

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3BH26JQ 832 0 0
AGAGAGACCCAATACAAAAGACCTTGTGGCAACACTTGCACCCTTGCAGACTAAATCAGA
CGTCGCTTCTTATGTGATGCTTGGAATAAAGAAGCACGAGGAGGCACCTTCGCCGCCGCC
GCCACAGAGGCCACTTACGCCGTTAGGCGAGGCTTGCTCGAGAATGGATCTCACAGCTAT
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ATGTAATGTAATAACCATAGAGGGAGAGAAAGAAAAAGAATGAAAATCAATGTTTGTTTG
TTTGTAATGCAATCAATACATGTAACTAAATTATATGCATGGTCTCTATTTT

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR3D158JQ 714 0 0
CCGCCACAGAGGCCACTTACGCCGTTAGGCGAGGCTTGCTCGAGAATGGATCTCACAGCT
ATTCATCAGATCTTGGTCATGACACACTACAGAGACGACGAAGGGACTAACGAGTTATCT
TTCCAAGAATGGACTCAACAGATGAAAGACATGCTTGAAGCACGCAAACGTGGTGATCAA
GCTTTCCGCGAGAAAGATTTCAAAACCGCCATAGACTGTTACTCACAGTTTATAGACGTT
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GATATGTTGAACGAAGCTTCTCAGCTCGAAGAGAAGAGACAGCGAGGAGGAGGAGGAGGC
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GGATGTAATGTAATAACCATAGAGGGAGAGAAAGAAAAAGAATGAAAATCAATGTTTGTT
TGTTTGTAATGCAATCAATACATGTAACTAAATTATATGCATGGTCTCTATTTT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 4

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GATATTCAGAAGCACAACTCCAACTTTTACCCCGGAAAGTGTTCTAGAAGCAGAGGTTGA
AGAGCCCGAAATTAAAATCTCCTCGGGAACTGGCACAGGATTTGAGATATTGTGCCAGGG
ATTCAACTGGGAATCCCATAAATCTGGGAGATGGTATCAGGAACTTCAAGAAAAAGCCGA
TGAGCTAGCTTCACTTGGATTCACTGTTCTGTGGTTACCTCCACCGACGGAATCTGTGTC
ACCTGAAGGGTACATGCCTAAAGACTTGTACAACTTGAATTCCAGGTATGGAACTATTGA
TGAGCTAAAAGAAACGGTGAAGAAATTTCACAAAGTTGGGATCAAAGTTTTGGGAGATGC
TGTTTTGAATCACCGCTGTGCACATTTCAAGAATTCAAATGGTGTATGGAATCTATTTGG
AGGGCGTCTGAACTGGGATGATAGGGCAGTAGTTGCAGATGACCCTCATTTTCAGGGTAG
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TGCTAGCAAACCCTACTTTGCGGTTGGTGAATACTGGGATTCCCTAAGTTACACTTATGG
AGAAATGGACTACAATCAAGACGTACATCGTCAAAGGATTGTTGACTGGATCAATGCAAC
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TCTGTCTCTCAGGAACAGACAGAAACTTCACTGTCGGAGTGAGGTGAACATAGTAAAGAG
TGAGAGAGATGTGTATGCGGCAATAATAGATGAGAAAGTTGCAATGAAGATCGGACCAGG
GCATTACGAACCTCCAAGCGGATCTCAAAATTGGTCTGTAGCCGTCGAAGGCAGAGACTA
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TGCTCCCTGGAGAAAATGTGTTATATATGTATCTGTTTCAGAGAAGAACCAGAAATAAAG
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CTGTTTGTAAAGTGTATCTGTTAAGGTGATAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B583TF U 1
AF RR3B583JQ C 692
AF RR3AQ58TF U 771
AF RR3AQ58JQ C 804
BS 1 811 RR3B583TF
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BS 1078 1461 RR3AQ58TF
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RD RR3B583TF 811 0 0
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AGAGCCCGAAATTAAAATCTCCTCGGGAACTGGCACAGGATTTGAGATATTGTGCCAGGG
ATTCAACTGGGAATCCCATAAATCTGGGAGATGGTATCAGGAACTTCAAGAAAAAGCCGA
TGAGCTAGCTTCACTTGGATTCACTGTTCTGTGGTTACCTCCACCGACGGAATCTGTGTC
ACCTGAAGGGTACATGCCTAAAGACTTGTACAACTTGAATTCCAGGTATGGAACTATTGA
TGAGCTAAAAGAAACGGTGAAGAAATTTCACAAAGTTGGGATCAAAGTTTTGGGAGATGC
TGTTTTGAATCACCGCTGTGCACATTTCAAGAATTCAAATGGTGTATGGAATCTATTTGG
AGGGCGTCTGAACTGGGATGATAGGGCAGTAGTTGCAGATGACCCTCATTTTCAGGGTAG
AGGAAACAAGAGCAGTGGAGATAATTTCCATGCTGCTCCAAACATAGATCACTCACAGGA
CTTTGTTAGGAAGGATATCAAGGAATGGCTATGCTGGATGAGAGAAGAAGTTGGGTATGA
TGGATGGAGGCTAGATTTCGTAAGAGGGTTCTGGGGAGGTTACGTCAAAGACTACATGGA
TGCTAGCAAACCCTACTTTGCGGTTGGTGAATACTGGGATTCCCTAAGTTACACTTATGG
AGAAATGGACTACAATCAAGACGTACATCGTCAAAGGATTGTTGACTGGATCAATGCAAC
TAGTGGAACTGCTGGTGCCTTTGATGTCACA

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3B583JQ 742 0 0
TACTGGGATTCCCTAAGTTACACTTATGGAGAAATGGACTACAATCAAGACGTACATCGT
CAAAGGATTGTTGACTGGATCAATGCAACTAGTGGAACTGCTGGTGCCTTTGATGTCACA
ACCAAAGGAATTCTTCATACGGCGCTTCAAAAATGTGAATATTGGAGACTCTCAGACCCA
CAAGGGAAGCCGCCTGGTGTAGTTGGATGGTGGCCATCTCGTGCTGTAACATTCATAGAG
AATCATGACACTGGCTCTACTCAGGGCCACTGGAGATTCCCAGGAGGGAAGGAGATGCAA
GGATATGCTTACATCTTGACTCATCCAGGAACACCAGCTGTTTTCTTCGACCACATCTAC
TCAGACTACCGTTCCGAGATTTCTTTTCTTCTGTCTCTCAGGAACAGACAGAAACTTCAC
TGTCGGAGTGAGGTGAACATAGTAAAGAGTGAGAGAGATGTGTATGCGGCTATAATAGAT
GAGAAAGTTGCAATGAAGATCGGACCAGGGCATTACGAACCACCAAGCGGATCTCAGAAC
TGGTCTGTAGCCGTTGAAGGCAGAGACTATAAGGTGTGGGAAACATCTTAAGAAGGATGT
ATTATTCTAATGTGTGTAGTAAATAAAAATGCTCCCTGGAGAAAATGTGTTATATATGTA
TCTGTTTCAGGGAAGAACCAGAAATAAAGATTTACCCCGATTTTTATGAAACTTTAGAAC
ATATTCATATTGTTGTATCAAC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3AQ58TF 691 0 0
G
CAATGCAACTAGTGGAGCTGCTGGTGCCTTCGATGTCACAACCAAAGGAATTCTTCATAC
GGCGCTTCAAAAATGTGAATATTGGAGACTCTCAGACCCACAAGGGAAGCCGCCTGGTGT
AGTTGGATGGTGGCCATCTCGTGCTGTAACATTCATAGAGAATCATGATACCGGCTCTAC
TCAGGGTCACTGGAGATTCCCAGGAGGGAAGGAGATGCAAGGATATGCTTACATCTTGAC
TCATCCAGGAACACCAGCTGTTTTCTTCGACCACATCTACTCAGACTACCGTTCCGAGAT
TTCTTCTCTTCTGTCTCTCAGGAACAGACAGAAACTTCACTGTCGGAGTGAGGTGAACAT
AGTAAAGAGTGAGAGAGATGTGTATGCGGCAATAATAGATGAGAAAGTTGCAATGAAGAT
CGGACCAGGGCATTACGAACCTCCAAGCGGATCTCAAAATTGGTCTGTAGCCGTCGAAGG
CAGAGACTATAAGGTGTGGGAAACATCTTAAGAAGGATGTATTATTCTAATGTGTGTAGT
AAATAAAAATGCTCCCTGGAGAAAATGTGTTATATATGTATCTGTTTCAGAGAAGAACCA
GAAATAAAGATTTACCCCGATTTTTATGAAACTTTAGAACATATTCATATTGTTGTATCA
ACACTGTGGCTGTTTGTAAAGTGTATCTGT

QA 2 691 2 691
DS 

RD RR3AQ58JQ 672 0 0
ATGTCACAACCAAAGGAATTCTTCATACGGCGCTTCAAAAATGTGAATATTGGAGACTCT
CAGACCCACAAGGGAAGCCGCCTGGTGTAGTTGGATGGTGGCCATCTCGTGCTGTAACAT
TCATAGAGAATCATGATACCGGCTCTACTCAGGGTCACTGGAGATTCCCAGGAGGGAAGG
AGATGCAAGGATATGCTTACATCTTGACTCATCCAGGAACACCAGCTGTTTTCTTCGACC
ACATCTACTCAGACTACCGTTCCGAGATTTCTTTTCTTCTGTCTCTCAGGAACAGACAGA
AACTTCACTGTCGGAGTGAGGTGAACATAGTAAAGAGTGAGAGAGATGTGTATGCGGCAA
TAATAGATGAGAAAGTTGCAATGAAGATCGGACCAGGGCATTACGAACCTCCAAGCGGAT
CTCAAAATTGGTCTGTAGCCGTCGAAGGCAGAGACTATAAGGTGTGGGAAACATCTTAAG
AAGGATGTATTATTCTAATGTGTGTAGTAAATAAAAATGCTCCCTGGAGAAAATGTGTTA
TATATGTATCTGTTTCAGAGAAGAACCAGAAATAAAGATTTACCCCGATTTTTATGAAAC
TTTAGAACATATTCATATTGTTGTATCAACACTGTGGCTGTTTGTAAAGTGTATCTGTTA
AGGTGATAAAGC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 3

CO CL3133Contig1 963 3 10 U
GCCTTTAGATTCTTTACTAGGACACAGATGATCACATAACAAATTGACATCATGGGAAAA
CCAGACGTGGCTCAACAGAGAGAGATAAATTGAAAAAAAGGACAAATTTTCACTTGGTTA
GCCAGTAGATCAATATGAGAAATGTGCATACAGCCGCAACTAGTGAAAGAATGATTGTAT
CCATCGACTTTTTCCTCTTTATCGCTGACAGAATAGTGTTCACCGTGGGTAGACGGCTGG
TGACATTGCTAAGCTTAGAGTTGATGCCTCCAAAAGTTGAACGCTGAAACACGAGTGTAC
CAAGTGTTGCCTGAGCTTGTGAAATGACACCATCCATCTGCGCTGTGTTGCGGTTGATTC
CCACATTTTCTTTGAGCAAGGCTTGTTCCGTAGAGCCATCCCCATCTTCTAAGTCTAACC
TAGCCCGATCAAATTCTCTGAAGTCCTCAAGAAGTGAAGCATGCTCTTGTTTTGCTCTAA
GACTTGAACGGTGTCGATAAAACTCCTGTGTGAGATCTTGAAGGATCTCCTGATGACGAG
TTAAAGTATGGGAGACCATCTCTGAACCACCTGAAGAAACCCAAGCTTGCATCTGCGCAT
TAACTTGTTGCAGTTGCTTAAGCAGTAAGTCGATCCCAGCTTCGAGGTCACTCTCTGAAC
CATCAGACTTTATCAAAGCCTTGGTCGAAACGAGTCTGCGATATGAATGCATCTGCTCGT
CTAGCTGAGCTTCAATCTTTCTAGCCTGTTTGCGTAAGGCATCCCAAGAGCTAGGAACGT
CCATGGTGATTGGTGTTAAATGTTCAGATCAAAACCTCTCTTTTTTTATAATTGCAAATC
AGATCCTCCCTTCCTCCTCGTAACACCAGACCTTCGACTCCCTGAAAGAAGAAATCCAAT
AAGGAGAGAGAAGGAAGGAGGGATCTGATGGCGAGAGGAAGAGAGTTGTTGGTTCGGAGG
CCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 

AF RR3EM24JQ U 22
AF RR3FW65JQ U 1
AF RR3FW65TF C 315
BS 1 25 RR3FW65JQ
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BS 643 963 RR3FW65TF

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DS 

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TGACATTGCTAAGCTTAGAGTTGATGCCTCCAAAAGTTGAACGCTGAAACACGAGTGTAC
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CCACATTTTCTTTGAGCAAGGCTTGTTCCGTAGAGCCATCCCCATCTTCTAAGTCTAACC
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QA 1 642 1 642
DS 

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AAAGCCTTGGTCGAAACGAGTCTGCGATATGAATGCATCTGCTCGTCTAGCTGAGCTTCA
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TCCTCGTAACACCAGACCTTCGACTCCCTGAAAGAAGAAATCCAATAAGGAGAGAGAAGG
AAGGAGGGATCTGATGGCGAGAGGAAGAGAGTTGTTGGTTCGGAGGCCC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 4

CO CL3134Contig1 1273 4 6 U
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AAGCTTCTCACTTCCTTCCTCCTCCTATCTCTCTATCTCGTTTCACTTTCCGATGCTTCT
CTGACATCCATCTCCGCCGCCGTCGAAGTCCTCTGCGATTCCGGCTACTTCTCCATGGGA
CTCACTCTACAGCTCGCCAACAAAGACCTACGCCTAGACGATTGTCAAGAACTCACCATC
TTCGCTCCTTCCGATCGAGCCTTCTCCCAATCCGGACAGCCTTCCCTCCTCTCCGTCAAG
TACCACCTCTCTCCGACGCGTCTCCCCGGAGAAACCCTAACCAACCTCCCTCACGGCGCG
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GGAGGATTGATTCTTTCCATAAACGGCGTCGGAGTCCAAGATTCTCCTCTCTTCGACGAC
GGATACGTCGTTATCTACAGCTCCGACGAGTTTTTCACGCCGCCGATCGTTACTCCACCA
TCACCACCTCCTGCCGCATCGATCGGTTCGATTTCGGTTCCAATCCCTAGCTCAGCCCCG
GTTAAATCTAAACCGGTTAACTGCTTCAACATCTTCGAGTCGGCGTCGAGTTTGTTACTC
TCCAGAGGCTTCGTGATCATGGCTACGTTTCTCGCGCTACAGCTCGAGATCTCTCCAGGG
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TTCTCGGATTACGCTACTATCTTCAGAGGGCATGTGATCAAGCGGCTTCTCTCGTGGAAA
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ATGGAGCTTTCTTGGTCTGGTGATTTTCTTCTTCTCAATGGAGTCCCGCTCGTGTTTCCG
GATCTGTACGCCGACGAGTGGATTGTTGTTCATGGAGTTAACCAAATGATTGCACCGCAA
GCAGGACAGGGTAAAGTGGGAGAGTCAATCTCGGAGCTAAACAGTGGAGGAGAAGGAGAA
GAAGAGGATGATGTTCATGGTGAGTTCTCTACTGAGTTGGGTGACTCTGGTCTTCACTGA
TTTGTCTAATGCATTTTTTCACATGATCTTGAAACTGTTCTTAGAGTTGTTGTTGTACAG
TGAGATACTCTCTAGTTTGAAAGTGAATAACTGAATAAAAAGTTTCTGATCTTAAGAGAC
TCTTTTGGGTGTG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3DY46TF U 1
AF RR3DK56TF U 1
AF RR3DY46JQ C 477
AF RR3DK56JQ C 511
BS 1 741 RR3DK56TF
BS 742 742 RR3DY46JQ
BS 743 751 RR3DK56TF
BS 752 752 RR3DY46JQ
BS 753 782 RR3DK56TF
BS 783 1273 RR3DY46JQ

RD RR3DY46TF 729 0 0
GGGCAACAAGATAGAGAGAAAGAGAGAGCGAGAGCTCAAAGAACGGAATCAATGGCGTCG
AAGCTTCTCACTTCCTTCCTCCTCCTATCTCTCTATCTCGTTTCACTTTCCGATGCTTCT
CTGACATCCATCTCCGCCGCCGTCGAAGTCCTCTGCGATTCCGGCTACTTCTCCATGGGA
CTCACTCTACAGCTCGCCAACAAAGACCTACGCCTAGACGATTGTCAAGAACTCACCATC
TTCGCTCCTTCCGATCGAGCCTTCTCCCAATCCGGACAGCCTTCCCTCCTCTCCGTCAAG
TACCACCTCTCTCCGACGCGTCTCCCCGGAGAAACCCTAACCAACCTCCCTCACGGCGCG
AAAATCCCTACCATCAGATCTAACTCCTCTCTAACCGTCACGAACTCGTCCCGATCCGGT
GGAGGATTGATTCTTTCCATAAACGGCGTCGGAGTCCAAGATTCTCCTCTCTTCGACGAC
GGATACGTCGTTATCTACAGCTCCGACGAGTTTTTCACGCCGCCGATCGTTACTCCACCA
TCACCACCTCCTGCCGCATCGATCGGTTCGATTTCGGTTCCAATCCCTAGCTCAGCCCCG
GTTAAATCTAAACCGGTTAACTGCTTCAACATCTTCGAGTCGGCGTCGAGTTTGTTACTC
TCCAGAGGCTTCGTGATCATGGCTACGTTTCTCGCGCTACAGCTCGAGATCTCTCCAGGG
AACGACACT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3DK56TF 782 0 0
GGGCAACAAGATAGAGAGAAAGAGAGAGCGAGAGCTCAAAGAACGGAATCAATGGCGTCG
AAGCTTCTCACTTCCTTCCTCCTCCTATCTCTCTATCTCGTTTCACTTTCCGATGCTTCT
CTGACATCCATCTCCGCCGCCGTCGAAGTCCTCTGCGATTCCGGCTACTTCTCCATGGGA
CTCACTCTACAGCTCGCCAACAAAGACCTACGCCTAGACGATTGTCAAGAACTCACCATC
TTCGCTCCTTCCGATCGAGCCTTCTCCCAATCCGGACAGCCTTCCCTCCTCTCCGTCAAG
TACCACCTCTCTCCGACGCGTCTCCCCGGAGAAACCCTAACCAACCTCCCTCACGGCGCG
AAAATCCCTACCATCAGATCTAACTCCTCTCTAACCGTCACGAACTCGTCCCGATCCGGT
GGAGGATTGATTCTTTCCATAAACGGCGTCGGAGTCCAAGATTCTCCTCTCTTCGACGAC
GGATACGTCGTTATCTACAGCTCCGACGAGTTTTTCACGCCGCCGATCGTTACTCCACCA
TCACCACCTCCTGCCGCATCGATCGGTTCGATTTCGGTTCCAATCCCTAGCTCAGCCCCG
GTTAAATCTAAACCGGTTAACTGCTTCAACATCTTCGAGTCGGCGTCGAGTTTGTTACTC
TCCAGAGGCTTCGTGATCATGGCTACGTTTCTCGCGCTACAGCTCGAGATCTCTCCAGGG
AACGACACTACGAAGCTCACG*TCTTCGCTC*GATCGACGAAGCGGTATCCGTCACCAAG
TT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3DY46JQ 797 0 0
CGACGGATACGTCGT*ATCTACAGCTC*GACGAGTTTT*CACGCCGCCGATCGTTACTCC
ACCATCACCACCTC*TGCCGCATCGATCGGTTCGATTTCGGTTCCAATCCCTAGCTCAGC
CCCGGTTAAATCTAAACCGGTTAACTGCTTCAACATCTTCGAGTCGGCGTCGAGTTTGTT
ACTCTCCAGAGGCTTCGTGATCATGGCTACGTTTCTCGCGCTACAGCTCGAGATCTCTCC
AGGGAACGACACTACGAAGCTCACGGTCTTCGCTCCGATCGACGAAGCGGTATCCGTCAC
CAAGTTCTCGGATTACGCTACTATCTTCAGAGGGCATGTGATCAAGCGGCTTCTCTCGTG
GAAAGATCTTGAGAAACTTGCGTGGGAAGGATCGATCTTGCAGACTGCTCTCAGAGGGTA
TGAGATGGAGCTTTCTTGGTCTGGTGATTTTCTTCTTCTCAATGGAGTCCCGCTCGTGTT
TCCGGATCTGTACGCCGACGAGTGGATTGTTGTTCATGGAGTTAACCAAATGATTGCACC
GCAAGCAGGACAGGGTAAAGTGGGAGAGTCAATCTCGGAGCTAAACAGTGGAGGAGAAGG
AGAAGAAGAGGATGATGTTCATGGTGAGTTCTCTACTGAGTTGGGTGACTCTGGTCTTCA
CTGATTTGTCTAATGCATTTTTTCACATGATCTTGAAACTGTTCTTAGAGTTGTTGTTGT
ACAGTGAGATACTCTCTAGTTTGAAAGTGAATAACTGAATAAAAAGTTTCTGATCTTAAG
AGACTCTTTTGGGTGTG

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3DK56JQ 763 0 0
T
TTTTCACGCCGCCGATCGTTACTCCACCATCACCACCTCCTGCCGCATCGATCGGTTCGA
TTTCGGTTCCAATCCCTAGCTCAGCCCCGGTTAAATCTAAACCGGTTAACTGCTTCAACA
TCTTCGAGTCGGCGTCGAGTTTGTTACTCTCCAGAGGCTTCGTGATCATGGCTACGTTTC
TCGCGCTACAGCTCGAGATCTCTCCAGGGAACGACACTACGAAGCTCACGGTCTTCGCTC
CGATCGACGAAGCGGTATCCGTCACCAAGTTCTCGGATTACGCTACTATCTTCAGAGGGC
ATGTGATCAAGCGGCTTCTCTCGTGGAAAGATCTTGAGAAACTTGCGTGGGAAGGATCGA
TCTTGCAGACTGCTCTCAGAGGGTATGAGATGGAGCTTTCTTGGTCTGGTGATTTTCTTC
TTCTCAATGGAGTCCCGCTCGTGTTTCCGGATCTGTACGCCGACGAGTGGATTGTTGTTC
ATGGAGTTAACCAAATGATTGCACCGCAAGCAGGACAGGGTAAAGTGGGAGAGTCAATCT
CGGAGCTAAACAGTGGAGGAGAAGGAGAAGAAGAGGATGATGTTCATGGTGAGTTCTCTA
CTGAGTTGGGTGACTCTGGTCTTCACTGATTTGTCTAATGCATTTTTTCACATGATCTTG
AAACTGTTCTTAGAGTTGTTGTTGTACAGTGAGATACTCTCTAGTTTGAAAGTGAATAAC
TGAATAAAAAGTTTCTGATCTTAAGAGACTCTTTTGGGTGTG

QA 2 763 2 763
DS 



AS 2 4

CO CL3135Contig1 969 2 2 U
GGGCCGTCGGCCAATAACGAAAGAAAAGAAGCAGGGAAGCTCCGGCCGGGGGTAGAGTGA
AATGGCGGGGATGGTGATAGTATTCGACTTCGATCGGACAATGATCGAGGGAGATAGTGA
CAACTGGGTTGTAACAGAGATGGGGCTCACAGAGATCTTCCATCAGCTCCGCTTCACTTT
ACCTTGGAATCGCCTCATGGATAGGATGATGACTGAGCTTCACTCGCAAGGGAGATCGAT
TCAGGACATTGAAGCTTGTTTGAAAAGAATAATGCCTATTGATTCTCATATCGTCGAAGC
TATCAAATCAGCCAAATCTTTAGGATGTGATTTGAAGATTGTGAGTGATGCGAACCAGTT
TTTCATCGAGAAGATACTAGAGCAGCATGATTTGTTGGGTTGCTTCTCAGATATTTTCAC
AAACCCAACCTCTGTTGGTGAACATGGAAAGTTAAGGATCTTACCCTACCATGGTGCTGC
ATCGACTCCTCCACATACCTGCAATCTCTGCCCTCCAAATCTGTGCAAGGGTTTGGTAAT
GGATCAAATACGAGCTTCTTCTTCTCCCGACGATCAGATTCAAACGAGGTTTATCTACCT
TGGAGATGGAGGAGGTGACTTCTGTCCGACGTTGAAGCTGAGAGAGTGTGATCATGTGAT
GCCAAGGACGAATTATCCCCTGTGGAAGCGTATTTCAGACAATCCCTCGCTGATCAAAGC
AGATGTCAAGGAATGGAGCAATGCAGAGGAACTACGGAGGATACTTATGCAACTTGTCAG
CACAATGACAAAGGAAGATTCATAACAAAACTATACTCTTTTTGAAACAAAGCTGAAAGT
GTTTCTGATTGATGCAAAAAGGTGATGATAGGAACTATGTGTTTGTCTATCTTCACTTGA
TTGATTTACACGTTGTCTTGTGTAATGGTGATGACTTTCATCAAATAAAGGATTTTGTTT
TTATTTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A940TF U 1
AF RR3A940JQ C 198
BS 1 855 RR3A940TF
BS 856 969 RR3A940JQ

RD RR3A940TF 855 0 0
GGGCCGTCGGCCAATAACGAAAGAAAAGAAGCAGGGAAGCTCCGGCCGGGGGTAGAGTGA
AATGGCGGGGATGGTGATAGTATTCGACTTCGATCGGACAATGATCGAGGGAGATAGTGA
CAACTGGGTTGTAACAGAGATGGGGCTCACAGAGATCTTCCATCAGCTCCGCTTCACTTT
ACCTTGGAATCGCCTCATGGATAGGATGATGACTGAGCTTCACTCGCAAGGGAGATCGAT
TCAGGACATTGAAGCTTGTTTGAAAAGAATAATGCCTATTGATTCTCATATCGTCGAAGC
TATCAAATCAGCCAAATCTTTAGGATGTGATTTGAAGATTGTGAGTGATGCGAACCAGTT
TTTCATCGAGAAGATACTAGAGCAGCATGATTTGTTGGGTTGCTTCTCAGATATTTTCAC
AAACCCAACCTCTGTTGGTGAACATGGAAAGTTAAGGATCTTACCCTACCATGGTGCTGC
ATCGACTCCTCCACATACCTGCAATCTCTGCCCTCCAAATCTGTGCAAGGGTTTGGTAAT
GGATCAAATACGAGCTTCTTCTTCTCCCGACGATCAGATTCAAACGAGGTTTATCTACCT
TGGAGATGGAGGAGGTGACTTCTGTCCGACGTTGAAGCTGAGAGAGTGTGATCATGTGAT
GCCAAGGACGAATTATCCCCTGTGGAAGCGTATTTCAGACAATCCCTCGCTGATCAAAGC
AGATGTCAAGGAATGGAGCAATGCAGAGGAACTACGGAGGATACTTATGCAACTTGTCAG
CACAATGACAAAGGAAGATTCATAACAAAACTATACTCTTTTTGAAACAAAGCTGAAAGT
GTTTCTGATTGATGC

QA 1 855 1 855
DS 

RD RR3A940JQ 772 0 0
TGGATAGGATGATGACTGAGCTTCACTCGCAAGGGAGATCGATTCAGGACATTGAAGCTT
GTTTGAAAAGAATAATGCCTATTGATTCTCATATCGTCGAAGCTATCAAATCAGCCAAAT
CTTTAGGATGTGATTTGAAGATTGTGAGTGATGCGAACCAGTTTTTCATCGAGAAGATAC
TAGAGCAGCATGATTTGTTGGGTTGCTTCTCAGATATTTTCACAAACCCAACCTCTGTTG
GTGAACATGGAAAGTTAAGGATCTTACCCTACCATGGTGCTGCATCGACTCCTCCACATA
CCTGCAATCTCTGCCCTCCAAATCTGTGCAAGGGTTTGGTAATGGATCAAATACGAGCTT
CTTCTTCTCCCGACGATCAGATTCAAACGAGGTTTATCTACCTTGGAGATGGAGGAGGTG
ACTTCTGTCCGACGTTGAAGCTGAGAGAGTGTGATCATGTGATGCCAAGGACGAATTATC
CCCTGTGGAAGCGTATTTCAGACAATCCCTCGCTGATCAAAGCAGATGTCAAGGAATGGA
GCAATGCAGAGGAACTACGGAGGATACTTATGCAACTTGTCAGCACAATGACAAAGGAAG
ATTCATAACAAAACTATACTCTTTTTGAAACAAAGCTGAAAGTGTTTTTGATTGATGCAA
AAAGGTGATGATAGGAACTATGTGTTTGTCTATCTTCACTTGATTGATTTACACGTTGTC
TTGTGTAATGGTGATGACTTTCATCAAATAAAGGATTTTGTTTTTATTTCAG

QA 1 772 1 772
DS 



CO CL3135Contig2 914 2 2 U
GGTAGAGTGAAATGGCGGGGATGGTGATAGTATTCGACTTCGATCGGACAATGATCGAGG
GAGATAGTGACAACTGGGTTGTAACAGAGATGGGGCTCACAGAGATCTTCCATCAGCTCC
GCTTCACTTTACCCTGGAATCGCCTCATGGATAGGATGATGACGGAGCTTCACTCGCAAG
GGAGATCGATTCAGGACATTGAAGCTTGTTTGAAAAGAATAATGCCTATTGATTCTCATA
TCGTCGAAGCTATCAAATCAGCCAAATCTTTAGGATGTGATTTGAAGATTGTGAGTGATG
CGAACCAGTTTTTCATCGAGAAGATACTAGAGCAGCATGATTTGTTAGATTGCTTCTCAG
ATATCTACACAAACCCTACCTCTGTTGAAAATGGAAAGTTACGGATCTTACCCTACCATG
GTGCTGCATCGACTCCTCCACATACCTGCAATCTCTGCCCTCCAAATCTGTGCAAGGGTT
TGGTGATGGATCATATACGAGCTTCTTCTTCTCCCAAGGATCAGATTGTAACAAGGTTTA
TCTACCTTGGAGATGGAGGAGGTGACTTCTGTCCGACGCTGAAGCTGAGAGAGTGTGATC
ATGTGATGCCAAGGACGAATTATCCGCTATGGAAGCGGATTTCAGACAATCCCTCGCTGA
TCAAAGCAGATGTCAAGGAATGGAGCAACGCGGAGGAACTACAGCGAATCCTTATGCAAC
TTGTCAGCGCACAATAACAAAGGAAGATTCATAACAAAACTATACTCTTTTTGAAACAAA
GCTGAAAGTGTTTCTGATTGATGCAAAAAGGTGATGATAGGAACTATGTGTTTGTCTATC
TTCACTTGATTGATTTACACGTTGTCTTGTGTAATGGTGATGACTTTCATCAAATAAAGG
ATTTTGTTTTTATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B047TF U 1
AF RR3B047JQ C 249
BS 1 728 RR3B047TF
BS 729 914 RR3B047JQ

RD RR3B047TF 737 0 0
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GAGATAGTGACAACTGGGTTGTAACAGAGATGGGGCTCACAGAGATCTTCCATCAGCTCC
GCTTCACTTTACCCTGGAATCGCCTCATGGATAGGATGATGACGGAGCTTCACTCGCAAG
GGAGATCGATTCAGGACATTGAAGCTTGTTTGAAAAGAATAATGCCTATTGATTCTCATA
TCGTCGAAGCTATCAAATCAGCCAAATCTTTAGGATGTGATTTGAAGATTGTGAGTGATG
CGAACCAGTTTTTCATCGAGAAGATACTAGAGCAGCATGATTTGTTAGATTGCTTCTCAG
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GTGCTGCATCGACTCCTCCACATACCTGCAATCTCTGCCCTCCAAATCTGTGCAAGGGTT
TGGTGATGGATCATATACGAGCTTCTTCTTCTCCCAAGGATCAGATTGTAACAAGGTTTA
TCTACCTTGGAGATGGAGGAGGTGACTTCTGTCCGACGCTGAAGCTGAGAGAGTGTGATC
ATGTGATGCCAAGGACGAATTATCCGCTATGGAAGCGGATTTCAGACAATCCCTCGCTGA
TCAAAGCAGATGTCAAGGAATGGAGCAACGCGGAGGAACTACAGCGAATCCTTATGCAAC
TTGTCAGC
GCACAATAA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3B047JQ 666 0 0
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TTTTTCATCGAGAAGATACTAGAGCAGCATGATTTGTTAGATTGCTTCTCAGATATTTAC
ACAAACCCTACCTCTGTTGAAAATGGAAAGTTACGGATCTTACCCTACCATGGTGCTGCA
TCGACTCCTCCACATACCTGCAATTTCTGCCCTCCAAATCTGTGCAAGGGTTTGGTGATG
GATCATATACGAGCTTCTTCTTCTCCCAAGGATCAGATTGTAACAAGGTTTATCTACCTT
GGAGATGGAGGAGGTGACTTCTGTCCGACGCTGAAGCTGAGAGAGTGTGATCATGTGATG
CCAAGGACGAATTATCCGCTATGGAAGCGGATTTCAGACAATCCCTCGCTGATCAAAGCA
GATGTCAAGGAATGGAGCAACGCGGAGGAACTACAGCGAATCCTTATGCAACTTGTCAGC
GCACAATAACAAAGGAAGATTCATAACAAAACTATACTCTTTTTGAAACAAAGCTGAAAG
TGTTTCTGATTGATGCAAAAAGGTGATGATAGGAACTATGTGTTTGTCTATCTTCACTTG
ATTGATTTACACGTTGTCTTGTGTAATGGTGATGACTTTCATCAAATAAAGGATTTTGTT
TTTATT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 4

CO CL3136Contig1 747 4 13 U
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TCAGAGAAGAAGAAGATTATAAGATAGTGAAAACCCGTTTCAGCGCCTTCTTCGGCACAC
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CGCCAAATTGTATCAGGCAAACGGTATTTGATGCAGTGGAGCTGGACTATCCAGATGTAA
CTGTTATTGTAGATGCCACAGCTGCTGCAACACAGGAGATTCATACGGCGAATATTCTGG
ACATGAAAAATATCGGCGTCAAGACTCCTACGTTACACGAATGGTCTGAAGAATTTGCAT
GATGGGTTTTGGATGACAATATATCCACCCTTCTTCTATATTCTTCCACCACTTTTTCTT
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CTTATTATTGGATGCCGTTTCTATCAT


BQ
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AF RR3DK16TF U 1
AF RR3DK16JQ C 1
AF RR3EG42JQ C 262
AF RR3EG42TF U 262
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RD RR3DK16TF 426 0 0
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ATGATTTCATAGAGGAAGATTCTGTGATGCAAGTGAAAGGTGGAAAAGCCATAGTTCCTA
ACGTTATCAGAGTGGTCGAACTCGCGAGGCAGCGTGGCGTTCTCGTGGTTTGGGTTGTTA
GAGAACACGATCCTCAGGGAAGAGATGTTGAAATATTCAGGCGTCATCACTACAGTTCTG
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TCA*AGAAGAAGAAGATTATAAGATAGTGAAAACCCGTTTCA*CGCCTTCTTCGGCACAC
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CGCCAA

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR3DK16JQ 747 0 0
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ATGATTTCATAGAGGAAGATTCTGTGATGCAAGTGAAAGGTGGAAAAGCCATAGTTCCTA
ACGTTATCAGAGTGGTCGAACTCGCGAGGCAGCGTGGCGTTCTCGTGGTTTGGGTTGTTA
GAGAACACGATCCTCAGGGAAGAGATGTTGAAATATTCAGGCGTCATCACTACAGTTCTG
AGAAAGTTGGACCGACTGTTAAAGGAACAGAAGGTGCAAAGCTAGTCGATGGACTGAACA
TCAGAGAAGAAGAAGATTATAAGATAGTGAAAACCCGTTTCAGCGCCTTCTTCGGCACAC
ATCTTCATTCGTTCCTCCAGACTTCAGGGGTTACCAAGTTAGTCATCGCTGGGGTGCAAA
CGCCAAATTGTATCAGGCAAACGGTATTTGATGCAGTGGAGCTGGACTATCCAGATGTAA
CTGTTATTGTAGATGCCACAGCTGCTGCAACACAGGAGATTCATACGGCGAATATTCTGG
ACATGAAAAATATCGGCGTCAAGACTCCTACGTTACACGAATGGTCTGAAGAATTTGCAT
GATGGGTTTTGGATGACAATATATCCACCCTTCTTCTATATTCTTCCACCACTTTTTCTT
GTCCTTTTTATATATTTGTAATTGAAGATTTGAATGAAAAATAACGTAAAACATCTTGCA
CTTATTATGGGATGCCGTTTCTATCAT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3EG42JQ 484 0 0
GG
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GCTGCAACACAGGAGATTCATACGGCGAATATTCTGGACATGAAAAATATCGGCGTCAAG
ACTCCTACGTTACACGAATGGTCTGAAGAATTTGCATGATGGGTTTTGGATGACAATATA
TCCACCCTTCTTCTATATTCTTCCACCACTTTTTCTTGTCCTTTT*ATATATTTGTAATT
GAAGATTTGAATGAAAAATAACGTAAAACATCTTGCACTTATTATTGGATGCCGTTTCTA
TC

QA 3 484 3 484
DS 

RD RR3EG42TF 484 0 0
GG
GGAACAGAAGGTGCAAAGCTAGTCGATGGACTGAACATCAGAGAAGAAGAAGATTATAAG
ATAGTGAAAACCCGTTTCGGCGCCTTCTTCGGCACACATCTTCATTCGTTCCTCCAGACT
TCAGGGGTTACCAAGTTAGTCATCGCTGGGGTGCAAACGCCAAATTGTATCAGGCAAACG
GTATTTGATGCAGTGGAGCTGGACTATCCAGATGTAACTGTTATTGTAGATGCCACAGCT
GCTGCAACACAGGAGATTCATACGGCGAATATTCTGGACATGAAAAATATCGGCGTCAAG
ACTCCTACGTTACACGAATGGTCTGAAGAATTTGCATGATGGGTTTTGGATGACAATATA
TCCACCCTTCTTCTATATTCTTCCACCACTTTTTCTTGTCCTTTT*ATATATTTGTAATT
GAAGATTTGAATGAAAAATAACGTAAAACATCTTGCACTTATTATTGGATGCCGTTTCTA
TC

QA 3 484 3 484
DS 



AS 1 4

CO CL3137Contig1 744 4 11 U
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CGCACTCGACATTGTTAAGCCTAAGGAGCATGTCTTGCGTGATCTTACCATTGTTCCAAA
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ATCCATTAGGGAGCCTCAAAAGCTCCATCCCCATTTTGAGAGCCTCTAAGTATGTTTGAA
TGTCTACGTTTGCATCTCCCATCTTGTCATCCCCAGTGAACTTGTCCCAGTCAAACACTG
TCAAACGGATAGGGACATTGGGATCTTTGATTGCGACAGTCATTTCTTCATTCCATACTG
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CATACGGATCGCTGCTTCTGTGGTCGCGAATGGCGAGATTGATACCTCTTTTGACGTGAA
TCGTTAGCAATCCAAGAGGTCTTTGGTCCATTGATTTGGCAAGATTTGAGAAGGTTGACC
AAGTTTGGAGAAAATGAGCAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH63JQ U 8
AF RR3EH63TF C 1
AF RR3AD94JQ U 62
AF RR3AD94TF C 62
BS 1 7 RR3EH63TF
BS 8 98 RR3EH63JQ
BS 99 99 RR3AD94JQ
BS 100 122 RR3EH63JQ
BS 123 123 RR3AD94JQ
BS 124 451 RR3EH63JQ
BS 452 452 RR3AD94JQ
BS 453 641 RR3EH63JQ
BS 642 642 RR3AD94JQ
BS 643 710 RR3EH63JQ
BS 711 744 RR3AD94JQ

RD RR3EH63JQ 703 0 0
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GTTTGCATCTCCCATCTTGTCATCTCCAGTGAACTTGTCCCAGTCAAACACTGTCAAACG
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QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3EH63TF 738 0 0
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TCAAACGGATAGGGACATTGGGATCTTTGATTGCGACAGTCATTTCTTCATTCCATACTG
GATTGCAGTTTTTCTTTATCACACGTGTTTTCAATGTCTGATCGGCGACGGTAATGACAA
CATACGGATCGCTGCTTCTGTGGTCGCGAATGGCGAGATTGGTACCTCTTTTGACGTGAA
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AAAA

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3AD94JQ 683 0 0
GTTTTA
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ATCGCTGCTTCTGTGGTCGCGAATGGCGAGATTGATACCTCTTTTGACGTGAATCGTTAG
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DS 

RD RR3AD94TF 683 0 0
GTTTTA
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AACAACCACAA***ACATTTCTTAGGTAGAGGAAGAGACTCCTCCTTTGGAAGAGGAAGT
CACACCTCTGCAACCAGCACCTTCATGCCATTCAAGCATGATCTCAATCTCACCGCACTC
GACATTGTTAAGCCTAAGGAGCATGTCTTGCGTGATCTTACCATTGTTCCAAACAATGCT
ACTTTCATCTGATAAACAATTCTGCCTTGATGGCTGAACCCTTTTGATCGCGCATCCATT
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GTTTGCATCTCCCATCTTGTCATCCCCAGTGAACTTGTCCCAGTCAAACACTGTCAAACG
GATAGGGACATTGGGATCTTTGATTGCGACAGTCATTTCTTCATTCCATACTGGATTGCA
GTTTTTCTTTATCACACGTGTTTTCAATGTCTGATCGGCGACGGTGATGACAACATACGG
ATCGCTGCTTCTGTGGTCGCGAATGGCGAGATTGATACCTCTTTTGACGTGAATCGTTAG
CAATCCAAGAGGTCTTTGGTCCATTGATTTGGCAAGATTTGAGAAGGTTGACCAAGTTTG
GAGAAAA
TGAGCAAGCC

QA 7 673 7 673
DS 



AS 2 4

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TGTGGGTTTAGACTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS37TF U 94
AF RR3FC22TF U 1
BS 1 178 RR3FC22TF
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RD RR3FS37TF 617 0 0
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GATGACAAAACAAAGCTTATATTGATCAAGGGTGCAGGGAGAGCTTTCTCAGCCGGCGGT
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CGAATGTACTGGCTTTGCTACCATATCCACACATACAAGAAGACACAGGTTTCTCTTGTA
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TTCTCTTACATTCATTCACGTCTTCCTGGTCATCTAGGAGAATTCTTGGCTTTAACTGGG
GCAAGATTGAATGGCAAAGAACTTGTAGCAATTGGCATGGCAACACATTTTGTTCCTTCT
GCTAAACTGGCTGATCT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3FC22TF 735 0 0
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AAGCTTGCAGAATATCTTGAAACCTGGGAGAAGGATGACAAAACAAAGCTTATATTGATC
AAGGGTGCAGGGAGAGCTTTCTCAGCCGGCGGTGATCTAAAGATGTTTTATGACGGCCGT
GAATCAAAGGATTCTTGCCTTGAGGTTGTTTACCGAATGTACTGGCTTTGCTACCATATC
CACACATACAAGAAGACACAGGTTTCTCTTGTAAATGGGATATCGATGGGTGGAGGTGCA
TCATTGATGGTCCCAATGAAGTTCTCTGTTGTGACAGAGAAAACTGTTTTTGCAACTCCA
GAAGCAAGCATTGGGTTTCACACCGATTGTGGGTTCTCTTACATTCATTCACGTCTTCCT
GGTCATCTAGGAGAATTCTTGGCTTTAACTGGGGCAAGATTGAATGGCAAAGAACTTGTA
GCAATTGGCATGGCAACACATTTTGTTCCTTCTGCTGAACTGGCTGATCTGGAGCAGGCT
TGTGGGTTTAGACTC

QA 1 735 1 735
DS 



CO CL3138Contig2 859 2 3 U
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CCAACGTCGCTGGATTCCACTTGGGAGAATTGTCTTTGTCTATGGTCAGAGCTCTTATAC
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TCTTGAGGCAATCACTCAGTGTTTGTTTCCCACCTTCACGAATCGATCTTAGGGTTATTT
TCAACCCTGTGGGAGATGAACGTTTGAGACCTTCGATGATTGGAGTTATCCACTCATTTC
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AACACTCATCAATTATTGACTGCTTGTTAAGGATGCTGTTTTTGTCGAGGTCTACTTTCT
CGGCGAACTCTTCAATTGTGGACCGAACTACATCCATGTCTCCAGAGTCTAAACCCACAA
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CTACAAGTTCTTTGCCATTCAATCTTGCCCCAGTTAAAGCCAAGATTCTCCTAGATGACA
GGAAGACGTGAATGATGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC22JQ U 10
AF RR3FS37JQ U 1
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CG
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CAG

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 

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AF RR3C939TF C 2
AF RR3D890TF C 2
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DS 



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AAACATTCGGCGGAAGCAATGTCGTCTTTTGCGCTAACGTTACACATTCCCTCGGTGGTG
TCGGTGCGGAACACTAAACTACTCGGGCGGAGTGTCACTGTCAGTGACTGCGGCCGGAAT
TGGCCGGGACTTCCTAAATCGAGGAGCAGACGAGGGTATGGTTTATGTTGTAAGGCGGAG
CTGTCGGAGCTAGCTCCTGCCGTCTCTGCTGGTTATGGTGTTCTTCTTCTAGGAGGCGGT
CTCTTCGCCTATAGCAAATCTGGAAGCAAGGGTTCTCTCTTTGGGGGTTTGACTGGCTCT
GTCCTTATGGCTTCTGCCTACTTCCTTACTAAGTCTCCTGAGACAAGAGTCCTCGGCGAT
ACCATAGGACTTGGCTCTGCCTTCCTCTTCTCTTCTGTCTTTGGGTTTCGTTTGGCGTCT
TCCCGAAAACCGGTCCCATCAGGCCCGCTACTACTCCTCTCTATCGCCATGTTGTCCTTC
TTTGTAATGGCGTATATGCACGACAGTTTACCTGTGGCTGTATCAGTACCAGTACCAGTA
CCAGATGCGTTACCTCTACCTTAGCCTTGATGAGAGCATGGGCTTTTTAACCAGATAGGA
AAGTTCTCAAATGTTTGAATTCAAAGAACTGTTTTGCTTTTGCCCCACACACCCAATAAG
TAGCGCAATGCTTTGTGAGAATGGATAATGTTTGTAGCTTTTTGAACTTGAATGATCTAT
GCTGCTGAATAAGAGAATGTTGAATATTTATGTGACCAACTTTTTTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DG25TF U 37
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AF RR3G051JQ C 57
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GG
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GTTACACATTCCCTCGGTGGTGTCGGTGCGGAACACTAAACTACTCGGGCGGAGTGTCAC
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CTTTGGGTTTCGTTTGGCGTCTTCCCGGAAACCGGTCCCATCAGGCCCGCTACTACTCCT
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QA 3 701 3 701
DS 

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TGGTCGGGACTTCCTAAATCGAGGAGCAGACGAGGGTATGGTTTATGTTGTAAGGCGGAG
CTGTCGGAGCTAGCTCCTGCCGTCTCTGCTGGTTATGGTGTTCTTCTTCTAGGAGGCGGT
CTCTTCGCCTATAGCAAATCTGGAAGCAAGGGTTCTCTCTTTGGGGGTTTGACTGGCTCT
GTCCTTATGGCTTCTGCCTACTTCCTTACTAAGTCTCCTGAGACAAGAGTCCTCGGCGAT
ACCATAGGACTTGGCTCTGCCTTCCTCTTCTCTTCTGTCTTTGGGTTTCGTTTGGCGTCT
TCCCGAAAACCGGTCCCATCAGGCCCGCTACTACTCCTCTCTATCGCCGTGTTGTCCTTC
TTTGTAATGGCGTATATGCACGACAGTTTACCTGTGGCTGTATCAGTACCAGTACCAGTA
CCAGATGCGTTACCTCTACCTTAGCCTTGATGAGAGCATGGGCTTTTTAACCAGATAGGA
AAGTTCTCAAATGTTTGAATTCAAAGAACTGTTTTGCTTTTGCCCCACACACCCAATAAG
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GCTGCTG

QA 1 787 1 787
DS 

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QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3G051JQ 773 0 0
GACGAAACATTCGGCGGAAGCAATGTCGTCTTTTGCGCTAACGTTACACATTCCCTCGGT
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GAATTGGTCGGGACTTCCTAAATCGAGGAGCAGACGAGGGTATGGTTTATGTTGTAAGGC
GGAGCTGTCGGAGCTAGCTCCTGCCGTCTCTGCTGGTTATGGTGTTCTTCTTCTAGGAGG
CGGTCTCTTCGCCTATAGCAAATCTGGAAGCAAGGGTTCTCTCTTTGGGGGTTTGACTGG
CTCTGTCCTTATGGCTTCTGCCTACTTCCTTACTAAGTCTCCTGAGACAAGAGTCCTCGG
CGATACCATAGGACTTGGCTCTGCCTTCCTCTTCTCTTCTGTCTTTGGGTTTCGTTTGGC
GTCTTCCCGAAAACCGGTCCCATCAGGCCCGCTACTACTCCTCTCTATCGCCGTGTTGTC
CTTCTTTGTAATGGCGTATATGCACGACAGTTTACCTGTGGCTGTATCAGTACCAGTACC
AGTACCAGATGCGTTACCTCTACCTTAGCCTTGATGAGAGCATGGGCTTTTTAACCAGAT
AGGAAAGTTCTCAAATGTTTGAATTCAAAGAACTGTTTTGCTTTTGCCCCACACACCCAA
TAAGTAGCGCAATGCTTTGTGAGAATGGATAATGTTTGTAGCTTTTTGAACTTGAATGAT
CTATGCTGCTGAATAAGAGAATGTTGAATATTTATGTGACCAACTTTTTTTCG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 4

CO CL3141Contig1 988 4 11 U
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AGCATATATAACATATATAAGTTCAAGAAAGAAAAAGAAACCCTACTTTTGGGCAACATA
AACCCTACAAACTGGATTTCAAAGTCTTAAATACTTCTTGATTAAATTTATCTTTAGTAA
GGAATCGCACCAACATTCGCCGCAGGAGCGTAGAACCCTTCTCTCATCCCCATGTTGTCT
TCACCCTCCTGTTGAGGCATGTTGGTTTTCTCCACGGGTTGATTGTCTGGCGAGAGCCCG
AAGTGTATGTGGGGGAAGTGGGCCCAATTCTTGGCTGCAGCACTAAAAGCTTCTCGGTGG
CTTATATCAGGATTACCAGCTTTGATACGTTGGATCTCCTCCTTGATGAATCGGTTATAT
GCGGATGGGACTCTCTGCCTTTTCTCTGGAGGGCGGTTAACGGGTGGTGCCTTAGGAATC
TCATGTTGCTGATGAAGATCCATGAAAGATGGGATGTCATTCATATTAGGGTGTTGATTC
ATCATCATCATATTCATGTTTGATGGTGCATCTTTCAGCTCCCCCAGAATGTTTTGGGGA
GTGAAGTAAGAGTGAGGTCCAAGCTGGAGCTGGAGCTGGTTAGAAGCTGGAAGGACAAGC
GATCTCATGTTCACGGAAATAAGATTAGTACAGCAACCACATCTGACGGTTACGGTCTTG
AACATGCTTGTGTAAGGAACACTAACCGCAAGAATGGTTTCGCAATAGTTGCACTGGACA
TAGCAGAGCTGTTCGGAAGGAGAGAGAGGATCTGGTGAGAGGTTCTCTGGTGAAAAAACA
GCTGAGGAAGGGGAAGACATAGACGACATAGACATTTTTTTAAGAAGATGAAAAAGGCTT
TGAAGTTGGAAGCTCTCCTCTCTTTTTTGGAGTGTTTGGGGATTTGATTGATTGATGGGT
ATTTGACTGATCAGAGGTTTCTTGATAA


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GC64JQ U 61
AF RR3GM38JQ U 1
AF RR3GM38TF C 202
AF RR3GC64TF C 359
BS 1 199 RR3GM38JQ
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BS 201 437 RR3GM38JQ
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BS 439 545 RR3GM38JQ
BS 546 546 RR3GC64JQ
BS 547 700 RR3GM38JQ
BS 701 880 RR3GM38TF
BS 881 881 RR3GC64TF
BS 882 928 RR3GM38TF
BS 929 988 RR3GC64TF

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TCACCCTCCTGTTGAGGCATGTTGGTTTTCTTCACGGGTTGATTGTCTGGCGAGAGCCCG
AAGTGTATGTGGGGGAAGTGGGCCCAATTCTTGGCAGCAGCACTAAAAGCTTCTCGGTGG
CTTATATCAGGATTACCAGCTTTGATACGTTGGATCTCCTCCTTGATGAATCGGTTATAT
GCGGATGGGACTCTCTGCCTTTTCTCTGGAGGGCGGTTAACGGGTGGTGCCTTAGGAATC
TCATGTTGCTGATGAAGATCCATGAAAGATGGGATGTCATTCATATTAGGGTGTTGATTC
ATCATCATCATATTCATGTTTGATGGTGCATCTTTCAGCTCCCCCAGAATGTTTTGGGGA
GTGAAGTAAGAGTGAGGTCCAAGCTGGAGTTGGAGCTGGTTAGAAGCTGGAAG
AAC

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3GM38JQ 700 0 0
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AGCATATATAACATATATAAGTTCAAGAAAGAAAAAGAAACCCTACTTTTGGGCAACATA
AACCCTACAAACTGGATTTCAAAGTCTTAAATACTTCTTGATTAAATTTATCTTTAGTAA
GGAATCGCACCAACATTCGTCGCAGGAGCGTAGAACCCTTCTCTCATCCCCATGTTGTCT
TCACCCTCCTGTTGAGGCATGTTGGTTTTCTCCACGGGTTGATTGTCTGGCGAGAGCCCG
AAGTGTATGTGGGGGAAGTGGGCCCAATTCTTGGCTGCAGCACTAAAAGCTTCTCGGTGG
CTTATATCAGGATTACCAGCTTTGATACGTTGGATCTCCTCCTTGATGAATCGGTTATAT
GCGGATGGGACTCTCTGTCTTTTCTCTGGAGGGCGGTTAACGGGTGGTGCCTTAGGAATC
TCATGTTGCTGATGAAGATCCATGAAAGATGGGATGTCATTCATATTAGGGTGTTGATTC
ATCATTATCATATTCATGTTTGATGGTGCATCTTTCAGCTCCCCCAGAATGTTTTGGGGA
GTGAAGTAAGAGTGAGGTCCAAGCTGGAGCTGGAGCTGGTTAGAAGCTGGAAGGACAAGC
GATCTCATGTTCACGGAAATAAGATTAGTACAGCAACCAC

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DS 

RD RR3GM38TF 742 0 0
GCAGGAGCGTAGA**CCTTCTCTCATCCCCATGTTGTCTTCACCCTCCTGTTGAGGCATG
TTGGTTTTCTCCACGGGTTGATTGTCTGGCGAGAGCCCGAAGTGTATGTGGGGGAAGTGG
GCCCAATTCTTGGCTGCAGCACTAAAAGCTTCTCGGTGGCTTATATCAGGATTACCAGCT
TTGATACGTTGGATCTCCTCCTTGATGAATCGGTTATATGCGGATGGGACTCTCTGTCTT
TTCTCTGGAGGGCGGTTAACGGGTGGTGCCTTAGGAATCTCATGTTGCTGATGAAGATCC
ATGAAAGATGGGATGTCATTCATATTAGGGTGTTGATTCATCATTATCATATTCATGTTT
GATGGTGCATCTTTCAGCTCCCCCAGAATGTTTTGGGGAGTGAAGTAAGAGTGAGGTCCA
AGCTGGAGCTGGAGCTGGTTAGAAGCTGGAAGGACAAGCGATCTCATGTTCACGGAAATA
AGATTAGTACAGCAACCACATCTGACGGTTACGGTCTTGAACATGCTTGTGTAAGGAACA
CTAACCGCAAGAATGGTTTCGCAATAGTTGCACTGGACATAGCAGAGCTGTTCGGAAGGA
GAGAGAGGATCTGGTGAGAGGTTCTCTGGTGAAAAAACAGCTGAGGAAGGGGAAGACATA
GACGACATAGACATTTTTT*AAGAAGATGAAAAAGGCTTTGAAGTTGGAAGCTCTCCTCT
CTTTTTT
TTTGGGAGTGTTTCC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3GC64TF 630 0 0
GGCTTATATCAGGATTACCAGCTTTGATACGTTGGATCTCCTCCTTGATGAATCGGTTAT
ATGCGGATGGGACTCTCTGCCTTTTCTCTGGAGGGCGGTTAACGGGTGGTGCCTTAGGAA
TCTCATGTTGCTGATGAAGATCCATGAAAGATGGGATGTCATTCATATTAGGGTGTTGAT
TCATCATCATCATATTCATGTTTGATGGTGCATCTTTCAGCTCCCCCAGAATGTTTTGGG
GAGTGAAGTAAGAGTGAGGTCCAAGCTGGAGTTGGAGCTGGTTAGAAGCTGGAAGAACAA
GCGATCTCATGTTCACAGATATAAGATTAGTACAGCAACCACATCTGACGGTTACGGTCT
TGAACATGCTTGTGTAAGGAACACTAACCGCAAGAATGGTTTCGCAATAGTTGCACTGGA
CATAGCAGAGCTGTTCGGAAGGAGAGAGAGGATCTGGTGAGAGGTTCTCTGGTGAAAAAA
CAGCTGAGGAAGGGGAAGACATAGACGACATAGACATTTTTTTAAGAAGATGAAAAAGGC
TTTGAAGTTGGAAGCTCTCCTCTTTTTTTTGGAGTGTTTGGGGATTTGATTGATTGATGG
GTATTTGACTGATCAGAGGTTTCTTGATAA

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 4

CO CL3142Contig1 941 4 8 U
GGAGCATGTTCATTTATAACAACATAAAAACACCTAATTTTCTCTCGAGTCTTCAAACCT
CCGCTCTTCATCTTCTCTGCGTTTTTTTCTTAGACCGGCGCGTGGCGGCTCCCCCAGCGC
CGGCATCGGTCCAAATCACCTCTTTTGTCTTGCTCGTGGTTCGTCTGTGTGTCGGTGTGT
AGCTTTTACTTCGTTTTGGGAGGAGATCTGCTTGTTCCAAATCGACTTGAACTCTCAGAT
TGGTGTGGTGCTTAGGCTAAAAGTTCCGGATCTATCGATTTGCGGTGTGGTTTAGCTACA
AAGCTTTTGAGTTTCTATCTAAATCCGGATCTGTTCTGTCTGGTTGATTTTGCGTCTCTC
CTTCTCCTCTAGGCTTGTCTTGTTATTGCAGGTGATTACTGTCCGTGTGGAGTCTGCTTT
GGCTTCCATTTAATCCATTCTTATGCCTTTCATGGCCAGCTTTATTCTTCCGGATTAAAT
GGGCCTCGCTCCAAGTGGTTCTTTCAGATCTCTTGGAGATATGTGGTTGTTTAGGTGGCT
TCATAACTAGACTTTCAATGGTCGTTAGAGACCTAGCCATTTCCGGGAGTGATTGACTGA
ATCCGAGATTGATTCTTATTCGCCGGTGTATGAAGCCTTGGTCACGTGGTTCTTGGGGTG
TCTTGCCGAGGGCATTCCCGTTAAGCAGCTGTCATAGATTCTCTAAAAAGATTGTCATCC
CTGTATTTGTCTTACTTGTTCTAGAGGTTTGTAAGTTTAGTTACTTGTTTTAAGTTAGAA
GTTTGTTGTGTTCTTGCATGCTGCCCCGTAGTGGGCTCTAGTGCCCGGAGATTTATCTGT
TTTCTGCCGGTTTAGGTAACCACAGAGAGATACTTTGTCTGTTGGTGTTGGTGTTGGTGT
TGTATGATCCTATCTTGTTCTTAATAATATTTATTGACGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3E196TF U 82
AF RR3G106TF U 1
AF RR3G106JQ C 145
AF RR3E196JQ C 237
BS 1 111 RR3G106TF
BS 112 112 RR3E196TF
BS 113 742 RR3G106TF
BS 743 796 RR3G106JQ
BS 797 797 RR3E196JQ
BS 798 809 RR3G106JQ
BS 810 812 RR3E196JQ
BS 813 941 RR3G106JQ

RD RR3E196TF 108 0 0
TTTTTTTCTTAGACCGGCGCGTGGCGGCTCCCCCAGCGCCGGCATCGGTCCAAATCACCT
CTTTTGTCTTGCTCGTGGTTCGTCTGTGTGTCGGTGTGTAGCTTTTAC

QA 1 108 1 108
DS 

RD RR3G106TF 742 0 0
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CCGCTCTTCATCTTCTCTGCGTTTTTTTCTTAGACCGGCGCGTGGCGGCTCTCCCAGCGC
CGGCATCGGTCCAAATCACCTCTTTTGTCTTGCTCGTGGTTCGTCTGTGTGTCGGTGTGT
AGCTTTTACTTCGTTTTGGGAGGAGATCTGCTTGTTCCAAATCGACTTGAACTCTCAGAT
TGGTGTGGTGCTTAGGCTAAAAGTTCCGGATCTATCGATTTGCGGTGTGGTTTAGCTACA
AAGCTTTTGAGTTTCTATCTAAATCCGGATCTGTTCTGTCTGGTTGATTTTGCGTCTCTC
CTTCTCCTCTAGGCTTGTCTTGTTATTGCAGGTGATTACTGTCCGTGTGGAGTCTGCTTT
GGCTTCCATTTAATCCATTCTTATGCCTTTCATGGCCAGCTTTATTCTTCCGGATTAAAT
GGGCCTCGCTCCAAGTGGTTCTTTCAGATCTCTTGGAGATATGTGGTTGTTTAGGTGGCT
TCATAACTAGACTTTCAATGGTCGTTAGAGACCTAGCCATTTCCGGGAGTGATTGACTGA
ATCCGAGATTGATTCTTATTCGCCGGTGTATGAAGCCTTGGTCACGTGGTTCTTGGGGTG
TCTTGCCGAGGGCATTCCCGTTAAGCAGCTGTCATAGATTCTCTAAAAAGATTGTCATCC
CTGTATTTGTCTTACTTGTTCT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3G106JQ 797 0 0
TTTGTC
TGCTCGTGGTTCGTCTGTGTGTCGGTGTGTAGCTTTTACTTCGTTTTGGGAGGAGATCTG
CTTGTTCCAAATCGACTTGAACTCTCAGATTGGTGTGGTGCTTAGGCTAAAAGTTCCGGA
TCTATCGATTTGCGGTGTGGTTTAGCTACAAAGCTTTTGAGTTTCTATCTAAATCCGGAT
CTGTTCTGTCTGGTTGATTTTGCGTCTCTCCTTCTCCTCTAGGCTTGTCTTGTTATTGCA
GGTGATTACTGTCCGTGTGGAGTCTGCTTTGGCTTCCATTTAATCCATTCTTATGCCTTT
CATGGCCAGCTTTATTCTTCCGGATTAAATGGGCCTCGCTCCAAGTGGTTCTTTCAGATC
TCTTGGAGATATGTGGTTGTTTAGGTGGCTTCATAACTAGACTTTCAATGGTCGTTAGAG
ACCTAGCCATTTCCGGGAGTGATTGACTGAATCCGAGATTGATTCTTATTCGCCGGTGTA
TGAAGCCTTGGTCACGTGGTTCTTGGGGTGTCTTGCCGAGGGCATTCCCGTTAAGCAGCT
GTCATAGATTCTCTAAAAAGATTGTCATCCCTGTATTTGTCTTACTTGTTCTAGAGGTTT
GTAAGTTTAGTTACTTGTTTTAAGTTAGAAGTTTGTTGTGTTCTTGTATGCTGCCCCGT*
**GGGCTCTAGTGCCCGGAGATTTATCTGTTTTCTGCCGGTTTAGGTAACCACAGAGAGA
TACTTTGTCTGTTGGTGTTGGTGTTGGTGTTGTATGATCCTATCTTGTTCTTAATAATAT
TTATTGACGGG

QA 7 797 7 797
DS 

RD RR3E196JQ 705 0 0
AGATTGGTGTGGTGCTTAGGCTAAAAGTTCCGGATCTATCGATTTGCGGTGTGGTTTAGC
TACAAAGCTTTTGAGTTTCTATCTAAATCCGGATCTGTTCTGTCTGGTTGATTTTGCGTC
TCTCCTTCTCCTCTAGGCTTGTCTTGTTATTGCAGGTGATTACTGTCCGTGTGGAGTCTG
CTTTGGCTTCCATTTAATCCATTCTTATGCCTTTCATGGCCAGCTTTATTCTTCCGGATT
AAATGGGCCTCGCTCCAAGTGGTTCTTTCAGATCTCGTGGAGATATGTGGTTGTTTAGGT
GGCTTCATAACTAGACTTTCAATGGTCGTTAGAGACCTAGCCATTTCCGGGAGTGATTGA
CTGAATCCGAGATTGATTCTTATTCGCCGGTGTATGAAGCCTTGGTCACGTGGTTCTTGA
GGTGTCTTGCCGAGGGCATTCCCGTTAAGCAGCTGTCATAGATTCTCTAAAAAGATTGTC
ATCCCTGTATTTGTCTTACTTGTTCTAGAGGTTTGTAAGTTTAGTTACTTGTTTTAAGTT
AGAAGTTTGTTGTGTTCTTGCATGCTGCCCCGTAGTGGGCTCTAGTGCCCGGAGATTTAT
CTGTTTTCTGCCGGTTTAGGTAACCACAGAGAGATACTTTGTCTGTTGGTGTTGGTGTTG
GTGTTGTATGATCCTATCTTGTTCTTAATAATATTTATTGACGGG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 4

CO CL3143Contig1 1021 4 3 U
GGACTATTCCAAACGAAGGAGCAAACCAAGAACAAGAAGAATAAGAAGATGGTGAAAGTG
GAGAACACGTATGTTCGGTCGGGCATGTACAAGTGGGAAGGAGACGCGTGGGGCTTCGAC
AAGAAGGGTCCGTTCATCGAGCTGGTCACGTCACCCAATAACCCAGACGGCACTATCAGA
GAGACTGTGGTGAACCGTCCAAACGACGACGAGGCTAAAGTGATCCATGACTTTGCTTAT
TACTGGCCCCACTACACTCCCATCACTCGCTGTCAAGACCATGACATCATGCTCTTCACT
TTCTCCAAGATCACAGGCCACGCTGGGTCCCGCATCGGGTGGGCATTGGTGAAGGACAAG
GAGGTGGCAAAGAAGATGGTTGAGTATATCGTAGTGAACTCTATTGGTGTGTCTAAGGAG
TCACAGGTACGAACTGCCAAGATTCTCAAAGTCCTCAAGGAGACTTGTCAGAGCGAAACG
GAGAACTTCTTCGAGTACGGTCGTGAGATGATGAAGAACAGGTGGGAGAGGCTTCGTGAA
GTGGTGAAGGAAAGTGATTTCACTCTTCCTAAGTACCCCGAAGGCTATTGCAACTTTTTT
GGCAAGACACTCGAATCTTACCCTGCGTTTGCGTGGCTGGGGACGAAGGAAGAGACGGAT
CTTGTTAACGATTTGAGGAGGCAGAAGGTTATGAGCAGGGCAGGAGAACGTTGTGGATCT
GACAAGAAGCATGTCCGAGTCAGTATGCTGAGTCGTGAAGATGTTTTCAATGTGTTTCTC
GAGAGACTCGCCAACATGAAGCTCATTAAAAGCATTGACCTTTAAAATAATAAGCGCATA
TAAAAGTCTGATGGTTAAAGGTTTATAAAAAGCCTTCGTAATTAAGTACTCTTTAGATGT
CTAGCTTACCCTAGCCATCTACAATATGTTGAAACAATAAAAGTTCTCTCACGGTGTCTG
TTTAAATATATGTGGGCTTTTCTATATGTGAAATATATAAAACTATAACTTTATAATTAG
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3AT70TF U 1
AF RR3AX07JQ C 288
AF RR3AX07TF U 288
AF RR3AT70JQ C 214
BS 1 683 RR3AT70TF
BS 684 1013 RR3AX07TF
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GAGAACACGTATGTTCGGTCGGGCATGTACAAGTGGGAAGGAGACGCGTGGGGCTTCGAC
AAGAAGGGTCCGTTCATCGAGCTGGTCACGTCACCCAATAACCCAGACGGCACTATCAGA
GAGACTGTGGTGAACCGTCCAAACGACGACGAGGCTAAAGTGATCCATGACTTTGCTTAT
TACTGGCCCCACTACACTCCCATCACTCGCTGTCAAGACCATGACATCATGCTCTTCACT
TTCTCCAAGATCACAGGCCACGCTGGGTCCCGCATCGGGTGGGCATTGGTGAAGGACAAG
GAGGTGGCAAAGAAGATGGTTGAGTATATCGTAGTGAACTCTATTGGTGTGTCTAAGGAG
TCACAGGTACGAACTGCCAAGATTCTCAAAGTCCTCAAGGAGACTTGTCAGAGCGAAACG
GAGAACTTCTTCGAGTACGGTCGTGAGATGATGAAGAACAGGTGGGAGAGGCTTCGTGAA
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GGCAAGACACTCGAATCTTACCCTGCGTTTGCGTGGCTGGGGACGAAGGAAGAGACGGAT
CTTGTTAACGATTTGAGGAGGCA

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DS 

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G
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AATGTGTTTCTCGAGAGACTCGCCAACATGAAGCTCATTAAAAGCATTGACCTTTAAAAT
AATAAGCGCATATAAAAGTCTGATGGTTAAAGGTTTATAAAAAGCCTTCGTAATTAAGTA
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TCACGGTGTCTGTTTAAATATATGTGGGCTTTTCTATATGTGAAATATATAAAACTATAA
CTTTA
C

QA 2 726 2 726
DS 

RD RR3AX07TF 726 0 0
G
ATGCTCTTCACTTTCTCCAAGATCACAGGCCACGCTGGGTCCCGCATCGGGTGGGCATTG
GTGAAGGACAAGGAGGTGGCAAAGAAGATGGTTGAGTATATCGTAGTGAACTCTATTGGT
GTGTCTAAGGAGTCACAGGTACGAACTGCCAAGATTCTCAAAGTTCTCAAGGAGACTTGT
CAGAGCGAAACGGAGAACTTCTTCGAGTACGGTCGTGAGATGATGAAGAACAGGTGGGAG
AGGCTTCGTGAAGTGGTGAAGGAAAGTGATTTCACTCTTCCTAAGTACCCCGAAGGCTAT
TGCAACTTTTTTGGCAAGACACTCGAATCTTACCCTGCGTTTGCGTGGCTGGGGACGAAG
GAAGAGACGGATCTTGTTAACGATTTGAGGAGGCAGAAGGTTATGAGCAGGGCAGGAGAA
CGTTGTGGATCTGACAAGAAGCATGTCCGAGTCAGTATGCTGAGTCGTGAAGATGTTTTC
AATGTGTTTCTCGAGAGACTCGCCAACATGAAGCTCATTAAAAGCATTGACCTTTAAAAT
AATAAGCGCATATAAAAGTCTGATGGTTAAAGGTTTATAAAAAGCCTTCGTAATTAAGTA
CTCTTTAGATGTCTAGCTTACCCTAGCCATCTACAATATGTTGAAACAATAAAAGTTCTC
TCACGGTGTCTGTTTAAATATATGTGGGCTTTTCTATATGTGAAATATATAAAACTATAA
CTTTA

QA 2 726 2 726
DS 

RD RR3AT70JQ 808 0 0
GCTAAAGTGATCCATGACTTTGCTTATTACTGGCCCCACTACACTCCCATCACTCGCTGT
CAAGACCATGACATCATGCTCTTCACTTTCTCCAAGATCACAGGCCACGCTGGGTCCCGC
ATCGGGTGGGCATTGGTGAAGGACAAGGAGGTGGCAAAGAAGATGGTTGAGTATATCGTA
GTGAACTCTATTGGTGTGTCTAAGGAGTCACAGGTACGAACTGCCAAGATTCTCAAAGTC
CTCAAGGAGACTTGTCAGAGCGAAACGGAGAACTTCTTCGAGTACGGTCGTGAGATGATG
AAGACCAGGTGGGAGAGGCTTCGTGAAGTGGTGAAGGAAAGTGATTTCACTCTTCCTAAG
TACCCCGAAGGCTATTGCAACTTTTTTGGCAAGACACTCGAATCTTACCCTGCGTTTGCG
TGGCTGGGGACGAAGGAAGAGACGGATCTTGTTAACGATTTGAGGAGGCAGAAGGTTATG
AGCAGGGCAGGAGAACGTTGTGGATCTGACAAGAAGCATGTCCGAGTCAGTATGCTGAGT
CGTGAAGATGTTTTCAATGTGTTTCTCGAGAGACTCGCCAACATGAAGCTCATTAAAAGC
ATTGACCTTTAAAATAATAAGCGCATATAAAAGTCTGATGGTTAAAGGTTTATAAAAAGC
CTTCGTAATTAAGTACTCTTTAGATGTCTAGCTTACCCTAGCCATCTACAATATGTTGAA
ACAATAAAAGTTCTCTCTCGGTGTCTGTTTAAATATATGTGGGCTTTTCTATATGTGAAA
TATATAAAACTATAACTTTATAATTAGC

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL3144Contig1 1327 2 4 U
GGGCAAAGCCTTGCTTCTGGGTTAGATCAAAGTCTGCACCTTTCCTGGTAATTCTCCCCA
CTGAAACACAAAACTTTGATGATCATCACACGCATTGATCTCCCTCCTAAATCTGATCTG
GGCATGCTTAATCTCCCTCCCTGCATTTTTCGGTTGTGTCATGAATAAATATCCATTCGG
GTCGTCGAGTAATAATAACAATCCCAACAACAAGGCATCGTATTATGCGTACCAAAGAGG
TAACGATTTTGATCTAGAGTCAGGTTCCGTCAGAAAATCCAGTAGAAAGCCCAAGAGAAT
GTTCGGAAACCGCATTCACCACTTGTTCAAACTGCACCCGATCCTCGTCTCCATCCTCCT
CGTCTCCTTCGGGATCACGGTTCTGATCTTTGTATCGTCGATATACGAGAGCCAGTTTCG
ACCATCCGTTGCTTACAAGAAGTACGATCTGGATAACGATGTTTATCCGTTTGCGAATCT
AAAGAACCTCGTGATGGTCGCTGGACATTCTGTTTACACGAGCAGTAACTGTGGTAAGAT
CGATAAAGAGGAGTCGTGGTTCTTGGAGTCTTATCAGAAGCATCCGGGTCAGGCCGCGAC
GTTTTTGAGTCATATAGAGGAAAGTGTTGAGGCTGCGGGGAGGGATGATGAGGCTTTGCT
TCTGTTCAGTGGAGGAGAGACTCGTAAAGAAGCTGGGCCCCGCAGTGAAGCTCAGAGTTA
TTGGGCTGTCGCTGAGTCTAAAGGATATTCGGCAAAGATGATGTGAGGTCGAGGGCATTG
ACGGAAGAGCATGCAAGAGACAGCTTTGAGAATCTTCTCTTTAGTGTTTGTCGATTCAGA
GAGCTCACTGGCTCTTACCCACACAACATAACAGTAGTGAGCTATGATTTTAAGGAGGAG
AGATTTGCGCATTTACATCGTTCAGCAATGGGGTTTCCGGAATCAAGATTCAAATACTTG
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GCTCAGTTTCAAGAAGATCCGTACGGATGCGTTGGTTCGCTTTGGCGTAAGAAGCTGAAG
CGTGACCCTTTCCACAGGACTGTACCTTACCCTAATGGATGCCCTGAGATTAGAGGATTG
TTCAGGTACTGTGGTTCAGCTCCTTTCCCTGGCTCTCTCCCATGGGACTGATCTTTTTGT
CAGACCTATATAAACTAGACTTTTGCTTAGAGGAGGAACCAATACTTGATCTAGAGCTTG
GTCTCTTTTTGTTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTGGCTTATGTTCATTAATGTAAAAGAAAA
ACTTCAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E359TF U 1
AF RR3E359JQ C 488
BS 1 652 RR3E359TF
BS 653 653 RR3E359JQ
BS 654 694 RR3E359TF
BS 695 1327 RR3E359JQ

RD RR3E359TF 694 0 0
GGGCAAAGCCTTGCTTCTGGGTTAGATCAAAGTCTGCACCTTTCCTGGTAATTCTCCCCA
CTGAAACACAAAACTTTGATGATCATCACACGCATTGATCTCCCTCCTAAATCTGATCTG
GGCATGCTTAATCTCCCTCCCTGCATTTTTCGGTTGTGTCATGAATAAATATCCATTCGG
GTCGTCGAGTAATAATAACAATCCCAACAACAAGGCATCGTATTATGCGTACCAAAGAGG
TAACGATTTTGATCTAGAGTCAGGTTCCGTCAGAAAATCCAGTAGAAAGCCCAAGAGAAT
GTTCGGAAACCGCATTCACCACTTGTTCAAACTGCACCCGATCCTCGTCTCCATCCTCCT
CGTCTCCTTCGGGATCACGGTTCTGATCTTTGTATCGTCGATATACGAGAGCCAGTTTCG
ACCATCCGTTGCTTACAAGAAGTACGATCTGGATAACGATGTTTATCCGTTTGCGAATCT
AAAGAACCTCGTGATGGTCGCTGGACATTCTGTTTACACGAGCAGTAACTGTGGTAAGAT
CGATAAAGAGGAGTCGTGGTTCTTGGAGTCTTATCAGAAGCATCCGGGTCAGGCCGCGAC
GTTTTTGAGTCATATAGAGGAAAGTGTTGAGGCTGCGGGGAGGGATGATGAG*CTTTGCT
TCTGTTCAGTGGAGGAGAGACTCGTAAAGAAGCT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3E359JQ 840 0 0
CTCGTGATGGTCGCTGGACATTCTGTTTACACGAGCAGTAACTGTGGTAAGATCGATAAA
GAGGAGTCGTGGTTCTTGGAGTCTTATCAGAAGCATCCGGGTCAGGCCGCGACGTTTTTG
AGTCATATAGAGGAAGGTGTTGAGGCTGCGGGGAGGGATGATGAGGCTTTGCTTCTGTTC
AGTGGAGGAGAGACTCGTAAAGAAGCTGGGCCCCGCAGTGAAGCTCAGAGTTATTGGGCT
GTCGCTGAGTCTAAAGGATATTCGGCAAAGATGATGTGAGGTCGAGGGCATTGACGGAAG
AGCATGCAAGAGACAGCTTTGAGAATCTTCTCTTTAGTGTTTGTCGATTCAGAGAGCTCA
CTGGCTCTTACCCACACAACATAACAGTAGTGAGCTATGATTTTAAGGAGGAGAGATTTG
CGCATTTACATCGTTCAGCAATGGGGTTTCCGGAATCAAGATTCAAATACTTGGGAACGC
CAGCCTCGCTCGAGTCCAAAGAAGGCGCTCTGAAAGGGGAGGCTATGGTGAGAGCTCAGT
TTCAAGAAGATCCGTACGGATGCGTTGGTTCGCTTTGGCGTAAGAAGCTGAAGCGTGACC
CTTTCCACAGGACTGTACCTTACCCTAATGGATGCCCTGAGATTAGAGGATTGTTCAGGT
ACTGTGGTTCAGCTCCTTTCCCTGGCTCTCTCCCATGGGACTGATCTTTTTGTCAGACCT
ATATAAACTAGACTTTTGCTTAGAGGAGGAACCAATACTTGATCTAGAGCTTGGTCTCTT
TTTGTTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTGGCTTATGTTCATTAATGTAAAAGAAAAACTTCAG

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 4

CO CL3145Contig1 1151 4 10 U
GTGGTGTAGAGCCAGCGGATGCAAACACAATGGCTTTGTCGCTACATCACGACGAGAGAG
TGATACTAGACCAGGTTGGGGGTTTTGCAGATGGTGTAGCAGTTAAAGAAGTCGGCAAAG
AGACTTTCCGTATATGCCAAAACCTGGTGGATGGTGTTGTTCTTGTCACTCGTGATGCTA
TCTGTGCATCAATAAAGGATATGTTTGAGGAGCAACGGAACATATTAGAACCAGCAGGTG
CTCTGGCGCTAGCTGGAGCTGAAGCATACTGTAAATACTATGGCCTAAAGGACGTGAATG
TTGTAGCCATAACCAGTGGTGCTAACATGAACTTTGACAAGCTGAGGATTGTGACGGAAC
TTGCTAATGTGGGTAGGCAACAGGAAGCTGTTCTTGCTACTCTCTTGCCAGAGAAACCTG
GAAGCTTTAAGCAGTTCTGTGAACTGATTGGACCAATGAATATAACCGAGTTCAAGTATA
GATGTGGCTCGGAAAAGGAAGCTGTTGTACTATACAGTGTTGGAGTGCACACAGCCGGAG
AGCTCAAAGCACTAGAGAAGAGAATGGAATCTTCTCAACTCAGAACTAAGAACCTCACAA
CCAGTGACTTAGTAAAAGATCACCTGCGTTACTTGATGGGTGGAAGATCAAGTGTTGAAG
AAGAGGTTCTATGTCGATTCATCTTTCCAGAGAGACCGGGTGCTCTGATGAACTTCTTGG
ACTCTTTCAGTCCACGTTGGAACATTAGCCTTTTCCATTACCGTGCAGAGGGTGGAGCAG
GCGCAAACGTGCTGGTGGGTATCCAAGTCTCGGAGCAAGAAATGGAGGAGTTTCGAACCC
GAGCCCAAGTTCTTGGATACGAGTACGTCTTGGTAAGTGAAGACAACATCTTCAACCTTC
TAATGCACTGAGTTTGAAGCTGTGATGGAGAGACCAAAACCGAGTAAGTAGAATAAGATG
TCAGAGTCTCCCTTTTGTCCACCACGGTTGTTTTTGAGCACCTGTTAGAAACAAAGACTA
GCTCAATGTGTAACCTTATTTCCCACGAGCTCTCATCGCTATGTTAGTATGTTGTCGACT
TTGGATTACCTATTTACCTTTCATCAAATAATTCGAGGCTAACCTTGCAATAAAACTGGG
CTTTTTCTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G951TF U 1
AF RR3CB61TF U 309
AF RR3G951JQ C 333
AF RR3CB61JQ C 401
BS 1 467 RR3G951TF
BS 468 468 RR3CB61TF
BS 469 711 RR3G951TF
BS 712 712 RR3CB61TF
BS 713 745 RR3G951TF
BS 746 970 RR3CB61TF
BS 971 971 RR3G951JQ
BS 972 1086 RR3CB61TF
BS 1087 1105 RR3G951JQ
BS 1106 1151 RR3CB61JQ

RD RR3G951TF 745 0 0
GTGGTGTAGAGCCAGCGGATGCAAACACAATGGCTTTGTCGCTACATCACGACGAGAGAG
TGATACTAGACCAGGTTGGGGGTTTTGCAGATGGTGTAGCAGTTAAAGAAGTCGGCAAAG
AGACTTTCCGTATATGCCAAAACCTGGTGGATGGTGTTGTTCTTGTCACTCGTGATGCTA
TCTGTGCATCAATAAAGGATATGTTTGAGGAGCAACGGAACATATTAGAACCAGCAGGTG
CTCTGGCGCTAGCTGGAGCTGAAGCATACTGTAAATACTATGGCCTAAAGGACGTGAATG
TTGTAGCCATAACCAGTGGTGCTAACATGAACTTTGACAAGCTGAGGATTGTGACGGAAC
TTGCTAATGTGGGTAGGCAACAGGAAGCTGTTCTTGCTACTCTCTTGCCAGAGAAACCTG
GAAGCTTTAAGCAGTTCTGTGAACTGATTGGACCAATGAATATAACCTAGTTCAAGTATA
GATGTGGCTCGGAAAAGGAAGCTGTTGTACTATACAGTGTTGGAGTGCACACAGCCGGAG
AGCTCAAAGCACTAGAGAAGAGAATGGAATCTTCTCAACTCAGAACTAAGAACCTCACAA
CCAGTGACTTAGTAAAAGATCACCTGCGTTACTTGATGGGTGGAAGATCAAGTGTTGAAG
AAGAGGTTCTATGTCGATTCATCTTTCCAGAGAGACCGGGTGCTCTGATGA*CTTCTTGG
ACTCTTTCAGTCCACGTTGGAACAT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3CB61TF 786 0 0
G
TAACCAGTGGTGCTAACATGAACTTTGACAAGCTGAGGATTGTGACGGAACTTGCTAATG
TGGGTAGGCAACAGGAAGCTGTTCTTGCTACTCTCTTGCCAGAGAAACCTGGAAGCTTTA
AGCAGTTCTGTGAACTGATTGGACCAATGAATATAACCGAGTTCAAGTATAGATGTGGCT
CGGAAAAGGAAGCTGTTGTACTATACAGTGTTGGAGTGCACACAGCCGGAGAGCTCAAAG
CACTAGAGAAGAGAATGGAATCTTCTCAACTCAGAACTAAGAACCTCACAACCAGTGACT
TAGTAAAAGATCACCTGCGTTACTTGATGGGTGGAAGATCAAGTGTTGAAGAAGAGGTTC
TATGTCGATTCATCTTTCCAGAGAGACCGGGTGCTCTGATGAACTTCTTGGACTCTTTCA
GTCCACGTTGGAACATTAGCCTTTTCCATTACCGTGCAGAGGGTGGAGCAGGCGCAAACG
TGCTGGTGGGTATCCAAGTCTCGGAGCAAGAAATGGAGGAGTTTCGAACCCGAGCCCAAG
TTCTTGGATACGAGTACGTCTTGGTAAGTGAAGACAACATCTTCAACCTTCTAATGCACT
GAGTTTGAAGCTGTGATGGAGAGACCAAAACCGAGTAAGTAGAATAAGATGTCAGAGTCT
CTCTTTTGTCCACCACGGTTGTTTTTGAGCACCTGTTAGAAACAAAGACTAGCTCAATGT
GTAACCTTATTTCCCACGAGCTCTCATCGCTATGTTAGTATGTTGTCGACTTTGGAT
ACCTATTT

QA 2 778 2 778
DS 

RD RR3G951JQ 774 0 0
TTTGACAAGCTGAGGATTGTGACGGAACTTGCTAATGTGGGTAGGCAACAGGAAGCTGTT
CTTGCTACTCTCTTGCCAGAGAAACCTGGAAGCTTTAAGCAGTTCTGTGAACTGATTGGA
CCAATGAATATAACCTAGTTCAAGTATAGATGTGGCTCGGAAAAGGAAGCTGTTGTACTA
TACAGTGTTGGAGTGCACACAGCCGGAGAGCTCAAAGCACTAGAGAAGAGAATGGAATCT
TCTCAACTCAGAACTAAGAACCTCACAACCAGTGACTTAGTAAAAGATCACCTGCGTTAC
TTGATGGGTGGAAGATCAAGTGTTGAAGAAGAGGTTCTATGTCGATTCATCTTTCCAGAG
AGACCGGGTGCTCTGATGAACTTCTTGGACTCTTTCAGTCCACGTTGGAACATTAGCCTT
TTCCATTACCGTGCAGAGGGTGGAGCAGGCGCAAACGTGCTGGTGGGTATCCAAGTCTCG
GAGCAAGAAATGGAGGAGTTTCGAACCCGAGCCCAAGTTCTTGGATACGAGTACGTCTTG
GTAAGTGAAGACAACATCTTCAACCTTCTAATGCACTGAGTTTGAAGCTGTGATGGAGAG
ACCAAAACCGAGTAAGTAGAATAAGATATCAGAGTCTCCCTTTTGTCCACCACGGTTGTT
TTTGAGCACCTGTTAGAAACAAAGACTAGCTCAATGTGTAACCTTATTTCCCACGAGCTC
TCATCGCTATGTTAGTATGTTGTCGACTTTGGATTACCTATTTACCTTTCATC
G

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3CB61JQ 751 0 0
TCTCTTGCCAGAGAAACCTGGAAGCTTTAAGCAGTTCTGTGAACTGATTGGACCAATGAA
TATAACCGAGTTCAAGTATAGATGTGGCTCGGAAAAGGAAGCTGTTGTACTATACAGTGT
TGGAGTGCACACAGCCGGAGAGCTCAAAGCACTAGAGAAGAGAATGGAATCTTCTCAACT
CAGAACTAAGAACCTCACAACCAGTGACTTAGTAAAAGATCACCTGCGTTACTTGATGGG
TGGAAGATCAAGTGTTGAAGAAGAGGTTCTATGTCGATTCATCTTTCCAGAGAGACCGGG
TGCTCTGATGAACTTCTTGGACTCTTTCAGTCCACGTTGGAACATTAGCCTTTTCCATTA
CCGTGCAGAGGGTGGAGCAGGCGCAAACGTGCTGGTGGGTATCCAAGTCTCGGAGCAAGA
AATGGAGGAGTTTCGAACCCGAGCCCAAGTTCTTGGATACGAGTACGTCTTGGTAAGTGA
AGACAACATCTTCAACCTTCTAATGCACTGAGTTTGAAGCTGTGATGGAGAGACCAAAAC
CGAGTAAGTAGAATAAGATGTCAGAGTCTCCCTTTTGTCCACCACGGTTGTTTTTGAGCA
CCTGTTAGAAACAAAGACTAGCTCAATGTGTAACCTTATTTCCCACGAGCTCTCATCGCT
ATGTTAGTATGTTGTCGACTTTGGATTACCTATTTACCTTTCATCAAATAATTCGAGGCT
AACCTTGCAATAAAACTGGGCTTTTTCTACG

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 4

CO CL3146Contig1 738 4 4 U
GAGGAGCAGCTGAACTCACCAGCTAGTGGAGCAACAACTAAACAGCGGATGAGATGGACA
CCAGAGCTTCATGAGGCGTTCGTTGAAGCTGTTAACCAGCTTGGTGGTAGTGAACGAGCC
ACGCCTAAGGCTGTTTTGAAGCTCTTGAATAACCCTATCTTGACCATTTATCATGTCAAA
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AAAAATTGTTTCTTTCAT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3AY58TF U 1
AF RR3D423JQ C 1
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QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 4

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TCGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 10 

AF RR3CI44TF U 3
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AF RR3CI44JQ C 72
AF RR3DA39JQ C 252
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GG
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TCCACAAC

QA 3 670 3 670
DS 

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CCTAAGGTTTACTTTTATATGACCGTGGACGGCAAACCAGCTGGTATGATCATAATGGAA
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CCAGGTATACTCTCCATGTGGAACCGTGGTCGAAACAGCACCGGATCTCAGTTCATGATC
CACGCGCAGGCGAACCCGGATCTGGATGACGAGTGTGTTGTGTTCGGCCAAGTCGTTCAA
GGAATGGATATAGTCACGAGCATTATGGCTTTGAGCACGGAAACTTCCGTACCCGTTGCT
GTGATCCACAACTGCGGTCAA*TTTCATAGATATTTGAGAG*TTTACATATTACGACGTT
TTATATGTTTATGCTCGTATTTGAGTTTATATGTTTATGTTCATAT
G

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3CI44JQ 743 0 0
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CAGACCACCTCCTGCCATTGATGGAACCCCTGTACCTCCTCGGGCTAACCCTAAGGTTTA
CTTTTATATGACCGTGGACGGCAAACCAGCTGGTATGATCATAATGGAACTCTTTGCCGA
CACGACCCCACGGACGGCAGAGAACTTTCGCGCCCTCTGTACAGGCGAGAAAGGCATGGG
GAAGCTTGGTAAGCCACTCCATTACAAAGGATCGATCATCCACCATGTTGACCCAGGTTA
TATGATCCAAGGAGGAGATATCATTGACGGAGGGAAAGGAAACGGAGGCGAATGTATTTA
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CTCCATGTTGAACCGTGGTCGAAACAGCACCGGATCTCAGTTCATGATCCACGCGCAGGC
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AGTCACGAGCATTATGGCTTTGAGCACGGAAACTTCCGTACCCGTTGCTGTGATCCACAA
CTGCGGTCAAATTTCATAGATATTTGAGAGGTTTACATATTACGACGTTTTATATGTTTA
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CAAATAAAATATTTGTTACTT
CG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3DA39JQ 653 0 0
CACGACCCCACGGACGGCAGAGAACTTTCGCGCCCTCTGTACAGGCGAGAAAGGCATGGG
GAAGCTTGGTAAGCCACTCCATTACAAAGGATCGATCATCCACCATGTTGACCCAGGTTA
TATGATCCAAGGAGGAGATATCATTGACGGAGGGAAAGGAAACGGAGGCGAATGTATTTA
CGACAGTAGGTTTTTCGAGGTTGAGAACTTCATCAAGAAGCACACCGGTCCAGGTATACT
CTCCATGTGGAACCGTGGTCGAAACAGCACCGGATCTCAGTTCATGATCCACGCGCAGGC
GAACCCGGATCTGGATGACGAGTGTGTTGTGTTCGGCCAAGTCGTTCAAGGAATGGATAT
AGTCACGAGCATTATGGCTTTGAGCACGGAAACTTCCGTACCCGTTGCTGTGATCCACAA
CTGCGGTCAAATTTCATAGATATTTGAGAGGTTTACATATTACGACGTTTTATATGTTTA
TGCTCGTATTTGAGTTTATATGTTTATGTTCATATGTCTCAATTTCATTTCGTTTATGAA
CAAATAAAATACTTGTTACTTTGATTTTTAAAATGACCGTTTCCTATCAATTACTTAAAT
CAATATCATTATTTTAACTGACGCGTTCGCCAATAAAAAACAACATTTCTCGC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 4

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TTTTTATACCAAATCCACACCCTCTTTCTTCTTCCTCTGTATTCTCTCCTTTACCAAGAA
AGAAAAAGTTTCAAACTTTCTCTCTGTTCCTCAAAGGCTTCAAACCAAGATCTTGATTTC
TAACGTTTGTATCTTCTTCTCTTCAAGGAGTTTGGCTACAAGAACCTCTAAAGCTTCTTG
AAAACGTCGAATTGACTCAACGTTCAGTTTCTTCTCCACCTCGAAAGAAAAGTTTTGAGT
CTTTTTAGGTCCAGAGTTGTTCAACCAACCCTACATTGACAGCAGAAACAGAGAAGCTTG
TTTGCTTTCTGCTCCCTCACGTCACTTTTTTTTAGATGATTCGTGAAATCTCCGGTCTAC
AAAACGTAAACATTCAACATCATCATTCTTCAAGCAACAACAAGATCATGGACACGAGAA
GAGATAACCGAAAAGACATGACTTTTCGTGGACCAGCTCAAGCTCCTATGATGAGCAAGC
AAGAATATTTTAGGACATTGTCGTCTCAGAACAGTCCGAGGAGGCTAATCTCATCGAGTT
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CTTTGATTCTGCCACCGTTGCCTCCTCCTCCGTTTATGCTGCTTCTGATTCCTATTGGGA
TTATGGTTTT*GCTTATGGTTCTTGCTTTAATGCCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCTTCT
AATGCCAAACATGTAACCAGAACTTATATGTAACACAAGGAAAATGGGGTTTTTTTTGTT
TTATCTACTGTTAATTTTGTTATTACATATGGTTTCAGGATAAGAGATTTTGTATAACTA
TTTAATTTGTAAAACTTGTAGTACTATAAAATTTCATGATTATATCTACATTGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F108TF U 1
AF RR3EK75TF U 37
AF RR3EK75JQ C 157
AF RR3F108JQ C 275
BS 1 100 RR3F108TF
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BS 887 898 RR3F108JQ

RD RR3F108TF 737 0 0
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CTTTTTAGGTCCAGAGTTGTTCAACCAGCCCTACATTGACAGCAGAAACAGAGAAGCTTG
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CTTTGATTCTGCCACCGTTGCCTCCTCCTCCGTTTATGCTGCTTCTGATTCCTATTGGGA
TTATGGTTTT*GCTTATGGTTCTTGCTTTAATGCCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCTTCT
A
TGCCAACATGTAACCA

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3EK75TF 755 0 0
GG
GTATTCTCTCCTTTACCAAGAAAGAAAAAGTTTCAAACTTTCTCTCTGTTCCTCAAAGGC
TTCAAACCAAGATCTTGATTTCTAACGTTTGTATCTTCTTCTCTTCAAGGAGTTTGGCTA
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AACAAGATCATGGACACGAGAAGAGATAACCGAAAAGACATGACTTTTCGTGGACCAGCT
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G*AAAATGGGGTTTTTTTTGTTTTATCTACTGT

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR3EK75JQ 730 0 0
TACAAGAACCTCTAAAGCTTCTTGAAAACGTCGAATTGACTCAACGTTCAGTTTCTTCTC
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TGACAGCAGAAACAGAGAAGCTTGTTTGCTTTCTGCTCCCTCACGTCACTTTTTTTTAGA
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ACAACAAGATCATGGACACGAGAAGAGATAACCGAAAAGACATGACTTTTCGTGGACCAG
CTCAAGCTCCTATGATGAGCAAGCAAGAATATTTTAGGACATTGTCGTCTCAGAACAGTC
CGAGGAGGCTAATCTCATCGAGTTACTTCAGTATAGAGTCAATGGTTGTCCTTGTTGGTC
TCACAGCATCGCTCTTGATCCTTCCTTTGATTCTGCCACCGTTGCCTCCTCCTCCGTTTA
TGCTGCTTCTGATTCCTATTGGGATTATGGTTTT*GCTTATGGTTCTTGCTTTAATGCCT
TCTTCTTCTTCTTCCTCTTCTTCTAATGCCAAACATGTAACCAGAACTTATATGTAACAC
AAGGAAAATGGGGTTTTTTTTGTTTTATCTACTGTTAATTTTGTTATTACATATGGTTTC
AGGATAAGAGATTTTGTATAACTATTTAATTTGTAAAACTTGTAGTACTATAAAATTTCA
TGATTATATC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3F108JQ 624 0 0
ATTGACAGCAGAAACAGAGAAGCTTGTTTGCTTTCTGCTCCCTCACGTCACTTTTTTTTA
GATGATTCGTGAAATCTCCGGTCTACAAAACGTAAACATTCAACATCATCATTCTTCAAG
CAACAACAAGATCATGGACACGAGAAGAGATAACCGAAAAGACATGACTTTTCGTGGACC
AGCTCAAGCTCCTATGATGAGCAAGCAAGAATATTTTAGGACATTGTCGTCTCAGAACAG
TCCGAGGAGGCTAATCTCATCGAGTTACTTCAGTATAGAGTCAATGGTTGTCCTTGTTGG
TCTCACAGCATCGCTCTTGATCCTTCCTTTGATTCTGCCACCGTTGCCTCCTCCTCCGTT
TATGCTGCTTCTGATTCCTATTGGGATTATGGTTTT*GCTTATGGTTCTTGCTTTAATGC
CTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCTTCTAATGCCAAACATGTAACCAGAACTTATATGTAAC
ACAAGGAAAATGAGGTTTTTTTTGTTTTATCTACTGTTAATTTTGTTATTACATATGGTT
TCAGGATAAGAGATTTTGTATAACTATTTAATTTGTAAAACTTGTAGTACTATAAAATTT
CATGATTATATCTACATTGTTCCC

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 3

CO CL3149Contig1 1496 3 2 U
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TTCTCCCTCTCCTGCCACCACATAGATAAGTGACTGAAGACAATCTTGCTCTTTGGATTA
GAACTAGAACGAAAGGATACAGTGGTAATATAAGATAAGAGAAGCACTGGTATAGTTAAC
AGCTTCAGTTAGTGAGAAGAGAAAAGGTGTTTGGCCAGCGTGTAATACTAATATGCATCA
CAATGGAAAGCTTAACAGTAACCGTATGATCACATGGTATAGTAACGGAAGCTTCACTGA
TAGGTGAGTGTCCACGCAGATTTGACTTGCTGTTGTCTCTGATAATGTAAGAATCAAGAA
CAATATCTTATGAAACCAGGACAAGGATATTACATAGCCGAAGTAATCCTCTGCAATCCC
TGCAAACCAAGCATCTACATCAACCGGTGTCAGTTTACAGCACAAAGATGCTTAGTGTTA
TACGTTTATCAGGTCACATCTCAGCGACGGAGAGTGTGAAGAGAGGGCAACTAATTGTAC
AACAAGTTTTGAGGGAGCGAACAAGATGGAGAGAATGAGGTGGAGCTTGTTTCTTGGTTT
TGGTTCCTGGTCAGAGAAGCAAAGATCATTCTTATTCAGTCATTTCTTTCTTTTAAATGT
TTCTCGGATTTTGTTTCTGTATCTGGTATAGTGTTTCGATTTATATTGTCATCACTTGCC
TTAAGTATTGACATGATGCTCTATCCGGACTCCGGAGTCAAGTAGAGACATGTTCTATAG
CGATTTATGTAGTCCTCATCTGACTATTGGAGTATTACAAAATGATTACCATACAATATG
AAAGTATCTCCAAACATTTATCTTTTACATCCTTGAATACATGAACTTTTTGATGGAAAT
TACCTCTGTCAAGCACAAAGAGAAGACTACTTTCATCGAGCCAAGCCTTACAAGCCCATC
GTACCATTGCAAGAAGCTGACTAGGGATTTTAGTGTAGCAATACCGGTTAGCTTCTTTGA
GAAGGTGATTCAAATTTGGAGTTGGAAAGAGCTCGACCTTCTTTTGCTGATACCTGTTGT
TTACTTCAAGTTATCAAGAGAAATTTCATTTCAATCCTGGTGACATTGGCTTTAAGGCTG
TCTTGAGCAGCAGGATCCCCAAACTAAAGTTTCAAAAATTGGAATAGTGTCTTATATGTT
CAGCTATACGTTGGGATCAATGGCTACCGAGGCAACTCGAGGTATGGTTCTACATTATGT
TGAACTGTTTTATCCCACTGCCCCTGGCTCTGGACCTCAAGACCATGGATTAGGGTCGGG
TGCTCACTGGAGGAGAGTCATGCAAGGGCATGCTGGAGCTAATATTTCGAACTATTAGGT
CTTATCACTGTCTATTTTCAAAGTCTCTCAGTGTCCTCTTACCGACTTGCTATGTGTATA
ATTTCTGACTGTAAGATATTTTACAGTGACATGATCAATACATAGATTACACATGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CH15TF U 1
AF RR3DR90TF U 1
AF RR3DR90JQ C 664
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TGCAAACCAAGCATCTACATCAACCGGTGTCAGTTTACAGCACAAAGATGCTTAGTGTTA
TACGTTTATCAGGTCACATCTCAGCGACGGAGAGTGTGAAGAGAGGGCAACTAATTGTAC
AACAAGTTTTGAGGGAGCGAACAAGATGGAGAGAATGAGGTGGAGCTTGTTTCTTGGTTT
TGGTTCCTGGTCAGAGAAGCAAAGATCATTCTTATTCAGTCATTTCTTTCTTTTAAATGT
TTCTCGGATTTTGTTTCTGTATCTGGTATAGTGTTTCGATTTATATTGTCATCACTTGCC
TTAAGTATTGACATGATGCTCTATC
CGG

QA 1 745 1 745
DS 

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CTCGGA
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TTATCCCACTGCCCCTGGCTCTGGACCTCAAGACCATGGATTAGGGTCGGGTGCTCACTG
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GTCTATTTTCAAAGTCTCTCAGTGTCCTCTTACCGACTTGCTATGTGTATAATTTCTGAC
TGTAAGATATTTTACAGTGACATGATCAATACATAGATTACACATGC

QA 7 833 7 833
DS 



AS 1 4

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TTGAAGAAGTGTTTTTCCATGTCTATTCCACAAAACAATTTTGCCTCTTGTCTGCAACTA
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AAAAACATTCGGTTGGCTTAAGCAAAGCAAACAACAGATACAAGAAAATCAAGAATTTGA
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TCGTGCTGTTTAGTACCTCACCGAGAGGACCTCCCATGGAGTTATTATTACCCCATGAGA
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TCAGCTCTTCTGTCCAGGAATCGACGTTGGAGTTCTTTGCTTGGTTGCTGAAGTCCAGAT
ACGATCCAAAGCCTTTGGAGGAGTTTGCGTAGGAGGGTTGTTT*ATGGGTGGGATTAAGT
AACGAGTCAGAGGAGATGAGACCGAACTGGAAAGGGTTACTGCTTTGTTTCTGATGAGAT
TCCTTCGATTGTAAGTTCATTGCGGCAGGAAAGACGGAAGCCCCTTGAGCATTTTGAACT
CTGTCACTGTAACAAACAAAAAAAATAGCATTTAACATTTTCACAGTAGATATGAT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES57TF U 1
AF RR3B466JQ U 365
AF RR3B466TF C 365
AF RR3ES57JQ C 621
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BS 1115 1256 RR3ES57JQ

RD RR3ES57TF 781 0 0
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TTGAAGAAGTGTTTTTCCATGTCTATTCCACAAAACAATTTTGCCTCTTGTCTGCAACTA
GGAAACCTCTCCAAATCTTAATTCACATTTTCACATTTTCACATTTATACAAACTTAATT
ATAAATGTTCAACTTTTTTTTTGTCAAGGTCTCTAATAATCCGTTCGGATAGCATCTGGG
ACGATTAATCAGACGTATCAACTTACAAACCGTTAACTTTCTACTAATCAGCGCGAAGAT
AAAAACATTCGGTTGGCTTAAGCAAAGCAAACAACAGATACAAGAAAATCAAGAATTTGA
TGATAGAGAACCAATAAATCCATGGATTCAGAAATCAGAAAGAAGGAGAGAAGACATGTC
CATTTCTCCTTTAGTTTCTTCCGTCTTTATATCGAAAACAACAACAACGACAATGCACCA
AGGAAAAAAGAAACAGAATGTTTTTGAGTTTTTTTTCGCCATCGTCCTAGTTTCACAGAG
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AACCAAACGTCGACTTCTGCAAGACGCCTGTCGGGGAAGA*CCAAACTTGGGACTATTCG
TCGTGCTGTTTAGTACCTCACCGAGAGGACCTCCCATGGAGTTAT*ATTACCCCATGAGA
T

QA 1 781 1 781
DS 

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AAAAAGAAACAGAATGTTTTTGAGTTTTTTT*CGCCATCGTCTTAGTTCCACAGAGATGG
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TATCCAGTTATTCGTCTTCTTCACAGGCTCAAGAAACTCAGTGTTAACGCCTAACCCCAT
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C

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3B466TF 751 0 0
AGAGAACCAATAAATCCATGGATTCAGAAATCAGAAAGAAGGAGAGAAGACATGTCCATT
TCTCCTTTAGTTTCTTCCGTCTTTATATCGAAAACAACAACAACGACAATGCACCAAGGA
AAAAAGAAACAGAATGTTTTTGAGTTTTTTT*CGCCATCGTCTTAGTTCCACAGAGATGG
AGCAGAAGCAGAGGAGTTCATCAGTGTGGTCGGGCCAAGTGGATCCTTTCCATCGCAGTT
CTTGTTGCTGTTATCGCCAAGAACAGTGCTGCTTCCTGAGCTGCTGTTAGAAAGAGAACC
AAACGTCGACTTCTGCAAGACGCCTGTCGGGGAAGAACCAAACTTGGGACTATTCGTCGT
GCTGTTTAGTACCTCACCGAGAGGACCTCCCATGGAGTTATTATTACCCCATGAGATTGG
TATCCAGTTATTCGTCTTCTTCACAGGCTCAAGAAACTCAGTGTTAACGCCTAACCCCAT
GTGGATAGCAGGGTCAAACTCACGCGATAGCCTTAAAGGAGAGAGAGCAAGTTTGTCTTG
AACAGGGGAAGATGGAGGCATGGGGATTGACATTGAGAGCTGAGTCCAATCAGATTTCAG
CTCTTCTGTCCAGGAATCGACGTTGGAGTTCTTTGCTTGGTTGCTGAAGTCCAGATACGA
TCCAAAGCCTTTGGAGGAGTTTGCGTAGGAGGGTTGTTT*ATGGGTGGGATTAAGTAACG
AGTCAGAGGAGATGAGACCGAACTGGAAAG
C

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3ES57JQ 636 0 0
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CCGAGAGGACCTCCCATGGAGTTATTATTACCCCATGAGATTGGTATCCAGTTATTCGTT
TTCTTCACAGGCTCAAGAAACTCAGTGTTAACGCCTAGTCCCATGTGGATAGCAGGGCCA
AACTCGCGCGAAAGCCTTAAAGGAGAGAGAGCAAGTTTATCTTGAACAGGGGAAGATGGA
GCCATGGGGATTGACATTGAGAGCTGAGTCCAATCAGATTTCAGCTCTTCTGTCCAGGAA
TCGACATTGGAGTTCTTTGCTTGGTTGCTGAAGTCCAGATACGATCCAAAGCCTTTGGAG
GAGTTTGCGTAGGAGGGTTGTTT*ATGGGAGGGATTAAGTAACGAGTCAGAGGAGATGAG
ACCGAACTGGAAAGGGTTACTGCTTTGTTTCTGATGAGATTCCTTCGATTGTAAGTTCAT
TGCGGCAGGAAAGACGGAAGCCCCTTGAGCATTTTGAACTCTGTCACTGTAACAAACAAA
AAAAATAGCATTTAACATTTTCACAGTAGATATGAT

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 4

CO CL3151Contig1 895 4 5 U
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TGGAGAATGAGTACGAGGTGAATAGTGTTTCTGTCGAGATGATGGATCGCGACGCGGAGG
AAGCATCGGCGGCTGAAACTCAGAGCGAGTCTTCGTCTCTCTCTAACTCGCTCGAGTCCG
GTCTTACGGTTGAAAGCTCTCGTGGTGATGATGCTGATGCGAAGAAAATGGATGAATGTG
GTGGCTGGACGAATGAGAAACACAACTCGTATATTGATTCTTTGGAGAAAACATTTGTTA
GGCAGTTGTATTCCTTGCTTGGACGAGGAGAGACTCAGAGACTTAATAGAACTCGTGGTG
TGCAGTCTAACTCTCGCAAATTGACTGATCAGTTTACGGTTCTACAAAATGGTTACCGGC
AGAAGGTGAGCTTTGGGAATAAACGAGCTCATATGGGAACTGCTGTCCAAGGAAACCTAT
TGTGCAACGACCAAATCAAGAGTTCTGGTGACAAGGGTTTTGCTAGAACATCCATGAGAA
ATTCTTTAGGGCATGAGTTTCAAGCTCAAACCACTGCAGAGGCGTCAGGGCAGAATTTCA
GAGAAGAAAAAGTAGAAGAAGAGAAGGGATTTAACAACTCAGAGGCGTCCAGGAAACGCA
GAAGAGGAGCTAATTTTGATGATAGTTCATTGAATGATCAGGTTGTGCCTTAATGGTGGT
GAAGCCCTGAACAATGATATAAAGCAAATATGAAGTGAAGTGTAGATTAATTACTATGAA
TAGAGAGAAAAAAAATAGGAAGCGTGTGAGTGGGAGAATGAACGTGGAGGGTTTTGTTTG
TTGAATAGTATGATGAGGCTAAAGACAGCCTTGTCGAATGGTGATGAAATTTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AS88TF U 1
AF RR3FL35TF U 5
AF RR3FL35JQ C 33
AF RR3AS88JQ C 22
BS 1 697 RR3AS88TF
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RD RR3AS88TF 697 0 0
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AAGCATCGGCGGCTGAAACTCAGAGCGAGTCTTCGTCTCTCTCTAACTCGCTCGAGTCCG
GTCTTACGGTTGAAAGCTCTCGTGGTGATGATGCTGATGCGAAGAAAATGGATGAATGTG
GTGGCTGGACGAATGAGAAACACAACTCGTATATTGATTCTTTGGAGAAAACATTTGTTA
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TGCAGTCTAACTCTCGCAAATTGACTGATCAGTTTACGGTTCTACAAAATGGTTACCGGC
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TGTGCAACGACCAAATCAAGAGTTCTGGTGACAAGGGTTTTGCTAGAACATCCATGAGAA
ATTCTTTAGGGCATGAGTTTCAAGCTCAAACCACTGCAGAGGCGTCAGGGCAGAATTTCA
GAGAAGAAAAAGTAGAAGAAGAGAAGGGATTTAACAACTCAGAGGCGTCCAGGAAACGCA
GAAGAGGAGCTAATTTTGATGATAGTTCATTGAATGA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3FL35TF 780 0 0
GG
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CGGCGGCTGAAACTCAGAGCGAGTCTTCGTCTCTCTCTAACTCGCTCGAGTCCGGTCTTA
CGGTTGAAAGCTCTCGTGGTGATGATGCTGATGCGAAGAAAATGGATGAATGTGGTGGCT
GGACGAATGAGAAACACAACTCGTATATTGATTCTTTGGAGAAAACATTTGTTAGGCAGT
TGTATTCCTTGCTTGGACGAGGAGAGACTCAGAGACTTAATAGAACTCGTGGTGTGCAGT
CTAACTCTCGCAAATTGACTGATCAGTTTACGGTTCTACAAAATGGTTACCGGCAGAAGG
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ACGACCAAATCAAGAGTTCTGGTGACAAGGGTTTTGCTAGAACATCCATGAGAAATTCTT
TAGGGCATGAGTTTCAAGCTCAAACCACTGCAGAGGCGTCAGGGCAGAATTTCAGAGAAG
AAAAAGTAGAAGAAGAGAAGGGATTTAACAACTCAGAGGCGTCCAGGAAACGCAGAAGAG
GAGCTAATTTTGATGATAGTTCATTGAATGATCAG*TTGTGCCTTAATGGTGGTGAAGCC
CTGAACAATGATATAAAGCAAATATGAAGTGAAGTGTAGATTAATTACTATGA
TAGAG

QA 3 775 3 775
DS 

RD RR3FL35JQ 753 0 0
TGTGTG
GAGAGAGAGAGCATCGCACCGATGGAGAATGAGTACGAGGTGAATAGTGTTTCTGTCGAG
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CTCTCTAACTCGCTCGAGTCCGGTCTTACGGTTGAAAGCTCTCGTGGTGATGATGCTGAT
GCGAAGAAAATGGATGAATGTGGTGGCTGGACGAATGAGAAACACAACTCGTATATTGAT
TCTTTGGAGAAAACATTTGTTAGGCAGTTGTATTCCTTGCTTGGACGAGGAGAGACTCAG
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GAGGCGTCAGGGCAGAATTTCAGAGAAGAAAAAGTAGAAGAAGAGAAGGGATTTAACAAC
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CAGGTTGTGCCTTAATGGTGGTGAAGCCCTGAACAATGATATAAAGCAAATATGAAGTGA
AGTGTAGATTAATTACTATGA
ATAGAG

QA 7 747 7 747
DS 

RD RR3AS88JQ 874 0 0
TTTTGTTCTTTTGTGTG*AGAGAGAGAGCATCGCACCGATGGAGAATGAGTACGAGGTGA
ATAGTGTTTCTGTCGAGATGATGGATCGCGACGCGGAGGAAGCATCGGCGGCTGAAACTC
AGAGCGAGTCTTCGTCTCTCTCTAACTCGCTCGAGTCCGGTCTTACGGTTGAAAGCTCTC
GTGGTGATGATGCTGATGCGAAGAAAATGGATGAATGTGGTGGCTGGACGAATGAGAAAC
ACAACTCGTATATTGATTCTTTGGAGAAAACATTTGTTAGGCAGTTGTATTCCTTGCTTG
GACGAGGAGAGACTCAGAGACTTAATAGAACTCGTGGTGTGCAGTCTAACTCTCGCAAAT
TGACTGATCAGTTTACGGTTCTACAAAATGGTTACCGGCAGAAGGTGAGCTTTGGGAATA
AACGAGCTCATATGGGAACTGCTGTCCAAGGAAACCTATTGTGCAACGACCAAATCAAGA
GTTCTGGTGACAAGGGTTTTGCTAGAACATCCATGAGAAATTCTTTAGGGCATGAGTTTC
AAGCTCAAACCACTGCAGAGGCGTCAGGGCAGAATTTCAGAGAAGAAAAAGTAGAAGAAG
AGAAGGGATTTAACAACTCAGAGGCGTCCAGGAAACGCAGAAGAGGAGCTAATTTTGATG
ATAGTTCATTGAATGATCAGGTTGTGCCTTAATGGTGGTGAAGCCCAGAACAATGATATA
AAGCAAATACGAAGTGAAGTGTAGATTAATTACTATGAATAGAGAGAAAAAAAATAGGAA
GCGTGTGAGTGGGAGAATGAACGTGGAGGGTTTTGTTTGTTGAATAGTATGATGAGGCTA
AAGACAGCCTTGTCGAATGGTGATGAAATTTAGT

QA 1 874 1 874
DS 



AS 1 4

CO CL3152Contig1 1165 4 17 U
GACAACCAAAAACATAAACACAAACGTCAATCGAAACTCTCGCGTTTACTATGGAGAAGA
AGTGTTTTGGACTTGCGGTGGCATTTGTATTCTTAGTATTGGTTCATGTCTCTGTATCGG
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TCACACAGCTTCTCTCTAACTTCTCTGGCTCTCCTGGTTTTTGCCTAGAAGTTGGAAATG
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CTTTAGCAGGTCCCCATGCTGGAATCTCCTCTGTTCCGATGCGTGGTTCTGGATTATGGT
GTGAAATAGCAGATGAGCTGATCAAGTCAGATATTTATAGCGACTTCATTCAAGATCATC
TTGCTCCTAGTGGTTATCTCAAAATCCCTACGGAAATGAAAAAGTACCTAGAAAGTTCCA
AGTATCTACCTAAGCTTAACAATGAGATACCAGGCCAAAGAAACTCCACTTACAAAGAAC
GTTTCGCCAGCTTACATAACTTGGTTCTTATCATGTTTGAAGACGATAAGGTCATTGTTC
CAAAAGATTCATCTTGGTTCGGGTTTTACCCGG*ATGGTGATTTCGGACCTCTTCTCACC
GTTCGAGAGACAAAACTCTTTAAAGAGGACTGGATCGGTCTGAAACCATTGATTGATACT
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GTCAAATATGTTGTACCTTATCTCCAAAACCAACCTTCTTCCGCGCAAAAAAAGATTCAA
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TATTTATGAAATAGTGAAAAAAAACCTTAGTGATGGATGAATGTGTAGAACAAAAATCAT
TATTCATATAGATACAAATAATATACACTAGACCTTGATCTACGGTTGTTCAGTTTCTTT
TGTTTATAATAAATGTTGTATTCGT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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GG
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CTTTAGCAGGTCCCCATGCTGGAATCTCCTCTGTTCCGATGTGTGGTTCTGGATTATGGT
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ACC

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QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3D140JQ 724 0 0
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GGTTTTACCCGG*ATGGTGATTTCGGACCTCTTCTCACCGTTCGAGAGACAAAACTCTTT
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AAACCTTAGTGATGGATGAATGTGTAGAACAAAAATCATTATTCATATAGATGCAAATAA
TATACACTAGACCTTGATCTACGGTTGTTCAGTTTCTTTTGTTTATAATAAATGTTGTAT
TCGT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL3153Contig1 1298 2 2 U
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TAACTTTCTCATAAACCACAAGAAAACTATACAGAGTCGATTTTATTACAGGAACCAGTC
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CATCTGCTTCTATAAGCCACTCAAAACCAAAGTCAATGATATAACCGTTTCACATCTCCC
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TTTGGTTTCTTCTTCTGGTTCAGGCTCAAATGGGTTATTAGACTTCTTGAACTGAACCAA
GATGATGGTCATATTATCACAGCCTTCACCACTCGCAGTGTCTGGAGCCAAACATCTATC
AACAACTTTTTCACATACGGTTGAAAGTTTTGTTTCAAATTTTAGCTTTTCATGGATAAA
ATCCACCAGTTGCTGGCTTGACATACAGTCCCAGATTCCATCACATGCAACAACAAGAAA
ATCATCATCATCACATAGGTCAAGAGTGTTTATATCTGGATCAGCAGTAACCATTTGCTT
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CTGTCCTTGCATCATGTCATCCATTCTAAAAGATATTCACAATGAACACTTTTTAAGTAG
AAACCTTTTTTTTCCTTCTTCTGTAAAAGTGTTTTAAATATTACCTAAAGAATGCTCTCT
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ACGATGTCTTATCATCTAGATCAAGAATTGAAGCATGC


BQ
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10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AACAACTTTTTCACATACGGTTGAAAGTTTTGTTTCAAATTTTAGCTTTTCATGGATAAA
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GTCTTATCATCTAGATCAAGAATTGAAGCATGC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 0 0

AS 1 4

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BQ
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AF RR3G464JQ C 472
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GG
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DS 

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TCAAGGCGACTGGCTCTGTTAGGAGCTCAATCCGCGCTCTCAATCGCCAGACCCCGAGGA
GGTCTGGGCTCCTCCTCCTCCTCCTACGGCTTAATTGATCGGCGTCCCTTCCAGTTCCGG
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GTCAAAAGCTCTCAGGAGCATCATTTTACTGTTTTACAACGCGAGACAGAAAAACTAAGA
GGGGATATAGAGAAGATGAGAAGCGAGCTAAGGTATGAAATTGATAAG*TCACAGCTGGA
CAACGCTTGGATTTGAATCTTGAAAGAG*CCGGATACGTGATGAGCTAGCTAATCAGAAT
TCAGAAACAACAAACCTCACGAACAAGCTTGACAGAGAAATTCATGCATTGAGAGCTCAA
CTAGAAGCG*CCAAATACGAAGTA*TCAAATACTGCATTGGTACACTTGTCTCCATTTCA
GCAGTTGGACTCGCAGTCC

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3GC37JQ 742 0 0
TCTGGTGAGGAGTCTTGAAGCACAAGGTGTTCCATCGAAACAAGCTGAGGCCATTACTTC
TGCCATCACTGAGGTTTTGAATGATAGCTTGGAGAACGTCTCCGAGTCCTTTGTTTCCAA
GGCTGAGATGCAGAAGATTGAAATGCTCCAAGATTCTAACCTCTCCAAATTTAAATCTGA
AGTCAAAAGCTCTCAGGAGCATCATTTTACTGTTTTACAACGCGAGACAGAAAAACTAAG
AGGGGATATAGAGAAGATGAGAAGCGAGCTAAGGTATGAAATTGATAAGGTCACAGCTGG
ACAACGCTTGGATTTGAATCTTGAAAGAGGCCGGATACGTGATGAGCTAGCTAATCAGAA
TTCAGAAACAACAAACCTCACGAACAAGCTTGACAGAGAAATTCATGCATTGAGAGCTCA
ACTAGAAGCGGCCAAATACGAAGTAATCAAATACTGCATTGGTACACTTGTCTCCATTTC
AGCAGTTGGACTCGCAGTCCTTCGCATAATGATGTAGTTGAATCTAACCCTCAAGACTTA
TATGCTCAAAACAAAAGTTGGTAGATTCTCATTTTTTTTACTTGAAACCTCAGCGTCATA
TTCTTTTTTCCTTT*CTGGCGAGGAAAAGGGAGAAAAAAACAATGTTATTGTAATCGTGA
TCTCTTGGGCTAATTATCCTTGCTAGAACAGGTTTTGAATTTGCCGCGAGTATTATATTC
AATCCAAGAATCGTTGGTTTCT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3G464JQ 577 0 0
AAATCTGAAGTCAAAAGCTCTCAGGAGCATCATTTTACTGTTTTACAACGCGAGACAGAA
AAACTAAGAGGGGATATAGAGAAGATGAGAAGCGAGCTAAGGTATGAAATTGATAAGGTC
ACAGCTGGACAACGCTTGGATTTGAATCTTGAAAGAGGCCGGATACGTGATGAGCTAGCT
AATCAGAATTCAGAAACAACAAACCTCACGAACAAGCTTGACAGAGAAATTCATGCATTG
AGAGCTCAACTAGAAGCGGCCAAATACGAAGTAATCAAATACTGCATTGGTACACTTGTC
TCCATTTCAGCAGTTGGACTCGCAGTCCTTCGCATAATGATGTAGTTGAATCTAACCCTC
AAGACTTATATGCTCAAAACAAAAGTTGGTAGATTTTCATTTTTTTTACTTGAAACCTCA
GCGTCATATTTTTTTTTTCTTTTCTGGCGAGGAAAAGGGAGAAAAAAACAATGTTATTGT
AATCGTGATCTCTTGGGCTAATTATCCTTGCTAGAACAGGTTTTGAATTTGCCGCGAGTA
TTATATTCAATCCAAGAATCGTTGGTTTCTTATTACC

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 2

CO CL3156Contig1 773 2 9 U
GGATCTCTCTCAACCTACGTCTCTCTTAAAAAAAATGGAGATTTCAGTCGCATCGGCGAC
TGTTTCAATAGCTCTTGCTGTTGTGTCGTGGTGGGTATGGAGAACTTTAAACTGGGTTTG
GTTTAAACCAAAGATGCTCGAGAGTTACCTCAGAAGACAAGGTCTTTCCGGTAGTCCTTA
CACGCTCCTCGTCGGAGATTTGAAGAAGGTTTTCAGCATGTTGACGGAGGCAAGATCCAA
ACCCATCAAACTAACGGATGATATCACTCCACGTCTTGTGCCTTATCCCTTGCAAATGCT
CAAGACTCACGGGAGGACTTACTTTACATGGCTGGGACCTATACCAACCATCACCATAAT
GGACCCTGAGCAAATCAAGGAAGTGTTCAACAAAGTTTATGATTTCCAGAAGCCACATAC
CTTCCCTTTGGCCAGGTTGATAGGCACTGGACTCGCTAACTATGATGGTGATAAATGGGC
TAAACACCGACGAATCATCAACCCTGCTTTCCACCTTGAGAAGATCAAGAACATGGTACC
TGCGTTTCACCAGAGCTGCAGAGAGGTCGTTGGAGAATGGGACAAGTTGGTCTCGGAGGA
AAGAGGGGCTGTCCTGTGAAGTGGACGTGTGGCCAGGGCTTGTGAGTATGACTGCTGATG
TGATCTCTCGTACTGCTTTTGGTAGCAGCTACAAAGAAGGCAGAGGATATTTGAGCTCCA
AGCTGAACTAGCACAGCTCATCATTCAAGCTTTTAGAAAACACTTCATCCCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR54TF U 10
AF RR3EL03TF U 1
BS 1 152 RR3EL03TF
BS 153 153 RR3BR54TF
BS 154 186 RR3EL03TF
BS 187 187 RR3BR54TF
BS 188 238 RR3EL03TF
BS 239 239 RR3BR54TF
BS 240 596 RR3EL03TF
BS 597 597 RR3BR54TF
BS 598 773 RR3EL03TF

RD RR3BR54TF 688 0 0
GGAACCTACGTCTCTCTTA
AAAAAAATGGAGATTTCAGTCGCATCGGCGACTGTTTCAATAGCTCTTGCTGTTGTGTCG
TGGTGGGTATGGAGAACTTTAAACTGGGTTTGGTTTAAACCAAAGATGCTCGAGAGTTAC
CTCAGAAGACAAGGTCTTTCCGGTAGTCCTTACACGCTCCTCGTCGGAGATTTGAAGAAG
GTTTTCAGCATGTTGACGGAGGCAAGATCCAAACCCATCAAACTAACGGATGATATCACT
CCACGTCTTGTGCCTTATCCCTTGCAAATGCTCAAGACTCACGGGAGGACTTACTTTACA
TGGCTGGGACCTATACCAACCATCACCATAATGGACCCTGAGCAAATCAAGGAAGTGTTC
AACAAAGTTTATGATTTCCAGAAGCCACATACCTTCCCTTTGGCCAGGTTGATAGGCACT
GGACTCGCTAACTATGATGGTGATAAATGGGCTAAACACCGACGAATCATCAACCCTGCT
TTCCACCTTGAGAAGATCAAGAACATGGTACCTGCGTTTCACCAGAGCTGCAGAGAGGTC
GTTGGAGAATGGGACAAGTTGGTCTCGGAG*AAAGAGGGGCTGTCCTGTGAAGTGGACGT
GTGGCCAGGGCTTGTGAGTATGACTGCTGATGTGATCTCTCGTACTGCTTTTGGTAGCAG
CTACAA
AGA

QA 20 685 20 685
DS 

RD RR3EL03TF 773 0 0
GGATCTCTCTCAACCTACGTCTCTCTTAAAAAAAATGGAGATTTCAGTCGCATCGGCGAC
TGTTTCAATAGCTCTTGCTGTTGTGTCGTGGTGGGTATGGAGAACTTTAAACTGGGTTTG
GTTTAAACCAAAGATGCTCGAGAGTTACCTCATAAGACAAGGTCTTTCCGGTAGTCCTTA
CACGCTTCTCGTCGGAGATTTGAAGAAGGTTTTCAGCATGTTGACGGAGGCAAGATCCGA
ACCCATCAAACTAACGGATGATATCACTCCACGTCTTGTGCCTTATCCCTTGCAAATGCT
CAAGACTCACGGGAGGACTTACTTTACATGGCTGGGACCTATACCAACCATCACCATAAT
GGACCCTGAGCAAATCAAGGAAGTGTTCAACAAAGTTTATGATTTCCAGAAGCCACATAC
CTTCCCTTTGGCCAGGTTGATAGGCACTGGACTCGCTAACTATGATGGTGATAAATGGGC
TAAACACCGACGAATCATCAACCCTGCTTTCCACCTTGAGAAGATCAAGAACATGGTACC
TGCGTTTCACCAGAGCTGCAGAGAGGTCGTTGGAGAATGGGACAAGTTGGTCTCGGGGGA
AAGAGGGGCTGTCCTGTGAAGTGGACGTGTGGCCAGGGCTTGTGAGTATGACTGCTGATG
TGATCTCTCGTACTGCTTTTGGTAGCAGCTACAAAGAAGGCAGAGGATATTTGAGCTCCA
AGCTGAACTAGCACAGCTCATCATTCAAGCTTTTAGAAAACACTTCATCCCTG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 4

CO CL3157Contig1 1022 4 13 U
GCTAAATATTCGCTCATGCGCTTGTGCGAGAGAACCTTATAGGTATCTCTCATTTCATAT
CAAATAAATCCTCAGATGAAAAAGAATTAGTATTATGTAACAACAGAGAGAGACTAGCAA
GATGTGTTGTAAACGTGTGAAAAGCAATTGTATATTATTTCTGTTCCACGGACCGCCTAA
GATAACTGGATCTTATAGCCCAAAGCTGCTTCCCGACAGCTTCCATGTCGGGACGCTCTT
TGCGTGTGGGAGCAGCACATTGAAAAGCCAAACTGAACATCTTCTTTAGTATCTTCTCAT
CTACACGGTCCCTCGCGTTTGGATCCACCAATTCCAACACTTTGCCCTCATTGTATTTCT
CAAACGCCCATCGAACCGTAATCTTCTCATCATGAGGTCGTCTGGGCTCAACAGGGCGAC
GGCCAGTGAGTATCTCAACGACCAAAATACCGAAGGAGAAAACATCGCTTTTGGCAGTGA
GTTGATAAGTCCTCATGTACTCAGGGTCGAGATAACCAACCGTTCCTTTCACTTGCGTCA
AAATGTGGGTTTGGTTAGTGTCCGTAGGACCGCCTCTCGCAAACCCAAAGTCTGCCACTT
TGGCTCTCATCCCAGTCGTGAGGATGATGTTGGAGGATTTTATGTCACGGTGAATTATCT
GTCTTTCTGCATAAGAATGGAGATAAGTCAATCCATGGCAAACATCAATCACGATCTCCA
ACCTTTGACTGAAATTGAGAATGCTTCCACTAGTACCATCCAAGTGATCCCGGAGTGTAC
CGTTTCCGACATACTCGGTTATGATAAGTCGCTCGTCTCCTTTATCAACATAACCAAGTA
GCTTCACTAGGTTCCTATGACCTATTTTAGACAAAAGATCAACTTCGCTTTTGAATTCCT
TCCGCAGATTCTCAAAGTGTTCCTTTTTGGCTCGTTTAATGGCAACAACCTGACCGTCGT
CTAGAGTGCCCTTATAGACTATCCCGAAGCCTCCTTCACCAATTTGGTTACTGTCGGAAA
AA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 0 5 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3G685JQ U 139
AF RR3DI37JQ U 1
AF RR3FS16JQ U 34
AF RR3G685TF C 404
BS 1 424 RR3DI37JQ
BS 425 425 RR3FS16JQ
BS 426 447 RR3DI37JQ
BS 448 448 RR3FS16JQ
BS 449 517 RR3DI37JQ
BS 518 518 RR3FS16JQ
BS 519 535 RR3DI37JQ
BS 536 536 RR3FS16JQ
BS 537 625 RR3DI37JQ
BS 626 626 RR3FS16JQ
BS 627 728 RR3DI37JQ
BS 729 764 RR3FS16JQ
BS 765 1022 RR3G685TF

RD RR3G685JQ 167 0 0
GAAAAGCAATTGTATATTATTTCTGTTCCACGGACCGCCTAAGATAACTGGATCTTATAG
CCCAAAGCTGCTTCCCGACAGCTTCCATGTCGGGACGCTCTTTGCGTGTGGGAGCAGCAC
ATTGAAAAGCCAAACTGAACATCTTCTTTAGTATCTTCTCATCTAC
A

QA 1 166 1 166
DS 

RD RR3DI37JQ 728 0 0
GCTAAATATTCGCTCATGCGCTTGTGCGAGAGAACCTTATAGGTATCTCTCATTTCATAT
CAAATAAATCCTCAGATGAAAAAGAATTAGTATTATGTAACAACAGAGAGAGACTAGCAA
GATGTGTTGTAAACGTGTGAAAAGCAATTGTATATTATTTCTGTTCCACGGACCGCCTAA
GATAACTGGATCTTATAGCCCAAAGCTGCTTCCCGACAGCTTCCATGTCGGGACGCTCTT
TGCGTGTGGGAGCAGCACATTGAAAAGCCAAACTGAACATCTTCTTTAGTATCTTCTCAT
CTACACGGTCCCTCGCGTTTGGATCCACCAATTCCAACACTTTGCCCTCATTGTATTTCT
CAAACGCCCATCGAACCGTAATCTTCTCATCATGAGGTCGTCTGGGCTCAACAGGGCGAC
GGCCTGTGAGTATCTCAACGACCAAAACACCGAAGGAGAAAACATCGCTTTTGGCAGTGA
GTTGATAAGTCCTCATGTACTCAGGGTCGAGATAACCGACCGTTCCTTTCACTTGTGTCA
AAATGTGGGTTTGGTTAGTGTCCGTAGGACCGCCTCTCGCAAACCCAAAGTCTGCCACTT
TGGCTCTCATCCCAGTCGTGAGGATTATGTTGGAGGATTTTATGTCACGGTGAATTATCT
GTCTTTCTGCATAAGAATGGAGATAAGTCAATCCATGGCAAACATCAATCACGATCTCCA
ACCTTTGA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3FS16JQ 731 0 0
GCT
TTATAGGTATCTCTCATTTCATATCAAATAAATCCTCAGATGAAAAAGAATTAGTATTAT
GTAACAACAGAGAGAGACTAGCAAGATGTGTTGTAAACGTGTGAAAAGCAATTGTATATT
ATTTCTGTTCCACGGACCGCCTAAGATAACTGGATCTTATAGCCCAAAGCTGCTTCCCGA
CAGCTTCCATGTCGGGACGCTCTTTGCGTGTGGGAGCAGCACATTGAAAAGCCAAACTGA
ACATCTTCTTTAGTATCTTCTCATCTACTCGGTCCCTCGCGTTTGGATCCACCAATTCCA
ACACTTTGCCCTCATTGTATTTCTCAAACGCCCATCGAACCGTAATCTTCTCATCATGAG
GTCGTCTGGGCTCAACAGGGCGACGGCCAGTGAGTATCTCCACGACCAAAATACCGAAGG
AGAAAACATCGCTTTTGGCAGTGAGTTGATAAGTCCTCATGTACTCAGGGTCGAGATAAC
CAACTGTTCCTTTCACTTGCGTCAAAATGTGGGTTTGGTTAGTGTCCGTAGGACCGCCTC
TCGCAAACCCAAAGTCCGCCACTTTGGCTCTCATCCCAGTCGTGAGGATGATGTTGGAGG
ATTTTATGTCACGGTGAATTATCTGTCTTTCTGCATAAGAATGGAGATAAGTCAATCCAT
GGCAAACATCAATCACGATCTCCAACCTTTGACTGAAATTGAGAATGCTTCCACTAGTAC
CATCCAAG

QA 4 731 4 731
DS 

RD RR3G685TF 619 0 0
GGGCTCAACAGGGCGACGGCCAGTGAGTATCTCAACGACCAAAATACCGAAGGAGAAAAC
ATCGCTTTTGGCAGTGAGTTGATAAGTCCTCATGTACTCAGGGTCGAGATAACCAACGAT
TCCTTTTACTTGCGTCAAAATGTGGGTTTGGTTGGTGTCCGTAGGACCGCCTCTCGCAAA
CCCAAAGTCTGCCACTTTGGCTCTCATCCCTGTCGTGAGGATGATGTTGGAGGATTTTAT
GTCACGGTGAATTATCTGTCTTTCTGCATAAGAATGGAGATAAGTCAATCCATGGCAAAC
ATCAATCACGATCTCCAACCTTTGACTGAAATTGAGAATGCTTCCACTAGTACCATCCAA
GTGATCCCGGAGTGTACCGTTTCCGACATACTCGGTTATGATAAGTCGCTCGTCTCCTTT
ATCAACATAACCAAGTAGCTTCACTAGGTTCCTATGACCTATTTTAGACAAAAGATCAAC
TTCGCTTTTGAATTCCTTCCGCAGATTCTCAAAGTGTTCCTTTTTGGCTCGTTTAATGGC
AACAACCTGACCGTCGTCTAGAGTGCCCTTATAGACTATCCCGAAGCCTCCTTCACCAAT
TTGGTTACTGTCGGAAAAA

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 4

CO CL3158Contig1 1243 4 3 U
AGTTAGAAACACATTAATTTTTCTATAGATGTAATCAGGTGATGGCGTATAGTTATTACA
AGATGCTTAATCAAGACACGACATAAGAAAGTATTATACAACACCACCATCATGGTCGCC
TGAAATCTCTACGCATCGTATACAGGACCTATACGACGCTTAATCAATTCACGACATATC
GGACATTTGTTGCATTTGTTGCTGCATGCGCTGCGGAGGACGAGATGTTTACATGGGAGT
AGAAGCACGTTGACCGGATCCTCAAAGCAAACTTTGCGAAGATTCTTCTCCTGCTGGTTG
TATCCGGTAGCTTCTCCACTGTGGAGCCTGACTTGTTCCTCCTGACTTCCTTTATTGATA
GACCACCCGCCAAGTAATCTTTTACAATGTTGAAAGAATCTCAGGAATACACGAGTCGAC
GATCTCGCAAATTGTCTTCCATAAGGACCACCAACCCTATAAATCCACAAGACAGATGTA
GACATCGAAATATATGTAACAAAAAGCACCCTAGCTCCTTGTATCAGAAAAAGAGGTGCA
AACAGAACTGCAATCGGAATGTTTTTGGGAGAAGCAGGTGTTCCCTCTAAGCTCATTAAA
AGGATGATATGAAAGATCATGAATGGAACTTTCATTACATATCCACCAATATCTAGGAGA
CCGCCATCTCTGTTGCTGTGCTGATCAAGATATGGTACTCTTGCAGAGGATGAGCCATTT
ACGATATAAATTCTATGGACTGGCTGATTGTTCAACTTTGTGGAGACAAGAAAGCCAAAG
CACTCTGCTATGCCCAAGTTTATAGCTAAGCCCCACCAGTCCAACGCAGCTACATCACCA
CGTGCTTTAACAAGAGTGAAGGTAATGGCAGCAATGAAGGAAACTATCCATATGGAAGCC
CATGTGTAGAGAAGTGGTTCATCACCCATAGTTTCCTCATCTGTAGGCCTTACTGTGAAG
CACTGACTGACATTATGTACCAAAATGGCTACCTCGAAAGCAAGCAATGGTAAGAAGACA
AACTTTAAGTCAAGAGCATATTTATCTTCAAGATGTAGAAAGAGCAGGATCTCAAAAGCA
AGAAGCAGTGGTGTTGCCATGACAGAGTGAAAAGGAGCCCAATCCTTATCATGAGGCATT
AGTGGAGTAGGCAACGAAAATCTACCGGGGGAAATCACAGCATGACACAGCCACCACAAG
GGTGTAAATACACACCACCATGAGTCAGAAAGAAGATGGTCAC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI27JQ U 1
AF RR3BI27TF C 152
AF RR3B914JQ U 5
AF RR3B914TF C 461
BS 1 771 RR3BI27JQ
BS 772 857 RR3B914JQ
BS 858 1243 RR3B914TF

RD RR3BI27JQ 771 0 0
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AGATGCTTAATCAAGACACGACATAAGAAAGTATTATACAACACCACCATCATGGTCGCC
TGAAATCTCTACGCATCGTATACAGGACCTATACGACGCTTAATCAATTCACGACATATC
GGACATTTGTTGCATTTGTTGCTGCATGCGCTGCGGAGGACGAGATGTTTACATGGGAGT
AGAAGCACGTTGACCGGATCCTCAAAGCAAACTTTGCGAAGATTCTTCTCCTGCTGGTTG
TATCCGGTAGCTTCTCCACTGTGGAGCCTGACTTGTTCCTCCTGACTTCCTTTATTGATA
GACCACCCGCCAAGTAATCTTTTACAATGTTGAAAGAATCTCAGGAATACACGAGTCGAC
GATCTCGCAAATTGTCTTCCATAAGGACCACCAACCCTATAAATCCACAAGACAGATGTA
GACATCGAAATATATGTAACAAAAAGCACCCTAGCTCCTTGTATCAGAAAAAGAGGTGCA
AACAGAACTGCAATCGGAATGTTTTTGGGAGAAGCAGGTGTTCCCTCTAAGCTCATTAAA
AGGATGATATGAAAGATCATGAATGGAACTTTCATTACATATCCACCAATATCTAGGAGA
CCGCCATCTCTGTTGCTGTGCTGATCAAGATATGGTACTCTTGCAGAGGATGAGCCATTT
ACGATATAAATTCTATGGACTGGCTGATTGTTCAACTTTGTGGAGACAAGA

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3BI27TF 620 0 0
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TGCGGAGGACGAGATGTTTACATGGGAGTAGAAGCACGTTGACCGGATCCTCAAAGCAAA
CTTTGCGAAGATTCTTCTCCTGCTGGTTGTATCCGGTAGCTTCTCCACTGTGGAGCCTGA
CTTGTTCCTCCTGACTTCCTTTATTGATAGACCACCCGCCAAGTAATCTTTTACAATGTT
GAAAGAATCTCAGGAATACACGAGTCGACGATCTCGCAAATTGTCTTCCATAAGGACCAC
CAACCCTATAAATCCACAAGACAGATGTAGACATCGAAATATATGTAACAAAAAGCACCC
TAGCTCCTTGTATCAGAAAAAGAGGTGCAAACAGAACTGCAATCGGAATGTTTTTGGGAG
AAGCAGGTGTTCCCTCTAAGCTCATTAAAAGGATGATATGAAAGATCATGAATGGAACTT
TCATTACATATCCACCAATATCTAGGAGACCGCCATCTCTGTTGCTGTGCTGATCAAGAT
ATGGTACTCTTGCAGAGGATGAGCCATTTACGATATAAATTCTATGGACTGGCTGATTGT
TCAACTTTGTGGAGACAAGA

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3B914JQ 853 0 0
G
GAAACACATTAATTTTTCTATAGATGTAATCAGGTGATGGCGTATAGTTATTACAAGATG
CTTAATCAAGACACGACATAAGAAAGTATTATACACCACCTTCATCATGGTCGCCTGAAA
TCTCTACGCATCGTATACAGGACCTATACGACGCTTAATCAATTCACGACATATCGGACA
TTTGTTGCATTTGTTGCTGCATGCGCTGCAGAGGACGAGATGTTTACATGGGAGCAGAAG
CACGTTGACCGGATCCTCAAAGCAAACTTTGCAAAGATTCTTCTCCTGCTGGTTGTATCC
GGTAGCTTCTCCACTGTGGAGCCTGACTTGTTCCTCCTGACTTCCTTTATTGATAGACCA
CCCGCCAAGTAATCTTTTACAATGTTGAAAGAATCTCAGGAATACACGAGTCGATGATCT
CGCAAATTGTCTTCCATAAGGACCACCAACCCTATAAATCCACAAGACAGATGTAGACAT
CGAAATATATGTAACAAAAAGCACCCTAGCTCCTTGTATCAGAAAAAGAGGTGCAAACAG
AACTGCAATCGGAATGTTTTTGGGAGAAGCAGGTGTTCCCTCTAAGCTCATTAAAAGGAT
GATATGAAAGATCATGAATGGAACTTTCATTACATATCCACCAATATCTAGGAGACCGCC
ATCTCTGTTGCTGTGCTGATCAAGATATGGTACTCTTGCAGAGGATGAGCCATTTACGAT
ATAAATTCTATGGACTGGCTGATTGTTCAACTTTGTGGAGACAAGAAAGCCAAAGCACTC
TGCTATGCCCAAGTTTATAGCTAAGCCCCACCAGTCCAACGCAGCTACATCACCACGTGC
TTTAACAAGAGT

QA 2 853 2 853
DS 

RD RR3B914TF 783 0 0
AAATCCACAAGACAGATGTAGACATCGAAATATATGTAACAAAAAGCACCCTAGCTCCTT
GTATCAGAAAAAGAGGTGCAAACAGAACTGCAATCGGAATGTTTTTGGGAGAAGCAGGTG
TTCCCTCTAAGCTCATTAAAAGGATGATATGAAAGATCATGAATGGAACTTTCATTACAT
ATCCACCAATATCTAGGAGACCGCCATCTCTGTTGCTGTGCTGATCAAGATATGGTACTC
TTGCAGAGGATGAGCCATTTACGATATAAATTCTATGGACTGGCTGATTGTTCAACTTTG
TGGAGACAAGAAAGCCAAAGCACTCTGCTATGCCCAAGTTTATAGCTAAGCCCCACCAGT
CCAACGCAGCTACATCACCACGTGCTTTAACAAGAGTGAAGGTAATGGCAGCAATGAAGG
AAACTATCCATATGGAAGCCCATGTGTAGAGAAGTGGTTCATCACCCATAGTTTCCTCAT
CTGTAGGCCTTACTGTGAAGCACTGACTGACATTATGTACCAAAATGGCTACCTCGAAAG
CAAGCAATGGTAAGAAGACAAACTTTAAGTCAAGAGCATATTTATCTTCAAGATGTAGAA
AGAGCAGGATCTCAAAAGCAAGAAGCAGTGGTGTTGCCATGACAGAGTGAAAAGGAGCCC
AATCCTTATCATGAGGCATTAGTGGAGTAGGCAACGAAAATCTACCGGGGGAAATCACAG
CATGACACAGCCACCACAAGGGTGTAAATACACACCACCATGAGTCAGAAAGAAGATGGT
CAC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL3159Contig1 841 2 12 U
AGAAGTGAAATGTGATATAGATTCATGATGAATGGTCGGAAACAGACATGACTCTGTCCT
AAGAAACCAAAAGATAAATTAACTGAAACAAACCAACAAACAAAAATAACACTTAAAAGC
TACAAATGAAAACCAAATTTTAGCAAAAAAAAAAAAGTTACAAATAAAATAGTAGTGAGT
GATCAGGCAAAACCACTTTTCCCAACCATACGATTGTTACGACGAGCACAACAACCGCAT
GAATAGACGGTGATGAGGAGGATGATGAGACAAACGTTGAAAATCAAAAGGTTCCCCCAC
TTCTCTCTAATATTCGCCAAGACTCCAGCTTTGCATGCGTTGCAGTTAAAACATAACTCC
GTTTGCACGTTACTCCATGCACCGCAGTCACCGTTATTGGTCGCGACAACCGTTTCGTTT
TTCGCTGGTGGTGTCCAGAACGTTGCGTTTTTGAACTCAAAGTTGCAATCTGACGGTGGC
TTACAACAACCAGACTGGAGTGGAGACAAGTTCTTCTGATAAAACTCATCAGCGATCTGA
CTAACAGGACCATCATTCAAATCATCACAAACGCTAGCTTCAGCCAAACAAGATCTTATA
CCAACCCATCTATTCCCATCGACGAAACTGTTAAGCCATGTCGAGAAATCCATGGTCTAG
TACTCTCTATAGCCTCGACCAGAGACCACACGACCGGCTCCTTTGTTAGTCACGAAGACT
AGAAATATCGAGAAACCCATTAACGCAACAATGCCCGCAAGGAGTACGATCAAGTACGAG
ACATGGCGAGATTTCTTGCAGCAGATCCTATCACTCCTAGCACGACACCGCGAGAGGACG
A


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3GV40JQ U 1
AF RR3DU27JQ U 2
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RD RR3GV40JQ 757 0 0
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QA 1 757 1 757
DS 

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ACAAATGAAAACCAAATTTTAGCAAAAAAAAAAAAGTTACAAATAAAATAGTAGTGAGTG
ATCAGGCAAAACCACTTTTCCCAACCATACGATTGTTACGACGAGCACAACAACCGCATG
AATAGACGGTGATGAGGAGGATGATGAGACAAACGTTGAAAATCAAAAGGTTCCTCCACT
TCTCTCTAATATTCGCCAAGACTCCAGCTTTGCATGCGTTGCAGTTGAAACATAACTCCG
TTTGCACGTTACTCCATGCACCGCAGTCACCGTTATTGGTCGCGACAACCGTTTCGTTTT
TCGCTGGTGGTGTCCAGAACGTTGCGTTTTTGAACTCAAAGTTGCAATCTGACGGTGGCT
TACAACAACCAGACTGGAGTGGAGACAAGTTCTTCTGATAAAACTCATCAGCGATCTGAC
TAACAGGACCATCATTCAAATCATCACAAACGCTAGCTTCAGCCAAACAAGATCTTATAC
CAACCCATCTATTCCCATCGACGAAACTGTTAAGCCATGTCGAGAAATCCATGGTCTGGT
ACTCTCTATAGCCTCGACCAGAGACCACACGACCGGCTCCTTTGTTAGTCACGAAGACTA
GAAATATCGAGAAACCCATTAACGCAACAATGCCCGCAAGGAGTACGATCAAGTACGAGA
CATGGCGAGATTTCTTGCAGCAGATCCTATCACTCCTAGCACGACACCGCGAGAGGACGA

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 4

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BQ
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15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3A923JQ U 17
AF RR3D892JQ U 1
AF RR3GF54JQ U 17
AF RR3GF54TF C 177
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GGGAG
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QA 6 712 6 712
DS 

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QA 1 838 1 838
DS 

RD RR3GF54JQ 768 0 0
GAGAA
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TCAAAAGATTCTGCGTCTACGGAGATAGGAATACATGAGGAAGAAGCCTACTGCAGCGCC
TATGATGATTCCGCACGTTGTTAGCCAGAATGCAAAAGGTTGCTCTTCAAGATATGACCT
CAAGTTCATGCCGAATATACCTGCGATGAGAGCACCAACTGCAACACAAAACGTCCCGAC
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TGAATCTTCCATTTCCTTTGCAGAATCCAGAAGTCTTTCTGCTTGACCATGGCATGACTC
GCATCTTTGCAGATAGTTCTCCAAGATCATTTCAATTTCCTCCTCTTCTTCTTCAGCAAT
CTGCTTATCTAAGGGCAATGAACACTCCATATCGTCATTTCCTCTTTTAAGTGTGCAGTT
TCTTCCCATGATGAATATGCGGCGTATTTCATGCGGATCCTCTAAGAGATCAAGGAGCAT
TTGTCTGAGAGCTCCAGCTCTTGAACCCAACTCAACCAGTCTT

QA 6 768 6 768
DS 

RD RR3GF54TF 717 0 0
TCTCTAATGCCACCACATTGTGTGATGAAAGTCACTTTCTTCACGGATTGTCACCTCTTC
TTTCAC*GTTTTTATCATTTGAGGTTCAAAAGATTCTGCGTCTACGGAGATAGGAATACA
TGAGGAAGAAGCCTACTGCAGCGCCTATGATGATTCCGCACGTTGTTAGCCAGAATGCAA
AAGGTTGCTCTTCAAGATATGACCTCAAGTTCATGCCGAATATACCTGCGATGAGAGCAC
CAACTGCAACACAAAACGTCCCGACCTGAAGAAGCAGCTCGAATCTGCTGACCTCAAGCC
TCCGAGAACTTAGATTGACAGCAATTGAATCTTCCATTTCCTTTGCAGAATCCAGAAGTC
TTTCTGCTTGACCATGGCATGACTCGCATCTTTGCAGATAGTTCTCCAAGATCATTTCAA
TTTCCTCCTCTTCTTCTTCAGCAATCTGCTTATCTAAGGGCAATGAACACTCCATATCGT
CATTTCCTCTTTTAAGTGTGCAGTTTCTTCCCATGATGAATATGCGGCGTATTTCATGCG
GATCCTCTAAGAGATCAAGGAGCATTTGTCTGAGAGCTCCAGCTCTTGAACCCAACTCAA
CCAGTCTTTGTTTGCTGATACGAAGTTCCTCCAATATATCAGCAGTTAAGCGGTTGGGCA
AAACCTCAAGAAGAGCTTGGACACGGGGTTCAATATCCATAAGCCTTTGCTCTAACC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 3

CO CL3161Contig1 846 3 11 U
GTCAGATGAAAATATCTCCACAGATTCTGATATGCATTCTTGTCCACCACCAGTGAAATA
TGATTTTCATGTACGTGTTAAGGAGATACAGACCAAACTCAGGGCAATAAAGATACAAAC
AAAGATGATGAAGCAATAAAGCGTTTTTAGGGTCGTCAAAGTTAATCAAGATTCCTTGCG
TTTTTCTTCCGAGTATCGAAGCTCTCTGGAAACGAGGACCTCCTGTTCTCCATTTCTTGA
AGGCTGTCATAGACAAGTTAGCTGCTTCGTACAAGTTTGCTTCTTCAATAGTCAAGAATG
GCAAGAACTTGGAAGCTGTTAGATGAGTTGCGGTGAAAACTTTTGTCAGCCTCTCCTTGT
ATCTGATCTTAAACGCAGTCGACAGCAAGATCCCAATCGTTCTATCTGCAACTAAGGGCT
GTAACTTGCAACCCAGCTCGTAGAAGTAAGGACATCGTGATCTAAGATCCACACATGCTG
CATCAGCCTGTATCTCCAACCTCGTCTTCTGGTCGAAACAGGCAGGAAGGTTAATGGAGA
CAGCTTGTCTCAAATGCAACTCGTGAGCAAGCCAGAAGGGTAACTCCACTTTAGCGCCTT
GCTCAACAGAGTTTGTCTCGGCACTTGGATCAATAGTCACTCCATTTGCTGGCTTATGGA
ACAACACAGGAGCAAACTCTTCCTCTGTAAGTATGTCGTCAATGTCATAGTACTTGGCCA
TTCTCTGATTTTTTCTTCCACAAGCCAAAAGCGGAGACGGTGTAGTTAGCGAGTTAGGGG
GAGATTTTGAGCGGCGGAGACGGTCACAGAGGAGGAGTCGAAGGAGAAACAGATTCGAGT
GTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3GB43JQ U 1
AF RR3F245JQ U 42
AF RR3F245TF C 227
BS 1 242 RR3GB43JQ
BS 243 243 RR3F245JQ
BS 244 435 RR3GB43JQ
BS 436 436 RR3F245JQ
BS 437 619 RR3GB43JQ
BS 620 620 RR3F245JQ
BS 621 721 RR3GB43JQ
BS 722 722 RR3F245JQ
BS 723 726 RR3GB43JQ
BS 727 819 RR3F245JQ
BS 820 846 RR3F245TF

RD RR3GB43JQ 740 0 0
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TGATTTTCATGTACGTGTTAAGGAGATACAGACCAAACTCAGGGCAATAAAGATACAAAC
AAAGATGATGAAGCAATAAAGCGTTTTTAGGGTCGTCAAAGTTAATCAAGATTCCTTGCG
TTTTTCTTCCGAGTATCGAAGCTCTCTGGAAACGAGGACCTCCTGTTCTCCATTTCTTGA
AGACTGTCATAGACAAGTTAGCTGCTTCGTACAAGTTTGCTTCTTCAATAGTCAAGAATG
GCAAGAACTTGGAAGCTGTTAGATGAGTTGCGGTGAAAACTTTTGTCAGCCTCTCCTTGT
ATCTGATCTTAAACGCAGTCGACAGCAAGATCCCAATCGTTCTATCTGCAACTAAGGGCT
GTAACTTGCAACCCAACTCGTAGAAGTAAGGACATCGTGATCTAAGATCCACACATGCTG
CATCAGCCTGTATCTCCAACCTCGTCTTCTGGTCGAAACAGGCAGGAAGGTTAATGGAGA
CAGCTTGTCTCAAATGCAACTCGTGAGCAAGCCAGAAGGGTAACTCCACTTTAGCGCCTT
GCTCAACAGAGTTTGTCTCAGCACTTGGATCAATAGTCACTCCATTTGCTGGCTTATGGA
ACAACACAGGAGCAAACTCTTCCTCTGTAAGTATGTCGTCAATGTCATAGTACTTGGCCA
TGCTCT
TGATTCCACAAGCC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3F245JQ 778 0 0
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GGGCAATAAAGATACAAACAAAGATGATGAAGCAATAAAGCGTTTTTAGGGTCGTCAAAG
TTAATCAAGATTCCTTGCGTTTT*CTTCCGAGTATCGAAGCTCTCTGGAAACGAGGACCT
CCTGTTCTCCATTTCTTGAAGGCTGTCATAGACAAGTTAGCTGCTTCGTACAAGTTTGCT
TCTTCAATAGTCAAGAATGGCAAGAACTTGGAAGCTGTTAGATGAGTTGCGGTGAAAACT
TTTGTCAGCCTCTCCTTGTATCTGATCTTAAACGCAGTCGACAGCAAGATCCCAATCGTT
CTATCTGCAACTAAGGGCTGTAACTTGCAACCCAGCTCGTAAAAGTAAGGACATCGTGAT
CTAAGATCCACACATGCTGCATCAGCCTGTATCTCCAACCTCGTCTTCTGGTCGAAACAG
GCAGGAAGGTTAATGGAGACAGCTTGTCTCAAATGCAACTCGTGAGCAAGCCAGAAGGGT
AACTCCACTTTAGCGCCTTGCTCAACAGAGTTTGTCTCGGCACTTGGATCAATAGTCACT
CCATTTGCTGGCTTATGGAACAACACAGGAGCAAACTCTTCCTCTGTAAGTATGTCGTCA
ATGTCATAGTACTTGGCCATTCTCTGATTTTTTCTTCCACAAGCCAAAAGCGGAGACGGT
GTAGTTAGCGAGTTAGGGGGAGATTTTGAGCGGCGGAGACGGTCACAGAGGAGGAGTC

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3F245TF 620 0 0
T
CTCCATTTCTTGAAGGCTGTCATAGACAAGTTAGCTGCTTCGTACAAGTTTGCTTCTTCA
ATAGTCAAGAATGGCAAGAACTTGGAAGCTGTTAGATGAGTTGCGGTGAAAACTTTTGTC
AGCCTCTCCTTGTATCTGATCTTAAACGCAGTCGACAGCAAGATCCCAATCGTTCTATCT
GCAACTAAGGGCTGTAACTTGCAACCCAGCTCGTAGAAGTAAGGACATCGTGATCTAAGA
TCCACACATGCTGCATCAGCCTGTATCTCCAACCTCGTCTTCTGGTCGAAACAGGCAGGA
AGGTTAATGGAGACAGCTTGTCTCAAATGCAACTCGTGAGCAAGCCAGAAGGGTAACTCC
ACTTTAGCGCCTTGCTCAACAGAGTTTGTCTCGGCACTTGGATCAATAGTCACTCCATTT
GCTGGCTTATGGAACAACACAGGAGCAAACTCTTCCTCTGTAAGTATGTCGTCAATGTCA
TAGTACTTGGCCATTCTCTGATTTTTTCTTCCACAAGCCAAAAGCGGAGACGGTGTAGTT
AGCGAGTTAGGGGGAGATTTTGAGCGGCGGAGACGGTCACAGAGGAGGAGTCGAAGGAGA
AACAGATTCGAGTGTGTCC

QA 2 620 2 620
DS 



AS 1 4

CO CL3162Contig1 1079 4 9 U
GCACATCAACGAAGGAACCTACGACGTTCCTGATGATAGGCACGAGGACCCGATACTTGC
ATCGTTTCCTGGGTTTCCATTGTTAAGCCAAAATGATCTGCCTTCTTTCGCTTGCGAGAA
GGGGTCTTACCCTCTGATATTCAAAGTTGTGGTTAGCCAGTTCTCTAACTTGCGGCGCGC
TGATTGTATTCTTTGCAACACTTTTGATCAACTTGAACCTAAGGTAGTGAAATGGATGGA
TGGTCAGTGGCCGGTGAAGAACATTGGACCGTTGGTTCCATCCAAGTTCTTGGATAATCG
GTTGCCGGAAGACAAAGATTACGGACTCGGGGATAGCAAGACTGAGGCTGAGGAGAATGT
TTTGAGTTGGCTGGCGAATAAACCAGCAAAGTCGGTGGTTTACGTGGCGTTTGGGACATT
GGTGGCTTTGAGTGAGAAGCAGATGAAAGAAACGGCGATGGCCATTAAACAAACCGGATA
TAGCTTCTTGTGGTCTGTTCGTGATTCTGAAAGAAGCAAGTTACCGTCTGGCTTTGTGGA
AGAAGCTTTGGAGAAGGACACTGGATTGGTGGCTAAGTGGGTTCTTCAGCTAGAGGTTTT
AGCACATGACTCAATAGGATGTTTTGTGACACACTGTGGATGGAACTCAACATTGGAGGC
ATTATGCTTAGGAGTTCCATTGGTGGGGATGCCTCAGTGGACGGATCAGCCCACGAATGC
CAAGTTTATAGAGGATGTGTGGAAGATTGGGGTTAGAGTGAAGACTGATGAAGAAGGGTT
TGTGAGTAAGGAGGAGATTGCTGGATGCATTTCTGAGGTTATGGAAGGAGAGAAAGGGAA
AATGATGAGGAAGAATGTTGAAAATTTTAAGGTATTGGCACGTGAGGCTATCTCAGAAGG
AGGTAGTTCCGACAAGAGCATTGATGAATTTGTTGCTATGATGACTTGAAAATCTGAAAC
TGATATGATATGTGTGTTGTCAGTTTGTTAGTTTAATTACCGAATAATGACTTCTTTGTC
TGAGTTAAACTTCTCATTGTGTCTCTTGTAATATGTCTAGAGAAACCATCCATTTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AO81TF U 1
AF RR3AG36JQ C 369
AF RR3AG36TF U 369
AF RR3AO81JQ C 379
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BS 672 777 RR3AO81TF
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BS 805 1043 RR3AG36TF
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TGGTCAGTGGCCGGTGAAGAACATTGGACCGTTGGTTCCATCCAAGTTCTTGGATAATCG
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TTTGAGTTGGCTGGCGAATAAACCAGCAAAGTCGGTGGTTTACGTGGCGTTTGGGACATT
GGTGGCTTTGAGTGAGAAGCAGATGAAAGAAACGGCGATGGCCATTAAACAAACCGGATA
TAGCTTCTTGTGGTCTGTTCGTGATTCTGAAAGAAGCAAGTTACCGTCTGGCTTTGTGGA
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AGCACATGACTCAATAGGATGTTTTGTGACACACTGTGGATGGAACTCAACATTGGAGGC
ATTATGCTTATGAGTTCCATTGGTGGGGATGCCTCAGTGGACGGATCAGCCCACGAATGC
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TGTGAGTAAG*AGGAGATTGCTGG

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DS 

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TGAGTGAGAAGCAGATGAAAGAAACGGCGATGGCCATTAAACAAACCGGATATAGCTTCT
TGTGGTCTGTTCGTGATTCTGAAAGAAGCAAGTTACCGTCTGGCTTTGTGGAAGAAGCTT
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TAGGAGTTCCATTGGTGGGGATGCCTCAGTGGACGGATCAGCCCACGAATGCCAAGTTTA
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ACTTCTCATTGTGTC
C

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DS 

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TGAGTGAGAAGCAGATGAAAGAAACGGCGATGGCCATTAAACAAACCGGATATAGCTTCT
TGTGGTCTGTTCGTGATTCTGAAAGAAGCAAGTTACCGTCTGGCTTTGTGGAAGAAGCTT
TGGAGAAGGACACTGGATTGGTGGCTAAGTGGGTTCTTCAGCTAGAGGTTTTAGCACATG
ACTCAATAGGATGTTTTGTGACACACTGTGGATGGAACTCAACATTGGAGGCATTATGCT
TAGGAGTTCCATTGGTGGGGATGCCTCAGTGGACGGATCAGCCCACGAATGCCAAGTTTA
TAGAGGATGTGTGGAAGATTGGGGTTAGAGTGAAGACTGATGAAGAAGGGTTTGTGAGTA
AGGAGGAGATTGCTGGATGCATTTCTGAGGTTATGGAAGGAGAGAAAGGGAAAATGATGA
GGAAGAATGTTGAAAATTTTAAGGTATTGGCACGTGAGGCTATCTCAGAAGGAGGTAGTT
CCGACAAGAGCATTGATGAATTTGTTGCTATGATGACTTGAAAATCTGAAACTGATATGA
TATGTGTGTTGTCAGTTTGTTAGTTTAATTACCGAATAATGACTTCTTTGTCTGAGTTAA
ACTTCTCATTGTGTC
C

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3AO81JQ 701 0 0
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GCAGATGAAAGAAACGGCGATGGCCATTAAACAAACCGGATATAGCTTCTTGTGGTCTGT
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CACTGGATTGGTGGCTAAGTGGGTTCTTCAGCTAGAGGTTTTAGCACATGACTCAATAGG
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TGAAAATTTTAAGGTATTGGCACGTGAGGCTATCTCAGAAGGAGGTAGTTCCGACAAGAG
CATTGATGAATTTGTTGCTATGATGACTTGAAAATCTGAAACTGATATGATATGTGTGTT
GTCAGTTTGTTAGTTTAATTACCGAATAATGACTTCTTTGTTTGAGTTAAACTTCTCATT
GTGTCTCTTGTAATATGTCTAGAGAAACCATCCATTTGGTT

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 4

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GACTCATTTCTCTTATATACAAACACTAACTTTTAAAATTTATACACCTTCAAGAATCAT
AAAAATAAACCCCGAAGTTTTGTTTAGTTTTCTTGTCTTGAAACCTAAAGGAAAAAAAAA
AGCGGATCGAGATGGGATTAAGGATGTCAGAATCAGCTAAACCTTACTTTGCAATGGTGT
GTCTTCAGTTTGGATACGCTGGTATGAACCTGCTCACTAAAACCGTCCTTGACGGTGGTA
TGAGCCATTACGTTCTTGTTGCATACCGCAACACTTTTGCCACAGCCGCGATCGCACCTT
TCGCATTTCTCTCTGAAAGGAAAGTGAGGTCAAAGATGACGTTTTCAATATTCATGCACA
TATTTGTTCTTGCTCTTCTCGGGCCTGTGATTGATCAGAATCTATATTACATCGGTCTGA
AACTCACATCTCCGACGTTTTCCACTGCCGTTAGCAACATCGTGCCCGCAATTACCTTTA
TCCTCGCCACTCTTTTCAGGATGGAAAAAGTGGAGATGAGAAAAGTAAGATGCCTAGTAA
AAGTAGTGGGGGCTTTAGTGACAGTGGTTGGATCCATATTGATGATATTAAACAAAGGTC
CGTTCATCGATTTCTTCCGATCTCACCTTAACACCACCACCGCAACTTCGCCGTTGGCCG
GTGATTATCTTAAAGCCGCCATCTTCCTCCTCCTCGCTTCCCTATCATGGGCTTCCTTCT
TCATTCTTCAGGCATCAACTTTGAAGAAATACGCTGCCCATCTCTCATTATCAACCATGG
CGTGTTTCATGGGAACTTTACAATCCTTGGCCCTGACCTTCGTAATGGAACAAAACGCTT
CTGCTTTGAACATCGGTTTTGACATGAACCTTCTCGCTTCTGCATACGCGGGAATAATGT
CGTCGAGCATAGCTTACTACGTTCAAGGACTTATGATGCAGCGAAAGGGGCCTGTCTTCG
TTACTGCATTTAACCCTTTTGTCGTTATCATTGTTTCTATAATAAGCTTCTTTGTTCTAG
GCCAAGGAATCTACCTTGGAGGGGTTATTGGACTGGTTGTTTTAACGTTAGGAGTCTATG
CCGTGTTGTGGGGCAAGCACGTAGATGACAATGGCGATGAAATACCCTGTGAAAATAACG
TTTTAGAATCTGTTAAGTGTTGTAGTGGTAATAATGGTCTCTCGATCATGCCAACAATCG
ACGAAACTGACGAAGATGTTGAAACTGGGAACGTTCAGACGGTTGAGAAGGAAGGATCAC
CGGTCGTTGTGATTTTTTGTCGTGAAAATGTGGATAATGTTTCACGATGCTAATTAGATG
GTTTTTGTTTTTGTTTGAAGCAAAACTGGGAAGAAGAGTAACTTATTTTTGGTACTTGTA
AGTTTGAATTCCTTCCCTTGTTTCAAACGTGTTTGATTTATAGTTTTTGACTATTTAGAG
TAACTATGGTTTCTATGTAACATCCATTTTGATAACTAGCTATAAGCCTATATATGTATA
TCACTGCATTTTGATATACTCTTGGTTTGGCG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G610TF U 1
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AF RR3G610JQ C 822
AF RR3C831JQ C 823
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BS 1028 1062 RR3C831TF
BS 1063 1285 RR3G610JQ
BS 1286 1286 RR3C831JQ
BS 1287 1486 RR3G610JQ
BS 1487 1487 RR3C831JQ
BS 1488 1515 RR3G610JQ
BS 1516 1532 RR3C831JQ

RD RR3G610TF 509 0 0
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AAAAATAAACCCCGAAGTTTTGTTTAGTTTTCTTGTCTTGAAACCTAAAGGAAAAAAAAA
AGCGGATCGAGATGGGATTAAGGATGTCAGAATCAGCTAAACCTTACTTTGCAATGGTGT
GTCTTCAGTTTGGATACGCTGGTATGAACCTGCTCACTAAAACCGTCCTTGACGGTGGTA
TGAGCCATTACGTTCTTGTTGCATACCGCAACACTTTTGCCACAGCCGCGATCGCACCTT
TCGCATTTCTCTCTGAAAGGAAAGTGAGGTCAAAGATGACGTTTTCAATATTCATGCACA
TATTTGTTCTTGCTCTTCTCGGGCCTGTGATTGATCAGAATCTATATTACATCGGTCTGA
AACTCACATCTCCGACGTTTTCCACTGCCGTTAGCAACATCGTGCCCGCAATTACCTTTA
TCCTCGCCACTCTTTTCAG*ATGGAAAAA

QA 1 509 1 509
DS 

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G
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CGTTAGCAACATCGTGCCCGCAATTACCTTTATCCTCGCCACTCTTTTCAGGATGGAAAA
AGTGGAGATGAGAAAAGTAAGATGCCTAGTAAAAGTAGTGGGGGCTTTAGTGACAGTGGT
TGGATCCATATTGATGATATTAAACAAAGGTCCGTTCATCGATTTCTTCCGATCTCACCT
TAACACCACCACCGCAACTTCGCCGTTGGCCGGTGATTATCTTAAAGCCGCCATCTTCCT
CCTCCTCGCTTCCCTATCATGGGCTTCCTTCTTCATTCTTCAGGCATCAACTTTGAAGAA
ATACGCTGCCCATCTCTCATTATCAACCATGGCGTGTTTCATGGGAACTTTACAATCCTT
GGCCCTGACCTTCGTAATGGAACAAAACGCTTCTGCTTTGAACATCGGTTTTGACATGAA
CCTTCTCGCTTCTGCATACGCGGGAATAATGTCGTCGAGCATAGCTTACTACGTTCAAGG
ACTTATGATGCAGCGAAAGGGGCCTGTCTTCGTTACTGCATTTAACCCTTTTGTCGTTAT
CATTGTTTCTATAATAAGCTTCTTTGTTCTAG*CCAAG*AATCTACCTTGGAGGGGTTAT
TGGACTGGTTGTTT
AACGT

QA 2 675 2 675
DS 

RD RR3G610JQ 694 0 0
G
TAATGGAACAAAACGCTTCTGCTTTGAACATCGGTTTTGACATGAACCTTCTCGCTTCCG
CATACGCGGGAATAATGTCGTCGAGCATAGCTTACTACGTTCAAGGACTTATGATGCAGC
GAAAGGGGCCTGTCTTCGTTACTGCATTTAACCCTTTTGTCGTTATCATTGTTTCTATAA
TAAGCTTCTTTGTTCTAGGCCAAGGAATCTACCTTGGAGGGGTTATTGGACTGGTTGTTT
TAACGTTAGGAGTCTATGCCGTGTTGTGGGGCAAGCACGTAGATGACAATGGCGATGAAA
TACCCTGTGAAAATAACGTTTTAGAATCTGTTAAGTGTTGTAGTGGTAATAATGGTCTCT
CGATCATGCCAACAATCGACGAAACTGACGAAGATGTTGAAACTGGGAACGTTCAGACGG
TTGAGAAGGAAGGATCACCGGTCGTTGTGATTTTTTGTCGTGAGAATGTGGATAATGTTT
CACGATGCTAATTAGATGGTTTTTGTTTTTGTTTGAAGCAAAACTGGGAAGAAGAGTAAC
TTATTTTTGGTACTTGTAAGTTTGAATTCCTTCCCTTGTTTCAAACGTGTTTGATTTATA
GTTTTTGACTATTTAGAGTAACTATGGTTTCTATGTAACATCCATTTTGATAACTAGCTA
TAAGTCTATATATGTATATCACTGCATTTTGAT

QA 2 694 2 694
DS 

RD RR3C831JQ 710 0 0
TAATGGAACAAAACGCTTCTGCTTTGAACATCGGTTTTGACATGAACCTTCTCGCTTCTG
CATACGCGGGAATAATGTCGTCGAGCATAGCTTACTACGTTCAAGGACTTATGATGCAGC
GAAAGGGGCCTGTCTTCGTTACTGCATTTAACCCTTTTGTCGTTATCATTGTTTCTATAA
TAAGCTTCTTTGTTCTAGGCCAAGGAATCTACCTTGGAGGGGTTATTGGACTGGTTGTTT
TAACGTTAGGAGTCTATGCCGTGTTGTGGGGCAAGCACGTAGATGACAATGGCGATGAAA
TACCCTGTGAAAATAACGTTTTAGAATCTGTTAAGTGTTGTAGTGGTAATAATGGTCTCT
CGATCATGCCAACAATCGACGAAACTGACGAAGATGTTGAAACTGGGAACGTTCAGACGG
TTGAGAAGGAAGGATCACCGGTCGTTGTGATTTTTTGTCGTGAAAATGTGGATAATGTTT
CACGATGCTAATTAGATGGTTTTTGTTTTTGTTTGAAGCAAAACTGGGAAGAAGAGTAAC
TTATTTTTGGTACTTGTAAGTTTGAATTCCTTCCCTTGTTTCAAGCGTGTTTGATTTATA
GTTTTTGACTATTTAGAGTAACTATGGTTTCTATGTAACATCCATTTTGATAACTAGCTA
TAAGCCTATATATGTATATCACTGCATTTTGATATACTCTTGGTTTGGCG

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 4

CO CL3164Contig1 945 4 7 U
GGGCTCTGGTGTTCTTCTTGGCCCCCAATTTCTGATTTGGAAAAACAAAAAAGAAAAAAT
GTCGTGTACGCATGATCACAACTGCGAGGATCACGAGTGTTCCTCCGATTGGTCACTCTA
CAAGCACATCGATCTCCCCAAGGTGTCTGCTCTAAACGAGTCTGTCTCTGGAAGTGCTAA
ATCGGTCTTCAAAGCATGGGAACAGCGTTTACACTCTTCTGGGGAGCATTTGGAGAGCAA
CGAAGGAGACCCTGAATTGCTTGTCTTTGTACCATTCACATCAGACGTCAAGATCAAGAG
CATATCAATTGTTGGTGGTCCTGATGGAACAAGTCCTTCTAAGTTGAGAGTGTTCATCAA
TCGTGAAGGGATTGACTTCTCTGACGCTGAGGGCATGCAAGCCGTTCAGGAATGGGAGTT
AGCTGAAAATTTGCAAGGTGAATTAGAATACCAGACCAGGTATTCGAAATTCCAAAGTGT
TGGCAACATCACATTGCATTTCCCTGAGAGTTTTGGTGGTGACACAACCCAAATACGCTA
CATCGGTTTTAAAGGTGAAGCAACCCAGTTGAAAAGGGATGTTGTTGCAACGATTGTATA
TGAGATAAGACCGAATCCTTCAGATCACAAGACAAAAGCTGAGACTGGTGGAGGTTTCTC
ACAAGTTGAGTGAAGATATTATCTGCTTCCAACTTCACTCCTTAGCCTTTTCACATACCT
ATGTTTCCTCAATAAGCTTTGGCCTATTGTAACAAACATATATGTATCGAATAAAATGCC
GGAGACTTGTTAAATGTGGAATCTTTCTATACTTGAACCGGTATGAGTTATTTTGAACTT
TTATAACAATGAACTCTATTTTATTTTATGCCTAATCACTACCAAAGCGCGTTTCTTTTG
TAAGTTGTAAGATTGTTTAAAATAAATAAAAAATATAATTTCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G853TF U 352
AF RR3D056TF U 1
AF RR3EM17JQ C 256
AF RR3D056JQ C 341
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BS 648 866 RR3EM17JQ
BS 867 945 RR3D056JQ

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ATGGGAGTTGGCTGAAAATTTGCAAGGTGAATTACAATACCAGACCAGGTA

QA 1 111 1 111
DS 

RD RR3D056TF 604 0 0
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CAAGCACATCGATCTCCCCAAGGTGTCTGCTCTAAACGAGTCTGTCTCTGGAAGTGCTAA
ATCGGTCTTCAAAGCATGGGAACAGCGTTTACACTCTTCTGGGGAGCATTTGGAGAGCAA
CGAAGGAGACCCTGAATTGCTTGTCTTTGTACCATTCACATCAGACGTCAAGATCAAGAG
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AGCTGAAAATTTGCAAGGTGAATTAGAATACCAGACCAGGTATTCGAAATTCCAAAGTGT
TGGCAACATCACATTGCATTTCCCTGAGAGTTTTGGTGGTGACACAACCCAAATACGCTA
CATCGGTTTTAAAGGTGAAGCAACCCAGTTGAAAAGGGATGTTGTTGCAACGATTGTATA
TGAG

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3EM17JQ 612 0 0
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TGGTCCTGATGGAACAAGTCCTTCTAAGTTGAGAGTGTTCATCAATCGTGAAGGGATTGA
CTTCTCTGACGCTGAGGGCATGCAAGCCGTTCAGGAATGGGAGTTAGCTGAAAATTTGCA
AGGTGAATTAGAATACCAGACCAGGTATTCGAAATTCCAAAGTGTTGGCAACATCACATT
GCATTTCCCTGAGAGTTTTGGTGGTGACACAACCCAAATACGCTACATCGGTTTTAAAGG
TGAAGCAACCCAGTTGAAAAGGGATGTTGTTGCAACGATTGTATATGAGATAAGACCGAA
TCCTTCAGATCACAAGACAAAAGCTGAGACTTGTGGAGGTTTCTCACAAGTTGAGTGAAG
ATATTATCTGCTTCCAACTTCACTCCTTAGCCTTTTCACATACCTATGTTTCCTCAATAA
GCTTTGGCCTATTGTAACAAACATATATGTATCGAATAAAATGCCGGAGACTTGTTAAAT
GTGGAATCTTTCTATACTTGAACCGGTATGAGTTATTTTGAACTTTTATAACAATGAACT
CTATTTTATTT
C

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3D056JQ 605 0 0
AAGTTGAGAGTGTTCATCAATCGTGAAGGGATTGACTTCTCTGACGCTGAGGGCATGCAA
GCCGTTCAGGAATGGG*GTTAGCTGAAAATTTGCAAGGTGAATTAGAATACCAGACCAGG
TATTCGAAATTCCAAAGTGTTGGCAACATCACATTGCATTTCCCTGAGAGTTTTGGTGGT
GACACAACCCAAATACGCTACATCGGTTTTAAAGGTGAAGCAACCCAGTTGAAAAGGGAT
GTTGTTGCAACGATTGTATATGAGATAAGACCGAATCCTTCAGATCACAAGACAAAAGCT
GAGACTGGTGGAGGTTTCTCACAAGTTGAGTGAAGATATTATCTGCTTCCAACTTCACTC
CTTAGCCTTTTCACATACCTATGTTTCCTCAATAAGCTTTGGCCTATTGTAACAAACATA
TATGTATCGAATAAAATGCCGGAGACTTGTTAAATGTGGAATCTTTCTATACTTGAACCG
GTATGAGTTATTTTGAACTTTTATAACAATGAACTCTATTTTATTTTATGCCTAATCACT
ACCAAAGCGCGTTTCTTTTGTAAGTTGTAAGATTGTTTAAAATAAATAAAAAATATAATT
TCATT

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 4

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GGCCACAATCCACAATCCACAATCCACAACCCACAATCCCTTCCAAAGAAGATGGGTAAG
GAAGACAACCAAGGAGAAGAGTACCTCTTCAAGATTGTCCTAATCGGCGACTCCGCGGTC
GGAAAATCGAACCTCCTGTCTCGATTCTCGCGAGACGAGTTCGACACCAACTCGAAGGCG
ACAATCGGGGTGGAGTTCCAGACGCAGCTGGTGGAGATCGAAGGGAAAGAAGTGAAAGCT
CAGATCTGGGACACTGCCGGTCAGGAGAGGTTTAGAGCCGTCACTTCTGCTTATTACAGA
GGTGCTTTCGGTGCTCTCATTGTCTACGACATCACCAGAAGCTCCACTTTCGAGAGCGTT
AAACGATGGCTTCAGGAACTCAACACACATTGTGACACAGCAGTAGCGCAAATGCTAGTT
GGGAACAAGTGTGATTTGGAGGATATAAGAGCTGTGAGTGTGGAAGAAGGGAAAGCTCTA
GCGGAGGAAGAAGGGTTGTTCTTCATGGAGACATCTGCTCTTGATGCTACGAACGTTGAC
AAGGCCTTTGAGATTGTTATCAGAGAGATCTTCAGTAATGTTAGCCGCAAACTTCTCAAC
TCCGATGCTTACAAAGCTCAGCTTTCTGTTAACAGGGTCAGCCTTGTTAACAACAGTGAT
GGCGCCCAGAGCTCTTCTTGTTGCTCCCGATGATTTAAAAAAATCAATTTCTTTTCATGT
CCTTGTTTGTTTCTACCAGAGAAAAACATAATTAAGGATATATTTATCAGTTCGGACTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX37TF U 1
AF RR3GH59TF U 1
AF RR3GH59JQ C 35
AF RR3EX37JQ C 119
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BS 603 603 RR3GH59TF
BS 604 688 RR3EX37TF
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GGCGCCCAGAGCTCTTCTTGTTGCTCCC

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DS 

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GAAGACAACCAAGGAGAAGAGTACCTCTTCAAGATTGTCCTAATCGGCGACTCCGCGGTC
GGAAAATCGAACCTCCTGTCTCGATTCTCGCGAGACGAGTTCGACACCAACTCGAAGGCG
ACAATCGGGGTGGAGTTCCAGACGCAGCTGGTGGAGATCGAAGGGAAAGAAGTGAAAGCT
CAGATCTGGGACACTGCCGGTCAGGAGAGGTTTAGAGCCGTCACTTCTGCTTATTACAGA
GGTGCTTTCGGTGCTCTCATTGTCTACGACATCACCAGAAGCTCCACTTTCGAGAGCGTT
AAACGATGGCTTCAGGAACTCAACACACATTGTGACACAGCAGTAGCGCAAATGCTAGTT
GGGAACAAGTGTGATTTGGAGGATATAAGAGCTGTGAGTGTGGAAGAAGGGAAAGCTCTA
GCGGAGGAAGAAGGGTTGTTCTTCATGGAGACATCTGCTCTTGATGCTACGAACGTTGAC
AAGGCCTTTGAGATTGTTATCAGAGAGATCTTCAGTAATGTTAGCCGCAAACTTCTCAAC
TCCGATGCTTACAAAGCTCAGCTTTCTGTTAACAGGGTCAGCCTTGTTAACAACAGTGAT
GGCGCCCAGAGCTCTTCTTGTTGCTCCCGATGATTTAAAAAA*TCAATTTCTTTTCATGT
CCTTGTTTGTTTCTACCAGAGAAAA
CATA

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DS 

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CAAT
CCTTCCAAAGAAGATGGGTAAGGAAGACAACCAAGGAGAAGAGTACCTCTTCAAGATTGT
CCTAATCGGCGACTCCGCGGTCGGAAAATCGAACCTCCTGTCTCGATTCTCGCGAGACGA
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TGTGGAAGAAGGGAAAGCTCTAGCGGAGGAAGAAGGGTTGTTCTTCATGGAGACATCTGC
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CAGCCTTGTTAACAACAGTGATGGCGCCCAGAGCTCTTCTTGTTGCTCCCGATGATTTAA
AAAAATCAATTTCTTTTCATGTCCTTGTTTGTTTCTACCAGAGAAAA
A

QA 5 711 5 711
DS 

RD RR3EX37JQ 661 0 0
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CGACAATCGGGGTGGAGTTCCAGACGCAGCTGGTGGAGATCGAAGGGAAAGAAGTGAAAG
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TAGCGGAGGAAGAAGGGTTGTTCTTCATGGAGACATCTGCTCTTGATGCTACGAACGTTG
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ATGGCGCCCAGAGCTCTTCTTGTTGCTCCCGATGATTTAAAAAAATCAATTTCTTTTCAT
GTCCTTGTTTGTTTCTACCAGAGAAAAACATAATTAAGGATATATTTATCAGTTCGGACT
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 4

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AAGAGACATGTCATTCAATGCACATAGTTTGACAAGAAAAAGCAGAAAAATAAACGTTCT
GAAAAATGTTGCGAAGACGCAGTAACTGTACAGAGCTTTAAAACTAGAAGATTGTCAAGC
GGATGCAAACGAGAAAAAAAGGAGGAATGAAGAAACACAGTAACTCATTCAATTTTACTT
TCGCATATAGATATGGAAAGATAGCCAAAATATCTGCCTACGGCTTTCAGACAAGCAATA
TCTTAGTCTTCATCCTCGGTCTCTTCATCGTCCTCCTCTTCATTGTTTCCCCCAAACCTC
CAGCCATCATCCACGTTCTCTCTATCTTCCTCAGTCTCCTCACTATCTTCTTCCTCTTCT
TCTCTTTCTCCTTCATACGTTTCTTTTACTTGCCATGGTTTTTTGGCAATCCTTGCTTTG
GCCGGTGAAGAGGTTGAGCCTTTCTTTCTAGCTTTGGCTGGTGGTGTCCTCATGTTTGGC
TTAACTCTGCTTTGTAGTTTATTATGCGTCTGGTTTTTCCCGTTGCTAGCGTGTTTCCGG
TAAAAATCTTGGTCACTGCCTTCTTCCAACTCGTGCTTGTTGGGTGCGGGGTTCTCTGCG
TTCTCTTCTGGTAAATGCCCTGGATGCTCTCTCTTCAAGTGGAGTTTAAGCTTGTACTCA
TGTATGTAGGCCTTCTCACACCCTTCGTAAGGGCATGCATATGGCCGTTCCGAAGTTGCT
GAGCCATAAACCGTTGCAGGTGTTTTGGGAGTCCTTGATACTTTCTCTGCGGGTGGCGTG
TATTTAGGCGTGTCTCCAGCAGCATTCTTTTCATGGTAGGCAGCAACATGGTTCTTAAGC
TTGTATTCATGAGCATATCTCTTTCCACAACCAGAGTAGGGACAGATGTGATAGTTTTCT
TGTGAATGAGTCTTCATGTGAGATCTGAGGTTAAAATCCAAGGAGAATGCCTTTCCACAG
CCTTCATAAGTGCAAACAAAGTCCCTAGCCCCAGTATGAATGAGCCAGTGTCTCTTCAAC
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CCATGGATGTGAGAATGCTTGCGCAAGGCACTAACATCAAAGAACATCTTTCCACAACCT
TCGTAACTGCAAAGAAACAAAATCTCCGAAGTAGGTTCGGGCTCAGGGTCTGGAACATCA
GTAGTAGGCTCTTCCTCTGTTTCTTTCAGTCTCTTCACCGTTTCCTCTGTTTAAGAGCAG
ACACTGACATGAGATAATCACCAATCTGAAAGTAGATCAAGTATCGAAACCGACAGATCT
CCTATACCTGTGACCCATTTGTGAAGATAACACTTTCCACCTGTAGCAACAATATCTTGT
GGAACCCACTCCTTGATCCACTTAACAGCAGGAGCCTTGGATTTCACGATTGGGCGTCTT
TCGAACGGATTTTGATAAGGATACTGTTCCATCTATTCGAATTGGTGATGATTAGGGTTT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G131JQ U 1
AF RR3AY08JQ U 46
AF RR3G131TF C 404
AF RR3AY08TF C 710
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BS 155 155 RR3AY08JQ
BS 156 429 RR3G131JQ
BS 430 430 RR3AY08JQ
BS 431 760 RR3G131JQ
BS 761 761 RR3AY08JQ
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BS 918 1139 RR3G131TF
BS 1140 1568 RR3AY08TF

RD RR3G131JQ 779 0 0
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GAAAAATGTTGCGAAGACGCAGTAACTGTACAGAGCTTTAAAACTAGAAGATTGTCAAGC
GGATGCAAACGAGAAAAAAAGGAGGAATGAAGAAGCACAGTAACTCATTCAATTTTACTT
TCGCATATAGATATGGAAAGATAGCCAAAATATCTGCCTACGGCTTTCAGACAAGCAATA
TCTTAGTCTTCATCCTCGGTCTCTTCATCGTCCTCCTCTTCATTGTTTCCCCCAAACCTC
CAGCCATCATCCACGTTCTCTCTATCTTCCTCAGTCTCCTCACTATCTTCTTCCTCTTCT
TCTCTTTCTCCTTCATACGTTTCTTTTACTTGCCATGGTTTTTTGGCAATCCTTGCTTTG
GCCGGTGAAAAGGTTGAGCCTTTCTTTCTAGCTTTGGCTGGTGGTGTCCTCATGTTTGGC
TTAACTCTGCTTTGTAGTTTATTATGCGTCTGGTTTTTCCCGTTGCTAGCGTGTTTCCGG
TAAAAATCTTGGTCACTGCCTTCTTCCAACTCGTGCTTGTTGGGTGCGGGGTTCTCTGCG
TTCTCTTCTGGTAAATGCCCTGGATGCTCTCTCTTCAAGTGGAGTTTAAGCTTGTACTCA
TGTATGTAGGCCTTCTCACACCCTTCGTAAGGGCATGCATATGGCCGTTCCGAAGTTGCT
GAGCCATAAACCGTTGCAGGTGTTTTGGGAGTCCTTGATATTTTCTCTGCGGGTGGCGT

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DS 

RD RR3AY08JQ 872 0 0
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AGAAGATTGTCAAGCGGATGCAAACGAGAAAAAAAGGAGGAATGAAGAAACACAGTAACT
CATTCAATTTTACTTTCGCATATAGATATGGAAAGATAGCCAAAATATCTGCCTACGGCT
TTCAGACAAGCAATATCTTAGTCTTCATCCTCGGTCTCTTCATCGTCCTCCTCTTCATTG
TTTCCCCCAAACCTCCAGCCATCATCCACGTTCTCTCTATCTTCCTCAGTCTCCTCACTA
TCTTCTTCCTCTTCTTCTCTTTCTCCTTCATACGTTTCTTTTACTTGCCATGGTTTTTTG
GCAATCCTTGCTTTGGCCGGT*AAGAGGTTGAACCTTTCTTTCTAGCTTTGGCTGGTGGT
GTCCTCATGTTTGGCTTAACTCTGCTTTGTAGTTTATTATGCGTCTGGTTTTTCCCGTTG
CTAGCGTGTTTCCGGTAAAAATCTTGATCACTGCCTTCTTCCAACTCGTGCTTGTTGGGT
GTGGGGTTCTCTGCGTTCTCTTCTGGTAAATGCCCTGGATGCTCTCTCTTCAAGTGGAGT
TTAAGCTTGTACTCATGTATGTAGGCCTTCTCACACCCTTCGTAAGGGCATGCATATGGC
CGTTCCAAAGTTGCTGAGCCATAAACCGTTGCAGGTGTTTTGGGAGTCCTTGATACTTTC
TCTGCGGGTGGCGTGTATTTAGGCGTGTCTCCAGCAGCATTCTTTTCATGGTAGGCAGCA
ACATGGTTCTTAAGCTTGTATTCATGAGCATATCTCTTTCCACAACCAGAGTAGGGACAG
ATGTGATAGTTTTCTTGTGAATGAGTCTTCAT

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DS 

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TTGGCAAT
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ATGTTTGGCTTAGCTCTGCTTTGTAGTTTATTATGCGTCTGGTTTTTCCCGTTGCTAGCG
TGTTTCCGGTAAAAATCTTGGTCACTGCCTTCTTCCAACTCGTGCTTGTTGGGTGCGGGG
TTCTCTGCGTTCTCTTCTGGTAAATGCCCTGGATGCTCTCTCTTCAAGTGGAGTTTAAGC
TTGTACTCATGTATGTAGGCCTTCTCACACCCTTCGTAAGGGCATGCATATGGCCGTTCC
GAAGTTGCTGAGCCATAAACCGTTGCAGGTGTTTTGGGAGTCCTTGATATTTTCTCTGCG
GGTGGCGTGTATTTAGGCGTGTCTCCAGCAGCATTCTTTTCATGGTAGGCAGCAACATGG
TTCTTAAGCTTGTATTCATGAGCATATCTCTTTCCACAACCAGAGTAGGGACAGATGTGA
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TTTCCACAGCCTTCATAAGTGCAAACAAAGTCCCTAGCCCCAGTATGAATGAGCCAGTGT
CTCTTCAACTTTGAACTATCAAGAAATTTCTTGTCACAACCAGGGTAATCACAAACATAC
TGCCTTTCACCATGGATGTGAGAATGCTTGCGCAAGGCACTAACATCAAAGAACATCTTT
CCACAACC
CTC

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DS 

RD RR3AY08TF 859 0 0
CCA
AAGTTGCTGAGCCATAAACCGTTGCAGGTGTTT*GGGAGTCCTTGATACTTTCTCTGCGG
GTGGCGTGTATTTAGGCGTGTCTCCAGCAGCATTCTTTTCATGGTAGGCAGCAACATGGT
TCTTAAGCTTGTATTCATGAGCATATCTCTTTCCACAACCAGAGTAGGGACAGATGTGAT
AGTTTTCTTGTGAATGAGTCTTCATGTGAGATCTGAGGTTAAAATCCAAGGAGAATGCCT
TTCCACAGCCTTCATAAGTGCAAACAAAGTCCCTAGCCCCAGTATGAATGAGCCAGTGTC
TCTTCAACTTTGAACTATCAAGAAATTTCTTGTCACAACCAGGGTAATCACAAACATACT
GCCTTTCACCATGGATGTGGGAATGCTTGCGCAAGGCACTAACATCAAAGAACATCTTTC
CACAACCTTCGTAACTGCAAAGAAACAAAATCTCCGAAGTAGGTTCGGGCTCAGGGTCTG
GAACATCAGTAGTAGGCTCTTCCTCTGTTTCTTTCAGTCTCTTCACCGTTTCCTCTGTTT
AAGAGCAGACACTGACATGAGATAATCACCAATCTGAAAGTAGATCAAGTATCGAAACCG
ACAGATCTCCTATACCTGTGACCCATTTGTGAAGATAACACTTTCCACCTGTAGCAACAA
TATCTTGTGGAACCCACTCCTTGATCCACTTAACAGCAGGAGCCTTGGATTTCACGATTG
GGCGTCTTTCGAACGGATTTTGATAAGGATACTGTTCCATCTATTCGAATTGGTGATGAT
TAGGGTTTACAGTCTCTCTCTCTCTGGGGAAGAGAACCGATAGACATTCAGCTATTATAC
CTTTTTGCTAACGGAG

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DS 



AS 1 3

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AGGGAAACATTGATGATGCTAAGAAACTATTAACACTCTACAATCTTTTTTCTCACTACT
AAGAAACAAAGATGATTGAGAACTTCTCTCTAACACATCACCACCACACAGACCAAAAAC
TTTCACTCTCTTCCTTTTTCACCCTTGGGGAGCAAAACTCCAGTTTAAGAACGGTTTCTG
CTCTTGCGTGTCCTGCCAGGAGTTGAAATAATCAGTAGAAGGCTGGTACAAGAACTGAGG
GACAAAAGCTGCTTCACTCTGCAGCAAGTCCATGGAACCACCACCAAACATGGAAGTATC
AAAAGCATTCTCAAGCTCTCCCCATTTAGGCTCGCTCTGAACCTCCCGCGCATCCGGTGA
CACCACGCGACCCCCTGAGCTGCTCGAATCATCCTCTTGCAGTGTCGGGTAACTCGAGAC
CGACGTATCAAAAGGGGATGAAGCGGTCATGGCCCTCGGTTTCTCATCCGCAGGGTAGTA
TTTCTCCATGGTTCCTTTCTTGTTGTATATTCGACATAACACCCAATCATCAAGTCGTAG
GTTGTTCTTTTTGTGAACAGAAGCCGATCTGTCGACATTAGCGAGACGATACTCGTGCAT
AATCCAATTCGTTTTAATCCCTTTGGGAGCTTTCCCAGCGTAGAACACGAGCGCTTTCTT
TATACCCAACGTCTTCGGTTTACCGATCGGTTTATCAGCTCCGGTGGCTTTCCAATAACC
GGAACCTGCTGCCCGGTTAGGACGCGAACCGTTTGGGTATTTCCTGTCTCGGGGCGAGAA
GAAGTACCACTCTTTCTCTCCGTACAGAGACTTCTCAGGAAGCTCCCAGGGATTGAACTT
GTAGAGATCGATTTCGGCGATAACCGGAGCTGAGATCTGCTCCGACGCGCATTTCCGGCA
AAGGTAGAATTTCACAAGCTCTTCGTCCGTTGGGTGGAATCGGAATCCTGCTGGTAAGTT
TAGCTCTGCTTTCATTCTTCAGAAAAAAAGTCTTCTTTTTTTTTGTTACTTGCTCGCTCT
TCAAGATCTGGGTTGGTTGGTTGGGTCTGGTGAAGATTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FJ25JQ U 1
AF RR3CH22JQ U 1
AF RR3CH22TF C 356
BS 1 207 RR3CH22JQ
BS 208 208 RR3FJ25JQ
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BS 364 364 RR3FJ25JQ
BS 365 733 RR3CH22JQ
BS 734 1120 RR3CH22TF

RD RR3FJ25JQ 587 0 0
GGAAGAATGTGTATAATCTTTCATATAAATTTCTGATGAAATAACAAGAATTTGCCTACC
AGGGAAACATTGATGATGCTAAGCAACTATTAACACTCTACAATCTTTTTTCTCACTACT
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CTCTTGCGTGTCCTGCCAGGAGTTGAAATAATCAGTAGAAGGCTGGTACAAGAACTGAGG
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TTTCTCCATGGTTCCTTTCTTGTTGTATATTCGACACAACACCCAAT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3CH22JQ 733 0 0
GGAAGAATGTGTATAATCTTTCATATAAATTTCTGATGAAATAACAAGAATTTGCCTACC
AGGGAAACATTGATGATGCTAAGAAACTATTAACACTCTACAATCTTTTTTCTCACTACT
AAGAAACAAAGATGATTGAGAACTTCTCTCTAACACATCACCACCACACAGACCAAAAAC
TTTCACTCTCTTCCTTTTTCACCCTTGTGGAGCAAAACTCCAGTTTAAGAACGGTTTCTG
CTCTTGCGTGTCCTGCCAGGAGTTGAAATAATCAGTAGAAGGCTGGTACAAGAACTGAGG
GACAAAAGCTGCTTCACTCTGCAGCAAGTCCATGGAACCACCACCAAACATGGAAGTATC
AAACGCATTCTCAAGCTCTCCCCATTTAGGCTCGCTCTGAACCTCCCGCGCATCCGGTGA
CACCACGCGACCCCCTGAGCTGCTCGAATCATCCTCTTGCAGTGTCGGGTAACTCGAGAC
CGACGTATCAAAAGGGGATGAAGCGGTCATGGCCCTCGGTTTCTCATCCGCAGGGTAGTA
TTTCTCCATGGTTCCTTTCTTGTTGTATATTCGACATAACACCCAATCATCAAGTCGTAG
GTTGTTCTTTTTGTGAACAGAAGCCGATCTGTCGACATTAGCGAGACGATACTCGTGCAT
AATCCAATTCGTTTTAATCCCTTTGGGAGCTTTCCCAGCGTAGAACACGAGCGCTTTCTT
TATACCCAACGTC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3CH22TF 765 0 0
GTATCAAACGCAT
TCTCAAGCTCTCCCCATTTAGGCTCGCTCTGAAC*TCCCGCGCATCCGGTGACACCACGC
GACCCC*TGAGCTGCTCGAATCATCCTCTTGCAGTGTCGGGTAACTCGAGACCGACGTAT
CAAAAGGGGATGAAGCGGTCATGGCCCTCGGTTTCTCATCCGCAGGGTAGTATTTCTCCA
TGGTTCCTTTCTTGTTGTATATTCGACATAACACCCAATCATCAAGTCGTAGGTTGTTCT
TTTTGTGAACAGAAGCCGATCTGTCGACATTAGCGAGACGATACTCGTGCATAATCCAAT
TCGTTTTAATCCCTTTGGGAGCTTTCCCAGCGTAGAACACGAGCGCTTTCTTTATACCCA
ACGTCTTCGGTTTACCGATCGGTTTATCAGCTCCGGTGGCTTTCCAATAACCGGAACCTG
CTGCCCGGTTAGGACGCGAACCGTTTGGGTATTTCCTGTCTCGGGGCGAGAAGAAGTACC
ACTCTTTCTCTCCGTACAGAGACTTCTCAGGAAGCTCCCAGGGATTGAACTTGTAGAGAT
CGATTTCGGCGATAACCGGAGCTGAGATCTGCTCCGACGCGCATTTCCGGCAAAGGTAGA
ATTTCACAAGCTCTTCGTCCGTTGGGTGGAATCGGAATCCTGCTGGTAAGTTTAGCTCTG
CTTTCATTCTTCAGAAAAAAAGTCTTCTTTTTTTTTGTTACTTGCTCGCTCTTCAAGATC
TGGGTTGGTTGGTTGGGTCTGGTGAAGATTCC

QA 14 765 14 765
DS 



AS 1 4

CO CL3168Contig1 1247 4 3 U
GGAAGGGAAGAGAAACCCAACACGAACAACATAAAAACTAAGTCCTTTTGCCAAGTCATC
ATATTCAGTAGTGGTAGCAACGATGGCAGCGACACCAATGGAAGGCAAATGGGTTCAGCT
AAAACAGAAAGGAACCGGACCAGGAGCAAGAAGCTCTCACGCCATAGCTCTCGTAGGCAA
CAAAGTCTACGCCTTTGGAGGCGAGTTCCAGCCCCGTGTCCCCGTGGACAACCATCTCCA
CATTTTCGACCTCCACACTCTAACATGGTCCATCCAAGAAGCTTCAGGGGAGGCACCTCC
TCCTAGAGTAGGCGTCGCCATGGCTGCGGTAGGACACGTCATCTACTTCTTCGGCGGCCG
GGACGAGAATCACCAGGAGCTCAACCAGCTCTACTCTTTCGACACTTCCACTAACCAGTG
GAAGCTCCTCTCCTCAGGGGAGACCGGTCCTGAAAACCGAAGCTACCACTCTATCGCTAC
GGATTCTCAGAACGTGTATGTGTTCGGTGGGTGCGGAGTCGATGGTCGTCTTAAGGATCT
TTGGGCGTACAACGTTGCTGATGAGAAGTGGGTTAAGTTCCCTTCTCCTGGAGAGGGGTG
TAAAGGAAGAGGAGGTCCGGGGCTAGAGGTGGTGGAAGGGAAGATATGGGTGGTGTATGG
ATTCACAGGAGATGAAGCAGATGATGTTCATTGCTTCGACATAGCTAAAGGAGAGTGGAG
AGAGGTTGAGACGAAAGGGGAGAAACCGTCTGCGAGGAGTGTGTTTTCGACTGCTGTTGT
TGGGAAACAGGTTTTGATATTTGGAGGGGAGGTTGATCCTAGTGACTTGGGGCACATGGG
AGCAGGGTGTTTCACGGCTGAAGCTTATGGGCTTGGCACGGAGACGTTGGAGTGGAGGAA
GTGGGAGGATGGGTTTGGATCAGAGGAGGAGGAGCATCCAGGGCCTAGGGGATGGTGTGC
GTTTGCCGCTGGGTCGAGGGATGGTAAGGAAGGTTTGTTGGTTTATGGAGGGAACTCGCC
GAGTAATGATAGGCTTGATGATATCTTTTTCTTCACTCCAAACTCTACTCATGTGGTTGG
TAACTAAGTTTGGTTTGGTTGGTGAGTCAGTGTTATGATTCTGTGAGCTTTTAAGCCATG
AGTCTGTTACTAAGTTGTTTCTGTTTTTGGTGAAGCTTTTATGTTTATCTACGCTTTTGT
AAAATTTGAATGATCATTGAAGAATCATAAATAAGCAATGTTCCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DE86TF U 1
AF RR3D847TF U 532
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AF RR3D847JQ C 585
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BS 637 919 RR3D847TF
BS 920 1247 RR3DE86JQ

RD RR3DE86TF 636 0 0
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GGACGAGAATCACCAGGAGCTCAACCAGCTCTACTCTTTCGACACTTCCACTAACCAGTG
GAAGCTCCTCTCCTCAGGGGAGACCGGTCCTGAAAACCGAAGCTACCACTCTATCGCTAC
GGATTCTCAGAACGTGTATGTGTTCGGTGGGTGCGGAGTCGATGGTCGTCTTAAGGATCT
TTGGGCGTACAACGTTGCTGATGAGAAGTGGGTTAAGTTCCCTTCTCCTGGAGAGGGGTG
TAAAGGAAGAGGAGGTCCGGGGCTAGAGGTGGTGGA

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G
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GCTGTTGTTGGGAAACAGGTTTTGATATTTGGAGGGGAGGTTGATCCTAGTGACTTGGGG
CACATGGGAGCAGGGTGTTTCACGGCTGAAGCTTATGGGCTTGGCACGGAGACGTTGGAG
TGGAGGAAGTGGGAGGATGGGTTTGGA

QA 2 388 2 388
DS 

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ATGGTCGTCTTAAGGATCTTTGGGCGTACAACGTTGCTGATGAGAAGTGGGTTAAGTTCC
CTTCTCCTGGAGAGGGGTGTAAAGGAAGAGGAGGTCCGGGGCTAGAGGTGGTGGAAGGGA
AGATATGGGTGGTGTATGGATTCACAGGAGATGAAGCAGATGATGTTCATTGCTTCGACA
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TGTTTTCGACTGCTGTTGTTGGGAAACAGATTTTGATATTTGGAGGGGAGGTTGATCCTA
GTGACTTGGGGCACATGGGAGCAGGGTGTTTCACGGCTGAAGCTTATGGGCTTGACACGG
AGACGTTGGAGTGGAGGAAGTGGGAGGATGGGTTTGGATCAGAGGAGGAGGAGCATCCAG
GGCCTAGGGGATGGTGTGCGTTTGCCGCTGGGTCGAGGGATGGTAAGGAAGGTTTGTTGG
TTTATGGAGGGAACTCGCCGAGTAATGATAGGCTTGATGATATCTTTTTCTTCACTCCAA
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TGTTTATCTACGCTTTTGTAAAATTTGAATGATCATTGAAGAATCATAAATAAGCAATGT
TCCAGT

QA 1 786 1 786
DS 

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CTCCTGGAGAGGGGTGTAAAGGAAGAGGAGGTCCGGGGCTAGAGGTGGTGGAAGGGAAGA
TATGGGTGGTGTATGGATTCACAGGAGATGAAGCAGATGATGTTCATTGCTTCGACATAG
CTAAAGGAGAGTGGAGAGAGGTTGAGACGAAAGGGGAGAAACCGTCTGCGAGGAGTGTGT
TTTCGACTGCTGTTGTTGGGAAACAGGTTTTGATATTTGGAGGGGAGGTTGATCCTAGTG
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CGTTGGAGTGGAGGAAGTGGGAGGATGGGTTTGGATCAGAGGAGGAGGAGCATCCAGGGC
CTAGTGGATGGTGTGCGTTTGCCGCTGGGTCGAGGGATGGTAAGGAAGGTTTGTTGGTTT
ATGGAGGGAACTCGCCGAGTAATGATAGGCTTGATGATATCTTTTTCTTCACTCCAAACT
CTACTCATGTGGTTGGTAACTAAGTTTGGTTTGGTTGGTGAGTCAGTGTTATGATTCTGT
GAGCTTTTAAGCCATGAGTCTGTTACTAAGTTGTTTCTGTTTTTGGTGAAGCTTTTATGT
TTATCTACGCTTTTGTAAAATTTGAATGATCATTGAAGAATCA
C

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 4

CO CL3169Contig1 833 4 3 U
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AATAGAAATTTCAAAACTTTTGGCTATAACTTATCAAACGGATACAGACAAGGGGAAGGA
ATGATCTACTATCACATATGAAACGATGTGAACTAATTGCAAATAGGTTGCTGCAGTAAG
CTAATTTGAACCCTTGTTGGTTTGAGTTTTTGGTGGCTTCAAAACGCTCCAGGCCGCCTT
CCTGCTCTTGGGTTTCTTGAAACCATCGCCGCCTTTCTTGTTGCTCGGTGATGGTTTGTC
ACTGCTCCTTGGAGACTTGCTAGGTTGGTTTTGTTCCTCAGAGACTCCCTCAGACTGTTT
CCTTTTCAAGTCACCACTTGTTTCCCGGCTTGGCTCAATCTTAGGTTCACTAAAAGACAC
TCTTCCTCCATTACTGTTATAGCTTGTAGGAGAAGCATCTGTTTCACGACCGCTTATCAC
CTCTTCATTCAGTTTCTCAATAGAGGGGTTGAAAGACTGAAACGACATGCGTCCAAACAA
TGCTACTGGTTGAGGATCCCAGTCTGTTATAACCACACACTTCTTTGCAACAACAGTTCC
GAGGGAAGAAAAAGTCTTATTAGGCTCCTCTTCATCAATCTTCTTCTTCTCCTCCTCTTT
CAAAGCAGTCCTTTGCATAAACTTTAGGTTCCTCAAAGTGCTACTAATCTCTCTTTTCGC
CATTTTTCGTAGCTTTCTTCTCCAGATCACAGATTCTTTCACCCAACACGAGAGGATGAA
CAAACAGAGTGTTATCGTTTTTTAGTTTCCGACAACGACAAGAAGAAGAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD21JQ U 1
AF RR3D663TF C 67
AF RR3D663JQ U 72
AF RR3DD21TF C 88
BS 1 613 RR3DD21JQ
BS 614 824 RR3D663JQ
BS 825 833 RR3D663TF

RD RR3DD21JQ 613 0 0
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CTAATTTGAACCCTTGTTGGTTTGAGTTTTTGGTGGCTTCAAAACGCTCCAGGCCGCCTT
CCTGCTCTTGGGTTTCTTGAAACCATCGCCGCCTTTCTTGTTGCTCGGTGATGGTTTGTC
ACTGCTCCTTGGAGACTTGCTAGGTTGGTTTTGTTCCTCAGAGACTCCCTCAGACTGTTT
CCTTTTCAAGTCACCACTTGTTTCCCGGCTTGGCTCAATCTTAGGTTCACTAAAAGACAC
TCTTCCTCCATTACTGTTATAGCTTGTAGGAGAAGCATCTGTTTCACGACCGCTTATCAC
CTCTTCATTCAGTTTCTCAATAGAGGGGTTGAAAGACTGAAACGACATGCGTCCAAACAA
TGCTACTGGTTGAGGATCCCAGTCTGTTATAACCACACACTTCTTTGCAACAACAGTTCC
GAGGGAAGAAAAA

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3D663TF 767 0 0
TTTTTTTCAAAC
TTTGGCTATA*CTTATCAAACGGATACAGACAAGGG*AAGGAATGATCTACTATCACATA
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GGTTTGAGTTTTTGGTGGCTTCAAAACGCTCCAGGCCGCCTTCCTGCTCTTGGGTTTCTT
GAAACCATCGCCGCCTTTCTTGTTGCTCGGTGATGGTTTGTCACTGCTCCTTGGAGACTT
GCTAGGTTGGTTTTGTTCCTCAGAGACTCCCTCAGACTGTTTCCTTTTCAAGTCACCACT
TGTTTCCCGGCTTGGCTCAATCTTAGGTTCACTAAAAGACACTCTTCCTCCATTACTGTT
ATAGCTTGTAGGAGAAGCATCTGTTTCACGACCGCTTATCACCTCTTCATTCAGTTTCTC
AATAGAGGGGTTGAAAGACTGAAACGACATGCGTCCAAACAATGCTACTGGTTGAGGATC
CCAGTCTGTTATAACCACACACTTCTTTGCAACAACAGTTCCGAGGGAAGAAAAAGTCTT
ATTAGGCTCCTCTTCATCAATCTTCTTCTTCTCCTCCTCTTTCAAAGCAGTCCTTTGCAT
AAACTTTAGGTTCCTCAAAGTGCTACTAATCTCTCTTTTCGCCATTTTTCGTAGCTTTCT
TCTCCAGATCACAGATTCTTTCACCCAACACGAGAGGATGAACAAACAGAGTGTTATCGT
TTTTTAGTTTCCGACAACGACAAGAAGAAGAAGCC

QA 13 767 13 767
DS 

RD RR3D663JQ 753 0 0
CAAAACT
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TGAAACGATGTGAACTAATTGCAAATAGGTTGCTGCAGTAAGCTAATTTGAACCCTTGTT
GGTTTGAGTTTTTGGTGGCTTCAAAACGCTCCAGGCCGCCTTCCTGCTCTTGGGTTTCTT
GAAACCATCGCCGCCTTTCTTGTTGCTCGGTGATGGTTTGTCACTGCTCCTTGGAGACTT
GCTAGGTTGGTTTTGTTCCTCAGAGACTCCCTCAGACTGTTTCCTTTTCAAGTCACCACT
TGTTTCCCGGCTTGGCTCAATCTTAGGTTCACTAAAAGACACTCTTCCTCCATTACTGTT
ATAGCTTGTAGGAGAAGCATCTGTTTCACGACCGCTTATCACCTCTTCATTCAGTTTCTC
AATAGAGGGGTTGAAAGACTGAAACGACATGCGTCCAAACAATGCTACTGGTTGAGGATC
CCAGTCTGTTATAACCACACACTTCTTTGCAACAACAGTTCCGAGGGAAGAAAAAGTCTT
ATTAGGCTCCTCTTCATCAATCTTCTTCTTCTCCTCCTCTTTCAAAGCAGTCCTTTGCAT
AAACTTTAGGTTCCTCAAAGTGCTACTAATCTCTCTTTTCGCCATTTTTCGTAGCTTTCT
TCTCCAGATCACAGATTCTTTCACCCAACACGAGAGGATGAACAAACAGAGTGTTATCGT
TTTTTAGTTTCCGACAACGACAAGAA

QA 8 753 8 753
DS 

RD RR3DD21TF 728 0 0
T
ACTTATCAAACGGATACAGACAAGGGGAAGGAATGATCTACTATCACATATGAAACGATG
TGAACTAATTGCAAATAGGTTGCTGCAGTAAGCTAATTTGAACCCTTGTTGGTTTGAGTT
TTTGGTGGCTTCAAAACGCTCCAGGCCGCCTTCCTGCTCTTGGGTTTCTTGAAACCATCG
CCGCCTTTCTTGTTGCTCGGTGATGGTTTGTCACTGCTCCTTGGAGACTTGCTAGGTTGG
TTTTGTTCCTCAGAGACTCCCTCAGACTGTTTCCTTTTCAAGTCACCACTTGTTTCCCGG
CTTGGCTCAATCTTAGGTTCACTAAAAGACACTCTTCCTCCATTACTGTTATAGCTTGTA
GGAGAAGCATCTGTTTCACGACCGCTTATCACCTCTTCATTCAGTTTCTCAATAGAGGGG
TTGAAAGACTGAAACGACATGCGTCCAAACAATGCTACTGGTTGAGGATCCCAGTCTGTT
ATAACCACACACTTCTTTGCAACAACAGTTCCGAGGGAAGAAAAAGTCTTATTAGGCTCC
TCTTCATCAATCTTCTTCTTCTCCTCCTCTTTCAAAGCAGTCCTTTGCATAAACTTTAGG
TTCCTCAAAGTGCTACTAATCTCTCTTTTCGCCATTTTTCGTAGCTTTCTTCTCCAGATC
ACAGATTCTTTCACCCAACACGAGAGGATGAACAAACAGAGTGTTATCGTTTTTTAGTTT
CCGAC
CC

QA 2 726 2 726
DS 



AS 1 4

CO CL3170Contig1 822 4 4 U
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CAGGAGTAGGTCAAACGTTCACACAAGAAGTGGTGGAAACCATGGCAGAGCTAAATGAGA
AACCCATCATCCTTTCTCTTTCAAACCCAACTTCTCAGTCAGAATGTACAGCAGAACAGG
CTTATACTTGGAGTAAGGGACGAGTGATATTTGCAAGTGGAAGCCCATTTGCGCCGGTAG
AGTATGAGGGGAGGACGTTTGTGCCTGGACAGGCAAACAATGCTTACATATTCCCTGGGT
TCGGACTGGGGCTAATAATGTCAGGGACCATTCGTGTTCATGATGACATGCTTCTGGCTG
CTTCAGAAGCTTTGGCTGAGCAACTTATGGAGGAGCACTATGAGAAGGGGATGATATTCC
CTCCCTTTAGGAATATCAGAAAAATATCAGCTCGTATTGCAGCTAGAGTGGCTGCCAAGG
CCTATGAACTGGGATTGGCGACGAGGTTGCCTCAGCCCAAGGAGCTGGAGAAGTGTGCTG
AGAGCAGCATGTACAGCCCTTCCTATCATAGCTATCGCTAAGGGGATGAAAAGCTTTACA
CTCTCTCCTCCCATTCTTTCACCATCTTAATATATGTGTTTGTTATCATCACTATTCCGC
AATAATCTACTAAAACTGCTTCTCTAGAGTCTAGTAGTCATGTTATGTTATGTTGTTTTA
GCATCTTCGTATAAACATATGTGCAACTGATTTCGTATGATTTTCCTTTTTAGGAAATTT
TCATGATAATCCTTTTTTTCTATTGATTGTTCTGTTTTGTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GY14TF U 1
AF RR3GY14JQ C 1
AF RR3BT92JQ C 279
AF RR3BT92TF U 279
BS 1 718 RR3GY14TF
BS 719 719 RR3BT92TF
BS 720 734 RR3GY14TF
BS 735 822 RR3BT92TF

RD RR3GY14TF 742 0 0
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AGAGCAGCATGTACAGCCCTTCCTATCATAGCTATCGCTAAGGGGATGAAAAGCTTTACA
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AATAATCTACTAAAACTGCTTCTCTAGAGTCTAGTAGTCATGTTATGTTATGTTGTTT*A
GCATCTTCGTATAA
CATATGTG

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3GY14JQ 785 0 0
GCATAAAGGAGCTTGTTGATGCAGTCAAGGCAATCAAGCCGACCGTTTTAATTGGAACAT
CAGGAGTAGGTCAAACGTTCACACAAGAAGTGGTGGAAACCATGGCAGAGCTAAATGAGA
AACCCATCATCCTTTCTCTTTCAAACCCAACTTCTCAGTCAGAATGTACAGCAGAACAGG
CTTATACTTGGAGTAAGGGACGAGTGATATTTGCAAGTGGAAGCCCATTTGCGCCGGTAG
AGTATGAGGGGAGGACGTTTGTGCCTGGACAGGCAAACAATGCTTACATATTCCCTGGGT
TCGGACTGGGGCTAATAATGTCAGGGACCATTCGTGTTCATGATGACATGCTTCTGGCTG
CTTCAGAAGCTTTGGCTGAGCAACTTATGGAGGAGCACTATGAGAAGGGGATGATATTCC
CTCCCTTTAGGAATATCAGAAAAATATCAGCTCGTATTGCAGCTAGAGTGGCTGCCAAGG
CCTATGAACTGGGATTGGCGACGAGGTTGCCTCAGCCCAAGGAGCTGGAGAAGTGTGCTG
AGAGCAGCATGTACAGCCCTTCCTATCATAGCTATCGCTAAGGGGATGAAAAGCTTTACA
CTCTCTCCTCCCATTCTTTCACCATCTTAATATATGTGTTTGTTATCATCACTATTCCGC
AATAATCTACTAAAACTGCTTCTCTAGAGTCTAGTAGTCATGTTATGTTATGTTGTTT*A
GCATCTTCGTATAAACATATGTGCAACTGATTTCGTATGATTTTCCTTTTTAGGAAATTT
TCATG

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3BT92JQ 544 0 0
G
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ATTTTCCTTTTTAGGAAATTTTCATGATAATCCTTTTTTTCTATTGATTGTTCTGTTTTG
TTG

QA 2 544 2 544
DS 

RD RR3BT92TF 544 0 0
G
ATGCTTACATATTCCCTGGGTTCGGACTGGGGCTAATAATGTCAGGGACCATTCGTGTTC
ATGATGACATGCTTCTGGCTGCTTCAGAAGCTTTGGCTGAGCAACTTATGGAGGAGCACT
ATGAGAAGGGGATGATATTCCCTCCCTTTAGGAATATCAGAAAAATCTCAGCTCGTATTG
CAGCTAGAGTGGCTGCCAAGGCCTATGAACTGGGATTGGCGACGAGGTTGCCTCAGCCCA
AGGAGCTGGAGAAGTGTGCTGAGATCAGCATGTACAGCCCTTCCTATCATAGCTATCGCT
AAGGGGATTATAAGCTTTACACTCTC**CTCCCATTCTTTCACCATCTTAATATATGTGT
TTGTTATCATCACTATTC*GCAATAATCTACTAAAACTGCTTCTCTAGAGTCTAGTAGTC
ATGTTATGTTATGTTGTTTTAGCATCTTCGTATAAACATATGTGCAACTGATTTCGTATG
ATTTTCCTTTTTAGGAAATTTTCATGATAATCCTTTTTTTCTATTGATTGTTCTGTTTTG
TTG

QA 2 544 2 544
DS 



AS 1 3

CO CL3171Contig1 825 3 38 U
CCTCACACATAACCAAATAAGATAGATTTACTTTTGTAAGTTTGTTGGAAAGAAACACAT
AAATAAAAAAAAA*AATCAAACTTTGGTCACATACACACACAC**ATACAACGTCGATGG
TCTCTTTCAGTTGTACTTCCTCTTCTTGATCTTGAAGGAAGAAGATCGGATAACGTCGTC
ATCGGCAGTGAGAACGGACTCGAGGGGAGTGATGGATTCAGGTTTGGTGAAGTAAGTGAA
GAGAAGGTAGATACCATCCAGGTAAGTGTTAGTCTCTCCTGCTTTGTTCTTCTTCCTGAT
ACTGTAAGCCAATGGAATCACTCCTCTGTTGAATACTTCCACATACATTCCTCCCCCAGC
CACAAGCAACTCTTCGTACTTCTGGGTGAGACCAAGGCGCTCATCTTCAGACATGTCGGG
TCTCAAGACGGCCATTGTCTCGTACTGTCGGAGACCAGGCGGGCATTGAGGTTCGGGTTT
GTCCTCAAGGGCAGTAGAGACGGAAGAGGGAGAAGGGTCATCGTCGGAGCCGAATCCACC
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CTTCTTCTTCTTCTGCTGCGAGGCCAATGGTTTGGACTTGGAAACGAATGACCGGAGGGA
ACGGGAGAAAGAGAGGAGTGGCTGGGACGAGACATTAGGAAGAGAGTGAGGACAAAAGGG
AGAGTTCGATAGGCATAGCGAAGACGCCAACATTGTTGTTATATGATGAGATGAGAGCTA
ATTAGAAAGAAACACAGCAGAAGCAGAGAGGCGATGGTGGTAGTA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG92JQ U 1
AF RR3AG92TF C 1
AF RR3DI19JQ U 16
BS 1 20 RR3AG92JQ
BS 21 21 RR3DI19JQ
BS 22 51 RR3AG92JQ
BS 52 52 RR3DI19JQ
BS 53 115 RR3AG92JQ
BS 116 116 RR3DI19JQ
BS 117 160 RR3AG92JQ
BS 161 161 RR3DI19JQ
BS 162 163 RR3AG92JQ
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BS 165 191 RR3AG92JQ
BS 192 192 RR3DI19JQ
BS 193 242 RR3AG92JQ
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BS 244 249 RR3AG92JQ
BS 250 250 RR3DI19JQ
BS 251 389 RR3AG92JQ
BS 390 390 RR3DI19JQ
BS 391 409 RR3AG92JQ
BS 410 410 RR3DI19JQ
BS 411 426 RR3AG92JQ
BS 427 427 RR3DI19JQ
BS 428 452 RR3AG92JQ
BS 453 453 RR3DI19JQ
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BS 500 505 RR3AG92JQ
BS 506 506 RR3DI19JQ
BS 507 531 RR3AG92JQ
BS 532 532 RR3DI19JQ
BS 533 557 RR3AG92JQ
BS 558 709 RR3DI19JQ
BS 710 712 RR3AG92TF
BS 713 716 RR3DI19JQ
BS 717 717 RR3AG92TF
BS 718 825 RR3DI19JQ

RD RR3AG92JQ 557 0 0
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AAATAAAAAAAAA*AATCAAACTTTGGTCACATACACACACAC**ATACAACGTCAATGG
TCTCTTTCAGTTGTACTTCCTCTTCTTGATCTTGAAGGAAAAAAATCGGATAACGTCGTC
ATCGGCAGTGAAAACGGACTCGAGGGGAGTGATGGATTCAGGTTTGGTGAAGTAAGTGAA
GAAAAGGTAAATACCATCCAGGTAAGTGTTAGTCTCTCCTGCTTTGTTCTTCTTCCTGAT
ACTGTAAGCCAATGGAATCACTCCTCTGTTGAATACTTCCACATACATTCCTCCCCCAGC
CACAAGCAACTCTTCGTACTTCTGGGTGAAACCAAGGCGCTCATCTTCAAACATGTCGGG
TCTCAAAACGGCCATTGTCTCGTACTGTCGGAAACCAGGCGGGCATTGAGGTTCGGGTTT
GTCCTCAAGGGCAGTAAAAACGGAAAAGGGAGAAGGGTCATCGTCGGAGCCAAATCCACC
TTCAAAGAAAGTGCCTG

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3AG92TF 761 0 0
CCTCACACATAACCAAATAAGATAGATTTACTTTTGTAAGTTTGTTGGAAAGAAACACAT
AAATAAAAAAAAG*AATCAAACTTTGGTCACATACACACACAC**ATACAACGTCGATGG
TCTCTTTCAGTTGTACTTCCTCTTCTTGATCTTGAAGGAAGAAGATCGGATAACGTCGTC
ATCGGCAGTGAGAACGGACTCGAGGGGAGTGATGGATTCAGGTTTGGTGAAGTAAGTGAA
GAGAAGGTAGATACCATCCAGGTAAGTGTTAGTCTCTCCTGCTTTGTTCTTCTTCCTGAT
ACTGTAAGCCAATGGAATCACTCCTCTGTTGAATACTTCCACATACATTCCTCCCCCAGC
CACAAGCAACTCTTCGTACTTCTGGGTGAGACCAAGGCGCTCATCTTCAGACATGTCGGG
TCTCAAGACGGCCATTGTCTCGTACTGTCGGAGACCAGGCGGGCATTGAGGTTCGGGTTT
GTCCTCAAGGGCAGTAGAGACGGAAGAGGGAGAAGGGTCATCGTCGGAGCCGAATCCACC
TTCAAAGAAAGTGCCTGAGAAATCAAGAGCCTGTGATTTCACCACCACAGAGCTCTCTCT
CTTCTTCTTCTTCTGCTGCGAGGCCAATGGTTTGGACTTGGAAACGAATGGCCGGAGGGA
ACGGGAGAAAGAGAGGAGTGGCTGGGACGAGACATTAGGAAGAGAGTGAGGACAAAAGGG
AGAGTTCGATAGGCATAGCGAAGACGCCAACATTGTTGTT
C

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3DI19JQ 810 0 0
AATAAGATAGATTTACTTTTGTAAGTTTGTTGGAAAGAAACACATAAATAAAAAAAAAGA
ATCAAACTTTGGTCACATACACACACACACATACAACGTCGATGGTCTCTTTCAGTTGTA
CTTCCTCTTCTTGATCTTGAAGGAAGAAGATCGGATAACGTCGTCATCGGCAGTGAGAAC
GGACTCGAGGGGAGTGATGGATTCAGGTTTGGTGAAGTAAGTGAAGAGAAGGTAGATACC
ATCCAGGTAAGTGTTAGTCTCTCCTGCTTTGTTCTTCTTCCTGATACTGTAAGCCAATGG
AATCACTCCTCTGTTGAATACTTCCACATACATTCCTCCCCCAGCCACAAGCAACTCTTC
GTACTTCTGGGTGAGACCAAGGCGCTCATCTTCAGACATGTCGGGTCTCAAGACGGCCAT
TGTCTCGTACTGTCGGAGACCAGGCGGGCATTGAGGTTCGGGTTTGTCCTCAAGGGCAGT
AGAGACGGAAGAGGGAGAAGGGTCATCGTCGGAGCCGAATCCACCTTCAAAGAAAGTGCC
TGAGAAATCAAGAGCCTGTGATTTCACCACCACAGAGCTCTCTCTCTTCTTCTTCTTCTG
CTGCGAGGCCAATGGTTTGGACTTGGAAACGAATGACCGGAGGGAACGGGAGAAAGAGAG
GAGTGGCTGGGACGAGACATTAGGAAGAGAGTGA***CAAACGGGAGAGTTCGATAGGCA
TAGCGAAGACGCCAACATTGTTGTTATATGATGAGATGAGAGCTAATTAGAAAGAAACAC
AGCAGAAGCAGAGAGGCGATGGTGGTAGTA

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 4

CO CL3172Contig1 678 4 6 U
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TGATATGGAGAGTGAGGGAAAGATCGTGTTTACAGAAGAGCAAGAAGCTCTTGTGGTGAA
GTCATGGAGTGTCATGAAGAAAAATTCAGCTGATTTGGGTCTCAAACTATTCATCAAGAT
CTTTGAGATTGCACCAACAGCGAAGAAGTTGTTCTCGTTTTTGAGAGACTCACCCATCCC
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GTCAGCAGCACAGCTGAGAAAAACAGGAAAAGTTACAGTGAAGGAGACAACCCTGAAGAG
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TGCATTGTTGGAGACGATAAAGGAGGCGGTGCCGGAGATGTGGTCACCGGAAATGAAATC
TGCTTGGGGTCAGGCTTATGATCACCTTGTTGCTGCCATTAAAGCTGAAATGAAGCCTTC
TCACTAAAATCTATTTTAATATAATAAGCAAAAGATGTCTACTTATTACAAAACCTGTAG
TCAAATTTTGAATATGACTTGTTTGTATTCAGTTTGGCTTTTGCTTGAATGATAATAACA
CGTGTGGATTGCAGTTCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 

AF RR3CF19JQ C 1
AF RR3G825JQ C 218
AF RR3G825TF U 1
AF RR3CF19TF U 1
BS 1 60 RR3G825TF
BS 61 61 RR3CF19TF
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BS 229 673 RR3G825TF
BS 674 678 RR3CF19JQ

RD RR3CF19JQ 678 0 0
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TGATATGGAGAGTGAGGGAAAGATCGTGTTTACAGAAGAGCAAGAAGCTCTTGTGGTGAA
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CTTTGAGATTGCACCAACAGCGAAGAAGTTGTTCTCGTTTTTGAGAGACTCACCCATCCC
TGCTGAGCAAAACCCAAAGCTCAAGCCTCATGCCATGTCTGTTTTTGTCATGTGTTGTGA
GTCAGCAGCACAGCTGAGAAAAACAGGAAAAGTTACAGTGAAGGAGACAACCCTGAAGAG
GCTAGGAGCCAATCATTTTAAATACGGCGTCGTTGATGAACACTTTGAGGTGACCAAGTA
TGCATTGTTGGAGACGATAAAGGAGGCGGTGCCGGAGATGTGGTCACCGGAAATGAAATC
TGCTTGGGGTCAGGCTTATGATCACCTTGTTGCTGCCATTAAAGCTGAAATGAAGCCTTC
TCACTAAAATCTATTTTAATATAATAAGCAAAAGATGTCTACTTATTACAAAACCTGTAG
TCAAATTTTGAATATGACTTGTTTGTATTCAGTTTGGCTTTTGCTTGAATGATAATAACA
CGTGTGGATTGCAGTTCC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3G825JQ 461 0 0
TTTTTGAGAGGCTCACCCATCCCTGCTGAGCAAAACCCAAAGCTCAAGCCTCATGCCATG
TCTGTTTTTGTCATGTGTTGTGAGTCAGCAGCACAGCTGAGAAAAACAGGAAAAGTTACA
GTGAAGGAGACAACCCTGAAGAGGCTAGGAGCCAATCATTCTAAATACGGCGTCGTTGAT
GAACACTTTGAGGTGACCAAGTATGCATTGTTGGAGACGATAAAGGAGGCGGTGCCGGAG
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ATTAAAGCTGAAATGAAGCCTTCTCACTAAAATCTATTTTAATATAATAAGCAAAAGATG
TCTACTTATTACAAAACCTGTAGTCAAATTTTGAATATGACTTGTTTGTATTCAGTTTGG
CTTTTGCTTGAATGATAATAACACGTGTGGATTGCA
GTTCC

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR3G825TF 673 0 0
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GTCATGGAGTGTCATGAAGAAAAATTCAGCTGATTTGGGTCTCAAACTATTCATCAAGAT
CTTTGAGATTGCACCAACAGCGAAGAAGTTGTTCTCGTTTTTGAGAGGCTCACCCATCCC
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GTCAGCAGCACAGCTGAGAAAAACAGGAAAAGTTACAGTGAAGGAGACAACCCTGAAGAG
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TGCATTGTTGGAGACGATAAAGGAGGCGGTGCCGGAGATGTGGTCACCGGAAATGAAATC
TGCTTGGGGTCAGGCTTATGATCACCTTGTTGCTGCCATTAAAGCTGAAATGAAGCCTTC
TCACTAAAATCTATTTTAATATAATAAGCAAAAGATGTCTACTTATTACAAAACCTGTAG
TCAAATTTTGAATATGACTTGTTTGTATTCAGTTTGGCTTTTGCTTGAATGATAATAACA
CGTGTGGATTGCA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3CF19TF 678 0 0
GGAAGATCACACAGTTTTCGTTACGGAAAAGAACTGTATATCAAATAATTTAGTCTCTGA
TGATATGGAGAGTGAGGGAAAGATCGTGTTTACAGAAGAGCAAGAAGCTCTTGTGGTGAA
GTCATGGAGTGTCATGAAGAAAAATTCAGCTGATTTGGGTCTCAAACTATTCATCAAGAT
CTTTGAGATTGCACCAACAGCGAAGAAGTTGTTCTCGTTTTTGAGAGACTCACCCATCCC
TGCTGAGCAAAACCCAAAGCTCAAGCCTCATGCCATGTCTGTTTTTGTCATGTGTTGTGA
GTCAGCAGCACAGCTGAGAAAAACAGGAAAAGTTACAGTGAAGGAGACAACCCTGAAGAG
GCTAGGAGCCAATCATTTTAAATACGGCGTCGTTGATGAACACTTTGAGGTGACCAAGTA
TGCATTGTTGGAGACGATAAAGGAGGCGGTGCCGGAGATGTGGTCACCGGAAATGAAATC
TGCTTGGGGTCAGGCTTATGATCACCTTGTTGCTGCCATTAAAGCTGAAATGAAGCCTTC
TCACTAAAATCTATTTTAATATAATAAGCAAAAGATGTCTACTTATTACAAAACCTGTAG
TCAAATTTTGAATATGACTTGTTTGTATTCAGTTTGGCTTTTGCTTGAATGATAATAACA
CGTGTGGATTGCA
GTTCC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 3

CO CL3173Contig1 792 3 5 U
GGACGGACAGTTTCATCCAAAGTCCGAAGCCTCCCAAACAAACTTTGAAATCGAAATCC*
AGTTTTGTCGAATTTTGATCGGGAGAAGAAATGGCGGGAGCGAATCAAACGTGTATATTC
TGCCAGATCGTGCACGATCCCAACTCCACTTCTCGTCTCCTTCACACCGATGAGAAGGTC
GTCGCGTTTCAGGACATCAAGCCTTCCGCCCAGAGGCACTACTTGGTCATTCCAAAAGAA
CACGTCCCAACTGTGAGAGACCTCCAGAGAAGAGATGAAGACTACTCTTTGGTGAGTCAC
ATGCTAAGAGTGGGACAAGAACTCCTGCTGAAAGACGCACCTCAAACCATTCATAGATTT
GGTTTTCACCAGCCGCCTTTTAACAGTGTCGATCATCTCCATCTCCATTGTTTTGCATTG
CCTTTTATGCCCAGATGGAAAGTCGTCAAGTATACGTCTTTGGGACCTTTCGGTGGTTTT
ATTGAAGCACAGAAACTTCTGGAGAAGATAAGGCCTCTTCCTTCAAAAGTGTAACTGAAA
CCAACTTATCTAACTTCATTGCGGTGCTAAAATTGGTGCTATATCTCTTTTTCATTTACC
GGCATGTCTGTTATAAAATGCCACATATCATTGTTGATTTTTGTATGCAAGAAAGACGTG
TCGTGTAATTTTATGTAATTTATGTCGCTTGCCCAATAGTTGTAGGCAGGGAAACCATTC
TCATATTTAATGGGTATGAAATATAGACATTAATGATTCTTCAAATATAATCAATCTCTG
GTGACTGACAAA


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3EN85TF U 27
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DS 



AS 2 4

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BQ
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TCTGTATCGTTTGTTTGGGTTTATGATGATGTAATCAGATCTTTGGTTATGATG

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AGAAGGAGGAGGAGACTGAAACCCCAGCTGTTGTGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAAGACTG
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CN42JQ C 1
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CGGAAGAAGTCGTCACCGCGACAGAAGAAGAATCTGGAGCACCAGTGGAAGAAACGAGCA
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DS 

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CTTTGGTCTCATTTCGTTGTCTTTTTAAATTATATTTTATCAAAATTTCATATGTATTTT
CTGTATCGTTTGTTTGGGTTTATGATGATGTAATCAGATCTTTGGTTATGATGATTATTT
GGTTAG

QA 10 615 10 615
DS 



AS 1 4

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GGACAAGAAACAAACACAGTGACTCTAAGTACCCTTTGGTTCCTGGGCATGAGATTGCTG
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ATTGTGTGAAAGGGCAGGTTTTCACTTTCAATGGCGTTGATTACGATGGCTCTGTTACTA
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CATCTGGTGATCACGCGTTTGATCCTTACATGTCGCTTTTGAAGATTGCTGGAACTTATG
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AAAGCACAACATTGAAGTGATTTTTCTGTAATAGAAGATGAAAGTCAATAATAAGAATTT
GTTTTAAGGCTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E136TF U 1
AF RR3BI37TF U 57
AF RR3E136JQ C 687
AF RR3BI37JQ C 528
BS 1 178 RR3E136TF
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RD RR3E136TF 661 0 0
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TAAAGGGAGAATTGAAACCACCGATGAGTTCTTCAGGAGGAGAAGACGAGTGCTTGAGTT
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GGACAAGAAACAAACACAGTGACTCTAAGTACCCTTTGGTTCCTGGGCATGAGATTGCTG
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ATTGTGTGAAAGGGCAGGTTTTCACTTTCAATGGCGTTGATTACGATGGCTCTGTTACTA
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ACTATCCTTTGGAATCAGCTGCGCCGTTGCTATGCGCTGGAGTCACCGTTTATGCGCCCA
TGATGCGTCACGGTATGAATCAGCCTG*TAAATCTCTTGGTGTGGTTGGACTCGGTGGGC
T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3BI37TF 741 0 0
G
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GTTGGGCTGCACGAGATCCATCTGGTCTCCTCTCTCCTCACACCTTCACACGCAGATCTG
TTACAAGTGATGACGTTTCACTAAAAATCACACACTGTGGTGTCTGTTACGCTGACGTCA
TCTGGACAAGAAACAAACACGGTGACTCTAAGTACCCTTTGGTTCCTGGGCATGAGATTG
CTGGAATAGTGAGTAAGGTTGGATCTAATGTTACTCGGTTCAAAGTTGGAGACCATGTTG
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TCAGTTGTGTGAAAGGGCAGGTTTTCACTTTCAATGGCGTTGATTACGATGGCTCTGTTA
CTAAAGGAGGCTACTCCAGCCATATTGTTGTTCACGAGAGGTACTGCTACAAGATACCTG
TGGACTATCCTTTGGAATCAGCTGCGCCGTTGCTATGCGCTGGAGTCACCGTTTATGCGC
CCATGATGCGTCACGGTATGAATCAGCCTGGTAAATCTCTTGGTGTGGTTGGACTCGGTG
GGCTTGGACACATGGCGGTTAAGTTTGGTAAGGCTTTTGGACTTGATGTGACGGTGTTCA
GCACTAGCATTTCCAAGAAAGAGGAGGCTTTGAATCTGCT**CAGCTAACAACTTCGTTA
TCTCATCTGATCATGACCAA

QA 2 741 2 741
DS 

RD RR3E136JQ 574 0 0
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CTAGCGAAATCTCTGGACTTTATCATTGACACAGCATCTGGTGATCACGCGTTTGATCCT
TACATGTCGCTTTTGAAGATTGCTGGAACTTATGTCCTCGTTGGTTTCCCAAGTGAGATT
AAAATCCAGCCTGCCACTCTCAACCTTGGTATGAGAGTGCTTGCGGGAAGCGTGAGTGGG
GGTACTAAGGTGACTCAGGAGATGTTAGACTTCTGTGCAGCTCATAAGATTTATCCGAAC
ATTGAGGTGATTCCCATTCAAAAGGCAAACGAAGCTCTTGAAAGGGTGGTGAAGAAAGAC
ATCAAGTACCGTTTTGTTATTGATATCGAGAATTCTCTGAAATAGAGAGAACATAGAGAT
GTTGAGAGTCTTAATAAAAGAACAGCTCTATGAGTTGTGAAGAAGAGAGGACTAAAGAAT
CCTTGGTCTCGTTTATAATAAACCTGATATTCAC

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3BI37JQ 808 0 0
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GTTTATGCGCCCATGATGCGTCACGGTATGAATCAGCCTGGTAAATCTCTTGGTGTGGTT
GGACTCGGTGGGCTTGGACACATGGCGGTTAAGTTTGGTAAGGCTTTTGGACTTGATGTG
ACGGTGTTCAGCACTAGCATTTCCAAGAAAGAGGAGGCTTTGAATCTGCT**CAGCTAAC
AACTTCGTTATCTCATCTGATCATGACCAAATGAAGGCACTAGCGAAATCTCTGGACTTT
ATCATTGACACAGCATCTGGTGATCACGCGTTTGATCCTTACATGTCGCTTTTGAAGATT
GCTGGAACTTATGTCCTCGTTGGTTTCCCAAGTGAGATTAAAATCCAGCCTGCCACTCTC
AACCTTGGTATGAGAGTGCTTGCGGGAAGCGTGAGTGGGGGTACTAAGGTGACTCAGGAG
ATGTTAGACTTCTGTGCAGCTCAAAAGATTTATCCGAACATTGAGGTGATTCCCATTCAA
AAGGCAAACGAAGCT*TTGAAAGGGTGGTGAAGAAAGACATCAAGTACCGTTTTGTTATT
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ACAGCTCTATGAGTTGTGAAGAAGAGAGGACTAAAGAATCCTTGGTCTCGTTTATAATAA
ACCTGATATTCACAAAGCACAACATTGAAGTGATTTTTCTGTAATAGAAGATGAAAGTCA
ATAATAAGAATTTGTTTTAAGGCTTGTT

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 4

CO CL3176Contig1 1035 4 9 U
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CCCTAAACATTCAATAATGTCGCTTGTGAGAGTTGATCTCTTATGTTTTGTAAAAGCCAG
AGATGCAGCCTTTCGCAGAAGTCCAGATGCAGATATGCATCCCAAGATGGCTGGATTCTC
CGAGAGACTCTCATGACCTGATATAAGCTGTTGTGCCCATGACAGAAACACTGCGACACT
CCCAGAGAGAATGTCACCTTGTCCACCACAGCGCCTTGGAGAACCATATATGCTCACTGA
TTTTACTATCTCCCCATTGCTTATAAGATCAGATCTCCCTTTACTCAGAATCGTTACGCC
ACCAAGCTGATTGGCCAAAGAACGCAGTTGATCTTCAGAATTTGCTTCATCTACTTCGCA
GTTCAGCACTTTCTGAACAAGACGCTTATACTCGTTCACATTCGGAGTCAAGACAGCAAG
CGGATAGCTGTTGACAGGATCAGTGGAGTTTGTAACAAGAAACAGCCCGTCCCCATCTAC
AACAAAAGGAAGATTGAACTTTCTGGCAAGAAGCATAATTTTACTCACACATTCCAGGAG
AAATGGATCCCTTCCCAGACCAGGACCAATCACAAGACAATCAAATCTTTCCATCCATTT
CTCAACCCCTCCAACCACTTTCTCCTGGACTTGTCTCCTCTCTTCCTCACTGACGGTGTA
AGATTCCTCAAGAAGAGGGTGAACTATAAGCTCAGGACTATAACTCTTTATAACAGGTGA
TGCGTCTTTCGTGCAGAAGACATGAGACAAATCAGCACCGATCTTGAGAGCAGAAATGGC
GGCGAAGTATGGAGCTCCAGTGTATTCACGACAGCCTCCAATCACCGCTATCTTCCCAGC
TTGGCCTTTGTGTCT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F367JQ U 1
AF RR3BF71JQ U 20
AF RR3F367TF C 664
AF RR3BF71TF C 320
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BS 714 848 RR3BF71JQ
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G
C

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TGTCCACCACAGCGCCTTGGAGAACCATATATGCTCACTGATTTTACTATCTCCCCATTG
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CCAGGACCAATCACAAGACAATCAAATCTTTCCATCCATTTCTCAACCCCTCCAACCACT
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TGAACTATAAGCTCAGGACTATAACTCTTTATAACAGGTGATGCGTCTTTCGTGCAGAAG
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QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 4

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ACAAATGTGCAAGACTTTCATGATAAACTGTTATAGGTGTAAATCCACATCAGTAAGTTG
ATTGGCCAATGTCATGGT


BQ
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AF RR3B079JQ C 1
AF RR3B758JQ C 1
AF RR3B079TF U 1
AF RR3B758TF U 1
BS 1 678 RR3B079TF

RD RR3B079JQ 678 0 0
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QA 1 678 1 678
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ACAAATGTGCAAGACTTTCATGATAAACTGTTATAGGTGTAAATCCACATCAGTAAGTTG
ATTGGCCAATGTCATGGT

QA 1 678 1 678
DS 

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ATCACCTTCTCTCCTTTACGCTCGTCTCCAAAGGTCTCCGTTCAATTCGCTCGGTCGAGT
CTTGCTCTTGCCTCAACTCACTGCATTTCTGGGATTCGTGCTGTTCTTCCTCAGAAGATA
TCCACTATTGTCTCTCCCAGTTCTCAAAGGCTTCAGACTCTCACCGTTTTCGCTCATAAG
GGCTACAAAATGAAGACCCACAAGGCCTCAGCGAAGAGGTTCAGGGTGACGGTTAGGGGG
AAGATAGTGAGGAGGAGATCCGGGAAGCAGCATTTGTTAGCTAGAAGAACAACAAGAGGA
AGCTCCGTCTTTCCAAAATGCATGAAGTGAGCCGCAGTGACTATGACAATGTGATCGGCG
CTCTTCCCTACCTGAAAGTCAACCGAAAGGCGACTTAAGCAGAGCCGGCTTGATTCCTTT
TCTTACCTGCATTTCTCATTTTGTAATCTAAGTTATGATAATACTCTCTTTTGTTTTGTG
ATTTTTTGGTCAATTAGTTGATCCTTCTTCCACCTTCTCGTTTTCTTGTCTTGCATGTCC
ACAAATGTGCAAGACTTTCATGATAAACTGTTATAGGTGTAAATCCACATCAGTAAGTTG
ATTGGCCAATGTCATGGT

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 4

CO CL3178Contig1 1268 4 7 U
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AGCAGACAATGCTGCAAGCTTTACACACATTACATCTGAAGAAATGTAGTAGTCACCATT
ACATCTGAAGAAATCCACTTTATTGCATAAATATTCTAAACACACAAACATCACAAGCTT
TTACTTTTACTTTACTTCACTTTCCTTGTTGCGC*TCAGCTTTACTCGTCACAACTTCAA
CTTTCTCAATCATCTCGTACTCCTTAGTCTTCTGCCCACATTTCTCAGGCTCCACCACCA
CCGCAAGATAGTTTCTTTTGAAAGCTGCCCAGATACGCATCACGGCGAAGAACACAAGCC
CTATAGATCCAAAGGTCATAACGAAGCAAGTGACAGTCCCCCACATCTTCTCTCTTCTCC
TCTTCTCCACCTCCTCCTCCCACCTACGCTTTGTCTCAAGAAGCGCCGCATACGAGTGTA
TACCCCTAGAGACGAGTCCCGCTTGTAATCTCCAAGAATGGAGGTTAAAGCTCCCGTTAT
ACGACTTAACACCCACCATGATCTCATCCTCGTCTTTCAACAAATCAATCCGAGAACCGA
ACCGAGTCTTTGGATATGTATATCCCTTTGATCTGGTTAACCTAGCATCTAAGTACCTTG
TATTCGCTTCGTAATTAATCCAGACGTACAACAACATCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCGG
AGTTTACAACCGTGAGATTGCTTATCGTATCAGGAACAGTTGAACCATATAGACCAACCG
TAACATTGGAGTCTTTACACTTGGTGAAATTATCAGAAATGTCGAACTTGACCTCGAATA
AAGAGCGATCGAGTGTTCCGTTAGAAGGAAACACGACAAAACGTACACTCCCGCCACCAC
GACCGGGAGACATGGAGAAAGAGAAGACAGTAGAGAAACCCGTGAAGTAGTCATCTTTAG
TGTCTTTGGACGCGATGGGTTTCTTGTAAACGACTCCACCGCCGATGGGATTTACTGAGT
CAATCAGCTGAACCGAAGCTCCGTTGTCTACGAGCTTTGCGTAGCCGTAGAGGGCAATAT
CGTCGGACTCAAAGCTCGCGTTTTTATCGAAGCTTGTGAAGGAGAAGGATGATGTAGCTT
CAGATATGGAGATTCTGGAGAAGAGTGAGGTTAAAGCCAGGAGGAGAACGATGAAGCTCG
CCATTAAAGGGGAGCAAGCTTTAGAGATTAGAGTATGGATGTGGAGTGTGGTTGATGTTG
GAGATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR49JQ U 1
AF RR3GR49TF C 53
AF RR3EZ83JQ U 98
AF RR3EZ83TF C 488
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BS 759 806 RR3GR49JQ
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BS 863 1268 RR3EZ83TF

RD RR3GR49JQ 807 0 0
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TTACTTTTACTTTACTTCACTTTCCTTGTTGCGC*TCAGCTTTACTCGTCACAACTTCAA
CTTTCTCAATCATCTCGTACTCCTTAGTCTTCTGCCCACATTTCTCAGGCTCCACCACCA
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TCTTCTCCACCTCCTCCTCCCACCTACGCTTTGTCTCAAGAAGCGCCGCATACGAGTGTA
TACCCCTAGAGACGAGTCCCGCTTGTAATCTCCAAGAATGGAGGTTAAAGCTCCCGTTAT
ACGACTTAACACCCACCATGATCTCATCCTCGTCTTTCAACAAATCAATCCGAGAACCGA
ACCGAGTCTTTGGATATGTATATCCCTTTGATCTGGTTAACCTAGCATCTAAGTACCTTG
TATTCGCTTCGTAATTAATCCAGACGTACAACAACATCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCGG
AGTTTACAACCGTGAGATTGCTTATCGTATCAG*AACGGTTGAACCATATAGACCAACCG
TAACATTGGAGTCTTTACACTTGGTG
C

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3GR49TF 755 0 0
AGGA
TTTGAGCAGACAATGCTGCAAGCTTTACACACATTACATCTGAAGAAATGTAGTAGTCAC
CATTACATCTGAAGAAATCCACTTTATTGCATAAATATTCTAAACACACAAACATCACAA
GCTTTTACTTTTACTTTACTTCACTTTCCTTGTTGCGC*TCAGCTTTACTCGTCACAACT
TCAACTTTCTCAATCATCTCGTACTCCTTAGTCTTCTGCCCACATTTCTCAGGCTCCACC
ACCACCGCAAGATAGTTTCTTTTGAAAGCTGCCCAGATACGCATCACGGCGAAGAACACA
AGCCCTATAGATCCAAAGGTCATAACGAAGCAAGTGACAGTCCCCCACATCTTCTCTCTT
CTCCTCTTCTCCACCTCCTCCTCCCACCTACGCTTTGTCTCAAGAAGCGCCGCATACGAG
TGTATACCCCTAGAGACGAGTCCCGCTTGTAATCTCCAAGAATGGAGGTTAAAGCTCCCG
TTATACGACTTAACACCCACCATGATCTCATCCTCGTCTTTCAACAAATCAATCCGAGAA
CCGAACCGAGTCTTTGGATATGTATATCCCTTTGATCTGGTTAACCTAGCATCTAAGTAC
CTTGTATTCGCTTCGTAATTAATCCAGACGTACAACAACATCTCCTCCTCCTCCTCCTCC
TCGGAGTTTACAACCGTGAGATTGCTTATCGTATCAGGAACGGTTGAACCATATAGACCA
ACCGTAACATTGGAGTCTTTACACTTGGTG
C

QA 5 754 5 754
DS 

RD RR3EZ83JQ 765 0 0
GG
AGAAATGTAGTAGTCACCATTACATCTGAAGAAATCCACTTTATTGCATAAATATTCTAA
ACACACAAACATCACAAGCTTTTACTTTTACTTTACTTCACTTTCCTTGTTGCGCCTCAG
CTTTACTCGTCACAACTTCAACTTTCTCAATCATCTCGTACTCCTTAGTCTTCTGCCCAC
ATTCCTCAGGCTCCACCACCACCGCAAGATAGTTTCTTTTGAAAGCTGCCCAGATACGCA
TCACGGCGAAAAACACAAGCCCTATAGATCCAAAGGTCATAACGAAGCAAGTGACAGTCC
CCCACATCTTCTCTCTTCTCCTCTTCTCCACCTCCTCCTCCCACCTACGCTTTGACTCAA
GAAGCGCCGCATACGAGTGTATACCCCTAGAGACGAGTCCCGCTTGTAATCTCCAAGAAT
GGAGGTTAAAGCTCCCGTTATACGACTTAACACCCACCATGATCTCATCCTCGTCTTTCA
ACAAATCAATCCGAGAACCGAACCGAGTCTTTGGATATGTATATCCCTTTGATCTGGTTA
ACCTAGCATCTAAGTACCTTGTATTCGCTTCGTAATTAATCCAGACGTACAACAACATCT
CCTCCTCCTCCTCCTCCTCGGAGTTTACAACCGTGAGATTGCTTATCGTATCAGGAACAG
TTGAACCATATAGACCAACCGTAACATTGGAGTCTTTACACTTGGTGAAATTATCAGAAA
TGTCGAACTTGACCTCGAATAAAGAGCGATCGAGTGTTCCGTT

QA 3 765 3 765
DS 

RD RR3EZ83TF 781 0 0
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AACACCCACCATGATCTCATCCTCGTCTTTCAACAAATCAATCCGAGAACCGAACCGAGT
CTTTGGATATGTATATCCCTTTGATCTGGTTAACCTAGCATCTAAGTACCTTGTATTCGC
TTCGTAATTAATCCAGACGTACAACAACATCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCGGAGTTTAC
AACCGTGAGATTGCTTATCGTATCAGGAACAGTTGAACCATATAGACCAACCGTAACATT
GGAGTCTTTACACTTGGTGAAATTATCAGAAATGTCGAACTTGACCTCGAATAAAGAGCG
ATCGAGTGTTCCGTTAGAAGGAAACACGACAAAACGTACACTCCCGCCACCACGACCGGG
AGACATGGAGAAAGAGAAGACAGTAGAGAAACCCGTGAAGTAGTCATCTTTAGTGTCTTT
GGACGCGATGGGTTTCTTGTAAACGACTCCACCGCCGATGGGATTTACTGAGTCAATCAG
CTGAACCGAAGCTCCGTTGTCTACGAGCTTTGCGTAGCCGTAGAGGGCAATATCGTCGGA
CTCAAAGCTCGCGTTTTTATCGAAGCTTGTGAAGGAGAAGGATGATGTAGCTTCAGATAT
GGAGATTCTGGAGAAGAGTGAGGTTAAAGCCAGGAGGAGAACGATGAAGCTCGCCATTAA
AGGGGAGCAAGCTTTAGAGATTAGAGTATGGATGTGGAGTGTGGTTGATGTTGGAGATCC
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 4

CO CL3179Contig1 1120 4 16 U
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AAATCCTGATAGTCTTTTCATGGATTTGATATAAGAAGATGACAATATCTCTTTACATCA
TGTTCCAGCAGCGAAACGATAACTTGAAACCCATATACTAAAACAGAACTTCCCGCCACT
GCTAAGCCAACGTCGAAATGAATATGCAGACGTTAGGCAAAGATGCGCCGCATCAAGATG
GTTCCGTTTTTATTTTATTCTGCAAAAGATCCGCCACATGTTTTATTAACGGTGTGAATT
TTTGTTTGCCGCTTCGTACTGTAAGAGAGATCAAAAGTGGAGAGTGCTCCTTCTGTAAAA
AAATGTTATCTCTCTTTCTTGTTTGTGGGTTGCCATGAACACAATGAAGATATCGCTGAT
CGTTGGCTTTCTCAACAGAGACCGTTGAATATAGTTCACTCTGCAGTTTGAAGCGCTGGT
TTCATAGACCTGTTTTTCAAAACAACACCATAAAATAGCCAAAGAGCTCTGAAACTTTCA
GTCAAAATAACAGAACAAAAGGAACAAAAGAATAAATAAAAACAGAGACGTGGATGCTGC
ACCTTAGATATTTTTTTGACAAATGAAAATGAAAATGTAGTATAAACAAACTGAGAAACA
GGGTTTTCTAAGATGACAGAGCCACAGAGGTTGTCGCTGAAGAAGAAGGCCTGGTCGCTG
TACTCGTGGCTGAAAATTTAACTTCTGATTATATGTGTCTCTCTTTGAAAGGAGTTTAAG
GTTTCGTTCTTCTGGAGCGGTATCAGCTGGAATCAAAATAGATCCTCCCAAAAAAATCAG
TCCTTTCAAGATCTGAACCTTGAGGAAGAGGAAGTATTCTACGATCGCCGGAGCTGTTCC
AATTTCCAAGGATAAAAAGAGAGCAGTAATCCACAATTTTCTACAATCGACATTTTCAAG
GGTTGATGGGAAGGGGCGCTGGTTTGATTTCGGAGTGAATTTATCAGATATTTGGGTTTC
ACAGTTTGTTTGAGGAACAATATATACTGAGTGGAGCCGTTTCGGCGGTAAAACGCTGCA
ATAAATGAGGGTTAAAGCAAAGACGACGGGAGAGATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3BR90JQ U 65
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AF RR3BR90TF C 342
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TTCATAGACCTGTTTTTCAAAACAACACCATAAAATAGTCAAAGAGCTCTGAAACTTTCA
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DS 

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CGTTTTTATTTTATTCTGCAAAAGATCCGCCACATGTTTTATTAACGGTGTGAATTTTTG
TTTGCCGCTTCGTACTGTAAGAGAGATCAAAAGTGGAGAGTGCTCCTTCTGTAAAAAAAT
GTTATCTCTCTTTCTTGTTTGTGGGTTGCCATGAACACAATGAAAATATCGCTGATCGTT
GGCTTTCTCAACAGAGACCGTTGAATATAGTTCACTCTGCAGTTTGAAGCGCTGGTTTCA
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TTTCTAAGATGACAGAGCCACAGAGGTTGTCGCTGAAGAAGAAGGCCTGGTCGCTGTACT
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CGTTCTTCTGGAGCG

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DS 

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TG
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AGACCTGTTTTTCAAAACAACACCATAAAATAGTCAAAGAGCTCTGAAACTTTCAGTCAA
AATAACAGAACAAAAGGAACAAAAGAATAAATAAAAACAGAGACGTGGATGCTGCACCTT
AGATATTTTTTTGACAAATGAAAATGAAAATGTAGTATAAACAAACTGAGAAACAGGGTT
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T
CC

QA 3 783 3 783
DS 

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AAGAGCTCTGAAACTTTCAGTCAAAATAACAGAACAAAAGGAACAAAAGAATAAATAAAA
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ATAAACAAACTGAGAAACAGGGTTTTCTAAGATGACAGAGCCACAGAGGTTGTCGCTGAA
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CGATCGCCGGAGCTGTTCCAGTTTCCAAGGATAAAAAGAGAGCAGTAATCCACAATTTTC
TACAATCGACATTTTCAAGGGTTGATGGGAAGGGGCGCTGGTTTGATTTCGGAGTGAATT
TATCAGATATTTGGGTTTCACAGTTTGTTTGAGGAACAATATATACTGAGTGGGGTCGTT
TCGGCGGTAAAACGCTGCCATAAATGAGGGTTAAAGCAAAGACGACGGGAGAGATGTCC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 3

CO CL3180Contig1 954 3 5 U
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CCACCGAGCTAAGACTCAAGATCAACGATTGTATCGATACCTCCAGCACCGATGTTTCTT
CTCCCGGAGAAGGAAAGAAAGATGAGATTACTGGACTTCAAGAAAAGGATTTTGACTCTT
TCAGCTCTGATGATGAAGAAGAAGAATCTGGTGAACAGCTTTTGCGTATACGCGATGCTC
TCGAATCTCTTGAGTCTCAGCTTGCTGCTTTACAGAATCTACGGCAAAGACAACAGTATG
AGAAGCAAGTAGCTCTCTCTGAGATTGATTACAGCAGGAAGATGTTGCTTGAGAAGCTCA
AGGAGTACAAAGGGAAAGAACTTGAAGTGCTAAGCGAGGCTTCAACTTTTGCTGGCGAAG
GAGTTGACTATGAGAACGATCTTCTCCCTCCTCCTTACCCTGTTCACCCTCCTCTTCCTC
TCTCCCTCGGTTTGGATAATAACAATGGCTACTTACCTCATTTACCGTCGAAGCAGAAGA
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TTGAAGACGGTGAAGCAAGGTGTCTTGTGAAGGAAAGAGTCGAAATACCTTTTGACTCGG
TGGTTGCAAAACGAGATGTAACATACGGATACGGTTGAACTGAATGAAAGAAAAAAAACG
CCTTTCTCTGTAATCTTTACTGCCTCCACTGTGTAACGTTTCAACCTTTTATCC


BQ
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AF RR3CI23TF U 1
AF RR3FI14TF U 1
AF RR3CI23JQ C 190
BS 1 605 RR3CI23TF
BS 606 696 RR3FI14TF
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RD RR3CI23TF 605 0 0
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TCAGCTCTGATGATGAAGAAGAAGAATCTGGTGAACAGCTTTTGCGTATACGCGATGCTC
TCGAATCTCTTGAGTCTCAGCTTGCTGCTTTACAGAATCTACGGCAAAGACAACAGTATG
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GCTTC

QA 1 605 1 605
DS 

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CCACCGAGCTAAGACTCAAGATCAACGATTGTATCGATACCTCCAGCACCGATGTTTCTT
CTCCCGGAGAAGGAAAGAAAGATGAGATTACTGGACTTCAAGAAAAGGATTTTGACTCTT
TCAGCTCTGATGATGAAGAAGAAGAATCTTGTGAACAGCTTTTGCGTATACGCGATGCTC
TCGAATCTCTTGAGTCTCAGCTTGCTGCTTTACAGAATCTACGGCAAAGACAACAGTATG
AGAAGCAAGTAGCTCTCTCCGAGATTGATTACAGCAGGAAGATGTTGCTTGAGAAGCTCA
AGGAGTACAAAGGGAAAGAACTTGAAGTGCTAAGCGAGGCTTCAACTTTTGCTGGCGAGA
GAGTTGACTATGAGAACGATCTTCTCCTTCCTCCTTACCCTGTTCACCCTCCTCTTCCTC
TCTCCCTCGGTTTGGATAATAACAATGGCTACTTACCTCATTTACCGTCGAAGCAGAAGA
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GCTTCTTAGGCTCTGTTGCAAAGATCATGCTACCAATCATCGGCGTCATTTCAGTCTTGT
CTACTTCCGGTTATGGTCCAGAGATCAAGAAAAGAG*TGTGTCATTCAAACTTATGGGGC
TTCTCCCTCAACGAGTAGTCAGAGCA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3CI23JQ 765 0 0
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TTGAGTCTCAGCTTGCTGCTTTACAGAATCTACGGCAAAGACAACAGTATGAGAAGCAAG
TAGCTCTCTCTGAGATTGATTACAGCAGGAAGATGTTGCTTGAGAAGCTCAAGGAGTACA
AAGGGAAAGAACTTGAAGTGCTAAGCGAGGCTTCAACTTTTGCTGGCGAAGGAGTTGACT
ATGAGAACGATCTTCTCCCTCCTCCTTACCCTGTTCACCCTCCTCTTCCTCTCTCCCTCG
GTTTGGATAATAACAATGGCTACTTACCTCATTTACCGTCGAAGCAGAAGAAACCTGCAG
ATGCAAATGGGTTTGGCTCAGCAGAGGTCAAGGGTCCTAATGGAGTTGTTCGCTTCTTAG
GCTCTGTTGCAAAGATCATGCTACCAATCATCGGCGTCATTTCAGTCTTGTCTACTTCCG
GTTATGGTCCAGAGATCAAGAAAAGAGGTGTGTCATTCAAACTTATGGGGCTTCTCCCTC
AACGAGTAGTCAGAGCACCTAATCAGTGCCCGCCTGGGAAAGTTCTAGTGATTGAAGACG
GTGAAGCAAGGTGTCTTGTGAAGGAAAGAGTCGAAATACCTTTTGACTCGGTGGTTGCAA
AACGAGATGTAACATACGGATACGGTTGAACTGAATGAAAGAAAAAAAACGCCTTTCTCT
GTAATCTTTACTGCCTCCACTGTGTAACGTTTCAACCTTTTATCC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 4

CO CL3181Contig1 941 4 13 U
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GGACCTTGACGTGGATCATGTAATCATGTTTGATTTTCCAAAGAACTCTATTGACTATCT
TCATCGCACTGGAAGAACAGCTCGCATGGGTGCTAAAGGAGAAGTGACGAGTCTGATAAG
CAGGAAGGACCAAATGTTAGCAGCGAGGATCGAGGAAGCTATGAGGAACAACGAGAGCTT
AGAGGCACTCACCAACGATAACGTGAGGAGGGATGCTGCAAGAACCCAAATCACTCAAGA
GAAAGGAAGGAGCGTTAAGCAGATCAGAGCGGTGAGCAAGCAACGAAACACTAGAGAGAG
AGGAACATCATCATCTCCACCTGCAAGATCAGCAGGTTCGAAGACACCAGTGAGGAAGTC
TACTAGTTCAGTGAGAAAGTCAACTTCGGGAAGAGCATCGTCTCCTCCAGAAAAATCCAC
AAAGCCCAAGAGAAAAATATTGAAGACGGTTCGATCCAGATCGATAGCTGCGAGGGGGAA
GAAGGGTTCAGAAAGAACAGGTAAGAAAATAAGTGTTGTTGGGTTCAGAGGTCGGTCTTC
TGCGGCTAGACCCTCCTCTTAATTACATGATGTTTTTGAGACTAAGCGGTAAGAAAT**T
ATTGTTGGGTTACGTAACGCCTTGGTGGAAAAGGCGCTTGCCTTTTAAAACTTAAATCAA
AAGCTTCATCTCAACAAAATGCTAGAGAAACCTTCTCTTATTACCTCAAACCCTACAACA
GAGGTGATTTAGTTTGATTATCTCTTTTAATGAAGTATAGTAAACGTTGTAACGAATTGC
TAATCTATGAGGAAACAGCAGGTTAAACATGAACAATTATGTGGTTTTGTAACCAATCAC
ACGTTGCGCGCACACACAAGTAATAAGATTGTGTATTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B367TF U 1
AF RR3DB38JQ C 165
AF RR3DB38TF U 165
AF RR3AN16TF U 588
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AAGCTTCATCTCAACAAAATGCTAGAGAAACCTTCTCTTATTACCTCAA
CCCT

QA 1 769 1 769
DS 

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QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3DB38TF 707 0 0
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GGAACAACGAGAGCTTAGAGGCACTCACCAACGATAACGTGAGGAGGGATGCTGCAAGAA
CCCAAATCACTCAAGAGAAAGGAAGGAGCGTTAAGCAGATCAGAGCGGTGAGCAAGCAAC
GAAACACTAGAGAGAGAGGAACATCATCATCTCCACCTGCAAGATCAGCAGGTTCGAAGA
CACCAGTGAGGAAGTCTACTAGTTCAGTGAGAAAGTCAACTTCGGGAAGAGCATCGTCTC
CTCCAGAAAAATCCACAAAGCCCAAGAGAAAAATATTGAAGACGGTTCGATCCAGATCGA
TAGCTGCGAGGGGGAAGAAGGGTTCAGAAAGAACAGGTAAGAAAATAAGTGTTGTTGGGT
TCAGAGGTCGGTCTTCTGCGGCTAGACCCTCCTCTTAATTACATGATGTTTTTGAGACTA
AGCGGTAAGAAAT**TATTGTTGGGTTACGTAACGCCTTGGTGGAAAAGGCGCTTGCCTT
TTAAAACTTAAATCAAAAGCTTCATCTCAACAAAATGCTAGAGAAACCTTCTCTTATTAC
CTCAAACCCTACAACAGAGGTGATTTAGTTTGATTATCTCTTTTAATGAAGTATAGTAAA
CGTTGTAACGAATTGCTAATCTATGAG*AAACAGCAG*TTAAACATG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3AN16TF 354 0 0
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GGTAAGAAATAGTATTGTTGGGTTACGTAACGCCTTGGTGGAAAAGGCGCTTGCCTTTTA
AAACTTAAATCAAAAGCTTCATCTCAACAAAATGCTAGAGAAACCTTCTCTTATTACCTC
AAACCCTACAACAGAGGTGATTTAGTTTGATTATCTCTTTTAATGAAGTATAGTAAACGT
TGTAACGAATTGCTAATCTATGAGGAAACAGCAGGTTAAACATGAACAATTATGTGGTTT
TGTAACCAATCACACGTTGCGCGCACACACAAGTAATAAGATTGTGTATTTCAC

QA 1 354 1 354
DS 



AS 1 4

CO CL3182Contig1 925 4 10 U
GGGTCTTAGTTATTGTGGTCCACTAACAAGCACTTGGTCGTGTAAAAAAACCAGACTTTC
CTCCCCCTGTTCTCTCCGCCTTCTCCTCACGCTCTCAGTCTGAGTTTTTCCGATGGCCGG
CGCGTGGCGGTTCCGTTAACGTCGGCGCCGGTCCCAATCTTCTTAGTTTTCCTTCTAGAT
TAACATATGTTCGGCGTGTGGCAATTGGAACCTATTTTGATGGAGATTTTGGTTGGAAGG
GCTTAGCTTTCCTTCTCAGATCTATGATAGTTTTGGGAAGGGAAAGTACCGGATCTTTAG
ATCAACGGTTTGTTTCTCTATTCCTTTCTCTATCTTGTTGTTGGTAGGATTCTGGATGGG
CTTGTTCTATTTTTTGGAAGCTGCTGTGAATTCTTTCCGGTTCTGCAGTGAACCATTCTT
ATGGGTTTGGTGTCTCTGGGTTCGGTTAGGCTTGGCTCCTTGTTTCTCTGACAGATCTAG
GTGTGATCTGGTTTAAACTCCATTATTAGGCTGTCAACGGCCGTGATTGCCGTGCCGTTT
CTGAAAGTGTGGTGAATCTGTTGATTCCAACTTGTCGGAAGATGGAGTTTGGTTATTTGA
TCCTGAGGTTTTTCCTCGTTGTTCAAGGAGGAAGTGGCTTATTGGTGGTTTGGCCGTGGG
CAATCTCTATAAGTATCTTTCATGGAGTTCCGAATCTGATGTTTCATGTTCGTGTGGAGT
CCTTGCCAATGACTTTTGTTTCCAGTTGTTTTTATCTTTCTTTGTTGTTGTGTATGTATC
TGTTGGCATCCCTGGTATGGGTTTAGTTTCCAGGGTAGGTTTCGTGTGACCGCTGGCTTG
TGTACCGGGTGTAATCTTTTCGGTGTAAGGTGTAAGAATGCTATCATGTAATGTTGCTTG
TTTCTTCTTAATAAAATCATGTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
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30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC34TF U 1
AF RR3DG19TF U 51
AF RR3FC34JQ C 383
AF RR3DG19JQ C 216
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BS 109 109 RR3DG19TF
BS 110 238 RR3FC34TF
BS 239 239 RR3DG19TF
BS 240 425 RR3FC34TF
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BS 429 736 RR3FC34TF
BS 737 737 RR3DG19JQ
BS 738 746 RR3FC34TF
BS 747 925 RR3DG19JQ

RD RR3FC34TF 748 0 0
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CAATCTCTATAAGTATCTTTCATGGAGTTCCGAATCTGATGTTTCATGTTCGTGTGGAGT
CCTTGCCAATGACTTT*GTTTCCAGT
GT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3DG19TF 681 0 0
GG
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ATGGCCGGCGCGTGGCGGTTCCGTTAACGTCGGCGCCGGTCCCAATCTTCTTAGTTTTCC
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TGGATGGGCTTGTTCTATTTTTTGGAAGCTGCTGTGAATTCTTTCCGGTTCTGCAGTTAA
CCATTCTTATGGGTTTGGTGTCTCTGGGTTCGGTTAGGCTTGGCTCCTTGTTTCTCTGAC
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DS 

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CGGTTAGGCTTGGCTCCTTGTTTTTCTGACAGATCTAGGTGTGATCTGGTTTAAACTCCA
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DS 

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TGTTGTTGGTAGGATTCTGGATGGGCTTGTTCTATTTTTTGGAAGCTGCTGTGAATTCTT
TCCGGTTCTGCAGTTAACCATTCTTATGGGTTTGGTGTCTCTGGGTTCGGTTAGGCTTGG
CTCCTTGTTTCTCTGACAGATCTAGGTGTGATCTGGTTTAAACTCCATTATTAGGCTGTC
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CTTTCTTTGTTGTTGTGTATGTATCTGTTGGCATCCCTGGTATGGGTTTAGTTTCCAGGG
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QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 4

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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3AO64TF U 1
AF RR3CD93TF U 1
AF RR3CD93JQ C 15
AF RR3AO64JQ C 37
BS 1 683 RR3AO64TF
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AGTTGA

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3CD93TF 782 0 0
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TCTGTTATGTCAGACACATGTGTTTCGGTTGGAAAATACCGTGTGAGCTCTGGTGTGTCC
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CGGTTTCAAGAGAACGCAGAGTCAGAGAAAGAGAGACAAGGAGGAACAGTGAGGTCTAAG
AAACAATAATTGGAGATTCATGAAGCAGACTTGGCCAAAATAGAGGAGGAAGCAAGGGAA
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TT

QA 1 782 1 782
DS 

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QA 1 822 1 822
DS 

RD RR3AO64JQ 800 0 0
CCA
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GCTGAAAACTGCAGGCTAGAATCAGCATCGATGAGGTCCAGATACCTAGAATGCATGTGC
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TCTGTTCTTGAGGAGTTTGCTCGGTTTCAAGAGAACGCAGAGTCAGAGAAAGAGAGACAA
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GAGCTTGAGACAGAGCGGTTGAGGATGGAAGAGATGGGATTTAAGGTTGAGAAATTTAAG
GGGAGGTCGTTTCTTGATGAGCTTCTTTGATGTTAGTTAAACTCACTACTCCAAAAGTAT
AATGTATAAGTATGATATTTGTTCTTTAATAGCGATTAAAGGTGAACGATATTACAGTTT
TTAATGAGTTGATTACG

QA 4 800 4 800
DS 



AS 1 4

CO CL3184Contig1 1385 4 9 U
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GATCTCCGACAACTCTTCCCACATTCTTGTCGGATTTCGGGCATCCAGTTCCGGAGAAAG
AGAACATAACCGAGTTCACACTTGACCTAGTACGAAAACTCGAAGGATCTACCGAAGGAG
CTAGAGAGTTAGTAAATTTCAGCGAGAAGTGGCAACATAACCAATCAGCTCGAGCCACGC
CAATGACCACACCTTACCAAGCCTTGTCTCTAAAACAATCCATCACCGCAAGTGTTTCAA
GAGGGAAACTAGTCTCCGGCTCGACCAGTTCCAACCTCATCTCCATGGAGTCAGTATCTT
CATACGCAAACTCTCCACTGGTCGAGACATTCATCTTAGCCAAACGGTACATGAAAAACT
GGATGCGGACACCTGAGCTCATAGGAACACGGATCGCTACCGTCATGGTGACTGGTCTTC
TCTTAGCTACTGTGTATTGGAGGCTTGACAACACTCCAAGAGGTGCACAAGAGAGAGTTT
CTTTCGTTGCATACGGCATGTCCACAATGTTCTACGTCTGTGCAGACAGTGTCCCTGCTT
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CGTATGTTATCTCTCACTCTCTCGTGTCATTGCCTCAGCTACTAGCTCTCTCCATCGCAT
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TACTGATGGGTGGATTCTACATCAACCGGGATCGGTTACCTATCTACTGGATATGGTTTC
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CATCTCGTTGTTTTGTTAGAGGAGTTCAAGTATTCGATGGTACGCTTTTGGCGAAAGTGC
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TTTTTCTTCTCGTTGTTGTTTGGAAGCAAGAATAAGAGGACGTGAAGATAGTCCACACAT
ACAATACAGACTTTTATTGGCCTTCAATGTATCTACCTACCTCTAATATACATACTATTT
AAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 

AF RR3AO54TF U 1
AF RR3DN22TF U 655
AF RR3AO54JQ C 603
AF RR3DN22JQ C 655
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CTAGAGAGTTAGTAAATTTCAGCGAGAAGTGGCAACATAACCAATCAGCTCGAGCCACGC
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GAGGGAAACTAGTCTCCGGCTCGACCAGTTCCAACCTCATCTCCATGGAGTCAGTATCTT
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TCTTAGCTACTGTGTATTGGAGGCTTGACAACACTCCAAGAGGTGCACAAGAGAGAGTTT
CTTTCGTTGCATACGGCATGTCCACAATGTTCTACGTCTGTGCAGACAGTGTCCCTGCTT
TCATCCAAGAACGGTTCATTTTCTTGAGAGAGACAACGCGCAACGCATACAGAACGTCTT
CGTATGTTATC*CTCACTCTCTCGTGTCATTGCCTCAGCTACTAGCTCTCTCCATCGCAT
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DS 

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G
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CGCATTCGCTGCAACCACGTTCTGGACAGTTGGTTTAAGCGGCGGGTTAGAGAGCTTCTT
CTTTTACTGCCTCATAATCTACGCAGGCTTTTGGGCTGGTTCATCTTTTGTCACATTCGT
ATCTGGTTTGGTTCCCAATGTCATGATAAGTTTCATGATCACTATAGCCTATCTTTCATA
TTGTCTACTGATGGGTGGATTCTACATCAACCGGGATCGGTTACCTATCTACTGGATATG
GTTTCATTACATTTCATTGTTGAAGTATCCTTATGAAGCTGTCTTGATCAACGAGTTTGA
TGACTCATCTCGTTGTTTTGTTAGAGGAGTTCAAGTATTCGATGGTACGCTTTTGGCGAA
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TCAGTTGAGCAAATGGGATTGCTTGTGGATTACGTTAGCTTGGGGTCTCT

QA 2 591 2 591
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TATGTTATC*CTCACTCTCTCGTGTCATTGCCTCAGCTACTAGCTCTCTCCATCGCATTC
GCTGCAACCACGTTCTGGACAGTTGGTTTAAGCGGCGGGTTAGAGAGCTTCTTCTTTTAC
TGCCTCATAATCTACGCAGGCTTTTGGGCTGGTTCATCTTTTGTCACATTCGTATCTGGT
TTGGTTCCCAATGTCATGATAAGTTTCATGATCACTATAGCCTATCTTTCATATTGTCTA
CTGATGGG***ATTCTACATCAACCGGGATCGGTTACCTATCTACTGGATATGGTTTCAT
TACATTTCATTGTTGAAGTATCCTTATGAAGCTGTCTTGATCAACGAGTTTGATGACTCA
TCTCGTTGTTTTGTTAGAGGAGTTCAAGTATTCGATGGTACGCTTTTGGCGAAAGTGCCT
GAAGCGATGAAGGTTAAGCTCCTAGATACAATGAGTGACTCTTTGGGAACAAGTATAACG
GACTCCACATGCTTGAGAACAGGGCCTGATTTACTTTTGCAGCTAGGTATTTTTCAGTTG
AGCAAATGGGATTGCTTGTGGATTACGTTAGCTTGGGGTCTCTTTTTTTAGGATGTTGTT
TTTCTTCTCGTTGTTGTTTGGAAGCAAGAATAAGAGGACGTGAAGATAGTCCACACATAC
AATACAGACTTTTATTGGCCTTCAATGTATCTACCTACCTCTAATATACATACTATTTAA
GTG

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3DN22JQ 731 0 0
G
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CGCATTCGCTGCAACCACGTTCTGGACAGTTGGTTTAAGCGGCGGGTTAGAGAGCTTCTT
CTTTTACTGCCTCATAATCTACGCAGGCTTTTGGGCTGGTTCATCTTTTGTCACATTCGT
ATCTGGTTTGGTTCCCAATGTCATGATAAGTTTCATGATCACTATAGCCTATCTTTCATA
TTGTCTACTGATGGGTGGATTCTACATCAACCGGGATCGGTTACCTATCTACTGGATATG
GTTTCATTACATTTCATTGTTGAAGTATCCTTATGAAGCTGTCTTGATCAACGAGTTTGA
TGACTCATCTCGTTGTTTTGTTAGAGGAGTTCAAGTATTCGATGGTACGCTTTTGGCGAA
AGTGCCTGAAGCGATGAAGGTTAGGCTCCTAGATACAATGAGTGACTCTTTGGGAACAAG
TATAACGGACTCCACATGCTTGAGAACAGGGCCTGATTTACTTTTGCAGCTAGGTATTTC
TCAGTTGAGCAAATGGGATTGCTTGTGGATTACGTTAGCTTGGGGTCTCTTTTTT*AGGA
TATTGTTTTTCTTCTCGTTGTTGTTTGGAAGCAAGAATAAGAGGACGTGAAGATAGTCCA
CACATACAATACAGACTTTTATTGGCCTTCAATGTATCTACCTACCTCTAATATACATAC
TATTTAAGTG

QA 2 731 2 731
DS 



AS 1 3

CO CL3185Contig1 791 3 12 U
CCATGTAGTTTATAAATAATTATACGGTAATATTTGTAGAACAGGATGATGTTGACATCT
TATTACAGGTAAAAACAAGCAGCAACGAGTGGGTAGGTAATAGATAAGAGTAAGAGCAGT
GAGAAACACCAACTCTAAATGGTCGGTTTAAATTGTTGAAGCACACTTCAAAAGATTTCG
GTATCTCTTAACTGTAGAAGCAGTGAGAAGCTTGATTAGGCATCCTTGACGGCAACAGCC
TCCTTGGCAGGTTCTCCCTTGGCAGCCTCCTCGGTGGCTTCACTGCTCTTCTCCTTGACA
GGTTCTTCCTTGGCAGGTTCCACTTCCTCTGGGACTACAAAAGCTGAAACAGGGAAAGTC
CTGGAGAGTGTGGTTGGTGACATAAAGGTGATCTTCTCTTTCTCCTCTGTATATATCTCA
CTGATAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGACTTGACTCCAGTGAGCTTCTTGATCTTG
CCGGTTTGGACCATGGCAGTGACTTCGGTTCCATAGGAGACAAGCTTATCGATCGCTTCG
AACTTGTGGGTAATGCTCTGTTTCTGCTTCAGCCACACGACACCTGACTCTCTGTCATAC
CCAACCTCTTCTATGTCCTTCAAAGGTAGTAAGCCATTGGGCATAGATATTTCCTTGAGG
AAGACTTTTATCTTCTCTCGGCACATCTCATCTCCGGTGTACATCTCTGCCTTAGCTCTC
ACCTCATCTGTGACCAGACCCATCTCTGTTTCTTAGCTCTGTTGTGGGAGGTTTAGTTGT
GTGTTGTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D736JQ U 1
AF RR3BJ13TF C 35
AF RR3BJ13JQ U 36
BS 1 102 RR3D736JQ
BS 103 103 RR3BJ13JQ
BS 104 107 RR3D736JQ
BS 108 108 RR3BJ13JQ
BS 109 113 RR3D736JQ
BS 114 114 RR3BJ13JQ
BS 115 196 RR3D736JQ
BS 197 197 RR3BJ13JQ
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BS 417 417 RR3BJ13JQ
BS 418 513 RR3D736JQ
BS 514 791 RR3BJ13JQ

RD RR3D736JQ 513 0 0
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TATTACAGGTAAAAACAAGCAGCAACGAGTGGGTAGGTAATAAATAAAAGTAAAAGCAGT
GAGAAACACCAACTCTAAATGGTCGGTTTAAATTGTTGAAGCACACTTCAAAAGATTTCG
GTATCTCTTAACTGTAAAAGCAGTGAGAAGCTTGATTAGGCATCCTTGACGGCAACAGCC
TCCTTGGCAGGTTCTCCCTTGGCAGCCTCCTCGGTGGCTTCACTGCTCTTCTCCTTGACA
GGTTCTTCCTTGGCAGGTTCCACTTCCTCTGGGACTACAAAAGCTGAAACAGGGAAAGTC
CTGGAGAGTGTGGTTGGTGACATAAAGGTGATCTTCTCTTTCTCCTCTGTATATATATCA
CTGATAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGACTTGACTCCAGTGAGCTTCTTGATCTTG
CCGGTTTGGACCATGGCAGTGACTTCGGTTCCA

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3BJ13TF 757 0 0
T
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GGTAATAGATAAGAGTAAGAGCAGTGAGAAACACCAACTCTAAATGGTCGGTTTAAATTG
TTGAAGCACACTTCAAAAGATTTCGGTATCTCTTAACTGTAGAAGCAGTGAGAAGCTTGA
TTAGGCATCCTTGACGGCAACAGCCTCCTTGGCAGGTTCTCCCTTGGCAGCCTCCTCGGT
GGCTTCACTGCTCTTCTCCTTGACAGGTTCTTCCTTGGCAGGTTCCACTTCCTCTGGGAC
TACAAAAGCTGAGACAGGGAAAGTCCTGGAGAGTGTGGTTGGTGACATAAAGGTGATCTT
CTCTTTCTCCTCTGTATATATCTCACTGATAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGACTT
GACTCCAGTGAGCTTCTTGATCTTGCCGGTTTGGACCATGGCAGTGACTTCGGTTCCATA
GGAGACAAGCTTATCGATCGCTTCGAACTTGTGGGTAATGCTCTGTTTCTGCTTCAGCCA
CACGACACCTGACTCTCTGTCATACCCAACCTCTTCTATGTCCTTCAAAGGTAGTAAGCC
ATTGGGCATAGATATTTCCTTGAGGAAGACTTTTATCTTCTCTCGGCACATCTCATCTCC
GGTGTACATCTCTGCCTTAGCTCTCACCTCATCTGTGACCAGACCCATCTCTGTTTCTTA
GCTCTGTTGTGGGAGGTTTAGTTGTGTGTTGTGTCC

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR3BJ13JQ 756 0 0
GTAGAACAGGATGATGTTGACATCTTATTACAGGTAAAAACAAGCAGCAACGAGTGGGTA
GGTAATAGATAAGAGTAAGAGCAGTGAGAAACACCAACTCTAAATGGTCGGTTTAAATTG
TTGAAGCACACTTCAAAAGATTTCGGTATCTCTTAACTGTAGAAGCAGTGAGAAGCTTGA
TTAGGCATCCTTGACGGCAACAGCCTCCTTGGCAGGTTCTCCCTTGGCAGCCTCCTCGGT
GGCTTCACTGCTCTTCTCCTTGACAGGTTCTTCCTTGGCAGGTTCCACTTCCTCTGGGAC
TACAAAAGCTGAAACAGGGAAAGTCCTGGAGAGTGTGGTTGGTGACATAAAGGTGATCTT
CTCTTTCTCCTCTGTATATATCTCACTGATAGTGACCCAGATAAGAAGCTCCTTGGACTT
GACTCCAGTGAGCTTCTTGATCTTGCCGGTTTGGACCATGGCAGTGACTTCGGTTCCATA
GGAGACAAGCTTATCGATCGCTTCGAACTTGTGGGTAATGCTCTGTTTCTGCTTCAGCCA
CACGACACCTGACTCTCTGTCATACCCAACCTCTTCTATGTCCTTCAAAGGTAGTAAGCC
ATTGGGCATAGATATTTCCTTGAGGAAGACTTTTATCTTCTCTCGGCACATCTCATCTCC
GGTGTACATCTCTGCCTTAGCTCTCACCTCATCTGTGACCAGACCCATCTCTGTTTCTTA
GCTCTGTTGTGGGAGGTTTAGTTGTGTGTTGTGTCC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

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GGAGAAGCGGAGGTTGACTAAGTTCCACCCTGAGATCGAGGAGCTACTCTACAGCAACGT
TGAAAACCAAGAGCACTTATGTGTGCTCAAGGACAAGAAGAAGCCCATACTCTTCACCAT
GGCTAGACTAGACCGTGTCAAGAACCTGTCAGGACTCGTCGAGTGGTACGGCAAGAACAA
ACGCCTGCGTGAGCTTGTTAACTTGGTGGTTGTTGGAGGAGACAGGAGGAAAGAGTCGAA
GGACAACGAAGAGAAGGCTGAGATGAAGAGAATGTATGACCTCATCGATGAATACAAGCT
GAACGGTCAGTTCAGGTGGATCTCTTCCCAGATGAACAGGTTTAGGAACGGTGAGCTCTA
CCGTTACATCTGTGACACCAAGGGCGCCTTCGTGCAGCCTGCGTTGTATGAAGCCTTTGG
TCTGACTGTTGTGGAGGCCATGACCTGTGGTTTACCGACTTTCGCCACTTGCAAAGGTGG
TCCAGCTGAGATCATTGTGCACGGCAAATCTGGATTCCATATTGACCCTTACCATGGTGA
TCAGGCTGCTGATACTCTTGCTGACTTCTTCACCAAGTGTAAAGAAGATCCATCTCATTG
GGATGAGATCTCAAAGGGAGGGCTTCAGAGGATTGAGGAGAAATACACATGGCAGATATA
CTCACAGAGGCTTCTGACATTGACTGGTGTGTATGGATTCTGAAAGCATGTATCGAACCT
TGACCGTCTTGAGAGCCGTCGTTACCTTGAGATGTTCTATGCATTGAAGTATCGCCCACT
GGCTAAGGCTGTTCCTCTTGCCGAGGAGTGAATGAAGGAGATGCGGAACCATTATAAAGA
GCTTGAAGAGAGAAAGAGCTTGCAGTGTGTGAAGAAGAATAAAAAAAAATCTCTTTTGAT
TCTTACTGTCATTTTGATTTTAGGAGCGCTTTTGCTTCTTTGTTATTTCAATCCATTCGT
CTTTGTTTTTATTTGATCATTTGCCTCTCAGGCAAGGCTAATGCGTTGTATTCTGATTGT
TGAGAGAATGAAATTTCTATTTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CM93TF U 1
AF RR3CM93JQ C 276
BS 1 677 RR3CM93TF
BS 678 1106 RR3CM93JQ

RD RR3CM93TF 677 0 0
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TGAAAACCAAGAGCACTTATGTGTGCTCAAGGACAAGAAGAAGCCCATACTCTTCACCAT
GGCTAGACTAGACCGTGTCAAGAACCTGTCAGGACTCGTCGAGTGGTACGGCAAGAACAA
ACGCCTGCGTGAGCTTGTTAACTTGGTGGTTGTTGGAGGAGACAGGAGGAAAGAGTCGAA
GGACAACGAAGAGAAGGCTGAGATGAAGAGAATGTATGACCTCATCGATGAATACAAGCT
GAACGGTCAGTTCAGGTGGATCTCTTCCCAGATGAACAGGTTTAGGAACGGTGAGCTCTA
CCGTTACATCTGTGACACCAAGGGCGCCTTCGTGCAGCCTGCGTTGTATGAAGCCTTTGG
TCTGACTGTTGTGGAGGCCATGACCTGTGGTTTACCGACTTTCGCCACTTGCAAAGGTGG
TCCAGCTGAGATCATTGTGCACGGCAAATCTGGATTCCATATTGACCCTTACCATGGTGA
TCAGGCTGCTGATACTCTTGCTGACTTCTTCACCAAGTGTAAAGAAGATCCATCTCATTG
GGATGAGATCTCAAAGG

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3CM93JQ 831 0 0
GG
GGAGACAGGAGGAAAGAGTCGAAGGACAACGAAGAGAAGGCTGAGATGAAGAGAATGTAT
GACCTCATCGATGAATACAAGCTGAACGGTCAGTTCAGGTGGATCTCTTCCCAGATGAAC
AGGTTTAGGAACGGTGAGCTCTACCGTTACATCTGTGACACCAAGGGCGCCTTCGTGCAG
CCTGCGTTGTATGAAGCCTTTGGTCTGACTGTTGTGGAGGCCATGACCTGTGGTTTACCG
ACTTTCGCCACTTGCAAAGGTGGTCCAGCTGAGATCATTGTGCACGGCAAATCTGGATTC
CATATTGACCCTTACCATGGTGATCAGGCTGCTGATACTCTTGCTGACTTCTTCACCAAG
TGTAAAGAAGATCCATCTCATTGGGATGAGATCTCAAAGGGAGGGCTTCAGAGGATTGAG
GAGAAATACACATGGCAGATATACTCACAGAGGCTTCTGACATTGACTGGTGTGTATGGA
TTCTGAAAGCATGTATCGAACCTTGACCGTCTTGAGAGCCGTCGTTACCTTGAGATGTTC
TATGCATTGAAGTATCGCCCACTGGCTAAGGCTGTTCCTCTTGCCGAGGAGTGAATGAAG
GAGATGCGGAACCATTATAAAGAGCTTGAAGAGAGAAAGAGCTTGCAGTGTGTGAAGAAG
AATAAAAAAAAATCTCTTTTGATTCTTACTGTCATTTTGATTTTAGGAGCGCTTTTGCTT
CTTTGTTATTTCAATCCATTCGTCTTTGTTTTTATTTGATCATTTGCCTCTCAGGCAAGG
CTAATGCGTTGTATTCTGATTGTTGAGAGAATGAAATTTCTATTTTTCT

QA 3 831 3 831
DS 



AS 1 4

CO CL3187Contig1 822 4 8 U
CATTTGCATATAAGGTATCTTTAATATAATAATTGAAGAAGGAAGACTTAAAAGTTGGTG
TAAATAAGCACGAAAGAAATAAATGATGGCCTTACACCCGCATAATTTACATAAGTCGCA
ATGGAGAATAGAGTAAGAGGGAAGAGCTGTGATTCTACCACCACACCTCCAAAACCTATA
AGAAGTATTTCATTCTTTCGTCTCTCCTCATTGCATTATACACTGCTTGAACCTGTTCGC
TAGAGACAACTCGGATAGGGCCAATGTTCACCGATACATATTTGCCTTTGCTTGATAATG
TCTGCTTTACACAATCCTCAGGAATTTGGCGTAAAATAACAGATTCAACAGCAAGGACCA
TAGCATGAACAAAGTCATCTCCACCAGTCCCTATTGCAGTAAACCCTCTCTCTGTAGGGT
ATGTACTTACCTTTTGGTCAAGTTCAAGCCAATCTTGAGCAGAATCATCAGCGACAGTGC
CTCCAATAATGACATTAGTAGTCTTCCCAACTCTCCCATCAGTCTTGGACACATCTGAAA
TCGCCTTGAGAACAGCTTCTTGAGGCGGACCTTGCTCCGATTGATCGTTGTGACTGCAAT
TCAGACGAGGTAGCCGGTCCGGGACAGAGGCGAAACCACTGAAACTTAGTTTCTTCGCCG
CCGGGAACAAACCATGGACCGTAACAGACGCCGGAGAAGAAGGAGGGAAGAAGAAGCATC
TTCTTCCTGCGGCGGAGGTCCGGCGTGATTCCGATAGAAATACGGAGCGCAGAATCGTCT
TGCAAGCCATTTTCTCGAGCTTCTCTCTCTGTTTGGAGACCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3BA63JQ U 6
AF RR3DA10JQ U 1
AF RR3BA63TF C 23
AF RR3DA10TF C 109
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CGA

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TCTGCTTTACACAATCCTCAGGAATTTGGCGTAAAATAACAGATTCAACAGCAAGGACCA
TAGCATGAACAAAGTCATCTCCACCAGTCCCTATTGCAGTAAACCCTCTCTCTGTAGGGT
ATGTATTTACCTTTTGGTCAAGTTCAAGCCAATCTTGAGCAGAATCATCAGCGACAGTGC
CTCCAATAATGACATTAGTAGTCTTCCCAACTCTCCCATCAGTCTTGGACACATCTGAAA
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TTCTTCCTGCGGC

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AATTTGGCGTAGAATAACAGATTCAACAGCAAGGACCATAGCATGAACAAAGTCATCTCC
ACCAGTCCCTATTGCAGTAAACCCTCTCTCTGTAGGGTATGTACTTACCTTTTGGTCAAG
TTCAAGCCAATCTTGAGCAGAATCATCAGCGACAGTGCCTCCAATAATGACATTAGTAGT
CTTCCCAACTCTCCCATCAGTCTTGGACACTTCTGAAATCGCCTTGAGAGCAGCTTCTTG
AGGCGGACCTTGCTCCGATTGATCGTTGTGACTGCAATTCAGACGAGGTAGCCGGTCCGG
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GAACCTGTTCGCTAGAGACAACTCGGATAGGGCCAATGTTCACCGATACATATTTGCCTT
TGCTTGATAATGTCTGCTTTACACAATCCTCAGGAATTTGGCGTAGAATAACAGATTCAA
CAGCAAGGACCATAGCATGAACAAAGTCATCTCCACCAGTCCCTATTGCAGTAAACCCTC
TCTCTGTAGGGTATGTATTTACCTTTTGGTCAAGTTCAAGCCAATCTTGAGCAGAATCAT
CAGCGACAGTGCCTCCAATAATGACATTAGTAGTCTTCCCAACTCTCCCATCAGTCTTGG
ACACATCTGAAATCGCCTTGAGAACAGCTTCTTGAGGCGGACCTTGCTCCGATTGATCGT
TGTGACTGCAATTCAGACGAGGTAGCCGGTCCGGGACAGAGGCGAAACCACTGAAACTTA
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AGAAGAAGCATCTTCTTCCTGCGGCGGAGGTCCGGCGTGATTCCGATAGAAATACGGAGC
GCAGAATCGTCTTGCAAGCCATTTTCTCGAGCTTCTCTCTCTGTTTGGAGACCC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 3

CO CL3188Contig1 1037 3 4 U
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TAAAGTTATGATTGATTGATTCTCAGAGTTATTTAGTCAACCTCAGATACATCAACATCA
CTATCTAAGTAGACTTCTGGCTCTTCATCCTCCAAATTCTCTTCATCTTCGGTATCTGTT
CCTTCTTGTTCTCTTTGAACTGCTCGAGCCACTGCAGATTCTAACCTCGTGCTTACTGTT
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TCCAGATAGTAAGCGTGCACCCATGTATCAATGGTGAGAAGTGGAGAATAATCCCATACG
AGAGGATTTACTGCATTGGGTGTTTTTACTATTACAAGCTTCTTGTCTTCCTCCTTTGGG
AGTGGATTTATGGCATTTGCAACATCCAGTCTATTCGCCTTGTATGCAAGCCAAGTCCAA
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CCAAAATCTCTCTCTATCAGTCTGAGGAGATCTCCACTTGGCTTTCCTCCACCTCCAGGT
TGAATAGACTCCCAGAAAAACTCGTGGTTCCATGCCTGTGCGGCGTTTTTGAAGGCAGGA
AGCATATTGCCTCTGTTGTATGAAAGAAGGACAACCTCTTCCAACGACAAAGCATCAAGA
TCCGTGCCCACGATTTGCTTGTTAAGGTTGTCTACATAAGTTCTGTGATGCTTGCCCCAG
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TTTCGTTTCCATTGTATTCGCCGGTTTGGCCCTGTAACTTGACAAGGAAGCAGAGAGCAC
GACGATAGAGACCATAAAGGGGCTGTAACAACAACCGTCATCATCTTTCCTGCTTTACTG
TTAGTCTCTGTCTCCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D991JQ U 32
AF RR3B175JQ U 1
AF RR3B175TF C 191
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RD RR3D991JQ 711 0 0
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TTTAGTCAACCTCAGATACATCAACATCACTATCTAAGTAGACTTCTGGCTCTTCATCCT
CCAAATTCTCTTCATCTTCGGTATCTGTTCCTTCTTGTTCTCTTTGAACTGCTCGAGCCA
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TTATGTACTCAGCTCTTCGGTTCTCAAAATCCAGATAGTAAGCGTGCTCCCATGTATCAA
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TATTCGCCTTGTATGCAAGCCAAGTCCAACCGGAACCAAAGTTGGAGGCTGCAGCTGCCT
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CTCCACTTGGCTTTCCTCCACCTCCAGGTTGAATAGACTCCCAGAAAAACTCGTGGTTCC
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CAACCTCTTCCAACGACAAAGCATCAAGATCCGTGCCCACGATTTGCTTGT

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DS 

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CTATCTAAGTAGACTTCTGGCTCTTCATCCTCCAAATTCTCTTCATCTTCGGTATCTGTT
CCTTCTTGTTCTCTTTGAACTGCTCGAGCCACTGCAGATTCTAACCTCGTGCTTACTGTT
TCCCATGACACAAGCTTTTCCATGAATATATTTATGTACTCAGCTCTTCGGTTCTCAAAA
TCCAGATAGTAAGCGTGCACCCATGTATCAATGGTGAGAAGTGGAGAATAATCCCATACG
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TGAATAGACTCCCAGAAAAACTCGTGGTTCCATGCCTGTGCGGCGTTTTTGAAGGCAGGA
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TCCGTGCCCACGATTTGCTTGTTAAGGTTGTCTACATAAGTTCTGTGATGCTTGCCCCAG
TGATAATCCAAAGTCTCCCGGCTCATATGCGGTTCCAGAGCATCAAGAGGATATGGAGGA
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DS 

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TCTC
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GTGCACCCATGTATCAATGGTGAGAAGTGGAGAATAATCCCATACGAGAGGATTTACTGC
ATTGGGTGTTTTTACTATTACAAGCTTCTTGTCTTCCTCCTTTGGGAGTGGATTTATGGC
ATTTGCAACATCCAGTCTATTCGCCTTGTATGCAAGCCAAGTCCAACCGGAACCAAAGTT
GGGGGCTGCAGCTGCCTTGAACCTT*CTAAAAAGTCATCGAAAGAACCAAAATCTCTCTC
TATCAGTCTGAGGAGATCTCCACTTGGCTTTCCTCCACCTCCAGGTTGAATAGACTCCCA
GAAAAACTCGTGGTTCCATGCCTGTGCGGCGTTTTTGAAGGCAGGAAGCATATTGCCTCT
GTTGTATGAAAGAAGGACAACCTCTTCCAACGACAAAGCATCAAGATCCGTGCCCACGAT
TTGCTTGTTAAGGTTGTCTACATAAGTTCTGTGATGCTTGCCCCAGTGATAATCCAAAGT
CTCCCGGCTCATATGCGGTTCCAGAGCATCAAGAGGATATGGAGGAGGCTTGAGCTCAAT
TCCTGCTGTTATAACAGCCACTTTTCTCGATAACCGTTTCTTTTGGTTTCGTTTCCATTG
TATTCGCCGGTTTGGCCCTGTAACTTGACAAGGAAGCAGAGAGCACGACGATAGAGACCA
TAAAGGGGCTGTAACAACAACCGTCATCATCTTTCCTGCTTTACTGTTAGTCTCTGTCTC
CCC

QA 5 847 5 847
DS 



AS 1 4

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AACAAAGACTGCAAAGGTATCTCTGTTTGCTGTTTGGACAATCCTCCTTGTCTTAAATGT
GAACGGCCAATCAGGTTGTGATACCCACAGCTTCGCCAATAACATCGCTTTCACCTCTTG
TTCTCCTCTCCCGGCCCTTGGCTCATTCCTGCACTGGAACTTCAACGAACAAAACGGCAC
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TAACCCAAGTGGGCCTCGGATGTCCGGGACACAAGCTCTTGTCGCCTTCACCAATTCTAG
TGGACAGTTCCAAGCCTACACCTCTTCGGTCGATGGGTACGGCACCCAGCTAACACGTGG
AGACCTTAGTTTTGGGGTCAGTCTCGTTTCCGCGACTCTCGTCAACGGAGAGGCTACTAT
CTTTGCGACTCTTGAGTTACCGGCCAATTTGGTCATGACCAACCAGGTTTGGCAAGAAGG
TCCGGTCGCTAATGGTATTCCTCAGGTTCATCAAGGAACAGGAGATAATATGAGATCGAT
AGGTAGGATCGATTTCAGGACAGGTCAATCATCGGCTAGTGGAGGAGGTTCTGGTAGCAG
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CCACATCGTGTTCCAAGTCTCCGGCTATGCCATTGGTGTTGCCGGTTGGGCCACCGGAAT
CAAGCTTGGCAACGATTCTCCAGGCACATCATACTCAACCCATCGTAATCTTGGGATCGC
ACTTTTTACTTTCGCTACACTTCAAGTCTTTGCTCTTCTTCTAAGGCCTAAACCAGACCA
CAAGTATCGATTCTACTGGAATGTGTATCATCACACAGTGGGATACACAACAATTATCCT
ATCCATTATTAACATCTTTAAAGGATTCGATATCTTGGATCCAGAAGATAAATGGCGATG
GGCTTATATTGGAATTCTCATTTTTCTTGGTGCTTGCGTTGTGATTCTTGAGCCACTTAC
TTGGTTTATCGTTTTTCGCCGTAAGAACCGTGGAGGAAACACAGTTGCTGCACCAATTTC
AAACAAGTACTCTAATGGCGTCAATGGTACCACTAGCACCACTAGACAGCATCACCAAGA
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TTTTTCCAGTTTGATTATCTTTTAGGCTTATGTATGTATTATGATTTTATTCATTGTGTT
ATAGGTGTTTTAATTTACTGTGTCATTAGTCATTGATATGTGTGTTTTGTAGTTGTTCTA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E376TF U 1
AF RR3A641TF U 451
AF RR3A641JQ C 483
AF RR3E376JQ C 657
BS 1 574 RR3E376TF
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RD RR3E376TF 695 0 0
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AACAAAGACTGCAAAGGTATCTCTGTTTGCTGTTTGGACAATCCTCCTTGTCTTAAATGT
GAACGGCCAATCAGGTTGTGATACCCACAGCTTCGCCAATAACATCGCTTTCACCTCTTG
TTCTCCTCTCCCGGCCCTTGGCTCATTCCTGCACTGGAACTTCAACGAACAAAACGGCAC
CGTTTCATTCGCTTATCGCCACCCGGGAACTTCCTCTTCTTCATGGATTGCTTGGGGGCT
TAACCCAAGTGGGCCTCGGATGTCCGGGACACAAGCTCTTGTCGCCTTCACCAATTCTAG
TGGACAGTTCCAAGCCTACACCTCTTCGGTCGATGGGTACGGCACCCAGCTAACACGTGG
AGACCTTAGTTTTGGGGTCAGTCTCGTTTCCGCGACTCTCGTCAACGGAGAGGCTACTAT
CTTTGCGACTCTTGAGTTACCGGCCAATTTGGTCATGACCAACCAGGTTTGGCAAGAAGG
TCCGGTCGCTAATGGTATTCCTCAGGTTCATCAAAGAACAGGAGATAATATGAGATCGAT
AGGTAGGATCGATTTCAGGACAGGTCAATCATCGGCTAGTGGAGGAGGTTCTGGTAGCAG
*CTGAGGAGGAGAAATACACACGGGATACTAAATG

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3A641TF 825 0 0
G
GCGACTCTCGTCAGCGGAGAGGCTACTATCTTTGCGACTCTTGAGTTACCGGCCAATTTG
GTCATGACCAACCAGGTTTGGCAAGAAGGTCCGGTCGCTAATGGTATTCCTCAGGTTCAT
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GTTTTCACCGCCCCAACATGGTTCTACCTCCACATCGTGTTCCAAGTCTCCGGCTATGCC
ATTGGTGTTGCCGGTTGGGCCACCGGAATCAAGCTTGGCAACGATTCTCCAGGCACATCA
TACTCAACCCATCGTAATCTTGGGATCGCACTTTTTACTTTCGCTACACTTCAAGTCTTT
GCTCTTCTTCTAAGGCCTAAACCAGACCACAAGTATCGATTCTACTGGAATGTGTATCAT
CACACAGTGGGATACACAACAATTATCCTATCCATTATTAACATCTTTAAAGGATTCGAT
ATCTTGGATCCAGAAGATAAATGGCGATGGGCTTATATTGGAATTCTCATTTTTCTTGGT
GCTTGCGTTGTGATTCTTGAGCCACTTACTTGGTTTATCGTTCTTCGCCGTAAGAACCGT
GGAGGAAACACAGTTGCTGCACCAATTTCAAACAAGTACTCTAATGGCGTCAATGGTACC
ACTAGCACCACTAGACAGCATCACCAAGACGCCTAGTTTCACTT

QA 2 825 2 825
DS 

RD RR3A641JQ 854 0 0
TTGCGACTCTTGAGTTACCGGCCAATTTGGTCATGACCAACCAGGTTTGGCAAGAAGGTC
CGGTCGCTAATGGTATTCCTCAGGTTCATCAAGGAACAGGAGATAATATGAGATCGATAG
GTAGGATCGATTTCAGGACAGGTCAATCATCGGCTAGTGGAGGAGGTTCTGGTAGCAGGC
TGAGGAGGAGAAATACACACGGGATACTAAATGCGGTAAGCTGGGGAGTGCTATTGCCAA
TGGGAGCAATGATTGCTCGGTACATGAAAGTTTTCACCGCCCCAACATGGTTCTACCTCC
ACATCGTGTTCCAAGTCTCCGGCTATGCCATTGGTGTTGCCGGTTGGGCCACCGGAATCA
AGCTTGGCAACGATTCTCCAGGCACATCATACTCAACCCATCGTAATCTTGGGATCGCAC
TTTTTACTTTCGCTACACTTCAAGTCTTTGCTCTTCTTCTAAGGCCTAAACCAGACCACA
AGTATCGATTCTACTGGAATGTGTATCATCACACAGTGGGATACACAACAATTATCCTAT
CCATTATTAACATCTTTAAAGGATTCGATATCTTGGATCCAGAAGATAAATGGCGATGGG
CTTATATTGGAATTCTCATTTTTCTTGGTGCTTGCGTTGTGATTCTTGAGCCACTTACTT
GGTTTATCGTTTTTCGCCGTAAGAACCGTGGAGGAAACACAGTTGCTGCACCAATTTCAA
ACAAGTACTCTAATGGCGTCAATGGTACCACTAGCACCACTAGACAGCATCACCAAGACG
CCTAGTTTCACTTTTCTTTCTATACTTGGTTGTTCTACTTCTATGCAATTTTGGATTCTT
TTTCCAGTTTGATT

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR3E376JQ 830 0 0
AGCA
GCTGAGGAGGAGAAATACACACGGGATACTAAATGCGGTAAGCTGGGGAGTGCTATTGCC
AATGGGAGCAATGATGGCTCGGTACATGAAAGTTTTCACCGCCCCAACATGGTTCTACCT
CCACATCGTGTTCCAAGTCTCCGGCTATGCCATTGGTGTTGCCGGTTGGGCCACCGGAAT
CAAGCTTGGCAACGATTCACCAGGCACATCATACTCAACCCATCGTAATCTTGGGATCGC
ACTTTTTACTTTCGCTACACTTCAAGTCTTTGCTCTTCTTCTAAGGCCTAAACCAGACCA
CAAGTATCGATTCTACTGGAATGTGTATCATCGCACAGTGGGATACACAACAATTATCCT
ATCCATTATTAACATCTTTAAAGGATTCGATATCTTGGATCCAGAAGATAAATGGCGATG
GGCTTATATTGGAATTCTCATTTTTCTTGGTGCTTGCGTTGTGATTCTTGAGCCACTTAC
TTGGTTTATCGTTTTTCGCCGTAAGAACCGTGGAGGAAACACAGTTGCTGCACCAATTTC
AAACAAGTACTCTAATGGCGTCAATGGTACCACTAGCACCACTAGACAGCATCACCAAGA
CGCCTAGTTTCACTTTTCTTTCTATACTTGGTTGTTCTACTTCTATGCAATTTTGGATTC
TTTTTCCAGTTTGATTATCTTTTAGGCTTATGTATGTATTATGATTTTATTCATTGTGTT
ATAGGTGTTTTAATTTACTGTGTCATTAGTCATTGATATGTGTGTTTTGTAGTTGTTCTA
TGCTTCATGTATGCTTGCACTTGAATAACGATTTGAGATTATAGTG

QA 5 830 5 830
DS 



AS 1 3

CO CL3190Contig1 1600 3 11 U
GGACTCACAAACCATTCTTCCTCTTTCTCTCGCTGTCTCTACAGTTTCTTGAGAAACAAC
AACAAAAAGACTCTTCTCTTTCTCTAAGACAATCCTAACAAGTGTTTGTCTGTGAGAGAG
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ATCGTGGCCGGAATGGGATTCTTCACCGACGCTTACGATCTTTTCTGCATCTCCCTCGTC
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CCTCCAAACGTCTCAGCCGCGGTTAACGGCGTTGCATTCGTTGGTACACTCACGTGCCAG
CTCTTCTTCGGCTGGCTAGGTGACAAGCTCGGGAGGAAAAAAGTATACGGCATGACCCTC
ATGGTCATGGTCATTTGCTCCATAGCTTCAGGTCTCTCCTTTGGTAACAAACCTAAATCC
GTGATGACCACGCTATGTTTCTTCAGGTTCTGGCTAGGGTTTGGTATCGGCGGTGACTAT
CCTTTATCCGCCACCATCATGTCCGAATACGCTAATAAAAAGACACGTGGCGCGTTTATA
GCCGCGGTTTTCGCCATGCAAGGGTTTGGTATCTTGACAGGTGGGATCTTTGCGATCATC
GTGTCTGCGGTTTTCGAGGCTAGGTTTCCTTCTCCGGCCTATCAAGTCGATGCCTTGGCG
TCCACGGTTCCTCAGGCTGACTACGTGTGGAGGATAATACTGATGGTTGGTGCTTTGCCT
GCCGCCATGAACGCAATTCAAGAAGTTTTCAAAATCGCGCGTGCGCAAACCCTAATCGCC
TTGTGCAGCACGGTACCTGGTTACTGGTTCACAGTGGCGTTCATCGACATCATTGGTAGG
TTTGCGATACAGATGATGGGTTTCTTCTTCATGACCGTCTTCATGTTCGCTCTAGCGTTT
CCTTATGACCATTGGACTCACAAGGACAACAGAATAGGGTTCGTGGTTATGTACTCGTTA
ACATTCTTCTTTGCAAACTTTGGACCTAATGCCACAACCTTCGTGGTGCCCGCTGAGATC
TTCCCCGCTAGGTTTAGATCAACCTGCCATGGAATATCGGCGGCTTCTGGAAAGCTAGGA
GCTATGGTGGGTGCGTTTGGGTTCTTGTACTTGGCACAGAGTCCTGACAAGAACAAGACA
GAACATGGATACCCTCCAGGGATTGGTGTGAAGAACTCGCTTATTGTTTTGGGAGTGGTT
AATCTTTTGGGGATGGTGTTTACATTGTTGGTTCCTGAATCTAAAGGCAAGTCTCTGGAG
GAGATGTCTGGTGAGCACGAGAACAATGATGAAAGCAACAGTAGCAGCACCAACAACAAC
ACGGTATCAGCTGCATAGAGATTCTACAAAACACTTGTGTTATTTATTACTTGTATCTTT
TGTTCACTCTATTTCTTCCCACTAGCAGCTTAAAACTGTTGTTCTTTATGTCAACTTATT
TATTGATAGCTAAATGCAATAGAATATGATTCTTTTGCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FK47TF U 1
AF RR3CK19TF U 450
AF RR3CK19JQ C 871
BS 1 476 RR3FK47TF
BS 477 477 RR3CK19TF
BS 478 676 RR3FK47TF
BS 677 1112 RR3CK19TF
BS 1113 1113 RR3CK19JQ
BS 1114 1141 RR3CK19TF
BS 1142 1143 RR3CK19JQ
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BS 1156 1178 RR3CK19TF
BS 1179 1600 RR3CK19JQ

RD RR3FK47TF 676 0 0
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AACAAAAAGACTCTTCTCTTTCTCTAAGACAATCCTAACAAGTGTTTGTCTGTGAGAGAG
TAAGCAGAAGAATAATACTCTTCATAAGAAAAGAGAAAAAGAGCAATGGCAGGAGATCAA
CTCAACGTGCTAAACGCACTCGACGTCGCAAAAACGCAATGGTACCATTTCACCGCGATT
ATCGTGGCCGGAATGGGATTCTTCACCGACGCTTACGATCTTTTCTGCATCTCCCTCGTC
ACTAAGCTTCTTGGCCGCATATACTACCACGTGGACGGCTCACCGAAGCCAGGAAACCTA
CCTCCAAACGTCTCAGCCGCGGTTAACGGCGTTGCATTCGTTGGTACACTCACGTGCCAG
CTCTTCTTCGGCTGGCTAGGTGACAAGCTCGGGAGGAAAAAAGTATACGGCATGACTCTC
ATGGTCATGGTCATTTGCTCCATAGCTTCAGGTCTCTCCTTTGGTAACAAACCTAAATCC
GTGATGACCACGCTATGTTTCTTCAGGTTCTGGCTAGGGTTTGGTATCGGCGGTGACTAT
CCTTTATCCGCCACCATCATGTCCGAATACGCTAATAAAAAGACACGTGGCGCGTTTATA
GCCGCGGTTTTCGCCA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3CK19TF 729 0 0
G
GGGAGGAAAAAAGTATACGGCATGACCCTCATGGTCATGGTCATTTGCTCCATAGCTTCA
GGTCTCTCCTTTGGTAACAAACCTAAATCCGTGATGACCACGCTATGTTTCTTCAGGTTC
TGGCTAGGGTTTGGTATCGGCGGTGACTATCCTTTATCCGCCACCATCATGTCCGAATAC
GCTAATAAAAAGACACGTGGCGCGTTTATAGCCGCGGTTTTCGCCATGCAAGGGTTTGGT
ATCTTGACAGGTGGGATCTTTGCGATCATCGTGTCTGCGGTTTTCGAGGCTAGGTTTCCT
TCTCCGGCCTATCAAGTCGATGCCTTGGCGTCCACGGTTCCTCAGGCTGACTACGTGTGG
AGGATAATACTGATGGTTGGTGCTTTGCCTGCCGCCATGAACGCAATTCAAGAAGTTTTC
AAAATCGCGCGTGCGCAAACCCTAATCGCCTTGTGCAGCACGGTACCTGGTTACTGGTTC
ACAGTGGCGTTCATCGACATCATTGGTAGGTTTGCGATACAGATGATGGGTTTCTTCTTC
ATGACCGTCTTCATGTTCGCTCTAGCGTTTCCTTATGACCATTGGACTCACAAGGACAAC
AGAATAGGGTTCGTGGTTATGTACTCGTTAACATTCTTCTTTGCAAACTTTGGACCTAAT
GC*ACAACCTTCGTGGTGCCCGCTGAGATCT**CCCGCTAGGTT*AGATCAACCTGCCAT
GGAATATC

QA 2 729 2 729
DS 

RD RR3CK19JQ 730 0 0
AAA
ATCGCGCGTGCGCAAACCCTAATCGCCTTGTGCAGCACGGTACCTGGTTACTGGTTCACA
GTGGCGTTCATCGACATCATTGGTAGGTTTGCGATACAGATGATGGGTTTCTTCTTCATG
ACCGTCTTCATGTTCGCTCTAGCGTTTCCTTATGACCATTGGACTCACAAGGACAACAGA
ATAGGGTTCGTGGTTATGTACTCGTTAACATTCTTCTTTGCAAACTTTGGACCTAATGCC
ACAACCTTCGTGGTGCCCGCTGAGATCTTCCCGGCTAGGTTTAGATCAACCTGCCATGGA
ATATCGGCGGCTTCTGGAAAGCTAGGAGCTATGGTGGGTGCGTTTGGGTTCTTGTACTTG
GCACAGAGTCCTGACAAGAACAAGACAGAACATGGATACCCTCCAGGGATTGGTGTGAAG
AACTCGCTTATTGTTTTGGGAGTGGTTAATCTTTTGGGGATGGTGTTTACATTGTTGGTT
CCTGAATCTAAAGGCAAGTCTCTGGAGGAGATGTCTGGTGAGCACGAGAACAATGATGAA
AGCAACAGTAGCAGCACCAACAACAACACGGTATCAGCTGCATAGAGATTCTACAAAACA
CTTGTGTTATTTATTACTTGTATCTTTTGTTCACTCTATTTCTTCCCACTAGCAGCTTAA
AACTGTTGTTCTTTATGTCAACTTATTTATTGATAGCTAAATGCAATAGAATATGATTCT
TTTGCGT

QA 4 730 4 730
DS 



AS 1 4

CO CL3191Contig1 808 4 4 U
GGACCCTCACATCTCTCTCTCTGTCTCGACACTAACGAACTCTCAAAAAACCAAACAACA
CTAAAAGCTTATCTTCTGTCTTAATATCAGAAATGAGAGAGCTTGAGCGGTTGAAGACGA
GCATGAACCATCAATGACCACCCATTGGAGCTCCGATGAATCTCCGGCGAGAAGAGCCGT
GGAAATCTCGATTCGACGACTCAGTCAACGCCGTCTCGTCCGGGTTCGTCGCAACAGCCA
TTCTCATCTCAATGTTCCTCGTCATGGCTATCTTCGAGAGACTGATCCGGACCACCACCA
CCACGACCACTACTAACCAAGATTCCTCTTCTGGTCGGGTCCTTTCGGGTATGGATTCTC
GGGTCGGGTTTAGTGGTGCAGCATCTAAGCTAGGTTATCAATCTCCAAAGATGACTGTAT
ACACAAACGGTGTATCGGTATTGATGCCAGGAGATGATATCCCTACTTTCATCGCGCATC
CAGCGCCCGTGCCATGTCCTCAACGCATCATCTCACCGTCTCAGCATCAACATAGCTCAT
CGAGTGAATCTTCCAACTCAAACTCCATTCAAGAATGTTGAAAGACTTGTTTATTTTATC
TCGTATCACCACCACCATTGGCTTATTAAAACATTTCAAGCCACCAACCACACTGAGCTG
AGTTGAGTTTGGCATCTGATGTTTTTTTTTTCTCCTGATGATACCGCTACATATATTGGG
TTCGGGAGATTATCTATGCGTATTTTGTGTACATAGGCATTATTAGGAAACTGGTTTATG
CCCTTAGCATAATTAATCATATATATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E641TF U 9
AF RR3AZ62TF U 1
AF RR3E641JQ C 9
AF RR3AZ62JQ C 82
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TTCGGGAGATTATCTATGCGTATTTTGTGT
AC

QA 1 750 1 750
DS 

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GGACA
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CGACGACTCAGTCAACGCCGTCTCGTTCGGGTTCGTCGCAACAGCCATTCTCATCTCAAT
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TAACCAAGATTCCTCTTCTGGTCGGGTCCTTTCGGGTATGGATTCTCGGGTCGGGTTTAG
TGGTGCAGCATCTAAGCTAGGTTATCAATCTCCAAAGATGACTGTTTACACAAACGGTGT
ATCGGTATTGATGCCAGGAGATGATGTCCCTACTTTCATCGCGCATCCAGCGCCCGTGCC
ATGTCCTCAACGCATCATCTCACCGTCTCAGCATCAACATAGCTCATCGAGTGAATCTTC
CAACTCAAACTCCATTCAAGAATGTTGAAAGACTTGTTTATTTTATCTCGTATCACCACC
ACCATTGGCTTATTAAAACATTTCAAGCCACCAACCACACTGAGCTGAGTTGAGTTTGGC
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CAGTCAACGCCGTCTCGTCCGGGTTCGTCGCAACAGCCATTCTCATCTCAATGTTCCTCG
TCATGGCTATCTTCGAGAGACTGATCCGGACCACCACCACCACGACCACTACTAACCAAG
ATTCCTCTTCTGGTCGGGTCCTTTCGGGTATGGATTCTCGGGTCGGGTTTAGTGGTGCAG
CATCTAAGCTAGGTTATCAATCTCCAAAGATGACTGTATACACAAACGGTGTATCGGTAT
TGATGCCAGGAGATGATATCCCTACTTTCATCGCGCATCCAGCGCCCGTGCCATGTCCTC
AACGCATCATCTCACCGTCTCAGCATCAACATAGCTCATCGAGTGATTCTTCCAACTCAA
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ATTTTGTGTACATAGGCATTATTAGGAAACTGGTTTATGCCCTTAGCATAATTAATCATA
TATATTC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 4

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TAAAGGAGCTCGAGGTTTTTCTTTTGTGGAGATTCAGAATCGAATAAGATGGATGACGAT
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TTAGTCGAATTGCGTCACCATATCGACGAAGAACATCATCTTGAAGCTACCTATGGAGCA
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AGAGATGTCTTGAAGAGCGGGCAGAAGGAGACTTACGCGGAAGATCCATATTCATATCGT
CAAGATGATTTGTCGCCATCTATGAATCATTATCACACCTCTAAAACCGATCAGTTCTTA
TCTTTCCTCAGCAATTCTCCATTGCCGAACCAAACCAAGCCTGTGCTGGAGGTGGATTCA
AGTGTAGAAAACAAGACTTTGATTGAGGATTCTTCGGCAGGAAAAGACATGAAGCTGTCA
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TTTTTATCAGACACAAGAGTAGAGTTAGTCTCTTAATATGTTCCTCATGCGTTAAGCATC
TTTTAG


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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10 10 10 

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TCTG

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G
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GGATGTGACTTCT***GAAAA
TAAAAGATGCGAAGC

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DS 

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CT
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CTGGTTCTTATGAATCTTATCGAGATTCGGGTGATTTTGAAGAAGAAGA***GGATGATG
ATGATGTTGAACTGGATTACCCATGCCCGTTTTGCTCCGATGACTATGATTTAGTCGAAT
TGTGTCACCATATCGACGAAGAACATCATCTTGAAGCTACCTATGGAGCATGTCCGGTTT
GTAGCAAAATGGTGAAGTCGCGTATGGTGGATCATATAACCACACATCATAGAGATGTCT
TGAAGAGCGGGCAGAAGGAGACTTACGCGGAAGATCCATATTCATATCGTCAAGATGATT
TGTCGCCATCTATGAATCATTATCATACCTCTAAAACCGATCAGTTCTTATCTTTCCTCA
GCAGTTCTCCATTGCCGAACCAAACCAAGCCTGTGGTGGAGGTGGATTCAAGTGTAGAAA
ACAAGACTTTGATTGAGGATTCTTCGGCAGGAAAAGACATGAAGCTGTCAACGCCTTTGT
CTGATGGTGAACAACTGGAGAAGGCAAAGAAGTGTGAGTTTGTACAGGGACTATTGTCGT
CAGCTATGTTTGATGATGGATGTGACTTCT***GAAAAATAAAAAGATGCGAAGGCAGGT
CATTGGCATTGTTATAATTCTATTCAGTTCTATTTATTGTATATGTATCTTTTTTATCAG
ACACAAGAGTAGAGTTAGTCTCTTAATATGTTCCTCATGCGTTAAG

QA 3 768 3 768
DS 

RD RR3B507JQ 865 0 0
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GAATAAGATGGATGACGATATGTGGGCTGTTTCCTCTTCTTGCTCTTCGAGAAGCCATCG
ATCAGCAGCAACCACTGCTAAGTACCAATCTGGTTCTTATGAATCTTATCGAGATTCGGG
TGATTTCGAAGAAGAAGAAGAGGAGGATGATGATGTTGAACTGGATTACCCATGCCCGTT
TTGCTCCGATGACTATGATTTAGTCGAATTGCGTCACCATATCGACGAAGAACATCATCT
TGAAGCTACCTATGGAGCATGTCCGGTTTGTAGCAAAATGGTGAAGTCGCGTATGGTGGA
TCGTATAACCACACATCATAGAGATGTCTTGAAGAGCGGGCAGAAGGAGACTTACGCGGA
AGATCCATATTCATATCGTCAAGATGATTTGTCGCCATCTATGAATCATTATCACACCTC
TAAAACCGATCAGTTCTTATCTTTTCTCAGCAATTCTCCATTGCCGAACCAAGCCAAGCC
TGTGCTGGTGGTGGATTCAAGTGTAGAAAACAAGACTTTGATTGAGGATTCTTCGGCAGG
AAAAGACATGAAGCTGTCAACGCCTTTGTCTGATGGTGAACAACTGGAGAAGGCAAAGAA
GTGCGAGTTTGTACAGGGACTATTGTCATCAGCTATGTTTGATGATGGATGTGACTTCTT
CTGAAAAATAAAAAGATGCGAAGGCAGGTCATTGGCATTGTTGTAATTCTATTCAGTTCT
ATTTATTGTATATGTATCTTTTTTATCAGACACAAGAGTAGAGTTAGTCTCTTAATATGT
TCCTCATGCGTTAAGCATCTTTTAG

QA 1 865 1 865
DS 



AS 1 4

CO CL3193Contig1 973 4 3 U
GGAAGTCTTTGTGTGTCCGTTTCTAGTCTATCTATCCACTCTTGTGCAACTTTTTAGGGT
TTTATCTTCCAAAGTCACAGTGCCCCCCTCCCCTTCTTCTCTTATCCTCAAGACAGCAGA
AATGGCGGCGACTCAACTCACAGCATCACCAGTGACTGTGTCAGCTAGGAGCTTAGCCTC
ACTCAGAGCTTCGAGTGCCATCAAGTTTGGAACTTTGAAACCAGGCACCCTTAAGCAGAC
TCAGTTCCGTTCTTTGGTTGCCAGAGCTGCTTCCGTTGTTGCTCCCAAGTACACTTCAAT
TAAGCCATTGGGAGATAGAGTTTTAGTTAAGACCAAGGAGGCAGAGGAGAAGACTATGGG
AGGTATCTTACTTCCAACCACAGCTCAATCAAAACCTCAGGGAGGTGAAGTCATTGCTGT
GGGTGAAGGAAGAACTATTGGGAAGAACAAAATCAATATCGATGTCCCTACTGGAGCACA
GATCATCTACTCCAAATACGCAGGAACCGAAGTGGAGTTCAACGATGTGAAGCATCTCAT
TCTCAAGGAAGATGATATCGTTGGCCTTCTTGAGACGGAGGACATCAAAGATCTCAAGCC
ATTGAACGACCGAGTCTTTATTAAGGTTGCTGAGGCCGAGGAGAAAACAGCTGGAGGGTT
GTTGCTAACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCTTCTATTGGCACGGTGATAGCAGTTGGACC
AGGTTCTCTAGATGAGGAAG*TAAGCGTCAGCCACTATCGATATCGACTGGAAGCACAGT
TCTTTACTCCAAGTATGCTGGCAATGACTTCAAGGGCAAAGATGGTTCCAACTACATCGC
CCTGAGAGCTTCGGATGTGATGGCTATCCTTTCTTAGTTTGTATCTTTGTGACCTGCAAT
TTGTATCCCAAATGTGGAATTTTTTCATAAACGGCTTCAGCACAATCTGAAATAAAAGAC
TTGAGAGCTTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DG61TF U 51
AF RR3DV47TF U 1
AF RR3BS46TF U 51
AF RR3DV47JQ C 223
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BS 788 798 RR3BS46TF
BS 799 973 RR3DV47JQ

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CAGTTGGACCAGGT
CTCTAGA

QA 1 674 1 674
DS 

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AATGGCGGCGACTCAACTCACAGCATCACCAGTGACTGTGTCAGCTAGGAGCTTAGCCTC
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TCAGTTCCGTTCTTTGGTTGCCAGAGCTGCTTCCGTTGTTGCTCCCAAGTACACTTCAAT
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AGGTATCTTACTTCCAACCACAGCTCAATCAAAACCTCAGGGAGGTGAAGTCATTGCTGT
GGGTGAAGGAAGAACTATTGGGAAGAACAAAATCAATATCGATGTCCCTACTGGAGCACA
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TCTCAAGGAAGATGATATCGTTGGCCTTCTTGAGACGGAGGACATCAAAGATCTCAAGCC
ATTGAACGACCGAGTCTTTATTAAGGTTGCTGAGGCCGAGGAGAAAACAGCTGGAGGGTT
GTTGCTAACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCTTCTATTGGCACGGTGATAGCAGTTGGACC
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TCTTTAC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3BS46TF 748 0 0
TTTTTAGGGTTTTATCTTCCAAAGTCACAGTGCCCCCCTCCCCTTCTTCTCTTATCCTCA
AGACAGCAGAAATGGCGGCGACTCAACTCACAGCATCACCAGTGACTGTGTCAGCTAGGA
GCTTAGCCTCACTCAGAGCTTCGAGTGCCATCAAGTTTGGAACTTTGAAACCAGGCACCC
TTAAGCAGACTCAGTTCCGTTCTTTGGTTGCCAGAGCTGCTTCCGTTGTTGCTCCCAAGT
ACACTTCAATTAAGCCATTGGGAGATAGAGTTTTAGTTAAGACCAAGGAGGCAGAGGAGA
AGACTATGGGAGGTATCTTACTTCCAACCACAGCTCAATCAAAACCTCAGGGAGGTGAAG
TCATTGCTGTGGGTGAAGGAAGAACTATTGGGAAGAACAAAATCAATATCGATGTCCCTA
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ATCTCAAGCCATTGAACGACCGAGTCTTTATTAAGGTTGCTGAGGCCGAGGAGAAAACAG
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GA*GCACAGTTCTTTACTCCAAGTATGC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3DV47JQ 751 0 0
CAGGCA
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GTACACTTCAATTAAGCCATTGGGAGATAGAGTTTTAGTTAAGACCAAGGAGGCAGAGGA
GAAGACTATGGGAGGTATCTTACTTCCAACCACAGCTCAATCAAAACCTCAGGGAGGTGA
AGTCATTGCTGTGGGTGAAGGAAGAACTATTGGGAAGAACAAAATCAATATCGATGTCCC
TACTGGAGCACAGATCATCTACTCCAAATACGCAGGAACCGAAGTGGAGTTCAACGATGT
GAAGCATCTCATTCTCAAGGAAGATGATATCGTTGGCCTTCTTGAGACGGAGGACATCAA
AGATCTCAAGCCATTGAACGACCGAGTCTTTATTAAGGTTGCTGAGGCCGAGGAGAAAAC
AGCTGGAGGGTTGTTGCTAACCGAGACTACCAAAGAGAAGCCTTCTATTGGCACGGTGAT
AGCAGTTGGACCAGGTTCTCTAGATGAGGAAGGTAAGCGTCAGCCACTATCGATATCGAC
TGGAAGCACAGTTCTTTACTCCAAGTATGCTGGCAATGACTTCAAGGGCAAAGATGGTTC
CAACTACATCGCCCTGAGAGCTTCGGATGTGATGGCTATCCTTTCTTAGTTTGTATCTTT
GTGACCTGCAATTTGTATCCCAAATGTGGAATTTTTTCATAAACGGCTTCAGCACAATCT
GAAATAAAAGACTTGAGAGCTTACT

QA 7 751 7 751
DS 



AS 1 2

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CTTTGGGTTTCCTCCGTTTCGTTTAGTTCGAAGACCCTTTTGTTGAATCTTCGTAATTTG
AGGGTTTTTGATTGAGGGTTTAGAAGGATGATGGTAGCTAAAAGCTTCGATCTTTGGCAA
AAGGATGTCTTTTTCTCCGCCGCCGAGGAGGTTCAACAATCTGCCGATACGATGGAATCT
GCATATAGGATGTGGATTAAAGAGAAGAGAGAAGGTGCTCGAGTCTCTGTAGAATCAGAC
CACCTCTGCAATGAACTTCAAGCAGCTTTGAGCACAGCTAAATGGCAGTTGGAAGAGTTT
GAGAGGGCAGTGAGGTTGAGCCACCATGGACATTCTTGTCGAGACGACACTACGTTGACT
AGGCACAAACAGTTTGTCTCCGCTATCGAAAACCAGATCCACCGAGTGCAATCTGCTTTA
AGCGAGAACGGGGAGCAGCCTCTGCGCTGGGTGGTGGATCTCAACAGAGAGGAGCGTGAT
GACCTTGTCATGTTTCTGTCTGGATCTTCTTCAGACGTCCGAGAGTCTCAGCGGTGAAAG
CGTCAGCTTGAGTAGGTGTTACGGTGAGAGTCCTGACTGTGTGATAGACATTGAGGGCGA
GAGAGGAGGTAGCCCTGAAAGTGCTGGCAAGAAACTCGGTACGAGAAGGACGTGGAGCTC
ACCTAATGTTCCTGATATTAGCGCGTTGAGGGTTGATGTTCGCGTTGATGCCAAAGAAGA
GGATTATGTGTCAGACATCGAAGCTACTCCTAAAGAAAAAGGATACAAGCCTCTGTTTTG
GATGCAGAGATGTCGTGATTATAACCAGCTCTTTGACAGAGTCAGATACTATCAGAGGCG
GTTTGGGGTTCCATTTAACCGGCCGGTTCAGCTCATTGTTTCCTTGACGCTACTCTTGTT
TCTTCTATTACTCTTTCGAGCTTATTAGTCTTTGACAGATTCTTGCGTGTTGGTCACACA
ACATACATGCTAAATGATTCAACATTCCCCAAGCAGGGTGAGAGATTTAAAAAGGCTTTG
TCAAGAAGAACAAGCCTGCTTTTTTTTTTTTAATTTCACTCTTATCCTCAGGGAACATGA
TATACGAACCTGTAAAGTTGTATACCTATTTGTAAAACTTGAACCTATGTTTTGTGAGGT
TTTAGACGTGTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV79TF U 1
AF RR3DV79JQ C 504
BS 1 614 RR3DV79TF
BS 615 615 RR3DV79JQ
BS 616 619 RR3DV79TF
BS 620 1215 RR3DV79JQ

RD RR3DV79TF 619 0 0
TTTTTAAATTGGAAGTGTGAAGAAGCGGAAAAGATTCATTCTTCTTTCTTGCAGAATCAG
CTTTGGGTTTCCTCCGTTTCGTTTAGTTCGAAGACCCTTTTGTTGAATCTTCGTAATTTG
AGGGTTTTTGATTGAGGGTTTAGAAGGATGATGGTAGCTAAAAGCTTCGATCTTTGGCAA
AAGGATGTCTTTTTCTCCGCCGCCGAGGAGGTTCAACAATCTGCCGATACGATGGAATCT
GCATATAGGATGTGGATTAAAGAGAAGAGAGAAGGTGCTCGAGTCTCTGTAGAATCAGAC
CACCTCTGCAATGAACTTCAAGCAGCTTTGAGCACAGCTAAATGGCAGTTGGAAGAGTTT
GAGAGGGCAGTGAGGTTGAGCCACCATGGACATTCTTGTCGAGACGACACTACGTTGACT
AGGCACAAACAGTTTGTCTCCGCTATCGAAAACCAGATCCACCGAGTGCAATCTGCTTTA
AGCGAGAACGGGGAGCAGCCTCTGCGCTGGGTGGTGGATCTCAACAGAGAGGAGCGTGAT
GACCTTGTCATGTTTCTGTCTGGATCTTCTTCAGACGTCCGAGAGTCTCAGCGGTGAAAG
CGTCAGCTTGAGTATGTGT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3DV79JQ 712 0 0
GCGCTGGGTGGTGGATCTCAACAGAGAGGAGCGTGATGACCTTGTCATGTTTCTGTCTGG
ATCTTCTTCAGACGTCCGAGAGTCTCAGCGGTGAAAGCGTCAGCTTGAGTAGGTGTTACG
GTGAGAGTCCTGACTGTGTGATAGACATTGAGGGCGAGAGAGGAGGTAGCCCTGAAAGTG
CTGGCAAGAAACTCGGTACGAGAAGGACGTGGAGCTCACCTAATGTTCCTGATATTAGCG
CGTTGAGGGTTGATGTTCGCGTTGATGCCAAAGAAGAGGATTATGTGTCAGACATCGAAG
CTACTCCTAAAGAAAAAGGATACAAGCCTCTGTTTTGGATGCAGAGATGTCGTGATTATA
ACCAGCTCTTTGACAGAGTCAGATACTATCAGAGGCGGTTTGGGGTTCCATTTAACCGGC
CGGTTCAGCTCATTGTTTCCTTGACGCTACTCTTGTTTCTTCTATTACTCTTTCGAGCTT
ATTAGTCTTTGACAGATTCTTGCGTGTTGGTCACACAACATACATGCTAAATGATTCAAC
ATTCCCCAAGCAGGGTGAGAGATTTAAAAAGGCTTTGTCAAGAAGAACAAGCCTGCTTTT
TTTTTTTTAATTTCACTCTTATCCTCAGGGAACATGATATACGAACCTGTAAAGTTGTAT
ACCTATTTGTAAAACTTGAACCTATGTTTTGTGAGGTTTTAGACGTGTTTCT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 4

CO CL3195Contig1 763 4 12 U
GGGGCAGCCGCACAGCACGAGAAGAAAACGTTGATCCAATTTCTAAGAGGAATTTGCGAA
TCTTATCTCAGCCAAGCAGTTAATTGATCTCTTCTTAGTGTTACCATGCCGAAGAACAAG
GGAAAGGGAGGAAAGAACAGGAAGAGAGGAAAGAATGAAGCGGATGACGAGAAGCGAGAG
CTTATATTCAAGGAAGATGGACAAGAATACGCTCAAGTCCTTCGTATGCTTGGTAATGGA
AGATGTGAATGTATGTGCATCGATGGCACTAAACGCCTCTGCCATATCCGTGGTAAAATG
CACAAGAAGGTTTGGATTGCAGCTGGTGACATCATACTTGTTGGTCTGAGAGACTACCAA
GATGACAAAGCGGATGTCATCCTCAAGTACATGTCTGATGAGGCCAGGCTTCTCAAGGCA
TATGGTGAGCTTCCAGAGAATACTCGTCTTAACGAAGGAATTGTTGGTGATCTTGAAGAA
GATGAGGAAAATCTGGCCGAAGACTATGTTGAGTTTGAGGATGAGGATATCGATAGGATC
TAAAGTGTTGTTTGGCATTTCTTTACCGTTTCCGTTTGTATTTTCAATTTGAGACGCATG
AATTCTGAGTTTACGAAGAAACTGGTGGTAAAACATTATATGTGTTTTGTTCTTGTTGCA
TTATTTTCTTGTCACATTCTGTTGTAGTTATGCTGGTTATAACTGGAAACTGAACTGAAA
AAGATGTAAGATCACATCGAAAGGTTGATTAAGCCGTTTGCTT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3FP53TF U 1
AF RR3CY03TF U 2
AF RR3EJ25TF U 3
AF RR3FP53JQ C 276
BS 1 201 RR3FP53TF
BS 202 202 RR3CY03TF
BS 203 229 RR3FP53TF
BS 230 230 RR3CY03TF
BS 231 306 RR3FP53TF
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BS 452 452 RR3EJ25TF
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BS 465 656 RR3CY03TF
BS 657 666 RR3EJ25TF
BS 667 763 RR3FP53JQ

RD RR3FP53TF 306 0 0
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TCTTATCTCAGCCAAGCAGTTAATTGATCTCTTCTTAGTGTTACCATGCCGAAGAACAAG
GGAAAGGGAGGAAAGAACAGGAAGAGAGGAAAGAATGAAGCGGATGACGAGAAGCGAGAG
CTTATATTCAAGGAAGATGGATAAGAATACGCTCAAGTCCTTCGTATGCCTGGTAATGGA
AGATGTGAATGTATGTGCATCGATGGCACTAAACGCCTCTGCCATATCCGTGGTAAAATG
CACAAG

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR3CY03TF 655 0 0
G
GGCAGCCGCACAGCACGAGAAGAAAACGTTGATCCAATTTCTAAGAGGAATTTGCGAATC
TTATCTCAGCCAAGCAGTTAATTGATCTCTTCTTAGTGTTACCATGCCGAAGAACAAGGG
AAAGGGAGGAAAGAACAGGAAGAGAGGAAAGAATGAAGCGGATGACGAGAAGCGAGAGCT
TATATTCAAGGAAGATGGACAAGAATACGCTCAAGTCCTTCGTATGCTTGGTAATGGAAG
ATGTGAATGTATGTGCATCGATGGCACTAAACGCCTCTGCCATATCCGTGGTAAAATGCA
CAAGAAGGTTTGGATTGCAGCTGGTGACATCATACTTGTTGGTCTGAGAGACTACCAAGA
TGACAAAGCGGATGTCATCCTCAAGTACATGTCTGATGAGGCCAGGCTTCTCAAGGCATA
TGGTGAGCTTCCAGAGAATACTCGTCTTATCGAAGGAATTGCTGGTGATCTTGAAGAAGA
TGAGGAAAATCTGGCCGAAGACTATGTTGAGTTTGAGGATGAGGATATCGATAGGATCTA
AAGTGTTGTTTGGCATTTCTTTACCGTTTCCGTTTGTATTTTCAATTTGAGACGCATGAA
TTCTGAGTTTACGAAGAAACTGGTGGTAAAACATTATATGTGTTTTGTTCTTGT

QA 2 655 2 655
DS 

RD RR3EJ25TF 664 0 0
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TTATCTCAGCCAAGCAGTTAATTGATCTCTTCTTAGTGTTACCATGCCGAAGAACAAGGG
AAAGGGAGGAAAGAACAGGAAGAGAGGAAAGAATGAAGCGGATGACGAGAAGCGTGAGCT
TATATTCAAGGAAGATGGACAAGAATACGCTCAAGTCCTTCGTATGCTTGGTAATGGAAG
ATGTGAATGTATGTGCATCGATGGCACTAAACGCCTCTGCCATATCCGTGGTAAAATGCA
CAAGAAGGTTTGGATTGCAGCTGGTGACATCATACTTGTTCGTCTGAGAGACTACCAAGA
TGACAAAGCGGATGTCATCCTCAAGTACATGTCTGATGAGGCCAGGCTTCTCAAGGCATA
TGGTGAGCTTCCAGAGAATACTCGTCTTAACGAAGGAATTGTTGGTGATCTTGAAGAAGA
TGAGGAAAATCTGGCCGAAGACTATGTTGAGTTTGAGGATGAGGATATCGATAGGATCTA
AAGTGTTGTTTGGCATTTCTTTACCGTTTCCGTTTGTATTTTCAATTTGAGACGCATGAA
TTCTGAGTTTACGAAGAAACTGGTGGTAAAACATTATATGTGTTTTGTTCTTGTTGCATT
ATTT

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3FP53JQ 488 0 0
CT
TCTGCCATATCCGTGGTAAAATGCACAAGAAGGTTTGGATTGCAGCTGGTGACATCATAC
TTGTTGGTTTGAGAGACTACCAAGATGACAAAGCGGATGTCATCCTCAAGTACATGTCTG
ATGAGGCCAGGCTTCTCAGGGCATATGGTGAGCTTCCAGAGAATACTCGTCTTAACGAAG
GAATTGTTGGTGATCTTGAAGAAGATGAGGAAAATCTGGCCGAAGACTATGTTGAGTTTG
AGGATGAGGATATCGATAGGATCTAAAGTGTTGTTTGGCATTTCTTTACCGTTTCCTTTT
GTATTTTCAATTTGAGACGCATGAATTCTGAGTTTACGAAGAAACTGGTGGTAAAACATT
ATATGTGTTTTGTTCTTGTTGCATTATTTTCTTGTCACATTCTGTTGTAGTTATGCTGGT
TATAACTGGAAACTGAACTGAAAAAGATGTAAGATCACATCGAAAGGTTGATTAAGCCGT
TTGCTT

QA 3 488 3 488
DS 



AS 1 4

CO CL3196Contig1 497 4 19 U
GTATGGAGAAAATTACATAAAAATCAGGGAAATAACATCAGAAACAGCAGGAATGAGAAT
TAAAAACCCTCCCAAATTTATTAAATATTTTTTTAACAAAATCTATTAAATATATAAATT
AAAACCCCTTCCAAAATTACCCAAAAAAAAACACTTCCAACTTTATTAAATAACTCAAAA
GAGAGGAGGATATATTAGAAATTAAAATTGAAAGTTGTCAATGGTTCTTGTTCAGGCCAG
TTTTGTCCTTGACCACATCAGCAGCTCCTTGTGCCTTCTGCTTCATCTGCTGTCCAGCAT
GTTGCATGGAGTCTTGAGCTGAAGCAGCAGCATCTTTGGCCTTGTCCATAAGACCACTTG
CCTTCTCCTTAGTCTGGCCAGTGGCTTGCCCGGATTGGTAGCTTAGGTTTTGCTTGTCTG
ACATTCTCTTTTTCTCTCTCTTTTTGCTTAGAACTTAATCTTGATGCTTTGATTGGTTGT
TTTGTGTGTGATGATCC


BQ
10 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR3FK70JQ U 1
AF RR3AM88TF C 1
AF RR3FK70TF C 1
AF RR3AM88JQ U 42
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A
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TTGCATGGAGTCT
GAACT

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DS 

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GATCC

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DS 

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A
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AAAAACCCTCCCAAATTTATTAAATATTTTTTTAACAAAATCTATTAAATATATAAATTA
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CATTTTCTTTTTCTCTCTCTTTTTGCTTAGAACTTAATCTTGATGCTTTGATTGGTTGTT
TTGTGTGTGAT
CC

QA 2 492 2 492
DS 

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DS 



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BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EI45JQ C 2
AF RR3EI45TF U 2
AF RR3FX23JQ C 1
AF RR3FX23TF U 1
BS 1 1 RR3FX23JQ
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GC

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G
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TATTTCTAATCGTAACTAAATCTTCAGTTCTATTTTTTGTTTGGTATAGAAAAAATTGAA
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AGCAAAATTTTCTGTGAAAGCATCCAGACGGG

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DS 



AS 1 4

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TGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3D645JQ U 1
AF RR3BH54JQ U 7
AF RR3D645TF C 29
AF RR3BH54TF C 4
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BS 78 280 RR3D645JQ
BS 281 281 RR3BH54JQ
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BS 333 478 RR3D645JQ
BS 479 479 RR3BH54TF
BS 480 703 RR3BH54JQ
BS 704 844 RR3BH54TF

RD RR3D645JQ 482 0 0
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AAAGTTTTTGATAAAAAATGAAAATGGCCTCCTTGATGAACATTTGATTTCTTGAAAGAT
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TCTTCTCGTTGTGAAAACAATAAACTGGAGCCTGCCATTTCTCGTCCTCTAGGACAGCTC
CGACCTCAAATGTCATCACATGAGCTTCTCTACCTGTGTAAAAAATCCATTGAACAGGTC
TCTTGGTGACAACATCCTCGTAGTACCATAAAAAGTCAACCTTCTCCCACACGTTGCAAA
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AAAA

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DS 

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TCCACCAAAAC
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TATCAAATTACTCACTGCTCTTCTTCTCGTTGTGAAAACAATAGACTGGAGCCTGCCATT
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CCTTCTCCCACACGTTGCAGAGAAACCCACTCACATTTCGTTGACCCAAATAGGTGGCTC
CATCCAGCCAGTTTGGCCTCAAGATTCCAACCTCGAAATGAACGGTGCGGCAAGTTTTGG
AAGCGTCAAGTGTATAATAGAAAGATGTGCCATTGTTCCATTCAAGGTCGTAGATTACTT
TTCCAAGCTGCTTCTGGATGATGTTGAAGTTACGGCCATTGATCCAGTCGTACCATAGGT
CAACAATCTCAATGGAACCAGATTTGTTCATCAACATCAACGCGTGGAACTGCTCTGGCC
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AGAAGACGAAGAAGAGAAAGATGATGGAGTGGAATGGTGTGGAAACCATGTCGATTGGTC
TAAAGCCACGCTCTGGTTCAC
CC

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DS 

RD RR3BH54TF 841 0 0
GAG
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TTTGATAAAAGATGAAAATGGC*TCCTTGATGAACATTTGATTTCTTGAAAGATTCCCAA
AAGTCTACATACAATAAAAACACAGTCTCAAGTTATCAAATTACTCACTGCTCTTCTTCT
CGTTGTGAAAACAATAGACTGGAGCCTGCCATTTCTCGTCCTCTAGGACAGCTCCGACCT
CAAATGTCATCACATGAGCTTCTCTACCTGTGTAGAAGATCCATTGAACAGGTCTCTTGG
TGACAACATCCTCGTAGTACCATAAGAAGTCAACCTTCTCCCATACGTTGCAGAGAAACC
CACTCACATTTCGTTGACCCAAATAGGTGGCTCCATCCAGCCAGTTTGGCCTCAAGATTC
CAACCTCGAAATGAACGGTGCGGCAAGTTTTGGAAGCGTCAAGTGTATAATAGAAAGATG
TGCCATTGTTACATTCAAGGTCGTAGGTTACTTTTCCAAGCTGCTTCTGGATGATGTTGA
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TCATCAACATCAACGCGTGGAACTGCTCTGGCCATGGCGCAGGAACAGGCTGCGTCACCG
GCTTATCAGCGACAGAGATTTTAACTCCGGCGGAGAAGACGAAGAAGAGAAAGATGATGG
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AATGATAGTAACTGTTGAGATCCCCCCCGTAATGGCCACTGCGTTGATAACCACTGCC

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DS 



AS 1 3

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TTCTTTCAAACACTCCTCCCTCTGTAATAAACATAGATGCCAAAAACTCTCATGCACATG
TTTAAATAGTTAAATTCATGGAAAGAAAAAAATGAAATACTTCACACGTCGGCAAGTGCA
ATAAGCTGATCAACAACACTAGGATCTGCGAGGGTGCTAATATCTCCAAGCTCTTCTAAT
TGCCTTGAAGCGATCTTTCTCAGGATTCTCCTCATTATCTTTCCACTTCTTGTCTTTGGC
AACCCTGGTGCCCAATGTATTCTGTCCGGTGCTGCAAATGCCCCAATCTGGTTTCAAACC
ATGATTATAAGGCTTTTCCGAAGCTCTTCGCTGTAAGGAACACCCTCCACAAGAGTGACA
AACGCATAAATACCCTGACCTTTCACCTCATGTTCTACACCTACAACAGCTGCCTCTGCA
CATTGGGGATGTGAAGCCAGAGCAGATTCCACTTCAGCAGTTCCAATGCGGTGGCCACTG
ACATTGATAACATCATCAACCCTTCCTGTAAGCCAGTAGTAACCATCCTTGTCTCTGCTG
CAACCATCACCACTAAAATAGTATCCAGCAAAAGGTTTGAAGTATGTGGTTTCATATCTT
TCATGATCCCCAAACAAAGTTCGAAACGCCCCGGGCCATGATCCTTTCACACAAAGATAA
CCACTACACTCGCCTTCGATTTCATCTCCTTTTTCATCAACTATGACAGGCTGAACACCA
AAGAAAGGGAAAGTAGCTGAACCAGGCTTCTGCGGCCAAGCACCTGGCAACGGCGTTATC
ATGAAGCCACCAGTTTCAGTTTGCCACCATGTATCGGAAATGGGACACCTTGAATCACCA
ACTAGATTGAAGAACCATCTCCATGCACTCGGATTGATGGGCTCACCCACACTTCCAAGT
ACTCGTAGCGATTTGCGAGAATGATTTGTCACAAACTTATCATCATAACGCATGAGAGAC
CTCACCAATGTTGGAGCAGTGTAGAATATCGAAATCTTGTATTTGTCAACAATTTCCCAA
CAGCGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AR27JQ U 1
AF RR3AO91JQ U 8
AF RR3AO91TF C 445
BS 1 14 RR3AR27JQ
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BS 766 1089 RR3AO91TF

RD RR3AR27JQ 770 0 0
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ATAAGCTGATCAACAACACTAGGATCTGCGAGGGTGCTAATATCTCCAAGCTCTTCTAAT
TGCCTTGAAGCGATCTTTCTCAGGATTCTCCTCATTATCTTTCCACTTCTTGTCTTTGGC
AACCCTGGTGCCCAATGTATTCTGTCCGGTGCTGCAAATGCCCCAATCTGGTTTCAAACC
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CATTGGGGATGTGAAGCCAGAGCAAACTCCACTTCAGCAGTTCCAATGCGGTGGCCACTG
ACATTGATAACATCATCAACCCTTCCTGTAAGCCAGTAGTAACCATCCTTGTCTCTGCTG
CAACCATCACCACTAAAATAGTATCCAGCAAAAGGTTTGAAGTATGTGGTTTCATATCTT
TCATGATCCCCAAACAAAGTTCGAAACGCCCCGGGCCATGATCCTTTCACACAAAGATAA
CCACTACACTCGCCTTCGATTTCATCTCCTTTTTCATCAACTATG
ACAGG

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3AO91JQ 758 0 0
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AAACACTCCTCCCTCTGTAATAAACATAGATGCCAAAA*CTCTCATGCACATGTTTAAAT
GGTTACATTCATGGAGAGAGAAAAATGAGATACTTCACACGTCGGCAAGTGCAATAAGCT
GATCAACAACACTAGGATCTGCGAGGGTGCTAATATCTCCAAGCTCTTCTAATTGCCTTG
AAGCGATCTTTCTCAGGATTCTCCTCATTATCTTTCCACTTCTTGTCTTTGGCAACCCTG
GTGCCCAATGTATTCTGTCCGGTGCTGCAAATGCCCCAATCTGGTTTCGAACCATGATTA
TAAGGCTTTTCCGAAGCTCTTCGCTGTAAGGAACACCCTCCACAAGAGTGACAAACGCAT
AGATACCCTGACCTTTCACCTCATGTTCTACACCTACAACAGCTGCCTCTGCACATTGGG
GATGTGAAGCCAGAGCAGATTCCACTTCAGCAGTTCCAATGCGGTGGCCACTGACATTGA
TAACATCATCAACCCTTCCTGTAAGCCAGTAGTAACCATCCTTGTCTCTGCTGCAACCAT
CACCACTAAAATAGTATCCAGCAAAAGGTTTGAAGTATGTGGTTTCATATCTTTCATGAT
CCCCAAACAAAGTTCGAAACGCCCCGGGCCATGATCCTTTCACACAAAGATAACCACTAC
ACTCGCCTTCGATTTCATCTCCTTTTTCATCAACTATG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3AO91TF 645 0 0
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GATTCCACTTCAGCAGTTCCAATGCGGTGGCCACTGACATTGATAACATCATCAACCCTT
CCTGTAAGCCAGTAGTAACCATCCTTGTCTCTGCTGCAACCATCACCACTAAAATAGTAT
CCAGCAAAAGGTTTGAAGTATGTGGTTTCATATCTTTCATGATCCCCAAACAAAGTTCGA
AACGCCCCGGGCCATGATCCTTTCACACAAAGATAACCACTACACTCGCCTTCGATTTCA
TCTCCTTTTTCATCAACTATGACAGGCTGAACACCAAAGAAAGGGAAAGTAGCTGAACCA
GGCTTCTGCGGCCAAGCACCTGGCAACGGCGTTATCATGAAGCCACCAGTTTCAGTTTGC
CACCATGTATCGGAAATGGGACACCTTGAATCACCAACTAGATTGAAGAACCATCTCCAT
GCACTCGGATTGATGGGCTCACCCACACTTCCAAGTACTCGTAGCGATTTGCGAGAATGA
TTTGTCACAAACTTATCATCATAACGCATGAGAGACCTCACCAATGTTGGAGCAGTGTAG
AATATCGAAATCTTGTATTTGTCAACAATTTCCCAACAGCGTCCC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 4

CO CL3200Contig1 769 4 4 U
GGAACGACCACAAAATAATTAAAAAAGCCAAACCGCACTCTCCATCTGTCCAACCCTTTT
TGTATCCTCAACAAAACCAATCTCTCATTTGTTCTTCTGCACAATCTCTATCACTTTATA
TTTCTCCATCTCCTTACATAAGGAAAGGTCGTAGAAGAAACCAAAAACTAAAGAAAAGGG
GTTTTAATATAACTCATCTGTAAAAAAACAAATATATATACAAAATGGGTGGTGTCAAGT
TGTTAATCATCTTTGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTACAACCGTCAATGCGACGT
ACCCTTTGACTAAATCTTGCTTCAACGGGCAAGGTTGTATCGGAGATGATGACGAACTAG
AATCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGACGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTG
GCTACGATGCTCTTAAAAAGAATAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACG
ATTGCAAGAAGAGGAGAAAGAATAATCCTTATAGGCGTGGATGCAGTGCGATCACGCATT
GCTATAGATACGCTAAGTGATAACAAAATGATAGAGAAGAGGATTGGATTCAACACCGTT
CAATCTTCATTCTTGATCTTTAATGATTTTTCTTCAGTAACGTACCCTATGATTCGAACT
TTACAATTATTTTTGTTGTATTTACTTTCTTTATATAATCATATCATCATGATGCATATA
TAAGCTTTTGATTCTTCGATATATCGGCTATTTTCTTTCGTTGTTGTCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3F632TF U 121
AF RR3CO90TF U 1
AF RR3CO90JQ C 3
AF RR3F632JQ C 121
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BS 484 484 RR3F632TF
BS 485 757 RR3CO90TF
BS 758 769 RR3CO90JQ

RD RR3F632TF 442 0 0
TTTTTCCC
TCTCCTTACATAAGGAAAGGTCGTAGAAGAAACCAAAAACTAAAGAAAAGGGGTTTTAAT
ATAACTCATCTGTAAAAAAACAAATATATATACAAAATGGGTGGTGTCAAGTTGTTAATC
ATCTTTGGTCTCTTGGTCTTAGCTATGGTAGCTACAACCGTCAATGCGACGTACCCTTTG
ACTAAATCTTGCTTCAACGGGCAAGGTTGTATCGGAGATGATGATGAACTAGAATCTCTA
ATGGATTCAGAGACAAACCGACGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGCTACGAT
GCTCTTAAAAAGAATAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACGATTGCAAG
AAGAGGAGAAGGAATAATCCTTATAGGCGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGCTATAGA
TACGCTAAGTGATA

QA 9 442 9 442
DS 

RD RR3CO90TF 757 0 0
GGAACGACCACAAAATAATTAAAAAAGCCAAACCGCACTCTCCATCTGTCCAACCCTTTT
TGTATCCTCAACAAAACCAATCTCTCATTTGTTCTTCTGCACAATCTCTATCACTTTATA
TTTCTCCATCTCCTTACATAAGGAAAGGTCGTAGAAGAAACCAAAAACTAAAGAAAAGGG
GTTTTAATATAACTCATCTGTAAAAAAACAAATATATATACAAAATGGGTGGTGTCAAGT
TGTTAATCATCTTTGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTACAACCGTCAATGCGACGT
ACCCTTTGACTAAATCTTGCTTCAACGGGCAAGGTTGTATCGGAGATGATGACGAACTAG
AATCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGACGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTG
GCTACGATGCTCTTAAAAAGAATAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACG
ATTTCAAGAAGAGGAGAAAGAATAATCCTTATAGGCGTGGATGCAGTGCGATCACGCATT
GCTATAGATACGCTAAGTGATAACAAAATGATAGAGAAGAGGATTGGATTCAACACCGTT
CAATCTTCATTCTTGATCTTTAATGATTTTTCTTCAGTAACGTACCCTATGATTCGAACT
TTACAATTATTTTTGTTGTATTTACTTTCTTTATATAATCATATCATCATGATGCATATA
TAAGCTTTTGATTCTTCGATATATCGGCTATTTTCTT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3CO90JQ 767 0 0
AACGACCACAAAATAATTAAAAA*GCCAAACCGCACTCTCCATCTGTCCAACCCTTTTTG
TATCCTCAACAAAACCAATCTCTCATTTGTTCTTCTGCACAATCTCTATCACTTTATATT
TCTCCATCTCCTTACATAAGGAAAGGTCGTAGAAGAAACCAAAAACTAAAGAAAAGGGGT
TTTAATATAACTCATCTGTAAAAAAACAAATATATATACAAAATGGGTGGTGTCAAGTTG
TTAATCATCTTTGGTCTCTTGATCTTAGCTATGGTAGCTACAACCGTCAATGCGACGTAC
CCTTTGACTAAATCTTGCTTCAACGGGCAAGGTTGTATCGGAGATGATGACGAACTAGAA
TCTCTAATGGATTCAGAGACAAACCGACGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGC
TACGATGCTCTTAAAAAGAATAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACGAT
TTCAAGAAGAGGAGAAAGAATAATCCTTATAGGCGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGC
TATAGATACGCTAAGTGATAACAAAATGATAGAGAAGAGGATTGGATTCAACACCGTTCA
ATCTTCATTCTTGATCTTTAATGATTTTTCTTCAGTAACGTACCCTATGATTCGAACTTT
ACAATTATTTTTGTTGTATTTACTTTCTTTATATAATCATATCATCATGATGCATATATA
AGCTTTTGATTCTTCGATATATCGGCTATTTTCTTTCGTTGTTGTCC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3F632JQ 620 0 0
TTTTTCCC
TCTCCTTACATAAGGAAAGGTCGTAGAAGAAACCAAAAACTAAAGAAAAGGGGTTTTAAT
ATAACTCATCTGTAAAAAAACAAATATATATACAAAATGGGTGGTGTCAAGTTGTTAATC
ATCTTTGGTCTCTTGGTCTTAGCTATGGTAGCTACAACCGTCAATGCGACGTACCCTTTG
ACTAAATCTTGCTTCAACGGGCAAGGTTGTATCGGAGATGATGATGAACTAGAATCTCTA
ATGGATTCAGAGACAAACCGACGTCAACTCGCTAGAGGACGTCGTTACATTGGCTACGAT
GCTCTTAAAAAGAATAATGTGCCTTGCAATAGACGTGGCCGGTCTTACTACGATTGCAAG
AAGAGGAGAAGGAATAATCCTTATAGGCGTGGATGCAGTGCGATCACGCATTGCTATAGA
TACGCTAAGTGATAACAAAATGATAGAGAAGAGGATTGGATTCAACACCGTTCAATCTTC
ATTCTTGATCTTTAATGATTTTTCTTCAGTAACGTACCCTATGATTCGAACTTTACAATT
ATTTTTGTTGTATTTACTTTCTTTATATAATCATATCATCATGATGCATATATAAGCTTT
TGATTCTTCGAT

QA 9 620 9 620
DS 



AS 1 4

CO CL3201Contig1 1244 4 16 U
GGAAGGCCGGAGGACCCTTCCTTTCCATATATCTCAATACGTGTAGTTACTTTTTGTTTT
GGTTTTAGAAAACCAAAAGGACACCGATGGTTGTGGCGAATCCTCGTGAAGTTCCTGAAT
ATGAGTTGAATCCACAAGAACTTCAGGTTCGGAAAGCTGATGGTATCTCAAAGGGAATCT
ATCAAGTGGCTAAGTGGAATGGGACTAAGGTATCTGTAAAGATACTTGATAAGGATCTCT
ACAAGGATAATGAAACCATAGAGGCCTTCAAACACGAACTTACTTTATTAGAAAAGGTTC
GTCATCCTAATGTTGTGCAATTTGTTGGAGCTGTTACTCAAAATGTCCCCATGATGATTG
TGTCTGAGTATCATCCTAAAGGTGACCTTGGGAGCTATCTTCAAAAGAAAGGACGCCTTT
CTCCATCCAAAGTTCTAAGATTTGCCCTCGATATAGCCAGGGGAATGAATTATCTCCACG
AGTGTAAACCAGAACTAGTTATCCATTGTGATCTAAAACCCAAAAATATTATGCTGGATA
ACGGAAAACATTTGAAGGTGGCAGGATTTGGATCGATAAGTTTTACAAAGCTATCGCCTG
ATAAATCAAGACTCCTTAATCACGGGGCACATATAGATCTTTCAAACTACTGTGTGGCGC
CTGAGATTTACAAAAATGAAATATTTGATAGAAGCGTGGATTCATACTCTTTTGGTGTCC
TATTATATGAGATGATTGAAGGGCAACCTTTCCATCCAAAACCCCCAGAGGAGGCAGTGA
AGCTAATGTGTTTGGAAGGAAGAAGACCTTCCTTCAAGGCCAAGTCCAAAAATTGTCCCC
AAGAGACGAGAGAATTGATTGAAGAGTGCTGGGATGCGGAAGCTGTTGTTAGACCGACAT
TTTCTGAGATCATAGTTCGATTGGATAGGATCTTCCTACACTGCTCAAAACAAGGGTGGT
GGAAAGAGAAATTCAAGTTTCCTTGGAAATAGTAGAGAGAAGCGGGAGAGGTTTAACTCA
GAAACACAAAAAGTCAGCAATTTAAGAGCTCACTTTCTCATGCCTACAATAAAAAACGGT
TACAAAGAATACAAAAAGAAACGGTGCGCCCCTCTCCCATATGTCTATGTCTTGTTGTGT
AAGAACAATGTATTACGTCGGAAAGTATACTTCATTGAGCTATATAGACTTCTTTAATGC
ACAGAACTTGAGCATTACGAAATTACAATGTATCATTTTCATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B309TF U 1
AF RR3FK69TF U 100
AF RR3FK69JQ C 464
AF RR3B309JQ C 514
BS 1 735 RR3B309TF
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BS 743 743 RR3FK69JQ
BS 744 760 RR3FK69TF
BS 761 761 RR3FK69JQ
BS 762 773 RR3FK69TF
BS 774 774 RR3FK69JQ
BS 775 795 RR3FK69TF
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BS 801 1063 RR3FK69JQ
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BS 1065 1146 RR3FK69JQ
BS 1147 1147 RR3B309JQ
BS 1148 1181 RR3FK69JQ
BS 1182 1244 RR3B309JQ

RD RR3B309TF 735 0 0
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GGTTTTAGAAAACCAAAAGGACACCGATGGTTGTGGCGAATCCTCGTGAAGTTCCTGAAT
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ATCAAGTGGCTAAGTGGAATGGGACTAAGGTATCTGTAAAGATACTTGATAAGGATCTCT
ACAAGGATAATGAAACCATAGAGGCCTTCAAACACGAACTTACTTTATTAGAAAAGGTTC
GTCATCCTAATGTTGTGCAATTTGTTGGAGCTGTTACTCAAAATGTCCCCATGATGATTG
TGTCTGAGTATCATCCTAAAGGTGACCTTGGGAGCTATCTTCAAAAGAAAGGACGCCTTT
CTCCATCCAAAGTTCTAAGATTTGCCCTCGATATAGCCAGGGGAATGAATTATCTCCACG
AGTGTAAACCAGAACTAGTTATCCATTGTGATCTAAAACCCAAAAATATTATGCTGGATA
ACGGAAAACATTTGAAGGTGGCAGGATTTGGATCGATAAGTTTTACAAAGCTATCGCCTG
ATAAATCAAGACTCCTTAATCACGGGGCACATATAGATCTTTCAAACTACTGTGTGGCGC
CTGAGATTTACAAAAATGAAATATTTGATAGAAGCGTGGATTCATACTCTTTTGGTGTCC
TATTATATGAGATGA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3FK69TF 702 0 0
G
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TGGTATCTCAAAGGTAATCTATCAAGTGGCTAAGTGGAATGGGACTAAGGTATCTGTAAA
GATACTTGATAAGGATCTCTACAAGGATAATGAAACCATAGAGGCCTTCAAACACGAACT
TACTTTATTAGAAAAGGTTCGTCATCCTAATGTTGTGCAATTTGTTGGAGCTGTTACTCA
AAATGTCCCCATGATGATTGTGTCTGAGTATCATCCTAAAGGTGACCTTGGGAGCTATCT
TCAAAAGAAAGGACGCCTTTCTCCATCCAAAGTTCTAAGATTTGCCCTCGATATAGCCAG
GGGAATGAATTATCTCCACGAGTGTAAACCAGAACTAGTTATCCATTGTGATCTAAAACC
CAAAAATATTATGCTGGATAATGGAAAACATTTGAAGGTGGCAGGATTTGGATCGATAAG
TTTTACAAAGCTATCGCCTGATAAATCAAGACTCCTTAATCACGGGGCACATATAGATCT
TTCAAACTACTGTGTGGCGCCTGAGATTTACAAAAATGAAATATTTGATAGAAGTGTGGA
TTCATACTCTTTTGGTGTCCTATTATATGAGATGATTGAAGG*CAACCTTTCCATCCAAA
*CCCCCAGAGGAG*CAGTGAAGCTAATGTGTTTGGGAGGA
G

QA 2 701 2 701
DS 

RD RR3FK69JQ 718 0 0
AATGAATTATCTCCACGAGTGTAAACCAGAACTAGTTATCCATTGTGATCTAAAACCCAA
AAATATTATGCTGGATAATGGAAAACATTTGAAGGTGGCAGGATTTGGATCGATAAGTTT
TACAAAGCTATCGCCTGATAAATCAAGACTCCTTAATCACGGGGCACATATAGATCTTTC
AAACTACTGTGTGGCGCCTGAGATTTACAAAAATGAAATATTTGATAGAAGTGTGGATTC
ATACTCTTTTGGTGTCCTATTATATGAGATGATTGAAGGGCAACCTTTCCATCCAAAACC
CCCAGAGGAGGCAGTGAAGCTAATGTGTTTGGAAGGAAGAAGACCTTCCTTCAAGGCCAA
GTCCAAAAATTGTCCCCAAGAGACGAGAGAATTGATTGAAGAGTGCTGGGATGCGGAAGC
TGTTGTTAGACCGACATTTTCTGAGATCATAGTTCGATTGGATAGGATCTTCCTACACTG
CTCAAAACAAGGGTGGTGGAAAGAGAAATTCAAGTTTCCTTGGAAATAGTAGAGAGAAGC
GGGAGAGGTTTAACTCAGAAACACAAAAAGTCAGCAATTTAAGAGCTCACTTTCTCATGC
TTACAATAAAAAACGGTTACAAAGAATACAAAAAGAAACGGTGCGCCCCTCTCCCATATG
TCTATGTCTTGTTGTGTAAGAACGATGTATTACGTCGGAAAGTATACTTCATTGAGCT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3B309JQ 731 0 0
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CGATAAGTTTTACAAAGCTATCGCCTGATAAATCAAGACTCCTTAATCACGGGGCACATA
TAGATCTTTCAAACTACTGTGTGGCGCCTGAGATTTACAAAAATGAAATATTTGATAGAA
GCGTGGATTCATACTCTTTTGGTGTCCTATTATATGAGATGATTGAAGGGCAACCTTTCC
ATCCAAAACCCCCAGAGGAGGCAGTGAAGCTAATGTGTTTGGAAGGAAGAAGACCTTCCT
TCAAGGCCAAGTCCAAAAATTGTCCCCAAGAGACGAGAGAATTGATTGAAGAGTGCTGGG
ATGCGGAAGCTGTTGTTAGACCGACATTTTCTGAGATCATAGTTCGATTGGATAGGATCT
TCCTACACTGCTCAAAACAAGGGTGGTGGAAAGAGAAATTCAAGTTTCCTTGGAAATAGT
AGAGAGAAGCGGGAGAGGTTTAACTCAGAAACACAAAAAGTCAGCAATTTAAGAGCTCAC
TTTCTCATGCCTACAATAAAAAACGGTTACAAAGAATACAAAAAGAAACGGTGCGCCCCT
CTCCCATATGTCTATGTCTTGTTGTGTAAGAACAATGTATTACGTCGGAAAGTATACTTC
ATTGAGCTATATAGACTTCTTTAATGCACAGAACTTGAGCATTACGAAATTACAATGTAT
CATTTTCATGC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

CO CL3202Contig1 564 4 3 U
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GGTTTGCAGGTCAGCGCTGGTGAGTGGTTCCAGGAATTTAGTATCTAGATCCAGGACCGT
AACTCAAAAGTATCTCAATCTTAAACCGACAACGACGGCTTCAGCTCCTTTTGCTTCAGT
GTCCCAATCCATCCCTCGGGCTTCAAGGGTACTGTCGGCTTTGGGAATCGTTGAAACGAT
GATTCCGCTTCACAGTGCGGTTGCTTCAGCTCGGCTCCGGTCAAGCATCGCTGCTGATTC
CTCTTGTTGGAGCATGCTTTCCGAGGGATTTGCCACGCCTTTGTGACCCCCGCCCCCGGT
CTGCTGGAATCTATCTATATAAGGCGAAAAAATAATCAAAAATTATTAGGACTTGCTTTC
AGACAATGAATGAACAAGGATACTACTTTCTTCTAGTTTTAACTCTTTCGTCCTTGTATT
TGTTATAGTTCACAAAGACTTGATGCTTCAGAGTTCTACTTATCTTTCTGTTGCTATTTG
TTGTTATCCACACATTTTTGGGGG


BQ
10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FA75JQ C 5
AF RR3FA75TF U 5
AF RR3F751JQ C 1
AF RR3F751TF U 1
BS 1 5 RR3F751JQ
BS 6 534 RR3FA75TF
BS 535 564 RR3F751TF

RD RR3FA75JQ 531 0 0
G
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GTTGGAGCATGCTTTCCGAGGGATTTGCCACGCCTTTGTGACCCCCGCCCCCGGTCTGCT
GGAATCTATCTATATAAGGCGAAAAAATAATCAAAAATTATTAGGACTTGCTTTCAGACA
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C

QA 2 530 2 530
DS 

RD RR3FA75TF 531 0 0
G
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GCAGGTCAGCGCTGGTGAGTGGTTCCAGGAATTTAGTATCTAGATCCAGGACCGTAACTC
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CGCTTCACAGTGCGGTTGCTTCAGCTCGGCTCCGGTCAAGCATCGCTGCTGATTCCTCTT
GTTGGAGCATGCTTTCCGAGGGATTTGCCACGCCTTTGTGACCCCCGCCCCCGGTCTGCT
GGAATCTATCTATATAAGGCGAAAAAATAATCAAAAATTATTAGGACTTGCTTTCAGACA
ATGAATGAACAAGGATACTACTTTCTTCTAGTTTTAACTCTTTCGTCCTTGTATTTGTTA
TAGTTCACAAAGACTTGATGCTTCAGAGTTCTACTTATCTTTCTGTTGC
C

QA 2 530 2 530
DS 

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GGTTTGCAGGTCAGCGCTGGTGAGTGGTTCCAGGAATTTAGTATCTAGATCCAGGACCGT
AACTCAAAAGTATCTCAATCTTAAACCGACAACGACGGCTTCAGCTCCTTTTGCTTCAGT
GTCCCAATCCATCCCTCGGGCTTCAAGGGTACTGTCGGCTTTGGGAATCGTTGAAACGAT
GATTCCGCTTCACAGTGCGGTTGCTTCAGCTCGGCTCCGGTCAAGCATCGCTGCTGATTC
CTCTTGTTGGAGCATGCTTTCCGAGGGATTTGCCACGCCTTTGTGACCCCCGCCCCCGGT
CTGCTGGAATCTATCTATATAAGGCGAAAAAATAATCAAAAATTATTAGGACTTGCTTTC
AGACAATGAATGAACAAGGATACTACTTTCTTCTAGTTTTAACTCTTTCGTCCTTGTATT
TGTTATAGTTCACAAAGACTTGATGCTTCAGAGTTCTACTTATCTTTCTGTTGCTATTTG
TTGTTATCCACACATTTTTGGGGG

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3F751TF 564 0 0
GGATT
GTGTTTCCACTTCCTTTCTCCTTGAGATTGATTCTTGCGTCCCAGAGATGGCATCGGTTT
GCAGGTCAGCGCTGGTGAGTGGTTCCAGGAATTTAGTATCTAGATCCAGGACCGTAACTC
AAAAGTATCTCAATCTTAAACCGACAACGACGGCTTCAGCTCCTTTTGCTTCAGTGTCCC
AATCCATCCCTCGGGCTTCAAGGGTACTGTCGGCTTTGGGAATCGTTGAAACGATGATTC
CGCTTCACAGTGCGGTTGCTTCAGCTCGGCTCCGGTCAAGCATCGCTGCTGATTCCTCTT
GTTGGAGCATGCTTTCCGAGGGATTTGCCACGCCTTTGTGACCCCCGCCCCCGGTCTGCT
GGAATCTATCTATATAAGGCGAAAAAATAATCAAAAATTATTAGGACTTGCTTTCAGACA
ATGAATGAACAAGGATACTACTTTCTTCTAGTTTTAACTCTTTCGTCCTTGTATTTGTTA
TAGTTCACAAAGACTTGATGCTTCAGAGTTCTACTTATCTTTCTGTTGCTATTTGTTGTT
ATCCACACATTTTTGGGGG

QA 6 564 6 564
DS 



AS 1 4

CO CL3203Contig1 689 4 5 U
AGATCCCTCCTCTCCGTCTTTGTTTCCTCGTCATTTTTTGCCGCCGCCTTCAGGTAAGTC
AACAGCTTTAAACGAAGCTTAAAAGATGGGGCGTGTCCGAACCAAGACCGTGAAGAAATC
ATCACGTCAAGTGATCGAGAAGTACTACTCTCGCATGACGCTCGACTTCCACACCAACAA
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ATTCTCCACTCATCTCATGAAGAGGATCCAGAAGGGACCGGTACGTGGTATCTCGCTCAA
GCTTCAAGAGGAAGAGCGTGAGCGCCGCATGGACTTTGTGCCCGATGAGTCTGCTATCAA
GACCGATGAGATCAAGGTCGACAAGGAGACTCTTGAGATGCTTGCTTCCCTTGGGATGTC
TGACGTTGCTGGCGTCTCTGTGGTTGAGCCTCTGGCTGTGGCTCCTGCTTTTGGTGGCAG
GCCACAAAGAAGGTTCTAAAGGAGTTTATTATCACTATTATGAGTCAATCAAAGAGAAAC
CTGCTGTTCTTATAGTGTTTATTGTTTCTTTTGATTCGAGATTTTTATGTCCCAAGCCGA
AAGCGGGACTACTTTTCTACTATATGAGTTTTTGTTGATCGTTTGTTAAGAGACATCAAG
ATTTGAGTTAAAAATGCTTTCTTAGTTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3H210TF U 34
AF RR3DX35JQ C 1
AF RR3H210JQ C 34
AF RR3DX35TF U 1
BS 1 33 RR3DX35TF
BS 34 431 RR3H210TF
BS 432 432 RR3DX35TF
BS 433 581 RR3H210TF
BS 582 689 RR3DX35TF

RD RR3H210TF 548 0 0
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ATTCGAGA

QA 1 548 1 548
DS 

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TGTCCGAACCAAGACCGTGAAGAAATCATCACGTCAAGTGATCGAGAAGTACTACTCTCG
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TAAGCGTCTCCGCAACAAGATTGCTGGATTCTCCACTCATCTCATGAAGAGGATCCAGAA
GGGACCGGTACGTGGTATCTCGCTCAAGCTTCAAGAGGAAGAGCGTGAGCGCCGCATGGA
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TGAGATGCTTGCTTCCCTTGGGATGTCTGACGTTGCTGTCGTCTCTGTGGTTGAGCCTCT
GGCTGTGGCTCCTGCTTTTGGTGGCAGGCCACAAAGAAGGTTCTAAAGGAGTTTATTATC
ACTATTATGAGTCAATCAAAGAGAAACCTGCTGTTCTTATAGTGTTTATTGTTTCTTTTG
ATTCGAGATTTTTATGTCCCAAGCCGAAAGCGAGACTACTTTTCTACTATATGAGTTTTT
GTTGATCGTTTGTTAAGAGACATCAAGATTTGAGTTAAAAATGCTTTCTTAGTTCT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3DX35TF 689 0 0
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AACAGCTTTAAACGAAGCTTAAAAGATGGGGCGTGTCCGAACCAAGACCGTGAAGAAATC
ATCACGTCAAGTGATCGAGAAGTACTACTCTCGCATGACGCTCGACTTCCACACCAACAA
GAAGATCCTCGAAGAAGTCGCCATCATCCCTTCTAAGCGTCTCCGCAACAAGATTGCTGG
ATTCTCCACTCATCTCATGAAGAGGATCCAGAAGGGACCGGTACGTGGTATCTCGCTCAA
GCTTCAAGAGGAAGAGCGTGAGCGCCGCATGGACTTTGTGCCCGATGAGTCTGCTATCAA
GACCGATGAGATCAAGGTCGACAAGGAGACTCTTGAGATGCTTGCTTCCCTTGGGATGTC
TGACGTTGCTGGCGTCTCTGTGGTTGAGCCTCTGGCTGTGGCTCCTGCTTTTGGTGGCAG
GCCACAAAGAAGGTTCTAAAGGAGTTTATTATCACTATTATGAGTCAATCAAAGAGAAAC
CTGCTGTTCTTATAGTGTTTATTGTTTCTTTTGATTCGAGATTTTTATGTCCCAAGCCGA
AAGCGGGACTACTTTTCTACTATATGAGTTTTTGTTGATCGTTTGTTAAGAGACATCAAG
ATTTGAGTTAAAAATGCTTTCTTAGTTCT

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 4

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TTTCAAAATATTCCTCTTCACAGCCTTTCTCGCAGCGACCTTTTCATTCTCCGCCGCTGA
TTTCAACAGCGACGTTAACGTAGCTTGGGGAAACGGCCGTGGGAAGATACTCAACAATGG
GCAGCTTCTTACTCTCTCCCTAGACAAGTCCTCTGGTTCTGGTTTTCAATCCAAAACAGA
GTACTTGTTTGGAAAGATCGATATGCAGATTAAGCTTGTTCCTGGTAACTCAGCAGGAAC
CGTCACAACTTTCTACCTGAAATCTGAAGGATCCACCTGGGATGAGATTGATTTTGAGTT
CTTGGGTAATATGAGTGGAGATCCTTATACTTTACACACTAATGTTTACACTCAAGGAAA
AGGTGACAAAGAGCAACAATTCTATCTCTGGTTCGACCCAACAGCGAACTTCCACACTCA
CTCAATTCTCTGGAACCCTCAAAGAATCATATTGACAGTCGATGATACACCAATCAGAGA
GTTTAAAAACTCAGAGTCAATCGGTGTTTTGTTTCCAAAGAGCAAGCCGATGAGGATGTA
CGCGAGTCTATGGAACGCAGACGACTGGGCAACAAGAGGTGGTCTGGTTAAAACGGATTG
GTCCAAAGCTCCATTCATGGCTTCTTACAGGAACATTAAGATCGACGGGTGTGTTCATAT
CAACGGAAGATCGTCTTGCAGCCCAAGCTCTAGTTGGTACACTCAACAAATGGATGCAAC
TAGCCAAGCTAGACTCAGATGGGTTCAGAAGAATTACATGATCTACAACTATTGTACGGA
CCGTAAGAGGTTCCCACAGGGAATCCCTCGTGAATGTGCAACAAGCGCATAGAATATTTT
ATTTATAAAGTATATAATGCATACTTCTGCGTGGTAAATGCTCTATGTTTCTTCTTTAGC
TGCTTGGGTTTGCTTCTTTCGAGTGTATATCTATGTTCAATAACGCAAAAGGTGTGTGTA
TATATAAAAAATATATATAAGAGTCTAAAAGATGTCTTTGTCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G450TF U 1
AF RR3BF73TF U 5
AF RR3BF73JQ C 303
AF RR3G450JQ C 356
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BS 795 1065 RR3BF73JQ

RD RR3G450TF 746 0 0
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TTTCAACAGCGACGTTAACGTAGCTTGGGGAAACGGCCGTGGGAAGATACTCAACAATGG
GCAGCTTCTTACTCTCTCCCTAGACAAGTCCTCTGGTTCTGGTTTTCAATCCAAAACAGA
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CGCGAGTCTATGGAACGCAGACGACT***CAACAAGAGGTGGTCTGGTTAAAACGGATTG
GTCCAAAGCTCCATTCATGGCTTCTTACAGGAACAT*AAGATCGACGG*TGTGTTCATAT
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QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3BF73TF 790 0 0
GG
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AATATTCCTCTTCACAGCCTTTCTCGCAGCGACCTTTTCATTCTCCGCCGCTGATTTCAA
CAGCGACGTTAACGTAGCTTGGGGAAACGGCCGTGGGAAGATACTCAACAATGGGCAGCT
TCTTACTCTCTCCCTAGACAAGTCCTCTGGTTCTGGTTTTCAATCCAAAACAGAGTACTT
GTTTGGAA*GATCGATATGCAGATTAAGCTTGTTCCTGGTAACTCAGCAGGAACCGTCAC
AACTTTCTACCTGAAATCTGAAGGATCCACCTGGGATGAGATTGATTTTGAGTTCTTGGG
TAATATGAGTGGAGATCCTTATACTTTACACACTAATGTTTACACTCAAGGAAAAGGTGA
CAAAGAGCAACAATTCTATCTCTGGTTCGACCCAACAGCGAACTTCCACACTTACTCAAT
TCTCTGGAACCCTCAAAGAATCATATTGACAGTCGATGATACACCAATCAGAGAGTTTAA
AAACTCAGAGTCAATCGGTGTTTTGTTTCCAAAGAGCAAGCCGATGAGGATGTACGCGAG
TCTATGGAACGCAGACGACTGGGCAACAAGAGGTGGTCTGGTTAAAACGGATTGGTCCAA
AGCTCCATTCATGGCTTCTTACAGGAACATTAAGATCGACGGGTGTGTTCATATCAACGG
AAGATCGTCTTGCAGCCCAAGCTCTAGTTGGTACACTCAACAAATGGATGCAACTAGCCA
AGCTAGAC

QA 3 790 3 790
DS 

RD RR3BF73JQ 763 0 0
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TGGGTAATATGAGTGGAGATCCTTATACTTTACACACTAATGTTTACACTCAAGGAAAAG
GTGACAAAGAGCAACAATTCTATCTCTGGTTCGACCCAACAGCGAACTTCCACACTTACT
CAATTCTCTGGAACCCTCAAAGAATCATATTGACAGTCGATGATACACCAATCAGAGAGT
TTAAAAACTCAGAGTCAATCGGTGTTTTGTTTCCAAAGAGCAAGCCGATGAGGATGTACG
CGAGTCTATGGAACGCAGACGACTGGGCAACAAGAGGTGGTCTGGTTAAAACGGATTGGT
CCAAAGCTCCATTCATGGCTTCTTACAGGAACATTAAGATCGACGGGTGTGTTCATATCA
ACGGAAGATCGTCTTGCAGCCCAAGCTCTAGTTGGTACACTCAACAAATGGATGCAACTA
GCCAAGCTAGACTCAGATGGGTTCAGAAGAATTACATGATCTACAACTATTGTACGGACC
GTAAGAGGTTCCCACAGGGAATCCCTCGTGAATGTGCAACAAGCGCATAGAATATTTTAT
TTATAAAGTATATAATGCATACTTCTGCGTGGTAAATGCTCTATGTTTCTTCTTTAGCTG
CTTGGGTTTGCTTCTTTCGAGTGTATATCTATGTTCAATAACGCAAAAGGTGTGTGTATA
TATAAAAAATATATATAAGAGTCTAAAAGATGTCTTTGTCTAT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3G450JQ 696 0 0
GAGTTCTTGGGTAATATGAGTGGAGATCCTTATACTTTACACACTAATGTTTACACTCAA
GGAAAAGGTGACAAAGAGCAACAATTCTATCTCTGGTTCGACCCAACAGCGAACTTCCAC
ACTCACTCAATTCTCTGGAACCCTCAAAGAATCATATTGACAGTCGATGATACACCAATC
AGAGAGTTTAAAAACTCAGAGTCAATCGGTGTTTTGTTTCCAAAGAGCAAGCCGATGAGG
ATGTACGCGAGTCTATGGAACGCAGACGACT***CAACAAGAGGTGGTCTGGTTAAAACG
GATTGGTCCAAAGCTCCATTCATGGCTTCTTACAGGAACATTAAGATCGACGGGTGTGTT
CATATCAACGGAAGATCGTCTTGCAGCCCAAGCTCTAGTTGGTACACTCAACAAATGGAT
GCAACTAGCCAAGCTAGACTCAGATGGGTTCAGAAGAATTACATGATCTACAACTATTGT
ACGGACCGTAAGAGGTTCCCACAGGGAATCCCTCGTGAATGTGCAACAAGCGCATAGAAT
ATTTTATTTATAAAGTATATAATGCATACTTCTGCGTGGTAAATGCTCTATGTTTCTTCT
TTAGCTGCTTGGGTTTGCTTCTTTCGAGTGTATATCTATGTTCAATAACGCAAAAGGTGT
GTGTATATATAAAAAATATATATAAGAGTCTAAAAG

QA 1 696 1 696
DS 



AS 2 4

CO CL3205Contig1 842 2 17 U
GCTTATTGTAACTTTATGCATTTCGATTTCGTGTACCACTTTATATACTCACTCACACAC
ACCACTCTACATCACCACAACCACATGTTTCAGACGAAGAAGAAGTCACTGACATAGAAG
AACATACATCATATAGTTCTTAGGTGCCAAAAGACAAATGCTATACCCATATCTAAAGAG
TTTTTAAAGACATGTGAAAAACATAGAACATGCGAAGGGAAAGGAGAAAAAAAAAGTGAG
AGAAACCAAACAGACACAGCCCGAGAAAACCCACATCCTCTTTTACTTTTCAAGACCTGC
AAAACATGCTAGAGGAACGAGCAAGCCTAATAGTCAGACCACCAGCGTGAACACTAGTCT
CAACCTTGACTGTGCTCTTTTCATACGGCTTCCTGCAGCCCGGACAACGCCCATCTCCAT
CGCAGATCGTCTTGTGGCAGAAAAGACAGAGCCGGAATCCACAAGGGCATGGCAAGAAAC
TAGAATCCGTCAAGTCCAGATCCTCGTAGCAAATGGGGCACGAAGACGGCACCGCCACGG
AACTAAAATGCATGTTCATGACAGGAAAACTACGCTGCTTCCCCAGATTAGGCAGACCCT
GAGGACGGAGCTTATCGTCTGCCCTCCACGCCTGGTCGCTATTCTGCTTCCTTGACGGCT
TCACATCAGATCCACCACTGACAGAGTCCCTAACCGAAGCTGATTGCTTGACATGCTCTT
CAGGAGGAGGATTCACTTTCTCATGCTTTTTTCTTCATCAGCTGCTAAAGCATCAGCAAA
AGCCTCCCAGTCATCCAGCAACCGTCGTCGTCGTCGTCATCATCAGCAGAGCATCCTCCT
CT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3CG67JQ U 24
AF RR3BW41JQ U 1
BS 1 133 RR3BW41JQ
BS 134 135 RR3CG67JQ
BS 136 155 RR3BW41JQ
BS 156 156 RR3CG67JQ
BS 157 369 RR3BW41JQ
BS 370 370 RR3CG67JQ
BS 371 400 RR3BW41JQ
BS 401 401 RR3CG67JQ
BS 402 520 RR3BW41JQ
BS 521 521 RR3CG67JQ
BS 522 532 RR3BW41JQ
BS 533 533 RR3CG67JQ
BS 534 636 RR3BW41JQ
BS 637 637 RR3CG67JQ
BS 638 640 RR3BW41JQ
BS 641 641 RR3CG67JQ
BS 642 842 RR3BW41JQ

RD RR3CG67JQ 648 0 0
CA
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TGTTTCAGACGAAGAAGAAGTCACTGACATAGAAGAACATACATCATATAGTTCTTAGGT
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GAACATGCGAAGGGAAAGGAGGAAAAAAAA***AGAGAAACCAAACAGACACAGTCCGAG
AAAACCCACATCCTCTTTTACTTTTCAAGACCTGCAAAACATGCTAGAGGAACGAGCAAG
CCTAATAGTCAGACCACCGGCGTGAACGCTGGTCTCAACCTTGACTGTGTTCTTTTCATA
CGGCTTCCTGCAGCCCGGACAACGCCCATCTCCATCGCAGATCGTCTTGTGGCAGAAAAG
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GTAGCAAATGGGGCACGAAGATGGCACCGCCGCGGAACTAAAATGCATGTTCATGACAGG
AAAACTACGCTGCTTCCCCAGATTAGGCAGACCCTGAGGACGGAGCTTATCGTCTGCCCT
CCACGCCTGGTCGCTATTCTGCTTCCTTGACGGCTTCGCATCAGAT

QA 3 648 3 648
DS 

RD RR3BW41JQ 842 0 0
GCTTATTGTAACTTTATGCATTTCGATTTCGTGTACCACTTTATATACTCACTCACACAC
ACCACTCTACATCACCACAACCACATGTTTCAGACGAAGAAGAAGTCACTGACATAGAAG
AACATACATCATA**GTTCTTAGGTGCCAAAAGACGAATGCTATACCCATATCTAAAGAG
TTTTTAAAGACATGTGAAAAACATAGAACATGCGAAGGGAAAGGAGAAAAAAAAAGTGAG
AGAAACCAAACAGACACAGCCCGAGAAAACCCACATCCTCTTTTACTTTTCAAGACCTGC
AAAACATGCTAGAGGAACGAGCAAGCCTAATAGTCAGACCACCAGCGTGAACACTAGTCT
CAACCTTGATTGTGCTCTTTTCATACGGCTTCCTGCAGCCTGGACAACGCCCATCTCCAT
CGCAGATCGTCTTGTGGCAGAAAAGACAGAGCCGGAATCCACAAGGGCATGGCAAGAAAC
TAGAATCCGTCAAGTCCAGATCCTCGTAGCAAATGGGGCATGAAGACGGCACTGCCACGG
AACTAAAATGCATGTTCATGACAGGAAAACTACGCTGCTTCCCCAGATTAGGCAGACCCT
GAGGACGGAGCTTATCGTCTGCCCTCCACGCCTGGTTGCTCTTCTGCTTCCTTGACGGCT
TCACATCAGATCCACCACTGACAGAGTCCCTAACCGAAGCTGATTGCTTGACATGCTCTT
CAGGAGGAGGATTCACTTTCTCATGCTTTTTTCTTCATCAGCTGCTAAAGCATCAGCAAA
AGCCTCCCAGTCATCCAGCAACCGTCGTCGTCGTCGTCATCATCAGCAGAGCATCCTCCT
CT

QA 1 842 1 842
DS 



CO CL3205Contig2 787 2 15 U
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ATTGAAACAGAGCAAGCTAGGTCTCCGCCGTGAGCAATGGCTTTCTCAAGTTGCGATGAT
TAACAAAGGGGATAAGGAGGAGACGTGTCCCAATCGAAAAACTGGAAATGAAAAAACCGT
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TCACGAGAGCTTTATGGAATCATCGCTTTCGAATAGCCCCAACAGTATCCTCAATTCAAT
CCCTGATTTTAGCAGCGGGAGTAGCAGTGGGAGTGGTGGCTCTTGCTCTGGTAATATCAC
AGAGGAAGAAGAAGAGGAGGATGCTCCTGCTGATGATGACAACGACGACGACGGTTGCTT
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GCTCCGT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG67TF U 1
AF RR3BW41TF U 1
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BS 118 118 RR3CG67TF
BS 119 331 RR3BW41TF
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BS 333 580 RR3BW41TF
BS 581 581 RR3CG67TF
BS 582 675 RR3BW41TF
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BS 693 693 RR3CG67TF
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BS 703 703 RR3CG67TF
BS 704 732 RR3BW41TF
BS 733 733 RR3CG67TF
BS 734 787 RR3BW41TF

RD RR3CG67TF 762 0 0
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CGACGAATCTGATTAGGGTTTTTGAGAATCTTCACACACCTT**TCGTGTTTGAATTAGC
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TCACGAGAGCTTTATGGAATCATCGCTTTCGAATAGCCCCAACAGTATCCTCAATTCAAT
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GGATGACTGGGAGGCTTTTGCTGATGCTTTAGCAGCTGATGAAGAAAAAAGCATGAGAAA
GTGAATCCTCCTCCTCAAGAGCATGTCAAGCAATCAGCTTCTCTTAGGACTCTGTCAGTG
GTGGATCTGATGCGAAGCCGTCA
GGAGCAGATAGCGACAGGC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3BW41TF 787 0 0
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CGACGAATCTGATTAGGGTTTTTGAGAATCTTCACACACCTTCTTCGTGTTTGAATTTGC
GATATCGGAATCAGCTGCAAAAAAAGACATGATTTCTGATTCGATCACCAACGCATCTGC
TTCTGCAGCCCCAAGCGCGAGGGATATGGGGAAGAAGAAAAGGACGAACAGGGCGGCGAA
ATTGAAACAGAGCAAGCTAGGTCTCCGCCGTGAGCAATGGCTTTCTCAAGTTGCGATGAT
TAACAAAGGGGATAAGGAGGAGACGTGTCCCGATCGAAAAACTGGAAATGAAAAAACCGT
TCAGAGAGATCTTCCGGTTGTGAATTTAGAAGGGCAGCGTGGAGAAGAAGAAGCACATCG
TCACGAGAGCTTTATGGAATCATCGCTTTCGAATAGCCCCAACAGTATCCTCAATTCAAT
CCCTGATTTTAGCAGCGGGAGTAGCAGTGGGAGTGGTGGCTCTTGCTCTGGTAATATCAC
AGAGGAAGAAGAAGAGGAGGATGCTCCTGCTGATGATGACGACGACGACGACGGTTGCTT
GGATGACTGGGAGGCTTTTGCTGATGCTTTAGCAGCTGATGAAGAAAAAAGCATGAGAAA
GTGAATCCTCCTCCTGAAGAGCATGTCAAGCA*TCAGCTTCG*TTAGGACTCTGTCAGTG
GTGGATCTGATGTGAAGCCGTCAGGAGCAGAGAGCAACAAGCGTGGAGGGCAGACGATAA
GCTCCGT

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 3

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AGAGAATAAAATAGTCTCAAAAACTTTAAATAGAAACGGGTAAATAAAAACCCAAACATA
AAGGATAATAATAAGTTTGCATTATCAATTGGTCCAAAGAAATCAAAACTACAAACCCAT
ATGAGAAGTGAACAGAAAGCTACGACTATATCACTCTTCCACACCATACTCTCTTCATTC
TTCAACAGCGATCTTGCCCTTCTCGCTCACGTAAATACCATCAAGAAACTTTCTGATATC
CTTTTTCTTCACATGGCATTTCTGGTTGATCAAAGCGCATGAGCGTGACACTAGCTCGAT
ATCATTTCCCTCAAGAGTAATCTCATCCTTAACCTTCTCAGACCGAACAATGGTAACACC
ATCCAACATATCAACCTTCCTGACCTTCTTCTCCCCAAGGAAGTTACGGATCTCAATAGA
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GATGGAAGCACTGGCTTTGCGGGATCCGAACCAAGAATCGATCTTGAGCTGTCGCTTGCC
GGTGACGGCGTCTGTGATGAGCTGGAAATCGAGGTTGAGATGCTTGAAATCACGAGTGAG
TTTCCCGCGTGGGCCTTCTACTTCGATCACCTTGGCGTGGACCTTGATCACGACGCCTTC
GGGGATGTCCATCGTCTCGGATGACAAGATCGTCTTCATCTTTCTTGAGAGAAAGCGACC
GGCGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BY38JQ U 1
AF RR3B320JQ U 124
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CC

QA 3 724 3 724
DS 



AS 1 4

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AGGAATTTCCAGTATGCTAATCCAAACCAGTTCTCTTCACTTAGACCAGACCTAACCGGA
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TTTGCTCAAAATGGGTATGGTATTGACTCGGTCGGGTTTGGTTATCCGGGGCAAGTTGGT
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TATTTTTGTTGTCATGTAGGAAACGTTATCTATTTGGACTCCAATTCTTTCGGGTTTAGA
GGCAAGCTTGTAGATCTGTAGGTGTACATTTGTATTCTATAACCTTTATATTTGTAAATA
TTTTGTATGCGTATATATATTTGGACAATGAATTTGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B775TF U 1
AF RR3E893TF U 1
AF RR3B775JQ C 446
AF RR3E893JQ C 515
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BS 413 718 RR3B775TF
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BS 1119 1119 RR3E893JQ
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ACGTCATCTTCTTCTCACTTTGAAGACGTTCTTGATTCATTACATCATGAGACCGACA

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DS 

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GCCCAGTTGAGTCTACCACCGGGTTTTCGGTTTTACCCGACCGACGAAGAGCTTATGGTT
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GATCTTTACAAGTTTGATCCTTGGGTCTTACCAAATAAGGCACTATTCGGAGAAAGGGAA
TGGTATTTTTTTAGTCCTAGGGACAGAAAGTACCCAAACGGATCAAGACCGAACCGGGTA
GCCGGGTCGGGTTATTGGAAAGCTACGGGTACGGATAAGATTATCTCGACAGAAGGAAAG
AGAGTTGGTATCAAGAAGGCTTTGGTGTTTTACATCGGTAAAGCACCTAAAGGCACTAAA
ACAAATTGGATCATGCATGAGTATCGTCTCCTTGAACCCTCTCATAGAGACGGAAGCTCT
AAGTTAGATGATTGGGTTCTATGTAGAATATACAAGAAGCAATCAAGCGCACAAAAACAA
GCATACGAAAATGTAATCACGAGTACTAGAGAACTTAGCAACAATGGTACTTCATCAACG
ACGTCATCTTCTTCTCACTTTGAAGACGTTCTTGATTCATTACATCATGAGACCGACA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3B775JQ 792 0 0
TGTTTTACATCGGTAAAGCACCTAAAGGCACTAAAACAAATTGGATCATGCATGAGTATC
GTCTCCTTGAACCCTCTCATAGAGACGGAAGCTCTAAGTTAGATGATTGGGTTCTATGTA
GAATATACAAGAAGCAATCAAGCGCACAAAAACAAGCATACGAAAATGTAATCACGAGTA
CTAGAGAACTTAGCAACAATGGTACTTCATCAACGACGTCATCTTCTTCTCACTTTGAAG
ACGTTCTTGATTCATTACATCATGAGACCGACAACAGGAATTTCCAGTATGCTAATCCAA
ACCAGTTCTCTTCACTTAGACCAGACCTAACCGGAGATAAAACCGGGATCAACGGTTTAT
CGGATACGTCGAGCTTCGATTGGGGAAGTTTTGTAGGCAATGTTGAACATAACTCAGGTC
CAGAACCTGGACTGAGTCATGTTGTTCCTAGTATTGAGTTTAATTCTGGCTACCTGAAGA
TGGAGGAAGAGTTTAACAACCCGGACGACTTTGGTTTTGCTCAAAATGGGTATGGTATTG
ACTCGGTCGGGTTTGGTTATCCGGGGCAAGTTGGTGGGTTTGGTTTTATATGATGATGCA
GTTCTGACGCAATAAAAAGAGGACATTTGAGTTTTTATTTTTGTTGTCATGTAGGAAACG
TTATCTATTTGGATTCCAATTCTTTCGGGTTTAGAGGCAAGCTTGTAGATCTGTAGGTGT
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CAATGAATTTGC

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3E893JQ 712 0 0
AACCCTCTCATAGAGACGGAAGCTCTAAGTTAGATGATTGGGTTCTATGTAGAATATACA
AGAAGCAATCAAGCGCACAAAAACAAGCATACGAAAATGTAATCACGAGTACTAGAGAAC
TTAGCAACAATGGTACTTCATCAACGACGTCATCTTCTTCTCACTTTGAAGACGTTCTTG
ATTCATTACATCATGAGACCGACAACAGGAATTTCCAGTATGCTAATCCAAACCAGTTCT
CTTCACTTAGACCAGACCTAACCGGAGATAAAACCGGGATCAACGGTTTATCGGATACGT
CGAGCTTCGATTGGGGAAGTTTTGTAGGCAATGTTGAACATAACTCAGGTCCAGAACCTG
GACTGAGTCATGTTGTTCCTAGTATTGAGTTTAATTCTGGCTACCTGAAGATGGAGGAAG
AGTTTAACAACCCGGACGACTTTGGTTTTGCTCAAAATGGGTATGGTATTGACTCGGTCG
GGTTTGGTTATCCGGGGCAAGTTGGTGGGTTTGGTTTTATATGATGATGCAGTTCTGACG
CAATAAAAAGAGGACATTTGAGTTTTTATTTTTGTTGTCATGTAGGAAACGTTATCTATT
TGGACTCCAATTCTTTCGGGTTTAGAGGCAAGCTTGTAGATCTGTAGGTGTACATTTGTA
TTCTATAACCTTTATATTTGTAAATATTTTGTATGCGTATATATATTT
AGAC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 4

CO CL3208Contig1 806 4 11 U
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TACAAATTATTTAAGAACCGAGATCTTCTTGTATGGTTTTGTAGACATAAAAAATAAAAC
TGAAAAATTCAACTTGTAATCACTCACTCCTCCCTTTCAAAAGTTCTTCCCTAGTTCGAC
CTTTTTCATTATTCCGTAAGTGCTTTGAAATATCGAATCTAGTATCCCGGCAACCGTGAA
AACACCACCTATTATGGCGCAAACATTTGTAACGAAGTGTGAAAATGAATTTGGGTTCTC
GCTTATCATGACCTGCATAGGAGAGAGGTCGAAGTGAAACTTTGCAACAGGGTAATAGTA
ACCATGAGCCACACTGCTATGAGCTGTATATTCATATTCCTCAATCACTGAGTATTCTTG
ACCGAACCTTCTTGAAACGACTTCTGTTTTTACTACTTGAAGATAATGTTCGATAGTAAC
ATTAGCAGCAAACTTTCCTTCATTAACGAACCATTTTCCATTAAGCCTGTCATGGCTTAG
ACCAAGATAAGGCAGTAACCGTTTCATATCAGTCAACAACCTAGCTGAAATCATCCTACC
AAACGATAGATGGTTTACAAAATGTGTCATGTTCATTCGAGAAGCATCGAATGAATGAGC
CCCTGAAACAGCTGAGATAACGAGTTCACCAGGAACCTTCTTGGCACGCACATAGCCTTC
GATTCTACAGCCTCCACTAACTGGTGCCTTTCTAATACTTGAAGCCGCATGATTAG*TGT
ACCATCAAACTTCTTGATAGGTCTGA


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH24JQ U 4
AF RR3BF03JQ U 1
AF RR3C855JQ U 5
AF RR3D920JQ U 5
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RD RR3DH24JQ 730 0 0
C
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CTACAGCCT

QA 2 730 2 730
DS 

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GCTTATCATGACCTGCATAGGAGAGAGGTCGAAGTGAAACTTTGCAACAGGGTAATAGTA
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ACCGTCAAACTTCTTGATAGGTCTGA

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AAATTCAACTTGTAATCACTCACTCCTCCCTTTCAAAAGTTCTTCCCTAGTTCGACCTTT
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CCACCTATTATGGCGCAAACATTTGTAACGAAGTGTGAAAATGAATTTGGGTTCTCGCTT
ATCATGACCTGCATAGGAGAGAGGTCGAAGTGAAACTTTGCAACAGGGTAATAGTAACCA
TGAGCCACACTGCTATGAGCTGTATATTCATATTCCTCAATCACTGAGTATTCTTGACCG
AACCTTCTTGAAACGACTTCTGTTTTTACTACTTGAAGATAATGTTCGATAGTAACATTA
GCAGCAAACTTTCCTTCATTAACGAACCATTTTCCATTAAGCCTGTCATGGCTTAGACCA
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TCAAACTTCTTG

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3D920JQ 792 0 0
ATCAAGATGCTATTATTTATCTTCTCTTTGGAACTTTTATTCCAAAACAAACAGTCTACA
AATTATTTAAGAACCGAGATCTTCTTGTATGGTTTTGTAGACATAAAAAATAAAACTGAA
AAATTCAACTTGTAATCACTCACTCCTCCCTTTCAAAAGTTCTTCCCTAGTTCGACCTTT
TTCATTATTCCGTAAGTGCTTTGAAATATCGAATCTAGTATCCCGGCAACCGTGAAAACA
CCACCTATTATGGCGCAAACATTTGTAACGAAGTGTGAAAATGAATTTGGGTTCTCGCTT
ATCATGACCTGCATAGGAGAGAGGTCGAAGTGAAACTTTGCAACAGGGTAATAGTAACCA
TGAGCCACACTGCTATGAGCTGTATATTCATATTCCTCAATCACTGAGTATTCTTGACCG
AACCTTCTTGAAACGACTTCTGTTTTTACTACTTGAAGATAATGTTCGATAGTAACATTA
GCAGCAAACTTTCCTTCATTAACGAACCATTTTCCATTAAGCCTGTCATGGCTTAGACCA
AGATAAGGCAGTAACCGTTTCATATCAGTCAACAACCTAGCTGAAATCATCCTACCAAAC
GATAGATGGTTTACAAAATGTGTCATGTTCATTCGAGAAGCATCGAATGAATGAGCCCCT
GAAACAGCTGAGATAACGAGTTCACCAGGAACCTTCTTGGCACGCACATAGCCTTCGATT
CTACAGCCTCCACTAACTGGTGCCTTTCTAATACTTGAAGCCGCATGATTAG*TGTACCA
TCAAACTTCTTG

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 4

CO CL3209Contig1 808 4 5 U
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AGTACCTTCTTGTAAGAAATGATCAAACTGCTGTTTTGTTTTTCTATCTCTTGCTTGATG
AATTCCAAAAGGACTGCCAAAAGACAGGCCAGTTCTTTTTGGCTTCGTTCCAGCCCAACA
ATGAACCTTCTCTCGACGGATCCCAACTCGATGACACGATCCCGTAGCTCACACCAGCTA
AAGCCGTACCAAAGAAGACGAACGAAACAATAAACGGAACCCATGTCGGGACATCGATCT
TCAATCCCACTTTGAGATAGTAAAAGAGTGGGAAGAAACAAAGACCAACGAAGAGCGGTA
AGCCAACGGTGAATCCCATTCTGCTTATCATTCTGTTGGTGACTATCTCTGGAATCACAC
CTCTCTCACGTTCATCTTCATCATCGTCTTCCCCTTGGTCGTCTTCTTCTTCATCACTCT
GGTTTCCGGGTTTTGACTTTTTAGCTTTCTTGGTTTTCTTAGGAGGAGGAGATCCAAAGC
CTCTCGGGCTATTCATTGTTGCTTGTAGTGGAGCTATACGCGATATCTCTAAGCGCTTGT
TGCAAGTAAGAGACTTGGGAACTTGACCGTTGCATTCTCTCCGTCTTTCTACGCTTCCAT
CAAGCTTGGAAGACGATCTGGGATGAATAGAAAGGCTGAAGGGACATGTTACAGAAGCCA
TTGAATTAGACCAGACATGAACCAAGAAACGCAATCCCAATCAGATTCTTAGAGAGAAAG
AAGCATCGGACCTTTTTTTGTGTGCCCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C014JQ U 1
AF RR3C014TF C 5
AF RR3A625JQ U 18
AF RR3A625TF C 34
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RD RR3C014JQ 688 0 0
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CC

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DS 



AS 1 3

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TTGAATTTAAGGATACTTTTCTCT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH93TF U 1
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RD RR3DH93TF 757 0 0
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TGTTGGACTCATCAGGACCACCACAGGGAACCGTGTCTTCGGTGTCCTCAAGGGTGCTTT
GGATGGAGGACTTGATATCCCTCACAGTGACAAGAGGTTTACAGGTTTCAACAAAGAAAA
CAAGCAGCTCGATGCTGAGACACACAGGAACTACATCTTTGGTGGCCATGTCTCAAACTA
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GAAGAAAGGAGTTGACGCTGAGA*GATGGAGGAGCTG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3B675TF 828 0 0
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TCCAAGTCGAATGCTTACTTCAAGAGGTACCAAGTCAAGTTCAGGAGAAGAAGAGCTGGT
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GCACA

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G*GGCCACTGGAGAAGACTTCTCCGTGGAACCAACTGAGTCAAGGAGGCCTTTCCGTGCT
CTTCTTGATGTTGGACTCATCAGGACCACCACAGGGAACCGTGTCTTCGGTGCCCTCAAG
GGTGCCTTGGACGGAGGACTTGATATCCC***CAGTGACAAGAGGTTTGCTGGTTTCAAC
AAAGAAAACAAACAGCTCGATGCTGAGACCCACAGGAACTACATCTTTGGTGGCCATGTC
TCAAACTACATGAAGATGTTGAACGAAGATGAGCCAGAGAAGTTTCAGACTCACTTCAGT
CAGTACTTGAAGAAAGGAGTTGACGCTGAGAAGATGGAGGAGCTGTACAAGAAGGTTCAT
GCAGCTATCCGTGCTGACCCCAACCCCAAGAAGACCGTGAAACCTGCCCCCAAGGCACAC
AAGAGGTACAATTTGAAGAAGTTGACCTATGAGGAGAGGAAGAACAAGTTGATCGAGAGA
GTCAAGGCATTGAACGGAGCAGCAGGTGGTGATGATGATGATGAGGACGACGAAGAGTAA
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CTAGGATTTTGAATTTAAGGATACTTTTCTCT

QA 1 932 1 932
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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ACATGAACACAAACAAACAGACAAAAAGACAATACAGATGAATGAATCAGTCCGTCTCTA
ACCGAGCAATGTAGGTGTCATAGTAAGTCCCAGCTTTCTCAAGATCTCCCAGCTCAGTGT
AACAATCTGCAATAGCTCCATAAGCTTCAGTGCTACCAGAATCTTCTCCTTCCCTATTCG
AGATGGCTAGAACCATGTTGTGATACTGTATGGCATCTCTATACTTCCCTTAACGTTGCA
GCGAAGCGCCTAAGCCTCTGGCAGCTTTCTTCTCTTCGATGGGGTCTCCGAGACTCTGGG
CAAGCTCCAAAGCAATCTTGAACTCAGAAAAAGCTTTCTCTAGCTCTTGGTTCCTCAAAA
AGGTCTTGCCCGTCTTCAGCTTGGAGATCAACTCTTGTTTCTTTGGGTCCACAATGATCT
CGCTCTCCGGTGGGATTCTAGCTCCTACCGGTGCGTAACTTAACCCTGGCGCGTAAGACT
CGATTTTGGCTTGTCTTCTTAGGGCTGTGTTGATCTGTCGTAGCTGTTCGTTCAGCCTCT
GTAACTCCCCTTTCCTCTGCCGAGCAAGCAACCCTCCATCAGTGGCTCCAACAAGGGCGA
CAAGCAACAAAAGAGGCATGTTGAAGACGGAACTCTCAGGAGGCTCGCATATCTCAGCAG
ACAAGGCTTGGAGAGGTGTAGTACCAATGAGAAGGGAGTTTGTCAACAACACTGCCATCA
CAGGTAACTTGAGCCTCCCAAATCCCTCAAAAGCTGATAACTTATCAAAACTTTGCAGGG
TTGGAGATGGTGTTTGTAAGAAGAGTCCCTTGCTTTCAGGCTCATTGGGCTTGGTAGACA
AAAGTTTAATCTTGGAGATAAGATGATGTGAGGAGTAGCCAATAGATTTAGCTAACTTGT
TCCCAGTCTCTCGAGAATATTTGTGCGGCGGAGTACGGACGCCGGAAGTATGGGAGAAGG
AGGAGC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3BY27JQ U 1
AF RR3CP66JQ U 4
AF RR3CP66TF C 417
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BS 747 1026 RR3CP66TF

RD RR3BY27JQ 721 0 0
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CGCTCTCCGGTGGGATTCTAGCTCCTACCGGTGCGTAACTTAACCCTGGCGCGTAAGACT
CGATTTTGGCTTGTCTTCTTAGGGCTGTGTTGATCTGTCGTAGCTGTTCGTTCAGCCTCT
GTAACTCCCCTTTCCTCTGCCGAGCAAGCAACCCTCCAACAGTGGCTCCAACAAGGGCGA
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A

QA 1 721 1 721
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C
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AGCAATGTAGGTGTCATAGTAAGTCCCAGCTTTCTCAAGATCTCCCAGCTCAGTGTAACA
ATCTGCAATAGCTCCATAAGCTTCAGTGCTACCAGAATCTTCTCCTTCCCTATTCGAGAT
GGCTAGAACCATGTTGTGATACTGTATGGCATCTCTATACTTCCCTTGACGTTGCAGCGA
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CTTGCCCGTCTTCAGCTTGGAGATCAACTCTTGTTTCTTTGGGTCCACAATGATCTCGCT
CTCCGGTGGGATTCTAGCTCCTACCGGTGCGTAACTTAACCCTGGCGCGTAAGACTCGAT
TTTGGCTTGTCTTCTTAGGGCTGTGTTGATCTGTCGTAGCTGTTCGTTCAGCCTCTGTAA
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CAACAAAAGAGGCATGTTGAAGACGGAACTCTCAGGAGGCTCGCATATCTCAGCAGACAA
G*CTTGGAGAGGTGTAGTACCA

QA 2 743 2 743
DS 

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AG
AAAGGTCTTGCCCGTCTTCAGCTTGGAGATCAACTCTTGTTTCTTTGGGTCCACAATGAT
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CTCGATTTTGGCTTGTCTTCTTAGGGCTGTGTTGATCTGTCGTAGCTGTTCGTTCAGCCT
CTGTAACTCCCCTTTCCTCTGCCGAGCAAGCAACCCTCCATCAGTGGCTCCAACAAGGGC
GACAAGCAACAAAAGAGGCATGTTGAAGACGGAACTCTCAGGAGGCTCGCATATCTCAGC
AGACAAGGCTTGGAGAGGTGTAGTACCAATGAGAAGGGAGTTTGTCAACAACACTGCCAT
CACAGGTAACTTGAGCCTCCCAAATCCCTCAAAAGCTGATAACTTATCAAAACTTTGCAG
GGTTGGAGATGGTGTTTGTAAGAAGAGTCCCTTGCTTTCAGGCTCATTGGGCTTGGTAGA
CAAAAGTTTAATCTTGGAGATAAGATGATGTGAGGAGTAGCCAATAGATTTAGCTAACTT
GTTCCCAGTCTCTCGAGAATATTTGTGCGGCGGAGTACGGACGCCGGAAGTATGGGAGAA
GGAGGAGC

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DS 



AS 1 4

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CCTGGTCCATCGCATGCTTCTTCCCGGGTATTGCTTTTGTTATACTAACAGTGTTGAACT
TCCTTCTCTGGAGCAGCAACAGCACTGGCGCCATCCCAATATCACTCTACTTTGAGCTCT
TGGCTCTATGGTTCTGCATCTCGGTTCCTCTCACCTTGTTTGGAGGATTCTTAGGCACGC
GAGCAGAAGCAATTCAATTTCCAGTGAGAACCAACCAGATTCCTAGGGAGATCCCAGAAC
GTAAATACCCGTCATGGCTTCTCGTCCTTGGAGCAGGAACACTTCCTTTCGGAACTCTAT
TCATTGAACTCTTCTTCATATTCTCCAGCATATGGTTAGGCAGATTCTACTACGTATTTG
GGTTCTTACTCATAGTACTGCTTCTTTTAGTAGTTGTGTGTGCAGAGGTATCAGTGGTGT
TGACCTATATGCACCTCTGCGTGGAAGATTGGAGATGGTGGTGGAAAGCCTTCTTCGCAT
CTGGTTCAGTCGCCTTGTATGTCTTTGCTTACTCCATCAACTATTTGGTGTTCGATCTCC
AAAGTCTGAGCGGACCGGTCTCGGCTATGCTTTACATTGGCTACTCTCTGCTTATGGCCA
TTGCAATAATGCTCTCTACAGGAACCATTGGCTTCCTTACTTCCTTTTACTTCGTCCACT
ATCTGTTTTCCTCTGTCAAAATCGATTGAAATTTGACGAGAAAATCTCAGCCGTTGAATG
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TGTTAGAGTCCTGTGTTTTTTCTCTCTCTGAATTTTCGGACTTATATTACCGTTATATGT
TATTTTCGTTTTTTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EM92TF U 1
AF RR3DG42TF U 162
AF RR3B527TF U 195
AF RR3EM92JQ C 113
BS 1 724 RR3EM92TF
BS 725 805 RR3DG42TF
BS 806 848 RR3B527TF
BS 849 920 RR3EM92JQ

RD RR3EM92TF 724 0 0
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CCTGGTCCATCGCATGCTTCTTCCCGGGTATTGCTTTTGTTATACTAACAGTGTTGAACT
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TGGCTCTATGGTTCTGCATCTCGGTTCCTCTCACCTTGTTTGGAGGATTCTTAGGCACGC
GAGCAGAAGCAATTCAATTTCCAGTGAGAACCAACCAGATTCCTAGGGAGATCCCAGAAC
GTAAATACCCGTCATGGCTTCTCGTCCTTGGAGCAGGAACACTTCCTTTCGGAACTCTAT
TCATTGAACTCTTCTTCATATTCTCCAGCATATGGTTAGGCAGATTCTACTACGTATTTG
GGTTCTTACTCATAGTACTGCTTCTTTTAGTAGTTGTGTGTGCAGAGGTATCAGTGGTGT
TGACCTATATGCACCTCTGCGTGGAAGATTGGAGATGGTGGTGGAAAGCCTTCTTCGCAT
CTGGTTCAGTCGCCTTGTATGTCTTTGCTTACTCCATCAACTATTTGGTGTTCGATCTCC
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TTGCAATAATGCTCTCTACAGGAACCATTGGCTTCCTTACTTCCTTTTACTTCGTCCACT
ATCT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3DG42TF 644 0 0
G
CACTCTACTTTGAGCCCTTGGCTCTATGGTTCTGCATCTCGGTTCCTCTCACCTTGTTTG
GAGGATTCTTAGGCACGCGAGCAGAAGCAATTCAATTTCCAGTGAGAACCAACCAGATTC
CTAGGGAGATCCCAGGACGTAAATACCCGTCATGGCTTCTCGTCCTTGGGGCAGGAACAC
TTCCTTTCGGAACTCTATTCATTGAACTCTTCTTCATATTCTCCAGCATATGGTTAGGCA
GATTCTACTACGTATTTGGGTTCTTACTCATAGTACTGCTTCTTTTAGTAGTTGTGTGTG
CAGAGGTATCAGTGGTGTTGACCTATATGCACCTCTGCGTGGAAGATTGGAGATGGTGGT
GGAAAGCCTTCTTCGCATCTGGTTCAGTCGCCTTGTATGTCTTTGCTTACTCCATCAACT
ATTTGGTGTTCGATCTCCAAAGTCTGAGCGGACCGGTCTCGGCTATGCTTTACATTGGCT
ACTCTCTGCTTATGGCCATTGCAATAATGCTCTCTACAGGAACCATTGGCTTCCTTACTT
CCTTTTACTTCGTCCACTATCTGTTTTCCTCTGTCAAAATCGATTGAAATTTGACGAGAA
AATCTCAGCCGTTGAATGTTTGCTTTTTCTGAAGCAATTTTTT

QA 2 644 2 644
DS 

RD RR3B527TF 654 0 0
G
GCATCTCGGTTCCTCTCACCTTGTTTGGAGGATTCTTAGGCACGCGAGCAGAAGCAATTC
AATTTCCAGTGAGAACCAACCAGATTCCTAGGGAGATCCCAGAACGTAAATACCCGTCAT
GGCTTCTCGTCCTTGGAGCAGGAACACTTCCTTTCGGAACTCTATTCATTGAACTCTTCT
TCATATTCTCCAGCATATGGTTAGGCAGATTCTACTACGTATTTGGGTTCTTACTCATAG
TACTGCTTCTTTTAGTAGTTGTGTGTGCAGAGGTATCAGTGGTGTTGACCTATATGCACC
TCTGCGTGGAAGATTGGAGATGGTGGTGGAAAGCCTTCTTCGCATCTGGTTCAGTCGCCT
TGTATGTCTTTGCTTACTCCATCAACTATTTGGTGTTCGATCTCCAAAGTCTGAGCGGAC
CGGTCTCGGCTATGCTTTACATTGGCTACTCTCTGCTTATGGCCATTGCAATAATGCTCT
CTACAGGAACCATTGGCTTCCTTACTTCCTTTTACTTCGTCCACTATCTGTTTTCCTCTG
TCAAAATCGATTGAAATTTGACGAGAAAATCTCAGCCGTTGAATGTTTGCTTTTTCTGAA
GCAATTTTTTCAGGTGTTGTTATTTTCTTTTGTCAGTAATAGACTTGTTAGAG

QA 2 654 2 654
DS 

RD RR3EM92JQ 808 0 0
TGTTGAAC
TCCTTCTCTGGAGCAGCAACAGCACTGGCGCCATCCCAATATCACTCTACTTTGAGCTCT
TGGCTCTATGGTTCTGCATCTCGGTTCCTCTCACCTTGTTTGGAGGATTCTTAGGCACGC
GAGCAGAAGCAATTCAATTTCCAGTGAGAACCAACCAGATTCCTAGGGAGATCCCAGAAC
GTAAATACCCGTCATGGCTTCTCGTCCTTGGAGCAGGAACACTTCCTTTCGGAACTCTAT
TCATTGAACTCTTCTTCATATTCTCCAGCATATGGTTAGGCAGATTCTACTACGTATTTG
GGTTCTTACTCATAGTACTGCTTCTTTTAGTAGTTGTGTGTGCAGAGGTATCAGTGGTGT
TGACCTATATGCACCTCTGCGTGGAAGATTGGAGATGGTGGTGGAAAGCCTTCTTCGCAT
CTGGTTCAGTCCCCTTGTATGTCTTTGCTTACTCCATCAACTATTTGGTGTTCGATCTCC
AAAGTCTGAGCGGACCGGTTTCGGCTATGCTTTACATTGGCTACTCTCTGCTTATGGCCA
TTGCAATAATGCTCTCTACAGGAACCATTGGCTTCCTTACTTCCTTTTACTTCGTCCACT
ATCTGTTTTCCTCTGTCAAAATCGATTGAAATTTGACGAGAAAATCTCAGCCGTTGAATG
TTTGCTTTTTCTGAAGCAATTTTTTCAGGTGTTGTTATTTTCTTTTGTCAGTAATAGACT
TGTTAGAGTCCTGTGTTTTTTCTCTCTCTGAATTTTCGGACTTATATTACCGTTATATGT
TATTTTCGTTTTTTTTTTCC

QA 9 808 9 808
DS 



AS 1 4

CO CL3214Contig1 801 4 17 U
GGATAGAAAGTTGTCCGAAACCTTAAAAAATCATGAGCAACCGTATCGGTTTACTCGATC
TAGAGAAGCATTTCGCCTTCTACGGAGCTTATCACAACAACCACGTGAACATAATCATCC
ACACACTATTCGTATGGCCTAACGTCTTCGCCACCCTACTTTGCCTCTACTGTACGCAAC
CGATTATAGATCTCTCTCAACTAGGGTTCATCGAAGCGTTGACCTTTCACGGTGTCCTAC
GCTTGGACATTGGTTTTATTCTCACTCTGATCTATGCTTTCTTCTACATATGTTTGGATA
AGAAGTCTGGAGTTTTAGCTGCTCTGCTATGTTTCTCTTGCTGGATCGGCTCCAGCTTTC
TCGCATCTCGTCTAGGACATTCCTTGACCTTGAAGGTTGGAGTAGCTTCTCAGCTCCTAT
GCTGGACCGGTCAGTTCCTCGGTCACGGCTTGTTTGAGAAACGAGCTCCTGCGCTTCTAG
ACAATCCAGTGCAAGCTTTTCTGATGGGTCCTTTCTTCGTGTTGCTTGAGGTGATGCAGT
CTGGTTTTGGATACGAACCATACCCTGGATTTAAAGCACGCGTTGACTGCAGGATAGAGA
ATGATATCAAGGAATGGAGAGAAGAGAAACAGAACAAGAAGAAGCTCATGTAAGCTCTCA
TAGATATACAGAACAAAAGGGTTTCACAGTGGTTGTTAAAGAAAGCAAATGATGTGTAGA
CTCATATGAGGCCCAAGCCCATTAAACAATATTGTATTGTAGGTCATCGTGTGACTCGTT
TAAAGATCTCTTTACATGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 5 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D609TF U 1
AF RR3D609JQ C 29
AF RR3BT91TF U 11
AF RR3BT91JQ C 46
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RD RR3D609TF 728 0 0
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ACACACTATTCGTATGGCCTAACGTCTTCGCCACCCTACTTTGCCTCTACTGTACGCAAC
CGATTATAGATCTCTCTCAACTAGGGTTCATCGAAGCGTTGACCTTTCACGGTGTCCTAC
GCTTGGACATTGGTTTTATTCTCACTCTGATCTATGCTTTCTTCTACATATGTTTGGATA
AGAAGTCTGGAGTTTTAGCTGCTCTGCTATGTTTCTCTTGCTGGATCGGTTCCAGCTTTC
TCGCATCTCGTCTAGGACATTCCTTGACCTTGAAGGTTGGAGTAGCTTCTCAGCTCCTAT
GCTGGACCGGTCAGTTCCTCGGTCACGGCTTGTTTGAGAAACGAGCTCCTGCGCTTCTAG
ACAATCCAGTGCAAGCTTTTCTGATGGGTCCTTTCTTCGTGTTGCTTGAGGTGATGCAGT
CTGGTTTTGGATACGAACCATACCCTGGATTTAAAGCACGCGTTGACTGCAGGATAGAGA
ATGATATCAAGGAATGGAGAGAAGAGAAACAGAACAAGAAGAAGCTCATGTAAGCTCTCA
TAGATATACAGAACAAAAGGGTT*CACATTGGTTGTTAAAGAAAGCAAATGATGTGTAGA
CTCATATG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3D609JQ 742 0 0
AATCATGAGCAAC*GTATCGGTTTACTCGATCTAGAGAAGCATTTCGCTTTCTACGGAGC
TTATCACAACAACCACGTGAACATAATCATCCACACACTATTCGTATGGCCTAACGTCTT
CGCCACCCTACTTTGCCTCTACTGTACGCAACCGATTATAGATCTCTCTCAACTAGGGTT
CATCGAAGCGTTGACCTTTCACGGTGTCCTACGCTTGGACATTGGTTTTATTCTCACTCT
GATCTATGCTTTCTTCTACATATGTTTGGATAAGAAGTCTGGAGTTTTAGCTGCTCTGCT
ATGTTTCTCTTGCTGGATCGGTTCCAGCTTTCTCGCATCTCGTCTAGGACATTCCTTGAC
CTTGAAGGTTGGAGTAGCTTCTCAGCTCCTATGCTGGACCGGTCAGTTCCTCGGTCACGG
CTTGTTTGAGAAACGAGCTCCTGCGCTTCTAGACAATCCAGTGCAAGCTTTTCTGATGGG
TCCTTTCTTCGTGTTGCTTGAGGTGATGCAGTCTGGTTTTGGATACGAACCATACCCTGG
ATTTAAAGCACGCGTTGACTGCAGGATAGAGAATGATATCAAGGAATGGAGAGAAGAGAA
ACAGAACAAGAAGAAGCTCATGTAAGCTCTCATAGATATACAGAACAAAAGGGTTTCACA
TTGGTTGTTAAAGAAAGCAAATGATGTGTAGACTCATATGAGGCCCAAGCCCATTAAACA
ATATTGTATTGTAGGTCATCGT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3BT91TF 784 0 0
GG
GTCCGAAACCTTAAAAAATCATGAGCAACCGTATCGGTTTACTCGATCTAGAGAAGCATT
TCGCCTTCTACGGAGCTTATCACAACAACCACGTGAACATAATCATCCACACACTATTCG
TATGGCCTAACGTCTTCGCCACCCTACTTTGCCTCTACTGTACGCAACCGATTATAGATC
TCTCTCAACTAGGGTTCATCGAAGCGTTGACCTTTCACGGTGTCCTACGCTTGGACATTG
GTTTTATTCTCACTCTGATCTATGCTTTCTTCTACATATGTTTGGATAAGAAGTCTGGAG
TTTTAGCTGCTCTGCTATGTTTCTCTTGCTGGATCGGCTCCAGCTTTCTCGCATCTCGTC
TAGGACATTCCTTGACCTTGAAGGTTGGAGTAGCTTCTCAGCTCCTATGCTGGACCGGTC
AGTTCCTCGGTCACGGCTTGTTTGAGAAACGAGCTCCTGCGCTTCTAGACAATCTAGTGC
AAGCTTTTCTGATGGGTCCTTTCTTCGTGTTGCTTGAGGTGATGCAGTCTGGTTTTGGAT
ACGAACCATACCCTGGATTTAAAGCACGCGTTGACTGCAGGATAGAGAATGATATCAAGG
AATGGAGAGAAGAGAAACAGAACAAGAAGAAGCTCATTTAAGCTCTCATAGATATACAGA
ACAAAAGGTTT*CACAGTGGTTGTTAAAGAAAGCAAATGATGTGTAGACTCATATGAG**
CCAAGCCCATTAAC**ATATTGTATTGTAG*TCATCGTGTGACTCGTTTAA*GATCTCTT
TA

QA 3 784 3 784
DS 

RD RR3BT91JQ 756 0 0
TCGGTTTACTCGATCTAGAGAAGCATTTCGCCTTCTACGGAGCTTATCACAACAACCACG
TGAACATAATCATCCACACACTATTCGTATGGCCTAACGTCTTCGCCACCCTACTTTGCC
TCTACTGTACGCAACCGATTATAGATCTCTCTCAACTAGGGTTCATCGAAGCGTTGACCT
TTCACGGTGTCCTACGCTTGGACATTGGTTTTATTCTCACTCTGATCTATGCTTTCTTCT
ACATATGTTTGGATAAGAAGTCTGGAGTTTTAGCTGCTTTGCTATGTTTCTCTTGCTGGA
TCGGCTCCAGCTTTCTCGCATCTCGTTTAGGACATTCCTTGACCTTGAAGGTTGGAGTAG
CTTCTCAGCTCCTATGCTGGACCGGTCAGTTCCTCGGTCACGGCTTGTTTGAGAAACGAG
CTCCTGCGCTTCTAGACAATCTAGTGCAAGCTTTTCTGATGGGTCCTTTCTTCGTGTTGC
TTGAGGTGATGCAGTCTGGTTTTGGATACGAACCATACCCTGGATTTAAAGCACGCGTTG
ACTGCAGGATAGAGAATGATATCAAGGAATGGAGAGAAGAGAAACAGAACAAGAAGAAGC
TCATTTAAGCTCTCATAGATATACAGAACAAAAGGGTTTCACAGTGGTTGTTAAAGAAAG
CAAATGATGTGTAGACTCATATGAGGCCCAAGCCCATTAAACAATATTGTATTGTAAGTC
ATCGTGTGACTCGTTTAAAGATCTCTTTACATGACG

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 4

CO CL3215Contig1 1348 4 3 U
GTGTCAAACCTCAATAAACATTTATATATGTATAAATATTGTACTCTGATACAAGAAATC
AACATCAACAAATTTTCCATCGTAGTCTTACAAAGACCTGGATAGTGAAAGACAAAGTGA
GAGGGAAAAAATTAACAACAAAAAATAAGACTGCCCAATTGCTGCAATGGCTACAATGAT
GCAATATTTGGGTAATCCAACTTTGGCACCACGTTTTTGGCATTTTAATGAATGAACTTG
CTTCATCTTTTTGGCGACACACAAAATGACACTAACTCAAAACATAATCCAGTTTAAAAG
AGTTCTTCCGAGTTGAACTTGTTCCATGCTTCCTTGAGCATGTCGAACACTTTCTCCGCA
ATGTATTTCTGCTGGAGATTAGCGCCTTTTTGCTGAACTTTGTCAGGATGTATACAGAGA
GTGGCTTTCCTGTAAAATTTCTTGACAGAAGCAGCTGTAATTAAATCGGTCAATGAAACA
GGCTGCCAACCGCATTCTGGCCAAAGAACATATTGTAGCGTGGAAAGCAAGGCACGTAAG
TTTGCTTCCTTCCCCGCACCCCAACGTTTTATCTCAACATCCAAGGTCTCACCAATCCTA
TTTTTCTCAGCTTGTTCTCTTTGTACTTGAAGATCACGATCATTTTTCTCAGCAAAAGCT
TTCGCAGCTCGCTCCTGTGTTCTCTGGTGGCGTTCCAGCCTGGCACGCCGTCTCTCTTCA
GTTTCTCCTTCAATATCTTGAAACCCACCGGATTGGGTTGCTGCTGAAGCTCCAAATATT
GAACTGAGATCATCCACAATGTTTGTAGCCGAAGAGGTCTTCCTCAGGTTCTCTGATGCT
CCAGAAGGCGCTCGCGAAGATGCCCTGCTAGATTCGTAAGACCGTTTAGTTTGAGGGGAG
GAAGCGCGACCAAAACCAGGAATCAGATCATCGAAAACAGAAGCAGAGGAGCCGGTGGAA
CCACCTCCTCGTCCAATCAGATCATCCAAGGGATGCTTTGAGTTGTTCTCAAACCTAGCT
GATTGAGAAGTTGTGAGCTCAGGGATAGCCTCAAACACATCCTCATCGTCGTACACCGGC
TTGTCATAAACTGGCATCGAGGAGTGCTTAGACTTGAAGAGGAGATCATCACCACCACTA
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ATTGATTCTCGATTTCGATTTTGATTTCAACCACCGAATCGAATCGAATCGGAGTTCTTT
TGATTTCCCACCCAGAAATCAAATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3DS41JQ U 1
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AF RR3AU73TF C 602
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TTTGGGTAATCCAACTTTGGCACCACGTTTTTGGCATTTTAATGAATGAACTTGCTTCAT
CTTTTTGGCGACACACAAAATGACACTAACTCAAAACATAATCCAGTTTAAAAGAGTTCT
TCCGAGTTGAACTTGTTCCATGCTTCCTTGAGCATGTCGAACACTTTCTCCGCAATGTAT
TTCTGCTGGAGATTAGCGCCTTTTTGCTGAACTTTGTCAGGATGTATACAGAGAGTGGCT
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TCAGCTTGTTCTCTTTGTACTTGAAGATCACGATCATTTTTCTCAGCAAGAGCTTTCGCA
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CCTTC
C

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AACTGAGATCATCCACAATGTTTGTAGCCGAAGAGGTCTTCCTCAGGTTCTCTGATGCTC
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ATTGAGAAGTTGTGAGCTCAGGGATAGCCTCAAACACATCCTCATCGTCGTACACCGGCT
TGTCATAAACTGGCATCGAGGAGTGCTTAGACTTGAAGAGGAGATCATCACCACCACTAT
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TTGATTCTCGATTTCGATTTTGATTTCAACCACCGAATCGAATCGAATCGGAGTTCTTTT
GATTTCCCACCCAGAAATCAAATATCC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 4

CO CL3216Contig1 1026 4 9 U
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TAGTTAGGCCTTCCGTCCGTTTCGAAAAAGCTGGGCTAATCCTAAAGCGGAAGGATAAAA
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TCTATAAAATGTTCCTCAATAGCACTGATTCTTCATATATTTTTGTCAAAGCAATTGGGT
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AGAGCAGGATAGCATTTTGCGCCCACATGTTTGAATTTGAAGGTAAAAAGCTCGCTTGTT
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TGCAAC


BQ
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25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU18TF U 1
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AF RR3EW22JQ U 302
AF RR3E915JQ U 304
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DS 

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CT
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AAGATGCACGGTTCCAGTCTTCTTTCCCTCCCCGTGTCCACTAGCGCTCCTCTCCTTTTA
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CGGGATCCGACGCATCCAGCAGAGCAAAGCAGCGTTCCATTCTTTTCGGCGGCATCCTTC
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C

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DS 

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CAAAGCATTATTTTCTCGGTCCATTTTCCACCTCTTTCTTTTGCCGAACCATGCTAAGCA
AAGATGCACGGTTCCAGTCTTCTTTCCCTCCCCGTGTCCACTAGCGCTCCTCTCCTTTTA
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GGATCTTGTAGAACAGGATTTAATTCTGCAAGCGGTTCGGTACAAACAAAGAAATTTCAA
ACAAAAGGATCGGAACTCGCTGATAGGAAAAAAGAGAAAAACAAAGCAATGCCAAGAGCT
CCGTCAATTCGCTGTTCATCGATAGACGAAGCTCTCTCTTTATCATCTCGTGCCAGATGC
AAC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 4

CO CL3217Contig1 1003 4 14 U
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AAAAAAAAGTAAACTTTTTGTGTGAAATTTACAGAACCGTATTCATCTTCTCCAATTCCT
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TTGTGGAGGAACAAGAAGATCTCCGCAAGTTTTCTGATGGGAGCTACCGCAATCTGGGTG
CTTTTCGAGTGGATCAACTTCCATTTCCTGTCTCTCGTTTGTTACGGTCTATTGCTTGGT
ATGATCGGTCAGTTCGTTTGGTGCAATGCCTCAGGGTTCCTAAACCGCTCACAGTCTAGA
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CTCTCTGTATCGTTGAGACCTTTGAAAAACAAAATTGACTGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D121TF U 1
AF RR3CH05TF U 105
AF RR3CH05JQ C 175
AF RR3D121JQ C 494
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QA 1 718 1 718
DS 

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G
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GATGTTTTGTCTATGACTA

QA 2 773 2 773
DS 

RD RR3CH05JQ 778 0 0
GGAT
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GTATGATCGGTCAGTTCGTTTGGTGCAATGCCTCAGGGTTCCTAAACCGCTCACAGTCTA
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GATATGAAGACGAAGTGGATGGTTTTGTGGACTCTCTTCTAATGAAGTTTCATAGTCACT
ACAAGAAGATTGATTCTGGTTTTCTCAGTCGAATCCCAAGTGGGAAGTTCGGGTTGAAGA
AGCATGACTAAGATCAAACTATTAGATCTCTCTGTCTTTTGATGTTTTTGTCTATTGAAC
TAAATCAACTTTCTTGTCTTTTCTTTCATAGTCATGTTAATGTGTTCTGTTCTT

QA 5 778 5 778
DS 

RD RR3D121JQ 510 0 0
TTCTTCCAAAAGATTTCTTCGCTGACGTGGGTGTGACCATTGGCACAGAGGTTAACCGCG
GTTTGTTGTTTCTTCAGGACTTGTCTTGTAGAGGGAACTTAAAACAGTTCCTCATGGCTG
TGTTTGGACTATGGGTAGCTGCAATAATAGGGAGCTGTTGCAACTTCCTAACTGTTCTGT
ACATTGGGTTTGTGGGAGCTCACACAATGCCTGTAGTGTATGAGAGATATGAAGACGAAG
TGGATGGTTTTGTGGACTCTCTTCTAATGAAGTTTCATAGTCACTACAAGAAGATTGATT
CTGGTTTTCTCAGTCGAATCCCAAGTGGGAAGTTCGGGTTGAAGAAGCATGACTAAGATC
AAACTATTAGATCTCTCTGTCTTTTGATGTTTTTGTCTATTGAACTAAATCAACTTTCTT
GTCTTTTCTTTCATAGTCATGTTAATATGTTCTGTTCTTCTTCTATTCTCTCTGTATCGT
TGAGACCTTTGAAAAACAAAATTGACTGCC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 2

CO CL3218Contig1 843 2 3 U
ACACACAATCAGTTGAATCACACAGATGCTTAGAGCTTATATTACACAAAACAAAGAACA
CACACCGGCGTTTACTGAAATAACACACAAGACGCAAATTTAAACGCCGAACAAGAAAGA
CAATCCACACAACAGTAATTAAGTTTCAGCGTTTGGTGACGCTACACCTTCCATTATTCA
AAACACACAAAAAAAACCAAAAGTTACCACCACAGTTTAGCTTTGCTTCAGAGAGAAGAC
CTTTTAAGCAATCATCACACAACAATTCAAGATAAAATGGCTGAGCCGAACATCACAGCA
GCGTTTAGACTCCTCCCAAACCAGCTTCTCCTCAGGATTAGCCGAAGGGCGACACGTGTA
AACAGACATGGTCCCCGTCCGAGAAGGTCCCACCGATTCTCCCATCACAAGCAGCTTGTC
TCCAAGCGACTTAAACGCAACTCCCCATCCTCCACTAGACTTAGCTCTCACAGGGACATC
CCCGAGCTTCTTCCAAACGTTTGCGTTTGTATCGTAAACGCGGAGCTCATTGGCAGATGT
TTCCAGAGAGTAAAGATTGTCATTCACCACGGCGATGAGCGGTGGAGACTGAATAGACGA
GAAAGACACGTCTCTAAGAACGTCAGGTATTAGTTCCCAACTGTCCGTTCCCTCGTCGTA
ACGTTCTCCGCAAGTCAAGTTCTTATCGTTCTAATCTTTACCACCGAGAACGTAAAACTT
GCCACGCAAGTAACATCCCGAACAGAACTGCCGCCTCTTTGTGCATTCCACGGAGACTCG
TCCACGTTTTCGTCACCGGGTCGTACTTCTCGGCTCCGCTCACGACTTCCTTAGACGCGT
CTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3DF23JQ U 15
AF RR3BI39JQ U 1
BS 1 195 RR3BI39JQ
BS 196 196 RR3DF23JQ
BS 197 843 RR3BI39JQ

RD RR3DF23JQ 726 0 0
GAATCACACAGATGCTTAGAGCTTATATTACACAAAACAAAGAACACACACCGGCGTTTA
CTGAAATAACACACAAGACGCAAATTTAAACGCCGAACAAGAAAGACAATCCACACAACA
GTAATTAAGTTTCAGCGTTTGGTGACGCTACACCTTCCATTATTCAAAACACACAAAAAA
AACCAAAAGTTACCACCACAGTTTAGCTTTGCTTCAGAGAGAAGACCTTTTAAGCAATCA
TCACACAACAATTCAAGATAAAATGGCTGAGCCGAACATCACAGCAGCGTTTAGACTCCT
CCCAAACCAGCTTCTCCTCAGGATTAGCCGAAGGGCGACACGTGTAAACAGACATGGTCT
CCGTCCGAGAAGGTCCCACCGATTCTCCCATCACAAGCAGCTTGTCTCCAAGCGACTTAA
ACGCAACTCCCCATCCTCCACTAGACTTAGCTCTCACAGGGACATCCCCGAGCTTCTTCC
AAACGTTTGCGTTTGTATCGTAAACGCGGAGCTCATTGGCAGATGTTTCCAGAGAGTAAA
GATTGTCATTCACCACGGCGATGAGCGGTGGAGACTGAATAGACGAGAAAGACGCGTCTC
TAAGAACGTCAGGTATTAGTTCCCAACTGTCCGTTCCCTCGTCGTAACGTTCTCCGCAAG
TCAAGTTCTTATCGTTCTCATCTTTACCACCGAGAACGTAAAACTTGCCACGCAAGTAAC
ATCCCG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3BI39JQ 843 0 0
ACACACAATCAGTTGAATCACACAGATGCTTAGAGCTTATATTACACAAAACAAAGAACA
CACACCGGCGTTTACTGAAATAACACACAAGACGCAAATTTAAACGCCGAACAAGAAAGA
CAATCCACACAACAGTAATTAAGTTTCAGCGTTTGGTGACGCTACACCTTCCATTATTCA
AAACACACAAAAAAA*CCAAAAGTTACCACCACAGTTTAGCTTTGCTTCAGAGAGAAGAC
CTTTTAAGCAATCATCACACAACAATTCAAGATAAAATGGCTGAGCCGAACATCACAGCA
GCGTTTAGACTCCTCCCAAACCAGCTTCTCCTCAGGATTAGCCGAAGGGCGACACGTGTA
AACAGACATGGTCCCCGTCCGAGAAGGTCCCACCGATTCTCCCATCACAAGCAGCTTGTC
TCCAAGCGACTTAAACGCAACTCCCCATCCTCCACTAGACTTAGCTCTCACAGGGACATC
CCCGAGCTTCTTCCAAACGTTTGCGTTTGTATCGTAAACGCGGAGCTCATTGGCAGATGT
TTCCAGAGAGTAAAGATTGTCATTCACCACGGCGATGAGCGGTGGAGACTGAATAGACGA
GAAAGACACGTCTCTAAGAACGTCAGGTATTAGTTCCCAACTGTCCGTTCCCTCGTCGTA
ACGTTCTCCGCAAGTCAAGTTCTTATCGTTCTAATCTTTACCACCGAGAACGTAAAACTT
GCCACGCAAGTAACATCCCGAACAGAACTGCCGCCTCTTTGTGCATTCCACGGAGACTCG
TCCACGTTTTCGTCACCGGGTCGTACTTCTCGGCTCCGCTCACGACTTCCTTAGACGCGT
CTC

QA 1 843 1 843
DS 



AS 1 4

CO CL3219Contig1 906 4 19 U
AACTAATCTCTTTTATTTTAAAAAAGCTTGAAAATTATAAAGTTTATGATTCAAGAAATA
TCTCTCAAGAACACACACACATATAAGTTATAATTGAGAAAAAAAACAG**AAAAAAAAC
AGAGTACTTAAAATTGGGAATGAGTCAGTCACTTATTTTACTCCGAGCATTATTACTGTG
ACTGAAGCAGAACTTTTTAGAAACTTATCACTGAAGGATCTTCTGGGAAGCAGGCCTCTT
GGTGATCTCTGCCACCCACTCGTTGACACGTGGACGTTCGGTGAAAAGCTTCTTGGTGGG
AGTTCCAAGCAAGTATTTAATCGTAGGAATGTGGTGAAGATCGGTCAGAGTAAAAGTGTC
ACCAGCCAAGTACTTGAACTCCTTGAGCCGAGCCTCGTACACATCAAGGACCTTGGCTAA
CTTAGCCTCCTCTTCGGCAACAACGGCTTGGTCTGTGGTCAAGCCTTTCTTGAGCTTAAA
TACTTGTTCAGAAACAAGCTTTGCAGCCACTGGCTCGAACTGGTGAGCTTCTACCTGCAT
TCCAATGGCCATGATCGCATAGTGGGCTATGTTCTTGGAGTCAGCTGGGAGAAGGTTGGT
TCCTTGGCCTTCGTATCGGTGAGCTATGTATTGAGTAATCGCTCTTGATTCAAAAAGCTT
GAGGTCTCCATCTTCAAAGGCTGGAACTTGACCAAAAGGGTTGCGGGCTAGGAAAGCCTC
TTTCTTGTGCTCGCCTCCCATGAGGTCGACATGAACGAACTCAAAGTCGAGGTTTTTCTC
GTGGAGGGTGAGGAGGACTCTCATGGTGGGAGCGGAAGCAGGGTGTCCGAAAACTTTGAT
AGCTGCCATTGATTTAATTGCAAAGAAACACGTTGAGAGATGTGATGTGTTTGATGTTGA
AGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 5 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3G692JQ U 49
AF RR3H239JQ U 1
AF RR3H239TF C 65
AF RR3G692TF C 107
BS 1 121 RR3H239JQ
BS 122 122 RR3G692JQ
BS 123 154 RR3H239JQ
BS 155 155 RR3G692JQ
BS 156 189 RR3H239JQ
BS 190 190 RR3G692JQ
BS 191 199 RR3H239JQ
BS 200 200 RR3G692JQ
BS 201 296 RR3H239JQ
BS 297 297 RR3G692JQ
BS 298 338 RR3H239JQ
BS 339 339 RR3G692JQ
BS 340 347 RR3H239JQ
BS 348 348 RR3G692JQ
BS 349 490 RR3H239JQ
BS 491 491 RR3G692JQ
BS 492 633 RR3H239JQ
BS 634 824 RR3H239TF
BS 825 906 RR3G692TF

RD RR3G692JQ 545 0 0
ATTCAAGAAATATCTCTCAAGAACACACACACATATAAGTTATAATTGAGAAAAAAAACA
GAGAAAAAAAACAGAGTACTTAAAATTGGGAATGAGTCAGTCACTTATTTTACTCTGAGC
ATTATTACTGTGACTGAAGCAGAACTTTTTAGAAACTTATCACTGAAGGATCTTCTGGGA
AGCAGGCCTCTTGGTGATCTCTGCCACCCACTCGTTGACACGTGGACGTTCGGTGAAAAG
CTTCTTGGTGGGAGTTCCAAGCAAGTATTTAATCGTAGGAATGTGGTGAAGATCGGTCAG
AGTAAAAGTGTCACCAGCCAAGTACTTGAACTCCTTGAGCCGAGCCTCGTACACATCAAG
GACCTTGGCTAACTTAGCCTCCTCTTCGGCAACAACGGCTTGGTCTGTGGTCAAGCCTTT
CTTGAGCTTAAATACTTGTTCAGAAACAAGCTTTGCAGCCACTGGCTCGAACTGGTGAGC
TTCTACCTGCATTCCAATGGCCATGATTGCATAGTGGGCTATGTTCTTGGAGTCAGCTGG
GAGAA

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3H239JQ 633 0 0
AACTAATCTCTTTTATTTTAAAAAAGCTTGAAAATTATAAAGTTTATGATTCAAGAAATA
TCTCTCAAGAACACACACACATATAAGTTATAATTGAGAAAAAAAACAG**AAAAAAAAC
AAAGTACTTAAAATTGGGAATGAGTCAGTCACTTTTTTTACTCCGAGCATTATTACTGTG
ACTGAAGCAAAACTTTTTAAAAACTTATCACTGAAGGATCTTCTGGGAAGCAGGCCTCTT
GGTGATCTCTGCCACCCACTCGTTGACACGTGGACGTTCGGTGAAAAGCTTCTTGGGGGG
AGTTCCAAGCAAGTATTTAATCGTAGGAATGTGGTGAAAATCGGTCAAAGTAAAAGTGTC
ACCAGCCAAGTACTTGAACTCCTTGAGCCGAGCCTCGTACACATCAAGGACCTTGGCTAA
CTTAGCCTCCTCTTCGGCAACAACGGCTTGGTCTGTGGTCAAGCCTTTCTTGAGCTTAAA
TACTTGTTCAAAAACAAGCTTTGCAGCCACTGGCTCGAACTGGTGAGCTTCTACCTGCAT
TCCAATGGCCATGATCGCATAGTGGGCTATGTTCTTGGAGTCAGCTGGGAGAAGGTTGGT
TCCTTGGCCTTCGTATCGGTGAGCTATGTATTG

QA 1 633 1 633
DS 

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CTCAAG
ACACACACACATATAAGT*ATAAT*GAGAAAAAAA*CAG***AGAAAAACAGAGTACTTA
AAATTGGGAATGAGTCAGTCACTTATTTTACTCCGAGCATTATTACTGTGACTGAAGCAG
AACTTTTTAGAAACTTATCACTGAAGGATCTTCTGGGAAGCAGGCCTCTTGGTGATCTCT
GCCACCCACTCGTTGACACGTGGACGTTCGGTGAAAAGCTTCTTGGTGGGAGTTCCAAGC
AAGTATTTAATCGTAGGAATGTGGTGAAGATCGGTCAGAGTAAAAGTGTCACCAGCCAAG
TACTTGAACTCCTTGAGCCGAGCCTCGTACACATCAAGGACCTTGGCTAACTTAGCCTCC
TCTTCGGCAACAACGGCTTGGTCTGTGGTCAAGCCTTTCTTGAGCTTAAATACTTGTTCA
GAAACAAGCTTTGCAGCCACTGGCTCGAACTGGTGAGCTTCTACCTGCATTCCAATGGCC
ATGATCGCATAGTGGGCTATGTTCTTGGAGTCAGCTGGGAGAAGGTTGGTTCCTTGGCCT
TCGTATCGGTGAGCTATGTATTGAGTAATCGCTCTTGATTCAAAAAGCTTGAGGTCTCCA
TCTTCAAAGGCTGGAACTTGACCAAAAGGGTTGCGGGCTAGGAAAGCCTCTTTCTTGTGC
TCGCCTCCCATGAGGTCGACATGAACGAACTCAAAGTCGAGGTTTTTCTCGTGGAGGGTG
AGGAGGACTCTCATGGTGGGAGCGGAAGCAGGGT
CC

QA 7 760 7 760
DS 

RD RR3G692TF 800 0 0
ACAGAGAA
AAAAACAGAGTACTTAAA*TTGGGAATGAGTCAGTCACTTATTTTACTCTGAGCATTATT
ACTGTGACTGAAGCAGAACTTTT*AGAAACTTATCACTGAAGGATCTTCTGGGAAGCAGG
CCTCTTGGTGATCTCTGCCACCCACTCGTTGACACGTGGACGTTCGGTGAAAAGCTTCTT
GGTGGGAGTTCCAAGCAAGTATTTAATCGTAGGAATGTGGTGAAGATCGGTCAGAGTAAA
AGTGTCACCAGCCAAGTACTTGAACTCCTTGAGCCGAGCCTCGTACACATCAAGGACCTT
GGCTAACTTAGCCTCCTCTTCGGCAACAACGGCTTGGTCTGTGGTCAAGCCTTTCTTGAG
CTTAAATACTTGTTCAGAAACAAGCTTTGCAGCCACTGGCTCGAACTGGTGAGCTTCTAC
CTGCATTCCAATGGCCATGATTGCATAGTGGGCTATGTTCTTGGAGTCAGCTGGGAGAAG
GTTGGTTCCTTGGCCTTCGTATCGGTGAGCTATGTATTGAGTAATCGCTCTTGATTCAAA
AAGCTTGAGGTCTCCATCTTCAAAGGCTGGAACTTGACCAAAAGGGTTGCGGGCTAGGAA
AGCCTCTTTCTTGTGCTCGCCTCCCATGAGGTCGACATGAACGAACTCAAAGTCGAGGTT
TTTCTCGTGGAGGGTGAGGAGGACTCTCATGGTGGGAGCGGAAGCAGGGTGTCCGAAAAC
TTTGATAGCTGCCATTGATTTAATTGCAAAGAAACACGTTGAGAGATGTGATGTGTTTGA
TGTTGAAGGTCC

QA 9 800 9 800
DS 



AS 1 4

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AAACATAGAAGCTGAAAAGACAAAACTTGTTCACTGAATCGAGAAGCAGATACATAACAA
AACCACAAGCACAGAGAGATAGAGAGAGGAATACACATACAAGACGGCATCGTACAATAG
AAGTAAAAGACAGAAACCAAACATAAAGCAATAGAAGGATAAGTCAGGGCCTTTGATCAT
AATCAAGGACTTCAGAATCAGTAACCGATCTGGAGTGCTGCACGATCGACCTCCCAATAG
AGTTGATCCACTCCTCCTTCTCCTTCTCGTTATCAGCCACGAAGAACATGGTGATGTTCC
CGCTCGATATCTCGAAGGCGAAAGCCTTGTTCACCACGTCCCCTGCTCCTTTCACCGTCA
GACAATCCCCCACCGAGATCACCCCGCGCGGGACGGATCCGCGTGTCAGGGCGGCGGATT
GGTCCTTGAACCAGAGGAGCTTCCCTCGCTTGAGCACGAACCAGCGACGTCGCCAGGTCT
TGATGTAATCGCCTTGCTTCGCGAGCCAGCCCGATCGCTCTGGGTTTGACCAGAACTCGA
TTCCTTCGTAGTCTTGCCGGTTCGGATCCTGGCCTGTAGCGATTCGCCAGAGATTCTCCA
TCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCTAAAATCTCACACGCCTCCGTCTCTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 

AF RR3E067JQ U 1
AF RR3E067TF C 22
AF RR3AT25JQ U 74
AF RR3AT25TF C 74
BS 1 168 RR3E067JQ
BS 169 169 RR3AT25JQ
BS 170 366 RR3E067JQ
BS 367 367 RR3AT25JQ
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BS 402 402 RR3AT25JQ
BS 403 712 RR3E067JQ
BS 713 716 RR3AT25JQ

RD RR3E067JQ 714 0 0
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GACAATCCCCCACCGAGATCACCCCGCGCGGGACGGATCCGCGTGTCAGGGCGGCGGATT
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TGATGTAATCGCCTTGCTTCGCGAGCCAGCCCGATCGCTCTGGGTTTGACCAGAACTCGA
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TCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCCTAAAATCTCACACGCCTCCGTCTCTC
CC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3E067TF 693 0 0
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GAGAGAGGAATACACATACAAGACGGCGTCGTACAATAGAAGTAAAAGACAGAAACCAAA
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TAACCGATCTGGAGTGCTGCACGATCGACCTCCCAATAGAGTTGATCCACTCCTCCTTCT
CCTTCTCGTTATCAGCCACGAAGAACATGGTGATGTTCCCGCTCGGTATCTCGAAGGCGA
AAGCCTTGTTCACCACGTCCTCTGCTCCTTTCACCGTCAGACAATCCCCCACCGAGATCA
CCCCGCGCGGGACGGATCCGCGTGTCAGGGCGGCGGATTGGTCCTTGAACCAGAGGAGCT
TCCCTCGCTTGAGCACGAACCAGCGACGTCGCCAGGTCTTGATGTAATCGCCTTGCTTCG
CGAGCCAGCCCGATCGCTCTGGGTTTGACCAGAACTCGATTCCTTCGTAGTCTTGCCGGT
TCGGATCCTGGCCTGTAGCGATTCGCCAGAGATTCTCCATCCTCTCTCTCTCTCTCTCTC
CCTCCTAAAATCTCACACGCCTCCGTCTCTC
CC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3AT25JQ 643 0 0
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AAACCAAACATAAAGCAATAGAAGGATAAGTCAGGGCCTTTGATCATAATCAAGGACTTC
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CTCCTTCTCCTTCTCGTTATCAGCCACGAAGAACATGGTGATGTTCCCGCTCGATATCTC
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CGAGATCACCCCGCGCGGGACGGATCCGCGTGTCAGGGCGGCGGATTGGTCCTTGAACCA
GAGGAGCTTCCCTCGCTTGAGCACGAACCAGCGACGTCGCCAGGTCTTGATGTAATCGCC
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TCTCTCTCCCTCCTAAAATCTCACACGCCTCCGTCTCTCTCCC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3AT25TF 643 0 0
GAAAAGACAAAACTTGTTCACTGAATCGAGAAGCAGATACATAACAAAACCACAAGCACA
GAGAGATAGAGAGAGGAATACACATACAAGACGGCATCGTACAATAGAAGTAAAAGACAG
AAACCAAACATAAAGCAATAGAAGGATAAGTCAGGGCCTTTGATCATAATCAAGGACTTC
AGAATCAGTAACCGATCTGGAGTGCTGCACGATCGACCTCCCAATAGAGTTGATCCACTC
CTCCTTCTCCTTCTCGTTATCAGCCACGAAGAACATGGTGATGTTCCCGCTCGATATCTC
GAAGGCGAAAGCCTTGTTCACCACGTCCCCTGCTCCTTTCACCGTCAGACAATCCCCCAC
CGAGATCACCCCGCGCGGGACGGATCCGCGTGTCAGGGCGGCGGATTGGTCCTTGAACCA
GAGGAGCTTCCCTCGCTTGAGCACGAACCAGCGACGTCGCCAGGTCTTGATGTAATCGCC
TTGCTTCGTGAGCCAGCCCGATCGCTCTGGGTTTGACCAGAACTCGATT***TCGTAGTC
TTGCCGGTTCGGATCCTGGCCTGTAGCGATTCGCCAGAGATTCTCCATCCTCTCTCTCTC
TCTCTCTCCCTCCTAAAATCTCACACGCCTCCGTCTCTC
TCCC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 4

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GAAGATGGTGGTGATGATTATGATGTTGACATCGACGATCTCAGCGAAAGAGCAGCTGAG
CACTAAAGAGTGCGAGGATCTAGGGTTCACCGGTCTCGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTC
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TGATTCTGAGGATTCCATGAGTAAGGTTACTTACTCAGGCGCTATATTAGAGGTGTGTAT
GAGGAAGCTGGTTTTCTACCCGGAGATTGTTGGTTTTATTGAAGAAGAGAAAGAAAAGTT
CCCTAGTGTTAACGTTCAGTACATTTTCAACTCACCTCCCAAGTTGATCATGTTGGATGA
AGATGGTGAACATAAGGAAACGATAAGAATCGACAACTGGAAACGTGAACATCTTCTGCA
GTACATGCGGGAGAAGGTCAAGCCTACTTCAGCAAGTTAGTGAACATGTGGTGCTGAGTA
CCTTTGTCAAACAATTCATCTTATGGTTAAACAACACATTGTGGTCGTTACTATCTCCCA
GCTATTTGCATCAGTAGTCTGTATGTTCTGAACCTTAGCAATCTCATAATTAATGACTTC
TATTTAATGTTGTTATGAAAGGGTAATGAGAATCTTGTACGTAGCTGTTTAGTATAATTA
ACAAATGAATGGAGAGATGACATAGGACAATGGATTATGGTTTAAGATTCTTATAGCATA
ATGTTTTTCTATGAAATCTCATTCAACTATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D457JQ C 26
AF RR3D457TF U 32
AF RR3GA21TF U 1
AF RR3GA21JQ C 25
BS 1 55 RR3GA21TF
BS 56 58 RR3D457TF
BS 59 104 RR3GA21TF
BS 105 105 RR3D457TF
BS 106 144 RR3GA21TF
BS 145 145 RR3D457TF
BS 146 444 RR3GA21TF
BS 445 445 RR3D457TF
BS 446 524 RR3GA21TF
BS 525 525 RR3D457TF
BS 526 629 RR3GA21TF
BS 630 630 RR3D457TF
BS 631 742 RR3GA21TF
BS 743 812 RR3GA21JQ

RD RR3D457JQ 640 0 0
GGGAGA
GAGAGCGAGATGGCTCGAGCGTGGTGGACGAAGATGGTGGTGATGATTATGATGTTGACA
TCGACGATCTCAGCGAAAGAGCAGCTGAGCACTAAAGAGTGCGAGGATCTAGGGTTCACC
GGTCTCGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTCAAGGATCAAGAGTTG
GTATCTGATTGCTTGAAATGTTGCGCTGATGATTCTGAGGATTCCATGAGTAAGGTTACT
TACTCAGGGGCTATATTAGAGGTGTGTATGAGGAAGCTGGTTTTCTACCCTGAGATTGTT
GGTTTTATTGAAGAAGAGAAAGAAAAGTTCCCTAGTGTTAATGTTCAGTACATTTTCAAC
TCGCCTCCCAAGTTGATCATGTTGGATGAAGATGGTGAACATAAGGAAACTATAAGAATC
GACAACTGGAAACGTGAACATCTTTTGCAGTACATGCGGGAGAAGGTCAAGCCTACTTCA
GCAAGTTAGTGAACATGTGGTGCTGAGTACCTTTGTCAAACAATTCATCTTATGGTTAAA
CAACACATTGTGGTCGTTACTATCTCCCAGCTATTTGCGTCAGTAGTCTGTATGTTCTGA
ACCTTAGCAATCTCATAATTAATGACTTCTATTT

QA 7 640 7 640
DS 

RD RR3D457TF 634 0 0
GAGAGCGAGATGGCTCGAGCGTGGTGGACGAAGATGGTGGTGATGATTATGATGTTGACA
TCGACGATCTCAGCGAAAGAGCAGCTGAGCACTAAAGAGTGCGAGGATCTAGGGTTCACC
GGTCTCGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTCAAGGATCAAGAGTTG
GTATCTGATTGCTTGAAATGTTGCGCTGATGATTCTGAGGATTCCATGAGTAAGGTTACT
TACTCAGGGGCTATATTAGAGGTGTGTATGAGGAAGCTGGTTTTCTACCCTGAGATTGTT
GGTTTTATTGAAGAAGAGAAAGAAAAGTTCCCTAGTGTTAATGTTCAGTACATTTTCAAC
TCGCCTCCCAAGTTGATCATGTTGGATGAAGATGGTGAACATAAGGAAACTATAAGAATC
GACAACTGGAAACGTGAACATCTTCTGCAGTACATGCGGGAGAAGGTCAAGCCTACTTCA
GCAAGTTAGTGAACATGTGGTGCTGAGTACCTTTGTCAAACAATTCATCTTATGGTTAAA
CAACACATTGTGGTCGTTACTATCTCCCAGCTATTTGCGTCAGTAGTCTGTATGTTCTGA
ACCTTAGCAATCTCATAATTAATGACTTCTATTT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3GA21TF 742 0 0
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGCTCGAGCGTGG***AC
GAAGATGGTGGTGATGATTATGATGTTGACATCGACGATCTCAGGGAAAGAGCAGCTGAG
CACTAAAGAGTGCGAGGATCTAGGTTTCACCGGTCTCGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTC
ACTCTCTGAATACGTCAAGGATCAAGAGTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGCGCTGA
TGATTCTGAGGATTCCATGAGTAAGGTTACTTACTCAGGCGCTATATTAGAGGTGTGTAT
GAGGAAGCTGGTTTTCTACCCGGAGATTGTTGGTTTTATTGAAGAAGAGAAAGAAAAGTT
CCCTAGTGTTAACGTTCAGTACATTTTCAACTCACCTCCCAAGTTGATCATGTTGGATGA
AGATGGTGAACATAAGGAAACGATCAGAATCGACAACTGGAAACGTGAACATCTTCTGCA
GTACATGCGGGAGAAGGTCAAGCCTACTTCAGCAAGTTAGTGAATATGTGGTGCTGAGTA
CCTTTGTCAAACAATTCATCTTATGGTTAAACAACACATTGTGGTCGTTACTATCTCCCA
GCTATTTGCATCAGTAGTCTGTATGTTCTTAACCTTAGCAATCTCATAATTAATGACTTC
TATTTAATGTTGTTATGAAAGGGTAATGAGAATCTTGTACGTAGCTGTTTAGTATAATTA
ACAAATGAATGGAGAGATGACA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3GA21JQ 788 0 0
AGA
GAGAGAGAGAGAGATGGCTCGAGCGTGG***ACGAAGATGGTGGTGATGATTATGATGTT
GACATCGACGATCTCAGGGAAAGAGCAGCTGAGCACTAAAGAGTGCGAGGATCTAGGTTT
CACCGGTCTCGCTCTCTGCTCCGATTGCCACTCACTCTCTGAATACGTCAAGGATCAAGA
GTTGGTATCTGATTGCTTGAAATGTTGCGCTGATGATTCTGAGGATTCCATGAGTAAGGT
TACTTACTCAGGCGCTATATTAGAGGTGTGTATGAGGAAGCTGGTTTTCTACCCGGAGAT
TGTTGGTTTTATTGAAGAAGAGAAAGAAAAGTTCCCTAGTGTTAACGTTCAGTACATTTT
CAACTCACCTCCCAAGTTGATCATGTTGGATGAAGATGGTGAACATAAGGAAACGATCAG
AATCGACAACTGGAAACGTGAACATCTTCTGCAGTACATGCGGGAGAAGGTCAAGCCTAC
TTCAGCAAGTTAGTGAATATGTGGTGCTGAGTACCTTTGTCAAACAATTCATCTTATGGT
TAAACAACACATTGTGGTCGTTACTATCTCCCAGCTATTTGCATCAGTAGTCTGTATGTT
CTTAACCTTAGCAATCTCATAATTAATGACTTCTATTTAATGTTGTTATGAAAGGGTAAT
GAGAATCTTGTACGTAGCTGTTTAGTATAATTAACAAATGAATGGAGAGATGACATAGGA
CAATGGATTATGGTTTAAGATTCTTATAGCATAATGTTTTTCTATGAAATCTCATTCAAC
TATTC

QA 4 788 4 788
DS 



AS 1 3

CO CL3222Contig1 805 3 14 U
GGGTGGGTTCAATAGATTCTTTCTCTTGTCTTGTCTCTTCAAAGCCACGCCCCGTTGGTA
AAGATGGAGGAACAGTTCATACTTAGGGTTCCACAGTCTGTTTCAGAGCGAATCGATCGC
CTTTTGAGCGACGAGGCTTCTTCTACTTCCGACGAGATCCCTTTAGATTTATGCTTTTCA
GAGGATGGGAGAAGCGGGACGTTTGTAATTGGAAACGAAGAGTTCCCGGCTTCTCTGCTG
GACCTTCCTGCTGTTGTTGAGTCTTTCAAAACTTATGATGACTCTGCACTTGTCAAAACT
GCTGACATTGGCCAGATGATCATGGTTAGAGAGCAGGGAGATCCTGCGCCTAATACAGTT
GAATACAGACATGGTCTAACTCCTCCTATGAAGGATGCTCGTAAGAGAAGATTTCGTCGA
GAGCCTGATCTTAATCCGGAGCTTGTACAGCGCGTTGAGAGGGACTTGCTGAACATCTTG
AGTGGCAGAACTGTCGAAAACGGAAATGAGCAGCAAGAGACAGTTGCGGAGGAGAATACA
AATAAGAAAGTCTCTTCTACTTCTTCACCTGCTGCTACACCTGTTGAAAAGCCTGAAGAA
GCTTCTGAGGCAGGGACTAATAATAACAATCATAATACCCCAGCAGAAGTTGAGCAGGAG
AGAAGTGAATCAGAAGATTCTGATGATTCTATGTGAAAGGTTGGTTATGTATGTATCACG
TTTGAAGAAACGAATGCAGCTATGTTTACCACTTTTATCATTTATTGGTTCGTGGTCAGG
AAGAGTAGAGCGTTACGATCTGGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F733TF U 67
AF RR3FO31TF U 1
AF RR3F733JQ C 165
BS 1 259 RR3FO31TF
BS 260 260 RR3F733TF
BS 261 594 RR3FO31TF
BS 595 595 RR3F733TF
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BS 688 688 RR3F733JQ
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BS 703 749 RR3FO31TF
BS 750 805 RR3F733JQ

RD RR3F733TF 579 0 0
GG
GGAACAGTTCATACTTAGGGTTCCACAGTCTGTTTCAGAGCGAATCGATCGCCTTTTGAG
CGACGAGGCTTCTTCTACTTCCGACGAGATCCCTTTAGATTTATGCTTTTCAGAGGATGG
GAGAAGCGGGACGTTTGTAATTGGAAACGAAGAGTTCCCGGCTTCTCTGCTGGACCTTCC
TGCTGTTGTTGAGTCTTTCAAAACTTATGATGACTCTGCACTTGTCAAAACTGCTGACAT
TGGCCAGATGATCATGGTTAGAGAGCAGGGAGATCCTGCGCCTAATACAGTTGAATACAG
ACATGGTCTAACTCCTCCTATGAAGGATGCTCGTAAGAGAAGATTTCGTCGAGAGCCTGA
TCTTAATCCGGAGCTTGTACAGCGCGTTGAGAGGGACTTGCTGAACATCTTGAGTGGCAG
AACTGTCGAAAACGGAAATGAGCAGCAAGAGACAGTTGCGGAGGAGAATACAAATAAGAA
AGTCTCTTCTACTTCTTCACCTGCTGCTACACCTGTTGAAAAGCCTGAAGAAGCTTCTGA
GGCAGGGACTAATAATAACAATCATAATACCCCAGCA

QA 3 579 3 579
DS 

RD RR3FO31TF 754 0 0
GGGTGGGTTCAATAGATTCTTTCTCTTGTCTTGTCTCTTCAAAGCCACGCCCCGTTGGTA
AAGATGGAGGAACAGTTCATACTTAGGGTTCCACAGTCTGTTTCAGAGCGAATCGATCGC
CTTTTGAGCGACGAGGCTTCTTCTACTTCCGACGAGATCCCTTTAGATTTATGCTTTTCA
GAGGATGGGAGAAGCGGGACGTTTGTAATTGGAAACGAAGAGTTCCCGGCTTCTCTGCTG
GACCTTCCTGCTGTTGTTGGGTCTTTCAAAACTTATGATGACTCTGCACTTGTCAAAACT
GCTGACATTGGCCAGATGATCATGGTTAGAGAGCAGGGAGATCCTGCGCCTAATACAGTT
GAATACAGACATGGTCTAACTCCTCCTATGAAGGATGCTCGTAAGAGAAGATTTCGTCGA
GAGCCTGATCTTAATCCGGAGCTTGTACAGCGCGTTGAGAGGGACTTGCTGAACATCTTG
AGTGGCAGAACTGTCGAAAACGGAAATGAGCAGCAAGAGACAGTTGCGGAGGAGAATACA
AATAAGAAAGTCTCTTCTACTTCTTCACCTGCTGCTACACCTGTTGAAAAGCCTAAAGAA
GCTCCTGAGGCAGG*ACTAATAATAACAATCATAATACCCCAGCAGAAGTTGAGCAGGAG
AGAAGTGAATCAGAAGATTCTGATGAT*CTATGTGAAAGGT*GGTTATGTATGTATCACG
TTTGAAGAAACGAATGCAGCTATGTTTAC
ACTTT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3F733JQ 641 0 0
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CCCGGCTTCTCTGCTGGACCTTCCTGCTGTTGTTGAGTCTTTCAAAACTTATGATGACTC
TGCACTTGTCAAAACTGCTGACATTGGCCAGATGATCATGGTTAGAGAGCAGGGAGATCC
TGCGCCTAATACAGTTGAATACAGACATGGTCTAACTCCTCCTATGAAGGATGCTCGTAA
GAGAAGATTTCGTCGAGAGCCTGATCTTAATCCGGAGCTTGTACAGCGCGTTGAGAGGGA
CTTGCTGAACATCTTGAGTGGCAGAACTGTCGAAAACGGAAATGAGCAGCAAGAGACAGT
TGCGGAGGAGAATACAAATAAGAAAGTTTCTTCTACTTCTTCACCTGCTGCTACACCTGT
TGAAAAGCCTGAAGAAGCTTCTGAGGCAGGGACTAATAATAACAATCATAATACCCCAGC
AGAAGTTGAGCAGGAGAGAAGTGAATCAGAAGATTCTGATGATTCTATGTGAAAGGTTGG
TTATGTATGTATCACGTTTGAAGAAACGAATGCAGCTATGTTTACCACTTTTATCATTTA
TTGGTTCGTGGTCAGGAAGAGTAGAGCGTTACGATCTGGTA

QA 1 641 1 641
DS 



AS 2 4

CO CL3223Contig1 817 2 14 U
GGAATCAAACATTGAAGAAGAAGAAGAACACCTCTCCTCTCCAAATTTCAATCGAATTTA
ATTCGCTCCCCGGGAGACGTGATCCGATCTCATCTTCGCGTCCTATATCCAAAGATGGAA
GTGGAAGAAGAAGTAAAACGAATGGTGGAGGAGGTTAAAGAGCTCCACGACTCCGCCGCT
TCCTTCATCTCTTCTTCTTCCCATCAAGAACTCACCCTCCGTCAAAAAGCCTCCTCCCTC
GACGCATCCCTCCGCCGCCTCCACTCAACTCTCGCCTCCGACAAGGGTCTCGATCCCAAG
CTCGTCGAGAAGCTTGAGGAAGATCTGCATCGTGCTAGATGCATGCTCGCTGATGGAGAT
CTCTCTTCTTTCCTCCCATCCAAACCCCAAGTAGGACGGTTTGTGAGAATGTTTCTGGGG
CCAGTGAATGTTCGAGCCTCGCGTAAAGAGATTCAGCTCAAAGTCAAAGAAGAATACAAT
AGCTACAGACAGGACAAGACTGCTCTTCTCTTTCTTTTCTTCCCTGCAGCACTTATGATT
CTCAGATCTTATTACTGGGATGGATGCTTGCCTGCCTTTCCTGTTCAGCTCTACGAGGCT
TGGCTGTTGTTCCTCTATGCTGGGTTGGCTATGCGAGAGAACGTATTAAGAGCCAACGGG
AGCGATATCCGTCCATGGTGGCTATATCATCACTACTGTGCCATGGGGATGGCCCTTGTC
AGCCTCACATGGGAGATCAAAGTCAACCAAACTGTGTCAGAAACAGAGAGGAGTTCATCT
CTTCTGCATGGGCTATGATGCAAGTGTTGCATGCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H807TF U 1
AF RR3HB27TF U 22
BS 1 101 RR3H807TF
BS 102 102 RR3HB27TF
BS 103 375 RR3H807TF
BS 376 376 RR3HB27TF
BS 377 489 RR3H807TF
BS 490 492 RR3HB27TF
BS 493 550 RR3H807TF
BS 551 551 RR3HB27TF
BS 552 762 RR3H807TF
BS 763 763 RR3HB27TF
BS 764 774 RR3H807TF
BS 775 775 RR3HB27TF
BS 776 798 RR3H807TF
BS 799 817 RR3HB27TF

RD RR3H807TF 798 0 0
GGAATCAAACATTGAAGAAGAAGAAGAACACCTCTCCTCTCCAAATTTCAATCGAATTTA
ATTCGCTCCCCGGGAGACGTGATCCGATCTCATCTTCGCGTTCTATATCCAAAGATGGAA
GTGGAAGAAGAAGTAAAACGAATGGTGGAGGAGGTTAAAGAGCTCCACGACTCCGCCGCT
TCCTTCATCTCTTCTTCTTCCCATCAAGAACTCACCCTCCGTCAAAAAGCCTCCTCCCTC
GACGCATCCCTCCGCCGCCTCCACTCAACTCTCGCCTCCGACAAGGGTCTCGATCCCAAG
CTCGTCGAGAAGCTTGAGGAAGATCTGCATCGTGCTAGATGCATGCTCGCTGATGGAGAT
CTCTCTTCTTTCCTCTCATCCAAACCCCAAGTAGGACGGTTTGTGAGAATGTTTCTGGGG
CCAGTGAATGTTCGAGCCTCGCGTAAAGAGATTCAGCTCAAAGTCAAAGAAGAATACAAT
AGCTACAGA***GACAAGACTGCTCTTCTCTTTCTTTTCTTCCCTGCAGCACTTATGATT
CTCAGATCTTGTTACTGGGATGGATGCTTGCCTGCCTTTCCTGTTCAGCTCTACGAGGCT
TGGCTGTTGTTCCTCTATGCTGGGTTGGCTATGCGAGAGAACGTATTAAGAGCCAACGGG
AGCGATATCCGTCCATGGTGGCTATATCATCACTACTGTGCCATGGGGATGGCCCTTGTC
AGCCTCACATGGGAGATCAAAGTCAACCAAACTGTGTCAGAA*CAGAGAGGAGT*CATCT
CTTCTGCATGGGCTATGA

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3HB27TF 796 0 0
G
GAAGAACACCTCTCCTCTCCAAATTTCAATCGAATTTAATTCGCTCCCCGGGAGACGTGA
TCCGATCTCATCTTCGCGTCCTATATCCAAAGATGGAAGTGGAAGAAGAAGTAAAACGAA
TGGTGGAGGAGGTTAAAGAGCTCCACGACTCCGCCGCTTCCTTCATCTCTTCTTCTTCCC
ATCAAGAACTCACCCTCCGTCAAAAAGCCTCCTCCCTCGACGCATCCCTCCGTCGCCTCC
ACTCAACTCTCGCCTCCGACAAGGGTCTCGATCCCAAGCTCGTCGAGAAGCTTGAGGAAG
ATCTGCATCGTGCTAGATGCATGCTCGCTGATGGAGATCTCTCTTCTTTCCTCCCATCCA
AACCCCAAG***GACGGTTTGTGAGAATGTTTCTGGGGCCAGTGAATGTTCGAGCCTCGC
GTAAAGATATTCAGCTCAAAGTCAAAGAAGAATACAATAGCTACAGACAGGACAAGACTG
CTCTTCTCTTTCTTTTCTTCCCTGCAGCACTTATGATTCTCAGATCTTATTACTGGGATG
GATGCTTGCCTGCCTTTCCTGTTCAGCTCTACGAGGCTTGGCTGTTGTTCCTCTATGCTG
GGTTGGCTATGCGAGAGAACGTATTAAGAGCCAACGGGAGCGATATCCGTCCATGGTGGC
TATATCATCACTACTGTGCCATGGGGATGGCCCTTGTCAGC*TCACATGGGAGATCAAAG
TCAACCAAACTGTGTCAGAAACAGAGAGGAGTTCATCTCTTCTGCATGGGCTATGATGCA
AGTGTTGCATGCTCT

QA 2 796 2 796
DS 



CO CL3223Contig2 907 2 6 U
CGGTTAAAATTATACAAATACAACAAAAAACCATCAAATATCAACTGCCACTTCCATATA
CACAGAAAAGGATGTTCAAAGTTTTCAGAATCCCAGGATGAGACTTTCGTGGCCTTAAAA
AAAACAAAATTTATGAAATGCGAGAAAGAGACAAGAGACCCCAGAGTTGAGAACTATGAA
GTGTGATTAAGCTCTGCTCTGCTTTTGCTTTTCTTCATCTTTGCCTTAACCCTCGACTTT
GCCATCAATGTCTCTACCGTGTTTATGAAGTTTCCAACAGCCATCACTACCAGAAGAATG
CCACAAACCGTCACCTGCCACTCAGCAACAACTCCTGTTAATGCTGCCCTTAGTAACAGC
AGTCCAACGTATGCTTGAAACCCCTGTAAAATGAAGAGTATAGGACATAAAAGCCATAGC
TGTCCATCAACTCCAGCCGTTTCTCCCCATACAACATCCATCCTCTTCGCCTTTCCCAGT
GCTATGCGAGTGTATAATCGTTGGCGTTGGTATCTATTTTGAAGAAGCATGGCAACACCT
TGCATCATAGCCCATTGCAGGAAGAGATGAACTCCTCTCTATTTCTGGACACAGTTTGGT
TGACCTTTGATCTCCCATGTGAGGCTGACAAGGGCCATCCCCATGGCACAGTAGTGATGA
TATAGCCACCATGGACGGATATCGCTCCCGTTGGCTCTTAATACGTTCTCTCGCATAGCC
AACCCAGCATAGAGGAACAACAGTCAAGCCTCGTAGAGCTGAACAGGAAAGGCAGGCAAG
CATCCATCCCAGTAATAAGATCTGAGAATCATAAGTGCTGCAGGGAAGAAAAGAGAGAGA
AGAGCAGTCTTGTCTCTGTAGCTATTGTATTCTTCTTTGACTTTGAGCTGAATCTCTTTA
CGCGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB27JQ U 1
AF RR3F781TF C 316
BS 1 410 RR3HB27JQ
BS 411 411 RR3F781TF
BS 412 580 RR3HB27JQ
BS 581 581 RR3F781TF
BS 582 703 RR3HB27JQ
BS 704 907 RR3F781TF

RD RR3HB27JQ 703 0 0
CGGTTAAAATTATACAAATACAACAAAAAACCATCAAATATCAACTGCCACTTCCATATA
CACAGAAAAGGATGTTCAAAGTTTTCAGAATCCCAGGATGAGACTTTCGTGGCCTTAAAA
AAAACAAAATTTATGAAATGCGAGAAAGAGACAAGAGACCCCAGAGTTGAGAACTATGAA
GTGTGATTAAGCTCTGCTCTGCTTTTGCTTTTCTTCATCTTTGCCTTAACCCTCGACTTT
GCCATCAATGTCTCTACCGTGTTTATGAAGTTTCCAACAGCCATCACTACCAGAAGAATG
CCACAAACCGTCACCTGCCACTCAGCAACAACTCCTGTTAATGCTGCCCTTAGTAACAGC
AGTCCAACGTATGCTTGAAACCCCTGTAAAATGAAGAGTATAGGACATAACAGCCATAGC
TGTCCATCAACTCCAGCCGTTTCTCCCCATACAACATCCATCCTCTTCGCCTTTCCCAGT
GCTATGCGAGTGTATAATCGTTGGCGTTGGTATCTATTTTGAAGAAGCATGGCAACACCT
TGCATCATAGCCCATTGCAGGAAGAGATGAACTCCTCTCTGTTTCTGGACACAGTTTGGT
TGACCTTTGATCTCCCATGTGAGGCTGACAAGGGCCATCCCCATGGCACAGTAGTGATGA
TATAGCCACCATGGACGGATATCGCTCCCGTTGGCTCTTAATA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3F781TF 592 0 0
CACTGCCACTCAG
CAACTCCTGTTAATGCTGCCCTTAGTAACAGCAGTCCAACGTATGCTTGAAATCCCTGTA
AAATGAAGAGTATAGGACATAAAAGCCATAGCTGTCCATCAACTCCAGCCGTTTCTCCCC
ATACAACATCCATCCTCTTCGCCTTTCCCAGTGCTATGCGAGTGTATAATCGTTGGCGTT
GGTATCTATTTTGCAGAAGCATGGCAACACCTTGCATCATAGCCCATTGCAGGAAGAGAT
GAACTCCTCTCTATTTCTGGACACAGTTTGGTTGACCTTTGATTTCCCATGTGAGGCTGA
CAAGGGCCATCCCCATGGCACAGTAGTGATGATATAGCCACCATGGACGGATATCGCTCC
CGTTGGCTCTTAATACGTTCTCTCGCATAGCCAACCCAGCATAGAGGAACAACAGTCAAG
CCTCGTAGAGCTGAACAGGAAAGGCAGGCAAGCATCCATCCCAGTAATAAGATCTGAGAA
TCATAAGTGCTGCAGGGAAGAAAAGAGAGAGAAGAGCAGTCTTGTCTCTGTAGCTATTGT
ATTCTTCTTTGACTTTGAGCTGAATCTCTTTACGCGAGC

QA 14 592 14 592
DS 



AS 2 4

CO CL3224Contig1 670 2 4 U
AAATAAACTTCAAGTAGCCTTGTAGCTTGACTCCTATTACACACCGATTCAAATTAAGAA
CTTTAAACATATCTCGACCATAATAGTATTATGCATACACGCGTGACACACGCCAACATA
TATCCCTTACCCAAACTAGGACACCAGCACATTATATATTTTGGTTTCATCAAATACTGA
AAGAGGCCACACTGACACACACACACACACACACACGAGGAGTGGTCCTTTATTCTTCGT
TCAAGAAATGTTCATCGATCTCTTTTGAGATTTCAACACAGAACTGGAGGAGAGTTTCAG
GGTGAAAAACCTCATCGCTAATTTTTTCGTACTCAAGGGGCCAATGCACAACACTACCGG
GCCCTCCATGCTTAGGGGTCACCTGGATGGGGATCACAAAGCTTTTGTACTCTTTCAACA
GATCTCCTTCTATAACCCTGAACGTGATCAGGTTCTTCTCTGGCTCCACCGCCTCGACCC
TCTCCTTAGCCACCTTTGCCTCTCCGTCATGAACGTATTTCCAGATGACAACTGAACCGA
CTTTGCCCCAGTCGCCTTCATGTAGCTCACAATTCTGAATGTTCCCTGGAGTTGCTTTTG
ACACATGGTGTGGTCTTCCTGCGAACATGTGATGGAACTTTCCAGCAGAAGCTTTGATCT
CCACATCTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AQ84JQ U 1
AF RR3AQ96JQ U 1
BS 1 338 RR3AQ84JQ
BS 339 339 RR3AQ96JQ
BS 340 619 RR3AQ84JQ
BS 620 670 RR3AQ96JQ

RD RR3AQ84JQ 619 0 0
AAATAAACTTCAAGTAGCCTTGTAGCTTGACTCCTATTACACACCGATTCAAATTAAGAA
CTTTAAACATATCTCGACCATAATAGTATTATGCATACACGCGTGACACACGCCAACATA
TATCCCTTACCCAAACTAGGACACCAGCACATTATATATTTTGGTTTCATCAAATACTGA
AAGAGGCCACACTGACACACACACACACACACACACGAGGAGTGGTCCTTTATTCTTCGT
TCAAGAAATGTTCATCGATCTCTTTTGAGATTTCAACACAGAACTGGAGGAGAGTTTCAG
GGTGAAAAACCTCATCGCTAATTTTTTCGTACTCAAGGTGCCAATGCACAACACTACCGG
GCCCTCCATGCTTAGGGGTCACCTGGATGGGGATCACAAAGCTTTTGTACTCTTTCAACA
GATCTCCTTCTATAACCCTGAACGTGATCAGGTTCTTCTCTGGCTCCACCGCCTCGACCC
TCTCCTTAGCCACCTTTGCCTCTCCGTCATGAACGTATTTCCAGATGACAACTGAACCGA
CTTTGCCCCAGTCGCCTTCATGTAGCTCACAATTCTGAATGTTCCCTGGAGTTGCTTTTG
ACACATGGTGTGGTCTTCC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3AQ96JQ 670 0 0
AAATAAACTTCAAGTAGCCTTGTAGCTTGACTCCTATTACACACCGATTCAAATTAAGAA
CTTTAAACATATCTCGACCATAATAGTATTATGCATACACGCGTGACACACGCCAACATA
TATCCCTTACCCAAACTAGGACACCAGCACATTATATATTTTGGTTTCATCAGATACTGA
AAGAGGCCACACTGACACACACACACACACACACACGAGGAGTGGTCCTTTATTCTTCGT
TCAAGAAATGTTCATCGATCTCTTTTGAGATTTCAACACAGAACTGGAGGAGAGTTTCAG
GGTGAGAAACCTCATCGCTAATTTTTTCGTACTCAAGGGGCCAATGCACAACACTACCGG
GCCCTCCATGCTTAGGGGTCACCTGGATGGGGATCACAAAGCTTTTGTACTCTTTCAACA
GATCTCCTTCTATAACCCTGAACGTGATCAGGTTCTTCTCTGGCTCCACCGCCTCGACCC
TCTCCTTAGCCACCTTTGCCTCTCCGTCATGAACGTATTTCCAGATGACAACTGAACCGA
CTTTGCCCCAGTCGCCTTCATGTAGCTCACAATTCTGAATGTTCCCTGGAGTTGCTTTTG
ACACATGGTGTGGTCTTCCTGCGAACATGTGATGGAACTTTCCAGCAGAAGCTTTGATCT
CCACATCTGT

QA 1 670 1 670
DS 



CO CL3224Contig2 639 2 16 U
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GGAAAGTTCCATCACATGTTCGCAGGAAGACCACACCATGTGTCAAAAGCAACTCCAGGG
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TGGAAATACGTTCATGACGGAGAGGCAAAGGTGGCTAAGGAGAGGGTCGAGGCGGTGGAG
CCAGAGAAAAACCTGATCACATTCAGGGTTATAGAAGGAGATCTGATGAAAGAGTACAAA
AGCTTTGTGATCACAATCCAGGTGACCCCTAAGCATGGAGGGCCCGGTAGTGTTGTGCAT
TGGCACCTTGAGTACGAAAAAATTAGCGATGAGGTTGCTCACCCTGAAACTCTCCTCCAG
TTCTGTGTTGAAATCTCAAAAGAGATCGATGAACATCTCTTGAACGAAGAATAAAGGACC
ACATCCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAGTGTGGCCTCTTTCAGTATCTGATGAAA
CCAAAATAAATAATGTGCTGGTGTCCTAGTTTGGGTAAG


BQ
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AF RR3AQ84TF U 1
AF RR3F895TF U 1
BS 1 308 RR3AQ84TF
BS 309 309 RR3F895TF
BS 310 320 RR3AQ84TF
BS 321 321 RR3F895TF
BS 322 345 RR3AQ84TF
BS 346 346 RR3F895TF
BS 347 374 RR3AQ84TF
BS 375 375 RR3F895TF
BS 376 456 RR3AQ84TF
BS 457 457 RR3F895TF
BS 458 542 RR3AQ84TF
BS 543 543 RR3F895TF
BS 544 608 RR3AQ84TF
BS 609 609 RR3F895TF
BS 610 625 RR3AQ84TF
BS 626 639 RR3F895TF

RD RR3AQ84TF 625 0 0
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TGGAAATACGTTCATGACGGAGAGGCAAAGGTGGCTAAGGAGAGGGTCGAGGCGGTGGAG
CCAGAGAAGAACCTGATCACGTTCAGGGTTATAGAAGGAGATCTGTTGAAAGAGTACAAA
AGCTTTGTGATCACCATCCAGGTGACCCCTAAGCATGGAGGGCCCGGTAGTGTTGTGCAT
TGGCACCTTGAGTACGAAAAAATTAGCGATGAGGTTTCTCACCCTGAAACTCTCCTCCAG
TTCTGTGTTGAAATCTCAAAAGAGATCGATGAACATCTCTTGAACGAAGAATAAAGGACC
AC*TCCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAGTGTGGCCTCTTTCAGTATCTGATGAAA
CCAAAATATATAATGTGCTGGTGTC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3F895TF 639 0 0
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GCAGAAGCGTCTACTTTGGTGGGGAAGCTTGAGACAGATGTGGAGATCAAAGCTTCTGCT
GGAAAGTTCCATCACATGTTCGCAGGAAGACCACACCATGTGTCAAAAGCAACTCCAGGG
AACGTTCAGAATTGTGAGCTACATGAAGGCGACTGGGGCAAAGTCGGTTCAGTTGTCATC
TGGAAATACGTTCATGATGGAGAGGCAAAGGTGGCTAAGGAGAGGGTCGAGGCGGTGGAG
CCAGAGAGAAACCTGATCACATTCAGGGTTATAGAAGGAGATCTGATGAAAGAGTACAAA
AGCTTTGTGATCACAATCCAGGTGACCCCTAAGCATGGAGGGCCTGGTAGTGTTGTGCAT
TGGCACCTTGAGTACGAAAAAATTAGCGATGAGGTTGCTCACCCTGAAACTCTCCTCCAG
TTCTGTGTTGAAATCTCAAAAGAGATCGATGAACATCTCTTGAACGAAGAATAGAGGACC
ACATCCTCGTGTGTGTGTGTGTGT******CAGTGTGGCCTCTTTCAGTATCTGATGAAA
CCGAAATAAATAATGTGCTGGTGTCCTAGTTTGGGTAAG

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 3

CO CL3225Contig1 1399 3 2 U
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AGTAGTAATCAAAAGATCTACTAACAAATTTGAGATATTCATGAAATCTCTCTAGTCGTT
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TGTTTAGTTCTTGACTTCTTCGCTGGTTAAGAGCGTCTTAACGATGTTATCAACCATACC
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CTTCTTAGCAACGTAACGTTGTAGAGTCACAGGGACAAGGGCGTCGTCATCTCCCTGCCA
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CCATTTTCCAAACCCAACAATCATGTCACGGATCACTGTCTCATGTGTTCCTTGCTGTCT
TATTTCTGCCTCATGTGGTCTCCCTGCAGCACCAATCTTGAAGAGGATCTCTTTGTCAGA
TTTAGACAACAAACCGAGGTTTCTCGTCACAACACTCGACCCAAGGAACCACTTCTGTGA
GTTCCACCAATGAGTGAGCCAAGGAGCGTAGTGTGCGACACGAACCGCCCACTGGTCGTT
TCTCGGTTGTTTGTTATAAGCTTCCTTTGACATCTCTGATGGAAAGCTCTTCCACCAATA
GTTCACCACTGGTGTTACCAGCGCTGCTCCGGCTAACCTGTGAGGAATGTATTTAAGGCA
TGCCCATGTAGCTTGTCCACCCATAGAGTACCCTATCACATAGAATTTAGATCCTAGACT
CAACTGATCAGCAAGCTCCTCTATATCCAAAGCCAAGCTTTTGGGAGTACGGTTTGGGTC
AGCATCACTCTCTCCATAACCAGGTCTATCAAATGAAACCATATACACGCCTAGTCCCTC
CTTAATATCCGGTGATAATAGAGCTGCGAAGGCATTGTCGTGCCTGCAACTATCTGATCC
ATGAACAAAGACGATTTTACGAGTAGCTTCACCTCTGGGAACACCATGCTCCTTGTAAGC
CAAGTGTCTTCCGTCTCTAAGCTTAATTCTTGGGGCTGTGATAGATGGACCACCGGGAGA
ACCGCATAGCTTTGGAGGAGGAGGCTGGAGTGCTTGATAAGTGGAAGTAGCTATACATAC
AGAGAACACGACCAGCAGCTTGTAGAGAACACCTGAGGAGCGGGAGGTAGGGGAATCTGT
CGATCCAGTAGCCATTGGTCAGATAGAGAGAAGCAGAGAGAAACAGAGGGGGAGAGAGAA
GTAGCTGCAGGAAAGTGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H363JQ U 1
AF RR3CG36JQ U 47
AF RR3CG36TF C 667
BS 1 771 RR3H363JQ
BS 772 1399 RR3CG36TF

RD RR3H363JQ 771 0 0
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AGTAGTAATCAAAAGATCTACTAACAAATTTGAGATATTCATGAAATCTCTCTAGTCGTT
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TGTTTAGTTCTTGACTTCTTCGCTGGTTAAGAGCGTCTTAACGATGTTATCAACCATACC
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CCATTTTCCAAACCCAACAATCATGTCACGGATCACTGTCTCATGTGTTCCTTGCTGTCT
TATTTCTGCCTCATGTGGTCTCCCTGCAGCACCAATCTTGAAGAGGATCTCTTTGTCAGA
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TCTCGGTTGTTTGTTATAAGCTTCCTTTGACATCTCTGATGGAAAGCTCTT

QA 1 771 1 771
DS 

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CAACAAAGTATATTAGTAGTAATCAAAAGATCTACTAACAAATTTGAGATATTCATGAAA
TCTCTCTAGTCGTTTAGCAAATCATGTCACATAACCAAATCAGCCATTGTTCCGAGAAAG
AACACGAGTCTTTTTGTTTAGTTCTTGACTTCTTCGCTGGTTAAGAGCGTCTTAACGATG
TTATCAACCATACCAGGAAAAAGCGGGAACATATGCCCTGCTCCAGGAATCTCATGGTAA
CGAACCCATGTCAGCTTCTTAGCAACGTAACGTTGTAGAGTCACAGGGACAAGGGCGTCG
TCATCTCCCTGCCACAAGTGAACCGATCCCTCGTTGTTAGGGAACAAGTTCTCGAGCTCC
ATTGGATCGAACTCCCATTTTCCAAACCCAACAATCATGTCACGGATCACTGTCTCATGT
GTTCCTTGCTGTCTTATTTCTGCCTCATGTGGTCTCCCTGCAGCACCAATCTTGAAGAGG
ATCTCTTTGTCAGATTTAGACAACAAACCGAGGTTTCTCGTCACAACACTCGACCCAAGG
AACCACTTCTGTGAGTTCCACCAATGAGTGAGCCAAGGAGCGTAGTGTGCGACACGAACC
GCCCACTGGTCGTTTCTCGGTTGTTTGTTATAAGCTTCCTTTGACATCTCTGATGG

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3CG36TF 733 0 0
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TTGTTTGTTATAAGCTTC*TTTGACATCTCTGATGGAAAGCTCTTCCACCAATAGTTCAC
CACTGGTGTTACCAGCGCTGCTCCGGCTAACCTGTGAGGAATGTATTTAAGGCATGCCCA
TGTAGCTTGTCCACCCATAGAGTACCCTATCACATAGAATTTAGATCCTAGACTCAACTG
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ACTCTCTCCATAACCAGGTCTATCAAATGAAACCATATACACGCCTAGTCCCTCCTTAAT
ATCCGGTGATAATAGAGCTGCGAAGGCATTGTCGTGCCTGCAACTATCTGATCCATGAAC
AAAGACGATTTTACGAGTAGCTTCACCTCTGGGAACACCATGCTCCTTGTAAGCCAAGTG
TCTTCCGTCTCTAAGCTTAATTCTTGGGGCTGTGATAGATGGACCACCGGGAGAACCGCA
TAGCTTTGGAGGAGGAGGCTGGAGTGCTTGATAAGTGGAAGTAGCTATACATACAGAGAA
CACGACCAGCAGCTTGTAGAGAACACCTGAGGAGCGGGAGGTAGGGGAATCTGTCGATCC
AGTAGCCATTGGTCAGATAGAGAGAAGCAGAGAGAAACAGAGGGGGAGAGAGAAGTAGCT
GCAGGAAAGTGCC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 3

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CTCTTCTCAGAAGATCCAACGAGCACCGAGTCGCGTGATGGGATTGCTCGATCTGGAGAA
GCACTTCGCCTTCTACGGCGCTTACCACAGCAATCCGATCAACATCATAATCCACATCAT
CTTCGTATGGCTGATCGTCTTCACCGCCTTGCTCCTCCTCCACTCCTCGACCCCAATTTT
CGATCTTTCTCAATCGCTGACCCTCGACGGCGTTCTTCGGTTAAACGTCGGGTTTATCCT
TACGCTTGTTTATGCTCTCTTCTACATCTGTTTGGATAGGAAAGCTGGGTTTGTAGCGGC
TCTCATGTGTTTCTCTTGCTGGCTCGGTTCCAGCTTTCTCGCTGCTCGGTTAGGCCCTTC
TCTAGCCCTCAAGGTTGGGATAGCGTCTCAGCTGTTATGTTGGACCGGGCAGTTTCTTGG
CCATGGACTCTTCGAGAAACGAGCACCTGCGCTATTAGACAATCTGCTCCAAGCTTTTCT
CATGGCTCCTTTCTTTGTGTTGCTCGAGGTTCTTCAGTCGGTTTTCTGGTATGAACCATA
TCCAGGTTTTCAAGCTCGTGTGAATGCCAAGGTAGAAAGTGACATTAAGGAATGGAGAGC
AAAGAAGCAGATTAAAAAGAATAAGCTCATATAAGCTTTGGATTAATATAACTGAACAAC
TTAAACCCATTGATTGTAATGTTTCCACATTAAAAACCTATATAATAAAAATATAAGACC
ACCCCCATGGATTGGTGGATTTGTGCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM80TF U 1
AF RR3H157JQ C 78
AF RR3H157TF U 78
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RD RR3FM80TF 722 0 0
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GCACTTCGCCTTCTACGGTGCTTACCACAGCAATCCGATCAACATCATAATCCACATCAT
CTTCGTATGGCCGATCGTCTTCACAGCCTTGCTCCTCCTCCACTCCTCGACCCCAATTTT
CGATCTCTCTCAATCTCTGACCCTCGACGGCGTTCTTCGGCTAAACGTCGGGTTTATCCT
TACGGTTTTTTATGCTCTCTTCTACATCTGTTTGGATAGGAAAGCTGGGTTTGTAGCGGC
TCTCATGTGTTTCTCTTGCTGGCTCGGTTCCAGCTTTCTCGCTGCTCGGTTAGGACCTTC
TCTATCCCTCAAGGTTGGGATAGCGTCTCAGCTGTTATGTTGGACCGGGCAGTTTCTTGG
CCATGGACTCTTCGAGAAACGAGCACCTGCGCTATTAGACAATCTGCTCCAAGCTTTTCT
CATGGCTCCTTTCTTTGTGTTGCTCGAGGTTCTTCAGTCGGTTTTCGGGTATGAACCATA
TCCAGGGTTTCAAGCTCGTGTGAATGCCAAGGTAGAAAGTGACATTAAGGA*TGGAGAGC
AAAGAAGCAGATTAAAA*GAATAAGCTCACATAAGCTTTGGATTAATATAACTGAACAAC
TT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3H157JQ 729 0 0
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CCGCCTTGCTCCTCCTCCACTCCTCGACCCCAATTTTCGATCTTTCTCAATCGCTGACCC
TCGACGGCGTTCTTCGGTTAAACGTCGGGTTTATCCTTACGCTTGTTTATGCTCTCTTCT
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TCCACATTAAAAACCTATATAATAAAAATATAAGACCACCCCCATGGATTGGTGGATTTG
TG
C

QA 7 728 7 728
DS 

RD RR3H157TF 734 0 0
GGAGCA
CACCGAGTCGCGTGATGGGATTGCTCGATCTGGAGAAGCACTTCGCCTTCTACGGCGCTT
ACCACAGCAATCCGATCAACATCATAATCCACATCATCTTCGTATGGCTGATCGTCTTCA
CCGCCTTGCTCCTCCTCCACTCCTCGACCCCAATTTTCGATCTTTCTCAATCGCTGACCC
TCGACGGCGTTCTTCGGTTAAACGTCGGGTTTATCCTTACGCTTGTTTATGCTCTCTTCT
ACATCTGTTTGGATAGGAAAGCTGGGTTTGTAGCGGCTCTCATGTGTTTCTCTTGCTGGC
TCGGTTCCAGCTTTCTCGCTGCTCGGTTAGGCCCTTCTCTAGCCCTCAAGGTTGGGATAG
CGTCTCAGCTGTTATGTTGGACCGGGCAGTTTCTTGGCCATGGACTCTTCGAGAAACGAG
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TCGAGGTTCTTCAGTCGGTTTTCTGGTATGAACCATATCCAGGTTTTCAAGCTCGTGTGA
ATGCCAAGGTAGAAAGTGACATTAAGGAATGGAGAGCAAAGAAGCAGATTAAAAAGAATA
AGCTCATATAAGCTTTGGATTAATATAACTGAACAACTTAAACCCATTGATTGTAATGTT
TCCACATTAAAA*CCTATATAATAAAA*TATAAGACCACCCC*ATGGATTGGTGGATTTG
TGCAAAAA

QA 7 734 7 734
DS 



AS 1 4

CO CL3227Contig1 707 4 12 U
GGATCCCAAAACCTAAATCTCCACTTCCGCCTTTTCGTTCCCGAGAAAGTCAAAGAAAGA
GAGATTCACGATGGCACCAAAGGCAGGAAAGAAACCAGCAGAGAAGAAACCAGCCGCCGC
GGAGAAGCCAGCGGAGGAAGAGAAGGTAGCGAAGAAAGCACCAGCGGAGAAGAAGCCCAA
GGCCGGAAAGAAGCTACCGAAGGACCCCTCCGCCGTCGCCGGAGACAAGAAGAAGAAGCG
CTCCAAGAAGAGCGTGGAGACGTACAAGATCTACATCTTCAAGGTGCTCAAGCAGGTTCA
CCCCGACATCGGGATCTCGAGCAAGGCCATGGGGATCATGAACAGCTTCATCAACGACAT
CTTCGAGAAGCTTGCTCAGGAAGCGTCCAAACTCGCTAGGTACAACAAGAAGCCGACGAT
TACTTCTCGCGAGATCCAGACAGCGGTTAGACTTGTTCTTCCTGGTGAGCTTGCTAAGCA
CGCCGTGTCTGAAGGAACCAAGGCTGTTACTAAGTTTACTAGCTCTTGAATGAAAAATCT
CTTGTTAGGATTCTAGATCTGAGCGCTTTTGGGTTTGTCTTTTGGTACCGATTATGCTTA
TCTTAGCTCTATGATGCGGTGACTTTGTAAGAACATATGAATGATTAATCGTCTCTTTTG
TTTATTATCTCTCATCCTTCGAATTAATATATCCTGAAATTACTCCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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QA 1 707 1 707
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AS 1 3

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BQ
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10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

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AGAGCGATTGAGTTTGAGCAGCTGCAGATTCCGCCATTGGAGTTAGTGGTCTCAGAGATT
CTTCTTCAGAGCAACGAGGATCGAAGAGGAGAGACAGAGA*TCTTATTGATGATC

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR3G059TF 714 0 0
TCTTATTAAACTCTGCAGTGTAATTGGAGCGACATTATGAAGGTAACATCAAAAGAGGAT
TCTTCTTGAGGCAGGAGTATCTT*AGAGAGGACCAGGGAAAGTTCCATTCTCTCTTTGCT
CGTTCCACTTATCAACCCATTCGCCGGGGCACAGGGATCGATAAAACTTTGAAAACTTAT
CACATTCTGGAGCGTCGTCACCCTTAGCAGCTACACATCTGTGATATTCAATGTAACGAG
TGAAACAATGCCTTGTTTGGTTTGTTGTCGGGAAACGGAAATCAGCAGGAGCTGTCTCAA
GCCTGATCTCATCAGGAGTCTCCTCAGCAACTTCTTCACTAGCGTTTTCCTCGTCATTGC
TTTCTTCAACCGCAGCAGGAGTCTCATCAGCAGTTTCTTCCGCTGCCACAGCAGGAGCCT
CTTCAGAAGCAGCAGGAGGACTCAGACTTGTCCTCAACCTCAACAGCAGGAGATTCTTCA
CCGGCTTTGTCGGTGCTGACCTCTTCAGCTTGAGTAGTAACCTCTGGAGCAACCTCTACA
GGGACAGGCTTAGCACTTGTGTCTTGCTTCACTTCTTTCTCCAAATGATATTGCTCGGAG
AGCGATTGAGTTTGAGCAGCTGCAGATTCCGCCATTGGAGTTAGTGGTCTCAGAGATTCT
TCTTCAGAGCAACGAGGATCGAAGAGGAGAGACAGAGAATCTTATTGATGATCC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 4

CO CL3229Contig1 1028 4 16 U
GGGTTTTCTCTTGAATCTGCGTTTTACACAGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCCAGGC
TACGAAGATCAAACTCCATGGCGATAAGATCAGTCAAAGTTAGCAATCTCTCATCAGGAG
CAACAGAGCATGGTATCAAAGAGTTCTTCTCTTTTTCCGGTGAGGTTGAAAGCATTGACA
TCCAAGGCAATGAGCATAGTGCTTATGTCACATTCAAAGATCCTCAAGGAGCAGAGACCG
CTGTGCTCTTATCAGGTGCAAGTATTGCCGATCAGTCAGTCATTATTGAGATGGCTCCTA
ACTACACTCCACCTGCTGCCCCTCATGCTGAAACACAGAGCGGGGGAGGAGGCGGAGGCG
TCGCAGAATCAGTTGTTCAGAAGGCAGAAGATGTTGTGAGCAGCATGTTAGCAAAGGGTT
TCATCCTCGGTAAAGACGCGGTCGGCAAAGCAAAAGCGTTCGATGAGAAACTCGGTTTCA
CTTCAACCGCAACAGCAGGAGTTGCTTCTATAGACCAAAAGATCGGTCTAACCCAAAAAA
TCACAGCTGGTACAAGCTTGGTGACCGAGAAGATCAAAGGGGTGGACCAAAGCTTCCAGG
TCACAGAGAGGACCAAGTCTGCCTTTGCGACTGCGGAACAGACTGTGAGCAGCGCGGGAA
CGGCCGTGATGAAAAACCGTTTTGTATTAACAGGTGTGAGCTGGGCGGCAGGAGCGTTCA
ACAGAGTTGCTAAAGCAGCTGGAGAGGTTAGTCAGAAAACAAAAGAAAAGGTTGAAGCTG
AGCAACCACCACAACCGTCGCAGACAGAGCATCAACCACCAGAAGGGTATTCTCCGATTC
ATTCGTCTGAATCGAAGCACTAAATCTCATTACAGTGAAGAAGGTTGCGTTTTCTTTTTC
TTGTTGGTTTCTTTGATATGAAAAATGTGGGATTTTTTTTGTCTTTTGGATTGTAACATA
AAAGCTATGTTTGGATCTTCTACATTCGTAGTTCGTGTTTCTTATAAGATATTCATATAG
TATTCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3B552TF U 1
AF RR3BX68TF U 55
AF RR3B552JQ C 222
AF RR3BX68JQ C 326
BS 1 98 RR3B552TF
BS 99 99 RR3BX68TF
BS 100 148 RR3B552TF
BS 149 149 RR3BX68TF
BS 150 421 RR3B552TF
BS 422 422 RR3BX68TF
BS 423 433 RR3B552TF
BS 434 434 RR3BX68TF
BS 435 587 RR3B552TF
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BS 589 757 RR3B552TF
BS 758 763 RR3B552JQ
BS 764 764 RR3BX68JQ
BS 765 817 RR3B552JQ
BS 818 818 RR3BX68JQ
BS 819 1028 RR3B552JQ

RD RR3B552TF 760 0 0
GGGTTTTCTCTTGAATCTGCGTTTTACACAGCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCCAGGC
TACGAAGATCAAACTCCATGGCGATAAGATCAGTCAAATTTAGCAATCTCTCATCAGGAG
CAACAGAGCATGGTATCAAAGAGTTCTT*TCTTTTTCCGGTGAGGTTGAAAGCATTGACA
TCCAAGGCAATGAGCATAGTGCTTATGTCACATTCAAAGATCCTCAAGGAGCAGAGACCG
CTGTGCTCTTATCAGGTGCAAGTATTGCCGATCAGTCAGTCATTATTGAGATGGCTCCTA
ACTACACTCCACCTGCTGCCCCTCATGCTGAAACACAGAGCGGGGGAGGAGGCGGAGGCG
TCGCAGAATCAGTTGTTCAGAAGGCAGAAGATGTTGTGAGCAGCATGTTAGCAAAGGGTT
TTATCCTCGGTAA*GACGCGGTCGGCAAAGCAAAAGCGTTCGATGAGAAACTCGGTTTCA
CTTCAACCGCAACAGCAGGAGTTGCTTCTATAGACCAAAAGATCGGTCTAACCCAAAAAA
TCACAGCTGGTACAAGCTTGGTGACCGAGAAGATCAAAGGGGTGGACTAAAGCTTCCAGG
TCACAGAGAGGACCAAGTCTGCCTTTGCGACTGCGGAACAGACTGTGAGCAGCGCGGGAA
CGGCCGTGATGAAAAACCGTTTTGTATTAACAGGTGTGAGCTGGGCGGCAGGAGCGTTCA
ACAGAGTTGCTAAAGCAGCTGGAGAGGTTAGTCAGAA
AAC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3BX68TF 703 0 0
GG
AGGCTACGAAGATCAAACTCCATGGCGATAAGATCAGTCAAAGTTAGCAATCTCTCATCA
GGAGCAACAGAT*ATGGTATCAAAGAGTTCTTCTCTTTTTCCGGTGAGGTTGAAAGCATT
GACATCCAAGGCAATGAGCATAGTGCTTATGTCACATTCAAAGATCCTCAAGGAGCAGAG
ACCGCTGTGCTCTTATCAGGTGCAAGTATTGCCGATCAGTCAGTCATCATTGAGATGGCT
CCTAACTACACTCCACCTGCTGCCCCTCATGCTGAAACACAGAGCGGGGGAGGAGGCGGA
GGCGTCGCAGAATCAGTTGTTCAGAAGGCAGAAGATGTTGTGAGCAGCATGTTAGCAAAG
GGTTTCATCCTCGGTAAAGACGCGGTCGGCAAAGCAAAAGCGTTCGATGAGAAACTCGGT
TTCACTTCAACCGCAACAGCAGGAGTTGCTTCTATAGACCAAAAGATCGGTCTAACCCAA
AAAATCACAGCTGGTACAAGCTTGGTGACCGAGAAGATCAAAGGGGTGGACCAAAGCTTC
CAGGTCACAGAGAGGACCAAGTCTGCCTTTGCGACTGCGGAACAGACTGTGAGCAGCGCG
GGAACGGCCGTGATGAAAAACCGTTTTGTATTAACAGGTGTGAGCTGGGCGGCGGGAGCG
TTCAACAGAGTTGCTAAAGCAGCTGGAGAGGTTAGTCAGAA

QA 3 703 3 703
DS 

RD RR3B552JQ 807 0 0
CCTCAAGGAGCAGAGACCGCTGTGCTCTTATCAGGTGCAAGTATTGCCGATCAGTCAGTC
ATTATTGAGATGGCTCCTAACTACACTCCACCTGCTGCCCCTCATGCTGAAACACAGAGC
GGGGGAGGAGGCGGAGGCGTCGCAGAATCAGTTGTTCAGAAGGCAGAAGATGTTGTGAGC
AGCATGTTAGCAAAGGGTTTTATCCTCGGTAA*GACGCGGTCGGCAAAGCAAAAGCGTTC
GATGAGAAACTCGGTTTCACTTCAACCGCAACAGCAGGAGTTGCTTCTATAGACCAAAAG
ATCGGTCTAACCCAAAAAATCACAGCTGGTACAAGCTTGGTGACCGAGAAGATCAAAGGG
GTGGACTAAAGCTTCCAGGTCACAGAGAGGACCAAGTCTGCCTTTGCGACTGCGGAACAG
ACTGTGAGCAGCGCGGGAACGGCCGTGATGAAAAACCGTTTTGTATTAACAGGTGTGAGC
TGGGCGGCAGGAGCGTTCAACAGAGTTGCTAAAGCAGCTGGAGAGGTTAGTCAGAAAACA
AAGGAAAAGGTTGAAGCTGAGCAACCACCACAACCGTCGCAGACAGAGCATCAACCGCCA
GAAGGGTATTCTCCGATTCATTCGTCTGAATCGAAGCACTAAATCTCATTACAGTGAAGA
AGGTTGCGTTTTCTTTTTCTTGTTGGTTTCTTTGATATGAAAAATGTGGGATTTTTTTTG
TCTTTTGGATTGTAACATAAAAGCTATGTTTGGATCTTCTACATTCGTAGTTCGTGTTTC
TTATAAGATATTCATATAGTATTCACT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3BX68JQ 702 0 0
TGCTGAAACACAGAGCGGGGGAGGAGGCGGAGGCGTCGCAGAATCAGTTGTTCAGAAGGC
AGAAGATGTTGTGAGCAGCATGTTAGCAAAGGGTTTCATCCTCGGTAAAGACGCGGTCGG
CAAAGCAAAAGCGTTCGATGAGAAACTCGGTTTCACTTCAACCGCAACAGCAGGAGTTGC
TTCTATAGACCAAAAGATCGGTCTAACCCAAAAAATCACAGCTGGTACAAGCTTGGTGAC
CGAGAAGATCAAAGGGGTGGACCAAAGCTTCCAGGTCACAGAGAGGACCAAGTCTGCCTT
TGCGACTGCGGAACAGACTGTGAGCAGCGCGGGAACGGCCGTGATGAAAAACCGTTTTGT
ATTAACAGGTGTGAGCTGGGCGGCGGGAGCGTTCAACAGAGTTGCTAAAGCAGCTGGAGA
GGTTAGTCAGAAAACAAAAGAAAAGGTTGAAGCTGAGCAACCACCACAACCGTCGCAGAC
AGAGCATCAACCACCAGAAGGGTATTCTCCGATTCATTCGTCTGAATCGAAGCACTAAAT
CTCATTACAGTGAAGAAGGTTGCGTTTTCTTTTTCTTGTTGGTTTCTTTGATATGAAAAA
TGTGGGATTTTTTTTGTCTTTTGGATTGTAACATAAAAGCTATGTTTGGATCTTCTACAT
TCGTAGTTCGTGTTTCTTATAAGATATTCATATAGTATTCAC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 3

CO CL3230Contig1 807 3 2 U
ACCAAAATAACATAACACTCGTCACTTTGTCAAAATACAGCGAAGAGAGTGGAATATCCA
CGAAACCACTAGGAACTTGAATTTAGAAGAAAAAACAGAGTTAGTTGCTGATAGACCATA
TGATGTTTCTTACAATATGCAATTTTGACAAGACCAGAGACTTCTAAGTTTTT***TTCT
TTTCCAAAAGATGAATATATAAATAAAACCGGCTGCAAACACAATGGAAGAAGAAACCTG
TTACCCTCTCAAACTGGCGCTCTCTATACATTTCTTCTTCTATTGGTTGTTGATTGCAGA
TTCTCATGTCTCCTCCTCCTCAGTCTTTAACTTTGAAGGGTTCTTTTATAAGCCACCCAT
GAGTGCCTTCCGTCCACAGCCAAACTACAAGTCCAGAGTGTTATAACCTCAGGATCCATT
TACAGCCATTTCAGGTGATGATTTTGGAGCAACTACCACTGATTCTTCCCCATTTAGCTT
CTTTCCATTGTCTGATGTTCCCTGTTCTGAACTAGAAACTCCATCATCCTTATGATTCTT
CTCATCATCCGAACTGCTGCTATTATTCTCTTCACTACTTCTAGATTACTCAGGTTCCTT
GGTTACAATAGACCGGGCTGCAGATCCAGTGCTGCCCTGACTTTTCTTTGCGAGCACTGC
ATGGCTCAACGTCGAACACAGCACAGCAAACACGTTTTCTCTTTTCGGGTTTTTACCCAG
TCGAGGTTTCTTGGGGGAAGGCTCTTGCTCTCTTTCTGGGAAAGGGGATTTGCGTTTCAG
CCCAAGGAGCTCGCCTTCTTCCTCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF21JQ U 45
AF RR3E346JQ U 1
AF RR3E346TF C 18
BS 1 736 RR3E346JQ
BS 737 807 RR3E346TF

RD RR3FF21JQ 580 0 0
GG
GAGTGGAATATCCACGAAACCACTAGGAACTTGAGTTTAGAAGAAAAAACAGAGTTAGTT
GCTGATAGACCATATGGTGTTTCTTACAATATGCAATTTTGACAAGACCAGAGACTTCTA
AGTTTTTTTTTTCTTTTCCAAATGATGAATATATAAATAAAACCGGCTGCAAACACAATG
GACGAAAAAACCTGTTACCCTCTCAAACTGGCGCTCTCTATACATTTCTTCTTCTATTGG
TTGTTGATTGCAGTTTCTCATGGT**CTCCTCCTCAGTCTTTAACATTGAAGGGTTCTTT
TATAAGCCACCCATGAGTGCCTTCCGTCCACAGCCAACTAACAAGTCCAGAGTGTTATAA
CCTCAGGATCCATTTACAGCCATTTCAAATGATGATTTTGGAGCAACTACCACTGATTCT
TCCCCATTTAGCTTCTTTCCATTGTCTGATGTTCCCTGTTCCGAACTAAAAACTCCATCA
TCCTTATGATTCTTCTCATCATCCGAACTGCTGCTATTATTCTCTTCACTACTTCTCGAT
TCCCCAGGTTCCTTGGTAACAATAGACCGGGCTGCAGA

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DS 

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CGAAACCACTAGGAACTTGAATTTAGAAGAAAAAACAGAGTTAGTTGCTGATAGACCATA
TGATGTTTCTTACAATATGCAATTTTGACAAGACCAGAGACTTCTAAGTTTTT***TTCT
TTTCCAAAAGATGAATATATAAATAAAACCGGCTGCAAACACAATGGAAGAAGAAACCTG
TTACCCTCTCAAACTGGCGCTCTCTATACATTTCTTCTTCTATTGGTTGTTGATTGCAGA
TTCTCATGTCTCCTCCTCCTCAGTCTTTAACTTTGAAGGGTTCTTTTATAAGCCACCCAT
GAGTGCCTTCCGTCCACAGCCAAACTACAAGTCCAGAGTGTTATAACCTCAGGATCCATT
TACAGCCATTTCAGGTGATGATTTTGGAGCAACTACCACTGATTCTTCCCCATTTAGCTT
CTTTCCATTGTCTGATGTTCCCTGTTCTGAACTAGAAACTCCATCATCCTTATGATTCTT
CTCATCATCCGAACTGCTGCTATTATTCTCTTCACTACTTCTAGATTACTCAGGTTCCTT
GGTTACAATAGACCGGGCTGCAGATCCAGTGCTGCCCTGACTTTTCTTTGCGAGCACTGC
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TCGAGGTTTCTTGGGG

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DS 

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CTCGTCACTTTGTCAAAATACAGCGAAGAGAGTGGAATATCCACGAAACCACTAGGAACT
TGAATTTAGAAGAAAAA*CAGAGTTAGTTGCTGATAGACCATATGATGTTTCTTACAATA
TGCAATTTTGACAAGACCAGAGACTTCTAAGTTTTT****TCTTTTCCAAAAGATGAATA
TATAAATAAAACCGGCTGCAAACACAATGGAAGAAGAAACCTGTTACCCTCTCAAACTGG
CGCTCTCTATACATTTCTTCTTCTATTGGTTGTTGATTGCAGATTCTCATGTCTCCTCCT
CCTCAGTCTTTAACTTTGAAGGGTTCTTTTATAAGCCACCCATGAGTGCCTTCCGTCCAC
AGCCAAACTACAAGTCCAGAGTGTTATAACCTCAGGATCCATTTACAGCCATTTCAGGTG
ATGATTTTGGAGCAACTACCACTGATTCTTCCCCATTTAGCTTCTTTCCATTGTCTGATG
TTCCCTGTTCTGAACTAGAAACTCCATCATCCTTATGATTCTTCTCATCATCCGAACTGC
TGCTATTATTCTCTTCACTACTTCTAGATTACTCAGGTTCCTTGGTTACAATAGACCGGG
CTGCAGATCCAGTGCTGCCCTGACTTTTCTTTGCGAGCACTGCATGGCTCAACGTCGAAC
ACAGCACAGCAAACACGTTTTCTCTTTTCGGGTTTTTACCCAGTCGAGGTTTCTTGGGGG
AAGGCTCTTGCTCTCTTTCTGGGAAAGGGGATTTGCGTTTCAGCCCAAGGAGCTCGCCTT
CTTCCTCCTC

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 4

CO CL3231Contig1 1268 4 5 U
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AAAACACCATGGGAGTACTCGACGAAGCTTTTATCCAAGCTCCAGAACACAGACCCAAAA
CTCATCTCAAACACTCCGATGACTACATTCTTTCCAAAGAGATCCCGACCATCGACCTCT
CTTCTCTCCAGGACCCACACTCCGACAAGACAGCGCTCACGACAGAGATTGCAGAAGCAT
GCATGAGATGGGGTTTTTTCCAGGTGACCAACCATGGATTGTCGTTGGACTTAAAGAGTC
GAGTTGAGAAGACGATGGCGGATTTTTTCAGTTTACCATTGGAGGAGAAGAGAAGAGTGA
AAAGAGATGAAGTGAACCCTATGGGTTATCACGACGGAGAACATACCAAAAACGTTAGAG
ACTGGAAAGAGATTTTCGATTTCTTTTTGCAGGACTCGACGACGGTTCCGGCGTCTACCG
TGCCGGAAGACACCGAGCTCAGGAAGCTGACTAACCCGTGGCCTCACAACCCTTCCGACT
TTAGGGAGATATGCCAAGAATATGCAAGAGAAGTTGAGAAGCTAGCTTTCAAGCTTTTGG
AACTTATCTCCATTAGCTTGGGTCTACCTGGTGATCGGTTTACGGGGTACTTCAATGACC
AAACAAGCTTTTTGAGGTTTAACCATTACCCTCCTTGCCCGAACCCGGAGCTAGCATTAG
GCGTTGGACGCCACGCAGACGCAGGAGTTATAACCGTCTTGGCCCAAGATAATGTGGGTG
GGTTACAAGTGAGCCGTAGATCGGATGGACAATGGATCTCGGTGAAACCAAACCCTGATG
CTTTCATCATTAACGTTGGCAACTGCATGCAGGTATGGACAAATGACAAGTATTGGAGTG
CAGAACATAGAGTGGTAGTGAATTCAAGCAAAGAGAGATTCTCAATGCCATTCTTCCTGT
TTCCATCCCATGAAGTCAACATTGAGCCATTGGAGGAGTTTATAACCGAAGACAACCCGC
CTTGTTACAAAAAGTACAATTGGGGCAAGTTCTTTGCTGCGAGAAACAGAAGTGATTACA
AAAAGCTCCAAGGTGAGAGCATCCAGATTGATCATTTCAAGGCCGCTTAAGTAATCTTAC
TATGTTTATTAGCACAACATTTCCTAATAATGTCAATGAGCAAGACTCATGTGCTTACCT
TCTATATCAATATGTAGTTGAGATGTATTGTGTTTATTTTATAATAATTACAGAAGCACT
CACCCTAC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3E753TF U 1
AF RR3BW86TF U 2
AF RR3E753JQ C 538
AF RR3BW86JQ C 540
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BS 499 628 RR3BW86TF
BS 629 1268 RR3E753JQ

RD RR3E753TF 498 0 0
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AAAACACCATGGGAGTACTCGACGAAGCTTTTATCCAAGCTCCAGAACACAGACCCAAAA
CTCATCTCAAACACTCCGATGACTACATTCTTTCCAAAGAGATCCCGACCATCGACCTCT
CTTCTCTCCAGGACCCACACTCCGACAAGACAGCGCTCACGACAGAGATTGCAGAAGCAT
GCATGAGATGGGGTTTTTTCCAGGTGACCAACCATGGATTGTCGTTGGACTTAAAGAGTC
GAGTTGAGAAGACGATGGCGGATTTTTTCAGTTTACCATTGGAGGAGAAGAGAAGAGTGA
AAAGAGATGAAGTGAACCCTATGGGTTATCACGACGGAGAACATACCAAAAACGTTAGAG
ACTGGAAAGAGATTTTCGATTTCTTTTTGCAGGACTCGACGACGGTTCCGGCGTCTACCG
TGCCGGAAGACACCGAGC

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR3BW86TF 627 0 0
GG
ATCATCAGATATCTCCAAAGCCTTAAAAAGATAACATAAGAATCACCGCAAAGAAAAAAA
ACACCATGGGAGTACTCGACGAAGCTTTTATCCAAGCTCCAGAACACAGACCCAAAACTC
ATCTCAAACACTCCGATGACTACATTCTTTCCAAAGAGATCCCGACCATCGACCTCTCTT
CTCTCCAGGACCCACACTCCGACAAGACAGCGCTCACGACAGAGATTGCAGAAGCATGCA
TGAGATGGGGTTTTTTCCAGGTGACCAACCATGGATTGTCGTTGGACTTAAAGAGTCGGG
TTGAGAAGACGATGGCGGATTTTTTCAGTTTACCATTGGGGGAGAAGAGAAGAGTGAAAA
GAGATGAAGTGAACCCTATGGGTTATCACGACGGAGAACATACCAAAAACGTTAGAGACT
GGAAAGAGATTTTCGATTTCTTTTTGCAGGACTCGACGACGGTTCCGGCGTCTACCGTGC
CGGAAGACACCGAGCTCAGGAAGCTGACTAACCCGTGGCCTCACAACCCTTCCGACTTTA
GGGAGATATGCCAAGAATATGCAAGAGAAGTTGAGAAGCTAGCTTTCAAGCTTTTGGAAC
TTATCTCCATTAGCTTGGGTCTACC

QA 3 627 3 627
DS 

RD RR3E753JQ 731 0 0
AC
TTTAGGGAGATATGCCAAGAATATGCAAGAGAAGTTGAGAAGCTAGCTTTCAAGCTTTTG
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CAAACAAGCTTTTTGAGGTTTAACCATTACCCTCCTTGCCCGAACCCGGAGCTAGCATTA
GGCGTTGGACGCCACGCAGACGCAGGAGTTATAACCGTCTTGGCCCAAGATAATGTGGGT
GGGTTACAAGTGAGCCGTAGATCGGATGGACAATGGATCTCGGTGAAACCAAACCCTGAT
GCTTTCATCATTAACGTTGGCAACTGCATGCAGGTATGGACAAATGACAAGTATTGGAGT
GCAGAACATAGAGTGGTAGTGAATTCAAGCAAAGAGAGATTCTCAATGCCATTCTTCCTG
TTTCCATCCCATGAAGTCAACATTGAGCCATTGGAGGAGTTTATAACCGAAGACAACCCG
CCTTGTTACAAAAAGTACAATTGGGGCAAGTTCTTTGCTGCGAGAAACAGAAGTGATTAC
AAAAAGCTCCAAGGTGAGAGCATCCAGATTGATCATTTCAAGGCCGCTTAAGTAATCTTA
CTATGTTTATTAGCACAACATTTCCTAATAATGTCAATGAGCAAGACTCATGTGCTTACC
TTCTATATCAATATGTAGTTGAGATGTATTGTGTTTATTTTATAATAATTACAGAAGCAC
TCACCCTAC

QA 3 731 3 731
DS 

RD RR3BW86JQ 729 0 0
TTTAGGGAGATATGCCAAGAATATGCAAGAGAAGTTGAGAAGCTAGCTTTCAAGCTTTTG
GAACTTATCTCCATTAGCTTGGGTCTACCTGGTGATCGGTTTACGGGGTACTTCAATGAC
CAAACAAGCTTTTTGAGGTTTAACCATTACCCTCCTTGCCCGAACCCGGGGCTAGCATTA
GGCGTTGGACGCCACGCATACGCAGGAGTTATAACCGTCTTGGCCCAAGATAATGTGGGT
GGGTTACAAGTGAGCCGTAGATCGGATGGACAATGGATCTCGGTGAAACCAAACCCTGAT
GCTTTCATCATTAACGTTGGCAACTGCATGCAGGTATGGACAAATGACAAGTATTGGAGT
GCAGAACATAGAGTGGTAGTGAATTCAAGCAAAGAGAGATTCTCAATGCCATTCTTCCTG
TTTCCATCCCATGAAGTCAACATTGAGCCATTGGAGGAGTTTATAGCCGAAGACAACCCG
CCTTGTTACAAAAAGTACAATTGGGGCAAGTTCTTTGCTGCGAGAAACAGAAGTGATTAC
AAAAAGCTCCAAGGTGAGAGCATCCAGATTGATCATTTCAAGGCCGCTTAAGTAATCTTA
CTATGTTTATTAGCACAACATTTCCTAATAATGTCAATGAGCAAGACTCATGTGCTTACC
TTCTATATCAATATGTAGTTGAGATGTATTGTGTTTATTTTATAATAATTACAGAAGCAC
TCACCCTAC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 2 4

CO CL3232Contig1 1028 2 2 U
GGCTTCTTGATAACACAACTACTACTATGTACAGATTCAGCAACACAGTGATAGGAGTCT
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BQ
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C


BQ
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10 

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BS 730 730 RR3BA01JQ
BS 731 849 RR3BA01TF
BS 850 850 RR3BA01JQ
BS 851 860 RR3BA01TF
BS 861 1021 RR3BA01JQ

RD RR3BA01TF 860 0 0
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TCCTCAGCTTACTAGCTTCAATACCAATCATAGGAGCCGCTCTATGGAAGGCAAGAAGCA
GCACAACTTGCGAGAACTTCCTCCAAACTCCTCTACTCGTTATAGGTTTCATCATATTCT
TAGTATCCCTCGCCGGGTTCATAGGAGCATGTTTCAACGTGGCGTGGGCTCTTTGGGTTT
ACTTAGTGGTCATGATTTTCCTCATCGCGACTCTTATGGGTCTAACTCTGTTTGGTCTGG
TGGTGACGAGCCAAGGAGGTGGTGTGGAAGTACCAGGGAGGGTTTATAAAGAGTACAGGC
TTGGAGATTATCATCCATGGCTGAGAGAAAGAGTTAGAGATCCTCAGTATTGGATCTCTA
TAAGAAGCTGTATCTTGAGTTCCAAGACTTGTGCTAAGATTGAATCTTGGACTACACTTG
ATTACTTCCAAAGAGACATGACTTCTGTTCAGTCGGGATGTTGTAAGCCACCGACGGCGT
GCACGTACGAGACCGGAGTAATAGTAGGAGGAGATGATTGCTATAGATGGAACAATGGTA
TTGAAACGTTATGCTACGAGTGTGATGCTTGTAAAGCTGGTGTTCTTGAGGAGATCCGTC
TTGACTGGAGAAAGTTGTCGGTGGTTAACATTTTGGTCCTTGTCCTCCTCATCGCTGTCT
ATGCTGCAG*TTGCTGCGCCTTCCACAACACTCGCCACGCAGCACATCCTTATCATCCTT
CTGATGATAATCGCATGACTAAAGTCCGTCCTCGTTGGGACTACTACTGGTGGAGATGGT
GGCATGAGA*GAAAGAGCAG

QA 1 860 1 860
DS 

RD RR3BA01JQ 823 0 0
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TCCTCATCGCGACTCTTATGGGTCTAACTCTGTTTGGTCTGGTGGTGACGAGCCAAGGAG
GTGGTGTGGAAGTACCAGGGAGGGTTTATAAAGAGTACAGGCTTGGAGATTATCATCCAT
GGCTGAGAGAAAGAGTTAGAGATCCTCAGTATTGGATCTCTATAAGAAGCTGTATCTTGA
GTTCCAAGACTTGTGCTAAGATTGAATCTTGGACTACACTTGATTACTTCCAAAGAGACA
TGACTTCTGTTCAGTCGGGATGTTGTAAGCCACCGACGGCGTGCACGTACGAGACCGGAG
TAATAGTAGGAGGAGATGATTGCTATAGATGGAACAATGGTATTGAAACGTTATGCTACG
AGTGTGATGCTTGTAAAGCTGGTGTTCTTGAGGAGATCCGTCTTGACTGGAGAAAGTTGT
CGGTGGTTAACATTTTGGTCCTTGTCCTCCTCATCGCTGTCTATGCTGCAGGTTGCTGCG
CCTTCCACAACACTCGCCACGCAGCACATCCTTATCATCCTTCTGATGATAATCGCATGA
CTAAAGTCCGTCCTCGTTGGGACTACTACTGGTGGAGATGGTGGCATGAGAAGAAAGAGC
AGCTTTACTGAGAGAGCAGCCACATCGCTTGTGTTTTCATATTTTCATCATTATCTGTTT
ACCAAACCAGCTTGAGATTAAGAAAACACAAATCTAAGAAATGTTGATGTACTTCTGTTT
TCTATAGTTCATCAAGAGATGTAGTAAAAGTTGTTCTGATCTC

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 3

CO CL3233Contig1 1016 3 23 U
GGATGTGAAAAAACACACATCATCTATCTGTAGTAATCCTCCGAAGCGAATCGATCATAT
CCATGGCTTTACCTCCTCTTTTGGTAGAAGATCGTCAAGTTCCGCTTGATGCTACCTCCG
ATCTACCTGCTTTATTCGACGGAACCACGAGGTTGTACATAAGCTACACCTGCCCATTTG
CACAACGTGTTTGGATTACCAGAAACCTCAAGGGTCTGCAAGAGAAGATCAAATTGGTTC
CTATAGACCTTCCTAATAGACCAGCGTGGTTCAAGGAGAAAGTAAACCCTGCAAACAAGG
TGCCTGCTCTTGAACACAATGGCAAAATCATGGGGGAGAGTCTAGATTTAATCAAATATG
TGGATAGCAATTTCGAGGGACATTCACTTTACCCCCTGGATCCTGAAAAGAGAGACTTTG
GTGAAGACATGTTGAAATATGTTGATACAACATTCATTAAAGTTGTGTTTGACTCTTTCA
AAGGTGATCCGGCTAAAGATACGGCATCTGTCTTCGATCACTTGGAAAATGCTTTACAAA
AGTTTGAGGATGGTCCATTCTTCCTCGGCGACCTTAGCTTGGTTGATGTCGCATATATTC
CATTCGTCCAACGATTTCAAGTCTTCCTCGGCGAAGTTTTCAAGTACGATATTGCTGCTG
GACGTCCAAAACTAGCTGCTTGGATTGAGGAAATGGATAAGATGGTTGCATATACGCAGA
CCAAAACCGACTCGGAATATGTCATTAATTATTTCAAGAAGTTCATGTAAAATTGTATAC
CGAGTCATCGCGCGGCCATGTTGGCTTATGAAGAAGATCGTGTGTGAACGTTACTATGTA
CGTGTGTGTGCTACAAGTGTCTGGATTTCAACCATTTCGCATCGTTCTTAATAAATGTTA
TGTGGAGCATATCATTCAAAAAAATGTTATGTGGAACTTTTGTATACAATGTGTGTATCA
GTGTATGCAAGTCTCAATGTATAGACATTTTATTTTTAAAAATCCGAATTGGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT49TF U 1
AF RR3DS91TF U 4
AF RR3DS91JQ C 407
BS 1 29 RR3FT49TF
BS 30 30 RR3DS91TF
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BS 52 166 RR3FT49TF
BS 167 167 RR3DS91TF
BS 168 225 RR3FT49TF
BS 226 226 RR3DS91TF
BS 227 265 RR3FT49TF
BS 266 266 RR3DS91TF
BS 267 431 RR3FT49TF
BS 432 432 RR3DS91TF
BS 433 580 RR3FT49TF
BS 581 581 RR3DS91TF
BS 582 598 RR3FT49TF
BS 599 599 RR3DS91TF
BS 600 653 RR3FT49TF
BS 654 654 RR3DS91TF
BS 655 670 RR3FT49TF
BS 671 721 RR3DS91TF
BS 722 1016 RR3DS91JQ

RD RR3FT49TF 670 0 0
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CCATGGCTTTACCTCCTCTTTTGGTAGAAGATCGTCAAGTTCCGCTTGATGCTACCTCCG
ATCTACCTGCTTTATTCGACGGAACCACGAGGTTGTACATAAGCTATACCTGCCCATTTG
CACAACGTGTTTGGATTACCAGAAACCTCAAGGGTCTGCAAGAGACGATCAAATTGGTTC
CTATAGACCTTCCTAATAGACCAGCTTGGTTCAAGGAGAAAGTAAACCCTGCAAACAAGG
TGCCTGCTCTTGAACACAATGGCAAAATCATGGGGGAGAGTCTAGATTTAATCAAATATG
TGGATAGCAATTTCGAGGGACATTCACTTTACCCCCTGGATCCTGAAAAGAGAGACTTTG
GTGAAGACATGCTGAAATATGTTGATACAACATTCATTAAAGTTGTGTTTGACTCTTTCA
AAGGTGATCCGGCTAAAGATACGGCATCTGTCTTCGATCACTTGGAAAATGCTTTACAAA
AGTTTGAGGATGGTCCATTCTTCCTCGGCGACCTTAGCTTTGTTGATGTCGCATATATCC
CATTCGTCCAACGATTTCAAGTCTTCCTCGGCGAAGTTTTCAAGTACGATATTACTGCTG
GACGTCCAAA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3DS91TF 718 0 0
GGATGTAAAAAAA
ACATCATCTATCTGTAGTAATCCTCCGAGGCGAATCGATCATATCCATGGCTTTACCTTC
TCTTTTGGTAGAAGATCGTCAAGTTCCGCTTGATGCTACCTCCGATCTACCTGCTTTGTT
CGACGGAACCACGAGGTTGTACATAAGCTACACCTGCCCATTTGCACAACGTGTTTGGAT
TACCAGAAACCTCAAGGGTCTGCAAGAGAAGATCAAATTGGTTCCTATAGACCTTCCTAA
TAGACCAGCGTGGTTCAAGGAGAAAGTGAACCCTGCAAACAAGGTGCCTGCTCTTGAACA
CAATGGCAAAATCATGGGGGAGAGTCTAGATTTAATCAAATATGTGGATAGCAATTTCGA
GGGACATTCACTTTACCCCCTGGATCCTGAAAGGAGAGACTTTGGTGAAGACATGTTGAA
ATATGTTGATACAACATTCATTAAAGTTGTGTTTGACTCTTTCAAAGGTGATCCGGCTAA
AGATACGGCATCTGTCTTCGATCACTTGGAAAATGCTTTACAAAAGTTTGAGGATGGTCC
ATTCTTCCTCGGCGACCTTAGCTTGGTTGATGTCGCATATATTCCATTCGTCCAACGATT
TCAAGTCTTCCTCGGCGAAGTTTTCAAGTACGATATTGCTGCTGGACGTCCAAAACTAGC
TGCTTGGATTGAGGAAATGGATAAGATGGTTGCATATACGCAGAC

QA 14 718 14 718
DS 

RD RR3DS91JQ 610 0 0
AAG
GAGAGACTTTGGTGAAGACATGTTGAAATATGTTGATACAACATTCATTAAAGTTGTGTT
TGACTCTTTCAAAGGTGATCCGGCTAAAGATACGGCATCTGTCTTCGATCACTTGGAAAA
TGCTTTACAAAAGTTTGAGGATGGTCCATTCTTCCTCGGCGACCTTAGCTTGGTTGATGT
CGCATATATTCCATTCGTCCAACGATTTCAAGTCTTCCTCGGCGAAGTTTTCAAGTACGA
TATTGCTGCTGGACGTCCAAAACTAGCTGCTTGGATTGAGGAAATGGATAAGATGGTTGC
ATATACGCAGACCAAAACCGACTCGGAATATGTCATTAATTATTTCAAGAAGTTCATGTA
AAATTGTATACCGAGTCATCGCGCGGCCATGTTGGCTTATGAAGAAGATCGTGTGTGAAC
GTTACTATGTACGTGTGTGTGCTACAAGTGTCTGGATTTCAACCATTTCGCATCGTTCTT
AATAAATGTTATGTGGAGCATATCATTCAAAAAAATGTTATGTGGAACTTTTGTATACAA
TGTGTGTATCAGTGTATGCAAGTCTCAATGTATAGACATTTTATTTTTAAAAATCCGAAT
TGGTTCC

QA 4 610 4 610
DS 



AS 1 4

CO CL3234Contig1 706 4 2 U
GGGTGCCGAAGCTATTTATAAATCACAGGCTGAAACAGGTGAAATCAAAGAGAAGCGAAT
GGTTTGAGAGGTAGATAACCAAGTAGAAGAAGGAGATAGAGACGAAGAGACAGATAAAAA
ATCATGATCCTTGCGGTGTTGTTCGCTAATTCCGTAGGGAACGTTTTGATCGAAAGGTTC
AATGGAGTGCCAGCTGAGGAACGGCTCACCTGGCGATCTTTCTTGGTTAAGTTGGGAGCA
GAGAATCTCAAAGGTGTTAAGAACGAGGAGCTTCTCGTTGCTTGCCACAAGTCGGTTTAT
ATCGTGTACACAATGCTAGGGGATGTTAGCATCTTCCTTGTTGGTAAAGACGAGTACGAT
GAACTTGCTTTGGCAGAAGCCATCTTTATCATAACAGGGGCTGTGAAAGACATATGCGGC
AAACCTCCTACTGAGCGAGTGTTTCTGGACAAATACGGAAGGATTTGTTTGTGTCTTGAT
GAAATCGTTTGGAACGGACTTCTCGAGAACACCGACAAAGACAGGATCAAGCGTCTCATT
AGATTGAAACCTCCTTCTGAGTTTTGATTCCCCTCTCCAACCCCAAACCACACACCCTTG
CAATATGTTTTTTCAACACTTATCAATCTGAATCACTTCTCTCTATCAAGTATTGTACTG
TTAACTACTGCTGTTCTTCGTTCAGACATTGGAAGCAATTTAGTGT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3EV60TF U 1
AF RR3FQ08JQ C 1
AF RR3FQ08TF U 1
AF RR3EV60JQ C 177
BS 1 170 RR3EV60TF
BS 171 706 RR3FQ08TF

RD RR3EV60TF 170 0 0
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GGTTTGAGAGGTAGATAACCAAGTAGAAGAAGGAGATAGAGACGAAGAGACAGATAAAAA
ATCATGATCCTTGCGGTGTTGTTCGCTAATTCCGTAGGGAACGTTTTGAT

QA 1 170 1 170
DS 

RD RR3FQ08JQ 706 0 0
GGGTGCCGAAGCTATTTATAAATCACAGGCTGAAACAGGTGAAATCAAAGAGAAGCGAAT
GGTTTGAGAGGTAGATAACCAAGTAGAAGAAGGAGATAGAGACGAAGAGACAGATAAAAA
ATCATGATCCTTGCGGTGTTGTTCGCTAATTCCGTAGGGAACGTTTTGATCGAAAGGTTC
AATGGAGTGCCAGCTGAGGAACGGCTCACCTGGCGATCTTTCTTGGTTAAGTTGGGAGCA
GAGAATCTCAAAGGTGTTAAGAACGAGGAGCTTCTCGTTGCTTGCCACAAGTCGGTTTAT
ATCGTGTACACAATGCTAGGGGATGTTAGCATCTTCCTTGTTGGTAAAGACGAGTACGAT
GAACTTGCTTTGGCAGAAGCCATCTTTATCATAACAGGGGCTGTGAAAGACATATGCGGC
AAACCTCCTACTGAGCGAGTGTTTCTGGACAAATACGGAAGGATTTGTTTGTGTCTTGAT
GAAATCGTTTGGAACGGACTTCTCGAGAACACCGACAAAGACAGGATCAAGCGTCTCATT
AGATTGAAACCTCCTTCTGAGTTTTGATTCCCCTCTCCAACCCCAAACCACACACCCTTG
CAATATGTTTTTTCAACACTTATCAATCTGAATCACTTCTCTCTATCAAGTATTGTACTG
TTAACTACTGCTGTTCTTCGTTCAGACATTGGAAGCAATTTAGTGT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3FQ08TF 706 0 0
GGGTGCCGAAGCTATTTATAAATCACAGGCTGAAACAGGTGAAATCAAAGAGAAGCGAAT
GGTTTGAGAGGTAGATAACCAAGTAGAAGAAGGAGATAGAGACGAAGAGACAGATAAAAA
ATCATGATCCTTGCGGTGTTGTTCGCTAATTCCGTAGGGAACGTTTTGATCGAAAGGTTC
AATGGAGTGCCAGCTGAGGAACGGCTCACCTGGCGATCTTTCTTGGTTAAGTTGGGAGCA
GAGAATCTCAAAGGTGTTAAGAACGAGGAGCTTCTCGTTGCTTGCCACAAGTCGGTTTAT
ATCGTGTACACAATGCTAGGGGATGTTAGCATCTTCCTTGTTGGTAAAGACGAGTACGAT
GAACTTGCTTTGGCAGAAGCCATCTTTATCATAACAGGGGCTGTGAAAGACATATGCGGC
AAACCTCCTACTGAGCGAGTGTTTCTGGACAAATACGGAAGGATTTGTTTGTGTCTTGAT
GAAATCGTTTGGAACGGACTTCTCGAGAACACCGACAAAGACAGGATCAAGCGTCTCATT
AGATTGAAACCTCCTTCTGAGTTTTGATTCCCCTCTCCAACCCCAAACCACACACCCTTG
CAATATGTTTTTTCAACACTTATCAATCTGAATCACTTCTCTCTATCAAGTATTGTACTG
TTAACTACTGCTGTTCTTCGTTCAGACATTGGAAGCAATTTAGTGT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3EV60JQ 530 0 0
GTTCAATGGAGTGCCAGCTGAGGAACGGCTCACCTGGCGATCTTTCTTGGTTAAGTTGGG
AGCAGAGAATCTCAAAGGTGTTAAGAACGAGGAGCTTCTCGTTGCTTGCCACAAGTCGGT
TTATATCGTGTACACAATGCTAGGGGATGTTAGCATCTTCCTTGTTGGTAAAGACGAGTA
CGATGAACTTGCTTTGGCAGAAGCCATCTTTATCATAACAGGGGCTGTGAAAGACATATG
CGGCAAACCTCCTACTGAGCGAGTGTTTCTGGACAAATACGGAAGGATTTGTTTGTGTCT
TGATGAAATCGTTTGGAACGGACTTCTCGAGAACACCGACAAAGACAGGATCAAGCGTCT
CATTAGATTGAAACCTCCTTCTGAGTTTTGATTCCCCTCTCCAACCCCAAACCACACACC
CTTGCAATATGTTTTTTCAACACTTATCAATCTGAATCACTTCTCTCTATCAAGTATTGT
ACTGTTAACTACTGCTGTTCTTCGTTCAGACATTGGAAGCAATTTAGTGT

QA 1 530 1 530
DS 



AS 1 3

CO CL3235Contig1 1237 3 5 U
GGAGTGGCTTGGAGGTACATTAACAGAGATGTTGTGCCATTTGCTGCCATGATAGCAGTG
GAGTGCGTCACCGTTGGATCAACCACACTGTACAAAGCTGCGGCTTCGAGAGGATTGAGT
TTCTACGTCTTCGTGTTCTACTCTTACGTTGTTTCGACGCTCGTCCTTCTTCCTCTTTCC
CTCATCTTCGGAAGGTCAACAAGGTTACCTTCAGCCAAATCTCCTGTCTTCTTTAAGATT
TTCTTGCTTGCGGTTTTCGGTTTCATGTCGATGATAGCGGGCTGTAAAGGAGTAGAGTAT
AGTTCTCCTACTCTTGCCTCTGCTATTAGCACCCTAACGCCTGCTTTTACCTTCACACTC
GCTGTTATCTTCAGGATGGAACGAGTAAAGATAAGGAGCTCAGCGAGTCAGGCTAAAATC
ATTGGCACGGTGGTCTCTATGTCTGGTGCACTGGTTGTTGTTCTTTATAAAGGACCTAAA
CTTCTAGCTCCCTCGCATTACCACAATTTGACTTTATCTGAGTCAAGCTGGATACTTGGA
GGCATATTACTCGCTGCACAGTATTTGCTTATTTCTGTTTGGTTGATTATTCAGACTAGG
ATCATGGAGGTGTACTCTCAAGAGATAACAGTAGTCTTCCTGTACAGCTTATGCGGAACA
TTAATCTCAGCACCTGTGTGCATGTTTGCTGAAAACGACTTTACTTCCTTTCTGCTTAAA
CCTGATGTCTCCCTCGTTTCAATTATGTACACGGGTGCCTTGGTTTCATCACTGGGCACA
GTTATACACACGTGGGGTCTGCATTTGAAGGGTCCAGTCTACATATCCTTGTTCAAGCCC
TTGTCTATTGTCATTGCGGTTGGAATGTTTGCTATATTTCTTGGTGATTCACTTCACCTT
GGAAGTGTCATCGGATCAGTTGTTTTGAGCTTGGGATTCTACACGGTGGTTTGGGGTAAA
GCAAGAGAGGATGCATCCAAACCTGTGGCGGGTTCTGAAATTAATTCACCTTTGCTTCTT
GCACACACTGTAGAAGATGAAGCCTAATCATCATTAAGGATATGATTGATGCAAATGGAA
TCCTTTTATGTAAAGATGTGACTTTAGCAGAAATGGCCTTCGTTGCAATCATATACTGTG
ATTTTAACCTGCTTTCAGATAGTGACCTTGTCTTAGCTCAGATGTTATTAATTGTGGGTT
TTTACTCAACATGAGCAAGAAGAGTAAATGGTGAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK34TF U 1
AF RR3GO47TF U 9
AF RR3GO47JQ C 458
BS 1 683 RR3AK34TF
BS 684 684 RR3GO47TF
BS 685 739 RR3AK34TF
BS 740 749 RR3GO47TF
BS 750 1237 RR3GO47JQ

RD RR3AK34TF 739 0 0
GGAGTGGCTTGGAGGTACATTAACAGAGATGTTGTGCCATTTGCTGCCATGATAGCAGTG
GAGTGCGTCACCGTTGGATCAACCACACTGTACAAAGCTGCGGCTTCGAGAGGATTGAGT
TTCTACGTCTTCGTGTTCTACTCTTACGTTGTTTCGACGCTCGTCCTTCTTCCTCTTTCC
CTCATCTTCGGAAGGTCAACAAGGTTACCTTCAGCCAAATCTCCTGTCTTCTTTAAGATT
TTCTTGCTTGCGGTTTTCGGTTTCATGTCGATGATAGCGGGCTGTAAAGGAGTAGAGTAT
AGTTCTCCTACTCTTGCCTCTGCTATTAGCACCCTAACGCCTGCTTTTACCTTCACACTC
GCTGTTATCTTCAGGATGGAACGAGTAAAGATAAGGAGCTCAGCGAGTCAGGCTAAAATC
ATTGGCACGGTGGTCTCTATGTCTGGTGCACTGGTTGTTGTTCTTTATAAAGGACCTAAA
CTTCTAGCTCCCTCGCATTACCACAATTTGACTTTATCTGAGTCAAGCTGGATACTTGGA
GGCATATTACTCGCTGCACAGTATTTGCTTATTTCTGTTTGGTTGATTATTCAGACTAGG
ATCATGGAGGTGTACTCTCAAGAGATAACAGTAGTCTTCCTGTACAGCTTATGCGGAACA
TTAATCTCAGCACCTGTGTGCATTTTTGCTGAAAACGACTTTACTTCCTTTCTGCTTAAA
CCTGATGTCTCCCTCGTTT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3GO47TF 741 0 0
GG
GGAGGTACATTAACAGAGATGTTGTGCCATTTGCTGCCATGATAGCAGTGGAGTGCGTCA
CCGTTGGATCGACCACACTGTACAAAGCTGCGGCTTCGAGAGGATTGAGTTTCTACGTCT
TCGTGTTCTACTCTTACGTTGTTTCGACGCTCGTCCTTCTTCCTCTTTCCCTCATCTTCG
GAAGGTCAACAAGGTTACCTTCAGCCAAATCTCCTGTCTTCTTTAAGATTTTCTTGCTTG
CGGTTTTCGGTTTCATGTCGATGATAGCGGGCTGTAAAGGAGTAGAGTATAGTTCTCCTA
CTCTTGCCTCTGCTATTAGCACCCTAACGCCTGCTTTTACCTTCACACTCGCTGTTATCT
TCAGGATGGAACGAGTAAGGATAAGGAGCTCAGCGAGTCAGGCTAAAATCATTGGCACGG
TGGTCTCTATGTCTGGTGCACTGGTTGTTGTTCTTTATAAAGGACCTAAACTTCTAGCTC
CCTCGCATTACCACAATTTGACTTTATCTGAGTCAAGCTGGATACTTGGAGGCATATTAC
TCGCTGCACAGTATTTGCTTATTTCTGTTTGGTTGATTATTCAGACTAGGATCATGGAGG
TGTACTCTCAAGAGATAACAGTAGTCTTCCTGTACAGCTTATGCGGAACATTAATCTCAG
CACCTGTGTGCATGTTTGCTGAAAACGACTTTACTTCCTTTCTGCTTAAACCTGATGTCT
CCCTCGTTTCAATTATGTA

QA 3 741 3 741
DS 

RD RR3GO47JQ 780 0 0
TTGTTCTTTATAAAGGACCTAAACTTCTAGCTCCCTCGCATTACCACAATTTGACTTTAT
CTGAGTCAAGCTGGATACTTGGAGGCATATTACTCGCTGCACAGTATTTGCTTATTTCTG
TTTGGTTGATTATTCAGACTAGGATCATGGAGGTGTACTCTCAAGAGATAACAGTAGTCT
TCCTGTACAGCTTATGCGGAACATTAATCTCAGCACCTGTGTGCATGTTTGCTGAAAACG
ACTTTACTTCCTTTCTGCTTAAACCTGATGTCTCCCTCGTTTCAATTATGTACACGGGTG
CCTTGGTTTCATCACTGGGCACAGTTATACACACGTGGGGTCTGCATTTGAAGGGTCCAG
TCTACATATCCTTGTTCAAGCCCTTGTCTATTGTCATTGCGGTTGGAATGTTTGCTATAT
TTCTTGGTGATTCACTTCACCTTGGAAGTGTCATCGGATCAGTTGTTTTGAGCTTGGGAT
TCTACACGGTGGTTTGGGGTAAAGCAAGAGAGGATGCATCCAAACCTGTGGCGGGTTCTG
AAATTAATTCACCTTTGCTTCTTGCACACACTGTAGAAGATGAAGCCTAATCATCATTAA
GGATATGATTGATGCAAATGGAATCCTTTTATGTAAAGATGTGACTTTAGCAGAAATGGC
CTTCGTTGCAATCATATACTGTGATTTTAACCTGCTTTCAGATAGTGACCTTGTCTTAGC
TCAGATGTTATTAATTGTGGGTTTTTACTCAACATGAGCAAGAAGAGTAAATGGTGAATG

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 4

CO CL3236Contig1 1276 4 6 U
GACACAACAAAATCTAATTAACAAAAAAAAAACAGAGTCCGTCTTTGACTTTCCAAAAAC
AGAGCTTTTTTCCTTTTTGCCTCTAATACACATCAATGGCGATTCCTGTGATTGATTTCT
CCAAGATCAATGGTGAAGAAAGGGAGAAGACACTCTCTGAGATCGCTAAAGCTTGTGAAG
AATGGGGTTTCTTTCAGCTGGTGAACCATGGGATACCATTGGAGCTTCTGAACAAGGTGA
AGAAGCTTGCCTCAGACTGCTACAAAACAGAGAGAGAAGAAGCGTTCAAGACCTCAACTC
CCGTGAAGCTTCTCAACGAGATGCTTGAGAAGAACTCAGGAGAGAAGCTCGAGAACGTTG
ACTGGGAAGATGTGTTCACTCTCTTAGACCAGAACCAGAACGAATGGCCATCAAACACCT
CTGGCCTCAAAGAGACGATGGTAGAATACAGAGAAGAAGTGAGGAAGCTAGCGAGCAAGA
TGATGGAAGTGATGGACGAGAACTTGGGTTTGACCAAAGATTACATAAAGAAAGCATTTA
ACGAAGGGATGGAAGATGGGGAAGAGACGGCTTTCTTTGGAACCAAAGTCAGCCATTACC
CACCTTGTCCTCATCCAGAGCTTGTCAGTGGGCTTAGGGCTCATACTGATGCGGGAGGTG
TGGTTTTGCTGTTCCAAGACGATGAGTACGATGGTCTTCAGGTGTCGAAAGATGGAGAGT
GGATCGATGTTCAGCCGTTGCCTAATGCTATTGTTATCAACACTGGTGATCAGATTGAAG
TTCTTAGCAATGGAAGGTACAAGAGTGCATGGCACAGGGTGTTGGCAAGGGAGGAAGGAA
ACAGGAGGTCCATAGCTTCCTTCTACAATCCGTCGTACAAGGCGGCCATCGGGCCAGCGG
CGGTGG*GGCGGAAGGGACTGAGGAAGGAAGTGAGAAGAAGTATCCAAAGTTTGTGTTTG
GAGACTATATGGATGTCTATGCAAACCAGAAGTTCATGCCTAAGGAGCCTCGTTTTCTTG
CTGTAAAGACTCTTTAAGTGTCAATTTTATCACTGTTTTATTCAATGTCCTGAACCATGA
TGTATTTTCACTTTAAGTTATTAAATGCCAAATTTAATAATTGATAATTTTGGTATCCTC
TGTTCTCCTGGCTTTGTCTTTTTTTCATGTGATGTATGAATCTTTGTTATCACTTGTCTA
CATCATTTGATAAACCTTGTAACTGTTTCTTTAATGTATGTTTGTTTCTGCAACAATACA
AAGACATGGTGAATGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AT87TF U 359
AF RR3AT87JQ C 359
AF RR3AU62JQ C 419
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G
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RD RR3AT87JQ 767 0 0
G
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AACGAAGGGATGGAAGATGGG*AAGAGACGGCTTTCTTTGGAACCAAAGTCAGCCATTAC
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C

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DS 

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TGCTGTAAAGACTCTTTAAGTGTCAATTTTATCACTGTTTTATTCAATGTCCTGAACCAT
GATGTATTTTCACTTTAAGTTATTAAATGCCAAATTTAATAATTGATAATTTTGGTATCC
TCTGTTCTCCTGGCTTTGTCTTTTTTTCATGTGATGTATGAATCTTTGTTATCACTTGTC
TACATCATTTGATAAACCTTGTAACTGTTTCTTTAATGTATGTTTGTTTCTGCAACAATA
CAAAGACATGGTGAATGT

QA 1 858 1 858
DS 



AS 2 4

CO CL3237Contig1 864 2 2 U
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CAGGGGAAAGTACTGATACGTTATTGGATCAGTTCCTTCCTCCACGACCCAGAGAGAAGT
GCTCCGAGGAGCTGCAAAGGAAAATAGATAAATTTCTGAGCTTGAAGAAGATGGGGAAGA
GTTTCAATAACGAAGTGCGGAATAGAAAGGAATATAGGAATCCTGACTTCTTGTTGCATG
CTGTGAGTTATCAAGATATTGACCAGACTGGTTCTTGCTTCAGTAAAGACGTTTTTGACC
CCAATGGATATGACCCTAGTGACTTCTGTGATGCGATAGAACTTGACATGAAGCATGAGA
GGGAAAGAAAGGAACAGGAAAGCAAGAAAAACCAAAGGCTCGACTTTGTTTCCGTTGGCA
CTCAACCTGTGGCTGCGGTATTCGCTCCCCAAAAGCCTAACATCCCTATCCCAGTTGTTC
CAGCTTTAGCTACTACGGGATTGCCCTCTGCACCAACTGACATTGCTGCTCGTGATGGCA
GACCAAACAAGAAATCCAAATGGGATAAGGTTGATGGAGATGTGAAGAATCCACCTCTAG
CAGCTGGGAGTAATGCAGCTCCTGTATCTGGTGCAAGTGCTGGTTCTGGATACTCTGCTT
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GAATCAATGATATACAATGTCTTTATTCTGTTTTGTTTACTAACGAGACATCGAAATTTT
CAGAACAGTAATGTTTTACGTTCC


BQ
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AF RR3ES61TF U 1
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BS 691 864 RR3ES61JQ

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GCTCCGAGGAGCTGCAAAGGAAAATAGATAAATTTCTGAGCTTGAAGAAGATGGGGAAGA
GTTTCAATAACGAAGTGCGGAATAGAAAGGAATATAGGAATCCTGACTTCTTGTTGCATG
CTGTGAGTTATCAAGATATTGACCAGACTGGTTCTTGCTTCAGTAAAGACGTTTTTGACC
CCAATGGATATGACCCTAGTGACTTCTGTGATGCGATAGAACTTGACATGAAGCATGAGA
GGGAAAGAAAGGAACAGGAAAGCAAGAAAAACCAAAGGCTCGACTTTGTTTCCGTTGGCA
CTCAACCTGTGGCTGCGGTATTCGCTCCCCAAAAGCCTAACATCCCTATCCCAGTTGTTC
CAGCTTTAGCTACTACGGGATTGCCCTCTGCACCAACTGACATTGCTGCTCGTGATGGCA
GACCAAACAAGAAATCCAAATGGGATAAGGTTGATGGAGATGTGAAGAATCCACCTCTAG
CAGCTGGGAGTAATGCAGCTCCTGTATCTGGTGCAAGTGCTGGTTCTGGATACTCTGCTT
TTGCGCAACAACGGAGACGAGACTCGGAAG
AAGA

QA 1 690 1 690
DS 

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ACG
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AAATGGGATAAGGTTGATGGAGATGTGAAGAATCCACCTCTAGCAGCTGGGAGTAATGCA
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CGAGACTCGGAAGGAAGAAGATCCTCAGAGCGGAAACTGGAGAGAAGAAGTTAAGAGGTT
CTAGACCAACATCTTTCAATGTTTCATAGTGATTACAAACCTAGAATCAATGATATACAA
TGTCTTTATTCTGTTTTGTTTACTAACGAGACATCGAAATTTTCAGAACAGTAATGTTTT
ACGTTCC

QA 4 370 4 370
DS 



CO CL3237Contig2 1326 2 6 U
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TTTCCCCTCCCCCTCCAAATCTGATCTGTCCTTGCAATCGGATTTGAATTCAGCTAATCC
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CGATTACAGTGACGAGGATGACGAAGAGATGGAAGACGCCGAGGAAGAAGAGCAGAGAAA
CAAGGAAGAAGTGGAACGAACTGGAGAGGGTGGTGGTCAGCCAGAAGAAGAAGAAGCTAA
CTTTATGGACGAGGAGAAAGAGAGAGGAGGAGGAGGAGAAGATTCCAGAACGCCTGGTGG
ACCTTCAAGCGCTCACGCCACCCCTCGTTCACTCGACAACGACGACGAATCATTGAGACC
TGATCGGAGTAGCAGTCCAATGAATTTTGAGTCTAGGGTTGGGAATGGTGAGGATACGTC
AGGGGAAAGTACTGATACGTTATTGGATCAGTTCCTTCCTCCACGTCCCAGAGAGAAGTG
CTCCGAGGAGCTGCAAAGGAAAATAGATAAGTTTCTGAGCTTGAAGAAGATGGGGGAAGA
GTTTTAATAATGAAGTTCGGAATAGAAAGGAATACAGGAATCCTGACTTCTTGTTACATG
CTGTGAGTTATCAAGATATTGACCAGACTGGTTCTTGCTTCAGTAAAGACGTGTTTGACC
CCAATGGATATGACCCTAGTGACTTCTGTGATGCAATAGAACTTGACATGAAGCATGAGA
GGGAAAGAAAGGAACAGGAAAGCAAGAAAAACCAAAGGCTCGACTTTGTTTCCGTTGGCA
CTCAACCTGTGGCTGCGGTATTCGCTCCCCAAAAGCCTAACATCCCTATCCCAGGTGTTC
CAGCTTTAGCTACTACTGGATTGCCCTCTGCACCAACTGACACTGCTGCTCGTGATGGCA
GACCAAACAAGAAATCCAAATGGGATAAGGTTGATGGAGATGTGAAGAATCCACCTCTAG
CAGCTGGGAGTAATGCAGCTCCTGTATCTGGTGCAAGTGCTGGTTCTGGATACTCAGCTT
TCGCGCAACAACGGAGACGAGACTCGGAAGGAAGAAGATCCTCAGAGCGGAAACTGGAGA
GAAGAAGTTAAGGCATAGTACGAGATTCTCAAGAGGTTCTAGCCCCCAACATCTTTCAAT
GTTTCATAGTGATTACAAACCTAGAATCAATGATATACAATGTCTTTATTCTGTTTTGTT
TACTAACGAGACATCAAAATTTTTCAGAACAGTAATGTTTTACGTTCCAAGAATCAAAAT
TTACAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY43TF U 1
AF RR3GY43JQ C 564
BS 1 755 RR3GY43TF
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BS 778 1326 RR3GY43JQ

RD RR3GY43TF 777 0 0
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TTTCCCCTCCCCCTCCAAATCTGATCTGTCCTTGCAATCGGATTTGAATTCAGCTAATCC
TAGTCTTGAATTGATCATGGCGTCGAAGAAGAAGCACTCTGAAGGAATCGCGTTACTATC
CGATTACAGTGACGAGGATGACGAAGAGATGGAAGACGCCGAGGAAGAAGAGCAGAGAAA
CAAGGAAGAAGTGGAACGAACTGGAGAGGGTGGTGGTCAGCCAGAAGAAGAAGAAGCTAA
CTTTATGGACGAGGAGAAAGAGAGAGGAGGAGGAGGAGAAGATTCCAGAACGCCTGGTGG
ACCTTCAAGCGCTCACGCCACCCCTCGTTCACTCGACAACGACGACGAATCATTGAGACC
TGATCGGAGTAGCAGTCCAATGAATTTTGAGTCTAGGGTTGGGAATGGTGAGGATACGTC
AGGGGAAAGTACTGATACGTTATTGGATCAGTTCCTTCCTCCACGTCCCAGAGAGAAGTG
CTCCGAGGAGCTGCAAAGGAAAATAGATAAGTTTCTGAGCTTGAAGAAGATGGGGGAAGA
GTTTTAATAATGAAGTTCGGAATAGAAAGGAATACAGGAATCCTGACTTCTTGTTACATG
CTGTGAGTTATCAAGATATTGACCAGACTGGTTCTTGCTTCAGTAAAGACGTGTTTGACC
CCAATGGATATGACCCTAGTGACTTCTGTGATGCA*TAGA*CTTGACATGAAGCATG

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3GY43JQ 763 0 0
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TTCTGTGATGCAATAGAACTTGACATGAAGCATGAGAGGGAAAGAAAGGAACAGGAAAGC
AAGAAAAACCAAAGGCTCGACTTTGTTTCCGTTGGCACTCAACCTGTGGCTGCGGTATTC
GCTCCCCAAAAGCCTAACATCCCTATCCCAGGTGTTCCAGCTTTAGCTACTACTGGATTG
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GATAAGGTTGATGGAGATGTGAAGAATCCACCTCTAGCAGCTGGGAGTAATGCAGCTCCT
GTATCTGGTGCAAGTGCTGGTTCTGGATACTCAGCTTTCGCGCAACAACGGAGACGAGAC
TCGGAAGGAAGAAGATCCTCAGAGCGGAAACTGGAGAGAAGAAGTTAAGGCATAGTACGA
GATTCTCAAGAGGTTCTAGCCCCCAACATCTTTCAATGTTTCATAGTGATTACAAACCTA
GAATCAATGATATACAATGTCTTTATTCTGTTTTGTTTACTAACGAGACATCAAAATTTT
TCAGAACAGTAATGTTTTACGTTCCAAGAATCAAAATTTACAC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 2 4

CO CL3238Contig1 772 2 2 U
GGGAGGGTTCTTCTCTCCGATCACTTCTCCGACGCAGCAGAAAATGACCAACTTCAGGAA
GCTCGGCCGGCATGCGGGTCACCGTATCTCCATGCTCAGGACACTGGTGTCTCAATTGGT
CAAGCACGAGCGTATAGAGACCACGGTCACTAAGGCTAAAGGGGTGCGTCGTCTTGCTGA
TAACATGATTCAGCTCGGTAAAGAGGGCTCACTCGATTCGGCAAGGCGAGCAGCTGGTTT
TGTAAGAGGAGATGATGTCCTTCACAAGATTTTCACTGAACTGGCTTACCGATACAAAGA
TAGAGATGGTGGATATACGAGATTGTTACGTACTCGCATTCGGGTTGGTGATGCTTCTCC
AATGGCCTATATTGAGTTTATTGACAGAGAGAACGAGCTTAGGCAATCGAATCCAGCAAC
ACCTCAACCACCACAACGAGTGCCGTTGGACCCATGGGATAAATCTCGCCTCATGAAGCA
AGTTGCTCCACCTAAGGAGGAGAAGATCTCTGATTCCGAGCTATAATGTGAAAAAAAAAA
TCTCCTTCCCTTTCAAAGAAATGTACTTTCTTCATCATCCATTATCTGCCATAATATGTT
CTTACAGAGGTAAACAATAAAGTTAGGCTTTTTGTTGTTGGTTCTGAACATTTACAAAGG
GGTCTTGAATGCATCAACAGTTCTCATGAGTCTTTTTGGTTAACTTAACTGTAAGTTAAA
AGTTTCTCTTTTCAGTTTTCACTTCTACAAGATCAGGTTTGAGTTTGTGACC


BQ
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AF RR3AU27TF U 1
AF RR3AU27JQ C 21
BS 1 726 RR3AU27TF
BS 727 772 RR3AU27JQ

RD RR3AU27TF 726 0 0
GGGAGGGTTCTTCTCTCCGATCACTTCTCCGACGCAGCAGAAAATGACCAACTTCAGGAA
GCTCGGCCGGCATGCGGGTCACCGTATCTCCATGCTCAGGACACTGGTGTCTCAATTGGT
CAAGCACGAGCGTATAGAGACCACGGTCACTAAGGCTAAAGGGGTGCGTCGTCTTGCTGA
TAACATGATTCAGCTCGGTAAAGAGGGCTCACTCGATTCGGCAAGGCGAGCAGCTGGTTT
TGTAAGAGGAGATGATGTCCTTCACAAGATTTTCACTGAACTGGCTTACCGATACAAAGA
TAGAGATGGTGGATATACGAGATTGTTACGTACTCGCATTCGGGTTGGTGATGCTTCTCC
AATGGCCTATATTGAGTTTATTGACAGAGAGAACGAGCTTAGGCAATCGAATCCAGCAAC
ACCTCAACCACCACAACGAGTGCCGTTGGACCCATGGGATAAATCTCGCCTCATGAAGCA
AGTTGCTCCACCTAAGGAGGAGAAGATCTCTGATTCCGAGCTATAATGTGAAAAAAAAAA
TCTCCTTCCCTTTCAAAGAAATGTACTTTCTTCATCATCCATTATCTGCCATAATATGTT
CTTACAGAGGTAAACAATAAAGTTAGGCTTTTTGTTGTTGGTTCTGAACATTTACAAAGG
GGTCTTGAATGCATCAACAGTTCTCATGAGTCTTTTTGGTTAACTTAACTGTAAGTTAAA
AGTTTC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3AU27JQ 752 0 0
TCACTTCTCCGACGCAGCAGAAAATGACCAACTTCAGGAAGCTCGGCCGGCATGCGGGTC
ACCGTATCTCCATGCTCAGGACACTGGTGTCTCAATTGGTCAAGCACGAGCGTATAGAGA
CCACGGTCACTAAGGCTAAAGGGGTGCGTCGTCTTGCTGATAACATGATTCAGCTCGGTA
AAGAGGGCTCACTCGATTCGGCAAGGCGAGCAGCTGGTTTTGTAAGAGGAGATGATGTCC
TTCACAAGATTTTCACTGAACTGGCTTACCGATACAAAGATAGAGATGGTGGATATACGA
GATTGTTACGTACTCGCATTCGGGTTGGTGATGCTTCTCCAATGGCCTATATTGAGTTTA
TTGACAGAGAGAACGAGCTTAGGCAATCGAATCCAGCAACACCTCAACCACCACAACGAG
TGCCGTTGGACCCATGGGATAAATCTCGCCTCATGAAGCAAGTTGCTCCACCTAAGGAGG
AGAAGATCTCTGATTCCGAGCTATAATGTGAAAAAAAAAATCTCCTTCCCTTTCAAAGAA
ATGTACTTTCTTCATCATCCATTATCTGCCATAATATGTTCTTACAGAGGTAAACAATAA
AGTTAGGCTTTTTGTTGTTGGTTCTGAACATTTACAAAGGGGTCTTGAATGCATCAACAG
TTCTCATGAGTCTTTTTGGTTAACTTAACTGTAAGTTAAAAGTTTCTCTTTTCAGTTTTC
ACTTCTACAAGATCAGGTTTGAGTTTGTGACC

QA 1 752 1 752
DS 



CO CL3238Contig2 654 2 3 U
GTAAATGTTCAGAACCAACAACAAAAAGCCTAACTTTATTGTTTACCTCTGTAAAAACAT
ATTATGGCAGATAATGGATGATGAAAAAAGTACATTTCTTTGAAAGGGAAGGGGATATTT
TTTTCCACATTATAGCTCGGAATCAAAGGTTTTATCCTCCTGAGGTGGAGCAACTTGCTT
CATGAAACGGGATTTATCCCATGGGTCCAACGGCACTCGTTGTGGGGGTTGAGGTGTTGC
TGGATTCGATTGCCTAAGCTCGTTCTCTCTGTCTATAAACTCGATATAGGCCATTGGAGC
AGCATCACCAACTCGAATGCGAGTACGTAACAATCTCGTGTATCCACCATCTCTATCTTT
GTAACGGTAAGCCAGTTCAGTGAAAATCTTGTGAAGGACATCATCTCCTCTTACAAAACC
AGCTGCTCGCCTTGCCGAATCGAGTGAGCCCTCTTTACCGAGTTGAATCATGTTATCAGC
AAGACGACGCACCTCTTTAGCCTTAGTGACAGTGGTCTCTATACGCTCGTGCTTGACCAA
TTGAGACACCAGTGTCCTGAGCATGGAGATGCGGTGACCCGCATGCCGGCCGAGCTTCCT
GAAGTTTGTCATTTCCTGCTGCGTCGGAGAAGTGATCGGAGAGAAGAACCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D149JQ U 74
AF RR3D149TF C 1
BS 1 73 RR3D149TF
BS 74 439 RR3D149JQ
BS 440 654 RR3D149TF

RD RR3D149JQ 366 0 0
ATGGATGATGAAAAAAGTACATTTCTTTGAAAGGGAAGGGGATATTTTTTTCCACATTAT
AGCTCGGAATCAAAGGTTTTATCCTCCTGAGGTGGAGCAACTTGCTTCATGAAACGGGAT
TTATCCCATGGGTCCAACGGCACTCGTTGTGGGGGTTGAGGTGTTGCTGGATTCGATTGC
CTAAGCTCGTTCTCTCTGTCTATAAACTCGATATAGGCCATTGGAGCAGCATCACCAACT
CGAATGCGAGTACGTAACAATCTCGTGTATCCACCATCTCTATCTTTGTAACGGTAAGCC
AGTTCAGTGAAAATCTTGTGAAGGACATCATCTCCTCTTACAAAACCAGCTGCTCGCCTT
GCCGAA

QA 1 366 1 366
DS 

RD RR3D149TF 654 0 0
GTAAATGTTCAGAACCAACAACAAAAAGCCTAACTTTATTGTTTACCTCTGTAAAAACAT
ATTATGGCAGATAATGGATGATGAAGAAAGTACATTTCTTTGAAAGGGAAGGGGATATTT
TTTTCCACATTATAGCTCGGAATCAGAGGTTTTATCCTCCTGAGGTGGAGCAACTTGCTT
CATGAGACGGGATTTATCCCATGGGTCCAACGGCACTCGTTGTGGGGGTTGAGGTGTTGC
TGGATTCGATTGCCTAAGCTCGTTCTCTCTGTCTATAAACTCGATATAGGCCATTGGAGC
AGCATCACCAACTCGAATGCGAGTACGTAACAATCTCGTGTATCCACCATCTCTATCTTT
GTAACGGTAAGCCAGTTCAGTGAAAATCTTGTGAAGGACATCATCTCCTCTTACAAAACC
AGCTGCTCGCCTTGCCGAATCGAGTGAGCCCTCTTTACCGAGTTGAATCATGTTATCAGC
AAGACGACGCACCTCTTTAGCCTTAGTGACAGTGGTCTCTATACGCTCGTGCTTGACCAA
TTGAGACACCAGTGTCCTGAGCATGGAGATGCGGTGACCCGCATGCCGGCCGAGCTTCCT
GAAGTTTGTCATTTCCTGCTGCGTCGGAGAAGTGATCGGAGAGAAGAACCCTCC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 3

CO CL3239Contig1 1108 3 29 U
GGGTTGGATGAAGCGATTAAGTTCTTGAACGACATGCCGTCTTACTACGGTTGTCAGCCG
AATGTGATCACGCATAACATAATCCTGAGGAGTATGTGTAGTACCGGGAGGTGGATGGAC
GCGGAGAAGCTTCTTGCTGATATGCTGCGTAAAGGCTTTTCGCCTAGCGTTGTCACTTTC
AACATCTTGATTAACTTCTTGTGCAGGAAAGGTTTGCTTGGCAGAGCGATTGATGTTCTG
GAGAAGATGCCTAAGCATGGATGCCAGCCGAACTCCCTGAGTTACAACCCGTTGCTCCAC
GGGTTCTGCAAGGAGAAGAAGATGGAGAGGGCGATAGAGTATTTGGAGAGGATGGTCTCT
CGTGGTTGTTATCCGGATATTGTGACTTACAACACTATGCTGACGGCTTTGTGCAAAGAC
GGGAAAGTTGAAGATGCGGTTGAGATACTTAACCAGCTTAGTAGCAAGGGGTGTTCGCCT
GTGTTGATCACTTATAATACTGTTATTGACGGGCTTGCGAAAGCAGGGAAGACGGGGAAG
GCGATAAAACTGCTAGACGAGATGCGTGCGAAAGATCTGAAGCCTGACACTATCACGTAT
TCCTCTCTTGTTGGAGGTTTGAGCAGGGAAGGGAAAGTGGACGAGGCTATTAAGTTTTTC
CATGAGTTTGAGCGGATGGGAGTTAGGCCAAACGCAGTCACCTTCAACTCTGTGATGCTG
GGGCTCTGCAAGACTCGGCAGACGGACCGGGCCATCGATTTCTTGGTTTATATGATCAAC
AGAGGGGGTTAAACCGACTGAAACATCTTACACTATTCTGATAGAAGGCATAGCTTATGA
AGGTATGGCAAAGGAAGCTCTGGAGCTGCTCAATGAGCTTTGTAACAAAGGGACTCATGA
AGAGAAGCTCAGCAGAAGAAGTTGCTGGGAAATGTAGCAGTAAGTAGTTCAAAATAATGT
TAAGAGAAGATTTCACTGGTTCCTTTCCATTTGGTTATGTCTTAGGTTCAGTTTTGATTG
TCAGAATTTTGGTTTTTGGAGTTTGCATATCAAATATGAAACTGCTGTTACCACTGTCTT
TTGGTCTTATTTATATATATTCAAATGC


BQ
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25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F206TF U 1
AF RR3A439TF U 221
AF RR3A439JQ C 294
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BS 277 277 RR3A439TF
BS 278 329 RR3F206TF
BS 330 330 RR3A439TF
BS 331 365 RR3F206TF
BS 366 366 RR3A439TF
BS 367 425 RR3F206TF
BS 426 426 RR3A439TF
BS 427 470 RR3F206TF
BS 471 471 RR3A439TF
BS 472 533 RR3F206TF
BS 534 534 RR3A439TF
BS 535 545 RR3F206TF
BS 546 546 RR3A439TF
BS 547 554 RR3F206TF
BS 555 555 RR3A439TF
BS 556 599 RR3F206TF
BS 600 600 RR3A439TF
BS 601 622 RR3F206TF
BS 623 993 RR3A439TF
BS 994 995 RR3A439JQ
BS 996 1005 RR3A439TF
BS 1006 1006 RR3A439JQ
BS 1007 1018 RR3A439TF
BS 1019 1019 RR3A439JQ
BS 1020 1031 RR3A439TF
BS 1032 1032 RR3A439JQ
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BS 1042 1108 RR3A439JQ

RD RR3F206TF 622 0 0
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AACATCTTGATTAACTTCTTGTGCAGGAAAGGTTTGCTTGGCAGAGCGATTGATGTTCTG
GAGAAGATGCCTAAGCATGGATGCCAGCCGAACTCCTTGAGTTACAACCCGTTGCTCCAC
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CGTGGCTGTTATCCGGATATTGTGACTTACAACACTATGCTGACGGCTTTGTGCAAAGAC
GGGAAGGTTGAAGATGCGGTTGAGATACTTAACCAGCTTAGTAGCAAGGGATGTTCGCCT
GTGTTGATCACTTATAATACTGTTATTGACGGGCTTGCGAAAGCAGGGAAGACAGGGAAG
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TCCTCTCTTGTTGGAGGTTTGA

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3A439TF 821 0 0
GG
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TACAACCCGTTGCTCCACGGGTTCTGCAAGGAGAAGAAGATGGAGAGGGCGATAGAGTAT
TTGGAGAGGATGGTCTCTCGTGGTTGTTATCCGGATATTGTGACTTACAACACTATGCTG
ACGGCTTTGTGCAAAGACGGGAAAGTTGAAGATGCGGTTGAGATACTTAACCAGCTTAGT
AGCAAGGGGTGTTCGCCTGTGTTGATCACTTATAATACTGTTATTGACGGGCTTGCGAAA
GCAGGGAAGACGGGGAAGGCGATAAAACTGCTAGACGAGATGCGTGCGAAAGATCTGAAG
CCTGACACTATCACGTATTCCTCTCTTGTTGGAGGTTTGAGCAGGGAAGGGAAAGTGGAC
GAGGCTATTAAGTTTTTCCATGAGTTTGAGCGGATGGGAGTTAGGCCAAACGCAGTCACC
TTCAACTCTGTGATGCTGGGGCTCTGCAAGACTCGGCAGACGGACCGGGCCATCGATTTC
TTGGTTTATATGATCAACAGAGGGGGTTAAACCGACTGAAACATCTTACACTATTCTGAT
AGAAGGCATAGCTTATGAAGGTATGGCAAAGGAAGCTCTGGAGCTGCTCAATGAGCTTTG
TAACAAAGGGACTCATGAAGAGAAGCTCAGCAGAAGAAGTTGCTGGGAAATGTAGCAGTA
AGTAGTTCAAAATAATGTTAAGAGAAGATTTCACTGGTTCCTTTCCATTTG**TATGTCT
TAG*TTCAGTTTTGAT*GTCAGAATTTTG*TTTTTGGAG

QA 3 821 3 821
DS 

RD RR3A439JQ 815 0 0
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GGTCTCTCGTGGTTGTTATCCGGATATTGTGACTTACAACACTATGCTGACGGCTTTGTG
CAAAGACGGGAAAGTTGAAGATGCGGTTGAGATACTTAACCAGCTTAGTAGCAAGGGGTG
TTCGCCTGTGTTGATCACTTATAATACTGTTATTGACGGGCTTGCGAAAGCAGGGAAGAC
GGGGAAGGCGATAAAACTGCTAGACGAGATGCGTGCGAAAGATCTGAAGCCTGACACTAT
CACGTATTCCTCTCTTGTTGGAGGTTTGAGCAGGGAAGGGAAAGTGGACGAGGCTATTAA
GTTTTTCCATGAGTTTGAGCGGATGGGAGTTAGGCCAAACGCAGTCACCTTCAACTCTGT
GATGCTGGGGCTCTGCAAGACTCGGCAGACGGACCGGGCCATCGATTTCTTGGTTTATAT
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CTCATGAAGAGAAGCTCAGCAGAAGAAGTTGCTGGGAAATGTAGCAGTAAGTAGTTCAAA
ATAATGTTAAGAGAAGATTTCACTGGTTCCTTTCCATTTTGTTATGTCTTAGGTTCAGTT
TTGATTGTCAGAATTTTGGTTTTTGGAGTTTGCATATCAAATATGAAACTGCTGTTACCA
CTGTCTTTTGGTCTTATTTATATATATTCAAATGC

QA 1 815 1 815
DS 



AS 2 4

CO CL3240Contig1 766 2 9 U
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AATCTTTAGCCGCAAGTAGAATACAATAACATAGTCATAAAAAGACAGTAACATTTTCAT
ATTCTAGCCCTCCCGGTTACATGTCTGGAATCTATTGTGCTTCTGCTGCTTCATGTGCTA
ATGTTCGAAAGCACCTCGCTGCTCTCTAGACTTCCCTCTTCAGTCTCTCCTTCTCTTACA
GAAGGAGGAGGCTCCGCGGCTCTCTCCGAAGCCAAGTTTAGCCTCAGAGCTCGTCCTTCA
ACTTACACACCATTCATAGCACTCAGAGCAGACTGAAGATCTTCTTCCGACTCAAAAGAC
ACGAAACCAAACCCCCTAGACCTCCCACTGTTCCTTTCGTAGATAACTTTAGCACCAAGC
ACACCAGTCTGATCCCCAAACGCATCTTTAAGACCCTGCGAGGTTAGATTCCACCCAAGG
TTCCCAGCGTAGATCTTGTGAGGACTGTCAACATAACTCCGGTTACTATCACGGATCTTA
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CGACCACCGATTTGAGAGCTGTTGAACATCTGAATCGCTTCCTTAGCTTCTTCAATAGTT
CCCATGGTCACGAATCCAAACCCTCTGCTTCTGTCAGTGACTTTATCATACACAATCTGA
ACATCGACGACGTTACCAGCTTCTCCGAAGAGTTGGGAGAGCTCAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CM15JQ U 1
AF RR3D394JQ U 1
BS 1 209 RR3CM15JQ
BS 210 210 RR3D394JQ
BS 211 304 RR3CM15JQ
BS 305 305 RR3D394JQ
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RD RR3CM15JQ 766 0 0
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ACATCGACGACGTTACCAGCTTCTCCGAAGAGTTGGGAGAGCTCAG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3D394JQ 741 0 0
GGAACGAACATTTCTTAATAAGATTACAGCCAATCTCCTGTTATTCTCATATATTATCTT
AATCTTTAGCCGCAAGTAGAATACAATAACATAGTCATAAAAAGACAGTAACATTTTCAT
ATTCTAGCCCTCCCGGTTACATGTCTGGAATCTATTGTGCTTCTGCTGCTTCATGTGCTA
ATGTTCGAAAGCACCTCGCTGCTCTCTAGACTTCCCTCTTCAGTCTCTCCTTCTCTTACA
GAAGGAGGAGGCTCCGCGGCTCTCTCCGAAGCCAAGTTTAGCCTCAGAGCTCGTCCTTCA
ACTTACACACCATTCATAGCACTCAGAGCAGACTGAAGATCTTCTTCCGACTCAAAAGAC
ACGAAACCAAACCCCCTAGACCTCCCACTGTTCCTTTCGTAGATAACTTTAGCACCAAGC
ACACCAGTCTGATCCCCAAACGCATCTTTAAGACCCTGCGAGGTTAGATTCCACCCAAGG
TTCCCAGCGTAGATCTTGTGAGGACTGTCAACATAACTCCGGTTACTATCACGGATCTTA
GTCCTCATCACTTCTCTCTCTCCGCCTCTAGGCACCTCCGGAAAGTTCACTTTCACCGTT
CGACCACCGATTTGAGAGCTGTTGAACATCTGAATCGCTTCCTTAGCTTCTTCAATGGTT
CCCATGGTCACGAATCCAAACCCTCTGCTTCTGTCAGTGACTTTATCATACACAATCTGA
ACATCGACGACGTTACCAGCT

QA 1 741 1 741
DS 



CO CL3240Contig2 952 2 2 U
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TCCGTCGCATCCACCGTTTCCTCCTCCCCTACCTCTGACTCGTTATTCTCCTCCCACTCA
AACTCCAAACTCTTCTATCGCATCACGCCAAAACCCTTCAAACTCGTCGCCAAATGCCCT
ACTCCTCTGTTCCTCCATCCAAACACACGTCGCCACCGCCTCCTCTGCGCCGCCGAAGAC
GAAATCCCGCCGTCATCCGAAGAAGAAGACTACGAAGAAGGAGAAGAAGGGGAAGAAGAC
GCAGATGGGACACAGACTACTACGCAAGCGAGCGTTGAGGAAGAAGGGAGGCTGTACGTT
GGGAACTTGCCTTACACAATCACTTCTTCTGAGCTCTCCCAACTCTTCGGAGAAGCTGGT
AACGTCGTCGATGTTCAGATTGTGTATGATAAAGTCACTGACAGAAGCAGAGGGTTTGGA
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GATCAGACTGGTGTGCTTGGTGCTAAAGTTATCTACGAAAGGAACAGTGGGAGGTCTAGG
GGGTTTGGTTTCGTGTCTTTTGAGTCGGAAGAAGATCTTCAGTCTGCTCTGAGTGCTATG
ATGGGTGTGGAAGTTGAAGACGAGCTCTGAGCTAAACTTGGCTTCGAGAGAGCCGCGGAG
CTCTCCTTCTGTAGAGAAGAGAGACTGAGAGGGAGACTAGAGAGCAGCGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D394TF U 1
AF RR3CM15TF U 172
BS 1 644 RR3D394TF
BS 645 952 RR3CM15TF

RD RR3D394TF 644 0 0
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TCCGTCGCATCCACCGTTTCCTCCTCCCCTACCTCTGACTCGTTATTCTCCTCCCACTCA
AACTCCAAACTCTTCTATCGCATCACGCCAAAACCCTTCAAACTCGTCGCCAAATGCCCT
ACTCCTCTGTTCCTCCATCCAAACACACGTCGCCACCGCCTCCTCTGCGCCGCCGAAGAC
GAAATCCCGCCGTCATCCGAAGAAGAAGACTACGAAGAAGGAGAAGAAGGGGAAGAAGAC
GCAGATGGGACACAGACTACTACGCAAGCGAGCGTTGAGGAAGAAGGGAGGCTGTACGTT
GGGAACTTGCCTTACACAATCACTTCTTCTGAGCTCTCCCAACTCTTCGGAGAAGCTGGT
AACGTCGTCGATGTTCAGATTGTGTATGATAAAGTCACTGACAGAAGCAGAGGGTTTGGA
TTCGTGACCATGGGAACCATTGAAGAAGCTAAGGAAGCGATTCAGATGTTCAACAGCTCT
CAAATCGGTGGTCGAACGGTGAAAGTGAACTTTCCGGAGGTGCCTAGAGGCGGAGAGAGA
GAAGTGATGAGGACTAAGATCCGTGATAGTAACCGGAGTTATGT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3CM15TF 781 0 0
G
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CCGAAGACGAAATCCCGCCGTCATCCGAAGAAGAAGACTACGAAGAAGGAGAAGAAGGGG
AAGAAGACGCAGATGGGACACAGACTACTACGCAAGCGAGCGTTGAGGAAGAAGTGAGGC
TGTACGTTGGGAACTTGCCTTACACAATCACTTCTTCTGAGCTCTCCCAACTCTTCGGAG
AAGCTGGTAACGTCGTCGATGTTCAGATTGTGTATGATAAAGTCACTGACAGAAGCAGAG
GGTTTGGATTCGTGACCATGGGAACTATTGAAGAAGCTAAGGAAGCGATTCAGATGTTCA
ACAGCTCTCAAATCGGTGGTCGAACGGTGAAAGTGAACTTTCCGGAGGTGCCTAGAGGCG
GAGAGAGAGAT*TGATGAGGACTAAGATCCGTGATAGTAACCGGAGTTATGTTGACAGTC
CTCACAAAATCTACGCTGGGAACCTTGGGTGGAATCTAACCTCGCAGGGTCTTAAAGATG
CGTTTGGGGATCAGACTGGTGTGCTTGGTGCTAAAGTTATCTACGAAAGGAACAGTGGGA
GGTCTAGGGGGTTTGGTTTCGTGTCTTTTGAGTCGGAAGAAGATCTTCAGTCTGCTCTGA
GTGCTATGATGGGTGTGGAAGTTGAAGACGAGCTCTGAGCTAAACTTGGCTTCGAGAGAG
CCGCGGAGCTCTCCTTCTGTAGAGAAGAGAGACTGAGAGGGAGACTAGAGAGCAGCGAGG

QA 2 781 2 781
DS 



AS 1 4

CO CL3241Contig1 739 4 6 U
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TCAAATCCCTCTTTTCATTCTTCTTTTTAATTCTACTCTTTTCCGATACCGCTTTCTCAT
CCCGAAAAACATTGGATCAGAGAAAGCCATGTAAACATTTCTCTTTCTACTTCCATGACA
TCCTCTACGATGGCGACAACGTAGCAAACGCTACCTCGGCCGCAATCGTGAGCCCTCCGG
GATTAGGAAACTTTAAGTTCGGTAAGTTTGTGATTTTTGATGGCCCCATAACAATGGACA
AGAACTATCTCTCAGAACCCGTGGCTCGTGCACAAGGCTTCTATTTCTATGACATGAAGA
CGGACTTCAACTCGTGGTTTTCCTACACCTTGGTGTTTAACTCGACGGAACACAAAGGCA
CACTGAATATAATGGGTGCAGACTTGATGATGGAGCCGACAAGAGATCTATCGGTCGTTG
GTGGGACTGGTGATTTCTTCATGGCTCGTGGTATCGCTACCTTTGTGACGGATCTGTTTC
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TTACATGTTTTATTTTGAAAATTGTGTGCTGACACAGAGATAAAATGTATTACTATTGAT
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CATGTTATCCCGAAAAAAA


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD54TF U 3
AF RR3FB55TF U 5
AF RR3DL61TF U 1
AF RR3DD54JQ C 3
BS 1 151 RR3DL61TF
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BS 600 600 RR3FB55TF
BS 601 733 RR3DL61TF
BS 734 739 RR3DD54JQ

RD RR3DD54TF 652 0 0
GGAC
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CCCTCTTTTCATTCTTCTTTTTAATTCTACTCTTTTCCGATACCGCTTTCTCATCCCGAA
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ACGATGGCGACAACGTAGCAAACGCTACCTCGGCCGCAATCGTGAGCCCTCCGGGATTAG
GAAACTTTAAGTTCGGTAAGTTTGTGATTTTTGATGGCCCCATAACAATGGACAAGAACT
ATCTCTCAGAACCCGTGGCTCGTGCACAAGGCTTCTATTTCTATGACATGAAGACGGACT
TCAACTCGTGGTTTTCCTACACCTTGGTGTTTAACTCGACGGAACACAAAGGCACACTGA
ATATAATGGGTGCAGACTTGATGATGGAGCCGACAAGAGATCTATCGGTCGTTGGTGGGA
CTGGTGATTTCTTCATGGCTCGTGGTATCGCTACCTTTGTGACGGATCTGTTTCAAGGGG
CTAAGTATTTCCGTGTTAAGATGGATATTAAACTATATGAATGTTACTAACTAATTACAT
GTTTTATTTTGAAAATTGTGTGCTGACACAGAGATAAAATGTATTACT

QA 5 652 5 652
DS 

RD RR3FB55TF 721 0 0
GG
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CCCTCTTTTCATTCTTCTTTTTAATTCTACTCTTTTCCGATACCGCTTTCTCATCCCGAA
AAACATTGGATCAGAGAAAGCCATGCAAACATTTCTCTTTCTACTTCCATGACATCCTCT
ACGATGGCGACAACGTAGCAAATGCTACCTCGGCCGCAATCGTGAGCCCTCCGGGATTAG
GAAACTTTAAGTTCGGTAAGTTTGTGATTTTTGATGGCCCCATAACAATGGACAAGAACT
ATCTCTCAGGACCCGTGGCTCGTGCACAAGGCTTCTATTTCTATGACATGAAGACGGACT
TCAACTCGTGGTTTTCCTACACCTTGGTGTTTAACTCGACGGAACACAAAGGCACACTGA
ATATAATGGGTGCAGACTTGATGATGGAGCCGACAAGAGATCTATCGGTCGTTGGTGGGA
CTGGTGATTTCTTCATGGCTCGTGGTATCGCTACCTTTGTGACGGATCTGTTTCAAGGGG
CTAAGTATTTCCGTGTTAAGATGGATATTAAACTATATGAATGTTACTAACTAATTACAT
GTTTTATTTTGAAAATTGTGTGCTGACACAGAGATAAA*TGTATTACTATTGATAAGTAA
GTGGTTTTCGTTTCTGTTT*ACAGTTTAT*GTATGTTTCTGCTTT
ATATATCATGTATC

QA 3 707 3 707
DS 

RD RR3DL61TF 739 0 0
GGACACATCTCACTAGTCGTCTCTAGCAAATCATGGCATCTCCTGTAGAGAAACAACTCC
TCAAATCCCTCTTTTCATTCTTCTTTTTAATTCTACTCTTTTCCGATACCGCTTTCTCAT
CCCGAAAAACATTGGATCAGAGAAAGCCATGCAAACATTTCTCTTTCTACTTCCATGACA
TCCTCTACGATGGCGACAACGTAGCAAACGCTACCTCGGCCGCAATCGTGAGCCCTCCGG
GATTAGGAAACTTTAAGTTCGGTAAGTTTGTGATTTTTGATGGCCCCATAACAATGGACA
AGAACTATCTCTCAGAACCCGTGGCTCGTGCACAAGGCTTCTATTTCTATGACATGAAGA
CGGACTTCAACTCGTGGTTTTCCTACACCTTGGTGTTTAACTCGACGGAACACAAAGGCA
CACTGAATATAATGGGTGCAGACTTGATGATGGAGCCGACAAGAGATCTATCGGTCGTTG
GTGGGACTGGTGATTTCTTCATGGCTCGTGGTATCGCTACCTTTGTGACGGATCTGTTTC
AAGGGGCTAAGTATTTCCGTGTTAAGATGGATATTAAACTATATGAATGTTACTAACTAG
TTACATGTTTTATTTTGAAAATTGTGTGCTGACACAGAGATAAAATGTATTACTATTGAT
AAGTAAGTGGTTTTCGTTTCTGTTTTACAGTTTATTGTATGTTTCTGCTTTTATATAATT
CATGTTATCCCGA
TTGTAG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3DD54JQ 737 0 0
GGAC
ATCTCACTAGTCGTCTCTAGCAAATCATGGCATCTCCTGTAGAGAAACAACTCCTCAAAT
CCCTCTTTTCATTCTTCTTTTTAATTCTACTCTTTTCCGATACCGCTTTCTCATCCCGAA
AAACATTGGATCAGAGAAAGCCATGTAAACATTTCTCTTTCTACTTCCATGACATCCTCT
ACGATGGCGACAACGTAGCAAACGCTACCTCGGCCGCAATCGTGAGCCCTCCGGGATTAG
GAAACTTTAAGTTCGGTAAGTTTGTGATTTTTGATGGCCCCATAACAATGGACAAGAACT
ATCTCTCAGAACCCGTGGCTCGTGCACAAGGCTTCTATTTTTATGACATGAAGACGGACT
TCAACTCGTGGTTTTCCTACACCTTGGTGTTTAACTCGACGGAACACAAAGGCACACTGA
ATATAATGGGTGCAGACTTGATGATGGAGCCGACAAGAGATCTATCGGTCGTTGGTGGGA
CTGGTGATTTCTTCATGGCTCGTGGTATCGCTACCTTTGTGACGGATCTGTTTCAAGGGG
CTAAGTATTTCCGTGTTAAGATGGATATTAAACTATATGAATGTTACTAACTAATTACAT
GTTTTATTTTGAAAATTGTGTGCTGACACAGAGATAAAATGTATTACTATTGATAAGTAA
GTGGTTTTCGTTTCTGTTTTACAGTTTATTGTATGTTTCTGCTTTTATATAATTCATGTT
ATCCCGAAAAAAA

QA 5 737 5 737
DS 



AS 1 2

CO CL3242Contig1 712 2 3 U
GGGCGTTAATCTCAAGAAGAGGAAGAAACCCTCCTTTGTCTTTTTTCTTTCCAAACTGGT
CTGAGATGGCCGAGCCACTAGGACAGCTCCAGGTGACTGTTATCCGAGGAAAGAAACTAG
CGATCCGAGACTTCAAGTCAAGTGATCCTTACGTGATAGTCAAGTTGGGAAATGAGACAG
CCAAGACCAAAGTGATCAACAATTGCTTAAACCCTGTGTGGGATGAGGAACTGAGCTTTA
CACTCAAAGATCCTGCAGCAGTTCTCTCATTGGAAGTGTTTGATAAAGATAGGTTCAAGG
CAGATGACAAGATGGGTCATGCCACTCTCAGCCTTCAACCACTCATCTCAGTAGCCAGAC
TAAGGCATATAGTGCACGTGTCCTCTGGCGAGACAACGCTTAGGAAAGTGTTGCCAGATT
CAGACAACTGCTTATCTCGTGAGAGCACAATCAGTTGCATAGACGGAGAGGTGGTGCAGA
GCGTGTGGCTGAAGCTGTGCGCTGTTGAGTCGGGTGAGATTGAGTTGAAGATCAAGTTGA
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TAGTTTGTAGCAAGCAACCCCTTTGTGTTTAGTTAAATTGCAACATGTATGGTCTTTGTT
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BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F012JQ C 1
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CAGACAACTGCTTATCTCGTGAGAGCACAATCAGTTGCATAGACGGAGAGGTGGTGCAGA
GCGTGTGGCTGAAGCTGTGCGCTGTTGAGTCGGGTGAGATTGAGTTGAAGATCAAGTTGA
TTGATCCTCCTGGAACAAAGAAGCATTAGGGATTCATGAATCCAAATGTGTGTGGTATGT
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DS 

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AAAGATCCTGCAGCAGTTCTCTCATTGGAAGTGTTTGATAAAGATAGGTTCAAGGCAGAT
GACAAGATGGGTCATGCCACTCTCAGCCTTCAACCACTCATCTCAGTAGCCAGACTAAGG
CATATAGTGCACGTGTCCTCTGGCGAGACAACGCTTAGGAAAGTGTTGCCAGATTCAGAC
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TGGCTGAAGCTGTGCGCTGTTGAGTCGGGTGAGATTGAGTTGAAGATCAAGTTGATTGAT
CCTCCTGGAACAAAGAAGCATTAGGGATTCATGAATCCAAATGTGTGTGGTATGTTAGTT
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ATGCATGTGAAACACCTTTTAAGACTTT
AAAGCTTTTCCCGTTGTGC

QA 6 693 6 693
DS 



AS 1 3

CO CL3243Contig1 1073 3 7 U
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TTCACACAAGAAGACATTTGGAGAAACGTTTAAAAAACAGACAGACAAACAAAAACAAAA
AAAAAAAGAAGTGAGGTGATATGAAATGTTATTACATAATAAGATTGATGAGGAGAGGGG
GGAGCCTCAGGAGTCAGGTAGTCTCATCTGTACGATCTCAGCAGGTGGACGCAGCGTGCA
AACCATCTCTCTTGTCTTCCCAAAGTAAACCTGATCAAGTGAGTTTCTCAGTTTGCCTTC
CAATTCTTCAATCATCCTCCCCATATTGCACAAATGTCCCTCCGCTACAGCGAGCTCCAT
TTTCATTTGTCTTCTAATTGATCCGGATAAGCCGAATTTGCCAGAGGGCTCGTCATCGGT
GGTAAGAGAGAGCATAATAGTACTTGTTAAGCAGTACTGTGCCATTTCCTCATCCTCTGG
ACCAACCTGAATAACATGTATGGCATCCCAAGCTCCTTCTTCCAGGCATCCCCTCCGACC
ATGTCCTGACTTTGACCCATCTTTCTTGATAAGGAAACATGCCACAAAGCCTTCATTATC
ATCCTCCTCCCACATGTACACTGAAGATATTCCTCCTTCATAATACTGGTCACGATAGAT
AGCAAAGATGTCGTTGGCTTCAACTTCGAGCTTTCTTAATTCTGATGACGGGTACAGAGC
ATCCTCTAGCGGAGGATGGTACTTGTTTGACCAAGGTGACCTGTAGGAATCAGCATCTCT
GTTGTACTCACACAAGATGAAATCTTTCCTGCTTTCAGCATCACGTAACACCTGGAGAGG
GAGATCGACTTGAGAGAGGAGATCGGAAGAATGTTGAGGCAAGAGGCTGAGTAGTGCTGA
CAGAGCCGTTTCCGATTGCTTCGGCGGCATTCTTCTTAGAAACCCCAAAGCTGCCTCCAT
TTTGTTTTTTCAACCTCTGTCGCGCCGGAGAAATCAATCTCTCCGATGGATGTGGAAAAA
AAAAAAGGAAGACGACCGGAGGCAGACAACTGCTGATGATAACCGCATAAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AQ44JQ U 1
AF RR3A146JQ U 37
AF RR3A146TF C 301
BS 1 374 RR3AQ44JQ
BS 375 375 RR3A146JQ
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RD RR3AQ44JQ 832 0 0
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GGAGCCTCAGGAGTCAGGTAGTCTCATCTGTACGATCTCAGCAGGTGGACGCAGCGTGCA
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TTTCATTTGTCTTC*AATTGATCCGGATAAGCCGAATTTGCCAGAGGGCTCGTCATCGGT
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ATGTCCTGACTTTGACCCATCTTTCTTGATAAGGAAACATGCCACAAAGCCTTCATTATC
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AGCAAAGATGTCGTTGGCTTCAACTTCGAGCTTTCTTAATTCTGATGACGGGTACAGAGC
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GTTGTACTCACACAAGATGAAATCTTTCCTGCTTTCAGCATCACGTAACACC

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DS 

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CTCAGCAGGTGGACGCAGCGTGCAAACCATCTCTCTTGTCTTCCCAAAGTAAACCTGATC
AAGTGAGTTTCTCAGTTTGCCTTCCAATTCTTCAATCATCCTCCCCATATTGCACAAATG
TCCCTCCGCTACAGCGAGCTCCATTTTCATTTGTCTTCTAATTGATCCGGATAAGCCGAA
TTTGCCAGAGGGCTCGTCATCGGTGGTAAGAGAGAGCATAATAGTACTTGTTAAGCAGTA
CTGTGCCATTTCCTCATCCTCTGGACCAACCTGAATAACATGTATGGCATCCCAAGCTCC
TTCTTCCAGGCATCCCCTCCGACCATGTCCTGACTTTGACCCATCTTTCTTGATAAGGAA
ACATGCCACAAAGCCTTCATTATCATCCTCCTCCCACATGTACACTGAAGATATTCCTCC
TTCATAATACTGGTCACGATAGATAGCAAAGATGTCGTTGGCTTCAACTTCGAGCTTTCT
TAATTCTGATGACGGGTACAGAGCATCCTCTAGCGGAGGATGGTACTTGTTTGACCAAGG
TGACCTGTAGGAATCAGCATCTCTGTTGTACTCACACAAGATGAAATCTTTCCTGCTTTC
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AGG

QA 1 843 1 843
DS 

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TTTCATTTGTCTTCTAATTGATCCGGATAAGCCGAATTTGCCAGAGGGCTCGTCATCGGT
GGTAAGAGAGAGCATAATAGTACTTGTTAAGCAGTACTGTGCCATTTCCTCATCCTCTGG
ACCAACCTGAATAACATGTATGGCATCCCAAGCTCCTTCTTCCAGGCATCCCCTCCGACC
ATGTCCTGACTTTGACCCATCTTTCTTGATAAGGAAACATGCCACAAAGCCTTCATTATC
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AAAAAAGGAAGACGACCGGAGGCAGACAACTGCTGATGATAACCGCATAAAAC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 4

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GGGGGGATTTACTGGGAATGATAGCAGGTCACGCGTACTACTTCTTGGCATTTGTGTATC
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AAATCCACCAAGACTGAATCTTGGTTCTCCACAGAAACCAGCCACACAGACACAGTTGGA
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ACAGTTGTTGATAATGTGGAAGTGTTTGTTAGTTTTCTTTTTCTCCATGTCTGACTTATA
TGTGTTTACCTCCTTCTGCATATATGAACGCAAATTGTGTACAAAGTCTCCCAACATTCT
AGTTCATAATAGTTATTAGATCATTAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3G807TF U 380
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QA 1 660 1 660
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G

QA 1 680 1 680
DS 

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ATATATGAACGCAAATTGTG
GAAAAAAAAA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3CO83JQ 719 0 0
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QA 1 719 1 719
DS 



AS 2 4

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ATAAGATCAAACCCATCAGCGGAGGGATTCCACATTGTTTCCCTCAGTTTGGACCTGGAG
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GGGACTTTGCTTTCCACGCTCTTTACAAGGTCGTTGTTGGCGCGGACTGCCTTTCCACCG
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ACTTCCGTGCTTCTGTCACTGGAGCATCCGTGAAAGGTTTAAAGGGTTGTAAAACACTCA
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BQ
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ACTTACTTCCGTGCTTCTGTCACTGGAGCATCCGTGAAAGGTTTAAAGGGTTGTAAAACA
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ACTTTTCCTGGCTTTGTGGATTGCGTCTATCTTGATGCCCCTAATGAATTGCACTTTAAT
AATGGCTTGGGTGATCAAATAATCATCAAAAACACCAACTGGTCGGATGCTGTCTTGTGG
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DS 



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BQ
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TGCACTTTGATAATGGCTTGGGTGATCAAATAATCATCAAAAACACCAACTGGTCGGATG
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DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3E773JQ U 1
AF RR3FJ96JQ U 4
AF RR3BZ86JQ U 22
BS 1 357 RR3E773JQ
BS 358 358 RR3FJ96JQ
BS 359 449 RR3E773JQ
BS 450 450 RR3FJ96JQ
BS 451 685 RR3E773JQ
BS 686 727 RR3FJ96JQ
BS 728 728 RR3BZ86JQ
BS 729 752 RR3FJ96JQ

RD RR3E773JQ 685 0 0
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TTAATAGACAGAATCAGAGGTTGTAGTAGATACAATAATAAACATGATTGATATAGAGAT
CATCCCGGAAGGATTATGATGAGTCTTTCTCTGATGAAAGCTGCTTAGCGAGAAGGAGGA
GCCCAGCTGTTGTGAATCCTGACAAGACGGCTGACGCATAAAACGTAGCTAAAAGAGACC
CTCTTAGAGACTTTGCGAGTTGCAATGCATTGTCATTAGCATACTGCAATGAGCTCTCTG
GTATGCTTTGGATTCCCTGACTGATTTGCCATGACAGTATCCCAAAGACGAATGCAAATG
GCAGCTCCAGCGTATGCTTTCTCTGGACTCACAGCAACCTGAAGCTCCCCAAACTTAAAC
ATCCTGGTTGTCGACTTAGATTCATTACCAACTGAAGCAGATGGTGTATTTGCAGATAAG
ACCTCTCCAGTTGTAATCATTGCTTTAGCAATCTTCTGTAATTCACCTTGACCGTACTGT
CCCATTCCCCTGAACCTTTTTCCCGCAGATATCAGACGCCTCCCAAAGGCTGATTTGGCA
CCATCTGTTAATGAAGTTTCCAGTTGGGGAAGTTTCTTCACTAAAGTACGAGAGGTTGAT
GTGTCTGCTTGTTCCCAAGCACGGG

QA 1 685 1 685
DS 

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ATCAAAGAGATTTCATTTGCTCTGAAAACAAAATACAACTCAACCCATTCCACAGTTTTA
ATAGACAGAATCAGAGGTTGTAGTAGATACAATAATAAACATGATTGATATAGAGATCAT
CCCGGAAGGATTATGATGAGTCTTTCTCTGATGAAAGCTGCTTAGCGAGAAGGAGGAGCC
CAGCTGTTGTGAATCCTGACAAGACGGCTGACGCATAAAACGTAGCTAAAAGAGACCCTC
TTAGAGACTTTGCGAGTTGCAATGCATTGTCATTAGCATACTGCAATGAGCTCTCAGGTA
TGCTTTGGATTCCCTGACTGATTTGCCATGACAGTATCCCAAAGACGAATGCAA*TGGCA
GCTCCAGCGTATGCTTTCTCTGGACTCACAGCAACCTGAAGCTCCCCAAACTTAAACATC
CTGGTTGTCGACTTAGATTCATTACCGACTGAAGCAGATGGTGTATTTGCAGATAAGACC
TCTCCAGTTGTAATCATTGCTTTAGCAATCTTCTGTAATTCACCTTGACCGTACTGTCCC
ATTCCCCTGAACCTTTTTCCCGCAGATATCAGACGCCTCCCAAAGGCTGATTTGGCACCA
TCTGTTAATGAAGTTTCCAGTTGGGGAAGTTTCTTCACTAAAGTACGAGAGGTTGATGTG
TCTGCTTGTTCCCAAGCACGGGACAGATTCAGTAAGGTCTCCCCAAGCTCTTGACCACAC
TCATCGATGATGGGTCCATTGGAGAGATC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3BZ86JQ 731 0 0
GCTCTGAAAACAAAATACAACTCAACCCATTCCACAGTTTTAATAGACAGAATCAAAGGT
TGTAGTAGATACAATAATAAACATGATTGATATAGAGATCATCCCGGAAGGATTATGATG
AGTCTTTCTCTGATGAAAGCTGCTTAGCGAGAAGGAGGAGCCCAGCTGTTGTGAATCCTG
ACAAGACGGCTGACGCATAAAACGTAGCTAAAAGAGACCCTCTTAGAGACTTTGCGAGTT
GCAATGCATTGTCATTAGCATACTGCAATGAGCTCTCTGGTATGCTTTGGATTCCCTGAC
TGATTTGCCGTGACAGTATCCCAAAGACGAATGCAA*TGGCAGCTCCAGCGTATGCTTTC
TCTGCACTCACAGCAACCTGAAGCTCCCCAAACTTAGACATCCTGGTATTTGACTTGGAT
TCATTACCGACTGAGGCAGGTGATGTATTTGCAGATAAGACCTCTCCAGTTGTAATCATC
GCTTTAGCAATCTTCTGTAATTCACCTTGACCGTACTGTACCATTCCCCTGAACCTTTTG
CCCGCAGATATCAGACGCCTCCCAAAGGCTGATTTGGCACCATCTGTTAAAGAAGTTTCC
AGTTGGGGAAGTTTCTTCACTAAAGTACGAGAGGTTGATGTGTCTGCTTGTTCCCAAGCA
CGGGACAGATTCAGTAAGGTCTCCCCAAGCTCTTGACCACACTCATAGATGATGGGTCCA
TTGGAGAGATC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 4

CO CL3247Contig1 1529 4 11 U
GGTAGTGCCAATTTCTCACTCCAGTCGCTGGAAACTAGTAAGGGTCGCCACTCAGAGAGG
GAAGTATGGAGCTTAAACTAGCCACGGCCGAGAAACAAGTGCTTGAAGAGTTGGTGAAGC
TAGCACAGAGCCTAGGCCTGCGCGGCGAAAATGGAGGATGGAAGGAGTTTTTACATTCTA
GAGACGAAGACAAGAAGACTGGATCACCAAATGACCCTTCGAAGCGTTCCCGTGACGAAC
TTGTCTCGTTTCTCACAACCTTCAATAAGAGACAAGATGTGCAGGTTCTGAAATATCACG
CCAATTGTCTTCTTATTGAGAAGTTGGAGGAGGAATCTCCTGACAATGACACTCCTGAAC
AGAGTCTAGTTCGATTGACTCTTGACCATCCAGCTTACTCTCTTGACTATTCATTCGAGC
CACATACCGAGGACTGGTTTGTATCGGATGTCGGAATGAAGACGTCCAAGGTGATGGAAT
CAACCGAAATGGTGGCTGTTGACTGTGAGATGGTTCTTTGCGACGATGGAACTGAGGGTT
TAGTCAGAGTTGGTGCTGTAGACCGCCATTTTAAGGTGATTCTTGACGAATTTGTGAAAC
CGGACAAACCTATAGTCGACTATAGGACAGACATTACAGGGATTACTGCTCAAGTTATCG
AAAAAGCTACCCTCTCCCTCCTAGATATTCAGGAAACTTTGCAGCCATTTCTTTCAAACG
GTGCGATCCTGGTTGGTCACAGTTTGAACAAAGACTTGGAAGTGTTGAAGATAGATCATC
CCAAAGTAATCGACACCTCACTTGTATTCAAGTATTCAAATGCAAGAAGGCCCAAAAGAG
CTTCACTTAACAACCTTTGCAAGTCTATTTTGGGTTATGAAGTCCGAAAGGCAGGAGTCT
CTCATGATTGTGTACACGACGCAACAGCTGCGATGAAACTTGCACTTGCTGTTATTGAGA
AAAGAGCTGACACAACTATCCCACCATCTAAAGAGATGTTGGAGGTTGAGAGAACAAAGC
TTTTTATACATAAAATCCCTCACAATGTGACATCTAAAGAGCTGGAGCAAGTTCTTTCTG
GAGAGTTTACACTTGATGTTAAGCCAGCAAAGACATCGAGAGGTTGCTATTGTGCGTTTG
CTGTTTTCCATAGCTCAAAAGAAGCAGATCAAGCGTTTGAAAACGTTGATGGAGACCAAG
GCCAGGATTCATTTGGTTTGCCACAAAAACTGGTTATATTTAAGCTGACTTCTGGTTCAA
GAGTTAGTATATATGTCCGTAAAATGGTTCAAGATGGTTCCGCGTAGAGATCTCCTCCTG
CCACTACAAAGACAGTTCCCCCAGAAGAAAAAAAAAGAGTTATGCAGTGCAGGAGTAAGC
TAACTATTTGTTGTTTTGATTAAGATTCTCTAATAGAAAACAGTGGCAAACAATGTTCAT
CTTTGCATCTGACAAGAACAACATGAGTTTTCCTAAGAAACAAGATGGAAGAAAATGTTT
TCCAGACTAATATTCGTTGATGAAGAGCT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H872TF U 1
AF RR3CF59TF U 564
AF RR3CF59JQ C 801
AF RR3H872JQ C 805
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BS 608 665 RR3H872TF
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BS 1285 1329 RR3CF59TF
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BS 1450 1529 RR3CF59JQ

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GAAGTATGGAGCTTAAACTAGCCACGGCCGAGAAACAAGTGCTTGAAGAGTTGGTGAAGC
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CCAATTGTCTTCTTATTGAGAAGTTGGAGGAGGAATCTCCTGACAATGACACTCCTGAAC
AGAGTCTAGTTCGATTGACTCTTGACCATCCAGCTTACTCTCTTGACTATTCATTCGAGC
CACATACCGAGGACTGGTTTGTATCGGATGTCGGAATGAAGACGTCCAAGGTGATGGAAT
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TAGTCAGAGTTGGTGCTGTAGACCGCCATTTTAAGGTGATTCTTGACGAATTTGTGAAAC
CGGACAGACCTATAGTCGACTATAGGACAGACATTACAGGGATTACTGCTCAAGTTATCG
AAAAA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3CF59TF 766 0 0
G
GCCATTTTAAGGTGATTCTTGACGAATTTGTGAAACCGGACAAACCTATAGTTGACTATA
GGACAGACATTACAGGGATTACTGCTCAAGTTATCGAAAAAGCTACCCTCTCCCTCCTAG
ATATTCAGGAAACTTTGCAGCCATTTCTTTCAAACGGTGCGATCCTGGTTGGTCACAGTT
TGAACAAAGACTTGGAAGTGTTGAAGATAGATCATCCCAAAGTAATCGACACCTCACTTG
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TGGTTCAAGATGGTTCCGCGTAGAGATCTCCTCCTGCCACTACAA

QA 2 766 2 766
DS 

RD RR3CF59JQ 729 0 0
CTTG
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CTATTTTGGGTTATGAAGTCCGAAAGGCAGGAGTCTCTCATGATTGTGTACACGACGCAA
CAGCTGCGATGAAACTTGCACTTGCTGTTATTGAGAAAAGAGCTGACACAACTATCCCAC
CATCTAAAGAGATGTTGGAGGTTGAGAGAACAAAGCTTTTTATACATAAAATCCCTCACA
ATGTGACATCTAAAGAGCTGGAGCAAGTTCTTTCTGGAGAGTTTACACTTGATGTTAAGC
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CAGATCAAGCGTTTGAAAACGTTGATGGAGACCAAGGCCAGGATTCATTTGGTTTGCCAC
AAAAACTGGTTATATTTAAGCTGACTTCTGGTTCAAGAGTTAGTATATATGTCCGTAAAA
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AAGAAAAAAAA*GAGTTATGCAGTGCAGGAGTAAGCTAACTATTTGTTGTTTTGATTAAG
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GAGTTTTCCTAAGAAACAAGATGGAAGAAAATGTTTTCCAGACTAATATTCGTTGATGAA
GAGCT

QA 5 729 5 729
DS 

RD RR3H872JQ 704 0 0
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CTATTTTGGGTTATGAAGTCCGAAAGGCAGGAGTCTCTCATGATTGTGTACACGACGCAA
CAGCTGCGATGAAACTTGCACTTGCTGTTATTGAGAAAAGAGCTGACACAACTATCCCAC
CATCTAAAGAGATGTTGGAGGTTGAGAGAACAAAGCTTTTTATACATAAAATCCCTCACA
ATGTGACATCTAAAGAGCTGGAGCAAGTTCTTTCTGGAGAGTTTACACTTGATGTTAAGC
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CAGATCAAGCGTTTGAAAACGTTGATGGAGACCAAGGCCAGGATTCATTTGGTTTGCCAC
AAAAACTGGTTATATTTAAGCTGACTTCTGGTTCAAGAGTTAGTATATATGTCCGTAAAA
TGGTTCAAGATGGTTCCGCGTAGAGATCTCCTCCTGCCACTACAAAGACAGTTCCCCCAG
AAGAAAAAAAAAGAGTTATGCAGTGCAGGAGTAAGCTAACTATTTGTTGTTTTGATTAAG
ATTCTCTAATAGAAAACAGTGGCAAACAATGTTCATCTTTGCATCTGACAAGAACAACAT
GAGTTTTCCTAAGAAACAAGATGGAAGAAAATGTTTTCCAGACT

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 4

CO CL3248Contig1 1259 4 15 U
GGAAGCTGCTTCTCTTTCTCCTCCTTCGTTGCATGTTGTTTATATCAATACATCTCTGGA
GACGAAAGCTTTTGCTCACGAGCTTGTACCTACCATTACTTGCACTTCATCTAATGTTGT
ACAGACGATTCTCCAGGCGTTTGCTCAAATGCCAGAGTTAACTGTTTGGTACGGTCCTGA
TTCTTACATGGGAGCAAATATTGTAAAGCTATTCCAGCAGATGACATTGATGACTGATGA
AGAAATCGCCAATATTCATCCTAAGCACAACCTAGACTCCATTAAATCATTGCTCCCTCG
TCTTCACTATTTCCAGGAAGGAACGTGCATTGTGCATCATCTGTTCGGTCACGAGGTAGT
GGAGAGGATAAAGTACATGTACTGTGACGCCTTTCTTACTGCACACCTCGAGGTTCCAGG
TGAAATGTTTTCGTTAGCAATGGAAGCAAAGAAAAGAGACATGGGTGTTGTTGGATCCAC
GCAAAACATACTAGACTTCATCAAGAAGAAGGTGCAGGAAGCGGTTGACAGAGATGTCGA
TGACCATCTCCAGTTTGTTCTAGGAACAGAGTCAGGAATGGTAACATCTATCGTTGCGGC
GATCAGGAGTTTGCTAGGCTCTTCGGCTAATAACTCGAAAGTGAAGGTTGAAGTAGTGTT
TCCGGTATCATCAGACTCCATGTCAAAAACTTCTTCCCCAGAGAGTCCAAGCTCCGTTAG
AGTTGGTGGTGTGGTGTTACCGGTTGTACCAGGAGTAGCAGGCGGTGAAGGCTGTTCTAT
TCATGGTGGATGTGCTTCATGTCCGTATATGAAGATGAATTCGCTTAACTCGCTCTTGAA
AGTATGCCAAAGTCTACCTGATGTGGAAAATGTAATCGGAGGATTCAAAGCAGAGCGATT
CAAACGACAAACTCCACAGGGAAAACTCATTGCGGATGTTGGGTGTGAACCAATACTTCA
CATGAGGCACTTCCAAGCGAACAAGGAACTGCCAAAGGAACTTCTTGATCATGTCTTATC
GCGAGAGCAAGCGATTAGCAAATTGTCCCCTTAATATATGATATGATTGGGTGAGTTTAC
TTATCAACAAATTATAGGATAATACGTCTGGTGGAACATGAAGACTAAAAAGTTCTTCTT
GCAATAATGATTTGATATGATGACAACGATTATCACTGTATACAATAATATATAAACAAA
AGGAGAAGAAGCATTTGGATTCTCGATATATCAGAGAAGCTTAGGAGCGAGCTTTTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C009TF U 1
AF RR3A485TF U 93
AF RR3C009JQ C 457
AF RR3A485JQ C 511
BS 1 217 RR3C009TF
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BS 221 236 RR3C009TF
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BS 665 688 RR3C009TF
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BS 690 749 RR3C009TF
BS 750 760 RR3A485TF
BS 761 761 RR3C009JQ
BS 762 839 RR3A485TF
BS 840 1259 RR3C009JQ

RD RR3C009TF 756 0 0
GGAAGCTGCTTCTCTTTCTCCTCCTTCGTTGCATGTTGTTTATATCAATACATCTCTGGA
GACGAAAGCTTTTGCTCACGAGCTTGTACCTACCATTACTTGCACTTCATCTAATGTTGT
ACAGACGATTCTCCAGGCGTTTGCTCAAATGCCAGAGTTAACTGTTTGGTACGGTCCTGA
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AGAAATCGCCAATATTCATCCTAAGCACAACCTAGACTCCATTAAATCATTGCTCCCTCG
TCTTCACTATTTCCAGGAAGGAACGTGCATTGTGCATCATCTGTTCGGTCACGAGGTAGT
GGAGAGGATAAAGTACATGTACTGTGACGCCTTTCTTACTGCACACCTCGAGGTTCCAGG
TGAAATGTTTTCGTTAGCAATGGAAGCAAAGAAAAGAGACATGGGTGTTGTTGGATCCAC
GCAAAACATACTAGACTTCATCAAGAAGAAGGTGCAGGAAGCGGTTGACAGAGATGTCGA
TGACCATCTCCAGTTTGTTCTAGGAACAGAGTCAGGAATGGTAACATCTATCGTTGCGGC
GATCAGGAGTTTGCTAGGCTCTTCGGCTAATAACTCGAAAGTGAAG*TTGAAGTAGTGTT
TCCCGTATCATCAGACTCCATGTCAAAA*CTTCTTCCCCAGAGAGTCCAAGCTCCGTTAG
AGTTGGTGGTGTGGTGTTACCGGTTGTAC
AGGAGTA

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3A485TF 747 0 0
G
CATTACTTGCACTTCATCTAATGTTGTACAGACGATTCTCCAGGCGTTTGCTCAAATGCC
AGAGTTAACTGTTTGGTACGGTCCTGATTCTTACATGGGAGCAAATATTGTAAAGCTATT
CCAGCAGATGACATTGATGACTGATGAAGAAATCGCCAATATTCATCCTAAGCACAACCT
AGACTCCATTAAATCATTGCTCCCTCGTCTTCACTATTTCCAGGAAGGAACGTGCATTGT
GCATCATCTGTTCGGTCACGAGGTAGTGGAGAGGATAAAGTACATGTACTGTGACGCCTT
TCTTACTGCACACCTCGAGGTTCCAGGTGAAATGTTTTCGTTAGCAATGGAAGCAAAGAA
AAGAGACATGGGTGTTGTTGGATCCACGCAAAACATACTAGACTTCATCAAGAAGAAGGT
GCAGGAAGCGGTTGACAGAGATGTCGATGACCATCTCCAGTTTGTTCTAGGAACAGAGTC
AGGAATGGTAACATCTATCGTTGCGGCGATCAGGAGTTTGCTGGGCTCTTCGGCTAATAA
CTCGAAAGTGAAGGTTGAAGTAGTGTTTCCGGTATCATCAGACTCCATGTCAAAAACTTC
TTCCCCAGAGAGTCCAAGCTCCGTTAGAGTTGGTGGTGTGGTGTTACCGGTTGTACCAGG
AGTAGCACGCGGTGAAGGCTGTTCTATTCATGGTGGATGTGCTTCATGTCCGTATATGAA
GATGAATTCGCTTAACTCGCTCTTGA

QA 2 747 2 747
DS 

RD RR3C009JQ 803 0 0
AGACATGGGTGTTGTTGGATCCACGCAAAACATACTAGACTTCATCAAGAAGAAGGTGCA
GGAAGCGGTTGACAGAGATGTCGATGACCATCTCCAGTTTGTTCTAGGAACAGAGTCAGG
AATGGTAACATCTATCGTTGCGGCGATCAGGAGTTTGCTAGGCTCTTCGGCTAATAACTC
GAAAGTGAAGGTTGAAGTAGTGTTTCCGGTATCATCAGACTCCATGTCAAAAACTTCTTC
CCCAGAGAGTCCAAGCTCCGTTAGAGTTGGTGGTGTGGTGTTACCGGTTGTACCAGGAGT
AGCAGGCGGTGAAGGCTGTTCTATTCATGGTGGATGTGCTTCATGTCCGTATATGAAGAT
GAATTCGCTTAACTCGCTCTTGAAAGTATGCCAAAGTCTACCTGATGTGGAAAATGTAAT
CGGAGGATTCAAAGCAGAGCGATTCAAACGACAAACTCCACAGGGAAAACTCATTGCGGA
TGTTGGGTGTGAACCAATACTTCACATGAGGCACTTCCAAGCGAACAAGGAACTGCCAAA
GGAACTTCTTGATCATGTCTTATCGCGAGAGCAAGCGATTAGCAAATTGTCCCCTTAATA
TATGATATGATTGGGTGAGTTTACTTATCAACAAATTATAGGATAATACGTCTGGTGGAA
CATGAAGACTAAAAAGTTCTTCTTGCAATAATGATTTGATATGATGACAACGATTATCAC
TGTATACAATAATATATAAACAAAAGGAGAAGAAGCATTTGGATTCTCGATATATCAGAG
AAGCTTAGGAGCGAGCTTTTATG

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3A485JQ 717 0 0
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GTCAGGAATGGTAACATCTATCGTTGCGGCGATCAGGAGTTTGCTGGGCTCTTCGGCTAA
TAACTCGAAAGTGAAGGTTGAAGTAGTGTTTCCGGTATCATCAGACTCCATGTCAAAAAC
TTCTTCCCCAGAGAGTCCAAGCTCCGTTAGAGTTGGTGGTGTGGTGTTACCGGTTGTACC
AGGAGTAGCAGGCGGTGAAGGCTGTTCTATTCATGGTGGATGTGCTTCATGTCCGTATAT
GAAGATGAATTCGCTTAACTCGCTCTTGAAAGTATGCCAAAGTCTACCTGATGTGGAAAA
TGTAATCGGAGGATTCAAAGCAGAGCGATTCAAACGACAAACTCCACAGGGAAAACTCAT
TGCGGATGTTGGGTGTGAACCAATACTTCACATGAGGCACTTCCAAGCGAACAAGGAACT
GCCAAAGGAACTTCTTGATCATGTCTTATCGCGAGGGCAAGCGATTAGCAAATTGTCCCC
TTAATATATGATATGATTGGGTGAGTTTACTTATCAACAAATTATAGGATAATACGTCTG
GTGGAACATGAAGACTAAAAAGTTCTTCTTGCAATAATGATTTGATATGATGACAACGAT
TATCACTGTATACAATAATATATAAACAAAAGGAGAAGAAGCATTTGGATTCTCGA
C

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 4

CO CL3249Contig1 1458 4 9 U
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AAAACAATGGTTGAGAAGCTTACATATGTTGACGAAGTGCAGTGTACTGTCCTGAGGTCA
AAGTTATCGAAGGCCATGGTACAACGATTGATGTTGTATTGGTAAACGGTGTGCTTCATG
AAGGTGATCAGATCGTCGTGTGTGGGTTACAGGGACCTATAGACACAACGATCAGAGCGT
TACTGACTCCTCATCCAATGAAGGAGCTACGGGTGAAGGGTACTTATGCGCATCACAAAG
AAATAAAGGCAGCACAGGGTATTAAAATCACTGCCCAGGGCCTTGAACACGCTATTGCTG
GCACTGCACTGCACGTGATTGGACCCGATGATGACATCGAAGCAATCAAGGAGCAGGCAA
TGGAAGACATGGAGTCAGTTTAGAGCAGGATCGACAAAAGCGGCGAAGGAGTTTACGTAC
AAGCGTCTACGCTAGGGTCACTGGAAGCCTTGCTCGAGTTCTTGAAGTCCCCAGCTGTAA
AGATACCCGTCAGCGGTATCGGCATAGGGCCCGTGCACAAGAAAGACATCATGAAAGCGG
GAGTGATGCTCGAGAGGAAGAAGGAATACGCCACGATCTTGGCTTTCGACGTGAAAGTGA
CCACGGACGCTCGAGAGCTCGCGGACGAGATGGGAGTTAAGATCTTCTGCGCTGATATCA
TCTACCATTTGTTCGACCAGTTCAAGGCGTATATCGAGAGTATCAAAGAGGAGAAGAAGA
AGGAATCAGCCGATGAAGCAGTCTTCCCATGTGTC*TTAGGATTTTACCCAACTGTGTGT
TCAATAAGAGAGATCCAATTGTCCTTGGAGTTGACGTCGTCGAGGGTGTACTTAAGATTG
GAACTCCCATCTGCGTCCCGAGTAGAGAGTTTATCGATATTGGCCGTATTGCCTCTATTG
AGAACAACCACAAGCCTGTTGACTATGCAAAGAAGGGTACCCAAGTGGCTATTAAGATTA
TTGCTTCAAACCCTGAAGAGCAGAAGATGTTTGGGAGGCATTTTGACATGGAAGATGAGC
CTGTGAGTCACATTTCGAGAAAATCTATCGACATACTCAAAACTAACTACAGGGATGAGT
TAAACATGGATGAGTGGAAGCTAGTTGTAAAACTGAAGAACATCTTCAAGATACAGTAGA
GATTCCCCCACACAACATTGGGAGTTTTGGATGATGTGTCTGCGTCGATGCAGAATGAAC
TGATTCACCTTCATGCATCTAACCAAAGCAAGTCACGAAGAGAGACGAAAGAGTTTTTTT
TTATGTTATCTTTCTCCCTGGAGAGTGCTGAATAATTGAACCTTCTTGTGACACAAACTT
ACAGGGAAACAAGATATTGAGTTTTGAGATATACAACAAAATATCGTTATATGCCCTTTT
CAAATAATCTTTTAAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN19TF U 1
AF RR3F076TF U 314
AF RR3F076JQ C 634
AF RR3EN19JQ C 632
BS 1 618 RR3EN19TF
BS 619 992 RR3F076TF
BS 993 1072 RR3EN19JQ
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BS 1098 1098 RR3F076JQ
BS 1099 1458 RR3EN19JQ

RD RR3EN19TF 618 0 0
GGTGCTATTACTGGGGAAGGGATCCCAGATCTTTTGCTGTTGTTGGTTAACTGGGCTCAG
AAAACAATGGTTGAGAAGCTTACATATGTTGACGAAGTGCAGTGTACTGTCCTGAGGTCA
AAGTTATCGAAGGCCATGGTACAACGATTGATGTTGTATTGGTAAACGGTGTGCTTCATG
AAGGTGATCAGATCGTCGTGTGTGGGTTACAGGGACCTATAGACACAACGATCAGAGCGT
TACTGACTCCTCATCCAATGAAGGAGCTACGGGTGAAGGGTACTTATGCGCATCACAAAG
AAATAAAGGCAGCACAGGGTATTAAAATCACTGCCCAGGGCCTTGAACACGCTATTGCTG
GCACTGCACTGCACGTGATTGGACCCGATGATGACATCGAAGCAATCAAGGAGCAGGCAA
TGGAAGACATGGAGTCAGTTTAGAGCAGGATCGACAAAAGCGGCGAAGGAGTTTACGTAC
AAGCGTCTACGCTAGGGTCACTGGAAGCCTTGCTCGAGTTCTTGAAGTCCCCAGCTGTAA
AGATACCCGTCAGCGGTATCGGCATAGGGCCCGTGCACAAGAAAGACATCATGAAAGCGG
GAGTGATGCTCGAGAGGA

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3F076TF 679 0 0
G
CAGGGTATTAAAATCACTGCCCAGGGCCTTGAACACGCTATTGCTGGCACTGCACTGCAC
GTGATTGGACCCGATGATGACATCGAAGCAATCAAGGAGCAGGCAATGGAAGACATGGAG
TCAGTTTTGAGCAGGATCGACAAAAGCGGCGAAGGAGTTTACGTACAAGCGTCTACGCTA
GGGTCACTGGAAGCCTTGCTCGAGTTCTTGAAGTCCCCAGCTGTAAAGATACCCGTCAGC
GGTATCGGCATAGGGCCCGTGCACAAGAAGGACATCATGAAGGCGGGAGTGATGCTCGAG
AGGAAGAAGGAATACGCCACGATCTTGGCTTTCGACGTGAAAGTGACCACGGACGCTCGA
GAGCTCGCGGACGAGATGGGAGTTAAGATCTTCTGCGCTGATATCATCTACCATTTGTTC
GACCAGTTCAAGGCGTATATCGAGAGTATCAAAGAGGAGAAGAAGAAGGAATCAGCCGAT
GAAGCAGTCTTCCCATGTGTC*TTAGGATTTTACCCAACTGTGTGTTCAATAAGAGAGAT
CCAATTGTCCTTGGAGTTGACGTCGTCGAGGGTGTACTTAAGATTGGAACTCCCATCTGC
GTCCCGAGTAGAGAGTTTATCGATATTGGCCGTATTGCCTCTATTGAGAACAACCACAAG
CCTGTTGACTATGCAAAG

QA 2 679 2 679
DS 

RD RR3F076JQ 795 0 0
ACGATC
TGGCTTTCGACGTGAAAGTGACCACGGACGCTCGAGAGCTCGCGGACGAGATGGGAGTTA
AGATCTTCTGCGCTGATATCATCTACCATTTGTTCGACCAGTTCAAGGCGTATATCGAGA
GTATCAAAGAGGAGAAGAAGAAGGAATCAGCCGATGAAGCAGTCTTCCCATGTGTC*TTA
GGATTTTACCCAACTGTGTGTTCAATAAGAGAGATCCAATTGTCCTTGGAGTTGACGTCG
TCGAGGGTGTACTTAAGATTGGAACTCCCATTTGCGTCCCGAGTAGAGAGTTTATCGATA
TTGGCCGTATTGCCTTTATTGAGAACAACCACAAGCCTGTTGACTATGCAAAGAAGGGTA
CCCAGGTGGCTATTAAGATTATTGCTTCAAACCCTGAAGAGCAGAAGATGTTTGGGAGGC
ATTTTGACATGGAAGATGAGCCTGTGAGTCACATTTCGAGAAAATCTATCGACATACTCA
AAACTAACTACAGGGATGAGTTAAACATGGATGAGTGGAAGCTAGTTGTAAAACTGAAGA
ACATCTTCAAGATACAGTAGAGATTCCCCCACACAACATTGGGAGTTTTGGATGATGTGT
TTGCGTCGATGCAGAATGAACTGATTCACCTTCATGCATCTAACCAAAGCAAGTCACGAA
GAGAGACGAAAGAGTTTTTTTTTATGTTATCTTTCTCCCTGGAGAGTGCTGAATAATTGA
ACCTTCTTGTGGCACAAACTTACAGGGAAACAAGATATTGAGTTTTGAGATATACAACAA
AATATCGTT

QA 7 795 7 795
DS 

RD RR3EN19JQ 827 0 0
GCACGATC
TGGCTTTCGACGTGAAAGTGACCACG*ACGCTCGAGAGCTCGCGGACGAGATGGGAGTTA
AGATCTTCTGCGCTGATATCATCTACCATTTGTTCGACCAGTTCAAGGCGTATATCGAGA
GTATCAAAGAGGAGAAGAAGAAGGAATCAGCCGATGAAGCAGTCTTCCCATGTGTCCTTA
GGATTTTACCCAACTGTGTGTTCAATAAGAGAGATCCAATTGTCCTTGGAGTTGACGTCG
TCGAGGGTGTACTTAAGATTGGGACTCCCATCTGCGTCCCGAGTAGAGAGTTTATCGATA
TTGGCCGTATTGCCTCTATTGAGAACAACCACAAGCCTGTTGACTATGCAAAGAAGGGTA
CCCAAGTGGCTATTAAGATTATTGCTTCAAACCCTGAAGAGCAGAAGATGTTTGGGAGGC
ATTTTGACATGGAGGATGAGCTTGTGAGTCACATTTCGGGAAAATCTATCGACATACTCA
AAACTAACTACAGGGATGAGTTAAACATGGATGAGTGGAAGCTAGTTGTAAAACTGAAGA
ACATCTTCAAGATACAGTAGAGATTCCCCCACACAACATTGGGAGTTTTGGATGATGTGT
CTGCGTCGATGCAGAATGAACTGATTCACCTTCATGCATCTAACCAAAGCAAGTCACGAA
GAGAGACGAAAGAGTTTTTTTTTATGTTATCTTTCTCCCTGGAGAGTGCTGAATAATTGA
ACCTTCTTGTGACACAAACTTACAGGGAAACAAGATATTGAGTTTTGAGATATACAACAA
AATATCGTTATATGCCCTTTTCAAATAATCTTTTAAGTT

QA 9 827 9 827
DS 



AS 1 4

CO CL3250Contig1 773 4 8 U
GAACCCAAAACCTTGTTAAATATGTGACAAGAGATATATACAGACGATAACTTGATAGAT
ATACAGTACTCTAAAACAACTACAAAACTTCGATGAATAAGATTGAAATTAAACAAACTA
AAAAAAAATTTAGCAGCCATTTCCTTTTTCTCTCATCATTACAACTTAGAAGCAACCACG
ACCACATCGAGTTGAAGCTGATGATTCGAAAAGTATGCAATCTGGTCCACTACATGCTCC
AAATCCAAAACGCTGTCGTCTTTACATTTCGCTAGTAGTCTCTGAGCTTCCTGCTTGGTC
ATCTTGATCTTTACCCTCACAACTTCCTCCTTCCCTTCAACCTTATTCGAACCTTCTTTC
TCATCCAGAGGCTTCTCCTCAGGTTCGAACTCATACCTCATTGGCTTGTTGGGTTCGAAA
ATCTTATTCTTCTCCAACTGAAACCTCACAACTTTACGTGGCTTCAAAGGCTTTGCCATC
TCGTCATCTTCATCTTCGAACCTTAAGGATCTGTCAATCCTCTTGGCTCTTTGCAAGCAA
CGAGACTTTTTGATGGGTGCTACTGAACACTCTGATCCATTTAGAGGCGATGTTAAGTCG
TCTTTGAAGATTGATTTTGCTTCTAGAACGCTCTCGTATCTTTCTTGAAGTCCGTTGAAG
CATTTAGCTAATGAATCCATCATTTTTTTCTCTATTGATAAAGGGAGAGAAAGCTTTAGT
GTTATCTTCTTTTTTTTTTGTGTGTGTGTAGAATTGCAAGTTTATTTCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3C035JQ U 68
AF RR3H543JQ U 1
AF RR3H543TF C 24
AF RR3C035TF C 31
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RD RR3C035JQ 632 0 0
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TCTTCTCCAACTGAAACTTCACAACTTTACGTGGCTTCAAAGGCTTTGCCATCTCGTCAT
CTTCATCTTCGAACCTTAAGGATCTGTCAATCCTCTTGGCTCTTTGCAAGCAACGAGACT
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RD RR3H543JQ 729 0 0
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ATACAGTACTCTAAAACAACTACAAAACTTCGATGAATAAGCTTGAAATTAAACAAACTA
AAAAAAA*TTTAGCAGCCATTTCCTTTTTCTCTCATCATTACAACTTAGAAGCAACCACG
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AAATCCAAAACGCTGTCGTCTTTACATTTCGCTAGTAGTCTCTGAGCTTCCTGCTTGGTC
ATCTTGATCTTTACCCTCACAACTTCCTCCTTCCCTTCAACCTTATTCGAACCTTCTTTC
TCATCCAGAGGCTTCTCCTCAGGTTCGAACTCATACCTCATTGGCTTGTTGGGTTCGAAA
ATCTTATTCTTCTCCAACTGAAACCTCACAACTTTACGTGGCTTCAAAGGCTTTGCCATC
TCGTCATCTTCATCTTCGAACCTTAAGGATCTGTCAATCCTCTTGGCTCTTTGCAAGCAA
CGAGACTTTTTGATGGGTGCTACTGAACACTCTGATCCATTTAGAGGCGATGTTAAGTCG
TCTTTGAAGATTGATTTTGCTTCTAGAACGCTCTCGTATCTTTCTTGAAGTCCGTTGAAG
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GTTATCTTC

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AAGTATGCAATCTGGTCCACTACATGCTCCAAATCCAAAACGCTGTCGTCTTTACATTTC
GCTAGTAGTCTCTGAGCTTCCTGCTTGGTCATCTTGATCTTTACCCTCACAACTTCCTCC
TTCCCTTCAACCTTATTCGAATCTTCTTTCTCATCCAGAGGCTTCTCCTCAGGTTCGAAC
TCATACCTCATTGGCTTGTTGGGTTCGAAAATCTTATTCTTCTCCAACTGAAACTTCACA
ACTTTACGTGGCTTCAAAGGCTTTGCCATCTCGTCATCTTCATCTTCGAACCTTAAGGAT
CTGTCAATCCTCTTGGCTCTTTGCAAGCAACGAGACTTTTTGATGGGTGCTACTGAACAC
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TCTATTGATAAAGGGAGAGAAAGCTTTAGTGTTATCTTCTTTTTTTTTTGTGTGTGTGTA
GAATTGCAAGTTTATTTCTCTCC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 3

CO CL3251Contig1 997 3 29 U
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ATCGGCGTTGGTGAGATCTGCAAAGCTGTGATCTGTCTCGAAATCGCAGCGTCTCGGCTG
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GAGTTGGCGATTCAGTTTGGGTGCGTTAGGATCATTAAATCCGTGCAAAACATGCTATCT
TTGTATAAAGAGAGGTTTCTTGCATCGCTACCAGCGTCAAGACGGGCGAACGCTGACTTC
ACCAGACCTGTATTTACAGCTGCTGCTTTCTATTTGTGTGCTAAAAAGCAGAAGCTTAAG
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TCTACCTCCATGATAGACCTTTGCTTTGACTGTGTTGGGGTCTCCAAGGAGAAGAAAGAT
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GAGGAGGCTAAGTACGAGGACTGGAAATCGACAGTTGTTAATTCGATCAAGAAGAATCCA
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GTTGTTTTCACCACATGATATATGTGTAAATTACAGT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ27TF U 1
AF RR3AE42TF U 48
AF RR3EQ27JQ C 321
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RD RR3EQ27TF 275 0 0
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ACTAAGGATATGGATATCTCCGACATAGCGAGAAAGCTCGATCTCCCTAACAACAAACTT
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ATCGGCGTTGGTGAGATCTGCAAAGCTGTGATCTGTCTCGAAATCGCAGCGTCTCGGCTG
CAGGTTATTTTCGACAGACAAGCGGCGATTAA
TTG

QA 1 272 1 272
DS 

RD RR3AE42TF 798 0 0
GGGGG
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CATCAGTCATCGGCGTTGGTGAGATCTGTAAAGCTGTGATCTGTCTCGAAATCGCAGCGT
CTCGGTTGCAGGTTATTTTCGACAGACAAGCGGCGATTAAGTTGAGTGGTATGTCGGAAA
AGGCATACACGAGATCATTCGATAGCCTCCAAAACGTTATTGGATTCAAGATTAAGCTTA
ATGTTAAAGAGTTGGCGATTCAGTTTGGGTGCGTTAGGATCATTAAATCCGTGCAAAACA
TGCTATCTTTGTATAAAGAGAGGTTTCTTGCATCGCTACCAGCGTCAAGACGGGCGAATG
CTGACTTCACCAGACCTGTATTTACAGCTGCTGCTTTCTATTTGTGTGCTAAGAAGCATA
AGCTTAAGGTAGATAAGCTTAGGTTGGTTGAGGTTTGTGGAACATCAGAATCTGAATTCT
CTTGTGTGTCTACCTCCATGATAGACCTTTGCTTTGACTGTGTTGGGGTCTCTAAGGAGA
AGAAAGATGCAAAAGAAGTTAAAGGAAACCGGGAGTTGCTTGATGTGTTACCTGGAAAGA
GGAGACTAGAGGACGGTGGATATTCATCTGATGATGAGTCTTCGTGCTACAAAAGACACA
AGAAGATGGAGGAGGCTAAGTACGAGGACTGGAAATCGACAGTTGTTAATTCGATCAAGA
*GAATCCAGAGAA

QA 6 798 6 798
DS 

RD RR3EQ27JQ 677 0 0
CCAAAACGTTATTGGAGTCAAGATTAAGCTTAATGTTAAAGAGTTGGCGATTCAGTTTGG
GTGCGTTAGGATCATTAAATCCGTGCAAAACATGCTATCTTTGTATAAAGAGAGGTTTCT
TGCATCGCTACCAGCGTCAAGACGGGCGAACGCTGACTTCACTAGACCTGTATTTACGGC
TGCTGCTTTCTATTTGTGTGCTAAAAAGCAGAAGCTTAAGGTAGATAAGCTTAGGTTGGT
TGAGGTTTGTGTAACATCAGAATCTGAATTCTCCTGTGTGTCTACCTCCATGATAGACCT
TTGCTTTGACTGTGTTGGGGTCTCCAAGGAGAAGAAAGATGCAAAAGACGTCAAAGGAAA
CAGAGAGTTGCTTGATGTGATACCTGGAAAGAGGAGACTAGAGGACGGTGGATATTCATC
TGATGATGGGTCTTCGTGCTACAAAAGACACAAGAAGATGGAGGAGGCTAAGTACGAGGA
TTGGAAATCGACAGTTGTTAATTCGATCAAGAAGAATCCAGAGAAAGGACCTAAGAAAGT
TATACAGACTAGTCTCAATTTCACAAAGAAGGCTGAGACTGAAGAGTTGCAAGTTGATTC
ATAGTCAAAGACTCAGATCTCAGATCCTGTTCGATTTCTTGTTGTTTTCACCACATGATA
TATGTGTAAATTACAGT

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 4

CO CL3252Contig1 740 4 7 U
AGAAAAAGCCCTTACAAGAAGATAACCGGAGAAAGAGAGAGAGAGATGGGTTGTATTCAC
TTTGAGTCAGCAGATCCACGGACACCTCCTGTCCAAGAGAAGCCAAATAAGGAAACTGCT
TCCAACACAGTCTTTCAAGAACACGAGGAGCATGAAGGAATCCAAGAAGCTTGGTCGGAT
ATCAAGAACCGCGGTGGAAACGTTGGGGGTTATATCGCCGGTGAGAGTAGCCACAAGCTT
GAGAAGAGGAAGAGCCAAGTGTTGCTGGAAGGTTACGTGGAGGCTCAAGAAGATCTGACG
AGAGCCAAGAGCTTGACGGATGACGATCTTGAGGAGCTAAAAGGTTGTTTAGACCTAGGG
TTTGGGTTTAGCTACGACGAGATCCCTGAGCTCTGCAACACACTGCCTGCTTTAGAGCTA
TGTTACTCCATGTCCCAGAAGTTCTTAGATGATGATAAGAAAACCCACCAAGAGAACTCG
CCGCTGCCGCCACCGACGACCACGACCAGTCCAGTTGCGAACTGGAAGATCTCTAGCCCT
GGTGATAATCCAGACGATGTAAAAGCTAGACTCAAGTATATAGAGAATCATAAAGATATA
AAACATAAATGTGGATATCATTATTGAGATATGTATATATTTAGTTAAGGAAACTAGGTT
TAATGTTTATATTCTTATCTTCCTATATAAGTCGTACATGTATAAGCTTTATGATCATGA
GAGTAAATATAATTCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3DZ63TF U 12
AF RR3DZ63JQ C 1
AF RR3BK68TF U 12
AF RR3BK68JQ C 90
BS 1 11 RR3DZ63JQ
BS 12 503 RR3DZ63TF
BS 504 504 RR3BK68TF
BS 505 649 RR3DZ63TF
BS 650 650 RR3DZ63JQ
BS 651 739 RR3BK68TF
BS 740 740 RR3BK68JQ

RD RR3DZ63TF 641 0 0
TTACAAGAAGATAACCGGAGAAAGAGAGAGAGAGATGGGTTGTATTCACTTTGAGTCAGC
AGATCCACGGACACCTCCTGTCCAAGAGAAGCCAAATAAGGAAACTGCTTCCAACACAGT
CTTTCAAGAACACGAGGAGCATGAAGGAATCCAAGAAGCTTGGTCGGATATCAAGAACCG
CGGTGGAAACGTTGGGGGTTATATCGCCGGTGAGAGTAGCCACAAGCTTGAGAAGAGGAA
GAGCCAAGTGTTGCTGGAAGGTTACGTGGAGGCTCAAGAAGATCTGACGAGAGCCAAGAG
CTTGACGGATGACGATCTTGAGGAGCTAAAAGGTTGTTTAGACCTAGGGTTTGGGTTTAG
CTACGACGAGATCCCTGAGCTCTGCAACACACTGCCTGCTTTAGAGCTATGTTACTCCAT
GTCCCAGAAGTTCTTAGATGATGATAAGAAAACCCACCAAGAGAACTCGCCGCTGCCGCC
ACCGACGACCACTACCAGTCCAGTTGCGAACTGGAAGATCTCTAGCCCTGGTGATAATCC
AGACGATGTAAAAGCTAGACTCAAGTATATAGAGAATCATAAAGATATAAAACATAAATG
TGGATATCATTATTGAGATATGTATATATTTAGTTAAG
AAA

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3DZ63JQ 740 0 0
AGAAAAAGCCCTTACAAGAAGATAACCGGAGAAAGAGAGAGAGAGATGGGTTGTATTCAC
TTTGAGTCAGCAGATCCACGGACACCTCCTGTCCAAGAGAAGCCAAATAAGGAAACTGCT
TCCAACACAGTCTTTCAAGAACACGAGGAGCATGAAGGAATCCAAGAAGCTTGGTCGGAT
ATCAAGAACCGCGGTGGAAACGTTGGGGGTTATATCGCCGGTGAGAGTAGCCACAAGCTT
GAGAAGAGGAAGAGCCAAGTGTTGCTGGAAGGTTACGTGGAGGCTCAAGAAGATCTGACG
AGAGCCAAGAGCTTGACGGATGACGATCTTGAGGAGCTAAAAGGTTGTTTAGACCTAGGG
TTTGGGTTTAGCTACGACGAGATCCCTGAGCTCTGCAACACACTGCCTGCTTTAGAGCTA
TGTTACTCCATGTCCCAGAAGTTCTTAGATGATGATAAGAAAACCCACCAAGAGAACTCG
CCGCTGCCGCCACCGACGACCACTACCAGTCCAGTTGCGAACTGGAAGATCTCTAGCCCT
GGTGATAATCCAGACGATGTAAAAGCTAGACTCAAGTATATAGAGAATCATAAAGATATA
AAACATAAATGTGGATATCATTATTGAGATATGTATATATTTAGTTAAGGAAACTAGGTT
TAATGTTTATATTCTTATCTTCCTATATAAGTCGTACATGTATAAGCTTTATGATCATGA
GAGTAAATATAATTCTTCC
C

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3BK68TF 729 0 0
TTACAAGAAGATAACCGGAGAAAGAGAGAGAGAGGTGGGTTGTATTCACTTTGAGTCAGC
AGATCCACGGACACCTCCTGTCCAAGAGAAGCCAAATAAGGAAACTGCTTCCAACACAGT
CTTTCAAGAACACGAGGAGCATGAAGGAATCCAAGAAGCTTGGTCGGATATCAAGAACCG
CGGTGGAAACGTTGGGGGTTATATCGCCGGTGAGAGTAGCCACAAGCTTGAGAAGAGGAA
GAGCCAAGTGTTGCTGGAAGGTTACGTGGAGGCTCAAGAAGATCTGACGAGAGCCAAGAG
CTTGACGGATGACGATCTTGAGGAGCTAAAAGGTTGTTTAGACCTAGGGTTTGGGTTTAG
CTACGACGAGATCCCTGAGCTCTGCAACACACTGCCTGCTTTAGAGCTATGTTACTCCAT
GTCCCAGAAGTTCTTAGATGATGATAAGAAAACCCACCAAGAGAACTCGCCGCTGCCGCC
ACCGACGACCACGACCAGTCCAGTTGCGAACTGGAAGATCTCTAGCCCTGGTGATAATCC
AGACGATGTAAAAGCTAGACTCAAGTATATAGAGAATCATAAAGATATAAAACATAAATG
TGGATATCATTATTGAGATATGTATATATTTAGTTAAG*AAACTAGGTTTAATGTTTATA
TTCTTATCTTCCTATATAAGTCGTACATGTATAAGCTTTATGATCATGAGAGTAAATATA
ATTCTTCC
A

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3BK68JQ 651 0 0
TGTCCAAGAGAAGCCAAATAAGGAAACTGCTTCCAACACAGTCTTTCAAGAACACGAGGA
GCATGAAGGAATCCAAGAAGCTTGGTCGGATATCAAGAACCGCGGTGGAAACGTTGGGGG
TTATATCGCCGGTGAGAGTAGCCACAAGCTTGAGAAGAGGAAGAGCCAAGTGTTGCTGGA
AGGTTACGTGGAGGCTCAAGAAGATCTGACGAGAGCCAAGAGCTTGACGGATGACGATCT
TGAGGAGCTAAAAGGTTGTTTAGACCTAGGGTTTGGGTTTAGCTACGACGAGATCCCTGA
GCTCTGCAACACACTGCCTGCTTTAGAGCTATGTTACTCCATGTCCCAGAAGTTCTTAGA
TGATGATAAGAAAACCCACCAAGAGAACTCGCCGCTGCCGCCACCGACGACCACGACCAG
TCCAGTTGCGAACTGGAAGATCTCTAGCCCTGGTGATAATCCAGACGATGTAAAAGCTAG
ACTCAAGTATATAGAGAATCATAAAGATATAAAACATAAATGTGGATATCATTATTGAGA
TATGTATATATTTAGTTAAGGAAACTAGGTTTAATGTTTATATTCTTATCTTCCTATATA
AGTCGTACATGTATAAGCTTTATGATCATGAGAGTAAATATAATTCTTCCC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 3

CO CL3253Contig1 857 3 25 U
GGGATCTATTTTCTCTCAGACACACACACCTTCTTCATCATGGGAAGGTCTCCATGTTGC
GAGAAAGCCCACACAAACAAAGGAGCTTGGACCAAAGAAGAAGACCAACGTCTCATCGAT
TACATTCGTAATCACGGCGAAGGTTGCTGGCGTTTACTCCCTAAATCCGCAGGATTGTTA
CGGTGTGGTAAGAGTTGTAGATTGAGATGGATTAATTACCTTCGTCCGGATCTCAAACGT
GGAAATTTTTCTGATGAAGAAGACCAAGTCATCATCAAGCTACATAGCTTACTCGGCAAC
AAATGGTCATTGATCGCTGGAAGATTACCAGGAAGAACAGATAATGAAATAAAAAATTAT
TGGAACACTCATATTAAGAGGAAGCTTCTCAGCCACGGAATCGACCCCCAAACTCATCGT
CCGGTTAAAGATAACGTCGCCGTGACTGATGCAAAAACGGCGTCGTCACGATTAACAACC
ACTGTTATTGTTTCACCTCAAAACGACACCGTTGAATACGCTTTTATAGTCAAACCGAAG
ACGGAAAATTCCTCCGATAACGGCGCGTCCACAAGCAGCACGACAACGGACGAGGATCTC
CGACAAAACGGAGATAGTTATTACAGAGATCATTCAGGAGATATGGAGCTGAATCTTGAC
CTAACTCTCGGGTCCGGGTCCGGGTCGACTTCTTGGGTCGGGTCTAAGCCGTGGCGGGAT
ACGGCGATGGCGGCGCGTTTGTCACTCTAGTAAGAATTACGAAACGGCAAAAATCTCCCA
AAAATGGGTATTTTTTAGATTTGTCTTCTTGTGTGGGTCCTTTTTGAATATCTATAGACA
TTGTTTTACTTCAAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT80TF U 1
AF RR3AZ74TF U 10
AF RR3AZ74JQ C 35
BS 1 125 RR3DT80TF
BS 126 126 RR3AZ74TF
BS 127 154 RR3DT80TF
BS 155 155 RR3AZ74TF
BS 156 188 RR3DT80TF
BS 189 189 RR3AZ74TF
BS 190 452 RR3DT80TF
BS 453 453 RR3AZ74TF
BS 454 469 RR3DT80TF
BS 470 470 RR3AZ74TF
BS 471 474 RR3DT80TF
BS 475 475 RR3AZ74TF
BS 476 504 RR3DT80TF
BS 505 505 RR3AZ74TF
BS 506 507 RR3DT80TF
BS 508 508 RR3AZ74TF
BS 509 587 RR3DT80TF
BS 588 588 RR3AZ74TF
BS 589 608 RR3DT80TF
BS 609 609 RR3AZ74TF
BS 610 630 RR3DT80TF
BS 631 783 RR3AZ74TF
BS 784 784 RR3AZ74JQ
BS 785 818 RR3AZ74TF
BS 819 857 RR3AZ74JQ

RD RR3DT80TF 633 0 0
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GAGAAAGCCCACACAAACAAAGGAGCTTGGACCAAAGAAGAAGACCAACGTCTCATCGAT
TACATCCGTAATCACGGCGAAGGTTGCTGGCGTTCACTCCCTAAATCCGCAGGATTGTTA
CGGTGTGGCAAGAGTTGTAGATTGAGATGGATTAATTACCTTCGTCCGGATCTCAAACGT
GGAAATTTTTCTGATGAAGAAGACCAAGTCATCATCAAGCTACATAGCTTACTCGGCAAC
AAATGGTCATTGATCGCTGGAAGATTACCAGGAAGAACAGATAATGAAATAAAAAATTAT
TGGAACACTCATATTAAGAGGAAGCTTCTCAGCCACGGAATCGACCCCCAAACTCATCGT
CCGGTTAAAGATAACGTCGCCGTGACTGATGCGAAAACGGCGTCGTCACAATTATCAACC
ACTGTTATTGTTTCACCTCAAAACTACGCCGTTGAATACGCTTTTATAGTCAAACCGAAG
ACGGAAAATTCCTCCGATAACGGCGCGTCCACAAGCAGCACGACAACTGACGAGGATCTC
CGACAAAATGGAGATAGTTATTACAGAGAT
AAT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3AZ74TF 809 0 0
GGAGACACAC
ACACACACACCTTCTTCATCATGGGAAGGTCTCCATGTTGCGAGAAAGCCCACACAAACA
AAGGAGCTTGGACCAAAGAAGAAGACCAACGTCTCATCGATTACATTCGTAATCACGGCG
AAGGTTGCTGGCGTTTACTCCCTAAATCCGCAGGATTGTTACGGTGTGGTAAGAGTTGTA
GATTGAGATGGATTAATTACCTTCGTCCGGATCTCAAACGTGGAAATTTTTCTGATGAAG
AAGACCAAGTCATCATCAAGCTACATAGCTTACTCGGCAACAAATGGTCATTGATCGCTG
GAAGATTACCAGGAAGAACAGATAATGAAATAAAAAATTATTGGAACACTCATATTAAGA
GGAAGCTTCTCAGCCACGGAATCGACCCCCAAACTCATCGTCCGGTTAAAGATAACGTCG
CCGTGACTGATGCAAAAACGGCGTCGTCACGATTAACAACCACTGTTATTGTTTCACCTC
AAAACGACACCGTTGAATACGCTTTTATAGTCAAACCGAAGACGGAAAATTCCTCCGATA
ACGGCGCGTCCACAAGCAGCACGACAACGGACGAGGATCTCCGACAAAACGGAGATAGTT
ATTACAGAGATCATTCAGGAGATATGGAGCTGAATCTTGACCTAACTCTCGGGTCCGGGT
CCGGGTCGACTTCTTGGGTCGGGTCTAAGCCGTGGCGGGATACGGCGATGGCGGCGCGTT
TGTCACTCTAGTAAGAATTACGAAACGGCAAAAATCTCCCAAAA*TGGGTATTTTTTAGA
TTTGTCTTCTTGTGTGGGT

QA 11 809 11 809
DS 

RD RR3AZ74JQ 823 0 0
TCATCATGGGAAGGTCTCCATGTTGCGAGAAAGCCCACACAAACAAAGGAGCTTGGACCA
AAGAAGAAGACCAACGTCTCATCGATTACATTCGTAATCACGGCGAAGGTTGCTGGCGTT
TACTCCCTAAATCCGCAGGATTGTTACGGTGTGGTAAGAGTTGTAGATTGAGATGGATTA
ATTACCTTCGTCCGGATCTCAAACGTGGAAATTTTTCTGATGAAGAAGACCAAGTCATCA
TCAAGCTACATAGCTTACTCGGCAACAAATGGTCATTGATCGCTGGAAGATTACCAGGAA
GAACAGATAATGAAATAAAAAATTATTGGAACACTCATATTAAGAGGAAGCTTCTCAGCC
ACGGAATCGACCCCCAAACTCATCGTCCGGTTAAAGATAACGTCGCCGTGACTGATGCAA
AAACGGCGTCGTCACGATTAACAACCACTGTTATTGTTTCACCTCAAAACGACACCGTTG
AATACGCTTTTATAGTCAAACCGAAGACGGAAAATTCCTCCGATAACGGCGCGTCCACAA
GCAGCACGACAACGGACGAGGATCTCCGACAAAACGGAGATAGTTATTACAGAGATCATT
CAGGAGATATGGAGCTGAATCTTGACCTAACTCTCGGGTCCGGGTCCGGGTCGACTTCTT
GGGTCGGGTCTAAGCCGTGGCGGGATACGGCGATGGCGGCGCGTTTGTCACTCTAGTAAG
AATTACGAAACGGCAAAAATCTCCCAAAAATGGGTATTTTTTAGATTTGTCTTCTTGTGT
GGGTCCTTTTTGAATATCTATAGACATTGTTTTACTTCAAAAG

QA 1 823 1 823
DS 



AS 2 4

CO CL3254Contig1 839 2 4 U
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CGGTGACATTCTTGATTCTAGCCATTATTTTGTGTTCCAGAACTTCAGGAGCAACTTCTC
GTGGGGGACTCTTTGAAGCTTCTGCTGTTACGGAGAAACATGAGCAATGGATGGCTCGCT
TCCATCGTGTTTACTCCGATGAATCTGAAAAAACAAATAGGTTTGAGATCTTTAACAAGA
ACTTGGAGTTCGTGGAGAAGCACAACGTGAATACGAACATGATGTACAAGTTGGAGGTGA
ATCAGTTCTCGGACCTCACCGATGAGGAATTCCGGGCGAGGTACATGGGACTAGCGGTGC
CTGAAGATATGCTCAGAACTTCATCTTCATCGTTTAGATATGAAAATGTCAGTGTTACTG
TTCAGAGAATGAATTGGACAAAGGAGGGGGCGGTTACACCCGTCAAGAGCCAAGGCCAGT
GTGCATCCTGCTGGGCTTTCTCGGTGGTGGCAGCCGTAGAAGGCATAACAAAGATTTCGA
AAGGAGAGCTTATATCGCTGTCGGAGCAGCAGCTCGTTGATTGCAGCAGAGACTTCAATA
ATGGATGTAAGGCATGGAATAGGGCGGAGGCTTTCCAGTACATAATGGCCAACAAAGGAA
TCACATCAGAGGCTAACTATCCCTACCATGCATCACAACAAACTTGTTCTTCAACCTATC
CAGTTGCTGCTACCATCAGTGGATACGAGAGGGTTCCAACTGATACGAGACAGCATTGCT
AAAGCAGTGTCTCACAGCTGTTTCGTGGGGGTCGATGGCTACGAGCGTGCGTTAGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AC80TF U 1
AF RR3DT30TF U 27
BS 1 235 RR3AC80TF
BS 236 236 RR3DT30TF
BS 237 667 RR3AC80TF
BS 668 839 RR3DT30TF

RD RR3AC80TF 667 0 0
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ATCAGTTCTCGGACCTCACCGATGAGGAATTCCGGGCGAGGTACATGGGACTAGCGGTGC
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TTCAGAGAATGAATTGGACAAAGGAGGGGGCGGTTACACCCGTCAAGAGCCAAGGCCAGT
GTGCATCCTGCTGGGCTTTCTCGGTGGTGGCAGCCGTAGAAGGCATAACAAAGATTTCGA
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ATGGATGTAAGGCATGGAATAGGGCGGAGGCTTTCCAGTACATAATGGCCAACAAAGGAA
TCACATC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3DT30TF 813 0 0
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ATTTTGTGTTCCAGGACTTCAGGAGCAACTTCTCGTGGGGGACTCTTTGAAGCTTCTGCT
GTTACGGAGAAACATGAGCAATGGATGGCTCGCTTCCATCGTGTTTACTCCGATGAATCT
GAAAAAACAAATAGGTTTGAGATCTTTAACAAGAACTTGGAGTTCGTGGAGAAGCACAAC
GTGAATACGAACATGATGTACAAGTTGGAGGT*AATCAGTTCTCGGACCTCACCGATGAG
GAATTCCGGGCGAGGTACATGGGACTAGCGGTGCC**AAGATATGCTCAGAACTTCATCT
TCATCGTTTAGATATGAAAATGTCAGTGTTACTGTTCAGAGAATGAATTGGACAAAGGAG
GGGGCGGTTACACCCGTCAATAGCCAAGGCCAGTGTGCATCCTGCTGGGCTTTCTCGGTG
GTGGCAGCCGTAGAAGGCATAACAAAGATTTCGAAAGGAGAGCTTATATCGCTGTCGGAG
CAGCAGCTCGTTGATTGCAGCAGAGACTTCAATAATGGATGTAAGGCATGGAATAGGGCG
GAGGCTTTCCAGTACATAATGGCCAACAAAGGAATCACATCAGAGGCTAACTATCCCTAC
CATGCATCACAACAAACTTGTTCTTCAACCTATCCAGTTGCTGCTACCATCAGTGGATAC
GAGAGGGTTCCAACTGATACGAGACAGCATTGCTAAAGCAGTGTCTCACAGCTGTTTCGT
GGGGGTCGATGGCTACGAGCGTGCGTTAGTATT

QA 1 813 1 813
DS 



CO CL3254Contig2 963 2 4 U
ATGAAATAACGAAATCCTATTTAGGTTCACTCTAGGGGTGAACCCAAGCATTTCTCATAA
TATTACAGAAACGTAATACATGCTTCTTCCACCAACATAACTTCCAAAATAGAAGTGACT
CCAACGAAAACGTGGGACCATAAATGCATAAGATTATTGATATAGGGTTTTGTCAGTTAC
TCTAAAAAAACCCATATACATATATTCGAACAACATAACAAGATTCATGCAATCGGATAG
TAAGCAAGATGGGCCACACCACACATTCATTCTTTTGCATCCACGCCTCTCTTGATTCTC
ATATAACCATTTTCTCCCCAATCTTGTCCCCACGAGTTCTTCAACAACCAATAATTAGTC
CCTTCTTCACTCACCCCGTAACCAACAATTGTAACCGCATGATTCAGATTCGTCCCACAG
CCTCCACTAAAAACGCCACCCTGATAATACCTAAACGCACGCTCGTAGCCATCGACCCCC
ACGGAAACAGGCTGTTGAGACACTGCTTTTAGCAATGCTGTCTCGTTATCAGTTGGAACC
CTCTCGTATCCACTGATGGTAGCAGCAACTGGATAGGTTGAAGAACAAGTTTGTTGTGAT
GCATGGTAGGGATAGTTAGCCTCTGATGTGATTCCTTTGTTGGCCATTATGTACTGGAAA
GCCTCCGCCCTATTCCATGCCTTACATCCATTATTGAAGTCTCTGCTGCAATCAACGAGC
TGCTGCTCCGACAGCGATATAAGCTCTCCTTTCGAAATCTTTGTTATGCCTTCTACGGCT
GCCACCACCGAGAAAGCCCAGCAGGATGCACACTGGCCTTGGCTCTTGACGGGTGTAACC
GCCCCCTCCTTTGTCCAATTCATTCTCTGAACAGTAACACTGACATTTTCATATCTAAAC
GATGAAGATGAAGTTCTGAGCATATCTTCAGGCACCGCTAGTCCCATGTACCTCGCCCGG
AAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3DT30JQ U 1
AF RR3AC80JQ U 113
BS 1 186 RR3DT30JQ
BS 187 187 RR3AC80JQ
BS 188 774 RR3DT30JQ
BS 775 963 RR3AC80JQ

RD RR3DT30JQ 774 0 0
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ATATAACCATTTTCTCCCCAATCTTGTCCCCACGAGTTCTTCAACAACCAATAATTAGTC
CCTTCTTCACTCACCCCGTAACCAACAATTGTAACCGCATGATTCAGATTCGTCCCACAG
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GCCTCCGCCCTATTCCATGCCTTACATCCATTATTGAAGTCTCTGCTGCAATCAACGAGC
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QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3AC80JQ 851 0 0
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TCAGTTACTCTAAAAAAACCCATATACATATATTCGAACAACATAACAAGATTCATGCAA
TCGGATAGTAAGCAAGATGGGCCACACCACACATTCCTTCTTTTGCATCCACGCCTCTCT
TGATTCTCATATAACCATTTTCTCCCCAATCTTGTCCCCACGAGTTCTTCAACAACCAAT
AATTAGTCCCTTCTTCACTCACCCCGTAACCAACAATTGTAACCGCATGATTCAGATTCG
TCCCACAGCCTCCACTAAAAACGCCACCCTGATAATACCTAAACGCACGCTCGTAGCCAT
CGACCCCCACGGAAACAGGCTGTTGAGACACTGCTTTTAGCAATGCTGTCTCGTTATCAG
TTGGAACCCTCTCGTATCCACTGATGGTAGCAGCAACTGGATAGGTTGAAGAACAAGTTT
GTTGTGATGCATGGTAGGGATAGTTAGCCTCTGATGTGATTCCTTTGTTGGCCATTATGT
ACTGGAAAGCCTCCGCCCTATTCCATGCCTTACATCCATTATTGAAGTCTCTGCTGCAAT
CAACGAGCTGCTGCTCCGACAGCGATATAAGCTCTCCTTTCGAAATCTTTGTTATGCCTT
CTACGGCTGCCACCACCGAGAAAGCCCAGCAGGATGCACACTGGCCTTGGCTCTTGACGG
GTGTAACCGCCCCCTCCTTTGTCCAATTCATTCTCTGAACAGTAACACTGACATTTTCAT
ATCTAAACGATGAAGATGAAGTTCTGAGCATATCTTCAGGCACCGCTAGTCCCATGTACC
TCGCCCGGAAT

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 4

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GCATGCATGAAATAAGGTCTATTATGCGTATGTCTCTACTTTCAAAGTATTGTGATTGTA
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ATAAAATAGTTTCCCTTTTATGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3D708TF U 1
AF RR3FT65TF U 1
AF RR3FT65JQ C 27
AF RR3D708JQ C 107
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BS 71 674 RR3D708TF
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BS 676 705 RR3D708TF
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BS 707 756 RR3D708TF
BS 757 803 RR3FT65JQ

RD RR3D708TF 756 0 0
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QA 1 756 1 756
DS 

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CTACTAATGGGACTGTCATTCCTCCTTTCGCCGGTGTACCCGTTGTGCTTCAGTGTGCTG
GGCAAAATGTTTCAACTACGACTACGGGAGCTAATGGAGTATTCTCGTTTCCTTCCACTA
CAGTATTTCCGATCTCGCTGCTTTCCACACTCCTTGCCTCCGGTTGTAGGGTCATTGTCA
CGGCCCCTCTCTCCAGATGCAACGCCAGCCTCCCTACCAACGGACTCCTCACGGCACCGG
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TCTTTAGGCTCCTCTAACTGATTTAAAACCAAGTATCCCTTCTTGGTATGGTTACGGTGT
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GCATGCATGAAATA*GGTCTATTATGCGTATGTCTCTACTTTCAAAGTATTGTGATTGTA
ACTTCTTGT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3FT65JQ 777 0 0
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QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3D708JQ 697 0 0
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GCTTCAGTGTGCTGGGCAAAATGTTTCAACTACGACTACGGGAGCTAATGGAGTATTCTC
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TAGGGTCATTGTCACGGCCCCTCTCTCCAGATGCAACGCCAGCCTCCCTACCAACGGACT
CCTCACGGCACCGGTAAATCTCGTAGGAAGCACCGTAACCGGCGGCATCAGCATCTTGCA
ATTCGTCAATGGCCTCTTTAGGCTCCTCTAACTGATTTAAAACCAAGTATCCCTTCTTGG
TATGGTTACGGTGTTTTTCCTTTCTGTTGTTTTATGTTTTTGTGTCATGGCCATTAACAT
GTATGCTTACGTATGCATGCATGAAATAAGGTCTATTATGCGTATGTCTCTACTTTCAAA
GTATTGTGATTGTAACTTCTTGTCCAGGTCTTCATTTGCATGCATAGTGCTGCAATGAAA
TGTAACGAATGAAAATAAAATAGTTTCCCTTTTATGC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 4

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CAGAATCTCCGGTGAAGAAGACTTCTATGGCGTCAAAAGAGAAACCAAAGAAGCTGAGAA
AACCCAAAACCACCACTCATCCTCCATATTTTCAGATGATAACAGAGGCTTTGATGAATC
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AACCTGTACTCCCTGAGAATTTCCGTAAAACACTTTCTCTGCAGCTTAAAAACTCTGTCG
CTAAAGGTAAGCTCGCGAAGATCAGAGCCTCGTACAAGCTCTCAGAGACCACCACGAGGA
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CGATCAAGTCTCCAGGTTCTAAGAAGGTCTTGAGAGCTTCCGCTTCTTGATCAACACTAA
AGACGAAGAGGAGGGTGTGTGAATATGGAGAATAAGGGTTTTCTCTGTAAAATAGTTGAC
TCTGTTTTTGGTTTCGGGGGTTGCTCCTTCTTTAGGGCTTACAAGGATAATGAGTCATGG
TATGTATATAACTACGTACTTTTCAATGTAATATATGCAATAATTTGTGGCTGTATAGCC
CTACGAGTCTACGACTGCGGAGAGACCTTACCTACGTTCTTGTGTTACTATGTTTGCAGT
GAATATAAATTTGAGCCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3CN84TF U 1
AF RR3CN84JQ C 43
AF RR3B794JQ C 46
AF RR3B794TF U 46
BS 1 302 RR3CN84TF
BS 303 303 RR3B794TF
BS 304 421 RR3CN84TF
BS 422 422 RR3B794TF
BS 423 447 RR3CN84TF
BS 448 450 RR3B794TF
BS 451 463 RR3CN84TF
BS 464 464 RR3B794TF
BS 465 539 RR3CN84TF
BS 540 540 RR3B794TF
BS 541 609 RR3CN84TF
BS 610 800 RR3B794TF

RD RR3CN84TF 609 0 0
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AACCTGTACTCCCTGAGAATTTCCGTAAAACACTTTCTCTGCAGCTTAAAAACTCTGTCG
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CGATCAAGTCTCCAGGTTCTAAGAAGGTCTTGAGAGCTTCCGCTTCTTGATCAACACTAG
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TCTGTTTTT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3CN84JQ 758 0 0
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AAACTCTGTCGCTGAAGGTAAGCTCGCGAAGATCAGAGCCTCGTACAAGCTCTCAGAGAC
CACCACGAGGACGACGAGGCAGCAGCAGCAGAAGAAGAAGATGGAGACTCGGTCGAAGAA
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ATGTTTGCAGTGAATATAAATTTGAGCCAGC

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DS 

RD RR3B794JQ 755 0 0
GGTG
GAAAGAGAAAACAGAATCTCCGGTGAAGAAGACTTCTATGGCGTCAAAAGAGAAACCAAA
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GGAGAAATACAAACCTGTACTCCCTGAGAATTTCCGTAAAACACTTTCTCTGCAGCTTAA
AAACTCTGTCGCTAAAGGTAAGCTCGCGAAGATCAGAGCCTCGTACAAGCTTTCAGAGAC
CACCACGAGGACGACGAGGCAGCAGCAGCAGAAGAAGAAGATGGAGACTCGGTCGAAGAA
GGCTGTGAGCAAGCCGCCAGAGATGGTGACGAAGAAGAAGAGGACATCAAAGAAACCAAG
ACAGCTTAAGTCGATCAAGTCTCCAGGTTCTAAGAAGGTCTTGAGAGCTTCCGCTTCTTG
ATCAACACTAAAGACGAAGAGGAGGGTGTGTGAATATGGAGAATAAGGGTTTTCTCTGTA
AAATAGTTGACTCTGTTTTTGGTTTCGGGGGTTGCTCCTTCTTTAGGGCTTACAAGGATA
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ATGTTTGCAGTGAATATAAATTTGAGCCAGC

QA 5 755 5 755
DS 

RD RR3B794TF 755 0 0
GGTG
GAAAGAGAAAACAGAATCTCCGGTGAAGAAGACTTCTATGGCGTCAAAAGAGAAACCAAA
GAAGCTGAGAAAACCCAAAACCACCACTCATCCTCCATATTTTCAGATGATAACAGAGGC
TTTGATGAATCTGAAAGAAAAGAACGGGTCGAGCCCTTACGCTATAGCAAAGCAGATAGA
GGAGAAATACAAACCTGTACTCCCTGAGAATTTCCGTAAAACACTTTCTCTGCAGCTTAA
AAACTCTGTCGCTAAAGGTAAGCTCGCGAAGATCAGAGCCTCGTACAAGCTCTCAGAGAC
CACCACGAGGACGACGAGGCAGCAGCAGCAGAAGAAGAAGATGGAGACTCGGTCGAAGAA
GGCTGTGAGCAAGCCGCCAGAGATGGTGACGAAGAAGAAGAGGACATCAAAGAAACCAAG
ACAGCTTAAGTCGATCAAGTCTCCAGGTTCTAAGAAGGTCTTGAGAGCTTCCGCTTCTTG
ATCAACACTAAAGACGAAGAGGAGGGTGTGTGAATATGGAGAATAAGGGTTTTCTCTGTA
AAATAGTTGACTCTGTTTTTGGTTTCGGGGGTTGCTCCTTCTTTAGGGCTTACAAGGATA
ATGAGTCATGGTATGTATATAACTACGTACTTTTCAATGTAATATATGCAATAATTTGTG
GCTGTATAGCCCTACGAGTCTACGACTGCGGAGAGACCTTACCTACGTTCTTGTGTTACT
ATGTTTGCAGTGAATATAAATTTGAGCCAGC

QA 5 755 5 755
DS 



AS 1 4

CO CL3257Contig1 903 4 10 U
AAACCATCATAAATACCATCACCGGATTCACATGATTCCACAACTCTTCTGAATCTGTCA
CTTTCTTTTTTCATGTATCATTGTCTTATTAATTTTTGAATTTGTTTTTATTAGAGGTGG
TGGAGTATTGAAAGCTATATGTCTTGAAGGGTGTATGCATTAATGCCAGAGCCAGTCTTG
CTTCTTAGCTTATTGTCAAGTTGTTTTCTTTCTTAGTTACTTGACATATAAGGAACAAAC
GATATGAATAGTGGTTCTTGTTCGTCTTTAATGGATGTGGGTTATGATCATCATCATCAT
CATCATCATGGTCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGGATGATAATCTTATTGACCGT
AAACTCGTAGAGAAGTTGCTCAAGATCTCCTCTTGCAAAGTTACAACAGCAGAGAATGCG
ATTAGAGCATTGGAGTATTTGGGTTTGGGAGATCAAAATCAGCATATTGATACACTGGCC
AATAATGATTTGAAGGTTAATCTAATCATCACAGACTATTGCATGCCAGGGATGACAGGC
TTCGAGCTACTAAAGAAGGTGAAGGAGTCATCATATCTGAAAGAGGTCCCTGTTGTGATA
ATGTCTTCAGAGAACATTCCTACTCGCATCAACAAATGTTTAGCTAGTGGAGCTCAAATG
TTTATGCAGAAGCCTCTGAAACTATCGGATGTTGAGAAACTTAAATGCCATCTCATGAAC
TGTAGAAGCTGACAATTACATGTAGCCCTAACCATAAAATATTTCCTTATCTTGGTTCCT
TATTTGATTGTGTTACACGTTTTTTGTGTCTTCTGAAAATCAAGTCATGTTTTCAAAATA
GCAAATCTTAAGCTACACACACAAAAAGAAATGTAAGGAATATATAAAATGATTATGGTT
CTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 

AF RR3AQ17TF U 1
AF RR3AQ17JQ C 113
AF RR3CW77TF U 390
AF RR3CW77JQ C 190
BS 1 734 RR3AQ17TF
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BS 878 878 RR3AQ17JQ
BS 879 903 RR3CW77TF

RD RR3AQ17TF 774 0 0
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CTTTCTTTTTTCATGTATCATTGTCTTATTAATTTTTGAATTTGTTTTTATTAGAGGTGG
TGGAGTATTGAAAGCTATATGTCTTGAAGGGTGTATGCATTAATGCCAGAGCCAGTCTTG
CTTCTTAGCTTATTGTCAAGTTGTTTTCTTTCTTAGTTACTTGACATATAAGGAACAAAC
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CATCATCATGGTCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGGATGATAATCTTATTGACCGT
AAACTCGTAGAGAAGTTGCTCAAGATCTCCTCTTGCAAAGTTACAACAGCAGAGAATGCG
ATTAGAGCATTGGAGTATTTGGGTTTGGGAGATCAAAATCAGCATATTGATACACTGGCC
AATAATGATTTGAAGGTTAATCTAATCATCACAGACTATTGCATGCCAGGGATGACAGGC
TTCGAGCTACTAAAGAAGGTGAAGGAGTCATCATATCTGAAAGAGGTCCCTGTTGTGATA
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TTTATGCAGAAGCCTCTGAAACTATCGGATGTTGAGAAACTTAAATGCCATCTCATGAAC
TGTAGAAGCTGACA*TTACATGTAGCCCTAACCATAAA*TATTTCCTTATCT
GG

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3AQ17JQ 791 0 0
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CAGTCTTGCTTCTTAGCTTATTGTCAAGTTGTTTTCTTTCTTAGTTACTTGACATATAAG
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ATCATCATCATCATCATGGTCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGGATGATAATCTTA
TTGACCGTAAACTCGTAGAGAAGTTGCTCAAGATCTCCTCTTGCAAAGTTACAACAGCAG
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CACTGGCCAATAATGATTTGAAGGTTAATCTAATCATCACAGACTATTGCATGCCAGGGA
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TTGTGATAATGTCTTCAGAGAACATTCCTACTCGCATCAACAAATGTTTAGCTAGTGGAG
CTCAAATGTTTATGCAGAAGCCTCTGAAACTATCGGATGTTGAGAAACTTAAATGCCATC
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TGGTTCCTTATTTGATTGTGTTACACGTTTTTTGTGTCTTCTGAAAATCAAGTCATGTTT
TCAAAATAGCAAATCTTAAGCTACACACACAAAAAGAAATGTAAGGAATATATAAAATGA
TTATGGTTCTG

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3CW77TF 514 0 0
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AGATCAAAATCAGCATATTGATACACTGGCCAATAATGATTTGAAGGTTAATCTAATCAT
CACAGACTATTGCATGCCAGGGATGACAGGCTTCGAGCTACTAAAGAAGGTGAAGGAGTC
ATCATATCTGAAAGAGGTCCCTGTTGTGATAATGTCTTCAGAGAACATTCCTACTCGCAT
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TGTTGAGAAACTTAAATGCCATCTCATGAACTGTAGAAGCTGACAATTACATGTAGCCCT
AACCATAAAATATTTCCTTATCTTGGTTCCTTATTTGATTGTGTTACACGTTTTTTGTGT
CTTCTGAAAATCAAGTCATGTTTTCAAAATAGCAAATCTTAAGCTACACACACAAAA*GA
AATGTAAG*AATATATAAAATGATTATGGTTCTG

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3CW77JQ 714 0 0
GG
ATTGTCAAGTTGTTTTCTTTCTTAGTTACTTGACATATAAGGAACAAACGATATGAATAG
TGGTTCTTGTTCGTCTTTAATGGATGTGGGTTATGATCATCATCATCATCATCATCATGG
TCATGAAGAGCTTCATGTTTTGGCCGTGGATGATAATCTTATTGACCGTAAACTCGTAGA
GAAGTTGCTCAAGATCTCCTCTTGCAAAGTTACAACAGCAGAGGATGCGATTAGAGCATT
GGAGTATTTGGGTTTGGGAGATCAAAATCAGCATATTGATACACTGGCCAATAATGATTT
GAAGGTTAATCTAATCATCACAGACTATTGCATGCCAGGGATGACAGGCTTCGAGCTACT
AAAGAAGGTGAAGGAGTCATCATATTTGAAAGAGGTCCCTGTTGTGATAATGTCTTCAGA
GAACATTCCTACTCGCATCAACGAATGTTTAGCTAGTGGAGCTCAAATGTTTATGCAGAA
GCCTCTGAAACTATCGGATGTTGAGAAACTTAAATGCCATCTCATGAACTGTAGAAGCTG
ACAATTACATGTAGCCCTAACCATAAAATATTTCCTTATCTTGGTTCCTTATTTGATTGT
GTTACACGTTTTTTGTGTCTTTTGAAAATCAAGTCATGTTTTCAAAATAGCAAATCTTAA
GCTACACACACAAAAAGAAATGTAAGGAATATATAAAATGATTATGGTTCTG

QA 3 714 3 714
DS 



AS 1 4

CO CL3258Contig1 1316 4 3 U
TATTTGTATCTTGGTATCAGGTGTTGCATCCATGATTTGGTGTTGTCTGTGGAATGTCAT
AAGTTTTATAATCCCAAAACTCGAAATTAAAAATGAAGGAAGAAGATACAAGCATCACAC
AATAACTTTCGACCACTGCCTAGTAATCCAAATCATTGTAGTA*GCAATAGTTATGCTGT
GGTTGAAAGTTGGTCAAGTGGAAGCGGAAGGTTCTGCCAGCCGGTCGAGTGTTTAATATA
TTTCTTGAGTTTCTCTGTTGAAGACTCGACGGTCCATCCAGAATAGTGTTGAGTCGGAGA
GAACACGTGGTGCTCTTTGTCGTGGCTAAGACACGACTTGGCGCCGTTTAAGAACCAATC
CCCTTCTGATCTTATAAAACCAGCTTCGGCTTCCTCTTTATCCGCAGCCTTCTCAGTGAT
GTACTTAAAGACAGTCTTCTTCTCACCAGCTTCATATATGTTGCACTGAGAATATACCTG
AGACTCAACGCCGGCTCCAACGGCGTAGATGGACCAATGACGAGTGTAGTTGTTGAAGAT
ATGGACTTTTGCGAAGCGAACACGAGGGTGTCGCTGACGTGTACCGTCGAAGAAGCAGTG
GTGAATCGTAACTCTAATGCATCTGTCCGTCACGTGACTTGGGTCCGCGCCAATCAGCAT
TGTCTTGTTGTGGTTCACGAAATGGCATCTCGAGACAGTAATGTCAGTGCTTCCTCGTGT
GATATCAATCAAACCATCATGGTAATTCTTGAGAGTACAACGATCGATCCAAATGGTGCT
TGATTTTGGTTTGATCTGAATAGCGTCTGCGTCTGGTCCTACACCTCCTTCGAATTCAAG
GTTACATATTATAACGTTTTCACTTTGTTTTAGCCTCAACCCTTTCCCCGTTATCTTCAC
CCTTTGACCTCTCACGTCTACCGTTTTGTGCGATGACACGTTCACAAACGAAGATAGAAT
GATCGTTCCCGACACATCGAACACAATCCATAACGGTTCTGGCCTCTTACAAGCCTCTCT
TAACGATCCTGGACCTTCATCAGCTAAAGAAGTGACGTGGCAAATCGGACCATTAAGACC
ACCAACGGCGCCGCGGCCGAAACCTTCGGCCTTCCCGGCGAGGGAGCGGAGGCTTGAGTC
TACGCCGCAATAAGGTTCCACCGTCATGTGGGGAGCGGAAGGTGAATATGAAGAGGGAGG
AGCTGGAGACGGTGGGAAAGGGGAGTTGTGGTGATGGGATCTGTGAAGACCATGTAAGTT
TCCCATAGCTTACTTATACCACTGATAAATACCGAATTTAATTTTGGACAGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3C573JQ U 1
AF RR3C573TF C 33
AF RR3BH80JQ U 45
AF RR3BH80TF C 773
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AATAACTTTCGACCACTGCCTAGTAATCCAAATCATTGTAGTA*GCAATAGTTATGCTGT
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TTTCTTGAGTTTCTCTGTTGAAGACTCGACGGTCCATCCAGAATAGTGTTGAGTCGGAGA
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GATATCAAT

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DS 

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GCTGACGTGTACCGTCGAAGAAGCAGTGGTGAATCGTAACTCTAATGCATCTGTCCGTCA
CGTGACTTGGGTCCGCGCCAATCAGCATTGTCTTGTTGTGGTTCACGAAATGGCATCTCG
AGACAGTAATGTCAGTGCTTCCTCGTGTGATATCAATCAAACCATCATGGTAATTCTTGA
GAGTACAACGATCGATCCAAATGGTGCTTGATTTTGGTTTGATATGAATAGCGTCTG*GT
CTGGTCCTAC
C

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DS 

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GTCTGTGGAATGTCATAAGTTTTATAATCCCAAAACTCGAAATTAAAAGTGAAGGAAGAA
GATACAAGCATCACACAATAACTTTCGACCACTGCCTAGTAATCCAAATCATTGTAGTAA
GCAATAGTTACGCTGTGGTTGGAAGTTGGTCAGGTGGAAGCGGAAGGTTCTGCCAGCCGG
TCGAGTGTTTAATATATTTCTTGAGTTTCTCTGTTGAAGACTCGACGGTCCATCCAGAAT
AGTGTTGAGTCGGAAAGAACACGTGGTGCTCTTTGTCGTGGCTAAGACACGACTTGGCGC
CGTTCAAGAACCAATCCCCTTCTGATCTTATAAAACCAGCATCGGCTTCCTCTTTATCCG
CAGCCTTCTCAGTGATGTACTTAAAGACGGTCTTCTTCTCACCAGCTTCATATATGTTGC
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TGTAGTTGTTGAAGAAATGGACTTTTGCGAAGCGAACACGAGGGTGTCGCTGACGTGTAC
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CCGCGCCAATCAGCATTGTCTCGTTGTGGTTCACGAAATGGCATCTTGAGACAGTAATGT
CAGTGCTTTCTCGTGTGATATCAATCAAACCATCATGGTAATTCTTGAGAGTACAACGAT
CGATCCAAATGGTGCTTGATTTTGGTTTGATCTGAATAGCGTCTGCGTCTGGTCCTACAC
CTCCTTCGAATTCAAGGTTACATATTATAACGTTTTCACTTTGTTTTAGCCTCAACCCTT
TCCCCGTTATCTTCACCCTTTGACCTCTCAC

QA 1 871 1 871
DS 

RD RR3BH80TF 544 0 0
ATGGTGCTTGATTTTGGTTTGATCTGAATAGCGTCTGCGTCTGGTCCTACACCTCCTTCG
AATTCAAGGTTACATATTATAACGTTTTCACTTTGTTTTAGCCTCAACCCTTTCCCCGTT
ATCTTCACCCTTTGACCTCTCACGTCTACCGTTTTGTGCGATGACACGTTCACAAACGAA
GATAGAATGATCGTTCCCGACACATCGAACACAATCCATAACGGTTCTGGCCTCTTACAA
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CTTGAGTCTACGCCGCAATAAGGTTCCACCGTCATGTGGGGAGCGGAAGGTGAATATGAA
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TGTAAGTTTCCCATAGCTTACTTATACCACTGATAAATACCGAATTTAATTTTGGACAGT
TTCC

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 3

CO CL3259Contig1 858 3 4 U
CTAACTAGAGTGTAATTAATTCATGACGGATACGGAAAAACAACCACACACAGAACCATC
ATAATAAATACAGAAGATGTATGGATACATGCATCTCACATTTCGACCCACTCTCTCTAG
TCTCTGCTATGCGTTCCCCAGACAATACATAAAGAAGAAAAAAAACGATTGGGAAGGACA
AGACGAGCAAATATTTGGATTCATAAGGGCAAGAGGAGGACGGGGCAGGGGATGAACTCA
GCAAGTAAATTGGCGTCGATGAACTTGGAGTGGATGGCTTCCATGCTCATGACAACCAGC
TCTGTCCCC*AGTTCATCGGCCACCTCTCCTATTACCGCAGTGGCCTTTTTCCCTTCCCC
AAGCCTCTCCAAGAGCTTGAACTCCTGGAAACCACCTTGTGCTAGATGCCACCGGATGTT
GGAGACTTGAGTCTCGTGCTCCGAGGATGATTCTTTCTTTTCTTCGTCTATGACGACAAC
TGTGATATCAGCTCCATACTTGTTTGCTAAGCTAGTTGTTGTAGCAGCAGCCTGTCGGGT
GCCTTCAGAGAGATAAGGATTCCGATCAATGACAGGCAGGAGAAGATGCTTAATACTATT
AAATGCATCTCCCACAGGAGGAAGACTTGCTTCTTCTTTCGACTTCGCCTTTATTGCTCT
CCCTTTGAGCACGACCCTGCGATGGTTTTGGAATATAGAGAGCTCGCGGGGTTTAAATCG
CAGATGGAGAGTAGATGTACAAGACGAAGTAAGTGGTGCTGTTCCTTTAATGTCGGCCGT
AGCGATAACAGAAACGGCGGCGTGGGAGTGAAGAGTCGCCATTGGGACTCGACGCGACGG
AGGTAGCAAGATACGAGG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EI52JQ U 46
AF RR3CP79JQ U 1
AF RR3CP79TF C 65
BS 1 777 RR3CP79JQ
BS 778 778 RR3CP79TF
BS 779 792 RR3CP79JQ
BS 793 858 RR3CP79TF

RD RR3EI52JQ 399 0 0
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ACCCACTCTCTCTAGTCTCTGCTATGCGTTCCCCAGACAATACATAAAGAAGAAAAAAAA
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CTCATAACAACCAGCTCTGTCCCC*AGTTCATCGGCCACCTCTCCTATTACCGCAGTGGC
CTTTTTCCCTTCCCCAAGCCTCTCCAAGAGCTTGAACTCCTGGAAACCACCTTGTGCTAG
ATGCCACCGGATGTTGGAGACTTGAGTCTCGTGCTC
TGA

QA 1 396 1 396
DS 

RD RR3CP79JQ 792 0 0
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TCTCTGCTATGCGTTCCCCAGACAATACATAAAGAAGAAAAAAAACGATTGGGAAGGACA
AGACGAGCAAATATTTGGATTCATAAGGGCAAGAGGAGGACGGGGCAGGGGATGAACTCA
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TCTGTCCCC*AGTTCATCGGCCACCTCTCCTATTACCGCAGTGGCCTTTTTCCCTTCCCC
AAGCCTCTCCAAGAGCTTGAACTCCTGGAAACCACCTTGTGCTAGATGCCACCGGATGTT
GGAGACTTGAGTCTCGTGCTCCGAGGATGATTCTTTCTTTTCTTCGTCTATGACGACAAC
TGTGATATCAGCTCCATACTTGTTTGCTAAGCTAGTTGTTGTAGCAGCAGCCTGTCGGGT
GCCTTCAGAGAGATAAGGATTCCGATCAATGACAGGCAGGAGAAGATGCTTAATACTATT
AAATGCATCTCCCACAGGAGGAAGACTTGCTTCTTCTTTCGACTTCGCCTTTATTGCTCT
CCCTTTGAGCACGACCCTGCGATGGTTTTGGAATATAGAGAGCTCGCGGGGTTTAAATCG
CAGATGGAGAGTAGATGTACAAGACGAAGTAAGTGGTGCTGTTCCTTTAATGTCGGC*GT
AGCGATAACAGA

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3CP79TF 794 0 0
AT
AATACAGAAGATGTATGGATACATGCATCTCACATTTCGACCCACTCTCTCTAGTCTCTG
CTATGCGTTCCCCAGACAATACATAAAGAAGAAAAAAA*CGATTGGGAAGGACAAGACGA
GCAAATATTTGGATTCATAAGGGCAAGAGGAGGACGGGGCAGGGGATGAACTCAGCAAGT
AAATTGGCGTCGATGAACTTGGAGTGGATGGCTTCCATGCTCATGACAACCAGCTCTGTC
CCCCAGTTCATCGGCCACCTCTCCTATTACCGCAGTGGCCTTTTTCCCTTCCCCAAGCCT
CTCCAAGAGCTTGAACTCCTGGAAACCACCTTGTGCTAGATGCCACCGGATGTTGGAGAC
TTGAGTCTCGTGCTCCGAGGATGATTCTTTCTTTTCTTCGTCTATGACGACAACTGTGAT
ATCAGCTCCATACTTGTTTGCTAAGCTAGTTGTTGTAGCAGCAGCCTGTCGGGTGCCTTC
AGAGAGATAAGGATTCCGATCAATGACAGGCAGGAGAAGATGCTTAATACTATTAAATGC
ATCTCCCACAGGAGGAAGACTTGCTTCTTCTTTCGACTTCGCCTTTATTGCTCTCCCTTT
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GAGAGTAGATGTACAAGACGAAGTAAGTGGTGCTGTTCCTTTAATGTCGGCCGTAGCGAT
AACAGAAACGGCGGCGTGGGAGTGAAGAGTCGCCATTGGGACTCGACGCGACGGAGGTAG
CAAGATACGAGG

QA 3 794 3 794
DS 



AS 1 4

CO CL3260Contig1 866 4 10 U
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ATATCTCGTCCAGCAAGAAACAACCGAAGAGTATGAACGGCTGGCTGTATGAATCATCGG
TTAGGGCGTCTGGTACTGACAAGTTCGATATCGAAAACGAGAGTTCCAAGAGTAGAACCT
CCTCCATTGGCAAGACGTGTTGGGTTAAAGATAGTCGTGAAGAGTCTTTGTATGTCAAAG
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ACCCGACGAATCCCACCTACTTTCATCGACCTCACGGCTGTTTCGATCCCCGGAATAAAA
TTAGTAGAACCAAGGACGAAAGTAAAAGGAACAGAGTCTCCACTACTGTCTTTATGATCA
TACGTTGAATCAAATCTCCATCCTTGCTTCGCAGCCAACCTCCCATAGTAATGTATTGCA
ACCTGATCTCCTTCAATGGGTACTTCACCTTCGCCGACACGGAGGTCGAGACTCTTAACT
CCGCCGGAGTCAGGGATTTCGGAGAACTCAGCGAGCGCCGGAGACGAGAAGTAACAGGAG
GAGGAGATGATGGAAGACGAGACGGCGATAATGGATAGAGATATTTCTCTTCTGGATGCT
GCTACTGACGACGATGGAGAATGAGATGCGGAGATGGTGATGGG*TGGTGGAGATGCGAA
ATGGACGGTGGTGATGAACGGTGCACGCGGGAAGCACCGAATCATCTTCTTTTTTATCCT
CTTATTATGATTAAATACGAAATCCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3A687TF C 1
AF RR3B176JQ U 58
AF RR3B176TF C 58
AF RR3A687JQ U 3
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BS 60 240 RR3B176JQ
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BS 858 866 RR3A687JQ

RD RR3A687TF 866 0 0
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CCGCCGGAGTCAGGGATTTCGGAGAACTCAGCGAGCGCCGGAGACGAGAAGTAACAGGAG
GAGGAGATGATGGAAGACGAGACGGCGATAATGGATAGAGATATTTCTCTTCTGGATGCT
GCTACTGACGACGATGGAGAATGAGATGCGGAGATGGTGATGGG*TGGTGGAGATGCGAA
ATGGACGGTGGTGATGAACGGTGCACGCGGGAAGCACCGAATCATCTTCTTTTTTATCCT
CTTTTTATGATTAAATACGAAATCC
C

QA 1 865 1 865
DS 

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CG
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TCTTATTATGATTAAATA

QA 3 800 3 800
DS 

RD RR3B176TF 808 0 0
CG
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CATATCTCGTCCAGCAAGAAACAACCGAAGAGTATGAACGGCTGGCTGTATGAATCATCG
GTTAGGGCGTCTGGTACTGACAAGTTCGATATCGAAAACGAGAGTTCCAAGAGTAGAACC
TTCTCCATTGGCAAGACGTGTTGGGTTAAAGATAGTCGTGAAGAGTCTTTGTCTGTCAAA
GAAATTTGGTGGGAGGGGTTCTTGTGATGTATTCTGGTAGCCTTGAGACGGAGGTATAAC
CACCCGACGAATCCCACCTACTTTCATCGACCTCACGGCTGTTTCGATCCCCGGAATAAA
ATTAGTAGAACCAAGGACGAAAGTAAAAGGAACAGAGTCTCCACTACTGTCTTTATGATC
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AACCTGATCTCCTTCAATGGGTACTTCACCTTCGCCGACACGGAGGTCGAGACTCTTAAC
TCCGCCGGAGTCAGGGATTTCGGAGAACTCAGCGAGCGCCGGAGACGAGAAGTAACAGGA
GGAGGAGATGATGGAAGACGAGACGGCGATAATGGATAGAGATATTTCTCTTCTGGATGC
TGCTACTGACGACGATGGAGAATGAGATGCGGAGATGGTGATGGG*TGGTGGAGATGCGA
AATGGACGGTGGTGATGAACGGTGCACGCGGGAAGCACCGAATCATCTTCTTTTTTATCC
TCTTATTATGATTAAATACGAAATCC

QA 3 808 3 808
DS 

RD RR3A687JQ 864 0 0
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CCGACGAATCCCACCTACTTTCATCGACCTCACGGCTGTTTCGATCCCCGGAATAACATT
AGTAGAACCAAGGACGAAAGTAAAAGGAACAGAGTCTCCACTACTGTCTTTATGATCATA
CGTTGAATCAAATCTCCATCCTTGCTTCGCGGCCAACCTCCCATAGTAATGTATTGCAAC
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GCCGGAGTCAGGGATTTCGGAGAACTCAGCGAGCGCCGGAGACGAGAAGTAACAGGAGGA
GGAGATGATGGAAGACGAGACGGCGATAATGGATAGAGATATTTCTCTTCTGGATGCTGC
TACTGACGACGATGGAGAATGAGATGCGGAGATGGTGATGGGGTGGTGGAGATGCGAAAT
GGACGG*GGTGATGAACGGTGCACGCGGGAAGCACCGAATCATCTTCTTTTTTATCCTCT
TTTTATGATTAAATACGAAATCCC

QA 1 864 1 864
DS 



AS 1 3

CO CL3261Contig1 892 3 9 U
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CAGTAAAATTGCTAAAGATGATGGAGAAGGAGGGGACTGAACCAAATTTGATTATGCTGA
ATGTTTTGATCAATGCGTTTGGAAATGCTGGGAAGCACATGGAAGCTCTATCTATTTATC
ACCATATTAAAGAAAGTGGATTCACCCCCGATGTGGTTACCTATAGTACACTTATGAAAG
CATTCACTCGAGCAAAGAAGTATACAAAGGTTCCAGATATATTCAGGGAAATGGAAGCCT
CTGGGTGTAGTGCAGATAGGAAAGCAAGACAACTATTGCAAAATGCTCTTATGGTTCTCG
GCAAAAGACGTTAACTATTTGGTGCCTCAGCCTCTGATCCGTTATGGAAAATAAAGGGCT
TCTTCAACCCTCACCGTGAAAAAAGATGATCACTGCACCAATGTATTTCCAAGTATGAAT
TGGCTGTCTGTGTGCATCTACCAACCTTTAGGCTGGGAGGAAAATTCAGTCAGAATCTGT
AAGCGCTATTGCCAACAATATGGTCAAAACAGCTGCATGGATACCTTCGCATTTGGGAAT
ATTGAAGTTTCATATCCCGTTTACTCTGGTGATTGTTAGGAACCGGTTAAACAATTGTGT
TCAGATGTATATAAGCTTTGAACAGATTATGTATGTAATTCTTTTTTTTCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3G132TF U 1
AF RR3G132JQ C 132
AF RR3BT40TF U 138
BS 1 674 RR3G132TF
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BS 820 820 RR3G132JQ
BS 821 853 RR3BT40TF
BS 854 854 RR3G132JQ
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BS 862 862 RR3G132JQ
BS 863 887 RR3BT40TF
BS 888 892 RR3G132JQ

RD RR3G132TF 674 0 0
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TGGCTGTCTGTGTG

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DS 

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QA 7 761 7 761
DS 

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GGATTCACCCCCGATGTGGTTACCTATAGTACACTTATGAAAGCATTCACTCGAGCAAAG
AAGTATACAAAGGTTCCAGATATATTCAGGGAAATGGAAGCCTCTGGGTGTAGTGCAGAT
AGGAAAGCAAGACAACTATTGCAAAATGCTCTTATGGTTCTCGACAAAAGACATTAACTA
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GAAAAAAGATGATCACTGCACCAATGTATTTCCAAGTATGAATTGGCTGTCTGTGTGCAT
CTACCAACCTTTAGGCTGGGAGGAAAATTCAGTCAGAATCTGTAAGCGCTATTGCCAACA
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CGTTTACTCTGGTGATTGTTAG*AACCGGTTAAACAATTGTGTTCAGATGTATATA*GCT
TTGA*CAGATTATGTATGTAATTCTTTTTT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 4

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TCTATCATCTTCTTCTTCCTCTCTAAGCTTAGCGAAAGATGGCCGATGGTGAGGACATTC
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CTTTCAATGTCCCTGCCATGTATGTTGCTATCCAGGCCGTTCTTTCTCTCTACGCTAGTG
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ATGTGGATATCAGGAAGGATCTGTATGGAAACATCGTGCTCAGTGGTGGTTCGACCATGT
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AGATCAAGGTGGTGGCACCGCCTGAGAGGAAATACAGTGTCTGGATTGGAGGATCTATCC
TTGCATCCCTCAGCACTTTCCAACAGATGTGGATCTCGAAGGGAGAGTACGATGAGTCGG
GTCCATCCATTGTCCACAGGAAATGCTTTTAAGGTGTTTCTTCTCTTGTTCGTGGTGGTA
TGAGTTTGGTACGATCTCCCTTGTTGAGATGGGACTCAAATTATATGTTGTTATTGTGGT
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TTTTGGGGTTTTCCCCTATAAAATATTTGTTTGGATG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN70TF U 1
AF RR3AG07TF U 8
AF RR3DN70JQ C 685
AF RR3AG07JQ C 713
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BS 105 602 RR3DN70TF
BS 603 805 RR3AG07TF
BS 806 1043 RR3DN70JQ
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BS 1045 1466 RR3DN70JQ
BS 1467 1468 RR3AG07JQ
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BS 1492 1492 RR3AG07JQ
BS 1493 1537 RR3DN70JQ

RD RR3DN70TF 602 0 0
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TCTATCATCTTCTTCTTCCTCTCTAAGCTTAGCGAAAGATGTC*GATGGTGAGGACATTC
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CCCCCAGGGCTGTGTTCCCTAGTATCGTTGGTCGTCCCAGACACACTGGTGTCATGGTTG
GGATGGGTCAGAAAGATGCTTACGTTGGTGACGAAGCTCAGTCCAAGAGAGGTATTCTCA
CTCTCAAGTATCCGATCGAGCACGGTATCGCGAGCAACTGGGATGACATGGAGAAGATCT
GGCATCACACTTTCTACAACGAGCTCCGTGTTGCCCCTGAAGAGCACCCGGTTCTTCTCA
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CTTTCAATGTCCCTGCCATGTATGTTGCTATCCAGGCCGTTCTTTCTCTCTACGCTAGTG
GGCGTACTACTGGTATTGTGCTCGACTCTGGTGATGGTGTGTCTCACACCGTGCCAATCT
AC

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3AG07TF 798 0 0
GG
GTTTATCTGCTGGCCGTTTCTGCTTCCATCTTCTCGGAACGTCTTCTCTGCTCTATCATC
TTCTTCTTCCTCTCTAAGCTTAGCGAAAGATGGCCGATGGTGAGGACATTCAACCCCTTG
TGTGTGACAATGGAACTGGAATGGTGAAGGCTGGGTTTGCAGGTGACGATGCCCCCAGGG
CTGTGTTCCCTAGTATCGTTGGTCGTCCCAGACACACTGGTGTCATGGTTGGGATGGGTC
AGAAAGATGCTTACGTTGGTGACGAAGCTCAGTCCAAGAGAGGTATTCTCACTCTCAAGT
ATCCGATCGAGCACGGTATCGTGAGCAACTGGGATGACATGGAGAAGATCTGGCATCACA
CTTTCTACAACGAGCTCCGTGTTGCCCCTGAAGAGCACCCGGTTCTTCTCACCGAGGCGC
CTCTTAACCCTAAAGCTAACAGGGAGAAGATGACTCAGATCATGTTCGAGACTTTCAATG
TCCCTGCCATGTATGTTGCTATCCAGGCCGTTCTTTCTCTCTACGCTAGTGGGCGTACTA
CTGGTATTGTGCTCGACTCTGGTGATGGTGTGTCTCACACCGTGCCAATCTACGAGGGTT
ATGCTCTTCCTCACGCTATCCTCCGTCTGGATCTCGCGGGTAGGGATCTCACTGATTCTC
TGATGAAGATTCTCACGGAGAGAGGTTACATGTTCACCACCACCGCCGAGCGAGAAATTG
TCCGTGACATTAAAGAGAAACTTGCTTACGTGGCTCTCGATTACGAGCAAGAGCTTGAGA
CAGCCAAGAGCAGTTC

QA 3 798 3 798
DS 

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AGAAACTTGCTTACGTGGCTCTCGACTACGAGCAAGAGCTTGAGACAGCCAAGAGCAGTT
CTTCGGTGGAGAAGAACTACGAGCTACCTGATGGACAAGTCATCACCATTGGAGCTGAAA
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TCCATGAGACAACTTACAACTCCATCATGAAGTGCGATGTGGATATCAGGAAGGATCTGT
ATGGAAACATCGTGCTCAGTGGTGGTTCGACCATGTTCCCAGGAATCGCTGACCGTATGG
GCAAGGAGATCACCGCACTGGCACCAAGCAGCATGAAGATCAAGGTGGTGGCACCGCCTG
AGAGGAAATACAGTGTCTGGATTGGAGGATCTATCCTTGCATCCCTCAGCACTTTCCAAC
AGATGTGGATCTCGAAGGGAGAGTACGATGAGTCGGGTCCATCCATTGTCCACAGGAAAT
GCTTTTAAGGTGTTTCTTCTCTTGTTCGTGGTGGTATGAGTTTGGTACGATCTCCCTTGT
TGAGATGGGACTCAAATTATATGTTGTTATTGTGGTTGTTTCTTTTTATTTTTTTTTGGT
CTCTTTAGAACCTTTTGGATGTTTCTCGAGTCTTTCTATGTACTTTAGTTTTATCTTTGT
TTCTTATTTTCTCTTTAAGGATGCTTGTGATGATGCCCTGGTCCTTACTAAGCAAAAAAA
AA**GAAGTCATATTATATTTGATCGTTGCTTCATTTTTTGGGGTTTTCCCCTATAAAAT
ATTTGTTTGGATG

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR3AG07JQ 807 0 0
CGCCGAGCGAGAAATTGTCCGTGACATTAAAGAGAAACTTGCTTACGTGGCTCTCGATTA
CGAGCAAGAGCTTGAGACAGCCAAGAGCAGTTCTTCGGTGGAGAAGAACTACGAGCTACC
TGATGGACAAGTCATCACCATTGGAGCTGAAAGATTCCGTTGCCCTGAAGTACTCTTCCA
GCCGTCGCTTGTCGGGATGGAAGCCCCTGGGATCCATGAGACAACTTACAACTCCATCAT
GAAGTGCGATGTGGATATCAGGAAGGATCTGTATGGAAACATCGTGCTCAGTGGTGGTTC
GACCATGTTCCCAGGAATCGCTGACCGTATGAGCAAGGAGATCACCGCACTGGCACCAAG
CAGCATGAAGATCAAGGTGGTGGCACCGCCTGAGAGGAAATACAGTGTCTGGATTGGAGG
ATCTATCCTTGCATCCCTCAGCACTTTCCAACAGATGTGGATCTCGAAGGGAGAGTACGA
TGAGTCGGGTCCATCCATTGTCCACAGGAAATGCTTTTAAGGTGTTTCTTCTCTTGTTCG
TGGTGGTATGAGTTTGGTACGATCTCCCTTGTTGAGATGGGACTCAAATTATATGTTGTT
ATTGTGGTTGTTTCTTTTTATTTTTTTT*GGTCTCTTTAGAACCTTTTGGATGTTTCTCG
AGTCTTTCTATGTACTTTAGTTTTATCTTTGTTTCTTATTTTCTCTTTAAGGATGCTTGT
GATGATGCTCTGGTCCTTACTAAGCAAAAAAAAAAAGAAGTCATATTATATTTGATCGTC
GCTTCATTTTTTGGGGTTTTCCCCTAT

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 4

CO CL3263Contig1 1271 4 15 U
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AGAAAGAGAGAGAGATCTCAGAGGAAAATGGCAGCTACAAGTGAGAAACAGAACAACAGC
TCAAAGCCTCCTCCTACTCCTTCTCCTCTCCGCAGTTCCAAGTTCTGTCAGCCTAACATG
AGGATCTTGATCTCGGGAGGAGCTGGGTTCATCGGCTCTCACTTGGTTGATAAGCTCATG
GAAAATGAGAAGAATGAGGTGATTGCTGATAACTACTTCACTGGATCAAAGGAGAACCTC
AAGAAATGGATCGGTCACCCAAGATTTGAGCTCATTCGTCACGATGTTACGGAGCCTTTG
TTGATCGAGGTTGATAGGATCTACCATCTCGCTTGTCCTGCCTCTCCTATCTTCTACAAG
TACAACCCCGTTAAGACCATCAAGACCAATGTGATTGGTACACTCAACATGCTCGGTCTC
GCCAAGCGTGTTGGAGCTAGAATCCTGCTCACCTCGACCTCGGAGGTCTACGGAGATCCC
CTCATCCACCCTCAACCAGAGAGCTACTGGGGAAACGTCAACCCTATCGGTGTCCGGAGT
TGCTACGATGAAGGCAAGCGTGTGGCTGAGACGTTGATGTTTGACTACCACAGACAACAT
GGCATTGAAATCCGCATTGCTAGGATCTTCAACACGTATGGTCCTAGGATGAACATAGAT
AATGGGCGTGTGGTGAGCAACTTCATTGCTCAAGCACTTCGAGGAGAGGCTTTGACTGTT
CAGAAACCGGGGACGCAGACTCGTAGTTTCTGCTATGTATCAGACATGGTGGATGGACTT
ATCCGTCTCATGGAAGGAGATGATACTGGTCCTATCAACATCGGTAACCCAGGTGGGTTC
ACAATGGTGGAACTGGCTGAGATAGTTAAGGAGCTGATTAACCCGAGCATAGAGATAAAG
ATGGTGGAGAACACACCGGACGATCCAAGACAGAGGAAACCAGACATAACCAAGGCTAAA
GAAGTGTTGGGTTGGGAGCCAAAGGTGAAGCTCAGAGAAGGACTTCCTCTCATGGAAGAA
GACTTCCGGCTAAGGCTTAACGTCCCCAAGAATTAAAGAAATGTGAAGGCGCGCAGGAGA
ACAACGTTTTAAGAGTATATGGTGTTTTATTATATACTACAGAGTGGTGGTTTGGTTTCA
TGTATTGTTGTTATTGATCTTTGCTTCTTTGTATCAAGTCTACTGCATCCATCATTTGTA
ATAAAGATTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GN16TF U 1
AF RR3DM52TF U 345
AF RR3DM52JQ C 442
AF RR3GN16JQ C 554
BS 1 612 RR3GN16TF
BS 613 613 RR3DM52TF
BS 614 627 RR3GN16TF
BS 628 628 RR3DM52TF
BS 629 704 RR3GN16TF
BS 705 855 RR3DM52TF
BS 856 856 RR3DM52JQ
BS 857 930 RR3DM52TF
BS 931 931 RR3DM52JQ
BS 932 970 RR3DM52TF
BS 971 971 RR3DM52JQ
BS 972 992 RR3DM52TF
BS 993 1136 RR3DM52JQ
BS 1137 1137 RR3GN16JQ
BS 1138 1271 RR3DM52JQ

RD RR3GN16TF 704 0 0
GGATCAGATCAGAAGATTTGGGGGAGTTTAGGTTTCTCTTCGAAGCTTCTGGGAGGATTG
AGAAAGAGAGAGAGATCTCAGAGGAAAATGGCAGCTACAAGTGAGAAACAGAACAACAGC
TCAAAGCCTCCTCCTACTCCTTCTCCTCTCCGCAGTTCCAAGTTCTGTCAGCCTAACATG
AGGATCTTGATCTCGGGAGGAGCTGGGTTCATCGGCTCTCACTTGGTTGATAAGCTCATG
GAAAATGAGAAGAATGAGGTGATTGCTGATAACTACTTCACTGGATCAAAGGAGAACCTC
AAGAAATGGATCGGTCACCCAAGATTTGAGCTCATTCGTCACGATGTTACGGAGCCTTTG
TTGATCGAGGTTGATAGGATCTACCATCTCGCTTGTCCTGCCTCTCCTATCTTCTACAAG
TACAACCCCGTTAAGACCATCAAGACCAATGTGATTGGTACACTCAACATGCTCGGTCTC
GCCAAGCGTGTTGGAGCTAGAATCCTGCTCACCTCGACCTCGGAGGTCTACGGAGATCCC
CTCATCCACCCTCAACCAGAGAGCTACTGGGGAAACGTCAACCCTATCGGTGTCCGGAGT
TGCTACGATGAAAGCAAGCGTGTGGCTTAGACGTTGATGTTTGACTACCACAGACAACAT
GGCATTGAAATCCGCATTGCTAGGATCTTCAACACGTATGGTCC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3DM52TF 648 0 0
G
GTTACGGAGCCTTTGTTGATCGAGGTTGATAGGATCTACCATCTCGCTTGTCCTGCCTCT
CCTATCTTCTACAAGTACAACCCCGTTAAGACCATCAAGACCAATGTGATTGGTACACTC
AACATGCTCGGTCTCGCCAAGCGTGTTGGAGCTAGAATCCTGCTCACCTCGACCTCGGAG
GTCTACGGAGATCCCCTCATCCACCCTCAACCAGAGAGCTACTGGGGAAACGTCAACCCT
ATCGGTGTCCGGAGTTGCTACGATGAAGGCAAGCGTGTGGCTGAGACGTTGATGTTTGAC
TACCACAGACAACATGGCATTGAAATCCGCATTGCTAGGATCTTCAACACGTATGGTCCT
AGGATGAACATAGATAATGGGCGTGTGGTGAGCAACTTCATTGCTCAAGCACTTCGAGGA
GAGGCTTTGACTGTTCAGAAACCGGGGACGCAGACTCGTAGTTTCTGCTATGTATCAGAC
ATGGTGGATGGACTTATCCGTCTCATGGAAAGAGATGATACTGGTCCTATCAACATCGGT
AACCCAGGTGGGTTCACAATGGTGGAACTGGCTGAGATAGTTAAG*AGCTGATTAACCCG
AGCATAGAGATAAAGATGGTGGAGA*CACACCGGACGATCCAAGACA

QA 2 648 2 648
DS 

RD RR3DM52JQ 830 0 0
AAGACCAATGTGATTGGTACACTCAACATGCTCGGTCTCGCCAAGCGTGTTGGAGCTAGA
ATCCTGCTCACCTCGACCTCGGAGGTCTACGGAGATCCCCTCATCCACCCTCAACCAGAG
AGCTACTGGGGAAACGTCAACCCTATCGGTGTCCGGAGTTGCTACGATGAAGGCAAGCGT
GTGGCTGAGACGTTGATGTTTGACTACCACAGACAACATGGCATTGAAATCCGCATTGCT
AGGATCTTCAACACGTATGGTCCTAGGATGAACATAGATAATGGGCGTGTGGTGAGCAAC
TTCATTGCTCAAGCACTTCGAGGAGAGGCTTTGACTGTTCAGAAACCGGGGACGCAGACT
CGTAGTTTCTGCTATGTATCAGACATGGTGGATGGACTTATCCGTCTCATGGAAGGAGAT
GATACTGGTCCTATCAACATCGGTAACCCAGGTGGGTTCACAATGGTGGAACTGGCTGAG
ATAGTTAAGGAGCTGATTAACCCGAGCATAGAGATAAAGATGGTGGAGAACACACCGGAC
GATCCAAGACAGAGGAAACCAGACATAACCAAGGCTAAAGAAGTGTTGGGTTGGGAGCCA
AAGGTGAAGCTCAGAGAAGGACTTCCTCTCATGGAAGAAGACTTCCGGCTAAGGCTTAAC
GTCCCCAAGAATTAAAGAAATGTGAAGGCGCGCAGTAGAACAACGTTTTAAGAGTATATG
GTGTTTTATTATATACTACAGAGTGGTGGTTTGGTTTCATGTATTGTTGTTATTGATCTT
TGCTTCTTTGTATCAAGTCTACTGCATCCATCATTTGTAATAAAGATTGC

QA 1 830 1 830
DS 

RD RR3GN16JQ 718 0 0
AACCAGAGAGCTACTGGGGAAACGTCAACCCTATCGGTGTCCGGAGTTGCTACGATGAAG
GCAAGCGTGTGGCTTAGACGTTGATGTTTGACTACCACAGACAACATGGCATTGAAATCC
GCATTGCTAGGATCTTCAACACGTATGGTCCTAGGATGAACATAGATGATGGGCGTGTGG
TGAGCAACTTCATTGCTCAAGCACTTCGAGGAGAGGCTTTGACTGTTCAGAACCCGGGGA
CGCAGACTCGTAGTTTCTGCTATGTATCAGACATGGTGGATGGACCTATCCGTCTCATGG
AAGGAGATGATACTGGTCCTATCAACATCGGTAACCCAGGTGAGTTCACAATGGTGGAAC
TGGCTGAGACAGTTAAGGAGCTGATTAACCCGAGCATAGAGATAAAGATGGTGGAGAACA
CACCGGACGATCCAAGACAGAGGAAACCAGACATAACCAAGGCTAAAGAAGTGTTGGGTT
GGGAGCCAAAGGTGAAGCTCAGAGAAGGACTTCCTCTCATGGAAGAAGACTTCCGGCTAA
GGCTTAACGTCCCCAAGAATTAAAGAAATGTGAAGGCGCGCAGGAGAACAACGTTTTAAG
AGTATATGGTGTTTTATTATATACTACAGAGTGGTGGTTTGGTTTCATGTATTGTTGTTA
TTGATCTTTGCTTCTTTGTATCAAGTCTACTGCATCCATCATTTGTAATAAAGATTGC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 2 4

CO CL3264Contig1 628 2 2 U
GGAAGGCGGGGAAAATGTCTGGAAAAGGAGCGAAAGGGCCGATAATGGGGAAATCCATCG
ACAAGGACAAAGACAAGAAGAAACCAACTACTCGCTCTTCTCGTGCTGGTCTTCAGTTTC
CAGTTGGGAGAGTCCACAGACTGTTAAAAGGAAGGTCAACCGCTCACGGACGCGTCGGCG
CGACCGCAGCCGTTTACACAGCCGCTATTCTGGAGTATCTGACCGCCGAAGTCTTGGAGC
TCGCTGGTAACGCGAGCAAGGATCTTAAAGTGAAGCGTATCACACCCAGGCATCTTCAGC
TCGCTATCCGCGGTGACGAAGAGCTCGATACTCTCATCAAAGGAACTATCGCTGGTGGCG
GTGTCATTCCTCACATTCACAAGTCTCTCATCAACAAATCTGGCCAAGAATAGCTCCTTT
ATCTCTATTTCATCATCTCTGTCTTTTTTGGACCTTTTATTTTGTTAAATAGTCGTCTAT
GTTTTAAGATACAAGTGGAGACTCTGTTTGTTTGTTTAAGACTCAAGTGTGACTTGTTTC
TCTAGTTTCTGAGTAGTGTGTTTTGGTGTTTGATCATGTGGAAACAGCTGCATAAGATAT
GACAAATATAAGAAGAGACTTGACTTTG


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A288JQ C 1
AF RR3A288TF U 1
BS 1 4 RR3A288JQ
BS 5 628 RR3A288TF

RD RR3A288JQ 628 0 0
GGAAGGCGGGGAAAATGTCTGGAAAAGGAGCGAAAGGGCCGATAATGGGGAAATCCATCG
ACAAGGACAAAGACAAGAAGAAACCAACTACTCGCTCTTCTCGTGCTGGTCTTCAGTTTC
CAGTTGGGAGAGTCCACAGACTGTTAAAAGGAAGGTCAACCGCTCACGGACGCGTCGGCG
CGACCGCAGCCGTTTACACAGCCGCTATTCTGGAGTATCTGACCGCCGAAGTCTTGGAGC
TCGCTGGTAACGCGAGCAAGGATCTTAAAGTGAAGCGTATCACACCCAGGCATCTTCAGC
TCGCTATCCGCGGTGACGAAGAGCTCGATACTCTCATCAAAGGAACTATCGCTGGTGGCG
GTGTCATTCCTCACATTCACAAGTCTCTCATCAACAAATCTGGCCAAGAATAGCTCCTTT
ATCTCTATTTCATCATCTCTGTCTTTTTTGGACCTTTTATTTTGTTAAATAGTCGTCTAT
GTTTTAAGATACAAGTGGAGACTCTGTTTGTTTGTTTAAGACTCAAGTGTGACTTGTTTC
TCTAGTTTCTGAGTAGTGTGTTTTGGTGTTTGATCATGTGGAAACAGCTGCATAAGATAT
GACAAATATAAGAAGAGACTTGACTTTG

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3A288TF 628 0 0
GGAG
GGCGGGGAAAATGTCTGGAAAAGGAGCGAAAGGGCCGATAATGGGGAAATCCATCGACAA
GGACAAAGACAAGAAGAAACCAACTACTCGCTCTTCTCGTGCTGGTCTTCAGTTTCCAGT
TGGGAGAGTCCACAGACTGTTAAAAGGAAGGTCAACCGCTCACGGACGCGTCGGCGCGAC
CGCAGCCGTTTACACAGCCGCTATTCTGGAGTATCTGACCGCCGAAGTCTTGGAGCTCGC
TGGTAACGCGAGCAAGGATCTTAAAGTGAAGCGTATCACACCCAGGCATCTTCAGCTCGC
TATCCGCGGTGACGAAGAGCTCGATACTCTCATCAAAGGAACTATCGCTGGTGGCGGTGT
CATTCCTCACATTCACAAGTCTCTCATCAACAAATCTGGCCAAGAATAGCTCCTTTATCT
CTATTTCATCATCTCTGTCTTTTTTGGACCTTTTATTTTGTTAAATAGTCGTCTATGTTT
TAAGATACAAGTGGAGACTCTGTTTGTTTGTTTAAGACTCAAGTGTGACTTGTTTCTCTA
GTTTCTGAGTAGTGTGTTTTGGTGTTTGATCATGTGGAAACAGCTGCATAAGATATGACA
AATATAAGAAGAGACTTGACTTTG

QA 5 628 5 628
DS 



CO CL3264Contig2 688 2 2 U
GGGCGTCCGTCTACTTCTCTTTTAATTTTATCCGGTCCGGATCTCTCTCTCTCTCTCCGA
CACAGACACTCTCTCTCTACATCTCTTCTTGCAAGACACTGGTGACTGTTTTTTAGGCGG
GGAAAATGTCAGGAAAAGGGGCGAAAGGGCCGATAATGGGGAAATTCATCGACAAGGACA
AAGACAAGAAGAAACCCACTACTCGCTCTTCTCGTGCTGGTCTTCAGTTTCCAGTTGGGA
GAGTCCACAGACTGCTGAAAGGAAGGTCAACCGCTCACGGACGCGTCGGCGCAACCGCCG
CGGTTTACACGGCCGCTATTTTGGAGTATCTGACCGCAGAAGTCTTGGAGCTCGCTGGTA
ACGCGAGCAAGGATCTTAAAGTGAAGCGTATCACACCCAGGCATCTTCAGCTCGCTATTC
GCGGTGACGAAGAGCTCGATACTCTCATCAAAGGAACTATCGCTGGTGGCGGTGTCATTC
CTCACATTCACAAGTCTCTCATCAACAAATCTGGCCAAGAATAGCTCCTTTATCTCTATT
TCATCATCTCTGTCTTTTTTGGACCTTTTATTTTGTTAAATAGTCGTCTATGTTTTAAGG
TACAAGTGGAGATTCTGTTTGTTTGTTTAAGACTCAAGTGTGACTTGTTTCTCTAGTTTC
TGAGTAGTGTGTTTTGGTGTTTGACCAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3BB71JQ C 1
AF RR3BB71TF U 1
BS 1 684 RR3BB71TF
BS 685 688 RR3BB71JQ

RD RR3BB71JQ 688 0 0
GGGCGTCCGTCTACTTCTCTTTTAATTTTATCCGGTCCGGATCTCTCTCTCTCTCTCCGA
CACAGACACTCTCTCTCTACATCTCTTCTTGCAAGACACTGGTGACTGTTTTTTAGGCGG
GGAAAATGTCAGGAAAAGGGGCGAAAGGGCCGATAATGGGGAAATTCATCGACAAGGACA
AAGACAAGAAGAAACCCACTACTCGCTCTTCTCGTGCTGGTCTTCAGTTTCCAGTTGGGA
GAGTCCACAGACTGCTGAAAGGAAGGTCAACCGCTCACGGACGCGTCGGCGCAACCGCCG
CGGTTTACACGGCCGCTATTTTGGAGTATCTGACCGCAGAAGTCTTGGAGCTCGCTGGTA
ACGCGAGCAAGGATCTTAAAGTGAAGCGTATCACACCCAGGCATCTTCAGCTCGCTATTC
GCGGTGACGAAGAGCTCGATACTCTCATCAAAGGAACTATCGCTGGTGGCGGTGTCATTC
CTCACATTCACAAGTCTCTCATCAACAAATCTGGCCAAGAATAGCTCCTTTATCTCTATT
TCATCATCTCTGTCTTTTTTGGACCTTTTATTTTGTTAAATAGTCGTCTATGTTTTAAGG
TACAAGTGGAGATTCTGTTTGTTTGTTTAAGACTCAAGTGTGACTTGTTTCTCTAGTTTC
TGAGTAGTGTGTTTTGGTGTTTGACCAG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3BB71TF 688 0 0
GGGCGTCCGTCTACTTCTCTTTTAATTTTATCCGGTCCGGATCTCTCTCTCTCTCTCCGA
CACAGACACTCTCTCTCTACATCTCTTCTTGCAAGACACTGGTGACTGTTTTTTAGGCGG
GGAAAATGTCAGGAAAAGGGGCGAAAGGGCCGATAATGGGGAAATTCATCGACAAGGACA
AAGACAAGAAGAAACCCACTACTCGCTCTTCTCGTGCTGGTCTTCAGTTTCCAGTTGGGA
GAGTCCACAGACTGCTGAAAGGAAGGTCAACCGCTCACGGACGCGTCGGCGCAACCGCCG
CGGTTTACACGGCCGCTATTTTGGAGTATCTGACCGCAGAAGTCTTGGAGCTCGCTGGTA
ACGCGAGCAAGGATCTTAAAGTGAAGCGTATCACACCCAGGCATCTTCAGCTCGCTATTC
GCGGTGACGAAGAGCTCGATACTCTCATCAAAGGAACTATCGCTGGTGGCGGTGTCATTC
CTCACATTCACAAGTCTCTCATCAACAAATCTGGCCAAGAATAGCTCCTTTATCTCTATT
TCATCATCTCTGTCTTTTTTGGACCTTTTATTTTGTTAAATAGTCGTCTATGTTTTAAGG
TACAAGTGGAGATTCTGTTTGTTTGTTTAAGACTCAAGTGTGACTTGTTTCTCTAGTTTC
TGAGTAGTGTGTTTTGGTGTTTGA
CCAG

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 4

CO CL3265Contig1 910 4 6 U
GCGACCAAGAAGGAGCAGGTGTTCTCCACCTACTCTGATAACCAGCCGGGTGTGTTGATC
CAGGTCTACGAAGGTGAGAGGGCTAGGACCAAGGACAACAACCTCCTTGGAAAGTTTGAG
CTCTCCGGCATCCCTCCTGCTCCGCGTGGTGTCCCTCAGATCACAGTCTGTTTCGACATT
GATGCAAACGGCATCCTCAACGTCTCTGCCGAGGACAAGACAACGGGGCAAAAGAACAAG
ATCACGATCACCAACGACAAGGGTCGGTTTGTCTAAGGACGAGATCGAGAAGATGGTGCA
AGAAGCTGAGAAGTACAAGTCTGAGGATGAGGAGCACAAGAAGAAGGTCGAAGCCAAGAA
TGCTCTTGAGAACTATGCTTACAACATGAGGAACACCATCCGTGACGACAAGATTGGTGA
GAAGCTTCCTGCTGCTGACAAGAAGAAGATTGAGGATTCGGTTGAGGAGGCGATCCAGTG
GCTCGATGGTAACCAAACGGCTGAAGCAGACGAGTTTGAAGACAAGATGAAGGAGTTGGA
GAGTGTGTGCAACCCCATCATTGCTAAGATGTATCAAGGAGCTGGTGGTGAAGCAGGTCC
CGCTGATGATGAAGCTCCACCTGCTTCTGGAGGTGCTGGTCCCAAGATTGAGGAAGTCGA
CTAAACTGGTTTTCTTATAACTGTTTTCCCTTATCAATTTCAGTGTTGTTTTGGTTTAAG
TGTTTTGCTCTTTTATTTTTTATGTACTCTTTATCTTTCCGTGGTCCTTATTGCGAATTG
GGTTGCAGTTTCTAACTTAACTGATTGCAGAAATTTTTTATTTGATTGGTTTTTCTCTCT
GTTTCTGTGGTTCCAATTGCACGACTTTGTCCTTTGAGATAGTCAATGATTATTGGTGGC
CTCTTCTGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AR94JQ C 268
AF RR3AR94TF U 61
AF RR3AU90TF U 1
AF RR3AU90JQ C 49
BS 1 483 RR3AU90TF
BS 484 484 RR3AR94TF
BS 485 855 RR3AU90TF
BS 856 856 RR3AU90JQ
BS 857 871 RR3AU90TF
BS 872 910 RR3AU90JQ

RD RR3AR94JQ 526 0 0
G
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ATTGAGGATTCGGTTGAGGAGGCGATCCAGTGGCTCGATGGTAACCAAACGGCTGAAGCA
GACGAGTTTGAAGACAAGATGAAGGAGTTGGAGAGTGTGTGCAACCCCATCATTGCTAAG
ATGTATCAAGGAGCTGGTGGTGAAGCAGGTCCCGCTGATGATGAAGCTCCACCTGCTTCT
GGAGGTGCTGGTCCCAAGATTGAGGAAGTCGACTAAACTGGTTTTTTTATAACTGTTTTC
CCTTATCAATTTCAGTGTTGTTTTGGTTTAAGTGTTTTTTTCTTTTATTTTTTATGTACT
CTTTATCTTTCCGTGGTCCTTATTGGGAATTGGGTTGCAGTTTC
C

QA 2 525 2 525
DS 

RD RR3AR94TF 732 0 0
G
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TCTCCGGCATCCCTCCTGCTCCGCGTGGTGTCCCTCAGATCACAGTCTGTTTCGACATTG
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TCACGATCACCAACGACAAGGGTCGGTT*GTCTAAGGACGAGATCGAGAAGATGGTGCAA
GAAGCTGAGAAGTACAAGTCTGAGGATGAGGAGCACAAGAAGAAGGTCGAAGCCAAGAAT
GCTCTTGAGAACTATGCTTACAACATGAGGAACACCATCCGTGACGACAAGATTGGTGAG
AAGCTTCCTGCTGCTGACAAGAAGAAGATTGAGGATTCGGTTGAGGAGGCGATCCAGTGG
CTCGATGGTAACCAAACGGCTGAAGCAGACGAGTTTGAAGACAAGATGAAGGAGTTGGAG
AGTGTGTGCAACCCCATCATTGCTAAGATGTATCAAGGAGCTGGTGGTGAAGCAGGTCCC
GCTGATGATGAAGCTCCACCTGCTTCTGGAGGTGCTGGTCCCAAGATTGAGGAAGTCGAC
TAAACTGGTTTTCTTATAACTGTTTTCCCTTATCAATTTCAGTGTTGTTTTGGTTTAAGT
GTTTTTCTCTTTTATTTTTTATGTACTCTTTATCTTTCCGTGGTCCTTATTGCGAATTGG
GTTGCAGTTTC

QA 2 732 2 732
DS 

RD RR3AU90TF 871 0 0
GCGACCAAGAAGGAGCAGGTGTTCTCCACCTACTCTGATAACCAGCCGGGTGTGTTGATC
CAGGTCTACGAAGGTGAGAGGGCTAGGACCAAGGACAACAACCTCCTTGGAAAGTTTGAG
CTCTCCGGCATCCCTCCTGCTCCGCGTGGTGTCCCTCAGATCACAGTCTGTTTCGACATT
GATGCAAACGGCATCCTCAACGTCTCTGCCGAGGACAAGACAACGGGGCAAAAGAACAAG
ATCACGATCACCAACGACAAGGGTCGGTTTGTCTAAGGACGAGATCGAGAAGATGGTGCA
AGAAGCTGAGAAGTACAAGTCTGAGGATGAGGAGCACAAGAAGAAGGTCGAAGCCAAGAA
TGCTCTTGAGAACTATGCTTACAACATGAGGAACACCATCCGTGACGACAAGATTGGTGA
GAAGCTTCCTGCTGCTGACAAGAAGAAGATTGAGGATTCGGTTGAGGAGGCGATCCAGTG
GCTTGATGGTAACCAAACGGCTGAAGCAGACGAGTTTGAAGACAAGATGAAGGAGTTGGA
GAGTGTGTGCAACCCCATCATTGCTAAGATGTATCAAGGAGCTGGTGGTGAAGCAGGTCC
CGCTGATGATGAAGCTCCACCTGCTTCTGGAGGTGCTGGTCCCAAGATTGAGGAAGTCGA
CTAAACTGGTTTTCTTATAACTGTTTTCCCTTATCAATTTCAGTGTTGTTTTGGTTTAAG
TGTTTTGCTCTTTTATTTTTTATGTACTCTTTATCTTTCCGTGGTCCTTATTGCGAATTG
GGTTGCAGTTTCTAACTTAACTGATTGCAGAAATTTTTTATTTGATTGGTTTTTCTCTCT
GTTTCTGTGGTTCCA*TTGCACGACTTTGTC

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DS 

RD RR3AU90JQ 862 0 0
GGTGTGTTGATCCAGGTCTACGAAGGTGAGAGGGCTAGGACCAAGGACAACAACCTCCTT
GGAAAGTTTGAGCTCTCCGGCATCCCTCGTGCTCCGCGTGGTGTCCCTCAGATCACAGTC
TGTTTCGACATTGATGCAAACGGCATCCTCAACGTCTCTGCCGAGGACAAGACAACGGGG
CAAAAGAACAAGATCACGATCACCAACGACAAGGGTCGGTTTGTCTAAGGACGAGATCGA
GAAGATGGTGCAAGAAGCTGAGAAGTACAAGTCTGAGGATGAGGAGCACAAGAAGAAGGT
CGAAGCCAAGAATGCTCTTGAGAACTATGCTTACAACATGAGGAACACCATCCGTGACGA
CAAGATTGGTGAGAAGCTTCCTGCTGCTGACAAGAAGAAGATTGAGGATTCGGTTGAGGA
GGCGATCCAGTGGCTTGATGGTAACCAAACGGCTGAAGCAGACGAGTTTGAAGACAAGAT
GAAGGAGTTGGAGAGTGTGTGCAACCCCATCATTGCTAAGATGTATCAAGGAGCTGGTGG
TGAAGCAGGTCCCGCTGATGATGAAGCTCCACCTGCTTCTGGAGGTGCTGGTCCCAAGAT
TGAGGAAGTCGACTAAACTGGTTTTCTTATAACTGTTTTCCCTTATCAATTTCAGTGTTG
TTTTGGTTTAAGTGTTTTGCTCTTTTATTTTTTATGTACTCTTTATCTTTCCGTGGTCCT
TATTGCGAATTGGGTTGCAGTTTCTAACTTAACTGATTGCAGAAATTTTTTATTTGATTG
GTTTTTCTCTCTGTTTCTGTGGTTCCAATTGCACGACTTTGTCCTTTGAGATAGTCAATG
ATTATTGGTGGCCTCTTCTGCA

QA 1 862 1 862
DS 



AS 1 4

CO CL3266Contig1 846 4 7 U
AAAATTTCTTAAAGATTCACTCTAGTCTGCAAATTTGAAATGTTATCTATGATTCCACTG
TGTTAAGAATCAGAATTACATTAGAAACCAAATCTCAAGCGACCAAAAAGCC*AATGTTG
CCACACGCACACAAAGAGACTGAAGAAG***AGAATGTGAATTTGCCAAAGCTTTGAACT
CTACTCGTCTTTCATAACCGGCGTCCAAAACATAAGCAGACACATTTGTTCTGTTTCAGA
TCACCTTTAGACTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTCTTTTTCAGTAAGCTGAGGTTGAATG
AGGACATGCATAGTGGTGACAGCATCTGAGAGATTGGAGACAGGACTCCTGCAGTCTCCA
ACCGTCTTGTTGTTCTCTAATATTCTACCCGCGCTTATCAGTTTCACATCTTTCACTGTC
TTTGGCCCATTCTCCTTCTCTCGAGGCCATTGAGCAACCACAGTTTCTTTCAATGCAGCA
ACGGTTGTAGCATCTGGAAACGATTTAGGACCGATATCTGAACCATCGTTTAGACGGAAC
TTAATCTCTAAGTGATCCTTCTTCACCTCTGCCATGTATATATATATATCTCCAAAGAGC
CAATCTCTACTCTCACCAAATGACTTAACAAGGGCAAGAAAAAGTCTATATACCTCCTTT
TGCTTCTTCGCTTTCTTTCTTACTTGGTGGGGTCGCAGCTGATCTAAGTTTGATGATACG
AAGACCTCACAACATCACAGAGAGAAGAAGAAGAGAGAGAGGGGTATGAGATCTCAGAAG
AAGAGTTGATTGATAAATCAATCAATAGAAGCCAAATGTTCCATTCTTCCTCTCTGTCCT
TCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3AO60JQ U 147
AF RR3AW90JQ U 1
AF RR3AW90TF C 15
AF RR3AO60TF C 49
BS 1 509 RR3AW90JQ
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AAAAAAA
AATGTGAATTTGCCAAAGCTTTGAACTCTACTCGTCTTTCATAACCGGCGTCCAAAACAT
AAGCAAACACATTTGTTCTGTTTCAAATCACCTTTAGACTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTT
TCTTTTTCAGTAAGCTGAGGTTGAATGAGGACATGCATAGTGGTGACAGCATCTGAAAGA
TTGGAGACAGGACTCCTGCAGTCTCCAACCGTCTTGTTGTTCTCTAATATTCTACCCGCG
CTTATCAGTTTCACATCTTTCACTGTCTTTGGCCCATTCTCCTTCTCTCGAGGCCATTGA
GCAACCACAGTTTCTTTCAATGCAGCAACGGTTGTAGCATCTGGAAACGATTTAGGACCG
ATATCTGAACCATCGTTTAGACGGAACTTAATCTCTAAGTGATCCTTCTTCACCTCTGCC
ATGTATATATATATATCTCCAAAGAGCCAATCTCTACTCTCACCAAATGACTTAACAAGG
GCAAGAAAAAGTCTATATACCTCCTTTTGCTTCTTCGCTTTCTTTCTTACTTGGTGGGGT
CGCAGCTGATCTAAGTTTGA

QA 8 567 8 567
DS 

RD RR3AW90JQ 786 0 0
AAAATTTCTTAAAGATTCACTCTAGTCTGCAAATTTGAAATGTTATCTATGATTCCACTG
TGTTAAGAATCAGAATTACATTAGAAACCAAATCTCAAGCGACCAAAAAGCC*AATGTTG
CCACACGCACACAAAGAGACTGAAGAAG***AGAATGTGAATTTGCCAAAGCTTTGAACT
CTACTCGTCTTTCATAACCGGCGTCCAAAACATAAGCAGACACATTTGTTCTGTTTCAGA
TCACCTTTAGACTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTCTTTTTCAGTAAGCTGAGGTTGAATG
AGGACATGCATAGTGGTGACAGCATCTGAGAGATTGGAGACAGGACTCCTGCAGTCTCCA
ACCGTCTTGTTGTTCTCTAATATTCTACCCGCGCTTATCAGTTTCACATCTTTCACTGTC
TTTGGCCCATTCTCCTTCTCTCGAGGCCATTGAGCAACCACAGTTTCTTTCAATGCAGCA
ACGGTTGTAGCATCTGGAAACGATTTAGGGCCGATATCTGAACCATCGTTTAGACGGAAC
TTAATCTCTAAGTGATCCTTCTTCACCTCTGCCATGTATATATATATATCTCCAAAGAGC
CAATCTCTACTCTCACCAAATGACTTAACAAGGGCAAGAAAAAGTCTATATACCTCCTTT
TGCTTCTTTGCTTTCTTTCTTACTTGGTGGGGTCGCAGCTGATCTAAGTTTGATGATACG
AAGACCTCACAACATCACAGAGAGAAGAAGAAGAGAGAGAGGGGTATGAGATCTCAGAAG
AAGAGT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3AW90TF 812 0 0
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ATTACATTAGAAACCAAATCTCAAGCGACCAAAAAGCCCAATGTTGCCACACGCACACAA
AGAGACTGAAGAAG***AGAATGTGAATTTGCCAAAGCTTTGAACTCTACTCGTCTTTCA
TAACCGGCGTCCAAAACATAAGCAGACACATTTGTTCTGTTTCAGATCACCTTTAGACTT
CTTCTTCTTCTTCTTCTTTTCTTTTTCAGTAAGCTGAGGTTGAATGAGGACATGCATAGT
GGTGACAGCATCTGAGAGATTGGAGACAGGACTCCTGCAGTCTCCAACCGTCTTGTTGTT
CTCTAATATTCTACCCGCGCTTATCAGTTTCACATCTTTCACTGTCTTTGGCCCATTCTC
CTTCTCTCGAGGCCATTGAGCAACCACAGTTTCTTTCAATGCAGCAACGGTTGTAGCATC
TGGAAACGATTTAGGGCCGATATCTGAACCATCGTTTAGACGGAACTTAATCTCTAAGTG
ATCCTTCTTCACCTCTGCCATGTATATATATATATCTCCAAAGAGCCAATCTCTACTCTC
ACCAAATGACTTAACAAGGGCAAGAAAAAGTCTATATACCTCCTTTTGCTTCTTTGCTTT
CTTTCTTACTTGGTGGGGTCGCAGCTGATCTAAGTTTGATGATACGAAGACCTCACAACA
TCACAGAGAGAAGAAGAAGAGAGAGAGGGGTATGAGATCTCAGAAGAAGAGTTGATTGAT
AAATCAATCAATAGAAGCCAAATGTTCCAT
CC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3AO60TF 798 0 0
ATGATTCCACTGTGTTAAGAATCAGAATTACATTAGAAACCAAATCTCAAGCGACCAAAA
AGCC*AATGTTGCCACACGCACACAAAGAGACTGAAGAAGAAGAGAATGTGAATTTGCCA
AAGCTTTGAACTCTACTCGTCTTTCATAACCGGCGTCCAAAACATAAGCAGACACATTTG
TTCTGTTTCAGATCACCTTTAGACTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTCTTTTTCAGTAAGC
TGAGGTTGAATGAGGACATGCATAGTGGTGACAGCATCTGAGAGATTGGAGACAGGACTC
CTGCAGTCTCCAACCGTCTTGTTGTTCTCTAATATTCTACCCGCGCTTATCAGTTTCACA
TCTTTCACTGTCTTTGGCCCATTCTCCTTCTCTCGAGGCCATTGAGCAACCACAGTTTCT
TTCAATGCAGCAACGGTTGTAGCATCTGGAAACGATTTAGGACCGATATCTGAACCATCG
TTTAGACGGAACTTAATCTCTAAGTGATCCTTCTTCACCTCTGCCATGTATATATATATA
TCTCCAAAGAGCCAATCTCTACTCTCACCAAATGACTTAACAAGGGCAAGAAAAAGTCTA
TATACCTCCTTTTGCTTCTTCGCTTTCTTTCTTACTTGGTGGGGTCGCAGCTGATCTAAG
TTTGATGATACGAAGACCTCACAACATCACAGAGAGAAGAAGAAGAGAGAGAGGGGTATG
AGATCTCAGAAGAAGAGTTGATTGATAAATCAATCAATAGAAGCCAAATGTTCCATTCTT
CCTCTCTGTCCTTCTCCC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 4

CO CL3267Contig1 1053 4 8 U
GGAGTGAGAGACCTAAACCCGATCTGCACCCAAACAAGAAGAAGAAGTGAAGAATGGCGT
CTTCTTCGCTCTCCGTCACGTCTCCGGCTGCTTCCGTCACCCGAACATCATCACACTTAC
CTCTCCCACCAACCTCCCGCCCTCGCAGAGTCTCCTTCCGTCTCTCCGCCAAGCCTAAGC
TCCGCTTCCTCTCCAAGCCTAGTCGCAGTAGCTACCCTGTGGTGAAAACCCAATCTAACC
AGGTTGTTAGCAGTGCCTCATCAAATGCTCATCCAGCTTCTTCATCAACTGATTTAGCTA
CAGAAGAGTCTATCTCTGAGTTTCTTACCCAAGTAACAACTCTTGTCAAGCTTGTTGATT
CGAGGGACATCGTCGAGTTGCAGTTGAAACAACTCGACTGTGAACTTGTCATTCGCAAAA
AGGAAGCCTT*GCCGCAACCCGAGTCCCCTGCACAATATGTTATGATGCAGCAGCTACCA
AACCAATCGTCTTATGTGCAGTCTGTGGCTCCTCCTCCTCCTTCTGCTGCCTCACCAGCA
GCGCCTTCTACTCCTTCCTCTTTGCCTCCACCATCTCCACCTGCTCCAGCTAAATCATCG
CTTCCTACTGTTAAGAGCCCCATGGCGGGCACTTTCTACCGTAGTCCTGGACCTGGCGAA
CCACCCTTTATCAAGGTTGGAGATAAAGTGCAGAAGGGGCAAGTTCTATGCATCGTTGAA
GCTATGAAGTTAATGAATGAAATAGAGTCTGACCAAACGGGAACCGTAGTGGATATCGTT
GCAGAAGATGGCAAACCTGTTAGCCTCGACACTCCTCTGTTTGTGGTTCAACCGTAGAAT
CGGCACCATGAGAAGTGGAGAAAAGAGGCTATTAAAATTCAATCTCTGTGCTTTTTGGTA
AAACTACTTCTTGAGACTCATGTGTCCTCTTCGTTGTTACTGTTGAATCTGTTAGCTTGT
TTTTTTTTGGTTAGTTTGATGAGTGAGTTGGTCACAGAAGATTAGAGCTCTGTACACGAA
TTCTTGGTTCTGTTTTATTGCAATTTTCCTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3C616TF U 58
AF RR3BB33TF U 1
AF RR3C616JQ C 244
AF RR3BB33JQ C 278
BS 1 719 RR3BB33TF
BS 720 720 RR3C616JQ
BS 721 785 RR3BB33TF
BS 786 786 RR3C616JQ
BS 787 816 RR3BB33TF
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BS 864 864 RR3BB33JQ
BS 865 1053 RR3C616JQ

RD RR3C616TF 669 0 0
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TACCTCTCCCACCAACCTCCCGCCCTCGCAGAGTCTCCTTCCGTCTCTCCGCCAAGCCTA
AGCTCCGCTTCCTCTCCAAGCCTAGTCGCAGTAGCTACCCTGTGGTGAAAACCCAATCTA
ACCAGGTTGTTAGCAGTGCCTCATCAAATGCTCATCCAGCTTCTTCATCAACTGATTTAG
CTACAGAAGAGTCTATCTCTGAGTTTCTTACCCAAGTAACAACTCTTGTCAAGCTTGTTG
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CCAAACCAATCGTCTTATGTGCAGTCTGTGGCTCCTCCTCCTCCTTCTGCTGCCTCACCA
GCAGCGCCTTCTACTCCTTCCTCTTTGCCTCCACCATCTCCACCTGCTCCAGCTAAATCA
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GAACCACCCTTTATCAAG*TTGGAGATAA*GTGCAGAAGGGC**AGTTCTATGCATCGTT
GA
GCTATGA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3BB33TF 816 0 0
GGAGTGAGAGACCTAAACCCGATCTGCACCCAAACAAGAAGAAGAAGTGAAGAATGGCGT
CTTCTTCGCTCTCCGTCACGTCTCCGGCTGCTTCCGTCACCCGAACATCATCACACTTAC
CTCTCCCACCAACCTCCCGCCCTCGCAGAGTCTCCTTCCGTCTCTCCGCCAAGCCTAAGC
TCCGCTTCCTCTCCAAGCCTAGTCGCAGTAGCTACCCTGTGGTGAAAACCCAATCTAACC
AGGTTGTTAGCAGTGCCTCATCAAATGCTCATCCAGCTTCTTCATCAACTGATTTAGCTA
CAGAAGAGTCTATCTCTGAGTTTCTTACCCAAGTAACAACTCTTGTCAAGCTTGTTGATT
CGAGGGACATCGTCGAGTTGCAGTTGAAACAACTCGACTGTGAACTTGTCATTCGCAAAA
AGGAAGCCTT*GCCGCAACCCGAGTCCCCTGCACAATATGTTATGATGCAGCAGCTACCA
AACCAATCGTCTTATGTGCAGTCTGTGGCTCCTCCTCCTCCTTCTGCTGCCTCACCAGCA
GCGCCTTCTACTCCTTCCTCTTTGCCTCCACCATCTCCACCTGCTCCAGCTAAATCATCG
CTTCCTACTGTTAAGAGCCCCATGGCGGGCACTTTCTACCGTAGTCCTGGACCTGGCGAA
CCACCCTTTATCAAGGTTGGAGATAAAGTGCAGAAGGGGCAAGTTCTATGCATCGTTGA*
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GCAGA*GATGGCAAACCTGTTAGCCTCGACACTCCT

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3C616JQ 810 0 0
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AAGAGTCTATCTCTGAGTTTCTTACCCAAGTAACAACTCTTGTCAAGCTTGTTGATTCGA
GGGACATCGTCGAGTTGCAGTTGAAACAACTCGACTGTGAACTTGTCATTCGCAAAAAGG
AAGCCTT*GCCGCAACCCGAGTCCCCTGCACAATATGTTATGATGCAGCAGCTACCAAAC
CAATCGTCTTATGTGCAGTCTGTGGCTCCTCCTCCTCCTTCTGCTGCCTCACCAGCAGCG
CCTTCTACTCCTTCCTCTTTGCCTCCACCATCTCCACCTGCTCCAGCTAAATCATCGCTT
CCTACTGTTAAGAGCCCCATGGCGGGCACTTTCTACCGTAGTCCTGGACCTGGCGAACCC
CCCTTTATCAAGGTTGGAGATAAAGTGCAGAAGGGGCAAGTTCTATGCATCGTTGAAGCT
ATGAAGTTAATGAATGAAATAGAGTCTGACCAAACGGGAACCGTAGTGGATATCGTTGCA
GAAGATGGCAAACCTGTTAGCCTCGACACTCCTCTGTTTGTGGTTCAACCGTAGAATCGG
CACCATGAGAAGTGGAGAAAGGAGGCTATTAAAATTCAATCTCTGTGCTTTTTGGTAAAA
CTACTTCTTGAGACTCATGTGTCCTCTTCGTTGTTACTGTTGAATCTGTTAGCTTGTTTT
TTTTTGGTTAGTTTGATGAGTGAGTTGGTCACAGAAGATTAGAGCTCTGTACACGAATTC
TTGGTTCTGTTTTATTGCAATTTTCCTACC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3BB33JQ 776 0 0
TTCTTCATCAACTGATTTAGCTACAGAAGAGTCTATCTCTGAGTTTCTTACCCAAGTAAC
AACTCTTGTCAAGCTTGTTGATTCGAGGGACATCGTCGAGTTGCAGTTGAAACAACTCGA
CTGTGAACTTGTCATTCGCAAAAAGGAAGCCTT*GCCGCAACCCGAGTCCCCTGCACAAT
ATGTTATGATGCAGCAGCTACCAAACCAATCGTCTTATGTGCAGTCTGTGGCTCCTCCTC
CTCCTTCTGCTGCCTCACCAGCAGCGCCTTCTACTCCTTCCTCTTTGCCTCCACCATCTC
CACCTGCTCCAGCTAAATCATCGCTTCCTACTGTTAAGAGCCCCATGGCGGGCACTTTCT
ACCGTAGTCCTGGACCTGGCGAACCACCCTTTATCAAGGTTGGAGATAAAGTGCAGAAGG
GGCAAGTTCTATGCATCGTTGAAGCTATGAAGTTAATGAATGAAATAGAGTCTGACCAAA
CGGGAACCGTAGTGGATATCGTTGCAGAAGATGGCAAACCTGTTAGCCTCGACACTCCTC
TGTTTGTGGTTCAACCGTAGAATCGGCACCATGAGAAGTGGAGAAAAGAGGCTATTAAAA
TTCAATCTCTGTGCTTTTTGGTAAAACTACTTCTTGAGACTCATGTGTCCTCTTCGTTGT
TACTGTTGAATCTGTTAGCTTGTTTTTTTTTGGTTAGTTTGATGAGTGAGTTGGTCACAG
AAGATTAGAGCTCTGTACACGAATTCTTGGTTCTGTTTTATTGCAATTTTCCTACC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 4

CO CL3268Contig1 1162 4 5 U
GGAAAATAACATTTCAAACTTTAATTTTTTTTAAAAGGTTTATCTCATTCCGCGCTGAAT
ACACAACAACCATCATAACACTCGCACAATAACACTTACAAGACTACTAAATACAGACAT
GGTTCTATATGTATTTTCTTTACAATGTTTTTAAGGGTTTAAAAAAGAGCTGCCTTCTTT
GATAAGCACAAAGATGCTTCCACCATCCCCTCTCGAGATCCGAAGGTCTTTGTCGAGATA
AGTAGTAAGCAGCCACGACTGCGCTCTGTCTGCAGGCAAAAAAAATTTCAACGGGGGTTG
GCTTGAAATGGTTCTAGCCACTGAAAAAGCCGTGTCCTGGACGGACGTGAGTAATCCTCT
AATGGGGTTGAAATCGATCTTCTGACCAAAAACCTCCACGAACTCAGGGATCTCTATCGA
ATCCGTTAGCTGAGGAGTCCCGATAACACCTTGCTCAAACTTGATCTGGACGCGTTTAGG
ACTCTGGACTTCGAACTTAGCGTTGGTGCTAAACGATGTCGTGGCAAGGGGACCAGCGAA
CCGGACAGAGTTTTGTACAGTGAAGCTGTCGGAGTCAATGGTTTGTGAGATCTCGTCCGC
TTTGACCAACGGTGAGATTCTGCGTGAGAGCAACGGGAACAGACCAACGAACGATGTGTA
AGCGAGAATCCATTTGCCGCTGAGGAGAAACAGAGCTTCGTTCGGTGCTGGGTTAGGGTT
GTTGGACTCGAGCTGCGTGATCAGCTCACTGATCTCGGCTCTGGTCTCGCTCGATGCGCT
AAGACCTCGATCTGTTCCGTACAAAGAATCCGCTAGCAATCTCTTTAGCCGCTCCGTCTC
CTCCACGGATTCAATCGCTTCTTCTGCTACTTTCTCGGCCACCGATACGTTAGAGCCTCT
ATCCGACGCATCAGGACCCCACTCGTCATTGACGTCGCTAACTCGGACCTTGAAATCCGG
CCGATGGACAGTGGTTCTAACCTCCGACCGCCGGTTGATTGGATTTACCGGCACTAGAGT
CGGAGATTTTGGTTGGAGTTTAGAGTTGGAGGAGCTTGGAGATAGAATTTTGCATGGAAA
CTGGGTGAACAGAGGTACCGTCGCCATTTTCGTGTGTGTCTCTCTCTCACTTTGTTTTCT
TAACAGCAAGCAATGAATGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3FE05JQ U 1
AF RR3CL57JQ U 8
AF RR3CL57TF C 429
AF RR3FE05TF C 455
BS 1 532 RR3FE05JQ
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BS 820 833 RR3CL57JQ
BS 834 1162 RR3CL57TF

RD RR3FE05JQ 532 0 0
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ACACAACAACCATCATAACACTCGCACAATAACACTTACAAGACTACTAAATACAGACAT
GGTTCTATATGTATTTTCTTTACAATGTTTTTAAGGGTTTAAAAAAGAGCTGCCTTCTTT
GATAAGCACAAAGATGCTTCCACCATCCCCTCTCGAGATCCGAAGGTCTTTGTCGAGATA
AGTAGTAAGCAGCCACGACTGCGCTCTGTCTGCAGGCAAAAAAAATTTCAACGGGGGTTG
GCTTGAAATGGTTCTAGCCACTGAAAAAGCCGTGTCCTGGACGGACGTGAGTAATCCTCT
AATGGGGTTGAAATCGATCTTCTGACCAAAAACCTCCACGAACTCAGGGATCTCTATCGA
ATCCGTTAGCTGAGGAGTCCCGATAACACCTTGCTCAAACTTGATCTGGACGCGTTTAGG
ACTCTGGACTTCGAACTTAGCGTTGGTGCTAAACGATGTCGTGGCAAGGGGA

QA 1 532 1 532
DS 

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AACCATCATAACACTCGCACAATAACACTTACAAGACTACTAAATACAGACATGGTTCTA
TATGTATTTTCTTTACAATGTTTTTAAGGGTTTAAGAGAGAGCTGCCTTCTTTGATAAGC
ACAAAGATGCTTCCACCATCGCCTCTCGAGATCCGAAGGTCTTTGTCGAGATAAGTAGTA
AGCAGCCACGACTGCGCTCTGTCTGCAGGCAAAGAGAATTTCAACGGTGGTTGGCTTGAA
ATGGTTCTAGCCACTGAAGAAGCCGTGTCCTGGACGGACGTGAGTAATCCTCTAATGGGG
TTGAGATCGATCTTCTGACCAAGAACCTCCACGAACTCAGGGATCTCTATCGAATCCGTT
AGCTGAGGAGTCCCGATAACACCTTGCTCAAACTTGATCTGGACGCGTTTAGGACTCTGG
ACTTCGAACTTAGCGTTGGTGCTAAACGATGTCGTGGCAAGGGGACCAGCGAACCGGACA
GAGTTTTGTACAGTGAAGCTGTCGGAGTCAATGGTTTGTGAGATCTCGTCCGCTTTGACC
AACGGTGAGATTCTGCGTGAGAGCAACGGGAACAGACCAACGAACGATGTGTAAGCGAGA
ATCCATTTGCCGCTGAGGAGAAACAGAGCTTCGTTCGGTGCTGGGTTAGGGTTGTTGGAC
TCGAGCTGCGTGATCAGCTCACTGATCTCGGCTCTGGTCTCGCTCGATGCGCTAAGACCT
CGATCTGTTCCGTACAAAGAATCCGCTAGCA*TCTCTTTAGCCGCT

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CTTCGAACTTAGCGTTGGTGCTAAACGATGTCGTGGCAAGGGGACCAGCGAACGGGACAG
AGTTTTGTACAGTGAAGCTGTCGGAGTCAATGGTTTGTGAGATCTCGTCCGCTTTGACCA
ACGGTGAGATTCTGCGTGAGAGCAACGGGAACAGACCAACGAACGATGTGTAAGCGAGAA
TCCATTTGCCGCTGAGGAGAAACAGAGCTTCGTTCGGTGCTGGGTTAGGGTTGTTGGACT
CGAGCTGCGTGATCAGCTCACTGATCTCGGCTCTGGTCTCGCTCGATGCGCTAAGACCTC
GATCTGTTCCGTACAAAGAATCCGCTAGCAATCTCTTTAGCCGCTCCGTCTCCTCCACGG
ATTCAATCGCTTCTTCTGCTACTTTCTCGGCCACCGATACGTTAGAGCCTCTATCCGACG
CATCAGGACCCCACTCGTCATTGACGTCGCTAACTCGGACCTTGAAATCCGGCCGATGGA
CAGTGGTTCTAACCTCCGACCGCCGGTTGATTGGATTTACCGGCACTAGAGTCGGAGATT
TTGGTTGGAGTTTAGAGTTGGAGGAGCTTGGAGATAGAATTTTGCATGGAAACTGGGTGA
ACAGAGGTACCGTCGCCATTTTCGTGTGTGTCTCTCTCTCACTTTGTTTTCTTAACAGCA
AGCAATGAATGCCC

QA 1 734 1 734
DS 

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CTC
AACTTGATCTGGACGCGTTTAGGACTCTGGACTTCGAACTTAGCGTTGGTGCTAAACGAT
GTCGTGGCAAGGGGACCAGCGAACCGGACAGAGTTTTGTACAGTGAAGCTGTCGGAGTCA
ATGGTTTGTGAGATCTCGTCCACTTTGACCAACGGTGAGATTCTGCGTGAGAGCAACGGG
AACAGACCAACGAACGATGTGTAAGCGAGAATCCATTTGCCGCTGAGGAGAAACAGAGCT
TCGTTCGGTGCTGGGTTAGGGTTGTTGGACTCGAGCTGCGTGATCAGCTCACTGATCTCG
GCTCTGGTCTCGCTCGATGCGCTAAGACCTCGATCTGTTCCGTACAAAGAATCCGCTAGC
AATCTCTTTAGCCGCTCCGTCTCCTCCACGGATTCAATCGCTTCTTCTGCTACTTTCTCG
GCCACCGATACGTTAGAGCCTCTATCCGACGCATCAGGACCCCACTCGTCATTGACGTCG
CTAACTCGGACCTTGAAATCCGGCCGATGGACAGTGGTTCTAACCTCCGACCGCCGGTTG
ATTGGATTTACCGGCACTAGAGTCGGAGATTTTGGTTGGAGTTTAGAGTTGGAGGAGCTT
GGAGATAGAATTTTGCATGGAAACTGGGTGAACAGAGGTACCGTCGCCATTTTCGTGTGT
GTCTCTCTCTCACTTTGTTTTCTTAACAGCAAGCAATGAAT
CC

QA 4 704 4 704
DS 



AS 1 4

CO CL3269Contig1 735 4 14 U
CTCCGGTAGCCGGTGGCTTCGCCGCCGGTTACTGATTCCCTTTTGCTTTGTAAATTAAAT
AAAACTTTCGATCTGTTGATCGATTTTAGTTTCTTCCGGTAGCGGATCTCTTTTTCCCTT
GGAGATTTTGTTTGTGTTTTAAATCCGTTTTTCTCTTTTCCTAATCTTTATATATATCCT
GTTTGATCTTGGGAGATTTTAATCTATTCAAAAGTTATGCATGATTTTTTATTCAGCAGA
GGAATCAATCTTCGCCTCCAATAACGAGCGGAGTATCCAAAGCTGATAAAAGTCGAATTG
TTTGATTAAGCGAAGGAGACGGAAAGCGGTTTCAGATTGGCTGGAGTTTTCTTTTTGAAA
ACGTTCTGGCAAGACTCTGCGTTTCATCTCTTTAAAGCTTCTCACTGCGTTTAACACTGG
CGATGGATGATGAATCTGAAAAGATCAACGGCGAATCGGAAAGGTGGAGCGGTCAAGCGG
CTTCAACTAAACGGAGAAAGTGATTCACGGTTTTCGATCCGGCAGAGATCCGGCGTCACC
GCCGATGCTTCCTCCGATTCCAGAAAGGTCTAGCCACATCAAAGAGCACGCGTCGAGCAT
GCATTTTAGTTATTGTTTAGATAACACGTGCAATTTTTTGAAGTAAAGACTGGGCTGAAA
TCTTGTAAGGTGGGGTTAAATCCGTTTGTAATTGGGCTTAAAGCCTTTTAAGCTTAATGA
TAAGCACAGTTGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3H565TF U 40
AF RR3H565JQ C 1
AF RR3FW34TF U 40
AF RR3FW34JQ C 43
BS 1 42 RR3H565JQ
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RD RR3H565TF 623 0 0
TTT
TTGCTTTGTAAATTAAATAAAACTTTCGATCTGTTGATCGATTTTAGTTTCTTCCGGTAG
CGGATCTCTTTTTCCCTTGGAGATTTTGTTTGTGTTTTAAATCCGTTTTTCTCTTTTCCT
AATCTTTATATATATCCTGTTTGATCTTGGGAGATTTTAATCTATTCAAAAGTTATGCAT
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CTGATAAAAGTCGAATTGTTTGATTAAGCGAAGGAGACGGAAAGCGGTTTCAGATTGGCT
GGAGTTTTCTTTTTGAAAACGTTCTGGCAAGACTCTGCGTTTCATCTCTTTAAAGCTTCT
CACTGCGTTTAACACTGGCGATGGATGATGAATCTGAAAAGATCAACGGCGAATCGGAAA
GGTGGAGCGGTCAAGCGGCTTCAACTAAACGGAGAAAGTGATTCACGGTTTTCGATCCGG
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AGAGCACGTGTCGAGCATGCATTTTAGTTATTGTT*AGATA*CACGTGTAATTTTTTGAA
GTAAAGACTGGGCTGAA
TCT

QA 4 620 4 620
DS 

RD RR3H565JQ 734 0 0
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AAAACTTTCGATCTGTTGATCGATTTTAGTTTCTTCCGGTAGCGGATCTCTTTTTCCCTT
GGAGATTTTGTTTGTGTTTTAAATCCGTTTTTCTCTTTTCCTAATCTTTATATATATCCT
GTTTGATCTTGGGAGATTTTAATCTATTCAAAAGTTATGCATGATTTTTTATTCAGCAGA
GGAATCAATCTTCGCCTCCAATAACGAGCGGAGTATCCAAAGCTGATAAAAGTCGAATTG
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ACGTTCTGGCAAGACTCTGCGTTTCATCTCTTTAAAGCTTCTCACTGCGTTTAACACTGG
CGATGGATGATGAATCTGAAAAGATCAACGGCGAATCGGAAAGGTGGAGCGGTCAAGCGG
CTTCAACTAAACGGAGAAAGTGATTCACGGTTTTCGATCCGGCAGAGATCCGGCGTCACC
GCCGATGCTTCCTCCGATTCCAGAAAGGTCTAGCCACATCAAAGAGCACGTGTCGAGCAT
GCATTTTAGTTATTGTTTAGATAACACGTGTAATTTTTTGAAGTAAAGACTGGGCTGAAA
TCTTGTAAGGTGGGGTTAAATCCGTTTGTAATTGGGCTTAAAGCCTTTTAAGCTTAATGA
TAAGCACAGTTGAC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3FW34TF 696 0 0
TTT
TTGCTTTGTAAATTAAATAAAACTTTCGATCTGTTGATCGATTTTAGTTTCTTCCGGTAG
CGGATCTCTTTTTCCCTTGGAGATTTTGTTTGTGTTTTAAATCCGTTTTTCTCTTTTCCT
AATCTTTATATATATCCTGTTTGATCTTGGGAGATTTTAATCTATTCAAAAGTTATGCTT
GATTTTTTATTCAGTAGAGGAATCAATCTTCGCCTCCAATAACGAGCGGAGTATCCAAAG
CTGATAAAAGTCGAATTGTTTGATTAAGCGAAGGAGACGGAAAGCGGTTTCAGATTGGCT
GGAGTTTTCTTTTTGAAAACGTTCTGGCAAGACTCTGCGTTTCATCTCTTTAAAGCTTCT
CACTGCGTTTAACACTGGCGATGGATGATGAATCTGAAAAGATCAACGGCGAATCGGAAA
GGTGGAGCGGTCAAGCGGCTTCAACTAAACGGAGAAAGTGATTCACGGTTTTCGATCCGG
TAGAGATCCGGCGTCACCGCCGATGCTTCCTCCGATTCCAGAAAGGTCTAGCCACATCAA
AGAGCACGCGTCGAGCATGCATTTTAGTTATTGTTTAGATAACACGTGCAATTTTTTGAA
GTAAAGACTGGGCTGAAATCTTGTAAG*TGGGGTTAAATCCGTTTGTAATTGGGCTTAAA
GCCTTTTAAGCTTAATGATAAGCACAGTTGAC
G

QA 4 695 4 695
DS 

RD RR3FW34JQ 693 0 0
TTGCTTTGTAAATTAAATAAAACTTTCGATCTGTTGATCGATTTTAGTTTCTTCCGGTAG
CGGATCTCTTTTTCCCTTGGAGATTTTGTTTGTGTTTTAAATCCGTTTTTCTCTTTTCCT
AATCTTTATATATATCCTGTTTGATCTTGGGAGATTTTAATCTATTCAAAAGTTATGCTT
GATTTTTTATTCAGTAGAGGAATCAATCTTCGCCTCCAATAACGAGCGGAGTATCCAAAG
CTGATAAAAGTCGAATTGTTTGATTAAGCGAAGGAGACGGAAAGCGGTTTCAGATTGGCT
GGAGTTTTCTTTTTGAAAACGTTCTGGCAAGACTCTGCGTTTCATCTCTTTAAAGCTTCT
CACTGCGTTTAACACTGGCGATGGATGATGAATCTGAAAAGATCAACGGCGAATCGGAAA
GGTGGAGCGGTCAAGCGGCTTCAACTAAACGGAGAAAGTGATTCACGGTTTTCGATCCGG
TAGAGATCCGGCGTCACCGCCGATGCTTCCTCCGATTCCAGAAAGGTCTAGCCACATCAA
AGAGCACGCGTCGAGCATGCATTTTAGTTATTGTTTAGATAACACGTGCAATTTTTTGAA
GTAAAGACTGGGCTGAAATCTTGTAAGGTGGGGTTAAATCCGTTTGTAATTGGGCTTAAA
GCCTTTTAAGCTTAATGATAAGCACAGTTGACG

QA 1 693 1 693
DS 



AS 2 4

CO CL3270Contig1 726 2 4 U
GTGATCTTGATGATCTCATGGATGATCCAGAGCTAGAAAAGTTGCACGCTGATAGGATTG
CTGCACTCAAGAGAGAAGTTGAGAAGAGAGAAGCGTCCAAAAGACAAGGACATGGTGAAT
ATCGAGAGGTAACCGAGGGTGATTTCTTGGGGGAAGTCACCACGAGTCCCAAAGTTATTT
GTCATTTCTACCACAAGGAGTTTTACCGCTGCAAGATTATGGACAAGCATCTCAAGACTC
TTGCCCCTAGACATGCTGACACTAAGTTCATTAGAGTTGATGCAGAGAATGCTCCTTTCT
TTTTCACGAAGCTAGCAATAAAGACCTTGCCTTGCGTTTTGCTTTTCAGCAAGGGAATAG
CGATGGATAGGCTTGTTGGGTTCCAGGATCTTGGCACAAAGGACGATTTCACCACTACCA
AACTGGAGAACGTTCTGGTTAAAAAAGCAAGAAGAAGAAAGAGGAAGATGATGAAGATGC
TGAATACCAAGAGAGCATAAGGCGTTCGGTTAGGTCTTCAGAGAATCTGGACTCTGACTC
TGACTGATCAACCAAACCAGCTTACCTCACAGATTTTTGCATTGCCGCTTGTCTCTGCTT
TGCCTTTTGCTCTTTTGTTATATGTTACTAGAAAAGGAAATTTCGACATATTATCCAAAC
TGTTAAATGCTACATGACTTTGTATGTTTATTGTTGCTGACACATAAAAATTCGAACGGT
TTGCTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 

AF RR3DV40JQ C 1
AF RR3DV40TF U 1
BS 1 1 RR3DV40JQ
BS 2 709 RR3DV40TF
BS 710 710 RR3DV40JQ
BS 711 726 RR3DV40TF

RD RR3DV40JQ 726 0 0
GTGATCTTGATGATCTCATGGATGATCCAGAGCTAGAAAAGTTGCACGCTGATAGGATTG
CTGCACTCAAGAGAGAAGTTGAGAAGAGAGAAGCGTCCAAAAGACAAGGACATGGTGAAT
ATCGAGAGGTAACCGAGGGTGATTTCTTGGGGGAAGTCACCACGAGTCCCAAAGTTATTT
GTCATTTCTACCACAAGGAGTTTTACCGCTGCAAGATTATGGACAAGCATCTCAAGACTC
TTGCCCCTAGACATGCTGACACTAAGTTCATTAGAGTTGATGCAGAGAATGCTCCTTTCT
TTTTCACGAAGCTAGCAATAAAGACCTTGCCTTGCGTTTTGCTTTTCAGCAAGGGAATAG
CGATGGATAGGCTTGTTGGGTTCCAGGATCTTGGCACAAAGGACGATTTCACCACTACCA
AACTGGAGAACGTTCTGGTTAAAAAAGCAAGAAGAAGAAAGAGGAAGATGATGAAGATGC
TGAATACCAAGAGAGCATAAGGCGTTCGGTTAGGTCTTCAGAGAATCTGGACTCTGACTC
TGACTGATCAACCAAACCAGCTTACCTCACAGATTTTTGCATTGCCGCTTGTCTCTGCTT
TGCCTTTTGCTCTTTTGTTATATGTTACTAGAAAAGGAAATTTCGACATATTATCCAAAC
TGTTAAATGCTACATGACTTTGTATGTTTATTGTTGCTGACACATAAAAATTCGAACGGT
TTGCTT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3DV40TF 726 0 0
G
TGATCTTGATGATCTCATGGATGATCCAGAGCTAGAAAAGTTGCACGCTGATAGGATTGC
TGCACTCAAGAGAGAAGTTGAGAAGAGAGAAGCGTCCAAAAGACAAGGACATGGTGAATA
TCGAGAGGTAACCGAGGGTGATTTCTTGGGGGAAGTCACCACGAGTCCCAAAGTTATTTG
TCATTTCTACCACAAGGAGTTTTACCGCTGCAAGATTATGGACAAGCATCTCAAGACTCT
TGCCCCTAGACATGCTGACACTAAGTTCATTAGAGTTGATGCAGAGAATGCTCCTTTCTT
TTTCACGAAGCTAGCAATAAAGACCTTGCCTTGCGTTTTGCTTTTCAGCAAGGGAATAGC
GATGGATAGGCTTGTTGGGTTCCAGGATCTTGGCACAAAGGACGATTTCACCACTACCAA
ACTGGAGAACGTTCTGGTTAAAAAAGCAAGAAGAAGAAAGAGGAAGATGATGAAGATGCT
GAATACCAAGAGAGCATAAGGCGTTCGGTTAGGTCTTCAGAGAATCTGGACTCTGACTCT
GACTGATCAACCAAACCAGCTTACCTCACAGATTTTTGCATTGCCGCTTGTCTCTGCTTT
GCCTTTTGCTCTTTTGTTATATGTTACTAGAAAAGGAAATTTCGACATATTATCCAAACT
GTTAAATGCTACATGACTTTGTATGTTTATTGTTGCTGACACATAAAA*TTCGAACGGTT
TGCTT

QA 2 726 2 726
DS 



CO CL3270Contig2 963 2 2 U
GGGCTTCAGATTTGAAATTGAAGGCAATAAGAAACACTCCAATTTCGGATTGCTCACTCT
GTTTATAATTTATGAACCAGTAAGAAAAATCTCGGAGGAGCGTAGATATCTTTTTTGGGG
GGGGGGCACTAAAGATGGATCCGGATGCAGTAAAGTCGACACTCTCGAGTCTGGCCTTCG
GAAACGTATTGGCTGCAGCTGCTAGAGATTACAAAAAGGAAGTTCTTGCAAATGAGAAGG
CGCAATCATCGAATCATGTGAATGAGGAGGTTGATCTTGATGATCTCATGGATGATCCAG
AGCTAGAAAAGTTGCACGCTGATAGGATTGCTGCACTCAAGAGAGAAGTTGAGAAGAGAG
AAGCGTTCAAAAGACAAGGACATGGTGAATATCGAGAGGTAACCGAGGGTGATTTCTTGG
GGGAAGTCACCACGAGTCCCAATGTTATTTGTCATTTCTACCACAAGGAGTTTTACCGCT
GCAAGATTATGGACAAGCATCTGAAGACTCTTGCCCCTAGACATGTGGACACTAAGTTCA
TTAGAGTTGACGCAGAGAATGCTCCTTTCTTTGTCACGAAACTAGCAATAAAGACCTTGC
CTTGCGTTTTGCTTTTCAGCAAGGGAATTGCGATAGATAGGCTTGTTGGGTTCCAGGATC
TTGGCACAAAGGATGATTTCACCACTACCAAATTGGAGAACGTTCTGATTAAAAAAGGAA
TGCTCAGCAAGAAGAAGAAAGAGGAAGATGATGAAGATGCTGAATACCAAGAGAGCATAA
GGCGTTCGGTTAGGTCTTCAGAGAATCTGGACTCTGACTCTGACTGATCAACCAGCTTTA
CCTCACAGATTTTTGCATTGCTGCTTGTTTCTGCTTTGCCTTTTGCTCTTTTGTTATATG
TTACTAGAAAAGGACATTTCGACATATTATCCCAACTGTTAAATGCTACATGACTTTGTA
TGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3EO53TF U 1
AF RR3EO53JQ C 258
BS 1 667 RR3EO53TF
BS 668 963 RR3EO53JQ

RD RR3EO53TF 667 0 0
GGGCTTCAGATTTGAAATTGAAGGCAATAAGAAACACTCCAATTTCGGATTGCTCACTCT
GTTTATAATTTATGAACCAGTAAGAAAAATCTCGGAGGAGCGTAGATATCTTTTTTGGGG
GGGGGGCACTAAAGATGGATCCGGATGCAGTAAAGTCGACACTCTCGAGTCTGGCCTTCG
GAAACGTATTGGCTGCAGCTGCTAGAGATTACAAAAAGGAAGTTCTTGCAAATGAGAAGG
CGCAATCATCGAATCATGTGAATGAGGAGGTTGATCTTGATGATCTCATGGATGATCCAG
AGCTAGAAAAGTTGCACGCTGATAGGATTGCTGCACTCAAGAGAGAAGTTGAGAAGAGAG
AAGCGTTCAAAAGACAAGGACATGGTGAATATCGAGAGGTAACCGAGGGTGATTTCTTGG
GGGAAGTCACCACGAGTCCCAATGTTATTTGTCATTTCTACCACAAGGAGTTTTACCGCT
GCAAGATTATGGACAAGCATCTGAAGACTCTTGCCCCTAGACATGTGGACACTAAGTTCA
TTAGAGTTGACGCAGAGAATGCTCCTTTCTTTGTCACGAAACTAGCAATAAAGACCTTGC
CTTGCGTTTTGCTTTTCAGCAAGGGAATTGCGATAGATAGGCTTGTTGGGTTCCAGGATC
TTGGCAC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3EO53JQ 706 0 0
GTGAATGAGGAGGTTGATCTTGATGATCTCATGGATGATCCAGAGCTAGAAAAGTTGCAC
GCTGATAGGATTGCTGCACTCAAGAGAGAAGTTGAGAAGAGAGAAGCGTTCAAAAGACAA
GGACATGGTGAATATCGAGAGGTAACCGAGGGTGATTTCTTGGGGGAAGTCACCACGAGT
CCCAATGTTATTTGTCATTTCTACCACAAGGAGTTTTACCGCTGCAAGATTATGGACAAG
CATCTGAAGACTCTTGCCCCTAGACATGTGGACACTAAGTTCATTAGAGTTGACGCAGAG
AATGCTCCTTTCTTTGTCACGAAACTAGCAATAAAGACCTTGCCTTGCGTTTTGCTTTTC
AGCAAGGGAATTGCGATAGATAGGCTTGTTGGGTTCCAGGATCTTGGCACAAAGGATGAT
TTCACCACTACCAAATTGGAGAACGTTCTGATTAAAAAAGGAATGCTCAGCAAGAAGAAG
AAAGAGGAAGATGATGAAGATGCTGAATACCAAGAGAGCATAAGGCGTTCGGTTAGGTCT
TCAGAGAATCTGGACTCTGACTCTGACTGATCAACCAGCTTTACCTCACAGATTTTTGCA
TTGCTGCTTGTTTCTGCTTTGCCTTTTGCTCTTTTGTTATATGTTACTAGAAAAGGACAT
TTCGACATATTATCCCAACTGTTAAATGCTACATGACTTTGTATGC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 4

CO CL3271Contig1 990 4 9 U
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AAAAATGTCGGCAGCAGAGGCAGAGAACATCCCCACCAACGTCTCCTCAGGAGATGCTAA
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GAAGAAGAAGAAAGCTTCCTCTCCGCCATCTCACCCTAAATACGAAGAGATGATTAAAGA
TGCAATCACGACGTTGAAGGAGAGGACCGGATCCAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTCAT
CGAGGAGAAGGAGAAGTCTCTTCCAACTACCTTCAGGAAGCTTCTCCTCGTCAATCTCAA
GAGGCTCGTCGCTGCTGAGAAGTTGGTTAAGGTGAAAGGATCTTTCAAACTTCCCTCTGC
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ATCTAAACCGAAGGCTCCGGTTAAAGCTAAACCGGCAGCTAAAGAAACTAAGAAGACTGC
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CGCTGTGTCCAAGACTGCGGCTAAGCCTAA*GGGTAAGGAGAGACCTGCGAAAGCGGCGA
GGACTTCGAGTAGAACGTCTCCGGGGAAGAAGGCTGCTGCTCCGGCTAAGAAAGATGTGG
CTGTGGCTAAGAAGAAGAAGGCTCCGGTTAAGAGTGCGAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTT
CTACGAGGACGGTTAAGAAGTGAAGATGATTTGGTGGTTTTATAGGATATGGTGGTGGTT
TAGCTTCTTTAGGATAGTCTTGTATAATTGAATCATCTTTGAAGGGGCTTTGCTTTTCCA
TAGTTTTTTTATTTTTAACTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCTTGTTCTTGTAATTTTTTT
TTGGTTTGTCTGAAATGAAGCCTTTTAAGC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3AB46TF U 1
AF RR3G320TF U 1
AF RR3AB46JQ C 71
AF RR3G320JQ C 245
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QA 1 735 1 735
DS 

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GC
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QA 3 763 3 763
DS 

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QA 1 920 1 920
DS 

RD RR3G320JQ 746 0 0
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AAACCGAAGGCTCCGGTTAAAGCTAAACCGGCAGCTAAAGAAACTAAGAAGACTGCCGAT
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GTGTCCAAGACTGCGGCTAAGCCTAA*GGGTAAGGAGAGACCTGCGAAAGCGGCGAGGAC
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GGCTAAGAAGAAGAAGGCTCCGGTTAAGAGTGCGAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCTGC
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TTTTTTATTTTTAACTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCTTGTTCTTGTAATTTTTTTTTGG
TTTGTCTGAAATGAAGCCTTTTAA
TC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 3

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GAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGGCGAGATGGGGAAGGGTTCTAAGAGTTCAAGGAAGGG
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CGTCCAGAAATCTCACGACCTCCCGGTAAAACGTAAGATTGAGAAGAACAGAGAGAAAGT
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AGTAGAAGTTGATCCTGCAGGATGCTCATACAACCCTACAGCTGAAAGTCACGAGGATAT
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GCCTGTTCCCTTGACTATCGATGGAAACAACAACATCGAAGACGAGGCTGGTCTCCTGAG
CGTATGCAATAGAATAATCAATGGAAAGAGTACCTACTTTCTTGGTGTGGACAATGGTAG
CGAAGGTGAAGAAGAGGAAGCTGACGCTGCAAATGAAGTGTCTGAAGCTGGGAATAAAAC
CGCAAGAACCACAAAGAGGGTGACACGTGTGGTGTTGAACAAGCGAGCTAGACAAAAGGC
GCTACGAGAAGAGGAGACAAAGGAGAAGCATAAAGAGAAGTTATCAAAGGAGATTGACAG
CTTGCCCAAAATAATAAAAGAAATAGCCGAAGAAGATAAGGAGAAACTGAACAAAAAGAT
AAGACCGACCATTGCTAAGGAGGAAGTGCTTAAGATACGTCCTCCTCGTTTGGGAAAGCA
CAAGTATGAGGCTCCTCCTGTTCAAGTCCTCTTAACAGAAGAGATGACCGGTTCACTTCG
TAAGCTCAAGGCGTGTTGCACACTTGCGAGAGATAGATTCAAGAGCCTTGAGAAGCGAGG
AATACTTGTTCCATCAAAGACCATTAGAAGGAACTAGGAAGGAACTCTTCTCACTTTGAA
AAAAAAAGCTTTTTGATGCTGATACTGTCTCAATAGACAACTCATATGTGTTTAACGTTA
AGTTTGGTTTTATTATTGTTATAAATTGTGAGTTTGGGAGGAGAACAAAAAGATGCTGCT
ACCTATTCTCATAATGTCACAAACATGTTCTTCAGTCATTTCTTGATTCAATCTACGGAT
GATTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX55TF U 1
AF RR3AQ22TF U 41
AF RR3AQ22JQ C 664
BS 1 214 RR3CX55TF
BS 215 215 RR3AQ22TF
BS 216 349 RR3CX55TF
BS 350 350 RR3AQ22TF
BS 351 516 RR3CX55TF
BS 517 517 RR3AQ22TF
BS 518 753 RR3CX55TF
BS 754 754 RR3AQ22TF
BS 755 773 RR3CX55TF
BS 774 774 RR3AQ22TF
BS 775 785 RR3CX55TF
BS 786 1448 RR3AQ22JQ

RD RR3CX55TF 786 0 0
TCCTTCCTCCTCTTTGAACACCAAACCAATCTTCACGCCGCCGAGAGAAACCGACACAGA
GAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGGCGAGATGGGGAAGGGTTCTAAGAGTTCAAGGAAGGG
TAAAAAAGCATGGAGAGCTAACATAAGCACCGAGGACATCGAAGACTTCTTCGACAAAAC
CACCAAAGACGCTCTCTCCGGTGGCAATCTCTCC*CCGCTCCCAGCGAGAACCTCTTCCG
CGTCCAGAAATCTCACGACCTCCCGGTAAAACGTAAGATTGAGAAGAACAGAGAGAAAGT
GCTTCGGTGTGACAGTGTTTTAAAGAAGAACCCATTTGTCCAGGTGGTGTCATCTTCCAA
GCCCAAGTCAAAGATCAGTAAGAAGAAGAAGACAAGCGCTGTAGAAAGCAAACCACCTAA
ACAAGCTCAAAATAATGTTGATGATGATTCTGTAATGATGGACTTGTGGGGCGATGATCA
TAAAGGAGAACATGAGAGCAACCCTAGAAAGATTTGTAAAACGAATTCGACTATTCCGGC
AGTAGAAGTTGATCCTGCAGGATGCTCATACAACCCTACAGCTGAAAGTCACGAGGATAT
GTTGGCTGAAGCAGTTGCTCAAGAAATGCAGAAAGTTTACAAAACCGAGTTAGGACCTGA
GCCTGTTCCCTTGACTATCGATGGAAACAACAACATCGAAGACGAGGCTGGTCTCCTGAG
CGTATGCAATAGAATAATCAATGGAAAGAGTAC*TACTTTCTTGGTGTGGACA*TGGTAG
CGAAG
T

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3AQ22TF 752 0 0
CCGAGAGAAACCGACACAGAGAGAAAGAGAGATAGAGAGAGAGGCGAGATGGGGAAGGGT
TCTAAGAGTTCAAGGAAGGGTAAAAAAGCATGGAGAGCTAACATAAGCACCGAGGACATC
GAAGACTTCTTCGACAAAACCACCAAAGACGCTCTCTCCGGTGGCAATCTCTCCGCCGCT
CCCAGCGAGAACCTCTTCCGCGTCCAGAAATCTCACGACCTCCCGGTGAAACGTAAGATT
GAGAAGAACAGAGAGAAAGTGCTTCGGTGTGACAGTGTTTTAAAGAAGAACCCATTTGTC
CAGGTGGTGCCATCTTCCAAGCCCAAGTCAAAGATCAGTAAGAAGAAGAAGACAAGCGCT
GTAGAAAGCAAACCACCTAAACAAGCTCAAAATAATGTTGATGATGATTCTGTAATGATG
GACTTGTGGGGCGATGATCATAAAGGAGAACATGAGAGCAACCCTAGAAAGATTTGGAAA
ACGAATTCGACTATTCCGGCAGTAGAAGTTGATCCTGCAGGATGCTCATACAACCCTACA
GCTGAAAGTCACGAGGATATGTTGGCTGAAGCAGTTGCTCAAGAAATGCAGAAAGTTTAC
AAAACCGAGTTAGGACCTGAGCCTGTTCCCTTGACTATCGATGGAAACAACAACATCGAA
GACGAG*CTGGTCTCCTGAGCGTATGCAATAGAATAATCAATGGAAAGAGTACCTACTTT
CTTGGTGTGGACAATGGTAGCGAAG
TGAAGAG

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3AQ22JQ 785 0 0
GTTCCCT
TTGACTATCGATGGAAACAACAACATCGAAGACGAGGCTGGTCTCCTGAGCGTATGCAAT
AGAATAATCAATGGAAAGAGTACCTACTTTCTTGGTGTGGACAATGGTAGCGAAGGTGAA
GAAGAGGAAGCTGACGCTGCAAATGAAGTGTCTGAAGCTGGGAATAAAACCGCAAGAACC
ACAAAGAGGGTGACACGTGTGGTGTTGAACAAGCGAGCTAGACAAAAGGCGCTACGAGAA
GAGGAGACAAAGGAGAAGCATAAAGAGAAGTTATCAAAGGAGATTGACAGCTTGCCCAAA
ATAATAAAAGAAATAGCCGAAGAAGATAAGGAGAAACTGAACAAAAAGATAAGACCGACC
ATTGCTAAGGAGGAAGTGCTTAAGATACGTCCTCCTCGTTTGGGAAAGCACAAGTATGAG
GCTCCTCCTGTTCAAGTCCTCTTAACAGAAGAGATGACCGGTTCACTTCGTAAGCTCAAG
GCGTGTTGCACACTTGCGAGAGATAGATTCAAGAGCCTTGAGAAGCGAGGAATACTTGTT
CCATCAAAGACCATTAGAAGGAACTAGGAAGGAACTCTTCTCACTTTGAAAAAAAAAGCT
TTTTGATGCTGATACTGTCTCAATAGACAACTCATATGTGTTTAACGTTAAGTTTGGTTT
TATTATTGTTATAAATTGTGAGTTTGGGAGGAGAACAAAAAGATGCTGCTACCTATTCTC
ATAATGTCACAAACATGTTCTTCAGTCATTTCTTGATTCAATCTACGGATGATTTTAT

QA 8 785 8 785
DS 



AS 1 3

CO CL3273Contig1 757 3 18 U
GGGGCTTGTCTTCTAAGAAGAAGCCGCAGCCTCTCCTTTTTTCTTCCTCCTTCTCCGTTT
TCGCTATCTGATCTGCAAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATG
CTGCTACAACAGAGTGCGATGAGCTAGTTGCTCAGGCTCTGTTTGATCTGGAGAACACCA
ACCAGGAGTTGAAGAGCGAGCTGAAAGATCTCTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACA
TCTCTGGAAACCGCAAGGCTGTTGTGATTTACGTCCCTTTCAGACTGAGGAAAGCTTTCT
GCAAGATTCATCCTCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTTAGTGGAAAGGATGTGA
TCTTTGTTGCCACAAGAAGGATCATGCGTCCTCCCAAGAAGGGTGCTGCTGTCCAGAGGC
CACGCAACAGAACTCTTACCTCTGTTCATGAAGCTATTCTCGAGGATGTCGCTTACCCTG
CTGAGATTGTCGGCAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCT
ACTTGGATACCAAGGAAAGGAACAACACAGAGTACAAGCTCGAGACTATGATTGGTGTGT
ACCGTAAACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTTGAGTACCCAGTTGAAGCTTGAAAGGAAG
AATGATTCTGAGGAGAGAGAGCTTTTTATTCTGTTTTTGTGATATTTAGGATGTGAAGTA
AACTCTCATTTGGTTCAGTTCCTTATTCACAATCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DV69TF U 1
AF RR3EQ58JQ C 265
AF RR3EQ58TF U 265
BS 1 277 RR3DV69TF
BS 278 278 RR3EQ58TF
BS 279 299 RR3DV69TF
BS 300 300 RR3EQ58TF
BS 301 358 RR3DV69TF
BS 359 359 RR3EQ58TF
BS 360 375 RR3DV69TF
BS 376 376 RR3EQ58TF
BS 377 412 RR3DV69TF
BS 413 413 RR3EQ58TF
BS 414 457 RR3DV69TF
BS 458 458 RR3EQ58TF
BS 459 469 RR3DV69TF
BS 470 470 RR3EQ58TF
BS 471 490 RR3DV69TF
BS 491 491 RR3EQ58TF
BS 492 652 RR3DV69TF
BS 653 757 RR3EQ58TF

RD RR3DV69TF 652 0 0
GGGGCTTGTCTTCTAAGAAGAAGCCGCAGCCTCTCCTTTTTTCTTCCTCCTTCTCCGTTT
TCGCTATCTGATCTGCAAAGATGTTCTCCGCTCAGAACAAGATCAAGAAGGACAAGAATG
CTGCTACAACAGAGTGCGATGAGCTAGTTGCTCAGGCTCTGTTTGATCTGGAGAACACCA
ACCAGGAGTTGAAGAGCGAGCTGAAAGATCTCTACATCAACCAAGCTGTTAACATGGACA
TCTCTGGAAACCGCAAGGCTGTTGTGATTTACGTCCCATTCAGACTGAGGAAAGCTTTCC
GCAAGATTCATCCTCGTCTCGTTAGAGAGCTTGAGAAGAAGTTTAGTGGAAAGGATGTTA
TCTTTGTTGCCACAATAAGGATCATGCGTCCTCCCAAGAAGGGTGCTGCTGTTCAGAGGC
CACGCAACAGAACTCTTACCTCTGTTCATGAAGCTATGCTCGAGGATGTTGCTTACCCTG
CTGAGATTGTTGGCAAACGTACTCGTTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCT
ACTTGGATACCAAGGAAAGGAACAACACAGAGTACAAGCTCGAGACTATGATTGGTGTGT
ACCGTAAACTTACTGGAAAGGATGTCACTTTTGAGTACCCAGTTGAAGCTTG

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3EQ58JQ 493 0 0
G
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GCGTCCTCCCAAGAAGGGTGCTGCTGTCCAGAGGCCACGCAACAGAACTCTTACCTCTGT
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TTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCTACTTGGATACCAAGGAAAGGAACAA
CACAGAGTACAAGCTCGAGACTATGATTGGTGTGTACCGTAAACTTACTGGAAAGGATGT
CACTTTTGAGTACCCAGTTGAAGCTTGAAAGGAAGAATGATTCTGAGGAGAGAGAGCTTT
TTATTCTGTTTTTGTGATATTTAGGATGTGAAGTAAACTCTCATTTGGTTCAGTTCCTTA
TTCACAATCTTC

QA 2 493 2 493
DS 

RD RR3EQ58TF 493 0 0
G
GATTTACGTCCCTTTCAGACTGAGGAAAGCTTTCTGCAAGATTCATCCTCGTCTCGTTAG
AGAGCTTGAGAAGAAGTTTAGTGGAAAGGATGTGATCTTTGTTGCCACAAGAAGGATCAT
GCGTCCTCCCAAGAAGGGTGCTGCTGTCCAGAGGCCACGCAACAGAACTCTTACCTCTGT
TCATGAAGCTATTCTCGAGGATGTCGCTTACCCTGCTGAGATTGTCGGCAAACGTACTCG
TTACCGTCTTGATGGTTCCAAGATCATGAAGGTCTACTTGGATACCAAGGAAAGGAACAA
CACAGAGTACAAGCTCGAGACTATGATTGGTGTGTACCGTAAACTTACTGGAAAGGATGT
CACTTTTGAGTACCCAGTTGAAGCTTGAAAGGAAGAATGATTCTGAGGAGAGAGAGCTTT
TTATTCTGTTTTTGTGATATTTAGGATGTGAAGTAAACTCTCATTTGGTTCAGTTCCTTA
TTCACAATCTTC

QA 2 493 2 493
DS 



AS 1 3

CO CL3274Contig1 880 3 6 U
TTTTTCTCCGCCGTTTGTCCATCTCTTTGCCTTATCTCCATCTCTGAGTAGCATCCAAGG
TCTTCAAGTGGTCAAAACGAGAAGAGAGAGAGCAGCGGTTTTCCACAAGTCCTCGAAGTT
GCTCCGTTGAACAGTTTGCCTTACGTCGGTCCATTAAATGGTAATTCATCCATGTCTGGT
AACAAGGCCAACGAGACTGCGGAGAAAACAGGACCTCCAACAATGATATTTCTACCTTCT
GAATCAACTCCAGAGCTTTATAGCCTAATCTCTCAATCAAAAACCGGAGTTGCCCTTACT
GGAAGTGCAGCCGTGGGGAAGGTCGGACCAACTATTGGTTTGGTTGATATTGCTGAATCC
GATGACTCTTACTATTTTCGTGTCTCACTCCCTGGTGTTTCAAGAGATGAAAAGGAGTTC
AGCTGCGAAATAGAACCAGACGGTAGGATTCTGATCAAAGGAGTAACAACCACGGGAGAG
AAGACAGTGTGCAAACACAATCAGGTGTTCAAGATGCTATCACAAAACTTATGCCCTCCA
GGCCACTTCACCATCTCTTTCCAGCTTCCCGGTCCTGTCAGCAACGAAGATTTCAGCGGT
AATTTTGGTGCAGATGGTGTACTTGAGGGAGTTGTGAAGAAGCTCTACTACGAAGACTGA
ACAACATCCAGATATTGCTATTAGGAAGATGGTTCATTAGTGTATGCCTGACTGATTCTT
GACCCCAGGTCATAGAATTTGTGCCTAAAAGGTTATTTTACTCTTCAGTGTGTGTTGAAT
CGTCGTCGAGGGATAAATATTTGTTAGTACGCCTGCTTCTCTACAAACAACTCTTTATGA
CTTATCGTGGTCAAGTGTTTTCATTTAAGTGGTTTGGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FP39TF U 1
AF RR3GX77JQ C 191
AF RR3GX77TF U 191
BS 1 219 RR3FP39TF
BS 220 220 RR3GX77TF
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BS 240 240 RR3GX77TF
BS 241 283 RR3FP39TF
BS 284 880 RR3GX77TF

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TCTTCAAGTGGTCAAAACGAGAAGAGAGAGAGCAGCGGTTTTCCACAAGTCCTCGAAGTT
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AACAAGGCCAACGAGACTGCGGAGAAAACAGGACCTCCAGCAATGATATTTCTACCTTCC
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QA 1 283 1 283
DS 

RD RR3GX77JQ 690 0 0
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QA 5 690 5 690
DS 

RD RR3GX77TF 690 0 0
AGGG
GACTGCGGAGAAAACAGGACCTCCAACAATGATATTTCTACCTTCTGAATCAACTCCAGA
GCTTTATAGCCTAATCTCTCAATCAAAAACCGGAGTTGCCCTTACTGGAAGTGCAGCCGT
GGGGAAGGTCGGACCAACTATTGGTTTGGTTGATATTGCTGAATCCGATGACTCTTACTA
TTTTCGTGTCTCACTCCCTGGTGTTTCAAGAGATGAAAAGGAGTTCAGCTGCGAAATAGA
ACCAGACGGTAGGATTCTGATCAAAGGAGTAACAACCACGGGAGAGAAGACAGTGTGCAA
ACACAATCAGGTGTTCAAGATGCTATCACAAAACTTATGCCCTCCAGGCCACTTCACCAT
CTCTTTCCAGCTTCCCGGTCCTGTCAGCAACGAAGATTTCAGCGGTAATTTTGGTGCAGA
TGGTGTACTTGAGGGAGTTGTGAAGAAGCTCTACTACGAAGACTGAACAACATCCAGATA
TTGCTATTAGGAAGATGGTTCATTAGTGTATGCCTGACTGATTCTTGACCCCAGGTCATA
GAATTTGTGCCTAAAAGGTTATTTTACTCTTCAGTGTGTGTTGAATCGTCGTCGAGGGAT
AAATATTTGTTAGTACGCCTGCTTCTCTACAAACAACTCTTTATGACTTATCGTGGTCAA
GTGTTTTCATTTAAGTGGTTTGGTTG

QA 5 690 5 690
DS 



AS 1 4

CO CL3275Contig1 1150 4 14 U
GCAATGCTAAGCTTGGAGGCCTGAATTCCATGCTGAGTGTTGAGCGCACTCCTGCCTTTA
CTGTGATCTCGAAGGTTCCAACCATCATCCTTGGGATGGATGTCTCACATGGATCTCCTG
GACAGTCTGATGTCCCGTCCATTGCTGCTGTGGTGAGTTCAAGGCAGTGGCCTCTAGTCT
CGAAATACAGAGCATCTGTTCGCACACAGCCTTCAAAAGCTGAGATGATTGAGTCACTGG
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CCAGCTCGGGAAAGAGAAAGCCAGAGCATATCATCATCTTCAGGGATGGAGTTAGTGAAT
CTCAGTTCAACCAGGTTCTGAACATTGAACTAGATCAGATCATTGAGGCCTGCAAGCTTC
TAGATGAGAACTGGAATCCAAAGTTCCTGCTGTAGGTGGCTCAAAAGAATCATCACACCA
AGTTTTTCCAGACCAACTCTCCTGACAACGTTCCACCAGGGACAATCATCGACAGCAAAA
TCTGTCACCCAAAGAACAATGATTTCTATCTCTGTGCGCACGCTGGCATGATTGGAACAA
CACGTCCTACTCATTACCATGTCCTGTATGATGAGATTCATTTCTCACCTGATGAGCTTC
AAGAGCTTGTCCACTCGCTCTCTTACGTGTACCAAAGAAGCACGACCGCCATCTCCGTTG
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TTGCTCAGCTCCCTAAACTCAAAGACAACGTCGCCAATTCTATGTTCTTCTGTTAGGTGT
AGAAGAAGAAGTATCTCTCCGTCTCTAATGTGCAGAAGTCTGTTTTCCACAACTTGGCTC
TTTTAAGTACTTTTAACCCTTAGGATCTCTCGGCTTTTTTTCTTTTTAAGTGGTTTAAGG
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GGGGGGGCTCGAAATGTACTTTTGCCCACAACTCTTAAGTGGCTTTTTTCTCGGTTAAGT
TGTTTTGTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GP45TF U 1
AF RR3DN55TF U 280
AF RR3GP45JQ C 314
AF RR3DN55JQ C 320
BS 1 488 RR3GP45TF
BS 489 489 RR3DN55TF
BS 490 742 RR3GP45TF
BS 743 896 RR3DN55TF
BS 897 897 RR3GP45JQ
BS 898 906 RR3DN55TF
BS 907 914 RR3GP45JQ
BS 915 915 RR3DN55JQ
BS 916 919 RR3GP45JQ
BS 920 920 RR3DN55JQ
BS 921 976 RR3GP45JQ
BS 977 977 RR3DN55JQ
BS 978 1112 RR3GP45JQ
BS 1113 1150 RR3DN55JQ

RD RR3GP45TF 742 0 0
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CTGTGATCTCGAAGGTTCCAACCATCATCCTTGGGATGGATGTCTCACATGGATCTCCTG
GACAGTCTGATGTCCCGTCCATTGCTGCTGTGGTGAGTTCAAGGCAGTGGCCTCTAGTCT
CGAAATACAGAGCATCTGTTCGCACACAGCCTTCAAAAGCTGAGATGATTGAGTCACTGG
TCAAGAAGAATGGAACAGAAGATGATGGCATAATCAAGGAGTTGCTGGTAGATTTCTACA
CCAGCTCGGGAAAGAGAAAGCCAGAGCATATCATCATCTTCAGGGATGGAGTTAGTGAAT
CTCAGTTCAACCAGGTTCTGAACATTGAACTAGATCAGATCATTGAGGCCTGCAAGCTTC
TAGATGAGAACTGGAATCCAAAGTTCCTGCTGTAGGTGGCTCAAAAGAATCATCACACCA
AGTTTTTCTAGACCAACTCTCCTGACAACGTTCCACCAGGGACAATCATCGACAGCAAAA
TCTGTCACCCAAAGAACAATGATTTCTATCTCTGTGCGCACGCTGGCATGATTGGAACAA
CACGTCCTACTCATTACCATGTCCTGTATGATGAGATTCATTTCTCACCTGATGAGCTTC
AAGAGCTTGTCCACTCGCTCTCTTACGTGTACCAAAGAAGCACGACCGCCATCTCCGTTG
TTGCACCGATATGCTATGCACA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3DN55TF 629 0 0
G
GTTGCTGGTAGATTTCTACACCAGCTCGGGAAAGAGAAAGCCAGAGCATATCATCATCTT
CAGGGATGGAGTTAGTGAATCTCAGTTCAACCAGGTTCTGAACATTGAACTAGATCAGAT
CATTGAGGCCTGCAAGCTTCTAGATGAGAACTGGAATCCAAAGTTCCTGCTGTTGGTGGC
TCAAAAGAATCATCACACCAAGTTTTTCCAGACCAACTCTCCTGACAACGTTCCACCAGG
GACAATCATCGACAGCAAAATCTGTCACCCAAAGAACAATGATTTCTATCTCTGTGCGCA
CGCTGGCATGATTGGAACAACACGTCCTACTCATTACCATGTCCTGTATGATGAGATTCA
TTTCTCACCTGATGAGCTTCAAGAGCTTGTCCACTCGCTCTCTTACGTGTACCAAAGAAG
CACGTCCGCCATCTCCGTTGTTGCACCGATATGCTATGCACACTTGGCAGCTGCTCAGCT
AGGAACGTTCATGAAGTTTGAAGATCAGTCAGAGACGTCCTCAAGCCATAGTGGCGTGAC
AGCTCCAGGACCAATCTCTGTTGCTCAGCTCCCTAAACTCAAAGACAACGTCGCCAATTC
TATGTTCTTCTGTTAG*TGTAGAAGA
GA

QA 2 627 2 627
DS 

RD RR3GP45JQ 800 0 0
GAGAAA
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GAACATTGAACTAGATCAGATCATTGAGGCCTGCAAGCTTCTAGATGAGAACTGGAATCC
AAAGTTCCTGCTGTAGGTGGCTCAAAAGAATCATCACACCAAGTTTTTCTAGACCAACTC
TCCTGACAACGTTCCACCAGGGACAATCATCGACAGCAAAATCTGTCACCCAAAGAACAA
TGATTTCTATCTCTGTGCGCACGCTGGCATGATTGGAACAACACGTCCTACTCATTACCA
TGTCCTGTATGATGAGATTCATTTCTCACCTGATGAGCTTCAAGAGCTTGTCCACTCGCT
CTCTTACGTGTACCAAAGAAGCACGACCGCCATCTCCGTTGTTGCACCGATATGCTATGC
ACACTTGGCAGCTGCTCAGCTAGGAACGTTCATGAAGTTTGAAGATCAGTCAGATACGTC
CTCAAGCCATGGTGGCGTGACAGCTCCAGGACCAATCTCTGTTGCTCAGCTCCCTAAACT
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TGTCTCTAATGTGCAGAAGTCTGTTTTCCACAACTTGGCTCTTTTAAGTACTTTTAATCC
TTAGGATCTCTCGGCTTTTTTTCTTTTTAAGTGGTTTAAGGCAACCAAACGATAGACGTG
GTATGTATTTTGTGACTTTATTGCCAGTCTTGTTGCCTGTAGGGGGGGCTCGAAATGTAC
TTTTGCCCACAAC
C

QA 7 799 7 799
DS 

RD RR3DN55JQ 831 0 0
GCCAGAGCATATCATCATCT*CAGGGATGGAGTTAGTGA*TCTCAGTTCAACCAGGTTCT
GAACATTGAACTAGATCAGATCATTGAGGCCTGCAAGCTTCTAGATGAGAACTGGAATCC
AAAGTTCCTGCTGTTGGTGGCTCAAAAGAATCATCACACCAAGTTTTTCCAGACCAACTC
TCCTGACAACGTTCCACCAGGGACAATCATCGACAGCAAAATCTGTCACCCAAAGAACAA
TGATTTCTATCTCTGTGCGCACGCTGGCATGATTGGAACAACACGTCCTACTCATTACCA
TGTCCTGTATGATGAGATTCATTTCTCACCTGATGAGCTTCAAGAGCTTGTCCACTCGCT
CTCTTACGTGTACCAAAGAAGCACGTCCGCCATCTCCGTTGTTGCACCGATATGCTATGC
ACACTTGGCAGCTGCTCAGCTAGGAACGTTCATGAAGTTTGAAGATCAGTCAGAGACGTC
CTCAAGCCATAGTGGCGTGACAGCTCCAGGACCAATCTCTGTTGCTCAGCTCCCTAAACT
CAAAGACAACGTCGCCAATTCTATGTTCTTCTGTTAGGTGTAGAAGAAGAAGTATCTCTC
CGTCTCTAATGTGCAGAAGTCTGTTTTCCACAACTTGGCTCTTTTAAGTACTTTTAACCC
TTAGGATCTCTCGGCTTTTTT*CTTTTTAAGTGGTTTAAGGCAACCAAACGATAGACGTG
GTATGTATTTTGTGACTTTATTGCCAGTCTTGTTGCCTGTAGGGGGGGCTCGAAATGTAC
TTTTGCCCACAACTCTTAAGTGGCTTTTTTCTCGGTTAAGTTGTTTTGTGT

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 3

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ACAGAGTTAACAGAACCAAAGAACAAGCGAACACAAAATGTCACTAGAAAAGAGTTCAAA
ATATTTTTGAAACGAAACACTACAGAAACTCCTAAAAATTAAGCCCCTATATGAACTTAA
TCACAACCTTATTAGCATGCTCCTCAGATAGACATATACAGCAAGAAGATGAAACAAAAG
TAACAGATCTTAAATTGTTTAAAGGAGATGATGATGCGGGAAACTCACTAACATGCAGCC
TTATTTACATGAAAATGGATCTTTTTAGAAGACCCCTCCGATCATGGACTCGATCTCATC
AATGCTCCATAACTCCATAGGGTTTGCACCGTTTTCCTCAGTCACCACAGCATCTCCACT
GAGGAAATCAAGTGAAGAGCCCCATTGAGGTGCCTCAAAATCCATGGACTTGAGCTTCTT
AGCTGGATTCGCATCCTCCACGAGTAGAGCAGAGTTGTTGTTGCTGATTAACGCAGAAGA
TATCTCAGGAGTTATTGGAGCTTGATCGCTCCAACCGAATGAATTACTACCCTGGTCTGA
GCTGAAATACTGATGATATCCATTACCACCTCCAGCACCAATAGAGTTTGTCAGCGCAAA
CTGATTGTTGTTGTTGTTCCCTTGCTCTGCGTCCTCCATGAAACACATGTTGTCAAAGTT
CTGAACCGAAGCTGGGTTCGGATTGGGTTTAGCCACTGGTTTGTGAGAGACAGTAAGGGT
TTCCACTGGGAAGTTCACCTTAGCTTTGGAGCCGCGGATTCTGCGTGCTGCAGCATCATA
AGCTCTCGCAGCTTCCTCGGTATTGGCTCCTCCTCTTCCTCTTTGCAGCTTGTCCGTTAG
AGTCAGTAACTTTCTTGCCAGGAGCGGCAGCCAAGGAGGAGATGGCGGCGTTCGGAGTCG
CCGTGAAAACAAACGGTTTCACATCGGCGAATACATCATCGAAGTCATCATCGCAATAAA
CAGACGAATCATCCTTGAAACGCTGGAAATCAGCCTCGAACTCATCGTCAAGATCAGAGT
GACTCGAACGCTTCTCCAAGATCTCCTTCAGTCCCTTCGCGTTCTTCTTCTTCTTCTTCA
GATCCGGCCAGATGAACTCGCTGGTGACGCGGCGAGACCTTGGCGACGGAATGAAATCAG
AGATTATAGCTCCTCCACACATGGCGGCTTACACAAGCGTGAGTGTCTAAGATGTTCAGA
AACAGAATCTTAGCGGCGAAATGTGAAATAACTGAATTTTCCGGGTTTTTATCTTTTTGT
TTTCCTTTACAGACTTGTTTTGTTTTGTTCAGCTCGAAAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK45JQ U 1
AF RR3DZ13JQ U 69
AF RR3DZ13TF C 605
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BS 748 771 RR3EK45JQ
BS 772 1363 RR3DZ13TF

RD RR3EK45JQ 773 0 0
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ACAGAGTTAACAGAACCAAAGAACAAGCGAACACAAAATGTCACTAGAAAAGAGTTCAAA
ATATTTTTGAAACGAAACACTACAGAAACTCCTAAAAATTAAGCCCCTATATGAACTTCA
TCACAACCTTATTAGCATGCTCCTCAGATAGACATATACAGCAAGAAGATGAAACAAAAG
TAACAGATCTTAAATTGTTTAAAGGAGATGATGATGCGGGAAACTCACTAACATGCAGCC
TTATTTACATGAAAATGGATCTTTTTAGAAGACCCCTCCGATCATGGACTCGATCTCATC
AATGCTCCATAACTCCATAGGGTTTGCACCGTTTTCCTCAGTCACCACAGCATCTCCACT
GAGGAAATCAAGTGAAGAGCCCCATTGAGGTGCCTCAAAATCCATGGACTTGAGCTTCTT
AGCTGGATTCGCATCCTCCGCGAGTAGAGCAGAGTTGTTGTTGCTGATTAACGCAGAAGA
TATCTCAGGAGTTATTGGAGCTTGATCGCTCCAACCGAATGAATTACTACCCTGGTCTGA
GCTGAAATACTGATGATATCCATTACCACCTCCAGCACCAATAGAGTTTGTCAGCGCAAA
CTGATTGTTGTTGTTGTTCCCTTGCTCTGCGTCCTCCATGAAACACATGTTGTCAAAGTT
CTGAACCGAAGCTGGGTTCGGATTAG*TTTAGCCACTGGTTTGTGAGAGAC
AG

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3DZ13JQ 703 0 0
AACAGAACCAAAGCACAAGCGAACACAAAATGTCACTAGAAAAGAGTTCAAAATATTTTT
GAAACGAAACACTACAGAAACTCCTGAAAATTAAGCCCCTATATGAACTTAATCACAACC
TTATTAGCATGCTCCTCAGATAGACATATACAGCAAGAAGATGAAACAAAAGTAACAGAT
CTTAAATTGTTTAAAGGAGATGATGATGCGGGAAACTCACTAACATGCAGCCTTATTTAC
ATGAAAATGGATCTTTTTAGAAGACCCCTCCGATCATGGACTCGATCTCATCAATGCTCC
ATAACTCCATAGGGTTTGCACCGTTTTCCTCAGTCACCACAGCATCTCCACTGAGGAAAT
CAAGTGAAGAGTCCCATTGAGGTGCCTCAAAATCCATGGACTTGAGCTTCTTAGCTGGAT
TCGCATCCTCCACGAGTAGAGCAGAGTTGTTGTTGCTGATTAACGCAGAAGATATCTCAG
GAGTTATTGGAGCTTGATCGCTCCAACCGAATGAATTACTACCCTGGTCTGAGCTGAAAT
ACTGATGATATCCATTACCACCTCCAGCACCAATAGAGTTTGTCAGCGCAAACTGATTGT
TGTTGTTGTTCCCTTGCTCTGCGTCCTCCATGAAACACATGTTGTCAAAGTTCTGAACCG
AAGCTGGGTTCGGATTGGGTTTAGCCACTGGTTTGTGAGAGAC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3DZ13TF 759 0 0
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TTGTTGTTGTTGTTCCCTTGCTCTGCGTCCTCCATGAAACACATGTTGTCAAAGTTCTGA
ACCGAAGCTGGGTTCGGATTGGGTTTAGCCACTGGTTTGTGAGAGACAGTAAGGGTTTCC
ACTGGGAAGTTCACCTTAGCTTTGGAGCCGCGGATTCTGCGTGCTGCAGCATCATAAGCT
CTCGCAGCTTCCTCGGTATTGGCTCCTCCTCTTCCTCTTTGCAGCTTGTCCGTTAGAGTC
AGTAACTTTCTTGCCAGGAGCGGCAGCCAAGGAGGAGATGGCGGCGTTCGGAGTCGCCGT
GAAAACAAACGGTTTCACATCGGCGAATACATCATCGAAGTCATCATCGCAATAAACAGA
CGAATCATCCTTGAAACGCTGGAAATCAGCCTCGAACTCATCGTCAAGATCAGAGTGACT
CGAACGCTTCTCCAAGATCTCCTTCAGTCCCTTCGCGTTCTTCTTCTTCTTCTTCAGATC
CGGCCAGATGAACTCGCTGGTGACGCGGCGAGACCTTGGCGACGGAATGAAATCAGAGAT
TATAGCTCCTCCACACATGGCGGCTTACACAAGCGTGAGTGTCTAAGATGTTCAGAAACA
GAATCTTAGCGGCGAAATGTGAAATAACTGAATTTTCCGGGTTTTTATCTTTTTGTTTTC
CTTTACAGACTTGTTTTGTTTTGTTCAGCTCGAAAATCC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 4

CO CL3277Contig1 1119 4 17 U
GGATGAGACTGCACCGTTTCCTCATCTCTCACAACATGTCTCTCTCGCTTCTTTCAGTCT
TCATCTTTCTTCAAGTCTTTACCAATGTTGTTTTTGCTGCTTCAAACGAGGAATCCAGTG
CATTAGTTTCTTTACCAACGTCACTGACGTCCCCGGCAAACAAACCACCGTCTCCGTCCT
ACAAGCCACCCTCATTGCCTACTACTCCTATTAAACCACCCACCGTTACACCTCCGGTTA
ACCCACCAACCACTCCGGCTACACCAACAAAACCACCAGCTACATCATACCCAACTCCTT
CGGTTAAACCACCCACATCACCTCTGGTCAAACCACCTACATACAAACCTCCAACGCCAC
CGGTTAAGCCACCCACGACACCACCACTCAAACCTCAACCTACGTACAAACCCCCAACGC
CATCGGTTAAGCCACCAACGATAGCACCAGTCAAACCACCACCTACTTACAAACCCCCAA
CGCCAACGGTTAAACCACCGACAACACCACCGGTCAAACCACCGTCGGTTCAACCACCTA
TGTACAAACCCCCAACGCCACCAGTTAAACCACCCACGATACCACCAGTCAAACCGCCTA
CAGCACCGGTTAAACCAACCCCAATACCTCCATATAAGGCACCACCGACTACGTCTCCAC
CACCATCCAAACCACCCGTCAACCCAACTCCATCACCTCCGGTTAAGCCGCCAGCTAAAC
CTCCGACACCGTCTCCTGTGAGACCTCGAATAGATTGCGTGTCTTTATGTGGGACTCGAT
GTGGGCAACACTCGAGTAAGAACGTATGTATGAGAGCGTGCGTCACGTGCTGCTACCGCT
GCAAGTGCGTTCCTCCTGGCACGTACGGTAATAAGGAAAAGTGTGGATCTTGTTACGTCA
ACATGAAGACACGTGGTGGCAGACCCAAGTGTCCTTAAA*CCTTTTTATAAACGGTGGTT
AATGTGAAATGATGATGTTAAAGAGGAAAAATGATGTTTTCATATAAGTTTGCAATGCGT
TTTATTTTTGTCTTTTTTATGGTTTAGTAATATGAAACTATGTCATTTACTTTTGACAAA
AAAAATAGAGGATACATACATGGGACGCCATGGCATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC60TF U 1
AF RR3DC60JQ C 529
AF RR3CC20TF U 379
AF RR3CC20JQ C 405
BS 1 396 RR3DC60TF
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BS 398 441 RR3DC60TF
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BS 445 499 RR3DC60TF
BS 500 500 RR3CC20TF
BS 501 599 RR3DC60TF
BS 600 600 RR3CC20TF
BS 601 637 RR3DC60TF
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BS 639 647 RR3DC60TF
BS 648 648 RR3CC20TF
BS 649 698 RR3DC60TF
BS 699 1082 RR3CC20TF
BS 1083 1119 RR3CC20JQ

RD RR3DC60TF 698 0 0
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CGGTTAAACCACCCACATCACCTCTGGTCAAACCACCTACATACAAACCTCCAACGCCAC
CGGTTAAGCCACCCACGACACCACCACTCAAACCTCCACCTACGTACAAACCCCCAACGC
CATCGGTTAAGCCACCAACGACACCACCAGTCAAACCACCACCTACTTACAAACCCCCAA
CGCCAACGGTTAAACCACCAACAACACCACCGGTCAAACCACCGTCGGTTCAACCACCTA
TGTACAAACCCCCAACGCCACCAGTTAAACCACCCACGATACCACCAGTCAAACCGCCTG
CAGCACCGGTTAAACCAACCCCAATACCTCCATATAAAGCACCACCGGCTACGTCTCCAC
CACCATCCAAACCACCCGTCAACCCAACTCCATCACCT

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RD RR3DC60JQ 506 0 0
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GTGGGACTCGATGTGGGCAACACTCGAGGAAGAACGTATGTATGAGAGCGTGTGTCACGT
GCTGCTACCGCTGCAAGTGCGTTCCTCCTGGCACGTACGGTAATAAGGAAAAATGTGGAT
CTTGTTACGTCAACATGAAGACACGTGGTGGCAGACCCAAGTGTCCTTAAAGCCTTTTTA
TAAACGATGGTTAATGTGAAATGATGATGTTA**GAGGAAAAATGATGTCTTCATATAAG
TTTGCAATGCGTTTTATTTTTGTC
CT

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR3CC20TF 704 0 0
G
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GATAGCACCAGTCAAACCACCACCTACTTACAAACCCCCAACGCCAACGGTTAAACCACC
GACAACACCACCGGTCAAACCACCGTCGGTTCAACCACCTATGTACAAACCCCCAACGCC
ACCAGTTAAACCACCCACGATACCACCAGTCAAACCGCCTACAGCACCGGTTAAACCAAC
CCCAATACCTCCATATAAGGCACCACCGACTACGTCTCCACCACCATCCAAACCACCCGT
CAACCCAACTCCATCACCTCCGGTTAAGCCGCCAGCTAAACCTCCGACACCGTCTCCTGT
GAGACCTCGAATAGATTGCGTGTCTTTATGTGGGACTCGATGTGGGCAACACTCGAGTAA
GAACGTATGTATGAGAGCGTGCGTCACGTGCTGCTACCGCTGCAAGTGCGTTCCTCCTGG
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CAGACCCAAGTGTCCTTAAA*CCTTTTTATAAACGGTGGTTAATGTGAAATGATGATGTT
AAAGAGGAAAAATGATGTTTTCATATAAGTTTGCAATGCGTTTTATTTTTGTCTTTTTTA
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QA 2 704 2 704
DS 

RD RR3CC20JQ 715 0 0
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ACTTACAAACCCCCAACGCCAACGGTTAAACCACCGACAACACCACCGGTCAAACCACCG
TCGGTTCAACCACCTATGTACAAACCCCCAACGCCACCAGTTAAACCACCCACGATACCA
CCAGTCAAACCGCCTACAGCACCGGTTAAACCAACCCCAATACCTCCATATAAGGCACCA
CCGACTACGTCTCCACCACCATCCAAACCACCCGTCAACCCAACTCCATCACCTCCGGTT
AAGCCGCCAGCTAAACCTCCGACACCGTTTCCTGTGAGACCTCGAATAGATTGCGTGTCT
TTATGTGGGACTCGATGTGGGCAACACTCGAGTAAGAACGTATGTATGAGAGCGTGCGTC
ACGTGCTGCTACCGCTGCAAGTGCGTTCCTCCTGGCACGTACGGTAATAAGGAAAAGTGT
GGATCTTGTTACGTCAACATGAAGACACGTGGTGGCAGACCCAAGTGTCCTTAAA*CCTT
TTTATAAACGGTGGTTAATGTGAAATGATGATGTTAAAGAGGAAAAATGATGTTTTCATA
TAAGTTTGCAATGCGTTTTATTTTTGTCTTTTTTATGGTTTAGTAATATGAAACTATGTC
ATTTACTTTTGACAAAAAAAATAGAGGATACATACATGGGACGCCATGGCATACC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 4

CO CL3278Contig1 1121 4 12 U
GGGGAGAATGAAAAATGGCGGCTGTGGTGGCTTCTCTTAGTCTTTGCCTCTCTGCTCGGC
CAAAGCTTCATCTTTGCAGCTTCTCTCGACCCAAAACCTTTGCTATGGCTGCAATGAGTG
AGGATCCAATTCGTGAATGGATTCTAACAGAAGGAAAAGCGAGTCAGATCACAAAGATTA
CTTCTGTTGGTGGTGGCTGCATCAATCTTGCTACCCATTATCATACTGATTCTACTTCTT
TCTTTGTTAAAACAAACAGGAGTATTGGACCTGAGATGTTTGAAGGAGAGGCTCTTGGTC
TTGAAGCTATGTACGAAACAAGATCCATCCGTGTCCCCAAGCCACACAGAGTTGGGGCAT
TGCCAACCGGTGGATCTTATATCATCATGGAGTTTATAGAGTTTGGATCAAGAGGCAGCC
AGGCTGAGCTAGGAAGGAAGCTAGCTGAAATGCATAAGGCAGGAAAGTCCTCAAAAGGGT
TTGGTTTTGAGGTTGACAACACTATTGGAAGTACCCCACAGATAAACACTTGGTCATCGG
ATTGGATTGAGTTTTATGGTGAGAAGAGATTAGGTTACCAGCTAAAGTTACTTAGGGATC
AATACAGTGACTCGGCAATTTACGAGAAAGGTTATACACTGATACAGAACATGGCATCTC
TCTTTGAGAATGTTGTCATAGAACCTTGCTTGTTACATGGAGATCTCTGGAGTGGGAACA
TAGCATACGACAAGAACAGCGAACCTGTCATTCTTGATCCTGCCTGTTACTATGGGCATA
ACGAGGCGGAGTTTGGGATGTCTTGGTGCGCAGGGTTTGGTAAATCTTTCTACAATGCCT
ATTTCAAGGTGATGCCAAAAGAAGAAGGATTTGAGAAGAGGAGGGATCTGTATTTGCTCT
ATCACTACTTGAACCATTACAACCTCTTTGGATCCGGCTATAGATCCTCTGCAATGTCGA
CCATTGATGGTTATCTTAGGATGCTCAAAGCTTAAAATGTATAAAGCTGATGAGAGGAAA
TATCATCATAATGTACTCTTAATTTGAAAAAGGCTTAGCCTAGCATTTTGATGTATTCTC
AACGTTAATGAAGCTTCTTGTTTATAAACAAAGATTATGTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK86TF U 173
AF RR3F884TF U 1
AF RR3F884JQ C 342
AF RR3CK86JQ C 409
BS 1 779 RR3F884TF
BS 780 821 RR3F884JQ
BS 822 822 RR3CK86JQ
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BS 830 830 RR3CK86JQ
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BS 949 949 RR3CK86JQ
BS 950 1037 RR3F884JQ
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BS 1039 1077 RR3F884JQ
BS 1078 1078 RR3CK86JQ
BS 1079 1121 RR3F884JQ

RD RR3CK86TF 167 0 0
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TCTTTGTTAAAACAAACAGGAGTATTGGACCTGAGATGTTTGAAGGAGAGGCTCTTGGTC
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ATAAACACTTGGTCATCGGATTGGATTGAGTTTTATGGTGAGAAGAGATTAGGTTACCAG
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ACTATGGGCATAACGAGGCGGAGTTTGGGATGTCTTGGTGCGCAGGGTTTGGTAAATCTT
TCTACAATGCCTATTTCAAGGTGATGCCAAAAGAAGAAGGATTTGAGAAGAGGAGGGATC
TGTATTTGCTCTATCACTACTTGAACCATTACAACCTCTTTGGATCCGGCTATAGATCCT
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GATGAGAGGAAATATCATCATAATGTACTCTTAATTTGAAAAAGGCTTAGCCTAGCATTT
TGATGTATTCTCAACGTTAATGAAGCTTCTTGTTTAT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 4

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CCCACCGCCACCGGAGAAACAAAAACCACCACCACCATGACCTCCAAAGACTGTGGCTCC
CACACTCACTCTCGCCGGAAACTAATCCGGCGAATAATATGGTCAGTAATATTCGTCCTC
TTCATCATCTTACTCACAATCCTCCTCATTTGGGCAATCCTCCAACCTTCAAAGCCACGT
TTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTACGCCTTCAACGTCTCCGGCAATCCACCGAACCTC
CTCACCTCCAACCTCCAAATCACTCTCTCTTCACGGAACCCTAACGACAAGATCGGCATC
TACTACGACCGTCTTGACGTCTACGCTACTTACCATAGCCAACAGATCACTTTCCGAACA
TCGATCCCTCCTACGTATCAGGGACACAAAGAAGTCAACATATGGTCGCCGTTTGTCTAC
GGCACCTCTGTTCCCGTCGCTCCGTTCAACGCCGTCAGTCTTGGCGGCGATCAAGATAAC
GGCGCTGTTACGCTGATCATCCGTGGTGACGGTAAAGTGAGGTGGAAAGTTGGGGCGTTT
ATTACAGGGAAGTATCATCTTTACGTGAGGTGTCTTGCATATATTAACTTCGGTAATAAA
GCTGCCGGAGTTATTGTCGGAGATAACGCCGTTAAGTATACGCTTACGAGTAGCTGTAGT
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TTTAAATAATTGAATCCTAAATTTTATTTT


BQ
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30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F663TF U 1
AF RR3B752TF U 1
AF RR3F663JQ C 476
AF RR3B752JQ C 364
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BS 853 930 RR3B752JQ

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RD RR3B752TF 850 0 0
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CCCACCGCCACCGGAGAAAGAAAA*CCACCACCACCATGACCTCCAAAGACTGTGGCTCC
CACACTCACTCTCGCCGGAAACTAATCCGGCGAATAATATGGTCAGTAATATTCGTCCTC
TTCATCATCTTACTCACAATCCTCCTCGTTTGGGCAATCCTCCAACCTTCAAAGCCACGT
TTCATCCTCCAAGACGCCACCGTCTACGCCTTCAACGTCTCCGGCAATCCACCGAACCTC
CTCACCTCCAACCTCCAAATCACTCTCTCTTCCCGGAACCCTAACGACAAGATCGGCATC
TACTACGACCGTCTTGACGTCTACGCTACTTACCATAGCCAACAGATCACTTTCCGAACA
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GGCGCTGTTACGCTGATCATCCGTGGTGACGGTAAAGTGAGGTGGAAAGTTGGGGCGTTT
ATTACAGGGAAGTATCATCTTTACGTGAGGTGTCTTGCATATATTAACTTCGGTAATAAA
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GTTAGTGTCTAAAACGGCGACGGAGCGAAATTAGGTGAGCTAATTAACGACTCCGTTATA
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CAAATATTAC

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DS 

RD RR3F663JQ 416 0 0
TC
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AAAGCTGCCGGAGTTATTGTCGGAGATAACGCCGTTAAGTATACGCTTACGAGTAGCTGT
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ATATATTATAGTCTTCTTAATTATCATAAGTGATGTGAATTGTACATTTTGCTTATACGA
TGGCAAATATTACAGATCCCCGATGTTGT***GATGAGTTGTAAGAATTTAAAT

QA 3 416 3 416
DS 

RD RR3B752JQ 567 0 0
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ATCCCTCCTACGTATCAGGGACACAAAGAAGTCAACATATGGTCGCCGTTTGTTTACGGG
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GCTGTTACGCTGATCATCCGTGGTGACGGTAAAGTGAGGTGGAAAGTTGGGGCGTTTATT
ACAGGGAAGTATCATCTTTACGTGAGGTGTCTTGCATATATTAACTTCGGTAATAAAGCT
GCCGGAGTTATTGTCGGAGATAACGCCGTTAAGTATACGCTTACGAGTAGCTGTAGTGTT
AGTGTTTAAAACGGCGACGGAGCGAAATTAGGTGAGCTAATTAACGACTCCGTTATATAT
TATAGTTTTCTTTATTATCATAAGTGATGTGAATTGTACATTTTGCTTATACGATGGCAA
ATATTACATATCCCCGATGTTGTTGTGATGAGTTGTAAGAATTTAAATACGAATACTTTT
AAATAATTGAATCCTAAATTTTATTTT

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 4

CO CL3280Contig1 918 4 5 U
GCTTCCGAGTTCCTCCACTCTCTGTTATCCGCCATGTGTCCGCCTCTTCCGGTTCCGATC
TCCCCGGAGCTCACGGCGGCTCTTCTGGAAAAGGATAAGGTTAACGGTTTCGGATTGATG
GAGCCGTTCTCTGTATCCAACGAGAAGGGATCGGTGCGAGCGTATGGGATATATCCGAAG
ACGTCGTTCTTGAATCATGATTGTCTCCCTAATGCTTCTAGATTCGATTACGTTGACTCT
GGTGGTGGTGGTTCCGATGGTAATGGTAATACTGATATCATCATTAGGATGATACATGAT
GTTCCTCTAGGTAGAGAAGTCTGTTTGAGTTACTTCCCTGTCAACATGAACTACTCGGGT
AGACAGAAGAGGTTGCTTGAGGATTACGGTTTTAGATGTGAGTGTGATCGGTGTAAGGTG
GAAGCTAGTTGGTCGGAAGATGAGAACGAGGATATCGAAGAGATGGATGGTGGTGAAGAT
GATCAGGAAGAGGAAGAGATGGAAGAAGGAGAAGGTTGTGGGGATGGTGTGGATGATGAT
GATGAATCTAGTTTCCCGCATGCATACTTCTTTGCGAGGTATATGTGTGAGAAGGAGAAT
TGTTTTGGCACTCTTGCTCCGCTTCCGCCGAAGGGTCATGATGTTTCGAGGTTTCTTGAG
TGTAATGTTTGTGGAAGTGTTAAGGAGGATGAAGTTGGAGGAAACCCATGAGAGTCTGGA
GAGGAAGTGTTTTCGAAATCTCTTTCCAAGTTCGTTTATTTTTTTGCTGTTTTGTATTCT
GTTTTGGAAAAGAGAACATTCTAGTAGCTTTAGAGAGTCCTTCCATGTTTTAAGGTCTTT
CTTTGTTCTAGACAGTCTTCAGAATCATTTGAAACAGTTTTGTTGTGGTAATGAAGCATC
AGTTTTCCTAGTAGAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A905TF U 1
AF RR3BZ40TF U 280
AF RR3A905JQ C 81
AF RR3BZ40JQ C 264
BS 1 295 RR3A905TF
BS 296 296 RR3BZ40TF
BS 297 792 RR3A905TF
BS 793 847 RR3BZ40TF
BS 848 918 RR3A905JQ

RD RR3A905TF 792 0 0
GCTTCCGAGTTCCTCCACTCTCTGTTATCCGCCATGTGTCCGCCTCTTCCGGTTCCGATC
TCCCCGGAGCTCACGGCGGCTCTTCTGGAAAAGGATAAGGTTAACGGTTTCGGATTGATG
GAGCCGTTCTCTGTATCCAACGAGAAGGGATCGGTGCGAGCGTATGGGATATATCCGAAG
ACGTCGTTCTTGAATCATGATTGTCTCCCTAATGCTTCTAGATTCGATTACGTTGACTCT
GGTGGTGGTGGTTCCGATGGTAATGGTAATACTGATATCATCATTAGGATGATACGTGAT
GTTCCTCTAGGTAGAGAAGTCTGTTTGAGTTACTTCCCTGTCAACATGAACTACTCGGGT
AGACAGAAGAGGTTGCTTGAGGATTACGGTTTTAGATGTGAGTGTGATCGGTGTAAGGTG
GAAGCTAGTTGGTCGGAAGATGAGAACGAGGATATCGAAGAGATGGATGGTGGTGAAGAT
GATCAGGAAGAGGAAGAGATGGAAGAAGGAGAAGGTTGTGGGGATGGTGTGGATGATGAT
GATGAATCTAGTTTCCCGCATGCATACTTCTTTGCGAGGTATATGTGTGAGAAGGAGAAT
TGTTTTGGCACTCTTGCTCCGCTTCCGCCGAAGGGTCATGATGTTTCGAGGTTTCTTGAG
TGTAATGTTTGTGGAAGTGTTAAGGAGGATGAAGTTGGAGGAAACCCATGAGAGTCTGGA
GAGGAAGTGTTTTCGAAATCTCTTTCCAAGTTCGTTTATTTTTTTGCTGTTTTGTATTCT
GTTTTGGAAAAG

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3BZ40TF 568 0 0
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GTCAACATGAACTACTCGGGTAGACAGAAGAGGTTGCTTGAGGATTACGGTTTTAGATGT
GAGTGTGATCGGTGTAAGGTGGAAGCTAGTTGGTCGGAAGATGAGAACGAGGATATCGAA
GAGATGGATGGTGGTGAAGATGATCAGGAAGAGGAAGAGATGGAAGAAGGAGAAGGTTGT
GGGGATGGTGTGGATGATGATGATGAATCTAGTTTCCCGCATGCTTACTTCTTTGCGAGG
TATATGTGTGAGAAGGAGAATTGTTTTGGCACTCTTGCTCCGCTTCCGCCGAAGGGTCAT
GATGTTTCGAGGTTTCTTGAGTGTAATGTTTGTGGAAGTGTTAAGGAGGATGAAGTTGGA
GGAAACCCATGAGAGTCTGGAGAGGAAGTGTTTTCGAAATCTCTTTCCAAGTTCGTTTAT
TTTTTTGCTGTTTTGTATTCTGTTTTGGAAAAGAGAACATTCTAGTAGCTTTAGAGAGTC
CTTCCATGTTTTAAGGTCTTTCTTTGTT

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3A905JQ 838 0 0
TCTTCTGGAAAAGGATAAGGTTAACGGTTTCGGATTGATGGAGCCGTTCTCTGTATCCAA
CGAGAAGGGATCGGTGCGAGCGTATGGGATATATCCGAAGACGTCGTTCTTGAATCATGA
TTGTCTCCCTAATGCTTCTAGATTCGATTACGTTGACTCTGGTGGTGGTGGTTCCGATGG
TAATGGTAATACTGATATCATCATTAGGATGATACGTGATGTTCCTCTAGGTAGAGAAGT
CTGTTTGAGTTACTTCCCTGTCAACATGAACTACTCGGGTAGACAGAAGAGGTTGCTTGA
GGATTACGGTTTTAGATGTGAGTGTGATCGGTGTAAGGTGGAAGCTAGTTGGTCGGAAGA
TGAGAACGAGGATATCGAAGAGATGGATGGTGGTGAAGATGATCAGGAAGAGGAAGAGAT
GGAAGAAGGAGAAGGTTGTGGGGATGGTGTGGATGATGATGATGAATCTAGTTTCCCGCA
TGCATACTTCTTTGCGAGGTATATGTGTGAGAAGGAGAATTGTTTTGGCACTCTTGCTCC
GCTTCCGCCGAAGGGTCATGATGTTTCGAGGTTTCTTGAGTGTAATGTTTGTGGAAGTGT
TAAGGAGGATGAAGTTGGAGGAAACCCATGAGAGTCTGGAGAGGAAGTGTTTTCGAAATC
TCTTTCCAAGTTCGTTTATTTTTTTGCTGTTTTGTATTCTGTTTTGGAAAAGAGAACATT
CTAGTAGCTTTAGAGAGTCCTTCCATGTTTTAAGGTCTTTCTTTGTTCTAGACAGTCTTC
AGAATCATTTGAAACAGTTTTGTTGTGGTAATGAAGCATCAGTTTTCCTAGTAGAAAG

QA 1 838 1 838
DS 

RD RR3BZ40JQ 649 0 0
G
GGTAATACTGATATCATCATTAGGATGATACATGATGTTCCTCTAGGTAGAGAAGTTTGT
TTGAGTTACTTCCCTGTCAACATGAACTACTCGGGTAGACAGAAGAGGTTGCTTGAGGAT
TACGGTTTTAGATGTGAGTGTGATCGGTGTAAGGTGGAAGCTAGTTGGTCGGAAGATGAG
AACGAGGATATCGAAGAGATGGATGGTGGTGAAGATGATCAGGAAGAGGAAGAGATGGAA
GAAGGAGAAGGTTGTGGGGATGGTGTGGATGATGATGATGAATCTAGTTTCCCGCATGCT
TACTTCTTTGCGAGGTATATGTGTGAGAAGGAGAATTGTTTTGGCACTCTTGCTCCGCTT
CCGCCGAAGGGTCATGATGTTTCGAGGTTTCTTGAGTGTAATGTTTGTGGAAGTGTTAAG
GAGGATGAAGTTGGAGGAAACCCATGAGAGTCTGGAGAGGAAGTGTTTTCGAAATCTCTT
TCCAAGTTCGTTTATTTTTTTGCTGTTTTGTATTCTGTTTTGGAAAAGAGAACATTCTAG
TAGCTTTAGAGAGTCCTTCCATGTTTTAAGGTCTTTCTTTGTTCTAGACAGTCTTCAGAA
TCATTTGAAACAGTTTTGTTGTGGTAATGAAGCATCAGTTTTCCTAGT

QA 2 649 2 649
DS 



AS 1 4

CO CL3281Contig1 581 4 13 U
GAGAATGACAGTGATATTCATATGCATGGCGACACTGACGCATTAACAAGATTTAATTTG
AATCTTCTTCCAAGAGATTCAGACCGAAAAATATAAAAACGTAACGGTACGTCGGTACAT
GGAAAAAAGGAAAGAAAATACTGGACATTATATGTCTCGTTGATCATATGATAAAATATG
TATTAATATATAAATAATGGTGTACCGCATCATTAATCTTATCACATACTCATCATATAC
TTCCTCTTGAAACTGAAGCTTCTGAGACCCTCCTTTCTCCTTAAGAAAAAGTCACTCTCT
AGTTCTGCCCTCCAACATGAGCACTGGCGGATCCAGCGGTGGAGGTTTTATGGTGGATGA
AAGGTGGCTTGCGGTGCGAGGTTTCCGGCGAAGGTCTAGAGTTATGTGTCTCTGGCCCCC
TGTAATCGATCTCGTACACCTCCGAATCCGTATTTTCCGATCCTAAAGCGACCAAGCAAG
GCACAACAAGGAGAAGGTACATGAGAAAAATCACGACGGTCGACTTCATTTTAATTACTT
ATAAACAGTTATGAACTTTTGAGTGTTTTTGTTTTGAGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 0 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3GJ28JQ U 1
AF RR3GJ28TF C 1
AF RR3DF59JQ U 45
AF RR3DF59TF C 45
BS 1 126 RR3GJ28JQ
BS 127 127 RR3DF59JQ
BS 128 209 RR3GJ28JQ
BS 210 212 RR3DF59JQ
BS 213 265 RR3GJ28JQ
BS 266 266 RR3DF59JQ
BS 267 284 RR3GJ28JQ
BS 285 285 RR3DF59JQ
BS 286 465 RR3GJ28JQ
BS 466 466 RR3DF59JQ
BS 467 504 RR3GJ28JQ
BS 505 505 RR3DF59JQ
BS 506 581 RR3GJ28JQ

RD RR3GJ28JQ 581 0 0
GAGAATGACAGTGATATTCATATGCATGGCGACACTGACGCATTAACAAGATTTAATTTG
AATCTTCTTCCAAGAGATTCAGACCGAAAAATATAAAAACGTAACGGTACGTCGGTACAT
GGAAAAGAGGAAAGAAAATACTGGACATTATATGTCTCGTTGATCATATGATAAAATATG
TATTAATATATAAATAATGGTGTACCGCA***TTAATCTTATCACATACTCATCATATAC
TTCCTCTTGAAACTGAAGCTTCTGAAACCCTCCTTTCTCCTTAAAAAAAAGTCACTCTCT
AGTTCTGCCCTCCAACATGAGCACTGGCGGATCCAGCGGTGGAGGTTTTATGGTGGATGA
AAGGTGGCTTGCGGTGCGAGGTTTCCGGCGAAGGTCTAGAGTTATGTGTCTCTGGCCCCC
TGTAATCGATCTCGTACACCTCCGAATCCGTATTTTCCGATCCTATAGCGACCAAGCAAG
GCACAACAAGGAGAAGGTACATGAAAAAAATCACGACGGTCGACTTCATTTTAATTACTT
ATAAACAGTTATGAACTTTTGAGTGTTTTTGTTTTGAGTCC

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3GJ28TF 581 0 0
GAGAATGACAGTGATATTCATATGCATGGCGACACTGACGCATTAACAAGATTTAATTTG
AATCTTCTTCCAAGAGATTCAGACCGAAAAATATAAAAACGTAACGGTACGTCGGTACAT
GGAAAAGAGGAAAGAAAATACTGGACATTATATGTCTCGTTGATCATATGATAAAATATG
TATTAATATATAAATAATGGTGTACCGCA***TTAATCTTATCACATACTCATCATATAC
TTCCTCTTGAAACTGAAGCTTCTGAGACCCTCCTTTCTCCTTAAGAAAAAGTCACTCTCT
AGTTCTGCCCTCCAACATGAGCACTGGCGGATCCAGCGGTGGAGGTTTTATGGTGGATGA
AAGGTGGCTTGCGGTGCGAGGTTTCCGGCGAAGGTCTAGAGTTATGTGTCTCTGGCCCCC
TGTAATCGATCTCGTACACCTCCGAATCCGTATTTTCCGATCCTATAGCGACCAAGCAAG
GCACAACAAGGAGAAGGTACATGAGAAAAATCACGACGGTCGACTTCATTTTAATTACTT
ATAAACAGTTATGAACTTTTGAGTGTTTTTGTTTTGAGTCC

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3DF59JQ 537 0 0
GC
CAAGATTTAATTTGAATCTTCTTCCAAGAGATTCAGACCGAAAAATATAAAAACGTAACG
GTACGTCGGTACATGGAAAAAAGGAAAGAAAATACTGGACATTATATGTCTCGTTGATCA
TATGATAAAATATGTATTAATATATAAATAATGGTGTACCGCATCATTAATCTTATCACA
TACTCATCATATACTTCCTCTTGAAACTGAAGCTTCTGAGACCCTCCTTTTTC*TTAAGA
AAAAGTCACTCTCTAGTTCTGCCCTCCAACATGAGCACTGGCGGATCCAGCGGTGGAGGT
TTTATGGTGGATGAAAGGTGGCTTGCGGTGCGAGGTTTCCGGCGAAGGTCTAGAGTTATG
TGTCTCTGGCCCCCTGTAATCGATCTCGTACACCTCCGAATCCGTATTTTCCGATCCTAA
AGCGACCAAGCAAGGCACAGCAAGGAGAAGGTACATGAGAAAAATCACGACGGTCGACTT
CATTTTAATTACTTATAAACAGTTATGAACTTTTGAGTGTTTTTGTTTTGAGTCC

QA 3 537 3 537
DS 

RD RR3DF59TF 537 0 0
GC
CAAGATTTAATTTGAATCTTCTTCCAAGAGATTCAGACCGAAAAATATAAAAACGTAACG
GTACGTCGGTACATGGAAAAAAGGAAAGAAAATACTGGACATTATATGTCTCGTTGATCA
TATGATAAAATATGTATTAATATATAAATAATGGTGTACCGCATCATTAATCTTATCACA
TACTCATCATATACTTCCTCTTGAAACTGAAGCTTCTGAGACCCTCCTTTTTC*TTAAGA
AAAAGTCACTCTCTAGTTCTGCCCTCCAACATGAGCACTGGCGGATCCAGCGGTGGAGGT
TTTATGGTGGATGAAAGGTGGCTTGCGGTGCGAGGTTTCCGGCGAAGGTCTAGAGTTATG
TGTCTCTGGCCCCCTGTAATCGATCTCGTACACCTCCGAATCCGTATTTTCCGATCCTAA
AGCGACCAAGCAAGGCACAGCAAGGAGAAGGTACATGAGAAAAATCACGACGGTCGACTT
CATTTTAATTACTTATAAACAGTTATGAACTTTTGAGTGTTTTTGTTTTGAGTCC

QA 3 537 3 537
DS 



AS 1 3

CO CL3282Contig1 880 3 2 U
GGTTGTTTAATGAGACAACTTTATAGTTAATATATCAAATACTAAACTAACGTACGGTTT
ATGAAGAAAGAGAAGATGAAAAGTAATACTTTGGGCCTCAGAATAAACCTTTTTATTGAA
GGAACCTTTATTGAACAATCCAATAGAACCTTTAGGATCAAAGGGCTAAAAGAGAGGTAA
GCTTGTAGGGAAACGAACTTGCATCCATTGCTTCTCATACGTAACCAAATGGCTCCAACC
TAACTCCTCCAGTAAACCCAGTTTCATTTCGTACAGTTTCTTATTAGCTGTCTCGTTCTC
ATTTTGGATCATCTCCCCAAGTACCTTCAATGCAGTTCCAGGTCGAGAGAGCCGTTTCCC
TCTTAGAACAGAGAGAGTACAGAACTTCGATGATTTCACGTCTACCCATTTCGCCAGTTC
TTTGAAATTTTCTTCGAACTTATCCTTTTGGCTACTTTCTTCTTCTTCCCCTT***CTTC
CTGCTTACCCTTCAAATTCTCGAGTCTCGCCATGGCTAACCCTTTCTGGTATAGCGCTTC
TGCCAGTTGGTCACGGGTCATCTCCATTTTCTTCTTTAAATTCTCTGCTTCCTCGTCTTC
TTGTTCACTTTTTTGTAGCAAGAATCTTGCTAACTCGTCTACGTCAACGCTGCTTATTAC
TTCGTTTGCAGCATCTATAATCTCTTCGTGATGGCTGATTTTGTTCCCAGCTTCAGACCG
AGACAGCAAACTTTCTAAGATCTTAGCAAGCAATCGAGTAGAGTTTGGGTATTCAGACTT
GAGACAAGAACACAACTTTCTCCACTCCGAATGATCTTCCTCAGTTTCTTGCTTTAGATT
CCCGAGAAATTTGATCTTTATGTCACGAACCTCTTCTTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G736JQ U 1
AF RR3CI03JQ U 1
AF RR3CI03TF C 242
BS 1 800 RR3CI03JQ
BS 801 880 RR3CI03TF

RD RR3G736JQ 714 0 0
GA
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GAAGAAAGAGAAGATGAAAAGTAATACTTTGGGCCTCAGAATAAACCTTTTTATTGAAGG
AACCTTTATTGAACAATCCAATATAACCTTTAGGATCAAAGGGCTAAAAGAGAGGTAAGC
TTGTAGGGAAACGAACTTGCATCCATTGCTTCTCATGCGTAACCAAATGGCTCCAACCTA
ACTCCTCCAGTAAACCCAGTTTCATTTCGTACAGTTTCTTATTAGCTGTCTCGTTCTCAT
TTTGGATCGTCTCCTCAAGTACCTTCAATGCAGTTCCAGGTCGAGAGAGCCGTTTCTCTC
TTAGAACAGAGAGAGTACAGAACTTCGATGATTTCACGTCTACCCATTTCGCCAGTTCTT
TGAAATTTTCTTCGAACTTATCCTTTTGGCTACTTTCTTCTTCTTCCCCGTCATCTTCCT
GCTTACCCTTCAAATTCTCGAGTCTCGCCATGGCTAACCCTTTCTGGTATAGCGCTTCTG
CCAGTTGGTCACGGGTCATCTCCATTTTCTTCTTTAAATTCTCTGCTTCCTCGTCTTCTT
GTTCACTTTTTTGTAGCAAGAATCTTGC*AACTCGTCTACGTCAACGCTGCTTATTACTT
CGTTTGCAGCATCTATAATCTCTTCGTGATGGCTGATTTTGTTCCCAGCTTC

QA 3 714 3 714
DS 

RD RR3CI03JQ 800 0 0
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ATGAAGAAAGAGAAGATGAAAAGTAATACTTTGGGCCTCAGAATAAACCTTTTTATTGAA
GGAACCTTTATTGAACAATCCAATAGAACCTTTAGGATCAAAGGGCTAAAAGAGAGGTAA
GCTTGTAGGGAAACGAACTTGCATCCATTGCTTCTCATACGTAACCAAATGGCTCCAACC
TAACTCCTCCAGTAAACCCAGTTTCATTTCGTACAGTTTCTTATTAGCTGTCTCGTTCTC
ATTTTGGATCATCTCCCCAAGTACCTTCAATGCAGTTCCAGGTCGAGAGAGCCGTTTCCC
TCTTAGAACAGAGAGAGTACAGAACTTCGATGATTTCACGTCTACCCATTTCGCCAGTTC
TTTGAAATTTTCTTCGAACTTATCCTTTTGGCTACTTTCTTCTTCTTCCCCTT***CTTC
CTGCTTACCCTTCAAATTCTCGAGTCTCGCCATGGCTAACCCTTTCTGGTATAGCGCTTC
TGCCAGTTGGTCACGGGTCATCTCCATTTTCTTCTTTAAATTCTCTGCTTCCTCGTCTTC
TTGTTCACTTTTTTGTAGCAAGAATCTTGCTAACTCGTCTACGTCAACGCTGCTTATTAC
TTCGTTTGCAGCATCTATAATCTCTTCGTGATGGCTGATTTTGTTCCCAGCTTCAGACCG
AGACAGCAAACTTTCTAAGATCTTAGCAAGCAATCGAGTAGAGTTTGGGTATTCAGACTT
GAGACAAGAACACAACTTTC

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3CI03TF 639 0 0
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TTTTGGATCATCTCCCCAAGTACCTTCAATGCAGTTCCAGGTCGAGAGAGCCGTTTCCCT
CTTAGAACAGAGAGAGTACAGAACTTCGATGATTTCACGTCTACCCATTTCGCCAGTTCT
TTGAAATTTTCTTCGAACTTATCCTTTTGGCTACTTTCTTCTTCTTCCCCTT***CTTCC
TGCTTACCCTTCAAATTCTCGAGTCTCGCCATGGCTAACCCTTTCTGGTATAGCGCTTCT
GCCAGTTGGTCACGGGTCATCTCCATTTTCTTCTTTAAATTCTCTGCTTCCTCGTCTTCT
TGTTCACTTTTTTGTAGCAAGAATCTTGCTAACTCGTCTACGTCAACGCTGCTTATTACT
TCGTTTGCAGCATCTATAATCTCTTCGTGATGGCTGATTTTGTTCCCAGCTTCAGACCGA
GACAGCAAACTTTCTAAGATCTTAGCAAGCAATCGAGTAGAGTTTGGGTATTCAGACTTG
AGACAAGAACACAACTTTCTCCACTCCGAATGATCTTCCTCAGTTTCTTGCTTTAGATTC
CCGAGAAATTTGATCTTTATGTCACGAACCTCTTCTTCC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 4

CO CL3283Contig1 713 4 5 U
GGCTAGAGATTCTGTTTGATCCAGCTGCATCGCTCTCCTTCTCCGTTAACGGCGACACAC
CAGTAGAATAGAATCTCCGCCGCCGGCGACATAAGGAAGAGTTGTCTATCTAGAGATGGC
GTCAAAGTTACTACAACTGAAATCGAAGGCCTGTGAAGCATCCAAGTTTGTGTCGAAGCA
CGGCACGACTTACTACAAACAGTTACTGGAGAAGAACAAGCAGTATATCCAGGAGCCAGC
CACTGTCGAGAAATGCAATGAGTTGTCTAAGCAGCTTCTCTACACTCGTCTTGCTAGCAT
TCCTGGACGTACTGAGTTGTTCTGGAAGGAAGTGGATCACGTCAAAGGCTTGTGGAAGAA
TAGGGCGGATTTGAAGGTTGAAGATGCTGGAATCGCAGCTCTTTTCGGTCTGGAATGCTT
CGCCTGGTACTGTGCAGGTGAGATCGTTGGAAGAGGCTTCACTTTCACCGGCTACTACCC
TTGAAGCAACTCCCATGAACAAACATGCCTACTTTTAAAATCATTGAACGCTGAAAAACA
GCCTTTTTTAAAATCCATAAACTGGCGGTTCATCATCGCATTAGATCCAAAAGTTGATTT
CTTTTTCTCTGTCTTTGGATAATTTAATACACACAAGTTTTGAAGCTGAGGCGTCAGCAC
TCATGCTAGCTCTTAATAATATCAAAGGACAACATGTTTGCTCTTGGTTTGTC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BQ14TF U 1
AF RR3B227JQ C 186
AF RR3B227TF U 3
AF RR3BQ14JQ C 77
BS 1 383 RR3BQ14TF
BS 384 384 RR3B227TF
BS 385 478 RR3BQ14TF
BS 479 479 RR3B227TF
BS 480 713 RR3BQ14TF

RD RR3BQ14TF 713 0 0
GGCTAGAGATTCTGTTTGATCCAGCTGCATCGCTCTCCTTCTCCGTTAACGGCGACACAC
CAGTAGAATAGAATCTCCGCCGCCGGCGACATAAGGAAGAGTTGTCTATCTAGAGATGGC
GTCAAAGTTACTACAACTGAAATCGAAGGCCTGTGAAGCATCCAAGTTTGTGTCGAAGCA
CGGCACGACTTACTACAAACAGTTACTGGAGAAGAACAAGCAGTATATCCAGGAGCCAGC
CACTGTCGAGAAATGCAATGAGTTGTCTAAGCAGCTTCTCTACACTCGTCTTGCTAGCAT
TCCTGGACGTACTGAGTTGTTCTGGAAGGAAGTGGATCACGTCAAAGGCTTGTGGAAGAA
TAGGGCGGATTTGAAGGTTGAAGGTGCTGGAATCGCAGCTCTTTTCGGTCTGGAATGCTT
CGCCTGGTACTGTGCAGGTGAGATCGTTGGAAGAGGCTTCACTTTCACCGGCTACTACTC
TTGAAGCAACTCCCATGAACAAACATGCCTACTTTTAAAATCATTGAACGCTGAAAAACA
GCCTTTTTTAAAATCCATAAACTGGCGGTTCATCATCGCATTAGATCCAAAAGTTGATTT
CTTTTTCTCTGTCTTTGGATAATTTAATACACACAAGTTTTGAAGCTGAGGCGTCAGCAC
TCATGCTAGCTCTTAATAATATCAAAGGACAACATGTTTGCTCTTGGTTTGTC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3B227JQ 519 0 0
CGACTTACTACAAACAGTTACTGGAGAAGAACAAGCAGTATATCCAGGAGCCAGCCACTG
TCGAGAAATGCAATGAGTTGTCTAAGCAGCTTCTCTACACTCGTCTTGCTAGCATTCCTG
GACGTACTGAGTTGTTCTGGAAGGAAGTGGATCACGTCAAAGGCTTGTGGAAGAATAGGG
CGGATTTGAAGGTTGAGGATGCTGGAATCGCAGCTCTTTTCGGTCTGGAATGCTTCGCCT
GGTACTGTGCAGGTGAGATCGTTGGAAGAGGCTTCACTTTCACCGGCTACTACCCTTGAA
GCAACTCCCATGAACAAACATGCCTACTTTTAAAATCATTGAACGCTGAAAAACAGCCTT
TTTTAAAATCCATAAACTGGCGGTTCATCATCGCATTAGATCCAAAAGTTGATTTCTTTT
TCTCTGTCTTTGGATAATTTAATACACACAAGTTTTGAAGCTGAGGCGTCAGCACTCATG
CTAGCTCTTAATAATATCAAAGGACAACATGTTTGCTCT

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR3B227TF 702 0 0
GG
AGAGATTCTGTTTGATCCAGCTGCATCGCTCTCCTTCTCCGTTAACGGCGACACACCAGT
AGAATAGAATCTCCGCCGCCGGCGACATAAGGAAGAGTTGTCTATCTAGAGATGGCGTCA
AAGTTACTACAACTGAAATCGAAGGCCTGTGAAGCATCCAAGTTTGTGTCGAAGCACGGC
ACGACTTACTACAAACAGTTACTGGAGAAGAACAAGCAGTATATCCAGGAGCCAGCCACT
GTCGAGAAATGCAATGAGTTGTCTAAGCAGCTTCTCTACACTCGTCTTGCTAGCATTCCT
GGACGTACTGAGTTGTTCTGGAAGGAAGTGGATCACGTCAAAGGCTTGTGGAAGAATAGG
GCGGATTTGAAGGTTGAGGATGCTGGAATCGCAGCTCTTTTCGGTCTGGAATGCTTCGCC
TGGTACTGTGCAGGTGAGATCGTTGGAAGAGGCTTCACTTTCACCGGCTACTACCCTTGA
AGCAACTCCCATGAACAAACATGCCTACTTTTAAAATCATTGAACGCTGAAAAACAGCCT
TTTTTAAAATCCATAAACTGGCGGTTCATCATCGCATTAGATCCAAAAGTTGATTTCTTT
TTCTCTGTCTTTGGATAATTTAATACACACAAGTTTTGAAGCTGAGGCGTCAGCACTCAT
GCTAGCTCTTAATAATATCAAAGGACAACATGTTTGCTCT

QA 3 702 3 702
DS 

RD RR3BQ14JQ 637 0 0
CCGCCGCCGGCGACATAAGGAAGAGTTGTCTATCTAGAGATGGCGTCAAAGTTACTACAA
CTGAAATCGAAGGCCTGTGAAGCATCCAAGTTTGTGTCGAAGCACGGCACGACTTACTAC
AAACAGTTACTGGAGAAGAACAAGCAGTATATCCAGGAGCCAGCCACTGTCGAGAAATGC
AATGAGTTGTTTAAGCAGCTTCTCTACACTCGTCTTGCTAGCATTCCTGGACGTACTGAG
TTGTTCTGGAAGGAAGTGGATCACGTCAAAGGCTTGTGGAAGAATAGGGCGGATTTGAAG
GTTGAAGGTGCTGGAATCGCAGCTCTTTTCGGTCTGGAATGCTTCGCCTGGTACTGTGCA
GGTGAGATCGTTGGAAGAGGCTTCACTTTCACCGGCTACTACTCTTGAAGCAACTCCCAT
GAACAAACATGCCTACTTTTAAAATCATTGAACGCTGAAAAACAGCCTTTTTTAAAATCC
ATAAACTGGCGGTTCATCATCGCATTAGATCCAAAAGTTGATTTCTTTTTCTCTGTCTTT
GGATAATTTAATACCCACAAGTTTTGAAGCTGAGGCGTCAGCACTCATGCTAGCTCTTAA
TAATATCAAAGGACAACATGTTTGCTCTTGGTTTGTC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 2 4

CO CL3284Contig1 1009 2 2 U
TCTCGATAAACCGACAACGTTCTCCGACGATGATGGAGGAGAGAGGGGTGAAACAAATTC
GAGTGAGCGAGTAGCACCTAAGAACCCTAGATGGGCAGTTTATGGCAAGGGATTCGACCA
CGTCTCCAAGTTCTTCAATAGCGATAAGTATGATCCCACTGGCAAGAAGCTCGAGGGCCC
TCGGAAGCTGCTTTCAAAAGAAGAGAAGTTTATGCTCAATAGCCGAATGCCTCACCTAGC
TGTTGCCACCTCCAAAAAGTGGCTTCCTCTTCACACACTTGCAGCTTCCGGAGAATTTTA
TCTGCTTGACTCCTTGCTAAAGCACAATCATGATATCAATGCAACCGACGTGGGCGGCTT
GACAGCACTTCACCGAGCAATAATTGGTAAAAAACAGGCTATTACAAACTACCTGCTGAG
GGAATCCGCAAACCCCTTTGTTCTTGATGATGAAGGTGCGACCTTGATGCACTATGCTGT
GCAGACAGCATCAGCTCCCACAATAAAACTTCTCCTCCTGTATAACGCTGACATAAACGC
GCAAGACAGGGACGGTTGGACGCCCCTGCACGTTGCAGTACAGGCCAGAAGAAGCGACAT
GGTGAAACTTCTTTTGATAAAAGGAGCGGACATACAAGTGAAGAACAAGGATGGGTTAAC
TCCGGTTGGCCTTTGCCTCTACCTAGGAAGAGAGACAAGGACGTATGAAGTGTTGAAAAT
GTTGAAAGAGTTTCCCCGTAGTAGACTCAAGAGATTGGTAACGGATTAAGCTTTGGATTA
ACAGCAGAGCAGCTGCAGTCATATATATGTGTACTCGCTGGACCACTTTACCACATTTGG
TCGGTGTTTCGTTTGTTTTGCGCACTGGTGATTAACATAGCCGAAATCATGTTACCCGAA
AACAGTTACTACCTGTATACATGTAAAATTGTTTGATACCCTCACTCACATTTATTCATG
TATTATTACTGTTAGAGTCTCTACATAATCAGAAGGCAATCAACACTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BL34TF U 1
AF RR3BL34JQ C 254
BS 1 545 RR3BL34TF
BS 546 1009 RR3BL34JQ

RD RR3BL34TF 545 0 0
TCTCGATAAACCGACAACGTTCTCCGACGATGATGGAGGAGAGAGGGGTGAAACAAATTC
GAGTGAGCGAGTAGCACCTAAGAACCCTAGATGGGCAGTTTATGGCAAGGGATTCGACCA
CGTCTCCAAGTTCTTCAATAGCGATAAGTATGATCCCACTGGCAAGAAGCTCGAGGGCCC
TCGGAAGCTGCTTTCAAAAGAAGAGAAGTTTATGCTCAATAGCCGAATGCCTCACCTAGC
TGTTGCCACCTCCAAAAAGTGGCTTCCTCTTCACACACTTGCAGCTTCCGGAGAATTTTA
TCTGCTTGACTCCTTGCTAAAGCACAATCATGATATCAATGCAACCGACGTGGGCGGCTT
GACAGCACTTCACCGAGCAATAATTGGTAAAAAACAGGCTATTACAAACTACCTGCTGAG
GGAATCCGCAAACCCCTTTGTTCTTGATGATGAAGGTGCGACCTTGATGCACTATGCTGT
GCAGACAGCATCAGCTCCCACAATAAAACTTCTCCTCCTGTATAACGCTGACATAAACGC
GCAAG

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3BL34JQ 756 0 0
AAA
AAGTGGCTTCCTCTTCACACACTTGCAGCTTCCGGAGAATTTTATCTGCTTGACTCCTTG
CTAAAGCACAATCATGATATCAATGCAACCGACGTGGGCGGCTTGACAGCACTTCACCGA
GCAATAATTGGTAAAAAACAGGCTATTACAAACTACCTGCTGAGGGAATCCGCAAACCCC
TTTGTTCTTGATGATGAAGGTGCGACCTTGATGCACTATGCTGTGCAGACAGCATCAGCT
CCCACAATAAAACTTCTCCTCCTGTATAACGCTGACATAAACGCGCAAGACAGGGACGGT
TGGACGCCCCTGCACGTTGCAGTACAGGCCAGAAGAAGCGACATGGTGAAACTTCTTTTG
ATAAAAGGAGCGGACATACAAGTGAAGAACAAGGATGGGTTAACTCCGGTTGGCCTTTGC
CTCTACCTAGGAAGAGAGACAAGGACGTATGAAGTGTTGAAAATGTTGAAAGAGTTTCCC
CGTAGTAGACTCAAGAGATTGGTAACGGATTAAGCTTTGGATTAACAGCAGAGCAGCTGC
AGTCATATATATGTGTACTCGCTGGACCACTTTACCACATTTGGTCGGTGTTTCGTTTGT
TTTGCGCACTGGTGATTAACATAGCCGAAATCATGTTACCCGAAAACAGTTACTACCTGT
ATACATGTAAAATTGTTTGATACCCTCACTCACATTTATTCATGTATTATTACTGTTAGA
GTCTCTACATAATCAGAAGGCAATCAACACTCG

QA 4 756 4 756
DS 



CO CL3284Contig2 1227 2 2 U
GCAAGGCCAAGAGAATAGTAGAAGCGGCGGCGGAGATAGAGCCGGAAAACCTGGTGCCGG
ATGAATGGAGGGATGTTCAGGCGGAGGTGAATCTGACGAAGAAGGACAAGAGGAAAATAG
CGCAGGAACTGGAGTTCGGAGTGAGGGTGGAGAAGAAGAGACAAGGGCTCATTCCGCTGA
GTAGGGTGGACTTGAAGGAGTATCTCACTTACAAGGAAGCCAAGTTGAATCAGTTGAATC
CTGTGGTTCTCGATAAACCGACAACGTTCTCCGACGATGATGGAGGAGAGACGCGAGAAC
CATATTCTAGTGAGCGAGTAGCACCAAAGAACCCTAGATGGGCAGTTTATGGCAAGGGAT
TCGACCACGTCTCCAAGTTCTTCAATAGCGATAAGTATGATCCCACTGGCAAGAAGCTCG
AGGGCCCTCGGAAGCTGCTTTCAAAAGAAGAGAAGTTTATGCTCAATAGCCGATTGCCTC
ACCTAGCTGTTGCCACCTCCAAAAAGTGGCTTCCTCTTCACACACTTGCAGCTTCCGGAG
AATTTTATCTGCTTCACTCCTTGCTAAAGCACAATCTTGATATCAATTCAACCGACGTGG
GCGGCTTGACAGCACTTCACCGAGCAATAATTGGTAAAAAACAGGCTATTACAAACTACC
TGCTGAGGGAATCCGCAAACCCCTTTGTTCTTGATGATGAAGGTGCGACCTTGATGCACT
ATGCTGTGCAGACAGCATCAGCTCCCACAATAAAACTTCTCCTGCTGTATAACGCTGACA
TAAACGCGCAAGACAGGGACGGGTGGACGCCCCTGCACGTTGCAGTACAGGCCAGAAGAA
GCGACATGGTGAAACTTCTTTTAATAAAAGGGGCGGACATACAAGTGAAGAACAAGGATG
GGTTAACTCCGGTTGGCCTTTGCCTCTACCTAGGAAGAGAGACAAGGACGTATGAAGTGT
TGAAAATGTTGAAAGAGTTTCCCCGTAGTAGACTCAAGAGATTGGTAACGGATTAAGCTT
TACAGGAGTCGCCTTAAGAGCAAAGAGCTGCTGCAGTCATATATGTACTCGCTGGACCAT
CTGGTCGGTGTTTTTTCTTTTGCGTTTGTTTTCGCACTAGTGATTAACATAGCCGAAATC
ATGTTACCCGAAAACAGTTACTACCTGTATACATGTAAAGTTGTTTGATACCCGCACTCA
CATTTATTCATGTATTATTACTGTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL41TF U 1
AF RR3FL41JQ C 504
BS 1 638 RR3FL41TF
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RD RR3FL41TF 638 0 0
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TCGACCACGTCTCCAAGTTCTTCAATAGCGATAAGTATGATCCCACTGGCAAGAAGCTCG
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GCGGCTTGACAGCACTTCACCGAGCAATAATTGGTAAA

QA 1 638 1 638
DS 

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TTTGTTCTTGATGATGAAGGTGCGACCTTGATGCACTATGCTGTGCAGACAGCATCAGCT
CCCACAATAAAACTTCTCCTGCTGTATAACGCTGACATAAACGCGCAAGACAGGGACGGG
TGGACGCCCCTGCACGTTGCAGTACAGGCCAGAAGAAGCGACATGGTGAAACTTCTTTTA
ATAAAAGGGGCGGACATACAAGTGAAGAACAAGGATGGGTTAACTCCGGTTGGCCTTTGC
CTCTACCTAGGAAGAGAGACAAGGACGTATGAAGTGTTGAAAATGTTGAAAGAGTTTCCC
CGTAGTAGACTCAAGAGATTGGTAACGGATTAAGCTTTACAGGAGTCGCCTTAAGAGCAA
AGAGCTGCTGCAGTCATATATGTACTCGCTGGACCATCTGGTCGGTGTTTTTTCTTTTGC
GTTTGTTTTCGCACTAGTGATTAACATAGCCGAAATCATGTTACCCGAAAACAGTTACTA
CCTGTATACATGTAAAGTTGTTTGATACCCGCACTCACATTTATTCATGTATTATTACTG
TTAG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 3

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CACCGGCTCTGCAAGAGTAAGGCAAGTCAACTCCAGCTTCTTCAGCTGCATCCAATATGT
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ACCCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 10 

AF RR3BA40JQ U 1
AF RR3BA40TF C 3
AF RR3EB50JQ U 24
BS 1 199 RR3BA40JQ
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BS 201 724 RR3BA40JQ
BS 725 725 RR3EB50JQ

RD RR3BA40JQ 724 0 0
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ACCC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3BA40TF 722 0 0
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TTTTTATGCAATTGCGTAAGAAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGGCGGAGAC
CC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3EB50JQ 702 0 0
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AGTTCCTCTTCTTTGTGGGTATGGATCACAAGGTCAGACTGCGGGTAAGCCACACAAGTC
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AAGTCAACTCCAGCTTCTTCAGCTGCATCCAATATGTACTGGTCGTCTGGGACCTCAAAC
TCGTTTTCTTGGCCATCGGGTCCGACGAGCTTGACCTTGTATACTGCTGACATGGTGGCA
CCACCAGAGCTGGCTGAGCATTTCAAGCCGAAGGATCTCGAGACTTTATGAACTGATCCA
ACGGAGACTCTGTTAGTGGTGAGCTTAATGTTGGTTGGCTGGCTTCTAAGAACAGCCTTG
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QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 4

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ACGCTTCACACCATCCTTCTCCTTCCCCTCTCTCTCCTCCACTCTCCGCGTCGACACACC
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GCTCCCGATCGCGGAGGCTGAATCGATTCCGGCCGAGTCCGGCGTATACGCCGTCTACGA
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TCACGTGAAATCGGTTCCGGAGCTTTGTGGCTCCGTCAAGGTTGGTATAGTAGAAGAACC
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GGAACTGATTGACCGGTTAGTGAAAGAGAACAAGGTGGTAGCTTTCATAAAAGGGTCGAG
AAGCGCTCCTCAATGTGGATTCTCACAGAGAGTTGTTGGGATTCTTGAGAGCCAAGGAGT
GGATTATGAAACGGTTGATGTTCTTGACGATGACTATAACCATGGGCTAAGAGAGAAGCT
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AGGTTGTGATATATTGACCTCAATGTACGAGAATGGCGAGCTTGCCAATATGTTTAAGTA
GTTTCATCTCTGTTTATTTCTCTGTTTCTAGTTTGTATAACTCAAAACATTTATCATAAA
CGTTTGGAACCTCTTTAATTTGAAACTTGCTTGTTCACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B915TF U 1
AF RR3BU05TF U 101
AF RR3B915JQ C 217
AF RR3BU05JQ C 424
BS 1 590 RR3B915TF
BS 591 591 RR3BU05TF
BS 592 782 RR3B915TF
BS 783 783 RR3B915JQ
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BS 815 815 RR3B915JQ
BS 816 827 RR3B915TF
BS 828 943 RR3B915JQ
BS 944 944 RR3BU05JQ
BS 945 1000 RR3B915JQ

RD RR3B915TF 834 0 0
GGGAATCTCTCCTCCGACAAAAATGGCTGCAATCAGTTTCTCCTCTGTGCACGCCTCACC
CTCTCCCCGTGTTTTCCGTCCACATATTCCCCGAAATACCCCTAGCCTTACTCTCTATTC
ACGCTTCACACCATCCTTCTCCTTCCCCTCTCTCTCCTCCACTCTCCGCGTCGACACACC
CCGATCTCGCCGTCCCTTCCTAATCGCCTCCGCCTTAAAGTCGCTGGGGGAGACGGAGCA
GCTCCCGATCGCGGAGGCTGAATCGATTCCGGCCGAGTCCGGCGTATACGCCGTCTACGA
TAAGAGCGAGGAGCTTCAGTTCGTCGGGATATCTCGGAACATCGGAGCGAGTGTAGCTGC
TCACGTGAAATCGGTTCCGGAGCTTTGTGGCTCCGTCAAGGTTGGTATAGTAGAAGAACC
AGACAAAGCTATTCTAACACAAGCATGGAAATCATGGATAGAAGAGCACATAAAAGTAAC
GGGAAATGTCCCTCCAGGGAACAAGTCAGGGAACAACACATGGGTCAAACAGACTCCAAG
GAAGAAATCTGACATCCGTCTCACTCCAGGTCGCCATGTCGAGCTCAATGTCCCCTTAGA
GGAACTGATTGACCGGTTAGTGAAAGAGAACAAGGTGGTAGCTTTCATAAAAGGGTCGAG
AAGCGCTCCTCAATGTGGATTCTCACAGAGAGTTGTTGGGATTCTTGAGAGCCAAGGAGT
GGATTATGAAACGGTTGATGTTCTTGACGATGACTATAACCATGGGCTAAGAGAGAAGCT
GA*GAGTTATAGTAATTGGCCAACGTTCCCGCAG*TGTTTGTGAAAG
GAGACTG

QA 1 827 1 827
DS 

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G
CTAGCCTTACTCTCTATTCACGCTTCACACCATCCTTCTCCTTCCCCTCTCTCTCCTCCA
CTCTCCGCGTCGACACACCCCGATCTCGCCGTCCCTTCCTAATCGCCTCCGCCTTAAAGT
CGCTGGGGGAGACGGAGCAGCTCCCGATCGCGGAGGCTGAATCGATTCCGGCCGAGTCCG
GCGTATACGCCGTCTACGATAAGAGCGAGGAGCTTCAGTTCGTCGGGATATCTCGGAACA
TCGGAGCGAGTGTAGCTGCTCACGTGAAATCGGTTCCGGAGCTTTGTGGCTCCGTCAAGG
TTGGTATAGTAGAAGAACCAGACAAAGCTATTCTAACACAAGCATGGAAATCATGGATAG
AAGAGCACATAAAAGTAACGGGAAATGTCCCTCCAGGGAACAAGTCAGGGAACAACACAT
GGGTCAAACAGACTCCAAGGAAGAAATCTGACATCCGTCTCACTCCAGGTCGCCATGTCG
AGCTCAATGCCCCCTTAGAGGAACTGATTGACCGGTTAGTGAAAGAGAACAAGGTGGTAG
CTTTCATAAAAGGGTCGAGAAGCGCTCCTCAATGTGGATTCTCACAGAGAGTTGTTGGGA
TTCTTGAGAGCCAAGGAGTGGATTATGAAACGGTTGATGTTCTTGACGATGACTATAACC
ATGGGCTAAGAGAGAAGCTGA*GAGTTATAGTA*TTGGCCA*CGTTCCCGCAG*TGTTTG
TGAAAG
AGACTG

QA 2 727 2 727
DS 

RD RR3B915JQ 784 0 0
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GTCCGGCGTATACGCCGTCTACGATAAGAGCGAGGAGCTTCAGTTCGTCGGGATATCTCG
GAACATCGGAGCGAGTGTAGCTGCTCACGTGAAATCGGTTCCGGAGCTTTGTGGCTCCGT
CAAGGTTGGTATAGTAGAAGAACCAGACAAAGCTATTCTAACACAAGCATGGAAATCATG
GATAGAAGAGCACATAAAAGTAACGGGAAATGTCCCTCCAGGGAACAAGTCAGGGAACAA
CACATGGGTCAAACAGACTCCAAGGAAGAAATCTGACATCCGTCTCACTCCAGGTCGCCA
TGTCGAGCTCAATGTCCCCTTAGAGGAACTGATTGACCGGTTAGTGAAAGAGAACAAGGT
GGTAGCTTTCATAAAAGGGTCGAGAAGCGCTCCTCAATGTGGATTCTCACAGAGAGTTGT
TGGGATTCTTGAGAGCCAAGGAGTGGATTATGAAACGGTTGATGTTCTTGACGATGACTA
TAACCATGGGCTAAGAGAGAAGCTGAAGAGTTATAGTAATTGGCCAACGTTCCCGCAGGT
GTTTGTGAAAGGAGAACTGTTAGGAGGTTGTGATATATTGACCTCAATGTACGAGAATGG
CGAGCTTGCCAATATGTTTAAGTAGTTTCATCTCTGTTTATTTCTCTGTTTCTAGTTTGT
ATAACTCGAAACATTTATCATAAACGTTTGGAACCTCTTTAATTTGAAACTTGCTTGTTC
ACAT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3BU05JQ 545 0 0
CAAAGCTATTTTAACACAAGCATGGAAATCATGGATAGAAGAGCACATAAAAGTAACGGG
AAATGTCCCTCCAGGGAACAAGTCAGGGAACAACACATGGGTCAAACAGACTCCAAGGAA
GAAATTTGACATCCGTCTCACTCCAGGTCGCCATGTCGAGCTCAATGCCCCCTTAGAGGA
AATGATTGACCGGTTAGTGAAAGAGAACAAGGTGGTAGCTTTCATAAAAGGGTCGAGAAG
CGCTCCTCAATGTGGATTTTCACAGAGAGTTGTTGGGATTTTTGAGAGCCAAGGAGTGGA
TTATGAAACGGTTGATGTTTTTGACGATGACTATAACCATGGGGTAAGAGAGAAGCTGAA
GAGTTATAGTAATTGGCCAACGTTCCCGCAGGTGTTTGTGAAAGGAGAACTGTTAGGAGG
TTGTGATATATTGACCTCAATGTACGAGAATGGCGAGCTTGCCAATATGTTTAAGTAGTT
TCATCTCTGTTTATTTTTCTGTTTTTAGTTTGTATAACTCAAAACATTTATCATAAACGT
TTGGA

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 4

CO CL3287Contig1 1384 4 8 U
GGGATTTGGAGTTTCTGTTTGTTCTATGTCATGGCTGAGCTTTGGGGTAGCGTTGTGGTC
TCAGTTCTCTTCTGGGGATTTGCTAATCAGATTACAACGGTTGATGAAGCCAAAAAGTTC
TATCCTTTGTTTGGACTGGGTGCAAATGTTGCACTTATATCCTCAGGGAGAACTGTGAAG
TATTTCTCTAACATGAGGAAGAATCTTGGTCCTGGAGTTGATGGTTGGGCTGTTTCGTTG
AAAGCTATGATGAGTATTGTTGTGGGGATGGGTCTAGCCATCTGTTTCCTCTACTGGTGG
GTCAATAGATACGTCCCTCTCCCAACTCGTAGCAAGAAGAAGAAGGTGAAACCACAGATG
GGAATGATGGAGAGCTTGAAGTTCTTGGTGTCATCACCATACATCAGAGATCTCGCTACT
TTGGTTGTCGCATATGGGATTAGTATCAACCTTGTCGAAGTCACATGGAAATCAAAGCTT
AAAGCTCAGTTCCCTAGTCCGAACGAGTACTCAGCGTTTATGGGTGACTTCTCAACCTGC
ACTGGTATTGCAACGTCCACAATGATGCTTCTCAGTCAATACGTATTCAACAAGTATGGT
TGGGGAGTAGCTGCAAAGATCACGCCAACAGTTCTGTTACTGACCGGAGTCGCCTTCTTC
TCTCTGATACTCTTCGGTGGCCCGTTCGCTCCGCTGGTCGCCAAGCTCGGTATGACGCCG
CTGCTCGCAGCTGTGTACGTTGGTGCCCTCCAGAACATCTTCAGTAAGAGCGCCAAGTAC
AGCTTGTTCGATCCTTGTAAAGAAATGGCTTATATCCCATTGGATGAGGACACCAAGGTT
AGGGGCAAAGCTGCGATTGATGTTGTGTGCAACCCATTGGGGAAATCAGGCGGTGCACTG
ATCCAGCAGTTTATGATCCTCACGTTCGGTTCACCGGCCAGCTCCACTCCTTACCTTGGA
GTCATCTTGCTAGGTATAGTCACTGCTTGGCTAGCTGCGGCGAAGTCTCTGGAGGGACAG
TTCAACACTCTGATGTCTGAGGAAGAGCTTGAAAAGGAGATGGAGAGAGCTGCATCGCTC
AAGATTCCTGTTGTGTCTTCGGAAGAACCGGCGTCAGGAGAATCTACCAGCCAGCTACCG
GAGACATCTTCCCCGACTAGCATTTAGACGATGATGATGACGGATAAAAATGGATTTTGA
GAGATGGGTTACGTGAGTTTGTGTTTTTTTAAGGGTTTGGTCGGAACAAAGATTTTGATA
GTGAGAAAGACTTTTTAAGTCAAACCGTTTAGTCATGCTTTTTGTTGTTGTTCTCTCCAT
ACGAAATAGCATACTAAATTTATAAATTTGATAAATGGTATCAATAATCTCCTCTGTTTC
GACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3DF29TF U 1
AF RR3DU31TF U 405
AF RR3DU31JQ C 523
AF RR3DF29JQ C 658
BS 1 455 RR3DF29TF
BS 456 456 RR3DU31TF
BS 457 491 RR3DF29TF
BS 492 492 RR3DU31TF
BS 493 742 RR3DF29TF
BS 743 1037 RR3DU31TF
BS 1038 1375 RR3DU31JQ
BS 1376 1384 RR3DF29JQ

RD RR3DF29TF 742 0 0
GGGATTTGGAGTTTCTGTTTGTTCTATGTCATGGCTGAGCTTTGGGGTAGCGTTGTGGTC
TCAGTTCTCTTCTGGGGATTTGCTAATCAGATTACAACGGTTGATGAAGCCAAAAAGTTC
TATCCTTTGTTTGGACTGGGTGCAAATGTTGCACTTATATCCTCAGGGAGAACTGTGAAG
TATTTCTCTAACATGAGGAAGAATCTTGGTCCTGGAGTTGATGGTTGGGCTGTTTCGTTG
AAAGCTATGATGAGTATTGTTGTGGGGATGGGTCTAGCCATCTGTTTCCTCTACTGGTGG
GTCAATAGATACGTCCCTCTCCCAACTCGTAGCAAGAAGAAGAAGGTGAAACCACAGATG
GGAATGATGGAGAGCTTGAAGTTCTTGGTGTCATCACCATACATCAGAGATCTCGCTACT
TTGGTTGTCGCATATGGGATTAGTATCAACCTTGTTGAAGTCACATGGAAATCAAAGCTT
AAAGCTCAGTTTCCTAGTCCGAACGAGTACTCAGCGTTTATGGGTGACTTCTCAACCTGC
ACTGGTATTGCAACGTCCACAATGATGCTTCTCAGTCAATACGTATTCAACAAGTATGGT
TGGGGAGTAGCTGCAAAGATCACGCCAACAGTTCTGTTACTGACCGGAGTCGCCTTCTTC
TCTCTGATACTCTTCGGTGGCCCGTTCGCTCCGCTGGTCGCCAAGCTCGGTATGACGCCG
CTGCTCGCAGCTGTGTACGTTG

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3DU31TF 633 0 0
G
AGAGATCTCGCTACTTTGGTTGTCGCATATGGGATTAGTATCAACCTTGTCGAAGTCACA
TGGAAATCAAAGCTTAAAGCTCAGTTCCCTAGTCCGAACGAGTACTCAGCGTTTATGGGT
GACTTCTCAACCTGCACTGGTATTGCAACGTTCACAATGATGCTTCTCAGTCAATACGTA
TTCAACAAGTATGGTTGGGGAGTAGCTGCAAAGATCACGCCAACAGTTCTGTTACTGACC
GGAGTCGCCTTCTTCTCTCTGATACTCTTCGGTGGCCCGTTCGCTCCGCTGGTCGCCAAG
CTCGGTATGACGCCGCTGCTCGCAGCTGTGTACGTTGGTGCCCTCCAGAACATCTTCAGT
AAGAGCGCCAAGTACAGCTTGTTCGATCCTTGTAAAGAAATGGCTTATATCCCATTGGAT
GAGGACACCAAGGTTAGGGGCAAAGCTGCGATTGATGTTGTGTGCAACCCATTGGGGAAA
TCAGGCGGTGCACTGATCCAGCAGTTTATGATCCTCACGTTCGGTTCACCGGCCAGCTCC
ACTCCTTACCTTGGAGTCATCTTGCTAGGTATAGTCACTGCTTGGCTAGCTGCGGCGAAG
TCTCTGGAGGGACAGTTCAACACTCTGATGTC

QA 2 633 2 633
DS 

RD RR3DU31JQ 853 0 0
GGTGACTTCTCAAC*TGCACTGGTAT*GCAACGT*CACAATGATGCT*CTCAGTCAATAC
GTATTCAACAAGTATGGTTGGGGAGTAGCTGCAAAGATCACGCCAACAGTTCTGTTACTG
AC*GGAGTCGC*TTCTTCTCTCTGATACTCTTCGGTGGCCCGTTCGCTCCGCTGGTCGCC
AAGCTCGGTATGACGCCGCTGCTCGCAGCTGTGTACGTTGGTGCCCTCCAGAACATCTTC
AGTAAGAGCGCCAAGTACAGCTTGTTCGATCCTTGTAAAGAAATGGCTTATATCCCATTG
GATGAGGACACCAAGGTTAGGGGCAAAGCTGCGATTGATGTTGTGTGCAACCCATTGGGG
AAATCAGGCGGTGCACTGATCCAGCAGTTTATGATCCTCACGTTCGGTTCACCGGCCAGC
TCCACTCCTTACCTTGGAGTCATCTTGCTAGGTATAGTCACTGCTTGGCTAGCTGCGGCG
AAGTCTCTGGAGGGACAGTTCAACACTCTGATGTCTGAGGAAGAGCTTGAAAAGGAGATG
GAGAGAGCTGCATCGCTCAAGATTCCTGTTGTGTCTTCGGAAGAACCGGCGTCAGGAGAA
TCTACCAGCCAGCTACCGGAGACATCTTCCCCGACTAGCATTTAGACGATGATGATGACG
GATAAAAATGGATTTTGAGAGATGGGTTACGTGAGTTTGTGTTTTTTTAAGGGTTTGGTC
GGAACAAAGATTTTGATAGTGAGAAAGACTTTTTAAGTCAAACCGTTTAGTCATGCTTTT
TGTTGTTGTTCTCTCCATACGAAATAGCATACTAAATTTATAAATTTGATAAATGGTATC
AATAATCTCCTCT

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR3DF29JQ 727 0 0
TTT
TCTCTGATACTCTTCGGTGGCCCGTTCGCTCCGCTGGTCGCCAAGCTCGGTATGACGCCG
CTGCTCGCAGCTGTGTACGTTGGTGCCCTCCAGAACATCTTCAGTAAGAGCGCCAAGTAC
AGCTTGTTCGATCCTTGTAAAGAAATGGCTTATATCCCATTGGATGAGGACACCAAGGTT
AAAGGCAAAGCTGCGATTTATGCTGTGTGCAACCCATTGGGGAAATCAGGCGGTGCACTG
ATCCAGCAGTTTATGATCCTCACGTTCGGTTCACTGGCCAGCTCCACTCCTTACCTTGGA
GTCATCTTGCTAGGTATAGTCACTGCTTGGCTAGCTGCGGCGAAGTCTCTGGAGGGACAG
TTCAACATTTTGATGTCTGAGGAAGAGCTTGAAAAGGAGATGGAGAGAGCTGCATCGCTC
AAGATTCCTGTTGTGTCTTCGGAAGAACCGGCGTCAGGAGAATCTACCAGCCAGCTACCG
GAGACATCTTCCCCGACTAGCATTTAGACGATGATGATGACGGATAAAAATGGATTTTGA
GAGATGGGTTACGTGAGTTTGTGTTTTTTTAAGGGTTTGGTCGGAACAAAGATTTTGATA
GTGAGAAAGACTTTTTAAGTCAAACCGTTTAGTCATGCTTTTTGTTGTTGTTCTCTCCAT
ACGAAATAGCATACTAAATTTATAAATTTGATAAATGGTATCAATAATCTCCTCTGTTTC
GACC

QA 4 727 4 727
DS 



AS 2 4

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GTCCAATTCTCCCTATTATCACATTACGTGACATCCAAGAAAGCATAGGATTCATCAAGT
CAAAACCAAAGCCACTTGCAATCTATGCGTTCACCAAAGACGAGAACCTTAAAATTAGAA
TCTTGTCAGAAACATCCTCTGGAAGTGTTACCTTCAACGACCTCATGATCCAGTATATGT
GTGATGCATTGCCCTTTGGAGGAGTAGGACAGAGTGGAATGGGAAGGTATCACGGGAAAT
ACTCATTCGAATGTTTCAGTCATGAGAAGGCAATAATGGAAGGAAGCTTAGCGATGGATC
TTGAAGCTCGATACCCTCCATGGAACAACTTCAAGCTCAACTTTATTAGACTGGCATTTC
GTGATGCTTACTTCAAGCTTGTCCTCTTAATGCTTGGTCTGACAAAAGGAGTGAGAAAGT
GAAACACATGATTACACACTAAATAAATATGAATGATTCATATGAATCATATCACTCTTT
CGTCTGATATTCATATCTTCACCCAATAAGTTTGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3CB96JQ C 1
AF RR3CB96TF U 33
BS 1 32 RR3CB96JQ
BS 33 576 RR3CB96TF
BS 577 579 RR3CB96JQ

RD RR3CB96JQ 579 0 0
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GTCCAATTCTCCCTATTATCACATTACGTGACATCCAAGAAAGCATAGGATTCATCAAGT
CAAAACCAAAGCCACTTGCAATCTATGCGTTCACCAAAGACGAGAACCTTAAAATTAGAA
TCTTGTCAGAAACATCCTCTGGAAGTGTTACCTTCAACGACCTCATGATCCAGTATATGT
GTGATGCATTGCCCTTTGGAGGAGTAGGACAGAGTGGAATGGGAAGGTATCACGGGAAAT
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GTGATGCTTACTTCAAGCTTGTCCTCTTAATGCTTGGTCTGACAAAAGGAGTGAGAAAGT
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CGTCTGATATTCATATCTTCACCCAATAAGTTTGATTCC

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3CB96TF 547 0 0
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ATCCAAGAAAGCATAGGATTCATCAAGTCAAAACCAAAGCCACTTGCAATCTATGCGTTC
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AGTGGAATGGGAAGGTATCACGGGAAATACTCATTCGAATGTTTCAGTCATGAGAAGGCA
ATAATGGAAGGAAGCTTAGCGATGGATCTTGAAGCTCGATACCCTCCATGGAACAACTTC
AAGCTCAACTTTATTAGACTGGCATTTCGTGATGCTTACTTCAAGCTTGTCCTCTTAATG
CTTGGTCTGACAAAAGGAGTGAGAAAGTGAAACACATGATTACACACTAAATAAATATGA
ATGATTCATATGAATCATATCACTCTTTCGTCTGATATTCATATCTTCACCCAATAAGTT
TGAT
TCC

QA 1 544 1 544
DS 



CO CL3288Contig2 840 2 4 U
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CAGGATGTCTCTCTAAGATTGTCACTAAGAAACACTTTCAGAGATTGTCCCGTCTTCTTT
GTGATCCTCGTGTTAAAGCTTCAATCGTCTATGGTGGCCCCATGGATGAAGAGAAGCTGT
ATGTTGAGCCAACGATCTTGTTGGATCCTCCTCTTGATTCTGAGCTAATGAATGAAGAAA
TATTTGGTCCAATTCTCCCTATTATCACACTACGTGACATCCAAGAAAGCATAGGGTTCA
TCAAGTCAAAACCAAAGCCACTTGCTATCTACGCATTCACCAATGACAAGAACCTTAAAA
CTAGAATCTTGTCAGAAACATCCCCTGGAAGTGTTACCTTCAACGACCTCATGATCCAGT
ATATGTGTGATGCATTGCCCTTTGGAGGAGTAGGACAGAGTGGAATGGGAAGGTATCACG
GGAAATACTCATTCGAGTGTTTCAGTCATGAGAAGGCAATAATGGAAGGAAGCTTAGCAA
TGGATCTTGAAGCTCGATACCCTCCATGGAACAACTTCAAGCTCAACTTTATTAGACTCG
CATTTCGTGATGCTTACTTCAAGCTTCCTCTTAATGCTTGGTCTGACAAAAGGAGTGAGA
AAGTGAAACACACGAAAACACACTAAATATATATGAATGATTCATATGAATCATATCACT
CTTTCTTCTGATATTTATATCTTCACCCAATAAGTTTGATTCCAAATATCATTTAAGCTT
GAGATTTTCTATATAAGTATTTATGTGTTCCACTTAATATAAATAAAAGGCTATTAGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS77TF U 1
AF RR3FS77JQ C 66
BS 1 652 RR3FS77TF
BS 653 653 RR3FS77JQ
BS 654 760 RR3FS77TF
BS 761 840 RR3FS77JQ

RD RR3FS77TF 768 0 0
GTCTGATTGATATGTTTAAGCCGGTCATAAGGTCTTTCTTTGGGGAAAACCCTAAAGAAT
CAGGATGTCTCTCTAAGATTGTCACTAAGAAACACTTTCAGAGATTGTCCCGTCTTCTTT
GTGATCCTCGTGTTAAAGCTTCAATCGTCTATGGTGGCCCCATGGATGAAGAGAAGCTGT
ATGTTGAGCCAACGATCTTGTTGGATCCTCCTCTTGATTCTGAGCTAATGAATGAAGAAA
TATTTGGTCCAATTCTCCCTATTATCACACTACGTGACATCCAAGAAAGCATAGGGTTCA
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ATATGTGTGATGCATTGCCCTTTGGAGGAGTAGGACAGAGTGGAATGGGAAGGTATCACG
GGAAATACTCATTCGAGTGTTTCAGTCATGAGAAGGCAATAATGGAAGGAAGCTTAGCAA
TGGATCTTGAAGCTCGATACCCTCCATGGAACAACTTCAAGCTCAACTTTATTAGACTCG
CATTTCGTGATGCTTACTTCAAGCTTCCTCTTAATGCTTGGTCTGACAAAAG*AGTGAGA
AAGTGAAACACACGAAAACACACTAAATATATATGAATGATTCATATGAATCATATCACT
CTTTCTTCTGATATTTATATCTTCACCCAATAAGTTTGAT
CCAATATC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3FS77JQ 775 0 0
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CCTCGTGTTAAAGCTTCAATCGTCTATGGTGGCCCCATGGATGAAGAGAAGCTGTATGTT
GAGCCAACGATCTTGTTGGATCCTCCTCTTGATTCTGAGCTAATGAATGAAGAAATATTT
GGTCCAATTCTCCCTATTATCACACTACGTGACATCCAAGAAAGCATAGGGTTCATCAAG
TCAAAACCAAAGCCACTTGCTATCTACGCATTCACCAATGACAAGAACCTTAAAACTAGA
ATCTTGTCAGAAACATCCCCTGGAAGTGTTACCTTCAACGACCTCATGATCCAGTATATG
TGTGATGCATTGCCCTTTGGAGGAGTAGGACAGAGTGGAATGGGAAGGTATCACGGGAAA
TACTCATTCGAGTGTTTCAGTCATGAGAAGGCAATAATGGAAGGAAGCTTAGCAATGGAT
CTTGAAGCTCGATACCCTCCATGGAACAACTTCAAGCTCAACTTTATTAGACTCGCATTT
CGTGATGCTTACTTCAAGCTTCCTCTTAATGCTTGGTCTGACAAAAGGAGTGAGAAAGTG
AAACACACGAAAACACACTAAATATATATGAATGATTCATATGAATCATATCACTCTTTC
TTCTGATATTTATATCTTCACCCAATAAGTTTGATTCCAAATATCATTTAAGCTTGAGAT
TTTCTATATAAGTATTTATGTGTTCCACTTAATATAAATAAAAGGCTATTAGTTG

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL3289Contig1 1121 2 4 U
GGAATCTCTCTGCGGTATCATCTCCGGCGGCGGCATCATTCTCCGCCGCACTGAGACTCT
CCGTCTCACACACTCTCGCTCTCGCATCACCTCCTCCCCATCCCTGCCGCTTCTCCACGT
TCTCTCGTTCACTACTAGGCAGACACATCTCTTCGCTCAGAGTCCGACCACGCGTTCCTT
CCGTGTACCCTACGAGACTCTCTGGCTTCTCGGCTCTCAAAGCGAGAGCTTCGTTTAGCA
GTGGGAGTAGCAGTAGTAGTCAAAGCAGAGAGATTCTGGTGCAGCATGTGCTTGTTAAGG
AGGGTGACTCTGAGCTCTTTGCTGAACTCCAGAAGCGAATCTTGGATGGAGAGGATATGA
GTGATCTTGCAGCTGAGTACTCTATTTGTCCATCTAAAAAAGAGGGTGGTATACTTGGAT
GGGTTAAACTTGGTCAAATGGTACCAGAGTTTGAGGAAGCTGCGTTTAAAGCAGAGCCGA
ATCATGTAGTCAGGTGTAAAACCCAGTTTGGCTGGCACTTGTTGCAAGTTCTATCCGAGA
GGGAACCTGTGAAAGACATCCAGGTGGAGGAGCTGCATTCCAAAATGCAAGATCCAGTTT
TCATGGACGAGGCTCAGTTGATTGATGTCAGAGAACCTGACGAGATAGCCACAGCATCCT
TGCCAGGATTTAAAGTGTTTCCGCTCCGCCAATTTGGAACGTGGGCACCAGACATCACTT
CAAAGCTGAACCCTGAGAAGGATACATTCGTCCTGTGTAAGGTTGGTGGCAGGTCGTTGC
AGGTTGCGAACTGGCTGCAGTCTCAGGGCTTCTAGAGTGTGTACAATGTGGCTGGTGGAA
TACAAGCCTATTCTCTCAAGGTTGACCCATCAATTCCTACTTACTGAAACTTTTACTACT
ACTTCAGAGAGATTCTAGAGCCATCCCATACAATTCTCTCTTTACTAAAATAATATTCTT
GCATCGTACTCCAAATAATTGCAAATCGTATTCAGGGAATCGTTTGACATTAGAATGTAC
AAGCTCACTCATCTTGGAATCATTTTTCATTACAGTTTCATTTGTAACATTAAGTACCTT
TTTATAAAACTCAAATCACATAAAAACTGATAACCAAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CO14TF U 1
AF RR3CO14JQ C 396
BS 1 740 RR3CO14TF
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BS 753 1121 RR3CO14JQ

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TCTCTCGTTCACTACTAGGCAGACACATCTCTTCGCTCAGAGTCCGACCACGCGTTCCTT
CCGTGTACCCTACGAGACTCTCTGGCTTCTCGGCTCTCAAAGCGAGAGCTTCGTTTAGCA
GTGGGAGTAGCAGTAGTAGTCAAAGCAGAGAGATTCTGGTGCAGCATGTGCTTGTTAAGG
AGGGTGACTCTGAGCTCTTTGCTGAACTCCAGAAGCGAATCTTGGATGGAGAGGATATGA
GTGATCTTGCAGCTGAGTACTCTATTTGTCCATCTAAAAAAGAGGGTGGTATACTTGGAT
GGGTTAAACTTGGTCAAATGGTACCAGAGTTTGAGGAAGCTGCGTTTAAAGCAGAGCCGA
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GGGAACCTGTGAAAGACATCCAGGTGGAGGAGCTGCATTCCAAAATGCAAGATCCAGTTT
TCATGGACGAGGCTCAGTTGATTGATGTCAGAGAACCTGACGAGATAGCCACAGCATCCT
TGCCAGGATTTAAAGTGTTTCCGCTCCGCCAATTTGGAACGTGGGCACCAGACATCACTT
CAAAGCTGAACCCTGAGAAG*ATACATTCGTC
TG

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3CO14JQ 726 0 0
AAAAAAGAGGGTGGTATACTTGGATGGGTTAAACTTGGTCAAATGGTACCAGAGTTTGAG
GAAGCTGCGTTTAAAGCAGAGCCGAATCATGTAGTCAGGTGTAAAACCCAGTTTGGCTGG
CACTTGTTGCAAGTTCTATCCGAGAGGGAACCTGTGAAAGACATCCAGGTGGAGGAGCTG
CATTCCAAAATGCAAGATCCAGTTTTCATGGACGAGGCTCAGTTGATTGATGTCAGAGAA
CCTGACGAGATAGCCACAGCATCCTTGCCAGGATTTAAAGTGTTTCCGTTCCGCCAATTT
GGAACGTGGGCACCAGACATCACTTCAAAGCTGAACCCTGAGAAGGATACATTCGTCCTG
TGTAAGGTTGGTGGCAGGTCGTTGCAGGTTGCGAACTGGCTGCAGTCTCAGGGCTTCTAG
AGTGTGTACAATGTGGCTGGTGGAATACAAGCCTATTCTCTCAAGGTTGACCCATCAATT
CCTACTTACTGAAACTTTTACTACTACTTCAGAGAGATTCTAGAGCCATCCCATACAATT
CTCTCTTTACTAAAATAATATTCTTGCATCGTACTCCAAATAATTGCAAATCGTATTCAG
GGAATCGTTTGACATTAGAATGTACAAGCTCACTCATCTTGGAATCATTTTTCATTACAG
TTTCATTTGTAACATTAAGTACCTTTTTATAAAACTCAAATCACATAAAAACTGATAACC
AAAGCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 4

CO CL3290Contig1 888 4 9 U
GCTTGAGAGTCTCTCTCCTCTCTTTAGAAAGAGAAATTTCTCTCTTGTCCCCCATTTCTA
TCTTTCACAAGAGAGAATTTTTTTAAAGAGGAAGAGACTATCTTTTGATGTAATATAGCC
TTCGCTATAAGCGAATTTCAGTTTCGCGCTGGCGAATTTTCTTTTCGTTTAGACGAGTTT
TTGTTGTGTGTTTCCAAACTGAATCAAAGTTGTTGTTGTTCTTCTTCATCTTCTATCTCT
GGTTCGGTTTGAGTATAATAAAGTTCTGATTTTGTTTAATCGGATTTTAGTTTTCTGATG
CTCCTATGTGCTCTTTTAAATCCCAATGATGTTGAAATCAAACGTTTTTGCTGGTTATGC
CTTTCTTCTTCTAAACAAGCATAAATCTTGCTCTTGCTTATAGCACCGTTGATATGGCCA
TAGAGCTAAGTAGCTTGTAGGAAATTTGAATGAATTGTTGATTTTACTTCAATATAGTTG
AGTTTGGGGGTTTTCCGGTGAAAAGCGTCCTAACAAACAACTTAAATTGTATTGAAGTCA
GCTCGTGTTTTAATGTTCCAGCAATTTCAGATTTGATCTTTGATATCTGTTATGTTACAC
GAAGCTGATGGAATTTCCAACTTCATGGAAAAGGATATCATCGACGGAAGAAGCCTTTCA
TCGGAGAGATTCCACCGCCGGCGTAAGAAGCGTCAGTCGATAAGGTGCTGTGAGGTGTCC
AAAGAGAAACGCATGAAAGCCACACGTCTACGAAGTTTTATCTTTCCTACACGTATTGCA
CAGATGTATTTTCTTTTGTTATTGTGGGAAAATGGGTTGGCAAAATTGATGTAATTGGGT
TCACTTCGTGTAATGTTTAGCCTTTGGGTTTTTAATAACAAAGTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GP95TF U 1
AF RR3AS05TF U 85
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TTCGCTATAGGCGAATTTCAGTTTCGCGCTGGCGAATTTTCTTTTCGTTTAGACGAGTTT
TTGTTGTGTGTTTCCAAACTGAATCAAAGTTGTTGTTGTTCTTCTTCATCTTCTATCTCT
GGTTCGGTTTGAGTATAATAAAGTTCTGATTTTGTTTAATCGGATTTTAGTTTTCTGATG
CTCCTATGTGCTCTTTTAAATCCCAATGATGTTGAAATCAAACGTTTTTGCTGGTTATGC
CTTTCTTCTTCTAAACAAGCATAAATCTTGCTCTTGCTTATAGCACCGTTGATATGGCCA
TAGAGCTAAGTAGCTTGTAGGAAATTTGAATGGATTGTTGATTTTACTTCAATATAGTTG
AGTTTGGGGGTTTTCCGGTGAAAAGCGTCCTAACAAACAACTTAAATTGTATTGAAGTCA
GCTCGTGTTTTAATGTTCCAGCAATTTCAGATTTGATCTTTGATATCTGTTATGTTACAC
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TCGGAGAGATTCCACCGCCGGCGTAAGAAGCGTCAGTCGATAAG
TGCTGTG

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CGCGCTGGCGAATTTTCTTTTCGTTTAGACGAGTTTTTGTTGTGTGTTTCCAAACTGAAT
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TCTGATTTTGTTTAATCGGATTTTAGTTTTCTGATGCTCCTATGTGCTCTTTTAAATCCC
AATGATGTTGAAATCAAACGTTTTTGCTGGTTATGCCTTTCTTCTTCTAAACAAGCATAA
ATCTTGCTCTTGCTTATAGCACCGTTGATATGGCCATAGAGCTAAGTAGCTTGTAGGAAA
TTTGAATGAATTGTTGATTTTACTTCAATATAGTTGAGTTTGGGGGTTTTCCGGTGAAAA
GCGTCCTAACAAACAACTTAAATTGTATTGAAGTCAGCTCGTGTTTTAATGTTCCAGCAA
TTTCAGATTTGATCTTTGATATCTGTTATGTTACACGAAGCTGATGGAATTTCCAACTTC
ATGGAAAAGGATATCATCGACGGAAGAAGCCTTTCATCGGAGAGATTCCACCGCCGGCGT
AAGAAGCGTCAGTCGATAAGGTGCTGTGAGGTGTCCAAAGAGAAACGCATGAAAGCCACA
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TGGGAAAATGGGTTGGCAAA

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DS 

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CCAAACTGAATCAAAGTTGTTGTTGTTCTTCTTCATCTTCTATCTCTGGTTCGGTTTGAG
TATAATAAAGTTCTGATTTTGTTTAATCGGATTTTAGTTTTCTGATGCTCCTATGTGCTC
TTTTAAATCCCAATGATGTTGAAATCAAACGTTTTTGCTGGTTATGCCTTTCTTCTTCTA
AACAAGCATAAATCTTGCTCTTGCTTATAGCACCGTTGATATGGCCATAGAGCTAAGTAG
CTTGTAGGAAATTTGAATGGATTGTTGATTTTACTTCAATATAGTTGAGTTTGGGGGTTT
TCCGGTGAAAAGCGTCCTAACAAACAACTTAAATTGTATTGAAGTCAGCTCGTGTTTTAA
TGTTCCAGCAATTTCAGATTTGATCTTTGATATCTGTTATGTTACACGAAGCTGATGGAA
TTTCCAACTTCATGGAAAAGGATATCATCGACGGAAGAAGCCTTTCATCGGAGAGATTCC
ACCGCCGGCGTAAGAAGCGTCAGTCGATAAGGTGCTGTGAGGTGTCCAAAGAGAAACGCA
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TGTTTAGCCTTTGGGTTTTTAATAACAAAGTTGAC

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DS 

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GTTTTCTGATGCTCCTATGTGCTCTTTTAAATCCCAATGATGTTGAAATCAAACGTTTTT
GCTGGTTATGCCTTTCTTCTTCTAAACAAGCATAAATCTTGCTCTTGCTTATAGCACCGT
TGATATGGCCATAGAGCTAAGTAGCTTGTAGGAAATTTGAATGAATTGTTGATTTTACTT
CAATATAGTTGAGTTTGGGGGTTTTCCGGTGAAAAGCGTCCTAACAAACAACTTAAATTG
TATTGAAGTCAGCTCGTGTTTTAATGTTCCAGCAATTTCAGATTTGATCTTTGATATCTG
TTATGTTACACGAAGCTGATGGAATTTCCAACTTCATGGAAAAGGATATCATCGACGGAA
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DS 



AS 1 4

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CGATGACTTCTTCGTCGTCGCTGTCAAGCAATCCGGTTGTAGCTGAAGAAAGACCGTCTA
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CAAAGACAGTAATTCAGATCAGGAGCCATGCACAAAAATACTTTTTGAAGGTCCAGAAGA
ACGGGACTTTAGCACACGTGCCACCCCCTAGGCCTAAACGCAAAGCTGCTCATCCATATC
CTCAAAAGGCATCTAAGAATGCTCAAATGTCGCTTCACGTTTCAATGGCATTTCCTACTC
AAATAAATAACGTGCCTGGCTATACTTCATGGGATGATGATACCTCTGCATTGCTTAACA
TAGCCGTAAGCGAGGTTGTCCTACCAAAAGATGAACTTGCTACTCTTTGTGGAGGAGAAG
ATGTTATTGAATCGAATGACTCTATAAGTGGGGGTAGTCCTTCAGAATCTGGTATAGGAA
GCTCAAGCAGAACACTATCAGATTCCAAGTGTCTACAGCCGGCGACTCAAGCTCCCTCAA
TGCACGGTCTTCCTGATTTTGCTGAAGTTTATAACTTCATTGGGAGTGTCTTCGATCCTG
ACATCAAAGGCCGCATGAAAAAGCTCAAGGAAATGGATCCTATAAACTTCGAGACTGTTC
TGCTACTGATGAGAAACCTCACAGTGAACTTGGCAAACCCTGACTTCGAACCTGCTGGGA
ATGTCCTGAACAATTAAGCTCTTAGCGGGGCAGTGCGGGAACCCTGGTCAAGAACCAAAC
AAGTGATATATCTTCTTGGGAACTTCTTGCTCACAACAACTGTTCCATCAGCTATCAAAT
GCTGCTTACGGTTGTTGTCTGAGGAGAACATAACAGACCAAGAGGGGAATATGGCAGTTT
TGGTCAGAACCAGTTCGGTGAATGGCAGATCTCAATATGTGTGTGTATGTAGTAAAATGA
TATCTATTTATTTGTTTATGCCTTTTGTAATTTATAGTTACGTTTGTATTTTTTTTTGGT
TATACATATACTGAAATCAAAGGCAATGTATCAGAATATCAGATACCAAATGCCACTAAA
CCCAAACTGTTGTATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G756TF U 1
AF RR3B963TF U 30
AF RR3B963JQ C 423
AF RR3G756JQ C 443
BS 1 52 RR3G756TF
BS 53 54 RR3B963TF
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RD RR3G756TF 735 0 0
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GGAAAGCTTACACCATCACCAAGTCCAGAGAGAGTTGGACTGAAGGAGAGCACGATAAGT
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AAATAAATAACGTGCCTGGCTATACTTCATGGGATGATGATACCTCTGCATTGCTTAACA
TAGCCGTAAGCGAGGTTGTCCTACCAAAAGATGAACTTGCTACTCTTTGTGGAGGAGAAG
ATGTTATTGAATCGAATGGCTCTATAAGTGGGGGTAGTCCTTCAGAATCTGGTATAGGAA
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TGCACGGTCTTCCTG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3B963TF 772 0 0
GG
GTCTAAACGATCGCTATCTTGAGAAAAACCGATGACTTCTTCGTCGTCGCTGTCAAGCAA
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GACTTCGGAAGCTCCGGAGAAGAAGGTGAGGAAAGCTTACACCATCACCAAGTCCAGAGA
GAGTTGGACTGAAGGAGAGCACGATAAGTTTCTCGAAGCTCTTCAATTGTTTGATCGTGA
CTGGAAAAAGATTGAAGATTTTGTAGGTTCAAAGACAGTAATTCAGATCGGGAGCCATGC
ACAAAAATACTTTTTGAAGGTCCAGAAGAACGGGACTTTAGCACACGTGCCACCCCCTAG
GCCTAAACGCAAAGCTGCTCATCCATATCCTCAAAAGGCATCTAAGAATGCTCAAATGTC
GCTTCACGTTTCAATGGCATTTCCTACTCAAATAAATAACGTGCCTGGCTATACTTCATG
GGATGATGATACCTCTGCATTGCTTAACATAGCCGTAAGCGAGGTTGTCCTACCAAAAGA
TGAACTTGCTACTCTTTGTGGAGGAGAAGATGTTATTGAATCGAATGACTCTATAAGTGG
GGGTAGTCCTTCAGAATCTGGTATAGGAAGCTCAAGCAGAACACTATCAGATTCCAAGTG
TCTACAGCCGGCGACTCAAGCTCCCTCAATGCACGGTCTTCCTGATTTTGCTGAAGTTTA
TAACTTCATTGGGAGTGTCTTCGATCCTGACATCAA
GCCGCATGAAAAGC

QA 3 758 3 758
DS 

RD RR3B963JQ 810 0 0
CAAAAGGCATCTAAGAATGCTCAAATGTCGCTTCACGTTTCAATGGCATTTCCTACTCAA
ATAAATAACGTGCCTGGCTATACTTCATGGGATGATGATACCTCTGCATTGCTTAACATA
GCCGTAAGCGAGGTTGTCCTACCAAAAGATGAACTTGCTACTCTTTGTGGAGGAGAAGAT
GTTATTGAATCGAATGACTCTATAAGTGGGGGTAGTCCTTCAGAATCTGGTATAGGAAGC
TCAAGCAGAACACTATCAGATTCCAAGTGTCTACAGCCGGCGACTCAAGCTCCCTCAATG
CACGGTCTTCCTGATTTTGCTGAAGTTTATAACTTCATTGGGAGTGTCTTCGATCCTGAC
ATCAAAGGCCGCATGAAAAAGCTCAAGGAAATGGATCCTATAAACTTCGAGACTGTTCTG
CTACTGATGAGAAACCTCACAGTGAACTTGGCAAACCCTGACTTCGAACCTGCTGGGAAT
GTCCTGAACAATTAAGCTCTTAGCGGGGCAGTGCGGGAACCCTGGTCAAGAACCAAACAA
GTGATATATCTTCTTGGGAACTTCTTGCTCACAACAACTGTTCCATCATCTATCAAATGC
TGCTTACGGTTGTTGTCTGAGGAGAACATAACAGACCAAGAGGGGAATATGGCAGTTTTG
GTCAGAACCAGTTCGGTGAATGGCAGATCTCAATATGTGTGTGTATGTAGTAAAATGATA
TCTATTTATTTGTTTATGCCTTTTGTAATTTATAGTTACGTTTGTATTTTTTTTTGGTTA
TACATATACTGAAATCAAAGGCAATGTA
CC

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3G756JQ 835 0 0
TCAAATGTCGCTTCACGTTTCAATGGCATTTCCTACTCAAATAAATAACGTGCCTGGCTA
TACTTCATGGGATGATGATACCTCTGCATTGCTTAACATAGCCGTAAGCGAGGTTGTCCT
ACCAAAAGATGAACTTGCTACTCTTTGTGGAGGAGAAGATGTTATTGAATCGAATGGCTC
TATAAGTGGGGGTAGTCCTTCAGAATCTGGTATAGGAAGCTCAAGCAGAACACTATCAGA
TTCCAAGTGTCTACAGCCGGCGACTCAAGCTCCCTCAATGCACGGTCTTCCTGATTTTGC
TGAAGTTTATAACTTCATTGGGAGTGTCTTCGATCCTGACATCAAAGGCCGCATGAAAAA
GCTCAAGGAAATGGATCCTATAAACTTCGAGACTGTTTTGCTACTGATGAGAAACCTCAC
AGTGAACTTGGCAAACCCTGACTTCGAACCTGCTGGGAATGTCCTGAACAATTAAGCTCT
TAGCGGGGCAGTGCGGGAACCCTGGTCAAGAACCAAACAAGTGATATATCTTCTTGGGAA
CTTCTTGCTCACAACAACTGTTCCATCAGCTATCAAATGCTGTTTACGGTTGTTGTTTGA
GGAGAACATAACAGCCCAAGAGGGGAATATGGCAGTTTTGGTCAGAACCAGTTCGGTGAA
TGGCAGATCTCTATATGTGTGTGTATGTAGTAAAATGATATCTATTTATTTGTTTATGCC
TTTTGTAATTTATAGTTACGTTTGTATTTTTTTT*GGTTATACATATACTGAAATCAAAG
GCAATGTATCAGAATATCAGATACCAAATGCCACTAAACCCAAACTGTTGTATTG

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 2

CO CL3292Contig1 763 2 4 U
GGGCCACTCTTCCTTGTTCACCTCCCTCGTTGTTGTTATCCATTAACCCCAAAGATGGCG
TCAGAGAAGAAGCTGTCGAACCCTATGAGGGACATCAAGGTTCAGAAGCTCGTTCTTAAC
ATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACTCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAGCTC
AGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCTAGGTGCACTGTGAGGTCTTTCGGAATCAGG
TGTAACGAAAAGATTGCTTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCGATGCAGCTTCTC
GAGAGCGGCTTGAAAGTCAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGGT
TGCTTTGGGTTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTCGGAATCAAGTACGATCCTTCCACT
GGTATCTATGGAATGGACTTCTACGTTGTTCTCGAACGTCCTGGGTACCGTGTCGCCCGT
CGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAGCACAGAGTTACAAAGGATGATGCCATG
AAGTGGTTCCAAGTTAAGTACGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACTGGT
TGAACAAGTTTGTTTCTATTTTGTTTTGTTTTGTGGTGTTAGCCTCTGTCTCAGACCATC
GCTGTTGGGATCTCTTGTTTTTTTTTTGTACTTCAGTTGGTTTAGAATCTACGTATCCAG
CATGAACCAATTTTTGGAGGTTATCGTTATCAATTTCAAACAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EV73TF U 1
AF RR3EV73JQ C 398
BS 1 686 RR3EV73TF
BS 687 687 RR3EV73JQ
BS 688 725 RR3EV73TF
BS 726 763 RR3EV73JQ

RD RR3EV73TF 725 0 0
GGGCCACTCTTCCTTGTTCACCTCCCTCGTTGTTGTTATCCATTAACCCCAAAGATGGCG
TCAGAGAAGAAGCTGTCGAACCCTATGAGGGACATCAAGGTTCAGAAGCTCGTTCTTAAC
ATCTCTGTTGGTGAGAGTGGTGATCGTCTCACTCGTGCCTCCAAGGTGTTGGAACAGCTC
AGTGGTCAAACCCCTGTCTTCTCCAAGGCTAGGTGCACTGTGAGGTCTTTCGGAATCAGG
TGTAACGAAAAGATTGCTTGCTACGTCACCGTGAGAGGAGACAAGGCGATGCAGCTTCTC
GAGAGCGGCTTGAAAGTCAAGGAGTACGAGCTGTTGAGGAGGAACTTCAGTGACACTGGT
TGCTTTGGGTTCGGTATCCAGGAGCACATTGATCTCGGAATCAAGTACGATCCTTCCACT
GGTATCTATGGAATGGACTTCTACGTTGTTCTCGAACGTCCTGGGTACCGTGTCGCCCGT
CGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAGCACAGAGTTACAAAGGATGATGCCATG
AAGTGGTTCCAAGTTAAGTACGAAGGAGTTATCCTCAACAAGTCTCAGAACATCACTGGT
TGAACAAGTTTGTTTCTATTTTGTTTTGTTTTGTGGTGTTAGCCTCTGTCTCAGACCATC
GCTGTTGGGATCTCTTGTTTTTTTTT*GTACTTCAGTTGGTTTAGAATCTACGTATCCAG
CATGA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3EV73JQ 366 0 0
GAATCAAGTACGATCCTTCCACTGGTATTTATGGAATGGACTTTTACGTTGTTCTCGAAC
GTCCTGGGTACCGTGTCGCCCGTCGCCGTAGGTGCAAGACTCGCGTTGGGATTCAGCACA
GAGTTACAAAGGATGATGCCATGAAGTGGTTCCAAGTTAAGTACGAAGGAGTTATCCTCA
ACAAGTCTCAGAACATCACTGGTTGAACAAGTTTGTTTCTATTTTGTTTTGTTTTGTGGT
GTTAGCCTCTGTCTCAGACCATCGCTGTTGGGATCTCTTGTTTTTTTTTTGTACTTCAGT
TGGTTTAGAATCTACGTATCCAGCATGAACCAATTTTTGGAGGTTATCGTTATCAATTTC
AAACAA

QA 1 366 1 366
DS 



AS 2 4

CO CL3293Contig1 594 2 2 U
GGGTGAGATATTTGGAAAACCCGAAACCGCGATTGAGCTGGTTTCAATCCCCTTTTCTTC
GGACGAGCAAAGTTCGCTTCAAGCCAACATGAGTAGTAGGCCAATGGAAGAGGATACCAA
CGGAAAGACCGAAGAGGAGGAGTTCAACACCGGACCCCTTTCTGTTCTGATGATGAGTGT
TAAGAACAACACTCAAGTCTTGATCAACTGCCGCAACAACCGGAAACTCCTTGGCCGTGT
TAGGGCTTTCGACAGGCACTGCAACATGGTTCTCGAAAATGTCAGAGAGATGTGGACCGA
GGTACCTAAAACTGGGAAAGGAAAGAAGAAAGCTCTTCCCGTCAACAGAGATCGCTTCAT
CAGCAAGATGTTTCTCCGTGGTGACTCTGTCATTATCGTCCTCAGGAATCCCAAGTAAGA
CAGAAAGAAAGAGTTTGAGATGTCTGTTCGGAGTTGTTTCTTCTTCACTCTTCTCGTGAC
ATCCTAATTGTTGCATCAACGGAGATACATCTTTCATTATGAGTCTTGAAATCTAGTGTT
CCCCTTGTATTTTTCATTTGTGTTCTCTCTTATGACTAAGACGCAGCGTTGATC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A369JQ C 1
AF RR3A369TF U 1
BS 1 4 RR3A369JQ
BS 5 594 RR3A369TF

RD RR3A369JQ 594 0 0
GGGTGAGATATTTGGAAAACCCGAAACCGCGATTGAGCTGGTTTCAATCCCCTTTTCTTC
GGACGAGCAAAGTTCGCTTCAAGCCAACATGAGTAGTAGGCCAATGGAAGAGGATACCAA
CGGAAAGACCGAAGAGGAGGAGTTCAACACCGGACCCCTTTCTGTTCTGATGATGAGTGT
TAAGAACAACACTCAAGTCTTGATCAACTGCCGCAACAACCGGAAACTCCTTGGCCGTGT
TAGGGCTTTCGACAGGCACTGCAACATGGTTCTCGAAAATGTCAGAGAGATGTGGACCGA
GGTACCTAAAACTGGGAAAGGAAAGAAGAAAGCTCTTCCCGTCAACAGAGATCGCTTCAT
CAGCAAGATGTTTCTCCGTGGTGACTCTGTCATTATCGTCCTCAGGAATCCCAAGTAAGA
CAGAAAGAAAGAGTTTGAGATGTCTGTTCGGAGTTGTTTCTTCTTCACTCTTCTCGTGAC
ATCCTAATTGTTGCATCAACGGAGATACATCTTTCATTATGAGTCTTGAAATCTAGTGTT
CCCCTTGTATTTTTCATTTGTGTTCTCTCTTATGACTAAGACGCAGCGTTGATC

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3A369TF 594 0 0
GGGT
GAGATATTTGGAAAACCCGAAACCGCGATTGAGCTGGTTTCAATCCCCTTTTCTTCGGAC
GAGCAAAGTTCGCTTCAAGCCAACATGAGTAGTAGGCCAATGGAAGAGGATACCAACGGA
AAGACCGAAGAGGAGGAGTTCAACACCGGACCCCTTTCTGTTCTGATGATGAGTGTTAAG
AACAACACTCAAGTCTTGATCAACTGCCGCAACAACCGGAAACTCCTTGGCCGTGTTAGG
GCTTTCGACAGGCACTGCAACATGGTTCTCGAAAATGTCAGAGAGATGTGGACCGAGGTA
CCTAAAACTGGGAAAGGAAAGAAGAAAGCTCTTCCCGTCAACAGAGATCGCTTCATCAGC
AAGATGTTTCTCCGTGGTGACTCTGTCATTATCGTCCTCAGGAATCCCAAGTAAGACAGA
AAGAAAGAGTTTGAGATGTCTGTTCGGAGTTGTTTCTTCTTCACTCTTCTCGTGACATCC
TAATTGTTGCATCAACGGAGATACATCTTTCATTATGAGTCTTGAAATCTAGTGTTCCCC
TTGTATTTTTCATTTGTGTTCTCTCTTATGACTAAGACGCAGCGTTGATC

QA 5 594 5 594
DS 



CO CL3293Contig2 683 2 1 U
GGATTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCGGCGAGATATTTGGAAACCCGAAAGCGCGATTTAG
CTGGTTTCAACCCCTTTTCTTCGGACGAGCAGAGTTTGCTTAGAGCCAACATGAGTAGTA
GGCCAATGGAAGAGGATACCAACCAGGGAAAGACCGAAGAGGAGGAGTTCAACACGGGAC
CCCTTTCTGTTCTGATGATGAGTGTTAAGAACAACACTCAAGTCTTGATCAACTGCCGCA
ACAACCGGAAACTCCTTGGCCGTGTTAGGGCTTTCGACAGGCACTGCAACATGGTTCTCG
AAAATGTCAGAGAAATGTGGACTGAGGTACCTAAAACTGGGAAAGGAAAGAAGAAAGCTC
TTCCCGTCAACAGAGATCGCTTCATCAGCAAGATGTTTCTCCGTGGTGACTCTGTCATTA
TCGTCCTCAGGAATCCCAAGTAAGACAGAAAGAAAGAGTTTGAGATGTCTGTTCGGAGTT
GTTTCCTCTTCACGCTTCTCGTGACAGTCCTAATTGTTGCATCAATGGAGATACACCTTT
CATTATGAGTCTTAAAATCTAGTGTTCCCTTTGTATTTTTCACTTATGTTCTCTCTTATG
ACTAAGACGCAGCGTTGATCACTTGTGTTCTGTGTCTTATCTCTCGTGGGTGCTCTTTAC
ATGATAATTTCACAGCTTCCGGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D566JQ C 1
AF RR3D566TF U 1
BS 1 683 RR3D566TF

RD RR3D566JQ 683 0 0
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CTGGTTTCAACCCCTTTTCTTCGGACGAGCAGAGTTTGCTTAGAGCCAACATGAGTAGTA
GGCCAATGGAAGAGGATACCAACCAGGGAAAGACCGAAGAGGAGGAGTTCAACACGGGAC
CCCTTTCTGTTCTGATGATGAGTGTTAAGAACAACACTCAAGTCTTGATCAACTGCCGCA
ACAACCGGAAACTCCTTGGCCGTGTTAGGGCTTTCGACAGGCACTGCAACATGGTTCTCG
AAAATGTCAGAGAAATGTGGACTGAGGTACCTAAAACTGGGAAAGGAAAGAAGAAAGCTC
TTCCCGTCAACAGAGATCGCTTCATCAGCAAGATGTTTCTCCGTGGTGACTCTGTCATTA
TCGTCCTCAGGAATCCCAAGTAAGACAGAAAGAAAGAGTTTGAGATGTCTGTTCGGAGTT
GTTTCCTCTTCACGCTTCTCGTGACAGTCCTAATTGTTGCATCAATGGAGATACACCTTT
CATTATGAGTCTTAAAATCTAGTGTTCCCTTTGTATTTTTCACTTATGTTCTCTCTTATG
ACTAAGACGCAGCGTTGATCACTTGTGTTCTGTGTCTTATCTCTCGTGGGTGCTCTTTAC
ATGATAATTTCACAGCTTCCGGC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3D566TF 683 0 0
GGATTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCGGCGAGATATTTGGAAACCCGAAAGCGCGATTTAG
CTGGTTTCAACCCCTTTTCTTCGGACGAGCAGAGTTTGCTTAGAGCCAACATGAGTAGTA
GGCCAATGGAAGAGGATACCAACCAGGGAAAGACCGAAGAGGAGGAGTTCAACACGGGAC
CCCTTTCTGTTCTGATGATGAGTGTTAAGAACAACACTCAAGTCTTGATCAACTGCCGCA
ACAACCGGAAACTCCTTGGCCGTGTTAGGGCTTTCGACAGGCACTGCAACATGGTTCTCG
AAAATGTCAGAGAAATGTGGACTGAGGTACCTAAAACTGGGAAAGGAAAGAAGAAAGCTC
TTCCCGTCAACAGAGATCGCTTCATCAGCAAGATGTTTCTCCGTGGTGACTCTGTCATTA
TCGTCCTCAGGAATCCCAAGTAAGACAGAAAGAAAGAGTTTGAGATGTCTGTTCGGAGTT
GTTTCCTCTTCACGCTTCTCGTGACAGTCCTAATTGTTGCATCAATGGAGATACACCTTT
CATTATGAGTCTTAAAATCTAGTGTTCCCTTTGTATTTTTCACTTATGTTCTCTCTTATG
ACTAAGACGCAGCGTTGATCACTTGTGTTCTGTGTCTTATCTCTCGTGGGTGCTCTTTAC
ATGATAATTTCACAGCTTCCGGC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 4

CO CL3294Contig1 658 4 8 U
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TCTTCAAGCTTTTCTTTCACAGATTTTCATAGATAGAAAAA*GATATAACATTGGCTTAG
TGTTTGTTTTATTAAGGAGTACAAGCGCCTTTGAAGACTAGGAACTTAAGTGTCTCCAAT
TGAAAATAGATGAATGTCCCTTTAGAATGTGTGAAGAAACATCCAAAATTTGATCCCACC
ACACATTGCCATCCACTCCCATATCTCTCATCAAACTCCTTCTTGATGTGACCAGCAATG
GATTTACAGTCAACGACATCAAAGAGATCAAGAGCTTGAGAAGCCAAAGCCATGGCTTGT
ACCTGCATTTTTACTGGCATGTCTGAATCTTCCACCATTGCTTTTCCTTCCAACATCTTC
TTAATCTTTCTCTCTCAAAAACGTTTTTCAGATAATCTTTATCCTTTGTCTTTTTTCTTG
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AATGGCACAAACACAAAAGTACTCGTTTGTGTTTTTTAACACGTTTGAACTCGGGAAT


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H387JQ U 1
AF RR3H387TF C 116
AF RR3CN20JQ U 4
AF RR3CN20TF C 4
BS 1 111 RR3H387JQ
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BS 516 633 RR3H387JQ
BS 634 658 RR3CN20JQ

RD RR3H387JQ 640 0 0
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TCTTCAAGCTTTTCTTTCACAGATTTTCATAGATAGAAAAA*GATATAACATTGGCTTAG
TGTTTGTTTTATTAAGGAGTACAAGCGCCTTTGAAGACTAGGAACTTAAGTGTCTCCAAT
TGAAAATAGATGAATGTCCCTTTAGAATGTGTGAAGAAACATCCAAAATTTGATCCCACC
ACACATTGCCATCCACTCCCATATCTCTCATCAAACTCCTTCTTGATGTGAC*AGCAATG
GATTTACAGTCAACGACATCAAAGAGATCAAGAGCTTGAGAAGCCAAAGCCATGGCTTGT
ACCTGCATTTTTACTGGCATGTCTGAATCTTCCACCATTGCTTTTCCTTCCAACATCTTC
TTAATCTTTCTCTCTCAAAAACGTTTTTCAGATA*TCTTTATCCTTTGTCTTTTTTCTTG
ACTGGGTTTGAGATGATGCTTCCTCACGGGTTCTTGGATGATATCCAAAAGAGAAAACAC
AATGGCACAAACACAAAAGTACTCGTTTGTGTT
CTTTTCC

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3H387TF 525 0 0
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CTTAGTGTTTGTTTTATTAAGGAGTACAAGCGCCTTTGAAGACTAGGAACTTAAGTGTCT
CCAATTGAAAATAGATGAATGTCCCTTTAGAATGTGTGAAGAAACATCCAAAATTTGATC
CCACCACACATTGCCATCCACTCCCATATCTCTCATCAAACTCCTTCTTGATGTGAC*AG
CAATGGATTTACAGTCAACGACATCAAAGAGATCAAGAGCTTGAGAAGCCAAAGCCATGG
CTTGTACCTGCATTTTTACTGGCATGTCTGAATCTTCCACCATTGCTTTTCCTTCCAACA
TCTTCTTAATCTTTCTCTCTCAAAAACGTTTTTCAGATA*TCTTTATCCTTTGTCTTTTT
TCTTGACTGGGTTTGAGATGATGCTTCCTCACGGGTTCTTGGATGATATCCAAAAGAGAA
AACACAATGGCACAAACACAAAAGTACTCGTTTGTGTT
CTTTTCC

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR3CN20JQ 655 0 0
G
ATAAAATTCTCTGCATCTCATTGAAATCAATAGCCCATCTTGGGTCTATTTACAGACCTA
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CAAGCTTTTCTTTCACAGATTTTCATAGATAGAAAAA*GATATAACATTGGCTTAGTGTT
TGTTTTATTAAGGAGTACAAGCGCCTTTGAAGACTAGGAACTTAAGTGTCTCCAATTGAA
AATAGATGAATGTCCCTTTAGAATGTGTGAAGAAACATCCAAAATTTGATCCCACCACAC
ATTGCCATCCACTCCCATATCTCTCATCAAACTCCTTCTTGATGTGGCCAGCAATGGATT
TACAGTCAACGACATCAAAGAGATCAAGAGCTTGAGAAGCCAAAGCCATGGCTTGTACCT
GCATTTTTACTGGCATGTCTGAATCTTCCACCATTGCTTTTCCTTCCAACATCTTCTTAA
TCTTTCTCTCTCAAAAACGTTTTTCAGATAATCTTTATCCTTTGTCTTTTTTCTTGACTG
GGTTTGAGATGATGCTTCCTCACGGGTTCTTGGATGATATCCAAAAGAGAAAACACAATG
GCACAAACACAAAAGTACTCGTTTGTGTTTTTTAACACGTTTGAACTCGGGAAT

QA 2 655 2 655
DS 

RD RR3CN20TF 655 0 0
G
ATAAAATTCTCTGCATCTCATTGAAATCAATAGCCCATCTTGGGTCTATTTACAGACCTA
GATTCAAACAAAGCTATAAAGAGCAACGAAAGAAAGAAAAAAAGATCTTGATAGGCTCTT
CAAGCTTTTCTTTCACAGATTTTCATAGATAGAAAAA*GATATAACATTGGCTTAGTGTT
TGTTTTATTAAGGAGTACAAGCGCCTTTGAAGACTAGGAACTTAAGTGTCTCCAATTGAA
AATAGATGAATGTCCCTTTAGAATGTGTGAAGAAACATCCAAAATTTGATCCCACCACAC
ATTGCCATCCACTCCCATATCTCTCATCAAACTCCTTCTTGATGTGGCCAGCAATGGATT
TACAGTCAACGACATCAAAGAGATCAAGAGCTTGAGAAGCCAAAGCCATGGCTTGTACCT
GCATTTTTACTGGCATGTCTGAATCTTCCACCATTGCTTTTCCTTCCAACATCTTCTTAA
TCTTTCTCTCTCAAAAACGTTTTTCAGATAATCTTTATCCTTTGTCTTTTTTCTTGACTG
GGTTTGAGATGATGCTTCCTCACGGGTTCTTGGATGATATCCAAAAGAGAAAACACAATG
GCACAAACACAAAAGTACTCGTTTGTGTTTTTTAACACGTTTGAACTCGGGAAT

QA 2 655 2 655
DS 



AS 1 4

CO CL3295Contig1 1290 4 9 U
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GGAGTTAGGTTTCACTTTCTCGTTTCCGGTTAAGCAGACATCTTTGTCCTCTGGCACTCT
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GCTTGTTAAAGCTATGGAAAGAGTTGGTCTTGACATGAACGTCACAGCCCTTGTTAATGA
TACGGTTGGAACACTAGCTGGTGGTAGATACAATAACCCGGATGTTGTAGCCGCTGTTAT
CTTAGGCACTGGCACTAATGCAGCTTATGTCGAACGAGCACATGCCATTCCAAAATGGCA
CGGCTTACTTCCCAAATCCGGAGAAATGGCGATCAACATGGAGTGGGGGAAACTTCAG*G
TCATCACATCTTCCATTGACAGAGTACGACCACTTGCTTGATTTCGACAGTCTGAATCCT
GGTGAACAGATTCTTGAGAAAATCATTTCGGGTATGTATCTGGGAGAAATCTTGCGGAGA
GTTCTTCTGAAAATGGCTGACGAGGCTGCTTT*CTTTGGTGACTCTGTCCCACCTAAGCT
GAGAATACCATTCATTATAAGGACACCAAACATGTCTGCTATGCACAGCGACACTTCTCC
GGATTTGAAGGTTGTTGGAAGCAAGTTAAAGGACATATTGGAGGTCCCTACCACTTCTCT
GAAGATGAGAAAAGTTGTGATCCGTCTCTGTGACATCATTGCTAGCCGAGGAGCTCGTCT
ATCAGCTGCAGGGATCTACGGAATCCTCAAGAAGATAGGAAGAGACACACCAAAAGACGG
AGAAACGCAGAAATCTGTTATAGCCATGGACGGTGGGCTGTTTGAGCACTACACTCAGTT
CAGCGAGTGTATGGAGAGCTCATTGAAAGAGTTGCTTGGTGATGAAGCATCAGAGAGCGT
TGATGTGATTCATTCGAATGATGGATCTGGCGTTGGAGCTGCGCTACTCGCTGCGTCGCA
CTCTCAGTACCTCGAGGACTCTGAAACAGGTTAAGTTTAAAGATCTTTTATCAAAGACTC
TTTTGTTTGCCTTTAGGGAAACAAATAAAAGAGAGAAAAAAGGTCAAGCCCTTTTGAGGA
AAGTTATTTTATTTTTGTTATCCAAGTACGAGAACAGTAATAAACCCTGGATGATTTCTT
CTTCAGGGGTATGGCAAATTTCAAGAATCAGCCAAATGTTGTAGAACTATATATTTCTGA
GTTCTATATATAAAATGATCATTATTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BA32TF U 1
AF RR3GZ33TF U 382
AF RR3A808TF U 398
AF RR3BA32JQ C 722
BS 1 418 RR3BA32TF
BS 419 419 RR3GZ33TF
BS 420 572 RR3BA32TF
BS 573 573 RR3GZ33TF
BS 574 669 RR3BA32TF
BS 670 1049 RR3GZ33TF
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BS 1051 1100 RR3GZ33TF
BS 1101 1290 RR3BA32JQ

RD RR3BA32TF 677 0 0
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CATCAAGTGGACCAAAGGCTTCTCCATCGAAGATACAGTTGGACAAGATGTGGTGGGGGA
GCTTGTTAAAGCTATGGAAAGAGTTGGTCTTGACATGAACGTCACAGCCCTTGTTAATGA
TACGGTTGGAACACTAGCTGGTGGTAGATACAATAACCCGGATGTTGTAGCCGCTGTTAT
CTTAGGCACTGGCACTAATGCAGCTTATGTCGAACGAGCACATGCCATTCCAAAATGGCA
CGGCTTACTTCCCAAATCCGGAGAAATGGCGATCAACATGGAGTGGGGGAAACTTCAGAG
TCATCACATCTTCCATTGACAGAGTACGACCACTTGCTTGATTTCGACAGTCTGAATCCT
GGTGAACAGATTCTTGAGAAAATCATTTCGGGTATGTATCTGGGAGAAATCTTGCGGAGA
GTTCTTCTGAAAATGGCTGACGAGGCTGCTTTTCTTTGGTGACTCTGTCCCACCTAAGCT
GAGAATACCATTCATTATAAGGACACCAAACATGTCTGCTATGCACAGCGACACTTCTCC
GGATTTGAA
AGGTTGTT

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DS 

RD RR3GZ33TF 733 0 0
G
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AGTACGACCACTTGCTTGATTTCGACAGTCTGAATCCTGGTGAACAGATTCTTGAGAAAA
TCATTTCGGGTATGTATCTGGGAGAAATCTTGCGGAGAGTTCTTCTGAAAATGGCTGACA
AGGCTGCTTT*CTTTGGTGACTCTGTCCCACCTAAGCTGAGAATACCATTCATTATAAGG
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GCCATGGACGGTGGGCTGTTTGAGCACTACACTCAGTTCAGCGAGTGTATGGAGAGCTCA
TTGAAAGAGTTGCTTGGTGATGAAGCATCAGAGAGCGTTGATGTGATTCATTCGAATGAT
GGATCTGGCGTTGGAGCTGCGCTACTCGCTGCGTCGCACTCTCAGTACCTCGAGGACTCT
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CAATAAAGAGAGAA

QA 2 719 2 719
DS 

RD RR3A808TF 718 0 0
GGTGGAGT
GGGGAAACTTCAG*GTCATCACATCTTCCATTGACAGAGTACGACCACTTGCTTGATTTC
GACAGTCTGAATCCTGGTGAACAGATTCTTGAGAAAATCATTTCGGGTATGTATCTGGGA
GAAATCTTGCGGAGAGTTCTTCTGAAAATGGCTGACGAGGCTGCTTT*CTTTGGTGACTC
TGTCCCACCTAAGCTGAGAATACCATTCATTATAAGGACACCAAACATGTCTGCTATGCA
CAGCGACACTTCTCCGGATTTGAAGGTTGTTGGAAGCAAGTTAAAGGACATATTGGAGGT
CCCTACCACTTCTCTGAAGATGAGAAAAGTTGTGATCCGTCTCTGTGACATCATTGCTAG
CCGAGGAGCTCGTCTATCAGCTGCAGGGATCTACGGAATCCTCAAGAAGATAGGAAGAGA
CACACCAAAAGACGGAGAAACGCAGAAATCTGTTATAGCCATGGACGGTGGGCTGTTTGA
GCACTACACTCAGTTCAGCGAGTGTATGGAGAGCTCATTGAAAGAGTTGCTTGGTGATGA
AGCATCAGAGAGCGTTGATGTGATTCATTCGAATGATGGATCTGGCGTTGGAGCTGCGCT
ACTCGCTGCGTCGCACTCTCAGTACCTCGAGGACTCTGAAACAGGTTAAGTTTAAAGATC
TTTTATCAAAGACTCTTTTGTTTGCCTTTAGGGAA
ACAAATAAAAGAGAG

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DS 

RD RR3BA32JQ 569 0 0
AAGATGAGAAAAGTTGTGATCCGTTTCTGTTACATCATTGCTAGCCGAGGAGCTCGTCTA
TCAGCTGCAGGGATTTACGGAATCCTCAAGAAGATAGGAAGAGACACACCAAAAGACGGA
GAAACGCAGAAATCTGTTATAGCCATGGACGGTGGGCTGTTTGAGCACTACACTCAGTTC
AGCGAGTGTATGGAGAGCTCATTGAAAGAGTTGCTTGGTGATGAAGCATCAGAGAGCGTT
GATGTGATTCATTCGAATGATGGATCTGGCGTTGGAGCTGCGCTACTCGCTGCGTCGCAC
TCTCAGTACCTCGAGGACTCTGAAACAGGTTAAGTTTAAAGATCTTTTATCAAAGACTCT
TTTGTTTGCCTTTAGGGAAACAAATAAAAGAGAGAAAAAAGGTCAAGCCCTTTTGAGGAA
AGTTATTTTATTTTTGTTATCCAAGTACGAGAACAGTAATAAACCCTGGATGATTTCTTC
TTCAGGGGTATGGCAAATTTCAAGAATCAGCCAAATGTTGTAGAACTATATATTTCTGAG
TTCTATATATAAAATGATCATTATTCAGC

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 4

CO CL3296Contig1 784 4 4 U
GGAATTCGCTGTTTTCATATTTGGCTGAGAGAGACTATGGCTGAGGAACAGAAGATAACG
TTAGACACAGCACCTCCGGCCCCGTCTCCGGCTGAGACTCTTGCTCCACCTCCGGCTGCA
GCTGAGACTCCTGCTCCGACTCCGGCTCCGGCTCCGGCTCCGGAAAAAAACTTCTGATGA
CTCCAAAGCCCTTGCCATCGTGGAGAAACCTGTAGAGCCTTCACCACCAAAGAAAGCTTC
GTCTGGTGGTTCGATCGATAGAGATATTAAGCTAGCTGATTTGTCAAAGGAGAAGACATT
GGCTTATGTCAAAGCATGGGAAGATAGCGAAAAGACCAAAGCCGAGAACAAAGCCGAGAA
GAAGATCTCTGATATTCTTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGCAGCTGTTGAAGCCCAACT
CAAGAAAATCGAGGAGCAACTTGAGAATAAGAAAGCAGAGTATGCAGAGAAGATGAAGAA
CAAAGTTGCAGCAATTCACAAAGAAGCAGAAGAGAGAAGAGCCATGATTGAAGCTAAGCG
TGGAGAAGATGTTCTCAAAGCTGAAGAGATGGCTGCTAAACACAGAGCCACTGGTATTGT
CCCCAAGGCAACCTGTGGTTGTTT*CTGATCTTT*ATAAATTTGCTTTCAAATGAATTTT
TTCTTCAAACTGTAAAGTGTGAACATTTCACTCTTTCTCCTATTCAGTGGCTTTGTAATA
TTTGTTTGTATATTGACTTTTACTGTGAACATCAGAGTGAAAAAAATGTGTTAATTGTTC
ATTC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 0 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 

AF RR3BT38JQ C 2
AF RR3BT38TF U 1
AF RR3B957JQ C 35
AF RR3B957TF U 35
BS 1 661 RR3BT38TF
BS 662 662 RR3B957TF
BS 663 734 RR3BT38TF
BS 735 784 RR3B957TF

RD RR3BT38JQ 602 0 0
GG
ATTCGCTGTTTTCATATTTGGCTGAGAGAGACTATGGCTGAGGAACAGAAGATAACGTTA
GACACAGCACCTCCGGCCCCGTCTCCGGCTGAGACTCTTGCTCCACCTCCGGCTGCAGCT
GAGACTCCTGCTCCGACTCCGGCTCCGGCTCCGGCTCCGGAAAAAAACTTCTGATGACTC
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AGAAGATGTTCTCAAAGCTGAAGAGATGGCTGCTAAACACAGAGCCACTGGTATTGTCCC

QA 3 602 3 602
DS 

RD RR3BT38TF 734 0 0
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TTAGACACAGCACCTCCGGCCCCGTCTCCGGCTGAGACTCTTGCTCCACCTCCGGCTGCA
GCTGAGACTCCTGCTCCGACTCCGGCTCCGGCTCCGGCTCCGGAAAAAAACTTCTGATGA
CTCCAAAGCCCTTGCCATCGTGGAGAAACCTGTAGAGCCTTCACCACCAAAGAAAGCTTC
GTCTGGTGGTTCGATCGATAGAGATATTAAGCTAGCTGATTTGTCAAAGGAGAAGACATT
GGCTTATGTCAAAGCATGGGAAGATAGCGAAAAGACCAAAGCCGAGAACAAAGCCGAGAA
GAAGATCTCTGATATTCTTGCTTGGGAAAACAGCAAGAAAGCAGCTGTTGAAGCCCAACT
CAAGAAAATCGAGGAGCAACTTGAGAATAAGAAAGCAGAGTATGCAGAGAAGATGAAGAA
CAAAGTTGCAGCAATTCACAAAGAAGCAGAAGAGAGAAGAGCCATGATTGAAGCTAAGCG
TGGAGAAGATGTTCTCAAAGCTGAAGAGATGGCTGCTAAACACAGAGCCACTGGTATTGT
CCCCAAGGCAACCTGTGGTTGTTT*CTGATCTTT*ATAAATTTGCTTTCAAATGAATTTT
T*CTTCAAACTGTAAAGTGTGAACATTTCACTCTTTCTCCTATTCAGTGGCTTTGTAATA
TTTGTTTGTATATT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3B957JQ 750 0 0
GG
ATGGCTGAGGAACAGAAGATAACGTTGGACACAGCACCTCCGGCCCCGTCTCCGGCTGAG
ACTCTTGCTCCACCTCCGGCTGCAGCTGAGACTCCTGCTTCGACTCCGGCTCCGGCTCCG
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GCCTTCACCACCAAAGAAAGCTTCGTCTGGTGGTTCGATCGATAGAGATATTAAGCTAGC
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GG
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GTGAAAAAAATGTGTTAATTGTTCATTC

QA 3 750 3 750
DS 



AS 1 4

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AGCTGCAGTGGAAGGTATAAACAAGATTGTGACAGGAAACTTGACAACATTGTCTGAACA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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G
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GTGACACAACTTACAACAATGGGTGCAACGGTGGTCTCATGGACTATGCTTTTGAGTACA
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CTTGCGAGACGCAAAAGGATGAATCTGAAATGGTGACTATCAGTGGGCACCAAGATGTAC
CTAGGAACGATGAGAAAAGTCTCTTGAAGGCATTGGCTCATCAACCTCTTAGTGTCGCCA
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ACATCATTGTGAAGAATTCTTGGGGACCAACATGGGGAGAGAAAGGTTACATTAGGATGA
AGAGGAACACTGGAAAACCAGAGGGTCTCTGTGGAATCAATAAGATGGCTTCTTTCCCCA
CCAAAACTAAATAATGAAATTATTCTATCTTATCTGTATTTGATCATTATCAATATGAAT
GTTGTCATGAAATTGTAATATTAATTATGTTCTCTTTTGATTTATGATTAGAAATATTTT
AACAAAAG

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DS 



AS 1 4

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TTTTGAGAGAACCTTTTATTAAGTGTTTGTCTGATGATGAAGAGATTAAGAAGTTCAGAT
CCAGTGGGTGGTCTGATCTCTTTATGTCCTACGTCTTCTACAGATGAGCAGAGTCCAAGA
AGATACGGGAGAGAATTTCAGTCGATGCTTGAAGGCTACGAGGAGGAGGATGAAGAAGCG
ATAATTGAGGAAATAGGCCAAACCGGTTTAGCTGAGAAAAAGAGACGGTTAAGCATTAAC
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CGCCGTGCACGGTGGAAGACAAAACAGCTTGAGAAAGATTACGGTGTTCTTAAAACCCAG
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GAGATTAGTAAACTGAAGTCTAAGCTTACCGGAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGAAC
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TACTCCGCCGTTGATCACTGGACTTGAAGCTTTTAAACGCCGGAAGAGGTTTTTGGATTG
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GAACATGGAATCTTTAATTGAATTCGACTAAGCTAAATCCC


BQ
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C

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AS 1 2

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AGTTCTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DU51TF U 1
AF RR3DU51JQ C 2
BS 1 773 RR3DU51TF
BS 774 848 RR3DU51JQ

RD RR3DU51TF 774 0 0
GGATTCTCCCCGCTCGACGTCGTCTCCGGCTAGATCCTTCCAGCTATCTCTATTTCCCTT
ATGAAGCTGGTAAACAAGTGAGAAGCGCAATCAAGCTTAAGAACACTAGCAAGTCTCATA
CTGCCTTCAAGTTCCAAACAACTGCACCGAAGAGTTGTTACATGCGTCCTCCTGGTGGTG
TTTTGGCTCCTGGAGAGAGCGTCTTTGCTACTGTGTTCAAGTTCGTGGAGCACCCAGAGA
ACAATGAGAAACAGCAGTTGAACCAGAAGAGCAAGGCTAAGTTTAAGATCATGAGTCTCA
AAGTCAAACCCGGTGTTGACTTTGTCCCTGAGTTGTTTGATGAGCAAAAAGATCAAGTCA
CCGTTGAGAGGGTTCTTCGGGTCATTTTTCTTGATGCGGAGCGCCCAAGTGCTGCACTGG
AGAAACTGAAACGTCAACTGGAAGAAGCTGAAGCTGCGGTTGAAGAAAGAAAGAAGCCTC
TACCGGAGACAGGGCCTCGCGTTGTCGGGGAGGGTCTTGTGATTGACGAATGGAAGGAGA
GAAGAGAGAAGTACCTTGCTCGACAACAAGTCGAAGCAATAGATTCTTCTTCCTAAATGC
TGAGAGAGAAACGTGGATTTTTCATTTGCGAAGGTAAAAGATCCTCTTCCCCCATCATCG
TTTGCAGACTGTACATAATTGTATCCGTCTATTTATGTGTGTTATAATGTCTAGAGTGGG
CTACTTTGTGGTTTCTTGTGTGTCTCTGTTTCTTTGTGTGATTCACGCCGTTT
C

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3DU51JQ 847 0 0
GATTCTCCCCGCTCGACGTCGTCTCCGGCTAGATCCTTCCAGCTATCTCTATTTCC*TTA
TGAAGCTGGTAAACAAGTGAGAAGCGCAATCAAGCTTAAGAACACTAGCAAGTCTCATAC
TGCTTTCAAGTTCCAAACAACTGCACCGAAGAGTTGTTACATGCGTCCTCCTGGTGGTGT
TTTGGCTCCTGGAGAGAGCGTCTTTGCTACTGTGTTCAAGTTCGTGGAGCACCCAGAGAA
CAATGAGAAACAGCAGTTGAACCAGAAGAGCAAGGCTAAGTTTAAGATCATGAGTCTCAA
AGTCAAACCCGGTGTTGACTTTGTCCCTGAGTTGTTTGATGAGCAAAAAGATCAAGTCAC
CGTTGAGAGGGTTCTTCGGGTCATTTTTCTTGATGCGGAGCGCCCAAGTGCTGCACTGGA
GAAACTGAAACGTCAACTGGAAGAAGCTGAAGCTGCGGTTGAAGAAAGAAAGAAGCCTCT
ACCGGAGACAGGGCCTCGCGTTGTCGGGGAGGGTCTTGTGATTGACGAATGGAAGGAGAG
AAGAGAGAAGTACCTTGCTCGACAACAAGTCGAAGCAATAGATTCTTCTTCCTAAATGCT
GAGAGAGAAACGTGGATTTTTCATTTGCGAAGGTAAAAGATCCTCTTCCCCCATCATCGT
TTGCAGACTGTACATAATTGTATCCGTCTATTTATGTGTGTTATAATGTCTAGAGTGGGC
TACTTTGTGGTTTCTTGTGTGTCTCTGTTTCTTTGTGTGATTCACGCCGTTTTCGTCAAA
TTTTGTTTCGGTTTAAACGAATTTATTAATCGATCTATAGTCGAACCATGGCTTAGTTCA
GTTCTCG

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 4

CO CL3300Contig1 956 4 18 U
GCTCTCGAGGTTAAGTCCGTGAGGTACACTCGCGGAAGCTTCCTCTGTCCTGGTGGCCAG
CCGTTCCCTCACCGTAACTTCTCTGAAGAGGTTTCTGTGCTCGACGGTCACTTTGCCAAG
ATGGGTTTAAGCAGTGTTGCGTACTTGATGGGCGATGACGATGAGACCAAGAAGTGGCAT
GTCTACTCTGCTTCTTCTGCCAAGAACTCCAAAAACGGCGAGAACAACAATGTCTACACT
CTCGAGATGTGTATGACTGGTCTGGATAAAGACAAGGCATCTGTCTTCTACAAGAACTCG
GCTGGCTCCTCCATGACTGATAACTCTGGCATCAGGAAGATACTTCCTCAATCCCAAATC
TGCGACTTTGAGTTCGAGCCATGCGGCTACTCGATGAACAGCGTCGAAGGTGACGCCATC
TCAACCATCCATGTGACCCCTGAAGACGGATTCAGCTACGCTAGCTTTGAGGCAGTGGGG
TACGATTTCACTACCATGGACTTGAGCCACCTCGTCTCGAAGGTGCTGGCTTGCTTCGAG
CCAAAGCAATTCTCGGTAGCGGTACACTCTAGCGTCGCACAGAAGAGCGGCTACGACTCT
GGTCTCTCTGTAGACCTTGAGGATTACGGATGCAAGGAGTCGACGACGGAGGCTCTAGGG
GAGGAGAGAGGAACGGTTATGTATCAGAGGTTTGAGAAGCTGGGAATGTATTGCGGTTCT
CCGAGATCTACCTTGAAGTGTGAGTGGAGCAGCAACAGTAGCTGCACTAGCGAGGACGAG
AAGGAAGAGGGAATCTAAAAGCTTTTTTAGTTCTGTTGTTGTTTCGAATAATAATGTCGT
GCGATTATGTTTGTTCTCCTTAAACAACCTTTGATAAAATTGTGTGTTTGGTCTCTGTGA
ATTCAGATGATCGAGTATTATGAAATTATCTATCAATAAGAGACCATTTTCGTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY45TF U 1
AF RR3BT89TF U 13
AF RR3GY45JQ C 204
AF RR3ED58TF U 215
BS 1 158 RR3GY45TF
BS 159 159 RR3BT89TF
BS 160 644 RR3GY45TF
BS 645 651 RR3BT89TF
BS 652 652 RR3ED58TF
BS 653 689 RR3BT89TF
BS 690 690 RR3ED58TF
BS 691 709 RR3BT89TF
BS 710 710 RR3ED58TF
BS 711 727 RR3BT89TF
BS 728 812 RR3ED58TF
BS 813 813 RR3GY45JQ
BS 814 871 RR3ED58TF
BS 872 873 RR3GY45JQ
BS 874 900 RR3ED58TF
BS 901 901 RR3GY45JQ
BS 902 935 RR3ED58TF
BS 936 956 RR3GY45JQ

RD RR3GY45TF 644 0 0
GCTCTCGAGGTTAAGTCCGTGAGGTACACTCGCGGAAGCTTCCTCTGTCCTGGTGGCCAG
CCGTTCCCTCACCGTAACTTCTCTGAAGAGGTTTCTGTGCTCGACGGTCACTTTGCCAAG
ATGGGTTTAAGCAGTGTTGCGTACTTGATGGGCGATGATGATGAGACCAAGAAGTGGCAT
GTCTACTCTGCTTCTTCTGCCAAGAACTCCAAAAACGGCGAGAACAACAATGTCTACACT
CTCGAGATGTGTATGACTGGTCTGGATAAAGACAAGGCATCTGTCTTCTACAAGAACTCG
GCTGGCTCCTCCATGACTGATAACTCTGGCATCAGGAAGATACTTCCTCAATCCCAAATC
TGCGACTTTGAGTTCGAGCCATGCGGCTACTCGATGAACAGCGTCGAAGGTGACGCCATC
TCAACCATCCATGTGACCCCTGAAGACGGATTCAGCTACGCTAGCTTTGAGGCAGTGGGG
TACGATTTCACTACCATGGACTTGAGCCACCTCGTCTCGAAGGTGCTGGCTTGCTTCGAG
CCAAAGCAATTCTCGGTAGCGGTACACTCTAGCGTCGCACAGAAGAGCGGCTACGACTCT
GGTCTCTCTGTAGACCTTGAGGATTACGGATGCAAGGAGTCGAC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3BT89TF 715 0 0
G
AGTCCGTGAGGTACACTCGCGGAAGCTTCCTCTGTCCTGGTGGCCAGCCGTTCCCTCACC
GTAACTTCTCTGAAGAGGTTTCTGTGCTCGACGGTCACTTTGCCAAGATGGGTTTAAGCA
GTGTTGCGTACTTGATGGGCGATGACGATGAGACCAAGAAGTGGCATGTCTACTCTGCTT
CTTCTGCCAAGAACTCCAAAAACGGCGAGAACAACAATGTCTACACTCTCGAGATGTGTA
TGACTGGTCTGGATAAAGACAAGGCATCTGTCTTCTACAAGAACTCGGCTGGCTCCTCCA
TGACTGATAACTCTGGCATCAGGAAGATACTTCCTCAATCCCAAATCTGCGACTTTGAGT
TCGAGCCATGCGGCTACTCGATGAACAGCGTCGAAGGTGACGCCATCTCAACCATCCATG
TGACCCCTGAAGACGGATTCAGCTACGCTAGCTTTGAGGCAGTGGGGTACGATTTCACTG
CCATGGACTTGAGCCACCTCGTCTCGAAGGTGCTGGCTTGCTTCGAGCCAAAGCAATTCT
CGGTAGCGGTACACTCTAGCGTCGCACAGAAGAGCGGCTACGACTCTGGTCTCTCTGTAG
ACCTTGAGGATTACGGATGCAAGGAGTCGACGACGGAG*CTCTAGGGGAGGAGAGAGGAA
CGGTTATGTATCAGAG*TTTGAGAAGCTGGGAATGTTTTGCGGTTCTCCGAGAT

QA 2 715 2 715
DS 

RD RR3GY45JQ 753 0 0
GAACTCCAAAAACGGCGAGAACAACAATGTCTACACTCTCGAGATGTGTATGACTGGTCT
GGATAAAGACAAGGCATCTGTCTTCTACAAGAACTCGGCTGGCTCCTCCATGACTGATAA
CTCTGGCATCAGGAAGATACTTCCTCAATCCCAAATCTGCGACTTTGAGTTCGAGCCATG
CGGCTACTCGATGAACAGCGTCGAAGGTGACGCCATCTCAACCATCCATGTGACCCCTGA
AGACGGATTCAGCTACGCTAGCTTTGAGGCAGTGGGGTACGATTTCACTACCATGGACTT
GAGCCACCTCGTCTCGAAGGTGCTGGCTTGCTTCGAGCCAAAGCAATTCTCGGTAGCGGT
ACACTCTAGCGTCGCACAGAAGAGCGGCTACGACTCTGGTCTCTCTGTAGACCTTGAGGA
TTACGGATGCAAGGAGTCGACGACGGAGGCTCTAGGGGAGGAGAGAGGAACGGTTATGTA
TCAGAGGTTTGAGAAGCTGGGAATGTATTGCGGTTCTCCGAGATCTACCTTGAAGTGTGA
GTGGAGCAGCAACAGTAGCTGCACTAGCGAGGACGAGAAGGAAGAGGGAATCTAAAAGCT
TTTTTAGTTCTGTTGTTGTTTCGAATAATAATGTCGTGCGATTATGTTTGTTCTCCTTAA
ACAACCTTTGATAAAATTGTGTGTTTGGTCTCTGTGAATTCAGATGATCGAGTATTATGA
AATTATCTATCAATAAGAGACCATTTTCGTGAT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3ED58TF 732 0 0
G
CGGCGAGAACAACAATGTCTACACTCTCGAGATGTGTATGACTGGTCTGGATAAAGACAT
GGCATCTGTCTTCTACAAGAACTCGGCTGGCTCCTCCATGACTGATAACTCTGGCATCAG
GAAGATACTTCCTCAATCCCAAATCTGCGACTTTGAGTTCGAGCCATGCGGCTACTCGAT
GAACAGCGTCGAAGGTGACGCCATCTCAACCATCCATGTGACCCCTAAAGACGGATTCAG
CTACGCTAGCTTTGAGGCAGTGGGGTACGATTTCACTACCATGGACTTGAGCCACCTCGT
CTCGAAGGTGCTGGCTTGCTTCGAGCCAAAGCAATTCTCGGTAGCGGTACACTCTAGCGT
CGCACAGAAGAGCGGCTACGACTCTGGTCTCTCTGTAGACCTTGAGGATTACGGATGCAA
GGAGTCGACGACGGAAGTTCTAGGGGAGGAGAGAGGAACGGTTATGTATCAGAGGTTTGA
GAAGCTGGGAATGTATTGCGGTTCTCCGAGATCTACCTTGAAGTGTGAGTGGAGCAGCAA
CAGTAGCTGCACTAGCGAGGACGAGAAGGAAGAGGGAATCTAAAAGCTTTTTTAGTTTTG
TTGTTGTTTCGAATAATAATGTCGTGCGATTATGTTTGTTCTCCTTAAACAACCTT**AT
AAAATTGTGTGTTTGGTCTCTGTGA*TTCAGATGATCGAGTATTATGAAATTATCTATCA
TAGAGACCATT

QA 2 721 2 721
DS 



AS 1 2

CO CL3301Contig1 999 2 18 U
CGGGACACATAAATTAGAATTATAACAATAAACAAACATGATATCCATTTAACTGAAGAG
AGATCGGGTCAATTTAAAAGAGCCTCAAACAAAGTTTAAAATACGACTTCGGTGAATGTA
GAGAAACATCTAAACATTTGTTTAACAGAGTGAGAGAATGATGAATCACATAGCCATTGG
TTCAGGACCAGCAGCGTTGAGGATGTCTAACAAGGAGTTCTGGGGCTCCAACTCCTCGTG
CCATAGCTGCAACTTATCCCCAGGGTAGAAGTTTCTGGTCACTCCCTCTGAGTTTATTAT
CACAGTCCGTACAACTCCTCCACTGGCTCCATCACGGGCGATGGCTAGCGAAACCGCCTT
CACAACAAGTTGCTCAGCTTCTTCTTTGGTCATGTTTTCTTTCCAGGCCTGATCAAAGAA
CCCGTAAAGATAACTCGAGCCAAAGCCTCCAATAGCAAAAGGTTGCTCAACAACAGTTCC
ACCAAGTGGAATCCCATAAATCTTCCCACCTTCATACTTATCCCAGCCACCAACTATGAG
GCCAGTTTGCAGCATGTTCTTGTTATTGTAAGCGAGCATCCTAATGAGGTTTGCAGAAAC
CTTAACAGTCGCAGGCTGTCCCAGCTGAATTGTATGCTGGTGAAGGAAGTAGCGGACATA
GTCAGAGACAACCTGAGAATCAGCAGCCGATCCAGAACGGCAGACGTAGACATTGTCGGT
GAGCTGTGTGATCTTGTCTGAAGCTAGATTCGCTACGTACATGCCCGTGCTGGTACGTGA
GTCGGCTCCGAGGACGACGCCTCCGTTGTAAGTGACGCCGATGATGGTTGTTCCCATAGA
GTGCGGAGCATCGAGATTGAGATCCATCGCTGTAGGATTCGAAACTTGTGTGGGAGGAAA
AGAATCTCTGAGCTGAGAGTTACGCGACTAAGTATCTCAGATCACGGTGATGGATTGGCT
ACTGATTAGAAGGGTGAAGAAGAAGAAGAACTGACTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CT44JQB U 1
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GTCGGCTCCGAGGACGACGCCTCCGTTGTA
GTG

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CCCGCCTTCATACTTATCCCAGCCACCAACTATGAGGCCAGTTTGCAGCATGTTCTTGTT
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GAAGAACTGACTTCC

QA 1 855 1 855
DS 



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BQ
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AF RR3HB21JQ U 1
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GG

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TAG
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CGATCACTGGCGATGGCGAAGCAGTTCTTCCCCACCATCGCCACAACTGCACTTCCATTG
TACTCGAAGATCGACATGGGAAGGTTTTAGGGGTTTGTATAGATTGAGATGTGGAGCTTC
GAAGAAATCTCC

QA 4 615 4 615
DS 



AS 0 0

AS 1 4

CO CL3304Contig1 925 4 14 U
GACGATCTATCACTATGGATTCGCAAACCTCATGTTGAGGAGGTATGTGGATGCGGTTCG
TGAGTTCAACAAGATCCTCCTCTACATTTACAAGACGAAGCAGTACCATCAAAAGTCACC
TCAGTATGAGCAGTTGCTGAAGAAGAATGAGCAGATGTATGCTTTGCTTGCGGTTTGCCT
CTCCCTCTGCCCTCAGACGAAGCTCGTTGACGAGTCTGTCAACTCTCAGCTGCGTGAGAA
GTACGGTGAGAAGATGATGAGGATGCAGAGGTACGACGATGAGGCGTTTGGTATCTATGA
CGAGCTCTTCTCTTACGCATGCCCCAAGTTCATCACCCCTTCCGCACCAAGTTTCGAGGA
GCCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGCGTACAGGCTTCAGTTGAAGATGTTCCTTTATGA
GGTGAAGCAGCAGCAGCTGTTGTCAGGAGTGAGGACGTTCCTTAAAGTTTACTCCTCCAT
CTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGAAGTTGATGAACCAACTCTAAGGACCATATT
GTTAACATACAAGCACAAGACTCATTCAGTTGGTTCTGATGGGAAGATCATCTCTAATGC
AGACATTGATTTCTACATCAACAACGACATGATCTACGTCGTGGAATCAAAACCTGCAAA
GCGTTATGGAGATTTCTTCTTGCGGCAGATTGCAAAGCTTGAAGGTGTGATAAACGACAT
GGACCGCATCAAGCTGGAATGAGGAATTGTCTGTGTTACCTTCAGCTCTCTTTATCTAGT
GAAACGGTGTTTTTTTGGTGTTATCGTCTATCTTTTCTTATGAAATACTGTCAATTTTCC
ATTGTGGCATTGCAAGAATATCCCAAAGGATAAAAACACATCTTTGGCTTACTAGTTTTT
GAAACCTCCTTTGGAATAGTTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB39TF U 1
AF RR3FO89TF U 113
AF RR3FO89JQ C 215
AF RR3BB39JQ C 88
BS 1 331 RR3BB39TF
BS 332 332 RR3FO89TF
BS 333 484 RR3BB39TF
BS 485 485 RR3FO89TF
BS 486 669 RR3BB39TF
BS 670 670 RR3FO89TF
BS 671 703 RR3BB39TF
BS 704 704 RR3FO89TF
BS 705 738 RR3BB39TF
BS 739 739 RR3FO89TF
BS 740 757 RR3BB39TF
BS 758 758 RR3FO89TF
BS 759 790 RR3BB39TF
BS 791 925 RR3BB39JQ

RD RR3BB39TF 790 0 0
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TGAGTTCAACAAGATCCTCCTCTACATTTACAAGACGAAGCAGTACCATCAAAAGTCACC
TCAGTATGAGCAGTTGCTGAAGAAGAATGAGCAGATGTATGCTTTGCTTGCGGTTTGCCT
CTCCCTCTGCCCTCAGACGAAGCTCGTTGACGAGTCTGTCAACTCTCAGCTGCGTGAGAA
GTACGGTGAGAAGATGATGAGGATGCAGAGGTACGACGATGAGGCGTTTGGTATCTATGA
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GGTGAAGCAGCAGCAGCTGTTGTCAGGAGTGAGGACGTTCCTTAAAGTTTACTCCTCCAT
CTCTTTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGAAGTTGATGAACCAACTCTAAGGACCATATT
GTTAACATACAAGCACAAGACTCATTCAGTTGGTTCTGATGGGAAGATCATCTCTAATGC
AGACATTGATTTCTACATCAACAACGACATGATCTACGTCGTGGAATCAAAACCTGCAAA
GCGTTATGGTGATTTCTTCTTGCGGCAGATTGCAAAGCTTGAAAGTGTGATAAACGACAT
GGACCGCATCAAGCTGGAGTGAGGAATTGTCTGTGTTGCCTTCAGCTCTCTTTATCTAGT
GAAACGGTGT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3FO89TF 670 0 0
G
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TTTGCCTCTCCCTCTGCCCTCAGACGAAGCTTGTTGACGAGTCTGTCAACTCTCAGCTGC
GTGAGAAGTACGGTGATAAGATGATGAGGATGCAGAGGTACGACGATGAGGCGTTTGGTA
TCTATGACGAGCTCTTCTCTTACGCATGCCCCAAGTTCATCACCCCTTCCGCACCAAGTT
TCG*GGAGCCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGCTTACAGGCTTCAGTTGAAGATGTTTC
TTTATGAGGTGAAGCAGCAGCAGCTTTTGTCAGGAGTGAGGACGTTCCTTAAAGTTTACT
CCTCCATCTCTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGAAGTTGATGAACCAACTCTAAGGA
CCATATTGTTAACATACAAGCACAAGACTCATTCAGTTGGTTCTGATGGGAAGATCATCT
CTAATGCAGACATTGATTTCTACATCAACAATGACATGATCTACGTTGTGGAATCAAAAC
CTGCAAAGCGTTATGGAGATTTCTTCTTGCGGCAGATTGCAAAGCTTGAAGGTGTGATAA
ACGACATGGACCGCATCAAGCTGGAATGAGGAATTGTCTGTGTTACCTTCAGCTCTCTTT
ATCTAGTGA

QA 2 670 2 670
DS 

RD RR3FO89JQ 679 0 0
TCTGTCAACTCTCAGCTGCGTGAGAAGTACGGTGATAAGATGATGAGGATGCAGAGGTAC
GACGATGAGGCGTTTGGTATCTATGACGAGCTCTTTTCTTACGCATGCCCCAAGTTCATC
ACCCCTTCCGCACCAAGTTTCG*GGAGCCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGCTTACAGG
CTTCAGTTGAAGATGTTTCTTTATGAGGTGAAGCAGCAGCAGCTTTTGTCAGGAGTGAGG
ACGTTCCTTAAAGTTTACTCCTCCATCTTTCTTGCTAAGCTCGCAAACTACATGGAAGTT
GATGAACCAACTTTAAGGACCATATTGTTAACATACAAGCACAAGACTCATTCAGTTGGT
TCTGATGGGAAGATCATCTTTAATGCAGACATTGATTTCTACATCAACAATGACATGATT
TACGTTGTGGAATCAAAACCTGCAAAGCGTTATGGAGATTTTTTCTTGCGGCAGATTGCA
AAGCTTGAAGGTGTGATAAACGACATGGACCGCATCAAGCTGGAATGAGGAATTGTCTGT
GTTACCTTCAGCTCTCTTTATCTAGTGAAACGGTGTTTTT**GGTGTTATCGTCTATCTT
TTCTTATGAAGTACTGTCATTTTTCCATTGTGGCATTGCAAGAATATCCCAAAGGATAAA
AA*ACATCTTTGGCTTAC
C

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3BB39JQ 838 0 0
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TGAGCAGATGTATGCTTTGCTTGCGGTTTGCCTCTCCCTCTGCCCTCAGACGAAGCTCGT
TGACGAGTCTGTCAACTCTCAGCTGCGTGAGAAGTACGGTGAGAAGATGATGAGGATGCA
GAGGTACGACGATGAGGCGTTTGGTATCTATGACGAGCTCTTCTCTTACGCATGCCCCAA
GTTCGTCACCCCTTCCGCACCAAGTTTCGAGGAGCCTCTTGTCAATTACAATCAGGATGC
GTACAGGCTTCAGTTGAAGATGTTCCTTTATGAGGTGAAGCAGCAGCAGCTGTTGTCAGG
AGTGAGGACGTTCCTTAAAGTTTACTCCTCCATCTCTTTTGCTAAGCTCGCAAACTACAT
GGAAGTTGATGAACCAACTTTAAGGACCATATTGTTAACATACAAGCACAAGACTCATTC
AGTTGGTTCTGATGGGAAGATCATCTCTAATGCAGACATTGATTTCTACATCAACAACGA
CATGATTTACGTCGTGGAATCAAAACCTGCAAAGCGTTATGGTGATTTCTTCTTGCGGCA
GATTGCAAAGCTTGAAGGTGTGATAAACGACATGGACCGCATCAAGCTGGAGTGAGGAAT
TGTCTGTGTTGCCTTCAGCTCTCTTTATCTAGTGAAACGGTGTTTTTTTGGTGTTATCGT
CTATCTTTTCTTATGAAATACTGTCAATTTTCCATTGTGGCATTGCAAGAATATCCCAAA
GGATAAAAACACATCTTTGGCTTACTAGTTTTTGAAACCTCCTTTGGAATAGTTTCAC

QA 1 838 1 838
DS 



AS 1 4

CO CL3305Contig1 1456 4 7 U
GGGAGTGACTGACACAGGGCTTGAATCTGTGGGGAAAGGATGCCCGAACATGAAGAAGGC
GTTGATCAGTAAATCCCCGTTGTTGTCTGACAACGGTTTGGTCTCTTTTGCGAAAGGTGC
GTTGTCGTTGGAGAGTGTTCAGCTTGAAGAGTGCCACAGGGTCACCCAGTTTGGGTTTTT
TGGTTCTCTTTTGAACTGTGGTGCAAAGCTGAAGGCTTTCTCTATGGTGAACTGTTTGGG
TATCAGAGACCTCACCACTGGATTACCTTCTTCGGCGGCTAATTGCAGTGGTCTACGCTC
TCTGTCTGTTCGTAACTGCCCCGGGTTTGGAGATGCGAACCTTGCCGCCCTTGGGAAGCT
ATGCCCTCAGCTGGAAGATATCGAGATGCGTGGGCTCAAGGGGGTGACAGAGTCTGGTTT
TCTACATCTGCTCGAGAACTCTCTTGTGAAGGTTAACTTCAGTGGCTGTTCCGGTTTGAC
AGACAGAGTTGTCTCCGCCATCTCTGCTCGCAACAGCTCGACTCTCGAAGTCTTGAACAT
GGATGGATGTAGCAAGATCTCTGACGCCAGCCTAGTCTCCATCGCAGCGAACTGCCAGAT
TCTAAGTGATTTGGATCTTTCGAAATGCTCGGTCTCAGATTCCGGAGTTCAAGCGTTGGC
TTCCTCTGAAAAACTCAAACTGCAGATCCTATCCATGGCGGGTTGCTCTATGGTCACCGA
CAAGAGCTTACCAGCAATCCTTAAGCTGGGTTCGACTTTACTCGGATTAAATCTCCAACA
GTGCCGATCCATTTCCACTTCCACTGTCGACTTCTTAGTCGAGAGGCTTTACAAATGCGA
CATCCTCTCCTGATCCACCAATTCCACGTTCAACTTTATCCACCCTATAATAATAGTACT
GTTCCAAGTTAAGTGTCAGCTTCCTTTTCAGGTGTGTCTCTCTCGCTAGGCTCAGGTATT
ACCCGGTTTTTCCAAGTAGTTCGGCTTCCGGTTTCCTTTTTCCAGTCAATGTTGTTTTTG
CAGAGTTTCCCTTAGATCAGGGCTAACTCTAGCTTACCATGAAACCGGAAATGTCGTGTG
GTTGCTTGAGAATATACTTACCCGGGTATTACCTGAGATTTTAGGGTTTATCATCTCCTG
TTTGGTTTGTTTTATGCGTTACTTTGTCTTGTTGAAGTTTGGTTTTCCTCGAAAGGGTCT
TTGTGTGATGTGTACGTGTTCAAGATTCTTGTTCAGGTTGCCATGGGTTCTTTCTTAGAG
GTTTGCTCTGGCTTTTGTTGCAACAAACTCACTCTATTATAGAGTTTTTTATTTGTTGTT
GTTTTTTTTTGCCAGAGCCCTCGTGTTTTTTTTCCCCAGGCACTGTATTACGATCTGTGT
GAACACTGTACTAAGTTATGTATATGCCCTTTGGGATGGTTTAATGAAGTATTGAATAAA
ATTATCATTTCGTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3A019TF U 1
AF RR3FG40TF U 690
AF RR3A019JQ C 646
AF RR3FG40JQ C 749
BS 1 857 RR3A019TF
BS 858 930 RR3FG40TF
BS 931 1236 RR3A019JQ
BS 1237 1237 RR3FG40JQ
BS 1238 1329 RR3A019JQ
BS 1330 1330 RR3FG40JQ
BS 1331 1456 RR3A019JQ

RD RR3A019TF 857 0 0
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GTTGATCAGTAAATCCCCGTTGTTGTCTGACAACGGTTTGGTCTCTTTTGCGAAAGGTGC
GTTGTCGTTGGAGAGTGTTCAGCTTGAAGAGTGCCACAGGGTCACCCAGTTTGGGTTTTT
TGGTTCTCTTTTGAACTGTGGTGCAAAGCTGAAGGCTTTCTCTATGGTGAACTGTTTGGG
TATCAGAGACCTCACCACTGGATTACCTTCTTCGGCGGCTAATTGCAGTGGTCTACGCTC
TCTGTCTGTTCGTAACTGCCCCGGGTTTGGAGATGCGAACCTTGCCGCCCTTGGGAAGCT
ATGCCCTCAGCTGGAAGATATCGAGATGCGTGGGCTCAAGGGGGTGACAGAGTCTGGTTT
TCTACATCTGCTCGAGAACTCTCTTGTGAAGGTTAACTTCAGTGGCTGTTCCGGTTTGAC
AGACAGAGTTGTCTCCGCCATCTCTGCTCGCAACAGCTCGACTCTCGAAGTCTTGAACAT
GGATGGATGTAGCAAGATCTCTGACGCCAGCCTAGTCTCCATCGCAGCGAACTGCCAGAT
TCTAAGTGATTTGGATCTTTCGAAATGCTCGGTCTCAGATTCCGGAGTTCAAGCGTTGGC
TTCCTCTGAAAAACTCAAACTGCAGATCCTATCCATGGCGGGTTGCTCTATGGTCACCGA
CAAGAGCTTACCAGCAATCCTTAAGCTGGGTTCGACTTTACTCGGATTAAATCTCCAACA
GTGCCGATCCATTTCCACTTCCACTGTCGACTTCTTAGTCGAGAGGCTTTACAAATGCGA
CATCCTCTCCTGATCCA

QA 1 857 1 857
DS 

RD RR3FG40TF 241 0 0
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TCAACTTTATCCACCCTATAATAATAGTACTGTTCCAAGTTAAGTGTCAGCTTCCTTTTC
A

QA 1 241 1 241
DS 

RD RR3A019JQ 811 0 0
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TCAATGTTGTTTTTGCAGAGTTTCCCTTAGATCAGGGCTAACTCTAGCTTACCATGAAAC
CGGAAATGTCGTGTGGTTGCTTGAGAATATACTTACCCGGGTATTACCTGAGATTTTAGG
GTTTATCATCTCCTGTTTGGTTTGTTTTATGCGTTACTTTGTCTTGTTGAAGTTTGGTTT
TCCTCGAAAGGGTCTTTGTGTGATGTGTACGTGTTCAAGATTCTTGTTCAGTTTGCCATG
GGTTCTTTCTTAGAGGTTTGCTCTGGCTTTTGTTGCAACAAACTCACTCTATTATAGAGT
TTTTTATTTGTTGTTGTTTTTTTT*GCCAGAGCCCTCGTGTTTTTTTTCCCCAGGCACTG
TATTACGATCTGTGTGAACACTGTACTAAGTTATGTATATGCCCTTTGGGATGGTTTAAT
GAAGTATTGAATAAAATTATCATTTCGTTGT

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3FG40JQ 708 0 0
GGTTCGACTTTACTCGGATTAAATCTCCAACAGTGCCGATCCATTTCCACTTCCACTGTC
GACTTCTTAGTCGAGAGGCTTTACAAATGCGACATCCTCTCCTGATCCACCAATTCCACG
TTCAACTTTATCCACCCTATAATAATAGTACTGTTCCAAGTTAAGTGTCAGCTTCCTTTT
CAGGTGTGTCTCTCTCGCTAGGCTCAGGTATTACCCGGTTTTTCCAAGTAGTTCGGCTTC
CGGTTTC*TTTTTCCAGTCAATGTTGTTTTTGCAGAGTTTCCCTTATATCAGGGCTAACT
CTAGCTTACCATGAAACCGGAAATGTCGTGTGGTTGCTTGAGAATATACTTACCCGGGTA
TTACCTGAGATTTTAGGGTTTATCATCTCCTGTTTGGTTTGTTTTATGCGTTACTTTGTC
TTGTTGAAGTTTGGTTTTCCTCGAAAGGGTCTTTGTGTGATGTGTACGTGTTCAAGATTC
TTGTTCAGGTTGCCATGGGTTCTTTCTTAGAGGTTTGCTCTGGCTTTTGTTGCAACAAAC
TCACTCTATTATAGAGTTTTTTATTTGTTGTTGTTTTTTTTTGCCAGAGCCCTCGTGTTT
TTTTTCCCCAGGCACTGTATTACGATCTGTGTGAACACTGTACTAAGTTATGTATATGCC
CTTTGGGATGGTTTAATGAAGTATTGAATAAAATTATCATTTCGTTGT

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 4

CO CL3306Contig1 810 4 7 U
GGACGTCTGGCAACACTCTGCTTGCTTTGCTTCATCTCTTAGGGTCAGCCACAGAAAGAA
GAAAGCGGAAGTATGAGTTCCTCCACTACTGCTGGTGTCACTGTGATCTGGGACTTTCAG
TATGCTTGGATCCCCGAGGGTTACGATCTCCGCACCCTTAAGACGAACATTGAAACCGCC
CTGAAAAGATGCAATCCAGATTTCTTCATCGAAGGGAAACTGCGTGCTGTTGGACATGCC
ACCGGAGACAAACATCAAGCCATTTCCATGCTCCCTCATGACATCAAATTCTCCCCCGTC
CGACACGATAACATTCGTACTCCAGACCCTGAAGATCAAACTGCTTTGGAACTGGTTATG
AAGCTCACCATGAAAGTACTTGCCAAAGCGGCTAACATTTTGGTCATTTCTGGAAACTAT
GATCTGATGGGTGCGATTAATGGGTGGAGACAAAGGAATATCTTTATGATGTTGGCCCTT
CCTGAAAGCTCCTCCTCCACACCAAGCATCTACCATTGTGCCAACTTGACTTGGCTTTGG
GCTTCGGAAGATCCTGAGAGTGCTGCTGCTACCATGGTTAATGGAGGTGGACCCATCCTT
CCTGCCCCCGTGTAAGAGGATGAGCTTATCAGTATGGTGGTAGATAAAATAACATGAACT
CTTAGTAATATCATCTGTTTTAGTCTCAGACTCTCTCTTTTAGCTGCGTTCTTGTTTTGA
AACATGCGAGTATGTATGATCATCTTAACTAATATGACTTGAGTAATATTGTAGTACTCC
TTTTTAAGCTTCTGGTGGGTTTGTTTGATA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3CW70TF U 1
AF RR3E010TF U 1
AF RR3E010JQ C 174
AF RR3CW70JQ C 84
BS 1 14 RR3CW70TF
BS 15 15 RR3E010TF
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BS 674 730 RR3CW70TF
BS 731 762 RR3E010TF
BS 763 810 RR3CW70JQ

RD RR3CW70TF 730 0 0
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GCTTCGGAAGATCCTGAGAGTGCTGCTGCTACCATGGTTAATGGAGGTGGACCCATCCTT
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CTTAGTAATATCGTCTGTTTTAGTCTCAGACTCTCTCTTTTAGCTGCGTTCTTGTTTTGA
AACATGCGAG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3E010TF 762 0 0
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GAAAGCGGAAGTATGAGTTCCTCCACTACTGCTGGTGTCACTGTGATCTGGGACTTTCAG
TATGCTTGGATCCCCGAGGGTTACGATCTCCGCACCCTTAAGACGAACATTGAAACCGCC
CTGAAAAGATGCAATCCAGATTTCTTCATCGAAGGGAAACTGCGTGCTGTTGGACATGCC
ACCGGAGACAAACATCAAGCCATTTCCATGCTCCCTCATGACATCAAATTCTCCCCCGTC
CGACCCGATAACATTCGTACTCCAGACCCTGAAGATCAAACTGCTTTGGAACTGGTTATG
AAGCTCACCATGAAAGTACTTGCCAAAGCGGCTAACATTTTGGTCATTTCTGGAAACTAT
GATCTGATGGGTGCGATTAATGGGTGGAGACAAAGGAATATCTTTATGATGTTGGCCCTT
CCTGAAAGCTCCTCCTCCTCACCAAGCATCTACCATTGTGCCAACTTGACTTGGCTTTGG
GCTTCGGAAGATCCTGAGAGTGCTGCTGCTACCATGGTTAATGGAGGTGGACCCATCCTT
CCTGCCCCCGTGTAAGAGGATGAGCTTATCAGTATGGTGGTAGATAAAATAACATGAACT
CTTAGTAATATCATCTGTTTTAGTCTCAGACTCTCTCTTTTAGCTGCGTTCTTGTTTTGG
AACATGCGAGTATGTATGATCATCTTAACTAATATGACTTGA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3E010JQ 591 0 0
AACCGCCCTGAAAAGATGCAATCCAGATTTCTTCATCGAAGGGAAACTGCGTGCTGTTGG
ACATGCCACCGGAGACAAACATCAAGCCATTTCCATGCTCCCTCATGACATCAAATTCTC
CCCCGTCCGACCCGATAACATTCGTACTCCAGACCCTGAAGATCAAACTGCTTTGGAACT
GGTTATGAAGCTCACCATGAAAGTACTTGCCAAAGCGGCTAACATTTTGGTCATTTCTGG
AAACTATGATCTGATGGGTGCGATTAATGGGTGGAGACAAAGGAATATCTTTATGATGTT
GGCCCTTCCTGAAAGCTCCTCCTCCTCACCAAGCATCTACCATTGTGCCAACTTGACTTG
GCTTTGGGCTTCGGAAGATCCTGAGAGTGCTGCTGCTACCATGGTTAATGGAGGTGGACC
CATCCTTCCTGCCCCCGTGTAAGAGGATGAGCTTATCAGTATGGTGGTAGATAAAATAAC
ATGAACTCTTAGTAATATCATCTGTTTTAGTCTCAGACTCTCTCTTTTAGCTGCGTTCTT
GTTTTGGAACATGCGAGTATGTATGATCATCTTAACTAATATGACTTGA
GG

QA 1 589 1 589
DS 

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CGATCTCCGCACCCTTAAGACGAACATTGAAACCGCCCTGAAAAGATGCAATCCAGATTT
CTTCATCGAAGGGAAACTGCGTGCTGTTGGACATGCCACCGGAGACAAACATCAAGCCAT
TTCCATGCTCCCTCATGACATCAAATTCTCCCCCGTCCGACACGATAACATTCGTACTCC
AGACCCTGAAGATCAAACTGCTTTGGAACTGGTTATGAAGCTCACCATGAAAGTACTTGC
CAAAGCGGCTAACATTTTGGTCATTTCTGGAAACTATGATCTGATGGGTGCGATTAATGG
GTGGAGACAAAGGAATATCTTTATGATGTTGGCCCTTCCTGAAAGCTCCTCCTCCACACC
AAGCATCTACCATTGTGCCAACTTGACTTGGCTTTGGGCTTCGGAAGATCCTGAGAGTGC
TGCTGCTACCATGGTTAATGGAGGTGGACCCATCCTTCCTGCCCCCGTGTAAGAGGATGA
GCTTATCAGTATGGTGGTAGATAAAATAACATGAACTCTTAGTAATATCGTCTGTTTTAG
TCTCAGACTCTCTCTTTTAGCTGCGTTCTTGTTTTGAAACATGCGAGTATGTATGATCAT
CTTAACTAATATGACTTGAGTAATATTGTAGTACTCCTTTTTAAGCTTCTGGTGGGTTTG
TTTGATA

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 4

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CATCCTTCC*ATACACACCTTAGTTTATTTGCAACAACTATTATGAGAGAGTTTGGGATA
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CTCTGATAAAAGCAGAACCAAACTAAGATTTGTTGTGTGCATTTGTTCAAGGTCGGGGAA
AA*TTGAAACAAC**AAAAACAGAAGAGTATTACATAGACATGGACATAATCTGTCGAGC
GATGCCAGGTTCTTGCTGCAACAGCTCCCTCAAGCTGTTCTCCACCTCTGCAATCTTCTT
CTCCAAGTTCTCCTTCGATGTCTGAAGAGAAGCAATTGTAGCCTCGCTATCCTTGAACTT
CTGCTCTTGTTCAGCCTCTAGTACACTCTTGGGCTCTAGAAGAAACGTTCTTCCTATAGA
CTTGAAAGTGTTAGTATCTTCAGGCAAAGGGCGTAGCTCCTCCAAGGTTAAGTAAGCACG
TTTTCTATCTCCCTCTTTGTTCCGCATCTGTGTCTGCACCTGCTTGAGCTTGCCGGTGAG
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TGCAGATCTTTAGCTCTTCCCACTGCAGAAAATAAAT


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3AW82TF C 1
AF RR3AB25JQ U 2
AF RR3AB25TF C 2
AF RR3AW82JQ U 2
BS 1 1 RR3AW82TF
BS 2 697 RR3AB25JQ

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QA 1 350 1 350
DS 

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QA 1 696 1 696
DS 

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A*TTGAAACAAC**AAAAACAGAAGAGTATTACATAGACATGGACATAATCTGTCGAGCG
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TTGAAAGTGTTAGTATCTTCAGGCAAAGGGCGTAGCTCCTCCAAGGTTAAGTAAGCACGT
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GCAGATCTTTAGCTCTTCCCACTGCAGAAAATAAAT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3AW82JQ 696 0 0
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TGCTCTTGTTCAGCCTCTAGTACACTCTTGGGCTCTAGAAGAAACGTTCTTCCTATAGAC
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TCGATCATGCTTGCTTGAATCTCTAGAAATGCAGTTCGGGTTGCTTCGTCCGCCATATCT
GCAGATCTTTAGCTCTTCCCACTGCAGAAAATAAAT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 4

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CCCATTTTCTGAAATGCTTCTTCACTGATCTCAACTTTATGTACAGAAGCCGGGAAAATC
CTGTTCTTGTCGGATGGTGAGCTTGAAGAAACATTACCACATAGCTTTGATTGGATCTCT
ACGCAAGATTTGAGATCCTCTTCGGTCCTTGCTTTGTTCAGTTTGTCGATTATTTCATTC
AAAGCTGAGGTTCTCTCTTCTAAACGACGTCTTTTGATCCTTCTTTTGATGTCATCTTGA
TCATCTGATTTAACACCCGGTTTCTGAACCTTCAACAAACCAGCTTTGACAGTCTCCGTG
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TTACAAGATTGAAACGGGCATCTGGAGCGAGCCACGTTGCCGCATTGGATACACTTGGGT
TTGTTGAGGCCACGGAGAGTTTTGGGAGGCGTAGCAGCGGCGGAGAAACCATTGTTACTC
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GATACTTAACGGCCAAATATAAAACCGTTATTCACGAAGACAGGCAACGCCCAAAACTCG
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TTGATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3FY46JQ U 36
AF RR3GZ44TF C 581
AF RR3FY46TF C 589
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TTACTGTATACTTTTTGACTTCATAAAGTTTCAACTTGGTCAAAAGACTGAAGCTGCTCG
CCCATTTTCTGAAATGCTTCTTCACTGATCTCAACTTTATGTACAGAAGCCGGGAAAATC
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TCATTCTCCACCTCAATGTTTCTGTCTCTGTGCT

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G
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ACAATCAACAAGCTTTCCCCATTCTTACTGTATACTTTTTGACTTCATAAAGTTTCAACT
TGGTCAAAAGACTGAAGCTGCTCGCCCATTTTCTGAAATGCTTCTTCACTGATCTCAACT
TTATGTACAGAAGCCGGGAAAATCCTGTTCTTGTCGGATGGTGAGCTTGAAGAAACATTA
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TTCAGTTTGTCGATTATTTCATTCAAAGCTGAGGTTCTCTCTTCTAAACGACGTCTTTTG
ATCCTTCTTTTGATGTCATCTTGATCATCTGATTTACCACCCGGTTTCTGAACCTTCAAC
AAACCAGCTTTGACAGTCTCCGTGATGCGTTTCTTGAAGCCCTCTGCTCT*GCGGAATTT
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TTACTCATGTACCGATCAAAAGCTTCATTCTCCACCTCAATGTTTCTGTCTCTGTGCTCT
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CTCTGGCGAGGAACAGCATTCAG*TTATTAAACTGAGTAA*GTTGCTGGAAAGTTGGCGG
ATTGATGAA
CTCTAC

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GCATTCAGGTTATTAAACTGAGTAAAGTTGCTGGAAAGTTGGCGGATTGATGAAACTCTA
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TCT
CC

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DS 

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TCAAAAGCTTCATTCTCCACCTCAATGTTTCTGTCTCTGTGCTCTTTTAGCTTCGTAAAC
CGCCACGCGTTTAACGCTTGAGCATCCTTTATGGTCAAAGGCTTTCTCTGGCGAGGAACA
GCATTCAGGTTATTAAACTGAGTAAAGTTGCTGGAAAGTTGGCGGATTGATGAAACTCTA
CTCCCGGGAGTGCCCTCTGATGCTTTCTGCTCTGATGATGGAGTACTTGGTGCCGTCTTC
TCAGCAGACGTAACAACTCCTTTAAGAACGTGAATCGGGCAGGGATTCTCTGCTCTTGAA
CAGCATCCCTTACAAGATTGAAACGGGCATCTGGAGCGAGCCACGTTGCCGCATTGGATA
CACTTGGGTTTGTTGAGGCCACGGAGAGTTTTGGGAGGCGTAGCAGCGGCGGAGAAACCA
TTGTTACTCAGAGACGGTGACGAAGTCGCCATCTTTATTCACCAGAGGGG*GGGGGGGAG
ATGCGTAACGATACTTAACGGCCAAATATAAAACCGTTATTCACGAAGACAGGCAACGCC
CAAAACTCGTCAAGTTAACAGATTTTGCAATCGAACGTGTTTTTTTTTTTCTCGAAGTTC
TCTGCGATTTTGATTTCC

QA 4 741 4 741
DS 



AS 1 4

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ATTCTTCGTCCCCGTTTCGTTTTGCGAGAACGAAGGCGGCGACGATATCTTGATCCGGCA
AGTGGTTAACGGATCGGAGCCGAAAGTATTATTATCATCGGAGGATCACTTTTATCTGTT
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ATCATGTGGATCGTGCTGGAGTTTCAGCACTACAGGCGCGCTTGAAGGTGCTCACTTCCT
CGCAACTGGCCAACTTGTTAGCCTCAGTGAACAACAGCTCGTAGATTGTGATCACGAGTG
TGATCCTGAACAGGAAGGTTCATGTGACTCTGGTTGCAACGGCGGTCTAATGAACAGCGC
CTTTGAGTACACCCTCAAAACCGGAGGGCTTATGCGAGAGGAAGACTATCCTTACACAGG
TACTGATGGTGGGACCTGTAAGTTGGACAAGTCTAAGATTGTTGCCTCTGTCTCCAACTT
CAGTGTTGTCTCTATTAACGAAGATCAAATCGCTGCAAATCTTGTCAAAAACGGTCCTCT
TGCTGTGGCTTTAAATGCAGCTTACATGCAAACCTACATTGGAGGAGTCTCGTGCCCTTA
CATATGCTCGAAGCGGCTCAACCATGGTGTGTTGTTGGTGGGTTATGGCTCGGCCGGTTT
TTCTCAGGCAAGGTTCAAGGAAAAGCCGTATTGGATCATCAAAAACTCATGGGGAGAAAC
CTGGGGCGAGAATGGTTTCTATAAGTTATGTAAAGGCCGTAACGTTTGCGGCATTGACAG
TATGGTTTCCACCGTCGCTGCCGCTGTCTAGAGGGTTTTTATTATTATTAAGCAATCTGA
GCTCTTTAGCATTTGTCTCTTGTTCCAGTTATAAAACCTGTAAATAAATTAAAAGAAATG
CATTTCTCGGTGAATCTTTTGTTTGGAAAACCAACACATCCAAAGAACAATCTCAAAGAA
GATAAAGAAACGTCAC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F090TF U 3
AF RR3BH11TF U 1
AF RR3F090JQ C 440
AF RR3BH11JQ C 544
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RD RR3F090TF 672 0 0
AG
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TTCGTCTCCGTTTCGTTTTGCGAGAACGAAGGCGGCGACGATATCTTGATCCGGCAAGTG
GTTAACGGATCGGAGCCGAAAGTATTATTATCATCGGAGGATCACTTTTATCTGTTCAAG
AGGAGATTCGGAAAGGTTTACTCCTCTCTCGAGGAGCACCGCCACAGATTCTCTGTTTTC
AGATCTAATCTTCAGAGAGCGATGCGTCATCAGAGGATGGATCCTTCTGCTCGCCACGGC
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GGTGGGTTTAAGCTTCCCAATGACGCTAACCAGGCGCCGATTCTTCCTACCGAGGATCTT
CCTGAGGATTTTGATTGGAGAGATCGTGGAGCTGTTACTCCCGTCAAGAATCAGGGATCA
TGTGGATCGTGCTGGAGTTTCAGCACTACAGGCGCGCTTGAAGGTGCTCACTTCCTCGCA
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CCTGAACAGGAAAGTTCATGTGACTCTGGTTGCAACGGCGGTCTAATGAACAGCGCCTTT
GAGTACACCC

QA 3 672 3 672
DS 

RD RR3BH11TF 726 0 0
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AGTGGTTAACGGATCGGAGCCGAAAGTATTATTATCATCGGAGGATCACTTTTATCTGTT
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TTTCAGATCTAATCTTCAGAGAGCGATGCGTCATCAGAGGATGGATCCTTCTGCTC*CCA
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TAGAGGTGGGTTTAAGCTTCCCAATGACGCTAACCAGGCGCCGATTCTTCCTACCGAGGA
TCTTCCTGAGGATTTTGATTGGAGAGATCGTGGAGCTGTTACTCCCGTCAAGAATCAGGG
ATCGTGTGGATCGTGCTGGAGTTTCAGCACTACAGGCGCGCTTGAAGGTGCTCACTTCCT
CGCAACTGGCCAACTTGTTAGCCTCAGTGAACAACAGCTCGTAGATTGTGATCACGAGTG
TGATCCTGAACAGGAAGGTTCATGTGACTCTGGTTGCAACGGCGGTCTAATGAACAGCGC
CTTTGAGTACACCCTCAAAACCGGAGGGCTTATGCGAGAGGAAGACTATCCTTACACAGG
TA
TTGA

QA 1 722 1 722
DS 

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AGTTTCAGCACTACAGGCGCGCTTGAAGGTGCTCACTTCCTCGCAACTGGCCAACTTGTT
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TCATGTGACTCTGGTTGCAACGGCGGTCTAATGAACAGCGCCTTTGAGTACACCCTCAAA
ACCGGGGGGCTTATGCGAGAGGAAGACTATCCTTACACAGGTACTGATGGTGGGACCTGT
AAGTTGGACAAGTCTAAGATTGTTGCCTCTGTCTCCAACTTCAGTGTTGTCTCTATTAAC
GAAGATCAAATCGCTGCAAATCTTGTCAAAAACGGTCCTCTTGCTGTGGCTTTAAATGCA
GCTTACATGCAAACCTACATTGGAGGAGTCTCGTGCCCTTACATATGCTCGAAGCGGCTC
AACCATGGTGTGTTGTTGGTGGGTTATGGCTCGGCCGGTTTTTCTCAGGCAAGGTTCAAG
GAAAAGCCGTATTGGATCATCAAAAACTCATGGGGAGAAACCTGGGGCGAGAATGGTTTC
TATAAGTTATGTAAAGGCCGTAACGTTTGCGGCATTGACAGTATGGTTTCCACCGTCGCT
GCCGCTGTCTAGAGGGTTTTTATTATTATTAAGCAATCTGAGCTCTTTAGCATTTGTCTC
TTGTTCCAGTTATAAAACCTGTAAATAAATTAAAAGAAATGCATTTC
AG

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3BH11JQ 733 0 0
AACTGGCCAACTTGTTAGCCTCAGTGAACAACAGCTCGTAGATTGTGATCACGAGTGTGA
TCCTGAACAGGAAGGTTCATGTGACTCTGGTTGCAACGGCGGTCTAATGAACAGCGCCTT
TGAGTACACCCTCAAAACCGGAGGGCTTATGCGAGAGGAAGACTATCCTTACACAGGTAT
TGATGGTGGGACCTGTAAGTTGGACAAGTCTAAGATTGTTGCCTCTGTCTCCAACTTCAG
TGTTGTCTCTATTAACGAAGATCAAATCGCTGCAAATCTTGTCAAAAACGGTCCTCTTGC
TGTGGCTTTAAATGCAGCTTACATGCAAACCTACATTGGAGGAGTCTCGTGCCCTTACAT
ATGCTCGAAGCGGCTCAACCATGGTGTGTTGTTGGTGGGTTATGGCTCGGCCGGTTTTTC
TCAGGCAAGGTTCAAGGAAAAGCCGTATTGGATCATCAAAAACTCATGGGGAGAAACCTG
GGGCGAGAATGGTTTCTATAAGTTATGTAAAGGCCGTAACGTTTGCGGCATTGACAGTAT
GGTTTCCACCGTCGCTGCCGCTGTCTAGAGGGTTTTTATTATTA***AGCAATCTGAGCT
CTTTAGCATTTTTCTCTTGTTCCAGTTATAAAACCTGTAAATAAATTAAAAGAAATGCAT
TTCTCGGTGAATCTTTTGTTTGGAAAACCAACACATCCAAAGAACAATCTCAAAGAAGAT
AAAGAAACGTCAC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 4

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CTAGCCGCCGATGTCGCCGCTGCTTCTCCTCGTCGATCCATAACCACCACTACCGCGAGA
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ATTGACTTCCCAGAAGGTCCTTTTGGGACTAAGGAAGCTCCTGCTATAGTAAAGTCCTAC
TATGACAAGCGAATTGTGGGATGCCCTGGTGGTGTAGGCGAGGATGAACACGATGTTGTG
TGGTTCTGGCTGGAGAAAGGGAAGTCTTTTGAATGCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAG
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CACCACTGATTCCACAGCTTCTCACTTAGCCGCGTGTTTCATATATTTTTACAATTTTTT
ACTGGAATAAAAAAATTCCACCGTTGGTGAAAAATGTTTTTGATCGTTTTAGAACAACAC
TTAATGCAACGACTCCTTTGAGAAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3C646TF U 1
AF RR3AE80TF U 1
AF RR3AE80JQ C 61
AF RR3C646JQ C 127
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QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3AE80TF 749 0 0
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CTAGCCGCCGATGTCGCCGCTGCTTCTCCTCGTCGATCCATAACCACCACTACCGCGAGA
CAACACGTTGGCTTCCATCACGCCGCCAATCCCGCTTCTTCTTCCGTCATCCCTCGCTGT
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GCAACTGGACACGAGAAGGAGGAGCTTCTAGCTGAACTTGAGGGGAAGAGGCTGCTTGAC
ATTGACTTCCCAGAAGGTCCTTTTGGGACTAAGGAAGCTCCTGCTATAGTAAAGTCCTAC
TATGACAAGCGAATTGTGGGATGCCCTGGTGGTGTAGGCGAGGATGAACACGATGTTGTG
TGGTTCTGGCTGGAGAAAGGGAAGTCTTTTGAATGCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAG
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QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3AE80JQ 745 0 0
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CTAGCCGCCGATGTCGCCGCTGCTTCTCCTCGTCGATCCATAACCACCACTACCGCGAGA
CAACACGTTGGCTTCCATCACGCCGCCAATCCCGCTTCTTCTTCCGTCATCCCTCGCTGT
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GCAACTGGACACGAGAAGGAGGAGCTTCTAGCTGAACTTGAGGGGAAGAGGCTGCTTGAC
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TATGACAAGCGAATTGTGGGATGCCCTGGTGGTGTAGGCGAGGATGAACACGATGTTGTG
TGGTTCTGGCTGGAGAAAGGGAAGTCTTTTGAATGCCCGGTCTGCACTCAGTACTTTGAG
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CACCACTGATTCCACAGCTTCTCACTTAGCCGCGTGTTTCATATATTTTTACAATTTTTT
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QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3C646JQ 676 0 0
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TCTGAATCAGTAGAGACAATAGCGAAGAAGAAGGTGGAGGATGTTATGCCCATTGCAACT
GGACACGAGAAGGAGGAGCTTCTAGCTGAACTTGAGGGGAAGAGGCTGCTTGACATTGAC
TTCCCAGAAGGTCCTTTTGGGACTAAGGAAGCTCCTGCTATAGTAAAGTCCTACTATGAC
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ATAAAAAAATTCCACCGTTGGTGAAAAATGTTTTTGATCGTTTTAGAACAACACTTAATG
CAACGACTCCTTTGAG

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 4

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AATGAAAAAAAGAAGCAGAATCGTATTAATATAAAATTATTATAACAGTTATTAAAGATA
GTCAACATTAATATTAAATTAAAGATTTCTTCTGAAACTATTGCAACTACTGGTCTCTTC
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AGGTAAAAGGTTCAAGTCTGCGGTCCTTTCTTTTCTCATGAAGTCGAAGAAGATTGGTTT
AGTTTTATCTTCGGTTCGGTTCGTTGTAATTATTTCAATTTGATCATTATCATATCTAAT
ACTCCGGTTATCTCCGTCGTCGTCGTCGCTCTTGTTACCAGCTCTCTTTTTAAGGAAGAT
ACGACAAAGAACCCAGTTCTGAGTAGGACCCATTGAACTCGGTGGGGAAGAAGATAGACG
ATATTCGTGCATGATCCAATCGGTTCTTGAGCCATGAGGTGGTTTGCCCTTGTAGAAAAC
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ACCGGTAGCTTTCCAATAACCCGAACCCGTTGCTCTATTAGACCGGTTCCCATTTGGGTA
CTTAGCTTCCCTTGTGCTGAAGAAGTACCTCTCCTTCTCCAAATTGCCAGGCAAGTCCCA
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AGGTGGCAATCTCATAACACCATTCTTTACGAGTTTAACCTTATCCATAGTTCCAAACAA
AATGGAGAGATAAATGAGAGAGAGAGAGAGGGAAGAAGAAGACAGAGTGCGGTGTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3H749JQ U 1
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AGTTTTATCTTCGGTTTGGTTCGTTGTAATTATTTCAATTTGGTCATTATCATATCTAAT
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CTTAGCTTCCCTTGT

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TTAGTTTTATCTTCGGTTCGGTTCGTTGTAATTATTTCAATTTGATCATTATCATATCTA
ATACTCCGGTTATCTCCGTCGTCGTCGTCGCTCTTGTTACCAGCTCTCTTTTTAAGGAAG
ATACGACAAAGAACCCAGTTCTGAGTAGGACCCATTGAACTCGGTGGGGAAGAAGATAGA
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ATACCGGTAGCTTTCCAATAACCCGAACCCGTTGCTCTATTAGACCGGTTCCCATTTGGG
TACTTAGCTTCCCTTGTGCTGAAGAAGTACC

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CCGTCGTCGTCGTCGCTCTTGTTACCAGCTCTCTTTTTAAGGAAGATACGACAAAGAACC
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ATCCAATCGGTTCTTGAGCCATGAGGTGGTTTGCCCTTGTAGAAAACGAGTGTTTTCTTC
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GTGCTGAAGAAGTACCTCTCCTTCTCCAAATTGCCAGGCAAGTCCCAAGGATCAGCTCTA
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ATTTCAATTTGGTCATTATCATATCTAATACTCCGGTTATCTCCGTCGTCGTCGTCGCTC
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ATTGAACTCGGTGGGGAAGAAGATAGACGATATTCGTGCATGATCCAATCGGTTCTTGAG
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GCTCTATTAGACCGGTTCCCATTTGGGTACTTAGCTTCCCTTGTGCTGAAGAAGTACCTC
TCCTTCTCCAAATTGCCAGGCAAGTCCCAAGGATCGGCTCTACAAACATCAAAGTCAGGA
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AGTTTAACCTTATCCATAGTTCCAAACAAAATGGAGAGATAAATGAGAGAGAGAGAGAGG
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QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 4

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TAAACACAACCAAACCATAGTGCTCATAAATAATATGAAAGGGAAACACTTCAAAGCATA
TATATTATATATTTAAGAGCACACAGAGAGAATGGAAGAAGCTAAAGATCAACACATGCT
TGAACCAGACACAAACAGGAAGAAGGAAACAGAGTTTTGAGTTTCAGATCTTGTCAAGCT
TATCTGCCTTCACAACCGGGTTTGCTTTAGCTATAGCTTCTCGCCCAGCAGCATGGTAAT
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CCTTTGGTTTTGCTGCAGCTTCTTCTGGGGTTACTACCTCTGCAACAGCTTGTACGGAGA
CAGCCATGGGCTCAACGGATTTGGTTTCAGCATCAAGCAACGCAGCGGTGAAGGTTTCCT
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GAAACAACATAGTCTTGTGACACTTGGAACACATGTTCATTGTGGCAGCGCTTCCGAAGA
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AAGGGTGGAGGGAGAGAAGAATAAAGGTCGAGGCTTTTTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AACCGCAGTTG

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DS 

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G
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A
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TGCCCAGCAGCATGGTAATCGAAAGAGCAGTTGTGTACGTCTGCATAGCGGTGCGTCCCG
CAGAAGAGGTCACCACAGCGACATTTGAATCCAGTCAAACCAACCCGTTTGTTGCAAGTA
GTACATCGGCTTGGTCCTTCCTTTGGTTTTGCTGCAGCTTCTTCTGGGGTTACTACCTCT
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CGATCGGTCGGTCGGTCCCCTGATTAATCTCTCCGAAGAAGATCGCTCCGTCTGCTGGAG
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CC

QA 2 777 2 777
DS 

RD RR3A915TF 699 0 0
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GAGCAGTTGTGTACGTATGCATAGCGGTGCGTCCCGCAGAAGAGGTCACCACAGCGACAT
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GGTTTTGCTGCAGCTTCTTCTGGGGTTACTACCTCTGCAACAGCTTGTACGGAGACAGCC
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ATGTTGCTGGGTGATCCAGACACTGCAGATGCAAGCTTAGCCCCCTGTTCCTGTTGAAAC
AACATAGTCTTGTGACACTTGGAACACATGTTCATTGTGGCAGCGCTTCCGAAGAAACCG
CAGTTGTTGATGCATAGCTTGGGACCTTCAGGTGGGCTTTGGCATCCTGTTTTGTCGTGG
TCCATTTCTGCAATGTTTTGCCCGAGAAGCCTTGATCGATCGGTCGGTCGGTCCCCTGAT
TAATCTCTCCGAAGAAGATCGCTCCGTCTGCTGGAGAGATCCAGCAGAAGCTGAGAAGGG
TGGAGGGAGAGAAGAATAAAGGTCGAGGCTTTTTTTCCC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 4

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AAGATAGAGAGAAGGTGATAAGCGAGAGAGAGAGAAAAATGAAGTTCTTGTTCCAGTGTC
CATGCTGCTCTTGCTTCTGCTTCATGAAACCAAGGCAGGGTAAACCAAAAGCTGTAGATT
CAAAACCAAAGGAAGAGAAGAAAAAAAGAGGAGAAGAAGCCTGAGAAGAAAGAAGAAAAG
AAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAACCAAAGCAGAGAAGGCCGAGTGAAAGCTC
TACTCTCAAGAAAACGTAATTGATTATCCAGTTTTATTTTAATTTCGATGCTATGTGATG
CTTGAGTAACTTGTAATTTTTCTTGATTAATAAATTGTCTTTTTTTTGCCAATATGGTTT
ATCTCTATTTTATCAGTGATGCTCGTTTGATATGTGTACTCTTATGAATTCGTGAAAGCT
ATGATTATTGTTTCAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT82TF U 1
AF RR3EP71TF U 43
AF RR3CC30JQ C 36
AF RR3CC30TF U 36
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AAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAACCAAAGCAGAGAAGGCCGAGTGAAAGCTC
TACTCTCAAGAAAACGTAATTGATTATCCAGTTTTATTTTAATTTCGATGCTATGTGATG
CTTGAGTAACTTGTAATTTTTCTTGATTAATAAATTGTCTTTTTTTTGCCAATATGGTTT
ATCTCTATTTTATCAGTGATGCTCGTTTGATATGTGTACTCTTATGAATTCGTGAAAGCT
ATGATTATTGT
TTC

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DS 

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GG
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GAAGAAAGAAGAAAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAACCAAAGCAGAGAA
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TTTGCCAATATGGTTTATCTCTATTTTATCAGTGATGCTCGTTTGATATGTGTACTCTTA
TGAATTCGTGAAAGCTATGATTATTGT

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DS 

RD RR3CC30JQ 463 0 0
GGGTAGAAT
GTGTGTGTGAGATTGTAAGATAGAGAGAAGGTGATAAGCGAGAGAGAGAGAAAAATGAAG
TTCTTGTTCCAGTGTCCATGCTGCTCTTGCTTTTGCTTCATGAAACCAAGGCAGGGTAAA
CCAAAAGCTGTAGATTCAAAACCAAAGGAAGAGAAGAAAAAAAGAGGAGAAGAAGCCTGA
GAAGAAAGAAGAAAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAACCAAAGCAGAGAA
GGCCGAGTGAAAGCTCTACTCTCAAGAAAACGTAATTGATTATCCAGTTTTATTTTAATT
TCGATGCTATGTGATGCTTGAGTAACTTGTAATTTTTCTTGATTAATAAATTGTCTTTTT
TTTGCCAATATGGTTTATCTCTATTTTATCAGTGATGCTCGTTTGATATGTGTACTCTTA
TGAATTCGTGAAAGCTATGATTATTGTTTCAACG

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DS 

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GGGTAGAAT
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GAAGAAAGAAGAAAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAGAGAAGAAAGAAACCAAAGCAGAGAA
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TCGATGCTATGTGATGCTTGAGTAACTTGTAATTTTTCTTGATTAATAAATTGTCTTTTT
TTTGCCAATATGGTTTATCTCTATTTTATCAGTGATGCTCGTTTGATATGTGTACTCTTA
TGAATTCGTGAAAGCTATGATTATTGT
TTCAACG

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DS 



AS 2 4

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ATAAGAAACAAGGGAAGGGTAAGATAGATGATGAAGACGTCACCTTTCAACGTATGGTTG
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ACAGCGACGATTTGCTTTATCTTAAAGAGCAGATGGAAGCAGAGCAGGATGCAGAGCGCC
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ATTCATCTCCAGCATCTATTCCTTTGCCACTTCGTGTTGAGCCCAAACCTAAGAGTGGTA
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TTAGGATTCAATACAGCTTTGTTGTAATTGTTGAAACCAAACGGGTTTTTGTTGGAATGA
AGATGGTTTCCAAAGCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B146TF U 1
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BS 759 858 RR3B146JQ

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QA 1 758 1 758
DS 

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AGAGCAGGATGCAGAGCGCCTTTTCAGACGAACTGAGAAACGGGCTTTTGCTGCCTTTAA
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DS 



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CTTTGAAAGGCTTGTTGGGATTAGCGTACGAGTCTTCAGATGAAGATGACTGAGATTAGT
GTATGAAATCTTTCTCCTTGTATCTTTCGTCGCGTTTTGTTTTGTCTGTCTCCAATATTT
TAATGTCGAAAGCTTACAAGAGTTTTAGCTTTTAGGATTCAATACAGCTTTGTTGTAATT
GTTGAAACCAAACGGGTTTTTGTTGGAATGAAGATGGTTTCCAAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E325TF U 1
AF RR3E325JQ C 47
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QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3E325JQ 782 0 0
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CC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 2 4

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C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR3DW32TF C 1
AF RR3DW32JQ U 6
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BS 14 781 RR3DW32JQ

RD RR3DW32TF 781 0 0
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CC

QA 1 779 1 779
DS 

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GTTGTCATCAAACCTTACTTGGCTTCCATCGACACGCCCTTTTTGCATCGCAGCACGCAC
AACCACACCGTACACGACGCTCCCTTTCTTCACTTTGCCTTTCTGTATGGCGTCTTTCCC
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TCCAAGCAACGAACGTCCTTTGGTAAGTCTGGAAGCTAAAGCTGCCGCCATTTCTGCAAC
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QA 9 776 9 776
DS 



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ATCATCTTGTTTGAGACTGAGACTACACCACCTATTATTATCTCTTTATATTATGCGACT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H494TF U 1
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BS 1 769 RR3H494TF
BS 770 839 RR3H494JQ

RD RR3H494TF 783 0 0
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GTGCATTCAATCTCTAAGGGGAAAGAAAGGAGCAAGACTTGGCGATATCGTCATTTGTTC
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GCGTGTCGATGGAAGCCAAGTAAGGTTTGATGACAACGCCGTCGTTATTTTGGGGATTAA
GGAGAAAAAGACAGATGAAAAGGGTAAGGAAAAAAAGCAAAACTATAAGGGTGGTTTTAA
CCAACCGCTTGGTACCCGAGTGTTTGGTCCTGTCCCGCACGAGATGCGCCTCAAGAAACA
GCTCAAGATCCTTTCTTTGGCTCAGCATCTTGTTTGAGACTGAGAGAGACTACACCACCT
ATCATCTTGTTTGAGACTGAGACTACACCACCTATTATTATCTCTTTAT
ATTATGCGACTGTA

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DS 

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ATTCAAATGGGAACAAGACTCAAAGTCGTGGATAACTCGGGTGCAAGGGAGGTGATGTGC
ATTCAATCTCTAAGGGGAAAGAAAGGAGCAAGACTTGGCGATATCGTCATTTGTTCAGTG
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GTCGATGGAAGCCAAGTAAGGTTTGATGACAACGCCGTCGTTATTTTGGGGATTAAGGAG
AAAAAGACAGATGAAAAGGGTAAGGAAAAAAAGCAAAACTATAAGGGTGGTTTTAACCAA
CCGCTTGGTACCCGAGTGTTTGGTCCTGTCCCGCACGAGATGCGCCTCAAGAAACAGCTC
AAGATCCTTTCTTTGGCTCAGCATCTTGTTTGAGACTGAGAGAGACTACACCACCTATCA
TCTTGTTTGAGACTGAGACTACACCACCTATTATTATCTCTTTATATTATGCGACTGTAA
TCCATTCATCAGATAGTCAGACTTCTGTTTTATTAATTAAACTATTTGACATTTT

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 4

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TAAAAGCAATTAAAGGGTAAGTTAAAGCTCCTGAGATATGCAAGCCATATTACCAAGTCC
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GCTAAACTCTCGTTTGAACTATAAGGAGCCCTACTTCCAGTTCTTTGTTTTCAAGGAAAT
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GACAAGTCAAACTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3H053JQ U 1
AF RR3A370JQ U 4
AF RR3H053TF C 66
AF RR3A370TF C 5
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DS 

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TTAAAGGGTAAGTTAAAGCTCCTGAGATATGCAAGCCATATTACCAAGTCCTTTTTCAAT
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AACTTTCC

QA 7 794 7 794
DS 

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ATAGATATAGATAAAGTGAAAGAAGATGTAGAGCTCCCTTCAATCCAAAGAAGGGTAAAA
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GTCAAACTTT
TC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3A370TF 782 0 0
AACGA
TCTCCAAAATAAATTAAAGAGTAC*TATACCAAATATCTGATGTGATATAGGAAGTTTTT
T*CGAAACAATTAGAGAAAGTTATTGCGTGTAAATATGGATCTTCGCATATTACCGAAGC
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TACTTAAGGATCAAAAGTCAAAACCATCACCACAAAAAATACTCCTCAAGACGAATGCGC
TTGTCACTGCAAAAGTAATCAAAATCAACACTGAATTCATTAATTACTATAGAGAAATAG
ATATAGATAAAGTGAAAGAAGATGTAGAGCTCCCTTCAATCCAAAGAAGAGTAAAAGCAA
TTAAAGGGTAAGTTAAAGCTCCTGAGATATGCAAGCCATATTACCAAGTCCTTTTTCAAT
ACAAGGATTAGGGCTTATGGTATCCATAGCTTAGCAGCTTTTCTTTACCCCGCTAAACTC
TCGTTTGAACTATAAGGAGCCCTACTTCCAGTTCTTTGTTTTCAAGGAAATCATTTTGCG
AGGCCAAGATCTATCGAGATTCGAGAAGCAAAGAAGCTTAACAAATCAAGAACCGCTATT
ATATAGATCTGAACTGAAACTATGTAGACTCAAGAAACCTTAAACGAAATGACTGAAACT
ATACAATTATAAGCCTATGTTAGAGAAACTAAAAAGAATCCTTGAAACTTTGAAAGCAAA
GATGAAAAACCCCAACTCTAATCAGATTTAGAGAGAAGGAGAGAAAGAGAAGACAAG

QA 6 782 6 782
DS 



AS 1 3

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GGCATACAAGCGTTACAAAGATGCTCCCCTGTATCTGGAGTGGGCTCCCGCAGATATCCT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BK07TF U 22
AF RR3BH37TF U 1
AF RR3BH37JQ C 530
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GACCAG

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DS 

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GGCATACAAGCGTTACAAAGATGCTCCCCTGTATCTGGAGTGGGCTCCCGCAGATATCCT
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TTCAGTCCATTTGGACAGATCAAGGGCCTCAGGTATCCAAAGAGGAATTTTGGACAGCAC
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GAATTTCTAAAAACCTTTTCCAGTTGTTTAAAAAAGTTCACTTGAAC

QA 1 827 1 827
DS 



AS 2 4

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BQ
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AF RR3AJ76JQ C 1
AF RR3AJ76TF U 1
BS 1 13 RR3AJ76JQ
BS 14 769 RR3AJ76TF

RD RR3AJ76JQ 769 0 0
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CAAAAAGTCTCAACCTATACCAACTGAAAACAACGAGCCAGTGAAGGTTGTTGTTGCTGA
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AGAAGAGAAGTGTGTTACGTCTCTTAGCTGCTAGCTTAATTAGTTGGGTAGTTTTGAGGA
AAATACACAGAAGAAGACAGGGCTTTGAGTAGATAGAGAAGGTCTCTTTATCTATCTATT
CATTGAATATAAATACGCAACATGCAGAACAATAACGGCTGCTTCTTTTGTTTTTGTATT
TGTCAATTTTGAACTATGTTCTCTCTTAATATTATGAGCAGTTTGATGC

QA 1 769 1 769
DS 

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ATGGTATTCAACTCTGGAAAGAACGTCTTGCTTGAGTTCTATGCTCCATGGTGTAGACAC
TGCCAAAACCTTGTTCCAATCTTGGACGAGGTAGCTGTTTCGTACCAAAGCGATCCAAGT
GTAGTCATAGCTAAGTTTGACGCAATCGCAAACGACTTCCCACGTGACACCTTTGATGTG
AAGGGCTTCCCGACCATTTACTTAAGAACAACGAGTGGAAACACTGTGCTTTATGTAGGA
GACAGGACAAAGGAAGATATCATAAGCTTTATTGACAAGAACAAGGACACAGCTGCAGAG
ACTAAGATGGATGAAAAGATAACTGAGGAAGTTAAGGACGAGCTCTGAGAAGAGAAGTGT
GTTACGTCTCTTAGCTGCTAGCTTAATTAGTTGGGTAGTTTTGAGGAAAATACACAGAAG
AAGACAGGGCTTTGAGTAGATAGAGAAGGTCTCTTTATCTATCTATTCATTGAATATAAA
TACGCAACATGCAGAACAATAACGGCTGCTTCTTTTGTTTTTGTATTTGTCAATTTTGAA
CTATGTTCTCTCTTAATATTATGAGCAGTTTGATGC

QA 14 769 14 769
DS 



CO CL3318Contig2 1059 2 2 U
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ACCGTCTTTGATAATGATCCAAACAACCACCCTTACGTTCTCAAATTCTTTGAACTCCCT
AGTACTAAGGCGTTGTTCTTCATCAACTTCAACGGAGAAGGAGCTGAGTCTCTTAAATCA
AAGTACCGTGAAGTTGCTGCATCCAACAAGGCACATGGTCTTAGCTTCCTTCTCGGTGAT
TCTGTGAACAGCCAAGAGGCCTTCCAGCACTATGGAGTCGAAGCGAGTCAAGTTCCTCTC
ATGATCCTCCATACAGTGGATGACAAGAAGTACCTGAAAACAAATATGGAGGTCGACCAG
ATTGAATCTTGGATCAATGACTTCAAGAATGGAAAAGTTCCACAGCACAAAAAGTCTCAA
CCTATACCAACAGAAAACAACGAGCCAGTGAAGGTTGTTGTTGCTGAGAGCCTTGACGAG
ATGGTCTTCAACTCTGGAAAGAACGTCTTGCTTGAGTTCTATGCTCCATGGTGTGGACAC
TGCCAAAACCTTGTTCCAATCTTGGACGAGGTAGCTGTTTCGTACCAAAGCGATCCAAGT
GTAGTCATAGCTAAGTTTGACGCAACCGCAAACGACTTCCCACGTGACACCTTTGATGTG
AAGGGCTTCCCGACCATTTACTTAAGAACAACGAGTGGAAACACTGTGCTTTATGTAGGA
GACAGGACAAAGGAAGATATCATAAGCTTTATTGACAAGAACAAGGACACAGCTGCAGAG
ACTAAGATGGATGAAAATATAACCGAGGAAGTTAAGGACGAGCTCTGAGAAGAGAAGTGT
GTTACGTCTCTTAGCTGCTAGCTTAGTTGGTAGTTTTGAGGAAAATACACAGAAGAAGAC
AGGGCTTTGGGTAGATAGAGAGAGAAAGAGAAGGTCTCTTTATCCATTCATTGGAATTTA
AATATGCAACCTGCAGAACAATAACGGCTGCTTCTTTTGTTTTTTGTATTTGTCAATTTT
GAACTATGTTCTCTCTTAATATTATGAGCAGTTTGATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP68TF U 1
AF RR3CP68JQ C 281
BS 1 718 RR3CP68TF
BS 719 1059 RR3CP68JQ

RD RR3CP68TF 719 0 0
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AAGGGCTTCCCGACCATTTACTTAAGAACAACGAGTGGAAACACTGTGCTTTATGTAG
A

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3CP68JQ 779 0 0
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ATGCTCCATGGTGTGGACACTGCCAAAACCTTGTTCCAATCTTGGACGAGGTAGCTGTTT
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CACGTGACACCTTTGATGTGAAGGGCTTCCCGACCATTTACTTAAGAACAACGAGTGGAA
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GAAAATACACAGAAGAAGACAGGGCTTTGGGTAGATAGAGAGAGAAAGAGAAGGTCTCTT
TATCCATTCATTGGAATTTAAATATGCAACCTGCAGAACAATAACGGCTGCTTCTTTTGT
TTTTTGTATTTGTCAATTTTGAACTATGTTCTCTCTTAATATTATGAGCAGTTTGATGC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 4

CO CL3319Contig1 797 4 2 U
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GTTTCAATCGTTGGATGATAGCACGCGGTTCTGGATCAAGGGTCGTAAGTTCTCAATTAA
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GTTTGTCGACGTTCCTGGAAGCTTATATACAGTTAATCCGATTACAGTCAATAGCAAGTA
CTGTAATGTGTTCACTGAGAATAAACGGACCGTCGTAATGATATCAACAGCAGAGTTTGG
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AGAGGGAGACCATATAAAGAAAGGAGACGAGCTTGGTTACTTCTCATTTGGTGGAAGCAC
AGTTATATGCGTCTTTGAAAAGGACTCGATTAAGATCGACGAGGATCTCTTAGCTAACAG
CGCTAGGTCCTTGGAGACTTTAGTTACTGTCGGAATGCAACTAGGTGTCTCATTTCCAAA
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AATTATCTTTTGTTTGATACACAATGACTTTGCTCTGTATATATAAACACCAGTATGTCC
AGGCATTGGTACTTGTC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3DY95TF U 1
AF RR3DU81TF U 1
AF RR3DU81JQ C 1
AF RR3DY95JQ C 185
BS 1 697 RR3DU81TF
BS 698 797 RR3DU81JQ

RD RR3DY95TF 578 0 0
GATTGCGTGCATTGATCGGGATGATGTTGCTGTATCAGCTGCTGATTGTCGATTAATGGC
GTTTCAATCGTTGGATGATAGCACGCGGTTCTGGATCAAGGGTCGTAAGTTCTCAATTAA
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DS 



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CTTTTCGAGAATGCTCCCTATAATCACAGCTTCTCTAAGACTGCATGTACCCGACTTACA
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CTCCCAGCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FA72JQ U 3
AF RR3CB20JQ U 1
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AF RR3FA72TF C 427
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GACGC

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DS 

RD RR3E935JQ 737 0 0
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CTTATCTCATCCACAAATCTCATGAAGTGAGCAACCAATGCATCAAGCACTCGATACGGC
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GCGC

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AS 1 4

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GCTTGAAGCCCTATTGTAATTTTTTCAAATTTGGTTTGGGCCGGTTCTTTTGGGCCTTTT
GTATTTCGGTTGGGCTTTAGCCTTTTATTAATTTAATCAGAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 5 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3AZ06TF U 26
AF RR3BC19TF U 1
AF RR3AZ06JQ C 107
AF RR3BC19JQ C 112
BS 1 156 RR3BC19TF
BS 157 157 RR3AZ06TF
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BS 595 595 RR3AZ06TF
BS 596 750 RR3BC19TF
BS 751 751 RR3AZ06JQ
BS 752 752 RR3BC19JQ
BS 753 767 RR3BC19TF
BS 768 770 RR3AZ06JQ
BS 771 776 RR3BC19TF
BS 777 777 RR3AZ06JQ
BS 778 801 RR3BC19TF
BS 802 884 RR3AZ06JQ

RD RR3AZ06TF 722 0 0
G
GAAAAGAGAGAGAAGTGAGAGCAGCGGGACTCCGGCGTCCGGTGGCGCGTACGCGCGCGT
GCCGGCGCCGGTGATCCTTTTTCTCCGGTTTTAGCTCGCTAGTCTTGCCGTGCTTGTAGA
TCTACCGGTTTCCTCGATATACCGGCGGTTCTGGGCTAGGGTTTTGTGCCGGAATGGACT
TCGTTTGTGGGTGTATTGTTCGGTCGCATCTCTGCTTCCCCTGGATCCGCGGTGAGGGTG
AACGGCGGTAAATCGAGATGTTTGTCGGCGTTGAGTCCAGTTTTTTTTTCGAGGGGTAGA
GGCTCCCGCAGCTCTACGACCGTCGACCCTTGTCTCCGGGAGACGGTGGTTTCGTCAACA
CCGCCTTCGCCGGCTCTTGCTTCCGAGAAGTGGTAGCTTCGTCAGTGCCGCTCTCTTCGG
TTCGGTTTTTATCTTTAGTCGTCTTTAGTTTGTTCAGTTCCTTCTCTTCTTCGAGTATGC
TCTTCGTTGCTTCTCCGCCTCTTGTTCCTTCTCCTGAAACGGCTTGGGATGCCGGTGGTG
ATGGATCGATTGATGACGGTGTAATCAGATAATCTCGTAGATGGTGTTTAGTGTGGTAGA
CCTGTTGGTTTGGGATTCGGATGAGATGTTCTCCGATGGAGGAATTCCCAAGCGGCGAAG
ATGACGCCGGTTTCGAGTTGATGATGGTGCGGCGCCGTTGCGTTCGGTGATACGCGAAGA
T

QA 2 722 2 722
DS 

RD RR3BC19TF 801 0 0
GGAAAACGGGTAAATTTAAACAAATTGAAAAGAGAGAGAAGTGAGAGCAGCGGGACTCCG
GCGTCCGGTGGCGCGTACGCGCGCGTGCCGGCGCCGGTGATCCTTTTTCTCCGGTTTTAG
CTCGCTAGTCTTGCCGTGCTTGTAGATCTACCGGTT*CCTCGATATACCGGCGGTTCTGG
GCTAGGGTTTTGTGCCGGAATGGACTTCGTTTGTGGGTGTATTGTTCGGTCGCATCTCTG
CTTCCCCTGGATCCGCGGTGAGGGTGAACGGCGGTAAATCGAGATGTTTGTCGGCGTTGA
GTCCAGTTTTTTTTTCGAGGGGTAGAGGCTCCCGCAGCTCTACGACCGTCGACCCTTGTC
TCCGAGAGACGGTGGTTTCGTCAACACCGCCTTCGCCGGCTCTTGCTTCCGAGAAGTGGT
AGCTTCGTCAGCGCCGCTCTCTTCGGTTCGGTTTTTATCTTTAGTCGTCTTTAGTTTGTT
CAGTTCCTTCTCTTCTTCGAGTATGCTCTTCGTTGCTTCTCCGCCTCTTGTTCCTTCTCC
TGAAACGGCTTGGGATGCCGGTGGTGATGGATCGATTGATGACGGTGTAATCAGGTAATC
TCGTAGATGGTGTTTAGTGTGGTAGACCTGTTGGTTTGGGATTCGGATGAGATGTTCTCC
GATGGAGGAATTCCCAAGCGGCGAAGATGACGCCGGTTTCGAGTTGATGATGGTGCGGCG
CCGTTGCGTTCGGTGATACGCGAAGATTAGA*TTTTCACAACCCTGGCTGGTGGGGGTGG
GCTTGAAGCCCTATTGTAATT

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3AZ06JQ 778 0 0
TTCTC
CGGTTTTAGCTCGCTAGTCTTGCCGTGCTTGTAGATCTACCGGTTTCCTCGATATACCGG
CGGTTCTGGGCTAGGGTTTTGTGCCGGAATGGACTTCGTTTGTGGGTGTATTGTTCGGTC
GCATCTCTGCTTCCCCTGGATCCGCGGTGAGGGTGAACGGCGGTAAATCGAGATGTTTGT
CGGCGTTGAGTCCAGTTTTTTTTTCGAGGGGTAGAGGCTCCCGCAGCTCTACGACCGTCG
ACCCTTGTCTCCGGGAGACGGTGGTTTCGTCAACACCGCCTTCGCCGGCTCTTGCTTCCG
AGAAGTGGTAGCTTCGTCAGTGCCGCTCTCTTCGGTTCGGTTTTTATCTTTAGTCGTCTT
TAGTTTGTTCAGTTCCTTCTCTTCTTCGAGTATGCTCTTCGTTGCTTCTCCGCCTCTTGT
TCCTTCTCCTGAAACGGCTTGGGATGCCGGTGGTGATGGATCGATTGATGACGGTGTAAT
CAGATAATCTCGTAGATGGTGTTTAGTGTGGTAGACCTGTTGGTTTGGGATTCGGATGAG
ATGTTCTCCGATGGAGGAATTCCCAAGCGGCGAAGATGACGCCGGTTTCGAGTTGATGAT
GGTGCGGCGCCGTTGCGTTCGGTGATACGCGAAGATTAGGGTTTTCACAACCCTGGGCTG
TGGGG*TGGGCTTGAAGCCCGATTGTAATTTTTTCAAATTTGGTTTGGGCCGGTTCTTTT
GGGCCTTTTGTATTTCGGTTGGGCTTTAGCCTTTTATTAATTTAATCAGAAGG

QA 6 778 6 778
DS 

RD RR3BC19JQ 773 0 0
CGGTTTTAGCTCGCTAGTCTTGCCGTGCTTGTAGATCTACCGGTT*CCTCGATATACCGG
CGGTTCTGGGCTAGGGTTTTGTGCCGGAATGGACTTCGTTTGTGGGTGTATTGTTCGGTC
GCATCTCTGCTTCCCCTGGATCCGCGGTGAGGGTGAACGGCGGTAAATCGAGATGTTTGT
CGGCGTTGAGTCCAGTTTTTTTTTCGAGGGGTAGAGGCTCCCGCAGCTCTACGACCGTCG
ACCCTTGTCTCCGAGAGACGGTGGTTTCGTCAACACCGCCTTCGCCGGCTCTTGCTTCCG
AGAAGTGGTAGCTTCGTCAGCGCCGCTCTCTTCGGTTCGGTTTTTATCTTTAGTCGTCTT
TAGTTTGTTCAGTTCCTTCTCTTCTTCGAGTATGCTTTTCGTTGCTTTTCCGCCTCTTGT
TCCTTCTCCTGAAACGGCTTGGGATGCCGGTGGTGATGGATCGATTGATGACGGTGTAAT
CAGGTAATCTCGTAGATGGTGTTTAGTGTGGTAGACCTGTTGGTTTGGGATTCGGATGAG
ATGTTCTCCGATGGAGGAATTCCCAAGCGGCGAAGATGACGCCGGTTTCGAGTTGATGAT
GGTGCGGCGCCGTTGCGTTCGGTGATACGCGAAGATTAGGATTTTCACAACCCTGGGCTG
TGGGG*TGGGCTTGAAGCCCTATTGTAATTTTTTCAAATTTGGTTTGGGCCGGTTCTTTT
GGGCCTTTTGTATTTCGGTTGGGCTTTAGCCTTTTATTAATTTAATCAGAAGG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL3322Contig1 992 2 16 U
GGGTGGCTACTTTAATAAAAGCTCTCTCTGGGATCATCGTACTGAAGAAGTCAAGTCTCT
CAGCTGTGAAGAAAAACACATAACTCTGGTGTGTTCTTCTGATCGAAGAAGGAGAAGCAG
ACGACGATCTCGCTACTCTGCCTGTCTGGAAGGAGGAGTTAAAGAAGAAATGTCAGAAGG
AGCAGCAGCAAAAAAGGCGGCATTCCTAGGGGCACTCGTTGTCTCATTCAAGGAGAAAAT
CCACACTGATGTTCTCGTTCATCCTGGTGCTGATCATCATCATCATCATCATCATGCTCT
CCCCATCCCTACCCACAAGGCCCTCCTCTCGTCAAGATCTAAGGTCTTCAGGAACATGCT
AGACTCCGATGAATGCAAGGCCTCTGCCGAGGATTCTATCACTCTCCCCGATTTGAACTA
CGATGAGCTCAACTCTCTTCTCGAGTTCCTCTACTCGGGCAACTTACTTGCTCCTTACAA
CCAGTACCGAGCCCTCTACCTTGCTGCCGACAAATACGACATTCCTTATCTCCAAGACGT
TTGCCGCGACCATTTCACCGCTTCTCTCACCTCCAGGAACGTCCTTGACGTCCTGGAGCT
CGCCAGCATTCCTTCCGACACCATCTTGAAATCCGCTGCGATCAACCATGTGGTTAAACA
TATGGAGGAAGTGGTGGTTCCCATGAAATACGAGACTTTTGCGCAGAGGAACCCCAGTCT
TGGCGTTGAGATCACCAGAGCTTATCTTAGAGAGACAAAGCTCTAGCCAAAGACAACAAC
AGATCAACTGCTTCTATTCGCCCTCACTCTCGCATGTACTGATGATCGACCCAAACACCT
TGCCAAATCTGATGATTATGCCTTCCTTCCTCTTCTTCTTTGAGTGTGAGAAAACTTGAA
AAGACTTGTTCTATGGATTTTATCTCAAGGTGTTGGTTGATGCCCATAGACAATATCAAC
CATATATATATATATTCTCTTGCATTAATCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX01TF U 1
AF RR3A304JQ C 91
BS 1 194 RR3EX01TF
BS 195 195 RR3A304JQ
BS 196 557 RR3EX01TF
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BS 559 685 RR3EX01TF
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BS 703 710 RR3EX01TF
BS 711 711 RR3A304JQ
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BS 721 721 RR3A304JQ
BS 722 732 RR3EX01TF
BS 733 992 RR3A304JQ

RD RR3EX01TF 732 0 0
GGGTGGCTACTTTAATAAAAGCTCTCTCTGGGATCATCGTACTGAAGAAGTCAAGTCTCT
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ACGACGATCTCGCTACTCTGCCTGTCTGGAAGGAGGAGTTAAAGAAGAAATGTCAGAAGG
AGCAGCAGCAAAAA*GGCGGCATTCCTAGGGGCACTCGTTGTCTCATTCAAGGAGAAAAT
CCACACTGATGTTCTCGTTCATCCTGGTGCTGATCATCATCATCATCATCATCATGCTCT
CCCCATCCCTACCCACAAGGCCCTCCTCTCGTCAAGATCTAAGGTCTTCAGGAACATGCT
AGACTCCGATGAATGCAAGGCCTCTGCCGAGGATTCTATCACTCTCCCCGATTTGAACTA
CGATGAGCTCAACTCTCTTCTCGAGTTCCTCTACTCGGGCAACTTACTTGCTCCTTACAA
CCAGTACCGAGCCCTCTACCTTGCTGCCGACAAATACGACATTCCTTATCTCCAAGACGT
TTGCCGCGACCATTTCATCGCTTCTCTCACCTCCAGGAACGTCCTTGACGTCCTGGAGCT
CGCCAGCATTCCTTCCGACACCATCTTGAAATCCGCTGCGATCAACCATGTGGTTAAACA
TATGGAGGAAGTGGTGGTTCCCATGGAATACGAGACTTT*GTGCAGAGGA*CCCCAGTCT
*GGCGTTGAGAT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3A304JQ 902 0 0
GTGTGTC
TCTGATCGAAGAAGGAGAAGCAGACGACGATCTCGCTACTCTGCCTGTCTGGAAGGAGGA
GTTAAAGAAGAAATGTCAGAAGGAGCAGCAGCAAAAAAGGCGGCATTCCTAGGGGCACTC
GTTGTCTCATTCAAGGAGAAAATCCACACTGATGTTCTCGTTCATCCTGGTGCTGATCAT
CATCATCATCATCATCATGCTCTCCCCATCCCTACCCACAAGGCCCTCCTCTCGTCAAGA
TCTAAGGTCTTCAGGAACATGCTAGACTCCGATGAATGCAAGGCCTCTGCCGAGGATTCT
ATCACTCTCCCCGATTTGAACTACGATGAGCTCAACTCTCTTCTCGAGTTCCTCTACTCG
GGCAACTTACTTGCTCCTTACAACCAGTACCGAGCCCTTTACCTTGCTGCCGACAAATAC
GACATTCCTTATCTCCAAGACGTTTGCCGCGACCATTTCACCGCTTCTCTCACCTCCAGG
AACGTCCTTGACGTCCTGGAGCTCGCCAGCATTCCTTCTGACACCATCTTGAAATCCGCT
GCGATCAACCATGTGGTTAAACATATGGAGGAAGTGGTGGTTCCCGTGAAATACGAGACT
TTTGCGCAGAGGAACCCCAGTCTTGGCGTTGAGATCACCAGAGCTTATCTTAGAGAGACA
AAGCTCTAGCCAAAGACAACAACAGATCAACTGCTTCTATTCGCCCTCACTCTCGCATGT
ACTGATGATCGACCCAAACACCTTGCCAAATCTGATGATTATGCCTTCCTTCCTCTTCTT
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TGATGCCCATAGACAATATCAACCATATATATATATATTCTCTTGCATTAATCAG

QA 8 902 8 902
DS 



AS 1 4

CO CL3323Contig1 1577 4 8 U
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GAGATCTGTGATCTGTTTTGAAGCTTCTCTATAGTCTCTCTTCTCCTGCTGGTTAAACAA
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CAAGAAGAGATGAATGAGTATATCATGCACTTGCTGCTTATGTCACACGCGTACGTGGTA
CCTCAGCTGAAACGGGTCTGTGAATGGCATCTAGAACATGGTTTGCTTACCACCGAGAAC
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AAGAAAAGCCATCCCTTTCTCGAGAAAGAACTTAGAGACTCCGTCTTCATCGAAGAAAAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK90TF U 1
AF RR3CZ36TF U 78
AF RR3BF78TF U 342
AF RR3AK90JQ C 731
BS 1 270 RR3AK90TF
BS 271 271 RR3CZ36TF
BS 272 845 RR3AK90TF
BS 846 857 RR3CZ36TF
BS 858 858 RR3BF78TF
BS 859 883 RR3CZ36TF
BS 884 1084 RR3BF78TF
BS 1085 1577 RR3AK90JQ

RD RR3AK90TF 845 0 0
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GAGATCTGTGATCTGTTTTGAAGCTTCTCTATAGTCTCTCTTCTCCTGCTGGTTAAACAA
AGGGGGCAGACTTTTATTTATCTTTCTCATAATTGAGTTAATTTTCATTAACTTGCTCTA
ACGGTTCGGTCAGAATCAAGATTCTAGCTTAAGCTCGTTTGAAGGAGGGAAGGAAAAGAT
AAGAAAAGGAAAAAATGGTGATGGCTTGTGGTGATCTTAAACAACAATCCTTGAAAGCTG
CCGCTGATTCTTCTTCTGTACCGATCCCTCCACCTCTTCCCTCAAAATCCGATGGGCACC
AGAAAAGATACGGCAACGATGTAGCTCCATGGTTCAACCATAGCTGCGTTCCTACAGAAA
CAATAGATACGTGGGATCGTCTTTTCAACGACGGATACAAAGCTGATGTTGTCATCTACA
CTGACAATGGCGGCATCGTCTATGCTCATGCTAATATCATTGGGACTGCTTCGAGTGTGA
TCAAAGGAATGTTGAAGCAAGCCAAAAAA*CATGGAAAGTGGTATACAATCTCAATCCGT
GGCGTCCCCCAGGAAGCTGTCCGAGTTTTCATTCGTTTCCTCTACTCTTCTTGCTATAAG
CAAGAAGAGATGAATGAGTATATCATGCACTTGCTGCTTATGTCACACGCGTACGTGGTA
CCTCAGCTGAAACGGGTCTGTGAATGGCATCTAGAACATGGTTTGCTTACCACCGAGAAC
GTAATCGATGTCTTTCAGCTCGCCCTGCTCTGTGATTTCCCTCGGCTCAGCGTCATATCT
CACCG

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR3CZ36TF 806 0 0
GG
GAAGCTTCTCTATAGTCTCTCTTCTCCTGCTGGTTAAACAAAGGGGGCAGACTTTTATTT
ATCTTTCTCATAATTGAGTTAATTTTCATTAACTTGCTCTAACGGTTCGGTCAGAATCAA
GATTCTAGCTTAAGCTCGTTTGAAGGAGGGAAGGAAAAGATAAGAAAAGGAAAAAATGGT
GATGGCTTGTGATGATCTTAAACAACAATCCTTGAAAGCTGCCGCTGATTCTTCTTCTGT
ACCGATCCCTCCACCTCTTCCCTCAAAATCCGATGGGCACCAGAAAAGATACGGCAACGA
TGTAGCTCCATGGTTCAACCATAGCTGCGTTCCTACAGAAACAATAGATACGTGGGATCG
TCTTTTCAACGACGGATACAAAGCTGATGTTGTCATCTACACTGACAATGGCGGCATCGT
CTATGCTCATGCTAATATCATTGGGACTGCTTCGAGTGTGATCAAAGGAATGTTGAAGCA
AGTCAAAAAA*CATGGAAAGTGGTATACAATCTCAATCCGTGGCGTCCCCCAGGAAGCTG
TCCGAGTTTTCATTCGTTTCCTCTACTCTTCTTGCTATAAGCAAGAAGAGATGAATGAGT
ATATCATGCACTTGCTGCTTATGTCACACGCGTACGTGGTACCTCAGCAGAAACGGGTCT
GTGAATGGCATCTAGAACATGGTTTGCTTACCACCGAGAACGTAATCGATGTCTTTCAGC
TCGCCCTGCTCTGTGATTTCCCTCGGCTCAGCGTCATATCTCACCGTATGATCATGAA*C
ACTTCAAGGAGCTTTACGCGACAG

QA 3 806 3 806
DS 

RD RR3BF78TF 743 0 0
G
CAAAATCCGATGGGCACCAGAAAAGATACGGCAACGATGTAGCTCCATGGTTCAACCATA
GCTGCGTTCCTACAGAAACAATAGATACGTGGGATCGTCTTTTCAACGACGGATACAAAG
CTGATGTTGTCATCTACACTGACAATGGCGGCATCGTCTATGCTCATGCTAATATCATTG
GGACTGCTTCGAGTGTGATCAAAGGAATGTTGAAGCAAGCCAAAAAAACATGGAAAGTGG
TATACAATCTCAATCCGTGGCGTCCCCCAGGAAGCTGTCCGAGTTTTCATTCGTTTCCTC
TACTCTTCTTGCTATAAGCAAGAAGAGATGAATGAGTATATCATGCACTTGCTGCTTATG
TCACACGCGTACGTGGTACCTCAGCTGAAACGGGTCTGTGAATGGCATCTAGAACATGGT
TTGCTTACCACCGAGAACGTAATCGATGTCTTTCAGCTCGCCCTGCTCTGTGATTTCCCT
CGGCTCAGCGTCATATCTCACCGTATGATCATGAAACACTTCAAGGAGCTTTACGCGACA
GAAGCATGGACGGCTATGAAGAAAAGCCATCCCTTTCTCGAGAAAGAACTTAGAGACTCC
GTCTTCATCGAAGAAAATACGCGGAAAGAGAGGATCAGAAAACGCAATGAACAGAGGATA
TACTCGGAGCTGTACGAAGCTATGGAAGCGCTTGTTCATATATGCAGGGACGGGTGTAAA
ACAATAGGACCGCACGATAAAG

QA 2 743 2 743
DS 

RD RR3AK90JQ 847 0 0
AACGGGTCTGTGAATGGCATCTAGAACATGGTTTGCTTACCACCGAGAACGTAATCGATG
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TCATGAAACACTTCAAGGAGCTTTACGCGACAGAAGCATGGACGGCTATGAAGAAAAGCC
ATCCCTTTCTCGAGAAAGAACTTAGAGACTCCGTCTTCATCGAAGAAAATACGCGGAAAG
AGAGGATCAGAAACCGCAATGAACAGAGGATATACTCGGAGCTGTACGAAGCTATGGAAG
CGCTTGTTCATATATGCAGGGACGGGTGTAAAACAATAGGACCGCACGATAAAGATTTTA
AACCCAACCACGCTACGTGTCACTACGAATCTTGCAAAGGGTTGGAGTCGCTGATCAGGC
ATTTCGCTGGATGCAAGCTTAGGGTTCCAGGAGGTTGCGTGCATTGCAAGAGGATGTGGC
AGCTCCTTGAGTTGCATTCTCGTGTTTGCGCTGATTCTGATCAGTGTCGAGTCCCACTAT
GCAGAAACTTTAAGGAGAAGATAGAGAAACAGAGCAAGAAGGATGAGGTTAGATGGAAAC
TTCTAGTGAAGAATGTGTTGGGGTCTAAGAAAATCGGAGCCTCTCCTTTCTTTCTACCTG
TGATGTGACCAGCTCTTCCTCCACCACCACCATGTCTTAATCCGTGAGTCGTTTTCTTCA
ATCCCAAGAATGGCGAGTTTTAAGCGTTTCTTGTGATCTTCTCCCTAAAAAAAATGTAAC
ATAATAAAATGAAACGAAATGAAAGAAACACATTTGGTGGTCAAAATCTAAGTTGGTTAT
GAATGTT

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 4

CO CL3324Contig1 790 4 7 U
TTTTTGCAAGTAATTTTTAACAAATCACATAAATTACTAGCAAAAACATCATCATGATGA
ACAGAAAATATAAACTAGGAACAAAAACATAGGATAGAACATTGAGAATCTTTTCTTTAC
AAGAACTCTTAAACAAAAACCTAACCGACTCATATAATTAGCATATTGGTTTTTCTGATC
AGTGCATAATATGGAATAAATCAAAAGAACAATCGAGATATCCACCCTTCTTTAAAATTT
TTCATCTTGAGAGCTTCAAATCCTCCATATCCTCTCGTCTTTTTTTTCAAATCTCCGTGA
GGTAAACACTTGGGAGGATCTTCAAAGAGAGAACGCGAGAGTTGTTTATAAGCAACGCCG
ATATCGATTATAATGACGCCGGAATCAGGTTTCTTGACGACAATATCTTTCACCGACAGC
CACAAAAACAGCTCGAACTGCGACAATCCTTCTACTCCGACAAGGCTCCCGTAGCTCAGA
TTCGCTCTCACTACAGAGTCAAAGCGCATTCCCGTCACGGACTTGGCGAGACACGGCGCC
GCGAGGAAAACCTCGAGACGACCGTCGTTGTAAAGAGTGTAAGAGTCAACCTCTTGGGGT
AATAGTCCCGCGGGGAGACCTTTTGATCGAAGAACGTCGTGGATCGTCGGAGAAGACGGT
GAGGAGAGAGAGAATGAGAGGAAGAGAGTGGTGAAGACAAGGGTTATTCGGTAGATGAGT
TTCTCCATAGCTTTTGACTAACACAGATAGAGAGAGATTTTTTTGCTTCAGGTTATTTTT
ACGGCCCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3ER63JQ U 36
AF RR3BO72JQ U 36
AF RR3BO72TF C 1
AF RR3ER63TF C 404
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BS 36 496 RR3BO72JQ
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BS 772 772 RR3ER63TF
BS 773 790 RR3BO72TF

RD RR3ER63JQ 591 0 0
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AATTAGCATATTGGTTTTTCTGATCAGTGCATAATATGGAATAAATCAAAAGAACAATCG
AGATATCCACCCTTCTTTAAAATTTTTCATCTTGAGAGCTTCAAATCCTCCATATCCTCT
CGTCTTTTTTTTCAAATCTCCGTGAGGTAAACACTTGGGAGGATCTTCAAAGAGAGAACG
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GACGACAATATCTTTCACCGACAGCCACAAAAACAGCTCGAACTGCGACAATCCTTCTAC
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AGTGTAAGAGTCAACCTCTTGGGGTAATAGTCCCGCGGGGAGACCTTTTGA

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DS 

RD RR3BO72JQ 730 0 0
ACTAGCAAAAACATCATCATGATGAACAGAAAATATAAACTAGGAACAAAAACATAGGAT
AGAACATTGAGAATCTTTTCTTTACAAGAACTCTTAAACAAAAACCTAACCGACTCATAT
AATTAGCATATTGGTTTTTCTGATCAGTGCATAATATGGAATAAATCAAAAGAACAATCG
AGATATCCACCCTTCTTTAAAATTTTTCATCTTGAGAGCTTCAAATCCTCCATATCCTCT
CGTCTTTTTTTTCAAATCTCCGTGAGGTAAACACTTGGGAGGATCTTCAAAGAGAGAACG
CGAGAGTTGTTTATAAGCAACGCCGATATCGATTATAATGACGCCGGAATCAGGTTTCTT
GACGACAATATCTTTCACCGACAGCCACAAAAACAGCTCGAACTGCGACAATCCTTCTAC
TCCGACAAGGCTCCCGTAGCTCAGATTCGCTCTCACTACAGCGTCAAAGCGCATTCCCGT
CACGGACTTGGCGAGACACGGCGCCGCGAGGAAAACCTCGAGACGACCGTCGTTGTAAAG
AGTGTAAGAGTCAACCTCTTGGGGTAATAGTCCCGCGGGGAGACCTTTTGATCGAAGAAC
GTCGTGGATCGTCGGAGAAGACGGTGAGGAGAGAGAGAATGAGAGGAAGAGAGTGGTGAA
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GATTTTTTTG

QA 1 730 1 730
DS 

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AGTGCATAATATGGAATAAATCAAAAGAACAATCGAGATATCCACCCTTCTTTAAAATTT
TTCATCTTGAGAGCTTCAAATCCTCCATATCCTCTCGTCTTTTTTTTCAAATCTCCGTGA
GGTAAACACTTGGGAGGATCTTCAAAGAGAGAACGCGAGAGTTGTTTATAAGCAACGCCG
ATATCGATTATAATGACGCCGGAATCAGGTTTCTTGACGACAATATCTTTCACCGACAGC
CACAAAAACAGCTCGAACTGCGACAATCCTTCTACTCCGACAAGGCTCCCGTAGCTCAGA
TTCGCTCTCACTACAGCGTCAAAGCGCATTCCCGTCACGGACTTGGCGAGACACGGCGCC
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ACGGCCCCCT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3ER63TF 384 0 0
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GGCTCCCGTAGCTCAGATTCGCTCTCACTACAGAGTCAAAGCGCATTCCCGTCACGGACT
TGGCGAGACACGGCGCCGCGAGGAAAACCTCGAGACGACCGTCGTTGTAAAGAGTGTAAG
AGTCAACCTCTTGGGGTAATAGTCCCGCGGGGAGACCTTTTGATCGAAGAACGTCGTGGA
TCGTCGGAGAAGACGGTGAGGAGAGAGAGAATGAGAGGAAGAGAGTGGTGAAGACAAGGG
TTATTCGGTAGATGAGTTTCTCCATAGCTTTTGACTAACACAGATAGAGAGAGATTTTTT
TGCTTCAGGTTATTTTTACGGCCC

QA 1 384 1 384
DS 



AS 1 4

CO CL3325Contig1 1509 4 21 U
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GTACATACAACAGAGAGGCTGAAGGTTACTGCCCAATTCTAAGCTATAACGGAGACTTGT
CTCAGTGGGCTCGTTACTTTCCACAGGCTAACAAAGGCGGTCAGTCCTCCTTAGCAGATT
ATTGTACATATTTCGTAGCCTATTCAGATGGGTCTTGTACGGACATCAATAGTGCACGTG
CGCCTGACAGGATGTTGGGTGAAGTGAGTGGGAGTGACTCCAGGTGTATGGCGTCGTCTT
TAGTGCGTACTGGGTTTGTCCGGGATTCCATGCCACAGGGGAATGGCTGTTATCAGCACA
GATGTAAAAATAATTTGTTGGAGGTTGCTGTGGAGGGAGAATGGAAATTATGCCCTCAAG
CTGGTGGACCGATTCAATTTCCCGGTTTCAATGGTGAATTAATTTGTCCGGCTTACCATG
AACTCTGCGGCACACCCGTAGTTTCTGTACTTGGTCAGTGTCCTAATTCTTGTAACTTCA
ATGGAGATTGTGTTGATGGGAAGTGTCGTTGTCTCCTTGGTTATCACGGTCATGACTGTA
AAATCCGTTCTTGCCCTAACAATTGCAGTGGACATGGAAAATGCACAACTCAAGGAGTAT
GCATATGCGAAAATGGATTTACCGGAATTGATTGTTCCACTGCTGTGTGCGACGAACAAT
GCAGCCTACATGGAGGAGTGTGTGACAACGGGGTTTGCGAGTTCCGTTGCTCTGACTATG
CTGGCTACACATGTCAGAACAGCTCTAAACTAGTAACAAGTTTACTGGTATGCAAAAATG
TGTTGGAGAGAGACATGTTGGGGCAACATTGTGCTCCACGAGAACCTAGCATACTTCAGC
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AATTGTTTAACATTTTTGGTAACAGCTATTGTGATGAGGCAGCGAAAAGACTAGCATGTT
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CATGTCAGTCCTATAATGTGGCATGTGGCGCTTCCTTAGACTGCTCGGATCAAACACTTT
TCAACACAGCGGAAGAAGGCGATGCTGAATGTACGGGATCTGCCGAGATCAGATCGCCAT
GGTTTACCCGTTTGTGGAGTAAACTGTTAGCAAGTAACTAGGAACAATTCGTGTGTAGAA
CGCAAAATTTGTGTGTTCAAGGTAGATAGTGAGGCAGAGTTATTATTCCAAGCTGTAATT
TTTTCTAGGGTTTATGAAGGTAAGGAGCGGGCAAAATGACACCACCGTGTTACACACGTA
AGTTAGGGGTCTTTTGCCTTAGCCCACCTAATAGATTAATTAGAGTCTTTTGTCTGTCTT
TCGAGTAATATGTATCGAATATATATATTATAGAACAAATGAATTTATAGGCCGAAGGCC
TATCAAGTG


BQ
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3GC43TF U 1
AF RR3F762TF U 359
AF RR3GC43JQ C 728
AF RR3F762JQ C 752
BS 1 490 RR3GC43TF
BS 491 491 RR3F762TF
BS 492 566 RR3GC43TF
BS 567 567 RR3F762TF
BS 568 674 RR3GC43TF
BS 675 736 RR3F762TF
BS 737 737 RR3GC43JQ
BS 738 748 RR3F762TF
BS 749 749 RR3GC43JQ
BS 750 1001 RR3F762TF
BS 1002 1102 RR3GC43JQ
BS 1103 1103 RR3F762JQ
BS 1104 1143 RR3GC43JQ
BS 1144 1144 RR3F762JQ
BS 1145 1230 RR3GC43JQ
BS 1231 1231 RR3F762JQ
BS 1232 1323 RR3GC43JQ
BS 1324 1324 RR3F762JQ
BS 1325 1478 RR3GC43JQ
BS 1479 1479 RR3F762JQ
BS 1480 1509 RR3GC43JQ

RD RR3GC43TF 674 0 0
CATCTCCGCGTAGCATGTGGAAAGGTGCTTACCATTGTAACACAACCCAACTATCTGGCT
GTACATACAACAGAGAGGCTGAAGGTTACTGCCCAATTCTAAGCTATAACGGAGACTTGT
CTCAGTGGGCTCGTTACTTTCCACAGGCTAACAAAGGCGGTCAGTCCTCCTTAGCAGATT
ATTGTACATATTTCGTAGCCTATTCAGATGGGTCTTGTACGGACATCAATAGTGCACGTG
CGCCTGACAGGATGTTGGGTGAAGTGAGTGGGAGTGACTCCAGGTGTATGGCGTCGTCTT
TAGTGCGTACTGGGTTTGTCCGGGATTCCATGCCACAGGGGAATGGCTGTTATCAGCACA
GATGTAAAAATAATTTGTTGGAGGTTGCTGTGGAGGGAGAATGGAAATTATGCCCTCAAG
CTGGTGGACCGATTCAATTTCCCGGTTTCAATGGTGAATTAATTTGTCCGGCTTACCATG
AACTCTGCGGTACACCCGTAGTTTCTGTACTTGGTCAGTGTCCTAATTCTTGTAACTTCA
ATGGAGATTGTGTTGATGGGAAGTGTTGTTGTCTCCTTGGTTATCACGGTCATGACTGTA
AAATCCGTTCTTGCCCTAACAATTGCAGTGGACATGGAAAATGCACAACTCAAGGAGTAT
GCATATGCGAAAAT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3F762TF 643 0 0
GG
GATGTAAAAATAATTTGTTGGAGGTTGCTGTGGAGGGAGAATGGAAATTATGCCCTCAAG
CTGGTGGACCGATTCAATTTCCCGGTTTCAATGGTGAATTAATTTGTCCGGCTTACCATG
AACTCTGCGGCACGCCCGTAGTTTCTGTGCTTGGTCAGTGTCCTAATTCTTGTAACTTCA
ATGGAGATTGTGTTGATGGGAAGTGTCGTTGTCTCCTTGGTTATCACGGTCATGACTGTA
AAATCCGTTCTTGCCCTAATAATTGCAGTGGACATGGAAAATGCACAACTCAAGGAGTAT
GCATATGCGAAAATGGATTTACCGGAATTGATTGTTCCACTGCTGTGTGCGACGAACAAT
GCAGCCTACATGGAGGGGTGTGTGACAATGGGGTTTGCGAGTTCCGTTGCTCTGACTATG
CTGGCTACACATGTCAGAACAGCTCTAAACTAGTAACAAGTTTACTGGTATGCAAAAATG
TGTTGGAGAGAGACATGTTGGGGCAACATTGTGCTCCACGAGAACCTAGCATACTTCAGC
AGCTTGAGGAAGTTGTGGTCATGCCCAACTACAATAGGCTTTTTCCAGGCGGGGCTCGGA
AATTGTTTAACATTTTTGGTAACAGCTATTGTGATGAGGCA

QA 3 643 3 643
DS 

RD RR3GC43JQ 782 0 0
ACATGGAGGAGTGTGTGACAACGGTGTTTGCGAGTTCCGTTGCTCTGATTATGCTGGCTA
CACATGTCAGAACAGCTCTAAACTAGTAACAAGTTTACTGGTATGCAAAAATGTGTTGGA
GAGAGACATGTTGGGGCAACATTGTGCTCCACGAGAACCTAGCATACTTCAGCAGCTTGA
GGAAGTTGTGGTCATGCCCAACTACAATAGGCTTTTTCCAGGCGGGGCTAGGAAATTATT
TAACATTTTTGGTAACAGCTATTGTGATGAGGCAGCGAAAAGACTAGCATGTTGGATATC
GATCCAGAAGTGTGATATTGATGGAGACGATAGATTACGGGTATGCCATTCAGCATGTCA
GTCCTATAATGTGGCGTGTGGCGCTTCCTTAGACTGCTCGGATCAAACACTTTTCAGCAC
AGCGGAAGAAGGCGATGCTGAATGTACGGGATCTGCCGAGATCAGATCGCCATGGTTTAC
CCGTTTGTGGAGTAAACTGTTAGGAAGTAACTAGGAACAATTCGTGTGTAGAACGCAAAA
TTTGTGTGTTCAAGGTAGATAGTGAGGCAGAGTTATTATTCCAAGCTGTAATTTTT*CTA
GGGTTTATGAAGGTAAGGAGCGGGCAAAATGACACCACCGTGTTACACACGTAAGTTAGG
GGTCTTTTGCCTTAGCCCACCTAATAGATTAATTAGAGTCTTTTGTCTGTCTTTCGAGTA
ATATGTATCGAATATATATATTATAGAACAAGTGAATTTATAGGCCGAAGGCCTATCAAG
TG

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3F762JQ 757 0 0
G
GTTTGCGAGTTCCGTTGCTCTGACTATGCTGGCTACACATGTCAGAACAGCTCTAAACTA
GTAACAAGTTTACTGGTATGCAAAAATGTGTTGGAGAGAGACATGTTGGGGCAACATTGT
GCTCCACGAGAACCTAGCATACTTCAGCAGCTTGAGGAAGTTGTGGTCATGCCCAACTAC
AATAGGCTTTTTCCAGGCGGGGCTCGGAAATTGTTTAACATTTTTGGTAACAGCTATTGT
GATGAGGCAGCGAAAAGACTAGCATGTTGGATATCGATCCAGAAGTGTGATATTGATGGA
GACGATAGATTACGGGTATGCCATTCAGCATGTCAGTCCTATAATGTGGCATGTGGGGCT
TCCTTAGACTGCTCGGATCAAACACTTTTCAACACAGCGGAAGAAGGCGATGCTGAATGT
ACGGGATCTGCCGAGATCAGATCGCCATGGTTTACCCGTTTGTGGAGTAAACTGTTAGCA
AGTAACTAGGAACAATTCGTGTGTAGAACGCAAAATTTGTGTGTTCAAGGTAGATAGTGA
GGCAGTGTTATTATTCCAAGCTGTAATTTTTTCTAGGGTTTATGAAGGTAAGGAGCGGGC
AAAATGACACCACCGTGTTACACACGTAAGTTAGGGGTCTTTTGCCTTAGCCCACCTAAT
AGATTAATTAGAGTCTTTTGTCTGTCTTTCGAGTATTATGTATCGAATATATATATTATA
GAACAAATGAATTTATAGGCCGAAGGCCTATCAAGT

QA 2 757 2 757
DS 



AS 1 2

CO CL3326Contig1 800 2 7 U
GAAGATTTAAACATTTGATTATTTATGAATAGTGAGCTTATATCAACTCTTTGATCTCTT
ACAATACCAAAACATCTACCAAACTCTGGTTAGTTTTGTTTTTAACAGAAGGTGAACAAT
TTTAAATAACAGCCTCACACTATCCCAGGTAAGACCACTTAGTGTCCTCAAACTCCTCAT
CATCGCTATCCCCATAAACATTCACATCCTCCCCTGCATAACCATCAAAGAACTCCTCAT
CGTCATCAAGGGCCATTCTCACATGTTTCTCTAATATCTCCTCGTCTTTTGATTCATAGT
CAGAGGCTTCACTCTTCTCTTCTTCATCTTCATCTTCATCTTCCTCATCATCTTCTTCTT
TTTCTGTTTCTTCCTCTTCCTCCTCTTCAGATATCTCGTCCGGGTAATCATTCCTCGGAT
GATCTTCAGCGTTTGAATCATCAGAGTCACAGTCTGATTCATCATCAGGTCCATCCCAGA
ACTCTTCTTCCTCCTCTACTGTGACAAGAGGAAACTGGTGCTTAGAACTGTCTTCACTGA
TATCCATCTCTTCGTTTACAGCATAGAAATCATAAACGTATTCTTCAGCATGACTGGAAT
GGATATCAGCTTCAATCTCTTCAGCTACTGTTGGAATACATTCTCTGAGGAGAGGCAAGA
AACTAGCCAGCATTTTCTGGTCCTCCAAGGATGCAACCTCAGGTGGTGCATTGTCTGGTC
TTTCTTCAGCGTCAACACGAAGAACATCAAAGAAACTACACCTCTCATGAAGTTCTTTAT
CATGGATTTCTTCAATGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C102JQ U 25
AF RR3FK51JQ U 1
BS 1 148 RR3FK51JQ
BS 149 149 RR3C102JQ
BS 150 626 RR3FK51JQ
BS 627 627 RR3C102JQ
BS 628 734 RR3FK51JQ
BS 735 735 RR3C102JQ
BS 736 800 RR3FK51JQ

RD RR3C102JQ 728 0 0
ATGAATAGTGAGCTTATATCAACTCTTTGATCTCTTACAATACCAAAACATCTACCAAAC
TCTGGTTAGTTTTGTTTTTAACAGAAGGTGAACAATTTTAAATAACAGCCTCACACTATC
CCCGGTAAGACCACTTAGTGTCCTCAAACTCCTCATCATCGCTATCCCCATAAACATTCA
CATCCTCCCCTGCATAACCATCAAAGAACTCCTCATCGTCATCAAGGGCCATTCTCACAT
GTTTCTCTAATATCTCCTCGTCTTTTGATTCATAGTCAGAGGCTTCACTCTTCTCTTCTT
CATCTTCATCTTCATCTTCCTCATCATCTTCTTCTTTTTCTGTTTCTTCCTCTTCCTCCT
CTTCAGATATCTCGTCCGGGTAATCATTCCTCGGATGATCTTCAGCGTTTGAATCATCAG
AGTCACAGTCTGATTCATCATCAGGTCCATCCCAGAACTCTTCTTCCTCCTCTACTGTGA
CAAGAGGAAACTGGTGCTTAGAACTGTCTTCACTGATATCCATCTCTTCGTTTACAGCAT
AGAAATCATAAACGTATTCTTCAGCATGACTGGAATGGATATCAGCTTCAATCTCTTCAG
CTACTGTTGGAATACATTCTCTGAGGAGAGGCAAGAAACTAGCCAGCATTTTCTGGTCCT
CCAAGGATGCAACCTCAGGTGGTGCATTGTCTGGTCTTTCTTCAGCGTCAACACGAAGAA
CATCAAAG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3FK51JQ 800 0 0
GAAGATTTAAACATTTGATTATTTATGAATAGTGAGCTTATATCAACTCTTTGATCTCTT
ACAATACCAAAACATCTACCAAACTCTGGTTAGTTTTGTTTTTAACAGAAGGTGAACAAT
TTTAAATAACAGCCTCACACTATCCCAG*TAAGACCACTTAGTGTCCTCAAACTCCTCAT
CATCGCTATCCCCATAAACATTCACATCCTCCCCTGCATAACCATCAAAGAACTCCTCAT
CGTCATCAAGGGCCATTCTCACATGTTTCTCTAATATCTCCTCGTCTTTTGATTCATAGT
CAGAGGCTTCACTCTTCTCTTCTTCATCTTCATCTTCATCTTCCTCATCATCTTCTTCTT
TTTCTGTTTCTTCCTCTTCCTCCTCTTCAGATATCTCGTCCGGGTAATCATTCCTCGGAT
GATCTTCAGCGTTTGAATCATCAGAGTCACAGTCTGATTCATCATCAGGTCCATCCCAGA
ACTCTTCTTCCTCCTCTACTGTGACAAGAGGAAACTGGTGCTTAGAACTGTCTTCACTGA
TATCCATCTCTTCGTTTACAGCATAGAAATCATAAACGTATTCTTCAGCATGACTGGAAT
GGATATCAGCTTCAATCTCTTCAGCTGCTGTTGGAATACATTCTCTGAGGAGAGGCAAGA
AACTAGCCAGCATTTTCTGGTCCTCCAAGGATGCAACCTCAGGTGGTGCATTGTCTGGTC
TTTCTTCAGCGTCA*CACGAAGAACATCAAAGAAACTACACCTCTCATGAAGTTCTTTAT
CATGGATTTCTTCAATGTTT

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL3327Contig1 774 2 2 U
GTCTATAATTTTCTTAATTTTGAAAACAATATTACGTCATGTCATTTCAAGTCAAACAAC
ACTTTCAATGTATGTCAAAACTCAAAAATGACAAAACCGGTATCTTGGTACTTTATTACA
TAACCGAACCGAGTTACGTAGTAGTAGCAGTGGATAAGTCTCTCTCATTCAATTGCCAAA
TTCTCCGCTTCACTTCTGATCGAGTCGAACATCGGAGTCGACAAGTACCGTTCCCCGCCA
CTCGGGAAAACCACAACTATGAGCTTCCCTGCGTTTTCTGGTCGTTTTGCAACCTTTATC
GCAGCGGCTGCAGCAGCTCCGGATGATATTCCAACAGATTCTACCAGTAATCCTTCTTTC
AGGGCAAGAAGTTTGGCTGTTTCAATAGCTTCCACACTTGTCACTTGAATGACTTCATCA
AGAACGCTGAAATCCAAATTGTCTGGGATGAGTCCAGCTCCTATACCTTAAATCCCATGT
GGACCAGGTTGCCCTCCACTGAGTACTGCACTCTCTGCAGGTTCCACTCCATAAACCTTA
ACGGCTTGATTCTTCTCCTTGAGGAAATTCCCTGCTCCAGAGATCGTTCCACCAGTCCCA
ACACCAACAACCAATATATCTACTTTCTCTGCAGAGTCTCTCCATATCTCTGGACCAGTG
GCCTCGTAATGAGATTGTGGGTTTGAAGGGTTTCTGAATTGCTCTAGTATGTGACCATCT
GGAGTCTTGCTTAATAACTCTTCAGCTTTGACAATTACTCCCATAACGCCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP34JQ U 1
AF RR3EP93JQ U 22
BS 1 752 RR3FP34JQ
BS 753 774 RR3EP93JQ

RD RR3FP34JQ 752 0 0
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TAACCGAACCGAGTTACGTAGTAGTAGCAGTGGATAAGTCTCTCTCATTCAATTGCCAAA
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AGAACGCTGAAATCCAAATTGTCTGGGATGAGTCCAGCTCCTATACCTTAAATCCCATGT
GGACCAGGTTGCCCTCCACTGAGTACTGCACTCTCTGCAGGTTCCACTCCATAAACCTTA
ACGGCTTGATTCTTCTCCTTGAGGAAATTCCCTGCTCCAGAGATCGTTCCACCAGTCCCA
ACACCAACAACCAATATATCTACTTTCTCTGCAGAGTCTCTCCATATCTCTGGACCAGTG
GCCTCGTAATGAGATTGTGGGTTTGAAGGGTTTCTGAATTGCTCTAGTATGTGACCATCT
GGAGTCTTGCTTAATAACTCTTCAGCTTTGAC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3EP93JQ 753 0 0
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TCAAAAATGACAAAACCGGTATCTTGGTACTTTATTACATAACCGAACCGAGTTACGTAG
TAGTAGCAGTGGATAAGTCTCTCTCATTCAATTGCCAAATTCTCCGCTTCACTTCTGATC
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AGCTTCCCTGCGTTTTCTGGTCGTTTTGCAACCTTTATCGCAGCGGCTGCAGCAGCTCCG
GATGATATTCCAAC*********CAGTAATCCTTCTTTCAGGGCAAGAAGTTTGGCTGTT
TCAATAGCTTCCACACTTGTCACTTGAATGACTTCATCAAGAACGCTGAAATCCAAATTG
TCTGGGATGAGTCCAGCTCCTATACCTTGGATCCCATGTGGACCAGGTTGCCCTCCACTG
AGTACTGCACTCTCTGCAGGTTCCACTCCATAAACCTTAACGGCTTGATTCTTCTCCTTG
AGGAACTTCCCTGCTCCAGAGATCGTTCCACCAGTCCCAACACCAACAACCAATATATCT
ACTTTCTCTGCAGAGTCTCTCCATATCTCTGGACCAGTGGCCTCGTAATGAGATTGTGGG
TTTGAAGGGTTTCTGAATTGCTCTAGTATGTGACCATCTGGAGTTTTGCTTAATAACTCT
TCAGCTTTGACAATTACTCCCATAACGCCTTTT

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 4

CO CL3328Contig1 821 4 7 U
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AAATAGATAAACTTATGATCTCCAGTCCAAGACAGTAGGTGGCATAAGTGCAAAACCGGA
GATGAGGTCTCGATAAAAGGGACAGTATATACTCGAAGAGGAGGGGGTCAGTACTCAGTA
CCCAGTGGTAGATACCAATACATTGTGCTCCCTAAGGCGTTTCTGGAAATGAGCAAGACG
GTTCTGCAGTTGGAGTATACCTGCAGCCTTCTGAGAGAGGATTGTGTTCAGTCTTGAAAT
GTAACCATCTAGCTGGTTTCCCGGCTGGTCTGCTTCAACCAGCAAATTCATCTCCTCTTT
CACGATGTTCATGGTATCCTCAACTTGTTTACGGTGAGCATTCACAAGGTCTTCCTCTTC
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AGTAGGGAGTGCGGAAGACAAAGGAATTTTTGTGGATTCCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ26JQ U 1
AF RR3B908JQ U 31
AF RR3F576JQ U 2
AF RR3FQ26TF C 83
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BS 773 786 RR3F576JQ
BS 787 821 RR3FQ26TF

RD RR3FQ26JQ 772 0 0
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GATGAGGTCTCGATAAAAGGGACAGTATATACTCGAAGAGGAGGGGGTCAGTACTCAGTA
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GTAACCATCTAGCTGGTTTCCCGGCTGGTCTGCTTCAACCAGCAAATTCATCTCCTCTTT
CACGATGTTCATGGTATCCTCAACTTGTTTACGGTGAGCATTCACAAGGTCTTCCTCTTC
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TTCTCTAGACTTCATGGGAATACTAGGTTTCGGGATTCTCTCCTGCGCCGTACTGTTATA
GGTTGGCTCTGGCTTCACGTTTTTCTTCCACATTTGTTTCTCTTGCTCGTAGTCCGATGC
ATCGAAGTCATCGTTTTCTTCAGTCCACATCTCATTCACGTCATCCTCATAG

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3B908JQ 750 0 0
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GACAGTAGGTGGCATAAGTGCAAAACCGGAGATGAGGTCTCGATAAAAGGGACAGTATAT
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CCTAAGGCGTTTCTGGAAATGAGCAAGACGGTTCTGCAGTTGGAGTATACCTGCAGCCTT
CGGAGAGAGGATTGTGTTCAGTCTTGAAATGTAACCATCTAGCTGGTTTCCCGGCTGGTC
TGCTTCAACCAGCAAATTCATCTCCTCTTTCACGATGTTCATGGTATCCTCAACTTGTTT
ACGGTGAGCATTCACAAGGTCTTCCTCTTCCTGTAGAAGTGCGTTTAGATTATCATCGGA
GTTTGACTTCTTTATATCGGGCCTTGGCACTTCTCTCGACTTCATGGGAATACTAGGTTT
CGGGATTCTCTCCTGTGCCGTACTGTTATAGGTTGGCTCTGGCTTCACGTTTTTCTTCCA
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CTCATTCACGTCATCCTCATAGTTCGATGG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3F576JQ 787 0 0
GCACAATAGTAGGTATTATTACGTAGTATTTCATCTTTTAAGTAAAAAATCCATTACAAA
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GAGAAACTCTGTGATCATCTCATCCATAACTCTTCCCTGTAAAGCTCTCGGAAGGTGGTA
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ATGAGGTCTCGATAAAAGGGACAGTATATACTCGAAGAGGAGGGGGTCAGTACTCAGTAC
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TCTCTCGACTTCATGGGAATACTAGGTTTCGGGATTCTCTCCTGTGCCGTACTGTTATAG
*TTGGCTCTGGCTTCACGTTTTTCTTCCACATTTGTTTCTCTTGCTCGTAGTCCGATGCA
TCGAAGTCATCGTTTTCTTCAGTCCA**TCTCATTCACGTCATCCTCATAGTTCGATGGA
GTAGG
AG

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3FQ26TF 739 0 0
CTGCAGAGAGAACAAAATGCATCTCGGGTTT*ACTGTATGAGAAACTCTGTGATCATCTC
ATCCATCACTCTTCC*TGTAAAGCTCTCGGAAGGCGGTAAATAGATAAACTTATGATCTC
CAGTCCAAGACAGTAGGTGGCATAAGTGCAAAACCGGAGATGAGGTCTCGATAAAAGGGA
CAGTATATACTCGAAGAGGAGGGGGTCAGTACTCAGTACCCAGTGGTAGATACCAATACA
TTGTGCTCCCTAAGGCGTTTCTGGAAATGAGCAAGACGGTTCTGCAGTTGGAGTATACCT
GCAGCCTTCTGAGAGAGGATTGTGTTCAGTCTTGAAATGTAACCATCTAGCTGGTTTCCC
GGCTGGTCTGCTTCAACCAGCAAATTCATCTCCTCTTTCACGATGTTCATGGTATCCTCA
ACTTGTTTACGGTGAGCATTCACAAGGTCTTCCTCTTCCTGTAGAAGTGCGTTTAGATTA
TCATCGGAGTTTGACTTCTTTATATCGGGCCTTGGCACTTCTCTAGACTTCATGGGAATA
CTAGGTTTCGGGATTCTCTCCTGCGCCGTACTGTTATAGGTTGGCTCTGGCTTCACGTTT
TTCTTCCACATTTGTTTCTCTTGCTCGTAGTCCGATGCATCGAAGTCATCGTTTTCTTCA
GTCCACATCTCATTCACGTCATCCTCATAGTTCGATGGAGTAGGGAGTGCGGAAGACAAA
GGAATTTTTGTGGATTCCC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 4

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GATTTCGTCTCTGATTTCTTTTGCTTCGATCAAAGCAATGGAGCAGAACTCGATGATTAC
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TACGGTGTCAATCTACAGAACGACCCAGAACAAGTTTTCAGCATTGGAGATTTAACATCG
TACAGTGGAGTTTTAACGCAAGAGCCAGGGCAGTTTCGTAACTTTGGTGGGCCAAATGAT
TGTGGAACTGTGCGGGAAGATGAAGTAGTTGTTAACTCTGGCTCATCTGGTGGTTCTGTT
AAGCAAGAACAAGAACATGTTGATGAGGAATGCTCCAGAAAGCGGGGAAGGACTGGATCT
TGTGTTAGACCAGGAGGAACCAAAGCTTGTCGTGAGAGATTGAGGAGAGAAAAGCTAAAT
GAGAAGTTCATGGATTTGAGCTCGGTTTTAGAGCCTGGGAGGACTCCAAAGACCGATAAA
CCGGCTATTCTCGATGATGCAATCCGTGTCTTGAATCAACTCAGAGATGAAGCTCATGAG
CTTGAAGAAACTAATCAGAAGCTTTTAGAGGAGATCAAGAGTCTCAAGGCTGAGAAGAAT
GAGCTGAGGGAGGAGAAGCAAGCTTTGAAAGCGGAGAAGGAGAAGACGGAACAGCAGTTG
AAGTCTATGATGGTTCCATCTACAGGGTTCATGCCTCAGATTCCAACTCCATTTAATCAG
AGCAAGATGGCAGTTTATCCGAGCAACGGTTACATGCCAATGTGGCATTACTTGCCTCAA
TCTGTTCGTGATACATCTCGTGATCAAGAACTCAGGCCTCCTGCTGCTTAAACTCTCCAT
TACCTACATATTCTGTTTGGTACTAGAGAATTTAGAGAGATATCTAATCCACTTGGTTTT
AGGATTCTTCAGTTTGGCAAGTGTAAACGCTTTACTCTTTCTTTGTCTTGGGTTGTATTT
TGAATAAAATGTGCACATTAACTCCAGAAACTTATGGTTTCTTGCGG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3FV48TF U 1
AF RR3A044TF U 26
AF RR3A044JQ C 175
AF RR3FV48JQ C 232
BS 1 248 RR3FV48TF
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ACATCGTACAGTGGAGTTTTAACGCAAGAGCCAGGGCAGTTTCGTAACTTTGGTGGGCCA
AATGATTGTGGAACTGTGCGGGAAGATGAAGTAGTTGTTAACTCTGGCTCATCTGGTGGT
TCTGTTAAGCAAGAACAAGAACATGTTGATGAGGAATGCTCCAGAAAGCGGGGAAGGACT
GGATCTTGTGTTAGACCAGGAGGAACCAAAGCTTGTCGTGAGAGATTGAGGAGAGAAAAG
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CTCCATTACCTACATATTCTGTTTGGTACTAGAGAATTTAGAGAGATATCTAATCCACTT
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GTATTTTGAATAAAATGTGCACATTAACTCC

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DS 

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GGTTCTGTTAAGCAAGAACAAGAACATGTTGATGAGGAATGCTCCAGAAAGCGGGGAAGG
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AAGCTAAATGAGAAGTTCATGGATTTGAGCTCGGTTTTAGAGCCTGGGAGGACTCCAAAG
ACCGATAAACCGGCTATTCTCGATGATGCAATCCGTGTCTTGAATCAACTCAGAGATGAA
GCTCATGAGCTTGAAGAAACTAATCAGAAGCTTTTAGAGGAGATCAAGAGTCTCAAGGCT
GAGAAGAATGAGCTGAGGGAGGAGAAGCAAGCTTTGAAAGCGGAGAAGGAGAAGACGGAA
CAGCAGTTGAAGTCTATGATGGTTCCATCTACAGGGTTCATGCCTCAGATTCCAACTCCA
TTTAATCAGAACAAGATGGCAGTTTATCCGAGCTACGGTTACATGCCAATGTGGCATTAC
TTGCCTCAATCTGTTCGTGATACATCTCGTGATCAAGAACTCAGGCCTCCTGCTGCTTAA
ACTCTCCATTACCTACATATTCTGTTTGGTACTAGAGAATTTAGAGAGATATCTAATCCA
CTTGGTTTTAGGATTCTTCAGTTTGGCAAGTGTAAACGCTTTACTCTTTCTTTGTCTTGG
GTTGTATTTTGAATAAAATGTGCACATTAACTCCAGAAACTTATGGTTTCTTGCGG

QA 1 836 1 836
DS 



AS 1 3

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CAAGTTGATCAATCGACTGTAGCAATCAAAGAGACTTTTGGGAAGTTCGACAATGTTCTC
CAGCCAGGTTGTCACTGTATGCCATGGTGCTTAGGTAGTCAAGTCGCTGGTCACCTTTCA
TTGCGTGTTCAGCAGCTCGATGTTCGCTGCGAGACCAAAACTAAGGATAATGTGTTTGTA
ACCGTTGTTGCATCCATACAATACCGTGCCTTAGCTGAAAGTGCTCAAGATGCTTTTTAC
AAGCTCAGCAACACCAGGAACCAGATTCAAGCTTACGTCTTTGATGTTATCCGAGCAAGT
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AGAATGAGAGAGGCAGCGAGTGAGAAAGCTGAAGCAGAGAAGATACTGCAGATCAAGAGA
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GCCATTGTGGATGGTCTGAGAAACAGTGTGCTTGCATCTCTGAGTCTGTTCCAGGGACTT
CTTCAAAGACGTCATGGCGTGGTTCTGATCGCTCA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BR32JQ C 339
AF RR3H086TF U 1
AF RR3BR32TF U 1
BS 1 14 RR3BR32TF
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RD RR3BR32JQ 272 0 0
C
TTTGATGTTATCCGAGCAAGTGTTCCTAAGCTGGACCTAGACTCAACCTTTGAGCAGAAG
AACGACATTGCCAAAACTGTTGAGAGTGAGCTTGAAAAGGCTATGTCCCATTACGGGTAT
GAGATAGTCCAGACGCTTATTGTGGACATTGAGCCAGATGTGCATGTAAAGAAGGCAATG
AATGAGATCAATGCCGCTTCGAGAATGAGAGAGGCAGCGAGTGAGAAAGCTGAAGCAGAG
AAGATACTGCAGATCAAGAGAGCCGAGGGAG

QA 2 272 2 272
DS 

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CAAGTTGATCAATCGACTGTAGCAATCAAAGAGACTTTTGGGAAGTTCGACAATGTTCTC
CAGCCAGGTTGTCACTGTATGCCATGGTGCTTAGGTAGTCAAGTCGCTGGTCACCTTTCT
TTGCGTGTTCAGCAGCTCGATGTTCGCTGCGAGACCAAAACTAAGGATAATGTGTTTGTA
ACCGTTGTTGCATCCATACAATACCGTGCCTTAGCTGAAAGTGCTCAAGATGCTTTTTAC
AAGCTCAGCAACACCAGGAACCAGATTCAGGCTTATGTGTTTGATGTGATCCGAGCAAGT
GTTCCTAAGCTGGACCTAGACTCAACCTTTGAGCAGAAGAATGACATTGCCAAAACCGTT
GAGAGTGAGCTTGAAAAGGCTATGTCTCATTACGGGTATGAGATAGTCCAGACGCTTATT
GTGGACATTGAGCCAGATGTGCATGTAAAGAAGGCAATGAATGAGATCAATGCCGCTTCG
AGAATGAGAGAGGCAGCGAGTGAGAAAGCTGAAGCAGAGAAGATACTGCAGATCAAGAGA
GCCGAGGGAGAAGCTGAATCGAAATACCTTT

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3BR32TF 755 0 0
GGATAGGATCTCTTTTCTTTCTCGTAAACAAAAACAATGGGTCAAGTTTTAGGATGTGTG
CAAGTTGATCAGTCGACTGTAGCAATCAAAGAGACTTTTGGGAAGTTCGACAATGTTCTC
CAGCCAGGTTGTCACTGTATGCCATGGTGCTTAGGTAGTCAAGTCGCTGGTCACCTTTCA
TTGCGTGTTCAGCAGCTCGATGTTCGCT*CGAGACCAAAACTAAGGATAATGTGTTTGTC
ACCGTTGTTGCATCCATACAATACCGTGCCTTAGCTGAAAGTGCTCAAGATGCTTTTTAC
AAGCTCAGCAACACCAGGAACCAGATTCAAGCTTACGTCTTTGATGTTATCCGAGCAAGT
GTTCCTAAGCTGGACCTAGACTCAACCTTTGAGCAGAAGAACGACATTGCCAAAACTGTT
GAGAGTGAGCTTGAAAAGGCTATGTCCCATTACGGGTATGAGATAGTCCAGACGCTTATT
GTGGACATTGAGCCAGATGTGCATGTAAAGAAGGCAATGAATGAGATCAATGCCGCTTCG
AGAATGAGAGAGGCAGCGAGTGAGAAAGCTGAAGCAGAGAAGATACTGCAGATCAAGAGA
GCCGAGGGAGAGGCTGAGTCGAAATACCTTTCAGGTCTTGGTATAGCACGTCAGAGACAA
GCCATTGTGGATGGTCTGAGAAACAGTGTGCTTGCATCTCTGAGTCTGTTCCAGGGACTT
CTTCAAAGACGTCATGGCGTGGTTCTGATCGCTCA

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 4

CO CL3331Contig1 1323 4 12 U
GGCTCTCTCTTCCTCTCTCCCTCAGTTTCAGCGAGCGAGCGTGTGTCTTGGGTCCGATTC
AATTCGATTTTAGCTATGGCGGCGGAGAACTGTTTCGGAGGAGGTGGTTCGGGCGATCAG
AGCACGAAAGGATTGGCTACTCACGGAGGTAGCTACGTTCAGTACAATGTTTATGGAAAT
ATCTTCGAAGTGAGTAGAAAGTATGTTCCTCCTCTTCGTCCCATCGGCAGAGGCGCTTAC
GGCATCGTCTGTGCTGCTACAAACTCAGAGACGGGAGAGGAAGTAGCAATCAAGAAGATC
GGCAACGCCTTTGACAACATCATCGACGCCAAAAGGACTTTGAGAGAGATTAAGCTCCTC
AAGCACATGGATCACGAGAATGTTATTGCTGTTAAGGATATAATAAGACCACCTCTGAGA
GAGAACTTCAACGATGTTTACATTGTTTATGAGCTTATGGATACTGATCTTCACCAGATT
ATACGCTCTAACCAACCCTTAACTGATGATCATTGCCGGTTCTTCTTGTATCAGTTGTTG
CGCGGGCTCAAGTATGTTCACTCAGCCAATGTGTTACACCGTGATTTAAAGCCCAGCAAT
TTGCTCCTCAATGCAAACTGTGATCTAAAGCTTGGTGATTTCGGGCTTGCGAGGACCAAA
TCCGAGACTGACTTCATGACTGAGTACGTTGTTACACGCTGGTACCGTGCTCCAGAGCTG
CTCCTTAACTGCTCCGAGTACACCGCAGCGATCGATATTTGGTCCGTCGGTTGTATTCTC
GGTGAAACAATGACAAGAGAGCCCTTGTTTCCGGGTAAAGATTATGTTCATCAGCTTAGG
CTTATCACTGAGCTTATAGGATCACCTGATGATTCAAGCTTGGGGTTCTTAAGGAGTGAC
AACGCAAGGAGATACGTTAAACAGCTTCCACAGTACCCCAGACAGAACTTTGCTGCTAGG
TTCCCAAACATGTCAGCTGGCGCAGCAGATTTGCTGGAGAAAATGCTCGTCTTTGATCCT
AGCAGACGCATCACAGTTGATGAGGCGTTGTGCCACCCTTATTTGGCGCCGCTGCACGAT
ATAAACGAGGAACCGGTGTGTGTGAGGCCGTTCAATTTCGATTTCGAACAACCTTCTTTG
TCAGAAGAGAACATCAAGGAGCTTATATATCGTGAAACAGTCAAGTTCAATCCTCAGTAA
GGAGAGTTCTAATGAAAAGAAACTCGTCAAAATGCGTGTATTTGTCTTGCTTTGTTTTTG
TTATTGAATCTCTGATAACATCTGTTTATGTCTGTAATATTAATAACATCTTGAGAAATT
GAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 

AF RR3FM79TF U 31
AF RR3H989TF U 1
AF RR3H989JQ C 597
AF RR3FM79JQ C 661
BS 1 155 RR3H989TF
BS 156 156 RR3FM79TF
BS 157 656 RR3H989TF
BS 657 657 RR3FM79TF
BS 658 712 RR3H989TF
BS 713 713 RR3FM79TF
BS 714 727 RR3H989TF
BS 728 728 RR3FM79TF
BS 729 769 RR3H989TF
BS 770 770 RR3H989JQ
BS 771 786 RR3H989TF
BS 787 1323 RR3H989JQ

RD RR3FM79TF 734 0 0
GG
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TTTCGGAGGAGGTGGTTCGGGCGATCAGAGCACGAAAGGATTGGCTACTCACGGAGGTAG
CTACGTTCAGTACAATGTTTATGGAAATATCTTCGAAGTGAGTAGAAAGTATGTTCCTCC
TCTTCGTCCCATCGGCAGAGGCGCTTACGGCATCGTCTGTGCTGCTACAAACTCAGAGAC
GGGAGAGGAAGTAGCAATCAAGAAGATCGGCAACGCCTTTGACAACATCATCGACGCCAA
AAGGACTTTGAGAGAGATTAAGCTCCTCAAGCACATGGATCACGAGAATGTTATTGCTGT
TAAGGATATAATAAGACCACCTCTGAGAGAGAACTTCAACGATGTTTACATTGTTTATGA
GCTTATGGATACTGATCTTCACCAGATTATACGCTCTAACCAACCCTTAACTGATGATCA
TTGCCGGTTCTTCTTGTATCAGTTGTTGCGCGGGCTCAAGTATGTTCACTCAGCCAATGT
GTTACACCGTGATTTAAAGCCCAGCAATTTGCTCCTCAATGCAAACTGTGATCTAAAGCT
TGGTGATTTCGGGCTTGCGAGGACCAAATCCGAGACTGACTTCATGACTGAGTACGTTGT
TACACGCTGGTACCGTGCTCCAGAGCTGCTCCTTAACTGCTCCGAGTACACCGCAGCGAT
CGATATT
GGTCC

QA 3 729 3 729
DS 

RD RR3H989TF 786 0 0
GGCTCTCTCTTCCTCTCTCCCTCAGTTTCAGCGAGCGAGCGTGTGTCTTGGGTCCGATTC
AATTCGATTTTAGCTATGGCGGCGGAGAACTGTTTCGGAGGAGGTGGTTCGGGCGATCAG
AGCACGAAAGGATTGGCTACTCACGGAGGTAGCTATGTTCAGTACAATGTTTATGGAAAT
ATCTTCGAAGTGAGTAGAAAGTATGTTCCTCCTCTTCGTCCCATCGGCAGAGGCGCTTAC
GGCATCGTCTGTGCTGCTACAAACTCAGAGACGGGAGAGGAAGTAGCAATCAAGAAGATC
GGCAACGCCTTTGACAACATCATCGACGCCAAAAGGACTTTGAGAGAGATTAAGCTCCTC
AAGCACATGGATCACGAGAATGTTATTGCTGTTAAGGATATAATAAGACCACCTCTGAGA
GAGAACTTCAACGATGTTTACATTGTTTATGAGCTTATGGATACTGATCTTCACCAGATT
ATACGCTCTAACCAACCCTTAACTGATGATCATTGCCGGTTCTTCTTGTATCAGTTGTTG
CGCGGGCTCAAGTATGTTCACTCAGCCAATGTGTTACACCGTGATTTAAAGCCCAGCAAT
TTGCTCCTCAATGCAAACTGTGATCTAAAGCTTGGTGATTTCGGGCTTGCGAGGAC*AAA
TCCGAGACTGACTTCATGACTGAGTACGTTGTTACACGCTGGTACCGTGCTC*AGAGCTG
CTCCTTA*CTGCTCCGAGTACACCGCAGCGATCGATATTTGGTCCGTCG*TTGTATTCTC
GGTGAA

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3H989JQ 727 0 0
CAATTTGCTCCTCAATGCAAACTGTGATCTAAAGCTTGGTGATTTCGGGCTTGCGAGGAC
CAAATCCGAGACTGACTTCATGACTGAGTACGTTGTTACACGCTGGTACCGTGCTCCAGA
GCTGCTCCTTAACTGCTCCGAGTACACCGCAGCGATCGATATTTGGTCCGTCGGTTGTAT
TCTCGGTGAAACAATGACAAGAGAGCCCTTGTTTCCGGGTAAAGATTATGTTCATCAGCT
TAGGCTTATCACTGAGCTTATAGGATCACCTGATGATTCAAGCTTGGGGTTCTTAAGGAG
TGACAACGCAAGGAGATACGTTAAACAGCTTCCACAGTACCCCAGACAGAACTTTGCTGC
TAGGTTCCCAAACATGTCAGCTGGCGCAGCAGATTTGCTGGAGAAAATGCTCGTCTTTGA
TCCTAGCAGACGCATCACAGTTGATGAGGCGTTGTGCCACCCTTATTTGGCGCCGCTGCA
CGATATAAACGAGGAACCGGTGTGTGTGAGGCCGTTCAATTTCGATTTCGAACAACCTTC
TTTGTCAGAAGAGAACATCAAGGAGCTTATATATCGTGAAACAGTCAAGTTCAATCCTCA
GTAAGGAGAGTTCTAATGAAAAGAAACTCGTCAAAATGCGTGTATTTGTCTTGCTTTGTT
TTTGTTATTGAATCTCTGATAACATCTGTTTATGTCTGTAATATTAATAACATCTTGAGA
AATTGAG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3FM79JQ 661 0 0
TCCGAGACTGACTTCATGACTGAGTACGTTGTTACACGCTGGTACCGTGCTCCAGAGCTG
CTCCTTAACTGCTCCGAGTACACCGCAGCGATCGATATTTGGTCCGTCGGTTGTATTCTC
GGTGAAACAATGACAAGAGAGCCCTTGTTTCCGGGTAAAGATTATGTTCATCAGCTTAGG
CTTATCACTGAGCTTATAGGATCACCTGATGATTCAAGCTTGGGGTTCTTAAGGAGTGAC
AACGCAAGGAGATACGTTAAACAGCTTCCACAGTACCCCAGACAGAACTTTGCTGCTAGG
TTCCCAAACATGTCAGCTGGCGCAGCAGATTTGCTGGAGAAAATGCTCGTCTTTGATCCT
AGCAGACGCATCACAGTTGATGAGGCGTTGTGCCACCCTTATTTGGCGCCGCTGCACGAT
ATAAACGAGGAACCGGTGTGTGTGAGGCCGTTCAATTTCGATTTCGAACAACCTTCTTTG
TCAGAAGAGAACATCAAGGAGCTTATATATCGTGAAACAGTCAAGTTCAATCCTCAGTAA
GGAGAGTTCTAATGAAAAGAAACTCGTCAAAATGCGTGTATTTGTCTTGCTTTGTTTTTG
TTATTGAATCTCTGATAACATCTGTTTATGTCTGTAATATTAATAACATCTTGAGAAATT
G

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 4

CO CL3332Contig1 1138 4 11 U
GGGATGATCAGACTAGGAACTCTGCGGCAGACAATGGCCACTAATACCAACGTGGCTCTC
CAGTCTCTCACGGCCGCAAAACTCCGACCTCCTTCTCTTAGCGTCTCTAAATCCTTCAAG
CCGGTGACTAGCCGTGTGTCCTGCTCCCTCCGCCATGATCTTAAGAACATGGCTTTAAAA
TTCGTTGAGGCTACCAAGATCTCTGGCTTTGCACTCGCCACCTCTGCCCTTGTCGTCTCG
GGTGCAAGTGCAGAAGGAGTGCCAAAGAGGCGAACATACGAGGAGATACAGAGCAAGACA
TACATGGAAGTGAAAGGAACTGGAACAGCTAATCAGTGTCCAACCATTGAAGGTGGGTTG
GAGTCTTTTGCTATTAAGCCAGGCAAATACTACGCCAAGAAGTTCTGCTTGGAGCCAACT
TCGTTCACCGTCAAAGCACAAGGTGTTAGCAAGAACGCCACGCCTGATTTTCAGAACACC
AAACCGATGACCCGTCTTACCTACACACTCGACGAGATCGAAGGCCCTTTTGAAGTAGCA
TCTGATGGAACGGTGAGGTTTCTTGAGAAAGACGGTATTGACTACGCTGCAGTGACAGTA
CAACTTCCAGGTGGGGAGCGCGTACCGTTCTTGTTCACCATCAAGCAGCTCGTGGCATCT
GGTAAACCAGAGAGCTTTGGAGGAGATTTCTTGGTGCCATCTTATAGAGGCTCGTCTTTC
TTGGACCCGAAAGGCCGTGGTGGCTCTACGGGATATGACAATGCAGTTGCGTTACCAGCT
CGAGGAGACGATGAAGAGTTGGATAAGGAGAACAACAAGAACGCAGCTGCTTCCGTTGGT
GAGATAACATTCAGTGTAACAAAGAGTAAACCCGAGAGCGGTGAAGTGATTGGTGTTTTC
GAGAGTATTCAGCCTTCGGATACTGATTTGGGTGCTAAGACTCCTAAGGATGTCAAGATT
CAAGGTATCTGGTATGCTAAACTTGAGCAGTAAAACATGCATTATGTAGTGAATCTGTTT
GTTTAGTCTGATTTTAGTAAATTCTAAATCCCTTCAAATCGACAAGAATTTAGAATTTGT
ATAAAAAAACATACATAAACGTGTTTATTGGTTATAATTTATGGTTTATTATTTAGTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EW86TF U 258
AF RR3FN38JQ C 365
AF RR3EW86JQ C 378
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CAGTCTCTCACGGCCGCAAAACTCCGACCTCCTTCTCTTAGCGTCTCTAAATCCTTCAAG
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TACATGGAAGTGAAAGGAACTGGAACAGCTAATCAGTGTCCAACCATTGAAGGTGGGTTG
GAGTCTTTTGCTATTAAGCCAGGCAAATACTACGCCAAGAAGTTCTGCTTGGAGCCAACT
TCGTTCACCGTCAAAGCACAAGGTGTTAGCAAGAACGCCACGCCTGATTT*CAGAACACC
AAACTGATGACCCGTCTTACCTACACACTCGACGAGATCGAAGGCCCTTTTGAAGTAGCA
TCTGATGGAACGGTGAGGTTTCTTGAGAAAGACGGTATTGACTACGCTGCAGTGACAGTA
CAACTTCCAGGTGGGGAGCGCGTACCGTTCTTGTTCACCATCAAGCAGCTCGTGGCATCT
GGTAAACCAGAGAGCTTTGGAGGAGATTTCTTGGTGC
ATCTTAT

QA 1 697 1 697
DS 

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G
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CCAGGCAAATACTACGCCAAGAAGTTCTGCTTGGAGCCAACTTCGTTCACCGTCAAAGCA
CAAGGTGTTAGCAAGAACGCCACGCCTGATTTTCAGAACACCAAACCGATGACCCGTCTT
ACCTACACACTCGACGAGATCGAAGGCCCTTTTGAAGTAGCATCTGATGGAACGGTGAGG
TTTCTTGAGAAAGACGGTATTGACTACGCTGCAGTGACAGTACAACTTCCAGGTGGGGAG
CGCGTACCGTTCTTGTTCACCATCAAGCAGCTCGTGGCATCTGGTAAACCAGAGAGCTTT
GGAGGAGATTTCTTGGTGCCATCTTATAGAGGCTCGTCTTTCTTGGACCCGAAAGGCCGT
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TTGGATAAGGAGAACAACAAGAACGCAGCTGCTTCCGTTGGTGAGATAACATTCAG

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TGATGACCCGTCTTACCTACACACTCGACGAGATCGAAGGCCCTTTTGAAGTAGCATCTG
ATGGAACGGTGAGGTTTCTTGAGAAAGACGGTATTGACTACGCTGCAGTGACAGTACAAC
TTCCAGGTGGGGAGCGCGTACCGTTCTTGTTCACCATCAAGCAGCTCGTGGCATCTGGTA
AACCAGAGAGCTTTGGAGGAGATTTCTTGGTGCCATCTTATAGAGGCTCGTCTTTCTTGG
ACCCGAAAGGCCGTGGTGGCTCTACGGGATATGACAATGCAGTTGCGTTACCAGCTCGAG
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TAACATTCAGTGTAACAAAGAGTAAACCCGAGAGCGGTGAAGTGATTGGTGTTTTCGAGA
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GTATTTGGTATGCTAAACTTGAGCAGTAAAACATGCATTATGTAGTGAATCTGTTTGTTT
AGTCTGATTTTAGTAAATTCTAAATCCCTTCAAATCGACAAGAATTTAGAATTTGTATAA
AAAAACATACATAAACGTGTTTATTGGTTATAATTTATGGTTTATTATTTAGTG

QA 1 774 1 774
DS 

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TACCTACACACTCGACGAGATCGAAGGCCCTTTTGAAGTAGCATCTGATGGAACGGTGAG
GTTTCTTGAGAAAGACGGTATTGACTACGCTGCAGTGACAGTACAACTTCCAGGTGGGGA
GCGCGTACCGTTCTTGTTCACCATCAAGCAGCTCGTGGCATCTGGTAAACCAGAGAGCTT
TGGAGGAGATTTCTTGGTGCCATCTTATAGAGGCTCGTCTTTCTTGGACCCGAAAGGCCG
TGGTGGCTCTACGGGATATGACAATGCAGTTGCGTTACCAGCTCGAGGAGACGATGAAGA
GTTGGATAAGGAGAACAACAAGAACGCAGCTGCTTCCGTTGGTGAGATAACATTCAGTGT
AACAAAGAGTAAACCCGAGAGCGGTGAAGTGATTGGTGTTTTCGAGAGTATTCAGCCTTC
GGATACTGATTTGGGTGCTAAGACTCCTAAGGATGTCAAGATTCAAGGTATCTGGTATGC
TAAACTTGAGCAGTAAAACATGCATTATGTAGTGAATCTGTTTGTTTAGTCTGATTTTAG
TAAATTCTAAATCCCTTCAAATCGACAAGAATTTAGAATTTGTATAAAAAAACATACATA
AACGTGTTTATTGGTTATAATTTATGGTTTATTATTTAGT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 4

CO CL3333Contig1 1184 4 11 U
GGTATTATAAATACACACTCTTCGTAGAATTAAAAATCCAACGTTCAATGATTTTAGTAA
ATCCAAAATGGAAATAATAAAACTCATTAACAACGATAAAACAAAACCTTACGCGTTCTG
TTGACCCAGCATCTGAATCAAATATAAACGAGACCGTAACCGTATTGAGTTCACACACGC
AAACATTTATTATAAAGATATAACACAACACATGTCTGAATTAGATAGAAAAAGCCTGTT
GGGACTTGATGCGTCTCTTTCTAAGGCGTTCAGCGATGATGAAAGAGAGCTCGAGAGACT
GCGAGGCGTTGAGGCGAGGGTCACAGTGCGTGTGGTATCGCGACCCCAAGTCATCGAACG
TGACTGTGCGTGAACCACCGATGCACTCAGTCACGTTCTGACCTGTCATCTCTAGGTGAA
CACCTCCCGGGTGGCTTCCCTCTTGCTCGTGCACGTCGAAGAACGCTCTCACTTCAGCCA
AGATGGAGTCAAAGGGACGAGTCTTGAGACCACAAGGAGCCTTAATGGTGTTTCCATGCA
TTGGATCACTGACCCAAGTCACAATCTGTCCAGCACGTCTCACAGCTCTGATCAAATGAG
GAAGCTTCACTCTCATATTCTCTGATCCCATTCTTGTGATAATCGTGATCCTTCCAGGCT
TATTATCAGCATTCAAGATCTCAATCAGCTTCACTAGCTCCTTTGGATCCATCTTATCAC
TCACCTTGATTCCAAGAGGATTAGCAACACCTCTTAAGAACTCCACATGAGCTCCATCGA
GCTGTCTGGTTCGCTCACCGACCCAGATCATATGAGCAGAACAGTCGTAGTAGAGACCAG
AAGTAGAGTCAAGCCTTGTTAGTGATTGCTCATAAGGCAAGAGCAGACACTCGTGAGAAG
TCCAGAAATCAGTTGTTTGCATGATGGGATGGTCTAACGTGAGTCCAGCAGCGTGCATGA
AACCAAGCGCTTCATCAACACGGTTAGCTAGTTCACGGTACCTGTCTCCTTGCTCACTTT
TTTCAGTGAAATCAAGATTCCACTGAGTAACTCTCTGCATAGCAGCATAACCACCAGTAG
CAAAAGCTCTCAAGAGATTCAGAGTAGCTGCAGATTGACAGTAAGCTCTGATCATCCTCT
GTGGATCAGGAATCCTAGACTTGGAATCAAACGCATCTCCATTC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E624JQ U 1
AF RR3BP84JQ U 38
AF RR3BP84TF C 432
AF RR3E624TF C 430
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BS 875 910 RR3BP84TF
BS 911 911 RR3E624TF
BS 912 1184 RR3BP84TF

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ATCCAAAATGGAAATAATAAAACTCATTAACAACGATAAAACAAAACCTTACGCGTTCTG
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AAACATTTATTATAAAGATATAACACAACACATGTCTGAATTAGATAGAAAAAGCCTGTT
GGGACTTGATGCGTCTCTTTCTAAGGCGTTCAGCGATGATGAAAGAGAGCTCGAGAGACT
GCGAGGCGTTGAGGCGAGGGTCACAGTGCGTGTGGTATCGCGACCCCAAGTCATCGAACG
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TTGGATCACTGACCCAAGTCACAATCTGTCCAGCACGTCTCACAGCTCTGATCAAATGAG
GAAGCTTCACTCTCATATTCTCTGCTCCCATTCTTGTGATAATCGTGATCCTTCCAGGCT
TATTATCAGCATTCAAGATCTCAATCAGCTTCACTAGCTCCTTTGGATCCATCTTATCAC
TCACCTT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3BP84JQ 837 0 0
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AAAACAAAACCTTACGCGTTCTGTTGACCCAGCATCTGAATCAAATATAAACGAGACCGT
AACCGTATTGAGTTCACACACGCAAACATTTATTATAAAGATATAACACAACACATGTCT
GAATTAGATAGAAAAAGCCTGTTGGGACTTGATGCGTCTCTTTCTAAGGCGTTCAGCGAT
GATGAAAGAGAGCTCGAGAGACTGCGAGGCGTTGAGGCGAGGGTCACAGTGCGTGTGGTA
TCGCGACCCCAAGTCATCGAACGTGACTGTGCGTGAACCACCGATGCACTCGGTCACGTT
CTGACCTGTCATCTCTAGGTGAACACCTCCCGGGTGGCTTCCCTCTTGCTCGTGCACGTC
GAAAAACGCTCTCACTTCAGCCAAGATGGAGTCAAAGGGACGAGTCTTTAGACCACAAGG
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TCTCACAGCTCTGATCAAATGAGGAAGCTTCACTCTCATATTCTCTGATCCCATTCTTGT
GATAATCGTGATCCTTCCAGGCTTATTATCAGCATTCAAGATCTCAATCAGCTTCACTAG
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GAACTCCACATGAGCTCCATCGAGCTGTCTGGTTCGCTCACCGACCCAGATCATATGAGC
AGAACAGTCGTAGTAGAGAC*AGAAGTAGAGTCAAGCCTTGTTAGTGATTGCTCATA

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DS 

RD RR3BP84TF 753 0 0
TGGCT
TCCCTCT*GCTCGTGCACGTCGAAGAACGCTCTCACTTCAGCCAAGATGGAGTCAAAGGG
ACGAGTCTTTAGACCACAAGGAGCTTTAATGGTGTTTCCGTGCATTGGATCACTGACCCA
AGTCACAATCTGTCCAGCACGTCTCACAGCTCTGATCAAATGAGGAAGCTTCACTCTCAT
ATTCTCTGATCCCATTCTTGTGATAATCGTGATCCTTCCAGGCTTATTATCAGCATTCAA
GATCTCAATCAGCTTCACTAGCTCCTTTGGATCCATCTTATCACTCACCTTGATTCCAAG
AGGATTAGCAACACCTCTTAAGAACTCCACATGAGCTCCATCGAGCTGTCTGGTTCGCTC
ACCGACCCAGATCATATGAGCAGAACAGTCGTAGTAGAGACCAGAAGTAGAGTCAAGCCT
TGTTAGTGATTGCTCATAAGGCAAGAGCAGACACTCGTGAGAAGTCCAGAAATCTGTTGT
TTGCATGATGGGATGGTCTAACGTGAGTCCAGCAGCGTGCATGAAACCAAGCGCTTCATC
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ATTCCACTGAGTAACTCTCTGCATAGCAGCATAACCACCAGTAGCAAAAGCTCTCAAGAG
ATTCAGAGTAGCTGCAGATTGACAGTAAGCTCTGATCATCCTCTGTGGATCAGGAATCCT
AGACTTGGAATCAAACGCATCTCCATTC

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DS 

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CGGGTGGCTCCCTC
TGCTCGTGCACGTCGAAGAACGCTCTCACTTCAGCCAAGATGGAGTCAAAGGGACGAGTC
TTGAGACCACAAGGAGC*TTGATGGTGTTTCCATGCATTGGATCACTGACCCAAGTCACA
ATCTGTCCAGCACGTCTCACAGCTCTGATCAAATGAGGAAGCTTCACTCTCATATTCTCT
GCTCCCATTCTTGTGATAATCGTGATCCTTCCAGGCTTATTATCAGCATTCAAGATCTCA
ATCAGCTTCACTAGCTCCTTTGGATCCATCTTATCACTCACCTTGATTCCAAGAGGATTA
GCAACACCTCTTAAGAACTCTACATGAGCTCCATCGAGCTGTCTGGTTCGCTCACCGACC
CAGATCATATGAGCAGAACAGTCGTAGTAGAGACCAGAAGTAGAGTCAAGCCTTGTTAGT
GATTGCTCATAAGGCAAGAGCAGACACTCGTGAGAAGTCCAGAAATCAGTTGTTTGCATG
ATGGGGTGGTCTAGCGTGAGTCCAGCAGCGTGCATGAAACCAAGCGCTTCATCAACACGG
TTAGCTAGTTCACGGTACCTGTCTCCTTGCTCACTTTTTTCAGTGAAATCAAGATTCCAC
TGAGTAACTCTCTGCATAGCAGCATAACCACCAGTAGCAAAAGCTCTCAAGAGATTCAGA
GTAGCTGCAGATTGACAGTAAGCTCTGATCATCCTCTGTGGATC
C

QA 15 718 15 718
DS 



AS 1 4

CO CL3334Contig1 1015 4 6 U
GGGTGAAAGAGAGAGACAGAGAGAGGGGAAGAGAATCAATCAGTGATGGGAGATGTCAAA
GTAGACGATGATGCGATTCTAAAATCCTTCCTTGCGGAGGTCGGGGAGGTTGAGAGGGAC
AACGAAGTCGTCAGGATTCTCTCATGCTTCAAGCTGAACCCGTTTGAGCATCTTAACTTA
TCTTTCGATTCTTCCACGGATGACGTTAAAAGACAGTACAGAAAGATATCTTTGATGGTT
CACCCTGACAAATGCAAGCATCCTCAAGCACAGGAGGCTTTTGGAGCATTGGCAAAGGCG
CAACAGCTGCTGCTGAACGACCAAGAAAGAGATTATATTCTCACTCAAGTCCAAGCTGCC
AAACAAGAGCTTAAGATGAAGAGAAAGAAACAGTTGAAGAAAGATACCGCCTCCAAAATA
AAGTCCTTGGTTGATGAGGGAAAGCATGAGCAACTATATGAACAATCTGAAGAGTTTCAG
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ATGGCTATGAGGATATCAGAAGAAGAGGGGAGACTGAAGAAGGATGAAGAAGAACAAAAA
GAGATACGGAAGAAAAAGCGTGAGCATGAAGAACAGTGGGAAGGAACGAGAGAAAACAGG
GTGTCAAGCTGGAGAGACTTCATGAAAGCAGGAAAGAAGGCCAAAAAGGGAGAGACACGT
CCTCCAAAACTGAAGACTGAGGACCCAAACAAATCATTCGTTCAAAGGCCGGTCAAGAAA
GGCTGATCCCTGTCTCCGTTTGCTGTTGTTGCCATTGATAGATTGGTCTTCTCGAGTCTG
TGTTTCTGCTCGTGTCTGTGTTTCTCTTTGTACATCACCAACTTCTTGGTCTTTCCAAAC
ACATCAGAAACATGGAAGAGATATATAAATTTATCTCCACTTCTTAAACGCTTATGACCT
TTTAACCTTATGTATTGTGTTAAACATTATATAATACACTTCGTCTTTTTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC94TF U 1
AF RR3GV55TF U 203
AF RR3GV55JQ C 249
AF RR3FC94JQ C 314
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GTAGACGATGATGCGATTCTAAAATCCTTCCTTGCGGAGGTCGGGGAGGTTGAGAGGGAC
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TCTTTCGATTCTTCCACGGATGACGTTAAAAGACAGTACAGAAAGATATCTTTGATGGTT
CACCCTGACAAATGCAAGCATCCTCAAGCACAGGAGGCTTTTGGAGCATTGGCAAAGGCG
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AAGTCCTTGGTTGATGAGGGAAAGCATGAGCAACTATATGAACAATCTGAAGAGTTTCAG
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DS 

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G
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TCAAGCACAGGAGGCTTTTGGAGCATTGGCAAAGGCGCAACAGCTGCTGCTGAACGACCA
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TATAAATTTATCTCCACTTCTTAAACGCTTATGACC

QA 2 757 2 757
DS 

RD RR3GV55JQ 728 0 0
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GCTGCTGAACGACCAAGAAAGAGATTATATTCTCACTCAAGTCCAAGCTGCCAAACAAGA
GCTTAAGATGAAGAGAAAGAAACAGTTGAAGAAAGATACCGCCTCCAAAATAACGTCCTT
GGTTGATGAGGGAAAGCATGAGCAACTATATGAACAATCTGAAGAGTTTCAGAAGGAGCT
TAAGTTAAAGGTCCGAGAGATATTAACAGACCAAGAGTGGCGTAGGCTAAAAATGGCTAT
GAGGATATCAGAAGAAGAGGGGAGACTGAAGAAGGATGAAGAAGAACAAAAAGAGATACG
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CTGGAGAGACTTCATGAAAGCAGGAAAGAAGGCCAAAAAGGGAGAGACACGTCCTCCAAA
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CCTGTCTCCGTTTGCTGTTGTTGCCATTGATAGATTGGTCTTCTCGAGTCTGTGTTTCTG
CTCGTGTCTGTGTTTCTCTTTGTACATCACCAACTTCTTGGTCTTTCCAAACACATCAGA
AACATGGAAGAGATATATAAATTTATCTCCACTTCTTAAACGCTTATGACCTTTTAACCT
TATGTATT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3FC94JQ 702 0 0
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ATGAGGGAAAGCATGAGCAACTATATGAACAATCTGAAGAGTTTCAGAAGGAGCTTAAGT
TAAAGGTCCGAGAGATATTAACAGACCAAGAGTGGCGTAGGCGAAAAATGGCTATGAGGA
TATCAGAAGAAGAGGGGAGACTGAAGAAGGATGAAGAAGAACAAAAAGAGATACGGAAGA
AAAAGCGTGAGCATGAAGAACAGTGGGAATGAACGAGAGAAAACAGGGTGTCAAGCTGGA
GAGACTTCATGAAAGCAGGAAAGAAGGCCAAAAAGGGAGAGACACGTCCTCCAAAACTGA
AGACTGAGGACCCAAACAAATCATACGTTCAAAGGCCGGTCAAGAAAGGCTGATCCCTGT
CTCCGTTTGCTGTTGTTGCCATTGATAGATTGGTCTTCTCGAGTCTGTGTTTCTGCTCGT
GTCTGTGTTTCTCTTTGTACATCACCAACTTCTTGGTCTTTCCAAACACATCAGAAACAT
GGAAGAGATATATAAATTTATCTCCACTTTTTAAACGCTTATGACCTTTTAACCTTATGT
ATTGTGTTAAACATTATATAATACACTTCGTCTTTTTTTTAT

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 3

CO CL3335Contig1 1311 3 11 U
AAATCAAGCATCACAGTACAAATTCTATAATTAAATCTCCTGCTAGTTGACAAATAAAAA
GATCTCCCGCTCAACCAATTCAGATAATCAGCCCCATCAAATAATTTAACCATAGTACTG
TATATTCGACGCACAGTTTCCTCTGGCTTTACCAAATAGTGAAGGACACAATATCGAATA
TTAAACAACCAACAAACGTCTTGTGCTAATCATTTTTCATCTTTGCAAGAATCACCATGA
AGCAAATGGGTGAGTGAGTGATTTCTGTGCGGTTTCTGGTATATCGAAAGGGGCTCATTA
AAAATTGCATTTGCTCCTTCTTTGGCATGCTCTCTAAGACGCTCAGGCTATAGTCTGTAA
AAAGGAGGGCTGTAGTGAGGACTGAGTACACATTCAGAGGCTGCTGTTGTTTTGAGTGAA
TGCTATGGTCATATATAGTTTTCTCTTCTTGAGCTTCTTCGGGAGCTTAGGTTGTACCAC
ACTCACATCCCCGAGATTACCAAAGTTTGTCTCCATGTTAAGCCAATCCTCCATGTAGTT
CTTTCTTCTTTCAACTATGGTGCAGAATCTTTGTAGTGGCTGTGGGTTCTCTCAAAAATC
GCTGGCACGTCTGATGCACTCTTTCTTGCATTCAATAGCATCTGTTTCTTCTTGTTCTTC
CTCTTCGTTGTCTTTTTCTTGTTCTGCAGCAGAAGCTTCAAACTTTGTAAAACTAACACA
CACCTTGCAATGATTTGTGCGGTCCAAGAGTCGCTCATATAAAGCCTGTGTCCTCTCAAA
TTCTCATTCAGCTATTTCAAAATCTATGTATGCCTTCCATAACAGTTGAGGCATGTCGAG
AGCTGGCTGAGATATAGCAAGCTCAAGGATGGCTCTAAGCATCCATCGATTACGTTAGTT
TAAACCCTGGCAAGTCAGTTTTTGTGTTGGCCAAATCAGATTGTTTCAAAGTTGCGGAAC
CACCGAAAGCTCTTTGTCGGTTTCATTCAACCGTCCAGCAATTTCAACTTGGTCTATAGA
ACTGTGAATTAAGTAGCAACATATCGAATCCCATGAGTTCGCCGCCGCGTCCGACCTTCC
TGGCGGAGCAACGGGACTTGGCGGTGGAGGAGCAACGTCAGGTCTCCAGATTGGAAAGGA
AAATCGCCTTTTATAATGGAAGTTCCACCGCCTCACATTAAGAAGATCACATTCAAGATA
GATAGTGGGTGATGATTTAAGATGGGGAATCTGTAACTGGTATAGAGCATTAGCAAGAAG
AAGCTGAATCAACTCTCTAAGAACTCTGGTTTTGTCTGGACATCGAATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B696JQ U 1
AF RR3E130JQ U 5
AF RR3B696TF C 532
BS 1 244 RR3B696JQ
BS 245 245 RR3E130JQ
BS 246 300 RR3B696JQ
BS 301 301 RR3E130JQ
BS 302 359 RR3B696JQ
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BS 361 733 RR3B696JQ
BS 734 779 RR3E130JQ
BS 780 780 RR3B696TF
BS 781 826 RR3E130JQ
BS 827 1311 RR3B696TF

RD RR3B696JQ 733 0 0
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GATCTCCCGCTCAACCAATTCAGATAATCAGCCCCATCAAATAATTTAACCATAGTACTG
TATATTCGACGCACAGTTTCCTCTGGCTTTACCAAATAGTGAAGGACACAATATCGAATA
TTAAACAACCAACAAACGTCTTGTGCTAATCATTTTTCATCTTTGCAAGAATCACCATGA
AGCAGATGGGTGAGTGAGTGATTTCTGTGCGGTTTCTGGTATATCGAAAGGGGCTCATTA
GAAATTGCATTTGCTCCTTCTTTGGCATGCTCTCTAAGACGCTCAGGCTATAGTCTGTAG
AAAGGAGGGCTGTAGTGAGGACTGAGTACACATTCAGAGGCTGCTGTTGTTTTGAGTGAA
TGCTATGGTCATATATAGTTTTCTCTTCTTGAGCTTCTTCGGGAGCTTAGGTTGTACCAC
ACTCACATCCCCGAGATTACCAAAGTTTGTCTCCATGTTAAGCCAATCCTCCATGTAGTT
CTTTCTTCTTTCAACTATGGTGCAGAATCTTTGTAGTGGCTGTGGGTTCTCTCAAAAATC
GCTGGCACGTCTGATGCACTCTTTCTTGCATTCAATAGCATCTGTTTCTTCTTGTTCTTC
CTCTTCGTTGTCTTTTTCTTGTTCTGCAGCAGAAGCTTCAAACTTTGTAAAACTAACACA
CACCTTGCAATGA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3E130JQ 822 0 0
CG
AGCATCACAGTACAAATTCTATAATTAAATCTCCTGCTAGTTGACAAATAAAAAGATCTC
CCGCTCAACCAATTCAGATAATCAGCCCCATCAAATAATTTAACCATAGTACTGTATATT
CGACGCACAGTTTCCTCTGGCTTTACCAAATAGTGAAGGACACAATATCGAATATTAAAC
AACCAACAAACGTCTTGTGCTAATCATTTTTCATCTTTGCAAGAATCACCATGAAGCAAA
TGGGTGAGTGAGTGATTTCTGTGCGGTTTCTGGTATATCGAAAGGGGCTCATTAAAAATT
GCATTTGTTCCTTCTTTGGCATGCTCTCTAAGACGCTCAGGCTATAGTCTGTAAAAAGGA
GGGCTGTAGTGAGGACTGAGTACACATTCAGAGGCTGCTGTTGTTTTGAGTGAATGCTAT
GGTCATATATAGTTTTCTCTTCTTGAGCTTCTTCGGGAGCTTAGGTTGTACCACACTCAC
ATCCCCGAGATTACCAAAGTTTGTCTCCATGTTAAGCCAATCCTCCATGTAGTTCTTTCT
TCTTTCAACTATGGTGCAGAATCTTTGTAGTGGCTGTGGGTTCTCTCAAAAATCGCTGGC
ACGTCTGATGCACTCTTTCTTGCATTCAATAGCATCTGTTTCTTCTTGTTCTTCCTCTTC
GTTGTCTTTTTCTTGTTCTGCAGCAGAAGCTTCAAACTTTGTAAAACTAACACACACCTT
GCAATGATTTGTGCGGTCCAAGAGTCGCTCATATAAAGCCTGTGTCCTCTCAA*TTCTCA
TTCAGCTATTTCAAAATCTATGTATGCCTTCCATAACAGT

QA 3 822 3 822
DS 

RD RR3B696TF 780 0 0
CATGTAGTTCTTTCTTCTTTCAACTATGGTGCAGAATCTTTGTAGTGGCTGTGGGTTCTC
TCAAAAATCGCTGGCACGTCTGATGCACTCTTTCTTGCATTCAATAGCATCTGTTTCTTC
TTGTTCTTCCTCTTCGTTGTCTTTTTCTTGTTCTGCAGCAGAAGCTTCAAACTTTGTAAA
ACTAACACACACCTTGCAATGATTTGTGCGGTCCAAGAGTCGCTCATATAAAGCCTGTGT
CCTCTCAAATTCTCATTCAGCTATTTCAAAATCTATGTATGCCTTCCATAACAGTTGAGG
CATGTCGAGAGCTGGCTGAGATATAGCAAGCTCAAGGATGGCTCTAAGCATCCATCGATT
ACGTTAGTTTAAACCCTGGCAAGTCAGTTTTTGTGTTGGCCAAATCAGATTGTTTCAAAG
TTGCGGAACCACCGAAAGCTCTTTGTCGGTTTCATTCAACCGTCCAGCAATTTCAACTTG
GTCTATAGAACTGTGAATTAAGTAGCAACATATCGAATCCCATGAGTTCGCCGCCGCGTC
CGACCTTCCTGGCGGAGCAACGGGACTTGGCGGTGGAGGAGCAACGTCAGGTCTCCAGAT
TGGAAAGGAAAATCGCCTTTTATAATGGAAGTTCCACCGCCTCACATTAAGAAGATCACA
TTCAAGATAGATAGTGGGTGATGATTTAAGATGGGGAATCTGTAACTGGTATAGAGCATT
AGCAAGAAGAAGCTGAATCAACTCTCTAAGAACTCTGGTTTTGTCTGGACATCGAATTCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 4

CO CL3336Contig1 795 4 14 U
AGTTCAAAGTTCAAACTTCCCTTATTTCAAGCCCTACATAGAAAGTTCTCTTTAAAACTC
AAAAAGTATAAAATTAAAAAGAAAAAAAAAAAGAAAGTGAACAATCTAAAAAAAGTTTCA
GAAAAATCTGATGACATGTCTTTAAACCCTCTTATAGAAACCGACCAGACAGAACACTTG
TTCCCCTACCTCATGGTACCTTTGAAACCAGCATATTAATTCCCGATGATCTACCTGCGA
CCACCGGCAGGCTTCCTGGCCGGACCAGTATCCTCATCATCTGATTCCACGTCACCGTAC
TGCCAGATTCCAGTTCTAGCCTTGCGAGCTTCCTCCTGGTACTTCTCTAAAGCATCAAGA
ACTGCTTGCTTGTCCTTGTGCTCAAACCTCCTACGTTTCTCCATTCTCGCTATTCCTTCC
TGAAGCATTGCAGCGTTGACAGAGATCTCTTCATCAACAGCAATGAGAGTGACAGCAAGT
TCAGTTCCGGTTCCTTGTCCTTTGGCTTTACCTCCAGATGTGTCTCTTTCTTCTATCACT
GCTTTGAACTCTTTACCACTTCCCAGCGTCACGGTATGCAGATACTCTCCAGCTTCAGGA
CCAAAGTCTTCCTCCAAGCTTGGAACCTTTATGTAGGCAAGCCTGCATAGCTGAGCAAGC
CCTGGTGCTGAGGACACAGAAGGATCTACGGGTCGGATTGCGCTGTAAGGGACCAACTCT
TGGTTTCCATAATCGATGTAAAACACTTCAAGCTTCTCATCTGGAGATTGAATAGCTTCT
CTGGGTGCACTCACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX67JQ U 5
AF RR3BX67TF C 4
AF RR3AA23JQ U 1
AF RR3GG13JQ U 45
BS 1 89 RR3AA23JQ
BS 90 91 RR3BX67JQ
BS 92 120 RR3AA23JQ
BS 121 121 RR3GG13JQ
BS 122 264 RR3AA23JQ
BS 265 265 RR3BX67JQ
BS 266 488 RR3AA23JQ
BS 489 489 RR3BX67JQ
BS 490 497 RR3AA23JQ
BS 498 498 RR3BX67JQ
BS 499 689 RR3AA23JQ
BS 690 690 RR3GG13JQ
BS 691 737 RR3AA23JQ
BS 738 795 RR3GG13JQ

RD RR3BX67JQ 688 0 0
CAAAGT
TCAAACTTCCCTTATTTCAAGCCCTACATAGAAAGTTCTCTTTAAAACTCAAAAAGTATA
AAATTAAAAAGAAAAAAAAAAAGAAAGTGAACAATCTAAAAAAAGTTTCAAAAAAATCTG
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TCATGGTACCTTTGAAACCAGCATATTAATTCCCGATGATCTACCTGCGACCACCGGCAG
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TGTCCTTGTGCTCAAACCTCCTACGTTTCTCCATTCTCGCTATTCCTTCCTGAAGCATTG
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TTCCTTGTCCTTTGGCTTTACCTCCAGATGTGTCTCTTTCTTCTATCACTGCTTTGAACT
CTTTACCACTTCCCAGCGTCACGGTATGCAGATACTCTCCAGCTTCAGGACCAAAGTCTT
CCTCCAAGCTTGGAACCTTTATGTAGGCAAGCCTGCATAGCTGAGCAAGCCCTGGTGCTG
AGGACACAGAAGGATCTAC
TGC

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DS 

RD RR3BX67TF 689 0 0
CTCAAAG
TCAAACTTCCGTTATTTCAAGCCCTACATAGAAAGTTCTCTTTAAAACTCAAAAAGTATA
AAATTAAAAAGAAAAAAAAAAAGAAAGTGAACAATCTAAAAAAAGTTTCAGAAAAATCTG
ATGACATGTCTTTAAACCCTCTTATAGAAACCGACCAGACAGAACACTTGTTCCCCTACC
TCATGGTACCTTTGAAACCAGCATATTAATTCCCGATGATCTACCTGCGACCACCGGCAG
GCTTCCTGGCCGGACCAGTATCCTCATCATCTGATTCCACGTCACCGTACTGCCAGATTC
CAGTTCTAGCCTTGCGAGCTTCCTCCTGGTACTTCTCTAAAGCATCAAGAACTGCTTGCT
TGTCCTTGTGCTCAAACCTCCTACGTTTCTCCATTCTCGCTATTCCTTCCTGAAGCATTG
CAGCGTTGACAGAGATCTCTTCATCAACAGCAATGAGAGTGACAGCAAGTTCAGTTCCGG
TTCCTTGTCCTTTGGCTTTACCTCCAGATGTGTCTCTTTCTTCTATCACTGCTTTGAACT
CTTTACCACTTCCCAGCGTCACGGTATGCAGATACTCTCCAGCTTCAGGACCAAAGTCTT
CCTCCAAGCTTGGAACCTTTATGTAGGCAAGCCTGCATAGCTGAGCAAGCCCTGGTGCTG
AGGACACAGAAGGATCTAC
TGC

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DS 

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AAAAAGTATAAAATTAAAAAGAAAAAAAA**AGAAAGTGAACAATCTAAAAAAAGTTTCA
AAAAAATCTGATGACATGTCTTTAAACCCTCTTATAGAAACCGACCAGACAGAACACTTG
TTCCCCTACCTCATGGTACCTTTGAAACCAGCATATTAATTCCCGATGATCTACCTGCGA
CCACCGGCAGGCTTCCTGGCCGGAGCAGTATCCTCATCATCTGATTCCACGTCACCGTAC
TGCCAGATTCCAGTTCTAGCCTTGCGAGCTTCCTCCTGGTACTTCTCTAAAGCATCAAGA
ACTGCTTGCTTGTCCTTGTGCTCAAACCTCCTACGTTTCTCCATTCTCGCTATTCCTTCC
TGAAGCATTGCAGCGTTGACAGAGATCTCTTCATCAACAGCAATGAGAGTGACAGCAAGT
TCAGTTCCAGTTCCTTGGCCTTTGGCTTTACCTCCAGATGTGTCTCTTTCTTCTATCACT
GCTTTGAACTCTTTACCACTTCCCAGCGTCACGGTATGCAGATACTCTCCAGCTTCAGGA
CCAAAGTCTTCCTCCAAGCTTGGAACCTTTATGTAGGCAAGCCTGCATAGCTGAGCAAGC
CCTGGTGCTGAGGACACAGAAGGATCTACTGGTCGGATTGCGCTGTAAGGGACCAACTCT
TGGTTTCCATAATCGAT

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DS 

RD RR3GG13JQ 751 0 0
GTTCTCTTTAAAACTCAAAAAGTATAAAATTAAAAAGAAAAAAAAAAAGAAAGTGAACAA
TCTAAAAAAAGTTTCAGAAAAATCTGATGACATGTCTTTAAACCCTCTTATAGAAACCGA
CCAGACAGAACACTTGTTCCCCTACCTCATGGTACCTTTGAAACCAGCATATTAATTCCC
GATGATCTACCTGCGACCACCGGCAGGCTTCCTGGCCGGAGCAGTATCCTCATCATCTGA
TTCCACGTCACCGTACTGCCAGATTCCAGTTCTAGCCTTGCGAGCTTCCTCCTGGTACTT
CTCTAAAGCATCAAGAACTGCTTGCTTGTCCTTGTGCTCAAACCTCCTACGTTTCTCCAT
TCTCGCTATTCCTTC*TGAAGCATTGCAGCGTTGACAGAGATCTCTTCATCAACAGCAAT
GAGAGTGACAGCAAGCTCAGTTCCAGTTCCTTGGCCTTTGGCTTTACCTCCAGATGTGTC
TCTTTCTTCTATCACTGCTTTGAACTCTTTACCACTTCCCAGCGTCACGGTATGCAGATA
CTCTCCAGCTTCAGGACCAAAGTCTTCCTCCAAGCTTGGAACCTTTATGTAGGCAAGCCT
GCATAGCTGAGCAAGCCCTGGTGCTGAGGACACAGAAGGATCTACGGGTCGGATTGCGCT
GTAAGGGACCAACTCTTGGTTTCCATAATCGATGTAAAACACTTCAAGCTTCTCATCTGG
AGATTGAATAGCTTCTCTGGGTGCACTCACA

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 4

CO CL3337Contig1 1000 4 7 U
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ATGCCGGTGAGAGTTGTGGAGAGCAACGCGCCTGCTCAGGTTTCAGGGAGTGATCCTGGG
AATCGATCACCACTTCCGCCTAGCTCACTTCTTGCCGCCGGCCAGGCGTTTTCTGGTACG
CAGAATGTCTCTAATCAACAGAAGGAGGAAGCTTGGAGAGTCAACGTCCAGATACAGGGT
GTTGACCTTGAACATGGCTATCTTTGTGGCACTATGGAAGCTCTAAACGTTCCCATGGCA
GACACTCCTGTCATAACATTTTGGGAAGGAGAGATTGTTGATGGAAAGAACTACACTTTC
TACACCGGAAAATGGGAAGCCACGAGGGAAGATGATATGAGACATTGGTCAAAGTTCCCA
TCTTTTGCACCTCTTCAGGGACAAGTTGAATCTGACGGTGGGAGGCAATTGGATCTTACC
AATTACCCTTACATATTTATGAGATGGAAAGAGCAGTACTTTGTAAATGTTGGCACAGAT
TGTGGACTAACAATAGCTGGATTCTACTACGTATGCTTCTCCTGCAGCGACGGATCCATC
AGCGGTTTCTACTATGATCCTAACAGCAGTCCGTTTCAGAAGCTGGAGCTGAAAACAGTT
AACGAAGGAAGATCTGGTTTCAGCTTCTCTTCTTACGAGTTGCAATGATCATAGCCAAAA
AGAAAAAAAAAGCAGCAGACAGTGCTCCCTCGTGGGCACATGGGAGGCACGTGATCCGGT
AACACTGTGATAGTAGCACGTAGCAGACCGGACCAGTAAAAACTAAAATACTATTTTGTC
ATCATTGTACGAGACTACTATCTAAACATTTCAAGACATTACCACATTTTCCAAAATAAT
GATATTATCCAAAAGTAAGATTTTTATTCTTAGAATGTTACAGAAGAAAAAAGCAAGTTG
TGGATGTTGGACAAAGAAAGCAATTAAAGCAAGTTGTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH69TF U 1
AF RR3BJ50JQ C 34
AF RR3BJ50TF U 34
AF RR3GH69JQ C 256
BS 1 167 RR3GH69TF
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BS 655 716 RR3BJ50TF
BS 717 1000 RR3GH69JQ

RD RR3GH69TF 661 0 0
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ATGCCGGTGAGAGTTGTGGAGAGCAACGCGCCTGCTCAGGTTTCAGGGAGTGATCCTGGG
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CAGAATGTCTCTAATCAACAGAAGGAGGAAGCTTGGAGAGTCAACGTCCAGATACAGGGT
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GACACTCCTGTCATAACATTTTGGGAAGGAGAGATTGTTGATGGAAAGAACTACACTTTC
TACACCGGAAAATGGGAAGCCACGAGGGTAGATGATATGAGACATTGGTCAAAGTTCCCA
TCTTTTGCACCTCTTCAGGGACAAGTTGAATCTGACGGTGGGAGGCAATTGGATCTTACC
AATTACCCTTACATATTTATGAGATGGAAAGAGCAGTACTTTGTAAATGTTGGCACAGAT
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AGCGGTTTCTACTATGATCCTAACAGCAGTCCGTTTCAGAAGCTGGAGCTGAAA
CAGTTAA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3BJ50JQ 683 0 0
GGAGCGACGACGGG
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ATCATAGCC

QA 15 683 15 683
DS 

RD RR3BJ50TF 683 0 0
GGAGCGACGACGGG
GGGGAGAGAGAAAATGCCGGTGAGAGTTGTGGAGAGCAACGCGCCTGCTCAGGTTTCAGG
GAGTGATCCTGGGAATCGATCACCACTTCCGCCTAGCTCACTTCTTGCCGCCGGCCAGGC
GTTTTCTGGTACGCAGAATGTCTCTAATCAACAGAAGGAGGAAGCTTGGAGAGTCAACGT
CCAGATACAGGGTGTTGACCTTGAACATGGCTATCTTTGTGGCACTATGGAAGCTCTAAA
CGTTCCCATGGCTGACACTCCTGTCATAACATTTTGGGAAGGAGAGATTGTTGATGGAAA
GAACTACACTTTCTACACCGGAAAATGGGAAGCCACGAGGGAAGATGATATGAGACATTG
GTCAAAGTTCCCATCTTTTGCACCTCTTCAGGGACAAGTTGAATCTGACGGTGGGAGGCA
ATTGGAACTTACCAATTACCCTTACATATTTATGAGATGGAAAGAGCAGTACTTTGTAAA
TGTTGGCACAGATTGTGGACTAACAATAGCTGGATTCTACTACGTATGCTTCTCCTGCAG
CGACGGATCCATCAGCGGTTTCTACTATGATCCTAACAGCAGTCCGTTTCAGAAGCTGGA
GCTGAAAACAGTTAACGAAGGAAGATCTGGTTTCAGCTTCTCTTCTTACGAGTTGCAATG
ATCATAGCC

QA 15 683 15 683
DS 

RD RR3GH69JQ 745 0 0
GGCTATCTTTGTGGCACTATGGAAGCTCTAAACGTTCCCATGGCAGACACTCCTGTCATA
ACATTTTGGGAAGGAGAGATTGTTGATGGAAAGAACTACACTTTCTACACCGGAAAATGG
GAAGCCACGAGGGTAGATGATATGAGACATTGGTCAAAGTTCCCATCTTTTGCACCTCTT
CAGGGACAAGTTGAATCTGACGGTGGGAGGCAATTGGATCTTACCAATTACCCTTACATA
TTTATGAGATGGAAAGAGCAGTACTTTGTAAATGTTGGCACAGATTGTGGACTAACAATA
GCTGGATTCTACTACGTATGCTTCTCCTGCAGCGACGGATCCATCAGCGGTTTCTACTAT
GATCCTAACAGCAGTCCGTTTCAGAAGCTGGAGCTGAAAACAGTTAACGAAGGAAGATCT
GGTTTCAGCTTCTCTTCTTACGAGTTGCAATGATCATAGCCAAAAAGAAAAAAAAAGCAG
CAGACAGTGCTCCCTCGTGGGCACATGGGAGGCACGTGATCCGGTAACACTGTGATAGTA
GCACGTAGCAGACCGGACCAGTAAAAACTAAAATACTATTTTGTCATCATTGTACGAGAC
TACTATCTAAACATTTCAAGACATTACCACATTTTCCAAAATAATGATATTATCCAAAAG
TAAGATTTTTATTCTTAGAATGTTACAGAAGAAAAAAGCAAGTTGTGGATGTTGGACAAA
GAAAGCAATTAAAGCAAGTTGTTGT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 4

CO CL3338Contig1 823 4 6 U
GGATCCAGGTAACATTCAAATCTCATCAACTAAATAAACTCAAAAAAAAGATGAATCCTA
TGTTTTACTTCCTTCTTGCCCTAACAGCTGTTTTGGCTGCCACCGCAAACGCCGGACCAG
TTCTCGACGTGAATGGTGATATCATATTCGGCGGCAGTTACTACGCTATCTCCGTCATCA
GGGGCGCTGGAGGTGGCGGCCTAACTCTCACCCCCCGTAATGGCAACCAGTGTCCCCTCT
TTATCGGACAGGAGCGTTCAGATCTCAGGAGGGGCATTCCCGTGAAATTCTCAAACTGGA
GGTCTAGAGTTGGGTTCGTCCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCAAGATGGATGTCGAAC
CTACGTTCTGCGCTGAGTCAACTTATTGGTGGGTCACTCCAGCTCCCAGCCCCTGGAGAT
CGTATTTCATAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGTT
TCTTCCAGATCAAGAAAACTAGTGAAAACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGGG
ACGGTAACGATTGCACCGATGTCGGTAGAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGG*TTTGGTT
ATAGGCTCTACCCCACCATTCGCTAGCCCATTCGAGGTTATGTTCGTGAAAGCTAGTGAG
ATAGAGACTTCATCCAAGATTATGTCTATTATCTGAGAGAGGATAAGAGGATAAGAGTTA
TAACTTACGTCTAATAATAAAACTCTTTCCCTTTATGCTGTTTTCTTTGTTCGTAGATCA
TCATCATCATCGTATCTGGAATAAAAACAATTTTACTGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3CK69TF U 1
AF RR3A150TF U 79
AF RR3A150JQ C 95
AF RR3CK69JQ C 122
BS 1 578 RR3CK69TF
BS 579 579 RR3A150TF
BS 580 592 RR3CK69TF
BS 593 593 RR3A150JQ
BS 594 800 RR3A150TF
BS 801 823 RR3A150JQ

RD RR3CK69TF 594 0 0
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TGTTTTACTTCCTTCTTGCCCTAACAGCTGTTTTGGCTGCCACCGCAAACGCCGGACCAG
TTCTCGACGTGAATGGTGATATCATATTCGGCGGCAGTTACTACGCTATCTCCGTCATCA
GGGGCGCTGGAGGTGGCGGCCTAACTCTCACCCCCCGTAATGGCAACCAGTGTCCCCTCT
TTATCGGACAGGAGCGTTCAGATCTCAGGAGGGGCATTCCCGTGAAATTCTCAAACTGGA
GGTCTAGAGTTGGGTTCGTCCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCAAGATGGATGTCGAAC
CTACGTTCTGCGCTGAGTCAACTTATTGGTGGGTCACTCCAGCTCCCAGCCCCTGGAGAT
CGTATTTCATAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGTT
TCTTCCAGATCAAGAAAACTAGTGAAAACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGGG
ACGGTAACGATTGCACCGATGTCGGTAGAAACGAGGAAAGTGGCGTTCGGGG
TT

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3A150TF 725 0 0
CCCTAACAGCTGTTTTGGCTGCCACCGCAAACGCCGGACCAGTTCTCGACGTGAATGGTG
ATATCATATTCGGCGGCAGTTACTACGCTATCTCCGTCATCAGGGGCGCTGGAGGTGGCG
GCCTAACTCTCACCCCCCGTAATGGCAACCAGTGTCCCCTCTTTATCGGACAGGAGCGTT
CAGATCTCAGGAGGGGCATTCCCGTGAAATTCTCAAACTGGAGGTCTAGAGTTGGGTTCG
TCCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCAAGATGGATGTCGAACCTACGTTCTGCGCTGAGT
CAACTTATTGGTGGGTCACTCCAGCTCCCAGCCCCTGGAGATCGTATTTCATAGCGGTTG
GTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGTTTCTTCCAGATCAAGAAAA
CTAGTGAAAACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGGGACGGTAACGATTGCACCG
ATGTCGGTGGAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGGGTTTGGTTATAGGCTCTACCCCACCA
TTCGCTAGCCCATTCGAGGTTATGTTCGTGAAAGCTAGTGAGATAGAGACTTCATCCAAG
ATTATGTCTATTATCTGAGAGAGGATAAGAGGATAAGAGTTATAACTTACGTCTAATAAT
AAAACTCTTTCCCTTTATGCTGTTTTCTTTGTTCGTAGATCATCATCATCATCGTATCTG
GA
TAA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3A150JQ 729 0 0
GGCTGCCACCGCAAACGCCGGACCAGTTCTCGACGTGAATGGTGATATCATATTCGGCGG
CAGTTACTACGCTATCTCCGTCATCAGGGGCGCTGGAGGTGGCGGCCTAACTCTCACCCC
CCGTAATGGCAACCAGTGTCCCCTCTTTATCGGACAGGAGCGTTCAGATCTCAGGAGGGG
CATTCCCGTGAAATTCTCAAACTGGAGGTCTAGAGTTGGGTTCGTCCCCGAATCAGAGAA
CCTCAACATCAAGATGGATGTCGAACCTACGTTCTGCGCTGAGTCAACTTATTGGTGGGT
CACTCCAGCTCCCAGCCCCTGGAGATCGTATTTCATAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGC
TGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGTTTCTTCCAGATCAAGAAAACTAGTGAAAACCCTAA
CGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGGGACGGTAACGATTGCACCGATGTCGGTGGAAACGA
GGAAGGTGGCGTTCGGGG*TTTGGTTATAGGCTCTACCCCACCATTCGCTAGCCCATTCG
AGGTTATGTTCGTGAAAGCTAGTGAGATAGAGACTTCATCCAAGATTATGTCTATTATCT
GAGAGAGGATAAGAGGATAAGAGTTATAACTTACGTCTAATAATAAAACTCTTTCCCTTT
ATGCTGTTTTCTTTGTTCGTAGATCATCATCATCATCGTATCTGGAATAAAAACAATTTT
ACTGTTTCC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3CK69JQ 700 0 0
TCTCGACGTGAATGGTGATATCATATTCGGCGGCAGTTACTACGCTATCTCCGTCATCAG
GGGCGCTGGAGGTGGCGGCCTAACTCTCACCCCCCGTAATGGCAACCAGTGTCCCCTCTT
TATCGGACAGGAGCGTTCAGATCTCAGGAGGGGCATTCCCGTGAAATTCTCAAACTGGAG
GTCTAGAGTTGGGTTCGTCCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCAAGATGGATGTCGAACC
TACGTTCTGCGCTGAGTCAACTTATTGGTGGGTCACTCCAGCTCCCAGCCCCTGGAGATC
GTATTTCATAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGTTT
CTTCCAGATCAAGAAAACTAGTGAAAACCCTAACGCTTACAAGTTTGCATATTGTAGGGA
CGGTAACGATTGCACCGATGTCGGTAGAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGG*TTTGGTTA
TAGGCTCTACCCCACCATTCGCTAGCCCATTCGAGGTTATGTTCGTGAAAGCTAGTGAGA
TAGAGACTTCATCCAAGATTATGTCTATTATCTGAGAGAGGATAAGAGGATAAGAGTTAT
AACTTACGTCTAATAATAAAACTCTTTCCCTTTATGCTGTTTTCTTTGTTCGTAGATCAT
CATCATCATCGTATCTGGAATAAAAACAATTTTACTGTT
C

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 4

CO CL3339Contig1 677 4 17 U
GGAACGAACTCAAAGGTCGAGCCTTTTCGCAGTTGCAGCAGCATCTCTGTTCCGTCTATC
TCGCCGTCGTCAACATGGGTAAGACACGTGGTATGGGAGCTGGGCGCAAGCTGAAGAGGC
TTAGGATTAACCAGAGGTGGGCGGACAAGCAGTACAAGAAGAGTCACCAAGGCAATGAGT
GGAAGAAGCCTTTTGCTGGATCTTCTCACGCTAAGGGTATCGTCCTTGAGAAAATAGGTA
TTGAGGCCAAGCAGCCTAACTCTGCCATTCGTAAATGTGCTAGAGTTCAGTTGATCAAGA
ACGGCAAAAAGATTGCTGCTTTCGTCCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAA
ATGACGAAGTGTTGATTGCTGGGTTCGGGCGTAAAGGTCATGCCGTCGGAGATATTCCCG
GAGTCAGGTTCAAGGTGGTGAAGGTCTCTGGTGTCTCACTCTTGGCCCTCTTCAAGGAAA
AGAAGGAGAAGCCTAGGTCTTAAGAGACTACTACTGCTTCTAATGGATTTTGATATTTGA
AACACTCCTCTGTTCTTACTTAAAGATAATCTGTTTGGATCCAGTTGACTCTTTTTGAGT
ATTCTCTCCTCCTCCACTAGAGCTTCCTCATTTTCTCTTTTATTTTACCACTCTCAATAT
GTCTCACATAATCCTAT


BQ
10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C108JQ C 2
AF RR3C108TF U 2
AF RR3FS95JQ C 1
AF RR3FS95TF U 1
BS 1 1 RR3FS95JQ
BS 2 235 RR3C108TF
BS 236 236 RR3FS95TF
BS 237 252 RR3C108TF
BS 253 253 RR3FS95TF
BS 254 304 RR3C108TF
BS 305 305 RR3FS95TF
BS 306 409 RR3C108TF
BS 410 410 RR3FS95TF
BS 411 469 RR3C108TF
BS 470 470 RR3FS95TF
BS 471 478 RR3C108TF
BS 479 479 RR3FS95TF
BS 480 580 RR3C108TF
BS 581 581 RR3FS95TF
BS 582 595 RR3C108TF
BS 596 677 RR3FS95TF

RD RR3C108JQ 598 0 0
GAACGAACTCAAAGGTCGAGCCTTTTCGCAGTTGCAGCAGCATCTCTGTTCCGTCTATCT
CGCCGTCGTCAACATGGGTAAGACACGTGGTATGGGAGCTGGGCGCAAGCTGAAGAGGCT
TAGGATTAACCAGAGGTGGGCGGACAAGCAGTACAAGAAGAGTCACCAAGGCAATGAGTG
GAAGAAGCCTTTTGCTGGATCTTCTCACGCTAAGGGTATCGTCCTTGAGAAAATTGGTAT
TGAGGCCAAGCGGCCTAACTCTGCCATTCGTAAATGTGCTAGAGTTCAGTTGATCAAGAA
CGGTAAAAAGATTGCTGCTTTCGTCCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAAA
TGACGAAGTGTTGATTGCTGGGTTCGGGCGTAAAGGTCATGCCGTCGGTGATATTCCCGG
AGTCAGGTTCAAGGTGGTGAAGGTCTCTGGTGTCTCACTCTTGGCCCTTTTCAAGGAGAA
GAAGGAGAAGCCTAGGTCTTAAGAGACTACTACTGCTTCTAATGGATTTTGATATTTGAA
ACACTCCTCTGTTCTTACTTAAAGATAATCTGTTTGGATTCAGTTGACTCTTTT
GAGT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3C108TF 598 0 0
GAACGAACTCAAAGGTCGAGCCTTTTCGCAGTTGCAGCAGCATCTCTGTTCCGTCTATCT
CGCCGTCGTCAACATGGGTAAGACACGTGGTATGGGAGCTGGGCGCAAGCTGAAGAGGCT
TAGGATTAACCAGAGGTGGGCGGACAAGCAGTACAAGAAGAGTCACCAAGGCAATGAGTG
GAAGAAGCCTTTTGCTGGATCTTCTCACGCTAAGGGTATCGTCCTTGAGAAAATTGGTAT
TGAGGCCAAGCGGCCTAACTCTGCCATTCGTAAATGTGCTAGAGTTCAGTTGATCAAGAA
CGGTAAAAAGATTGCTGCTTTCGTCCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAAA
TGACGAAGTGTTGATTGCTGGGTTCGGGCGTAAAGGTCATGCCGTCGGTGATATTCCCGG
AGTCAGGTTCAAGGTGGTGAAGGTCTCTGGTGTCTCACTCTTGGCCCTTTTCAAGGAGAA
GAAGGAGAAGCCTAGGTCTTAAGAGACTACTACTGCTTCTAATGGATTTTGATATTTGAA
ACACTCCTCTGTTCTTACTTAAAGATAATCTGTTTGGATTCAGTTGACTCTTTT
GAGT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3FS95JQ 677 0 0
GGAACGAACTCAAAGGTCGAGCCTTTTCGCAGTTGCAGCAGCATCTCTGTTCCGTCTATC
TCGCCGTCGTCAACATGGGTAAGACACGTGGTATGGGAGCTGGGCGCAAGCTGAAGAGGC
TTAGGATTAACCAGAGGTGGGCGGACAAGCAGTACAAGAAGAGTCACCAAGGCAATGAGT
GGAAGAAGCCTTTTGCTGGATCTTCTCACGCTAAGGGTATCGTCCTTGAGAAAATAGGTA
TTGAGGCCAAGCAGCCTAACTCTGCCATTCGTAAATGTGCTAGAGTTCAGTTGATCAAGA
ACGGCAAAAAGATTGCTGCTTTCGTCCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAA
ATGACGAAGTGTTGATTGCTGGGTTCGGGCGTAAAGGTCATGCCGTCGGAGATATTCCCG
GAGTCAGGTTCAAGGTGGTGAAGGTCTCTGGTGTCTCACTCTTGGCCCTCTTCAAGGAAA
AGAAGGAGAAGCCTAGGTCTTA*GAGACTCCTACTGCTTCTAATGGATTTTGATATTTGA
AACACTCCTCTGTTCT*ACTTAAAGATAATCTGTTTGGATCCAGTTGACTCTTTTTGAGT
ATTCTCTCCTCCTCCACTAGAGCTTCCTCATTTTCTCTTTTATTTTACCACTCTCAATAT
GTCTCACATAATCCTAT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3FS95TF 677 0 0
G
GAACGAACTCAAAGGTCGAGCCTTTTCGCAGTTGCAGCAGCATCTCTGTTCCGTCTATCT
CGCCGTCGTCAACATGGGTAAGACACGTGGTATGGGAGCTGGGCGCAAGCTGAAGAGGCT
TAGGATTAACCAGAGGTGGGCGGACAAGCAGTACAAGAAGAGTCACCAAGGCAATGAGTG
GAAGAAGCCTTTTGCTGGATCTTCTCACGCTAAGGGTATCGTCCTTGAGAAAATAGGTAT
TGAGGCCAAGCAGCCTAACTCTGCCATTCGTAAATGTGCTAGAGTTCAGTTGATCAAGAA
CGGCAAAAAGATTGCTGCTTTCGTCCCTAATGATGGTTGCTTGAACTACATTGAAGAAAA
TGACGAAGTGTTGATTGCTGGGTTCGGGCGTAAAGGTCATGCCGTCGGAGATATTCCCGG
AGTCAGGTTCAAGGTGGTGAAGGTCTCTGGTGTCTCACTCTTGGCCCTCTTCAAGGAAAA
GAAGGAGAAGCCTAGGTCTTA*GAGACTCCTACTGCTTCTAATGGATTTTGATATTTGAA
ACACTCCTCTGTTCT*ACTTAAAGATAATCTGTTTGGATCCAGTTGACTCTTTTTGAGTA
TTCTCTCCTCCTCCACTAGAGCTTCCTCATTTTCTCTTTTATTTTACCACTCTCAATATG
TCTCACATAATCCTAT

QA 2 677 2 677
DS 



AS 2 4

CO CL3340Contig1 940 2 2 U
AACTGTTTCTCCTCCTCCTTCTCCTCGCCGCACTATCTCCTCCGGCGACTTCCCACTACT
CATCCTCAACCTCATCTCCATCTTCTTCTCTTTCCTCCGTCTCCGAATGGCGTCCCGCGC
GAGCCACCTACTACGCCACCACGAATCCTAGAGACGAGGTGGGAGGTGCGTGCGGATACG
GAGATCTCGTCAAATCTGGATACGGTATGGCCACGGTTGGTCTGAGCGAGACTCTGTTCG
AGCGCGGTCAGATCTGCGGCGCCTGTTTCGAGCTCAGATGTGTCGATGATCTCCGCTGGT
GTATCCCTGGGACTTCGATCATCCTCACCGCCACGAACTTCTGCGCTCCTAATTACGGGT
TTGATCCCGACGGTGGTGGTCACTGTAACCCTCCGAACAAACACTTCGTTTTGCCGATCG
AAGCGTTTGAGAAGATCGCTATTTGGAGAGCTGGCAACATGCCCGTCCAGTATCGAAGGA
TAAACTGTAGAAGGGAAGGGAGCATCAGGTTTACAGTAGATGGTGGAGGCATTTTCGTTT
CGGTTCTGATCACCAATGTTGCGGGTTCCGGCGATATATCCGCTGTGAAGATCAAAGGGT
CGAGAACCGGGTGGTTACCAATGGGTCGTAACTGGGGACAGAACTGGCATATCAACGCTG
ATCTCAAGAACCAAGCTCTCTCGTTTGAAGTGACTTCAAGTGACAAATCAACAGTCACAG
CTTACAACGTCGCTCCTAGAAACTGGGATTATGGACAAACCTTCGAAGGTAAACAATTCG
AGACTCCGTAAGAGACACAGAGATGTCTCGTGATTATTTTTTGCTACTGGTGAGAATATT
TTTGATGGTCTAAGAAGAGTAGTGATCACACAAACATCACTATTGTATCTATTTTGTTGT
TTACATTATTACTCTCAAATGCTTAAAGCAATGGGTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A137TF U 1
AF RR3A137JQ C 152
BS 1 763 RR3A137TF
BS 764 940 RR3A137JQ

RD RR3A137TF 763 0 0
AACTGTTTCTCCTCCTCCTTCTCCTCGCCGCACTATCTCCTCCGGCGACTTCCCACTACT
CATCCTCAACCTCATCTCCATCTTCTTCTCTTTCCTCCGTCTCCGAATGGCGTCCCGCGC
GAGCCACCTACTACGCCACCACGAATCCTAGAGACGAGGTGGGAGGTGCGTGCGGATACG
GAGATCTCGTCAAATCTGGATACGGTATGGCCACGGTTGGTCTGAGCGAGACTCTGTTCG
AGCGCGGTCAGATCTGCGGCGCCTGTTTCGAGCTCAGATGTGTCGATGATCTCCGCTGGT
GTATCCCTGGGACTTCGATCATCCTCACCGCCACGAACTTCTGCGCTCCTAATTACGGGT
TTGATCCCGACGGTGGTGGTCACTGTAACCCTCCGAACAAACACTTCGTTTTGCCGATCG
AAGCGTTTGAGAAGATCGCTATTTGGAGAGCTGGCAACATGCCCGTCCAGTATCGAAGGA
TAAACTGTAGAAGGGAAGGGAGCATCAGGTTTACAGTAGATGGTGGAGGCATTTTCGTTT
CGGTTCTGATCACCAATGTTGCGGGTTCCGGCGATATATCCGCTGTGAAGATCAAAGGGT
CGAGAACCGGGTGGTTACCAATGGGTCGTAACTGGGGACAGAACTGGCATATCAACGCTG
ATCTCAAGAACCAAGCTCTCTCGTTTGAAGTGACTTCAAGTGACAAATCAACAGTCACAG
CTTACAACGTCGCTCCTAGAAACTGGGATTATGGACAAACCTT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3A137JQ 789 0 0
AGACGAGGTGGGAGGTGCGTGCGGATACGGAGATCTCGTCAAATCTGGATACGGTATGGC
CACGGTTGGTCTGAGCGAGACTCTGTTCGAGCGCGGTCAGATCTGCGGCGCCTGTTTCGA
GCTCAGATGTGTCGATGATCTCCGCTGGTGTATCCCTGGGACTTCGATCATCCTCACCGC
CACGAACTTCTGCGCTCCTAATTACGGGTTTGATCCCGACGGTGGTGGTCACTGTAACCC
TCCGAACAAACACTTCGTTTTGCCGATCGAAGCGTTTGAGAAGATCGCTATTTGGAGAGC
TGGCAACATGCCCGTCCAGTATCGAAGGATAAACTGTAGAAGGGAAGGGAGCATCAGGTT
TACAGTAGATGGTGGAGGCATTTTCGTTTCGGTTCTGATCACCAATGTTGCGGGTTCCGG
CGATATATCCGCTGTGAAGATCAAAGGGTCGAGAACCGGGTGGTTACCAATGGGTCGTAA
CTGGGGACAGAACTGGCATATCAACGCTGATCTCAAGAACCAAGCTCTCTCGTTTGAAGT
GACTTCAAGTGACAAATCAACAGTCACAGCTTACAACGTCGCTCCTAGAAACTGGGATTA
TGGACAAACCTTCGAAGGTAAACAATTCGAGACTCCGTAAGAGACACAGAGATGTCTCGT
GATTATTTTTTGCTACTGGTGAGAATATTTTTGATGGTCTAAGAAGAGTAGTGATCACAC
AAACATCACTATTGTATCTATTTTGTTGTTTACATTATTACTCTCAAATGCTTAAAGCAA
TGGGTTACC

QA 1 789 1 789
DS 



CO CL3340Contig2 735 2 4 U
GGGTATGGCCACAGTTGGTCTGAGCGAGACTCTGTTCGAGCGCGGTCAGATCTGCGGCGC
CTGTTTCGAGCTCAGATGTGTGGATGATCTCCGCTGGTGTATCCCTGGGACTTCGATCAT
CCTCACCGCCACGAACTTCTGCGCTCCTAATTACGGGTTTGATCCCGACGGTGGTGGTCA
CTGTAACCCTCCGAACAAACACTTCGTTTTGCCGATCGAAGCGTTTGAGAAGATCGCTAT
TTGGAAAGCTGGCAACATGCCCGTTCAGTATCGAAGGATAAACTGTAGAGGGGAAGGGAG
CATTAGGTTTACAGTAGATGGTGGAGGCATTTTCGTTTCGGTTCTGATCACCAATGTTGC
GGGATCAGGCGATATATCCGCTGTGAAGATCAAAGGGTCGAGAACCGGGTGGTTACCAAT
GGGTCGTAACTGGGGACAGAACTGGCATATCAACGCCGATCTCAAGAACCAAGCTCTCTC
GTTTGAAGTGACTTCTAGTGACAAATCAACCGTCACAGCTTACAACGTCGCTCCTAGAAA
CTGGGATTACGGACAAACCTTCGAAGGTAAACAATTCGAGACTCCGTAAGACACAGAGGA
TGTCTCGTGATTCTTTTTTTACTGGTGATGAATTTTTTGATGGTCTAAGAAGAGTAGTGA
TCACACAAAAATCACTATTGTATCTATTTTGTTGTTTACATTATTACTCTCAAATGCTTA
AAGCCAATGGTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GO88TF U 1
AF RR3GO88JQ C 221
BS 1 670 RR3GO88TF
BS 671 671 RR3GO88JQ
BS 672 720 RR3GO88TF
BS 721 735 RR3GO88JQ

RD RR3GO88TF 720 0 0
GGGTATGGCCACAGTTGGTCTGAGCGAGACTCTGTTCGAGCGCGGTCAGATCTGCGGCGC
CTGTTTCGAGCTCAGATGTGTGGATGATCTCCGCTGGTGTATCCCTGGGACTTCGATCAT
CCTCACCGCCACGAACTTCTGCGCTCCTAATTACGGGTTTGATCCCGACGGTGGTGGTCA
CTGTAACCCTCCGAACAAACACTTCGTTTTGCCGATCGAAGCGTTTGAGAAGATCGCTAT
TTGGAAAGCTGGCAACATGCCCGTTCAGTATCGAAGGATAAACTGTAGAGGGGAAGGGAG
CATTAGGTTTACAGTAGATGGTGGAGGCATTTTCGTTTCGGTTCTGATCACCAATGTTGC
GGGATCAGGCGATATATCCGCTGTGAAGATCAAAGGGTCGAGAACCGGGTGGTTACCAAT
GGGTCGTAACTGGGGACAGAACTGGCATATCAACGCCGATCTCAAGAACCAAGCTCTCTC
GTTTGAAGTGACTTCTAGTGACAAATCAACCGTCACAGCTTACAACGTCGCTCCTAGAAA
CTGGGATTACGGACAAACCTTCGAAGGTAAACAATTCGAGACTCCGTAAGACACAGAGGA
TGTCTCGTGATTCTTTTTTTACTGGTGATGAATTTTTTGATGGTCTAAGAAGAGTAGTGA
TCACACAAAA*TCACTATTGTATCTATTTTGTTGTTTACATTATTACTCTCAAATGCTTA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3GO88JQ 515 0 0
GCGTTTGAGAAGATCGCTATTTGGAAAGCTGGCAACATGCCCGTTCAGTATCGAAGGATA
AACTGTAGAGGGGAAGGGAGCATTAGGTTTACAGTAGATGGTGGAGGCATTTTCGTTTCG
GTTTTGATCACCAATGTTGGGGGATCAGGCGATATATCCGCTGTGAAGATCAAAGGGTCG
AGAACCGGGTGGTTACCAATGGGTCGTAACTGGGGACAGAACTGGCATATCAACGCCGAT
TTCAAGAACCAAGCTCTTTCGTTTGAAGTGACTTTTAGTGACAAATCAACCGTCACAGCT
TACAACGTCGCTCCTAGAAACTGGGATTACGGACAAACCTTCGAAGGTAAACAATTCGAG
ACTCCGTAAGACACAGAGGATGTCTCGTGATTCTTTTTTTACTGGTGATGAATTTTTTGA
TGGTCTAAGAAGAGTAGTGATCACACAAAAATCACTATTGTATCTATTTTGTTGTTTACA
TTATTACTCTCAAATGCTTAAAGCCAATGGTTACC

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 4

CO CL3341Contig1 1299 4 18 U
GGAAGAGAAAACCCTTAACACACTTCTTCTTCTCCTCCCCTTCTACTCTCGCCGTAAGTG
ATTTTTTTTCGGTAGCGACGGCGATGGCGGATCTTTTCCCACCTCTCGTGACGGCTCAAA
TCGACGACAAGCCTAAAGCCGACGAGAAAGTCGATTACTCGAATCTCCCTTGCCCTGTTC
CCTATGAGGAACTCCACCGCGAAGCTTACATGTCTTTAAAGCCAGACACTTTCGAGGGTC
TACGCTTCGACTTTACCAAGGGGTTGAATCAAAAGTTCGGTCTCTGCCACAGTGTAATGA
TGGGTCCAACCGAAGTTCCTTCTCAGTCGCCTGACACGGTGATTAAAATTCCAACTGCCC
ACTATGAGTTTGGTGCCAATTATATTGACCCGAAGTTGATGCTTGTTGGAAGGGTTATGA
CGGATGGTAGACAAAGTGCAAGAGTGAGAGCTGATTTAACTGATAAGTTGATGGTGAAGG
CCAATGCTCAGCTTGCAAATGAGCCTCATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGATTACA
TGGGATCAGACTACAGAGCCCAACTTCAATTTGGGAACAATGCTCTAGTTGGAGCAAACT
ATATTCAGAGTGTGACACCCCGTCTACCTTTGGGTGGGGAAGTTTTCTGGGTTGGTGTCC
CTCGGAAGTCGGGTATAGGTTACGCTGCAAGATACGAAACTGATAAGATGGTCGCCTCTG
GGCAAGTTGCTAGCACTGGTCTTATGGCTATGAACTATGTTCAGAAGATTTCCGATAAGG
TCTCACTTGCCACTGATTTTATGTACAACTACTTTTCAAGAGAAGCTGTAGCTAGTGTTG
GGTATGACTACATGCTCAGACAGTCTCGTGTGCGGGGAAAGATAGATTCGAACGGTGTTG
CATCCGCTCTTCTGGAAGAAAGATTGAGTATGGGACTCAATTTTCTTATGTCTGCAGAGC
TTGACCATAAGAAGAAGGACTACAAGTTTGGATTCGGTTTAACAGTCGGCTAATAAGCAC
AGCGACGCACGGAATAAGCCCTGGCAGCTGCAGCTGCAGCTGTTGTGCGGGGGGATCGGT
TCAATTTTATTATATTCTCCCTTCAAGATTTTCAGTTTAGGCTATTTTCGTTGGGAAGTT
GAACAAAAAACAAAGGAAATATTGTGTTGTTTATTTGCGGTATAGGTTTTCTCTCCAAGA
ACATCCAATTAAAGGAGGTTTTTTTTTTTTGTGTTTTAACTTTCTTGCTTCAGGTCTCGT
ATAATACTACCGAGAGGTCTATTCATTTCCTTTTTATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H011TF U 1
AF RR3FV59TF U 296
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BS 1259 1281 RR3H011JQ
BS 1282 1299 RR3FV59JQ

RD RR3H011TF 763 0 0
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TCGACGACAAGCCTAAAGCCGACGAGAAAGTCGATTACTCGAATCTCCCTTGCCCTGTTC
CCTATGAGGAACTCCACCGCGAAGCTTACATGTCTTTAAAGCCAGACACTTTCGAGGGTC
TACGCTTCGACTTTACCAAGGGGTTGAATCAAAAGTTCGGTCTCTGCCACAGTGTAATGA
TGGGTCCAACCGAAGTTCCTTCTCAGTCGCCTGACACGGTGATTAAAATTCCAACTGCCC
ACTATGAGTTTGGTGCCAATTATATTGACCCGAAGTTGATGCTTGTTGGAAGGTTTATGA
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TGGGATCAGACTACAGAGCCCAACTTCAATTTGGGAACAATGCTCTAGTTGGAGCAAACT
ATATTCAGAGTGTGACACCCCGTCTATCTTTGGGTGGGGAAGTTTTCTGGGTTGGTGTCC
CTCGGAAGTCGGGTATAGGTTACGCTGCAAGATACGAAACTGATAAGATGGTCGCCTCTG
GGCAAGTTGCTAGCACTGGTCTTATGGCTATGAACTATGTTCA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3FV59TF 676 0 0
G
ATGATGGGTCCAACCGAAGTTCCTTCTCAGTCGCCTGACACGGTTATTAAAATTCCAACT
GCCCACTATGAGTTTGGTGCCAATTATATTGACCCGAAGTTGATGCTTGTTGGAAGGGTT
ATGACTGATGGTAGACAAAGTGCAAGAGTGAGAGCTGATTTAACTGATAAGTTGATGGTG
AAGGCGAATGCTCAGCTTGCAAATGAGCCTCATATGTCACAAGCAATGTTCAACTTTGAT
TACATGGGATCAGACTACGGAGCCCAACTTCAATTTGGGAACAATGCTCTAGTTGGAGCA
AACTATATTCAGAGTGTGACACCCCGTCTACCTTTGGGTGGGGAAGTTTTCTGGGTTGGT
GTCCCTCGGAAGTCGGGTATAGGTTACGCTGCAAGATACGAAACTGATAAGATGGTCGCC
TCTGGGCAAGTTGCTAGCACTGGTCTTATGGCTATGAACTATGTTCAGAAGATTTCCGAT
AAGGTCTCACTTGCCACTGATTTTATGTACAACTACTTTTCAAGAGAAGCTGTAGCTAGT
GTTGGGTATGACTACATGCTCAGACAGTCTCGTGTGCGGGGAAAGATAGATTCGAACGGT
GTTGCATCCGCTCTTCTGGAAGAGAGATTGAGTATGGGACTCAATTTTCTTATGTCTGCA
GAGCTTGACCATAAG

QA 2 676 2 676
DS 

RD RR3H011JQ 764 0 0
ATGTTCAACTTTGATTACATGGGATCAGACTACAGAGCCCAACTTCAATTTGGGAACAAT
GCTCTAGTTGGAGCAAACTATATTCAGAGTGTGACACCCCGTCTATCTTTGGGTGGGGAA
GTTTTCTGGGTTGGTGTCCCTCGGAAGTCGGGTATAGGTTACGCTGCAAGATACGAAACT
GATAAGATGGTCGCCTCTGGGCAAGTTGCTAGCACTGGTCTTATGGCTATGAACTATGTT
CAGAAGGTTTCCGATAAGGTCTCACTTGCCACTGATTTTATGTACAACTACTTTTCAAGA
GAAGCTGTAGCTAGTGTTGGGTATGACTACATGCTCAGACAGTCTCGTGTGCGGGGAAAG
ATAGATTCGAACGGTGTTGCATCCGCTCTTCTGGAAGAAAGATTGAGTATGGGACTCAAT
TTTCTTATGTCTGCAGAGCTTGACCATAAGAAGAAGGACTACAAGTTTGGATTCGGTTTA
ACAGTCGGCTAATAAGCACAGCGACGCACGGAATAAGCCCTGGCAGCTGC******AGCT
GTTGTGCGGGGGGATCGGTTCAATTTTATTATATTCTCCCTTCAAGATTTTCAGTTTAGG
CTATTTTCGTTGGGAAGTTGAACAAAAAACAAAGGAAATATTGTGTTGTTTATTTGCGGT
TTAGGTTTTCTCTCCAAGAACATCCAATTAAAGGAGGTTTTTTTTTTTTGTGTTTTAACT
TTCTTGCTTCAGGTCTGGTATAATACTACCGAGAGGTCTA
ATTC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3FV59JQ 765 0 0
ATTACATGGGATCAGACTACGGAGCCCAACTTCAATTTGGGAACAATGCTCTAGTTGGAG
CAAACTATATTCAGAGTGTGACACCCCGTCTACCTTTGGGTGGGGAAGTTTTCTGGGTTG
GTGTCCCTCGGAAGTCGGGTATAGGTTACGCTGCAAGATACGAAACTGATAAGATGGTCG
CCTCTGGGCAAGTTGCTAGCACTGGTCTTATGGCTATGAACTATGTTCAGAAGATTTCCG
ATAAGGTCTCACTTGCCACTGATTTTATGTACAACTACTTTTCAAGAGAAGCTGTAGCTA
GTGTTGGGTATGACTACATGCTCAGACAGTCTCGTGTGCGGGGAAAGATAGATTCGAACG
GTGTTGCATCCGCTCTTCTGGAAGAAAGATTGAGTATGGGACTCAATTTTTTTATGTCTG
CAGAGCTTGACCATAAGAAGAAGGACTACAAGTTTGGATTCGGTTTAACAGTCGGCTAAT
AAGCACAGCGACGCACGGAATAAGCCCTGGCAGCTGCAGCTGCAGCTGTTGTGCGGGGGG
ATCGGTTCAATTTTATTATATTCTCCCTTCAAGATTTTCAGTTTAGGCTATTTTCGTTGG
GAAGTTGAACAAAAAACAAAGGAAATATTGTGTTGTTTATTTGCGGTATAGGTTTTCTCT
CCAAGAACATCCAATTAAAGGAGGTTTTTTTTT***GTGTTTTTACTTTCTTGCTTCAGG
TCTCGTATACTACTACCGAGAGGTCTATTCATTTCCTTTTTATTG

QA 1 765 1 765
DS 



AS 2 4

CO CL3342Contig1 886 2 4 U
GGAGTTGCGTGTTTGGTTATCTTTTCTTTCGTGCAACCTAAATTAAGGGATTTGTTCTGA
CAAATCTCTCTAGACTCCAAAAAGGAAGAATCTCGTCTCTCATCTTCTTCTCGGGAAGAT
CAGAAAAACAACTTCTTTTTGTTTAAACTTCATCTTCAAGCTTCGAAGATCGCAGGAAAA
TTTCTCGTTTCGATCTGACCGTTTCTGGCAGGATTTTAAAAGACGACAACAACAACAACA
ATGAGCTCTGAGCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACAGAGCCAAAGCTCTGCGAT
AACGGATGCGGATTCTTCGGGTCACCCTCCAACATGAACCTTTGTTCCAAATGTTACCGA
AGCCTACGTGCCGAGGAAGATCAAACGGCAGTTGCGAAAGCTGCGGTGGAGAAATCACTA
AAGCTTCCATCTTGCAGTCTCATCACTGCACCAGAGCCAAAACAGCCTCTGGAGACCGAA
CCAGTCTCGGTGGAAACCGTTGTGATCGCTGAACCGACTTCTGTTCCTCCTGTAGCTACG
GGACAGGAGGAGGGAGAGCCGTCGAAGCCTGCACGGCCTAACAGGTGTTTCAGCTGTAAC
AAGAAGGTTGGAGTTATGGGGGTTTAAGTGCAAATGCGGGAGCACGTTTTGCGGGAGCCA
TAGGTACCCGGAGAAGCATGAGTGTAGCTTCGATTTCAAAGAGGTTGGACGCGGTGCAAT
CGCAAAGGCGAATCCTGTGGTCAAGGCGGATAAAGTCCAGAGGATTTGATGTGATGTGAT
GTGTCTTATCTTTCAGTTTATTCCGAGAATGTTGCTGTGATGTGGTCATGTTCGATGTTG
GGTTTCGATGAATCAAAATGAAAAAATTGCTGCTATTGGTTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B324TF U 1
AF RR3B324JQ C 61
BS 1 127 RR3B324TF
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BS 129 836 RR3B324TF
BS 837 886 RR3B324JQ

RD RR3B324TF 836 0 0
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GTGTCTTATCTTTCAGTTTATTCCGAGAATGTTGCTGTGATGTGGTCATGTTCGAT

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR3B324JQ 826 0 0
CAAATCTCTCTAGACTCCAAAAAGGAAGAATCTCGTCTCTCATCTTCTTCTCGGGAAGAT
CAGAAAAACAACTTCTTTTTGTTTAAACTTCATCTTCAAGCTTCGAAGATCGCAGGAAAA
TTTCTCGTTTCGATCTGACCGTTTCTGGCAGGATTTTAAAAGACGACAACAACAACAACA
ATGAGCTCTGAGCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCACCAACAGAGCCAAAGCTCTGCGAT
AACGGATGCGGATTCTTCGGGTCACCCTCCAACATGAACCTTTGTTCCAAATGTTACCGA
AGCCTACGTGCCGAGGAAGATCAAACGGCAGTTGCGAAAGCTGCGGTGGAGAAATCACTA
AAGCTTCCATCTTGCAGTCTCATCACTGCACCAGAGCCAAAACAGCCTCTGGAGACCGAA
CCAGTCTCGGTGGAAACCGTTGTGATCGCTGAACCGACTTCTGTTCCTCCTGTAGCTACG
GGACAGGAGGAGGGAGAGCCGTCGAAGCCTGCACGGCCTAACAGGTGTTTCAGCTGTAAC
AAGAAGGTTGGAGTTATGGGG*TTTAAGTGCAAATGCGGGAGCACGTTTTGCGGGAGCCA
TAGGTACCCGGAGAAGCATGAGTGTAGCTTCGATTTCAAAGAGGTTGGACGCGGTGCAAT
CGCAAAGGCGAATCCTGTGGTCAAGGCGGATAAAGTCCAGAGGATTTGATGTGATGTGAT
GTGTCTTATCTTTCAGTTTATTCCGAGAATGTTGCTGTGATGTGGTCATGTTCGATGTTG
GGTTTCGATGAATCAAAATGAAAAAATTGCTGCTATTGGTTTTCCC

QA 1 826 1 826
DS 



CO CL3342Contig2 846 2 2 U
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TCAAGCTTCGAAGATCGCAGGAAAATTCTCATTTCGATCTGACCATTTCTGGTGAAGAAG
GCAGAATTTTAAAAGACAACAACAATGAGCTCTGAGCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCA
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AAAGCTGCGGTGGAGAAATCACTAAAGCTTCCATCTTGCAGTCTCATCACCGCACCAGAA
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CCGACTTCTGTTCCTCCTGTAGCTACGGGACAGGAGGAGGGAGAGCCGTTGAAGCCTGCA
CGGCCGAACAGGTGTTTCAGCTGTAACAAGAAGGTTGGAGTCATGGGGTTTAAGTGCAAA
TGCGGGAGCACGTTTTGCGGGAGCCATAGGTACCCGGAGAAGCATGAGTGTAGCTTCGAT
TTCAAAGAGGTTGGACGCGGTGCAATCGCAAAGGCGAATCCTGTGGTCAAGGCCGATAAA
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TTTCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3E185TF U 1
AF RR3E185JQ C 215
BS 1 625 RR3E185TF
BS 626 846 RR3E185JQ

RD RR3E185TF 625 0 0
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TCTCTCATCTTCTTCTCGGGAAGATCAGAAAACAACTTTTTTTTTGTTTAAATTTCATCC
TCAAGCTTCGAAGATCGCAGGAAAATTCTCATTTCGATCTGACCATTTCTGGTGAAGAAG
GCAGAATTTTAAAAGACAACAACAATGAGCTCTGAGCAAAACAACAGCACAAGCTTCCCA
CCAACAGAGCCAAAGCTCTGCGATAACGGATGCGGGTTCTTCGGGTCACCCTCCAACATG
AACCTTTGTTCCAAATGTTACCGAAGCCTACGTGCCGAGGAAGATCAAACGGCAGTGGCA
AAAGCTGCGGTGGAGAAATCACTAAAGCTTCCATCTTGCAGTCTCATCACCGCACCAGAA
GAACCAAAACAGCCTCTGGAGACCGAACCAGTCTCGGTGGAAACCGTTGTGATCGCTGAT
CCGACTTCTGTTCCTCCTGTAGCTACGGGACAGGAGGAGGGAGAGCCGTTGAAGCCTGCA
CGGCCGAACAGGTGTTTCAGCTGTAACAAGAAGGTTGGAGTCATGGGGTTTAAGTGCAAA
TGCGGGAGCACGTTTTGCGGGAGCC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3E185JQ 632 0 0
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CCGAGGAAGATCAAACGGCAGTGGCAAAAGCTGCGGTGGAGAAATCACTAAAGCTTCCAT
CTTGCAGTCTCATCACCGCACCAGAAGAACCAAAACAGCCTCTGGAGACCGAACCAGTCT
CGGTGGAAACCGTTGTGATCGCTGATCCGACTTCTGTTCCTCCTGTAGCTACGGGACAGG
AGGAGGGAGAGCCGTTGAAGCCTGCACGGCCGAACAGGTGTTTCAGCTGTAACAAGAAGG
TTGGAGTCATGGGGTTTAAGTGCAAATGCGGGAGCACGTTTTGCGGGAGCCATAGGTACC
CGGAGAAGCATGAGTGTAGCTTCGATTTCAAAGAGGTTGGACGCGGTGCAATCGCAAAGG
CGAATCCTGTGGTCAAGGCCGATAAAGTCCAGAGGATTTGATGTGATGTGTCTTATCTTT
CAGTTTATTCCGAGAATGTTGCTGTGATGTGGTCATGTTCGATGTTGGGTTTCTATGAAT
CAAAATGAAAAATTGCTGCTATTGGTTTTCTC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 2 4

CO CL3343Contig1 1241 2 2 U
GACTGACGACCAGTGGATGAAGGTGGAGGTAGCTCTTAGGGATCTTATCCTATCTGACTA
CGCAAAGAAGAACAATGTGAATACCTCAGCTCTGACATAATCAGAGATCAGAGATATTAT
CCTTGGAGCTGAGATCACCCCACCCTCTCAACAGAGGCAACAGATAGCTGAGATTGAGAA
ACAGGCAAAAGAAGCCAGCCAGCTTAACGCAGTCACAACCAGAACGACAAATGTTCATGG
TGAAGAGCTCATTGTCACTACCACTAGCCCCTACGAGCAAACTGCATTCGGTTCCAAGAC
AGATTGGCGTGTGCGTGCAATATCAGCTACCAACCTCTACCTCAGAGTCAATCACATCTA
CGTGAACTCGGATGACATAAAGGAGACGGGATACACATACATCATGCCGAAGAACATCCT
GAAGAAGCTCATATGCGTAGCAGATCTTCGGACTCAAATTGCTGGATATCTGTATTGTAT
CAGCCCACCGGATAATCCCCAGGTGAATGAAATCCGTTGTGTTGTGATGGTGCCGCAGTG
GGGAAGTCACCAGCATGTGAACCTGCCGTCAGCTCTTCCTGAGCATGATTTCTTGAATGA
TCTCGAGCCATTGGGATGGCTGCACACACAGCCTAACGAGCTCCCTCAATTGTCACCACA
GGATGTGACCGCTCATTCCCGCATTCTGGAGAGTAACAAGCAATGGGATGGAGAAAAATG
TATCATCCTGACATGCAGTTTCACTCCGGGGTCCTGCTCTTTGACATCATATAAGCTGAC
CAAGCCGGATATGAATGGGGACGTCTCAACAAGGACACTGGCAGCAATCCTCATGGCTAC
CTTCCCACCCATTATGAGAAGGTTCAGATGCTATTGAGTGACCGCTTCCTCGGGTTTTAC
ATGGTTCCTGAGAACGGACCGTGGAACTACAACTTTATGGGCGTGAAGCACACGGTGGGC
ATGAAATACAGCGTTAAACTTGGATCCCCAAAGGAATACTATCACGAGGAACATCGACCC
ACTCATTTCCTCGAGTTCAGCAACATGGAAGACGCTGACATCGTTGAGGGAGATCGTGAA
GACACCTTTGCTTGATCATTATGTTTTTACCATGTTATGTACTACGAGTGACTTGAGTTT
TACTCTTGTGTGTGTGGTAGTATTGTAATGTACCCAAGTCTATGACATCTTTTGCCACTA
GAGCTAAAATCTTTTTATGTAAAAACTTATAGTTACCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AB18TF U 1
AF RR3AB18JQ C 367
BS 1 713 RR3AB18TF
BS 714 1241 RR3AB18JQ

RD RR3AB18TF 713 0 0
GACTGACGACCAGTGGATGAAGGTGGAGGTAGCTCTTAGGGATCTTATCCTATCTGACTA
CGCAAAGAAGAACAATGTGAATACCTCAGCTCTGACATAATCAGAGATCAGAGATATTAT
CCTTGGAGCTGAGATCACCCCACCCTCTCAACAGAGGCAACAGATAGCTGAGATTGAGAA
ACAGGCAAAAGAAGCCAGCCAGCTTAACGCAGTCACAACCAGAACGACAAATGTTCATGG
TGAAGAGCTCATTGTCACTACCACTAGCCCCTACGAGCAAACTGCATTCGGTTCCAAGAC
AGATTGGCGTGTGCGTGCAATATCAGCTACCAACCTCTACCTCAGAGTCAATCACATCTA
CGTGAACTCGGATGACATAAAGGAGACGGGATACACATACATCATGCCGAAGAACATCCT
GAAGAAGCTCATATGCGTAGCAGATCTTCGGACTCAAATTGCTGGATATCTGTATTGTAT
CAGCCCACCGGATAATCCCCAGGTGAATGAAATCCGTTGTGTTGTGATGGTGCCGCAGTG
GGGAAGTCACCAGCATGTGAACCTGCCGTCAGCTCTTCCTGAGCATGATTTCTTGAATGA
TCTCGAGCCATTGGGATGGCTGCACACACAGCCTAACGAGCTCCCTCAATTGTCACCACA
GGATGTGACCGCTCATTCCCGCATTCTGGAGAGTAACAAGCAATGGGATGGAG

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3AB18JQ 875 0 0
CTCGGATGACATAAAGGAGACGGGATACACATACATCATGCCGAAGAACATCCTGAAGAA
GCTCATATGCGTAGCAGATCTTCGGACTCAAATTGCTGGATATCTGTATTGTATCAGCCC
CCCGGATAATCCCCAGGTGAATGAAATCCGTTGTGTTGTGATGGTGCCGCAGTGGGGAAG
TCACCAGCATGTGAACCTGCCGTCAGCTCTTCCTGAGCATGATTTCTTGAATGATCTCGA
GCCATTGGGATGGCTGCACACACAGCCTAACGAGCTCCCTCAATTGTCACCACAGGATGT
GACCGCTCATTCCCGCATTCTGGAGAGTAACAAGCAATGGGATGGAGAAAAATGTATCAT
CCTGACATGCAGTTTCACTCCGGGGTCCTGCTCTTTGACATCATATAAGCTGACCAAGCC
GGATATGAATGGGGACGTCTCAACAAGGACACTGGCAGCAATCCTCATGGCTACCTTCCC
ACCCATTATGAGAAGGTTCAGATGCTATTGAGTGACCGCTTCCTCGGGTTTTACATGGTT
CCTGAGAACGGACCGTGGAACTACAACTTTATGGGCGTGAAGCACACGGTGGGCATGAAA
TACAGCGTTAAACTTGGATCCCCAAAGGAATACTATCACGAGGAACATCGACCCACTCAT
TTCCTCGAGTTCAGCAACATGGAAGACGCTGACATCGTTGAGGGAGATCGTGAAGACACC
TTTGCTTGATCATTATGTTTTTACCATGTTATGTACTACGAGTGACTTGAGTTTTACTCT
TGTGTGTGTGGTAGTATTGTAATGTACCCAAGTCTATGACATCTTTTGCCACTAGAGCTA
AAATCTTTTTATGTAAAAACTTATAGTTACCTTTC

QA 1 875 1 875
DS 



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GCTCCCTCAATTGTCACCACAGGATGTGACCGCTCATTCCCGCATTCTGGAGAGCAACAA
GCAATGGGATGGAGAAAAATGTATCATCCTGACATGCAGTTTCACTCCGGGGTCCTGCTC
GTTGACATCATATAAGCTGACCCAAGCCGGATATGAATGGGGACGTCTCAACAAGGACAC
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TGACCGGTTCCTCGGGTTTTACATGGTTCCTGAGAACGGACCGTGGAACTACAACTTTAT
GGGAGTGAAGCACACGGTGGGCATGAAATACAGCGTTAAACTTGGATCCCCAAAGGAGTA
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GTATGAGTGACTGAGTTTTACTCTTGTGCGTGTGGTAGTATTGTAATGTACCCAAGTCTA
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GGGGAAAAAGCTTCAT


BQ
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AF RR3BU29TF U 1
AF RR3BU29JQ C 1
BS 1 654 RR3BU29TF
BS 655 676 RR3BU29JQ

RD RR3BU29TF 654 0 0
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GCAATGGGATGGAGAAAAATGTATCATCCTGACATGCAGTTTCACTCCGGGGTCCTGCTC
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AGGCAGCAATCCTCATGGCTACCTTCCCACCCATTATGAGAAGGTTCAGATGCTATTGAG
TGACCGGTTCCTCGGGTTTTACATGGTTCCTGAGAACGGACCGTGGAACTACAACTTTAT
GGGAGTGAAGCACACGGTGGGCATGAAATACAGCGTTAAACTTGGATCCCCAAAGGAGTA
CTATCACGAGGAACATCGACCCACTCATTTCCTTGAGTTCAGCAACATGGAAGACGCTGA
CATCGTTGAGGGAGATCGTGAAGACACCTTTGCTTGACCATTATGTTTTTACCATGTTAT
GTATGAGTGACTGAGTTTTACTCTTGTGCGTGTGGTAGTATTGTAATGTACCCAAGTCTA
TGACATCTTTTGCCACTAAAGCTAGATCTTTTTATGTAAAAACTTAAGTTGCCTTTCAAA
ACTAAAATGCTATTTGAAAGCTTGATAGTTAGAAAGGCAACTAACTTTCTTGTA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3BU29JQ 676 0 0
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GCAATGGGATGGAGAAAAATGTATCATCCTGACATGCAGTTTCACTCCGGGGTCCTGCTC
GTTGACATCATATAAGCTGACCCAAGCCGGATATGAATGGGGACGTCTCAACAAGGACAC
AGGCAGCAATCCTCATGGCTACCTTCCCACCCATTATGAGAAGGTTCAGATGCTATTGAG
TGACCGGTTCCTCGGGTTTTACATGGTTCCTGAGAACGGACCGTGGAACTACAACTTTAT
GGGAGTGAAGCACACGGTGGGCATGAAATACAGCGTTAAACTTGGATCCCCAAAGGAGTA
CTATCACGAGGAACATCGACCCACTCATTTCCTTGAGTTCAGCAACATGGAAGACGCTGA
CATCGTTGAGGGAGATCGTGAAGACACCTTTGCTTGACCATTATGTTTTTACCATGTTAT
GTATGAGTGACTGAGTTTTACTCTTGTGCGTGTGGTAGTATTGTAATGTACCCAAGTCTA
TGACATCTTTTGCCACTAAAGCTAGATCTTTTTATGTAAAAACTTAAGTTGCCTTTCAAA
ACTAAAATGCTATTTGAAAGCTTGATAGTTAGAAAGGCAACTAACTTTCTTGTAACAAAA
GGGGAAAAAGCTTCAT

QA 1 676 1 676
DS 



AS 2 4

CO CL3344Contig1 1259 2 2 U
GTCGTGGGATTTGGATCTGACGAGGCGGTTGGTGGGTGTTTTGTTCGACGGGACGTTTCT
CGCGGGGGATAAGTTTCAGGGGAACGGGGTTAACTACCACGTGGCGTCTGTTTTCGTTGA
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GTTTGGGAAGAGGTTTTATGAGATGGGTTCTTCTCCTGATTGCCATCAGGGGAATAGGAA
AGTGATATTTGCGCTTCATAAAGAGTTTTTGCAGTTGGAGAAGGATATGTTGAGCTCTGG
TGTTGTGGTTTCTATCACTGAAGCTTCTCGGGACAAGGATGAAGTGCCTGAGCTGGTTCC
TATGACTGTTGAGACAGTTGTTTCTGAGTCTAAGGAGGTTGTCGCAAATGGGTCTTCTTC
TAAGAAGAAGAAGAAGAGTTTGAAGAAATGTTCGAATTCTAAGAAGAAGGGAGCTGATGC
TGTTGTCAATCATGGTGAGAAAGATGAGTCTGTTGACGAGACTATGATATCAGATCTTAG
GGAGGAGTTTGAGAAGATTGCATCCGAAATGGGTCCAGTGAAAGATGAGGTTGCAAGTGT
CTGTGAAGAAGCAGAACCTGTTCCAGTAGCCATAAAGAAGAACAAGAAGAGGAAAAGAGA
GAACAAAGAGGTTGTGGAGCAAGGTGCTACTGTTAACAGAGATGCAGCAGAGAAGAGCTT
ACCTGGCCCGAGCAGTGAGAAGAGCTCAAAGAGAGTAAGATTTGCAATGAAGAACAATCT
GGTGTGGAAGCCTCATTGCCCTCTACCTCCACAGGACTTGAGGTTGCCTCCGTCTGCTAC
ACCGAGAGGAAGTGCTCTGAAGAAAGGAATCCCGGCTGGTCCAGTGAGGGAGTCTCCGAG
TAGGAAGACGAAGAAGAAAGTGAAACCGAACCCACGTAGAGGAGTGAAGACAATCAAGAA
TAAGAAAGTGTCTCCATGAGTAGTGGAATGTTGAGTTACTTTTGTTTGGGTTGCTGCTTG
CTTTTCTTTCAAATTTTGTTTTAGTTCCAACTATTTAATACAATTTCTAGATTTTGTTT


BQ
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AF RR3AV54TF U 1
AF RR3AV54JQ C 399
BS 1 711 RR3AV54TF
BS 712 1259 RR3AV54JQ

RD RR3AV54TF 711 0 0
GTCGTGGGATTTGGATCTGACGAGGCGGTTGGTGGGTGTTTTGTTCGACGGGACGTTTCT
CGCGGGGGATAAGTTTCAGGGGAACGGGGTTAACTACCACGTGGCGTCTGTTTTCGTTGA
GGAGGTTAGGTCGTTTCTTCCGTTGAGGAAGGAGGTTTTGGAGATTTTGTTTGGGCCTTT
TGTGAGGGTTATGGGGGTTGTTAGTGATAAGGTTTTGGTTGGGAAGATTAAGAGTAATTT
GTTTGATGAGTTGCTTAAGATGGGGAAGAGGCTGGTTGATGTTAAGAAGTCTGGGGATGA
GGGAGTGGTGGCGGAGGATGATGATGTTGTGGTTTTGGGATCTATTGCTCTGTCTATGGA
GTTTGGGAAGAGGTTTTATGAGATGGGTTCTTCTCCTGATTGCCATCAGGGGAATAGGAA
AGTGATATTTGCGCTTCATAAAGAGTTTTTGCAGTTGGAGAAGGATATGTTGAGCTCTGG
TGTTGTGGTTTCTATCACTGAAGCTTCTCGGGACAAGGATGAAGTGCCTGAGCTGGTTCC
TATGACTGTTGAGACAGTTGTTTCTGAGTCTAAGGAGGTTGTCGCAAATGGGTCTTCTTC
TAAGAAGAAGAAGAAGAGTTTGAAGAAATGTTCGAATTCTAAGAAGAAGGGAGCTGATGC
TGTTGTCAATCATGGTGAGAAAGATGAGTCTGTTGACGAGACTATGATATC

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3AV54JQ 861 0 0
ATTGCCATCAGGGGAATAGGAAAGTGATATTTGCGCTTCATAAAGAGTTTTTGCAGTTGG
AGAAGGATATGTTGAGCTCTGGTGTTGTGGTTTCTATCACTGAAGCTTCTCGGGACAAGG
ATGAAGTGCCTGAGCTGGTTCCTATGACTGTTGAGACAGTTGTTTCTGAGTCTAAGGAGG
TTGTCGCAAATGGGTCTTCTTCTAAGAAGAAGAAGAAGAGTTTGAAGAAATGTTCGAATT
CTAAGAAGAAGGGAGCTGATGCTGTTGTCAATCATGGTGAGAAAGATGAGTCTGTTGACG
AGACTATGATATCAGATCTTAGGGAGGAGTTTGAGAAGATTGCATCCGAAATGGGTCCAG
TGAAAGATGAGGTTGCAAGTGTCTGTGAAGAAGCAGAACCTGTTCCAGTAGCCATAAAGA
AGAACAAGAAGAGGAAAAGAGAGAACAAAGAGGTTGTGGAGCAAGGTGCTACTGTTAACA
GAGATGCAGCAGAGAAGAGCTTACCTGGCCCGAGCAGTGAGAAGAGCTCAAAGAGAGTAA
GATTTGCAATGAAGAACAATCTGGTGTGGAAGCCTCATTGCCCTCTACCTCCACAGGACT
TGAGGTTGCCTCCGTCTGCTACACCGAGAGGAAGTGCTCTGAAGAAAGGAATCCCGGCTG
GTCCAGTGAGGGAGTCTCCGAGTAGGAAGACGAAGAAGAAAGTGAAACCGAACCCACGTA
GAGGAGTGAAGACAATCAAGAATAAGAAAGTGTCTCCATGAGTAGTGGAATGTTGAGTTA
CTTTTGTTTGGGTTGCTGCTTGCTTTTCTTTCAAATTTTGTTTTAGTTCCAACTATTTAA
TACAATTTCTAGATTTTGTTT

QA 1 861 1 861
DS 



CO CL3344Contig2 818 2 2 U
TTTTTGCAGTTGGAGAAGGATATGTTGAGCTCTGGTGTTGTGGTTTCCATCACTGAAGCT
TCTCGGGAGAAGGATGAAGTGCCTGAGCTGGTTCCTATGGCTGTTGAGGCAGTTGTTTCT
GAGTCTAAGGAGGTTGTTGCCAATGGGTCTTCTTCGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGTTTG
AAGAAGTGTTCAAGTTCTAAGAAGAAGGGAGCTGATGTTGTTGTCAGTCATGGTGAGAAA
GATGAGTCTGTTGACGAGACTATGATATCAGATCTTCGGGAGGAGTTTGAGAAGATTGCA
TCCGAGATGGGACCACTGAAAGATGAGGTTGCAAGTGTCTGTGAAGAAGCAGAACCTGTT
CCAGTAGCCATAAAGAAGAACAAGAAGAGGAAAAGAGAGAACAAAGAGGTTGTGGAGCAA
GGTGCTACTGTTAACAGAGATGCAGCAGAGAAGAGCTTACCTGGCCCGAGCAGTGAGAAG
AGCTCAAAGAGAGTAAGATTTGCGATGAAGAACAATTTGGTGTGGAAGCCTCATTGCCCT
CTACCTCCACAAGACTTGAGGTTGCCTCCGTCTGCTACACCAAGAGGAAGTGCTCTGAAG
AAAGGAATCCCGGCTGGTCCAGTGAGGGAGTCTCCGAGTAGGAAGACGAAGAAGAAAGTG
AAACCGAACCCACGTAGAGGAGTGAAGACAATCAAGAATAAGAAAGTGTCTCCATGAGTA
GTGGAATGTTGAGTTACTTTTGTTTGGGTTGCTGCTTGCTTTTCTTTCAAATTTTGTTTT
AGTTCCAACTATTTAATACAATTTCTAGATTTTGTTTT


BQ
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AF RR3EL58TF U 1
AF RR3EL58JQ C 2
BS 1 161 RR3EL58TF
BS 162 818 RR3EL58JQ

RD RR3EL58TF 161 0 0
TTTTTGCAGTTGGAGAAGGATATGTTGAGCTCTGGTGTTGTGGTTTCCATCACTGAAGCT
TCTCGGGAGAAGGATGAAGTGCCTGAGCTGGTTCCTATGGCTGTTGAGGCAGTTGTTTCT
GAGTCTAAGGAGGTTGTTGCCAATGGGTCTTCTTCGAAGAA

QA 1 161 1 161
DS 

RD RR3EL58JQ 817 0 0
AGTTTTGCAGT
GAGAAGGATATGT*GAGCTCTGGTGTTGTGGTTTCCATCACTGAAGCTTCTCGGGAGAAG
GATGAAGTGC*TGAGCTGGTTCCTATGGCTGTTGAGGCAGTTGTTTCTGAGTCTAAGGAG
GTTGTTGCCAATGGGTCTTCTTCGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGTTTGAAGAAGTGTTCA
AGTTCTAAGAAGAAGGGAGCTGATGTTGTTGTCAGTCATGGTGAGAAAGATGAGTCTGTT
GACGAGACTATGATATCAGATCTTCGGGAGGAGTTTGAGAAGATTGCATCCGAGATGGGA
CCACTGAAAGATGAGGTTGCAAGTGTCTGTGAAGAAGCAGAACCTGTTCCAGTAGCCATA
AAGAAGAACAAGAAGAGGAAAAGAGAGAACAAAGAGGTTGTGGAGCAAGGTGCTACTGTT
AACAGAGATGCAGCAGAGAAGAGCTTACCTGGCCCGAGCAGTGAGAAGAGCTCAAAGAGA
GTAAGATTTGCGATGAAGAACAATTTGGTGTGGAAGCCTCATTGCCCTCTACCTCCACAA
GACTTGAGGTTGCCTCCGTCTGCTACACCAAGAGGAAGTGCTCTGAAGAAAGGAATCCCG
GCTGGTCCAGTGAGGGAGTCTCCGAGTAGGAAGACGAAGAAGAAAGTGAAACCGAACCCA
CGTAGAGGAGTGAAGACAATCAAGAATAAGAAAGTGTCTCCATGAGTAGTGGAATGTTGA
GTTACTTTTGTTTGGGTTGCTGCTTGCTTTTCTTTCAAATTTTGTTTTAGTTCCAACTAT
TTAATACAATTTCTAGATTTTGTTTT

QA 12 817 12 817
DS 



AS 1 4

CO CL3345Contig1 990 4 4 U
ATTGTCAATAAATTTTGTATTGAAAACCGAAAACGACACTTATTTTGAAACAAAAAATTT
CCTTTAGAACGACATATAATTTGAAACGGAGGGAGTATTAAAGTGTGAGTACTTGCCGGT
CTTTATCATCCTATTAAGGTTTATCTGAGACAGAAGAGTCTGGGTCTCCTCGAAAACCAT
TTCTCTAGGCCTGTTTGCATCAATCTTGATCATAACATCCGAGTACGCGGAAATAATAGC
TTCCGAGTTTTGTTTGTATATCTGCAGACGTGCTTTTACCTTATCTTCAGTATCATCAGG
GCGTATGACCAGTCTTGCTTTAACTTCGTCTGATTCAGGAGGGTAACTTTTAATATGATA
AATTTTTCCAGTCACTGGATCCAACCTTCTACCGATACATCTCTCGATTAGAATTTCGTC
AGGAACATCTAATAAGAGGAAAATGTCAGGTTTGACGTTTAGTTTGTCCAGACTTTGAGC
CTGAGCAAAAGTCCGTGGAAATCCATCAAGAAGCCATCCATGCTTTTTAGCATCTCCACG
TGATAATCCTCCAGCCACCATCGCTATTACAATCTCATCGGGAACCAAACTACCAGAGTT
CATGAACTCTTTTGCTTTCTTCCCAATCTCTGTCCCGGATGACACCTCTGCCCTCAAGAG
ATCCCCCGTTGATATGTGCACCAAACCAAACTTTTGAACGATGAGCTCACATTGAGTGCC
TTTGCCTGAAGCTGGTGCACCCGAAATCATCACCTTCAGTGGCTCCTTTACACAACACCT
TACCAGAGAAGGGGATGTAGGGAAGGATTGAGGAATCTGGCGTGGGAGCACGGTGAAGAC
GATACTACTATTGCGACGGGTGATCGGTGATGGGAAGAGAGACAGAGGAGGAGAAAGCGA
TGAAGTGGGAAGAGAGGAGCGAGACGGGGTTGAAGACAAGTGAGCGGAGCAGTGAAAAAG
AGACGCCATCGTTAAAGCCTCTCTCTCCCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3BE71JQ U 1
AF RR3B315JQ U 2
AF RR3B315TF C 159
AF RR3BE71TF C 297
BS 1 786 RR3BE71JQ
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BS 970 970 RR3BE71TF
BS 971 990 RR3B315TF

RD RR3BE71JQ 786 0 0
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TTCCGAGTTTTGTTTGTATATCTGCAGACGTGCTTTTACCTTATCTTCAGTATCATCAGG
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ATCCCCCGTTGATATGTGCACCAAACCAAACTTTTGAACGATGAGCTCACATTGAGTGCC
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TACCAG

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3B315JQ 785 0 0
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TCTCTAGGCCTGTTTGCATCAATCTTGATCATAACATCCGAGTACGCGGAAATAATAGCT
TCCGAGTTTTGTTTGTATATCTGCAGACGTGCTTTTACCTTATCTTCAGTATCATCAGGG
CGTATGACCAGTCTTGCTTTAACTTCGTCTGATTCAGGAGGGTAACTTTTAATATGATAA
ATTTTTCCAGTCACTGGATCCAACCTTCTACCGATACATCTCTCGATTAAAATTTCGTCA
GGAACATCTAATAAGAGGAAAATGTCGGGTTTGACGTTTAGTTTGTCCAGACTTTGAGCC
TGAGCAAAAGTCCGTGGAAATCCATCAAGAAGCCATCCATGCTTTTTAGCATCTTCACGT
GATAATCTTCCAGCCACCATCGCTATTACAATCTCATCGGGAACCAAACTACCAGAGTTC
ATGAACTCTTTTGCTTTCTTCCCAATCTCTGTCCCGGATGACACCTCTGCCCTCAAGAGA
TCCCCCGTTGATATGTGCACCAAACCAAACTTTTGAACGATGAGCTCACATTGAGTGCCT
TTGCCTGAAGCTGGTGCACCCGAAATCATCACCTTCAGTGGCTCCTTTACACAACACCTT
ACCAG

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3B315TF 832 0 0
TCTGGGTCTCCTCGAAAACCATTTCTCTAGGCCTGTTTGCATCAATCTTGATCATAACAT
CCGAGTACGCGGAAATAATAGCTTCCGAGTTTTGTTTGTATATCTGCAGACGTGCTTTTA
CCTTATCTTCAGTATCATCAGGGCGTATGACCAGTCTTGCTTTAACTTCGTCTGATTCAG
GAGGGTAACTTTTAATATGATAAATTTTTCCAGTCACTGGATCCAACCTTCTACCGATAC
ATCTCTCGATTAGAATTTCGTCAGGAACATCTAATAAGAGGAAAATGTCGGGTTTGACGT
TTAGTTTGTCCAGACTTTGAGCCTGAGCAAAAGTCCGTGGAAATCCATCAAGAAGCCATC
CATGCTTTTTAGCATCTTCACGTGATAATCTTCCAGCCACCATCGCTATTACAATCTCAT
CGGGAACCAAACTACCAGAGTTCATGAACTCTTTTGCTTTCTTCCCAATCTCTGTCCCGG
ATGACACCTCTGCCCTCAAGAGATCCCCCGTTGATATGTGCACCAAACCAAACTTTTGAA
CGATGAGCTCACATTGAGTGCCTTTGCCTGAAGCTGGTGCACCCGAAATCATCACCTTCA
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GGCGTGGGAGCACGGTGAAGACGATACTACTATTGCGACGGGTGATCGGTGATGGGAAGA
GAGACAGAGGAGGAGAAAGCGATGAAGTGGGAAGAGAGGAGCGAGACGGGGTTGAAGACA
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QA 1 832 1 832
DS 

RD RR3BE71TF 694 0 0
CAGGGCGTATGACCAGTCTTGCTTTAACTTCGTCTGATTCAGGAGGGTAACTTTTAATAT
GATAAATTTTTCCAGTCACTGGATCCAACCTTCTACCGATACATCTCTCGATTAGAATTT
CGTCAGGAACATCTAATAAGAGGAAAATGTCAGGTTTGACGTTTAGTTTGTCCAGACTTT
GAGCCTGAGCAAAAGTCCGTGGAAATCCATCAAGAAGCCATCCATGCTTTTTAGCATCTC
CACGTGATAATCCTCCAGCCACCATCGCTATTACAATCTCATCGGGAACCAAACTACCAG
AGTTCATGAACTCTTTTGCTTTCTTCCCAATCTCTGTCCCGGATGACACCTCTGCCCTCA
AGAGATCCCCCGTTGATATGTGCACCAAACCAAACTTTTGAACGATGAGCTCACATTGAG
TGCCTTTGCCTGAAGCTGGTGCACCCGAAATCATCACCTTCAGTGGCTCCTTTACACAAC
ACCTTACCAGAGAAGGGGATGTAGGGAAGGATTGAGGAATCTGGCGTGGGAGCACGGTGA
AGACGATACTACTATTGCGACGGGTGATCGGTGATGGGAAGAGAGACAGAGGAGGGGAAA
GCGATGAAGTGGGAAGAGAGGAGCGAGACGGGGTTGAAGACAAGTGAGCGGAGCAGTGAA
AAAGAGACGCCATCGTTAAAGCCTCTCTC
CGCCC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 4

CO CL3346Contig1 1385 4 2 U
GGACTTCAGCTCTCTCGTTTTCTCTCACGATTCTCTATCTCTCTCCTGTAGAAAGTCTCT
GCTGAATCTCCGATGACCGGCGCGTGGTGGCTCCGTTAGCACCACCGCCGGTCCAGTTCG
ATTTGTTTAGTCTCTTATTGTTGTTGTTTGTAGTTTTCTGGTTGGGGAGTCACATATCTG
ATTAAGTGGGGAGGGTCAAGGGCTTAAGAGTTCCGCCGTTGACAAAGCGGTGGTTGTGAA
CGGGTTCGGTGGAGTCTGTCGTCGTTGTTACGAGATGGATTTTTCAGGATCTAAGTTTAT
GGTCCTTCTGTGCTTGAGATGATTTGGAGAAGCGAAAGGGTAGTCACCGGCGAGGGCTTT
GCGGTGGTCTTGGGTTGCTTGTTCGGGATCTGTCACCGGTGAAGTTCGCTGGTCTCTGCT
ATCCCGGAGGTTATCATGTGTATGGCTCTCTTTCTGGGTTTAGTTTTTTCTTGTGTGGGT
CTGAGATTGTCTTGTCCTTCTATCGGAGTCTAGCGGGTTTCAGGAACAATGTCGACGGGT
TATTATGTGGCGGGGCTATATATTCCGGACATGGAATCTTCCGGGTCCCTTTACTTCTGG
TAGTCGTAGTTTATTGGAACTTGGTTGCTACTGCGTATTTTCTCTTTTTATCGAGGTGCT
GGTGATCGGAGTTTGTCAAGGTCTCGTTTGTGGGGTTCGTCCTTTGGATGGTATTTCGTT
GTGGAGGCATCTACTTGCTTCTTCTCTTCCATTGCGTTGTGGATTGAAGTATCAAGACGA
AGCAATGGTTTCGATCTACAGCTCTTCTCTTGCGAGGAGGTGACCATTCTCTTGCTTGTA
GATGGTTGAGTTTGGGTACACGAGTGTCCGCGTGTAAGAGCTGTCGGTCCTTTTCGGCGT
TTTCCCCTCTTGGAGTTTCAAGATTCGATCTTGTGCCTTGTTCTCTCTATCTCTGGTTCC
TGGTGACAGTCGTGTGGCTCGTAGTTATTGGCTCTGTTTGCGCTTTGGTCTTGCGATTGT
TCTGCCGAGTGTGTACCTTTTGGGTTTGTGGTTGTGACCTGTGCTGGTTTATGATCTTCT
CAAGTCTGTGGTTCTTGTGGTCAGCTCGAGCATCTCTAGGTTCTTCGTAATGGTCGTCTG
ATTGTCGTCGCTATGGAGTTCAGTATCAGCTTCTTCGTTTCCGTAAACATCACAAGTGGT
CTCTTTTATTTCAGTATGTGGTTTGGTTTCATATTTCGAATGTATTAGTATGCTTCTCCA
TTATGGGGTTTTGTCTTCGGGATTTGCTGTTTTAATTCCCGACTTTTGACTCTGAAAGGA
TTGTATTCTTTGTCAGCTTTGGGTTGTAACAATGGATCATATTTCTAATTAATTCAACAG
ACGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AI84TF U 1
AF RR3C724TF U 6
AF RR3C724JQ C 709
AF RR3AI84JQ C 650
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BS 760 1385 RR3AI84JQ

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GGTCCTTCTGTGCTTGAGATGATTTGGAGAAGCGAAAGGGTAGTCACCGGCGAGGGCTTT
GCGGTGGTCTTGGGTTGCTTGTTCGGGATCTGTCACCGGTGAAGTTCGCTGGTCTCTGCT
ATCCCGGAGGTTATCATGTGTATGGCTCTCTTTCTGGGTTTAGTTTTTTCTTGTGTGGGT
CTGAGATTGTCTTGTCCTTCTATCGGAGTCTAGCGGGTTTCAGGAACAATGTCGACGGGT
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GTGGAGGCATCTACTTGCTTCTTCTCTTCCATTGCGTTG

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G
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TCTCCGATGACCGGCGCGTGGTGGCTCCGTTAGCACCACCGCCGGTCCAGTTCGATTTGT
TTAGTCTCTTATTGTTGTTGTTTGTAGTTTTCTGGTTGGGGAGTCACATATCTGATTAAG
TGGGGAGGGTCAAGGGCTTAAGAGTTCCGCCGTTGACAAAGCGGTGGTTGTGAACGGGTT
CGGTGGAGTCTGTCGTCGTTGTTACGAGATGGATTTTTCAGGATCTAAGTTTATGGTCCT
TCTGTGCTTGAGATGATTTGGAGAAGCGAAAGGGTAGTCACCGGCGAGGGCTTTGCGGTG
GTCTTGGGTTGCTTGTTCGGGATCTGTCACCGGTGAAGTTCGCTGGTCTCTGCTATCCCG
GAGGTTATCATGTGTATGGCTCTCTTTCTGGGTTTAGTTTTTTCTTGTGTGGGTCTGAGA
TTGTCTTGTCCTTCTATCGGAGTCTAGCGGGTTTCAGGAACAATGTCGACGGGTTATTAT
GTGGCGGGGCTATATATTCCGGACATGGAATCTTCCGGGTCCCTTTACTTCTGGTAGTCG
TAGTTTATTGGAACTTGGTTGCTACTGCGTATTTTCTCTTTTTATCGAGGTGCTGGTGAT
CGGAGTTTGTCAAGGTCTCGTTTGTGGGGTTCGTCCTTTGGATGGTATTTCGTTGTGGAG
GCATCTACTTGCTTC

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DS 

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CCTTTTCGGCGTTT*CCCCTCTTGGAGTTTCAAGATTCGATCTTGTGCCTTGTTCTCTCT
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TCTTGCGATTGTTCTGCCGAGTGTGTACCTTTTGGGTTTGTGGTTGTGACCTGTGCTGGT
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TATGCTTCTCCATTATGGGGTTTTGTCTTCGGGATTTGCTGTTTTAATTCCCGACTTTTG
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DS 

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ATCGAGGTGCTGGTGATCGGAGTTTGTCAAGGTCTCGTTTGTGGGGTTCGTCCTTTGGAT
GGTATTTCGTTGTGGAGGCATCTACTTGCTTCTTCTCTTCCATTGCGTTGTGGATTGAAG
TATCAAGACGAAGCAATGGTTTCGATCTACAGCTCTTCTCTTGCGAGGAGGTGACCATTC
TCTTGCTTGTAGATGGTTGAGTTTGGGTACACGAGTGTCCGCGTGTAAGAGCTGTCGGTC
CTTTTCGGCGTTTTCCCCTCTTGGAGTTTCAAGATTCGATCTTGTGCCTTGTTCTCTCTA
TCTCTGGTTCCTGGTGACAGTCGTGTGGCTCGTAGTTATTGGCTCTGTTTGCGCTTTGGT
CTTGCGATTGTTCTGCCGAGTGTGTACCTTTTGGGTTTGTGGTTGTGACCTGTGCTGGTT
TATGATCTTCTCAAGTCTGTGGTTCTTGTGGTCAGCTCGAGCATCTCTAGGTTCTTCGTA
ATGGTCGTCTGATTGTCGTCGCTATGGAGTTCAGTATCAGCTTCTTCGTTTCCGTAAACA
TCACAAGTGGTCTCTTTTATTTCAGTATGTGGTTTGGTTTCATATTTCGAATGTATTAGT
ATGCTTCTCCATTATGGGGTTTTGTCTTCGGGATTTGCTGTTTTAATTCCCGACTTTTGA
CTCTGAAAGGATTGTATTCTTTGTCAGCTTTGGGTTGTAACAATGGATCATATTTCTAAT
TAATTCAACAGACGAC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 3

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TCCATGATTTTATCATCCCTCACGCCGGTGGTGGTGGTGGCCAGTGCTTCCCTCCGGCTA
CCACGACCATATTCAGTGTTCTCCTATACTACCACTTGCCGTCGGTTGAGATCCATCCCT
TTCCCTTTCCCTTTCCCCTTCCCTTTCTCTTCTCTCACATGCTCTTGTCTCAATACCAAT
CCCACTACCCAGTTGGAGGAAGAGAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTGGGGTTG
TCGGTTTTGGGATCAGAGATTCCATGGGAAGACAATAACATATGGAGCACATTCGCTCTT
TACATGTTCTGCCTCCATATTCCTCTCAGTTTTGGTGGTTTATCTCTCCTTTCTCGCTTC
CTCCACCTCCCTCTTCTCCATCCTCAGTCCCAAGTGCTATCCCTTGTCCTTCTCCAAATG
CTCGAACTTTCACTCACCCTCTTCCTTCTGAGGTTTACTGCCAAGCCTCAATTCAGATCT
ATCCACTTTCTTAACGCTGCTAACCCTACCCAACAAGGGAGAAACTGGTTGGTTGGATCA
GCTTTGGGTTTCGCAACCCTTGTCTCTTTTATCTTCCTCACTTCACTTGTAGCTCATCAA
CTCTTTCCTTCTCAGGTCTCTTTCCTCCTCATTTTCTTACAATCTTTTGTATCCTATTTA
ACATTTCAAATGTGATCTCTCAGGATGTGCGCAACTCCGAATTGAACAAGATCATTGAAA
GCGGGGAGGTGTCCAGACTCGGCTGTTTTGCTCTCTACTGCCTTGTTGCTCCCTTTCTTG
AGGAGATTGTGTACAGACGTTTTCTACTCACCTCCTTAGCTTCCACTATGGAATGGAGCA
AGGCCCTTGTTATCAGCTCACTAGTATTTGCTGCATCTCACTTCTCTGCCGTTGATTTTG
TGCAGCTGTTTGGGATAGGTTGCGTTCTTGGGGGATGTTACAGCTGGTCAGGGAACTTAG
CCTCCTCGGTGGTCGTCCACTCTTTGTACAATGCTCTGACCCTTCTCCTTGCGCTACGTT
CTTAACCCAAAATGAGAGAGAGATGGAGCCATTTCCCTTGTCAGTGGAATCTCTTTCTAT
CTTTCTTAATAAGGCAGCGTATAAACCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTTAAGAGAGAAT
CTTGATCCCTTTTCAGTTTGATAAAAAGTGTATTTTGATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW51TF U 1
AF RR3FG86TF U 3
AF RR3FG86JQ C 467
BS 1 120 RR3BW51TF
BS 121 675 RR3FG86TF
BS 676 676 RR3FG86JQ
BS 677 729 RR3FG86TF
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BS 766 1240 RR3FG86JQ

RD RR3BW51TF 120 0 0
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TCCATGATTTTATCATCCCTCACGCCGGTGGTGGTGGTGGCCAGTGCTTCCCTCCGGCTA

QA 1 120 1 120
DS 

RD RR3FG86TF 775 0 0
GG
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TGATTTTATCATCCCTCACGCCGGTGGTGGTGGTGGCCAGTGCTTCCCTCCGGCTACCAC
GACCATATTCAGTGTTCTCCTATACTACCACTTGCCGTCGGTTGAGATCCATCCCTTTCC
CTTTCCCTTTCCCCTTCCCTTTCTCTTCTCTCACATGCTCTTGTCTCAATACCAATCCCA
CTACCCAGTTGGAGGAAGAGAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTGGGGTTGTCGG
TTTTGGGATCAGAGATTCCATGGGAAGACAATAACATATGGAGCACATTCGCTCTTTACA
TGTTCTGCCTCCATATTCCTCTCAGTTTTGGTGGTTTATCTCTCCTTTCTCGCTTCCTCC
ACCTCCCTCTTCTCCATCCTCAGTCCCAAGTGCTATCCCTTGTCCTTCTCCAAATGCTCG
AACTTTCACTCACCCTCTTCCTTCTGAGGTTTACTGCCAAGCCTCAATTCAGATCTATCC
ACTTTCTTAACGCTGCTAACCCTACCCAACAAGGGAGAAACTGGTTGGTTGGATCAGCTT
TGGGTTTCGCAACCCTTGTCTCTTTTATCTTCCTCACTTCACTTGTAGCTCATCAACTCT
TTCCTTCTCAG*TCTCTTTCCTCCTCATTTTCTTACAATCTTTTGTATCCTATTTAACAT
TTCAA*TGTGATCTCTCAG*ATGTGCGCAACTCCGAATTGA
CAGATCATTGAA

QA 3 763 3 763
DS 

RD RR3FG86JQ 774 0 0
GT
CTTCTCCAAATGCTCGAACTTTCACTCACCCTCTTCCTTCTGAGGTTTACTGCCAAGCCT
CAATTCAGATCTATCCACTTTCTTAACGCTGCTAACCCTACCCAACAAGGGAGAAACTGG
TTGGTTGGATCAGCTTTGGGTTTCGCAACCCTTGTCTCTTTTATCTTCCTCACTTCACTT
GTAGCTCATCAACTCTTTCCTTCTCAGGTCTCTTTCCTCCTCATTTTCTTACAATCTTTT
GTATCCTATTTAACATTTCAAATGTGATCTCTCAGGATGTGCGCAACTCCGAATTGAACA
AGATCATTGAAAGCGGGGAGGTGTCCAGACTCGGCTGTTTTGCTCTCTACTGCCTTGTTG
CTCCCTTTCTTGAGGAGATTGTGTACAGACGTTTTCTACTCACCTCCTTAGCTTCCACTA
TGGAATGGAGCAAGGCCCTTGTTATCAGCTCACTAGTATTTGCTGCATCTCACTTCTCTG
CCGTTGATTTTGTGCAGCTGTTTGGGATAGGTTGCGTTCTTGGGGGATGTTACAGCTGGT
CAGGGAACTTAGCCTCCTCGGTGGTCGTCCACTCTTTGTACAATGCTCTGACCCTTCTCC
TTGCGCTACGTTCTTAACCCAAAATGAGAGAGAGATGGAGCCATTTCCCTTGTCAGTGGA
ATCTCTTTCTATCTTTCTTAATAAGGCAGCGTATAAACCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTT
TTAAGAGAGAATCTTGATCCCTTTTCAGTTTGATAAAAAGTGTATTTTGATT

QA 3 774 3 774
DS 



AS 1 4

CO CL3348Contig1 671 4 6 U
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CATATCAAACAAGTCAAGAATTATAATTATCTTTTATTATAAGGAAAAAGGAGAATTGTT
GAGATTTTAAAAATTAATGAACAACAGGAGAGACAGATACAACCACTGGTTCAGAAGGAA
GCTTGCTAGCCGTGTCGCGTTGCACGAGATTCCCCTGCGCCTGCGCAATCAATATGGACT
TGTAAATCTCCACGAGCACTTTCTCATCATACTCTTTCATCCGACCCGATCCAAAACCGG
ATCCACCGTATCCAGAAGCTCCTACGACCCGTGAGTTCGCCAACCTCATCATCATATTAA
CATAAGAATCGCGTAACCAAATGAGAAGCTTCTTAGGGGACGCTCTTCTGAGGATCCTCA
GTTTCAGCATTATCTTGATCCTCCATAAGCGTTTCTTGCGGGTCGGATCCATTTTGACCC
GTTTTCCATTCCTTCTTTCCACCGTTGATGACCCATCAAGCTTCTCGTATCCTCTCCACC
TTCTCCAATACCTCTTCGGCGTTATCTCCATCACAGACACACAATCTCTTTGATCAATAT
GTAAGTTTATTTGTTTCTGTATTTGTATATTGAGGGAGATATTATATTTATAACGAATGA
ATGAATTTATG


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D234JQ U 34
AF RR3D234TF C 3
AF RR3H367JQ C 1
AF RR3H367TF U 1
BS 1 2 RR3H367JQ
BS 3 33 RR3H367TF
BS 34 597 RR3D234JQ
BS 598 598 RR3H367TF
BS 599 618 RR3D234JQ
BS 619 671 RR3H367TF

RD RR3D234JQ 587 0 0
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CCTGCGCCTGCGCAATCAATATGGACTTGTAAATCTCCACGAGCACTTTCTCATCATACT
CTTTCATCCGACCCGATCCAAAACCGGATCCACCGTATCCAGAAGCTCCTACGACCCGTG
AGTTCGCCAACCTCATCATCATATTAACATAAGAATCGCGTAACCAAATGAGAAGCTTCT
TAGGGGACGCTCTTCTGAGGATCCTCAGTTTCAGCATTATCTTGATCCTCCATAAGCGTT
TCTTGCGGGTCGGATCCATTTTGACCCGTTTTCCATTCCTTCTTTCCACCGTTGATGACC
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CAGACACACAATCTCTTTGATCAA*ATGTAAGTTTATTTGTTTCT
CC

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3D234TF 618 0 0
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TATCAAACAAGTCAAGAATTATAATTATCTTTTATTATAAGGAAAAAGGAGAATTGTTGA
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TTGCTAGCCGTGTCGCGTTGCACGAGATTCCCCTGCGCCTGCGCAATCAATATGGACTTG
TAAATCTCCACGAGCACTTTCTCATCATACTCTTTCATCCGACCCGATCCAAAACCGGAT
CCACCGTATCCAGAAGCTCCTACGACCCGTGAGTTCGCCAACCTCATCATCATATTAACA
TAAGAATCGCGTAACCAAATGAGAAGCTTCTTAGGGGACGCTCTTCTGAGGATCCTCAGT
TTCAGCATTATCTTGATCCTCCATAAGCGTTTCTTGCGGGTCGGATCCATTTTGACCCGT
TTTCCATTCCTTCTTTCCACCGTTGATGACCCATCAAGCTTCTCGTATCCTCTCCACCTT
CTCCAATACCTCTTCGGCGTTATCTCCATCACAGACACACAATCTCTTTGATCAA*ATGT
AAGTTTATTTGTTTCT
CC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3H367JQ 671 0 0
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TATATCAAACAAGTCAAGAATTATAATTATCTTTTATTATAAGGAAAAAGGAGAATTGTT
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GCTTGCTAGCCGTGTCGCGTTGCACGAGATTCCCCTGCGCCTGCGCCATCAATATGGACT
TGTAAATCTCCACGAGCACTTTCTCATCATACTCTTTCATCCGACCCGATCCAAAACCGG
ATCCACCGTATCCAGAAGCTCCTACGACCCGTGAGTTCGCCAACCTCATCATCATATTAA
CATAAGAATCGCGTAACCAAATGAGAAGCTTCTTAGGGGGCGCTCTTTTGAGGATCCTCA
GTTTCGGCATTATCTTGATCCTCCATAAGCGTTTCTTGCGGGTCGGATCCATTTTGACCC
GTTTTCCATTCCTTCTTTCCACCGTTGATGACCCATCAAGCTTCTCGTATCCTCTCCACC
TTCTCCAATACCTCTTCGGCGTTATCTCCATCACAGACACACAATCTCTTTGATCAATAT
GTAAGTTTATTTGTTTCTGTATTTGTATATTGAGGGAGATATTATATTTATAACGAATGA
ATGAATTTATG

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3H367TF 671 0 0
GG
AAGTATTTCCAATACAGACCAAGATCACAAACTTTCATATCGGCAATCTCGAAATGTATA
TATCAAACAAGTCAAGAATTATAATTATCTTTTATTATAAGGAAAAAGGAGAATTGTTGT
GATTTTAAAAATTACTGAACAACAGGAGAGACAGATACAACCACTGGTTCAGAAGGAAGC
TTGCTAGCCGTGTCGCGTTGCACGAGATTCCCCTGCGCCTGCGCCATCAATATGGACTTG
TAAATCTCCACGAGCACTTTCTCATCATACTCTTTCATCCGACCCGATCCAAAACCGGAT
CCACCGTATCCAGAAGCTCCTACGACCCGTGAGTTCGCCAACCTCATCATCATATTAACA
TAAGAATCGCGTAACCAAATGAGAAGCTTCTTAGGGGGCGCTCTTCTGAGGATCCTCAGT
TTCGGCATTATCTTGATCCTCCATAAGCGTTTCTTGCGGGTCGGATCCATTTTGACCCGT
TTTCCATTCCTTCTTTCCACCGTTGATGACCCATCAAGCTTCTCGTATCCTCTCCACCTT
CTCCAATACCTCTTCGGCGTTATCTCCATCACAGACACACAATCTCTTTGATCAATATGT
AAGTTTATTTGTTTCTGTATTTGTATATTGAGGGAGATATTATATTTATAACGAATGAAT
GAATTTATG

QA 3 671 3 671
DS 



AS 1 3

CO CL3349Contig1 1031 3 10 U
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AAAAAAGGAAATAGACAGTATTCAATCAAATCCATCCATGTGTGGGCACAATGCATGTGC
ATACATGTTTAACCTTTTTTGCTTATTCAAAGTAAATAAAATCTTGGGTCAACCAAATTG
TTATTTAAGCGAAGGGCCTCTGGTTTTCACAGTCCAAGTTAGGCCCAGTTCCTACATTTA
ACAGCCCAGCATATCTCTGATAAAACCCGATCCGGTCATTGACCCGCCCATCTCCAGCAA
TCCCGCACTCTAAACCGCCGTTTATAATGTTCGTGGTTAAACCGAATCCACCGGTCCGGT
TAGCTGCCAAATCTGCCTCTGTAGGTCTGTATCTACCGATCATAACGTCATGGCACGAAG
GTTTGGGACTCTGCTCCGTCATCCAAAACCAAAGTGCTGTTTGGAAAGCTATCACTGAAC
TATTCGCCACTATCTCGGGATTCCTTAGACCGTCGAATCCTAAAGCTCGACCGGCCGGTC
CGTAGTTATAGTTCCACGAGAGTTGAATTGGACCTCTTCCATGGTAAGTCTTGTTAGAGA
AACAAGGCCATTCAGTATTAGAAGAATCACAATAATTGCTTTGTGGACTTATTTCTTCTT
TAAAACACAACCCCCAAGCATACGGTCCGTCCGGTGCCGTTGGCCACCCTCCAGTTGTTT
CATGTGAAATCTGAGCCAAAAACGCTGCCACCTCGCGTCTTCGCGTCTCCATGGATCAGA
CGCTTCCAAATCTTGGAAACCGCCTCGTTGCCTTCACAAAGGATTCGTAAGTGTAGAAAC
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GCACCAGACGCTCGACTGTGGTAGCCTCGGTTTGGTTGGAAAACAGTATTGAGAAGAATG
AGAGAAAGATGCAAAAGAGAAGAGATAAGCGTTGAGCCATTTTTAGAAGGATTTTGGTGT
TTTCTTGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS65JQ U 9
AF RR3A205JQ U 1
AF RR3FS65TF C 326
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BS 376 377 RR3FS65JQ
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BS 779 825 RR3A205JQ
BS 826 1031 RR3FS65TF

RD RR3FS65JQ 728 0 0
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ATCTGAGC

QA 1 728 1 728
DS 

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AAAAAAGGAAATAGACAGTATTCAATCAAATCCATCCATGTGTGGGCACAATGCATGTGC
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ACAGCCCAGCATATCTCTGATAAAACCCGATCCGGTCATTGACCCGCCCATCTCCAGCAA
TCCCGCACTCTAAACCGCCGTTTATAATGTTCGTGGTTAAACCGAATCCACCGGTCCGGT
TAGCTGCCAAATCTGAGTCTGTAGGTCTGTATCTACCGATCATAACGTCATGGCACGAAG
GTTTGGGACTCTGCTCCGTCATCCAAAACCAAAGTGCTGTTTGGAAAGCTATCACTGAAT
TATTCGCCACTATCTCGGGATTCCTTAGACCGTCGAATCCTAAAGCTCGACCGGCCGGTC
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AACAAGGCCATTCAGTATTAGAAGAATCACAATAATTGCTTTGTGGACTTATTTCTTCTT
TAAAACACAACCCCCAAGCATACGGTCCGTCCGGTGCCGTTGGCCACCCTCCAGTTGTTT
CGTGTGAAATCTGAGCCAAAAACGCTGCCACCTCGCGTCTTCGCGTCTCCATGGATCCGA
CGCTTCCAAATCTTGGAAACCGCCTCGTTGCCTTCACAAAGGATT

QA 1 825 1 825
DS 

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TATATGTCGTGG
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GATCATAACGTCATGGCACGAAGGTTTGGGACTCTGCTCCGTCATCCAAAACCAAAGTGC
TGTTTGGAAAGCTATCACTGAACTATTCGCCACTATCTCGGGATTCCTTAGACCGTCGAA
TCCTAAAGCTCGACCGGCCGGTCCGTAGTTATAGTTCCACGAGAGTTGAATTGGACCTCT
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CGTTGGCCACCCTCCAGTTGTTTCATGTGAAATCTGAGCCAAAAACGCTGCCACCTCGCG
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GGAAAACAGTATTGAGAAGAATGAGAGAAAGATGCAAAAGAGAAGAGATAAGCGTTGAGC
CATTTTTAGAAGGATTTTGGTGTTTTCTTGTGTC

QA 13 706 13 706
DS 



AS 1 4

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TTGGTTTTCAGTACAGACTCGACTTACTTAAGGAGATAAGTTGTGAAGATCTCAAAACGC
TCATTGCTTCTCTACGTTCAAAGATGCTCATTGATGTTGTATCTTTTGGAGATATAAAAT
TGGAGAAAGTGAAGAAGATTTCAAAAGATTTGATTGCTGAACCACATCAAAACAAGTCAC
CGCACATTGGTCTAAAGCATATCCAAGGTTTTGTAGAAGTCTCTGATCTCTCTATTTCAG
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AGCACTCAGCATATCTTAGATTCTTGTGCAAGATCATAGAAGAGCATACGTTCACCATAT
TAAGGAATGAAGAACGACTTGGATATCATGTATCTTCTCACGTTCAGACTCTTGGTGGCG
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AAATTCTACACTATGTAGATTCTGTAGAAGAATATCTTGAACAATTAAGTCCTTCTCGCT
TTACGAACTACAAAAAAGCGACTTCTCTGGACGTGCCTAGTGAAGGCGAATCCCTTTGGT
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AGATGACTCAGGCGGAGTTGCAACAGTTTTATACTGAATACATTAAGGGCTCTACTAGGA
GGGTTGTTGTGACGATCTCTGGGAGGAAAGAAGACGCTAGTTGATTTAATAAATGCCACA
GTCCAACATTTACTAAATGCCTGTTATCTCTATTGATGCGTTTGAAAACTTATGTTTATC
TTCGTTTGATTACTTATATTTTTCTGCTTTCGAAACCCTGTGATTTACTATTCTTAGATG
TTTGCTAAAAATTTTGAAACTTTGTTTTTCATTTTCTCAGTAACTGATGTTTGATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3CR08TF U 1
AF RR3AU19TF U 104
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AGATGACTCAG*CGGAGTTGCA*CAGTTTTATACTGAATACATTAAGG
CTCTA

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DS 

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G
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DS 

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TGATCCAAGTTACTTCTTCAGAGGTCAATGGTACAATCTTGAAGACAAAAATTCTACACT
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TTTGAAACTTTGTTTTTCATTTTCTCAGTAACTGATGTTTGATTT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3AU19JQ 479 0 0
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ATATCTTGAACAATTAAGTCCTTCTCGCTTTACGAACTACAAAAAAGCGACTTCTCTGGA
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TTACTTAAAGGTTGCCAAGTGTGTTATCAAGATGACTCAGGCGGAGTTGCAACAGTTTTA
TACTGAATACATTAAGGGCTCTACTAGGAGGGTTGTTGTGACGATCTCTGGGAGGAAAGA
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ATTGATGCGTTTGAAAACTTATGTTTATCTTCGTTTGATTACTTATATTTTTCTGCTTTC
GAAACCCTGTGATTTACTATTCTTAGATGTTTGCTAAAAATTTTGAAACTTTGTTTTTC

QA 1 479 1 479
DS 



AS 2 4

CO CL3351Contig1 739 2 2 U
ATTTTAACACTAAACGAATCTCATTCTCATGGGGAGAAAGAATAATATAAAGCAGAGAAA
AAAAATCTAAACAGAGTCTACTGGTAAAATCAGAGGCAGAGCAAAACAATTGGTAATCCA
ACAAATCCCAAAACTCCAATTCGTCTGGTCAAAGAATTAGCAGAACCGGTCGCAGGGGGA
ACAGCTGGAGCTCCCAAAAGAGCATGAGAAGAAGGTGCGGGAGAAGGAGCTGAGCCGGTG
AAGAAACCACCGGTGTGGCCACCACCACGAGAGGAGGACATGACAACAATGTGAAGCTTC
TCGCCTTCCACACAGTTGCTTTTGGTGCCGCTGATGAAGAAGAAAGGACCAGATCTATCT
AGCTTCACCTTGGTGTCTCCATTGCTGTAATTGGCTGCTGGGTTTGTGGTGTTGCAATTA
ATGTAGGCTTCTTTAGTCACTTGCAGAACCGAGTCTTTTTCCCCGTCGTACTTCCACACA
AGAGAATCGCCGACGTGAAACCGCAAACTCTCAGCCCATTTGTTGAGGGAATCAGAAGGT
GAAGAAGGGATTTTCCAGGCGCTGGGTTTGCCCCCGACCAGAATCTCTTTGCAACATGCG
AGATCAGCCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATAACAGACAGGAAGTGGGAACTAGAGTT
GTCCGAGCCATGAGAGTTTAAGTTGTGTAGAAAAGATGAGGCTTGTGTGGCTTAACTGCT
TAAGTGAGATCTGTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CZ38TF C 1
AF RR3CZ38JQ U 6
BS 1 10 RR3CZ38TF
BS 11 739 RR3CZ38JQ

RD RR3CZ38TF 739 0 0
ATTTTAACACTAAACGAATCTCATTCTCATGGGGAGAAAGAATAATATAAAGCAGAGAAA
AAAAATCTAAACAGAGTCTACTGGTAAAATCAGAGGCAGAGCAAAACAATTGGTAATCCA
ACAAATCCCAAAACTCCAATTCGTCTGGTCAAAGAATTAGCAGAACCGGTCGCAGGGGGA
ACAGCTGGAGCTCCCAAAAGAGCATGAGAAGAAGGTGCGGGAGAAGGAGCTGAGCCGGTG
AAGAAACCACCGGTGTGGCCACCACCACGAGAGGAGGACATGACAACAATGTGAAGCTTC
TCGCCTTCCACACAGTTGCTTTTGGTGCCGCTGATGAAGAAGAAAGGACCAGATCTATCT
AGCTTCACCTTGGTGTCTCCATTGCTGTAATTGGCTGCTGGGTTTGTGGTGTTGCAATTA
ATGTAGGCTTCTTTAGTCACTTGCAGAACCGAGTCTTTTTCCCCGTCGTACTTCCACACA
AGAGAATCGCCGACGTGAAACCGCAAACTCTCAGCCCATTTGTTGAGGGAATCAGAAGGT
GAAGAAGGGATTTTCCAGGCGCTGGGTTTGCCCCCGACCAGAATCTCTTTGCAACATGCG
AGATCAGCCAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATAACAGACAGGAAGTGGGAACTAGAGTT
GTCCGAGCCATGAGAGTTTAAGTTGTGTAGAAAAGATGAGGCTTGTGTGGCTTAACTGCT
TAAGTGAGATCTGTTGTCC

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3CZ38JQ 734 0 0
AACAC
TAAACGAATCTCATTCTCATGGGGAGAAAGAATAATATAAAGCAGAGAAAAAAAATCTAA
ACAGAGTCTACTGGTAAAATCAGAGGCAGAGCAAAACAATTGGTAATCCAACAAATCCCA
AAACTCCAATTCGTCTGGTCAAAGAATTAGCAGAACCGGTCGCAGGGGGAACAGCTGGAG
CTCCCAAAAGAGCATGAGAAGAAGGTGCGGGAGAAGGAGCTGAGCCGGTGAAGAAACCAC
CGGTGTGGCCACCACCACGAGAGGAGGACATGACAACAATGTGAAGCTTCTCGCCTTCCA
CACAGTTGCTTTTGGTGCCGCTGATGAAGAAGAAAGGACCAGATCTATCTAGCTTCACCT
TGGTGTCTCCATTGCTGTAATTGGCTGCTGGGTTTGTGGTGTTGCAATTAATGTAGGCTT
CTTTAGTCACTTGCAGAACCGAGTCTTTTTCCCCGTCGTACTTCCACACAAGAGAATCGC
CGACGTGAAACCGCAAACTCTCAGCCCATTTGTTGAGGGAATCAGAAGGTGAAGAAGGGA
TTTTCCAGGCGCTGGGTTTGCCCCCGACCAGAATCTCTTTGCAACATGCGAGATCAGCCA
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATAACAGACAGGAAGTGGGAACTAGAGTTGTCCGAGCCA
TGAGAGTTTAAGTTGTGTAGAAAAGATGAGGCTTGTGTGGCTTAACTGCTTAAGTGAGAT
CTGTTGTCC

QA 6 734 6 734
DS 



CO CL3351Contig2 791 2 2 U
GGACAGATCTCACTTAAGCCACACAAGTCTCATCTTTTCTACACAACTTAACTCTCATGG
CTCGGACAACTCTAGTTCACACTTCCTGTCTGTTATTCTTCTTCTTCTTGTTGGCTGATC
TCGCATGTTGCAAAGAGATTCTGGTCGGGGGCAAACCCAGCGCCTGGAAACTCCCTTCTT
CACCTTCTGATTCACTCAACAAATGGGCTGAGAGTTTGCGGTTTCACGTCGGCGATTCTC
TCGTGTGGAAGTACGATGGGGAAAAAGACTCGGTTCTGCAAGTGACTAAAGAAGCCTACA
TTAACTGCAACACCACAAACCCAGCAGCCAATTACAGCAATGGAGACACCAAGGTGAAGC
TAGATAGATCTGGTCCTTTCTTCTTCATCAGCGGCACCAAGAGCAACTGTGTGGAAGGCG
AGAAGCTTCACATTGTTGTCATGTCCTCCTCTCGTGGTGGTGGCCACACCGGTGGTTTCT
TCACCGGCTCAGCTCCTTCTCCCGCACCTTCTTCTCATGCTCTTTTGGGAGCTCCAGCTC
TTCCCCCTGCAACTGGTTCTGCTAATTCTTTGACCAGACGAATTGGAGTTTTGGGATCTG
TTGGATTAGCAATTGTTTTGCTCTGCCTCTGATTTTACCAGTAGACTCTGTTTAGAATTT
CATCTCTGCTTTTATATTCCTTTCTCCCCCATGAGAATGAGATTCGTTTAAAGTTCTTTT
GGCCTATTAAATGGTGTATTTCCGAATATATTAGACGAACTTCTAAAGAGATTATGAAAA
AGTCAGTTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G718TF U 1
AF RR3G718JQ C 191
BS 1 742 RR3G718TF
BS 743 791 RR3G718JQ

RD RR3G718TF 742 0 0
GGACAGATCTCACTTAAGCCACACAAGTCTCATCTTTTCTACACAACTTAACTCTCATGG
CTCGGACAACTCTAGTTCACACTTCCTGTCTGTTATTCTTCTTCTTCTTGTTGGCTGATC
TCGCATGTTGCAAAGAGATTCTGGTCGGGGGCAAACCCAGCGCCTGGAAACTCCCTTCTT
CACCTTCTGATTCACTCAACAAATGGGCTGAGAGTTTGCGGTTTCACGTCGGCGATTCTC
TCGTGTGGAAGTACGATGGGGAAAAAGACTCGGTTCTGCAAGTGACTAAAGAAGCCTACA
TTAACTGCAACACCACAAACCCAGCAGCCAATTACAGCAATGGAGACACCAAGGTGAAGC
TAGATAGATCTGGTCCTTTCTTCTTCATCAGCGGCACCAAGAGCAACTGTGTGGAAGGCG
AGAAGCTTCACATTGTTGTCATGTCCTCCTCTCGTGGTGGTGGCCACACCGGTGGTTTCT
TCACCGGCTCAGCTCCTTCTCCCGCACCTTCTTCTCATGCTCTTTTGGGAGCTCCAGCTC
TTCCCCCTGCAACTGGTTCTGCTAATTCTTTGACCAGACGAATTGGAGTTTTGGGATCTG
TTGGATTAGCAATTGTTTTGCTCTGCCTCTGATTTTACCAGTAGACTCTGTTTAGAATTT
CATCTCTGCTTTTATATTCCTTTCTCCCCCATGAGAATGAGATTCGTTTAAAGTTCTTTT
GGCCTATTAAATGGTGTATTTC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3G718JQ 601 0 0
TTCA
CTCAACAAATGGGCTGAGAGTTTGCGGTTTCACGTCGGCGATTCTCTCGTGTGGAAGTAC
GATGGGGAAAAAGACTCGGTTCTGCAAGTGACTAAAGAAGCCTACATTAACTGCAACACC
ACAAACCCAGCAGCCAATTACAGCAATGGAGACACCAAGGTGAAGCTAGATAGATCTGGT
CCTTTCTTCTTCATCAGCGGCACCAAGAGCAACTGTGTGGAAGGCGAGAAGCTTCACATT
GTTGTCATGTCCTCCTCTCGTGGTGGTGGCCACACCGGTGGTTTCTTCACCGGCTCAGCT
CCTTCTCCCGCACCTTCTTCTCATGCTCTTTTGGGAGCTCCAGCTCTTCCCCCTGCAACT
GGTTCTGCTAATTCTTTGACCAGACGAATTGGAGTTTTGGGATCTGTTGGATTAGCAATT
GTTTTGCTCTGCCTCTGATTTTACCAGTAGACTCTGTTTAGAATTTCATCTCTGCTTTTA
TATTCCTTTCTCCCCCATGAGAATGAGATTCGTTTAAAGTTCTTTTGGCCTATTAAATGG
TGTATTTCCGAATATATTAGACGAACTTCTAAAGAGATTATGAAAAAGTCAGTTGCT

QA 5 601 5 601
DS 



AS 1 4

CO CL3352Contig1 823 4 32 U
GGAATAGCTAATAAGTATCCGACAAAGACGGTCTCTCTCTCGCTCCCTCGCTGAAGCCTT
TCTAATTTCTCTTCTTCTTCCTCCTCCTCCTCTCGATTCTCGATTGGAGATTAAAATCAG
AAAGGTATCTACGAAAAAAACAAAAAAGAAAACAATCTCAAGAATGGCGGATCAGCTCAC
CGACGATCAGATCTCTGAGTTCAAGGAAGCCTTCAGCTTATTCGACAAGGATGGTGACGG
TTGCATTACCACAAAGGAGCTTGGAACCGTGATGCGTTCTCTCGGACAGAACCCAACAGA
AGCAGAGCTCCAAGACATGATCAACGAAGTTGATGCTGATGGTAACGACACCATTGATTT
CCCGGAGTTCTTGAACCTCATGGCACGTAAGATGAAGGACACCGACTCAGAGGAAGAGCT
CAAGGAAGCCTTCCGAGTCTTCGACAAGGACCAGAACGGTTTCATCTCAGCTGCTGAGCT
CCGTCATGTGATGACAAACCTGGGAGAGAAGCTCACAGACGAAGAGGTCGATGAGATGAT
CAAGGAAGCTGATGTTGATGGTGATGGACAGATTAACTACGAGGAGTTTGTCAAGGTCAT
GATGGCTAAGTGATTTAAGGTTTTTTGTTACTAAATACTCTCTTTTATGTGATTCTTATA
TTTACTATTATGTTCTAAAGGTTTTTATTCATGGGACATGGTTCTGTTTTATGGCTGTTT
AAGATGCAAATGTTGTCTCTTTATGCTCTGTTTTGTGCTGAACATTTCAAAGTCTTGGTC
TTTGTAAGTTGTAACTTGGTCTAGTTTCGTGGTGTTTGTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H378TF U 1
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AF RR3G210JQ C 152
AF RR3G210TF U 152
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A*GATGCAAATGTTGTCTCTT

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TAACTACGAGGAGTTTGTCAAGGTCATGATGGCTAAGTGATTTAAGGTTTTTTGTTACTA
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GGACATGGTTCTGTTTTATGGCTGTTTAAGATGCAAATGTTGTCTCTTTATGCTCTGTTT
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GTTTGTTACG

QA 3 672 3 672
DS 



AS 1 4

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TGGTCCTAAATTGTAAGAAACCTCCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

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AF RR3BM26TF C 85
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QA 1 799 1 799
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CAGCTTCATCTGATTTAGAGAGAGCGGCAAGAGCTTTTAGAGCTTCTTTCCTTGTCTTGT
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TCATCCTCCTCTAATCATCAATGGCGAAACGGGAAAGCCTAGAAGCTCCTATTCTCTTAA
ACAAGGGATCCTTCACATGTAAAAGCGAGACTGATTGCTGAATCAAAGTATCACCCATAT
AAGGGAAGAACTGGTATCCAACATAGGTAGCTGTCCCAGCAAAGAAAAGCTTCAGCATCC
ATCCTATTTTCCTCTCAGCTTCTTCCTCCAATGTAAGGTCATCTTTCTTGGTCAACGAGG
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CAGCAAAGATTCGCATGACTTATCAGTGGCTTCGTGATCTTACTTCCTCTCTCGTCTTCT
TCTTCTTCTTCGACCACTGTGTGTTGAGAGGTTCTTTGGTCCTAAATT

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR3BM26TF 782 0 0
AGAA
AGAAGCTAGAGA*TCAGACTGCT*CTTTC*TTTGGACAAAA*TTCAAGAGT*CACTTATC
AATCCTGGGACCTATCCATTTCTGAAAAGACTAAATTCAGT*GGAAGAAAGAGCTAGGTC
TTTATCATCTAGCTTCTTGAGTATGTTTGACTCGTAAGTTGAAATGTCTGAATCTTCAGA
GGAATCTGGAGTCGATTTGACGATAGAGAGTGCTCCTTTAGATCCCAGGAAGTTGGCAGC
TTCATCTGATTTAGAGAGAGCGGCAAGAGCTTTTAGAGCTTCTTTCCTTGTCTTGTCATC
TTTAGCAGCGCCCAGCATGTGAAGAAGCTCTTGAGCCCCACCCAACTCTACAACCTTCAT
CCTCCTCTAATCATCAATGGCGAAACGGGAAAGCCTAGAAGCTCCTATTCTCTTAAACAA
GGGATCCTTCACATGTAAAAGCGAGACTGATTGCTGAATCAAAGTATCACCCATATAAGG
GAAGAACTGGTATCCAACATAGGTAGCTGTCCCAGCAAAGAAAAGCTTCAGCATCCATCC
TATTTTCCTCTCAGCTTCTTCCTCCAATGTAAGGTCATCTTTCTTGGTCAACGAGGAGAA
GTCTCGAGATGGAGGATACCCATTTCTACCTCTGCGAAAATGATTAGCGAGGCGAGCAGC
AAAGATTCGCATGACTTATCAGTGGCTTCGTGATCTTACTTCCTCTCTCGTCTTCTTCTT
CTTCTTCGACCACTGTGTGTTGAGAGGTTCTTTGGTCCTAAATTGTAAGAAACCTCCC

QA 5 782 5 782
DS 

RD RR3CM80TF 702 0 0
CCATTTCTGAAAAGACTAAATTCAGTTGGAAGAAAGAGCTAGGTCTTTATCATCTAGCTT
CTTGAGTATGTTTGACTTGTAAGTTGAAATGTCTGAATCTTCAGAGGAATCTGGAGTCGA
TTTGACGATAGAGAGTGCTCCTTTAGATCCCAGGAAGTTGGAAGCTTCATCTGATTTAGA
GAGAGCGGCAAGAGCTTTTAGAGCTTCTTTCCTTGTCTTGTCATCTTTAGCAGCGCCCAG
CATGTGAAGAAGCTCTTGAGCCCCACCCAACTCTACAACCTTCATCCTCCTCTCATCATC
AATGGCGAAACGGGAAAGCCTAGAAGCTCCTATTCTCTTAAACAAGGGATCCTTCACATG
TAAAAGCGAGACTGATTGCTGAATCAAAGTATCACCCATATAAGGGAAGAACTGGTATCC
AACATAGGTAGCTGTCCCAGCAAAGAAAAGCTTCAGCATCCATCCTATTTTCCTCTCAGC
TTCTTCCTCCAATGTAAGGTCATCTTTCTTGGTCAACGAGGAGAAGTTTCGAGATGGAGG
ATACCCATTTCTACCTCTGCGAAAATGATTAGCGAGGCGAGCAGCAAAGATTCGCATGAC
TTATCAGTGGCTTCGTGATCTTACTTCCTCTCTCGTCTTCTTCTTCTTCTTCGACCACTG
TGTGTTGAGAGGTTCTTTGGTCCTAAATTGTAAGAAACCTCC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 4

CO CL3354Contig1 977 4 8 U
GGGCCAGTATGGATTCAAAGAATCCTATTACTGGAAATAAGCCAGAAGAGGTGACCCCTC
TTCAGACTACTCAGCATAGTGGACAGCAATCGTCCATTATACATCATGATCCATCCGTGA
GTCAGGGACTCACTTTGGGACAAATATCTAATGAAGTCGTTAGACAACTATTAGGAAAAT
TCCCGAGCAGCGAGGCCGCTGCACGGAAGATTGTGACGAACTCCTCAGAAAGGGAGCTAT
TCACGACTTACAAAGAGGGTGATAAGACCTTCATTGTAGTACCTAAGAATTTGGAGTCTT
TCGCAGACAACCTTCTTCTTATTTCCATTCTCAAGGCTTCACAGATCCTTGGGTATGAAC
CGATGGTCGGGGAAAAGGAACTCCCCGTGGCCGTCCTTAAAACCAACGATGGTGACTACT
TCGCTGGTTATGTGTACCAGTCCATGGAGAATTCCACTGGACCGAGGCAGAAGGGCTCAT
CCAAATTTTGGAAAGGATGTGCAGCATTCCAGACTAAGTCCGTGGAGGCTTATGCTGGGA
AAAACCGGTCGCACTTGATCCTAACGGATCACACGCCCGGAAAGAAACTTGCAGCAATGC
AATGTTTCGTTAAAGAGTACTGGGGGGTTCGAGCCCACATCAGCGCTGTTTTCTCGGCAT
TGCCCACGAAACCGTGGACGTGTCAAGCATCCTATCTTAAGCCTCAAGCGCAGCTTGAAG
CTCAAGTAGTAGTACGTAGACTTCCATTCGATAATGGAGGAGTCTACTCATCAGAGGAAG
TAGCCTATTTCAGGCATTACTTCGCAAATGACATAGCGCTTGTGGAAGGCTTCCACAACT
CTTTGTCTACACCCACAGATGACTTGGCCAGTCACTTCTGGGAGAAATACGATCCCTGCA
TGAAAGCAGTACGTCGTATAAAGGACAGCCTCAATGACGTATTCGTCACAAGGGCCCGAG
TACTCTTCCCTGTCATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 

AF RR3CI56TF U 1
AF RR3C581TF U 1
AF RR3CI56JQ C 157
AF RR3C581JQ C 377
BS 1 82 RR3C581TF
BS 83 83 RR3CI56TF
BS 84 293 RR3C581TF
BS 294 294 RR3CI56TF
BS 295 306 RR3C581TF
BS 307 307 RR3CI56TF
BS 308 791 RR3C581TF
BS 792 977 RR3CI56JQ

RD RR3CI56TF 751 0 0
GGGCCAGTATGGATTCAAAGAATCCTATTACTGGAAATAAGCCAGAAGAGGTGACCCCTC
TTCAGACTACTCAGCATAGTGGACAGCAATCGTCCATTATACATCATGATCCATCCGTGA
GTCAGGGACTCACTTTGGGACAAATATCTAATGAAGTCGTTAGACAACTATTAGGAAAAT
TCCCGAGCAGCGAGGCCGCTGCACGGAAGATTGTGACGAACTCCTCAGAAAGGGAGCTAT
TCACGACTTACAAAGAGGGTGATAAGACCTTCATTGTAGTACCTAAGAATTTGGAGTCTT
TCGCAGACAACCTTCTTCTTATTTCCATTCTCAAGGCTTCACAGATCCTTGGGTATGAAC
CGATGGTCGGGGAAAAGGAACTCCCCGTGGCCGTCCTTAAAACCAACGATGGTGACTACT
TCGCTGGTTATGTGTACCAGTCCATGGAGAATTCCACTGGACCGAGGCAGAAGGGCTCAT
CCAAATTTTGGAAAGGATGTGCAGCATTCCAGACTAAGTCCGTGGAGGCTTATGCTGGGA
AAAACCGGTCGCACTTGATCCTAACGGATCACACGCCCGGAAAGAAACTTGCAGCAATGC
AATGTTTCGTTAAAGAGTACTGGGGGGTTCGAGCCCACATCAGCGCTGTTTTCTCGGCAT
TGCCCACGAAACTGTGGACGTGTCAAGCATCCTATCTTAAGCCTCAAGCGCGGCTTGAAG
CTCAAGTAGTAGTACGTAGACTTCCATTCGA

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3C581TF 791 0 0
GGGCCAGTATGGATTCAAAGAATCCTATTACTGGAAATAAGCCAGAAGAGGTGACCCCTC
TTCAGACTACTCAGCATAGTGGGCAGCAATCGTCCATTATACATCATGATCCATCCGTGA
GTCAGGGACTCACTTTGGGACAAATATCTAATGAAGTCGTTAGACAACTATTAGGAAAAT
TCCCGAGCAGCGAGGCCGCTGCACGGAAGATTGTGACGAACTCCTCAGAAAGGGAGCTAT
TCACGACTTACAAAGAGGGTGATAAGACCTTCATTGTAGTACCTAAGAATTTGTAGTCTT
TCGCAGGCAACCTTCTTCTTATTTCCATTCTCAAGGCTTCACAGATCCTTGGGTATGAAC
CGATGGTCGGGGAAAAGGAACTCCCCGTGGCCGTCCTTAAAACCAACGATGGTGACTACT
TCGCTGGTTATGTGTACCAGTCCATGGAGAATTCCACTGGACCGAGGCAGAAGGGCTCAT
CCAAATTTTGGAAAGGATGTGCAGCATTCCAGACTAAGTCCGTGGAGGCTTATGCTGGGA
AAAACCGGTCGCACTTGATCCTAACGGATCACACGCCCGGAAAGAAACTTGCAGCAATGC
AATGTTTCGTTAAAGAGTACTGGGGGGTTCGAGCCCACATCAGCGCTGTTTTCTCGGCAT
TGCCCACGAAACCGTGGACGTGTCAAGCATCCTATCTTAAGCCTCAAGCGCAGCTTGAAG
CTCAAGTAGTAGTACGTAGACTTCCATTCGATAATGGAGGAGTCTACTCATCAGAGGAAG
TAGCCTATTTC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3CI56JQ 821 0 0
TCGTTAGACAACTATTAGGAAAATTCCCGAGCAGCGAGGCCGCTGCACGGAAGATTGTGA
CGAACTCCTCAGAAAGGGAGCTATTCACGACTTACAAAGAGGGTGATAAGACCTTCATTG
TAGTACCTAAGAATTTGGAGTCTTTCGCAGACAACCTTCTTCTTATTTCCATTCTCAAGG
CTTCACAGATCCTTGGGTATGAACCGATGGTCGGGGAAAAGGAACTCCCCGTGGCCGTCC
TTAAAACCAACGATGGTGACTACTTCGCTGGTTATGTGTACCAGTCCATGGAGAATTCCA
CTGGACCGAGGCAGAAGGGCTCATCCAAATTTTGGAAAGGATGTGCAGCATTCCAGACTA
AGTCCGTGGAGGCTTATGCTGGGAAAAACCGGTCGCACTTGATCCTAACGGATCACACGC
CCGGAAAGAAACTTGCAGCAATGCAATGTTTCGTTAAAGAGTACTGGGGGGTTCGAGCCC
ACATCAGCGCTGTTTTCTCGGCATTGCCCACGAAACTGTGGACGTGTCAAGCATCCTATC
TTAAGCCTCAAGCGCGGCTTGAAGCTCAAGTAGTAGTACGTAGACTTCCATTCGATAATG
GAGGAGTCTACTCATCAGAGGAAGTGGCCTATTTCAGGCATTACTTCGCAAATGACATAG
CGCTTGTGGAAGGCTTCCACAACTCTTTGTCTACACCCACAGATGACTTGGCCAGTCACT
TCTGGGAGAAATACGATCCCTGCATGAAAGCAGTACGTCGTATAAAGGACAGCCTCAATG
ACGTATTCGTCACAAGGGCCCGAGTACTCTTCCCTGTCATC

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR3C581JQ 601 0 0
GA
AACTCCCCGTGGCCGTCCTTAAAACCAACGATGGTGACTACTTCGCTGGTTATGTGTACC
AGTCCATGGAGAATTCCACTGGACCGAGGCAGAAGGGCTCATCCAAATTTTGGAAAGGAT
GTGCAGCATTCCAGACTAAGTCCGTGGAGGCTTATGCTGGGAAAAACCGGTCGCACTTGA
TCCTAACGGATCACACGCCCGGAAAGAAACTTGCAGCAATGCAATGTTTCGTTAAAGAGT
ACTGGGGGGTTCGAGCCCACATCAGCGCTGTTTTCTCGGCATTGCCCACGAAACCGTGGA
CGTGTCAAGCATCCTATCTTAAGCCTCAAGCGCAGCTTGAAGCTCAAGTAGTAGTACGTA
GACTTCCATTCGATAATGGAGGAGTCTACTCATCAGAGGAAGTAGCCTATTTCAGGCATT
ACTTCGCAAATGACATAGCGCTTGTGGAAGGCTTCCACAACTCTTTGTCTACACCCACAG
ATGACTTGGCCAGTCACTTCTGGGAGAAATACGATCCCTGCATGAAAGCAGTACGTCGTA
TAAAGGACAGCCTCAATGACGTATTCGTCACAAGGGCCCGAGTACTCTTCCCTTTCATC

QA 3 601 3 601
DS 



AS 1 4

CO CL3355Contig1 1368 4 9 U
GGACAAAGTTTCTTCATCTCAAAGGTATAATTTGCATTGGAAGATATTACACAAGATAAT
TATGGGACTACTTTCTTTTATTTGGATTTCAATCTTGATGCTCCTATGCAATGGAGAAAA
CAATGAAGGCGCCGTCAAGATAAGCCTGAAAAGAATCAAGACAAGCTTGGTAAATGTTCA
GCGTAACGTGACCCTATTTAAAACAGGAGAAAACCGCATTGTACTTAAAAACCTTGGTGA
TGTAATTTACTATGCGGAAATTGGCATCGGTACACCTACGCAAAACTTTCCAGTTATGTT
TGATACCGGAAGCGCAGATTTATGGGTACGCAGTAAAGATTGGCCTGACAGGACAGAAGC
GGAACATAAACTTCCAAAATATAATTCTACCGAATCATCATCTTATTCAGAGAACGGTGA
ACCCGCAGAAATTATCTATGCTGGATGTGCTATTGAGGGTTTCCTTAGTACTGATGACGT
AACAGTTGGTCATATGATAGTGAATAAACAAGATTTCATAGAGGCTACCGGGGAAGTAGA
AGAAAAAACTTACTTTCAGTTTACTGTTTATGATGGTGTAGTCGGGTTGGCATTCCAAGA
GTGTTCTGTGAGGAATACAGTTCCCGTTTGGTACAACATGATCAATCAACATCTAGTCCA
TCAAGAAGTTTTCTCACTATGGTTGAAATACTACAATGAACAAGACGAAGAAGGCGGAGC
CATAGTTTTTGGTGGTATAGACAATGCACATTTCCGAGGTGCACACACATATGTTCCTAT
CATAGAAGAGTATTACTGGGAATTTAAGATGAATGAGATACTCATTGGAGGACAAGGAAC
TGGACATTGCGTTGATGGCTGCTCTGTCATGATAGACTCAGGCGAATCTTACCTTATAGG
TCCATCGTCAATTATTGAGAATATAAATATAGCTCTTGGGGCGGATGAAGTTGCAAACGT
TGACTGCTCTAGGGTTCCTTTGATGCCAACAGTTTCATTCACGATTGGTGAAAGAGTCTT
TTCTCTCTCCACGAGAGATTATATACTGGTGCATGGTATTGGTGAAATAGCTACGTGCGC
AACCAAATTCAGGATCATTCATGACGATGATGATTATCATAATGATGATCTCTGGATTTT
GGGGAGGAGTCTTCATGAGACCTTACCATACAGTTTTCGATTTCGGGAATAGGAGAATTG
GGTTTGCTGAAGCGGTTCAGGAACCAATTTGGGATAGTAGTATTAAGCATTAAACCTTTC
CGTTTATAATTTTCAGTTTCGTATTGTACGTTTGAAGAATAATATAATGCTTGTTGACAA
AAAAAATAACTATAATGCAAAGACTTATTTAGCCCTGGGCATTCGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EM30TF U 1
AF RR3GY39TF U 540
AF RR3GY39JQ C 598
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TATGGGACTACTTTCTTTTATTTGGATTTCAATCTTGATGCTCCTATGCAATGGAGAAAA
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G
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TCAAGAAGTTTTCTCACTATGGTTGAAATACTACAATGAACAAGACGAAGAAGGCGGAGC
CATAGTTTTTGGTGGTATAGACAATGCACATTTCCGAGGTGCACACACATATGTTCCTAT
CATAGAAGAGTATTACTGGGAATTTAAGATGAATGAGATACTCATTGGAGGACAAGGAAC
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TTCTCTCTCCACGAGAGATTATATACTGGTGCATGGTATTGGTGAAATAGCTACGTGCGC
AACCAAATTCAGGATCATTCATGACGATGATGATTATCATAATGATGATCTCTGGATTTT
GGGGAGGAGTCTTCATGAGACCTTACCATACAGTTTTCGATTTCGGGAATAGGAGAATTG
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CCATCAAGAAGTTTTCTCACTATGGTTGAAATACTACAATGAACAAGACGAAGAAGGCGG
AGCCATAGTTTTTGGTGGTATAGACAATGCACATTTCCGAGGTGCACACACATATGTTCC
TATCATAGAAGAGTATTACTGGGAATTTAAGATGAATGAGATACTCATTGGAGGACAAGG
AACTGGACATTGCGTTGATGGCTGCTCTGTCATGATAGACTCAGGCGAATCTTACCTTAT
AGGTCCATCGTCAATTATTGAGAATATAAATATAGCTCTTGGGGCGGATGAAGTTGCAAA
CGTTGACTGCTCTAGGGTTCCTTTGATGCCAACAGTTTCATTCACGATTGGTGAAAGAGT
CTTTTCTCTCTCCACGAGAGATTATATACTGGTGCATGGTATTGGTGAAATAGCTACGTG
CGCAACCAAATTCAGGATCATTCATGACGATGATGATTATCATAATGATGATCTCTGGAT
TTTGGG*AGGAGTCTTCATGAGACCTTACCATACAGTTTTCGATTTCGGGAATAGGAGAA
TTGGGTTTGCTGAAGCGGTTCAGGAACCAATTTGGGATAGTAGTATTAAGCATTAAACCT
TTCCGTTTATAATTTTCAGTTTCGTATTGTACGTTTGAAGAATAATATAATGCTTGTTGA
CAAAAAAAATAACTATAATGCAAAGACTTATTTAGCCCTGGG

QA 1 762 1 762
DS 

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G
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GCTGAAGCGGTTCAGGAACCAATTTGGGATAGTAGTATTAAGCATTAAACCTTTCCGTTT
ATAATTTTCAGTTTCGTATTGTACGTTTGAAGAATAATATAATGCTTGTTGACAAAAAAA
*TAACTATAATGCAAAGACTTATTTAGCCCTGGGCATTCGGAT

QA 2 224 2 224
DS 



AS 1 4

CO CL3356Contig1 1374 4 7 U
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TATAAACGCGACGGGAGAGAGCAAGGCGCTTGATGTCGATAAGTATGCTGTCATGCACCG
TGTTCAGATCCACGCTCGTGATCTCAGGATTATTGACCCGAATCTATCTTACCCTTCCAC
TATTCTCGTACGAGAGAGAGCCATTGTGCTGAATTTGGAGCATATCAAGGCGATCATCAC
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CCGTGCACTGGAAGTTTTCTTGGAAGCTACGTGTAGCTTTTTAGCTGCAAGGACAACGGA
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CTTGGATAGAGTTCGGAAGTTGAAGAGTGTCACCACTCGGTTGACAGCTCTAGTTCAAAA
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TTCAAGGAAACTCTCTAGTGCTTCCTCAGCAGCTAGTAGTCCAAATTTCTATCCTACTTC
CCCAACAATAGGTTCTAAGATCTCAAAAGCTAGTGTAGCCACAGTTCGTGAAGATGAAAA
CGATGTTGAACAACTTGAAATGTTGCTCGAGGCATACTTCATGCAAATCGACAGCACTTT
TAACAAATTAACAACGCTACGTGAGTATATCGATGATACGGATGATTACATTAACATTCA
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TTGCTCAGCATTTTACTCTCTAGTCGCTGGAATTTTCGGGATGAACATTCCATACACGTG
GAACGATAACCACGGATACATGTTCAAATGGGTTTGTATCGTGACGGGGGCAATTTGTGT
GATCTCGTTGGTATTCATAACGTCGTACGCTCGGTTCAAAGGGCTTGTGGGATCTTGATT
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TTTACTCTACACCATCTTATTATTAGAGATTTTAAACCGAAATTTTTTTATAAG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BG28TF U 5
AF RR3A429TF U 1
AF RR3BG28JQ C 445
AF RR3A429JQ C 556
BS 1 840 RR3A429TF
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BS 868 868 RR3A429JQ
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BS 893 1329 RR3BG28JQ
BS 1330 1374 RR3A429JQ

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CAAAAAGGTGGGAGGGACTCTCTCTGTTTTGTAGACATGGCGCATATCAACGGGTACGTG
GTTGCGGCGGGGGAGAAGAAGAAGGCGTCTCAACCGTCGTCGTGGAACTGGGTGCTTATA
AACGCGACGGGAGAGAGCAAGGCGCTTGATGTCGATAAGTATGCTGTCATGCACCGTGTT
CAGATCCACGCTCGTGATCTCAGGATTATTGACCCGAATCTATCTTACCCTTCCACTATT
CTCGTACGAGAGAGAGCCATTGTGCTGAATTTGGAGCATATCAAGGCGATCATCACTTCC
GATGAGGTTTTGCTTCGGGATCCATCAAATGAAAATGTTATCCCCGTTGTGAAGGAGCTT
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CATTTGAA

QA 1 527 1 527
DS 

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CGTGGTTGCGGCGGGGGAGAAGAAGAAGGCGTCTCAACCGTCGTCGTGGAACTGGGTGCT
TATAAACGCGACGGGAGAGAGCAAGGCGCTTGATGTCGATAAGTATGCTGTCATGCACCG
TGTTCAGATCCACGCTCGTGATCTCAGGATTATTGACCCGAATCTATCTTACCCTTCCAC
TATTCTCGTACGAGAGAGAGCCATTGTGCTGAATTTGGAGCATATCAAGGCGATCATCAC
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GCTTGAAAGACGCTTACCAGTTGGAAACAAAGCACAACATGGTCAAGGAGAGGGGAAAGA
GAGTTCAGCTACACAAAATGATGCTGATGCTGGTGGAGAAGATGAATCCCCATTTGAATT
CCGTGCACTGGAAGTTTTCTTGGAAGCTACGTGTAGCTTTTTAGCTGCAAGGACAACGGA
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CTTGGATAGAGTTCGGAAGTTGAAGAGTGTCACCACTCGGTTGACAGCTCTAGTTCAAAA
GGTAAGAGATGAGCTTGAACATTTGCTGGATGATGACGATGATATGGCTGATCTTTACCT
TTCAAGGAAACTCTCTAGTGCTTCCTCAGCAGCTAGTAGTCCAAATTTCTATCCTACTTC

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DS 

RD RR3BG28JQ 885 0 0
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TGATGCTGGTGGAGAAGATGAATCCCCATTTGAATTCCGTGCACTGGAAGTTTTCTTGGA
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TTTGGATGAGCTTGCCTCAAAGATTAGTAGCCATAACTTGGATAGAGTTCGGAAGTTGAA
GAGTGTCACCACTCGGTTGACAGCTCGAGTTCAAAAGGTAAGAGATGAGCTTGAACATTT
GCTGGATGATGACGATGATATGGCTGATCTTTACCTTTCAAGGAAACTCTCTAGTGCTTC
CTCAGCAGCTAGTAGTCCAAATTTCTATCCTACTTCCCCAACAATAGGTTCTAAGATCTC
AAA*GCTAGTGTAGCCACAGTTCGTGAGGATGAAAACGATGTTGAACAACTTGAAATGTT
GCTCGAGGCATACTTCATGCAAATCGACAGCACTTTTAACAAATTAACAACGCTACGTGA
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CGCTGGAATTTTCGGGATGAACATTCCATACACGTGGAACGATAACCACGGATACATGTT
CAAATGGGTTTGTATCGTGACGGGGGCAATTTGTGTGATCTCGTTGGTATTCATAACGTC
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DS 

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AGTTTCTGG
AGCTACGTGTAGCTTTT*AGCTGCAAGGACAACGGAGCTAGAAACAGCTGCTTACCCTAC
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GAGTGTCACCACTCGGTTGACAGCTCTAGTTCAAAAGGTAAGAGATGAGCTTGAACATTT
GCTGGATGATGACGATGATATGGCTGATCTTTACCTTTCAAGGAAACTCTCTAGTGCTTC
CTCAGCAGCTAGTAGTCCAAATTTCTATCCTACTTCCCCAACAATAGGTTCTAAGATCTC
AAAAGCTAGTGTAGCCACAGTTCGTGAAGATGAAAACGATGTTGAACAACTTGAAATGTT
GCTCGAGGCATACTTCATGCAAATCGACAGCACTTTTAACAAATTAACAACGCTACGTGA
GTATATCGATGATACGGATGATTACATTAACATTCAGATGGACAATCATCGTAATGAGCT
GATTAAGTTGGAGGTTGTGTTAAGTTCTGGAACCGTTTGCTCAGCATTTTACTCTCTAGT
CGCTGGAATTTTCGGGATGAACATTCCATACACGTGGAACGATAACCACGGATACATGTT
CAAATGGGTTTGTATCGTGACGGGGGCAATTTGTGTGATCTCGTTGGTATTCATAATGTC
GTACGCTCGGTTCAAAGGGCTTGTGGGATCTTGATTTGTCTAGAGAGAGTTTTTT*AGCA
TTGAGAAATTGAGACTTCGAATTGTTTAAGAGGAGCTTTACTCTACACCATCTTATTATT
AGAGATTTTAAACCGAAATTTTTTTATAAG

QA 10 819 10 819
DS 



AS 1 4

CO CL3357Contig1 1129 4 12 U
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CCATGGAAGCAACACAAATAATGTCTGACAAAACCGAAGACAACAACAACAACGACGTTC
TGAATTTCAAGGCTACCGAGTTAAGACTCGGTTTACCCGGCTCTGAGTCACCGGAGCGAG
TTGGGTTCATGTCGCTCAAGAGCTCATGTCCTGTGTCAGGTGCCAAAAGGGTGTTTTCTG
ACGCCATTAACGGGTCTACCAAATGGGTCTTCTCTCCTGATGTGAAAGACATTAAACCGG
CCGTTCCGGTTAAGGAGAAGAAGAGCTCTGCTCCAGCTTCCAAGGCACAAGTTGTGGGTT
GGCCACCGATTAGATCATTCAGGAAGAACACAATGGCTTCTTCTCAGTCTCAGAAACAAG
ATGGTTGTGATAATAATAACAACAACACAGGGACTGAAGGTGGAGAAACTAAGTCTGGAC
CTGAGCCTTGCTTGTATGTTAAAGTGAGCATGGAAGGTGCCCCTTACTTGAGGAAAATCG
ATCTCAAGACTTACAAGAGCTACCTTGAACTCTCTTCTGCTCTTGAGAAGATGTTCAGCT
GCTTCACTATTGGTCAGTTTGGGTCTCATGGAGGTTGTGGTCGAGATGGGTTAAACGAGA
GTCGCTTAACTGATCTCTTGCGTGGTTCTGAGTATGTTGTTACCTATGAAGACAAAGACA
GTGACTGGATGCTGGTCGGTGATGTCCCTTGGGAAATGTTTATATGCTCCTGTAAGAAGC
TGAGGATCATGAAGAGCTCTGAGGCTATAGGCTTAGCTCCAAGGGTGATGGAGAAATGCA
GAAGCCGGAACTAGTAACTGCAGCCCTTTTATAGTATGTGATATGATAAAATGATTTGGA
AGAATGTTATTAAGAAATGTAATAGCCCATTTTGTTTTTCTAAGTATTCTTGTGTGTGTT
GTGTGCTAAGAGTGATGTTTGATCCTTCTTAAAACAGCCTCTACTACTAATAAGGCCTAT
TCTGTCTCTAATCCATCAAATGGGTTTTGTGTGTTGTTTCGCTAGGTAAGACTTTCATAA
CTCATATGTATAAAAAGTTTGTCAGTGTGTAAAAGCAGACGCCTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AL14TF U 24
AF RR3AR31TF U 1
AF RR3AL14JQ C 304
AF RR3AR31JQ C 450
BS 1 377 RR3AR31TF
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BS 661 784 RR3AR31TF
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BS 786 803 RR3AR31TF
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BS 1061 1129 RR3AL14JQ

RD RR3AL14TF 752 0 0
GG
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TGACAAAACCGAAGACAACAACAACAACGACGTTCTGAATTTCAAGGCTACCGAGTTAAG
ACTCGGTTTACCCGGTTCTGAGTCACCGGAGCGAGTTGGGTTCATGTCGCTCAAGAGCTC
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GAGCATGGAAGGTGCCCCTTACTTGAGGAAAATCGATCTCAAGACTTACAAGAGCTACCT
TGAACTCTCTTCTGCTCTTGAGAAGATGTTCAGCTGCTTCACTATTGGTCAGTTTGGGTC
TCATGGAGGTTGTGGTCGAGATGGGTTAAACGAGAGTCGCTTAACTGATCTCTTGCGTGG
TTCTGAGTATGTTGTTACCTATGAAGACAAAGACAGTGACTGGATGCTGGTCGGTGATGT
CCCTTGGGAAATGTTTATATGCTCCTGTAA

QA 3 752 3 752
DS 

RD RR3AR31TF 818 0 0
GTGAATCCGCAGCAGCAGCAGCAGCAGAGCATGATTACATAGGTTTGTCTGAGTTTCCAA
CCATGGAAGCAACACAAATAATGTCTGACAAAACCGAAGACAACAACAACAACGACGTTC
TGAATTTCAAGGCTACCGAGTTAAGACTCGGTTTACCCGGCTCTGAGTCACCGGAGCGAG
TTGGGTTCATGTCGCTCAAGAGCTCATGTCCTGTGTCAGGTGCCAAAAGGGTGTTTTCTG
ACGCCATTAACGGGTCTACCAAATGGGTCTTCTCTCCTGATGTGAAAGACATTAAACCGG
CCGTTCCGGTTAAGGAGAAGAAGAGCTCTGCTCCAGCTTCCAAGGCACAAGTTGTGGGTT
GGCCACCGATTAGATCACTCAGGAAGAACACAATGGCTTCTTCTCAGTCTCAGAAACAAG
ATGGTTGTGATAATAATAACAACAACACAGGGACTGAAGGTGGAGAAACTAAGTCTGGAC
CTGAGCCTTGCTTGTATGTTAAAGTGAGCATGGAAGGTGCCCCTTACTTGAGGAAAATCG
ATCTCAAGACTTACAAGAGCTACCTTGAACTCTCTTCTGCTCTTGAGAAGATGTTCAGCT
GCTTCACTATTGGTCAGTTTGGGTCTCATGGAGGTTGTGGTCGAGATGGGTTAAACGAGG
GTCGCTTAACTGATCTCTTGCGTGGTTCTGAGTATGTTGTTACCTATGAAGACAAAGACA
GTGACTGGATGCTGGTCGGTGATGTCCCTTGGGAAATGTTTATATGCTCCTGTAAGAAGC
TGAG*ATCATGAAGAGCTCTGAG
CTATAGCTTAGCTCC

QA 1 803 1 803
DS 

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CACCGATTAGATCATTCAGGAAGAACACAATGGCTTCTTCTCAGTCTCAGAAACAAGATG
GTTGTGATAATAATAACAACAACACAGGGACTTAAGGTGGAGAAACTAAGTCTGGACCTG
AGCCTTGCTTGTATGTTAAAGTGAGCATGGAAGGTGCCCCTTACTTGAGGAAAATCGATC
TCAAGACTTACAAGAGCTACCTTGAACTCTCTTCTGCTCTTGAGAAGATGTTCAGCTGCT
TCACTATTGGTCAGTTTGGGTCTCATGGAGGTTGTGGTCGAGATGGGTTAAACGAGAGTC
GCTTAACTGATCTCTTGCGTGGTTCTGAGTATGTTGTTACCTATGAAGACAAAGACAGTG
ACTGGATGCTGGTCGGTGATGTCCCTTGGGAAATGTTTATATGCTCCTGTAAGAAGCTGA
GGATCATGAAGAGCTCTGAGGCTATAGGCTTAGCTCCAAGGGTGATGGAGAAATGCAGAA
GCCGGAACTAGTAACTGCAGCCCTTTTATAGTATGTGATATGATAAAATGATTTGGAAGA
ATGTTATTAAGAAATGTAATAGCCCATTTTGTTTTTCTAAGTATTCTTGTGTGTGTTGTG
TGCTAAGAGTGATGTTTGATCCTTCTTAAAACAGCCTCTACTACTAATAAGGCCTATTCT
GTCTCTGATCCATCAAATGGGTTTTGTGTGTTGTTTTGCTAGGTAAGACTTTCATAACTC
ATATGTATAAAAAGTTTGTCAGTGTGTAAAAGCAGACGCCTTTTTT

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR3AR31JQ 646 0 0
GGGACTGAAGGTGGAGAAACTAAGTCTGGACCTGAGCCTTGCTTGTATGTTAAAGTGAGC
ATGGAAGGTGCCCCTTACTTGAGGAAAATCGATCTCAAGACTTACAAGAGCTACCTTGAA
CTCTCTTCTGCTCTTGAGAAGATGTTCAGCTGCTTCACTATTGGTCAGTTTGGGTCTCAT
GGAGGTTGTGGTCGAGATGGGTTAAACGAGGGTCGCTTAACTGATCTCTTGCGTGGTTCT
GAGTATGTTGTTACCTATGAAGACAAAGACAGTGACTGGATGCTGGTCGGTGATGTCCCT
TGGGAAATGTTTATATGCTCCTGTAAGAAGCTGAGGATCATGAAGAGCTCTGAGGCTATA
GGCTTAGCTCCAAGGGTGATGGAGAAATGCAGAAGCCGGAACTAGTAACTGCAGCCCTTT
TATAGTATGTGATATGATAAAATGATTTGGAAGAATGTTATTAAGAAATGTAATAGCCCA
TTTTGTTTTTCTAAGTATTCTTGTGTGTGTTGTGTGCTAAGAGTGATGTTTGATCCTTCT
TAAAACAGCCTCTACTACTAATAAGGCCTATTCTGTCTCTAATCCATCAAATGGGTTTTG
TGTGTTGTTTCGCTAGGTAAGACTTTCATAACTCATATGTATAAAA

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 3

CO CL3358Contig1 972 3 4 U
AGAAAATTAATTTATAATTAAAAATCAAAATTTTATTTATTACTTTAAATCAGTATACAA
ATAACTAACGAACAAATTAAAAAATTAAGCCAAAAAATAATTAGCCTAAAGCTAAACTAA
GCATCCAATGGACTCCTCTGCTACATACATCAGAGTTTCTCTGTCAATCTTCTTGTCAAT
CTTCTTCGACTCTCGATACATGTACTTGTCAATCTTCTTTGACTCTCGGTATTTTTT*CA
GGACAGTGGATCTTGGTTGGTGTCCTGATGATGAAACCATCCTTCACAAGCTTCTGTTCT
GGCCACTACTTGTTGGGACAAGGCGCTGAATCCAAAACCATACTTTCAGATTTTCTTGAA
CATCAAAAAGCAAGTTTCCCTGTGAACGTGATTGCGAAGTAGAGATCGTAAAGCAACACA
CAGCAGTAGGAAATTCAAAAGAAAGCAAAAACAATCAACTTGCCAACAGAAACAGATTCA
AAACTACAATTCAAATCTTAATAAATCAGATTGATAATCAGAAACAGAAAATAGAAAAGA
AGAGTAACAGATCAAAACGAAAATCAAACCCAAACTTCTCATATCAATTTTGAATTCAAC
CAAAGACAAGTATACTTGAGCAATAAGGAACAGATTAACCCGACAGCTTTTTCAGAAACA
GATCACATCAAATCGACAACTTTTTCAGCAAGTTTAAAGACAGCAATAAAATCAGAGAAC
CTTAATCTATCAGATTTCGACAACCACAACACAGATCTAGCAATTCTTAGCATGAATATG
AAGAGATAAATCGAAAATCAGAGAGTTCGGAGAAAGAAGAAGAGAAGAAGAGCAGGTGGC
CGGCGAGGAAGAAGAAGAGAAGGAGGCCGACGAGGAAGGAGAAGAGAAGGAGGCCGAGGT
TTGCTAGGGCTTCGAGCACAGCTTACCCAGTCGCCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCT
CTTTTACCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU66JQ U 1
AF RR3HB76JQ U 20
AF RR3EU66TF C 187
BS 1 237 RR3EU66JQ
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BS 239 624 RR3EU66JQ
BS 625 972 RR3EU66TF

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DS 

RD RR3HB76JQ 609 0 0
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AAAAATTAAGCCAAAAAATAATTAGCCTAAAGCTAAACTAAGCATCCAATGGACTCCTCT
GCTACATACATCAGAGTTTCTCTGTCAATCTTCTTGTCAATCTTCTTCGACTCTCGATAC
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AATAAATCAGATTGATAATCAGAAACAGAAAATAGAAAAGAAGAGTAACAGATCAAAACG
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GCAAT
AAGG

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3EU66TF 786 0 0
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TGGATCTTGGTTGGTGTC*TGATGATGAAACCATCCTTCACAAGCTTCTGTTCTGGCCAC
TACTTGTTGGGACAAGGCGCTGAATCCAAAACCATACTTTCAGATTTTCTTGAACATCAA
AAAGCAAGTTTCCCTGTGAACGTGATTGCGAAGTAGAGATCGTAAAGCAACACACAGCAG
TAGGAAATTCAAAAGAAAGCAAAAACAATCAACTTGCCAACAGAAACAGATTCAAAACTA
CAATTCAAATCTTAATAAATCAGATTGATAATCAGAAACAGAAAATAGAAAAGAAGAGTA
ACAGATCAAAACGAAAATCAAACCCAAACTTCTCATATCAATTTTGAATTCAACCAAAGA
CAAGTATACTTGAGCAATAAGGAACAGATTAACCCGACAGCTTTTTCAGAAACAGATCAC
ATCAAATCGACAACTTTTTCAGCAAGTTTAAAGACAGCAATAAAATCAGAGAACCTTAAT
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TAAATCGAAAATCAGAGAGTTCGGAGAAAGAAGAAGAGAAGAAGAGCAGGTGGCCGGCGA
GGAAGAAGAAGAGAAGGAGGCCGACGAGGAAGGAGAAGAGAAGGAGGCCGAGGTTTGCTA
GGGCTTCGAGCACAGCTTACCCAGTCGCCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCTCTCTTTTA
CCTCCC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL3359Contig1 850 2 2 U
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ATCTCTCCAGAGGCAAACAACACAAAGTCTCAATCTTTGTTGAGGAGGAGAAGATGAGAG
GTGGGAGTCTATGGCAGCTAGGCCAATCCATAACCCGTCGTCTTGCTCAATCCGACAAGA
AAGCTCCCTCACGCCGCTGCTTCGCCTCTGGTGGTGCTGACCTAAAAAAAACCGCTCTTT
ACGACTTCCACGTCGCACACGGAGGAAAGATGGTTCCTTTCGCCGGTTGGAGCATGCCCA
TTCAGTACAAAGACTCCATCATCGACTCCACCGTTAACTGCAGGGTCAACGGGAGTCTAT
TCGACGTCGCGCACATGTGTGGCTTAAGCCTCAAGGGCAAAGACTGTGTGCCTTTCCTAG
AGACCCTCGTGGTTGCTGACGTGGCTGGTTTGGCTCCCGGAACGGGGAGTTTGACTGTGT
TCACGAATGAGAAAGGGGGTGCCATTGATGACTCGGTGATCACCAAGGTGACTGATGAGC
ATATCTATCTGGTGGTGAATGCTGGTTGTAGGGATAAGGATTTGGCTCATATTGAGGAGC
ACATGAAGGCTCTTAAGTCCAAAGGAGGTGATGTCTCTTGGCATATCCATGATGAGAGAT
CTCTTCTCGCCCTTCAGGGTCCTTTGGCTGCTCCGGTGCTTCAACACCTGACTAAAGAAG
ACTTGAGCAAGCTTTACTTTGGTCAGTTCCAGATCCTGGACATTAATGGTTCCACCTGCT
TCCTTACCAGGACCGGGTATACTGGAGAGATGGGTTTGAGATCTCGTTCCATCAGAGCAT
GCAGTTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AD31TF U 1
AF RR3DQ52TF U 115
BS 1 796 RR3AD31TF
BS 797 850 RR3DQ52TF

RD RR3AD31TF 796 0 0
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GTGGGAGTCTATGGCAGCTAGGCCAATCCATAACCCGTCGTCTTGCTCAATCCGACAAGA
AAGCTCCCTCACGCCGCTGCTTCGCCTCTGGTGGTGCTGACCTAAAAAAAACCGCTCTTT
ACGACTTCCACGTCGCACACGGAGGAAAGATGGTTCCTTTCGCCGGTTGGAGCATGCCCA
TTCAGTACAAAGACTCCATCATCGACTCCACCGTTAACTGCAGGGTCAACGGGAGTCTAT
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AGACCCTCGTGGTTGCTGACGTGGCTGGTTTGGCTCCCGGAACGGGGAGTTTGACTGTGT
TCACGAATGAGAAAGGGGGTGCCATTGATGACTCGGTGATCACCAAGGTGACTGATGAGC
ATATCTATCTGGTGGTGAATGCTGGTTGTAGGGATAAGGATTTGGCTCATATTGAGGAGC
ACATGAAGGCTCTTAAGTCCAAAGGAGGTGATGTCTCTTGGCATATCCATGATGAGAGAT
CTCTTCTCGCCCTTCAGGGTCCTTTGGCTGCTCCGGTGCTTCAACACCTGACTAAAGAAG
ACTTGAGCAAGCTTTACTTTGGTCAGTTCCAGATCCTGGACATTAATGGTTCCACCTGCT
TCCTTACCAGGACCGG

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3DQ52TF 736 0 0
G
GAGAGGTGGGAGTCTATGGCAGCTAGGCCGATCCATAACCCGTCGTCTTGCTCAATCCGA
CAAGAAAGCTCCCTCACGCCGCTGCTTCGCCTCTGGTGGTGCTGACCTAAAAAAAACCGC
TCTTTACGACTTCCACGTCGCACACGGAGGAAAGATGGTTCCTTTCGCCGGTTGGAGCAT
GCCCATTCAGTACAAAGACTCCATCATCGACTCCACCGTTAACTGCAGGGTCAACGGGAG
TCTATTCGACGTCGCGCACATGTGTGGCTTAAGCCTCAAGGGCAAAGACTGTGTGCCTTT
CCTAGAGACCCTCGTGGTTGCTGACGTGGCTGGTTTGGCTCCCGGAACGGGGAGTTTGAC
TGTGTTCACGAATGAGAAAGGGGGTGCCATTGATGACTCGGTGATCACCAAGGTGACTGA
TGAGCATATCTATCTGGTGGTGAATGCTGGTTGTAGGGATAAGGATTTGGCTCATATTGA
GGAGCACATGAAGGCTTTTAAGTCCAAAGGAGGTGATGTCTCTTGGCATATCCATGATGA
GAGATCTCTTCTCGCCCTTCAGGGTCCTTTGGCTGCTCCGGTGCTTCAACACCTGACTAA
AGAAGACTTGAGCAAGCTTTACTTTGGTCAGTTCCAGATCCTGGACATTAATGGTTCCAC
CTGCTTCCTTACCAGGACCGGGTATACTGGAGAGATGGGTTTGAGATCTCGTTCCATCAG
AGCATGCAGTTGATT

QA 2 736 2 736
DS 



AS 1 4

CO CL3360Contig1 914 4 6 U
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GGTGATTCGGATCCGAACTCCGTCGGTCCTCCTTCTGCTTTGACCTACCTGGATCCTCAC
TACTGGGACGAGAGGTTCTCTTCGGAGGAACACTATGAATGGTTCAAAGACTACTCTCAT
TTCCAGCATCTCATCAAATCCAACATCAATACCTCTTCTTCTGTATTGGAGCTGGGATGT
GGGAACTCGCAGTTGTGTGAAGAGCTGTACAAGGATGGGATTCTTGATATCACCTGCATT
GATTTATCTTCTGTTGCTGTCGACAAGTTGCAGACTCGATTGCTCTCAAAAGGCTACAAA
GAAATAAAAGTGAAGCAAGCTGACATGCTAGACCTCCCCTTTGACACCGAGTGTTTCGAT
GTGGTTATTGAGAAAGGAACCATGGATGTACTGTTTGTGGATGCTGGTGATCCATGGAAT
CCTCGTCAAGAAACCGTTAGCAAAGTTATGGCTACTCTTGATGGAGTTCACCGAGTTTTA
AAACCAAATGGGATTTTCATTTCTATTACTTTTGGCCAGCCGCATTTCAGGCGTCCTTTG
TTTATGGATCCCAAGTTTAATTGGTCCATGGAGTACAACACTTTTGGCGATGGCTTCCAT
TATTTCTTCTATATCTTAAGAAAGGGAAAGAGGCGAATTGATGAGAAAGGAGAAGATGAG
AAACATAGTGATCCACCAATAAACATGTATCAAGATGAACTTGAAGGCGAAGACTACCTC
TTCCGAACAAACATCGATGCTGAGGAAGATTAGTTGTTTGTCGGCTGCGTAATGTTCTCA
CTATTTTGATTTATAAATTGTAACTCATCTTTTTTGATTTTAAGACAAAAAGGATTAAAC
TAAAAAATGGAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3D404TF U 17
AF RR3H027TF U 1
AF RR3H027JQ C 125
AF RR3D404JQ C 169
BS 1 227 RR3H027TF
BS 228 228 RR3D404TF
BS 229 684 RR3H027TF
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BS 822 822 RR3D404JQ
BS 823 914 RR3H027JQ

RD RR3D404TF 543 0 0
GG
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TCCGTCGGTCCTCCTTCTGCTTTGACCTACCTGGATCCTCACTACTGGGACGAGAGGTTC
TCTTCGGAGGAACACTATGAATGGTTCGAAGACTACTCTCATTTCCAGCATCTCATCAAA
TCCAACATCAATACCTCTTCTTCTGTATTGGAGCTGGGATGTGGGAACTCGCAGTTGTGT
GAAGAGCTGTACAAGGATGGGATTCTTGATATCACCTGCATTGATTTATCTTCTGTTGCT
GTCGACAAGTTGCAGACTCGATTGCTCTCAAAAGGCTACAAAGAAATAAAAGTGAAGCAA
GCTGACATGCTAGACCTCCCCTTTGACACCGAGTGTTTCGATGTGGTTATTGAGAAAGGA
ACCATGGATGTACTGTTTGTGGATGCTGGTGATCCATGGAATCCTCGTCAAGAAACCGTT
AGCAAAGTTATGGCTACTCTTGATGGAGTTCACCGAGTTTTAAAACCAAATGGGATTTTC
A

QA 3 543 3 543
DS 

RD RR3H027TF 684 0 0
GGAAAGGAGAATCGAGCTAAGTGATCATCAAGTCAAGCGATGGAGAGTAGACCCGCTAAT
GGTGATTCGGATCCGAACTCCGTCGGTCCTCCTTCTGCTTTGACCTACCTGGATCCTCAC
TACTGGGACGAGAGGTTCTCTTCGGAGGAACACTATGAATGGTTCAAAGACTACTCTCAT
TTCCAGCATCTCATCAAATCCAACATCAATACCTCTTCTTCTGTATTTGAGCTGGGATGT
GGGAACTCGCAGTTGTGTGAAGAGCTGTACAAGGATGGGATTCTTGATATCACCTGCATT
GATTTATCTTCTGTTGCTGTCGACAAGTTGCAGACTCGATTGCTCTCAAAAGGCTACAAA
GAAATAAAAGTGAAGCAAGCTGACATGCTAGACCTCCCCTTTGACACCGAGTGTTTCGAT
GTGGTTATTGAGAAAGGAACCATGGATGTACTGTTTGTGGATGCTGGTGATCCATGGAAT
CCTCGTCAAGAAACCGTTAGCAAAGTTATGGCTACTCTTGATGGAGTTCACCGAGTTTTA
AAACCAAATGGGATTTTCATTTCTATTACTTTTGGCCAGCCGCATTTCAGGCGTCCTTTG
TTTATGGATCCCAAGTTTAATTGGTCCATGGAGTACAACACTTTTGGCGATGGCTTCCAT
TATTTCTTCTATATCTTAAGAAAG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3H027JQ 790 0 0
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ACTCGCAGTTGTGTGAAGAGCTGTACAAGGATGGGATTCTTGATATCACCTGCATTGATT
TATCTTCTGTTGCTGTCGACAAGTTGCAGACTCGATTGCTCTCAAAAGGCTACAAAGAAA
TAAAAGTGAAGCAAGCTGACATGCTAGACCTCCCCTTTGACACCGAGTGTTTCGATGTGG
TTATTGAGAAAGGAACCATGGATGTACTGTTTGTGGATGCTGGTGATCCATGGAATCCTC
GTCAAGAAACCGTTAGCAAAGTTATGGCTACTCTTGATGGAGTTCACCGAGTTTTAAAAC
CAAATGGGATTTTCATTTCTATTACTTTTGGCCAGCCGCATTTCAGGCGTCCTTTGTTTA
TGGATCCCAAGTTTAATTGGTCCATGGAGTACAACACTTTTGGCGATGGCTTCCATTATT
TCTTCTATATCTTAAGAAAGGGAAAGAGGCGAATTGATGAGAAAGGAGAAGATGAGAAAC
ATAGTGATCCACCAATAAACATGTATCAAGATGAACTTGAAGGCGAAGACTACCTCTTCC
GAACAAACATCGATGCTGAGGAAGATTAGTTGTTTGTTGGCTGCGTAATGTTCTCACTAT
TTTGATTTATAAATTGTAACTCATCTTTTTTGATTTTAAGACAAAAAGGATTAAACTAAA
AAATGGAGTT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3D404JQ 746 0 0
GACTACTCTCATTTCCAGCATCTCATCAAATCCAACATCAATACCTCTTCTTCTGTATTG
GAGCTGGGATGTGGGAACTCGCAGTTGTGTGAAGAGCTGTACAAGGATGGGATTCTTGAT
ATCACCTGCATTGATTTATCTTCTGTTGCTGTCGACAAGTTGCAGACTCGATTGCTCTCA
AAAGGCTACAAAGAAATAAAAGTGAAGCAAGCTGACATGCTAGACCTCCCCTTTGACACC
GAGTGTTTCGATGTGGTTATTGAGAAAGGAACCATGGATGTACTGTTTGTGGATGCTGGT
GATCCATGGAATCCTCGTCAAGAAACCGTTAGCAAAGTTATGGCTACTCTTGATGGAGTT
CACCGAGTTTTAAAACCAAATGGGATTTTCATTTTTATTACTTTTGGCCAGCCGCATTTC
AGGCGTCCTTTGTTTATGGATCCCAAGTTTAATTGGTCCATGGAGTACAACACTTTTGGT
GATGGCTTCCATTATTTCTTCTATATCTTAAGAAAGGGAAAGAGGCGAATTGATGAGAAA
GGAGAAGATGAGAAACATAGTGATCCACCAATAAACATGTATCAAGATGAACTTGAAGGC
GAAGACTACCTCTTCCGAACAAACATCGATGCTGAGGAAGATTAGTTGTTTGTCGGCTGC
GTAATGTTCTCACTATTTTGATTTATAAATTGTAACTCATCTTTTTTGATTTTAAGACAA
AAAGGATTAAACTAAAAAATGGAGTT

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 4

CO CL3361Contig1 1248 4 9 U
GCTAGTACAAAGCAGAAGCAGAGGAGGAGGGGACATGAAGAGAGTGAAAACCAGAACCCA
AATTTAGCCACGCCTCCAAGATCATGGCGATCAGCACTCAAGTCATCTTCCGCCAAGAAG
ATTAGAGAGACGGCACCGAAGATAAAGAGCACGCAAGAAAGCCATTGCTGGAAGTGAGCA
AAGAGAAGTTCCATGAGTCCACAAACGTTAAAGGAAGCACCTTTAAAGGAAACCGTAGAA
GGAAGAAGAAAGTGATGATGCGGAGAACATTCCTATCTGTTGTAGAGATGAAAGGAGAGG
AGTGTAGAAGTTACAAGATGAAAGGAAAGGAGAGGAGTGGATGATGGTTTGACGCTAAGA
AACTGTTCAAGTTTCGTGATGCTCTCTTGGAAGTTACAAGCTGCAGAGCTTGACACTGAG
TGGCCTGATGTGGAGTCTCTGATCAAGGAGGTGAAATGGTTGAAGGAATTCAATCTGTTT
CAAAATTTTGGTTCTTATGCTTCAACTTCC*GGTAAATTTTTGTAATCAGTTTAGTTTTC
AGTATGAAGAAATTTCACGTTTTGTTTGCAAGAGAGTGTTATCTCACGCAGTGGTTGATC
ATTTGTCTCTGTAACCTGAGAACTGATGTATTAGAATCGATAAGTTGCAGTGTTGAGATT
CTCCATTAAATGATTTTGCCTTAGCATGCATGTGCTGATGATACTTTCTGTTTGTTCCTT
GTAAATCAAAAGGAACGATGATGTATGATCCAGGTGACAGTAACAACAAGCAAGATATCT
CGTGAAAAAGATGAGCCTGTTTTGTGTATTTTGATTCTTTACTTGGCTATATATTTACTC
TGTTTCTTCTCTTATAACAAAACTCTAATTATCAGTTTGATATGGCTTAGTGTAGGCCTA
GGTGATGGTATTAATATTGACAGTTTCGTTTGTGTAATATGTTGACTACTCTTGGTTTTG
TTATTCTAAACTTTGTTTGATATATGTTCATTATATCAGAGAGATTGGACCAAGGCACAG
CTACTTGCAAAGGAGGACAAGCCAGAAGGCACTGAGTGGAGACTGAGCATCGCTATTCAC
TTGAGCTTGAATTGAATCACAGCGTGTTTGGATGATATATTCTGACAGTAGAATGACCGG
ATGCTCTATTGATTTGTTTTTGCTTATGTAAATTTTGGATATGAAAATTTTGGATAGTAT
ATGAAATAATGTATGTTTTATAAGTTTAGTGAAAATACGTTTGACTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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AF RR3AD55TF U 1
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AF RR3AD55JQ C 302
AF RR3H267JQ C 472
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CAAAATTTTGGTTCTTATGCTTCAACTTCC*GGTAAATTTTTGTAATCAGTTTAGTTTTC
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AGATGAAAGGAAAGGAGAG*AGTGGATGATGGTTTGACGCTAAGAAACTGTTCAAGTTTC
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TATGCTTCAACTTCC*GGTAAATTTTTGTAATCAGTTTAGTTTTCAGTATGAAGAAATTT
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CCTGTTTTGTGTATTTCGATTCTTTACTTGGCTATATATTTACTCTGTTTCTTCTCTTAT
AACAAAACTCTAATTATCAGTTTGATATGGCTTAGTGTAGGCCTAGGTGATGGTATTAAT
ATTGACAGTTTCGTTTGTGTAATATGTTGACTACGCTTGGTTTTGTTATTCTAAACTTTG
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TATTTACTCTGTTTCTTCTCTTATAACAAAACTCTAATTATCAGTTTGATATGGCTTAGT
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AATGACCGGATGCTCTATTGATTTGTTTTTGCTTATGTAAATTTTGGATATGAAAATTTT
GGATAGTATATGAAATAATGTATGTTTTATAAGTTT

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 4

CO CL3362Contig1 1085 4 10 U
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TCCAAATTCCAAAACATCGTGAACAATGTTTTCATCATCTGTCTCAAAAACCGTTTTGGT
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AAGATGTCCTATGAACAAGGGGGCAATCGTATGGTTTGACCGATGTCTTCTCAGGATTTC
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AAAGT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3CL85TF U 1
AF RR3AR38TF U 73
AF RR3AR38JQ C 137
AF RR3CL85JQ C 310
BS 1 259 RR3CL85TF
BS 260 260 RR3AR38TF
BS 261 614 RR3CL85TF
BS 615 793 RR3AR38TF
BS 794 794 RR3AR38JQ
BS 795 859 RR3AR38TF
BS 860 860 RR3AR38JQ
BS 861 880 RR3AR38TF
BS 881 969 RR3AR38JQ
BS 970 1085 RR3CL85JQ

RD RR3CL85TF 614 0 0
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TCCAAATTCCAAAACATCGTGAACAATGTTTTCATCATCTGTCTCAAAAACCGTTTTGGT
CCCTATCTTGGCCGTAGTAGCCGCCATACAACTCTTCTTTATACACAGTGTTGCGTCTGT
AAACGAGACCAATGCGTATTTATACCACAAATGCTTAGAGAAGGATGGGAAATATAAGTC
AAAGAGTCTCTACGAGAAAGACCTCAACAGTCTCATCTCTAACACATCTGTAGAAGATTA
CATCTATGGCGTCTATGGTTATAGTCCTGATACTGTCTACATGGTTATCCAATGTCGTGG
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GAAAGTGAGAGATCCAGCGTCGTTTAACGCTAAGACAAAGACTTTTCTCACCAAGCTGAC
AAAGGAAGCCACTC

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DS 

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AGG
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AGTAGCCGCCATACAACTCTTCTTTATACACAGTGTTGCGTCTGTAAACGAGACCAATGC
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GAAAAACCTCAACAGTCTCATCTCTAACACATCTGTAGAAGATTACATCTATGGCGTCTA
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CAAGTGTGATACATGCCTGTCCACTGCTTACTCTGAGCTCCGTAAAAGATGTCCTATGAA
CAAGGGGGCAATCGTATGGTTTGACCGATGTCTTCTCAGGATTTCTCCGACCACTTTCAT
AAACGAGATGGATCTCAAGAACAAGTTTTATATGTACAACAGGAAGAAAGTGAGAGATCC
AGCGTCGTTTAACGCTAAGACAAAGACTTTTCTCACCGAGCTGACAAAGGAAGCCACTCG
TAAAGGTTCGGACAGGTCTCCTGCACAGGAGTATTACGAGCCTGGGGATATGAAGCTTGA
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TACGAAATGTTTGGATACGATTATTGGGGAGCTTCCTAGTTGTTGTGATGGTAAAGAAAG
AGGAAGAGTTGTGAGTGGGAGTTGTAACTTTAGGTATGAGATTTACCCTTTTCTTGGCAC
TCAA*GATGAGAGCTCCATGTTTTT

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DS 

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TATTTATACCACAAATGCTTAGAGAAGGATGGGAAATATAAGTCAAAGAGTCTCTACGAG
AAAAACCTCAACAGTCTCATCTCTAACACATCTGTAGAAGATTACATCTATGGCGTCTAT
GGTTATAGTCCTGATACTGTCTACATGGTTATCCAATGTCGTGGTGACTCTTACGGCCCC
AAGTGTGATACATGCCTGTCCACTGCTTACTCTGAGCTCCGTAAAAGATGTCCTATGAAC
AAGGGGGCAATCGTATGGTTTGACCGATGTCTTCTCAGGATTTCTCCGACCACTTTCATA
AACGAGATGGATCTCAAGAACAAGTTTTATATGTACAACAGGAAGAAAGTGAGAGATCCA
GCGTCGTTTAACGCTAAGACAAAGACTTTTCTCACCGAGCTGACAAAGGAAGCCACTCGT
AAAGGTTCGGACAGGTCTCCTGCACAGGAGTATTACGAGCCTGGGGATATGAAGCTTGAC
GGGAAGATGAAGCTGTATGGAATGGTGCAGTGCACGCGACTCATATGGAACTCAGATTGT
ACGAAATGTTTGGATACGATTATTGGGGAGCTTCCTAGTTGTTGTGATGGTAAAGAAGGA
GGAAGAGTTGTGAGTGGGAGTTGTAACTTTAGGTATGAGATTTACCCTTTTCTTGGCACT
CAAAGATGAGAGCTCCATGTTTTTTTTTTGGGTGCTCTCCTTCATTGGGATGCTTTAACA
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DS 

RD RR3CL85JQ 776 0 0
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CGGCCCCAAGTGTGATACAGGCCTGTCCACTGCTTACTCTGAGCTCCGTAAAAGATGTCC
TATGAACAAGGGGGCAATCGTATGGTTTGACCGATGTCTTCTCAGGATTTCTCCGACCAC
TTTCATAAACGAGATGGATCTCAAGAACAAGTTTTATATGTACAACAGGAAGAAAGTGAG
AGATCCAGCGTCGTTTAACGCTAAGACAAAGACTTTTCTCACCAAGCTGACAAAGGAAGC
CACTCGTAAAGGTTCGGACAGGTCTCCTGCACAGGAGTATTACGAGCCTGGGGATATGAA
GCTTGACGGGAAGATGAAGCTGTATGGAATGGTGCAGTGCACGCGACTCATATGGAACTC
AGATTGTACGAAATGTTTGGATACGATTATTGGGGAGCTTCCTAGTTGTTGTGATGGTAA
AGAAGGAGGAAGAGTTGTGAGTGGGAGTTGTAACTTTAGGTATGAGATTTACCCTTTTCT
TGGCACTCAAAGATGAGAGCTCCATGTTTTTTTTTTGGGTGCTCTCCTTCATTGGGATGC
TTTAACATGTTTGTATCAAGAGATAATATTTAGTTATTTATTTACATGTTCTTGCTGTAC
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GACAATAAGATCTTGCCTGAAGTTGACAAGCGGGTTTCATGAATTAATGGTAAAGT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 3

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ATCTGTTGGGAAAGGTTTGAGTGGAGGGATAAATACCTTCATTGCTCATAAAACTAGGGT
TTCTTCTGCTACAAACATGACACTGGATGCTTTAAAGATAGCTCAGGGTTCATTTGCATC
AAAGAATATCAAGATTCTTTCAGCTGATAAGACAAACCCTGGAATACCACCATCATCCAT
GATGGCATTCATGAAGAAGAACCCTCAGACTTCAGCTGTTGTTCTTGAAGACTTTGATAC
CAAGTTTGTTAATAAGTTCTACCATAGTCACCTCGATGACTTGTCAAATATCAACTCCTC
ATCTGTAGTAGCAGCTGCTTCTGTTGTGGCCCGTACGCTTTACATCCTTGCAAGTGACAG
CAAAGATTCAAGCAATTCAGCTCTGGGATCTATCCATGTCAATGCTTCTTTTGTTGAAGA
GCTTCTAGCCTGTCTTCTATCTTGTGAGCCGGGCTTATCATGCAACTTGGTCAAAGATTA
TATTTCACCGACGAACACTTGCCCAGGCAACTATGCTGGCGTCATCATTGGAGAACCTTC
CTCCAAACCTTACCTTGGTTCCGTCAGTGACGTTCCTAGATTCCTATGGAACTTTCTGGC
TGAAAAAACATCTGTACAAAAGGGAAACACAACCTCGGTTTGTTCAAAAGGAAGCTGTAG
CAGAACCGACCAAGTGTGTATCAAAGCAGAGAGTAACAAGGAGGGAACATGCGTGGTCTC
CACAACCAGGTATGTTCCAGCATATTCAACAAGGTTGAAGTATGCAGATGGCGCTTTGGA
CTATTCTGCCCCAAAACACATCGGATTCTATGGGGGATGGGTTGATCCGGTCTGGACGGA
GAGCAATTGGAACACTATAGGCGTGCAAGTGTACAGGGTCCAGCACTCAGCATACGACAA
TGCAGTCCTTGTAGCGGGTATTACAGTCACAACATTGGCATATATTGGAATTATGGTTGC
CAAATCGTTCATCACAAAAGCTTTGAAGCAGGACTGAGACTTGATTGTAGCTCCCAAAAT
TTTACTTGTCAGTTTCCCCCCATGTGACACCAACTGTAAGGTGGTAGAAACCTTTTTCTC
ACAATTCACAACTGAAAGCTATATTGAAAACAGTTGTTCCTTTTTTGGAGATGGTTCATA
TTAAATTCTCAGTATTTATCAAAAAAAGCAAGCTTTAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A402TF U 1
AF RR3BH33TF U 323
AF RR3BH33JQ C 411
BS 1 339 RR3A402TF
BS 340 340 RR3BH33TF
BS 341 565 RR3A402TF
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BS 1075 1096 RR3BH33TF
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RD RR3A402TF 565 0 0
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ATCTGTTGGGAAAGGTTTGAGTGGAGGGATAAATACCTTCATTGCTCATAAAACTAGGGT
TTCTTCTGCTACAAACATGACACTGGATGCTTTAAAGATAGCTCAGGGTTCATTTGCATC
AAAGAATATCAAGATTCTTTCAGCTGATAAGACAAACCCTGGAATACCACCATCATCCAT
GATGGCATTCATGAAGAAGAACCCTCAGACTTCAGCTGTTGTTCTTGAAGACTTTGATAC
CAAGTTTGTTAATAAGTTCTACCATAGTCACCTCGATGATTTGTCAAATATCAACTCCTC
ATCTGTAGTAGCAGCTGCTTCTGTTGTGGCCCGTACGCTTTACATCCTTGCAAGTGACAG
CAAAGATTCAAGCAATTCAGCTCTGGGATCTATCCATGTCAATGCTTCTTTTGTTGAAGA
GCTTCTAGCCTGTCTTCTATCTTGTGAGCCGGGCTTATCATGCAACTTGGTCAAAGATTA
TATTTCACCGACGAACACTTGCCCA

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3BH33TF 775 0 0
G
ATAGTCACCTCGATGACTTGTCAAATATCAACTCCTCATCTGTAGTAGCAGCTGCTTCTG
TTGTGGCCCGTACGCTTTACATCCTTGCAAGTGACAGCAAAGATTCAAGCAATTCAGCTC
TGGGATCTATCCATGTCAATGCTTCTTTTGTTGAAGAGCTTCTAGCCTGTCTTCTATCTT
GTGAGCCGGGCTTATCATGCAACTTGGTCAAAGATTATATTTCACCGACGAACACTTGCC
CAGGCAACTATGCTGGCGTCATCATTGGAGAACCTTCCTCCAAACCTTACCTTGGTTCCG
TCAGTGACGTTCCTAGATTCCTATGGAACTTTCTGGCTGAAAAAACATCTGTACAAAAGG
GAAACACAACCTCGGTTTGTTCAAAAGGAAGCTGTAGCAGAACCGACCAAGTGTGTATCA
AAGCAGAGAGTAACAAGGAGGGAACATGCGTGGTCTCCACAACCAGGTATGTTCCAGCAT
ATTCAACAAGGTTGAAGTATGCAGATGGCGCTTTGGACTATTCTGCCCCAAAACACATCG
GATTCTATGGGGGATGGGTTGATCCGGTCTGGACGGAGAGCAATTGGAACACTATAGGCG
TGCAAGTGTACAGGGTCCAGCACTCAGCATACGACAATGCAGTCCTTGTAGCGGGTATTA
CAGTCACAACATTGGCATATATTGGAATTATGGTTGCCAAATCGTTCATCACAAAAGCTT
TGAAGCAGGACTGAGACTTGATTGTAGCTCTCAAAATTTTACTTGTCAGTTTC
T

QA 2 774 2 774
DS 

RD RR3BH33JQ 829 0 0
CAAGTGACAGCAAAGATTCAAGCAATTCAGCTCTGGGATCTATCCATGTCAATGCTTCTT
TTGTTGAAGAGCTTCTAGCCTGTCTTCTATCTTGTGAGCCGGGCTTATCATGCAACTTGG
TCAAAGATTATATTTCACCGACGAACACTTGCCCAGGCAACTATGCTGGCGTCATCATTG
GAGAACCTTCCTCCAAACCTTACCTTGGTTCCGTCAGTGACGTTCCTAGATTCCTATGGA
ACTTTCTGGCTGAAAAAACATCTGTACAAAAGGGAAACACAACCTCGGTTTGTTCAAAAG
GAAGCTGTAGCAGAACCGACCAAGTGTGTATCAAAGCAGAGAGTAACAAGGAGGGAACAT
GCGTGGTCTCCACAACCAGGTATGTTCCAGCATATTCAACAAGGTTGAAGTATGCAGATG
GCGCTT*GGACTATTCTGCCCCAAAACACATCGGATTCTATGGGG*ATGG*TTGATCCGG
TCTGGACGGAGAGCAATTGGAACACTATAGGCGTGCAAGTGTACAGGGTCCAGCACTCAG
CATACGACAATGCAGTCCTTGTAGCGGGTATTACAGTCACAACATTGGCATATATTGGAA
TTATGGTTGCCAAATCGTTCATCACAAAAGCTTTGAAGCAGGACTGAGACTTGATTGTAG
CTCCCAAAATTTTACTTGTCAGTTTCCCCCCATGTGACACCAACTGTAAGGTGGTAGAAA
CCTTTTTCTCACAATTCACAACTGAAAGCTATATTGAAAACAGTTGTTCCTTTTTTGGAG
ATGGTTCATATTAAATTCTCAGTATTTATCAAAAAAAGCAAGCTTTAAT

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 3

CO CL3364Contig1 793 3 4 U
GGCTTCCGAGTCATCCATCCATCCAAGGCGAGAGAAAAGAAACGCTACGATCACGAGAAG
GGCAAAAGATTCGTTCCTAATTGTTTCGATCCGATACTCGAGAAG*********GAAGAT
*****TCATCATGATAGGGTTGTTCAAGGTTAAGGAGAAGCAAAAAGAGGAAGCCAAGAA
CAACAACACAAGAGGAGCTTCTGCCAAGAAACAATCTGCTGGTGAACTTCGTCTTCACAA
AGATATAACAGAGCTGAACCTGCCAAAGTCTTGTTCCATATCTTTTCCTAATGGAAAGAA
TGACTTGATGAACTTTGAAGTCACCATCAAACCCGACGACGGCTATTACTTAGGTGGTAA
ATTCGTTTTCACGTTCCAAGTCTCTCCGGTGTATCCACATGAAGCTCCAAAAGTTAAGTG
CAAGACCAAGGTGTACCATCCGAATATCGATTTAGAAGGAAACGTTTGTCTCAACATCTT
GCGTGAAGACTGGAAACCTGTTCTCGACATTAACACTCTCATCTACGGTCTCTTCCATCT
CTTCACGGAACCCAATCACGAAGATCCTCTCAACCATGACGCAGCAGCGGTTTTAAGGGA
TAACCCCAAGCAGTTTGAGTCTAATGTCAAGAGGGCTATGAGTGGTGGCTATGTTGGCCA
AACCTCATTCCCTCGCTGCATCTAAGTTATAATAAGCTATGCTTCTGTTTCACTTCACTT
TTCTTCT*CCCTAGAGACTTTT*GTGTTTGCTCTCTTGTACATTTTGGCTTTTATGACAT
CGCTTTATATATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA66JQ C 1
AF RR3CA66TF U 1
AF RR3EG52TF U 6
BS 1 7 RR3CA66JQ
BS 8 772 RR3CA66TF
BS 773 773 RR3EG52TF
BS 774 793 RR3CA66TF

RD RR3CA66JQ 792 0 0
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GGCAAAAGATTCGTTCCTAATTGTTTCGATCCGATACTCGAGAAG*********GAAGAT
*****TCATCATGATAGGGTTGTTCAAGGTTAAGGAGAAGCAAAAAGAGGAAGCCAAGAA
CAACAACACAAGAGGAGCTTCTGCCAAGAAACAATCTGCTGGTGAACTTCGTCTTCACAA
AGATATAACAGAGCTGAACCTGCCAAAGTCTTGTTCCATATCTTTTCCTAATGGAAAGAA
TGACTTGATGAACTTTGAAGTCACCATCAAACCCGACGACGGCTATTACTTAGGTGGTAA
ATTCGTTTTCACGTTCCAAGTCTCTCCGGTGTATCCACATGAAGCTCCAAAAGTTAAGTG
CAAGACCAAGGTGTACCATCCGAATATCGATTTAGAAGGAAACGTTTGTCTCAACATCTT
GCGTGAAGACTGGAAACCTGTTCTCGACATTAACACTCTCATCTACGGTCTCTTCCATCT
CTTCACGGAACCCAATCACGAAGATCCTCTCAACCATGACGCAGCAGCGGTTTTAAGGGA
TAACCCCAAGCAGTTTGAGTCTAATGTCAAGAGGGCTATGAGTGGTGGCTATGTTGGCCA
AACCTCATTCCCTCGCTGCATCTAAGTTATAATAAGCTATGCTTCTGTTTCACTTCACTT
TTCTTCTTCCCTAGAGACTTTTTGTGTTTGCTCTCTTGTACATTTTGGCTTTTATGACAT
CGCTTT
TATTAT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3CA66TF 793 0 0
GGCTTCC
GAGTCATCCATCCATCCAAGGCGAGAGAAAAGAAACGCTACGATCACGAGAAGGGCAAAA
GATTCGTTCCTAATTGTTTCGATCCGATACTCGAGAAG*********GAAGAT*****TC
ATCATGATAGGGTTGTTCAAGGTTAAGGAGAAGCAAAAAGAGGAAGCCAAGAACAACAAC
ACAAGAGGAGCTTCTGCCAAGAAACAATCTGCTGGTGAACTTCGTCTTCACAAAGATATA
ACAGAGCTGAACCTGCCAAAGTCTTGTTCCATATCTTTTCCTAATGGAAAGAATGACTTG
ATGAACTTTGAAGTCACCATCAAACCCGACGACGGCTATTACTTAGGTGGTAAATTCGTT
TTCACGTTCCAAGTCTCTCCGGTGTATCCACATGAAGCTCCAAAAGTTAAGTGCAAGACC
AAGGTGTACCATCCGAATATCGATTTAGAAGGAAACGTTTGTCTCAACATCTTGCGTGAA
GACTGGAAACCTGTTCTCGACATTAACACTCTCATCTACGGTCTCTTCCATCTCTTCACG
GAACCCAATCACGAAGATCCTCTCAACCATGACGCAGCAGCGGTTTTAAGGGATAACCCC
AAGCAGTTTGAGTCTAATGTCAAGAGGGCTATGAGTGGTGGCTATGTTGGCCAAACCTCA
TTCCCTCGCTGCATCTAAGTTATAATAAGCTATGCTTCTGTTTCACTTCACTTTTCTTCT
*CCCTAGAGACTTTT*GTGTTTGCTCTCTTGTACATTTTGGCTTT*ATGACATCGCTTTA
TATATA

QA 8 793 8 793
DS 

RD RR3EG52TF 778 0 0
GG
GAGTCATCCATCCATCCAAGGGGAGAGAAAAGAAACGCTACGATCACGAGAAGGGCAAAA
GATTCGTTCCTAATTGTTTCGATCTGA*ACTCAAGAAGAAGAAGAAGGAAGAGGCATATC
ATCATGATAGGGTTGTTCAAGGTTAAGGAGAAGCAAAAAGAGGAAGCTAAGAACAACAAC
ACAAGAGGAGCTTCTGCCAAGAAACAATCTGCTGGTGAACTTCGTCTTCACAAAGATATA
ACAGAGCTCAATCTGCCAAAGTCTTGTTCTATATCTTTTCCTAATGGAAAGAATGACTTG
ATGAACTTTGAAGTCACCATCAAACCCGACGATGGCTATTACTTAGGTGGTAAATTCGTT
TTCACGTTCCAAGTCTCTCCGGTGTATCCACATGAAGCTCCAAAAGTTAAGTGCAAGACC
AAGGTGTACCATCCGAACATCGATTTAGAAGGAAACGTTTGTCTCAACACCTTGCGTGAA
GACTGGAAACCTGTTCTCAACATTAACACTCTCATCTACGGTCTTTTCCATCTCTTCACG
GAACCCAATCACGAGGATCCTCTCAACCATGACGCAGCTGCGGTTTTAAGGGATAACCCC
AAGCAGTTTGAGTCTAATGTCAAGAGGGCTATGAGTGGTGGCTATGTTGGCCAAACCTCA
TTCCCTCGCCGCATCTAAGTTATAATAAGCTATGCTTCTGTTTCACTTCACTTTTCTTCT
*CTCTAGAGACTTTT*GTGTTTGCTCTCTTGTACATTTTGGCTTTTATGACATCGC

QA 3 778 3 778
DS 



AS 1 4

CO CL3365Contig1 763 4 8 U
GGGAGCGAGAACCAATCGGTTCTTGGAAGGGTTGAGACTAGAGCGAGAGATGAGCAGCTT
CGCGGTTCCACTTTCTTCCTCGTCCTCTCTCTCCAATGCCTATCATCAACCTTCTCGTGT
TCGCTTTGATTTCCACAATCCTCGTTCCATGTTTGAGATTCGCGGGATACGACTAAGTGG
GAGGGTTCGAAGAACATCTTTAAAGTGCAATTGCTGCAGCAATGGGAGCGGAGGTGAAAA
CGAAAACAGAAATGTGTTAGATGCTTTCTTTCTGGGAAAGCCACTAGCTGAGGTTATCAA
CGAGCGAATTGAGTCCGCAGTTGGCGAAGTTTTGGGTAATATTGGAAGGTTTCAAGCTGA
GCAACAGAAGCAAGTTCAAGAGATTCAGGGAGAGGTGCTAGAAAGAGCCAAGAAAGCTAA
AGAAAGAGCAGCTAGGGAAACCGTGGAGGCACAAGGACTCGTACCCGAATCCACAAACCC
AAAACCAGCTGCTGGTGTTGTTGCCTCTGTTGTAACCCCTATCTCGATCGTTGAAAGCAA
GGCTATAAGAAATGATGAAAAGCTGCCGGGTTTCTCCGGATCTTCAGAGCCCGACATTAT
GGATAGCTCGAGTTCTAGTGACGAAGAAAGTGACTAAGGGATTGTTCCTTGGGCCAATTT
CAAGGTTTGGTTATAGTATCAGACTTGTTTGAAACGGTTGAGAACATCTTCGTTGATATA
TGTACTTATAACGATGGAAGTTGAGAATAAATAACCTTGATGT


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FE52TF U 1
AF RR3FE52JQ C 5
AF RR3AL67JQ C 447
AF RR3AL67TF U 447
BS 1 280 RR3FE52TF
BS 281 281 RR3FE52JQ
BS 282 664 RR3FE52TF
BS 665 665 RR3AL67TF
BS 666 698 RR3FE52TF
BS 699 699 RR3AL67TF
BS 700 741 RR3FE52TF
BS 742 763 RR3FE52JQ

RD RR3FE52TF 747 0 0
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CGCGGTTCCACTTTCTTCCTCGTCCTCTCTCTCCAATGCCTATCATCAACCTTCTCGTGT
TCGCTTTGATTTCCACAATCCTCGTTCCATGTTTGAGATTCGCGGGATACGACTAAGTGG
GAGGGTTCGAAGAACATCTTTAAAGTGCAATTGCTGCAGCAATGGGAGCGGAGGTGAAAA
CGAAAACAGAAATGTGTTAGATGCTTTCTTTCTGGGAAAGGCACTAGCTGAGGTTATCAA
CGAGCGAATTGAGTCCGCAGTTGGCGAAGTTTTGGGTAATATTGGAAGGTTTCAAGCTGA
GCAACAGAAGCAAGTTCAAGAGATTCAGGGAGAGGTGCTAGAAAGAGCCAAGAAAGCTAA
AGAAAGAGCAGCTAGGGAAACCGTGGAGGCACAAGGACTCGTACCCGAATCCACAAACCC
AAAACCAGCTGCTGGTGTTGTTGCCTCTGTTGTAACCCCTATCTCGATCGTTGAAAGCAA
GGCTATAAGAAATGATGAAAAGCTGCCGGGTTTCTCCGGATCTTCAGAGCCCGACATTAT
GGATAGCTCGAGTTCTAGTGACGAAGAAAGTGACTAAGGGATTGTTCCTTGGGCCAATTT
CAAG*TTTGGTTATAGTATCAGACTTGTTTGAAACGGT*GAGAACATCTTCGTTGATATA
TGTACTTATAACGATGGAAGT
GAGAAT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3FE52JQ 759 0 0
GCGAGAACCAATCGGTTCTTGGAAGGGTTGAGACTAGAGCGAGAGATGAGCAGCTTCGCG
GTTCCACTTTCTTCCTCGTCCTCTCTCTCCAATGCCTATCATCAACCTTCTCGTGTTCGC
TTTGATTTCCACAATCCTCGTTCCATGTTTGAGATTCGCGGGATACGACTAAGTGGGAGG
GTTCGAAGAACATCTTTAAAGTGCAATTGCTGCAGCAATGGGAGCGGAGGTGAAAACGAA
ACCAGAAATGTGTTAGATGCTTTCTTTCTGGGAAAGCCACTAGCTGAGGTTATCAACGAG
CGAATTGAGTCCGCAGTTGGCGAAGTTTTGGGTAATATTGGAAGGTTTCAAGCTGAGCAA
CAGAAGCAAGTTCAAGAGATTCAGGGAGAGGTGCTAGAAAGAGCCAAGAAAGCTAAAGAA
AGAGCAGCTAGGGAAACCGTGGAGGCACAAGGACTCGTACCCGAATCCACAAACCCAAAA
CCAGCTGCTGGTGTTGTTGCCTCTGTTGTAACCCCTATCTCGATCGTTGAAAGCAAGGCT
ATAAGAAATGATGAAAAGCTGCCGGGTTTCTCCGGATCTTCAGAGCCCGACATTATGGAT
AGCTCGAGTTCTAGTGACGAAGAAAGTGACTAAGGGATTGTTCCTTGGGCCAATTTCAAG
GTTTGGTTATAGTATCAGACTTGTTTGAAACGGTTGAGAACATCTTCGTTGATATATGTA
CTTATAACGATGGAAGTTGAGAATAAATAACCTTGATGT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3AL67JQ 303 0 0
G
GGCACAAGGATTTGTACCCGAATCCACAAACCCAAAACCGGCTGCTGGTGTTGTTGCCTC
TGTTGTAACCCCTATTTCGATCGTTGAAAGCAAGGCTATAAGAAATGATGAAAAGCTGCC
GGGTTTTTCCGGATTTTCAGAGCCCGACATTATGGATAGCTCGAGTTTTAGTGACGAAGG
AAGTGACTAAGGGATTGTTCCTTGGGCCAATTTCAAGGTTTGGTTATAGTATCAGACTTG
TTTGAAACGGTTGAGAACATTTTCGTTGATATATGTACTTATAACGATGGAAGT
TGAGAATA

QA 2 295 2 295
DS 

RD RR3AL67TF 303 0 0
G
GGCACAAGGACTCGTACCCGAATCCACAAACCCAAAACCGGCTGCTGGTGTTGTTGCCTC
TGTTGTAACCCCTATCTCGATCGTTGAAAGCAAGGCTATAAGAAATGATGAAAAGCTGCC
GGGTTTCTCCGGATCTTCAGAGCCCGACATTATGGATAGCTCGAGTTCTAGTGACGAAGG
AAGTGACTAAGGGATTGTTCCTTGGGCCAATTTCAAGGTTTGGTTATAGTATCAGACTTG
TTTGAAACGGTTGAGAACATCTTCGTTGATATATGTACTTATAACGATGGAAGT
TGAGAATA

QA 2 295 2 295
DS 



AS 1 4

CO CL3366Contig1 835 4 15 U
TCAATCAAAGTAACTTATTTTAAAAAAAAAGAAAGGCTTCGCGCCGACGGAGTGGCAACC
GGAGGAGTGGATTTGGTAGTGGTCGTGGCGGAGCTCGACATCCCAGCATCGGCGATGAGT
CTCTGATTCTAACCGGTGGTTCATGCTTCGTACCCCTGGAAACTGTTGGACAGGTCCCGT
ATATGTCGTCAAAGTCCGCCTTTTCATTCAGGCCGTTCTGGTAAGTTTTTCGATCTAGAC
AAGTTTTGTTGGCGCCTTTGGTCTAGTCTGGAATGCGCCTGAGGCGTGGTCACTGTTGGT
ACATGGACTGCATTCTTATCACTTGGCGACCAATGGTTGGGGTTGGAAATTGATGCCCGG
GAAAGACTATTGATTGCTAGCAAATTCTTTGTCTTTGGATTATTAGGTTTAAAGTAGAGG
TGTAAGACAAGGTGAAGAAGCCTTAGTCTCGAGCTTTCTGGGATCTTTTGTGTGAGATCA
TGCGCCTTTAGGTGATGCTGTGGTGGTCATGTGGTGCAATCTGATTTTTTGGTACCAGCT
ACGTCGGACTACAAGTGAAGTATCTCATTTTAGGATAGTTCAGAAAGTTTAGGGATAGCT
TTGTAACCTTGTTGTCTAGAGGTAGAATTAGTTGGTTTAAGGGACAGGTCACTTTGTATC
CTAGAGTGATCTTGTTCTCGTTTGTGGTTGAAAGAGTACAAGGAGGTTTAGATCGGGTAG
CGTATGATCCAATTAAGTGTTCATGGGTGATACTAGATCAATCCTTGTCTTTGTGGTTGA
ACCTTTGTGAGGTCAATATTCCACTCTTGGTTAATGAAAAGTTTGATGTTGAGCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3EZ67TF U 1
AF RR3B190JQ C 1
AF RR3EZ67JQ C 267
AF RR3B190TF U 1
BS 1 77 RR3EZ67TF
BS 78 78 RR3B190TF
BS 79 249 RR3EZ67TF
BS 250 250 RR3B190TF
BS 251 265 RR3EZ67TF
BS 266 266 RR3B190TF
BS 267 288 RR3EZ67TF
BS 289 289 RR3B190TF
BS 290 299 RR3EZ67TF
BS 300 300 RR3B190TF
BS 301 335 RR3EZ67TF
BS 336 701 RR3B190TF
BS 702 702 RR3B190JQ
BS 703 788 RR3B190TF
BS 789 835 RR3B190JQ

RD RR3EZ67TF 335 0 0
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CTCTGATTCTAACCGGTGGTTCATGCTTCGTACCCCTGGAAACTGTTGGACAGGTCCCGT
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AAGTTTTGT*GGCGCCTTTGGTCTA*TCTGGAATGCGCCTGAGGCGTG*TCACTGTTGG*
ACATGGACTGCATTCTTATCACTTGGCGACCAATG

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR3B190JQ 835 0 0
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GGAGGAGTGGATTTGGTAGTGGTCGTGGCGGAGCTCGACATCCCAGCATCGGCGATGAGT
CTCTGATTCTAACCGGTGGTTCATGCTTCGTACCCCTGGAAACTGTTGGACAGGTCCCGT
ATATGTCGTCAAAGTCCGCCTTTTCATTCAGGCCGTTCTGGTAAGTTTTTCGATCTAGAC
AAGTTTTGTTGGCGCCTTTGGTCTAGTCTGGAATGCGCCTGAGGCGTGGTCACTGTTGGT
ACATGGACTGCATTCTTATCACTTGGCGACCAATGGTTGGGGTTGGAAATTGATGCCCGG
GAAAGACTATTGATTGCTAGCAAATTCTTTGTCTTTGGATTATTAGGTTTAAAGTAGAGG
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ACGTCGGACTACAAGTGAAGTATCTCATTTTAGGATAGTTCAGAAAGTTTAGGGATAGCT
TTGTAACCTTGTTGTCTAGAGGTAGAATTAGTTGGTTTAAGGGACAGGTCACTTTGTATC
CTAGAGTGATCTTGTTCTCGTTTGTGGTTGAAAGAGTACAAGGAGGTTTAGATCGGGTAG
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ACCTTTGTGAGGTCAATATTCCACTCTTGGTTAATGAAAAGTTTGATGTTGAGCC

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR3EZ67JQ 569 0 0
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CGACCAATGGTTGGGGTTGGAAATTGATGCCCGGGAAAGACTATTGATTGCTAGCAAATT
CTTTGTCTTTGGATTATTAGGTTTAAAGTAGAGGTGTAAGACAAGGTGAAGAAGCCTTAG
TCTCGAGCTTTCTGGGATCTTTTGTGTGAGATCATGCGCCTTTAGGTGATGCTGTGGTGG
TCATGTGGTGCAATCTGATTTTTTGGTACCAGCTACGTCGGACTACAAGTGAAGTATCTC
ATTTTAGGATAGTTCAGAAAGTTTAGGGATAGCTTTGTAACCTTGTTGTCTAGAGGTAGA
ATTAGTTGGTTTAAGGGACAGGTCACTTTGTATCCTAGAGTGATCTTGTTCTCGTTTGTG
GTTGAAAGAGTACAAGGAGGTTTAGATCGGGTAGCGTATGATCCAATTAAGTGTTCATGG
GTGATACTAGATCAATCCTTGTCTTTGTGGTTGAACCTTTGTGAGGTCAATATTCCACTC
TTGGTTAATGAAAAGTTTGATGTTGAGCC

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3B190TF 788 0 0
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GGAGGAGTGGATTTGGTAGTGGTCGTGGCGGAGCTCGACATCCCAGCATCGGCGATGAGT
CTCTGATTCTAACCGGTGGTTCATGCTTCGTACCCCTGGAAACTGTTGGACAGGTCCCGT
ATATGTCGTCAAAGTCCGCCTTTTCATTCAGGCCGTTCTGGTAAGTTTTTCGATCTAGAC
AAGTTTTGTTGGCGCCTTTGGTCTAGTCTGGAATGCGCCTGAGGCGTGGTCACTGTTGGT
ACATGGACTGCATTCTTATCACTTGGCGACCAATGGTTGGGGTTGGAAATTGATGCCCGG
GAAAGACTATTGATTGCTAGCAAATTCTTTGTCTTTGGATTATTAGGTTTAAAGTAGAGG
TGTAAGACAAGGTGAAGAAGCCTTAGTCTCGAGCTTTCTGGGATCTTTTGTGTGAGATCA
TGCGCCTTTAGGTGATGCTGTGGTGGTCATGTGGTGCAATCTGATTTTTTGGTACCAGCT
ACGTCGGACTACAAGTGAAGTATCTCATTTTAGGATAGTTCAGAAAGTTTAGGGATAGCT
TTGTAACCTTGTTGTCTAGAGGTAGAATTAGTTGGTTTAAGGGACAGGTCACTTTGTATC
CTAGAGTGATCTTGTTCTCGTTTGTGGTTGAAAGAGTACAAAGAGGTTTAGATCGGGTAG
CGTATGATCCAATTAAGTGTTCATGGGTGATACTAGATCAATCCTTGTCTTTGTGGTTGA
ACCTTTGT

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 4

CO CL3367Contig1 685 4 14 U
TTTTTTTTTCGACAGAAGACACAAACTGAGATTGCCACAGCTGAACTGAGATTCAAAACT
TCAATACAAAGATGCAAGATATGTCTTCATAGATTACCACGAAAGAAGGCAGAAGTAACA
AAGCCAGAAGAAACATGTTTTGAGTTTCATAACCGAAGGAAAAAAAAAGGTAACAAAACA
ACCACACACGATAGAATCATTCGTAGATCCAAGAATGAAGGCTGCTCTGCCAGTTCACAG
GTCCGTCAGGGAACCACAACGCAGCTTCCTTGTTAGCACTCTCCACGGAGTCACTCCCAT
GGATCACGTTCATGCCAATGTCAATGGCAAAATCCCCACGGATGGTTCCTGGTCCGGAAG
CTGCAGGGTTTGTCGCTCCGATGATCTTCCTTCCTGTCAAGACAACATTCTTCCCCTCCC
ATATCATAGCAACGACTGGTCCAGAGATAATGTAATCAACAAGGCCGTTGAAGAATGGCT
TGGCAGACAAGTCTTGGTAGTGTTTCTCAGCGAAAGGACGGTCCACAGTGATCATCTTTA
AACCTTTCAAAGTGAAACCCTTCTTTTCGAATCTGCAGATGATTTCACCGATCAGGCCCC
TCTGGACGCCGTCGGGCTTGATCATGATGAAAGTTTGCTCCATTGTGAGATATTTGTTAC
CAGTTAACTCGTCGGCGATACCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU04TF C 1
AF RR3AS39JQ U 93
AF RR3AS39TF C 71
AF RR3GU04JQ U 10
BS 1 9 RR3GU04TF
BS 10 92 RR3GU04JQ
BS 93 205 RR3AS39JQ
BS 206 206 RR3GU04JQ
BS 207 292 RR3AS39JQ
BS 293 293 RR3GU04JQ
BS 294 316 RR3AS39JQ
BS 317 317 RR3GU04JQ
BS 318 445 RR3AS39JQ
BS 446 446 RR3GU04JQ
BS 447 540 RR3AS39JQ
BS 541 541 RR3GU04JQ
BS 542 679 RR3AS39JQ
BS 680 685 RR3GU04JQ

RD RR3GU04TF 685 0 0
TTTTTTTTTCGACAGAAGACACAAACTGAGATTGCCACAGCTGAACTGAGATTCAAAACT
TCAATACAAAGATGCAAGATATGTCTTCATAGATTACCACGAAAGAAGGCAGAAGTAACA
AAGCCAGAAGAAACATGTTTTGAGTTTCATAACCGAAGGAAAAAAAAAGGTAACAAAACA
ACCACACACGATAGAATCATTCGTAGATCCAAGAATGAAGGCTGCTCTGCCAGTTCACAG
GTCCGTCAGGGAACCACAACGCAGCTTCCTTGTTAGCACTCTCCACGGAGTCACTCCCAT
GGATCACGTTCCTGCCAATGTCAATGGCAAAATCCCCACGGATGGTTCCTGGTTCGGAAG
CTGCAGGGTTTGTCGCTCCGATGATCTTCCTTCCTGTCAAGACAACATTCTTCCCCTCCC
ATATCATAGCAACGACTGGTCCAGAGATAATGTAATCAACAAGGCCGTTGAAGAATGGCT
TGGCAGACAAGTCTTGGTAGTGTTTCTCAGCGAAAGGACGGTCCACAGTGATCATCTTTA
AACCTTTCAAAGTGAAACCCTTCTTTTCGAATCTGCAGATGATTTCACCGATCAGGCCCC
TCTGGACGCCGTCGGGCTTGATCATGATGAAAGTTTGCTCCATTGTGAGATATTTGTTAC
CAGTTAACTCGTCGGCGAT
ACCTCC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3AS39JQ 589 0 0
ATTACCACGAAAGAAGGCAGAAGTAACAAAGCCAGAAGAAACATGTTTTGAGTTTCATAA
CCGAAGGAAAAAAAAAGGTAACAAAACAACCACACACGATAGAATCATTCGTAAATCCAA
GAATGAAGGCTGCTCTGCCAGTTCACAGGTCCGTCAGGGAACCACAACGCAGCTTCCTTG
TTAGCACTCTCCACGGAGTCGCTCCCATGGATCACGTTCATGCCGATGTCAATGGCAAAA
TCCCCACGGATGGTTCCTGGTCCGGAAGCTGCAGGGTTTGTCGCTCCGATGATCTTCCTT
CCTGTCAAGACAACATTCTTCCCCTCCCATATCATAGCAACGACTGGTCCAGAAATAATG
TAATCAACAAGGCCGTTGAAGAATGGCTTGGCAGACAAGTCTTGGTAGTGTTTCTCAGCG
AAAGGACGGTCCACAGTGATCATCTTTAGACCTTTCAAAGTGAAACCCTTCTTTTCGAAT
CTGCAGATGATTTCACCGATCAGGCCCCTCTGGACGCCGTCGGGCTTGATCATGATGAAA
GTTTGCTCCATTGTGAGATATTTGTTACCAGTTAACTCGTCGGCGAT
CC

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3AS39TF 611 0 0
GATGCAAGATATGTCTTCATAGATTACCACGAAAGAAGGCAGAAGTAACAAAGCCAGAAG
AAACATGTTTTGAGTTTCATAACCGAAGGAAAAAAAAAGGTAACAAAACAACCACACACG
ATAGAATCATTCGTAGATCCAAGAATGAAGGCTGCTCTGCCAGTTCACAGGTCCGTCAGG
GAACCACAACGCAGCTTCCTTGTTAGCACTCTCCACGGAGTCGCTCCCATGGATCACGTT
CATGCCGATGTCAATGGCAAAATCCCCACGGATGGTTCCTGGTCCGGAAGCTGCAGGGTT
TGTCGCTCCGATGATCTTCCTTCCTGTCAAGACAACATTCTTCCCCTCCCATATCATAGC
AACGACTGGTCCAGAGATAATGTAATCAACAAGGCCGTTGAAGAATGGCTTGGCAGACAA
GTCTTGGTAGTGTTTCTCAGCGAAAGGACGGTCCACAGTGATCATCTTTAGACCTTTCAA
AGTGAAACCCTTCTTTTCGAATCTGCAGATGATTTCACCGATCAGGCCCCTCTGGACGCC
GTCGGGCTTGATCATGATGAAAGTTTGCTCCATTGTGAGATATTTGTTACCAGTTAACTC
GTCGGCGAT
CC

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3GU04JQ 676 0 0
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AGATGCAAGATATGTCTTCATAGATTACCACGAAAGAAGGCAGAAGTAACAAAGCCAGAA
GAAACATGTTTTGAGTTTCATAACCGAAGGAAAAAAAAAGGTAACAAAACAACCACACAC
GATAGAATCATTCGTAGATCCAAGAATGAAGGCTGCTCTGCCAGTTCACAGGTCCGTCAG
GGAACCACAACGCAGCTTCCTTGTTAGCACTCTCCACGGAGTCACTCCCATGGATCACGT
TCCTGCCAATGTCAATGGCAAAATCCCCACGGATGGTTCCTGGTTCGGAAGCTGCAGGGT
TTGTCGCTCCGATGATCTTCCTTCCTGTCAAGACAACATTCTTCCCCTCCCATATCATAG
CAACGACTGGTCCAGAGATAATGTAATCAACAAGGCCGTTGAAAAATGGCTTGGCAGACA
AGTCTTGGTAGTGTTTCTCAGCGAAAGGACGGTCCACAGTGATCATCTTTAAACCTTTCA
AAGTGAAACCCTTCTTTTCGAATCTGCAGATGATTTCACCGATCAGGCCCCTCTGGACGC
CGTCGGGCTTGATCATGATGAAAGTTTGCTCCATTGTGAGATATTTGTTACCAGTTAACT
CGTCGGCGATACCTCC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 4

CO CL3368Contig1 700 4 2 U
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AGGGAATAAATGAGAGAGATCACACAGTGACGGCGTTTATACGGCGTAGTAGTCTCGGAG
AATATGAGAAAGTCGGTGGAGACAAAACGAGCCAGCTTCTCCTAGTACGCATGTGAGCCA
CGCCATGGATTCTGAGCTCAACATCGTTGTGGATGAGCTGGGTGAAGCTCCGGTGGGTAG
AGCTTCTCGCCGCACTCAGTTTTATCTCGTGAAGATGTTGTAGTTGGATTCAGAGCTCGG
TGAAGTTTGGGGTGGTTCGAGCTCATCGCCGTGCTCAGCCTCCACCATGAGATCTGTCCT
CCAATTCGCATCCTCGCCGTTCTCAGCTCTTCTCCGCAAAGTCTCGTCCATCATCTCCGC
CAAGCTACGGTGGTTCAGTCTCAGGGTCGCCATCGACGAAAGCTTGATTGAGTCTGCAAT
AAAAAATTATGAATTTTCGCATTTGGTCCTTGTACTTATGTAACTCTTTGTTGTTGCCCC
AAATCTTTCCATACTTGCAGATTACTCTTTGAATTAATTCCAAAACTTTACAATTACACA
TTCCAGTCCTGCTTTATGCAATTTGTGTTCCTCACGATTGTAAAAAAACAAATAATGTAT
CGTCCATGTGTTTTCTGTATTGTATAATTTTTTTTGTTTT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3ED12TF U 1
AF RR3ED24TF U 1
AF RR3ED12JQ C 1
AF RR3ED24JQ C 72
BS 1 647 RR3ED12TF
BS 648 700 RR3ED12JQ

RD RR3ED12TF 647 0 0
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AATATGAGAAAGTCGGTGGAGACAAAACGAGCCAGCTTCTCCTAGTACGCATGTGAGCCA
CGCCATGGATTCTGAGCTCAACATCGTTGTGGATGAGCTGGGTGAAGCTCCGGTGGGTAG
AGCTTCTCGCCGCACTCAGTTTTATCTCGTGAAGATGTTGTAGTTGGATTCAGAGCTCGG
TGAAGTTTGGGGTGGTTCGAGCTCATCGCCGTGCTCAGCCTCCACCATGAGATCTGTCCT
CCAATTCGCATCCTCGCCGTTCTCAGCTCTTCTCCGCAAAGTCTCGTCCATCATCTCCGC
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AAAAAATTATGAATTTTCGCATTTGGTCCTTGTACTTATGTAACTCTTTGTTGTTGCCCC
AAATCTTTCCATACTTGCAGATTACTCTTTGAATTAATTCCAAAACTTTACAATTACACA
TTCCAGTCCTGCTTTATGCAATTTGTGTTCCTCACGATTGTAAAAAA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3ED24TF 613 0 0
GGATATTTATAAAAAACTTGAAGATGATAGAGATGGCGGCGAGAAACTAGATCTGGAAGA
AGGGAATAAATGAGAGAGATCACACAGTGACGGCGTTTATACGGCGTAGTAGTCTCGGAG
AATATGAGAAAGTCGGTGGAGACAAAACGAGCCAGCTTCTCCTAGTACGCATGTGAGCCA
CGCCATGGATTCTGAGCTCAACATCGTTGTGGATGAGCTGGGTGAAGCTCCGGTGGGTAG
AGCTTCTCGCCGCACTCAGTTTTATCTCGTGAAGATGTTGTAGTTGGATTCAGAGCTCGG
TGAAGTTTGGGGTGGTTCGAGCTCATCGCCGTGCTCAGCCTCCACCATGAGATCTGTCCT
CCAATTCGCATCCTCGCCGTTCTCAGCTCTTCTCCGCAAAGTCTCGTCCATCATCTCCGC
CAAGCTACGGTGGTTCAGTCTCAGGGTCGCCATCGACGAAAGCTTGATTGAGTCTGCAAT
AAAAAATTATGAATTTTCGCATTTGGTCCTTGTACTTATGTAACTCTTTGTTGTTGCCCC
AAATCTTTCCATACTTGCAGATTACTCTTTGAATTAATTCCAAAACTTTACAATTACACA
TTCCAGTCCTGCT

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3ED12JQ 700 0 0
GGATATTTATAAAAAACTTGAAGATGATAGAGATGGCGGCGAGAAACTAGATCTGGAAGA
AGGGAATAAATGAGAGAGATCACACAGTGACGGCGTTTATACGGCGTAGTAGTCTCGGAG
AATATGAGAAAGTCGGTGGAGACAAAACGAGCCAGCTTCTCCTAGTACGCATGTGAGCCA
CGCCATGGATTCTGAGCTCAACATCGTTGTGGATGAGCTGGGTGAAGCTCCGGTGGGTAG
AGCTTCTCGCCGCACTCAGTTTTATCTCGTGAAGATGTTGTAGTTGGATTCAGAGCTCGG
TGAAGTTTGGGGTGGTTCGAGCTCATCGCCGTGCTCAGCCTCCACCATGAGATCTGTCCT
CCAATTCGCATCCTCGCCGTTTTCAGCTCTTCTCCGCAAAGTCTCGTCCATCATCTCCGC
CAAGCTACGGTGGTTCAGTCTCAGGGTCGCCATCGACGAAAGCTTGATTGAGTCTGCAAT
AAAAAATTATGAATTTTCGCATTTGGTCCTTGTACTTATGTAACTCTTTGTTGTTGCCCC
AAATCTTTCCATACTTGCAGATTACTCTTTGAATTAATTCCAAAACTTTACAATTACACA
TTCCAGTCCTGCTTTATGCAATTTGTGTTCCTCACGATTGTAAAAAAACAAATAATGTAT
CGTCCATGTGTTTTCTGTATTGTATAATTTTTTTTGTTTT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3ED24JQ 629 0 0
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CTGAGCTCAACATCGTTGTGGATGAGCTGGGTGAAGCTCCGGTGGGTAGAGCTTCTCGCC
GCACTCAGTTTTATCTCGTGAAGATGTTGTAGTTGGATTCAGAGCTCGGTGAAGTTTGGG
GTGGTTCGAGCTCATCGCCGTGCTCAGCCTCCACCATGAGATCTGTCCTCCAATTCGCAT
CCTCGCCGTTCTCAGCTCTTCTCCGCAAAGTCTCGTCCATCATCTCCGCCAAGCTACGGT
GGTTCAGTCTCAGGGTCGCCATCGACGAAAGCTTGATTGAGTCTGCAATAAAAAATTATG
AATTTTCGCATTTGGTCCTTGTACTTATGTAACTCTTTGTTGTTGCCCCAAATCTTTCCA
TACTTGCAGATTACTCTTTGAATTAATTCCAAAACTTTACAATTACACATTCCAGTCCTG
CTTTATGCAATTTGTGTTCCTCACGATTGTAAAAAAACAAATAATGTATCGTCCATGTGT
TTTCTGTATTGTATAATTTTTTTTGTTTT

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 4

CO CL3369Contig1 988 4 13 U
GGACCTTTTCTCTCTCTCTTTCTCGTGACTCCCAAATGAACGGAGCAAGGAGGAAGCTGG
TGGCTTCAGTCTCCACCCTTTTAACAAGACGATCATATTCTCCTTCTTCTTCTACTCTCG
GGTGCAATCCACTCGCGAATAATTCACAAACTCACTTGATCCGCCAACCTCTGCAATCTT
CTTCTTCTTCAGCTAATAAACCCCTGTGGCTCCAATTTCCCGGTAGAGGTTTTTGCTCGG
AGGGATCCTGCGGCGTGTGCTGGAACTGTGGCTCCTCGTCGTCGGAGAAAGTTGCGTTTT
TGTTCTGTGAATCGTGCCGCACCATTCAACCCGTCGATGATTCCGTCGATTACTTTCAGA
TATTTGGCTTGGAGAAGAAGTATGAGTTAGATGGTGGGAGCCTCCAAGGCATTTACAAAG
ACTGGCAAAAAAAA*CTTCATCCTGATTTAGTTCACAACAAATCTCAGAAAGAAAGAGAT
TTCGCAGCGGACCAGTCTGCAAAGGTGACTGAAGCTTACCGGACTTTAACCAAGCGGCTC
TCAAGAGCTATGTATATCATGAAGCTGAATGGCAAAAATGTCAATGAAGAAGAAACAATA
ACAGATCCAACCTTGTTAATGGAGATTATGGAACTCAGAGAGGCCATTGCAGAAGCAAAT
GATTCAAAAGAGTTAGACCAGATTCGATCCCAGGTACAAGAGAAACTGAAGCAATGGTCT
GACTCTTTTGTCCAAGCCTTTGAAAGCCACAGGTTTGATGAAGCTGTAAAATGTATCCAG
AGAATGACTTATTACGAGCGAGCTTGTGAAGAAATTGTCAAGAAGCTATGATGAGGGAAA
CTAGTCCCCTCCCTAATAGATAAACCATTTTTTTGTTCGTTTTCTTTAAAGCCTTACCCT
TTGAAAGGAAACCCCTTATGATAAAAGCATCTTAGCTTCATGTTTACTTATATAAAACCC
AAGATTTGTAATAAAAGAGCATTCACGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3GO66TF U 89
AF RR3A071TF U 1
AF RR3A071JQ C 189
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BS 131 141 RR3A071TF
BS 142 142 RR3GO66TF
BS 143 752 RR3A071TF
BS 753 753 RR3A071JQ
BS 754 809 RR3A071TF
BS 810 810 RR3A071JQ
BS 811 820 RR3A071TF
BS 821 821 RR3A071JQ
BS 822 846 RR3A071TF
BS 847 847 RR3GZ18JQ
BS 848 988 RR3A071JQ

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AGATGGTGGGAGCCTCCAAGGCATTTACAAAGACTGGCAAAAAAAAACTTCATCCTGATT
TAGTTCACAACAAATCTCAGAAAGAAAGAGATTTCGCAGCGGACCAGTCTGCAAAGGTGA
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TGGCTTCAGTCTCCACCCTTTTAACAAGACGATCATATTCTCCTTCTTCTTCTACTCTCG
GGTGCAATCTACTCGCGAATAGTTCACAAACTCACTTGATCCGCCAACCTCTGCAATCTT
CTTCTTCTTCAGCTAATAAACCCCTGTGGCTCCAATTTCCCGGTAGAGGTTTTTGCTCGG
AGGGATCCTGCGGCGTGTGCTGGAACTGTGGCTCCTCGTCGTCGGAGAAAGTTGCGTTTT
TGTTCTGTGAATCGTGCCGCACCATTCAACCCGTCGATGATTCCGTCGATTACTTTCAGA
TATTTGGCTTGGAGAAGAAGTATGAGTTAGATGGTGGGAGCCTCCAAGGCATTTACAAAG
ACTGGCAAAAAAAA*CTTCATCCTGATTTAGTTCACAACAAATCTCAGAAAGAAAGAGAT
TTCGCAGCGGACCAGTCTGCAAAGGTGACTGAAGCTTACCGGACTTTAACCAAGCGGCTC
TCAAGAGCTATGTATATCATGAAGCTGAATGGCAAAAATGTCAATGAAGAAGAAACAATA
ACAGATCCAACCTTGTTAATGGAGATTATGGAACTCAGAGAGGCCATTGCAGAAGCAAAT
GATTCAAAAGAGTTAGACCAGATTCGATCCCAGGTACAAGAGAAACTGAAGCAATGGTCT
GACTCTTTTGTCCAAGCCTTTGAAAGCCACAG*TTTGATGAAGCTGTAAAATGTATCCAG
AGAATGACTTATTACGAGCGAGCTTGTGA*GAAATTGTCA*GAAGCTATGATGAGGGAAA
CTAGTC
TCTCCC

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR3A071JQ 800 0 0
TCAGCTAATAAACCCCTGTGGCTCCAATTTCCCGGTAGAGGTTTTTGCTCGGAGGGATCC
TGCGGCGTGTGCTGGAACTGTGGCTCCTCGTCGTCGGAGAAAGTTGCGTTTTTGTTCTGT
GAATCGTGCCGCACCATTCAACCCGTCGATGATTCCGTCGATTACTTTCAGATATTTGGC
TTGGAGAAGAAGTATGAGTTAGATGGTGGGAGCCTCCAAGGCATTTACAAAGACTGGCAA
AAAAAA*CTTCATCCTGATTTAGTTCACAACAAATCTCAGAAAGAAAGAGATTTCGCAGC
GGACCAGTCTGCAAAGGTGACTGAAGCTTACCGGACTTTAACCAAGCGGCTCTCAAGAGC
TATGTATATCATGAAGCTGAATGGCAAAAATGTCAATGAAGAAGAAACAATAACAGATCC
AACCTTGTTAATGGAGATTATGGAACTCAGAGAGGCCATTGCAGAAGCAAATGATTCAAA
AGAGTTAGACCAGATTCGATCCCAGGTACAAGAGAAACTGAAGCAATGGTCTGACTCTTT
TGTCCAAGCCTTTGAAAGCCACAGGTTTGATGAAGCTGTAAAATGTATCCAGAGAATGAC
TTATTACGAGCGAGCTTGTGAAGAAATTGTCAAGAAGCTATGATGAGGGAAACTAGTCTC
CTCCCTAATAGATAAACCATTTTTTTGTTCGTTTTCTTTAAAGCCTTACCCTTTGAAAGG
AAACCCCTTATGATAAAAGCATCTTAGCTTCATGTTTACTTATATAAAACCCAAGATTTG
TAATAAAAGAGCATTCACGG

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3GZ18JQ 678 0 0
AATCGTGCCGCACCATTCAACCCGTCGATGATTCCGTCGATTACTTTCAGATATTTGGCT
TGGAGAAGAAGTATGAGTTAGATGGTGGGAGCCTCCAAGGCATTTACAAAGACTGGCAAA
AAAAA*CTTCATCCTGATTTAGTTCACAACAAATCTCAGAAAGAAAGAGATTTCGCAGCG
GACCAGTCTGCAAAGGTGACTGAAGCTTACCGGACTTTAACCAAGCGGCTCTCAAGAGCT
ATGTATATCATGAAGCTGAATGGCAAAAATGTCAATGAAGAAGAAACAATAACAGATCCA
ACCTTGTTAATGGAGATTATGGAACTCAGAGAGGCCATTGCAGAAGCAAATGATTCAAAA
GAGTTAGACCAGATTCGATCCCAGGTACAAGAGAAACTGAAGCAATGGTCTGACTCTTTT
GTCCAAGCCTTTGAAAGCCACAGGTTTGATGAAGCTGTAAAATGTATCCAGAGAATGACT
TATTACGAGCGAGCTTGTGAAGAAATTGTCAAGAAGCTATGATGAGGGAAACTAGTCCCC
TCCCTAATAGATAAACCATTTTTTTGTTCGTTTTCTTTAAAGCCTTACCCTTTGAAAGGA
AACCCCTTATGATAAAAGCATCTTAGCTTCATGTTTACTTATATAAAACCCAAGATTTGT
AATAAAAGAGCATTCACG

QA 1 678 1 678
DS 



AS 2 4

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TCTCTATCCAAACGATTTTTGTTTCCTATTTTGTTCATGCAATTCCTCATCACACAAAGT
GTTTCATCACTGAATCTTACCAATGAATATCTCAACCACAAATGCCTCAATCAGGGGAAA
TATAACTACGGAAGTGAGTACGAGAACAATCTCAACTCGATCTTTCATGACTTTTCTACT
AGTGAGTATGCTGAAACTGGTTTCGTAGACGCAAGTCTTGGAAAAACGATAGCCGATTTT
GTTAATGTCGCTCTCCAATGTCGTGGTGACTCTTATAGATCTAATTGTCGTACATGCGTT
AACACTGCAATTTCGGGGTTTCGTAAGAGATGTCCGAGTAACAAAGGAGGAATAATATGG
TACGATCAATGTCTTCTCTATATTACTACAGTCGAAAGAAAGACTCCATTCAAGATTAAT
TACGACAACATTTTTTTTATGCACAACCCAAATAACGTGAAAGGGGATGCAAAACTGTTC
GCCAAGAGGGTGAGGGATTTTATCTATGAGCTAACACTTAAAGTCATGAAAATCACCAAT
AACGGTGAACTCGATTTTTACGCGGCGGGAGAAAAGAAGCTCGGAAAAAATAAATTATAT
GCAATGGTGCAATGCAATCCACTAACAAGAGATTGTGAAAAATGTTTGGCATGGAGTATC
ATAAATCTTTTAAAAAACAACGACACTAAACAAGGTGGACGAGTTTTGGGTACGAATTTG
TAATGTAAGATATGAGCTATACCCTTTTTCTTAGAAGTTAAAGCATTTTTAAGTTATGTT
TATTTTTTCTTTTTGTTGCTAAAATGCAATACATATATCAATAAAAGGAGTGTTTACAAA
AGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3A956TF U 1
AF RR3A956JQ C 110
BS 1 853 RR3A956TF
BS 854 903 RR3A956JQ

RD RR3A956TF 857 0 0
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AGTGAGTATGCTGAAACTGGTTTCGTAGACGCAAGTCTTGGAAAAACGATAGCCGATTTT
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TACGATCAATGTCTTCTCTATATTACTACAGTCGAAAGAAAGACTCCATTCAAGATTAAT
TACGACAACATTTTTTTTATGCACAACCCAAATAACGTGAAAGGGGATGCAAAACTGTTC
GCCAAGAGGGTGAGGGATTTTATCTATGAGCTAACACTTAAAGTCATGAAAATCACCAAT
AACGGTGAACTCGATTTTTACGCGGCGGGAGAAAAGAAGCTCGGAAAAAATAAATTATAT
GCAATGGTGCAATGCAATCCACTAACAAGAGATTGTGAAAAATGTTTGGCATGGAGTATC
ATAAATCTTTTAAAAAACAACGACACTAAACAAGGTGGACGAGTTTTGGGTACGAATTTG
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TATTTTTTCTTTT
TGTG

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR3A956JQ 794 0 0
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ATCAGGGGAAATATAACTACGGAAGTGAGTACGAGAACAATCTCAACTCGATCTTTCATG
ACTTTTCTACTAGTGAGTATGCTGAAACTGGTTTCGTAGACGCAAGTCTTGGAAAAACGA
TAGCCGATTTTGTTAATGTCGCTCTCCAATGTCGTGGTGACTCTTATAGATCTAATTGTC
GTACATGCGTTAACACTGCAATTTCGGGGTTTCGTAAGAGATGTCCGAGTAACAAAGGAG
GAATAATATGGTACGATCAATGTCTTCTCTATATTACTCCAGTCGAAAGAAAGACTCCAT
TCAAGATTAATTACGACAACATTTTTTTTATGCACAACCCAAATAACGTGAAAGGGGATG
CAAAACTGTTCGCCAAGAGGGTGAGGGATTTTATCTATGAGCTAACACTTAAAGTCATGA
AAATCACCAATAACGGTGAACTCGATTTTTACGCGGCGGGAGAAAAGAAGCTCGGAAAAA
ATAAATTATATGCAATGGTGCAATGCAATCCACTAACAAGAGATTGTGAAAAATGTTTGG
CATGGAGTATCATAAATCTTTTAAAAAACAACGACACTAAACAAGGTGGACGAGTTTTGG
GTACGAATT*GTAATGTAAGATATGAGCTATACCCTTTT*CTTAGAAGTTAAAGCATTTT
TAAGTTATGTTTATTTTTTCTTTTTGTTGCTAAAATGCAATACATATATCAATAAAAGGA
GTGTTTACAAAAGC

QA 1 794 1 794
DS 



CO CL3370Contig2 882 2 6 U
GGAATCTACTTAAGTGAAACAAAAATCTATAATAATGAAATTTCCATATTCTCTATCCAA
ACGATTTTCGTTTCCTATTTTGTTCATGCAATTCCTCATCACACAAAGTGTTTCGTCACT
GAACCTTACCAATGAGTATCTCAACCACAAATGCCTCAATCAGGGGAAATATAACTACGG
AAGTGAGTACGAGAACGATCTCAACTCGATCTTTCATGACTTCTCTACTAGTGAGTATGC
TGAAACCGGTTTCTTAGACGCAAGTCGTGGAAAAACGGCAGCCGATTTTGTTAATGTCGC
TCTCCAGTGTCGTGGTGACTCTTATAGATCTAATTGTCGTACATGCGTTAACACTGCAAT
TTTGGGGTTTCGTAAGAGATGTCCGAGTAACAAAGGAGGAATAATATGGTACGATCAATG
TCTTCTCTATATTACTACAATCGAAATAAAGACTCCTTTCAAGATTAATTACGACAACAT
TTTTTTTATGCATAACCCAAATAACGTGAAAGGGGATGCAAAACTGTTCGCCAAGAGGAC
GAGGGATTTTATCTCTGAGCTAACACTTAAAGTCATGAAAATCATCAATAACAGTCAACT
CGATTTTTACGCGGCGGGAGAAAAGAAGTTCGGGAAAAATAAATTATATGCAATGGTGCA
ATGCAATCCACTAACAAGAGATTGTGAAAATTGTTTGGCATGGAGTATCATAAATTTTTT
TAAAAACAACGACATTAAACAAGGTGGGCGAGTTTTGGGTACAAATTGTAATGTAAGGTA
TGAGCTATACCCTTTTCTTAGAAGTTAAGCATTTTTAAGTTATGTTTACTTTTTTTTTTG
TTGCTAAAATGCAATACATATATCAATAAAAGGAGTGTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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DS 



AS 1 4

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TACTAAAAAAGTTGTTTTCCGTAGTGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H362TF U 1
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AF RR3AG78JQ C 368
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TATAAACCCAACCTTC
TCACGAACTCCGT

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DS 

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TG
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QA 3 920 3 920
DS 



AS 1 4

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AGCCGCACAGCACATAGCTGGAAGTCAGAGGGCCCATACTACCTGCCTAACCCTTCGCTC
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CACCACGCCGCAGAACGAGAGCTCGTGTGGAACCTTTTCCTTCTGGCGTAACAGCGGTGG
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TCGGCCAAAATATGACACCCGAAGGGCCCGAACGCACAATCCTATCCCATCCGAGTCCGA
GTTTACCCCTTGCACTGCGGACAGCCGACCGTAGCATCATAAGGCTTGCAGACCTTTCGA
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GCACGAAAAACCTTTCGATACAAGAAAGGGCCGTTCTCACATGAAAGAAGAGAATCAATC
CTTTCTTCCCTTCTTTCTCTTTCTCGAGAAGGAAAGAAAGAGGATGGGGGGAGGGGGGAA
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GCTCGGTCGGTGGGAAAGGAAAGGCTTGGGCCTACCTATATCCCGATAAGACCTCATAAA
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GGGGGGGTTACAGATCTCTTATACCACCATCGATCGACAGAGCGGAACGACCAGAAAAAT
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CGGCGTACTCCGGGAGAAATCTTTCGCTCTATCGAACATACAGGGAATTGGAGGTAGTAT
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ATATGACCGACATAAGACTCGACTTGTTAGATATTATGGAGGTTTAGTGAGCACCATGCC
GAATTTCTCTACCATTTTCTTTTTTTTTACTTTGGCCAATATGAGTTTACCTGGTACTAG
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TGTGGTTTCTGGAAATTTAAAACCCGATTTCCTCCATAAATTCTCCGATTTAAATGGCAG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3F682TF U 1
AF RR3BD30TF U 530
AF RR3BD30JQ C 922
AF RR3F682JQ C 1008
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AGCCGCACAGCACATAGCTGGAAGTCAGAGGGCCCATACTACCTGCCTAACCCTTCGCTC
CGAGGGACCGTAGATCGGAAAGCACCCCATTTATCCAAAAGATAAGGGAAGGGGCCTATG
TATTTGCATGACCCCTGCGGAGGAACCCCTATCCCGGAGCCAATCCCCTATTGGTCCTGC
CACCACGCCGCAGAACGAGAGCTCGTGTGGAACCTTTTCCTTCTGGCGTAACAGCGGTGG
AACGTAACAAAAGATTACGGTCGCCTAACATTAACATAAGGGCGGGGGGGTACGGTAAAC
TCGGCCAAAATATGACACCCGAAGGGCCCGAACGCACAATCCTATCCCATCCGAGTCCGA
GTTTACCCCTTGCACTGCGGACAGCCGACCGTAGCATCATAAGGCTTGCAGACCTTTCGA
GGTAAAAAAAAAAAAAGGTACGGTACCATAGGAGGTTGGACTTTCTCAACGTGGTGTATA
GCACGAAAAACCTTTCGATACAAGAAAGGGCCGTTCTCACATGAAAGAAGAGAATCAATC
CTTTCTTCCCTTCTTTCTCTTTC

QA 1 623 1 623
DS 

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G
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AGAATCAATCCTTTCTTCTCTTCTTTCTCTTTCTCGAGAAGGAAAGAAAGAGGATGGGGG
GAGGGGGGAATGGGGCCTGTGCCCTTCTTTTATGGCCGTCACTCCTATTTGTCAGCCGTG
AGGAACTACCGCTCGGTCGGTGGGAAAGGAAAGGCTTGGGCCTACCTATATCCCGATAAG
ACCTCATAAAGGAACGTGGGAGTGATAGGTTCCATATTGCCGAGCTGAAGGGCAAGACTT
TTGTACGTGATCGTAGTATGTGACGTCGTCTCGTCCACGCTGCATTGAAGAGTACCTACG
CACTAAGTTCCGGTTCACTGATAAGGAAGATAGAGTTAGGCGGGGGTCTACGATGTGATA
CTCAAGTATGACCCGGGGAGATACATGCTAACTATGGGTAGGAAGCAGGAACCCTTATGT
AAATAATTTCGGGGGGGTTACAGATCTCTTATACCACCATCGATCGACAGAGCGGAACGA
CCAGAAAAATAAGTGATGTTAGAAAGCCGTATGATAGGTGGTAACTATCTTGTACGGTTC
GGGGGGTAATCGGCGTACTCCGGGAGAAATCTTTCGCTCTATCGAACATACAGGGAATTG
GAGGTAGTATTCTACTGATGTTAAGTCATGGACTGGTTTCTTCAGCCCTTTTTCTATGTG
TTGGTGTTCTATATGACCGACATAAGACTCGACTTGTTAGATATTATGGAGGTTTAGTGA
GCACCATGCCGAATTTCTCTACCATTTTCTTTT

QA 2 814 2 814
DS 

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TACCACCATCGATCGACAGAGCGGAACGACCAGAAAAATAAGTGATGTTAGAAAGCCGTA
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TTTCGCTCTATCGAACATACAGGGAATTGGAGGTAGTATTCTACTGATGTTAAGTCATGG
ACTGGTTTCTTCAGCCCTTTTTCTATGTGTTGGTGTTCTATATGACCGACATAAGACTCG
ACTTGTTAGATATTATGGAGGTTTAGTGAGCACCATGCCGAATTTCTCTACCATTTTCTT
TTTTTTTACTTTGGCCAATATGAGTTTACCTGGTACTAGCAGCTTTATCGGGGAATTTCT
CATCTTAGTAGGAGCTTTCCAAAGAAATAGCTTAGTAGCCACATTAGCAGCGCTTGGGAT
GATTTTAGGTGCGGCCTATTCCCTTTGGCTATATAATCGTGTGGTTTCTGGAAATTTAAA
ACCCGATTTCCTCCATAAATTCTCCGATTTAAATGGCAGAGAAGTTTTCATATTTATACC
TTTTCTTGTTGGAGTCGCTTGGATGGGTGTTTACCCCAAAGTGTTCCTGGACTGCATGCA
TACATCCGTAAGTAACTTAGTGCAACACGGCAAATTTCATTGAGAGGAATCAGC

QA 1 774 1 774
DS 

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CGACCAGAAAAATAAGTGATGTTAGAAAGCCGTATGATAGGTGGTAACTATCTTGTACGG
TTCGGGGGGTAATCGGCGCACTCCGGGAGAAATCTTTCGCTCTATCGAACATACAGGGAA
TTGGAGGTAGTATTCTACTGATGTTAAGTCATGGACTGGTTTCTTCAGCCCTTTTTCTAT
GTGTTGGTGTTCTATATGACCGACATAAGACTCGACTTGTTAGATATTACGGAGGTTTAG
TGAGCACCATGCCGAATTTCTCTACCATTTTCTTTTTTTTTACTTTGGCCAATATGAGTT
TACCTGGTACTAGCAGCTTTATCGGGGAATTTCTCATCTTAGTAGGAGCTTTCCAAAGAA
ATAGCTTAGTAGCCACATTAGCAGCGCTTGGGATGATTTTAGGTGCGGCCTATTCCCTTT
GGCTATATAATCGTGTGGTTTCTGGAAATTTAAAACCCGATTTCCTCCATAAATTCTCCG
ATTTAAATGGCAGAGAAGTTTTCATATTTATACCTTTTCTTGTTGGAGTCGTTTGGATGG
GTGTTTACCCCAAAGTGTTCCTGGACTGCATGCATACATCCGTAAGTAACTTAGTGCAAC
ATGGCAAATTTCATTGAGAGGAATCAGC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL3373Contig1 782 2 8 U
GGGATATAGTTGCTGGACTGATGTACCTTCATGCTCATAATGTAATACACGGGGACATTA
AACCAGACAATCTGCTGGTTACTAGTAGCGGTACAGTGAAGATAGGAGATTTCAGTGTCA
GCCAAGTATTCAAGGATGATGATGATCAACTTCGTCGATCTCCTGGGACGCCAGTCTTTA
CTGCTCCAGAATGTTGTTTAGTGTCAGGCATAACGTATAGTGGGAGAGCTGCGGATACAT
GGGCAGTGGGAGTAACTTTGTATCATATGATATTGGGACAGTACCCGTTTCTTGCTGATA
CTCTTCAGGACACCTACGACAAGATTGTTAACAACCCTTTGACCATCCCGGATGGATTGA
ATCCTCTTCTAAGGGATTTGATAGAGGGTCTCCTTTGCAAGAATCCGAGTGAGAGAATGA
CACTGAAGAATGTGTTGGAGCATCCATGGGTCATGGAAGAAGAAGGGCATGTCCCTGAGT
ATATTTGTTGCTGCGAACGACGTAATTCTGCCGTAAAGATTGAACAAGAAGAAGAAGAAG
CTAATGGGGATGTCAGATCCTAGGTAAAAGACTTTGGAAGCTTTTTTGAAAAAAAACAAA
ATGCATAATCTTGAAGAATATATGCAGAGAATGTTAACATCAGGCTATCGCATCTCCTTG
CCCGTAAAACTTTTCGGTCATTGTTTTTTTTTCTCTTCTTTAATATACTTAGATAATTGT
CATGTTCTTCTTAATGTGTTGTTTTTCAAGTTTTTAAATGAACTACGAGTGATCTTAATT
TT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3G517TF U 1
AF RR3G517JQ C 3
BS 1 595 RR3G517TF
BS 596 596 RR3G517JQ
BS 597 691 RR3G517TF
BS 692 692 RR3G517JQ
BS 693 702 RR3G517TF
BS 703 703 RR3G517JQ
BS 704 746 RR3G517TF
BS 747 782 RR3G517JQ

RD RR3G517TF 746 0 0
GGGATATAGTTGCTGGACTGATGTACCTTCATGCTCATAATGTAATACACGGGGACATTA
AACCAGACAATCTGCTGGTTACTAGTAGCGGTACAGTGAAGATAGGAGATTTCAGTGTCA
GCCAAGTATTCAAGGATGATGATGATCAACTTCGTCGATCTCCTGGGACGCCAGTCTTTA
CTGCTCCAGAATGTTGTTTAGTGTCAGGCATAACGTATAGTGGGAGAGCTGCGGATACAT
GGGCAGTGGGAGTAACTTTGTATCATATGATATTGGGACAGTACCCGTTTCTTGCTGATA
CTCTTCAGGACACCTACGACAAGATTGTTAACAACCCTTTGACCATCCCGGATGGATTGA
ATCCTCTTCTAAGGGATTTGATAGAGGGTCTCCTTTGCAAGAATCCGAGTGAGAGAATGA
CACTGAAGAATGTGTTGGAGCATCCATGGGTCATGGAAGAAGAAGGGCATGTCCCTGAGT
ATATTTGTTGCTGCGAACGACGTAATTCTGCCGTAAAGATTGAACAAGAAGAAGAAGAAG
CTAATGGGGATGTCAGATCCTAGGTAAAAGACTTTGGAAGCTTTTTTGAAAAAAA*CAAA
ATGCATAATCTTGAAGAATATATGCAGAGAATGTTAACATCAGGCTATCGCATCTCCTTG
CCCGTAAAACTTTTCGGTCATTGTTTTTTTT*CTCTTCTTTA*TATACTTAGATAATTGT
CATGTTCTTCTTAATGTGTTGTTTTT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3G517JQ 780 0 0
GATATAGTTGCTGGACTGATGTACCTTCATGCTCATAATGTAATACACGGGGACATTAAA
CCAGACAATCTGCTGGTTACTAGTAGCGGTACAGTGAAGATAGGAGATTTCAGTGTCAGC
CAAGTATTCAAGGATGATGATGATCAACTTCGTCGATCTCCTGGGACGCCAGTCTTTACT
GCTCCAGAATGTTGTTTAGTGTCAGGCATAACGTATAGTGGGAGAGCTGCGGATACATGG
GCAGTGGGAGTAACTTTGTATCATATGATATTGGGACAGTACCCGTTTCTTGCTGATACT
CTTCAGGACACCTACGACAAGATTGTTAACAACCCTTTGACCATCCCGGATGGATTGAAT
CCTTTTTTAAGGGATTTGATAGAGGGTCTCCTTTGCAAGAATCCGAGTGAGAGAATGACA
CTGAAGAATGTGTTGGAGCATCCATGGGTCATGGAAGAAGAAGGGCATGTCCCTGAGTAT
ATTTGTTGCTGCGAACGACGTAATTCTGCCGTAAAGATTGAACAAGAAGAAGAAGAAGCT
AATGGGGATGTCAGATCCTAGGTAAAAGACTTTGGAAGCTTTTTTGAAAAAAAACAAAAT
GCATAATCTTGAAGAATATATGCAGAGAATGTTAACATCAGGCTATCGCATCTCCTTGCC
CGTAAAACTTTTCGGTCATTGTTTTTTTTTCTCTTCTTTAATATACTTAGATAATTGTCA
TGTTCTTCTTAATGTGTTGTTTTTCAAGTTTTTAAATGAACTACGAGTGATCTTAATTTT

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 3

CO CL3374Contig1 1010 3 5 U
TGCAGAGATCTTCACATGAAATCAAATAACCACCAAACAATCCAAACAAGTTGTATAAAC
CTTTTCCAATAAAGGGTATAAACCTTTTAGAAGATAGAAAACCTCAAGCTGTTGTTACTT
TCCGCAAACAAGTTGTACTCTTCACCTACTGTCCTCTCTTTCTTCTTCTGAGCAGAGTCA
CCGAAAACATGATTTCCTGAAAACTGCAACGAGAAGTCCCCCAAAGTGGGACAACGAGAA
GGAGCAGTTGTAGACAGAGCAACTGGCCCACCAAAGTGGAACAAGGAGAAGTTTTCGCCA
CTATCAGTTTCCAGACCTCTGCTGCTTGGAGTTTTCACTGGAGAGATTCTGTTTGTTTTC
CTTTCATCTGCTGCCTCCTTCAGATAACTGTTCTCCAGTGGGTCAAGAGTTTGAACTTGC
TCAGCGGTGCTCATTGTGTTGATTTCAGCAAACGGATGAAAAACTGGAGCTGGCCCGGAG
TTGAAGAAAGGGGTTGCTGAATGGTTTAGTGGGGTCCCATACTGGACACATAACGGGGAC
TCTCCACTCAGACTGTATCCAAGTGGACCTGCGTACACATAATGGTTAGGATGAGGGAAG
GGCATCAATCCATTGGCTGGAGCTGCAGACCAAGAGACTGGAGCTTGATGGTAGTAACCC
ATTGTTGAAGGACCCTGGAAGACAGGCAACGGTACACTCTGGTTAAGCATTTGGGGAAAC
ATCATGCTTTGTGGCTGGGACAGGTAGGAACCAGTAATAACACTGGGTACCGTATTGTCC
ATGCTTTGGCTAAGAACCGTAGGAGGAGTTTCTGATAATTTACTTTCCTCGTTTTCAGCT
GGATGGTTGGAAATTTTCTTAATCCTTAAAAGGTCTCTTTCATCAATACCCTTCTCTGTC
TCTTTCTCTGTCATCTTCTCGTGACAGTCATGCATATTGTTGTCATTGCCCACTAGTTTC
TCTTCCAAGTCAGACATCGGAGAGGATCCAGAGTTTCCGCTGTTTGAAGC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL54JQ U 1
AF RR3BJ80JQ U 2
AF RR3CL54TF C 220
BS 1 200 RR3CL54JQ
BS 201 201 RR3BJ80JQ
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BS 788 1010 RR3CL54TF

RD RR3CL54JQ 739 0 0
TGCAGAGATCTTCACATGAAATCAAATAACCACCAAACAATCCAAACAAGTTGTATAAAC
CTTTTCCAATAAAGGGTATAAACCTTTTAGAAGATAGAAAACCTCAAGCTGTTGTTACTT
TCCGCAAACAAGTTGTACTCTTCACCTACTGTCCTCTCTTTCTTCTTCTGAGCAGAGTCA
CCGAAAACATGATTTCCTGAGAACTGCAACGAGAAGTCCCCCAAAGTGGGACAACGAGAA
GGAGCAGTTGTAGACAGAGCAACTGGCCCACCAAAGTGGAACAAGGAGAAGTTTTCGCCA
CTATCAGTTTCCAGACCTCTGCTGCTTGGAGTTTTCACTGGAGAGATTCTGTTTGTTTTC
CTTTCATCTGCTGCCTCCTTCAGATAACTGTTCTCCAGTGGGTCAAGAGTTTGAACTTGC
TCAGCGGTGCTCATTGTGTTGATTTCAGCAAACGGATGAAAAACTGGAGCTGGCCCGGAG
TTGAAGAAAGGGGTTGCTGAATGGTTTAGTGGGGTCCCATACTGGACACATAACGGGGAC
TCTCCACTCAGACTGTATCCAAGTGGACCTGCGTACACATAATGGTTAGGATGAGGGAAG
GGCATCAATCCATTGGCTGGAGCTGCAGACCAAGAGACTGGAGCTTGATGGTAGTAACCC
ATTGTTGAAGGACCCTGGAAGACAGGCAACGGTACACTCTGGTTAAGCATTTGGGGAAAC
ATCATGCTTTGTGGCTGGG

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3BJ80JQ 786 0 0
GCAGAGATCTTCACATGAAATCAAATAACCACCAAACAATCCAAACAAGTTGTATAAACC
TTTTCCAATAAAGGGTATAAACCTTTTAGAAGATAGAAAACCTCAAGCTGTTGTTACTTT
CCGCAAACAAGTTGTACTCTTCACCTACTGTCCTCTCTTTCTTCTTCTGAGCAGAGTCAC
CGAAAACATGATTTCCTGAAAACTGCAACGAGAAGTCCCCCAAAGTGGGACAACGAGAAG
GAGCAGTTGTAGACAGAGCAACTGGCCCACCAAAGTGGAACAAGGAGAAGTTTTCGCCAC
TATCAGTTTCCAGACCTCTGCTGCTTGGAGTTTTCACTGGAGAGATTCTGTTTGTTTTCC
TTTCATCTGCTGCCTCCTTCAGATAACTGTTCTCCAGTGGGTCAAGAGTTTGAACTTGCT
CAGCGGTGCTCATTGTGTTGATTTCAGCAAACGGATGAAAAACTGGAGCTGGCCCGGAGT
TGAAGAAAGGGGTTGCTGAATGGTTTAGTGGGGTCCCATACTGGACACATAACGGGGACT
CTCCACTCAGACTGTATCCAAGTGGACCTGCGTACACATAATGGTTAGGATGAGGGAAGG
GCATCAATCCATTGGCTGGAGCTGCAGACCAAGAGACTGGAGCTTGATGGTAGTAACCCA
TTGTTGAAGGACCCTGGAAGACAGGCAACGGTACACTCTGGTTAAGCATTTGGGGAAACA
TCATGCTTTGTGGCTGGGACAGGTAGGAACCAGTAATAACACTGGGTACCGTATTGTCCA
TGCTTT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3CL54TF 791 0 0
CCCAAAGTGGGACAACGAGAAGGAGCAGT*GTAGACAGAGCAACTGGCCCACCAAAGTGG
AACAAGGAGAAGTTTTCGCCACTATCAGTTTCCAGAC*TCTGCTGCTTGGAGTTT*CACT
GGAGAGATTCTGTTTGTTTTCCTTTCATCTGCTGCCTCCTTCAGATAACTGTTCTCCAGT
GGGTCAAGAGTTTGAACTTGCTCAGCGGTGCTCATTGTGTTGATTTCAGCAAACGGATGA
AAAACTGGAGCTGGCCCGGAGTTGAAGAAAGGGGTTGCTGAATGGTTTAGTGGGGTCCCA
TACTGGACACATAACGGGGACTCTCCACTCAGACTGTATCCAAGTGGACCTGCGTACACA
TAATGGTTAGGATGAGGGAAGGGCATCAATCCATTGGCTGGAGCTGCAGACCAAGAGACT
GGAGCTTGATGGTAGTAACCCATTGTTGAAGGACCCTGGAAGACAGGCAACGGTACACTC
TGGTTAAGCATTTGGGGAAACATCATGCTTTGTGGCTGGGACAGGTAGGAACCAGTAATA
ACACTGGGTACCGTATTGTCCATGCTTTGGCTAAGAACCGTAGGAGGAGTTTCTGATAAT
TTACTTTCCTCGTTTTCAGCTGGATGGTTGGAAATTTTCTTAATCCTTAAAAGGTCTCTT
TCATCAATACCCTTCTCTGTCTCTTTCTCTGTCATCTTCTCGTGACAGTCATGCATATTG
TTGTCATTGCCCACTAGTTTCTCTTCCAAGTCAGACATCGGAGAGGATCCAGAGTTTCCG
CTGTTTGAAGC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 4

CO CL3375Contig1 887 4 6 U
GATCGCAGCAGCTGTCTCGCAGTGACTGATCTTTCTCAAGACTTGGTTTCCCACGTTCAA
TACAATGAGATCTTTCGCTTTCTCCGATTTCCCGAGCTTAACGGGATCAACGGTCGGGAT
GCTGTCTGCTTCTTCCTTCTCCGTGTCCTTCAAGGATAACTTGAGATGGGTCAAGACAAA
GTAATTGAGGCCCATTAGTTCAATATCTCTGATTTACAGACCAGACGCTCCTCCTCCACC
GTTCAAGTGCAGTTGCTACGCCACCGTTGAAGATCTAACGAAAATACCCATAGCCGGAGC
TTCAAACATTAATGGCTGCAGGAGGAAATCACTTGGAGGCGGAGGGGAGAGAAAATTACT
TGGCGGTGGTGGTGGTCGGAGTTGGTATATCTAACAGGCGCCTCCTTCTGTCAACTTCTC
CATGACACCGAGCGGCTTCAGTTTATCAACATCTTAAGAAAAGGTCCTCTTGGTGCTCAT
ATCAAACATGTCATTGAACTCTTATTTGAGACAAGGCAATCCTTTACACCAGAGCCAATG
ACGTTTACACCAGAACAAATGAACAGAAGTTGTTATGTTATTATCCTTTCCAAAAAGGCT
GTTTTTGATGGTTAAGTAACTATGTATGATGGGAGAAGGTTTTCTTACAAGGCACGATGT
CAAGTATCCTGCTGGGACTGCAGTTGTTGATCTGAAAGTAGCTTACCTGAATGACAGCAA
CTGTTGATCTGAAAGTAACTTATGGAGGATTTGCAGGTTTGCTTTTGTTTTATACAGTTG
GTCTGGATAATTTTACGTAAGTGTTTGGTCACCTTAGATCCAGTTGGTTTTGGTTGGACA
AAATTGTTTCTGGTCGTGTGTTTATGTGAATATATATGGTTTGGTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GD07TF U 1
AF RR3AV49TF U 1
AF RR3AV49JQ C 141
AF RR3GD07JQ C 217
BS 1 641 RR3AV49TF
BS 642 642 RR3AV49JQ
BS 643 756 RR3AV49TF
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BS 758 808 RR3AV49TF
BS 809 887 RR3AV49JQ

RD RR3GD07TF 555 0 0
GATCGCAGCAGCTGTCTCGCAGTGACTGATCTTTCTCAAGACTTGGTTTCCCACGTTCAA
TACAATGAGATCTTTCGCTTTCTCCGATTTCCCGAGCTTAACGGGATCAACGGTCGGGAT
GCTGTCTGCTTCTTCCTTCTCCGTGTCCTTCAAGGATAACTTGAGATGGGTCAAGACAAA
GTAATTGAGGCCCATTAGTTCAATATCTCTGATTTACAGACCAGACGCTCCTCCTCCACC
GTTCAAGTGCAGTTGCTACGCCACCGTTGAAGATCTAACGAAAATACCCATAGCCGGAGC
TTCAAACATTAATGGCTGCAGGAGGAAATCACTTGGAGGCGGAGGGGAGAGAAAATTACT
TGGCGGTGGTGGTGGTCGGAGTTGGTATATCTAACAGGCGCCTCCTTCTGTCAACTTCTC
CATGACACCGAGCGGCTTCAGTTTATCAACATCTTAAGAAAAGGTCCTCTTGGTGCTCAT
ATCAAACATGTCATTGAACTCTTATTTGAGACAAGGCAATCCTTTACACCAGAGCCAATG
ACGTTTACACCAGAA

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3AV49TF 808 0 0
GATCGCAGCAGCTGTCTCGCAGTGACTGATCTTTCTCAAGACTTGGTTTCCCACGTTCAA
TACAATGAGATCTTTCGCTTTCTCCGATTTCCCGAGCTTAACGGGATCAACGGTCGGGAT
GCTGTCTGCTTCTTCCTTCTCCGTGTCCTTCAAGGATAACTTGAGATGGGTCAAGACAAA
GTAATTGAGGCCCATTAGTTCAATATCTCTGATTTACAGACCAGACGCTCCTCCTCCACC
GTTCAAGTGCAGTTGCTACGCCACCGTTGAAGATCTAACGAAAATACCCATAGCCGGAGC
TTCAAACATTAATGGCTGCAGGAGGAAATCACTTGGAGGCGGAGGGGAGAGAAAATTACT
TGGCGGTGGTGGTGGTCGGAGTTGGTATATCTAACAGGCGCCTCCTTCTGTCAACTTCTC
CATGACACCGAGCGGCTTCAGTTTATCAACATCTTAAGAAAAGGTCCTCTTGGTGCTCAT
ATCAAACATGTCATTGAACTCTTATTTGAGACAAGGCAATCCTTTACACCAGAGCCAATG
ACGTTTACACCAGAACAAATGAACAGAAGTTGTTATGTTATTATCCTTTCCAAAAAGGCT
GTTTTTGATGGTTAAGTAACTATGTATGATGGGAGAAGGTTCTCTTACAAGGCACGATGT
CAAGTATCCTGCTGGGACTGCAGTTGTTGATCTGAAAGTAGCTTACCTGAATGACAGCAA
CTGTTGATCTGAAAGTAACTTATGGAGGATTTGCAG*TTTGCTTTTGTTTTATACAGTTG
GTCTGGATAATTTTACGTAAGTGTTTGG

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3AV49JQ 747 0 0
CCGTGTCCTTCAAGGATAACTTGAGATGGGTCAAGACAAAGTAATTGAGGCCCATTAGTT
CAATATCTCTGATTTACAGACCAGACGCTCCTCCTCCACCGTTCAAGTGCAGTTGCTACG
CCACCGTTGAAGATCTAACGAAAATACCCATAGCCGGAGCTTCAAACATTAATGGCTGCA
GGAGGAAATCACTTGGAGGCGGAGGGGAGAGAAAATTACTTGGCGGTGGTGGTGGTCGGA
GTTGGTATATCTAACAGGCGCCTCCTTCTGTCAACTTCTCCATGACACCGAGCGGCTTCA
GTTTATCAACATCTTAAGAAAAGGTCCTCTTGGTGCTCATATCAAACATGTCATTGAACT
CTTATTTGAGACAAGGCAATCCTTTACACCAGAGCCAATGACGTTTACACCAGAACAAAT
GAACAGAAGTTGTTATGTTATTATCCTTTCCAAAAAGGCTGTTTTTGATGGTTAAGTAAC
TATGTATGATGGGAGAAGGTTTTCTTACAAGGCACGATGTCAAGTATCCTGCTGGGACTG
CAGTTGTTGATCTGAAAGTAGCTTACCTGAATGACAGCAACTGTTGATCTGAAAGTAACT
TATGGAGGATTTGCAGGTTTGCTTTTGTTTTATACAGTTGGTCTGGATAATTTTACGTAA
GTGTTTGGTCACCTTAGATCCAGTTGGTTTTGGTTGGACAAAATTGTTTCTGGTCGTGTG
TTTATGTGAATATATATGGTTTGGTCC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3GD07JQ 671 0 0
CAGACCAGACGCTCCTCCTCCACCGTTCAAGTGCAGTTGCTACGCCACCGTTGAAGATCT
AACGAAAATACCCATAGCCGGAGCTTCAAACATTAATGGCTGCAGGAGGAAATCACTTGG
AGGCGGAGGGGAGAGAAAATTACTTGGCGGTGGTGGTGGTCGGAGTTGGTATATCTAACA
GGCGCCTCCTTCTGTCAACTTCTCCATGACACCGAGCGGCTTCAGTTTATCAACATCTTA
AGAAAAGGTCCTCTTGGTGCTCATATCAAACATGTCATTGAACTCTTATTTGAGACAAGG
CAATCCTTTACACCAGAGCCAATGACGTTTACACCAGAACAAATGAACAGAAGTTGTTAT
GTTATTATCCTTTCCAAAAAGGCTGTTTTTGATGGTTAAGTAACTATGTATGATGGGAGA
AGGTTTTCTTACAAGGCACGATGTCAAGTATCCTGCTGGGACTGCAGTTGTTGATCTGAA
AGTAGCTTACCTGAATGACAGCAACTGTTGATCTGAAAGTAACTTATGGAGGATTTGCAG
GTTTGCTTTTGTTTTATACAGTTGGTCTGGATAATTTTACGTAAGTGTTTGGTCACCTTA
GATCCAGTTGGTTTTGGTTGGACAAAATTGTTTCTGGTCGTGTGTTTATGTGAATATATA
TGGTTTGGTCC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 3

CO CL3376Contig1 896 3 8 U
GAGAAGAACGAATGAATATAACAAAGCAGTTACAATAAATCAAGCTAAAAAAACTAATTC
ACTCCATGAGGAATCTTGAGTACAGTCCTTTATGTGTATATAATTACTATCTTATTTGTG
TGTTTGCTTGCCGATGGTTTATAATCCAAAGTTGCGGATGTCACCTCCATCAATAAGCTT
ACTTAACCCCGAGTTGAGAATGTCCTAAAGATGGATAAGGAGATAACGGAGGCACAGAAA
ATAGTCCCATCCCTATACCGTCTACTCCGTCCCAAAACCCCATCCAACTTGACGGTGTCA
ACGGACAAGCCTCACCCTGAGCTTCTGTCTCTTCCCTTTTCACAGCTTTATGGCTGATCA
GGTTTATCCCATGTTTTTCATCCTCTGTTTCTGATCGCTTCCTCTTAGCTTTCAAAGCCA
CAGTCTTCTTGTTGTTGTCATCTCCAGAGTCCTCGTGCTTACCTGCTTCGAGTGGGAAGT
TAAGAATGGCTTTGCTTCCTCTTAGTTTAAAAGCAGCTCTATCGTAACCTCTTGCAGCTT
CCACGGCCGTGTCAAAAGTACCTAGCCAGACACGAACACCTTTCTTGTTTGGGTCTCTGA
TCTCAGCCGCGTACTTACCCCACGGTCTACGCCTCACGCCTCTGTAATGCCTATGATCAT
CCTCTTGAACCACCACTGCAGTAGTAGTAGGAACTGAAATGGTGGCAAGAGATGGCTTGC
GTTGGCTTAGAGTGGAGGTGGTGCTCTGATGGATGCTAGAAACGAAAGTCTATAAGGAAG
GGAAATCGGTAAGGAGGTGTTGAGTTATGAGGTCCAAAGCTGATTGGTCTTGTGAAAAAG
CCATAAATGAAACTTTGGAGTCGTTGGTTTGTGGTTTTGATTGTGTTGTGTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY57JQ U 131
AF RR3GB53JQ U 1
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TTCACCCTGAGCTTCCGCCTCTTCCCTTTTCACAGCTTTATGGCTGATCAGGTTTATCCC
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GTTGTTGTCATCTCCAGAGTCCTCGTGCTTACCTG

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DS 

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TGTTTGCTTGCCGATGGTTTATAATCCAAAGTTGCGGATGTCACCTCCATCAATAAGCTT
ACTTAACCCCGAGTTGAGAATGTCCTAGAGATGGATAAGGAGATAACGGAGGGACAGAGA
ATAGTCCCATCCCTATACCGTCTACTCCGTCCCAAAACCCCATCCAACTTGACGGTGTCA
ACGGACAAGCCTCACCCTGAGCTTCTGTCTCTTCCCTTTTCACAGCTTTATGGCTGATCA
GGTTTATCCCATGTTTTTCATCCTCTGTTTCTGATCGCTTCCTCTTAGCTTTCAAAGCCA
CAGTCTTCTTGTTGTTGTCATCTCCAGAGTCCTCGTGCTTACCTGCTTCGAGTGGGAAGT
TAAGAATGGCTTTGCTTCCTCTTAGTTTAAAAGCAGCTCTATCGTAACCTCTTGCAGCTT
CCACGGCCGTGTCAAAAGTACCTAGCCAGACACGAACACCTTTCTTGTTTGGGTCTCTGA
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CCTCTTGAACCACCACTGCAGTAGTAGTAGGAACTGAAATGGTGGCAAGAGATGGCTTGC
GTTGGCTTAGAG

QA 1 732 1 732
DS 

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TTCTGTCTCTTCCCTTTTCACAGCTTTATGGCTGATCAGGTTTATCCCATGTTTTTCATC
CTCTGTTTCTGATCGCTTCCTCTTAGCTTTCAAAGCCACAGTCTTCTTGTTGTTGTCATC
TCCAGAGTCCTCGTGCTTACCTGCTTCGAGTGGGAAGTTAAGAATGGCTTTGCTTCCTCT
TAGTTTAAAAGCAGCTCTATCGTAACCTCTTGCAGCTTCCACGGCCGTGTCAAAAGTACC
TAGCCAGACACGAACACCTTTCTTGTTTGGGTCTCTGATCTCAGCCGCGTACTTACCCCA
CGGTCTACGCCTCACGCCTCTGTAATGCCTATGATCATCCTCTTGAACCACCACTGCAGT
AGTAGTAGGAACTGAAATGGTGGCAAGAGATGGCTTGCGTTGGCTTAGAGTGGAGGTGGT
GCTCTGATGGATGCTAGAAACGAAAGTCTATAAGGAAGGGAAATCGGTAAGGAGGTGTTG
AGTTATGAGGTCCAAAGCTGATTGGTCTTGTGAAAAAGCCATAAATGAAACTTTGGAGTC
GTTGGTTTGTGGTTTTGATTGTGTTGTGTTGTCC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 4

CO CL3377Contig1 1242 4 10 U
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CTCTCTGTTTCTCATACTTCTCTCTTCACTCCCTGAGCTATTAGCACAATCTCAACAACA
TTTTTGGGGACAAAACAACACAAGCTTGTTGGAAGGAGAGAGATCATGCAATTGGTTTAG
AGGCAAATGGGTCTATGATTCTTCATATCCACTCTATAGTCCCTTTTCTTGTCCCTTCAT
CAACCCTGAATTCAATTGCCAGAAAACCGGTCGACCCGACACTAACTATCAACACTCCCG
ATGGCAACCTTTCTCATGTTCTCTTCCCAGATTCGATGGGGTGAACTTTATGAGGAGAAT
GAGAGGGAAGAAGATAATGATGGTTGGTGACTCACTGAGTCTCAACATGTTCGAATCGTT
GGCATGTTTGCTTCATGCCTCTCTTCCTAATGCTAAGTACTCTCTCCGTCGAGGCCAGCC
TCTCACTTCCCTCACTTTCCAGGATTATGGAGTGACAATACTTCTGTACAGAACACAGTT
TCTAGTAGATGTGGTTCAAGAAAAGGCAGGACGAGTGCTTGTACTCGACTCCATCAAACA
AGCCAATGCTTGGCTTGGCATGGACGTTCTGATCTTCAACTCATGGCACTGGTGGACTCA
TACTGACGGAATCCAGCCGTGGGATTATATGAGGGAAGGAAACAACTTGTACAAAGACAT
GAACAGGCTTGTGGCTTTTTACAAAGGACTAAACACATGGGCTCGATGGATTAACGGCAA
CATTAACCCTTCACGCACTCAAGTCTTCTTTCAAGGTGTTTCTCCTGTTCACTACGATGG
AAGACAGTGGAACGAACCATCGAAGTCGTGCAAGGGACAAACTCAGCCGTTCATGGGACA
AAGATATCCAGGAGGATTGCCCTTAGGTTGGGTTGTGGTGAACAAAGTGTTGAGCCGAAT
CAAGAAACCGGTCCGTCTTCTTGATCTTACAACTCTCTCGGAGTATCGCAAAGACGCACA
CCCAAGTCTCCACAATGGTATCGCAAAGGGTTTAGACTGTAGCCATTGGTGTCTCCCTGG
TCTCCCTGACACTTGGAACCTACTTCTATACGCATCTCTTACTTCATAGTTCTCCTTTTT
ATACAATTCAATAAATAATTTGTGGAATTCTTGTGATTGTGATTGTGATTCAGATTTTTA
TCTTTAAATGTAATTAATATTTATACTAATTATATTTTGGGC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GO24TF U 3
AF RR3AU44TF U 1
AF RR3AU44JQ C 468
AF RR3GO24JQ C 674
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RD RR3GO24TF 688 0 0
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CTCTGTTTCTCATACTTCTCTCTTCACTCCCTGAGCTATTAGCACAATCTCAACAACATT
TTTGGGGACAAAACAACACAAGCTTGTTGGAAGGAGAGAGATCATGCAATTGGTTTAGAG
GCAAATGGGTCTATGATTCTTCATATCCACTCTATAGTCCCTTTTCTTGTCCCTTCATCA
ACCCTGAATTCAATTGCCAGAAAACCGGTCGACCCGACACTAACTATCAACACTTCCGAT
GGCAACCTTTCTCATGTTCTCTTCCCAGATTCGATGGGGTGAACTTTATGAGGAGAATGA
GAGGGAAGAAGATAATGATGGTTGGTGACTCACTGAGTCTCAACATGTTCGAATCGTTGG
CATGTTTGCTTCATGCCTCTCTTCCTAATGCTAAGTACTCTCTCCGTCGAGGCCAGCCTC
TCACTTCCCTCACTTTCCAGGATTATGGAGTGACAATACTTCTGTACAGAACACAGTTTC
TAGTAGATGTGGTTCAAGAAA*GGCAGGACGAGTGCTTGTACTCGACTCCATCAAACAAG
CCAATTCTTGGCTTGGCATGGACGTTCTGATCTTCAACTCATGGCACTGGTGGACTCATA
CTGACGGAATCCAGCCGTGGGATTATAT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3AU44TF 807 0 0
AGGGATTCTTACTTGGCGACCGCAAAAGAAAATGGGACTCTGTTTCCAACCCATCTTAGC
CTCTCTGTTTCTCATACTTCTCTCTTCACTCCCTGAGCTATTAGCACAATCTCAACAACA
TTTTTGGGGACAAAACAACACAAGCTTGTTGGAAGGAGAGAGATCATGCAATTGGTTTAG
AGGCAAATGGGTCTATGATTCTTCATATCCACTCTATAGTCCCTTTTCTTGTCCCTTCAT
CAACCCTGAATTCAATTGCCA*AAAACCGGTCGACCCGACACTAACTATCAACACTCCCG
ATGGCAACCTTTCTCATGTTCTCTTCCCAGATTCGATGGGGTGAACTTTATGAGGAGAAT
GAGAGGGGAGAAGATAATGATGGTTGGTGACTCACTGAGTCTCAACATGTTCGAATCGTT
GGCATGTTTGCTTCATGCCTCTCTTCCTAATGCTAAGTACTCTCTCCGTCGAGGCCAGCC
TCTCACTTCCCTCACTTTCCAGGATTATGGAGTGACAATACTTCTGTACAGAACACAGTT
TCTAGTAGATGTGGTTCAAGAAAAGGCAGGACGAGTGCTTGTACTCGACTCCATCAAACA
AGCCAATGCTTGGCTTGGCATGGACGTTCTGATCTTCAACTCATGGCACTGGTGGACTCA
TACTGACGGAATCCAGCCGTGGGATTATATGAGGGAAGGAAACAACTTGTACAAAGACAT
GAACAGGCTTGTGGCTTTTTACAAAGGACTAAACACATGGGCTCGATGGATTAACGGCAA
CATTAACCCTTCACGCACTCAAGTCTT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3AU44JQ 775 0 0
GTCGAGGCCAGCCTCTCACTTCCCTCACTTTCCAGGATTATGGAGTGACAATACTTCTGT
ACAGAACACAGTTTCTAGTAGATGTGGTTCAAGAAAAGGCAGGACGAGTGCTTGTACTCG
ACTCCATCAAACAAGCCAATGCTTGGCTTGGCATGGACGTTCTGATCTTCAACTCATGGC
ACTGGTGGACTCATACTGACGGAATCCAGCCGTGGGATTATATGAGGGAAGGAAACAACT
TGTACAAAGACATGAACAGGCTTGTGGCTTTTTACAAAGGACTAAACACATGGGCTCGAT
GGATTAACGGCAACATTAACCCTTCACGCACTCAAGTCTTCTTTCAAGGTGTTTCTCCTG
TTCACTACGATGGAAGGCAGTGGAACGAACCATCGAAGTCGTGCAAGGGACAAACTCAGC
CGTTCATGGGACAAAGATATCCAGGAGGATTGCCCTTAGGTTGGGTTGTGGTGAACAAAG
TGTTGAGCCGAATCAAGAAACCGGTCCGTCTTCTTGATCTTACAACTCTCTCGGAGTATC
GCAAAGACGCACACCCAAGTCTCTACAATGGTATCGCAAAGGGTTTAGACTGTAGCCATT
GGTGTCTCCCTGGTCTCCCTGACACTTGGAACCTACTTCTATACGCATCTCTTACTTCAT
AGTTCTCCTTTTTATACAATTCAATAAATAATTTGTGGAATTCTTGTGATTGTGATTGTG
ATTCAGATTTTTATCTTTAAATGTAATTAATATTTATACTAATTATATTTTGGGC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3GO24JQ 569 0 0
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GCTTTTTACAAAGGACTAAACACATGGGCTCGATGGATTAACGGCAACATTAACCCTTCA
CGCACTCAAGTCTTCTTTCAAGGTGTTTCTCCTGTTCACTACGATGGAAGACAGTGGAAC
GAACCATCGAAGTCGTGCAAGGGACAAACTCAGCCGTTCATGGGACAAAGATATCCAGGA
GGATTGCCCTTAGGTTGGGTTGTGGTGAACAAAGTGTTGAGCCGAATCAAGAAACCGGTC
CGTCTTCTTGATCTTACAACTCTCTCGGAGTATCGCAAAGACGCACACCCAAGTCTCCAC
AATGGTATCGCAAAGGGTTTAGACTGTAGCCATTGGTGTCTCCCTGGTCTCCCTGACACT
TGGAACCTACTTCTATACGCATCTCTTACTTCATAGTTCTCCTTTTTATACAATTCAATA
AATAATTTGTGGAATTCTTGTGATTGTGATTGTGATTCAGATTTTTATCTTTAAATGTAA
TTAATATTTATACTAATTATATTTTGGGC

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 4

CO CL3378Contig1 737 4 13 U
GGAGATTTCTTTGTTTCTGTGGAAGAAAGAAAAAAAAA*GATGGAGGAGGAGAAGAAGAA
GCAAAAATCAGAGATTTCGTCAACGGAAGCTGTTCTTCTGGGAGCTCTAGCTCCAGGCGT
CAATGCTCCAACATGGAACACACTGAGATTAGCGTTTCTTCTGCTGGGTCTCTGTCTCAC
TTTCATGCTCTCCATAGCTTTCACCAGTGGCCAATCCATGTTGCTTGTTCACGTTGGCTT
CCTCATTCTAATCGCATCTTCTCTCTTCGTCCTCCTCAATTGGTTTCTTGCTCAGACAGG
GTTAGTACCAGTTGAGACACAGATGCAGGAGTCGAACTTGGCACCTACCACTGATAAAAA
CAATTGATCAAGAACGACGCTATGTTTTTTAGTTGCTCAGGCCTAGTAGACACAAAGTAT
CAGTTCCAATACCAAGGATTGGATTTTTGGTGCAACCAGAAAAATCCAGTTTCTGTTGAA
ACTATACAATCAGCTTTTGCTTTCCTCAAAACTCTTTTCTTGTTTAATTTTCTTTATTTG
GCTTGATGGAGGATGCAGCAGAAGCACGAAGGTTTGGTTTGCTCAATTCTCCAACATTAG
CTCCTTTTCTTTGTTTTTGTAATTCCCATACTAAGTTTGTTCCTCCCATCCATGTAAGAA
GATGATTATTATTTAAAATGGATTCAAGGGTAATCTAACTCTAATTCATCCCTCAGTTAA
GAAACCAATGAACTTCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3HB37TF U 1
AF RR3HB37JQ C 257
AF RR3E272JQ C 1
AF RR3E272TF U 1
BS 1 36 RR3HB37TF
BS 37 37 RR3E272TF
BS 38 38 RR3HB37TF
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BS 40 40 RR3HB37TF
BS 41 42 RR3E272TF
BS 43 49 RR3HB37TF
BS 50 50 RR3E272TF
BS 51 359 RR3HB37TF
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BS 361 715 RR3HB37TF
BS 716 735 RR3E272TF
BS 736 737 RR3E272JQ

RD RR3HB37TF 719 0 0
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AAAA

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ACGCTATGTTTTTTAGTTGCTCAGGCCTAGTAGACACAAAGTATCAGTTCCAATACCAAG
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TTGCTTTCCTCAAAACTCTTTTCTTGTTTAATTTTCTTTATTTGGCTTGATGGAGGATGC
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TTGTAATTCCCATACTAAGTTTGTTCCTCCCATCCATGTAAGAAGATGATTATTATTTAA
AATGGATTCAAGGGTAATCTAACT

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DS 

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GAAACCAATGAACTTCC

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DS 

RD RR3E272TF 735 0 0
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CAATGCTCCAACATGGAACACACTGAGATTAGCGTTTCTTCTGCTGGGTCTCTGTCTCAC
TTTCATGCTCTCCATAGCTTTCACCAGTGGCCAATCCATGTTGCTTGTTCACGTTGGCTT
CCTCATTCTAATCGCATCTTCTCTCTTTGTCCTCCTCAATTGGTTTCTTGCTCAGACAGG
GTTAGTACCAGTTGAGACACAGATGCAGGAGTTGAACTTGGCACCTACCACTGATAAAAA
CAATTGATCAAGAACGACGCTATGTTTTTTAGTTGCTCAGGCCTAGTAGACACAAAGTAT
CAGTTCCAATACCAAGGATTGGATTTTTGGTGCAACCAGAAAAATCCAGTTTCTGTTGAA
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GAAACCAATGAACTT

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 4

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GGTAAACTGATCCAAACCCCATAGTAATCCAAATTGCAAGTCATAGAAAAGATAAAACTC
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TTTCACGAATATCTGCATCCTTCCTCCAAAGATTTCTTTATTTCTCTCTCTAACTGTCTC
TGCCTCTCC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 0 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3DH86JQ U 1
AF RR3DH86TF C 1
AF RR3BQ34JQ U 11
AF RR3BQ34TF C 11
BS 1 239 RR3DH86JQ
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RD RR3DH86JQ 669 0 0
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TGCCTCTCC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3DH86TF 669 0 0
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GGTAAACTGATCCAAACCCCATAGTAATCCAAATTGCAAGTCATAGAAAAGATAAAACTC
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GACATTGTCGATGGTATCGCTGCTCTCAACTTCGAGGGTTATGGTTTTTCCGGTCAAGGT
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TGCCTCTCC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3BQ34JQ 659 0 0
GG
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QA 3 659 3 659
DS 

RD RR3BQ34TF 659 0 0
GG
CCAAATCCAAATAAATATTATTTT*GATCCGATATTGGAGAGATTATTGGTAAACTGATC
CAAACCCCATAGTAATCCAAATTGCAAGTCATAGAAAAGATAAAACTCAGGAGAGAAAAA
AGAGCTAACTTATCAGAGAAGACCAAAACCACCACCTCTAAGAGCAAGGACCAGATGAAG
AACAGAGCCTCCCTCGATGTTGTAGTCTTTCGCCGTTTTGTCGTCAGCTAGCTGTTTTCC
AGCGTAGATGAGCCTTTGTTGGACAGGAGGGATGCCTTCTTTCTCCTCAACACGTTCCTT
GATGCGATCGATAGTGTCGGTAGGTTCGATATCAATCTCGATCTCTTTGCCGGTGAGAGT
CTTGACCTTGATCATGGTGCCACCCCTAAGCCTCAAGACCAAGTGAAGAGTGGACTCTTT
CTGGATGTTGTAGTCAGCGAGCGTTCGGCCATCCTCTAGCTGTTTCCCAGCAAAGATTAG
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QA 3 659 3 659
DS 



AS 1 3

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ATGGTTCCATGGGAGTACAGAGAGTTCTTGGAAAAATTGACAAACCTAGTGAACGGTGGA
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GGATTCAACGGAACCGGAGAAAACATCGGTCGTAACAAAGCCTTGCATCTCCCTACCGGT
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CCAATGAACGTTGGCGACTCGGCCTACGACCCTCTCTTCCCCTTCGGATTCGGAATTACA
AATTAAATGAAGAATCAAATCATCTATCATGTATGTTAAATATGTGAAAAAATGTTAAAT
GTAACGCTTCTTCAATG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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DS 

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G
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GGCGCACACGCTAACAACATGGGTTGGCAATGTGGTGGCTTCACTCTCACTTGGCAAGGA
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ATTGTGGTTGTAGGTGAAGCTCCATATGCTGAGTCACAAGGGGACAGCACCACACTAAAC
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GTTGCGGTAGCTTGGCTTCCAGGAACCGAAAGACAAGGAGTCGCTGATGTTTTGTTTGGT
GATCATCCATTCACCGGCACTTTGCCTCGCACGTGGATGAAGAGTGTGGCTCAACTT

QA 2 778 2 778
DS 

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TGTTGCGGGCGCACACGCTAACAACATGGGTTGGCAATGTGGTGGCTTCACTCTCACTTG
GCAAGGATTCAACGGAACCGGAGAAAACATCGGTCGTAACAAAGCCTTGCATCTCCCTAC
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ATACACAATTGTGGTTGTAGGTGAAGCTCCATATGCTGAGTCACAAGGGGACAGCACCAC
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CGATGCTGTTGCGGTAGCTTGGCTTCCAGGAACCGAAGGACAAGGAGTCGCTGATGTTTT
GTTTGGTGATCATCCATTCACCGGC**TTTGCCTCGCACGTGGATGAAGAGTGTGGCTCA
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TACAAATTAAATGAAGAATCAAATCATCTATCATGTATGTTAAATATGTGAAAAAATGTT
AAATGTAACGCTTCTTCAATG

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 4

CO CL3381Contig1 1206 4 20 U
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ACGAAGAACAACACTATGGGAATCGTGTGTGAGAAAGATATCGAGGAACAGCGGCTTCAA
ATCGATTCCTTCATCGCTTCCCCCTTCCACAGATCTATGGACTCTCTACTTGACCGAGCT
AAAGCCACTGCTCAGAGCCAAGTGGAACTAGCAAATGTGAAAGCGGACCTGAGAGAAGCA
GAGTATGAGCTCGTTAAAGTGTTGTCAGCTAAAACCCGTAAAGAGGGGATGCAAATGGGT
TTAAGGGACTCCATTTCCGCAACACAATCTCGAATCCAAGTGCTTAAAAGAACTCTGCAG
TTACACAAGTCAAAGAAGGAAGAGCGTGCCAAAACTATCTCCCACCGTTTGCAAGGCTTA
TCAGTATCCAAGGACAATGCTGGTCAAGTCACGGAAAACAAATCCCATATTGATGAAGCC
ATATCTTGGTATAATCAGGCTCTTGGCTTTCATGTTGAAGCCGGACATGGAGTTAAGTTC
ACATTCACCAACATTGATGCAAAAAGGCCCACACGCGAGTTTTCATTCACAGTTCACTAT
GGAAACGACATCTACACACTATTGGATTGCAACCCACAGTTAGATGACATGGATGAGATG
GTCCAAGAATTGAATAAAACCAATGACCTTTTCGGATTTGTTCGTCTGATGAGGGATAAG
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TCCATCATATCTGCTTCAGCTCCAGCTATGTCAATTACTACTGATACAAGCATGCTAACT
CCAGAGAACAAGGTGTCTAAGGTTCAAGTGAATCGGCGACAGAAACGATCTAGCAATTCC
CCACTCCAGTCTCCTGCACCCACGTCTTCCACTCGCCGTTCTTCTCGCCTTAAGGCTAAG
AAGTGAAGGTGGAGCTCTGTTTTCTTTTTCACCAGAATCAAGGAATTCACAAAAACTGAG
ATGTTGATGGTGTTTTGGAGACTT**GACAACAATCTGTTGTTTGACTTTCCTATTAAAT
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ATGTTTATACAACTATCGATCTATATGTACATGTTGGTAAAATTATTAAGAAGGTGAGAT
TTTAGC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3AP89TF U 1
AF RR3AY62TF U 305
AF RR3AY62JQ C 341
AF RR3AP89JQ C 410
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ACGAAGAACAACACTATGGGAATCGTGTGTGAGAAAGATATCGAGGAACAGCGGCTTCAA
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AAAGCCACTGCTCAGAGCCAAGTGGAACTAGCAAATGTGAAAGCGGACCTGAGAGAAGCA
GAGTATGAGCTCGTTAAAGTGTTGTCAGCTAAAACCCGTAAAGAGGGGATGCAAATGGGT
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TTACACAAGTCAAAGAAGGAAGAGCGTGCCAAAACTATCTCCCACCGTTTGCAAGGCTTA
TCAGTATCCAAGGACAATGCTGGTCAAGTCACGGAAAACAAATCCCATATTGATGAAGCC
ATATCTTGGTATAATCAGGCTCTTGGCTTTCATGTTGAAGCTGGACATGGAGTTAAGTTC
ACATTCACCAACATTGATGCAAAAAGGCCGACACGCGAGTTTTCATTCACAGTTCACTAT
GGAAACGACATCTACACACTATTGGATTGCAACCCACAGTTAGATGACATGGATGAGATG
GTCCAAGAATTGAATAAAACCAATGACCTTTTCGGATTTGTTCGTCTGATGAGGGATAAG
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CCAGAGA
CAGTATC

QA 1 847 1 847
DS 

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ACAAGTCAAAGAAGGAAGAGCGTGCCAAAACTATCTCCCACCGTTTGCAAGGCTTATCAG
TATCCAAGGACAGTGCTGGTCAAGTCACGGAAAACAAATCCCATATTGATGAAGCCATCT
CTTGGTATAATCAGGCTCTTGGCTTTCATGTTGAAGCCGGACATGGAGTTAAGTTCACGT
TCACCAACATTGATGCAAAAAGGCCCACACGGGAGTTTTCATTCACAGTTCACTATGGAA
ATGACATCTACACACTATTGGATTGCAACCCAGTGTTAGATGACGTGGATGATATGGTCC
AAGAATTGAATAAAACCAATGACCTTTTCGGATTTGTTCGTTTGATGAGGGATAAGTTTC
AGAAAGCTACCTTATCTGAACCACCAGCACACTCAGAAAACATGCCACAGGAAACTTCCA
TCGTATCTGCTTCAGCTCCAGCTATGTCAATTACTACTGATACAAGCATGCTAACTCCAG
AGAACAAGGTGTCTAAGGTTCAAGTGAATCGGCGACAGAAACGATCTAGCAATTCCCCAC
TCCAGTCTCCTGCACCCACGTCTTCCACTCGCCGTTCTTCTCGCCTTAAGGCTAAGAAGT
GAAGGTGGAGCTCTGTTTTCTTTTTCACCAGAATCAAGGAATTCACAAAAACTGAGATGT
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CTACTGTTGTTATCACACTTATCTACA*CTTTGATCAATGTACTAGTATTGGTGCTATG

QA 1 839 1 839
DS 

RD RR3AY62JQ 857 0 0
TGCTTAAAAGAACTCTGCAGTTACACAAGTCAAAGAAGGAAGAGCGTGCCAAAACTATCT
CCCACCGTTTGCAAGGCTTATCAGTATCCAAGGACAGTGCTGGTCAAGTCACGGAAAACA
AATCCCATATTGATGAAGCCATCTCTTGGTATAATCAGGCTCTTGGCTTTCATGTTGAAG
CCGGACATGGAGTTAAGTTCACGTTCACCAACATTGATGCAAAAAGGCCCACACGGGAGT
TTTCATTCACAGTTCACTATGGAAATGACATCTACACACTATTGGATTGCAACCCAGTGT
TAGATGACGTGGATGATATGGTCCAAGAATTGAATAAAACCAATGACCTTTTCGGATTTG
TTCGTTTGATGAGGGATAAGTTTCAGAAAGCTACCTTATTTGAACCACCAGCACACTCAG
AAAACATGCCACAGGAAACTTCCATCGTATTTGCTTCAGCTCCAGCTATGTCAATTACTA
CTGATACAAGCATGCTAACTCCAGAGAACAAGGTGTTTAAGGTTCAAGTGAATCGGCGAC
AGAAACGATCTAGCAATTCCCCACTCCAGTCTCCTGCACCCACGTCTTCCACTCGCCGTT
CTTCTCGCCTTAAGGCTAAGAAGTGAAGGTGGAGCTCTGTTTTCTTTTTCACCAGAATCA
AGGAATTCACAAAAACTGAGATGTTGATGGTGTTTTGGAGACTT**GACAACAATCTGTT
GTTTGACTTTCCTATTAAATCAGACTACTGTTGTTATCACACTTATCTACAACTTTGATC
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AATTATTAA
CAAGAAGG

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DS 

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TTGATGAAGCCATATCTTGGTATAATCAGGCTCTTGGCTTTCATGTTGAAGCTGGACATG
GAGTTAAGTTCACATTCACCAACATTGATGCAAAAAGGCCGACACGCGAGTTTTCATTCA
CAGTTCACTATGGAAACGACATCTACACACTATTGGATTGCAACCCACAGTTAGATGACA
TGGATGAGATGGTCCAAGAATTGAATAAAACCAATGACCTTTTCGGATTTGTTCGTCTGA
TGAGGGATAAGTTTCAGAAAGCTACCTTATCTGAACTACCAGCACACTCAGAAAACCTGC
CACAGGAAACTTCCATCATATCTGCTTCAGCTCCAGCTATGTCAATTACTACTGATACAA
GCATGCTTACTCCAGAGAACAAGGTATCTAAGGTTCAAGTGAATCGGCGACAGAAACGAT
CTAGCAATTCCCCACTCCAATCTCCTGCACCCACGTCTTCCACTCGCCGTTCTTCTCGCC
TTAAGGCTAAGAAGTGAAGGTGGAGCTCTGTTTTCTTTTTCACCAGAATCAAGGAATTCA
CAAAAGCTGAGATGTTGATGGTGTTTTGGAGACTTTTGACAACAATCTGTTGTTTGACTT
TCCTGTTAAATCAGACTACTGTTGTTATCATGCTTATCTACAACTTTGATCAATGTACTA
GTACTGGTGCTATGTTTATACAACTATCGATCTATATGTACATGTTGGTAAAATTATTAA
GAAGGTGAGATTTTAGC

QA 1 797 1 797
DS 



AS 2 4

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ATCCGTAAGGGTGGTCACATCGTCATCAAGGACCGTCCCTGCAAGGTGGTTGAGGTTTCG
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ACTTCTAAGAAGCTCGAAGATATTGTTCCTTCTTCCCACAACTGTGATGTTCCACATGTG
AACCGTACTGACTATCAGTTGATTGATATCTCTGAAGATGGCTTTGTCAGCCTTCTTACT
GACAATGGTAGCACTAAGGATGATCTCAAGCTCCCAACAGATGAAACTCTCCTCACACAG
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ATGTTTTATAAGAAAAAGTTTGGTCTTTTCTTCTTCTTAATCTTCATAATAAATAATTTA
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BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AC90JQ C 1
AF RR3AC90TF U 1
BS 1 1 RR3AC90JQ
BS 2 769 RR3AC90TF

RD RR3AC90JQ 769 0 0
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ACTTCTAAGAAGCTCGAAGATATTGTTCCTTCTTCCCACAACTGTGATGTTCCACATGTG
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GACAATGGTAGCACTAAGGATGATCTCAAGCTCCCAACAGATGAAACTCTCCTCACACAG
CTCAAGTCTGGATTTGAAGAGGGAAAGGATATAGTTGTGTCTGTCATGTCTGCAATGAGA
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GCATTCTCCTCTGCTCTACTAGTATAGAGGATACTATCATTATCATTTTGACAGAGTCAA
ATGTTTTATAAGAAAAAGTTTGGTCTTTTCTTCTTCTTAATCTTCATAATAAATAATTTA
AAGCCCAATGTTTCATGCAAAAGACACACCTTATCTTATCTTACTGATTTGGTTTTTGTT
GTGGAGAAGTTACTAATGACAGTTCCAAAGCTATACTATATATTACTAC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3AC90TF 769 0 0
G
GCCACAACGTTTTCGTGTGTGTGTGTGGATCAAATCGGTGGAACATGTCGGACGAGGAGC
ACCACTTTGAGTCAAGCGACGCTGGACCTTCAAAGACCTATCCTCAGCAAGCTGGTAACA
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CTTCTAAGAAGCTCGAAGATATTGTTCCTTCTTCCCACAACTGTGATGTTCCACATGTGA
ACCGTACTGACTATCAGTTGATTGATATCTCTGAAGATGGCTTTGTCAGCCTTCTTACTG
ACAATGGTAGCACTAAGGATGATCTCAAGCTCCCAACAGATGAAACTCTCCTCACACAGC
TCAAGTCTGGATTTGAAGAGGGAAAGGATATAGTTGTGTCTGTCATGTCTGCAATGAGAG
AGGAGCAGATGTGTGCCCTGAAGGAAGTTGCTCCCAAGTAACAATAATGATAAAAGTGTG
CATTCTCCTCTGCTCTACTAGTATAGAGGATACTATCATTATCATTTTGACAGAGTCAAA
TGTTTTATAAGAAAAAGTTTGGTCTTTTCTTCTTCTTAATCTTCATAATAAATAATTTAA
AGCCCAATGTTTCATGCAAAAGACACACCTTATCTTATCTTACTGATTTGGTTTTTGTTG
TGGAGAAGTTACTAATGACAGTTCCAAAGCTATACTATATATTACTAC

QA 2 769 2 769
DS 



CO CL3382Contig2 676 2 2 U
GGGACTGACTTTGCCACAACGTTTTCGTGTGTGTGTGTGTGGATCAAATCGGTGGAACAT
GTCGGACGAGGAGCACCACTTTGAGTCAAGCGACGCTGGAGCTTCAAAGACCTATCCTCA
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GGTTGAGGTTTCGACTTCCAAGACTGGAAAGCACGGTCACGCCAAGTGTCACTTTGTTGC
TATCGATATCTTCACTTCTAAGAAGCTAGAAGATATTGTTCCTTCTTCCCACAACTGTGA
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CAGCCTTCTTACTGACAATGGTAGCACTAAGGATGATCTCAAGCTCCCAACAGATGAAAC
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GTCTGCAATGGGAGAGGAGCAGATGTGTGCCCTGAAGGAAGTTGCTCCCAAGTAAACAAT
AATGATAAAGTGTGCATTCTCCTCTGCTCTACTTGTACAGAGGAACTATCATTATCATTT
TGACAGAGTCAAATGTTTTATAAGAAAAAGTTTGGTCTTTCTTCTTCTTATTCTTCATAA
TAATAATTTAAAGCAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3AZ82JQ C 1
AF RR3AZ82TF U 1
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TAATAATTTAAAGCAC

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DS 

RD RR3AZ82TF 676 0 0
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GTCGGACGAGGAGCACCACTTTGAGTCAAGCGACGCTGGAGCTTCAAAGACCTATCCTCA
GCAAGCTGGTAACATCCGTAAGGGTGGTCACATCGTCATCAAGGGCCGTCCCTGCAAGGT
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TATCGATATCTTCACTTCTAAGAAGCTAGAAGATATTGTTCCTTCTTCCCACAACTGTGA
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CAGCCTTCTTACTGACAATGGTAGCACTAAGGATGATCTCAAGCTCCCAACAGATGAAAC
TCTCCTCACACAGCTCAAGTCTGGATTTGAAGAGGGAAAGGATATAGTTGTGTCTGTCAT
GTCTGCAATGGGAGAGGAGCAGATGTGTGCCCTGAAGGAAGTTGCTCCCAAGTAAACAAT
AATGATAAAGTGTGCATTCTCCTCTGCTCTACTTGTACAGAGGAACTATCATTATCATTT
TGACAGAGTCAAATGTTTTATAAGAAAAAGTTTGGTCTTTCTTCTTCTTATTCTTCATAA
TAATAATTTAAAGC
AC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 3

CO CL3383Contig1 1140 3 15 U
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GTTTCGACGTTGGGATGAGTTAATCCCAGACGCTCTCGGTTTAATCTTTAGCCACTTACC
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ACTCTCTGTCACTGGCCTTCAAAATGACTCTATCTTCTCCTTCATTGCACAACATGCTGG
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CACGCGTGATTGGATTCTACGATATGATAAACGATTGGGAGGATTGCTGCTCGGATTATT
TCTCTGATGGGTCTGATTACTTGGCTTGGGAGTTTCTCGAGGATGGTGAGATGGGAGAGT
TCTATGAAGATGAGTTTGAGCATGGTTGAGACGATAATTTCTATGCGGATAGTGTGAATA
TAGACATGGAACCACATATTTGGCCCCCATCTCCATGAACCAGGTCTTGTTATGGTCGAG
AGCTCTGCCTGAAAGTTGCTTCTAGGAAATGGTATTAGCCTCTTATGTGCTTTTGCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GU38TF U 1
AF RR3GY73TF U 33
AF RR3GY73JQ C 459
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RD RR3GU38TF 733 0 0
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TTCGCTTAAAACCTTGAAGGTGCCGAGAAGTAGTCTGAGCAATTCAGGTGTTGTCAACGT
AGCTGAAAAGCTTTCATCTCTCACATTCTTGGACTTGAGCTACTGCTGCAAACTCGGCCC
AGAGGCGATACAAGCCATAGGCAAACACTGTAAAGCCCTGATAGAGTTCTCCAGAAACAT
GCACCCGTTGGACGTAGCGAGCGTCGACTCTCACGACGATGAAGCGTATGCGATCGCCAG
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TGCTCAAAATCT
A

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3GY73TF 735 0 0
GGA
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GCAAAGCATGGAACAGAGCTGTAACTGGACCTTACTGCTGGCAAGAGATAGATATCGAGC
TATGGAGTAACCGTTGCCACCAGTCCGATCATCTCGATCGAATGCTTCAGATGTTGATCC
TCAGGAGCTCTGGCTCTTTGCGCAAACTCTCTGTCACTGGCCTTCAAAATGACTCTATCT
TCTCCTTCATTGCACAACATGCTGGTTCGCTTAAAACCTTGAAGGTGCCGAGAAGTAGTC
TGAGCAATTCAGGTGTTGTCAACGTAGCTGAAAAGCTTTCATCTCTCACATTCTTGGACT
TGAGCTACTGCTGCAAACTCGGCCCAGAGGCGATACAAGCCATAGGCAAACACTGTAAAG
CCCTGATAGAGTTCTCCAGAAACATGCACCCGTTGGACGTAGCGAGCGTCGACTCTCCCG
ACGATGAAGCGTATGCGATCGCCAGCACAATGCCGAAGCTGAAGCGG*TTAGAGATCGCG
TACCACCGAGTCAGCACAGAAAGAGTGCTCAAAATCTTGTCTTCTTGCATTTTTCTCGAG
TTCTTGGAACTT

QA 4 735 4 735
DS 

RD RR3GY73JQ 682 0 0
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GCTACTGCTGCAAACTCGGCCCAGAGGCGATACAAGCCATAGGCAAACACTGTAAAGCCC
TGATAGAGTTCTCCAGAAACATGCACCCGTTGGACGTAGCGAGCGTCGACTCTCCCGACG
ATGAAGCGTATGCGATCGCCAGCACAATGCCGAAGCTGAAGCGG*TTAGAGATCGCGTAC
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TTGGAACTTAGAGGCTGTTGGGACGTGCAGCTTGATAACAAGTTCTTCAAGGAAAAGTTT
CCAGATATGAAAGTGTTGGGTCCACGCGTGATTGGATTCTACGATATGATAAACGATTGG
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GAGGATGGTGAGATGGGAGAGTTCTATGAAGATGAGTTTGAGCATGGTTGAGACGATAAT
TTCTATGCGGATAGTGTGAATATAGACATGGAACCACATATTTGGCCCCCATCTCCATGA
ACCAGGTCTTGTTATGGTCGAGAGCTCTGCCTGAAAGTTGCTTCTAGGAAATGGTATTAG
CCTCTTATGTGCTTTTGCTCCC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 4

CO CL3384Contig1 706 4 2 U
TTTTTTTGCAAGAAATGAATGAATATATAAATGTAAAAAGAGATGGATAGAGATACATAC
AGTCCAGAAAACGGCAGAAGGGGAATCAGTGAAGGAGACACGAGCAAGTCCCAAATCACA
GATCTTGATTTTGCAATCAGCATTAGCGAGGATGTTCTTAGGCTTCAGATCTCTATGGAA
AACATGCGCTGAGTGCATGAATTTTAAGCCACGAAGAAGTTGGTACAAGAAGAATTGATG
ATGCTGAGGAGTGAGGTCGTCATTTACCTTTAAGACATGGTGAAGATCCGACTCCATCAA
CTCGAAAACAACATAGATGTCTTTGAACTCCTTCCGGCAAGGAGGCAGCATGATATGTTT
GATCTCCACGATATCAGGATGTTTCAGAAGCCTAAGCAGATTGATCTCCCTGAGTATCCG
TATGGCGTCAGAGACGTGTTCAAAGACATTGGTCATCTTCTTGATAGCAACTTTGCCACC
AGTGTGAGGACATTCGGCAGAGGCAACAACACCGTAGCTTCCTTTTCCGACAACTTCTTG
GATCTGGTATTGGCTTGCTTCACCATACTCTGTGAAAAACTCTTTCTCCAACATGATTTG
ATTCTTTTTTTACTTTAGATGAATGAATCTTTGGAATGAAAAAGAGTAATTCACAAGAAG
AAGCTTGCCTGCAAGGAGGAAGATCTGATGGATGTCTGCAATTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3EE02JQ U 8
AF RR3E490TF C 1
AF RR3E490JQ U 8
AF RR3EE02TF C 8
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BS 8 706 RR3E490JQ

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QA 1 636 1 636
DS 

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QA 1 706 1 706
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ACAACATAGATGTCTTTGAACTCCTTCCGGCAAGGAGGCAGCATGATATGTTTGATCTCC
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TCAGAGACGTGTTCAAAGACATTGGTCATCTTCTTGATAGCAACTTTGCCACCAGTGTGA
GGACATTCGGCAGAGGCAACAACACCGTAGCTTCCTTTTCCGACAACTTCTTGGATCTGG
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CCTGCAAGGAGGAAGATCTGATGGATGTCTGCAATTCCC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 4

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CTCGCTAGTTAAGCGGTCGACCTGTTCTGGTGTTAGACCACTGTAGCAGAACATTCCAAT
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CTTTAACTGTGGGTCTCCAAGAATGATTGAGACTATTTGAGCTCCATGTAAAGGTGGGTT
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ATCTTTCCTTGGATCACCACTTGCGAAACCTTGATAGGCCATATCGAAAAACGCAAAATG
CTTTTTCGCCTTGATAGCTGTGAAATCTCTCTCATTGTTCTTCT


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AN86JQ U 1
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AF RR3AS73JQ U 2
AF RR3BV92JQ U 19
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RD RR3AN86JQ 658 0 0
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QA 1 658 1 658
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CA
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QA 3 658 3 658
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G
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TTCCTGTTGTAACACCGGCCATACTGATACGGCCATTACGGGTCATATAGATGTGATACT
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TTTT
G

QA 2 785 2 785
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GC
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TCATTCAAAAAGAAACAAATTTATCT**CTCACATGAGACATCTAAAACAATTTAAGATG
ACTTGGTGACTTCATGTATGGCATTCGCAAGGTATTCCACGTTTCCTGTTGTAACACCGG
CCATACTGATACGGCCATTACGGGTCATATAGATGTGATACTCGCTAGTTAAGCGGTCGA
CCTGTTCTGGTGTTAGACCACTGTAGCAGAACATTCCAATCTGCTTGGTTACGTGCTCCC
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GTTGCTGCAACTGACTTTTCACAGTCACAGCTTGCTTCTCATCTTCACAAAGCACGCTGA
GACATCCGACCCTCTGGCCGTAGAGTCCCATGTTCTTCGCATAAGACTGAGAAATTCCAA
TATGATGACCATCCTCGAGAAAGATCCTGATGGACTTGGCATCTTTCCTTGGATCACCAC
TTGCGAAACCTTGATAGGCCATATCGAAAAATGCAAAATGCTTTTTCGCCTTGATAGCTG
TGAAATCTCTCTCATTGTTCTTCT

QA 3 806 3 806
DS 



AS 1 3

CO CL3386Contig1 823 3 9 U
GATGATAATTATGAACTGAACTACAGAGAGATGAGACACACTAGTTCTTCTACAAGCACA
TACAACAACCAACCACTCATAATGTCAATGGCTACTACACCTGAAATCATACAAACAACA
AACTCTTCTTGCACGTTCTGTTGTGCTCTATAGGTGGTCATTTTAACAGCTCACTGACGC
TGCAGCACCCTGTTGCTGTTGAACTTGATTCACCTCTCTGTCTTCCCCCTTCACGTCGTT
ACTTTTCTCCTCGGCTACAGCTTCTTCTGCCTTCTTCTCATCAGCTTCTTGCGTTCCATT
CCCCTTGTTAACTTCTGCGTCAAGGTTAGGCTCACCATCAGTCTTCTTCTCTTCAGCTTC
TTTGGTTTCATCTCCCTTATTAGCTTCAGCATTAAGGCTGGACTCATTCTTTTCTCCGTT
TGCTTCTGCTGCTGCTGCTACGCTGCCCTTGTTCTCAGTCTCTTTCTCCGCAGGCTTGTT
CTCCCCATCAGCAACAACTTCGTGTGGTTCTTCAACCTTGGGAGGCTCTTCAGCTATTCC
TCCACTCTCAGTCTTCTTCTCAACCTCAGAGGTATCCTCTTCCATTGGCTCTTTCTTGTC
CGTCACAGCTTCCCCCTCCTTGTTACCAGCCTCAGTCTTCTTCTCAACCTCAGAGGTATC
AACTTCCATGGGCTCTTTCTTGTCCGTCACAACCTCTCCCTCTTTCTTTCCAGCCTCACT
CTTTTCACCCTCCTTGTTCTCTTTCTCAGCCTCTGCCACTTCTGCTCCAGCCTCAGTCTT
TTCACCCTCCTTGTTCTCCTTCTCAGCAGCCTCTTTCATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FI64JQ U 7
AF RR3FI64TF C 274
AF RR3EC54JQ U 1
BS 1 110 RR3EC54JQ
BS 111 111 RR3FI64JQ
BS 112 415 RR3EC54JQ
BS 416 416 RR3FI64JQ
BS 417 418 RR3EC54JQ
BS 419 419 RR3FI64JQ
BS 420 730 RR3EC54JQ
BS 731 731 RR3FI64JQ
BS 732 823 RR3EC54JQ

RD RR3FI64JQ 744 0 0
AATTATGAACTGAACTACAGAGAGATGAGACACACTAGTTCTTCTACAAGCACATACAAC
AACCAACCACTCATAATGTCAATGGCTACTACACCTGAAATCATACAAACAACAAACTCT
TCTTGCACGTTCTGTTGTGCTCTATAGGTGGTCATTTTAACAGCTCACTGACGCTGCAGC
ACCCTGTTGCTGTTGAACTTGATTCACCTCTCTGTCTTCCCCCTTCACGTCGTTACTTTT
CTCCTCGGCTACAGCTTCTTCTGCCTTCTTCTCATCAGCTTCTTGCGTTCCATTCCCCTT
GTTAACTTCTGCGTCAAGGTTAGGCTCACCATCAGTCTTCTTCTCTTCAGCTTCTTTGGT
TTCATCTCCCTTATTAGCTTCAGCATTAAGGCTGGACTCATTCTTTTCTCCGTTTGCTTC
TGCTGCTGCTGCTACGCTGCCCTTGTTCTCAGTCTCTTTCTCCGCAGGCTTGTTCTCCCC
ATCAGCAACAACTTCGTGTGGTTCTTCAACCTTGGGAGGCTCTTCAGCTATTCCTCCACT
CTCAGTCTTCTTCTCAACCTCAGAGGTATCCTCTTCCATTGGCTCTTTCTTGTCCGTCAC
AGCTTCCCCCTCCTTGTTACCAGCCTCAGTCTTCTTCTCAACCTCAGAGGTATCAACTTC
CATGGGCTCTTTCTTGTCCGTCACAACCTCTCCCTCTTTCTTTCCAGCCTCACTCTTTTC
ACCCTCCTTGTTCTCTTTCTCAGC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3FI64TF 477 0 0
CTTCTCATCAGCTTCTTGCGTTCCATTCCCCTTGTTAACTTCTGCGTCAAGGTTAGGCTC
ACCATCAGTCTTCTTCTCTTCAGCTTCTTTGGTTTCATCTCCCTTATTAGCTTCAGCATT
AAGGCTGGACTCATTCTTTTCTCCGTTTGCTTCTGCTGCTGCTGCTACGCTGCCCTTGTT
CTCAGTCTCTTTCTCCGCAGGCTTGTTCTCCCCATCAGCAACAACTTCGTGTGGTTCTTC
AACCTTGGGAGGCTCTTCAGCTATTCCTCCACTCTCAGTCTTCTTCTCAACCTCAGAGGT
ATCCTCTTCCATTGGCTCTTTCTTGTCCGTCACAGCTTCCCCCTCCTTGTTACCAGCCTC
AGTCTTCTTCTCAACCTCAGAGGTATCAACTTCCATGGGCTCTTTCTTGTCCGTCACAAC
CTCTCCCTCTTTCTTTCCAGCCTCACTCTTTTCACCCTCCTTGTTCTCTTTCTCAGC

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR3EC54JQ 823 0 0
GATGATAATTATGAACTGAACTACAGAGAGATGAGACACACTAGTTCTTCTACAAGCACA
TACAACAACCAACCACTCATAATGTCAATGGCTACTACACCTGAAATCATGCAAACAACA
AACTCTTCTTGCACGTTCTGTTGTGCTCTATAGGTGGTCATTTTAACAGCTCACTGACGC
TGCAGCACCCTGTTGCTGTTGAACTTGATTCACCTCTCTGTCTTCCCCCTTCACGTCGTT
ACTTTTCTCCTCGGCTACAGCTTCTTCTGCCTTCTTCTCATCAGCTTCTTGCGTTCCATT
CCCCTTGTTAACTTCTGCGTCAAGGTTAGGCTCACCATCAGTCTTCTTCTCTTCAGCTTC
TTTGGTTTCATCTCCCTTATTAGCTTCAGCATTAAGGCTGGACTCATTCTTTTCTACGCT
TGCTTCTGCTGCTGCTGCTACGCTGCCCTTGTTCTCAGTCTCTTTCTCCGCAGGCTTGTT
CTCCCCATCAGCAACAACTTCGTGTGGTTCTTCAACCTTGGGAGGCTCTTCAGCTATTCC
TCCACTCTCAGTCTTCTTCTCAACCTCAGAGGTATCCTCTTCCATTGGCTCTTTCTTGTC
CGTCACAGCTTCCCCCTCCTTGTTACCAGCCTCAGTCTTCTTCTCAACCTCAGAGGTATC
AACTTCCATGGGCTCTTTCTTGTCCGTCACAACCTCTCCCTCTTTCTTTCCAGCCTCACT
CTTTTCACCCACCTTGTTCTCTTTCTCAGCCTCTGCCACTTCTGCTCCAGCCTCAGTCTT
TTCACCCTCCTTGTTCTCCTTCTCAGCAGCCTCTTTCATGTCC

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 4

CO CL3387Contig1 810 4 5 U
GGATCATCCCTCAAACCAACAGTCAGCACTCACTCACCACCATGAGACACCTCTTTGCAC
CTCCGTGGCCTCTCTTTCTTCTCACCCTCATCCTCCTCTCTTTTTTCAGTTCTGGCGAAT
CCTCACCATTCGAAGAGAAAAGTAAACTCGACACCGGCGGTTTAAGTAGACAGAGTTTTC
CAAAGGACTTCTTGTTCGGAACCGCCACCTCAGCTTATCAGGTCGAAGGCGAAACTCATC
AAGATGGTCGTGGCCCAAGCATTTGGGACGCCTTCGTCAAGATTCCTGGGACTATCGCCA
AAAATGCCACTGCTGAGATAACAGTGGATCAGTATCACCGTTACAAGGAAGATGTGGATT
TAATGAAGAATCTGAACTTCGATGCTTATAGATTTTCCATTTCATGGTCCAGAATATTCC
CTGAGGGAACCGGTAAAATCAACTGGAAAGGAGTTGCTTATTACAACAGATTGATCGATT
ACTTGGTCCAAAAAGGGATTACACCGTATGCAAATCTGTACCACTATGATCTTCCATTGG
CTTTGGAAAAGAAGTATCAAGGCTTGCTTGGTAGACAAGTTGTGAATGATTTTGCGGATT
ATGCTGAGTTTTGTTTCAATCTATTTGGAGATAGAGTGAAAAACTGGATGACGTTTAATG
AACCGCGTGTGGTAGCTGCTCTAGTTATGATAATGGTATATTCGCACCGGGTAGATGCTC
TAAAGCATATGGAAACTGCACACAAGGAACTCAGCTACTGAGCCATACATTGTTTCCCAT
CACCTTATCTTGGCTCACGCAGCAGCGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV12TF U 4
AF RR3A261TF U 3
AF RR3B995TF U 1
AF RR3CO63TF U 12
BS 1 628 RR3B995TF
BS 629 629 RR3CO63TF
BS 630 644 RR3B995TF
BS 645 645 RR3CO63TF
BS 646 810 RR3B995TF

RD RR3DV12TF 678 0 0
GGAT
CCCTCAAACCAACAGTCAGCACTCACTCACCACCATGAGACACCTCTTTGCACCTCCGTG
GCCTCTCTTTCTTCTCACCCTCATCCTCCTCTCTTTTTTCAGTTCTGGCGAATCCTCACC
ATTCGAAGAGAAAAGTAAACTCGACACCGGCGGTTTAAGTAGACAGAGTTTTCCAAAGGA
CTTCTTGTTCGGAACCGCCACCTCAGCTTATCAGGTCGAAGGCGAAACTCATCAAGATGG
TCGTGGCCCAAGCATTTGGGACGCCTTCGTCAAGATTCCTGGGACTATCGCCAAAAATGC
CACTGCTGGGATAACAGTGGATCAGTATCACCGTTACAAGGAAGATGTGGATTTAATGAA
GAATCTGAACTTCGATGCTTATAGATTTTCCATTTCATGGTCCAGAATATTCCCTGAGGG
AACCGGTAAAATCAACTGGAAAGGAGTTGCTTATTACAACAGATTGATCGATTACTTGGT
CCAAAAAGGGATTACACCGTATGCAAATCTGTACCACTATGATCTTCCATTGGCTTTGGA
AAAGAAGTATCAAGGCTTGCTTGGTAGACAAGTTGTGAATGATTTTGCGGATTATGCTGA
GTTTTGTTTCAATCTATTTGGAGATAGAGTGAAAAACTGGATGACGTTTAATGAACCGCG
TGTGGTAGCTGCTC

QA 5 678 5 678
DS 

RD RR3A261TF 740 0 0
GGGAG
CCCTCAAACCAACAGTCAGCACTCACTCACCACCATGAGACACCTCTTTGCACCTCCGTG
GCCTCTCTTTCTTCTCACCCTCATCCTCCTCTCTTTTTTCAGTTCTGGCGAATCCTCACC
ATTCGAAGAGAAAAGTAAACTCGACACCGGCGGTTTAAGTAGACAGAGTTTTCCAAAGGA
CTTCTTGTTCGGAACCGCCACCTCAGCTTATCAGGTCGAAGGCGAAACTCATCAAGATGG
TCGTGGCCCAAGCATTTGGGACGCCTTCGTCAAGATTCCTGGGACTATCGCCAAAAATGC
CACTGCTGAGATAACAGTGGATCAGTATCACCGTTACAAGGAAGATGTGGATTTTATGAA
GAATCTGAACTTCGATGCTTATAGATTTTCCATTTCATGGTCCAGAATATTCCCTGAGGG
AACCGGTAAAATCAACTGGAAAGGAGTTGCTTATTACAACAGATTGATCGATTACTTGGT
CCAAAAAGGGATTACACCGTATGCAAATCTGTACCACTATGATCTTCCATTGGCTTTGGA
AAAGAAGTATCAAGGCTTGCTTGGTAGACAAGTTGTGAATGATTTTGCGGATTATGCTGA
GTTTTGTTTCAATCTATTTGGAGATAGAGTGAAAAACTGGATGACGTTTAATGAACCGCG
TGTGGTAGCTGCTCTAGTTATGATAATGGTATATTCGCACCGGGTAGATGCTCTAAAGCA
TATGGAAACTGCACA

QA 6 740 6 740
DS 

RD RR3B995TF 810 0 0
GGATCATCCCTCAAACCAACAGTCAGCACTCACTCACCACCATGAGACACCTCTTTGCAC
CTCCGTGGCCTCTCTTTCTTCTCACCCTCATCCTCCTCTCTTTTTTCAGTTCTGGCGAAT
CCTCACCATTCGAAGAGAAAAGTAAACTCGACACCGGCGGTTTAAGTAGACAGAGTTTTC
CAAAGGACTTCTTGTTCGGAACCGCCACCTCAGCTTATCAGGTCGAAGGCGAAACTCATC
AAGATGGTCGTGGCCCAAGCATTTGGGACGCCTTCGTCAAGATTCCTGGGACTATCGCCA
AAAATGCCACTGCTGAGATAACAGTGGATCAGTATCACCGTTACAAGGAAGATGTGGATT
TAATGAAGAATCTGAACTTCGATGCTTATAGATTTTCCATTTCATGGTCCAGAATATTCC
CTGAGGGAACCGGTAAAATCAACTGGAAAGGAGTTGCTTATTACAACAGATTGATCGATT
ACTTGGTCCAAAAAGGGATTACACCGTATGCAAATCTGTACCACTATGATCTTCCATTGG
CTTTGGAAAAGAAGTATCAAGGCTTGCTTGGTAGACAAGTTGTGAATGATTTTGCGGATT
ATGCTGAGTTTTGTTTCAATCTATTTGGGGATAGAGTGAAAAACAGGATGACGTTTAATG
AACCGCGTGTGGTAGCTGCTCTAGTTATGATAATGGTATATTCGCACCGGGTAGATGCTC
TAAAGCATATGGAAACTGCACACAAGGAACTCAGCTACTGAGCCATACATTGTTTCCCAT
CACCTTATCTTGGCTCACGCAGCAGCGGCC

QA 1 810 1 810
DS 

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CTCTTTCTTCTCACCCTCATCCTCCTCTCTTTTTTCAGTTCCGGCGAATCCTCACCGTTC
GGAGAGAAAAGTAAACTCGACACCGGCGGTCTAAGTAGACAGAGTTTTCCAAAGGACTTC
TTGTTCGGAACCGCCACCTCAGCTTATCAGGTTGAAGGCGAAACTCATCAAGATGGTCGT
GGCCCAAGCATTTGGGACGCTTTCGTCAAGATTCCTGGGACTATCGCCAAAAATGCCGCT
GCTGAGATAACAGTGGATCAGTATCACCGTTACAAAGAAGATGTGGATTTAATGAAGAAT
CTGAACTTCGATGCTTATAGATTTTCCATTTCATGGTCCAGAATATTCCCTGAGGGAACC
GGTAAAATTAACTGGAAAGGAGTTGCTTATTACAACAGATTGATCGATTACTTGGTCCAA
AAAGGGATTACACCGTATGCAAATCTGTACCACTATGATCTTCCATTGGCTTTGGAAAAG
AAGTATCAAGGCTTGCTTGGTAGACAAGTTGTGAATGATTTTGCGGATTATGCTGAGTTT
TGTTTCAATCTATTTGGAGATAGAGTGAAAAACTGGATGACGTTTAATGAACCGCGTGTG
GTAGCTGCTCTAGTTATGATAATGGTATATTCGCACCGGGTAGATGCTCTAAAGCATATG
GAAACTGCACACAAGGAACTCAGCTACTGAGCCATACGTTGTTTCTCATCACCTTATC

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 4

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AATGTCGGCTACGTATTGGTGTCACATGTGTTCACAAACGGTGAATCCAGTCATTGATGC
CGAGATCAAATGCCCCTTTTGCCAAAACGGATTCGTCGAGGAAATGAGCAGCGGTGAGCT
TAATGATGGCAGCAGCAGCAGCATAAGAGAGGTTCAAGATTCAGAGATCGATTTCGGTAC
AGAGGGTCCATTAGCTGATTTAGCTCTTTGGAGTCCAGTCTTACTTGGAATGATGAGCAG
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TGCTGCCGATGGAAATGAGAGCAATGTTGTTGATACTCATCATCGTCATCATCATCATAA
CCGTCGTCGTCATCATCGCCACATGCATCATGATCATGATTCTATCACTAGGAGGAGACG
GAGAAGCTCAGCTTCGATATTGCAGTTGGTTCAGGGCCTTCGTGAAGTGATTAACACCGA
GGATGAGCACTCCCAGTTTGTCAGAACCCGTTTAGCCCACTTGATTGAACATCTAGCTAA
TAACAACGATCCAATCAGGATCAGGCACGGGACTCTTCCAGCACGTAAGGAAGCAGTGGA
GAATCTACCAACGGTTAAGATATGCGAGCCGTTGCAGTGTTCAGTTTGTTTGGATGATTT
CGACAAAGGAAGTGAAGCTAAAGAGATGCCGTGTAAACACAAGTTTCACGTCGGGTGTAT
AGTACCGTGGCTTGAGCTCCACAGTTCCTGTCCTGTGTGCAGATATGAACTACCTCCTGA
TGATGATGATGAGGTAAAGACTGATCTGGTAAGACCGAGAGCAACAAGTGTAGAAGAGAT
CAACACAAGTAATGAGAATGTGGAAGAGGATGCAAGGAACACTAGTGGGAGCGAGAGAAG
GTTCTCGTTACTGTGGCCGTTCAGCTGGTTATTCTCTTCCTCGGCTTCTTCATCCGGTTC
AGGGTCGTCTCAGCTGAATGAGAACTCAAGTTCAGGATAAAGGATTACAAATTAGAAACA
AAAACTATCTCTGCCTCCCCCTTTCTCTTAGGTCACAGTTCATCAGCTTGAAGTAAATCA
AAATCTTTTAAACACTTTTGAGGAACGGAATGGTTTCTTTCTTTGTGTTTATATATCATC
TTTGTTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3G547TF U 1
AF RR3AU75TF U 17
AF RR3AU75JQ C 337
AF RR3G547JQ C 525
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BS 1167 1209 RR3AU75JQ

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QA 1 322 1 322
DS 

RD RR3AU75TF 708 0 0
G
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GGTGTCACATGTGTTCACAAACGGTGAATCCAGTCATTGATGCCGAGATCAAATGCCCCT
TTTGCCAAAACGGATTCGTCTAGGAAATGAGCAGCGGTGAGCTTAATGATGGCAGCAGCA
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CAAGGTTTAGAGAGTTCGGATTCGATAATGATGAGGTCAATGTTGCTGCCGATGGAAATG
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QA 2 708 2 708
DS 

RD RR3AU75JQ 873 0 0
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TCATCATCGTCATCATCATCATAACCGTCGTCGTCATCATCGCCACATGCATCATGATCA
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CCTTCGTGAAGTGATTAACACCGAGGATGAGCACTCCCAGTTTGTCAGAACCCGTTTAGC
CCACTTGATTGAACATCTAGCTAATAACAACGATCCAATCAGGATCAGGCACGGGACTCT
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ATAAAGGATTACAAATTAGAAACAAAAACTATCTCTGCCTCCCCCTTTCTCTTAGGTCAC
AGTTCATCAGCTTGAAGTAAATCAAAATCTTTTAAACACTTTTGAGGAATGGAATGGTTT
CTTTCTTTGTGTTTATATATCATCTTTGTTAGG

QA 1 873 1 873
DS 

RD RR3G547JQ 685 0 0
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TTGAACATCTAGCTAATAACAACGATCCAATCAGGATCAGGCACGGGACTCTTCCAGCAC
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TTTGTTTGGATGATTTCGACAAAGGAAGTGAAGCTAAAGAGATGCCGTGTAAACACAAGT
TTCACGTCGGGTGTATAGTACCGTGGCTTGAGCTCCACAGTTCCTGTCCTGTGTGCAGAT
ATGAACTACCTCCTGATGATGATGATGAGGTAAAGACTGATCTGGTAAGACCGAGAGCAA
CAAGTGTAGAAGAGATCAACACAAGTAATGAGAATGTGGAAGAGGATGCAAGGAACACTA
GTGGGAGCGAGAGAAGGTTCTCGTTACTGTGGCCGTTCAGCTGGTTATTCTCTTCCTCGG
CTTCTTCATCCGGTTCAGGGTCGTCTCAGCTGAATGAGAACTCAAGTTCAGGATAAAGGA
TTACAAATTAGAAACAAAAACTATCTCTGCCTCCCCCTTTCTCTTAGGTCACAGTTCATC
AGCTTGAAGTAAATCAAAATCTTTTAAACACTTTTGAGGAACGGAATGGTTTCTTTCTTT
GTGTTTATATATCATCTTTGTTAGG

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 4

CO CL3389Contig1 702 4 6 U
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CCCTTTGTGCCTATCACACTAAAGCCTCGTTTTTCACACAGCAGCATTCCTCATCACCAG
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GGTGGCAACGACCCTGCGAAGGAGTCTTCTGATGGAGGAAACAGACCGGTTAGTAAGGAT
GATGATCCTAAAAAAGATGGATTCCCTGGATTCAGTTTCCGGTTGGGGGATCTATTGAAG
CCGGATCAAGATAACTTTGCGGCGGTTGGATTAGCTGGAGTGTTGACATGGACTAGCCTT
CAAGTCTTATCGCAGCTCCTCTTCATTTCATTTGCTATCCTTGTCGCCGCTCTCAAGTAT
TCTTTCATCGCTGCGCTTCTCATTTTCATTCTCGTCACTCTCCTGTAATGGCACCCGATT
GTAGAATCTACTATAGCTCTTTCTTGAGTGAATGATGTACATGAGCTTTGGTTCTGTTCT
TATCGTCTTACAGACAACGTTCAAATTGTTTTCTTATAACAATGAAGCAAGGATGATGTC
TTAAAATCAATCAAAATTATAATGTCATTTAGACTATTATCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FK29TF U 1
AF RR3F118JQ C 4
AF RR3FK29JQ C 150
AF RR3F118TF U 4
BS 1 57 RR3FK29TF
BS 58 58 RR3F118TF
BS 59 411 RR3FK29TF
BS 412 412 RR3F118TF
BS 413 665 RR3FK29TF
BS 666 702 RR3F118TF

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CAAGTCTTATCGCAGCTCCTCTTCATTTCATTTGCTATCCTTGTCGCCGCTCTCAAGTAT
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GTAGAATCTACTATAGCTCTTTCTTGAGTGAATGATGTACATGAGCTTTGGTTCTGTTCT
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TTAAA
TCAATC

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DS 

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GG
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TCCTAAAAAAGATGGATTCCCTGGATTCAGTTTCCGGTTGGGGGATCTATTGAAGCCGGA
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CATCGCTGCGCTTCTCATTTTCATTCTCGTCACTCTCCTGTAATGGCACCCGATTGTATA
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ATCAATCAAAATTATAATGTCATTTAGACTATTATCC

QA 3 699 3 699
DS 

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AAGGCTCAGAACGTATGCGCAAAATGGCGGTGGTGGCAACGACCCTGCGAAGGAGTCTTC
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ATTCAGTTTCCGGTTGGGGGATCTATTGAAGCCGGATCAAGATAACTTTGCGGCGGTTGG
ATTAGCTGGAGTGTTGACATGGGCTAGCCTTCAAGTCTTATCGCAGCTCCTCTTCATTTC
ATTTGCTATCCTTGTCGCCGCTCTCAAGTATTCTTTCATCGCTGCGCTTCTCATTTTCAT
TCTCGTCACTCTCCTGTAATGGCACCCGATTGTAGAATCTACTATAGCTCTTTCTTGAGT
GAATGATGTACATGAGCTTTGGTTCTGTTCTTATCGTCTTACAGACAACGTTCAAATTGT
TTTCTTATAACAATGAAGCAAGGATGATGTCTTAAA
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DS 

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GG
GCGAGTGGAGAGGAGGAAACATGGCGGATTCCAGATAAGACTTAGCAGCTCCCATTATCC
CAGTAAGATCATTTGATTCGAATATCCACAATCCACGATGCTGTTAACACTAAAGCCCTT
TGTGCCTATCACACTAAAGCCTCGTTTTTCACACAGCAGCATTCCTCATCACCAGCATCA
TGTTCGTTTCTGCAAATCCCCGCTAAGGCTCAGAACGTATGCGCAAAATGGCGGTGGTGG
CAACGACCCTGCGAAGGAGTCTTCTGATGGAGGAAACAGACCGGTTAGTAAGGATGATGA
TCCTAAAAAAGATGGATTCCCTGGATTCAGTTTCCGGTTGGGGGATCTATTGAAGCCGGA
TCAAGATAACTTTGCGGCGGTTGGATTAGCTGGAGTGTTGACATGGACTAGCCTTCAAGT
CTTATCGCAGCTCTTCTTCATTTCATTTGCTATCCTTGTCGCCGCTCTCAAGTATTCTTT
CATCGCTGCGCTTCTCATTTTCATTCTCGTCACTCTCCTGTAATGGCACCCGATTGTATA
ATCTACTATAGCTCTTTCTTGAGTGAATGATGTACATGAGCTTTGGTTCTGTTCTTATCG
TCTTACAGACAACGTTCAAATTGTTTTCTTATAACAATGAAGCAAGGATGATGTCTTAAA
ATCAATCAAAATTATAATGTCATTTAGACTATTATCC

QA 3 699 3 699
DS 



AS 1 4

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GGATTTATCAAACGAATACTGTCACAATCATCAACACCGATTCATCATCGTCATCCTCAA
CTCGGTCTTCTCCTTTCTACCGACATCTAACCTTTGTCTCAAGATTCGAAGAAAAATCTA
TTAGCTCTGTCCGAAAGGGAAGGAAAGTTTGAGACTTTGATTTGGTTCCGATGAAGCTTC
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GAAGAAGAAGGCAAGAACATAAATGGGTTGTGCTGGATCGACACAGTCGCAAGGAGAGGG
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TGAGCTTATGAAACTGAGGGAAGAGTTTTGGGACACTGCTCCTCACTATGGCGGTAGGAA
AGAGATATGGGACGCACTTCGAGCTGCTGCCGAAGCTGATATATCTCTTGCGCAAGCAAT
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AGGTGCTAAGTATGAGCTACCTAAGTATGTTCTAAGCGAGCCTACAAACTTGGTGGAAGA
CAATTGATTTTTAAGAGATCAAGAACATTTCGAAAAGACAAGACAAATGTAAATCTTGTG
CTGTGTAAGTAGTTCACATTAGGACTCTCTGCTTTTGTCTATTTAACGCTTTGAAAAAAT
GATTCCCACTTTTCTCTCTCTCTTCCTCTCCCTCTCTGACTTGTTGTACCTAAGAACGCA
GAACGTTACTGAAATGCTAAAGACAAGTCTTTGTGGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR3GM66TF U 1
AF RR3AW24TF U 45
AF RR3AW24JQ C 111
AF RR3GM66JQ C 175
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RD RR3GM66TF 772 0 0
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TGAGGTTATGAAACTGAGGGAAGAGTTTTGGGACACTGCTCCTCACTATGGCGGTAGGAA
AGAGATATGGGACGCACTTCGAGCTGCTGCTGAAGCTGATATATCTCTTGCGCAAGCAAT
CGTGGACAGCGCAGGGGTCATTGTTCAGAACAATGATCTCACTGTCTGCTATGACGAGAG
AGGTGCTAAGTATGAGCTACCTAAGTATGTTCTAAGCGAGCCTACAAACTTGGTGGAAGA
CAATTGATTTTTAAGAGATCAAGAACATTTCGAAAAGACAAGACAAATGTAAATCTTGTG
CTGTGTAAGTAGTTCACATTAG*ACTCTCTGCTTTTGTCTATTTAACGCTTTGAAAAA*T
GATTCCCACTTTTCTCTCTCTCTTCCTCTCCCTCTCTGACTTGTTGTACCTA

QA 1 772 1 772
DS 

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GG
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GGGTTGAAGTAGAAGAAGAAGAAGGCAAGAACATAAATGGGTTGTGCTGGATCGACACAG
TCGCAAGGAGAGGGGTCAGTGAAGAAAATTAGGAAGCCAAAACCGTGGAAGCATACTCAA
CCGATCACTAAAGCTGAGCTTATGAAACTGAGGGAAGAGTTTTGGGACACTGCTCCTCAC
TATGGCGGTAGGAAAGAGATATGGGACGCACTTCGAGCTGCTGCCGAAGCTGATATATCT
CTTGCGCAAGCAATCGTGGACAGTGCAGGGGTCATTGTTCAGAACAATGATCTCACTGTC
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CGCTTTGAAAAAATGATTCCCACTTTTCTCTCTCTCT**CTCTTTCTCTCTGACTTGTTG
TACCTAAGAACGCAGAACGTTACTGAAATGCTAAAGACAAGTCTTTGTGGT
C

QA 3 773 3 773
DS 

RD RR3AW24JQ 709 0 0
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ATGAAGCTTCGACAAACCCTGAATTGATTTGGTCTCTTTCCTATTGAGATTCTGAAGGGT
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AAGGAGAGGGGTCAGTGAAGAAAATTAGGAAGCCAAAACCGTGGAAGCATACTCAACCGA
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GCGGTAGGAAAGAGATATGGGACGCACTTCGAGCTGCTGCCGAAGCTGATATATTTCTTG
CGCAAGCAATCGTGGACAGTGCAGGGGTCATTGTTCAGAACAATGATCTCACTGTCTGCT
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TGGTGGAAGACAATTGATTTTTAAGAGATCAAGAACATTTCGAAAAGACGAGACAAATGT
AAATCTTGTGTTGTGTAAGTAGTTCACATTAGGATTCTCTGCTTTTGTCTATTTAACGCT
TTGAAAAAATGATTCCCACTTTTCTCTCTCTCT**CTCTTTCTCTCTGACTTGTTGTACC
TAAGAACGCAGAACGTTACTGAAATGCTAAAGACAAGTCTTTGTGGT
CC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3GM66JQ 646 0 0
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GAAGAAGAAGAAGAAGGCAAGAACATAAATGGGTTGTGCTGGATCGACACAGTCGCAAGG
AGAGGGGTCAGTGAAGAAAATTAGGAAACCAAAACCGTGGAAGCATACTCAACCGATCAC
TAAAGCTGAGGTTATGAAACTGAGGGAAGAGTTTTGGGACACTGCTCCTCACTATGGCGG
TAGGAAAGAGATATGGGACGCACTTCGAGCTGCTGCTGAAGCTGATATATCTCTTGCGCA
AGCAATCGTGGACAGCGCAGGGGTCATTGTTCAGAACAATGATCTCACTGTCTGCTATGA
CGAGAGAGGTGCTAAGTATGAGCTACCTAAGTATGTTCTAAGCGAGCCTACAAACTTGGT
GGAAGACAATTGATTTTTAAGAGATCAAGAACATTTCGAAAAGACAAGACAAATGTAAAT
CTTGTGCTGTGTAAGTAGTTCACATTAGGACTCTCTGCTTTTGTCTATTTAACGCTTTGA
AAAAATGATTCCCACTTTTCTCTCTCTCTTCCTCTCCCTCTCTGACTTGTTGTACCTAAG
AACGCAGATTGTTACCGAAATGCTAAAGACAAGTCTTTGTGGTTTC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 4

CO CL3391Contig1 1290 4 7 U
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TTAGTCCATGAAGACCAACAGAAAATAAATAAAACACACTTGCTTAAAACCACAAACGAA
ATTAAAACCACCAAATTTTAGTTTCATAATCTAGTTGGGAGGAGGGAAGAAAATGGCATC
AGAAGTCCTCTTAGATCGGAAAGCCTTCTCCACCTCCGGAGCAACCTTAAACGCCGCCTG
CAGAACCTCCGGCGACAATGCCTTCCAAACAGATGTCTTACCCGCCAAATGAGTGAAAAT
GGGATCAGGAGTGGTCACAATGGAGAACCAAGACAAGCCATCAGAATCAGCAATTTTGGA
GACAACAAAGAACCTAGGAACAATGAACAAAGCACCAGCTTTCACATGAGTCTCAAGAAC
TCTCTTCCCATCAGCTCCAACCACCTGAACACGACCGCTACCACCAACAATGTAAGTAAC
TTGAAGAGCAGAGTCACAAGAGAATCCAGGAGAACACATGGAATGTCCATCGATCCTCAC
AAGATCAGCACCGAATCCAACTTCACCAACCAATGGAAGACTCTTTGTGTTCAACACAAC
AACTCTTCCTCCATCCTTGATATCAACATCAAGAGGAGCCTCCAAGCAGTTCAACACAAA
CCCTTCCCTGTCACCTTTCCTAGGCGAAGGCATTTTCAAACTCCCATCAACCTTGACGAT
CCCGTTCCCTGTCTGAGACCCGACGAGCTTCTTCACTGTTGTCTCATCGAGATCCCATGC
TCTGCCTACAAACTCGGTTGAGAAACCGGTGAAGATTCCACTGGAACCGGTTAAGTAAAA
CTCGGTGAACTGTCCTGCTTTGTGACCCTTGTGAGTCTCGCCAAGGAAGAGTATGACCAG
CTCAGTGTCTTCATTGTTGAACCACCATGTCACTACACCGAAAGGTATAGCTATGGAATC
TCCTTTCTTGATTTCAATCACTTTCTCTTCTTTCTCAGGGAGAACAATTCCAGCTGTTCC
AGATCCTTGAAGAACGTAAGCGACCTTGGAGGAATCAGAGTAGCGAGGAAGAGCTAAGCC
ATACTTCTCGAGAGCGAGCTTCGCGGCTCCAATGTTGCCATCACGTAGCATGGGTAACTC
TTCAGGGCACCATGCAAAGTATGAACCTCCGTCTCCTCCGTACACTTTCTTCGGTAGTCT
AGGTGAAAGATCCAACTCCATCGTTAAAAGCTAAATGAAAACGGTGAAAGAATGATTAAA
GGATATAGATGAAGAAACTTTTGATGTCCC


BQ
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C
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AF RR3EM77TF U 1
AF RR3AD89TF U 64
AF RR3EM77JQ C 306
AF RR3AD89JQ C 383
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DS 

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GG
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TAAGAAGCATATTCTGCATCGTGGAGAAAGCAGAGCCGAAATGGTGGAGTAAGCTATTGC
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AAGATCCCGCCACTGGTCCTGGAGATATGGATATGGGCGGAATGGGTGGCATGGGCGGGA
TGGATTTCTCGAACTTTGGTGGAATGGGAGGTATGGGTGGGATGGGCGGTATGGGAGGTC
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TCAAGTCTGGAGAGAA

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DS 

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TAAGAAGCATATTCTGCATCGTGGAGAAAGCAGAGCCGAAATGGTGGAGTAAGCTATTGC
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AAGATCCCGCCACTGGTCCTGGAGATATGGATATGGGCGGAATGGGTGGCATGGGCGGGA
TGGATTTCTCGAACTTTGGTGGAATGGGAGGTATGGGTGGGATGGGCGGTATGGGAGGTC
TCGAGGGGCTTGGTGGAATGGCCGGGCTTGAAGGTCTCGGTGGAATGGGCGGTATGGGAG
GGCTTGGTGGGATGGGTGGTATGGAAGAATTTGAAGATAGTGATGATGAAGGAGAAGAAG
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GCTGACCAAGAGTTGTTTATGCGTTTATGAAAACTGCTGGTTGGTTTGCTCTTTTAAATC
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GTTTGCTCTTTTTTATTTTATCGTTGTTGTTTGTTCTTGAACTTGCAATATTTTTAGTGT
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CGGTAGACT

QA 1 789 1 789
DS 

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AAGAGTGACAAATGAATACACTATCCTTAAACCTTATGGTATGGCTGACCAAGAGTTGTT
TATGCGTTTATGAAAACTGCTGATTGGTTTGCTCTTTTAAATCTTTTTTTCCCTCTGCTT
TTTACTTCCTGGATTGTTGTATTCCCGATTCGGGTCTTATATGGTTTGCTCTTTTTTATT
TTATCGTTGTTGTTTGTTCTTGAACTTGCAATATTTTTAGTGTTGCTTGTAGTGAGTGAC
TTAAAAGAGTTTGTGAGAAGAAGCTCTTTATAATATTGTCCGTCGGTAGACTACC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

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CCAAGATATTGATGGAGCGTACTTTGGAACCACGTTCCCTCACTTGTTCTTGATGACTAA
CGGGAATTTGAAGCCTCAGAAACCGACTCAGAACTATGTCCCAAGAATCTTTGGCTTCAA
GGTACACAAACCATGATACTAGTGCCTCTGCCTTCTCTCAGTGGTGAAACTTCTAGTGGC
ATGAGCAACTGAAGATTGCTGCGGTTTGGATGGAGCATACCAATCAAATTATTGGATCGT
AGACAGACAATCTAGACTCGGAATTGTAATGTTCCCTCAGTTGGATTTTTGATTTTACTA
TTGTTTGTCTAGAAATTGTTGCTATGTTCTTCTCAGCCTTTTTCTTTTCTTTTTCTAATT
TCCTGTAAAACCTCAGGATTGTTTAATTCGAAGGTTGACACCTCAACCGTAGAAGCATAA
CGACGTTTAGTTTTATAACCTGTATGAACACAAGTTGAACAACTCTATATATCAAGTTGA
GATTAAAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BD53TF U 1
AF RR3BD53JQ C 404
BS 1 798 RR3BD53TF
BS 799 1268 RR3BD53JQ

RD RR3BD53TF 801 0 0
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AGCAATTGATCGGAAACGAATCAACGACGCACTCACCAAGAGACTAGAGAAGTCTTCGAC
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TTCGGATGTGAGTGGATCGGAAGGTGATGATGATGATGATGATGATGATACCTCGTGGAT
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GAGTACTGTAAAGATGTACTGCCCAAAATGCCAAGACATATCTTACCCTCGATCTAAATT
CCAAGATATTGATGGAGC
GTA

QA 1 798 1 798
DS 

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GTG
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TATGAGTATGCGCTTGATCTCATTCTAGATGTCGAGTCTTCAAACAGTGAGATGTTTACA
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AAACTTCTAGTGGCATGAGCAACTGAAGATTGCTGCGGTTTGGATGGAGCATACCAATCA
AATTATTGGATCGTAGACAGACAATCTAGACTCGGAATTGTAATGTTCCCTCAGTTGGAT
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TTCTTTTTCTAATTTCCTGTAAAACCTCAGGATTGTTTAATTCGAAGGTTGACACCTCAA
CCGTAGAAGCATAACGACGTTTAGTTTTATAACCTGTATGAACACAAGTTGAACAACTCT
ATATATCAAGTTGAGATTAAAG

QA 4 865 4 865
DS 



AS 1 3

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CGGCTTTTGGATTCAATGTATAGGATAAAACCGAAAAGGAACTCATACATCTTGTAACAC
GAACCACACAAATGCCATACAAAATAAATCATAATCAGCTTATTAATAAAATTTATCTAT
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GATCATATAAATATACCTAGTGAGTAATATACTTCACAATTATATAAATAACATTTGATA
TATAATTTTCTTCTCAGCACTCTGTCCCATTGTACTTCAAAGCTCCAGCACTGATTATCA
TACACACCTATAATTATTAAGCTAGCTTAGCTTGCTTGTTGCTCTCCAGCATTAGACCAA
AGTGAATATGAGGAAAGTGTGCCCAATTCTTGGCGGCGGTGCTGAATGCTTCCCTGTGGC
TTATAT**GGATTATTAGCCTTGATCCTCTGAATTTCCTCTTTTATAAATTGATTGTAGG
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TACGAGCTGAAATTCTGGAAGAAATTTTGGTGTGGCCTCTTGAGGAAGATCCATACTCTG
GCGTTGCATAGGGTGTTGCCTGGAAATTAGGGCGTGAAAGCGACTGAAGAGCAGCTGCCA
TGTTTACAGACCACAGATTGGTGCAGTGGCCGCATCGGACGGTCACGATGTCGAACAGAC
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GTTGCTCAGCGGCCGTCGCGGAATTAGACATGATCGATAGAAGGAACCAGACTGCACAAG
TTTGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3C194JQ U 37
AF RR3CM56JQ U 1
AF RR3CM56TF C 67
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QA 1 502 1 502
DS 

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QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3CM56TF 782 0 0
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TATGAGGAAAGTGTGCCCAATTCTTGGCGGCGGTGCTGAATGCTTCCCTGTGGCTTATAT
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CAGCGGCCGTCGCGGAATTAGACATGATCGATAGAAGGAACCAGACTGCACAAGTTTGTG
TC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 4

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AGATTGCAAAAGGCGGTGAAGAGTACAAAAGGCTTATCAGCCGATTGCCGGAGGTTTACG
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AGCCGGAGAATTGGGTGCCGCGGGCAAAGCCTAGGGTTTCTATGTTGAACTACGATGGTC
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ATTTCATTCATTCATTGCTAAAGTTATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3ES83TF U 33
AF RR3DV74TF U 1
AF RR3ES83JQ C 357
AF RR3DV74JQ C 508
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BS 719 1030 RR3ES83JQ
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ATGAGATTTCTCGATGGAATGGCCAGCTCTGACGACGTTCTCTTCGGTTTCCTCGATGAA
GGTAACCAGTCACCGGAAGACTTCAACCTCAACGGCGGCTCAGATATAGAAAACGTCGAC
GACAATAGTAATTGCAATTCTGAAGAAAACAAAGTTTTCTGGCAGGAACAAGAACAACTT
CTCCAGGGGACACTGTATAGAACAAGTTCGATTGAGACAAAGATTAGACAAGCGACAAAG
GAAGCTTTGAAACAAGTTACATCAAAGGGTCTTCATTGTGTCTGCCAGCGACCTGTTGCT
GGCGGTTGCCGGAGCTGCTTACGTGGAGAAATCTCTCGACACCTCCGAGATGTGGCCGGC
TACGACTGCGTCATCTCCAAATCCAAATGGAGAAGCTCTCAAGACATCCCTGCAGGGGAA
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GTCGAGTTATCATTCACGGCAGAGTTCGAGATTGCA

QA 1 576 1 576
DS 

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AACAGATGGATCGGCAAAGTTCCGATGACATCATGAGATTTCTCGATGGAATGGCTAGCT
CTGACGACGTTCTCTTCGGTTTCCTCGATTAAGGAAACCAGTCACTGGAAGACTTCAACC
TCAACGGCGGCTCAGATATAGACGACGTCGACCACAATAGCAATTGCAATTCTGAAGAAA
ACAAAGTTTTCTGGCGGGAACAAGAACAACTTCTCCAGGTGACGCTGTATAGAGCAAGTT
CGATTGAGACAAAGATTAGACAAGCGACAAAGGAAGCTTTGAAACAAGTTACATCAAAGG
GTCTTCATTGTGTCTGCCAGCGACCTGTTGCTGGCGGTTGCCGGAGCTGCTTACGTGGAG
AAATCTCTCGACACCTCCGAGATGTGGCCGGCTACGACTGCGTCATCTCCAAATCCAAAT
GGAGAAGCTCTCAAGACATCCCTGCAGGGGAACACAAATACATAGAGATCGTGGACCGAT
CTGATTCCAAGAAAGGCGAGATGCGAGTCGTGGTCGAGTTATCATTCAGGGCAGAGTTCG
AGATTGCAAAAGGCGGTGAAGAGTACAAAAGGCTTATCAGCCGATTGCCGGAG*TTTACG
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QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3ES83JQ 674 0 0
AAGGGTCTTCATTGTGTCTGCCAGCGACCTGTTGCTGGCGGTTGCCGGAGCTGCTTACGT
GGAGAAATCTCTCGACACCTCCGAGATGTGGCCGGCTACGACTGCGTCATCTCCAAATCC
AAATGGAGAAGCTCTCAAGACATCCCTGCAGGGGAACACAAATACATAGAGATCATGGAC
CGATCTGATTCCAAGAAAGGCGAGATGCGAGTCGTGGTCGAGTTATCATTCAGGGCAGAG
TTCGAGATTGCAAAAGGCGGTGAAGAGTACAAAAGGCTTATCAGCCGATTGCCGGAGGTT
TACGTCGGAAAAACCGATAGGCTCCGATCTTTGATCAAGATATTATGCACCGCGGGGAAA
AAATGTCTAAGAGACAATAAAATGCATATGGGACCATGGAGAAAACACAAGTACATGCAA
GCCAAGTGGCTTGGCACGTGCGATAGATCGAACTCCTTGGAAGCAACGGTCTCAGAGACA
ACAGAGCCGGAGAATTGGGTGCCGCGGGCAAAGCCTAGGGTTTCTATGTTGAACTACGAT
GGTCTGGTTGGTAGTTTGCCCACTGGTATGGGCCGTCATGCAGCTGTAACAGTCGTGTGA
TTGTGTGTGACGCAAGTAATAAATGACTTGTAATTATTACATTAATTGATTAGGAGGGAA
GTGAGTGTTAAACT

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DS 

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GGGAACACAAATACATAGAGATCGTGGACCGATCTGATTCCAAGAAAGGCGAGATGCGAG
TCGTGGTCGAGTTATCATTCAGGGCAGAGTTCGAGATTGCAAAAGGCGGTGAAGAGTACA
AAAGGCTTATCAGCCGATTGCCGGAGGTTTACGTCGGAAAAACCGATAGGCTCCGATCTT
TGATCAAGATATTATGCACCGCGGGGAAAAAATGTCTAAGAGACAATAAAATGCATATGG
GACCATGGAGAAAACACAAGTACATGCAAGCCAAGTGGCTTGGCACGTGCGATAGATCGA
ACTCCTTGGAAGCGACGGTCTCAGAGACAACAGAGCCGGAGAATTGGGTGCCGCGGGCAA
AGCCTAGGGTTTCTATGTTGAACTACGATGGTCTGGTTGGTAGTTTGCCCACTGGTATGG
GCCGTCATGCAGCTGTAACAGTCGTGTGATTGTGTGTGACGCAAGTAATAAATGACTTGT
AATTATTACATTAATTGATTAGGAGGGAAGTGAGTGTTAAACTAATGATGAGTTTCCGAT
TTGGAGCTAACCGGAATGTGTCTCAACGACGTAGTCTCTTCTTGACCGATTAGGTCATCG
GTCCAGCATGAAGAAATGATAAATTTGTGACTATTTTGCGATTGAATTCAGATTGTATAC
TATAGATTTTTGAATCTCCACTTTTGTATGAAAATTTCATTCATTCATTGCTAAAGTTAT
AT

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 4

CO CL3396Contig1 1498 4 22 U
GGAAGGACAAGAAACCGGAAGATTCGTACGGTTACATCTCTCTCTACACTTTGTTCAAGA
GAGAGAGAGAGAGTAAGGAAAGGATCCAAAAATGAAGGAAGGAAACGACGGGTTTGTCCG
AGCAGATCAGATTGATCTAAAGAGCTTAGATGAGCAACTAGAGAGACATTTAAGCAGAGC
TTTGACTTTAGAGAAGAACAAGAAGAGAGATGAAGAAGAATCCGCCGCCGCCGTCGCCAT
CGGAGCCTCCGCCTCCTCATCTCCCGCCCCTGTTCTCAACGGCGGTTTCGTTGGGCAGAG
GAAACAGAGGCTTGAGTGGGAGATCGATCCTTCTAAGCTTATCATCAAGACTGTACTTGC
ACGTGGCACGTTCGGTACCGTTCATCGTGGTATCTACGACGGTCAAGATGTCGCCGTAAA
GCTGCTTGATTGGGGTGAGGAAGGGCATAGATCAGAAGCTGAGATTGTGTCTTTTGAGGG
CAGATTTTTGCTCAGGAAGTTGCTGTTTTGGCATAAACTGGACCATCCAAATGTTTACTA
AGTTCATTGGAGCTACAATGGGTGCATCAGGGTTACAACTACAAACAGAGAGTGGTCCAC
TAGCAATGCCAAA*AATATATGTTGTGTTGTTGTTGAGTATCTTCAAGGTGGTGCTTTGA
AATCCTTCTTGATCAAGAACAGAAGAAGAAAGTTAGCATTTAAA*GTTGTTGTTCAGCTC
GCTCTTGACCTAGCTAGGGGGTTGAGTTATCTTCATTCACCGAAGATTGTTCACCGTGAC
GTAAAGACAGAGAACATGTTGTTAGACAAAACCCGGACTGTCAAAATCGCTGATTTTGGA
GTTGCTAGAGTTGAAGCATCTAACCCTAATGACATGACAGGAGAGACTGGCACACTTGGC
TACATGGCTCCTGAGGTTCTCAATGGAAACCCTTATAATCGAAAATGCGATGTGTATAGT
TTTGGTATCTGCTTATGGAAGATATATTGCTGTGACATGCCATACCCTGATCTCACTTTC
TCTGAAGTCACTTCAGCTGTCGTCCGACAGAACCTGAGACCAGATATTCCGAGGTGTTGC
CCGAGCTCGCTGGCTGCTGTGATGAAGCGATGCTGGGATGCAAATCCAGATAAGAGACCG
GAGATGGACGAAGTTGTGCCAATGCTGGAGAATATTGATACGACTAAAGGAGGAGGGATG
ATCCCTGTTGACCAGCAACAGGGTTGCCTCTGCTTCCGAAGGAAACGTGGTCCTTAAGTG
CTATATCTAAGATCATTCAAAACTCAAGACTTGTGTCCTGTTTGCTTTCGTCTTTTCTTT
AATTATTAATTCAGAAAGAGAAAGGCTTGTGAGGGTTTTAATGGTGGCTACGTAAAGTAT
GATATGTTCCTCATATTCTCTTAAACTTTTTGTTTTTGTTTTTGCTCTGTTGGTGAGATT
TTCTTACTATATTAGTGGTCACGTGTACCATCTACACATATGTTTTACTCGGTCAAAC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB43TF U 446
AF RR3BI63TF U 1
AF RR3BI63JQ C 685
AF RR3BB43JQ C 541
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BS 489 489 RR3BB43TF
BS 490 508 RR3BI63TF
BS 509 509 RR3BB43TF
BS 510 535 RR3BI63TF
BS 536 536 RR3BB43TF
BS 537 613 RR3BI63TF
BS 614 614 RR3BB43TF
BS 615 729 RR3BI63TF
BS 730 730 RR3BB43JQ
BS 731 810 RR3BI63TF
BS 811 811 RR3BB43JQ
BS 812 825 RR3BI63TF
BS 826 826 RR3BB43JQ
BS 827 876 RR3BI63TF
BS 877 1239 RR3BB43JQ
BS 1240 1240 RR3BI63JQ
BS 1241 1397 RR3BB43JQ
BS 1398 1398 RR3BI63JQ
BS 1399 1498 RR3BB43JQ

RD RR3BB43TF 277 0 0
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TTTTGGCATAAACTGGACCATCCAAATGTTTACTAAGTTCATTGGAGCTACAATGGGTGC
ATCAGGGTTACAACTACAAACAGAGAGTGGTCCACTAGCAATGCCAAA**ATATATGTTG
TGTTGTTGTTGAGTATCTTCAAGGTGGTGCTTTGAAATCCTTCTTGATCAAGAACAGAAG
AAGAAAGT*AGCATTTAAAAGTTGTTGTTCAGCTCGC

QA 1 277 1 277
DS 

RD RR3BI63TF 876 0 0
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GAGAGAGAGAGAGTAAGGAAAGGATCCAAAAATGAAGGAAGGAAACGACGGGTTTGTCCG
AGCAGATCAGATTGATCTAAAGAGCTTAGATGAGCAACTAGAGAGACATTTAAGCAGAGC
TTTGACTTTAGAGAAGAACAAGAAGAGAGATGAAGAAGAATCCGCCGCCGCCGTCGCCAT
CGGAGCCTCCGCCTCCTCATCTCCCGCCCCTGTTCTCAACGGCGGTTTCGTTGGGCAGAG
GAAACAGAGGCTTGAGTGGGAGATCGATCCTTCTAAGCTTATCATCAAGACTGTACTTGC
ACGTGGCACGTTCGGTACCGTTCATCGTGGTATCTACGACGGTCAAGATGTCGCCGTAAA
GCTGCTTGATTGGGGTGAGGAAGGGCATAGATCAGAAGCTGAGATTGTGTCTTT*GAGGG
CAGATTTT*GCTCAGGAAGTTGCTGTTT*GGCATAAACTGGACCATCCAAATGTT*ACTA
AGTTCATTGGAGCTACAATGGGTGCATCAGGGTTACAACTACAAACAGAGAGTGGTCCAC
TAGCAATGCCAAACAATATATGTTGTGTTGTTGTTGAGTATCTTCAAGGTGGTGCTTTGA
AATCCTTCTTGATCAAGAACAGAAGAAGAAAGTTAGCATTTAAA*GTTGTTGTTCAGCTC
GCTCTTGAC*TAGCTAGGGGGTTGAGTTATCTTCATTCACCGAAGATTGTTCACCGTGAC
GTAAAGACAGAGAACATGTTGTTAGACAAA*CCCGGACTGTCAAA*TCGCTGATTTTGGA
GTTGCTAGAGTTGAAGCATCTAACCCTAATGACATG

QA 1 876 1 876
DS 

RD RR3BI63JQ 722 0 0
GAAGAAAGTTAGCATTTAAA*GTTGTTGTTCAGCTCGCTCTTGACCTAGCTAGGGGGTTG
AGTTATCTTCATTCACCGAAGATTGTTCACCGTGACGTAAAGACAGAGAACATGTTGTTA
GACAAAACCCGGACTGTCAAAATCGCTGATTTTGGAGTTGCTAGAGTTGAAGCATCTAAC
CCTAATGACATGACAGGAGAGACTGGCACACTTGGCTACATGGCTCCTGAGGTTCTCAAT
GGAAACCCTTATAATCGAAAATGCGATGTGTATAGTTTTGGTATCTGCTTATGGGAGATA
TATTGCTGTGACATGCCATACCCTGATCTCACTTTCTCTGAAGTCACTTCAGCTGTCGTC
CGACAGAACCTGAGACCAGATATTCCGAGGTGTTGCCCGAGCTCGCTGGCTGCTGTGATG
AAGCGATGCTGGGATGCAAATCCAGATAAGAGACCGGAGATGGACGAAGTTGTGCCAATG
CTGGAGAATATTGATACGACTAAAGGAGGAGGGATGATCCCTGTTGACCAGCAACAGGGT
TGCCTCTGCTTCCGAAGGAAACGTGGTCCTTAAGTGCTATATCTAAGATCATTCAAAACT
CAAGACTTGTGTCCTGTTTGCTTTCGTCTTTTCTTTAATTATTAATTCAGAAAGAGAAAG
GCTTGTGAGGGTTTTAATGGTGGCTACGTAAAGTATGATATGTTCTTCATATTCTCTTAA
AC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3BB43JQ 958 0 0
TAAGTCA
TGGAGCTACA*TGGGTGCATCAGGGTTACAACTACAAACAGAGAGTGGTCCACTAGCAAT
GCCAAA*AATATATGTTGTGTTGTTGTTGAGTATCTTCAAGGTGGTGCTTTGAAATCCTT
CTTGATCAAGAACAGAAGAAGAAAGTTAGCATTTAAA*GTTGTTGTTCAGCTCGCTCTTG
ACCTAGCTAGGGGGTTGAGTTATCTTCATTCACAGAAGATTGTTCACCGTGACGTAAAGA
CAGAGAACATGTTGTTAGACAAAACCCGGACTGTCAAAATCGCTGATTTTGGAGTTGCTA
GAGTTGAAGCATCTAACCCTAATGACATGACAGGAGAGACTGGCACACTTGGCTACATGG
CTCCTGAGGTTCTCAATGGAAACCCTTATAATCGAAAATGCGATGTGTATAGTTTTGGTA
TCTGCTTATGGAAGATATATTGCTGTGACATGCCATACCCTGATCTCACTTTCTCTGAAG
TCACTTCAGCTGTCGTCCGACAGAACCTGAGACCAGATATTCCGAGGTGTTGCCCGAGCT
CGCTGGCTGCTGTGATGAAGCGATGCTGGGATGCAAATCCAGATAAGAGACCGGAGATGG
ACGAAGTTGTGCCAATGCTGGAGAATATTGATACGACTAAAGGAGGAGGGATGATCCCTG
TTGACCAGCAACAGGGTTGCCTCTGCTTCCGAGGGAAACGTGGTCCTTAAGTGCTATATC
TAAGATCATTCAAAACTCAAGACTTGTGTCCTGTTTGCTTTCGTCTTTTCTTTAATTATT
AATTCAGAAAGAGAAAGGCTTGTGAGGGTTTTAATGGTGGCTACGTAAAGTATGATATGT
TCCTCATATTTTCTTAAACTTTTTGTTTTTGTTTTTGCTCTGTTGGTGAGATTTTCTTAC
TATATTAGTGGTCACGTGTACCATCTACACATATGTTTTACTCGGTCAAAC

QA 8 958 8 958
DS 



AS 1 3

CO CL3397Contig1 850 3 2 U
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AAACTATTAATAATTAAAAATCCAATTATTAATTCTTAATCAATAAGCTTCATCCACTTG
ATCAGGACCAGACCATCTCAAATTCTCAATCTTCCTAACCACTTCAGCCATCTCAGGCCT
CTGGTCCGGATGCTGTAACGTACACTCAATCCCTAGCTGCACCATCTCCTCCATCATTTC
TTCTTCCTCCCTTTCCAAGCTAAGCAGCTCCGAGTCAAAAACCTCTCTCCTCCACTCATC
TCTCACCACCGACTTAACCCATCTCGGCAGATCAACTCCTTCCTCGTTCATCACCGAGTT
GGAAGGAGCTTTACCAGTAATCAGCTCAAGAATCACCACACCGAAGCTGTACACGTCACC
TTTCTGCGACACACGTTTAGGATCGGTTACTTCAGGCGCACGGTAACCCGTACCACGGTT
TGGAGTCGTAGTTGAGGCTGATACGAGCTGGGACAAACCAAAGTCCGAGACTTTGGCGTC
GTATGACTTGGTTAAGAGGATGTTTGAGGATTTGACATTGCCGTGAGAGGTGGAGGTTCC
TTGTGAGTGAAGGTAGTCTAAGCCACGAGCTGCACCAAGAGCAATTCGTGAACGTGCATC
CCAAGTTAGTGGAGTCCTTCCCGCTCCTCTGTTTCCATGTAAGAGAGCAGACAAGCTTCC
CGTGTGCATGAAGTCATAGACAAGAAGCTTCTCGTCTCTACTAAGATAGTAAGCCCTCAA
CGGCACCAAGTTCTCATGATCCATGGCACCAACCAACTCAATCTTCTCCCTGAAGTCTTT
ATCCGGCATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E522JQ U 1
AF RR3EB34JQ U 1
AF RR3E522TF C 183
BS 1 709 RR3E522JQ
BS 710 850 RR3E522TF

RD RR3E522JQ 709 0 0
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GGAAGGAGCTTTACCAGTAATCAGCTCAAGAATCACCACACCGAAGCTGTACACGTCACC
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GTATGACTTGGTTAAGAGGATGTTTGAGGATTTGACATTGCCGTGAGAGGTGGAGGTTCC
TTGTGAGTGAAGGTAGTCTAAGCCACGAGCTGCACCAAGAGCAATTCGTGAACGTGCATC
CCAAGTTAGTGGAGTCCTTCCCGCTCCTCTGTTTCCATGTAAGAGAGCA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3EB34JQ 679 0 0
AGAACTGAAAGATTCTAAAACCAATAACTCATATCAATTTTGCCCCCCAACCATTAACTT
AAACTATTAATAATTAAAAATCCAATTATTAATTCTTAATCAATAAGCTTCATCCACTTG
ATCAGGACCAGACCATCTCAAATTCTCAATCTTCCTAACCACTTCAGCCATCTCAGGCCT
CTGGTCCGGATGCTGTAACGTACACTCAATCCCTAGCTGCACCATCTCCTCCATCATTTC
TTCTTCCTCCCTTTCCAAGCTAAGCAGCTCCGAGTCAAAAACCTCTCTCCTCCACTCATC
TCTCACCACCGACTTAACCCATCTCGGCAGATCAACTCCTTCCTCGTTCATCACCGAGTT
GGAAGGAGCTTTACCAGTAATCAGCTCAAGAATCACCACACCGAAGCTGTACACGTCACC
TTTCTGCGACACACGTTTAGGATCGGTTACTTCAGGCGCACGGTAACCCGTACCACGGTT
TGGAGTCGTAGTTGAGGCTGATACGAGCTGGGACAAACCAAAGTCCGAGACTTTGGCGTC
GTATGACTTGGTTAAGAGGATGTTTGAGGATTTGACATTGCCGTGAGAGGTGGAGGTTCC
TTGTGAGTGAAGGTAGTCTAAGCCACGAGCTGCACCAAGAGCAATTCGTGAACGTGCATC
CCAAGTTAGTGGAGTCCTT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3E522TF 668 0 0
GGTCCGGATGCTGTAACGTACACTCAATCCCTAGCTGCACCATCTCCTCCATCATTTCTT
CTTCCTCCCTTTCCAAGCTAAGCAGCTCCGAGTCAAAAACCTCTCTCCTCCACTCATCTC
TCACCACCGACTTAACCCATCTCGGCAGATCAACTCCTTCCTCGTTCATCACCGAGTTGG
AAGGAGCTTTACCAGTAATCAGCTCAAGAATCACCACACCGAAGCTGTACACGTCACCTT
TCTGCGACACACGTTTAGGATCGGTTACTTCAGGCGCACGGTAACCCGTACCACGGTTTG
GAGTCGTAGTTGAGGCTGATACGAGCTGGGACAAACCAAAGTCCGAGACTTTGGCGTCGT
ATGACTTGGTTAAGAGGATGTTTGAGGATTTGACATTGCCGTGAGAGGTGGAGGTTCCTT
GTGAGTGAAGGTAGTCTAAGCCACGAGCTGCACCAAGAGCAATTCGTGAACGTGCATCCC
AAGTTAGTGGAGTCCTTCCCGCTCCTCTGTTTCCATGTAAGAGAGCAGACAAGCTTCCCG
TGTGCATGAAGTCATAGACAAGAAGCTTCTCGTCTCTACTAAGATAGTAAGCCCTCAACG
GCACCAAGTTCTCATGATCCATGGCACCAACCAACTCAATCTTCTCCCTGAAGTCTTTAT
CCGGCATC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 3

CO CL3398Contig1 1405 3 2 U
GGGATTCAACCCTAATTTATTTCTCCTAGACCTATCAGCCGCCGTAGTCTTCCTTGGCCA
GATCCTCGCTTCTCCGGCGTTCGGCGCTCCTCGCCGTCGCCGGGAGAGGCTCCCTTCGCT
ATCATTTACCTTTGTTTGACATCTTTCATGCTTTTCAATCAGCATGTATGGATCTAGTGA
TATTGTAGTGTCTTGGCTTTCTCTGGTGTTACGGGTGGTGTTTTTCAACAGCAAGGCTGT
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TGTATCCAGATTTGATCTCTTAGTTTCTTGGCGGTGTTCGGTTTGTCGTATCGCATTGGA
GCTTCACCTTGTGTCACGTTTCTATGGGTTTTGGTTGTTTCTTGCTGTGTCTGCCTCTTT
CTCCTCTCTATATGGTGAGACGTGCGGTGGTTTCAGATCCGGTGACCTTTGTGCAGATTT
GACTACATGGAGCGGCATATGCTTTTGGAGTTTAAGGATTGTTTTCTTCCTCAGTTTCTC
TGCTTGTTATCTTTAGTTGTGCAAATTGTTCTATTTCTATTTGAGTGGTCTTGAAGTGAA
AATGGTTTCAATCGTTTGTTGTTGCTGGAGTCTGCAATGGCCTCGGGCTATCAAAGAATC
GTAATGCATCTTTGGTAGAGTGGTCAGTTATCTAGTGATCTATCGAGCTTTTACTGAAAT
TTGCTGTGACTGTCAGAATTGGTGGGATTGTTTTCTTGGAGCCAGACTCCCAAAAAACTG
AGTTCTTTTCAAGCCACTAATGTGGATAAAAGAAGAGCCAAAAATTTTGGAGGGTTTGAG
CTCACGGTTTTAGCATTTCATCCTTCCAGATCCTTGATTTCATATGATACTAGTCTGGAA
TGAGAATCTCTGGCCAAATCCACTTATTGGTGTCCATGCTTGTTACCGGTTGGATGTTCC
AAACCATCAATCTGTATTTAAGGCCCGAGGTCCTTTTCATCTTCTATTGCGAGGCTGTTA
CTTCAAGTGCTCACTTACAGTTACATGTGACTAGAGGAGGGGCTGTAATATATACACACG
TTTGTGGTTTCTGCTCATTACTACCTCAATCAAAGCAAACATTGCGTGCACGGCGCATTG
CACCAATGAGGGACCGTCTCATTTGGTTTCCATGGAAGAATACTATTACATTTCCATAGC
ACCCCTTGAATTTTGCTTTGAGTTTGAGTCTTCTTTGTATTAGTTGTTAACTGTGGCAAA
GTTCCACTTTTGCAAACTTCCCTGGGAAAGCTTACCTTGTAAAGGTTTGGTATCACTGAA
ATGCAATTTAATCAATTAAAGTTAC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DK29TF U 2
AF RR3G066TF U 1
AF RR3DK29JQ C 688
BS 1 761 RR3G066TF
BS 762 1405 RR3DK29JQ

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ATTGTAGTGTCTTGGCTTTCTCTGGTGT*ACGGGTGGTGTTTT*CAACAGCAAGG

QA 1 235 1 235
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GATCCTCGCTTCTCCGGCGTTCGGCGCTCCTCGCCGTCGCCGGGAGAGGCTCCCTTCGCT
ATCATTTACCTTTGTTTGACATCTTTCATGCTTTTCAATCAGCATGTATGGATCTAGTGA
TATTGTAGTGTCTTGGCTTTCTCTGGTGTTACGGGTGGTGTTTTTCAACAGCAAGGCTGT
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TGTATCCAGATTTGATCTCTTAGTTTCTTGGCGGTGTTCGGTTTGTCGTATCGCATTGGA
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CTCCTCTCTATATGGTGAGACGTGCGGTGGTTTCAGATCCGGTGACCTTTGTGCAGATTT
GACTACATGGAGCGGCATATGCTTTTGGAGTTTAAGGATTGTTTTCTTCCTCAGTTTCTC
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QA 1 761 1 761
DS 

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AG
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AAGAAGAGCCAAAAATTTTGGAGGGTTTGAGCTCACGGTTTTAGCATTTCATCCTTCCAG
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TCAAAGCAAACATTGCGTGCACGGCGCATTGCACCAATGAGGGACCGTCTCATTTGGTTT
CCATGGAAGAATACTATTACATTTCCATAGCACCCCTTGAATTTTGCTTTGAGTTTGAGT
CTTCTTTGTATTAGTTGTTAACTGTGGCAAAGTTCCACTTTTGCAAACTTCCCTGGGAAA
GCTTACCTTGTAAAGGTTTGGTATCACTGAAATGCAATTTAATCAATTAAAGTTAC

QA 3 718 3 718
DS 



AS 2 4

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GACCAGACCCAATTCAAGGAGAAGCCCATTACTTACATAACCATGATCAAGAGATCTCAT
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CTTCTTACTCTCTAAAGATGGAGTCGTTCAACATGCTACTCAAGTCAAAATACTCGGAGA
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CCACTCTCGCTCCACATGAAGAGGTTTACGTTGATCTCAGGTTTTACGTCTTCAACAAGA
AACAGAATAAGTATTTTACCATCCAAGATACCGATGTATGGAGATTTAATATCTTCAAAA
CGATGTGGGGGTTCTCTCAGGTTCTCCCTGGTTATACATTTAAAAGTCCGTATAACGGAT
ACCTCTACGATGGAGATCACTGTGAGTTTGGTGTTGATGTGACCATACCCTCTGTCTTTC
AAACATCAGAACTTTCTTCAGTCACTGGTAACTTCAAAAACCCTACATTCACCTGGACAC
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TGTCCATGTATCTTGTCGTTAATAAGACCGAGGAACTCAGACCCTATGAGAGAATTTATG
TTCGAGCCAAGCTTCGAGTTCTTAACAAATTCAAATTCAGAAACGTTGAAAGGTAAATTG
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TCCCTCTCTCTAATCTCAGAGATTTATCAAAGGGCTTCCTTGTTGATGATAAGTTGACTT
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TGTTACAATAAATGAGTCTGTATTCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BE26TF U 1
AF RR3BE26JQ C 405
BS 1 747 RR3BE26TF
BS 748 1227 RR3BE26JQ

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GACCAGACCCAATTCAAGGAGAAGCCCATTACTTACATAACCATGATCAAGAGATCTCAT
CACGTGACTATAAAGTCTCAGCTTCAAACACAGTGAAGGGTCTAAGAAGTCGTCCACCAT
CTTCTTACTCTCTAAAGATGGAGTCGTTCAACATGCTACTCAAGTCAAAATACTCGGAGA
GATATGTATCTCGTCCTTTCTCAGCCGCTGGCTATAACTGGACACTTGTTGTGTATCCGA
ACGGGAACAAGAATGACAAAGGTGCAGGGTACCTCTCGCTTTACGCAGCCATAGAAAACT
CCACTCTCGCTCCACATGAAGAGGTTTACGTTGATCTCAGGTTTTACGTCTTCAACAAGA
AACAGAATAAGTATTTTACCATCCAAGATACCGATGTATGGAGATTTAATATCTTCAAAA
CGATGTGGGGGTTCTCTCAGGTTCTCCCTGGTTATACATTTAAAAGTCCGTATAACGGAT
ACCTCTACGATGGAGATCACTGTGAGTTTGGTGTTGATGTGACCATACCCTCTGTCTTTC
AAACATCAGAACTTTCTTCAGTCACTGGTAACTTCAAAAACCCTACATTCACCTGGACAC
TTCTGAAGTTCTCCACATTGCTCGAAGATACTTACTTCTCTGATGTGTTCTCCATCGGAG
GAAGACGTTGGAATATACAAGTGAATC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3BE26JQ 823 0 0
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TTTAATATCTTCAAAACGATGTGGGGGTTCTCTCAGGTTCTCCCTGGTTATACATTTAAA
AGTCCGTATAACGGATACCTCTACGATGGAGATCACTGTGAGTTTGGTGTTGATGTGACC
ATACCCTCTGTCTTTCAAACATCAGAACTTTCTTCAGTCACTGGTAACTTCAAAAACCCT
ACATTCACCTGGACACTTCTGAAGTTCTCCACATTGCTCGAAGATACTTACTTCTCTGAT
GTGTTCTCCATCGGAGGAAGACGTTGGAATATACAAGTGAATCCAAGTGGTCGTGACAAG
GGAAAGGGAAAAGCTTTGTCCATGTATCTTGTCGTTAATAAGACCGAGGAACTCAGACCC
TATGAGAGAATTTATGTTCGAGCCAAGCTTCGAGTTCTTAACAAATTCAAATTCAGAAAC
GTTGAAAGGTAAATTGATAACTGGTTCAGTCGCTGGGAAACTGGACGTGCATATGGTTGG
GGTTCTAGTGAATTTGTCCCTCTCTCTAATCTCAGAGATTTATCAAAGGGCTTCCTTGTT
GATGATAAGTTGACTTTCCAAGTCGAAATTGAAACCGTTTCTAAAACCATGTACTTTCCA
AGTTAGAGTTTCTCTAACCACGTACGGACATGCAACTCAATGTGTTTGCTTTGTTAACTG
TTATCAACCACCTAAGTACTAATAAGTCCGTCTATGTGTTTCAATAAGTGAGTTTGTATT
AATAAGTACGTGTTTGTGTTACAATAAATGAGTCTGTATTCTC

QA 1 823 1 823
DS 



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TCCAAATTCAGAAACGTTGAAAGGCAAATTGATAACTGGTTCAATCGCTGGGAAACTGGA
CGTGCATATGGTTGGGGTTCTAGTGAATTTGTCCCTCTCTCTAATCTCAGAGATTTATCA
AAGGGCTTCCTTGTTGATGATAAGTTGACTGTCCAAGTCGAAATTGAAGTCGTTTCTAAA
ACCATGTACTTTCCTAGTTAGAGTTCTAGCTCTAACCACGTGCGGACATGCCACTCCATG
TGTTTGCTTTGTTAATTGTTATCAACCACCTAAGTACTAATAAGTCCGTCTATGTGTTCC
AATAAGTGAGTTTTGTATTAACAAGTACGTGTTTGTGTTACAATAAACGAGTTTGTATT


BQ
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AF RR3C954JQ C 1
AF RR3C954TF U 41
BS 1 40 RR3C954JQ
BS 41 479 RR3C954TF

RD RR3C954JQ 479 0 0
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GAGGAACTCAGACCCTATGAGAGAATTTATGTTCGAGCCAAGCTTCGAGTTCTTAACAAA
TCCAAATTCAGAAACGTTGAAAGGCAAATTGATAACTGGTTCAATCGCTGGGAAACTGGA
CGTGCATATGGTTGGGGTTCTAGTGAATTTGTCCCTCTCTCTAATCTCAGAGATTTATCA
AAGGGCTTCCTTGTTGATGATAAGTTGACTGTCCAAGTCGAAATTGAAGTCGTTTCTAAA
ACCATGTACTTTCCTAGTTAGAGTTCTAGCTCTAACCACGTGCGGACATGCCACTCCATG
TGTTTGCTTTGTTAATTGTTATCAACCACCTAAGTACTAATAAGTCCGTCTATGTGTTCC
AATAAGTGAGTTTTGTATTAACAAGTACGTGTTTGTGTTACAATAAACGAGTTTGTATT

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR3C954TF 439 0 0
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AGCTTCGAGTTCTTAACAAATCCAAATTCAGAAACGTTGAAAGGCAAATTGATAACTGGT
TCAATCGCTGGGAAACTGGACGTGCATATGGTTGGGGTTCTAGTGAATTTGTCCCTCTCT
CTAATCTCAGAGATTTATCAAAGGGCTTCCTTGTTGATGATAAGTTGACTGTCCAAGTCG
AAATTGAAGTCGTTTCTAAAACCATGTACTTTCCTAGTTAGAGTTCTAGCTCTAACCACG
TGCGGACATGCCACTCCATGTGTTTGCTTTGTTAATTGTTATCAACCACCTAAGTACTAA
TAAGTCCGTCTATGTGTTCCAATAAGTGAGTTTTGTATTAACAAGTACGTGTTTGTGTTA
CAATAAACGAGTTTGTATT

QA 1 439 1 439
DS 



AS 1 4

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AATCAAACCTTCTTTGCTGAATCTCTGTACACTGGACCGGAGATTTCGACCGGTTTAGCC
TTCTTGGACTCAAACAGTGACGATGATGTCGATGTGAAGGGGAAAACAGTTTTTTGTTTC
GATACTTCCACTCCGTCCCCAATTGCAGGGAAAGGTGTAGAAGGAGTCATCTTAGCCCAT
AAGCCTGACGATCTTCTTGAACGATGCCACGGTGTTCCTTGCATTTACACAGATTATGAG
CTTGGAACCGATATTTTACAATACATACGTACCACCAGATCTCCCACGGTGAAAATAAGC
CCGGCTAAGACATTAACAGGTCCGCCTGCAACAACAAAGGTTGCTGCATTCTCATCTAGA
GGGCCTAACTCTGTTTCACCAGCCATTCTCAAGCCTGATATAGCAGCTCCTGGTGTGAAC
ATACTCGCGGCATTAAGTCCCCGTAATCCTCACGCACACGATGGATTTGGACTCGACTCA
GGAACATCGATGGCGACTCCTGTTGTTTCAGGAATCATAGCTCTCCTCAAGTCTCTACAC
CCTACTTGGTCTCCTGCTGCATTTAGATCAGCTTTGGTCACAACAGCTTGGAGGACAAGT
CCATCTGGAGAGCCCATTTTTGCTCAAGGATCAAACAAGAAGCTTGCAGATCCATTTGAC
TATGGAGGAGGACTTGTAAACCCTGAAAGAGCTTCAAAACCAGGACTTGTCTACGATATG
GGGATTCAAGATTACATCGACTATATGTGTTCTGCTGGTTACAACGACTCTTCTATTTCT
GGAATGGTCGGTAAAAAGAGTACTAAATGTCCAACTCCTAAGCCATCAATTCTTGATATC
AACTTACCTTCAATCACAATACCAAATCTTGAGAAAGAAGTCACACTCACAAGAACTGTA
GCCAATGTTGGACCCATCAAGTCAGTCTACAAATCTGTGATTGAGTCTCCACTCGGCATA
ACTCTTACCGTCACACCGAACACACTCGTGTTTAGCTCTGCAGCTAAGAGAGTGCTCACT
TTCAAGGTGAAGGTTAAAACGAGCCATAAAGTCAACACTGGTTACTTCTTTGGAAGCTTG
ACATGGACTGATGGTGTTCATGATGTTAAGATCCCTGTCTCTGTTCAGACAAAGATCAAG
ATCAAGGCTTAGTTAAGAAACTCAAACCTAGCTATCTAGATAATAAGCGATTTCGATCGA
TCCAATGTATTAAAAAGAGCCGTATGATGCTCATCGTCTTTGTTTTTATGCAGTTTCTTG
CAAATCTCAATTTAAAGTGTCT


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI57TF U 1
AF RR3H079TF U 170
AF RR3DN42TF U 507
AF RR3H079JQ C 677
BS 1 269 RR3GI57TF
BS 270 270 RR3H079TF
BS 271 504 RR3GI57TF
BS 505 505 RR3H079TF
BS 506 604 RR3GI57TF
BS 605 605 RR3H079TF
BS 606 617 RR3GI57TF
BS 618 618 RR3H079TF
BS 619 683 RR3GI57TF
BS 684 1086 RR3DN42TF
BS 1087 1087 RR3H079JQ
BS 1088 1092 RR3DN42TF
BS 1093 1093 RR3H079JQ
BS 1094 1168 RR3DN42TF
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BS 1170 1192 RR3DN42TF
BS 1193 1342 RR3H079JQ

RD RR3GI57TF 683 0 0
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AATCAAACCTTCTTTGCTGAATCTCTGTACACTGGACCGGAGATTTCGACCGGTTTAGCC
TTCTTGGACTCAAACAGTGACGATGATGTCGATGTGAAGGGGAAAACAGTTTTTTGTTTC
GATACTTCCACTCCGTCCCCAATTGCAGGGAAAGGTGTAGAAGGAGTCATCTTAGCCCAT
AAGCCTGACGATCTTCTTGAACGATGCCATGGTGTTCCTTGCATTTACACAGATTATGAG
CTTGGAACCGATATTTTACAATACATACGTACCACCAGATCTCCCACGGTGAAAATAAGC
CCGGCTAAGACATTAACAGGTCCGCCTGCAACAACAAAGGTTGCTGCATTCTCATCTAGA
GGGCCTAACTCTGTTTCACCAGCCATTCTCAAGCCTGATATAGCAGCTCCTGGTGTGAAC
ATACTCGCGGCATTAAGTCCCCGTCATCCTCACGCACACGATGGATTTGGACTCGACTCA
GGAACATCGATGGCGACTCCTGTTGTTTCAGGAATCATAGCTCTCCTCAAGTCTCTACAC
CCTAGTTGGTCTCCTGCCGCATTTAGATCAGCTTTGGTCACAACAGCTTGGAGGACAAGT
CCATCTGGAGAGCCCATTTTTGC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3H079TF 515 0 0
TTTTTTGTTTCGATACTTCCACTCCGTCTCCAATTGCAGGGAAAGGTGTGGAAGGAGTCA
TCTTAGCCCATAAGCCTGACGATCTTCTTGAACGATGCCACGGTGTTCCTTGCATTTACA
CAGATTATGAGCTTGGAACCGATATTTTACAATACATACGTACCACCAGATCTCCCACGG
TGAAAATAAGCCCGGCTAAGACATTAACAGGTCTGCCTGCAACAACAAAGGTTGCTGCAT
TCTCATCTAGAGGGCCTAACTCTGTTTCACCAGCCATTCTCAAGCCTGATATAGCAGCTC
CTGGTGTGAACATACTCGCGGCATTAAGTCCCCGTAATCCTCACGCACACGATGGATTTG
GACTCGACTCAGGAACATCGATGGCGACTCCTGTTGTTTCAGGAATCATAGCTCTCCTCA
AGCCTCTACACCCTACTTGGTCTCCTGCTACATTTAGATCAGCTTTGGTCACAACAGCTT
GGAGGACAAGTCCATCTGGAGAGCCCATTTTTGC
T

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3DN42TF 690 0 0
G
CCTCACGCACACGATGGATTTGGACTCGACTCAGGAACATCGATGGCGACTCCTGTTGTT
TCAGGAATCATAGCTCTCCTCAAGTCTCTACACCCTACTTGGTCTCCTGCTGCATTTAGA
TCAGCTTTGGTCACAACAGCTTGGAGGACAAGTCCATCTGGAGAGCCCATTTTTGCTCAA
GGATCAAACAAGAAGCTTGCAGATCCATTTGACTATGGAGGAGGACTTGTAAACCCTGAA
AGAGCTTCAAAACCAGGACTTGTCTACGATATGGGGATTCAAGATTACATCGACTATATG
TGTTCTGCTGGTTACAACGACTCTTCTATTTCTGGAATGGTCGGTAAAAAGAGTACTAAA
TGTCCAACTCCTAAGCCATCAATTCTTGATATCAACTTACCTTCAATCACAATACCAAAT
CTTGAGAAAGAAGTCACACTCACAAGAACTGTAGCCAATGTTGGACCCATCAAGTCAGTC
TACAAATCTGTGATTGAGTCTCCACTCGGCATAACTCTTACCGTCACACCGAACACACTC
GTGTTTAGCTCTGCAGCTAAGAGAGTGCTCACTTTCAAG*TGAAG*TTAAAACGAGCCAT
AAAGTCAACACTGGTTACTTCTTTGGAAGCTTGACATGGACTGATGGTGTTCATGATGTT
A*GATCCCTGTCTCTGTTCAGACAA
GATC

QA 2 686 2 686
DS 

RD RR3H079JQ 666 0 0
TTTTTGCTCAAGGATCAAACAAGAAGCTTGCAGATCCATTTGACTATGGAGGAGGACTTG
TAAACCCTGAAAGAGCTTCAAAACCAGGACTTGTCTACGATATGGGGATTCAAGATTACA
TCGACTATATGTGTTCTGCTGGTTACAACGACTCTTCTATTTCTGGAATGGTCGGTAAAA
AGAGTACTAAATGTCCAACTCCTAAGCCATCAATTCTTGATATCGACTTACCTTCAATCA
CAATACCAAATCTTGAGAAAGAAGTCACACTCACAAGAACTGTAGCCAATGTTGGACCCA
TCAAGTCAGTCTACAAATCTGTGATTGAGTCTCCACTCGGCATAACTCTTACCGTCACAC
CGAACACACTCGTGTTTAGCTCTGCAGCTAAGAGAGTGCTCACTTTCAAGGTGAAGGTTA
AAACGAGCCATAAAGTCAACACTGGTTACTTCTTTGGAAGCTTGACATGGACTGATGGTG
TTCATGATGTTAAGATCCCTGTCTCTGTTCAGACAAAGATCAAGATCAAGGCTTAGTTAA
GAAACTCAAACCTAGCTATCTAGATAATAAGCGATTTCGATCGATCCAATGTATTAAAAA
GAGCCGTATGATGCTCATCGTCTTTGTTTTTATGCAGTTTCTTGCAAATCTCAATTTAAA
GTGTCT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 4

CO CL3401Contig1 771 4 6 U
GGAAAGCTTTTGCAGTGTTTCTCCCTATAGTAAAAAGAACAAAAAACCAAAAAAACATAA
TAATAGTACTGCTTTAGCTTTTGGAATATCCTCTTATTAATCTCAATAAAAACAAAAATA
AAAATGGCACGCCAGTTTATCGTATTTGCTCTATTGGCTTTGACTGTTGCCACCGCTTTC
GCCGCCGATGCTCCCTCAGCTTCCCCGAAGAAGTCTCCGTCTCCGACCACCGCACCAGCA
ACCAAGACTCCTACTGCCCCAACGAAGGCTCCTACCGCCACTCCAAAATCTTCCTCCGCT
GATGCGCCTAAGTCATCTTCAGGCGCCGCTTCTCCCAAAGCATCTTCCCCTGCTGCAGGA
GGTCCCGCCGCCGAGGATGACTACTCTGCCTCTAGTCCCGGTGACAGCTCCGATGCACCT
ACCGTGTCCTCTCCGCCGGCTCCCACACCCGACAGCACATCCACTGCTGATGGACCAAGC
GATGGACCCAGTGCAGAGTCGCCAACCAGCGGTGCCGCGTCCACCGTCAAGCTCTCTGTT
GCAGGCATAACAGCCGCCATCAGCTTGTTCTTTTTTTCTTTCTAAGTTAAATTAGTACAT
ATTTTGCTTAGAAAGATTGTCGCCTAATCTTTCAACATGAGTCGTGAACTTATTATATAT
ATACGTTTATAAGTTGAGATTAATTGGAGTTAATATAAACTCAAAAGTTAATATGAATTT
TTGTTAGAAAACAATGTTTCATACTTCGTTTAATATAATAAAGTTTTGTGG


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3D072TF U 1
AF RR3DY35TF U 1
AF RR3DY35JQ C 3
AF RR3D072JQ C 234
BS 1 87 RR3D072TF
BS 88 88 RR3DY35TF
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BS 519 727 RR3D072TF
BS 728 771 RR3DY35JQ

RD RR3D072TF 727 0 0
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TAATAGTACTGCTTTAGCTTTTGGAATGTCCTCTTATTAATCTCAATAAAAACAAAAATA
AAAATGGCACGCCAGTTTATCGTATTTGCTCTATTGGCTTTGACTGTTGCCACCGCTTTC
GCCGCCGATGCTCCCTCAGCTTCCCCGAAGAAGTCTCCGTCTCCGACCACCGCACCAGCA
ACCAAGACTCCTACTGCCCCAACGAAGGCTCCTACCGCCACTCCAAAATCTTCCTCCGCT
GATGCGCCTAAGTCATCTTCAGGCGCCGCTTCTCCCAAAGCATCTTCCCCTGCTGCAGGA
GGTCCCGCCGCCGAGGATGACTACTCTGCCTCTAGTCCCGGTGACAGCTCCGATGCACCT
ACCGTGTCCTCTCCGCCGGCTCCCACACCCGACAGCACATCCACTGCTGATGGACCAAGC
GATGGACCCAGTGCAGAGTCGCCAACCAGCGGTGCCGTGTCCACCGTCAAGCTCTCTGTT
GCAGGCATAACAGCCGCCATCAGCTTGTTCTTTTTTTCTTTCTAAGTTAAATTAGTACAT
ATTTTGCTTAGAAAGATTGTCGCCTAATCTTTCAACATGAGTCGTGAACTTATTATATAT
ATACGTTTATAAGTTGAGATTAATTGGAGTTAATATAAACTCAAAAGTTAATATGAATTT
TTGTTAG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3DY35TF 728 0 0
GG
AAAGCTTTTGCAGTGTTTCTCCCTATAGTAAAAAGAACAAAAAACCAAAAAAACATAATA
ATAGTACTGCTTTAGCTTTTGGAATATCCTCTTATTAATCTCAATAAAAACAAAAATAAA
AATGGCACGCCAGTTTATCGTATTTGCTCTATTGGCTTTGACTGTTGCCACCGCTTTCGC
CGCCGATGCTCCCTCAGCTTCCCCGAAGAAGTCTCCGTCTCCGACCACCGCACCAGCAAC
CAAGACTCCTACTGCCCCAACGAAGGCTCCTACCGCCACTCCAAAATCTTCCTCCGCTGA
TGCGCCTAAGTCATCTTCAGGCGCCGCTTCTCCCAAAGCATCTTCCCCTGCTGCAGGAGG
TCCCGCCGCCGAGGATGACTACTCTGCCTCTAGTCCCGGTGACAGCTCCGATGCACCTAC
CGTGTCCTCTCCTCCGGCTCCCACACCCGACAGCACATCCACTGCTGATGGACCAAGCGA
TGGACCCAGTGCAGAGTCGCCAACCAGCGGTGCCGCGTCCACCGTCAAGCTCTCTGTTGC
AGGCATAACAGCCGCCATCAGCTTGTTCTTTTTTTCTTTCTAAGTTAAATTAGTACATAT
TTTGCTTAGAAAGATTGTCGCCTAATCTTTCAACATGAGTCGTGAACTTATTATATATAT
ACGTTTATAAGTTGAGATTAATTGGAGTTAATATAAACTCAAAAGTTAATATGAATTTTT
GTTAG
A

QA 3 727 3 727
DS 

RD RR3DY35JQ 769 0 0
AAAGCTTTTGCAGTGTTTCTCCCTATAGTAAAAAGAACAAAAAACCAAAAAAACATAATA
ATAGTACTGCTTTAGCTTTTGGAATATCCTCTTATTAATCTCAATAAAAACAAAAATAAA
AATGGCACGCCAGTTTATCGTATTTGCTCTATTGGCTTTGACTGTTGCCACCGCTTTCGC
CGCCGATGCTCCCTCAGCTTCCCCGAAGAAGTCTCCGTCTCCGACCACCGCACCAGCAAC
CAAGACTCCTACTGCCCCAACGAAGGCTCCTACCGCCACTCCAAAATCTTCCTCCGCTGA
TGCGCCTAAGTCATCTTCAGGCGCCGCTTCTCCCAAAGCATCTTCCCCTGCTGCAGGAGG
TCCCGCCGCCGAGGATGACTACTCTGCCTCTAGTCCCGGTGACAGCTCCGATGCACCTAC
CGTGTCCTCTCCTCCGGCTCCCACACCCGACAGCACATCCACTGCTGATGGACCAAGCGA
TGGACCCAGTGCAGAGTCGCCAACCAGCGGTGCCGCGTCCACCGTCAAGCTCTCTGTTGC
AGGCATAACAGCCGCCATCAGCTTGTTCTTTTTTTCTTTTTAAGTTAAATTAGTACATAT
TTTGCTTAGAAAGATTGTCGCCTAATCTTTCAACATGAGTCGTGAACTTATTATATATAT
ACGTTTATAAGTTGAGATTAATTGGAGTTAATATAAACTCAAAAGTTAATATGAATTTTT
GTTAGAAAACAATGTTTCATACTTCGTTTAATATAATAAAGTTTTGTGG

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3D072JQ 538 0 0
ACCAGCAACCAAGACTCCTACTGCCCCAACGAAGGCTCCTACCGCCACTCCAAAATCTTC
CTCCGCTGATGCGCCTAAGTCATCTTCAGGCGCCGCTTCTCCCAAAGCATCTTCCCCTGC
TGCAGGAGGTCCCGCCGCCGAGGATGACTACTCTGCCTCTAGTCCCGGTGACAGCTCCGA
TGCACCTACCGTGTCCTCTCCGCCGGCTCCCACACCCGACAGCACATCCACTGCTGATGG
ACCAAGCGATGGACCCAGTGCAGAGTCGCCAACCAGCGGTGCCGTGTCCACCGTCAAGCT
CTCTGTTGCAGGCATAACAGCCGCCATCAGCTTGTTCTTTTTTTCTTTCTAAGTTAAATT
AGTACATATTTTGCTTAGAAAGATTGTCGCCTAATCTTTCAACATGAGTCGTGAACTTAT
TATATATATACGTTTATAAGTTGAGATTAATTGGAGTTAATATAAACTCAAAAGTTAATA
TGAATTTTTGTTAGAAAACAATGTTTCATACTTTGTTTAATATAATAAAGTTTTGTGG

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 4

CO CL3402Contig1 1333 4 14 U
GGAAGAAATAGTAAACAAAACTCATTCCTCTTTCTCTTCTTCGATTCGATTCTTCATTCA
ACGAAAAAACCCTAAGTGCTCTGCTGCAAACTCCATAATCCTCCAGCGAGAAGAAAATCT
GTAACCAAGAGATTGGTTTCATCGATATTTATTTCTCTATATATATCTCCTCGCTGGGTA
CGGTCTATTGAAATCACATCTCACAGGTCTCAATGTGGAGGATTCTGCATAACCACTAGG
CTTCTAACCTTCTCAAACCGATGCTCATACTCTCTTCCTTGTCTATGGCGTTTACTCTGA
TTTCTCAAAAGCTCTGCGTCTTTGGCCCTGTCTTGAATCCTTCTTTCCCTTACTGCATCG
CCAATCACTCCTCTGCCTCCCGTTAATTCAGCTTCTCTGAGTTACACAAGTCTTGCCTCC
TTCATTGTCTACTCTTGATATTGTTTTTGTTACCTGCTTTAGACATTCCTTGTGTGCTGG
CTGCTGAGTGAGTCTCCTGGAACTACTTGCAAAGCTTCATTCTCTACTTTAGCCAAATCT
CAGTCCTACCTATAATGATCCAAGACCAGCCGGTGGTTGTATTCTCCCTCCGGCGCAACT
CCTTCAGACGCCGATCCTCCATAACCAACCTCGACGACAGAGGCTGGACTCCGCTCCACA
TCAAAGCTCGAAAAGGCGATTTGAAAGCCGTCAAGCAGCTGCTCGACCAAGGGTTTGATG
TTAACGCTCTAGCGTGGGGACCTAAATCGAAAGGAGTGAGCCCTCTTCACCTTGCTGCCG
AGGGAGGTCACATTGAAGTCATGGATCTGCTTCTCGAGCGTGGGGCTAATATTGATGCGA
GGACATGGGGCTCCTGCGGGTGGACTCCTCTCCATGCAGCGGCTAAAGAGAGGAAGAGAG
AAGCTGTGAAGTTTCTGGTGGAGAATGGCGCGTTCTTGCCTGATGATATAAGTGATACTA
GGTTTAATCCGCCGGTGCATTACTGCCGCGGGCTGGAGTGGGCGTACGAGGAGATGAAGA
GGCTTAACAGCGAGTCTTCTTCTTCTGGTGGAGACACATCTTCCAGTTCGGAGAACTGAG
TCATGTTTCCCTGTTTTTTTTTTCTCAAGCTTTGCCGTTGAGAAACTGTCTGAAATCAGA
AACATATTATGGTTTGTCATAACTCTCAGAATGTTATGGTTTGTGTTTGGTTTAAAATTG
CTATATATATGAAACTGCTGGTATGCCATGCATAATAAAATTGTTATATGTGATACCTCT
TTTTGTTAAGGATTGGTGTTGATAAATGTGGTTGATTAAACATTTATATATGAGCAAACT
GGTTTTGATTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C049TF U 1
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AF RR3C049JQ C 650
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BS 672 1124 RR3DF83TF
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GTAACCAAGAGATTGGTTTCATCGATATTTATTTCTCTATATATATCTCCTCGCTGGGTA
CGGTCTATTGAAATCACATCTCACAGGTCTCAATGTGGAGGATTCTGCATAACCACTAGG
CTTCTAACCTTCTCAAACCGATGCTCATACTCTCTTCCTTGTCTATGGCGTTTACTCTGA
TTTCTCAAAAGCTCTGCGTCTTTGGCCCTGTCTTGAATCCTTCTTTCCCTTACTGCATCG
CCAATCACTCCTCTGCCTCCCGTTAATTCAGCTTCTCTGAGTTACACAAGTCTTGCCTCC
TTCATTGTCTACTCTTGATATTGTTTTTGTTACCTGCTTTAGACATTCCTTGTGTGCTGG
CTGCTGAGTGAGTCTCCTGGAACTACTTGCAAAGCTTCATTCTCTACTTTAGCCAAATCT
CAGTCCTACCTATAATGATCCAAGACCAGCCGGTGGTTGTATTCTCCCTCCGGCGCAACT
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TCAAAGCTCGA

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DS 

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CCTATAATGATCCAAGACCAGCCGGTGGTTGTATTCTCCCTCCGGCGCAACTCCTTCAGA
CGCCGATCCTCCATAACCAACCTCGACGACAGAGGCTGGACTCCGCTCCACATCAAAGCT
CGAAAAGGCGATTTGAAAGCCGTCAAGCAGCTGCTCGACCAAGGGTTTGATGTTAACGCT
CTAGCGTGGGGACCTAAATCGAAAGGAGTGAGCCCTCTTCACCTTGCTGCCGAGGGAGGT
CACATTGAAGTCATGGATCTGCTTCTCGAGCGTGGGGCTAATATTGATGCGAGGACATGG
GGCTCCTGCGGGTGGACTCCTCTCCATGCAGCGGCTAAAGAGAGGAAGAGAGAAGCTGTG
AAGTTTCTGGTGGAGAATGGCGCGTTCTTGCCTGATGATATAAGTGATACTAGGTTTAAT
CCGCCGGTGCATTACTGCCGCGGGCTGGAGTGGGCGTACGAGGAGATGAAGAGGCTTAAC
AGCGAGTCTTCTTCTTCTGGTGGAGACACATCTTCCAGTTCGGAGAACTGAGTCATGTTT
CCCTGTTTTTTTTTTCTCAAGCTTTGCCGTTGAGAA*CTGTCTGAAATCAGAA*CATATT
ATGGTTTGTCATAACTCTCAGAATGTTATGGTTTGTGTTTGGTTTAAA*TTGCTATATAT
ATGAAACTGC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3DF83JQ 702 0 0
AGACGCCGATCCTCCATAACCAACCTCGACGACAGAGGCTGGACTCCGCTCCACATCAAA
GCTCGAAAAGGCGATTTGAAAGCCGTCAAGCAGCTGCTCGACCAAGGGTTTGATGTTAAC
GCTCTAGCGTGGGGACCTAAATCGAAAGGAGTGAGCCCTCTTCACCTTGCTGCCGAGGGA
GGTCACATTGAAGTCATGGATCTGCTTCTCGAGCGTGGGGCTAATATTGATGCGAGGACA
TGGGGCTCCTGCGGGTGGACTCCTCTCCATGCAGCGGCTAAAGAGAGGAAGAGAGAAGCT
GTGAAGTTTCTGGTGGAGAATGGCGCGTTCTTGCCTGATGATATAAGTGATACTAGGTTT
AATCCGCCGGTGCATTACTGCCGCGGGCTGGAGTGGGCGTACGAGGAGATGAAGAGGCTT
AACAGCGAGTCTTCTTCTTCTGGTGGAGACACATCTTCCAGTTCGGAGAACTGAGTCATG
TTTCCCTGTTTTTTTTTTCTCAAGCTTTGCCGTTGAGAAACTGTCTGAAATCAGAAACAT
ATTATGGTTTGTCATAACTCTCAGAATGTTATGGTTTGTGTTTGGTTTAAAATTGCTATA
TATATGAAACTGCTGGTATGCCATGCATAATAAAATTGTTATATGTGATACCTCTTTTTG
TTAAGGATTGGTGTTGATAAGTGTGGTTGATTAAACATT
GAG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3C049JQ 684 0 0
TCCGCTCCACATCAAAGCTCGAAAAGGCGATTTGAAAGCCGTCAAGCAGCTGCTCGACCA
AGGGTTTGATGTTAACGCTCTAGCGTGGGGACCTAAATCGAAAGGAGTGAGCCCTCTTCA
CCTTGCTGCCGAGGGAGGTCACATTGAAGTCATGGATCTGCTTCTCGAGCGTGGGGCTAA
TATTGATGCGAGGACATGGGGCTCCTGCGGGTGGACTCCTCTCCATGCAGCGGCTAAAGA
GAGGAAGAGAGAAGCTGTGAAGTTTCTGGTGGAGAATGGCGCGTTCTTGCCTGATGATAT
AAGTGATACTAGGTTTAATCCGCCGGTGCATTACTGCCACGGGCTGGAGTGGGCGTACGA
GGAGATGAAGAGGCTTAACAGCGAGTCTTCTTCTTCTGGTGGAGACACATCTTCCAGTTC
GGAGAACTGAGTCATGTTTCCCTGTTTTTTTTT*CTCAAGCTTCGCCGTTGAGAAACTGT
CTGAAATCAGAAACATATTATGGTTTGTCATAACTCTCAGAATGTTATGGTTTGTGTTTG
GTTTAAAATTGCTATATATATGAAACTGCTGGTATGCCATGCATAATAAAATTGTTATAT
GTGATACCTCTTTTTGTTAAGGATTGGTGTTGATAAATGTGGTTGATTAAACATTTATAT
ATGAGCAAACTGGTTTTGATTTAC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 4

CO CL3403Contig1 669 4 3 U
TTTTTGCTTACACAACCAAAGAGCGAGAGAGCTAAAATGACGAGCGTGAGTGGGTGTGGT
TCGGTGAGCCTCTTAACTAACCGCAATGCGTTCTTAGGAAGCGGACTGCAACACCGTGCC
GTTTTTCTGAAACCATGGTCGCCTCCGTCGCTGCTCAAGTCTGGGTCCATGCTCGTGGTT
GAAGCCAAAACCAAAACCAGCAGCGAAGACAGAATCGCCCGCCACTCTCGCATCCGCAAG
AAGGTTAACGGTACAACGGAGAGGCCAAGGATGTGTGTGTTTCGCTCAAACAAGCATCTC
TATGTGCAAGTGATTGATGACACCAAGATGCACACTTTAGCTTCAGCTTCCACCAAGCAG
AAACCCATCTCTGAGGAGTTTGACTACACCTCCGGACCTACCATTGAGGTGGCGAAGAAA
GTAGGGGAAGTGATAGCGAAATCATGCTTGGAGAAAGGGATCACAAAGGTGGCATTTGAC
CGTGGTGGTTACCCTTACCATGGTCGCATTGAAGCTCTTGCCGCTGCTGCTCGTGAACAC
GGTCTTCAGTTTTAACTCTTGTTTTTCTTATCTCCTTTTGTTTCTGCGGAACAGAGAGTA
TGATTTGTAGACTATATCCATTGAAATGTTGAAGTTTCCCTTTATAAAGAGTGTTCTTTG
TTGATAACC


BQ
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30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 

AF RR3H806JQ C 1
AF RR3H806TF U 1
AF RR3BW08JQ C 9
AF RR3BW08TF U 9
BS 1 236 RR3H806TF
BS 237 237 RR3BW08TF
BS 238 669 RR3H806TF

RD RR3H806JQ 669 0 0
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GTTTTTCTGAAACCATGGTCGCCTCCGTCGCTGCTCAAGTCTGGGTCCATGCTCGTGGTT
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AAGGTTAACGGTACAACGGAGAGGCCAAGGATGTGTGTGTTTCGCTCAAACAAGCATCTC
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AAACCCATCTCTGAGGAGTTTGACTACACCTCCGGACCTACCATTGAGGTGGCGAAGAAA
GTAGGGGAAGTGATAGCGAAATCATGCTTGGAGAAAGGGATCACAAAGGTGGCATTTGAC
CGTGGTGGTTACCCTTACCATGGTCGCATTGAAGCTCTTGCCGCTGCTGCTCGTGAACAC
GGTCTTCAGTTTTAACTCTTGTTTTTCTTATCTCCTTTTGTTTCTGCGGAACAGAGAGTA
TGATTTGTAGACTATATCCATTGAAATGTTGAAGTTTCCCTTTATAAAGAGTGTTCTTTG
TTGATAACC

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DS 

RD RR3H806TF 669 0 0
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TCGGTGAGCCTCTTAACTAACCGCAATGCGTTCTTAGGAAGCGGACTGCAACACCGTGCC
GTTTTTCTGAAACCATGGTCGCCTCCGTCGCTGCTCAAGTCTGGGTCCATGCTCGTGGTT
GAAGCCAAAACCAAAACCAGCAGCGAAGACAGAATCGCCCGCCACTCTCGCATCCGTAAG
AAGGTTAACGGTACAACGGAGAGGCCAAGGATGTGTGTGTTTCGCTCAAACAAGCATCTC
TATGTGCAAGTGATTGATGACACCAAGATGCACACTTTAGCTTCAGCTTCCACCAAGCAG
AAACCCATCTCTGAGGAGTTTGACTACACCTCCGGACCTACCATTGAGGTGGCGAAGAAA
GTAGGGGAAGTGATAGCGAAATCATGCTTGGAGAAAGGGATCACAAAGGTGGCATTTGAC
CGTGGTGGTTACCCTTACCATGGTCGCATTGAAGCTCTTGCCGCTGCTGCTCGTGAACAC
GGTCTTCAGTTTTAACTCTTGTTTTTCTTATCTCCTTTTGTTTCTGCGGAACAGAGAGTA
TGATTTGTAGACTATATCCATTGAAATGTTGAAGTTTCCCTTTATAAAGAGTGTTCTTTG
TTGATAACC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3BW08JQ 661 0 0
G
ACACAACCAAAGAGCGAGAGAGCTAAAATGACGAGCGTGAGTGGGTGTGGTTCGGTGAGC
CTCTTAACTAACCGCAATGCGTTCTTAGGAAGCGGACTGCAACACCGTGCCGTTTTTCTG
AAACCATGGTCGCCTCCGTCGCTGCTCAAGTCTGGGTCCATGCTCTTGGTTGAAGCCAAA
ACCAAAACCAGCAGCGAAGACAGAATCGCCCGCCACTCTCGCATCCGCAAGAAGGTTAAC
GGTACAACGGAGAGGCCAAGGATGTGTGTGTTTCGCTCAAACAAGCATCTCTATGTGCAA
GTGATTGATGACACCAAGATGCACACTTTAGCTTCAGCTTCCACCAAGCAGAAACCCATT
TCTGAGGAGTTTTACTACACCTCTGGACCTACCATTGAGGTGGCGAAGAAAGTAGGGGAA
GTGATAGCGAAATCATGCTTGGAGAAAGGGATCACAAAGGTGGCATTTGACCGTGGTGGT
TACCCTTACCATGGTCGCATTGAAGCTCTTGCCGCTGCTGCTCGTGAACACGGTCTTCAG
TTTTAACTCTTGTTTTTCTTATCTCCTTTTGTTTCTGCGGAACAGAGAGTATGATTTGTA
GACTATATCCATTGAAATGTTGAAGTTTCCCTTTATAAAGAGTGTTCTTTGTTGATAACC

QA 2 661 2 661
DS 

RD RR3BW08TF 661 0 0
G
ACACAACCAAAGAGCGAGAGAGCTAAAATGACGAGCGTGAGTGGGTGTGGTTCGGTGAGC
CTCTTAACTAACCGCAATGCGTTCTTAGGAAGCGGACTGCAACACCGTGCCGTTTTTCTG
AAACCATGGTCGCCTCCGTCGCTGCTCAAGTCTGGGTCCATGCTCTTGGTTGAAGCCAAA
ACCAAAACCAGCAGCGAAGACAGAATCGCCCGCCACTCTCGCATCCGCAAGAAGGTTAAC
GGTACAACGGAGAGGCCAAGGATGTGTGTGTTTCGCTCAAACAAGCATCTCTATGTGCAA
GTGATTGATGACACCAAGATGCACACTTTAGCTTCAGCTTCCACCAAGCAGAAACCCATC
TCTGAGGAGTTTTACTACACCTCTGGACCTACCATTGAGGTGGCGAAGAAAGTAGGGGAA
GTGATAGCGAAATCATGCTTGGAGAAAGGGATCACAAAGGTGGCATTTGACCGTGGTGGT
TACCCTTACCATGGTCGCATTGAAGCTCTTGCCGCTGCTGCTCGTGAACACGGTCTTCAG
TTTTAACTCTTGTTTTTCTTATCTCCTTTTGTTTCTGCGGAACAGAGAGTATGATTTGTA
GACTATATCCATTGAAATGTTGAAGTTTCCCTTTATAAAGAGTGTTCTTTGTTGATAACC

QA 2 661 2 661
DS 



AS 1 4

CO CL3404Contig1 927 4 11 U
AGAAGCTTAAGGAGCCAAGCCGTTATCTTTAGTTGCTCTTTAACTTTTCGCTTCATCCCC
TAGAAGAAGAGATGCCTAAATCAAAGAGAGACAGACCAGTTACTTTGTCAAAGACAAAGA
AGAAAGGAAGAGCGCACAAGGAGGTTATTGTAAATGGAATCAGAGATGCTGTCGAGAAGT
ATTCATCCGTCTATGTTTTCTCTTTTGAGAACATGAGAAACATCAAGTTCAAGGAGTTCA
GACAGCAGTTTAGGCAGAACGGAAAGTTCTTCCTCGGTTCGAACAAGGTGATGCAGGTTG
CTCTAGGTCGTTCTGCCTCTGATGAAATGCGTCCTGGTATCTTCAAAGCCTCCAAGATGC
TTCATGGTGATGCTGGACTTCTTGTTACTGATATGCCAAAGGAAGAGGTCGAAAGCTTAT
TTAACGCTTATGAGGATTCAGACTTTTCAAGGACCGGAAGCACTGCTGTAGAAACGGTTG
AGCTGAAGGAAGGACCTCTAGAACAGTTCACACATGAGATGGAACCATTTCTTAGGAAGC
AGGGTATGCCTGTTCGTCTTAACAAAGGTACGGTGGAGTTACTCTCCGACTTTGTAGTTT
GTGAAGAAGGGAAACCTCTTTCGCCAGAATCTTCTCGCATTTTGCGTCTGTTGGGAATCA
AGTTGGCTACTTTCAAACTCAACTTAGTCTGCAGATGGAGCCCTAGTGACTTTGAGCTTT
ACAGAGAAGGCTTGGATCTCTCTGACGTTGAAACCTCTTGAAAAAGCCAAGATTTTGATG
ATCAACTCTTTTAAGTTTCTGAATATCGTATTATTCACCTGCGTTCTGCTTTGTTCTATT
TGGTTCTCTGGTTTGCACTTGGATGCTTTTATGTCAAAGTTTTGTTGCTTTAATGTTTGT
AGTATATCAAATTATCTTTATGACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 15 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY92TF U 1
AF RR3C868TF U 71
AF RR3CU46JQB C 135
AF RR3GY92JQ C 195
BS 1 676 RR3GY92TF
BS 677 677 RR3CU46JQB
BS 678 719 RR3GY92TF
BS 720 720 RR3C868TF
BS 721 727 RR3GY92TF
BS 728 728 RR3C868TF
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BS 730 730 RR3CU46JQB
BS 731 752 RR3GY92TF
BS 753 760 RR3C868TF
BS 761 927 RR3GY92JQ

RD RR3GY92TF 755 0 0
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GACAGCAGTTTAGGCAGAACGGAAAGTTCTTCCTCGGTTCGAACAAGGTGATGCAGGTTG
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TTAACGCTTATGAGGATTCAGACTTTTCAAGGACCGGAAGCACTGCTGTAGAAACGGTTG
AGCTGAAGGAAGGACCTCTAGAACAGTTCACACATGAGATGGAACCATTTCTTAGGAAGC
AGGGTATGCCTGTTCGTCTTAACAAAGGTACGGTGGAGTTACTCTCCGACTTTGTAGTTT
GTGAAGAAGGGAAACCTCTTTCGCCAGAATCTTCTCGCATTTTGCGTCTGTTGGGAATCA
AGTTGGCTACTTTCAA*CTCAACTTAGTCTGCAGATGGAGCCCTAGTGACTTTGAGCTT*
ACAGAGAGG*CTTGGATCTCTCTGACGTTGAA
ACT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3C868TF 694 0 0
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CTATGTTTTCTCTTTTGAGAACATGAGAAACATCAAGTTCAAGGAGTTCAGACAGCAGTT
TAGGCAGAACGGAAAGTTCTTCCTCGGTTCGAACAAGGTGATGCAGGTTGCTCTAGGTCG
TTCTGCCTCTGATGAAATGCGTCCTGGTATCTTCAAAGCCTCCAAGATGCTTCATGGTGA
TGCTGGACTTCTTGTTACTGATATGCCAAAGGAAGAGGTCGAAAGCTTATTTAACGCTTA
TGAGGATTCAGACTTTTCAAGGACCGGAAGCACTGCTGTAGAAACGGTTGAGCTGAAGGA
AGGACCTCTAGAACAGTTCACACATGAGATGGAACCATTTCTTAGGAAGCAGGGTATGCC
TGTTCGTCTTAACAAAGGTACGGTGGAGTTACTCTCCGACTTTGTAGTTTGTGAAGAAGG
GAAACCTCTTTCGCCAGAATCTTCTCGCATTTTGCGTCTGTTGGGAATCAAGTTGGCTAC
TTTCAA*CTCAACTTAGTCTGCAGATGGAGCCCTAGTGACTTTGAGCTTTACAGAGAAG*
CTTGGATCTCTCTGACGTTGAAACCTCTTG
AAAA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3CU46JQB 626 0 0
CACAAGGAGGTTATTGTAA*TGGAATCAGAGAGGCTGTCGAGAAGTATTCATCCGTCTAT
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CAGAACGGAAAGTTCTTCCTCGGTTCGAACAAGGTGATGCAGGTTGCTCTAGGTCGTTCT
GCTTCTGATGAAATGAGTCCTGGTATCTTCAAAGCCTCCAAGATGCTTCATGGTGATGCT
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AAACTCAACTTAGTCTGCAGATGGAGCCCTAGTGACTTTGAGCTTTACAGAGAAGGCTTG
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CCCTCTTG

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3GY92JQ 733 0 0
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CAGAACGGAAAGTTCTTCCTCGGTTCGAACAAGGTGATGCAGGTTGCTCTAGGTCGTTCT
GCCTCTGATGAAATGCGTCCTGGTATCTTCAAAGCCTCCAAGATGCTTCATGGTGATGCT
GGACTTCTTGTTACTGATATGCCAAAGGAAGAGGTCGAAAGCTTATTTAACGCTTATGAG
GATTCAGACTTTTCAAGGACCGGAAGCACTGCTGTAGAAACGGTTGAGCTGAAGGAAGGA
CCTCTAGAACAGTTCACACATGAGATGGAACCATTTCTTAGGAAGCAGGGTATGCCTGTT
CGTCTTAACAAAGGTACGGTGGAGTTACTCTCCGACTTTGTAGTTTGTGAAGAAGGGAAA
CCTCTTTCGCCAGAATCTTCTCGCATTTTGCGTCTGTTGGGAATCAAGTTGGCTACTTTC
AAACTCAACTTAGTCTGCAGATGGAGCCCTAGTGACTTTGAGCTTTACAGAGAAGGCTTG
GATCTCTCTGACGTTGAAACCTCTTGAAAAAGCCAAGATTTTGATGATCAACTCTTTTAA
GTTTCTGAATATCGTATTATTCACCTGCGTTCTGCTTTGTTCTATTTGGTTCTCTGGTTT
GCACTTGGATGCTTTTATGTCAAAGTTTTGTTGCTTTAATGTTTGTAGTATATCAAATTA
TCTTTATGACTCC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 4

CO CL3405Contig1 861 4 10 U
GGATATCACTTGCAGAGTTTTCTTTAAAAAAAAAACAAAAACAAAAACAAAAACATGACA
ACTTTTGAGGAAAGCTCTGATTTGGAGGTTATACACAAGCACCTCTTTGAGGGCTTGATG
ATCCCTGATGGTTTCATGGAAGATTTTCTCTTTGATGATTCCGCTTTTGTGTCAGGACTC
TTGTCTCTAGAACCCTTTAACCCAGTTCCTAAACTAGAGCCTAGTTCACCGGTTCTTGAT
CCAGATTCCTATGTCCGAGAGTTTCTTCAAATGCAAGCATCATCTTCATCATCAACAACA
ACAACTACAACAACATCACCTGAGGTTGAGACTGTCTCAAACCGGAAAAGACCAAAGAGG
GTCGAAGAGACAAGACACTACCGAGGCGTGAGAAGGAGGCCATGGGGAAAATTTGCAGCA
GAGATTCGAGATCCTGCCAAGAAAGGATCTAGGCTTTGGCTAGGGACATTTGAGAGTGAT
ATTGATGCTGCAAGAGCTTATGACTACGCAGCTTTTAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTG
CTCAACTTCCCTTTGGATGCAGGTAAGTATGATGCTCTGATCAATTCTTGCCGGAAGAGG
AGAAGAAACGATGTAACGGAGCCTCAAGGAACAACTACGAGTAATTCATCATCTTCATCA
CACTAATGGGATTAGTCATATGCTTAAGTTTGACTAATGTAGATAAATATCTAGGTATGT
GAAGCATCATGTATAGAGCCAAGAAAATATTAGATTAGACATTAGTGTAGTGAATAAGTG
TTGCAAAATATGCGCTATAAGAGTTCTTGTAACAATGGAACTTATGTGTTGTCCCATGTC
TTACAGATAATCAGGTTCCCT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3GU25TF U 1
AF RR3CH12TF U 4
AF RR3GU25JQ C 109
AF RR3CH12JQ C 129
BS 1 34 RR3GU25TF
BS 35 35 RR3CH12TF
BS 36 464 RR3GU25TF
BS 465 465 RR3CH12TF
BS 466 471 RR3GU25TF
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BS 473 558 RR3GU25TF
BS 559 645 RR3CH12TF
BS 646 858 RR3GU25JQ
BS 859 861 RR3CH12JQ

RD RR3GU25TF 558 0 0
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ATCCCTGATGGTTTCATGGAAGATTTTCTCTTTGATGATTCCGCTTTTGTGTCAGGACTC
TTGTCTCTAGAACCCTTTAACCCAGTTCCTAAACTAGAGCCTAGTTCACCGGTTCTTGAT
CCAGATTCCTATGTCCGAGAGTTTCTTCAAATGCAAGCATCATCTTCATCATCAACAACA
ACAACTACAACAACATCACCTGAGGTTGAGACTGTCTCAAACCGGAAAAGACCAAAGAGG
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CTCAACTTCCCTTTGGAT

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR3CH12TF 642 0 0
G
ATCACTTGCAGAGTTTTCTTTAAAAAAAAAACAAAAACAAAAACAAGAACATGACAACTT
TTGAGGAAAGCTCTGATTTGGAGGTTATACACAAGCACCTCTTTGAGGGCTTGATGATCC
CTGATGGTTTCATGGAAGATTTTCTCTTTGATGATTCCGCTTTTGTGTCAGGACTCTTGT
CTCTAGAACCCTTTAACCCAGTTCCTAAACTAGAGCCTAGTTCACCGGTTCTTGATCCAG
ATTCCTATGTCCGAGAGTTTCTTCAAATGCAAGCATCATCTTCATCATCAACAACAACAA
CTACAACAACATCACCTGAGGTTGAGACTGTCTCAAACCGGAAAAGACCAAAGAGGGTCG
AAGAGACTAGACACTACCGAGGCGTGAGAAGGAGGCCATGGGGAAAATTTGCAGCAGA**
TTCGAGATCCTGCCAAGAAAGGATCTAGGCTTTGGCTAGGGACATTTGAGAGTGATATTG
ATGCTGCAAGAGCTTATGACTACGCAGCTTTTAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCA
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GAAACGATGTAACGGAGCCTCAAGGAACAACTACGAGTAAT

QA 2 642 2 642
DS 

RD RR3GU25JQ 752 0 0
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GTGTCAGGACTCTTGTCTCTAGAACCCTTTAACCCAGTTCCTAAACTAGAGCCTAGTTCA
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TCATCAACAACAACAACTACAACAACATCACCTGAGGTTGAGACTGTCTCAAACCGGAAA
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TCATCTTCATCACACTAATGGGATTAGTCATATGCTTAAGTTTGACTAATGTAGATAAAT
ATCTAGGTATGTGAAGCATCATGTATAGAGCCAAGAAAATATTAGATTAGACATTAGTGT
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TTGTCCCATGTCTTACAGATAATCAGGTTC
TC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3CH12JQ 733 0 0
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CTATGTCCGAGAGTTTCTTCAAATGCAAGCATCATCTTCATCATCAACAACAACAACTAC
AACAACATCACCTGAGGTTGAGACTGTCTCAAACCGGAAAAGACCAAAGAGGGTCGAAGA
GACTAGACACTACCGAGGCGTGAGAAGGAGGCCATGGGGAAAATTTGCAGCAGA**TTCG
AGATCCTGCCAAGAAAGGATCTAGGCTTTGGCTAGGGACATTTGAGAGTGATATTGATGC
TGCAAGAGCTTATGACTACGCAGCTTTTAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTT
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CGATGTAACGGAGCCTCAAGGAACAACTACGAGTAATTCATCATCTTCATCACACTAATG
GGATTAGTCATATGCTTAAGTTTGACTAATGTAGATAAATATCTAGGTATGTGAAGCATC
ATGTATAGAGCCAAGAAAATATTAGATTAGACATTAGTGTAGTGAATAAGTGTTGCAAAA
TATGCGCTATAAGAGTTCTTGTAACAATGGAACTTATGTGTTGTCCCATGTCTTACAGAT
AATCAGGTTCCCT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 2 4

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AAAGGTAAGAACTTGATTAGGTTTTTGAAGTGGGCAACTAAGAAAGAAGAGGTTACTGTC
ACCACATCGCTTCTAGAGTCTCTCCTCGTAGTTATCTCTGGTGATAATAGAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EB12TF U 1
AF RR3A048TF U 1
BS 1 652 RR3A048TF

RD RR3EB12TF 516 0 0
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GATGTGAATGGTACCATGTCTGGTGTCGGTGAAGATGGAGAGTCTGAGATTGCTACAGTC
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GCGCTTGATCTCGATTTGAACTCAGATCTCGTGGCC

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR3A048TF 652 0 0
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ACCAATGTTCCATCGCTAGCATCCATTTCCAGATTCTCATCGTCTGGAAATGCTTCTCCC
AGAAGCCTCAGGTTCTTCTCCACGAGCCCTGCCGATGAGAACCCAATCTCGTCACCCGCA
GAGCATACCCACGAAGAATCTAACGTTTCCGGTTTAGGGTTTTCCGAAAGTGTCGACCTT
GATGTGAATGGTACCATGTCTGGTGTCGGTGAAGATGGAGAGTCTGAGATTGCTACAGTC
GAAGCTTCTGGAGATGGGTCCGTTGTAGCTGAGGAGGTGAGCCAATTCGACGAGGAAAAG
TTCGAATCTTTGCTGTCTTTGTTACGGAGCGATGAGGAGTCTTTGGAGTTTGGTCTGAAG
GCGCTTGATCTCGATTTGAACTCAGATCTCGTGGCCAGAGTGTTTGAATCTCCAGGGATT
AAAGGTAAGAACTTGATTAGGTTTTTGAAGTGGGCAACTAAGAAAGAAGAGGTTACTGTC
ACCACATCGCTTCTAGAGTCTCTCCTCGTAGTTATCTCTGGTGATAATAGAC

QA 1 652 1 652
DS 



CO CL3406Contig2 1210 2 4 U
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GTGCGATAAGATGCTCAAGAGTGGTGTGTTACCAGAGGGAGACCAGATCGGTAACATCAT
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TAAAGACGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AE55TF U 1
AF RR3AE55JQ C 344
BS 1 751 RR3AE55TF
BS 752 752 RR3AE55JQ
BS 753 792 RR3AE55TF
BS 793 1210 RR3AE55JQ

RD RR3AE55TF 792 0 0
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CGTTTTGAGGAGATCGCAAAACCCCGCCTTTACTCGATTCTCCACGAAGAACACCAATGT
TCCATCGCTAGCATCCATTTCCAGATTCTCATCGTCTGGAAATGCTTCTCCCAGAAGCCT
CAGGTTCTTCTCCACCAGCCCTACCGATGAGAACCTAATCTCGTCAGCTTTAGAGCATAC
CCAGGAAGAATCTAATGTTTCCGGTTTAGGGTTTTCCGAAAGTGTCGATCTTGATGTGAA
TGGTGGTACCATCGCTGGTGTTGTTGGTGAAGACGGAGAGTCTGAGATTGCTACAGTTGA
AGCAGCTTCTGGAGATGGGTCCGTTGTAGCTGAGGAGGTGAGCCAATTCGACGAGGAAAA
GTTCGAATCTTTGCTGTCTTTGTTACGGAGCGATGAGGAGTCTTTGGAGTTTGGTCTGAA
GGCGCTTGATCTCGATTTGAACTCAGATCTCGTGGCCAGAGTGTTTGAATCTCCAGGGAT
TAAAGGTAAGAACTTGATTAGGTTTCTGAAGTGGGCAACTAAGAAAGAAGAGGTTACTAT
CACCACATCGCTTCTAGAGTCTCTCCTCGTAGTTATCTCTGGTGATAATAGACGTAGGTT
GGATGCTTACGCTTTGTGGGATTTGGTTAAAGAGATCAGTGAGAATGAGAGTAGCCTTGT
TTTGAATCTGGAGATAATGAATGATCTCATAGCCTTGTTTGGTAAGCTTGGTAAGTCCAA
AGCTGCGTTTGA

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3AE55JQ 867 0 0
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CAATTCGACGAGGAAAAGTTCGAATCTTTGCTGTCTTTGTTACGGAGCGATGAGGAGTCT
TTGGAGTTTGGTCTGAAGGCGCTTGATCTCGATTTGAACTCAGATCTCGTGGCCAGAGTG
TTTGAATCTCCAGGGATTAAAGGTAAGAACTTGATTAGGTTTCTGAAGTGGGCAACTAAG
AAAGAAGAGGTTACTATCACCACATCGCTTCTAGAGTCTCTCCTCGTAGTTATCTCTGGT
GATAATAGACGTAGGTTGGATGCTTACGCTTTGTGGGATTTGGTTAAAGAGATCAGTGAG
AATGAGAGTAGCCTTGTTTTGAATCTGGAGATAATGAATGATCTCATACCCTTGTTTGGT
AAGCTTGGTAAGTCCAAAGCTGCGTTTGATGTTTTTAGTAAAACCGAAGAGGTCGGCTTT
ACTCCTAACGCGAAGACTTATTACGTGACGTTGGAGGCGCTTTGTAAGAGGTCGTTTATG
GAATGGGCTTGTGTTGTGTGCGATAAGATGCTCAAGAGTGGTGTGTTACCAGAGGGAGAC
CAGATCGGTAACATCATAACTTGGTTTTGTAAAGAAGAGAAGGCTGAAGAGGCTTATTCT
GTTTACGAAATGGCCAAGGGGAAAGAGAAGTCCCCCCCGTCTAGATCTGTTGCTACTCTG
ATAAGTGCACTGAGCAAGAATGATGGGACTGTTGGGTTTGCTCAGGAGTTGCTGAGTGAT
TTGTCTGGTGAAGCTAGGCGACAGGGGATCAAACCGTTTTCCGATGTGATCCAGAGTTTA
TACAGGATGAAGAATGTTAAAGACGCC

QA 1 867 1 867
DS 



AS 1 4

CO CL3407Contig1 797 4 13 U
TTTTTTGATCAAAAAAAAAAGAAAAAGAAACAGAGATCACTGTTGTGTTCAAAAAAAAAA
A*CAGAGATCACTGTCGAGATCTGCTTTTGTTTTAATTTTGTTTCTTCTTTGTCGCAGCC
ATGGTTTCCACCACTAAGATCAAGTCCGTTGATTTCTACAGAAAAATCCCAAGAGATTTG
ACAGAGGCATCTCTCTCCGGTGCTGGTTTATCCATTGTAGCTGCCCTCGCTATGATGTTT
TTGTTTGGAATGGAACTGAGTACTTATTTGGCAGTTACCACTCAGACATCTGTAATAGTT
GACAATAGCTCTGATGATGACTTCTTACAAATTGATTTCAATGTCAGCTTTCCTGCTCTC
TCATGTGAATTTGCATCTGTTGATGTAAGCGACGTGTTGTCAACTAACAGGTTGAACCTA
ACGAAAGAAATAAAGAAAGTTCCAATCGATCCGCATTTAAGAGAAACTGGGGAGGAGTAC
CACCCCACCCCTAACTTAGATCTCATCCACCATGGAGACGAACATCAGGTCGACGACAAT
GCTTATGCTGCTATATCTTTAACTGGTGCTATTTTTGACAAGATTTCACATAAATTCCCA
ATTTTGGTTGTTAACTTCTATGCGCCATGGTGCTACTGGAGTAGTCGCTTGAGACCATCT
TGGGAGAAAGCAGCTGAGATTACAAG*CAGAAATATGGTCCTGATAGTGATGGGCGTGTC
CTACTTGGAAGTGTTGATTGCACTGAAGAACCTGCTCTATGTACAAAGTATCATATACAG
CTATCATCATCGTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C855TF U 112
AF RR3DH24TF U 1
AF RR3BF03TF U 8
AF RR3D920TF U 2
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BS 255 255 RR3D920TF
BS 256 626 RR3DH24TF
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BS 767 767 RR3BF03TF
BS 768 797 RR3D920TF

RD RR3C855TF 604 0 0
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AGAGATTTGACAGAGGCATCTCTCTCCGGTGCTGGTTTATCCATTGTAGCTGCCCTCGCT
ATGATGTTTTTGTTTGGAATGGAACTGAGTACTTATTTGGCAGTTACCACTCAGACATCT
GTAATAGTTGACAATAGCTCTGATGATGACTTCTTACAAATTGATTTCAATGTCAGCTTT
CCTGCTCTCTCATGTGAATTTGCATCTGTTGATGTAAGCGACGTGTTGTCAACTAACAGG
TTGAACCTAACGAAAGAAATAAAGAAAGTTCCAATCGATCCGCATTTAAGAGAAACTGGG
GAGGAGTACCACCCCACCCCTAACTTAGATCTCATCCACCATGGAGACGAACATCAGGTC
GACGACAATGCTTATGCTGCTATATCTTTAACTGGTGCTATTTTTGACAAGATTTCACAT
AAATTCCCAATTTTGGTTGTTAACTTCTATGCGCCATGGTGCTACTGGAGTAGTCGCTTG
AGACCATCTTGGGAGAAAGCAGCTGAGATTACAAG*CAGAAATATGGTCCTGATAGTGAT
GGGC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3DH24TF 771 0 0
TTTTTTGATCAAAAAAAAAAGAAAAAGAAACAGAGATCACTGTTGTGTTCAAAAAAAAAA
**CAGAGATCACTGTCGAGATCTGCTTTTGTTTTAATTTTGTTTCTTCTTTGTCGCAGCC
ATGGTTTCCACCACTAAGATCAAGCCCGTTGATTTCTACAGAAAAATCCCAAGAGATTTG
ACAGAGGCATCTCTCTCCGGTGCTGGTTTATCCATTGTAGCTGCCCTCGCTATGATGTTT
TTGTTTGGAATGGAGCTGAGTACTTATTTGGCAGTTACCACTCAGACATCTGTAATAGTT
GACAATAGCTCTGATGATGACTTCTTACAAATTGATTTCAATGTCAGCTTTCCTGCTCTC
TCATGTGAATTTGCATCTGTTGATGTAAGCGACGTGTTGTCAACTAACAGGTTGAACCTA
ACGAAAGAAATAAAGAAAGTTCCAATCGATCCGCATTTAAGAGAAACTGGGGAGGAGTAC
CACCCCACCCCTAACTTAGATCTCATCCACCATGGAGACGAACATCAGGTCGACGACAAT
GCTTATGCTGCTATATCTTTAACTGGTGCTATTTTTGACAAGATTTCACATAAATTCCCA
ATTTTGGTTGTTAACTTCTATGCGCCTTGGTGCTACTGGAGTAGTCGCTTGAGACCATCT
TGGGAGAAAGCAGCTGAGATTACAAG*CAGAA*TATGGTCCTGATAGTGATGGGCGTGTC
CTACTTGGAAGTGTTGATTGCACTGAAGAACCTGCTCTATGTACAA
AGTAT

QA 1 766 1 766
DS 

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ATCA
AAAAAAAAAGAAAAAGAAACAGAGATCACTGTTGTGTTCAAAAAAAAAAAACAGAGATCA
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CACTAAGATCAAGTCCGTTGATTTCTACAGAAAAATCCCAAGAGATTTGACAGAGGCATC
TCTCTCCGGTGCTGGTTTATCCATTGTAGCTGCCCTCGCTATGATGTTTTTGTTTGGAAT
GGAGCTGAGTACTTATTTGGCAGTTACCACTCAGACATCTGTAATAGTTGACAATAGCTC
TGATGATGACTTCTTACAAATTGATTTCAATGTCAGCTTTCCTGCTCTCTCATGTGAATT
TGCATCTGTTGATGTAAGCGACGTGTTGTCAACTAACAGGTTGAACCTAACGAAAGAAAT
AAAGAAAGTTCCAATCGATCCGCATTTAAGAGAAACTGGGGAGGAGTACCACCCCACCCC
TAACTTAGATCTCATCCACCATGGAGACGAACATCAGGTCGACGACAATGCTTATGCTGC
TATATCTTTAACTGGTGCTATTTTTGACAAGATTTCACATAAATTCCCAATTTTGGTTGT
TGACTTCTATGCGCCATGGTGCTACTGGAGTAGTCGCTTGAGACCATCTTGGGAGAAAGC
AGCTGAGATTACAAGGCAGAAATATGGTCCTGATAGTGATGGGCGTGTCCTACTTGGAAG
TGTTGATTGCACTGAAGAACCTGCTCTATGTACAAAGTAT
CATATA

QA 5 764 5 764
DS 

RD RR3D920TF 796 0 0
TTTTTTGATC
AAAAAAAAAGAAAAAGAAACAGAGATCACTGTTGTGTTCAAAAAAAAAAA*CAGAGATCA
CTGTCGAGATCTGCTTTTGTTTTAATTTTGTTTCTTCTTTGTCGCAGCCATGGTTTCCAC
CACTAAGATCAAGTCCGTTGATTTCTACAGAAAAATCCCAAGAGATTTGACAGAGGCATC
TCTCTCCGGTGCTGGTTTATCCATTGTAGCTGCCCTCGCTATGATGTTTTTGTTTGGAAT
GGAACTGAGTACTTATTTGGCAGTTACCACTCAGACATCTGTAATAGTTGACAATAGCTC
TGATGATGACTTCTTACAAATTGATTTCAATGTCAGCTTTCCTGCTCTCTCATGTGAATT
TGCATCTGTTGATGTAAGCGACGTGTTGTCAACTAACAGGTTGAACCTAACGAAAGAAAT
AAAGAAAGTTCCAATCGATCCGCATTTAAGAGAAACTGGGGAGGAGTACCACCCCACCCC
TAACTTAGATCTCATCCACCATGGAGACGAACATCAGGTCGACGACAATGCTTATGCTGC
TATATCTTTAACTGGTGCTATTTTTGACAAGATTTCACATAAATTCCCAATTTTGGTTGT
TAACTTCTATGCGCCATGGTGCTACTGGAGTAGTCGCTTGAGACCATCTTGGGAGAAAGC
AGCTGAGAT*ACAAG*CAGAAATATGGTCCTGATAGTGATGGGCGTGTCCTACTTGGAAG
TGTTGAT*GCACTGAG**ACCTGCTCTATGTACAA*GTATCATATACAGCTATCATCATC
GTATCT

QA 11 796 11 796
DS 



AS 1 4

CO CL3408Contig1 1024 4 7 U
GATTGATCATCGCACATAAAATTCCAAACTTCAAAGGAAACCATTGAGCTCAAGAAAAGT
CTCTCTACCTTTCTCCATATTTCTCCTCTTCATTCAGATTCTTTCCTATAAGCTTGCGTT
TCTTGATTCTTGATTCTTGATTATGACACTGAGCAAGAGATCTCATCTAATGATCCGAAA
GTTGTCGGAGATGTTGGTTCCGGGAAGAAGATCTGCTACCAAACGGGAAGATTCCTCGGC
GAGTCCGAGGAGTCCGTTAGATATGAAATTCCCCTCCCCGGTTACCTCGAAACGGTACAG
CTCCGGTGGTATCGGTTTAGGTATCGTCGCTGCGTTGGAGGAAAGTAACCGGTACGATCC
GGTTTGCTACTCCGGGAGATTCCGGTGCCCTGAGATCGATCTGTCGTATGAGGAATACAC
TTACGTGACTAGCCCTGGTGGGCCGACCAAAGTGTATTACAGTGACGATGGGTTTGAACT
GTTTGAAAATGGGTCGGAGTATGATGATCGGAGAAAGCATAAACCGTTGGTTAACCCCGT
TGAACCACCGGTTATTAAGAGAGAGGTTTTTAGGGAATCGACAGAGTTTCTGAGCGCGTG
TTGCTTGTGTAAGAAGAGACTTCAAGGCAAAGACATATACATGTACAAAGGAGAGATGGG
TTTCTGCAGTGCAGAGTGCAGATCAGTGCAGATAATGCAGGACGAACGAAATGAGAAATG
TAAATCGCAAGTCTCCAGAAACGTCGACATTTCAAGCTCTCCTTGTGCCGGCGAGCAGAG
TAACTCCGCC*GGGATATTCATATTTTAG*ATGAGCAAAATCGTTGAGAGAGAAGTACAT
TAACATAAAAAAAAAGTGGTCATTATTCAATAGCACCTTCAAAATTTTAATAAGAAAAGA
AAAAAAAGGATTGAAAATTTTGGTTAGGTTGTAAGCAACTTGTACAGAAGCTTTGCTTTT
GGTTTTGATTAAGGTTTATATGTATTAAAATAAATCAATAGAAGTGTTTGTTGGTTCTTG
GATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 10 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 5 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 

AF RR3B177TF U 1
AF RR3B084TF U 45
AF RR3B177JQ C 140
AF RR3CS42TF U 393
BS 1 699 RR3B177TF
BS 700 700 RR3B084TF
BS 701 790 RR3B177TF
BS 791 791 RR3B084TF
BS 792 804 RR3B177TF
BS 805 846 RR3B084TF
BS 847 1024 RR3CS42TF

RD RR3B177TF 804 0 0
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CTCTCTACCTTTCTCCATATTTCTCCTCTTCATTCAGATTCTTTCCTATAAGCTTGCGTT
TCTTGATTCTTGATTCTTGATTATGACACTGAGCAAGAGATCTCATCTAATGATCCGAAA
GTTGTCGGAGATGTTGGTTCCGGGAAGAAGATCTGCTACCAAACGGGAAGATTCCTCGGC
GAGTCCGAGGAGTCCGTTAGATATGAAATTCCCCTCCCCGGTTACCTCGAAACGGTACAG
CTCCGGTGGTATCGGTTTAGGTATCGTCGCTGCGTTGGAGGAAAGTAACCGGTACGATCC
GGTTTGCTACTCCGGGAGATTCCGGTGCCCTGAGATCGATCTGTCGTATGAGGAATACAC
TTACGTGACTAGCCCTGGTGGGCCGACCAAAGTGTATTACAGTGACGATGGGTTTGAACT
GTTTGAAAATGGGTCGGAGTATGATGATCGGAGAAAGCATAAACCGTTGGTTAACCCCGT
TGAACCACCGGTTATTAAGAGAGAGGTTTTTAGGGAATCGACAGAGTTTCTGAGCGCGTG
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TTTCTGCAGTGCAGAGTGCAGATCAGTGCAGATAATGCACGACGAACGAAATGAGAAATG
TAAATCGCAAGTCTCCAGAAACGTCGACATTTCAAGCTCTCCTTGTGCCGGCGAGCAGAG
TAACTCCGCCCGGGATATTCATAT

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3B084TF 802 0 0
G
GAGCTCAAGAAAAGTCTCTCTACCTTTCTCCATATTTCTCCTCTTCATTCAGATTCTTTC
CTATAAGCTTGCGTTTCTTGATTCTTGATTCTTGATTATGACACTGAGCAAGAGATCTCA
TCTAATGATCCGAAAGTTGTCGGAGATGTTGGTTCCGGGAAGAAGATCTGCTACCAAACG
GGAAGATTCCTCGGCGAGTCCGAGGAGTCCGTTAGATATGAAATTCCCCTCCCCGGTTAC
CTCGAAACGGTACAGCTCCGGTGGTATCGGTTTAGGTATCGTCGCTGCGTTGGAGGAAAG
TAACCGGTACGATCCGGTTTGCTACTCCGGGAGATTCCGGTGCCCTGAGATCGATCTGTC
GGATGAGGAATACACTTACTTGACTAGCCCTGGTGGGCCGACCAAAGTGTATTACAGTTA
CGATGGGTTTGAACTGTTTGAAAATGGGTCGGAGTATGATGATCGTAGAAAGCATAAACC
GTTGGTTAACCCCGTTGAACCACCGGTTATTAAGAGAGAGGTTTTTAGGGAATCGACAGA
GTTTCTGAGCGCGTGTTGCTTGTGTAAGAAGAGACTTCAAGGCAAAGACATATACATGTA
TAAAGGAGAGATGGGTTTCTGCAGTGCAGAGTGCAGATCAGTGCAGATAATGCAGGACGA
ACGAAATGAGAAATGTAAATCGCAAGTCTCCAGAAACGTCGACATTTCAAGCTCTCCTTG
TGCCGGCGAGCAGAGTAACTCCGCC*GGGATATTCATATTTTAG*ATGAGCAAAATCGTT
GAGAGAGAAGTACATTAACAT

QA 2 802 2 802
DS 

RD RR3B177JQ 882 0 0
ATTATGACACTGAGCAAGAGATCTCATCTAATGATCCGAAAGTTGTCGGAGATGTTGGTT
CCGGGAAGAAGATCTGCTACCAAACGGGAAGATTCCTCGGCGAGTCCGAGGAGTCCGTTA
GATATGAAATTCCCCTCCCCGGTTACCTCGAAACGGTACAGCTCCGGTGGTATCGGTTTA
GGTATCGTCGCTGCGTTGGAGGAAAGTAACCGGTACGATCCGGTTTGCTACTCCGGGAGA
TTCCGGTGCCCTGAGATCGATCTGTCGTATGAGGAATACACTTACGTGACTAGCCCTGGT
GGGCCGACCAAAGTGTATTACAGTGACGATGGGTTTGAACTGTTTGAAAATGGGTCGGAG
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AGATCAGTGCAGATAATGCAGGACGAACGAAATGAGAAATGTAAATCGCAAGTCTCCAGA
AACGTCGACATTTCAAGCTCTCCTTGTGCCGGCGAGCAGAGTAACTCCGCC*GGGATATT
CATATTTAGG*ATGAGCAAAATCGTTGAGAGAGAAGTACATTAACATAAAAAAAAAGTGG
TCATTATTCAATAGCACCTTCAAAATTTTAATAAGAAAAGAAAAAAAAG*ATTGAAAATT
TTGGTTAGGTTGTAAGCAACTTGTACAGAAGCTTTGCTTTTGGTTTTGATTAAGGTTTAT
ATGTATTAAAATAAATCAATAGAAGTGTTTGTTGGTTCTTGG

QA 1 882 1 882
DS 

RD RR3CS42TF 632 0 0
AGATCGATCTGTCGGATGAGGAATACACTTACGTGACTAGCCCTGGTGGGCCGACCAAAG
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GAAAGCATAAACCGTTGGTTAACCCCGTTGAACCACCGGTTATTAAGAGAGAGGTTTTTA
GGGAATCGACAGAGTTTCTGAGCGCGTGTTGCTTGTGTAAGAAGAGACTTCAAGGCAAAG
ACATATACATGTACAAAGGAGAGATGGGTTTCTGCAGTGCAGAGTGCAGATCAGTGCAGA
TAATGCAGGACGAACGAAATGA*AAATGTAAATCGCAAGTCTCCAGAAACGTCGACATTT
CAAGCTCTCCTTGTGCCGGCGAGCAGAGTAACTCCGCC*GGGATATTCATATTTTAGGAT
GAGCAAAATCGTTGAGAGAGAAGTACATTAACATAAAAAAAAAGTGGTCATTATTCAATA
GCACCTTCAAAATTTTAATAAGAAAAGAAAAAAAAGGATTGAAAATTTTGGTTAGGTTGT
AAGCAACTTGTACAGAAGCTTTGCTTTTGGTTTTGATTAAGGTTTATATGTATTAAAATA
AATCAATAGAAGTGTTTGTTGGTTCTTGGATC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL3409Contig1 928 2 4 U
AGCTAATTTGATTCCTTCATACAAAAATATTTGAAACTTAATCAGAAGATTCAATATGCT
ATTACAGTATATAAACGTCACTGGAAAAATAATGTTGCCTTTTAGTTTAGGATAACGTAT
TATGCTTGAGAAGCAACTAAAGGTGGAAACTTAGATTCCAACCATGAGAACAAATCCTCC
TTTGTAGCGACAAAGATACCTGCCCTATCACTCGGTTTGAAAGGTGCAGCTAATTGTTCC
AAATGAGAGGCGAAAGAGTTCGCTAAACCCTGTGAGAATCTGTGAGTTCCTGTCCCAGTT
TGCGCCAAGAACAGCTCGGGAAGATCCTCTTGGCGTCTAACAATGTTGGCAAGTGTTCTC
ATCCACTCTTCTAGAGCGGTCTCAGCTGCACCAACTGATAATGACCTCACGTCTAAGCTC
CATTCTTTTACCGTCTTGTTGTGTAGTCCCGGGTATAGACCAAAAAGTGTTCCTAAATAA
AGAAGCTCATGAGCTCTCTCTTGCTGCTTCTTGCCTCTGCATATGTCTATCAAGCAGTTG
CAGAAGGGCCTTCTTGCCTCCACTTGAGTCCCGTTGATCACTAACTTGAACTCTTCTTTT
ACCGTCTCAAATTCAGTTTTCTCGTCTACAATCAGCTTCACAAATGCAACCAGCTTCTGA
TTAGCTCGCTCCAAACAACCTATAACCTTTTCAGCATCTTCACTACTCTCACACAAGGCC
ATAACCGAAAGAAGACACCCACAAAGCCTATCATCAGGCTTAACTCCTCTCTGAATCGAT
GTCTCAAACACACTAACCAAATCATCGATCCTTTTAGCCTTCCCTAAGCACTGAACCAAA
CAAGTGCACCCATCACATTAACCTGAACCCAGCTTCCACATCTCTTCAACACTTCATAGC
CTTCTCAGCTTTCCCCCGCTCCATATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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GG
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AGAATCTGTGAGTTCCTGTCCCAGTTTGCGCCAAGAACAGCTCGGGAAGATCCTCTTGGC
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CAGGCTTAACTCCTCTCTGAATCGATGTCTCAAACACACTAACCAAATCATCGATCCTTT
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DS 



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GAGATGAGCCACTGCATTTGACATCAGAAGAATCAGAGAGGCGTTGCCTTGGAGAGAGTG
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CTGCTGCTGCTGCTCCAACTTCTTCTCCATCTGCTGCGTAGAGGATTCTTGTTATGGAAC
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GCTGACAGTGAACCGCGCCTGAACAAGCCTCTTCGACTTTGGAGAGGTTTAGATGGAGAG
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CTATGTTCGCAGCCATCTCCAATTCACTCAGATCCAACTCGCTCTCTCTAGTTCTTGCTC
ACAGACACACACTCTCTCTCTCTCCC


BQ
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AF RR3ET91JQ U 1
AF RR3AU93TF C 413
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G
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GGGGCTCTTGAAGAGTGATGATGATTCCCAGTGTTGGAGGATGGTGGTTCGTGTTTACGG
GTACCATTTGAAGATGAAGGTCTAGGTGCAGCAGCTGAAGAAGAAGAAGAACTCTTGCCA
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CTCTCAAGTGCG

QA 2 733 2 733
DS 

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CATTTAAGCACATAGTAAGAATAGGTTTATATGAAGTAACAGAGAATTTTCGAACATAGA
GAGCAACGTTCATAAGAAACAGAGGTATGGGTAGCAAGGAGCTTCAGCAGGCCAAAAGAG
GAGATGAGCCACTGCATTTGACATCAGAAGAATCAGAGAGGCGTTGCCTTGGAGAGAGTG
ATGCACGCGCTGCAGCCTCCACGTCGTGATTCACTATGAGTTTCCTCTTCTGCGACTCTA
TCACACTCTTCCTTCTCTCTTCTGATCCTTCAGCAATAGGGCTTAAGGTCTGTGTCTCTG
CTGCTGCTGCTGCTCCAACTTCTTCTCCATCTGCTGCGTAGAGGATTCTTGTTATGGAAC
CAACAAGAGGTAAGTGTTGTGTTTCTGGATTCTGACAGAGAATCTCTACATCTCTTAGTT
TTGAGAAGTAGAAGTCTCTCTCTTTCTCTAAACTGTCGATGTAGAGTTTCAGTTCTGTGA
TCTTTTCATCATAAGCAGGAGGAGGTGGTTTAGATTGTTTAGAGGAGGGGGCTCTTGAAG
AGTGATGATGATTCCCAGTGTTGGCGGATGGTGGATCGTGTTTACGGGTACCATTTGAAG
ATGAAGGTCTAGGTGCAGCAGCTGAAGAAGAAGAAGAAGTCTTGCCAGATTGTTGTGTAG
CTGCAGCTCTCTTGGTTGCTTCTTTTCCTCCTTTGCTGGCCTCTCTTCTCTCAAGTGCGT
GATAGCTGTGAAGCTGGCA**CATTAACAGAATCGCAGTACTTCTT

QA 1 826 1 826
DS 

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TATG
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AGTTTTGAGAAGTAGAAGTCTCTCTCTTTCTCTAAACTGTCGATGTAGAGTTTCAGTTCT
GTGATCTTTTCATCATAAGCAGGAGGAGCTGGTTTAGATTGTTTAGAGGAGGGGGCTCTT
GAAGAGTGATGATGATTCCCAGTGTTGGAGGATGGTGGTTCGTGTTTACGGGTACCATTT
GAAGATGAAGGTCTAGGTGCAGCAGCTGAAGAAGAAGAAGAACTCTTGCCAGATTGTTGT
GTAGCTGCAGCTCTCTTGGTTGCTTCTTTTCCTCCTTTGCTGCCCTCTCTTCTCTCAAGT
GCGTGATAGCTGTGAAGCTGGCCACCATTAACAGAATCGCAGTACTTCTTCATCCACTGC
ATGAACTCCAAGTTATCAAGTGGTCTACCTTTAACGAGTTTGCTCACCTCAATGTGCTTA
GTGAGCTTGAGTTTGTTAAACACGTCCTGAAGCACCTTGTAGTTCTGAATCATCTCGTAC
TCACTCTTGGCATCGAAATTAACCTTGTGCATCGGCACAGCTCCAGGGTGAACCGAGTCC
ATGAGCTGACAGTGAACCGCGCCTGAACAAGCCTCTTCGACTTTGGAGAGGTTTAGATGG
AGAGCGGAGTTGATCCACGCGAGAATCTCCGGTCTCCCTACGAAATATGCTGAGTCCATT
ATCCCTATGTTCGCAGCCATCTCCAATTCACTCAGATCCAACTCGCTCTCTCTAGTTCTT
GCTCACAGACACACACTCTCTCTCTCTCCC

QA 5 814 5 814
DS 



AS 1 4

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TTTAGCAAGCATAGCGTAGTACTCGATCTCTGATCTCCTCAACGGAGGGCAGTTGCTCGA
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H716JQ U 1
AF RR3H716TF C 1
AF RR3FY41JQ U 68
AF RR3FY41TF C 68
BS 1 569 RR3H716JQ
BS 570 580 RR3FY41JQ

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CC

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3H716TF 571 0 0
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AAACAAAACATGGCTAAGACCGTAACAACCCAACAAAATCAAAAATCACTGGTCGCCAGG
AAGTGACTTGATGATGTCGGAATCACCAGGATCAACGATGCTGAGGCAAGAGACACGGAA
GTACTTTCCACAAGCAGTACCCAAATCGACATTGTTGCCATTGTAATGATGAACACCGAC
TTTAGCAAGCATAGCGTAGTACTCGATCTCTGATCTCCTCAACGGAGGGCAGTTGCTCGA
GATCAGAATCAACTTACCTTTGGAGCTGCGAAGGGATTTGAGAACAGATTTGTAGCCGAG
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GGGTTAATAGGTTGAGAGAGGCCTTTCGG
CC

QA 1 569 1 569
DS 

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DS 

RD RR3FY41TF 513 0 0
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CCACAAGCAGTACCCAAATCGACATTGTTGCTATTGTAATGATGAACACCGACTTTAGCA
AGCATAGCGTAGTACTCGATCTCTGATCTCCTCAACGGAGGGCAGTTGCTCGAGATCAGA
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TTTCCACTCTTCATGACCAGAGCTAATCTGCTGTTGATTCCCTCATGGGACTTCTTCGTC
TTCTTTGCCGCTACCATTTTTTCTCCACGCCGGGAAGAGTTGCAGATCTCGCCGGGTTAA
TAGGTTGAGAGAGGCCTTTCGGGGTGAACGCCC

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 4

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CTTGAACATAAGCAAAGTGTAGGAATCTGAATCTGTACAAAAGAGAAGAATCTTCAAGTG
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GGTAGCTTTCTCGCCAACTTGATGATCGCATGATCCAAATTGTTGACAGTGCTTGAACAC
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TCAGCCTGCTTCAGGTCATGGCCATACAGATATACAATGATTGCACTAAGATATGCCTTA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G783JQ U 1
AF RR3G783TF C 464
AF RR3DC88JQ U 103
AF RR3DC88TF C 598
BS 1 680 RR3G783JQ
BS 681 681 RR3DC88JQ
BS 682 710 RR3G783JQ
BS 711 711 RR3DC88JQ
BS 712 789 RR3G783JQ
BS 790 893 RR3DC88JQ
BS 894 894 RR3DC88TF
BS 895 909 RR3DC88JQ
BS 910 910 RR3DC88TF
BS 911 952 RR3DC88JQ
BS 953 1291 RR3DC88TF

RD RR3G783JQ 789 0 0
ACAAAGAAACAGATTGAAATTTGGTAACAACTGTATCAATATTTATTGTTAAATGAAGAA
ATATATCAGCCTGTGTTAACCTGTATGAGCCTAAAAAGAGATAAAAGAGTGTTCAAGTGG
TAACCCACTGTGGATTTAGTGGAGAAACAAAGCACACAGCTGAACTCAGAGCCTTTATAG
CCAAATCATTCACACAACGAAGGTTTGGAATAAAATGATAACTTTGTTTAAGTAGTTTGG
CTTGAACATAAGCAAAGTGTAGGAATCTGAATCTGTACAAAAGAGAAGAATCTTCAAGTG
AGATCATCCTCGTCGAGATCATCACCAGCATTCATCTGAACTGCAGTGACATCTCCTGTG
GGTAGCTTTCTCGCCAACTTGATGATCGCATGATCCAAATTGTTGACAGTGCTTGAACAC
GCCACTTTCTTGATTTCTTCGATGTCACCTTCATTATAGGCTGTGAGCAGTCTGCTAGCA
GTTCGGTTCTGATCACTCTTCAGAAAAGCATCAATCTGAGAACAATCGTTGTAGCATTTT
TCAGCCTGCTTCAGGTCATGGCCATACAGATATACAATGATTGCACTAAGATATGCCTTA
CACTGGCTATTTGTGGCGTCACACTTGTCAGCTGCTACACCCAATCTTAAGAAAAAGGTT
GCAGCATCTGTGAACTTCTCGAGCTTTATGTAAACACTAGCACAAGCACGGTACAGATCA
AAGGCCATCTGGTCCCTTCCATCTTCTTCAAGAATTTCACAAGCATCGGTGTACAGTTGG
ATGGCATCT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3G783TF 406 0 0
TGAGCAGTCTGCTAGCAGTTCGGTTCTGATCACTCTTCAGAAAAGCATCAATCTGAGAAC
AATCGTTGTAGCATTTTTCAGCGTGCTTCAGGTCATGGCCATACAGATATACAATGATTG
CACTAAGATATGCTTTACACTGGCTATTTGTGGCGTCACACTTGTCAGCTGCTACACCCA
ATCTTAAGAAAAAGGTTGCAGCATCTGTGAACTTCTCGAGCTTTATGTAAACACTAGCAC
AAGCACGGTACAGATCAAAGGCCATCTGGTCCCTTCCATCTTCTTCAAGAATTTCACAAG
CATCGGTGTACAGTTGGATGGCATCTTCAGGTTTGACTTCTTCCAAAGCACGAGCAGCCT
TTCCAAGAGCATCTGATGCGGGTTGTGCCCTTCCACACTCAACAT
C

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR3DC88JQ 850 0 0
AAAAGAGTGTTCAAGTGGTAACCCACTGTGGATTTAGTGGAGAAACAAAGCACACAGCTG
AACTCAGAGCCTTTATAGCCAAATCATTCACACAACGAAGGTTTGGAATAAAATGATAAC
TTTGTTTAAGTAGTTTGGCTTGAACATAAGCAAAGTGTAGGAATCTGAATCTGTACAAAA
GAGAAGAATCTTCAAGTGAGATCATCCTCGTCGAGATCATCACCAGCATTCATCTGAACT
GCAGTGACATCTCCTGTGGGTAGCTTTCTCGCCAACTTGATGATCGCATGATCCAAATTG
TTGACAGTGCTTGAACACGCCACTTTCTTGATTT**TCGATGTCACCTTCATTATAGGCT
GTGAGCAGTCTGCTAGCAGTTCGGTTCTGATCACTCTTCAGAAAAGCATCAATCTGAGAA
CAATCGTTGTAGCATTTTTCAGCCTGCTTCAGGTCATGGCCATACAGATATACAATGATT
GCACTAAGATATGCCTTACACTGGCTATTTGTGGCGTCACACTTGTCAGCTGCTACACCC
AATCTTAAGAAAAAGGTTGCAGCATCTGTGAACTTCTCAAGCTTTATGTAAACACTAGCA
CAAGCACGATACAGATCAAAGGCCATCTGGTCCCTTCCATCTTCTTCAAGAATTTCACAA
GCATCGGTGTACAGTTGGATGGCATCTTCAGGTTTGACTTCTTCCAAAGCACGAGCAGCC
TTTCCAAGAGCATCTGATGCGGGTTGTGCCCTTCCACACTCAACATACAGCTCAGACGCC
TTTCTATAAAA*TCAGCAACTTCGTTC*AGATACTTAGCTTCTGCGCTAGGGCAGCGGCA
GACTCCATAT

QA 1 850 1 850
DS 

RD RR3DC88TF 694 0 0
TTACACTGGCTATTTGTGGCGTCACACTTGTCAGCTGCTACACCCAATCTTAAGAAAAAG
GTTGCAGCATCTGTGAACTTCTCAAGCTTTATGTAAACACTAGCACAAGCACGATACAGA
TCAAAGGCCATCTGGTCCCTTCCATCTTCTTCAAGAATTTCACAAGCATCGGTGTACAGT
TGGATGGCATCTTCAGGTTTGACTTCTTCCAAAGCACGAGCAGCCTTTCCAAGAGCATCT
GATGCGGGTTGTGCCCTTCCACACTCAACATACAGCTCAGACGCCTTTCTATAAAAATCA
GCAACTTCGTTCCAGATACTTAGCTTCTGCGCTAGGGCAGCGGCAGACTCCATATGCTTT
GCAGCATCCCAGGGAGAAGATTGCATCTCTTGTCCTTTGGAAGCTTTCTCGAGAGCCACT
TTAGCTTTTTCATATTTGTTTGACGCCCTAAAGCCATTTGCTGCTTGCTCATACAACTCA
GTAGCACCTCTCCAGTCAGCACTCCACCTTGTAAGCGTGAGTTTTGTCATCTTGTCGGCT
TCGGACATCATCTTTTCAGGATCCGAAGACATGACGACTTCGCCTCAATCTCAGTAAACG
TCTCTCCCTGCGATTTAGCAAACTCAGAGATCGACTCTCCAATTCTGCAATCGCCGCTCC
CACTCTCTCAGATCAAAGGTTCTTTCTTTAGCCC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 4

CO CL3413Contig1 764 4 5 U
CGGAGAAAATATGATACAGTGATCAGAACAAGTACTAGACAAATCTATTCAAGATCCTTT
TACTAGGAGATCTCTGTAATATTACTTTTTAATCTTAGAAATCGCCTAATAAATTAATTA
TCGGTTTTTTGCATAAACTTATTTATACAACGTCTTGGTTCGGTAGATAATTAGTACTTG
GCTTGAGCTTCATTGGTTTGTGGAGAGATTTACAAAGCAAATAAAGGAACCGGTTCTTCA
GTAATAAAGAGAACCTTGCCACCAGTCTCCTCTTGAAACGTCTTGCGAGTTCTGTCCATT
AGCATCGTTTTCTACGCTTCTAAGACGGTCGTTTTTTTCTGTAGGGTAACTTTGGTTGGT
GGTGGATCGAGAGTATACATCTTGACCACCATAGTAAAGAGAAGAGCTTAGATGACATGG
CTCAACTCTGTCTTCTTGGGTAGTTGAAGATTCTCTACGTTGAGCTTGTGAGCCATGTTT
GGAGCTTGAACCATCTCTTGTAAAGCCCTGAGAACTCTTGGAGGGATGAGGGAAAATAGA
AGAGAAGATTCCAGAGGAAGAAGATGACGGCGAAGGATCTTTGAAGCCGAAGAGTTCGGT
GGTGAAAGAAGAAGAAGTTGATGATCCGACTCGTCCTTTACCTTCCATTAATAATTGTCA
AAGCCTATACTCTAATCACTTTGAAACAGATTCTCTTTGTGATTCTTTTTATGTAAGAAA
AATAGACTGAGAGGAGGACAGTTCTCTAAAGTTTGTATGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GJ08JQ U 36
AF RR3GJ08TF C 1
AF RR3CW06TF C 21
AF RR3CW06JQ U 24
BS 1 25 RR3GJ08TF
BS 26 35 RR3CW06JQ
BS 36 624 RR3GJ08JQ
BS 625 758 RR3CW06JQ
BS 759 764 RR3GJ08TF

RD RR3GJ08JQ 589 0 0
TAGACAAATCTATTCAAGATCCTTTTACTAGGAGATCTCTGTAATATTACTTTTTAATCT
TAGAAATCGCCTAATAAATTAATTATCGGTTTTTTGCATAAACTTATTTATACAACGTCT
TGGTTCGGTAGATAATTAGTACTTGGCTTGAGCTTCATTGGTTTGTGGAGAGATTTACAA
AGCAAATAAAGGAACCGGTTCTTCAGTAATAAAGAGAACCTTGCCACCAGTCTCCTCTTG
AAACGTCTTGCGAGTTCTGTCCATTAGCATCGTTTTCTACGCTTCTAAGACGGTCGTTTT
TTTCTGTAGGGTAACTTTGGTTGGTGGTGGATCGAGAGTATACATCTTGACCACCATAGT
AAAGAGAAGAGCTTAGATGACATGGCTCAACTCTGTCTTCTTGGGTAGTTGAAGATTCTC
TACGTTGAGCTTGTGAGCCATGTTTGGAGCTTGAACCATCTCTTGTAAAGCCCTGAGAAC
TCTTGGAGGGATGAGGGAAAATAGAAGAGAAGATTCCAGAGGAAGAAGATGACGGCGAAG
GATCTTTGAAGCCGAAGAGTTCGGTGGTGAAAGAAGAAGAAGTTGATGA

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3GJ08TF 764 0 0
CGGAGAAAATATGATACAGTGATCAGAACAAGTACTAGACAAATCTATTCAAGATC*TTT
TACTAGGAGATCTCTGTAATATTACTTTTTAATCTTAGAAATCGCCTAATAAATTAATTA
TCGGTTTTTTGCATAAACTTATTTATACAACGTCTTGGTTCGGTAGATAATTAGTACTTG
GCTTGAGCTTCATTGGTTTGTGGAGAGATTTACAAAGCAAATAAAGGAACCGGTTCTTCA
GTAATAAAGAGAACCTTGCCACCAGTCTCCTCTTGAAACGTCTTGCGAGTTCTGTCCATT
AGCATCGTTTTCTACGCTTCTAAGACGGTCGTTTTTTTCTGTAGGGTAACTTTGGTTGGT
GGTGGATCGAGAGTATACATCTTGACCACCATAGTAAAGAGAAGAGCTTAGATGACATGG
CTCAACTCTGTCTTCTTGGGTAGTTGAAGATTCTCTACGTTGAGCTTGTGAGCCATGTTT
GGAGCTTGAACCATCTCTTGTAAAGCCCTGAGAACTCTTGGAGGGATGAGGGAAAATAGA
AGAGAAGATTCCAGAGGAAGAAGATGACGGCGAAGGATCTTTGAAGCCGAAGAGTTCGGT
GGTGAAAGAAGAAGAAGTTGATGATCCGACTCGTCCTTTACCTTCCATTAATAATTGTCA
AAGCCTATACTCTAATCACTTTGAAACAGATTCTCTTTGTGATTCTTTTTATGTAAGAAA
AATAGACTGAGAGGAGGACAGTTCTCTAAAGTTTGTATGATTCC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3CW06TF 740 0 0
TTTCG
GAACAAGTACTAGACAAATCTATTCAAGATCCTTTTACTAGGAGATCTCTGTAATAT*AC
TTTTTAATCTTAGAAATCGCCTAATAAATTAATTATCGGTTTTTTGCATAAACTTATTTA
TACAACGTCTTGGTTCGGTAGATAATTAGTACTTGGCTTGAGCTTCATTGGTTTGTGGAG
AGATTTACAAAGCAAATAAAGGAACTGGTTCTTCAGTAATAAAGAGAACCTTGCCACCAG
TCTCCTCTTGAAACGTCTTGCGAGTTCTGTCCATTAGCATTGTTTTCTACGCTTCTAAGA
CGGTCGTTTTTTTCTGTAGGGTAACTTTGGTTGGTGGTGGATCGAGAGTATACATCTTGA
CCACCATAGTAAAGAGAAGAGCTTAGATGACATGGCTCAACTCTGTCTTCTTGGGTAGTT
GAAGATTCTCTACGTTGAGCTTGTGAGCCATGTTTGGAGCTTGAACCATCTCTTGTAAAG
CCCTGAGAACTCTTGGAGGGATGAGGGAAAATAGAAGAGAAGATTCCAGAGGAAGAAGAT
GACGGCGAAGGATCTTTGAAGCCGAAGAGTTCGGTGGTGAAAGAAGAAGAAGTTGATGAT
CCGACTCGTCCTTTACCTTCCATTAATAATTGTCAAAGCCTATACTCTAATCACTTTGAA
ACAGATTCTCTTTGTGATTCTTTTTATGTAAGAAAAATAGACTGAGAGGAGGACAGTTCT
CTAAAGTTTGTAT
CC

QA 6 738 6 738
DS 

RD RR3CW06JQ 737 0 0
CG
GAACAAGTACTAGACAAATCTATTCAAGATCCTTTTACTAGGAGATCTCTGTAATATTAC
TTTTTAATCTTAGAAATCGCCTAATAAATTAATTATCGGTTTTTTGCATAAACTTATTTA
TACAACGTCTTGGTTCGGTAGATAATTAGTACTTGGCTTGAGCTTCATTGGTTTGTGGAG
AGATTTACAAAGCAAATAAAGGAACTGGTTCTTCAGTAATAAAGAGAACCTTGCCACCAG
TCTCCTCTTGAAACGTCTTGCGAGTTCTGTCCATTAGCATTGTTTTCTACGCTTCTAAGA
CGGTCGTTTTTTTCTGTAGGGTAACTTTGGTTGGTGGTGGATCGAGAGTATACATCTTGA
CCACCATAGTAAAGAGAAGAGCTTAAATGACATGGCTCAACTCTGTCTTCTTGGGTAGTT
GAAGATTCTCTACGTTGAGCTTGTGAGCCATGTTTGGAGCTTGAACCATCTCTTGTAAAG
CCCTGAGAACTCTTGGAGGGATGAGGGAAAATAGAAGAGAAGATTCCAGAGGAAGAAGAT
GACGGCGAAGGATCTTTGAAGCCGAAGAGTTCGGTGGTGAAAGAAGAAGAAGTTGATGAT
CCGACTCGTCCTTTACCTTCCATTAATAATTGTCAAAGCCTATACTCTAATCACTTTGAA
ACAGATTCTCTTTGTGATTCTTTTTATGTAAGAAAAATAGACTGAGAGGAGGACAGTTCT
CTAAAGTTTGTAT
CC

QA 3 735 3 735
DS 



AS 1 3

CO CL3414Contig1 788 3 4 U
AAGTCGAAAACAATTTGAAGTAACTCAAAATAAAGATTCAAGATGTACAATGATATAAAG
TCTTCACTAGTATTATAACAAGGGAGTGGGCACTTATATTAACCAACAACTCCTACATAA
TCTCTATGTAACAGAACAAACGAGAAGAATATTTGAGAGAATCATCAATTTGTTGAAAGA
TGGTCACACCTGAGAGGCTTTAACTT*AGCCAAACAAAAACCCCACTCGGATT*GCTATA
TAACCTTACACTGAGAGGCCACATAATCTTCTTTTGTCTATCGACCAAACTCAAGACTAC
AAGAGAGAGAGTTTACATCTTTGGTGCCTCACCAGATTCCAGGCTGTCTATACGACTGCA
TAGGGTAGCTGTGAAACGGATAGCCTCTAGCCATATAGACCGGAGGCTTTAGGGGTGCAG
GTATTGCCCAAGCTACCTCTCTTCTTGGAGGCGGTGGTGGCGGCGGCATTGTCCTCCTTC
TGTCAACTTCTATCAGCATGCACATCTCCTGGATCACCTCTTTTAATAGCTTAGTTGTTA
CTCCAAAATCTAACCACCAATCTCTCCTGCTGCCTACTTTAGCGTTATGAAACGTAGAAG
CTAGGTGCACAGTGGCAGTAGCAATCACATGAGGTTTGTACTGCAAGCACAGCGTCGTTC
GAAGCCAATCGTGCACAAAGTTCCATGCAGCTGTTGCAAGGTCAGGCCAAGCGTTCACCC
TATTCAAAGCCGCAGCCAATGGTTTGTACGGAAGTTCGACGTCTAGAAGCTGGAAAGCAC
TTGTGTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3BU10JQ U 1
AF RR3A425JQ U 3
AF RR3BU10TF C 117
BS 1 32 RR3BU10JQ
BS 33 33 RR3A425JQ
BS 34 746 RR3BU10JQ
BS 747 788 RR3BU10TF

RD RR3BU10JQ 746 0 0
AAGTCGAAAACAATTTGAAGTAACTCAAAATAGAGATTCAAGATGTACAATGATATAAAG
TCTTCACTAGTATTATAACAAGGGAGTGGGCACTTATATTAACCAACAACTCCTACATAA
TCTCTATGTAACAGAACAAACGAGAAGAATATTTGAGAGAATCATCAATTTGTTGAAAGA
TGGTCACACCTGAGAGGCTTTAACTT*AGCCAAACAAAAACCCCACTCGGATT*GCTATA
TAACCTTACACTGAGAGGCCACATAATCTTCTTTTGTCTATCGACCAAACTCAAGACTAC
AAGAGAGAGAGTTTACATCTTTGGTGCCTCACCAGATTCCAGGCTGTCTATACGACTGCA
TAGGGTAGCTGTGAAACGGATAGCCTCTAGCCATATAGACCGGAGGCTTTAGGGGTGCAG
GTATTGCCCAAGCTACCTCTCTTCTTGGAGGCGGTGGTGGCGGCGGCATTGTCCTCCTTC
TGTCAACTTCTATCAGCATGCACATCTCCTGGATCACCTCTTTTAATAGCTTAGTTGTTA
CTCCAAAATCTAACCACCAATCTCTCCTGCTGCCTACTTTAGCGTTATGAAACGTAGAAG
CTAGGTGCACAGTGGCAGTAGCAATCACATGAGGTTTGTACTGCAAGCACAGCGTCGTTC
GAAGCCAATCGTGCACAAAGTTCCATGCAGCTGTTGCAAGGTCAGGCCAAGCGTTCACCC
TATTCAAAGCCGCAGCCAATGGTTTG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3A425JQ 729 0 0
GTCGAAAACAATTTGAAGTAACTCAAAATAAAGATTCAAGATGTACAATGATATAAAGTC
TTCACTAGTATTATAACAAGGGAGTGGGCACTTATATTAACCAACAACTCCTACATAACC
TCTATGTAACAGAACAAACGAGAAGAATCTTTGAGAGAATCATCAATTTGTTGAGAGATG
GTCACACCTGAGAGGCTTTAACTTTAGCCAAACAAAAACCCCACTCGGATTTGCTATATA
ACCTTACACTGAGAGGCCACATAATCTTCTTTTGTCTATCGACCAAACTCAAGACTACAA
GAGAGAGAGTTTACATCTTCAGTGCCTCACCAGATTCCAGGCTGTCTATACGACTGCATA
GGGTAGCTGTGAAACGGATAGCCTCTAGCCATATAGACCGGAGGCTTTAGAGGTGCAGGT
ATTGCCCAAGCTACCTCTCTTCTTGGAGGAGGAGGCGGCGGCGGCATTGTCCTCCTTCTG
TCCACTTCTATCAGCATGCACATCTCCTGGATCACCTCTTTTAATAGCTTAGTTGTTACT
CCAAAATCTAACCACCAATCTCTCCTGCTGCCTACTTTAGCGTTCTGAAACGTAGAAGCT
AGGTGCACAGTGGCAGTTGCAATCACATGAGGTTTGTACTGCAAGCACAGCGTCGTTCGA
AGCCAATCGTGCACAAAGTTCCATGCAGCTGTTGCAAGGTCAGGCCAAGCGTTCACCCTA
TTCAAAGCC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3BU10TF 672 0 0
ATAATCTCTATGTAACAGAACAAACGAGAAGAATATTTGAGAGAATCATCAATTTGTTGA
AAGATGGTCACACCTGAGAGGCTTTAACTT*AGCCAAACAAAAACCCCACTCGGATT*GC
TATATAACCTTACACTGAGAGGCCACATAATCTTCTTTTGTCTATCGACCAAACTCAAGA
CTACAAGAGAGAGAGTTTACATCTTTGGTGCCTCACCAGATTCCAGGCTGTCTATACGAC
TGCATAGGGTAGCTGTGAAACGGATAGCCTCTAGCCATATAGACCGGAGGCTTTAGGGGT
GCAGGTATTGCCCAAGCTACCTCTCTTCTTGGAGGCGGTGGTGGCGGCGGCATTGTCCTC
CTTCTGTCAACTTCTATCAGCATGCACATCTCCTGGATCACCTCTTTTAATAGCTTAGTT
GTTACTCCAAAATCTAACCACCAATCTCTCCTGCTGCCTACTTTAGCGTTATGAAACGTA
GAAGCTAGGTGCACAGTGGCAGTAGCAATCACATGAGGTTTGTACTGCAAGCACAGCGTC
GTTCGAAGCCAATCGTGCACAAAGTTCCATGCAGCTGTTGCAAGGTCAGGCCAAGCGTTC
ACCCTATTCAAAGCCGCAGCCAATGGTTTGTACGGAAGTTCGACGTCTAGAAGCTGGAAA
GCACTTGTGTCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

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ATTATTTCTCAGTCATCAATGGTGTGAAAAACAAAAGCTCAATGTTTAGATCTCTTTTGA
AAGAAAGAAAAACAAGAATGAATTGGACAACACTGCAATTAACTCTTCAAAAAAGTGAAA
GGTCTCCAGCATCAACTGATCTCTTAACAAGTTTAGCCCACGACTTATTTGTTTCATGAA
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GAAAATGCTTCTCAACATCATCAACATCATTCACAAGATGAGCTTTTGGGTCATCCAAAG
AAATAGCAACGATCTTCCAGTCTAGCTCTCCTTCATCAATCATAGCTAAAGCAGCTAAAG
GCTTGATTTTTAGAACCTCCCCTATCTTCCTTTGGGTTTCACCAATCTCAACAACATCAA
CTGGATCATTGTCCCCAAAAGCTCCTTCAACTTCAGCGTTTGCCTGAAATGGATCTTCCC
ATGTCTGCGGAAGCAACCCATAGTTCCAGTTAATGTTGTACGGATAGTATCTGAGCTTTC
CCTTCTTAGTGTCTTGCTTAATAGGAGTGAAGTCTTCATCGGTAGCAACCTCCATTTTGG
CTTTTGACTCTTTAGGGATTTCGGGTTGACCTTCTTCTTTGACCTTAACCTGAGGATTGT
ATATGGCACTGCAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK39JQ U 1
AF RR3AB80JQ U 45
BS 1 54 RR3GK39JQ
BS 55 55 RR3AB80JQ
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RD RR3GK39JQ 731 0 0
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TGATCTTCAATGCATAGTCTTTGTTTGCTGGTTTGTCTCCAAGACCGAACCTGTTAGCAG
GCTTTCCATCTGGGATCTTGTAGTCTCTAAACCAGTCTCTAATAGCTGTTAATGTACCAG
GAAAATGCTTCTCAACATCATCAACATCATTCACAAGATGAGCTTTTGGGTCATCCAAAG
AAATAGCAACGATCTTCCAGTCTAGCTCTCCTTCATCAATCATAGCTAAAGCAGCTAAAG
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CTGGATCATTGTCCCCAAAAGCTCCTTCAACTTCAGCGTTTGCCTGAGATGGATCTTCCC
ATGTCTGCGGAAGCAACCCATAGTTCCAGTTAATGTTGTACGGATAGTATCTGAGCTTTC
CCTTCTTAGTGTCTTGCTTAATAGGAGTGAAGTCTTCATCGGTAGCAACCTCCATTTTGG
CTTTTGACTCT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3AB80JQ 751 0 0
G
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TTAGATCTCTTTTGAAAGAAAGAGAAACAAGAATGAATTGGACAACACTGCAATTAACTC
TTCAGAAAAGTGAAAGGTCTCCAGCATCAACTGATCTCTTAACAAGTTTAGCCCACGACT
TATTTGTTTCATGAATGATCTTCAATGCATAGTCTTTGTTTGCTGGTTTGTCTCCAAGAC
CGAACCTGTTAGCAGGCTTTCCATCTGGGATCTTGTAGTCTCTAAACCAGTCTCTAATAG
CTGTTAATGTACCAGGAAAATGCTTCTCAACATCATCAACATCATTCACAAGATGAGCTT
TTGGGTCATCCAAAGAAATAGCAACGATCTTCCAGTCTAGCTCTCCTTCATCAATCATAG
CTAAAGCAGCTAAAGGCTTGATTTTTAGAACCTCCCCTATCTTCCTTTGGGTTTCACCAA
TCTCAACAACATCAACTGGATCATTGTCCCCAAAAGCTCCTTCAACTTCAGCGTTTGCCT
GAAATGGATCTTCCCATGTCTGCGGAAGCAACCCATAGTTCCAGTTAATGTTGTACGGAT
AGTATCTGAGCTTTCCCTTCTTAGTGTCTTGCTTAATAGGAGTGAAGTCTTCATCGGTAG
CAACCTCCATTTTGGCTTTTGACTCTTTAGGGATTTCGGGTTGACCTTCTTCTTTGACCT
TAACCTGAGGATTGTATATGGCACTGCAAG

QA 2 751 2 751
DS 



AS 2 4

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TAAGGTTCATTTATTTCCACCGCAAGTGTTGAGAGTAAACAGATGCAAAAGTAATAAGTT
TTCCTCAGGCTAAAATGGTAACACAGGACAAACGAGAAACATTTTTTTCAGAGGAAATCT
TTCATCGGGTCATCGTAGTGAACTCTCTTCATTCTGTAAGCTTCCATTTCTTCCAGTGTC
ACATCGTTGGTGTGTTTGACATTGTATTTGCGCTTCCTCTCATCTTTTTCTTCTCTCTTA
CGCTCATCCTCCTTTTTCAGAGCATTAGCAAGTGCCTCCTCGTTCAATTCCAAATCTTCA
GGAACATCGGTTCCCCAAGAGGCCATCTTCTTCTCTTCAACCTTCTTTGGGCTCTCTTCA
CATGCTTCTTTGCGAGCAATACTAGCCTTCATCAGATCAAGAGAAGCCTCTGCAGCCTCG
ATACCAGCAGAGCCTGTGCAGTAACTATTGCGAATCGTCTGCTGGCAACATCTATATCCC
CATTGATGGTCTTTCCACCACGAGCCCCAAACACTAGTGTGATTGTTAGTAAGAACATCT
TCCTCGTATTTGCTCTTCGGCAGTATAACCTCCTGTCCCTTTATAATCCTCCCTGCTCGG
TCATACTCAACTTGTCTTTCGCTCTGTCCAAGCAAAAGCTCCATTGGAATTTCATCTTCT
GTAGAAGCATTCCCATACTTTTCCATGATTGTGTCCTTTGTCTGAGTCTTCAGTTTGTCC
TTTGCAACCTTGAAATTCTTGTAGAGCAACTCAGCTTGAGATGGAGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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AF RR3AI23JQ U 1
AF RR3GV43JQ U 57
BS 1 123 RR3AI23JQ
BS 124 124 RR3GV43JQ
BS 125 329 RR3AI23JQ
BS 330 330 RR3GV43JQ
BS 331 461 RR3AI23JQ
BS 462 462 RR3GV43JQ
BS 463 617 RR3AI23JQ
BS 618 618 RR3GV43JQ
BS 619 761 RR3AI23JQ
BS 762 829 RR3GV43JQ

RD RR3AI23JQ 761 0 0
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TAAGGTTCATTTATTTCCACCGCAAGTGTTGAGAGTAAACAGATGCAAAAGTAATAAGTT
TTCTTCAGGCTAAAATGGTAACACAGGACAAACGAGAAACATTTTTTTCAGAGGAAATCT
TTCATCGGGTCATCGTAGTGAACTCTCTTCATTCTGTAAGCTTCCATTTCTTCCAGTGTC
ACATCGTTGGTGTGTTTGACATTGTATTTGCGCTTCCTCTCATCTTTTTCTTCTCTCTTA
CGCTCATCCTCCTTTTTCAGAGCATTAGCGAGTGCCTCCTCGTTCAATTCCAAATCTTCA
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CATGCTTCTTTGCGAGCAATACTAGCCTTCATCAGATCAAGGGAAGCCTCTGCAGCCTCG
ATACCAGCAGAGCCTGTGCAGTAACTATTGCGAATCGTCTGCTGGCAACATCTATATCCC
CATTGATGGTCTTTCCACCACGAGCCCCAAACACTAGTGTGATTGTTAGTAAGAACATCT
TCCTCGTATTTGCTCTTTGGCAGTATAACCTCCTGTCCCTTTATAATCCTCCCTGCTCGG
TCATACTCAACTTGTCTTTCGCTCTGTCCAAGCAAAAGCTCCATTGGAATTTCATCTTCT
GTAGAAGCATTCCCATACTTTTCCATGATTGTGTCCTTTGT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3GV43JQ 773 0 0
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AGTTTTCCTCAGGCTAAAATGGTAACACAGGACAAACGAGAAACATTTTTTTCAGAGGAA
ATCTTTCATCGGGTCATCGTAGTGAACTCTCTTCATTCTGTAAGCTTCCATTTCTTCCAG
TGTCACATCGTTGGTGTGTTTGACATTGTATTTGCGCTTCCTCTCATCTTTTTCTTCTCT
CTTACGCTCATCCTCCTTTTTCAGAGCATTAGCAAGTGCCTCCTCGTTCAATTCCAAATC
TTCAGGAACATCGGTTCCCCAAGAGGCCATCTTCTTCTCTTCAACCTTCTTTGGGCTCTC
TTCACATGCTTCTTTGCGAGCAATATTAGCCTTCATCAGATCAAGAGAAGCCTCTGCAGC
CTCGATACCAGCAGAGCCTGTGCAGTAACTATTGCGAATCGTCTGCTGGCAACATCTATA
TCCCCATTGATGGTCTTTCCACCACGAGCCCCAAACACTAGTGTGATTGTTAGTAAGAAC
GTCTTCCTCGTATTTGCTCTTCGGCAGTATAACCTCCTGTCCCTTTATAATCCTCCCTGC
TCGGTCATACTCAACTTGTCTTTCGCTCTGTCCAAGCAAAAGCTCCATTGGAATTTCATC
TTCTGTAGAAGCATTCCCATACTTTTCCATGATTGTGTCCTTTGTCTGAGTCTTCAGTTT
GTCCTTTGCAACCTTGAAATTCTTGTAGAGCAACTCAGCTTGAGATGGAGCAG

QA 1 773 1 773
DS 



CO CL3416Contig2 895 2 22 U
GCTAAATTTTCCAGTCTATGAAATAAATAAGGATACAACGTTTTAGTTTATTACCACCAC
AAGTGTTGAGAGCAAACAGATCCAAATGTAATAAGGTTCGTTTATTTCCACCACAAGTGT
TGAGAGTAAAGAGATGCAAAAGTAATAAGTTTTCTTCAGGCTAAAATGGTAATACAGGAC
AGACGAAAAACATTTTTTTTTCAAAGGAAATCTTTCATCGGGTCATCGTAGTGAACTCTC
TTCATTCTGTAAGCTTCCATTTCTTCCAGTGTCACATCGTTGGTGTGTTTGACATTGCAT
TCGCGCTTCCTCTCATCTTTTTCTTCTCTCTTACGCTCATCCTCCTTTTTCAAAGCATTA
GCAAGTGCCTCCCCGTTCAATTCCAAAACTTCAGGAACATCGGTTCCCCAAGTGGCCATC
TTCTTCTCTTCAACCTTCTTTGGGCTCTCTTCACAGGCTTCTTTGCGAGCAATATTAGCC
TTCATCAAATCAAGGGAAGCCTCTGCGGCCTCAATACCAGCAGAGCCTGTGCAGTAACTA
TTGCGAATCGTCTGCTGGCAACATCTATATCCCCACTGATGGTCTTTCCACCACGAGCCC
CAAACACTAGTGTGATTGTTAGTAAGAACATCTTCCTCGTATTTGCTCTTTGGCAGTATA
ACCTCCTGTCCCTTAATAATCCTCCCTGCTCGGTCATACTCAACTTGTCTTTCGCTCTGT
CCAAGCAAAAGCTCCATTGGAATTTCATCTTCTGTAGAAGCATTCCCATACTTCTCCATG
ATTGTGTCCTTTGTCTGAGTCTTCAGTTTGTCCTTTGCACCTTGAAATTCTTGTAGAGCA
CTCAGCTTGAGATGGAGCAGCTTGCATGTGCATGTCTGTCCTTGTCAATGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DZ49JQ U 1
AF RR3CA64JQ U 30
BS 1 52 RR3DZ49JQ
BS 53 53 RR3CA64JQ
BS 54 122 RR3DZ49JQ
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BS 676 810 RR3DZ49JQ
BS 811 895 RR3CA64JQ

RD RR3DZ49JQ 810 0 0
GCTAAATTTTCCAGTCTATGAAATAAATAAGGATACAACGTTTTAGTTTATTTCCACCAC
AAGTGTTGAGAGCAAACAGATCCAAATGTAATAAGGTTCGTTTATTTCCACCACAAGTGT
TGGGAGTAAAGAGGTGCAAAAGTAATAAGTTT*CTTCAGGCTAAAATGGTAATACAGGAC
AGACGAAAAACATTTTTTTT*CAGAGGAAATCTTTCATCGGGTCATCGTAGTGAACTCTC
TTCATTCTGTAAGCTTCCATTTCTTCCAGTGTCACATCGTTGGTGTGTTTGACATTGCAT
TCGCGCTTCCTCTCATCTTTTTCTTCTCTCTTACGCTCATCCTCCTTTTTCAGAGCATTA
GCAAGTGCCTCCTCGTTCAATTCCAAAACTTCAGGAACATCGGTTCCCCAAGTGGCCATC
TTCTTCTCTTCAACCTTCTTTGGGCTCTCTTCACAGGCTTCTTTGCGAGCAATATTAGCC
TTCATCAGATCAAGGGAAGCCTCTGCGGCCTCAATACCAGCAGAGCCTGTGCAGTAACTA
TTGCGAATCGTCTGCTGGCAACATCTATATCCCCACTGATGGTCTTTCCACCACGAGCCC
CAAACACTAGTGTGATTGTTAGTAAGAACATCTTCCTCGTATTTGCTCTTTGGCAGTATA
ACCTCCTGTCCCTTTATAATCCTCCCTGCTCGGTCATACTCAACTTGTCTTTCGCTCTGT
CCAAGCAAAAGCTCCATTGGAATTTCATCTTCTGTAGAAGCATTCCCATACTTCTCCATG
ATTGTGTCCTTTGTCTGAGTCTTCAGTTTG

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3CA64JQ 866 0 0
AG
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TAAGGTTCGTTTATTTCCACCACAAGTGTTGAGAGTAAAGAGATGCAAAAGTAATAAGTT
TTCTTCAGGCTAAAATGGTAATACAGGACAGACGAAAAACATTTTTTTTTCAAAGGAAAT
CTTTCATCGGGTCATCGTAGTGAACTCTCTTCATTCTGTAAGCTTCCATTTCTTCCAGTG
TCACATCGTTGGTGTGTTTGACATTGTATTTGCGCTTCCTCTCATCTTTTTCTTCTCTCT
TACGCTCATCCTCCTTTTTCAAAGCATTAGCAAGTGCCTCCCCGTTCAATTCCAAATCTT
CAGGAACATCGGTTCCCCAAGTGGCCATCTTCTTCTCTTCAACCTTCTTTGGGCTCTCTT
CACAGGCTTCTTTGCGAGCAATATTAGCCTTCATCAAATCAAGGGAAGCCTCTGCGGCCT
CAATACCAGCAGAGCCTGTGCAGTAACTATTGCGAATCGTCTGCTGGCAACATCTATATC
CCCACTGATGGTCTTTCCACCACGAGCCCCAAACACTAGTGTGATTGTTAGTAAGAACAT
CTTCCTCGTATTTGCTCTTTGGCAGTATAACCTCCTGTCCCTTAATAATCCTCCCTGCTC
GGTCATACTCAACTTGTCTTTCGCTCTGTCCAAGCAAAAGCTCCATTGGAATTTCATCTT
CTGTAGAAGCATTCCCATACTTCTCCATGATTGTGTCCTTTGTCTGAGTCTTCAGTTTGT
CCTTTGCACCTTGAAATTCTTGTAGAGCACTCAGCTTGAGATGGAGCAGCTTGCATGTGC
ATGTCTGTCCTTGTCAATGCTTCC

QA 3 866 3 866
DS 



AS 1 4

CO CL3417Contig1 1114 4 10 U
CAAATGAAATATGATTCATTTTTTATTAATTGTTCCGAATGGATAATATAGCTGTCCTTA
TACATAAAGTTGTGATGATGGTAAGTTTAGATAAAGATCGGTTGCTTGATCTTTACATTG
CAACTCGGAAGAGGTGCACCACACAAGCACTTGTTGTGTAAATAGGAATAAGCATCAAAA
CTCTGAAGGTCACCTCCCTGAGGAATGCGTCCACACAATCTGTTATAGCTAACGTTGAAA
GTCTGAAGATCAAGTTGGGTCCATTGATCCGGGATACTCCCTGTGAGGCTGTTGTGATTC
AAGTCCAAGAAACGAACTGTCTTAGCGACCTTAACCTTGGAGATATCGAACTGGAACATG
TTTCTAGATAAGTCGATGTGCCATGTCTTCTTTTTGGCTCCAAACAACATCGACGCACCA
CCTTCAAGCTTGTTCCGAGAAAGATCAATCGTGTTAAAGTCGAGGTTGCCTAGTGATTTT
GGTATAGAACCGGTCAGCTGGTTGTGTGATAGGTAAATCCCATATACATCTCCTTTAAAC
GATCCAAATGACTCTGGTACCGTACCTGTAAGCTTGTTCCTGCTGAGTTCTAGTGCAGTC
AGATTAGGTAACAAAGAGAGTGAACCGGGTATGGAACCGGAGAGTTTATTGAAGGAAAGG
TTTATGTACTCTAGATTCTTGAGTTGACTCAGAAATTCAGGAACCGGGCCGGTCAGGTTG
TTCCAGCTGAGCCAGAGAAATTTGAGATACTTGAGCTTGGCAATGGTGGG*TGGGATTTC
ACCGGTGAGGTTAGGGAGTTTGCGGAGTGTGAGGTATTGTAGATACGGTAAGTCGCCGAC
TTCAGAAGGGATCTGACCGGAGACGTCGATGTTGGATATGGCTAGAGAGATGACTCGGTT
TGCGTTGTCGCAATCAACAGAGTACCAGGTGCAGCAGTCGTCCTCGAGGACCCAGGAGAT
GTTCATGGCTTTCAGGATCTTGAGGAGGGTGTTTTTGTCATCTTTGTGACAGAGGTCTTT
GGATAAAGATGTCGTTAGTAGAAGAGCGAACAAGACCAAGAGCAGTGTCGTGGTTGTTTT
ACCACCCATAGTGTGTTGTTGTGTTTGTGTTTCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB20JQ U 1
AF RR3H733JQ U 2
AF RR3HB20TF C 355
AF RR3GW14TF C 427
BS 1 166 RR3HB20JQ
BS 167 167 RR3H733JQ
BS 168 690 RR3HB20JQ
BS 691 766 RR3H733JQ
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BS 768 770 RR3H733JQ
BS 771 771 RR3HB20TF
BS 772 823 RR3H733JQ
BS 824 1106 RR3HB20TF
BS 1107 1114 RR3GW14TF

RD RR3HB20JQ 690 0 0
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TACATAAAGTTGTGATGATGGTAAGTTTAGATAAAGATCGGTTGCTTGATCTTTACATTG
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CTCTGAAGGTCACCTCCCTGAGGAATGCGTCCACACAATCTGTTATAGCTAACGTTGAAA
GTCTGAAGATCAAGTTGGGTCCATTGATCCGGGATACTCCCTGTGAGGCTGTTGTGATTC
AAGTCCAAGAAACGAACTGTCTTAGCGACCTTAACCTTGGAGATATCGAACTGGAACATG
TTTCTAGATAAGTCGATGTGCCATGTCTTCTTTTTGGCTCCAAACAACATCGACGCACCA
CCTTCAAGCTTGTTCCGAGAAAGATCAATCGTGTTAAAGTCGAGGTTGCCTAGTGATTTT
GGTATAGAACCGGTCAGCTGGTTGTGTGATAGGTAAATCCCATATACATCTCCTTTAAAC
GATCCAAATGACTCTGGTACCGTACCTGTAAGCTTGTTCCTGCTGAGTTCTAGTGCAGTC
AGATTAGGTAACAAAGAGAGTGAACCGGGTATGGAACCGGAGAGTTTATTGAAGGAAAGG
TTTATGTACTCTAGATTCTTGAGTTGACTC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3H733JQ 822 0 0
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ACATAAAGTTGTGATGATGGTAAGTTTAGATAAAGATCGGTTGCTTGATCTTTACATTGC
AACTCGGAAGAGGTGCACCACACAAGCACTTGTTGTGTAAATAGGAATAAGCATCAAAAC
TCTGAAGGTCACCTCCCTGAGGAATGCGTCCACACAATCTGTTATAGCTAACGTTGAAAG
TCTGAAGATCAAGTTGGGTCCATTGATCCGGGATACTCCCTGTGAGGCTGTTGTGATTCA
AGTCCAAGAAACGAACTGTCTTAGCGACCTTAACCTTGGAGATATCGAACTGGAACATGT
TTCTAGATAAGTCGATGTGCCATGTCTTCTTTTTGGCTCCAAACAACATCGACGCATCAC
CTTCAAGCTTGTTCCGAGAAAGATCAATCGTGTTAAAGTCGAGGTTGCCTAGTGATTTTG
GTATAAAACCGGTCAGCTGGTTGTGTGATAGGTAAATCCCATATACATCTCCTTTAAACG
ATCCAAATGACTCTGGTATCGTACCTGTAAGCTTGTTCCTGCTGAGTTCTAGTGCAGTCA
GATTAGGTAACAAAGAGAGTGAACCGGGTATGGAACCGGAGAGTTTATTGAAGGAAAGGT
TTATGTACTCTAGATTCTTGAGTTGACTCAGAAATTCAGGAACCGGGCCGGTCAGGTTGT
TCCAGCTGAGCCAGAGAAATTTGAGATACTTGAGCTTGGCAATGGGGGGGTGGGATTTCA
CCGGTGAGGTTAGGGAGTTTGCGGAGTGTGAGGTATTGTAGA

QA 1 822 1 822
DS 

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GCACCACCT*CAAGCTTGT*CCGAGAAAGATCAATCGTGTTAAAGTCGAGGTTGCCTAGT
GATTTTGGTATAGAACCGGTCAGCTGGTTGTGTGATAGGTAAATCCCATATACATCTCCT
TTAAACGATCCAAATGACTCTGGTACCGTACCTGTAAGCTTGTTCCTGCTGAGTTCTAGT
GCAGTCAGATTAGGTAACAAAGAGAGTGAACCGGGTATGGAACCGGAGAGTTTATTGAAG
GAAAGGTTTATGTACTCTAGATTCTTGAGTTGACTCAGAAATTCAGGAACCGGGCCGGTC
AGGTTGTTCCAGCTGAGCCAGAGAAATTTGAGATACTTGAGCTTGGCAATGGTGGG*TGG
GATTTCACCGGTGAGGTTAGGGAGTTTGCGGAGTGTGAGGTATTGTAGATACGGTAAGTC
GCCGACTTCAGAAGGGATCTGACCGGAGACGTCGATGTTGGATATGGCTAGAGAGATGAC
TCGGTTTGCGTTGTCGCAATCAACAGAGTACCAGGTGCAGCAGTCGTCCTCGAGGACCCA
GGAGATGTTCATGGCTTTCAGGATCTTGAGGAGGGTGTTTTTGTCATCTTTGTGACAGAG
GTCTTTGGATAAAGATGTCGTTAGTAGAAGAGCGAACAAGACCAAGAGCAGTGTCGTGGT
TGTTTTACCACCCATAGTGTGTTGTTGTGTTT
CC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3GW14TF 688 0 0
CAAGCTG
TCCGAGAAAGATCAATCGTGTTAAAGTCGAGGTTGCCTAGTGATTTTGGTATAGAACCGG
TCAGCTGGTTGTGTGATAGGTAAATCCCATATACATCTCCTTTAAACGATCCAAATGACT
CTGGTATCGTACCTGTAAGCTTGTTCCTGCTGAGTTCTAGTGCAGTCAGATTAGGTAACA
AAGAGAGTGAACCGGGTATGGAACCGGAGAGTTTATTGAAGGAAAGGTTTATGTACTCTA
GATTCTTGAGTTGACTCAGAAATTCAGGAACCGGGCCGGTCAGGTTGTTCCAGCTGAGCC
AGAGAAATTTGAGATACTTGAGCTTGGCAATGGTGAG*TGGGATTTCACCGGTGAGGTTA
GGGAGTTTGCGGAGTGTGAGGTATTGTAGATACGGTAAGTCGCCGACTTCAGAAGGGATC
TGACCGGAGACGTCGATGTTGGATATGGCTAGAGAGATGACTCGGTTTGCGTTGTCGCAA
TCAACAGAGTACCAGGTGCAGCAGTCGTCCTCGAGGACCCAGGAGATGTTCATGGCTTTC
AGGATCTTGAGGAGGGTGTTTTTGTCATCTTTGTGACAGAGGTCTTTGGATAAAGATGTC
GTTAGTAGAAGAGCGAACAAGACCAAGAGCAGTGTCGTGGTTGTTTTACCACCCATAGTG
TGTTGTTGTGTTTGTGTTTCC

QA 8 688 8 688
DS 



AS 1 3

CO CL3418Contig1 668 3 1 U
CGGGCAATGCAATTGGCGATATGATATAAATATGAATAATCCAATGATTACATGAACTAA
TAAAATCCTTTAACAAGTTACACGATCACTCTAGCATATAAGGACGGAGACAAACGCGGA
CTTCATGCTCCTCTGGTCCCATGCGGTGTTTCGGCACTAAAACCTCTAGCGTTGTTCCAG
TCTCGTCCCTGTACGCTTCGAGCTTAGCGTCATCTGGAATCCTGTTAGGTAGGGAGACTT
CTCGGGCGAACTCCCCTGGTGGGCAGTGCTCTGGTGTCGGATCTGTTAGCTTAAATGTCC
TGTCATGTCTCTTGATGAATGGCTCACATGCTGTACTTGTACATGATATCTTCACTATCC
CATGCGTTGGTGTGTTCCTCCATGTTACTTTAACCCTTCCTGGATCAACTAGTGGCAGGC
TGAGGATTATCAAGAACCCTTCGTCGTCTTCGTATATCGTTTTAGCAGCTGTGACTGGTC
CGTGCACATTCTTCATCACCCCAGTGAAATCATTTGACCATGGCAGCAGATCTGTTGTGT
TTATTTTCATGTCTAGAGATTTCTCGCTTGAGCTTGAGTCATCGCAATTTCCTAGAGCGA
GACAATCTCTTTTGCGTTTGTTGCTACAAGCGATTTGTGCTTCCACTGAGTCAGCTGCAT
GGTTCGGC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FW37JQ U 189
AF RR3AD22JQ U 1
AF RR3AD22TF C 1
BS 1 668 RR3AD22JQ

RD RR3FW37JQ 226 0 0
CTGTACGCTTCGAGCTTAGCGTCATCTGGAATCCTGTTAGGTAGGGAGACTTCTCGGACG
AACTCCCCTGGGGGGCAGTGCTCTGGTGTCGGATCTGTTAGCTTAAATGTCCTGTCCTGT
CTCTTGATGAATGGCTCACATGCTGTACTTGTACATGATATCTTCACTATCCCATGCATT
GGTGTGTTCCTCCATGTTACTTTAACCCTTCCTGGATCAACTA
ATG

QA 1 223 1 223
DS 

RD RR3AD22JQ 668 0 0
CGGGCAATGCAATTGGCGATATGATATAAATATGAATAATCCAATGATTACATGAACTAA
TAAAATCCTTTAACAAGTTACACGATCACTCTAGCATATAAGGACGGAGACAAACGCGGA
CTTCATGCTCCTCTGGTCCCATGCGGTGTTTCGGCACTAAAACCTCTAGCGTTGTTCCAG
TCTCGTCCCTGTACGCTTCGAGCTTAGCGTCATCTGGAATCCTGTTAGGTAGGGAGACTT
CTCGGGCGAACTCCCCTGGTGGGCAGTGCTCTGGTGTCGGATCTGTTAGCTTAAATGTCC
TGTCATGTCTCTTGATGAATGGCTCACATGCTGTACTTGTACATGATATCTTCACTATCC
CATGCGTTGGTGTGTTCCTCCATGTTACTTTAACCCTTCCTGGATCAACTAGTGGCAGGC
TGAGGATTATCAAGAACCCTTCGTCGTCTTCGTATATCGTTTTAGCAGCTGTGACTGGTC
CGTGCACATTCTTCATCACCCCAGTGAAATCATTTGACCATGGCAGCAGATCTGTTGTGT
TTATTTTCATGTCTAGAGATTTCTCGCTTGAGCTTGAGTCATCGCAATTTCCTAGAGCGA
GACAATCTCTTTTGCGTTTGTTGCTACAAGCGATTTGTGCTTCCACTGAGTCAGCTGCAT
GGTTCGGC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3AD22TF 668 0 0
CGG
GCAATGCAATTGGCGATATGATATAAATATGAATAATCCAATGATTACATGAACTAATAA
AATCCTTTAACAAGTTACACGATCACTCTAGCATATAAGGACGGAGACAAACGCGGACTT
CATGCTCCTCTGGTCCCATGCGGTGTTTCGGCACTAAAACCTCTAGCGTTGTTCCAGTCT
CGTCCCTGTACGCTTCGAGCTTAGCGTCATCTGGAATCCTGTTAGGTAGGGAGACTTCTC
GGGCGAACTCCCCTGGTGGGCAGTGCTCTGGTGTCGGATCTGTTAGCTTAAATGTCCTGT
CATGTCTCTTGATGAATGGCTCACATGCTGTACTTGTACATGATATCTTCACTATCCCAT
GCGTTGGTGTGTTCCTCCATGTTACTTTAACCCTTCCTGGATCAACTAGTGGCAGGCTGA
GGATTATCAAGAACCCTTCGTCGTCTTCGTATATCGTTTTAGCAGCTGTGACTGGTCCGT
GCACATTCTTCATCACCCCAGTGAAATCATTTGACCATGGCAGCAGATCTGTTGTGTTTA
TTTTCATGTCTAGAGATTTCTCGCTTGAGCTTGAGTCATCGCAATTTCCTAGAGCGAGAC
AATCTCTTTTGCGTTTGTTGCTACAAGCGATTTGTGCTTCCACTGAGTCAGCTGCATGGT
TCGGC

QA 4 668 4 668
DS 



AS 1 4

CO CL3419Contig1 700 4 4 U
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TCTTCATGTACAAATTTCTCAAACTCCTCCCTTGATTGCCCATCCGGATTCTTCTTCCAT
TCCGTAAATTTCTTGGCCGCTTCTATGAATTTCTCCATGTGAAGCCTCTTCCATTCCTCG
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TTCATCTTCTCAGAAGTGTCAGTTAATACAACTTCAACAGTCTTCCTCACGTAGTCATCT
CCTTCAATCATATCTAAGTTCTCTAGCTGAGCATCTGTTAATCCAATTAGTATCTTTCCG
TTGATAAGTCCGTTCTCAGAAGGAGAGATACATGCGTGCAAACGCCCTTTCAGCCTATAC
ACATGAAAGCCGTGGAGCTGAGCGGAGACGGTGACAGGACTGCATTCGAGGATCAAACTG
ACGACGGATGGTTCTTGGAAACTGCCGTAGACAAAGACATTGTGCGAAGGAGATTGATCG
GAACTAGTCATTGCCTTCCTCTCAAACTGGTTGGTTTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR3GK10JQ U 1
AF RR3GK10TF C 1
AF RR3BJ69JQ U 20
AF RR3BJ69TF C 20
BS 1 196 RR3GK10JQ
BS 197 197 RR3BJ69JQ
BS 198 584 RR3GK10JQ
BS 585 700 RR3BJ69JQ

RD RR3GK10JQ 584 0 0
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TCCGTAAATTTCTTGGCCGCTTCTATGAATTTCTCCATGTGAAGCCTCTTCCATTCCTCG
AAATCCCATTCTCCATACATATCAGGATCATCCTTGTTAGCCCATACATAGGTTTCCACT
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CCTTCAATCATATCTAAGTTCTCTAGCTGAGCATCTGTTAATCCAATTAGTATCTTTCCG
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QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3GK10TF 698 0 0
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TGTTCTCCACTCATAAAACTCTTACTTGCAGTAGAAGATATAGATAACGAGAGTGATTTC
AACACACATGTCGATGGGAAACAAAAGAAAAGCACATAGATTCTTCAGGCCACATGAGGA
TCTTCATGTACAAATT*CTCAAACTCCTCCCTTGATTGCCCATCCGGATTCTTCTTCCAT
TCCGTAAATTTCTTGGCCGCTTCTATGAATTTCTCCATGTGAAGCCTCTTCCATTCCTCG
AAATCCCATTCTCCATACATATCAGGATCATCCTTGTTAGCCCATACATAGGTTTCCACT
TTCATCTTCTCAGAAGTGTCAGTTAATACAACTTCAACAGTCTTCCTCACGTAGTCATCT
CCTTCAATCATATCTAAGTTCTCTAGCTGAGCATCTGTTAATCCAATTAGTATCTTTCCG
TTGATAAGTCCGTTCTCAGAAGGAGAGATACATGCGTGCAAACGCCCTTTCAGCCTATAC
ACATGAAAGCCGTGGAGCTGAGCGGAGACGGTGACAGGACTGCATTCGAGGATCAAACTG
ACGACGGATGGTTCTTGGAAACTGCCGTAGACAAAGACATTGTGCGAAGGAGATTGATCG
GAACTAGTCATTGCCTTCCTCTCAAACTGGTTGGTTT
C

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3BJ69JQ 681 0 0
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CAAACTCCTCCCTTGATTGCCCATCCGGATTCTTCTTCCATTCCGTAAATTTCTTGGCCG
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TCTCTAGCTGAGCATCTGTTAATCCAATTAGTATCTTTCCGTTGATAAGTCCGTTCTCAG
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TCTCAAACTGGTTGGTTTTCC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3BJ69TF 681 0 0
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CAAACTCCTCCCTTGATTGCCCATCCGGATTCTTCTTCCATTCCGTAAATTTCTTGGCCG
CTTCTATGAATTTCTCCATGTGAAGCCTCTTCCATTCCTCGAAATCCCATTCTCCATACA
TATCAGGATCATCCTTGTTAGCCCATACATAGGTTTCCACTTTCATCTTCTCAGAAGTGT
CAGTTAATACAACTTCAACAGTCTTCCTCACGTAGTCATCTCCTTCAATCATATCTAAGT
TCTCTAGCTGAGCATCTGTTAATCCAATTAGTATCTTTCCGTTGATAAGTCCGTTCTCAG
AAGGAGAGATACATGCGTGCAAACGCCCTTTCAGCCTATACACATGAAAGCCGTGGAGCT
GAGCGGAGACGGTGACAGGACTGCATTCGAGGATCAAACTGACGACGGATGGTTCTTGGA
AACTGCCGTAGACAAAGACATTGTGCGAAGGAGATTGATCGGAACTAGTCATTGCCTTCC
TCTCAAACTGGTTGGTTT
TCC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 4

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TCAAAAGCTAAGCAACTTTCTCTCATGGAGTCGCTGCTTACATCATCATCATCAACCTTA
TCTCTTTACCCTTCTTCTCCTCTCTCCTTCCTTAAACTACCTTCTTCTATCCACAACAAC
AACACCATCTCCTTCTGCTGTAAAGCCTCATCGAACCCTACGCCTGACTGCAACGCGAGT
GATCGGTTCATCAGAGCGATTAAAGGGCTGGTTTCGTCTCGGCAATGGATGTCGCGTTTT
CGAGCTTTCAGAGACGACACGGCGTCGTTTTCGGCGGGAGATTTGAAGCAGAACGGTGGT
TTGGGGATCGCTCTCTTGAGCATCACGACTTCGGCTAAGGTGAAGATTAGCCCTTTCGTG
GCGACGCTGTCGGCGAATCCGACGTTTGTTTCGGCTGTGTTCGCGTGGTTCTTTGCGCAG
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GCACTTTGTCATGGTGTTGCGGACTCGTTGTTTCCTGTTTGTTTAGGGTTTAGCTTGATT
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CTTAGCATCATGATTTGGCTAAGGATTCATGGTTGTATCATATGTTGTATTCAACAATAG
AGAAAACTCTTGCTTTTTCTTTTCTTTTTGTAATCTCTTGAAAATGCAATGATACCTTTG
TTTTATGTGACAATGGTATTCATCAATTTAACCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 5 30 30 5 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 15 30 30 30 30 30 30 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CV06TF U 37
AF RR3GX72TF U 37
AF RR3CA34TF U 1
AF RR3CA34JQ C 417
BS 1 110 RR3CA34TF
BS 111 113 RR3CV06TF
BS 114 146 RR3CA34TF
BS 147 147 RR3CV06TF
BS 148 374 RR3CA34TF
BS 375 375 RR3CV06TF
BS 376 387 RR3CA34TF
BS 388 388 RR3CV06TF
BS 389 711 RR3CA34TF
BS 712 1117 RR3CA34JQ

RD RR3CV06TF 605 0 0
GG
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TACATCATCATCATCAACCTTATCTCTTTACCCTTCTTCTCCTCTCTCCTTCCTTAAACT
ACCTTCTTCTATCCACAACAACAACACCATCTCCTTCTGCTGTAAAGCCTCATCGAACCC
TACGCCTGACTGCAACGCGAGTGATCGGTTCATCAGAGCGATTAAAGGGCTGGTTTCGTC
TCGGCAATGGATGTCGCGTTTTCGAGCTTTCAGAGACGACACGGCGTCGTTTTCGGCGGG
AGATTTGAAGCAGAACGGTGGTTTGGGAATCGCTCTCTTGAGCATCACGACTTCGGCTAA
GGTGAAGATTAGCCCTTTCGTGGCGACGCTGTCGGCGAATCCGACGTTTGTTTCGGCTGT
GTTCGCGTGGTTCTTTGCGCAGACGAGTAAAATGGTTATTAACTTCTTCATCGAGAGGAA
ATGGGTCTTGAGTTTGTTGTTTGCTTCTGGTGGGATGCCTTCTTCTCACTCGGCTCTGTG
TATGGCTTTGACGACCTCTGTTGCGCTTTGTCATGGTGTAGCCGACTCGTTGTCTCCTGT
TTG

QA 3 602 3 602
DS 

RD RR3GX72TF 602 0 0
GG
GTATGTCGCAGAGTAAGCTTCTTCAAAAGCTAAGCAACTTTCTCTCATGGAGTCGCTGCT
TACATCATCATCATCAACCTTATCTCTTTACCCTTCTTCTCCTCTCTCCTTCCTTAAACT
ACCTTCTTCTATCCACAACAACAACACCATCTCCTTCTGCTGTAAAGCCTCATCGAACCC
TACGCCTGACTGCAACGCGAGTGATCGGTTCATCAGAGCGATTAAAGGGCTGGTTTCGTC
TCGGCAATTGATGTCGCGTTTTCGAGCTTTCAGAGACGACACGGCGTCGTTTTCTGCGGG
AGATTTGAAGCAGAACGGTGGTTTGGGGATCGCTCTCTTGAGCATCACGACTTCGGCTAA
GGTGAAGATTAGCCCTTTCGTGGCGACGCTGTCGGCGAATCCGACGTTTGTTTCGGCTGT
GTTCGCGTGGTTCTTTGCGCAGACGAGTAAAATGGTTATTAACTTCTTCATCGAGAGGAA
ATGGGACTTGAGTTTGTTGTTTGCTTCTGGTGGGATGCCTTCTTCTCACTCGGCTCTGTG
TATGGCTTTGACGACCTCTGTTGCGCTTTGTCATGGTGTAGCCGACTCGTTGTTTCCTGT

QA 3 602 3 602
DS 

RD RR3CA34TF 717 0 0
GGGTCTCTCCACACACTCAACCTTGTAACCTTTTCTCTGTATGTCGCAGAGTAAGCTTCT
TCAAAAGCTAAGCAACTTTCTCTCATGGAGTCGCTGCTTACATCATCATC***AACCTTA
TCTCTTTACCCTTCTTCTCCTCTCTCTTTCCTTAAACTACCTTCTTCTATCCACAACAAC
AACACCATCTCCTTCTGCTGTAAAGCCTCATCGAACCCTACGCCTGACTGCAACGCGAGT
GATCGGTTCATCAGAGCGATTAAAGGGCTGGTTTCGTCTCGGCAATGGATGTCGCGTTTT
CGAGCTTTCAGAGACGACACGGCGTCGTTTTCGGCGGGAGATTTGAAGCAGAACGGTGGT
TTGGGGATCGCTCTTTTGAGCATCACGGCTTCGGCTAAGGTGAAGATTAGCCCTTTCGTG
GCGACGCTGTCGGCGAATCCGACGTTTGTTTCGGCTGTGTTCGCGTGGTTCTTTGCGCAG
ACGAGTAAAATGGTTATTAACTTCTTCATCGAGAGGAAATGGGACTTGAGTTTGTTGTTT
GCTTCTGGTGGGATGCCTTCTTCTCACTCGGCTCTGTGTATGGCTTTGACGACCTCTGTT
GCACTTTGTCATGGTGTTGCGGACTCGTTGTTTCCTGTTTGTTTAGGGTTTAGCTTGATT
GTGATGTATGATGCTATCGGTGTTAGACGTCATGCTGGTATGCAAGCTGAG
TTCTGA

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DS 

RD RR3CA34JQ 701 0 0
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GCAGACGAGTAAAATGGTTATTAACTTCTTCATCGAGAGGAAATGGGACTTGAGTTTGTT
GTTTGCTTCTGGTGGGATGCCTTCTTCTCACTCGGCTCTGTGTATGGCTTTGACGACCTC
TGTTGCACTTTGTCATGGTGTTGCGGACTCGTTGTTTCCTGTTTGTTTAGGGTTTAGCTT
GATTGTGATGTATGATGCTATCGGTGTTAGACGTCATGCTGGTATGCAAGCTGAGGTTCT
GAACTTGATAATAAGGGACTTGTTTGAAGGACATCCCATCAGTCAAAGAAAGCTAAAAGA
GTTGCTGGGCCACACTCCTTCGCAGGTTCTTGCAGGAGCGTTAGTTGGTGTTGTGATTGC
TTGCTTTTGTTGCCAAGGCCGCCTTGTCTCGTCCTAAGATCTCATTAACTCTCAAGTTTT
CTGATTATTTTTTTTTCTTATTTGGTTCTGCCTTAGCAGAAAAAACTTTGTGCTTTGAGT
ATGGCTTAGCATCATGATTTGGCTAAGGATTCATGGTTGTATCATATGTTGTATTCAACA
ATAGAGAAAACTCTTGCTTTTTCTTTTCTTTTTGTAATCTCTTGAAAATGCAATGATACC
TTTGTTTTATGTGACAATGGTATTCATCAATTTAACCCCCC

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 4

CO CL3421Contig1 1124 4 8 U
GGATCTGGTCGGGTTGGGCAAACGCTAACAAGAAAAGGGCATAAAAAAAGAAAAGACATA
TCTGATCAACCCGGCCCACTTTAACCTCTTTGTTGGCCGCGTAACATGTTCTAATTAACG
CGGCCATCTCACAAAGAACATATATTAAACACACACACAGGATTCAAAAGCTTAAAGCTT
TGATAGTAACAAAGAAAGAACCCTAGCTTGCATCACAAGACACATCTTCACAAAACACAT
TAGATTCCTATCACTCTACTTTATATATAAAAAAATGGTGAGAAGAAGAGAAAACCTTAC
GTTATCAGTCTTAACACCGCCTCTCGGGGAGGCCAAAACGGCAGCAACAACTCCTGTGGG
TTTACAGAAACCGAAGAAACGGTTATCAAAACAACTATCTATGTTGGAGACACCACGAGA
CATTGCTTGGGAAAGAAGAAGACGTCAGATGATAATGATTCAGGAGAAGAAGATGCTTCA
CAAAGGCGTTTCAGACAATCTTAGTGAACAGACTAAACTAACTGATGAGGATTTAAACGA
GCTTAAAGGATCTATTGAGTCAGGTTTTGGTTTCAGTGAAGAAGCTGGACAAAAGCTATG
CAATACTTTACCAGCTCTTGATCTTTACTTTGCAGTGAACCGTCAGCTCTCTCCTCTCCC
TTCACCTAGCAGCAGCAGCCGTACTAGCAGCGCATCTTCATCAGCTTTCTCAATGAGTAT
TCCTGGTAGTCCCAAGAAAACTGATTCAGATTCATTGAAGATAGTATGTCCAGGGGATAA
TCCTCAACAAGTTAAGCAGAGATTGAGACATTGGGCACAAGCAGTTGCATGTTCTGTGAT
GCAGACTTATTGATAAAAGTGTATATGTGATTGTAAGCTTCAATCACTCAGATTTTCTTT
TGAGAGATAGGGAGTTCAAGAATCATTTAATCAAAGATTCTGAAGAAACAAGAAAAGCAT
AAAGAAGATAGAGAAGAAGATTGTGTATATACTTTTATGCTAAGGGAACAAAAGATGAGA
AAACAGAAAAATGTCCTTTCTTGTTCATAAACTGTATACCAAAAAAAAAAAAATTCGGTA
TGGTCTTGGACTTGATAATTATAAAATGAGAAATTCTTCTAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 
30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 0 0 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 30 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G251TF U 5
AF RR3BJ76TF U 1
AF RR3G251JQ C 323
AF RR3BJ76JQ C 310
BS 1 102 RR3BJ76TF
BS 103 103 RR3G251TF
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BS 736 737 RR3G251TF
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BS 956 956 RR3G251JQ
BS 957 1124 RR3BJ76JQ

RD RR3G251TF 746 0 0
GG
GGTCGGGTTGGGCAAACGCTAACAAGAAAAGGGCATAAAAAAAGAAAAGACATATCTGAT
CAACCCGGCCCACTTTAACCTCTTTGTTGGCCGCGTAACATGTTCTAATTAACGCGGCCA
TCTCACAAAGAACATATATTAAACACACACACAGGATTCAAAAGCTTAAAGCTTTGATAG
TAACAAAGAAAGAACCCTAGCTTGCATCACAAGACACATCTTCACAAAACACATTAGATT
CCTATCACTCTACTTTATATATAAAAAAATGGTGAGAAGAAGAGAAAACCTTACGTTATC
AGTCTTAACACCGCCTCTCGGGGAGGCCAAAACGGCAGCAACAACTCCTGTGGGTTTACA
GAAACCGAAGAAACGGTTATCAAAACAACTATCTATGTTGGAGACACCACGAGACATTGC
TTGGGAAAGAAGAAGACGTCAGATGATAATGATTCAGGAGAAGAAGATGCTTCACAAAGG
CGTTTCAGACAATCTTAGTGAACAGACTAAACTAACTGATGAGGATTTAAACGAGCTTAA
AGGATCTATTGAGTTAGGTTTTGGTTTCAGTGAAGAAGCTGGACAAAAGCTATGCAATAC
TTTACCAGCTCTTGATCTTTACTTTGCGGTGAACCGTCAGCTCTCTCCTCTCCCTTCACC
TAGCAGCAGCAGCCGTACTAGCAGCGCATCTTCATCAGCTTTCTCAATGAGTATTCCTGG
TAGTCCCAAGAAAACTGATTCAGA

QA 3 746 3 746
DS 

RD RR3BJ76TF 888 0 0
GGATCTGGTCGGGTTGGGCAAACGCTAACAAGAAAAGGGCATAAAAAAAGAAAAGACATA
TCTGATCAACCCGGCCCACTTTAACCTCTTTGTTGGCCGCGTTACATGTTCTAATTAACG
CGGCCATCTCACAAAGAACATATATTAAACACACACACAGGATTCAAAAGCTTAAAGCTT
TGATAGTAACAAAGAAAGAACCCTAGCTTGCATCACAAGACACATCTTCACAAAACACAT
TAGATTCCTATCACTCTACTTTATATATAAAAAAATGGTGAGAAGAAGAGAAAACCTTAC
GTTATCAGTCTTAACACCGCCTCTCGGGGAGGCCAAAACGGCAGCAACAACTCCTGTGGG
TTTACAGAAACCGAAGAAACGGTTATCAAAACAACTATCTATGTTGGAGACACCACGAGA
CATTGCTTGGGAAAGAAGAAGACGTCAGATGATAATGATTCAGGAGAAGAAGATGCTTCA
CAAAGGCGTTTCAGACAATCTTAGTGAACAGACTAAACTAACTGATGAGGATTTAAACGA
GCTTAAAGGATCTATTGAGTCAGGTTTTGGTTTCAGTGAAGAAGCTGGACAAAAGCTATG
CAATACTTTACCAGCTCTTGATCTTTACTTTGCAGTGAACCGTCAGCTCTCTCCTCTCCC
TTCACCTAGCAGCAGCAGCCGTACTAGCAGCGCATCTTCATCAGCTTTCTCAATGAGTAT
TCCTGGTAGTCCCAA**AAACTGATTCAGATTCATTGAAGATAGTATGTCCAGGGGATAA
TCCTCAACAAGTTAAGCAGAGATTGAGACATTGGGCACAAGCAGTTGCATGTTCTGTGAT
GCAGACTTATTGATAAAAGTGTATATGTGATTGTAAGCTTCA
TCACTC

QA 1 882 1 882
DS 

RD RR3G251JQ 738 0 0
CTCGGGGAGGCCAAAACGGCAGCAACAACTCCTGTGGGTTTACAGAAACCGAAGAAACGG
TTATCAAAACAACTATCTATGTTGGAGACACCACGAGACATTGCTTGGGAAAGAAGAAGA
CGTCAGATGATAATGATTCAGGAGAAGAAGATGCTTCACAAAGGCGTTTCAGACAATCTT
AGTGAACAGACTAAACTAACTGATGAGGATTTAAACGAGCTTAAAGGATCTATTGAGTTA
GGTTTTGGTTTCAGTGAAGAAGCTGGACAAAAGCTATGCAATACTTTACCAGCTCTTGAT
CTTTACTTTGCGGTGAACCGTCAGCTCTCTCCTCTCCCTTCACCTAGCAGCAGCAGCCGT
ACTAGCAGCGCATCTTCATCAGCTTTCTCAATGAGTATTCCTGGTAGTCCCAAGAAAACT
GATTCAGATTCATTGAAGATAGTATGTCCAGGGGATAATCCTCAACAAGTTAAGCAGAGA
TTGAGACATTGGGCACAAGCAGTTGCATGTTCTGTGATGCAGACTTATTGATAAAAGTGT
ATATGTGATTGTAAGCTTCAATCACTCAGATTTTCTTTTGAGAGATAGGGAGTTCAAGAA
TCATTTAATCAAAGATTCTGAAGAAACAAGAAAAGCATAAAGAAGATAGAGAAGAAGATT
GTGTATATACTTTTATGCTAAGGGAACAAAAGATGAGAAAACAGAAAAATGTCCTTTCTT
GTTCATAAACTGTATACC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3BJ76JQ 815 0 0
CTTAACACCGCCTCTCGGGGAGGCCAAAACGGCAGCAACAACTCCTGTGGGTTTACAGAA
ACCGAAGAAACGGTTATCAAAACAACTATCTATGTTGGAGACACCACGAGACATTGCTTG
GGAAAGAAGAAGACGTCAGATGATAATGATTCAGGAGAAGAAGATGCTTCACAAAGGCGT
TTCAGACAATCTTAGTGAACAGACTAAACTAACTGATGAGGATTTAAACGAGCTTAAAGG
ATCTATTGAGTCAGGTTTTGGTTTCAGTGAAGAAGCTGGACAAAAGCTATGCAATACTTT
ACCAGCTCTTGATCTTTACTTTGCAGTGAACCGTCAGCTCTCTCCTCTCCCTTCACCTAG
CAGCAGCAGCCGTACTAGCAGCGCATCTTCATCAGCTTTCTCAATGAGTATTCCTGGTAG
TCCCAA**AAACTGATTCAGATTCATTGAAGATAGTATGTCCAGGGGATAATCCTCAACA
AGTTAAGCAGAGATTGAGACATTGGGCACAAGCAGTTGCATGTTCTGTGATGCAGACTTA
TTGATAAAAGTGTATATGTGATTGTAAGCTTCAATCACTCAGATTTTCTTTTGAGAGATA
GGGAGTTCAAGAATCATTTAATCAAAGATTCTGAAGAAACAAGAAAGGCATAAAGAAGAT
AGAGAAGAAGATTGTGTATATACTTTTATGCTAAGGGAACAAAAGATGAGAAAACAGAAA
AATGTCCTTTCTTGTTCATAAACTGTATACCAAAAAAAAAAAAATTCGGTATGGTCTTGG
ACTTGATAATTATAAAATGAGAAATTCTTCTAATC

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 4

CO CL3422Contig1 768 4 6 U
GGAAGGATAAACCATAGCCTAACATTTTACCACCCACCAAAAAACAGAGAGAGAGATGAG
AGGGCATGAGCCGCGGTCAAGCTCCTCTTGCGCAGCTTGCAAGCTCTTGAAGAGAAGATG
CACACCCACTTGCATCTTCGCTCCTCATTTCCGCTCGACCGACCAGATGACTTTCGCCAA
AGTCCATAAAGTCTTTGGAGCCAGCAACGTCAGTAAGCTTCTCAGCGAGGTTCCCGAAGA
ACAGAGACAAGAAACCGTCAACTCCTTGGCTTACGAAGCTGACGTCCGTCTCAAGGATCC
TGTTTACGGTTGTATTGGAGCCATAGCTTCTCTTCAGAAGAAGATGCTTGAGCTTCAACA
TGATATAGCCGTTGCTCGCAGTCGACTACTTAGTGCTGCCCATAATAATGCTGGTGGTGG
TGGTGTCAACAACAACAACAACAGCAACCACGTGTTGTCGTCGTCCCCTTTGGTAGATGA
TTCTTCTCCTCAGCTTGCTGCTTTTCTTGATCTTGTACCTTCTTATAGTGATTTGAAGTT
GCTTGATGGGTCTGGTCTTGATGCTTACTTGTTTGATATTGGACAGCCTCCTTTTGTATA
GGCCTCTCTTTATCTCTTTTATCCACTGTATTTGCACTTGCTAATAAGTCATCTTCACTA
ATGTATTATATTAATCCTAATATGCAAAATCATTTGCTTACTTCTATCATTTGTATAAAA
GCTCAGATTAAATTTCAAAAATCTTAACGCAAAACGAGAAGACTAAGG


BQ
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AF RR3B557TF U 4
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C

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BQ
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25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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GAGTGATGAGATTCGCGACTTCTCGACCCGCGAGTAGTGTCATCTCGACCCTTGAGGAAG
CTGCGAGAGTTGGGGATAAGTTCGATGTGAGGAAGAGTGAGAGTAGAGTGAGGATCGAAG
GGAAGCAGAATGGTCGGAAAGGGAAGTTGGCGGTGGAGGCGGGGATATTCGCGGGGGCTC
CGTCGTTTGTTGTCGTGGAGGTGAAGAAAGATCATGGTGACACTCTTGAGTACAATAACT
TTTGCAGTACGGCTTTTAGACCAGCTTTCAAAGACATTTTTTGGACTTCGACCCCTGTTT
AAATCTTTGTGTGTTTATGTTCCTGTTTGAAAAAGAAGTATTGTTGGATTCTAGATTCGG
TTCGTGATTCTTGTT

QA 1 435 1 435
DS 



AS 1 2

CO CL3424Contig1 794 2 19 U
GACTCACAACCATAAGAAGAGCATCAAAAAGGAAGCTTGCTGGACAATCTCAAACATCAC
TGCTGGAACAGGGACCAAATTCAGGCTGTATGTGAAGCTGGTTTGATTTGCCCTCTCGTC
AGTCTACTTCAAAACGCAGAGTTTGATATAAAGAAAGAAGCTGCATGGGCAGTATCAAAT
GCAACCTCTGGAGGTTCTCCTGACCAGATCAAGTACATGGTCGAACAGGGAGTGGTGAAA
CCACTGTGCGATCTTTTGGTATGTCCCGATCCAAGGATAATCACCGTGTGTCTAGAAGGA
TTGGAGAACATTCTGAAAGTCGGGGAAGCTGAGAAGGTGGCGGGAAACACTGGGGACGTA
AACTTCTATGCGCAGTTGATCGATGATGCTGAGGGACTAGAAAAGATTGAGAATCTGCAG
AGTCATGACAACAGCGAGATCTATGAGAAGGCAGTGAAGATTCTTGAGACGTACTGGTTG
GAAGAGGAAGACGAGACATTAACACATGGTGATGGCTCTGCTCAGGGATTCCAGTTTGGG
GGTAATGATGCAGCCGCACCACCCCCAGGTGGATTCAACTTCCAGTGAAGGAGCTAAAGA
TGATGATTGAAGAGAGTCGAAGGAGGTTCAAGAGTTTTGTTGGGCACTGGTTTAAATGAG
TCTGGTTTTGTGTGTAAAACTCAGTGGGTGCCTTGGTCTGGTCTGGTTTGTGTGTGATGA
GAAGTCAGTTTTTGTTACATTTGTACTACACAATACTGCAAAGTCAAAAACATAAAAAAT
GTTGGTCAAACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E640TF U 63
AF RR3E743JQ C 1
BS 1 66 RR3E743JQ
BS 67 164 RR3E640TF
BS 165 165 RR3E743JQ
BS 166 221 RR3E640TF
BS 222 222 RR3E743JQ
BS 223 248 RR3E640TF
BS 249 249 RR3E743JQ
BS 250 365 RR3E640TF
BS 366 366 RR3E743JQ
BS 367 401 RR3E640TF
BS 402 402 RR3E743JQ
BS 403 470 RR3E640TF
BS 471 471 RR3E743JQ
BS 472 497 RR3E640TF
BS 498 498 RR3E743JQ
BS 499 560 RR3E640TF
BS 561 563 RR3E743JQ
BS 564 622 RR3E640TF
BS 623 794 RR3E743JQ

RD RR3E640TF 567 0 0
GGGA
AACAGGGACCAAATTCAGGCTGTATGTGAAGCTGGTTTGATTTGCCCTCTCGTCAGTCTA
CTTCAAAACGCAGAGTTTGATATAAAGAAAGAAGCTGCTTGGGCAGTATCAAATGCAACC
TCTGGAGGTTCTCCTGACCAGATCAAGTACATGGTGGAACAGGGAGTGGTGAAACCACTG
TGTGATCTTTTGGTATGTCCCGATCCAAGGATAATCACCGTGTGTCTAGAAGGATTGGAG
AACATTCTGAAAGTCGGGGAAGCTGAGAAGGTGGCGGGAAACACTGGGGACGTAAACTTT
TATGCGCAGTTGATCGATGATGCTGAGGGACTAGAGAAGATTGAGAATCTGCAGAGTCAT
GACAACAGCGAGATCTATGAGAAGGCAGTGAAGATTCTTGAGACTTACTGGTTGGAAGAG
GAAGACGAGACGTTAACACATGGTGATGGCTCTGCTCAGGGATTCCAGTTTGGGGGTAAT
GATGCAGCCGCACC***CCCAGGTGGATTCAACTTCCAGTGAAGGAGCTAAAGATGATGA
TTGAAGAGAGTCGAAG
AGGTTTA

QA 5 560 5 560
DS 

RD RR3E743JQ 794 0 0
GACTCACAACCATAAGAAGAGCATCAAAAAGGAAGCTTGCTGGACAATCTCAAACATCAC
TGCTGGAACAGGGACCAGATTCAGGCTGTATGTGAAGCTGGTTTGATTTGCCCTCTCGTC
AGTCTACTTCAAAATGCAGAGTTTGATATAAAGAAAGAAGCTGCATGGGCAGTA**AAAT
GCAACCTCTGGCGGTTCTCCTGACCAGATCAAGTACATGGTCGAACAGGGAGTGGTGAAA
CCACTGTGCGATCTTTTGGTATGTCCCGATCCAAGGATAATCACCGTGTGTCTAGAAGGA
TTGGAGAACATTCTGAAAGTCGGGGAAGCTGAGAAGGTGGCGGGAAATACTGGGGATGTA
AACTTCTATGCGCAGTTGATCGATGATGCTGAGGGGCTAGAAAAGATTGAGAATCTGCAG
AGTCATGACAACAGCGAGATCTATGAGAAGGCAGTGAAGATTCTTGAGACGTACTGGTTG
GAAGAGGAAGACGAGACATTAGCACATGGTGATGGCTCTGCTCAGGGATTCCAGTTTGGG
GGTAATGATGCAGCCGCACCACCCCCAGGTGGATTCAACTTCCAGTGAAGGAGCTAAGGA
TGATGATTGAAGAGAGTCGAAGGAGGTTCAAGAGTTTTGTTGGGCACTGGTTTAAATGAG
TCTGGTTTTGTGTGTAAAACTCAGTGGGTGCCTTGGTCTGGTCTGGTTTGTGTGTGATGA
GAAGTCAGTTTTTGTTACATTTGTACTACACAATACTGCAAAGTCAAAAACATAAAAAAT
GTTGGTCAAACTTT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 3

CO CL3425Contig1 597 3 3 U
TAGATAAAAGAAGATGAATTACCTCATATTTATACTAATTATTGCTATGTGTTCTGGTTT
GAATGAAGGATGTTTTTGGTGTAATATGAACACTTTAGAAGTTCAAAATCAACTCAATCA
AGGTATTATTCTCAAAGTTAATTGCTCATCCAACAGAAACCAAGTTGAGGGTCTGCACGA
GATAAAATTCAATGAGAAATATAATATCTCAGTTAAAGAGTTAGGAATGGGAATGAGAAT
TGTATGGCGTTGCACCTTACGATTTGGGGATAAAGTGAAAAGTTCTCAAACTATATGGCG
TGCATACAGAGGAGCCAGTCAAACGCGAGGTGGTGAAAAACGTTCATGGATTGCTAGAAC
TGATGGAATTTACTTAGAGAAAAATAATAAAGCAAAGGGACTCCAACATCATTGGATCGT
TGCTAAACAATGAGTTTTGTCTTCTTAAAATCTATTACATATGATGCTATGATTATTTTT
CTGTCATATGAGATAAATAGCCATTTTGATTTGGGATAATAATAATATACATATATTTTG
ATGTTTATGTGAAAAATTGTTTATGTGATGTTTATAATATGAGAAAGTTAAAATAAA


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B819JQ C 1
AF RR3B819TF U 1
AF RR3DF06TF U 3
BS 1 2 RR3B819JQ
BS 3 581 RR3B819TF
BS 582 597 RR3DF06TF

RD RR3B819JQ 581 0 0
TAGATAAAAGAAGATGAATTACCTCATATTTATACTAATTATTGCTATGTGTTCTGGTTT
GAATGAAGGATGTTTTTGGTGTAATATGAACACTTTAGAAGTTCAAAATCAACTCAATCA
AGGTATTATTCTCAAAGTTAATTGCTCATCCAACAGAAACCAAGTTGAGGGTCTGCACGA
GATAAAATTCAATGAGAAATATAATATCTCAGTTAAAGAGTTAGGAATGGGAATGAGAAT
TGTATGGCGTTGCACCTTACGATTTGGGGATAAAGTGAAAAGTTCTCAAACTATATGGCG
TGCATACAGAGGAGCCAGTCAAACGCGAGGTGGTGAAAAACGTTCATGGATTGCTAGAAC
TGATGGAATTTACTTAGAGAAAAATAATAAAGCAAAGGGACTCCAACATCATTGGATCGT
TGCTAAACAATGAGTTTTGTCTTCTTAAAATCTATTACATATGATGCTATGATTATTTTT
CTGTCATATGAGATAAATAGCCATTTTGATTTGGGATAATAATAATATACATATATTTTG
ATGTTTATGTGAAAAATTGTTTATGTGATGTTTATAATATG

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3B819TF 581 0 0
TA
GATAAAAGAAGATGAATTACCTCATATTTATACTAATTATTGCTATGTGTTCTGGTTTGA
ATGAAGGATGTTTTTGGTGTAATATGAACACTTTAGAAGTTCAAAATCAACTCAATCAAG
GTATTATTCTCAAAGTTAATTGCTCATCCAACAGAAACCAAGTTGAGGGTCTGCACGAGA
TAAAATTCAATGAGAAATATAATATCTCAGTTAAAGAGTTAGGAATGGGAATGAGAATTG
TATGGCGTTGCACCTTACGATTTGGGGATAAAGTGAAAAGTTCTCAAACTATATGGCGTG
CATACAGAGGAGCCAGTCAAACGCGAGGTGGTGAAAAACGTTCATGGATTGCTAGAACTG
ATGGAATTTACTTAGAGAAAAATAATAAAGCAAAGGGACTCCAACATCATTGGATCGTTG
CTAAACAATGAGTTTTGTCTTCTTAAAATCTATTACATATGATGCTATGATTATTTTTCT
GTCATATGAGATAAATAGCCATTTTGATTTGGGATAATAATAATATACATATATTTTGAT
GTTTATGTGAAAAATTGTTTATGTGATGTTTATAATATG

QA 3 581 3 581
DS 

RD RR3DF06TF 595 0 0
GATAAAAGAAGATGAATTACCTCATATTTATACTAATTATTGCTACGTGTTCTGGTTTGA
ATGAAGGATGTTTTTGGTGTAATATGAACACTTTAGAAGTTCAAAATCAACTCAATCAAG
GTATTATTCTCAAAGTTAATTGCTCATCCAACAGAAACCAAGTTGAGGGTCTGCACGAGA
TAAAATTCAATGAGAAATATAATATCTCAGTTAAAGAGTTAGGAATGGGAATGAGAATTG
TATGGCGTTGCACCTTACGATTTGGGGATAAAGTGAAAAGTTCTCAAACTATATGGCGTG
CATACAGAGGAGCCAGTCAAACGCGAGGTGGTGAAAAACGTTCATGGATTGCTAGAACTG
ATGGAATTTACTTAGAGAAAAATAATAAAGCAAAGGGACTCCAACATCATTGGATCGTTG
CTAAACAATGAGTTTTGTCTTCTTAAAATCTATTACATATGATGCTATGATTATTTTTCT
GTCATATGAGATAAATAGTCATTTTGATTTGGGATAATAATAATATACATATATTTTGAT
GTTTATGTGAAAAATTGTTTATGTGATGTTTATAATATGAGAAAGTTAAAATAAA

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 3

CO CL3426Contig1 1001 3 23 U
GCCTAGGAGCTTGTGCTTTGGCTGGAACTGGTCTACCTATTGATAGGTTCATGACTGCAA
CTGCTCTTGGATTCACCGAACCAATGAGAAACAGCATCGACGCAGTTTCAGACCGAGACT
TCGTGTTGGAGTTTCTATATGCAAACTCCAACACAGCCATTCATCTATCACGGCTTGGAG
AAGAGTGGGTACTCTGGGCCTCTGAGGAGTTTGGTTTCATGACTCCAAGCGATTCCGTCT
CAACGGGAAGCAGTATAATGCCGCAGAAGAAGAATCCAGACCCGATGGAACTCGTCAGAG
GAAAGTCTGCCCGAGTCATAGGCGATCTGGTCACCGTTCTAACACTGTGCAAGGGGTTTC
CTCTTGCTTACAACCGTGATTTCCAGGAAGATAAGGAACCCATGTTCGACAGCACCAAGA
CAATAATGGGAATGATCGATGTCTCTGCGGAATTTGCCCAGAATGTCACATTCAATGAAG
ACAGGATTAAGAAAAGTCTCCCTGCTGGACACCTTGATGCTACTACTCTTGCTGATTACC
TTGTGAAGAAGGGGATGCCGTTTAGGTCATCACACGACGTTGTTGGGAAACTAGTTGGAG
TTTGTGTTTCAAGAGGCTGTGAACTCCAGAACCTAAGTCTTGAAGAGATGAAGAAGCTGA
GCCCTGTGTTTGAAGAAGATGTGTTTGGGTTTTTGGGAGTTGAAAATTCAGTTAATAAGT
TCAGTTCCTATGGGTCAACTGGATCAAACTGTGTCGCGAGCAACTCGGCTACTGGGTCAA
CAAGCTGAAGATTACTACCACCTGAGTTGGACCAAACCATCAGCTAAATTTTTCAGCGGG
TTGAGGAAGACCGGTAACATTGGGGTTCCTTCTCTAGCAGAACCCCAAAAAAAATAAAGC
CTTTGTTGAAGTTTCTTAGTATTTGAAACCGACATTTTTGTTCAAGTTCCATGATAACAA
TGTTTTTATCTTTTACAATGGTAAGAAGATTTAACTTAACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3EU37TF U 1
AF RR3A365TF U 91
AF RR3A365JQ C 204
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ATGAGTGGGTACTCTGGGCCTCTGAGGAGTTTGGTTTCATGACTCCAAGCGATTCCGTCT
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CTCTTTCTTACAACCGTGATTTTCAAGAAGATAAGGAACCCATGTTCGACAGCACCAAGA
CAATAATGGGAATGATCGATGTCTCTGCGGAATTTGCCCAGAATGTCACATTCAATGAAG
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TTTGTGTTTCAAGAGGCTGTGAACTCCAGAACCTAAGTCTTGAAGAGATGAAGAAGCTGA
GCCCTGTGTTTGAAGAAGATGTGTTTGGGTTTTTGGGA

QA 1 698 1 698
DS 

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G
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CACAGCCATTCATCTATCACGGCTTGGAGAAGAGTGGGTACTCTGGGCCTCTGAGGAGTT
TGGTTTCATGACTCCAAGCGATTCCGTCTCAACGGGAAGCAGTATAATGCCGCAGAAGAA
GAATCCAGACCCGATGGAACTCGTCAGAGGAAAGTCTGCCCGAGTCATAGGCGATCTGGT
CACCGTTCTAACACTGTGCAAGGGGTTTCCTCTTGCTTACAACCGTGATTTCCAGGAAGA
TAAGGAACCCATGTTCGACAGCACCAAGACAATAATGGGAATGATCGATGTCTCTGCGGA
ATTTGCCCAGAATGTCACATTCAATGAAGACAGGATTAAGAAAAGTCTCCCTGCTGGACA
CCTTGATGCTACTACTCTTGCTGATTACCTTGTGAAGAAGGGGATGCCGTTTAGGTCATC
ACACGACGTTGTTGGGAAACTAGTTGGAGTTTGTGTTTCAAGAGGCTGTGAACTCCAGAA
CCTAAGTCTTGAAGAGATGAAGAAGCTGAGCCCTGTGTTTGAAGAAGATGTGTTTGGGTT
TTTGGGAGTTGAAAATTCAGTTAATAAGTTCAGTTCCTATGGGTCAACTGGATCAAACTG
TGTCGCGAGCAACTCGGCTACTGGGTCAACAAGCTGAAGATTACTACCACCTGAGTTGGA
CCAAACCATCAGCTAAATTTTTCAGCGGGTTGAGGAAGACCGGTAACATTGGGGTTCCTT
CTCTAG

QA 2 787 2 787
DS 

RD RR3A365JQ 798 0 0
GAGGAGTTTGGTTTCATGACTCCAAGCGATTCCGTCTCAACGGGAAGCAGTATAATGCCG
CAGAAGAAGAATCCAGACCCGATGGAACTCGTCAGAGGAAAGTCTGCCCGAGTCATAGGC
GATCTGGTCACCGTTCTAACACTGTGCAAGGGGTTTCCTCTTGCTTACAACCGTGATTTC
CAGGAAGATAAGGAACCCATGTTCGACAGCACCAAGACAATAATGGGAATGATCGATGTC
TCTGCGGAATTTGCCCAGAATGTCACATTCAATGAAGACAGGATTAAGAAAAGTCTCCCT
GCTGGACACCTTGATGCTACTACTCTTGCTGATTACCTTGTGAAGAAGGGGATGCCGTTT
AGGTCATCACACGACGTTGTTGGGAAACTAGTTGGAGTTTGTGTTTCAAGAGGCTGTGAA
CTCCAGAACCTAAGTCTTGAAGAGATGAAGAAGCTGAGCCCTGTGTTTGAAGAAGATGTG
TTTGGGTTTTTGGGAGTTGAAAATTCAGTTAATAAGTTCAGTTCCTATGGGTCAACTGGA
TCAAACTGTGTCGCGAGCAACTCGGCTACTGGGTCAACAAGCTGAAGATTACTACCACCT
GAGTTGGACCAAACCATCAGCTAAATTTTTCAGCGGGTTGAGGAAGACCGGTAACATTGG
GGTTCCTTCTCTAGCAGAACCCCAAAAAAAATAAAGCCTTTGTTGAAGTTTCTTAGTATT
TGAAACCGACATTTTTGTTCAAGTTCCATGATAACAATGTTTTTATCTTTTACAATGGTA
AGAAGATTTAACTTAACC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 3

CO CL3427Contig1 1544 3 11 U
GGGTAGATCTCGAGGATAAGCTTTCAAGTTTGAGCATCTTAGATCACAATCCGCAGAAGC
CAGTTGTGAGAATGGCTAACTTATGTGTTGTATCGTCGCACACAGTAAGTGGTCCCTCTT
TCAACTTTGAGCCATCTTTCATCACAATTCGCTCGTTTTTTTTTGTGTTTCAAGTGTTCT
TTATGGGGGTGCTTTTGTAGGTGAATGGCGTTGCTCAGTTGCATAGTGATATCTTAAAGG
ATGAGTTATTCGCCGACTATGTCTCTGTTTGGCCAAACAAGTTTCAAAACAAGACTAATG
GCATCACACCTCGAAGGTGGCTTCGTTTCTGCAGCCCTGAGCTCAGTGACATAATCACAA
AGTGGTTGAAGACTGACAAATGGATCACCGATCTTGACCTACTAACTGGTCTTCGACAGT
TTGCGGACAATGAAGAACTCCAATCTGAGTGGGCTTCCGCAAAGGCGGCGAATAAGCAAC
GTTTGGCTCAGTATATAGAGCGTGTGACTGGTGTGAGTATTGATCCAAACAGCTTGTTTG
ACATACAAGTTAAGCGTATCCACGAATACAAGAGGCAGCTTATGAACATTCTCGGAGTAA
TATACAGATTCAAGAAACTAAAGGAGATGAAGCCTGAGGAAAGGAAGAAAACAACTCCTC
GTACTATCATGATTGGGGGTAAAGCCTTTGCAACCTATACAAATGCAAAACGGATTGTGA
AGCTAGTGAATGATGTGGGCGACGTTGTTAACAGTGATCCAGAGGTCAACGAATACCTGA
AGGTTGTATTTGTTCCAAACTACAATGTGACTGTAGCAGAGATGCTTATACCCGGAAGTG
AGCTTTCTCAGCACATCAGCACAGCAGGCATGGAGGCAAGTGGTACAAGCAATATGAAAT
TCGCTCTCAACGGTTGCCTTATCATAGGAACCCTTGATGGGGCTAATGTGGAGATAAGAG
AGGAGATTGGCGAAGATAATTTCTTTCTTTTTGGTGCAACAGCCGATCAGGTCCCTCGAC
TGCGTAAAGAAAGAGAAGACGGACTCTTCAAACCAGATCCTCGATTTGAAGAGGCGAAGC
AGTTTGCCAAAAGTGGAGTGTTTGGAACCTATGACTACGGTCCGCTCCTTGATTCTCTCG
AGGGAAACACTGGTTATGGGCGTGGTGATTACTTCCTGGTTGGGTATGACTTCGCGAGCT
ACATGGATGCTCAGGCCAAAGTTGATGAAGCTTACAAGGACCGGAAGAGGTGGCTGAAGA
TGTCGACAATGAGCACAGCCGGGTCAGGAAAGTTCAGCAGCGACCGGACAATAGCTCAGT
ATGCCAAAGAGATTTGGAACATTGAGGCATGCCCCGTTCCTTAACTCCTTATATCGTTGC
AACAGACTTTGCCTTTTACCATGGCCTCTCTACATCCACACAGCTCCAAAGTCAATATAT
CTATATATATTTCATAACTGAATAAAGTAATAAACCTTTTCGTATTTATATGTTCATTAT
GTTTGCATAATTTAAATGTTTGTTCAAGTTAAACGTGGTTCAGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AH06TF U 1
AF RR3B590TF U 306
AF RR3B590JQ C 865
BS 1 425 RR3AH06TF
BS 426 426 RR3B590TF
BS 427 457 RR3AH06TF
BS 458 458 RR3B590TF
BS 459 544 RR3AH06TF
BS 545 545 RR3B590TF
BS 546 614 RR3AH06TF
BS 615 1010 RR3B590TF
BS 1011 1011 RR3B590JQ
BS 1012 1156 RR3B590TF
BS 1157 1544 RR3B590JQ

RD RR3AH06TF 614 0 0
GGGTAGATCTCGAGGATAAGCTTTCAAGTTTGAGCATCTTAGATCACAATCCGCAGAAGC
CAGTTGTGAGAATGGCTAACTTATGTGTTGTATCGTCGCACACAGTAAGTGGTCCCTCTT
TCAACTTTGAGCCATCTTTCATCACAATTCGCTCGTTTTTTTTTGTGTTTCAAGTGTTCT
TTATGGGGGTGCTTTTGTAGGTGAATGGCGTTGCTCAGTTGCATAGTGATATCTTAAAGG
ATGAGTTATTCGCCGACTATGTCTCTGTTTGGCCAAACAAGTTTCAAAACAAGACTAATG
GCATCACACCTCGAAGGTGGCTTCGTTTCTGCAGCCCTGAGCTCAGTGACATAATCACAA
AGTGGTTGAAGACTGACAAATGGATCACCGATCTTGACCTACTAACTGGTCTTCGACAGT
TTGCGTACAATGAAGAACTCCAATCTGAGTGGGCTTCTGCAAAGGCGGCGAATAAGCAAC
GTTTGGCTCAGTATATAGAGCGTGTGACTGGTGTGAGTATTGATCCAAACAGCTTGTTTG
ACATTCAAGTTAAGCGTATCCACGAATACAAGAGGCAGCTTATGAACATTCTCGGAGTAA
TATACAGATTCAAG

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3B590TF 851 0 0
G
CACCTCGAAGGTGGCTTCGTTTCTGCAGCCCTGAGCTCAGTGATATAATCACAAAGTGGT
TGAAGACTGACAAATGGATCACCGATCTTGACCTACTAACTGGTCTTCGACAGTTTGCGG
ACAATGAAGAACTCCAATCTGAGTGGGCTTCCGCAAAGGCGGCGAATAAGCAACGTTTGG
CTCAGTATATAGAGCGTGTGACTGGTGTGAGTATTGATCCAAACAGCTTGTTTGACATAC
AAGTTAAGCGTATCCACGAATACAAGAGGCAGCTTATGAACATTCTCGGAGTAATATACA
GATTCAAGAAACTAAAGGAGATGAAGCCTGAGGAAAGGAAGAAAACAACTCCTCGTACTA
TCATGATTGGGGGTAAAGCCTTTGCAACCTATACAAATGCAAAACGGATTGTGAAGCTAG
TGAATGATGTGGGCGACGTTGTTAACAGTGATCCAGAGGTCAACGAATACCTGAAGGTTG
TATTTGTTCCAAACTACAATGTGACTGTAGCAGAGATGCTTATACCCGGAAGTGAGCTTT
CTCAGCACATCAGCACAGCAGGCATGGAGGCAAGTGGTACAAGCAATATGAAATTCGCTC
TCAACGGTTGCCTTATCATAGGAACCCTTGATGGGGCTAATGTGGAGATAAGAGAGGAGA
TTGGCGAAGATAATTTCTTTCTTTTTGGTGCAACAGCCGATCAG*TCCCTCGACTGCGTA
AAGAAAGAGAAGACGGACTCTTCAAACCAGATCCTCGATTTGAAGAGGCGAAGCAGTTTG
CCAAAAGTGGAGTGTTTGGAACCTATGACTACGGTCCGCTCCTTGATTCTCTCGAGGGAA
ACACTGGTTA

QA 2 851 2 851
DS 

RD RR3B590JQ 680 0 0
CAGGCATGGAGGCAAGTGGTACAAGCAATATGAAATTCGCTCTCAACGGTTGCCTTATCA
TAGGAACCCTTGATGGGGCTAATGTGGAGATAAGAGAGGAGATTGGCGAAGATAATTTCT
TTCTTTTTGGTGCAACAGCCGATCAGGTCCCTCGACTGCGTAAAGAAAGAGAAGACGGAC
TCTTCAAACCAGATCCTCGATTTGAAGAGGCGAAGCAGTTTGCCAAAAGTGGAGTGTTTG
GAACCTATGACTACGGTCCGCTCCTTGATTCTCTCGAGGGAAACACTGGTTATGGGCGTG
GTGATTACTTCCTGGTTGGGTATGACTTCGCGAGCTACATGGATGCTCAGGCCAAAGTTG
ATGAAGCTTACAAGGACCGGAAGAGGTGGCTGAAGATGTCGACAATGAGCACAGCCGGGT
CAGGAAAGTTCAGCAGCGACCGGACAATAGCTCAGTATGCCAAAGAGATTTGGAACATTG
AGGCATGCCCCGTTCCTTAACTCCTTATATCGTTGCAACAGACTTTGCCTTTTACCATGG
CCTCTCTACATCCACACAGCTCCAAAGTCAATATATCTATATATATTTCATAACTGAATA
AAGTAATAAACCTTTTCGTATTTATATGTTCATTATGTTTGCATAATTTAAATGTTTGTT
CAAGTTAAACGTGGTTCAGT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL3428Contig1 840 2 8 U
GGATTCTTAAACTCAAGAACACTCTTGATTGCTCCTCATCCGGAACTGCTGCTGTTTTCG
CGGTTAAACATGGAAATCAAGTGATGGTGGCAAACCTAGGAGATTCAAGGGCGATTATGA
TTGGAACAAGTGAGAATGGAGAAATGAAGGTGGTTCAGTTAACCAGTGACCTAAAGCCAA
GTGTCCCAAGCGAAGCGGACAGAATAAGGAAACGCAACGGAAGGGTCTTAGCTTTAGAGT
CAGAACCTCATATTCTAAGAGTATGGCTTCCACATGAAAACCTACCAGGCTTAGCCATGT
CTAGGGCTTTTGGTGACTTCGTTCTTAAAAGCTATAGTGTCATTGCGACTCCTGAAGTCT
CTACGCATCAAATCACTTCTCGCGACCAGTTTCTGCTCCTTGCTTGTGATGGGGTGTGGG
ACGTGCTTAGTAACGAAGAAGTGGCTAAGGTGGTGATGAAGTCGGCAAATGAGGCAGGAG
CGGCCAACGCGGTGACAGAAGCGGCGACTAATGCGTGGAGACAGAAATATCCAACGGCTA
AGGTTGATGATATCACTGTCGTGTGTCTTTCTGTCAGCAAGAGACATGTTCCACAGCTTC
TTATATGATTAAACAAACACACTTGCGAAGAAACAAAATAAAGATTAAAGACTAATCAAA
GATGGATGAGAAAAACAGCTTACTCAGAGATTTCTGCGTGTTTACCTATTGAATGTGAAC
GTATGTGTATATCTACCGTTGTATGTCACGTCGTGTGATTGTTACTTAGTAATGAAATGA
TATAGAAGTTAGGAGTGATGTGTGTCGTGGGATAAAAGCAACAAGGATGTTGACATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GV16TF U 1
AF RR3GP33JQ C 210
BS 1 283 RR3GV16TF
BS 284 284 RR3GP33JQ
BS 285 335 RR3GV16TF
BS 336 336 RR3GP33JQ
BS 337 643 RR3GV16TF
BS 644 644 RR3GP33JQ
BS 645 787 RR3GV16TF
BS 788 840 RR3GP33JQ

RD RR3GV16TF 787 0 0
GGATTCTTAAACTCAAGAACACTCTTGATTGCTCCTCATCCGGAACTGCTGCTGTTTTCG
CGGTTAAACATGGAAATCAAGTGATGGTGGCAAACCTAGGAGATTCAAGGGCGATTATGA
TTGGAACAAGTGAGAATGGAGAAATGAAGGTGGTTCAGTTAACCAGTGACCTAAAGCCAA
GTGTCCCAAGCGAAGCGGACAGAATAAGGAAACGCAACGGAAGGGTCTTAGCTTTAGAGT
CAGAACCTCATATTCTAAGAGTATGGCTTCCACATGAAAACCTGCCAGGCTTAGCCATGT
CTAGGGCTTTTGGTGACTTCGTTCTTAAAAGCTATGGTGTCATTGCGACTCCTGAAGTCT
CTACGCATCAAATCACTTCTCGCGACCAGTTTCTGCTCCTTGCTTGTGATGGGGTGTGGG
ACGTGCTTAGTAACGAAGAAGTGGCTAAGGTGGTGATGAAGTCGGCAAATGAGGCAGGAG
CGGCCAACGCGGTGACAGAAGCGGCGACTAATGCGTGGAGACAGAAATATCCAACGGCTA
AGGTTGATGATATCACTGTCGTGTGTCTTTCTGTCAGCAAGAGACATGTTCCACAGCTTC
TTATATGATTAAACAAACACACTTGCGAAGAAACAAAATAAAGGTTAAAGACTAATCAAA
GATGGATGAGAAAAACAGCTTACTCAGAGATTTCTGCGTGTTTACCTATTGAATGTGAAC
GTATGTGTATATCTACCGTTGTATGTCACGTCGTGTGATTGTTACTTAGTAATGAAATGA
TATAGAA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3GP33JQ 631 0 0
AAACGCAACGGAAGGGTCTTAGCTTTAGAGTCAGAACCTCATATTCTAAGAGTATGGCTT
CCACATGAAAACCTACCAGGCTTAGCCATGTCTAGGGCTTTTGGTGACTTCGTTCTTAAA
AGCTATAGTGTCATTGCGACTCCTGAAGTCTCTACGCATCAAATCACTTCTCGCGACCAG
TTTCTGCTCCTTGCTTGTGATGGGGTGTGGGACTTGCTTAGTAACGAAGAAGTGGCTAAG
GTGGTGATGAAGTCGGCAAATGAGGCAGGAGCGGCCAACGCGGTGACAGAAGCGGCGACT
AATGCGTGGAGACAGAAATATCCAACGGCTAAGGTTGATGATATCACTGTCGTGTGTCTT
TCTGTCAGCAAGAGACATGTTCCACAGCTTCTTATATGATTAAACAAACACACTTGCGAA
GAAACAAAATAAAGATTAAAGACTAATCAAAGATGGATGAGAAAAACAGCTTACTCAGAG
ATTTCTGCGTGTTTACCTATTGAATGTGAACGTATGTGTATATCTACCGTTGTATGTCAC
GTCGTGTGATTGTTACTTAGTAATGAAATGATATAGAAGTTAGGAGTGATGTGTGTCGTG
GGATAAAAGCAACAAGGATGTTGACATTTCC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 3

CO CL3429Contig1 850 3 9 U
GGGATTGACTGAAACGTGTGCTGGAGCTACGTTTTCTGAGTGGGACGACCCTACTGTTGG
ACGCGTGGGACCACCACTTCCATGTGGCTACATAAAGCTTGTTTCTTGGGAAGAAGGTGG
CTATAGAATTTCAGACAAACCAATGCCTCGAGGGGAGATTGTGGTAGGTGGTAACAGTGT
AACAGCTGGTTACTTCAACAATCAAGAAAAAACAGATGAGGTTTACAAGGTTGATGAGAA
GGGAACGAGGTGGTTCTACACGGGAGACATAGGGAGATTCCACCCTGATGGATGTCTTGA
AGTTATCGACAGAAAGAAAGATATCGTTAAACTTCAACATGGGGAATATGTATCCCTTGG
AAAGGTGGAGGCAGCTTTGGGTTCAAGCAATTACGTTGACAACATTATGGTACAGGCAGA
CCCAATGAACAGCTACTGTGTCGCTCTTGTTGTACCGTCACACGGAGCATTGGAGAAATG
GGCAGAGGAAGCAGGAGTTAAATCCAGCGACTTCTCTGAGTTATGCGAGAACGGGGAAGC
AGTCAAGGAGGTTCAACAATCTCTTACCAAGGCAGCAAGCGGCAAAGCTAGAAAAGTTTG
AAATCCCAGCAAAGATAAAGTTATTGCCGGAGCCGTGGACACCAGAGTCGGGACTAGTCA
CAGCTGCTCTCAAGATAAAGAGGGAGCAAATAAAGGCAAAGTTCAAAGATGAACTCCACA
AGCTGTATGCCTAAAAGTCTTTATATATGTAACACTTGTAACAAAACTTCATATTTGCTT
GTGTTTTTTGACTTTACTTTCCATTAATAAAGTTTGATCATAAGGGGGTTTCTCCCTCTT
TTGGTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF60TF U 1
AF RR3DN92TF U 58
AF RR3DN92JQ C 118
BS 1 220 RR3GF60TF
BS 221 221 RR3DN92TF
BS 222 414 RR3GF60TF
BS 415 415 RR3DN92TF
BS 416 457 RR3GF60TF
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BS 459 541 RR3GF60TF
BS 542 749 RR3DN92TF
BS 750 850 RR3DN92JQ

RD RR3GF60TF 541 0 0
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ACGCGTGGGACCACCACTTCCATGTGGCTACATAAAGCTTGTTTCTTGGGAAGAAGGTGG
CTATAGAATTTCAGACAAACCAATGCCTCGAGGGGAGATTGTGGTAGGTGGTAACAGTGT
AACAGCTGGTTACTTCAACAATCAAGAAAAAACAGATGAG*TTTACAAGGTTGATGAGAA
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A

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3DN92TF 692 0 0
G
GGACGCGTGGGACCACCACTTCCATGTGGCTACATAAAGCTTGTTTCTTGGGAAGAAGGT
GGCTATAGAATTTCAGACAAACCAATGCCTCGAGGGGAGATTGTGGTAGGTGGTAACAGT
GTAACAGCTGGTTACTTCAACAATCAAGAAAAAACAGATGAGGTTTACAAGGTTGATGAG
AAGGGAACGAGGTGGTTCTACACGGGAGACATAGGGAGATTCCACCCTGATGGATGTCTT
GAAGTTATCGACAGAAAGAAAGATATCGTTAAACTTCAACATGGGGAATATGTATCCCTT
GGAAAGGTGGAGGCAGCTTTGGGTTCAAGCAATTACGTTGACAACATTATGGTACAGGCA
GACCCAATGAACAGCTACTGTGTCGCTCTTGTTGTACCGTCACACGGAGCATTGGAGAAA
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GCAGTCAAGGAGGTTCAACAATCTCTTACCAAGGCAGCAAGCGGCAAAGCTAGAAAAGTT
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CACAGCTGCTCTCAAGATAAAGAGGGAGCAAATAAAGGCAAAGTTCAAAGATGAACTCCA
CAAGCTGTATGCCTAAAAGTCTTTATATATG

QA 2 692 2 692
DS 

RD RR3DN92JQ 733 0 0
TGGCTATAGAATTTCAGACAAACCAATGCCTCGAGGGGAGATTGTGGTAGGTGGTAACAG
TGTAACAGCTGGTTACTTCAACAATCAAGAAAAAACAGATGAGGTTTACAAGGTTGATGA
GAAGGGAACGAGGTGGTTCTACACGGGAGACATAGGGAGATTCCACCCTGATGGATGTCT
TGAAGTTATCGACAGAAAGAAAGATATCGTTAAACTTCAACATGGGGAATATGTATCCCT
TGGAAAGGTGGAGGCAGCTTTGGGTTCAAGCAATTACGTTGACAACATTATGGTACAGGC
AGACCCAATGAACAGCTACTGTGTCGCTCTTGTTGTACCGTCACACGGAGCATTGGAGAA
ATGGGCAGAGGAAGCAGGAGTTAAATCCAGCGACTTCTCTGAGTTATGCGAGAACGGGGA
AGCAGTCAAGGAGGTTCAACAATCTCTTACCAAGGCAGCAAGCGGCAAAGCTAGAAAAGT
TTGAAATCCCAGCAAAGATAAAGTTATTGCCGGAGCCGTGGACACCAGAGTCGGGACTAG
TCACAGCTGCTCTCAAGATAAAGAGGGAGCAAATAAAGGCAAAGTTCAAAGATGAACTCC
ACAAGCTGTATGCCTAAAAGTCTTTATATATGTAACACTTGTAACAAAACTTCATATTTG
CTTGTGTTTTTTGACTTTACTTTCCATTAATAAAGTTTGATCATAAGGGGGTTTCTCCCT
CTTTTGGTTTCTC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 3

CO CL3430Contig1 785 3 7 U
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AAGACTCCTAAACGAATAGTCTCTCTTTTCTCAAGTTAAGGTGATGATTGGTGAATAAAA
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TCTGGTCGAAGTTGGCTGTCGGAAGTTTCTCCAACTCTCTCGCTGCGTATAGAAGAGCCA
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CAACTCCTCCAGAGAGCTTAGCCAACCTTTCTTGCAGTTTCTCCTTGTCGTAATCTGAGG
TGCTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3CF82TF C 57
AF RR3DE77JQ U 44
AF RR3EQ55JQ U 1
BS 1 559 RR3EQ55JQ
BS 560 560 RR3DE77JQ
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BS 747 747 RR3DE77JQ
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RD RR3CF82TF 291 0 0
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AAAAAACAAAAGAGTTTTAGTAAATGTAACTAATAATCCATGCCTCCCATTCCACCCATG
CCTGCTCCAGCTCCTGCTGACTCGCTTTCATCTTTGGGAAGATCCACAACTACAGCTTCA
GTTGTCGTCAACAGAGATGACACACTAGCAGCATCAACCAGAGCCGTCC
CC

QA 1 289 1 289
DS 

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ACACAGGCAAAGGACAAAAGACTCCTAAACGAATAGTCTCTCTTTTCTCAAGTTAAGGTG
ATGATTGGTGAATAAAAAACAAAAGAGTTTTAGTAAATGTAACTAATAATCCATGCCTCC
CATTCCACCCATGCCCGCTCCAGCTCCTGCTGACTCGCTTTCATCTTTGGGAAGATCCAC
AACTACAGCTTCAGTTGTCGTCAACAGAGATGACACACTAGCAGCATCAACCAGAGCCGT
CCTGATCACTTTCAGAGGATCTATGATACCAGCTTTCACCATATCCACATATTCACCTTT
AGCAGCATCATAACCGAGGTCTGTGTTATCTTGCTCCAAGAGCTTTCCAACGATAACAGC
ACCTTCGACGCCAGCGTTTGAAGCAATTGTGTGAACAGGTGTCTTCAAAGCGTTCTGAAT
GATCTGCACACCAATCTTCTGGTCGAAGTTGGCTGTCGGAAGTTTCTCCAACTCTCTCGC
TGCGTATAGAAGAGCCACACCTCCTCCTGGTAAAATACCCTCTTCAACAGCTGCTTTAGT
GGCATTCAAAGCATCTGTAACTCTGTCTTTCTTTTCACCAACCTCAGCTTCACTTGCTCC
CCCAATCTTCAAAACAGCAACTCCTCCAGAGAGCTTAGCCAACCTTTCTTGCAGTTTCTC
CTTGTCGTAATC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3EQ55JQ 785 0 0
GTCTGCTCTATGTGTGACTTTAAAATTAGGCGACAAAACTAATAAACAGTCCACATAGTT
AAACAGGCAATGATGTCCTGTTTAATTGTTATTATTTCGTAAAACACAGGCAAAGGACAA
AAGACTCCTAAACGAATAGTCTCTCTTTTCTCAAGTTAAGGTGATGATTGGTGAATAAAA
AACAAAAGAGTTTTAGTAAATGTAACTAATAATCCATGCCTCCCATTCCACCCATGCCTG
CTCCAGCTCCTGCTGACTCGCTTTCATCTTTGGGAAGATCCACAACTACAGCTTCAGTTG
TCGTCAACAGAGATGACACACTAGCAGCATCAACCAGAGCCGTCCTGATCACTTTCAGAG
GATCTATGATACCAGCTTTCACCATATCCACATATTCACCTTTAGCAGCATCATAACCGA
GGTCTGTGTTATCTTGCTCCAAGAGCTTTCCAACGATAACAGCACCTTCGACGCCAGCGT
TTGAAGCAATTGTGTGAACAGGTGTCTTCAAAGCGTTCTGAATGATCTGCACACCAATCT
TCTGGTCGAAGTTGGCTGTTGGAAGTTTCTCCAACTCTCTCGCTGCGTATAGAAGAGCCA
CACCTC*TCCTGGTAAAATACCCTCTTCAACAGCTGCTTTAGTGGCATTCAAAGCATCTG
TAACTCTGTCTTTCTTTTCACCAACCTCAGCTTCACTTGCTCCCCCAATCTTCAAAACAA
CAACTCCTCCAGAGAGCTTAGCCAAC*TTTCTTGCAGTTTCTCCTTGTCGTAATCTGAGG
TGCTC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL3431Contig1 1352 2 6 U
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GGAAAACAAATATGTATAGTCGGACAATCAAGAGAAGTGTAACCTTTGTGACATGGACTA
AGATCAAGTATTCAAGTTCAAACACTGATCTCAAGATCTTAAACAATTGTGTGTTTCTCA
GCCTACAAGATCTCTGCTGCTGTAATAATTGAACTCAGGGCTTTGATATAGTCTTAAGAG
CAGAATTGTTGAGACGCGTAGGCAAAAGCTTTACTGGCTCAACAATGAATCCAGCTTTCT
TACATTCTTCTTCGAGAAGTTTGACCTGAGATGGCCCGTCCGGGCAGAAAGCCACCACAG
CTCCCCCGCTTCCCGTGAACTTTGCAGCTGCACCGATCTTACGTGCCACTTCCACCATTT
CTATGTTCATGGCTCCCAAACATTCATCTCCAAACATACTCCTTCGAAGGTCGAAGTTAC
GGTTCATGAGTTCTTTGAGCTTGGTGTAATCTTTTTTAAGTAATGCAGTTCGACCATCTT
CTGCTAATTTTGCAATTTCTGCCATTGAGGATATTATAAACTCATCACCATCTAACCACT
TCCTACGAACCGTGCTATGAACCTTCCCGGAGTCACTAGGATTCTCAGCATAGATGAGAT
GCAGAGGAGGAAGAAGATTAATATCCATTATAGTATAAATCCCATAGCCAACTCTATCCA
TATGGTCTTTACTAAAATCCATGTGAACAAGACCACCACCATAGACTTGAGCAACACGGT
CTTGAAGACCTGCAACAATACCAAGTTCTTTCTCGGCATTAAGAATAAGGTTAGGTCGAA
ATTCTATCCTTATTAAATGCCTGACATTGTAGAAGTCAAGAAGGCAGCTAAGAGCAGCAG
ATACAATTGCACTCGAACCCGAAAGCCCCGTCTGTCTAGGGATATTGGTATCATAAGATA
GAGTGAAGCTTCGTTCATGAAGATGTATGCCATTGTCTTTGCAATAATTGCGGAATACTT
TACATATCGCCATTAGCAACCTTACACCTCCATAGTACCCTTCGTTTTTCAATCGATAAG
CGAGATTATCGAGAGAGTCGAAGCGGACAAGGTCATGGAAAGGATGAGGCTTGATCAAGA
GATAGTCGGATGGCTCTAGTTTAGCCGTCGCCCAAAAATTGCCGATGGTAAAGGATATCG
TGCGGCCGAAGTAAACATCGCTAGGGTTTCCCAAAAACCCTATTCTAGCGAACGAGCGAT
GCTCCAACACAGCCTTGTTATCGTCGCCAGAACTCGCCTGTTTCGGATTTGGATCCATAC
TTGCCTATTATGAATTTCAAATGTGCTTCCCC


BQ
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AF RR3CV84JQB U 1
AF RR3B584TF C 567
BS 1 628 RR3CV84JQB
BS 629 629 RR3B584TF
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RD RR3CV84JQB 775 0 0
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GGAAAACAAATATGTATAGTCGGACAATCAAGAGAAGTGTAACCTTTGTGACATGGACTA
AGATCAAGTATTCAAGTTCAAACACTGATCTCAAGATCTTAAACAATTGTGTGTTTCTCA
GCCTACAAGATCTCTGCTGCTGTAATAATTGAACTCAGGGCTTTGATATAGTCTTAAGAG
CAGAATTGTTGAGACGCGTAGGCAAAAGCTTTACTGGCTCAACAATGAATCCAGCTTTCT
TACATTCTTCTTCGAGAAGTTTGACCTGAGATGGCCCGTCCGGGCAGAAAGCCACCACAG
CTCCCCCGCTTCCCGTGAACTTTGCAGCTGCACCGATCTTACGTGCCACTTCCACCATTT
CTATGTTCATGGCTCCCAAACATTCATCTCCAAACATACTCCTTCGAAGGTCGAAGTTAC
GGTTCATGAGTTCTTTGAGCTTGGTGTAATCTTTTTTAAGTAATGCAGTTCGACCATCTT
CTGCTAATTTTGCAATTTCTGCCATTGAGGATATTATAAACTCATCACCATCTAACCACT
TCCTACGAACCGTGCTATGAACCTTCCCTGAGTCACTAGGATTCTCGGCATAGATGAGAT
GCAGAGGAGGAAGAAGATTAATATCCATTATAGTATAAATCCCATAGCCAACTCTATCCA
TATGGTCTTTACTAAAATCCATGTGAACAAGACCACCACCATAGACTTGAGCAAC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3B584TF 786 0 0
GAGGATATTATAAACTCATCACCATCTAACCACTTC*TACGAACCGTGCTATGAACCTTC
CCGGAGTCACTAGGATTCTCAGCATAGATGAGATGCAGAGGAGGAAGAAGATTGATATCC
ATTATAGTATAAATCCCATAGCCAACTCTATCCATATGGTCTTTACTAAAATCCATGTGA
ACAAGACCACCACCATAGACTTGAGCAACACGGTCTTGAAGACCTGCAACAATACCAAGT
TCTTTCTCGGCATTAAGAATAAGGTTAGGTCGAAATTCTATCCTTATTAAATGCCTGACA
TTGTAGAAGTCAAGAAGGCAGCTAAGAGCAGCAGATACAATTGCACTCGAACCCGAAAGC
CCCGTCTGTCTAGGGATATTGGTATCATAAGATAGAGTGAAGCTTCGTTCATGAAGATGT
ATGCCATTGTCTTTGCAATAATTGCGGAATACTTTACATATCGCCATTAGCAACCTTACA
CCTCCATAGTACCCTTCGTTTTTCAATCGATAAGCGAGATTATCGAGAGAGTCGAAGCGG
ACAAGGTCATGGAAAGGATGAGGCTTGATCAAGAGATAGTCGGATGGCTCTAGTTTAGCC
GTCGCCCAAAAATTGCCGATGGTAAAGGATATCGTGCGGCCGAAGTAAACATCGCTAGGG
TTTCCCAAAAACCCTATTCTAGCGAACGAGCGATGCTCCAACACAGCCTTGTTATCGTCG
CCAGAACTCGCCTGTTTCGGATTTGGATCCATACTTGCCTATTATGAATTTCAAATGTGC
TTCCCC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 3

CO CL3432Contig1 724 3 2 U
GGACATCTCTTCTCGCCTCTTCCTTTAACAAACTATTTGGAACCTAATTTCAAATTCAAC
TATTTGAAATCTAATTTCAAATTGGTTGTTGAGGTAAAGTTGAGCTCTAGTCATGGCCAA
GATCGCCTTGTTGCTTTTCGTCATGGCCATTCTGGTCTCTCTCCACGCTAATGAAGCTCA
CCACCGTAAGGGAGATCCAGCGCGTGAAAAAGACCTACCAGCCAAGAAAAAGAGCATTCA
AGGATTGACATCTGAAGTGAAACCGTTGAGCAAATCTGAACAGGTGGTGAATAACATTGA
AAAAGATCACAATAAGAACAAAATGCTTTCAAAGAAAGATCACAAGATGAAACTGGACTC
AATGGCTTATGCACAGAAACTCAAAAAATTCCGCAGGGTTACAAAAATCAAGAGAGTACC
TGCGAGAAAGAGGAAATCTGCATCCATAATCCAATCGATCTTGAATGATTTTGGATTAAA
CGGAGGGAGAAACTAACAAAAATAACAATTAGGGTTTGATTCATATTGATGACTTTATAA
AGGAGGTTTGAACCTGGCCATGGATTTTAGCTTTAAAAGTGAGTGGAGAAAATAATTTCC
CCATATTATATTATTTACATCATATTGTAATTGATATAAGTTAATGAAATATTACTACTT
ATGATATCATAATATGTTTCTATGCGATGTTTAATTTTATTATTATTGATGACAGTTTTC
TACT


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20 20 20 20 

AF RR3C889TF U 1
AF RR3C890JQ C 1
AF RR3C890TF U 163
BS 1 206 RR3C889TF
BS 207 724 RR3C890TF

RD RR3C889TF 206 0 0
GGACATCTCTTCTCGCCTCTTCCTTTAACAAACTATTTGGAACCTAATTTCAAATTCAAC
TATTTGAAATCTAATTTCAAATTGGTTGTTGAGGTAAAGTTGAGCTCTAGTCATGGCCAA
GATCGCCTTGTTGCTTTTCGTCATGGCCATTCTGGTCTCTCTCCACGCTAATGAAGCTCA
CCACCGTAAGGGAGATCCAGCGCGTG

QA 1 206 1 206
DS 

RD RR3C890JQ 724 0 0
GGACATCTCTTCTCGCCTCTTCCTTTAACAAACTATTTGGAACCTAATTTCAAATTCAAC
TATTTGAAATCTAATTTCAAATTGGTTGTTGAGGTAAAGTTGAGCTCTAGTCATGGCCAA
GATCGCCTTGTTGCTTTTCGTCATGGCCATTCTGGTCTCTCTCCACGCTAATGAAGCTCA
CCACCGTAAGGGAGATCCAGCGCGTGAAAAAGACCTACCAGCCAAGAAAAAGAGCATTCA
AGGATTGACATCTGAAGTGAAACCGTTGAGCAAATCTGAACAGGTGGTGAATAACATTGA
AAAAGATCACAATAAGAACAAAATGCTTTCAAAGAAAGATCACAAGATGAAACTGGACTC
AATGGCTTATGCACAGAAACTCAAAAAATTCCGCAGGGTTACAAAAATCAAGAGAGTACC
TGCGAGAAAGAGGAAATCTGCATCCATAATCCAATCGATCTTGAATGATTTTGGATTAAA
CGGAGGGAGAAACTAACAAAAATAACAATTAGGGTTTGATTCATATTGATGACTTTATAA
AGGAGGTTTGAACCTGGCCATGGATTTTAGCTTTAAAAGTGAGTGGAGAAAATAATTTCC
CCATATTATATTATTTACATCATATTGTAATTGATATAAGTTAATGAAATATTACTACTT
ATGATATCATAATATGTTTCTATGCGATGTTTAATTTTATTATTATTGATGACAGTTTTC
TACT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3C890TF 562 0 0
CCACGCTAATGAAGCTCACCACCGTAAGGGAGATCCAGCGCGTGAAAAAGACCTACCAGC
CAAGAAAAAGAGCATTCAAGGATTGACATCTGAAGTGAAACCGTTGAGCAAATCTGAACA
GGTGGTGAATAACATTGAAAAAGATCACAATAAGAACAAAATGCTTTCAAAGAAAGATCA
CAAGATGAAACTGGACTCAATGGCTTATGCACAGAAACTCAAAAAATTCCGCAGGGTTAC
AAAAATCAAGAGAGTACCTGCGAGAAAGAGGAAATCTGCATCCATAATCCAATCGATCTT
GAATGATTTTGGATTAAACGGAGGGAGAAACTAACAAAAATAACAATTAGGGTTTGATTC
ATATTGATGACTTTATAAAGGAGGTTTGAACCTGGCCATGGATTTTAGCTTTAAAAGTGA
GTGGAGAAAATAATTTCCCCATATTATATTATTTACATCATATTGTAATTGATATAAGTT
AATGAAATATTACTACTTATGATATCATAATATGTTTCTATGCGATGTTTAATTTTATTA
TTATTGATGACAGTTTTCTACT

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

CO CL3433Contig1 1154 2 2 U
GATCGAGAACCGAGTGCCGTGTTCATCAGAGGCTAGATGTCACCGTTGATGCGATACTAG
CTGGGAAATCTGCTCCATGTGAGATCCGTAAAATTCGTGGTGGAGAAGACGATGTTCCGC
ATAAGCTAGTGACTCCCATTCCTCTGGAGAATCTTGAAGAGGAGCCTGCATCAATTCTCA
ACATAGACTTTGCAAGTGAAGTGCTGTCTGACGACGAAGATGAAGACTTAGACTTTCTTC
CCACTCCGTATAAGAAGGCCAGCAGTAACATATCTAAGAGCCAAAGAAGTTCACCTGTTC
ATGTTTATACTTACAATGTACTTGAAGCTGATCTTCTTCAAGTAGCCGAAGTTATGGGGC
TAGAAGAAGACATAGAAGTGACGGATGATGTTGGAGAAGCAGATGTCATTTTGGCCTCGA
GTCCTGAACTGAAACAGAACCCATCAATCCGTCGTGTTGCCAAATTACACAAGCTACCGA
TATTTGTCATTAAGTCAACTACAATGGCTCAGATGGTCAAGGCAGTTAGAATGATCCTTG
GGAGAGAATCGTTTGGCTCAGCCCCTATAACCATAGAGAAATCTTCCGTTGATGATATCG
AGATCAAAGATGATGCTCCAGAGAGCAAACCCAGTTTAGAAGAACTAGATGCCCTCGAGG
AGGTCCGTCTAGCTATTGAATACATTGTAATCTCGGGAGGTGAACCAGTGGAGCTACTTC
CTAGACGTTCAGACATAATAGTCCGACAGCTGGAGCTGGTAGAGAGTTACCAACTCGCGG
TGGAGAATCTAGGCACTCACCTTAACCCGCGGCTTCAGATACTTCCTCGTCGATCCACCA
AGAAAATGTTGCCATCTACATCCGCAAAGAAGGCAGCAGATGATGATAACATGGGGAATA
CGTCTACTCGTCTTCCTTTCCTCAAGGATTGACGTCACTGACTCAAGCATATGGATCCTA
TCTATACAACATTGCAGACACTCGTGAATATTTGTACATTCAGTGTAAGTAATATGTTAA
TGTTGTGGTCATTGTTAGTTTGTTCCTCATTTGCAATGTATGTTACAACTCCTATGCTCT
GCCTCCTTTAAATATTCACATGGGTAACTGTAATGTTGAGGAAAAGTAAAAAAAAAGGTG
CAATCTGTAGATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DB34TF U 1
AF RR3DB34JQ C 299
BS 1 637 RR3DB34TF
BS 638 1154 RR3DB34JQ

RD RR3DB34TF 637 0 0
GATCGAGAACCGAGTGCCGTGTTCATCAGAGGCTAGATGTCACCGTTGATGCGATACTAG
CTGGGAAATCTGCTCCATGTGAGATCCGTAAAATTCGTGGTGGAGAAGACGATGTTCCGC
ATAAGCTAGTGACTCCCATTCCTCTGGAGAATCTTGAAGAGGAGCCTGCATCAATTCTCA
ACATAGACTTTGCAAGTGAAGTGCTGTCTGACGACGAAGATGAAGACTTAGACTTTCTTC
CCACTCCGTATAAGAAGGCCAGCAGTAACATATCTAAGAGCCAAAGAAGTTCACCTGTTC
ATGTTTATACTTACAATGTACTTGAAGCTGATCTTCTTCAAGTAGCCGAAGTTATGGGGC
TAGAAGAAGACATAGAAGTGACGGATGATGTTGGAGAAGCAGATGTCATTTTGGCCTCGA
GTCCTGAACTGAAACAGAACCCATCAATCCGTCGTGTTGCCAAATTACACAAGCTACCGA
TATTTGTCATTAAGTCAACTACAATGGCTCAGATGGTCAAGGCAGTTAGAATGATCCTTG
GGAGAGAATCGTTTGGCTCAGCCCCTATAACCATAGAGAAATCTTCCGTTGATGATATCG
AGATCAAAGATGATGCTCCAGAGAGCAAACCCAGTTT

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3DB34JQ 856 0 0
TCATGTTTATACTTACAATGTACTTGAAGCTGATCTTCTTCAAGTAGCCGAAGTTATGGG
GCTAGAAGAAGACATAGAAGTGACGGATGATGTTGGAGAAGCAGATGTCATTTTGGCCTC
GAGTC*TGAACTGAAACAGAACCCATCAATCCGTCGTGTTGCCAAATTACACAAGCTACC
GATATTTGTCATTAAGTCAACTACAATGGCTCAGATGGTCAAGGCAGTTAGAATGATCCT
TGGGAGAGAATCGTTTGGCTCAGCCCCTATAACCATAGAGAAATCTTCCGTTGATGATAT
CGAGATCAAAGATGATGCTCCAGAGAGCAAACCCAGTTTAGAAGAACTAGATGCCCTCGA
GGAGGTCCGTCTAGCTATTGAATACATTGTAATCTCGGGAGGTGAACCAGTGGAGCTACT
TCCTAGACGTTCAGACATAATAGTCCGACAGCTGGAGCTGGTAGAGAGTTACCAACTCGC
GGTGGAGAATCTAGGCACTCACCTTAACCCGCGGCTTCAGATACTTCCTCGTCGATCCAC
CAAGAAAATGTTGCCATCTACATCCGCAAAGAAGGCAGCAGATGATGATAACATGGGGAA
TACGTCTACTCGTCTTCCTTTCCTCAAGGATTGACGTCACTGACTCAAGCATATGGATCC
TATCTATACAACATTGCAGACACTCGTGAATATTTGTACATTCAGTGTAAGTAATATGTT
AATGTTGTGGTCATTGTTAGTTTGTTCCTCATTTGCAATGTATGTTACAACTCCTATGCT
CTGCCTCCTTTAAATATTCACATGGGTAACTGTAATGTTGAGGAAAAGTAAAAAAAAAGG
TGCAATCTGTAGATAT

QA 1 856 1 856
DS 



AS 1 3

CO CL3434Contig1 849 3 5 U
GTGGATGAATATATAGTTGAATTATGACTATTAGTTTGTGCTTGAACATGGCGTCATTAT
TTACGTATCATATACATCTGAATGCTTAATCAACCACAAGTCCGACACAACCACCTGAAC
TTTCGAAGCTACATTAGATGAATCTACAAATGCAATCGAGCCCACTGCTTTCTGTATTTA
CTGAGATTGGACCGCTTTACACAATTGATTCCTGAAAGAAACTGCTATGGCTCGTGTGAG
GGTTTTGCCAGATACTCACGCCATTCTTCTGGCATTCCCTTACTCGATCTCAGCATCCTT
ATAGCTGCATTTGTTAAAGGTATGGCAACAATGTCATATTCTTTTGGTTCCTTTGGAGAC
TTGAGTAACTTCATGTGTGCTTCTTCTACTGTCCTGTGACCTTTCTTTGAGTTGCATCTT
GAACATGCAGCTACCAGATTTTGCCAAGTCCATTCACCACCTCGCGAAATGGGGATAACA
TGATCAATGGTCAAGTTTTCACGGGAAGTACAATATTGACAAGTGTAGTCGTCTCGCAGT
AAAATGTTTTTACGACTCAGTGAATTTTTCACTCTTCTTCTTTTAACAACCTGAAGCAGA
TGTGGAACCCTTAATACAGCAGGTATGTAGAATGAACCAGTAGGAGAATCAACAGTCTGA
TCATAATACTCCAGAACATCGGCCTTATCCATGTACTCAAGACAGATTGCGCGCTTCCAG
CAAACAACATTCACCGGCCTGTATGAAATATCAAGAACCAAGCCTCTGAAGCAAGATAAA
TCATCCGTCTCCAAATCACTATCATCATCTCCGTACAAGTTCCAATCATCTGCGTCGTCG
TCTTCTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF04JQ U 1
AF RR3GV24JQ U 40
AF RR3GV24TF C 217
BS 1 51 RR3FF04JQ
BS 52 52 RR3GV24JQ
BS 53 526 RR3FF04JQ
BS 527 603 RR3GV24JQ
BS 604 849 RR3GV24TF

RD RR3FF04JQ 526 0 0
GTGGATGAATATATAGTTGAATTATGACTATTAGTTTGTGCTTGAACATGGTGTCATTAT
TTACGTATCATATACATCTGAATGCTTAATCAACCACAAGTCCGACACAACCACCTGAAC
TTTCGAAGCTACATTAGATGAATCTACAAATGCAATCGAGCCCACTGCTTTCTGTATTTA
CTGAGATTGGACCGCTTTACACAATTGATTCCTGAAAGAAACTGCTATGGCTCGTGTGAG
GGTTTTGCCAGATACTCACGCCATTCTTCTGGCATTCCCTTACTCGATCTCAGCATCCTT
ATAGCTGCATTTGTTAAAGGTATGGCAACAATGTCATATTCTTTTGGTTCCTTTGGAGAC
TTGAGTAACTTCATGTGTGCTTCTTCTACTGTCCTGTGACCTTTCTTTGAGTTGCATCTT
GAACATGCAGCTACCAGATTTTGCCAAGTCCATTCACCACCTCGCGAAATGGGGATAACA
TGATCAATGGTCAAGTTTTCACGGGAAGTACAATATTGACAAGTGT

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR3GV24JQ 564 0 0
GCTTGAACATGGCGTCATTATTTACGTATCATATACATCTGAATGCTTAATCAACCACAA
GTCCGACACAACCACCTGAACTTTCGAAGCTACATTAGATGAATCTACAAATGCAATCGA
GCCCACTGCTTTCTGTATTTACTGAGATTGGACCGCTTTACACAATTGATTCCTGAGAGA
AACTGCTATGGCTCGTGTGAGGGTTTTGCCAGATACTCACGCCATTCTTCTGGCATTCCC
TTACTCGATCTCAGCATCCTTATAGCTGCATTTGTTAAAGGTATGGCAACAATGTCATAT
TCTTTTGGTTCCTTTGGAGACTTGAGTAACTTCATGTGTGCTTCTTCTACTGTCCTGTGA
CCTTTCTTTGAGTTGCATCTTGAACATGCAGCTACCAGATTTTGCCAAGTCCATTCACCA
CCTCGCGAAATGGGGATAACATGATCAATGGTCAAGTTTTCACGGGAAGTACAATATTGA
CAAGTGTAGTCGTCTCGCAGTAAAATGTTTTTACGACTCAGTGAATTTTTCACTCTTCTT
CTTTTAACAACCTGAAGCAGATGT

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3GV24TF 633 0 0
AGAAACTGCTATGGCTCGTGTGAGGGTTTTGCCAGATACTCACGCCATTCTTCTGGCATT
CCCTTACTCGATCTCAGCATCCTTATAGCTGCATTTGTTAAAGGTATGGCAACAATGTCA
TATTCTTTTGGTTCCTTTGGAGACTTGAGTAACTTCATGTGTGCTTCTTCTACTGTCCTG
TGACCTTTCTTTGAGTTGCATCTTGAACATGCAGCTACCAGATTTTGCCAAGTCCATTCA
CCACCTCGCGAAATGGGGATAACATGATCAATGGTCAAGTTTTCACGGGAAGTACAATAT
TGACAAGTGTAGTCGTCTCGCAGTAAAATGTTTTTACGACTCAGTGAATTTTTCACTCTT
CTTCTTTTAACAACCTGAAGCAGATGTGGAACCCTTAATACAGCAGGTATGTAGAATGAA
CCAGTAGGAGAATCAACAGTCTGATCATAATACTCCAGAACATCGGCCTTATCCATGTAC
TCAAGACAGATTGCGCGCTTCCAGCAAACAACATTCACCGGCCTGTATGAAATATCAAGA
ACCAAGCCTCTGAAGCAAGATAAATCATCCGTCTCCAAATCACTATCATCATCTCCGTAC
AAGTTCCAATCATCTGCGTCGTCGTCTTCTCGC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 3

CO CL3435Contig1 933 3 11 U
GGATTTTCGTGTCTGTCTCTGTTGTGTGTGTTCAGAAGAATATTAAGATGGATAGAGTTG
AATCTTATGTGTTTAATATCTCCGGTGACAATCTATATCACTCTTCTTCTTCAGAGTCTT
CTTCCATCGGGAGGAACAGCGACGACGAAGAAGAAGTAGAAGAGTTTCACGGCGACGGGG
AAGAGAACGAAGCAGAGTCTCCGTACAAAGGCCCTCTTGATCTGATGGAATCACTAGAAG
AAGTCTTACCCATTAGGAAAGGGATATCGAGTTT**ACGACGGGAAATCAAAGTCTTTCA
CGAACCTAGCGGCGGCTGCGTCGGCGTTGACTTCTTCATCGTCGATGAAGGACTTGGCCA
AGCCGGAGAATTCTTACAGCCGGAGGAGGAGGAATCTCCTCTGCCATCAGATTTGGGAGA
ACAATAAATCGACTCCACGTGGCGGGATCTCCAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGA
GCGTTTTGACGCTCGCCGTGGCGGTTGCGGCCGGAGAAGGATCTTCATCCGGTGAAGACT
CGTCGTCGGGATCAAGTCCGACGAACTCTGGATCTCCTCCTCCGAGGCAGAGACATCATC
ATCATCATCATCAGACGATAACGATGCTTCCTCCGTTGTATCCTAGTAGTAGGAGTCATC
AAGCGTCTTTTGGTAATTTGAAGTCGTCTCAATCGTCGTTGGAGTTTTGTGCCTTGAGAT
CGTCTTCGGTTGCTGATTTTTCGAGGTGTCTTGGGTCCAAATGAATCGTAGTGGACCGGA
CCATAGCATACTTGAAACTTATTTTTTAGCCCTGTTAACATCCGGAGAATGTATAGACGA
GTTTCGAATTAAATGGATCTATAACTTCATCTTGTTTTTTTGTCCTTAATCAAGTGTTGA
ATGCTAAATAATAAAATAGAAACATCTAATGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP46TF U 1
AF RR3BE04TF U 7
AF RR3BE04JQ C 141
BS 1 274 RR3EP46TF
BS 275 276 RR3BE04TF
BS 277 278 RR3EP46TF
BS 279 280 RR3BE04TF
BS 281 371 RR3EP46TF
BS 372 372 RR3BE04TF
BS 373 652 RR3EP46TF
BS 653 653 RR3BE04TF
BS 654 670 RR3EP46TF
BS 671 761 RR3BE04TF
BS 762 933 RR3BE04JQ

RD RR3EP46TF 675 0 0
GGATTTTCGTGTCTGTCTCTGTTGTGTGTGTTCAGAAGAATATTAAGATGGATAGAGTTG
AATCTTATGTGTTTAATATCTCCGGTGACAATCTATATCACTCTTCTTCTTCAGAGTCTT
CTTCCATCGGGAGGAACAGCGACGACGAAGAAGAAGTAGAAGAGTTTCACGGCGACGGGG
AAGAGAACGAAGCAGAGTCTCCGTACAAAGGCCCTCTTGATCTGATGGAATCACTAGAAG
AAGTCTTACCCATTAGGAAAGGGATATCGAGTTTTTACAGCGGGAAATCAAAGTCTTTCA
CGAACCTAGCGGCGGCTGCGTCGGCGTTGACTTCTTCATCGTCGATGAAGGACTTGGCCA
AGCCGGAGAATCCTTACAGCCGGAGGAGGAGGAATCTCCTCTGCCATCAGATTTGGGAGA
ACAATAAATCGACTCCACGTGGCGGGATCTCCAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGA
GCGTTTTGACGCTCGCCGTGGCGGTTGCGGCCGGAGAAGGATCTTCATCCGGTGAAGACT
CGTCGTCGGGATCAAGTCCGACGAACTCTGGATCTCCTCCTCCGAGGCAGAGACATCATC
ATCATCATCATCAGACGATAACGATGCTTCCTCCGTTGTATCCTAGTAGTAG*AGTCATC
AAGCGTCTTT
GGTAA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3BE04TF 755 0 0
GG
GTGTCTGTCTCTGTTGTGTGTGTTCAGAAGAATATTAAGATGGATAGAGTTGAATCTTAT
GTGTTTAATATCTCCGGTGACGATCTATATCACTCTTCTTCTTCAGAGTCTTCTTCCATC
GGGAGGAACAGCGACGACGAAGAAGAAGTAGAAGAGTTTCACGGCGACGGGGAAGAGAAC
GAAGCAGAGTCTCCGTACAAAGGCCCTCTTGATCTGATGGAATCACTAGAAGAAGTCTTA
CCCATTAGGAAAGGGATATCGAGTTT**ACGACGGGAAATCAAAGTCTTTCACGAACCTA
GCGGCGGCTGCGTCGGCGTTGACTTCTTCATCGTCGATGAAGGACTTGGCCAAGCCGGAG
AATTCTTACAGCCGGAGGAGGAGGAATCTCCTCTGCCATCAGATTTGGGAGAACAATAAA
TCGACTCCACGTGGCGGGATCTCCAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGAGCGTTTTG
ACGCTCGCCGTGGCGGTTGCGGCCGGAGAAGGATCTTCATCCGGTGAAGACTCGTCGTCG
GGATCAAGTCCGACGAACTCTGGATCTCCTCCTCCGAGGCAGAGACATCATCATCATCAT
CATCAGACGATAACGATGCTTCCTCCGTTGTATCCTAGTAGTAGGAGTCATCAAGCGTCT
TTTGGTAATTTGAAGTCGTCTCAATCGTCGTTGGAGTTTTGTGCCTTGAGATCGTCTTCG
GTTGCTGATTTTTCGAGGTGTCTTGGGTCCAAA

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR3BE04JQ 793 0 0
GACGACGAAGAAGAAGTAGAAGAGTTTCACGGCGACGGGGAAGAGAACGAAGCAGAGTCT
CCGTACAAAGGCCCTCTTGATCTGATGGAATCACTAGAAGAAGTCTTACCCATTAGGAAA
GGGATATCGAGTTT**ACGACGGGAAATCAAAGTCTTTCACGAACCTAGCGGCGGCTGCG
TCGGCGTTGACTTCTTCATCGTCGATGAAGGACTTGGCCAAGCCGGAGAATTCTTACAGC
CGGAGGAGGAGGAATCTCCTCTGCCATCAGATTTGGGAGAACAATAAATCGACTCCACGT
GGCGGGATCTCCAAGAAACACGTCATGAGCTCGAGCAGGAGCGTTTTGACGCTCGCCGTG
GCGGTTGCGGCCGGAGAAGGATCTTCATCCGGTGAAGACTCGTCGTCGGGATCAAGTCCG
ACGAACTCTGGATCTCCTCCTCCGAGGCAGAGACATCATCATCATCATCATCAGACGATA
ACGATGCTTCCTCCGTTGTATCCTAGTAGTAGGAGTCATCAAGCGTCTTTTGGTAATTTG
AAGTCGTCTCAATCGTCGTTGGAGTTTTGTGCCTTGAGATCGTCTTCGGTTGCTGATTTT
TCGAGGTGTCTTGGGTCCAAATGAATCGTAGTGGACCGGACCATAGCATACTTGAAACTT
ATTTTTTAGCCCTGTTAACATCCGGAGAATGTATAGACGAGTTTCGAATTAAATGGATCT
ATAACTTCATCTTGTTTTTTTGTCCTTAATCAAGTGTTGAATGCTAAATAATAAAATAGA
AACATCTAATGAT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL3436Contig1 298 2 5 U
GCAACCTTTTCGACAAGCCCTCTCACCCAAACGCTCCCACCGTCTACGACTGGTTGTACA
GCGACGATACTAGGAGCCAGCACCGTTGAGTCGAGACCGAGAGGGAGGAGTGACATGCCG
GTGATGTAGTATATCATGTTGCCGTTAGCCACGTGTTTATTTTCAGTTTATGGCTGTATT
CGCAACCTTTTTTTCTTTGTTTGTTGTTGTTAGTGACCGTTTGATTTCCACCATCTGGGT
TGGTTTTTAACGGTGGTGATGCGTCCTCTTGTCTGTTTTAATGTTTCTACTGTTTCGT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3EQ80JQ C 1
AF RR3EQ80TF U 1
BS 1 2 RR3EQ80JQ
BS 3 207 RR3EQ80TF
BS 208 208 RR3EQ80JQ
BS 209 297 RR3EQ80TF
BS 298 298 RR3EQ80JQ

RD RR3EQ80JQ 298 0 0
GCAACCTTTTCGACAAGCCCTCTCACCCAAACGCTCCCACCGTTTACGACTGGTTGTACA
GCGACGATACTAGGAGCCAGCACCGTTGAGTCGAGACCGAGAGGGAGGAGTGACATGCCG
GTGATGTAGTATATCATGTTGCCGTTAGCCACGTGTTTATTTTCAGTTTATGGCTGTATT
CGCAACCTTTTTTTCTTTGTTTGTTGTTGTTAGTGACCGTTTGATTTCCACCATCTGGGT
TGGTTTTTAACGGTGGTGATGCGTCCTCTTGTCTGTTTTAATGTTTCTACTGTTTCGT

QA 1 298 1 298
DS 

RD RR3EQ80TF 297 0 0
GC
AACCTTTTCGACAAGCCCTCTCACCCAAACGCTCCCACCGTCTACGACTGGTTGTACAGC
GACGATACTAGGAGCCAGCACCGTTGAGTCGAGACCGAGAGGGAGGAGTGACATGCCGGT
GATGTAGTATATCATGTTGCCGTTAGCCACGTGTTTATTTTCAGTTTATGGCTGTATTCG
CAACCTTTTTTTCTTTGTTTGTTGT*GTTAGTGACCGTTTGATTTCCACCATCTGGGTTG
GTTTTTAACGGTGGTGATGCGTCCTCTTGTCTGTTTTAATGTTTCTACTGTTTCG

QA 3 297 3 297
DS 



AS 1 3

CO CL3437Contig1 1259 3 10 U
TCAGACAATGTAGGATCCAAAGACAAACTTCAACCATTTGAAAAAGTTTAAATCAGAAGA
GTCTTATGACACCACCAGTAAAAAAACACATAGCATCTTAGTCTTGAGAAACAAAACATA
ATAAAAGTTGCATCACTTGGTTGACGTGAGCTGCCTGAGATTGTACTTTGCCAGCTCCTT
GTACTTCTCCACCACCCCAATTAAGCACACTGTCTTAACAATTTCAACCACGATAGACAT
CTCCGGGTTGTTCAAATCAACTTTGTGAGGGGCAGGAACAGATTTAGCAACCGTGTTTAT
TATTTTCATCCTATCAAGGCCCGTGTTTGCACGTGCTCCATACAACACAGCAAATTTCCG
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BQ
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AF RR3B569JQ U 1
AF RR3F659JQ U 1
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CTTTTC

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CTCCGGGTTGTTCAAATCAACTTTGTGAGGGGCAGGAATAGATTTCGCCACCGTGTTTAT
TATTTTCATCCTATCAAGGCCCGTGTTTGCACGTGCTCCATACAACACAGCAAATTTCCG
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GCTGCTTTCTCTTCTTGCTCTGGTCACCGGTAGCCATCGTCGGAGACGGAGAGAGAGAAA
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QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 3

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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E835JQ U 53
AF RR3CX58JQ U 1
AF RR3CX58TF C 579
BS 1 664 RR3CX58JQ
BS 665 1289 RR3CX58TF

RD RR3E835JQ 585 0 0
GT
AAATAGAAAATGCTAAGCGTCCATAAATTGCATTTTCGTCTATACCAAACATGTCAAGAA
ACAGAAACAGATGACAATCAAAGAACCGAATCCCACAATTCTCGAAATTAACATTTTCTA
GACGTCCAAAAGGATCTAAAGCTGGGCAAACTGATTTGGATAAGCAAGGAGTATCTATGC
TGAGCCAGTCTTATCACCCTATCCGATACGATAGTACCTTTCATTGCTGCTCCTCATCTG
GTACTTCTTGACCAATTACCCGTTGTGCAAGTCTGTAGTACAAGATCCCCATTGTTGCCA
TACAAGCTATGATTGCTATGAAAAGGAGTATTTTTCTTATATCCATCCTTGATGATCGAT
GTCTTACACGTCCTTCTGAACCCTCTTCTCCCTTTGTTGCATCTTTACGAGGTGGTGCAG
TCACGGGTAGAGTTGGTAATGCATTTGACCAGAATGGTAGTAAAGCCCGCAAAAACTTGT
GACGAAGAGGACCTCTTCTTGAGTACTTTTTTTTATTCCCGTCTTCGTCGTCTGCATAAT
ATAGAGTCTCGGAGTTCTGTCTGTCCACAGCGGGTACAC
CTTT

QA 3 581 3 581
DS 

RD RR3CX58JQ 667 0 0
ATGCGGATTCTAGCCCTCTAGGAGAGAGACTACCGAGAGCGCACAAAATGTTGAAAATAG
AAAATGCTAAGCGTCCATAAATTGCATTTTCGTCTATACCAAACATGTCAAGAAACAGAA
ACAGATGACAATCAAAGAACCGAATCCCACAATTCTCGAAATTAACATTTTCTAGACGTC
CAAAAGGATCTAAAGCTGGGCAAACTGATTTGGATAAGCAAGGAGTATCTATGCTGAGCC
AGTCTTATCACCCTATCCGATACGATAGTACCTTTCATTGCTGCTCCTCATCTGGTACTT
CTTGACCAATTACCCGTTGTGCAAGTCTGTAGTACAAGATCCCCATTGTTGCCATACAAG
CTATGATTGCTATGAAAAGGAGTATTTTTCTTATATCCATCCTTGATGATCGATGTCTTA
CACGTCCTTCTGAACCCTCTTCTCCCTTTGTTGCATCTTTACGAGGTGGTGCAGTCACGG
GTAGAGTTGGTAATGCATTTGACCAGAATGGTAGTAAAGCCCGCAAAAACTTGTGACGAA
GAGGACCTCTTCTTGAGTACTTTTTTTTATTCCCGTCTTCGTCGTCTGCATAATATAGAG
TCTCGGAGTTCTATCTGTCCACAGCGGGTACACCTTTCCGAGCAGCAGCAGCAGCAAATC
CAGG
CTT

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3CX58TF 711 0 0
TCGTCGTCTGCATAATATAGAGTCTCGGAGTTCTATCTGTCCACAGCGGGTACAC*TTTC
CGAGCAGCAGCAGCAGCAAATCCAGGGCTTGAGGTTTCATGTAATTCCCAGCGGAAGCAG
GAACATCTATTTCAACTATCTCTGAAACCGCAGATTTGGAATATTCTCCATTGCCAGCTA
CTGAATAACCATCAGGAAGATTCTTCCCTTCTTGTGTATGAGAAGATGATGATACATTAA
TCAACGCATCTGACGCAAATGCAGGGGGTGGGCTACGAGATTCAGAGGATCGCGAAACTG
GATGGTTCCCATATAGATTCTTCTCAAGACCAGTCTGCAAAATCGCTTCCCTTAACTGTG
CATGAAGCCGAGATCCTGCATCTTTTACCATCTTAGGAGGCCATATAGGGGTGCTACAAG
AAGGGCAGATATAACCAGCAGGTGCAGTATGGGGAGGAAAACTCTTGATAAGAGAAACCA
AGCAACTTGTGTGTATAGCATGCAAGCAACCCAAACGAGTGACTTGAAGACCTCCCCCCT
CATCAAATGTTGCTTGGCACTGACAACACTTCGGCGGGTCATACTCTCCATCTATCACCC
ATTCTGAATAAGTCCGAACCGCACAAGTTTGATGCTCTGGGAACAAAGCAATACAGCTTC
GTAGCCTTTCTGCATTTGCAGACCACCATTGGATAATCCCGAGCTCAGAGT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 3

CO CL3439Contig1 755 3 13 U
AATAAAATTTTCATTTATCATTACCCGAAATGAAAAGGATAGGATGATCAAAACTCCACA
ACATATAAAAAAAAGGAAAAACTAGAAGATGAAATAAGCAAAAAAGGAAGAAGAAAAAGA
TTATCGAAAAAATCTCATTAGGACCGAAACTATAACCGATCCTAACTGAGTTAACTAATT
AACATATGATATATATATAACCTATTGGAGTTTATAATTAATTGATATACTAATTATCAC
TAATCCAGAAGTCCAATCTTCTCCCAAATCACGTTCCTCAGTATCTTTAGATCTCTTCCC
TTTGCCGTTCCACCGATCCCTTCGTCCATCGTGAAAGAAGACCCTCTCCGCCGCGCTAAA
TACTCGTGCGGCGGAATGATCCATCTTCCTCCCGCCGCCGCCGCCGTGTCGCCGTCGTTG
TTGATGTCTTCCTCGTCCTCGTCATCTTCGTCGGTGTCGTCGTCAGGTACAACATGGCTC
CTATACTCACTCTTCAGAATCTTCGACCAGTCGGGTATGTTAACCGGAAGCGAACCGGTC
TTTGGCACTTTCCGGTTAACGGAAACAGGGGAATCTCCGACTTTGGCCGGTTTTCTCCGT
AATCGAGAGATTGATATCGATCTCTTGGCCTCGAATGAACTCGGCAACCGGTGATCGCCT
AAGTTATGAATGTCGGATTCGTCGAACTAGAAGACATTCTCGTCGTTTTCGGACATCTCT
GGTTCTGGTTGGGGATAGATGTATTTAGGCTTGCC


BQ
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AF RR3CP03TF C 132
AF RR3CP03JQ U 2
AF RR3GQ46JQ U 1
BS 1 280 RR3GQ46JQ
BS 281 281 RR3CP03JQ
BS 282 382 RR3GQ46JQ
BS 383 383 RR3CP03JQ
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BS 393 397 RR3GQ46JQ
BS 398 398 RR3CP03JQ
BS 399 469 RR3GQ46JQ
BS 470 471 RR3CP03JQ
BS 472 688 RR3GQ46JQ
BS 689 689 RR3CP03TF
BS 690 755 RR3GQ46JQ

RD RR3CP03TF 562 0 0
ATCTCATTAGGAC*GAAACTATAACCGATC*TAACTGAGTTAACTAATTAACATATGATA
TATATATAACCTATTGGAGTTTATAATTAATTGATATACTAATTATCACTAATCCAGAAG
TCCAATCTTCTCCCAAATCACGTTCCTCAGTATCTTTAGATCTCTTCCCTTTGCCGTTCC
ACCGATCCCTTCGTCCATCGTGAAAGAAGACCCTCTCCGCCGCGCTAAATACTCGTGCGG
CGGAATGATCCATCTTCCTCCCGCCGCCGCCGCCGTGTCGCCGTCGTTGTTGATGTCTTC
CTCGTCCTCGTCATCTTCGTCGGTGTCGTCGTCAGGTACAACATGGCTCCTATACTCACT
CTTCAGAATCTTCGACCAGTCGGGTATGTTAACCGGAAGCGAACCGGTCTTTGGCACTTT
CCGGTTAACGGAAACAGGGGAATCTCCGACTTTGGCCGGTTTTCTCCGTAATCGAGAGAT
TGATATCGATCTCTTGGCCTCGAATGAACTCGGCAACCGGTGATCGCCTAAGTTATGAAT
GTCGGATTCGTCGAACTAGAAG

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3CP03JQ 670 0 0
ATAAAATTTTCATTTATCATTACCCGAAATGAAAAGGATAGGATGATCAAAACTCCACAA
CATATAAAAAAAAGGAAAAACTAGAAGATGAAATAAGCAAAAAAGGAAGAAGAAAAAGAT
TATCGAAAAAATCTCATTAGGACCGAAACTATAACCGATCCTAACTGAGTTAACTAATTA
ACATATGATATATATATAACCTATTGGAGTTTATAATTAATTGATATACTAATTATCACT
AATCCAGAAGTCCAATCTTCTCCCAAATCACGTTCCTCAGTATCTTTAGATCTCTTCCCT
TTGCCGTTCCACCGATCCCTTCGTCCATCGTGAAAGAAGACCCTCTCCGCCGCGCTAAAT
ACTCGTGCGGCGGAATGATCCATCTTCCTCCCGCCGCCGCCGCCGTGTCGCCGTCGTTGT
TGATGTCTTCCTCGTCCTCGTCATCTTCGTCGGTGTCGTCGTCAGGTACAACATGGCTCC
TATACTCACTCTTCAGAATCTTCGACCAGTCGGGTATGTTAACCGGAAGCGAACCGGTCT
TTGGCACTTTCCGGTTAACGGAAACAGGGGAATCTCCGACTTTGGCCGGTTTTCTCCGTA
ATCGAGAGATTGATATCGATCTCTTGGCCTCGAATGAACTCGGCAACCGGTGATCGCCTA
AGTTATGAAT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3GQ46JQ 755 0 0
AATAAAATTTTCATTTATCATTACCCGAAATGAAAAGGATAGGATGATCAAAACTCCACA
ACATATAAAAAAAAGGAAAAACTAGAAGATGAAATAAGCAAAAAAGGAAGAAGAAAAAGA
TTATCGAAAAAATCTCATTAGGACCGAAACTATAACCGATCCTAACTGAGTTAACTAATT
AACATATGATATATATATAACCTATTGGAGTTTATAATTAATTGATATACTAATTATCAC
TAATCCAGAAGTCCAATCTTCTCCCAAATCACGTTCCTCAATATCTTTAGATCTCTTCCC
TTTGCCGTTCCACCGATCCCTTCGTCCATCGTGAAAGAAGACCCTCTCCGCCGCGCTAAA
TACTCGTGCGGCGGAATGATCCGTCTTCCTCACGCCGACGCCGCCGTGTCGCCGTCGTTG
TTGATGTCTTCCTCGTCCTCGTCATCTTCGTCGGTGTCGTCGTCAGGTA**ACATGGCTC
CTATACTCACTCTTCAGAATCTTCGACCAGTCGGGTATGTTAACCGGAAGCGAACCGGTC
TTTGGCACTTTCCGGTTAACGGAAACAGGGGAATCTCCGACTTTGGCCGGTTTTCTCCGT
AATCGAGAGATTGATATCGATCTCTTGGCCTCGAATGAACTCGGCAACCGGTGATCGCCT
AAGTTATGAATGTCGGATTCGTCGAACTCGAAGACATTCTCGTCGTTTTCGGACATCTCT
GGTTCTGGTTGGGGATAGATGTATTTAGGCTTGCC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL3440Contig1 539 2 2 U
GTCTATATCGTGGGGAGAGATCCAGCCGGAATGGGTCACCCTGTGGAGAAACGTGATCTG
TATGATGCTGATCACGGGAAGAAAGTACTGAGCATGGCTCCTGGACTTGAACGGCTCAAC
ATTCTTCCTTTCAGGGTTGCTGCGTATGATAAGACACAAGGCAAGATGGCCTTCTTTGAT
CCATCGAGGGCTCAAGACTTCTTGTTCATCTCTGGCACTAAGATGAGAGGACTAGCAAAG
AACAAAGAAAGCCCACCAGATGGGTTTATGTGCCCTGGAGGCTGGAAAGTGCTTGTTGAT
TACTACGACAGTTTGAGTCTGACCGGAAATACCAGACTTCCGGAAAAGGTTCCGGTTTAA
GACGGATTAAACCAATTTCTTTGTTTTGTTTTTACTTTGTGTTGTAAATTAATAACGTGA
TAGTTTCTTAAAGATCAACATTATGATTGAACTGTCTTGTTCTAAGGTTTGGAAAAAGCT
TATGTGGAAAACGGTGTTGAAATTTTGAAATATGTAAGAACTGGCACTTTTTGGACTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A813JQ C 1
AF RR3A813TF U 1
BS 1 9 RR3A813JQ
BS 10 539 RR3A813TF

RD RR3A813JQ 539 0 0
GTCTATATCGTGGGGAGAGATCCAGCCGGAATGGGTCACCCTGTGGAGAAACGTGATCTG
TATGATGCTGATCACGGGAAGAAAGTACTGAGCATGGCTCCTGGACTTGAACGGCTCAAC
ATTCTTCCTTTCAGGGTTGCTGCGTATGATAAGACACAAGGCAAGATGGCCTTCTTTGAT
CCATCGAGGGCTCAAGACTTCTTGTTCATCTCTGGCACTAAGATGAGAGGACTAGCAAAG
AACAAAGAAAGCCCACCAGATGGGTTTATGTGCCCTGGAGGCTGGAAAGTGCTTGTTGAT
TACTACGACAGTTTGAGTCTGACCGGAAATACCAGACTTCCGGAAAAGGTTCCGGTTTAA
GACGGATTAAACCAATTTCTTTGTTTTGTTTTTACTTTGTGTTGTAAATTAATAACGTGA
TAGTTTCTTAAAGATCAACATTATGATTGAACTGTCTTGTTTTAAGGTTTGGAAAAAGCT
TATGTGGAAAACGGTGTTGAAATTTTGAAATATGTAAGAACTGGCACTTTTTGGACTTG

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR3A813TF 539 0 0
GTCTATATC
GTGGGGAGAGATCCAGCCGGAATGGGTCACCCTGTGGAGAAACGTGATCTGTATGATGCT
GATCACGGGAAGAAAGTACTGAGCATGGCTCCTGGACTTGAACGGCTCAACATTCTTCCT
TTCAGGGTTGCTGCGTATGATAAGACACAAGGCAAGATGGCCTTCTTTGATCCATCGAGG
GCTCAAGACTTCTTGTTCATCTCTGGCACTAAGATGAGAGGACTAGCAAAGAACAAAGAA
AGCCCACCAGATGGGTTTATGTGCCCTGGAGGCTGGAAAGTGCTTGTTGATTACTACGAC
AGTTTGAGTCTGACCGGAAATACCAGACTTCCGGAAAAGGTTCCGGTTTAAGACGGATTA
AACCAATTTCTTTGTTTTGTTTTTACTTTGTGTTGTAAATTAATAACGTGATAGTTTCTT
AAAGATCAACATTATGATTGAACTGTCTTGTTCTAAGGTTTGGAAAAAGCTTATGTGGAA
AACGGTGTTGAAATTTTGAAATATGTAAGAACTGGCACTTTTTGGACTTG

QA 10 539 10 539
DS 



AS 1 3

CO CL3441Contig1 500 3 5 U
GAACATTGGTGAGAATCCAATGCCCCGAAAACCCAAGGGTTCCTCCGCAAGGTTCGTCCA
CGGAGGGTGAGTCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGA
ATATTCCTGTACTACCCCTTGTTGGTCCCGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCGAAAG
ATGGTTATCGGTTCAAGAACGCAAGGTGTCCCTGTTTTTTCAGGGTAAGAAGGGGTAGAG
AAAATGCCCCGAGCCAATGTTCGAGTACCAGGCGCTACGGCGCTGAAGTAACCCATGCTA
TACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGACCTTCAACAAAAGGGTACCTGTACCCGAAACCGACA
CAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAGGGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCA
AAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCCTCCTCACAAAGGGGGTCGCAGTGACCA
GGCCCGGGCGACTGTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DV03TF U 21
AF RR3D630JQ C 1
AF RR3D630TF U 21
BS 1 20 RR3D630JQ
BS 21 82 RR3DV03TF
BS 83 83 RR3D630TF
BS 84 155 RR3DV03TF
BS 156 500 RR3D630TF

RD RR3DV03TF 135 0 0
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AACATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTACTACCCCTT
GTTGGTCCCGAGGGA

QA 1 135 1 135
DS 

RD RR3D630JQ 500 0 0
GAACATTGGTGAGAATCCAATGCCCCGAAAACCCAAGGGTTCCTCCGCAAGGTTCGTCCA
CGGAGGGTGAGTCAGGGCCTAAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGA
ATATTCCTGTACTACCCCTTGTTGGTCCCGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCGAAAG
ATGGTTATCGGTTCAAGAACGCAAGGTGTCCCTGTTTTTTCAGGGTAAGAAGGGGTAGAG
AAAATGCCCCGAGCCAATGTTCGAGTACCAGGCGCTACGGCGCTGAAGTAACCCATGCTA
TACTCCCAGGAAAAGCTCGAACGACCTTCAACAAAAGGGTACCTGTACCCGAAACCGACA
CAGGTGGGTAGGTAGAGAATACCTAGGGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCA
AAATAGCCCCGTAACTTCGGGAGAAGGGGTGCCTCCTCACAAAGGGGGTCGCAGTGACCA
GGCCCGGGCGACTGTTTACC

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR3D630TF 480 0 0
TGCCCCGAAAACCCAAGGGTTCCTCCGCAAGGTTCGTCCACGGAGGGTGAGTCAGGGCCT
AAGATCAGGCCGAAAGGCGTAGTCGATGGACAACAGGTGAATATTCCTGTACTACCCCTT
GTTGGTCCCGAGGGACGGAGGAGGCTAGGTTAGCCGAAAGATGGTTATCGGTTCAAGAAC
GCAAGGTGTCCCTGTTTTTTCAGGGTAAGAAGGGGTAGAGAAAATGCCCCGAGCCAATGT
TCGAGTACCAGGCGCTACGGCGCTGAAGTAACCCATGCTATACTCCCAGGAAAAGCTCGA
ACGACCTTCAACAAAAGGGTACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGTAGGTAGAGAAT
ACCTAGGGGCGCGAGACAACTCTCTCTAAGGAACTCGGCAAAATAGCCCCGTAACTTCGG
GAGAAGGGGTGCCTCCTCACAAAGGGGGTCGCAGTGACCAGGCCCGGGCGACTGTTTACC

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 2

CO CL3442Contig1 617 2 3 U
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CATGACTTTCAAGCGTAGGAACGGTGGCAGGAACAAGCACAACCGTGGTCACGTGAACCC
CATCAGGTGTTCCAACTGCGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATTAAGAGATTCCT
CGTCAGGAACATTGTTGAGCAGGCTGCTATTAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGTCTACGA
TGGTTACACTCTCCCAAAGCTGTACTCCAAGGTGCAATACTGTGTTTCATGTGCTATCCA
CTCTCACGTTGTGAGAGTTCGATCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACTCCTCCTCCCCG
TTTTGCCAGACGCAAGGAGGATACTCCCAAGCCTGGACAACCTGGTCAGGCCCCTCGCCC
TGCTGGTGGTGCGCCTGCTGCTCCTCGTACTTAAAAGACTGCAAGAAGCTGGTCACTCAA
AACTCTTAATGTTATAGTTTCAGTCTCTGCGCTGTCTGGAATTTTTGAACATGTTTTCTA
CCTTTGGTTAGAGATGATTTTGTCATGTGTAACTTTGAATTCTTGAGACCAATCTATCAG
TTCATTTTGACATTGGC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E056TF U 1
AF RR3E056JQ C 1
BS 1 2 RR3E056JQ
BS 3 596 RR3E056TF
BS 597 617 RR3E056JQ

RD RR3E056TF 596 0 0
GG
GTCGCCGTAACGAAGAAAAGAACACATCGCAGAAGGCTTGAAGCTCTTTGCTTGCAAACA
TGACTTTCAAGCGTAGGAACGGTGGCAGGAACAAGCACAACCGTGGTCACGTGAACCCCA
TCAGGTGTTCCAACTGCGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATTAAGAGATTCCTCG
TCAGGAACATTGTTGAGCAGGCTGCTATTAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGTCTACGATG
GTTACACTCTCCCAAAGCTGTACTCCAAGGTGCAATACTGTGTTTCATGTGCTATCCACT
CTCACGTTGTGAGAGTTCGATCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACTCCTCCTCCCCGTT
TTGCCAGACGCAAGGAGGATACTCCCAAGCCTGGACAACCTGGTCAGGCCCCTCGCCCTG
CTGGTGGTGCGCCTGCTGCTCCTCGTACTTAAAAGACTGCAAGAAGCTGGTCACTCAAAA
CTCTTAATGTTATAGTTTCAGTCTCTGCGCTGTCTGGAATTTTTGAACATGTTTTCTACC
TTTGGTTAGAGATGATTTTGTCATGTGTAACTTTGAATTCTTGAGACCAATCTA

QA 3 596 3 596
DS 

RD RR3E056JQ 617 0 0
GGGTCGCCGTAACGAAGAAAAGAACACATCGCAGAAGGCTTGAAGCTCTTTGCTTGCAAA
CATGACTTTCAAGCGTAGGAACGGTGGCAGGAACAAGCACAACCGTGGTCACGTGAACCC
CATCAGGTGTTCCAACTGCGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATTAAGAGATTCCT
CGTCAGGAACATTGTTGAGCAGGCTGCTATTAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGTTTACGA
TGGTTACACTCTCCCAAAGCTGTACTCCAAGGTGCAATACTGTGTTTCATGTGCTATCCA
CTCTCACGTTGTGAGAGTTCGATCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACTCCTCCTCCCCG
TTTTGCCAGACGCAAGGAGGATACTCCCAAGCCTGGACAACCTGGTCAGGCCCCTCGCCC
TGCTGGTGGTGCGCCTGCTGCTCCTCGTACTTAAAAGACTGCAAGAAGCTGGTCACTCAA
AACTCTTAATGTTATAGTTTCAGTCTCTGCGCTGTCTGGAATTTTTGAACATGTTTTCTA
CCTTTGGTTAGAGATGATTTTGTCATGTGTAACTTTGAATTCTTGAGACCAATCTATCAG
TTCATTTTGACATTGGC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 3

CO CL3443Contig1 1107 3 4 U
CGTAGTTATCCCATATTGGGTTTTATTACTTAAAAACAACAAAGGTTTACACGATTGTTA
TACATAATAAACACACAAATAAAACAACAACAACAAAACTTGTGACAATAATTGCCTCAA
CATTAAAGCTTTAAAACACACACACAACAATTATTAGCAAAAAAACCCTTTTACAGTTTG
CACCTTCCATTCCTTTGTCTACACATAATTTCTCCAGCTTCCCACCTATCAGCGGGAACC
AGAAGATACGATCCATAACCAACATCATGTAGCTGCGGCTACACAATGTTTTTGAGTTTT
CAATTCCTGACCAGACTGGTTTTGCACAATCATGTGCTTAATCTTAAGAAAGCATCCAGC
TTTTATTTCGTCATGAAACACTAACAGATCCCTTTGCCACAGCTTGGTCGTGGTATATGG
TGTCTGATACTTTGCTCGGTGGCCAGTACCGGAACACAGATCTTCCAAGAATGTTCTCTA
TCGGGAGTGGACCCCAGTTATGAAAATCAAAGCTTTTGTTGCGGTTGTCTCCGAGGACAA
AGACATTACCTTTGGGGACAAACATTGGTTCCATTTTATAGGACATTGGCTCCAAGACAA
AGTCTTCTTCTTGCACATTCTCATTCACAAGGAGCTTCCCATCACGAACTTCAACCCAGT
CACCTTCACTTGCCACAATCCTCTTAATGTAAACATCATTGGAATTGTACCATGTTCCAC
CAAGATTGGAGGAGTCTTGAAGATAACTATCTCCGAAACCTCCGGCTTCCTGAAAATGTA
TGAGACCTTCTCGGCCATAACGCGATCACCGACGTCAAGGGTACGGTACATAGACGCGGA
AGGAATCGACTTGGGCTCTGCGAGAGCAGATCGGAAAAGCAGAGACACCGTGACGGCCGT
GAAAGCGGCTTTAGCGTCCTCAGAACACATACTCAGAAGCCTATTAACCCATCCGCTTCC
ACCACTCGACTCCTTTTCATCATCATCATAACCCTCAAACGCCGTTCCTCCCCTGTCCAC
GTCATCAATCCGATTCCTCATCCACGGAATCAAAGATGAAGACTTTGACGGCGAAACGCC
GAGGAGCGTTGACTCGGGAAGAGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW76JQ U 226
AF RR3FF41JQ U 1
AF RR3FF41TF C 466
BS 1 243 RR3FF41JQ
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BS 245 765 RR3FF41JQ
BS 766 1107 RR3FF41TF

RD RR3CW76JQ 162 0 0
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ATGTTTTTGAGTTTTCAATTCCTGACCAGACTGGTTTTGCACAATCATGTGCTTAATCTT
AAGAAAGCATCCAGCTTTTATTTCGTCATGAAACACTAACAG

QA 1 162 1 162
DS 

RD RR3FF41JQ 765 0 0
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TACATAATAAACACACAAATAAAACAACAACAACAAAACTTGTGACAATAATTGCCTCAA
CATTAAAGCTTTAAAACACACACACAACAATTATTAGCAAAAAAACCCTTTTACAGTTTG
CACCTTCCATTCCTTTGTCTACACATAATTTCTCCAGCTTCCCACCTATCAGCGGGAACC
AGATGATACGATCCATAACCAACATCATGTAGCTGCGGCTACACAATGTTTTTGAGTTTT
CAATTCCTGACCAGACTGGTTTTGCACAATCATGTGCTTAATCTTAAGAAAGCATCCAGC
TTTTATTTCGTCATGAAACACTAACAGATCCCTTTGCCACAGCTTGGTCGTGGTATATGG
TGTCTGATACTTTGCTCGGTGGCCAGTACCGGAACACAGATCTTCCAAGAATGTTCTCTA
TCGGGAGTGGACCCCAGTTATGAAAATCAAAGCTTTTGTTGCGGTTGTCTCCGAGGACAA
AGACATTACCTTTGGGGACAAACATTGGTTCCATTTTATAGGACATTGGCTCCAAGACAA
AGTCTTCTTCTTGCACATTCTCATTCACAAGGAGCTTCCCATCACGAACTTCAACCCAGT
CACCTTCACTTGCCACAATCCTCTTAATGTAAACATCATTGGAATTGTACCATGTTCCAC
CAAGATTGGAGGAGTCTTGAAGATAACTATCTCCGAAACCTCCGG

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3FF41TF 642 0 0
CAAGAATGTTCTCTATCGGGAGTGGACCCCAGTTATGAGAATCAAAGCTTTTGTTGCGGT
TGTCTCCGAGGACAAAGACATTACCTTTGGGGACAAACATTGGTTCCATTTTATAGGACA
TTGGCTCCAAGACAAAGTCTTCTTCTTGCACATTCTCATTCACAAGGAGCTTCCCATCAC
GAACTTCAACCCAGTCACCTTCACTTGCCACAATCCTCTTAATGTAAACATCATTGGAAT
TGTACCATGTTCCACCAAGATTGGAGGAGTCTTGAAGATAACTATCTCCGAAACCTCCGG
CTTCCTGAAAATGTATGAGACCTTCTCGGCCATAACGCGATCACCGACGTCAAGGGTACG
GTACATAGACGCGGAAGGAATCGACTTGGGCTCTGCGAGAGCAGATCGGAAAAGCAGAGA
CACCGTGACGGCCGTGAAAGCGGCTTTAGCGTCCTCAGAACACATACTCAGAAGCCTATT
AACCCATCCGCTTCCACCACTCGACTCCTTTTCATCATCATCATAACCCTCAAACGCCGT
TCCTCCCCTGTCCACGTCATCAATCCGATTCCTCATCCACGGAATCAAAGATGAAGACTT
TGACGGCGAAACGCCGAGGAGCGTTGACTCGGGAAGAGAAGC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 3

CO CL3444Contig1 763 3 4 U
GGGGACTGCGACGCCGGGAATCAGCAATGGGGGCGTACAAGTACGTGTCTGAGCTATGGA
GGAAGAAGCAGTCGGATGTAATGAGGTTTGTGCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTATCGCC
AGCAGCCTTCCATTGTTCGTCTTGTTCGTCCCACCCGTCCAGACAAAGCTCGTCGTCTCG
GCTACGAGGCCAAGCAGGGGTTTGTTGTCTACCGTGTGCGTGTGAGACGTGGAGGGCGTA
AGAGGCCTGTGCCTAAGGGTATTGTCTATGGTAAACCCACAAACCAGGGAGTGACACAGC
TCAAATTCCAGCGCAGTAAGAGATCTGTTGCTGAGGAACGTGCTGGTCGCAAACTTGGTG
GTCTCAGGGTCGTCAACTCCTACTGGCTCAATGAGGACTCTACCTACAAGTATTACGAGA
TTATACTTGTTGACCCTGCACACAATGCCGTCCGAAATGATCCCAGGATCAACTGGATCT
GCAACCCAGTGCACAAGCACAGAGAACTCAGAGGGCTCACCTCAGAGGGAAAGAAGAATC
GTGGTCTTCGTGGAAAGGGTCACAACAACCACAAAAACAGACCGTCCCGCAGGGCTACGT
GGAAGAAGAACAACTCGCTATCTCTCCGTCGTTACCGGTGATCAGCGTTATGTTTGGTTC
TTGCTCGAGTGGTGTATCTTCTGTGTGGATTTATGTTTCAGAAATTACATTGAGATGTAA
TACTTTTTTACATTTGGTTTCAAGTTTTGAGTTCTTTGAATCG


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3DM25TF U 2
AF RR3CA52TF U 1
AF RR3CA52JQ C 2
BS 1 742 RR3CA52TF
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BS 744 759 RR3CA52TF
BS 760 763 RR3CA52JQ

RD RR3DM25TF 576 0 0
GGGACTGCGACGCCGGGAATCAGCAATGGGGGCGTACAAGTACGTGTCTGAGCTATGGAG
GAAGAAGCAGTCGGATGTAATGAGGTTTGTGCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTATCGCCA
GCAGCCTTCCGTTGTTCGTCTTGTTCGTCCCACCCGTCCAGACAAAGCTCGTCGTCTCGG
CTACAAGGCCAAGCAGGGGTTTGTTGTCTACCGTGTGCGTGTGAGACGTGGAGGGCGTAA
GAGGCCTGTGCCTAAGGGTATTGTCTATGGTAAACCCACAAACCAGGGAGTGACACAGCT
CAAATTCCAGCGCAGTAAGAGATCTGTTGCTGAGGAACGTGCTGGTCGCAAACTTGGTGG
TCTCAGGGTCGTCAACTCCTACTGGCTCAATGAGGACTCTACCTACAAGTATTACGAGAT
TATACTTGTTGACCCTGCACACAATGCCGTCCGAAATGATCCCAGGATCAACTGGATCTG
CAACCCAGTGCACAAGCACAGAGAACTCAGAGGGCTCACCTCAGAGGGAAAGAAGAATCG
TGGTCTTCGTGGAAAGGGTCACAACAACCACAAAAA

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3CA52TF 760 0 0
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GGAAGAAGCAGTCGGATGTAATGAGGTTTGTGCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTATCGCC
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GCTACGAGGCCAAGCAGGGGTTTGTTGTCTACCGTGTGCGTGTGAGACGTGGAGGGCGTA
AGAGGCCTGTGCCTAAGGGTATTGTCTATGGTAAACCCACAAACCAGGGAGTGACACAGC
TCAAATTCCAGCGCAGTAAGAGATCTGTTGCTGAGGAACGTGCTGGTCGCAAACTTGGTG
GTCTCAGGGTCGTCAACTCCTACTGGCTCAATGAGGACTCTACCTACAAGTATTACGAGA
TTATACTTGTTGACCCTGCACACAATGCCGTCCGAAATGATCCCAGGATCAACTGGATCT
GCAACCCAGTGCACAAGCACAGAGAACTCAGAGGGCTCACCTCAGAGGGAAAGAAGAATC
GTGGTCTTCGTGGAAAGGGTCACAACAACCACAAAAACAGACCGTCCCGCAGGGCTACGT
GGAAGAAGAACAACTCGCTATCTCTCCGTCGTTACCGGTGATCAGCGTTATGTTTGGTTC
TTGCTCGAGTGGTGTATCTTCTGTGTGGATTTATGTTTCAGAAATTACATTGAGATGTAA
TACTTTTTTACATTTGGTTTCA*GTTTTGAGTTCTTTGA
T

QA 1 759 1 759
DS 

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GGGACTGCGACGCCGGGAATCAGCAATGGGGGCGTACAAGTACGTGTCTGAGCTATGGAG
GAAGAAGCAGTCGGATGTAATGAGGTTTGTGCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTATCGCCA
GCAGCCTTCCATTGTTCGTCTTGTTCGTCCCACCCGTCCAGACAAAGCTCGTCGTCTCGG
CTACGAGGCCAAGCAGGGGTTTGTTGTCTACCGTGTGCGTGTGAGACGTGGAGGGCGTAA
GAGGCCTGTGCCTAAGGGTATTGTCTATGGTAAACCCACAAACCAGGGAGTGACACAGCT
CAAATTCCAGCGCAGTAAGAGATCTGTTGCTGAGGAACGTGCTGGTCGCAAACTTGGTGG
TCTCAGGGTCGTCAACTCCTACTGGCTCAATGAGGACTCTACCTACAAGTATTACGAGAT
TATACTTGTTGACCCTGCACACAATGCCGTCCGAAATGATCCCAGGATCAACTGGATCTG
CAACCCAGTGCACAAGCACAGAGAACTCAGAGGGCTCACCTCAGAGGGAAAGAAGAATCG
TGGTCTTCGTGGAAAGGGTCACAACAACCACAAAAACAGACCGTCCCGCAGGGCTACGTG
GAAGAAGAACAACTCGCTATCTCTCCGTCGTTACCGGTGATCAGCGTTATGTTTGGTTCT
TGCTCGAGTGGTGTATCTTCTGTGTGGATTTATGTTTCAGAAATTACATTGAGATGTAAT
ACTTTTTTACATTTGGTTTCAAGTTTTGAGTTCTTTGAATCG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 3

CO CL3445Contig1 941 3 12 U
GTGCTTTCCCTGCAATAGCGATGAAACCAATGAAAATCTTCTTTACCGGTAATCCCACTG
TCATGCTTCTGTGAGAGTCTTGTCTCTCTATTGTGTACTTAAGTCTTAAGGTGGTGTTCT
ATGTTCATCTGTCTTTCATCTCATACCATCATGGGAAAGGCATGAATCGATTGTGGGACA
ACGTTCAAGGGTATCATGCTCCGATACTATTGATAGTTTCTGCAAGTGGTGGAGTTGATC
ATGAGGGTACTTCAAGCGAGAGGAAGTGGGTCATTGGTGCAATCTTGCAGCAGGGTTTTG
AGAACAGAGATACATTTTACGGAAGCTCTGGGAACTTGTTCTCCATTAGTCCTGTCTTTC
ACGCATTCTCATCTTCAGGGAAAGAGAAAAACTTTGCATATAGCCATCTTCATCCCTCTG
GTAGAGTCTATGATGCAAACCCAAAACCTGTTGGAATTGGTTTTGGGGGAACACAAGGAA
ACGAGAGAATTTTCATAGACGAAGACTTTGCTAAGATCACAATCCGTCATCATGCAGTTG
ATAAAACTTACCAGCCTGGCTCCCTCTTCCCAAACCAGGGTTATTTACCAGTAGAGGCTT
TGGTGTCAGATGTTGAAGCATGGGCATTAGGTGGAAAAGCAGCTAAGGAAGTTCAAGAAG
CATACAAGAAAAGAGAAGAGCTTTTCACCGACCAACGTCGAAAGATTGATTTGAAGACGT
TTACCAATTGGGAAGATTCACCTGAGAAAATGATGATGGATATGATGGGGAATCCTAATG
CTCCGGCAAGAGAAGAGAGGTAATGAATGAGCTGAGAGGGGCCAATACTGGTTTGGTATT
ATTTATGCACATACGTTTTCTCAATAGAGGTTTTGTCTGTAAAAAATATACATGTGAAGA
AACTCATTTGCTGTTTGCTTAAGTTATGTATTACTATTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3C919TF U 1
AF RR3C919JQ C 239
AF RR3CL81TF U 395
BS 1 289 RR3C919TF
BS 290 290 RR3C919JQ
BS 291 340 RR3C919TF
BS 341 395 RR3C919JQ
BS 396 521 RR3CL81TF
BS 522 522 RR3C919JQ
BS 523 724 RR3CL81TF
BS 725 725 RR3C919JQ
BS 726 811 RR3CL81TF
BS 812 812 RR3C919JQ
BS 813 938 RR3CL81TF
BS 939 941 RR3C919JQ

RD RR3C919TF 340 0 0
GTGCTTTCCCTGCAATAGCGATGAAACCAATGAAAATCTTCTTTACCGGTAATCCCACTG
TCATGCTTCTGTGAGAGTCTTGTCTCTCTATTGTGTACTTAAGTCTTAAGGTGGTGTTCT
ATGTTCATCTGTCTTTCATCTCATACCATCATGGGAAAGGCATGAATCGATTGTGGGACA
ACGTTCAAGGGTATCATGCTCCGATACTATTGATAGTTTCTGCAAGTGGTGGAGTTGATC
ATGAGGGTACTTCAAGCGAGAGGAAGTGGGTCATTGGTGCAATCTTGCATCAGGGTTTTG
AGAACAGAGATACATTTTACGGAAGCTCTGGGAACTTGTT

QA 1 340 1 340
DS 

RD RR3C919JQ 703 0 0
TCATGAGGGTACTTCAAGCGAGAGGAAGTGGGTCATTGGTGCAATCTTGCAGCAGGGTTT
TGAGAACAGAGATACATTTTACGGAAGCTCTGGGAACTTGTTCTCCATTAGTCCTGTCTT
TCACGCATTCTCATCTTCAGGGAAAGAGAAAAACTTTGCATATAGCCATCTTCATCCCTC
TGGTAGAGTCTATGATGCAAACCCAAAACCTGTTGGAATTGGTTTTGGGGGAACACAAGT
AAACGAGAGAATTTTCATAGACGAAGACTTTGCTAAGATCACAATCCGTCATCATGCAGT
TGATAAAACTTACCAGCCTGGCTCCCTCTTCCCAAACCAGGGTTATTTACCAGTAGAGGC
TTTGGTGTCAGATGTTGAAGCATGGGCATTAGGTGGAAAAGCAGCTAAGGAAGTTCAAGA
AGCATACAAGAAAAGAGAAGAGCTTTTCACCGACCAACGTCGAAAGATTGATTTGAAGAC
GTTTACCAATTGGGAAGATTCACCTGAGAAAATGATGATGGATATGATGGGGAATCCTAA
TGCTCCGGCAAGAGAAGAGAGGTAATGAATGAGCTGAGAGGGGCCAATACTGGTTTGGTA
TTATTTATGCACATACGTTTTCTCAATAGAGGTTTTGTCTGTAAAAAATATACATGTGAA
GAAACTCATTTGCTGTTTGCTTAAGTTATGTATTACTATTATC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3CL81TF 544 0 0
G
GCATATAGCCATCTTCATCCCTCTGGTAGAGTCTATGATGCAAACCCAAAACCTGTTGGA
ATTGGTTTTGGGGGAACACAAGGAAACGAGAGAATTTTCATAGACGAAGACTTTGCTAAG
ATCACAGTCCGTCATCATGCAGTTGATAAAACTTACCAGCCTGGCTCCCTCTTCCCAAAC
CAGGGTTATTTACCAGTAGAGGCTTTGGTGTCAGATGTTGAAGCATGGGCATTAGGTGGA
AAAGCAGCTAAGGAAGTTCAAGAAGCATACAAGAAAAGAGAAGAGCTTTTCACCGACCAA
CGTCGAAAGATTGATTTGAAGACGTTTACGAATTGGGAAGATTCACCTGAGAAAATGATG
ATGGATATGATGGGGAATCCTAATGCTCCGGCAAGAGAAGAGAGGTAATGAATGAG*TGA
GAGGGGCCAATACTGGTTTGGTATTATTTATGCACATACGTTTTCTCAATAGAGGTTTTG
TCTGTAAAAAATATACATGTGAAGAAACTCATTTGCTGTTTGCTTAAGTTATGTATTACT
ATT

QA 2 544 2 544
DS 



AS 1 2

CO CL3446Contig1 706 2 3 U
GCTTGAATACAATAGTAAATTTATAGTATAATATGAATACATTTCGTCATCATAAGACAT
AAAGACCGGATCATTACCCAAAGAAATGGGTTTTGTCTAATAACAATACACAAGTAACAT
CAATCTTATTATTACCAAATGGGTTTCTTATGTCTCCAGTATTTTTCTTCTTGCTTTATT
CGCCACGTCTTAAACTAACAGTGAGCCAAATCAGAGCTTCCACGTCACGGAGGGATTAGG
AGGTCTTGCCTCTCTTAACAAGGCCTCTTGCGTTAACGATACAACCAGCTCTCCTTTTCT
GTTGAACATTTCACCAGTGACAAAACCCCTGGTCACGTGTGCAGTTGGACTAACAATCAC
AAAAAGCAACCAGTCATCAGCTCTAAGAGGTCGGTGAAACCACATCGCATGGTCCAGGCT
AAGTGCAGCAAATCTCAGGCCCTTTCTTCGGTGAGGGTTCAAACTGATACTTGCAAATAT
CAAATTCGAAGCAAATGCCACAACACATCGATGCAAAGCTTGGTCATCAGAAAGCTTTCC
CTTTGCTCTAAACCAATACCTCAATCTTGGTGGAGACTTTGTCTGGTTTGTAGAATTACT
GGGCTCACAAAACCGAATCTCTATAGGCCATGGAATAAAATTTGCAGTTGCAACTTTGTT
CCGGTAACTCCTAGGAAGATGAGGGTCAGTTATACGACGTTCACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BE41JQ U 6
AF RR3E290JQ U 1
BS 1 220 RR3E290JQ
BS 221 221 RR3BE41JQ
BS 222 706 RR3E290JQ

RD RR3BE41JQ 307 0 0
AC
TACAATAGTAAATTTATAGTATAATATGAATACATTTCGTCATCATAAGACATAAAGACC
GGATCATTACCCAAAGAAATGGGTTTTGTCTAATAACAATACACAAGTAACATCAATCTT
ATTATTACCAAATGGGTTTCTTATGTCTCCAGTATTTTTCTTCTTGCTTTATTCGCCACG
TCTTAAACTAACAGTGAGCCAGATCAGAGCTTCCACGTCACGGAGGGATTAGGAGGTCTT
GCCTCTCTTAACAAGGCCTCTTGCGTTAGCGATACAACCAGCTCTCCTTTTCTGTTGAAC
ATTTC

QA 3 307 3 307
DS 

RD RR3E290JQ 706 0 0
GCTTGAATACAATAGTAAATTTATAGTATAATATGAATACATTTCGTCATCATAAGACAT
AAAGACCGGATCATTACCCAAAGAAATGGGTTTTGTCTAATAACAATACACAAGTAACAT
CAATCTTATTATTACCAAATGGGTTTCTTATGTCTCCAGTATTTTTCTTCTTGCTTTATT
CGCCACGTCTTAAACTAACAGTGAGCCAAATCAGAGCTTCGACGTCACGGAGGGATTAGG
AGGTCTTGCCTCTCTTAACAAGGCCTCTTGCGTTAACGATACAACCAGCTCTCCTTTTCT
GTTGAACATTTCACCAGTGACAAAACCCCTGGTCACGTGTGCAGTTGGACTAACAATCAC
AAAAAGCAACCAGTCATCAGCTCTAAGAGGTCGGTGAAACCACATCGCATGGTCCAGGCT
AAGTGCAGCAAATCTCAGGCCCTTTCTTCGGTGAGGGTTCAAACTGATACTTGCAAATAT
CAAATTCGAAGCAAATGCCACAACACATCGATGCAAAGCTTGGTCATCAGAAAGCTTTCC
CTTTGCTCTAAACCAATACCTCAATCTTGGTGGAGACTTTGTCTGGTTTGTAGAATTACT
GGGCTCACAAAACCGAATCTCTATAGGCCATGGAATAAAATTTGCAGTTGCAACTTTGTT
CCGGTAACTCCTAGGAAGATGAGGGTCAGTTATACGACGTTCACGC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 3

CO CL3447Contig1 485 3 3 U
GGGAACAAGTTCGCCGTCGTTAATCTTTATCTGCTTCTCCATCGGTTCCTATCATGGCGT
TGAACACCGGCATCAGATCTGTCTCAAGGCTCATAGCTTCTTCCGAATCATCAGTCTCCA
GATCTGTGAGCAGGAGCTTCCACTCAACTGGAGCTAAGAAGATGAGCGGAGGACATGGCC
ATGACGAGCCTTACTACCTCCACGCCAAGCACATGTACAATTTGGACCGCATGAAGTTCC
AAG*TCTCAAGATGTCCCTCGCTGTCTTCACCGCTTTCAGCATCGGTGTTGGTGTTCCCA
TCTTTGCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACCGCTTCTGGTTGAGTGTCTCTTCTCTGCT
TGAATAATTTGTATGATTTCTTAAACTTGTGCTTCTACAAAAGAGGATGTCTCTTGCTTC
CTTTGGAATAATGACAATCTGACAATTGTATGTTTTAATATGAATTCAAAGCTTTTGTCT
GAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 

AF RR3AR60JQ C 1
AF RR3AR60TF U 1
AF RR3H917TF U 5
BS 1 6 RR3AR60JQ
BS 7 479 RR3AR60TF
BS 480 485 RR3H917TF

RD RR3AR60JQ 482 0 0
GGGAACAAGTTCGCCGTCGTTAATCTTTATCTGCTTCTCCATCGGTTCCTATCATGGCGT
TGAACACCGGCATCAGATCTGTCTCAAGGCTCATAGCTTCTTCCGAATCATCAGTCTCCA
GATCTGTGAGCAGGAGCTTCCACTCAACTGGAGCTAAGAAGATGAGCGGAGGACATGGCC
ATGACGAGCCTTACTACCTCCACGCCAAGCACATGTACAATTTGGACCGCATGAAGTTCC
AAG*TCTCAAGATGTCCCTCGCTGTCTTCACCGCTTTCAGCATCGGTGTTGGTGTTCCCA
TCTTTGCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACCGCTTCTGGTTGAGTGTCTCTTCTCTGCT
TGAATAATTTGTATGATTTCTTAAACTTGTGCTTCTACAAAAGAGGATGTCTCTTGCTTC
CTTTGGAATAATGACAATCTGACAATTGTATGTTTTAATATGAATTCAAAGCTTTTGTC
CGG

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR3AR60TF 482 0 0
GGGAAC
AAGTTCGCCGTCGTTAATCTTTATCTGCTTCTCCATCGGTTCCTATCATGGCGTTGAACA
CCGGCATCAGATCTGTCTCAAGGCTCATAGCTTCTTCCGAATCATCAGTCTCCAGATCTG
TGAGCAGGAGCTTCCACTCAACTGGAGCTAAGAAGATGAGCGGAGGACATGGCCATGACG
AGCCTTACTACCTCCACGCCAAGCACATGTACAATTTGGACCGCATGAAGTTCCAAG*TC
TCAAGATGTCCCTCGCTGTCTTCACCGCTTTCAGCATCGGTGTTGGTGTTCCCATCTTTG
CTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACCGCTTCTGGTTGAGTGTCTCTTCTCTGCTTGAATA
ATTTGTATGATTTCTTAAACTTGTGCTTCTACAAAAGAGGATGTCTCTTGCTTCCTTTGG
AATAATGACAATCTGACAATTGTATGTTTTAATATGAATTCAAAGCTTTTGTC
CGG

QA 7 479 7 479
DS 

RD RR3H917TF 481 0 0
GG
AAGTTCGCCGTCGTTAATCTTTATCTGCTTCTCCATCGGTTCCTATCATGGCGTTGAACA
CCGGCATCAGATCTGTCTCAAGGCTCATAGCTTCTTCCGAATCATCAGTCTCCAGATCTG
TGAGCAGGAGCTTCCACTCAACTGGAGCTAAGAAGATGAGCGGAGGACATGGCCATGACG
AGCCTTACTACCTCCACGCCAAGCACATGTACAATTTGGACCGCATGAAGTTCCAAGGTC
TCAAGATGTCCCTCGCTGTCTTCACCGCTTTCAGCATCGGTGTTGGTGTTCCCATCTTTG
CTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACCGCTTCTGGTTGAGTGTCTCTTCTCTGCTTGAATA
ATTTGTATGATTTCTTAAACTTGTGCTTCTACAAAAGAGGATGTCTCTTGCTTCCTTTGG
AATAATGACAATCTGACAATTGTATGTTTTAATATGAATTCAAAGCTTTTGTCTGAATG

QA 3 481 3 481
DS 



AS 1 3

CO CL3448Contig1 639 3 17 U
GTCACCCGAGCCGACGGAGGAACGAATCGAACTCAAAAGCTTTGCAGAGAGAGAGAGAGA
TCTTCGTTTTGATCCCCTGGAGGAATCGCGACAATGGCGGAAAAGGCAGTGACGATCAGA
ACCCGAAAATTCATGACTAACAGACTTCTCTCAAGGAAGCAGTTCGTTATTGATGTTCTC
CACCCTGGAAGAGCCAATGTTTCAAAGGCTGAGCTGAAGGAGAAGCTAGCAAGGATGTAC
GAGGTCAAGGACCCAAACACCATATTTGTTTTCAAATTCAGACCCCATTTTGGAGGTGGT
ACATCATCCGGGTTTGGTTTGATCTATGACAATGTCGAGAGCGCTAAGAAGCTTGAACCC
AAGTACAGACTTATCAGGAATGGTCTTGACACCAAGATCGAGAAATCAAGGAAACAAATT
AAGGAAAGGAAGAACCGTGCCAAGAAGATCCGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTGAT
CCCAAGAAGAAGTGAGAGATCACAAGCTAGTATCAACCATTTTCTGTTCTTCATAATCAA
AACTTTTATGTTTTCTTTGTTTGCAATTAGATTTTCTCTGCAACTAGACATCGAAACATA
ACCAAAGGTTTTTGTTCAATACTTTTTAAGCTCTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3DC81TF U 1
AF RR3C236JQ C 6
AF RR3C236TF U 6
BS 1 58 RR3DC81TF
BS 59 60 RR3C236TF
BS 61 187 RR3DC81TF
BS 188 188 RR3C236TF
BS 189 258 RR3DC81TF
BS 259 259 RR3C236TF
BS 260 282 RR3DC81TF
BS 283 283 RR3C236TF
BS 284 301 RR3DC81TF
BS 302 302 RR3C236TF
BS 303 351 RR3DC81TF
BS 352 352 RR3C236TF
BS 353 558 RR3DC81TF
BS 559 559 RR3C236TF
BS 560 603 RR3DC81TF
BS 604 638 RR3C236TF
BS 639 639 RR3C236JQ

RD RR3DC81TF 603 0 0
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TCTTCGTTTTGATCCCCTGGAGGAATCGCGACAATGGCGGAAAAGGCAGTGACGATCAGA
ACCCGAAAATTCATGACTAACAGACTTCTCTCAAGGAAGCAGTTCGTTATTGATGTTCTC
CACCCTGAAAGAGCCAATGTTTCAAAGGCTGAGCTGAAGGAGAAGCTAGCAAGGATGTAC
GAGGTCAAGGACCCAAACGCCATATTTGTTTTCAAATTCAGAACCCATTTTGGAGGTGGT
AAATCATCCGGGTTTGGTTTGATCTATGACAATGTCGAGAGCGCTAAGAAGTTTGAACCC
AAGTACAGACTTATCAGGAATGGTCTTGACACCAAGATCGAGAAATCAAGGAAACAAATT
AAGGAAAGGAAGAACCGTGCCAAGAAGATCCGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTGAT
CCCAAGAAGAAGTGAGAGATCACAAGCTAGTATCAACCATTTTCTGTTCTTCATAATCAA
AACTTTTATGTTTTCTTTCTTTGCAATTAGATTTTCTCTGCAACTAGACATCGAAACATA
ACC

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3C236JQ 634 0 0
GG
GAGCCGACGGAGGAACGAATCGAACTCAAAAGCTTTGCAGAGAGAGAGAGAGATCTTCGT
TTTGATCCCCTGGAGGAATCGCGACAATGGCGGAAAAGGCAGTGACGATCAGAACCCGAA
AATTCATGACTAACAGACTTCTCTCAAGGAAGCAGTTCGTTATTGATGTTCTCCACCCTG
GAAGAGCCAATGTTTCAAAGGCTGAGCTGAAGGAGAAGCTAGCAAGGATGTACGAGGTCA
AGGACCCAAACACCATATTTGTTTTCAAATTCAGACCCCATTTTGGAGGTGGTACATCAT
CCGGGTTTGGTTTGATCTATGACAATGTCGAGAGCGCTAAGAAGCTTGAACCCAAGTACA
GACTTATCAGGAATGGTCTTGACACCAAGATCGAGAAATCAAGGAAACAAATTAAGGAAA
GGAAGAACCGTGCCAAGAAGATCCGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTGATCCCAAGA
AGAAGTGAGAGATCACAAGCTAGTATCAACCATTTTCTGTTCTTCATAATCAAAACTTTT
ATGTTTTCTTTGTTTGCAATTAGATTTTCTCTGCAACTAGACATCGAAACATAACCAAAG
GTTTTTGTTCAATACTTTTTAAGCTCTTCTCC

QA 3 634 3 634
DS 

RD RR3C236TF 633 0 0
GG
GAGCCGACGGAGGAACGAATCGAACTCAAAAGCTTTGCAGAGAGAGAGAGAGATCTTCGT
TTTGATCCCCTGGAGGAATCGCGACAATGGCGGAAAAGGCAGTGACGATCAGAACCCGAA
AATTCATGACTAACAGACTTCTCTCAAGGAAGCAGTTCGTTATTGATGTTCTCCACCCTG
GAAGAGCCAATGTTTCAAAGGCTGAGCTGAAGGAGAAGCTAGCAAGGATGTACGAGGTCA
AGGACCCAAACACCATATTTGTTTTCAAATTCAGACCCCATTTTGGAGGTGGTACATCAT
CCGGGTTTGGTTTGATCTATGACAATGTCGAGAGCGCTAAGAAGCTTGAACCCAAGTACA
GACTTATCAGGAATGGTCTTGACACCAAGATCGAGAAATCAAGGAAACAAATTAAGGAAA
GGAAGAACCGTGCCAAGAAGATCCGTGGTGTTAAGAAGACCAAGGCTGGTGATCCCAAGA
AGAAGTGAGAGATCACAAGCTAGTATCAACCATTTTCTGTTCTTCATAATCAAAACTTTT
ATGTTTTCTTTGTTTGCAATTAGATTTTCTCTGCAACTAGACATCGAAACATAACCAAAG
GTTTTTGTTCAATACTTTTTAAGCTCTTCTC

QA 3 633 3 633
DS 



AS 1 3

CO CL3449Contig1 884 3 2 U
TATTATTGATCTTTGTGTTTGTGTCTGTTACAATTCGTGGAACTGCACAAGTTAAAGGCC
TAAGGCTAAGTTGATAAAAGAACAAAACAATAACGTGGAACCTAAAACAGGACTGTGTAC
GGCAATGAAAAAATTCCCACTTCAGACAAAAACTGCGAGCTAGGAAAACAGGACTCCCCC
AACTTCTGCAAGTTCATGACCACGTCTTCCTTCATAATAATAGACTTGGTAGAAACATTC
TCTTGCCGCCTTGCACTAAGAAGCCAGTCATCATCGCTGTTGCTACCGTCTTCCTCCATT
GAAAAACTGGGAGGAGCAGGCTCATCAAACAGTGAACTGTACCGTGATTCTTTGCTCGTC
TTATGTTTCTTTTTCTTCTTTGATTCAGAAAGAATAGCAGCAGTCTTGTCACTCTCAAGA
GAAGTCGAGAGCAGATTCTCTTCATGACCTAAGAGTTGATCAGTCCCTGAGGTGGAGCAA
ACATGATCCTCTTGGGGTACTTGAGGGACAACAACCACCTCAGATTCTTTAGGTTTCTTG
AAGACAAAACGTATCCGTAGAGGATTACCAGTTACAGGCGTAGCTTTAATATTACTCTCA
ACAGCAGGAGAAGCTTCCCTTCTTCTCTTCTTACTGTCTTGGCTACCATCAGACAGGTAC
TTGTCATGTTCTTCTGTCAAACAAGACCTCTCAAGTTGTTCGGATTCATCGCACACTTGC
TTGGTACGTAGATATAGATGTTCAATGGTTTTCTCATTCTTTTCTCTCTTTCTCTCCTTC
TTCTCTTTACGGTGCGCCTTCTTAGACGCGATAATCGGTCTTTCGATCTTAGTCGATTCG
ACCAAGTTCTGACCGTTGGCCCAGTTCCTCGCATACACGGGCGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EZ25JQ U 1
AF RR3AO71JQ U 1
AF RR3AO71TF C 99
BS 1 777 RR3AO71JQ
BS 778 884 RR3AO71TF

RD RR3EZ25JQ 558 0 0
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GGCAATGAAAAAATTCCCACTTCAGACAAAAACTGCGAGCTAGGAAAACAGGACTCCCCC
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TCTTGCCGCCTTGCACTAAGAAGCCAGTCATCATCGCTGTTGCTACCGTCTTCCTCCATT
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TTATGTTTCTTTTTCTTCTTTGATTCAGAAAGAATAGCAGCAGTCTTGTCACTCTCAAGA
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ACATGATCCTCTTGGGGTACTTGAGGGACAACAACCACCTCAGATTCTTTAGGCTTCTTG
AAGACAAAACGTATCCGT

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DS 

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TAAGGCTAAGTTGATAAAAGAACAAAACAATAACGTGGAACCTAAAACAGGACTGTGTAC
GGCAATGAAAAAATTCCCACTTCAGACAAAAACTGCGAGCTAGGAAAACAGGACTCCCCC
AACTTCTGCAAGTTCATGACCACGTCTTCCTTCATAATAATAGACTTGGTAGAAACATTC
TCTTGCCGCCTTGCACTAAGAAGCCAGTCATCATCGCTGTTGCTACCGTCTTCCTCCATT
GAAAAACTGGGAGGAGCAGGCTCATCAAACAGTGAACTGTACCGTGATTCTTTGCTCGTC
TTATGTTTCTTTTTCTTCTTTGATTCAGAAAGAATAGCAGCAGTCTTGTCACTCTCAAGA
GAAGTCGAGAGCAGATTCTCTTCATGACCTAAGAGTTGATCAGTCCCTGAGGTGGAGCAA
ACATGATCCTCTTGGGGTACTTGAGGGACAACAACCACCTCAGATTCTTTAGGTTTCTTG
AAGACAAAACGTATCCGTAGAGGATTACCAGTTACAGGCGTAGCTTTAATATTACTCTCA
ACAGCAGGAGAAGCTTCCCTTCTTCTCTTCTTACTGTCTTGGCTACCATCAGACAGGTAC
TTGTCATGTTCTTCTGTCAAACAAGACCTCTCAAGTTGTTCGGATTCATCGCACACTTGC
TTGGTACGTAGATATAGATGTTCAATGGTTTTCTCATTCTTTTCTCTCTTTCTCTCC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3AO71TF 786 0 0
GAA
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AGGAAAACAGGACTCCCCCAACTTCTGCAAGTTCATGACCACGTCTTCTTTCATAATAAT
AGACTTGGTAGAAACATTCTCTTGCCGCCTTGCACTAAGAAGCCAGTCATCATCGCTGTT
GCTACCGTCTTCCTCCATTGAAAAACTGGGAGGAGCAGGCTCATCAAACAGTGAACTGTA
CCGTGATTCTTTGCTCGTCTTATGTTTCTTTTTCTTCTTTGATTCAGAAAGAATAGCAGC
AGTCTTGTCACTCTCAAGAGAAGTCGAGAGCAGATTCTCTTCATGACCTAAGAGTTGATC
AGTCCCTGAGGTGGAGCAAACATGATCCTCTTGGGGTACTTGAGGGACAACAACCACCTC
AGATTCTTTAGGTTTCTTGAAGACAAAACGTATCCGTAGAGGATTACCAGTTACAGGCGT
AGCTTTAATATTACTCTCAACAGCAGGAGAAGCTTCCCTTCTTCTCTTCTTACTGTCTTG
GCTACCATCAGACAGGTACTTGTCATGTTCTTCTGTCAAACAAGACCTCTCAAGTTGTTC
GGATTCATCGCACACTTGCTTGGTACGTAGATATAGATGTTCAATGGTTTTCTCATTCTT
TTCTCTCTTTCTCTCCTTCTTCTCTTTACGGTGCGCCTTCTTAGACGCGATAATCGGTCT
TTCGATCTTAGTCGATTCGACCAAGTTCTGACCGTTGGCCCAGTTCCTCGCATACACGGG
CGC

QA 4 786 4 786
DS 



AS 1 2

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CTTTTTCTCAGCCTCTGTCTTCTTCGTCTCTCATGATGATGAATCGGAGCTTTCTAGCCA
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AAATTCAATTCCAGAATCATTGGAGCTTCGTCGGAGGATCACGACTCGCTTTTCTCCCTA
GTCTTTCGACGAATTCATCCTCCTTTGTTCACAAGAAACGCTCCTGCGTACGAGCTTCAT
GGTTAGCTACTTCTCAGATCGCAAGCAGTGTATTTGCGGTCGGAACAACCGCGGTTCTTC
CTTTTTACACTCTGATGGTTGTAGCACCTAAAGCTGAAATTACCAAGAAGTGTATGGAGA
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CACCTGATACGCTCAAATACATGTTTTCCAGTAAATACTTGTTGCCAGAGTTGTCCGGAA
TAGCGAAAATGTTCTCAAGTGAAATGACTCTTGCTTCTGCTTGGATCCATCTTCTTGTTA
CCGATCTTTTTGCTGCTAGACAAGTTTTTAACGATGGCTTGGAGAATAAGATCGAGACTA
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ATCTTGGTTGGTCTCTCACCATTGTCTTTCTTAACTGCTTATAAATGTTTTTGGTTTGAG
ATAGTTCATTTTGCTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP84TF U 1
AF RR3BL63TF U 362
BS 1 727 RR3CP84TF
BS 728 857 RR3BL63TF

RD RR3CP84TF 728 0 0
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CTTTTTACACTCTGATGGTTGTAGCACCTAAAGCTGAAATTACCAAGAAGTGTATGGAGA
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CCAAAGC
T

QA 1 727 1 727
DS 

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TAGCATACCGTATGTCGTCTTAGGCCTATTATACGCGTATTTGTTATACCTTTCTTGGAC
ACCTGATACGCTCAAATACATGTTTTCCAGTAAATACTTGTTGCCAGAGTTGTCCGGAAT
AGCGAAAATGTTCTCAAGTGAAATGACTCTTGCTTCTGCTTGGATCCATCTTCTTGTTAT
CGATCTTTTTGCTGCTAGACAAGTTTTTAACGATGGCTTGGAGAATAAGATCGAGACTAG
GCACTCGGTTTCACTTTGCCTTCTCTTCTGTCCGGTTGGAATCGTTTCTCATGTGGTTAC
CAAAGCTTTAACCAACAGTTCTACATCCAATACCAATAACCAGTGCAAGTAAACTGATCA
TCTTGGTTGGTCTCTCACCATTGTCTTTCTTAACTGCTTATAAATGTTTTTGGTTTGAGA
TAGTTCATTTTGCTTT

QA 1 496 1 496
DS 



AS 1 2

CO CL3451Contig1 882 2 2 U
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GACATGCAGTACATTGTGTTTCACGCAACGATTACATCGAACGGTCCTCATGCCTCTCAG
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GGGCTTTCAGTGACGAGAGCTGGTGTCACAACAGTAGGAGAACAAGCGGTTAACGTTTTC
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AAGAAGGTCAAGCCGGAACAGGAAGAGGATGGGCTAAAACCAGTTTCTTCTTTGGGAATT
TGCTGGAGAAGTTGTTGCCTTGAGGGAAAAGGTAAGTCATATCAATCAAATTACGATGTG
TGGATAAATGTACTGTCAAAGGTGTAGTAGGTGTGATTGTGTGGTCTAGAAGGTCTAGTG
GGGTGTTTTGACTTGGTCAGAGATTTTGGTGGTTTACCGGAAATTGAACCGAACCAAAGC
CGGGTTTTCGGTTACTTAGCTATAGTGTGACCGTGAAATGCACCATTTGAACATGTCTAT
AATATAATAGTATAGTGTGGAACTTTCCTAATGGAAGGTTTGCTTTTGTATATGAACCAT
GATCTTTGGTCAAATGTATATTATTCATGTTTGTTGTAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D864TF U 1
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GGGCTTTCAGTGACGAGAGCTGGTGTCACAACAGTAGGAGAACAAGCGGTTAACGTTTTC
TATGTGAGAGATGCTTCAGGGAATCCAGTGGACGTGAAGACAATCGAGGCGTTACGAGGA
GAGATCGGTCACAGTTGATGATTAACGTCAAGAACAAGGTTCCAAGCAAGAGATGGAAAG
AAGAAGGTCAAGCCGGAACAGGAAGAGGATGGGCTAAAACCAGTTTCTTCTTTGGGAATT
TGCTGGAGAAGTTGTTGCCTTGAGGGAAAAGGTAAGTCATATCAATCAAATTACGATGTG
TGGATAAATGTAC
TGTCAAAGTGTAG

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DS 

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GAGGAGAGATCGGTCACAGTTGATGATTAACGTCAAGAACAAGGTTCCAAGCAAGAGATG
GAAAGAAGAAGGTCAAGCCGGAACAGGAAGAGGATGGGCTAAAACCAGTTTTTTCTTTGG
GAATTTGCTGGAGAAGTTGTTGCCTTGAGGGAAAAGGTAAGTCATATCAATCAAATTACG
ATGTGTGGATAAATGTACTGTCAAAGGTGTAGTAGGTGTGATTGTGTGGTCTAGAAGGTC
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AAAGCCGGGTTTTCGGTTACTTAGCTATAGTGTGACCGTGAAATGCACCATTTGAACATG
TCTATAATATAATAGTATAGTGTGGAACTTTCCTAATGGAAGGTTTGCTTTTGTATATGA
ACCATGATCTTTGGTCAAATGTATATTATTCATGTTTGTTGTAAACT

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 3

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TAATCTTCTCATTCCCCCCAAATTCACACACTTAAATCCATAAAGCTCAATTAAAATAAA
AACTGCCTACAACACACTAAACCTTGTATTTTTCATTCTCATCATTTCTTCATTATTGTG
GACACGTATCTACATTAAGCTCTTTCCCCCGGTTTTAACCGAAATCAACGAGCTCAACAT
CGGACTGGAACACTTCATATCTTGCCCGATCAAAGCTTTGCCTGGGAATACAAGAAGGTT
CCGAGGATAGCAATGGCAGCTCCAAGAGCGTTAACGGGCTGGACAGGGGTGCGGAAGATA
ATGATGGAGGAGACAATGACTGAGATACGCTTCATGGTGTTACCGACACTAAACGTCAAG
GGAGAGATTTGATCTAAAGACATGTAAGACACTTGGTTGTAGAGGTGATAGAACACACTC
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ATCATGTTGAAGTTAAGCTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 5 25 25 25 25 25 5 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B591JQ U 1
AF RR3C917TF C 9
AF RR3C917JQ U 12
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TTT
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ACACACTAAACCTTGTATTTTTCATTCTCATCATTTCTTCATTATTGTGGACACGTATCT
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C

QA 4 782 4 782
DS 

RD RR3C917JQ 780 0 0
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TAAGCTCTTTCCCCCGGTTTTAACCGAAATCAACGAGCTCAACATCGGACTGGAACACTT
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CAGACAAACTGAGGTCCGACGTCCGAGAGAGCCTTTTGCCAGCCATCGATCCACATCTGA
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GCGTAGTAGTTCATTCCGCTCACAGACTTTCCCTTCATCCCCTTCTTTGAGAAGATGTTA
CGGAACACAAAAGCCAAGTTCGATATCATCGCTCCCATGAAACCAATCATGTTGA
C

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DS 



AS 1 2

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ACAACACAACACGAGTACACATGAAATGAAAAAAAAAAACGATTAAAGAAAAGGTATGAT
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TAAACCGGGAATGTGAACATTTGTAATGTAATCCTTCCAGTTAATGTTTCCAACATCAAA
CCCAAACTCATCCTTCTCTGCTTCAAACATATACTCCATTAACCTTTGAGTATTACTATT
ATCAAATCTTCCACCATAAAAAATGTATGGCTCATAAATAGTGGCAAGGTGTTTGGCTTG
TTCAACAAATTTTTTGCATATGAACTTTATCTTCTGCATCATCTTACTATCCGCTGAGCT
CACACCATTGATCAACCCGCTCCGTTCTTGAGCATCTTTCCACAAATGATCTGAGAATTT
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BQ
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AF RR3FT04JQ U 1
AF RR3GC56JQ U 18
BS 1 323 RR3FT04JQ
BS 324 324 RR3GC56JQ
BS 325 501 RR3FT04JQ
BS 502 503 RR3GC56JQ
BS 504 548 RR3FT04JQ
BS 549 770 RR3GC56JQ

RD RR3FT04JQ 548 0 0
AAGCAAACATGACACAATACTACTAAATTCAAATTATTACAAATCAAAATGATATACTAG
ACAACACAACACGAGTACACATGAAATGAAAAAAAAAAACGATTAAAGAAAAGGTATGAT
TAGTTTTGGTCTTGTTTAACGAGATTGAACTTAAGCTCTTCCCTTCAAGACATGTTTTCT
TAAACCGGGAATGTGAACATTTGTAATGTAATCCTTCCAGTTAATGTTTCCAACATCAAA
CCCAAACTCATCCTTCTCTGCTTCAAACATATACTCCATTAACCTTTGAGTATTACTATT
ATCAAATCTTCCACCATAAAAAA*GTATGGCTCATAAATAGTGGCAAGGTGTTTGGCTTG
TTCAACAAATTTTTTGCATATGAACTTTATCTTCTGCATCATCTTACTATCCGCTGAGCT
CACACCATTGATCAACCCGCTCCGTTCTTGAGCATCTTTCCACAAATGATCTGAGAATTT
ATCAACGGAATTGAATAGTTT**TCAAAGGCACTCTTATAGGAACACCTTTTGAGTCCAT
GCATGGGG

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3GC56JQ 753 0 0
C
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ACATGAGATGAAAAAAAAAA*CGATTAAAGAAAAGGTATGATTAGTTTTGGTCTTGTTTA
ACGAGATTGAACTTAAGCTCTTCCCTTCAAGACATGTTTTCTTAAACCGGGAATGTGAAC
ATTTGTAATGTAATCCTTCCAGTTAATGTTTCCAACATCAAACCCAAACTCATCCTTCTC
TGCTTCAGACATATACTCCATTAACCTTTGAGTATTACTATTATCAAATCTTCCACCATA
AAAAGTGTATGGCTCATAAATAGTGGCAAGGTGTTTGGCTTGTTCAACAGATTTTTTGCA
TATGAACTTTATCTTCTGCATCATCTTACTATCCGCTGAGCTCACACCATTGATCAACCC
GCTCCGTTCTTGAGCATCTTTCCACAAATGATCTGAGAATTTATCAACGGAATTGAATAG
TTTCATCAAAGGCACTCTTATAGGAACACCTTTTGAGTCCATGCATGGGGTAGATTTGTA
GTGGTTATAAAGAAGCTCTGCTAAGTCCTCGAAAACAAGTGGATTTATTGCAGAAGAAGC
GATCTGATACACGTTTATATCAGGTTCTTGATCTGTACTCGCCACTCCATGCTTTGCAAT
AGCAGCTAATGTCGCATTCACGACCATATCAGCAGGAACCACATCAAGAACTCCTTTAGG
ATCGACCAGAAACCCTGTGAGCTGTCCTTTTC

QA 2 753 2 753
DS 



AS 1 2

CO CL3454Contig1 701 2 4 U
GGGGCGATTTTAGGTTTATCACTTTGTTGCGTCCACTCGAGAGGAAAAAATGCCGGCGGG
TCATGGAGTTCGTGCTAGGACAAGAGATCTGTTCGCGAGAGGGTTCAGGAAGAAGGGTAC
AATTCCATTGTCTACCTACCTCAGGACCTTCAAGGTTGGTGACTACGTCGATGTAAAAGT
GAACGGTGCGATCCACAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCACGGTCGTACCGGTCGTGT
CTGGAACGTCACCAAACGTGCTGTCGGTGTAGAAGTCAATAAACAGATTGGCAACAGGAT
CATAAGGAAGAGGCTTCATGTGCGTGTGGAGCACGTGCAGCAGTCAAGGTGCGCAGAAGA
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GACGATAAGCACCAAGAGGCAGCCTAAAGGACCCAAACCAGGATTCATGGTTGAGGGTAT
GACCTTGGAGACTGTCACTCCTATCCCTTACGATGTCGTCAACGACCTCAAGGGGGGCTA
TTAGTTTTCTACTTACCTTCCCCCCCAGTGTTTTGCTCAGACTTTTTTGGCTGTTTCTTG
TTGGTTATTTGAGTGTTCTTCATGCGTTTTAGCTACAGTTACATTGTCTTTAAGATGCAA
TCCAGACACAGAGATTCAGAAATTTGTTTCGATTATTACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BF54TF U 1
AF RR3BF54JQ C 241
BS 1 534 RR3BF54TF
BS 535 535 RR3BF54JQ
BS 536 685 RR3BF54TF
BS 686 701 RR3BF54JQ

RD RR3BF54TF 689 0 0
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TCATGGAGTTCGTGCTAGGACAAGAGATCTGTTCGCGAGAGGGTTCAGGAAGAAGGGTAC
AATTCCATTGTCTACCTACCTCAGGACCTTCAAGGTTGGTGACTACGTCGATGTAAAAGT
GAACGGTGCGATCCACAAGGGTATGCCTCACAAGTTCTACCACGGTCGTACCGGTCGTGT
CTGGAACGTCACCAAACGTGCTGTCGGTGTAGAAGTCAATAAACAGATTGGCAACAGGAT
CATAAGGAAGAGGCTTCATGTGCGTGTGGAGCACGTGCAGCAGTCAAGGTGCGCAGAAGA
GTTCAAGCTGAGGAAGAAGAAGAACGATGAGCTCAAGGCTGCAGCCAAAGCCAAGGGTGA
GACGATAAGCACCAAGAGGCAGCCTAAAGGACCCAAACCAGGATTCATGGTTGAGGGTAT
GACCTTGGAGACTGTCACTCCTATCCCTTACGATGTCGTCAACGACCTCAAGGGTGGCTA
TTAGTTTTCTACTTACCTTCCCCCCCAGTGTTTTGCTCAGACTTTTTTGGCTGTTTCTTG
TTGGTTATTTGAGTGTTCTTCATGCGTTTTAGCTACAGTTACATTGTCTTTAAGATGCAA
TCCAGACACAGAGATTCAGAAATTT
GTCT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3BF54JQ 461 0 0
T
TGGAACGTCACCAAACGTGCTGTCGGTGTAGAAGTCAATAAACAGATTGGCAACAGGATC
ATAAGGAAGAGGCTTCATGTGCGTGTGGAGCACGTGCAGCAGTCAAGGTGGGCAGAAGAG
TTCAAGCTGAGGAAGAAGAAGAACGATGAGCTCAAGGCTGCAGCCAAAGCCAAGGGTGAG
ACGATAAGCACCAAGAGGCAGCCTAAAGGACCCAAACCAGGATTCATGGTTGAGGGTATG
ACCTTGGAGACTGTCACTCCTATCCCTTACGATGTTGTCAACGACCTCAAGGGGGGGTAT
TAGTTTTTTACTTACCTTCCCCCCCAGTGTTTTGCTCAGACTTTTTTGGCTGTTTTTTGT
TGGTTATTTGAGTGTTTTTCATGCGTTTTAGCTACAGTTACATTGTTTTTAAGATGCAAT
CCAGACACAGAGATTCAGAAATTTGTTTCGATTATTACTG

QA 2 461 2 461
DS 



AS 1 3

CO CL3455Contig1 1598 3 5 U
GGACTCTTTGTTCTTCAACTCTCAAGCATCGCTCTGCTTGAGAGAGATTTTTTCTTCTCC
TTTTTGGTCTCACCCAAAACAAGAAGAAGAGAAATCAATCAGAAGAAGAGTGCAAACACA
ACACAAAAATGGCGGGTGATGGTGCAAAACCAATGGCTCTTCAAGACAATGAAGATGAAG
ATTTGTACTATGATGCTTACTCAGAAGAAGATCTTATAAACTTCATGTCTAACCCTAATC
CAAATCTAATGGACTTGCCCTTCCCCCAAGAGCCTCTTCCTCCTCCTACTGGGTTGTTGC
AAAATCCTTCGTTAATCTCACTCCCCAAAAGGGACACCATCAAAGAGTATCTTGAATCAC
TTAGAATCGGTGATGATTCATTTACTTTGGACACGTCAGATTTACTAAGTGGTGATCTCA
GCGACTGCATCGATTATACTGTCCCAGGAGAGTTTGGTAATGATAATGTCGGAGAGAGCG
GTATCCTTGAGGCGAGTGCTCATGTTTTTGTGGAAAATACTTACAACTCTGAAATTGGTG
GTTCGTCGACTATGCCTGTCCCGGTGATTACACCAGCACCGACCATCTCTCAAGGAGTTT
TCTTATGCACTTACTGCAACCTTCTCCGACAATTAGTTCATGCCAATGGTCTGGAGATGA
TGAGACTTGATCTCTATGGAGGGATTGGATACTTCTGCCATGCGATTATCGAGACTCGAC
GGTTCGATGGTTCTAACGAACTTCGATACCAAACGTGTCATTTGATGGATTTAATGATGG
AGGATGTGAAGAAATTTATTGAAGATTATTGTGTGGCGAGGGCAGCAAGCGGTTTTGTAA
TCATGCAAGGCACTAATGCAGATTTCTATCAAGCTATGAATGCTTGTACTACAAATAGCC
AGTCTCTTATGTCGACATTGCCACCACGAGTTGATATTCCATTGTCCTTGGACATGCCTA
ATGAATCTCTAAATGTTGCATCTGTGCCCCCTGCTGTGAAAGTGAAAGGAAGGCCGAGGA
AAGAAACCCATCTCTCTGCACAGAGGAAGCGGACTAAGAAATTAACAGTGAAAGACATGA
GCGAACTCTTTGAGCTGCCTATCGAAAAAGCGGCTCGAAGGTTGAGGATTTGTACAACAG
CCGTAAAACTCATCTGCAGGAGGGGAGAAGTGTATCGATGGCCTCAACGGAAACTTAAAA
GTTTGCGGGAGAAAGTCGCGGCACTGAAGAATGTAGTATCCAATTCAACAGATGCAAGAG
CAAGGGCTCGTGCGGAAGGGAAGATTGAAAAATTTGAGAAACAGATTAATGCTATCTATA
GCAAAGCAATCGAAAACGCTTAAGTGATTTTCAGATGATTAAAGACTACTTGTGTTGATG
AGTCCTATCCCCTTTGTCATCACAAAGGATTGTCACCGTTACCGGTTGGTTTTGTTTGAC
GTTGGTACTACAGTTTTGAGTCCTATCCCCTTTGTCATCACAAAGGATTGTCACCGTTAC
CGGTTGGTTTTGTTTGACGTTGGTACTACAGTTTTATGTCTCTTGTCTCGACATGAGATA
CACTTTTGGTTGTCTGACGTTTATGTCTCTTTCTCTAC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GR53TF U 1
AF RR3EY43TF U 348
AF RR3EY43JQ C 804
BS 1 518 RR3GR53TF
BS 519 519 RR3EY43TF
BS 520 726 RR3GR53TF
BS 727 969 RR3EY43TF
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RD RR3GR53TF 726 0 0
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ACACAAAAATGGCGGGTGATGGTGCAAAACCAATGGCTCTTCAAGACAATGAAGATGAAG
ATTTGTACTATGATGCTTACTCAGAAGAAGATCTTATAAACTTCATGTCTAACCCTAATC
CAAATCTAATGGACTTGCCCTTCCCCCAAGAGCCTCTTCCTCCTCCTACTGGGTTGTTGC
AAAATCCTTCGTTAATCTCACTCCCCAAAAGGGACACCATCAAAGAGTATCTTGAATCAC
TTAGAATCGGTGATGATTCATTTACTTTGGACACGTCAGATTTACTAAGTGGTGATCTCA
GCGACTGCATCGATTATACTGTCCCAGGAGAGTTTGGTAATGATAATGTCGGAGAGAGCG
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GTTCGTCGACTATGCCTGTCCCGGTGATTACACCAGCACCGACCATCTCTCAAGGAGTTT
TCTTATGCACTTACTGCAACCTTCTCCGACAATTAGTTCATGCCAATGGTCTGGAGATGA
TGAGACTTGATCTCTATGGAGGGATTGGATACTTCTGCCATGCGATTATCGAGACTCGAC
GGTTCG

QA 1 726 1 726
DS 

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G
ATCTTGAATCACTTAGAATCGGTGATGATTCATTTACTTTGGACACGTCAGATTTACTAA
GTGGTGATCTCAGCGACTGCATCGATTATACTGTCCCAGGAGAGTTTGGTAATGATAATG
TCGGAGAGAGCGGTATCCTTGAGGCGAGTGCTCATGTTTTTGTGGAAAATACTTACAACT
CTGAAATTGGTGGTTCGTCGACTATGCCTGTCCCGGTGATTACACCAGCACCGACCATCT
CTCGAGGAGTTTTCTTATGCACTTACTGCAACCTTCTCCGACAATTAGTTCATGCCAATG
GTCTGGAGATGATGAGACTTGATCTCTATGGAGGGATTGGATACTTCTGCCATGCGATTA
TCGAGACTCGACGGTTCGATGGTTCTAACGAACTTCGATACCAAACGTGTCATTTGATGG
ATTTAATGATGGAGGATGTGAAGAAATTTATTGAAGATTATTGTGTGGCGAGGGCAGCAA
GCGGTTTTGTAATCATGCAAGGCACTAATGCAGATTTCTATCAAGCTATGAATGCTTGTA
CTACAAATAGCCAGTCTCTTATGTCGACATTGCCACCACGAGTTGATATTCCATTGTCCT
TGGACATGCCTAATGAATCTC

QA 2 622 2 622
DS 

RD RR3EY43JQ 795 0 0
AAGATATTGTGT
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ATTCCATTGTCCTTGGACATGCCTAATGAATCTCTAAATGTTGCATCTGTGCCCCCTGCT
GTGAAAGTGAAAGGAAGGCCGAGGAAAGAAACCCATCTCTCTGCACAGAGGAAGCGGACT
AAGAAATTAACAGTGAAAGACATGAGCGAACTCTTTGAGCTGCCTATCGAAAAAGCGGCT
CGAAGGTTGAGGATTTGTACAACAGCCGTAAAACTCATCTGCAGGAGGGGAGAAGTGTAT
CGATGGCCTCAACGGAAACTTAAAAGTTTGCGGGAGAAAGTCGCGGCACTGAAGAATGTA
GTATCCAATTCAACAGATGCAAGAGCAAGGGCTCGTGCGGAAGGGAAGATTGAAAAATTT
GAGAAACAGATTAATGCTATCTATAGCAAAGCAATCGAAAACGCTTAAGTGATTTTCAGA
TGATTAAAGACTACTTGTGTTGATGAGTCCTATCCCCTTTGTCATCACAAAGGATTGTCA
CCGTTACCGGTTGGTTTTGTTTGACGTTGGTACTACAGTTTTGAGTCCTATCCCCTTTGT
CATCACAAAGGATTGTCACCGTTACCGGTTGGTTTTGTTTGACGTTGGTACTACAGTTTT
ATGTCTCTTGTCTCGACATGAGATACACTTTTGGTTGTCTGACGTTTATGTCTCTTTCTC
TAC

QA 13 795 13 795
DS 



AS 1 3

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TCCTATGGAAGCTCCACAGGTTATCTTTCAGCATCCAGCTCCACTCCATCCTCATGTTTA
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TAAAGACAACGACCATTACTTGAAAAACTGCAAAAATGGAAGGTCCCCTAAAGAAACTAG
GTGGCGCTTCCACGACGATAAAGTATAACATCTCTTATGTGTGTCCTTTAATAATGTAAT
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TCCGCGGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3F540TF U 1
AF RR3BL83JQ C 67
AF RR3BL83TF U 67
BS 1 99 RR3F540TF
BS 100 101 RR3BL83TF
BS 102 124 RR3F540TF
BS 125 125 RR3BL83TF
BS 126 151 RR3F540TF
BS 152 152 RR3BL83TF
BS 153 414 RR3F540TF
BS 415 415 RR3BL83TF
BS 416 552 RR3F540TF
BS 553 730 RR3BL83TF

RD RR3F540TF 552 0 0
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GGCTAAGGAGACATAAACTCACAATCTTCTTTCTCTCTC**TTATACTTTCGTATAATCG
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TAAAGACAACGA

QA 1 552 1 552
DS 

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AATCTGTCTCAGCATTCTCTCAATGCTCTCAAGCTCATCCGTGAAGCAAAAGCCTAAAGA
CAACGACCATTACTTGAAAAACTGCAAAAATGGAAGGTCCCCTAAAGAAACTAGGTGGCG
CTTCCACGACGATAAAGTATAACATCTCTTATGTGTGTCCTTTAATAATGTAATTATAAA
CCAAAATGTATTCTTGACCTGTTTGTATCTTCAAAACACAAGAACATCCTCTTTTCCGCG
GTTT

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3BL83TF 664 0 0
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AGCCACTAATAGACTACAGAAAGAGTTCATGGAGTGGCAGACTAATCCTCCTGCTGGTTT
CAAGCACAGAGTCTCTGATAATCTCCAACGATGGATCATTGAAGTGAATGGAGCTCCAGG
AACTCTATATGCCAATGAAACTTACCAACTTCAGGTGGAATTTCCTGAGCATTATCCTAT
GGAAGCTCCACAGGTTATCTTTCAGCATCCAGCTCCACTCCATCCTCATGTTTACAGCAA
TGGTCACATTTGCTTGGATGTTTTGTATGATTCATGGTCGCCTGCGATGAGACTAAGTTC
AATCTGTCTCAGCATTCTCTCAATGCTCTCAAGCTCATCCGTGAAGCAAAAGCCTAAAGA
CAACGACCATTACTTGAAAAACTGCAAAAATGGAAGGTCCCCTAAAGAAACTAGGTGGCG
CTTCCACGACGATAAAGTATAACATCTCTTATGTGTGTCCTTTAATAATGTAATTATAAA
CCAAAATGTATTCTTGACCTGTTTGTATCTTCAAAACACAAGAACATCCTCTTTTCCGCG
GTTT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 3

CO CL3457Contig1 506 3 1 U
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CCTCTGTCAATCTTCCCCAGCCAGCGCTTCCACCAGGACGTTCGTGGAGAAGAATCACAA
AGATTTGAAGTCCCTGAACCCTAAATTCCCTTTCCTGATCCGCGAATGTACTGGGATCCA
GCCCCAGATGTGGGCCAGATATGATATGGGCGTGGAGAGGTGTGTGAACTTGGATGGTAT
GAACGAGTCGCAGATTCTCAAGTCTCTTGAAGACCTTGTCAAAGCCGGAGGAGCTACAAA
AGCCTAAATGGTTGTTTTAAAAAAAAATAAAAAAAAAAATCTTAGATGATCCCGAATAAG
ATACAAACTTGAAACACATTCATCTGATCTCACTGTTCCTGTTATTCTATTACTTTGCAA
TTGCAACTAGTTGGTGTCATATCCCCTTTCGTTTTTGTTTGTAATCCTTCAACTTGTTAT
TAAATGAACCTTCCCTATGATTTTTG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3CU01TF U 1
AF RR3CW22JQ C 1
AF RR3CW22TF U 1
BS 1 506 RR3CU01TF

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DS 

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GCCCCAGATGTGGGCCAGATATGATATGGGCGTGGAGAGGTGTGTGAACTTGGATGGTAT
GAACGAGTCGCAGATTCTCAAGTCTCTTGAAGACCTTGTCAAAGCCGGAGGAGCTACAAA
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TAAATGAACCTTCCCTATGATTTTTG

QA 1 506 1 506
DS 

RD RR3CW22TF 506 0 0
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CCTCTGTCAATCTTCCCCAGCCAGCGCTTCCACCAGGACGTTCGTGGAGAAGAATCACAA
AGATTTGAAGTCCCTGAACCCTAAATTCCCTTTCCTGATCCGCGAATGTACTGGGATCCA
GCCCCAGATGTGGGCCAGATATGATATGGGCGTGGAGAGGTGTGTGAACTTGGATGGTAT
GAACGAGTCGCAGATTCTCAAGTCTCTTGAAGACCTTGTCAAAGCCGGAGGAGCTACAAA
AGCCTAAATGGTTGTTTTAAAAAAAAATAAAAAAAAAAATCTTAGATGATCCCGAATAAG
ATACAAACTTGAAACACATTCATCTGATCTCACTGTTCCTGTTATTCTATTACTTTGCAA
TTGCAACTAGTTGGTGTCATATCCCCTTTCGTTTTTGTTTGTAATCCTTCAACTTGTTAT
TAAATGAACCTTCCCTATGATTTTTG

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 3

CO CL3458Contig1 1224 3 7 U
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AGATAATAATAGTTCAGAAAAAAAGACCAACACCGGTTATAATACTCTAGAAAATAAAAA
AAGGTAAAACCAGAAGAAATAGTTTCAACGACAGAAAGCAACAGAAAAGCCGAGAAAAAC
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TCGGAATCATCCTCAAGTGGAGGCATCTCTGCATCAACTTCAACGGCATCATCCTCGTCA
ATGCTCAATCCCAGCTTCAACATCCTGTGGATTCTGCTCCCGAAAGTGTTTGGCTCGTCT
AGGCTGAAACCTGAAGTCAGAAGAGCAGTCTCGAACAGAAGGAGAACAAGGTCTTTCACA
GACTTGTCATTCTTGTCGGCTTCAGCTCTCTTCCTCAGCTCGTCCATGATAGCATTCTCC
GGGTTGATCTCCATTGTCTTCTTGGAAGACATGTAACCAGCCATGCTGCTGTCTCTCAAG
GCCTGCGCTTTCATGATCCTCTCCATGTTTGCGGTCCAGCCGTATTCACCTGTTACCAGA
CAGCATGGCGAGTCCACAACACGGTCAGAGACAATGACCTTCTCGACCTTGTCTCCAAGA
ACATCCTTGATCACTTTGCAGAGTCCTTCGAACTTCTCCTTGAGCTCCTCCTTTTTCTTC
TTCTCGTCCTCTGACTCTCCCAGTTTCAAACCTTCCTTGGTTGCAGAGACGAGCTTCTTT
CCCTCGAATTCCTTGAGCTGGCCAATGGCGTACTCATCGATGGCATCAACCATGTAGAGA
ACTTCATACCCTTTCTTCTTCAACTTCTCGAGGAATGGAGAGTTCTCCACAGCCTTCTTG
CTCTCACCGGTGATATAGAAGATATCCTCCTGACCTTCCTTCATCCTTGTCACGTAATCC
TTAAGGCTGGTCAAATCATCGCCGCTCTTGGTCGAGTGGTAACGGAGCAACTCAGCGATT
TTGGTTCTGTTCTGAGAGTCCTCATGGATACCGAGCTTCAAATTCTTAGAGAAAGCTTCG
TAGAACTTGTTGTAGTCCTCCTTGTTCTCAGCAACCTCCAAGAAGAGCTCAAGGCACTTC
TTCACGAGGTTCTTGCGGATGACCTTAAGGATCTTGTTCTGTTGCAAAGTCTCTCTTGAG
ATGTTGAGAGGAAGATCTTCAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CC28JQ U 1
AF RR3GS37JQ U 12
AF RR3GS37TF C 592
BS 1 244 RR3CC28JQ
BS 245 245 RR3GS37JQ
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BS 278 604 RR3CC28JQ
BS 605 822 RR3GS37JQ
BS 823 1224 RR3GS37TF

RD RR3CC28JQ 605 0 0
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AGATAATAATAGTTCAGAAAAAAAGACCAACACCGGTTATAATACTCTAGAAAATAAAAA
AAGGTAAAACCAGAAGAAATAGTTTCAACGACAGAAAGCAACAGAAAAGCCGAGAAAAAC
GATTAGCTGCAGACATTGCGCACTTTTTAGTCGACCTCCTCCATCTTGGAACCTTCAGCA
TCGGCATCATCCTCAAGTGGAGGCATCTCTGCATCAGCTTCAACGGCATCATCCTCGTCA
ATGCTCAATCCCAGCTTCAACATCCTGTGGATTCTGCTCCCGAAAGTGTTTGGCTCGTCT
AGGCTGAAACCTGAAGTCAGAAGAGCAGTCTCGAACAGAAGGAGAACAAGGTCTTTCACA
GACTTGTCATTCTTGTCGGCTTCAGCTCTCTTCCTCAGCTCGTCCATGATAGCATTCTCC
GGGTTGATCTCCATTGTCTTCTTGGAAGACATGTAACCAGCCATGCTGCTGTCTCTCAAG
GCCTGCGCTTTCATGATCCTCTCCATGTTTGCGGTCCAGCCGTATTCACCTGTTACCAGA
CAGC
C

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3GS37JQ 811 0 0
G
GCGTATTTGCTAGAACCCCTGCAAAGTTTCGTACTTGAAAAAGCAAACAGATAATAATAG
TTCAGAGAAAAAGACCAACACCGGTTATAATACTCTAGAAAATAAAAAAAGGTAAAACCA
GAAGAAATAGTTTCAACGACAGAAAGCAACAGAAAAGCCGAGAAAAACGATTAGCTGCAG
ACATTGCGCACTTTTTAGTCGACCTCCTCCATCTTGGAACCTTCAGCATCGGAATCATCC
TCAAGTGGAGGCATCTCTGCATCAACTTCAACGGCATCATCCTCGTCAATGCTCAATCCC
AGCTTCAACATCCTGTGGATTCTGCTCCCGAAAGTGTTTGGCTCGTCTAGGCTGAAACCT
GAAGTCAGAAGAGCAGTCTCGAACAGAAGGAGAACAAGGTCTTTCACAGACTTGTCATTC
TTGTCGGCTTCAGCTCTCTTCCTCAGCTCGTCCATGATAGCATTCTCCGGGTTGATCTCC
ATTGTCTTCTTGGAAGACATGTAACCAGCCATGCTGCTGTCTCTCAAGGCCTGCGCTTTC
ATGATCCTCTCCATGTTTGCGGTCCAGCCGTATTCACCTGTTACCAGACAGCATGGCGAG
TCCACAACACGGTCAGAGACAATGACCTTCTCGACCTTGTCTCCAAGAACATCCTTGATC
ACTTTGCAGAGTCCTTCGAACTTCTCCTTGAGCTCCTCCTTTTTCTTCTTCTCGTCCTCT
GACTCTCCCAGTTTCAAACCTTCCTTGGTTGCAGAGACGAGCTTCTTTCCCTCGAATTCC
TTGAGCTGGCCAATGGCGTACTCATCGATG

QA 2 811 2 811
DS 

RD RR3GS37TF 633 0 0
TTAC
CCAGACAGCATGGCGAGTCCACAACACGGTCAGAGACAATGACCTTCTCGACCTTGTCTC
CAAGAACATCCTTGATCACTTTGCAGAGTCCTTCGAACTTCTCCTTGAGCTCCTCCTTTT
TCTTCTTCTCGTCCTCTGACTCTCCCAGTTTCAAACCTTCCTTGGTTGCAGAGACGAGCT
TCTTTCCCTCGAATTCCTTGAGCTGGCCAATGGCGTACTCATCGATGGCATCAACCATGT
AGAGAACTTCATACCCTTTCTTCTTCAACTTCTCGAGGAATGGAGAGTTCTCCACAGCCT
TCTTGCTCTCACCGGTGATATAGAAGATATCCTCCTGACCTTCCTTCATCCTTGTCACGT
AATCCTTAAGGCTGGTCAAATCATCGCCGCTCTTGGTCGAGTGGTAACGGAGCAACTCAG
CGATTTTGGTTCTGTTCTGAGAGTCCTCATGGATACCGAGCTTCAAATTCTTAGAGAAAG
CTTCGTAGAACTTGTTGTAGTCCTCCTTGTTCTCAGCAACCTCCAAGAAGAGCTCAAGGC
ACTTCTTCACGAGGTTCTTGCGGATGACCTTAAGGATCTTGTTCTGTTGCAAAGTCTCTC
TTGAGATGTTGAGAGGAAGATCTTCAGAC

QA 5 633 5 633
DS 



AS 1 3

CO CL3459Contig1 920 3 12 U
GGACAGCTAAACACCATCTCACCGCTCTCCTATCTTCTCACATCTCATCTTCTCCATCTC
ATTCGCTCTCCTATCTTCACCAACCTAAGGCTCTCCTCTCTCTTCTCTCCAATTCACCAT
CGGCCTCCTCTGTTATTCTCGGATCCAGATTTCCTCCGCCGCGTTCATGTCTCTCTGAGC
ATCGCGCTCTTTGTCTCCACCACTGGCTTCGCCATCCTCTGATCGGCGACTTTGTTCTGC
TGCTATGATGCTTTGAAGACGTTTACAGATCAGGCTATCTATGAAGGTGAGAGGAGCATC
TGACGAAAGGAAGGTCGAGCGATATTGACGTGATTGCGTTCCTGCCCGATCACATAGATG
GTGCACTGCCATGATAGGAGAGCAAGATCGCATAGACAGAGCATCTGATGCTTTGTTGTT
TTTACTGATTAAGAGAATGATTATCAAGTGAAAAAGACCAAGCTTTTTATAGGTATACAT
ACACCGCCTTTGGTGAACACATAGTTGTATTGAATGGCAGATCGTGTTGTTGTGGGTTGA
TGGATTTAAGAAGGCCATAAAGGAGATGAATCTGTAACTGTGAAACGACGGTTCAAACTC
CATTGTTGTATGTGAACGGCGTCGATGATGTCCGAGATTGAAAAAACTGTGTAAACCCTA
AATTTCAGATTTAACGATATTGGGCTATCGGGCAGTAACACAATAAAGCCCATCATATTA
TAGAGTTAATGAAGTGCTGCGTTTTGACGTGTCATGCTCTCCTTAAACGAATTTCCAGGC
TGGCATCCCATGTGGACACCCCAGGAAAGATTGGAACTCTCTTTTATATATAAAGATATG
AATCATTCTAATTTTTAATATTTAGTTCAATAAAATTTCATATAATGTCTTTAATTACTG
AAGTTTATACTCTTCACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CH83TF U 1
AF RR3FF07JQ C 356
AF RR3FF07TF U 356
BS 1 375 RR3CH83TF
BS 376 376 RR3FF07TF
BS 377 645 RR3CH83TF
BS 646 646 RR3FF07TF
BS 647 654 RR3CH83TF
BS 655 655 RR3FF07TF
BS 656 671 RR3CH83TF
BS 672 672 RR3FF07TF
BS 673 697 RR3CH83TF
BS 698 698 RR3FF07TF
BS 699 731 RR3CH83TF
BS 732 920 RR3FF07TF

RD RR3CH83TF 731 0 0
GGACAGCTAAACACCATCTCACCGCTCTCCTATCTTCTCACATCTCATCTTCTCCATCTC
ATTCGCTCTCCTATCTTCACCAACCTAAGGCTCTCCTCTCTCTTCTCTCCAATTCACCAT
CGGCCTCCTCTGTTATTCTCGGATCCAGATTTCCTCCGCCGCGTTCATGTCTCTCTGAGC
ATCGCGCTCTTTGTCTCCACCACTGGCTTCGCCATCCTCTGATCGGCGACTTTGTTCTGC
TGCTATGATGCTTTGAAGACGTTTACAGATCAGGCTATCTATGAAGGTGAGAGGAGCATC
TGACGAAAGGAAGGTCGAGCGATATTGACGTGATTGCGTTCCTGCCCGATCACATAGATG
GTGCACTGCCATGAT*GGAGAGCAAGATCGCATAGACAGAGCATCTGATGCTTTGTTGTT
TTTACTGATTAAGAGAATGATTATCAAGTGAAAAAGACCAAGCTTTTTATAGGTATACAT
ACACCGCCTTTGGTGAACACATAGTTGTATTGAATGGCAGATCGTGTTGTTGTGGGTTGA
TGGATTTAAGAAGGCCATAAAGGAGATGAATCTGTAACTGTGAAACGACGGTTCAAACTC
CATTGTTGTATGTGAACGGCGTCGATGATGTCCGAGATTGAAAAA*CTGTGTAA*CCCTA
AATTTCAGATT*AACGATATTGGGCTATCGGGCAGTA*CACAATAAAGCCCATCATATTA
TAGAGTTAATG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3FF07JQ 565 0 0
G
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TGTTTTTACTGATTAAGAGAATGATTATCAAGTGAAAAAGACCAAGCTTTTTATAGGTAT
ACATACACCGCCTTTGGTGAACACATAGTTGTATTGAATGGCAGATCGTGTTGTTGTGGG
TTGATGGATTTAAGAAGGCCATAAAGGAGATGAATCTGTAACTGTGAAACGACGGTTCAA
ACTCCATTGTTGTATGTGAACGGCGTCGATGATGTCCGAGATTGAAAAAACTGTGTAAAC
CCTAAATTTCAGATTTAACGATATTGGGCTATCGGGCAGTAACACAATAAAGCCCATCAT
ATTATAGAGTTAATGAAGTGCTGCGTTTTGACGTGTCATGCTCTCCTTAAACGAATTTCC
AGGCTGGCATCCCATGTGGACACCCCAGGAAAGATTGGAACTCTCTTTTATATATAAAGA
TATGAATCATTCTAATTTTTAATATTTAGTTCAATAAAATTTCATATAATGTCTTTAATT
ACTGAAGTTTATACTCTTCACTTT

QA 2 565 2 565
DS 

RD RR3FF07TF 565 0 0
G
GATGGTGCACTGCCATGATAGGAGAGCAAGATCGCATAGACAGAGCATCTGATGCTTTGT
TGTTTTTACTGATTAAGAGAATGATTATCAAGTGAAAAAGACCAAGCTTTTTATAGGTAT
ACATACACCGCCTTTGGTGAACACATAGTTGTATTGAATGGCAGATCGTGTTGTTGTGGG
TTGATGGATTTAAGAAGGCCATAAAGGAGATGAATCTGTAACTGTGAAACGACGGTTCAA
ACTCCATTGTTGTATGTGAACGGCGTCGATGATGTCCGAGATTGAAAAAACTGTGTAAAC
CCTAAATTTCAGATTTAACGATATTGGGCTATCGGGCAGTAACACAATAAAGCCCATCAT
ATTATAGAGTTAATGAAGTGCTGCGTTTTGACGTGTCATGCTCTCCTTAAACGAATTTCC
AGGCTGGCATCCCATGTGGACACCCCAGGAAAGATTGGAACTCTCTTTTATATATAAAGA
TATGAATCATTCTAATTTTTAATATTTAGTTCAATAAAATTTCATATAATGTCTTTAATT
ACTGAAGTTTATACTCTTCACTTT

QA 2 565 2 565
DS 



AS 1 3

CO CL3460Contig1 748 3 4 U
GGATTCCTCTTTGGAGCTTCTCTGCGTTGGATTCGAGGCGCAACACAGAGATTTGGCATC
CAGAGGAAGGAAGAAGAAGAAGAAGACTGCTCCAATGGCTGGTCCTGAACTAGAAGCTAT
TAGACAGAGGAGAATGCAAGAGCTCATGGCTCGACATGGCACTGGGAAGCAGGGCAACCA
ACAGAATCCGGATCAAGAGAGAGCTCAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATGAGCGTAG
ACAAATTATGCTTAGTCAAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGAGGATTGCTAGAATTGC
CCTTGTGAAACCTGAGAAAGCTAAAGGTGTTGAGGATGTTATTTTAAGGGCTGCTCAAAT
GGGACAGATTGTTGAGAAGGTTTCTGAGGAGCGACTTATAACGCTGTTGGAACAAATAAA
CAGCCAAACAACCAAACAGACTAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTGGACGACGA
TTAGGAAGAAGAAGAAGATTATGCGATCTATGGGAGATCTCACTGTTGAGTTCACTAAGA
TGTACTTACTGTGAAATATGTTTATTGTGGGCGAATCTTAATACTCTTCCAAATGAGATC
ATAAAAGTAATCTCAAACTGAAACTCTTTATTTTATCCTTTTTGGCATTTCTTCTGTGAA
CCATCCCTATCTCTTCTTATCTTTCTCTCCTCGCATTGCCTTGTATGGTTTGAATATTAA
TTTAAAAGAAAAAAACGATTGTGTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D629TF U 1
AF RR3AG03TF U 200
AF RR3D629JQ C 76
BS 1 675 RR3D629TF
BS 676 676 RR3AG03TF
BS 677 713 RR3D629TF
BS 714 748 RR3D629JQ

RD RR3D629TF 731 0 0
GGATTCCTCTTTGGAGCTTCTCTGCGTTGGATTCGAGGCGCAACACAGAGATTTGGCATC
CAGAGGAAGGAAGAAGAAGAAGAAGACTGCTCCAATGGCTGGTCCTGAACTAGAAGCTAT
TAGACAGAGGAGAATGCAAGAGCTCATGGCTCGACATGGCACTGGGAAGCAGGGCAACCA
ACAGAATCCGGATCAAGAGAGAGCTCAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATGAGCGTAG
ACAAATTATGCTTAGTCAAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGAGGATTGCTAGAATTGC
CCTTGTGAAACCTGAGAAAGCTAAAGGTGTTGAGGATGTTATTTTAAGGGCTGCTCAAAT
GGGACAGATTGTTGAGAAGGTTTCTGAGGAGCGACTTATAACGCTGTTGGAACAAATAAA
CAGCCAAACAACCAAACAGACTAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTGGACGACGA
TTAGGAAGAAGAAGAAGATTATGCGATCTATGGGAGATCTCACTGTTGAGTTCACTAAGA
TGTACTTACTGTGAAATATGTTTATTGTGGGCGAATCTTAATACTCTTCCAAATGAGATC
ATAAAAGTAATCTCAAACTGAAACTCTTTATTTTATCCTTTTTGGCATTTCTTCTGTGAA
CCATCCCTATCTCTT*TTATCTTTCTCTCCTCGCATTGCCTTGTATGGTTTGA
TATTATTTAAAGAAAAAA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3AG03TF 529 0 0
G
GAGCTCAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATGAGCGTAGACAAATTATGCTTAGTCAAA
TATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGAGGATTGCTAGAATTGCCCTTGTGAAACCTGAGAAAG
CTAAAGGTGTTGAGGATGTTATTTTAAGGGCTGCTCAAATGGGACAGATTGTTGAGAAGG
TTTCTGAGGAGCGACTTATAACGCTGTTGGAACAAATAAACAGCCAAACAACCAAACAGA
CTAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTGGACGACGATTAGGAAGAAGAAGAAGATT
ATGCGATCTATGGGAGATCTTACTGTTGAGTTCACTAAGATGTACTTACTGTGAAATATG
TTTATTGTGGGTGAATCTTAATACTCTTCCAAATGAGATCATAAAAGTAATCTCAAACTG
AAACTCTTTATTTTATCCTTTTTGGCATTTCTTCTGTGAACCATCCCTATCTCTTCTTAT
CTTTCTCTCCTCGCATTGCCTTGTATGGTTTGA
ATATTAATTTAAAAG

QA 2 514 2 514
DS 

RD RR3D629JQ 673 0 0
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GCAAGAGCTCATGGCTCGACATGGCACTGGGAAGCAGGGCAACCAACAGAATCCGGATCA
AGAGAGAGCTCAAGAAGATGCTAAAAGGGAAGCTGATGAGCGTAGACAAATTATGCTTAG
TCAAATATTGTCTTCCCAAGCCCGAGAGAGGATTGCTAGAATTGCCCTTGTGAAACCTGA
GAAAGCTAAAGGTGTTGAGGATGTTATTTTAAGGGCTGCTCAAATGGGACAGATTGTTGA
GAAGGTTTTTGAGGAGCGACTTATAACGCTGTTGGAACAAATAAACAGCCAAACAACCAA
ACAGACTAAAGTCACGATCCAGAGGCGTCGTGGGGTGGACGACGATTAGGAAGAAGAAGA
AGATTATGCGATCTATGGGAGATCTCACTGTTGAGTTCACTAAGATGTACTTACTGTGAA
ATATGTTTATTGTGGGCGAATCTTAATACTCTTCCAAATGAGATCATAAAAGTAATCTCA
AACTGAAACTCTTTATTTTATCCTTTTTGGCATTTTTTCTGTGAACCATCCCTATCTCTT
TTTATCTTTCTCTCCTCGCATTGCCTTGTATGGTTTGAATATTAATTTAAAAGAAAAAAA
CGATTGTGTTGTG

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 3

CO CL3461Contig1 972 3 10 U
GGAGAGAGACATTGTAGTTTTGGATAATGGTTTTGCGAAAGAGTTACACAAAACATAAAT
AAAGAACAAAACTATGACAGAGAGAACAAGGAAAACGCTTTGTAACCCTATATAATATAT
AAAAGATAAACGTATATAGTTAAAGAATGCCCTGAAATGACTGAAGACATATCGATTCTG
AGGTTACCTCTCATCGATATCTTTCTTTAGAGACCAAAATTGCACATCTGCACAAACTCC
ATTTCGTTATCGACGTATTTAGTCCAGAGAGACTTGTATTGGTTCATAGCAATGTCTAGC
CATGGTTTCATGTTCCCATTGTAGTGTATCACTGCTGCCTTTTTGATCTCATCCATGCTC
ACTCCCGGGTTGTAGCCTAACCCAAGCACATGCCATGACTTGTCCAGTGATTTCGTCTTT
GAGTAGAATGTGATCAGTCCCGGAGGCAGAGTTCCCAGTTTCCAGAGAGTTCTGTCTTCA
TTCAGGTTCTGCCAGTAATGGTATTGATCTGTGCATTTCTCACGTCTCCAAGCATTGAGA
TCAAATATATTCATCCCAAAGGCCCAAGCACAAGCATTGGGGTTAA*GTTGTCTTTGATC
AGAGGATGAGTGAAGTTTAGGTATTGACCATACCGATGAAAAGAGCCAAAGCATGTCTCA
ACAGCTCCATTCACCTTTCCATCTAAGTTGATCTTCCACAACCCAGTCACGTCCTTCTGC
ACCACAACATCATCGTCCAAGAACAAGATCTTATTCAGCTTGGGATACATCTCCGGTAAG
TAAAACCTGAGATGGTTCAACATGGAGAGATACTTGGGGTTCTTGAACTTGATGTTATGT
TCATCTTTCGTTGCGTTCTCCGCCTGGTTGTTCTCAAAGTAAAACTTCTGCAACTTAGCA
GACTCGAGCTGCCTCAAGACCGGCGCATAAGCGTTCAAGAACTTGAACTCCTCCACGGAT
TTGATCTCAACC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EC22JQ U 4
AF RR3C842JQ U 1
AF RR3EC22TF C 246
BS 1 53 RR3C842JQ
BS 54 54 RR3EC22JQ
BS 55 105 RR3C842JQ
BS 106 106 RR3EC22JQ
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BS 588 771 RR3C842JQ
BS 772 972 RR3EC22TF

RD RR3EC22JQ 701 0 0
GG
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TCCATTCACCTTTCCATCTAAGTTGATCTTCCACAACCC

QA 3 701 3 701
DS 

RD RR3C842JQ 771 0 0
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ATTTCGTTATCGACGTATTTAGTCCAGAGAGACTTGTATTGGTTCATAGCAATGTCTAGC
CATGGTTTCATGTTCCCATTGTAGTGTATCACTGCTGCCTTTTTGATCTCATCCATGCTC
ACTCCCGGGTTGTAGCCTAACCCAAGCACATGCCATGACTTGTCCAGTGATTTCGTCTTT
GAGTAGAATGTGATCAGTCCCGGAGGCAGAGTTCCCAGTTTCCAGAGAGTTCTGTCTTCA
TTCAGGTTCTGCCAGTAATGGTATTGATCTGTGCATTTCTCACGTCTCCAAGCATTGAGA
TCAAATATATTCATCCCAAAGGCCCAAGCACAAGCATTGGGGTTAAAGTTGTCTTTGATC
AGAGGATGAGTGAAGTTTAGGTATTGACCATACCGATGAAAAGAGCCAAAGCATGTCTCA
ACAGCTCCATTCACCTTTCCATCTAAGTTGATCTTCCACAACCCAGTCACGTCCTTCTGC
ACCACAACATCATCGTCCAAGAACAAGATCTTATTCAGCTTGGGATACATC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3EC22TF 727 0 0
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TTTCATGTTCCCATTGTAGTGTATCACTGCTGCCTTTTTGATCTCATCCATGCTCACTCC
CGGGTTGTAGCCTAACCCAAGCACATGCCATGACTTGTCCAGTGATTTCGTCTTTGAGTA
GAATGTGATCAGTCCCGGAGGCAGAGTTCCCAGTTTCCAGAGAGTTCTGTCTTCATTCAG
GTTCTGCCAGTAATGGTATTGATCTGTGCATTTCTCACGTCTCCAAGCATTGAGATCAAA
TATATTCATCCCAAAGGCCCAAGCACAAGCATTGGGGTTAA*GTTGTCTTTGATCAGAGG
ATGAGTGAAGTTTAGGTATTGACCATACCGATGAAAAGAGCCAAAGCATGTCTCAACAGC
TCCATTCACCTTTCCATCTAAGTTGATCTTCCACAACCCAGTCACGTCCTTCTGCACCGC
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CCTGAGATGGTTCAACATGGAGAGATACTTGGGGTTCTTGAACTTGATGTTATGTTCATC
TTTCGTTGCGTTCTCCGCCTGGTTGTTCTCAAAGTAAAACTTCTGCAACTTAGCAGACTC
GAGCTGCCTCAAGACCGGCGCATAAGCGTTCAAGAACTTGAACTCCTCCACGGATTTGAT
CTCAACC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 3

CO CL3462Contig1 915 3 4 U
CCAATTTACTATAATTCATTTATAAAACAGCCTCTTCTCCAGAGTCGGTACAACAAACAA
GCAAACAATGAAACACAAACCAAACATAGTGTACATTATCACAAAAGACACAATTTGAAA
ACGACAAGACGAGTTTGCATCAGATTTATAAGCCGATGCTATGCACACATAGAGCGTGGA
CTTGTAGTCACATCTCCTTTTATTCTCACACAATCTTCCAAAGCTTTTCATATCATTACA
TTATTATAAATTATACAGTAACGGTAACAAGCAAAAGACTTGTGGACAAGTCTATCACTC
AACTTAGCGACGGAAGCTCCTAACCTGACGTGGTGGGTCAGTCGTGCTATCGTTAAGCTT
GACACCTGTGTAGACGGCTGCACCAGATATGGCACCAAGTGTAGGAGCCACCAGATAAAC
CCAAAGTGACCTGTAGTTTCCAGATGCAAGGGCTGGTCCTAGAGTCCTAACCGGGTTCAT
AGATCCACCACTCGATGGCCCTGCGACAAGAATGTTGAGCATGACAGTAGCTCCAACAGC
TATACCAGCTAGTTCTCCAACTGCACGAGTGTCGGTGGCAACGGCGGTAACAACAAAGAG
GAGAATAAAAGTAATGATGAACTCGAGAGCAAAGGCTTGTCCAACACTAACAGACGGAAC
AGTAACACCTCCCGACATGAAAGGATGGAAAACTGCTTTGAGTGCGAATGAAGCGCAAAT
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AGCTGCGAATGCTATGGTCAGTGAAGGGTTTAAGTGAGCCCCTGAGACGTGACCGGTTGA
CAGAATTATGATCATCACTGCGAGTCCTGCGCAGGCCGCGTTACCAATTAGGGTTTCAGC
TCCGTCGTATTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ16JQ U 1
AF RR3DB93JQ U 70
AF RR3EZ16TF C 329
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BS 771 915 RR3EZ16TF

RD RR3EZ16JQ 772 0 0
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CTTGTAGTCACATCTCCTTTTATTCTCACACAATCTTCCAAAGCTTTTCATATCATTACA
TTATTATAAATTATACAGTAACGGTAACAAGCAAAAGACTTGTGGACAAGTCTATCACTC
AACTTAGCGACGGAAGCTCCTAACCTGACGTGGTGGGTCAGTCGTGCTATCGTTAAGCTT
GACACCTGTGTAGACGGCTGCACCAGATATGGCACCAAGTGTAGGAGCCACCAGATAAAC
CCAAAGTGACCTGTAGTTTCCAGATGCAAGGGCTGGTCCTAGAGTCCTAACCGGGTTCAT
AGATCCACCACTCGATGGCCCTGCGACAAGAATGTTGAGCATGACAGTAGCTCCAACAGC
TATACCAGCTAGTTCTCCAACTGCACGAGTGTCGGTGGCAACGGCGGTAACAACAAAGAG
GAGAATAAAAGTAATGATGAACTCGAGAGCAAAGGCTTGTCCAACACTAACAGACGGAAC
AGTAACACCTCCCGACATGAAAGGATGGAAAACTGCTTTGAGTGCGAATGAAGCGCAAAT
GGAAGCTGAGACTTGGGCAGCTATGTAAGCAGG*ACATGGGCCCAAGGGA
GT

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DS 

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CGAGTTTGCATCAGATTTATAAGCCGATGCTATGCACACATAGAGCGTGGACTTGTAGTC
ACATCTCCTTTTATTCTCACACAATCTTCCAAAGCTTTTCATATCATTACATTATTATAA
ATTATACAGTAACGGTAACAAGCAAAAGACTTGTGGACAAGTCTATCACTCAACTTAGCG
ACGGAAGCTCCTAACCTGACGTGGCGGGTCAGTCGCGCTATCGTTAAGCTTGACACCTGT
GTAGACGGCTGCACCAGATATGGCACCAAGTGTAGGAGCCACCAGATAAACCCAAAGTGA
CCTGTAGTTTCCAGATGCAAGGGCTGGTCCTAGAGTCCTAACCGGGTTCATAGATCCACC
ACTCGATGGCCCTGCGACAAGAATGTTGAGCATGACAGTGGCTCCAACAGCTATACCAGC
TAGTTCTCCAACTGCACGAGTGTCGGTGGCAACGGCGGTAACAACAAAGAGGAGAATAAA
AGTAATGATGAACTCGAGAGCAAAGGCTTGTCCAACACTAACAGACGGAACAGTAACACC
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GACTTGGGCAGCTATGTAA

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DS 

RD RR3EZ16TF 587 0 0
CGTGGTGGGTCAGTCGTGCTATCGTTAAGCTTGACACCTGTGTAGACGGCTGCACCAGAT
ATGGCACCAAGTGTAGGAGCCACCAGATAAACCCAAAGTGACCTGTAGTTTCCAGATGCA
AGGGCTGGTCCTAGAGTCCTAACCGGGTTCATAGATCCACCACTCGATGGCCCTGCGACA
AGAATGTTGAGCATGACAGTAGCTCCAACAGCTATACCAGCTAGTTCTCCAACTGCACGA
GTGTCGGTGGCAACGGCGGTAACAACAAAGAGGAGAATAAAAGTAATGATGAACTCGAGA
GCAAAGGCTTGTCCAACACTAACAGACGGAACAGTAACACCTCCCGACATGAAAGGATGG
AAAACTGCTTTGAGTGCGAATGAAGCGCAAATGGAAGCTGAGACTTGGGCAGCTATGTAA
GCAGGCACATGGGCCCAAGGGAAGTGCCTTAGAGCTGCGAATGCTATGGTCAGTGAAGGG
TTTAAGTGAGCCCCTGAGACGTGACCGGTTGACAGAATTATGATCATCACTGCGAGTCCT
GCGCAGGCCGCGTTACCAATTAGGGTTTCAGCTCCGTCGTATTTCTC

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 3

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GCTAGCAAATTTTCGAAAACCATGTGTTTTTCAAAGTAAACTTGTCAACGTTTCATTCAA
TTTACTGGAAAACCGAAAGATTTTTACATTTTCCAATTATTGGACATACATAGCAGAAAG
GAACAGTACTAGTGATCAAGAGTGTTCTGTTTCGTTTCCCATCTCTTCAGCTTTCCCCTG
CTGCGTCAGCGTTTCATAAAGTGGAGCGTTTCGCGTTTCCCTTAGCCAAAGACTTACCAA
GCCAGTCAACACAGACGCAACGCCAAATACAATGAAAGACATCATGGCGCTTTCTCTCCC
CAATGCTACTAACAACGGTGCTGCAGATGCTCCTAGCATGAACGCTTGACACAACAGCGA
AACCGCAAAGTTCCTCACGTTTGTCGGAAACAACTCGACGCCATAAACATATAAGACATC
GTACGCCAATGAGGACGCCATGAACCCAACCGCCTCAACTGCTAGCCGCAGCCATTTGGT
AACAGGTAGTGCACGGGTCACGCGGTGAAGCGATAGAACCGCGCAGAGTAAGCAACATAC
TCCAGCTAGGTATGATGAGTTGGAGAATAATGGACGCCGGTTCATGACCCCGAGGAGGAA
GCTTCCGATGAAAACAGCTGGAAACTCCATCAGAGCGTTCACCGCAACGGTTAGGTAAAG
GTTGAAGTTGAGATTCTCAGCGTTTAGTTGGATTCCAAAGTAAACAAAACTAGTGCCAAA
TCCAGCTATCATCAGCATTACAATTCTCTTCACTGCCCATTTCGTCTTCCAGAAGTTCTC
TGATGATGACGAAGTTATATCATCTCGTCCTTGAATCGGATCGACTAGGCTTAGATCAGC
TGGAAGTTGTTTACCATTGCGCCTCGCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FU33JQ U 1
AF RR3A937JQ U 32
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TCCAGCTAGGTATGATGGGTTGGAGAATAATGGACGCCGGTTCATGACCCCGAGGAGGAA
GCTTCCGATGAAAACAGCTGGAAACTCCATCGGAGCGTTCACCGCAACGGTTAGGTAAAG
GTTGAAGTTGAGATTCTCAGCGTTTAGTTGGATTCCAAAGTAAACAAAACTAGTGCCAAA
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TGATGATGACGAAGT*ATATCATCTC

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CC
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QA 3 838 3 838
DS 

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CTTCAGCTTTCCCCTGCTGCGTCAGCGTTTCATAAAGTGGAGCGTTTCGCGTTTCCCTTA
GCCAAAGACTTACCAAGCCAGTCAACACAGACGCAACGCCAAATACAATGAAAGACATCA
TGGCGCTTTCTCTCCCCAATGCTACTAACAACGGTGCTGCAGATGCTCCTAGCATGAACG
CTTGACACAACAGCGAAACCGCAAAGTTCCTCACGTTTGTCGGAAACAACTCGACGCCAT
AAACATATAAGACATCGTACGCCAATGAGGACGCCATGAACCCAACCGCCTCAACTGCTA
GCCGCAGCCATTTGGTAACAGGTAGTGCACGGGTCACGCGGTGAAGCGATAGAACCGCGC
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TGACCCCGAGGAGGAAGCTTCCGATGAAAACAGCTGGAAACTCCATCAGAGCGTTCACCG
CAACGGTTAGGTAAAGGTTGAAGTTGAGATTCTCAGCGTTTAGTTGGATTCCAAAGTAAA
CAAAACTAGTGCCAAATCCAGCTATCATCAGCATTACAATTCTCTTCACTGCCCATTTCG
TCTTCCAGAAGTTCTCTGATGATGACGAAGTTATATCATCTCGTCCTTGAATCGGATCGA
CTAGGCTTAGATCAGCTGGAAGTTGTTTACCATTGCGCCTCGCGC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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TCTTCAATCTGTACCTTCACATCTCTTTTCAAGGCAAGAACTTGATAGTTTCTTCTCAAG
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GCAGCGCTTAGTAAACTCTCTAGGGAACCATGTTTCCTCACAAGTTTCATCGCTGTTTTT
CTTCCAAACGCCGGGACAACATGCTGAATCCCTGGAACTCCATCCACCTCATCACCCATT
ATACATCGAAAGCTCAAATCAGACTGTGGATCACAGTTATACTGAGCATGGTAGTGTTTC
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GAGATCAACTGCTTAAAGTCTTTGTCAGGCGATGCAATAACCGCGCGGTACCCTCTTTGA
ACGGCTTGTTCCATCAAGGTAACCACCACATCGTCTGCTTCATGCCCTTGTAGTCTAACA
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TTTCCAGGATTTGGTGTTTTCCTATGCGCTTTATAAGAAGGCAGTAACTCTCGGCGTCGC
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AAGAAGAGTGGAAGCCAGTGACCAAAAGCTTTTGAACTTGGCTTGTTTCCTTCGTAGCAG
AGCGGACTAACGTCTAAGAAGAAGACCCTTCTCTTTTTCTTCCTGCTCCCTTCACTCTCA
ACATCCTTACCAATAGCTTGTCCGTATTCTGTTCGATGAAATGCCTCATTGGAAGAGGAC
GATAATGGAGTATGAGAAAAAGAAGAAGAACAAGTGACCCTTTTTGCTCGCAAAGCTTTA
GTCTTTTCGATGGATTCAATTTTGAAGGAAACAAGAAAAGGATTCGATTGAGCAAATCCT
ACTGTTGTCGTCATCTTCAACCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C726JQ U 43
AF RR3B632JQ U 1
AF RR3B632TF C 525
BS 1 93 RR3B632JQ
BS 94 94 RR3C726JQ
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BS 161 161 RR3C726JQ
BS 162 426 RR3B632JQ
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BS 472 878 RR3B632JQ
BS 879 879 RR3B632TF
BS 880 912 RR3B632JQ
BS 913 1286 RR3B632TF

RD RR3C726JQ 796 0 0
G
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AAAAGATTTTACTTAAAACTTATGATTAGCCGCTAGCAAAAGCTAACATCAGTTCTTCAG
TAGATTATCCAATTGAATGGTTAGCAGCAATATGTGTTGGTGTGCTTGAGGTTTCTTAGT
ATCATCCATGCAAGGTTGAGAGGAAGCTTGACAGTACTTGTGAATCATTGCTTGTATCTC
TCTCCACCAGCCATTCCTCTTCAATCTGTACCTTCACATCTCTTTTCAAGGCAAGAACTT
GATAGTTTCTTCTCAAGTAATCTGCATATTTCGTAAGGGCTTCTTGAGCATATGGTCTCC
CCACAGTTCTTACAGCTGCAGCGCTTAGTAAACTCTCTAGGGAACCATGTTTCCTCACAA
GTTTCATCGCTGTTTTTCTTCCAAACGCCGGGACAACATGCTGAATCCCTGGAACTCCAT
CCACCTCATCACCCATTATACATCGAAAGCTCAAATCAGACTGTGGATCACAGTTATACT
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CGCGGTACCCTCTTTGCACGGCTTGTTCCATCAAGGTAGCCACCACGTCGTCTGCTTCGT
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GTGGCCTTTTGGAGT

QA 2 796 2 796
DS 

RD RR3B632JQ 912 0 0
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CCAAATCCAATATGCAACTACACTCTGAACTTGCGAATTAACTAAAAGATTCTACTTAAA
ACTTATGATTAGCCGCTAGCAAAAGCTAACATCAGTTCTTGAGTAGATTATCCAATTGAA
TGGTTAGCAGCAATATGTGTTGGTGTGCTTGAGGTTTCTCAGTATAATCCATGCAAGGTT
GAGAAGAAGCTTGACAGTACTTGTGAATCATTGCTTGTATCTCTCTCCACCAGCCATTCC
TCTTCAATCTGTACCTTCACATCTCTTTTCAAGGCAAGAACTTGATAGTTTCTTCTCAAG
TAATCTGCATATTTCGTAAGGGCTTCTTGAGCATATGGTCTCCCCACAGTTCTTACAGCT
GCAGCGTTTAGTAAACTCTCTAGGGAACCATGTTTCCTCACAAGTTTCATTGCTGTTTTT
CTTCCAAACGCCGGGACAACATGCTGAATCCCTGGAACTCCATCCACCTCATCACCCATT
ATACATCGAAAGCTCAAATCAGACTGTGGATCACAGTTATACTGAGCATGGTAGTGTTTC
AGTGTGTAAAAAGACCATCTTCTGAGATCAGACAATGGAATGACAATCTGAACATTTTCT
GAGATCAACTGCTTAAAGTCTTTGTCAGGCGATGCAATAACCGCGCGGTACCCTCTTTGA
ACGGCTTGTTCCATCAAGGTAACCACCACATCGTCTGCTTCATGCCCTTGTAGTCTAACA
ACTGGCACATTGCATTTTGTGAGAACTTCCTCGACGAATTGGTGTGGCCTTTTGGAGTAT
TTTCCAGGATTTGGTGTTTTCCTATGCGCTTTATAAGA*GGCAGTAACTCTCGGCGTCGC
TTGTTACCTTCT

QA 1 912 1 912
DS 

RD RR3B632TF 762 0 0
CCA
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ATGGTAGTGTTTCAGTGTGTAAAAAGACCATCTTCTGAGATCAGACAATGGAATGACAAT
CTGAACATTTTCTGAGATCAACTGCTTAAAGTCTTTGTCAGGCGATGCAATAACCGCGCG
GTACCCTCTTTGAACGGCTTGTTCCATCAAGGTAACCACCACATCGTCTGCTTCATGCCC
TTGTAGTCTAACAACTGGCACATTGCATTTTGTGAGAACTTCCTCGACGAATTGGTGTGG
CCTTTTGGAGTATTTTCCAGGATTTGGTGTTTTCCTATGCGCTTTATAAGAAGGCAGTAA
CTCTCGGCGTCGCTTGTTACCTTCTTCCCCATCAAGAACAGCTATGACAGGATCGGTGAG
GCTGACTTGAGAGAAGAAGAGTGGAAGCCAGTGACCAAAAGCTTTTGAACTTGGCTTGTT
TCCTTCGTAGCAGAGCGGACTAACGTCTAAGAAGAAGACCCTTCTCTTTTTCTTCCTGCT
CCCTTCACTCTCAACATCCTTACCAATAGCTTGTCCGTATTCTGTTCGATGAAATGCCTC
ATTGGAAGAGGACGATAATGGAGTATGAGAAAAAGAAGAAGAACAAGTGACCCTTTTTGC
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TTGAGCAAATCCTACTGTTGTCGTCATCTTCAACCTTCC

QA 4 762 4 762
DS 



AS 1 2

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TCGGTGCTGCTCTTCGGCGTCAACGCCGCGATCGGGTACTTGCTGATGCTCGCGTCCATG
TCCTTCAACGGAGGCGTTTTTATCGCGATCGTCGTCGGTTTGACCGTCGGGTACCTCGTT
TTCAGATCTGACGACGACGGTGGTAACGCGGCGGCGGAGAATCCGTGCGCTTGTGCTTGA
TTTATTACAACCAATAATGGAAACTTTCTAAAACTGAATCGTTGGAAGTTGCAAGTTTTA
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TCTCTACTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3E703JQ C 1
AF RR3E703TF U 1
BS 1 607 RR3E703TF
BS 608 609 RR3E703JQ

RD RR3E703JQ 609 0 0
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TCGGTGCTGCTCTTCGGCGTCAACGCCGCGATCGGGTACTTGCTGATGCTCGCGTCCATG
TCCTTCAACGGAGGCGTTTTTATCGCGATCGTCGTCGGTTTGACCGTCGGGTACCTCGTT
TTCAGATCTGACGACGACGGTGGTAACGCGGCGGCGGAGAATCCGTGCGCTTGTGCTTGA
TTTATTACAACCAATAATGGAAACTTTCTAAAACTGAATCGTTGGAAGTTGCAAGTTTTA
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TCTCTACTC

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DS 

RD RR3E703TF 609 0 0
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GACCTTCTACTGGGGCATCAAAGCCACAATCCTCTTCGATTTCTGGAAAACCGATTCATG
TCTCAGCTACATCCTCACCTTGCTCGCCTGCTTCGTCTTCGCCGCCTTCTACCAGTACCT
CGAGAACCGCCGCCTCCAATTCAAATCCCTTTCGTCCGCCCGCCATCCTCTCCGCCGCGA
ACCGGTGTCTCCGCCCCTCTTATCCCCAAATCGAGCACCAGATCCGCCGCCAAAGCTGCC
TCGGTGCTGCTCTTCGGCGTCAACGCCGCGATCGGGTACTTGCTGATGCTCGCGTCCATG
TCCTTCAACGGAGGCGTTTTTATCGCGATCGTCGTCGGTTTGACCGTCGGGTACCTCGTT
TTCAGATCTGACGACGACGGTGGTAACGCGGCGGCGGAGAATCCGTGCGCTTGTGCTTGA
TTTATTACAACCAATAATGGAAACTTTCTAAAACTGAATCGTTGGAAGTTGCAAGTTTTA
AGTCCGATGATTATATGTAAACATTGTTGTCTGTCTGTAATAATTTGAGATAGCCAAGTC
TCTCTAC
TC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

CO CL3467Contig1 1141 2 6 U
GATGAGCTCTTCCTCAATCTCGTAATGGAGTATGTACCCGAGACTTTGTACCGGGTTTTG
AAGCACTATACTAGTTCAAGCCAAAGAATGCCAATTTTCTATGTCAAACTCTACACATAC
CAAATCTTCAGAGGCTTGGCTTATATCCATACTGTTCCTGGTGTCTGTCACAGAGATGTG
AAACCACAAAATCTTCTGGTTGATCCCCTCACTCATCAGTGTAAGCTGTGTGATTTTGGA
AGTGCAAAAGTATTGGTGAAAGGTGAAGCAAACATATCATACATCTGCTCTCGGTATTAC
CGAGCTCCAGAGCTGATCTTTGGGGCCACAGAGTATACATCCTCCATAGACATATGGTCT
GCTGGTTGTGTTTTGGCAGAGCTCCTTCTTGGCCAGCCCTTGTTCCCCGGAGAAAATTCA
GTGGACCAGCTGGTGGAGATAATCAAGGTTCTTGGTACTCCAACTCGAGAAGAAAACCGA
TGCATGAATCCAAACTACACAGACTTCAGATTCCCCCAAATCAAAGCTCACCCGTGGCAT
AAGGTTTTCCATAAGAGGATGCCTCCAGAAGCCATTGACCTCGCATCTCGGCTTCTTCAA
TACTCACCGAGCCTGCGTTACACTGCGCTTGAAGCATGTGCACATCCTTTTTTCAATGAA
CTCCGTGAGCCGAATGCTCGTCTCCCAAACGGCAGACCTCTACCACCGTTGTTCAACTTC
AAACAAGAGTTAGCTGGGGCTTCACCAGAGCTTATAAACAGGCTCATACCGGAGCACATA
AGGCGACAGATGAGTGGAGGCTTTCCAGTACAAGCTGGCCATTAGAAAAGGTAACTGAGA
TGCTTTTGCAGAGCCTGATGGAAAAGAGGAGAGAGGGTTTTACTTATCTCTGATTTTCAG
AGGGTTTTAACTAAAATATCAGCTTATGAGTAGAGAGATGATTGGCCAATTAAGCTTTTT
GAGAAATCAGGAGGTGATGATGATTGTGTCTAATATACATTCTCTCTCTCTTTTTATGTT
ATAATTCGCTTTTGACTTGTAGAGAGATACCTTTTCTCGTTGTATTATTTGTATATGTTT
TTGTCAGTAAGACAGCAAACCGCAATGATGGAAGAATGGCATGAATGAATGAATGATGTT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3G706TF U 1
AF RR3E616JQ C 456
BS 1 475 RR3G706TF
BS 476 476 RR3E616JQ
BS 477 693 RR3G706TF
BS 694 694 RR3E616JQ
BS 695 735 RR3G706TF
BS 736 1141 RR3E616JQ

RD RR3G706TF 735 0 0
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AAGCACTATACTAGTTCAAGCCAAAGAATGCCAATTTTCTATGTCAAACTCTACACATAC
CAAATCTTCAGAGGCTTGGCTTATATCCATACTGTTCCTGGTGTCTGTCACAGAGATGTG
AAACCACAAAATCTTCTGGTTGATCCCCTCACTCATCAGTGTAAGCTGTGTGATTTTGGA
AGTGCAAAAGTATTGGTGAAAGGTGAAGCAAACATATCATACATCTGCTCTCGGTATTAC
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GCTGGTTGTGTTTTGGCAGAGCTCCTTCTTGGCCAGCCCTTGTTCCCCGGAGAAAATTCA
GTGGACCAGCTGGTGGAGATAATCAAGGTTCTTGGTACTCCAACTCGAGAAGAAATCCGA
TGCATGAATCCAAACTACACAGACTTCAGATTCCCCCAAATCAAAGCTCACCCGTGGCAT
AAGGTTTTCCATAAGAGGATGCCTCCAGAAGCCATTGACCTCGCATCTCGGCTTCTTCAA
TACTCACCGAGCCTGCGTTACACTGCGCTTGAAGCATGTGCACATCCTTTTTTCAATGAA
CTCCGTGAGCCGAATGCTCGTCTCCCAAACGGCCGACCTCTACCACCGTTGTTCAACTTC
AAACAAGAGTTAGCT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3E616JQ 686 0 0
TACTCCAACTCGAGAAGAAAATCGATGCATGAATCCAAACTACACAGACTTCAGATTCCC
CCAAATCAAAGCTCACCCGTGGCATAAGGTTTTCCATAAGAGGATGCCTCCAGAAGCCAT
TGACCTCGCATCTCGGCTTCTTCAATACTCACCGAGCCTGCGTTACACTGCGCTTGAAGC
ATGTGCACATCCTTTTTTCAATGAACTCCGTGAGCCGAATGCTCGTCTCCCAAACGGCAG
ACCTCTACCACCGTTGTTCAACTTCAAACAAGAGTTAGCTGGGGCTTCACCAGAGCTTAT
AAACAGGCTCATACCGGAGCACATAAGGCGACAGATGAGTGGAGGCTTTCCAGTACAAGC
TGGCCATTAGAAAAGGTAACTGAGATGCTTTTGCAGAGCCTGATGGAAAAGAGGAGAGAG
GGTTTTACTTATCTCTGATTTTCAGAGGGTTTTAACTAAAATATCAGCTTATGAGTAGAG
AGATGATTGGCCAATTAAGCTTTTTGAGAAATCAGGAGGTGATGATGATTGTGTCTAATA
TACATTCTCTCTCTCTTTTTATGTTATAATTCGCTTTTGACTTGTAGAGAGATACCTTTT
CTCGTTGTATTATTTGTATATGTTTTTGTCAGTAAGACAGCAAACCGCAATGATGGAAGA
ATGGCATGAATGAATGAATGATGTTT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL3468Contig1 848 2 2 U
GGACATCACAACCTCCCAAGCTCTTTTAATAAATGTTAGAAAAAAGAATGAAACAATCAC
CACCACCAGTTACCGACAACGAACTAACAGCCGCGGCTACTACTGCAGTTAAATCTTGCA
GCGGAGGCGGTAGAGAAACCTTCTCGACGACGAGGCATCCAGTGTACCACGGAGTTCGCA
AACGTCGATGGGGAAAATGGGTTTCCGAGATCAGAGAGCCCCGAAAGAAATCTCGGATTT
GGCTCGGATCTTTTCCGGTGCCGGAGATGGCAGCTAAAGCTTACGACGTGGCGGCGCTTT
GTCTGAAAGGAAGAAAAGCTCAGCTTAACTTCCCCGACGAGATCGACGATTTACCTCGCC
CCTCGACGTGTACGGCCAGAGATATCCAAGTCGCGGCGGTCAAAGCAGCCAACGCCGTCA
AGATCATTAAAACAGGAGATGACGTGGCGAATATCGGTGACGGAGATGATTTCTGGGAAG
GCATAGAGCTTCCAGAGCTTATGATAACCGGATGTGGATGGTCGCCGGAGCCTTTTGTTG
CTGGAGATGATGCTACGTGGCTGGTGGATGGAGAGTATCAGTTCATGGCGTGTCTGTAAG
TGCATGTAGTTGTCGACTGTGTTGTGCGTATTCGCTATACGTGTGCGCTGTATCTGTTAT
TGTCTCCGCTAGATCGATTAAATGCATGCAATTATATTTTTTTATGCATTTTATTATTTG
ACTCTAGTTTATTGTTTTACGTGATTAATATATTTATATATAGATACTATCAGGTTTGTA
CGATCTCTAAAACAAAACGTTCGTGTGTTCTCGGTACACTTTTTTCAAATAAATTTCCTT
TCATAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AO94TF U 1
AF RR3AO94JQ C 78
BS 1 769 RR3AO94TF
BS 770 848 RR3AO94JQ

RD RR3AO94TF 769 0 0
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CACCACCAGTTACCGACAACGAACTAACAGCCGCGGCTACTACTGCAGTTAAATCTTGCA
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TGCATGTAGTTGTCGACTGTGTTGTGCGTATTCGCTATACGTGTGCGCTGTATCTGTTAT
TGTCTCCGCTAGATCGATTAAATGCATGCAATTATATTTTTTTATGCATTTTATTATTTG
ACTCTAGTTTATTGTTTTACGTGATTAATATATTTATATATAGATACTA

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3AO94JQ 771 0 0
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ACCTTCTCGACGACGAGGCATCCAGTGTACCACGGAGTTCGCAAACGTCGATGGGGAAAA
TGGGTTTCCGAGATCAGAGAGCCCCGAAAGAAATCTCGGATTTGGCTCGGATCTTTTCCG
GTGCCGGAGATGGCAGCTAAAGCTTACGACGTGGCGGCGCTTTGTCTGAAAGGAAGAAAA
GCTCAGCTTAACTTCCCCGACGAGATCGACGATTTACCTCGCCCCTCGACGTGTACGGCC
AGAGATATCCAAGTCGCGGCGGTCAAAGCAGCCAACGCCGTCAAGATCATTAAAACAGGA
GATGACGTGGCGAATATCGGTGACGGAGATGATTTCTGGGAAGGCATAGAGCTTCCAGAG
CTTATGATAACCGGATGTGGATGGTCGCCGGAGCCTTTTGTTGCTGGAGATGATGCTACG
TGGCTGGTGGATGGAGAGTATCAGTTCATGGCGTGTCTGTAAGTGCATGTAGTTGTCGAC
TGTGTTGTGCGTATTCGCTATACGTGTGCGCTGTATCTGTTATTGTCTCCGCTAGATCGA
TTAAATGCATGCAATTATATTTTTTTATGCATTTTATTATTTGACTCTAGTTTATTGTTT
TACGTGATTAATATATTTATATATAGATACTATCAGGTTTGTACGATCTCTAAAACAAAA
CGTTCGTGTGTTCTCGGTACACTTTTTTCAAATAAATTTCCTTTCATAAGC

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL3469Contig1 761 2 1 U
GCAGCAACAGTTTGAGATGGCAAAGCTCCATTGGTCTTTTGCTTTGGCACAGAAGATAGA
TTTGTCTGTATGGGATGCAACGGAGACATTGGCCCTCTTTGATAGTGCAGAAGAGAAGAT
GAAAGCTGCGACTGAGATGTGGGAGAAGCTTGAAGAACAAAGGATGAATGATCTGAAAAA
CCCGAACAAGAAAGAGGAAGTCTCAAAGAGGAGAAAGAAGCAAGGAGATGGTGAAAATGG
GGAGGCTTCGGAAGCTGTTACAGCAGCAGAAGCAGCAGAGCAAGCGATTGCTATGAGATC
ACAGATTCATCTGTTCTGGGGAAATATGCTGTTTGAAAGATCACAAGTGGAGTGCAAAAT
CAGTGTAAGCGGTTGGGAGAAGAATCTTGACTCAGCAGTTGAAAGATTCAAACTTGCTGG
TGCTTCTGAAACTGACATATCGACTGTTGTCAAGGACCATTGTTCAAACGAAGCAGCTGC
AGAAGGAGATGAGAAGAAGGTAACTGAATCTTGAAAACCTTGTCAGATGGAACCCATTCG
ATCACAGGTAAAGCTAAACCAAAAGGCTAAACATGGGAAGGGGCATTTCTGCTACTTGCA
CTCATTGGATAAGCTGCAACCATTTTGATGATTTTGATTGAATTGGTTTTCCTAATTCAG
TTTTAATTGTGTGTGTGAGTTTTGTTTGTTTTTGTCTTGTGGAATTTACTGATGAGATGA
TCAACGTTTCTGATATTTATTGTAACTTTTATATTCATGTC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GL06TF U 1
AF RR3GL06JQ C 2
BS 1 761 RR3GL06TF

RD RR3GL06TF 761 0 0
GCAGCAACAGTTTGAGATGGCAAAGCTCCATTGGTCTTTTGCTTTGGCACAGAAGATAGA
TTTGTCTGTATGGGATGCAACGGAGACATTGGCCCTCTTTGATAGTGCAGAAGAGAAGAT
GAAAGCTGCGACTGAGATGTGGGAGAAGCTTGAAGAACAAAGGATGAATGATCTGAAAAA
CCCGAACAAGAAAGAGGAAGTCTCAAAGAGGAGAAAGAAGCAAGGAGATGGTGAAAATGG
GGAGGCTTCGGAAGCTGTTACAGCAGCAGAAGCAGCAGAGCAAGCGATTGCTATGAGATC
ACAGATTCATCTGTTCTGGGGAAATATGCTGTTTGAAAGATCACAAGTGGAGTGCAAAAT
CAGTGTAAGCGGTTGGGAGAAGAATCTTGACTCAGCAGTTGAAAGATTCAAACTTGCTGG
TGCTTCTGAAACTGACATATCGACTGTTGTCAAGGACCATTGTTCAAACGAAGCAGCTGC
AGAAGGAGATGAGAAGAAGGTAACTGAATCTTGAAAACCTTGTCAGATGGAACCCATTCG
ATCACAGGTAAAGCTAAACCAAAAGGCTAAACATGGGAAGGGGCATTTCTGCTACTTGCA
CTCATTGGATAAGCTGCAACCATTTTGATGATTTTGATTGAATTGGTTTTCCTAATTCAG
TTTTAATTGTGTGTGTGAGTTTTGTTTGTTTTTGTCTTGTGGAATTTACTGATGAGATGA
TCAACGTTTCTGATATTTATTGTAACTTTTATATTCATGTC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3GL06JQ 760 0 0
CAGCAACAGTTTGAGATGGCAAAGCTCCATTGGTCTTTTGCTTTGGCACAGAAGATAGAT
TTGTCTGTATGGGATGCAACGGAGACATTGGCCCTCTTTGATAGTGCAGAAGAGAAGATG
AAAGCTGCGACTGAGATGTGGGAGAAGCTTGAAGAACAAAGGATGAATGATCTGAAAAAC
CCGAACAAGAAAGAGGAAGTCTCAAAGAGGAGAAAGAAGCAAGGAGATGGTGAAAATGGG
GAGGCTTCGGAAGCTGTTACAGCAGCAGAAGCAGCAGAGCAAGCGATTGCTATGAGATCA
CAGATTCATCTGTTCTGGGGAAATATGCTGTTTGAAAGATCACAAGTGGAGTGCAAAATC
AGTGTAAGCGGTTGGGAGAAGAATCTTGACTCAGCAGTTGAAAGATTCAAACTTGCTGGT
GCTTCTGAAACTGACATATCGACTGTTGTCAAGGACCATTGTTCAAACGAAGCAGCTGCA
GAAGGAGATGAGAAGAAGGTAACTGAATCTTGAAAACCTTGTCAGATGGAACCCATTCGA
TCACAGGTAAAGCTAAACCAAAAGGCTAAACATGGGAAGGGGCATTTCTGCTACTTGCAC
TCATTGGATAAGCTGCAACCATTTTGATGATTTTGATTGAATTGGTTTTCCTAATTCAGT
TTTAATTGTGTGTGTGAGTTTTGTTTGTTTTTGTCTTGTGGAATTTACTGATGAGATGAT
CAACGTTTCTGATATTTATTGTAACTTTTATATTCATGTC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL3470Contig1 918 2 2 U
GGCAGAATCTATTGCAATCATCACGCCACAACTTAAAAAGGAGTTTATGGAGATGCCAAC
CACGATAGAAGAGTTGGAAGCTGCTATACAAGACAACATCTCTCAAGCTAATTCGATCCT
CTTTGTAAACCAGAACATACTCCAAGAGTATGAACATCGCCTGAGCCAGATAGAAACTAT
TGCTACGAAGCTCGAGGCTGATAAAAGAGACCTGAGCAGATGCTTGAAAGAAATCGAATC
TCTGAAGGAGAAATGGCTTCCAATGTTGAGAAGGCTCGTTGCTCAAATAAACGAAACGTT
CAGCCACAACTTCCAAGAAATGGCCGTTGCAGGAGAAGTTTCACTGGATGAGCGGGACAC
TGACTTTGATCAATGCGGGATACATATCAAAGTGAAGTTCAGGGAATCTGGGCAACTTCA
GGTTCTAAGTTCTCACCACCAGTCTGGAGGAGAGCGCTCTGTCTCAACCATCCTCTACCT
TGTCTCTCTTCAAGATCTCACAAACTGTCCTTTCAGGGTTGTTGATGAGATTAATCAAGG
TATGGATCCTATAAACGAGAGAAAGATGTTTCAACAACTGGTTAGAGCTGCAAGCCAACC
AAACACACCACAGTGTTTCTTACTGACGCCAAAGCTGTTGCCCGAGCTTGAATACAGCGA
AGCGTGTAGCATATTGAACATCATGAACGGTCCTTGGATCGAGCAGCCTTCGCAAGCTTG
GAGCTTTGGTGATAGTTGGGGAAACCTCATGAGACGAGCCGAAGCAAGTTAAATGCTCTT
GACTTCATCAAAACAGCATCATTTTTTATTTTGAGTTTTTTTCTGGAAAACCATGTATTT
AAATGTTTTATGCTATTTAACCAACCGGTTCAACTAGATTGAACCATAACCGGTTTAAAC
ATGATACTCGTTGCTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DU85TF U 1
AF RR3DU85JQ C 331
BS 1 703 RR3DU85TF
BS 704 918 RR3DU85JQ

RD RR3DU85TF 703 0 0
GGCAGAATCTATTGCAATCATCACGCCACAACTTAAAAAGGAGTTTATGGAGATGCCAAC
CACGATAGAAGAGTTGGAAGCTGCTATACAAGACAACATCTCTCAAGCTAATTCGATCCT
CTTTGTAAACCAGAACATACTCCAAGAGTATGAACATCGCCTGAGCCAGATAGAAACTAT
TGCTACGAAGCTCGAGGCTGATAAAAGAGACCTGAGCAGATGCTTGAAAGAAATCGAATC
TCTGAAGGAGAAATGGCTTCCAATGTTGAGAAGGCTCGTTGCTCAAATAAACGAAACGTT
CAGCCACAACTTCCAAGAAATGGCCGTTGCAGGAGAAGTTTCACTGGATGAGCGGGACAC
TGACTTTGATCAATGCGGGATACATATCAAAGTGAAGTTCAGGGAATCTGGGCAACTTCA
GGTTCTAAGTTCTCACCACCAGTCTGGAGGAGAGCGCTCTGTCTCAACCATCCTCTACCT
TGTCTCTCTTCAAGATCTCACAAACTGTCCTTTCAGGGTTGTTGATGAGATTAATCAAGG
TATGGATCCTATAAACGAGAGAAAGATGTTTCAACAACTGGTTAGAGCTGCAAGCCAACC
AAACACACCACAGTGTTTCTTACTGACGCCAAAGCTGTTGCCCGAGCTTGAATACAGCGA
AGCGTGTAGCATATTGAACATCATGAACGGTCCTTGGATCGAG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3DU85JQ 588 0 0
AGGAGAAGTTTCACTGGATGAGCGGGACACTGACTTTGATCAATGCGGGATACATATCAA
AGTGAAGTTCAGGGAATCTGGGCAACTTCAGGTTCTAAGTTCTCACCACCAGTCTGGAGG
AGAGCGCTCTGTCTCAACCATCCTCTACCTTGTCTCTCTTCAAGATCTCACAAACTGTCC
TTTCAGGGTTGTTGATGAGATTAATCAAGGTATGGATCCTATAAACGAGAGAAAGATGTT
TCAACAACTGGTTAGAGCTGCAAGCCAACCAAACACACCACAGTGTTTCTTACTGACGCC
AAAGCTGTTGCCCGAGCTTGAATACAGCGAAGCGTGTAGCATATTGAACATCATGAACGG
TCCTTGGATCGAGCAGCCTTCGCAAGCTTGGAGCTTTGGTGATAGTTGGGGAAACCTCAT
GAGACGAGCCGAAGCAAGTTAAATGCTCTTGACTTCATCAAAACAGCATCATTTTTTATT
TTGAGTTTTTTTCTGGAAAACCATGTATTTAAATGTTTTATGCTATTTAACCAACCGGTT
CAACTAGATTGAACCATAACCGGTTTAAACATGATACTCGTTGCTGGG

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 2

CO CL3471Contig1 835 2 4 U
AACGGTTCACATCTTGTTGTGATGGGATGTTTTACTGTCCTTCGAAATCCTTTAGTAACA
GTTAAGTCGAGCAAAAAGCTGAGACACGAAAAAGGTTCAAAAGAGAGTGTAAGTTCAGTA
ACTGGAGTTTACATAATATCTATGCTTGTCTCCTCCACTAACCACCAACAGAGTAAATTG
GTAAACCTCTAACCGGCACCAAATTGAATCCTTAGGGTTTCCGAGCATCAAAAACTTTAG
AAAATTAAGCTGGCAATTGGAGCTTTTTGTTATTCTTCCAGCTAAGGAAATAATAGTAGA
AGAAGTCGGCATAGAGCAATGTCTGGACAAGCCCCGCGATCCAGGTTATCCAATGAACAA
AGTGGGGCTCAGTGAAGTAACGGTAGATCCAGTTTAGGATGTACAATCCCCTGTACCCAC
CAAGGAGAAAAATGTATTGGCCAGTCAAGTTATCGATATTTCTAGTCCTTTGCAGCAAGA
CAAGCTGAGGCAATATAGCAACAGCTTCCAAGTACAACGAAAACGTCCAGAGAACCTCGA
GAAAGGTGAACTTCTCGTGGATGAGAAGAGCCAAGACAAGGCAAGGAAGGACAAGGAACC
AGTGGCGAAACGTGTCCTGCTCCCTGTCGTAAGTCCTGTGGACAGCCTTGTGATACCTAA
TGTACCAGACAATCGAAAAGGAGCTTCCTAAGAAGACCAGCTTCATGAAGGTGTTGTAGA
CTGACACGAAGCTCGTGAAAATATCCAAATAACGCGTCGCGAACACAATGGCGTACAGTT
CTTGCGTCCTTAGTGACACACCGGCGCAGATTTGATGGTGTGGATCTTGAGGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CI20JQ U 1
AF RR3D068JQ U 94
BS 1 549 RR3CI20JQ
BS 550 550 RR3D068JQ
BS 551 738 RR3CI20JQ
BS 739 835 RR3D068JQ

RD RR3CI20JQ 738 0 0
AACGGTTCACATCTTGTTGTGATGGGATGTTTTACTGTCCTTCGAAATCCTTTAGTAACA
GTTAAGTCGAGCAAAAAGCTGAGACACGAAAAAGGTTCAAAAGAGAGTGTAAGTTCAGTA
ACTGGAGTTTACATAATATCTATGCTTGTCTCCTCCACTAACCACCAACAGAGTAAATTG
GTAAACCTCTAACCGGCACCAAATTGAATCCTTAGGGTTTCCGAGCATCAAAAACTTTAG
AAAATTAAGCTGGCAATTGGAGCTTTTTGTTATTCTTCCAGCTAAGGAAATAATAGTAGA
AGAAGTCGGCATAGAGCAATGTCTGGACAAGCCCCGCGATCCAGGTTATCCAATGAACAA
AGTGGGGCTCAGTGAAGTAACGGTAGATCCAGTTTAGGATGTACAATCCCCTGTACCCAC
CAAGGAGAAAAATGTATTGGCCAGTCAAGTTATCGATATTTCTAGTCCTTTGCAGCAAGA
CAAGCTGAGGCAATATAGCAACAGCTTCCAAGTACAACGAAAACGTCCAGAGAACCTCGA
GAAAGGTGAGCTTCTCGTGGATGAGAAGAGCCAAGACAAGGCAAGGAAGGACAAGGAACC
AGTGGCGAAACGTGTCCTGCTCCCTGTCGTAAGTCCTGTGGACAGCCTTGTGATACCTAA
TGTACCAGACAATCGAAAAGGAGCTTCCTAAGAAGACCAGCTTCATGAAGGTGTTGTAGA
CTGACACGAAGCTCGTGA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3D068JQ 742 0 0
GGTTCAAAAGAGAGTGTAAGTTCAGTAACTGGAGTTTACATAATATCTATGCTTGTCTCC
TCCACTAACCACCAACAGAGTAAATTGGTAAACCTCTAACCGGCACCAAATTGAATCCTT
AGGGTTTCCGAGCATCAAAAACTTTAGAAAATTAAGCTGGCAATTGGAGCTTTTTGTTGT
TCTTCCAGCTAAGGAAATAATAGTAGAAGAAGTCGGCATAGAGCAATGTCTGGACAAGCC
CCGCGATCCAGGTTATCCAATGAACAAAGTGGGGCTCAGTGAAGTAACGGTAGATCCAGT
TTAGGATGTACAATCCCCTGTACCCACCAAGGAGAAAAATGTATTGGCCAGTCAAGTTAT
CGATATTTCTAGTCCTTTGCAGCAAGACAAGCTGAGGCAATATAGCAACAGCTTCCAAGT
ACAACGAAAACGTCCAGAGAACCTCGAGAAAGGTGGACTTCTCGTGGATGAGAAGAGCCA
AGACAAGGCAAGGAAGGACAAGGAACCAGTGGCGAAACGTGTCCTGCTCCCTGTCGTAAG
TCCTGTGGACAGCCTTGTGATACCTAATGTACCAGACAATCGAAAAGGAGCTTCCTAAGA
AGACCAGCTTCATGAAGGTGTTGTAGACTGACACGAAGCTCGTGAAAATATCCAAATAAC
GCGTCGCGAACACAATGGCGTACAGTTCTTGCGTCCTTAGTGACACACCGGCGCAGATTT
GATGGTGTGGATCTTGAGGAGC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL3472Contig1 799 2 2 U
TGAGGAGATGGGCGATGAGGAGCTTGAAATCGTGAGAAACGCTGGTGTTGTGTTGCTGCA
GAGAGAGATCCCTGATTCCATCAACGTTCAAGTTGCTAAGGCTGTGAAGAAAGCAGGTGT
TCCGGTTATTCTGGACGTGGGAGGAATGGATACGCCAATTCCGAATGAGCTGTTTGATTC
CATAGACATCTTGAGCCCTAATGAGACTGAGCTCAGTCGTTTGACCGGAATGCCTACTGA
ATCTTTTGAACAAATCAGCCAAGCTGTTGCAAAGTGCCATAAGTTGGGAGTTAAGCAAGT
CCTAGTGAAACTCGGTGCCAAAGGGTCTGCGTTATTCATAGAAGGGGAGAAACCGATCCA
GCAGTCAATTATACCGGCTGCACAAGTGGTTGATACTACCGGAGCCGGGGATACTTTCAC
AGCAGCGTTTGCAGTGGCTATGGTAGAAGGCAAGTCACATGAGGAATGCTTGAGATTTGC
TGCTGCTGCTGCTTCTCTATGTGTCCAAGTAAAGGGTGCAATACCCAGTATGCCTGATCG
AACATCCGTCTTGAAGCTCCTTCAGTCTAGTACTTAAGACTGATACTCTTTCAACTCAAT
CTTCTTAAGAATAAAAGCTATTCAGATCGCGAGGTTAAGTGGTTGAATTAGTCTCTGCTT
CTTTGAGCATCAAGTCCTTTTAACTTGTCTGGTCTTGTGTTGTGAGTTGATAATTTCATC
ATTCTCAAAGAGTCAAAATTTATCCAACACAATGTTATCATTCAGAGAATTCACTAATGA
AAAAAAAAATTATTAAGCC


BQ
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AF RR3BO23TF U 1
AF RR3BO23JQ C 15
BS 1 728 RR3BO23TF
BS 729 799 RR3BO23JQ

RD RR3BO23TF 731 0 0
TGAGGAGATGGGCGATGAGGAGCTTGAAATCGTGAGAAACGCTGGTGTTGTGTTGCTGCA
GAGAGAGATCCCTGATTCCATCAACGTTCAAGTTGCTAAGGCTGTGAAGAAAGCAGGTGT
TCCGGTTATTCTGGACGTGGGAGGAATGGATACGCCAATTCCGAATGAGCTGTTTGATTC
CATAGACATCTTGAGCCCTAATGAGACTGAGCTCAGTCGTTTGACCGGAATGCCTACTGA
ATCTTTTGAACAAATCAGCCAAGCTGTTGCAAAGTGCCATAAGTTGGGAGTTAAGCAAGT
CCTAGTGAAACTCGGTGCCAAAGGGTCTGCGTTATTCATAGAAGGGGAGAAACCGATCCA
GCAGTCAATTATACCGGCTGCACAAGTGGTTGATACTACCGGAGCCGGGGATACTTTCAC
AGCAGCGTTTGCAGTGGCTATGGTAGAAGGCAAGTCACATGAGGAATGCTTGAGATTTGC
TGCTGCTGCTGCTTCTCTATGTGTCCAAGTAAAGGGTGCAATACCCAGTATGCCTGATCG
AACATCCGTCTTGAAGCTCCTTCAGTCTAGTACTTAAGACTGATACTCTTTCAACTCAAT
CTTCTTAAGAATAAAAGCTATTCAGATCGCGAGGTTAAGTGGTTGAATTAGTCTCTGCTT
CTTTGAGCATCAAGTCCTTTTAACTTGTCTGGTCTTGTGTTGTGAGTTGATAATTTCATC
ATTCTCAA
GAG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3BO23JQ 785 0 0
ATGAGGAGCTTGAAATCGTGAGAAACGCTGGTGTTGTGTTGCTGCAGAGAGAGATCCCTG
ATTCCATCAACGTTCAAGTTGCTAAGGCTGTGAAGAAAGCAGGTGTTCCGGTTATTCTGG
ACGTGGGAGGAATGGATACGCCAATTCCGAATGAGCTGTTTGATTCCATAGACATCTTGA
GCCCTAATGAGACTGAGCTCAGTCGTTTGACCGGAATGCCTACTGAATCTTTTGAACAAA
TCAGCCAAGCTGTTGCAAAGTGCCATAAGTTGGGAGTTAAGCAAGTCCTAGTGAAACTCG
GTGCCAAAGGGTCTGCGTTATTCATAGAAGGGGAGAAACCGATCCAGCAGTCAATTATAC
CGGCTGCACAAGTGGTTGATACTACCGGAGCCGGGGATACTTTCACAGCAGCGTTTGCAG
TGGCTATGGTAGAAGGCAAGTCACATGAGGAATGCTTGAGATTTGCTGCTGCTGCTGCTT
CTCTATGTGTCCAAGTAAAGGGTGCAATACCCAGTATGCCTGATCGAACATCCGTCTTGA
AGCTCCTTCAGTCTAGTACTTAAGACTGATACTCTTTCAACTCAATCTTCTTAAGAATAA
AAGCTATTCAGATCGCGAGGTTAAGTGGTTGAATTAGTTTCTGCTTCTTTGAGCATCAAG
TCCTTTTAACTTGTCTGGTCTTGTGTTGTGAGTTGATAATTTCATCATTCTCAAAGAGTC
AAAATTTATCCAACACAATGTTATCATTCAGAGAATTCACTAATGAAAAAAAAAATTATT
AAGCC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 3

CO CL3473Contig1 770 3 20 U
AGAAGAAAGCATGATTAAGGTACTGAAAATGGGTCTTCTCTGCACTACCAAGCTCCCTAG
TCTCAGACCAAACATGAGAGAGGTCGTGAGAAAGCTTGAAGACGCTGATCCATGCGTCTC
CAACCCTCTAGACAGAACCGGAAAGATTACAGTATAGGTTTATGCAGTCAACAGAGACTA
GTCACAAAAGCTTCTCTGTAACTCGAGTAAAATAAAATACGATACAAAGTATGGCGTAAA
CATGGTTTGGTTCTTGTAAAAACTATCTCATCAGTTAACAAGTTCGATTCCGGTGAGAGG
AAGTCCTTCATGAAATTGTAAGGCAACATCTCCGACCACGTTGGCCATGGACCTATATGA
ATACTCAGTAACTCCAGCGACGTGAGGGGTCATGATTACGTTTTTAAACTTCAAGATCGG
ATCGTTTGGATCAAACGGCTCAGACCACGCCACGTCAGTCCCTAGGCCTCCCAGATGACC
GGACTCCAGACTCTGGTAAGCTGATTCGTAGTTGACCAGACCGCCTCGAGCAATATTTAC
AAGAAGAGCACCCTTTTTCATTGAAGATATGAACTTGTTGTCCACGATTTCAGCCGTTTC
TTTGCTCAGCCTCAAGCACACAGCGACTATATCTGCTTTGCTAGCGAATGTGTAAATGTC
TTCATGGCTACCTTTCTCATCAACTAGACTGGAGTCTGAGTCCACAGGCCAGCTTCTTTT
AGTAGCTATCACTCTAGACCCAAACGGCTTCAACCGTTTAGCCAGCCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FE14JQ U 1
AF RR3H418JQ U 180
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QA 1 591 1 591
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TAGTAGCTATCACTCTAGACCCAAACGGCTTCAACCGTTTA

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 3

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CTCTGATTCTAGATCGTATGGACTATAGATTCAAATAAACTTC


BQ
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AF RR3EJ58TF U 1
AF RR3BP70JQ C 484
AF RR3BP70TF U 450
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RD RR3EJ58TF 672 0 0
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GGGAGAAGAAGA

QA 1 672 1 672
DS 

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AGAAGAAGAAGAAGCAACAGGATCGAAATCAGATTGGAAAAGCCAAGAAACGGTGGGGCT
TAACCAGGTGGTTTACGACGAGACAACAATGCCTCCACCGGTGTGTTCATGTACTGGAGT
CCTCAGACAATGCTACAAATGGGGAAACGGAGGTTGGCAGTCATCTTGCTGCACGACCAC
GCTATCAATGCATCCATTACCGGCACTTCCCAACAAAAACATGCTCGAGTTGGTGGTCGG
AAGATGAGTGGAAGCGCATTCAGCAAGCTTCTAAGCCGGCTTGCTGCTGAAGGGCATCAC
GATCTCTCGAACCCGGTCGATCTTAAGGACCATTGGGCTAAGCACGGTACAAACCGCTAC
ATCACGATCAAATGACATTTGTATATGTAGGTCTGAGCTCTTCTTAAGGTAACT

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3BP70TF 674 0 0
G
ATACGAGACCAGAGAAATGGAGCCTAATGATGGATCCGCCTTGGACTCTGCCAAACCAAA
ACGCGGGAAAAGAGCAAAAGAACCAAAGGCTACAACAACAACAAAAGCCGCTGCTAATAA
GAGAGGGCCAAAAGCTCCAAGGAAGGTTAAGAAAGAGAACGAGGACGAGTTAACCAAGAT
CATGTTTGTAAAGACGAACCTTGACTACGGGGGAGAAGAAGAAGAAGCAACAGGATCGAA
ATCAGATTGGAAAAGCCAAGAAACGGTGGGGCTTAACCAGGTGGTTTACGACGAGACAAC
AATGCCTCCACCGGTGTGTTCATGTACTGGAGTCCTCAGACAATGCTACAAATGGGGAAA
CGGAGGTTGGCAGTCATCTTGCTGCACGACCACGCTATCAATGCATCCATTACCGGCACT
TCCCAACAAAAACATGCTCGAGTTGGTGGTCGGAAGATGAGTGGAAGCGCATTCAGCAAG
CTTCTAAGCCGGCTTGCTGCTGAAGGGCATCACGATCTCTCGAACCCGGTCGATCTTAAG
GACCATTGGGCTAAGCACGGTACAAACCGCTACATCACGATCAAATGACATTTGTATATG
TAGGTCTGAGCTCTTCTTAAGGTAACTATTCTCTGATTCTAGATCGTATGGACTATAGAT
TCAAATAAACTTC

QA 2 674 2 674
DS 



AS 1 3

CO CL3475Contig1 562 3 3 U
GAACTCACTTGATCTCTTCCTTCCTTCCTCCCAATCTCTCCTGAAAACCCTAAATCAGAA
GTCGAGAACGATGGCGTCGTTCGCTCGCCGAGCCATGAGCCTAGCTCATATTCAATCTGC
ACGTGTCCCCGCCTCCGTTTGTCAGCGTCGTGGTCTCGCCGGCGCCGCTGATCACCATGG
ATCTACCAAGGTTGACTTCTGGAAACAGCCCACGAACCCAGGAAACTGGAAAGAGGAGCA
TTTTGTGCTTATTTCGCTAGCTGGCTGGGGCACGCTTTTCTACAGTG*ATACAAGCTCTT
CACCGGTGGCAAAGGAGAGAAGCCTGTCGAGGCTGGACAATGATTTTATCATCACTGGG*
AAAAGACAAGGGAGGAGGTCTTCTTCCTCGTTCATTTTACTTTCACTTTCAGCACCTTGT
GACTGGTCTTGTTATCAAAACCAGCAATT*CTTGTTTGTTTTCTTTGAACAATAATAATA
TGCATCGTTAAATCACCTTTTGAGATCCTAATCATTTGACTCCAGTGGATGATTCTGTTT
CATAATTTTCCCTATGCTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL60JQ C 1
AF RR3EL60TF U 1
AF RR3BZ32TF U 5
BS 1 19 RR3EL60JQ
BS 20 523 RR3EL60TF
BS 524 562 RR3BZ32TF

RD RR3EL60JQ 528 0 0
GAACTCACTTGATCTCTTCCTTCCTTCCTCCCAATCTCTCCTGAAAACCCTAAATCAGAA
GTCGAGAACGATGGCGTCGTTCGCTCGCCGAGCCATGAGCCTAGCTCATATTCAATCTGC
ACGTGTCCCCGCCTCCGTTTGTCAGCGTCGTGGTCTCGCCGGCGCCGCTGATCACCATGG
ATCTACCAAGGTTGACTTCTGGAAACAGCCCACGAACCCAGGAAACTGGAAAGAGGAGCA
TTTTGTGCTTATTTCGCTAGCTGGCTGGGGCACGCTTTTCTACAGTG*ATACAAGCTCTT
CACCGGTGGCAAAGGAGAGAAGCCTGTCGAGGCTGGACAATGATTTTATCATCACTGGG*
AAAAGACAAGGGAGGAGGTCTTCTTCCTCGTTCATTTTACTTTCACTTTCAGCACCTTGT
GACTGGTCTTGTTATCAAAACCAGCAATT*CTTGTTTGTTTTCTTTGAACAATAATAATA
TGCATCGTTAAATCACCTTTTGAGATCCTAATCATTTGACTCC
GGTCG

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR3EL60TF 528 0 0
GAACTCACTTGATCTCTTC
CTTCCTTCCTCCCAATCTCTCCTGAAAACCCTAAATCAGAAGTCGAGAACGATGGCGTCG
TTCGCTCGCCGAGCCATGAGCCTAGCTCATATTCAATCTGCACGTGTCCCCGCCTCCGTT
TGTCAGCGTCGTGGTCTCGCCGGCGCCGCTGATCACCATGGATCTACCAAGGTTGACTTC
TGGAAACAGCCCACGAACCCAGGAAACTGGAAAGAGGAGCATTTTGTGCTTATTTCGCTA
GCTGGCTGGGGCACGCTTTTCTACAGTG*ATACAAGCTCTTCACCGGTGGCAAAGGAGAG
AAGCCTGTCGAGGCTGGACAATGATTTTATCATCACTGGG*AAAAGACAAGGGAGGAGGT
CTTCTTCCTCGTTCATTTTACTTTCACTTTCAGCACCTTGTGACTGGTCTTGTTATCAAA
ACCAGCAATT*CTTGTTTGTTTTCTTTGAACAATAATAATATGCATCGTTAAATCACCTT
TTGAGATCCTAATCATTTGACTCC
GGTCG

QA 20 523 20 523
DS 

RD RR3BZ32TF 558 0 0
GGACTCACTTGATCT
CTTCCTTTCTCCCAATCTCTCCTGAAA*CCCTAAATCAGAAGTCGAGAACGATGGCGTCA
TTCGCTCGCCGAGCCATGAACCTAGCTCAGATTCAATCTGCACGTGTCCCCGCCTCTGTT
TGTCAGCGTCGTGGTCTCGCCGGCGCCGCTGATCACCATGGATCTACCAAGGTTGACTTC
TGGAAACAGCCCACGAACCCTGGAAACTGGAAAGAGGAGCATTTTGTGCTTATTTCGCTA
GCTGGCTGGGGCACGCTTTTCTACAGTGGATACAAGCTCTTCACCGGTGGCAAAGGAGAG
AAGCCTGTCGAGGCTGGACAATGATTTTATCATCACTGGGGAAAAGACAAGGGAGGAGGT
CTTCTTCCTCGTTCATTTTACTTTCACTTTCAGCACCTTGTGTCTGGTCTTGTTATCAAA
GCCAGCAATTACTTGTTTGTTTTCTTTGAACAATAATAATATGCATCGTTAA*TCACCTT
TTGAGATCCTAATCATTTGACTCCAGTGGATGATTCTGTTTCATAATTTTCCCTATGCTT
TGG

QA 16 558 16 558
DS 



AS 1 2

CO CL3476Contig1 1143 2 2 U
GGAAGAAAAAAAAGCGCCAAAGTTAGTTTTCTGCTCCGGCGAGTTTTCTCTCTCTATCAA
CTAACGAAAAGAAGGAACGGTAGATGACTTCGGGGACTCGAACGCCGACGTGGAAAGAGA
GAGAGAACAACAAACGGCGAGAGCGGCGGAGACGGGCGATTGCGGCAAAGATATTCACGG
GGCTTAGGATACATGGTAACTTCAAGCTCCCTAAACACTGCGATAACAACGAAGTTCTTA
AATCTCTATGTAATGAAGCTGGTTGGACCGTCGAAGAAGACGGCACTACTTACCGGAAGG
GATGCAAACCAATGGATCGAACGGAACGCATGAATGGTTCTACTTCAGCGAGTCCATGCT
CATCCTACCAACCTAGCCCTCGTGGCTCCTACAATCCAAGCCCTTCATCCTCATCATTCC
CTAGTCCTACAAACCCATTTGGTGATCCTAACTCACTTATCCCCTGGCTCAAAAACCTCT
CTTCAAACTCACCTTCCAAGCTTCCTTTCTTCCACGGAAACTCTATAAGCGCTCCCGTGA
CTCCACCATTGGCTCGAAGCCCTACTTATGATCAAGTAACCATCCCTGACTCTGGATGGC
TCTCTGGAATGCAAACCCCACAGAGCGGACCGTCTTCTCCTACTTTCAGCTTGGTTTCAA
GAAACCGGTTTTTCGACAAAGAGGCTTTTAAAATGGGTGATTGTAGTTCACCAATGTGGA
CTCCTGGGCAAAGTGGAAACTGCTCTCCAGCTATTCCTGCTGGTATTGATCAAAACTCTG
ATGTACCAATGGCTGATGGAATGGCGGCAGAGTTTGCGTTTGGAATGGTGAAACCTTGGG
AAGGAGAAAGGATACATGGAGAGTGCGTTTCAGATGATTTAGAACTTACACTTGGAAACT
CAAGAACCAGATGATGGTTTCAAAGAAGTATCAATGCCGTTTGCTATCTATCAACTTTCT
TATCAAATTAGTTCATCTCTTACTTTACTTTCCATCTTTTGTATGTTTTTTTCTTAATTC
AGTGTGATGATAAAAAGTGATTGAGAGAAAAAGAAACATTTTGAACTCTTTTTTCTTTTG
GTCTTTTGACTGAAGTTGTAGTTGAACGCGGGTTACGCTGAAACATTTTGTACTTTTGCA
TGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR3BA14TF U 1
AF RR3BA14JQ C 271
BS 1 810 RR3BA14TF
BS 811 1143 RR3BA14JQ

RD RR3BA14TF 810 0 0
GGAAGAAAAAAAAGCGCCAAAGTTAGTTTTCTGCTCCGGCGAGTTTTCTCTCTCTATCAA
CTAACGAAAAGAAGGAACGGTAGATGACTTCGGGGACTCGAACGCCGACGTGGAAAGAGA
GAGAGAACAACAAACGGCGAGAGCGGCGGAGACGGGCGATTGCGGCAAAGATATTCACGG
GGCTTAGGATACATGGTAACTTCAAGCTCCCTAAACACTGCGATAACAACGAAGTTCTTA
AATCTCTATGTAATGAAGCTGGTTGGACCGTCGAAGAAGACGGCACTACTTACCGGAAGG
GATGCAAACCAATGGATCGAACGGAACGCATGAATGGTTCTACTTCAGCGAGTCCATGCT
CATCCTACCAACCTAGCCCTCGTGGCTCCTACAATCCAAGCCCTTCATCCTCATCATTCC
CTAGTCCTACAAACCCATTTGGTGATCCTAACTCACTTATCCCCTGGCTCAAAAACCTCT
CTTCAAACTCACCTTCCAAGCTTCCTTTCTTCCACGGAAACTCTATAAGCGCTCCCGTGA
CTCCACCATTGGCTCGAAGCCCTACTTATGATCAAGTAACCATCCCTGACTCTGGATGGC
TCTCTGGAATGCAAACCCCACAGAGCGGACCGTCTTCTCCTACTTTCAGCTTGGTTTCAA
GAAACCGGTTTTTCGACAAAGAGGCTTTTAAAATGGGTGATTGTAGTTCACCAATGTGGA
CTCCTGGGCAAAGTGGAAACTGCTCTCCAGCTATTCCTGCTGGTATTGATCAAAACTCTG
ATGTACCAATGGCTGATGGAATGGCGGCAG

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3BA14JQ 873 0 0
TCGAAGAAGACGGCACTACTTACCGGAAGGGATGCAAACCAATGGATCGAACGGAACGCA
TGAATGGTTCTACTTCAGCGAGTCCATGCTCATCCTACCAACCTAGCCCTCGTGGCTCCT
ACAATCCAAGCCCTTCATCCTCATCATTCCCTAGTCCTACAAACCCATTTGGTGATCCTA
ACTCACTTATCCCCTGGCTCAAAAACCTCTCTTCAAACTCACCTTCCAAGCTTCCTTTCT
TCCACGGAAACTCTATAAGCGCTCCCGTGACTCCACCATTGGCTCGAAGCCCTACTTATG
ATCAAGTAACCATCCCTGACTCTGGATGGCTCTCTGGAATGCAAACCCCACAGAGCGGAC
CGTCTTCTCCTACTTTCAGCTTGGTTTCAAGAAACCGGTTTTTCGACAAAGAGGCTTTTA
AAATGGGTGATTGTAGTTCACCAATGTGGACTCCTGGGCAAAGTGGAAACTGCTCTCCAG
CTATTCCTGCTGGTATTGATCAAAACTCTGATGTACCAATGGCTGATGGAATGGCGGCAG
AGTTTGCGTTTGGAATGGTGAAACCTTGGGAAGGAGAAAGGATACATGGAGAGTGCGTTT
CAGATGATTTAGAACTTACACTTGGAAACTCAAGAACCAGATGATGGTTTCAAAGAAGTA
TCAATGCCGTTTGCTATCTATCAACTTTCTTATCAAATTAGTTCATCTCTTACTTTACTT
TCCATCTTTTGTATGTTTTTTTCTTAATTCAGTGTGATGATAAAAAGTGATTGAGAGAAA
AAGAAACATTTTGAACTCTTTTTTCTTTTGGTCTTTTGACTGAAGTTGTAGTTGAACGCG
GGTTACGCTGAAACATTTTGTACTTTTGCATGT

QA 1 873 1 873
DS 



AS 1 3

CO CL3477Contig1 1286 3 24 U
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GAAGCTCACCGTCAAGACTCTCAAGGGTAGCCATTTTGAAATCAGGGTTCTGCCCACCGA
CACGATAATGGCGGTGAAAAAGAATATTGAAGATTCGCAGAGCAAAGACAACTATCCATG
TGGACAGCAGTTGTTGATTCACAATGGGAAGGTTTTGAAAGATGAGACTACTTTGGTGGA
GAATCAGGTTACCGAAGAAGGTTTTCTTGTTGTTATGCTTAGCAAGAGCAAAACTGCAAG
TTCAGGTGGTCCATCTTCAGCTCAGCCTACTTCCACGGCTACATCCACCACAGCTTCAGC
TATGCCTGCAGCTCCGTTAACAACCCAGTCTATACCTGTGCCAGCTTCAAATCCCACTCT
TGCCCAAGAACAACCAGCGGCACAAAGTGACACCAATGCTCAGGCTGCTTCAACTTTAGC
TAGTGGCGGTAATACTGAGCAAATGGTTCAACAAATAATGGAAATGGGAGGAGGCAGCTG
GGACAAAGAAACAGTTACTCGTGCACTTCGTGCAGCTTATAACAACCCTGAGAGAGCAGT
TGATTATCTATACTCTGGGATTCCTGAAAGAGAAGCTGTTCCGTTAACTAACATATCGGG
AGTAGGATCTGGTGCAGACTTTGTTGCTCCTCCTGCCTCTGGAGGACCTAATGCATCTCC
TTTGGATTTGTTTCCACAGGAAGCAGAAGCTGGTGCTGGAGATCTTGGAACGCTTGAATT
CCTCAGAAACAATGATCAGTTCCAACAATTACGAACAATGGTCAATTCCAACCCCCAGAT
TCTGCAGCCTACGCTTCAAGAGCTTGGAAAGCAGAACCCCCAACTTCTGAGGCTCATTCA
AGAGAACCAAGCCGAATTTCTTCAGCTAATCAACGAGCCTTATGAAGGATCTGACGGGGA
TATGGATATTTTGGACCAACCGGAGCAAGAAATGCCTCATGCAGTTAATGTTACCCCTGC
AGAGCAAGAAGCGATTCAACGTCTCGAGGCAATGGGATTTGATAGAGCATTGGTCATAGA
AGCCTTCCTTGCGTGTGACCGTAACGAGGAATTGGCTGCAAACTATCTGCTAGAGAACTC
GGCAGATTTTGAAGACTGAGTTCCCCACCACAAAAAGAAAAACAGCCTTTTAACCAAATC
AGTGAATCACAGACCATAATGAAAAGTTTTGTGTTAGCCTCTTTCATCTGAACCCTTCAT
TCTTACTATTCTCAGAAGTATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FO56TF U 20
AF RR3BM38TF U 1
AF RR3BM38JQ C 592
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BS 409 409 RR3FO56TF
BS 410 458 RR3BM38TF
BS 459 459 RR3FO56TF
BS 460 463 RR3BM38TF
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BS 465 552 RR3BM38TF
BS 553 553 RR3FO56TF
BS 554 563 RR3BM38TF
BS 564 564 RR3FO56TF
BS 565 707 RR3BM38TF
BS 708 708 RR3BM38JQ
BS 709 734 RR3BM38TF
BS 735 1286 RR3BM38JQ

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CTCAAGGGTAGCCATTTTGAAATCAGGGTTCTGCCCACCGACACGATAATGGCGGTGAAA
AAGAATATTGAAGATTCGCAGAGCAAAGACAACTATCCATGTGTACAGCAGTTGTTGATT
CACAATGGGAAGGTTTTGAAAGATGAGACTACTTTGGTGGAGAATCAGGTTACCGAAGAA
GGTTTTCTTGTTGTTATGCTTAGCAAGAGCAAAACTGCAAGTTCAGGTGGTCCATCTTCA
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GCACAAAGTGACACCAATGCTCAGGCTGCTTCAACTTTAGCTAGTGGCGGTAATACTGAG
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CGTGCACTTCGTGCAGCTTATAATAACCCTGAGAGAGCAGTTGATTATCTATACTCTGGG
ATTCCTGAAAGAGAAGCTGTTCCGTTA*CTAACATATCGGG
G

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3BM38TF 742 0 0
GGGAATCTCTCGCTCCCTCGCCGAACTCCCCCGACGCCGCCTGGTTCAATTTGTCGACAT
GAAGCTCACCGTCAAGACTCTCAAGGGTAGCCATTTTGAAATCAGGGTTCTGCCCACCGA
CACGATAATGGCGGTGAAAAAGAATATTGAAGATTCGCAGAGCAAAGACAACTATCCATG
TGGACAGCAGTTGTTGATTCACAATGGGAAGGTTTTGAAAGATGAGACTACTTTGGTGGA
GAATCAGGTTACCGAAGAAGGTTTTCTTGTTGTTATGCTTAGCAAGAGCAAAACTGCAAG
TTCAGGTGGTCCGTCTTCAGCTCAGCCTACTTCCACGGCTACATCTACCACATCTTCAGC
TATGCCTGCAGCTCCGTTAACAACCCAGTCTATACCTGTTCCAGCTTCCAATCCCACTCT
TGCCCAAGAACAACCAGCGGCACAAAGTGACACCAATGTTCAGTCTGCTTCAACTTTAGC
TAGTGGCGGTAATACTGAGCAAATGGTTCAACAAATAATGGAAATGGGAGGAGGCAGCTG
GGACAAAGAAACGGTTACTCGTGGACTTCGTGCAGCTTATAACAACCCTGAGAGAGCAGT
TGATTATCTATACTCTGGGATTCCTGAAAGAGAAGCTGTTCCGTTAACTAACATATCGGG
AGTAGGATCTGGTGCAGACTTTGTTGCTCCTCCTGCCTCTGGAGGAC*TAATGCATCTCC
TTTGGATTTGTTTC
ACAGAAGC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3BM38JQ 695 0 0
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CATATCGGGAGTAGGATCTGGTGCAGACTTTGTTGCTCCTCCTGCCTCTGGAGGACCTAA
TGCATCTCCTTTGGATTTGTTTCCACAGGAAGCAGAAGCTGGTGCTGGAGATCTTGGAAC
GCTTGAATTCCTCAGAAACAATGATCAGTTCCAACAATTACGAACAATGGTCAATTCCAA
CCCCCAGATTCTGCAGCCTACGCTTCAAGAGCTTGGAAAGCAGAACCCCCAACTTCTGAG
GCTCATTCAAGAGAACCAAGCCGAATTTCTTCAGCTAATCAACGAGCCTTATGAAGGATC
TGACGGGGATATGGATATTTTGGACCAACCGGAGCAAGAAATGCCTCATGCAGTTAATGT
TACCCCTGCAGAGCAAGAAGCGATTCAACGTCTCGAGGCAATGGGATTTGATAGAGCATT
GGTCATAGAAGCCTTCCTTGCGTGTGACCGTAACGAGGAATTGGCTGCAAACTATCTGCT
AGAGAACTCGGCAGATTTTGAAGACTGAGTTCCCCACCACAAAAAGAAAAACAGCCTTTT
AACCAAATCAGTGAATCACAGACCATAATGAAAAGTTTTGTGTTAGCCTCTTTCATCTGA
ACCCTTCATTCTTACTATTCTCAGAAGTATTTTCC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 3

CO CL3478Contig1 798 3 4 U
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ATGTTTAATGAAATTAGGAAAGGGTTAATTAGTAACATAATACACTCACTTGTGGTAAGT
TTAGAGTTTTACATATTCAATTATAAATACATAAAACTTTGTGGAAGTGAGTTTAATTAA
ATAGTGTAGGGTGTAGGTAAGAGCAAGCCCTTGACGATGCCGCAAAGGTTGGTGTTGAGT
GGGATGTTGTACTCGTCTCTTAGTGATTTTTCAGGTGATAGAACACTGACGTACAGTTGC
TGTCCCAAGTATCTTTTCTCCCAGTTCTCTGATCTGATGTTCCACATACCGGCGTTGTCG
AATGTCAAGAGAATGGCTGACCAGGACTTGGGATACACTTGCACGGTGTGTCTGCTGACA
GCATCGAGCAAGTTGTAGTTGTTTCTCTTCTCTGGTGTCCATCTTCCTGGCTCGGAAGCG
ACTGCGAAGAAGGAGTGACCATCCAAATGGAAGGACTGCATGCTCTTCTCGTGGTTCTCG
AAGACGATTTCGACAAAGGTACGGAAAGTGATGTTGAGGACATTAGGCTCAACAGTTAGT
GTTGTGATCTTGGCTTCTGGCTCGTCCTTGATAACATTGTATTTGAACACCTTCTCGGAC
ATCTCAAAGTACTCAGCAAGCTTCAAAGGAGTCTCGGTGTCAACGTGTGACACACCGTTA
AACCCAAACCTAACCTTTCCGTTCACCACACTCTTGGTGTTGGCAAGCTTGATGGTACGG
GTGATGTTGATCTTTCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU60JQ U 1
AF RR3CB56JQ U 92
AF RR3GU60TF C 234
BS 1 201 RR3GU60JQ
BS 202 202 RR3CB56JQ
BS 203 763 RR3GU60JQ
BS 764 798 RR3CB56JQ

RD RR3GU60JQ 763 0 0
GTGAACAGTCTTGTGTTATAAAGATAGTGAAACAAGAATTGGATCTGTAGTTATAGTAGT
ATGTTTAATGAAATTAGGAAAGGGTTAATTAGTAACATAATACACTCACTTGTGGTAAGT
TTAGAGTTTTACATATTCAATTATAAATACATAAAACTTTGTGGAAGTGAGTTTAATTAA
ATAGTGTAGGGTGTAGGTAAGGGCAAGCCCTTGACGATGCCGCAAAGGTTGGTGTTGAGT
GGGATGTTGTACTCGTCTCTTAGTGATTTTTCAGGTGATAGAACACTGACGTACAGTTGC
TGTCCCAAGTATCTTTTCTCCCAGTTCTCTGATCTGATGTTCCACATACCGGCGTTGTCG
AATGTCAAGAGAATGGCTGACCAGGACTTGGGATACACTTGCACGGTGTGTCTGCTGACA
GCATCGAGCAAGTTGTAGTTGTTTCTCTTCTCTGGTGTCCATCTTCCTGGCTCGGAAGCG
ACTGCGAAGAAGGAGTGACCATCCAAATGGAAGGACTGCATGCTCTTCTCGTGGTTCTCG
AAGACGATTTCGACAAAGGTACGGAAAGTGATGTTGAGGACATTAGGCTCAACAGTTAGT
GTTGTGATCTTGGCTTCTGGCTCGTCCTTGATAACATTGTATTTGAACACCTTCTCGGAC
ATCTCAAAGTACTCAGCAAGCTTCAAAGGAGTCTCGGTGTCAACGTGTGACACACCGTTA
AACCCAAACCTAACCTTTCCGTTCACCACACTCTTGGTGTTGG

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3CB56JQ 707 0 0
GTAACATAATACACTCACTTGTGGTAAGTTTAGAGTTTTACATATTCAATTATAAATACA
TAAAACTTTGTGGAAGTGAGTTTAATTAAATAGTGTAGGGTGTAGGTAAGAGCAAGCCCT
TGACGATGCCGCAAAGGTTGGTGTTGAGTGGGATGTTGTACTCGTCTCTTAGTGATTTTT
CAGGTGATAGAACACTGACGTACAGTTGCTGTCCCAAGTATCTTTTCTCCCAGTTCTCTG
ATCTGATGTTCCACATACCGGCGTTGTCGAATGTCAAGAGAATGGCTGACCAGGACTTGG
GATACACTTGCACGGTGTGTCTGCTGACAGCATCGAGCAAGTTGTAGTTGTTTCTCTTCT
CTGGTGTCCATCTTCCTGGCTCGGAAGCGACTGCGAAGAAGGAGTGACCATCCAAATGGA
AGGACTGCATGCTCTTCTCGTAGTTCTCGAAGACGATTTCGACAAAGGTACGGAAAGTGA
TGTTGAGGACATTAGGCTCAACAGTTAGTGTTGTGATCTTGGCTTCTGGCTCGTCCTTGA
TAACATTGTATTTGAACACCTTCTCGGACATCTCAAAGTACTCAGCAAGCTTCAAAGGAG
TCTCGGTGTCAACGTGTGACACACCGTTAAACCCAAACCTAACCTTTCCGTTCACCACAC
TCTTGGTGTTGGCAAGCTTGATGGTACGGGTGATGTTGATCTTTCCG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3GU60TF 550 0 0
GTTGAGTGGGATGTTGTACTCGTCTCTTAGTGATTTTTCAGGTGATAGAACACTGACGTA
CAGTTGCTGTCCCAAGTATCTTTTCTCCCAGTTCTCTGATCTGATGTTCCACATACCGGC
GTTGTCGAATGTCAAGAGAATGGCTGACCAGGACTTGGGATACACTTGCACGGTGTGTCT
GCTGACAGCATCGAGCAAGTTGTAGTTGTTTCTCTTCTCTGGTGTCCATCTTCCTGGCTC
GGAAGCGACTGCGAAGAAGGAGTGACCATCCAAATGGAAGGACTGCATGCTCTTCTCGTG
GTTCTCGAAGACGATTTCGACAAAGGTACGGAAAGTGATGTTGAGGACATTAGGCTCAAC
AGTTAGTGTTGTGATCTTGGCTTCTGGCTCGTCCTTGATAACATTGTATTTGAACACCTT
CTCGGACATCTCAAAGTACTCAGCAAGCTTCAAAGGAGTCTCGGTGTCAACGTGTGACAC
ACCGTTAAACCCAAACCTAACCTTTCCGTTCACCACACTCTTGGTGTTGGCAAGCTTGAT
GGTACGGG
CC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

CO CL3479Contig1 930 2 8 U
GGAGTGACCGCTGAATTTTCATGTCTTGTGTTTCCTTTAAAATTTTATTTCTAGTATTAT
AAAAACCAGAGTTGAGGCAGAAAGTTCGTTACTTTATTTTTCAATTGATTTAATACGCTA
AGGAGAACAGAAAGTGCCAGTACTTGCCAAACAGGTTTTCTATATTTAATCCTTCAACTG
TTATTTCACAGTTGCTAGCTCCACGACGAGGAACAGATACATGTCTGCTTCTTCTTCTTC
CTCCACGAACCTGATGGCCGGCGAGGAGGCAAACGGCGGAGTTACAGTGCTTCCGAGTGT
TGAAGACAAGTACGGTGGAGTGGTAACGGAGATAAGCCATCCCATGGATCCGTCTACCTT
CTCTGAACTTCTCCAAACCTCTCTTTCTAACTGGACTCTTCAGGGAAAGAAGGGAGTGTG
GATCAAACTGCCAAGGCATCTTATTGGTCTTGCTGAAACTGCTGTTAAGGAGGGATTCTG
GTTTCATCACGCGGAGAAGGACTACTTGATGCTTGTGTATTGGATTCCCAAAGCAAACAA
CACGCTTCCTTTTAATGCATCTCACCGTGTTAGCATCGCTGCCTTTGTCATTAACCACAA
GAAAGAGGTGCTGGTAGTCCAAGAGAAGACAGGAAGAACTAAAGGCAAAGGTATCTGGAA
GTTCCCCACCGGGGTAGTCAATGAGGGTGAATACATCCATGATGGCTCGGTCAGAGAGGT
GAAAGAAGAGACAGGAGTGGATACTGAATTTGTTCAAGTATTGGCGTTCAGACAGACACA
CAAAACATTCTTTGAAAGTCAAATTTGTTCTTCGTGTGCACGCTAAAGCCTCTTTCTTTG
AGATCATGCACAGAGTCTGAGATAGAGCAGCTCAGTGGATGCATGGGAGGATACACGAAG
CAACATTGTACAAATCATGAGCTATTAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DE41TF U 1
AF RR3C828TF U 115
BS 1 650 RR3DE41TF
BS 651 651 RR3C828TF
BS 652 686 RR3DE41TF
BS 687 687 RR3C828TF
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BS 712 712 RR3C828TF
BS 713 725 RR3DE41TF
BS 726 930 RR3C828TF

RD RR3DE41TF 725 0 0
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AAAAACCAGAGTTGAGGCAGAAAGTTCGTTACTTTATTTTTCAATTGATTTAATACGCTA
AGGAGAACAGAAAGTGCCAGTACTTGCCAAACAGGTTTTCTATATTTAATCCTTCAACTG
TTATTTCACAGTTGCTAGCTCCACGACGAGGAACAGATACATGTCTGCTTCTTCTTCTTC
CTCCACGAACCTGATGGCCGGCGAGGAGGCAAACGGCGGAGTTACAGTGCTTCCGAGTGT
TGAAGACAAGTACGGTGGAGTGGTAACGGAGATAAGCCATCCCATGGATCCGTCTACCTT
CTCTGAACTTCTCCAAACCTCTCTTTCTAACTGGACTCTTCAGGGAAAGAAGGGAGTGTG
GATCAAACTGCCAAGGCATCTTATTGGTCTTGCTGAAACTGCTGTTAAGGAGGGATTCTG
GTTTCATCACGCGGAGAAGGACTACTTGATGCTTGTGTATTGGATTCCCAAAGCAAACAA
CACGCTTCCTTTTAATGCATCTCACCGTGTTAGCATCGCTGCCTTTGTCATTAACCACAA
GAAAGAGGTGCTGGTAGTCCAAGAGAAGACAGGAAGAACTAAAGGCAAAG*TATCTGGAA
GTTCCCCACCGGGGTAGTCAATGAGG*TGAATACATCCATGATGGCTCGGTTAGAGAGGT
GAAAG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3C828TF 816 0 0
ACGCTAAGGAGAACAGAAAGTGCCAGTACTTGCCAAACAGGTTTTCTATATTTAATCCTT
CAACTGTTATTTCACAGTTGCTAGCTCCACGACGAGGAACAGATACATGTCTGCTTCTTC
TTCTTCCTCCACGAACCTGATGGCCGGCGAGGAGGCAAACGGCGGAGTTACAGTGCTTCC
GAGTGTTGAAGACAAGTACGGTGGAGTGGTAACGGAGATAAGCCATCCCATGGATCCGTC
TACCTTCTCTGAACTTCTCCAAACCTCTCTTTCTAACTGGACTCTTCAGGGAAAGAAGGG
AGTGTGGATCAAACTGCCAAGGCATCTTATTGGTCTTGCTGAAACTGCTGTTAAGGAGGG
ATTCTGGTTTCATCACGCGGAGAAGGACTACTTGATGCTTGTGTATTGGATTCCCAAAGC
AAACAACACGCTTCCTTTTAATGCATCTCACCGTGTTAGCATCGCTGCCTTTGTCATTAA
CCACAAGAAAGAGGTGCTGGTGGTCCAAGAGAAGACAGGAAGAACTAAAGGCAAAGGTAT
CTGGAAGTTCCCCACCGGGGTAGTCAATGAGGGTGAATACATCCATGATGGCTCGGTCAG
AGAGGTGAAAGAAGAGACAGGAGTGGATACTGAATTTGTTCAAGTATTGGCGTTCAGACA
GACACACAAAACATTCTTTGAAAGTCAAATTTGTTCTTCGTGTGCACGCTAAAGCCTCTT
TCTTTGAGATCATGCACAGAGTCTGAGATAGAGCAGCTCAGTGGATGCATGGGAGGATAC
ACGAAGCAACATTGTACAAATCATGAGCTATTAAGT

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL3480Contig1 1308 2 2 U
CAGAGACAGAGAGCTTAGGTCGTGTCCGTGTTTGGTCAGAAGGTCGAAACTTGAAGTATT
TTTTAGTTACTGCTCACTACTATATCATCAAGCGTTTTTCCAGATGCCTCGGAGACCATC
GGGAGGAGGAAGAAGATTCATAAAGCATCAACCTTTAGCATTTTCACCGTTTATGCGGTC
ACTTTCTTTAGCTTCAAGGCGTAGTAAACAAGAGGACTCTCAACGCTCTGAAGAGCTGAT
GTCTTTTGATGAAAGGCTCCCAACTTCATCTAAAAAGGAGAAAAAGGAAGAGCTTTCAGA
CTCCTCTGATGACGAAGACTCTCAGGGAGATGTACAAGCAGACTTTGAGTTCTTTGATCC
TAAGACAACAGACTTCAACGGAGTCAAGATTCTTCTCAAAAACTATCTAGATGACAAGGA
GTGGGATTTGAGCAGCTTTGTTGATTTGGTATTGGAACAGACTACAGTAGGAACCGTCGT
GAAAGTAGCAGATGATGAGGACGAGTCTGTGTTTGCTGTCGTCTCTGCTCTCAACTGGGG
AAGATACAAGGAGCACAAGTGCTTTAGAGAGGTGAAAGAGTTTCTTCTCCAAGTCTGTTC
GGAGAAGAGTGCCGCTAGTGATCTCAAACTGTTGCTGGAGAAGAAGGCGCATGATGTTGG
TATCTTGGTGTCTCAGAGAGTGATGAACCTTCCTCCGCAGCTTCTTCCTCCACTGTACGA
CGGGTTGTTTGATGAAGTCGAATGGGCTACGGAAGACGAGCCTACGGAGGAGCTTCGTGG
CTCGTTCCGGTTCAAGTGGTATCTACTTGTCACCAAGATTTACAAACTGAAGAATCCTAA
GCAGAGGAAGCCTCGTCGTGGTGAAGAAGAGGAAGAGGAAACAGTGTTCCTTAAGCCTGA
AGATGAACTCTTTCTGCAGCTGAGTTCTTGGTCTTTTACGTACCCTATGCGCTCACAGCT
AGTGACTTCTGGAGAAATGAAGAATTATCAGCTGATGGGACTAGTGATGGCTGTGGAAGC
AAAAAGGATTCCCGAGTTCAGGCAGATGTTGAATTCTCTCATTGATTGAATGAACAATTG
ATGTGAACATCTTTGTCTACTTCTTGGAGAGTGTTCTAAGTTGGTCGTTTGTTTATTTGA
TTCACCGCCAGTTTTGATAGTGGTTTTTCCAGCATAGTTCTAATGTCCTGTTGTTTTATC
CAGCAACCTTTTTTTTTTACATGTCATTGGGAACTCTAGTTTCGTGTGTCTGAAGCGATG
TCTTGTTAAACTCTCTATTAATGTTTTATAGCATTTCCAATTCACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FR76TF U 1
AF RR3FR76JQ C 488
BS 1 638 RR3FR76TF
BS 639 1308 RR3FR76JQ

RD RR3FR76TF 641 0 0
CAGAGACAGAGAGCTTAGGTCGTGTCCGTGTTTGGTCAGAAGGTCGAAACTTGAAGTATT
TTTTAGTTACTGCTCACTACTATATCATCAAGCGTTTTTCCAGATGCCTCGGAGACCATC
GGGAGGAGGAAGAAGATTCATAAAGCATCAACCTTTAGCATTTTCACCGTTTATGCGGTC
ACTTTCTTTAGCTTCAAGGCGTAGTAAACAAGAGGACTCTCAACGCTCTGAAGAGCTGAT
GTCTTTTGATGAAAGGCTCCCAACTTCATCTAAAAAGGAGAAAAAGGAAGAGCTTTCAGA
CTCCTCTGATGACGAAGACTCTCAGGGAGATGTACAAGCAGACTTTGAGTTCTTTGATCC
TAAGACAACAGACTTCAACGGAGTCAAGATTCTTCTCAAAAACTATCTAGATGACAAGGA
GTGGGATTTGAGCAGCTTTGTTGATTTGGTATTGGAACAGACTACAGTAGGAACCGTCGT
GAAAGTAGCAGATGATGAGGACGAGTCTGTGTTTGCTGTCGTCTCTGCTCTCAACTGGGG
AAGATACAAGGAGCACAAGTGCTTTAGAGAGGTGAAAGAGTTTCTTCTCCAAGTCTGTTC
GGAGAAGAGTGCCGCTAGTGATCTCAAACTGTTGCTGG
GAG

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3FR76JQ 821 0 0
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AAGGAGCACAAGTGCTTTAGAGAGGTGAAAGAGTTTCTTCTCCAAGTCTGTTCGGAGAAG
AGTGCCGCTAGTGATCTCAAACTGTTGCTGGAGAAGAAGGCGCATGATGTTGGTATCTTG
GTGTCTCAGAGAGTGATGAACCTTCCTCCGCAGCTTCTTCCTCCACTGTACGACGGGTTG
TTTGATGAAGTCGAATGGGCTACGGAAGACGAGCCTACGGAGGAGCTTCGTGGCTCGTTC
CGGTTCAAGTGGTATCTACTTGTCACCAAGATTTACAAACTGAAGAATCCTAAGCAGAGG
AAGCCTCGTCGTGGTGAAGAAGAGGAAGAGGAAACAGTGTTCCTTAAGCCTGAAGATGAA
CTCTTTCTGCAGCTGAGTTCTTGGTCTTTTACGTACCCTATGCGCTCACAGCTAGTGACT
TCTGGAGAAATGAAGAATTATCAGCTGATGGGACTAGTGATGGCTGTGGAAGCAAAAAGG
ATTCCCGAGTTCAGGCAGATGTTGAATTCTCTCATTGATTGAATGAACAATTGATGTGAA
CATCTTTGTCTACTTCTTGGAGAGTGTTCTAAGTTGGTCGTTTGTTTATTTGATTCACCG
CCAGTTTTGATAGTGGTTTTTCCAGCATAGTTCTAATGTCCTGTTGTTTTATCCAGCAAC
CTTTTTTTTTTACATGTCATTGGGAACTCTAGTTTCGTGTGTCTGAAGCGATGTCTTGTT
AAACTCTCTATTAATGTTTTATAGCATTTCCAATTCACTTC

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 3

CO CL3481Contig1 493 3 1 U
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GTGAGAAAAAAATGCCGGTGATGGAGAAACTGAGGATGTTCGTGGCGCAGGAGCCTGTTG
TCGCCGCCTCCTGTTTAATCGGCGGTGTTGGACTCTTTCTGCCTGCTGTTGTGAGGCCTA
TTCTAGACTCACTCGAGGCTTCTAAGCAAGTTAAAGCGCCTCCTCTTGCCGATGTTATTG
CTGGTGTCACAGGGAAGAAACGGACCTAATCCAAGCAATGATTTCCTCTGTTTTCTTACA
TTCAGATCATCATTTTTCCTTTTTGTCTTTTAACTCTTTCTATTTGCAAATGAAATAAGC
CAAACTTCATGTTTTTTTTT*GTTATGAAACTTATATAAAGGCATATGTGCTTGTACACA
CTCTCTTCGTCTTTTTATCACATGTATTCATTTCCTAATGACAAATCGAAAAGCTTGAAA
CTTTTTGTTTGCC


BQ
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AF RR3EL38JQ C 1
AF RR3EL38TF U 1
AF RR3FY28TF U 118
BS 1 493 RR3EL38TF

RD RR3EL38JQ 493 0 0
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GTGAGAAAAAAATGCCGGTGATGGAGAAACTGAGGATGTTCGTGGCGCAGGAGCCTGTTG
TCGCCGCCTCCTGTTTAATCGGCGGTGTTGGACTCTTTTTGCCTGCTGTTGTGAGGCCTA
TTCTAGACTCACTCGAGGCTTTTAAGCAAGTTAAAGCGCCTCCTCTTGCCGATGTTATTG
CTGGTGTCACAGGGAAGAAACGGACCTAATCCAAGCAATGATTTCCTCTGTTTTTTTACA
TTCAGATCATCATTTTTCCTTTTTGTCTTTTAACTCTTTCTATTTGCAAATGAAATAAGC
CAAACTTCATGTTTTTTTTT*GTTATGAAACTTATATAAAGGCATATGTGCTTGTACACA
CTCTTTTCGTCTTTTTATCACATGTATTCATTTCCTAATGACAAATCGAAAAGCTTGAAA
CTTTTTGTTTGCC

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR3EL38TF 493 0 0
GGATCAGAGACACAATCGACGACGACTAGCTGAGAAGAAGAGAGTGAGAGAGATCAGATA
GTGAGAAAAAAATGCCGGTGATGGAGAAACTGAGGATGTTCGTGGCGCAGGAGCCTGTTG
TCGCCGCCTCCTGTTTAATCGGCGGTGTTGGACTCTTTCTGCCTGCTGTTGTGAGGCCTA
TTCTAGACTCACTCGAGGCTTCTAAGCAAGTTAAAGCGCCTCCTCTTGCCGATGTTATTG
CTGGTGTCACAGGGAAGAAACGGACCTAATCCAAGCAATGATTTCCTCTGTTTTCTTACA
TTCAGATCATCATTTTTCCTTTTTGTCTTTTAACTCTTTCTATTTGCAAATGAAATAAGC
CAAACTTCATGTTTTTTTTT*GTTATGAAACTTATATAAAGGCATATGTGCTTGTACACA
CTCTCTTCGTCTTTTTATCACATGTATTCATTTCCTAATGACAAATCGAAAAGCTTGAAA
CTTTTTGTTTGCC

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR3FY28TF 376 0 0
TTGTCGCCGCCTCCTGTTTAATCGGCGGTGTTGGACTCTTTCTGCCTGCTGTTGTGAGGC
CTATTCTAGACTCACTCGAGGCTTCTAAGCAAGTTAAAGCGCCTCCTCTTGCCGATGTTA
TTGCTGGTGTCACAGGGAAGAAACAGACCTAATCCAAGCAATGATTTCCTCTGTTTTCTT
ACATTCAGATCATCATTTTTCCTTTTTGTCTTTTAACTCTTTCTATTTGCAAATGAAATA
AGCCAAACTTCATGTTTTTTTTTTGTTATGAAACTTATATAAAGGCATATGTGCTTGTAC
ACACTCTCTTCGTCTTTTTATCACATGTATTCATTTCCTAACGACAAATCGAAAAGCTTG
AAACTTTTTGTTTGCC

QA 1 376 1 376
DS 



AS 1 2

CO CL3482Contig1 793 2 2 U
GCCGTCTGGCCATGACTGTGGACTAAATGTTTTCTTCATCGTCATGACTATGATCCTTGC
CTTTGTTTTTGCCATCGTTGCCTTACATCCTGCGGTCAATGGCAGCCTGTTACCAGCATC
TGTTATATCTGTTTACTGTGCTTATGTCTGCTACACGGGTCTCTCCAGCGAACCACACGA
CTACGTGTGCAATGGACTTAACAGATCCAAGGCAGTGACCGCTAGTACTCTAACGCTCGG
AATACTCACTACAGTTCTCTCTGTTCTCTACTCCGCCCTCCGAGCTGGCTCCTCCACAAC
ATTCCTCTCACCACCATCCTCTCCCAGAGCAGGTGGTAAGGAGGCATTGTTAGAAGACCC
TGAGGATGGGAAGAAAGGTGGTGAAGCAGAGGCACGGCCTGTGAGTTACTCATACTCTTT
CTTCCATATAATCTTTGCGCTGGCGAGCATGTACGCGGCAATGCTTCTCTCGGGATGGAC
TGGCTCGTCAGAGAGTGCGTCTCTGATCGACGTGGGATGGACCTCTGGGGTCAAGATTTG
CACCGGTTGGGTCACAGCTGCACTCTACATCTGGACACTCATCGCACCGCTCATCCTTCC
GGATCGCGAGTTCTACTAAATGGCAATATCCGTCAGGAGAGAAGGCAACACTTATATGTT
CCGGTGAATATGTTTATATATTGGCTGACTTAAAAATGGGTATGGTCATGTAATGGTAAT
GAATGTAGAGCTCTTATCATATTCTATATACTTGTAATTAAAACATGAACTAAAAGACTT
AATGTTGGGAGTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV30TF U 1
AF RR3GV30JQ C 152
BS 1 633 RR3GV30TF
BS 634 793 RR3GV30JQ

RD RR3GV30TF 633 0 0
GCCGTCTGGCCATGACTGTGGACTAAATGTTTTCTTCATCGTCATGACTATGATCCTTGC
CTTTGTTTTTGCCATCGTTGCCTTACATCCTGCGGTCAATGGCAGCCTGTTACCAGCATC
TGTTATATCTGTTTACTGTGCTTATGTCTGCTACACGGGTCTCTCCAGCGAACCACACGA
CTACGTGTGCAATGGACTTAACAGATCCAAGGCAGTGACCGCTAGTACTCTAACGCTCGG
AATACTCACTACAGTTCTCTCTGTTCTCTACTCCGCCCTCCGAGCTGGCTCCTCCACAAC
ATTCCTCTCACCACCATCCTCTCCCAGAGCAGGTGGTAAGGAGGCATTGTTAGAAGACCC
TGAGGATGGGAAGAAAGGTGGTGAAGCAGAGGCACGGCCTGTGAGTTACTCATACTCTTT
CTTCCATATAATCTTTGCGCTGGCGAGCATGTACGCGGCAATGCTTCTCTCGGGATGGAC
TGGCTCGTCAGAGAGTGCGTCTCTGATCGACGTGGGATGGACCTCTGGGGTCAAGATTTG
CACCGGTTGGGTCACAGCTGCACTCTACATCTGGACACTCATCGCACCGCTCATCCTTCC
GGATCGCGAGTTCTACTAAATGGCAATATCCGT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3GV30JQ 642 0 0
TACACGGGTCTCTCCAGCGAACCACACGACTACGTGTGCAATGGACTTAACAGATCCAAG
GCAGTGACCGCTAGTACTCTAACGCTCGGAATACTCACTACAGTTCTCTCTGTTCTCTAC
TCCGCCCTCCGAGCTGGCTCCTCCACAACATTCCTCTCACCACCATCCTCTCCCAGAGCA
GGTGGTAAGGAGGCATTGTTAGAAGACCCTGAGGATGGGAAGAAAGGTGGTGAAGCAGAG
GCACGGCCTGTGAGTTACTCATACTCTTTCTTCCATATAATCTTTGCGCTGGCGAGCATG
TACGCGGCAATGCTTCTCTCGGGATGGACTGGCTCGTCAGAGAGTGCGTCTCTGATCGAC
GTGGGATGGACCTCTGGGGTCAAGATTTGCACCGGTTGGGTCACAGCTGCACTCTACATC
TGGACACTCATCGCACCGCTCATCCTTCCGGATCGCGAGTTCTACTAAATGGCAATATCC
GTCAGGAGAGAAGGCAACACTTATATGTTCCGGTGAATATGTTTATATATTGGCTGACTT
AAAAATGGGTATGGTCATGTAATGGTAATGAATGTAGAGCTCTTATCATATTCTATATAC
TTGTAATTAAAACATGAACTAAAAGACTTAATGTTGGGAGTG

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

CO CL3483Contig1 742 2 2 U
GGGCACAAGTCTCCTCTCTCCTCTAATTCCGCCGTCGTCTGTACTTTCACCGGTGCAGGA
GATCGAAATGACAACAGTTCCAGGACAGCTAGTCTGGGAGATCGTGAAGAGAAACAACTG
TTTCTTGGTCAAACAGTTCGGTAGAGGCAATGCCAAAGTTCAGTTCAGCAAAGAGAGCAA
CAACCTCTGCAACCTCAACTCTTACAAGCACTCTGGTTTGGCGAACAAGAAGACAGTGAC
CATTCAGGTAGCTGACAAGGAGCAAGGTGTGGTACTCGGAACCACCAAGACCAAGAAGCA
GAACAAGCCCAAGCTCTCTGTTAACAAGTCTGTCCTCAAGAAGGAGTTCCCTAGGATGGC
CAAAGCTGTTGCTAACCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAGAAGGCAGC
ATTTGCTAGGCTCAGCGTGATCAGCAAGGGTATTAGAGTCGCCAAGTCTGGTCCCAAGAG
TAGGAACAGGCAGGCCTGAAGAACCCACCACTGAACGAACATTTTTACTTCTTAAAAAAA
AGTTTGTTTTGAGAGTTTCAGACAGTGCTTGTAGGTTAAAAATTATTTTTGGATAGCTGA
GAGAATCTTTGCTTGAAACACCTCCATTGTTACCCTTCTCTCACAAAATGATATTTAAAA
GTATTTTTTAATATTGTATTGCAGCTAAAGAGTGCCATATATCTTGTAGAATCTGAAATG
AATTAAAGAACATGTTAAATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H983TF U 1
AF RR3H983JQ C 203
BS 1 539 RR3H983TF
BS 540 742 RR3H983JQ

RD RR3H983TF 539 0 0
GGGCACAAGTCTCCTCTCTCCTCTAATTCCGCCGTCGTCTGTACTTTCACCGGTGCAGGA
GATCGAAATGACAACAGTTCCAGGACAGCTAGTCTGGGAGATCGTGAAGAGAAACAACTG
TTTCTTGGTCAAACAGTTCGGTAGAGGCAATGCCAAAGTTCAGTTCAGCAAAGAGAGCAA
CAACCTCTGCAACCTCAACTCTTACAAGCACTCTGGTTTGGCGAACAAGAAGACAGTGAC
CATTCAGGTAGCTGACAAGGAGCAAGGTGTGGTACTCGGAACCACCAAGACCAAGAAGCA
GAACAAGCCCAAGCTCTCTGTTAACAAGTCTGTCCTCAAGAAGGAGTTCCCTAGGATGGC
CAAAGCTGTTGCTAACCAGGTTGTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAGAAGGCAGC
ATTTGCTAGGCTCAGCGTGATCAGCAAGGGTATTAGAGTCGCCAAGTCTGGTCCCAAGAG
TAGGAACAGGCAGGCCTGAAGAACCCACCACTGAACGAACATTTTTACTTCTTAAAAAA

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR3H983JQ 540 0 0
TACAAGCACTCTGGTTTGGCGAACAAGAAGACAGTGACCATTCAGGTAGCTGACAAGGAG
CAAGGTGTGGTACTCGGAACCACCAAGACCAAGAAGCAGAACAAGCCCAAGCTCTCTGTT
AACAAGTCTGTCCTCAAGAAGGAGTTCCCTAGGATGGCCAAAGCTGTTGCTAACCAGGTT
GTGGACAACTACTACAGGCCTGATTTGAAGAAGGCAGCATTTGCTAGGCTCAGCGTGATC
AGCAAGGGTATTAGAGTCGCCAAGTCTGGTCCCAAGAGTAGGAACAGGCAGGCCTGAAGA
ACCCACCACTGAACGAACATTTTTACTTCTTAAAAAAAAGTTTGTTTTGAGAGTTTCAGA
CAGTGCTTGTAGGTTAAAAATTATTTTTGGATAGCTGAGAGAATCTTTGCTTGAAACACC
TCCATTGTTACCCTTCTCTCACAAAATGATATTTAAAAGTATTTTTTAATATTGTATTGC
AGCTAAAGAGTGCCATATATCTTGTAGAATCTGAAATGAATTAAAGAACATGTTAAATCT

QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 3

CO CL3484Contig1 1264 3 4 U
GATTGAAATTGTCCTCTTTTTTTTCTTATTCATCAACTTATTGAAGGTTTCAAATACAAC
AGGGAAAAATGAAAATTCTAACACAAGCAATAGCATTACAATAATGATTCCGAAAATCAA
TATAGTAAAAACTAAAATAGCGTGACAAACAATGATAAAAGAGGAAACCAGAGAGAGTTT
ATAGACCTTCAAAGAAACGCAAATGGTCTTCGAATGTCTCAGCATGCCTGATCTTAGTGA
TGGATCCATCATCTTCAACCCAGTATTCCGGAGGACGCATCTTGAGATTGTAAGTGGAAG
CCATGCTCATACAGTATGCACCAGCATCATGAACCACCAGACCAGCTCCCTTTGGAGGAG
TAGGAAGCTCTCTGTCTTTCCCCAAGAAATCAGCAGACTCACAAACAGGACCCACTACAT
CGAATTTGGAAACATCTGCTTCAGGTGCTGGAGGAGAGACCAACTCAATGTGCTGATATG
CATCATAAAGACTAGGACGGATCAGCTCAGCCATACTCCCATCGATCACTATGAAGTTTT
TAGTTCCATTCGTCTTCACACCGGTCACATGGTTGACGAAACAGCACGTGTTCGCAATCA
ACGACCTCCCTGGCTCGATTATTAGGTTCAGGCCACGTGACAGAACAAGCTCTCTTACGG
TGTTGATGAGATCCATGGGTGTAGGGAGGACAGCTCCGGCATGGTAATAATCTATCCCTA
AACCACCACCAATGTTCAAGTAGCTAACTTCAAAGCCTTGACGCCGGATCTCATCAATGT
ACTCCACCATGAGTACCGCAGCATCTCTGAATATATCCACCTTTGTAATGGTAGAGCCTA
GATGGCAATGAGCGCCAACAAGCTTAAGCTCATTGGGATGCGCCTTCACCTCATCCAGAA
ACCATTGAAGCTTCTCGTTCCTGATACCAAACTTCGAGTTCTTGTTCCCGGTAGCTACAT
ACGGATGCACCTGAGGATCAACATCAGGATTGATACGCAGCAAAACATTGACCTGTTTAC
CAGAGATTCTCGAAGCTTCCACGATATTATCCAAGTCGAACTCACTATCCACGTTCACGA
AGACAGAACTGGGATTCTGGAGATGGAGGATTGGTTCGATTTTTGGTATTGGTTTTGGTT
TCTCCGGAGAGATGAGGGTTGAGAGAGGAGGTGAGTGGCTGTCGCCATGGCTGTGAGCGT
TTGGGATGAGACAGGAACAGTGGCGTTGAAATGGATTAGGGTTTTGTCTGATAGTTCTTG
TTCC


BQ
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR3CW48JQ U 5
AF RR3BD29JQ U 1
AF RR3BD29TF C 441
BS 1 52 RR3BD29JQ
BS 53 53 RR3CW48JQ
BS 54 815 RR3BD29JQ
BS 816 1264 RR3BD29TF

RD RR3CW48JQ 680 0 0
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AAAAATGAAAATTCTAACACAAGCAATAGCATTACAATAATGATTCCGAAAATCAATATA
GTAAAAACTAAAATAGCGTGACAAACAATGATAAAAGAGGAAACCAGAGAGAGTTTATAG
ACCTTCAAAGAAACGCAAATGGTCTTCGAATGTCTCAGCATGCCTGATCTTAGTGATGGA
TCCATCATCTTCAACCCAGTATTCCGGAGGACGCATCTTGAGATTGTAAGTGGAAGCCAT
GCTCATACAGTATGCACCAGCATCATGAACCACCAGACCAGCTCCCTTTGGCGGAGTAGG
AAGCTCTCTGTCTTTCCCCAAGAAATCAGCAGACTCACAAACAGGACCCACTACATCGAA
TTTGGAAACATCTGCTTCAGGTGCTGGAGGAGAGACCAACTCAATGTGCTGATATGCATC
ATAAAGACTAGGACGGATCAGCTCAGCCATACTCCCATCGATCACTATGAAGTTTTTAGT
TCCATCCGTCTTCACACCGGTCACATGGTTGACGAAACAGCACGTGTTCGCAATCAACGA
CCTCCCTGGCTCGATTATTAGGTTCAGGCCACGTGACAGAACAAGCTCTCTTACGG*GTT
GATGAGATCCATGGGTGTAG

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DS 

RD RR3BD29JQ 815 0 0
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AGGGAAAAATGAAAATTCTAACACAAGCAATAGCATTACAATAATGATTCCGAAAATCAA
TATAGTAAAAACTAAAATAGCGTGACAAACAATGATAAAAGAGGAAACCAGAGAGAGTTT
ATAGACCTTCAAAGAAACGCAAATGGTCTTCGAATGTCTCAGCATGCCTGATCTTAGTGA
TGGATCCATCATCTTCAACCCAGTATTCCGGAGGACGCATCTTGAGATTGTAAGTGGAAG
CCATGCTCATACAGTATGCACCAGCATCATGAACCACCAGACCAGCTCCCTTTGGAGGAG
TAGGAAGCTCTCTGTCTTTCCCCAAGAAATCAGCAGACTCACAAACAGGACCCACTACAT
CGAATTTGGAAACATCTGCTTCAGGTGCTGGAGGAGAGACCAACTCAATGTGCTGATATG
CATCATAAAGACTAGGACGGATCAGCTCAGCCATACTCCCATCGATCACTATGAAGTTTT
TAGTTCCATTCGTCTTCACACCGGTCACATGGTTGACGAAACAGCACGTGTTCGCAATCA
ACGACCTCCCTGGCTCGATTATTAGGTTCAGGCCACGTGACAGAACAAGCTCTCTTACGG
TGTTGATGAGATCCATGGGTGTAGGGAGGACAGCTCCGGCATGGTAATAATCTATCCCTA
AACCACCACCAATGTTCAAGTAGCTAACTTCAAAGCCTTGACGCCGGATCTCATCAATGT
ACTCCACCATGAGTACCGCAGCATCTCTGAATATA

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR3BD29TF 824 0 0
TCAGGTGCTGGAGGAGAGACCAACTCAATGTGCTGATATGCATCATAAAGACTAGGACGG
ATCAGCTCAGCCATACTCCCATCGATCACTATGAAGTTTTTAGTTCCATTCGTCTTCACA
CCGGTCACATGGTTGACGAAACAGCACGTGTTCGCAATCAACGACCTCCCTGGCTCGATT
ATTAGGTTCAGGCCACGTGACAGAACAAGCTCTCTTACGGTGTTGATGAGATCCATGGGT
GTAGGGAGGACAGCTCCGGCATGGTAATAATCTATCCCTAAACCACCACCAATGTTCAAG
TAGCTAACTTCAAAGCCTTGACGCCGGATCTCATCAATGTACTCCACCATGAGTACCGCA
GCATCTCTGAATATATCCACCTTTGTAATGGTAGAGCCTAGATGGCAATGAGCGCCAACA
AGCTTAAGCTCATTGGGATGCGCCTTCACCTCATCCAGAAACCATTGAAGCTTCTCGTTC
CTGATACCAAACTTCGAGTTCTTGTTCCCGGTAGCTACATACGGATGCACCTGAGGATCA
ACATCAGGATTGATACGCAGCAAAACATTGACCTGTTTACCAGAGATTCTCGAAGCTTCC
ACGATATTATCCAAGTCGAACTCACTATCCACGTTCACGAAGACAGAACTGGGATTCTGG
AGATGGAGGATTGGTTCGATTTTTGGTATTGGTTTTGGTTTCTCCGGAGAGATGAGGGTT
GAGAGAGGAGGTGAGTGGCTGTCGCCATGGCTGTGAGCGTTTGGGATGAGACAGGAACAG
TGGCGTTGAAATGGATTAGGGTTTTGTCTGATAGTTCTTGTTCC

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

CO CL3485Contig1 1512 2 4 U
AATAGAAACAATAGTGTTCAACAACTCTGAAACAAAGTAATTTAAAGTTCTGAAGTAACT
TATTAAAGACAAGATCCAAACTTAAACCAACGACAAAAGAAAAAGAAAAAAACATAACAA
AAAGGTCTTAAAAGAGACCGAGATCAACACTGTCCGCAGCTTGATTAAGCGCGAACACCA
CGGTTAAGACTCACCATACGGGTTGAGCCATCCATTTGCATACCGCCACCTCTGTTTCCC
GATCCAGCTCTTGCTGCATATCCTCCTCCTCGGTTCTGGCCCGACCAGTCTCTAGGCTGT
CCTGGTCTTCCTCCATATCCAGATCTGTTGTTACCTTGTCTTCCTTGTCCATAACTCATG
TTGTTGTCCTGCCATCTCCCACCACCTGATGCTGCTCCTGCATAGTCCTGATTGTTGTCC
CTTCTCCTTGAACTCAGATCAAGACCACCTCCACCGGTCCCTGCTTCCATTGCCCTTTCA
TTACTCTCTGCCAAAACCGATAGTTTCTCGGTTAGCTGGAAAGCCAATGACTGTAATCTG
CTGTGTTGCACTTCATGGAAGACGATGCATCGTGTTGGCTGGTCCCAGCTTGCGTGAAGC
TCTTCATTGATCATCATCTTACTCACAATGCTGTGAACCTGTGCTTCGGTGACGTCAAAC
ATCTTAGCCAGCTGTTCAAGGCTCAGGGACTCATAGGAGCTCGAGTATGTGAACAGGTAA
GTCCTTAGAGCCTCTTCTTTGATCCTAGCTTTCACCATGTCGAGGATACTGTCCCGGTTC
TTGAGCATTCTCCAGACATCAAGAGAGTTCAAAACATCGAACGCGGTCTGGAAATCTCCT
TTGGTCAGGGCTCTGGTGGCTGCCATGACGTGATCACGTACATTTTCGGGTGGTGCGTTG
AACGCTTGCCTCTCGCTGATCTCAAGCAGGCGACGGAAATTCTTGCTGATCACTCTACGT
CTGGCTTCAAACGAGTTTGCCGCCATGTTTGGGACTTCAAGTAGCATGGCACCGATGAGG
TGAACAGCCTCCAGGAGTTCGAGGTTTATGTGCATGTGGTATGGCATTTGTCTTATCCTC
TCCATCCTTTCCTGTTCGGGTGTCTTCTCATGGTATCGACTTTGAGAAACACCTTGGGCA
AGTAACTCCCTCACTCTCTGACCAGAGTAGAGCTCGGAGAGGCAGCTATGGGATTCAGTG
ATCATTCCAACACGGAAGGCACAAAGGCCAAGCTGCGCCATAGTCCGGTTGAAGAGAATC
TGTGTTGAGATGTCCATGTGCTGAATGTTGTCTTGGAGATGACTCATTAGCAACAAGTCT
CTAGCAGTTCCAAAGTTGTCCATTAAGGCATGGTGATAAATATCACATAGCATTGCACGT
GCCTTAGTCCGCTCATCTCCATTTCGGTAGATAAGGGAGACAAGAGTATCCATCATTGCT
CGGCCGCTCTCTGGGAACGTAGGCTTACGGGGAACAACCTCAGGAACAACAATGAATGAA
GAAATAGGTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AAAGGTCTTAAAAGAGACCGAGATCAACACTGTCCGCAGCTTGATTAAGCGCGAACACCA
CGGTTAAGACTCACCATACGGGTTGAGCCATCCATTTGCATACCGCCACCTCTGTTTCCC
GATCCAGCTCTTGCTGCATATCCTCCTCCTCGGTTCTGGCCCGACCAGTCTCTAGGCTGT
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TTGTTGTCCTGCCATCTCCCACCACCTGATGCTGCTCCTGCATAGTCCTGATTGTTGTCC
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CTGTGTTGCACTTCATGGAAGACGATGCATCGTGTTGGCTGGTCCCAGCTTGCGTGAAGC
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CACCGATGAGGTGAACAGCCTCCAGGAGTTCGAGGTTTATGTGCATGTGGTATGGCATTT
GTCTTATCCTCTCCATCCTTTCCTGTTCGGGTGTCTTCTCATGGTATCGACTTTGAGAAA
CACCTTGGGCAAGTAACTCCCTCACTCTCTGACCAGAGTAGAGCTCGGAGAGGCAGCTAT
GGGATTCAGTGATCATTCCAACACGGAAGGCACAAAGGCCAAGCTGCGCCATAGTCCGGT
TGAAGAGAATCTGTGTTGAGATGTCCATGTGCTGAATGTTGTCTTGGAGATGACTCATTA
GCAACAAGTCTCTAGCAGTTCCAAAGTTGTCCATTAAGGCATGGTGATAAATATCACATA
GCATTGCACGTGCCTTAGTCCGCTCATCTCCATTTCGGTAGATAAGGGAGACAAGAGTAT
CCATCATTGCTCGGCCGCTCTCTGGGAACGTAGGCTTACGGGGAACAACCTCAGGAACAA
CAATGAATGAAGAAATAGGTCCC

QA 1 863 1 863
DS 



AS 1 3

CO CL3486Contig1 1237 3 23 U
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TGGATTTTATGATATTGGTATTGGGGCTGGATTGGAGTCCATGACTACTAATCCGATGGC
ATGGGAAGGGTCAGTCAACCCAGCGGTGAAGAAGTTTGAGCAAGCACAGAACTGTCTTCT
CCCTATGGGTGTTACTTCAGAAAATGTAGCACACCGCTTTGGTGTCTCAAGGCAGGAGCA
AGACCAAGCTGCTGTTGACTCGCACAGAAAGGCAGCTGCTGCTACTGCTGCTGGTAAATT
CAAGGATGAGATCATTCCGGTTAAAACCAAGCTTGTTGACCCAAAGACAGGTGATGAGAC
ACCCATTACAGTTTCTGCTGATGATGGGATCCGACCAAGCACAACCCTTGCTACTCTTGG
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AAGTGATGGTGCAGGAGCGGTTCTCCTCATGAGGAGAGGTGTTGCTACGCAAAAAGGACT
TCCCGTTCTTGGTGTATTCAGGACATTTGCTGCAGTTGGTGTTGATCCAGCAATCATGGG
TGTGGGTCCAGCAGTTGCCATTCCTGCTGCAGTTAAGGCTGCTGGTTTAGAACTCGATGA
TATCGACTTGTTTGAGATCAACGAGGCATTTGCATCTCAGTTTGTTTATTGCCGTAACAA
ATTGGGACTAGACGCAGAGAAAATCAATGTCAACGGTGGCGCAATGGCCATAGGACATCC
TTTAGGCGCTACAGGAGCACGTTGCGTTGCTACTTTGTTGCACGAGATGAAACGCCGTGG
AAAAGACTGTCGATTTGGGGTAGTGTCGATGTGCATTGGGACGGGGATGGGTGCAGCGGC
TGTGTTTGAGAGAGGAGATGGAGTTGATGAGCTTCGCAACGCAAGGAAAGTTGAAGCTCA
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ACACTTTCCTTCAGTTTATCACAGTTATTTGAATAAAGCATCGCAACCAATGTTTGCCTG
AGTCTTGTATTCTTCTTGACCAGGTCATGTTCTTTCTTAGAATATTGTTTTTACATGACG
GGGAATTTTCTATGAAACTTTATATGTATGGATGGAT


BQ
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AF RR3FU73TF U 1
AF RR3BX82TF U 347
AF RR3FU73JQ C 510
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TGGATTTTATGATATTGGTATTGGGGCTGGATTGGAGTCCATGACTACTAATCCGATGGC
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ACCCATTACAGTTTCTGTTGATGATGGGATCCGACCAAGCACAACCCTTGCTACTCTTGG
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AAGTGATGGTGCAGGAGCGGTTCTCCTCATGAGGAGAGGTGTTGCTACGCAAAAAGGACT
TCCCGTTCTTGGTGTATTCAGGACATTTGCTGCAGTTGGTGTTGATCCAGCAATCATGGG
TGTGGGTCCAGCAGTTGCCATTCCTGCTGCAGTTAAG*CTGCTGGTTTAGAACTCGATGA
TATCGACTTGTTTGAGATCAACGAGGCATTTGCATCTCAGTTTGTT*ATTGCCGTA*CAA
ATTGGGACTAGACGCAGAGAA
TCAATGTCACGT

QA 1 801 1 801
DS 

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CTTGCTACTCTTGGGAAGCTGAAACCAGTGTTTAAAAAGGATGGCACCACAACTGCTGGA
AACTCGAGCCAAGTAAGTGATGGTGCAGGAGCGGTTCTCCTCATGAGGAGAAGTGTTGCT
ACGCAAAAAGGACTTCCCGTTCTTGGTGTATTCAGGACATTTGCTGCAGTTGGTGTTGAT
CCAGCAATCATGGGTGTGGGTCCAGCAGTTGCCATTCCTGCTGCAGTTAAGGCTGCTGGT
TTAGAACTCGATGATATCGACTTGTTTGAGATCAACGAGGCATTTGCATCTCAGTTTGTT
TATTGCCGTAACAAATTGGGACTAGACGCAGAGAAAATCAATGTCAACGGTGGCGCAATG
GCCATAGGACATCCTTTAGGCGCTACAGGAGCACGTTGCGTTGCTACTTTGTTGCACGAG
ATGAAACGCCGTGGAAAAGACTGTCGATTTGGGGTAGTGTCGATGTGCATTGGGACGGGG
ATGGGTGCAGCGGCTGTGTTTGAGAGGGGAGATGGAGTTGATGAGCTTCGCAACGCAAGG
AAAGTTGAAGCTCAAG*CTATTTGTCCAAG*ACGCTCGTTAAAGATAACTGATGTGTACA
AGCAAGCATCAAACACACTTTCCTTCAGTTTATCACAGTTATTTGAATAA*GCATCGCA*
CCAATGTTTGCC

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3FU73JQ 728 0 0
GCACCACAACTGCTGGAAACTCGAGCCAAGTAAGTGATGGTGCAGGAGCGGTTCTCCTCA
TGAGGAGAGGTGTTGCTACGCAAAAAGGACTTCCCGTTCTTGGTGTATTCAGGACATTTG
CTGCAGTTGGTGTTGATCCAGCAATCATGGGTGTGGGTCCAGCAGTTGCCATTCCTGCTG
CAGTTAAGGCTGCTGGTTTAGAACTCGATGATATCGACTTGTTTGAGATCAACGAGGCAT
TTGCATCTCAGTTTGTTTATTGCCGTAACAAATTGGGACTAGACGCAGAGAAA*TCAATG
TCAACGTTGGCGCAATGGCCATAGGACATCCTTTAGGCGCTACAGGAGCACGTTGCGTTG
CTACTTTGTTGCACGAGATGAAACGCCGTGGAAAAGACTGTCGATTTGGGGTAGTGTCGA
TGTGCATTGGGACGGGGATGGGTGCAGCGGCTGTGTTTGAGAGAGGAGATGGAGTTGATG
AGCTTCGCAACGCAAGGAAAGTTGAAGCTCAAGGCTATTTGTCCAAGGACGCTCGTTAAA
GATAACTGATGTGTACAAGCAAGCATCAAACACACTTTCCTTCAGTTTATCACAGTTATT
TGAATAAAGCATCGCAACCAATGTTTGCCTGAGTCTTGTATTCTTCTTGACCAGGTCATG
TTCTTTCTTAGAATATTGTTTTTACATGACGGGGAATTTTCTATGAAACTTTATATGTAT
GGATGGAT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 3

CO CL3487Contig1 1125 3 2 U
CAGATCACAACAGCAAGTATTCTTAACGTTAAAATCATAGATCTTACAACAATCTTTTTA
CAACGATAAAATGCCAGGTTTTGTCCACACAGACTTCCATCAGTGAAGAACAAAATGACA
AACTAAAATTCGGTTTTTTAGGGGGAAAACCAAACTAAACTGGAGGGAATACAAAAGAAT
CGTTTCTGAACCGGTTAAAGAATCACAAATGTGAACCGGATGACGAGCCGTCATGGCTGC
TCATATCCCAATTATGTTTCTTCTTGTGCTCGAAATTCTGAAAGCAAGTCAACGGCCTCA
TCCTCCATTGTCGTTTGTGACCCATATGATGAAGAATAGACTCAAGCCGTTTAATGATCT
CTCTGAAAGTAGGTCGCTTGGCCGGTTTATCTTGCCAGCATTCTTCTATCAACGTTTTAA
GTCCATGAGGGTAAAGCTTTGATGGAGCTTTGAACAATGGCCGCTCTTTGCTGGCATAAG
CTTCTGATGCTTCACTGTCTTCCTTTTCAGCAAAGGGCATTCTTCCTTCTATCATCTCTT
GAACGATCAAAGCAAAGGAGAAAACATCAGCTCTTGTGTCATATTCTTCGCTAGTGAAAA
CTTCAGGAGCAATATATCTACAAGAAGTGTCAAGACATGTAAAAGGTTTGTCTTCTTTAA
CAGTAACAAGCTTGCTAACTCCAAAGTCTGCAACTTTCAGATGCCCTGAATCATCCCTCA
ATATGTTTGAAGGTTCAAGATCGCGGTGGATGATAGGGTCTCCTTTGATCTCATGAAGAT
AGCTCATTCCCCTCGCAATGTCAAGGGCGTATCTAACAGCAGTAGCTGGTTTTAGTTGTC
CTTTCCTTTTGAGCAACTCACGCAAATCTCCCCTAGGCAAGTATTCAGTTACAATCATCA
TAGGATTGGTTTGAGTTACAGCACCAAGAAACTGCACAATGTTTGGATGCCTAAGCCTTT
GGAGCAACGCAAGCTCGTCATGGAACTTCCTCACTTGATACTCATCGCTTAAAACTTCAT
CATCGAGCTTCTTCACCGCGACTTGAATCCCACGCCACATTGACATACAGTAAGTTCCCT
TTGTTATCTCTTTGCTTTGCGTGAAATCAAGCTCACTAGGATTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO73JQ U 55
AF RR3DO74JQ U 1
AF RR3DO74TF C 391
BS 1 752 RR3DO74JQ
BS 753 1125 RR3DO74TF

RD RR3DO73JQ 452 0 0
TTTTTACAACGATAAAATGCCAGGTTTTGTCCACACAGACTTCCATCAGTGAAGAACAAA
ATGACAAACTAAAATTCGGTTTTTTAGGGGGAAAACCAAACTAAACTGGAGGGAATACAA
AAGAATCGTTTCTGAACCGGTTAAAGAATCACAAATGTGAACCGGATGACGAGCCGTCAT
GGCTGCTCATATCCCAATTATGTTTCTTCTTGTGCTCGAAATTCTGAAAGCAAGTCAACG
GCCTCATCCTCCATTGTCGTTTGTGACCCATATGATGAAGAATAGACTCAAGCCGTTTAA
TGATCTCTCTGAAAGTAGGTCGCTTGGCCGGTTTATCTTGCCAGCATTCTTCTATCAACG
TTTTAAGTCCATGAGGGTAAAGCTTTGATGGAGCTTTGAACAATGGCCGCTCTTTGCTGG
CATAAGCTTCTGATGCTTCACTGTCTTCCTTT

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR3DO74JQ 752 0 0
CAGATCACAACAGCAAGTATTCTTAACGTTAAAATCATAGATCTTACAACAATCTTTTTA
CAACGATAAAATGCCAGGTTTTGTCCACACAGACTTCCATCAGTGAAGAACAAAATGACA
AACTAAAATTCGGTTTTTTAGGGGGAAAACCAAACTAAACTGGAGGGAATACAAAAGAAT
CGTTTCTGAACCGGTTAAAGAATCACAAATGTGAACCGGATGACGAGCCGTCATGGCTGC
TCATATCCCAATTATGTTTCTTCTTGTGCTCGAAATTCTGAAAGCAAGTCAACGGCCTCA
TCCTCCATTGTCGTTTGTGACCCATATGATGAAGAATAGACTCAAGCCGTTTAATGATCT
CTCTGAAAGTAGGTCGCTTGGCCGGTTTATCTTGCCAGCATTCTTCTATCAACGTTTTAA
GTCCATGAGGGTAAAGCTTTGATGGAGCTTTGAACAATGGCCGCTCTTTGCTGGCATAAG
CTTCTGATGCTTCACTGTCTTCCTTTTCAGCAAAGGGCATTCTTCCTTCTATCATCTCTT
GAACGATCAAAGCAAAGGAGAAAACATCAGCTCTTGTGTCATATTCTTCGCTAGTGAAAA
CTTCAGGAGCAATATATCTACAAGAAGTGTCAAGACATGTAAAAGGTTTGTCTTCTTTAA
CAGTAACAAGCTTGCTAACTCCAAAGTCTGCAACTTTCAGATGCCCTGAATCATCCCTCA
ATATGTTTGAAGGTTCAAGATCGCGGTGGATG

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3DO74TF 735 0 0
CTTGCCAGCAT*CTTCTATCAACGTTTTAAGTCCATGAGGGTAAAGCTTTGATGGAGCTT
TGAACAATGGCCGCTCTTTGCTGGCATAAGCTTCTGATGCTTCACTGTCTTCCTTTTCAG
CAAAGGGCATTCTTC*TTCTATCATCTCTTGAACGATCAAAGCAAAGGAGAAAACATCAG
CTCTTGTGTCATATTCTTCGCTAGTGAAAACTTCAGGAGCAATATATCTACAAGAAGTGT
CAAGACATGTAAAAGGTTTGTCTTCTTTAACAGTAACAAGCTTGCTAACTCCAAAGTCTG
CAACTTTCAGATGCCCTGAATCATCCCTCAATATGTTTGAAGGTTCAAGATCGCGGTGGA
TGATAGGGTCTCCTTTGATCTCATGAAGATAGCTCATTCCCCTCGCAATGTCAAGGGCGT
ATCTAACAGCAGTAGCTGGTTTTAGTTGTCCTTTCCTTTTGAGCAACTCACGCAAATCTC
CCCTAGGCAAGTATTCAGTTACAATCATCATAGGATTGGTTTGAGTTACAGCACCAAGAA
ACTGCACAATGTTTGGATGCCTAAGCCTTTGGAGCAACGCAAGCTCGTCATGGAACTTCC
TCACTTGATACTCATCGCTTAAAACTTCATCATCGAGCTTCTTCACCGCGACTTGAATCC
CACGCCACATTGACATACAGTAAGTTCCCTTTGTTATCTCTTTGCTTTGCGTGAAATCAA
GCTCACTAGGATTGC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL3488Contig1 593 2 2 U
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GACTTCAAGGGGCAGATTGAGGTTGACGACGAGTTCAAATCTCTGTTCCGTGACATAGAC
ATTCCCAGCGACCTTCTTGATGTGGAGAAGGAGCTGCAGAAGATTGGTTTGAAGCCTGTG
ATGAACACTGCACAGAGGAGAGCCGCTGCACAGATCCAAGGGGTATCGAATAAACCCAAG
CAGAAGAAGAAGAAACAAGAGATCAGCAAGAGAACCAAACTCACCAACGCTCATCTTCCT
GAGCTCTTCCAGAACCTCAACGCCAGCAGTTCCCGGAACTAAAAACTTCATAAATTGAAT
ATGATTATGTCGGTTCGAAGACTGTTACTGGGAGATTGAGCCCCAGTTTTTTTCGTATTA
TTCGGACATAATTTACATAGACCAAAACGCAATTTGTATTGATGTATGAGTTTACAATAG
CTTTCATGTATTACAGCGGAAAAAAAAAACTCATCCATATGTAAACAAGAAGATACTTTA
CCAATGCTTATGACGTCTTAAGAGACTAGTGTTGGCTAGTACTTCACTTATTG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CJ70JQ C 1
AF RR3CJ70TF U 1
BS 1 1 RR3CJ70JQ
BS 2 593 RR3CJ70TF

RD RR3CJ70JQ 593 0 0
GCAAAACACATATGGTTCCTGTCAAACGCTGATTCACAAGAGGACATTGCTTATCCAAAC
GACTTCAAGGGGCAGATTGAGGTTGACGACGAGTTCAAATCTCTGTTCCGTGACATAGAC
ATTCCCAGCGACCTTCTTGATGTGGAGAAGGAGCTGCAGAAGATTGGTTTGAAGCCTGTG
ATGAACACTGCACAGAGGAGAGCCGCTGCACAGATCCAAGGGGTATCGAATAAACCCAAG
CAGAAGAAGAAGAAACAAGAGATCAGCAAGAGAACCAAACTCACCAACGCTCATCTTCCT
GAGCTCTTCCAGAACCTCAACGCCAGCAGTTCCCGGAACTAAAAACTTCATAAATTGAAT
ATGATTATGTCGGTTCGAAGACTGTTACTGGGAGATTGAGCCCCAGTTTTTTTCGTATTA
TTCGGACATAATTTACATAGACCAAAACGCAATTTGTATTGATGTATGAGTTTACAATAG
CTTTCATGTATTACAGCGGAAAAAAAAAACTCATCCATATGTAAACAAGAAGATACTTTA
CCAATGCTTATGACGTCTTAAGAGACTAGTGTTGGCTAGTACTTCACTTATTG

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3CJ70TF 593 0 0
G
CAAAACACATATGGTTCCTGTCAAACGCTGATTCACAAGAGGACATTGCTTATCCAAACG
ACTTCAAGGGGCAGATTGAGGTTGACGACGAGTTCAAATCTCTGTTCCGTGACATAGACA
TTCCCAGCGACCTTCTTGATGTGGAGAAGGAGCTGCAGAAGATTGGTTTGAAGCCTGTGA
TGAACACTGCACAGAGGAGAGCCGCTGCACAGATCCAAGGGGTATCGAATAAACCCAAGC
AGAAGAAGAAGAAACAAGAGATCAGCAAGAGAACCAAACTCACCAACGCTCATCTTCCTG
AGCTCTTCCAGAACCTCAACGCCAGCAGTTCCCGGAACTAAAAACTTCATAAATTGAATA
TGATTATGTCGGTTCGAAGACTGTTACTGGGAGATTGAGCCCCAGTTTTTTTCGTATTAT
TCGGACATAATTTACATAGACCAAAACGCAATTTGTATTGATGTATGAGTTTACAATAGC
TTTCATGTATTACAGCGGAAAAAAAAAACTCATCCATATGTAAACAAGAAGATACTTTAC
CAATGCTTATGACGTCTTAAGAGACTAGTGTTGGCTAGTACTTCACTTATTG

QA 2 593 2 593
DS 



AS 1 2

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TGGGATGATGGATTCAGCTTATTTCGTAGGGAGATCGGAGATTCTAGCGTGGATTAACTC
CACTCTGCAGCTAAATCTCTCCAAAGTCGAAGAGGCTTGCTCAGGAGCAGTTCATTGCCA
GCTAATGGACTCGGTACACCCTGGAGCAGTGCCGATGCACAAGGTTAATTTCGATGCCAA
GAGTGAGTACGAGATGATTCAGAACTACAAGGTTCTTCAGGACGTGTTTAACAAACTCAA
GATCACTAAGCGCATAGAAGTGAGCAAGCTCGTTAAGGGTAGACCATTGGATAACTTGGA
GTTCATGCAATGGTTGAAGAAGTACTGTGATTCTGTCAATGGTGCTCAGCTTCGCAATTA
CCACGCACTGGAGAGAAGAGAAGCCTGTAAAGGAGGAAAAGAAGCAACCAAGAGAGCTGC
AGCTACACAACAATCAGCCAAGAGTTCTTCAGTTGGACCTAGACCTTCATCTTCAAATGG
AACCCGTAAACACGAAGCACCATCCTCTGGGAATCAGCACTCTTCAAAAGCACCTTCTTC
TAAACAATCTAAACCAGTGACTGCTGCTTATGATGAAAAGATCACAGAACTGGAACTGTA
CATAGACAGTTTGGAAAAAGAGAGAGACTTCTACTTCTCTAAACTACGTGATGTAGAGAT
TCTCTGTCAGAACCCTGACACAGATAACTTACCTCTTGTTGGTTCCATTAAAAGGATACT
CTACGCAGCAGATGGAGAAGACGTTGGAGGAGGAGGAGCAGAAGCAACAGAGACACAGAC
CTTAAGCCCTATTGCTGAATCATCTTCAGAAGAGAGAAGGAGCGGTGGATTAGAGTCGCA
GAAGAGGAAACTCATAGTGAATCACGACGTGGATGTTGCAGCGGTTACAACTCTCTCTCC
AAGGCAACGCCTCTCTGATTCTACTGATGTCAAATGCAGTGGATCATCTCCTCTTTTAAC
TTGCTGAATCAAAAAAAATATATATAAAAACGAAGAAAGTTACTTACTTATGTCTCTTTC
AGAGAAATTGTTCTTATGTTTGAAAAAATCCCCATCACTTCTTTATTATAAACCCAAAAT
ATCATATATGTGATGATGTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GS05TF U 1
AF RR3GS05JQ C 510
BS 1 727 RR3GS05TF
BS 728 1164 RR3GS05JQ

RD RR3GS05TF 727 0 0
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TGGGATGATGGATTCAGCTTATTTCGTAGGGAGATCGGAGATTCTAGCGTGGATTAACTC
CACTCTGCAGCTAAATCTCTCCAAAGTCGAAGAGGCTTGCTCAGGAGCAGTTCATTGCCA
GCTAATGGACTCGGTACACCCTGGAGCAGTGCCGATGCACAAGGTTAATTTCGATGCCAA
GAGTGAGTACGAGATGATTCAGAACTACAAGGTTCTTCAGGACGTGTTTAACAAACTCAA
GATCACTAAGCGCATAGAAGTGAGCAAGCTCGTTAAGGGTAGACCATTGGATAACTTGGA
GTTCATGCAATGGTTGAAGAAGTACTGTGATTCTGTCAATGGTGCTCAGCTTCGCAATTA
CCACGCACTGGAGAGAAGAGAAGCCTGTAAAGGAGGAAAAGAAGCAACCAAGAGAGCTGC
AGCTACACAACAATCAGCCAAGAGTTCTTCAGTTGGACCTAGACCTTCATCTTCAAATGG
AACCCGTAAACACGAAGCACCATCCTCTGGGAATCAGCACTCTTCAAAAGCACCTTCTTC
TAAACAATCTAAACCAGTGACTGCTGCTTATGATGAAAAGATCACAGAACTGGAACTGTA
CATAGACAGTTTGGAAAAAGAGAGAGACTTCTACTTCTCTAAACTACGTGATGTAGAGAT
TCTCTGT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3GS05JQ 655 0 0
CAGTTGGACCTAGACCTTCATCTTCAAATGGAACCCGTAAACACGAAGCACCATCCTCTG
GGAATCAGCACTCTTCAAAAGCACCTTCTTCTAAACAATCTAAACCAGTGACTGCTGCTT
ATGATGAAAAGATCACAGAACTGGAACTGTACATAGACAGTTTGGAAAAAGAGAGAGACT
TCTACTTCTCTAAACTACGTGATGTAGAGATTCTCTGTCAGAACCCTGACACAGATAACT
TACCTCTTGTTGGTTCCATTAAAAGGATACTCTACGCAGCAGATGGAGAAGACGTTGGAG
GAGGAGGAGCAGAAGCAACAGAGACACAGACCTTAAGCCCTATTGCTGAATCATCTTCAG
AAGAGAGAAGGAGCGGTGGATTAGAGTCGCAGAAGAGGAAACTCATAGTGAATCACGACG
TGGATGTTGCAGCGGTTACAACTCTCTCTCCAAGGCAACGCCTCTCTGATTCTACTGATG
TCAAATGCAGTGGATCATCTCCTCTTTTAACTTGCTGAATCAAAAAAAATATATATAAAA
ACGAAGAAAGTTACTTACTTATGTCTCTTTCAGAGAAATTGTTCTTATGTTTGAAAAAAT
CCCCATCACTTCTTTATTATAAACCCAAAATATCATATATGTGATGATGTTTTAT

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL3490Contig1 1170 2 4 U
GGAGAATCTCAGCGAGAAGTACATCATCGGCCACGGAGCTTCCAGCACCGTATACAAATG
CGTTCTAAAAAACTGCAAACCGGTTGCGATCAAGCGTCTCTATTCCCACAACAACCCGCA
GTCGGTTAAACACTTCGAGACCGAGCTCGAGATGCTCAGCAGCATCAAACACAGAAACCT
CGTGAGCCTGCAAGCCTATTCCCTTTCTCCCTTGGGAAGTCTTCTCTTCTACGACTACAT
GGACAACGGCAGCCTGTGGGACCTTCTTCACGGCCCTGCCACGAAGAAGAAGAAGACTCT
TCTTGATTGGGACGCACGGCTTAAGATAGCGTACGGTGCTGCACAGGGACTAGCGTATCT
GCACCATGACTGTAGTCCGAGGATCATACACCGAGACGTCAAGTCTTCTAATATTCACTT
GGACAAGGACTTGGAGGCTCGTCTGACGGATTTCGGGATTGCGAAAAGCTTGTGCGTCTC
GAAGTCTCATACTTCGACTTACATCATGGGCACAATTGGTTACATAGACCCCGAATACGC
GCGCACTTCGCGTCTCACCGAGAAGTCAGATGTCTACAGCTATGGGATAGTGCTGCTCGA
GTTGTTGACCTCGAGGAAAGCCGTTGACGATGAGTTCAATCTCCACCATCTGATAATGTC
CAAGACGGTGAACAATGCAGTCATGGAAATGGCGGATCCAGACATCGTTTCGACTTGCAA
GGACCTCTCGGTGGTGAAGAAGGTTTTCCAGCTTGTTTTGCTGTGCACCAAAAGACAGCC
GATTGATCGACCAACGATGCACCAGGTGGTTCGTGTCCTCGGTAGCTTTATGTTGTCTGA
ACAACTACCAGCCTCCGCGGCGGCAGCCGCGGCAGCTACGTCAGCAACGCTGACCTCTTC
CTGCTACGTCGATGAGTATGCAAATCTCAAGACTCCTCACAACGTCAATTGCTCTTCCAT
GAGTGCTTCGGATGCAGAGCTCTTCCTTCGATTTGGACAAGTCATTTTTCAGAACAGTGT
GTGAGAAACAAATGAATGTTGGTGCATTTTTTTAGGAGAACGTTAGAAAAAACTAGTATT
GTCTTTTGTTAAAACGCTGTGCACGAGGTCGACCCTTATTATTAGATAAGAGTGTGAATA
AATTTTCAGACAAGACAACTTAGACTTGCC


BQ
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AF RR3DJ44TF U 1
AF RR3DJ44JQ C 576
BS 1 655 RR3DJ44TF
BS 656 656 RR3DJ44JQ
BS 657 726 RR3DJ44TF
BS 727 1170 RR3DJ44JQ

RD RR3DJ44TF 726 0 0
GGAGAATCTCAGCGAGAAGTACATCATCGGCCACGGAGCTTCCAGCACCGTATACAAATG
CGTTCTAAAAAACTGCAAACCGGTTGCGATCAAGCGTCTCTATTCCCACAACAACCCGCA
GTCGGTTAAACACTTCGAGACCGAGCTCGAGATGCTCAGCAGCATCAAACACAGAAACCT
CGTGAGCCTGCAAGCCTATTCCCTTTCTCCCTTGGGAAGTCTTCTCTTCTACGACTACAT
GGACAACGGCAGCCTGTGGGACCTTCTTCACGGCCCTGCCACGAAGAAGAAGAAGACTCT
TCTTGATTGGGACGCACGGCTTAAGATAGCGTACGGTGCTGCACAGGGACTAGCGTATCT
GCACCATGACTGTAGTCCGAGGATCATACACCGAGACGTCAAGTCTTCTAATATTCACTT
GGACAAGGACTTGGAGGCTCGTCTGACGGATTTCGGGATTGCGAAAAGCTTGTGCGTCTC
GAAGTCTCATACTTCGACTTACATCATGGGCACAATTGGTTACATAGACCCCGAATACGC
GCGCACTTCGCGTCTCACCGAGAAGTCAGATGTCTACAGCTATGGGATAGTGCTGCTCGA
GTTGTTGACCTCGAGGAAAGCCGTTGACGATGAGTTCAATCTCCACCATCTGATA*TGTC
CAAGACGGTGAACAATGCAGTCATGGAAATGGCGGATCCAGACATCGTTTCGACTTGCAA
GGACCT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3DJ44JQ 595 0 0
ACAGCTATGGGATAGTGCTGCTCGAGTTGTTGACCTCGAGGAAAGCCGTTGACGATGAGT
TCAATTTCCACCATCTGATAATGTCCAAGACGGTGAACAATGCAGTCATGGAAATGGCGG
ATCCAGACATCGTTTCGACTTGCAAGGACCTCTCGGTGGTGAAGAAGGTTTTCCAGCTTG
TTTTGCTGTGCACCAAAAGACAGCCGATTGATCGACCAACGATGCACCAGGTGGTTCGTG
TCCTCGGTAGCTTTATGTTGTCTGAACAACTACCAGCCTCCGCGGCGGCAGCCGCGGCAG
CTACGTCAGCAACGCTGACCTCTTCCTGCTACGTCGATGAGTATGCAAATCTCAAGACTC
CTCACAACGTCAATTGCTCTTCCATGAGTGCTTCGGATGCAGAGCTCTTCCTTCGATTTG
GACAAGTCATTTTTCAGAACAGTGTGTGAGAAACAAATGAATGTTGGTGCATTTTTTTAG
GAGAACGTTAGAAAAAACTAGTATTGTCTTTTGTTAAAACGCTGTGCACGAGGTCGACCC
TTATTATTAGATAAGAGTGTGAATAAATTTTCAGACAAGACAACTTAGACTTGCC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 3

CO CL3491Contig1 588 3 8 U
GGGGTCGGCCACACTGTTCATTTCATACCTTTCTTCGCGAATCTGAGAATTCGGAAGTTT
CGATTGATTTTGGAAGGGGGGTTTAGGGTTTTTCTCTGCTAATAATACTCTGATCAATGA
CGCCGCCTCCAGGTCTTTACTCCGGTACCAGCACTCTTGCTCTGGTCGCTCGTGCTTCAG
CTTTCGGTCTGGGTCTCATCTACGGGAACGTCAAGCTCAAGGCTTTGAAGATTAAGAAGA
ACTCACAGATTAAAGCAGAAGCCAAGGCTCATCACTAAGCACCAAACATCTTTCTCTTTA
TTCAAAATAAGAAGATGAAGCCCAAGTGACTCTCCTCTCCAAATGTTACTTGCTTCTTCG
TAAGCTATATCTCCCTCTGTGACATTTTTTTTTCAGTTTTTCTTTTCTCGAACAACAAAA
CATTTTGTCTGGAAAACAATCATAATACATTTTTTTGTTGGTTTTGCTACTTCAATAAAC
ACCACCCGCTTATCAGTATAACAAGATTGGTTATATAACCTACTGTGCTTTGCTACCGAG
GCATTCATAAATTTCTTATTTTTATTTGATAGTCTTCCTTCATGTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3A824TF U 1
AF RR3DN45JQ C 9
AF RR3DN45TF U 9
BS 1 266 RR3A824TF
BS 267 267 RR3DN45TF
BS 268 352 RR3A824TF
BS 353 353 RR3DN45TF
BS 354 418 RR3A824TF
BS 419 419 RR3DN45TF
BS 420 557 RR3A824TF
BS 558 588 RR3DN45TF

RD RR3A824TF 557 0 0
GGGGTCGGCCACACTGTTCATTTCATACCTTTCTTCGCGAATCTGAGAATTCGGAAGTTT
CGATTGATTTTGGAAGGGGGGTTTAGGGTTTTTCTCTGCTAATAATACTCTGATCAATGA
CGCCGCCTCCAGGTCTTTACTCCGGTACCAGCACTCTTGCTCTGGTCGCTCGTGCTTCAG
CTTTCGGTCTGGGTCTCATCTACGGGAACGTCAAGCTCAAGGCTTTGAAGATTAAGAAGA
ACTCACAGATTAAAGCAGAAGCCAAGACTCATCACTAAGCACCAAACATCTTTCTCTTTA
TTCAAAATAAGAAGATGAAGCCCAAGTGACTCTCCTCTCCAAATGTTACTTGTTTCTTCG
TAAGCTATATCTCCCTCTGTGACATTTTTTTTTCAGTTTTTCTTTTCTCGAACAACAAGA
CATTTTGTCTGGAAAACAATCATAATACATTTTTTTGTTGGTTTTGCTACTTCAATAAAC
ACCACCCGCTTATCAGTATAACAAGATTGGTTATATAACCTACTGTGCTTTGCTACCGAG
GCATTCATAAATTTCTT

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3DN45JQ 580 0 0
GG
ACACTGTTCATTTCATACCTTTCTTCGCGAATCTGAGAATTCGGAAGTTTCGATTGATTT
TGGAAGGGGGGTTTAGGGTTTTTCTCTGCTAATAATACTCTGATCAATGACGCCGCCTCC
AGGTCTTTACTCCGGTACCAGCACTCTTGCTCTGGTCGCTCGTGCTTCAGCTTTCGGTCT
GGGTCTCATCTACGGGAACGTCAAGCTCAAGGCTTTGAAGATTAAGAAGAACTCACAGAT
TAAAGCAGAAGCCAAGGCTCATCACTAAGCACCAAACATCTTTCTCTTTATTCAAAATAA
GAAGATGAAGCCCAAGTGACTCTCCTCTCCAAATGTTACTTGCTTCTTCGTAAGCTATAT
CTCCCTCTGTGACATTTTTTTTTCAGTTTTTCTTTTCTCGAACAACAAAACATTTTGTCT
GGAAAACAATCATAATACATTTTTTTGTTGGTTTTGCTACTTCAATAAACACCACCCGCT
TATCAGTATAACAAGATTGGTTATATAACCTACTGTGCTTTGCTACCGAGGCATTCATAA
ATTTCTTATTTTTATTTGATAGTCTTCCTTCATGTCTT

QA 3 580 3 580
DS 

RD RR3DN45TF 580 0 0
GG
ACACTGTTCATTTCATACCTTTCTTCGCGAATCTGAGAATTCGGAAGTTTCGATTGATTT
TGGAAGGGGGGTTTAGGGTTTTTCTCTGCTAATAATACTCTGATCAATGACGCCGCCTCC
AGGTCTTTACTCCGGTACCAGCACTCTTGCTCTGGTCGCTCGTGCTTCAGCTTTCGGTCT
GGGTCTCATCTACGGGAACGTCAAGCTCAAGGCTTTGAAGATTAAGAAGAACTCACAGAT
TAAAGCAGAAGCCAAGGCTCATCACTAAGCACCAAACATCTTTCTCTTTATTCAAAATAA
GAAGATGAAGCCCAAGTGACTCTCCTCTCCAAATGTTACTTGCTTCTTCGTAAGCTATAT
CTCCCTCTGTGACATTTTTTTTTCAGTTTTTCTTTTCTCGAACAACAAAACATTTTGTCT
GGAAAACAATCATAATACATTTTTTTGTTGGTTTTGCTACTTCAATAAACACCACCCGCT
TATCAGTATAACAAGATTGGTTATATAACCTACTGTGCTTTGCTACCGAGGCATTCATAA
ATTTCTTATTTTTATTTGATAGTCTTCCTTCATGTCTT

QA 3 580 3 580
DS 



AS 1 2

CO CL3492Contig1 1323 2 4 U
GGGACGCAAGGAAGAAAAGGAGGAAAATGATTCTGATGATATTAACGGCTGCGATAGGCG
CGTGCCTTTTAACGCTCTTCTGCTGCTTCTACATCTACACTCTCCTGAAATGGAGAAAGA
AGCTGAAACAACAGTCGTCAACGGGAGAGAAGAAACGGAGTCCCGGTAGAACAAGCGCGG
GGAGCAGAGTACGCAGCAGCACGAGCCGGTCGAGCACGGAGAACGGAGAGCCGAAGCTAG
TGATGTTCAACAACAAGATCACTCTAGCCGAGACAATAGAAGCGACGCGACAGTTCGACG
AAGAGAACGTTCTCAGCAGAACCAAATACGGTTTGCTGTTCAAAGCTAATTACAACGACG
GTATGGTTCTCTCTGTACGCCGCTTACCTAACGGCTCTCTCTTGAACGAGAACTTGTTTA
AAAAAGAAGCTGAGGTTCTCGGTAAAGTCAAGCACCGGAACATCACTGTCCTTAGAGGCT
ACTACGCCGGTCCACCGGATCTGAGGCTCTTGGTGTATGACTACATGCCTAACGGAAACT
TATCTACTCTCCTCCAAGAAGCTTCTCACCAAGATGGCCATGTCCTGAACTGGCCGATGC
GTCACCTTATAGCTCTTGGGATCGCTCGTGGACTCGGTTTCTTACATCAGTCCAACATGG
TTCATGGTGATATAAAGCCACAGAATGTTCTATTCGACGCTGACTTTGAAGCTCATTTAT
CCGACTTCGGGCTTGATCGTCTCACGGTTCGATCCCCGTCAAGAACAGCGGTGACATCAG
CCACCATCGGGACGTTAGGCTACGTTTCTCCAGAAGCTACATCATCCGGAGAAATCACAA
GAGAGTCCGATATCTACAGCTTCGGCATTGTCCTACTCGAGATCCTAACCGGGAAGAGAC
CGGTGATGTTCACACAAGACGAGGATATAGTGAAATTGGTGAAGAAACAGCTACAGAGAG
GCCAAGTCACAGAGCTGCTCGAGCCAGGTCTGCTCGAGCTAGACCCGGAGTCATCAGAAT
GGGAAGAGTTCTTGTTAGGTATCAAAGTCGGACTTCTTTGTACGGCGACGGATCCTCTTG
ACCGACCAACAATGTCTGATATTGTGTTCATGTTAGAAGGCTGTCGTGTTGGTCCTGACG
TTACTTCCTCCGCCGATCAACCTTCACCGGCCTAACCGCTTTTTTATTTATTTTCTTTCC
TGATTTAAATTCTTAGTAAGAAAAAAAAAACAAGAACTATTAATATTTTAAAAATTCAGC
ATTATTATTACATTATTTGTCGGTCTCTGGAGCTTTTTAATGTCTTTGTTTGTTGTTTTC
GCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3C852TF U 1
AF RR3C852JQ C 609
BS 1 755 RR3C852TF
BS 756 756 RR3C852JQ
BS 757 798 RR3C852TF
BS 799 1323 RR3C852JQ

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CGTGCCTTTTAACGCTCTTCTGCTGCTTCTACATCTACACTCTCCTGAAATGGAGAAAGA
AGCTGAAACAACAGTCGTCAACGGGAGAGAAGAAACGGAGTCCCGGTAGAACAAGCGCGG
GGAGCAGAGTACGCAGCAGCACGAGCCGGTCGAGCACGGAGAACGGAGAGCCGAAGCTAG
TGATGTTCAACAACAAGATCACTCTAGCCGAGACAATAGAAGCGACGCGACAGTTCGACG
AAGAGAACGTTCTCAGCAGAACCAAATACGGTTTGCTGTTCAAAGCTAATTACAACGACG
GTATGGTTCTCTCTGTACGCCGCTTACCTAACGGCTCTCTCTTGAACGAGAACTTGTTTA
AAAAAGAAGCTGAGGTTCTCGGTAAAGTCAAGCACCGGAACATCACTGTCCTTAGAGGCT
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TATCTACTCTCCTCCAAGAAGCTTCTCACCAAGATGGCCATGTCCTGAACTGGCCGATGC
GTCACCTTATAGCTCTTGGGATCGCTCGTGGACTCGGTTTCTTACATCAGTCCAACATGG
TTCATGGTGATATAAAGCCACAGAATGTTCTATTCGACGCTGACTTTGAAGCTCATTTAT
CCGACTTCGGGCTTGATCGTCTCACGGTTCGATCCTCGTCAAGAACAGCGGTGACATCAG
CCACCATCGGGACGTTAG
CTACG

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DS 

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ATAGCTCTTGGGATCGCTCGTGGACTCGGTTTCTTACATCAGTCCAACATGGTTCATGGT
GATATAAAGCCACAGAATGTTCTATTCGACGCTGACTTTGAAGCTCATTTATCCGACTTC
GGGCTTGATCGTCTCACGGTTCGATCCCCGTCAAGAACAGCGGTGACATCAGCCACCATC
GGGACGTTAGGCTACGTTTCTCCAGAAGCTACATCATCCGGAGAAATCACAAGAGAGTCC
GATATCTACAGCTTCGGCATTGTCCTACTCGAGATCCTAACCGGGAAGAGACCGGTGATG
TTCACACAAGACGAGGATATAGTGAAATTGGTGAAGAAACAGCTACAGAGAGGCCAAGTC
ACAGAGCTGCTCGAGCCAGGTCTGCTCGAGCTAGACCCGGAGTCATCAGAATGGGAAGAG
TTCTTGTTAGGTATCAAAGTCGGACTTCTTTGTACGGCGACGGATCCTCTTGACCGACCA
ACAATGTCTGATATTGTGTTCATGTTAGAAGGCTGTCGTGTTGGTCCTGACGTTACTTCC
TCCGCCGATCAACCTTCACCGGCCTAACCGCTTTTTTATTTATTTTCTTTCCTGATTTAA
ATTCTTAGTAAGAAAAAAAAAACAAGAACTATTAATATTTTAAAAATTCAGCATTATTAT
TACATTATTTGTCGGTCTCTGGAGCTTTTTAATGTCTTTGTTTGTTGTTTTCGCC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

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GGCTCGCCGCCGCGAGAATGCTCTCATCACCACCACCACCATCACCACCTCACTCTCAGC
CTACCATCTCCAGCGGTGGCCCGAATTCATTCTCAACCGTTAAAAGCACCAAACCCAAGT
TACTATCCACGGTGGCTTGTTCAAGCTCTGGCCCTATCCGACAAACCATGACTACTGTTT
CTCAATGCTTTTCAACCAATCCAGAAGCTGTCGGGTCAGATAAAAGCTCACTCCTCGTGG
TTTCATTCTACAAGTTCGCTGCTTTTCCAGACCATGCTGATCTCAGGAAGCCCCTGAAGG
ATCTCTGCGAAGAATTGTGTGTTTCAGGTGGAATCATTCTTGCACCGGAAGGTATCAACG
GAAGCATCTGCGGGAGCCGTGAGTCAGTGGAGAGAGTGTTGGCGTTTATACAGAGTGATG
TCCGTTTGAATGGTTTGAGGCAAGTGGAGCCGCCTGTGAGTCCTGAACAAGAAGCTATAC
ACCATGGTCATAGCAGTGGCTCTCCTCTTGCAGCTGGTGAAGATGCTCCGTTTAGATGGG
ATCACGTTAGGGTTAAACTCAAGAAAGAGATTGTTACGCTTGGGATGCCGAGTGTGTCGC
CTATCGAAAGAGTTGGAACATATGTGAGCCCTGAGGAATGGAATGAACTGATCAGTGATC
CTGAAACTGTAGTGATTGATGTGAGGAACACATATGAGACTAGGATCGGGAAGTTCAAAG
GAGCTGTGGATCCATGCACCACAGCTTTCAGACACTTCCCATCTTGGGTGGAGAGTCAGT
TTGCGTTGAAGCAAGAAGAAGGCAATGATGAGACTCAAGCAAAGGTGGAGAAAGAAGAGA
AAGCTGAGAAACCAAAGGCGCTGCCAAAGATTGCTATGTACTGCACTGGAGGAATCAGAT
GTGAGAAAGCTTCAAGCTTTCTTCTTAGCCAAGGCTTCGAAGAGGTGTATCATCTGAAAG
GTGGGATACTGAAGTACCTAGAGCAAGTCCCTAGAACAGAGAGCTTGTGGGAAGGGGAAT
GCTTTGTGTTCGACAAACGTGTGTCAGTGGAACATGGCTTAGCTCAAGGAACGCATAAAC
TCTGCTATGGATGCAAGCAGCCTATAAGTGATGAAGACATGGAAGCTCCGGAGTATGAGT
GTGGAGTCTCTTGTCCTTACTGTTACTCCGAGAAATCCGAAGAGGAGAAAGAACGGGCAA
GAGCTAGGCAGAGTCAGTTTGAGGAATGGGGTGTAATCGGTGGTCCGGACAAGGGTCGTA
GACCCGACACTAAACCGGATAGTCCAAGAAAGAGGAGTCCCAAGCTTGGTTCTTCAATAT
AGATTTTGATGTTAAGTTCTATCTCTGATAGATATTTTTTGTTGTTATTCTTCTTGTGGT
CTTCTCCATAATTTATAAAACCATTGTTATATTTGAGTGGTTTAAAGCTAAATCATCAAG
GAAATGGAACTGTGTTTAACTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM47TF U 1
AF RR3FM47JQ C 665
BS 1 752 RR3FM47TF
BS 753 1462 RR3FM47JQ

RD RR3FM47TF 752 0 0
GGCTCGCCGCCGCGAGAATGCTCTCATCACCACCACCACCATCACCACCTCACTCTCAGC
CTACCATCTCCAGCGGTGGCCCGAATTCATTCTCAACCGTTAAAAGCACCAAACCCAAGT
TACTATCCACGGTGGCTTGTTCAAGCTCTGGCCCTATCCGACAAACCATGACTACTGTTT
CTCAATGCTTTTCAACCAATCCAGAAGCTGTCGGGTCAGATAAAAGCTCACTCCTCGTGG
TTTCATTCTACAAGTTCGCTGCTTTTCCAGACCATGCTGATCTCAGGAAGCCCCTGAAGG
ATCTCTGCGAAGAATTGTGTGTTTCAGGTGGAATCATTCTTGCACCGGAAGGTATCAACG
GAAGCATCTGCGGGAGCCGTGAGTCAGTGGAGAGAGTGTTGGCGTTTATACAGAGTGATG
TCCGTTTGAATGGTTTGAGGCAAGTGGAGCCGCCTGTGAGTCCTGAACAAGAAGCTATAC
ACCATGGTCATAGCAGTGGCTCTCCTCTTGCAGCTGGTGAAGATGCTCCGTTTAGATGGG
ATCACGTTAGGGTTAAACTCAAGAAAGAGATTGTTACGCTTGGGATGCCGAGTGTGTCGC
CTATCGAAAGAGTTGGAACATATGTGAGCCCTGAGGAATGGAATGAACTGATCAGTGATC
CTGAAACTGTAGTGATTGATGTGAGGAACACATATGAGACTAGGATCGGGAAGTTCAAAG
GAGCTGTGGATCCATGCACCACAGCTTTCAGA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3FM47JQ 798 0 0
AACTGTAGTGATTGATGTGAGGAACACATATGAGACTAGGATCGGGAAGTTCAAAGGAGC
TGTGGATCCATGCACCACAGCTTTCAGACACTTCCCATCTTGGGTGGAGAGTCAGTTTGC
GTTGAAGCAAGAAGAAGGCAATGATGAGACTCAAGCAAAGGTGGAGAAAGAAGAGAAAGC
TGAGAAACCAAAGGCGCTGCCAAAGATTGCTATGTACTGCACTGGAGGAATCAGATGTGA
GAAAGCTTCAAGCTTTCTTCTTAGCCAAGGCTTCGAAGAGGTGTATCATCTGAAAGGTGG
GATACTGAAGTACCTAGAGCAAGTCCCTAGAACAGAGAGCTTGTGGGAAGGGGAATGCTT
TGTGTTCGACAAACGTGTGTCAGTGGAACATGGCTTAGCTCAAGGAACGCATAAACTCTG
CTATGGATGCAAGCAGCCTATAAGTGATGAAGACATGGAAGCTCCGGAGTATGAGTGTGG
AGTCTCTTGTCCTTACTGTTACTCCGAGAAATCCGAAGAGGAGAAAGAACGGGCAAGAGC
TAGGCAGAGTCAGTTTGAGGAATGGGGTGTAATCGGTGGTCCGGACAAGGGTCGTAGACC
CGACACTAAACCGGATAGTCCAAGAAAGAGGAGTCCCAAGCTTGGTTCTTCAATATAGAT
TTTGATGTTAAGTTCTATCTCTGATAGATATTTTTTGTTGTTATTCTTCTTGTGGTCTTC
TCCATAATTTATAAAACCATTGTTATATTTGAGTGGTTTAAAGCTAAATCATCAAGGAAA
TGGAACTGTGTTTAACTT

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 3

CO CL3494Contig1 693 3 2 U
TTGGGTTCATACTCTGCTCTCTGTTTATGTTTATGGAAGTGGCCAAATACAAATACAAAT
AGAAAGAAACAATAATTCTACTACCCAAGTAGAAAATAAAAATTAGAGAATATGAATCAT
GACAAAAACTTCAAAATAAAATATGTTTTGTGTATGAGACAGGGAGGAGCTACAGATTTA
TATATAGCTCTCTTGACTCATTGCAACTAAACTCTACTCGAGACACCAAGCCCTCCATTA
TTGCCAGGTCGGATCAATGACGCAGTACGGTCTCAGTAAGATCTGTTAGGATCCTTTAAT
CCAAACCCACCGAAGCTGCTCCTTCCACTTGACTGTGAAGAACGGTCTGAACCAAATCCA
CCAAAACCTCCTGATGAACGGTTGTTTGAACCTCCTGAACCAAAGCCCCCGCCGTAACTG
GAAGAACCGCCGGAATAACGGTTTTCTGAACGATCACCACCATATCTACCACTACCACCA
CCACCACCACCACCGTAACCACCTGAACGACCGCCATAGCTTGAACTGCGATCCCTCATG
CCTCCTCCATAGGATCCACCTGATCGACCGCCTATTCCTTCAAACATGCTTCCGCTTCCA
CGTTCCACAGGAAAGCTAGGAAGCTCAGTGAATTTGCTTCCAACTTCTCTCTCAATCATT
TTAACAGCTCTTGATTGCTCCGGACCGTGGATC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FH13JQ U 278
AF RR3AJ24TF C 1
AF RR3AJ24JQ U 3
BS 1 2 RR3AJ24TF
BS 3 693 RR3AJ24JQ

RD RR3FH13JQ 130 0 0
AAAATT
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GGTCTGAACCAAATCCACCAAAACCTCCTGATGAACGGTTGTTTGAACCTCCTGAACCAA
AGCC

QA 7 130 7 130
DS 

RD RR3AJ24TF 693 0 0
TTGGGTTCATACTCTGCTCTCTGTTTATGTTTATGGAAGTGGCCAAATACAAATACAAAT
AGAAAGAAACAATAATTCTACTACCCAAGTAGAAAATAAAAATTAGAGAATATGAATCAT
GACAAAAACTTCAAAATAAAATATGTTTTGTGTATGAGACAGGGAGGAGCTACAGATTTA
TATATAGCTCTCTTGACTCATTGCAACTAAACTCTACTCGAGACACCAAGCCCTCCATTA
TTGCCAGGTCGGATCAATGACGCAGTACGGTCTCAGTAAGATCTGTTAGGATCCTTTAAT
CCAAACCCACCGAAGCTGCTCCTTCCACTTGACTGTGAAGAACGGTCTGAACCAAATCCA
CCAAAACCTCCTGATGAACGGTTGTTTGAACCTCCTGAACCAAAGCCCCCGCCGTAACTG
GAAGAACCGCCGGAATAACGGTTTTCTGAACGATCACCACCATATCTACCACTACCACCA
CCACCACCACCACCGTAACCACCTGAACGACCGCCATAGCTTGAACTGCGATCCCTCATG
CCTCCTCCATAGGATCCACCTGATCGACCGCCTATTCCTTCAAACATGCTTCCGCTTCCA
CGTTCCACAGGAAAGCTAGGAAGCTCAGTGAATTTGCTTCCAACTTCTCTCTCAATCATT
TTAACAGCTCTTGATTGCTCCGGACCGTGGATC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3AJ24JQ 691 0 0
GGGTTCATACTCTGCTCTCTGTTTATGTTTATGGAAGTGGCCAAATACAAATACAAATAG
AAAGAAACAATAATTCTACTACCCAAGTAGAAAATAAAAATTAGAGAATATGAATCATGA
CAAAAACTTCAAAATAAAATATGTTTTGTGTATGAGACAGGGAGGAGCTACAGATTTATA
TATAGCTCTCTTGACTCATTGCAACTAAACTCTACTCGAGACACCAAGCCCTCCATTATT
GCCAGGTCGGATCAATGACGCAGTACGGTCTCAGTAAGATCTGTTAGGATCCTTTAATCC
AAACCCACCGAAGCTGCTCCTTCCACTTGACTGTGAAGAACGGTCTGAACCAAATCCACC
AAAACCTCCTGATGAACGGTTGTTTGAACCTCCTGAACCAAAGCCCCCGCCGTAACTGGA
AGAACCGCCGGAATAACGGTTTTCTGAACGATCACCACCATATCTACCACTACCACCACC
ACCACCACCACCGTAACCACCTGAACGACCGCCATAGCTTGAACTGCGATCCCTCATGCC
TCCTCCATAGGATCCACCTGATCGACCGCCTATTCCTTCAAACATGCTTCCGCTTCCACG
TTCCACAGGAAAGCTAGGAAGCTCAGTGAATTTGCTTCCAACTTCTCTCTCAATCATTTT
AACAGCTCTTGATTGCTCCGGACCGTGGATC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 3

CO CL3495Contig1 831 3 13 U
GGATCTACTCTCACTTCTTCTCATATATGTTATTAACATTAATAAAAATATTGTTACAAA
GTTATTGTACAAAACATTTATAATGGTTGTGAAACTATACGGACAGGTAACTGCAGCTTG
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CGACCTTGATACACTAGAGCAGAAGAAACCAGAACATCTTCTTCGTCAGCCATTTGGTCA
AGTCCCAGCCATAGAAGATGGAGATTTCAAGCTTTTTGAATCTAGAGCCATTACGAGATA
TTACGCGACCAAGTACGCGGACCAAGGCACGAACCTTTTGGGCAAGTCTCTAGAGCACCG
AGCCATCGTAGACCAGTGGGTAGACGTGGAGACCCATTACTTTAACGTTCTGGCCTTCCC
CATTGTGTTTAACCTACTCATTAAGCCCAGGTTAGGCGAAGAATGTGACGACGTTCTGGT
CAAGGAGACCAAGCTCAAGCTCGAGGTGGTTTTGGACATATACGAGAACCGGCTTGCTTC
GAACCGGTTTT*GGCTGGTGATGAATTCACTATGGCTGATTTGACGCACATGCC*GGCGA
TGGGGCACTTGATGCATACCGATGTAAACCGGATGGTTAAGGCTAGAGTGAATATGAACC
GGTGGTGGGAAGAGATTACGGCTAGACCGGCTTGGAAGAAGCTTATGAAGATGGCTGGTT
TTTAGTTAGCTTGGGTTTATAACGATCCAAACCAAATAAACGTTTCATACTTTCTGTTTA
ATATGTTTGAGTTTTATGCATTCCAATAATTAAATCAATTTACTTTTGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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AF RR3FM20TF U 1
AF RR3CN32TF U 56
AF RR3FM20JQ C 226
BS 1 126 RR3FM20TF
BS 127 127 RR3CN32TF
BS 128 193 RR3FM20TF
BS 194 194 RR3CN32TF
BS 195 594 RR3FM20TF
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BS 677 722 RR3CN32TF
BS 723 723 RR3FM20JQ
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BS 781 781 RR3FM20JQ
BS 782 803 RR3CN32TF
BS 804 831 RR3FM20JQ

RD RR3FM20TF 688 0 0
GGATCTACTCTCACTTCTTCTCATATATGTTATTAACATTAATAAAAATATTGTTACAAA
GTTATTGTACAAAACATTTATAATGGTTGTGAAACTATACGGACAGGTAACTGCAGCTTG
TCCACAGAGAGTCTTGCTTTGTTTTTTGGAGAAAGAAATTGAGTTTGAGATTGTCCATGT
CGACCTTGATACATTAGAGCAGAAGAAACCAGAACATCTTCTTCGTCAGCCATTTGGTCA
AGTCCCAGCCATAGAAGATGGAGATTTCAAGCTTTTTGAATCTAGAGCCATTACGAGATA
TTACGCGACCAAGTACGCGGACCAAGGCACGAACCTTTTGGGCAAGTCTCTAGAGCACCG
AGCCATCGTAGACCAGTGGGTAGACGTGGAGACCCATTACTTTAACGTTCTGGCCTTCCC
CATTGTGTTTAACCTACTCATTAAGCCCAGGTTAGGCGAAGAATGTGACGACGTTCTGGT
CAAGGAGACCAAGCTCAAGCTCGAGGTGGTTTTGGACATATACGAGAACCGGCTTGCTTC
GAACCGGTTTT*GGCTGGTGATGAATTCACTATGGCTGATTTGACGCACATGCCCGGCGA
TGGGGCACTTGATGCATACCGATGTAAACCGGATGGTTAAGGCTAGAGTGAATATGAACC
GGTGGTGGGAAGAGAT
ACGCTAGACCGT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3CN32TF 748 0 0
ACAAAGTTATTGTACAAAACATTTATAATGGTTGTGAAACTATACGGACAGGTAACTGCA
GCTTGTCCACAAAGAGTCTTGCTTTGTTTTTTTGAGAAAGAAATTGAGTTTGAGATTGTT
CATGTCGACCTTGATACACTAGAGCAGAAGAAACCAGAACATCTTCTTCGTCAGCCATTT
GGTCAAGTCCCAGCCACAGAAGATGGAGATTTCAAGCTTTTTGAATCTAGAGCCATTGCG
AGATATTACGCGACCAAGTACGCGGACCAAGGCACGAACCTTTTGGGCAAGTCTCTAGAG
CACCGAGCCATCGTAGACCAGTGGGCCGACGTGGAGACCCATTACTTTAACGTTCTGGCC
TTCCCCATTGTGTTTAACCTACTCATTAAGCCCAGGTTAGGCGAAGAATGTGACGACGTT
CTGGTCAAGGAGACCAAGCTCAAGCTCGAGGTGGTTTTGGACATATACGAGAACCGGCTT
GCTTCGAACCGGTTTTTGGCTGGTGATGAATTCATTATGGCTGATTTGACGCACATGCC*
GGCGATGGGGCACTTGATGCATACCGATGTAAACCGGATGGTTAAGGCTAGAGTGAATAT
GAACCGGTGGTGGGAAGAGATTACGGCTAGACCGGCTTGGAAGAAGCTTATGAAGATGGC
TGGTTTT*AGTTAGCTTGGGTTTATAACGATCCAAACCAAATAAACGTTTCATACTTTCT
GTTTA*TATGTTTGAGTTTTATGCATTC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3FM20JQ 606 0 0
TCAGCCATTTGGTCAAGTCCCAGCCATAGAAGATGGAGATTTCAAGCTTTTTGAATCTAG
AGCCATTACGAGATATTACGCGACCAAGTACGCGGACCAAGGCACGAACCTTTTGGGCAA
GTCTCTAGAGCACCGAGCCATCGTAGACCAGTGGGTAGACGTGGAGACCCATTACTTTAA
CGTTCTGGCCTTCCCCATTGTGTTTAACCTACTCATTAAGCCCAGGTTAGGCGAAGAATG
TGACGACGTTCTGGTCAAGGAGACCAAGCTCAAGCTCGAGGTGGTTTTGGACATATACGA
GAACCGGCTTGCTTCGAACCGGTTTT*GGCTGGTGATGAATTCACTATGGCTGATTTGAC
GCACATGCC*GGCGATGGGGCACTTGATGCATACCGATGTAAACCGGATGGTTAAGGCTA
GAGTGAATATGAACCGGTGGTGGGAAGAGATTACGGCTAGACCGTCTTGGAAGAAGCTTA
TGAAGATGGCTGGTTTTTAGTTAGCTTGGGTTTATAACGATCCAAACCAAATAAACGTTT
CATACTTTCTGTTTAATATGTTTGAGTTTTATGCATTCCAATAATTAAATCAATTTACTT
TTGCAC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

CO CL3496Contig1 852 2 2 U
GGTTTCGATAGAAGTGAACAAATGCTTGTATACGAGTACTTTCCAAATGGATCTCTTAGA
GACAGTCTATCAGGTAAGAGTGGGATTAGACTTGATTGGACAAGAAGGCTTAAAATAGCA
CTTGGTTCAGGGAAAGGTCTGGCTTATCTTCATGAGCTTGCTGATCCTCCAATTATACAC
AGAGACATCAAATCAAACAATATATTACTTGATGAAAATCTTACGGCCAAGGTTGCTGAT
TTCGGCCTCTCCAAAATTATGGGAGACCCTGAGAAAACACATGTGACAACACAGGTGAAA
GGAACTATGGGGTACTTGGATCCTGAGTATTACATGACAAATCAATTGACCGAGAAGAGT
GACGTGTATGGGTTTGGTGTGGTGATGCTTGAACTGTTAACTGGTAAAAGTCCAATAGAA
AGAGGTAAATGTGTGGTGAGAGAGGTGAAGACAAAGATGAATAAGTCCAGAGGTTTGTAT
GACCTCCAAGAACTGTTGGACACTTCGATCATCGCAAGCAGCAGCAATCTTAAAGGGTTT
GAGAAGTATGTAGATTTGGCTCTGAGATGCGTGGAAGAGGAAGGAGCAAATAGACCACCT
ATGGGTGAGGTTGTAAAAGAAATCGAGAATATAATGCAGCTTGCGGGTTTAAACCCGAAT
GCGATTCAGCATCTTCTTCGAGAACGTATGAGGAAGCAATCAAAGGATCCGGTGATCCTT
ATGGAAAGGACTCGTTTCAGTACAGTGGGAATTTCCCAGCTTCAAAGCTAGAACCCCAAT
GATTGTTTGTGTTATTTTTTAATACTTTGTAATTGACTTCATTTTATCTAGATAATTAAG
ATAAAATAATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G572TF U 1
AF RR3G572JQ C 142
BS 1 688 RR3G572TF
BS 689 852 RR3G572JQ

RD RR3G572TF 688 0 0
GGTTTCGATAGAAGTGAACAAATGCTTGTATACGAGTACTTTCCAAATGGATCTCTTAGA
GACAGTCTATCAGGTAAGAGTGGGATTAGACTTGATTGGACAAGAAGGCTTAAAATAGCA
CTTGGTTCAGGGAAAGGTCTGGCTTATCTTCATGAGCTTGCTGATCCTCCAATTATACAC
AGAGACATCAAATCAAACAATATATTACTTGATGAAAATCTTACGGCCAAGGTTGCTGAT
TTCGGCCTCTCCAAAATTATGGGAGACCCTGAGAAAACACATGTGACAACACAGGTGAAA
GGAACTATGGGGTACTTGGATCCTGAGTATTACATGACAAATCAATTGACCGAGAAGAGT
GACGTGTATGGGTTTGGTGTGGTGATGCTTGAACTGTTAACTGGTAAAAGTCCAATAGAA
AGAGGTAAATGTGTGGTGAGAGAGGTGAAGACAAAGATGAATAAGTCCAGAGGTTTGTAT
GACCTCCAAGAACTGTTGGACACTTCGATCATCGCAAGCAGCAGCAATCTTAAAGGGTTT
GAGAAGTATGTAGATTTGGCTCTGAGATGCGTGGAAGAGGAAGGAGCAAATAGACCACCT
ATGGGTGAGGTTGTAAAAGAAATCGAGAATATAATGCAGCTTGCGGGTTTAAACCCGAAT
GCGATTCAGCATCTTCTTCGAGAACGTA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3G572JQ 711 0 0
GCTTATCTTCATGAGCTTGCTGATCCTCCAATTATACACAGAGACATCAAATCAAACAAT
ATATTACTTGATGAAAATCTTACGGCCAAGGTTGCTGATTTCGGCCTCTCCAAAATTATG
GGAGACCCTGAGAAAACACATGTGACAACACAGGTGAAAGGAACTATGGGGTACTTGGAT
CCTGAGTATTACATGACAAATCAATTGACCGAGAAGAGTGACGTGTATGGGTTTGGTGTG
GTGATGCTTGAACTGTTAACTGGTAAAAGTCCAATAGAAAGAGGTAAATGTGTGGTGAGA
GAGGTGAAGACAAAGATGAATAAGTCCAGAGGTTTGTATGACCTCCAAGAACTGTTGGAC
ACTTCGATCATCGCAAGCAGCAGCAATCTTAAAGGGTTTGAGAAGTATGTAGATTTGGCT
CTGAGATGCGTGGAAGAGGAAGGAGCAAATAGACCACCTATGGGTGAGGTTGTAAAAGAA
ATCGAGAATATAATGCAGCTTGCGGGTTTAAACCCGAATGCGATTCAGCATCTTCTTCGA
GAACGTATGAGGAAGCAATCAAAGGATCCGGTGATCCTTATGGAAAGGACTCGTTTCAGT
ACAGTGGGAATTTCCCAGCTTCAAAGCTAGAACCCCAATGATTGTTTGTGTTATTTTTTA
ATACTTTGTAATTGACTTCATTTTATCTAGATAATTAAGATAAAATAATCT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 3

CO CL3497Contig1 879 3 2 U
AAAAGAAGAGAAGACGATACATTTCTTTTAGCCTATTGTTTTCACAATACCAAATTAAGA
AATCACACGCTACTATATTATCGACCTAAGGAGTGAAAACATACAAACCCCCAAAGAAAA
AAAAAGGAAAAAAATTTAAGAACTTAACACGCATGAAAGGGGATAAGAAGTACACTATTT
TCGTGACTTTTACTCCCTCACGTA*ACGTACGCAAAACACAAAAGAAGAA*AAATAATTT
TATATTAAAACTCCACAAAAGCATTAAACCATGCAGGCTAGATCACTCAAAGGCGGTGGT
GTAAAGCAAAGACCGGAGCGTGCGCAGCTGCTGCAGCTGGAACCGGTGATTTACATTGGT
AACACTTAGCAAACAGACCAAAAGTGTCGACTTGGCGAACAAAGTTGGTTACACTAGCCC
ATCCACCGAACCCGAACCCGACTATTAGAACCCATATCACCACGAAAGCGTTCAACACGT
ACATCGCCGTCCAGCTCGGCAAGAAGAACGGTGGCTTCTCCGCCGCATTCTGACGAGCGG
AGGCAGATCGGTAAGTGAGCATGTGAGCGAGGGAGGGGATAATATACACGGTGAAGCTAA
CCAGAAGAGCACCAACAGCTGAATTGATTGGACCGAAGAACGGGAAGATAATAGCTAAGA
ACCATATCGGTATAACCACAGGCAATCTAGCTAAAGCCCTCAAGCAAATGCTCTTTGTGT
CATGCATCCCTATCACTTTCTCCCACACAAAGTAGAGTGGGGTACACGCGAATCCGAACG
TTATAAACTGGTGAATGAGCATGAGAATAACGGCAGCGTCACGCCATCCGTTCTTGGGGA
GAAGAGAGAACGCGTTGGAGTGGTCTAGAAGTGCGTCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AX37JQ U 1
AF RR3AX37TF C 1
AF RR3H308JQ U 126
BS 1 307 RR3AX37JQ
BS 308 879 RR3H308JQ

RD RR3AX37JQ 307 0 0
AAAAGAAGAGAAGACGATACATTTCTTTTAGCCTATTGTTTTCACAATACCAAATTAAGA
AATCACACGCTACTATATTATCGACCTAAGGAGTGAAAACATACAAACCCCCAAAGAAAA
AAAAAGGAAAAAAATTTAAGAACTTAACACGCATGAAAGGGGATAAGAAGTACACTATTT
TCGTGACTTTTACTCCCTCACGTA*ACGTACGCAAAACACAAAAGAAGAA*AAATAATTT
TATATTAAAACTCCACAAAAGCATTAAACCATGCAGGCTAGATCACTCAAAGGCGGTGGT
GTAAAGC

QA 1 307 1 307
DS 

RD RR3AX37TF 339 0 0
AAAAGAAGAGAAGACGATACATTTCTTTTAGCCTATTGTTTTCACAATACCAAATTAAGA
AATCACACGCTACTATATTATCGACCTAAGGAGTGAAAACATACAAACCCCCAAAGAAAA
AAAAAGGAAAAAAATTTAAGAACTTAACACGCATGAAAGGGGATAAGAAGTACACTATTT
TCGTGACTTTTACTCCCTCACGTA*ACGTACGCAAAACACAAAAGAAGAA*AAATAATTT
TATATTAAAACTCCACAAAAGCATTAAACCATGCAGGCTAGATCACTCAAAGGCGGTGGT
GTAAAGCAGAGACCGGAGCGTGCGCAGCTGCTGCAGCT
C

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR3H308JQ 754 0 0
C
GAAAAAAATTTAAGAACTTAACACGCATGAAAGGGGATAAGAAGTACACTATTTTCGTGA
CTTTTACTCCCTCACGTATACGTACGCAAAACACAAAAGAAGAACAAATAATTTTATATT
AAAACTCCACAAAAGCATTAAACCATGCAGGCTAGATCACTCAAAGGCGGTGGTGTAAAG
CAAAGACCGGAGCGTGCGCAGCTGCTGCAGCTGGAACCGGTGATTTACATTGGTAACACT
TAGCAAACAGACCAAAAGTGTCGACTTGGCGAACAAAGTTGGTTACACTAGCCCATCCAC
CGAACCCGAACCCGACTATTAGAACCCATATCACCACGAAAGCGTTCAACACGTACATCG
CCGTCCAGCTCGGCAAGAAGAACGGTGGCTTCTCCGCCGCATTCTGACGAGCGGAGGCAG
ATCGGTAAGTGAGCATGTGAGCGAGGGAGGGGATAATATACACGGTGAAGCTAACCAGAA
GAGCACCAACAGCTGAATTGATTGGACCGAAGAACGGGAAGATAATAGCTAAGAACCATA
TCGGTATAACCACAGGCAATCTAGCTAAAGCCCTCAAGCAAATGCTCTTTGTGTCATGCA
TCCCTATCACTTTCTCCCACACAAAGTAGAGTGGGGTACACGCGAATCCGAACGTTATAA
ACTGGTGAATGAGCATGAGAATAACGGCAGCGTCACGCCATCCGTTCTTGGGGAGAAGAG
AGAACGCGTTGGAGTGGTCTAGAAGTGCGTCTC

QA 2 754 2 754
DS 



AS 1 3

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GTTGTGTTTGATAGATCTCGTGATTAGGTGGTGTTAGGGCTTATTGATAGTGTTGGTCAT
CCCGGTTGGCGTTTGTCGTGTCTTTAGCAACGGGTGTGTATATGGCGGGGCCAGATACTC
CGGTTTCAGTTTCTACAACAGATTGCCTGTTGGTTTTGACCTAGTCTTGTTCCTGTTCTC
GGCTTTTCTTCCTATCAGTTCCAAGGTTGCTCTTCTGAGTGTTGATTCAAGTCTGGTTTG
GGGTTCGTCTTTCGGATGTGGTCTTGTTGCGGGAGCATCTACTTTCTCTTCCTAGAAGCT
GTGTGTTTCTGGTTGGGTTATTAGCGTCGCAGTGGTTCTGTCCTTCAGGTCTTCTCTTGC
GTGGAGGTGGCCATTCTTCAGTCGGTAGATGGCTGAGTTTGGGATGCGAGTGTCCGTGTG
TTAGAGTTGGAGGTCTTAGAAGGCGTTTTCCCCGGTCAGAGTTCAAGGTTTTCATCTTGT
GCTTGATATTAGCTTCAGTTTGGCTCCTCTTGGTATTGGTTGAGGTGAAGTTTCTGCCGC
TGTACCTCTTCCTTCTTGCAACTATCTCAGCTTTTTGGAGTCTGGTGGAGTTCGTCAGGT
TCACTCTTCACTTTGTAGCAGTGTGATTAGACTTGAGCTCTTGGTCTTCAGCTCCTTTCT
CGTGCTTCCCTGATATTGTTCCTTTGGAGTGGTTGCTGTGGAGAAGTTGTGCATTTGGTA
TGTTTGAGTCTCTTGGAATTGGACTCTCTTGAGATTAGCCTCCTATGTTTAATGTATCAG
TGTTGTTTTATGCGTTCCTCTAGATGCCTGATGTCTGGGCTTGGATCCCCATTAATCTCT
TGGGTGCTGGTTCCCGTAAATCATTCAGGTTTTGTTTGCTAAATATGAATGTTGTGATCT
GCTTGTAAGATTTGGTTCAGGATTCTTTTTAATCAAATTTCAATTTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EW46TF U 1
AF RR3EW46JQ C 299
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GGCTTTTCTTCCTATCAGTTCCAAGGTTGCTCTTCTGAGTGTTGATTCAAGTCTGGTTTG
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GTGTGTTTCTGGTTGGGTTATTAGCGTCGCAGTGGTTCTGTCCTTCAGGTCTTCTCTTGC
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QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3EW46JQ 746 0 0
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TGGGGTTCGTCTTTCGGATGTGGTCTTGTTGCGGGAGCATCTACTTTCTCTTCCTAGAAG
CTGTGTGTTTCTGGTTGGGTTATTAGCGTCGCAGTGGTTCTGTCCTTCAGGTCTTCTCTT
GCGTGGAGGTGGCCATTCTTCAGTCGGTAGATGGCTGAGTTTGGGATGCGAGTGTCCGTG
TGTTAGAGTTGGAGGTCTTAGAAGGCGTTTTCCCCGGTCAGAGTTCAAGGTTTTCATCTT
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GCTGTACCTCTTCTTTCTTGCAACTATCTCAGCTTTTTGGAGTCTGGTGGAGTTCGTCAG
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TATGTTTGAGTCTCTTGGAATTGGACTCTCTTGAGATTAGCCTCCTATGTTTAATGTATC
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CTTGGGTGCTGGTTCCCGTAAATCATTCAGGTTTTGTTTGCTAAATATGAATGTTGTGAT
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QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3EQ08TF 542 0 0
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CCCATTAATCTCTTGGGTGCTGGTTCCCGTAAATCATTCGGGTTTTGTTTGCTAAATATG
AATGTTGTGATCTGCTTGTAAGATTTGGTTCAGGATTCTTTTTAATCAAATTTCAATTTG
GG

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 3

CO CL3499Contig1 818 3 12 U
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TCTTTGACCAATCAGTGATCGATCAGTCGAGTGGTGGTGTAAAATGGAAGATGGAGAGAA
GAATGATGGGAAGAGACTAGTGTTTGTGACGGTGGGAACAACGAGTTTCGACGCGCTCGT
GAAAGCAGTGGTCAGCCAAAACGTTAAAGACGAGTTGCACAAGAGAGGATATACTCATCT
TCTCATTCAGATGGGTCGAGGAATCTACTCTCCACCCAAGTGTGATGGAGCGGATGGATC
ATCACTAGCCGTTGATTACTTCACATTCTCCTCGAGTATCGCAGATTATATTCGATCTGC
GTCTCTTGTTATTAGTCGCTCTGGATCTGGAAGCATATTCGAGACGCTAAAGCTAGGGAA
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AGAGCTTGAAGAGAGGAAGCATTTTTACTGCGCTCGTCCTCATACGCTTCATCAGACCTT
GACCAAGATGGAGTTGGGATCTCTGGTTCGGTACGATCCAGGGGATGGGACACCTGTTGC
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ACTTTGTTTTGTAGATTCGTATCTTTGTAATAGCTAAAGCTTTTTCTTATGTTTGAGGAT
TATGGATAGCTTCGTATTCAATAGTACTCACCTTTTGC


BQ
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AF RR3C823TF U 338
AF RR3A343JQ C 1
AF RR3A343TF U 1
BS 1 337 RR3A343TF
BS 338 377 RR3C823TF
BS 378 378 RR3A343TF
BS 379 379 RR3C823TF
BS 380 380 RR3A343TF
BS 381 461 RR3C823TF
BS 462 462 RR3A343TF
BS 463 504 RR3C823TF
BS 505 505 RR3A343TF
BS 506 576 RR3C823TF
BS 577 804 RR3A343TF
BS 805 818 RR3A343JQ

RD RR3C823TF 239 0 0
ATCGCAGATTATATTCGATCTGCGTCTCTTGTTATTAGTCACGCTGGATCTGGAAGCATA
TTCGAGACGCTAAAGCTAGGGAAACCGTTGATTGTTGTAGTGAACGAGGATCTTATGGAC
AATCATCAATGTGAATTAGCTGAAGAGCTTGAAGAGAGGAAGCATTTGTACTGCGCTCGT
CCTCATACGCTTCATCAGACCTTGACCAAGATGGAGTTGGGATCTCTGGTTCGGTACGA

QA 1 239 1 239
DS 

RD RR3A343JQ 818 0 0
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TCTTTGACCAATCAGTGATCGATCAGTCGAGTGGTGGTGTAAAATGGAAGATGGAGAGAA
GAATGATGGGAAGAGACTAGTGTTTGTGACGGTGGGAACAACGAGTTTCGACGCGCTCGT
GAAAGCAGTGGTCAGCCAAAACGTTAAAGACGAGTTGCACAAGAGAGGATATACTCATCT
TCTCATTCAGATGGGTCGAGGAATCTACTCTCCACCCAAGTGTGATGGAGCGGATGGATC
ATCACTAGCCGTTGATTACTTCACATTCTCCTCGAGTATCGCAGATTATATTCGATCTGC
GTCTCTTGTTATTAGTCGCTCTGGATCTGGAAGCATATTCGAGACGCTAAAGCTAGGGAA
ACCGTTGATTGTTGTAGTGAACGAGGATCTTATGGACAATCGTCAATGTGAATTAGCTGA
AGAGCTTGAAGAGAGGAAGCATTTTTACTGCGCTCGTCCTCATACGCTTCATCAGACCTT
GACCAAGATGGAGTTGGGATCTCTGGTTCGGTACGATCCAGGGGATGGGACCCCTGTTGC
CCGTATTATCGATAGGTTCCTGGG*TTTCCCTGATGATTAAAACAGATGCGTTTAAAAAA
CAAGTTTCTCTGAGAACAGTTTCAACTGATTATGTACTAAACTGGTGGTCTTCATGTTGG
ACTTTGTTTTGTAGATTCGTATCTTTGTAATAGCTAAAGCTTTTTCTTATGTTTGAGGAT
TATGGATAGCTTCGTATTCAATAGTACTCACCTTTTGC

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR3A343TF 804 0 0
GGCACGAAAACGAATCACCGTCGCACGATATCTGCTCAGCCCGCATAATCGAGTGAGCTC
TCTTTGACCAATCAGTGATCGATCAGTCGAGTGGTGGTGTAAAATGGAAGATGGAGAGAA
GAATGATGGGAAGAGACTAGTGTTTGTGACGGTGGGAACAACGAGTTTCGACGCGCTCGT
GAAAGCAGTGGTCAGCCAAAACGTTAAAGACGAGTTGCACAAGAGAGGATATACTCATCT
TCTCATTCAGATGGGTCGAGGAATCTACTCTCCACCCAAGTGTGATGGAGCGGATGGATC
ATCACTAGCCGTTGATTACTTCACATTCTCCTCGAGTATCGCAGATTATATTCGATCTGC
GTCTCTTGTTATTAGTCGCTCTGGATCTGGAAGCATATTCGAGACGCTAAAGCTAGGGAA
ACCGTTGATTGTTGTAGTGAACGAGGATCTTATGGACAATCGTCAATGTGAATTAGCTGA
AGAGCTTGAAGAGAGGAAGCATTTTTACTGCGCTCGTCCTCATACGCTTCATCAGACCTT
GACCAAGATGGAGTTGGGATCTCTGGTTCGGTACGATCCAGGGGATGGGACACCTGTTGC
CCGTATTATCGATAGGTTCCTGGGGTTTCCCTGATGATTAAAACAGATGCGTTTAAAAAA
CAAGTTTCTCTGAGAACAGTTTCAACTGATTATGTACTAAACTGGTGGTCTTCATGTTGG
ACTTTGTTTTGTAGATTCGTATCTTTGTAATAGCTAAAGCTTTTTCTTATGTTTGAGGAT
TATGGATAGCTTCGTATTCAATAG

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 3

CO CL3500Contig1 1022 3 6 U
GGATTGAATAAGTTTCACTGCTCTGTTTTGTCTTTGTCTCTCTACTGAATAAGCTCCATT
ACTCTGTTTTTTTTCTTTGTATTATATCTCAACTGAATAACCCTCCACTGCTCTGTTCTC
TTCCTGTTATATTCGGAAGGCTTAATCTTTTTTGGCGTTCTTGAAGAAAAATGGCATCTT
ATAGATCCCAACCTGTGGGTTGCACACTCTCGCCGTGTCCCTATCTCGGTAACTTCGTTG
AACGGATTAAAGACGCATGTCGTTTCCTCGTCTCAGCTGTTCTAGGCACAGTTCTCTCGG
CCATCTTGACCTTCTTCTTCGCTCTAGTGGGCACATTGCTTGGAGCAGTCACAGGAGCCT
TAATAGGCCAAGAAACAGAGAGTGGTTACATCCGTGGAGCAGCGGTTGGAGCCATCTCAG
GAGCTGTTTTCTCCATCGAAGTCTTCGAATCATCTCTTCTTCTCTGGAAATCTAATGAAT
CGCGTTTCGGATGCCTCCTCTACTTGATTGATGTCATTGTTAGTCTTATAAGCGGTAGAC
TCGTGCGAGAACGCATAGGTCCAGCAATGCTAAGCGCGGTTCAAAGTCAGATGGGAGCCG
TGGATGCAACTTTCGACGATCTTTCGAGCATCTTCGACACCGGTGGCTCAAAAGGGTTAA
CAGTAGATGTGGTTGATAAAATACCCAAAATTATAATCAGTGGCAGAAACGGCTTAGATG
CTTCTGGTAACAAAGACTCGTGTTCTGTCTGTCTTCAAGATTTTCAACTCGGTGAAACCG
TAAGAAGCTTGCCACATTGTCACCACATGTTCCACTTGCCTTGTATAGACAATTGGCTCC
TCAGACACGGATCTTGTCCAATGTGTAGACGTGATTTGTAACCCTCTCTCCCTTTCTCTT
ACCATTTTGCACAGTCTCTTTTTCTATATGGCAGTGTTAAGTCTTTTTTTTATATGTACA
AACAAAACGGAAAAAAAAAAACAAGTTTTGAAACTCATTTAATAGATTGTGTTGGCCTCC
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3C925TF U 13
AF RR3G301TF U 1
AF RR3C925JQ C 237
BS 1 387 RR3G301TF
BS 388 388 RR3C925TF
BS 389 452 RR3G301TF
BS 453 453 RR3C925TF
BS 454 688 RR3G301TF
BS 689 1022 RR3C925JQ

RD RR3C925TF 636 0 0
GG
TCACTGCTCTGTTTTGTCTTTGTCTCTCTACTGAATAAGCTCCATTACTCTGTTTTTTTT
CTTTGTATTATATCTCAACTGAATAACCCTCCACTGCTCTGTTCTCTTCCTGTTATATTC
GGAAGGCTTAATCTTTTTTGGCGTTCTTGAAGAAAAATGGCATCTTATAGATCCCAACCT
GTGGGTTGCACACTCTCGCCGTGTCCCTATCTCGGTAACTTCGTTGAACGGATTAAAGAC
GCATGTCGTTTCCTCGTCTCAGCTGTTCTAGGCACAGTTCTCTCGGCCATCTTGACCTTC
TTCTTCGCTCTAGTGGGCACATTGCTTGGAGCAGTCACAGGAGCCTTAATAGGCCAAGAA
ACAGAGAGTGGTTACATCCGTGGAGCAGCGGTTGGAGCCATCTCAGGAGCTGTTTTCTCC
ATCGAAGTCTTCGAATCATCTCTTCTTCTCTGGAAATCTAATGAATCGCGTTTCGGATGC
CTCCTCTACTTGATTGATGTCATTGTTAGTCTTATAAGCGGTAGACTCGTGCGAGAACGC
ATAGGTCCAGCAATGCTAAGCGCGGTTCAAAGTCAGATGGGAGCCGTGGATGCAACTTTC
GACGATCTTTCGAGCATCTTCGACACCGGTGGCT

QA 3 636 3 636
DS 

RD RR3G301TF 688 0 0
GGATTGAATAAGTTTCACTGCTCTGTTTTGTCTTTGTCTCTCTACTGAATAAGCTCCATT
ACTCTGTTTTTTTTCTTTGTATTATATCTCAACTGAATAACCCTCCACTGCTCTGTTCTC
TTCCTGTTATATTCGGAAGGCTTAATCTTTTTTGGCGTTCTTGAAGAAAAATGGCATCTT
ATAGATCCCAACCTGTGGGTTGCACACTCTCGCCGTGTCCCTATCTCGGTAACTTCGTTG
AACGGATTAAAGACGCATGTCGTTTCCTCGTCTCAGCTGTTCTAGGCACAGTTCTCTCGG
CCATCTTGACCTTCTTCTTCGCTCTAGTGGGCACATTGCTTGGAGCAGTCACAGGAGCCT
TAATAGGCCAAGAAACAGAGAGTGGTTTCATCCGTGGAGCAGCGGTTGGAGCCATCTCAG
GAGCTGTTTTCTCCATCGAAGTCTTCGAATCACCTCTTCTTCTCTGGAAATCTAATGAAT
CGCGTTTCGGATGCCTCCTCTACTTGATTGATGTCATTGTTAGTCTTATAAGCGGTAGAC
TCGTGCGAGAACGCATAGGTCCAGCAATGCTAAGCGCGGTTCAAAGTCAGATGGGAGCCG
TGGATGCAACTTTCGACGATCTTTCGAGCATCTTCGACACCGGTGGCTCAAAAGGGTTAA
CAGTAGATGTGGTTGATAAAATACCCAA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3C925JQ 786 0 0
GTTGAACGGAT*AAAGACGCATGTCGTTTCCTCGTCTCAGCTGTTCTAGGCACAGTTCTC
TCGGCCATCTTGACCTTCTTCTTCGCTCTAGTGGGCACATTGCTTGGAGCAGTCACAGGA
GCCTTAATAGGCCAAGAAACAGAGAGTGGTTACATCCGTGGAGCAGCGGTTGGAGCCATC
TCAGGAGCTGTTTTCTCCATCGAAGTCTTCGAATCATCTCTTCTTCTCTGGAAATCTAAT
GAATCGCGTTTCGGATGCCTCCTCTACTTGATTGATGTCATTGTTAGTCTTATAAGCGGT
AGACTCGTGCGAGAACGCATAGGTCCAGCAATGCTAAGCGCGGTTCAAAGTCAGATGGGA
GCCGTGGATGCAACTTTCGACGATCTTTCGAGCATTTTCGACACCGGTGGCTCAAAAGGG
TTAACAGTAGATGTGGTTGATAAAATACCCAAAATTATAATCAGTGGCAGAAACGGCTTA
GATGCTTCTGGTAACAAAGACTCGTGTTCTGTCTGTCTTCAAGATTTTCAACTCGGTGAA
ACCGTAAGAAGCTTGCCACATTGTCACCACATGTTCCACTTGCCTTGTATAGACAATTGG
CTCCTCAGACACGGATCTTGTCCAATGTGTAGACGTGATTTGTAACCCTCTCTCCCTTTC
TCTTACCATTTTGCACAGTCTCTTTTTCTATATGGCAGTGTTAAGTCTTTTTTTTATATG
TACAAACAAAACGGAAAAAAAAAAACAAGTTTTGAAACTCATTTAATAGATTGTGTTGGC
CTCCCC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL3501Contig1 632 2 5 U
AAAGTTGGAGAAAAGATTCAAACCGTAAAAATGCTGCGCAACGAGTGGGTAGAGAATTCA
GATCGGTGGGTCGCTGGATTTCTGGAAATATTTGAAGAAGGTTGCCATAAGATGGGGACT
GCAATAAGAGACAGCATCCAAGAGAGGTTAATCAGACAAATTCCCAGAAACAAGCTGGAG
AACGGTCAGGATGACGACACAGACGATCAGTTCTATGAAGAATATTTCGACCATGACATG
GGCAGTGACGAGGATGAAGAGGAACGATACTATGACGAGGAGGAAGATGTTGAAGAAGAG
AAAGAGAAAACCATTAAGACAGATGCAAAAGACAAGTAGTAAGAACAAATTTGTCTCTCA
GAACCCTAAGTTTAGCCTCTGACTCTATCTCCCTCCCTGGCTCTCTCTCTTTCTCTCTCA
GTAATATGCATCTCCTTAAACATATAATACCAAATGTTTAGAAAGGGGGTGTGTGAGTGT
GATATGTGTGTCTTTAAAAAAAATCCGAACGTGCGTGCTTGTCTTTGGTAAATTGTCTCA
TCGTATGTTTGTATAAGCATGTTTTTTTCGATACTTGGTTGGGATCTTGATGTATCTAAT
GTTTAATCATTGGTTTTTTTTTCTCTTTGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES74TF U 174
AF RR3ES47JQ C 1
BS 1 173 RR3ES47JQ
BS 174 466 RR3ES74TF
BS 467 467 RR3ES47JQ
BS 468 495 RR3ES74TF
BS 496 632 RR3ES47JQ

RD RR3ES74TF 323 0 0
GCTGGAGAACGGTCAGGATGACGACACAGACGATCAGTTCTATGAAGAATATTTCGACCA
TGACATGGGCAGTGACGAGGATGAAGAGGAACGATACTATGACGAGGAGGAAGATGTTGA
AGAAGAGAAAGAGAAAACCATTAAGACAGATGCAAAAGACAAGTAGTAAGAACAAATTTG
TCTCTCAGAACCCTAAGTTTAGCCTCTGACTCTATCTCCCTCCCTGGCTCTCTCTCTTTC
TCTCTCAGTAATATGCATCTCCTTAAACATATAATACCAAATGTTTAGAAAGGTGGTGTG
TGAGTGTGATATGTGTGTCTTT
T

QA 1 322 1 322
DS 

RD RR3ES47JQ 632 0 0
AAAGTTGGAGAAAAGATTCAAACCGTAAAAATGCTGCGCAACGAGTGGGTAGAGAATTCA
GATCGGTGGGTCGCTGGATTTCTGGAAATATTTGAAGAAGGTTGCCATAAGATGGGGACT
GCAATAAGAGACAGCATCCAAGAGAGGTTAATCAGACAAATTCCCAGAAACAAGCTGGAG
AACGGTCAGGATGACGACACAGACGATCAGTTCTATGAAGAATATTTCGACCATGACATG
GGCAGTGACGAGGATGAAGAGGAACGATACTATGACGAGGAGGAAGATGTTGGAGAAGAG
AAAGAGAAAACCATTAAGACAGATGCAAAAGACAAGTAGTAAGAACAAATTTGTCTCTCA
GAACCCTAAGTTTAGCCTCTGACTCTATCTCCCTCCCTGGCTCTCTCTCTTTCTCTCTCA
GTAATATGCATCTCCTTAA*CATATAATACCAAATGTTTAGAAAGGGGGTGTGTGAGTGT
GATGTGTGTGTCTTTAAAAAAAATCCGAACGTGCGTGCTTGTCTTTGGTAAATTGTCTCA
TCGTATGTTTGTATAAGCATGTTTTTTTCGATACTTGGTTGGGATCTTGATGTATCTAAT
GTTTAATCATTGGTTTTTTTTTCTCTTTGTAT

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 3

CO CL3502Contig1 862 3 6 U
GGAACGTGTTAGGACAGGTTTATGGGTTGGTGACTGTTTCATATACAACAACTCTTCCTC
GAAGCTTAACTATTGCGTCGGAGGCGAGGTAACCACAATGTATCATTTGGACCGACCAAT
GTATTTGTTGGGCTATCTTGCAAGTCAAAGCCGGGTCTTCTTGGTAGACAAAGAATTCAA
TGTAATAGGATACACCTTGCTGCTAAGCCTGATTGAGTACAAGACTCTTGTGATGCGAGG
GGATCTAGACAAAGCCAGTGAAATCTTACCTACAATTCCTAAAGATCAGCATAACAGTGT
TGCTCATTTCTTGGAGTCGCGAGGCATGATTGAAGAAGCTCTAGAAATTGCAACAGATCC
TGACTACAGATTTGAGTTGGCCATACAACTGGGTAGACTTGAAATTGCACAGGAAATCGC
TGTAGAAGTACAGAGCGAGTCTAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTGGCGATGTCATCTGG
GAAGCTGCAATTAGCAGAGGAGTGCATGAAGTATGCGATGGATCTGAGTGGCTTGTTACT
GCTTTACTCTTCTCTGGGAGATGCTGAAGGTGTGTTAAAACTTGCAACACTTGCTAAAGA
GCAAGGGAAGAACAATGTCGCCTTTCTTTGCCTATTCATGCTGGGCAAATTGGAAGATTG
TCTGGACTTATTGGTGGAGAGCAACCGGATACCAGAAGCTGCTCTAATGGCGAGATCATA
CCTTCCGAGCAAAGTATCTGAGATAGTAGCTCTTTGGAGGAAAGATCTCAGCAAGATAAA
TTCAAAAGCAGCAGAATCTTTGGCTGATCCTGAGGAGTACTCAAACCTGTTTGATGATTG
GCAAGTTGCTCTTTCCGTCGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F785TF U 182
AF RR3G213TF U 1
AF RR3F786TF U 182
BS 1 244 RR3G213TF
BS 245 245 RR3F785TF
BS 246 468 RR3G213TF
BS 469 469 RR3F786TF
BS 470 641 RR3G213TF
BS 642 862 RR3F786TF

RD RR3F785TF 169 0 0
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GATCTAGACAAAGCCAGTGAAATCTTACCTACAATTCCTAAAGATCAGCATAACAGTGTT
GCTCATTTCTTGGAGTCGCGAGGCATGATTGAAGAAGCTCTAGAAATTG

QA 1 169 1 169
DS 

RD RR3G213TF 641 0 0
GGAACGTGTTAGGACAGGTTTATGGGTTGGTGACTGTTTCATATACAACAACTCTTCCTC
GAAGCTTAACTATTGCGTCGGAGGCGAGGTAACCACAATGTATCATTTGGACCGACCAAT
GTATTTGTTGGGCTATCTTGCAAGTCAAAGCCGGGTCTTCTTGGTAGACAAAGAATTCAA
TGTAATAGGATACACCTTGCTGCTAAGCCTGATTGAGTACAAGACTCTTGTGATGCGAGG
GGATTTAGACAAAGCCAGTGAAATCTTACCTACAATTCCTAAAGATCAGCATAACAGTGT
TGCTCATTTCTTGGAGTCGCGAGGCATGATTGAAGAAGCTCTAGAAATTGCAACAGATCC
TGACTACAGATTTGAGTTGGCCATACAACTGGGTAGACTTGAAATTGCACAGGAAATCGC
TGTAGAAGTACAGAGCGAGTCTAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTGGCTATGTCATCTGG
GAAGCTGCAATTAGCAGAGGAGTGCATGAAGTATGCGATGGATCTGAGTGGCTTGTTACT
GCTTTACTCTTCTCTGGGAGATGCTGAAGGTGTGTTAAAACTTGCAACACTTGCTAAAGA
GCAAGGGAAGAACAATGTCGCCTTTCTTTGCCTATTCATGC

QA 1 641 1 641
DS 

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GTAATAGGATACACCTTGCTGCTAAGCCTGATTGAGTACAAGACTCTTGTGATGCGAGGG
GATCTAGACAAAGCCAGTGAAATCTTACCTACAATTCCTAAAGATCAGCATAACAGTGTT
GCTCATTTCTTGGAGTCGCGAGGCATGATTGAAGAAGCTCTAGAAATTGCAACAGATCCT
GACTACAGATTTGAGTTGGCCATACAACTGGGTAGACTTGAAATTGCACAGGAAATCGCT
GTAGAAGTACAGAGCGAGTCTAAGTGGAAGCAATTAGGGGAGTTGGCGATGTCATCTGGG
AAGCTGCAATTAGCAGAGGAGTGCATGAAGTATGCGATGGATCTGAGTGGCTTGTTACTG
CTTTACTCTTCTCTGGGAGATGCTGAAGGTGTGTTAAAACTTGCAACACTTGCTAAAGAG
CAAGGGAAGAACAATGTCGCCTTTCTTTGCCTATTCATGCTGGGCAAATTGGAAGATTGT
CTGGACTTATTGGTGGAGAGCAACCGGATACCAGAAGCTGCTCTAATGGCGAGATCATAC
CTTCCGAGCAAAGTATCTGAGATAGTAGCTCTTTGGAGGAAAGATCTCAGCAAGATAAAT
TCAAAAGCAGCAGAATCTTTGGCTGATCCTGAGGAGTACTCAAACCTGTTTGATGATTGG
CAAGTTGCTCTTTCCGTCGAA

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 3

CO CL3503Contig1 762 3 1 U
GGCAAGGGATAATCATTCTTTCATGAAAAATATCAAGTGTTACAAATAGACTCTGTACAT
ACATTGAAGTGAAAGAAACTTCCTGTGGAAATTTTTGTTATTATTAATCGCAACCTTATC
AAAATAGATGTTTCTCAAGGAAAAGAACAACTGGAAGAGAAAAAAAAATTGATTCAGAGA
GAATCATGGGACACTAAAACATGGAGAGGAGGGGATTACACAATCTTCTTCAAGTTACTG
TTCCTCTCATTCAAGGGTAATAGCCGGTGAAGGTGAAGCCTCTGCCAACGATTTCACCAG
CGCAGTACCACGCAAAGCATTCGAGACCAAACAATGCAGCGATTCCGGCATCTTCTACCT
TCAGATCGGTTCTGTTCTTCCACAAGTTCTTCGCGTAGTCTACTTCCTTTCGGAAGGTTT
CACAGCGTCCAGGAATGCTAGCAAGACGGGTGTAGAGGAGTTGCTTAGACAACTCTTGGC
ACTTGTCCACCGTAGCAGGTTCCTGGACATAGTGCTTGTTCTTCTCAAGCAACTGCTTGT
AGTAAGAAGTACCATGCTTCGCCACAAACTTGGAAGCCTCGCATGCCTTTGACTGAACTT
GTATCAACTTTGATGCCATCTTCACAAAACCTTCTGTGTTTGAGCAACTGAAGTGAGGAA
GAAGAAGAAGATGAGTTGATTGGGGGAACTTTCTCTTCTCTCCGAGGATCTGTACGACGG
CTACTCCTTAATACGAAGTTGTTTTCGTCCTCTCCTCGCTCC


BQ
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AF RR3GX80JQ U 83
AF RR3EK24JQ U 1
AF RR3EK24TF C 153
BS 1 762 RR3EK24JQ

RD RR3GX80JQ 623 0 0
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AAGAACAACTGGAAGAGAAAAAAAAATTGATTCAGAGAGAATCATGGAACACTAAAACAT
GGAGAGGAGGGGATTACACAATCTTCTTCAAGTTACTGTTCCTCTCATTCAAGGGTAATA
GCCGGTGAAGGTGAAGCCTCTGCCAACGATTTCACCAGCGCAGTACCACGCAAAGCATTC
GAGACCAAACAATGCAGCGATTCCGGCATCTTCTACCTTCAGATCGGTTCTGTTCTTCCA
CAAGTTCTTCGCGTAGTCTACTTCCTTTCGGAAGGTTTCACAGCGTCCAGGAATGCTAGC
AAGACGGGTGTAGAGGAGTTGCTTAGACAACTCTTGGCACTTGTCCACCGTAGCAGGTTC
CTGGACATAGTGCTTGTTCTTATCAAGCAACTGCTTGTAGTAAGAAGTACCATGCTTCGC
CACAAACTTGGAAGCCTCGCATGCCTTTGACTGAACTTGTATCAACTTTGATGCCATCTT
CACAAAACCTTTTGTGTTTGAGCAACTGAAGTGAGGAAGAAGAAGAAGATGAGTTGATTG
GGGGAACTTTCTCTTCTCTCC
CC

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3EK24JQ 762 0 0
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ACATTGAAGTGAAAGAAACTTCCTGTGGAAATTTTTGTTATTATTAATCGCAACCTTATC
AAAATAGATGTTTCTCAAGGAAAAGAACAACTGGAAGAGAAAAAAAAATTGATTCAGAGA
GAATCATGGGACACTAAAACATGGAGAGGAGGGGATTACACAATCTTCTTCAAGTTACTG
TTCCTCTCATTCAAGGGTAATAGCCGGTGAAGGTGAAGCCTCTGCCAACGATTTCACCAG
CGCAGTACCACGCAAAGCATTCGAGACCAAACAATGCAGCGATTCCGGCATCTTCTACCT
TCAGATCGGTTCTGTTCTTCCACAAGTTCTTCGCGTAGTCTACTTCCTTTCGGAAGGTTT
CACAGCGTCCAGGAATGCTAGCAAGACGGGTGTAGAGGAGTTGCTTAGACAACTCTTGGC
ACTTGTCCACCGTAGCAGGTTCCTGGACATAGTGCTTGTTCTTCTCAAGCAACTGCTTGT
AGTAAGAAGTACCATGCTTCGCCACAAACTTGGAAGCCTCGCATGCCTTTGACTGAACTT
GTATCAACTTTGATGCCATCTTCACAAAACCTTCTGTGTTTGAGCAACTGAAGTGAGGAA
GAAGAAGAAGATGAGTTGATTGGGGGAACTTTCTCTTCTCTCCGAGGATCTGTACGACGG
CTACTCCTTAATACGAAGTTGTTTTCGTCCTCTCCTCGCTCC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3EK24TF 610 0 0
GGAAGAGAAAAAAAAATTGATTCAGAGAGAATCATGGGACACTAAAACATGGAGAGGAGG
GGATTACACAATCTTCTTCAAGTTACTGTTCCTCTCATTCAAGGGTAATAGCCGGTGAAG
GTGAAGCCTCTGCCAACGATTTCACCAGCGCAGTACCACGCAAAGCATTCGAGACCAAAC
AATGCAGCGATTCCGGCATCTTCTACCTTCAGATCGGTTCTGTTCTTCCACAAGTTCTTC
GCGTAGTCTACTTCCTTTCGGAAGGTTTCACAGCGTCCAGGAATGCTAGCAAGACGGGTG
TAGAGGAGTTGCTTAGACAACTCTTGGCACTTGTCCACCGTAGCAGGTTCCTGGACATAG
TGCTTGTTCTTCTCAAGCAACTGCTTGTAGTAAGAAGTACCATGCTTCGCCACAAACTTG
GAAGCCTCGCATGCCTTTGACTGAACTTGTATCAACTTTGATGCCATCTTCACAAAACCT
TCTGTGTTTGAGCAACTGAAGTGAGGAAGAAGAAGAAGATGAGTTGATTGGGGGAACTTT
CTCTTCTCTCCGAGGATCTGTACGACGGCTACTCCTTAATACGAAGTTGTTTTCGTCCTC
TCCTCGCTCC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 3

CO CL3504Contig1 1104 3 14 U
GGGTTCATCACTGTACTACTGTGAAAGTTAGTTAGTTCAACATTACCAAAACAACCAACA
ATGGCTAAAACCAGATGGTCTTGCCTCGCTATCGCCCTTTTGGCTATTACCCATTTCGTC
AACTGTGAAGAAGAAGCTGTCTTGTCTGAGAAAGAGCAGGACAAGGTCTCGAGATTGCCT
GGTCAGGATTTCGATATAGACTTTGCTCATTACTCCGGGTTCGTTACTACTAATGAGGAA
CTGGGAAGAGCACTCTTCTACTGGTTCTTTGAAGCCGCTGAAGATGCTGCCTCTAAGCCT
CTTGTTCTCTGGCTCAATGGAGGACCAGGATGTTCATCAGTTGGATTTGGTGAAGCAGAA
GAGATAGAACCGTTTCACATTAACCCAGATGGGAAGACTCTTTACCTTAATCAATACTCT
TGGAACCAAGTTGCGAATATTTTGTTCCTTGATGCACCTGTTGGAGTTGGTTATTCATAC
TCAAACACTTCATCTGATTTGCTTACCAATGGTGATATGAGAACCGCGCAAGACTCACTG
AAGTTTCTTCTGAAATGGGTTGAGCGTTATCCGGAGTACAAAGGAAGAGAGTTTTATATA
GTTGGAGAGAGCTATGCAGGGCATTACATCCCTCAGCTGAGTCAAGCCATTGTAGAACAT
AACCAAGCTTACGGCGATAACACCATTAATCTGATGGGTTACATGGTAGGTAATGGGCTG
ATGGATGATTTCCATGACAGCCTCGGTCTTTACCAGTATATTTGGACGTTGGGTTTCATC
TCCGACCAAACGTACAGCTTACTGAAACTCAAGTGTGGTTTGGAACCGTTTGTTCACACC
TCCGAAGTGTGTCTTAAGGCTCTGGAGATAATGGACATGGAAATAGGTGACATAGACCAA
TACAGCGTTTTCACCCCAGCCTGTACTGCGAATGCATCCCATTCCCAATCAAAAATGTTG
CTGAAGAAGAAAGGAGCAGTAGGTGGCCGCCGTGTGAGTGAAGAGTATGATGGTCTAAAC
TTTGTGACTATGAGAGGTGCAGGGCATGAAGTTCCTTTGCACAGACCGAAGGAGGCTCTT
GCGCTCTTCAAGGCCTTTATCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BF84TF U 1
AF RR3BP58TF U 8
AF RR3BP58JQ C 599
BS 1 239 RR3BF84TF
BS 240 241 RR3BP58TF
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BS 711 741 RR3BP58TF
BS 742 1104 RR3BP58JQ

RD RR3BF84TF 703 0 0
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ATGGCTAAAACCAGATGGTCTTGCCTCGCTATCGCCCTTTTGGCTATTACCCATTTCGTC
AACTGTGAAGAAGAAGCTGTCTTGTCTGAGAAAGAGCAGGACAAGGTCTCGAGATTGCCT
GGTCAGGATTTCGATATAGACTTTGCTCATTACTCCGGGTTCGTTACTACTAATGAGGAG
*TGGGAAGAGCACTCTTCTACTGGTTCTTTGAAGCCGCTGAAGATGCTGCCTCTAAGCCT
CTTGTTCTCTGGCTCAATGGAGGACCAGGATGTTCATCAGTTGGATTTGGTGAAGCAGAA
GAGATAGGACCGTTTCACATTAACCCAGATGGGAAGACTCTTTACCTTAATCAATATTCT
TGGAACCAAGTTGCGAATATTTTGTTCCTTGATGCACCTGTTGGAGTTGGTTATTCATAC
TCAAACACTTCATCTGATTTGCTTACCAATGGTGATATGAGAACCGCGCAAGACTCACTG
AAGTTTCTTCTGAAATGGGTTGAGCGTTATCCGGAGTACAAAGGAAGAGAGTTTTATATA
GTTGGAGAGAGCTATGCAGGGCATTACATCCCTCAGCTGAGTCAAGCCATTGTAGAACAT
AACCAAGCTTATGGCGATAACACCATTAATCTGATGGGT
TACA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3BP58TF 736 0 0
GG
ACTGTACTACTGTGAAAGTTAGTTAGTTCAACATTACCAAAACAACCAACAATGGCTAAA
ACCAGATGGTCTTGCCTCGCTATCGCCCTTTTGGCTATTACCCATTTCGTCAACTGTGAA
GAAGAAGCTGTCTTGTCTGAGAAAGAGCAGGACAAGGTCTCGAGATTGCCTGGTCAGGAT
TTCGATATAGACTTTGCTCATTACTCCGGGTTCGTTGCTACTAATGAGGAACTGGGAAGA
GCACTCTTCTACTGGTTCTTTGAAGCCGCTGAAGATGCTGCCTCTAAGCCTCTTGTTCTC
TGGCTCAATGGAGGACCAGGATGTTCATCAGTTGGATTTGGTGAAGCAGAAGAGATAGAA
CCGTTTCACATTAACCCAGATGGGAAGACTCTTTACCTTAATCAATACTCTTGGAACCAA
GTTGCGAATATTTTGTTCCTTGATGCACCTGTTGGAGTTGGTTATTCATACTCAAACACT
TCATCTGATTTGCTTACCAATGGTGATATGAGAACCGCGCAAGACTCACTGAAGTTTCTT
CTGAAATGGGTTGAGCGTTATCCGGAGTACAAAGGAAGAGAGTTTTATATAGTTGGAGAG
AGCTATGCAGGGCATTACATCCCTCAGCTGAGTCAAGCCATTGTAGAACATAACCAAGCT
TACG*CGATAACACCATTAATCTGATGGGT*ACATGGTAG*TAATGGGCTGATGGATGAT
TTCCATGACAGC
TC

QA 3 734 3 734
DS 

RD RR3BP58JQ 506 0 0
ATAG
TGGAGAGAGCTATGCAGGGCATTACATCCCTCAGCTGAGTCAAGCCATTGTAGAACATAA
CCAAGCTTACGGCGATAACACCATTAATCTGATGGGTTACATGGTAGGTAATGGGCTGAT
GGATGATTTCCATGACAGCCTCGGTCTTTACCAGTATATTTGGACGTTGGGTTTCATCTC
CGACCAAACGTACAGCTTACTGAAACTCAAGTGTGGTTTGGAACCGTTTGTTCACACCTC
CGAAGTGTGTCTTAAGGCTCTGGAGATAATGGACATGGAAATAGGTGACATAGACCAATA
CAGCGTTTTCACCCCAGCCTGTACTGCGAATGCATCCCATTCCCAATCAAAAATGTTGCT
GAAGAAGAAAGGAGCAGTAGGTGGCCGCCGTGTGAGTGAAGAGTATGATGGTCTAAACTT
TGTGACTATGAGAGGTGCAGGGCATGAAGTTCCTTTGCACAGACCGAAGGAGGCTCTTGC
GCTCTTCAAGGCCTTTATCTCT

QA 5 506 5 506
DS 



AS 1 2

CO CL3505Contig1 948 2 18 U
GCAAGTGATCGGTGTGAAAGAGAGTGGTGAAACTCTTGTTCTAGCAACTTATGATGGGTG
TGTCTGGTCTTTGCTTGACGCAAAATGGTCACTTAAGCAAACAAGCAGTCTTGATGGTCC
TGTCTTTGAGATTTTTGGTGTGAGAATGGTGAAAGTTTATTATGGAAGGAAGCTGGAGTA
TGAGACAAAACATTGCGCAAAGCTAAGAAGTGAGCAAGATTTCATGACAGCTGTCGAATT
CTCAAAGCAGTATCCTTATGGTAAAGCTGTGGGGTTGCTAGACTTGAAGTTTGCTTCTTT
TGAGGCTAATGAGAAATGGTTGGTTTTACCTGGATTAGTATCTGCTTTCATACTCAATGA
TCTTCTTAAGAAGGAAGGTTTTTGTGGAGCTGCAAAAGACATAGTCAAAGGTAATGGGAT
AACAGTGAAGCTAGAAGAAGAAACAATGATGCATGTGAACATCAATGGCGGTGCTAGGTG
CTTGTCCAAGGAGCTTAACAGTGGGAACATGGTGGAAGAAGAAGGTGGTCATTGTGGTGG
TTGTGGTGGATGTGGAGGATGTGGCGGTGGCAGTGGGTGCGGAGGAGGTGGTGGAAGATG
TGGTAATATGATGACCAATGAAAATGTTACCACAGGTGGCGGCTCCTGCACTGGCGGTTC
CACTGGATGCGGTGGGTGCGGTGGAGCCGGTGGAGGATGTGGTAATATGATGACCAATGA
AAATGTTCCATCACTAGAAGCAGCAGCGGAAGCTCCCATCGACGCAGTTGCAGCTTGATT
ATTATTTAAAGAAAGAAAAGCGATATTAAGTTTTATCTATGTGATGTTAACAAATGGACT
AACAGTATATAATAAAACTAATGAGATGTGTTGTTATGTGTTTTCTTTTCTTTTAAACAT
TTGTAAGCTGTAATAAAATATATATAGTTAAACGTTTTCTGACAATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EU64TF U 1
AF RR3EO64JQ C 180
BS 1 191 RR3EU64TF
BS 192 192 RR3EO64JQ
BS 193 314 RR3EU64TF
BS 315 315 RR3EO64JQ
BS 316 448 RR3EU64TF
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BS 450 497 RR3EU64TF
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BS 499 714 RR3EU64TF
BS 715 715 RR3EO64JQ
BS 716 722 RR3EU64TF
BS 723 723 RR3EO64JQ
BS 724 733 RR3EU64TF
BS 734 734 RR3EO64JQ
BS 735 750 RR3EU64TF
BS 751 751 RR3EO64JQ
BS 752 777 RR3EU64TF
BS 778 948 RR3EO64JQ

RD RR3EU64TF 777 0 0
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TGTCTGGTCTTTGCTTGACGCAAAATGGTCACTTAAGCAAACAAGCAGTCTTGATGGTCC
TGTCTTTGAGATTTTTGGTGTGAGAATGGTGAAAGTTTATTATGGAAGGAAGCTGGAGTA
TGAGACAAAACGTTGCGCAAAGCTAAGAAGTGAGCAAGATTTCATGACAGCTGTCGAATT
CTCAAAGCAGTATCCTTATGGTAAAGCTGTGGGGTTGCTAGACTTGAAGTTTGCTTCTTT
TGAGGCTAATGAGAGATGGTTGGTTTTACCTGGATTAGTATCTGCTTTCATACTCAATGA
TCTTCTTAAGAAGGAAGGTTTTTGTGGAGCTGCAAAAGACATAGTCAAAGGTAATGGGAT
AACAGTGAAGCTAGAAGAAGAAACAATGGTGCATGTGAACATCAATGGCGGTGCTAGGTG
CTTGTCCAAGGAGCTTAGCAGTGGGAACATGGTGGAAGAAGAAGGTGGTCATTGTGGTGG
TTGTGGTGGATGTGGAGGATGTGGCGGTGGCAGTGGGTGCGGAGGAGGTGGTGGAAGATG
TGGTAATATGATGACCAATGAAAATGTTACCACAGGTGGCGGCTCCTGCACTGGCGGTTC
CACTGGATGCGGTGGGTGCGGTGGAGCCGGTGGAGGATGTGGTAATATGATGAC*AATGA
AA*TGTTCCATCATTAGAAGCAGCAGCGGA*GCTCCCATCGACGCAGTTGCAGCTTG

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3EO64JQ 769 0 0
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TCTCAAAGCAGTATCCTTATGGTAAAGCTGTGGGGTTGCTAGACTTGAAGTTTGGTTCTT
TTGAGGCTAATGAGAAATGGTTGGTTTTGCCTGGATTAGTATCTGCTTTCATACTCAATG
ATCTTCTTAAGACGGAAGGTTTTTGTGGAGCTGGAAAAGACATAGTGAAAGGTAATGGGA
TAACTGTGAAGCTAGAAGAAGAGACAATGATGCATGTGAACATCAATGGCGGTGCTAGGT
GCTTGTCCAAGGAGCTTAACAGTGGGAACATGGTGGAAGAAGAAGGTGGTCATTGTGGTG
GTTGTGGTGGATGTGGAGGATGTGGCGGTGGCAGTGGGTGCGGAGGAGGTGGTGGAAGAT
GTGGTAATATGATGACCAATGAAAATGTTAGCACAGGTGGCGGCTCCTGCACTGGCGGTT
CCACTGGATGCGGTGGGTGCGGTGGAGCCGGTGGAGGATGTGGTAATATGATGACCAATG
AAAATGTTCCATCACTAGTAGCAGCAGCGGAAGCTCCCATCGACGCAGTTGCAGCTTGAT
TATTATTTAAAGAAAGAAAAGCGATATTAAGTTTTATCTATGTGATGTTAACAAATGGAC
TAACAGTATATAATAAAACTAATGAGATGTGTTGTTATGTGTTTTCTTTTCTTTTAAACA
TTTGTAAGCTGTAATAAAATATATATAGTTAAACGTTTTCTGACAATGC

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL3506Contig1 371 2 1 U
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AGGATGTGAAGGGGAAGGCCACAAAGGACAAGGTGCCGATGATCGATGTGACGCAGCACG
GGTTCTTCAAGGTTCTTGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGGGAAAGCCTTTCGTTGTGAAGG
CTAAGCTCATTTCCAAGACTGCTGAGAAGAAGATCAAGGAGGCTGGTGGCGCCGTCGTGC
TCACTGCCTAGGGTTAGGTCTGTTTTTTACGTTTTGCTTTTTTAAGTATTGTCTTTTGGA
ATCGTTGTTGGACTCAGAGTTTGTTGCTTTTTGGAATGAGAGATCTTTTAATCAATATTA
TTGGATTTTAT


BQ
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AF RR3CR59JQ C 1
AF RR3CR59TF U 1
BS 1 371 RR3CR59TF

RD RR3CR59JQ 371 0 0
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AGGATGTGAAGGGGAAGGCCACAAAGGACAAGGTGCCGATGATCGATGTGACGCAGCACG
GGTTCTTCAAGGTTCTTGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGGGAAAGCCTTTCGTTGTGAAGG
CTAAGCTCATTTCCAAGACTGCTGAGAAGAAGATCAAGGAGGCTGGTGGCGCCGTCGTGC
TCACTGCCTAGGGTTAGGTCTGTTTTTTACGTTTTGCTTTTTTAAGTATTGTCTTTTGGA
ATCGTTGTTGGACTCAGAGTTTGTTGCTTTTTGGAATGAGAGATCTTTTAATCAATATTA
TTGGATTTTAT

QA 1 371 1 371
DS 

RD RR3CR59TF 371 0 0
TCCGCAACAAGTTCTACTGCCCCATCGTCAACCTCGACAAGCTATGGTCACTCGTCCCCG
AGGATGTGAAGGGGAAGGCCACAAAGGACAAGGTGCCGATGATCGATGTGACGCAGCACG
GGTTCTTCAAGGTTCTTGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGGGAAAGCCTTTCGTTGTGAAGG
CTAAGCTCATTTCCAAGACTGCTGAGAAGAAGATCAAGGAGGCTGGTGGCGCCGTCGTGC
TCACTGCCTAGGGTTAGGTCTGTTTTTTACGTTTTGCTTTTTTAAGTATTGTCTTTTGGA
ATCGTTGTTGGACTCAGAGTTTGTTGCTTTTTGGAATGAGAGATCTTTTAATCAATATTA
TTGGATTTTAT

QA 1 371 1 371
DS 



AS 1 3

CO CL3507Contig1 1093 3 4 U
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ATCCAACGAGTTCTACCTCACCGGAGAGAGTTACGCCGGTCACTATGTTCCTCAGCTTGC
GGAGGTCATTTACGACAGGAACAAGAAGGTTCCAAGAGACTCTCGCATCAATCTCAAGGG
TTTCATGATTGGGAATGCGGCTATCAATGAGGAAACAGACATGACAGGACTAGTGGACTA
CACATGGAGCCACGCTATAGTATCTGACGAGCTCCACAGTAACCTTCATAGCACGTGCCG
TCTTGAGGAAGAGCAAACGAGCAACAAGACCATACAATGCATCGAAAACATCAAAGCTTT
CTCGGAAGCTTACAACGATATCGATATATACAGCATCTATACTCCCGTTTGCCTCTCCTC
TGATTCGTCGTCTTCTTCTCCAAGAAGACCTAAACTCGTCGTGTCTCCTAGTCTCTTTAC
TTATCACGACATGTGGGATAAGTTTCCTGCTGCAGGGTACGATCCATGTACAGAAGCCTA
TACCGAAAACTATTTCAACCGGAAAGATGTGCAGGTGGCGCTCCATGCGAATGTAACAAA
CCTTCCTTATCCATACACTCCTTGCAGCGGGGTAATAAGGAGATGGGGTGAGGCTCCATC
CACCGTGCTTCCCATCATCCAGAAGCTTTTGACGGGCGGCCTACGCATCTGGATCTATAG
TGGAGATACTGATGGGAGAGTACCAGTAACATCTACGCGTTATAGCATAAAGAAGACGGG
ACCAAAGGTAATGTTACCGTGGAGGTCATGGTTTCACGAGAGTCAAGTGGGTGGATGGGT
TGAGACTTACGCTGGAGGACTAACGTTTGCTACAGTTAGAGGAGCTGGTCATCAGGTCCC
GGTCTTTGCTCCGGCGCAATCCCTCACCTTATTCTCTCACTTTCTCTCTTCCACCCCATT
GCCTTCAAAACGTTTCTGATCACTACCGCCAAGCCATGGCAAAGTTGTTGTTATCTTGAA
ACCGTTGTAGGGTACTTGATACCCAATTGATATAATGAGTTTCAGTTAATCAAATAAAAA
CATTTTAAACCTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D083TF U 1
AF RR3CJ28TF U 42
AF RR3D083JQ C 419
BS 1 241 RR3D083TF
BS 242 242 RR3CJ28TF
BS 243 644 RR3D083TF
BS 645 1093 RR3D083JQ

RD RR3D083TF 644 0 0
GACTTCAGAGGACTCTCTTACTTTCTTGATCAACTGGTTCATGAAATTCCCTGAGTTTCG
ATCCAACGAGTTCTACCTCACCGGAGAGAGTTACGCCGGTCACTATGTTCCTCAGCTTGC
GGAGGTCATTTACGACAGGAACAAGAAGGTTCCAAGAGACTCTCGCATCAATCTCAAGGG
TTTCATGATTGGGAATGCGGCTATCAATGAGGAAACAGACATGACAGGACTAGTGGACTA
CGCATGGAGCCACGCTATAGTATCTGACGAGCTCCACAGTAACCTTCATAGCACGTGCCG
TCTTGAGGAAGAGCAAACGAGCAACAAGACCATACAATGCATCGAAAACATCAAAGCTTT
CTCGGAAGCTTACAACGATATCGATATATACAGCATCTATACTCCCGTTTGCCTCTCCTC
TGATTCGTCGTCTTCTTCTCCAAGAAGACCTAAACTCGTCGTGTCTCCTAGTCTCTTTAC
TTATCACGACATGTGGGATAAGTTTCCTGCTGCAGGGTACGATCCATGTACAGAAGCCTA
TACCGAAAACTATTTCAACCGGAAAGATGTGCAGGTGGCGCTCCATGCGAATGTAACAAA
CCTTCCTTATCCATACACTCCTTGCAGCGGGGTAATAAGGAGAT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3CJ28TF 594 0 0
G
GAAATTCCCTGAGTTTCGATCCAACGAGTTCTACCTCACCGGAGAGAGTTACGCCGGTCA
CTATGTTCCTCAGCTTGCGGAGGTCATTTACGACAGGAACAAGAAGGTTCCAAGAGACTC
TCGCATCAATCTCAAGGGTTTCATGATTGGGAATGCGGCTATCAATGAGGAAACAGACAT
GACAGGACTAGTGGACTACACATGGAGCCACGCTATAGTATCTGACGAGCTCCACAGTAA
CCTTCATAGCACGTGCCGTCTTGAGGAAGAGCAAACGAGCAACAAGACCATACAATGCAT
CGAAAACATCAAAGCTTTCTCGGAAGCTTACAACGATATCGATATATACAGCATCTATAC
TCCCGTTTGCCTCTCCTCTGATTCGTCGTCTTCTTCTCCAAGAAGACCTAAACTCGTCGT
GTCTCCTAGTCTCTTTACTTATCACGACATGTGGGATAAGTTTCCTGCTGCCGGGTACGA
TCCATGTACAGAAGCCTATACCGAAAACTATTTCAACCGGAAAGATGTGCAGGTGGCGCT
CCATGCGAACGTAACAAACCTTCCTTATCCATACACTCCTTGCAGCGGGGTA
T

QA 2 593 2 593
DS 

RD RR3D083JQ 675 0 0
TCTGATTCGTCGTCTTCTTCTCCAAGAAGACCTAAACTCGTCGTGTCTCCTAGTCTCTTT
ACTTATCACGACATGTGGGATAAGTTTCCTGCTGCAGGGTACGATCCATGTACAGAAGCC
TATACCGAAAACTATTTCAACCGGAAAGATGTGCAGGTGGCGCTCCATGCGAATGTAACA
AACCTTCCTTATCCATACACTCCTTGCAGCGGGGTAATAAGGAGATGGGGTGAGGCTCCA
TCCACCGTGCTTCCCATCATCCAGAAGCTTTTGACGGGCGGCCTACGCATCTGGATCTAT
AGTGGAGATACTGATGGGAGAGTACCAGTAACATCTACGCGTTATAGCATAAAGAAGACG
GGACCAAAGGTAATGTTACCGTGGAGGTCATGGTTTCACGAGAGTCAAGTGGGTGGATGG
GTTGAGACTTACGCTGGAGGACTAACGTTTGCTACAGTTAGAGGAGCTGGTCATCAGGTC
CCGGTCTTTGCTCCGGCGCAATCCCTCACCTTATTCTCTCACTTTCTCTCTTCCACCCCA
TTGCCTTCAAAACGTTTCTGATCACTACCGCCAAGCCATGGCAAAGTTGTTGTTATCTTG
AAACCGTTGTAGGGTACTTGATACCCAATTGATATAATGAGTTTCAGTTAATCAAATAAA
AACATTTTAAACCTT

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 3

CO CL3508Contig1 713 3 3 U
GAAGGTGGAGACGGAGCTCTCCTCCGTCTGCTCCGGGATCCTCAAGCTCCTCGAGGAGCA
CCTGATCCCGTCGGCGGCGGCGAGCGAGTCGAAGGTGTTTTATCTGAAGATGAAGGGGGA
TTACCATCGGTACATGGCGGAGTTTAAGTCGGGGGAGGAGAGGAAAGCGGCTGCTGAGGA
TACCATGGTCGCTTACAAGGCGGCTCAGGATATTGCTGCTGCTGATATGGCGCCTACTCA
TCCGATTAGGCTTGGTCTTGCGTTGAATTTCTCGGTGTTTTACTATGAGATTCTTAATTC
TTCCGACAAAGCTTGTGACATGGCCAAACAGGCTTTTGAAGAAGCAATAGCTGAGCTTGA
CACTTTGGGAGAAGAGTCATACAAAGACAGCACTCTCATTATGCTGTTGCTTAGGGACAA
TCTTACCCTCTGGACCTCCGATATGCAGGAGCAGATGGACGAGGCGTGAGGATCTTAAGG
AGGGGGGAGTGGAGAGTGTTATTCGCCATGTTTCCACCACCGTTTTCGATATCCACATCC
ATCCCCCGTAGCCTTTGCTCAGAAAAAAAGTATTTTTAAGTGTTTATGAAGATTTATGTG
CACAGCTTGTGATGATTGATCTACTCTATTAATATGTCTTAAACTGTGTTCTCTAGACAA
TTTGCCATGTCTTGACTTTGCTTAAGCTTTGAAAACCTCTCTCCCTCTCTCTC


BQ
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AF RR3FF77TF U 1
AF RR3FF77JQ C 32
AF RR3EF84TF U 116
BS 1 524 RR3FF77TF
BS 525 682 RR3EF84TF
BS 683 713 RR3FF77JQ

RD RR3FF77TF 524 0 0
GAAGGTGGAGACGGAGCTCTCCTCCGTCTGCTCCGGGATCCTCAAGCTCCTCGAGGAGCA
CCTGATCCCGTCGGCGGCGGCGAGCGAGTCGAAGGTGTTTTATCTGAAGATGAAGGGGGA
TTACCATCGGTACATGGCGGAGTTTAAGTCGGGGGAGGAGAGGAAAGCGGCTGCTGAGGA
TACCATGGTCGCTTACAAGGCGGCTCAGGATATTGCTGCTGCTGATATGGCGCCTACTCA
TCCGATTAGGCTTGGTCTTGCGTTGAATTTCTCGGTGTTTTACTATGAGATTCTTAATTC
TTCCGACAAAGCTTGTGACATGGCCAAACAGGCTTTTGAAGAAGCAATAGCTGAGCTTGA
CACTTTGGGAGAAGAGTCATACAAAGACAGCACTCTCATTATGCTGTTGCTTAGGGACAA
TCTTACCCTCTGGACCTCCGATATGCAGGAGCAGATGGACGAGGCGTGAGGATCTTAAGG
AGGGGGGAGTGGAGAGTGTTATTCGCCATGTTTCCACCACCGTT

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR3FF77JQ 682 0 0
TCCGGGATCCTCAAGCTCCTCGAGGAGCACCTGATCCCGTCGGCGGCGGCGAGCGAGTCG
AAGGTGTTTTATCTGAAGATGAAGGGGGATTACCATCGGTACATGGCGGAGTTTAAGTCG
GGGGAGGAGAGGAAAGCGGCTGCTGAGGATACCATGGTCGCTTACAAGGCGGCTCAGGAT
ATTGCTGCTGCTGATATGGCGCCTACTCATCCGATTAGGCTTGGTCTTGCGTTGAATTTC
TCGGTGTTTTACTATGAGATTCTTAATTCTTCCGACAAAGCTTGTGACATGGCCAAACAG
GCTTTTGAAGAAGCAATAGCTGAGCTTGACACTTTGGGAGAAGAGTCATACAAAGACAGC
ACTCTCATTATGCTGTTGCTTAGGGACAATCTTACCCTCTGGACCTCCGATATGCAGGAG
CAGATGGACGAGGCGTGAGGATCTTAAGGAGGGGGGAGTGGAGAGTGTTATTCGCCATGT
TTCCACCACCGTTTTCGATATCCACATCCATCCCCCGTAGCCTTTGCTCAGAAAAAAAGT
ATTTTTAAGTGTTTATGAAGATTTATGTGCACAGCTTGTGATGATTGATCTACTCTATTA
ATATGTCTTAAACTGTGTTCTCTAGACAATTTGCCATGTCTTGACTTTGCTTAAGCTTTG
AAAACCTCTCTCCCTCTCTCTC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3EF84TF 567 0 0
GGGGATTACCATCGGTACATGGCGGAGTTTAAGTCGGGGGAGGAGAGGAAAGCGGCTGCT
GAGGATACCATGGTCGCTTACAAGGCGGCTCAGGATATTGCTGCTGCTGATATGGCGCCT
ACTCATCCGATTAGGCTTGGTCTTGCGTTGAATTTCTCGGTGTTTTACTATGAGATTCTT
AATTCTTCCGACAAAGCTTGTGACATGGCCAAACAGGCTTTTGAAGAAGCAATAGCTGAG
CTTGACACTTTGGGAGAAGAGTCATACAAAGACAGCACTCTCATTATGCAGTTGCTTAGG
GACAATCTTACCCTCTGGACCTCCGATATGCAGGAGCAGATGGACGAGGCGTGAGGATCT
TAAGGAGGGGGGAGTGGAGAGTGTTATTCGCCATGTTTCCACCACCGTTTTCGATATCCA
CATCCATCCCCCGTAGCCTTTGCTCAGAAAAAAAGTATTTTTAAGTGTTTATGAAGATTT
ATGTGCACAGCTTGTGATGATTGATCTACTCTATTAATATGTCTTAAACTGTGTTCTCTA
GACAATTTGCCATGTCTTGACTTTGCT

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 3

CO CL3509Contig1 800 3 6 U
GGCTACTCTCCTCTCCTCTTCTTCCCTACTTCCAAACCTTACGCACGGCGGCGATGCTTA
AAACTCTTTTTAAGCCTAACGGAAAGAGCGTCCTCATGGCGGGAGCTAACAACCGGACGA
GGCGCTTAAGGCCGAACCTACTGATCACGGGGACTCCTGGTACCGGTAAATCCACGACGG
CTTCTGCTCTGGCGGAGGCCACGAACTTCCGGCATATCTGCGTCGGAGATCTCGTCAAAG
AGAAGAACTTGCACGATGGTTGGGACGATCAATTCGAGTGCCACGTCATCAACGAAGACC
TGGTGTGTGATGAGCTTGAAGATATAATGGAAGGAGGAGGTGTAATTGTAGATTACCACG
GATGTTACTTCTTCCCTGAGCGCTGGTTCGATCGTGTTGTCGTCCTTCGAACTGAAAACT
CCGTCCTCTATGACCGTTTGATCAAGAGGGATTATTCGGGAACCAAGCTTAGTAACAACA
TTGAATGCGAGATCTTCCAAGTCCTGCTCGAAGAAGCAAGAGATAGTTACAAAGAGGAGA
TTGTCATCGCGCTACAAAGTAACACAATCGAAGATATCTCTAACAATGTCGCAAGTTTGA
CTGAATGGATCACCACTTGGCAGTCATGAGAAGGTGACGTGTCATCAATCTTGATGACAG
TGCTTCTTTAAGATCCAGCTTTTGGTAGTTTCTGTATCGGGGTTTGCTTGCAATTTGTAT
TACTGATATTATTGAAAGACTAATTCCGCTGTTGCGATCAAGCTTATTATGTTATGTATG
CTCCGTTTGATACTCTTATT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F537TF U 1
AF RR3D893TF U 1
AF RR3D893JQ C 98
BS 1 17 RR3D893TF
BS 18 19 RR3F537TF
BS 20 40 RR3D893TF
BS 41 41 RR3F537TF
BS 42 690 RR3D893TF
BS 691 800 RR3D893JQ

RD RR3F537TF 628 0 0
GGCTACTCTCCTCTCCTCTTCTTCCCTACTTCCAAACCTTACGCACGGCGGCGATGCTTA
AAGCTCTTTTTAAGCCTAACGGAAAGAGCGTCCTCATGGCGGGAGCTAACAACCGGACGA
GGCGCTTAAGGCCGAACCTACTGATCACGGGGACTCCTGGTACCGGTAAATCGACGACGG
CTTCTGCTCTGGCGGAGGCCACGAACTTCCGGCATATCTGCGTCGGAGATCTCGTCAAAG
AGAAGAACTTGCACGATGGTTGGGACGATCAGTTCGAGTGCCGCGTCATCAACGAAGACC
TGGTGTGTGATGAGCTAGAAGATATAATGGAAGGAGGAGGTGTGATTGTAGATTACCACG
GATGTGACTTCTTCCCTGAGCGCTGGTTTGATCGTGTTGTCGTCCTTCGAACTGAAAACT
CCGTCCTCTATGACCGTTTAATCAAGAGGGATTATTCGGGAACCAAGCTTAGTAACAACA
TTGAATGCGAGATCTTCCAAGTCCTGCTCGAAGAAGCAAGAGATAGTTACAAAGAGGAGA
TTGTCATCGCGCTACAAAGTAACACAATCGAAGATATCTCTAACAATGTCGCAAGTTTGA
CTGAATGGATCACCACTTGGCAGTCATG

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3D893TF 693 0 0
GGCTACTCTCCTCTCCT**TCTTCCCTACTTCCAAACCTTCCGCACGGCGGCGATGCTTA
AAACTCTTTTTAAGCCTAACGGAAAGAGCGTCCTCATGGCGGGAGCTAACAACCGGACGA
GGCGCTTAAGGCCGAACCTACTGATCACGGGGACTCCTGGTACCGGTAAATCCACGACGG
CTTCTGCTCTGGCGGAGGCCACGAACTTCCGGCATATCTGCGTCGGAGATCTCGTCAAAG
AGAAGAACTTGCACGATGGTTGGGACGATCAATTCGAGTGCCACGTCATCAACGAAGACC
TGGTGTGTGATGAGCTTGAAGATATAATGGAAGGAGGAGGTGTAATTGTAGATTACCACG
GATGTTACTTCTTCCCTGAGCGCTGGTTCGATCGTGTTGTCGTCCTTCGAACTGAAAACT
CCGTCCTCTATGACCGTTTGATCAAGAGGGATTATTCGGGAACCAAGCTTAGTAACAACA
TTGAATGCGAGATCTTCCAAGTCCTGCTCGAAGAAGCAAGAGATAGTTACAAAGAGGAGA
TTGTCATCGCGCTACAAAGTAACACAATCGAAGATATCTCTAACAATGTCGCAAGTTTGA
CTGAATGGATCACCACTTGGCAGTCATGAGAAGGTGACGTGTCATCAATCTTGATGACAG
TGCTTCTTTAAGATCCAGCTTTTGGTAGTT
CTG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3D893JQ 703 0 0
GGCGGGAGCTAACAACCGGACGAGGCGCTTAAGGCCGAACCTACTGATCACGGGGACTCC
TGGTACCGGTAAATCCACGACGGCTTCTGCTCTGGCGGAGGCCACGAACTTCCGGCATAT
CTGCGTCGGAGATCTCGTCAAAGAGAAGAACTTGCACGATGGTTGGGACGATCAATTCGA
GTGCCACGTCATCAACGAAGACCTGGTGTGTGATGAGCTTGAAGATATAATGGAAGGAGG
AGGTGTAATTGTAGATTACCACGGATGTTACTTCTTCCCTGAGCGCTGGTTCGATCGTGT
TGTCGTCCTTCGAACTGAAAACTCCGTCCTCTATGACCGTTTGATCAAGAGGGATTATTC
GGGAACCAAGCTTAGTAACAACATTGAATGCGAGATCTTCCAAGTCCTGCTCGAAGAAGC
AAGAGATAGTTACAAAGAGGAGATTGTCATCGCGCTACAAAGTAACACAATCGAAGATAT
CTCTAACAATGTCGCAAGTTTGACTGAATGGATCACCACTTGGCAGTCATGAGAAGGTGA
CGTGTCATCAATCTTGATGACAGTGCTTCTTTAAGATCCAGCTTTTGGTAGTTTCTGTAT
CGGGGTTTGCTTGCAATTTGTATTACTGATATTATTGAAAGACTAATTCCGCTGTTGCGA
TCAAGCTTATTATGTTATGTATGCTCCGTTTGATACTCTTATT

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL3510Contig1 810 2 2 U
GGCTCGCTTCTAGAAAGAGAATATCAATCAAAAATCTATGGCGGAGAAGCTCGAGCCCGC
GAAGGTTCTGTACTGCGGAGTCTGCTCTCTTCCAGCAGAATACTGCGAGTTCGGTCCCGA
TTTCGCGAGATGTAAGCCCTGGCTCATTGATAACGCTCCCGATCTCTACCCTGATCTCCT
CAAAGAAGCTAATGAGAAGGGAGTAGATAATGTTTCTGATAGGCTCCAGTCGGTGGGAAT
CTCTGGCGCTGATGGTGCTGCACCCTCTTCTTCTCAGACTGGAGGGACATCTAAGAAGGA
GGAAGTGAAACGCCTTCCTGGGGGGAAAGTTAAAAAGAAAGAGAGACTAGAAGTTATTAT
TGAAAAGGTTGTGCGCAACAAGCGCAAGAGTATCACCATTGTGAAAGGACTAGAACTCTT
TGGGATAAAACTCAGTGATGCGTCTAAAAAACTTGGGAAGAAGTTTGCCACTGGAGCATC
AGTTGTCAAGGGACCAACTGAGAAGGAGCAAATTGATGTTCAAGGAGATATAATCTATGA
CATCGTTGAATTCATTACAGACACTTGGCCCGACGTACCTGAAAGATCCATTTTCTTCAT
TGAAGATGGGAAGAAGGTTCAGGCTGGTTAATGATCACGTTTGTCTTGTTTTTTTGTTTT
TTGTTGGGCATGGAAGGTTCGTGTAGACGAACTAGTTTCCGAGTCCTCCCATGTGTTTTT
CTTCTTATTACCAAACGTCTCTGTTTTTCTTTGTGGATCTTAACATTTTAAAACTATTTT
TTTAAAATCTTTCTAATCGATGTAGTGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EK95TF U 1
AF RR3EK95JQ C 110
BS 1 583 RR3EK95TF
BS 584 810 RR3EK95JQ

RD RR3EK95TF 583 0 0
GGCTCGCTTCTAGAAAGAGAATATCAATCAAAAATCTATGGCGGAGAAGCTCGAGCCCGC
GAAGGTTCTGTACTGCGGAGTCTGCTCTCTTCCAGCAGAATACTGCGAGTTCGGTCCCGA
TTTCGCGAGATGTAAGCCCTGGCTCATTGATAACGCTCCCGATCTCTACCCTGATCTCCT
CAAAGAAGCTAATGAGAAGGGAGTAGATAATGTTTCTGATAGGCTCCAGTCGGTGGGAAT
CTCTGGCGCTGATGGTGCTGCACCCTCTTCTTCTCAGACTGGAGGGACATCTAAGAAGGA
GGAAGTGAAACGCCTTCCTGGGGGGAAAGTTAAAAAGAAAGAGAGACTAGAAGTTATTAT
TGAAAAGGTTGTGCGCAACAAGCGCAAGAGTATCACCATTGTGAAAGGACTAGAACTCTT
TGGGATAAAACTCAGTGATGCGTCTAAAAAACTTGGGAAGAAGTTTGCCACTGGAGCATC
AGTTGTCAAGGGACCAACTGAGAAGGAGCAAATTGATGTTCAAGGAGATATAATCTATGA
CATCGTTGAATTCATTACAGACACTTGGCCCGACGTACCTGAA

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3EK95JQ 701 0 0
TTCGGTCCCGATTTCGCGAGATGTAAGCCCTGGCTCATTGATAACGCTCCCGATCTCTAC
CCTGATCTCCTCAAAGAAGCTAATGAGAAGGGAGTAGATAATGTTTCTGATAGGCTCCAG
TCGGTGGGAATCTCTGGCGCTGATGGTGCTGCACCCTCTTCTTCTCAGACTGGAGGGACA
TCTAAGAAGGAGGAAGTGAAACGCCTTCCTGGGGGGAAAGTTAAAAAGAAAGAGAGACTA
GAAGTTATTATTGAAAAGGTTGTGCGCAACAAGCGCAAGAGTATCACCATTGTGAAAGGA
CTAGAACTCTTTGGGATAAAACTCAGTGATGCGTCTAAAAAACTTGGGAAGAAGTTTGCC
ACTGGAGCATCAGTTGTCAAGGGACCAACTGAGAAGGAGCAAATTGATGTTCAAGGAGAT
ATAATCTATGACATCGTTGAATTCATTACAGACACTTGGCCCGACGTACCTGAAAGATCC
ATTTTCTTCATTGAAGATGGGAAGAAGGTTCAGGCTGGTTAATGATCACGTTTGTCTTGT
TTTTTTGTTTTTTGTTGGGCATGGAAGGTTCGTGTAGACGAACTAGTTTCCGAGTCCTCC
CATGTGTTTTTCTTCTTATTACCAAACGTCTCTGTTTTTCTTTGTGGATCTTAACATTTT
AAAACTATTTTTTTAAAATCTTTCTAATCGATGTAGTGTAT

QA 1 701 1 701
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3512Contig1 913 3 38 U
GGTCCAAATAATAGCGAAGAGAACTTTGACGATAGACTTCCACAACAATGTTTTGCAGCT
AATAAAACAAAAGACCCAACGACATCAAATATGACCAGTACGTTTTTTCTTTCACGACAG
AATAGTCGGCACATTCAACTCACAACCCCAACCTAAACACAGAAGTAAGAACCAAAAGTC
TACTAAAAATCAGAAAAGGACATTATATATAAAAAGTCAAAAGGAGAACCACAAAGGCGG
GGGTAGGGTATAAAGCAGCTTCCTTCTGATATTCGTCATCATCATATCATCATCCC*AAC
TGCACCTTGTTCAAGCTCCGTCATGCTTCCAGGAATATCCTTTGTCAACTTTGGCTGTTT
TTCGAGAGCTGTTATGGTGGACCTAAGCAGACCATCTCCTACGATCCCCCGCAGTTTCCT
CACGAACTCTGCTCGCGTCATCTTTTTCCCCCTCAATTGTTGGTAGTCAGCATTGATTAA
AGACATGTCTTTCTCTGAAATTATATGTGAGATTGCTGCAAACAGAGTAGGGAAAGGCAT
CCGTGGCGAGTTGGGTTTTGTCGTGCTCGAACCCACACTGTTTGCGCTCCCGCTCCCTGA
ACCTCCTTCAGGTCCGTTTGATACCAACTGTGGAGGAGCATCCTTTGGTCCTTCCAAAGT
GACACCTGAGTTATCATGCCTGGCAACCAAGTGACCTTCAGCATTGGTGGGAACAGACAG
CTTGAACCTAGCAACAAATTCTGGGAAAATATGGGTGTTCATATTGATGTTCCACACAAT
GTAATTCTTTGGGTTCTCGACATCATCCACTCCATTGTCATATTCTTCTCTACCAGAGAA
GAACTGCGCTTTGTCACCACGAAGAAGCTCCATGTTCCCCATTATTACACGGCATAAAAC
CATGTACCGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB27JQ U 1
AF RR3B833TF C 152
AF RR3B833JQ U 40
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BS 748 748 RR3B833JQ
BS 749 821 RR3CB27JQ
BS 822 913 RR3B833JQ

RD RR3CB27JQ 821 0 0
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AATAGTCGGCACATTCAACTCACAACCCCAACCTAAACACAGAAGTAAGAACCAAAAGTC
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AGACATGTCTTTCTCTGAAATCATATGTGAGATTGCTGCAAAAAGAGTAGGGAAAGGCAT
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CTTGAACCTAACAACAAATTCTGGGAATATATGGGTGTTCATATTGATGTTCCACACAAT
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QA 1 821 1 821
DS 

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TGTCAACTTTGGCTGTTTTTCGAGAGCTGTTATGGTGGACCTAAGCAGACCATCTCCTAC
GATCCCCCGCAGTTTCCTCACGAACTCTGCTCGCGTCATCTTTTTCCCCCTCAATTGTTG
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CAGAGTAGGGAAAGGCATCCGTGGCGAGTTGGGTTTTGTCGTGCTCGAACCCACACTGTT
TGCGCTCCCGCTCCCTGAACCTCCTTCAGGTCCGTTTGATACCAACTGTGGAGGAGCATC
CTTTGGTCCTTCCAAAGTGACACCTGAGTTATCATGCCTGGCAACCAAGTGACCTTCAGC
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ATTGATGTTCCACACAATGTAATTCTTTGGGTTCTCGACATCATCCACTCCATTGTCATA
TTCTTCTCTACCAGAGAAGAACTGCGCTTTGTCACCAC

QA 12 709 12 709
DS 

RD RR3B833JQ 874 0 0
CCACAACAATGTTTTGCAGCTAATAAAACAAAAGACCCAACGACATCAAATATGACCAGT
ACGTTTTTTCTTTCACGACAGAATAGTCGGCACATTCAACTCACAACCCCGACCTAAACA
CA**AGTAAGAACCAAAAGTCTACTAAAAATCAGAAAAGGACATTATATATAAAAAGTCA
AAAGGAGAACCACAAAGGCGGGGGTAGGGTATAAAGCAGCTTCCTTCTGATATTCGTCAT
CATCATATCATCATCCC*AACTGCACCTTGTTCAAGCTCCGTCATGCTTCCAGGAATATC
CTTTGTCAACTTTGGCTGTTTTTCGAGAGCTGTTATGGTGGACCTAAGCAGACCATCTCC
TACGATCCCCCGCAGTTTCCTCACGAACTCTGCTCGCGTCATCTTTTTCCCCCTCAATTG
TTGGTAGTCAGCATTGATTAAAGACATGTCTTTCTCTGAAATTATATGTGAGATTGCTGC
AAACAGAGTAGGGAAAGGCATCCGTGGCGAGTTGGGTTTTGTCGTGCTCGAACCCACACT
GTTTGCGCTCCCGCTCCCTGAACCTCCTTCAGGTCCGTTTGATACCAACTGTGGAGGAGC
ATCCTTTGGTCCTTCCAAAGTGACACCTGAGTTATCATGCCTGGCAACCAAGTGACCTTC
AGCATTGGTGGGAACAGACAGCTTGAACCTAGCAACAAATTCTGGGAAAATATGGGTGTT
CATATTGATGTTCCACACAATGTAATTCTTTGGGTTCTCGACATCATCCACTCCATTGTC
ATATTCTTCTCTACCAGAGAAGAACTGCGCTTTGTCACCACGAAGAAGCTCCATGTTCCC
CATTATTACACGGCATAAAACCATGTACCGAACC

QA 1 874 1 874
DS 



AS 1 3

CO CL3513Contig1 1073 3 2 U
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AAGAAAATTAAAAACGAAACAAAGAGCCACTTTATGTTTCATCGAACACACGAGTGTACA
CACATACATAAACATATAATATTATACAACATCCACAAATCTTCAGGGCTTCTTTTGACT
TCTCACACCACTTCCAAGAACCATACCAACCACCTTTCCTTTCACCCACCACGTGCTTCG
AACCATAACTTTAAACAGCACAAATAAGGCGCGTGCTCGGGACAGCGTAAAGACGCGTGG
CTTTAGGAGCCGTCAGACCAAACACGTCGCTCATATCAAGCTCGCTTGGTTTCATGCCAT
CAGGTAATTTCCACGTGAAGCAATGTAATATATGGGCCACGGCTAGTTCAAGTGCGTATA
ACCCGAGTTGCATACCCGGGCATGATCTACGACCCGACCCGAATGGTATAAACTCGAAGT
TACTCCCTTTAAAATCTGGTACGCCCGGTTCCAAAAACCTAGATGGTCTAAACGTTTCGG
GGTCGACCCAAGAGTTCTTGTCGCGTCCAATCGCGAACGCGTTGATCATAACGCGAGATT
TCTTGGGAACGAAGTAACCGTCGATCTCAGTGTCCTCTGCGGTTTCGTGGAGGAGGAGTG
GGATCGGTGGGTGTAGCCTTAGGGTTTCTTTGAGTGTGCATTTCAGAAAAGTCAACTTCT
CGATGTCTGATTCTTCCACATGTCTGTCAAGTCCGACTACTTCAGCGAGTTCTTGTTGAA
CTCGTTTTAGATCCTCGGGGCTCCGCAATAACTCAGTTAATGCCCACTCTATCGCTGACG
CTACCGTTTCCGTTCCTCCAAACATAACGTCCATGATGATTGCTTTGATATTGTCACGGG
TAAGTTTAATGGAGTTCTGAAGTTCTGTTGCCTCACTCACTAGTTTCGCCTCTTCACTGT
AAAATGCAAGAAGATCATCAACCATATCGGTATCAACAACTTCTCCATCATCAGCTGTGT
TTTGATTCTCTTTCTTCTTCATGTGTTCATCGATGATATCGTCAATAAATCCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU29JQ U 5
AF RR3EJ57JQ U 1
AF RR3EJ57TF C 271
BS 1 752 RR3EJ57JQ
BS 753 1073 RR3EJ57TF

RD RR3EU29JQ 513 0 0
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AAATTAAAAACGAAACAAAGAGCCACTTTATGTTTCATCGAACACACGAGTGTACACACA
TACATAAACATATAATATTATACAACATCCACAAATCTTCAGGGCTTCTTTTGACTTCTC
ACACCACTTCCAAGAACCATACCAACCACCTTTCCTTTCACCCACCACGTGCTTCGAACC
ATAACTTTAAACAGCACAAATAAGGCGCGTGCTCGGGACAGCGTAAAGACGCGTGGCTTT
AGGAGCCGTCAGACCAAACACGTCGCTCATATCAAGCTCGCTTGGTTTCATGCCATCAGG
TAATTTCCACGTGAAGCAATGTAATATATGGGCCACGGCTAGTTCAAGTGCGTATAACCC
GAGTTGCATACCCGGGCATGATCTACGACCCGACCCGAATGGTATAAACTCGAAGTTACT
CCCTTTAAAATCTGGTACGCCCGGTTCCAAAAA

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3EJ57JQ 752 0 0
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AAGAAAATTAAAAACGAAACAAAGAGCCACTTTATGTTTCATCGAACACACGAGTGTACA
CACATACATAAACATATAATATTATACAACATCCACAAATCTTCAGGGCTTCTTTTGACT
TCTCACACCACTTCCAAGAACCATACCAACCACCTTTCCTTTCACCCACCACGTGCTTCG
AACCATAACTTTAAACAGCACAAATAAGGCGCGTGCTCGGGACAGCGTAAAGACGCGTGG
CTTTAGGAGCCGTCAGACCAAACACGTCGCTCATATCAAGCTCGCTTGGTTTCATGCCAT
CAGGTAATTTCCACGTGAAGCAATGTAATATATGGGCCACGGCTAGTTCAAGTGCGTATA
ACCCGAGTTGCATACCCGGGCATGATCTACGACCCGACCCGAATGGTATAAACTCGAAGT
TACTCCCTTTAAAATCTGGTACGCCCGGTTCCAAAAACCTAGATGGTCTAAACGTTTCGG
GGTCGACCCAAGAGTTCTTGTCGCGTCCAATCGCGAACGCGTTGATCATAACGCGAGATT
TCTTGGGAACGAAGTAACCGTCGATCTCAGTGTCCTCTGCGGTTTCGTGGAGGAGGAGTG
GGATCGGTGGGTGTAGCCTTAGGGTTTCTTTGAGTGTGCATTTCAGAAAAGTCAACTTCT
CGATGTCTGATTCTTCCACATGTCTGTCAAGT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3EJ57TF 803 0 0
GCGTGCTCGGGACAGCGTAGAGACGCGTG*CTTTAGGAGC*GTCAGACCAAACACGTCGC
TCATATCAAGCTCGCTTGGTTTCATGCCATCAGGTAATTTCCACGTGAAGCAATGTAATA
TATGGGCCACGGCTAGTTCAAGTGCGTATAACCCGAGTTGCATACCCGGGCATGATCTAC
GACCCGACCCGAATGGTATAAACTCGAAGTTACTCCCTTTAAAATCTGGTACGCCCGGTT
CCAAAAACCTAGATGGTCTAAACGTTTCGGGGTCGACCCAAGAGTTCTTGTCGCGTCCAA
TCGCGAACGCGTTGATCATAACGCGAGATTTCTTGGGAACGAAGTAACCGTCGATCTCAG
TGTCCTCTGCGGTTTCGTGGAGGAGGAGTGGGATCGGTGGGTGTAGCCTTAGGGTTTCTT
TGAGTGTGCATTTCAGAAAAGTCAACTTCTCGATGTCTGATTCTTCCACATGTCTGTCAA
GTCCGACTACTTCAGCGAGTTCTTGTTGAACTCGTTTTAGATCCTCGGGGCTCCGCAATA
ACTCAGTTAATGCCCACTCTATCGCTGACGCTACCGTTTCCGTTCCTCCAAACATAACGT
CCATGATGATTGCTTTGATATTGTCACGGGTAAGTTTAATGGAGTTCTGAAGTTCTGTTG
CCTCACTCACTAGTTTCGCCTCTTCACTGTAAAATGCAAGAAGATCATCAACCATATCGG
TATCAACAACTTCTCCATCATCAGCTGTGTTTTGATTCTCTTTCTTCTTCATGTGTTCAT
CGATGATATCGTCAATAAATCCC

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 3

CO CL3514Contig1 834 3 12 U
GATTCAGTAAAAGGGATTCATTCAGATAGTCCATTTTATGTGATTCGACTCGAACACAAC
AAACATACAAAAAAAGACATCGCGGATGAATCAGTCCGTCTCTAACCGAGCAATGTAGAT
GTCATAGTACTTCCCGGCTTTCTCGAGATCTCCCAGCTCAGTGTAACAATCTGCTATAGC
TCCATAAGCTTCAGTGCTTCCAGAATCTTCTCCTTCCCTCTTCGAGATGGCTAGGACCAT
GTTGTGATACTGTATGGCATCTCTGTACTTCCCCTGACGTTGCAGCGAAGCGCCTAACCC
TCTGGCAGCCTTCTTTTCTTCGATGGGGTCTCTGAAACTCTGGGCAAGTTCCAAAGCTGT
CTTGAACTCTTCAAAGGCTTTCTCTGGCTCTTGGTTCCTCAAATAGGTCTTTCCTGTTTT
CAACTTGGAAATCAACTCGTGTTTCTTTGGCCCCATCATGACCATCTCGCTCTCGGGGAT
TCTAGCTCCTACTGGTACTGGTGCGTAACTTAATGCTGGTGCGTAAGACTCGATTTTCGC
TTGTTTCCTAAGAGCTGCGTTGATCTGCCGTAGCTGTTCGTTCAACCTCTGTAACTCCCC
TCTCCTCTGCCGAGCAAGCAACCCTCCAACAGTGGCTCCAACAAGAGCTACAAGCGAGAA
AACAGGCATGCTGAACATGGAGTTGAACTCTGGCTGGCAAACCTCAGCAGCAAGAGCTTC
AAGTGGTGTACACATCAGAATCGAGTTTGTCAACAAAACTGCCATCACCGGTAGTTTCAG
CCTCCCAAAAGCTGATAACTTGTCAAAAGTTTCCACGCTGACAAATGGTGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CP40JQ U 1
AF RR3AU71JQ U 191
AF RR3AU71TF C 566
BS 1 274 RR3CP40JQ
BS 275 277 RR3AU71JQ
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BS 453 515 RR3CP40JQ
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BS 517 753 RR3CP40JQ
BS 754 755 RR3AU71JQ
BS 756 762 RR3CP40JQ
BS 763 763 RR3AU71JQ
BS 764 789 RR3CP40JQ
BS 790 834 RR3AU71JQ

RD RR3CP40JQ 803 0 0
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AAACATACAAAAAAAGACATCGCGGATGAATCAGTCCGTCTCTAACCGAGCAATGTAGAT
GTCATAGTACTTCCCGGCTTTCTCGAGATCTCCCAGCTCAGTGTAACAATCTGCTATAGC
TCCATAAGCTTCAGTGCTTCCAGAATCTTCTCCTTCCCTCTTCGAGATGGCTAGGACCAT
GTTGTGATACTGTATGGCATCTCTGTACTTCCCC***CGTTGCAGCGAAGCGCCTAACCC
TCTGGCAGCCTTCTTTTCTTCGATGGGGTCTCTGAAACTCTGGGCAAGTTCCAAAGCTGT
CTTGAACTCTTCAAAGGCTTTCTCTGGCTCTTGGTTCCTCAAATAGGTCTTTCCTGTTTT
CAACTTGGAAATCAACTCGTGTTTCTTTGGCTCCATCATGACCATCTCGCTCTCGGGGAT
TCTAGCTCCTACTGGTACTGGTGCGTAACTTAATGTTGGTGCGTAAGACTCGATTTTCGC
TTGTTTCCTAAGAGCTGCGTTGATCTGCCGTAGCTGTTCGTTCAACCTCTGTAACTCCCC
TCTCCTCTGCCGAGCAAGCAACCCTCCAACAGTGGCTCCAACAAGAGCTACAAGCGAGAA
AACAGGCATGCTGAACATGGAGTTGAACTCTGGCTGGCAAACCTCAGCAGCAAGAGCTTC
AAGTGGTGTACACATCAGAATCGAGTTTGTCAA**AAACTGC*ATCACCGGTAGTTTCAG
CCTCCCAAA
GCTGATACTTGTCA

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3AU71JQ 644 0 0
TCAGTGCTTCCAGAATCTTCTCCTTCCCTCTTCGAGATGGCTAGGACCATGTTGTGGTAC
TGTATGGCATCTCTGTACTTCCCCTGACGTTGCAGCGAAGCGCCTAACCCTCTGGCAGCC
TTCTTTTCTTCGATGGGGTCTCTGAAACTCTGGGCAAGTTCCAAAGCTGTCTTGAACTCT
TCAAAGGCTTTCTCTGGCTCTTGGTTCCTCAAATAGGTCTTTCCTGTTTTCAACTTGGAA
ATCAACTCGTGTTTCTTTGGCCCCATCATGACCATCTCGCTCTCGGGGATTCTAGCTCCT
ACTGGTACTGGTGCGTAACTTAATGCTGGTGCGTAAGACTCGATTTTCGCTTGTTTCCTA
AGAGCTGCGTTGATCTGCCGTAACTGTTCGTTCAACCTCTGTAACTCCCCTCTCCTCTGC
CGAGCAAGCAACCCTCCAACAGTGGCTCCAACAAGAGCTACAAGCGAGAAAACAGGCATG
CTGAACATGGAGTTGAACTCTGGCTGGCAAACCTCAGCAGCAAGAGCTTCAAGTGGTGTA
CACATCAGAATCGAGTTTGTCAACAAAACTGCCATCACCGGTAGTTTCAGCCTCCCAAAA
GCTGATAACTTGTCAAAAGTTTCCACGCTGACAAATGGTGTTTG

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3AU71TF 261 0 0
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CCAACAGTGGCTCCAACAAGAGCTACAAGCGAGAAAACAGGCATGCTGAACATGGAGTTG
AACTCTGGCTGGCAAACCTCAGCAGCAAGAGCTTCAAGTGGTGTACACATCAGAATCGAG
TTTGTCAACAAAACTGCCATCACCGGTAGTTTCAGCCTCCCAAAAGCTGATAACTTGTCA
AAAGTTTCCACGCTGACAAAT

QA 1 261 1 261
DS 



AS 1 3

CO CL3515Contig1 1334 3 8 U
GGAAGTAAATTAACTTTAGTTACCTTTTATGGCAGAAATTTGAGGTCAAATTTTGAAAAT
TGTGAAAGATTGTTTGGTTACTTAACAATGGAGCTTGCATGCAGGAAAAGAGAGAAGAAA
AAAGCTTTACATTGTAAAGATGCTAATAATTGAACAAACCTACTTGAAGTCAATGCTGCA
CCAAGCTTGGTCTCTTCTCCATGTGCTCATACTGGACAACAAAATGTCCCTTTCTGACTG
TTTTGAAGGAGTTTGGATCTAGGCACTCGTATGTTCCTCTTTCATATACAGCTGTTCTGA
CCAAAGGTTCCCCAACTCTGAAGAACCATAATTTGTGTTCCTTATGGTAAAACCAACCTC
TTTCGTAAAGTTCATCTGCTGCGTATAGTTGTGCTTCGTCTTTTGGCATACTGTAAAATG
TGTAAAACAATAACTCGAAGGAAAACCTTCTGAAACTTGCTCGAGTTAGAGGCGGAGGTG
GCGTTGCGTAATAACAATTTGGCACTGTGAACTCGACCTCTGTCTTTGCAGGTTCATTAG
TCCAAGGGGAAGCAAATGTCTTGTAGAGTTTTCCAGTTGAATTCAAATCCAATCCTAGCG
TTGTTAAGTCGATGCCGAGAGCAAGAGAGGTTAAATCAGGTTTGGTCCCGTTTAGTACGT
CTAACAAGCCAAGCAAACAGAAAGGATCTGCTTCCGACTTAATCTCAGAATCTCTAAATT
GGTTGATGGATGACATTTGTTGCACAGGGAACTGGGATTGATTTTGTTGCTGCTGATACT
GCTGAATAAGCTGATCATAACCGTTACTGGAAACTGAATTGGGCGAGTTTAGAGGTCTCA
AGCCAAGACCTTGTAGCCCACCAGATGAAGTATGTTGTGGCTGTTGCTGTGTACGATGTG
ATGGATATGTTCCCCCTAAGTTGAAACCACCAGATCTAGGTATAGAAAAGTTTTGAGAGT
GCATCATTGACATAGCATTGTCATGGAGTTGTTCTTTCTGATGCAAATCCATAGGATAAT
CAGAACTACCACCTTTATATCCAGGGAGAGCCGGAAAGTCTTCATTTTGGATGCTGAACT
CCTGATGTTGTTGGACAATTGGGACTCCTAAACCTTGTTTCCTCAAAGAGCCCAGTTGTC
CTTGAGTGCCACTAGCAGAACCAGGACGACTTGTCAGCTGGGGGAAATCGTTATTGATGT
CAAAAAGAGAACTGTCGTTAGAGTGATCACTGAGCATCATATTGTTAACATGGTTCTGCG
AAAGTTGGCCGCCACCAGCATGGTAGGAGTTCCCCAGCATAGACATGACCTGAGATCCTT
GAGGAAGTCCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO47JQ U 42
AF RR3A238JQ U 1
AF RR3A238TF C 538
BS 1 157 RR3A238JQ
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BS 159 227 RR3A238JQ
BS 228 228 RR3FO47JQ
BS 229 430 RR3A238JQ
BS 431 433 RR3FO47JQ
BS 434 761 RR3A238JQ
BS 762 1334 RR3A238TF

RD RR3FO47JQ 585 0 0
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CAGGAAAAGAGAGAAGAAAAAAGCTTTACATTGTAAAGATGCTAATAATTGAACAAACCT
ACTTGAAGTCAATGCTGCACCAAGCTTGGTCTCTTCTCCATGTGCTCATACTGGACAACA
AAATGTCCCTTTCTGACTGTTTTGAAGGAGTTTGGATCTAGGCACTCGTATGTTCCTCTT
TCATATACAGCTGTTCTGACCAAAGGTTCCCCAACTCTGAAGAACCATAATTTGTGTTCC
TTATGGTAAAACCAACCTCTTTCGTAAAGTTCATCTGCTGCGTATAGTTGTGCTTCGTCT
TTTGGCATACTGTAAAATGTGTAAAACAATAACTCGAAGGAAAACCTTCTGAAACTTGCT
CGAGTTAGAGGCGGAGGTGGCGTTGCGTAATAACAATTTGGCACTGTGAACTCGACCTCT
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TTCAAATCCAATCCTAGCGTTGTTAAGTCGATGCCGAGAGCAAGA

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3A238JQ 761 0 0
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TGTGAAAGATTGTTTGGTTACTTAACAATGGAGCTTGCATGCAGGAAAAGAGAGAAGAAA
AAAGCTTTACATTGTAAAGATGCTAATAATTGAACAAGCCTACTTGAAGTCAATGCTGCA
CCAAGCTTGGTCTCTTCTCCATGTGCTCATACTGGACAACAAAATGTTCCTTTCTGACTG
TTTTGAAGGAGTTTGGATCTAGGCACTCGTATGTTCCTCTTTCATATACAGCTGTTCTGA
CCAAAGGTTCCCCAACTCTGAAGAACCATAATTTGTGTTCCTTATGGTAAAACCAACCTC
TTTCGTAAAGTTCATCTGCTGCGTATAGTTGTGCTTCGTCTTTTGGCATACTGTAAAATG
TGTAAAACAA***CTCGAAGGAAAACCTTCTGAAACTTGCTCGAGTTAGAGGCGGAGGTG
GCGTTGCGTAATAACAATTTGGCACTGTGAACTCGACCTCTGTCTTTGCAGGTTCATTAG
TCCAAGGGGAAGCAAATGTCTTGTAGAGTTTTCCAGTTGAATTCAAATCCAATCCTAGCG
TTGTTAAGTCGATGCCGAGAGCAAGAGAGGTTAAATCAGGTTTGGTCCCGTTTAGTACGT
CTAACAAGCCAAGCAAACAGAAAGGATCTGCTTCCGACTTAATCTCAGAATCTCTAAATT
GGTTGATGGATGACATTTGTTGCACAGGGAACTGGGATTGA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3A238TF 797 0 0
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CGTCTAACAAGCCAAGCAAACAGAAAGGATCTGCTTCCGACTTAATCTCAGAATCTCTAA
ATTGGTTGATGGATGACATTTGTTGCACAGGGAACTGGGATTGATTTTGTTGCTGCTGAT
ACTGCTGAATAAGCTGATCATAACCGTTACTGGAAACTGAATTGGGCGAGTTTAGAGGTC
TCAAGCCAAGACCTTGTAGCCCACCAGATGAAGTATGTTGTGGCTGTTGCTGTGTACGAT
GTGATGGATATGTTCCCCCTAAGTTGAAACCACCAGATCTAGGTATAGAAAAGTTTTGAG
AGTGCATCATTGACATAGCATTGTCATGGAGTTGTTCTTTCTGATGCAAATCCATAGGAT
AATCAGAACTACCACCTTTATATCCAGGGAGAGCCGGAAAGTCTTCATTTTGGATGCTGA
ACTCCTGATGTTGTTGGACAATTGGGACTCCTAAACCTTGTTTCCTCAAAGAGCCCAGTT
GTCCTTGAGTGCCACTAGCAGAACCAGGACGACTTGTCAGCTGGGGGAAATCGTTATTGA
TGTCAAAAAGAGAACTGTCGTTAGAGTGATCACTGAGCATCATATTGTTAACATGGTTCT
GCGAAAGTTGGCCGCCACCAGCATGGTAGGAGTTCCCCAGCATAGACATGACCTGAGATC
CTTGAGGAAGTCCTCCC

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 3

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TCGGTTTCCCCGTCCCCGGCTTGAGTGTTGCGATTGCATCTCCCTAGCCTTTGTTGTCGG
TTTGACCGGCCTTCCTCGAAGGATTCTTTTTCCCGAAGGTGTCAAGTAATCCATCGATTC
CAATTCATTTTCAGATTCCAGTGTATCTTCCTCGTCATCCACATTGATCAAAGAAGCAAA
TTTATTAGAACCCAGGTCGGGCTCAACATTACCACTATCATCTCTTGTGCCTGTAGAAAC
TTCCTTAGGGACAGAGGTGGATGATAAATTTTGGGGAGGCTCCAGATGTAGAGTCTCAAT
TGAGTCATTGATACAGATAATTGAAGGTGAGTTACACATGTTCTCAAGTACTGTGACTGT
CGCCAGAGAAGAAAACATGTCAATAGTAGGTGTAGAAGATGAAAACATAGTTGCAGAAGG
GTCAGGCGTGAATTCCACCTCAGTAGACGCATCTTGAACAGAGGATCCAACTAGGCCATC
CTCATTAGCCACACTTTTTACTGAAGAACCCACTTTGCTTATAACAATGTTTGTAGCTGA
GACAACAGCCTCCTTAGAGATGGTATTGATCACATTCGTTGGTGGTACCTGGTCGTCCAT
AGAATGAGTGATAGGAATTTCTTTAAGAGAAGGAGCATCAACGATTGGAGGAGATGCAGA
AACATTGACAACAACCGCTCCTTGATCCTTTGCTGGAGCCTTTTGCTGTGATATGGATAA
ACATCTCTTTGCCTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E294JQ U 1
AF RR3H158JQ U 1
AF RR3E294TF C 202
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BS 548 738 RR3H158JQ
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RD RR3E294JQ 550 0 0
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TCGGTTTCCCCGTCCCCGGCTTGAGTGTTGCGATTGCATCTCCCTAGCCTTTGTTGTCGG
TTTGACCGGCCTTCCTCGAAGGATTCTTTTTCCCGAAGGTGTCAAGTAATCCATCGATTC
CAATTCATTTTCAGATTCCAGTGTATCTTCCTCGTCATCCACATTGATCAAAGAAGCAAA
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CGCCAGA
AAA

QA 1 547 1 547
DS 

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GATTACAAGTGAATGGAACATGTAAAATGAACCATAAGACAGTAGGAAAGTGTTCCTATT
GAGTAAAAGGTTTAAAATCCAAAAAGGAATCTAGCCGCGCCTCCCACGATTTCCACGCCC
TCGGTTTCCCCGTCCCCGGCTTGAGTGTTGCGATTGCATCTCCCTAGCCTTTGTTGTCGG
TTTGACCGGCCTTTCTCGAAGGATTCTTTTTCCCGAAGGTGTCAAGTAATCCATCGATTC
CAATTCATTTTCAGATTCCAGTGTATCTTCCTCGTCATCCACATTGATCAAAGAAGCAAA
TTTATTAGAACCCAGGTCGGGCTCAACATTACCACTATCATCTCTTGTGCCTGTAGAAAC
TTCCTTAGGGACAGAGGTGGATGATAAATTTTGGGGAGGCTCCAGATGTAGAGTCTCAAT
TGAGTCATTGATACAGATAATTGAAGGTGAGTTACACATGTTCTCAAGTACTGTGACTGT
CGCCAGAGAAGAAAACATGTCAATAGTAGGTGTAGAAGATGAAAACATAGTTGCAGAAGG
GTCAGGCGTGAATTCCACCTCAGTAGACGCATCTTGAACAGAGGATCCAACTAGGCCATC
CTCATTAGCCACACTTTTTACTGAAGAACCCACTTTGCTTATAACAATGTTTGTAGCTGA
GACAACAGCCTCCTTAGA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3E294TF 716 0 0
TTGAGTG
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TTTCCCGAAGGTGTCAAGTAATCCATCGATTCCAATTCATTTTCAGATTCCAGTGTATCT
TCCTCGTCATCCACATTGATCAAAGAAGCAAATTTATTAGAACCCAGGTCGGGCTCAACA
TTACCACTATCATCTCTTGTGCCTGTAGAAACTTCCTTAGGGACAGAGGTGGATGATAAA
TTTTGGGGAGGCTCCAGATGTAGAGTCTCAATTGAGTCATTGATACAGATAATTGAAGGT
GAGTTACACATGTTCTCAAGTACTGTGACTGTCGCCAGAGAAGAAAACATGTCAATAGTA
GGTGTAGAAGATGAAAACATAGTTGCAGAAGGGTCAGGCGTGAATTCCACCTCAGTAGAC
GCATCTTGAACAGAGGATCCAACTAGGCCATCCTCATTAGCCACACTTTTTACTGAAGAA
CCCACTTTGCTTATAACAATGTTTGTAGCTGAGACAACAGCCTCCTTAGAGATGGTATTG
ATCACATTCGTTGGTGGTACCTGGTCGTCCATAGAATGAGTGATAGGAATTTCTTTAAGA
GAAGGAGCATCAACGATTGGAGGAGATGCAGAAACATTGACAACAACCGCTCCTTGATCC
TTTGCTGGAGCCTTTTGCTGTGATATGGATAAACATCTCTTTGCCTTCC

QA 8 716 8 716
DS 



AS 1 2

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AGAGATGAATGGAGGAAGCATCCGATGCTTTCTAACCAAATGAGACACGCTCTCCCCGGT
CTCGGAATCGGCGTCGCCGCCTTCTGCGTGTACCTAGTCGGTGAGCAGATCTACAGCAAA
GCTTTGGCTCCTTCCAAATCATCTCACCACAAACAAAATCAGCCTGCTCCGTCTCACTGA
ATATCATCGATCAGATGCTCGAAACAGTGGGCACAAGATGAACTCAAGGCTTCTTGTCGG
TTACTATTTTTCTTGGTGGACTGTCTTAATAATCTGTTTGTTGTGTTGGACACAAAGAAT
TTGATTCTCTGTTGAATTATAACAGCTTGTTGGCTCAAAAGTTTCTCTTTTGCATCGCAC
ATGTTACATTGTTTTGTCTAACTTGATATTGAAAACAGTTCTCTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3EJ74TF U 1
AF RR3GK06TF U 6
BS 1 108 RR3EJ74TF
BS 109 109 RR3GK06TF
BS 110 468 RR3EJ74TF

RD RR3EJ74TF 468 0 0
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AGAGATGAATGGAGGAAGCATCCGATGCTTTCTAACCAAATGAGACACTCTCTCCCCGGT
CTCGGAATCGGCGTCGCCGCCTTCTGCGTGTACCTAGTCGGTGAGCAGATCTACAGCAAA
GCTTTGGCTCCTTCCAAATCATCTCACCACAAACAAAATCAGCCTGCTCCGTCTCACTGA
ATATCATCGATCAGATGCTCGAAACAGTGGGCACAAGATGAACTCAAGGCTTCTTGTCGG
TTACTATTTTTCTTGGTGGACTGTCTTAATAATCTGTTTGTTGTGTTGGACACAAAGAAT
TTGATTCTCTGTTGAATTATAACAGCTTGTTGGCTCAAAAGTTTCTCTTTTGCATCGCAC
ATGTTACATTGTTTTGTCTAACTTGATATTGAAAACAGTTCTCTGTTT

QA 1 468 1 468
DS 

RD RR3GK06TF 463 0 0
GG
AATCGATTAAAATGGCGAAGCCTTTGGGTACGACCGGCGAGTTTTTCCGGCGAAGAGATG
AATGGAGGAAGCATCCGATGCTTTCTAACCAAATGAGACACGCTCTCCCCGGTCTCGGAA
TCGGCGTCGCCGCCTTCTGCGTGTACCTAGTCGGTGAGCAGATCTACAGCAAAGCTTTGG
CTCCTTCCAAATCATCTCACCACAAACAAAATCAGCCTGCTCCGTCTCACTGAATATCAT
CGATCAGATGCTCGAAACAGTGGGCACAAGATGAACTCAAGGCTTCTTGTCGGTTACTAT
TTTTCTTGGTGGACTGTCTTAATAATCTGTTTGTTGTGTTGGACACAAAGAATTTGATTC
TCTGTTGAATTATAACGGCTTGTTGGCTCAAAAGTTTCTCTTTTGCATCGCACATGTTAC
ATTGTTTTGTCTAACTTGATATTGAAAACAGTTCTCTGTT
G

QA 3 462 3 462
DS 



AS 1 2

CO CL3518Contig1 769 2 4 U
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TTCTTCTTCTTCGTATAAGAACTTAGTAAGCTCCCACATCTTCGGGGTTGCTACGTTTTC
TTTGTCATGGGCAAGCAACACACCTCACCACATAAACACAAAGCTCAAGCAAAAGCAAAA
GCTCTGGGTTAAAGGTTCAGCACAAGAGATTCCACAGCAACTAGAGGAAGATTCAAAGTT
TGTACCTTTGGATCCTCAGGATCCTGTGTTCGGCCCTCCTGTTTTGCTGTTGCTTGGATT
TCAAGTTCATGAAGCACAGAAGATACAAGAGCTTCTTAAGGAGCTCGATGGCGAATTCAT
GAAGATTATGTTCTGTACAGAAGATATGATCCCGCGTTCGTTGTGGGAAGCAGTTAACAC
AAGACAGACTGACCTCAAGAGAGTTAAAATTGCGGAATCGCTGCCACGGATTTGCTTCTT
ATCTGGTTTGACAGGAGAAGAGATGATGATGTTCATTGATGCATTTCCAAAAACTGGGCT
AGAACCAGCTGTGTTTGCAGCTATGGTTCCTAACAGCGCTGATAAACCTATCTCGGAGTT
GATGGAGGAAATCATGGGAGATCATGAGTTGTTGAATGGGAGCAGTTCCAGCTGAAGGTT
TCTACTGATGAAGACAAGAGGACAGCTCTGTAAGTTGGCTATTATGAGTTTTGTTCCGCT
ATGCGAACTCACTTGATCATATAAAGAGTGTTGTGTTACTTTTATTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DW62TF U 1
AF RR3A696TF U 32
BS 1 130 RR3DW62TF
BS 131 131 RR3A696TF
BS 132 652 RR3DW62TF
BS 653 769 RR3A696TF

RD RR3DW62TF 652 0 0
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TTCTTCTTCTTCGTATAAGAACTTAGTAAGCTCCCACATCTTCGGGGTTGCTACGTTTTC
TTTGTCATGG*CAAGCAACACACCTCACCACATAAACACAAAGCTCAAGCAAAAGCAAAA
GCTCTGGGTTAAAGGTTCAGCACAAGAGATTCCACAGCAACTAGAGGAAGATTCAAAGTT
TGTACCTTTGGATCCTCAGGATCCTGTGTTCGGCCCTCCTGTTTTGCTGTTGCTTGGATT
TCAAGTTCATGAAGCACAGAAGATACAAGAGCTTCTTAAGGAGCTCGATGGCGAATTCAT
GAAGATTATGTTCTGTACAGAAGATATGATCCCGCGTTCGTTGTGGGAAGCAGTTAACAC
AAGACAGACTGACCTCAAGAGAGTTAAAATTGCGGAATCGCTGCCACGGATTTGCTTCTT
ATCTGGTTTGACAGGAGAAGAGATGATGATGTTCATTGATGCATTTCCAAAAACTGGGCT
AGAACCAGCTGTGTTTGCAGCTATGGTTCCTAACAGCGCTGATAAACCTATCTCGGAGTT
GATGGAGGAAATCATGGGAGATCATGAGTTGTTGAATGGGAGCAGTTCCAGC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3A696TF 738 0 0
GG
GCGGTTTGGAGTCTCAAGGCCGACTTCTTCTTCTTCTTCGTATAAGAACTTAGTAAGCTC
CCACATCTTCGGGGTTGCTACGTTTTCTTTGTCATGGGCAAGCAACACACCTCACCACAT
AAACACAAAGCTCAAGCAAAAGCAAAAGCTCTGGGTTAAAGGTTCAGCACAAGAGATTCC
ACAGCAACTAGAGGAAGATTCAAAGTTTGTACCTTTGGATCCTCAGGATCCTGTGTTCGG
CCCTCCTGTTTTGCTGTTGCTTGGATTTCAAGTTCATGAAGCACAGAAGATACAAGAGCT
TCTTAAGGAGCTCGATGGCGAATTCATGAAGATTATGTTCTGTACAGAAGATATGATCCC
GCGTTCGTTGTGGGAAGCAGTTAACACAAGACAGACTGACCTCAAGAGAGTTAAAATTGC
GGAATCGCTGCCACGGATTTGCTTCTTATCTGGTTTGACAGGAGAAGAGATGATGATGTT
CATTGATGCATTTCCAAAAACTGGGCTAGAACCAGCTGTGTTTGCAGCTATGGTTCCTAA
CAGCGCTGATAAACCTATCTCGGAGTTGATGGAGGAAATCATGGGAGATCATGAGTTGTT
GAATGGGAGCGGTTCCAGCTGAAGGTTTCTACTGATGAAGACAAGAGGACAGCTCTGTAA
GTTGGCTATTATGAGTTTTGTTCCGCTATGCGAACTCACTTGATCATATAAAGAGTGTTG
TGTTACTTTTATTTAC

QA 3 738 3 738
DS 



AS 1 3

CO CL3519Contig1 708 3 45 U
GGTTCTCCGTAACAAAACATTTTCTCTTTTCCTTACAGTTTCAGTTCTTTTTAC***GAG
ATGTACAATATTCAATGCATTTCTCCTTCTTCCGCTAGATCAACGAGAGGAACTACCCAC
AGAATGAGATCTCCGATCTGCTGCCTAGGAGCCAACGCGGTTGTCGAGCCTGAAGCGATG
ATCGGACCGAGAACACCTCGATCTCCTTACGAGTGGCTCAAATCCACGGCGCAGGAGCTC
GAGCTCAGAGAACGTTGCCGCCGCGTCAAGACACGCGTCAAGGTTACGTGCCGCAACAAC
AACTGCGCTTATAGTTGCGCTCATCACCACCACCACCAGAGCTATCCTGTGGATTTCAGC
TACGATGCGTTGAGCTACGCGCTCAATTTCGAGGACGATGTGCGAGCGGACGAGGACGGC
TCTGTCCCTAATTTCACGGCGAGGTTGCCTGCGTCTCCGGTGACGAAGCCTAGATCGGCG
AGGGTTGATCTGATCTCGTTCTGACCGTTAAGTAGTCAGTCCCTTTGTTCGTGTGACGGA
GGAATGAAAATGTTCTCGGTTGTGCTTATTAGAGAATTGAGAAATAACGTGCGATATGAC
GTCATTATTGTCTATGTAAATGCTCTTTTCGCGTATTGATAATGTGTTAAAAAAAGAAAC
ATTTTTCTATATAAATATAGCTCTCTCATCTTTCTTTGTAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ61TF U 7
AF RR3D773JQ C 1
AF RR3D773TF U 1
BS 1 9 RR3D773JQ
BS 10 14 RR3BZ61TF
BS 15 15 RR3D773TF
BS 16 46 RR3BZ61TF
BS 47 47 RR3D773TF
BS 48 52 RR3BZ61TF
BS 53 53 RR3D773TF
BS 54 54 RR3BZ61TF
BS 55 57 RR3D773TF
BS 58 72 RR3BZ61TF
BS 73 73 RR3D773TF
BS 74 79 RR3BZ61TF
BS 80 80 RR3D773TF
BS 81 86 RR3BZ61TF
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BS 88 113 RR3BZ61TF
BS 114 114 RR3D773TF
BS 115 158 RR3BZ61TF
BS 159 159 RR3D773TF
BS 160 161 RR3BZ61TF
BS 162 162 RR3D773TF
BS 163 206 RR3BZ61TF
BS 207 207 RR3D773TF
BS 208 284 RR3BZ61TF
BS 285 285 RR3D773TF
BS 286 313 RR3BZ61TF
BS 314 314 RR3D773TF
BS 315 332 RR3BZ61TF
BS 333 333 RR3D773TF
BS 334 401 RR3BZ61TF
BS 402 402 RR3D773TF
BS 403 419 RR3BZ61TF
BS 420 420 RR3D773TF
BS 421 461 RR3BZ61TF
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BS 463 517 RR3BZ61TF
BS 518 521 RR3D773TF
BS 522 594 RR3BZ61TF
BS 595 595 RR3D773TF
BS 596 606 RR3BZ61TF
BS 607 607 RR3D773TF
BS 608 648 RR3BZ61TF
BS 649 654 RR3D773TF
BS 655 655 RR3D773JQ
BS 656 708 RR3D773TF

RD RR3BZ61TF 642 0 0
GGA
TAACAGAACATTTTCTCTTTTCCTTACAGTTTCAGTTTTTTTTCCTTCGAGATGTACAAT
ATTGAATGCAGTTCTCCGTCTTCCGCTAGATCAACGAGAGGAACCACCCACAGAATGAGA
TCTCCGATCTGCTGCCTAGGAGCCAACGCCGTGGTCGAGCCTGAAGCGATGATCGGACCG
AGAACACCTCGATCTCCCTACGAGTGGCTCAAATCCACGGCGCAGGAGCTCGAGCTCAGA
GAACGTTGCCGCCGCGTCAAGACACGCGTCAAGGTCACGTGCCGCAACAACAACTGCGCT
TATAATTGCGCTCATCACCACCATCACCAGAGCTATCCTGTGGATTTCAGCTACGATGCG
TTGAGCTACGCGCTCAATTTCGAGGACGATGTACGAGCGGACGAGGACGGTTCTGTCCCT
AATTTCACGGCGAGGTTGCCTGCGTCTCCGGTTACGAAGCCTAGATCGGCGAGGGTTGAT
CTGATCTCGTTCTGACCGTTAAGTAGTC****CCTTTGTTCGTGTGACGGAGGAATGAAA
ATGTTCTCGGTTGTGCTTATTAGAGAATTGAGAAATAACGTGCGA*ATGACGTCATTGTT
GTCTATGTAAATGCTCTTTTCGCGTATTGATAATGTGTT

QA 4 642 4 642
DS 

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ATGTACAATATTCAATGCATTTCTCCTTCTTCCGCTAGATCAACGAGAGGAACTACCCAC
AGAATGAGATCTCCGATCTGCTGCCTAGGAGCCAACGCGGTTGTCGAGCCTGAAGCGATG
ATCGGACCGAGAACACCTCGATCTCCTTACGAGTGGCTCAAATCCACGGCGCAGGAGCTC
GAGCTCAGAGAACGTTGCCGCCGCGTCAAGACACGCGTCAAGGTTACGTGCCGCAACAAC
AACTGCGCTTATAGTTGCGCTCATCACCACCACCACCAGAGCTATCCTGTGGATTTCAGC
TACGATGCGTTGAGCTACGCGCTCAATTTCGAGGACGATGTGCGAGCGGACGAGGACGGC
TCTGTCCCTAATTTCACGGCGAGGTTGCCTGCGTCTCCGGTGACGAAGCCTAGATCGGCG
AGGGTTGATCTGATCTCGTTCTGACCGTTAAGTAGTCAGTCCCTTTGTTCGTGTGACGGA
GGAATGAAAATGTTCTCGGTTGTGCTTATTAGAGAATTGAGAAATAACGTGCGATATGAC
GTCATTATTGTCTATGTAAATGCTCTTTTCGCGTATTGATAATGTGTTAAAAAAAGAAAC
ATTTTTCTATATAAATATAGCTCTCTCATCTTTCTTTGT

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3D773TF 708 0 0
GGTTCTCCG
TAACAAAACATTTTCTCTTTTCCTTACAGTTTCAGTTCTTTTTAC***GAGATGTACAAT
ATTCAATGCATTTCTCCTTCTTCCGCTAGATCAACGAGAGGAACTACCCACAGAATGAGA
TCTCCGATCTGCTGCCTAGGAGCCAACGCGGTTGTCGAGCCTGAAGCGATGATCGGACCG
AGAACACCTCGATCTCCTTACGAGTGGCTCAAATCCACGGCGCAGGAGCTCGAGCTCAGA
GAACGTTGCCGCCGCGTCAAGACACGCGTCAAGGTTACGTGCCGCAACAACAACTGCGCT
TATAGTTGCGCTCATCACCACCACCACCAGAGCTATCCTGTGGATTTCAGCTACGATGCG
TTGAGCTACGCGCTCAATTTCGAGGACGATGTGCGAGCGGACGAGGACGGCTCTGTCCCT
AATTTCACGGCGAGGTTGCCTGCGTCTCCGGTGACGAAGCCTAGATCGGCGAGGGTTGAT
CTGATCTCGTTCTGACCGTTAAGTAGTCAGTCCCTTTGTTCGTGTGACGGAGGAATGAAA
ATGTTCTCGGTTGTGCTTATTAGAGAATTGAGAAATAACGTGCGATATGACGTCATTATT
GTCTATGTAAATGCTCTTTTCGCGTATTGATAATGTGTTAAAAAA*GAAACATTTTTCTA
TATAAATATAGCTCTCTCATCTTTCTTTGTAAAAAAAAA

QA 10 708 10 708
DS 



AS 1 3

CO CL3520Contig1 815 3 21 U
GGAATCCTTTCCAATCCACGTTGTGAAGTTACCTAAAAAAAACCAAAAAAAATGAACACT
CCTATAAAACTCGCCTTTCTCATTCTTTGTATCGCCCTAACCGCAACCGCGTTCGTAGTC
CCAGCCAAACGTGACGCTGTTACACCAGAACATGAGAAAGCCGTCGCAGGAATATGCAGC
GTCGTCCAAGACAAAAGTCTTTGCAGCATAACCTTGAAAACTGTCCCAAGCAATGATCCA
AACATTTTGGTCCGTCACTTAGCCACAGGTGCAGAAACCTCCGTTAAAAAGGGATTGAAG
TTCCTCTCCGGAATTAAACCCAAGTACAAAGGAAACGCTTTCGCTACAGCTTGCATCACT
AGTTGCGAGAAACAGCTAAACAACGCCTTGGAAGACTTTTCAGATTTCTGGAAAGCCGCG
GGAAAAGACATAAAGAGCATGGCTAATAACTACTTCACATGTAAGAAGAAGATGACTTCA
ATCTTTAACTACCAGTCGAGTTGTCTCGATGACATTTACGACAAAACATTGTTGAAAGAG
GTTCAAGGAGGGATAGGGCTTGGGAAAAGAATGAGTGGCGAGTCAGTGGATGTGTTCGCT
GGAATGGACAAAGTCTTTAATACTCTCAACATTAAGACCAAACTCAACCAGAAAGATACC
GATTCGTTGCTCCCACCACCTTTGTCCTTTTACTACTATTGATTTATTGTTGTTGTCAAT
GGTGATGAAAGAAAGGTTCCTTTTGACGTATGTTTGTAACTAATATGTGTTGTAGATAAT
CATGTATGTACCTCGTGATTGGAAAGGATGTGGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BS49TF U 1
AF RR3EW76TF U 13
AF RR3EW76JQ C 224
BS 1 41 RR3BS49TF
BS 42 43 RR3EW76TF
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BS 45 45 RR3EW76TF
BS 46 186 RR3BS49TF
BS 187 187 RR3EW76TF
BS 188 239 RR3BS49TF
BS 240 240 RR3EW76TF
BS 241 344 RR3BS49TF
BS 345 345 RR3EW76TF
BS 346 356 RR3BS49TF
BS 357 357 RR3EW76TF
BS 358 419 RR3BS49TF
BS 420 420 RR3EW76TF
BS 421 620 RR3BS49TF
BS 621 621 RR3EW76TF
BS 622 673 RR3BS49TF
BS 674 735 RR3EW76TF
BS 736 736 RR3EW76JQ
BS 737 799 RR3EW76TF
BS 800 815 RR3EW76JQ

RD RR3BS49TF 677 0 0
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GTCGTCGAAGACAAAAGTCTTTGCAGCATAACCTTGAAAACTGTCCCAAGCAATGATCCC
AACATTTTGGTCCGTCACTTAGCCACAGGTGCAGAAACCTCCGTTAAAAAGGGATTGAAG
TTCCTCTCCGGAATTAAACCCAAGTACAAAGGAAACGCTTTCGCCACAGCTTGCATAACT
AGTTGCGAGAAACAGCTAAACAACGCCTTGGAAGACTTTTCAGATTTCTGGAAAGCCGCC
GGAAAAGACATAAAGAGCATGGCTAATAACTACTTCACATGTAAGAAGAAGATGACTTCA
ATCTTTAACTACCAGTCGAGTTGTCTCGATGACATTTACGACAAAACATTGTTGAAAGAG
GTTCAAGGAGGGATAGGGCTTGGGAAAAGAATGAGTGGCGAGTCAGTGGATGTGTTCGCT
GGAATGGACAAAGTCTTTAACACTCTCAACATTAAGACCAAACTCAACCAGAAAGATACC
GATTCGTTGCTCC
ACCA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3EW76TF 795 0 0
GGAATCCACGT
TGAAGTTACCTAAAAAAAACCAAAAAAAATGAACACTCCTATAAAACTCGCCTTTCTCAT
TCTTTGTATCGCCCTAACGGCAACCGCGTTCGTAGTCCCAGCCAAACGTGACGCTGTTAC
ACCAGAACATGAGAAAGCCGTCGCAGGAATATGCAGCGTCGTCCAAGACAAAAGTCTTTG
TAGCATAACCTTGAAAACTGTCCCAAGCAATGATCCAAACATTTTGGTCCGTCACTTAGC
CACAGGTGCAGAAACCTCCGTTAAAAAGGGATTGAAGTTCCTCTCCGGAATTAAACCCAA
GTACAAAGGAAACGCTTTCGCTACAGCTTGCATCACTAGTTGCGAGAAACAGCTAAACAA
CGCCTTGGAAGACTTTTCAGATTTCTGGAAAGCCGCGGGAAAAGACATAAAGAGCATGGC
TAATAACTACTTCACATGTAAGAAGAAGATGACTTCAATCTTTAACTACCAGTCGAGTTG
TCTCGATGACATTTACGACAAAACATTGTTGAAAGAGGTTCAAGGAGGGATAGGGCTTGG
GAAAAGAATGAGTGGCGAGTCAGTGGATGTGTTCGCTGGAATGGACAAAGTCTTTAATAC
TCTCAACATTAAGACCAAACTCAACCAGAAAGATACCGATTCGTTGCTCCCACCACCTTT
GTCCTTTTACTACTATTGATTTATTGTTGTTGTCAATGGTGATGAAAGAAAG*TTCCTTT
TGACGTATGTTTGTAACTAATATGTGTTGTAGATAATCATGTATGTACCTCGTGAT
GGAAAGAT

QA 12 787 12 787
DS 

RD RR3EW76JQ 592 0 0
TCCCAAGCAATGATCCAAACATTTTGGTCCGTCACTTAGCCACAGGTGCAGAAACCTCCG
TTAAAAAGGGATTGAAGTTCCTCTCCGGAATTAAACCCAAGTACAAAGGAAACGCTTTCG
CTACAGCTTGCATCACTAGTTGCGAGAAACAGCTAAACAACGCCTTGGAAGACTTTTCAG
ATTTCTGGAAAGCCGCGGGAAAAGACATAAAGAGCATGGCTAATAACTACTTCACATGTA
AGAAGAAGATGACTTCAATCTTTAACTACCAGTCGAGTTGTCTCGATGACATTTACGACA
AAACATTGTTGAAAGAGGTTCAAGGAGGGATAGGGCTTGGGAAAAGAATGAGTGGCGAGT
CAGTGGATGTGTTCGCTGGAATGGACAAAGTCTTTAATACTCTCAACATTAAGACCAAAC
TCAACCAGAAAGATACCGATTCGTTGCTCCCACCACCTTTGTCCTTTTACTACTATTGAT
TTATTGTTGTTGTCAATGGTGATGAAAGAAAGGTTCCTTTTGACGTATGTTTGTAACTAA
TATGTGTTGTAGATAATCATGTATGTACCTCGTGATTGGAAAGGATGTGGAA

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 3

CO CL3521Contig1 695 3 3 U
GGAGAGCGCTTGGACAAAACACAAAGAGATAGAGAGAGAATTAGAACAATGGCGGCTAAT
TCAATCTGTTCGTCTTTAACAGTGCATTCAATGGCGAACAAGAAGCCTTCACCTTCTGCA
GCAAGAACCATAACTTCAAAGAAGGGCATAACAAGTGGACAGGTGAAGCTACTGACAAGA
GTCGAGCAGCTCAAGCTTCTGACCAAAGCCGAAAAGGCTGGACTTTTATCCTTAGCCGAG
AAATCAGGTTTCTCTCTATCCACCATCGAGCGTCTCGGACTGCTCACCAAAGCCGAGGAG
TTCGGCGTTCTGTCCGCCGCTACGAACCCCGAAACGCCTGGAACGCTGTTCACCCTGAGC
CTCGGTTTGCTCTTACTCGGACCGGTTTTCGTCTACTTGGTCCCTGAGGAATACTCTTGG
CAAGTGGTGGCTCAGCTCGTCGTGGCTCTCGTGTCTGTCCTCGGTGGCTCTGCTGCTTTC
GCTGCTTCTGGTTTTGTCTCCAATTTGCAGAAATCTGATTAACCAACCCGGTTATTTCGA
TTTTTGTGTAAACCGAGTTGGGTTTTTATATCGGATTCACTCATGTATTTGAATCTAAAT
TGCTTCAAGCTCATTTCAATGTTTTATGTAAATGTTTATGAGGCCCACTAATAACTAAGC
CTGTTCGTAGGCCCATAAACTCTTTCGCCTAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL29TF U 1
AF RR3D814TF U 10
AF RR3DL29JQ C 76
BS 1 613 RR3DL29TF
BS 614 638 RR3D814TF
BS 639 695 RR3DL29JQ

RD RR3DL29TF 613 0 0
GGAGAGCGCTTGGACAAAACACAAAGAGATAGAGAGAGAATTAGAACAATGGCGGCTAAT
TCAATCTGTTCGTCTTTAACAGTGCATTCAATGGCGAACAAGAAGCCTTCACCTTCTGCA
GCAAGAACCATAACTTCAAAGAAGGGCATAACAAGTGGACAGGTGAAGCTACTGACAAGA
GTCGAGCAGCTCAAGCTTCTGACCAAAGCCGAAAAGGCTGGACTTTTATCCTTAGCCGAG
AAATCAGGTTTCTCTCTATCCACCATCGAGCGTCTCGGACTGCTCACCAAAGCCGAGGAG
TTCGGCGTTCTGTCCGCCGCTACGAACCCCGAAACGCCTGGAACGCTGTTCACCCTGAGC
CTCGGTTTGCTCTTACTCGGACCGGTTTTCGTCTACTTGGTCCCTGAGGAATACTCTTGG
CAAGTGGTGGCTCAGCTCGTCGTGGCTCTCGTGTCTGTCCTCGGTGGCTCTGCTGCTTTC
GCTGCTTCTGGTTTTGTCTCCAATTTGCAGAAATCTGATTAACCAACCCGGTTATTTCGA
TTTTTGTGTAAACCGAGTTGGGTTTTTATATCGGATTCACTCATGTATTTGAATCTAAAT
TGCTTCAAGCTCA

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DS 

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GG
GGACAAAACACAAAGAGATAGAGAGAGAATTAGAACAATGGCGGCTAATTCAATCTGTTC
GTCTTTAACAGTGCATTCAATGGCGAACAAGAAGCCTTCACCTTCTGCAGCAAGAACCAT
AACTTCAAAGAAGGGCACAACAAGTGGACAGGTGAAGCTACTGACAAGAGTCGAGCAGCT
CAAGCTTCTGACCAAAGCCGAAAAGGCTGGACTTTTATCCTTAGCCGAGAAATCAGGTTT
CTCTCTATCCACCATCGAGCGTCTCGGACTGCTCACCAAAGCCGAGGAGTTCGGCGTTCT
GTCCGCCGCTACGAACCCCGAAACGCCTGGAACGCTGTTCACCCTGAGCCTCGGTTTGCT
CTTACTCGGACCGGTTTTCGTCTACTTGGTCCCTGAGGAATACTCTTGGCAAGTGGTGGC
TCAGCTCGTCGTGGCTCTCGTGTCTGTCCTCGGTGGCTCTGCTGCTTTCGCTGCTTCTGT
TTTTGTCTCCAATTTGCAGAAATCTGATTAACCAACCCGGTTATTTCGATTTTTGTGTAA
ACCGAGTTGGGTTTTTATATCGGATTCACTCATGTATTTGAATCTAAATTGCTTCAAGCT
CATTTCAATGTTTTATGTAAATGTTTA

QA 3 629 3 629
DS 

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TCAAAGAAGGGCATAACAAGTGGACAGGTGAAGCTACTGACAAGAGTCGAGCAGCTCAAG
CTTCTGACCAAAGCCGAAAAGGCTGGACTTTTATCCTTAGCCGAGAAATCAGGTTTCTCT
CTATCCACCATCGAGCGTCTCGGACTGCTCACCAAAGCCGAGGAGTTCGGCGTTCTGTCC
GCCGCTACGAACCCCGAAACGCCTGGAACGCTGTTCACCCTGAGCCTCGGTTTGCTCTTA
CTCGGACCGGTTTTCGTCTACTTGGTCCCTGAGGAATACTCTTGGCAAGTGGTGGCTCAG
CTCGTCGTGGCTCTCGTGTCTGTCCTCGGTGGCTCTGCTGCTTTCGCTGCTTCTGGTTTT
GTCTCCAATTTGCAGAAATCTGATTAACCAACCCGGTTATTTCGATTTTTGTGTAAACCG
AGTTGGGTTTTTATATCGGATTCACTCATGTATTTGAATCTAAATTGCTTCAAGCTCATT
TCAATGTTTTATGTAAATGTTTATGAGGCCCACTAATAACTAAGCCTGTTCGTAGGCCCA
TAAACTCTTTCGCCTAAGCC

QA 1 620 1 620
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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ACAGAAGGTACCATCTAAAGTCCTTGAAGGAAACATAAAACAGACAAGAAGTGTACAACG
TTTCGATCAATATTGTTATTCTGTTTCATGGATGCGATGGTGTCGGAAATGTTGGAGGCT
TCAAGTCAGGGTACGATGCATAGGGAGAGAGAGGTCTTGAATAAAAATTCAGTTTGGCTT
CAGTTTTGGCTGGTTCTGTGATTACTTGTTCAGTGGCGGCTTCCAGTGCGGGCTCTGAGT
TTACTTGTGCAGTGGCCGCTTTGATTGCTGGCTCTAGCTCAGGAACTGGTTCATTGACGG
TGGTGGTTGTAGCTGCTACTGGTGCTGGTGCGGGAAAACCCTTGCTGCTTACTGGTGTGG
GGGATGTTGGAGGCTTCAAGTCAGCGTACGATGCATATGGAGATAGAGGTCTCGGATAAG
ATTGCGGTTTGGTTTCAGTTTTCGTTGGTTCTGTGATTATTTGTTCACTGGCTGCTGCTT
TGGTCGCTGCCTCCGAGGTTACTTGTGCAGTGGCCGCTTCAATCACTGGCTCAGGCTCCT
TTTCATCCACAGTGGTGGTTGTAGCTGCTTCTGCTACTGCTACTGCTGGTGCGGGAAGAG
CTTTGCTGCTTGCTGATGGAGGAAGGAAAGCCCTTCCTATGTCCTTTAGTTCATCAACAA
GTTGTTTAGTGCAACCTTTGTGTTCAGACTCATCCACTTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FR28TF C 439
AF RR3FR28JQ U 121
AF RR3DD52JQ U 1
BS 1 224 RR3DD52JQ
BS 225 225 RR3FR28JQ
BS 226 396 RR3DD52JQ
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BS 398 553 RR3DD52JQ
BS 554 554 RR3FR28JQ
BS 555 764 RR3DD52JQ

RD RR3FR28TF 141 0 0
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TTTTCGTTGGTTCTGTGATTATTTGTTCACTGGCTGCTGCTTTGGTCGCTGCCTCCGAGG
TTACTTGTGCAGTGGCCGCTT

QA 1 141 1 141
DS 

RD RR3FR28JQ 588 0 0
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TGGTCGCTGCCTCCGAGGTTACTTGTGCAGTGGCCGCTTCAATCACTGGCTCAGGCTCCT
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CTTTGCTGCTTGCTGATGGAGGAAGGAAAGCCCTTCCTATGTCCTTTA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3DD52JQ 764 0 0
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TTTCGATCAATATTGTTATTCTGTTTCATGGATGCGATGGTGTCGGAAATGTTGGAGGCT
TCAAGTCAGGGTACGATGCATAGGGAGAGAGAGGTCTTGAATAAGAATTCAGTTTGGCTT
CAGTTTTGGCTGGTTCTGTGATTACTTGTTCAGTGGCGGCTTCCAGTGCGGGCTCTGAGT
TTACTTGTGCAGTGGCCGCTTTGATTGCTGGCTCTAGCTCAGGAACTGGTTCATTGACGG
TGGTGGTTGTAGCTGCTACTGGTGCTGGTGCGGGAAGACCCTTGCTGCTTACTGGTGTGG
GGGATGTTGGAGGCTTCAAGTCAGCGTACGATGCATATGGAGATAGAGGTCTCGGATAAG
ATTGCGGTTTGGTTTCAGTTTTCGTTGGTTCTGTGATTATTTGTTCACTGGCTGCTGCTT
TGGTCGCTGCCTCTGAGGTTACTTGTGCAGTGGCCGCTTCAATCACTGGCTCAGGCTCCT
TTTCATCCACAGTGGTGGTTGTAGCTGCTTCTGCTACTGCTACTGCTGGTGCGGGAAGAG
CTTTGCTGCTTGCTGATGGAGGAAGGAAAGCCCTTCCTATGTCCTTTAGTTCATCAACAA
GTTGTTTAGTGCAACCTTTGTGTTCAGACTCATCCACTTGTTTT

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 3

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GACTCCACAAATTTCTTCCTCGAGTCCGCCTTTCTCTTCTTCCTCCTTGCGGTTCCTGGT
GGAGCCTTTTGTTCTGCTTTCATTGCGTCCTCGAGCTCGCTTAATGCAGGAATGGATCCT
CCTTCCATTACTCCCATCAAGTTCTTCATCCTCACTCTCATTTGGAATATTTGTGCCACA
AGTTGGCTCACCTGTTGTTCTGTTTTTCCTGAATCTTCAGCAACCCTTTTCCTTCTCTCT
GGAGATTCTGCTAGTAACTCTGGCTTCTCTCTTTCCTCAGGTGTCATGGCTTCGATCATT
GCTTCCATGACTACAAGACTCTTCTCAGCGTCTCGTATTTGCGCAGGACTCACTTTCCCC
ATCCCGGGAATCATTCCAAGAACTCGTGTCATCGAACCCATTTTGGCAACAGCACGAGTC
TGCTTTAGGAAATCGTTGAAGTCGAACTTTGCACTCATTATCTTCTTCTGTAGATCTTCC
GCATCTTCTTGACGCATAACTTCTTCTGCCTTCTCTACAAAAGAAAGCACATCTCCCATT
CCTAGAACTCTTCCAGCCATTCTATTGGGATAAAAGGGTTCAAGATCCTCCATTCGCTCT
CCACGTCCTACCAGTTTTATCGGCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GO39JQ U 154
AF RR3CZ60JQ U 7
AF RR3A189JQ U 1
BS 1 63 RR3A189JQ
BS 64 64 RR3CZ60JQ
BS 65 135 RR3A189JQ
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BS 178 178 RR3GO39JQ
BS 179 808 RR3A189JQ

RD RR3GO39JQ 576 0 0
CCACGAGGACCTGGAGTGCTTGATGCAAACTCCACAAATGTCTTCCTCGAGTCCGCCTTT
CTCTCCTTCCTCCTTGCAGTTCCTGGTGGAGCCTTTTGTTCTGCTTTCATTGCGTCCTCG
AGCTCGCTTAATGCAGGAATGGATCCTCCTTCCATTACTCCCATCAAGTTCTTCATCCTC
ACTCTCATTTGGAATATTTGTGCCACAAGTTGGCTCACCTGTTGTTCTGTTTTTCCTGAA
TCTTCAGCAACCCTTTTCCTTCTCTCTGGAGATTCTGCTAGTAACTCTGGCTTCTCTCTT
TCCTCAGGTGTCATGGCTTCGATCATTGCTTCCATGACTACAAGACTCTTCTCAGCGTCT
CGTATCTGCGCTGGACTCACTTTACCCATCCCGGGAATCATTCCAAGAACACGTGTCATC
GAACCCATTTTGGCAACAGCACGAGTCTGCTTTAAGAAATCGTTGAAGTCGAACTTTGCA
CTCATTATCTTCTTCTGTAGATCTTCCGCATCTTCTTGACGCATAACTTCTTCTGCCTTC
TCTACAAAAGAAAGCACATCTCCCATTCCTAGAACT

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3CZ60JQ 746 0 0
ACAATTTTAGTATTATTTATTTGTTTTCTAATATCTTTCATCTGATTTAAGGAATAAAGA
GAAAGCTATTATATGTTTTTTTTTCTTCTAATGTTGATGATTCTCAAAGTGCCCAAAGAC
TGAAACAGGGGGTTTTAGTTGCCAAAGCCACGAGGACCTGGATTGCTTGATGCAGACTCC
ACAAATTTCTTCCTCGAGTCCGCCTTTCTCTTCTTCCTCCTTGCGGTTCCTGGTGGAGCC
TTTTGTTCTGCTTTCATTGCGTCCTCGAGCTCGCTTAATGCAGGAATGGATCCTCCTTCC
ATTACTCCCATCAAGTTCTTCATCCTCACTCTCATTTGGAATATTTGTGCCACAAGTTGG
CTCACCTGTTGTTCTGTTTTTCCTGAATCTTCAGCAACCCTTTTCCTTCTCTCTGGAGAT
TCTGCTAGTAACTCTGGCTTCTCTCTTTCCTCAGGTGTCATGGCTTCGATCATTGCTTCC
ATGACTACAAGACTCTTCTCAGCGTCTCGTATTTGCGCAGGACTCACTTTCCCCATCCCG
GGAATCATTCCAAGAACTCGTGTCATCGAACCCATTTTGGCAACAGCACGAGTCTGCTTT
AGGAAATCGTTGAAGTCGAACTTTGCACTCACTATCTTCTTCTGTAGATCTTCCGCATCT
TCTTGACGCATAACTTCTTCTGCCTTCTCTACAAAAGAAAGCACATCTCCCATTCCTAGA
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QA 1 746 1 746
DS 

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AAAGACTGAAACAGGTGGTTTTAGTTGCCAAAGCCACGAGGACCTGGATTGCTTGATACA
GACTCCACAAATTTCTTCCTCGAGTCCGCCTTTCTCTTCTTCCTCCTTGCGGTTCCTGGT
GGAGCCTTTTGTTCTGCTTTCATTGCGTCCTCGAGCTCGCTTAATGCAGGAATGGATCCT
CCTTCCATTACTCCCATCAAGTTCTTCATCCTCACTCTCATTTGGAATATTTGTGCCACA
AGTTGGCTCACCTGTTGTTCTGTTTTTCCTGAATCTTCAGCAACCCTTTTCCTTCTCTCT
GGAGATTCTGCTAGTAACTCTGGCTTCTCTCTTTCCTCAGGTGTCATGGCTTCGATCATT
GCTTCCATGACTACAAGACTCTTCTCAGCGTCTCGTATTTGCGCAGGACTCACTTTCCCC
ATCCCGGGAATCATTCCAAGAACTCGTGTCATCGAACCCATTTTGGCAACAGCACGAGTC
TGCTTTAGGAAATCGTTGAAGTCGAACTTTGCACTCATTATCTTCTTCTGTAGATCTTCC
GCATCTTCTTGACGCATAACTTCTTCTGCCTTCTCTACAAAAGAAAGCACATCTCCCATT
CCTAGAACTCTTCCAGCCATTCTATTGGGATAAAAGGGTTCAAGATCCTCCATTCGCTCT
CCACGTCCTACCAGTTTTATCGGCTTTC

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 3

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CGTTCGAGTATTTGCATAACCAAGGAATCGTCTACAGAGATCTGAAGCCAGATAATGTGA
TGATCCAAGATAATGGACATTTAATGCTCGTAGATTTCGATCTCTCAACGAATCTACCTC
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AAGAAACGTCTCTTCCGGTTCGCTAGTTTCTGCAGCGCGGGAATCTCGCCGGAAGAAGAA
TCGAATTCGATCCGCTTATCGTCGTCGTCATTGGCCGTGTCGGATTCTTCGGGAGAGAAG
TCGAACTCCTTCGTAGGAACAGAGGAGTACGTCGCGCCGGAGGTTATTTCCGGAGGAGGT
CACGATTTCGCGGTCGATTGGTGGTCGTTAGGTGTGGTTCTGTACGAGATGCTGTACGGG
ACGACGCCGTTTAGGGGATCGAACCGGAAAGAAACGTTTTTCCGGATTTTGTCTAAACCG
CCGAATCTGGTGGGTGAGAGGACATCGTTACGGGATCTGATTAGAAGGTTGTTGGAGAAA
GATCCTAGCCGTAGGATTAGCCTTGAGGAAATCAAGGGTCATGAGTTCTTCAGAGGATTA
GATTGGGAGAAAGTGTTATTGGTTTCTAGACCGCCGTATATTCCGGCGCTCGATGGTGGA
GGTGATAAGGGTAAAGATGGAAGTACGAAAATGGATGTGGAGAATATTGTCCAAGAGATA
TTCGCTGCTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AQ30JQ U 1
AF RR3F848TF U 283
AF RR3AQ30TF C 89
BS 1 283 RR3AQ30JQ
BS 284 284 RR3F848TF
BS 285 784 RR3AQ30JQ
BS 785 829 RR3F848TF
BS 830 852 RR3AQ30TF

RD RR3AQ30JQ 784 0 0
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GGTG

QA 1 784 1 784
DS 

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G
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TCTCGCCGGAAGAAGAATCGAATCCGATCCGCTTATCGTCGTCGTCATTGGCCGTGTCGG
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ACGAGATGCTGTACGGGACGACGCCGTTTAGGGGATCGAACCGGAAAGAAACGTTTTTCC
GGATTTTGTCTAAACCGCCGAATCTGGTGGGTGAGAGGACATCGTTACGGGATCTGATTA
GAAGGTTGTTGGAGAAAGATCCTAGCCGTAGGATTAGCCTTGAGGAAATCAAGGGTCATG
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ATATTG

QA 2 547 2 547
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RD RR3AQ30TF 764 0 0
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CGTAGATTTCGATCTCTCAACGAATCTACCTCCCAGAACGCCCTCACCGTCGCCATCCAC
GGCGACAACAACTCCCGTCGCCGGGTAGGAGGAAGAAACGTCTCTTCCGGTTCGCTAGTT
TCTGCAGCGCGGGAATCTCGCCGGAAGAAGAATCGAATTCGATCCGCTTATCGTCGTCGT
CATTGGCCGTGTCGGATTCTTCGGGAGAGAAGTCGAACTCCTTCGTAGGAACAGAGGAGT
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AAGAAACGTTTTTCCGGATTTTGTCTAAACCGCCGAATCTGGTGGGTGAGAGGACATCGT
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QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 3

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ACATAAATTGATAGAACAAAACACACTACGAAGACACAAGAGAGAAGATTCGAGGAATGA
GACTGATAAACAGACACACCCACTATTTTTGTTCTCTCCATAATTAGAAATATTCTCAAG
ACACTAAGCAAAACAAAAAGAGGCTAATTAATTATTCCAAGACACAACAAAACAAGCCTC
TGAATCACGTACACACATAGTTCCATCACTCTTCTTCAGTTTCAAGCAGTTGCACAATCT
GAGTCACTCCATCTGCGATTTCATTGCGGATCAAACTGTCTGGCATATCAAATGTTCTTC
TCCTCATCGACAATGATTTCCCCTGCGGTTGCGGGTCTACAACCTCCAGCATTGCTTCCA
GCTCATCCACCATTGATCTCTTTGCTCCTCGAACCATCACATCAACTCCCTCTATGGCAT
CAACAGTGAGGAGGAGGACAATGATCTTTTCAGAGAACTTCTGGCGCTACTCTGCATCAC
GAGAGATCACGCGACGGTAGTTGAAGTTGTGAAACGAAGCTCTTAGCTCCTTCAGTTTGG
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CATGTTCTTCTTCTTCTTCATCCTCCTCCTCGATCACTACAACACGTGGCTTCACCTTCT
TATTGATCTTCTTCACCTTCTTCTCTTTCTCCTCATGTTTCTCCTTCTCGGCTAC


BQ
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AF RR3FR58JQ U 1
AF RR3GR80JQ U 15
AF RR3FR58TF C 496
BS 1 46 RR3FR58JQ
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GACTGATAAACAGACACACC*ACTATTTTTGTTCTCTCCATAATTAGAAATATTCTCAAG
ACACTAAGCAAAACAAAAAGAGGCTAATTAATTATTCCAAGACACAACAAAACAAGCCTC
TGAATCACGTACACACATAGTTCCATCACTCTTCTTCAGTTTCAAGCAGTTGCACAATCT
GAGTCACTCCATCTGCGATTTCATTGCGGATCAAACTGTCTGGCATATCAAATGTTCTTC
TCCTCATCGACAATGATTTCCCCTGCGGTTGCGGGTCTACAACCTCCAGCATTGCTTCCA
GCTCATCCACCATTGATCTCTTTGCTCCTCGAACCATCACATCGACTCCCTCTATGGCAT
CAACAGTGAGGAGGAGGACAATGATCTTTTCAGAAAACTTCTGGCGCTACTCTGCATCAC
GAGAGATCACGCGACGGTAGTTGAAGTTGTGAAACGAAGCTCTTAGCTCCTTCAGTTTGG
TCTTCGCGATAGCTAGGTCACGAAGAGCACGTAGTGCTTTTGAGCGGCGGATCAGATAAG
CTCTGAAAGCCCTCTGGATCATCGCAGCCGCGTATTCAGGAGGCATCTCCTTGTTCTT

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AAAAAGAGGCTAATTAATTATTCCAAGACACAACAAAACAAGCCTCTGAATCACGTACAC
ACATAGTTCCATCACTCTTCTTCAGTTTCAAGCAGTTGCACAATCTGAGTCACTCCATCT
GCGATTTCATTGCGGATCAAACTGTCTGGCATATCAAATGTTCTTCTCCTCATCGACAAT
GATTTCCCCTGCGGTTGCGGGTCTACAACCTCCAGCATTGCTTCCAGCTCATCCACCATT
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CCTTCTTCTCTTTCTCCTCATGTTTCTCCTTCTCGGCTAC

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DS 



AS 0 0

AS 1 3

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AACGAAGGGAGACATAGATTCGAGACGGAGGATCAAGAAGCTTTCATTGAATACAAGATG
ATGAACAACGGGACTGTTATGGACTTGGTTCGAACTTACGTGCCGTCTTCTAAAGCAGGA
TTGGGTTTGGCTTCGCATCTCTGCGTCGCTGCCTTCGAACACGCGTCCTCTCGCTCTTTC
TCCATCGTCCCCACTTGCTCCTACGTTTCCGAAACGTTTCTTCCTCGAAACCCGTCTTGG
AAGCATCTGGTTTACTCAGAGGAGTCCAAGATCCTCAAATCTAGCCTCTGATCTACTTCG
TACGAAAGCTTTTGGTGAATAAAAACATGACATTATTAAGCCTTTTCTTGCATAGTTGCA
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CTAGTAGTGTTGTTGTTGTCATGTATAATAAATCAAATAAAACAAGCAAACATTATATAT
TCTACATTGATATATTATGTTCTTTGTACATTGAGATAGGCGGCGTTGATGTGTCACTCT
AGCCGGTGACAAAGTAATCCATCTTCTCCGGAGGTAAGTTCAAGACCGATTGTTCAACCT
CTTCGAAAGGAACGAAGACGAAGGGAGTCATACCCCTCTTGTGCGAGACGGCAGGTATAT
CGGGATTGTGAGTTTCATCGTCTCTCCAATTCTCAACTACCCCCAAGAATGTCCTCTTCT
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TTATTCGCTCCTATCGCCGTTCCTCTTAACCTTAAACGGATCCTTAAGACAGTAGGGCGT
GTCCCTGGACACAGAACAGCTGCTTCGATCTTGTCATCTGACATAGACAATGTATAAGTG
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AATTTCTGTGAAGAGTTCTTGTAAAGGAATCTGCCAGAAGGGTAGAATCTTATGTAGCGG
AAGTAACATACAATGTGAACTGGATTTGTAATCTTCCACTCCGCAATTCCAGCTCGAATG
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TTCCTCCATGATCCATCGTATTTAGACTGCAAGATCCTATAGTTTTCGATAACTCCAGCA
GTCTGCCAAGCTTTCAAGCGCACGTTACGCCAGAAGACAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D393TF U 1
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AF RR3B951TF C 431
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CTAGTAGTGTTGTTGTTGTCATGTATAATAAATCAAATAAAACAAGCAAACATTATATAT
TCTACATTGAT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3B951JQ 888 0 0
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AACATTATATATTCTACATTGATATATTATGTTCTTTGTACATTGAGATAGGCGGCGTTG
ATGTGTCACTCTAGCCGGTGACAAAGTAATCCATCTTCTCCGGAGGTAAGTTCAAGACCG
ATTGTTCAACCTCTTCGAAAGGAACGAAGACGAAGGGAGTCATACCCCTCTTGTGCGAGA
CGGCAGGTATATCGGGATTGTGAGTTTCATCGTCTCTCCAATTCTCAACTACCCC*AAGA
ATGTCCTCTTCTGTGCTACTTCCTTCCTCATCGTTCACACCACTCGTCACTAGTGACAGC
AAATCCATCCTGTTATTCGCTCCTATCGCCGTTCCTCTTAACCTTAAACGGATCCTTAAG
ACAGTAGGGCGTGTCCCTGGACACAGAACAGCTGCTTCGATCTTGTCATCTGACATAGAC
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CTTATGTAGCGGAAGTAACATACAATGTGAACTGGATTTGTAATCTTCCACTCCGCAATT
CCAGCTCGAATGTAAGTGTTCCTACTCACATAAATACCATCAGTACGAACTCTGGATCTA
AGAAGCCACATTTTCCTCCATGATCCATCGTATTTAGACTGCAAGATCCTATAGTTTTCG
ATAACTCCAGCAGTCTGCCAAGCTTTCAAGCGCACGTTACGCCAGAAG

QA 1 888 1 888
DS 

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TGTTGTTGTCATGTATAATAAATCAAATAAAACAAGCAAACATTATATATTCTACATTGA
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AAAGTAATCCATCTTCTCCGGAGGTAAGTTCAAGACCGATTGTTCAACCTCTTCGAAAGG
AACGAAGACGAAGGGAGTCATACCCCTCTTGTGCGAGACGGCAGGTATATCGGGATTGTG
AGTTTCATCGTCTCTCCAATTCTCAACTACCCCCAAGAATGTCCTCTTCTGTGCTACTTC
CTTCCTCATCGTTCACACCACTCGTCACTAGTGACAGCAAATCCATCCTGTTATTCGCTC
CTATCGCCGTTCCTCTTAACCTTAAACGGATCCTTAAGACAGTAGGGCGTGTCCCTGGAC
ACAGAACAGCTGCTTCGATCTTGTCATCTGACATAGACAATGTATAAGTGCCTCTGTAAA
GACCGTCTGTTTTAGAAGACTTAAAGTTCATGTATTTGGCTACATCCTTCAATTTCTGTG
AAGAGTTCTTGTAAAGGAATCTGCCAGAAGGGTAGAATCTTATGTAGCGGAAGTAACATA
CAATGTGAACTGGATTTGTAATCTTCCACTCCGCAATTCCAGCTCGAATGTAAGTGTTCC
TACTCACATAAATACCATCAGTACGAACTCTGGATCTAAGAAGCCACATTTTCCTCCATG
ATCCATCGTATTTAGACTGCAAGATCCTATAGTTTTCGATAACTCCAGCAGTCTGCCAAG
CTTTCAAGCGCACGTTACGCCAGAAGACAGGC

QA 1 872 1 872
DS 



AS 1 3

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CTTCTTATTTTAATGCATGTATTTAATTTATTCGGGGCTATTAGAGCGGGATCCACTTTT
TGGGGATTATGAGTCGAAGCAATAACAAGACTATTTCTAGTGGAACATCTTTCACAATCC
CTGGAGAGAGAGTTCACCAAGAGACCGAGGGCTAAGTAATTCGACTCATTCACATCAAGA
TCATGAATGTTTGGAATCCATATTATGCAAGGAGACATTGCTTTTGCTAATTCGAATTGA
AGGGTGATATAAAATAGGTCTATTTCCGACATCATATCCATAGTTAGCGCATTCATCATA
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TCACTATCATCAATATCGATATCATCAAGAAAAAAACCTTTCGGCTTGTTATCCAGGAAC
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AAGCGGAGCGAAAAGGGTTTTCCATGAGACGGGAAATGAAAACTATTAGCCCCACACGAA
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TAAATTGTTCCCGGTTGTTCAATCATTTGATAACCAGAGTCATTCTTTGATAAATGATCA
CTATGAGTCAGACTCAATAGAATTTGATCGATCCTTTTTTTCTGCCCTTAAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BV81JQ U 1
AF RR3BV81TF C 8
AF RR3B954JQ U 92
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BS 638 894 RR3B954JQ

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AAGCGGAGCGAAAAGGGTTTTCCATGAGACGGGAAAT
C

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DS 

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TTTTAATGCATGTATTTAATTTATTCGGGGCTATTAGAGCGGGATCCACTTTTTGGGGAT
TATGAGTCGAAGCAATAACAAGACTATTTCTAGTGGAACATCTTTCACAATCCCTGGAGA
GAGAGTTCACCAAGAGACCGAGGGCTAAGTAATTCGACTCATTCACATCAAGATCATGAA
TGTTTGGAATCCATATTATGCAAGGAGACATTGCTTTTGCTAATTCGAATTGAAGGGTGA
TATAAAATAGGTCTATTTCCGACATCATATCCATAGTTAGCGCATTCATCATAGTTAGAA
GCTCCAGCTCCGTATCAAGTTCACGATCAATATCGTTACTAGCATCAATATTGTCACTAT
CATCAATATCGATATCATCAAGAAAAAAACCTTTCGGCTTGTTATCCAGGAACTTGTTCA
GACATACTGTAATGAAAGGAACATAGGAGTTTGTCGCTAGGTATTTGACCAAATAGGATC
GTCCGGTTCCTATAGAACCTATCACTAAAATACTCCTAGAGGGGGATAGGGCTAAGCGGA
GCGAAAAGGGTTTTCCATGAGACGGGAAAT
C

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DS 

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C
CGGGGCTATTAGAGCGGGATCCACTTTTTGGGGAATATGAGTCGAAGCAATAACAAGACT
ATTTCTAGTGGAACATCTTTCACAATCCCAGGAGAGAGAGTTCACCAAGAGACCGAGGGC
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AGACATTGCTTTTGCTAATTCGAATTGAAGGGTGATATAAAATAGGTCTATTTCCGACAT
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AAAACCTTTCGGCTTGTTATCCAGGAACTTGTTCAGACATACTGTAATGAAAGGAACATA
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TAAAATACTCCTAGAGGGGGATAGGGCTAAGCGGAGCGAAAAGGGTTTTCCATGAGACGG
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AAGGAATATCCGTCTTTCTGCTAAACAGGATGTATTGAACTCATAATTCATTAGATACTT
TTTATGAATGTCAACTAAGTATCGTAAGTAAATTGTTCCCGGTTGTTCAATCATTTGATA
ACCAGAGTCATTCTTTGATAAATGATCACTATGAGTCAGACTCAATAGAATTTGATCGAT
CCTTTTTTTCTGCCCTTAAAGT

QA 2 803 2 803
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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AATAATAATGACATTGTATTTTATAGACACTAAAAGATCCAGACCAGTCAATAGCCAAGA
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AAATATCTCACGGCTTAAGACTTACGATCTCTCTCACCACCTGAGCTTTATCTGCGTCAA
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TATTTTGCAACAATCTGATGGCGGATGCACTCTCTAAACATAGTACCATAGTGTAACGAC
ATATCTGTGTTCTCAAAGCCGTCCACAAGGAAGTCAAAAAGATCAATGTTGGATTCGAGA
TAATCAGAGGCAATAAGGCGTGAATTGACTTGTTGCCTCTGAAGGTTTGCAACGACTTGC
GTAGCATCTTTCCTCGCCTCCAAGTTCAAGTATTGAAGTGAAGTGATCAAGCGGCGGAGA
GTATCACCCTTAAAGAACTCTTGAGTGAGCTGGGCACAAGCTTCAGCCACAGGCTCAGCG
TCGCTGTTTCCGTATAGAATTAACTTCAGCTCTCGCAAGCTCTTGCTTAGTTCCGACAGC
TTTTCTTGGCGTTTGGACTCGCGAAGGTCAGGGATGGAGACGGATCGATCGGCGTAGACG
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CCTTTCATCTATATTTTTTTTCTAGATCCCTATCGCAGTTTTGTAATGAATGATCTGATG
AAGCTCTCCTTCCTCTCTAGAATTCACTAGGGCATCATCAGCTATGCTATGCTATGCTCC
TCTCTTTGTCTTTTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AM36JQ U 1
AF RR3G537JQ U 1
AF RR3AM36TF C 579
BS 1 133 RR3AM36JQ
BS 134 134 RR3G537JQ
BS 135 152 RR3AM36JQ
BS 153 154 RR3G537JQ
BS 155 376 RR3AM36JQ
BS 377 377 RR3G537JQ
BS 378 505 RR3AM36JQ
BS 506 506 RR3G537JQ
BS 507 513 RR3AM36JQ
BS 514 514 RR3G537JQ
BS 515 775 RR3AM36JQ
BS 776 776 RR3AM36TF
BS 777 797 RR3G537JQ
BS 798 1337 RR3AM36TF

RD RR3AM36JQ 784 0 0
AATAATAATGACATTGTATTTTATAGACACTAAAAGATCCAGACCAGTCAATAGCCAAGA
CAGAGAGAGACACGACATGACCTGATATGTAAACAACAATGTTTGATGCACCCATAACTG
TCTTTCAAAGATTGAAAAGAAGGCATGAGCTT**GTGTACATGTGAGTGATCATCAAAGC
AAATATCTCACGGCTTAAGACTTACGATCTCTCTCACCACCTGAGCTTTATCTGCGTCAA
AGCGCTCATCCTCTTTGTCTGGTTTGATATCAGCCAACAATCTTAGAAGCTTGTTCTTGT
TTGCCACCAGAATGTTGATGATGTCTGAAGGCTTTCTTTGGTTGGCTACAAACAGCTTGA
AAACATGGAAAGCGCCTATCTGAATAGTCTTGCTTGATTCTCTGAGAAGATTCATGAGGA
TTCTTAAGTTATCCATTGAGCTCACATATTTCGTCATCACAACTGAGTTCGACCGATCCA
GTAATATATCGCCCAACAACTTAATTGCTTGCCTTCTGGTTATGTAATTACTTGATTCAA
GAAGCTTTGAATTGTAGTCTGCAAAAAACCAGTCTTCGTTCTTGGTGAGGAACTCAGCAA
CTGTAGACTTGTGCC*TAGTCAGAAGTTCCTTAAAAGTGGCGGCAGCATCAGCAGCAATG
TCGAAATTGGGAAGCTGAATGTAGTAAAAGAACTTCTTCACGTGCTGTGAGTCCAAAACA
TATTTTGCAACAATCTGATGGCGGATGCACTCTCTAAACATAGTACCATAGTGTA
ACGCCATAT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3G537JQ 797 0 0
AATAATAATGACATTGTATTTTATAGACACTAAAAGATCCAGACCAGTCAATAGCCAAGA
CAGAGAGAGACACGACATGACCTGATATGTAAACAACAATGTTTGATGCACCCATAACTG
TCTTTCAAAGATTAAAAAGAAGGCATGAGCTTCCGTGTACATGTGAGTGATCATCAA*GC
AAATATCTCACGGCTTAAGACTTACGATCTCTCTCACCACTTGAGCTTTATCTGCGTCAA
AGCGCTCATCCTCTTTGTCTGGTTTGATATCAGCCAACAATCTTAGAAGCTTGTTCTTGT
TTGCCACCAGAATGTTGATGATGTCTGAAGGCTTTCTTTGGTTGGCTACAAACAGCTTGA
AAACATGGAAAGCGTCAATCTGAATAGTCTTGCTTGATTCTCTGAGAAGATTCATGAGGA
TTCTTAAGTTATCCATTGAGCTCACATATTTCGTCATCACAACTGAGTTTGACCGATCCA
GTAATATATCGCCCAGCAACTTAATAGCTTGCCGTCTGGTTATGTAATTACTTGATTCAA
GAAGCTTTGAATTGTAGTCTGCAAAAAACCAGTCTTCGTTCTTAGTGAGGAACTCAGCAA
CTGTAGACTTGTGCC*TAGTCAGAAGTTCCTTAAAAGTGGCGGCAGCATCAGCAGCAATG
TCGAAATTGGGAAGCTGAATGTAGTAAAAGAACTTCTTCACGTGCTGTGAGTCCAAAACA
TATTTGGCAACAATCTGATGGCGGATGCACTCTCTAAACATAGTACCATAGTGTA*CGAC
ATATCTGTGTTCTCAAA

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3AM36TF 759 0 0
TTCTTGGTGAGGAACTCAGCAACTGTAGACTTGTGCCCTAGTCAGAAGTTCCTTAAAAGT
GGCGGCAGCATCAGCAGCAATGTCGAAATTGGGAAGCTGAATGTAGTAAAAGAACTTCTT
CACGTGCTGTGAGTCCAAAACATATTTTGCAACAATCTGATGGCGGATGCACTCTCTAAA
CATAGTACCATAGTGTAACGCCATATCTGTGTTCTCAAAGCCGTCCACAAGGAAGTCAAA
AAGATCAATGTTGGATTCGAGATAATCAGAGGCAATAAGGCGTGAATTGACTTGTTGCCT
CTGAAGGTTTGCAACGACTTGCGTAGCATCTTTCCTCGCCTCCAAGTTCAAGTATTGAAG
TGAAGTGATCAAGCGGCGGAGAGTATCACCCTTAAAGAACTCTTGAGTGAGCTGGGCACA
AGCTTCAGCCACAGGCTCAGCGTCGCTGTTTCCGTATAGAATTAACTTCAGCTCTCGCAA
GCTCTTGCTTAGTTCCGACAGCTTTTCTTGGCGTTTGGACTCGCGAAGGTCAGGGATGGA
GACGGATCGATCGGCGTAGACGAGGAGATCGCGAGTCTGTCGAACGATGTCAGGGGGAGT
CCGCGGCTTCGATTTGAAAAGACCTTTCATCTATATTTTTTTTCTAGATCCCTATCGCAG
TTTTGTAATGAATGATCTGATGAAGCTCTCCTTCCTCTCTAGAATTCACTAGGGCATCAT
CAGCTATGCTATGCTATGCTCCTCTCTTTGTCTTTTTCC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 3

CO CL3532Contig1 602 3 9 U
GGGTTCTTAGGAAGCGGACTGCAACACCGTGCCGTTTTTCTGAAACCATGGTCGCCTCCG
TCGCTGCTCAAGTCTGGGTCCATGCTCGTGGTTGAAGCCAAAACCAAAACCAGCAGCGAA
GACAGAATCGCCCGCCACTCTCGCATCCGCAAGAAGGTTAACGGTACAACGGAGAGGCCA
AGGATGTGCGTGTTTCGCTCAAACAAGCATCTCTATGTGCAAGTGATTGATGACACCAAG
ATGCACACTTTAGCTTCAGCTTCCACCAAGCAGAAACCCATCTCTGAGGAGTTTGACTAC
ACCTCTGGACCTACCATTGAGGTGGCGAAGAAAGTAGGGGAAGTGATAGCGAAATCATGC
TTGGAGAAAGGGATCACAAAGGTGGCATTTGACCGTGGTGGTTACCCTTACCATGGTCGC
ATTGAAGCTCTTGCCGCTGCTGCTCGTGAACACGGTCTTCAGTTTTAACTCTTGTTTTTT
CTTATC*CCTTTTGTTTCTGCGGAACTATCCATTGAAA*TGTTGAAGTTTCCCTTTAAAA
AGACTACTCTTTGTTGATAACCAAAAAATTCTTGAGTGGCGTTCTCTGAATGTGAAAAGA
GC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AH45TF U 40
AF RR3GG30JQ C 1
AF RR3GG30TF U 1
BS 1 39 RR3GG30TF
BS 40 149 RR3AH45TF
BS 150 150 RR3GG30TF
BS 151 479 RR3AH45TF
BS 480 480 RR3GG30TF
BS 481 486 RR3AH45TF
BS 487 487 RR3GG30TF
BS 488 533 RR3AH45TF
BS 534 602 RR3GG30TF

RD RR3AH45TF 494 0 0
CTGAAACCATGGTCGCCTCCGTCGCTGCTCAAGTCTGGGTCCATGCTCGTGGTTGAAGCC
AAAACCAAAACCAGCAGCGAAGACAGAATCGCCCGCCACTCTCGCATCCGTAAGAAGGTT
AACGGTACAACGGAGAGGCCAAGGATGTGCGTGTTTCGCTCAAACAAGCATCTCTATGTG
CAAGTGATTGATGACACCAAGATGCACACTTTAGCTTCAGCTTCCACCAAGCAGAAACCC
ATCTCTGAGGAGTTTGACTACACCTCTGGACCTACCATTGAGGTGGCGAAGAAAGTAGGG
GAAGTGATAGCGAAATCATGCTTGGAGAAAGGGATCACAAAGGTGGCATTTGACCGTGGT
GGTTACCCTTACCATGGTCGCATTGAAGCTCTTGCCGCTGCTGCTCGTGAACACGGTCTT
CAGTTTTAACTCTTGTTTTT*CTTATCTCCTTTTGTTTCTGCGGAACTATCCATTGAAA*
TGTTGAAGTTTCCC

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR3GG30JQ 602 0 0
GGGTTCTTAGGAAGCGGACTGCAACACCGTGCCGTTTTTCTGAAACCATGGTCGCCTCCG
TCGCTGCTCAAGTCTGGGTCCATGCTCGTGGTTGAAGCCAAAACCAAAACCAGCAGCGAA
GACAGAATCGCCCGCCACTCTCGCATCCGCAAGAAGGTTAACGGTACAACGGAGAGGCCA
AGGATGTGCGTGTTTCGCTCAAACAAGCATCTCTATGTGCAAGTGATTGATGACACCAAG
ATGCACACTTTAGCTTCAGCTTCCACCAAGCAGAAACCCATTTCTGAGGAGTTTGACTAC
ACCTCTGGACCTACCATTGAGGTGGCGAAGAAAGTAGGGGAAGTGATAGCGAAATCATGC
TTGGAGAAAGGGATCACAAAGGTGGCATTTGACCGTGGTGGTTACCCTTACCATGGTCGC
ATTGAAGCTCTTGCCGCTGCTGCTCGTGAACACGGTCTTCAGTTTTAACTCTTGTTTTTT
CTTATC*CCTTTTGTTTCTGCGGAACTATCCATTGAAA*TGTTGAAGTTTCCCTTTAAAA
AGACTACTCTTTGTTGATAACCAAAAAATTCTTGAGTGGCGTTCTCTGAATGTGAAAAGA
GC

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3GG30TF 602 0 0
GGGTTCTTAGGAAGCGGACTGCAACACCGTGCCGTTTTTCTGAAACCATGGTCGCCTCCG
TCGCTGCTCAAGTCTGGGTCCATGCTCGTGGTTGAAGCCAAAACCAAAACCAGCAGCGAA
GACAGAATCGCCCGCCACTCTCGCATCCGCAAGAAGGTTAACGGTACAACGGAGAGGCCA
AGGATGTGCGTGTTTCGCTCAAACAAGCATCTCTATGTGCAAGTGATTGATGACACCAAG
ATGCACACTTTAGCTTCAGCTTCCACCAAGCAGAAACCCATCTCTGAGGAGTTTGACTAC
ACCTCTGGACCTACCATTGAGGTGGCGAAGAAAGTAGGGGAAGTGATAGCGAAATCATGC
TTGGAGAAAGGGATCACAAAGGTGGCATTTGACCGTGGTGGTTACCCTTACCATGGTCGC
ATTGAAGCTCTTGCCGCTGCTGCTCGTGAACACGGTCTTCAGTTTTAACTCTTGTTTTTT
CTTATC*CCTTTTGTTTCTGCGGAACTATCCATTGAAAATGTTGAAGTTTCCCTTTAAAA
AGACTACTCTTTGTTGATAACCAAAAAATTCTTGAGTGGCGTTCTCTGAATGTGAAAAGA
GC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3534Contig1 1149 3 21 U
AGGAGAGTGAGAGAGAAAAAAAAGTTGGGAATATAAAAACTGTCTGGATGAGGAGAAGAG
GAAGAAAATAAACCCAGGCGTGAGAGCTCTTGTTCCTCTCTCTCTGTGCTATTTTGTTCT
TGTCCTCTCAGTTACTAGTACTGCAACTCATCTATGGCCAGAGACGGTGGCGTTTCTTGC
CTACGGAGTTCAGAGATGATGAGCGTCGGTATCGGAAAAATGGAATCTCCGCCGTTGGAG
TTAGATGAAGTTCATGTCCTGGCCGTTGATGACAGCCTCGTTGATCGGATTGTCATCGAG
AGATTGCTTCGTATTACTTCCTGCAAAGTCACGGCGGTAGATAGCGGATGGCGTGCTCTG
GAGTTTCTAGGACTAGACAACGAGAAAGCATCTGCAGAACTAGATAGATTGAAAGTTGAT
TTGATCATCACTGATTACTGTATGCCTGGAATGACTGGCTACGAGCTCCTCAAAAAGATA
AAGGAATCGTCCAGTTTCCGACAAGTTCCGGTGGTAATAATGTCGTCAGAGAATGTCTTA
ACCAGAATCGACAGATGTCTTGAGGAAGGTGCGGAGGACTTCTTATTAAAACCGGTGAAA
CTCGCCGACGTGAAGCGCCTGAGAAGCTATTTAAACAGAGACGTTAAACTTTCCAACGCA
AACAAACGGAAGCTTCCGGAAGATTCTGTTCCCATGCAAACCTCGCTTCCTCCTCCATCG
TCGCCTGATTCATCGGACTCTTCTCCGCCGTTGACTAACTCGCCTGAATCTTCGGATTCT
TCTCCGCCGGTGACTATCTCGCCTGAACGTCGGACTCTTCTCCGCCGTTATCTCCCGTTG
AGATATTTTCCTCGCCACTCTCATCTCCAATAGAAGATGAAGATGACGATGTGTTGCCAT
CGTCGCCGGAGTCTTCGCCGACGCCGGAGGAATCGCCGGTGCGACGGCAGAAGATGGGAA
GTCCCGGATTGTTATTAGATTAATAAAACTTGTTTTTTACTTAATCGTGTAATATTTATC
TCCGTTAACTTTTTAAAACCTTTGACGGAGCTTTTAGTTGCACGTTGACTTGACGCCGTC
AATTTGTAGATCTCCTTTAATCTAGCCCCACGTGGGCTTTTCTGTTTCTAATAGCTTTTC
GAATTTTCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DW55TF U 1
AF RR3H003TF U 1
AF RR3DW55JQ C 376
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G
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AAGAAAATAAACCCAGGCGTGAGAGCTCTTGTTCCTCTCTCTCTGTGCTATTTTGTTCTT
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TGATCATCACTGATTACTGTATGCCTGGAATGACTGGCTACGAGCTCCTCAAAAAGATAA
AGGAATCGTCCAGTTTCCGACAAGTTCCGGTGGTAATAATGTCGTCAGAGAATGTCTTAA
CCAGAATCGACGGATGTCTTGAGGAAGGTGCGGAGGACTTCTTATTAAAACCGGTGAAAC
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CGCCTGAT*CGTCGGACTCTTCTC*GCCGTTGACTA*CTCGCCTGAATC

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DS 

RD RR3DW55JQ 774 0 0
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GACTCTTCTCCGCCGTTGACTAACTCGCCTGAATCTTCGGATTCTTCTCCGCCGGTGACT
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CACTCTCATCTCCAATAGAAGATGAAGATGACGATGTGTTGCCATCGTCGCCGGAGTCTT
CGCCGACGCCGGAGGAATCGCCGGTGCGACGGCAGAAGATGGGAAGTCCCGGATTGTTAT
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AAACCTTTGACGGAGCTTTTAGTTGCACGTTGACTTGACGCCGTCAATTTGTAGATCTCC
TTTAATCTAGCCCCACGTGGGCTTTTCTGTTTCTAATAGCTTTTCGAATTTTCC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 3

CO CL3535Contig1 1139 3 13 U
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ATTTCAATACAAAAACTCACAAATCTACAAAAAAGAAAAAGAAAAAGCAAATATATAAAT
TGATTTAGGATTCTAAATTCTCACGTACTCGAACAGCTAGCCGCTGGATGGAATGATCAT
CAAAGTAAGCATCAAGGGATCTAATCTTTGACACAAACTCCATAGCTTCACTATACCTCC
CTCCTCTGCAATAACCATCCACAACCATTTTATAAGTCAGCTCATTTGGTCTGCACTTAT
TCTTCGCCATACACTCAATCACATCCTCTATCTCTCCAAACATCCCCATCGCCGTGTAAC
CCGAAACAAACGTGTTGTAAGTGAAGATACACGGTCTGATTCCACGCTCCGTCATCTCCG
ACAGCATCCTAACCGCTTCTTGCATCAAACCTTTCCTGCAAAAACCTTTGATCACCGTGT
TGTAAGAAACCAGGTCCGGTCTCAGCTTTGATTTCTCTAGACTCTTGAGGATTTCTTCCG
CTTTCCAACACTCTCCTCTCCTCACGTACATGTCCATGAGGCTGTTGTAGGTTACAAGAT
CCGGTGTCAGCTCGTGGTCGCAGATAGACTGGAGGATCTCGTGTCCTTGGTCATACATGT
TGTTCCTTGTGAAGATGGAGAGCATCGAGTTGAATATCACCATGTCGGGTTTGTATCCGT
GCTTTTTAAACAAAGCGAATGCTCTCTCCATCCCAGCTAGTGCTCTGCATTTGAAGTTTG
CGAGAAGCAGAGTTCTCAAAAGCATCCAGCTCGGGAATATGTGGCCTTCGACTATCTCCT
TCTCGATTCTCTCAATCCCTAGAACGCTCCCTCCCTTGGCATAACACTGAAGCATCAAGG
AGTAAGATGTTTCCGTTGGTTTGAAACCTTTGCTTTTCATGTCGGAGATCACATTCTCTC
CCGATCTCCAGTCCCCTTGTCTAGCCAAGGCGTTAAGCAACGCGTTGTAAGTCGTGACAC
AAGCGTTGAAACCTGCTCTCGTCATCTCCCCAAACATTTTAGAGGCGTCAACCTCTGAAC
CAAATCTCCCGTAAGCACTGATCAGCGTGTTGAACGTGTCCCTATCAGGTTCAAAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CV47JQB U 1
AF RR3DM47JQ U 21
AF RR3DM47TF C 597
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ATTTCAATACAAAAACTCACAAATCTACAAAAAAGAAAAAGAAAAAGCAAATATATAAAT
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CTTTCCAACACTCTCCTCTCCTCACGTACATGTCCATGAGGCTGTTGTAGGTTACAAGAT
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TGTTCCTTGTGAAGATGGAGAGCATCGAGTTGAATATCACCATGTCGGGTTTGTATCCGT
GCTTT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3DM47JQ 754 0 0
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AAATCTACAAAAAG***AAAGAAAA*GCAAATATATAA*TTGATTTAGGATTCTAAGTTC
TCACGTACTCGAACAGCTAGCCGCTGGATGGAGTGATCATCAAAGTAAGCATCAAGGGAT
CTAATCTTTGACACAAACTCCATAGCTTCACTATACCTCCCTCCTCTGCAATAACCATCC
ACAACCATTTTATAAGTCAGCTCATTTGGTCTGCACTTATTCTTCGCCATACACTCAATC
ACATCCTCTATCTCTCCAAACATCCCCATCGCCGTGTAACCCGAAACAAACGTGTTGTAA
GTGAAGATACACGGTCTGATTCCACGCTCCGTCATCTCCGACAGCATCCTAACCGCTTCT
TGCATCAAACCTTTCCTGCAGAAACCTTTGATCACCGTGTTGTAAGAGACCAGGTCCGGT
CTCAGCTTTGATTTCTCTAGACTCTTGAGGATTTCTTCCGCTTTCCAACACTCTCCTCTT
CTCACGTACATGTCCATGAGGCTGTTGTAGGTTACAAGATCCGGTGTCAGCTCGTGGTCG
CAGATAGACTGGAGGATCTCGTGTCCTTGGTCATACATGTTGTTCCTTGTGAAGATGGAG
AGCATCGAGTTGAATATCACCATGTCGGGTTTGTATCCGTGCTTTTTAAACAAAGCGAAT
GCTCTCTCCATCCCAGCTAGTGCTCTGCATTTGA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3DM47TF 543 0 0
AGATCCGGTGTCAGCTCGTGGTCGCAGATAGACTGGAGGATCTCGTGTCCTTGGTCATAC
ATGTTGTTCCTTGTGAAGATGGAGAGCATCGAGTTGAATATCACCATGTCGGGTTTGTAT
CCGTGCTTTTTAAACAAAGCGAATGCTCTCTCCATCCCAGCTAGTGCTCTGCATTTGAAG
TTTGCGAGAAGCAGAGTTCTCAAAAGCATCCAGCTCGGGAATATGTGGCCTTCGACTATC
TCCTTCTCGATTCTCTCAATCCCTAGAACGCTCCCTCCCTTGGCATAACACTGAAGCATC
AAGGAGTAAGATGTTTCCGTTGGTTTGAAACCTTTGCTTTTCATGTCGGAGATCACATTC
TCTCCCGATCTCCAGTCCCCTTGTCTAGCCAAGGCGTTAAGCAACGCGTTGTAAGTCGTG
ACACAAGCGTTGAAACCTGCTCTCGTCATCTCCCCAAACATTTTAGAGGCGTCAACCTCT
GAACCAAATCTCCCGTAAGCACTGATCAGCGTGTTGAACGTGTCCCTATCAGGTTCAAAA
CCC

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 3

CO CL3536Contig1 550 3 7 U
GGACTCGAGTCGAGACAATTTAACAATGGCGACAAACAAAATCGTCCGTCTGATCGCACC
GAGCCGATCCGCCTCCTCTAGATTCCTGGAGCCTGTATCCCGATTTCTAAGCTCCGGTAC
TCCTCCTCCTCCGCCGCAGTCACCATCCCCGTCTCCGAATCAGGATCAGGTTGTGAAGCC
AGATGCGAAACTT*AAGAGAAGCGCAAGGAAGAGGAAGAGGAGGAAGAAGAAGAAGGAGG
AGGTGGAGAGTTTGTTAACGAAGATACGGGTGAGATAGGAGGGCCTAGAGGTCCTGAGCC
CACTCGGTGCGGCGATTGGGAACAACGTGGTCGATGCTCCGACTTCTAAGACGTGATCCC
AAGTAAACCTGGCTACCTTATTAGAGTCTCTTTGTTCATCATTTTGATTCCAAATGAAAT
AAATTCACTTTTTATAATGGAGACAGTTGGCATTGTGATATGTCTTGGATTCGTTGTGCT
GCTTATGAATGTTTTAAGCTATTTGATTACGTAAAGTTTTATTTTTGTAAGAAATTGATT
TGGATCATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DJ35TF U 1
AF RR3CW17JQ C 5
AF RR3CW17TF U 5
BS 1 193 RR3DJ35TF
BS 194 194 RR3CW17TF
BS 195 233 RR3DJ35TF
BS 234 236 RR3CW17TF
BS 237 308 RR3DJ35TF
BS 309 309 RR3CW17TF
BS 310 550 RR3DJ35TF

RD RR3DJ35TF 550 0 0
GGACTCGAGTCGAGACAATTTAACAATGGCGACAAACAAAATCGTCCGTCTGATCGCACC
GAGCCGATCCGCCTCCTCTAGATTCCTGGAGCCTGTATCCCGATTTCTAAGCTCCGGTAC
TCCTCCTCCTCCGCCGCAGTCACCATCCCCGTCTCCGAATCAGGATCAGGTTGTGAAGCC
AGATGCGAAACTTCAAGAGAAGCGCAAGGAAGAGGAAGAGGAGGAAGAAGAAG***GAGG
AGGTGGAGAGTTTGTTAACGAAGATACGGGTGAGATAGGAGGGCCTAGAGGTCCTGAGCC
CACTCGGTACGGCGATTGGGAACAACGTGGTCGATGCTCCGACTTCTAAGACGTGATCCC
AAGTAAACCTGGCTACCTTATTAGAGTCTCTTTGTTCATCATTTTGATTCCAAATGAAAT
AAATTCACTTTTTATAATGGAGACAGTTGGCATTGTGATATGTCTTGGATTCGTTGTGCT
GCTTATGAATGTTTTAAGCTATTTGATTACGTAAAGTTTTATTTTTGTAAGAAATTGATT
TGGATCATTT

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR3CW17JQ 542 0 0
GG
GAGTCGAGACAATTTAACAATGGCGACAAACAAAATCGTCCGTCTGATCGCACCGAGCCG
ATCCGCCTCCTCTAGATTCCTGGAGCCTGTATCCCGATTTTTAAGCTCCGGTACTCCTCC
TCCTCCGCCGCAGTCACCATCCCCGTTTCCGAATCAGGATCAGGTTGTGAAGCCAGATGC
GAAACTT*AAGAGAAGCGCAAGGAAGAGGAAGAGGAGGAAGAAGAAGAAGGAGGAGGTGG
AGAGTTTGTTAACGAAGATACGGGTGAGATAGGAGGGCCTAGAGGTCCTGAGCCCACTCG
GTGCGGCGATTGGGAACAACGTGGTCGATGCTCCGACTTTTAAGACGTGATCCCAAGTAA
ACCTGGCTACCTTATTAGAGTCTCTTTGTTCATCATTTTGATTCCAAATGAAATAAATTC
ACTTTTTATAATGGAGACAGTTGGCATTGTGATATGTCTTGGATTCGTTGTGCTGCTTAT
GAATGTTTTAAGCTATTTGATTACGTAAAGTTTTATTTTTGTAAGAAATTGATTTGGA
CC

QA 3 540 3 540
DS 

RD RR3CW17TF 542 0 0
GG
GAGTCGAGACAATTTAACAATGGCGACAAACAAAATCGTCCGTCTGATCGCACCGAGCCG
ATCCGCCTCCTCTAGATTCCTGGAGCCTGTATCCCGATTTCTAAGCTCCGGTACTCCTCC
TCCTCCGCCGCAGTCACCATCCCCGTCTCCGAATCAGGATCAGGTTGTGAAGCCAGATGC
GAAACTT*AAGAGAAGCGCAAGGAAGAGGAAGAGGAGGAAGAAGAAGAAGGAGGAGGTGG
AGAGTTTGTTAACGAAGATACGGGTGAGATAGGAGGGCCTAGAGGTCCTGAGCCCACTCG
GTGCGGCGATTGGGAACAACGTGGTCGATGCTCCGACTTCTAAGACGTGATCCCAAGTAA
ACCTGGCTACCTTATTAGAGTCTCTTTGTTCATCATTTTGATTCCAAATGAAATAAATTC
ACTTTTTATAATGGAGACAGTTGGCATTGTGATATGTCTTGGATTCGTTGTGCTGCTTAT
GAATGTTTTAAGCTATTTGATTACGTAAAGTTTTATTTTTGTAAGAAATTGATTTGGA
CC

QA 3 540 3 540
DS 



AS 1 3

CO CL3537Contig1 743 3 8 U
TTTTTCTTTCTATTCTCTTCTCCAAGTTTTGTAGTTTTACACAAGGCGAAATGGCCGGTG
AGCAAATGAAACCTGTAGCTTCTCTCCTTCTGGTGCTCAACTTCTGCATGTATGTGATCG
TTCTAGGGATTGGAGGATGGGCCATGAACCGAGCCATCGACCACGGATTCGAAATTGGCC
CTGATCTGAAACTACCAGCACATTTCTCCCCGATTTATTTTCCGATGGGAAACGCAGCCA
CAGGATTCTTTGTGGTGTTCGCGTTGCTGGCGGGAGTAGTTGGTGCGGCTTCCACAATCT
CGGGCCTTAGCCACATTCGTTCGTGGACCGTGGGAAGCTTGCCTGCTGCAGCCACAGCTG
CAACTATTGCTTGGACCCTCACAGTCCTTGCCATGGGATTCGCCTGGAAAGAAATCGAGC
TTCACGTGCGAAATGCAAGACTCAGAACCATGGAGGCGTTCTTGATCATACTCTCAGTCA
CGCAGCTTCTTTACATCGCCGCTGTTCACGGCGTGAGGAGACCTACTTAAGGATTCATGG
GTGTTTCTACTTTTCAAGTTAATCATCCCGAAACTTGGGATTGAGTATGTGAGTGTTTGT
GTGTGTGTGATTTTTATTTTATAGGAAGTTGAGCAAAAGCTTAAGTTAATTCAATTCATG
CATTCTTTGTGTACAAAAGGATCAGAGCTTGTTTTGTGTGTGTGTCACTTTGTTTTCATG
GAATAAAATTAAACTTTGAGGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CV93TF U 1
AF RR3EJ93TF U 1
AF RR3EJ93JQ C 7
BS 1 50 RR3CV93TF
BS 51 51 RR3EJ93TF
BS 52 175 RR3CV93TF
BS 176 176 RR3EJ93TF
BS 177 540 RR3CV93TF
BS 541 541 RR3EJ93TF
BS 542 607 RR3CV93TF
BS 608 743 RR3EJ93JQ

RD RR3CV93TF 607 0 0
TTTTTCTTTCTATTCTCTTCTCCAAGTTTTGTAGTTTTACACAAGGCGAAGTGGCCGGTG
AGCAAATGAAACCTGTAGCTTCTCTCCTTCTGGTGCTCAACTTCTGCATGTATGTGATCG
TTCTAGGGATTGGAGGATGGGCCATGAACCGAGCCATCGACCACGGATTCGAAATCGGCC
CTGATCTGAAACTACCAGCACATTTCTCCCCGATTTATTTTCCGATGGGAAACGCAGCCA
CAGGATTCTTTGTGGTGTTCGCGTTGCTGGCGGGAGTAGTTGGTGCGGCTTCCACAATCT
CGGGCCTTAGCCACATTCGTTCGTGGACCGTGGGAAGCTTGCCTGCTGCAGCCACAGCTG
CAACTATTGCTTGGACCCTCACAGTCCTTGCCATGGGATTCGCCTGGAAAGAAATCGAGC
TTCACGTGCGAAATGCAAGACTCAGAACCATGGAGGCGTTCTTGATCATACTCTCAGTCA
CGCAGCTTCTTTACATCGCCGCTGTTCACGGCGTGAGGAGACCTACTTAAGGATTCATGG
ATGTTTCTACTTTTCAAGTTAATCATCCCGAAACTTGGGATTGAGTATGTGAGTGTTTGT
GTGTGTG

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3EJ93TF 613 0 0
TTTTTC
TTTCTATTCTCTTCTCCAAGTTTTGTAGTTTTACACAAGGCGAAATGGCCGGTGAGCAAA
TGAAACCTGTAGCTTCTCTCCTTCTGGTGCTCAACTTCTGCATGTATGTGATCGTTCTAG
GGATTGGAGGATGGGCCATGAACCGAGCCATCGACCACGGATTCGAAATTGGCCCTGATC
TGAAACTACCAGCACATTTCTCCCCGATTTATTTTCCGATGGGAAACGCAGCCACAGGAT
TCTTTGTGGTGTTCGCGTTGCTGGCGGGAGTAGTTGGTGCGGCTTCCACAATCTCGGGCC
TTAGCCACATTCGTTCGTGGACCGTGGGAAGCTTGCCTGCTGCAGCCACAGCTGCAACTA
TTGCTTGGACCCTCACAGTCCTTGCCATGGGATTCGCCTGGAAAGAAATCGAGCTTCACG
TGCGAAATGCAAGACTCAGAACCATGGAGGCGTTCTTGATCATACTCTCAGTCACGCAGC
TTCTTTACATCGCCGCTGTTCACGGCGTGAGGAGACCTACTTAAGGATTCATGGGTGTTT
CTACTTTTCAAGTTAATCATCCCGAAACTTGGGATTGAGTATGTGAGTGTTTGTGTGTGT
G
TGATTT

QA 7 607 7 607
DS 

RD RR3EJ93JQ 737 0 0
TTTCTATTCTCTTCTCCAAGTTTTGTAGTTTTACACAAGGCGAAATGGCCGGTGAGCAAA
TGAAACCTGTAGCTTCTCTCCTTCTGGTGCTCAACTTCTGCATGTATGTGATCGTTCTAG
GGATTGGAGGATGGGCCATGAACCGAGCCATCGACCACGGATTCGAAATTGGCCCTGATC
TGAAACTACCAGCACATTTCTCCCCGATTTATTTTCCGATGGGAAACGCAGCCACAGGAT
TCTTTGTGGTGTTCGCGTTGCTGGCGGGAGTAGTTGGTGCGGCTTCCACAATCTCGGGCC
TTAGCCACATTCGTTCGTGGACCGTGGGAAGCTTGCCTGCTGCAGCCACAGCTGCAACTA
TTGCTTGGACCCTCACAGTCCTTGCCATGGGATTCGCCTGGAAAGAAATCGAGCTTCACG
TGCGAAATGCAAGACTCAGAACCATGGAGGCGTTCTTGATCATACTCTCAGTCACGCAGC
TTCTTTACATCGCCGCTGTTCACGGCGTGAGGAGACCTACTTAAGGATTCATGGGTGTTT
CTACTTTTCAAGTTAATCATCCCGAAACTTGGGATTGAGTATGTGAGTGTTTGTGTGTGT
GTGATTTTTATTTTATAGGAAGTTGAGCAAAAGCTTAAGTTAATTCAATTCATGCATTCT
TTGTGTACAAAAGGATCAGAGCTTGTTTTGTGTGTGTGTCACTTTGTTTTCATGGAATAA
AATTAAACTTTGAGGCT

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 3

CO CL3538Contig1 630 3 19 U
AGAAAAATATTTTTTTTTATCAAACTCTCAAAAACAAGAGTTATAACTTCAACCAAAACT
AGATAAGATCTGTCACAAAAAA*GAACGGAGATAAATTGTACTGAACAGCAAAGAAAGAG
CAGAAAACAAAACAATCAGAAACAAGAAGTACGAGCATAGCTCTTCTAGTCTTCTTCCTC
TCCCTCATTCTCAGCAATGTTGAAGTACCTCAACTCGTAGAGGTTACGGTCCTTGTTGGC
CGCAATCACTCTAAGCCAATCCCTCACATTGTGCTTCTTCAAGTACTTCTTTGTCAAGTA
CTTGAGGCACCTCTTGGAGAACTGGTCATCAGAAGTGACAGTGATTTTGTTCTTCTCACG
GGTGATTGTGACAGAGTCACCGAGCGCACCAGCTTTGCCACCGACTTTGATCCTCTCCTG
AAGGAACTTCTCGAGGGAAGCAATCTCCATGATCTTGTCATCGACGGGCTTGGAGCAGTC
AATGGAGAAGGACACTCCTTTCTTCTTTCCCTTTGCAACGGCTGCACCTCCACGACTCAT
TTTCTCAACCTTTTCCTCTTGAAGACGAGCGGCGTCTATTAGCTCTTGAACGAGAGAGAG
AGGAGGAGACGAGAAACAAAATGTGGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3CU68JQB U 1
AF RR3BV84JQ U 19
AF RR3BV84TF C 19
BS 1 70 RR3CU68JQB
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BS 72 82 RR3CU68JQB
BS 83 83 RR3BV84JQ
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BS 187 187 RR3BV84JQ
BS 188 200 RR3CU68JQB
BS 201 201 RR3BV84JQ
BS 202 246 RR3CU68JQB
BS 247 247 RR3BV84JQ
BS 248 307 RR3CU68JQB
BS 308 308 RR3BV84JQ
BS 309 325 RR3CU68JQB
BS 326 326 RR3BV84JQ
BS 327 498 RR3CU68JQB
BS 499 499 RR3BV84JQ
BS 500 612 RR3CU68JQB
BS 613 613 RR3BV84JQ
BS 614 630 RR3CU68JQB

RD RR3CU68JQB 630 0 0
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AGATAAGATCGGTCACAAAAAAAGAACGGAGATAAATTGTACTGAACAGCAAAGAAAGAG
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CTTGAGGTACCTCTTGGAGAACTGGCCATCAGAAGTGACAGTGATTTTGTTCTTCTCACG
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DS 

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QA 1 612 1 612
DS 

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AAATGTGGCTCC

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 3

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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3D030JQ C 1
AF RR3D030TF U 1
AF RR3EJ36TF U 9
BS 1 559 RR3D030TF
BS 560 560 RR3EJ36TF

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TACATACCAAATTTCTTTTAAAGGTTTTTACACACGAAGAATTCCAAAATGGCTAGGGTC
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CGAGTCGAAAGAAAAGAGTCAAAAAGCTTGGGGCTTGACTTAGGTGGGATTGGGGTCGGT
CTGGGCGTTGGATTGGGGATTGGTATTGGCGGCGGGGGGTCAGTCTCTGGTGCTGGTGCA
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ATAAAATGTTGTCATAAGC

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3D030TF 559 0 0
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TACATACCAAATTTCTTTTAAAGGTTTTTACACACGAAGAATTCCAAAATGGCTAGGGTC
CAAGGTCTAGTGCTTCTTGGTTTATTAGTAATTTCAAGTTTAATTATGTTAACTGAGAGC
CGAGTCGAAAGAAAAGAGTCAAAAAGCTTGGGGCTTGACTTAGGTGGGATTGGGGTCGGT
CTGGGCGTTGGATTGGGGATTGGTATTGGCGGCGGGGGGTCAGTCTCTGGTGCTGGTGCA
GGTTCTGGTTCAGGCTCATCATCTAGTTCTAGCTCTAGCTCGTCATCAAGTTCGAGTTCT
AGTGGTTCGGGTGGTCGATCGGGAGCCGGTTCATCTGCTGGTTCATTTGCTGGATCTAGG
GCTAGATCAGGATCTGGTAACTAAATAATTGGTACGATTTATTTCCTACTTAAAGTGTGA
ACCAAAAAGTGTGTGTTTATGCTGTTGGTTTGTCGTGTGTGTGTGTACGAAGTTGGGTGA
ATAAAATGTTGTCATAAGC

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3EJ36TF 552 0 0
GG
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CAGGCTCATCATCTAGTTCTAGCTCTAGCTCGTCATCAAGTTCGAGTTCTAGTGGTTCGG
GTGGTCGATCGGGAGCCGGTTCATCTGCTGGTTCATTTGCTGGATCTAGGGCTAGATCAG
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GTGTGTTTATGCTGTTGGTTTGTCGTGTGTGTGTGTACGAAGTTGGATGAATAAAATGTT
GTCATAAGCT

QA 3 552 3 552
DS 



AS 1 3

CO CL3540Contig1 1292 3 15 U
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AGATGGTCGAATTATGCTATTCCGACCAGACCAAAACGCTCTCCGCCTTCAGTCCGGAGC
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TGTTCTTGCCAACAAGAAATGGATTCCTCCTCCGGGGAGAGGAACACTGTATCTCAGATC
TGTCTTGTTTGGGAGCGGTCCTATACTTGGCTCATTTCCTGTGTCCGAGTACACCTTCAC
AATGTTTGCATGTCCCGTTGGTCGTTATCACAGCGATAACGCAGAGTTGAACCTGAAAAT
TGAAGATAAGTTTCGTCGTGCTTTTCCAGGTGGAACCGGTGGTGTGAAGAGTATCACAAA
CTATTCTCCTGTTTGGATAACAGTAGCAGAGGCGAAAGCACAAGGTTTCTCTGATGTTTT
GTTTTTGGATGCTGCAACTGGCAAAAACGTTGAAGAGCTTTACGCTTCTAACGTTTTCAT
AGTCAAAGGGAAATGTTGTGTCGACTCCAGAAATTTCAGGAACCATATTGCCTGGAATCA
CACGAAAATGTATCATCGAATTAACTCGTGATTTCGGATACAAGGTTGAGGAACGTGTTG
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TGACAACTATTGCGTCCGTCACCTTCAAGGACAAAAAGACCGGATTCAAAACAGGTGATA
AGACATTGGCTGCGAAGCTCTTTGCGACGTTAACGGATATCCAGTTGGGTCGGGCTGAGG
ATAAGAATGGGTGGACGGTGGAGATTGATCGATGCCACCAGTGTGAAACTTTGAAGCTGT
AACGTGACATGTTATAATTAAGAAACATCAGAAGATGTCTCTCTATCTTTTGTGTTTATC
ATATCATGGAATATTATGTCATGCATGCTGTGGTGTATTTAAAAAAGTTGGTATGAAATA
TTATAAATAAAACTCTCATAACTTTTACGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
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AF RR3CL03TF U 1
AF RR3B080TF U 119
AF RR3B080JQ C 727
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BS 300 360 RR3CL03TF
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BS 707 724 RR3CL03TF
BS 725 815 RR3B080TF
BS 816 1292 RR3B080JQ

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TCACAGACTTTGTATGCCTTGTCCCTCGGTCGATCAATTTGTCTCCGCTGTCAAACAAGT
TGTTCTTGCCAACAAGAAATGGATTCCTCCTCCGGGGAGAGGAACACTGTATCTCAGATC
TGTCTTGTTTGGGAGCGGTCCTATACTTGGCTCATTTCCTGTGTCCGAGTACACCTTCAC
AATGTTTGCATGTCCCGTTGGTCGTTATCACAGCGATAACGCAGAGTTGAACCTGAAAAT
TGAAGATAAGTTTCGTCGTGCTTTTCCAGGTGGAACCGGTGGTGTGAAGAGTATCACAAA
CTATTCTCCTGTTTGGATAACAGTAGCAGAG*CGAAAGCACAAG**TTCTCTGATGTTTT
GTTT

QA 1 724 1 724
DS 

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G
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ATGGAGAGAGTTTCCAAGAGGGAAAGATCGTTCCTTATGCTGATCTCCAAATCAGCCCTT
GCTCTGCAGTTCTTAACTATGGCCAGGGTTTATATGAAGGGCTGAAGGCTTACAGGACAG
AAGATGGTCGAATTATGCTATTCCGACCAGACCAAAACGCTCTCCGCCTTCAGTCCGGAG
CCCACAGACTTTGTATGCCTTGTCCCTCGGTCGATCAATTCGTCTCCGCTGTCAAACAAG
TTGTTCTTGCCAACAAGAAATGGATTCCTCCTCCGGGGAGAGGAACACTGTATCTCAGAT
CTGTCTTGTTTGGGAGCGGTCCTATACTTGGCTCATTTCCTGTTTCCGAGTACACCTTCA
CAATGTTTGCATGTCCCGTTGGTCGTTATCACAGCGATAACGCAGGGTTGAACCTGAAAA
TTGAAGATAAGTTTCGTCGTGCTTTTCCAGGTGGAACTGGTGGTGTGAAGAGTATCACAA
ACTATTCTCCTGTTTGGATAACAGTAGCAGAGGCGAAAGCACAAGGTTTCTCTGATGTTT
TGTTTTTGGATGCTGCAACTGGCAAAAACGTTGAAGAGCTTTACGCTTCTAACGTTTTCA
TAGTCAAAGGGAAATGTTGTGTCGACTCCAGAAATT

QA 2 697 2 697
DS 

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*GGGAAATGTTGTGTCGACTCCAGAAATTTCAGGAACCATATTGCCTGGAATCACACGAA
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TGGCTGCGAAGCTCTTTGCGACGTTAACGGATATCCAGTTGGGTCGGGCTGAGGATAAGA
ATGGGTGGACGGTGGAGATTGATCGATGCCACCAGTGTGAAACTTTGAAGCTGTAACGTG
ACATGTTATAATTAAGAAACATCAGAAGATGTCTCTCTATCTTTTGTGTTTATCATATCA
TGGAATATTATGTCATGCATGCTGTGGTGTATTTAAAAAAGTTGGTATGAAATATTATAA
ATAAAACTCTCATAACTTTTACGGTC

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 3

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GGCTTTAATATAACAATTTGCATTCTCATGAGCAGAAACATACAATTATGCTTATAATTA
CGTAGCTTAAAAACATATATACCAGTTAACAAAACCTTTGTCCTCCTCAATGAAAATACT
ATTATTAGCATCGCCATTAAAGACGATCATGCATGTTTGTTTGCTTATACGTTGAGATTG
TTGAAGTGGTCGCACCTACGTCTGACTTCTCCTTCTCCATCGCCCTTAACGCCGACCGTA
CCCATTTTCTCCATCGCACGCGCGAAATCCTCAAAGAATGCTTTCTCGTTGGTTGCGTAA
AGCTCAACGAACGGTTTCGTGCTATTGTCTTTAATAAGAAGGTGGTCGGAAGCTAACAAC
CCTAGTCCCCGCTTTAGGTTCTTGAAGTACATGTTGTCGAATTTTCCTGGAGTCATCACG
TCGTTAAATGCCGCGATTGTGTCATCCACTGTGTGGTTTTTGCATAGTTTTTTAAAAACG
GTTGCGAATCGCGGATTGATTTCTTGATCGGCTTTTGATCCGTAAAGACGGTCACTAAAC
TCTTTGCAGTGAGAAAATCCGATCGTGTGAGCTCCACTTAATGCTACCATCTCACGTAGA
CTAAACCCATTTTTCATGAACATCCCGTGGATGTCATGGACCGTCTGGTTAGGCATGGGG
ACGTTTCCTCGGACTTTATGTGCTTTGGATTCGAGTCCATCCTTACGACCAAGCTTTACG
TCGAAGTAAGGTCCTCCTACCATCGTGACTAGGTCACGCGTAGCCTGCGTTAAAATATCA
GCGCATGACACCACACCGGGACAAGACAACTCTAAAGCTGTCTTGATGCGGTTGACAATG
TCGAAAGCATCTCCTGGGAGGGAGTCGTTGAGATCATCGTCACGTTCGGCTTTGTTAAAC
GAGTTGGTGGCTATCAAAACAGACGCATCGCAACCTTCAAGAAAACAATCGTGGAAAAAG
AGACGGAGCGTCCCTGCCGCGGTTGTTGGTTGTTGAGCTTGCTTCGCTGTAACGGCTTCA
CGCACGATTTTGTTGAAATCAGGGCATGTTTTTTGGTAGTAGTCCGTTCTCAAGATAGCT
ACATCAGCCGATACGGCTGGTGAAACAATAACGAGACAAATGAGGAGAACGAAGCCTAAG
AGACGCATATTTGATGTCCGCAAGAAGAAATGGGAGTTCAAGTTGAGAGAGAGGTCTACG
AGGTAGACTTCTCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F669JQ U 1
AF RR3FH59JQ U 1
AF RR3F669TF C 564
BS 1 475 RR3F669JQ
BS 476 476 RR3FH59JQ
BS 477 531 RR3F669JQ
BS 532 593 RR3FH59JQ
BS 594 594 RR3F669TF
BS 595 724 RR3FH59JQ
BS 725 1216 RR3F669TF

RD RR3F669JQ 531 0 0
GGCTTTAATATAACAATTTGCATTCTCATGAGCAGAAACATACAATTATGCTTATAATTA
CGTAGCTTAAAAACATATATACCAGTTAACAAAACCTTTGTCCTCCTCAATGAAAATACT
ATTATTAGCATCGCCATTAAAGACGATCATGCATGTTTGTTTGCTTATACGTTGAGATTG
TTGAAGTGGTCGCACCTACGTCTGACTTCTCCTTCTCCATCGCCCTTAACGCCGACCGTA
CCCATTTTCTCCATCGCACGCGCGAAATCCTCAAAGAATGCTTTCTCGTTGGTTGCGTAA
AGCTCAACGAACGGTTTCGTGCTATTGTCTTTAATAAGAAGGTGGTCGGAAGCTAACAAC
CCTAGTCCCCGCTTTAGGTTCTTGAAGTACATGTTGTCGAATTTTCCTGGAGTCATCACG
TCGTTAAATGCCGCGATTGTGTCATCCACTGTGTGGTTTTTGCATAGTTTTTTAAGAACG
GTTGCGAATCGCGGATTGATTTCTTGATCGGCTTTTGATCCGTAAAGACGG

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR3FH59JQ 724 0 0
AA
CTTTAATATAACAATTTGCATTCTCATGAGCAGAAACATACAATTATGCTTATAATTACG
TAGCTTAAAAACATATATACCAGTTAACAAAACCTTTGTCCTCCTCAATGAAAATACTAT
TATTAGCATCGCCCTTAAAGACGATCATGCATGTTTGTTTGCTTATACGTTGAGATTGTT
GAAGTGGTCGCACCTACGTCTGACTTCTCCTTCTCCATCGCCCTTAACGCCGACCGTACC
CATTTTCTCCATCGCACGCGCGAAATCCTCAAAGAATGCTTTCTCGTTGGTTGCGTAAAG
CTCAACGAACGGTTTCGTGCTATTGTCTTTAATAAGAAGGTGGTCGGAAGCTAACAACCC
TAGTCCCCGCTTTAGGTTCTTGAAGTACATGTTGTCGAATTTTCCTGGAGTCATCACGTC
GTTAAATGCCGCGATTGTGTCATCCACTGTGTGGTTTTTGCATAGTTTTTTAAAAGCGGT
TGCGAATCGCGGATTGATTTCTTGATCGGCTTTTGATCCGTAAAGACGGTCACTAAACTC
TTTGCAGTGAGAAAATCCGATCGTGTGAGCTCCACTTAATGCTACCATCTCGCGTAGACT
AAACCCATTTTTCATGAACATCCCGTGGATGTCATGGACCGTCTGGTTAGGCATGGGGAC
GTTTCCTCGGACTTTATGTGCTTTGGATTCGAGTCCATCCTTACGACCAAGCTTTACGTC
GA

QA 3 724 3 724
DS 

RD RR3F669TF 653 0 0
CGTGTGAGCTCCACTTAATGCTACCATCTCACGTAGACTAAACCCATTTTTCATGAACAT
CCCGTGGATGTCATGGACCGTCTGGTTAGGCATGGGGACGTTTCCTCGGACTTTATGTGC
TTTGGATTCGAGTCCATCCTTACGACCAAGCTTTACGTCGAAGTAAGGTCCTCCTACCAT
CGTGACTAGGTCACGCGTAGCCTGCGTTAAAATATCAGCGCATGACACCACACCGGGACA
AGACAACTCTAAAGCTGTCTTGATGCGGTTGACAATGTCGAAAGCATCTCCTGGGAGGGA
GTCGTTGAGATCATCGTCACGTTCGGCTTTGTTAAACGAGTTGGTGGCTATCAAAACAGA
CGCATCGCAACCTTCAAGAAAACAATCGTGGAAAAAGAGACGGAGCGTCCCTGCCGCGGT
TGTTGGTTGTTGAGCTTGCTTCGCTGTAACGGCTTCACGCACGATTTTGTTGAAATCAGG
GCATGTTTTTTGGTAGTAGTCCGTTCTCAAGATAGCTACATCAGCCGATACGGCTGGTGA
AACAATAACGAGACAAATGAGGAGAACGAAGCCTAAGAGACGCATATTTGATGTCCGCAA
GAAGAAATGGGAGTTCAAGTTGAGAGAGAGGTCTACGAGGTAGACTTCTCTCC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 3

CO CL3542Contig1 914 3 3 U
GGTACTAATTCTGATAGTGATGATTCAATTATCTCAATGTTTTGACGGTACAAAAAGCAA
AAGTTGGTCACAAAACAAAGTTTGGATTTTTTCTGTAACACAAAAACAAAGTTTGGATAA
TTTGCAAGAAATATAAACATCTTAGAAAAAGAAGTGAACAATAACGCCCTTTGCCCAGGA
TCTCTCTCCTCCACTTCAATGCTCGAAAACAACCACTGATTTAATCAGGCACTTGTGTCT
TTCCATCTTAATGAAACCCTCATCATCTCCATACTTCTTTCCCCAAGTCTCTTGGAGTTG
AAAATACTCTATCCCATTCTCATCAATATCGCTTCCAGTCAAGAAGAGACAATGCACAGG
AAACTTTTCGAAAGTCCTCAAATAACAATCTATGTCATTTGGTCGATATATTCCCCGTCC
ATCAAATGACTGAAAACCAGGAACACACTCAACGGTCACCATGACAGGTATTTTTGACGC
AATGTCAATGAGAAATCTCTCAAAATCTTCAAACAGCGTCACATCACCACCCCTAGGACG
CCTGTGAACAACCATCTTCTTGCAATACTGCTCCATGAACGTAGATGCAAGCTTAGAACT
GCGGATCCCTTCCCCTGATACTTGATGAGCAGCATCAACCCCCTCAAGAATCTCTGGGAT
TGTAGGAACTGGTCCATTTATCCCTGCTTGTTTACAAGATGCTGAATGACCTCTGTGAAG
GCCAATAGCCCAGCACTCAGATGCAACTTGTGCAGGAGTCTCAGGAATTAAGTCCGGTTT
ATCCTTTCTCCACGAGAATCTCTTTTGGGGCCCCCACGAGTTGTGTAAATTCGGCGGTAT
AGGTAATAGCGTCTTTTTCAGAGCAATCTTTTTTTCTTCGTCACTTCCCTTTTCCAGGAC
TGGTTGCTGCTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB06JQ U 1
AF RR3AH44JQ U 11
AF RR3AH44TF C 173
BS 1 415 RR3EB06JQ
BS 416 810 RR3AH44JQ
BS 811 914 RR3AH44TF

RD RR3EB06JQ 415 0 0
GGTACTAATTCTGATAGTGATGATTCAATTATCTCAATGTTTTGACGGTACAAAAAGCAA
AAGTTGGTCACAAAACAAAGTTTGGATTTTTTCTGTAACACAAAAACAAAGTTTGGATAA
TTTGCAAGAAATATAAACATCTTAGAAAAAGAAGTGAACAATAACGCCCTTTGCCCAGGA
TCTCTCTCCTCCACTTCAATGCTCGAAAACAACCACTGATTTAATCAGGCACTTGTGTCT
TTCCATCTTAATGAAACCCTCATCATCTCCATACTTCTTTCCCCAAGTCTCTTGGAGTTG
AAAATACTCTATCCCATTCTCATCAATATCGCTTCCAGTCAAGAAGAGACAATGCACAGG
AAACTTTTCGAAAGTCCTCAAATAACAATCTATGTCATTTGGTCGATATATTCCC

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR3AH44JQ 800 0 0
CTGATAGTGATGATTCAATTATCTCAATGTTTTGACGGTACAAAAAGCAAAAGTTGGTCA
CAAAACAAAGTTTGGATTTTTTCTGTAACACAAAAACAAAGTTTGGATAATTTGCAAGAA
ATATAAACATCTTAGAAAAAGAAGTGAACAATAACGCCCTTTGCCCAGGATCTCTCTCCT
CCACTTCAATGCTCGAAAACAACCACTGATTTAATCAGGCACTTGTGTCTTTCCATCTTA
ATGAAACCCTCATCATCTCCATACTTCTTTCCCCAAGTCTCTTGGAGTTGAAAATACTCT
ATCCCATTCTCATCAATATCGCTTCCAGTCAAGAAGAGACAATGCACAGGAAACTTTTCG
AAAGTCCTCAAATAACAATCTATGTCATTTGGTCGATATATTCCCCGTCCATCAAATGAC
TGAAAACCAGGAACACACTCAACGGTCACCATGACAGGTATTTTTGACGCAATGTCAATG
AGAAATCTCTCAAAATCTTCAAACAGCGTCACATCACCACCCCTAGGACGCCTGTGAACA
ACCATCTTCTTGCAATACTGCTCCATGAACGTAGATGCAAGCTTAGAACTGCGGATCCCT
TCCCCTGATACTTGATGAGCAGCATCAACCCCCTCAAGAATCTCTGGGATTGTAGGAACT
GGTCCATTTATCCCTGCTTGTTTACAAGATGCTGAATGACCTCTGTGAAGGCCAATAGCC
CAGCACTCAGATGCAACTTGTGCAGGAGTCTCAGGAATTAAGTCCGGTTTATCCTTTCTC
CACGAGAATCTCTTTTGGGG

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3AH44TF 742 0 0
GCCCAGGATCTCTCTCCTCCACTTCAATGCTCGAAAACAACCACTGATTTAATCAGGCAC
TTGTGTCTTTCCATCTTAATGAAACCCTCATCATCTCCATACTTCTTTCCCCAAGTCTCT
TGGAGTTGAAAATACTCTATCCCATTCTCATCAATATCGCTTCCAGTCAAGAAGAGACAA
TGCACAGGAAACTTTTCGAAAGTCCTCAAATAACAATCTATGTCATTTGGTCGATATATT
CCCCGTCCATCAAATGACTGAAAACCAGGAACACACTCAACGGTCACCATGACAGGTATT
TTTGACGCAATGTCAATGAGAAATCTCTCAAAATCTTCAAACAGCGTCACATCACCACCC
CTAGGACGCCTGTGAACAACCATCTTCTTGCAATACTGCTCCATGAACGTAGATGCAAGC
TTAGAACTGCGGATCCCTTCCCCTGATACTTGATGAGCAGCATCAACCCCCTCAAGAATC
TCTGGGATTGTAGGAACTGGTCCATTTATCCCTGCTTGTTTACAAGATGCTGAATGACCT
CTGTGAAGGCCAATAGCCCAGCACTCAGATGCAACTTGTGCAGGAGTCTCAGGAATTAAG
TCCGGTTTATCCTTTCTCCACGAGAATCTCTTTTGGGGCCCCCACGAGTTGTGTAAATTC
GGCGGTATAGGTAATAGCGTCTTTTTCAGAGCAATCTTTTTTTCTTCGTCACTTCCCTTT
TCCAGGACTGGTTGCTGCTTAC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 3

CO CL3543Contig1 878 3 29 U
GGTCAAATAAATCTTCACTGGTCTGATGATTTAGTTAAGAGTTTTTTATATATAACACGA
TAAGTGAACACCCAAAGTAGGAAGATGGAGATATCATTAATTAGAAGGTAGACCATCCTC
GGGAGATGAGGGACCCTACAACTCCGGCGATAAGGGCCGTTGGATCACCAAGCACGGCAG
AAATAACGAACTGCACGGCCATTCCAGCGATCTCACAGCACTTCTGGACTTTGCCTTTGC
TGCTGCTACGGTGGTGATGCTCGAGCGTGTTCTTTAACGCCAGGCTCTTGCCTTCTATGC
TTTTACCACTTTGTCCATTGTACAGCTCCTGCCAATTCTCCACCAGCATCTCCCTCACGC
ACGCTACGTGGAGATTGTACTTTTTGCAAGACGACCTGTAACTCCAGCTACGGCCTTTTC
TTCCACATCGATGACAGGACGAGCTAACTTTGCGGTGAAGGAAGAGCTTGGTCTCTCCAT
CGTCCAAAACCATAGGAAGCATAGCGCAACACGGGTGAAGATCAAAACCGCATGCCCTGC
AATGGTACACGAATCCGGACACGTCCTTCTGGCATGCGTTGCAGTACCGTCTTTCATTCC
CTGGCGGCTTAGCGAAAAACTGAAACGTACACTTTTTGTAGAAAGGATGTGTTATGGTGG
CGGAAGGTAACGCGCAGTGTGCATGGAGATCGAAATCGCAGCTTTGATGATCACTGGAGC
AGCGATACCGAGAGCCGATCCCTACTTCATTGCAACCATCACACTTGAAGGGCTTCTCGG
TGTAGTCGTATTTGAGGTTATGTTTTGGGTGACTAAAATGAGATATCTATGCGTATTTCA
TATTTAGTCAGGTTTCTTTTAGAATTTGTTTTATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 5 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER20JQ U 1
AF RR3ED37JQ U 33
AF RR3ED37TF C 193
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TAAGTGAACACCCAAAGTAGGAAGATGGAGATATTATTAATTAGAAGGTGGATCATCCTC
GGGAGATGAGGGAGCCTACAACTCCGGCGATAAGGGCCGTTGGATCACCAAGCACGGCAG
AAATAACGAACTGCACGGCCATTCCAGCGATCTCACAGCACTTCTGGACTTTGCCTTTGC
TGCTGCTACGGTGGTGATGCTCGAGCGTGTTCTTTAACGCCAGGCTCTTGTCTTTTATGC
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ACGCCACGTGGAGATTGTACTTTTTGCAAGACGACCTGTAACTCCAGCGACGGCCTTGTC
TTCCACATCGATGACAGGACGAGCTAACTTTACGGTGAAGGAAGAGCTTGGTCTCTCCAT
CGTCCAAAACCATAGGAAGCATAGCGCAACACGGGTGAAGATCAAAACCGCATGCCCTGC
AATGGTACACGAATCCGGACACGTCCTTCTGGCACGCGTTGCAGTACCGTCTTTCATTCC
CTGGCGGCTTAGCGAAAAA

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DS 

RD RR3ED37JQ 630 0 0
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ATCATTAATTAGAAGGTAGACCATCCTCGGGAGATGAGGGACCCTACAACTCCGGCGATA
AGGGCCGTTGGATCACCAAGCACGGCAGAGATAACGAACTGCACGGCCATTCCAGCGATC
TCACAGCACTTCTGGACTTTGCCTTTGCTGCTGCTACGGTGGTGATGCTCGAGCGTGTTC
TTTAACGCCAGGCTCTTGCCTTCTATGCTTTTACCACTTTGTCCATTGTACAGCTCCTGC
CAATTCTCCACCAGCATCTCCCTCACGCACGCTACGTGGAGATTGTACTTTTTGCAAGAC
GACCTGTAACTCCAGCTACGGCCTTTTCTTCCACATCGATGACAGGACGAGCTAACTTTG
CGGTGAAGGAAGAGCTTGGTCTCTCCATCGTCCAAAACCATAGGAAGCATAGCGCAACAC
GGGTGAAGATCAAAACCGCATGCCCTGCAATGGTACACGAATCCGGACACGTCCTTCTGG
CATGCGTTGCAGTACCGTCTTTCATTCCCTGGCGGCTTAGCGAAAAACTGAAACGTACAC
TTTTTGTAGAAAGGATGTGTTATGGTGGCG

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3ED37TF 686 0 0
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GGTGATGCTCGAGCGTGTTCTTTAACGCCAGGCTCTTGCTTTCTATGCTTTTACCACTTT
GTCCATTGTACAGCTCCTGCCAATTCTCCACCAGCATCTCCCTCACGCACGCTACGTGGA
GATTGTACTTTTTGCAAGACGACCTGTAACTCCAGCTACGGCCTTTTCTTCCACATCGAT
GACAGGACGAGCTAACTTTGCGGTGAAGGAAGAGCTTGGTCTCTCCATCGTCCAAAACCA
TAGGAAGCATAGCGCAACACGGGTGAAGATCAAAACCGCATGCCCTGCAATGGTACACGA
ATCCGGACACGTCCTTCTGGCATGCGTTGCAGTACCGTCTTTCATTCCCTGGCGGCTTAG
CGAAAAACTGAAACGTACACTTTTTGTAGAAAGGATGTGTTATGGTGGCGGAAGGTAACG
CGCAGTGTGCATGGAGATCGAAATCGCAGCTTTGATGATCACTGGAGCAGCGATACCGAG
AGCCGATCCCTACTTCATTGCAACCATCACACTTGAAGGGCTTCTCGGTGTAGTCGTATT
TGAGGTTATGTTTTGGGTGACTAAAATGAGATATCTATGCGTATTTCATATTTAGTCAGG
TTTCTTTTAGAATTTGTTTTATGTCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 3

CO CL3544Contig1 1054 3 4 U
GGATCTTTTAGCACTCTCCATCTGACCACACTTAGCATAAGCATCGATGATAGAGCAAGA
AAGCACCACGTTCGAGAGAAACCCAGCAACAAGAACCTGCCCGTGAGCTCCCCTGCTGAG
CTGGATCTCTCTCGATTTCACACAAGCGGTTAAAACCCCAGCGAAGCTGAACTCGCTGCA
CTTGATCCCAGATCTCCTCAGCTCTCTATAAAACCACAGAGCCTCGTTCAGATCCCCGCT
CTTAGCGTAACCAATCACCATCGTGTTCCACGAGACGACATCCCTCTCAGGCATACCGTC
GAACACGGCTCTTGCACGAGTCAACATCCCCGATTTGACGTACCCGGAGATCATACTGTT
CCACGAGTACAGGTTTCTGAAAGGCATTTTGTCGAACGCTTTGCGTGCGTCGACGTGTTT
ACCGCATTTCATGTACATTCCGATCAAGTGATTGGAGAGAAGCGTGCTGGGCGTCTTCTT
GAATCCGGTGATCTTGAGGTGGCGATGGATCCATCTGCCTTGTTTTAAGGAGCCTGTGTC
TCCGCAGCGCTGGAGAAGGGACGCGAGGACTTGGAAGGGTAAGCGAATCCCTTGTTTGGT
CAGGGACTCGAGGCGGGAGACCGATTGGGAGAGCTCTTCTTTGAGAAACGATCGAGGGAG
GGTGATTATGGGGGTGACGTTTCGTAGGGTTACTGATGGGCATTGGAGGGAGAAACCACC
ATGGGAGGAGTAGACTTGACTCCTTGAAATCTCCACCGGCGAATAGAGGTCTGAAGAAGG
GTTTAACGGCGGCGAGATTCGCCGGTACGAAATCATATGACAAAATGTGGATTAGAAAAC
CGGATCTGGTTTTTGGTATTGGACCCATACAAACAAACACCATCCTTTTTTCATTTTGGA
CTTCGTTTAGCCCAGGGGCCTCTCTGCTTTTAAGGTTCTTTTTAGGCGAAATAAAACCAG
GTTGAGATTTGAGAAGTGTAAATACTGAAAATAAGGCAACATTTTCAGTAGGGATTGCTT
CCGGGTCTAATGAAATAAAGCCTTTCTAGTGAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ93TF U 93
AF RR3BJ34TF U 1
AF RR3BJ34JQ C 240
BS 1 175 RR3BJ34TF
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BS 177 772 RR3BJ34TF
BS 773 1054 RR3BJ34JQ

RD RR3EQ93TF 570 0 0
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ATTTGACGTACCCGGAGATCATACTGTTCCACGAGTACAAGTTTCTGAAAGGCATTTTGT
CGAACACTTTGCGTGCGTCGACGTGTTTACCGCATTTCATGTACATTCCGATCAAGTGAT
TGGAGAGAAGCGTGCTGGGCGTCTTCTTGAATCCGGTGATCTTGAGGTGGCGATGGATCC
ATCTGCCTTGTTTTAAGGAGCCTGTGTCTCCGCAGCGCTGGAGAAGGGACGCGAGGACTT
GGAAGGGTAAGCGAATCCCTTGTTTGGTCAGGGACTCGAGGCGGGAGACCGATTGGGAGA
GCTCTTCTTTGAGAAACGATCGAGGGAGGG

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3BJ34TF 772 0 0
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CTGGATCTCTCTCGATTTCACACAAGCGGTTAAAACCCCAGCGAAGCTGAACTCGTTGCA
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CTTAGCGTAACCAATCACCATCGTGTTCCACGAGACGACATCCCTCTCAGGCATACCGTC
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CCACGAGTACAGGTTTCTGAAAGGCATTTTGTCGAACGCTTTGCGTGCGTCGACGTGTTT
ACCGCATTTCATGTACATTCCGATCAAGTGATTGGAGAGAAGCGTGCTGGGCGTCTTCTT
GAATCCGGTGATCTTGAGGTGGCGATGGATCCATCTGCCTTGTTTTAAGGAGCCTGTGTC
TCCGCAGCGCTGGAGAAGGGACGCGAGGACTTGGAAGGGTAAGCGAATCCCTTGTTTGGT
CAGGGACTCGAGGCGGGAGACCGATTGGGAGAGCTCTTCTTTGAGAAACGATCGAGGGAG
GGTGATTATGGGGGTGACGTTTCGTAGGGTTACTGATGGGCATTGGAGGGAGAAACCACC
ATGGGAGGAGTAGACTTGACTCCTTGAAATCTCCACCGGCGAATAGAGGTCT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3BJ34JQ 815 0 0
TCTTAGCGTAACCAATCACCATCGTGTTCCACGAGACGACATCCCTCTCAGGCATACCGT
CGAACACGGCTCTTGCACGAGTCAACATCCCCGATTTGACGTACCCGGAGATCATACTGT
TCCACGAGTACAGGTTTCTGAAAGGCATTTTGTCGAACGCTTTGCGTGCGTCGACGTGTT
TACCGCATTTCATGTACATTCCGATCAAGTGATTGGAGAGAAGCGTGCTGGGCGTCTTCT
TGAATCCGGTGATCTTGAGGTGGCGATGGATCCATCTGCCTTGTTTTAAGGAGCCTGTGT
CTCCGCAGCGCTGGAGAAGGGACGCGAGGACTTGGAAGGGTAAGCGAATCCCTTGTTTGG
TCAGGGACTCGAGGCGGGAGACCGATTGGGAGAGCTCTTCTTTGAGAAACGATCGAGGGA
GGGTGATTATGGGG*TGACGTTTCGTAGGGTTACTGATGGGCATTGGAGGGAGAAACCAC
CATGGGAGGAGTAGACTTGACTCCTTGAAATCTCCACCGGCGAATAGAGGTCTGAAGAAG
GGTTTAACGGCGGCGAGATTCGCCGGTACGAAATCATATGACAAAATGTGGATTAGAAAA
CCGGATCTGGTTTTTGGTATTGGACCCATACAAACAAACACCATCCTTTTTTCATTTTGG
ACTTCGTTTAGCCCAGGGGCCTCTCTGCTTTTAAGGTTCTTTTTAGGCGAAATAAAACCA
GGTTGAGATTTGAGAAGTGTAAATACTGAAAATAAGGCAACATTTTCAGTAGGGATTGCT
TCCGGGTCTAATGAAATAAAGCCTTTCTAGTGAAC

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 2

CO CL3545Contig1 1308 2 4 U
GGGACATTAAACAAGACGACTTGGTCACAGACAGGAACCTTTCGTAGATTTGTCTTTGCG
ATTGAACACAAATTAGGGTTTTAATTTCCAGGTTCTGATTCTGCTTCTTCGATTTCAAAA
TGGGAAAATTTTGTTGCTTCACTTCCCCTTCCGAGGTTGTGGGAGGACAATCATCATCTC
GATCCGGTAAAGGAAGAAGCGATGAAGGTTTAATCAAGTACGGCTTCAGTCTAGTCAAAG
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CCAATCTCCCAGGTGATGTTCCTCGAGTGAATGGTCAGTTAGCGGTGTCTCGTGCCTTTG
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AAGAGGCAATGGAGATAGCTAGAAGGGTGAAAGATCCACAGAAGGCGGCCAAGGAACTAA
CAGCTGAAGCTTTGAGAAGAGAGAGCAAAGACGACATATCTTGTGTCGTCGTCAGGTTCA
GATAACCGACTCTTGGGTGGATTTTTTTTTTAATTTCTAAAAGGGGGAGATGGTTGCATT
TTCAATCAAGATTCATGATAGCTTCTTGCTATATAGCTTTATGATGGGGTTGGTTCGGTG
TTGTGTAAATGGTGTGTTAAAAAGACGACAAAAAGAGAAGAAAAAAGCAGAGGGATATTG
AGTTGGTGTGGGGGTGATGGTTATTATTGGTTGATTTGTTATCATCTTATTATTAGGTTT
ACCTAAGTATGTGAAAATACCTTTGTGTTAGGTTTGCATATGTTTTTAAACAAATATTTT
CTGTTTGTATTGACTATTTTTTTAGGCCAAATGACATTTATATTGACT


BQ
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AF RR3G296TF U 1
AF RR3C876JQ C 462
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GCAAAGCTAACCACCCCATGTAGGATTACCATGTCGCTAACTTCATCAACGTACAAGACC
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DS 

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TGTGTCGTCGTCAGGTTCAGATAACCGACTCTTGGGTGGATTTTTTTTTTAATTTCTAAA
AGGGGGAGATGGTTGCATTTTCAATCAAGATTCATGATAGCTTCTTGCTATATAGCTTTA
TGATGGGGTTGGTTCGGTGTTGTGTAAATGGTGTGTTAAAAAGACGACAAAAAGAGAAGA
AAAAAGCAGAGGGATATTGAGTTGGTGTGGGGGTGATGGTTATTATTGGTTGATTTGTTA
TCATCTTATTATTAGGTTTACCTAAGTATGTGAAAATACCTTTGTGTTAGGTTTGCATAT
GTTTTTAAACAAATATTTTCTGTTTGTATTGACTATTTTTTTAGGCCAAATGACATTTAT
ATTGACT

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 3

CO CL3546Contig1 808 3 11 U
GCATTTTATGGACTTATATTGAATTTGAATGTGTAATTCATGGAATGGGAGGGGTCATCT
CATTTTTTGATCTGCAACGAATGAATTCAAGAGATAAGAGAATTAAGGATACCCACCAAG
AAGACTAATCCAATCCATAAAGATGTACCAGAAAATACAACATTTTTGTTACTCGACCAC
CCATCAGGAGACGCAAATACAACGGGTACACTAATCAGTAAGGTTAATGAAGTAATAATT
AATGCAAAAACAGCCAATTGAAAAGCAATAGTCATGTTTTTAATCCTCCAAGCTATTAAC
AATATACACCATTTAATCCTCTTACCCACTAAAAAATTTTAATAAATAAAGGGATTTTAT
CATGAATCCGTTTATTCGAGATGCCTTATTTCCAACTTCTTTTTACCACTTTTATTCTAT
TCGGACATGAAGTTAAAGGTTCTTTTTGACTTCACAAATGGGTAGACTGGATCATGTATC
TCATTTATTTATATAGACCAATTGATAGACTTATAAAGAAAGTCACACCCTATATCTTTT
TCTACATAGTGATCGTATTAACTCATCGAGCTATGTTCTATTTGGCGAAAAAAAAGATAA
AATAGAAATTATCTTTCGGAGAGATGGCCGAGTGGTTGATGGCTCCGGTCTTGAAAACCG
GTATAGTTCATAAAAAATAACTATCGAGGGTTCGAATCCCTCTCTCTCCTTTTGTTGGAT
GAATAGATTTTTTTATTTATTGGCTTTTTTACTTCTTAGCATCATAAAAAAGGAGAATGG
CTCGGCTGGATAGTATAGCCGAGCCAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK69JQ U 1
AF RR3BW78JQ U 69
AF RR3BW78TF C 176
BS 1 96 RR3EK69JQ
BS 97 97 RR3BW78JQ
BS 98 222 RR3EK69JQ
BS 223 223 RR3BW78JQ
BS 224 313 RR3EK69JQ
BS 314 314 RR3BW78JQ
BS 315 603 RR3EK69JQ
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BS 605 727 RR3EK69JQ
BS 728 764 RR3BW78JQ
BS 765 808 RR3BW78TF

RD RR3EK69JQ 727 0 0
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CATTTTTTGATCTGCAACGAATGAATTCAAGAGATAGGAGAATTAAGGATACCCACCAAG
AAGACTAATCCAATCCATAAAGATGTACCAGAAAATACAACATTTTTGTTACTCGACCAC
CCATCAGGAGACGCAAATACAACGGGTACACTAATCAGTAAGATTAATGAAGTAATAATT
AATGCAAAAACAGCCAATTGAAAAGCAATAGTCATGTTTTTAATCCTCCAAGCTATTAAC
AATATACACCATT*AATCCTCTTACCCACTAAAAAATTTTAATAAATAAAGGGATTTTAT
CATGAATCCGTTTATTCGAGATGCCTTATTTCCAACTTCTTTTTACCACTTTTATTCTAT
TCGGACATGAAGTTAAAGGTTCTTTTTGACTTCACAAATGGGTAGACTGGATCATGTATC
TCATTTATTTATATAGACCAATTGATAGACTTATAAAGAAAGTCACACCCTATATCTTTT
TCTACATAGTGATCGTATTAACTCATCGAGCTATGTTCTATTTGGCGAAAAAAAAGATAA
AATGGAAATTATCTTTCGGAGAGATGGCCGAGTGGTTGATGGCTCCGGTCTTGAAAACCG
GTATAGTTCATAAAAAATAACTATCGAGGGTTCGAATCCCTCTCTCTCCTTTTGTTGGAT
GAATAGA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3BW78JQ 700 0 0
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TCCGATCCATAAAGATGTACCAGAAAATACAACATTTTTGTTACTCGACCACCCATCAGG
AGACGCAAATACAACGGGTACACTAATCAGTAAGGTTAATGAAGTAATAATTAATGCAAA
AACAGCCAATTGAAAAGCAATAGTCATGTTTTTAATCCTCCAAGCTATTAACAATATACA
CCATTTAATCCTCTTACCCACTAAAAAATTTTAATAAATAAAGGGATTTTATCATGAATC
CGTTTATTCGAGATGCCTTATTTCCAACTTCTTTTTACCACTTTTATTCTATTCGGACAT
GAAGTTAAAGGTTCTTTTTGACTTCACAAATGGGTAGACTGGATCATGTATCTCATTTAT
TTATATAGACCAATTGATAGACTTATAAAGAAAGTCACACCCTATATCTTTTTCTACATA
GTGATCGTATTAACTCATCGAGCTATGTTCTATTTGGCGAAAAAAAAGATAAAATAGAAA
TTATCTTTCGGAGAGATGGCCGAGTGGTTGATGGCTCCGGTCTTGAAAACCGGTATAGTT
CATAAAAAATAACTATCGAGGGTTCGAATCCCTCTCTCTCCTTTTGTTGGATGAATAGAT
TTTTTTATTTATTGGCTTTTTTACTTCTTAGCATCA
AAAA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3BW78TF 633 0 0
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TAATTAATGCAAAAACAGCCAATTGAAAAGCAATAGTCATGTTTTTAATCCTCCAAGCTA
TTAACAATATACACCATTTAATCCTCTTACCCACTAAAAAATTTTAATAAATAAAGGGAT
TTTATCATGAATCCGTTTATTCGAGATGCCTTATTTCCAACTTCTTTTTACCACTTTTAT
TCTATTCGGACATGAAGTTAAAGGTTCTTTTTGACTTCACAAATGGGTAGACTGGATCAT
GTATCTCATTTATTTATATAGACCAATTGATAGACTTATAAAGAAAGTCACACCCTATAT
CTTTTTCTACATAGTGATCGTATTAACTCATCGAGCTATGTTCTATTTGGCGAAAAAAAA
GATAAAATAGAAATTATCTTTCGGAGAGATGGCCGAGTGGTTGATGGCTCCGGTCTTGAA
AACCGGTATAGTTCATAAAAAATAACTATCGAGGGTTCGAATCCCTCTCTCTCCTTTTGT
TGGATGAATAGATTTTTTTATTTATTGGCTTTTTTACTTCTTAGCATCATAAAAAAGGAG
AATGGCTCGGCTGGATAGTATAGCCGAGCCAGC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 3

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GCTGAGATCTGATAAACAGCAAAAGTATGTCGAGGCTTTGCAGGAGCAGAAAGATTCGCT
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TGAAGCCACCTCTGCTAATACTTCCGCGGTTGTTCCTCTCTCCACTCTTAAGGCCATCTA
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TACCCCTAGGATCATGGTTTGAGAGGATTTTAGTCTCGTGATTTGCATTTCTTAACATCA
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GGCTTTTCATTATGGTACCCATTGGTTGAAAGTGGGGCTTGCAAATGACTGG*TAAGGTG
TATTAAATCAGGAATAAGAACGTAATAGTCATAAATTTACACAGGTACAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 

AF RR3FT66JQ C 1
AF RR3C751TF U 190
AF RR3FT66TF U 1
BS 1 189 RR3FT66TF
BS 190 426 RR3C751TF
BS 427 427 RR3FT66TF
BS 428 592 RR3C751TF
BS 593 593 RR3FT66TF
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BS 631 643 RR3FT66TF
BS 644 644 RR3FT66JQ
BS 645 650 RR3FT66TF

RD RR3FT66JQ 648 0 0
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TGAAGCCACCTCTGCTAATACTTCCGCGGTTGTTCCTCTCTCCACTCTTAAGGCCATCTA
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TACCCCTAGGATCATGGTTTGAGAGGATTTTAGTCTCGTGATTTGCATTTCTTAACATCA
AATTGTCTGTTGTTATGATTCTAGAATAAGGTTAGACCCTGATTTGGGGTGG*TGGTTAA
GGCTTTTCATTATGGTACCCATTGGTTGAAAGTGGGGCTTGCAAATGACTGG*TAAGGTG
TATTAAATCAGGAATAAGAACGTAATAGTCATAAATTTACACAGGTAC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3C751TF 441 0 0
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CACCACAACCACCCAATCTGGTGAAGCAGTCAAAGAAGAGTCTAAAGTGTCTACCCCCAG
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TTGTTATGATTCTAGAATAAGGTTAGACCCTGATTTGGGGTGG*TGGTTAAGGCTTTTCA
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AGGAATAAGAACGTAATAGTC

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR3FT66TF 650 0 0
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GTCTGAAGAAGGAGAAGAGAGAGGAGGAATGGCGAACAAGATTGCAATGCTGGTCTCGGA
AGCGATGAACAGCAACGCTGTGATAAACACGTGTCTTGGAGTATCGTTTGTGGTTCTGGG
GCTGAGATCTGATAAACAGCAAAAGTATGTCGAGGCTTTGCAGGAGCAGAAAGATTCGCT
CTCAAAGTCTAACAAGGATATGAAAGTTCAAATGTGGGAGTGGAAACAACAGCTCTTTGC
TGAAGCCACCTCTGCTAATACTTCCGCGGTTGTTCCTCTCTCCACTCTTAAGGCCATCTA
TGGAGAACTCACCACAACCACCCAATCTGGTGAAGCAGTCAAAGAAGAGTCTAAAGTGTC
TACCCCTAGGATCATGGTTTGAGAGGATTTTAGTCTCGTGATTTGCATTTCTTAACATCA
AATTGTCTGTTGTTATGATTCTAGAATAAGGTTAGACCCTGATTTGGGGTGGGTGGTTAA
GGCTTTTCATTATGGTACCCATTGGTTGAAAGTGGGGCTTGCAAATGACTGG*TAAGGTG
TATTAAATCAGGAATAAGAACGTAATAGTCATAAATTTACACATGTACAA

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 3

CO CL3548Contig1 772 3 2 U
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AAAGAGTGATACAATGCTAAGGGCTAACGCGACCGTGATGCAGCGAGGTAGGATTGAAAC
AGTTAAAGATGGTTCCAGACCAACTAAACGTCCAACAAGAGCAGTGGAGTAGAGCGAGAA
TACCGTTGAAACAATCACAGACGTAAAGATCTCAGCTGCATGCCGCTTCACAAGCTTTCT
CTGTTTGAACATGGAGAAAGCGAAAGAGAGAATGACAGAACCAAGAAAACCCATTAAGAT
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TCCAGATCCTGAAGCATACCCAAAAGCTAGAGCTGCGAGCAGTGCAGAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH42JQ U 1
AF RR3DH42TF C 1
AF RR3BN65JQ U 19
BS 1 672 RR3DH42JQ
BS 673 772 RR3BN65JQ

RD RR3DH42JQ 674 0 0
AATTGACAAATAATATTTTTTGTCTCATGAAAATGTTAAATTTACATATTATGTTTCCAA
TAGAATGAAAAATTAATGATGTTTATGTTTCACATTCAAACCAAGTAACTCGCCGGCTTC
TTACGTCATCACTTCTCAGCCAACGACCGCCAGCAAACTCTGTCGGACGGCAGGGATAGA
ACACAGTAACGATCCGAAGATTCCAGTGAGAGCATAAGCAATTGCACAGAAGGGAAGGGC
TTCTGGCTCCTTAGCCGACAAAGCTGCTGTTCCAAGTCCATGAGCACTTGAAGCAGTTGC
GATTCCTCGAGCAATAGGATCATTTAAACGCAGTTTATCAAGAACGACTTGTACAAAGTT
AGCTCCAATCAGACCAGTGACAACCACTACAGCTGCTGTAAGCGACGAATTGGACCCTTC
AAAGAGTGATACAATGCTAAGGGCTAACGCGACCGTGATGCAGCGAGGTAGGATTGAAAC
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GTCACCAGCACC
CC

QA 1 672 1 672
DS 

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TTACGTCATCACTTCTCAGCCAACGACCGCCAGCAAACTCTGTCGGACGGCAGGGATAGA
ACACAGTAACGATCCGAAGATTCCAGTGAGAGCATAAGCAATTGCACAGAAGGGAAGGGC
TTCTGGCTCCTTAGCCGACAAAGCTGCTGTTCCAAGTCCATGAGCACTTGAAGCAGTTGC
GATTCCTCGAGCAATAGGATCATTTAAACGCAGTTTATCAAGAACGACTTGTACAAAGTT
AGCTCCAATCAGACCAGTGACAACCACTACAGCTGCTGTAAGCGACGAATTGGACCCTTC
AAAGAGTGATACAATGCTAAGGGCTAACGCGACCGTGATGCAGCGAGGTAGGATTGAAAC
AGTTAAAGATGGTTCCAGACCAACTAAACGTCCAACAAGAGCAGTGGAGTAGAGCGAGAA
TACCGTTGAAACAATCACAGACGTAAAGATCTCAGCTGCATGCCGCTTCACAAGCTTTCT
CTGTTTGAACATGGAGAAAGCGAAAGAGAGAATGACAGAACCAAGAAAACCCATTAAGAT
GTCACCAGCACC
CC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3BN65JQ 754 0 0
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ATGTTTATGTTTCACATTCAAACCAAGTAACTCGCCGGCTTCTTACGTCATCACTTCTCA
GCCAACGACCGCCAGCAAACTCTGTCGGACGGCAGGGATAGAACACAGTAACGATCCGAA
GATTCCAGTGAGAGCATAAGCAATTGCACAGAAGGGAAGGGCTTCTGGCTCCTTAGCCGA
CAAAGCTGCTGTTCCAAGTCCATGAGCACTTGAAGCAGTTGCGATTCCTCGAGCAATAGG
ATCATTTAAACGCAGTTTATCAAGAACGACTTGTACAAAGTTAGCTCCAATCAGACCAGT
GACAACCACTACAGCTGCTGTAAGCGACGAATTGGTCCCTTCAAAGAGTGATACAATGCT
AAGGGCTAACGCGACCGTGATGCAGCGAGGTAGGATTGAAACAGTTAAAGATGGTTCCAG
ACCAACTAAACGTCCAACAAGAGCAGTGGAGTAAAGCGAGAATACCGTTGAAACAATCAC
AGACGTAAAGATCTCAGCTGCATGCCGCTTCACAAGCTTTCTCTGTTTGAACATGGAGAA
AGCGAAAGAGAGAATGACAGAACCAAGAAAACCCATTAAGATGTCACCAGCACCAGGATC
CGATGCTACTTTAGTAAGGTAGTTTCCTAAAACAGGATCAAGTCCAGATCCTGAAGCATA
CCCAAAAGCTAGAGCTGCGAGCAGTGCAGAAAAA

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 3

CO CL3549Contig1 892 3 11 U
GGATACAATCACATGTGAAATTATGCAAATTCAATTGTATCCTTGTGAGTAATGCATCAA
AAGACAAGTAACAATCTCTTCTATAACTCGATGGGAGTCCCCCAGTACAACAATGCCTGT
CAAACACAATCAAAATAACAAAAGGTTCCTTGACGAAAAGTCTAGCTGATCATAGTTTCA
AGATAGCTTTATTCATTTAGCCTTCTCTTTCAAATAAGATGAAGAAAGAAGCTAAAAGGG
GTATAAATAGTTCTTATTGTAATCTTCTTGAGACCAAAACTTAGCTTAGGTTATGGTACG
AGTCGATGATGGCATCAGCAAGGTACTCGCACTTCGCCATAGACAATCCAGCCAACGATA
TCCTCCCATCTTTAGTCATGTACACATGCCACTTGTTCGTCATATTATCACTCTGAGCCT
TGTTGAGTCCGGTGAACGAGAACATGCCAATCTGCTTCAGAATAAACGACCAGTCCTTGC
CGCTCTTGTCTTTCGAAACGAGGCTGTCGTACAACTTCTGTCTCACCGTCTTGATCCTTC
CCGCCATCATTTCCATCTCCGCTTTCCACTCGTTGAACATGGCCGCATCTCCCACGACGT
TGGCCACGATCCTCGCACCGTGAACCGGTGGGTTCGAGTACATAGGCCGAGCTATCCTCT
TCAACTGGCTCTTAACCCTTGTAGCAGCATCGGCTGATGAACAGACGACGTTGATCGCAC
CGATTCTTTCAGCGTAAAGTCCCAAGTTTTTACTATATGACTGAGCGACGAAAAACTCCA
TTCCACGCTCAGCAAATAATCTCACAGAAGATGCATCTTCATCAAGGCTTCCACTAGCAA
ACCCCTGGTATGCAACATCGAAGAATGGGATATGGTTCTTTACTTGAATGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C169JQ U 1
AF RR3HA54JQ U 63
AF RR3C169TF C 120
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BS 100 100 RR3HA54JQ
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RD RR3C169JQ 713 0 0
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TGGCCACGATCCTCGCACCGTGAACCGGTGGGTTCGAGTACATAGGCCGAGCTATCCTCT
TCAACTGGCTCTTAACCCTTGTAGCAGCATCGGCTGATGAACAGACGACGTTG

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3HA54JQ 799 0 0
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CTCCCATCTTTAGTCATGTACGCATGCCACTTGTTCGTCATATTATCACTCTGAGCCTTG
TTGAGTCCGGTGAACGAGAACATGCCAATCTGCTTCAGAATAAACGACCAGTCCTTGCCG
CTCTTGTCTTTCGAAACGAGGCTGTCGTACAACTTCTGTCTCACCGTCTTGATCCTTCCC
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GCCACGATCCTCGCACCGTGAACCGGTGGGTTCGAGTACATAGGCCGAGCTATCCTCTTC
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ATTCTTTCAGCGTAAAGTCCCAAGTTTTTACTATATGACTGAGCGGCGAAAA*CTCCATT
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CCCTGGTATGCA
CATCGAA

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3C169TF 773 0 0
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AAGATAGCTTTATTCATTTAGC*TTCTCTTTCAAATAAGATGAAGAAAGAAGCTAAAAGG
GGTATAAATAGTTCTTATTGTAATCTTCTTGAGACCAAAACTTAGCTTAGGTTATGGTAC
GAGTCGATGATGGCATCAGCAAGGTACTCGCACTTCGCCATAGACAATCCAGCCAACGAT
ATCCTCCCATCTTTAGTCATGTACACATGCCACTTGTTCGTCATATTATCACTCTGAGCC
TTGTTGAGTCCGGTGAACGAGAACATGCCAATCTGCTTCAGAATAAACGACCAGTCCTTG
CCGCTCTTGTCTTTCGAAACGAGGCTGTCGTACAACTTCTGTCTCACCGTCTTGATCCTT
CCCGCCATCATTTCCATCTCCGCTTTCCACTCGTTGAACATGGCCGCATCTCCCACGACG
TTGGCCACGATCCTCGCACCGTGAACCGGTGGGTTCGAGTACATAGGCCGAGCTATCCTC
TTCAACTGGCTCTTAACCCTTGTAGCAGCATCGGCTGATGAACAGACGACGTTGATCGCA
CCGATTCTTTCAGCGTAAAGTCCCAAGTTTTTACTATATGACTGAGCGACGAAAAACTCC
ATTCCACGCTCAGCAAATAATCTCACAGAAGATGCATCTTCATCAAGGCTTCCACTAGCA
AACCCCTGGTATGCAACATCGAAGAATGGGATATGGTTCTTTACTTGAATGAC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 3

CO CL3550Contig1 763 3 4 U
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GTCATGCTTGATCGTACTCCTGAAACCATCTTTGCAACACTCCCTGGCTTTAAGAGGTTT
AGGCTTAATGGACGTTTGTATCCATGTGTTATACCGTCTGAAGATGGAGAAGTTCATGGA
AAGTTATTAATGGGATTAACGGATGAAGAACTTGAGAATTTAGATGCTGTCGAGGGTAAT
GAATATGAGAGGGTGACAGTTGGTGTTGTACCAGAGGACAATTTTGAGAAGATGACTGTG
GAAACATATATATGGATCAATAAAGATGATCCTGATATCGGAGGAGAATGGGATTTTGAG
GAATGGAAACGACTACACATGAAGGAATTCATAGAGACGTTCAAAAAAATCATGGAATGG
AAGAGGAATCCTCAAGGAAAGGGAAGGGACGTCTTCAACAATGCCCTACGCGATGCTCCT
TCGGTTTGAATGAAATCTGTGTTAGGAGTATGTTCTACTTCTATGTATCATTTTTCTCCA
GATTCCGAGTATAATAAAACCTAGAGACTGATAGTATTGTGGAGATCAGTGAAAAGGATA
TAGTGCCATTTGTTATCTTGTAGATTGTATTATTTTGTGCTTATATGGGATTTTGGTATC
TATAGTTTGTATGGTTTGCTTGATGCTAATGCTTATGCCTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DA68TF U 1
AF RR3DA68JQ C 30
AF RR3GN80TF U 59
BS 1 656 RR3DA68TF
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GAATATGAGAGGGTGACAGTTGGTGTTGTACCAGAGGACAATTTTGAGAAGATGACTGTG
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GAATGGAAACGACTACACATGAAGGAATTCATAGAGACGTTCAAAAAAATCATGGAATGG
AAGAGGAATCCTCAAGGAAAGGGAAGGGACGTCTTCAACAATGCCCTACGCGATGCTCCT
TCGGTTTGAATGAAATCTGTGTTAGGAGTATGTTCTACTTCTATGTATCATTTTTCTCCA
GATTCCGAGTATAATAAAACCTAGAGACTGATAGTATTGTGGAGATCAGTGAAAAG*ATA
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DS 

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CTTTGCAACACTCCCTGGCTTTAAGAGGTTTAGGCTTAATGGACGTTTGTATCCATGTGT
TATACCGTCTGAAGATGGAGAAGTTCATGGAAAGTTATTAATGGGATTAACGGATGAAGA
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GATAGTATTGTGGAGATCAGTGAAAAGGATATAGTGCCATTTGTTATCTTGTAGATTGTA
TTATTTTGTGCTTATATGGGATTTTGGTATC

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DS 

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TTAGGCTTAATGGACGTTTGTATCCATGTGTTATACCGTCTGAAGATGGAGAAGTTCATG
GAAAGTTATTAATGGGATTAACGGATGAAGAACTTGAGAATTTAGATGCTGTCGAGGGTA
ATGAATATGAGAGGGTGACAGTTGGTGTTGTACCAGAGGACAATTTTGAGAAGATGACTG
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GGAAGAGGAATCCTCAAGGAAAGGGAAGGAACGTCTTCAACAATGCCCTACGCGATGCTC
CTTCGGTTTGAATGAAATCTGTGTTAGGAGTATGTTCTACTTCTATGTATCATTTTTCTC
CAGATTCCGAGTATAATAAAACCTAGAGACTGATAGTATTGTGGAGATCAGTGAAA*GGA
TATAGTGCCATTTGTTATCTTGTAGATTGTATTATTTTGTGCTTATATGGGATTTTGGTA
TCTATAGTTTGTATGGTTTGCTTGATGCTAATGCTTATGCCTTTG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 3

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TACACACAACATTAAGAACGAAAAGGAACAGAACACAATAGCAGAGAACTCTTGAATAAA
AGAGCAGAACACAATAGCAGAACACAACAACAATAAGAATGAAAAGGAACAGAACACAAT
AGCAGAACACAACAACAACAACAAGAACGAAGAAGACTTGTGAAAGCTGACAACTCTTTG
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AGCTCCCTCCACTCCACTTTGAACCTGGGAAGAAATTTCAGACGCAAGACCTTGACTTTG
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ATGTAGAGTTTCTCCAGACCACCAAGTCTATGTGGCTGAAGCCACGTAGGAAGCTCCCGA
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TCTAGGGATGCTGGGGCCTTAGAAACCATTGTCAACGTTCTTATGAGCCCTCTTACTATC
CCACCAGCAGATTCAACTTTCTTATGTTCATTAATACCTCCCCAAGCCACTTTAAACTTT
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GTTTATTGTAATACTCAGCTTCCTCAGCTTCTCCAAGTGCACCAACTCAGCCAACGTGCA
GACCTCTCCTCATCATTAGCATCACTCACAACAAACCCTTTCAGAACCACCAAGTTATTC
AACCACGACAACCTCTTAGGCATGCGATCTATCATGTAACAATCCGTAATGTCCAAGTAA
GTCAGTGCCTTGAGCGAATCTATCTTCTCCGGAAGCTTCTCCAAGTTATAGCAAGCTCTA
AGGTCCAAGATGATCAGCTCACGGAGCTTACAGACAGCATCATCAAGCCTTTCGATTCTC
GAGATCCCTTGGAAACTCAAAAGCCTTAGTTTAGTCATATGCTTCAAGTGTCTCATTAGC
TCTGGATTCTCCACTTCGATGTGGCGCTTGGCGGTTCTCTCCCACCTACCTAAGTAAAAC
ACTCTGAGAGACTTAAACGCAGTTTTTGACATTGGACCAAACTTCTTCTTCGCTGCTGGT
TGATCCTCTGAGAACCATTTGAACGCGAAATCGGGAAACCTCTCGGAGACATTGAACACT
GTCTCGATGAGATTCACGCCTGGCATTTTAGTAGTTTTTGCTTCTGGTTGGCTTGATGAA
CCTTCCACAAGACAGACCTTGTTCAGGTCTGATTTGTGCATGGTTGGCTTCTTCCCTTTG
TGATAAATATCAAAGAGTTTGATCTCCTTTGAGATGAGAACCACTGAAGAATGCACGAAC
GGTGTCATCTTGTAGCTGTTCGGCTCCACTTTGCGTTTGTTCTCAACAGGTTCTATCAAC
TTTTCCTTAACGAACTCGTCAAGAATCTCCTTCACAACATCTTCAGGTCTCTCTTCATTA
ATCAAAATGCCTTCACCGATCCACCAGTACATCAGCATCGTTCTGTTCACCTCTTGGTTC
TCAGGAAAACAGCAAAGCTCAGGAGACAGATCCTGCGTCAACACTGAGAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H107JQ U 1
AF RR3H107TF C 475
AF RR3D190TF U 945
BS 1 752 RR3H107JQ
BS 753 945 RR3H107TF
BS 946 1730 RR3D190TF

RD RR3H107JQ 752 0 0
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AAGCTAACCTGAGGAGATTGATACTTGTCCAAGAACTCCAGCTTTGGAAAGAGTTCCCTC
AGCTCCCTCCACTCCACTTTGAACCTGGGAAGAAATTTCAGACGCAAGACCTTGACTTTG
CACTCCTTTGTCTCCTCAGGCTCAAACTTTCTAAATCCAGTAAGTTCAGTTCCTCCTTTA
ATGTAGAGTTTCTCCAGACCACCAAGTCTATGTGGCTGAAGCCACGTAGGAAGCTCCCGA
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TCTAGGGATGCTGGGGCCTTAGAAACCATTGTCAACGTTCTTATGAGCCCTCTTACTATC
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CTCAAGACTTTTGAATTCCTCAACAGCCCGGA

QA 1 752 1 752
DS 

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ACTATCCCACCAGCAGATTCAACTTTCTTATGTTCATTAATACCTCCCCAAGCCACTTTA
AACTT*CTCAAGACTTTTGAATTCCTCAACAGCCCGGAACAGATCACTTACACTAAAATC
ACCTTTGTTTATTGTAATACTCAGCTTCCTCAGCTTCTCCAAGTGCACCAACTCAGCCAA
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TTATTCAACCACGACAACCTCTTAGGCATGCGATCTATCATGTAACAATCCGTAATGTCC
AAGTAAGTCAGTGCCTTGAGCGAATCTATCTTCTCCGGAAGCTTCTCCAAGTTATAGCAA
GCTCTAAGGTCCAAGATGATCAGCTCACGGAGCTTACAGACAGCATCATCAAGCCTTTCG
ATTCTCGAGATCCCTTGGAAACTCAAAAGCCTTAGTTTAGTCATATGCTTCAAGTGTCTC
ATTAGCTCTGGATTCTCCACTTCGATGTGGCGCTTGGCGGTTCTC

QA 1 705 1 705
DS 

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G
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GAGAT

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DS 



AS 0 0

AS 1 3

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GACCCTGCTCTTCTTATTGCTTCAACAAGCACTGCATCTAATCCTGTCAGACCACCACCA
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CTAACAAGCCAAGAGGTTGTGGTGATAGCGGATATGATCGATGACTTGATAATGCAACTT
CACTCTGAGCGGACCTCATCGCATCCAAATCAAACCTCTCAGGATCTAGCCGTCCGTGAG
TACCCTGAAGCAGCAAATCAGCTGACTGTGAACTCCAAAGATGAAGAATCAATGAAGTCT
GGCATATCAACAGACTATTACTTGCCTTTCTCCTCAAACGGAAGTGCTGCCAGGGAAGTT
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TACATTTCAGACAACGAGTACCCAGAAGATCTCAAGACAGAACTGAACATGATCGAGTCA
CAATTTAACCAGTCCGTCCAAGATCTGATGAAACTGAAGGAAGATGCTATAGAGAACGCA
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CCATGATATACTTCAATTGGTGTTTGGATATTTTGATTTGATGTATTTTGTACTTAGCAA
ACATGGAATAGTGTTATTCGACTTCTATTATTTCTGACAATTAAACACACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AB75TF U 1
AF RR3A457TF U 95
AF RR3AB75JQ C 344
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TACATTTCA

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G
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TAACGAGGATAAAAGTGTCTCCATCTGCTCCTCTCGAAAGAGCAACAACGAAGAATCGTA
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CAAAGATGAAGAATCAATGAAGTCTGGCACATCAACAGACTATTACTTGCCTTTCTCCTC
AAACGGAAGTGCTGCCAGGGAAGCTGGCCAGGATGCAGAGTCGATGAGCTCGTTTCTTGA
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GACAGAACTGAACATGATTGAGTCACAATTTA

QA 2 813 2 813
DS 

RD RR3AB75JQ 788 0 0
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TGAACATGATCGAGTCACAGTTTAACCAGTCCGTCCAAGATCTGATGAAACTGAAGGAAG
ATGCTATAGAGAACGCAAAGAGAAAATGGATTATGAAAAAGCAATCAAAACCCTGATTTT
GGTACTTCTTCTTGGGGCCATGATATACTTCAATTGGTGTTTGGATATTTTGATTTGATG
TATTTTGTACTTAGCAAACATGGAATAGTGTTATTCGACTTCTATTATTTCTGACAATTA
AACACACG

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 3

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AACAGGGGGAGGAGTTGGTTTACTCTCAAAACGTAGGAAAGCTCATCCCAATATACCAGC
TACCTATGCTACTAATTCTGCCATCGTTGCTGCTTGCTATTGCGGGGTTCGTGAATTGGT
TAAAGTAACTAGAAAATCACAAGACGATGACTTAATGAATTCAGCCATTGGTGGTCTTTT
CAGTGGTGCTTTATTAGGACGACTTCAAGGAGGGCCTCGCGGTGCATTTCGATACTCTAT
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AGAGAGAGTGCGTAACATGGATTCTATCACGTTACCTGTGTGGTTTCCTATACAAATTCT
CGACGAAGAAGCCCTTGCTAAAAAGAAAGCCAAGGAACAGAAACTCTTCACAAGATTGAA
CAAAGAAGAATCTTGACATCCGATCAAAACAGTTTATTTCGGCGTCGTAATTCCGTTTTT
TT*AGATGACTTTGAAGAGGAACCTTGATATTTTTGTTTCTTATTTGTTACACTATAAAA
GTAGTTGTAAACACCTACGAAGTGTTCACTTCTCGGGTTGCTTTTACTTGTTTGTTGTTG
TGGTTTTTGAATTAAGGGTCGCTATAGTCAACTTCAACACCCTTCTTGA*GATGCTCGCA
GCTTTATATTTTTGTCAGTTGTGCCACTGATTATAATAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3B504TF U 1
AF RR3CD19TF U 28
AF RR3CD19JQ C 139
BS 1 423 RR3B504TF
BS 424 424 RR3CD19TF
BS 425 662 RR3B504TF
BS 663 663 RR3CD19TF
BS 664 777 RR3B504TF
BS 778 778 RR3CD19TF
BS 779 795 RR3B504TF
BS 796 796 RR3CD19JQ
BS 797 833 RR3B504TF
BS 834 834 RR3CD19TF
BS 835 871 RR3B504TF
BS 872 881 RR3CD19JQ

RD RR3B504TF 871 0 0
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CGAAATGCAGCCGGATGATCCGAAACTCTCAGAAGAGGCGATTCAGCTTCCAACGTCAAC
GATTGAGCAGCCGCCTTCGTTATCGGAGCGTTTATTGATCCCCACTCTTCTCGCAGGAGT
AACAGGGGGAGGAGTTGGTTTACTCTCAAAACGTAGGAAAGCTCATCCCAATATACCAGC
TACCTATGCTACTAATTCTGCCATCGTTGCTGCTTGCTATTGCGGGGTTCGTGAATTGGT
TAAAGTAACTAGAAAATCACAAGACGATGACTTAATGAATTCAGCCATTGGTGGTCTTTT
CAGTGGTGCTTTATTAGGACGACTTCAAGGAGGGCCTCGCGGTGCATTTCGATACTCTAT
AGCTTTTGCTACGTTTGGCACAGCATTTGATTACGCTAGCCTTAAATCCAAACCTTTATT
AGAGAGAGTGCGTAACATGGATTCTATCACGTTACCTGTGTGGTTTCCTATACAAATTCT
CGACGAAGAAGCCCTTGCTAAAAAGAAAGCCAAGGAACAGAAACTCTTCACAAGATTGAA
CAAAGAAGAATCTTGACATCCGATCAAAACAGTTTATTTCGGCGTCGTAATTCCGTTTTT
TTTAGATGACTTTGAAGAGGAACCTTGATATTTTTGTTTCTTATTTGTTACACTATAAAA
GTAGTTGTAAACACCTACGAAGTGTTCACTTCTCGGGTTGCTTTTACTTGTTTGTTGCTG
TGGTTTTTGAATTAATGGTCGCTATAGTCAACTTCAACACCCTTCTTGA*GATACTCGCA
GCTTTATATTTTTGTCAGTTGTGCCACTGAT

QA 1 871 1 871
DS 

RD RR3CD19TF 817 0 0
GG
AACAACACAAATTGGAGTCGGGAAGGAGTTCCGAAATGCAGCCGGATGATCCGAAACTCT
CAGAAGAGGCGATTCAGCTTCCAACGTCAACGATTGAGCAGCCGCCTTCGTTATCGGAGC
GTTTATTGATCCCCACTCTTCTCGCAGGAGTAACAGGGGGAGGAGTTGGTTTACTCTCAA
AACGTAGGAAAGCTCATCCCAATATACCAGCTACCTATGCTACTAATTCTGCCATCGTTG
CTGCTTGCTATTGCGGGGTTCGTGAATTGGTTAAAGTAACTAGAAAATCACAAGACGATG
ACTTAATGAATTCAGCCATTGGTGGTCTTTTCAGTGGTGCTTTATTAGGACGACTTCAAG
GAGGGCCTCGCGGTGCATTTCGATACTCTATAGCCTTTGCTACGTTTGGCACAGCATTTG
ATTACGCTAGCCTTAAATCCAAACCTTTATTAGAGAGAGTGCGTAACATGGATTCTATCA
CGTTACCTGTGTGGTTTCCTATACAAATTCTCGACGAAGAAGCCCTTGCTAAAAAGAAAG
CCAAGGAACAGAAACTCTTCACAAGATTGAACAAAGAAGAATCTTGACATCCGATCAAAA
CAGTTTATTTCGGCGTCGTAATTCCGTTTTTTT*AGATGACTTTGAAGAGGAACCTTGAT
ATTTTTGTTTCTTATTTGTTACACTATAAAAGTAGTTGTAAACACCTACGAAGTGTTCAC
TTCTCGGGTTGCTTTTACTTGTTTGTTGTTGTGGTTTT*GAATTAG*GGTCGCTATAGTC
A*CTTCA*CACCCTTCTTGA*GATGCTCGCAGCTT

QA 3 817 3 817
DS 

RD RR3CD19JQ 743 0 0
GTTATCGGAGCGTTTATTGATCCCCACTCTTCTCGCAGGAGTAACAGGGGGAGGAGTTGG
TTTACTCTCAAAACGTAGGAAAGCTCATCCCAATATACCAGCTACCTATGCTACTAATTC
TGCCATCGTTGCTGCTTGCTATTGCGGGGTTCGTGAATTGGTTAAAGTAACTAGAAAATC
ACAAGACGATGACTTAATGAATTCAGCCATTGGTGGTCTTTTCAGTGGTGCTTTATTAGG
ACGACTTCAAGGAGGGCCTCGCGGTGCATTTCGATACTCTATAGCCTTTGCTACGTTTGG
CACAGCATTTGATTACGCTAGCCTTAAATCCAAACCTTTATTAGAGAGAGTGCGTAACAT
GGATTCTATCACGTTACCTGTGTGGTTTCCTATACAAATTCTCGACGAAGAAGCCCTTGC
TAAAAAGAAAGCCAAGGAACAGAAACTCTTCACAAGATTGAACAAAGAAGAATCTTGACA
TCCGATCAAAACAGTTTATTTCGGCGTCGTAATTCCGTTTTTTT*AGATGACTTTGAAGA
GGAACCTTGATATTTTTGTTTTTTATTTGTTACACTATAAAAGTAGTTGTAAACACCTAC
GAAGTGTTCACTTCTCGGGTTGCTTTTACTTGTTTGTTGTTGTGGTTTTTGAATTAAGGG
TCGCTATAGTCAACTTCAACACCCTTCTTGAAGATGCTCGCAGCTTTATATTTTTGTCAG
TTGTGCCACTGATTATAATAAGT

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 3

CO CL3555Contig1 959 3 17 U
GAGCCTACATTCTGCTATGTGGAAGCCGTCCCTTTTGGGCAAGAACTGAGTCAGGAATTT
TCAGAGCAGTTCTGAAAACTGAACCGAGTTTTAGTGAACCTCCTTGGCCTTCATGTCCTT
TGAAGCTAAAGATTTTGTTAAGCGGTTATTGTACAAAGACCCACGAAAACGAATGACAGC
CTCTCAAGCTTTGATGCATCCATGGATCTCGGGATGTAAGAAGATGAATATCCCATTTGA
TATACTGATCTTCAGGCAGATCAAAGCATACTTGAAATCTTCTTCTTTGCGCAAAGCTGC
TTTGATGGCTCTGTCCAAGACATTGATTACAGATGAACTTGTTTATCTGAAAGCACAGTT
TGCACTCTTAGCACCTAACAAAAATGGCCTCATCACCTTGGATAACATCAGATCGGCACT
TGCTTCAAATGCGACAGAAGCAATGAAAGAGTCAAGGATACCTGACTTTCTTGCATTGTT
AAATGGACTTGAATGCAAAGGGATGGATTTTGGAGAGTTTTGCGCAGCTTCGATTAGTGT
TCATCAGCATGAGCCACTTGATTGTTGGGAGCAGAGCGTTCGCCATGCTTATGAGCTCTT
TGAGATGAATGGAAACCGAGTTGTCGTCATCGAAGAACTCGCTTCCGAACTGGGTGTTGG
ATCAACGATCCCAGTACATACCATTCTACATGACTGGATTAGACACACTGATGGGAAACT
AAGCTTCTTGGGTTTTGTCAAACTGTTGCACGGTGTCTCTACTCGACAACAGCCTTTAGC
TAAAACACGGTGATGGATGATGTTATGATTGATGGATTCAAAAGAGGAAAAAGCATATAC
ATAGGGAATGGAGAGAGATATCAAAAACTTTACTGATCTTTTGTTATGGAATTGAAAAAA
ACTGGAATTGTATTGACTCTCATTCATTCCCATATTTATAAAGAAATGCAAAAGTTTTC


BQ
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AF RR3FZ80TF U 1
AF RR3FS54TF U 169
AF RR3FS54JQ C 186
BS 1 220 RR3FZ80TF
BS 221 221 RR3FS54TF
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BS 353 476 RR3FZ80TF
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BS 478 492 RR3FZ80TF
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BS 786 822 RR3FS54TF
BS 823 959 RR3FS54JQ

RD RR3FZ80TF 785 0 0
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TGAAGCTAAAGATTTTGTTAAGCGGTTATTGTACAAAGACCCACGAAAACGAATGACAGC
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TATACTGATCTTCAGGCAGATCAAAGCATACTTGAAATCTTCTTCTTTGCGCAAAGCTGC
TTTGATGGCTCTGTCCAAGACATTGATTACAGATGAACTTGTTTATCTGAAGGCACAGTT
TGCACTCTTAGCACCTAACAAAAATGGCCTCATCACCTTGGATAACATCAGATCGGCACT
TGCTTCAAATGCGACAGAAGCAATGAAAGAGTCAAGGATACCTGACTTTCTTGCATCGTT
AAATGGACTTGAGTGCAAAGGGATGGATTTTGGAGAGTTTTGCGCAGCTTCGATTAGTGT
TCATCAGCATGAGTCACTTGATTGTTGGGAGCAGAGCGTTCGCCATGCTTATGAGCTCTT
TGAGATGAATGGAAACCGAGTTATCGTCATCGAAGAACTCGCTTCCTAACTGGGTGTTGG
ATCAACGATCCCAGTACATACCATTCTACATGACTGGATTAGACACACTGATGGGAAACT
AAGCTTCTTGGGTTTTGTCAAACTGTTGCACGGTGTCTCTACTCGACAACAGCCTTTAGC
TAAAA

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3FS54TF 654 0 0
G
CGAATGACAGCCTCTCAAGCTTTGATGCATCCATGGATCTCGGGATGTAAGAAGATGAAT
ATCCCATTTGATATACTGATCTTCAGGCAGATCAAAGCATACTTGAAATCTTCTTCTTTG
CGCAAAGCTGCTTTGATGGCTCTGTCCAAGACATTGATTACAGATGAACTTGTTTATCTG
AAAGCACAGTTTGCACTCTTAGCACCTAACAAAAATGGCCTCATCACCTTGGATAACATC
AGATCGGCACTTGCTTCAAATGCGACAGAAGCAATGAAAGAGTCAAGGATACCTGACTTT
CTTGCATTGTTAAATGGACTTGAATGCAAAGGGATGGATTTTGGAGAGTTTTGCGCAGCT
TCGATTAGTGTTCATCAGCATGAGCCACTTGATTGTTGGGAGCAGAGCGTTCGCCATGCT
TATGAGCTCTTTGAGATGAATGGAAACCGAGTTGTCGTCATCGAAGAACTCGCTTCCGAA
CTGGGTGTTGGATCAACGATCCCAGTACATACCATTCTACATGACTGGATTAGACACACT
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CAGCCTTTAGCTAAAACACGGTGATGGATGATGTTATGATTGATGGATTCAAA

QA 2 654 2 654
DS 

RD RR3FS54JQ 774 0 0
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TGATCTTCAGGCAGATCAAAGCATACTTGAAATCTTCTTCTTTGCGCAAAGCTGCTTTGA
TGGCTCTGTCCAAGACATTGATTACAGATGAACTTGTTTATCTGAAAGCACAGTTTGCAC
TCTTAGCACCTAACAAAAATGGCCTCATCACCTTGGATAACATCAGATCGGCACTTGCTT
CAAATGCGACAGAAGCAATGAAAGAGTCAAGGATACCTGACTTTCTTGCATTGTTAAATG
GACTTGAATGCAAAGGGATGGATTTTGGAGAGTTTTGCGCAGCTTCGATTAGTGTTCATC
AGCATGAGCCACTTGATTGTTGGGAGCAGAGCGTTCGCCATGCTTATGAGCTCTTTGAGA
TGAATGGAAACCGAGTTGTCGTCATCGAAGAACTCGCTTCCGAACTGGGTGTTGGATCAA
CGATCCCAGTACATACCATTCTACATGACTGGATTAGACACACTGATGGGAAACTAAGCT
TCTTGGGTTTTGTCAAACTGTTGCACGGTGTCTCTACTCGACAACAGCCTTTAGCTAAAA
CACGGTGATGGATGATGTTATGATTGATGGATTCAAAAGAGGAAAAAGCATATACATAGG
GAATGGAGAGAGATATCAAAAACTTTACTGATCTTTTGTTATGGAATTGAAAAAAACTGG
AATTGTATTGACTCTCATTCATTCCCATATTTATAAAGAAATGCAAAAGTTTTC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 3

CO CL3556Contig1 895 3 5 U
GGCCCCTGTTCTGTCTCTCAAACATCATCAGATATTCATACAAACACGTCTCCATAGAAT
ACAGAGAAGTGTGTTGTGGGGGGGTTTAGGTGTGGAAAGAATGGAAGGAAGGAAGAAGAG
CGGTTCGTCTTCTTCTCCATCGTTAACCTCTGAGCTTTTTGGTTCCAGAGATAATCCTTC
TTCTTCTTCTTCTTCTGGGTTTTTCGGATCTATTTTTGCTCCTCCTTCTCATAAGGTTAT
GCGACAAGAGACTGTGACTGGTGGTGGCTGGAACGATAAATCCTCCAAGACTGGTGATGC
TGACAGAAACAGAGAAGAGCAAGACAACTATGGTTCAGTTTATCATCAGGAACAAGAGAG
AGTTCAACCTTGCCATCTCAGCTCTTCCATCTATTACGGTGGCCCTGATGTCTATATCCA
GCCTCAGAATTCCGGCGTCAATTCTACGAAGAAGAAAGAGGGAGGCGAAGATGATTCCGG
AAGTGCTTCCAGAGGAAATTGGTGGCAAGAGTCTCTGTATTACTAAGTAGAGTTGTTGCT
ACTTAAGCCAGTGTTATACTACAAAAGCAGCCAGGGTATATAGGAAGGAAGGGAAAAAAG
TAGAGTAGCGGTGGATCCGTTGGTATTAGTAAAACTTCTCTATCTTATTATTACAAAAAA
AAGTATGGAAGAAGTTTGTAAGGGTTGGTTAGATGCAAAGACGCCAGGAAAGCTTGTCTG
AGGGGTTTTTTTTGGTCGTGGTTTAGTAATTAACCCGACCGCTTCAGATTTAGCTTTCGT
AGTATGTATAATGGATAAAAACAATGATATGGTTTTGTAAGAAAACTACTCTAGTAAGTT
TCTACATTTACAAGCATTGAAATAAATCACAACCTGTTGTTGTTTCTAAAGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F020TF U 1
AF RR3GU75TF U 6
AF RR3GU75JQ C 200
BS 1 509 RR3F020TF
BS 510 510 RR3GU75TF
BS 511 579 RR3F020TF
BS 580 652 RR3GU75TF
BS 653 895 RR3GU75JQ

RD RR3F020TF 579 0 0
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ACAGAGAAGTGTGTTGTGGGGGGGTTTAGGTGTGGAAAGAATGGAAGGAAGGAAGAAGAG
CGGTTCGTCTTCTTCTCCATCGTTAACCTCTGAGCTTTTTGGTTCCAGAGATAATCCTTC
TTCTTCTTCTTCTTCTGGGTTTTTCGGATCTATTTTTGCTCCTCCTTCTCATAAGGTTAT
GCGACAAGAGACTGTGACTGGTGGTGGCTGGAACGATAAATCCTCCAAGACTGGTGATGC
TGACAGAAACAGAGAAGAGCAAGACAACTATGGTTCAGTTTATCATCAGGAACAAGAGAG
AGTTCAACCTTGCCATCTCAGCTCTTCCATCTATTACGGTGGCCCTGATGTCTATATCCA
GCCTCAGAATTCCGGCGTCAATTCTACGAAGAAGAAAGAGGGAGGCGAAGATGATTCCGG
AAGTGCTTCCAGAGGAAATTGGTGGCAAGGGTCTCTGTATTACTAAGTAGAGTTGTTGCT
ACTTAAGCCAGTGTTATACTACAAAAGCAGCCAGGGTAT

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3GU75TF 647 0 0
GG
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AGTGTGTTGTGGGGG**TTTAGGTGTGGAAAGAATGGAAGGAAGGAAGAAGAGCGGTTCG
TCTTCTTCTCCATCGTTAACCTCTGAGCTTTTTGGTTCCAGAGATAATCCTTCTTCTTCT
TCTTCTTCTGGGTTTTTCGGATCTATTTTTGCTCCTCCTTCTCATAAGGTTATGCGACAA
GAGACTGTGACTGGTGGTGGCTGGAACGATAAATCCTCCAAGACTGGTGATGCTGACAGA
AACAGAGAAGAGCAAGACAACTATGGTTCAGTTTATCATCAGGAACAAGAGAGAGTTCAA
CCTTGCCATCTCAGCTCTTCCATCTATTACGGTGGCCCTGATGTCTATATCCAGCCTCAG
AATTCCGGCGTCAATTCTACGAAGAAGAAAGAGGGAGGCGAAGATGATTCCGGAAGTGCT
TCCAGAGGAAATTGGTGGCAAGAGTCTCTGTATTACTAAGTAGAGTTGTTGCTACTTAAG
CCAGTGTTATACTACAAAAGCAGCCAGGGTATATAGGAAGGAAGGGAAAAAAGTAGAGTA
GCGGTGGATCCGTTGGTATTAGTAAAACTTCTCTATCTTATTATT

QA 3 647 3 647
DS 

RD RR3GU75JQ 696 0 0
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GGTGGTGGCTGGAACGATAAATCCTCCAAGACTGGTGATGCTGACAGAAACAGAGAAGAG
CAAGACAACTATGGTTCAGTTTATCATCAGGAACAAGAGAGAGTTCAACCTTGCCATCTC
AGCTCTTCCATCTATTACGGTGGCCCTGATGTCTATATCCAGCCTCAGAATTCCGGCGTC
AATTCTACGAAGAAGAAAGAGGGAGGCGAAGATGATTCCGGAAGTGCTTCCAGAGGAAAT
TGGTGGCAAGAGTCTCTGTATTACTAAGTAGAGTTGTTGCTACTTAAGCCAGTGTTATAC
TACAAAAGCAGCCAGGGTATATAGGAAGGAAGGGAAAAAAGTAGAGTAGCGGTGGATCCG
TTGGTATTAGTAAAACTTCTCTATCTTATTATTACAAAAAAAAGTATGGAAGAAGTTTGT
AAGGGTTGGTTAGATGCAAAGACGCCAGGAAAGCTTGTCTGAGGGGTTTTTTTTGGTCGT
GGTTTAGTAATTAACCCGACCGCTTCAGATTTAGCTTTCGTAGTATGTATAATGGATAAA
AACAATGATATGGTTTTGTAAGAAAACTACTCTAGTAAGTTTCTACATTTACAAGCATTG
AAATAAATCACAACCTGTTGTTGTTTCTAAAGTTTC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 3

CO CL3557Contig1 700 3 2 U
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ACTTTTGGTTTTGGTCACTAGGACATCATTTTCCGAACTTGAGCCAATAGTCCTTTCTCT
TCTTCTCTCTTAATCATAGTGAGTAAGAAGTCATTGAGGTTATCGATCGGACCAGGCAGG
CACCAGTGGACACAGTCGTTGTACAAAGACACATTAGCCTCAGGGAGATGTCCGTAGCGG
CTAGGGTGACCATCGGGTCTAAGCCACATCGCTTGAGTCGTGTCTAGTAGTCTAAACCTC
TTTCCTTTCCTCTTGGCTTCTTTTTCAGCTCTCTCAAACTCCTCCACCTGAATCCTGTGT
AGCTTCCTTGTCACCTCGTCCTGAGTCTCGTTCCCCTGATAAGGTCCTTTCCTCAAACAG
TTCCCTCCTTCGTCCCATAGCCCACCCTCGAAATGCGATGGTAAAAATGTTCGTAAATAC
ATCACTCCCTCGAATGTCTCCGAGTCCAAGATCGCTTTAAACGCTGTTCTAAACGCTTTT
CTGTACCCGTAAAACATCGAGAAATCGGTTATGTTTGGTAACTGGCAATAACGGCAACCA
ACGATGGTATTGTTCTCGTAGTAGACCATTGGCCGGAAATGCCAATGACCTGAGGAGATG
ATCACGTAGTCGAAGTCTCCTATCTCTGCTGTCCAACGCT


BQ
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AF RR3G138JQ U 1
AF RR3G138TF C 1
AF RR3DW20JQ U 2
BS 1 275 RR3G138JQ
BS 276 700 RR3DW20JQ

RD RR3G138JQ 276 0 0
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ACTTTTGGTTTTGGTCACTAGGACATCATTTTCCGAACTTGAGCCAATAGTCCTTTCTCT
TCTTCTCTCTTAATCATAGTGAGTAAGAAGTCATTGAGGTTATCGATCGGACCAGGCAGG
CACCAGTGGACACAGTCGTTGTACAAAGACACATTAGCCTCAGGGAGATGTCCGTAGCGG
CTAGGGTGACCATCGGGTCTAAGCCACATCGCTTG
C

QA 1 275 1 275
DS 

RD RR3G138TF 276 0 0
C
GGACAACATTTGGCTATTCATTAAATATTTAAATCCAATTAAAAAACAGAGCAGGAAAGA
CTTTTGGTTTTGGTCACTAGGACATCATTTTCCGAACTTGAGCCAATAGTCCTTTCTCTT
CTTCTCTCTTAATCATAGTGAGTAAGAAGTCATTGAGGTTATCGATCGGACCAGGCAGGC
ACCAGTGGACACAGTCGTTGTACAAAGACACATTAGCCTCAGGGAGATGTCCGTAGCGGC
TAGGGTGACCATCGGGTCTAAGCCACATCGCTTG
C

QA 2 275 2 275
DS 

RD RR3DW20JQ 699 0 0
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CTTTTGGTTTTGGTCACTAGGACATCATTTTCCGAACTTGAGCCAATAGTCCTTTCTCTT
CTTCTCTCTTAATCATAGTGAGTAAGAAGTCATTGAGGTTATCGATCGGACCAGGCAGGC
ACCAGTGGACACAGTCGTTGTACAAAGACACATTAGCCTCAGGGAGATGTCCGTAGCGGC
TAGGGTGACCATCGGGTCTAAGCCACATCGCTTGAGTCGTGTCTAGTAGTCTAAACCTCT
TTCCTTTCCTCTTGGCTTCTTTTTCAGCTCTCTCAAACTCCTCCACCTGAATCCTGTGTA
GCTTCCTTGTCACCTCGTCCTGAGTCTCGTTCCCCTGATAAGGTCCTTTCCTCAAACAGT
TCCCTCCTTCGTCCCATAGCCCACCCTCGAAATGCGATGGTAAAAATGTTCGTAAATACA
TCACTCCCTCGAATGTCTCCGAGTCCAAGATCGCTTTAAACGCTGTTCTAAACGCTTTTC
TGTACCCGTAAAACATCGAGAAATCGGTTATGTTTGGTAACTGGCAATAACGGCAACCAA
CGATGGTATTGTTCTCGTAGTAGACCATTGGCCGGAAATGCCAATGACCTGAGGAGATGA
TCACGTAGTCGAAGTCTCCTATCTCTGCTGTCCAACGCT

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 3

CO CL3558Contig1 1241 3 19 U
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TGCAACAGTTACTGTAAATCTCAATAAGATCATTGATGTGAATCACTATCCTGTGGACAC
AGCCAAAACTTCAAACATGCGGCATAGGCCTATTGGTATTGGCATACAAGGTCTTGCAGA
TGCATTTATCCTACTCGGAATGCCATTTGATTCCCCTGAGGCTCAACAACTGAACAAAGA
CATATTTGAAACCATATACTACCATGCACTCAAGTCATCTTCAGAGATTGCTACCAAGGA
AGGTACATATGAGACATACCAAGGAAGTCCTGTGAGTAAGGGTATTCTACAGCCTGACAT
GTGGAATGTAACTCCTTCTGACCGCTGGGACTGGGCTGCTCTAAGAGATATGATTTCAAA
GAACGGAATTCGAAACTCTCTTCTAGTAGCACCAATGCCAACTGCTTCAACTAGCCAGAT
TCTTGGGAATAATGAATGTTTTGAGCCGTATACCTCAAACATTTATAGTCGCAGAGTCTT
GAGTGGTGAGTTCGTAGTTGTGAACAAGCATCTTCTTCACGACTTGACTGAT**GGGACT
CTGGTCTCCTACTCTGAAAAACAAGATAATATATGAGAATGGTTCTGTTATAAATGTCGC
GGAGATTCCTGACGACTTGAAAGCAATTTACAAGACTGTGTGGGAGATTAAGCAGAGAAC
AGTGGTTGATATGGCAGTTGATCGTGGATGCTTTATCGATCAAAGTCAAAGTTTGAATAT
ACACATGGACAAACCCAACTTTGCCAAACTCACTTCCTTACACTTCCACACCTGGAAGAA
GGGTTTGAAAACGGGAATGTACTACCTGCGATCGCGTGCTGCAGCAGATGCAATTAAGTT
TACAGTAGACACAGCAATGCTAAAGGAGAAGCCAGATGTAACCAAAGAAGATGAAGTAAC
AGAAGAAGACAATGAGAGGAAGATGGCAGAGATGGTTTGCTCTTTGACAAACCGTGAGGA
CTGTCTCTCTTGTGGGAGTTAAAACAAACAGTAGAAGAAACAATAAAATTAATCACAAAA
CGTGCCTGCGTCTCTCTTACGTTTAAGTCTGTTGATGTGTGTAGTGTTAAGTACAACATA
ACTTAAATCTAGTTTCTGGTATAAGATTGTGGTGTGCGAAAGTTGAACAAGTCTCTTTTC
AAACTATGTAATATTAAGAAGCTGCTTTAAGGTTTTTTATT


BQ
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GAGTGGTGAGTTCGTAGTTGTGAACAAGCATCTTCTTCACGACTTGACTGAT**GGGACT
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GGAGATTCCTGACGACTTGAAAGCAATTTACAAGACTGTGTG

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G
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TATTGGTATTGGCATACAAGGTCTTGCAGATGCATTTATCCTACTCGGAATGCCATTTGA
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ACCAATGCCAACTGCTTCAACTAGCCAGATTCTTGGGAATAATGAATGTTTTGAGCCGTA
TACCTCAAACATTTATAGTCGCAGAGTCTTGAGTGGTGAGTTCGTAGTTGTGAACAAGCA
TCTTCTTCACGACTTGACTGATATGGGACTCTGGTCTCCTACTCTGAAAAACAAGATAAT
ATATGAGAATGGTTCTGTTATAAATGTCTCGGAGATTCCTGACGACTTGAAAGCAATTTA
CAAGACTGTGTGGGAGATTAAGCAGAGAACAGTGGTTGATATGGCAGTTGATCGTGGATG
CTTTATCGATCAAAGTCAAAGTTTGAATATACACATGGACAAACCCAACTTTGCCAAACT
CACTTCCTTACACTTCCACAC
TT

QA 2 742 2 742
DS 

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TCACGACTTGACTGAT**GGGACTCTGGTCTCCTACTCTGAAAAACAAGATAATATATGA
GAATGGTTCTGTTATAAATGTCGCGGAGATTCCTGACGACTTGAAAGCAATTTACAAGAC
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TTTACACTTCCACACCTGGAAGAAGGGTTTGAAAACGGGAATGTACTACCTGCGATCGCG
TGCTGCAGCAGATGCAATTAAGTTTACAGTAGACACAGCAATGCTAAAGGAGAAGCCAGA
TGTAACCAAAGAAGATGAAGTAACAGAAGAAGACAATGAGAGGAAGATGGCAGAGATGGT
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GTGTGTAGTGTTAAGTACAACATAACTTAAATCTAGTTTCTGGTATAAGATTGTGGTGTG
CGAAAGTTGAACAAGTCTCTTTTCAAACTATGTAATATTAAGAAGCTGCTTTAAGGTTTT
TTATT

QA 1 665 1 665
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ACCATAGACATCAAAGGAGGAGAAAAGGTTGGTGTGGTTGGAAGGACAGGAAGTGTTAAA
TCGACTTTGATTCAGGTCTTGTTCAGACTTGTGGAACCGTCTGGTGGGAAGATAATCATC
GATGGAATCGATATCTGCACTTTGGGACTTCATGATCTTAGGTCAAGATTCGGTATCATC
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TCCAAGCCCGGGGAGCTTGATTCTCTTGTGGCGGATAGTGGTGAGAACTGGAGTGTTGGT
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ACGTGTTGTCTTTGTATTTTGATTCAGAATCTCTGACGTTTGATGTTGAATTTTCAATAA
AACTTCTAATAATAACAAGTTTCATTCGGGCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F001TF U 1
AF RR3F001JQ C 230
BS 1 501 RR3F001TF
BS 502 873 RR3F001JQ

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GATGGAATCGATATCTGCACTTTGGGACTTCATGATCTTAGGTCAAGATTCGGTATCATC
CCTCAAGAACCTGTTCTCTTCGAAGGAACTGTAAGGAGCAACATTGATCCTACAGAGAAA
TACTCTGATGAAGAAATCTGGAAGAGTCTGGAGCGATGTCAACTTAAGGAGGTTGTTTCA
TCCAAGCCCGGGGAGCTTGATTCTCTTGTGGCGGATAGTGGTGAGAACTGGAGTGTTGGT
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GATGAAGCAGCTGCTTCAGTT

QA 1 501 1 501
DS 

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CTACAGAGAAATACTCTGATGAAGAAATCTGGAAGAGTCTGGAGCGATGTCAACTTAAGG
AGGTTGTTTCATCCAAGCCCGGGGAGCTTGATTCTCTTGTGGCGGATAGTGGTGAGAACT
GGAGTGTTGGTCAGAGACAGTTACTGTGTTTGGGAAGGGTTATGCTGAAACGGTGCCGGA
TTCTGTTTTTGGATGAAGCAGCTGCTTCAGTTGATTCGCAGACTGATGCTATGATCCAGA
AGATAATCAGGGAGGACTTCTCGTCTTGTACTATCATCAGCATTGCTCATAGGATTCCAA
CGGTTATGGACTGTGATCGTGTTCTTGTTATAGACGCAGGAAAAGCGAAAGAGTATGATA
GTCCGGTTCGTTTGCTGGAGAGACGGTCGTTGTTTGCTGCATTGGTTCAAGAGTATGCTC
TCCGGTCTGCCGGAATATGAAACCATTGTCTTCTTCATTTTGTTTCTGTTAGCTGATATC
AACATAAACAGACGTGTTGTCTTTGTATTTTGATTCAGAATCTCTGACGTTTGATGTTGA
ATTTTCAATAAAACTTCTAATAATAACAAGTTTCATTCGGGCTC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 3

CO CL3561Contig1 789 3 26 U
GGGAGATATCGGAAATGGAGGAAGATGCAGCCGCTCCTAACTCAGGTTCCGATTTGAACC
TCGGAGGAAAGCGCGGCAAATCTATCGAAGAATGCCAGGACATGATTCAGCGAAGTTTCC
GAAATCCGATAGTGAAGTTTCTGATGGAGCAAATGGAGAAATCAGGGTGCAGAGTTGGTG
ATAACTTCGTCAAGGCGGTTGTGTGTACTGGTCCTGTTGCTGGTGGCTTCACTAAAGGAA
GAGGGATCACTGTGTGTAGTAACTATCTGACAATTCAAGATGAAGTGAACCAAGTGGTTA
TACATGAGTTAATCCATGCTTATGACGAGTGCCGTGCCAAGAATCTGGATTGGACTAACT
GTGCTCATCATGCCTGCAGCGAGATACGTGCAGGTCATTTAAGCGGTGATTGCCATTTCA
AGAGAGAACTTTTGAGGGGTTTCATTAAATTAAGAGGCCATGAACAAGAATGTATAAAAA
GAAGAGTGCTGAAATCGCTTCGTGGCAACCCGTATTGCTCTGAAGTAGCAGCTAAAGACG
CAATGGAAGCAGTGTGGGATACTTGTTACAATGACACTAAGCCTTTCGACAGAGCTCCTT
GAAGTTGAAGTTGAGGTATTACATCTCTTTATATTACTTCTGCTTCAAGGTTTTGAACTT
CAACTTCATCTTTGAAGATCGATATAAAGCTGGCAAAACAGTTGGATCCAGCCGTTGATT
TTTCTTTTGTCACATCTATTATTCAGAATACAAGGTCCATTAATGAAAAGACCGAGTCAC
ATTCTATCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3EL59TF U 1
AF RR3GB13TF U 44
AF RR3GB13JQ C 95
BS 1 64 RR3EL59TF
BS 65 65 RR3GB13TF
BS 66 91 RR3EL59TF
BS 92 92 RR3GB13TF
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BS 677 687 RR3EL59TF
BS 688 789 RR3GB13TF

RD RR3EL59TF 692 0 0
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GAAATCCGATAGTGAAGTATCTGATGGAGCAAATGGAGAAATCAGGGTGCAGAGTTGGTG
ATAACTTCGTCAAGGCGGTTGTGTGTACTGGTCCTGTTGCTGGTGGCTTCACTAAAGGAA
GAGGGATCACTGTGTGTAGTAACTATCTGACCATTCAAGATGAAGTGAACCAAGTGGTTA
TACATGAGTTGATCCATGCTTATGACGAGTGCCGTGCCAAGAATCTGGATTGGACTAACT
GTGCTCATCATGCCTGCAGCGAGATACGTGCAGGTCATTTAAGCGGTGACTGCCATTTCA
AGAGAGAACTTCTGAGGGGTTTCATTAAATTACGAGGGCATGAACAAGAATGTATAAAAA
GAAGAGTGCTGAAATCGCTTCGTGGCAACCCGTATTGCTCTGAAGTAGCAGCTAAAGACG
CCATGGAATCAGTGTGGGATACTTGTTACAATGACACTAAGCCTTTCGACAGAGCTCCTT
GAAGTTGAAGTTGAGGTATTACATCTCTTTATATTACTTCTGCTTCAAGGTTTTGAACTT
CAACTTCATCTTTGA*GATCGATATAA
GCTGG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3GB13TF 746 0 0
G
GGTTCCGATTTGAACCTCGGAGGAAAGCGCGGCAAATCTATCGAAGAATGCCAGGACATG
ATTCAGCGAAGTTTCCGAAATCCGATAGTGAAGTTTCTGATGGAGCAAATGGAGAAATCA
GGGTGCAGAGTTGGTGATAACTTCGTCAAGGCGGTTGTGTGTACTGGTCCTGTTGCTGGT
GGCTTCACTAAAGGAAGAGGGATCACTGTGTGTAGTAACTATCTGACAATTCAAGATGAA
GTGAACCAAGTGGTTATACATGAGTTAATCCATGCTTATGACGAGTGCCGTGCCAAGAAT
CTGGATTGGACTAACTGTGCTCATCATGCCTGCAGCGAGATACGTGCAGGTCATTTAAGC
GGTGATTGCCATTTCAAGAGAGAACTTTTGAGGGGTTTCATTAAATTAAGAGGCCATGAA
CAAGAATGTATAAAAAGAAGAGTGCTGAAATCGCTTCGTGGCAACCCGTATTGCTCTGAA
GTAGCAGCTAAAGACGCAATGGAAGCAGTGTGGGATACTTGTTACAATGACACTAAGCCT
TTCGACAGAGCTCCTTGAAGTTGAAGTTGAGGTATTACATCTCTTTATATTACTTCTGCT
TCAAGGTTTTGAACTTCAACTTCATCTTTGAAGATCGATATAAAGCTGGCAAAACAGTTG
GATCCAGCCGTTGATTTTTCTTTTGTCACATCTATTATTCAGAATACAAGGTCCATTAAT
GAAAAGACCGAGTCACATTCTATCA

QA 2 746 2 746
DS 

RD RR3GB13JQ 694 0 0
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GGAGAAATCAGGGTGCAGAGTTGGTGATAACTTCGTCAAGGCGGTTGTGTGTACTGGTCC
TGTTGCTGGTGGCTTCACTAAAGGAAGAGGGATCACTGTGTGTAGTAACTTTCTGACAAT
TCAAGATGAAGTGAACCAAGTGGTTATACATGAGTTAATCCATGCTTATGACGAGTGCCG
TGCCAAGAATCTGGATTGGACTAACTGTGCTCATCATGCCTGCAGCGAGATACGTGCAGG
TCATTTAAGCGGTGATTGCCATTTCAAGAGAGAACTTTTGAGGGGTTTCATTAAATTAAG
AGGCCATGAACAAGAATGTATAAAAAGAAGAGTGCTGAAATCGCTTCGTGGCAACCCGTA
TTGCTCTGAAGTAGCAGCTAAAGACGCAATGGAAGCAGTGTGGGATACTTGTTACAATGA
CACTAAGCCTTTCGACAGAGCTCCTTGAAGTTGAAGTTGAGGTATTACATCTCTTTATAT
TACTTCTGCTTCAAGGTTTTGAACTTCAACTTCATCTTTGAAGATCGATATAAAGCTGGC
AAAACAGTTGGATCCAGCCGTTGATTTTTCTTTTGTCACATCTATTATTCAGAATACAAG
GTCCATTAATGAAAAGACCGAGTCACATTCTATC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL3562Contig1 803 2 2 U
GGATCTTCAGAATTCAACTTCTCTTAGCTATGTCGGCCGATGATTCTTCAAATGTTACAG
ATATCGACGGGAAGCGAGAGCTCAATTCAAACCTTAACTCTGACGGTGACGATGCAGCCG
ATAATGATTCCTCAAAGGCATTGACTATTCCTGCTCCCGCCGTTTGTCTTGTCCGGTTTG
CTGGAGATGCAGCTGGTGGTGCCGTCATGGGCTCTATCTTTGGATATGGTTCAGGATTGT
TCAAGAAGAAAGGCTTTAAAGGATCATTTGCAGATGCAGGGCAGTCTGCAAAGACTTTTG
CTGTTTTGTCCGGAGTACACAGTTTGGTTGTTTGCCTTCTGAAACAACTCAGAGGGAAAG
ATGACGCCATTAATGTTGGAGTTGCTGGGTGCTGCACCGGTCTTGCTCTTAGTTTCCCTG
GTGCTCCACAAGCTCTTCTACAGAGTTGCCTCACTTTTGGGGCTTTCTCTTTTATCCTTG
AGGGACTAAACAAAAGACAAACAGCTTTGGCTCACTCTGTCTCCTTGAGACACCAAACCG
GAGACTTTGGAGATCATCAACGTCCTTTACCACTCTCCCTGGCTCTCCCGATCCATGAAG
AAATCAGAGGAGCCTTCTCTTCTTTCTGCAAGTCCTTAGCTAAACCCAAGAAGATCTAGT
TTCCCCATGTTTCTCCTTTTCTAGTGCCTTAGGTTTTTTCTGTAGATTGTTTGTTAATCA
TTCCCTGCTTTTGTTCAACTTTGTGAGAGAATGTTTTATGAATTGAAAAGGTTGATTGAT
GTACTCTGTGTACCGTTTGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CTGTTTTGTCCGGAGTACACAGTTTGGTTGTTTGCCTTCTGAAACAACTCAGAGGGAAAG
ATGACGCCATTAATGTTGGAGTTGCTGGGTGCTGCACCGGTCTTGCTCTTAGTTTCCCTG
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GAGACTTTGGAGATCATCAACGTCCTTTACCACTCTCCCTGGCTCTCCCGATCCATGAAG
AAATCAGAGGAGCCTTCTCTTCTTTCTGCAAGTCCTTAGCTAAACCCAAGAAGATC

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DS 

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ACTTCTC
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ATTCAAACCTTAACTCTGACGGTGACGATGCAGCCGATAATGATTCCTCAAAGGCATTGA
CTATTCCTGCTCCCGCCGTTTGTCTTGTCCGGTTTGCTGGAGATGCAGCTGGTGGTGCCG
TCATGGGCTCTATCTTTGGATATGGTTCAGGATTGTTCAAGAAGAAAGGCTTTAAAGGAT
CATTTGCAGATGCAGGGCAGTCTGCAAAGACTTTTGCTGTTTTGTCCGGAGTACACAGTT
TGGTTGTTTGCCTTCTGAAACAACTCAGAGGGAAAGATGACGCCATTAATGTTGGAGTTG
CTGGGTGCTGCACCGGTCTTGCTCTTAGTTTCCCTGGTGCTCCACAAGCTCTTCTACAGA
GTTGCCTCACTTTTGGGGCTTTCTCTTTTATCCTTGAGGGACTAAACAAAAGACAAACAG
CTTTGGCTCACTCTGTCTCCTTGAGACACCAAACCGGAGACTTTGGAGATCATCAACGTC
CTTTACCACTCTCCCTGGCTCTCCCGATCCATGAAGAAATCAGAGGAGCCTTCTCTTCTT
TCTGCAAGTCCTTAGCTAAACCCAAGAAGATCTAGTTTCCCCATGTTTCTCCTTTTCTAG
TGCCTTAGGTTTTTTCTGTAGATTGTTTGTTAATCATTCCCTGCTTTTGTTCAACTTTGT
GAGAGAATGTTTTATGAATTGAAAAGGTTGATTGATGTACTCTGTGTACCGTTTGCTCC

QA 8 786 8 786
DS 



AS 1 2

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TTCCGTTAGATCTCCGGTTAGCGTCCGCAGTGCCTCCGAGAGGCTGATTCTTCGTAGCCA
GCAGCAGTTCCACCGCGCATCGGTGATTCCTTTCTCGAGATTTTACTCGACGGAAAGTGC
GGTCACGAAAACAACCGCCGACGAGAATCTGGTGAGCGTTCTCGAATCTGAAATCGATTG
CGCCGTTAAGGAGGAGGCCCCTGATCAGGACGTCATGGAAGAGATGCCAGAAGGGTTTCC
TTTCAAGATCATTGATACTCCTGGTGAACGAACCGTGTTGCTTCAAAGGAATTTTGAGGA
TGAAACTATCCAAGTCGAAGTTGACTCCTCTTCACCTTATGACGATGATGATGCTGAAGA
TGAACAAGAACAAGAACAAGCTGAACAGAACGATGGTGCTGAAGATGACGAACACTCTGT
CAAAATCCGGATTCCCATGGTTGTCAGTGTCTCCAAAGGTGATGGGTGTCTGTCTTGAGT
TTGGAGTCAGCGCTTTCCCTGATGAGATCGTCATTGATAGTTTATCCATCAAACATCCTC
AAGGTTCTGACAATGACCTTGCTTATGAAGGACCCGACTTTGATGACTTGGATGAGAACC
TGCAGAAGGCTTTCCACAGGTTCCTCGAGATCAGAGGGATCAAGCCCAGCTTCACTGACT
TTCTCGCTGGTTATGTCGCCAACAAAGACAGCAGGGAGTATCTTCAATGGCTTAAGGACG
TCAAGTCTTTTGTTGAGAACTGATTACTCACTCATTCTTTCCATCAATAATAAGTGTCAA
ACTTTTAGTTGAGGTTTTTTTTTCTTTACTTCAAAATGTTTTGAGTTTATTTCAGATGAA
CCTGTTCTCATCTTGCCTGGTGGTCCATGATGATCCATAAAATTCGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F752TF U 1
AF RR3F752JQ C 193
BS 1 663 RR3F752TF
BS 664 664 RR3F752JQ
BS 665 672 RR3F752TF
BS 673 1009 RR3F752JQ

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GGTCACGAAAACAACCGCCGACGAGAATCTGGTGAGCGTTCTCGAATCTGAAATCGATTG
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TGAAACTATCCAAGTCGAAGTTGACTCCTCTTCACCTTATGACGATGATGATGCTGAAGA
TGAACAAGAACAAGAACAAGCTGAACAGAACGATGGTGCTGAAGATGACGAACACTCTGT
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TTGGAGTCAGCGCTTTCCCTGATGAGATCGTCATTGATAGTTTATCCATCAAACATCCTC
AAG*TTCTGACA
TGACCTTGCTTA

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DS 

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TGATACTCCTGGTGAACGAACCGTGTTGCTTCAAAGGAATTTTGAGGATGAAACTATCCA
AGTCGAAGTTGACTCCTCTTCACCTTATGACGATGATGATGCTGAAGATGAACAAGAACA
AGAACAAGCTGAACAGAACGATGGTGCTGAAGATGACGAACACTCTGTCAAAATCCGGAT
TCCCATGGTTGTCAGTGTCTCCAAAGGTGATGG*TGTCTGTCTTGAGTTTGGAGTCAGCG
CTTTCCCTGATGAGATCGTCATTGATAGTTTATCCATCAAACATCCTCAAGGTTTTGACA
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TTGCCTGGTGGTCCATGATGATCCATAAAATTCGTTG

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 3

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TCAGCTGAGACCCAGAAAAACTTTTCGACCAAGAATCACTAGCATTTCGAACCAAACCGA
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TGAAGGTCGTACGAAACTCAACTCCGGTCCTGACCGTGAATTCTATTCGTACCCACGGTT
CGTAAACCACGTCGACGACGGCTTCATATCCTCCTTAACGGATCTCTACAGAAACCGGTT
AAAATCCGGTTCGATTGTATTCGACATGATGAGCTCGTGGGTTAGCCATCTACCAGAAGA
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TAGACTCGATTACTTCTTCATCAAGGATCTTAACGAGGATCAGAAACTCGAGTTCCAAGA
CAAATATTTCGATGCGGTTTTATGTTCTGTCGGTGTACAGTATCTACAACAACCCGAAAA
GGTGTTTGCGGAAGTGTATAGAGTGTTAAAACCGGGAGGTGCGTTGATAGTGAGTTTTAG
CAATCGCATGTTTTATGAGAAAGCAATCAGGGTTTGGAGAGATGGAACCGAGCACGGTCG
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CCGGCAACAGCCTCCTCCTAATGGTGGTGGAGGAGCTGAGAAACCGGTTTTGAATTGGTT
TATGGGTTTAATTGGTTTAGCTTCTAGGCCGGACCCTTTTAATGCTGTGATTGCTTATAA
GAATTTCAAACCTCTGTATGAGTAAACAAACAAATAGTGTATCTAAACTATTAAAACTGA
AGTACACTTAGCTATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FY03TF U 38
AF RR3E630TF U 1
AF RR3E630JQ C 113
BS 1 95 RR3E630TF
BS 96 96 RR3FY03TF
BS 97 601 RR3E630TF
BS 602 602 RR3E630JQ
BS 603 638 RR3E630TF
BS 639 639 RR3E630JQ
BS 640 657 RR3E630TF
BS 658 658 RR3E630JQ
BS 659 677 RR3E630TF
BS 678 979 RR3E630JQ

RD RR3FY03TF 481 0 0
GG
GTAGCCATATAATAATCCAAACAGGGAGAGAATATAGCTTTTCATGGATTCTCTTCGATT
CAACCTTCACCAATCTCCCTTTCAGCTGAGACCCAGAAAAACTTTTCGACCAAGAATCAC
TAGCATTTCGAACCAAACCGAAGAAACCGATCCGCGACCAACATCTTCGCCCGGTAAGAT
CCAACGCTTAGTACTCAACAATGAAGGTCGTACGAAACTCAACTCCGGTCCTGACCGTGA
ATTCTATTCGTACCCACGGTTCGTAAACCACGTCGACGACGGCTTCATATCCTCCTTAAC
GGATCTCTACAGAAACCGGTTAAAATCCGGTTCGATTGTATTCAACATGATGAGCTCGTG
GGTTAGCCATCTACCAGAAGAGGTGAAGTTCGAGAAAGTAGTGGGACATGGTCTTAACGC
ACAGGAGCTTGCCAGAAACCCTAGACTCGATTACTTCTTCATCAAGGATCTTAACGAGG

QA 3 481 3 481
DS 

RD RR3E630TF 677 0 0
TTTTTGCTTCTTCTTCTGCTAACGATTGATTCTTAGCTTGTAGCCATATAATAATCCAAA
CAGGGAGAGAATATAGCTTTTCATGGATTCTCTTCTATTCAACCTTCACCAATCTCCCTT
TCAGCTGAGACCCAGAAAAACTTTTCGACCAAGAATCACTAGCATTTCGAACCAAACCGA
AGAAACCGATCCGCGACCAACATCTTCGCCCGGTAAGATCCAACGCTTAGTACTCAACAA
TGAAGGTCGTACGAAACTCAACTCCGGTCCTGACCGTGAATTCTATTCGTACCCACGGTT
CGTAAACCACGTCGACGACGGCTTCATATCCTCCTTAACGGATCTCTACAGAAACCGGTT
AAAATCCGGTTCGATTGTATTCGACATGATGAGCTCGTGGGTTAGCCATCTACCAGAAGA
GGTGAAGTTCGAGAAAGTAGTGGGACATGGTCTTAACGCACAGGAGCTTGCCAGAAACCC
TAGACTCGATTACTTCTTCATCAAGGATCTTAACGAGGATCAGAAACTCGAGTTCCAAGA
CAAATATTTCGATGCGGTTTTATGTTCTGTCGGTGTACAGTATCTACAACAACCCGAAAA
G*TGTTTGCGGAAGTGTATAGAGTGTTAAAACCGGGAG*TGCGTTGATAGTGAGTTT*AG
CAATCGCATGTTTTATG

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3E630JQ 867 0 0
ATCT
CCTTTCAGCTGAGACCCAGAAAAACTTT*CGACCAG**ATCACTAGCATTTCGAACCAA*
CCGAAGAAACCGATCCGCGACCAACATCTTCGCCCGGTAAGATCCAACGCTTAGTACTCA
ACAATGAAGGTCGTACGAAACTCAACTCCGGTCCTGACCGTGAATTCTATTCGTACCCAC
GGTTCGTAAACCACGTCGACGACGGCTTCATATCCTCCTTAACGGATCTCTACAGAAACC
GGTTAAAATCCGGTTCGATTGTATTCGACATGATGAGCTCGTGGGTTAGCCATCTACCAG
AAGAGGTGAAGTTCGAGAAAGTAGTGGGACATGGTCTTAACGCACAGGAGCTTGCCAGAA
ACCCTAGACTCGATTACTTCTTCATCAAGGATCTTAACGAGGATCAGAAACTCGAGTTCC
AAGACAAATATTTCGATGCGGTTTTATGTTCTGTCGGTGTACAGTATCTACAACAACCCG
AAAAGGTGTTTGCGGAAGTGTATAGAGTGTTAAAACCGGGAGGTGCGTTGATAGTGAGTT
TTAGCAATCGCATGTTTTATGAGAAAGCAATCAGGGTTTGGAGAGATGGAACCGAGCACG
GTCGGGTACAGCTGGTGGTTCAGTACTTTCAGTCTGTCCAAGGGTTTACTCAGCCGGAGA
TCATCCGGCAACAGCCTCCTCCTAATGGTGGTGGAGGAGCTGAGAAACCGGTTTTGAATT
GGTTTATGGGTTTAATTGGTTTAGCTTCTAGGCCGGACCCTTTTAATGCTGTGATTGCTT
ATAAGAATTTCAAACCTCTGTATGAGTAAACAAACAAATAGTGTATCTAAACTATTAAAA
CTGAAGTACACTTAGCTATGTCC

QA 5 867 5 867
DS 



AS 1 3

CO CL3565Contig1 793 3 7 U
CCGATCCTATGTGTTGAAAAAAAGGACAAGAGTAAGAGTTTAACGTAAGGCCTGAATCTG
TACAACGTCGTGTCAAGGCCATGGTTATGTACAAATAAGTCCACTGATTTCTTCTTAAAC
AAGAAAACGAAATAAAACCAGTGAAAAACTTAGTCTGTGATGTTGAAGTATCTTGGGTTT
TCTGGGTAATGGTACTCCACATTCAACTTTCCTTCATCTGAATCTGTGTGGCGTTGTGGA
AACACGACTCTCAAGTCGTTGTACAGATAGAATCTCCTCTTCCCATCTGAATCCAAGTTT
TTCTTTTGCCCCGTGGTGTCGTCATTATCAGGTTTCTTTGAAGCTTTCTTTGGTAATGGG
CAAATAAACCTCAGATGTAGTGCGTACCGTAGAGCACCAGAACCACCGTTACATTCTTTG
GAAGATTTTAAACATCTTTTCTCACTTTCTTGCAACTCATCAAGTTTCTCATCTCCTTCC
ACTGAATCATCTCCTTCGCATTCTGTTTTATTCTCTTTTGCACAGCTTTTGGCTTTTCTA
GTGTTCTCTTGCGTTGCTTCACTGGTTGGATTAGATGATCCCAGAGTAACCTTTTGGCGC
AAGAAAGTCTTTGTTCCGGCTGGCATATCAGTTAAGTCATAGTTACAGAGGAAAGTGTGA
AGAGGTGTTTTCTCAGGATTACTAAGAACCAGTTGAATCCGACCCTTCATGGGGATCCGC
AGTTGGCTCTTGGAGGAGCTCTGAGCATCAAAGTTTATTTGACTTGTTTTCAACTTCTGG
CTCCAGAACTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA49JQ U 42
AF RR3GA49TF C 42
AF RR3H322JQ U 1
BS 1 76 RR3H322JQ
BS 77 77 RR3GA49JQ
BS 78 224 RR3H322JQ
BS 225 225 RR3GA49JQ
BS 226 261 RR3H322JQ
BS 262 262 RR3GA49JQ
BS 263 793 RR3H322JQ

RD RR3GA49JQ 272 0 0
AACGTAAGGCCTGAATCTGTACAACGTCGTGTCAAGGCCATGGTTATGTACAAATAAGTC
CACTGATTTCTTCTTAAACAAGAAAACGAAATAAAACCAGTGAAAAACTTAGTCTGTGAT
GTTGAAGTATCTTGGGTTTTCTGGGTAATGGTACTCCACATTCAACTTTCCTTCATCTGA
ATCTGTGTGGCGTTGTGGAAACACGACTCTCAAGTCGTTGTACAGATAGAATCTCCTCTT
CCCATCTGAATCCAAGTTTTTCTTTTGCCCC
C

QA 1 271 1 271
DS 

RD RR3GA49TF 272 0 0
AACGTAAGGCCTGAATCTGTACAACGTCGTGTCAAGGCCATGGTTATGTACAAATAAGTC
CACTGATTTCTTCTTAAACAAGAAAACGAAATAAAACCAGTGAAAAACTTAGTCTGTGAT
GTTGAAGTATCTTGGGTTTTCTGGGTAATGGTACTCCACATTCAACTTTCCTTCATCTGA
ATCTGTGTGGCGTTGTGGAAACACGACTCTCAAGTCGTTGTACAGATAGAATCTCCTCTT
CCCATCTGAATCCAAGTTTTTCTTTTGCCCC
C

QA 1 271 1 271
DS 

RD RR3H322JQ 793 0 0
CCGATCCTATGTGTTGAAAAAAAGGACAAGAGTAAGAGTTTAACGTAAGGCCTGAATCTG
TACAACGTCGTGTCAAAGCCATGGTTATGTACAAATAAGTCCACTGATTTCTTCTTAAAC
AAGAAAACGAAATAAAACCAGTGAAAAACTTAGTCTGTGATGTTGAAGTATCTTGGGTTT
TCTGGGTAATGGTACTCCACATTCAACTTTCCTTCATCTGAATCAGTGTGGCGTTGTGGA
AACACGACTCTCAAGTCGTTGCACAGATAGAATCTCCTCTTCCCATCTGAATCCAAGTTT
TTCTTTTGCCCCGTGGTGTCGTCATTATCAGGTTTCTTTGAAGCTTTCTTTGGTAATGGG
CAAATAAACCTCAGATGTAGTGCGTACCGTAGAGCACCAGAACCACCGTTACATTCTTTG
GAAGATTTTAAACATCTTTTCTCACTTTCTTGCAACTCATCAAGTTTCTCATCTCCTTCC
ACTGAATCATCTCCTTCGCATTCTGTTTTATTCTCTTTTGCACAGCTTTTGGCTTTTCTA
GTGTTCTCTTGCGTTGCTTCACTGGTTGGATTAGATGATCCCAGAGTAACCTTTTGGCGC
AAGAAAGTCTTTGTTCCGGCTGGCATATCAGTTAAGTCATAGTTACAGAGGAAAGTGTGA
AGAGGTGTTTTCTCAGGATTACTAAGAACCAGTTGAATCCGACCCTTCATGGGGATCCGC
AGTTGGCTCTTGGAGGAGCTCTGAGCATCAAAGTTTATTTGACTTGTTTTCAACTTCTGG
CTCCAGAACTTGT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL3566Contig1 553 2 3 U
AAATAAACACACAGAAATATATGAAATCCCATCTATCCAGCACATTCTTGGGGTTCATCG
CAATCTTTTAGTACAAGAAAGAGTAACAATCCTGAAGATTTCTTACTGACCAGTTCACAA
TAACTGCGACTAACACCAAGTTTTCTAAAAGAGGAATAAAAAAAACTAGTGCTCAGTACG
AAGAGATTGATTACTGGATTGCATATACCAAAGCTAAGAAAACCTGCCCACTGGTTCAAG
AGCTTCCACGGTCACAATGCTGTTTCCTCTAATCACCACCATTCCAATGTCGGTTTTGTC
ATCACCGTTCACCTCAACAGTGTTGTCAACAACAAGATTCATGAACTGGTCAAACCCACG
AAGCGTTCCCACGACCATTCGGTTAGCATTAAGCTTGATTTGGAGTTTCTTGTCCATGTA
CCTGACCGACTCATAGCTGCAGAATACGAACTAAGCTTGGTATTTTAGGTTTTCGTACTC
GACTAGAAGAAGTTCGCAGTGCGGCACAGAGACTTTAGAGAAACCCTAAAGATTTTGATT
TCTGGAAAGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C710JQ U 178
AF RR3C710TF C 1
BS 1 183 RR3C710TF
BS 184 291 RR3C710JQ
BS 292 553 RR3C710TF

RD RR3C710JQ 114 0 0
ACGAAA
AGATTGATTACTGGATTGCATATACCAAAGCTAAGAAAACCTGCCCACTGGTTCAAGAGC
TTCCACGGTCACAATGCTGTTTCCTCTAATCACCACCATTCCAATGTC

QA 7 114 7 114
DS 

RD RR3C710TF 553 0 0
AAATAAACACACAGAAATATATGAAATCCCATCTATCCAGCACATTCTTGGGGTTCATCG
CAATCTTTTAGTACAAGAAAGAGTAACAATCCTGAAGATTTCTTACTGACCAGTTCACAA
TAACTGCGACTAACACCAAGTTTTCTAAAAGAGGAATAAAAAAAACTAGTGCTCAGTACG
AAGAGATTGATTACTGGATTGCATATACCAAAGCTAAGAAGACCTGCCCACTGGTTCAAG
AGCTTCCACGGTCACAATGCTGTTTCCTCTAATCACCACCATTCCAATGTCGGTTTTGTC
ATCACCGTTCACCTCAACAGTGTTGTCAACAACAAGATTCATGAACTGGTCAAACCCACG
AAGCGTTCCCACGACCATTCGGTTAGCATTAAGCTTGATTTGGAGTTTCTTGTCCATGTA
CCTGACCGACTCATAGCTGCAGAATACGAACTAAGCTTGGTATTTTAGGTTTTCGTACTC
GACTAGAAGAAGTTCGCAGTGCGGCACAGAGACTTTAGAGAAACCCTAAAGATTTTGATT
TCTGGAAAGTCCC

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 3

CO CL3567Contig1 790 3 9 U
GGACTCTCTTCCTCCCTCTTTACTTTGATAATAATAATGGCTACTGCATCCAACTCGGTA
CTCTTCTCGAGCTCCGACTCACAGAGTCATCACCATCACAACCCGCCCAGAACCCATCTC
CATCTTTCCTCCTCCAGATCCCATTCCGTTTCTCTCCTACCCACCAAGCAGTCCACCTCC
CTCGCGATCCGTTGCTCCAACAATGGCGATAACAACGTCTCGTCCCAAAAAGACACCCCA
ATCGAACTCAAGTTCCCAGCATTTCCAACGGTCATGGACATTAACCAGACCAGAGAGATA
TTGCCTCACAGGTTCCCGTTTCTGCTGGTGGATAGAGTGATTGAGTATACACCTGGTATT
TCAGCTGTAGCTATTAAGAATGTTACTATCAATGACAACTTCTTCCCTGGTCATTTCCCC
GACCGACCCATCATGCCTGGTGTTCTCATGGTTGAGGCGATGGCGCAAGTGGGAGGGATA
GTAATGCTGCAGCCGGAAGTAGGAGGATCTCAGGATAACTTCTTCTTTGCCGGTATTGAT
AAAGTGAGATTCCGCAAACCAGTGATTGCAGGAGACACACTGGTCATGAGGATGACTCTT
CTCAAGTTCCAGAAACGCTTCGGTCTTGCTAAGATGGAAGGTAAGGCTTACGTGGGTGGG
TCTTTGGTCTGCGAGGGAGAGTTCATGATGGTTTCTGCTGGCAGTTCTTGATCTTCTCAA
CTATTGTTTCCCTCGTTATATGTTATGTTTTTTTTTTTCTTCTTCTTATGCTTCTTCTGT
GATTCGGATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX09TF U 1
AF RR3EV80TF U 40
AF RR3EV80JQ C 331
BS 1 357 RR3DX09TF
BS 358 358 RR3EV80TF
BS 359 564 RR3DX09TF
BS 565 565 RR3EV80TF
BS 566 596 RR3DX09TF
BS 597 597 RR3EV80TF
BS 598 619 RR3DX09TF
BS 620 741 RR3EV80TF
BS 742 790 RR3EV80JQ

RD RR3DX09TF 619 0 0
GGACTCTCTTCCTCCCTCTTTACTTTGATAATAATAATGGCTACTGCATCCAACTCGGTA
CTCTTCTCGAGCTCCGACTCACAGAGTCATCACCATCACAACCCGCCCAGAACCCATCTC
CATCTTTCCTCCTCCAGATCCCATTCCGTTTCTCTCCTACCCACCAAGCAGTCCACCTCC
CTCGCGATCCGTTGCTCCAACAATGGCGATAACAACGTCTCGTCCCAAAAAGACACCCCA
ATCGAACTCAAGTTCCCAGCATTTCCAACGGTCATGGACATTAACCAGACCAGAGAGATA
TTGCCTCACAGGTTCCCGTTTCTGCTGGTGGATAGAGTGATTGAGTATACACCTGGTGTT
TCAGCTGTAGCTATTAAGAATGTTACTATCAATGACAACTTCTTCCCTGGTCATTTCCCC
GACCGACCCATCATGCCTGGTGTTCTCATGGTTGAGGCGATGGCGCAAGTGGGAGGGATA
GTAATGCTGCAGCCGGAAGTAGGAGGATCTCAGGATAACTTCTTCTTTGCCGGTATTGAT
AAAGTGAGATTCCGCAAACCAGTGGTTGCAGGAGACACACTGGTCATGAGGATGACCCTT
CTCAAGTTCCAGAAACGCT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3EV80TF 702 0 0
GCTACTGCATCCAACTCGGTACTCTTCTCGAGCTCCGACTCACAGAGTCATCACCATCAC
AACCCGCCCAGAACCCATCTCCATCTTTCCTCCTCCAGATCCCATTCCGTTTCTCTCCTA
CCCACCAAGCAGTCCACCTCCCTCGCGATCCGTTGCTCCAACAATGGCGATAACAACGTC
TCGTCCCAAAAAGACACCCCAATCGAACTCAAGTTCC*AGCATTTCCAACGGTCATGGAC
ATTAACCAGATCAGAGAGATATTGCCTCACAGGTTCCCGTTTCTGCTGGTGGATAGAGTG
ATTGAGTATACACCTGGTATTTCAGCTGTAGCTATTAAGAATGTTACTATCAATGACAAC
TTCTTCCCTGGTCATTTCCCCGACCGACCCATCATGCCTGGTGTTCTCATGGTTGAGGCG
ATGGCGCAAGTGGGAGGGATAGTAATGCTGCAGCCGGAAGTAGGAGGATCTCAGGATAAC
TTCTTCTTTGCCGGTATTGATAAAGTGAGATTCCGCAAACCAGTGATTGCAGGAGACACA
CTGGTCATGAGGATGACTCTTCTCAAGTTCCAGAAACGCTTCGGTCTTGCTAAGATGGAA
GGTAAGGCTTACGTGGGTGGGTCTTTGGTCTGCGAGGGAGAGTTCATGATGGTTTCTGCT
GGCAGTTCTTGATCTTCTCAACTATTGTTTCCCTCGTTATAT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3EV80JQ 460 0 0
GATAGAGTGATTGAGTATACACCTGGTATTTCAGCTGTAGCTATTAAGAATGTTACTATC
AATGACAACTTCTTCCCTGGTCATTTCCCCGACCGACCCATCATGCCTGGTGTTTTCATG
GTTGAGGCGATGGCGCAAGTGGGAGGGATAGTAATGCTGCAGCCGGAAGTAGGAGGATCT
CAGGATAACTTTTTCTTTGCCGGTATTGATAAAGTGAGATTCCGCAAACCAGTGATTGCA
GGAGACACACTGGTCATGAGGATGACTTTTCTCAAGTTCCAGAAACGCTTCGGTCTTGTT
AAGATGGAAGGTAAGGCTTACGTGGGTGGGTCTTTGGTCTGCGAGGGAGAGTTCATGATG
GTTTTTGCTGGCAGTTCTTGATCTTTTCAACTATTGTTTCCCTCGTTATATGTTATGTTT
TTTTTTTTCTTCTTCTTATGCTTCTTCTGTGATTCGGATA

QA 1 460 1 460
DS 



AS 1 3

CO CL3568Contig1 534 3 2 U
GGAACTGTCTTTTCTGCATACTTATGTATACTTTCCCCGGTTCCGTTGCTACTGCGGGCT
TTACGCAATCGATCGGATCATCTAGATATCCCTTCAACACAACACAACATAGGTCGTCGA
AAGGATCTCGGAGACCCGCCAAAGCACGAAAGCCAGGATCTTTCAGAAAATGAATTCCTA
TTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCGTCAATTTGGGATCCAAT
TCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTAATAATATCGATTCATAA
TGGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCAACAAGTGCTGTACTTAT
GGGAAAGCGATAGAGAAAGAGAAAAAAAGAACGAAGATTTCACATAGTGATTTTTTTTGA
TCAAAAAAAAATATGATTGAATTTATTTCGTACCCTTCGCTCAATGAGAACATGGGTCAG
ATTCTATAGGATCAAACCTATGGGACTTAAGAATGATGGAAGGGAATAAAATAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO60JQ C 1
AF RR3FO60TF U 1
AF RR3BU17TF U 104
BS 1 375 RR3FO60TF
BS 376 534 RR3BU17TF

RD RR3FO60JQ 375 0 0
GGAACTGTCTTTTCTGCATACTTATGTATACTTTCCCCGGTTCCGTTGCTACTGCGGGCT
TTACGCAATCGATCGGATCATCTAGATATCCCTTCAACACAACACAACATAGGTCGTCGA
AAGGATCTCGGAGACCCGCCAAAGCACGAAAGCCAGGATCTTTCAGAAAATGAATTCCTA
TTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCGTCAATTTGGGATCCAAT
TCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTAATAATATCGATTCATAA
TGGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCAACAAGTGCTGTACTTAT
GGGAAAGCGATAGAG

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR3FO60TF 375 0 0
GGAACTGTCTTTTCTGCATACTTATGTATACTTTCCCCGGTTCCGTTGCTACTGCGGGCT
TTACGCAATCGATCGGATCATCTAGATATCCCTTCAACACAACACAACATAGGTCGTCGA
AAGGATCTCGGAGACCCGCCAAAGCACGAAAGCCAGGATCTTTCAGAAAATGAATTCCTA
TTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCGTCAATTTGGGATCCAAT
TCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTAATAATATCGATTCATAA
TGGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCAACAAGTGCTGTACTTAT
GGGAAAGCGATAGAG

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR3BU17TF 431 0 0
G
CAACATAGGTCGTCGAAAGGATCTCGGAGACCCGCCAAAGCACGAAAGCCAGGATCTTTC
AGAAAATGAATTCCTATTCGAAGAGTGCATAACCGCATGGATAAGCTCACACTAACCCGT
CAATTTGGGATCCAATTCGGGATTTTCCTTGAGGGATATTGGTAAGGAATTGGAATGTAA
TAATATCGATTCATAATGGATTCATATCGATACAGAAGAAAAGGTTCTCTATCGATTCAA
CAAGTGCTGTACTTATGGGAAAGCGATAGAGAAAGAGAAAAAAAGAACGAAGATTTCACA
TAGTGATTTTTTTTGATCAAAAAAAAATATGATTGAATTTATTTCGTACCCTTCGCTCAA
TGAGAACATGGGTCAGATTCTATAGGATCAAACCTATGGGACTTAAGAATGATGGAAGGG
AATAAAATAA

QA 2 431 2 431
DS 



AS 1 3

CO CL3569Contig1 787 3 1 U
GGGAGACTTGGCCATGTCTCATCCACACAAGCGTAATAATACCAAAGACGCTAAAACATA
ACAGCTTCGAACATCAGACAATTCAACTAGCAAACTCCCCATTAACGAAAGATGTCAGTG
ACTTCGCCGATTCAATGTATTAGGATCCTTAATCCATATTCTTCTTCTTCTACAACTTCA
TCGTCTTTCAGATTCTCTACGAGTAAGCCATGTGTCTTCATCATCAGATGTTCTCAGGCC
GAAGGTCCATTGAGAAGGCCATCTGCTCCTCCTACTCTCCGGGAGCCTACACCTCCGCAA
AAAACTGTTCCTCCTACTTCTTCT*********TCTTCTCCACCGCTGCAGAAAACGGTG
GCTGTTGATGGTAAGAGTGTAGTTACGGTGGAGTTTCAGAGGCAGAAGGCTAAAGAGCTT
CAGGAATACTTTAAGCAGAAGAAGCTTGAAGCTGCGGGTCAAGGTCCCTTCTTTGGTTTC
CAACCCAAAAACGAAATCTCCAATGGAAGGTGGGCTATGTTTGGTTTTGCGGTGGGGATG
CTTACAGAGTATGCAACAGGCTCAGACCTTGTCGACCAAGTTAAAATCCTTCTCTCCAAT
TTCGGCATTATAGACTTGGAATAATAAAAGAGTGTTGTTCTTCTTCTCGTCTCTCAATCT
TCTATCTTGTTTCTCATTCTTCCTTCCTGTATATGTTATTTCTAGATATCTTAAATACAT
TGGACCATTTGTGTATTCAACCTCTTTTATCTTCAATTAGTAATAATAATAATATCATCT
ATGTACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CV89TF U 67
AF RR3B818JQ C 1
AF RR3B818TF U 1
BS 1 787 RR3B818TF

RD RR3CV89TF 615 0 0
GG
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GATTCAATGTATTAGGATCCTTAATCCATATTCTTCTTCTTCTACAACTTCATCGTCTTT
CAGATTCTCTACGAGTAAGCCATGTGTCTTCATCATCAGATGTTCTCAGGCCGAAGGTCC
ATTGAGAAGGCCATCTGCTCCTCCTACTCTCCGGGAGCCTACACCTCCGCAAAAAACTGT
TCCTCCTACTTCTTCTTCATCTTCTTCTTCTCCACCGCTGCAGAAAACGGTGGCTGTGGA
TGGTAAGAGTGTAGTTACGGTGGAGTTTCAGAGGCAGAAGGCTAATGAGCTTCAGGAATA
CTTTAAGCAGAAGAAGCTTGAAGCTGCGGGTCAAGGTCCCTTCTTTGGTTTCCAACCCAA
AAACGAAATCTCCAATGGAAGGTGGGCTATGTTTGGTTTTGCGGTGGGGATGCTTACAGA
GTATGCAACAGGCTCAGACCTTGTCGACCAAGTTAAAATCCTTCTCTCCAATTTCGGCAT
TATAGACTTGGAATAATAAAAGAGTGTTGTTCTTCTTCTCGTCTCTCAATCTTCTATCTT
GTTTCTC
CATCCT

QA 3 609 3 609
DS 

RD RR3B818JQ 787 0 0
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ACAGCTTCGAACATCAGACAATTCAACTAGCAAACTCCCCATTAACGAAAGATGTCAGTG
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TCGTCTTTCAGATTCTCTACGAGTAAGCCATGTGTCTTCATCATCAGATGTTCTCAGGCC
GAAGGTCCATTGAGAAGGCCATCTGCTCCTCCTACTCTCCGGGAGCCTACACCTCCGCAA
AAAACTGTTCCTCCTACTTCTTCT*********TCTTCTCCACCGCTGCAGAAAACGGTG
GCTGTTGATGGTAAGAGTGTAGTTACGGTGGAGTTTCAGAGGCAGAAGGCTAAAGAGCTT
CAGGAATACTTTAAGCAGAAGAAGCTTGAAGCTGCGGGTCAAGGTCCCTTCTTTGGTTTC
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CTTACAGAGTATGCAACAGGCTCAGACCTTGTCGACCAAGTTAAAATCCTTCTCTCCAAT
TTCGGCATTATAGACTTGGAATAATAAAAGAGTGTTGTTCTTCTTCTCGTCTCTCAATCT
TCTATCTTGTTTCTCATTCTTCCTTCCTGTATATGTTATTTCTAGATATCTTAAATACAT
TGGACCATTTGTGTATTCAACCTCTTTTATCTTCAATTAGTAATAATAATAATATCATCT
ATGTACC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3B818TF 787 0 0
GGGAGACTTGGCCATGTCTCATCCACACAAGCGTAATAATACCAAAGACGCTAAAACATA
ACAGCTTCGAACATCAGACAATTCAACTAGCAAACTCCCCATTAACGAAAGATGTCAGTG
ACTTCGCCGATTCAATGTATTAGGATCCTTAATCCATATTCTTCTTCTTCTACAACTTCA
TCGTCTTTCAGATTCTCTACGAGTAAGCCATGTGTCTTCATCATCAGATGTTCTCAGGCC
GAAGGTCCATTGAGAAGGCCATCTGCTCCTCCTACTCTCCGGGAGCCTACACCTCCGCAA
AAAACTGTTCCTCCTACTTCTTCT*********TCTTCTCCACCGCTGCAGAAAACGGTG
GCTGTTGATGGTAAGAGTGTAGTTACGGTGGAGTTTCAGAGGCAGAAGGCTAAAGAGCTT
CAGGAATACTTTAAGCAGAAGAAGCTTGAAGCTGCGGGTCAAGGTCCCTTCTTTGGTTTC
CAACCCAAAAACGAAATCTCCAATGGAAGGTGGGCTATGTTTGGTTTTGCGGTGGGGATG
CTTACAGAGTATGCAACAGGCTCAGACCTTGTCGACCAAGTTAAAATCCTTCTCTCCAAT
TTCGGCATTATAGACTTGGAATAATAAAAGAGTGTTGTTCTTCTTCTCGTCTCTCAATCT
TCTATCTTGTTTCTCATTCTTCCTTCCTGTATATGTTATTTCTAGATATCTTAAATACAT
TGGACCATTTGTGTATTCAACCTCTTTTATCTTCAATTAGTAATAATAATAATATCATCT
ATGTACC

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL3570Contig1 410 2 2 U
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CCGGACGGAGATGGCTACACTCCTTTGATGCTTGCGGCTACAGAAGGGCATGGAAAAATG
TGTGAGTTCCTGATCGGGCATGGAGCAGACGTCTATGCTAAGAACGGAAGAGGGAAAACG
CTGCTGGATCTGGCGGTTGGTGAAGGTGGAGGTTACGGAGGAGGCGGTGGTGGTGGTTGG
TAATTAGATTAGGTGTGTGAGACCGTTACGTTTCTGGTTCGGGTTTTATTGTTTTATGGT
GTTTGGTTCTGCTGTCTGGTTCTGGTTTGTGCTGTTTTGGATTGTAACAGTTCGTGATTA
GGTATCTGATATCTGGAAACGCAATGTTAAATCAATTATCTTTCTCTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ49JQ C 1
AF RR3AR45TF U 298
BS 1 297 RR3BZ49JQ
BS 298 410 RR3AR45TF

RD RR3BZ49JQ 412 0 0
AGGCGTGGAGACGTCAAAGCGGTGAAGCTTTTGAGTGGGAAAGGATACGGTCTTGATGTC
CCGGACGGAGATGGCTACACTCCTTTGATGCTTGCGGCTACAGAAGGGCATGGAAAAATG
TGTGAGTTCCTGATCGGGCATGGAGCAGACGTCTATGCTAAGAACGGAAGAGGGAAAACG
CTGCTGGATCTGGCGGTTGGTGAAGGTGGAGGTTACGGAGGAGGCGGTGGTGGTGGTTGG
TAATTAGATTAGGTGTGTGAGACCGTTACGTTTCTGGTTCGGGTTTTATTGTTTTATGGT
GTTTGGTTCTGCTGTCTGGTTCTGGTTTGTGCTGTTTTGGATTGTAACAGTTCGTGATTA
GGTATCTGATATCTGGAAACGCAATGTTAAATCAATTATCTTTCT
TTCTGTC

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR3AR45TF 113 0 0
GGTGTTTGGTTCTGCTGTCTGGTTCTGGTTTGTGCTGTTTTGGATTGTAACAGTTCGTGA
TTAGGTATCTGATATCTGGAAACGCAATGTTAAATCAATTATCTTTCTCTCTG

QA 1 113 1 113
DS 



AS 1 3

CO CL3571Contig1 1404 3 11 U
GGAAAAATCGAGACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGAGATATGCAATCCCGTTCCGCAC
TCGTCGCCTCTCGATTCCTTAGACCGGCGTCGAGATTCTTCTCCACCTCTTCCTCCCCGA
TCACTCCCGTCTCCTCCGCAACAACTCAATCCCCCAGGACCCTCGAGTCTCTCCGAGCGC
GGCTGGCGGACGAGTCCCCTTCCCTCACCGACTTCATCCACGGCGACACCTACTCCGTTG
AGGTCGGCACCAAGAAGAAGCCCCTCCCCAAGCCCAAATGGATGAAGGAGTCGATCCCAG
GCGGCGAGAGGTACGTCCAGATCATAAAGAAGCTGAGAGACCTCAACCTCCACACCGTCT
GCGAAGAGGCCAAGTGTCCCAACCTCGGCGAGTGCTGGTCCGGCGGCGAAACTGGAACCG
CCACCGCGACGATTATGATCTTGGGGGATACTTGTACACGTGGCTGCAGGTTTTGTAATG
TGAAGACCTCGCGTACGCCTCCTCCTCCTGATCCTAACGAACCGAACAATGTCGCTGAAG
CTATCGCGTCCTGGGGTGTTGATTATGTAGTCATCACCAGCGTTGATCGTGACGATCTCC
CTGATCAGGGGAGTGGCCATTTTGCCCAAACTGTACAGAGATTGAAAACATTGAAGCCGG
AGATGCTTATAGAAGCTCTTGTTCCTGATTTCCGAGGAGATGGTGGGTGTGTTGAGAAGG
TGGCCAAGTCAGGGCCCGACGTCTTCGCACACAACATTGAGACGGTTGAAGAGCTTCAGA
GCTTCGTGAGGGATCACCGTGCTAACTTTAAGCAGTCGATGGATGTGCTTAGGATGGCTA
AGCAGCATGCACCCGCGGGGACATTGACGAAGACTTCGGTGATGCTGGGATGTGGGGAGA
CCCCTGATCAAGTTGTCAAGACGATGGAGAAAGTGAGAGCAGCTGGGGTTGATGTTATGA
CGTTTGGACAGTACATGCGACCTTCTAAGCGTCACATGCCAGTTGCTGAGTACGTGACAC
CTGAGGCTTTTGAGAGATATCGGCTTCTTGGCATGGAAATGGGATTCAGGTACGTGGCAT
CAGGGCCAATGGTGAGGTCGTCGTACAAAGCAGGAGAGTACTACATAAAGTCCATGATAG
AGGCTGATCGAGTTTCTTCTCCTTCCTCCTCGTAGATACTCATTCCAAGATTTACGCTTT
GTGAATTCTTTCACTTTATTTGCTTTGTTTATCCTGAAATAATGATTGAGGAGATGTAAT
ACTTACTATGATTGTCATTTGTGTGTTTGCTCTTTTCTCTCTTACTATCATTCGTCCTTC
AGTCTTTCTCTGATGCTATACGACTTTGCTCCATCGTCTAAGCTCAGTTGCGGTGATGAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BD48TF U 1
AF RR3DH53TF U 680
AF RR3BD48JQ C 654
BS 1 714 RR3BD48TF
BS 715 735 RR3DH53TF
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BS 864 1291 RR3DH53TF
BS 1292 1404 RR3BD48JQ

RD RR3BD48TF 714 0 0
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TCGTCGCCTCTCGATTCCTTAGACCGGCGTCGAGATTCTTCTCCACCTCTTCCTCCCCGA
TCACTCCCGTCTCCTCCGCAACAACTCAATCCCCCAGGACCCTCGAGTCTCTCCGAGCGC
GGCTGGCGGACGAGTCCCCTTCCCTCACCGACTTCATCCACGGCGACACCTACTCCGTTG
AGGTCGGCACCAAGAAGAAGCCCCTCCCCAAGCCCAAATGGATGAAGGAGTCGATCCCAG
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GCGAAGAGGCCAAGTGTCCCAACCTCGGCGAGTGCTGGTCCGGCGGCGAAACTGGAACCG
CCACCGCGACGATTATGATCTTGGGGGATACTTGTACACGTGGCTGCAGGTTTTGTAATG
TGAAGACCTCGCGTACGCCTCCTCCTCCTGATCCTAACGAACCGAACAATGTCGCTGAAG
CTATCGCGTCCTGGGGTGTTGATTATGTAGTCATCACCAGCGTTGATCGTGACGATCTCC
CTGATCAGGGGAGTGGCCATTTTGCCCAAACTGTACAGAGATTGAAAACATTGAAGCCGG
AGATGCTTATAGAAGCTCTTGTTCCTGATTTCCGAGGAGATGGTGGGTGTGTTG

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3DH53TF 612 0 0
G
GTTCCTGATTTCCGAGGAGATGGTGGGTGTGTTGAGAAGGTGGCCAAGTCAGGGCTCGAC
GTCTTCGCACACAACATTGAGACGGTTGAAGAGCTTCAGAGCTTTGTGAGGGATCACCGT
GCTAACTTTAAGCAGTCGATGGATGTGCTTAGGATGGCTAAGCAGCATGCGCCCGCGGGG
ACCTTGACGAAGACTTCGGTGATGCTGGGATGTGGGGAGACCCCTGATCAAGTTGTCAAG
ACGATGGAGAAAGTGAGAGCAGCTGGGGTTGATGTTATGACGTTTGGACAGTACATGCGA
CCTTCTAAGCGTCACATGCCAGTTGCTGAGTACGTGACACCTGAGGCTTTTGAGAGATAT
CGGCTTCTTGGCATGGAAATGGGATTCAGGTACGTGGCATCAGGGCCAATGGTGAGGTCG
TCGTACAAAGCAGGAGAGTACTACATAAAGTCCATGATAGAGGCTGATCGAGTTTCTTCT
CCTTCCTCCTCGTAGATACTCATTCCAAGATTTACGCTTTGTGAATTCTTTCACTTTATT
TGCTTTGTTTATCCTGAAATAATGATTGAGGAGATGTAATACTTACTATGATTGTCATTT
GTGTGTTTGCT

QA 2 612 2 612
DS 

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GAGAAGGTGGCCAAGTCAGGGCCCGACGTCTTTGCACACAACATTGAGACGGTTGAAGAG
CTTCAGAGTTTCGTGAGGGATCACCGTGCTAACTTTAAGCAGTCGATGGATGTGCTTAGG
ATGGCTAAGCAGCATGCACCCGCGGGGACATTGACGAAGACTTCGGTGATGCTGGGATGT
GGGGAGACCCCTGATCAAGTTGTCAAGACGATGGAGAAAGTGAGAGCAGCTGGGGTTGAT
GTTATGACGTTTGGACAGTACATGCGACCTTCTAAGCGTCACATGCCAGTTGCTGAGTAC
GTGACACCTGAGGCTTTTGAGAGATATCGGCTTCTTGGCATGGAAATGGGATTCAGGTAC
GTGGCATCAGGGCCAATGGTGAGGTCGTCGTACAAAGCAGGAGAGTACTACATAAAGTCC
ATGATAGAGGCTGATCGAGTTTCTTCTCCTTCCTCCTCGTAGATACTCATTCCAAGATTT
ACGCTTTGTGAATTCTTTCACTTTATTTGCTTTGTTTATTCTGAAATAATGATTGAGGAG
ATGTAATACTTACTATGATTGTCATTTGTGTGTTTGCTCTTTTCTCTCTTACTATCATTC
GTCCTTCAGTCTTTCTCTGATGCTATACGACTTTGCTCCATCGTCTAAGCTCAGTTGCGG
TGATGATATAATAAACCCTTTTTAGTGGTGT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 3

CO CL3572Contig1 808 3 17 U
GGGGATTCTCCAGCAACACAACACAACACAACAATGGCGTTATCGGTTTCAAACCTCGCC
TCTTCTCTCTCGTCCCTCTCTTTCTCTTCCCAAGTTTCTCAGAGACCAGCCACCCTTTCC
TTCCCGCTGACGAACTCGGTGTTCTCGCTACCTTCGAAATCCGCTCGTCGCGCTTCTCTC
TCAGTTACCGCCACGGCGGCTGCTCCTGAAGTATCGGAGGATTATGATACAATGGGGCTG
AAGAAGTACGCGAAATCTAGGCTTCCCGGAGGTTTCGCAGCTCAGAAGATCATAGGCACG
TG*CGGCGTAAGTGCGCCATCGCTAGAGTTGTGCTTCAAGAAGGCACTGGCAAAGTTATT
ATTAACTATCGCGATGCCAAGGAGTACCTTCAGGGCAACCCACTGTGGCTTCAATACGTT
AAAGTGCCGTTAGTGACACTTGGTTACGAGAACAGCTATGACGTGTTTGTGAAAGCTCAT
GGAGGTGGTCTCTCTGGTCAAGCTCAAGCCATTACTCTCGGAGTTGCTCGTGCCCTCTTG
AAGGTAAGTGCTGACCATAGATCACCATTGAAGAAGGAAGGTTTGCTCACTAGAGATGCA
AGAGTCGTTGAAAGAAAGAAAGTTGGGCTCAAGAAAGCCCGTAAAGCACCACAATTCTCC
AAGCGTTAAAAAGAACCCTTTTGTTTGGTATTATTTGTTGGATCATCCTTTGCCTCCACT
TTCTTTTTCTTTATGTTCATGTGTTGATGAACCAATCTCTGTTTTGATTGAATATAATGC
AAATCCAGAGAGTGGGAATTCATTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3DY87TF U 1
AF RR3C657TF U 6
AF RR3C657JQ C 203
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BS 236 236 RR3C657TF
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BS 729 803 RR3C657TF
BS 804 808 RR3C657JQ

RD RR3DY87TF 611 0 0
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TCTTCTCTCTCGTCCCTCTCTTTCTCTTCCCAAGTTTCTCAGAGACCAGCCACCCTTTCC
TTCCCGCTGACGAACTCGGTGTTCTCGCTACCTTCGAAATCCGCTCGTCGCGCTTCTCTC
TCAGTTACCGCCACGGCGGCTGCTCCTGAAGTATCGGAGGATTATGATACAATGGAGCTG
AAGAAGTACGTGAAATCTAGGCTTCCCGGAGGTTTCGCAGCTCAGAAGATCATAGGCACG
GGGCGGCGTAAGTGCGCCATCGCTAGAGTTGTGCTTCAAGAAGGCACTGGCAAAGTTATT
ATTAACTATCGCGATGCCAAGGAGTACCTTCAGGGCAACCCACTGTGGCTTCAATACGTT
AAAGTGCCGTTAGTGACACTTGGTTACGAGAACAGCTATGACGTGTTTGTGAAGGCTCAT
GGAGGTGGTCTCTCTGGTCAAGCTCAAGCCATTACTCTCGGAGTTGCTCGTGCCCTCTTG
AAGGTAAGTGCTGACCATAGATCACCATTGAAGAAGGAAGGTTTGCTCACTAGAGATGCA
AGAGTCGTTGA

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3C657TF 798 0 0
GG
CTCCAGCAACACAACACAACACAACAATGGCGTTATCGGTTTCAAACCTCGCCTCTTCTC
TCTCGTCCCTCTCTTTCTCTTCCCAAGTTTCTCAGAGACCAGCCACCCTTTCCTTCCCGC
TGACGAACTCGGTGTTCTCGCTACCTTCGAAATCCGCTCGTCGCGCTTCTCTCTCAGTTA
CCGCCACGGCGGCTGCTCCTGAAGTATCGGAGGATTATGATACAATGGGGCTGAAGAAGT
ACGCGAAATCTAGGCTTCCCGGAGGTTTCGCAGCTCAGAAGATCATAGGCACGTG*CGGC
GTAAGTGCGCCATCGCTAGAGTTGTGCTTCAAGAAGGCACTGGCAAAGTTATTATTAACT
ATCGCGATGCCAAGGAGTACCTTCAGGGCAACCCACTGTGGCTTCAATACGTTAAAGTGC
CGTTAGTGACACTTGGTTACGAGAACAGCTATGACGTGTTTGTGAAAGCTCATGGAGGTG
GTCTCTCTGGTCAAGCTCAAGCCATTACTCTCGGAGTTGCTCGTGCCCTCTTGAAGGTAA
GTGCTGACCATAGATCACCATTGAAGAAGGAAGGTTTGCTCACTAGAGATGCAAGAGTCG
TTGAAAGAAAGAAAGTTGGGCTCAAGAAAGCCCGTAAAGCACCACAATTCTCCAAGCGTT
AAAA*GAACCCTTTTGTTTGGTATTATTTGTTGGATCATCCTTTGCCTCCACTTTCTTTT
*CTTTATGTTCATGTGTTGATGAACCAATCTCTGTTTTGATTGAATATAATGCAAATCCA
GAGAGTGGGAATTCAT

QA 3 798 3 798
DS 

RD RR3C657JQ 606 0 0
GCT
CTGAAGTATCGGAGGATTATGATACAATGGGGCTGAAGAAGTACGCGAAATCTAGGCTTC
CCGGAGGTTTCGCAGCTCAGAAGATCATAGGCACGTG*CGGCGTAAGTGCGCCATCGCTA
GAGTTGTGCTTCAAGAAGGCACTGGCAAAGTTATTATTAACTATCGCGATGCCAAGGAGT
ACCTTCAGGGCAACCCACTGTGGCTTCAATACGTTAAAGTGCCGTTAGTGACACTTGGTT
ACGAGAACAGCTATGACGTGTTTGTGAAAGCTCATGGAGGTGGTCTCTCTGGTCAAGCTC
AAGCCATTACTCTCGGAGTTGCTCGTGCCCTCTTGAAGGTAAGTGCTGACCATAGATCAC
CATTGAAGAAGGAAGGTTTGCTCACTAGAGATGCAAGAGTCGTTGAAAGAAAGAAGGTTG
GGCTCAAGAAGGCCCGTAAAGCACCACAATTCTCCAAGCGTTAAAAAGAACCCTTTTGTT
TGGTATTATTTGTTGGATCATCCTTTGCCTCCACTTTCTTTTTCTTTATGTTCATGTGTT
GATGAACCAATCTCTGTTTTGATTGAATATAATGCAAATCCAGAGAGTGGGAATTCATTG
TTT

QA 4 606 4 606
DS 



AS 1 3

CO CL3573Contig1 468 3 3 U
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GCAGCTATCTACAGAAATGGATCGTTACCTCGCAAACAACCCCCAGTTGATTCAATTCCT
CAGCCAAGAAAAAGAAAGGGCGATGGCGAACGAAGTGGCGGCGAAGATAACAAGCTCGTG
CTGGGACAAATGTGTGGACAGACCAGGAAGCAAATTCAGCTCAAGCGAGTCTTCTTGCCT
CAGTAACTGCGCCCTACGCTACATGGACATGACTATGCTCATCATGAAACGCTTTCAGCA
GTAGTGATTTCTTATATCCATCATCATGTTACTTCTTCCCTTTTATTTATTTATTATTAT
GAAAACCTTCTTCTTCCCTTTTTTTCGTATTCCCATGGCAACTTGTTGTTAAACCCCTGC
GATAATAATATTCTCTTGGATGAATTGTTGTAGGATTGTTTTATGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DU13JQ C 1
AF RR3DU13TF U 1
AF RR3GY48TF U 5
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BS 379 468 RR3GY48TF

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GCAGCTATCTACAGAAATGGATCGTTACCTCGCAAACAACCCCCAGTTGATTCAATTCCT
CAGCCAAGAAAAAGAAAGGGCGATGGCGAACGAAGTGGCGGCGAAGATAACAAGCTCGTG
CTGGGACAAATGTGTGGACAGACCAGGAAGCAAATTCAGCTCAAGCGAGTCTTCTTGCCT
CAGTAACTGCGCCCTACGCTACATGGACATGACTATGCTCATCATGAAACGCTTTCAGCA
GTAGTGATTTCTTATATCCATCATCATGTTACTTCTTCCCTTTTATTTATTTATTATTAT
GAAAACCTTCTTCTTCCC

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR3DU13TF 378 0 0
AGGAGT
AACCTAAAAAAAACGACTCCTCTGCTTCTTCTCCTTCTTCGTCGTCGAGCAGAGGCAGCT
ATCTACAGAAATGGATCGTTACCTCGCAAACAACCCCCAGTTGATTCAATTCCTCAGCCA
AGAAAAAGAAAGGGCGATGGCGAACGAAGTGGCGGCGAAGATAACAAGCTCGTGCTGGGA
CAAATGTGTGGACAGACCAGGAAGCAAATTCAGCTCAAGCGAGTCTTCTTGCCTCAGTAA
CTGCGCCCTACGCTACATGGACATGACTATGCTCATCATGAAACGCTTTCAGCAGTAGTG
ATTTCTTATATCCATCATCATGTTACTTCTTCCCTTTTATTTATTTATTATTATGAAAAC
CTTCTTCTTCCC

QA 7 378 7 378
DS 

RD RR3GY48TF 464 0 0
GG
AACCTAAAAAAAACGACTCCTCTGCTTCTTCTCCTTCTTCGTCGTCGAGCAGAGGCAGCT
ATCTACAGAAATGGATCGTGACCTCGCAAACAACCCCCAGTTGATTCAATTCCTCAGCCA
AGAAAAAGAAAGGGCGATGGCGAACGAAGTGGTGGCGAAGATAACAAGCTCGTGCTGGGA
CAAATGTGTGGACAAACCAGGAAGCAAATTCAGCTCAAGCGAGTCTTCTTGCCTCAGTAA
CTGCGCCCTACGCTACATGGACATGACTATGCTCATCATGAAACGCTTTCAGCAGTAGTG
ATTTCTTATATCCATCATCATGTTACTTCTTCCCTTTTATTTATTTATTATTATGAAAAC
CTTCTTCTTCCCTTTTTTTCGTATTCCCATGGCAACTTGTTGTTAAACCCCTGCGATAAT
AATATTCTCTTGGATGAATTGTTGTAGGATTGTTTTATGGTC

QA 3 464 3 464
DS 



AS 1 3

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AAATCCAAATTCAGATTGACAAGAGCAGAAAGTAATCTTGTAACAAAATTTATGTTAAAA
AAAACAAACAAAAGCAGTTTCATTTATTAAATAAGAGAGACATCTGAGACATGCTGAGCT
CTTGATGAATGGCTGCAAATTCCAAATTTTTTTCTTCTCATTTGCTCTCTGCATCATATA
TGCCCGTTACGAGGTAGAAGCCATGAGCGAAAGCACCGGCGAGGACAAGACCGAAGAGAC
GGTCTCTGAGAACAGGCTGATGCCTCAAGGTCAAGCGAATGAGAGGGAGAGCAGGAGCGT
ATATTAGAGGTACCAAGAATTTGATCGGAGCTGCTTTCTTCTTCCTCTCCATCCCTGTTG
TTCTCGACGGATCGCTTGACGACGACGACGACGACGACATTGGAGAGATCCCTTTTGCTC
TTTGCTTCTGCGATTCAGTTCACGGACTTTCTTTTACTTTTTGAGTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CL88JQ U 78
AF RR3AK57JQ U 1
AF RR3AK57TF C 1
BS 1 529 RR3AK57JQ

RD RR3CL88JQ 368 0 0
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TTTCATTTTTTAAATAAGAGAGACATCTGAGACATGCTGAGCTCTTGATGAATGGCTGCA
AATTCCAAATTTTTTTCTTCTCATTTGCTCTCTGCATCATATATGTCCGTTACGAGGTAG
AAGCCATGAGCGAAAGCACCGGCGAGGACCAGACCGAGGAGACGGTCTCTGAAAACAGGC
TGATGCCTCAAGGTCAAGCGAATGAAAGGGAGAGCAGGACCGTATATTAGAGGTACCAAG
AATTTGATCGGAGCTGCTTTCTTCTTCCTCTCCATCCCTGTTGTTCTCGACGGATCGCTT
GACGACGA

QA 1 368 1 368
DS 

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AAAACAAACAAAAGCAGTTTCATTTATTAAATAAGAGAGACATCTGAGACATGCTGAGCT
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QA 1 529 1 529
DS 

RD RR3AK57TF 529 0 0
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AAATCCAAATTCAGATTGACAAGAGCAGAAAGTAATCTTGTAACAAAATTTATGTTAAAA
AAAACAAACAAAAGCAGTTTCATTTATTAAATAAGAGAGACATCTGAGACATGCTGAGCT
CTTGATGAATGGCTGCAAATTCCAAATTTTTTTCTTCTCATTTGCTCTCTGCATCATATA
TGCCCGTTACGAGGTAGAAGCCATGAGCGAAAGCACCGGCGAGGACAAGACCGAAGAGAC
GGTCTCTGAGAACAGGCTGATGCCTCAAGGTCAAGCGAATGAGAGGGAGAGCAGGAGCGT
ATATTAGAGGTACCAAGAATTTGATCGGAGCTGCTTTCTTCTTCCTCTCCATCCCTGTTG
TTCTCGACGGATCGCTTGACGACGACGACGACGACGACATTGGAGAGATCCCTTTTGCTC
TTTGCTTCTGCGATTCAGTTCACGGACTTTCTTTTACTTTTTGAGTTCC

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 3

CO CL3575Contig1 937 3 3 U
TTCTTTCTGTTTTCTATGTACAAATCATGTTTCTTTTCATGGTTTCACAGTTGTCTCCTA
AATAACTCTTGAGTTGACCTCTGATTTACAGCTTACTCATACCACGCTTTCGAAGGAGAC
TCTAAGGTGAGAAGGGCGACTAGGCTTTGGGCTAGAAGAAGTGTTGGCAAGTCCCTGAAG
CAGCTTCACCACGTCCGTTACTTGATCCAGAAAGTACTTGGCTTTGCTCGGTTTTATTCC
CACCGTACACGCGAATATCTCTGATGATGGCTGAGCCGAGAGTGTTGTTGTTATGCTCTC
AAACATCTCTTCGTCTGATCTGTCGTCCCCAATGCATACCACAAAATCCGGTGCATTCCC
TTCTCCAATCATTCTGCTAAGAACTTTCCCAGTGACAAGACCTTTGCTTACTCCCTGAGG
TTTAGCTTCAACGATTTGGTGACCTCTGTTAACCACAACGGGCTCATTTACAAGAACAGA
TTCTAGATGGTTCAGAAGTTCCTTGGCTTGACAAGAACCAAAGTCCCGGTCAGCATCTTG
GTGATGCCACACTAGTGCACTTTCTTTTGCTTCTATAGTAGATCCATCCGTAGTTTCTGT
ATACAGTCTCATGATTGGTTCCACGATTTTCTTCCATTCAAGGTCATTAGAAAAGCCGCT
TGTTTCCCACTCACAAGTCTGATTCCACCTTGCGAAGTAACTGTGTTCAGCTGCAATTCC
AAGATTCTGACACGGTGCAAGCCACTCGCTTAAAGAAACTTTCCCCCTCCCACTAACAAT
AAACACAGTGTTATTAGGATCACTGCACAGAGTATTCAACGCAGAGATCACATCAGCACT
TGGTTCCTTCACAATCGAGGTCTCTGGCACTAAAGTACCGTCATAATCAAGAAACATCGC
TCTCTTGCTCGATCTTCTATAAGCACTGACAGTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AC18JQ U 1
AF RR3BV93JQ U 119
AF RR3AC18TF C 64
BS 1 462 RR3AC18JQ
BS 463 509 RR3BV93JQ
BS 510 937 RR3AC18TF

RD RR3AC18JQ 462 0 0
TTCTTTCTGTTTTCTATGTACAAATCATGTTTCTTTTCATGGTTTCACAGTTGTCTCCTA
AATAACTCTTGAGTTGACCTCTGATTTACAGCTTACTCATACCACGCTTTCGAAGGAGAC
TCTAAGGTGAGAAGGGCGACTAGGCTTTGGGCTAGAAGAAGTGTTGGCAAGTCCCTGAAG
CAGCTTCACCACGTCCGTTACTTGATCCAGAAAGTACTTGGCTTTGCTCGGTTTTATTCC
CACCGTACACGCGAATATCTCTGATGATGGCTGAGCCGAGAGTGTTGTTGTTATGCTCTC
AAACATCTCTTCGTCTGATCTGTCGTCCCCAATGCATACCACAAAATCCGGTGCATTCCC
TTCTCCAATCATTCTGCTAAGAACTTTCCCAGTGACAAGACCTTTGCTTACTCCCTGAGG
TTTAGCTTCAACGATTTGGTGACCTCTGTTAACCACAACGGG

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR3BV93JQ 391 0 0
ACTA
TAAGGTGAGAAGGGCGACTAGGCTTTGGGCTAAAAAAAGTGTTGGCAAGTCCCTGAAGCA
GCTTCACCACGTCGGTTACTTGATCCAGAAAGTACTTGGCTTTGCTCGGTTTTATTCCCA
CCGTACACGCGAATATCTCTGACGATGGCTGAACCCAGAGTGTTGTTGTTATGCTCTCAA
ACATCTCTTCGTCTGATCTGTCGTCCCCAATGCATACCACAAAATCCGGGGCATTCCCTT
CTCCAATCATTCTGCTTAGAACTTTCCCGGTGACAAGACCTTTGCTTACTCCCTGAGGTT
TAACTTCAACGATTTGGTGACCTCTGTTAACCACAACGGGCTCATTTACAAGAACAGATT
CTAGATGGTTCAGAAGTTCCTTGGCTT

QA 5 391 5 391
DS 

RD RR3AC18TF 874 0 0
ATAACTCTGAGTTGA
CTCTGATTTACAGCTTACTCATAC*ACGCTTTCGAAG*AGACTCTAAGGTGAGAAGGGCG
ACTAGGCTTTGGGCTAGAAGAAGTGTTGGCAAGTCC*TGAAGCAGCTTCACCACGTCCGT
TACTTGATCCAGAAAGTACTTGGCTTTGCTCGGTTTTATTCCCACCGTACACGCGAATAT
CTCTGATGATGGCTGAGCCGAGAGTGTTGTTGTTATGCTCTCAAACATCTCTTCGTCTGA
TCTGTCGTCCCCAATGCATACCACAAAATCCGGTGCATTCCCTTCTCCAATCATTCTGCT
AAGAACTTTCCCAGTGACAAGACCTTTGCTTACTCCCTGAGGTTTAGCTTCAACGATTTG
GTGACCTCTGTTAACCACAACGGGCTCATTTACAAGAACAGATTCTAGATGGTTCAGAAG
TTCCTTGGCTTGACAAGAACCAAAGTCCCGGTCAGCATCTTGGTGATGCCACACTAGTGC
ACTTTCTTTTGCTTCTATAGTAGATCCATCCGTAGTTTCTGTATACAGTCTCATGATTGG
TTCCACGATTTTCTTCCATTCAAGGTCATTAGAAAAGCCGCTTGTTTCCCACTCACAAGT
CTGATTCCACCTTGCGAAGTAACTGTGTTCAGCTGCAATTCCAAGATTCTGACACGGTGC
AAGCCACTCGCTTAAAGAAACTTTCCCCCTCCCACTAACAATAAACACAGTGTTATTAGG
ATCACTGCACAGAGTATTCAACGCAGAGATCACATCAGCACTTGGTTCCTTCACAATCGA
GGTCTCTGGCACTAAAGTACCGTCATAATCAAGAAACATCGCTCTCTTGCTCGATCTTCT
ATAAGCACTGACAGTTTGC

QA 16 874 16 874
DS 



AS 1 2

CO CL3576Contig1 668 2 2 U
TCCGGCTGGATTGAAGCTGGATGGTACAGGCAAGCAGGCGAACATCCTGGTCACAGCAGC
ATCCGGTGGTGTCGGCCACTATGCATTCCAGCTAGCAAAGCTAGGTAACGCTCATGTAAC
GGCCACATGTGGGGCTCGGAACATAGACTTCGTCAAATCATTAGGAGCGGACGAGGTTCT
TGACTACAAGACTCCAGAGGGAGCTGCGCTCAAGAGTCCGTCTGGTAAGAAATACGACGC
TGTGGTTCACTGCGCAAATGGGATACCATTTTCGACATTCGAACCGAATCTGTCTGAAAA
CGGAAAGGTGATAGACATCACGCCGGGGCCTAAGGCGATGTGGACTTTCGCGGTTAAGAA
AATAACCATGTCTAAGAAGCAATTGATTCCGCTTTTGTTGATCCCGAAAGCTGAGAATTT
GGAATTTATGGTCAACTTAGTGAAAGAAGGGAAAGTCAAGACTGTGATTGACTCGAAGTA
TCCTCTGAGCAAAGCAGAGGATGCTTGGGCTAAAAGTATCGACGGTCATGCTACTGGGAA
GATCATTGTCGAGCCATGAATAGCATTTTGCTTGTAATCTACATTTCTGTAATCTTATAG
TTTGATTCTCGTTTTCTCATTACTTTCGTTTCTTTTGTTTAATACAATACCCAAACTATG
TCACTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT44JQ C 1
AF RR3CA73TF U 328
BS 1 327 RR3FT44JQ
BS 328 668 RR3CA73TF

RD RR3FT44JQ 481 0 0
TCCGGCTGGATTGAAGCTGGATGGTACAGGCAAGCAGGCGAACATCCTGGTCACAGCAGC
ATCCGGTGGTGTCGGCCACTATGCATTCCAGCTAGCAAAGCTAGGTAACGCTCATGTAAC
GGCCACATGTGGGGCTCGGAACATAGACTTCGTCAAATCATTAGGAGCGGACGAGGTTCT
TGACTACAAGACTCCAGAGGGAGCTGCGCTCAAGAGTCCGTCTGGTAAGAAATACGACGC
TGTGGTTCACTGCGCAAATGGGATACCATTTTCGACATTCGAACCGAATCTGTCTGAAAA
CGGAAAGGTGATAGACATCACGCCGGGGCCTAAGGCGATGTGGACTTTCGCGGTTAAGAA
AATAACCATGTTTAAGAAGCAATTGATTCCGCTTTTGTTGATCCCGAAAGCTGAGAATTT
GGAATTTATGGTCAACTTAGTGAAAGAAGGGAAAGTCAAGACTGTGATTGACTCGAAGTA
T

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR3CA73TF 341 0 0
GCCTAAGGCGATGTGGACTTTCGCGGTTAAGAAAATAACCATGTCTAAGAAGCAATTGAT
TCCGCTTTTGTTGATCCCGAAAGCTGAGAATTTGGAATTTATGGTCAACTTAGTGAAAGA
AGGGAAAGTCAAGACTGTGATTGACTCGAAGTATCCTCTGAGCAAAGCAGAGGATGCTTG
GGCTAAAAGTATCGACGGTCATGCTACTGGGAAGATCATTGTCGAGCCATGAATAGCATT
TTGCTTGTAATCTACATTTCTGTAATCTTATAGTTTGATTCTCGTTTTCTCATTACTTTC
GTTTCTTTTGTTTAATACAATACCCAAACTATGTCACTAGT

QA 1 341 1 341
DS 



AS 1 2

CO CL3577Contig1 778 2 7 U
GCTCAAGCAATTGAACTATCAAGAACCCATCCTCATGACATTATATTGATTTGTAACGAA
AACCAATTCATTTAGTATGATGAAATGAGCCAAATGGTCATTTGATCTCATCATTCAACA
GTACATTCTCTTTCCCCCCCTAAAAAAAAAAAAAGCAAAAATGGGATTTGAATGTGTATG
TTTTCATGATCTCTCAAAGAAACCTTTAACATAAACCATGCCTTTCTCACTAAGCTGAAG
TTCCTTCCTCATCTCTTCAACTTGCACATCATCTCCTTGAACAACAATCTCATCCAGTTT
CCCCTTTCTTCCCACCATCATCTTCACCTTGATCTCCTCTTTCCTCGACGCCTTCTTCCA
GTAATACGCTCCTGCGAGTGGACTAAGAATGGTAATGAAGAACCAGTTATTTCCAAAATC
AGGCACTGTAATGGTTAGTACAAGACCCACGCTTGCTAAGCTTATACATGTACAAAACGT
GAGCAGAGCAGCTTGTCCTCTACTCGGAACCATTGTTCCTTCAAACGTGATTGTCTCTCC
ACGATCAGTAACATTAAAGTTCTTCCTTGTGAAGAAAGAAAGAATCTCTCCAGCAACTTG
CTTTGGTTCCTTCTTGATCCCTTCGCTAACAACAAACGTCTTCCTCACTATCTTTGATTT
AACAGAGCGTTTGATGAGAGACCAAAGACCTGGAACTGAGATAACGAACAAACCCAAAGA
CGTGTAGTAGCTAGCTAACGAGTAGCCACCACCAGTCTCCGCCATCAACAGTAATGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C116JQ U 18
AF RR3C591JQ U 1
BS 1 89 RR3C591JQ
BS 90 90 RR3C116JQ
BS 91 149 RR3C591JQ
BS 150 150 RR3C116JQ
BS 151 200 RR3C591JQ
BS 201 201 RR3C116JQ
BS 202 778 RR3C591JQ

RD RR3C116JQ 189 0 0
ATCAAGAACCCATCCTCATGACATTATATTGATTTGTAACGAAAACCAATTCATTTAGTA
TGATGAAATGAGCCAAATGGTCATTTGATCTCATCATTCAACAGTACATTCTCTTTCCCC
CC*TAAAAAAAAAAAAAGCAAAAATGGGATTTGAATGTGTATGTTTTCATGATCTCTCAA
AGAAACCTT

QA 1 189 1 189
DS 

RD RR3C591JQ 778 0 0
GCTCAAGCAATTGAACTATCAAGAACCCATCCTCATGACATTATATTGATTTGTAACGAA
AACCAATTCATTTAGTATGATGAAATGAGTCAAATGGTCATTTGATCTCATCATTCAACA
GTACATTCTCTTTCCCCCCCTAAAAAAAAGAAAAGCAAAAATGGGATTTGAATGTGTATG
TTTTCATGATCTCTCAAAGAGACCTTTAACATAAACCATGCCTTTCTCACTAAGCTGAAG
TTCCTTCCTCATCTCTTCAACTTGCACATCATCTCCTTGAACAACAATCTCATCCAGTTT
CCCCTTTCTTCCCACCATCATCTTCACCTTGATCTCCTCTTTCCTCGACGCCTTCTTCCA
GTAATACGCTCCTGCGAGTGGACTAAGAATGGTAATGAAGAACCAGTTATTTCCAAAATC
AGGCACTGTAATGGTTAGTACAAGACCCACGCTTGCTAAGCTTATACATGTACAAAACGT
GAGCAGAGCAGCTTGTCCTCTACTCGGAACCATTGTTCCTTCAAACGTGATTGTCTCTCC
ACGATCAGTAACATTAAAGTTCTTCCTTGTGAAGAAAGAAAGAATCTCTCCAGCAACTTG
CTTTGGTTCCTTCTTGATCCCTTCGCTAACAACAAACGTCTTCCTCACTATCTTTGATTT
AACAGAGCGTTTGATGAGAGACCAAAGACCTGGAACTGAGATAACGAACAAACCCAAAGA
CGTGTAGTAGCTAGCTAACGAGTAGCCACCACCAGTCTCCGCCATCAACAGTAATGAA

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 3

CO CL3578Contig1 886 3 11 U
AAAGGGTTAAAGAAAACGTATTCAACTTGGAGATGTAGATGAGTTTTGAGATCCAAGTTT
TACCAAGGTACTGTTTTATCGGACCTCCTCGTGTGATCAAGACAAAGCTTTAATGATTTC
ATGGCAGAAATTCATAAGAGAAGAAAGAGAAATAAGTCTTCATCTGTAGAGAAGAGAGAG
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AACTTTGCTCTACACGTTCCCACACCAACCCTTCACCTTCCTTTGCTGTGAACTTGACAG
TGGTTGTGCAGCCTCTGCGTTCATCCCCACTCTGTTCCCATTTGTCAAACTTAACAATCC
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CACCAGATGGATGAACAAACACAC*ACCAGGCACACATGAAGCTTTGAGGCTAGATATGT
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CAACCTCATGACCAGGGTCGACATTATCCACCTTGCACTCCAAGAAGTCAGAGGTCAGCA
AAGGCTTCTCCTTTCTTAACTCTTTGTAAAGGGTAGGTGATCTTCCGGTAGAGAAGACGA
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GTGGAGATGTTAGCCGCTCCATGAATTACTCACAGAGAATCCGATT


BQ
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AF RR3EE67JQ U 1
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AF RR3CX92TF C 284
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CACCAGAGATTTCTCAGCACCAGATGGATGAACAAACACAC*ACCAGGCACACATGAAGC
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ATT

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 3

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AGTGGTGCAAGACTGAAGAGCCTAAAGGATTCAAGCTCGAGTTTCTCTTTGACTCGAATC
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GATGATGATGATGATGATGATGATGATGATGAAGAGGACGAGGATGATGATGAGATGGAG
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AGCCATGTGTAAAAAATATATCTTGGGTCAATTCTCAGTTCATCTAGCATTGAGAATTGA
AGAAAAATATTTTAGTTGTTTTTTTATAGTGTAAACCTCATTTCCTTATTGATGATGTTC
TCATTCGAGTTTTGATAATTTGTTGTGGTGTTTATTTTCGTTGAATGATTTAAGACTTAA
TTAATACCTTGGTGTTTATGAATGAATGAAAACATCATCCCCTTGTT


BQ
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AF RR3E556TF U 1
AF RR3AX69TF U 4
AF RR3AX69JQ C 606
BS 1 354 RR3E556TF
BS 355 355 RR3AX69TF
BS 356 567 RR3E556TF
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BS 569 604 RR3E556TF
BS 605 667 RR3AX69TF
BS 668 1427 RR3AX69JQ

RD RR3E556TF 604 0 0
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CCAGAAATACTCAGAAGATGAGCAACGACAAGGACAACTTCAGCCTCGCCGATCTCACTG
CTGCTCTTAAAGACGAGGATCGAGCCGGCATCATGAACATTCTCAAGAACAAGATGGCTG
GGGACGTGCTCGAGAATCTGTCTCCTCAAGTGAGAGCGCGTGTCGATGCCTTGAAGGATA
TACAGAGCCAACACGATGAACTTGAGGCTAAGTTCCGCGAGGAGAGAGCTGTTCTTGAAG
CCAAGTATGAACAGTTGTATCAGCCTTTGTATGCCAAGCGTTTTGAAATTGTGAGTGGAA
CTACTGAAATCGAGCTGACTCCAGAGGATACTAAGATGGACGAAGTCCAAGGAGAGGACA
AAACTGCTCAAGAGAAAGGAGTTCCCAGTTTCTGGCTGACTGCTTTGCAAAATAATGATG
TTACTTCCGAGGAGGTCACAGAGCGTGATGAAGAGGCTCTCAAGTATCTTAAAGATATCA
AGTGGTGCAAGACTGAAGAGCCTAAAG*ATTCAAGCTCGAGTTTCTCTTTGACTCGAATC
CCTT

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3AX69TF 664 0 0
G
AGTCTCGCCTCCCCCAAAAACCCTCCTGCCCTTCCTTACTTTCAAACCTTTCGTCTCCAG
AAATACTCAGAAGATGAGCAACGACAAGGACAACTTCAGCCTCGCCGATCTCACTGCTGC
TCTTAAAGACGAGGATCGAGCCGGCATCATGAACATTCTCAAGAACAAGATGGCTGGGGA
CGTGCTCGAGAATCTGTCTCCTCAAGTGAGAGCGCGTGTCGATGCCTTGAAGGATATACA
GAGCCAACACGATGAACTTGAGGCTAAGTTCCGCGAGGAGAGAGCTGTTCTTGAAGCCAA
GTATGAACAGTTGTATCAGCCTTTGTATGCCAAGCGTTTTGAAATTGTGAATGGAACTAC
TGAAATCGAGCTTACTCCAGAGGATACTTAGATGGACGAAGTCCAAGGAGAGGACAAAAC
TGCTCAAGAGAAAGGAGTTCCCAGTTTCTGGCTGACTGCTTTGCAAAATAATGATGTTAC
TTCCGAGGAGGTCACAGAGCGTGATGAAGAGGCTCTCAAGTATCTTAAAGATATCAAGTG
GTGCAAGACTGAAGAGCCTAAAGGATTCAAGCTCGAGTTTCTCTTTGACTCGAATCCCTT
TTTTAAAAACAATGTCTTAACAAAGTCTTATCATGTGATTGATGAGGATGGGCCACTACT
TGA

QA 2 664 2 664
DS 

RD RR3AX69JQ 822 0 0
TTTAAAAACAATGTCTTAACAAAGTCTTATCATGTGATTGATGAGGATGGGCCACTACTT
GAGAAGGCTATTGGGACTGAAATCGATTGGTATCCTGGAAAGTGTCTAACTCAGAAGATT
CTTAAAAAGAAGCCTAATAGAGGTTCAACGAACGCCAAACCAACCACTAAAATGGAAGCT
TGTGAAAGCTTTTTCAACTTCTTTAACCCTCCTGAAGTCCCGGATGAAGAAAGATATCGA
CGAGGACAGAGCTGAGGAACTTCAGAATCTGATGGAACAAGATTATGACATTGGATCTAC
CATCCGTGACAAGATTATCCCGCATGCCGTCTCATGGTTTACTGGTGAGGCTGTGGAAGG
ACAGGAGTTTGATATAGATGATGATGAAGATGATGATAGTGACGAAGATGATGATGATGA
TGATGATGATGATGATGATGATGATGAAGAGGACGAGGATGATGATGAGATGGAGGATGA
TAGCAAGACTAAAAAGAAGAAGGGAGGCAGATCTCAGATTGTTGGTGATGGTCAACAAGG
CGAGAGGCCACCAGACTGCAAGCAACAGTGATCTCGATGCTCTACTGAACAAAAAAGCCA
TGTGTAAAAAATATATCTTGGGTCAATTCTCAGTTCATCTAGCATTGAGAATTGAAGAAA
AATATTTTAGTTGTTTTTTTATAGTGTAAACCTCATTTCCTTATTGATGATGTTCTCATT
CGAGTTTTGATAATTTGTTGTGGTGTTTATTTTCGTTGAATGATTTAAGACTTAATTAAT
ACCTTGGTGTTTATGAATGAATGAAAACATCATCCCCTTGTT

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 3

CO CL3580Contig1 1183 3 4 U
GAAAACAAAATCAGGTGAGGACTTAACTTTTGATGCAAGAAGCAACCCTAATTCCACAAA
AAGGGTTACACAGTTCACTACAGCCTGATCCTATAAATAACCGGAAATAGTACAAGTTGT
GCTGCTGTAAACTAAACACCTGCCTTGTTTCCAAGTCTCTCCCAAAAAATCTTGACTCCC
ATGTATCTTCCCATCATCATGACCGTGGCTTGGGGGTTGGTTCCAGGAAACTCGTCAAAT
GTGGAACCATCAATAACTCTGAGCCTGTTGACACCGAAAACTTTGCGGTCAGGGCTCACA
ACTTTACCTACAAGACAACCACCATGATAGTGCCAGATTGTGACAACGGTGTCTTTACAG
AACTGAGCCATTGATTTGGTGTCGTTCACTTGCTTTGGTCTTAAATTGATGTTTGCCTTG
ACACTCAAGCTAAGCATCTTGTGGACGTTTTGCTTGTCCCACTGCGTGTAGTTTAGGAAC
CTCTTAAACGTCACCACTTTTGAAACCAGACGCATGGCTTCAACACAGCGTTGGAGATCC
ACCGGGTGTTTGAAGTAGTTGAATGTGACTTTAGGGTTGTCATCTACATTTGTGTTGAGT
AAGCTCAAATGCCCTCTAGAGATTGGGTAAGCTAGTTTCTCCAAAATGAAACTTCCATTG
AATGCTTCTTGAAGTTGGTATTTGTTTCTTGAGATGTAAGCTTGTCTTCTCTGCTTTGTA
GGTATGGTGGAAAACAATTCATTCTTGTCCGACATAACTCCATAGTGTGTATGAATGCTC
CCAGGGGATTGACCAAAGCCAGTGCTGGCTTCAACATACACACCCATCTTTGTGATTCCA
ACAGTCTGGATAAGTGACTGCTCTATGGGTTGCTTTGAAGGCACCAAGATGGTGTTCATT
GGATTATCAGCCATTCCTTTCCCCACATGCTCATTCTCTAGAACCAAAGGAATCTTCAGC
CTCTTTAGCTCTCTCTTAGGTCCAATCCCACTTAACAGCAGCATCTGTGGTGACCCAATA
GCTCCACTAGACAAGATCACTTCACTTCCCTTTCTGTTAGAGAGTAGAGCCTGGTGTTGA
TTGCCTTTCTCGCCTTTGAATATCACTCCTGTTACTCTAGGTCTTGCTCCAGAAGTGTCA
AATACAATCTTTTGCACGGTGGCGTAGATCAAGACTCTTAGCC


BQ
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AF RR3CD42JQ U 117
AF RR3AR29JQ U 1
AF RR3AR29TF C 326
BS 1 163 RR3AR29JQ
BS 164 164 RR3CD42JQ
BS 165 510 RR3AR29JQ
BS 511 1183 RR3AR29TF

RD RR3CD42JQ 106 0 0
TTGTGCTGCTGTAAACTAAACACCTGCCTTGTTTCCAAGTCTCTCCCAAAAAATCTTGAC
TCCCATGTATCTTCCCATCATCATGACCGTGGCTTGTGGGTTGGTT

QA 1 106 1 106
DS 

RD RR3AR29JQ 510 0 0
GAAAACAAAATCAGGTGAGGACTTAACTTTTGATGCAAGAAGCAACCCTAATTCCACAAA
AAGGGTTACACAGTTCACTACAGCCTGATCCTATAAATAACCGGAAATAGTACAAGTTGT
GCTGCTGTAAACTAAACACCTGCCTTGTTTCCAAGTCTCTCCCGAAAAATCTTGACTCCC
ATGTATCTTCCCATCATCATGACCGTGGCTTGGGGGTTGGTTCCAGGAAACTCGTCAAAT
GTGGAACCATCAATAACTCTGAGCCTGTTGACACCGAAAACTTTGCGGTCAGGGCTCACA
ACTTTACCTACAAGACAACCACCATGATAGTGCCAGATTGTGACAACGGTGTCTTTACAG
AACTGAGCCATTGATTTGGTGTCGTTCACTTGCTTTGGTCTTAAATTGATGTTTGCCTTG
ACACTCAAGCTAAGCATCTTGTGGACGTTTTGCTTGTCCCACTGCGTGTAGTTTAGGAAC
CTCTTAAACGTCACCACTTTTGAAACCAGA

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR3AR29TF 858 0 0
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TCACTTGCTTTGGTCTTAGATTGATGTTTGCCTTGACACTCAAGCTAAGCATCTTGTGGA
CGTTTTGCTTGTCGCACTGCGTGTAGTTTAGGAAC*TCTTAGACGTCACCACTTTTGAAA
CCAGACGCATGGCTTCAACACAGCGTTGGAGATCCACCGGGTGTTTGAAGTAGTTGAATG
TGACTTTAGGGTTGTCATCTACATTTGTGTTGAGTAAGCTCAAATGCCCTCTAGAGATTG
GGTAAGCTAGTTTCTCCAAAATGAAACTTCCATTGAATGCTTCTTGAAGTTGGTATTTGT
TTCTTGAGATGTAAGCTTGTCTTCTCTGCTTTGTAGGTATGGTGGAAAACAATTCATTCT
TGTCCGACATAACTCCATAGTGTGTATGAATGCTCCCAGGGGATTGACCAAAGCCAGTGC
TGGCTTCAACATACACACCCATCTTTGTGATTCCAACAGTCTGGATAAGTGACTGCTCTA
TGGGTTGCTTTGAAGGCACCAAGATGGTGTTCATTGGATTATCAGCCATTCCTTTCCCCA
CATGCTCATTCTCTAGAACCAAAGGAATCTTCAGCCTCTTTAGCTCTCTCTTAGGTCCAA
TCCCACTTAACAGCAGCATCTGTGGTGACCCAATAGCTCCACTAGACAAGATCACTTCAC
TTCCCTTTCTGTTAGAGAGTAGAGCCTGGTGTTGATTGCCTTTCTCGCCTTTGAATATCA
CTCCTGTTACTCTAGGTCTTGCTCCAGAAGTGTCAAATACAATCTTTTGCACGGTGGCGT
AGATCAAGACTCTTAGCC

QA 1 858 1 858
DS 



AS 1 3

CO CL3581Contig1 772 3 1 U
GAAACAAAAAAAAAAAATCAGCAAAAAGCTAAAGAACCTCCTCAAGCATCAATGGCGATA
TCCAAGCTCCACCTCCTCTTTCTTCTCTCACTTGTCAGCCTCTCCCTTCATCGTCCTGTT
CTTTCCGACAACGATGAGGAAGACATTCTTCTTAAAGGCATCAACGACTACAGAACATCC
CTAAACCTAACAACACTCACACATAACAACAACGCAGAATGTCTCGCCGACGAACTCGCA
GACCAGTTCAAGAACCAACCATGCACTAACACCACTGGCCCTGCTTCTGTCCCTGGATCC
CAACCTGGTTTCCAAGACTTCCCTAAGTTCCTCACAAAATGTCACCTCGACACAACCGCA
ACCAGAGACGGTGAGATCATGCCAGCTTGTGTTCCTAACCTTGATGCCACCCTTGTCTTG
TCTAATTTCACAAAGTCACGGTACAACCAGAAGCTGAATGATTCTAAGTTCACTGGCATT
GGCATTGCTTCTGATGATAATTGGATTATGGTCATCCTCACTACAAACACAACTGAGGGT
GGCTATACTCCGGCTACTAAGGACAGTAACTGGAGCTCTCGCATTTGGAGTTAACGGTGT
CGTTTCTTCGTGTTTGTTGGTTCTTCTCTTTTCTTTGTTCATGCTTTGAGTTTCTTTTCT
TGAATAATGATCTCGTTGTTCTTTCTTCATGTGTTGATCCTCATTATGAGTTTCTTTCAT
TGTCTATGGGTGAAAATCTCATTGCATTTGTATGTTATCTCTATCGTTTTGT


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CO74TF U 1
AF RR3DD49TF U 1
AF RR3CO74JQ C 2
BS 1 772 RR3CO74TF

RD RR3CO74TF 772 0 0
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TCCAAGCTCCACCTCCTCTTTCTTCTCTCACTTGTCAGCCTCTCCCTTCATCGTCCTGTT
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GACCAGTTCAAGAACCAACCATGCACTAACACCACTGGCCCTGCTTCTGTCCCTGGATCC
CAACCTGGTTTCCAAGACTTCCCTAAGTTCCTCACAAAATGTCACCTCGACACAACCGCA
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GGCATTGCTTCTGATGATAATTGGATTATGGTCATCCTCACTACAAACACAACTGAGGGT
GGCTATACTCCGGCTACTAAGGACAGTAACTGGAGCTCTCGCATTTGGAGTTAACGGTGT
CGTTTCTTCGTGTTTGTTGGTTCTTCTCTTTTCTTTGTTCATGCTTTGAGTTTCTTTTCT
TGAATAATGATCTCGTTGTTCTTTCTTCATGTGTTGATCCTCATTATGAGTTTCTTTCAT
TGTCTATGGGTGAAAATCTCATTGCATTTGTATGTTATCTCTATCGTTTTGT

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3DD49TF 726 0 0
G
AAACAAAAAAAAAAAATCAGCAAAAAGCTAAAGAACCTCCTCAAGCATCAATGGCGATAT
CCAAGCTCCACCTCCTCTTTCTTCTCTCACTTGTCAGCCTCTCCCTTCATCGTCCTGTTC
TTTCCGACAACGATGAGGAAGACATTCTTCTTAAAGGCATCAACGACTACAGAACATCCC
TAAACCTAACAACACTCACACATAACAACAACGCAGAATGTCTCGCCGACGAACTCGCAG
ACCAGTTCAAGAACCAACCATGCACTAACACCACTGGCCCTGCTTCTGTCCCTGGATCCC
AACCTGGTTTCCAAGACTTCCCTAAGTTCCTCACAAAATGTCACCTCGACACAACCGCAA
CCAGAGACGGTGAGATCATGCCAGCTTGTGTTCCTAACCTTGATGCCACCCTTGTCTTGT
CTAATTTCACAAAGTCACGGTACAACCAGAAGCTGAATGATTCTAAGTTCACTGGCATTG
GCATTGCTTCTGATGATAATTGGATTATGGTCATCCTCACTACAAACACAACTGAGGGTG
GCTATACTCCGGCTACTAAGGACAGTAACTGGAGCTCTCGCATTTGGAGTTAACGGTGTC
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GTCTA

QA 2 726 2 726
DS 

RD RR3CO74JQ 762 0 0
AAACAAAAAAAAAAAATCAGCAAAAAGCTAAAGAACCTCCTCAAGCATCAATGGCGATAT
CCAAGCTCCACCTCCTCTTTCTTCTCTCACTTGTCAGCCTCTCCCTTCATCGTCCTGTTC
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TAAACCTAACAACACTCACACATAACAACAACGCAGAATGTCTCGCCGACGAACTCGCAG
ACCAGTTCAAGAACCAACCATGCACTAACACCACTGGCCCTGCTTCTGTCCCTGGATCCC
AACCTGGTTTCCAAGACTTCCCTAAGTTCCTCACAAAATGTCACCTCGACACAACCGCAA
CCAGAGACGGTGAGATCATGCCAGCTTGTGTTCCTAACCTTGATGCCACCCTTGTCTTGT
CTAATTTCACAAAGTCACGGTACAACCAGAAGCTGAATGATTCTAAGTTCACTGGCATTG
GCATTGCTTCTGATGATAATTGGATTATGGTCATCCTCACTACAAACACAACTGAGGGTG
GCTATACTCCGGCTACTAAGGACAGTAACTGGAGCTCTCGCATTTGGAGTTAACGGTGTC
GTTTCTTCGTGTTTGTTGGTTCTTCTCTTTTCTTTGTTCATGCTTTGAGTTTCTTTTCTT
GAATAATGATCTCGTTGTTCTTTCTTCATGTGTTGATCCTCATTATGAGTTTCTTTCATT
GTCTATGGGTGAAAATCTCATTGCATTTGTATGTTATCTCTA

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 3

CO CL3582Contig1 860 3 13 U
GGACGCCGAGCGAGATCTACACAATCTCCGATCCCCAAAATGGCGACGAGAAGACGTACT
TTGCTCAAGGTCATTGTCCTCGGCGATAGCGGGGTTGGTAAGACTTCCTTGATGAATCAA
TATGTGCATAACAAGTTTAGTCAACAGTATAAAGCGACTATTGGTGCTGATTTCGTGACC
AAGGAGCTTCAGATTGGGGATAAGCTTGTTACTCTCCAGATTTGGGATACTGCTGGACAA
GAGAGGTTCCAGAGTCTTGGTGCTGCGTTTTACAGAGGTGCAGATTGTTGCGCTTTGGTT
TATGATGTCAACGTGGCCAAGTCCTTTGACTCCCTCGAAACTTGGCATGAGGAGTTTCTT
AAACAGGCAAGTCCAGCGGATCCAAAGACATTTCCGTTTATAGTGCTTGGAAACAAGGTT
GACATAGGTGGAGGGAGCACTAGAGTGGTCTCTGAGACGAAAGCAGCTGACTGGTGTGCT
TCAAATGGTAACATACCCTATTTCGAGACATCAGCTAAAGAAGACTACAATGTTGATGAG
GCTTTCTTTACCATTGCCAAAACCGCTCTTGCCAACGAGAATGATCAGGACATATACTTC
CAAGGCATACCAGTTGCAGTGACTGAAAACGAGCCAAAAGGGGGTGGTTGCGCTTGCTGA
ACTGTGGATTTGAACATTCTTTTGCGTTCGTTTTTGATACATTTGCTCGTTATTCATTGA
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TATTCCATCATGTATTAATTCGATTGGAGGAGTCTGTATGATCAAAATCGATTCTGCTGG
ATACATTTTGTTATTTTCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG74TF U 1
AF RR3BY49TF U 72
AF RR3CG74JQ C 112
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BS 839 860 RR3CG74JQ

RD RR3CG74TF 751 0 0
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TTGCTCAAGGTCATTGTCCTCGGCGATAGCGGGGTTGGTAAGACTTCCTTGATGAATCAA
TATGTGCATAACAAGTTTAGTCAACAGTATAAAGCGACTATTGGTGCTGATTTCGTGACC
AAGGAGCTTCAGATTGGGGATAAGCTTGTTACTCTCCAGATTTGGGATACTGCTGGACAA
GAGAGGTTCCAGAGTCTTGGTGCTGCGTTTTACAGAGGTGCAGATTGTTGCGCTTTGGTT
TATGATGTCAACGTGGCCAAGTCCTTTGACTCCCTCGAAACTTGGCATGAGGAGTTTCTT
AAACAGGCAAGTCCAGCGGATCCAAAGACATTTCCGTTTATAGTGCTTGGAAACAAGGTT
GACATAGGTGGAGGGAGCACTAGAGTGGTCTCTGAGACGAAAGCAGCTGACTGGTGTGCT
TCAAATGGTAACATACCCTATTTCGAGACATCAGCTAAAGAAGACTACAATGTTGATGAG
GCTTTCTTTACCATTGCCAAAACCGCTCTTGCCAACGAGAATGATCAGGACATATACTTC
CAAGGCATACCAGTTGCAGTGACTGAAAACGAGCCAAAAGGGG*TGGTTGCGCTTGCTGA
ACTGTGGATTTGAACATTCTTTTGCGTTCGTTTT*GATACATTTGCTCGTTATTCATTGA
G*GTTGGTGTACTCTTTGAGGATTTCAGAAC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3BY49TF 767 0 0
G
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AAGTTTAGTCAACAGTATAAAGCGACTATTGGTGCTGATTTCGTGACCAAGGAGCTTCAG
ATTGGGGATAAGCTTGTTACTCTCCAGATTTGGGATACTGCTGGACAAGAGAGGTTCCAG
AGTCTTGGTGCTGCGTTTTACAGAGGTGCAGATTGTTGCGCTTTGGTTTATGATGTCAAC
GTCGCCAAGTCCTTTGATTCTCTCGAAACGTGGCATGAGGAGTTTCTTAAACAGGCAAGT
CCAGCGGATCCAAAGACATCTCCGTTTATAGTGCTTGGAAACAAGGTTGACATAGGTGGA
GGGAGCACTAGAGTGGTCTCTGAGACGAAAGCAGCTGACTGGTGTGCTTCAAATGGTAAC
ATACCCTATTTCGAGACATCAGCTAAAGAAGACTACAATGTTGATGAGGCTTTCTTTACC
ATTGCCAAAACCGCTCTTGCCAACGAGAATGATCAGGACATATACTTCCAAGGCATACCA
GTTGCAGTGACTGAAAACGAGCCAAAAGGGGGTGGTTGCGCTTGCTGAACTGTGGATTTG
AACATTCTTTTGCGTTCGTTTTTGATACATTTGCTCGTTATTCATTGAAAGTTGGTGTAC
TCTTTGAGGATTTCAGAACGATAAGCTTGTAGAATCAATCTTTTCAGCTATTCCATCATG
TATTAATTCGAT*GGAGGAGTCTGTATGATCAAA*TCGATTCTGCT

QA 2 767 2 767
DS 

RD RR3CG74JQ 749 0 0
ATGAATCAATATGTGCATAACAAGTTTAGTCAACAGTATAAAGCGACTATTGGTGCTGAT
TTCGTGACCAAGGAGCTTCAGATTGGGGATAAGCTTGTTACTCTCCAGATTTGGGATACT
GCTGGACAAGAGAGGTTCCAGAGTCTTGGTGCTGCGTTTTACAGAGGTGCAGATTGTTGC
GCTTTGGTTTATGATGTCAACGTGGCCAAGTCCTTTGACTCCCTCGAAACTTGGCATGAG
GAGTTTCTTAAACAGGCAAGTCCAGCGGATCCAAAGACATTTCCGTTTATAGTGCTTGGA
AACAAGGTTGACATAGGTGGAGGGAGCACTAGAGTGGTCTCTGAGACGAAAGCAGCTGAC
TGGTGTGCTTCAAATGGTAACATACCCTATTTCGAGACATCAGCTAAAGAAGACTACAAT
GTTGATGAGGCTTTCTTTACCATTGCCAAAACCGCTCTTGCCAACGAGAATGATCAGGAC
ATATACTTCCAAGGCATACCAGTTGCAGTGACTGAAAACGAGCCAAAAGGGGGTGGTTGC
GCTTGCTGAACTGTGGATTTGAACATTCTTTTGCGTTCGTTTTTGATACATTTGCTCGTT
ATTCATTGAAGGTTGGTGTACTCTTTGAGGATTTCAGAACGATAAGCTTGTAGAATCAAT
CTTTTCAGCTATTCCATCATGTATTAATTTGATTGGAGGAGTCTGTATGATCAAAATCGA
TTCTGCTGGATACATTTTGTTATTTTCGG

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 3

CO CL3583Contig1 877 3 8 U
GGTAGGAACAAAAACCATTTTGCATTACATGCATCATGACTTCCATTTCATTGATAACAT
ATATAGACACAAATAAAGTTTGAGTACTGGAGACATTATTACAAAGACTGAAAATTATTT
GGTGGCAAAGAAAGAATTAAAAGCCTCCTTGTTTTGAAGCATGCTAATTGTGAGTTGAGT
CTCCTTGCCCAATATCGCTGGTGAATTAGAAACTATAAGATATATATATAAGAGAATGGA
TTTATCACAGTGTGGTGGGTTGGTCTCCTTCAAGCTCTGATATAACAATCAACGAGTCTG
TCATTTCGAGTGAGATAGGTTCTGTCTTTGGAACTGGATTGATTATCTTTTTACCGCCTT
TTATGTAGCCTATAGCGACTTCTTTCCTTAACCATGCTCGCTCTGATAGCTCAGTGAATG
AAGGGTTCTCTCCATCTTTCATGTATAGCTCAATGTCCTTTATGTAAATCTCATCGCCTT
CTGCATTTAGAATGTCCTTCCACACCTCGTTCAATTCGCTGTTTCCAGCAACTTGTGCTG
TTACAAGGCTCATCACTTCCTCTACCGCTATGTAAGTTAGAGACGGTTTGATTCTCGTTA
TCTGCTTGCCGAGTTTTGAATCAACTATTTCAGAGGCTAGATTTTGTACATTTACTCCAA
GCTTGTTGCAGAGGCTTTCAGCAAGAAGAAGAGAGTAAGCGGATTGTGTGTCTGCTCTAG
ATGGATCTCTAAGAAGCCATTCTTTATCAGATATTACAAGGATAGATAGAGGAATAGCTT
CTTCATCTTTTTGGTATTTAGTTTGCATATGCATTATAGTTTCTTCTAATGTATCATAGT
TCATCGGATTCCAAACCCGATGGGAAACTTGTATGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY13JQ U 1
AF RR3BY63JQ U 31
AF RR3BY63TF C 134
BS 1 111 RR3DY13JQ
BS 112 112 RR3BY63JQ
BS 113 226 RR3DY13JQ
BS 227 227 RR3BY63JQ
BS 228 567 RR3DY13JQ
BS 568 568 RR3BY63JQ
BS 569 630 RR3DY13JQ
BS 631 877 RR3BY63TF

RD RR3DY13JQ 630 0 0
GGTAGGAACAAAAACCATTTTGCATTACATGCATCATGACTTCCATTTCATTGATAACAT
ATATAGACACAAATAAAGTTTGAGTACTGGAGACATTATTACAAAGACTGAGAATTATTT
GGTGGCAAAGAAAGAATTAAAAGCCTCCTTGTTTTGAAGCATGCTAATTGTGAGTTGAGT
CTCCTTGCCCAATATCGCTGGTGAATTAGAAACTATAAGATATATACATAAGAGAATGGA
TTTATCACAGTGTGGTGGGTTGGTCTCCTTCAAGCTCTGATATAACAATCAACGAGTCTG
TCATTTCGAGTGAGATAGGTTCTGTCTTTGGAACTGGATTGATTATCTTTTTACCGCCTT
TTATGTAGCCTATAGCGACTTCTTTCCTTAACCATGCTCGCTCTGATAGCTCAGTGAATG
AAGGGTTCTCTCCATCTTTCATGTATAGCTCAATGTCCTTTATGTAAATCTCATCGCCTT
CTGCATTTAGAATGTCCTTCCACACCTCGTTCAATTCGCTGTTTCCAGCAACTTGTGCTG
TTACAAGGCTCATCACTTCCTCTACCGATATGTAAGTTAGAGACGGTTTGATTCTCGTTA
TCTGCTTGCCGAGTTTTGAATCAACTATTT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3BY63JQ 606 0 0
GCATCATGACTTCCATTTCATTGATAACATATATAGACACAAATAAAGTTTGAGTACTGG
AGACATTATTACAAAGACTGAAAATTATTTGGTGGCAAAGAAAGAATTAAAAGCCTCCTT
GTTTTGAAGCATGCTAATTGTGAGTTGAGTCTCCTTGCCCAATATCGCTGGTGAATTAGA
AACTATAAGATATATATATAAGAGAATGGATTTATCACAGTGTGGTGGGTTGGTCTCCTT
CAAGCTCTGATATAACAATCAACGAGTCTGTCATTTCGAGTGAGATAGGTTCTGTCTTTG
GAACTGGATTGATTATCTTTTTACCGCCTTTTATGTAGCCTATAGCGACTTCTTTCCTTA
ACCATGCTCGCTCTGATAGCTCAGTGAATGAAGGGTTCTCTCCATCTTTCATGTATAGCT
CAATGTCCTTTATGTAAATCTCATCGCCTTCTGCATTTAGAATGTCCTTCCACACCTCGT
TCAATTCGCTGTTTCCAGCAACTTGTGCTGTTACAAGGCTCATCACTTCCTCTACCGCTA
TGTAAGTTAGAGACGGTTTGATTCTCGTTATCTGCTTGCCGAGTTTTGAATCAACTATTT
CAGAAG

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3BY63TF 744 0 0
GAAAAATTAAAAGCTCTTG
TTTGAAGCATGCTAATTGTGAGTTGAGTCTC*TTGCCCAATATCGCTGGTGAATTAGAAA
CTATAAGATATATATATAAGAGAATGGATTTATCACAGTGTGGTGGGTTGGTCTCCTTCA
AGCTCTGATATAACAATCAACGAGTCTGTCATTTCGAGTGAGATAGGTTCTGTCTTTGGA
ACTGGATTGATTATCTTTTTACCGCCTTTTATGTAGCCTATAGCGACTTCTTTCCTTAAC
CATGCTCGCTCTGATAGCTCAGTGAATGAAGGGTTCTCTCCATCTTTCATGTATAGCTCA
ATGTCCTTTATGTAAATCTCATCGCCTTCTGCATTTAGAATGTCCTTCCACACCTCGTTC
AATTCGCTGTTTCCAGCAACTTGTGCTGTTACAAGGCTCATCACTTCCTCTACCGCTATG
TAAGTTAGAGACGGTTTGATTCTCGTTATCTGCTTGCCGAGTTTTGAATCAACTATTTCA
GAGGCTAGATTTTGTACATTTACTCCAAGCTTGTTGCAGAGGCTTTCAGCAAGAAGAAGA
GAGTAAGCGGATTGTGTGTCTGCTCTAGATGGATCTCTAAGAAGCCATTCTTTATCAGAT
ATTACAAGGATAGATAGAGGAATAGCTTCTTCATCTTTTTGGTATTTAGTTTGCATATGC
ATTATAGTTTCTTCTAATGTATCATAGTTCATCGGATTCCAAACCCGATGGGAAACTTGT
ATGTC

QA 20 744 20 744
DS 



AS 1 3

CO CL3584Contig1 931 3 5 U
GTCGAGAGAAAAGCCAGTGCTCGTTGATGTAAGGCCTGAGGCCTTGAGAGAGAAAGATGG
AATCCCTGATCTGCGGAGAGGAGCTCGTTTCCGATATTCTAGTGTGACACTGCCTGAGGT
TGCCGGTGATGTTAAACGGCTACTGAGAGGTGGAAGAGAAGTTGAAGATGCATTGGCGGC
AGTTATCATCAAGAATTTGAAAGCAGTTCAGGATAGGTCCAAGGTCATTGTTATGGATGC
TGATGGAACTCGCTCTAAGGACATTGCAAGAGCCTTGAGAAAACTTGGGATTAAGAGGCC
ATACTTGGTGCAAGGTGGGTTTAGATCATGGGTTAAAGAAGGTCTTCGTGTGAAAGAACC
AAAACCTGAGACAACACTTACCATCCTCAACGAGGAAGCTGAGGCGATCCTTGAGGAAAT
AAACCCTTCTCCATTGCAAGTAGCTGGAGTTGGTGTGGGGGTTTTGGCAGGATCATACGC
TTTGTTTGAGTGGGAGAAAACACTGCAACTCATAGCTGTCATTGGCCTTGGTTTGACTAT
ATACCAACGTCTTGCTTCCTATGATGACTCGGAAGACTTCAAGCAAGACGTCAGGCAATT
GTTTGCACCGGTGAAACTTGGAGCTCAGGCTTTCTCATGGGCTGCAGGAAAGCTTGAGAC
AAATGGTGTTGGCCTCCCAACTTCACCTTCTTCCTCAGATGTCCGAAGCCGGGTTTTGCA
GGCTGCTGCTAAGCATGAATCTCAGCCGTCTGATGATACTTCTGAAGGTCTCCAAGATGC
ATTATCATCATCATCTTCCTCAGAAGAAGCTTTAAACAACGTTGATGTCTCAGAAGCCTA
AAGGCTCCAAATTTTAATTTATTGTTCATTGTAACTGCCAATAAATACTTTGTTGGTCTC
TTGGAACCGTTAATGTTCATAATCGTTACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3ES07TF U 1
AF RR3E451TF U 145
AF RR3E451JQ C 188
BS 1 260 RR3ES07TF
BS 261 261 RR3E451TF
BS 262 625 RR3ES07TF
BS 626 703 RR3E451TF
BS 704 931 RR3E451JQ

RD RR3ES07TF 625 0 0
GTCGAGAGAAAAGCCAGTGCTCGTTGATGTAAGGCCTGAGGCCTTGAGAGAGAAAGATGG
AATCCCTGATCTGCGGAGAGGAGCTCGTTTCCGATATTCTAGTGTGACACTGCCTGAGGT
TGCCGGTGATGTTAAACGGCTACTGAGAGGTGGAAGAGAAGTTGAAGATGCATTGGCGGC
AGTTATCATCAAGAATTTGAAAGCAGTTCAGGATAGGTCCAAGGTCATTGTTATGGATGC
TGATGGAACTCGCTCTAAGGGCATTGCAAGAGCCTTGAGAAAACTTGGGATTAAGAGGCC
ATACTTGGTGCAAGGTGGGTTTAGATCATGGGTTAAAGAAGGTCTTCGTGTGAAAGAACC
AAAACCTGAGACAACACTTACCATCCTCAACGAGGAAGCTGAGGCGATCCTTGAGGAAAT
AAACCCTTCTCCATTGCAAGTAGCTGGAGTTGGTGTGGGGGTTTTGGCAGGATCATACGC
TTTGTTTGAGTGGGAGAAAACACTGCAACTCATAGCTGTCATTGGCCTTGGTTTGACTAT
ATACCAACGTCTTGCTTCCTATGATGACTCGGAAGACTTCAAGCAAGACGTCAGGCAATT
GTTTGCACCGGTGAAACTTGGAGCT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3E451TF 559 0 0
GAGAGGTGGAAGAGAAGTTGAAGATGCATTGGCGGCAGTTATCATCAAGAATTTGAAAGC
AGTTCAGGATAGGTCCAAGGTCATTGTTATGGATGCTGATGGAACTCGCTCTAAGGACAT
TGCAAGAGCCTTGAGAAAACTTGGGATTAAGAGGCCATACTTGGTGCAAGGTGGGTTTAG
ATCATGGGTTAAAGAAGGTCTTCGTGTGAAAGAACCAAAACCTGAGACAACACTTACCAT
CCTCAACGAGGAAGCTGAGGCGATCCTTGAGGAAATAAACCCTTCTCCATTGCAAGTAGC
TGGAGTTGGTGTGGGGGTTTTGGCAGGATCATACGCTTTGTTTGAGTGGGAGAAAACACT
GCAACTCATAGCTGTCATTGGCCTTGGTTTGACTATATACCAACGTCTTGCTTCCTATGA
TGACTCGGAAGACTTCAAGCAAGACGTCAGGCAATTGTTTGCACCGGTGAAACTTGGAGC
TCAGGCTTTCTCATGGGCTGCAGGAAAGCTTGAGACAAATGGTGTTGGCCTCCCAACTTC
ACCTTCTTCCTCAGATGTC

QA 1 559 1 559
DS 

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ACTCGCTCTAAGGACATTGCAAGAGCCTTGAGAAAACTTGGGATTAAGAGGCCATACTTG
GTGCAAGGTGGGTTTAGATCATGGGTTAAAGAAGGTCTTCGTGTGAAAGAACCAAAACCT
GAGACAACACTTACCATCCTCAACGAGGAAGCTGAGGCGATCCTTGAGGAAATAAACCCT
TCTCCATTGCAAGTAGCTGGAGTTGGTGTGGGGGTTTTGGCAGGATCATACGCTTTGTTT
GAGTGGGAGAAAACACTGCAACTCATAGCTGTCATTGGCCTTGGTTTGACTATATACCAA
CGTCTTGCTTCCTATGATGACTCGGAAGACTTCAAGCAAGACGTCAGGCAATTGTTTGCA
CCGGTGAAACTTGGAGCTCAGGCTTTCTCATGGGCTGCAGGAAAGCTTGAGACAAATGGT
GTTGGCCTCCCAACTTCACCTTCTTCCTCAGATGTCCGAAGCCGGGTTTTGCAGGCTGCT
GCTAAGCATGAATCTCAGCCGTCTGATGATACTTCTGAAGGTCTCCAAGATGCATTATCA
TCATCATCTTCCTCAGAAGAAGCTTTAAACAACGTTGATGTCTCAGAAGCCTAAAGGCTC
CAAATTTTAATTTATTGTTCATTGTAACTGCCAATAAATACTTTGTTGGTCTCTTGGAAC
CGTTAATGTTCATAATCGTTACGC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 3

CO CL3585Contig1 1034 3 3 U
CTGAAAAATAACCAAAAGTACATGACTAAAGAACCTAAAATAAGAAATAAAGCCCTAATG
GAAGAGGGACCCAAATAAGAGTTAGTAAATCTTGACGTGGCAAGTGCAGCGAAGTAGGGG
AAGGAAGTAGCGATCGTCGTAAAATCCCAAAATGACATCAAAACACTCATTTCTCATGTT
GACGAAAATGTTGCAGCATTGGTCAGTTACACGAAATCTCCCTGTGTAGTAACTTAGCTC
TATCTGTTGCTTACATACTGCAAACGGCCCAAATTCGGCCATGCAGTTAATGAAATGTAC
CCACGGATTCCAATTCTGATAATGAGGCCATGGAGTTGATGGCGTTGTTGGCTCTTTTGG
AGGAGATTGTGCTGGGATTGATTCGTGTGGCGGTGGTGGAGAGGGAATGATCAGAGTGGA
GGTTTTAGGAAGTGGGGGAGACTGATTTGGAGTCAGAGATGATGGGTTAGGAGGTGGAGG
AGACTTTTTTAAAGCTGGACCCGGAGGTGATGGTGTAGGTGATGGCGGAGACGTTTTAGG
AGTCGGTGGAGGGGATTGTTTATAAGGCGGAGGAGACTTTTTTGGAGCTGGAGGCGGAGG
TGAGGGTTTAGGAGGCGGAGGTGATTGTTTAGGAGGCGGAAGAGATGGGTTAGGAGGTGG
AGGAGACTTCTTTGGAGTTGGACGTGGAGGTGAGGGTTTAAGTGGTGGCGGAGCCGTCTT
AGGAGCCGCGGGAGATGACGGAGTTGTTGGCTTTCGTGAGGGTGGTTGAGGAGGTGAAGG
GTAACTAATAGAAATGGCGGCTCCAGATCCGTTGTTATGGGTACATTTCCATACTTTGGA
ATCTCCGAAATTGAATTTACCAGCGTATAAGTGGGGTTGTGGTTGGCCGGCATTCATCAG
CTTCTCCTCATTAGAGACTTCTGAAGGTTTTGGCCAAACTCCCATCGCTGTGGACGGTGG
AACAATGACACAGAGGAGAGCTACGACGACGATAATGAGGCTTTTCATTGTTGACTGTGT
GCGAAATGAATCCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU31JQ U 1
AF RR3FP35JQ U 1
AF RR3FP35TF C 347
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BS 654 1034 RR3FP35TF

RD RR3EU31JQ 457 0 0
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GAAGAGGGACCCAAATAAGAGTTAGTAAATCTTGACGTGGCAAGTGCAGCGAAGTAGGGG
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GACGAAAATGTTGCAGCATTGGTCAGTTACACGAAATCTCCCTGTGTAGTAACTTAGCTC
TATCTGTTGCTTACATACTGCAAACGGCCCAAATTCGGCCATGCAGTTAATGAAATGTAC
CCACGGATTCCAATTCTGATAATGAGGCCATGGAGTTGATGGCGTTGTTGGCTCTTTTGG
AGGAGATTGTGCTGGGATTGATTCGTGTGGCGGTGGTGGAGAGGGAATGATCAGAGTGGA
GGTTTTAGGAAGTGGGGGAGACTGATTTGGAGTCAGA

QA 1 457 1 457
DS 

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AAGGAAGTAGCGATCGTCGTAAAATCCCAAAATGACATCAGAACACTCATTTCTCATGTT
GACGAAAATGTTGCAGCATTGGTCAGTTACACGAAATCTCCCTGTGTAGTAACTTAGCTC
TATCTGTTGCTTACATACTGCAGACGGCCCAAATTCGGCCATGCAGTTAATGAAATGTAC
CCACGGATTCCAATTCTGATAATGAGGCCATGGAGTTGATGGCGTTGTTGGCTCTTTTGG
AGGAGATTGTGCTGGGATTGATTCGTGTGGCGGTGGTGGAGAGGGAATGATCAGAGTGGA
GGTTTTAGGAAGTGGGGGAGACTGATTTGGAGTCAGAGATGATGGGTTAGGAGGTGGAGG
AGACTTTTTTAAAGCTGGACCCGGAGGTGATGGTGTAGGTGATGGCGGAGACGTTTTAGG
AGTCGGTGGAGGGGATTGTTTATAAGGCGGAGGAGACTTTTTTGGAGCTGGAGGCGGAGG
TGAGGGTTTAGGAGGCGGAGGTGATTGTTTAGGAGGCGGAAGAGATGGGTTAG

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3FP35TF 688 0 0
GTTGGCTCTTTTGGAGGAGATTGTGCTGGGATTGATTCGTGTGGCGGTGGTGGAGAGGGA
ATGATCAGAGTGGAGGTTTTAGGAAGTGGGGGAGACTGATTTGGAGTCAGAGATGATGGG
TTAGGAGGTGGAGGAGACTTTTTTAAAGCTGGACGCGGAGGTGATGGTGTAGGTGATGGC
GGAGACGTTTTAGGAGTCGGTGGAGGGGATTGTTTATAAGGCGGAGGAGACTTTTTTGGA
GCTGGAGGCGGAGGTGAGGGTTTAGGAGGCGGAGGTGATTGTTTAGGAGGCGGAAGAGAT
GGGTTAGGAGGTGGAGGAGACTTCTTTGGAGTTGGACGTGGAGGTGAGGGTTTAAGTGGT
GGCGGAGCCGTCTTAGGAGCCGCGGGAGATGACGGAGTTGTTGGCTTTCGTGAGGGTGGT
TGAGGAGGTGAAGGGTAACTAATAGAAATGGCGGCTCCAGATCCGTTGTTATGGGTACAT
TTCCATACTTTGGAATCTCCGAAATTGAATTTACCAGCGTATAAGTGGGGTTGTGGTTGG
CCGGCATTCATCAGCTTCTCCTCATTAGAGACTTCTGAAGGTTTTGGCCAAACTCCCATC
GCTGTGGACGGTGGAACAATGACACAGAGGAGAGCTACGACGACGATAATGAGGCTTTTC
ATTGTTGACTGTGTGCGAAATGAATCCC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL3586Contig1 467 2 4 U
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GTCTCGATCTCACGACTCGTCGCGTAGTCTACTCCTCCCTCGGCGGCGCGTTCGCCGGTC
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GTATTGGATCTGCTTACACTGATTGTTCTCGCGTCTTTGATGCATCATCATCCTCTTCAG
CTTTGGTAGCTCCCGACAGTACAGAGACCTCTTCTTCTTCTTCTGTATCTCAGGTAGCGG
AAGAGTAAGAGAACGAGGAAGCTTTGAGGATGAACCCAAACAATTATTGATGGGTGTTTG
ATACAAGAGTTGTTACATTTCTTTTTTTTTTATGAAATGATCTTTGCAGGACATGGCTTT
TTTTTTGTAAGAGATGATATGCCATTTGTTAAACCTCTGCTTTTCAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G616TF U 1
AF RR3G616JQ C 1
BS 1 217 RR3G616TF
BS 218 218 RR3G616JQ
BS 219 268 RR3G616TF
BS 269 467 RR3G616JQ

RD RR3G616TF 271 0 0
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GTCTCGATCTCACGACTCGTCGCGTAGTCTACTCCTCCCTCGGCGGCGCGTTCGCCGGTC
TTCTCTTCTTCAGGAGTCCTGTGACGAGATGGGCGTCGATTGCGTTTGGTGCTGGACTCG
GTATTGGATCTGCTTACACTGATTGTTCTCGCGTCTT*GATGCATCATCATCCTCTTCAG
CTTTGGTAGCTCCCGACAGTACAGAGAC
CTC

QA 1 268 1 268
DS 

RD RR3G616JQ 467 0 0
TCGGGAGAATGGAGAAGAAGAGGAAAAGCGATGATGATGTCGACACCAAATGGGACGCGT
GTCTCGATCTCACGACTCGTCGCGTAGTCTACTCCTCCCTCGGCGGCGCGTTCGCCGGTC
TTCTCTTCTTCAGGAGTCCTGTGACGAGATGGGCGTCGATTGCGTTTGGTGCTGGACTCG
GTATTGGATCTGCTTACACTGATTGTTCTCGCGTCTTTGATGCATCATCATCCTCTTCAG
CTTTGGTAGCTCCCGACAGTACAGAGACCTCTTCTTCTTCTTCTGTATCTCAGGTAGCGG
AAGAGTAAGAGAACGAGGAAGCTTTGAGGATGAACCCAAACAATTATTGATGGGTGTTTG
ATACAAGAGTTGTTACATTTCTTTTTTTTTTATGAAATGATCTTTGCAGGACATGGCTTT
TTTTTTGTAAGAGATGATATGCCATTTGTTAAACCTCTGCTTTTCAG

QA 1 467 1 467
DS 



AS 1 2

CO CL3587Contig1 504 2 9 U
GGACTCTCCTCTTGCAGTCACCACCACTCTCCGTCTCTTCGGTCCATTTCTCCTCTCTCT
CTCGCCAAAGACACAAAGAAGTTTGTCTTTTGACTGGTCGTAACTCTCCTCTGGCCTTTT
CATTTGTCGACTTATCCTTGTCTGAGGTGTTACAAAAGAGGAGAATGGCAGGAGGGTGTG
CAATGAATTGTCATTTCTCGAGTGCTGTGAAGCTACGAAACGACATCGCTTCGTTGAGGC
CTCGCAGTCGAGACTTTGCCTTTGGAGGTTCGGTTAATAAGGAAATGAAAGTCCCTGTTT
TGAGGATTAAGGAGCAAAGGTCGAGGCTTTTGATGGTGGTGAACATGTCTCAGTCTCCCG
TTGAGCCGTCGTTATCTAGCGCTACTGAGCCAACGAAAGGAGGAGGGGTAGAAGAAGAAG
AAGGTGGTGGTGGTAAAGGCGACAATGCTGGAAGCTTAGGAGCTGATGAAGCGGAGAAAC
TTGTTGTAAGTGATGGTGGCGGCG


BQ
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0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BC78TF U 1
AF RR3AQ52TF U 1
BS 1 39 RR3AQ52TF
BS 40 40 RR3BC78TF
BS 41 78 RR3AQ52TF
BS 79 79 RR3BC78TF
BS 80 93 RR3AQ52TF
BS 94 94 RR3BC78TF
BS 95 420 RR3AQ52TF
BS 421 423 RR3BC78TF
BS 424 504 RR3AQ52TF

RD RR3BC78TF 479 0 0
GGACTCTCCTCTTGCAGTCACCACCACTCTCCGTCTCTTCGGTCCATTTCTCCTCTCTCT
CTCGCCAAAGACACAAAGAAGTTTGTCTTTTGACTGGTCGTAACTCTCCTCTGGCCTTTT
CATTTGTCGACTTATCCTTGTCTGAGGTGTTACAAAAGAGGAGAATGGCAGGAGGGTGTG
CAATGAATTGTCATTTCTCGAGTGCTGTGAAGCTACGAAACGACATCGCTTCGTTGAGGC
CTCGCAGTCGAGACTTTGCCTTTGGAGGTTCGGTTAATAAGGAAATGAAAGTCCCTGTTT
TGAGGATTAAGGAGCAAAGGTCGAGGCTTTTGATGGTGGTGAACATGTCTCAGTCTCCCG
TTGAGCCGTCGTTATCTAGCGCTACTGAGCCAACGAAAGGAGGAGGGGTAGAAGAAGAAG
AAGGTGGTGGTGGTAAAGGCGACAATGCTGGAAGCTTAGGAGCTGATGA
AGCGGAGAAA

QA 1 469 1 469
DS 

RD RR3AQ52TF 504 0 0
GGACTCTCCTCTTGCAGTCACCACCACTCTCCGTCTCTTTGGTCCATTTCTCCTCTCTCT
CTCGCCAAAGACACAAAGCAGTTTGTCTTTTGATTGGTCGTAACTCTCCTCTGGCCTTTT
CATTTGTCGACTTATCCTTGTCTGAGGTGTTACAAAAGAGGAGAATGGCAGGAGGGTGTG
CAATGAATTGTCATTTCTCGAGTGCTGTGAAGCTACGAAACGACATCGCTTCGTTGAGGC
CTCGCAGTCGAGACTTTGCCTTTGGAGGTTCGGTTAATAAGGAAATGAAAGTCCCTGTTT
TGAGGATTAAGGAGCAAAGGTCGAGGCTTTTGATGGTGGTGAACATGTCTCAGTCTCCCG
TTGAGCCGTCGTTATCTAGCGCTACTGAGCCAACGAAAGGAGGAGGGGTAGAAGAAGAAG
***GTGGTGGTGGTAAAGGCGACAATGCTGGAAGCTTAGGAGCTGATGAAGCGGAGAAAC
TTGTTGTAAGTGATGGTGGCGGCG

QA 1 504 1 504
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3589Contig1 884 3 2 U
GCAACCGGCGATCGATTACATGGCTTATTCATCAGCTATCATATTCAACACGGACAAAGA
CAGACCCATTATTTACAACACCATCCAGGCCTACTTGAGAGACGCAGGTGAGAGGTTGCA
CTTGGCCGTTCGAGAAGCCGAGAAAGAAGGTGTTCCTATGGGTCTTAAGTTGGTGAGAGG
CGCTTATATGTCTAGCGAAGCTGTATTAGCAGATTCCCTGGGACACAAGTCACCGGTCCA
CGACACAATTCAGAACACGCACGCTTGCTACAATGACTGCATGACCTTCCTAATGGAGAA
AGCATCCAACGGATCGGGTTTTGGTGTCGTTCTTGCAACACACAACGCTGATTCGGGAAG
ACTTGCATCAAGGAAGGCGAGTGAGCTCAACATCGATAAAAGGAACGGGAAGATAGAGTT
TGCGCAGCTATACGGTATGTCAGATGCATTGTCCTTCGGTTTAAAGAGAGCCGGTTTCAA
TGTAAGCAAATACATGCCATATGGACCGGTTGAAACCGCTATACCGTATCTTCTCCGACG
TGCTTATGAGAACCGCGGAATGATGGCCACGGGAGCCAATGACCGTCAGCTCATGAGGAT
GGAACTTAAGAGGAGACTAATTGCCGGGATTGCGTGAAGAGAAGAGTCTATGTCCTTGTG
GATGGAGCCACTAAATGGAATTGGGAAATGTAGATGAATAA*TTTCTTCTATATATGTAG
ATTATAAGAGAAAAAAAATATATTTTTAAAATGGAGTAGGGATGAATATTTCATTTCATG
TGGCTTTGTCGTAACCGGACTATATATATTTTACTTTTTGGGTCACATAATTATGTATTT
AATTATTTCATTATTATTCACCAATGTACATTCACCCTTCCTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE64TF U 85
AF RR3A890TF U 1
AF RR3A890JQ C 175
BS 1 793 RR3A890TF
BS 794 884 RR3A890JQ

RD RR3DE64TF 665 0 0
G
CAGGCCTACTTGAGAGACGCTGGTGAGAGGTTGCACTTGGCCGTTCGAGAAGCCGAGAGA
GAAGGTGTTCCTATGGGTTTTAAGTTGGTGAGAGGCGCTTATATGTCTAGCGAAGCTGTA
TTAGCAGATTCCCTGGGACACAAGTCACCGGTCCACGACACAATTCAGAACACGCACGCT
TGCTACAATGACTGCATGACCTTCCTAATGGAGAAAGCATCCAACGGATCGGGTTTTGGT
GTCGTTCTTGCAACACACAACGCTGATTCAGGAAGACTTGCATCAAGGAAGGCGAGTGAG
CTCAACATCAATAAAAAGGACGGGAAGATAGAGTTTGCGCAGCTATACGGTATGTCAGAT
GCATTGTCCTTCGGTTTAAAGAGA*CCGGTTTCAATGTAAGCAAATACATGCCATATGGA
CCGGTTGAAACCGCTATACCGTATCTTCTCCGACGTGCTTATGAGAACCGCGGAATGATG
GCCACGGGAGCCAATGACCGTCAACTCATGAGGATGGAACTTAAGAGGAGACTAATTGCC
GGGATTGCGTGAAGAGAAGAGTCTATGTCCTTATGGATGGAGCCATTAAATGGAATTGGG
AAATGTAGATGAATAAATTTCTTCTATATATGTAGATTATAAGAGAAAAAAAATAT
TTTAAAAA

QA 2 657 2 657
DS 

RD RR3A890TF 793 0 0
GCAACCGGCGATCGATTACATGGCTTATTCATCAGCTATCATATTCAACACGGACAAAGA
CAGACCCATTATTTACAACACCATCCAGGCCTACTTGAGAGACGCAGGTGAGAGGTTGCA
CTTGGCCGTTCGAGAAGCCGAGAAAGAAGGTGTTCCTATGGGTCTTAAGTTGGTGAGAGG
CGCTTATATGTCTAGCGAAGCTGTATTAGCAGATTCCCTGGGACACAAGTCACCGGTCCA
CGACACAATTCAGAACACGCACGCTTGCTACAATGACTGCATGACCTTCCTAATGGAGAA
AGCATCCAACGGATCGGGTTTTGGTGTCGTTCTTGCAACACACAACGCTGATTCGGGAAG
ACTTGCATCAAGGAAGGCGAGTGAGCTCAACATCGATAAAAGGAACGGGAAGATAGAGTT
TGCGCAGCTATACGGTATGTCAGATGCATTGTCCTTCGGTTTAAAGAGAGCCGGTTTCAA
TGTAAGCAAATACATGCCATATGGACCGGTTGAAACCGCTATACCGTATCTTCTCCGACG
TGCTTATGAGAACCGCGGAATGATGGCCACGGGAGCCAATGACCGTCAGCTCATGAGGAT
GGAACTTAAGAGGAGACTAATTGCCGGGATTGCGTGAAGAGAAGAGTCTATGTCCTTGTG
GATGGAGCCACTAAATGGAATTGGGAAATGTAGATGAATAA*TTTCTTCTATATATGTAG
ATTATAAGAGAAAAAAAATATATTTTTAAAATGGAGTAGGGATGAATATTTCATTTCATG
TGGCTTTGTCGTA

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3A890JQ 710 0 0
GAGAGGCGCTTATATGTCTAGCGAAGCTGTATTAGCAGATTCCCTGGGACACAAGTCACC
GGTCCACGACACAATTCAGAACACGCACGCTTGCTACAATGACTGCATGACCTTCCTAAT
GGAGAAAGCATCCAACGGATCGGGTTTTGGTGTCGTTCTTGCAACACACAACGCTGATTC
GGGAAGACTTGCATCAAGGAAGGCGAGTGAGCTCAACATCGATAAAAGGAACGGGAAGAT
AGAGTTTGCGCAGCTATACGGTATGTCAGATGCATTGTCCTTCGGTTTAAAGAGAGCCGG
TTTCAATGTAAGCAAATACATGCCATATGGACCGGTTGAAACCGCTATACCGTATTTTTT
CCGACGTGCTTATGAGAACCGCGGAATGATGGCCACGGGAGCCAATGACCGTCAGCTCAT
GAGGATGGAACTTAAGAGGAGACTAATTGCCGGGATTGCGTGAAGAGAAGAGTTTATGTC
CTTGTGGATGGAGCCACTAAATGGAATTGGGAAATGTAGATGAATAA*TTTTTTCTATAT
ATGTAGATTATAAGAGAAAAAAAATATATTTTTAAAATGGAGTAGGGATGAATATTTCAT
TTCATGTGGCTTTGTCGTAACCGGACTATATATATTTTACTTTTTGGGTCACATAATTAT
GTATTTAATTATTTCATTATTATTCACCAATGTACATTCACCCTTCCTTA

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 3

CO CL3590Contig1 1104 3 6 U
AAGAACAAGTGAATATCTCAATTGATAAAAAGTTTAGATAAATGAAAAGCAAAAGAAGGT
AAACATAACATCGCAACAAAAGAAACAGAAGAGCATAGATAGATATGCATTCTTGGTAGT
AACATCTCTCATAAGAATGCAAAAGCTAATTAATCGGAGGAATTTAACAACCAAAACAAA
GCTGAGATGAGTTTTTCACTTGGTGTACAACACATCTTCCCATGGGTGACGGTACAATGG
CTGCTTCAACCTCTTCTGATCAAAGGTGTGCCCAATCAGACCAATGGAACGAGCAAGAAC
AAAGAGACCGTTGAGGTAACCGATCTGAACAATCTCATCAATCTCTTGCTTAGTAAACAT
CCCACTTCCAGCTAGAAGGTCCAAGAAGAGAGAACCAATGGCTCCATCAACGTTGAGTAC
AAGGTTGTTGGCCTTTGAGAGTGTGTAGCTCTCCACTGTTACTGCGTACTCCATGTACTT
CACTGATGGGAAGTTAGACCTAGCAAATTTCTGGAGCAGCTCCACTCTCTTGTCTCTGTT
GTCTCTGCTCTTGATCCTGTGTCCAATCCCAGGGACTCTGATTCCCTTCTTCTTCATTCC
CTCAACGAACTCATAAGGTGTGAGGTTCCTGTCACAAGCGTCCTTGAAGTATCTAGCAGC
GTCATCAATGGCACCACCGAATCTAGGGCCAATGGTTAATAAACCTGAGACAAGACTTGA
GACGAGGTCTTTGCCTGCTCTTGCTGTCACAATGGTGTTGTGAGCGCCCGAGACGCATGG
ACCATGATCAGCACACAGCATTATGCACATCTCAATGAATTTCGTACAGTAACGAGGAAG
GCTGCGCTTGAACCATAGAAGGGAAATGACATCACCAACTCCTAAGCCTTGTTCGATGAT
GGAAGACATCGGAACGCCAGCATAGCATGGTTCCTCCCCTCTGTCATCAGAAATGGTGGA
GATGATGTGAGTAGGAGCCCTGACTTTCCCACTTTTGATTGCAGAACTCAGATCCTCGGG
GATCTGTGGAGGAGTGACTTCCTTAATAGGAGAGACCTTTCCTTCTTCAACCAGTTTCTC
AAAAGTCTCTTTGATTGCAGCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AM63JQ U 20
AF RR3CM34JQ U 1
AF RR3CM34TF C 400
BS 1 304 RR3CM34JQ
BS 305 305 RR3AM63JQ
BS 306 838 RR3CM34JQ
BS 839 839 RR3CM34TF
BS 840 853 RR3CM34JQ
BS 854 1104 RR3CM34TF

RD RR3AM63JQ 815 0 0
GT
TTGATAAAAAGTTTAGATAAATGAAAAGCAAAAGAAGGTAAACATAACATCGCAACAAAA
GAAACAGAAGAGCATAGATAGATATGCATTTTTGGTAGTAACATCTCTCATAAGAATGCA
AAAGCTAATTAATCGGAGGAATTTAACAACCAAAACAAAGCTGAGATGAGTTTTTCACTT
GGTGTACAACACATCTTCCCATGGGTGACGGTACAATGGCTGCTTCAACCTCTTCTGATC
AAAGGTGTGCCCAATCAGACCAATGGAACGAGCAAGAACAAAGAGACCGTTGAGGTAACC
GATCTGAACAATCTCATCAATCTCTTGCTTAGTAAACATCCCACTTCCAGCTAGAAGGTC
CAAGAAGAGAGAACCAATGGCTCCATCAACGTTGAGTACAAGGTTGTTGGCCTTTGAGAG
TGTGTAGCTCTCCACTGTTACTGCGTACTCCATGTACTTCACTGATGGGAAGTTAGACCT
AGCAAATTTCTGGAGCAGCTCCACTCTCTTGTCTCTGTTGTCTCTGCTCTTGATCCTGTG
TCCAATCCCAGGGACTCTGATTCCCTTCTTCTTCATTCCCTCAACGAACTCATAAGGTGT
GAGGTTCCTGTCACAAGCGTCCTTGAAGTATCTAGCAGCGTCATCAATGGCACCACCGAA
TCTAGGGCCAATGGTTAATAAACCTGAGACAAGACTTGAGACGAGGTCTTTGCCTGCTCT
TGCTGTCACAATGGTGTTGTGAGCGCCCGAGACGCATGGACCATGATCAGCACACAGCAT
TATGCACATCTCAATGAATTTCGTACAGTAACG

QA 3 815 3 815
DS 

RD RR3CM34JQ 859 0 0
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AAACATAACATCGCAACAAAAGAAACAGAAGAGCATAGATAGATATGCATTCTTGGTAGT
AACATCTCTCATAAGAATGCAAAAGCTAATTAATCGGAGGAATTTAACAACCAAAACAAA
GCTGAGATGAGTTTTTCACTTGGTGTACAACACATCTTCCCATGGGTGACGGTACAATGG
CTGCTTCAACCTCTTCTGATCAAAGGTGTGCCCAATCAGACCAATGGAACGAGCAAGAAC
AAAGGGACCGTTGAGGTAACCGATCTGAACAATCTCATCAATCTCTTGCTTAGTAAACAT
CCCACTTCCAGCTAGAAGGTCCAAGAAGAGAGAACCAATGGCTCCATCAACGTTGAGTAC
AAGGTTGTTGGCCTTTGAGAGTGTGTAGCTCTCCACTGTTACTGCGTACTCCATGTACTT
CACTGATGGGAAGTTAGACCTAGCAAATTTCTGGAGCAGCTCCACTCTCTTGTCTCTGTT
GTCTCTGCTCTTGATCCTGTGTCCAATCCCAGGGACTCTGATTCCCTTCTTCTTCATTCC
CTCAACGAACTCATAAGGTGTGAGGTTCCTGTCACAAGCGTCCTTGAAGTATCTAGCAGC
GTCATCAATGGCACCACCGAATCTAGGGCCAATGGTTAATAAACCTGAGACAAGACTTGA
GACGAGGTCTTTGCCTGCTCTTGCTGTCACAATGGTGTTGTGAGCGCCCGAGACGCATGG
ACCATGATCAGCACACAGCATTATGCACATCTCAATGAATTTCGTACAGTAACGAGGA*G
GCTGCGCTTGAAC
ATAGAA

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR3CM34TF 705 0 0
GGCTCCATCAACGTTGAGTACAAGGTTGTTGGC*TTTGAGAGTGTGTAGCTCTCCACTGT
TACTGCGTACTCCATGTACTTCACTGATGGGAAGTTAGAC*TAGCAAATTTCTGGAGCAG
CTCCACTCTCTTGTCTCTGTTGTCTCTGCTCTTGATCCTGTGTCCAATCCCAGGGACTCT
GATTCCCTTCTTCTTCATTCCCTCAACGAACTCATAAGGTGTGAGGTTCCTGTCACAAGC
GTCCTTGAAGTATCTAGCAGCGTCATCAATGGCACCACCGAATCTAGGGCCAATGGTTAA
TAAACCTGAGACAAGACTTGAGACGAGGTCTTTGCCTGCTCTTGCTGTCACAATGGTGTT
GTGAGCGCCCGAGACGCATGGACCATGATCAGCACACAGCATTATGCACATCTCAATGAA
TTTCGTACAGTAACGAGGAAGGCTGCGCTTGAACCATAGAAGGGAAATGACATCACCAAC
TCCTAAGCCTTGTTCGATGATGGAAGACATCGGAACGCCAGCATAGCATGGTTCCTCCCC
TCTGTCATCAGAAATGGTGGAGATGATGTGAGTAGGAGCCCTGACTTTCCCACTTTTGAT
TGCAGAACTCAGATCCTCGGGGATCTGTGGAGGAGTGACTTCCTTAATAGGAGAGACCTT
TCCTTCTTCAACCAGTTTCTCAAAAGTCTCTTTGATTGCAGCTTC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 3

CO CL3591Contig1 796 3 3 U
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TTTAAGACACAAAATCTCCTATTGAGCGGTGATTAATTTACAAATAGCAAGAAGCAAAGC
TTTCAAACAAGTTTAGTTTGTGAATGATAAGAAAAGGATCAGAGATACAGCCACGATGAG
CATGTCTCTCCTCTTCTTTTTTTTTCTTACTTTTTCTACTGCAGCAAAATCTGAGTTAGA
ACATTTGTATACATCACCTGTATAGTCTTCTGAGGTTAAAAAGGTATCCTCTTTTGCTTC
TTCATATAAATTTGACTATGGTTGGTTTCTTCGGTTTGTATTTTGTATAAGTTGATAACA
AAATGAGCTTTAGAGACTTCCGTTCTCAAAGCTCGATAGCCGTGAGTCTGACAGAACGCT
AAACAGTTGTGTGTCTACTAATAACTTAATGAAGGGTCGGTCTCTCCCAGGAAATGAATC
GATAAAACTGTCCTTTAGAAGTAAAGAAACCCTGTCGCTATTGGATTGAACACTTGTTAT
GGTGTGAGAGTGTAAGTCTGAGCAAAGAGACTCCATGTAATCTCTCATTACTCTCAAGAA
TTTAGTCGCGGCCTCTGCTTGTACTTCACTGCATTTATAAACCGGATGTTTTTTAGCAGT
CGAGCTATAGTGAGCCAGTGTGGCGTGGATTGGAGTCAACTGAGCCATAAGTTCTTTACG
CTGAGGCAATGTTGGCATGTTACATACTTTCACCTGATTGCCGAGGATGTTAACTAATAC
AAGATTAGACGTCTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB05JQ U 1
AF RR3CO75JQ U 1
AF RR3CB05TF C 11
BS 1 762 RR3CB05JQ
BS 763 785 RR3CO75JQ
BS 786 796 RR3CB05TF

RD RR3CB05JQ 762 0 0
GCAACACCAAAATCAAACACTTGAATTAAGCAAAAGGGTTTCCAAGTGTTCTGTACAACT
TTTAAGACACAAAATCTCCTATTGAGCGGTGATTAATTTACAAATAGCAAGAAGCAAAGC
TTTCAAACAAGTTTAGTTTGTGAATGATAAGAAAAGGATCAGAGATACAGCCACGATGAG
CATGTCTCTCCTCTTCTTTTTTTTTCTTACTTTTTCTACTGCAGCAAAATCTGAGTTAGA
ACATTTGTATACATCACCTGTATAGTCTTCTGAGGTTAAAAAGGTATCCTCTTTTGCTTC
TTCATATAAATTTGACTATGGTTGGTTTCTTCGGTTTGTATTTTGTATAAGTTGATAACA
AAATGAGCTTTAGAGACTTCCGTTCTCAAAGCTCGATAGCCGTGAGTCTGACAGAACGCT
AAACAGTTGTGTGTCTACTAATAACTTAATGAAGGGTCGGTCTCTCCCAGGAAATGAATC
GATAAAACTGTCCTTTAGAAGTAAAGAAACCCTGTCGCTATTGGATTGAACACTTGTTAT
GGTGTGAGAGTGTAAGTCTGAGCAAAGAGACTCCATGTAATCTCTCATTACTCTCAAGAA
TTTAGTCGCGGCCTCTGCTTGTACTTCACTGCATTTATAAACCGGATGTTTTTTAGCAGT
CGAGCTATAGTGAGCCAGTGTGGCGTGGATTGGAGTCAACTGAGCCATAAGTTCTTTACG
CTGAGGCAATGTTGGCATGTTACATACTTTCACCTGATTGCC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3CO75JQ 785 0 0
GCAACACCAAAATCAAACACTTGAATTAAGCAAAAGGGTTTCCAAGTGTTCTGTACAACT
TTTAAGACACAAAATCTCCTATTGAGCGGTGATTAATTTACAAATAGCAAGAAGCAAAGC
TTTCAAACAAGTTTAGTTTGTGAATGATAAGAAAAGGATCAGAGATACAGCCACGATGAG
CATGTCTCTCCTCTTCTTTTTTTTTCTTACTTTTTCTACTGCAGCAAAATCTGAGTTAGA
ACATTTGTATACATCACCTGTATAGTCTTCTGAGGTTAAAAAGGTATCCTCTTTTGCTTC
TTCATATAAATTTGACTATGGTTGGTTTCTTCGGTTTGTATTTTGTATAAGTTGATAACA
AAATGAGCTTTAGAGACTTCCGTTCTCAAAGCTCGATAGCCGTGAGTCTGACAGAACGCT
AAACAGTTGTGTGTCTACTAATAACTTAATGAAGGGTCGGTCTCTCCCAGGAAATGAATC
GATAAAACTGTCCTTTAGAAGTAAAGAAACCCTGTCGCTATTGGATTGAACACTTGTTAT
GGTGTGAGAGTGTAAGTCTGAGCAAAGAGACTCCATGTAATCTCTCATTACTCTCAAGAA
TTTAGTCGCGGCCTCTGCTTGTACTTCACTGCATTTATAAACCGGATGTTTTTTAGCAGT
CGAGCTATAGTGAGCCAGTGTGGCGTGGATTGGAGTCAACTGAGCCATAAGTTCTTTACG
CTGAGGCAATGTTGGCATGTTACATACTTTCACCTGATTGCCGAGGATGTTAACTAATAC
AAGAT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3CB05TF 786 0 0
AATCAAACACT*GAATTAAGCAAA*GGGTTTCCAAGTGT*CTGTACAACTTT*AAGACAC
AAAATCTCCTATTGAGCGGTGATTAATTTACAAATAGCAAGAAGCAAAGCTTTCAAACAA
GTTTAGTTTGTGAATGATAAGAAAAGGATCAGAGATACAGCCACGATGAGCATGTCTCTC
CTCTTCTTTTTTTTTCTTACTTTTTCTACTGCAGCAAAATCTGAGTTAGAACATTTGTAT
ACATCACCTGTATAGTCTTCTGAGGTTAAAAAGGTATCCTCTTTTGCTTCTTCATATAAA
TTTGACTATGGTTGGTTTCTTCGGTTTGTATTTTGTATAAGTTGATAACAAAATGAGCTT
TAGAGACTTCCGTTCTCAAAGCTCGATAGCCGTGAGTCTGACAGAACGCTAAACAGTTGT
GTGTCTACTAATAACTTAATGAAGGGTCGGTCTCTCCCAGGAAATGAATCGATAAAACTG
TCCTTTAGAAGTAAAGAAACCCTGTCGCTATTGGATTGAACACTTGTTATGGTGTGAGAG
TGTAAGTCTGAGCAAAGAGACTCCATGTAATCTCTCATTACTCTCAAGAATTTAGTCGCG
GCCTCTGCTTGTACTTCACTGCATTTATAAACCGGATGTTTTTTAGCAGTCGAGCTATAG
TGAGCCAGTGTGGCGTGGATTGGAGTCAACTGAGCCATAAGTTCTTTACGCTGAGGCAAT
GTTGGCATGTTACATACTTTCACCTGATTGCCGAGGATGTTAACTAATACAAGATTAGAC
GTCTTC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL3592Contig1 635 2 7 U
GGTCGAGCAACCGCTAAAACCACTACCTCTACTTGTTTCCGCTACTCTTCCGCCATTTTC
ACTCAGCTGCTTGCTTGTTAGCTAAAAATATGGGAAGCGATACAGAAGCAGAGAAGTCGA
TTCAAAAGGAGAAGAAGAAGGTCATCTCCCTTGCTCCTATCGCTAAACCTCTCGCCGGGA
AGAAGCTCCAGAAGAGGACATTCAAGCTCATTCAAAAAGCTGCTGGAAAGAAGTGTCTGA
AGAGAGGCGTTAAGGAAGTGGTTAAGAGCATTCGACGTGGTCAGAAAGGAATATGTGTTA
TAGCTGGAAACATATCTCCCATCGATGTGATTACCCATGTTCCAATCTTGTGCGAGGAAG
CTGGTATTCCTTACATCTACGTTCCATCAAAAGAGGATCTTGCGCAAGCCGGTGCTACAA
AACGACCAACTTGTTGTGTCTTGGTCATGCTTAAACCTGCAAAAGGAGAGCTAAGTGCAG
AGGATCTCGAAAAGTTGAAGTCAGACTACGAACAAGTCGCTGATGATGTTAAAGAGCTTT
CATCATCTGTAATCTGAATCAGAAAACACACGAACATGTGTTTCTACTTATTTGGTTTGT
TGCTTAATGAATATGATGAGATTTTAATGCCTGGG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3CU37TF U 1
AF RR3CV32TF U 2
BS 1 103 RR3CU37TF
BS 104 104 RR3CV32TF
BS 105 145 RR3CU37TF
BS 146 146 RR3CV32TF
BS 147 228 RR3CU37TF
BS 229 229 RR3CV32TF
BS 230 635 RR3CU37TF

RD RR3CU37TF 635 0 0
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TTCAAAAGGAGAAGAAGAAGGTCATTTCCCTTGCTCCTATCGCTAAACCTCTCGCCGGGA
AGAAGCTCCAGAAGAGGACATTCAAGCTCATTCAAAAAGCTGCTGGAAGGAAGTGTCTGA
AGAGAGGCGTTAAGGAAGTGGTTAAGAGCATTCGACGTGGTCAGAAAGGAATATGTGTTA
TAGCTGGAAACATATCTCCCATCGATGTGATTACCCATGTTCCAATCTTGTGCGAGGAAG
CTGGTATTCCTTACATCTACGTTCCATCAAAAGAGGATCTTGCGCAAGCCGGTGCTACAA
AACGACCAACTTGTTGTGTCTTGGTCATGCTTAAACCTGCAAAAGGAGAGCTAAGTGCAG
AGGATCTCGAAAAGTTGAAGTCAGACTACGAACAAGTCGCTGATGATGTTAAAGAGCTTT
CATCATCTGTAATCTGAATCAGAAAACACACGAACATGTGTTTCTACTTATTTGGTTTGT
TGCTTAATGAATATGATGAGATTTTAATGCCTGGG

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3CV32TF 633 0 0
GGG
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AGCTGCTTTCTTGTTAGCTAAAAATATGGGAAGCGATACAGAAGCAGAGAAGTCGATTCA
AAAGGAGAAGAAGAAGGTCATCTCCCTTGCTCCTATCGCTAAACCTCTCGCCGGGAAGAA
GCTCCAGAAGAGGACATTCAAGCTCATTCAAAAAGCTGCTGGAAAGAAGTGTCTGAAGAG
AGGCGTTAAGGAAGTGGTTAAGAGCATTCGACGTGGTCAGAAAGGAATATGTGTTATAGC
TGGAAACATATCTCCCATCGATGTGATTACCCATGTTCCAATCTTGTGCGAGGAAGCTGG
TATTCCTTACATCTACGTTCCATCAAAAGAGGATCTTGCGCAAGCCGGTGCTACAAAACG
ACTAACTTGTTGTGTCTTGGTCATGCTTAAACCTGCAAAAGGAGAGCTAAGTGCAGAGGA
TCTCGAAAAGTTGAAGTCAGACTACGAACAAGTCGCTGATGATGTTAAAGAGCTTTCATC
ATCTGTAATCTGAATCAGAAAACACACGAACATGTGTTTCTACTTATTTGGTTTGTTGCT
TAATGAATATGATGAGATTTTAATGCC
AAA

QA 4 630 4 630
DS 



AS 1 3

CO CL3593Contig1 999 3 8 U
GCTCTCTCTTTCTCTCTAATCTCTGCAAAATCGTTTCGTATTGGCTGGAGCCTGGATCGG
CATAAGAAGGATCGATCTGGCGTTCGTGCATCTGTAGCTGTTGCCGACTCAGCGGATCCC
TGCTCTTGAATTTTGTAGATTCCTTCCGTCATCTCAGTTGCGTTTTCCGGGTGATCGTCC
GTCCGTTTGTAATCAGTGGAAACCCAAAAAAAAAAAAAAAGTAGATCTGGGAATTGTTTT
AGAATTTTGCTTTGGATATTTGATTACTTTTGCAACCACCAGTTTTAGGAATCATTCGTG
TTAGGCAGCAGCCATGTTCTATGGCACAGCAGTATGGGATCCTTGGCTTATCGTTGGCCA
GATTATATGCCTTCAGTGCTCCTTCTATCTCTCCCTCGGAGTCTTCATGGTTCTCTTTCT
TGGCCTTCGTGTTCCTCGCCTTAGCCTTGTCTACTTCTTCGATTACGCTACTCTCACCAC
TTCAACCGTCACCGGCTGGTGTGTCATTGCCTCTTTCCTCTTCACTTCCCTTGCAGTGGC
TGTGTACATGATATTTGTGGTGGAGCGAGCGCGGAAATGCCTAGATTTCTCTGCAACTCT
CTATATCATACATCTCTACTTGTGCATCCTCAATGGTGGATGGCCTTCCTCTATGGCATG
GTGGGTTGTTAATGGCACCGGGCTTGCTGTTATGGCGTTGCTAGCTGAGTACCTCTGCAT
TAAACGCGAGCAGCGTGAGATTCCTATGGATCGTTTCCATTCAAGGGTTTGATGGTTGGT
GTGTATGGAGAACAAGTGATGTATGTACAGAGATGAGAATTGGGCAAAAGAAGTGTTTGG
ACTACTACCTCTGCCTGCAGCTTTAGTCACTTTGAACTTTTTAACACATTGGAACACGTT
TCTTTGTTGCATCCTATGAAAAAAACACCATTAGACTCTTGAATGCTTTGAAGTTGCTTC
GTGCTACAGTTTGTTATCGTCTAATTCATTTTTGCAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL95TF U 1
AF RR3DW13TF U 16
AF RR3CL95JQ C 244
BS 1 60 RR3CL95TF
BS 61 61 RR3DW13TF
BS 62 216 RR3CL95TF
BS 217 219 RR3DW13TF
BS 220 240 RR3CL95TF
BS 241 241 RR3DW13TF
BS 242 717 RR3CL95TF
BS 718 999 RR3CL95JQ

RD RR3CL95TF 717 0 0
GCTCTCTCTTTCTCTCTAATCTCTGCAAAATCGTTTCGTATTGGCTGGAGCCTGGATCGG
TATAAGAAGGATCGATCTGGCGTTCGTGCATCTGTAGCTGTTGCCGACTCAGCGGATCCC
TGCTCTTGAATTTTGTAGATTCCTTCCGTCATCTCAGTTGCGTTTTCCGGGTGATCGTCC
GTCCGTTTGTAATCAGTGGAAACCCAAAAAAAAAAA***AGTAGATCTGGGAATTGTTTT
GGAATTTTGCTTTGGATATTTGATTACTTTTGCAACCACCAGTTTTAGGAATCATTCGTG
TTAGGCAGCAGCCATGTTCTATGGCACAGCAGTATGGGATCCTTGGCTTATCGTTGGCCA
GATTATATGCCTTCAGTGCTCCTTCTATCTCTCCCTCGGAGTCTTCATGGTTCTCTTTCT
TGGCCTTCGTGTTCCTCGCCTTAGCCTTGTCTACTTCTTCGATTACGCTACTCTCACCAC
TTCAACCGTCACCGGCTGGTGTGTCATTGCCTCTTTCCTCTTCACTTCCCTTGCAGTGGC
TGTGTACATGATATTTGTGGTGGAGCGAGCGCGGAAATGCCTAGATTTCTCTGCAACTCT
CTATATCATACATCTCTACTTGTGCATCCTCAATGGTGGATGGCCTTCCTCTATGGCATG
GTGGGTTGTTAATGGCACCGGGCTTGCTGTTATGGCGTTGCTAGCTGAGTACCTCTG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3DW13TF 694 0 0
GG
AATCTCTGCAAAATCGTTTCGTATTGGCTGGAGCCTGGATCGGCATAAGAAGGATCGATC
TGGCGTTCGTGCATCTGTAGCTGTTGCCGACTCAGTGGATCCCTGCTCTTGAATTTTGTA
GATTCCTTCCGTCATCTCAGTTGCGTTTTCCGGGTGATCGTCCGTCCGTTTGTAATCAGT
GGAAACCCAAAAAAAAAAAAAAAGTAGATCTGGGAATTGTTTTAGAATTTTGCTTTGGAT
ATTTGATTACTTTTGCAACCACCAGTTTTAGGAATCATTCGTGTTAGGCAGCAGCCATGT
TCTATGGCACAGCAGTATGGGATCCTTGGCTTATCGTTGGTCAGATTATATGCCTTCAGT
GCTCCTTCTATCTCTCCCTCGGAGTCTTCATGGTTCTCTTTCTTGGCCTTCGTGTTCCTC
GCCTTAGCCTTGTCTACTTCTTCGATTACGCTACTCTCACCACTTCAACCGTCACCGGCT
GGTGTGTCATTGCCTCTTTCCTCTTCACTTCCCTTGCAGTGGCTGTGTACATGATATTTG
TGGTGGAGCGAGCGCGGAAATGCCTAGATTTCTCTGCAACTCTCTATATCATACATCTCT
ACTTGTGCATCCTCAATGGTGGATGGCCTTCCTCTATGGCATGGTGGGTTGTTAATGGCA
CCGGGCTTGCTGTTATGGCGTTGCTAGCTGAG

QA 3 694 3 694
DS 

RD RR3CL95JQ 756 0 0
ATTTTGCTTTGGATATTTGATTACTTTTGCAACCACCAGTTTTAGGAATCATTCGTGTTA
GGCAGCAGCCATGTTCTATGGCACAGCAGTATGGGATCCTTGGCTTATCGTTGGCCAGAT
TATATGCCTTCAGTGCTCCTTCTATCTCTCCCTCGGAGTCTTCATGGTTCTCTTTCTTGG
CCTTCGTGTTCCTCGCCTTAGCCTTGTCTACTTCTTCGATTACGCTACTCTCACCACTTC
AACCGTCACCGGCTGGTGTGTCATTGCCTCTTTCCTCTTCACTTCCCTTGCAGTGGCTGT
GTACATGATATTTGTGGTGGAGCGAGCGCGGAAATGCCTAGATTTTTCTGCAACTCTCTA
TATCATACATCTCTACTTGTGCATCCTCAATGGTGGATGGCCTTCCTCTATGGCATGGTG
GGTTGTTAATGGCACCGGGCTTGCTGTTATGGCGTTGCTAGCTGAGTACCTCTGCATTAA
ACGCGAGCAGCGTGAGATTCCTATGGATCGTTTCCATTCAAGGGTTTGATGGTTGGTGTG
TATGGAGAACAAGTGATGTATGTACAGAGATGAGAATTGGGCAAAAGAAGTGTTTGGACT
ACTACCTCTGCCTGCAGCTTTAGTCACTTTGAACTTTTTAACACATTGGAACACGTTTCT
TTGTTGCATCCTATGAAAAAAACACCATTAGACTCTTGAATGCTTTGAAGTTGCTTCGTG
CTACAGTTTGTTATCGTCTAATTCATTTTTGCAAAA

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 3

CO CL3594Contig1 1071 3 21 U
GGGGTCACCAATCTGAACACAAAACCTCTAATCCCGGCGTTTCGCTCACCAATTTCCTCA
CATGGTCTACTACTCCTTCACTATCTCGTCTCCATCTAGCAAAACCCAGAAATCTTACCT
CTTACTGCTCCGCTACTACCCAAGAGCCAATCCTCGAGTCTTCTTCTTCTTCTTCTGAAG
AGATTTCGAAAACCAGATTGATTGCTCAAAACGTTCCTTGGACCTCTACACCCGAAGACA
TAAGGTCGCTGTTCGAGAAGTACGGCAATGTCGTCGACGTTGAGATGTCTATGCACAAGA
AGGAAAGGAACCGAGGTTTGGTTTTCATTGAGATGGCTTCTCCTGAAGAAGCTGCATCAG
CTCTTCAAGCTCTCGAATCCTATGAATATGAGGGTCGTCGTTTGAAGGTAGCCTATGCAA
AGGCCAAAAAGAAGAAAACTTATGCTCCTCTTGAGAAGCCTACGCCGGTGCCTACCTTCA
ATTTGTTTGTTGCAAACTTGGCGTTTGAAGCAAGGGCCAAGCATCTTAAGGAGTTCTTTG
ATGCAGACACTGGTAACGTTGTCTCCACTGAAGTTATATTCCATGAAAATCCCAGGAGGT
CGAGTGGTTACGGCTTTGTCTCTTTCAAAACCAAGAAAATGGCCGATGCAGCGCTCCTTG
AGTTCCAAGGAAAGGATTTCATGGGAAGACCAATCCGATTAGCTCGTAGCAAACAGTTTG
TGAAGTTGCAAGCAAAAGAAGGGTTGCAGCCACCTGATGAAGAGGAACCATCTGAGTCTG
AGACAATGACCCAAGAGGACGAAATTCCGGCTCCGGAAAACTGAGAAGTCTGTGTTGCAG
GATTATTTGGGGTTGGGTATCGGAATTGAAGAGAAAACTTTGAGCTTTTGACAAACAAGA
GGAGCGGATACATTACCACTACCAACCTTGAGTAAGTGGTGCAGAAGTAAGAAGTACAAG
AACGATCTAGTTAGAACAAAACCCATGTGGCTCTAAGAACTTGTTTTGTTAAGTTAACAC
AATGTTCTTATTTTTCTATTGGTTTTGATAGAAAATTTTGCATTTGTTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CE95TF U 1
AF RR3GU79TF U 228
AF RR3GU79JQ C 239
BS 1 259 RR3CE95TF
BS 260 261 RR3GU79TF
BS 262 349 RR3CE95TF
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BS 594 608 RR3CE95TF
BS 609 840 RR3GU79TF
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BS 903 933 RR3GU79TF
BS 934 1071 RR3GU79JQ

RD RR3CE95TF 608 0 0
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CATGGTCTACTACTCCTTCACTATCTCGTCTCCATCTAGCAAAACCCAGAAATCTTACCT
CTTACTGCTCCGCTACTACCCAAGAGCCAATCCTCGAGTCTTCTTCTTCTTCTTCTGAAG
AGATTTCGAAAACCAGATTGATTGCTCAAAACGTTCCTTGGACCTCTACACCCGAAGACA
TAAGGTCGCTGTTCGAGAAACACGGCAATGTCGTCGACGTTGAGATGTCTATGCACAAGA
AGGAAAGGAACCGAGGTTTGGTTTTCATTGAGATGGCTTCTCCTGAAGATGCTGCATCAG
CTCTTCAAGCTCTCGAATCCTTTGAATATGAGGGTCGTCGTTTGAAGGTAGCCTATGCAA
AGGCCAAAAAGAAGAAAACTTATGCTCCTCGTGAGAAGCCTACGCCGGTGCCTACCTTCA
ATTTGTTTGTTGCAAGCTTGTCGTTTGAAGCAAGGGCCAAGCATCTTAAGGAGTTCTTTG
ATGCAGACACTGGTAACGTTGTCTCCACTGAAGTTATATTCCATGAAAATCCTAGGAGGT
CGAGTGGT

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3GU79TF 706 0 0
G
CACCCGAAGACATAAGGTCGCTGTTCGAGAAGTACGGCAATGTCGTCGACGTTGAGATGT
CTATGCACAAGAAGGAAAGGAACCGAGGTTTGGTTTTCATTGAGATGGCTTCTCCTGAAG
AAGCTGCATCAGCTCTTCAAGCTCTCGAATCCTATGAATATGAGGGTCGTCGTTTGAAGG
TAGCCTATGCAAAGGCCAAAAAGAAGAAAACTTATGCTCCTCTTGAGAAGCCTACGCCGG
TGCCTACCTTCAATTTGTTTGTTGCAAACTTGGCGTTTGAAGCAAGGGCCAAGCATCTTA
AGGAGTTCTTTGATGCAGACACTGGTAACGTTGTCTCCACTGAAGTTATATTCCATGAAA
ATCCCAGGAGGTCGAGTGGTTACGGCTTTGTCTCTTTCAAAACCAAGAAAATGGCCGATG
CAGCGCTCCTTGAGTTCCAAGGAAAGGATTTCATGGGAAGACCAATCCGATTAGCTCGTA
GCAAACAGTTTGTGAAGTTGCAAGCAAAAGAAGGGTTGCAGCCACCTGATGAAGAGGAAC
CATCTGAGTCTGAGACAATGACCCAAGAGGACGAAATTCCGGCTCCGGAAAACTGAGAAG
TCTGTGTTGCAG*ATTATTTGGGGTTGGGTATCGGAATTGAAGAGAAAACTTTGAGCTTT
TGACAAACAAGAG*AGCGGATACATTACCACTACCAACCTTGAGT

QA 2 706 2 706
DS 

RD RR3GU79JQ 833 0 0
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GAAGGAAAGGAACCGAGGTTTGGTTTTCATTGAGATGGCTTCTCCTGAAGAAGCTGCATC
AGCTCTTCAAGCTCTCGAATCCTATGAATATGAGGGTCGTCGTTTGAAGGTAGCCTATGC
AAAGGCCAAAAAGAAGAAAACTTATGCTCCTCTTGAGAAGCCTACGCCGGTGCCTACCTT
CAATTTGTTTGTTGCAAACTTGGCGTTTGAAGCAAGGGCCAAGCATCTTAAGGAGTTCTT
TGATGCAGACACTGGTAACGTTGTCTCCACTGAAGTTATATTCCATGAAAATCCCAGGAG
GTCGAGTGGTTACGGCTTTGTCTCTTTCAAAACCAAGAAAATGGCCGATGCAGCGCTCCT
TGAGTTCCAAGGAAAGGATTTCATGGGAAGACCAATCCGATTAGCTCGTAGCAAACAGTT
TGTGAAGTTGCAAGCAAAAGAAGGGTTGCAGCCACCTGATGAAGAGGAACCATCTGAGTC
TGAGACAATGACCCAAGAGGACGAAATTCCGGCTCCGGAAAACTGAGAAGTCTGTGTTGC
AGGATTATTTGGGGTTGGGTATCGGAATTGAAGAGAAAACTTTGAGCTTTTGACAAACAA
GAGGAGCGGATACATTACCACTACCAACCTTGAGTAAGTGGTGCAGAAGTAAGAAGTACA
AGAACGATCTAGTTAGAACAAAACCCATGTGGCTCTAAGAACTTGTTTTGTTAAGTTAAC
ACAATGTTCTTATTTTTCTATTGGTTTTGATAGAAAATTTTGCATTTGTTACT

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

CO CL3595Contig1 377 2 3 U
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CCCAAAGATCCAACCGGTGGACATCCAGGCCGCCGTAGGATGGGGTGTCGCCGCCGTAGC
CGGCGCCATCTGGGTCGTCCAACCATTTGATTGGATAAAGAAGACGTTCATCGATAAACC
TGCACCTGAAGAGAAATGATGGATCAACAAGATGTAGACTTTCTTTGCTGCGATGTGACT
GAATAAGTTTTGGGTTTTTATTTCTGGGGCTTTGTGGTTTTATGTCTTCAGTGTAGACTT
TTTTTGTCAGTCTCAAATGTAATAACACAAGAAAAAACCACTCCAAGTTATCAGAAAAGA
GAGCCCATTTGGTTTTC


BQ
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AF RR3AO53JQ C 1
AF RR3AO53TF U 1
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BS 13 366 RR3AO53TF
BS 367 377 RR3AO53JQ

RD RR3AO53JQ 377 0 0
GGGATATCAAGCGAGAGAGAGAGACATCGAAGCAGTGATGCCAGGACGTGTGCCCAAGCT
CCCAAAGATCCAACCGGTGGACATCCAGGCCGCCGTAGGATGGGGTGTCGCCGCCGTAGC
CGGCGCCATCTGGGTCGTCCAACCATTTGATTGGATAAAGAAGACGTTCATCGATAAACC
TGCACCTGAAGAGAAATGATGGATCAACAAGATGTAGACTTTCTTTGCTGCGATGTGACT
GAATAAGTTTTGGGTTTTTATTTCTGGGGCTTTGTGGTTTTATGTCTTCAGTGTAGACTT
TTTTTGTCAGTCTCAAATGTAATAACACAAGAAAAAACCACTCCAAGTTATCAGAAAAGA
GAGCCCATTTGGTTTTC

QA 1 377 1 377
DS 

RD RR3AO53TF 377 0 0
GGGATATCAAGC
GAGAGAGAGAGACATCGAAGCAGTGATGCCAGGACGTGTGCCCAAGCTCCCAAAGATCCA
ACCGGTGGACATCCAGGCCGCCGTAGGATGGGGTGTCGCCGCCGTAGCCGGCGCCATCTG
GGTCGTCCAACCATTTGATTGGATAAAGAAGACGTTCATCGATAAACCTGCACCTGAAGA
GAAATGATGGATCAACAAGATGTAGACTTTCTTTGCTGCGATGTGACTGAATAAGTTTTG
GGTTTTTATTTCTGGGGCTTTGTGGTTTTATGTCTTCAGTGTAGACTTTTTTTGTCAGTC
TCAAATGTAATAACACAAGAAAAAACCACTCCAAGTTATCAGAAAAGAGAGCCC
ATTTGGTTTTC

QA 13 366 13 366
DS 



AS 1 2

CO CL3596Contig1 961 2 18 U
GATAACGGAGATTCAGCTGTAACTTCTGGAAACTTCTTTGAGGTCCTTACTTCTTCAGAG
CTATACAAGAACACCAAGGTTCGAGATATCTCTGGAACATTCAGATGGGCACCTTTCCTT
GCTCTGCAGAAAGAGAACTCCTTCTTAACCATGTTGTTGCTTCTTTCCAAGTACAAAATG
AAGAGCATCCCAGTGGTTGATCTAGGGGAAGCAAAGATTGAGAACATAATCACACAGTCA
GGAGTTATCCATATGCTAGCAGAATGCGCCGGGCTTCACTGGTTTGAAGATTGGGGAGTC
AAAACTCTATCTGAAGTCGGTCTTCCCACTATGTCAAAAGATCATATCATAAAGATTTAT
GAAGATGAACCAGTACTTCAGGCGTTCAAGCTGATGAGGAGAAAGAGAATCGGAGGCTTA
CCCGTTGTTGAAAGACAAACTGAGAAGCCAGTAGGCAACATTAGCCTTAGAGATGTCCAC
TTTCTCCTCACTGCACCAGAGATCTACCATGACTACAGGTCAATCACAACGAAGAACTTC
TTAGTAGCGGTTAGAGAGCATCTGGAGAAGCATGGAGATACCTCAGCACCTATCTTGAGT
GGTGTCATTGCTTGCACTAAGAACCATACGCTGAAGGAACTGATTTTGATGCTAGACGCA
GAGAAGATCCATAGGATGTATGTGGTGGATGATTCAGGTAACCTGGAAGGACTCATCACT
CTCAGAGACATCATAGCAAGACTTGTACATGAGCCACCTGGCTATTTTGGTGATTTCTTT
GACGGTGTTATGCCTCTACCTCAGAACTACCGAGTCTGAGAAATGCTTTCTTTCTTTCTT
TGTGTAGACTTGTCTTTGGTTTCGTTATGCTTGTCTGTATGTTTGTGCGAAAGTTCATGA
ATTTGTGTTTAAACGTTCTAACATAAAATAATAAATGAAGAAAGAGTCAAGTCTTTGAGC
G


BQ
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10 

AF RR3G250TF U 1
AF RR3A272JQ C 177
BS 1 266 RR3G250TF
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BS 736 765 RR3G250TF
BS 766 961 RR3A272JQ

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GAAGATGAACCAGTACTTCAGGCGTTCAAGCTGATGAGGAGAAAGAGAATCGGAGGCTTA
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TTAGTAGCGGTTAGGGAGCATCTGGAGAAGCATGGAGATACTTCAGCACCTATCTTGAGT
GGTGTCATTGCTTGCACTAAGAACCATACGTTGAAGGAACTGATTTTGATGCTAGACGCA
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DS 

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TTATGAAGATGAACCAGTTCTTCAGGCGTTCAAGCTGATGAGGAGAAAGAGAATCGGAGG
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CCACTTTCTCCTCACTGCACCAGAGATCTACCATGACTACAGGTCAATCACAACGAAGAA
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CTTTGACGGTGTTATGCCTCTACCTCAGAACTACCGAGTCTGAGAAATGCTTTCTTTCTT
TCTTTGTGTAGACTTGTCTTTGGTTTCGTTATGCTTGTCTGTATGTTTGTGCGAAAGTTC
ATGAATTTGTGTTTAAACGTTCTAACATAAAATAATAAATGAAGAAAGAGTCAAGTCTTT
GAGCG

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL3597Contig1 1309 2 2 U
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CGATTCCCCCTCATAAAGCTCTCCTTAATCAATCATACACGATCTCCATTCAATCGTGCT
TTCGGAATCATTCTTCAATCGTTCAGAACATGGCTAACAATATGTTCTTCCTCTCCGATC
TCCAGACTGGCCGTTCTTCCTCCTCCGTTCAAGTTCGCCTGCTCCGATTTTGGGAGGCCA
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ATGTGTACAGGCTGGCATGTTAGCTCTTCTTCGCGATGCCACAGAGGTGCAAACTTCACC
AGCTTATAAAGGATCGTATCAACAATAGTTTGATGGCTTATTGAATAAGTTAATACATTC
TTTTTCGACCATTTTTCCTCATAACATGCCTTTATTAAGTTTGTAGTTCCCATCACTCCT
TACTCTTCATATTTCTACTACACTAGCAGCAACTGTTTATTGAAGAATTTCAGTGGAAAC
ATCAAATGGGAGTCCACAACATCTTAATAAACCTCATGGTTGAGGAACCTGTTTACATGG
CACCACAAGGAGAAAGGAAAAGTAGAGGCTGGCATGGACATAGAGAAATCGACAAGGAAG
ATTTTGAGACAAAGCTGAACATAACAAGCACTACGCTCAACGTCACACAAGAAGTTGTAT
TCTTTTGAAGTAGACCTTGAAAAGGCAACATTTATGGTGCAGATCACTTCAGCTTCAGTT
AGAAGGGAGGAGATATTGTAATGGCTTCTGCAAAATTATCAATGTCGAAAGCAGGTACCG
ACTTACAGAAGCAACTAGAAGCGTACAAGCAACACAGTGAAATTTCCAGGTGTTCTCTCC
ATGGAAGTATAGAACATTTGCGTCAAAAGGTTCGCCCTACAAAGCAAGGATAACAATCTT
AGAGTTATTCATGATGGTGGTAGAAATTATGCATTGATTGTGTGCGAACAAGTGAAATCC
AAATCTGAGAAGATGGAAATTTTTCCAAAATATGTAGAAACAAAGATAATGCTTCTGAAT
GAAGCTGCCTGCTGCTGTTCAATATAAAAAAAAGAGTGAGCATCAAGAATGTTTACTATG
TAATAATACAAACAAAGATATGAATTTTTGTTTAAGAACCTTTGTTTGTGTGTCTATAGC
AAGATTGGGAAAAAACCCGTGATCCTTATATCATCTCCTCTTAATTTTTTGTATTTTCGC
CAACTTTGATAAAAAGTTACGTTAATCAATTTATTTAAAATTATAAAAT


BQ
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AF RR3AM92JQ C 512
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TTCAG

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CATTGATTGTGTGCGAACAAGTGAAATCCAAATCTGAGAAGATGGAAATTTTTCCAAAAT
ATGTAGAAACAAAGATAATGCTTCTGAATGAAGCTGCCTGCTGCTGTTCAATATAAAAAA
AAGAGTGAGCATCAAGAATGTTTACTATGTAATAATACAAACAAAGATATGAATTTTTGT
TTAAGAACCTTTGTTTGTGTGTCTATAGCAAGATTGGGAAAAAACCCGTGATCCTTATAT
CATCTCCTCTTAATTTTTTGTATTTTCGCCAACTTTGATAAAAAGTTACGTTAATCAATT
TATTTAAAATTATAAAAT

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 3

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TCCCTCGTTTCACTTCTTCTCCAAGCTGGTCTGATAATAATGAATCGAGGAGGCTAGGAG
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CATCGAGGTGCTTTTCCACCGTTGGAGAGTCTGTTCCTCAAGGATTTCCTGTGTCAGCTC
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TCGTAAAAGGAATTGTGATAGCAAGGCGTAATGCTGGTCTTAACTCTACGTTTAGGATTA
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GGGAGATTAAGGTGTTGGACAAGAAGAGGGTAAGAAGAGCGAAACTCTACTACCTTAGGG
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TGATGACTTAGCATTGAGTCATATATTGGACTCTGTAATGTTATGAATAATGATGGATCC
AGCTTTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CT74TF U 1
AF RR3AM35TF U 153
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DS 

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AA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3AM35JQ 736 0 0
AGGG
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AGGCCCGGTTACATTGTGCGACTAAAAGTGGAAGTGCCTGAGAACAAGAGGCGTGTTTCA
ATCGTAAAAGGAATTGTGATAGCAAGGCGTAATGCTGGTCTTAACTCTACGTTTAGGATT
AGAAGGCTTGTGGCTGGAGTGGGAGTCGAATCCATGTTCCCTTTGTATTCTCCAAACCTG
AGGGAGATTAAGGTGTTGGACAAGAAGAGGGTAAGAAGAGCGAAACTCTACTACCTTAGG
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ATGATGACTTAGCATTGAGTCATATATTGGACTCTGTAATGTTATGAATAATGATGGATC
CAGCTTTTGATC

QA 5 736 5 736
DS 



AS 1 3

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CATCACCTTCTCATTCCCTTAACCACTCAAGATCGCTGCCTGAACCGCCGCGCCATAAGC
AACAGCTTCATCGGGGTTAATGCTTTTACAAAGCTCCTTCCCGTTAAAAAAGTCTTGCAA
AAGCTGCTGCACTTTAGGGATCCTAGTGGAGCCGCCAACGAGTACAATGTCGTGTACGTC
GCTCTTACCCATATTAGCGTCTTTCAAACACTTCTCCACTGGCTTCACACACTTCATGAA
AAGATTCATATTAAGCTCCTCGAACCTCTCACGTGTGATGGTTGTGAAGAAGTCAATCCC
TTCGTAGAGAGAGTCTATCTCTATCGTCGTCTCAGCCGCTGAAGAAAGAGTCCTCTTGGC
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GTACTTCCTCTTAAACTCTTTAACACATTGATTCACCATGCTGTTATCAAAGTCCTCACC
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AAGAGAGACATCGAAAGTACCACCTCCGAGGTCAAAGATGAGAACATTCTTCTCGCCGAC
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ACGCATCACGTTGAGACCGGAGATGACTCCAACGTCTTTGGTGGCCTGACGCTGAGAGTC
GCTGAAGCAAGCGGGGACTGTGACGACTGCGTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FJ45JQ U 1
AF RR3CC75JQ U 93
AF RR3CC75TF C 284
BS 1 542 RR3FJ45JQ
BS 543 543 RR3CC75JQ
BS 544 551 RR3FJ45JQ
BS 552 552 RR3CC75JQ
BS 553 636 RR3FJ45JQ
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BS 638 746 RR3FJ45JQ
BS 747 934 RR3CC75JQ
BS 935 935 RR3CC75TF

RD RR3FJ45JQ 746 0 0
ATGTGAAACATCTCAGAACCATCTTGACAACATATTCATCTTTATCAAAGACTTGTTATT
ATAAAGTAAAGAAAAGAAAAGGGGCCTTAAATCAGCTAAAAATACATCACTCAAGGCTTG
GAACAATTGGTTTACAGAGTAATAATAATACATTATTTTCTCTCTATCATAGATCTTGAT
CATCACCTTCTCATTCCCTTAACCACTCAAGATCGCTGCCTGAACCGCCGCGCCATAAGC
AACAGCTTCATCGGGGTTAATGCTTTTACAAAGCTCCTTCCCGTTAAAAAAGTCTTGCAA
AAGCTGCTGCACTTTAGGGATCCTAGTGGAGCCGCCAACGAGTACAATGTCGTGTACGTC
GCTCTTACCCATATTAGCGTCTTTCAAACACTTCTCCACTGGCTTCACACACTTCATGAA
AAGATTCATATTAAGCTCCTCGAACCTCTCACGTGTGATGGTTGTGAAGAAGTCAATCCC
TTCGTAGAGAGAGTCTATCTCTATCGTCGTCTCAGCCGCTGAAGAAAGAGTCCTCTTGGC
TCTCTCGCAAGCAGTCCTCAGCCTCCCGAGAGCTATCGGGTCACCGGTAATGTCCTTCTT
GTACTTCCTCTTAAACTCTTTAACACATTGATTCACAATGCTGTTATCAAAGTCCTCACC
ACCGAGGTGAGCGTCACCAGCCGTCGCAATCACTTCAAAGATACCTTCTGCAATGGCGAG
AAGAGAGACATCGAAAGTACCACCTC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3CC75JQ 842 0 0
CAGCTAAAAATACATCACTCAAGGCTTGGAACAATTGGTTTACAGAGTAATAATAATACA
TTATTTTCTCTCTATCATAGATCTTGATCATCACCTTCTCATTCCCTTAACCACTCAAGA
TCGCTGCCTGAACCGCCGCGCCATAAGCAACAGCT*CATCGGGGTTAATGCTTTTACAAA
GCTCCTTCCCGTTAAAAAAGTCTTGCAAAAGCTGCTGCACTTTAGGGATCCTAGTGGAGC
CGCCAACGAGTACAATGTCGTGTACGTCGCTCTTACCCATATTAGCGTCTTTCAAACACT
TCTCCACTGGCTTCACACACTTCATGAAAAGATTCATATTAAGCTCCTCGAACCTCTCAC
GTGTGATGGTTGTGAAGAAGTCAATCCCTTCGTAGAGAGAGTCTATCTCTATCGTCGTCT
CAGCCGCTGAAGAAAGAGTCCTCTTGGCTCCCTCGCAAGTAGTCCTCAGCCTCCCGAGAG
CTATCGGGTCACCGGTAATGTCCTTCTTGTACTTCCTCTTAAACTCTTTAACACATTGAT
TCACCATGCTGTTATCAAAGTCCTCACCACCGAGGTGAGCGTCACCAGCCGTCGCAATCA
CTTCAAAGATACCTTCTGCAATGGCGAGAAGAGAGACATCGAAAGTACCACCTCCGAGGT
CAAAGATGAGAACATTCTTCTCGCCGACACTAGACGCCTTCTTGTCAAGACCGTACGCAA
TAGCGGCAGCTATCGGCTCGTCGATGATACGCATCACGTTGAGACCGGAGATGACTCCAA
CGTCTTTGGTGGCCTGACGCTGAGAGTCGCTGAAGCAAGCGGGGACTGTGACGACTGCGT
TC

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR3CC75TF 652 0 0
CGTTAAAAAGTC
TGCAAAAGCTGCTGCACTTTAGGGATC*TAGTGGAGCCGCCAACGAGTACAATGTCGTGT
ACGTCGCTCTTACCCATATTAGCGTCTTTCAAACACTTCTCCACTGGCTTCACACACTTC
ATGAAAAGATTCATATTAAGCTCCTCGAACCTCTCACGTGTGATGGTTGTGAAGAAGTCA
ATCCCTTCGTAGAGAGAGTCTATCTCTATCGTCGTCTCAGCCGCTGAAGAAAGAGTCCTC
TTGGCTCCCTCGCAAGTAGTCCTCAGCCTCCCGAGAGCTATCGGGTCACCGGTAATGTCC
TTCTTGTACTTCCTCTTAAACTCTTTAACACATTGATTCACCATGCTGTTATCAAAGTCC
TCACCACCGAGGTGAGCGTCACCAGCCGTCGCAATCACTTCAAAGATACCTTCTGCAATG
GCGAGAAGAGAGACATCGAAAGTACCACCTCCGAGGTCAAAGATGAGAACATTCTTCTCG
CCGACACTAGACGCCTTCTTGTCAAGACCGTACGCAATAGCGGCAGCTATCGGCTCGTCG
ATGATACGCATCACGTTGAGACCGGAGATGACTCCAACGTCTTTGGTGGCCTGACGCTGA
GAGTCGCTGAAGCAAGCGGGGACTGTGACGACTGCGTTCC

QA 13 652 13 652
DS 



AS 1 3

CO CL3600Contig1 1073 3 8 U
GGGTTCTCTATTTCTTCTGAATCCGAGGAGCAGAGAGCGAGAAGAAGCTGTAAAACCCTA
GAAGTAGAACAATGGTGAAGCTCACAGCTGATTTGATCTGGAACAGTCCTCACTTCTTCA
ATGCCATCAAGGAGCGAGAGTTGGAGCTAAGAGGCAACAAGATTCCTGTAATCGAGAACT
TGGGTGCTACCGAGGACCAGTTCGATACAATAGATCTGTCTGATAATGAGATAGTTAAGC
TGGAAAACTTCCCACTTCTCAACCGGTTAGGGACTCTGATTGTAAATAACAATCGGATCA
CTCGGATAAACCCTAACATTGGAGAGTTCCTACCGAAGCTGCACACTTTGGTTCTTACGA
ACAACAGGCTTGTGAATTTGGTTGAGATCGATCCCCTTGCCTCAATACCGAAGCTTCAGT
ACCTTAGTTTATTGGATAATAATATCACCAAAAAGCCGAATTATCGCCTTTATGTGATTC
ACAAGCTTAAATCGCTTCGGGTACTGGATTTCATTAAAGTCAAAGACAAGGAGAGAGCTG
AAGCTGCGGCTTTGTTTTCATCTAAGGAAGCAGAAGAAGAGGTTAAGAAGGTATCTCAGC
AGGAGGTTCAAAAAGTGTCGGATACTACAGAAGATGCAGAGGCTCCTAAAGTTGTGGCCC
CAACACAGGAGCAAATTTTAGCAATCAAGGCTGCAATTATCAATTCCCAGACGATAGAAG
AAATTGCCAGACTCGAACAGGCTTTGAAGTTTGGCCAGGTTCCCGCAGGCCTGATAGTTC
CTGATCCTGCATCTGGTGTTAATGACGGTTCTGGTCCTATGGAGGAATAGAAAGTGTAGC
TACTGCTCGAATGCTCAAATTTATCGTCTGACAAGCTTCACGGTTCTGTAAGGTTTCTGT
CACTTCCTTAGGAGAATTTGTAATGTACTTCTGCTCAAGAGCATCTGTTTTGAACCGTTG
AAAAGAATGACAAAAGAAGATTGTAATCTTTAACCTGCATTTGCAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGGCTGCACACAGATTTTACCAATGCTGTTTTTGCATTTTAGTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3D182TF U 31
AF RR3GJ11TF U 1
AF RR3EG95JQ C 467
BS 1 321 RR3GJ11TF
BS 322 322 RR3D182TF
BS 323 403 RR3GJ11TF
BS 404 404 RR3D182TF
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BS 408 743 RR3GJ11TF
BS 744 1073 RR3EG95JQ

RD RR3D182TF 705 0 0
GAGCAGAGAGCG
AGAAGCTGTAAAACCCTAGAAGTAGAACAATGGTGAAGCTCACAGCTGATTTGATCTGGA
ACAGTCCTCACTTCTTCAATGCCATCAAGGAGCGAGAGTTGGAGCTAAGAGGCAACAAGA
TTCCTGTAATCGAGAACTTGGGTGCTACCGAGGACCAGTTCGATACAATAGATCTGTCTG
ATAATGAGATAGTTAAGCTGGAAAACTTCCCACTTCTCAACCGGTTAGGGACTCTGATTG
TAAATAACAATCGGATCACTCGGATAAACCCTAACATTGGAGAGTTCCTACCGAAGCTGC
ACACTTTGGTTCTTACGAACAACAGGCTTGTGAATTTGGTTGAGATCGATCCCCTTGCCT
CAATACCGAAGCTTCAGTACCTTAGTTTATTGGATAATAATATCACCAAGAAGCCGAATT
ATCGTCTTTATGTGATTCACAAGCTTAAATCGCTTCGGGTACTGGATTTCATTAAAGTCA
AAGACAAGGAGAGAGCTGAAGCTGCGGCTTTGTTTTCATCTAAGGAAGCAGAAGAAGAGG
TTAAGAAGGTATCTCAGCAGGAGGTTCAAAAAGTGTCGGATACTACAGAAGATGCAGAGG
CTCCTAAAGTTGTGGCCCCAACACAGGAGCAAATTTTAGCAATCAAG*CTGCAATTATCA
ATTCCCAGACGATAGA
GAAATTGCAGACTCGAC

QA 13 688 13 688
DS 

RD RR3GJ11TF 743 0 0
GGGTTCTCTATTTCTTCTGAATCCGAGGAGCAGAGAGCGAGAAGAAGCTGTAAAACCCTA
GAAGTAGAACAATGGTGAAGCTCACAGCTGATTTGATCTGGAACAGTCCTCACTTCTTCA
ATGCCATCAAGGAGCGAGAGTTGGAGCTAAGAGGCAACAAGATTCCTGTAATCGAGAACT
TGGGTGCTACCGAGGACCAGTTCGATACAATAGATCTGTCTGATAATGAGATAGTTAAGC
TGGAAAACTTCCCACTTCTCAACCGGTTAGGGACTCTGATTGTAAATAACAATCGGATCA
CTCGGATAAACCCTAACATTG*AGAGTTCCTACCGAAGCTGCACACTTTGGTTCTTACGA
ACAACAGGCTTGTGAATTTGGTTGAGATCGATCCCCTTGCCTCCATTCCGAAGCTTCAGT
ACCTTAGTTTATTGGATAATAATATCACCAAAAAGCCGAATTATCGCCTTTATGTGATTC
ACAAGCTTAAATCGCTTCGGGTACTGGATTTCATTAAAGTCAAAGACAAGGAGAGAGCTG
AAGCTGCGGCTTTGTTTTCATCTAAGGAAGCAGAAGAAGAGGTTAAGAAGGTATCTCAGC
AGGAGGTTCAAAAAGTGTCGGATACTACAGAAGATGCAGAGGCTCCTAAAGTTGTGGCCC
CAACACAGGAGCAAATTTTAGCAATCAAGGCTGCAATTATCAATTCCCAGACGATAGAAG
AAATTGCCAGACTCGAACAGGCT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3EG95JQ 607 0 0
T
CTTTATGTGATTCACAAGCTTAAATCGCTTCGGGTACTGGATTTCATTAAAGTCAAAGAC
AAGGAGAGAGCTGAAGCTGCGGCTTTGTTTTCATCTAAGGAAGCAGAAGAAGAGGTTAAG
AAGGTATCTCAGCAGGAGGTTCAAAAAGTGTCGGATACTACAGAAGATGCAGAGGCTCCT
AAAGTTGTGGCCCCAACACAGGAGCAAATTTTAGCAATCAAGGCTGCAATTATCAATTCC
CAGACGATAGAAGAAATTGCCAGACTCGAACAGGCTTTGAAGTTTGGCCAGGTTCCCGCA
GGCCTGATAGTTCCTGATCCTGCATCTGGTGTTAATGACGGTTCTGGTCCTATGGAGGAA
TAGAAAGTGTAGCTACTGCTCGAATGCTCAAATTTATCGTCTGACAAGCTTCACGGTTCT
GTAAGGTTTCTGTCACTTCCTTAGGAGAATTTGTAATGTACTTCTGCTCAAGAGCATCTG
TTTTGAACCGTTGAAAAGAATGACAAAAGAAGATTGTAATCTTTAACCTGCATTTGCAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGCTGCACACAGATTTTACCAATGCTGTTTTTGCATTTTA
GTTTCT

QA 2 607 2 607
DS 



AS 1 3

CO CL3601Contig1 601 3 2 U
GGATATTTAAAGGTTAAAATTTTATTTTCGTTGCTTCGTTCATCGCCGTCGTCGTTGTCG
TCTCACAGAAGAATAAGAAGAAACAAAGAGAGAGGTTGAAAACATGGCTTATGCAGCGAT
GAAGCCCACCAAGGCTGGTTTGGAAGAGCCACTCGAGCAGATTCACAAGATCAGGATCAC
TCCCTCCTCCAAGAACGTCAAGAACCTCGAGAAAGTGTGTGCTGATTTGGTACGAGGAGC
AAAGGACAAGAGACTCAGAACAAAAGGACCAGTGAGGATGCCCACCAAGGTTCTTAAGAT
CACTACCCGTAAAGCTCCTTGTGGTGAAGGAACCAACACGTGGGACAGGTTTGAGTTGAG
GGTTCACAAGCGAGTGATTGATCTTTTCAGCTCTCCTGATGTGGTGAAGCAAATCACTTC
CATCACCATTGAACCTGGTGTTGAGGTCGAAGTCACCATCGCCGACTCTTAGATTTTTTT
TTTTTACTTTTTCTGCAAGAAACAGTCTCAACAGTCTCTTACACTTCATTTGGAGTAGAC
CAATGTTTTGTTGTCGTGAAACTTAGTTCCTGTGCTTTCTTAGTTGAGGAGATTTTGTTT
T


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR3EK07TF U 1
AF RR3EK07JQ C 1
AF RR3CB30TF U 43
BS 1 565 RR3EK07TF
BS 566 601 RR3CB30TF

RD RR3EK07TF 565 0 0
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CACTACCCGTAAAGCTCCTTGTGGTGAAGGAACCAACACGTGGGACAGGTTTGAGTTGAG
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CATCACCATTGAACCTGGTGTTGAGGTCGAAGTCACCATCGCCGACTCTTAGATTTTTTT
TTTTTACTTTTTCTGCAAGAAACAGTCTCAACAGTCTCTTACACTTCATTTGGAGTAGAC
CAATGTTTTGTTGTCGTGAAACTTA

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3EK07JQ 601 0 0
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TCTCACAGAAGAATAAGAAGAAACAAAGAGAGAGGTTGAAAACATGGCTTATGCAGCGAT
GAAGCCCACCAAGGCTGGTTTGGAAGAGCCACTCGAGCAGATTCACAAGATCAGGATCAC
TCCCTCCTCCAAGAACGTCAAGAACCTCGAGAAAGTGTGTGCTGATTTGGTACGAGGAGC
AAAGGACAAGAGACTCAGAACAAAAGGACCAGTGAGGATGCCCACCAAGGTTCTTAAGAT
CACTACCCGTAAAGCTCCTTGTGGTGAAGGAACCAACACGTGGGACAGGTTTGAGTTGAG
GGTTCACAAGCGAGTGATTGATCTTTTCAGCTCTCCTGATGTGGTGAAGCAAATCACTTC
CATCACCATTGAACCTGGTGTTGAGGTCGAAGTCACCATCGCCGACTTTTAGATTTTTTT
TTTTTACTTTTTTTGCAAGAAACAGTCTCAACAGTCTCTTACACTTCATTTGGAGTAGAC
CAATGTTTTGTTGTCGTGAAACTTAGTTCCTGTGCTTTCTTAGTTGAGGAGATTTTGTTT
T

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DS 

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GG
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TGGCTTATGCAGCGATGAAGCCCACCAAGGCTGGTTTGGAAGAGCCACTCGAGCAGATTC
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ATTTGGTACGAGGAGCAAAGGACAAGAGACTCAGAACAAAAGGACCAGTGAGGATGCCCA
CCAAGGTTCTTAAGATCACTACCCGTAAAGCTCCTTGTGGTGAAGGAACCAACACGTGGG
ACAGGTTTGAGTTGAGGGTTCACAAGCGAGTGATTGATCTTTTCAGCTCTCCTGGTGTGG
TGAAGCAAATCACTTCCATCACCATTGAACCTGGTGTTGAGGTCGATGTCACCATCGCCG
ACTCTTAGATTTTTTTTTT**ACTTTTTCTGCAAGAAACAGTCTCAACAGTCTCTTACAC
TTCATTTGGAGTAGACCAATGTTTTGTTGTCGTGAAACTTAGTTCCTGTGCTTTCTTAGT
TGAGGAGATTTTGTTTT

QA 3 559 3 559
DS 



AS 1 2

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GTACTTGATAGCATCACATACAACAGATTACATACATCCATGGCTATTCCTCAACACACT
CGCTGTGATGGTTCTAGTTGTGGCCAAGTTCCCTAACATGCACAAGGTACGCATTTTCGG
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TTGAGTTGTCGGATATTTTGTAAGTAACTTTGAAGCTTTGAATTTTTTCTCTCTTTTTAA
AAAAACATAGACACGAAATTGATAATTTTTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FC96TF U 1
AF RR3FC96JQ C 251
BS 1 582 RR3FC96TF
BS 583 813 RR3FC96JQ

RD RR3FC96TF 582 0 0
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ATAAGGATCGGATCAGAACGGAAGGATGGCGAATCTGTATGTGAAAGCGGCACCACCGCC
GGACATGAACAGGAACACGTAGTGGTTCATGTATCCAGGGGTGTGGACGACTTATATACT
AATCCTCTTCTTCGGGTGGCTCGTTGTTCTCTCCATCTCTGGCTGTTCCCCTGGAATGGC
TTGGACTGTTGTTAATCTCGCTCACTTCGTTGTAACGTATCACTCCTTTCACTGGATGAA
AGGAACTCCTTTTGCAGACGACCAAGGTGTCTACAATGCTCTCACCTGGTGGGAACAGAT
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GTACTTGATAGCATCACATACAACAGATTACATACATCCATGGCTATTCCTCAACACACT
CGCTGTGATGGTTCTAGTTGTGGCCAAGTTCCCTAACATGCA

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3FC96JQ 563 0 0
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TTTGCAGACGACCAAGGTGTCTACAATGCTCTCACCTGGTGGGAACAGATGGACAATGGT
CAGCAACTTACCCGCAACCGCAAGTTCCTTACCGTTGTTCCTGTCGTCCTGTACTTGATA
GCATCACATACAACAGATTACATACATCCATGGCTATTCCTCAACACACTCGCTGTGATG
GTTCTAGTTGTGGCCAAGTTCCCTAACATGCACAAGGTACGCATTTTCGGGATCAACGGT
GATAAGTAAGGCTTCTTTAGCAAACTCTCAGATCCCATTTCTTTTTATGGCAACAGAAAA
GTGGATATGAAGCAAAACATATTTGTATAAAATGTTGATATGAGTTGGTTTTGAGTTGTC
GGATATTTTGTAAGTAACTTTGAAGCTTTGAATTTTTTCTCTCTTTTTAAAAAAACATAG
ACACGAAATTGATAATTTTTAGG

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 3

CO CL3603Contig1 966 3 9 U
GGCCACGGCTTCCTCCTTCCGCCACCTTCCATGAATCCGACGATGACAAATCCGACGATC
CTCCTTCCGCCTGGCACCGTCCAACCTCTAGTCTCTCCGCATTGCCCTCTCAAGATCCTC
CACCACACCATTGGCGTAATCATTCTCTTAATCTCTCTCCAATCCTGGCCACACCTTCCC
GGTCTCTCCCTCCTCCCCAATCAATCCCTGAGCTAGAGACTTACGTTGTCCAGGTACCGA
GAGATCAAGTCTATTGGACTCCTCCTCCTGAACACGCAAAATACGCCCAAGAACGCCGTA
ACAACCCGGAGAAAAACAAAAGGAATGGGTGTTCCAAACGTCTTATGTGGTTCTTTATTA
TCTTGATCTTTTTTGGATTCATAATTGGTGCAATCACCGTTATCCTTCATTTCGTGTTCA
ACCCCACTCTTCTACTTTTTGAAGTCGAGAGATTAACGGCAAAACCTAGTAATATCGAAA
TCACGTTGAGAGCTGAGAATCCGACGTCTAACATGGGGGTAAGCTATACGATGGGAAGAA
ACAGTATGATTTCATTAACGTACAAGAACAAGAGCCTAGGACGCGGAAAATTCCCAAAGA
TGTCCCTGGCGGCGACTGGATCCAGCAACGTCAATGTAAAGCTCAGTGGGTCGACCAAGA
ACGCCGTTATGCCACCTCGGGGATCGAAACAACCGGTGAGTTTGGTGCTGATTATGGAGC
TAAAGGCGGACTATGAAGCAGGACCAGTGAAAAAGAACAGGGAAGTGGTGGTGACTTGTG
ATGTTAAGGTTAAGGGATTATTAGATGCCAAGAAGGTTGAGATTGTGTCGGAGAATTGTG
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AGTGTGCTGTAATGATTTATACTTATGATGTAATGTTCAATTGTTTATTTTATATTTGTT
TCCCCT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3CO56TF U 1
AF RR3F404TF U 261
AF RR3CO56JQ C 141
BS 1 199 RR3CO56TF
BS 200 200 RR3CO56JQ
BS 201 712 RR3CO56TF
BS 713 713 RR3F404TF
BS 714 723 RR3CO56TF
BS 724 853 RR3F404TF
BS 854 856 RR3CO56JQ
BS 857 926 RR3F404TF
BS 927 966 RR3CO56JQ

RD RR3CO56TF 723 0 0
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CTCCTTCCGCCTGGCACCGTCCAACCTCTAGTCTCTCCGCATTGCCCTCTCAAGATCCTC
CACCACACCATTGGCGTAATCATTCTCTTAATCTCTCTCCAATCCTGGCCACACCTTCCC
GGTCTCTCCCTCCTCCCCATTCAATCCCTGAGCTAGAGACTTACGTTGTCCAGGTACCGA
GAGATCAAGTCTATTGGACTCCTCCTCCTGAACACGCAAAATACGCCCAAGAACGCCGTA
ACAACCCGGAGAAAAACAAAAGGAATGGGTGTTCCAAACGTCTTATGTGGTTCTTTATTA
TCTTGATCTTTTTTGGATTCATAATTGGTGCAATCACCGTTATCCTTCATTTCGTGTTCA
ACCCCACTCTTCTACTTTTTGAAGTCGAGAGATTAACGGCAAAACCTAGTAATATCGAAA
TCACGTTGAGAGCTGAGAATCCGACGTCTAACATGGGGGTAAGCTATACGATGGGAAGAA
ACAGTATGATTTCATTAACGTACAAGAACAAGAGCCTAGGACGCGGAAAATTCCCAAAGA
TGTCCCTGGCGGCGACTGGATCCAGCAACGTCAATGTAAAGCTCAGTGGGTCGACCAAGA
ACGCCGTTATGCCACCTCGGGGATCGAAACAACCGGTGAGTTTGGTGCTGAT*ATGGAGC
TAA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3F404TF 666 0 0
G
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GGAATGGGTGTTCCAAACGTCTTATGTGGTTCTTTATTATCTTGATCTTTTTTGGATTCA
TAATTGGTGCAATCACCGTTATCCTTCATTTCGTGTTCAACCCCACTCTTCCACTTTTTG
AAGTCGAGAGATTAACGGCAAAACCTAGTAATATCGAAATCACGTTGAGAGCTGAGAATC
CGACGTCTAACATGGGGGTAAGCTATACGATGGGAAGAAACAGTATGATTTCATTAACGT
ACAAGAACAAGAGCCTAGGACGCGGAAAATTCCCAAAGATGTCCCTTGCGGCGACTGGAT
CCAGCAACGTCAATGTAAAGCTCAGTGGGTCGACCAAGAACGCCGTTATGCCACCTCGGG
GATCGAAACAACCGGTGAGTTTGGTGCTGATTATGGAGCTAAAGGCGGACTATGAAGCAG
GACCAGTGAAAAAGAACAGGGAAGTGGTGGTGACTTGTGATGTTAAGGTTAAGGGATTAT
TAGATGCCAAGAAGGTTGAGATTGTGTCGGAGAATTGTGAGAGTGAGTTCAA***CTGAC
AGTCTATATTATATAAGGTGATTGTGTCGTTAGAGTTACAGTGTGCTGTAATGATTTATA
CTTAT

QA 2 666 2 666
DS 

RD RR3CO56JQ 826 0 0
ATCATCTCTT
ATCTCTCTCCAATCCTGGCCACAC*TTCCCGGTCTCTCCCTCCTCCCCCATCA*TCCCTG
AGCTAGAGACTTACGTTGTCCAGGTACCGAGAGATCAAGTCTATTGGACTCCTCCTCCTG
AACACGCAAAATACGCCCAAGAACGCCGTAACAACCCGGAGAAAAACAAAAGGAATGGGT
GTTCCAAACGTCTTATGTGGTTCTTTATTATCTTGATCTTTTTTGGATTCATAATTGGTG
CAATCACCGTTATCCTTCATTTCGTGTTCAACCCCACTCTTCTACTTTTTGAAGTCGAGA
GATTAACGGCAAAACCTAGTAATATCGAAATCACGTTGAGAGCTGAGAATCCGACGTCTA
ACATGGGGGTAAGCTATACGATGGGAAGAAACAGTATGATTTCATTAACGTACAAGAACA
AGAGCCTAGGACGCGGAAAATTCCCAAAGATGTCCCTGGCGGCGACTGGATCCAGCAACG
TCAATGTAAAGCTCAGTGGGTCGACCAAGAACGCCGTTATGCCACCTCGGGGATCGAAAC
AACCGGTGAGTTTGGTGCTGATTATGGAGCTAAAGGCGGACTATGAAGCAGGACCAGTGA
AAAAGAACAGGGAAGTGGTGGTGACTTGTGATGTTAAGGTTAAGGGATTATTAGATGCCA
AGAAGGTTGAGATTGTGTCGGAGAATTGTGAGAGTGAGTTCAAGAACTGACAGTCTATAT
TATATAAGGTGATTGTGTCGTTAGAGTTACAGTGTGCTGTAATGATTTATACTTATGATG
TAATGTTCAATTGTTTATTTTATATTTGTTTCCCCT

QA 11 826 11 826
DS 



AS 1 3

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GAAAAAGAATAAAAATATACGGTTTCAAGGCAGGTGCATTAAAAATGTAACCGGAGAAAT
GTTTTGCCGATGTCAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTATCTACACTAGAACTCAAAT
AATATTTATAACAATACTACAACTTTGTCAAAGAAATGAATAAAATTTTAATAAATTTGT
GCTGGTATTTTTGGCGTAGTAAGGTGTATTATGCAACTGACAAAGAATTAATATGTGTGT
CTTCCCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FV51TF U 9
AF RR3FZ29JQ C 20
AF RR3FZ29TF U 1
BS 1 429 RR3FZ29TF

RD RR3FV51TF 357 0 0
GG
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CTCACAATTCTTCTGTTCGGAGAAACGGTGATTGCTCAGAAAGGAAAACCATGCTATTCA
GAATTGCCGGACAAAACATGTGAAATCAAGCGCTGCAACGATCAATGTATGAAAAAGAAT
AAAAATATACGGTTTCAAGGCAGGTGCATTAAAAATGTAACCGGAGAAATGTTTTGCCGA
TGTCAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTATCTACACTAGAACTCAAATAATATTTATA
ACAATACTACAACTTTGTCAAAGAAATGAATAAAATTTTAATAAATTT
GTGCTGG

QA 3 350 3 350
DS 

RD RR3FZ29JQ 339 0 0
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TTTCTGTTCGGAGAAACGGGGATTGTTCAGAAAGGAAAACCATGCTATTCAGAATTGCCG
GACAAAACATGTGAAATCAAGCGCTGCAACGATCAATGTATGAAAAAGAATAAAAATATA
CGGTTTCAAGGCAGGGGCATTAAAAATGTAACCGGAGAAATGTTTTGCCGATGTCAATAT
CCTTGCCCTCCCTAATTTTTTTTTTACACTAGAACTCAAATAATATTTATAACAATACTA
CAACTTTGTCAAAGAAAAGAATAAAATTTTAATAAATTT

QA 1 339 1 339
DS 

RD RR3FZ29TF 429 0 0
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TTTGGTTATTCTCACAATTCTTCTGTTCGGAGAAACGGTGATTGCTCAGAAAGGAAAACC
ATGCTATTCAGAATTGCCGGACAAAACATGTGAAATCAAGCGCTGCAACGATCAATGTAT
GAAAAAGAATAAAAATATACGGTTTCAAGGCAGGTGCATTAAAAATGTAACCGGAGAAAT
GTTTTGCCGATGTCAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTATCTACACTAGAACTCAAAT
AATATTTATAACAATACTACAACTTTGTCAAAGAAATGAATAAAATTTTAATAAATTTGT
GCTGGTATTTTTGGCGTAGTAAGGTGTATTATGCAACTGACAAAGAATTAATATGTGTGT
CTTCCCTTT

QA 1 429 1 429
DS 



AS 1 2

CO CL3605Contig1 567 2 4 U
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AAAAAAACCTAATGGCTTCTTCTTCTTAAAATGATTCAGCAATCACAGAGCCTATCTCAC
GCATAAAGTCAGTCTTTTGCAGCACAAGTTCCATTTCTTTGGCCTGTAATAACTTCCACT
TCTCTTCCATCCTCTTCTTTGTCTCCACAGTCACCATACTCCATTTCTCTTTCACGAACT
GTTCACTCACACCTAAACCCGCAATAAATCCTACAAAAAACGAGTGTTCAAACCAGTCAG
ATGCTCTCATCACACCAAGAAACTTGGAAGCTCCTCCTGCATTCATCAATACTTCCTTAT
CTTCTTCAACCTTGTCACCATTAGCCAACACCTCTCTATCTTCTCTTCCCTTTTCACCAC
CAGCCAACACTTGCCTATCTTCTCCTCCATTGTCACCATTAACCAACACTTCCCTACCTA
CTTCTACTTTGTCACCATTACCTTCCACAGAAAGGGGCTTCTTCTTACTCTTTTTTGGTG
TTCCATTGGATTCAGAGTCACAACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G284JQ U 1
AF RR3GI65JQ U 51
BS 1 217 RR3G284JQ
BS 218 218 RR3GI65JQ
BS 219 451 RR3G284JQ
BS 452 567 RR3GI65JQ

RD RR3G284JQ 451 0 0
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AAAAAAACCTAATGGCTTCTTCTTCTTAAAATGATTCAGCAATCACAGAGCCTATCTCAC
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TCTCTTCCATCCTCTTCTTTGTCTCCACAGTCACCATGCTCCATTTCTCTTTCACGAACT
GTTCACTCACACCTAAACCCGCAATAAATCCTACAAAAAACGAGTGTTCAAACCAGTCAG
ATGCTCTCATCACACCAAGAAACTTGGAAGCTCCTCCTGCATTCATCAATACTTCCTTAT
CTTCTTCAACCTTGTCACCATTAGCCAACACCTCTCTATCTTCTCTTCCCTTTTCACCAC
CAGCCAACACTTGCCTATCTTCTCCTCCATT

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR3GI65JQ 517 0 0
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CCTATCTCACGCATAAAGTCAGTCTTTTGCAGCACAAGTTCCATTTCTTTGGCCTGTAAT
AACTTCCACTTCTCTTCCATCCTCTTCTTTGTCTCCACAGTCACCATACTCCATTTCTCT
TTCACGAACTGTTCACTCACACCTAAACCCGCAATAGATCCTACAAGAAACGAGTGTTCA
AACCAGTCAGATGCTCTCATCACACCAAGAGACTTGGAAGCTCCTCCTGCATTCATCAAT
ACTTCCTTATCTTCTTCAACCTTGTCACCATTAGCCAACACCTCTCTATCTTCTCTTCCC
TTTTCACCACCAGCCAACACTTGCCTATCTTCTCCTCCATTGTCACCATTAACCAACACT
TCCCTACCTACTTCTACTTTGTCACCATTACCTTCCACAGAAAGGGGCTTCTTCTTACTC
TTTTTTGGTGTTCCATTGGATTCAGAGTCACAACTTC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 2

CO CL3606Contig1 1234 2 6 U
GGAAACCAAATCTCGACAGAAAACTAAACAAAACCAAACAATGAAGCTTCACATGTTATG
GCTCGTGTTGGTATTAATAGCTGTCCAAGCGCACGCAACAAAGCAAAGAAAGAATGCTAA
AATCCCTGCATTAATAGTTTTCGGAGATTCAATAATGGATACTGGTAACAACAACAATCT
CTCTACTCTTCTTAAGTCCAACTTCCCTCCTTACGGCAAAGACTTTCCCGGTGGATTGGC
TACTGGAAGATTTTCTGATGGAAGAGTTCCTACTGATCTAATTGCGGAAAATTTGGGGTT
GGCTAAGACAATACCAGCATACCTGAGCCCAAATTCGAAGCCTAGAGATCTTTTGAAAGG
TGTATCATTTGCATCTGGAGGAACTGGTTATGATCCATTGACAGCTCAAACTATGTCGGT
GATATCAGTGTGGGATCAACTAATATATTTCAAAGAGTATATATCAACGATCAAGAAACA
TTATGGGAAAAGAAAAGCTCGGTATATTTTGGACCATAGCATTTTTCTCGTGGTTTCTAG
TAGCAATGACCTTGCTCACACTTATATATCCCAATCTTATAAATATAACTCTACATCGTA
TGCTACTTTCTTGGCCAAATCAGCAGTTAAATTCGTAAGAGAATTACACAAGCTTGGAGC
TCGAAAAATTGGGGTGTTTAGTGCACTTCCTGTTGGATGTGTACCACTTCAAAGATCAGT
GCGTGGAAGTGTATTAACAAGAGAATGTGTTAAACCCTTAAACAATATGGCAAAACAATT
CAACGCTAGACTTTCTCCAGCACTGAGATCTTTGAATAGAAAGTTGGATGGTATTATCCT
CTATGTTGATGTTTATGAGACTTTTCTTGACATGATCCAAAAGCCTAAAAAATACGGTTT
CGAGGTAGCTGATAGAGCTTGTTGCGGTACTGGTTTTCTCGAAATTTCTTATATGTGCAA
CTCATTTAATCCATTCACATGCTCTAATTCGTCGACCTATATATTTTGGGATAGCTACCA
TCCAACTGAAAGAGCTTATCAAGTTATGGTTGATAAGTTACTCAGCAAATACTTAAGCAA
ACTCTTTTGATGTTAAACATTACTTACTTCTTTGCATTTCATTGTATTTATCCTTCTTAT
TGTTTTATGTATGTGATTAATTTATTATTGAATGTTCAACGTCTTGTGCACTGGAATAAT
TTGGATATAATCTTAAGGTTCCATGTTTGCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BA55TF U 1
AF RR3BA55JQ C 346
BS 1 774 RR3BA55TF
BS 775 775 RR3BA55JQ
BS 776 797 RR3BA55TF
BS 798 798 RR3BA55JQ
BS 799 878 RR3BA55TF
BS 879 1234 RR3BA55JQ

RD RR3BA55TF 878 0 0
GGAAACCAAATCTCGACAGAAAACTAAACAAAACCAAACAATGAAGCTTCACATGTTATG
GCTCGTGTTGGTATTAATAGCTGTCCAAGCGCACGCAACAAAGCAAAGAAAGAATGCTAA
AATCCCTGCATTAATAGTTTTCGGAGATTCAATAATGGATACTGGTAACAACAACAATCT
CTCTACTCTTCTTAAGTCCAACTTCCCTCCTTACGGCAAAGACTTTCCCGGTGGATTGGC
TACTGGAAGATTTTCTGATGGAAGAGTTCCTACTGATCTAATTGCGGAAAATTTGGGGTT
GGCTAAGACAATACCAGCATACCTGAGCCCAAATTCGAAGCCTAGAGATCTTTTGAAAGG
TGTATCATTTGCATCTGGAGGAACTGGTTATGATCCATTGACAGCTCAAACTATGTCGGT
GATATCAGTGTGGGATCAACTAATATATTTCAAAGAGTATATATCAACGATCAAGAAACA
TTATGGGAAAAGAAAAGCTCGGTATATTTTGGACCATAGCATTTTTCTCGTGGTTTCTAG
TAGCAATGACCTTGCTCACACTTATATATCCCAATCTTATAAATATAACTCTACATCGTA
TGCTACTTTCTTGGCCAAATCAGCAGTTAAATTCGTAAGAGAATTACACAAGCTTGGAGC
TCGAAAAATTGGGGTGTTTAGTGCACTTCCTGTTGGATGTGTACCACTTCAAAGATCAGT
GCGTGGAAGTGTATTAACAAGAGAATGTGTTAAACCCTTAAACAATATGGCAAA*CAATT
CAACGCTAGACTTTCTC*AGCACTGAGATCTTTGAATAGAAAGTTGGATGGTATTATCCT
CTATGTTGATGTTTATGAGACTTTTCTTGACATGATCC

QA 1 878 1 878
DS 

RD RR3BA55JQ 889 0 0
AGATCTTTTGAAAGGTGTATCATTTGCATCTGGAGGAACTGGTTATGATCCATTGACAGC
TCAAACTATGTCGGTGATATCAGTGTGGGATCAACTAATATATTTCAAAGAGTATATATC
AACGATCAAGAAACATTATGGGAAAAGAAAAGCTCGGTATATTTTGGACCATAGCATTTT
TCTCGTGGTTTCTAGTAGCAATGACCTTGCTCACACTTATATATCCCAATCTTATAAATA
TAACTCTACATCGTATGCTACTTTCTTGGCCAAATCAGCAGTTAAATTCGTAAGAGAATT
ACACAAGCTTGGAGCTCGAAAAATTGGGGTGTTTAGTGCACTTCCTGTTGGATGTGTACC
ACTTCAAAGATCAGTGCGTGGAAGTGTATTAACAAGAGAATGTGTTAAACCCTTAAACAA
TATGGCAAAACAATTCAACGCTAGACTTTCTCCAGCACTGAGATCTTTGAATAGAAAGTT
GGATGGTATTATCCTCTATGTTGATGTTTATGAGACTTTTCTTGACATGATCCAAAAGCC
TAAAAAATACGGTTTCGAGGTAGCTGATAGAGCTTGTTGCGGTACTGGTTTTCTCGAAAT
TTCTTATATGTGCAACTCATTTAATCCATTCACATGCTCTAATTCGTCGACCTATATATT
TTGGGATAGCTACCATCCAACTGAAAGAGCTTATCAAGTTATGGTTGATAAGTTACTCAG
CAAATACTTAAGCAAACTCTTTTGATGTTAAACATTACTTACTTCTTTGCATTTCATTGT
ATTTATCCTTCTTATTGTTTTATGTATGTGATTAATTTATTATTGAATGTTCAACGTCTT
GTGCACTGGAATAATTTGGATATAATCTTAAGGTTCCATGTTTGCAACC

QA 1 889 1 889
DS 



AS 1 2

CO CL3607Contig1 1286 2 2 U
GCAGCAACAAAGAACAAAACTTTCGTCTTGTAGGAGAAGAAAAGTTTCTAGAACCATAGG
ATATGGCTACGGCGAACTGGCTCACGGCGTCTCCAAGTGTGTTCCTTACTCGTCAAGTGA
ACTCTCCTGTCTCATTTGCTTCTAGAACCAATCAGACTCCATGTAGAAGCCGTGTTAGTT
TTCAGGGCTGTGTGAAACGTCGTCTTCCGGTGGTTTTATCCTTGCCGGCCACGGAGGGTT
CCGGTGTGGTGGCCGTGAAGTCTGTCTTGCCTGGAAATGGCATATCCATCATGGTGAATG
GATGCAGTGGCAAAATGGGGAAGGCTGTAATCAAAGCAGCAGACTCTGCAGGAGTAAACA
TCGTTCCCACATCGTTTGGATCCGCTGCTGAGGCTGGTCAGACTGTTGAGGTGTGTGGAA
AAGAGATTACTGTGTACGGTCCTGCAGAGAGAGAGAAGTTTCTTTCGTCTGTGTTTGAGA
AGCACCCGGAGCTGATTGTTGTCGACTACACAATCCCATCTGCAGTCAATGATAATGCGG
AGCTGTACAGCAAAGTAGGTGTTCCTTTCGTCATGGGAACAACTGGTGGAGACAGGAACA
AACTGTATGAAACTGTTGAAGAAGCGAAGATTTATGCTGTGATTTCTCCACAGATGGGTA
AACAAGTTGTTGCATTTCTTGCGGCCATGGAGATTATGGCTGAGCAGTTTCCAGGAGCCT
TTGCTGGTTACTCCTTGGAGGTGATGGAGTCTCATCAAGCTAGCAAATTGGATGCATCAG
GAACAGCTAAAGCTGTTATCTCTTGCTTCCAGGAACTGGGAGTGTCTTACGACATGGATC
AGATACAATTGATTAGGGATCCTAAACAGCAAGTTGAGATGGTGGGGGTTCCTGAAGAGC
ATGTCTCTGGCCACGCTTTCCATCTCTATCACTTGACATCACCTGATAAAACTGTCTCTT
TTGAGTTCCAGCACAACGTCTGTGGCAGATCAATATACGCTGAGGGAACTGTCGATGCTG
TGCTTTTCCTTGCCAAAAAGATTCGATTGAAAGCAGAGCAGCGAATCTTCAACATGATTG
ATGTTTTGAGAGAGGGAAACATGCGGTGAGCTTCCTGAGTTTTTGTCCAAATGGTGTTGG
TTCTAGAAGAGCTGAGATAGGTTTACCACTTCTTCAGTTACACCAACTGGTGTTTTGTAG
CTCTTTTCTTTTCTTTCTGTCTATCCTAGAACTTTCCATTGCATTGTTCATGTAAACTTT
TTATTTTATCATAAATGTTACTCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AZ60TF U 1
AF RR3AZ60JQ C 537
BS 1 813 RR3AZ60TF
BS 814 1286 RR3AZ60JQ

RD RR3AZ60TF 813 0 0
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ATATGGCTACGGCGAACTGGCTCACGGCGTCTCCAAGTGTGTTCCTTACTCGTCAAGTGA
ACTCTCCTGTCTCATTTGCTTCTAGAACCAATCAGACTCCATGTAGAAGCCGTGTTAGTT
TTCAGGGCTGTGTGAAACGTCGTCTTCCGGTGGTTTTATCCTTGCCGGCCACGGAGGGTT
CCGGTGTGGTGGCCGTGAAGTCTGTCTTGCCTGGAAATGGCATATCCATCATGGTGAATG
GATGCAGTGGCAAAATGGGGAAGGCTGTAATCAAAGCAGCAGACTCTGCAGGAGTAAACA
TCGTTCCCACATCGTTTGGATCCGCTGCTGAGGCTGGTCAGACTGTTGAGGTGTGTGGAA
AAGAGATTACTGTGTACGGTCCTGCAGAGAGAGAGAAGTTTCTTTCGTCTGTGTTTGAGA
AGCACCCGGAGCTGATTGTTGTCGACTACACAATCCCATCTGCAGTCAATGATAATGCGG
AGCTGTACAGCAAAGTAGGTGTTCCTTTCGTCATGGGAACAACTGGTGGAGACAGGAACA
AACTGTATGAAACTGTTGAAGAAGCGAAGATTTATGCTGTGATTTCTCCACAGATGGGTA
AACAAGTTGTTGCATTTCTTGCGGCCATGGAGATTATGGCTGAGCAGTTTCCAGGAGCCT
TTGCTGGTTACTCCTTGGAGGTGATGGAGTCTCATCAAGCTAGCAAATTGGATGCATCAG
GAACAGCTAAAGCTGTTATCTCTTGCTTCCAGG

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR3AZ60JQ 750 0 0
GCGGAGCTGTACAGCAAAGTAGGTGTTCCTTTCGTCATGGGAACAACTGGTGGAGACAGG
AACAAACTGTATGAAACTGTTGAAGAAGCGAAGATTTATGCTGTGATTTCTCCACAGATG
GGTAAACAAGTTGTTGCATTTCTTGCGGCCATGGAGATTATGGCTGAGCAGTTTCCAGGA
GCCTTTGCTGGTTACTCCTTGGAGGTGATGGAGTCTCATCAAGCTAGCAAATTGGATGCA
TCAGGAACAGCTAAAGCTGTTATCTCTTGCTTCCAGGAACTGGGAGTGTCTTACGACATG
GATCAGATACAATTGATTAGGGATCCTAAACAGCAAGTTGAGATGGTGGGGGTTCCTGAA
GAGCATGTCTCTGGCCACGCTTTCCATCTCTATCACTTGACATCACCTGATAAAACTGTC
TCTTTTGAGTTCCAGCACAACGTCTGTGGCAGATCAATATACGCTGAGGGAACTGTCGAT
GCTGTGCTTTTCCTTGCCAAAAAGATTCGATTGAAAGCAGAGCAGCGAATCTTCAACATG
ATTGATGTTTTGAGAGAGGGAAACATGCGGTGAGCTTCCTGAGTTTTTGTCCAAATGGTG
TTGGTTCTAGAAGAGCTGAGATAGGTTTACCACTTCTTCAGTTACACCAACTGGTGTTTT
GTAGCTCTTTTCTTTTCTTTCTGTCTATCCTAGAACTTTCCATTGCATTGTTCATGTAAA
CTTTTTATTTTATCATAAATGTTACTCTCC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL3608Contig1 959 2 2 U
GAAGATTGTGAAAGCTCTCAGAGAGTATCGGAATCTGCACTCGGTGCAGCACCGGTTGGG
GTCTAGATTAATATACCCGGAGTCTCTGAAGTACTTGCCATTGTACGGATTGTCAATTTG
TAAGTCCACTCCTCTTCAAGGTGGACCTGCTGATGCTTCACTTGACGAGCGCTGTGCGGC
AGGCTTCACCATGATGTCTCTGCCTGTCAAAAGGCTATTGAAACTGTTATATCCCAATGT
ATTCCGTGTTGACGAGTGGCTCTTAAAGCCATCAGCAGATCTTGATGACCTTAAGGACGT
ACTAAGGAGATTGCCTCTGGCTGCAGAAAGTTTGGATTCTAGAGGCCTTTACATTTATGA
TGATGGTTTTCGATTGGTTTTGTGGTTTGGCCGAATGCTTTCACCTGATATTGCTAAAAA
TCTTCTTGGGGCTGACTTTGCAGCAGAGCTCTCAAGGGTAACACTGCAAGAGCAAGAGAA
TGGGATGTCGAAGAAGCTGATGAGGCTGATAAAGAAAGTGAGGGAGAATGATCCGTCATA
TCATCCCATGTGTTTCCTAGTGAGGCAAGGAGAACAACCCAGAGAAGGCTTCCTTTTCCT
CCGACATCTCATTGAGGATCAGATGGGTGGTTCGACTAGTTACGTTGATTGGATTCTGCA
AATTCACCGCCAAGTCCAACAAAATGCGTGATAGCTCACAATGGTAAGAAACCCTCACTT
CCATGTCATATCAATACATACCCTTGATTTTTTTCTTCATTTGTTTTATATACAACTTCT
CTCAAGTGCAGGCTTTTATTTGGCCTAACCAGAATGTGTTTTGTCCTAAAGATTAGACGT
TTTGTTTTTCTTCTGTTGCCTCTCTTTTTTTTTTTTTTCTTGTGGTCTGTTAACAATCTA
TCTTACTCAGGGATATTAACAAGATGGCTTCTGTTGATAGTATATTCTGTGATTATATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BE48TF U 1
AF RR3BE48JQ C 154
BS 1 788 RR3BE48TF
BS 789 959 RR3BE48JQ

RD RR3BE48TF 788 0 0
GAAGATTGTGAAAGCTCTCAGAGAGTATCGGAATCTGCACTCGGTGCAGCACCGGTTGGG
GTCTAGATTAATATACCCGGAGTCTCTGAAGTACTTGCCATTGTACGGATTGTCAATTTG
TAAGTCCACTCCTCTTCAAGGTGGACCTGCTGATGCTTCACTTGACGAGCGCTGTGCGGC
AGGCTTCACCATGATGTCTCTGCCTGTCAAAAGGCTATTGAAACTGTTATATCCCAATGT
ATTCCGTGTTGACGAGTGGCTCTTAAAGCCATCAGCAGATCTTGATGACCTTAAGGACGT
ACTAAGGAGATTGCCTCTGGCTGCAGAAAGTTTGGATTCTAGAGGCCTTTACATTTATGA
TGATGGTTTTCGATTGGTTTTGTGGTTTGGCCGAATGCTTTCACCTGATATTGCTAAAAA
TCTTCTTGGGGCTGACTTTGCAGCAGAGCTCTCAAGGGTAACACTGCAAGAGCAAGAGAA
TGGGATGTCGAAGAAGCTGATGAGGCTGATAAAGAAAGTGAGGGAGAATGATCCGTCATA
TCATCCCATGTGTTTCCTAGTGAGGCAAGGAGAACAACCCAGAGAAGGCTTCCTTTTCCT
CCGACATCTCATTGAGGATCAGATGGGTGGTTCGACTAGTTACGTTGATTGGATTCTGCA
AATTCACCGCCAAGTCCAACAAAATGCGTGATAGCTCACAATGGTAAGAAACCCTCACTT
CCATGTCATATCAATACATACCCTTGATTTTTTTCTTCATTTGTTTTATATACAACTTCT
CTCAAGTG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3BE48JQ 806 0 0
TGCTTCACTTGACGAGCGCTGTGCGGCAGGCTTCACCATGATGTCTCTGCCTGTCAAAAG
GCTATTGAAACTGTTATATCCCAATGTATTCCGTGTTGACGAGTGGCTCTTAAAGCCATC
AGCAGATCTTGATGACCTTAAGGACGTACTAAGGAGATTGCCTCTGGCTGCAGAAAGTTT
GGATTCTAGAGGCCTTTACATTTATGATGATGGTTTTCGATTGGTTTTGTGGTTTGGCCG
AATGCTTTCACCTGATATTGCTAAAAATCTTCTTGGGGCTGACTTTGCAGCAGAGCTCTC
AAGGGTAACACTGCAAGAGCAAGAGAATGGGATGTCGAAGAAGCTGATGAGGCTGATAAA
GAAAGTGAGGGAGAATGATCCGTCATATCATCCCATGTGTTTCCTAGTGAGGCAAGGAGA
ACAACCCAGAGAAGGCTTCCTTTTCCTCCGACATCTCATTGAGGATCAGATGGGTGGTTC
GACTAGTTACGTTGATTGGATTCTGCAAATTCACCGCCAAGTCCAACAAAATGCGTGATA
GCTCACAATGGTAAGAAACCCTCACTTCCATGTCATATCAATACATACCCTTGATTTTTT
TCTTCATTTGTTTTATATACAACTTCTCTCAAGTGCAGGCTTTTATTTGGCCTAACCAGA
ATGTGTTTTGTCCTAAAGATTAGACGTTTTGTTTTTCTTCTGTTGCCTCTCTTTTTTTTT
TTTTTCTTGTGGTCTGTTAACAATCTATCTTACTCAGGGATATTAACAAGATGGCTTCTG
TTGATAGTATATTCTGTGATTATATC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 3

CO CL3609Contig1 1025 3 4 U
GGGTGTGGCAGATGTTTGAAACCAGTGGAGGAGAAGGAGAATGGGAGATCTCTACGCTCT
GGACTTCGACGGAGTTCTCTGCGATAGTTGTGGCGAAAGCTCTCTCTCTGCCGTTAAGGC
TGCGAGAGCGAGGTGGCCTGGTCTGTTCCAAGGAGTTGACTCAGCTTTAGAGGAATGGAT
CGTTGATCAGATGCATATTGTGTGACCTGTGGTGGAAACCGGCTATGAAAATCTTCTGCT
TGTTCGTCTACTGTTGGAGACTAAGATGCCCTCTATTCGAAAATCGTCAGTTGCAGAGGG
ATTGACTGTTGATGGGATATTGGAGAGCTGGGGAAAGATTAAGCCGGTTATCATGGAAGC
TTGGGGTGAAGAAGATAAAGATGCTTTGATCGATTTGTTTGGTGAAGTTAGAGATGATTG
GATTAACAATGACTTGACTACTTGGATTGGTGCCAATAGATTCTATCCAGGAGTATCAGA
TGCATTGAAGTTTGCCAGCTCAAAGATTTACATTGTTACCACGAAACAGGGCCGGTTTGC
AGAAGCGTTACTACGTGAAATAGCAGGTGTGATCATACCACCAGAAAGGATCTATGGTCT
GGGTACAGGGCCAAAGGTGGAAGTGCTAAAGCTACTTCAGAACAAACCAGAACACCAGGG
CTTGAAGCTGCATTTCGTGGAAGACAGACTTGCGACGCTGAAGAATGTCATCAAAGAGCC
TGAACTAGACAAATGGAATCTATACCTAAGTAACTGGGGCTACAACACGGAGAAAGAAAG
AGCAGAGGCAGAGAGCATTCCAAGGATTCAGGTTATCGAGCTTTCCACGTTTAGCAATAA
GCTTAAATGAGTGGCATACTCATCACAAAGAAAAAGAAAAAAAAACAAGCTTCCCTTTTC
ATTGTATTCTACAAAGCAAAACATGTAGCTAAGAAAGATTCAGCTAAAAGAGATAAACTT
TTCAATCTCATAACTCATCCTTGTTAACATCATTCTTGCTCTGGTTAGCTTTAAGTTTAT
CAACG


BQ
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10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR3F315TF U 59
AF RR3BG49TF U 1
AF RR3BG49JQ C 183
BS 1 142 RR3BG49TF
BS 143 143 RR3F315TF
BS 144 770 RR3BG49TF
BS 771 1025 RR3BG49JQ

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GGA
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GCGAGAGCGAGGTGGCCTGGTCTGTTCCAAGGAGTTGACTCAGCTTTAGAGGAATGGATC
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GTTCGTCTACTGTTGGAGACTAAGATGCCCTCTATTCGAAAATCTTCAGTTGCAGAGGGA
TTGACTGTTGATGGGATATTGGAGATCTGGGGAA

QA 4 277 4 277
DS 

RD RR3BG49TF 770 0 0
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GGACTTCGACGGAGTTCTCTGCGATAGTTGTGGCGAAAGCTCTCTCTCTGCCGTTAAGGC
TGCGAGAGCGAGGTGGCCTGGTTTGTTCCAAGGAGTTGACTCAGCTTTAGAGGAATGGAT
CGTTGATCAGATGCATATTGTGTGACCTGTGGTGGAAACCGGCTATGAAAATCTTCTGCT
TGTTCGTCTACTGTTGGAGACTAAGATGCCCTCTATTCGAAAATCGTCAGTTGCAGAGGG
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GGGTACAGGGCCAAAGGTGGAAGTGCTAAAGCTACTTCAGAACAAACCAGAACACCAGGG
CTTGAAGCTGCATTTCGTGGAAGACAGACTTGCGACGCTGAAGAATGTCATCAAAGAGCC
TGAACTAGACAAATGGAATCTATACCTAAGTAACTGGGGCTACAACACGG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3BG49JQ 843 0 0
TTGATCAGATGCATATTGTGTGACCTGTGGTGGAAACCGGCTATGAAAATCTTCTGCTTG
TTCGTCTACTGTTGGAGACTAAGATGCCCTCTATTCGAAAATCGTCAGTTGCAGAGGGAT
TGACTGTTGATGGGATATTGGAGAGCTGGGGAAAGATTAAGCCGGTTATCATGGAAGCTT
GGGGTGAAGAAGATAAAGATGCTTTGATCGATTTGTTTGGTGAAGTTAGAGATGATTGGA
TTAACAATGACTTGACTACTTGGATTGGTGCCAATAGATTCTATCCAGGAGTATCAGATG
CATTGAAGTTTGCCAGCTCAAAGATTTACATTGTTACCACGAAACAGGGCCGGTTTGCAG
AAGCGTTACTACGTGAAATAGCAGGTGTGATCATACCACCAGAAAGGATTTATGGTCTGG
GTACAGGGCCAAAGGTGGAAGTGCTAAAGCTACTTCAGAACAAACCAGAACACCAGGGCT
TGAAGCTGCATTTCGTGGAAGACAGACTTGCGACGCTGAAGAATGTCATCAAAGAGCCTG
AACTAGACAAATGGAATCTATACCTAAGTAACTGGGGCTACAACACGGAGAAAGAAAGAG
CAGAGGCAGAGAGCATTCCAAGGATTCAGGTTATCGAGCTTTCCACGTTTAGCAATAAGC
TTAAATGAGTGGCATACTCATCACAAAGAAAAAGAAAAAAAAACAAGCTTCCCTTTTCAT
TGTATTCTACAAAGCAAAACATGTAGCTAAGAAAGATTCAGCTAAAAGAGATAAACTTTT
CAATCTCATAACTCATCCTTGTTAACATCATTCTTGCTCTGGTTAGCTTTAAGTTTATCA
ACG

QA 1 843 1 843
DS 



AS 1 3

CO CL3610Contig1 1095 3 11 U
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CTGGATTTGTGATATAATGATAAAAATTATTATAATACATTGCTCGTTTTCATCCTCTTT
TATTTTGCTTGAGCAAAAAATCGAACCTTTGCTTTGCTCAAAAAATATAAACGTTTAACA
AAATCCACGCATGAATTCACCACTCACTGGTCTTCTTGGACGTGGGCTTGTTTGGTTGAA
GGACCTAGCACTTGGGAAAATCCTTAGGCGGTGGCAAAATCGACTGATTGGGTCCTTTGC
CGTTTTCCACTAAGAAAGCCATCTTTAATCCCCACGTCGTGTGTACCTCCAAGTGACAAT
GCATGAACCATACCCCGGGATTATCCGCTCGGAATCTGATGACGACCCATCCACCAGATG
GTACTCCGATTGTGTTCCTCTCAACCGGATCCACCAAATTGAAGTTGTTTGGATCTTTCT
TGGCGTTGAAGTTACCTAATCCCCGACCAACTTTGAAGAAGTTAAAGCCGTGAAGATGAA
TCGGATGGTTCTCGGGCGCTATGAAGCCGGTATCTTGGAGAACCAGCTGCACCGTTGCGT
TGTACGGTAGCTTGTAAAGCCTCGTGC*TGTTTCCGTGGCCATGTTAGTGACCGATCCTC
CGCTGTAGTTGAAAACATGCGGCGGATTCTTGGGAAAGTCAGTCGTGAAAACCCCACTAA
TGTTAAAGTAATGAGCCGGAAGCAAAGCGGTTTGAGGCATGATGAATGTTACATTGTTGA
TGCTGGCTACGACACGGCTTCCGTTCCCGGCCTTGCAACTTGGGCAAGAGTTTAGGCCGA
GACCAACCGTGAAGAAGAGGTGGTGGTCGATGGTGGTCGGGACAAGGGCAGGATACTTCT
TGGAGTTGAGGCTACGAAGGGATCTGGTAAAGTTGTTAGCGACCGAAGTAGCGTTTTGCG
GTGGAGGGAGAGTGAGGATTGTCGGTGAGGAGGATAGTGTTCCGGAGTAATGGAGAGTCG
CGGTGGCGGTTGCGTTGTCGACAGCTATTGGCGCGTCCATGAAGGGTGAAGCGGTTACAA
GGTATTTTCCGGCGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU48JQ U 1
AF RR3FB09JQ U 50
AF RR3FB09TF C 441
BS 1 139 RR3FU48JQ
BS 140 140 RR3FB09JQ
BS 141 332 RR3FU48JQ
BS 333 333 RR3FB09JQ
BS 334 513 RR3FU48JQ
BS 514 514 RR3FB09JQ
BS 515 627 RR3FU48JQ
BS 628 628 RR3FB09JQ
BS 629 789 RR3FU48JQ
BS 790 831 RR3FB09JQ
BS 832 1095 RR3FB09TF

RD RR3FU48JQ 789 0 0
GATAGAATTTTTTTGCATCGGCCATATAAGAGTTGTCTTGAAGACAATAATAAAATATAA
CTGGATTTGTGATATAATGATAAAAATTATTATAATACATTGCTCGTTTTCATCCTCTTT
TATTTTGCTTGAGCAAAAA*TCGAACCTTTGCTTTGCTCAAAAAATATAAACGTTTAACA
AAATCCACGCATGAATTCACCACTCACTGGTCTTCTTGGACGTGGGCTTGTTTGGTTGAA
GGACCTAGCACTTGGGAAAATCCTTAGGCGGTGGCAAAATCGACTGATTGGGTCCTTTGC
CGTTTTCCACTAAGAAAGCCATCTTTAATCCC*ACGTCGTGTGTACCTCCAAGTGACAAT
GCATGAACCATACCCCGGGATTATCCGCTCGGAATCTGATGACGACCCATCCACCAGATG
GTACTCCGATTGTGTTCCTCTCAACCGGATCCACCAAATTGAAGTTGTTTGGATCTTTCT
TGGCGTTGAAGTTACCTAATCCCCGACCAACTTCGAAGAAGTTAAAGCCGTGAAGATGAA
TCGGATGGTTCTCGGGCGCTATGAAGCCGGTATCTTGGAGAACCAGCTGCACCGTTGCGT
TGTACGGTAGCTTGTAAAGCCTCGTGCCTGTTTCCGTGGCCATGTTAGTGACCGATCCTC
CGCTGTAGTTGAAAACATGCGGCGGATTCTTGGGAAAGTCAGTCGTGAAAACCCCACTAA
TGTTAAAGTAATGAGCCGGAAGCAAAGCGGTTTGAGGCATGATGAATGTTACATTGTTGA
TGCTGGCTA

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3FB09JQ 782 0 0
C
TAAAATATAACTGGATTTGTGATATAATGATAAAAATTATTATAATACATTGCTCGTTTT
CATCCTCTTTTATTTTGCTTGAGCAAAAAATCGAACCTTTGCTTTGCTCAAAAAATATAA
ACGTTTAACAAAATCCACGCATGAATTCACCACTCACTGGTCTTCTTGGACGTGGGCTTG
TTTGGTTGAAGGACCTAGCACTTGGGAAAATCCTTAGGCGGTGGCAAAATCGACTGATTG
GGTCCTTTGCCGTTTTCCACTAAGAAAGCCATCTTTAATCCCCACGTCGTGTGTACCTCC
AAGTGACAATGCATGAACCATACCCCGGGATTATCCGCTCGGAATCTGATGACGACCCAT
CCACCAGATGGTACTCCGATTGTGTTCCTCTCAACCGGATCCACCAAATTGAAGTTGTTT
GGATCTTTCTTGGCGTTGAAGTTACCTAATCCCCGACCAACTTTGAAGAAGTTAAAGCCG
TGAAGATGAATCGGATGGTTCTCGGGCGCTATGAAGCCGGTATCTTGGAGAACCAGCTGC
ACCGTTGCGTTGTACGGTAGCTTGTAAAGCCTCGTGC*TGTTTCCGTGGCCATGTTAGTG
ACCGATCCTCCGCTGTAGTTGAAAACATGCGGCGGATTCTTGGGAAAGTCAGTCGTGAAA
ACCCCACTAATGTTAAAGTAATGAGCCGGAAGCAAAGCGGTTTGAGGCATGATGAATGTT
ACATTGTTGATGCTGGCTACGACACGGCTTCCGTTCCCGGCCTTGCAACTTGGGCAAGAG
T

QA 2 782 2 782
DS 

RD RR3FB09TF 655 0 0
TCAACCGGATCCACCAAATTGAAGTTGTTTGGATCTTTCTTGGCGTTGAAGTTACCTAAT
CCCCGACCAACTTTGAAGAAGTTAAAGCCGTGAAGATGAATCGGATGGTTCTCGGGCGCT
ATGAAGCCGGTATCTTGGAGAACCAGCTGCACCGTTGCGTTGTACGGTAGCTTGTAAAGC
CTCGTGC*TGTTTCCGTGGCCATGTTAGTGACCGATCCTCCGCTGTAGTTGAAAACATGC
GGCGGATTCTTGGGAAAGTCAGTCGTGAAAACCCCACTAATGTTAAAGTAATGAGCCGGA
AGCAAAGCGGTTTGAGGCATGATGAATGTTACATTGTTGATGCTGGCTACGACACGGCTT
CCGTTCCCGGCCTTGCAACTTGGGCAAGAGTTTAGGCCGAGACCAACCGTGAAGAAGAGG
TGGTGGTCGATGGTGGTCGGGACAAGGGCAGGATACTTCTTGGAGTTGAGGCTACGAAGG
GATCTGGTAAAGTTGTTAGCGACCGAAGTAGCGTTTTGCGGTGGAGGGAGAGTGAGGATT
GTCGGTGAGGAGGATAGTGTTCCGGAGTAATGGAGAGTCGCGGTGGCGGTTGCGTTGTCG
ACAGCTATTGGCGCGTCCATGAAGGGTGAAGCGGTTACAAGGTATTTTCCGGCGC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 3

CO CL3611Contig1 736 3 7 U
GGGAAGCTCTGCAAAAATGGCGATAACACCTCTACGCATCACGACCCCATTCCCATCTCA
ACCCTTTCTCCCAGCCGCAAAGCCACACGCTTCAAAGCTTCTCTTCACCGTCCGCGCCAC
CGACGTCGAATCAACGGAAGACACTCAACCTGACTCAACCCCAACCGAAGACTCCTCCTC
CGAGGGGGAATTCGAGTCCCGTCTCTCGAACATCCGGCTCAGGTACCGAAGCGGGACGGG
GAAGAAAGCAGAGGTGAGGAAATCGAAGAAAGGGTCCTCGTCGTCCTCATCATCATCAGC
CGGTTCGAAAATCTCGGGACTTTACTTGCCGCCGGTGAGTCTGAAGGAGCCGGTCTCGGG
CGGGTTGAAGGTGGAGTTGGGGTTTAGCCCTTACACGGAGCGGCTTAACGGGAGGATGGC
GGGGCTAGGGCTCGCGGCGTTGCTTCTGGTGGAGCTGGCGACGGGGAAGAGCGTGTTGAA
TTACCACACGCCGTCTGTGGTGTGGCTTCAGATCTATTTCTTGGCGGCTGTTTCTGCTAT
GTTTGTTAAGATTGAGAAGGAGAAGGTTAGTGTTTGGCCTAAGGATTAATAAAGGTCTTG
AGATAGTGCATCATCGGATGTGAAATGCTTTCTATTGTGGATTGAAAGGTGTATGCTTTT
GTAACGTTTGAAGTAATGTAATGTAATTTATACTTGCATAATTTCAAGATTGTGGATACA
AATATATTTAAAGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DG48JQ C 85
AF RR3DG48TF U 85
AF RR3C958TF U 1
BS 1 311 RR3C958TF
BS 312 312 RR3DG48TF
BS 313 502 RR3C958TF
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BS 504 633 RR3C958TF
BS 634 634 RR3DG48TF
BS 635 736 RR3C958TF

RD RR3DG48JQ 635 0 0
G
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CAACCTGACTCAACCCCAACCGAAGACTCCTCCTCCGAGGGGGAATTCGAGTCCCGTCTC
TCGAACATCCGGCTCAGGTACCGAAGCGGGACGGGGAAGAAAGCAGAGGTGAGGAAATCG
AAGAAAGGGTCCTCGTCGTCCTCATCATCATCAGCCGGTTCGAAAATCTCGGGACTTTAC
TTGCCGCCGGTGAGTCTGAAGGAGCCGGTCTCGGGCGGGTTGAAGGTGGAGTTGGGGTTT
AGCCCTTACACGGAGCGGCTTAACGGGAGGATGGCGGGGCTAGGGCTCGCGGCGTTGCTT
CTGGTGGAGCTGGCGACGGGGAAGAGCGTGTTGAATTACCACACGCCGTCTGTGGTGTGG
CTTCAGATCTATTTCTTGGCGGCTGTTTCTGCTATGTTTGTTAAGATTGAGAAGGAGAAG
GTTAGTGTTTGGCCTAAGGATTAATAAAGGTCTTGAGATAGTGCATCATCGGATGTGAAA
TGCTTTCTATTGTGGATTGAAAGGTGTATGCTTTTGTAACGTTTGAAGTAATGTAATGTA
ATTTATACTTGCATAATTTCAAGATTGTGGATAC

QA 2 635 2 635
DS 

RD RR3DG48TF 635 0 0
G
CACGCTTCAAAGCTTCTCTTCACCGTCCGCGCCACCGACGTCGAATCAACGGAAGACACT
CAACCTGACTCAACCCCAACCGAAGACTCCTCCTCCGAGGGGGAATTCGAGTCCCGTCTC
TCGAACATCCGGCTCAGGTACCGAAGCGGGACGGGGAAGAAAGCAGAGGTGAGGAAATCG
AAGAAAGGGTCCTCGTCGTCCTCATCATCATCAGCCGGTTCGAAAATCTCGGGACTTTAC
TTGCCGCCGGTGAGTCTGAAGGAGCCGGTCTCGGGCGGGTTGAAGGTGGAGTTGGGGTTT
AGCCCTTACACGGAGCGGCTTAACGGGAGGATGGCGGGGCTAGGGCTCGCGGCGTTGCTT
CTGGTGGAGCTGGCGACGGGGAAGAGCGTGTTGAATTACCACACGCCGTCTGTGGTGTGG
CTTCAGATCTATTTCTTGGCGGCTGTTTCTGCTATGTTTGTTAAGATTGAGAAGGAGAAG
GTTAGTGTTTGGCCTAAGGATTAATAAAGGTCTTGAGATAGTGCATCATCGGATGTGAAA
TGCTTTCTATTGTGGATTGAAAGGTGTATGCTTTTGTAACGTTTGAAGTAATGTAATGTA
ATTTATACTTGCATAATTTCAAGATTGTGGATAC

QA 2 635 2 635
DS 

RD RR3C958TF 736 0 0
GGGAAGCTCTGCAAAAATGGCGATAACACCTCTACGCATCACGACCCCATTCCCATCTCA
ACCCTTTCTCCCAGCCGCAAAGCCACACGCTTCAAAGCTTCTCTTCACCGTCCGCGCCAC
CGACGTCGAATCAACGGAAGACACTCAACCTGACTCAACCCCAACCGAAGACTCCTCCTC
CGAGGGGGAATTCGAGTCCCGTCTCTCGAACATCCGGCTCAGGTACCGAAGCGGGACGGG
GAAGAAAGCAGAGGTGAGGAAATCGAAGAAAGGGTCCTCGTCGTCCTCATCATCATCAGC
CGGTTCGAAAAGCTCGGGACTTTACTTGCCGCCGGTGAGTCTGAAGGAGCCGGTCTCGGG
CGGGTTGAAGGTGGAGTTGGGGTTTAGCCCTTACACGGAGCGGCTTAACGGGAGGATGGC
GGGGCTAGGGCTCGCGGCGTTGCTTCTGGTGGAGCTGGCGACGGGGAAGAGCGTGTTGAA
TTACCACACGCCGTCTGTGGTGCGGCTTCAGATCTATTTCTTGGCGGCTGTTTCTGCTAT
GTTTGTTAAGATTGAGAAGGAGAAGGTTAGTGTTTGGCCTAAGGATTAATAAAGGTCTTG
AGATAGTGCATCATCGGATGTGAAATGCTTTCTTTTGTGGATTGAAAGGTGTATGCTTTT
GTAACGTTTGAAGTAATGTAATGTAATTTATACTTGCATAATTTCAAGATTGTGGATACA
AATATATTTAAAGGAT

QA 1 736 1 736
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3613Contig1 634 3 9 U
GGAAAGGGGTGGTGTATTTTGGTTTTGGATTTTGTCGCTCTGCGCCGCGTCCTCTCTCGT
AAAGCTTCGTCTCTCTTCGATCCCATTCCTCTGTGAAAGAAAGAAACAATGGAAGCGAAA
AGGAATCTGAAGATAAAAACATCAACTTGCAAAAGGATTGTGAAAGAGCTTCGTTCTTAT
GAGAAAGAGGTCGAGAGGGAAGCTGCCAAGACTGCTGCTATGAAGGACAATGGTGCTGAC
CCTTACGACCTCAAACAGCAGGAGAATGTGTTGGGTGAGTCAAGGATGATGGTTCCTGAT
TGCCACAAACGTCTCGAGGCTGCCTTAGCTGACCTCAAGTCCACTTTGGCGGAATTGGAA
GAGACGACAGGTCCAGAAGTTGAAGATGCAAAGAAAACAGTTGCAGATGTGGAGAAGCAG
TTTCCCGCTGAAGATGCGTGATGCTAATATCCATCCAGTGACTGTTGTTTGGTGTGTGTA
TTATTCTGAGATTTGGTTCAACTCTCTTGACTTTATTAACGATTATCAATTGTGAGAATC
TCCGGGTTTTCTTTCAATGCTGCTACAACTGTTTTCGTTTTTCTCTTGATACCATTCTGG
TGACTTTTCTGTCTTTTATTTGTCTAATTAATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EV38TF U 7
AF RR3D280JQ C 1
AF RR3D280TF U 1
BS 1 6 RR3D280JQ
BS 7 378 RR3EV38TF
BS 379 379 RR3D280TF
BS 380 426 RR3EV38TF
BS 427 427 RR3D280TF
BS 428 581 RR3EV38TF
BS 582 582 RR3D280TF
BS 583 591 RR3EV38TF
BS 592 634 RR3D280TF

RD RR3EV38TF 585 0 0
GGGTGGTGTATTTTGGTTTTGGATTTTGTCGCTCTGCGCCGCGTCCTCTCTCGTAAAGCT
TCGTCTCTCTTCGATCCCATTCCTCTGTGAAAGAAAGAAACAATGGAAGCGAAAAGGAAT
CTGAAGATAAAAACATCAACTTGCAAAAGGATTGTGAAAGAGCTTCGTTCTTATGAGAAA
GAGGTCGAGAGGGAAGCTGCCAAGACTGCTGCTATGAAGGACAATGGTGCTGACCCTTAC
GACCTCAAACAGCAGGAGAATGTGTTGGGTGAGTCAAGGATGATGGTTCCTGATTGCCAC
AAACGTCTCGAGGCTGCCTTAGCTGACCTCAAGTCCACTTTGGCGGAATTGGAAGAGACG
ACAGGTCCAGAATTTGAAGATGCAAAGAAAACAGTTGCAGATGTGGAGAAGCAGTTTCCC
ACTGAAGATGCGTGATGCTAATATCCATCCAGTGACTGTTGTTTGGTGTGTGTATTATTC
TGAGATTTGGTTCAACTCTCTTGACTTTATTAACGATTATCAATTGTGAGAATCTCCGGG
TTTTCTTTCAATGCTGCTACAACTGTTTTCGTTTTGCTCTTGATA

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3D280JQ 634 0 0
GGAAAGGGGTGGTGTATTTTGGTTTTGGATTTTGTCGCTCTGCGCCGCGTCCTCTCTCGT
AAAGCTTCGTCTCTCTTCGATCCCATTCCTCTGTGAAAGAAAGAAACAATGGAAGCGAAA
AGGAATCTGAAGATAAAAACATCAACTTGCAAAAGGATTGTGAAAGAGCTTCGTTCTTAT
GAGAAAGAGGTCGAGAGGGAAGCTGCCAAGACTGCTGCTATGAAGGACAATGGTGCTGAC
CCTTACGACCTCAAACAGCAGGAGAATGTGTTGGGTGAGTCAAGGATGATGGTTCCTGAT
TGCCACAAACGTCTCGAGGCTGCCTTAGCTGACCTCAAGTCCACTTTGGCGGAATTGGAA
GAGACGACAGGTCCAGAAGTTGAAGATGCAAAGAAAACAGTTGCAGATGTGGAGAAGCAG
TTTCCCGCTGAAGATGCGTGATGCTAATATCCATCCAGTGACTGTTGTTTGGTGTGTGTA
TTATTCTGAGATTTGGTTCAACTCTCTTGACTTTATTAACGATTATCAATTGTGAGAATC
TCCGGGTTTTCTTTCAATGCTGCTACAACTGTTTTCGTTTTTCTCTTGATACCATTCTGG
TGACTTTTCTGTCTTTTATTTGTCTAATTAATAA

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3D280TF 634 0 0
GGAAAG
GGGTGGTGTATTTTGGTTTTGGATTTTGTCGCTCTGCGCCGCGTCCTCTCTCGTAAAGCT
TCGTCTCTCTTCGATCCCATTCCTCTGTGAAAGAAAGAAACAATGGAAGCGAAAAGGAAT
CTGAAGATAAAAACATCAACTTGCAAAAGGATTGTGAAAGAGCTTCGTTCTTATGAGAAA
GAGGTCGAGAGGGAAGCTGCCAAGACTGCTGCTATGAAGGACAATGGTGCTGACCCTTAC
GACCTCAAACAGCAGGAGAATGTGTTGGGTGAGTCAAGGATGATGGTTCCTGATTGCCAC
AAACGTCTCGAGGCTGCCTTAGCTGACCTCAAGTCCACTTTGGCGGAATTGGAAGAGACG
ACAGGTCCAGAAGTTGAAGATGCAAAGAAAACAGTTGCAGATGTGGAGAAGCAGTTTCCC
GCTGAAGATGCGTGATGCTAATATCCATCCAGTGACTGTTGTTTGGTGTGTGTATTATTC
TGAGATTTGGTTCAACTCTCTTGACTTTATTAACGATTATCAATTGTGAGAATCTCCGGG
TTTTCTTTCAATGCTGCTACAACTGTTTTCGTTTTTCTCTTGATACCATTCTGGTGACTT
TTCTGTCTTTTATTTGTCTAATTAATAA

QA 7 634 7 634
DS 



AS 1 3

CO CL3614Contig1 739 3 3 U
GGATCTTAAAGAATAATAATGGCAAAATTCGTCATCTTCTTTCTTGCCTCTGCTCTATGT
TTGACCACCCTCCTTCACTTCGCGGCCGCTGATGCCGACGACCTCGACCGCTTCCACATC
AAGGGCTCCGTCTACTGCGACACCTGCCGTGTTCAATTCCAGACCCGCCTCAGTAAATTC
CTCGAAGGGGCAAAGGTAAAGCTCGAGTGCAAGGGTCGTGAGAACCAGACAGTGACACTG
AGCAAAGAAGCTGTGACCGACAAAGATGGAAACTATGAGATGGTAGTTATGGGAGACCAC
GAAGAGGAAGTGTGCGAGATCATCCTCGTCCAATCACCGGACGCAGAGTGTAGTGAAGTG
AACAATCAAGAGTTCCTAAGAAACGCAGCCAGGATCAGTCTCACGGCTAATGATGGAATT
GTCTCCAACGAGATTCGAACCATTAACCCACTTGGATTCATGAGGAAGACTCCTCTCGCT
GATTGTCCTCAAGCTTTCAAGGAGCTTGGAATCGTCCCTGACGTCATCTTCTAAGCTCTA
TATATTAATTATACCCATATATATCGATCTCTCAACAGTTTATTTTTGACAACTCTTTCT
ATCTCTTATATAAAACTTTCTTTACATGTTGTCGTCTGAGTTTACTTAACTAACGGTGTT
TTCTTTTGTTTATATCTTGTGTTTGTATTCCAGCAATTTTTCTTTTGTTGTTTTACCCTT
GGGTGTTCTTTTATTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3BF47TF U 1
AF RR3DV70TF U 13
AF RR3DV70JQ C 28
BS 1 726 RR3BF47TF
BS 727 736 RR3DV70TF
BS 737 739 RR3DV70JQ

RD RR3BF47TF 726 0 0
GGATCTTAAAGAATAATAATGGCAAAATTCGTCATCTTCTTTCTTGCCTCTGCTCTATGT
TTGACCACCCTCCTTCACTTCGCGGCCGCTGATGCCGACGACCTCGACCGCTTCCACATC
AAGGGCTCCGTCTACTGCGACACCTGCCGTGTTCAATTCCAGACCCGCCTCAGTAAATTC
CTCGAAGGGGCAAAGGTAAAGCTCGAGTGCAAGGGTCGTGAGAACCAGACAGTGACACTG
AGCAAAGAAGCTGTGACCGACAAAGATGGAAACTATGAGATGGTAGTTATGGGAGACCAC
GAAGAGGAAGTGTGCGAGATCATCCTCGTCCAATCACCGGACGCAGAGTGTAGTGAAGTG
AACAATCAAGAGTTCCTAAGAAACGCAGCCAGGATCAGTCTCACGGCTAATGATGGAATT
GTCTCCAACGAGATTCGAACCATTAACCCACTTGGATTCATGAGGAAGACTCCTCTCGCT
GATTGTCCTCAAGCTTTCAAGGAGCTTGGAATCGTCCCTGACGTCATCTTCTAAGCTCTA
TATATTAATTATACCCATATATATCGATCTCTCAACAGTTTATTTTTGACAACTCTTTCT
ATCTCTTATATAAAACTTTCTTTACATGTTGTCGTCTGAGTTTACTTAACTAACGGTGTT
TTCTTTTGTTTATATCTTGTGTTTGTATTCCAGCAATTTTTCTTTTGTTGTTTTACCCTT
GGGTGT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3DV70TF 724 0 0
GG
AATAATGGCAAAATTCGTCATCTTCTTTCTTGCCTCTGCTCTATGTTTGACCACCCTCCT
TCACTTCGCGGCCGCTGATGCCGACGACCTCGACCGCTTCCACATCAAGGGCTCCGTCTA
CTGCGACACCTGCCGTGTTCAATTCCAGACCCGCCTCAGTAAATTCCTCGAAGGGGCAAA
GGTAAAGCTCGAGTGCAAGGGTCGTGAGAACCAGACAGTGACACTGAGCAAAGAAGCTGT
GACCGACAAAGATGGAAACTATGAGATGGTAGTTATGGGAGACCACGAAGAGGAAGTGTG
CGAGATCATCCTCGTCCAATCACCGGACGCAGAGTGTAGTGAAGTGAACAATCAAGAGTT
CCTAAGAAACGCAGCCAGGATCAGTCTCACGGCTAATGATGGAATTGTCTCCAACGAGAT
TCGAACCATTAACCCACTTGGATTCATGAGGAAGACTCCTCTCGCTGATTGTCCTCAAGC
TTTCAAGGAGCTTGGAATCGTCCCTGACGTCATCTTCTAAGCTCTATATATTAATTATAC
CCATATATATCGATCTCTCAACAGTTTATTTTTGACAACTCTTTCTATCTCTTATATAAA
ACTTTCTTTACATGTTGTCGTCTGAGTTTACTTAACTAACGGTGTTTTCTTTTGTTTATA
TCTTGTGTTTGTATTCCAGCAATTTTTCTTTTGTTGTTTTACCCTTGGGTGTTCTTTTAT
TT

QA 3 724 3 724
DS 

RD RR3DV70JQ 712 0 0
TTCGTCATCTTCTTTCTTGCCTCTGCTCTATGTTTGACCACCCTCCTTCACTTCGCGGCC
GCTGATGCCGACGACCTCGACCGCTTCCACATCAAGGGCTCCGTCTACTGCGACACCTGC
CGTGTTCAATTCCAGACCCGCCTCAGTAAATTCCTCGAAGGGGCAAAGGTAAAGCTCGAG
TGCAAGGGTCGTGAGAACCAGACAGTGACACTGAGCAAAGAAGCTGTGACCGACAAAGAT
GGAAACTATGAGATGGTAGTTATGGGAGACCACGAAGAGGAAGTGTGCGAGATCATCCTC
GTCCAATCACCGGACGCAGAGTGTAGTGAAGTGAACAATCAAGAGTTCCTAAGAAACGCA
GCCAGGATCAGTCTCACGGCTAATGATGGAATTGTCTCCAACGAGATTCGAACCATTAAC
CCACTTGGATTCATGAGGAAGACTCCTCTCGCTGATTGTCCTCAAGCTTTCAAGGAGCTT
GGAATCGTCCCTGACGTCATCTTTTAAGCTCTATATATTAATTATACCCATATATATCGA
TCTCTCAACAGTTTATTTTTGACAACTCTTTCTATCTCTTATATAAAACTTTCTTTACAT
GTTGTCGTCTGAGTTTACTTAACTAACGGTGTTTTCTTTTGTTTATATCTTGTGTTTGTA
TTCCAGCAATTTTTCTTTTGTTGTTTTACCCTTGGGTGTTCTTTTATTTTTT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 3

CO CL3615Contig1 1168 3 11 U
GTAATATCTTGGCTATATATATTTATGTTGCTTGATCTAAACCGTTTTATTTTCTTAAAA
TATTCTTCTTTCATCTCTTTCATTAATGAGCATCTTCTAATTCACATGTTTCATGTAAAA
CATTGAGTGCGAATGCTGCTGTGAAATGATTCTGACCCTAACCCCATTTTATCATCACCA
ATTCGCAGCATAAAGAAAAGGGGGAGAAGAATATAATACTAATAAAAAGAGGAGTTCCTT
CAGGTGCAAGTTTCTATATTTTTGAAATGGGAGATCATTTCGTGCTGTTTATGGATAGGT
TGATAACAGAAGCGACAATCGAGGAAACCATTCAGAGCAGGAACCGTATGCTGCAAGCCA
ATGCACCCATTGAGGACGAATGTAGAATCCTGGATGAGAAAACACTCGAGAAGCTGCGTA
ATGGAGACTTGAAGATGGTTCAGTGTAGGATTTGTCACGATGAGGATTTGGATTCAGATA
TGGAGACTCCTTGTTCTTGCAGCGGTAACTTGAAGTATGCACATAGGAGGTGCGTGCAGA
GATGGTGTAACGA*AAAGGAGATACCACCTGCGAGATTTGTCACCAGGAGTTTAAGCCGG
ATTACACAGCACCATCTCCATTGTTAGAGTTGGGTCATGTTCCTCTTCATTTCAGGGGAA
GCTGGGGAGTATCTCAACCTGATCATCGTTACATCACAGTTGTACCTTCTGATTCCACTT
TCCTCGATGACGACCATCATCAATACCCTCTTTCTTCCACCACAAGCTTCATCTGTTGCC
GTTCCCTTGTTCTCATCTTCATGGCTCTTCTGATCTTCCGACATACACTCCCCTTAGTCC
TCACCGGTTCCGACCTCCATGTCTTCCCCTTGTTCATGTTGTTGTTTCTGAGAATACTCG
GGATCATCCTACCAATCTATGTCGTCACCAAAGCAGCCGCCACTTGTTGCCGGCATTCTC
AGTCATTAGAAACCTCTGACTCCGAAGACTCATCTGACGAAGAAGCAGAGTTATGGCGCT
TGCCTCCAACGCAATCTTACATTATAGGCGTGCCATGAGCCATTGTTTCTTTCCCCTTTC
ACATGCACAATGTCTCTGTAAATATACTCTTCTCACTTATACATGTAAAATGTTGAATTG
AAACAATAGAAAAAAGTATTTAACTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AF23TF U 1
AF RR3DF17TF U 55
AF RR3AF23JQ C 419
BS 1 326 RR3AF23TF
BS 327 327 RR3DF17TF
BS 328 651 RR3AF23TF
BS 652 732 RR3DF17TF
BS 733 733 RR3AF23JQ
BS 734 757 RR3DF17TF
BS 758 758 RR3AF23JQ
BS 759 816 RR3DF17TF
BS 817 817 RR3AF23JQ
BS 818 832 RR3DF17TF
BS 833 1168 RR3AF23JQ

RD RR3AF23TF 651 0 0
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TATTCTTCTTTCATCTCTTTCATTAATGAGCATCTTCTAATTCACATGTTTCATGTAAAA
CATTGAGTGCGAATGCTGCTGTGAAATGATTCTGACCCTAACCCCATTTTATCATCACCA
ATTCGCAGCATAAAGAAAAGGGGGAGAAGAATATAATACTAATAAAAAGAGGAGTTCCTT
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TGATAACAGAAGCGACAATCGAGGAAGCCATTCAGAGCAGGAACCGTATGCTGCAAGCCA
ATGCACCCATTGAGGACGAATGTAGAATCCTGGATGAGAAAACACTCGAGAAGCTGCGTA
ATGGAGACTTGAAGATGGTTCAGTGTAGGATTTGTCACGATGAGGATTTGGATTCAGATA
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ATTACACAGCACCATCTCCATTGTTAGAGTTGGGTCATGTTCCTCTTCATT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3DF17TF 779 0 0
GG
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AAAACATTGAGTGCGAATGCTGCTGTGAAATGATTCTGACCCTAACCCCATTTTATCATC
ACCAATTCGCAGCATAAAGAAAAGGGGGAGAAGAATATAATACTAATAAAAAGAGGAGTT
CCTTCAGGTGCAAGTTTCTATATTTTTGAAATGGGAGATCATTTCGTGCTGTTTATGGAT
AGGTTGATAACAGAAGCGACAATCGAGGAAACCATTCAGAGCAGGAACCGTATGCTGCAA
GCCAATGCACCCATTGAGGACGAATGTAGAATCCTGGATGAGAAAACACTCGAGAAGCTG
CGTAATGGAGACTTGAAGATGGTGCAGTGTAGGACTTGTCACGATGAGGATTTGGATTCA
GATATGGGGACTCCTTGTTCTTGCAGCGGTAGCTTGAAGTATGCACATAGGAGGTGCGTG
CAGAGATGGTGTAACGAGAAAGGAGATACCACCTGCGAGATTTGTCACCAGGAGTTTAAG
CCGGATTACACAGCACCATCTCCATTGTTAGAGTTGGGTCATGTTCCTCTTCATTTCAGG
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T

QA 3 778 3 778
DS 

RD RR3AF23JQ 750 0 0
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TATGGAGACTCCTTGTTCTTGCAGCGGTAACTTGAAGTATGCACATAGGAGGTGCGTGCA
GAGATGGTGTAACGA*AAAGGAGATACCACCTGCGAGATTTGTCACCAGGAGTTTAAGCC
GGATTACACAGCACCATCTCCATTGTTAGAGTTGGGTCATGTTCCTCTTCATTTCAGGGG
AAGCTGGGGAGTATCTCAACCTGATCATCGTTACATCACAGTTGTACCTTCTGATTCCAC
TTTCCTCGATGACGACCATCATCAATACCCTCTTTCTTCCACCACAAGCTTCATCTGTTG
CCGTTCCCTTGTTTTCATCTTCATGGCTCTTCTGATTTTCCGACATACACTCCCCTTAGT
CCTCACCGGTTCCGACCTCCATGTCTTCCCCTTGTTCATGTTGTTGTTTCTGAGAATACT
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TCAGTCATTAGAAACCTCTGACTCCGAAGACTCATCTGACGAAGAAGCAGAGTTATGGCG
CTTGCCTCCAACGCAATCTTACATTATAGGCGTGCCATGAGCCATTGTTTCTTTCCCCTT
TCACATGCACAATGTCTCTGTAAATATACTCTTCTCACTTATACATGTAAAATGTTGAAT
TGAAACAATAGAAAAAAGTATTTAACTGGC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

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GTTATAGGAGGAGATCTTTGATGAAACGGATCACCATTTTGAAGACTCGTGACAGTGCAT
GACCACCGATTATGTATCTCTCTCGTCTTTGTTTTAAAACCTTCCTACTTTGTTACTTGT
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CTACAATGGTAGGTTTGATCGGTGTGATATATATAAAGTAATGGAGGGGTTAAAGACGTC
AAAAGTTCTGTATATTGAACATTACATTATCGTAGGAGTAAACAAACTGTGTATCC


BQ
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AF RR3EW67JQ C 1
AF RR3EW67TF U 1
BS 1 594 RR3EW67TF
BS 595 596 RR3EW67JQ

RD RR3EW67JQ 596 0 0
GCTAAGGACAAAGACATCGCTACAGAAGTGGAAGAGCTTTCCAAATCGAGCAAGTTCGTT
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AGATGTTATTGAGGAACTTTTGCAGGTAACTAAGGAATGTTTCCATAAAGAGTTACCAAA
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GTTATAGGAGGAGATCTTTGATGAAACGGATCACCATTTTGAAGACTCGTGACAGTGCAT
GACCACCGATTATGTATCTCTCTCGTCTTTGTTTTAAACCCTTCCTACTTTGTTACTTGT
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CTACAATGGTAGGTTTGATCGGTGTGATATATATAAAGTAATGGAGGGGTTAAAGACGTC
AAAAGTTCTGTATATTGAACATTACATTATCGTAGGAGTAAACAAACTGTGTATCC

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3EW67TF 596 0 0
GCTAAGGACAAAGACATCGCTACAGAAGTGGAAGAGCTTTCCAAATCGAGCAAGTTCGTT
CAAGAGAAGTAAGACCAAGAAGTGGTCAAAGGACAATGACGCAGACATCTTGCATTTAAA
TGGCAACCCGCTGCCTAAACTAGCCGAGGAAGAAGAAGCTGTTGGAATCATTACAATGGA
AGATGTTATTGAGGAACTTTTGCAGGTAACTAAGGAATGTTTCCATAAAGAGTTACCAAA
ATCAAAAGTAAACAAAAGTCTTTTTCACTTTTAACTGTGTATTATATTTTGTGGTTTTTG
GTTATAGGAGGAGATCTTTGATGAAACGGATCACCATTTTGAAGACTCGTGACAGTGCAT
GACCACCGATTATGTATCTCTCTCGTCTTTGTTTTAAAACCTTCCTACTTTGTTACTTGT
CCTTCGGCTGTATCAATGTAGGAATACTTAAAAAGTGTTTGTAATTTTTTTTAGAAAGTA
CTACAATGGTAGGTTTGATCGGTGTGATATATATAAAGTAATGGAGGGGTTAAAGACGTC
AAAAGTTCTGTATATTGAACATTACATTATCGTAGGAGTAAACAAACTGTGTAT
CC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 3

CO CL3617Contig1 914 3 9 U
GAAAAAGTAGCAGGATGACTATGCGAAATGAAACAAGGGTCAATGATAAGAAATAATAGA
AAGTCTTACTAAACAGTAAACAATACCAAAAAGGGTAAAAAAACAGCAAAGAAGTCAACA
CAGTTGCATATAAATTCCGACTCGTAAAAAACACCAAAACACCTTGCATACGCCAAGCCT
TTCGACCTCTTGACTTGTCGTCGTTGCATATCCCACGCTTTTTCAAACCCTGTTGACAAA
GATTGCGGTTGGACTGCCAGGAGATGGAGGATTCTGCTTCAGGAGTGAAGCATGTGGACC
AGCCCTAGCAACGACATTAGGGTCACTCGCAGAATAGATCTCAACCTCTTCAAGACCAAG
CTGCCGCTGGATCAAGTCCATGTTACTCTGAAGAACTTCCATCTCTCCAAAAGGTAGCTT
CAAATTCAGAGCCTGGCCACCAATAGCTATAGCCTCGTCCTTTTTGAATTTAAGGAAAGG
CATGCAAATCTTCTGAATTTGTTTGAAGTTTTCCGCTTGGCCCTCTTTCTGCAATGTCTC
CCTCAGTTCTGCAAGTATCTCAGCATCAGGGGCAAAGCAACGGGTTTGCTGGTCAAATTT
GCTTTGCAGAATCTGGAGGCAGTGGGCTCTCCATCCATCAAATTCCTCATTCACATACAC
AAGGCCCTCCAACTTCTCCTCTGCTACTGCTGTTACTTGAGCGCCTTTCTTAGCAGCCTT
TTTGGATCCTAAAAGCTGTTTTTGCAGAAGCTTTCTCATTAAGACGATGGAATCCTGCAG
ATATTTGTTAGCACCCTTGAGAACCAAATCTGGCTCATTTGATGCTGGCCAGCCTGATGT
TATCACACAGCCTTCCTTCTTCAGAAATTTCCTCCAAACATATTTTGCATAATGAGGACA
GATTGGCCTGTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL04JQ U 1
AF RR3FG58JQ U 63
AF RR3FL04TF C 243
BS 1 331 RR3FL04JQ
BS 332 332 RR3FG58JQ
BS 333 336 RR3FL04JQ
BS 337 337 RR3FG58JQ
BS 338 428 RR3FL04JQ
BS 429 429 RR3FG58JQ
BS 430 756 RR3FL04JQ
BS 757 822 RR3FG58JQ
BS 823 914 RR3FL04TF

RD RR3FL04JQ 756 0 0
GAAAAAGTAGCAGGATGACTATGCGAAATGAAACAAGGGTCAATGATAAGAAATAATAGA
AAGTCTTACTAAACAGTAAACAATACCAAAAAGGGTAAAAAAACAGCAAAGAAGTCAACA
CAGTTGCATATAAATTCCGACTCGTAAAAAACACCAAAACACCTTGCATACGCCAAGCCT
TTCGACCTCTTGACTTGTCGTCGTTGCATATCCCACGCTTTTTCAAACCCTGTTGACAAA
GATTGCGGTTGGACTGCCAGGAGATGGAGGATTCTGCTTCAGGAGTGAAGCATGTGGACC
AGCCCTAGCAACGACATTAGGGTCACTCGCAAAATAAATCTCAACCTCTTCAAGACCAAG
CTGCCGCTGGATCAAGTCCATGTTACTCTGAAGAACTTCCATCTCTCCAAAAGGTAGCTT
CAAATTCAAAGCCTGGCCACCAATAGCTATAGCCTCGTCCTTTTTGAATTTAAGGAAAGG
CATGCAAATCTTCTGAATTTGTTTGAAGTTTTCCGCTTGGCCCTCTTTCTGCAATGTCTC
CCTCAGTTCTGCAAGTATCTCAGCATCAGGGGCAAAGCAACGGGTTTGCTGGTCAAATTT
GCTTTGCAGAATCTGGAGGCAGTGGGCTCTCCATCCATCAAATTCCTCATTCACATACAC
AAGGCCCTCCAACTTCTCCTCTGCTACTGCTGTTACTTGAGCGCCTTTCTTAGCAGCCTT
TTTGGATCCTAAAAGCTGTTTTTGCAGAAGCTTTCT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3FG58JQ 760 0 0
GTCTTACTAAACAGTAAACAATACCAAAAAGGGTAAAAAAACAGCAAAGAAGTCAACACA
GTTGCATATAAATTCCGACTCGTAAAAAACACCAAAACACCTTGCATACGCCAAGCCTTT
CGACCTCTTGACTTGTCGTCGTTGCATATCCCACGCTTTTTCAAACCCTGTTGACAAAGA
TTGCGGTTGGACTGCCGGGAGATGGAGGATTCTGCTTCAGGAGTGAAGCATGTGGACCAG
CTCTAGCAACGACATTAGGGTCACTCGCAGAATAGATCTCAACCTCTTCGAGACCAAGCT
GCCGCTTGATCAAGTCCATGTTACTCTGAAGAACTTCCATCTCTCCAAAAGGTAGCTTCA
AATTCAGAGCCTGGCCACCAATAGCTATAGCCTCGTCCTTTTTGAATTTAAGGAAAGGCA
TGCAAATCTTCTGAATTTGTTTGAAGTTTTCCGCTTGGCCCTCTTTCTGCAATGTCTCCC
TCAGTTCTGCAAGTATCTCAGCATCAGGGGCAAAGCAACGGGTTTGCTGGTCAAATTTGC
TTTGCAGAATCTGGAGGCAGTGGGCTCTCCATCCATCAAATTCCTCATTCACATACACAA
GGCCCTTCAACTTCTCCTCTGCTACTGCTGTTACTTGAGCGCCTTTCTTAGCAGCCTTTT
TGGATCCTAAAAGCTGTTTTTGCAGAAGCTTTCTCATTAAGACGATGGAATCCTGCAGAT
ATTTGTTAGCACCCTTGAGAACCAAATCTGGCTCATTTGA

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3FL04TF 672 0 0
TTGCGGTTGGACTGCCAGGAGATGGAGGATTCTGCTTCAGGAGTGAAGCATGTGGACCAG
CCCTAGCAACGACATTAGGGTCACTCGCAGAATAGATCTCAACCTCTTCAAGACCAAGCT
GCCGCTGGATCAAGTCCATGTTACTCTGAAGAACTTCCATCTCTCCAAAAGGTAGCTTCA
AATTCAGAGCCTGGCCACCAATAGCTATAGCCTCGTCCTTTTTGAATTTAAGGAAAGGCA
TGCAAATCTTCTGAATTTGTTTGAAGTTTTCCGCTTGGCCCTCTTTCTGCAATGTCTCCC
TCAGTTCTGCAAGTATCTCAGCATCAGGGGCAAAGCAACGGGTTTGCTGGTCAAATTTGC
TTTGCAGAATCTGGAGGCAGTGGGCTCTCCATCCATCAAATTCCTCATTCACATACACAA
GGCCCTCCAACTTCTCCTCTGCTACTGCTGTTACTTGAGCGCCTTTCTTAGCAGCCTTTT
TGGATCCTAAAAGCTGTTTTTGCAGAAGCTTTCTCATTAAGACGATGGAATCCTGCAGAT
ATTTGTTAGCACCCTTGAGAACCGAATCTGGCTCATTTGATGCTGGCCAGCCTGATGTTA
TCACACAGCCTTCCTTCTTCAGAAATTTCCTCCAAACATATTTTGCATAATGAGGACAGA
TTGGCCTGTTCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 3

CO CL3618Contig1 693 3 10 U
GGAGACTTTTCCAGCTTTGATGTCTCCGTCCAATTTTGATTTCTCTCTTTGGTACTTGAG
ACTCTGAAAGTTAGAAACGATACCATCTTTGTAGATCTCTCGGATCACGTTTTCTGTAGG
ATTTTGCGTGGGAAGTGGATCAGATATGAACTGGGTACAACGAAAAATCTACCTTTACAA
TGTCACCTTCGGTCTCTACATGCTTGATTGGTGGGAACGATACCTCTTCAATGGTTTGGT
GGTAGTCTTGATGTGGTTCGTAGCTTACAACGGTACACGCTACTTTTCAGAACTCTTCAA
GAGGCAGCTGGCATGAAAGCAATGTCTTGTTTCTCGTGTGCGGTGAAAAGTCTCAAGGCT
TACCACGTTTTGTTTCAAATTTCTAAGACGTAACAAAACCTATATGCTGCTTCTTCACCT
CTGATTCTCTTGGCTTTCCTCCAAGTTCGACATCATCGAAGACTGTTCAAAAATTGTCTC
TGTGTCATTTGTTACCATGTTTTTTTTTTTGGAATTAACATAACTTATTTACAGACGCAT
TAGATCGCAAGCCTTTCTGTTGTATTTCCCAATCTCTTTGAAACATGGCCAAACCAATAC
TAATGATTGTGGTGTTTTGTAACTAGTGAATACTATTTATCATTTTCATCACTTCGATAC
TAAATGATAATGGTCATGGACAGTTTGTTTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H948TF U 1
AF RR3GF88TF U 24
AF RR3GF88JQ C 78
BS 1 306 RR3H948TF
BS 307 307 RR3GF88TF
BS 308 475 RR3H948TF
BS 476 476 RR3GF88TF
BS 477 508 RR3H948TF
BS 509 510 RR3GF88TF
BS 511 549 RR3H948TF
BS 550 550 RR3GF88TF
BS 551 622 RR3H948TF
BS 623 693 RR3GF88TF

RD RR3H948TF 622 0 0
GGAGACTTTTCCAGCTTTGATGTCTCCGTCCAATTTTGATTTCTCTCTTTGGTACTTGAG
ACTCTGAAAGTTAGAAACGATACCATCTTTGTAGATCTCTCGGATCACGTTTTCTGTAGG
ATTTTGCGTGGGAAGTGGATCAGATATGAACTGGGTACAACGAAAAATCTACCTTTACAA
TGTCACCTTCGGTCTCTACATGCTTGATTGGTGGGAACGATACCTCTTCAATGGTTTGGT
GGTAGTCTTGATGTGGTTCGTAGCTTACAACGGTACACGCTACTTTTCAGAACTCTTCAA
GAGGCATCTGGCATGAAAGCAATGTCTTGTTTCTCGTGTGCGGTGAAAAGTCTCAAGGCT
TACCACGTTTTGTTTCAAATTTCTAAGACGTAACAAAACCTATATGCTGCTTCTTCACCT
CTGATTCTCTTGGCTTTCCTCCAAGTTCGACATCATCGAAGACTGTTCAAAAATTTTCTC
TGTGTCATTTGTTACCATGTTTTTTTTT**GGAATTAACATAACTTATTTACAGACGCAT
TAGATCGCAGGCCTTTCTGTTGTATTTCCCAATCTCTTTGAAACATGGCCAAACCAATAC
TAATGATTGTGGTGTTTTGTAA

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3GF88TF 670 0 0
GG
CCGTCCAATTTTGATTTCTCTCTTTGGTACTTGAGACTCTGAAAGTTAGAAACGATACCA
TCTTTGTAGATCTCTCGGATCACGTTTTCTGTAGGATTTTGCGTGGGAAGTGGATCAGAT
ATGAACTGGGTACAACGAAAAATCTACCTTTACAATGTCACCTTCGGTCTCTACATGCTT
GATTGGTGGGAACGATACCTCTTCAATGGTTTGGTGGTAGTCTTGATGTGGTTCGTAGCT
TACAACGGTACACGCTACTTTTCAGAACTCTTCAAGAGGCAGCTGGCATGAAAGCAATGT
CTTGTTTCTCGTGTGCGGTGAAAAGTCTCAAGGCTTACCACGTTTTGTTTCAAATTTCTA
AGACGTAACAAAACCTATATGCTGCTTCTTCACCTCTGATTCTCTTGGCTTTCCTCCAAG
TTCGACATCATCGAAGACTGTTCAAAAATTGTCTCTGTGTCATTTGTTACCATGTTTTTT
TTTTTGGAATTAACATAACTTATTTACAGACGCATTAGATCGCAAGCCTTTCTGTTGTAT
TTCCCAATCTCTTTGAAACATGGCCAAACCAATACTAATGATTGTGGTGTTTTGTAACTA
GTGAATACTATTTATCATTTTCATCACTTCGATACTAAATGATAATGGTCATGGACAGTT
TGTTTGAG

QA 3 670 3 670
DS 

RD RR3GF88JQ 616 0 0
CGATACCATCTTTGTAGATCTCTCGGATCACGTTTTCTGTAGGATTTTGCGTGGGAAGTG
GATCAGATATGAACTGGGTACAACGAAAAATCTACCTTTACAATGTCACCTTCGGTCTCT
ACATGCTTGATTGGTGGGAACGATACCTCTTCAATGGTTTGGTGGTAGTCTTGATGTGGT
TCGTAGCTTACAACGGTACACGCTACTTTTCAGAACTCTTCAAGAGGCAGCTGGCATGAA
AGCAATGTCTTGTTTTTCGTGTGCGGTGAAAAGTCTCAAGGCTTACCACGTTTTGTTTCA
AATTTTTAAGACGTAACAAAACCTATATGCTGCTTCTTCACCTCTGATTCTCTTGGCTTT
CCTCCAAGTTCGACATCATCGAAGACTGTTCAAAAATTGTCTCTGTGTCATTTGTTACCA
TGTTTTTTTTTTTGGAATTAACATAACTTATTTACAGACGCATTAGATCGCAAGCCTTTC
TGTTGTATTTCCCAATCTCTTTGAAACATGGCCAAACCAATACTAATGATTGTGGTGTTT
TGTAACTAGTGAATACTATTTATCATTTTCATCACTTCGATACTAAATGATAATGGTCAT
GGACAGTTTGTTTGAG

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 3

CO CL3619Contig1 830 3 4 U
GAAGATCGAAACGACATCTTCTGCAAGCATGTCAAGCGAAGGAGACACCACCCTCAAGTC
TATCTGTTACAAGCCTGGCTCTCTCCAGTTACTCGATCAGAGGAAGCTTCCTTTGGAGAC
TACTTACTTAGAGATCCGTGATGCTGCTGATGGATGGAGTGCGATACAGGAGATGGTGGT
ACGTGGTGCTCCTGCGATAGCCATTGCTGCTGCTCTCTCTTTAGCTGTTGAAGTCTCCAA
CTTTAGTGGTTTCGATGGATCATCAGCAGAAGCTGTTACTCTCCTTGAGAAGAAGTTGGA
TTATTTGGTTTCAAGCCGGCCAACAGCTGTTAATCTTGCGGATGCTGCTTTGAAACTTAA
ACATGTTATAGCAAATGCCTTGGCTACTTCTGCCCTTGAACCTAACTCCATTTTCAATGC
ATATATCGAAGCTGCTGAGAATATGCTCGAAGATGATGTCGCTTCAAACAAAGCAATAGG
GACCTTTGGTTCAAGCTTACTGAGGCAGCAGGCCAAAAATCCTGACAAGCTTTCTGTTCT
GACCCATTGCAACACCGGCAGCCTTGCTACTGCCGGATATGGAACTGCCCTGGGTGTTAT
CCGTGCACTCCACACTCAAGGAGTCTTAGAAAGAGCATACTGCACAGAAACACGTCCATT
CAATCAAGGATCGAGCTTACGGCGGTTGAGTTGGTGCATGAAAAGATCCCTGCAACTCTC
ATTGCAGACTCAGCTGCAGCTGCACTTATGAAAGATGGTCGTGTAGATGGTGTCATTGTT
GGAGCAGACCGTGTGGCTTCAATGGTGATACTGCTACAGATGGGACTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FK78TF U 1
AF RR3FJ95TF U 11
AF RR3CK21TF U 70
BS 1 658 RR3FK78TF
BS 659 659 RR3FJ95TF
BS 660 663 RR3FK78TF
BS 664 830 RR3CK21TF

RD RR3FK78TF 663 0 0
GAAGATCGAAACGACATCTTCTGCAAGCATGTCAAGCGAAGGAGACACCACCCTCAAGTC
TATCTGTTACAAGCCTGGCTCTCTCCAGTTACTCGATCAGAGGAAGCTTCCTTTGGAGAC
TACTTACTTAGAGATCCGTGATGCTGCTGATGGATGGAGTGCGATACAGGAGATGGTGGT
ACGTGGTGCTCCTGCGATAGCCATTGCTGCTGCTCTCTCTTTAGCTGTTGAAGTCTCCAA
CTTTAGTGGTTTCGATGGATCATCAGCAGAAGCTGTTACTCTCCTTGAGAAGAAGTTGGA
TTATTTGGTTTCAAGCCGGCCAACAGCTGTTAATCTTGCGGATGCTGCTTTGAAACTTAA
ACATGTTATAGCAAATGCCTTGGCTACTTCTGCCCTTGAACCTAACTCCATTTTCAATGC
ATATATCGAAGCTGCTGAGAATATGCTCGAAGATGATGTCGCTTCAAACAAAGCAATAGG
GACCTTTGGTTCAAGCTTACTGAGGCAGCAGGCCAAAAATCCTGACAAGCTTTCTGTTCT
GACCCATTGCAACACCGGCAGCCTTGCTACTGCCGGATATGGAACTGCCCTGGGTGTTAT
CCGTGCACTCCACACTCAAGGAGTCTTAGAAAGAGCATACTGCACAGAAACACGTCCACT
CAA

QA 1 663 1 663
DS 

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GG
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GCCTGGCTCTCTCCAGTTACTCGATCAGAGGAAGCTTCCTTTGGAGACTACTTACTTAGA
GATCCGTGATGCTGCTGATGGATGGAGTGCGATACAGGAGATGGTGGTACGTGGTGCTCC
TGCGATAGCCATTGCTGCTGCTCTCTCTTTAGCTGTTGAAGTCTCCAACTTTAGTGGTTT
CGATGGATCATCAGCAGAAGCTGTTACTCTCCTTGAGAAGAAGTTGGATTATTTGGTTTC
AAGCCGGCCAACAGCTGTTAATCTTGCGGATGCTGCTTTGAAACTTAAACATGTTATAGC
AAATGCCTTGGCTACTTCTGCCCTTGAACCTAACTCCATTTTCAATGCATATATCGAAGC
TGCTGAGAATATGCTCGAAGATGATGTCGCTTCAAACAAAGCAATAGGGACCTTTGGTTC
AAGCTTACTGAGGCAGCAGGCCAAAAATCCTGACAAGCTTTCTGTTCTGACCCATTGCAA
CACCGGCAGCCTTGCTACTGCCGGATATGGAACTGCCCTGGGTGTTATCCGTGCACCCCA
CACTCAAGGAGTCTTAGAAAGAGCATGCTACACAGAAACACGTCCATTCAA
T

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR3CK21TF 761 0 0
CAAGTCTGGCTCTCTCCAGTTACTCGATCAGAGGAAGCTTCCTTTGGAGACTACTTACTT
AGAGATCCGTGATGCTGCTGATGGATGGAGTGCGATACAGGAGATGGTGGTACGTGGTGC
TCCTGCTATAGCCATTGCTGCAGCTCCCTCTTTAGCTGTTGAAGTCTCCAACTTTAGTGG
TTTCGATGGATCATCAGCAGAAGCTGTTACTCTCCTTGAGAAGAAGTTGGATTATTTGGT
GTCAAGCCGGCCAACAGCTGTTAATCTTGCGGATGCTGCTTTGAAACTTAAACATGTTAT
AGCAAATGCCTTGGCTACTTCTGCCGTTGAACCTAACTCCATTTTCAAGGCATATATCGA
A*CTGCTGAGAATATGCTCGAAGATGATGTCGCTTCAAACAAAGCAATAGGGACCTTTGG
TTCAAGCTTACTGAGGCAGCAAGCCAAAAATCCTGACAAGCTTTCTGTTCTGACCCATTG
CAACACCGGCAGCCTTGCTACTGCCGGATATGGAACTGCCCTGGGTGTTATCCGTGCACT
CCACACTCAAGGAGTCTTAGAAAGAGCATACTGCACAGAAACACGTCCATTCAATCAAGG
ATCGAGCTTACGGCGGTTGAGTTGGTGCATGAAAAGATCCCTGCAACTCTCATTGCAGAC
TCAGCTGCAGCTGCACTTATGAAAGATGGTCGTGTAGATGGTGTCATTGTTGGAGCAGAC
CGTGTGGCTTCAATGGTGATACTGCTACAGATGGGACTTAT

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 3

CO CL3620Contig1 916 3 12 U
GGGTCAGACCTAAGCGAGAAAACCCTTGAAAAAAAAATATTTCTCCGTTTAAAAACCCCA
TCTCTCCCTCTAGCCGTTTTCATTCTCTAACGAACGCTTAACACATCGCCCCTGATTCCG
TAAACATGGCTCTACCAAACCAGCAAACCGTAGATTATCCTAGCTTCAAGCTCGTCATTG
TTGGTGATGGCGGCACAGGGAAGACAACCTTTGTCAAGAGACATCTCACTGGAGAGTTTG
AGAAGAAATATGAACCTACTATTGGTGTGGAGGTTCATCCTCTAGATTTCTTCACAAACT
GTGGCAAGATCCGTTTCTACTGCTGGGATACTGCTGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTA
GAGACGGTTACTACATCCATGGTCAGTGTGCAGTAATCATGTTCGATGTAACAGCGCGGC
TCACATACAAGAACGTGCCCACGTGGCACAGAGATCTCTGCCGTGTGTGTGAGAACATCC
CGATTGTTTTATGCTGGAACAAAGTCGATGTGAAGAACAGGCAAGTCAAGGCGAAGCAGG
TGACGTTTCACAGGAAGAAGAATCTTCAGTACTACGAGATATCTGCCAAGAGCAATTACA
ACTTTGAGAAGCCCTTCTTGTACCTCGCTAGGAAGCTTGCCGGAGACCCTAACCTTCACT
TTGTCGAGTCGCCCGCTCTTGCTCCCCCTG***TTCACATTGACGTTGCTGAGCAGCAGA
GGAACGAGGCTGATCTTATTGCAGCCGCGGCTCAGCCTCTCCCTGATGATGATGATGACG
CTTTTGAGTAAAA*TACAAAAATTCTAAAA*TATGGATGCAGTTTGCGTTTCAATGATTC
TCTCTTTTCTTCTTATGTTGTGTTGATGTCACTACATTTACATATATGAATGATTAATCG
AGAGTCTTTTAGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D669TF U 87
AF RR3B544TF U 1
AF RR3D669JQ C 193
BS 1 494 RR3B544TF
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BS 496 656 RR3B544TF
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BS 658 690 RR3B544TF
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BS 694 847 RR3B544TF
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BS 878 916 RR3D669JQ

RD RR3D669TF 756 0 0
GG
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CGTAGATTATCCTAGCTTCAAGCTCGTCATTGTTGGTGATGGCGGCACAGGGAAGACAAC
CTTTGTCAAGAGACATCTCACTGGAGAGTTTGAGAAGAAATATGAACCTACTATTGGTGT
GGAGGTTCATCCTCTAGATTTCTTCACAAACTGTGGCAAGATCCGTTTCTACTGCTGGGA
TACTGCTGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTAGAGACGGTTACTACATCCATGGTCAGTG
TGCAGTAATCATGTTCGATGTAACAGCGCGGCTCACATACAAGAACGTGCCCACGTGGCA
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TGTGAAGAACAGGCAAGTCAAGGCGAAGCAGGTGACGTTTCACAGGAAGAAGAATCTTCA
GTACTACGAGATATCTGCCAAGAGCAATTACAACTTTGAGAAGCCCTTCTTGTACCTCGC
TAGGAAGCTTGCCGGAGACCCTAACCTTCACTTTGTCGAGTCGCCCGCTCTTGCTCCCCC
TG***TTCACATTGACGTTGCTGAGCAGCAGAGGAACGAGGCTGATCTTATTGCAGCCGC
GGCTCAGCCTCTCCCTGATGATGATGATGACGCTTTTGAGTAAAA*TACAAAATTCTAAA
AA*TATGGATGCAGTTTGCGTT
CATGATCTCTCT

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR3B544TF 880 0 0
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TCTCTCCCTCTAGCCGTTTTCATTCTCTAACGAACGCTTAACACATCGCCCCTGATTCCG
TAAACATGGCTCTACCAAACCAGCAAACCGTAGATTATCCTAGCTTCAAGCTCGTCATTG
TTGGTGATGGCGGCACAGGGAAGACAACCTTTGTCAAGAGACATCTCACTGGAGAGTTTG
AGAAGAAATATGAACCTACTATTGGTGTGGAGGTTCATCCTCTAGATTTCTTCACAAACT
GTGGCAAGATCCGTTTCTACTGCTGGGATACTGCTGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTA
GAGACGGTTACTACATCCATGGTCAGTGTGCAGTAATCATGTTCGATGTAACAGCGCGGC
TCACATACAAGAACGTGCCCACGTGGCACAGAGATCTCTGCCGTGTGTGTGAGAACATCC
CGATTGTTTTATGCGGGAACAAAGTCGATGTGAAGAACAGGCAAGTCAAGGCGAAGCAGG
TGACGTTTCACAGGAAGAAGAATCTTCAGTACTACGAGATATCTGCCAAGAGCAATTACA
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TTGTCGAGTCGCCCGCTCTTGCTCCCCCTGAGGTTCACATTGACGTTGCTGAGCAGCAGA
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CTTTTGAGTAAAA*TACAAAAATTCTAAAA*TATGGATGCAGTTTGCGTTTCAATGATTC
TCTCTTT*CTTCTTATGTTGTGT*GATGTCACTACAT
ACA

QA 1 877 1 877
DS 

RD RR3D669JQ 724 0 0
GCACAGGGAAGACAACCTTTGTCAAGAGACATCTCACTGGAGAGTTTGAGAAGAAATATG
AACCTACTATTGGTGTGGAGGTTCATCCTCTAGATTTCTTCACAAACTGTGGCAAGATCC
GTTTCTACTGCTGGGATACTGCTGGTCAAGAGAAGTTCGGTGGCCTTAGAGACGGTTACT
ACATCCATGGTCAGTGTGCAGTAATCATGTTCGATGTAACAGCGCGGCTCACATACAAGA
ACGTGCCCACGTGGCACAGAGATTTCTGCCGTGTGTGTGAGAACATCCCGATTGTTTTAT
GCTGGAACAAAGTCGATGTGAAGAACAGGCAAGTCAAGGCGAAGCAGGTGACGTTTCACA
GGAAGAAGAATCTTCAGTACTACGAGATATCTGCCAAGAGCAATTACAACTTTGAGAAGC
CCTTCTTGTACCTCGCTAGGAAGCTTGCCGGAGACCCTAACCTTCACTTTGTCGAGTCGC
CCGCTCTTGCTCCCCCTG***TTCACATTGACGTTGCTGAGCAGCAGAGGAACGAGGCTG
ATCTTATTGCAGCCGCGGCTCAGCCTCTCCCTGATGATGATGATGACGCTTTTGAGTAAA
AATACAAAAATTCTAAAAATATGGATGCAGTTTGCGTTTCAATGATTCTCTCTTTTCTTC
TTATGTTGTGTTGATGTCACTACATTTACATATATGAATGATTAATCGAGAGTCTTTTAG
AACC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GAAGATGCAATACAGTTTAAAATGGATGACAATGCTGAGCTTTATGATTTCGACGATGAT
AATAAGGATGAGAACAAGTTTGATTTTAAGAAGATTGTCAGTGAGAATTGGAATGATCCA
CCAAAGCGAGAGAGAAAGCGCAACTACTATGAAGGTGAACACGTCAAGCAAACATTGCGA
CCAGGTGCTCCATCCAAACCTAAAGAACCTAAAATTCCACGCATGCCCCAGTTGCATGAT
TTCCAGTTCTTTAACCTGGACAGACTGACCGAGCTGTATGAAAAGGAAGTGCGACACCTT
ATGCAAATACATCAGAAAACTCAGATGAAAGACACAGTTAAAGCTGATGAACCTGAAGAA
GTTGGAGATCCCTTAACTGCTGGAAGTGGAAGAAAAGGAGCAATTGCTGGAAGAGGGTTT
CTCAACATGGAGCAAAAGAGATTTTAATACCTTCATTAGATCTTGTGAGAAGTATGGCAG
GGACGATATTAGAAGCATTGCGTCTGAGATGGAAGGGAAAACAGAAGAAGAGGTTGAACG
ATATGCCCAAGTTTTCAAAGAGCGATACAAGGAACTGAATGATTACGATAGAATCATCAA
GAATATAGAGAAAGGAGAAAGACGAATCTCCAGGAAAGATGAAATCATGAAAGCAATTGG
GAAGAAACTGGATCGCTACAAGAACCCGTGGCTGGAACTGAAGATTCAGTATGGTCAGAA
CAAAGGGAAGCTGTACAATGAAGAGTGTGACCGTTTCATGGTATGCATGGTCCATAAGCT
GGGGTATGGAAACTGGGAAGAACTAAAGACTGCTTTTAAGACATCCCCATTGTTCAGCTT
TGACTGGTACGTAAAATCGCGATCAAGTCAGGAACTTGCCAGGAGATGCGAAACACTGAT
CAGGCTGATAGAGAAAGAGAACCAAGAGTATGATGAGAGGGAGAGGCGAGCTCTTAAAGA
GAAGAAGCTTGCAAAGAATGGAACGCCTTCAAAGCGAGCTTTGGGTAGGGAAGCAATAGA
GAGCCCTACGTTCTTGAAGAAACGAAAGCAGCTGTCAATGGATGATTTTGTAACCTCGGG
AAAACGTAGGAAATAAGGAGAGCTTAGTTGAATCCATTTGGCTATTATTTAATGTGTTTT
AAGATAGGTATGGTTTCAAATCAGAAAGTTGGCTTAGCTATGACAAAAGGCAGATCTATC
ATTTTGTGTTCACATCACAACTCATTGTTTTGTGACTACTACTCTCATTGATCCTTCTAT
ATATGTAACAGATTTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AN55TF U 1
AF RR3AN55JQ C 766
BS 1 852 RR3AN55TF
BS 853 1338 RR3AN55JQ

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AATAAGGATGAGAACAAGTTTGATTTTAAGAAGATTGTCAGTGAGAATTGGAATGATCCA
CCAAAGCGAGAGAGAAAGCGCAACTACTATGAAGGTGAACACGTCAAGCAAACATTGCGA
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GTTGGAGATCCCTTAACTGCTGGAAGTGGAAGAAAAGGAGCAATTGCTGGAAGAGGGTTT
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GGACGATATTAGAAGCATTGCGTCTGAGATGGAAGGGAAAACAGAAGAAGAGGTTGAACG
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GAATATAGAGAAAGGAGAAAGACGAATCTCCAGGAAAGATGAAATCATGAAAGCAATTGG
GAAGAAACTGGATCGCTACAAGAACCCGTGGCTGGAACTGAAGATTCAGTATGGTCAGAA
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GGGGTATGGAAA
CTGGGAGACT

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DS 

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CCCATTGTTCAGCTTTGACTGGTACGTAAAATCGCGATCAAGTCAGGAACTTGCCAGGAG
ATGCGAAACACTGATCAGGCTGATAGAGAAAGAGAACCAAGAGTATGATGAGAGGGAGAG
GCGAGCTCTTAAAGAGAAGAAGCTTGCAAAGAATGGAACGCCTTCAAAGCGAGCTTTGGG
TAGGGAAGCAATAGAGAGCCCTACGTTCTTGAAGAAACGAAAGCAGCTGTCAATGGATGA
TTTTGTAACCTCGGGAAAACGTAGGAAATAAGGAGAGCTTAGTTGAATCCATTTGGCTAT
TATTTAATGTGTTTTAAGATAGGTATGGTTTCAAATCAGAAAGTTGGCTTAGCTATGACA
AAAGGCAGATCTATCATTTTGTGTTCACATCACAACTCATTGTTTTGTGACTACTACTCT
CATTGATCCTTCTATATATGTAACAGATTTCCT

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

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TTGACCTCCTTATCACCACAGATCTAAGGAGCAGGGAAGGAGAAGCAGTGGTGGACAGAG
AGGTGTTTCCGGATTCATCGCTGTATCTACGGCTTCGTCGCTGCATCTCCGGGTTCATCA
ATGCTTGAAGGTGGTGGTCTCGGAATCAATAGTGGTCTCAGCGGCGACAATAGTGACTGA
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ATGATAATTAATTTTATTCCC


BQ
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AF RR3EF51JQ C 1
AF RR3EF51TF U 1
BS 1 559 RR3EF51TF
BS 560 561 RR3EF51JQ

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TTGACCTCCTTATCACCACAGATCTAAGGAGCAGGGAAGGAGAAGCAGTGGTGGACAGAG
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GCGCGGTGGAGGAGGTTGATGAAGCTTGCTGTGGTGGTCGTGGCTGGTGGTCTCCACGTC
AACAAGGAGTGCGGCGGAGATGAAGAAGAATGTGTTTACTGTTTAGTTAGGTTTAGTTAG
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ATGATAATTAATTTTATTCCC

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3EF51TF 561 0 0
GGACAGACCTCATCTTTCTTCTCTTCCTAATTTCACAGATCTTAGTTCTCTAATCTATTT
TTTTTTCATCACAACCAAAACTCGACTTCGTCTCCACCACAGCTCATCGTCGTTACAACC
CCAGCTTGTCGTCGTCACCACCATAGCTTCGTTCATCGAGGCGAGGATGAAGAAGATCGT
TTGACCTCCTTATCACCACAGATCTAAGGAGCAGGGAAGGAGAAGCAGTGGTGGACAGAG
AGGTGTTTCCGGATTCATCGCTGTATCTACGGCTTCGTCGCTGCATCTCCGGGTTCATCA
ATGCTTGAAGGTGGTGGTCTCGGAATCAATAGTGGTCTCAGCGGCGACAATAGTGACTGA
GCGCGGTGGAGGAGGTTGATGAAGCTTGCTGTGGTGGTCGTGGCTGGTGGTCTCCACGTC
AACAAGGAGTGCGGCGGAGATGAAGAAGAATGTGTTTACTGTTTAGTTAGGTTTAGTTAG
GGTTGGTATGTAAACCACTTTTTATAATAAACCGATATCATTTTGTAAACCAAAATTTTA
ATGATAATTAATTTTATTC
CC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

CO CL3624Contig1 806 2 10 U
TACGAATAACGATTGATAAGAACCGGGTTTTATCTGTAAAGGGAGGACACGTCTCTCTTT
AGCAAAACCCTAAAGAAGCGAGCAAAGTTACAGAGCGTCGTCGTCTTCTTCTTCCATCTT
CCGAACCGACCGTTACTAGCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTATTCTTCTTCTGACGGT
TGTGCAGCCGCTGAGGAAAGATGCAGAGCGAGGAATCTAACGAACTTGCTAATGGAGTAT
CCAACGAGGAGGAGGAGACTAAGGAAACAATGAAGAAGAGTCAAAAGGCGAATAGAAAGA
AAAAGAAGTTGAAAGAGAAGTTGCTAAAGGAAGCTACTAAGGCTGATAACAGAGGAGTTT
GCTACTTGAGCCGTATCCCACCACACATGGATCACGTTAGACTTCGCCAGATTCTCTCTC
AGTTTGGTGAAATTGATAGGATTTATCTTGCTCCTGAAGATCCTGAAGCACAAGTTCATC
GCAAGAAGGCTGGCGGGTTTCGTGGCCAACTCTTCTCTGAAGGGTGGGTGGAGTTTGCTA
AGAAAACCGTAGCTAAGAGAGTCGCTGATATGCTAAATGGAGAACAGATAGGGGGAAAGA
AGAAGTCAGCTATATACTATGATATTTGGAACATCAAATACTTGACCAAGTTCAAATGGG
ATGATCTCACCGATGAAATTGCATACAAAAGTGCAATACGGGAACAGAAACTGAATATGG
TCATGTCTGCTGCTAAAAGAGAGAAGGACTTTTATTTATCTAAAGTAGAGAAGTCTCGTG
CCATGACCGAGATTGATGAACGGATG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CH33TF U 1
AF RR3GQ70TF U 122
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BS 189 189 RR3GQ70TF
BS 190 388 RR3CH33TF
BS 389 389 RR3GQ70TF
BS 390 493 RR3CH33TF
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BS 495 689 RR3CH33TF
BS 690 690 RR3GQ70TF
BS 691 704 RR3CH33TF
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RD RR3CH33TF 704 0 0
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CCAACGAGGAGGAGGAGACTAAGGAAACAATGAAGAAGAGTCAAAAGGCGAATAGAAAGA
AAAAGAAGTTGAAAGAGAAGTTGCTAAAGGAAGCTACTAAGGCTGATAACAGAGGAGTTT
GCTACTTGAGCCGTATCCCACCACACATTGATCACGTTAGACTTCGCCAGATTCTCTCTC
AGTTTGGTGAAATTGATAGGATTTATCTTGCTCCTGAAGATCCTGAAGCACAAGTTCATC
GCAAGAAGGCTGGTGGGTTTCGTGGCCAACTCTTCTCTGAAGGGTGGGTGGAGTTTGCTA
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ATGATCTCACCGATGAAATTGCATACAAA*GTGCAATACGGGAA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3GQ70TF 685 0 0
G
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AACGAGGAGGAGGAGACTAAGGAAACAATGAAGAAGAGTCAAAAGGCGAATAGAAAGAAA
AAGAAGTTGAAAGAGAAGTTGCTAAAGGAAGCTACTAAGGCTGATAACAGAGGAGTTTGC
TACTTGAGCCGTATCCCACCACACATGGATCACGTTAGACTTCGCCAGATTCTCTCTCAG
TTTGGTGAAATTGATAGGATTTATCTTGCTCCTGAAGATCCTGAAGCACAAGTTCATCGC
AAGAAGGCTGGCTGGTTTCGTGGCCAACTCTTCTCTGAAGGGTGGGTGGAGTTTGCTAAG
AAAACCGTAGCTAAGAGAGTCGCTGATATGCTAAATGGAGAACAGATAGGGGGAAAGAAG
AAGTCAGCTATATACTATGATATTTGGAACATCAAATACTTGACCAAGTTCAAATGGGAT
GATCTCACCGATGAAATTGCATACAAAAGTGCAATACGGGAACAGAAACTGAATATGGTC
ATGTCTGCTGCTAAAAGAGAGAAGGACTTTTATTTATCTAAAGTAGAGAAGTCTCGTGCC
ATGACCGAGATTGATGAACGGATG

QA 2 685 2 685
DS 



AS 1 3

CO CL3625Contig1 1407 3 13 U
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GTTGAAATGCCTCAAAATCGGCAAGGACGCGATGGGAGCAGGGGACCGATCACGCGCCTC
CAAGTTCCTCGAGAAAGCTCGTCGTCTCGATCCGTCTCTCCCGATCGACGATCTCCTCTC
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GTCTCTTCGTCAACGCGGATCTTCCTCTTCCTCCTCCTCCTCATCCGCCGCCGCGGCGGG
ATCTTCGTCGGCCTCTTTCACGGAGGAGCAGCGAGCGATCGTGAGGGAGATCAAGTCGAA
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AAAGTACGACGTCTCCGGCTCCGACGAGCCTTCCTATCAATCGAGGAGACATCAGCATCA
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AAGCTTCTTCGGCGCAGCAGGGATGGGTCCCGCCGCTACTCAGTTCCGATCATTCAACTT
CGGTGGTGGTAATAGAGCGGCTAATCATCAGGCCTCTGATGCTACAGGGTTCAACCCTCG
CGTCCTCCTCCAGTTGCTTCCCGTGGTGTTCATACTGCTGCTCAACTTCTTGCCGTCTCC
TCAACCAATCTACTCGCTCTCCGCGTCGTACCAGTACGAGCACAAGTTCACCACGCATAG
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CGAGAGACAGAGGGTTGAGGCGCAGGTGGACAGAGATTACTTGTCTATACTGGGACAGAA
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CATGATGAGGAGGTTTGATTCAGCTGCTGCTGCGTAAAACCCGCACTCCAAGTTAGTATA
TTCAAACCTCTTAAAAAAGAAACTTTTGGTTTTGACCATTCAGATGTTACTTACTATTTT
GTTGATGTCCCTCAGTGAGTTTGATTCCCCAAAGTCCCCAAACTTCTTAATATACATTGA
TTACTGGTTCTATGTATGATGTTTAGTACGAAACATTGTTCATGTGTGATTATTTCTATT
CGGAATAAGACTTGTTTTTTGACTCCT


BQ
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25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BE91TF U 1
AF RR3CY93TF U 625
AF RR3BE91JQ C 553
BS 1 741 RR3BE91TF
BS 742 742 RR3CY93TF
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BS 783 783 RR3CY93TF
BS 784 811 RR3BE91TF
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BS 813 823 RR3BE91TF
BS 824 1189 RR3CY93TF
BS 1190 1190 RR3BE91JQ
BS 1191 1343 RR3CY93TF
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BS 1345 1355 RR3CY93TF
BS 1356 1407 RR3BE91JQ

RD RR3BE91TF 823 0 0
GGAGGGAAAGCAAAGTCTGATTCCTCACAATCTCAGATGAGCGTGAAATCCTAAATCCCT
CACGAGTCGAAACTGTTGTTCACCTCACCGTTGGGATATTGATGGTAACAAAGACGACGC
GTTGAAATGCCTCAAAATCGGCAAGGACGCGATGGGAGCAGGGGACCGATCACGCGCCTC
CAAGTTCCTCGAGAAAGCTCGTCGTCTCGATCCGTCTCTCCCGATCGACGATCTCCTCTC
GGATCTGAACAAGCAGACGCCGGACGATTCCCCCGGATCTTCGTCGTCGCCTAAGCCGCC
GTCTCTTCGTCAACGCGGATCTTCCTCTTCCTCCTCCTCCTCATCCGCCGCCGCGGCGGG
ATCTTCGTCGGCCTCTTTCACGGAGGAGCAGCGAGCGATCGTGAGGGAGATCAAGTCGAA
GAAGGACTACTACGAGATCCTCGGACTGGGGAGAACCTGTTCAGTCGAAGACATGAGGAA
AGCGTATCGGAAGCTCTCGCTGAAGGTTCATCCCGATAAGAACAAAGCTCCCGGCTCTGA
AAAAGCGTTCAAATCCGTCTCCAAGGCGTTCCAGTGCCTAAGCGACGACGGCGCTAGGAG
AAAGTACGACGTCTCCGGCTCCGACGAGCCTTCCTATCAATCGAGGAGACATCAGCATCA
TCACAGCAGCGGGTTCAACGGTTTCTACGACGACGAGTTCGACGCCGACGAGATCTTCAG
AAGCTTCTTCGGCGCAGCAGG*ATGGGTCCCGCCGCTACTCAGTTCCGATCATTCAACTT
CG*TGGTGGTAATAGAGCGGCTAATCATCAG*CCTCTGATGCT

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR3CY93TF 731 0 0
G
GAGCCTTCCTATCAATCGAGGAGACATCAGCATCATCACAGCAGCGGGTTCAACGGTTTC
TACGACGACGAGTTCGACGCCGACGAGATCTTCAGAAGCTTCTTCGGCGCAGCAGGGATG
GGTCCCGCCGCTACTCAGTTCCGATCATTCAACTTCGGTGGTGGTAATAGAGCGGCTAAT
CATCAGGCCTCTGATGCTACAGGGTTCAACCCTCGCGTCCTCCTCCAGTTGCTTCCCGTG
GTGTTCATACTGCTGCTCAACTTCTTGCCGTCTCCTCAACCAATCTACTCGCTCTCCGCG
TCGTACCAGTACGAGCACAAGTTCACCACGCATAGAGGGGTCAATTACTTTGTGAGATCG
GCTAAGTTCGAGCAGGAGTACCCTATAAACAGCCTCGAGAGACAGAGGGTTGAGGCGCAG
GTGGACAGAGATTACTTGTCTATACTGGGACAGAATTGTAGGTATGAGCTTCAGAGACAA
CAGTGGGGGTATGTTCGCGAGACGCCTCATTGTGACATGATGAGGAGGTTTGATTCAGCT
GCTGCTGCGTAAAACCCGCACTCCGAGTTAGTATATTCAAACCTCTTAAAAAAGAAACTT
TTGGTTTTGACCATTCAGATGTTACTTACTATTTTGTTGATGTCCCTCAGTGAGTTTGAT
TCCCCAAAGTCCCCAAACTTCTTAATATACATTGATTACTGGTTCTATGTATGATGTT*A
GTACGAAACA

QA 2 731 2 731
DS 

RD RR3BE91JQ 855 0 0
ATCCGTCTCCAAGGCGTTCCAGTGC*TAAGCGACGACGGCGCTAGGAGAAAGTACGACGT
CTCCGGCTCCGACGAGCCTTCCTATCAATCGAGGAGACATCAGCATCATCACAGCAGCGG
GTTCAACGGTTTCTACGACGACGAGTTCGACGCCGACGAGATCTTCAGAAGCTTCTTCGG
CGCAGCAGGGATGGGTCCCGCCGCTACTCAGTTCCGATCATTCAACTTCGGTGGTGGTAA
TAGAGCGGCTAATCATCAGGCCTCTGATGCTACAGGGTTCAACCCTCGCGTCCTCCTCCA
GTTGCTTCCCGTGGTGTTCATACTGCTGCTCAACTTCTTGCCGTCTCCTCAACCAATCTA
CTCGCTCTCCGCGTCGTACCAGTACGAGCACAAGTTCACCACGCATAGAGGGGTCAATTA
CTTTGTGAGATCGGCTAAGTTCGAGCAGGAGTACCCTATAAACAGCCTCGAGAGACAGAG
GGTTGAGGCGCAGGTGGACAGAGATTACTTGTCTATACTGGGACAGAATTGTAGGTATGA
GCTTCAGAGACAACAGTGGGGGTATGTTCGCGAGACGCCTCATTGTGACATGATGAGGAG
GTTTGATTCAGCTGCTGCTGCGTAAAACCCGCACTCCAAGTTAGTATATTCAAACCTCTT
AAAAAAGAAACTTTTGGTTTTGACCATTCAGATGTTACTTACTATTTTGTTGATGTCCCT
CAGTGAGTTTGATTCCCCAAAGTCCCCAAACTTCTTAATATACATTGATTACTGGTTCTA
TGTATGATGTTTAGTACGAAACATTGTTCATGTGTGATTATTTCTATTCGGAATAAGACT
TGTTTTTTGACTCCT

QA 1 855 1 855
DS 



AS 1 2

CO CL3626Contig1 1014 2 2 U
GGACCAGAAGAGAGTGAAGATATATATATGCACGAACTGGAGAATAGTTACCGTCCGCAC
AAATTCATGATATAAAGCGTGAATTTAAACAATGATATAAGGTTTTCTCCTTATTTTAGA
ATGGAAAAACCTTCTGAATCTTTCTATATCCCAAACCGGTAAAGAATTGAACCGGTGTTG
TCTCGATTAGTTTATCCTCTTAGGCTTTCTTCTGTTTCTTCTTCTGGGGTTTAGGTGGCG
GGAAGATAGTACGGAAGACCAATGCAGCAGATAAAGCACCAAAGAAAGAACTGATCCAGT
ACACGTAGAAATGGTCCCAAGTGTTGTGAGAGCTGTACATGTATGCCCACCCGAACGCAA
TGGCCGGATTCATGGCTGGTCCGGTGTATTTAGAGCCAGCAACAACGAAGCAAATGGTTG
CAAGAGCGAGCAAGAAAGTCTTGGCGAGTAATCTTCGTGGACCCCTGATGATAATAAGCA
AAGCCGCAAAGGTGATACCAAAACTTAAGATGGTTTCAGCAATAGCTCCAGTGTGCACAT
CAACCTGAAGGGAAGGTCCCGAAATCATATGCTTGTACTTCTCTGGTATGAACTCCATGA
TGGCGAATGCACCTCCTGCCGCACCAGCTGCCTGAGCAGGCAACCTGATCGCCAAAGTGA
AAAGAGTATCTCCGGGGATACCGGCGGCATAAAAGGCGGCGTTTCCGGTGGGATTAAAGC
TAGCGCTACCGAAGACGACGGTGAATATCGAGACGTAGACGAAAATCAGAAACGTGGTGA
TGGCCAGCGGAGCCCAAGCGATCCCCTGAAACCCAGCGGCGGAGATGATATCCGTCGTCT
GTAAACCGAAGGTCGCGGAGAGGACAACCCAGAGAAGGTCATAAGCATATCCCCAATCGC
TGACTTCACAACACCCATTCTTTCTTCTTCTTCAGTTCTTCTTCCTTCTGCTCTTTGCGC
GTGAGTATCGAGAAGTCTTGTGTGTTTCGGGATCTGAGTAGTTGACCTGTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F918JQ U 1
AF RR3CT53TF C 248
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BS 730 1014 RR3CT53TF

RD RR3F918JQ 729 0 0
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ACACGTAGAAATGGTCCCAAGTGTTGTGAGAGCTGTACATGTATGCCCACCCGAACGCAA
TGGCCGGATTCATGGCTGGTCCGGTGTATTTAGAGCCAGCAACAACGAAGCAAATGGTTG
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AAGCCGCAAAGGTGATACCAAAACTTAAGATGGTTTCAGCAATAGCTCCAGTGTGCACAT
CAACCTGAAGGGAAGGTCCCGAAATCATATGCTTGTACTTCTCTGGTATGAACTCCATGA
TGGCGAATGCACCTCCTGCCGCACCAGCTGCCTGAGCAGGCAACCTGATCGCCAAAGTGA
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QA 1 729 1 729
DS 

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AAGTCTTGGCGAGTAATCTTCGTGGACCCCTGATGATAATAAGCAAAGCCGCAAAGGTGA
TACCAAAACTTAAGATGGTTTCAGCAATAGCTCCAGTGTGCACATCAACCTGAAGGGAAG
GTCCCGAAATCATATGCTTGTACTTCTCTGGTATGAACTCCATGATGGCGAATGCACCTC
CTGCCGCACCAGCTGCCTGAGCAGGCAACCTGATCGCCAAAGTGAAAAGAGTATCTCCGG
GGATACCGGCGGCATAAAAGGCGGCGTTTCCGGTGGGATTAAAGCTAGCGCTACCGAAGA
CGACGGTGAATATCGAGACGTAGACGAAAATCAGAAACGTGGTGATGGCCAGCGGAGCCC
AAGCGATCCCCTGAAACCCAGCGGCGGAGATGATATCCGTCGTCTGTAAACCGAAGGTCG
CGGAGAGGACAACCCAGAGAAGGTCATAAGCATATCCCCAATCGCTGACTTCACAACACC
CATTCTTTCTTCTTCTTCAGTTCTTCTTCCTTCTGCTCTTTGCGCGTGAGTATCGAGAAG
TCTTGTGTGTTTCGGGATCTGAGTAGTTGACCTGTATCC

QA 9 767 9 767
DS 



AS 1 2

CO CL3627Contig1 868 2 12 U
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TCTTCTTTTCTGAAAAAGAAACTTATAAATATCTTTCTTTGATTACTTTCCAGCAACGGT
CGCTATCATCTAAAAGTCATCTTAAAACTCTTCATAGCCCTCATTAGCTGAGTTAAGTTC
CTTTTCAGACACAAACTGGACCCTTCAGAGCTCATAAACATCTTCTTCTTATTCTTCTTC
TTTCTCTCTATCTCGGAGATGGGTTTGTTTGGGACGAAGAAGATCGGCAAGTACGAGATA
GGAAGGACAATAGGAGAAGGGAACTTCGCAAAAGTGAAACTTGGTTACGACACGACCAAT
GGTACCTACGTTGCTGTCAAAATCATAGACAAGGCTCTGGTTATCCAAAAGGGTCTACAG
TCTCAAGTCCAAAGAGAGATACGTACCATGAAGCTTCTAAACCATCCCAACATCGTGCAG
ACACACGAGGTGATTGGGACCAAGACAAAGATCTGTATTGTGATGGAATATGTTGCAGGT
GGTCAGCTTTCAGACAAACTTTGTAGACATAAGATGAAAGAATCAGATGCCAGAAAGCTT
TTCCAACAATTGATTGATGCTGTTGATTATTGTCATAACAGAGGAGTTTACCACAGAGAC
CTTAAGCCACAAAACTTGCTTTTAGATTCAAAGGGTAATCTCAAAGTCTCTGATTTTGGA
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ATAGCACCTGAGCTGATTATGAACAAAGGCTACTCAGAGCAGCAGTGGATGTGTGGTCTT
GTGGAGTAATTCTATTTGAGTTGCTTGC


BQ
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AF RR3DW51TF U 1
AF RR3DC70TF U 185
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TCTTCTTTTCTGAAAAAGAAACTTATAAATATCTTTCTTTGATTACTTTCCAGCAACGGT
CGCTATCATCTAAAAGTCATCTTAAAACTCTTCATAGCCCTCATTAGCTGAGTTAAGTTC
CTTTTCAGACACAAACTGGACCCTTCAGAGCTCATAAACATCTTCTTCTT****TTCTTC
TTTCTCTCTATCTCGGAGATGGGTTTGTTTGGGACGAAGAAGATCGGCAAGTATGAGATA
GGAAGGACCATAGGAGAAGGGAACTTCGCAAAAGTGAGACTTGGTTACGACACGACCAAT
GGTACCTACGTTGCTGTCAAAATCATAGACAAGGCTCTGGTTATCCAAAAGGGTCTACAG
TCTCAAGTCCAAAGAGAGATACGTACCATGAAGCTTCTAAACCATCCCAACATCGTGCAG
ATACACGAGGTGATTGGGACCAAGACAAAGATCTGTATTGTGATGGAATATGTTGCAGGT
GGTCAGCTTTCAGACAAACTTTGTAGACATAAGATGAAAGAATCAGATGCCAGAAAGCTT
TTCCAACAATTGATTGATGCTGTTGATTATTGTCATAACAGAGGAGTTTACCACAGAGAC
CTTAAGCCACAAAACTTGCTTTTAGATTC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3DC70TF 684 0 0
GG
AGACACAAACTGGACCCTTCAGAGCTCATAAACATCTTCTTCTTATTCTTCTTCTTTCTC
TCTATCTCTGAGATGGGTTTGTTTGGGACGAAGAAGATCGGCAAGTACGAGATAGGAAGG
ACAATAGGAGAAGGGAACTTCGCAAAAGTGAAACTTGGTTACGACACGACCAATGGTACC
TACGTTGCTGTCAAAATCATAGACAAGGCTCTGGTTATCCAAAAGGGTCTACAGTCTCAA
GTCCAGAGAGAGATACGTACCATGAAGCTTCTAAACCATCCCAACATCGTGCAGACACAC
GAGGTGATTGGGACCAAGACAAAGATCTGTATTGTGATGGAATATGTTGCAGGTGGTCAG
CTTTCAGACAAACTTTGTAGACATAAGATGAAAGAATCAGATGCCAGAAAGCTTTTCCAA
CAATTGATTGATGCTGTTGATTATTGTCATAACAGAGGAGTTTACCACAGAGACCTTAAG
CCACAAAACTTGCTTTTAGATTCAAAGGGTAATCTCAAAGTCTCTGATTTTGGACTAAGT
GCAGTTCCTAAAACAGGGGATATGCTCTCTACAGCTTGTGGGTCTCCATGCTATATAGCA
CCTGAGCTGATTATGAACAAAGGCTACTCAGAGCAGCAGTGGATGTGTGGTCTTGTGGAG
TAATTCTATTTGAGTTGCTTGC

QA 3 684 3 684
DS 



AS 1 3

CO CL3628Contig1 939 3 12 U
GGAAATCAATTTGTGTGTCAGAGAGAGAGAGAGAGATTTCTAGGGTTTGTTCGATTCTCA
GACAACGATGATGAATCCCGAGGATGCGAAGGCGAAACGAGATTCGACGGAGGTGGAATC
TGACTCTCCTCTCTCAAAAAAACCGAAGATCGAAGATGAAGACGACACTGTCATGGAAGA
AGAAAGCGATAGCGATAGCGATAACGAAGGCTTATGGTGTGTCGACGCAGAAGGCGATGA
CGTTGTGAGATCTCCGACAATTAACTATTCAAACTATCAAGATCCGGAACCGGAGTGGGA
TAAAGACAGTTACGATGACTACAAATTGGAATTCGATCCTGACGGCCGTGAAGGTTTCCC
CGACGAGAAGGCGTACCAAGACTTCTGCAAATATAAAACCAAGTGCTTTAAGAACAGGGG
TTTTTTCGAAGATCCATTCAGATCCATCTACCCCATTAACGGTCTGGAAGATATTTGGTC
AGACAGTATAACCGTGACTGCGAGGGAACATTTGGCAAATGTTGCTTCACTGTGTGTGAA
GAAACTCAACGAGCAGAATGGTTCGTCTGTGGAAGTTGTAAGCATTGTGAGAGCCAATCT
AAAACCAGGAGGTGGGTATAAGCTCTACATCACCTTTATGGCTCGAGAGCATCCCGATGG
TCCTCTCATGGAGTATCAAGCCAAGGCAATGGATTTTGCAGGAGGCAGAAAACCTCCCTT
TCCCATTCTCTGCAGACCAGCCCCTACCATGCCCAGTTTCTGACTTGCATAAGATTGGCT
ATGATGCTCTTTTAGTGGAAGATGAAGATCAAAATATGGCTTTCCAGTTATAAGTAACGG
GCGTCCTTGTGGATTTAGTTTTTTTTTCGTTTTCGTTTGCCGTTCAAACTTATGGCCCTC
CCTACCTTTTAAGTTGTATCGTATAATTATGGATTTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK49TF U 13
AF RR3E923TF U 1
AF RR3EK49JQ C 181
BS 1 233 RR3E923TF
BS 234 234 RR3EK49TF
BS 235 368 RR3E923TF
BS 369 369 RR3EK49TF
BS 370 424 RR3E923TF
BS 425 425 RR3EK49TF
BS 426 427 RR3E923TF
BS 428 428 RR3EK49TF
BS 429 502 RR3E923TF
BS 503 503 RR3EK49TF
BS 504 643 RR3E923TF
BS 644 939 RR3EK49JQ

RD RR3EK49TF 588 0 0
GG
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ATCCCGAGGATGCGAAGGCGAAACGAGATTCGACGGAGGTGGAATCTGACTCTCCTGTCT
CAAAAAAACCGAAGATCGAAGATGAAGACGACACTGTCATGGAAGAAGAAAGCGATAGCG
ATAGCGATAACGAAGGCTTATGGTGTGTCGACGCAGAAGGCGATGACGTTGTGAGATCTC
CGACAATTAACTATTCAAACTATCAAGATCCGGAACCGGAGTGGGATAAAGACAGTTACG
ATGACTACAAATTGGAATTCGATCCTGACGGCCGTGAAGGTTTCCCCGACGAGAAGGCGT
ACCAAGACTTCTGCAAATATAAAACCAAGTGCTTTAAGAACAGGGGTTTTTTCGAAGATC
CATTCAGATCCATCTACCCCATTAACGGTCTGGAAGATATTTGGTCAGACAGTATAACCG
TGACTGCGAGGGAACATTTGGCAAATGTTGCTTCACTGTGTGTGAAGAAACTCAACGAGC
AGAATGGTTCGTCTGTGGAAGTTGTAAGCATTGTGAGAGCCAATCT

QA 3 588 3 588
DS 

RD RR3E923TF 643 0 0
GGAAATCAATTTGTGTGTCAGAGAGAGAGAGAGAGATTTCTAGGGTTTGTTCGATTCTCA
GACAACGATGATGAATCCCGAGGATGCGAAGGCGAAACGAGATTCGACGGAGGTGGAATC
TGACTCTCCTCTCTCAAAAAAACCGAAGATCGAAGATGAAGACGACACTGTCATGGAAGA
AGAAAGCGATAGCGATAGCGATAACGAAGGCTTATGGTGTGTCGACGCAGAAGACGATGA
CGTTGTGAGATCTCCGACAATTAACTATTCAAACTATCAAGATCCGGAACCGGAGTGGGA
TAAAGACAGTTACGATGACTACAAATTGGAATTCGATCCTGACGGCCGTGAAGGTTTCCC
CGACGAGA*GGCGTACCAAGACTTCTGCAAATATAAAACCAAGTGCTTTAAGAACAGGGG
TTTTCTCTAAGATCCATTCAGATCCATCTACCCCATTAACGGTCTGGAAGATATTTGGTC
AGACAGTATAACCGTGACTGCGTGGGAACATTTGGCAAATGTTGCTTCACTGTGTGTGAA
GAAACTCAACGAGCAGAATGGTTCGTCTGTGGAAGTTGTAAGCATTGTGAGAGCCAATCT
AAAACCAGGAGGTGGGTATAAGCTCTACATCACCTTTATGGCT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3EK49JQ 759 0 0
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CGTTGTGAGATCTCCGACAATTAACTATTCAAACTATCAAGATCCGGAACCGGAGTGGGA
TAAAGACAGTTACGATGACTACAAATTGGAATTCGATCCTGACGGCCGTGAAGGTTTCCC
CGACGAGAAGGCGTACCAAGACTTCTGCAAATATAAAACCAAGTGCTTTAAGAACAGGGG
TTTTTTCGAAGATCCATTCAGATCCATCTACCCCATTAACGGTCTGGAAGATATTTGGTC
AGACAGTATAACCGTGACTGCGAGGGAACATTTGGCAAATGTTGCTTCACTGTGTGTGAA
GAAACTCAACGAGCAGAATGGTTCGTCTGTGGAAGTTGTAAGCATTGTGAGAGCCAATCT
AAAACCAGGAGGTGGGTATAAGCTCTACATCACCTTTATGGCTCGAGAGCATCCCGATGG
TCCTCTCATGGAGTATCAAGCCAAGGCAATGGATTTTGCAGGAGGCAGAAAACCTCCCTT
TCCCATTCTCTGCAGACCAGCCCCTACCATGCCCAGTTTCTGACTTGCATAAGATTGGCT
ATGATGCTCTTTTAGTGGAAGATGAAGATCAAAATATGGCTTTCCAGTTATAAGTAACGG
GCGTCCTTGTGGATTTAGTTTTTTTTTCGTTTTCGTTTGCCGTTCAAACTTATGGCCCTC
CCTACCTTTTAAGTTGTATCGTATAATTATGGATTTTAA

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 3

CO CL3629Contig1 968 3 7 U
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GAAACCAAAAAAAAAAACATTATTACAACATACAACAAATAATTGAGCAACACTTGTTAT
AAAATGAAACCAATCCAAAGCAATCGGACTGTTTATGTTGATCCTTAAAAAAAACAAACC
AAAAAACACTACAGCTTCTTCTAGTTAGTCTGTGTTTCCCCCTCTTTTACTGTGTTTGAT
ATCTCCATTGTTTCGAACTCAGCAACCAAGTCTTCTTCTTTCTTCTTTAATACCGGATTG
AACCCCAGCTTCTTCTGTACCATAACCCTCTCTCTGTTTTCATAAAAATCGAAATCATCT
AATATAGATGTTTTTGCTGCATAGTTCTTGAAAATGTTCAACACTTCATTCCCTTGTGGC
AACCTCACCTCTTGTGTGTCCCTGCTATTTGTTACAGGCTTGTTCTCATTGTTCTCTAGT
ATTACATGCCTTAGTTGCGGATTTGGGACATCTTTGATTATATGCCACTTGACCGGAAAA
TAGCCAGTCCACTTATCTTGCTGCCAAAAGTCCATGCTCTTCTCATAATCCACTCTCCCA
GTCATCTCAGCTACACCACAAAACTGTCCACTTGCATTCACCGAGAAGAAGAGGAAGACC
GGGCAGGTTCCATCTTTCTCTGCAACCTTCTTTTGAGAGTCTTGATACGCACTGTCTAAC
TTCTTGTTCCCATTGAGAGTACTAGACCAAACATTGTACTTGATGCTCTTGTGAACGTCG
TCTTCGCTGTAAGATTTTATCACAAAGAATATAGCTTCTTCATACTTGGTCTGAAAGCTA
GCGAGGTTATACTGATCCCTTTTGATCGCAGAACCTACACCGTTGCTTCTTCCCTTCCCT
TCATCATCCAACAAACAAGACTCACATTCTCCATCTTCTTACTCGCTCACACTCTGCTTT
CGTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BY32JQ U 1
AF RR3EE35JQ U 46
AF RR3EE35TF C 308
BS 1 366 RR3BY32JQ
BS 367 367 RR3EE35JQ
BS 368 582 RR3BY32JQ
BS 583 583 RR3EE35JQ
BS 584 617 RR3BY32JQ
BS 618 641 RR3EE35JQ
BS 642 968 RR3EE35TF

RD RR3BY32JQ 617 0 0
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AAAATGAAACCAATCCAAAGCAATCGGACTGTTTATGTTGATCCTTAAAAAAAACAAACC
AAAAAACACTACAGCTTCTTCTAGTTAGTCTGTGTTTCCCCCTCTTTTACTGTGTTTGAT
ATCTCCATTGTTTCGAACTCAGCAACCAAGTCTTCTTCTTTCTTCTTTAATACCGGATTG
AACCCCAGCTTCTTCTGTACCATAACCCTCTCTCTGTTTTCATAAAAATCGAAATCATCT
AATATAAATGTTTTTGCTGCATAGTTCTTGAAAATGTTCAACACTTCATTCCCTTGTGGC
AACCTCACCTCTTGTGTGTCCCTGCTATTTGTTACAGGCTTGTTCTCATTGTTCTCTAGT
ATTACATGCCTTAGTTGCGGATTTGGGACATCTTTGATTATATGCCACTTGACCGGAAAA
TAGCCAGTCCACTTATCTTGCTGCCAAAAGTCCATGCTCTTCCCATAATCCACTCTCCCA
GTCATCTCAGCTACACC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3EE35JQ 596 0 0
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AGCAACACTTGTTATAAAATGAAACCAATCCAAAGCAATCGGACTGTTTATGTTGATCCT
TAAAAAAAACAAACCAAAAAACACTACAGCTTCTTCTAGTTAGTCTGTGTTTCCCCCTCT
TTTACTGTGTTTGATATCTCCATTGTTTCGAACTTAGCAACCAAGTCTTCTTCTTTCTTC
TTTAATACCGGATTGAACCTCAGCTTCTTCTGTACCATAACCCTCTCTCTGTTTTCATAA
AAATCGAAATCATCTAATATAGATGTTTTTGCTGCATAGTTCTTGAAAATGTTCAACACT
TCATTCCCTTGTGGCAACCTCACCTCTTGTGTGTCCCTGCTATTTGTTACAGGCTTGTTC
TCATTGTTCTCTAGTATTACATGCCTTAATTGCGGATTTGGGACATCTTTGATTATATGC
CACTTGACCGGAAAATAGCCAGTCCACTTATCTTGCTGCCAAAAGTCCATGCTCTTCTCA
TAATCCACTCTCCCAGTCATCTCAGCTACACCACAAAACTGTCCACTTGCATTCAC

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3EE35TF 661 0 0
GCTTCTTCTGTACCATAACCCTCTCTCTGTTTTCATAAAAATCGAAATCATCTAATATAG
ATGTTTTTGCTGCATAGTTCTTGAAGATGTTCAACACTTCATTCCCTTGTGGCAACCTCA
CCTCTTGTGTGTCCCTGCTATTTGTTACAGGCTTGTTCTCATTGTTCTCTAGTATTACAT
GCCTTAGTTGCGGATTTGGGACATCTTTGATTATATGCCACTTGACCGGAAAATAGCCAG
TCCACTTATCTTGCTGCCAAAAGTCCATGCTCTTCTCATAATCCACTCTCCCAGTCATCT
CAGCTACACCACAAAACTGTCCACTTGCATTCACCGAGAAGAAGAGGAAGACCGGGCAGG
TTCCATCTTTCTCTGCAACCTTCTTTTGAGAGTCTTGATACGCACTGTCTAACTTCTTGT
TCCCATTGAGAGTACTAGACCAAACATTGTACTTGATGCTCTTGTGAACGTCGTCTTCGC
TGTAAGATTTTATCACAAAGAATATAGCTTCTTCATACTTGGTCTGAAAGCTAGCGAGGT
TATACTGATCCCTTTTGATCGCAGAACCTACACCGTTGCTTCTTCCCTTCCCTTCATCAT
CCAACAAACAAGACTCACATTCTCCATCTTCTTACTCGCTCACACTCTGCTTTCGTCTTC
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 3

CO CL3630Contig1 915 3 9 U
TGGTACAGAATAAACCTCCCCCACCCCCAATTACCAACAAAACAAATGTATTAAAAAAAT
ATTCAGGACAGTTTAACCAACAACCGATATTGTATTCAAAGATATCCCAAGAGGATCACC
ACCTTCCTCTTCCAATACCACAAACAGGTTTCCAGATGGTTTCAGAAACGCCCTTGGAAT
ATGATATATAGATTGAGAAGGATGGCCAGAAGGAGTGAGAAAGGAAACCCAATAACGACC
AATGCTTTTACCATTCACCCACATTTCTCCTTTACCCATACTCTCCATGTTAAGCCCCAC
CGGCCCATCTCCACTCGGCTCATCAAACATCGTCTTGTACCAAGCGAGAGGGTGATTCTT
TATGAGTCCAGCGTTGTTGGTACTCCACTTCACTCTATTTAGATTTCTCCATTGATGTAA
CCTAACTTTTTCGCCAAGCAAACCCACCGAGTAACCCCACTGAGATCTACTCAGATCGAT
GGTCTTAGTACCGTCACAGCTAATTTGAGCTTTGGTTAGTCCATAGGACTTTCTCTCCAT
GTACGCTCCAGAGTCCGGTAGACCAACCATGTCGCTAAGGATTGAAATGTTGTTTTGTCC
ATTGATTAAGCTAACTGGAATCTGGAGCTTAACCGCTCTTATGTCTCTGCTTCCATGACC
AGATCCTGCTAGAGCATTGTTGACGAACACATGAACAACATGTCCTGATGACTCAATGAA
GAGAGACGGTTTAGTGCAGGGTGAATTCGGCTTAAACCTTAATGTGTACCAAAGATAATC
AGTTTTGTCCTTAGTCAGTTTAGTATGTTCCAACAAAGCATTTGCTTTCAAAGATGTGCC
TGAGAATGCTGGTATCGTTTCTCTAAACACTTCCCATTTGTCCGGAACGTTGAACACTTG
AACCGGCGTCGTAAC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D770JQ U 1
AF RR3FB30JQ U 1
AF RR3FB30TF C 181
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BS 142 142 RR3FB30JQ
BS 143 248 RR3D770JQ
BS 249 249 RR3FB30JQ
BS 250 571 RR3D770JQ
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BS 573 685 RR3D770JQ
BS 686 724 RR3FB30JQ
BS 725 915 RR3FB30TF

RD RR3D770JQ 685 0 0
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ACCTTCCTCTTCCAATACCACCAACAGGTTTCCAGATGGTTTCAGAAACGCCCTTGGAAT
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TATGAGTCCAGCGTTGTTGGTACTCCACTTCACTCTATTTAGATTTCTCCATTGATGTAA
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ATTGATTAAGCTAACTGGAATCTGGAGCTTAACCGCTCTTATGTCTCTGCTTCCATGACC
AGATCCTGCTAGAGCATTGTTGACG

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3FB30JQ 724 0 0
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ATTCAGGACAGTTTAACCAACAACCGATATTGTATTCAAAGATATCCCAAGAGGATCACC
ACCTTCCTCTTCCAATACCACAAACAGGTTTCCAGATGGTTTCAGAAACGCCCTTGGAAT
ATGATATATAGATTGAGAAGGATGGCCAGAAGGAGTGAGAAAGGAAACCCAATAACGACC
AATGCTTTTACCATTCACCCACATTTCTCCTTTACCCATACTCTCCATGTTAAGCCCCAC
CGGCCCATCTCCACTCGGCTCATCAAACATCGTCTTGTACCAAGCGAGAGGGTGATTCTT
TATGAGTCCAGCGTTGTTGGTACTCCACTTCACTCTATTTAGATTTCTCCATTGATGTAA
CCTAACTTTTTCGCCAAGCAAACCCACCGAGTAACCCCACTGAGATCTACTCAGATCGAT
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GAGA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3FB30TF 735 0 0
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CGGCCCATCTCCACTCGGCTCATCAAACATCGTCTTGTACCAAGCGAGAGGGTGATTCTT
TATGAGTCCAGCGTTGTTGGTACTCCACTTCACTCTATTTAGATTTCTCCATTGATGTAA
CCTAACTTTTTCGCCAAGCAAACCCACCGAGTAACCCCACTGAGATCTACTCAGATCGAT
GGTCTTAGTACCGTCACAGCTAATTTGAGCTTTGGTTAGTCCATAGGACTTTCTCTCCAT
GTACGCTCCAGAGTCCGGTAGACCAACCATGTCGCTAAGGATTGAAATGTTGTTTTGTCC
ATTGATTAAGCTAACTGGAATCTGGAGCTTAACCGCTCTTATGTCTCTGCTTCCATGACC
AGATCCTGCTAGAGCATTGTTGACGAACACATGAACAACATGTCCTGATGACTCAATGAA
GAGAGACGGTTTAGTGCAGGGTGAATTCGGCTTAAACCTTAATGTGTACCAAAGATAATC
AGTTTTGTCCTTAGTCAGTTTAGTATGTTCCAACAAAGCATTTGCTTTCAAAGATGTGCC
TGAGAATGCTGGTATCGTTTCTCTAAACACTTCCCATTTGTCCGGAACGTTGAACACTTG
AACCGGCGTCGTAAC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 3

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TTGACGATTATCCCTTCCACGAGACGGTCCCAAGTCACGCAACTTAACGCAAAGAAAACC
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TCGAAGGAGCTGACGTGGCAGTGCATAGAAGGCTGCGGAGCTTGCTGTAAGCTTGCAAAG
GACTTCGCTTTCGCCACCCCTGACGAAATCTTCGACGACCCTGATGACGTCGAGCTGTAT
AGAAGCATGATTGGAGATGATGGGTGGTGCATAAACTACGACAAACCTACACGCAAATGC
TCCATTTATGCTGATCGACCATATTTCTGCCGGGTAGAGCCAGAGGTTTTCAAGACTCTC
TACGGGATCGAAGAAAAGAAATTCAACAAGGAAGCTTGCAGCTGCTGCATTGATACCATT
AAAACAATACATGGCTCAGATTCCAAAGAACTAGACAGTTTCAACCGCGCAATCAGAAGC
AGTCCGAGCTCGAGTTAACAGCCTGATGAACTCTAAGGAAACACAGTAAATCAAGGTTAT
ATTATTACTCACCGGAGTCGAGCTTGGCACAACCGTGGCAGACAAAAGTAGCATTGATCT
CTTTTTCTTTAAAGTGCATATAGATTTGGCTAGCTGAGAAATCTGAAGGACAAAGCTCCC
ATTCATCAAACTCTTTGTCTGATATCAGACTGCCTTGCTCATAGATTCCGCATCGCTTAC
ACTTTTCCCCACTGATCTCTGTCATTGGCTGTGTCATAAGCAACATAGAGAGAGAAGAAA
CATCTCTAAAATTGTTTAGTATTGATACAGTTGTTAGTAATAAACGGATGTAAAAGAGAA
GTGGGACGTGCCTGCCATGATTCTTGACCGCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP73TF U 47
AF RR3FN36TF U 1
AF RR3EP73JQ C 272
BS 1 72 RR3FN36TF
BS 73 73 RR3EP73TF
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BS 377 609 RR3FN36TF
BS 610 610 RR3EP73JQ
BS 611 717 RR3FN36TF
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BS 719 724 RR3FN36TF
BS 725 933 RR3EP73JQ

RD RR3EP73TF 544 0 0
G
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CGCAAAGAAAACCAAGCCAGAGAAGAAGCTGCCAACGACGACGACGTCCACGAACGGTTT
CTCCGGCAGAACATCGAAGGAGCTGACGTGGCAGTGCATAGAAGGCTGCGGAGCTTGCTG
TAAGCTTGCAAAGGACTTCGCTTTCGCCACCCCTGACGAAATCTTCGACGACCCTGATGA
CGTCGAGCTGTATAGAAGCATGATTGGAGATGATGGGTGGTGCATAAACTACGACAAACC
TACACGCAAATGCTCCATTTATGCTGATCGACCATATTTCTGCCGGGTAGAGCCAGAGGT
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CATTGATACCATTAAAACAATACATGGCTCAGATTCCAAAGAACTAGACAGTTTCAACCG
CGCAATCAGAAGCAGTCCGAGCTCGAGTTAACAGCCTGATGAACTCTAAGGAAACACAGT
AAA

QA 2 544 2 544
DS 

RD RR3FN36TF 724 0 0
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TTGACGATTATCTCTTCCACGAGACGGTCCCAAGTCACGCAACTTAACGCAAAGAAAACC
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AGAAGCATGATTGGAGATGATGGGTGGTGCATAAACTACGACAAACCTACACGCAAATGC
TCCATTTATGCTGATTGACCATATTTCTGCCGGGTAGAGCCAGAGGTTTTCAAGACTCTC
TACGGGATCGAAGAAAAGAAATTCAACAAGGAAGCTTGCAGCTGCTGCATTGATACCATT
AAAACAATACATGGCTCAGATTCCAAAGAACTAGACAGTTTCAACCGCGCAATCAGAAGC
AGTCCGAGCTCGAGTTAACAGCCTGATGAACTCTAAGGAAACACAGTAAATCAAGGTTAT
ATTATTACT*ACCGGAGTCGAGCTTGGCACAACCGTGGCAGACAAAAGTAGCATTGATCT
CTTTTTCTTTAAAGTGCATATAGATTTGGCTAGCTGAGAAATCTGAAGGACAAAGCTTCC
ATTC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3EP73JQ 662 0 0
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TAAACTACGACAAACCTACACGCAAATGCTCCATTTATGCTGATCGACCATATTTCTGCC
GGGTAGAGCCAGAGGTTTTCAAGACTCTCTACGGGATCGAAGAAAAGAAATTCAACAAGG
AAGCTTGCAGCTGCTGCATTGATACCATTAAAACAATACATGGCTCAGATTCCAAAGAAC
TAGACAGTTTCAACCGCGCAATCAGAAGCAGTCCGAGCTCGAGTTAACAGCCTGATGAAC
TCTAAGGAAACACAGTAAATCAAGGTTATATTATTACTCACCGGAGTCGAGCTTGGCACA
ACCGTGGCAGACAAAAGTAGCATTGATCTCTTTTTCTTTAAAGTGCATATAGATTTGGCT
AGCTGAGAAATTTGAAGGACAAAGCTCCCATTCATCAAACTCTTTGTCTGATATCAGACT
GCCTTGCTCATAGATTCCGCATCGCTTACACTTTTCCCCACTGATCTCTGTCATTGGCTG
TGTCATAAGCAACATAGAGAGAGAAGAAACATCTCTAAAATTGTTTAGTATTGATACAGT
TGTTAGTAATAAACGGATGTAAAAGAGAAGTGGGACGTGCCTGCCATGATTCTTGACCGC
GG

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 3

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ACGAGTGCTTAGACAACAATGGTGGATGTTGGCAAGATAAATCAGCCAACATTACTGCTT
GCAAGGATACCTTCCGTGGAAGAGTATGTGAGTGTCCTCGAGTTGATGGTGTGCAATTCA
AAGGGGATGGATACAGCCACTGTGAACCAAGCGGGCCAGGGAGATGCACGATCAACAATG
GTGGATGTTGGCATGAAGAGAGAGATGGACATGCGTTCTCTGCTTGTGTGGACAAGGACA
GTGTTAAGTGCGAGTGTCCTCCAGGATTCAAAGGAGACGGTTTTAAGAAGTGTGAAGACA
TCAATGAGTGCAAAGAGAAGAAAGCCTGTCAGTGCCCGGAATGTAGCTGCAAGAATACTT
GGGGAAGCTATGAATGCTCTTGTAGCGGGGACCTTCTCTACATGAGAGACCATGACACTT
GCATCAGCAAGACGGGTTCACAAGTGAGATCAACGTGGGCGGCCGTTTGGCTTATAATGT
TATCTTTGGGACTTGCAGCTGGTGGGGCGTACCTCGTTTACAAATATAGATTAAGGCAAT
ACATGGACTCGGAGATCAGAGCAATAATGGCACAGTACATGCCATTGGACAGCCAACCCG
AGGTTCCAAACCACGTGAATGATGAACGTGCCTGAGTAACCGGAATGATCCATCTATTTA
TTCCTCGTTAAGGGCTCAAGTGACATGGTCTTTTAACCATTTTGGCCCTTGATGCCTCTG
TATCTCTGTAACTCCTTTACCAAATAGTGTGTTTGCAGAAACTTGACGGGTCTTTTACTT
CAAATGGCTTATACTTTTTTACTCGTATGTCTTTTACTTATGTCCATGCGACTTATGTAA
TAGGGAAACTTGATTTAGCTTTGGAGAATTAGAAAAGAAAGATGATGGAATCTAAAGTTC
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3CR23TF U 1
AF RR3CR23JQ C 171
AF RR3AU60TF U 220
BS 1 594 RR3CR23TF
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TCAATGAGTGCAAAGAGAAGAAAGCCTGTCAGTGCCCGGAATGTAGCTGCAAGAATACTT
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TATCTTTGGGACTTGCAGCTGGTGGGGCGTACCTCGTTTACAAATATAGATTAAAGCAAT
ACATGGACTCGGAGATCAGAGCAATAATGGCACAGTACATGCCATTGGAC

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DS 

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CTTATAATGTTATCTTTGGGACTTGCAGCTGGTGGGGCGTACCTCGTTTACAAATATAGA
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GATGCCTCTGTATCTCTGTAACTCCTTTACCAAATAGTGTGTTTGCAGAAACTTGACGGG
TCTTTTACTTCAAATGGCTTATACTTTTTTACTCGTATGTCTTTTACTTATGTCCATGCG
ACTTATGTAATAGGGAAAC

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3AU60TF 742 0 0
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CTGCTTGTGTGGACAGGGACAGTGTTAAGTGCGAGTGTCCTCCAGGATTCAAAGGAGACG
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ACATGAGAGACCATGACACTTGCATCAGCAAGACGGGTTCACAAGTGAGATCATCGTGGG
CGGCCGTTTGGCTTATAATGTTATCTTTGGGACTTGCAGCTGGTGGGGCGTACCTCGTTT
ACAAATATAGATTAAGGCAATACATGGACTCGGAGATCAGAGCAATAATGGCACAGTACA
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TTTTGGCCCTTGATGCCTCTGTATCTCTGTAACTCCTTTACCAAATAGTGTGTTTGCAGA
AACTTGACGGGTCTTTTACTTCAAATGGCTTATACTTTTTTACTCGTATGTCTTTTACTT
ATGTCCATGCGACTTATGTAATAGGGAAACTTGATTTAGCTTTGGAGAATTAGAAAAGAA
AGATGATGGAATCTAAAGTTCA

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 3

CO CL3633Contig1 933 3 6 U
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GATTAATTAAATAGGGAATGACTAAAAATCAGCTGACTCCCTAACTTGGTTTAATAGATC
CGCCCCTGAACCCAGGTGGCTTAATGTTTAGATACAACACTGGAAAATAACATCACTGAG
ACTCTTCCTCAGGTGGTTCTTCTTCTTCTTGGAGAAGGTTCTCACGGTTGTCATGAGCCC
AGAAGCCACGAACATCTATCAGCATGCTCGCGACGGTTCCCCCTTGTTTACATCCCAACA
GATCATCCAGCGTGATCTTTAATGGGTCAGACGGTTTCACCATGTCCCAGATCTCGTCCC
TGACGTCCTCTATGCACAGCTCGTAGTTCCCTCCTTCTATCCATTTCTGGTGCACATCTC
TGAAAAGAGAGTGAATATCAGCAGTGGTGAGAAAGCCTCTCCCTTGGAGATCAAGACAGC
GGAATAAGTATGTCAGTCCCTCTGGAGTGTCTTTGTTCTCCAACGCAAGAACGAAATCTA
GGAAGCTGTCAAAGTCCATTTCCCTGGAATTGCGTGAGCCGCTTTTGCCACGGCGGACAT
GCTCATCAAACACTCTTTCGATGAAAATCTCAGTTAGGGTTCCATCTGCGTATTCTTTAA
GTTCTTGTTTGCTCAGCGATCCGCTACAATCTTTATCAAGTGCAAGAAACATATCACATA
TACGTTGAGCTGAAGTCAAAGAGAACCAATTTTCAGCCTGCTCTGTGTCTGTGACTTCCT
CCTCGCTTTCCTGATGCAATTCCATTAGTTCCTGCAGACAGTTGCTGAGCAGTATCTTCT
TAATGCATGCTTTTCCTCGCCTATGGGGATCACAGAAGAAGAAAAACTTCTGTGAAGCTA
TGCGGCAATACATGTTAGTAAAAGCATCCGCAT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GA

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AS 1 3

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BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DB84JQ U 1
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A

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QA 1 753 1 753
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AAACTCGGTTGAGTAGTCGCTAGTGAACTTTCTCGACGAGGTTGATGTAATGCTACGGAA
AGACTCATCAAGAAGAGAGCGTGGGACAATGATCTCCGGCTGTCCAGGGACCGTTCCGCC
TTCCGCTAGGGAAGAAGCGGGGATTGAATGCATAGCACAGTGCATTCTCCTCGGACCTCG
AGTGCCGAGAACGTTCAGCTCGTAAGACACTTGCGCAATCTTGTAGCTGCCGCCGCTAGG
GACTTTGGGAGACACTCTCTTTGAGTAAAACCTGCGGCTAAGTCCTAGTGGTGGCTGGAG
TGGCTGAGAGGGTTTGTTGCATGGAGGTTGTGTGTCGTATACGATGC

QA 9 775 9 775
DS 



AS 1 3

CO CL3635Contig1 843 3 16 U
CAAAAGTTTCTTAATATATAATATTAGTACATATAAATGGCTGTATATGTTTAATAAGAT
TTAAAAAGATAATACGTAGTAATAGAATTAAAATGCACTTAATGTAAATAAAATTAAATA
AAAATAAAAAAA*TTAATGAAAAAAA*CAAGAAAAAGATGAAGGTTTCTTCTTTTGTGTT
ATTATCTGCAACCTTAGGTTTGTTTTAAACTTTGCTAAGTAGAAACCAGAAATACCAAAA
TTAAATTAGTAAAAAAAAAGAAACCCATGCACCCAACCAAAAGAAAAACAAAGGTGAAAC
AATAGTTTAAAGGATTTGAATAACAGCAATGGAGCATTCTAGAAAGCTCAGAGGTCCTGT
TCGATCAAGTAATCACCCAACCTCTCGACGACCATGTTACATTGTCCTGGAGTCACCGGT
TCTTCGTACAAACCAAACACCATTGATTGTCCTGTTTTCTTGATCGTTATTCCTCCAGCT
CCCTTCTTGCCACGGATGACTGCACCAGGCTCGCCTTGGATGACCATATACTTTAGTCCT
GCAAGAAACATACCAGTGGGAGCAAGGTGACCCGGCTCATCGAAATCTTTCATGATATCT
GTCATCTCTTGAGGGTTGAACTGAGGAAAATTAGCGCTCTGAGCCCAAACGCTACCGTCA
TGGCCGATGATGGCGGCAGCGG*TGAGGTGGTGACCTTGGCCGTCACCGACATCGCACAT
TAAGTGCTCATCAACGTAAGTTTGCCACGACATTGTTTCGATCTCTTTCTTGTTCTTCTT
TCTACTATTCCCGGTTCGTTTGTTTTTAATCTCTCTACGTATGTATGTGCAATGCAACTC
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GR16JQ U 1
AF RR3H049JQ U 81
AF RR3H049TF C 93
BS 1 145 RR3GR16JQ
BS 146 146 RR3H049JQ
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BS 200 350 RR3GR16JQ
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BS 520 520 RR3H049JQ
BS 521 614 RR3GR16JQ
BS 615 615 RR3H049JQ
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BS 756 783 RR3GR16JQ
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RD RR3GR16JQ 786 0 0
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TCT
GCT

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3H049JQ 763 0 0
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QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3H049TF 751 0 0
AATGC
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CAAAAGAAAAACAAAGGTGAAACAATAGTTTAAAGGATTTGAATAACAGCAATGGAGCAT
TCTAGAAAGCTCAGAGGTCCTGTTCGATCAAGTAATCACCCAACCTCTCGACGACCATGT
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TCTTGATCGTTATTCCTCCAGCTCCCTTCTTGCCACGGATGACTGCACCAGGCTCGCCTT
GGATGACCATATACTTTAGTCCTGCAAGAAACATACCAGTGGGAGCAAGGTGACCCGGCT
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TCTGAGCCCAAACGCTACCGTCATGGCCGATGATGGCGGCAGCGG*TGAGGTGGTGACCT
TGGCCGTCACCGACATCGCACATTAAGTGCTCATCAACGTAAGTTTGCCACGACATTGTT
TCGATCTCTTTCTTGTTCTTCTTTCTACTATTCCCGGTTCGTTTGTTTTTAATCTCTCTA
CGTATGTATGTGCAATGCAACTCTCC

QA 6 751 6 751
DS 



AS 1 3

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AGGTGATGAGCGCGTCTGGGTACGAAGAGAAGGTCCCTGCGAATATAAAAGAAGACAACG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR3CJ17TF U 1
AF RR3DR72JQ C 64
AF RR3DR72TF U 64
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RD RR3CJ17TF 621 0 0
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CGTCCTTAGAGGTTCTGTTAAAGGGAGAACACGCAGCCCCACCTGGATCTGCAGTTGAGA
CGGTGAATGAGAACCTTAAGGTATATCTCAAAGTTAACAGAGCCATTAACACGGAAGCTG
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TCGTTGCAGAGACAGGAAATGAACAAATGGAGCAATAGTGAAAGACAAAAGTCACAGTTT
ATTGTCCTGCATGGGACATGAAAGCATATGAAACATTTAAGGTTTGAGAAACAATGTTTG
ATGTTATTGTGAACCGGTTTTTGACTATTGCAAAACGTTGACTAGTTGTGGACATATTCA
GTCAAGAGACCATTTTGTTTT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3DR72JQ 561 0 0
G
AACATCTGAGATTGTAAAATCTCATGAGTTGGAGATCAGAACGCTTGCAAATCTATCGTC
CTTAGAGGTTCTGTTAAAGGGAGAACACGCAGCCCCACCTGGATCTGCAGTTGAGACGGT
GAATGAGAACCTTAAGGTATATCTCAAAGTTAACAGAGCCATTAACACAGAAGCTGAGCA
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GATGAGCGCGTCTGGGTACGAAGAGAAGGTCCCTGCGAATATAAAAGAAGACAACGCGAC
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TGCAGAGACGGGAAATTAACAAATGGAGCAATAGTGAAAGACAAAAGTCACAGTTTATTG
TCCTGCATGGGACACGAAAGCATATGAAACATTTCAGGTTTGAGAAACAAAGTTTGATGT
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AGAGACCATTTTGTTTTGGT

QA 2 561 2 561
DS 

RD RR3DR72TF 561 0 0
G
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GGT

QA 2 558 2 558
DS 



AS 1 3

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ATGGATCGTCTTTCACCGGCAATGTAGAAGCCGTTAATCCGGCGAATAAGCTATTCTTCC
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ACACTTTCCGAGCCATACTTCCCCCAACTGCTAGAGTCAAATGTGTTTCTGATGCTGGTT
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GTCGTCGCACTCCACGGATCTGCAAAGACTCTTCCTGTTTCATGCACCTCAAAAATGAAA
CCTGAACTCTGTTTCTTCCCGCAAAACGTTGTCCCTTCCATGCGAACACCACTCTTTGTC
ATTAATGCTGCCTTCGATTCCTGGCAGATCAAGAATGTTTTGGCTCCAACTGCTGTTGAT
AAGCGTAAGGAGTGGAAGAACTGTAAGCTTGATCTTAAGAAATGTACGGCCGCTCAGCTC
AAAACCGTCCAAGGGTTTAGGGATCAGATGATGCGTGCATTGTCTCCGGTTCACTCTACT
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TCTTGGTCCGGTGCCAAAGGTCCCCAAGTCGCCAATTCGAAAATTTCACAAGCAGTAGGA
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CCTACTTGTCCTGCAATCTCGACTGACGAATAGTTCTCAAATCATATGGCAAAAATGTTC
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GAAAAGTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B185TF U 1
AF RR3B185JQ C 537
AF RR3GQ37TF U 709
BS 1 770 RR3B185TF
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GTCGTCGCACTCCACGGATCTGCAAAGACTCTTCCTGTTTCATGCACCTC

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3B185JQ 812 0 0
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TGTGACACTTTCCGAGCCATACTTCCCCCAACTGCTAGAGTCAAATGTGTTTCTGATGCT
GGTTACTTTATTCATGGTAA*GGATATATCAGGAGGATCATACATCCAAACGTATTACAG
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GAAACCTGAACTCTGTTTCTTCCCGCAAAACGTTGTCCCTTCCATGCGAACACCACTCTT
TGTCATTAATGCTGCCTTCGATTCCTGGCAGATCAAGAATGTTTTGGCTCCAACTGCTGT
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GCTCAAAACCGTCCAAGGGTTTAGGGATCAGATGATGCGTGCATTGTCTCCGGTTCACTC
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QA 1 812 1 812
DS 

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G
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CAAAAATGAAACCTGAACTCTGTTTCTTCCCGCAAAACGTTGTCCCTTCCATGCGAACAC
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TTCACTCTACTCCGTCCAGAGGACTGTTCTTGGACTCGTGTCACGCTCATTGCCAAGGCG
GAAGCGCCGCCTCTTGGTCCGGTGCCAAAGGTCCCCAAGTCGCCAATTCGAAAATTTCAC
AAGCAGTAGGAAACTGGTTTTATGGTCGGAATGCATTCCAGAAGATAGATTGTCCGTCGC
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CAAAAATGTTCATTTTTATTAATACCAAAAATTA***TTGCTGAGGAATAAGAGGTTAAG
ACAACTGCATTAAAACTGACTAAAAGATCATATTTCTACATTCATTTAAAGACTATTCCT
GTATTTAATGTGAAAAGTTT

QA 2 681 2 681
DS 



AS 1 2

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CCCATCTCAGCCACTTTATACTCCACCACGACTGGTAATTCCGAGGACAAACTGATTGTC
ACGGTTTCAGACAAAGGAGTCGCCTTTGTGAAGGAGTTCATGTACCCCAAAGCGAATGAA
AGCGACACAGGCTCGTTCATTTCTATCACAATTGCGTCTTCAGGTTTGCCGACAGTTGTG
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TCTTCCGTCACAGAGATGACAACTGTGTCACCAATGCTACTGAGATCTTTGCATATCCTG
GAAAATTCACCAGAAGGCATCCTCACAATAGAGGGGTACTCAGCGTCAGGGATTCCTAAA
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TCATTTCCGGCACATTTGAGCATCTTGGACATGTTGCCGAGATTCATCCCCATGGAGAGG
TTCCTGTCGCACCTGTAGTGCTCGAAACCTTCGGATCTCAGGAGAAGAGACACCAGCGCC
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BQ
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AF RR3B182JQ U 1
AF RR3AZ65TF C 217
BS 1 408 RR3B182JQ
BS 409 409 RR3AZ65TF
BS 410 573 RR3B182JQ
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BS 757 787 RR3B182JQ
BS 788 1069 RR3AZ65TF

RD RR3B182JQ 787 0 0
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GTAAATCCAGAAAACAAACTGAATCCAAACAGAAAAATATTTTAACAAAGGACTACAGTA
AAGAAAACAGCATTCATCCACGAAGAGTTCCAAAGATTATGCATCCAGAAGCCACAGACG
TGTTAGGCATTAGTGTCTTCTTCTTCTTCAATCTTGGGAGCCAAATAGTACCGAATGTAA
CCCATCTCAGCCACTTTATACTCCACCACGACTGGTAATTCCGAGGACAAACTGATTGTC
ACGGTTTCAGACAAAGGAGTCGCCTTTGTGAAGGAGTTCATGTACCCCAAAGCGAATGAA
AGCGACACAGGCTCGTTCATTTCTATCACAATTGCGTCTTCAGGTTTGTCGACAGTTGTG
TTCTGCCTGAGTACAATGTTAGCTGTCCCGATATCACCAGCTGTTGAAAACTTCACACCT
TCTTCCGTCACAGAGATGACAACTGTGTCACCAATGCTACTGAGATCTTTGCATATCCTG
GAAAATTCACCAGAAGGCATCCTCACAATAGAGTGGTACTCAGCGTCAGGGATTCCTAAA
TGCTCACTGTCGATATCCATCAGCTTCATCTCAAAATCTGCAATCTTGTCTTGTGTAGGG
CTCTCGAACATGAAGGTGACGGTGTCGCTGCCGTCGTCGGCTTTGATGGTGATGATGTCA
TCATTTCCGGCGCATTTGAGCATCTTGGACATGTTTCCGAGATTCATCCCCATGGAGAGG
TTCCTGT

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DS 

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AATTCCGAGGACAAACTGATTGTCACGGTTTCAGACAAAGGAGTCGCCTTTGTGAAGGAG
TTCATGTACCTCAAAGCGAATGAAAGCGACACAGGCTCGTTCATTTCTATCACAATTGCG
TCTTCAGGTTTGCCGACAGTTGTGTTCTGCCTGAGTACAATGTTAGCTGTCCCGATATCA
CCAGCTGTTGAAAACTTCACACCTTCTTTCGTCACAGAGATGACAACTGTGTCACCAATG
CTACTGAGATCTTTGCATATCCTGGAAAATTCACCAGAAGGCATCCTCACAATAGAGGGG
TACTCAGCGTCAGGGATTCCTAAATGTTCACTGTCGATATCCATCAGCTTCATCTCAAAA
TCTGCAATCTTGTCTTGTGTAGGGCTCTCGAACATGAAGGTGACGGTGTCGCTTCCGTCG
TCGGCTTTGATGGTAATGATGTCATCATTTCCGGCACATTTGAGCATCTTGGACATGTTG
CCGAGATTCATCCCCATGGAGAGGTTCCTGTCGCACCTGTAGTGCTCGAAACCTTCGGAT
CTCAGGAGAAGAGACACCAGCGCCACGTGGCTGGAGTCCATGGCCTGGAGGGAGAATCCG
GTGCTGGAGCAGTCGAAGTTGGCATCGTTCACCAGATCCTTGACTGATTCTAGAACCTTC
TTCAGCAGAGAGCCTTGGACTAAACGAAGCTCCAACATCTTTCTCGAAGGGGGTTGTGGT
TGGGTCTTAGGGTTCTGGAGGAAGATTGATTGGTGAAATGAGTTCGCGGGAATCGATATT
AAAAGGCTTCCCT

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 3

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CTTGCTTGCTGTAACACGTTTTACAACCCAATACCGAACAGAGTTTCAAAAAAGTTTCAA
GAAGACATCATATGTCTGTCTTCTTTCTTCTTTATTCGCTTACACAAACACAAACAAGAC
ATCAAACTCCTTTTAGGTCTAATTGCCATCATATCTTGGCAAAATCGACGGTTTTCTTTC
CGTCGTGGGCCTTCTTGAAGAAGTATCTGACATAATCAGAATACACAACGTCTCTATAAA
CCGGTTCCTCTCCATTTGCCACCACCTCAGGAAGAGGACCAATCACAGACTCTGGTTTTG
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CCACGCTCTTGTAACGACCATTGCTCAAGATCTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCACAA
AGGATCAGGGAACTGGGGGTACGTGAACCCAGTTTCCTGACGTTAGAGAACGGACGTGGA
GGCCACTGATATGGTCTTGTAAGAGAATGGTGAGGGAGGAGACGTCTGAATGACGACCAA
CGCCAACAGTTAGGTCAGGGTTAGGACAGATGGGATAGTAGTTGAGGTTGATTCGAATGG
AACCCATGAAGAGTAGCTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTTTGACATTGAGATTCTTCCCCA
AGTACTTTAGAAGCTTTCTCACCATTGTCTTGGACTTGTTCATGTAGTCTAGAGCTTCGT
TCTTGCAAACATCAGGCCAGTACTGTTCAGCTTCATCTTCAGAGACAAAGAAAAGACTGA
GATAATCTTTCCACTCAAGAGCTTTCTCTGCACGAGGACTAAAACTCGTTCCAAACCTAA
CATTCCTGGACAAAGAATTCTCCTTTGTGTATTTACTCTTCTCCTCCACTGGGAGATTAA
AGAACCTGTGAGTTGCAGCCTTCGCGTTGTCAAGAACTTCCAAAGGAACTCCATGGTTGA
TCACTTGAAAGAAACCCCATCTCTCAGCAGCGTCACATACAGCTTCAGCTACTTTGTCCT
CGTCCGGGTTCGACATGTCGATGATAGGAGTGGCCTCGTCTGTTTCGTTGACGAACATGT
TGATGAGACGTTCTTCGAATGGTTGGATGTATTGATCAGGAAGGGCTCTGATTCCTGTTT
CGGATAAACCCTTCACGCCGTTTCCTTTGTTGACTACGAACTCGGTTACTTCAGCTGGGT
CTGCGAATTGGAATGTAGAGAGTGTTGGAGCCATTTTGTTTGGAGTTTGAAAGCTTTATT
TGTTTCTTGTTTAGGATTTTAGTTGTGTTGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FJ16JQ U 1
AF RR3FN86JQ U 44
AF RR3FN86TF C 757
BS 1 486 RR3FJ16JQ
BS 487 487 RR3FN86JQ
BS 488 607 RR3FJ16JQ
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BS 609 788 RR3FJ16JQ
BS 789 828 RR3FN86JQ
BS 829 1353 RR3FN86TF

RD RR3FJ16JQ 788 0 0
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GAAGACATCATATGTCTGTCTTCTTTCTTCTTTATTCGCTTACACAAACACAAACAAGAC
ATCAAACTCCTTTTAGGTCTAATTGCCATCATATCTTGGCAAAATCGACGGTTTTCTTTC
CGTCGTGGGCCTTCTTGAAGAAGTATCTGACATAATCAGAATACACAACGTCTCTATAAA
CCGGTTCCTCTCCATTTGCCACCACCTCAGGAAGAGGACCAATCACAGACTCTGGTTTTG
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CCACGCTCTTGTAACGACCATTGCTCAAGATCTGCATAGCGTCTCCTATGTTGATCACAA
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GGCCACTGATATGGTCTTGTAAGAGAATGGTGAGGGAGGAGACGTCTGAATGACGACCAA
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AACCCATGAAGAGTAGCTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTTTGACATTGAGATTCTTCCCCA
AGTACTTTAGAAGCTTTCTCACCATTGTCTTGGACTTGTTCATGTAGTCTAGAGCTTCGT
TCTTGCAA

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3FN86JQ 792 0 0
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TTTCAAAAAAGTTTCAAGAAGACATCATATGTCTGTCTTCTTTCTTCTTTATTCGCTTAC
ACAAACACAAACAAGACATCAAACTCCTTTTAGGTCTAATTGCCATCATATCTTGGCAAA
ATCGACGGTTTTCTTTCCGTCGTGTGCCTTCTTGAAGAAGTATCTGACATAATCAGAGTA
CACAACGTCTCTATAAACCGGTTCCTCTCCATTTGCCACCACCTCAGGAAGAGGACCAAT
CACAGACTCTGGTTTTGGATTCACGAAGATAGGAACAGAGATTCTGTTATTGCTACCGCT
AGCTAAGACACGATGCTCCACGCTCTTGTAACGACCATTGCTCAAGATCTGCATAGCGTC
TCCTATGTTGATCACAAAGGATCAGGGAACTGGGGGTACGTGAACCCAGTTTCCTGACGT
TAGAGAACGGACGTGGAGGCCACTGATATGGTCTTGTAAGAGAATGGTGAGGGAGGAGAC
GTCTGAATGACGACCAACGCCAACAGTTAGGTCAGGGTTAGGACAGATGGGATAGTAGTT
GAGGTTGATTCGAATGGAACCCATGAAGAGTAGCTCTTTGGTCTCGTCTAGCTCTTTGAC
ATTGAGATTCTTCCCCAAGTACTTTAGAAGCTTTCTCACCATTGTCTTGGACTTGTTCAT
GTAGTCTAGAGCTTCGTTCTTGCAAACATCAGGCCAGTACTGTTCAGCTTCATCTTCAGA
GACAA
GAAAGAC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3FN86TF 597 0 0
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CTTCAGAGACAAAGAAAAGACTGAGATAATCTTTCCACTCAAGAGCTTTCTCTGCACGAG
GACTAAAACTCGTTCCAAACCTAACATTCCTGGACAAAGAATTCTCCTTTGTGTATTTAC
TCTTCTCCTCCACTGGGAGATTAAAGAACCTGTGAGTTGCAGCCTTCGCGTTGTCAAGAA
CTTCCAAAGGAACTCCATGGTTGATCACTTGAAAGAAACCCCATCTCTCAGCAGCGTCAC
ATACAGCTTCAGCTACTTTGTCCTCGTCCGGGTTCGACATGTCGATGATAGGAGTGGCCT
CGTCTGTTTCGTTGACGAACATGTTGATGAGACGTTCTTCGAATGGTTGGATGTATTGAT
CAGGAAGGGCTCTGATTCCTGTTTCGGATAAACCCTTCACGCCGTTTCCTTTGTTGACTA
CGAACTCGGTTACTTCAGCTGGGTCTGCGAATTGGAATGTAGAGAGTGTTGGAGCCATTT
TGTTTGGAGTTTGAAAGCTTTATTTGTTTCTTGTTTAGGATTTTAGTTGTGTTGTCC

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 3

CO CL3640Contig1 932 3 14 U
GGACTACAATAAGAGAAGTGTGTGCGAGAAGAAAGTTCTCACATTTCATAACTATATCGA
ATAACAAAAAAAAAAGAAATTAAGAAATGGAGAAAGGTGGACTCGAGCTTGAGATAACTG
AGCTGAGACTAGGTCTTCCGGGGACGGAGAAGATGATGAAGAAGAGAGGTTTCACGGAGA
TGATCATGACGTCTTCGGGAAGTAATAGTAATCAATGTGAAAGCGGCGTCGTTTCATCAG
GTTGTGACGTAGAGAAAGCTAATGAGTCTCCGGTTGCGAAAAGTCAGGTGGTGGGATGGC
CGCCAGTTTGCTCATACCGGAGGAAAAACAGCTGTAAGGAAGTTTCAACGACGAGAGTGG
GGTTAGGGTATGTGAAAGTGAGCATGGATGGTGTGCCTTACTTGAGTAAGATGGATCTTG
GTTCGAGCCAAGGTTACGATGATTTAGCATTTGCTCTCGATAAGCTCTTCGGTTTCCATG
GCATTGGAGTGGCCTTGAAAGATGGTGATAACTGCGAATACGTGACCATATACGAAGACA
AAGATGGAGATTGGATGCTCGCGGGAGATGTACCTTGGGGAATGTTCATAGAGTCATGCA
AGAGGTTGAGGATTATGAAAAGATCGGATGCTGCAGGGTTTGGGCTGCAGCCTAGAGGAG
TAGACGAGTGATATGGTGACTTGACCAAGAAGCAAGGCACTGGTTGAATAATTTAACCTT
TAAATTTTATCAAGATCCTTTAGAACATTTTTCCTATTCATGTTATATATAATATTCAGA
AATGATATCTCCCAGGGAGGGTTAAGGAAAAAAAAATATATATATGTTATAGTGTTATTC
TATAAGATAATTTAAGTTATGGTTTGCATAATTATCTACAGAAAGACAGCTACATATATT
TCTTGAGATTGAGTTAAGACATTACTTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AT28TF U 1
AF RR3FY68TF U 5
AF RR3FY68JQ C 225
BS 1 41 RR3AT28TF
BS 42 42 RR3FY68TF
BS 43 74 RR3AT28TF
BS 75 75 RR3FY68TF
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BS 321 321 RR3FY68TF
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BS 328 328 RR3FY68TF
BS 329 406 RR3AT28TF
BS 407 407 RR3FY68TF
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BS 422 693 RR3AT28TF
BS 694 932 RR3FY68JQ

RD RR3AT28TF 693 0 0
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ATAACAAAAAAAAA*GAAATTAAGAAATGGAGAAAGGTGGACTCGAGCTTGAGATAACTG
AGCTGAGACTAGGTCTTCCGGGGACGGAGAAGATGATGAAGAAGAGAGGTTTCACGGAGA
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CGCCAGTTTGCTCATACCGGGGGAAAAGCAGCTGTAAGGAAGTTTCAACGACGAGAGTGG
GGTTAGGGTATGTGAAAGTGAGCATGGATGGTGTGCCTTACTTGAGGAAGATGGATCTTG
TTTCGAGCCAAGGTTACGATGATTTAGCATTTGCTCTCGATAAGCTCTTCGGTTTCCATG
GCATTGGAGTGGCCTTGAAAGATGGTGATAACTGCGAATACGTGACCATATACGAAGACA
AAGATGGAGATTGGATGCTCGCGGGAGATGTACCTTGGGGAATGTTCATAGAGTCATGCA
AGAGGTTGAGGATTATGAAAAGATCGGATGCTGCAGGGTTTGGGCTGCAGCCTAGAGGAG
TAGACGAGTGATATGGTGACTTGACCAAGAAGC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3FY68TF 690 0 0
G
ACAATAAGAGAAGTGTGTGCGAGAAGAAAGTTCTCACATTTCATAACTATATCGAATAAC
AAAAAAAAAAGAAATTAAGAAATGGAGAAAGGTGGACTCGAGCTTGAGATAACTGAGCTG
AGACTAGGTCTTCCGGGGACGGAGAAGATGATGAAGAAGAGAGGTTTCACGGAGATGATC
ATGACGTCTTCGGGAAGTAATAGTAATCAATGTGAAAGCGGCGTCGTTTCATCAGGTTGT
GACGTAGAGAAAGCTAATGAGTCTCCGGTTGCGAAAAGTCAGGTGGTGGGATGGCCGCCA
GTTTGCTCATACCGGAGGAAAAACAGCTGTAAGGAAGTTTCAACGACGAGAGTGGGGTTA
GGGTATGTGAAAGTGAGCATGGATGGTGTGCCTTACTTGAGTAAGATGGATCTTGGTTCG
AGCCAAGGTTACGATGATTTAGCATTTGCTCTCGATAAGCTCTTCGGTTTCCATGGCATT
GGAGTGGCCTTGAAAGATGGTGATAACTGCGAATACGTGACCATATACGAAGACAAAGAT
GGAGATTGGATGCTCGCGGGAGATGTACCTTGGGGAATGTTCATAGAGTCATGCAAGAGG
TTGAGGATTATGAAAAGATCGGATGCTGCAGGGTTTGGGCTGCAGCCTAGAGGAGTAGAC
GAGTGATATGGTGACTTGACCAAGAAGC
A

QA 2 689 2 689
DS 

RD RR3FY68JQ 708 0 0
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CAGGTGGTGGGATGGCCGCCAGTTTGCTCATACCGGAGGAAAAACAGCTGTAAGGAAGTT
TCAACGACGAGAGTGGGGTTAGGGTATGTGAAAGTGAGCATGGATGGTGTGCCTTACTTG
AGTAAGATGGATCTTGGTTCGAGCCAAGGTTACGATGATTTAGCATTTGCTCTCGATAAG
CTTTTCGGTTTCCATGGCATTGGAGTGGCCTTGAAAGATGGTGATAACTGGGAATACGTG
ACCATATACGAAGACAAAGATGGAGATTGGATGCTCGCGGGAGATGTACCTTGGGGAATG
TTCATAGAGTCATGCAAGAGGTTGAGGATTATGAAAAGATCGGATGCTGCAGGGTTTGGG
CTGCAGCCTAGAGGAGTAGACGAGTGATATGGTGACTTGACCAAGAAGCAAGGCACTGGT
TGAATAATTTAACCTTTAAATTTTATCAAGATCCTTTAGAACATTTTTCCTATTCATGTT
ATATATAATATTCAGAAATGATATCTCCCAGGGAGGGTTAAGGAAAAAAAAATATATATA
TGTTATAGTGTTATTCTATAAGATAATTTAAGTTATGGTTTGCATAATTATCTACAGAAA
GACAGCTACATATATTTCTTGAGATTGAGTTAAGACATTACTTTGTTT

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 3

CO CL3641Contig1 1072 3 5 U
GAATATTGTTTGTGGAACTTCTAAATCTTCACCCAAAAAAAGATTTTCTTCTTGCCTCTA
CTGTAGCAAAAAAGTATTATGCTATTGTTGATATAGAACCAACCTTTCTTTTGGCTCATT
CATTGTTCGAGCCACGTGTGTGTGTGTGCATCACCATGCTAATGGTATGTTCACAGATTT
GCGAATGCCGCATCGCTCTGGACTCAGCATTAATCGGAGTTTCCCAGTACATCCTGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGAGGACATTGAAGAACATATATTTGAATCTGCCAAGAAGATGTTAAT
GTGCTTCCTAATAACATCCATTTTCCAGTTCCACCACAACTATACAAAGAGAAACTGAGG
AGGCGATAAAGAAAGAGAATCCTCTGGCCCCGCAATAGTCGTGTAAAACGTAGCAAAATT
TGTTCTACTACTCTCCATGTAAAACAGTTACAAAATGGACTTTAAGGGGGAGTAACTGTT
TTGAGCTGAACGGTGGAACTCGTTTGTGAACTAACCCCATAATCAACTTGGCTTGATCAA
GCTGGCCTTTTTTCACAAGCCCGTCCAGCAACACACCAACTGTGTCCAAGTTTGGGTACC
ACTTCTTTCTCATACAATCCTTACACATTGTATAACCCAAATCAAACTTTCCCGCCTTAC
ACAAATAGTGTATCATCGTCTGGTAGATCTTCACATTGGGTTTGTAACCTTTACCATGCA
TCGCTGTATAAACTCTTTCTGCCATTTCAGGGAACCCCGCTACAAAAAAACCTTTGATGA
CCATGTTATATGTCACATTGTCCGGTTCCATCTGGAGTTTTGGCATCAACATCAACAGAT
CACTTGCATCCCAGGCTCTTCCCCTGTTCACTAAAAACTGAATCCTAACATTAAAGGTGG
TGAGATTAGGCCTACACCCCTTGAGCACCATACGGTTCCACAGTCCATTGCCAACCACAT
ACCTATCGTGCTTGTAGAACGCCGATATAAGCGTAGTATACGTAACCACGTCAGGTTTCA
ACCCAGACTTCTCCATCTCCTTCATGGCCAGAGACGCCTTGTCAAGAAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3GJ04JQ U 1
AF RR3EL49JQ U 254
AF RR3GJ04TF C 328
BS 1 701 RR3GJ04JQ
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RD RR3GJ04JQ 701 0 0
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AGGCGATAAAGAAAGAGAATCCTCTGGCCCCGCAATAGTCGTGTAAAACGTAGCAAAATT
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GCTGGCCTTTTTTCACAAGCCCGTCCAGCAACACACCAACTGTGTCCAAGTTTGGGTACC
ACTTCTTTCTCATACAATCCTTACACATTGTATAACCCAAATCAAACTTTCCCGCCTTAC
ACAAATAGTGTATCATCGTCTGGTAGATCTTCACATTGGGT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3EL49JQ 772 0 0
GG
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CATGTAAAACAGTTACAAAATGGACTTTAAGGGGGAGCAACTGTTTTGAGCTGAACGGTG
GAACTCGTTTGTGAACTAACCCCATAATCAACTTGGCTTGATCAAGCTGGCCTTTTTTCA
CAAGCCCGTCCAGCAACACACCAACTGTGTCCAAGTTTGGGTACCACTTCTTTCTCATAC
AATCCTTACACATTGTATAACCCAAATCAAACTTTCCCGCCTTACACAAATAGTGTATCA
TCGTCTGGTAGATCTTCACATTGGGTTTGTAACCTTTACCATGCATCGCTGTATAAACTC
TTTCTGCCATTTCAGGGAACCCCGCTACAAAAAAACCTTTGATGACCATGTTATATGTCA
CATTGTCCGGTTCCATCTGGAGTTTTGGCATCAACATCAACAGATCACTTGCATCCCAGG
CTCTTCCCCTGTTCACTAAAAACTGAATCCTAACATTAAAGGTGGTGAGATTAGGCCTAC
ACCCCTTGAGCACCATACGGTTCCACAGTCCATTGCCAACCACATACCTATCGTGCTTGT
AGAACGCCGATATAAGCGTAGTATACGTAACCACGTCAG*TTTCAACCCA

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR3GJ04TF 745 0 0
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TTACAAAATGGACTTTAAGGGGGAGTAACTGTTTTGAGCTGAACGGTGGAACTCGTTTGT
GAACTAACCCCATAATCAACTTGGCTTGATCAAGCTGGCCTTTTTTCACAAGCCCGTCCA
GCAACACACCAACTGTGTCCAAGTTTGGGTACCACTTCTTTCTCATACAATCCTTACACA
TTGTATAACCCAAATCAAACTTTCCCGCCTTACACAAATAGTGTATCATCGTCTGGTAGA
TCTTCACATTGGGTTTGTAACCTTTACCATGCATCGCTGTATAAACTCTTTCTGCCATTT
CAGGGAACCCCGCTACAAAAAAACCTTTGATGACCATGTTATATGTCACATTGTCCGGTT
CCATCTGGAGTTTTGGCATCAACATCAACAGATCATTTGCATCCCAGGCTCTTCCCCTGT
TCACTAAAAACTGAATCCTAACATTAAAGGTGGTGAGATTAGGCCTACACCCCTTGAGCA
CCATACGGTTCCACAGTCCATTGCCAACCACATACCTATCGTGCTTGTAGAACGCCGATA
TAAGCGTAGTATATGTAACCACGTCAGGTTTCAACCCAGACTTCTCCATCTCCTTCATGG
CCAGAGACGCCTTGTCAAGAAACCC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL3642Contig1 1063 2 2 U
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ATCCAAGATTCTATTGATAAGTTGCAATCAGCATTCCACAAATGGGAGCGTATCTCTCCT
GGCATGGGGGATCAAGTCCATGCCACCAAAGAGCTTCTTGCTAACTGTGGAAGCATCGAG
TGGCAGGAAGGTAGATGAGCTGGAAAAAGCGATTACCGTTGCAGCAAATGATCCTGCCTT
GTATGGCATTGATGATGCTGAGCTTGAACGACGCAGGAGATGGACTAGTAATGCTAGGAC
GCAGGTGCGGAATGTCAAGACGGGTGTTCTAGCTGGTAAGGGTAATGCCGGGACTGGTAA
TGCAAGTGAAGTGCGCCTGGAACTAATGAGAATGCCAAACTCGACTGAAGCAAATAGATA
CGATCAGTATGGAGGGAGAGACGATGATGGTTTTGTACAGTCAGAATCAGATAGGCAGAT
GCTGTTGATAAAGCAACAAGACGAAGAATTGGATGAGCTGAGTAAAAGTGTTGAGAGAAT
TGGAGGGGTGGGGCTTACTATACATGATGAACTTGTTGCACAGGAGAGAATAATAGATGA
ATTGGGTACAGAGATGGACAGTACAAAGAACAGGCTTGATTTTGTTCAGAAAAAAGTGGG
AATGGTTACGAAGAAAGCAGGAGCGAAAGGGCAGATGATGATGATATGTTTCTTGCTCGT
CTTGTTCATCATCCTATTCGTTCTTGTCTTCTTGACCTAAAAAAAAGCTGGATCCTTAAC
TTAGAGACGGTCACTTGATGTTACTCTGTTATGTTCTGTGGTGAAACAGAAAGGAACATA
TATTATTGCATAAAAAGTTGTCTGGTTTGTCATTGTATCATAGCCACGCCAACTCTGGTG
ATTCTTTTGAGATTGAAGTCTATTTTTTATTTTGACTATGTCGTCTCACTAACAGTATAA
TCTAAGTTTCAAAAGAAAAAAGAAACAGTCTAATCTGAAGAGC


BQ
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AF RR3A596TF U 1
AF RR3A596JQ C 309
BS 1 674 RR3A596TF
BS 675 1063 RR3A596JQ

RD RR3A596TF 674 0 0
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TGGAGGGGTGGGGCTTACTATACATGATGAACTTGTTGCACAGGAGAGAATAATAGATGA
ATTGGGTACAGAGA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3A596JQ 755 0 0
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GGAATGTCAAGACGGGTGTTCTAGCTGGTAAGGGTAATGCCGGGACTGGTAATGCAAGTG
AAGTGCGCCTGGAACTAATGAGAATGCCAAACTCGACTGAAGCAAATAGATACGATCAGT
ATGGAGGGAGAGACGATGATGGTTTTGTACAGTCAGAATCAGATAGGCAGATGCTGTTGA
TAAAGCAACAAGACGAAGAATTGGATGAGCTGAGTAAAAGTGTTGAGAGAATTGGAGGGG
TGGGGCTTACTATACATGATGAACTTGTTGCACAGGAGAGAATAATAGATGAATTGGGTA
CAGAGATGGACAGTACAAAGAACAGGCTTGATTTTGTTCAGAAAAAAGTGGGAATGGTTA
CGAAGAAAGCAGGAGCGAAAGGGCAGATGATGATGATATGTTTCTTGCTCGTCTTGTTCA
TCATCCTATTCGTTCTTGTCTTCTTGACCTAAAAAAAAGCTGGATCCTTAACTTAGAGAC
GGTCACTTGATGTTACTCTGTTATGTTCTGTGGTGAAACAGAAAGGAACATATATTATTG
CATAAAAAGTTGTCTGGTTTGTCATTGTATCATAGCCACGCCAACTCTGGTGATTCTTTT
GAGATTGAAGTCTATTTTTTATTTTGACTATGTCGTCTCACTAACAGTATAATCTAAGTT
TCAAAAGAAAAAAGAAACAGTCTAATCTGAAGAGC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL3643Contig1 808 2 15 U
ATAAAGAGGGGACATTTATACAACTCGCAAAATTTTATTTAGTAAAAGCATATAATATAA
GAACAAAGCCTCTTAGTGAAAATATGACAAAAAAAGCAAGTTATATCATATCCTATAACA
AAATTATTACAGAACAGAGTGAATACTGGGGCAAAAGCTCTAAACTTTCAAAAGAAACCA
GAACGTTTATGACAAAAAAAAAATGATCCGGAGTTTCATCAGTTATCTTCTTCGTGATCC
CGGTTCCGTGAGTCCTGAAAGCCTGCCTGAAGGTTAATGAACTGAGAGACCAGTAGCTTC
GAAATTCCACTTATAGCTGCTTCCACCTCATCTGGTTCCTTTGACCCTCTCAACCCACAG
TACTCCCCTGCTGCAACTTGCGTCTTCTTCGACGTTGCAAGAACTTTCTCCAAATCCAAC
TGTGACAACGGCCTAGGGACAGGACATGGTCTCCCTTTTCTCTCTTCCTCTAGAATCTCT
CTGATAGGGAAGTAAGCCGCTTTCTTGCAGAGCTCGAAAATGTCTGATCCGGTGTAGCCT
TCACATAAACGAGCTACGTGGTCATAGTCAATATCGGGCTCCACCCTCTCTCCTTTCAGT
GTCACTTTCAGTATCTCTGCTCTCTCCTTGCGATCAGGCATTCCAATCTCAAAGGCTTGA
GGAAGACGCCTCAATATCGCTTCATCGAGCTCTGATGGTCTGTTAGTTGCAGCAAGAACC
ATCACCCTCGCATTCGGATCAGTAGAGAAACCATCCCATAAAGCCATAAACTCAGTCTTC
ATGTTTGCCATGGCTTCATGATCTGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE25JQ U 84
AF RR3CT21JQB U 1
BS 1 148 RR3CT21JQB
BS 149 149 RR3DE25JQ
BS 150 170 RR3CT21JQB
BS 171 171 RR3DE25JQ
BS 172 197 RR3CT21JQB
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BS 199 258 RR3CT21JQB
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BS 260 302 RR3CT21JQB
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BS 304 518 RR3CT21JQB
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BS 520 645 RR3CT21JQB
BS 646 646 RR3DE25JQ
BS 647 808 RR3CT21JQB

RD RR3DE25JQ 572 0 0
ATGACAAAAAAAGCAAGTTATATCATATCCTATAACAAAATTATTACAGAACAGAGTGAA
TACTGGGGCAAAAGCTCTAAACTTTCAAATGAAACCAGAACGTTTATGACAAAAAAAAAA
TGATCCGGAGTTTCATCAGTTATCTTCTTCGTGATCCCGGTTCCGTGAGTCCTGAAAGCC
TGCCTGAAGGTTAATGAACTGAGAGGCCAGTAGCTTCGAAATTCCACTTATAGCTGCTTC
CCCCTCATCTGGTTCCTTTGACCCTCTCAACCCACAGTACTCCCCTGCTGCAACTTGCGT
CTTCTTCGACGTTGCAAGAACTTTCTCCAAATCCAACTGTGACAACGGCCTAGGGACAGG
ACATGGTCTCCCTTTTCTCTCTTC*TCTAGAATCTCTCTGATAGGGAAGTAAGCCGCTTT
CTTGCAGAGCTCGAAAATGTCTGATCCGGTGTAGCCTTCACATAAACGAGCTACGTGGTC
ATAGTCAATATCGGGCTCCACCCTCTCTCCTTTCAGTGTCACTTTCAGTATCTCTGCTCT
CTCCTTGCGATCAGGCATTCCAATCTCAAAGG

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3CT21JQB 808 0 0
ATAAAGAGGGGACATTTATACAACTCGCAAAATTTTATTTAGTAAAAGCATATAATATAA
GAACAAAGCCTCTTAGTGAAAATATGACAAAAAAAGCAAGTTATATCATATCCTATAACA
AAATTATTACAGAACAGAGTGAATACTGTGGCAAAAGCTCTAAACTTTCAGAAGAAACCA
GAACGTTTATGACAAAAGAAAAATGATCCGGAGTTTCATCAGTTATCTTCTTCGTGATCC
CGGTTCCGTGAGTCCTGAGAGCCTGCCTGAAGGTTAATGAACTGAGAGACCAGTAGCTTC
GAGATTCCACTTATAGCTGCTTCCACCTCATCTGGTTCCTTTGACCCTCTCAACCCACAG
TACTCCCCTGCTGCAACTTGCGTCTTCTTCGACGTTGCAAGAACTTTCTCCAAATCCAAC
TGTGACAACGGCCTAGGGACAGGACATGGTCTCCCTTTTCTCTCTTCCTCTAGAATCTCT
CTGATAGGGAAGTAAGCCGCTTTCTTGCAGAGCTCGAAGATGTCTGATCCGGTGTAGCCT
TCACATAAACGAGCTACGTGGTCATAGTCAATATCGGGCTCCACCCTCTCTCCTTTCAGT
GTCACTTTCAGTATCTCTGCTCTCTCCTTGCGATCAGGCATTCCACTCTCAAAGGCTTGA
GGAAGACGCCTCAATATCGCTTCATCGAGCTCTGATGGTCTGTTAGTTGCAGCAAGAACC
ATCACCCTCGCATTCGGATCAGTAGAGAAACCATCCCATAAAGCCATAAACTCAGTCTTC
ATGTTTGCCATGGCTTCATGATCTGTAG

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 3

CO CL3644Contig1 1382 3 19 U
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TTAGACAAACAGTAAACCAAAGTGACGTTAATTCACTAGGCCACCGTGGAATTACATAGC
GGCAGAAATTAGTGTATTGGTTTCTACGAACGCACTATCTCCGGTTAAAAACAGGGGAAA
AAAACAACATAAGAATGATCGTGTGACCATTTTAGAGAGTATCGGTCTTAGAGAAGGACA
AGATCTCGACTTCAAACTTGATGGCATCATCAGCAATGAAACCTTTGGTTGAGTCCTTGA
GATCTGCGAAAGAAATAAACTTCTCAAACCCCCACCCATTGTCCGTTGCGTTAGGCCATC
CCTCCACTTGTTTCTCCAAATGGTTGGACCGGATCTGGTCAATAACTCGTAACTTGGCTT
TCACGTAACCCTTTTCATTTGACGCACTTAACAAAAAGAGTGACAGCGAATTGCCCGTTG
CATGCCCAACTCCGTTGGGATACACTTTCAACACCCAGTCTCTTCCTCCAAAAAAAAACG
AATCAAAAGTGTAAGAGTCAAGATTACATGTAGAGAATTTAATGAGCTTCCAGTTGAAAA
GAGGGTCACGAATGTTTTCTTCGTAAGAGAAAACTTCCCACTTCTCAAAGGGGTTAGCAA
CGAGGATGTCAACACCAAACACACTTTGTCCACCGTCGAAAATAAATCCATGTCCTGGAT
CTCTGTAGTAACCAATCTCAAGAAAGTTTAGCTGTCCATATTGTTGTTTAAACAAATGAA
ACCGCTGTGCATCGGTCTCCTGAAGAAAATGGTATCTGTCTATAGTGCTTTTATAGGTGA
GGAATGTGATCTCTGCATACACATCGTGTGGGTTGGCTATGAGGCTTGAGTTATCGATTC
TAACGTACATCGAAACGAATCCACCCGAGCCCACTGGCTTGTTCTCGTTAGGGTAGATTA
ATAACGTCCAGTTGTATCCACCGACGGAGAAAGGACGTGACTCGTACTTGTCACCGTTGT
CTTTGACCAGTTTCGCCATAGTGGCAAAATTCTGGAACTTCACGCAGTACGAAGATGGAG
GACGAGCTCTATCCTCTCGTCTTATTAGTCCCGAGAGCTTCTCGTGACTCCTAGCAGAGG
CAGAGCTAGATGTTTTGAAGGGACATGGAAGTTTCCCTGAGTTCACGACGTCCACGAATC
CTTCTTCTACTACTAATGCTTCTGTCTCCATTAGGTTCTGAAGGTTGCTGTGATAAGGTT
TAGCGAATCTTGAAACTTCCACGATGAGTACGAAGCAGAGGACGCAGTAGACAAAGATCG
AGCCATAGTTTTTGTCTTTCTTCTTTTCCTCTGTATACATTTTTTTTCCTTTTTGAGTAT
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3GL13JQ U 1
AF RR3GQ79JQ U 43
AF RR3GQ79TF C 702
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RD RR3GL13JQ 694 0 0
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TCACGTAACCCTTTTCATTTGACGCACTTAACAAAAAGAGTGACAGCGAATTGCCCGTTG
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CGAGGATGTCAACACCAAACACACTTTGTCCACC

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DS 

RD RR3GQ79JQ 788 0 0
C
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CCGTGGAATTACATAGCGGCAGAGATTAGTGTGTTGGTTTCTACGAACGCACTATCTCCG
GTTAAAAACAGGGGAAAAAAACAACATAAGAATGATCGTGTGACCATTTTAGAGAGTATC
GGTCTTAGAGAAGGACAAGATCTCGACTTCAAACTTGATGGCATCATCAGCAATGAAACC
TTTGGTTGAGTCTTTGAGATCTGCGAAAGAAATAAAGTTCTCAAACCCCCACCCATTGTC
CGTTGCGTTAGGCCATCCCTCCACTTGTTTCTCCAAATGGTTGGACCGGATCTGGTCAAT
AACTCGTAACTTGGCTTTCACGTAACCCTTTTCATTTGACGCACTTAACAAAAAGAGTGA
CAGCGAATTGCCCGTTGCATGCCCAACTCCGTTGGGATACACTTTCAACACCCAGTCTCT
TCCTCCAGAAGAAAACGAATCAAAAGTGTAAGAGTCAAGATTACATGTAGAGAATTTAGT
GAGCTTCCAGTTGAAAAGAGGGTCACGAATGTTTTCTTCGTAAGAGAAAACTTCCCACTT
CTCAAAGGGGTTAGCAACGAGGATGTCAACACCAAACACACTTTGTCCACCGTCGAAAAT
AAATCCATGTCCTGGATCTCTGTAGTAACCAATCTCAAGAAAGTTTAGCTGTCCATATTG
TTGTTTAAACAAATGAAACCGCTGTGCATCGGTCTCCTGAAGAAAATGGTATCTGTCTAT
AGTGCTT

QA 2 788 2 788
DS 

RD RR3GQ79TF 681 0 0
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TGTTGTTTAAACAAATGAAACCGCTGTGCATCGGTCTCCTGAAGAAAATGGTATCTGTCT
ATAGTGCTTTTATAGGTGAGGAATGTGATCTCTGCATACACATCGTGTGGGTTGGCTATG
AGGCTTGAGTTATCGATTCTAACGTACATCGAAACGAATCCACCCGAGCCCACTGGCTTG
TTCTCGTTAGGGTAGATTAATAACGTCCAGTTGTATCCACCGACGGAGAAAGGACGTGAC
TCGTACTTGTCACCGTTGTCTTTGACCAGTTTCGCCATAGTGGCAAAATTCTGGAACTTC
ACGCAGTACGAAGATGGAGGACGAGCTCTATCCTCTCGTCTTATTAGTCCCGAGAGCTTC
TCGTGACTCCTAGCAGAGGCAGAGCTAGATGTTTTGAAGGGACATGGAAGTTTCCCTGAG
TTCACGACGTCCACGAATCCTTCTTCTACTACTAATGCTTCTGTCTCCATTAGGTTCTGA
AGGTTGCTGTGATAAGGTTTAGCGAATCTTGAAACTTCCACGATGAGTACGAAGCAGAGG
ACGCAGTAGACAAAGATCGAGCCATAGTTTTTGTCTTTCTTCTTTTCCTCTGTATACATT
TTTTTTCCTTTTTGAGTATCC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 3

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GAGCATTCCGTAATTTTATTCACTGCATTGATATAACAAAATAATTTACAATTTGAGAGA
AATAACAACAAAAGGAGGGAAAGTCTCATTAACGGACTAGCCAGCTTACATACACGTTAA
ACATTATATAACCTGTTTTCCTATTGCTCCCAAAATTTAATTCTCTACATTTCATAAACC
TAAACTAAAAATATTAAAATCACTGAAAACTATATACACTTGGGATCCCAATAGGGATTT
TCCTTTCCTATTCCCTTTTCATCTCTAATATTTTTTTATTTCTTAGCCAATGAAGTAATT
TTCTCACTCGAATGAAAAAGAATCTTCCACTTTCAAACTTTAGAAAGCTACGAAGGTGCT
CTTGTAATTTTCTAAACGTCCACCTCTGGTTTTCGTTCTAAGGCAATAGGCAATCCATTT
TGAGGAAGAGCAAACGGTCCATACTGAATTCCATCGCTAGGTCCCATAATTGACCATCTG
TACTTAGTGGTGAGATGATGGATTAGAATAGAGATTTCAAGTTTAGCTAACTCATTGCCC
GGACAAGAATGGATCCCATTCCCAAATGGCATGAATGTATTTGGTTTCGGCGCAACTTCA
AATCTTGAAGGATCAAACTTTCCCGGATCCGAAAAGAAATCAGCATTGTGATGAATGTTT
CTGAATAGTGGCAGTACTTTCCATCCCTTTGGTATCAAGTATCCATCGTATTCAACATCT
TCAACAGCTTCTCTGAATGTGAAAGATAAGATTGTAGCAACTCTCATTGTCTCCTGGACA
ACTCTAGAAGTTAGTGTCATCTTCTTTGTATCTTCCCAAGTGAGACTCTCTCCTTCTTTC
TTCCCTTTCCTTATCGCCATTTGTTCTTCAGTGACAGCTTCTAGGACAGTTGGATTATCT
GCCAAGTACTTGAGGATCCACGTCAGCACACTCGCTGTCGTGTCTCTTGCCGCGAAGATA
ACTCCGATTATGTTGTCAGCGATTTGTTCGTCGCTTAACCCTTCTTTGTCTTCCATGAAT
GATCCAAGAAGATCTTTGTGCGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO82JQ U 1
AF RR3C142JQ U 74
AF RR3C142TF C 330
BS 1 276 RR3DO82JQ
BS 277 277 RR3C142JQ
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BS 847 1044 RR3C142TF

RD RR3DO82JQ 747 0 0
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AATAACAACAAAAGGAGGGAAAGTCTCATTAACGGACTAGCCAGCTTACATACACGTTAA
ACATTATATAACCTGTTTTCCTATTGCTCCCAAAATTTAATTCTCTACATTTCATAAACC
TAAACTAAAAATATTAAAATCACTGAAAACTATATACACTTGGGATCCCAATAGGGATTT
TCCTTTCCTATTCCCTTTTCATCTCTAATATTTTTT*ATTTCTTAGCCAATGAAGTAATT
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CTTGTAATTTTCTAAACGTCCACCTCTGGTTTTCGCTCTAAGGCAATAGGCAATCCATTT
TGAGGAAGAGCAAACGGTCCATACTGAATTCCATCGCTAGGTCCCATAATTGACCACCTG
TACTTAGTGGTGAGATGATGGATTAGAATAGAGATTTCAAGTTTAGCTAACTCATTGCCC
GGACAAGAATGGATCCCATTCCCAAATGGCATGAATGTATTTGGTTTCGGCGTAACTTCA
AATCTTGAAGGATCAAACTTTCCCGGATCCGAAAAGAAATCAGCATTGTGATGAATGTTT
CTGAATAGTGGCAGTACTTTCCATCCCTTTGGTATCAAGTATCCATCGTATTCAACATCT
TCAACAGATTCTCTGAATGTGAAAGAT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3C142JQ 773 0 0
C
GAGGGAAAGTCTCATTAACGGACTAGCCAGCTTACATACACGTTAAACATTATATAACCT
GTTTTCGTATTGCTCCCAAAATTTAATTCTCTACATTTCATAAACCTAAACTAAAAATAT
TAAAATCACTGAAAACTATATACACTTGGGATCCCAATAGGGATTTTCCTTTCCTATTCC
CTTTTCATCTCTAATATTTTTTTATTTCTTAGCCAATGAAGTAATTTTCTCACTCGAATG
AAAAAGAATCTTCCACTTTCAAACTTTAAAAAGCTACGAAGGTGCTCTTGTAATTTTCTA
AACGTCCACCTCTGGTTTTCGTTCTAAGGCAATAGGCAATCCATTTTGAGGAAAAGCAAA
CGGTCCATACTGAATTCCATCGCTAGGTCCCATAATTGACCATCTGTACTTAGTGGTGAG
ATGATGGATTAAAATAGAGATTTCAAGTTTAGCTAACTCATTGCCCGGACAAGAATGGAT
CCCATTCCCAAATGGCATGAATGTATTTGGTTTCGGCGCAACTTCAAATCTTGAAGGATC
AAACTTTCCCGGATCCGAAAAGAAATCAGCATTGTGATGAATGTTTCTGAATAGTGGCAG
TACTTTCCATCCCTTTGGTATCAAGTATCCATCGTATTCAACATCTTCAACAGCTTCTCT
GAATGTGAAAGATAAGATTGTAGCAACTCTCATTGTCTCCTGGACAACTCTAGAAGTTAG
TGTCATCTTCTTTGTATCTTCCCAAGTGAGACTCTCTCCTTCTTTCTTCCCT

QA 2 773 2 773
DS 

RD RR3C142TF 715 0 0
CTTTCAAACTTTAGAAAGCTACGAAGGTGCTCTTGTAATTTTCTAAACGTCCACCTCTGG
TTTTCGTTCTAAGGCAATAGGCAATCCATTTTGAGGAAGAGCAAACGGTCCATACTGAAT
TCCATCGCTAGGTCCCATAATTGACCATCTGTACTTAGTGGTGAGATGATGGATTAGAAT
AGAGATTTCAAGTTTAGCTAACTCATTGCCCGGACAAGAATGGATCCCATTCCCAAATGG
CATGAATGTATTTGGTTTCGGCGCAACTTCAAATCTTGAAGGATCAAACTTTCCCGGATC
CGAAAAGAAATCAGCATTGTGATGAATGTTTCTGAATAGTGGCAGTACTTTCCATCCCTT
TGGTATCAAGTATCCATCGTATTCAACATCTTCAACAGCTTCTCTGAATGTGAAAGATAA
GATTGTAGCAACTCTCATTGTCTCCTGGACAACTCTAGAAGTTAGTGTCATCTTCTTTGT
ATCTTCCCAAGTGAGACTCTCTCCTTCTTTCTTCCCTTTCCTTATCGCCATTTGTTCTTC
AGTGACAGCTTCTAGGACAGTTGGATTATCTGCCAAGTACTTGAGGATCCACGTCAGCAC
ACTCGCTGTCGTGTCTCTTGCCGCGAAGATAACTCCGATTATGTTGTCAGCGATTTGTTC
GTCGCTTAACCCTTCTTTGTCTTCCATGAATGATCCAAGAAGATCTTTGTGCGTC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 3

CO CL3646Contig1 1075 3 2 U
GGGGAACGAGGAAGCTGATCAATCACGAGGAGAGGGGTAAAGTCTTACAGGCAATGGATG
GTTGCAGCTATAAGGCCGCTGCTGGTGGTTCTTTGTCCAACACTCTTGTCGCTCTCGCTA
GACTAGGCTGTCCTTCCATCACTGACCGCCCTTTGAATATCGCTATGGCTGGCAGTATCG
CTGGTGATCCTCTCGGCAGCTTTTACAGGACTAAACTACGTAGAGCTAATGTAAATTTTC
TATCTGATCCAATCATGGATGGAACAACTGGAACAGTGATAGTTCTCACCACTCCTGATG
CTCAACGTACTATGCTTGCCTACCAGGGAACATCTTCAGTCGTTAATTATGATTCTTGCT
TGGCTAGTTTGATATCCAAGACAAACGTCTTTGTTGTGGAAGGCTATCTGTTTGAGCTTC
CTGATACTATAAGAACCATAACTAAAGCCTGCGAAGAAGCCCACAGAAATGGAGCACTTG
TTGCTGTCACTGCATCAGATGTCTCTTGCATAGAGAGGCATTACGATGATTTCTGGGACA
TAGTAGGCAACTATGCGGATATTATATTTGCAAACAGCGATGAAGCAAGAGCGTTCTGTC
ACTTCTCCGCAGACGAAAGCCCGATCTCAGCGACAAGGTACTTGAGCCACTTTGTCCCGT
TTGTTTCCGTGACAGACGGAATCAACGGGTCATACATTGGAGTCAAAGGAGAGGCCATAT
ACATTCCTCCATCACCGTGCGTGCCGGTCGACACGTGCGGTGCTGGAGATGCGTACGCTT
CGTGGATATTATACGGTATCTTGAGAGGTGTCACCGACTTGAAAGGAATGGGAGACTTGG
CTGCTACGATTGCAGCCACTGTGGTGGGTCAGCAAGGAACCAGGCTTAGGGTTCAAGACG
CGGTTAAGCTGGCTCGGTCGCATGAGTTCCTTCTCAACAGTTCTGGTGTTCGAACTGATG
TTGGGTCTTCTTGATCCAAATCATCTCTCTCTCTCTTAAGCTTTTGAATGATTCTTTGTT
TCTTATGTAGTAGCGACTTGTAAGCATCTCTTCTTCATTTAGTGGATACATTCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B201TF U 233
AF RR3AH14TF U 1
AF RR3AH14JQ C 248
BS 1 807 RR3AH14TF
BS 808 1075 RR3AH14JQ

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GGGAGG
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TCCTGATACTATAAGAACCATAACTAAAGCCTGCGAAGAAGCCCACAGAAATGGAGCACT
TGTTGCTGTCACTGCATCAGATGTCTCTTGCATAGAGAGGCATTACGATGATTTCTGGGA
CATAGTAGGCAACTATGCGGATATTATATTTGCAAACAGCGATGAAGCAAGAGCGTTCTG
TCACTTCTCCGCAGAC

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DS 

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GTTGCAGCTATAAGGCCGCTGCTGGTGGTTCTTTGTCCAACACTCTTGTCGCTCTCGCTA
GACTAGGCTGTCCTTCCATCACTGACCGCCCTTTGAATATCGCTATGGCTGGCAGTATCG
CTGGTGATCCTCTCGGCAGCTTTTACAGGACTAAACTACGTAGAGCTAATGTAAATTTTC
TATCTGATCCAATCATGGATGGAACAACTGGAACAGTGATAGTTCTCACCACTCCTGATG
CTCAACGTACTATGCTTGCCTACCAGGGAACATCTTCAGTCGTTAATTATGATTCTTGCT
TGGCTAGTTTGATATCCAAGACAAACGTCTTTGTTGTGGAAGGCTATCTGTTTGAGCTTC
CTGATACTATAAGAACCATAACTAAAGCCTGCGAAGAAGCCCACAGAAATGGAGCACTTG
TTGCTGTCACTGCATCAGATGTCTCTTGCATAGAGAGGCATTACGATGATTTCTGGGACA
TAGTAGGCAACTATGCGGATATTATATTTGCAAACAGCGATGAAGCAAGAGCGTTCTGTC
ACTTCTCCGCAGACGAAAGCCCGATCTCAGCGACAAGGTACTTGAGCCACTTTGTCCCGT
TTGTTTCCGTGACAGACGGAATCAACGGGTCATACATTGGAGTCAAAGGAGAGGCCATAT
ACATTCCTCCATCACCGTGCGTGCCGGTCGACACGTGCGGTGCTGGAGATGCGTACGCTT
CGTGGATATTATACGGTATCTTGAGAG
TGTC

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3AH14JQ 828 0 0
TCCAATCATGGATGGAACAACTGGAACAGTGATAGTTCTCACCACTCCTGATGCTCAACG
TACTATGCTTGCCTACCAGGGAACATCTTCAGTCGTTAATTATGATTCTTGCTTGGCTAG
TTTGATATCCAAGACAAACGTCTTTGTTGTGGAAGGCTATCTGTTTGAGCTTCCTGATAC
TATAAGAACCATAACTAAAGCCTGCGAAGAAGCCCACAGAAATGGAGCACTTGTTGCTGT
CACTGCATCAGATGTCTCTTGCATAGAGAGGCATTACGATGATTTCTGGGACATAGTAGG
CAACTATGCGGATATTATATTTGCAAACAGCGATGAAGCAAGAGCGTTCTGTCACTTCTC
CGCAGACGAAAGCCCGATCTCAGCGACAAGGTACTTGAGCCACTTTGTCCCGTTTGTTTC
CGTGACAGACGGAATCAACGGGTCATACATTGGAGTCAAAGGAGAGGCCATATACATTCC
TCCATCACCGTGCGTGCCGGTCGACACGTGCGGTGCTGGAGATGCGTACGCTTCGTGGAT
ATTATACGGTATCTTGAGAGGTGTCACCGACTTGAAAGGAATGGGAGACTTGGCTGCTAC
GATTGCAGCCACTGTGGTGGGTCAGCAAGGAACCAGGCTTAGGGTTCAAGACGCGGTTAA
GCTGGCTCGGTCGCATGAGTTCCTTCTCAACAGTTCTGGTGTTCGAACTGATGTTGGGTC
TTCTTGATCCAAATCATCTCTCTCTCTCTTAAGCTTTTGAATGATTCTTTGTTTCTTATG
TAGTAGCGACTTGTAAGCATCTCTTCTTCATTTAGTGGATACATTCGG

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 3

CO CL3647Contig1 1092 3 19 U
AATAAATGCCTTACTTAAAAAGAGTTTAAACAAAGAAAAACAATACGAAAAAGACGCACA
CCAATGGAAAACGAAGGAGCATTTCCATGTGACAACACATAGCAAAAAAGAGAAAAAAAC
TAAACTACACTTTCTTTCGCGACTCTTGACTTTGATTAGATTAGCAGACTGCTTATAAAC
TTATCTTTATGACAAGTAAACTCAACCCTCCGTAACAAATTTCAGGTTTTTACTAATCTA
ATTTATCTCCTCCATTCTGCTTGTTGCTCTTCTCGGACTCCTCCTTTATCTGCTGAAAAA
GCTTCTTTCGGAATCGGTAACCTTTGTCAGTTCCATAGATGTAATCGCAGTAAGTGAAAA
CTGAAGCAAAGTTGCTTTGGCTTTGTCCTCCAACGTAATGATGGTAATCATGATACTCAG
CTCCACCATAGAACGGAATGAATTTCGTCAGAGTCCATGGAAAATCATATCCGCTGTGAG
TCTCAATGGCTTCAATCTGGCGTAAAGCAATCCACAACCAGAAGGTAATCATGTGACCAG
GAGCAATAGCAGGTCCAAGAAACGTGGGAACACCAAGAAGCAAAACCTCAGCCCAATGGG
CATAAGGAGCAGCATACCCAATAGGAGCAGTGTACTCATGATGGATATGATGAATCTTCT
CATAACCCCACTTGCTATGAAAGAATCTATGAACCCAATAGTTCGTATAATCCTCCACCA
AAAAGTAAACCACTAACTGCGCCGCAATCTCCCCAAAAGACGGTAACGGCAACCCACTTC
GAATCTCAATCATCTGGATAGAAGGATAAGAGACGAGCTGGAGAGGGCCGACGACGAGGA
GGAACATCTTCATGACGTCTCGGTAGCAACGGAACATGTCGGAGAAGGAGTTTTTGACCT
TGGGCTGGATCTTGTACCGGTCGAACCAGGCGGATCGAGCCAGTTCGAGGAAGACGAGAG
GGAGAGGGACGAGGGAGAAGATGAGGAAGAGGAAGAGGATGTTGTGGCAGTAGAGGTAGT
AATCTGACTTCGTGGCGGAGTATTCGAACCAGAGCGTCTCCAGGGTCGTTAGGTTTCGGC
CTAAGGCCACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ73JQ U 1
AF RR3CM25JQ U 1
AF RR3BZ73TF C 363
BS 1 7 RR3BZ73JQ
BS 8 8 RR3CM25JQ
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BS 95 95 RR3CM25JQ
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BS 138 138 RR3CM25JQ
BS 139 215 RR3BZ73JQ
BS 216 216 RR3CM25JQ
BS 217 308 RR3BZ73JQ
BS 309 309 RR3CM25JQ
BS 310 424 RR3BZ73JQ
BS 425 425 RR3CM25JQ
BS 426 430 RR3BZ73JQ
BS 431 431 RR3CM25JQ
BS 432 646 RR3BZ73JQ
BS 647 715 RR3CM25JQ
BS 716 716 RR3BZ73TF
BS 717 754 RR3CM25JQ
BS 755 1092 RR3BZ73TF

RD RR3BZ73JQ 646 0 0
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CCAATGGAAAACGAAGGAGCATTTCCATGTGACA*CACATAGCAAAAAAGAGAAAAAAAC
TAAACTACACTTTCTTTTGCGACTCTTGACTTTGATTAGATTAGCAGACTGCTTATAAAC
TTATCTTTATGACAAGTAAACTCAACCCTCCGTAAGAAATTTCAGGTTTTTACTAATCTA
ATTTATCTCCTCCATTCTGCTTGTTGCTCTTCTCGGACTCCTCCTTTATCTGCTGAAAAA
GCTTCTTTTGGAATCGGTAACCTTTGTCAGTTCCATAGATGTAATCGCAGTAAGTGAAAA
CTGAAGCAAAGTTGCTTTGGCTTTGTCCTCCAACGTAATGATGGTAATCATGATACTCAG
CTCCCCCATAAAACGGAATGAATTTCGTCAGAGTCCATGGAAAATCATATCCGCTGTGAG
TCTCAATGGCTTCAATCTGGCGTAAAGCAATCCACAACCAGAAGGTAATCATGTGACCAG
GAGCAATAGCAGGTCCAAGAAACGTGGGAACACCAAGAAGCAAAACCTCAGCCCAATGGG
CATAAGGAGCAGCATACCCAATAGGAGCAGTGTACTCATGATGGAT

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3CM25JQ 758 0 0
C
ATAAATGCCTTACTTAAAAAGAGTTTAAACAAAGAAAAACAATACGAAAAAGACGCACAC
CGATGGAAAACGAAGGAGCATTTCCATGTGACAACACATAGCAGAAAAGAGAAGAAAACT
AAACTACACTTTCTTTCGCGACTCTTGACTTTGATTAGATTAGCAGACTGCTTATAAACT
TATCTTTATGACAAGTAAACTCAACCCTCCGTAACAAATTTCAGGTTTTTACTAATCTAA
TTTATCTCCTCCATTCTGCTTGTTGCTCTTCTTGGACTCCTCCTTTATCTGCTGAAGGAG
CTTCTTTCGGAATCGGTAACCTTTGTCAGTTCCATAGATGTAATCGCAGTAAGTGAAAAC
TGAAGCAAAGTTGCTTTGGCTTTGTCCTCCAACGTAATGATGGCAATCATGATACTCAGC
TCCACCATAGAACGGAATGAATTTCGTCAGAGTCCATGGAAAATCATACCCGCTGTGAGT
CTCAATGGCTTCAATCTGACGTAAAGCAATCCACAACCAGAAGGTAATCATGTGACCAGG
AGCAATAGCAGGACCAAGAAAAGTCGGAACCCCAAGAAACAAAACCTCAGCCCAATGGGC
ATAAGGAGCAGCATACCCAATAGGAGCAGTGTACTCATGATGGATATGATGAATCTTCTC
ATAACCCCACTTGCTATGAAAGAATCTATGAACCCAATAGTTCGTATAATCCTCTACCAA
AAAGTAAACCACTAACTGCGCCGCAATCTCCCC
GAAA

QA 2 754 2 754
DS 

RD RR3BZ73TF 730 0 0
GAAGCAAAGTTGCTTTGGCTTTGTC*TCCAACGTAATGATGGTAATCATGATACTCAGCT
CCACCATAGAACGGAATGAATTTCGTCAGAGTCCATGGAAAATCATATCCGCTGTGAGTC
TCAATGGCTTCAATCTGGCGTAAAGCAATCCACAACCAGAAGGTAATCATGTGACCAGGA
GCAATAGCAGGTCCAAGAAACGTGGGAACACCAAGAAGCAAAACCTCAGCCCAATGGGCA
TAAGGAGCAGCATACCCAATAGGAGCAGTGTACTCATGATGGATATGATGAATCTTCTCA
TAACCCCACTTGCTATGAAAGAATCTATGAACCCAATAGTTTGTATAGTCCTCCACCAAA
AAGTAAACCACTAACTGCGCCGCAATCTCCCCAAAAGACGGTAACGGCAACCCACTTCGA
ATCTCAATCATCTGGATAGAAGGATAAGAGACGAGCTGGAGAGGGCCGACGACGAGGAGG
AACATCTTCATGACGTCTCGGTAGCAACGGAACATGTCGGAGAAGGAGTTTTTGACCTTG
GGCTGGATCTTGTACCGGTCGAACCAGGCGGATCGAGCCAGTTCGAGGAAGACGAGAGGG
AGAGGGACGAGGGAGAAGATGAGGAAGAGGAAGAGGATGTTGTGGCAGTAGAGGTAGTAA
TCTGACTTCGTGGCGGAGTATTCGAACCAGAGCGTCTCCAGGGTCGTTAGGTTTCGGCCT
AAGGCCACCC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3649Contig1 1057 3 6 U
GGAAACGACGTGCGAGAAAGTTCTTCATTTACGTGCAAGACTACGAAGAGAATGATCCTA
AGTCTCACGAAGGACTTGACCTTAGCAAAGTCACTGCTAGAGAGATCATCTCGAAGTATG
GACTTGAAGATGATACAATTGACTTCATCGGCCATGCCTTAGCGCTTCACAATGACGACG
ACTACTTGGACCAACCTGCCATTGATTTTGTTAAGAGAATCAAGCTCTACGCGGAGTCCT
TGGCTCGATTCCAAGGAGGATCTCCCTACATCTACCCACTGTATGGTCTAGGAGAGTTGC
CACAGGCTTTTGCGCGTTTGAGCGCTGTGTATGGAGGTACTTACATGCTAAACAAGCCTG
AATGCAAGGTTGAGTTTGATAGTTCCGGAAAAGCTATCGGTGTCACTTCTGCAGGAGAAA
CTGCTAAATGCAAGAAAGTTGTCTGTGATCCTTCTTACTTGTCTGACAAGGTTAAGAAAG
TTGGGAAAGTGACTCGAGCGGTGTGCATAATGAGCCATCCTATTCCAGACACCAACGACG
CTCACTCGGTCCAAATCATTCTTCCTCAGAAGCAACTCGGCCGCAAATCAGACATGTACT
TGTTCTGTTGCTCATACGCTCACAACGTAGCACCAAAGGGGAAATACATTGCTTTTGTCT
CTGCAGAAGCTGAGACTGATAATCCAGAAGAAGAGCTTAAACCTGGAATCGAATTGCTCG
GACCTATTGATGAGATCTTCTACCATTCTTATGACACATACGTTCCGACCAATAAGCAAG
AAGAAGACAACTGCTTCATCTCCGGTACTTATGATGCAACAACACATTTCGAGAGTACAG
TGGTGGATGTCCTAGAGATGTACACCAAGATCACTGGGAAGACTCTTGATTTGTCTGTGG
ACTTGAGTGCTGCGAGTGCCACTGCAGAGAGTTGATAATTTTGTCTTGCAATTTCACTGA
GAGTTTTTAAACGACAAGTGACTCCTTTTGTTTTCTATTGGATATTTACAATGCAATTCA
AAGTAAACAGAATTTGTTAAACTTTGTTTTGTTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AR71TF U 1
AF RR3DJ65TF U 144
AF RR3DJ65JQ C 290
BS 1 582 RR3AR71TF
BS 583 583 RR3DJ65TF
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BS 835 870 RR3AR71TF
BS 871 1057 RR3DJ65JQ

RD RR3AR71TF 870 0 0
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AGTCTCACGAAGGACTTGACCTTAGCAAAGTCACTGCTAGAGAGATCATCTCGAAGTATG
GACTTGAAGATGATACAATTGACTTCATCGGCCATGCCTTAGCGCTTCACAATGACGACG
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TGGCTCGATTCCAAGGAGGATCTCCCTACATCTACCCACTGTATGGTCTAGGAGAGTTGC
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AATGCAAGGTTGAGTTTGATAGTTCCGGAAAAGCTATCGGTGTCACTTCTGCAGGAGAAA
CTGCTAAATGCAAGAAAGTTGTCTGTGATCCTTCTTACTTGTCTGACAAGGTTAAGAAAG
TTGGGAAAGTGACTCGAGCGGTGTGCATAATGAGCCATCCTATTCCAGACACCAACGACG
CTCACTCGGTCCAAATCATTCTTCCTCAGAAGCAACTCGGCCACAAATCAGACATGTACT
TGTTCTGTTGCTCATACGCTCACAACGTAGCACCAAAGGGGAAATACATTGCTTTTGTCT
CTGCAGAAGCTGAGACTGATAATCCAGAAGAAGAGCTTAAACCTGGAATCGAATTGCTCG
GACCTATTGATGAGATCTTCTACCATTCTTATGACACATACGTTCCGACCAATAAGCAAG
AAGAAGACAACTGCTTCATCTCCGGTACTTATGATGCAACAACACATTTCGAGGGTACAG
TGGTGGATGTCCTAGAGATGTACACCAAGA

QA 1 870 1 870
DS 

RD RR3DJ65TF 734 0 0
G
TCATCGGCCATGCCTTAGCGCTTCACAATGACGACGACTACTTGGACCAACCTGCCATTG
ATTTTGTTAAGAGAATCAAGCTCTACGCGGAGTCCTTGGCTCGATTCCAAGGAGGATCTC
CCTACATCTACCCACTGTATGGTCTAGGAGAGTTGCCACAGGCTTTTGCGCGTTTGAGCG
CTGTGTATGGAGGTACTTACATGCTAAACAAGCCTGAATGCAAGGTTGAGTTTGATAGTT
CCGGAAAAGCTATCGGTGTCACTTCTGCAGGAGAAACTGCTAAATGCAAGAAAGTTGTCT
GTGATCCTTCTTACTTGTCTGACAAGGTTAAGAAAGTTGGGAAAGTGACTCGAGCGGTGT
GCATAATGAGCCATCCTATTCCAGACACCAACGACGCTCACTCGGTCCAAATCATTCTTC
CTCAGAAGCAACTCGGCCGCAAATCAGACATGTACTTGTTCTGTTGCTCATACGCTCACA
ACGTAGCACCAAAGGGGAAATACATTGCTTTTGTCTCTGCAGAAGCTGAGACTGATAATC
CAGAAGAAGAGCTTAAACCTGGAATCGAATTGCTCGGACCTATTGATGAGATCTTCTACC
ATTCTTATGACACATACGTTCCGACCAATAAGCAAGAAGAAGACAACTGCTTCATCTCCG
*TACTTATGATGCAACAACACATTTCGAGAGTACAGTGGTGGATGTCCTAGAGATGTACA
CCAAGA
TCACTGG

QA 2 727 2 727
DS 

RD RR3DJ65JQ 768 0 0
TAGGAGAG
TGCCACAGGCTTTTGCGCGTTTGAGCGCTGTGTATGGAGGTACTTACATGCTAAACAAGC
CTGAATGCAAGGTTGAGTTTGATAGTTCCGGAAAAGCTATCGGTGTCACTTCTGCAGGAG
AAACTGCTAAATGCAAGAAAGTTGTCTGTGATCCTTCTTACTTGTCTGACAAGGTTAAGA
AAGTTGGGAAAGTGACTCGAGCGGTGTGCATAATGAGCCATCCTATTCCAGACACCAACG
ACGCTCACTCGGTCCAAATCATTCTTCCTCAGAAGCAACTCGGCCGCAAATCAGACATGT
ACTTGTTCTGTTGCTCATACGCTCACAACGTAGCACCAAAGGGGAAATACATTGCTTTTG
TCTCTGCAGAAGCTGAGACTGATAATCCAGAAGAAGAGCTTAAACCTGGAATCGAATTGC
TCGGACCTATTGATGAGATCTTCTACCATTCTTATGACACATACGTTCCGACCAATAAGC
AAGAAGAAGACAACTGCTTCATCTCCGGTACTTATGATGCAACAACACATTTCGAGAGTA
CAGTGGTGGATGTCCTAGAGATGTACACCAAGATCACTGGGAAGACTCTTGATTTGTCTG
TGGACTTGAGTGCTGCGAGTGCCACTGCAGAGAGTTGATAATTTTGTCTTGCAATTTCAC
TGAGAGTTTTTAAACGACAAGTGACTCCTTTTGTTTTCTATTGGATATTTACAATGCAAT
TCAAAGTAAACAGAATTTGTTAAACTTTGTTTTGTTCACC

QA 9 768 9 768
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3651Contig1 1153 3 9 U
CAACATCTGCCTTTATTTCGGAAACCATCGACAATCAGCCAAATCACACAGAGAACAAAA
ACTAAAAGATAACTCAAACCAACAATCACAGCGGCGCAAGAGAGAAAGGCAATGCCTAGG
GGCTAGGGTTGACAAATCGTATATAAACACATAATTAATACAACAACTACATTTGGTTTG
ATAAATTTAAACCCGCCGGTTTAGCCAATCCAATATGACTCCAGCGATAATTCCTCGTTC
CGGTTCAAAGAGCAAATCATGCAACAACCCGTCGAACAGCTTGATCGACTTGTCGGACGA
GGAAGCTTCATCGTAGAGTCTCTGAGTAGCTTTAGGATCAGTAACCGTATCAGCCGTCCC
GTGGAGCACAAGAAAAGGGACCTTGATTCTGTTCAGGTTCCCCAGCAGATGAGAGCCAAG
TCTGAGGATCTCGTAACCGGTTCTGGCTCTGATAAACCCTGTGTAGACCAACGGGTCAAA
GTATTTAGCCAGGAGAGCTTCCGGGTCGCGAGAAACAGGCATTATTTTCTTTTTAGCAGC
GCTCAACTGGTACCTTGGGATGAGGAACGCGAGGAATGGTGCAATTACCCAAAAGACGGG
GTGAGATGGTTGGACTCCAACTGCGGGTGAAGTTAACACAATCCCTGAAACTTGAGCTTC
GATCTTTGGATCTAGCATAGCCTTCAAGATGATGGCGCCTCCTGTTGAGTGGCCAACGCA
GAAACAGGGCAGTCCCGGGTTTTCTGAGATTACCTTTTCAAGAAACGAGTTCAAATCAGT
GACAGCATAATCAAGAGAAGGAACATAAGCATGAAGTCCATCGCTTCCACCATGACCGAT
CCAGTCTATTCCATAGACCTTGAATCCATTAACATTTAGCTGCTTTGCAAAATCACTATA
CCTGCCACTGTGTTCGTTCAGACCATGTAGCAGAACAACAAGCCCCCTACAAGCATTATC
AGCCAAACAAAAAAGATAAATAGAAGAAGACAATAAACAAAAGAGATTTAAGATACAAAA
CTTGCAACATATGTGAACGTAAAGGTATATAGTCAAGAAATCTTGAAGAACATTGTATTA
TATACACCAAAAAGCTTTCTCCTGAACAAGTCTTCAGTGTTTATATAATACATTGATCTT
CGAGATCTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI92JQ U 1
AF RR3F142JQ U 125
AF RR3BI92TF C 310
BS 1 254 RR3BI92JQ
BS 255 255 RR3F142JQ
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BS 804 841 RR3BI92JQ
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BS 893 901 RR3F142JQ
BS 902 1153 RR3BI92TF

RD RR3BI92JQ 841 0 0
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GCTCAACTGGTACCTTGGGATGAGGAACGCGAGGAATGGTGCAATTACCCAAAAGACGGG
GTGAGATGGTTGGACTCCAACTGCGGGTGAAGTTAACACAATCCCTGAAACTTGAGCTTC
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C

QA 1 841 1 841
DS 

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TCAAAGAGCAAATCATGCAACAACCCGTCGAACAGCTTGATCGACTTGTCGGACGAGGAA
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TTAGCCAGGAAAGCTTCCGGGTCGCGAGAAACAGGCATTATTTTCTTTTTAGCAGCGCTC
AACTGGTACCTTGGGATGAGGAACGCGAGGAATGGTGCAATTACCCAAAAGACGGGGTGA
GATGGTTGGACTCCAACTGCGGGTGAAGTTAACACAATCCCTGAAACTTGAGCTTCGATC
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GCATAATCAAGAGAAGGAACATAAGCATGAAGTCCATCGCTTCCACCATGACCGATCCAG
TCTATTCCATAGACCTTGAATCCATTAACATTTAGCTGCTTTGCAAA*TCACTATAC
TGC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3BI92TF 844 0 0
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AAGAAAAGGGAC*TTGATTCTGTTCAGGTTCCCCAGCAGATGAGAGCCAAGTCTGAGGAT
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CAGGAGAGCTTCCGGGTCGCGAGAAACAGGCATTATTTTCTTTTTAGCAGCGCTCAACTG
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TTGGACTCCAACTGCGGGTGAAGTTAACACAATCCCTGAAACTTGAGCTTCGATCTTTGG
ATCTAGCATAGCCTTCAAGATGATGGCGCCTCCTGTTGAGTGGCCAACGCAGAAACAGGG
CAGTCCCGGGTTTTCTGAGATTACCTTTTCAAGAAACGAGTTCAAATCAGTGACAGCATA
ATCAAGAGAAGGAACATAAGCATGAAGTCCATCGCTTCCACCATGACCGATCCAGTCTAT
TCCATAGACCTTGAATCCATTAACATTTAGCTGCTTTGCAAAATCACTATACCTGCCACT
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AAAAAGATAAATAGAAGAAGACAATAAACAAAAGAGATTTAAGATACAAAACTTGCAACA
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AAAAGCTTTCTCCTGAACAAGTCTTCAGTGTTTATATAATACATTGATCTTCGAGATCTC
TCCC

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 3

CO CL3652Contig1 560 3 1 U
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C180JQ U 299
AF RR3FK68JQ U 1
AF RR3FK68TF C 1
BS 1 560 RR3FK68JQ

RD RR3C180JQ 201 0 0
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CATGGACATGACCCGCAAAAA

QA 1 201 1 201
DS 

RD RR3FK68JQ 560 0 0
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GCTTCTCTGAAGGCAGAGTACTTAGGCTGAGGTTCAGTCATCTTGGTAGACAATCCTTCA
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QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3FK68TF 560 0 0
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CTTTTTTTTTGTCAAAGATAACAAATCTCCATGTTACAAGTAAACGGGGGGATATTTACA
AACCGTAAGAGTTTACGAGAAGGAGAGGAGCCCAAAGGATAAAATCAACAAACAGGATGC
CAGAACCTGTTGTAAACCCACATGGTGTCGGCCTCCACGGCGTAACCATCCTGGTTCCTG
TGCCATCCATAGTGAGCATGCGTCCTGTTCTTTATAGAGAACATAGCATGTCCGAAGCTC
GCTTCTCTGAAGGCAGAGTACTTAGGCTGAGGTTCAGTCATCTTGGTAGACAATCCTTCA
AGATTGCCTCCATCACCAATGGTGATGTAGATGGGAGCAGATTGATCTTTTACTGGAGTG
CAAATTCCATTAACCACATTGTACGCAATGTTGGATATGCGTTCTGATCTTTCATAGCCA
TGGACATGCCCCGCAAAAACAACATCTACTTTGTTCTCGACGAACCACGGCTCATACATC
ACTCTCATTGTTTCGCCTTC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 3

CO CL3653Contig1 710 3 5 U
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ACCGGTAGCTTGGGTTTAGTTTGGGGGTTGTTAATGGTTGCAGCCACCTTCTCCGTAATA
GCCATGGCCGTATTTGTTTGCGGCGATAACAAAGAAACAGATCATCCAAGCGGCACTGGA
ATTGGAGCCGCTACGGCGTCTGGTTCGATATCAAACCCTCCTTGTTAAAGCGAACAAAAA
TTATATAATCGTGATCATGTTCTTATTTCTATCGTTTGATTACGGGTTTCAGCTTATAAT
TTATGCAAATAATGGATTTGAAAAGAAAAAAAA*TGGAAAAGACAAACTCAATTTACGGT
AAGTTATACCAATGTGGAAATGAAAAAAAA*TCTCTGTTTAGCATCATACGTCAATATAA
ATATTGTAAATCTTGTATTATTGTTTGTACGATTAATGAACTTCAATATTACTAGAAGTT
AACTTAAAATAGTTGTTAGCTAAATATGAAAACATGTTATCAAAAAAAAGTTGACAAAAA
AATGTTATCAAAAAAGAAAAAGAAAACATGTTATCATTAGGCCATAATATTTATTGTAAA
CTATTTTGTATTAATGATTGTGTAATAGTAATATTAACTTGCACAACTAATTGCAAGGTA
TCACTTCGCTGCTCATGAAACTGAACAGTACACTAAACGACATATTAGCG


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GW71JQ C 1
AF RR3GW71TF U 1
AF RR3BN17TF U 2
BS 1 2 RR3GW71JQ
BS 3 390 RR3GW71TF
BS 391 391 RR3BN17TF
BS 392 547 RR3GW71TF
BS 548 710 RR3BN17TF

RD RR3GW71JQ 549 0 0
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ATTGGAGCCGCTACGGCGTCTGGTTCGATATCAAACCCTCCTTGTTAAAGCGAACAAAAA
TTATATAATCGTGATCATGTTCTTATTTCTATCGTTTGATTACGGGTTTCAGCTTATAAT
TTATGCAAATAATGGATTTGAAAAGAAAAAAAA*TGGAAAAGACAAACTCAATTTACGGT
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ATATTGTAAATCTTGTATTATTGTTTGTACGATTAATGAACTTCAATATTACTAGAAGTT
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AATGTTA
CC

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR3GW71TF 549 0 0
GT
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CGGTAGCTTGGGTTTAGTTTGGGGGTTGTTAATGGTTGCAGCCACCTTCTCCGTAATAGC
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TGGAGCCGCTACGGCGTCTGGTTCGATATCAAACCCTCCTTGTTAAAGCGAACAAAAATT
ATATAATCGTGATCATGTTCTTATTTCTATCGTTTGATTACGGGTTTCAGCTTATAATTT
ATGCAAATAATGGATTTGAAAAGAAAAAAAA*TGGAAAAGACAAACTCAATTTACGGTAA
GTTATACCAATGTGGAAATGAAAAAAAAATCTCTGTTTAGCATCATACGTCAATATAAAT
ATTGTAAATCTTGTATTATTGTTTGTACGATTAATGAACTTCAATATTACTAGAAGTTAA
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TGTTA
CC

QA 3 547 3 547
DS 

RD RR3BN17TF 709 0 0
G
GAAACTAAGGCAATATACGCAAGAAGTTATGGCGAGAACCTTTTTAAACGACGGTGGAAC
CGGTAGCTTGGGTTTAGTTTGGGGGTTGTTAATGGTTGCAGCCACCTTCTCCGTAATAGC
CATGGCCGTATTTGTTTGCGGCGATAACAAAGAAACAGATCATCCAAGCGGCACTGGAAT
TGGAGCTGCTACGGCGTCTGGTTCGATATCAAACCCTCCTTGTTAAAGCGAACAAAAATT
ATATAATCGTGATCATGTTCTTATTTCTATCGTTTGATTACGGGTTTCAGCTTATAATTT
ATGCAAATAATGGATTTGAAAAGAAAAAAAAATGGAAAAGACAAACTCAATTTACGGTAA
GTTATACCAATGTGGAAATGAAAAAAAA*TCTCTGTTTAGCATCATACGTCAATATAAAT
ATTGTAAATCTTGTATTATTGTTTGTACGATTAATGAACTTCAATATTACTAGAAGTTAA
CTTAAAATAGTTGTTAGCTAAATATGAAAACATGTTATCAAAAAAAAGTTGACAAAAAAA
TGTTATCAAAAAAGAAAAAGAAAACATGTTATCATTAGGCCATAATATTTATTGTAAACT
ATTTTGTATTAATGATTGTGTAATAGTAATATTAACTTGCACAACTAATTGCAAGGTATC
ACTTCGCTGCTCATGAAACTGAACAGTACACTAAACGACATATTAGCG

QA 2 709 2 709
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3655Contig1 850 3 10 U
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CATATATATACATATGGTCGAAAACTTCTTATAGAGTTGCACAGAAAGAGTTTGGTGGTC
GTATTTTCAAGATTTAAAACTCATTTTATGATCACAACCAGGAAAAAAATTATATCTAAT
ATCTCCAAACTTCAAAGTTTATATCTTATCTGTTCCCTTTCAACTCAAAAGAAGAAATCA
ATAAAACTAAGAAAACATGGGTGTTCTTGATCACGTCTCTGAATACTTTGATTGTTCCTC
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AGACTGTGAAGGATGCGAGAGGAAAGTGAGAAGAGCCTTAGAAGGAATGAAAGGAGTGA*
AGATGTAACCATCGAGGCTAATGCTCAGAAAGTGACTGTGGTTGGTTACGTTGAGCCAAA
CAGAGTGGTGGCTCGGATCATTCACCGGACCGGTAAGAGAGCCGAGCTTTATCCTTTCGT
TCCTTACGACGTTGTGTCTCACCCTTACGCGTCTGGTGTCTACGATAATAGAGCACCGGT
TGGGTACGTTAGGAACACCGAGTATGATCCACATGTGTCGCGGCTCGCACGTGCTAGCTC
CACTGAAGTTCGTTATACTACAGCGTTTAGCGATGAGAACGCTTCCGCTTGTGTGATTAT
GTGAATTTATTTGTTGTTCCTTTTGATTTTGATTTTGATTTTTTTTTGTGTTGATGTGTT
TTCGAGAATTGATTATTGTTTGTTTGTTTATGTTGGTATGTAGTAATGTATAAGACCAAG
TTAAAAAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DT35TF U 1
AF RR3GJ75TF U 245
AF RR3GJ75JQ C 283
BS 1 349 RR3DT35TF
BS 350 350 RR3GJ75TF
BS 351 419 RR3DT35TF
BS 420 420 RR3GJ75TF
BS 421 586 RR3DT35TF
BS 587 588 RR3GJ75TF
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BS 592 661 RR3DT35TF
BS 662 850 RR3GJ75TF

RD RR3DT35TF 661 0 0
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CATATATATACATATGGTCGAAAACTTCTTATAGAGTTGCACAGAAAGAGTTTGGTGGTC
GTATTTTCAAGATTTAAAACTCATTTTATGATCACAACCAGGAAAAAAATTATATCTAAT
ATCTCCAAACTTCAAAGTTTATATCTTATCTGTTCCCTTTCAACTCAAAAGAAGAAATCA
ATAAAACTAAGAAAACATGGGTGTTCTTGATCACGTCTCTGAATACTTTGATTGTTCCTC
CTCCCATGGTAGCTCCAAGAGACACAAAAGTCTACAGACGGTGGATGTGAGGGTTTTGAT
AGACTGTGAAGGATGCGAGAGGAAAGTGAGAAGAGCCTTAGAAGGAATGAAAGGAGTGAG
AGATGTAACCATCGAGGCTAATGCTCAGAAAGTGACTGTGGTTGGTTACGTTGAGCCAAA
CAGAGTGGTGGCTCGGATCATTCACCGGACCGGTAAGAGAGCCGAGCTTTATCCTTTCGT
TCCTTACGACGTTGTGTCTCACCCTTACGCGTCTGGTGTCTACGAT**TATAGCACCGGT
TGGGTACGTTAGGAACACCGAGTATGATCCACATGTGTCGCGGCTCGCACGTGCTAGCTC
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3GJ75TF 606 0 0
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CATGGTAGCTCCAAGAGACACAAAAGTCTACAGACGGTGGATGTGGGGGTTTTGATAGAC
TGTGAAGGATGCGAGAGGAAAGTGAGAAGAGCCTTAGAAGGAATGAAAGGAGTGA*AGAT
GTAACCATCGAGGCTAATGCTCAGAAAGTGACTGTGGTTGGTTACGTTGAGCCAAACAGA
GTGGTGGCTCGGATCATTCACCGGACCGGTAAGAGAGCCGAGCTTTATCCTTTCGTTCCT
TACGACGTTGTGTCTCACCCTTACGCGTCTGGTGTCTACGATAATAGAGCACCGGTTGGG
TACGTTAGGAACACCGAGTATGATCCACATGTGTCGCGGCTCGCACGTGCTAGCTCCACT
GAAGTTCGTTATACTACAGCGTTTAGCGATGAGAACGCTTCCGCTTGTGTGATTATGTGA
ATTTATTTGTTGTTCCTTTTGATTTTGATTTTGATTTTTTTTTGTGTTGATGTGTTTTCG
AGAATTGATTATTGTTTGTTTGTTTATGTTGGTATGTAGTAATGTATAAGACCAAGTTAA
AAAGGG

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3GJ75JQ 568 0 0
ATACTTTGATTGTTCCTCCTCCCATGGTAGCTCCAAGAGACACAAAAGTTTACAGACGGT
GGATGTGGGGGTTTTGATAGACTGTGAAGGATGCGAGAGGAAAGTGAGAAGAGCCTTAGA
AGGAATGAAAGGAGTGA*AGATGTAACCATCGAGGCTAATGCTCAGAAAGTGACTGTGGT
TGGTTACGTTGAGCCAAACAGAGTGGTGGCTCGGATCATTCACCGGACCGGTAAGAGAGC
CGAGCTTTATCCTTTCGTTCCTTACGACGTTGTGTCTCACCCTTACGCGTCTGGTGTTTA
CGATAATAGAGCACCGGTTGGGTACGTTAGGAACACCGAGTATGATCCACATGTGTCGCG
GCTCGCACGTGCTAGCTCCACTGAAGTTCGTTATACTACAGCGTTTAGCGATGAGAACGC
TTCCGCTTGTGTGATTATGTGAATTTATTTGTTGTTCCTTTTGATTTTGATTTTGATTTT
TTTTTGTGTTGATGTGTTTTCGAGAATTGATTATTGTTTGTTTGTTTATGTTGGTATGTA
GTAATGTATAAGACCAAGTTAAAAAGGG

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 3

CO CL3656Contig1 596 3 1 U
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GGTAACAAGTTCAGAATGTCACTGGGTCTTCCCGTGGCGGCGACTGTTAACTGCGCCGAC
AACACCGGCGCCAAGAACCTCTACATCATTTCGGTGAAGGGGATCAAGGGTCGTCTCAAC
AGGTTGCCTTCCGCCTGCGTCGGAGACATGGTGATGGCCACCGTGAAGAAGGGGAAGCCT
GATCTGAGGAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGGAAGCCTTGGCGCCGA
AAGGATGGTGTCTTCATGTACTTCGAAGATAATGCTGGAGTCATCGTGAACCCCAAGGGA
GAAATGAAAGGTTCTGCCATCACTGGTCCTATCGGTAAAGAGTGCGCTGATCTTTGGCCA
AGAATTGCAAGTGCTGCCAATGCCATTGTCTGAAGATAGGATCCAATCAATCACTGGTCT
TTGCTGGCGTGCGTTTGGTTATCTTTCAAACAAATTTGAGAATTTTGATTTTCTGACAAT
ATGTACGACATTCAAGTGTTTTGGTTATTTAGACATCATCAATCAATGTTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A627TF U 4
AF RR3GM96TF U 1
AF RR3GM96JQ C 222
BS 1 596 RR3GM96TF

RD RR3A627TF 276 0 0
GG
AGAGATCAGCTCAAATCCGTCCAAAATGTCGAAACGAGGACGTGGAGGTACGTCGGGTAA
CAAGTTCAGAATGTCACTGGGTCTTCCCGTGGCGGCGACTGTTAACTGCGCCGACAACAC
CGGCGCCAAGAACCTCTACATCATTTCGGTGAAGGGGATCAAGGGTCGTCTCAACAGGTT
GCCTTCCGCCTGCGTCGGAGACATGGTGATGGCCACCGTGAAGAAGGGGAAGCCTGATCT
GAGGAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGG

QA 3 276 3 276
DS 

RD RR3GM96TF 596 0 0
GGAACAGAGATCAGCTCAAAGCCGTCCAAAATGTCGAAACGAGGACGTGGAGGTACGTCG
GGTAACAAGTTCAGAATGTCACTGGGTCTTCCCGTGGCGGCGACTGTTAACTGCGCCGAC
AACACCGGCGCCAAGAACCTCTACATCATTTCGGTGAAGGGGATCAAGGGTCGTCTCAAC
AGGTTGCCTTCCGCCTGCGTCGGAGACATGGTGATGGCCACCGTGAAGAAGGGGAAGCCT
GATCTGAGGAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGGAAGCCTTGGCGCCGA
AAGGATGGTGTCTTCATGTACTTCGAAGATAATGCTGGAGTCATCGTGAACCCCAAGGGA
GAAATGAAAGGTTCTGCCATCACTGGTCCTATCGGTAAAGAGTGCGCTGATCTTTGGCCA
AGAATTGCAAGTGCTGCCAATGCCATTGTCTGAAGATAGGATCCAATCAATCACTGGTCT
TTGCTGGCGTGCGTTTGGTTATCTTTCAAACAAATTTGAGAATTTTGATTTTCTGACAAT
ATGTACGACATTCAAGTGTTTTGGTTATTTAGACATCATCAATCAATGTTTTTTTT

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3GM96JQ 375 0 0
CGTGAAGAAGGGGAAGCCTGATCTGAGGAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCA
GAGGAAGCCTTGGCGCCGAAAGGATGGTGTCTTCATGTACTTCGAAGATAATGCTGGAGT
CATCGTGAACCCCAAGGGAGAAATGAAAGGTTCTGCCATCACTGGTCCTATCGGTAAAGA
GTGCGCTGATCTTTGGCCAAGAATTGCAAGTGCTGCCAATGCCATTGTCTGAAGATAGGA
TCCAATCAATCACTGGTCTTTGCTGGCGTGCGTTTGGTTATCTTTCAAACAAATTTGAGA
ATTTTGATTTTCTGACAATATGTACGACATTCAAGTGTTTTGGTTATTTAGACATCATCA
ATCAATGTTTTTTTT

QA 1 375 1 375
DS 



AS 1 2

CO CL3657Contig1 905 2 12 U
GGTATACACATACAACTCTCGTTCCTCTGACGGAACAAGAAACCAAGGTGGTTACTCCGA
CAAAATCGTTGTCGACCAACGCTTTGTCCTAAGCTTTCCGGATGGTTTACCCAGTGATTC
AGGCGCGCCGCTGCTCTGTGCTGGGATCACTGTGTATAGTCCGATGAAATATTACGGCAT
GACTGAAGAAAAAGGGAAACATTTAGGTGTAAGTGGGCTTGGTGGGCTTGGTCATATCGC
TGTGAAGATTGGTAAAGCCTTTGGTTTAAAAGTTACCGTGATTAGTAGGTCATCTGAGAA
AGAGAGTGAAGCAATTGATAGACTCGGTGCTGACTCGTTTCTCGTCACAACGGATTCTCA
AAAGATGAAGGATGCAATTGGGACTATGGATTTCGTGTTGGACACGGTATCAGCAGAACA
CTCTCTGTTACCCTTGTTCAGTTTGCTTAAAGTGAATGGAAAGCTTGTGGCTTTAGGGTT
ACCAGAGAAACCACTCCAGTTACCATTATTCCCTCTCGTTCTCGGAAGGAAAATGGTGGG
GAGGGAGTCAGATTGGAGGAATGAAAGAGACACAAGAGATGCTTGACTTCTGTGCCAAGC
ATAATATCGTTGCGGATATTGAGGTCATAAAGATGAGTGATATCAACTCGGCAATGGACC
GCTTGGCTAAGTCTGATGTCAGGTACCGGTTCGTGATCGATGTGGCCAACTCCATCAATT
CTGCTTGAGTCATTAGCTGAGACTAATGAACGTGTCGACCATTAGGTCTCCGTTTATAGT
CTGCTGTGATTAGTTTTTTTCTGCTTTCAATTCTATTTTCTTGTCTTACATCTATGGTAT
AATGAATAAAGCAAATATTTCAGTTACAATAAAAAAAAAAGAATAAGCAAATATTTTGAG
ATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3C215TF U 1
AF RR3C215JQ C 125
BS 1 682 RR3C215TF
BS 683 683 RR3C215JQ
BS 684 708 RR3C215TF
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BS 767 767 RR3C215JQ
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BS 775 775 RR3C215JQ
BS 776 788 RR3C215TF
BS 789 905 RR3C215JQ

RD RR3C215TF 788 0 0
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CAAAATCGTTGTCGACCAACGCTTTGTCCTAAGCTTTCCGGATGGTTTACCCAGTGATTC
AGGCGCGCCGCTGCTCTGTGCTGGGATCACTGTGTATAGTCCGATGAAATATTACGGCAT
GACTGAAGAAAAAGGGAAACATTTAGGTGTAAGTGGGCTTGGTGGGCTTGGTCATATCGC
TGTGAAGATTGGTAAAGCCTTTGGTTTAAAAGTTACCGTGATTAGTAGGTCATCTGAGAA
AGAGAGTGAAGCAATTGATAGACTCGGTGCTGACTCGTTTCTCGTCACAACGGATTCTCA
AAAGATGAAGGATGCAATTGGGACTATGGATTTCGTGTTGGACACGGTATCAGCAGAACA
CTCTCTGTTACCCTTGTTCAGTTTGCTTAAAGTGAATGGAAAGCTTGTGGCTTTAGGGTT
ACCAGAGAAACCACTCCAGTTACCATTATTCCCTCTCGTTCTCGGAAGGAAAATGGTGGG
GAGGGAGTCAGATTGGAGGAATGAAAGAGACACAAGAGATGCTTGACTTCTGTGCCAAGC
ATAATATCGTTGCGGATATTGAGGTCATAAAGATGAGTGATATCAACTCGGCAATGGACC
GCTTGGCTAAGTCTGATGTCAG*TACCGGTTCGTGATCGATGTGGCCA*CTCCATCAATT
CTGCTTGAGTCATTAGCTGAGACTAATGAACGTGTCGAC*ATTAGG*CTCCGTT*ATAGT
CTGCTGTG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3C215JQ 781 0 0
GCGCCGCTGCTCTGTGCTGGGATCACTGTGTATAGTCCGATGAAATATTACGGCATGACT
GAAGAAAAAGGGAAACATTTAGGTGTAAGTGGGCTTGGTGGGCTTGGTCATATCGCTGTG
AAGATTGGTAAAGCCTTTGGTTTAAAAGTTACCGTGATTAGTAGGTCATCTGAGAAAGAG
AGTGAAGCAATTGATAGACTCGGTGCTGACTCGTTTCTCGTCACAACGGATTCTCAAAAG
ATGAAGGATGCAATTGGGACTATGGATTTCGTGTTGGACACGGTATCAGCAGAACACTCT
CTGTTACCCTTGTTCAGTTTGCTTAAAGTGAATGGAAAGCTTGTGGCTTTAGGGTTACCA
GAGAAACCACTCCAGTTACCATTATTCCCTCTCGTTCTCGGAAGGAAAATGGTGGG*AGG
GAGTCAGATTGGAGGAATGAAAGAGACACAAGAGATGCTTGACTTCTGTGCCAAGCATAA
TATCGTTGCGGATATTGAGGTCATAAAGATGAGTGATATCAACTCGGCAATGGACCGCTT
GGCTAAGTCTGATGTCAGGTACCGGTTCGTGATCGATGTGGCCAACTCCATCAATTCTGC
TTGAGTCATTAGCTGAGACTAATGAACGTGTCGACCATTAGGTCTCCGTTTATAGTCTGC
TGTGATTAGTTTTTTTCTGCTTTCAATTCTATTTTCTTGTCTTACATCTATGGTATAATG
AATAAAGCAAATATTTCAGTTACAATAAAAAAAAAAGAATAAGCAAATATTTTGAGATTA
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL3658Contig1 941 2 4 U
GATCGCCGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGAACTGGATATATAAATATTCGTTTGAGGAT
GGATTTGGCGTGGTTGAGTGCTCTAATCTTTGGAGCTGCACTTGGATTCTGCATTGGCAC
CACTCGTCGTTCCAAACATCATCCTTCTGTTGCGGCTGCTGCTGTTGATGGAGATGATAC
CAAACTGATTCCAAAGAGTCCTCTCGAGATTGAGAAACTCGCTGATATCCTCGATGATTT
CAAAATGGTTTTGGTAGTGAGGAATGATCTTAAAATGGGTAAAGGCAAGATTGCTGCACA
ATGCAGTCATGCAACTTTGGGTTTATACAAAAAGTTTGTTCGTCGAGCTCCAAAAGCATT
GGACTGCTGGGAGGAATGTGCACAGCCAAAGGTTGTTGTGAAAATCGAGGGCGAGGATGA
GATGCTAGAATTGCAAGAAAGAGCCAAATCCCTTAAACTGCCTACCCACATCACCATCGA
TGCTGGAAGGACTCAGATCTCTCCAAATTCAAGGACAGTTATGGCTATTCTTGGACCAGT
CCAAGTTGTTGATGAAGTAACAGGTGGACTGAAGCTTCTTTAACAGCTTCAAATTTCAAT
GTTACACCTCTTCAATCCAATCTCTCAGATGGATCAAAAAGAAGGGAGAGACGTGCACTC
TACCTTCTCTCAGATGTAATCTGTTAACTCATTCCTGGTGATGACGAAAAATCCCATTTT
AAGCAATTTTCCCAACTTTTCATGAACATATACAATTTATCTCTTTGGGATCAGATTGAT
TAACCAATGGTGGTACAAATATTTGTTTCTCTTTTTTGTATTAGAGTTAGCAAAGGTCGA
GTCTGTTTTGGCAAATTGAGAAAATGGTATGTTCAAATGCCAATCTAGGAGATACTGTTG
GCTTTATTTGAAAAATAACAAATGTACAACAAATCATGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CR73TF U 1
AF RR3CR73JQ C 155
BS 1 710 RR3CR73TF
BS 711 711 RR3CR73JQ
BS 712 723 RR3CR73TF
BS 724 941 RR3CR73JQ

RD RR3CR73TF 723 0 0
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GGATTTGGCGTGGTTGAGTGCTCTAATCTTTGGAGCTGCACTTGGATTCTGCATTGGCAC
CACTCGTCGTTCCAAACATCATCCTTCTGTTGCGGCTGCTGCTGTTGATGGAGATGATAC
CAAACTGATTCCAAAGAGTCCTCTCGAGATTGAGAAACTCGCTGATATCCTCGATGATTT
CAAAATGGTTTTGGTAGTGAGGAATGATCTTAAAATGGGTAAAGGCAAGATTGCTGCACA
ATGCAGTCATGCAACTTTGGGTTTATACAAAAAGTTTGTTCGTCGAGCTCCAAAAGCATT
GGACTGCTGGGAGGAATGTGCACAGCCAAAGGTTGTTGTGAAAATCGAGGGCGAGGATGA
GATGCTAGAATTGCAAGAAAGAGCCAAATCCCTTAAACTGCCTACCCACATCACCATCGA
TGCTGGAAGGACTCAGATCTCTCCAAATTCAAGGACAGTTATGGCTATTCTTGGACCAGT
CCAAGTTGTTGATGAAGTAACAGGTGGACTGAAGCTTCTTTAACAGCTTCAAATTTCAAT
GTTACACCTCTTCAATCCAATCTCTCAGATGGATCAAAAAGAAGGGAGAGACGTGCACTC
TACCTTCTCTCAGATGTAATCTGTTAACTCATTCCTGGTGATGACGAAAA*TCCCATTTT
AAG

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3CR73JQ 787 0 0
GCTGCTGCTGTTGATGGAGATGATACCAAACTGATTCCAAAGAGTCCTCTCGAGATTGAG
AAACTCGCTGATATCCTCGATGATTTCAAAATGGTTTTGGTAGTGAGGAATGATCTTAAA
ATGGGTAAAGGCAAGATTGCTGCACAATGCAGTCATGCAACTTTGGGTTTATACAAAAAG
TTTGTTCGTCGAGCTCCAAAAGCATTGGACTGCTGGGAGGAATGTGCACAGCCAAAGGTT
GTTGTGAAAATCGAGGGCGAGGATGAGATGCTAGAATTGCAAGAAAGAGCCAAATCCCTT
AAACTGCCTACCCACATCACCATCGATGCTGGAAGGACTCAGATCTCTCCAAATTCAAGG
ACAGTTATGGCTATTCTTGGACCAGTCCAAGTTGTTGATGAAGTAACAGGTGGACTGAAG
CTTCTTTAACAGCTTCAAATTTCAATGTTACACCTCTTCAATCCAATCTCTCAGATGGAT
CAAAAAGAAGGGAGAGACGTGCACTCTACCTTCTCTCAGATGTAATCTGTTAACTCATTC
CTGGTGATGACGAAAAATCCCATTTTAAGCAATTTTCCCAACTTTTCATGAACATATACA
ATTTATCTCTTTGGGATCAGATTGATTAACCAATGGTGGTACAAATATTTGTTTCTCTTT
TTTGTATTAGAGTTAGCAAAGGTCGAGTCTGTTTTGGCAAATTGAGAAAATGGTATGTTC
AAATGCCAATCTAGGAGATACTGTTGGCTTTATTTGAAAAATAACAAATGTACAACAAAT
CATGGAC

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 3

CO CL3659Contig1 923 3 2 U
ACCAGTCTGGAAATAAGTTCGTCATAAACCTGAAAAAGGGCACGTGACAACACACAACGG
GCTGCCCGATCCTTATTCACGTGTGATGTTAAACCAAATTTCAAATTTATATATGTAGCA
TTGTTAATTCGCTGATATAGGTATGTTTCTTTTTATACATAGGAAAAACAAAAGAAAACT
GAAGAAGCTCACACTTCAATACTTCACTAACGGCGGTGGTGATTACTACCGGTGACCGGA
GTAGGAGGAGGAGGAATCGGCGACTTGCATTGATAGCACTTGGCAAAGAGGCCAAAAGTG
TCAATTTGCCTGATGAAGTTGGTCATGCTAGCCCATCCTCCAAACCCGAACCCTAGAACA
AGCACCCAAACCACCACGAATGCATTTATCACGTAAACTCCGCTCCAGCTTGGCAAAAAG
AACGGCGGCTTCTCCGCCGCATTCCGACGGGCAGAGGCGGTGCGGTAGGTGAGCATATGG
GCTAAGGCAGGGATGATGTAGACGGTGAAGCTAACGAGTAGAGCTCCAACCGCGGAGTTT
ATGGGGCCAAAAAATGGGAAAATAATGGCTAAAAACCATATGGGAACCACCACCGGCAGC
CTCACGATCGCTCTTAGACATATGCTTTTGGTGTGGTGCATTCCTATTGCTTTTTCCCAT
ACGAAGTATAACGGTGTACACGCAAATCCAAACGTTATAAACTGATGGATGAGCATGAGG
ATGACGGCGGCATCACGGAAACGCGTTTTAGGGAGGAGAGAGAAAGCATTTGAATGGTTG
AGAAGTTGGTCGCCGAAAGCCCAATAGACGGCGGACGCTGACGGAAGCGTTAATGTGAAG
ACGTACAGTGTCGCCATCAGTAGATGCTCTTAAACTTCCTTGGTTTCCACATCGCATGCA
TTATTTCCACAGTCACAGCGTGC


BQ
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AF RR3G129JQ U 1
AF RR3G129TF C 190
AF RR3FP31JQ U 91
BS 1 702 RR3G129JQ
BS 703 923 RR3FP31JQ

RD RR3G129JQ 702 0 0
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TTGTTAATTCGCTGATATAGGTATGTTTCTTTTTATACATAGGAAAAACAAAAGAAAACT
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GTAGGAGGAGGAGGAATCGGCGACTTGCATTGATAGCACTTGGCAAAGAGGCCAAAAGTG
TCAATTTGCCTGATGAAGTTGGTCATGCTAGCCCATCCTCCAAACCCGAACCCTAGAACA
AGCACCCAAACCACCACGAATGCATTTATCACGTAAACTCCGCTCCAGCTTGGCAAAAAG
AACGGCGGCTTCTCCGCCGCATTCCGACGGGCAGAGGCGGTGCGGTAGGTGAGCATATGG
GCTAAGGCAGGGATGATGTAGACGGTGAAGCTAACGAGTAGAGCTCCAACCGCGGAGTTT
ATGGGGCCAAAAAATGGGAAAATAATGGCTAAAAACCATATGGGAACCACCACCGGCAGC
CTCACGATCGCTCTTAGACATATGCTTTTGGTGTGGTGCATTCCTATTGCTTTTTCCCAT
ACGAAGTATAACGGTGTACACGCAAATCCAAACGTTATAAAC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3G129TF 617 0 0
CACACTTCAATACTTCACTAACGGCGGTGGTGATTACTACCGGTGACCGGAGTAGGAGGA
GGAGGAATCGGCGACTTGCATTGATAGCACTTGGCAAAGAGGCCAAAAGTGTCAATTTGC
CTGATGAAGTTGGTCATGCTAGCCCATCCTCCAAACCCGAACCCTAGAACAAGCACCCAA
ACCACCACGAATGCATTTATCACGTAAACTCCGCTCCAGCTTGGCAAAAAGAACGGCGGC
TTCTCCGCCGCATTCCGACGGGCAGAGGCGGTGCGGTAGGTGAGCATATGGGCTAAGGCA
GGGATGATGTAGACGGTGAAGCTAACGAGTAGAGCTCCAACCGCGGAGTTTATGGGGCCA
AAAAATGGGAAAATAATGGCTAAAAACCATATGGGAACCACCACCGGCAGCCTCACGATC
GCTCTTAGACATATGCTTTTGGTGTGGTGCATTCCTATTGCTTTTTCCCATACGAAGTAT
AACGGTGTACACGCAAATCCAAACGTTATAAACTGATGGATGAGCATGAGGATGACGGCG
GCATCACGGAAACGCGTTTTAGGGAGGAGAGAGAAAGCATTTGAATGGTTGAGAAGTTGG
TCGCCGAAAGCCCAAT
C

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3FP31JQ 833 0 0
AAACCAGATTTCAAATTTATATATGTAGCATTGTTAATTCGCTGATATAGGTATGTTTCT
TTTTATACATAGGAAAAACAAAAGAAAACTGAAGAAGCTCACACTTCAATACTTCACTAA
CGGCGGTGGTGATTACTACCGGTGACCGGAGTAGGAGGAGGAGGAATCGGCGACTTGCAT
TGATAGCACTTGGCAAAGAGGCCAAAAGTGTCAATTTGCCTGATGAAGTTGGTCATGCTA
GCCCATCCTCCAAACCCGAACCCTAGAACAAGCACCCAAACCACCACGAATGCATTTATC
ACGTAAACTCCGCTCCAGCTTGGCAAAAAGAACGGCGGCTTCTCCGCCGCATTCCGACGG
GCAGAGGCGGTGCGGTAGGTGAGCATATGGGCTAAGGCAGGGATGATGTAGACGGTGAAG
CTAACGAGTAGAGCTCCAACCGCGGAGTTTATGGGACCAAAAAATGGGAAAATAATGGCT
AAAAACCATATGGGAACCACCACCGGCAGCCTAACGATCGCTCTTAGACATATGCTTTTG
GTGTGGTGCATTCCTATTGCTTTTTCCCATACGAAGTATAACGGTGTACACGCAAATCCA
AACGTTATAAACTGATGGATGAGCATGAGGATGACGGCGGCATCACGGAAACGCGTTTTA
GGGAGGAGAGAGAAAGCATTTGAATGGTTGAGAAGTTGGTCGCCGAAAGCCCAATAGACG
GCGGACGCTGACGGAAGCGTTAATGTGAAGACGTACAGTGTCGCCATCAGTAGATGCTCT
TAAACTTCCTTGGTTTCCACATCGCATGCATTATTTCCACAGTCACAGCGTGC

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

CO CL3660Contig1 749 2 6 U
GGCTTACTCACAGAACATGTCCCCTCCACCTTTGATACTCTCGATTCATTGCCTTAGGGG
ACATTTTTTGGAGGCTTCACAAGACAGTTTAAGCTTCTCCTTGAACAAATTATGGTCTGA
GTTTGCAATGTATATGCGTCAACCAAGGTCAGCTATTCAAATCTCAAGACATTGCTCAGT
TTTATCTCCAAATCTAAGATTTCAACTGCTCGAAGTTAACAGCCCTGTTAAACTATCTCT
TGTGGATATGTTTATTCAAACTTCCTCTCGAGAGGGCCGAGAGAGATCCTTTCATACCTC
CTCCTTCTCAAATGAGAGATCACTACTTCCGCCAATCTCCCTCTATTATAGAGGTGATCC
TTTCCCGGTAAGCAAAACCGGTGAAGTTTACTCTTCTCCTAACCGTTTGTTATCTTATGT
GATGGTTCGCTTGGGACCGGTAGATGCAACGACTAGCATTACTATGATGGTCGAGGTTCA
GGAACATGTGTCAAAGCCACGAGCTAATGTGGCTATTCTCGAGTTTGAAAGATTAGAAGG
GCGATGTAGTTTCTTCATGATAGTACTCGCTTGTGGCACCTTCGTTAACCCTTTCAACAC
TATATCAAGCTTTGGCAAGCTTGTGTCTCTATCCATCTATTGTTATGTCTGTTTAATGCT
TGTTCTAGTAGTTCGTATGGTTCATCGTGGCTTGTCCGATGATACCTTTATCATTGTAGC
GTTTTAATTAATGAGAATTTGGTTGAACG


BQ
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BQ
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QA 1 531 1 531
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ACGTTCTGATCTGGCGTTGGTAGTGGCTGTAGTCCCCTTCTTGTCACAGAGACCAGAGGA
GGTGGTGCGAGATTGGGACCATTAACATGATGATGTTGCCTCTGGTTACTATAAACATGA
TGCTGCTGCGTGTGAAGGTGTTCACGCATTTGCACAGCGCTGCTGCTTCCTTGTTGAGTG
TTAGCTGCTGGTGAGGTTCTTGGACTAGACCGATAACTAAAGAGAAATGGGTGTGGATGA
GAAATGCCCCGTGTTGCTGAAGAGTCGATTTCACCATCAATTACATGAGCAGCTGGAAGA
GAAAACGATGT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3H223TF 667 0 0
GAAATG
CCCGTGTTGCTGAAGAGTCGATTTCACCATCAATTACATGAGCAGCTGGAAGAGAAAACG
ATGTAGAATGATGATGGTGATGGTGATGGTGATAGTGGGGAGCAACAGAGAGCTGGTGGA
AGTGGTCATTGCATGGTTCCTTTAATGTTGAAAGCGGATCCGATGCAGTCCAAATGGAAT
TGGTGACCACATTGGAGCTTAGCCATGGATCTGGAACCGTCGTCGATCACCAACTCGAGG
CATATCGAGCACGAGATTTCAACAAGAGTAGAAGAATCCTCCTCCTCCTCCTCTTTGTTC
CCGCGTTTTCCACGGACATGTGCCGTCGATTGGTTGTTACGATCATCATCATCGAATGAA
GCAGCTTGAGAGAGCTCACCAAAGGGGCACCAATGGACCCGATATTGCATTTCAGGGTAG
CTTAAAGCATACAAATCTTCATCAGGGATCCAATCTTCCATGACAAACTCAGGAAAAAGA
CGAGTAGAAGAAGCATTGGCAAATAGCCACTGACCGTTTTCAACATTACGACAGTTAGGG
CATTGCCTCGATCGGAGGGAACACACAACAACAACAACAACAAAAAATAATCTCGGTTTT
CGAAAAATGTCAAACAAAAACCATCTCCGTCGCTCTCTCTCTCCGAATTGGTCCGCCTCC
C

QA 7 667 7 667
DS 



AS 1 3

CO CL3662Contig1 375 3 1 U
CTAGCCAAATTAACTTTTATTAATCACTAAAAGAGCATGTCTTATGGGGTTTTATTACAT
TAGTGGTCCATAGAGAAAGAGAGAGATTATGAGCCAAGCAGCTTCTTCCACCTGGCGTAA
CCAAGAACGACCATGAAGAGCACAAAGCAAAACGCAGTGATACTCCACACGAAGTACCAG
AAGATGCCGTTTATGTTATACAACGGACATGGTATGTTCATCCCGAACAAGCTGGCCAAC
AACGTCTCTGCGGTTATCGCAAACGAGGCCATGGTCAGAATCAGCTGCAGCTGGATCAGC
TGGTTACGTTGGTTGTCCAGCTGTATGTTCACGTAGTCTTCCGTGTCGTCGATGTATTCC
CTCACGGTAAGAATC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 

AF RR3BU23JQ U 1
AF RR3BU23TF C 1
AF RR3BX81JQ U 1
BS 1 375 RR3BU23JQ

RD RR3BU23JQ 375 0 0
CTAGCCAAATTAACTTTTATTAATCACTAAAAGAGCATGTCTTATGGGGTTTTATTACAT
TAGTGGTCCATAGAGAAAGAGAGAGATTATGAGCCAAGCAGCTTCTTCCACCTGGCGTAA
CCAAGAACGACCATGAAGAGCACAAAGCAAAACGCAGTGATACTCCACACGAAGTACCAG
AAGATGCCGTTTATGTTATACAACGGACATGGTATGTTCATCCCGAACAAGCTGGCCAAC
AACGTCTCTGCGGTTATCGCAAACGAGGCCATGGTCAGAATCAGCTGCAGCTGGATCAGC
TGGTTACGTTGGTTGTCCAGCTGTATGTTCACGTAGTCTTCCGTGTCGTCGATGTATTCC
CTCACGGTAAGAATC

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR3BU23TF 375 0 0
CTAGCCAAATTAACTTTTATTAATCACTAAAAGAGCATGTCTTATGGGGTTTTATTACAT
TAGTGGTCCATAGAGAAAGAGAGAGATTATGAGCCAAGCAGCTTCTTCCACCTGGCGTAA
CCAAGAACGACCATGAAGAGCACAAAGCAAAACGCAGTGATACTCCACACGAAGTACCAG
AAGATGCCGTTTATGTTATACAACGGACATGGTATGTTCATCCCGAACAAGCTGGCCAAC
AACGTCTCTGCGGTTATCGCAAACGAGGCCATGGTCAGAATCAGCTGCAGCTGGATCAGC
TGGTTACGTTGGTTGTCCAGCTGTATGTTCACGTAGTCTTCCGTGTCGTCGATGTATTCC
CTCACGGTAAGAATC

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR3BX81JQ 375 0 0
CTAGCCAAATTAACTTTTATTAATCACTAAAAGAGCATGTCTTATGGGGTTTTATTACAT
TAGTGGTCCATAGAGAAAGAGAGAGATTATGAGCCAAGCAGCTTCTTCCACCTGGCGTAA
CCAAGAACGACCATGAAGAGCACAAAGCAAAACGCAGTGATACTCCACACGAAGTACCAG
AAGATGCCGTTTATGTTATACAACGGACATGGTATGTTCATCCCGAACAAGCTGGCCAAC
AACGTCTCTGCGGTTATCGCAAACGAGGCCATGGTCAGAATCAGCTGCAGCTGGATCAGC
TGGTTACGTTGGTTGTCCAGCTGTATGTTCACGTAGTCTTCCGTGTCGTCGATGTATTCC
CTCACGGTAAGAATC

QA 1 375 1 375
DS 



AS 1 3

CO CL3663Contig1 1120 3 7 U
TGGGGACACACATACTCAATTCAGACAAACTCCATAGCTAATCTAGAGAGAGAGAGAAAA
CAAGATGTCGAAAGAAGTGAACGAAGAGGGACAAGCAACACACAGCCATGGAAAAGACTA
CGTGGATCCTCCACCAGCTCCCCTTCTCGACATGGGAGAGCTCAAGTCTTGGTCTTTCTA
CAGAGCTCTCATCGCCGAGTTCATCGCCACACTCCTCTTCCTCTACGTCACCATAGCAAC
CGTCATCGGCCACAAGAAACAAACCGGTCCTTGTGACGGCGTTGGTTTACTCGGTATCGC
TTGGGCCTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGGTGG
TCACATTAACCCAGCTGTGACTTTTGGTCTGTTCTTGGCACGTAAGGTGTCTTTGGTGAG
AGCTGTTGGTTACATGATAGCTCAGTGTCTTGGAGCCATTTGTGGTGTGGGTTTCGTTAA
AGCTTTCATGAAGACTCCTTACAACACTCTCGGTGGGGGAGCTAACACTGTCGCCCCTGG
TTACAGTACTGGAACTGCTCTCGGTGCTGAGATCATTGGAACTTTCGTCCTCGTTTACAC
CGTCTTCTCTGCTACCGACCCTAAGAGAAGCGCTCGTGACTCTCACATCCCCGTTTTGGC
TCCACTTCCAATTGGATTTGCTGTGTTCATGGTGCATTTGGCAACCATCCCCATCACTGG
AACTGGAATTAACCCAGCGAGAAGCTTTGGTGCTGCTGTTATCTACAACAACGAGAAGGC
ATGGGATGACCATTGGATCTTCTGGGTTGGGCCATTCGTTGGAGCATTAGCAGCAGCAGC
TTACCATCAATACATTTTGAGAGCTGCAGCAGTTAAGGCCTTGGCCTCGTTCCGAAGCAG
TGCAACCAACTGATGAATGGTGAAGAAAAAAGCTTAAGATTCGTTATGCTTTTTATTTTT
ATTTGTTGCTTTATTTGTGTGGTTAATGAGAGAGAGCTTAAGTTTGTGGATTGATGATTA
ATGTTAATTATGAAATGGGTGTATGAATTTTTCTTTCTTTCTTTTTCTACCCACTTTGTT
AGCTTTTTCAATATCTAGTTTAGTTTGGTGTGACTTGTGC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH23TF U 1
AF RR3DI87TF U 4
AF RR3DH23JQ C 418
BS 1 150 RR3DH23TF
BS 151 151 RR3DI87TF
BS 152 567 RR3DH23TF
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BS 760 1120 RR3DH23JQ

RD RR3DH23TF 567 0 0
TGGGGACACACATACTCAATTCAGACAAACTCCATAGCTAATCTAGAGAGAGAGAGAAAA
CAAGATGTCGAAAGAAGTGAACGAAGAGGGACAAGCAACACACAGCCATGGAAAAGACTA
CGTGGATCCTCCACCAGCTCCCCTTCTCGATATGGGAGAGCTCAAGTCTTGGTCTTTCTA
CAGAGCTCTCATCGCCGAGTTCATCGCCACACTCCTCTTCCTCTACGTCACCATAGCAAC
CGTCATCGGCCACAAGAAACAAACCGGTCCTTGTGACGGCGTTGGTTTACTCGGTATCGC
TTGGGCCTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGGTGG
TCACATTAACCCAGCTGTGACTTTTGGTCTGTTCTTGGCACGTAAGGTGTCTTTGGTGAG
AGCTGTTGGTTACATGATAGCTCAGTGTCTTGGAGCCATTTGTGGTGTGGGTTTCGTTAA
AGCTTTCATGAAGACTCCTTACAACACTCTCGGTGGGGGAGCTAACACTGTCGCCCCTGG
TTACAGTACTGGAACTGCTCTCGGTGC

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3DI87TF 767 0 0
GGACACACATACTCAATTCAGACAAACTCCATAGCTAATCTAGAGAGAGAGAGAAAACAA
GATGTCGAAAGAAGTGAACGAAGAGGGACAAGCAACACACAGCCATGGAAAAGACTACGT
GGATCCTCCACCAGCTCCCCTTCTCGACATGGGAGAGCTCAAGTCTTGGTCTTTCTACAG
AGCTCTCATCGCCGAGTTCATCGCCACACTCCTCTTCCTCTACGTCACCATAGCAACCGT
CATCGGCCACAAGAAACAAACCGGTCCTTGTGACGGCGTTGGTTTACTCGGTATCGCTTG
GGCCTTCGGTGGTATGATCTTCGTCCTCGTCTACTGCACCGCCGGTATCTCTGGTGGTCA
CATTAACCCAGCTGTGACTTTTGGTCTGTTCTTGGCACGTAAGGTGTCTTTGGTGAGAGC
TGTTGGTTACATGATAGCTCAGTGTCTTGGAGCCATTTGTGGTGTGGGTTTCGTTAAAGC
TTTCATGAAGACTCCTTACAACACTCTCGGTGGGGGAGCTAACACTGTCGCCCCTGGTTA
CAGTACTGGAACTGCTCTCGGTGCTGAGATCATTGGAACTTTCGTCCTCGTTTACACCGT
CTTCTCTGCTACCGACCCTAAGAGAAGCGCTCGTGACTCTCACATCCCCGTTTTGGCTCC
ACTTCCAATTGGATTTGCTGTGTTCATGGTGCATTTGGCAACCATCCCCATCACTGGAAC
TGGAAT*AACCCAGCGAGAAGCTTTGGTGCTGCTGT
ATCTACACACG

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3DH23JQ 703 0 0
GAGAGCTGTTGGTTACATGATAGCTCAGTGTCTTGGAGCCATTTGTGGTGTGGGTTTCGT
TAAAGCTTTCATGAAGACTCCTTACAACACTCTCGGTGGGGGAGCTAACACTGTCGCCCC
TGGTTACAGTACTGGAACTGCTCTCGGTGCTGAGATCATTGGAACTTTCGTCCTCGTTTA
CACCGTCTTCTCTGCTACCGACCCTAAGAGAAGCGCTCGTGACTCTCACATCCCCGTTTT
GGCTCCACTTCCAATTGGATTTGCTGTGTTCATGGTGCATTTGGCAACCATCCCCATCAC
TGGAACTGGAATTAACCCAGCGAGAAGCTTTGGTGCTGCTGTTATCTACAACAACGAGAA
GGCATGGGATGACCATTGGATCTTCTGGGTTGGGCCATTCGTTGGAGCATTAGCAGCAGC
AGCTTACCATCAATACATTTTGAGAGCTGCAGCAGTTAAGGCCTTGGCCTCGTTCCGAAG
CAGTGCAACCAACTGATGAATGGTGAAGAAAAAAGCTTAAGATTCGTTATGCTTTTTATT
TTTATTTGTTGCTTTATTTGTGTGGTTAATGAGAGAGAGCTTAAGTTTGTGGATTGATGA
TTAATGTTAATTATGAAATGGGTGTATGAATTTTTCTTTCTTTCTTTTTCTACCCACTTT
GTTAGCTTTTTCAATATCTAGTTTAGTTTGGTGTGACTTGTGC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL3664Contig1 1040 2 8 U
ATGTCACAATTATTTAACAAATTATTAATCTTCATCGTCAAGATTGAGAAACAGAAGATA
TGAAAGCAAACCAAGAACAGGAACAAGCCTAAGATAACTCACTAAATCAACCTTGCTCTT
CTTCACATTTTGCAGGTTCTCTCCAATCAACCATGGCTGGAAAACTGTGTACAAACATAT
ATCCCATATAAACGCGTAAGCTAGTCTCTCCGATCCCAAATAACCAATCAGATACTGACA
TCTCTCCATTATTCCACCGAAACCTCCATCTGCTCGACCGTAGAGAGACCACAAGGTCGA
TATCAGACAAACAGTAACACCCGTGAGACCAACTATAGGTGCACCTTTGGTCATGGCTTC
CCCGAGTTGAGACCTTTCGCTCGGTTTATCATCTGGATCAGCGTCATTGAGCCGTATAGC
CATGTACGGGATCAGAAACGTGTTTGTGAGGAACATCATGAGACCCCAGAAGACGTCAAG
AGAGCTTTTGTAACGATCTCTCTTTCGGTCTGTGTATAGCAACGGAGCAAACATGAGTGT
CCAAGCTATTACGAAGTTGAATAACCCTTCAGCCATAGGGTGAAGAACAGGAGCTTCTAG
GAAATGAATACCAACAGAGTTTGTAAGAGGCAAGATAAAGAAGAAGTTCAATGAAAGTCC
CAAAAGAGAGTTCACTGTCTCTGAGCTAATTGCCCAAACTGGATCTCCGGGAGCATAAGG
GAGAAGAAATAGCCATAGTATGTACACGGCTTCAGCCGTCCACAGTAAGGGCGAAGGTTA
CTCCGGAGAGGATCATCTTCAACCTCAACCGTTACCGTCTCCGGTTTCCGGCGAGCCAAG
CATGAGATGGATCTTTTGTCTCCTGTTCGTATTTGGAAGCCGTTCATTGTCTGCCGTGGA
ATGCATTGATTGACGGTCGAGGTTTGGCTACTCCAGCTAAAATGGCAGCGGCCTTGCAGA
GATCTTGCGTAAGGATCGTGGAGGGAGTGACGCAGGTACGTCACTGACTGTGAGGTTATC
AGAATCATCCTCGTCCCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AX84JQ U 1
AF RR3AI59TF C 314
BS 1 377 RR3AX84JQ
BS 378 378 RR3AI59TF
BS 379 521 RR3AX84JQ
BS 522 522 RR3AI59TF
BS 523 564 RR3AX84JQ
BS 565 565 RR3AI59TF
BS 566 726 RR3AX84JQ
BS 727 1040 RR3AI59TF

RD RR3AX84JQ 726 0 0
ATGTCACAATTATTTAACAAATTATTAATCTTCATCGTCAAGATTGAGAAACAGAAGATA
TGAAAGCAAACCAAGAACAGGAACAAGCCTAAGATAACTCACTAAATCAACCTTGCTCTT
CTTCACATTTTGCAGGTTCTCTCCAATCAACCATGGCTGGAAAACTGTGTACAAACATAT
ATCCCATATAAACGCGTAAGCTAGTCTCTCCGATCCCAAATAACCAATCAGATACTGACA
TCTCTCCATTATTCCACCGAAACCTCCATCTGCTCGACCGTAGAGAGACCACAAGGTCGA
TATCAGACAAACAGTAACACCCGTGAGACCAACTATAGGTGCACCTTTGGTCATGGCTTC
CCCGAGTTGAGACCTTTTGCTCGGTTTATCATCTGGATCAGCGTCATTGAGCCGTATAGC
CATGTACGGGATCAGAAACGTGTTTGTGAGGAACATCATGAGACCCCAGAAGACGTCAAG
AGAGCTTTTGTAACGATCTCTCTTTCGGTCTGTGTATAGCAGCGGAGCAAACATGAGTGT
CCAAGCTATTACGAAGTTGAATAAGCCTTCAGCCATAGGGTGAAGAACAGGAGCTTCTAG
GAAATGAATACCAACAGAGTTTGTAAGAGGCAAGATAAAGAAGAAGTTCAATGAAAGTCC
CAAAAGAGAGTTCACTGTCTCTGAGCTAATTGCCCAAACTGGATCTCCGGGAGCATAAGG
GAGAAG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3AI59TF 727 0 0
GTAACACCCGTGAGACCAACTATAGGTGCACCTTTGGTCATGGCTTCCCCGAGTTGAGAC
CTTTCGCTCGGTTTATCATCTTGGTCAGCGTCATTTAGCCGTATAGCCATGTACGGGATC
AGAAACGTGTTTGTGAGGAACATCATGAGACCCTATAAGACGTCAAGAGAGCTTTTGTAA
CGATCTCTCTTTCGGTCTGTGTATAGCAACGGAGCAAACATGAGTGTCCAAGCTATTACG
AAGTTGAATAACCCTTCAGCCATAGGGTGAAGTACAGGAGCTTCTAGGAAATGAATACCA
ACAGAGTTTGTAAGAGGCAAGATAAAGAAGAAGTTCAATGAAAGTCCCAAAAGAGAGTTC
ACTGTCTCTGAGCTAATTGCCCAAACTGGATCTCCGGGAGCATAAGGGAGAAGAAATAGC
CATAGTATGTACACGGCTTCAGCCGTCCACAGTAAGGGCGAAGGTTACTCCGGAGAGGAT
CATCTTCAACCTCAACCGTTACCGTCTCCGGTTTCCGGCGAGCCAAGCATGAGATGGATC
TTTTGTCTCCTGTTCGTATTTGGAAGCCGTTCATTGTCTGCCGTGGAATGCATTGATTGA
CGGTCGAGGTTTGGCTACTCCAGCTAAAATGGCAGCGGCCTTGCAGAGATCTTGCGTAAG
GATCGTGGAGGGAGTGACGCAGGTACGTCACTGACTGTGAGGTTATCAGAATCATCCTCG
TCCCTTC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL3665Contig1 674 2 3 U
GGATTCCAATACATACACACCAAAGTCTCTTTTGAAGCAAAAAGAGAAATTTAACAATGG
GTTCAAGAACCACAAGCTCTTTAGCCATTTTCTTGATTCTCAACATCCTCTTCTTCACAA
CAATCTCCGCCTGCGGTAACTGCGGTTGCCCTTCTCCCAAGCCAAAACCTAACCCTAAAC
CCAAACCAACCCCAAACCCTAGCCCTGCCACAGCCAAATGCCCTAGAGATGCCCTTAAGC
TTGGAGTCTGCGCCAACGTGCTCAACGGTCTACTCAACATTACCCTTGGCCAACCACCGG
TCGAGCCATGTTACACACTTATAAAAGGACTCGCTGATCTTGAGGCTGCTGCTTGTCTCT
GCACCGCGCTCAAGGCTAATATCCTCGGGAACAACTTGAACATCCCAATCTCTCTCAGTC
TGCTTCTCAATGTTTGTAGCAAAAAGGTTCCCCCTGGCTTCCAATGCTGATTAAGATTCT
AATCATATACAACCATCACAGTTCTACATATCGTCTTTGTATCTCGTGTTTTGTAATGTG
TATAATTATGTATATGTGTATGTGATTCCTACAACTCTAAACTTCACAGTTATTTTTATT
TTGATTTCTTATACGGTCATTTGTGGTGATGTTGTATCATTTCTTGTTGTATAATTAATA
AATCTTGTGTGTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN08TF U 1
AF RR3CT26TF U 1
BS 1 391 RR3CT26TF
BS 392 392 RR3DN08TF
BS 393 674 RR3CT26TF

RD RR3DN08TF 652 0 0
GGATTCCAATACATACACACCAAAGTCTCTTTTGAAGCAAAAAGAGAAATTTAACAATGG
GTTCAAGAACCACAAGCTCTTTAGCCATTTTCTTGATTCTCAACATCCTCTTCTTCACAA
CAATCTCCGCCTGCGGTAACTGCGGTTGCCCTTCTCCCAAGCCAAAACCTAACCCTAAAC
CCAAACCAACCCCAAACCCTAGCCCTGCCACAGCCAAATGCCCTAGAGATGCCCTTAAGT
TTGGAGTCTGCGCCAACGTGCTCAACGGTCTACTCAACATTACCCTTGGCCAACCACCGG
TCGAGCCATGTTGCACACTTATAAAAGGACTCGCTGATCTTGAGGCTGCTGCTTGTCTCT
GCACCGCGCTCAAGGCTAATATCCTCGGGAACAACTTGAACATCCCGATCTCTCTCAGTC
TGCTTCTCAATGTTTGTAGCAAAAAGGTTCCCCCTGGCTTCCAATGCTGATTAAGATTCT
AATCATATACAACCATCACAGTTCTACATATCGTCTTTGTATCTCGTGTTTTGTAATGTG
TATAATTATGTATATGTGTATGTGATTCCTACAACTCTAAACTTCACAGTTATTTTTATT
TTGATTTCTTATACGGTCATTTGTGGTGATGTTGTATCATTTCTTGTTGTAT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3CT26TF 674 0 0
GGATTCCAATACATACACACCAAAGTCTCTTTTGAAGCAAAAAGAGAAATTTAACAATGG
GTTCAAGAACCACAAGCTCTTTAGCCATTTTCTTGATTCTCAACATCCTCTTCTTCACAA
CAATCTCCGCCTGCGGTAACTGCGGTTGCCCTTCTCCCAAGCCAAAACCTAACCCTAAAC
CCAAACCAACCCCAAACCCTAGCCCTGCCACAGCCAAATGCCCTAGAGATGCCCTTAAGC
TTGGAGTCTGCGCCAACGTGCTCAACGGTCTACTCAACATTACCCTTGGCCAACCACCGG
TCGAGCCATGTTACACACTTATAAAAGGACTCGCTGATCTTGAGGCTGCTGCTTGTCTCT
GCACCGCGCTCAAGGCTAATATCCTCGGGAATAACTTGAACATCCCAATCTCTCTCAGTC
TGCTTCTCAATGTTTGTAGCAAAAAGGTTCCCCCTGGCTTCCAATGCTGATTAAGATTCT
AATCATATACAACCATCACAGTTCTACATATCGTCTTTGTATCTCGTGTTTTGTAATGTG
TATAATTATGTATATGTGTATGTGATTCCTACAACTCTAAACTTCACAGTTATTTTTATT
TTGATTTCTTATACGGTCATTTGTGGTGATGTTGTATCATTTCTTGTTGTATAATTAATA
AATCTTGTGTGTTT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL3666Contig1 780 2 6 U
GGAGACAAAAGCCTCTCTCACCTCTCTATTGGGATCTGAATCTTTCACTTTCTCTGAGAT
TCTTTTGAAGAAAAAGATCAGAAGAAAAGAAGAAGAAAAATGCCGCATGGAACGCTTGAA
GTTGTTCTTGTCAGCGCCAAAGGTCTCGAGGATTCTGATTTTCTGAATAGCATGGATCCT
TATGTGCTCCTCACTTGCCGGACTCAAGATCAGAAGAGCAATGTTGCATCAGGACAAGGC
ACAACTCCGGAATGGAATGAGACATTTATCTTCAATGTCTCTGAAGGAACTACAGAGTTA
AAAGCCAAACTCTTTGACACAGATGTTGGCACAGAGGATGATCCCCTTGGTGAAGCAACT
ATTCCATTGGAGGCGGTTTTCCTGGAAGGAGATATCCCACCAGCTGCATACAATGTGGTG
AAGGATGAAGAGTTCAAAGGCGAGATCTGGATCGGACTATCCTTCAAACCTTCGGAAAAC
CGAAGCAGGGGTTTCGAAGAAGAGTCTTATGGAGGCTGGAAAAACTCTGAAGCTTCTTAC
TAAAGAGATCAAAAACACCAAATGTGTGTTACTCTTTAATTTGTTGAGTCTTGGTAATAA
AATGTTGAGGGCTTCCCTCTTGAAAAAGGAGTTCTGTTAAGAGAGTTTCTTCTTATTCTT
ATTTTTATTATTGTTATTGTTCTGTTCTGTTCGGTTAGTAATTCAAAACTCTCGAGAGTT
TGATTCGTTTGTCAAGAATTTGTTTCAGTCTTGTTTTGGTATTTAAGAATTTTTGTTCCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F384TF U 1
AF RR3E850JQ C 54
BS 1 211 RR3F384TF
BS 212 212 RR3E850JQ
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RD RR3F384TF 627 0 0
GGAGACAAAAGCCTCTCTCACCTCTCTATTGGGATCTGAATCTTTCACTTTCTCTGAGAT
TCTTTTGAAGAAAAAGATCAGAAGAAAAGAAGAAGAAAAATGCCGCATGGAACGCTTGAA
GTTGTTCTTGTCAGCGCCAAAGGTCTCGAGGATTCTGATTTTCTGAATAGCATGGATCCT
TATGTGCTCCTCACTTGCCGGACTCAAGATCGGAAGAGCAATGTTGCATCAGGACAAGGC
ACAACTCCGGAATGGAATGAGACATTTATCTTCAATGTCTCTGAAGGAACTACAGAGTTA
AAAGCCAAACTCTTTGACACAGATGTTGGCACAGAGGATGATCCCCTTGGTGAAGCAACT
ATTCCATTGGAGGCGGTTTTCCTGGAAGGAGATATCCCACCAGCTGCATACAATGTGGTG
AAGGATGAAGAGTTCAAAGGCGAGATCTGGATCGGACTATCCTTCAAACCTTCGGAAAAC
CGAAGCAGTGGTTTCGAAGAAGAGTCTTATGGAGGCTGGAAAAACTCTGAAGCTTCTTAC
TAAAGAGATCAAAAACACCAAATGTGTGTTACTCTTTAATTTGTTGAGTCTTGGTAATAA
AATGTTGA
GGGCTTCCCTCTTGAAAAA

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3E850JQ 727 0 0
GG
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TTGAAGTTGTTCTTGTCAGCGCCAAAGGTCTCGAGGATTCTGATTTTCTGAATAGCATGG
ATCCTTATGTGCTCCTCACTTGCCGGACTCAAGATCAGAAGAGCAATGTTGCATCAGGAC
AAGGCACAACTCCGGAATGGAATGAGACATTTATCTTCAATGTCTCTGAAGGAACTACAG
AGTTAAAAGCCAAACTCTTTGACACAGATGTTGGCACAGAGGATGATCCCCTTGGTGAAG
CAACTATTCCATTGGAGGCGGTTTTCCTGGAAGGAGATATCCCACCAGCTGCATACAATG
TGGTGAAGGATGAAGAGTTCAAAGGCGAGATCTGGATCGGACTATCCTTCAAACCTTCGG
AAAACCGAAGCAGGGGTTTCGAAGAAGAGTCTTATGGAGGCTGGAAAAACTCTGAAGCTT
CTTACTAAAGAGATCAAAAACACCAAATGTGTGTTACTCTTTAATTTGTTGAGTCTTGGT
AATAAAATGTTGAGGGCTTCCCTCTTGAAAAAGGAGTTCTGTTAAGAGAGTTTCTTCTTA
TTCTTATTTTTATTATTGTTATTGTTCTGTTCTGTTCGGTTAGTAATTCAAAACTCTCGA
GAGTTTGATTCGTTTGTCAAGAATTTGTTTCAGTCTTGTTTTGGTATTTAAGAATTTTTG
TTCCC

QA 3 727 3 727
DS 



AS 1 3

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GAGACGGAGAGAAGAATGGGTCGCCAAAACGTTGTCGTAATTTTTGGTCTCGTGTTCTTG
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ACCGACAACGATGCAGCTGCTTCTCCTGGTGATGATGACGTAGCTGTGGCTGGTCCTCTA
GGAAGTGACTCCTCTTATGGTAGCAATGGACCTTCGGGCTCTGCAGATTCTGCTGACAGT
GGCGTGGCTGCTCTTGGAGTATCTGCGGTCGTCGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCT
TTCTTGTTTTTCTGAGGTTTGTATTTTCATGAGAATATCAATTTTGAGTAAAAACTATTT
ATTTATTGATGATTGTGATGATCATATTGTAATTTGTTTCTCTTTGGTTATGAGAGACGA
TGCCTCGAAATAAACTGAAGAAAAGGAAATTCCTTTACAATTATAAATAAAGAATTTACG
GATTGATTAGTATGCCGGATCTGATCTTCCTTGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F273JQ C 57
AF RR3F273TF U 1
AF RR3CW38TF U 6
BS 1 570 RR3F273TF
BS 571 635 RR3CW38TF

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CTTGGCCATCCTTGGTCTTGCCGCAGCTGCCTCTTCTCCGTCTCCTTCAACGTCCCCTTC
CAAAGCTCCGTCTACTTCCATAACTGAGGTCGAAGCTCCAGTGTCCGAGGACACCATTGG
AACCACCGACAACGATGCAGCTGCTTCTCCTGGTGATGATGACGTAGCTGTGGCTGGTCC
TCTAGGAAGTGACTCCTCTTATGGTAGCAATGGACCTTCGGGCTCTGCAGATTCTGCTGA
CAGTGGCGTGGCTGCTCTTGGAGTATCTGCGGTCGTCGTTGGTGTTACATCCATCGCCGG
TTCTTTCTTGTTTTTCTGAGGTTTGTATTTTCATGAGAATATCAATTTTGAGTAAAAACT
ATTTATTTATTGATGATTGTGATGATCATATTGTAATTTGTTTCTCTTTGGTTATGAGA

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR3F273TF 570 0 0
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GAGACGGAGAGAAGAATGGGTCGCCAAAACGTTGTCGTAATTTTTGGTCTCGTGTTCTTG
GCCATCCTTGGTCTTGCCGCAGCTGCCTCTTCTCCGTCTCCTTCAACGTCCCCTTCCAAA
GCTCCGTCTACTTCCATAACTGAGGTCGAAGCTCCAGTGTCCGAGGACACCATTGGAACC
ACCGACAACGATGCAGCTGCTTCTCCTGGTGATGATGACGTAGCTGTGGCTGGTCCTCTA
GGAAGTGACTCCTCTTATGGTAGCAATGGACCTTCGGGCTCTGCAGATTCTGCTGACAGT
GGCGTGGCTGCTCTTGGAGTATCTGCGGTCGTCGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCT
TTCTTGTTTTTCTGAGGTTTGTATTTTCATGAGAATATCAATTTTGAGTAAAAACTATTT
ATTTATTGATGATTGTGATGATCATATTGTAATTTGTTTCTCTTTGGTTATGAGAGACGA
TGCCTCGAAATAAACTGAAGAAAAGGAAAT

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3CW38TF 630 0 0
G
ATCACAATCTCTAACCTCAAACCCTAAAATAAATAAAAGAAAGCTACGTAGAAAGAGACG
GAGAGAAGAATGGGTCGCCAAAACGTTGTCGTAATTTTTGGTCTCGTGTTCTTGGCCATC
CTTGGTCTTGCCGCAGCTGCCTCTTCTCCGTCTCCTTCAACGTCCCCTTCCAAAGCTCCG
TCTACTTCCATAACTGAGGTCGAAGCTCCAGTGTCCGAGGACACCATTGGAACCACCGAC
AACGATGCAGCTGCTTCTCCTGGTGATGATGACGTAGCTGTGGCTGGTCCTCTAGGAAGT
GACTCCTCTTATGGTAGCAATGGACCTTCGGGCTCTGCAGATTCTGCTGACAGTGGCGTG
GCTGCTCTTGGAGTATCTGCGGTCGTCGTTGGTGTTACATCCATCGCCGGTTCTTTCTTG
TTTTTCTGAGGTTTGTATTTTCATGAGAATATCAATTTTGAGTAAAAACTATTTATTTAT
TGATGATTGTGATGATCATATTGTAATTTGTTTCTCTTTGGTTATGAGAGACGATGCCTC
GAAATAAACTGAAGAAAAGGAAATTCCTTTACAATTATAAATAAAGAATTTACGGATTGA
TTAGTATGCCGGATCTGATCTTCCTTGAA

QA 2 630 2 630
DS 



AS 1 3

CO CL3668Contig1 1270 3 5 U
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ATCGTTTACTTGGCTTAGACGATACTCTTGCTCTCGGCGCTAAAGATGACAATAGTAAAC
AACAGATTCAACAGCCTCCACCGCCGCAGCAGCAGCAAGTAGGCCAAGATGTGCACAACT
TGCCGGACTCTCCGATGTTGGAAACTTCTTCCTCTTTTGGATCAACTTCTTCCTCTCCCT
CGCTCGCGAATCTACCTCCGATTCGTGTTCATGTAGAGGAAACTAGTGGGGTTAAGGGGA
TGAATGATCAGAGGCTCGGAATCGAAGAACAGTTGGCACGGTTCAACGTCGGGAGTAAGA
TTCAAGACGACGGATTTGCGGCGATCTCGTCACCGCCGCCTATGCCTGTGACAATCTCGC
TTCTTGCTGCTCCGGTGAATGCTACCGACGACGAGAGATCTGATAACGGTGTGCCGGCTG
GATACAAAAAGCCTCCGACTCCACGTTCACAGCAGCAGAATCTGCCGACTCATCAGGTGA
AAACAAATAGCGGTGGACACGAGATGCCGTCACCTGATTCCTTTTCCAGTGATAGCAGCA
TGAACAACCCTGTGTTTCATCAAAGCCCTGTCTACCAAGAACCACTTTCTCAAATGATTA
ATCCCTCACATCCAAATCATAATCATAATCAGAATCAGGACACGGGCTACATCCTTCACC
CTCAACAATCTCAGCCACAACAGCAACAGTTCATACACGCTGCTGCACCTCAATACCTTC
ATCACCATCCCTCTACTGGCCATCCTGTCCAAAGTTACATTCAGGTTTACCCTTCGCAGC
AGCCTCAGCAGCAGTCCTTCCACAGGCACTCTGGTCAACTAGATCAGCAGCCTTACCCCT
TTTATTATGCCACTGCTCCAGTCCCACCTAAGCCTTACAATACGCCTGTCACACAATCTG
TTAGTGTGACTGATTCTCTACCCATGATGGCTCCGCCACCTAACAGCCATTTGAGAAATA
CTCCTGGTGGCAAACCTGAGGCTGGGGTTTACGCCACGACGACACCACAAGGTATGATGG
GTGGTGCTCAGATTATTCAGCAGATACCTATAAGTCAGCAGCAGTTCATGGGGTATTCTC
AGATTCATCACCCACCTCAGTCCGTTTCAGCTGGGATTCCCAACTATGGATATGAGTACG
CTGAAAACGCGCCCAAACAGGTATACTACACACAACACATGGGTCACGCACAGTACCAGA
CAATGACCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG55TF U 1
AF RR3DB43TF U 508
AF RR3FG55JQ C 930
BS 1 545 RR3FG55TF
BS 546 546 RR3DB43TF
BS 547 692 RR3FG55TF
BS 693 1216 RR3DB43TF
BS 1217 1270 RR3FG55JQ

RD RR3FG55TF 692 0 0
ATGATTGGTTCCTCGACGCTCTCAATAGAGGATTCTCAGAATCTGATTCCGACGTCGTCA
ATCGTTTACTTGGCTTAGACGATACTCTTGCTCTCGGCGCTAAAGATGACAATAGTAAAC
AACAGATTCAACAGCCTCCACCGCCGCAGCAGCAGCAAGTAGGCCAAGATGTGCACAACT
TGCCGGACTCTCCGATGTTGGAAACTTCTTCCTCTTTTGGATCAACTTCTTCCTCTCCCT
CGCTCGCGAATCTACCTCCGATTCGTGTTCATGTAGAGGAAACTAGTGGGGTTAAGGGGA
TGAATGATCAGAGGCTCGGAATCGAAGAACAGTTGGCACGGTTCAACGTCGGGAGTAAGA
TTCAAGACGACGGATTTGCGGCGATCTCGTCACCGCCGCCTATGCCTGTGACAATCTCGC
TTCTTGCTGCTCCGGTGAATGCTACCGACGACGAGAGATCTGATAACGGTGTGCCGGCTG
GATACAAAAAGCCTCCGACTCCACGTTCACAGCAGCAGAATCTGCCGACTCATCAGGTGA
AAACAGATAGCGGTGGACACGAGATGCCGTCACCTGATTCCTTTTCCAGTGATAGCAGCA
TGAACAACCCTGTGTTTCATCAAAGCCCTGTCTACCAAGAACCACTTTCTCAAATGATTA
ATCCCTCACATCCAAATCATAATCATAATCAG

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3DB43TF 709 0 0
G
ACAGCAGCAGAATCTGCCGACTCATCAGGTGAAAACAAATAGCGGTGGACACGAGATGCC
GTCACCTGATTCCTTTTCCAGTGATAGCAGCATGAACAACCCTGTGTTTCATCAAAGCCC
TGTCTACCAAGAACCACTTTCTCAAATGATTAATCCCTCACATCCAAATCATAATCATAA
TCAGAATCAGGACACGGGCTACATCCTTCACCCTCAACAATCTCAGCCACAACAGCAACA
GTTCATACACGCTGCTGCACCTCAATACCTTCATCACCATCCCTCTACTGGCCATCCTGT
CCAAAGTTACATTCAGGTTTACCCTTCGCAGCAGCCTCAGCAGCAGTCCTTCCACAGGCA
CTCTGGTCAACTAGATCAGCAGCCTTACCCCTTTTATTATGCCACTGCTCCAGTCCCACC
TAAGCCTTACAATACGCCTGTCACACAATCTGTTAGTGTGACTGATTCTCTACCCATGAT
GGCTCCGCCACCTAACAGCCATTTGAGAAATACTCCTGGTGGCAAACCTGAGGCTGGGGT
TTACGCCACGACGACACCACAAGGTATGATGGGTGGTGCTCAGATTATTCAGCAGATACC
TATAAGTCAGCAGCAGTTCATGGGGTATTCTCAGATTCATCACCCACCTCAGTCCGTTTC
AGCTGGGATTCCCAACTATGGATATGAGTACGCTGAAAACGCGCCCAA

QA 2 709 2 709
DS 

RD RR3FG55JQ 341 0 0
AAGCCTTACAATACGCCTGTCACACAATCTGTTAGTGTGACTGATTCTCTACCCATGATG
GCTCCGCCACCTAACAGCCATTTGAGAAATACTCCTGGTGGCAAACCTGAGGCTGGGGTT
TACGCCACGACGACACCACAAGGTATGATGGGTGGTGCTCAGATTATTCAGCAGATACCT
ATAAGTCAGCAGCAGTTCATGGGGTATTCTCAGATTCATCACCCACCTCAGTCCGTTTCA
GCTGGGATTCCCAACTATGGATATGAGTACGCTGAAAACGCGCCCAAACAGGTATACTAC
ACACAACACATGGGTCACGCACAGTACCAGACAATGACCGG

QA 1 341 1 341
DS 



AS 1 3

CO CL3669Contig1 608 3 8 U
GAAAACGGAAACGTAAAACCTAAAGTCAAAATAAAAAGGGCGTTGAGGGGAAGTCTCTGA
ACATTCGCCGTCTTCCTTCCTCTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCGATTTCTTCTCCGCGAT
TCCAAATGTCGAGCCGTTGGTTGAGACCTGAGGTGTATCCCTTGTTCGCCGCTACAGGAG
CTGCGGTTGGGATCTGTGCGTTCTCGTTGATTAGGAACATCACCGGAAACCCTGAAGTTA
GATGTACTAAGGAGAACAGGGCTGCAGGAATATTGGATAACCATGCAGAGGGAGAGAAGT
ACAAGGAAAATTTCTTGAGGAAGTATGTTCGCGACAAGCGTCCAGAAATCATGCCTGGCC
TCAACAAGTTCTTCACTGATCCTACTTACTGAAAACCACACCATTTTTCTCAAGACTTTC
TTGTATTGTTTTTCCTGGAATATTGGGATTTTGATTGAATCTCTCTCAGTGTCTCTTAAT
AAAAATATCATTTGTCATGTTGCTACTTCATTTATGCTGGTGGCTTATGTTGTCGCTTTT
TAAGCAGAATTACAACTATCTGTATTGAACTGCTCTTTGGATACATAACTGGAGTTTATT
TTGACAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 10 10 10 10 10 

AF RR3DH59TF U 1
AF RR3F019JQ C 49
AF RR3F019TF U 49
BS 1 100 RR3DH59TF
BS 101 102 RR3F019TF
BS 103 238 RR3DH59TF
BS 239 239 RR3F019TF
BS 240 435 RR3DH59TF
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BS 437 603 RR3DH59TF
BS 604 608 RR3F019JQ

RD RR3DH59TF 603 0 0
GAAAACGGAAACGTAAAACCTAAAGTCAAAATAAAAAGGGCGTTGAGGGGAAGTCTCTGA
ACATTCGCCGTCTTCCTTCCTCTAATCTCTCTCTCTCTCT**CGATTTCTTCTCCGCGAT
TCCAAATGTCGAGCCGTTGGTTGAGACCTGAGGTGTATCCCTTGTTCGCCGCTACAGGAG
CTGCGGTTGGGATCTGTGCGTTCTCGTTGATTAGGAACATCACCGGAAACCCTGAAGTCA
GATGTACTAAGGAGAACAGGGCTGCAGGAATATTGGATAACCATGCAGAGGGAGAGAAGT
ACAAGGAAAATTTCTTGAGGAAGTATGTTCGCGACAAGCGTCCAGAAATCATGCCTGGCC
TCAACAAGTTCTTCACTGATCCTACTTACTGAAAACCACACCATTTTTCTCAAGACTTTC
TTGTATTGTTTTTCCCGGAATATTGGGATTTTGATTGAATCTCTCTCAGTGTCTCTTAAT
AAAAATATCATTTGTCATGTTGCTACTTCATTTATGCTGGTGGCTTATGTTGTCGCTTTT
TAAGCAGAATTACAACTATCTGTATTGAACTGCTCTTTGGATACATAACTGGAGTTTATT
TTG

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3F019JQ 560 0 0
GGAAGTCTCTGAACATTCGCCGTCTTCCTTCCTCTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCGATTT
CTTCTCCGCGATTCCAAATGTCGAGCCGTTGGTTGAGACCTGAGGTGTATCCCTTGTTCG
CCGCTACAGGAGCTGCGGTTGGGATCTGTGCGTTCTCGTTGATTAGGAACATCACCGGAA
ACCCTGAAGTTAGATGTACTAAGGAGAACAGGGCTGCAGGAATATTGGATAACCATGCAG
AGGGAGAGAAGTACAAGGAAAATTTCTTGAGGAAGTATGTTCGCGACAAGCGTCCAGAAA
TCATGCCTGGCCTCAACAAGTTCTTCACTGATCCTACTTACTGAAAACCACACCATTTTT
CTCAAGACTTTCTTGTATTGTTTTTCCTGGAATATTGGGATTTTGATTGAATCTCTCTCA
GTGTCTCTTAATAAAAATATCATTTGTCATGTTGCTACTTCATTTATGCTGGTGGCTTAT
GTTGTCGCTTTTTAAGCAGAATTACAACTATCTGTATTGAACTGCTCTTTGGATACATAA
CTGGAGTTTATTTTGACAGG

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3F019TF 560 0 0
GGAAGTCTCTGAACATTCGCCGTCTTCCTTCCTCTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCGATTT
CTTCTCCGCGATTCCAAATGTCGAGCCGTTGGTTGAGACCTGAGGTGTATCCCTTGTTCG
CCGCTACAGGAGCTGCGGTTGGGATCTGTGCGTTCTCGTTGATTAGGAACATCACCGGAA
ACCCTGAAGTTAGATGTACTAAGGAGAACAGGGCTGCAGGAATATTGGATAACCATGCAG
AGGGAGAGAAGTACAAGGAAAATTTCTTGAGGAAGTATGTTCGCGACAAGCGTCCAGAAA
TCATGCCTGGCCTCAACAAGTTCTTCACTGATCCTACTTACTGAAAACCACACCATTTTT
CTCAAGACTTTCTTGTATTGTTTTTCCTGGAATATTGGGATTTTGATTGAATCTCTCTCA
GTGTCTCTTAATAAAAATATCATTTGTCATGTTGCTACTTCATTTATGCTGGTGGCTTAT
GTTGTCGCTTTTTAAGCAGAATTACAACTATCTGTATTGAACTGCTCTTTGGATACATAA
CTGGAGTTTATTTTG
ACAGG

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 2

CO CL3670Contig1 1250 2 2 U
GGGATTTCCTGACAAGTTTGAGTATATTTGGAGGGAAAGCTCCTCAAGAAAGAATGCAAG
AACTTGTGGAAATTATCGAAGGGCAGGCCGATTTGGACGCACAGTTTGATGTTTTAGATA
CAGACCATATTGACAGGTTGATCTCATGCCTCCAATTGGCTCTTCCCTTTTTTTGCGAGA
GGTGCTCCAACCAGCAGGTTTCTCAACTATTTGGACAAACATATCATACCTGTTTTTGAC
AAGCTCCCAGAAGAGAGGAAGCTTGATTTGCTCAAAGCTCTTGCTGACATCTCCCCATAC
ACAACTGCTCAGGAGGCAAGACAGATACTTCCTTCAATAGTTCAGCTTTTAAAGAAATAC
ATGCCCGCCAGGAAGACTGGAGAGGAAATGAATTTCACGTACGTGGAATGTTTGTTGTAC
GCGTTCCATCACCTGGCCCACAAGGTTCCAAATGCAACAAACAGCTTGTGTGGGTATAAG
ATAGTGACCGGCCAGCCATCAGACAGACTGGGGGAAGACTTCTCCGAGTTGAACAAGGAC
TTCACTGAGAGATTGACTACCGTTGAAGATCTAACCAAGACAACGATGAAGAAATTAACT
CAGGGAATGACTGAGCACAACAAAGCCATGTCGGCTGCTAAGACAGATGAAGAGAAGGCA
AGCGTTAAAACAAAGAAGCAGAATACGACAACTGGACTTAGGACCTGTAATAACATATTG
GCAATGACAAAGCCACTGCATGCAAAAGTGCCTTCATTTATCGGAGATACTAATATCAAC
CTTTCTTGGAAAGAAGCCGCAAAGCCATTACCCTCTACAACAACAACAATCGGGGGAAAA
CGACCTGCTAACAGCAACACTGGAAGTGGTAACAATGTCTCTGCAAAGAGGGGACGAGGT
TCGAGTGGTATGTCAAACCAGCTTGTGAACAAGGCTTTTCAGGGAATATCATCTCACGGT
GGTGGTAGAGGAGGAAACCGAAGACGCGGAGGTGGTCGCGGGAGAGGACAAGGAAGAGGT
CACTGGTAACAATAAGCTTCCATGAGTGGATTCCATGACACTATGCTTCTGTACTCTTTA
CATTTTCTATTTGTCAGTAGGAGTTTTGGTTTGGTACTTGCTAGTTTGCTAGCTAGAGTT
TGGGGACTTATTGCATCAGAACAAATCGTTGAGTCTTTCTTTATTCGCGATGGAGAATAT
TGAGTCGAGACTCTTTTAACTTTTCATGAGATCAAAACAATAGTTCTAGC


BQ
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GCAGTAACAAACATTTATAAACGATCACATGTATACAATCAAATCTGTACAAGTAATTAA
AACCATCAAGACAATTTCTTGAATACACTGATTTTCATAGCTCAAAAAATAAATGTACCA
GTTTTTTTTATAAAACTTATACCATTACTATCCATCAACAATGTTGTGTTCTTCATCCAT
CAAACTTCAAAACATTTCTTCAACGGTGAACTATGCATTCAGTTCATTTTTCTTAAAGTA
TCATTTAATTACAATCGATTGCAAGCTTATCACCAGCATGCTTGATGAGATTAGGCCATG
GAAAACAACTTGGATGATTCAAGCGAAAGTCATACACACCAGATTTTCGTTTGGATCATC
TCTCATGCCATCTCTGTAATTCCTCATCTCTATTACTGTCTTCCAGTACATCGTAACTGT
CAAAGAACATAAAACATTAGAATTCTTTTGAAAAAAACGTAATATAGAGTCCTTACAAAA
GTTTTCAAGGAAACTATTTACGGATATTAAAGAGCTAAAAGATATTCGGTAAAACACTTT
ATCTTCTGTCAGCTTCGATGTAGGATACAGCTTGGATGTTATTGAGTTATTAATTCCTTA
AGATTACGATATAAAAAGCAAGTAAGGAAATTTATAATGTAGAGTACAATAAATAATATA
AGTTAATAGTAAATAACTGACAATACAATATAAAACATATTAATCTTTATGTTGGTATAA
AACACTTATCTTCAGTCTCTCTGG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3CX68TF 625 0 0
TCTGTAATTCCTCATCTCTATTACTGTCTTCCAGTACATCGTAACTGTCAAAGAACATAA
AACATTAGAATTCTTTTGAAAAAAACGTAATATAGAGTCCTTACAAAAGTTTTCAAGGAA
ACTATTTACGGATATTAAAGAGCTAAAAGATATTCGGTAAAACACTTTATCTTCTGTCAG
CTTCGATGTAGGATACAGCTTGGATGTTATTGAGTTATTAATTCCTTAAGATTACGATAT
AAAAAGCAAGTAAGGAAATTTATAATGTAGAGTACAATAAATAATATAAGTTGATAGTAA
ATAACTGACAATACAATATAAAACATATTAATCTTTATGTTGGTATAAAACACTTATCTT
CAGTCTCTCTGGATGTACTTCGCTTCTACGATGACAAAACTTAGTAATTCCTTTACGGAT
TTGTTTAAGTGATTTTGTTGGAGATCTACATCTTTCTGCAGATAGGCCATCAAATCGAAC
GAGTTCACCAAGATCTATCTTTCAATGCCTCAGGACGTCTTCCATTGCATCTGATCCATC
CTGAATATGACGCGCAAGATATCTGAAACTTACTTCAATCGTCATTTGAGAGAAATTTAA
CGTTTTTTTTTTTGTAAATCGATCT

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 3

CO CL3672Contig1 783 3 37 U
GGACAGAAAAGACATCTTATTATAGCTTTTTACCAAACATCAGCTAGTGTTACTTTCATG
TACTAAAGATTAAACATCAGGTCTGAAACAGAGTAAAGACAAAGAACACAGAGAGTTTCA
CTTAGGTTCTTCGGTCCATCGTCTCTTGACTTCAGATTTGGATCTAACTTCTTTAAGATT
TCCATCTAAACCATAATCTCTCTCCATCACAAGATTGATCCCTTCATCAGAGTACCATCC
TATTCCAACGCATAACACTCCATCTTTCTTCACATCCACGTAAGCAGTCACACCACCTGG
TAGCCACATCACAGACACATCCTGCATATCTACCATCTCCTCATCTCCAAACGAACCCGA
GCTTTCTGGTAAGTCCCTTCTCTTCAAAGCCTCTGTGCAAAAGTAAACATATGGAGTGGT
CTCGCTGCTTTGATCTAGGTCTTCTTCTCCATAGATTGGAGTTGCACTCACTTCAAACAC
TTTCCACGATCCTGTTAGCTCTGATGGTTGAATACGTTTCCTCTGTGAGAAGGGTTTTAA
CTCCAGTGGTGCATCGTTGTTGCTTTGGTCTTCATAGTTTGAAGGACTAACCCACTGTTC
TTCATACACACCAACTCTCATTATCTGTATATCCGCACCACCATTGGCGAACTCAATAGT
GTGCACAACTCTCAGTCTCTTATGACAACCCTTCACCAAACACTGCTCAAACTTGAAAGT
AGGTGTGAGGTAATAGTTAGACTCACTTATCTCCCCAACAGGGATTGAAACTGGACCTCT
AGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 
15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3E660JQ U 13
AF RR3D604JQ U 13
AF RR3AW19JQ U 1
BS 1 18 RR3AW19JQ
BS 19 19 RR3D604JQ
BS 20 63 RR3AW19JQ
BS 64 64 RR3D604JQ
BS 65 72 RR3AW19JQ
BS 73 73 RR3D604JQ
BS 74 109 RR3AW19JQ
BS 110 110 RR3D604JQ
BS 111 132 RR3AW19JQ
BS 133 133 RR3D604JQ
BS 134 140 RR3AW19JQ
BS 141 141 RR3D604JQ
BS 142 180 RR3AW19JQ
BS 181 181 RR3D604JQ
BS 182 248 RR3AW19JQ
BS 249 249 RR3D604JQ
BS 250 261 RR3AW19JQ
BS 262 262 RR3D604JQ
BS 263 405 RR3AW19JQ
BS 406 406 RR3D604JQ
BS 407 423 RR3AW19JQ
BS 424 424 RR3D604JQ
BS 425 468 RR3AW19JQ
BS 469 469 RR3D604JQ
BS 470 486 RR3AW19JQ
BS 487 487 RR3D604JQ
BS 488 552 RR3AW19JQ
BS 553 553 RR3D604JQ
BS 554 561 RR3AW19JQ
BS 562 562 RR3D604JQ
BS 563 587 RR3AW19JQ
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BS 589 654 RR3AW19JQ
BS 655 655 RR3D604JQ
BS 656 663 RR3AW19JQ
BS 664 664 RR3D604JQ
BS 665 783 RR3AW19JQ

RD RR3E660JQ 636 0 0
CATCTTATTATAGCTTTTTACCAAACATCAGCTAGTGTTACTTTCATGTACTAAAGATTA
AACATCAGGTCTGAAACAGAGTAAAGACAAAGAACACAGAGAGTTTCACTTAGGTTCTTC
GGTCCATCGTCTCTTGACTTCAGATTTGGATCTAACTTCTTTAAGATTTCCATCTAAACC
ATAATCTCTCTCCATCACAAGATTGATCCCTTCATCAGAGTACCATCCTATTCCAACGCA
TAACACTCCATCTTTCTTCACATCCACGTAAGCAGTCACACCACCTGGTAGCCACATCAC
AGACACATCCTGCATATCTACCATCTCCTCATCTCCAAACGAACCCGAGCTTTCTGGTAA
GTCCCTTCTCTTCAAAGCCTCTGTGCAAAAGTAAACATATGGAGTGGTCTCGCTGCTTTG
ATCTAGGTCTTCTTCTCCATAGATTGGAGTTGCACTCACTTCAAACACTTTCCACGATCC
TGTTAGCTCTGATGGTTGAATACGTTTCCTCTGTGAGAAGGGTTTTAACTCCAGTGGTGC
ATCGTTGTTGCTTTGGTCTTCATAGTTTGAAGGACTAACCCACTGTTCTTCATACACACC
AACTCTCATTATCTGTATATCCGCACCACCATTGGC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3D604JQ 682 0 0
CATCTTATTATAGCTTTTTACCAAACATCAGCTAGTGTTACTTTCATGTACTAAAGATTA
AACATCAGGTCTGAAACAGAGTAAAGACAAAGAACACAGAGAGTTTCACTTAGGTTCTTC
GGTCCATCGTCTCTTGACTTCAGATTTGGATCTAACTTCTTTAAGATTTCCATCTAAACC
ATAATCTCTCTCCATCACAAGATTGATCCCTTCATCAGAGTACCATCCTATTCCAACGCA
TAACACTCCATCTTTCTTCACATCCACGTAAGCAGTCACACCACCTGGTAGCCACATCAC
AGACACATCCTGCATATCTACCATCTCCTCATCTCCAAACGAACCCGAGCTTTCTGGTAA
GTCCCTTCTCTTCAAAGCCTCTGTGCAAAAGTAAACATATGGAGTGGTCTCGCTGCTTTG
ATCTAGGTCTTCTTCTCCATAGATTGGAGTTGCACTCACTTCAAACACTTTCCACGATCC
TGTTAGCTCTGATGGTTGAATACGTTTCCTCTGTGAGAAGGGTTTTAACTCCAGTGGTGC
ATCGTTGTTGCTTTGGTCTTCATAGTTTGAAGGACTAACCCACTGTTCTTCATACACACC
AACTCTCATTATCTGTATATCCGCACCACCATTGGCGAACTCAATGGTGTGCACCACTCT
CAGTCTCTTATGACAACCCTTC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3AW19JQ 783 0 0
GGACAGAAAAGACATCTTGTTATAGCTTTTTACCAAACATCAGCTAGTGTTACTTTCATG
TACCAAAGATTAGACATCAGGTCTGAAACAGAGTAAAGACAAAGAACACGGAGAGTTTCA
CTTAGGTTCTTCAGTCCATCTTCTCTTGACTTCAGATTTGGATCTAACTTCTTTAAGATT
CCCATCTAAACCATAATCTCTCTCCATCACAAGATTGATCCCTTCATCAGAGTACCATCC
TATTCCAAAGCATAACACTCCGTCTTTCTTCACATCCACGTAAGCAGTCACACCACCTGG
TAGCCACATCACAGACACATCCTGCATATCTACCATCTCCTCATCTCCAAACGAACCCGA
GCTTTCTGGTAAGTCCCTTCTCTTCAAAGCCTCTGTGCAAAAGTAGACATATGGAGTGGT
CTCACTGCTTTGATCTAGGTCTTCTTCTCCATAGATTGGAGTTGCACTTACTTCAAACAC
TTTCCATGATCCTGTTAGCTCTGATGGTTGAATACGTTTCCTCTGTGAGAAGGGTTTTAA
CTCCAGTGGTGCGTCGTTGTTACTTTGGTCTTCATAGTTTGAAGGACAAACCCACTGTTC
TTCATACACACCAACTCTCATTATCTGTATATCCGCACCACCATTGGCGAACTCTATAGT
GTGTACAACTCTCAGTCTCTTATGACAACCCTTCACCAAACACTGCTCAAACTTGAAAGT
AGGTGTGAGGTAATAGTTAGACTCACTTATCTCCCCAACAGGGATTGAAACTGGACCTCT
AGA

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL3673Contig1 818 2 8 U
GGACCCTCACACCATCGAAGCCAAAAAAAAAATCTACAGACTCGTTCGATAAGACGAGAC
TTTCAATCTGCAAAAAGGATTTAGAGTGAAGAGATGACAGGAAAAATGCCAAACCCGAAG
GTGTTCTTTGACATATTGGTAGGAAAGAGCAAAGCGGGCCGTGTTGTGATGGAGCTATTC
GCTGATGTTACGCCGAAAACCGCTGAAAACTTTCGTGCTCTATGCACAGGTGAGAAGGGT
CTCGGGGCAGCAGGGAAGGCGTTGCACTACAAAGGCTCTGCCTTTCACCGTATCATCCCG
GGGTTCATGTGCCAAGGCGAAGATTTCACCCGTGGGAATGGAACCGGAGGGGAATCTATA
TACGGGTCTAAGTTTCAGGACGAGAACTTCAAGCTGAAGCACACTGGTCCGGGGATTTTG
TCCATGGCTAATTCGGGTCCCAACACGAATGGTTCTCAGTTCTTTATCTGCACCGCGAAG
ACGCCGTGGCTTGATGGGAAACACGTGGTGTTTGGGAAGGTTGTTGATGGGTACAATATG
GTGGAGGAAATGGAGAAAGTCGGGTCTGAGAGGGGGAATACCTCTGAGCCAGTTGTGATT
GAAGATTGTGGTGAGCTCAAGAACGAAAGTTCATAAATCTCAACATTAAATATGTTGTGA
AGTGTTTATGTTTTGAGATCGATAACGCTAGTTGGGGTTTGGCAATACCTTATGAAGTGA
TTGAACCTTCTGAGTTTGATTTTATTTTATTTTTCAAAAAAATCCCATGTAAAAGAGTAG
GGGGTGGATAATAAAATGGAAGGACACTCCTTTGTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GE13TF U 1
AF RR3GE13JQ C 49
BS 1 684 RR3GE13TF
BS 685 685 RR3GE13JQ
BS 686 715 RR3GE13TF
BS 716 716 RR3GE13JQ
BS 717 724 RR3GE13TF
BS 725 725 RR3GE13JQ
BS 726 753 RR3GE13TF
BS 754 818 RR3GE13JQ

RD RR3GE13TF 759 0 0
GGACCCTCACACCATCGAAGCCAAAAAAAAAATCTACAGACTCGTTCGATAAGACGAGAC
TTTCAATCTGCAAAAAGGATTTAGAGTGAAGAGATGACAGGAAAAATGCCAAACCCGAAG
GTGTTCTTTGACATATTGGTAGGAAAGAGCAAAGCGGGCCGTGTTGTGATGGAGCTATTC
GCTGATGTTACGCCGAAAACCGCTGAAAACTTTCGTGCTCTATGCACAGGTGAGAAGGGT
CTCGGGGCAGCAGGGAAGGCGTTGCACTACAAAGGCTCTGCCTTTCACCGTATCATCCCG
GGGTTCATGTGCCAAGGCGAAGATTTCACCCGTGGGAATGGAACCGGAGGGGAATCTATA
TACGGGTCTAAGTTTCAGGACGAGAACTTCAAGCTGAAGCACACTGGTCCGGGGATTTTG
TCCATGGCTAATTCGGGTCCCAACACGAATGGTTCTCAGTTCTTTATCTGCACCGCGAAG
ACGCCGTGGCTTGATGGGAAACACGTGGTGTTTGGGAAGGTTGTTGATGGGTACAATATG
GTGGAGGAAATGGAGAAAGTCGGGTCTGAGAGGGGGAATACCTCTGAGCCAGTTGTGATT
GAAGATTGTGGTGAGCTCAAGAACGAAAGTTCATAAATCTCAACATTAAATATGTTGTGA
AGTGTTTATGTTTTGAGATCGATA*CGCTAGTTGGGGTTTGGCAATACCTTATGA*GTGA
TTGA*CCTTCTGAGTTTGATTTTATTTTATTTT
CAAAAA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3GE13JQ 770 0 0
ATAAGACGAGACTTTCAATCTGCAAAAAGGATTTAGAGTGAAGAGATGACAGGAAAAATG
CCAAACCCGAAGGTGTTCTTTGACATATTGGTAGGAAAGAGCAAAGCGGGCCGTGTTGTG
ATGGAGCTATTCGCTGATGTTACGCCGAAAACCGCTGAAAACTTTCGTGCTCTATGCACA
GGTGAGAAGGGTCTCGGGGCAGCAGGGAAGGCGTTGCACTACAAAGGCTCTGCCTTTCAC
CGTATCATCCCGGGGTTCATGTGCCAAGGCGAAGATTTCACCCGTGGGAATGGAACCGGA
GGGGAATCTATATACGGGTCTAAGTTTCAGGACGAGAACTTCAAGCTGAAGCACACTGGT
CCGGGGATTTTGTCCATGGCTAATTCGGGTCCCAACACGAATGGTTCTCAGTTCTTTATC
TGCACCGCGAAGACGCCGTGGCTTGATGGGAAACACGTGGTGTTTGGGAAGGTTGTTGAT
GGGTACAATATGGTGGAGGAAATGGAGAAGGTCGGGTCTGAGAGGGGGAATACCTCTGAG
CCAGTTGTGATTGAAGATTGTGGTGAGCTCAAGAACGAAAGTTCATAAATCTCAACATTA
AATATGTTGTGAAGTGTTTATGTTTTGAGATCGATAACGCTAGTTGGGGTTTGGCAATAC
CTTATGAAGTGATTGAACCTTCTGAGTTTGATTTTATTTTATTTTTCAAAAAAATCCCAT
GTAAAAGAGTAGGGGGTGGATAATAAAATGGAAGGACACTCCTTTGTTCG

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL3674Contig1 843 2 2 U
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TCCACCCTGCTTCACGGAACATAGCTCAGCTTGCAAAGGTTAAGATTGCAAATAAAAATG
GCCAATGGCATGACCTCCACATACCCCATAGTATCAGATCCATTGTATGTCTGAATCTGC
CCAGCTTTTCTGGAGGACTAAATCCTTGGGGAACACCAAATCCCAGGTAACAACGCGATA
GAGACTTTACTCCACCATCCGTTGATGATGGCTTCATTGAGGTTGTTGGGTTCAGAAACG
CTTGGCACGGTCTTGTCCTACTCGCTCCAAAGGGGCACGGCACACGACTTGCCCAGGCAA
ACCGGGTTCGGTTCGAATTTCGCAAAGGTGCAGCGGACCATACATTCATGAGGATGGATG
GGGAGCCGTGGAAACAGCCACTGCCAATGGATGATGAAACAGTGATGGTAGAGATTTCAC
ACCTTGGCCAAGTGAACATGCTTGCAACTCATGACTGCCGGTCCAAAAGCGTATACGACC
CTTCGACACCCCGCCATCAGGACGAGTATGATGATAATGAAGACGACTCAGTGGCAGAAG
AAAGCGAGGAATATAGAAAGTTTGGTGCTGCAGATACCTTCAAGATCCCTGATGAGGTTG
ATATCTCTCACCTTAGTTAAAAGACTGTTGATTATTCTATCTATGCATTCTTCCTCGACA
TTTAGTATTTTTCATTTTCATTTTCGCATAATGGTCGAGACAATAATATGTAATGTATCT
GGATCTTATAGCCGCTTGTTTCCCTGTTATGTTCAGCAGCGAACAGGCGAAGCTTTAGAT
GCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3D094TF U 1
AF RR3D094JQ C 119
BS 1 758 RR3D094TF
BS 759 843 RR3D094JQ

RD RR3D094TF 758 0 0
GTAATCAGAGTACTTATGTAAAGCTTGGTTGCACGCAAGGATGGTTTTGTGCCTCTCTTT
TCCACCCTGCTTCACGGAACATAGCTCAGCTTGCAAAGGTTAAGATTGCAAATAAAAATG
GCCAATGGCATGACCTCCACATACCCCATAGTATCAGATCCATTGTATGTCTGAATCTGC
CCAGCTTTTCTGGAGGACTAAATCCTTGGGGAACACCAAATCCCAGGTAACAACGCGATA
GAGACTTTACTCCACCATCCGTTGATGATGGCTTCATTGAGGTTGTTGGGTTCAGAAACG
CTTGGCACGGTCTTGTCCTACTCGCTCCAAAGGGGCACGGCACACGACTTGCCCAGGCAA
ACCGGGTTCGGTTCGAATTTCGCAAAGGTGCAGCGGACCATACATTCATGAGGATGGATG
GGGAGCCGTGGAAACAGCCACTGCCAATGGATGATGAAACAGTGATGGTAGAGATTTCAC
ACCTTGGCCAAGTGAACATGCTTGCAACTCATGACTGCCGGTCCAAAAGCGTATACGACC
CTTCGACACCCCGCCATCAGGACGAGTATGATGATAATGAAGACGACTCAGTGGCAGAAG
AAAGCGAGGAATATAGAAAGTTTGGTGCTGCAGATACCTTCAAGATCCCTGATGAGGTTG
ATATCTCTCACCTTAGTTAAAAGACTGTTGATTATTCTATCTATGCATTCTTCCTCGACA
TTTAGTATTTTTCATTTTCATTTTCGCATAATGGTCGA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3D094JQ 725 0 0
TGGCCAATGGCATGACCTCCACATACCCCATAGTATCAGATCCATTGTATGTCTGAATCT
GCCCAGCTTTTCTGGAGGACTAAATCCTTGGGGAACACCAAATCCCAGGTAACAACGCGA
TAGAGACTTTACTCCACCATCCGTTGATGATGGCTTCATTGAGGTTGTTGGGTTCAGAAA
CGCTTGGCACGGTCTTGTCCTACTCGCTCCAAAGGGGCACGGCACACGACTTGCCCAGGC
AAACCGGGTTCGGTTCGAATTTCGCAAAGGTGCAGCGGACCATACATTCATGAGGATGGA
TGGGGAGCCGTGGAAACAGCCACTGCCAATGGATGATGAAACAGTGATGGTAGAGATTTC
ACACCTTGGCCAAGTGAACATGCTTGCAACTCATGACTGCCGGTCCAAAAGCGTATACGA
CCCTTCGACACCCCGCCATCAGGACGAGTATGATGATAATGAAGACGACTCAGTGGCAGA
AGAAGGCGAGGAATATAGAAAGTTTGGTGCTGCAGATACCTTCAAGATCCCTGATGAGGT
TGATATCTCTCACCTTAGTTAAAAGACTGTTGATTATTCTATCTATGCATTCTTCCTCGA
CATTTAGTATTTTTCATTTTCATTTTCGCATAATGGTCGAGACAATAATATGTAATGTAT
CTGGATCTTATAGCCGCTTGTTTCCCTGTTATGTTCAGCAGCGAACAGGCGAAGCTTTAG
ATGCC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL3675Contig1 544 2 2 U
GTGTTAAACATAGATTGTATAGCTCACAAGTGGTAGAAACTTAACAGAATCCAACATTTG
CATGTTTCAAAACAAACAATCAGAAGAAGAACTCACGAACCTAACGCTTACAGTTCTTAG
TTTATTCTCTTTACTAGTAGTTCATACAATGACTGCAACTTTACGACTGAAAATCATCAC
ACAACTCATCACGAGTTACTAACGAGTTCGGACTTCTTTCTGCTGATGCTGTTCTCTAGT
GTTGGCAATGAAGTTCCAGAAATAAAGGCCTTGAAAAAAGCAAGAGCCTCCTTTGGTCTG
TGCAAAGGAACTTCATGGCCTGCACCTCTCATAGTCACAAAGTCTAGACCATCATACTCT
TGAGTCCACCCTCCCACCTGTCCGTCTATGTACCAAGGACCATAGGGGCTCACTGGACGA
AGTTTTAAAGCGTCTATGCTGTACCGGGTTGATGTAACTGGTACAACAGCATCTGCGTCT
CCACTGAACACCCATATACGTAGCCCTGAAGCTATGAGCTCGTGGTAATGTTCAGAACCG
AGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 

AF RR3DL42JQ U 1
AF RR3AD32JQ U 20
BS 1 541 RR3DL42JQ
BS 542 544 RR3AD32JQ

RD RR3DL42JQ 541 0 0
GTGTTAAACATAGATTGTATAGCTCACAAGTGGTAGAAACTTAACAGAATCCAACATTTG
CATGTTTCAAAACAAACAATCAGAAGAAGAACTCACGAACCTAACGCTTACAGTTCTTAG
TTTATTCTCTTTACTAGTAGTTCATACAATGACTGCAACTTTACGACTGAAAATCATCAC
ACAACTCATCACGAGTTACTAACGAGTTCGGACTTCTTTCTGCTGATGCTGTTCTCTAGT
GTTGGCAATGAAGTTCCAGAAATAAAGGCCTTGAAAAAAGCAAGAGCCTCCTTTGGTCTG
TGCAAAGGAACTTCATGGCCTGCACCTCTCATAGTCACAAAGTCTAGACCATCATACTCT
TGAGTCCACCCTCCCACCTGTCCGTCTATGTACCAAGGACCATAGGGGCTCACTGGACGA
AGTTTTAAAGCGTCTATGCTGTACCGGGTTGATGTAACTGGTACAACAGCATCTGCGTCT
CCACTGAACACCCATATACGTAGCCCTGAAGCTATGAGCTCGTGGTAATGTTCAGAACCG
A

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3AD32JQ 525 0 0
TAGCTCACAAGTGGTAGAAACTTAACAGAATCCAACATTTGCATGTTTCAAAACAAACAA
TCAGAAGAAGAACTCACGAACCTAACGCTTACAGTTCTTAGTTTATTCTCTTTACTAGTA
GTTCATACAATGACTGCAACTTTACGACTGAAAATCATCACACAACTCATCACGAGTTAC
TAACGAGTTCGGACTTCTTTCTGCTGATGCTGTTCTCTAGTGTTGGCAATGAAGTTCCAG
AAATAAAGGCCTTGAAGAAAGCAAGAGCCTCCTTTGGTCTGTGCAAAGGAACTTCATGGC
CTGCACCTCTCATAGTCACAAAGTCTAGACCATCATACTCTTGAGTCCACCCTCCCACCT
GTCCGTCTATGTACCAAGGACCATAGGGGCTCACTGGACGAAGTTTTAAAGCGTCTATGC
TGTACCGGGTTGATGTAACTGGTACAACAGCATCTGCGTCTCCACTGAACACCCATATAC
GTAGCCCTGAAGCTATGAGCTCGTGGTAATGTTCAGAACCGAGGA

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 3

CO CL3676Contig1 586 3 1 U
GGACCAAATATAAGTTTATTGAGAAGAGAAACACAAAAAAAACAGAGTTAAAGAAAAAGT
AACGCAAACCCAAAATAAATGGCAAAGAACATCAACTCTGTCAGCTTCACCATTCTCTTG
GTCGTCCTCTTGGTAGCTTCCACTGAAATCCTGAAGACCGAGGCTCAAACATTTTGCTTC
GAGTGCGGACCGGTGCCGTTTCTAGGTACAAATGCTGATTGCTTCAACTGTTGCAAAACC
AAATACGGGAGTCCTCCAGTTGTTAGTGGCGTTGTTGAGGGAAGCGAGAAACACTGTCAC
TGCTATTGTTGATCGTTGAAATGACCTCATGCAATCACCATGTGTAGCATTTGTTCTCAA
TCGTTGACATGTCTTTTTTTTTTTTATGTTCAAGCGTCTTTTGCTTTCCAATAAGACATC
AAGGGCAAAACTTATCACTGCTTTGCCCCCAAGTTTATGCCTATGTTGTGTGTACGTGTG
TTTCATTATGAATACAAAAACTCGTTTGTGTTCCCCTTTACATTTTCCTATACATTCTTC
TGGTCGCTAAAAAGCATTTTTTAAAATATTGACCTGTCTTGATGCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FA42TF U 9
AF RR3F134JQ C 1
AF RR3F134TF U 1
BS 1 586 RR3F134TF

RD RR3FA42TF 507 0 0
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CTTGGTAGCTTCCACTGAGATCCTGAAGACCGAGGCTCAAACATTTTGCTTCGAGTGCGG
ACCGGTGCCGTTTCTAGGTACAAATGCTGATTGCTTCAACTGTTGCAAAACCAAATACGG
GAGTCCTCCAGTTGTTAGTGGCGTTGTTGAGGGAAGCGAGAAACGCTGTCACTGCTATTG
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ATGTCTTTTTTTTTT**ATGTTCAAGCGTCTTTTGCTTTCCAATAAGACATCAAGGGCAA
AACTTATCACTGCTTTGCCCCCAAGTTTATGCCTATGTTGTGTGTACGTGTGTTTCATTA
TGAATACAAAAACTCGTTTGTGTTCCC

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DS 

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QA 1 586 1 586
DS 

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AACGCAAACCCAAAATAAATGGCAAAGAACATCAACTCTGTCAGCTTCACCATTCTCTTG
GTCGTCCTCTTGGTAGCTTCCACTGAAATCCTGAAGACCGAGGCTCAAACATTTTGCTTC
GAGTGCGGACCGGTGCCGTTTCTAGGTACAAATGCTGATTGCTTCAACTGTTGCAAAACC
AAATACGGGAGTCCTCCAGTTGTTAGTGGCGTTGTTGAGGGAAGCGAGAAACACTGTCAC
TGCTATTGTTGATCGTTGAAATGACCTCATGCAATCACCATGTGTAGCATTTGTTCTCAA
TCGTTGACATGTCTTTTTTTTTTTTATGTTCAAGCGTCTTTTGCTTTCCAATAAGACATC
AAGGGCAAAACTTATCACTGCTTTGCCCCCAAGTTTATGCCTATGTTGTGTGTACGTGTG
TTTCATTATGAATACAAAAACTCGTTTGTGTTCCCCTTTACATTTTCCTATACATTCTTC
TGGTCGCTAAAAAGCATTTTTTAAAATATTGACCTGTCTTGATGCG

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

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GCCATAGCCAATGCTCTCGGAGTTTCGCCATCAGTGTTAGCTGCTGGACTCGCTGCTGAT
AATGTTATATGCGCTGTTTATTTCACGACATTGTTCGCTATAGGCTCCAAAATACCCGCT
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ATATGGAGTGTGATAAACACGGCGCCGAACATATTCTTGTTTGCATTGATCCAGATTGGG
ACACATCTTGCCGTGATATTGGGGGTAGGGAAGCTGCTCAACGTGGAGCTAAGTTGCTGC
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BQ
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV47TF U 1
AF RR3CU96TF U 11
BS 1 89 RR3EV47TF
BS 90 90 RR3CU96TF
BS 91 200 RR3EV47TF
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BS 744 759 RR3CU96TF

RD RR3EV47TF 743 0 0
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GCCATAGCCAATGCTCTCGGTGTTTCTCCATCAGTGTTAGCTTCTGGACTCGCTGCTGAT
AATGTTATTTGCGCTGTTTATTTCACGACATTGTTCGCTATAGGCTCCAAAATCCCCGCT
GAAACTTCACCTCCACCAGCTAGTGATGCAGAGACGAGCAAAGGTTCTGAAACTGATA*C
AAAATCCCTGTGCTACTGATAGCTACTGGAATCGCTGTGTCATTAGCTATATGCAAGGCA
GGGGCTTTGCTAACAAAGCATTTCGGGGTTTCGGGTGGTAGCTTGCCAGCGATAACCGCC
GTGGTTGTCGTTTTAGCAACCGTCTTTCCCTCCCAGTTTGGTCGTCTTGCTCCATCTGGA
GAAGCCATGGCTCTAATTCTTATGCAGGTGTTCTTCACTGTGATAGGCGCGAGCGGAAAC
ATATGGAGTGTGATAAACACGGCGCCGAACATATTCTTGTTTGCGTTGGTCCAGATTGGG
ACGCATCTTGCTGTGATATTGGGGGTAGGGAATCTGCTCAACGTGGAGCTAAGTTGCTGC
TTTTGGCATCAAATGCTAATGTT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3CU96TF 749 0 0
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TTGCAGCTGCTCTCATGGGGAGGCATATCGGTGGAGCCGTCAACTATGTTGCTATAGCCA
ATGCTCTCGGAGTTTCGCCATCAGTGTTAGCTGCTGGACTCGCTGCTGATAATGTTATAT
GCGCTGTTTATTTCACGACATTGTTCGCTATAGGCTCCAAAATACCTGCTGAAACTTTAC
CTCCACCAGCTAGTGATGCAGAGACGAGCAAAGGTTCTGAAACTGATAACAAAATCCCTG
TGCTACTGATAGCTACTGGAATCGCTGTGTCGTTAGCTATATGCAAGGCAGGGGCGTTGC
TAACAAAGCATTTTGGGATTTCGGGTGGTAGCTTGCCAGCGATAACCGCGGTGGTTGTCG
TTTTAGCAACCGTCTTTCCCTCCCAGTTTGGTCGTCTTGCTCCATCTGGAGAAGCCATGG
CTCTAATTCTTATGCAGGTGTTCTTCACTGTGATAGGTGCGAGCGGAAACATATGGAGTG
TGATAAACACGGCGCCGAGCATATTCTTGTTTGCATTGATCCAGATTGGGACACATCTTG
CCGTGATATTGGGGGTAGGGAAGCTGCTCAACGTGGAGCTAAGTTGCTGCTTTTGGCATC
AAATGCTAATGTTGGAGGACCCACAACTG

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 3

CO CL3678Contig1 984 3 15 U
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TATTCCAATTATATTCTATGCACAAAACATTAATCAGCAAATGGTAAAAGTTGTTATTGT
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GAGGACTCGATCTGCCTCACTCTCTCTCGGCTAATACCCATCGTCTCGCCGATCTCTTGC
AACGTCTTCACCCTCCCATCTTCCATCCCGAATCTCCAACGTATCACCTGCTTCTCCCTT
GTACCCAACGAGTCCAACACTTTGTCCAAGTCCTCCCTCATGAACTGCTTTATCAGAATA
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CTTTTCATCGACAGTCCTGTCGCCTCTGCAACTTCTTCGTTCTTTGGTTGCTGGCCTGTT
TCACTGTACAGTTGCTTTCTTGCCTCTTTCACACGGTATGTTGCTTCCACCATGTGAAAA
GGCAGTCTTATCATTCTGGACTGATCAGAGAGAGACTTCCGCACCGCTTGCTTGATCCAC
CAATGCGCATAAGTTGAAAATTTAAATCCCTTTGTAGCATCAAACTTCTCTGCTCCCCTC
ACAAGCCCTCTGCATCCTTCCTGGACAAGATCTTGGAGGTTCATCCCAGCTCCTTGATAG
TTCTTGGCAATCGAAATGACGAGACGAATGTTGCTTTTAATCATTCTGTCCTTGCATTGT
GTGCCGTGAGTTATACGTTTCCTTAGAGTCTTCTGATCCACTCCAGCAGCGGAAGCCCAT
TGTCCAAAGGTTGGCTGATGGCCACAACGCTCAGTCAACTCTGCTTGAAGTCTTTCCAGC
TTCAGAAGGTCCTGTATTCCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 0 15 0 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DB29JQ U 1
AF RR3CP80JQ U 52
AF RR3DB29TF C 302
BS 1 94 RR3DB29JQ
BS 95 95 RR3CP80JQ
BS 96 241 RR3DB29JQ
BS 242 242 RR3CP80JQ
BS 243 287 RR3DB29JQ
BS 288 288 RR3CP80JQ
BS 289 699 RR3DB29JQ
BS 700 716 RR3CP80JQ
BS 717 717 RR3DB29TF
BS 718 791 RR3CP80JQ
BS 792 792 RR3DB29TF
BS 793 878 RR3CP80JQ
BS 879 879 RR3DB29TF
BS 880 889 RR3CP80JQ
BS 890 984 RR3DB29TF

RD RR3DB29JQ 699 0 0
AGTGTTTGTTTAATTAAGCCTTAAAGGATGTCTTAATCCTTTGCTTTGTGTTTGTTTGTG
TATTCCAATTATATTCTATGCACAAAACATTAATGAGCAAATGGTAAAAGTTGTTATTGT
GCAACCAAGTATTGCTGCAAGTGGTTGTTTCTCTTCTTGTTCTTGAGTTTCCTGAAAGCA
GAGGACTCGATCTGCCTCACTCTCTCTCGGCTAATACCCATCGTCTCGCCGATCTCTTGC
AGCGTCTTCACCCTCCCATCTTCCATCCCGAATCTCCAACGTATCACTTGCTTCTCCCTT
GTACCCAACGAGTCCAACACTTTGTCCAAGTCCTCCCTCATGAACTGCTTTATCAGAATA
TCCTCTGAAGTTTCTGCTTCAGGGTCTGATATCACTTCCGAAGGTTTGAGGTTTAGATTG
ATTCCTATCTTCTGGTCTAACGACCTAGGAGGCTTAGGGGAGAGTAGAACCGCCATGAGC
CTTTTCATCGACAGTCCTGTCGCCTCTGCAACTTCTTCGTTCTTTGGTTGCTGGCCTGTT
TCACTGTACAGTTGCTTTCTTGCCTCTTTCACACGGTATGTTGCTTCCACCATGTGAAAA
GGCAGTCTTATCATTCTGGACTGATCAGAGAGAGACTTCCGCACCGCTTGCTTGATCCAC
CAATGCGCATAAGTTGAAAATTTAAATCCCTTTGTAGCA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3CP80JQ 838 0 0
CTGATTGTGAAAATG
AATTATATTCTATGCACAAAACATTACTCAGTAAATGTTAAAAGTT***ATTGTGCAACC
AAGTATTGCTGCAAGTGGTTGTTTCTCTTCTTGTTCTTGAGTTTCCTGAAAGCAGAGGAC
TCGATCTGCCTCACTCTCTCTCGGCTAATACCCATGGTCTCGCCGATCTCTTGCAACGTC
TTCATCCTCCCATCTTCCATCCCGAATCTCCAACGTATCACCTGCTTCTCCCTTGTGCTC
AATGAGTCCAACACTTTGTCTAAGTCCTCTCTCATGAACTGCTTTATCAGTATATCCTCT
GAAGTTTCTGCTTCAGGGTCTGATATCACTTCCGAGGGTTTGAGGTTTAGATTGATTCCG
ATCTTCTGGTCTAACGACCTAGGAGGCTTAGGGGCGAGTAGAACCGCCATGAGCCTTTTC
ATCGACAGTCCTGTCGCCTCTGCAACTTCTTCGTTCTTTGGTTGCTGGCCTGTTTCACTG
TACAGTTGCTTTCTTGCCTCTTTCACACGGTATGTTGCTTCCACCATGTGAAAAGGCAGT
CTTATCATTCTGGACTGATCAGAGAGAGACTTCCGCACTGCTTGCTTGATCCACCAATGT
GCATAAGTTGAGAATTTAAAACCCTTTGTAGCATCAAACTTCTCTGCTCCTCTCACAAGC
CCTCTGCATCCTTCCTGGACAAGATCTTGGAGGTTCATCCCAGCTCCTTGATAGTTCTTG
GCAATGGAAATGACGAGACGAATGTTGCTTTTAATCATTCTGTCCTTGCATTGTGTGCCG
TGAGTTATACGTTTCCTTAGAGTCTTCTGATC*ACTCCAGCAG

QA 16 838 16 838
DS 

RD RR3DB29TF 683 0 0
TACCCAAC
GAGTCCAACACTTTGTCCAAGTCCTCCCTCATGAACTGCTTTATCAGAATATCCTCTGAA
GTTTCTGCTTCAGGGTCTGATATCACTTCCGAAGGTTTGAGGTTTAGATTGATTCCTATC
TTCTGGTCTAACGACCTAGGAGGCTTAGGGGAGAGTAGAACCGCCATGAGCCTTTTCATC
GACAGTCCTGTCGCCTCTGCAACTTCTTCGTTCTTTGGTTGCTGGCCTGTTTCACTGTAC
AGTTGCTTTCTTGCCTCTTTCACACGGTATGTTGCTTCCACCATGTGAAAAGGCAGTCTT
ATCATTCTGGACTGATCAGAGAGAGACTTCCGCACCGCTTGCTTGATCCACCAATGCGCA
TAAGTTGAAAATTTAAATCCCTTTGTAGCATCAAACTTCTCTGCTCCCCTCACAAGCCCT
CTGCATCCTTCCTGGACAAGATCTTGGAGGTTCATCCCAGCTCCTTGATAGTTCTTGGCA
ATCGAAATGACGAGACGAATGTTGCTTTTAATCATTCTGTCCTTGCATTGTGTGCCGTGA
GTTATACGTTTTCTTAGAGTCTTTTGATCCACTCCAGCAGCGGAAGCCCATTGTCCAAAG
GTTGGCTGATGGCCACAACGCTCAGTCAACTCTGCTTGAAGTCTTTCCAGCTTCAGAAGG
TCCTGTATTCCTTCC

QA 9 683 9 683
DS 



AS 1 3

CO CL3679Contig1 724 3 24 U
AGATCCATCCCTTAGCAACAAAAAGAACAATTTGGTACATATTTCGAAGGTACAAAGAGG
GAGATAGAGATTAAAGAACCTATAAGATGAAAAGAGTAAGAAAACTCAAGTGTGATCGTT
TACCGAAGATCACTACGCCAACTAACAAATCCTCCTTATAGCTGTGAAAA*CTGTAGGAT
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AACGAATTCTTCAAGAGTCTTGTGCAGAGTCATCATCGGCATTGGCTGTTTGGTCACCAG
GAAGACCAAATATTCGTAGGTTACGGTCCATGGAACCAACTGCAACGTATTGTGCATCTG
GACCAAACTTCACACATGTAGCTTTACCAGTGCCGGAGAGATCAGGGAGTGTCTTAATAA
GGTTCCATTCAGCTTTCACACTCGCCGTCTGGTATAGCCTAATATCTGATGCAGCAACAC
CAAGATAAGATCCGCTAGGGTCAAACTCCACAGAGTTTGCATCTGCGGATAAGAATGACT
TGAAGTTCCTTAACTTGCGCAGGTCCCACAACCTAACACCATCCTCGGCAGCAGTCGCGA
GAAAATAACCATTCTCAGAGAAAGATATAGAGGTAACTTCACCGGTGTGTCCATCAAACT
TCGCCACATTTGCCTGACTTTTAACATCCCAAATCTTAACAACGGATTGAGAAGTACCGG
TTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR3C528JQ U 1
AF RR3GH29TF C 128
AF RR3GH29JQ U 136
BS 1 170 RR3C528JQ
BS 171 171 RR3GH29JQ
BS 172 176 RR3C528JQ
BS 177 177 RR3GH29JQ
BS 178 186 RR3C528JQ
BS 187 187 RR3GH29JQ
BS 188 197 RR3C528JQ
BS 198 199 RR3GH29JQ
BS 200 219 RR3C528JQ
BS 220 220 RR3GH29JQ
BS 221 239 RR3C528JQ
BS 240 240 RR3GH29JQ
BS 241 313 RR3C528JQ
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BS 342 342 RR3GH29JQ
BS 343 442 RR3C528JQ
BS 443 443 RR3GH29JQ
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BS 603 690 RR3C528JQ
BS 691 724 RR3GH29JQ

RD RR3C528JQ 690 0 0
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GAGATAGAGATTAAAGAACCTATAAGATGAAAAGAGTAAGAAAACTCAAGTGTGATCGTT
TACCGAAGATCACTACGCCAACTAACAAATCCTCCTTATAGCTGTGAAAAACTGTAAGAT
ACAACAAAAGAGAGAGAGAAGAAACCGGAGATGAACATTTGAAAATTTGCCGAGTTTTCC
AACGAATTCTTCAAGAGTCTTGTGCAGAGTCATCATCGGCATTGGCTGTTTGGTCACCAG
GAAGACCAAATATCCGTAGGTTACGGTCCATGGAACCAACTACAACGTATTGTGCATCTG
GACCAAACTTCACACATGTAGCTTTACCAGTGCCGGAGAGATCAGGGAGTGTCTTAATAA
GGTTCCATTCAGCTTTCACACTTGCCGTCTGGTATAGCCTGATATCTGATGCAGCAACAC
CAAGATAAGATCCGCTAGGGTCAAACTCCACAGAGTTTGCATCTGCGGATAAGAATGACT
TGAAGTTCCTTAACTTGCGCAGGTCCCACAACCTAACACCATCCTCGGCAGCAGTCGCGA
GGAAATAACCATTCTCAGAGAAAGATATAGAGGTAACTTCACCGGTGTGTCCATCAAACT
TCGCCACATTTGCCTGACTTTTAACATCCC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3GH29TF 597 0 0
GG
TCACTATGCCAACTAACAAATCCTCCTTATAGCTGTGAAAA*CTGTAGGATACAACAGAA
GAGAGAGA**AGAAACCGGAGATGAACATTCGAAAATTTGCCGAGTTTTCTAACGAATTC
TTCAAGAGTCTTGTGCAGAGTCATCATCGGCATTGGCTGTTTGGTCACCAGGAAGACCAA
ATATTCGTAGGTTACGGTCCATGGAACCAACTGCAACGTATTGTGCATCTGGACCAAACT
TCACACATGTAGCTTTACCAGTGCCGGAGAGATCAGGGAGTGTCTTAATAAGGTTCCATT
CAGCTTTCACACTCGCCGTCTGGTATAGCCTAATATCTGATGCAGCAACACCAAGATAAG
ATCCGCTAGGGTCAAACTCCACAGAGTTTGCATCTGCGGATAAGAATGACTCGAAGTTCC
TTAACTTGCGCAGGTCCCACAACCTAACACCATCCTCGGCAGCAGTCGCGAGAAAATAAC
CATTCTCAGAGAAAGATATAGAGGTAACTTCACCGGTGTGTCCATCAAACTTCGCCACAT
TTGCCTGACTTTTAACATCCCAAATCTTAACAACGGATTGAGAAGTACCGGTTCC

QA 3 597 3 597
DS 

RD RR3GH29JQ 589 0 0
T
GCCAACTAACAAATCCTCCTTATAGCTGTGAAAA*CTGTAGGATACAACAGAAGAGAGAG
A**AGAAACCGGAGATGAACATTCGAAAATTTGCCGAGTTTTCTAACGAATTCTTCAAGA
GTCTTGTGCAGAGTCATCATCGGCATTGGCTGTTTGGTCACCAGGAAGACCAAATATTCG
TAGGTTACGGTCCATGGAACCAACTGCAACGTATTGTGCATCTGGACCAAACTTCACACA
TGTAGCTTTACCAGTGCCGGAGAGATCAGGGAGTGTCTTAATAAGGTTCCATTCAGCTTT
CACACTCGCCGTCTGGTATAGCCTAATATCTGATGCAGCAACACCAAGATAAGATCCGCT
AGGGTCAAACTCCACAGAGTTTGCATCTGCGGATAAGAATGACTTGAAGTTCCTTAACTT
GCGCAGGTCCCACAACCTAACACCATCCTCGGCAGCAGTCGCGAGAAAATAACCATTCTC
AGAGAAAGATATAGAGGTAACTTCACCGGTGTGTCCATCAAACTTCGCCACATTTGCCTG
ACTTTTAACATCCCAAATCTTAACAACGGATTGAGAAGTACCGGTTCC

QA 2 589 2 589
DS 



AS 1 2

CO CL3680Contig1 1303 2 4 U
GGACCACATATCTTCTCTCCTATTCTTCCCTTTAACTCCCCATATAAGTTCTTAATTAAT
CTCATTCAAAGCTGATTAAGAACTCAAGGCAATGGCTGAAGAACAACTAGGAGTGCTCAA
GGCACTCGATGTTGCGAAGACGCAACTTTACCATTTCGCGGCAATTGTCATAGCTGGGAT
GGGCTTCTTTACCGATGCATACGATCTGTTTTGCGTTTCTTTAGTGACCAAGCTCCTTGG
CCGCATCTACTACTTTAATCCGTTGTCAGAGAAGCCTGGCTCACTTCCTCCTCCTGTTGC
GGCTGCTGTCAATGGTGTGGCTCTTTGTGGAACTCTTGCTGGTCAGCTCTTCTTCGGATG
GCTCGGTGACAAGCTCGGAAGGAAAAAGGTGTACGGTGTCACTTTGATCATGATGATTTT
GTGCTCTGTCGCTTCAGGTCTCTCCTTCGGACACCAAGCCAAGGGTGTTATGACCACCCT
TTGCTTCTTCAGGTTTTGGCTCGGATTCGGCATCGGAGGTGACTACCCTCTTTCTGCTAC
CATTATGTCTGAATACGCAAACAAGAAGACCCGTGGTGCTTTCATCGCTGCCGTGTTTGC
CATGCAAAGTATCGGGATCTTGGCCGGAGGTTTTGTGGGTTTAGTAGTATCTCCCATATT
CGACAAGAAGTTTCCGTCACCTATCTATAAAGTCGACAGAGCTCTCTCAACGCCTCCTCA
AGCTGATTATATTTGGAGAATCATCGTCATGTTTGGTGCTGTACCCGCAGCATTGACCTA
CTACTGGCGTATGAAGATGCCCGAAACTGCTCGTTACACCGCTTTAGTGGCCAAGAACCT
CAAACAAGCGACACAAGATATGTCCAAGGTCTTACAAGTGGAGCTTGAGATGGAGGAGAA
GGAAGAAGATATCCTTAAAGACCCTAGACTTAACTATGGCTTGTTTTCCAAGGAATTTGC
CAAACGTCATGGCCTTCACCTCCTAGGATGTACATCCACTTGGTTCTTGCTTGACATTGC
ATTCTACGGCCAAAACTTGTTCCAAAAGGATATCTTCTCGGCTATCGGATGGATCCCCAA
GGCTAACACCATGAACGCCGTCCATGAGGTTTTCAGGATTGCTAGGGCTCAAACTCTCAT
CGCGCTCTGCAGCACTGTCCCTGGTTACTGGTTCACCGTTGCGTTTATTGATATCATGGG
AAGATTTGCTATCCAGCTGATGGGATTCTTCATGATGACTGTCTTTATGTTTGCAATTGC
CTTCCATATGACCACTGGATCAACCGAACAACCGTATCGGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GU90TF U 1
AF RR3CU20TF U 556
BS 1 652 RR3GU90TF
BS 653 653 RR3CU20TF
BS 654 790 RR3GU90TF
BS 791 1303 RR3CU20TF

RD RR3GU90TF 790 0 0
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CTCATTCAAAGCTGATTAAGAACTCAAGGCAATGGCTGAAGAACAACTAGGAGTGCTCAA
GGCACTCGATGTTGCGAAGACGCAACTTTACCATTTCGCGGCAATTGTCATAGCTGGGAT
GGGCTTCTTTACCGATGCATACGATCTGTTTTGCGTTTCTTTAGTGACCAAGCTCCTTGG
CCGCATCTACTACTTTAATCCGTTGTCAGAGAAGCCTGGCTCACTTCCTCCTCCTGTTGC
GGCTGCTGTCAATGGTGTGGCTCTTTGTGGAACTCTTGCTGGTCAGCTCTTCTTCGGATG
GCTCGGTGACAAGCTCGGAAGGAAAAAGGTGTACGGTGTCACTTTGATCATGATGATTTT
GTGCTCTGTCGCTTCAGGTCTCTCCTTCGGACACCAAGCCAAGGGTGTTATGACCACCCT
TTGCTTCTTCAGGTTTTGGCTCGGATTCGGCATCGGAGGTGACTACCCTCTTTCTGCTAC
CATTATGTCTGAATACGCAAACAAGAAGACCCGTGGTGCTTTCATCGCTGCCGTGTTTGC
CATGCAAAGTATCGGGATCTTGGCCGGAGGTTTTGTGGGTTTAGTAGTATCTTCCATATT
CGACAAGAAGTTTCCGTCACCTATCTATAAAGTCGACAGAGCTCTCTCAACGCCTCCTCA
AGCTGATTATATTTGGAGAATCATCGTCATGTTTGGTGCTGTACCCGCAGCATTGACCTA
CTACTGGCGT

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3CU20TF 748 0 0
G
GCAAACAAGAAGACCCGTGGTGCTTTCATCGCTGCCGTGTTTGCCATGCAAGGTATCGGG
ATCTTGGCCGGAGGTTTTGTGGGTTTAGTAGTATCTCCCATATTCGACAAGAAGTTTCCG
TCACCTATCTATAAAGTCGACAGAGCTCTCTCAACGCCTCCTCAAGCTGATTATATTTGG
AGAATCATCGTCATGTTTGGTGCTGTACCCGCAGCATTGACCTACTACTGGCGTATGAAG
ATGCCCGAAACTGCTCGTTACACCGCTTTAGTGGCCAAGAACCTCAAACAAGCGACACAA
GATATGTCCAAGGTCTTACAAGTGGAGCTTGAGATGGAGGAGAAGGAAGAAGATATCCTT
AAAGACCCTAGACTTAACTATGGCTTGTTTTCCAAGGAATTTGCCAAACGTCATGGCCTT
CACCTCCTAGGATGTACATCCACTTGGTTCTTGCTTGACATTGCATTCTACGGCCAAAAC
TTGTTCCAAAAGGATATCTTCTCGGCTATCGGATGGATCCCCAAGGCTAACACCATGAAC
GCCGTCCATGAGGTTTTCAGGATTGCTAGGGCTCAAACTCTCATCGCGCTCTGCAGCACT
GTCCCTGGTTACTGGTTCACCGTTGCGTTTATTGATATCATGGGAAGATTTGCTATCCAG
CTGATGGGATTCTTCATGATGACTGTCTTTATGTTTGCAATTGCCTTCCATATGACCACT
GGATCAACCGAACAACCGTATCGGATT

QA 2 748 2 748
DS 



AS 1 2

CO CL3681Contig1 958 2 2 U
GGAATGTTGCATCAGTCAGTAATGTCCAAGAAGTCAAGGAGTTTACTTATGAACCCTCAA
AACCAGATGATGTCTTCATGTTATTTGAAGAGATGAACTTGGGTGAAGCCAACCAAGATG
GAGAAGGACACGGTTCAGAAGTTGACAGGGTAAGCTCAGATGTCAATTTGATCAACAATG
GGAGACACTCTAATGCCTTCACCGACCAGAATGGTGAGTTTGAAGAAGAATATGACAGTG
GTTGGGAAACTGTGAGCCATCAGGAAGAACACAGATCCAGTTTCTCTCCAGATGAGAGCG
TCCATTTCAGTAGCAACAATCATCAACGTGACAGCAATGTAACGGCGAATGGCACAGAGT
TTCAGAAGACTCCATTAAGAGAAATAAAAGAAGTATGCTCGGTTCCTAGAAGGCAAACCA
AGAAGGTGTCGTCAATGGCGAAGCTCTGGAGTTCATTAGAAGGTATCAACGGAAGGGTTT
CAAACGCGAGAAAGTCAAATGCGGGGATGGTTTCACCAGGGAAAGGCGGATTCAGCAGGT
TGGACTTGGTGGGCTCATCACCGGACTCATCATATGCTAATGTAAACCGAGGAGGGATGA
AAGGGTGCATAGAGTGGCCTAGAGGTACTACACATAAGAACAGCGTGAAGACAAAGCTTA
TGGAAACACAAGTCGAGAGACAAAAGGTTCAGCTGAAACATGTCCTTGAGCATAAGATCT
AGGCTACTACATACTCTGGAGCTAGTCTTTGTGGCTTAGCAGCAGCTCAACTGCTATTAC
CATTGTCTTGTGATCTAGCCGGTCAAAGCCAATCACGGTGGTGTATTGATGGTATCTATA
GCAAAATAACCTTGTGTTTTGATTACTGCCATAGGCTGGCTGAGCTAGCTTGAGCGGACT
AACCCAACTACTTGTTGGTTGCTAGGAGCAAAGACTTTAATGGTACTTTTCTTTGACC


BQ
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AF RR3D284TF U 1
AF RR3D284JQ C 310
BS 1 620 RR3D284TF
BS 621 958 RR3D284JQ

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AACCAGATGATGTCTTCATGTTATTTGAAGAGATGAACTTGGGTGAAGCCAACCAAGATG
GAGAAGGACACGGTTCAGAAGTTGACAGGGTAAGCTCAGATGTCAATTTGATCAACAATG
GGAGACACTCTAATGCCTTCACCGACCAGAATGGTGAGTTTGAAGAAGAATATGACAGTG
GTTGGGAAACTGTGAGCCATCAGGAAGAACACAGATCCAGTTTCTCTCCAGATGAGAGCG
TCCATTTCAGTAGCAACAATCATCAACGTGACAGCAATGTAACGGCGAATGGCACAGAGT
TTCAGAAGACTCCATTAAGAGAAATAAAAGAAGTATGCTCGGTTCCTAGAAGGCAAACCA
AGAAGGTGTCGTCAATGGCGAAGCTCTGGAGTTCATTAGAAGGTATCAACGGAAGGGTTT
CAAACGCGAGAAAGTCAAATGCGGGGATGGTTTCACCAGGGAAAGGCGGATTCAGCAGGT
TGGACTTGGTGGGCTCATCACCGGACTCATCATATGCTAATGTAAACCGAGGAGGGATGA
AAGGGTGCATAGAGTGGCCT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3D284JQ 649 0 0
GTAGCAACAATCATCAACGTGACAGCAATGTAACGGCGAATGGCACAGAGTTTCAGAAGA
CTCCATTAAGAGAAATAAAAGAAGTATGCTCGGTTCCTAGAAGGCAAACCAAGAAGGTGT
CGTCAATGGCGAAGCTCTGGAGTTCATTAGAAGGTATCAACGGAAGGGTTTCAAACGCGA
GAAAGTCAAATGCGGGGATGGTTTCACCAGGGAAAGGCGGATTCAGCAGGTTGGACTTGG
TGGGCTCATCACCGGACTCATCATATGCTAATGTAAACCGAGGAGGGATGAAAGGGTGCA
TAGAGTGGCCTAGAGGTACTACACATAAGAACAGCGTGAAGACAAAGCTTATGGAAACAC
AAGTCGAGAGACAAAAGGTTCAGCTGAAACATGTCCTTGAGCATAAGATCTAGGCTACTA
CATACTCTGGAGCTAGTCTTTGTGGCTTAGCAGCAGCTCAACTGCTATTACCATTGTCTT
GTGATCTAGCCGGTCAAAGCCAATCACGGTGGTGTATTGATGGTATCTATAGCAAAATAA
CCTTGTGTTTTGATTACTGCCATAGGCTGGCTGAGCTAGCTTGAGCGGACTAACCCAACT
ACTTGTTGGTTGCTAGGAGCAAAGACTTTAATGGTACTTTTCTTTGACC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL3682Contig1 1163 2 4 U
GATGCACACACAACAAAGTCTCTAAAGAAAACATCATCCAATGGTAGAGCTGCTCAAGTA
ACGGAGCATGGAAAGCAAGACTCTGCACCAGCAGAAAGCGCCACCGGGGACAAGGTGAGA
CCAAAGCCTCAAAAGAAACAAGCCAATGAGACATCTAAAGATGATACTCAGTCTTCTAAT
AGCCCCAAGGCAGACGATGGCAAACCTCGTAAAGTTGGTGCACTTCCAAATTATGGATTC
AGTTTCAAATGTGACCAACGGGCTGAGAAGAAAGAGAGTTCTATGCTAAGCTTGAGGAAA
AGACTCATGCGAAAGAAGAGGAAATTAATAACATGCAAGCCAAGTCCAAGGAAACAGAAG
AAGCTGAGCTTAGGAAGCTGAGGAAGAGCTTGAACTTCAAAGCCACACCCATGCCTAGCT
TTTCTCAGCCGCCTAAAACAGAGTTAAAGAAGATACCACCAACAAGACCCAAATCTCCAA
AACTAGGACGAAAGAAGACTGATTCTGAAGAAACTCAAACCCCTCGCCTCGGTAGACTGA
GCCTAGATGAGAAAGCTTGTAGGGATAACCCAGCTTCTAAGGGAACTGTGGCAACAGTTG
ATCCCAAGAAGCAACCGCTGCGCAAGTCACTTCCAAGATTGCCATCTCAGAAAACAGCTC
TCCCTGACGGAAAACCTTGCCCAGCAAAAGCCCCCGCCACAACCTCAGAAGCAAAGGTGA
AACCTGAAAGAAAGAAACCTGAAAAAGAAGCAGAAACCCAAAACCAGACTTCAAGTCCCA
TAGAAGAGGAGGTAGCACAAGTGACTGCATCACCCAATGCTGATGGAGAAGACTCGCATG
AGATTGTTTCTCCAAAGATGGATGAAGACAGAGACGAGTCCATTGAGATGTCTGAAGTGG
TTGCTGTTGAGCATAAAGAGCTGTGCGTTAATTAAGGAGGAGAAGAGGAACTTGAATGTA
ATAGTTATATATATATTCTTCGACCAAACCTTGTCTAAGAAGAAATGGGTAAAAGAGTGA
AAAGAGTCATGTGTCTGGTTCTAAAGCTTGCTGCTTTTAAATATTTCTATGTTTTTAATC
TTTTATGTTGTATTTTGATGTTTTTTCCTTTTATTTTTGATGCTTTGATTCCTAAAAAGT
GAATATTCAGGAGATTTCGTGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H340TF U 1
AF RR3H340JQ C 509
BS 1 716 RR3H340TF
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BS 718 736 RR3H340TF
BS 737 1163 RR3H340JQ

RD RR3H340TF 739 0 0
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CCAAAGCCTCAAAAGAAACAAGCCAATGAGACATCTAAAGATGATACTCAGTCTTCTAAT
AGCCCCAAGGCAGACGATGGCAAACCTCGTAAAGTTGGTGCACTTCCAAATTATGGATTC
AGTTTCAAATGTGACCAACGGGCTGAGAAGAAAGAGAGTTCTATGCTAAGCTTGAGGAAA
AGACTCATGCGAAAGAAGAGGAAATTAATAACATGCAAGCCAAGTCCAAGGAAACAGAAG
AAGCTGAGCTTAGGAAGCTGAGGAAGAGCTTGAACTTCAAAGCCACACCCATGCCTAGCT
TTTCTCAGCCGCCTAAAACAGAGTTAAAGAAGATACCACCAACAAGACCCAAATCTCCAA
AACTAGGACGAAAGAAGACTGATTCTGAAGAAACTCAAACCCCTCGCCTCGGTAGACTGA
GCCTAGATGAGAAAGCTTGTAGGGATAACCCAGCTTCTAAGGGAACTGTGGCAACAGTTG
ATCCCAAGAAGCAACCGCTGCGCAAGTCACTTCCAAGATTGCCATCTCAGAAAACAGCTC
TCCCTGACGGAAAACCTTGCCCAGCAAAAGCCCCCGCCACAACCTCAGAAGCAAAG*TGA
AACCTGAAAGAAAGAA
CCT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3H340JQ 655 0 0
AGAAACTCAAACCCCTCGCCTCGGTAGACTGAGCCTAGATGAGAAAGCTTGTAGGGATAA
CCCAGCTTCTAAGGGAACTGTGGCAACAGTTGATCCCAAGAAGCAACCGCTGCGCAAGTC
ACTTCCAAGATTGCCATCTCAGAAAACAGCTCTCCCTGACGGAAAACCTTGCCCAGCAAA
AGCCCCCGCCACAACCTCAGAAGCAAAGGTGAAACCTGAAAGAAAGAAACCTGAAAAAGA
AGCAGAAACCCAAAACCAGACTTCAAGTCCCATAGAAGAGGAGGTAGCACAAGTGACTGC
ATCACCCAATGCTGATGGAGAAGACTCGCATGAGATTGTTTCTCCAAAGATGGATGAAGA
CAGAGACGAGTCCATTGAGATGTCTGAAGTGGTTGCTGTTGAGCATAAAGAGCTGTGCGT
TAATTAAGGAGGAGAAGAGGAACTTGAATGTAATAGTTATATATATATTCTTCGACCAAA
CCTTGTCTAAGAAGAAATGGGTAAAAGAGTGAAAAGAGTCATGTGTCTGGTTCTAAAGCT
TGCTGCTTTTAAATATTTCTATGTTTTTAATCTTTTATGTTGTATTTTGATGTTTTTTCC
TTTTATTTTTGATGCTTTGATTCCTAAAAAGTGAATATTCAGGAGATTTCGTGCG

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 3

CO CL3683Contig1 1536 3 19 U
GGGGATTCAGCGAAACCCCAATCTCCTTCTGGAAAACCCTAGCTGAGCTCCGATCGCCCA
TCGCCATGGGGGACATGAACGATCCTTTCATGCGTAACCAAGCCGTCCAGGCTCGCCCTA
AGGTCCAGAACCGATCCAATGTTCTTCAGCTCAAGCTGATGGGTCAAAGCCACCCGACTG
GCTTAACCCCCAATCTGTTGAAGCTCTTTGAGCCCCGACCTCCTTTGGAGTTCCTGCCAC
CTCCTGAGAAGAGAAAATGTCCTCCCTACACAGGCATGGCTCAATTTGTAAGTCGCTTTG
CTGAACCTGGAGATCCAGAGTATGCTCCACCCAAGCCCGAAGTTGAAACACCTGCTCAAA
AAAGGGAGAGAATTCACAAATCACGACTGGAGAAAGGTGTTGAAAAGGCTGCTGAGGATC
TACAGAAATATGATCCGAATAATGATCCTAATGCTTCTGGAGATCCCTACAAGACACTCT
TTGTTGCCCGACTTAACTACGAGACCTCTGAGAGTAAGATTAAAAGGGAGTTTGAGGCTT
ATGGTCCAATTAAACAGGTTCATTTGGTGACTGATCAGCAAACCAATAAACCCAAAGGAT
ATGCCTTCATCGAGTACTTGAACACCCGTGACATGAAAGCGGCATATAAACAGGGTGATG
GAAGGAAGATTGATGGTAGAA*GGGTGTTGGTTGATGTGGAGAGAGGTAGGACAGTCCCT
AACTGGCGTCCTCGTAGGCTTGGTGGTGGTCTTGGTACCACCAGAGTTACCGGTGAGAAG
ACAGCTGGCGAGGAGGAGCCACAACAGCCCTCCCAAGCAAGAACATCCCGCTCAGAGGAG
CCTAAAGTCCGTGAAGACCGGGAGAAATCTCGTGATAGGGGCAAAGAAAGGGAACGCGAG
GTGTCTCACGAGCGGTCTCGTGAAAGGTCTCATGAGAGGTCCCGTGAAAGGTCTCGTGAT
AGACCGAGAGAGAGTCATAGAGAGGAAAAGCACCACAGAGACCGGGACCGAGGTAGAGAC
AGAGACAGGGACCGAGAAAGAGAGAGCAGACGTGACAGAGGAGACAGAGACCGTCGTAGT
CGGGATCATGATAGGGAGCGGAGTAGGAAAAGGGAACGGGACTACGAGAGCGGAGAGTAC
GAAGAAGAGGGTGAGTATGAGAGAGGTGGGTCGAAGCAGAGGAGAGGAGAGTCAGAGGAA
GGGCATGGGTACTACGAAAGGGCGTAGTAGACGTTCAAGCCATTATGAGCGTGAGGAGGA
ACAAGGAGGAGGTGAGCAAGACCGGTACGATGATCGTTATGGGGAGAGTGGAGGAAGAAG
AATACCGTTATGATGATCGTGAGTACAAGCGTTCAGAGCGTTCCAAGTCGCGTGATTATT
AAACTTGATGGACGACGTTATTTTCTTGCGTAGCTATAAACAATAAACTTTGTTTGTGTG
TTGTGATGAATCTTTTGTCGGATTTCGCTTTTGCGTTTCTTTTGATTTGGTCTGACAATT
TGTTGAATCTTTTTAAACAAGAACCATTTCAGCTTT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A293TF U 1
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GCTTAACCCCCAATCTGTTGAAGCTCTTTGAGCCCCGACCTCCTTTGGAGTTCCTGCCAC
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AAAGGGAGAGAATTCACAAATCACGACTGGAGAAAGGTGTTGAAAAGGCTGCTGAGGATC
TACAGAAATATGATCCGAATAATGATCCTAATGCTTCTGGAGATCCCTACAAGACACTCT
TTGTTGCCCGACTTAACTACGAGACCTCTGAGAGTAAGATTAAAAGGGAGTTTGAGGCTT
ATGGTCCAATTAAACAGGTTCATTTGGTGACTGATCAGCAAACCAATAAACCCAAAGGAT
ATGCCTTCATCGAGTACTTGAACACCCGTGACATGAAAGCGGCATATAAACAGGGTGATG
GAAGGAAGATTGATGGTAGAAAGGGTGTTGGTTGATGTGGAGAGAGGTAGGACAGTCCCT
AACTGGCGTCCTCGTAGGCTTGGTGGTGGTCTTGGTACCACCAGAGTTACCGGTG

QA 1 775 1 775
DS 

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TTAAGAAAAA
AGGTTCATTTGGTGACTGATCAGCAAACCAATAAACCCAAATGATATGCCTTCATCGAGT
ACTTGAACACCCGTGACATGAAAGCGGCATATAAACAGGGTGATGGAAGGAAGATTGATG
GTAGAA*GGGTGTTGGTTGATGTGGAGAGAGGTAGGACAGTCCCTAACTGGCGTCCTCGT
AGGCTTGGTGGTGGTCTTGGTACCACCAGAGTTACCGGTGAGAAGACAGCTGGCGAGGAG
GAGCCACAACAGCCCTCCCAAGCAAGAACATCCCGCTCAGAGGAGCCTAAAGTCCGTGAA
GACCGGGAGAAATCTCGTGATAGGGGCAAAGAAAGGGAACGCGAGGTGTCTC********
****GTGAAAGGTCTCATGAGAGGTCCCGTGAAAGGTCTCGTGATAGACCGAGAGAGAGT
CATAGAGAGGAAAAGCACCACAGAGACCGGGACCGAGGTAGAGACAGAGACAGGGACCGA
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GAGCGGAGTAGGAAAAGGGAACGGGACTACGAGAGTGGAGAGTACGAAGAAGAGGGTGAG
TATGAGAGAGGTGGGTCGAAGCAGAGGAGAGGAGAGTCAGAGGAAGGGCATGGGTACTAC
GAAAGGGCGTAGTAGACGTTCAAGCCATTATGATCGTGAGGAGGAACAAGGAGGAG*TGA
GCA*GACCGGTACGATGATCGTTATGGGGAGAGTGGAGGAG**AGA*TACCGTTATGATG
ATCGTGAGTACA

QA 11 802 11 802
DS 

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AGGAGGAGCCACAACAGCCCTCCCAAGCAAGAACATCCCGCTCAGAGGAGCCTAAAGTCC
GTGAAGACCGGGAGAAATCTCGTGATAGGGGCAAAGAAAGGGAACGCGAGGTGTCTCACG
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AGAGTCATAGAGAGGAAAAGCACCACAGAGACCGGGACCGAGGTAGAGACAGAGACAGGG
ACCGAGAAAGAGAGAGCAGACGTGACAGAGGAGACAGAGACCGTCGTAGTCGGGATCATG
ATAGGGAGCGGAGTAGTAAAAGGGAACGGGACTACGAGAGCGGAGAGTACGAAGAAGAGG
GTGAGTATGAGAGAGGTGGGTCGAAGCAGAGGAGAGGAGAGTCAGAGGAAGGGCATGGGT
ACTACGAA*GGGCGTAGTAGACGTTCAAGCCATTATGAGCGTGAGGAGGAACAAGGAGGA
GGTGAGCAAGACCGGTACGATGATCGTTATGGG*AGAGTGGAGGAAGAAGAATACCGTTA
TGATGATCGTGAGTACAAGCGTTCAGAGCGTTCCAAGTCGCGTGATTATTAAACTTGATG
GACGACGTTATTTTCTTGCGTAGCTATAAACAATAAACTTTGTTTGTGTGTTGTGATGAA
TCTTTTGTCGGATTTCGCTTTTGCGTTTCTTTTGATTTGGTCTGACAATTTGTTGAATCT
TTTTAAACAAGAACCATTTCAGCTTT

QA 1 866 1 866
DS 



AS 1 2

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TTCACTGAAAGTTTAGGTTTTTTTCTCCACTCTGATTGCGTTTTTGAATCTCTGAGAGAA
ATGAGTGGCGATTGGTATCAGCTCGCTCAGTCTCTAATCTTCGGTTTGATCTTCGCCTAC
CTTCTCGCCAAGCTAATCTCCATCCTCCTCGCCTTTAAAGACGACAACCTCTCCCTCACT
CGCGCCCACGGCGACGACGACCAATCGGAGAATGACTACTACCGAAAGGTCGAGACGGAT
TCTCTTGTGGCGGAGCAAGGAAGCTTGAGAGGTGATGAAGATGAAGATGAAGATGAAGAC
GATGACGATGATGACGATTGGGAAGGTGTGGAAAGCACGGAGCTTGACGAAGCGTTCAGT
GCCGCGACGGCTTTTGTGGCGGCTGCTGCTTCGGACAGGCTCTCGCAGAAAGTGTCGAAC
GAGTTGCAGCTTCAGCTTTATGGGTTGTATAAGATTGCTACCGAAGGTGCTTGTACTGCT
CCGCAACCTTCAGCTCTCAAAATGACTGCTCGTGCCAAGTGGCAAGCGTGGCAGAAGATG
GGAGCTATGCCAGCTGAGGAAGCGATGGAGAAGTACATCGACCTTGTTACTCACTTGTAC
CCTGCTTGGGTTCAAGGTGGCTCGAAAGGAAGAAACCGTAGTGGTGAAGCTGCAGGATCC
AACTCTAGAGCACCCATGGGACCGGTGTTTAGCTCATTGGTGTACGAAGAAGAAGCCGAA
AATGAGTTGAAGATTGATGCGATTCACGCCTTTGCAAGAGAAGGAGAGGTGGAGAATCTA
CTGAAATGCATAGAAAGTGGCATACCAGTAAATGCAAGAGATAGTGAAGGTCGGACACCG
CTGCACTGGGCTATAGACCGTGGCCACTTGAATGTTGCTAAAGCTCTAGTTGATAAGAAG
GCCGATGTCAATGCTAAAGACAATGAAGGCCAAACCGCTCTGCACTACGCTGTTGTGTGC
GAAAGGGAGTCTCTTGCAGAGTTTCTTGTGAAGCAGAAAGCTGATACAAGCATTAAAGAC
GAAGATGGAAACTCGCCTCTTGATCTCTGTGAATCAGAGTGGTCTTGGATACGAGAGAAG
AAGGATTCTGATTAAGGTTTTGTAGTCTTTAAACTGTGTTTTTAATGTCTTAAAACAGAG
ATGTTTTGTTTTATACCTTTCTTGTTACCTTGCTTCTGTTTGAACAAGAATCTTAGGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F302TF U 1
AF RR3F302JQ C 415
BS 1 676 RR3F302TF
BS 677 677 RR3F302JQ
BS 678 690 RR3F302TF
BS 691 691 RR3F302JQ
BS 692 715 RR3F302TF
BS 716 716 RR3F302JQ
BS 717 744 RR3F302TF
BS 745 745 RR3F302JQ
BS 746 767 RR3F302TF
BS 768 1259 RR3F302JQ

RD RR3F302TF 769 0 0
GGGTCTTGAGCGAAGCGGTGAAAACAAGGAAAAGATGGTTCCTTTTCGTTTCTGTGACCC
TTCACTGAAAGTTTAGGTTTTTTTCTCCACTCTGATTGCGTTTTTGAATCTCTGAGAGAA
ATGAGTGGCGATTGGTATCAGCTCGCTCAGTCTCTAATCTTCGGTTTGATCTTCGCCTAC
CTTCTCGCCAAGCTAATCTCCATCCTCCTCGCCTTTAAAGACGACAACCTCTCCCTCACT
CGCGCCCACGGCGACGACGACCAATCGGAGAATGACTACTACCGAAAGGTCGAGACGGAT
TCTCTTGTGGCGGAGCAAGGAAGCTTGAGAGGTGATGAAGATGAAGATGAAGATGAAGAC
GATGACGATGATGACGATTGGGAAGGTGTGGAAAGCACGGAGCTTGACGAAGCGTTCAGT
GCCGCGACGGCTTTTGTGGCGGCTGCTGCTTCGGACAGGCTCTCGCAGAAAGTGTCGAAC
GAGTTGCAGCTTCAGCTTTATGGGTTGTATAAGATTGCTACCGAAGGTGCTTGTACTGCT
CCGCAACCTTCAGCTCTCAAAATGACTGCTCGTGCCAAGTGGCAAGCGTGGCAGAAGATG
GGAGCTATGCCAGCTGAGGAAGCGATGGAGAAGTACATCGACCTTGTTACTCACTTGTAC
CCTGCTTGGGTTCAAG*TGGCTCGAAAGGA*GAAACCGTAGTGGTGAAGCTGCAG*ATCC
AACTCTAGAGCACCCATGGGACCG*TGTTTAGCTCATTGGTGTACGA
GA

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3F302JQ 845 0 0
TTCAGTGCCGCGACGGCTTTTGTGGCGGCTGCTGCTTCGGACAGGCTCTCGCAGAAAGTG
TCGAACGAGTTGCAGCTTCAGCTTTATGGGTTGTATAAGATTGCTACCGAAGGTGCTTGT
ACTGCTCCGCAACCTTCAGCTCTCAAAATGACTGCTCGTGCCAAGTGGCAAGCGTGGCAG
AAGATGGGAGCTATGCCAGCTGAGGAAGCGATGGAGAAGTACATCGACCTTGTTACTCAC
TTGTACCCTGCTTGGGTTCAAGGTGGCTCGAAAGGAAGAAACCGTAGTGGTGAAGCTGCA
GGATCCAACTCTAGAGCACCCATGGGACCGGTGTTTAGCTCATTGGTGTACGAAGAAGAA
GCCGAAAATGAGTTGAAGATTGATGCGATTCACGCCTTTGCAAGAGAAGGAGAGGTGGAG
AATCTACTGAAATGCATAGAAAGTGGCATACCAGTAAATGCAAGAGATAGTGAAGGTCGG
ACACCGCTGCACTGGGCTATAGACCGTGGCCACTTGAATGTTGCTAAAGCTCTAGTTGAT
AAGAAGGCCGATGTCAATGCTAAAGACAATGAAGGCCAAACCGCTCTGCACTACGCTGTT
GTGTGCGAAAGGGAGTCTCTTGCAGAGTTTCTTGTGAAGCAGAAAGCTGATACAAGCATT
AAAGACGAAGATGGAAACTCGCCTCTTGATCTCTGTGAATCAGAGTGGTCTTGGATACGA
GAGAAGAAGGATTCTGATTAAGGTTTTGTAGTCTTTAAACTGTGTTTTTAATGTCTTAAA
ACAGAGATGTTTTGTTTTATACCTTTCTTGTTACCTTGCTTCTGTTTGAACAAGAATCTT
AGGCT

QA 1 845 1 845
DS 



AS 1 3

CO CL3685Contig1 850 3 3 U
GGGAGAAAGTGAGTCACAAGAACTACGACATAAAACCGAACCCAATTAAATTCTCCTTTT
TTCAGACCAAACACAAAGGGAGAGAGAACATTAATGGAAGACGTACGGAAGATCGTGGTC
GTTGTAGAAGATAAAGAAGCGGCGAGGACGGCGTTGCAATGGGCACTCCACAACATCCTC
CGTCAAGGTGACACCATAGTCCTCCTCCACGTAATCTCTCCTCCGCCGCGCAAAAAGAAA
TCTACGGCGGCGCGTCTCCTCCGCCGCCTCGGATACCATCTCGCCCTCTCTTTCCGTGAA
ATCTGCGACGCTTTCTTCAACACGAACACGGAGATCATTGTGAGAGAAGGAGACGAAGAT
GGAAGGACGATAGCTGAAGTGGTGAAAGAGATTGGTGCTTCGACGCTTCTCGTGGGTCTC
CATCAGAACAGCTTTCTTTACAGATGGTCAATGAGTGGGATTGATGTAACTAGAAACTTG
GGCTGCAAAGTGATTGCTATAAAGCAGCCTTTGGCGGAAGAGTCGCCGCCGGGAAAAGTG
AAGGGACGCATGACCTCACATACGACGGTGACATCAGATAGCTTAACTAACTTTGACTTC
TCTCAAATCGAAATTTCTTGATTACAGGTTCCTGAGATTCGGACACCTAAAGTGCCATAC
AGATTATGTCCGAGTCCTCGTGCGATACTATGGAGAACAAGACCACGGAGATCTAAAGCT
CGATACGCTGTAGTTCCATAGTCTAAGATTTTTATTCCAAACAATAGGAAAGAAACAAAA
CCCCACCCTCAATTTTTGTGTCAAAGAAATAAACAAATTTTACTCAATACCAAAAAATTA
TTTGTTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX09TF U 1
AF RR3CA04TF U 67
AF RR3EX09JQ C 216
BS 1 624 RR3EX09TF
BS 625 752 RR3CA04TF
BS 753 850 RR3EX09JQ

RD RR3EX09TF 624 0 0
GGGAGAAAGTGAGTCACAAGAACTACGACATAAAACCGAACCCAATTAAATTCTCCTTTT
TTCAGACCAAACACAAAGGGAGAGAGAACATTAATGGAAGACGTACGGAAGATCGTGGTC
GTTGTAGAAGATAAAGAAGCGGCGAGGACGGCGTTGCAATGGGCACTCCACAACATCCTC
CGTCAAGGTGACACCATAGTCCTCCTCCACGTAATCTCTCCTCCGCCGCGCAAAAAGAAA
TCTACGGCGGCGCGTCTCCTCCGCCGCCTCGGATACCATCTCGCCCTCTCTTTCCGTGAA
ATCTGCGACGCTTTCTTCAACACGAACACGGAGATCATTGTGAGAGAAGGAGACGAAGAT
GGAAGGACGATAGCTGAAGTGGTGAAAGAGATTGGTGCTTCGACGCTTCTCGTGGGTCTC
CATCAGAACAGCTTTCTTTACAGATGGTCAATGAGTGGGATTGATGTAACTAGAAACTTG
GGCTGCAAAGTGATTGCTATAAAGCAGCCTTTGGCGGAAGAGTCGCCGCCGGGAAAAGTG
AAGGGACGCATGACCTCACATACGACGGTGACATCAGATAGCTTAACTAACTTTGACTTC
TCTCAAATCGAAATTTCTTGATTA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3CA04TF 692 0 0
GG
AAACACAAAGGGAGAGAGAACATTAATGGAAGACGTACGGAAGATCGTGGTCGTTGTAGA
AGATAAAGAAGCGGCGAGGACGGCGTTGCAATGGGCACTCCACAACATCCTCCGTCAAGG
TGACACCATAGTCCTCCTCCACGTAATCTCTCCTCCGCCGCGCAAAAAGAAATCTACGGC
GGCGCGTCTCCTCCGCCGCCTCGGATACCATCTCGCCCTCTCTTTCCGTGAAATCTGCGA
CGCTTTCTTCAACACGAACACGGAGATCATTGTGAGAGAAGGAGACGAAGATGGAAGGAC
GATAGCTGAAGTGGTGAAAGAGATTGGTGCTTCGACGCTTCTCGTGGGTCTCCATCAGAA
CAGCTTTCTTTACAGATGGTCAATGAGTGGGATTGATGTAACTAGAAACTTGGGCTGCAA
AGTGATTGCTATAAAGCAGCCTTTGGCGGAAGAGTCGCCGCCGGGAAAAGTGAAGGGACG
CATGACCTCACATACGACGGCGACATCAGATAGCTTAACTAACTTTGACTTCTCTCAAAT
CGAAATTTCTGGATTACAGGTTCCTGAGATTCGGACACCTAAAGTGCCATACAGATTATG
TCCGAGTCCTCGTGCGATACTATGGAGAACAAGACCACGGAGATCTAAAGCTCGATACGC
TGTAGTTCCATAGTCTAAGATTTT
ATTCCA

QA 3 686 3 686
DS 

RD RR3EX09JQ 635 0 0
CTCTCCTCCGCCGCGCAAAAAGAAATCTACGGCGGCGCGTCTCCTCCGCCGCCTCGGATA
CCATCTCGCCCTCTCTTTCCGTGAAATCTGCGACGCTTTCTTCAACACGAACACGGAGAT
CATTGTGAGAGAAGGAGACGAAGATGGAAGGACGATAGCTGAAGTGGTGAAAGAGATTGG
TGCTTCGACGCTTCTCGTGGGTCTCCATCAGAACAGCTTTCTTTACAGATGGTCAATGAG
TGGGATTGATGTAACTAGAAACTTGGGCTGCAAAGTGATTGCTATAAAGCAGCCTTTGGC
GGAAGAGTCGCCGCCGGGAAAAGTGAAGGGACGCATGACCTCACATACGACGGTGACATC
AGATAGCTTAACTAACTTTGACTTCTCTCAAATCGAAATTTCTTGATTACAGGTTCCTGA
GATTCGGACACCTAAAGTGCCATACAGATTATGTCCGAGTCCTCGTGCGATACTATGGAG
AACAAGACCACGGAGATCTAAAGCTCGATACGCTGTAGTTCCATAGTCTAAGATTTTTAT
TCCAAACAATAGGAAAGAAACAAAACCCCACCCTCAATTTTTGTGTCAAAGAAATAAACA
AATTTTACTCAATACCAAAAAATTATTTGTTTCTT

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

CO CL3686Contig1 826 2 22 U
GAAAACTAAACCAAACACTTGAGACAGTCACAGTACATGTTTCTGCATACAAAATCTAGA
AAATCAGTAGTGTCTAAAATGGTTGGGTTACTTCTCCTATCTTGGGAAAAGAGATACAAA
CGGATATTATATACCCCATACACACAAACTTTACATATATCTAAAGCTTTTCTTCTCTCT
TTCTCTGTTCTCTTCTTTGTTATTATTCCTCTCTTCTTCTCTCTTTTTTCTTCATAACAA
AAGACTAGTCGATTGTCATTGGTTGCGTCATGCAACATCTGAAACGCGCTTTTCTAGCAG
TCGTCATTATCTCGGTTTCAGCCGCCTCAAGAAGATTGACAACCTCTGCAAAACAAGGAC
GGACCTCAGGGTTCGCATCCCAGCAACGCGTCATGATCTCGCCAAGCACAGGGAAACAAT
CCGCTGGTACCGTTGGACGAACTCCTCTGTTCACCACCGCAAACGCAGCTTGAACCGCAG
TCATGTTCTGGAACGGTAACAGACCAGTTATAAGCTCCCACAGCACGATCCCAAAACTAT
AGACGTCCACTTTTTGAGTGTAGGGTCTATGCTGAATCATCCCTGGGGCCATCCATCTGT
AAGTCCCGGTCTCAGGCGTCATCCCTTCGGTCTGAACTTCGATTCTCGCAACGCCAAAAT
CAGCAATCTTGATGGACCGATCAGCAGATATGAGGAGGTTATCCGACTTCAAGTCACGGT
GTATAAAGTTGCGCTCATGGACATAAGCCATACCTCTGGCAACATCCAACGCCTGCTTAA
CAGCCAGCTTCAAAGGCACAGCTCGGTTCTGCCTCTTTGTCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FN51JQ U 1
AF RR3D680TF C 110
BS 1 228 RR3FN51JQ
BS 229 229 RR3D680TF
BS 230 235 RR3FN51JQ
BS 236 236 RR3D680TF
BS 237 501 RR3FN51JQ
BS 502 502 RR3D680TF
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BS 537 581 RR3FN51JQ
BS 582 582 RR3D680TF
BS 583 616 RR3FN51JQ
BS 617 617 RR3D680TF
BS 618 715 RR3FN51JQ
BS 716 716 RR3D680TF
BS 717 742 RR3FN51JQ
BS 743 743 RR3D680TF
BS 744 761 RR3FN51JQ
BS 762 762 RR3D680TF
BS 763 782 RR3FN51JQ
BS 783 826 RR3D680TF

RD RR3FN51JQ 782 0 0
GAAAACTAAACCAAACACTTGAGACAGTCACAGTACATGTTTCTGCATACAAAATCTAGA
AAATCAGTAGTGTCTAAAATGGTTGGGTTACTTCTCCTATCTTGGGAAAAGAGATACAAA
CGGATATTATATACCCCATACACACAAACTTTACATATATCTAAAGCTTTTCTTCTCTCT
TTCTCTGTTCTCTTCTTTGTTATTATTCCTCTCTTCTTCTCTCTTTTT*CTTCATCACAA
AAGACTAGTCGATTGTCATTGGTTGCGTCATGCAACATCTGAAACGCGCTTTTCTAGCAG
TCGTCATTATCTCGGTTTCAGCCGCCTCAAGAAGATTGACAACCTCTGCAAAACAAGGAC
GGACCTCAGGGTTCGCATCCCAGCAACGCGTCATGATCTCGCCAAGCACAGGGAAACAAT
CCGCTGGTACCGTTGGACGAACTCCTCTGTTCACCACCGCAAACGCAGCTTGAACCGCAG
TCATGTTCTGGAACGGTAACATACCAGTTATCAGCTCCCACAGCACGATCCCAAA*CTAT
AGACGTCCACTTTTTGAGTGTAGGGTCTATGCTGAATCATCTCTGGGGCCATCCATCTGT
AAGTCCCGGTCTCAGGTGTCATCCCTTCGGTCTGAACTTCGATTCTCGCAACGCCAAAAT
CAGCAATCTTGATGGACCGATCAGCAGATATGAGGAGGTTATCCGACTTCAAGTCCCGGT
GTATAAAGTTGCGCTCATGGACGTAAGCCATACCTCTGGCA*CATCCAACGCCTGCTTAA
CA

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3D680TF 717 0 0
AGAGATACAAACGGATATTATATATCCCATACACACAAACTTTACATATATCTAAAGCTT
T*CTTCTCTCTTTCTCTGTTCTCTTCTTTGTTATTATTCCTCTCTTCTTCTCTCTTTTTT
CTTCATAACAAAAGACTAGTCGATTGTCATTGGTTGCGTCATGCAACATCTGAAACGCGC
TTTTCTAGCAGTCGTCATTATCTCGGTTTCAGCCGCCTCAAGAAGGTTGACAACCTCTGC
GAAACAAGGACGGACCTCAGGGTTCGCATCCCAGCAACGCGTCATGATCTCGCCAAGCAC
AGGGAGACAATCCGCTGGTACCGTTGGACGAACTCCTCTGTTCACCACCGCAAATGTAGC
TTGAACCGCAGTCATGTTCTGGAACGGTAACAGACCCGTTATAAGCTCCCACAGCACGAT
CCCAAAACTGTAGACGTCCACTTTT*GAGTGTAGGGTCTATGCTGAATCATCCCTGGGGC
CATCCATCTGTAAGTCCCGGTCTCAGGCGTCATCCCTTCGGTCTGAACTTCGATTCTCGC
AACGCCAAAATCAGCAATCTTGATGGACCGATCAGCTGATATGAGGAGGTTATCCGACTT
CAAGTCACTGTGTATAAAGTTGCGCTCATGGACATAAGCCATACCTCTGGCAACATCCAG
CGCCTGCTTAACAGCCAGCTTCAAAGGCACAGCTCGGTTCTGCCTCTTTGTCAAAAA

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 3

CO CL3687Contig1 411 3 22 U
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GGCATAAAAATATCTTGGAAAGGCTCTGTTGATTAACATGGAAAGTGGCAGAAACACCGG
CGCCTTGGGAATGTATAATCGCAAGTAGCACGTAATGCTTTCTCGGTTTCGCAAATCTTC
CGGCATTCATTATCTTTCATACAATTTTTGCTCCCAGAATTAGGCTGCCTCTTGCATGAC
TTCTGCCCTTCCACAATTGTTGGTGCTTCAAAAGCAGAAAATATAATAAGAACAGCGAAG
AGGAAGGTGATGATGGAAGCAAACTTAGCCATGCTATATTTTACTTTTTTAA*TTCTTCT
CTTTTCTTTTTTTTTTTTAATTTGAAAGTATATTATGTGTATTGTACCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR3C679JQ U 1
AF RR3GP03JQ U 12
AF RR3GP03TF C 12
BS 1 65 RR3C679JQ
BS 66 66 RR3GP03JQ
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BS 72 72 RR3GP03JQ
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BS 167 194 RR3C679JQ
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BS 196 281 RR3C679JQ
BS 282 282 RR3GP03JQ
BS 283 294 RR3C679JQ
BS 295 295 RR3GP03JQ
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BS 345 350 RR3C679JQ
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BS 352 352 RR3C679JQ
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BS 376 378 RR3GP03JQ
BS 379 408 RR3C679JQ
BS 409 411 RR3GP03JQ

RD RR3C679JQ 409 0 0
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GGCATGAAAATGTCTTGGAAAGGCTCTGTTGATTAACATGGAAAGTGGCAGAAACACCGG
CGCCTTGGGAATGTATAATCGCAAGTAGCACGTAATGCTTTCTCGTTTTCGCAAATCTTC
CGGCATTCATTATCCTTCATACAATTTTTGCTCCCAGAATTAGGCTGCCTCTTGCATGAC
TTCTGCCCTTCCACAATTGTTGGTGCTTCAAAAGCAGAAAAGATAATAAGAACAACGAAG
AGGAAGGTGATGATGGAAGCAAACTTAGCCATGCTATATTTTAATTTTTTTACTTCTTCT
CTTTTCTTTTTTTTT**AAATTTGAAAGTATATTATGTGTATTGTACC
C

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DS 

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AGGCTCTGTTGATTAACATGGAAAGTGGCAGAAACACCGGCGCCTTGGGAATGTATAATC
GCAAGTAGCACGTAATGCTTTCTCGGTTTCGCAAATCTTCCGGCATTCATTATCTTTCAT
ACAATTTTTGCTCCCAGAATTAGGCTGCCTCTTGCATGACTTCTGCCCTTCCACAATTGT
TGGTGCTTCAAAAGCAGAAAATATAATAAGAACAGCGAAGAGGAAGGTGATGATGGAAGC
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TTTGAAAGTATATTATGTGTATTGTACCACC

QA 10 400 10 400
DS 

RD RR3GP03TF 400 0 0
TATTCCGTG
ATATCTCCGAAAGTTATCTAGTAATATTTATTTGGCATAGGGCATAAAAATATCTTGGAA
AGGCTCTGTTGATTAACATGGAAAGTGGCAGAAACACCGGCGCCTTGGGAATGTATAATC
GCAAGTAGCACGTAATGCTTTCTCGGTTTCGCAAATCTTCCGGCATTCATTATCTTTCAT
ACAATTTTTGCTCCCAGAATTAGGCTGCCTCTTGCATGACTTCTGCCCTTCCACAATTGT
TGGTGCTTCAAAAGCAGAAAATATAATAAGAACAGCGAAGAGGAAGGTGATGATGGAAGC
AAACTTAGCCATGCTATATTTTACTTTTTTAA*TTCTTCTCTTTTCTTTTTTTTTTTTAA
TTTGAAAGTATATTATGTGTATTGTACC
ACC

QA 10 397 10 397
DS 



AS 1 3

CO CL3688Contig1 866 3 1 U
GGACACAATAATAGCGACAGAAGTAGAAGAAGAGTGAAGAAGAGTGAAGCTCCTCCTCTC
GAACAACCAACAATGGCAACAATGGCTGCAATCGGATCCTTAACAGTTCCTTCCTCGAAC
CACACCCGTAGAGCATCATCATCATCTTCTCAACGGAAGACTCTCTCCTTCTCGTCGTCT
TCTCTTACCGGAGAGAAACTCAACCCCACGCAGCAGGAGAAGATCATCTCCAACCTCCCA
CGTCGCAATGAGAGAAGAGCACCATCGATCGTCTCTCCAAAAGCAGTTTCGGACTCGCAA
AACTCACAAACCTGCCTTGATCCTGACGCTAGCAGAAGTGTGTTGGGGATAATTCTGGGA
GGTGGTGCTGGAACGAGACTGTATCCTCTCACCAAGAAGAGAGCGAAACCAGCTGTTCCT
CTCGGCGCTAACTACCGTCTCATCGATATCCCAGTCAGCAACTGCTTGAACAGTAACATC
TCCAAGATCTACGTCCTTACTCAGTTCAACTCCGCTTCTCTCAACCGTCATCTCTCCCGA
GCCTACGCCAGCAACATGGGTGGTTACAAGAACGAAGGCTTCGTCGAGGTTCTTGCTGCT
CAGCAGAGTCCCGAGAATCCTAACTGGTTTCAGGGGACTGCTGATGCCGTGAGGCAGTAC
TTGTGGCTGTTCGAAGAGCACAATGTGTTGGAGTTTTTGGTTCTTGCTGGCGATCATTTG
TACCGTATGGACTACGAGAAGTTCATTCAAGCGCATCGTGAGACCGACGCTGATATCACT
GTTGCTGCTCTTCCTATGGATGAGAAGCTTGCCACGGCTTTTGGTCTCATGAAGATTGAT
GACGAAGAAGATCATTGAGTTTGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE91TF U 52
AF RR3CV83TF U 47
AF RR3B262TF U 1
BS 1 866 RR3B262TF

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TCCTCGAACCACACCCGTAGAGCATCTTCATC***TTCTCAACGGAAAACTCTCTCCTTC
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GCTGTTCCTCTCGGCGCTAACTACCGTCTCATTGATATCCCAGTCAGCAACTGCTTGAAC
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AAGCT
CCTCCTCTCGAACAACCAACAATGGCAACAATGGCTGCAATCGGATCCTTAACAGTTCCT
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TCGTCGTCTTCTCTTACCGGAGAGAAACTCAACCCCACGCAGCAGGAGAAGATCATCTCC
AACCTCCCACGTCGCAATGAGAGAAGAGCACCATCGATCGTCTCTCCAAAAGCAGTTTCG
GACTCGCAAAACTCACAAACCTGCCTTGATCCTGACGCTAGCAGAAGTGTGTTGGGGATA
ATTCTGGGAGGTGGTGCTGGAACGAGACTGTATCCTCTCACCAAGAAGAGAGCGAAACCA
GCTGTTCCTCTCGGCGCTAACTACCGTCTCATCGATATCCCAGTCAGCAACTGCTTGAAC
AGTAACATCTCCAAGATCTACGTCCTTACTCAGTTCAACTCCGCTTCTCTCAACCGTCAT
CTCTCCCGAGCCTACGCCAGCAACATGGGTGGTTACAAGAACGAAGGCTTCGTCGAGGTT
CTTGCTGCTCAGCAGAGTCCCGAGAATCCTAACTGGTTTCAGGGGACTGCTGATGCCGTG
AGGCAGTACTTGTGGCTGTTCGAAGAGCACA*TGTGTTGGAGTTTTTGGTTCTTGCTGGC
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GATATCACTGTTGCTGCTCTTCCTATGGATG

QA 6 756 6 756
DS 

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TCTCTTACCGGAGAGAAACTCAACCCCACGCAGCAGGAGAAGATCATCTCCAACCTCCCA
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AACTCACAAACCTGCCTTGATCCTGACGCTAGCAGAAGTGTGTTGGGGATAATTCTGGGA
GGTGGTGCTGGAACGAGACTGTATCCTCTCACCAAGAAGAGAGCGAAACCAGCTGTTCCT
CTCGGCGCTAACTACCGTCTCATCGATATCCCAGTCAGCAACTGCTTGAACAGTAACATC
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TTGTGGCTGTTCGAAGAGCACAATGTGTTGGAGTTTTTGGTTCTTGCTGGCGATCATTTG
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GTTGCTGCTCTTCCTATGGATGAGAAGCTTGCCACGGCTTTTGGTCTCATGAAGATTGAT
GACGAAGAAGATCATTGAGTTTGCTG

QA 1 866 1 866
DS 



AS 1 3

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AGGAAGAACCAGCTCCTCCTAAAACAGAACCAGCTCCTCCCCCACCAAAGGAAGAGAAGG
CATCGCCTTCAGAACCAAAGACGTCCAAGCCTAGCCCACCTCCCACAGGAGATCGTGTTT
TTGCTAGCCCTCTTGCAAGAAAGTTGGCTGAAGACAATAATGTGCCTCTTTCAAGTATCA
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GTGGTAAAGAAGCTACTGCGAAGCAATCCAAGGCCACTGATTCTAAGGTTCCAGCTTTGG
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ATTATGAGGGAGGGACATTTACAGTGTCTAACTTGGGAGGACCTTTTGGAATCAAGCAGT
TCTGTGCAGTGGTAAATCCCCCTCAAGCAGCCATTCTAGCTGTTGGATCTGCTGAGAAGA
GAGTTGTTCCTGGTAACGGTCCAGATGAATTCAACTTTGCTTCTTACATGCCTGTAACAC
TGAGCTGTGACCATCGCGTAGTAGACGGTGCCATTGGAGCTAAATGGCTGAAAGCATTCA
AAGGCTACATTGAGAACCCTGAATCCATGTTGCTTTAAGGGAGAAGGAACCACACAATGA
CCAAAACACGTCAAAGCTCATAGGGGTCTCTGATCCCTCATTTCTTTGTTTTAAACACTA
TGTACCAATTTAATTTCGCTGTGTTTTTTTGTACCAATAAGTATGGAGGTTTTTAATTGA
TCATGGGGGGTGGGTAAAATAAAACCCCATTGTTTATTTTGTTAATCGAAATAATATTTT
GAGTTTTATGAATCAAATAAAAGATAAAACCTCTAAGAGACC


BQ
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AF RR3BI15TF U 1
AF RR3E417TF U 414
AF RR3BI15JQ C 574
BS 1 708 RR3BI15TF
BS 709 709 RR3E417TF
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RD RR3BI15TF 784 0 0
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AGGAAGAACCAGCTCCTCCTAAAACAGAACCAGCTCCTCCCCCACCAAAGGAAGAGAAGG
CATCGCCTTCAGAACCAAAGACGTCCAAGCCTAGCCCACCTCCCACAGGAGATCGTGTTT
TTGCTAGCCCTCTTGCAAGAAAGTTGGCTGAAGACAATAATGTGCCTCTTTCAAGTATCA
AAGGCACAGGTCCTGAAGGAAGGATAGTGAAGGCTGATATCGAGGATTATTTAGCGTCTG
GTGGTAAAGAAGCTACTGCGAAGCAATCCAAGGCCACTGATTCTAAGGTTCCAGCTTTGG
ACTATGTTGACATCCCTCATTCCCAGATACGAAAGGTCACAGCCTCACGTTTGGCATTCT
CCAAGCAAACTATCCCTCACTATTACCTAACTGTTGATGCATGTGTTGACAAACTTATGG
GTCTCAGGAGTCAACTCAATTCGTTCCAAGAAGCTTCTGGTGGGAAACGGATCTCTATCA
ATGATCTTGTTGTTAAGGCTGCTGCGTTAGCTCTCAGGAAAGTTCCTCAATGCAATAGTT
CGTGGACTGATGATTACATCCGCCAGTTCAGAAACGTAAACATCAACGTCGCAGTGCAGA
CAGAAAATGGGCTGTATGTTCCTGTGGTGAAGGACGCAGACAAGAAAG*TCTGTCCACAA
TTGGAGAAGAAGTTCGGTCATTGGCTCAAAAAGCAAAAGAGAACAGCTTAAAGCCAGAAG
ATTA

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3E417TF 641 0 0
GCATTCTCCAAGCAAACTATCCCTCACTATTACCTAACTGTTGATGCATGTGTTGACAAA
CTTATGGGTCTCAGGAGTCAACTCAATTCGTTCCAAGAAGCTTCTGGTGGGAAACGGATC
TCTATCAATGATCTTGTTGTTAAGGCTGCTGCGTTAGCTCTCAGGAAAGTTCCTCAATGC
AATAGTTCGTGGACTGATGATTACATCCGCCAGTTCAGAAACGTAAACATCAACGTCGCA
GTGCAGACAGAAAATGGGCTGTATGTTCCTGTGGTGAAGGACGCAGACAAGAAAGGTCTG
TCCACAATTGGAGAAGAAGTTCGGTCATTGGCTCAAAAAGCAAAAGAGAACAGCTTAAAG
CCAGAAGATTATGAGGGAGGGACATTTACAGTGTCTAACTTGGGAGGACCTTTTGGAATC
AAGCAGTTCTGTGCAGTGGTAAATCCCCCTCAAGCCGCCATTCTAGCTGTTGGATCTGCT
GAGAAGAGAGTTGTTCCTGGTAACGGTCCAGATGAATTCAACTTTGCTTCTTACATGCCT
GTAACACTGAGCTGTGACCATCGCGTAGTAGACGGTGCCATTGTAGCTGAATGGCTGAAA
GCATTCAAAGGCTACATTGAGAACCCTGAATCCATGTTGCT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3BI15JQ 729 0 0
TCAGGAAAGTTCCTCAATGCAATAGTTCGTGGACTGATGATTACATCCGCCAGTTCAGAA
ACGTAAACATCAACGTCGCAGTGCAGACAGAAAATGGGCTGTATGTTCCTGTGGTGAAGG
ACGCAGACAAGAAAGGTCTGTCCACAATTGGAGAAGAAGTTCGGTCATTGGCTCAAAAAG
CAAAAGAGAACAGCTTAAAGCCAGAAGATTATGAGGGAGGGACATTTACAGTGTCTAACT
TGGGAGGACCTTTTGGAATCAAGCAGTTCTGTGCAGTGGTAAATCCCCCTCAAGCAGTCA
TTCTAGCTGTTGGATCTGCTGAGAAGAGAGTTGTTCCTGGTAACGGTCCAGATGAATTCA
ACTTTGCTTCTTACATGCCTGTAACACTGAGCTGTGACCATCGCGTAGTAGACGGTGCCA
TTGGAGCTAAATGGCTGAAAGCATTCAAAGGCTACATTGAGAACCCTGAATCCATGTTGC
TTTAAGGGAGAAGGAACCACACAATGACCAAAACACGTCAAAGCTCATAGGGGTCTCTGA
TCCCTCATTTCTTTGTTTTAAACACTATGTACCAATTTAATTTCGCTGTGTTTTTTTGTA
CCAATAAGTATGGAGGTTTTTAATTGATCATGGGGGGTGGGTAAAATAAAACCCCATTGT
TTATTTTGTTAATCGAAATAATATTTTGAGTTTTATGAATCAAATAAAAGATAAAACCTC
TAAGAGACC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 3

CO CL3690Contig1 1025 3 8 U
GGGCTCTTGTTTTAGCTGGCCATTTTATTTATTCCCGTTCCTTTCCCCTTAAGAAACGGA
CTCGTAACTTGGAGAAAGGCAAAGGCATCGATCATCTTTCCAGAGAGAGAAAGGTTTAGG
GTTAGGGTTGCAGAGAAGCAGGGGAAGGAGGATTCTAAGAATCGAACCGACTCTGTATTC
GCTCTGCCCCTTCCTTTTAAATCTTCTCGAGAAAACCCAATGGGGCTTCAATCTTCTCCT
ATCTCTGAAATGGACACGACCGACGATATGCACAAAGCCATGTTCGCGAAGCAAAGTTGT
TGTTTCCTCCTCCCATGTCTCGGATCATCTCAGCCGTCTGGTCCAGGTGGTAACGTATGG
TGGCAACGAATCAGAACGGTGGATAAGTTGGAGCCCGACGAGCGTTGGTGGATCTCCGGG
TGGAACAAGATGAGGGAGTGGTCTGAAATCTTGGCAGGCCCCAAGTGGAAGACCTTCATC
CGCCGCGTTGGCCGCACTCACTTCTGCGGCTGCGCAGGAGACGGGGG*TAGTAGTAAGCC
GGATCAGGTTGGTTTCCGGTACGATTCATCGAGTTACTCGTTGAATTTTGACGATGGTAA
ACAGATGGGACATTTCGAAGATGAGTTTCCTTACCGTGATTACTCAATGAGGTTCACCGC
ACCGTTGTCTCTGCCTGTCTCCACCAAATGCTCCATTGATTTCGACAACGATAACTACGC
GCCTCCGATGATTAAGTAAAGGCCACACGTTTTTGTTTTTGTGGGTTGTCTTCTAACGTG
CACCTATGAAAGGTATCGGATTTTATGAAGAATTATTATTTTATACATTTTTGTTTTCTT
TTCAGATTTTGTAATATCATTTCACTTTGAGTGCACTCATTTTTTAGATGATAATATGTT
CTCATTTCTCAAAGAAGTGATTTCCTTGCACGCAGACTTCATAAAGTTTAGAACAAAAAC
TTGATATCCTGCTCTTGTTTTTTCTTGAAGAATAACAAGTATTAATCTTAGCATATCGAC
GCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3EX64TF U 1
AF RR3DE12TF U 56
AF RR3EX64JQ C 312
BS 1 273 RR3EX64TF
BS 274 274 RR3DE12TF
BS 275 294 RR3EX64TF
BS 295 295 RR3DE12TF
BS 296 516 RR3EX64TF
BS 517 517 RR3DE12TF
BS 518 543 RR3EX64TF
BS 544 1025 RR3EX64JQ

RD RR3EX64TF 543 0 0
GGGCTCTTGTTTTAGCTGGCCATTTTATTTATTCCCGTTCCTTTCCCCTTAAGAAACGGA
CTCGTAACTTGGAGAAAGGCAAAGGCATCGATCATCTTTCCAGAGAGAGAAAGGTTTAGG
GTTAGGGTTGCAGAGAAGCAGGGGAAGGAGGATTCTAAGAATCGAACCGACTCTGTATTC
GCTCTGCCCCTTCCTTTTAAATCTTCTCGAGAAAACCCAATGGGGCTTCAATCTTCTCCT
ATCTCTGAAATGGACACGACCGACGATATGCACGAAGCCATGTTCGCGAAGCAAGGTTGT
TGTTTCCTCCTCCCATGTCTCGGATCATCTCAGCCGTCTGGTCCAGGTGGTAACGTATGG
TGGCAACGAATCAGAACGGTGGATAAGTTGGAGCCCGACGAGCGTTGGTGGATCTCCGGG
TGGAACAAGATGAGGGAGTGGTCTGAAATCTTGGCAGGCCCCAAGTGGAAGACCTTCATC
CGCCGCGTTGGCCGCACTCACTTCTGCGGCTGCGCACGAGACGGGGG*TAGTAGTAAGCC
GGA

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR3DE12TF 494 0 0
GG
GGACTCGTAACTTGGAGAAAGGCAAAGGCATCGATCATCTTTCCAGAGAGAGAAAGGTTT
AGGGTTAGGGTTGCAGAGAAGCAGGGGAAGGAGGATTCTAAGAATCGAACCGACTCTGTA
TTCGCTCTGCCCCTTCCTTTTAAATCTTCTCGAGAAAGCCCAATGGGGCTTCAATCTTCT
CCTGTCTCTGAAATGGAC*CGACCGACGATATGCACAAAGCCATGTTCGCGAAGCAAAGT
TGTTGTTTCCTCCTCCCATGTCTCGGATCATCTCAGCCGTCTGGTCCAGGTGGTAACGTA
TGGTGGCAACGAATCAGAACGGTGGATAAGTTGGAGCCCGACGAGCGTTGGTGGATCTCC
GGGTGGAACAAGATGAGGGAGTGGTCTGAAATCTTGGCAGGCCCCAAGTGGAAGACCTTC
ATCCGCCGCGTTGGCCGCACTCACTTCTGCGGCTGCGCAGGAGACGGGGGGTAGTAGTAA
GCCGGA
TCAGGT

QA 3 488 3 488
DS 

RD RR3EX64JQ 714 0 0
CCCATGTCTCGGATCATCTCAGCCGTCTGGTCCAGGTGGTAACGTATGGTGGCAACGAAT
CAGAACGGTGGATAAGTTGGAGCCCGACGAGCGTTGGTGGATCTCCGGGTGGAACAAGAT
GAGGGAGTGGTCTGAAATCTTGGCAGGCCCCAAGTGGAAGACCTTCATCCGCCGCGTTGG
CCGCACTCACTTCTGCGGCTGCGCAGGAGACGGGGG*TAGTAGTAAGCCGGATCAGGTTG
GTTTCCGGTACGATTCATCGAGTTACTCGTTGAATTTTGACGATGGTAAACAGATGGGAC
ATTTCGAAGATGAGTTTCCTTACCGTGATTACTCAATGAGGTTCACCGCACCGTTGTCTC
TGCCTGTCTCCACCAAATGCTCCATTGATTTCGACAACGATAACTACGCGCCTCCGATGA
TTAAGTAAAGGCCACACGTTTTTGTTTTTGTGGGTTGTCTTCTAACGTGCACCTATGAAA
GGTATCGGATTTTATGAAGAATTATTATTTTATACATTTTTGTTTTCTTTTCAGATTTTG
TAATATCATTTCACTTTGAGTGCACTCATTTTTTAGATGATAATATGTTCTCATTTCTCA
AAGAAGTGATTTCCTTGCACGCAGACTTCATAAAGTTTAGAACAAAAACTTGATATCCTG
CTCTTGTTTTTTCTTGAAGAATAACAAGTATTAATCTTAGCATATCGACGCATC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL3691Contig1 646 2 2 U
GATATCTCAGGAATGCAAACACCTTCTCTCTCGCATATTCGTCACTAACCCCGCTAAGAG
AATCACGCTTAAGGAGATCAAGAATCATCCGTGGTACACAAAGAATCTGCCAAAGGAGCT
TCTGGAGTCTGCTCAAGCAGTGTATTACAAGAGAGACAACACGAGCTATTTTCTTCAAAG
CGTAGAGGACATAATGAAGATAGTTGGAGAAGCTAGGAATCCAGCTTTTTCTTCAAGTGT
CATCAAAAGCTTAGGATCAGGTGCTGAGGAAGAAGAGGAAGAGGACGTTGAAGCTGAAGT
GGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAATACGAGAAGCA
TGTCAAAGAGGCACATTCTTCTATTCAAGAGCCTCTCGGAGCGTTAGAAATAAAATGATC
ACCTCATCACCGTTGATCCTACAAAAGCCAAAGGGTGTAAACTACTTGGTACATGCTATT
TCACTTTTTAGATTTGATGTCTGAAAACATTCTCGTTTCAGTCAACTGTCACTAGGTGGT
TCCTCAATAAATGAACATTGATACTCAAGAGCGATGCTGTCAGATCTGAATTATCAACAT
AAGGGTCAGTATTATAAATGATAATAAAAACGATGTCTTTGTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FJ20JQ C 1
AF RR3H857TF U 311
BS 1 312 RR3FJ20JQ
BS 313 646 RR3H857TF

RD RR3FJ20JQ 646 0 0
GATATCTCAGGAATGCAAACACCTTCTCTCTCGCATATTCGTCACTAACCCCGCTAAGAG
AATCACGCTTAAGGAGATCAAGAATCATCCGTGGTACACAAAGAATCTGCCAAAGGAGCT
TCTGGAGTCTGCTCAAGCAGTGTATTACAAGAGAGACAACACGAGCTATTTTCTTCAAAG
CGTAGAGGACATAATGAAGATAGTTGGAGAAGCTAGGAATCCAGCTTTTTCTTCAAGTGT
CATCAAAAGCTTAGGATCAGGTGCTGAGGAAGAAGAGGAAGAGGACGTTGAAGCTGAAGT
GGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAATACGAGAAGCA
TGTCAAAGAGGCACATTCTTCTATTCAAGAGCCTCTCGGAGCGTTAGAAATAAAATGATC
ACCTCATCACCGTTGATCCTACAAAAGCCAAAGGGTGTAAACTACTTGGTACATGCTATT
TCACTTTTTAGATTTGATGTCTGAAAACATTCTCGTTTCAGTCAACTGTCACTAGGTGGT
TCCTCAATAAATGAACATTGATACTCAAGAGCGATGCTGTCAGATCTGAATTATCAACAT
AAGGGTCAGTATTATAAATGATAATAAAAACGATGTCTTTGTTTGC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3H857TF 336 0 0
GG
AGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAATACGAGAAGCATGTCAAAGAGGC
ACATTCTTCTATTCAAGAGCCTCTCGGAGCGTTAGAAATAAAATGATCACCTCATCACCG
TTGATCCTACAAAAGCCAAAGGGTGTAAACTACTTGGTACATGCTATTTCACTTTTTAGA
TTTGATGTCTGAAAACATTCTCGTTTCAGTCAACTGTCACTAGGTGGTTCCTCAATAAAT
GAACATTGATACTCAAGAGCGATGCTGTCAGATCTGAATTATCAACATAAGGGTCAGTAT
TATAAATGATAATAAAAACGATGTCTTTGTTTGC

QA 3 336 3 336
DS 



AS 1 2

CO CL3692Contig1 1278 2 4 U
GGATAAGACAGCAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTCTCCTACAACATTCCTATATT
CTTGGATTGCTTGATTCTTTCGACTACACTGTTTCCGATCTGCATAACGATGATGAGACG
CGGTGGAGCCAAGGTGGCCTCGTCGCTGCTAAAGTCTGCTCGACCACGGCTGTTCTCAAC
CGCCACTACGAGCACGATCCTTTCCATGTCTCACGAGACAACAAGCCATCTTCTCAAACC
AGCCGCTAGCATGAACACTTGGATCTGGAGCGGAGCTGGAGGCGTACGATTTGCTAGCAC
GACTAGTTTAGGAGAGAAAACTCCGAGTCCGAAGAAAACAGAGGACGACGAATCATCCAC
CACCGGAGGTAACAAGGGTATCGCTAGCTATTGGGGTGTTGAACCGAGTAAGATCACCAA
AGAAGACGGTACTGAATGGAAGTGGAACTGTTTCAGGCCGTGGGAGACGTATAGAGCTGA
CTTGACGATAGATCTGTCGAAGCATCATGTTCCAACGACGTTTCTTGACAGATTAGCTTA
TTGGACTGTCAAATCTCTTCGCTGGCCGACCGATCTCTTCTTCCAGAGGCGATACGGATG
CCGAGCTATGATGCTCGAAACTGTAGCAGCAGTGCCCGGAATGGTCGGAGGAATGTTACT
CCACTTTAAATCTCTCAGACGCTTTGAGCAAAGCGGTGGATGGATCAAAGCCCTTCTCGA
GGAAGCGGAGAACGAGAGGATGCATCTCATGACTTTCATGGAAGTCGCTAAACCCAAATG
GTACGAGAGAGCTCTTGTCATCACTGTCCAAGGAGTCTTCTTCAACGCCTATTTCCTCGG
ATACCTAATCTCTCCCAAGTTTGCTCACCGTATGGTTGGTTACCTTGAGGAAGAAGCAAT
CCATTCGTACACTGAGTTCCTCAAGGAGCTTGACAAAGGTAACATTTACAACGTCCCTGC
TCCGGCTATTGCTATTGATTACTGGAGGCTCCCTGCTGATGCAACCCTTCGTGACGTTGT
CATGGTGGTCCGTGCCGACGAGGCACATCACCGTGATGTTAACCATTTTGCATCTGATAT
TCACTACCAAGGTCGTGAGTTAAAGGAAGCCCCAGCTCCAGTTGGATACCATTGAGCTTA
GCTATATCCCGTTGAATAAGAGTTTGTTTTCTCAAGTTTAAAACTTTGTTCTAAAGAAAA
TTGAAAAGAGTATATGGCCTCTTCGTTCATTTGTGTATAAGACCACCTCTACTAGAGCCA
TACATTGGAATCGACTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS12TF U 1
AF RR3F261JQ C 477
BS 1 652 RR3FS12TF
BS 653 653 RR3F261JQ
BS 654 678 RR3FS12TF
BS 679 1278 RR3F261JQ

RD RR3FS12TF 678 0 0
GGATAAGACAGCAAAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTCTCCTACAACATTCCTATATT
CTTGGATTGCTTGATTCTTTCGACTACACTGTTTCCGATCTGCATAACGATGATGAGACG
CGGTGGAGCCAAGGTGGCCTCGTCGCTGCTAAAGTCTGCTCGACCACGGCTGTTCTCAAC
CGCCACTACGAGCACGATCCTTTCCATGTCTCACGAGACAACAAGCCATCTTCTCAAACC
AGCCGCTAGCATGAACACTTGGATCTGGAGCGGAGCTGGAGGCGTACGATTTGCTAGCAC
GACTAGTTTAGGAGAGAAAACTCCGAGTCCGAAGAAAACAGAGGACGACGAATCATCCAC
CACCGGAGGTAACAAGGGTATCGCTAGCTATTGGGGTGTTGAACCGAGTAAGATCACCAA
AGAAGACGGTACTGAATGGAAGTGGAACTGTTTCAGGCCGTGGGAGACGTATAGAGCTGA
CTTGACGATAGATCTGTCGAAGCATCATGTTCCAACGACGTTTCTTGACAGATTAGCTTA
TTGGACTGTCAAATCTCTTCGCTGGCCGACCGATCTCTTCTTCCAGAGGCGATACGGATG
CCGAGCTATGATGCTCGAAACTGTAGCAGCAGTGCCCGGAATGGTCGGAGGA*TGTTACT
CCACTTTAAATCTCTCAG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3F261JQ 802 0 0
CTGACTTGACGATAGATCTGTCGAAGCATCATGTTCCAACGACGTTTCTTGACAGATTAG
CTTATTGGACTGTCATATCTCTTCGCTGGCCGACCGATCTCTTCTTCCAGAGGCGATACG
GATGCCGAGCTATGATGCTCGAAACTGTAGCAGCAGTGCCCGGAATGGTCGGAGGAATGT
TACTCCACTTTAAATCTCTCAGACGCTTTGAGCAAAGCGGTGGATGGATCAAAGCCCTTC
TCGAGGAAGCGGAGAACGAGAGGATGCATCTCATGACTTTCATGGAAGTCGCTAAACCCA
AATGGTACGAGAGAGCTCTTGTCATCACTGTCCAAGGAGTCTTCTTCAACGCCTATTTCC
TCGGATACCTAATCTCTCCCAAGTTTGCTCACCGTATGGTTGGTTACCTTGAGGAAGAAG
CAATCCATTCGTACACTGAGTTCCTCAAGGAGCTTGACAAAGGTAACATTTACAACGTCC
CTGCTCCGGCTATTGCTATTGATTACTGGAGGCTCCCTGCTGATGCAACCCTTCGTGACG
TTGTCATGGTGGTCCGTGCCGACGAGGCACATCACCGTGATGTTAACCATTTTGCATCTG
ATATTCACTACCAAGGTCGTGAGTTAAAGGAAGCCCCAGCTCCAGTTGGATACCATTGAG
CTTAGCTATATCCCGTTGAATAAGAGTTTGTTTTCTCAAGTTTAAAACTTTGTTCTAAAG
AAAATTGAAAAGAGTATATGGCCTCTTCGTTCATTTGTGTATAAGACCACCTCTACTAGA
GCCATACATTGGAATCGACTTC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL3693Contig1 580 2 3 U
GGGATCAAAGCAATCAACAACCATAAAGAGATATTTAAATTAGAAAAAAAGAAAGAGATC
AGAGATGGCAGGAATCATCAACAAGATCGGAGATGCTCTCCATATCGGAGGAGGCCACAA
GGAAGATGAGCACAAGAAAGAGGAGCACAAGAAAGAGGAACACAAGAAACACGCCGACGA
TCACAAGAGTGGTGAGCACAAAGAAGGTATCGTTGACAAGATCAAAGACAAGATCCACGT
TGGAGAAGGCCACAGCAGCGGAGACCACAAACACAATGGTGAGAAGAAAAAGAAGAGGGA
GAAGAAACACCATGACGATGGTCACCACAGTAGCAGCAGTGACAGCGACAGCGATTAAGG
CAAGGAGGATGTGAGGAGGACTATAAATGCTGCTGTTGTCTGTTCCTATCATCTCACTCC
TGACAGAGAGGGGTGAATGGAAAAAGAAGAGTGCATCTGTCTTCCTTTGTTATCTAATTT
TCTTTTAACTGTCATTTTCACCTCTTATGTTCTATGTTATCTTGTCAGAAAAAATAAACC
TCATGTATCGTAATCTATATTAATAAAATCGAGTTTCCTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3CA29JQ C 1
AF RR3CA29TF U 1
BS 1 1 RR3CA29JQ
BS 2 577 RR3CA29TF
BS 578 580 RR3CA29JQ

RD RR3CA29JQ 580 0 0
GGGATCAAAGCAATCAACAACCATAAAGAGATATTTAAATTAGAAAAAAAGAAAGAGATC
AGAGATGGCAGGAATCATCAACAAGATCGGAGATGCTCTCCATATCGGAGGAGGCCACAA
GGAAGATGAGCACAAGAAAGAGGAGCACAAGAAAGAGGAACACAAGAAACACGCCGACGA
TCACAAGAGTGGTGAGCACAAAGAAGGTATCGTTGACAAGATCAAAGACAAGATCCACGT
TGGAGAAGGCCACAGCAGCGGAGACCACAAACACAATGGTGAGAAGAAAAAGAAGAGGGA
GAAGAAACACCATGACGATGGTCACCACAGTAGCAGCAGTGACAGCGACAGCGATTAAGG
CAAGGAGGATGTGAGGAGGACTATAAATGCTGCTGTTGTCTGTTCCTATCATCTCACTCC
TGACAGAGAGGGGTGAATGGAAAAAGAAGAGTGCATCTGTCTTCCTTTGTTATCTAATTT
TCTTTTAACTGTCATTTTCACCTCTTATGTTCTATGTTATCTTGTCAGAAAAAATAAACC
TCATGTATCGTAATCTATATTAATAAAATCGAGTTTCCTT

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3CA29TF 580 0 0
G
GGATCAAAGCAATCAACAACCATAAAGAGATATTTAAATTAGAAAAAAAGAAAGAGATCA
GAGATGGCAGGAATCATCAACAAGATCGGAGATGCTCTCCATATCGGAGGAGGCCACAAG
GAAGATGAGCACAAGAAAGAGGAGCACAAGAAAGAGGAACACAAGAAACACGCCGACGAT
CACAAGAGTGGTGAGCACAAAGAAGGTATCGTTGACAAGATCAAAGACAAGATCCACGTT
GGAGAAGGCCACAGCAGCGGAGACCACAAACACAATGGTGAGAAGAAAAAGAAGAGGGAG
AAGAAACACCATGACGATGGTCACCACAGTAGCAGCAGTGACAGCGACAGCGATTAAGGC
AAGGAGGATGTGAGGAGGACTATAAATGCTGCTGTTGTCTGTTCCTATCATCTCACTCCT
GACAGAGAGGGGTGAATGGAAAAAGAAGAGTGCATCTGTCTTCCTTTGTTATCTAATTTT
CTTTTAACTGTCATTTTCACCTCTTATGTTCTATGTTATCTTGTCAGAAAAAATAAACCT
CATGTATCGTAATCTATATTAATAAAATCGAGTTTC
CTT

QA 2 577 2 577
DS 



AS 1 3

CO CL3694Contig1 851 3 2 U
GGGTCTTTCACCAGATTCTCCTTCAGCTTATCTCTCGTCTCTCTCGTCTCTCTCGGCACG
ATCAGATCTCATAAACTAAATCGGATCGAATCCACAACATGACTCTTGGCTCTGGAGGAT
CGAGTGTTGTTGTTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTAGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAG
GGATAGGAGATGGAACTGTGAGCTATGGAATGGATGATGGAGATGACATTTACATGCGCT
CTTGGACTGGCACTATCATCGCTCCTCATAACACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGT
TGAAGCTCTTCTGTGACAAAGATTACCCGGAAAAACCTCCCACTGTCCGTTTCCATTCAC
GTATCAACATGGCTTGCGTCAACAATGAAACAGGAGTGGTGGAACCTAAGAAGTTTGGGC
TTCTTGCGAACTGGCAAAGGGACTACACAATGGAGACTATACTGACACAGCTGAAGAAGG
AGATGTCTACATCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGT
AGTGAAAATCTTTGCCCCTTCTAATACTAAAGTATGTATCTGGGGGTACTCCATTGTCGT
CCTCAAGCTTTTTTTTCTAAATTTGTGATAAAAAAAATTCGTCTATGTGGATGGTGATGA
TGATGATGATGTTCGATTGATCATCTGAAGTTTATCCTTGTGTGCAAATTATCCAAAAAA
ACATTGTCTTCCCCGATTCATGTGTTCAATCTTTTGAAGTACTTGGTTTTAGCTATAACA
TTTTGTCTAAATCCTTTTATGAAATCGGCCTGAGATTGTATTGGGTTTTCATGCTCTTTG
TAGTGCTAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CN36TF U 1
AF RR3CL50JQ C 460
AF RR3CL50TF U 460
BS 1 600 RR3CN36TF
BS 601 851 RR3CL50TF

RD RR3CN36TF 603 0 0
GGGTCTTTCACCAGATTCTCCTTCAGCTTATCTCTCGTCTCTCTCGTCTCTCTCGGCACG
ATCAGATCTCATAAACTAAATCGGATCGAATCCACAACATGACTCTTGGCTCTGGAGGAT
CGAGTGTTGTTGTTCCGAGGAATTTCCGGTTGCTAGAGGAGCTTGAACGTGGGGAGAAAG
GGATAGGAGATGGAACTGTGAGCTATGGAATGGATGATGGAGATGACATTTACATGCGCT
CTTGGACTGGCACTATCATCGCTCCTCATAACACTGTTCATGAAGGTAGGATCTATCAGT
TGAAGCTCTTCTGTGACAAAGATTACCCGGAAAAACCTCCCACTGTCCGTTTCCATTCAC
GTATCAACATGGCTTGCGTCAACAATGAAACAGGAGTGGTGGAACCTAAGAAGTTTGGGC
TTCTTGCGAACTGGCAAAGGGACTACACAATGGAGACTATACTGACACAGCTGAAGAAGG
AGATGTCTACATCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCCAGAAGGCACTTGCTTCTAGT
AGTGAAAATCTTTGCCCCTTCTAATACTAAAGTATGTATCTGGGGGTACTCCATTGTCGT
TCT

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3CL50JQ 392 0 0
G
ACTGACACAGCTGAAGAAGGAGATGTCTACATCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCC
AGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGTGAAAATCTTTGCCCCTTCTAATACTAAAGTATGTATC
TGGGGGTACTCCATTGTCGTCCTCAAGCTTTTTTTTCTAAATTTGTGATAAAAAAAATTC
GTCTATGTGGATGGTGATGATGATGATGATGTTCGATTGATCATCTGAAGTTTATCCTTG
TGTGCAAATTATCCAAAAAAACATTGTCTTCCCCGATTCATGTGTTCAATCTTTTGAAGT
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TTGGGTTTTCATGCTCTTTGTAGTGCTAGCC

QA 2 392 2 392
DS 

RD RR3CL50TF 392 0 0
G
ACTGACACAGCTGAAGAAGGAGATGTCTACATCGCATAACCGTAAGCTTGTTCAACCTCC
AGAAGGCACTTGCTTCTAGTAGTGAAAATCTTTGCCCCTTCTAATACTAAAGTATGTATC
TGGGGGTACTCCATTGTCGTCCTCAAGCTTTTTTTTCTAAATTTGTGATAAAAAAAATTC
GTCTATGTGGATGGTGATGATGATGATGATGTTCGATTGATCATCTGAAGTTTATCCTTG
TGTGCAAATTATCCAAAAAAACATTGTCTTCCCCGATTCATGTGTTCAATCTTTTGAAGT
ACTTGGTTTTAGCTATAACATTTTGTCTAAATCCTTTTATGAAATCGGCCTGAGATTGTA
TTGGGTTTTCATGCTCTTTGTAGTGCTAGCC

QA 2 392 2 392
DS 



AS 1 3

CO CL3695Contig1 893 3 9 U
GCTTAATAGCAAAACTTTCACGAAAAGATTTTGATACAAAGAAAAGAAAACAAACCAGAA
ACAAACAACACTCCATATGATTTTAAAAATAAAAATGGTCACAAGAGAGAGAGATTATGT
CCGTAGAACAGTAGGTGAAAACACACAAAGAGAAACAAGCTGATGGACAGTGAGAGAGAG
ATGACAGGGTACCAAAATCAGAACAAAGAGAGAGAGAGAGTGCCTTAGGAAACAAGTAAA
AACCTTTCTTCTCAGGTAAGACAAATGCGAACTTTTTTTCTTCCTTCACAGCAGATCAGC
AACGTTGGAAGGCAGCTCCTCAACAACCACATTATAAAACTTCTGAATATCAAACAACAT
CCTCTCATCATCCTTGGTCACAAAGTTGATCGCCACACCATTCCTCCCAAACCTCCCACT
CCTTCCGATACGGTGCTGGTAGTTCTCAGGCTGAGTCGGCAAATCGTAGTTGATCACCAG
CGACACCTGCTGCACATCGATCCCACGAGCCAACAGATCAGTCGTAATAAGCACACGCGA
GGAGCCAGACCTGAACTCCCTCATAATAATATCCCTCGTGTTCTGGTCCATGTCTCCGTG
AGACGCAGAAACAGTATGGTCGCGCCCCCTCATCTTGTCGGTGAGCCAGTCCACTTTCCT
CCTAGTGTTCACGAAGATGACGCTCTGAGTGATGGCCAGCGTCTCGTAGAGATCACAAAG
CGTCTCGAGCTTCCACTCTTCCTTCTCAACGTTCACGTAGAACTGCTTGATACCTTCCAA
GGTGAGCTCGTCGCGCTTCACAAGTATCCTCACCGGCTTGCTCATGAACTTCCTCGTGAT
CTCGAGAGCTTCGGGAGGCATGGTCGCAGAGAAGACTCCGACCTGGATCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DB61JQ U 1
AF RR3H216JQ U 61
AF RR3H216TF C 230
BS 1 399 RR3DB61JQ
BS 400 400 RR3H216JQ
BS 401 436 RR3DB61JQ
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BS 438 564 RR3DB61JQ
BS 565 565 RR3H216JQ
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BS 592 848 RR3H216JQ
BS 849 893 RR3H216TF

RD RR3DB61JQ 592 0 0
GCTTAATAGCAAAACTTTCACGAAAAGATTTTGATACAAAGAAAAGAAAACAAACCAGAA
ACAAACAACACTCCATATGATTTTAAAAATAAAAATGGTCACAAGAGAGAGAGATTATGT
CCGTAGAACAGTAGGTGAAAACACACAAAGAGAAACAAGCTGATGGACAGTGAGAGAGAG
ATGACAGGGTACCAAAATCAGAACAAAGAGAGAGAGAGAGTGCCTTAGGAAACAAGTAAA
AACCTTTCTTCTCAGGTAAGACAAATGCGAACTTTTTTTCTTCCTTCACAGCAGATCAGC
AACGTTGGAAGGCAGCTCCTCAACAACCACATTATAAAACTTCTGAATATCAAACAACAT
CCTCTCATCATCCTTGGTCACAAAGTTGATCGCCACACCTTTCCTCCCAAACCTCCCACT
CCTTCCGATACGGTGCAGGTAGTTCTCAGGCTGAGTCGGCAAATCGTAGTTGATCACCAG
CGACACCTGCTGCACATCGATCCCACGAGCCAACAGATCAGTCGTAATAAGCACACGCGA
GGAGCCAGACCTGAACTCCCTCATGATAATATCCCTCGTGTTCTGGTCCAT
C

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3H216JQ 788 0 0
ACAAACAACACTCCATATGATTTTAAAAATAAAAATGGTCACAAGAGAGAGAGATTATGT
CCGTAGAACAGTAGGTGAAAACACACAAAGAGAAACAAGCTGATGGACAGTGAGAGAGAG
ATGACAGGGTACCAAAATCAGAACAAAGAGAGAGAGAGAGTGCCTTAGGAAACAAGTAAA
AACCTTTCTTCTCAGGTAAGACAAATGCGAACTTTTTTTCTTCCTTCACAGCAGATCAGC
AACGTTGGAAGGCAGCTCCTCAACAACCACATTATAAAACTTCTGAATATCAAACAACAT
CCTCTCATCATCCTTGGTCACAAAGTTGATCGCCACACCATTCCTCCCAAACCTCCCACT
CCTTCCGATACGGTGCTGGTAGTTCTCAGGCTGAGTCGGCAAATCGTAGTTGATCACCAG
CGACACCTGCTGCACATCGATCCCACGAGCCAACAGATCAGTCGTAATAAGCACACGCGA
GGAGCCAGACCTGAACTCCCTCATAATAATATCCCTCGTGTTCTGGTCCATGTCTCCGTG
AGACGCAGAAACAGTATGGTCGCGCCCCCTCATCTTGTCGGTGAGCCAGTCCACTTTCCT
CCTAGTGTTCACGAAGATGACGCTCTGAGTGATGGCCAGCGTCTCGTAGAGATCACAAAG
CGTCTCGAGCTTCCACTCTTCCTTCTCAACGTTCACGTAGAACTGCTTGATACCTTCCAA
GGTGAGCTCGTCGCGCTTCACAAGTATCCTCACCGGCTTGCTCATGAACTTCCTCGTGAT
CTCGAGAG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3H216TF 664 0 0
AAACAAGTAAAAACCTTTCTTCTCAGGTAAGACAAATGCGAACTTTTTT*CTTCCTTCAC
AGCAGATCAGCAACGTTGGAAGGCAGCTCCTCAACAACCACATTATAAAACTTCTGAATA
TCAAACAACATCCTCTCATCATCCTTGGTCACAAAGTTGATCGCCACACCATTCCTCCCA
AACCTCCCACTCCTTCCGATACGGTGCTGGTAGTTCTCAGGCTGAGTCGGCAAATCGTAG
TTGATCACCAGCGACACCTGCTGCACATCGATCCCACGAGCCAACAGATCAGTCGTAATA
AGCACACGCGAGGAGCCAGACCTGAACTCCCTCATAATAATATCCCTCGTGTTCTGGTCC
ATGTCTCCGTGAGACGCAGAAACAGTATGGTCGCGCCCCCTCATCTTGTCGGTGAGCCAG
TCCACTTTCCTCCTAGTGTTCACGAAGATGACGCTCTGAGTGATGGCCAGCGTCTCGTAG
AGATCACAAAGCGTCTCGAGCTTCCACTCTTCCTTCTCAACGTTCACGTAGAACTGCTTG
ATACCTTCCAAGGTGAGCTCGTCGCGCTTCACAAGTATCCTCACCGGCTTGCTCATGAAC
TTCCTCGTGATCTCGAGAGCTTCGGGAGGCATGGTCGCAGAGAAGACTCCGACCTGGATC
TTGC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 3

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ATAAATTTGAAATAAGAAAATGGCAACTAACAAAATTTCCTTCTTCTTGGTTCTTTGCAT
CTGTGTTTTGTTATCCTCGGGATTTGGAAAAGCAGCACTAAATCCAACGGGAAAAAAATG
TCCGGATCCAAATGGTGTAGACAAAAAAGCCGCATGTTATAGCTACTGCAAAACACAGGG
TTTTATGGGTGGTTCTTGTCAAGGACATAAAGGTAATTACATGTGTAAGTGTTATGAAGG
TAAATGAATATTTGCGAATTTTGTTACTTTCAAATACTCGTTGGTTTGGTTTTATGAGGA
ATAATAAACGCAAATAAATACTTTGGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 

AF RR3AJ57TF U 1
AF RR3BD89JQ C 54
AF RR3BD89TF U 54
BS 1 138 RR3AJ57TF
BS 139 139 RR3BD89TF
BS 140 210 RR3AJ57TF
BS 211 211 RR3BD89TF
BS 212 389 RR3AJ57TF

RD RR3AJ57TF 389 0 0
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CTGTGTTTTGTTATCCTCAGGATTTGGAAAAGCAGCACTAAATCCAACGGGAAAAAAATG
TCCGGATCCAAATGGTGTAGACAAAAAAGCTGCATGTTATAGCTACTGCAAAACACAGGG
TTTTATGGGTGGTTCTTGTCAAGGACATAAAGGTAATTACATGTGTAAGTGTTATGAAGG
TAAATGAATATTTGCGAATTTTGTTACTTTCAAATACTCGTTGGTTTGGTTTTATGAGGA
ATAATAAACGCAAATAAATACTTTGGTTG

QA 1 389 1 389
DS 

RD RR3BD89JQ 335 0 0
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TTTGCATCTGTGTTTTGTTATCCTCGGGATTTGGAAAAGCAGCACTAAATCCAACGGGAA
AAAAATGTCCGGATCCAAATGGTGTAGACAAAAAAGCCGCATGTTATAGCTACTGCAAAA
CACAGGGTTTTATGGGTGGTTCTTGTCAAGGACATAAAGGTAATTACATGTGTAAGTGTT
ATGAAGGTAAATGAATATTTGCGAATTTTGTTACTTTCAAATACTCGTTGGTTTGGTTTT
ATGAGGAATAATAAACGCAAATAAATACTTTGG
CT

QA 1 333 1 333
DS 

RD RR3BD89TF 335 0 0
GAAAAGTATAAATTTGAAATAAGAAAATGGCAACTAACAAAATTTCCTTCTTCTTGGTTC
TTTGCATCTGTGTTTTGTTATCCTCGGGATTTGGAAAAGCAGCACTAAATCCAACGGGAA
AAAAATGTCCGGATCCAAATGGTGTAGACAAAAAAGCCGCATGTTATAGCTACTGCAAAA
CACAGGGTTTTATGGGTGGTTCTTGTCAAGGACATAAAGGTAATTACATGTGTAAGTGTT
ATGAAGGTAAATGAATATTTGCGAATTTTGTTACTTTCAAATACTCGTTGGTTTGGTTTT
ATGAGGAATAATAAACGCAAATAAATACTTTGG
CT

QA 1 333 1 333
DS 



AS 1 2

CO CL3697Contig1 801 2 2 U
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ACTCTGTTGTTCCATCGGAGATTGATAATAATTGGCCATGGACAGATCACAATTGCTCTT
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TCCGAAACCTCCGAGCCACCGTCCCAATCATCCACCGCACATCCCTCACCAGCAGCGTCC
GCCTGTTGTCGTTCCTGATTTTCCTTCACAGAAGCAGGCAAGTGGCTTAGGAGGAGCAGT
TGGATATGGAAACACTGTGGAGATCAACTTCTGCGTCTCCTGTTCTTTCAAGGGAACTGC
AGTGACTATGAAGAAGATGTTAGAGACGGCTTTTCCCGGTTTAGATGTGGTTCTCGCGAA
CTACCCACCACCACCACCAAAGCGTCTTCTAGCTAAGGTTGTGCCTGTTGCACAGATGGG
AGTCATTGGGATGATAGTTGCGGGTGATCGTGTCTTTCCCATGATTGGAATTGCGCATCC
ACCCGCATGGTTCAACTCCTTGAGGGCCAATAGGTTTGGATCCATGGCTTCCACTTGGCT
TATCGGTAACTTTCTGCAGTCTTACCTTCAAAGCTCAGGCGCCTTTGAAGTTCTCTGCAA
CGGGGAACTGGTGTTCTCTAAGTTGAAAGAGGGTAGATTCCCGGGAGAGATCGAGCTGAG
AGATCTCATCAGTAAACTTTGACAAACCTAGCATGGTTGCAGTAGCTTACTGAAGTAGTT
TCATCAGAGAAGATGGGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP10TF U 1
AF RR3GM05TF U 44
BS 1 635 RR3EP10TF
BS 636 801 RR3GM05TF

RD RR3EP10TF 635 0 0
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ACTCTGTTGTTCCATCGGAGATTGATAATAATTGGCCATGGACAGATCACAATTGCTCTT
GATAGGTTTACCGATTTTCTTGTTCTGTTCCGATCTCTTCAACCTTTTCACTCCTCCGCC
TCCGAAACCTCCGAGCCACCGTCCCAATCATCCACCGCACATCCCTCACCAGCAGCGTCC
GCCTGTTGTCGTTCCTGATTTTCCTTCACAGAAGCAGGCAAGTGGCTTAGGAGGAGCAGT
TGGATATGGAAACACTGTGGAGATCAACTTCTGCGTCTCCTGTTCTTTCAAGGGAACTGC
AGTGACTATGAAGAAGATGTTAGAGACGGCTTTTCCCGGTTTAGATGTGGTTCTCGCGAA
CTACCCACCACCACCACCAAAGCGTCTTCTAGCTAAGGTTGTGCCTGTTGCACAGATGGG
AGTCATTGGGATGATAGTTGCGGGTGATCGTGTCTTTCCCATGATTGGAATTGCGCATCC
ACCCGCATGGTTCAACTCCTTGAGGGCCAATAGGTTTGGATCCATGGCTTCCACTTGGCT
TATCGGTAACTTTCTGCAGTCTTACCTTCAAAGCT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3GM05TF 758 0 0
GGATTGTAGACTTACCGACTCTGTTGTTCCATCGGAGATTGATAATAATTGGCCATGGAC
AGATCACAATTGCTCTTGATAGGTTTACCGATTTTCTTGTTCTGTTCCGATCTCTTCAAC
CTTTTCACTCCTCCGCCTCCGAAACCTCCGAGCCACCGTCCCAATCATCCACCGCACATC
CCTCACCAGCAGCGTCCGCCTGTTGTCGTTCCTGATTTTCCTTCACAG******GCAAGT
GGCTTAGGAGGAGCAGTTGGATATGGAAACACTGTGGAGATCAACTTCTGCGTCTCCTGT
TCTTTCAAGGGAACTGCAGTGACTATGAAGAAGATGTTAGAGACGGCTTTTCCCGGTTTA
GATGTGGTTCTCGCGAACTACCCACCACCACCACCAAAGCGTCTTCTAGCTAAGGTTGTG
CCTGTTGCTCAGATGGGAGTCATTGGGATGATAGTTGCGGGTGATCGTGTCTTTCCCATG
ATTGGAATTGCGCATCCACCCGCATGGTTCAACTCCTTGAGGGCCAATAGGTTTGGATCC
ATGGCTTCCACTTGGCTTATCGGTAACTTTCTGCAGTCTTACCTTCAAAGCTCAGGCGCC
TTTGAAGTTCTCTGCAACGGGGAACTGGTGTTCTCTAAGTTGAAAGAGGGTAGATTCCCG
GGAGAGATCGAGCTGAGAGATCTCATCAGTAAACTTTGACAAACCTAGCATGGTTGCAGT
AGCTTACTGAAGTAGTTTCATCAGAGAAGATGGGTGTT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 3

CO CL3698Contig1 644 3 27 U
AAAGAGAAGATGATTAATAAGATAATATTATCATATCTTAAACATAACTAAGACACAGTA
AGAAACAAAAGATTACAAAGTAACATGGCAAACTTTTCATCGACGAAATAAAAACCAGAC
AAACTAGGACACGCTGAGGTCAACGTAGATAGACCCTCTTTTATTTATGCTAGACAATAC
TGTTCATCTTCACGATGATATATGAGTTCCCACTTCACTTGACGGTGTCGCAGTTAGTGT
TCATGGAGATGGGATAGGGAATGCTAACACGGCACTTTCCAGGAAGGCTAGAGGCTAGAC
TTGGATTGATGCCCTTTGCAGCGGCCTTTAGGCATTTACATGCTTGTTGGAGGTCCGGTG
TGGTTTTAGCCATACTGTTCAATTTTGAAACTCCGGCGCAGCATGGAGCTGGCACCGCCC
CGCCGTTCACTAGGTAGCCGGCACATGGAGCCAAGCTACTCCCCACTGTGCCACATGAGA
TTGCTGCATCAACTGATGCAACTATGCACACCGTCAAAACAAGGCATGTGAAGAACTTCA
GAGCCGAAGCCATTGTCTTTTGCTTTTTTTTTTGTGAGAAGAAGATAAGAAGGAGACTTT
AGTTGCTTTGTGTTTCTAAGCTTGTGTTTTGCTGTTGGATGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3F935JQ U 16
AF RR3CU38JQB U 1
AF RR3F935TF C 16
BS 1 21 RR3CU38JQB
BS 22 22 RR3F935JQ
BS 23 57 RR3CU38JQB
BS 58 58 RR3F935JQ
BS 59 64 RR3CU38JQB
BS 65 65 RR3F935JQ
BS 66 99 RR3CU38JQB
BS 100 100 RR3F935JQ
BS 101 104 RR3CU38JQB
BS 105 105 RR3F935JQ
BS 106 175 RR3CU38JQB
BS 176 176 RR3F935JQ
BS 177 196 RR3CU38JQB
BS 197 197 RR3F935JQ
BS 198 204 RR3CU38JQB
BS 205 205 RR3F935JQ
BS 206 350 RR3CU38JQB
BS 351 351 RR3F935JQ
BS 352 394 RR3CU38JQB
BS 395 395 RR3F935JQ
BS 396 475 RR3CU38JQB
BS 476 476 RR3F935JQ
BS 477 566 RR3CU38JQB
BS 567 567 RR3F935JQ
BS 568 599 RR3CU38JQB
BS 600 600 RR3F935TF
BS 601 644 RR3CU38JQB

RD RR3F935JQ 565 0 0
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GAGGTCAACGTAGATAGACCCTCTTTTATTTATGCTAGACAATACTGTTCATCTTCACGA
TGATATATGAGTTCCCACTTCACTTGACGGTGTCGCAGTTAGTGTTCATGGAGATGGGAT
AGGGAATGCTAACACGGCACTTTCCAGGAAGGCTAGAGGCTAGACTTGGATTGATGCCCT
TTGCAGCGGCCTTTAGGCATTTACATGCTTGTTGGAGGTCCGGTGTGGTTTTAGCCATAC
TGTTCAATTTTGAAACTCCGGCGCAGCATGGAGCTGGCACCGCCCCGCCGTTCACTAGGT
AGCCGGCACATGGAGCCAAGCTACTCCCCACTGTGCCACATGAGATTGCTGCATCAACTG
ATGCAACTATGCACACCGTCAAAACAAGGCATGTGAAGAACTTCAGAGCCGAAGCCATTG
TCTTTTGCTTTTTTTTTTGTGAGAA

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3CU38JQB 644 0 0
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AGAAGCAAAAGATTACAAAGTAACATGGCAAACTTTTCAACGACCAAATAAAAACCAGAC
AAACTAGGACACGCTGAGGTCAACGTAGATAGACCCTCTTTTATTTATGCTAGACCATAC
TGTTCATCTTCACGATTATATATGCGTTCCCACTTCACTTGACGGTGTCGCAGTTAGTGT
TCATGGAGATGGGATAGGGAATGCTAACACGGCACTTTCCAGGAAGGCTAGAGGCTAGAC
TTGGATTGATGCCCTTTGCAGCGGCCTTTAGGCATTTACATGCTTGTTGGCGGTCCGGTG
TGGTTTTAGCCATACTGTTCAATTTTGAAACTCCTGCGCAGCATGGAGCTGGCACCGCCC
CGCCGTTCACTAGGTAGCCGGCACATGGAGCCAAGCTACTCCCCACTGTGCCACAGGAGA
TTGCTGCATCAACTGATGCAACTATGCACACCGTCAAAACAAGGCATGTGAAGAACTTCA
GAGCCGAAGCCATTGTCTTTTGCTTTCTTTTTTGTGAGAAGAAGATAAGAAGGAGACTT*
AGTTGCTTTGTGTTTCTAAGCTTGTGTTTTGCTGTTGGATGTCC

QA 1 644 1 644
DS 

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CAAAGTAACATGGCAAACTTTTCATCGACGAAATAAAAACCAGACAAACTAGGACACGCT
GAGGTCAACGTAGATAGACCCTCTTTTATTTATGCTAGACAATACTGTTCATCTTCACGA
TGATATATGAGTTCCCACTTCACTTGACGGTGTCGCAGTTAGTGTTCATGGAGATGGGAT
AGGGAATGCTAACACGGCACTTTCCAGGAAGGCTAGAGGCTAGACTTGGATTGATGCCCT
TTGCAGCGGCCTTTAGGCATTTACATGCTTGTTGGAGGTCCGGTGTGGTTTTAGCCATAC
TGTTCAATTTTGAAACTCCGGCGCAGCATGGAGCTGGCACCGCCCCGCCGTTCACTAGGT
AGCCGGCACATGGAGCCAAGCTACTCCCCACTGTGCCACATGAGATTGCTGCATCAACTG
ATGCAACTATGCACACCGTCAAAACAAGGCATGTGAAGAACTTCAGAGCCGAAGCCATTG
TCTTTTGCTTTTTTTTTTGTGAGAAGAAGATAAGAAGGAGACTTTAGTTGCTTTGTGTTT
CTAAGCTTGTGTTTTGCTGTTGGAT
CC

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 3

CO CL3699Contig1 684 3 7 U
GGGCTTACCTACCTTTCTCTCTCTCAAACACTGTTTGGTCTTTCTTCTGCTTTTGTGTAA
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GTGTGTCAATGTCTTCTAAATCTATTCCTTTCGCTTCACTCACTATCTCGGCCGCTGCTT
CTGGTAAGAAGGAAGTAGTGGCTACAGAGAAAGCACCAGCTGCTTTGGGACCATACTCTC
AGGCTATCAAAGCCAATAATCTTGTTTTCCTCTCTGGTGTTCTTGGCCTTATACCTGAGA
CTGGAAAGTTTGCTTCAGACAGCGTTGAGGATCAGACAGAGCAGGTGCTCAAGAACATGG
GGGAGATACTGAAAGCCAGTGGTACTGATCACTCTTCCGTAGTGAAGACAACAATCATGC
TTGCTGACTTGGGTGACTTCAAGAAAGTGAACGAGATATACGCCAAATACTTCCCTGCTC
CTTCTCCAGCACGATCTACATATCAAGTTGCGGCTTTGCCTCTGAACGCGAAGATCGAGA
TCGAATGTATTGCAACGCTCTAGAAACACGCTATGAAGAGGTGGGGGAAAGATGTCAAAA
CAAATAAGACAATAAACCATGTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK18TF U 1
AF RR3GJ36TF U 1
AF RR3CT25TF U 81
BS 1 256 RR3DK18TF
BS 257 257 RR3GJ36TF
BS 258 291 RR3DK18TF
BS 292 449 RR3GJ36TF
BS 450 450 RR3CT25TF
BS 451 673 RR3GJ36TF
BS 674 684 RR3CT25TF

RD RR3DK18TF 291 0 0
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TCCACTTCTCCGTCGCACCACTTGGCTTCTTCTCTCGTTGCCCTTTGGTTGCCAACGCTG
GTGTGTCAATGTCTTCTAAATCTATTCCTTTCGCTTCACTCACTATCTCGGCCGCTGCTT
CTGGTAAGAAGGAAGTGGTGGCTACAGAGAAAGCACCAGCTGCTTTGGGAC

QA 1 291 1 291
DS 

RD RR3GJ36TF 673 0 0
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TCCACTTCTCCGTCGCACCACTTGGCTTCTTCTCTCGTTGCCCTTTGGTTGCCAACGCTG
GTGTGTCAATGTCTTCTAAATCTATTCCTTTCGCTTCACTCACTATCTCGGCCGCTGCTT
CTGGTAAGAAGGAAGTAGTGGCTACAGAGAAAGCACCAGCTGCTTTGGGACCATACTCTC
AGGCTATCAAAGCCAATAATCTTGTTTTCCTCTCTGGTGTTCTTGGCCTTATACCTGAGA
CTGGAAAGTTTGCTTCAGACAGCGTTGAGGATCAGACAGAGCAGGTGCTCAAGAACATGG
GGGAGATACTGAAAGCCAGTGGTACTGATTACTCTTCCGTAGTGAAGACAACAATCATGC
TTGCTGACTTGGGTGACTTCAAGAAAGTGAACGAGATATACGCCAAATACTTCCCTGCTC
CTTCTCCAGCACGATCTACATATCAAGTTGCGGCTTTGCCTCTGAACGCGAAGATCGAGA
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CAAATAAGACAAT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3CT25TF 604 0 0
GG
GACTTCGTCACTCTTCAAGTCCATAACCTCTCCAAAGCTCCACTTCTCCGTCGCACCACT
TGGCTTCTTCTCTCGTTGCCCTTTGGTTGCCAACGCCGGTGTGTCAATGTCTTCTAAATC
TATTCCTTTCGCTTCACTCACTATCTCGGCCGCTGCTTCTGGTAAGAAGGAAGTAGTGGC
TACAGAGAAAGCACCAGCTGCTTTGGGACCATACTCTCAGGCTATCAAAGCCAATAATCT
TGTTTTCCTCTCTGGTGTTCTTGGCCTTATACCTGAGACTGGAAAGTTTGCTTCAGACAG
CGTTGAGGATCAGACAGAGCAGGTGCTCAAGAACATGGGGGAGATACTGAAAGCCAGTGG
TACTGATCACTCTTCCGTAGTGAAGACAACAATCATGCTTGCTGACTTGGGTGACTTCAA
GAAAGTGAACGAGATATACGCCAAATACTTCCCTGCTCCTTCTCCAGCACGATCTACATA
TCAAGTTGCGGCTTTGCCTCTGAACGCGAAGATCGAGATCGAATGTATTGCAACGCTCTA
GAAACACGCTATGAAGAGGTGGGG*AAAGATGTCAAAACAAATAAGACAATAAACCATGT
TT

QA 3 604 3 604
DS 



AS 1 3

CO CL3700Contig1 835 3 4 U
GGGTTATAAGATCCGTTTCTCATCCGGAGAAAAGCTAAATCGAAATCGAAATCGAAATCG
AGGGAGAAAGGAATCGGATAAAAACAGATCTGTAGACGAAGAAGATGGAGTGTGTGTTCG
GTTTAGTAGGGAACGGATTCGCGATCGTGGCGTCAGGTACATCGGCGGTTCACAGCATCC
TCCTCCACAAAAACAATGAGGACAAGATCATGCTTCTTGACTCTCACAAGCTCGTCGCTG
CCAGCGGCGAGCCTGGCGACCGGGTTCAGTTTACGGAGTACGTTCAGAAGAACGTGTCCT
TGTACAAGTTCCGCAACGGTATCCCTTTGACTACTGCTGCCGCCGCCAACTTCACTCGCG
GCGAGCTCGCCACTGCTTTGAGAAAGAATCCGTACTCCGTGAATATCTTGATGGCTGGCT
ACGACAATGAGAGTGGCGCATCCCTTTACTACATCGACTACATTGCAACCCTTCACAAAG
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ACCACAGCGACATGTCTGTTGAGGAAGCCATCGAACTGGTCGACAAATGCATACTTGAGA
TCCGATCAAGACTCGTCGTTGCGCCTCCTAACTTTGTGATCAAGATTGTTGACAAAGACG
GAGCTCGTGATTACGCTTGGCGCCAGTCCGTACAGGACGTCACAACTGCTGCTGTCTGAG
TTAGTTTGCTTTATGCTGTTACATTTGCTTTTATTTGGGAGACTATGTTTCTGACTTCTT
TATTTAGTTCGAGAATCAAAACATTGAGCATCAAGCAAATGATATATTTCTTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 0 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FI94TF U 1
AF RR3FI94JQ C 86
AF RR3FE55TF U 304
BS 1 657 RR3FI94TF
BS 658 703 RR3FE55TF
BS 704 704 RR3FI94JQ
BS 705 835 RR3FE55TF

RD RR3FI94TF 657 0 0
GGGTTATAAGATCCGTTTCTCATCCGGAGAAAAGCTAAATCGAAATCGAAATCGAAATCG
AGGGAGAAAGGAATCGGATAAAAACAGATCTGTAGACGAAGAAGATGGAGTGTGTGTTCG
GTTTAGTAGGGAACGGATTCGCGATCGTGGCGTCAGGTACATCGGCGGTTCACAGCATCC
TCCTCCACAAAAACAATGAGGACAAGATCATGCTTCTTGACTCTCACAAGCTCGTCGCTG
CCAGCGGCGAGCCTGGCGACCGGGTTCAGTTTACGGAGTACGTTCAGAAGAACGTGTCCT
TGTACAAGTTCCGCAACGGTATCCCTTTGACTACTGCTGCCGCCGCCAACTTCACTCGCG
GCGAGCTCGCCACTGCTTTGAGAAAGAATCCGTACTCCGTGAATATCTTGATGGCTGGCT
ACGACAATGAGAGTGGCGCATCCCTTTACTACATCGACTACATTGCAACCCTTCACAAAG
TTGACAAGGGAGCTTTCGGCTACGGCTCTTACTTCTCCCTCTCCACCATGGACAGGCATT
ACCACAGCGACATGTCTGTTGAGGAAGCCATCGAACTGGTCGACAAATGCATACTTGAGA
TCCGATCAAGACTCGTCGTTGCGCCTCCTAACTTTGTGATCAAGATTGTTGACAAAG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3FI94JQ 691 0 0
AGATCTGTAGACGAAGAAGATGGAGTGTGTGTTCGGTTTAGTAGGGAACGGATTCGCGAT
CGTGGCGTCAGGTACATCGGCGGTTCACAGCATCCTCCTCCACAAAAACAATGAGGACAA
GATCATGCTTCTTGACTCTCACAAGCTCGTCGCTGCCAGCGGCGAGCCTGGCGACCGGGT
TCAGTTTACGGAGTACGTTCAGAAGAACGTGTCCTTGTACAAGTTCCGCAACGGTATCCC
TTTGACTACTGCTGCCGCCGCCAACTTCACTCGCGGCGAGCTCGCCACTGCTTTGAGAAA
GAATCCGTACTCCGTGAATATCTTGATGGCTGGCTACGACAATGAGAGTGGCGCATCCCT
TTACTACATCGACTACATTGCAACCCTTCACAAAGTTGACAAGGGAGCTTTCGGCTACGG
CTCTTACTTCTCCCTCTCCACCATGGACAGGCATTACCACAGCGACATGTCTGTTGAGGA
AGCCATCGAACTGGTCGACAAATGCATACTTGAGATCCGATCAAGACTCGTCGTTGCGCC
TCCTAACTTTGTGATCAAGATTGTTGACAAAGACGGAGCTCGTGATTACGCTTGGCGCCA
GTCCGTACAGGACGTCACAACTGCTGCTGTCTGAGTTTGTT****TTATGCTGTTACATT
TGCTTTTATTTGGGAGACTATGTTTCTGAC
C

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3FE55TF 532 0 0
G
CAAGTTCCGCAACGGTATCCCTTTGACTACCGCTGCCGCCGCCAACTTCACTCGCGGCGA
GCTCGCCACTGCTTTGAGAAAGAATCCGTACTCCGTGAATATCTTGATGGCTGGCTACGA
CAATGAGAGTGGCGCATCCCTTTACTACATCGACTACATTGCAACCCTTCACAAAGTTGA
CAAGGGAGCTTTCGGCTACGGCTCTTACTTCTCCCTATCCACCATGGACAGGCATTACCG
CAGCGACATGTCTGTTGAAGAAGCCATCGAACTGGTCGACAAATGCATACTTGAGATCCG
ATCAAGACTGGTCGTTGCGCCTCCTAACTTTGTGATCAAGATTGTTGACAAAGACGGAGC
TCGTGATTACGCTTGGCGCCAGTCCGTACAGGACGTCACTACTGCTGCTGTCTGAGTTAG
TTTGCTTTATGCTGTTACATTTGCTTTTATTTGGGAGACTATGTTTCTGACTTCTTTATT
TAGTTCGAGAATCAAAACATTGAGCATCAAGCAAATGATATATTTCTTCAG

QA 2 532 2 532
DS 



AS 1 3

CO CL3701Contig1 1235 3 10 U
GGATCAACATCTTTACAATATCTTCGTCATTTCATCACCTTTTCTGTCTTTAATTTGCGC
ATCAACTTCCCAGCACGATGACTGTTCTTGTTGAACATTGCGTCTCTGATTCAAGAATCG
AGGAAAAGAAAACGAAAGAGGAGAGGGGTGATGAACTGGTGTTGGATGGAGGTTTTATGG
TTCTAAAATCTAAAGAAACTGATGAATTCGATGCTCCTGATATCAATTTCCTGGGCCACT
CTTTTAGGGACTATGAGAATGGTGCAAGCGAGAGACAGCAGGGTGTTGAGGAATTCTACA
GGATGCAACATATTCATCAGACTTATGATTTTGTGAAAGGTATGAGAAAAGAGTATGGAA
AACTTGACAAAATGGAAATGAGTATATGGGAATGCTGTGAGCTATTGAACAATGTGGTCG
ATGAGAGTGATCCTGATCTCGATGAGCCTCAAATTCAACACCTTCTCCAAACTGCTGAAG
CCATTCGCAAGGATTATCCTAAAGAAGACTGGCTCCATCTCACTGCTCTCATCCACGATC
TTGGAAAGGTTCTCCTTTTGCCAGAATTCGGTGGTCTTCCTCAATGGGCTGTCGTTGGCG
ATACATTTCCAGTTGGATGCACCTTCGACCCGGCCAATATTCACCACAAGTATTTCAAAG
AAAATCCTGATAATAACATCCCAAAGTACAACACCAAAAATGGAGTTTATAGTGAAGGAT
GTGGACTGGACAATGTCCTTATGTCATGGGGTCATGACGACTACATGTATTTGGTGGCTA
AAGAGAATGGCACAATTCTTCCTCACGCTGGTCTCTTCATTATTCGATACCATTCCTTTT
ATCCATTGCACAAGGCGGGGACCTACACACACTTGATGAACGATGAAGACAGAGAGGATC
TCAAGTGGCTCCATGTTTTCAATAAATATGACCTATACAGTAAGAGCAAAGTTCACGTTG
ATGTAGAACAAGTGAAGCCTTACTACATTTCCCTTATCAACAAGTATTTTCCGGGGAAAC
TAAAATGGTGAAAGATTAAAGTTGGGAGAACACTAATTACATATTTTACTTGGAGGACAA
GACAGAAGGTTGATGAGTTTTTACTGCATGAACGAGAGTTTAAATTATTTAATACAAAAG
TTATAATTTTCTTTTTTTCTTTCTTTTCGCAGTCACTTTAAGAATAATGTTATATCTTAT
CAAAATAAAATAAAATAAAATAAAATAAATTGACC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ78TF U 2
AF RR3AB15TF U 1
AF RR3AB15JQ C 548
BS 1 21 RR3AB15TF
BS 22 22 RR3EQ78TF
BS 23 70 RR3AB15TF
BS 71 71 RR3EQ78TF
BS 72 311 RR3AB15TF
BS 312 312 RR3EQ78TF
BS 313 434 RR3AB15TF
BS 435 435 RR3EQ78TF
BS 436 814 RR3AB15TF
BS 815 1235 RR3AB15JQ

RD RR3EQ78TF 767 0 0
GATCAACATCTTTACAATATCTTCGTCATTTCATCACCTTTTCTGTCTTTAATTTGCGCA
TCAACTTCCCAGCACGATGACTGTTCTTGTTGAACATTGCGTCTCTGATTCAAGAATCGA
GGAAAAGAAAACGAAAGAGGAGAGGGGTGATGAACTGGTGTTGGATGGAGGTTTTATGGT
TCTAAAATCTAAAGAAACTGATGAATTCGATGCTCCTGATATCAATTTCCTGGGCCACTC
TTTTAGGGACTATGAGAATGGTGCAAGCGAGAGACAGCAGGGTGTTGAGGAATTCTACAG
GATGCAACATATTCATCAGACTTATGATTTTGTGAAAGGTATGAGAAAAGAGTATGGAAA
ACTTGACAAAATGGAAATGAGTATATGGGAATGCTGTGAGCTATTGAACAATGTGGTCGA
TGAGAGTGATCCTGATCTCGATGAGCCTCAAATTCAACACCTTCTCCAAACTGCTGAAGC
CATTCGCAAGGATTATCCTAAAGAAGACTGGCTCCATCTCACTGCTCTCATCCACGATCT
TGGAAAGGTTCTCCTTTTGCCAGAATTCGGTGGTCTTCCTCAATGGGCTGTCGTTGGCGA
TACATTTCCAGTCGGATGCACCTTCGACCCGGCCAATATTCACCACAAGTATTTCAAAGA
AAATCCTGATAT**ACATCCCAAAGTACA*CAC**AAAATGGAGTTTATAGTGA**GATG
TGGACTGGACA*TGTCCTTATGTCATGGG*TCATGACGACTACATGT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3AB15TF 814 0 0
GGATCAACATCTTTACAATAT*TTCGTCATTTCATCACCTTTTCTGTCTTTAATTTGCGC
ATCAACTTCCTAGCACGATGACTGTTCTTGTTGAACATTGCGTCTCTGATTCAAGAATCG
AGGAAAAGAAAACGAAAGAGGAGAGGGGTGATGAACTGGTGTTGGATGGAGGTTTTATGG
TTCTAAAATCTAAAGAAACTGATGAATTCGATGCTCCTGATATCAATTTCCTGGGCCACT
CTTTTAGGGACTATGAGAATGGTGCAAGCGAGAGACAGCAGGGTGTTGAGGAATTCTACA
GGATGCAACAT*TTCATCAGACTTATGATTTTGTGAAAGGTATGAGAAAAGAGTATGGAA
AACTTGACAAAATGGAAATGAGTATATGGGAATGCTGTGAGCTATTGAACAATGTGGTCG
ATGAGAGTGATCCTTATCTCGATGAGCCTCAAATTCAACACCTTCTCCAAACTGCTGAAG
CCATTCGCAAGGATTATCCTAAAGAAGACTGGCTCCATCTCACTGCTCTCATCCACGATC
TTGGAAAGGTTCTCCTTTTGCCAGAATTCGGTGGTCTTCCTCAATGGGCTGTCGTTGGCG
ATACATTTCCAGTTGGATGCACCTTCGACCCGGCCAATATTCACCACAAGTATTTCAAAG
AAAATCCTGATAATAACATCCCAAAGTACAACACCAAAAATGGAGTTTATAGTGAAGGAT
GTGGACTGGACAATGTCCTTATGTCATGGGGTCATGACGACTACATGTATTTGGTGGCTA
AAGAGAATGGCACAATTCTTCCTCACGCTGGTCT

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR3AB15JQ 688 0 0
GGTTCTCCTTTTGCCAGAATTCGGTGGTCTTCCTCAATGGGCTGTCGTTGGCGATACATT
TCCAGTTGGATGCACCTTCGACCCGGCCAATATTCACCACAAGTATTTCAAAGAAAATCC
TGATAATAACATCCCAAAGTACAACACCAAAAATGGAGTTTATAGTGAAGGATGTGGACT
GGACAATGTCCTTATGTCATGGGGTCATGACGACTACATGTATTTGGTGGCTAAGGAGAA
TGGCACAATTTTTCCTCACGCTGGTCTCTTCATTATTCGATACCATTCCTTTTATCCATT
GCACAAGGCGGGGACCTACACACACTTGATGAACGATGAAGACAGAGAGGATCTCAAGTG
GCTCCATGTTTTCAATAAATATGACCTATACAGTAAGAGCAAAGTTCACGTTGATGTAGA
ACAAGTGAAGCCTTACTACATTTCCCTTATCAACAAGTATTTTCCGGGGAAACTAAAATG
GTGAAAGATTAAAGTTGGGAGAACACTAATTACATATTTTACTTGGAGGACAAGACAGAA
GGTTGATGAGTTTTTACTGCATGAACGAGAGTTTAAATTATTTAATACAAAAGTTATAAT
TTTCTTTTTTTCTTTCTTTTCGCAGTCACTTTAAGAATAATGTTATATCTTATCAAAATA
AAATAAAATAAAATAAAATAAATTGACC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL3702Contig1 744 2 6 U
GCCATTATCGTTGAACCGTGGATCTTGAATTGAATAGAGCAGTTTCACCATATTGGTGTT
TTGGATACAAAGTGGCGACGGGATCGTGATCAAAAGAGAATTTGATATAAAATACAATGA
ACCAAACGCACAGCAAATTTACTAAAACAGACTCAGGATAGGACAAGACCATAAAGACCT
CTCACTAATATCGAGCTTTCTCTCTCTATATATTCATTGTCTACTTACCTCTCTAGTTAG
GTACCAGTCTTCTTCTTCCACATTCTACAGCCTCAGGCCTTGCAGGTTTGTCGTAAACTT
TGTTAGAGCTCTACAAAAGTACTCTCTTATCTCTGGTATTGTTCTCTGCACCAGCTGGTT
CTGCCCATGCATTGAGCTCAGTTTATCGAAATGCTCCAGGATGAACAGGATACAAGCTTG
TCTCAATGACATCGCGTGAAATGCTTCCGAGAGATCGTACATGCCTCCTATGTTTTCCAA
TGTTATATCCTGAGCAATTGTGTATTCACAGAGCCGCTTTAGCCCCTCCAAGAGATACTG
ATCCGCTGCTCTTAGAAGATCTTGCAATATCTCAATTGTTATGTCGACGGATCCAGTGTA
TATAAACCTCATCATTAACTCAAAAACCTCCCACTTGATATTAGGAATCTCAATATCTCT
AGCGTCCTTTTCTCTGCAACCACCATCAAACATTGCGCGAAATGCATCTGAAGATGCCAG
GAGACAAATTCTGTGTGCGTAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E508JQ U 1
AF RR3E387TF C 33
BS 1 182 RR3E508JQ
BS 183 183 RR3E387TF
BS 184 215 RR3E508JQ
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BS 217 620 RR3E508JQ
BS 621 744 RR3E387TF

RD RR3E508JQ 620 0 0
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TTGGATACAAAGTGGCGACGGGATCGTGATCAAAAGAGAATTTGATATAAAATACAATGA
ACCAAACGCACAGCAAATTTACTAAAACAGACTCAGGATAGGACAAGACCATAAAGACCT
CTTACTAATATCGAGCTTTCTCTCTCTATATATTCCTTGTCTACTTACCTCTCTAGTTAG
GTACCAGTCTTCTTCTTCCACATTCTACAGCCTCAGGCCTTGCAGGTTTGTCGTAAACTT
TGTTAGAGCTCTACAAAAGTACTCTCTTATCTCTGGTATTGTTCTCTGCACCAGCTGGTT
CTGCCCATGCATTGAGCTCAGTTTATCGAAATGCTCCAGGATGAACAGGATACAAGCTTG
TCTCAATGACATCGCGTGAAATGCTTCCGAGAGATCGTACATGCCTCCTATGTTTTCCAA
TGTTATATCCTGAGCAATTGTGTATTCACAGAGCCGCTTTAGCCCCTCCAAGAGATACTG
ATCCGCTGCTCTTAGAAGATCTTGCAATATCTCAATTGTTATGTCGACGGATCCAGTGTA
TATAAACCTCATCATTAACT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3E387TF 712 0 0
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AAAGAGAATTTGATATAAAATACAATGAACCAAACGCACAGCAAATTTACTAAAACAGAC
TCAGGATAGGACAAGACCATAAAGACCTCTCACTAATATCGAGCTTTCTCTCTCTATATA
TTCATTGTCTACTTACCTCTCTAGTTAGGTACCAGTCTTCTTCTTCCACATTCTACAGCC
TCAGGCCTTGCAGGTTTGTCGTAGACTTTGTTAGAGCTCTACAAAAGTACTCTCTTATCT
CTGGTATTGTTCTCTGCACCAGCTGGTTCTGCCCATGCATTGAGCTCAGTTTATCGAAAT
GCTCCAGGATGAACAGGATACAAGCTTGTCTCAATGACATCGCGTGAAATGCTTCCGAGA
GATCGTACATGCCTCCTATGTTTTCCAATGTTATATCCTGAGCAATTGTGTATTCACAGA
GCCGCTTTAGCCCCTCCAAGAGATACTGATCCGCTGCTCTTAGAAGATCTTGCGATATCT
CAATTGTTATGTCGACGGATCCAGTGTATATAAACCTCATCATTAACTCAAAAACCTCCC
ACTTGATATTAGGAATCTCAATATCTCTAGCGTCCTTTTCTCTGCAACCACCATCAAACA
TTGCGCGAAATGCATCTGAAGATGCCAGGAGACAAATTCTGTGTGCGTAGAC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL3703Contig1 775 2 2 U
GGGATGTGTATGGCAATCTATTCGGTCTACTAGCGGCGCACCCGGTGGCTCCATTTGTAA
CACTTCACCATCTCGATGTGGTCGAACCGATATTTCCAAACATGACTCGTGTAGATGCCT
TGAAGCGTCTACAAGGGCCGGCAATGCTAGACTCTGCCGGACTTATGCAACAGTCGATAT
GCTACGACAAACGTCGGAAGTGGACCGTTTCAGTCTCTTGGGGATACGCGGTTCAGATCT
TCCGAGGAGTCTTTTCCGCTAGAGAGATGGAAATGCCTTCAAGACCTTCTTAAATTGGTA
TCGGCGGGCGGATTACACGGCGTACGCTTTTAATACACGACCGGTGAGTCGTCATCCATG
CCAGAAACCGTTTGTGTTCTACATGACAACGACGGGAGTTCATCCGATAACAAATATGAC
GGTGAGCCGTTACGAAAGCTACCCTGTCGCTCAGCCGGAGTGTCGGTGGAAGATGGCTGA
TCCTGGCGATCTTAGGATGGTCACTGTATACAAGAAACCGGACCCTCACCTTTGGGACAG
ATCTCCGAGAAGAAATTGTTGCAGGGTGAAATCAAAGAAGAATAATACTTTAGAGATCAG
TGTTGCAGTTTGCAAGGAAGGTGAAGTGGTTGAAGTTATGTGATAACGTTTCGTGTTTAA
GAACTTCAAATTTTGCTCTTATTCAGTTATACATATAGTTGATTACCTAATTAAACATGT
TGGAGCATTTTGAAAAGTTAGTTAAATAAGAGTATCTCCAAACCATTGAGCATTT


BQ
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AF RR3EB76TF U 1
AF RR3EB76JQ C 240
BS 1 420 RR3EB76TF
BS 421 775 RR3EB76JQ

RD RR3EB76TF 422 0 0
GGGATGTGTATGGCAATCTATTCGGTCTACTAGCGGCGCACCCGGTGGCTCCATTTGTAA
CACTTCACCATCTCGATGTGGTCGAACCGATATTTCCAAACATGACTCGTGTAGATGCCT
TGAAGCGTCTACAAGGGCCGGCAATGCTAGACTCTGCCGGACTTATGCAACAGTCGATAT
GCTACGACAAACGTCGGAAGTGGACCGTTTCAGTCTCTTGGGGATACGCGGTTCAGATCT
TCCGAGGAGTCTTTTCCGCTAGAGAGATGGAAATGCCTTCAAGACCTTCTTAAATTGGTA
TCGGCGGGCGGATTACACGGCGTACGCTTTTAATACACGACCGGTGAGTCGTCATCCATG
CCAGAAACCGTTTGTGTTCTACATGACAACGACGGGAGTTCATCCGATAACAAATATGAC
GG

QA 1 420 1 420
DS 

RD RR3EB76JQ 536 0 0
TTCCGAGGAG
TCTTTTCCGCTAGAGAGATGGAAATGCCTTCAAGACCTTCTTAAATTGGTATCGGCGGGC
GGATTACACGGCGTACGCTTTTAATACACGACCGGTGAGTCGTCATCCATGCCAGAAACC
GTTTGTGTTCTACATGACAACGACGGGAGTTCATCCGATAACAAATATGACGGTGAGCCG
TTACGAAAGCTACCCTGTCGCTCAGCCGGAGTGTCGGTGGAAGATGGCTGATCCTGGCGA
TCTTAGGATGGTCACTGTATACAAGAAACCGGACCCTCACCTTTGGGACAGATCTCCGAG
AAGAAATTGTTGCAGGGTGAAATCAAAGAAGAATAATACTTTAGAGATCAGTGTTGCAGT
TTGCAAGGAAGGTGAAGTGGTTGAAGTTATGTGATAACGTTTCGTGTTTAAGAACTTCAA
ATTTTGCTCTTATTCAGTTATACATATAGTTGATTACCTAATTAAACATGTTGGAGCATT
TTGAAAAGTTAGTTAAATAAGAGTATCTCCAAACCATTGAGCATTT

QA 11 536 11 536
DS 



AS 1 3

CO CL3704Contig1 1164 3 6 U
AGACTGTCTAAACCACTTGAAATCATACAAAATTCAAAAACATGGAATCTGATCACCATA
ATAACCTAAAAAAACAAAAAGGATCCATCAGCTTTCCTTGTTTCTGAAGCAATCTCTGAA
AATGCCAATTGAGGAAAACCTTCTCCTTTACTTACTTTTCTGCTGCACTATGCTTATAAT
TAAAACCCTTGTCTGAAGTATACATCCTCCATGACTGCAGTCTCTACCGTCTTGAAAAAA
ACGGTTGAAGCAAGCATGAAAGGATTCACATTAAAAACACCAAAAAAGGACAAGGATCTC
TCTCTGTCTCAAGAACAAAGCCGTTAACTTTAAAACCCTCTCTTGTCAGGACAATCTGCT
GCCCTGTGTCCTGAACTTCCACAGTTGAAGCAAGCACCTCCAAAACTCCTCTCCCTAAAA
GGAGCTCTGCTGCTTGATCTTCGGTCACTACCGCCGCCAATCAACCAATCATCAAAACTT
CCTCTGGAACCACCACCACCACCACGGGACCAGCTGCTACCTCCACCACCACTGCTTCTA
CTTCTTCTGTCATCATCACCTCCCCAACTATCACGTCCTCGTGATGATCCTCCTCCTCTA
CCGCAAAATCTTGACCCTCTAGAACCTCCTCCTCCTCTAGGCATCCTGTCTCTGCTAGAG
AACCGTCCATAGTTATCACTAGACGGTCCATCGTCTTGCAGCGCGGGTAACTTTGTTATC
AAGGATATACTGTTTCCTTCTGGCACTTCATTCTCTAGCAGCTCTTTCGCGATGTCCTCT
GGTAGATCAAACACAGCTCCTTGCACCCTCTCATCTGCAATCATGAAGATTTTTCCAACT
CTATCTGCAGCTGGACGGTAAACATCCGAAAGGAAACCAGCCACAGACCTTGCAGACAAG
AAGCCTCTAGCGTTTGCTGGATCTCGTATTAACTGCAAAGTCACCCATCCCTGTTCATGA
CTGAGGAGAGATCTTGAAGAAGGTGGCTGAGAGAAACCGCTAAGGTGAGCCAGAGCTGCA
GCTAAAGCATCTGTTCCTTTCTCCTCGAACAGTTTCTGAGCAGTTGCTGAGAAAAACTTA
ATAGACTCAGGGTGAACACCGTTTAGAGTGGCCACCACATGGTCTGCTGACGCTTCCAAC
AAGTCTCCAACGGTTGGTGGGCTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP49JQ U 106
AF RR3DV06JQ U 1
AF RR3CP49TF C 494
BS 1 237 RR3DV06JQ
BS 238 238 RR3CP49JQ
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BS 605 605 RR3CP49TF
BS 606 667 RR3DV06JQ
BS 668 1164 RR3CP49TF

RD RR3CP49JQ 168 0 0
GAAA
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ATGCTTATAATTAAAACCCTTGTCTGAAGTATACATCCTCCATGACTGCAGTCTCTACCG
TCTTGAAAAAAACGGTTGAAGCAAGCATGAAAGGATTCACATTA

QA 5 168 5 168
DS 

RD RR3DV06JQ 667 0 0
AGACTGTCTAAACCACTTGAAATCATACAAAATTCAAAAACATGGAATCTGATCACCATA
ATAACCTAAAAAAACAAAAAGGATCCATCAGCTTTCCTTGTTTCTGAAGCAATCTCTGAA
AATGCCAATTGAGGAAAACCTTCTCCTTTACTTACTTTTCTGCTGCACTATGCTTATAAT
TAAAACCCTTGTCTGAAGTATACATCCTCCATGACTGCAGTCTCTACCGTCTTGAAACAA
ACGGTTGAAGCAAGCATGAAAGGATTCACATTAAAAACACCAAAAAAGGACAAGGATCTC
TCTCTGTCTCAAGAACAAAGCCGTTAACTTTAAAACCCTCTCTTGTCAGGACAATCTGCT
GCCCTGTGTCCTGAACTTCCACAGTTGAAGCAAGCACCTCCAAAACTCCTCTCCCTAAAA
GGAGCTCTGCTGCTTGATCTTCGGTCACTACCGCCGCCAATCAACCAATCATCAAAACTT
CCTCTGGAACCACCACCACCACCACGGGACCAGCTGCTACCTCCACCACCACTGCTTCTA
CTTCTTCTGTCATCATCACCTCCCCAACTATCACGTCCTCGTGATGATCCTCCTCCTCTA
CCGCCAAATCTTGACCCTCTAGAACCTCCTCCTCCTCTAGGCATCCTGTCTCTGCTAGAG
AACCGTC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3CP49TF 671 0 0
CACCACCACCACGGGACCAGCTGCTACCTCCACCACCACTGCTTCTACTTCTTCTGTCAT
CATCACCTCCCCAACTATCACGTCCTCGTGATGATCCTCCTCCTCTACCGCAAAATCTTG
ACCCTCTAGAACCTCCTCCTCCTCTAGGCATCCTGTCTCTGCTAGAGAACCGTCCATAGT
TATCACTAGACGGTCCATCGTCTTGCAGCGCGGGTAACTTTGTTATCAAGGATATACTGT
TTCCTTCTGGCACTTCATTCTCTAGCAGCTCTTTCGCGATGTCCTCTGGTAGATCAAACA
CAGCTCCTTGCACCCTCTCATCTGCAATCATGAAGATTTTTCCAACTCTATCTGCAGCTG
GACGGTAAACATCCGAAAGGAAACCAGCCACAGACCTTGCAGACAAGAAGCCTCTAGCGT
TTGCTGGATCTCGTATTAACTGCAAAGTCACCCATCCCTGTTCATGACTGAGGAGAGATC
TTGAAGAAGGTGGCTGAGAGAAACCGCTAAGGTGAGCCAGAGCTGCAGCTAAAGCATCTG
TTCCTTTCTCCTCGAACAGTTTCTGAGCAGTTGCTGAGAAAAACTTAATAGACTCAGGGT
GAACACCGTTTAGAGTGGCCACCACATGGTCTGCTGACGCTTCCAACAAGTCTCCAACGG
TTGGTGGGCTC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 3

CO CL3705Contig1 1255 3 10 U
GGCTCTGACGTTTTCTCTCACACATACCCTTCCCAAATCTCAAAAGCTCCTCTGTGAAAA
GACTGTTACTAATCTCTCTCCCCAATCCAAAACAAAAGGAAACATGGCAGCACCCCCTGC
CATGAAGATCGTGTTCGGTCTATTGACATTTGTCACTATCGGAATGATCATAGGTGCCTC
GTTACAATTGGCCTTTATCAACAGATTGGAAGATTCGTACGGAACTGGATTACCATCCCT
AAGAGGGCTTCGGGGACAAAGCTCCCGACATCTCCGAGATGTTTCGCGGTGGGCAAAAGA
CAAAGATGCAGAAGCTCTGCGGCTTGGCTATGTCAAGCCTGAAGTAGTTAGTTGGTCCCC
TCGAATTATTGTGCTTCATAACTTCCTCAGTTCAGAGGAATGTGAATACCTCAAAGCTAT
CGCCAGGCCTCGCCTTCAGGTTTCCACTGTCGTTGATGTTAAAACAGGAAAGGGAGTTAA
AAGTGATGTGAGGACAAGCTCTGGAATGTTTCTAACTCACGTTGAAAGAAGTTATCCAAT
GATACAGGCAATTGAAAAGCGAATCTCGGTCTTTTCTCAAGTACCAGCAGAGAATGGAGA
ACTCATTCAGGTCCTAAGATATGAACCAAACCAGTTTTACAGACCGCATCACGATTACTT
TTCGGACACTGTAAGTCTCTGGTTATATTTCATTTGTATATCTTGCTCATGGTTCTGATC
TTCTTTTAATCGTCTTAGAACAATTGGTTTCTATAGTACGTTATCTTGTGTGTACATCAT
ATCTTTGTCTTATGATTTCCACACAGTTCAATCTGAAACGCGGTGGTCAGCGTGTAGCAA
CAATGCTAATGTATTTGACAGATGATGTTGAAGGAGGAGAAACTTATCTCCCTTTGGCTG
GTGATGGTGAATGCACCTGTGGTGGCAAAATCATGAAAGGCATCTCTGTGAAACCCACCA
AAGGAGACGCCGTTCTCTTCTGGAGCATGGGGCTTGATGGACATTCAGATCCAAAGAGCA
TACATGGAGGATGTGAAGTTCTGTCTGGAGAGAAATGGTCAGCTACTAAATGGATGAGAC
AAAAAGCTACTTCTTGAGGGACTTGAACACTTATAAACTAAAGGGACCACAGTGACTTTA
TATTGAAAATGTCATAGAATCTCAGATTTTTGATATACCTCTTTTTGACCCTTGAATTTT
ATAATCTATCATTTACATACATATTGGATTTGGAGGTGTAATCACTCGGTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL20TF U 1
AF RR3EJ61TF U 25
AF RR3EJ61JQ C 537
BS 1 111 RR3EL20TF
BS 112 112 RR3EJ61TF
BS 113 114 RR3EL20TF
BS 115 115 RR3EJ61TF
BS 116 610 RR3EL20TF
BS 611 611 RR3EJ61TF
BS 612 617 RR3EL20TF
BS 618 618 RR3EJ61TF
BS 619 656 RR3EL20TF
BS 657 1255 RR3EJ61JQ

RD RR3EL20TF 656 0 0
GGCTCTGACGTTTTCTCTCACACATACCCTTCCCAAATCTCAAAAGCTCCTCTGTGAAAA
GACTGTTACTAATCTCTCTCCCCAATCCAAAACAAAAGGAAACATGGCAGCTCCTCCTGC
CATGAAGATCGTGTTCGGTCTATTGACATTTGTCACTATCGGAATGATCATAGGTGCCTC
GTTACAATTGGCCTTTATCAACAGATTGGAAGATTCGTACGGAACTGGATTACCATCCCT
AAGAGGGCTTCGGGGACAAAGCTCCCGACATCTCCGAGATGTTTCGCGGTGGGCAAAAGA
CAAAGATGCAGAAGCTCTGCGGCTTGGCTATGTCAAGCCTGAAGTAGTTAGTTGGTCCCC
TCGAATTATTGTGCTTCATAACTTCCTCAGTTCAGAGGAATGTGAATACCTCAAAGCTAT
CGCCAGGCCTCGCCTTCAGGTTTCCACTGTCGTTGATGTTAAAACAGGAAAGGGAGTTAA
AAGTGATGTGAGGACAAGCTCTGGAATGTTTCTAACTCACGTTGAAAGAAGTTATCCAAT
GATACAGGCAATTGAAAAGCGAATCTCGGTCTTTTCTCAAGTACCAGCAGAGAATGGAGA
ACTCATTCAG*TCCTAAAATATGAACCAAACCAGTTTTACAGACCGCATCACGATT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3EJ61TF 637 0 0
GGACCC
TCCCAAATCTCTAAAGCTCCTCTGTGAAAAGACTGTTACTAATCTCTCTTCCCAATCTAA
ATTAAA*GGAAACATGGCAGCAGCCCCTGCCATGAAGATCGTGTTCGGTCTATTGACATT
TGTCACTATCGGAATGATCATAGGTGCCTTGTTACAATTGGCCTTTATCAACAGATTGGA
AGATTCGTACGGAACTGGATTACCATCCCTAAGAGGGCTTCGGGGACAAAGCTCCCGACA
TCTCCGAGATGTTTCGCGGTGGGCAAAAGACAAAGATGCAGAAGCTCTGCGGCTTGGCTA
TGTCAAGCCTGAAGTAGTTAGTTGGTCCCCTCGAATTATTGTGCTTCATAACTTCCTCAG
TTCAGAGGAATGTGAATACCTCAAAGCTATCGCCAGGCCTCGCCTTCAGGTTTCCACTGT
CGTTGATGTTAAAACAGGAAAGGGAGTTAAAAGTGATGTGAGGACAAGCTCTGGAATGTT
TCTAACTCACGTTGAAAGAAGTTATCCAATGATACAGGCAATTGAAAAGCGAATCTCGGT
CTTTTCTCAAGTACCAGCAGAGAATGGAGAACTCATTCAGGTCCTAAGATATGAACCAAA
CCAGTTTTACAGACCGCATCACGATT
ACTTT

QA 7 632 7 632
DS 

RD RR3EJ61JQ 719 0 0
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QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 3

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GGTTGGCCCTGTTTGAGTTTTGACATCTTAGGTGATAAGTTGGGTTTGAATCGAACTGAG
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ATTGGATTATTTAAAATCAGCAACGTATCTGGCAAGAGACGCGATGTAGTGCCCAAGAAG
GTAGTGAATGGTGATGATGATATGGAGGATGAGGATGATGAAGATGAGGACAGTGACAGC
GATGAGGAAAGCGAAGATGGAGCTTCCACTGCTCCAGTTATTCAGGTCCGCAGAGTTGCT
CACCATGGATGTGTTAACCGCATCCGTGCAATGCCACAGAATCCTCATATCTGTGTCTCT
TGGGCAGATTCTGGTCATGTTCAAGTGTGGGACATGAGCTCTCATCTTAATGCTTTAGCA
GAGTCGGAAACAGAAGGTAAAGATGGAACTTCACCGGCTCTAAACCAAGCACCCTTAGTT
AACTTTTCTGGCCACAAAGACGAAGGCTATGCATGTTGGCCTCAGGGAGTGATGACGGAG
CATTCTCTATCCATGATCTTAGAGTTATCAAGGAGGGAGATGCTAAGGTAGCACATTTTG
AGTATCATAAGCATCCTATCACGTCGATTGAGTGGAGCGCTCGTGAATCCTCAACACTTG
CTGTTTCTTCCGGCGATAACCAGCTCACGATATGGGATTTATCATTAGAGAAGGATGAAG
AAGAGGAAGCAGAGTTCAAAGCACAGACTAAGGAACAAGTTAACACACCTCAAGACTTGC
CTCTTCAGCTTCTTTTCGTTCACCATGGACAAAAGGACTTGAAGGAACTTCACTGGCACA
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GAAGAACTACTATTTCACAACTTGATGTTTCACAAGAAAAGACAATGTGTTGATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FL38TF U 1
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AAACA

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AGGTCCGCAGAGTTGCTCACCATGGATGTGTTAACCGCATCCGTGCAATGCCACAGAATC
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QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3DQ05JQ 729 0 0
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TAATGCTTTAGCAGAGTCGGAAACAGAAGGTAAAGATGGAACTTCACCGGCTCTAAACCA
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GAGAAGGATGAAGAAGAGGAAGCAGAGTTCAAAGCACAGACTAAGGAACAAGTTAACACA
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ATCTTGATGCCTTACAACATCAGAACACACTTCCTGATCTTGCTGCCTGAAAAGCTTGCG
TCTTTTTTTTTACTGAAAAACTTTTGTAGTCTCTTGAGAGTTTTGTATTCCCCTCCCTCC
CTGTTTACTACTTGAAGAACTACTATTTCACAACTTGATGTTTCACAAGAAAAGACAATG
TGTTGATGC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

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AAGACGTACACACATCATGTGAATATATGCAAGATGGGTACATACATAAACACCACCAAA
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ATCAGTGGCGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DA31JQ U 1
AF RR3F462JQ U 29
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RD RR3DA31JQ 478 0 0
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CAAAAAAGAAGAAGATATGTTTACAACAAACATATACGCTGTGTACTTCACAAATATCCC
ACCGATATGCACTTATACAAACGTACACAAACTACATATCTAATTAAGCACATACACATC
AAGACGTACACACATCATGTGAATATATGCAAGATGGGTACATACATAAACACCACCAAA
AGTTACAAGGGTTTTATTAGTATTTCTCATCATTCAAAAGCGGCCATTGAAATTACCCAA
CATGGAAATAGGGACGACACATAATCCTCTACTCCTCAAGTCCATATTATTGATGTTGCT
TTTGTTGTTTCCTTCTCTGAGATTCCTCATCATCGTCATCTTTTGTTCATCTCCTTCTTG
GATTTGGATTTGATGATCCGCCACGCCCCTCATATTTCCCATAACGAAACTAGAAGAT

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3F462JQ 644 0 0
TAGTATCTCTTAAATATGTTTACAACGTTGTCCAAAAAAGAAGAAGATATGTTTACAACA
AACATATACGCTGTGTACTTCACAAATATCCCACCGATATGCACTTATACAAACGTACAC
AAACTACATATCTAATTAAGCACATACACATCAAGACGTACACACATCATGTGAATATAT
GCAAGATGGGTACATACATAAACACCACCAAAAGTTACAAGGGTTTTATTAGTATTTCTC
ATCATTCAAAAGCGGCCATTGAAATTACCCAACATGGAAATAGGGACGACACATAATCCT
CTACTCCTCAAGTCCATATTATTGATGTTGCTTTTGTTGTTTCCTTCTCTGAGATTCCTC
ATCATCGTCATCTTTTGTTCATCTACTTCTTGGATTTGGATTTGATGATCCGCCACGCCC
CTCATATTTCCCATAACGAAACTAGAAGATACATAGTCCTCGTGTTTTCTAGGAGGCGTC
TGAATATGCTCCATCTGACTGATCTTAGGGCTATTAACCGGAGAGCTAGCCGTATCCTCC
AAAGAATCATCCTCACAAATCTTTTTGGTTCTTGCCTTCCCAAACTTCAACTTCACCGGA
AAATTAACTGGAAAGCTCCGGCCAGAAAAGGCATCAGTGGCGGC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 3

CO CL3708Contig1 839 3 4 U
GGGATCTTGCAAAGAGACTCCTGTTGGGAAAAAGCGCTTCCATTGATGCTGAGAAATCAA
TGATCTCAAAGCTCAAGACTGAGTGTGGTAGCCAGTTTACAAACAAGCTTGAAGGGATGT
TCAAGGATATTGAATTGTCAAAGGAAATCAACGAGTCATTCAAACAGTCGTCCCAGGCCA
GAACAAAATTGCCATCAGGAATTGAGATGAGTGTCCACGTTTTAACAACAGGGTACTGGC
CAACATATCCACCTATGGATGTTAAACTTCCTCATGAATTAAATGTCTACCAGGATATCT
TCAAAGAGTTTTATTTGAGCAAGTACAGTGGGAGGAGGTTAATGTGGCAAAACTCATTAG
GTCACTGTGTTTTGAAGGCTGATTTCTCCAAAGGTAAAAAGGAGCTTGCAGTTTCCCTGT
TTCAGGCTGTTGTGTTGATGTTATTTAACGATGCAATGAAGCTTAGCTTTGAGGACATTA
AAGATTCCACTGGCATAGAGGACAAGGAACTGAGAAGGACTCTTCAGTCGCTTGCTTGTG
GGAAAGTTCGTGTCCTACAGAAGTATCCTAAAGGAAGAGATGTACAAGACGGAGATGAAT
TTGATTTTAATGACACCTTTACAGCTCCCCTGTACCGCATTAAGGTGAATGCAATCCAGA
TGAAAGAGACAGTAGAAGAGAACACGAGTACAACCGAGAGAGTATTCCAGGACCGACAAT
ACCAGATTGAGGCAGCCATTGTTCGAATCATGAAGACTAGAAAAGTCTTGAGCCATACTC
TTCTAATCACTGAGCTCTTCCAACAGCTGAAGTTCCCAATAAAACCCGGCTGATCTGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3H644TF U 1
AF RR3C396JQ C 557
AF RR3BJ94TF U 69
BS 1 706 RR3H644TF
BS 707 730 RR3BJ94TF
BS 731 731 RR3C396JQ
BS 732 839 RR3BJ94TF

RD RR3H644TF 706 0 0
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TGATCTCAAAGCTCAAGACTGAGTGTGGTAGCCAGTTTACAAACAAGCTTGAAGGGATGT
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GAACAAAATTGCCATCAGGAATTGAGATGAGTGTCCACGTTTTAACAACAGGGTACTGGC
CAACATATCCACCTATGGATGTTAAACTTCCTCATGAATTAAATGTCTACCAGGATATCT
TCAAAGAGTTTTATTTGAGCAAGTACAGTGGGAGGAGGTTAATGTGGCAAAACTCATTAG
GTCACTGTGTTTTGAAGGCTGATTTCTCCAAAGGTAAAAAGGAGCTTGCAGTTTCCCTGT
TTCAGGCTGTTGTGTTGATGTTATTTAACGATGCAATGAAGCTTAGCTTTGAGGACATTA
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GGAAAGTTCGTGTCCTACAGAAGTATCCTAAAGGAAGAGATGTACAAGACGGAGATGAAT
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TGAAAGAGACAGTAGAAGAGAACACGAGTACAACCGAGAGAGTATT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3C396JQ 232 0 0
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CATTGTTCGAATCATGAAGACTAGAAAAGTCTTGAGCCATA
TTTTTTTAATC

QA 1 221 1 221
DS 

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G
AGCTCAAGACTGAGTGTGGTAGCCAGTTTACAAACAAGCTTGAAGGGATGTTCAAGGATA
TTGAATTGTCAAAGGAAATCAACGAGTCATTCAAACAGTCGTCCCAGGCCAGAACAAAAT
TGCCATCAGGAATTGAGATGAGTGTCCACGTTTTAACAACAGGGTACTGGCCAACATATC
C***TATGGATGTTAAACTTCCTCATGAATTAAATGTCTACCAGGATATCTTCAAAGAGT
TTTATTTGAGCAAGTACAGTGGGAGGAGGTTAATGTGGCAAAACTCATTAGGTCACTGTT
TTTTGAAGGCTGATTTCTCCAAAGGTAAAAAGGAGCTTGCAGTTTCCCTGTTTCAGGCTG
TTGTGTTGATGTTATTTAACGATGCAATGAAGCTTAGCTTTGAGGACATTAAAGATTCCA
CTGGCATAGAGGACAAGGAACTGAGAAGGACTCTTCAGTCGCTTGCTTGTGGGAAAGTTC
GTGTCCTACAGAAGTATCCTAAAGGAAGAGATGTACAAGACGGAGATGAATTTGATTTTA
ATGACACCTTTACAGCTCCCCTGTACCGCATTAAGGTGAATGCAATCCAGATGAAAGAGA
CAGTAGAAGAGAACACGAGTACAACCGATAGAGTATTCCAGGACCGACAATACCAGATTG
ATGCAGCCATTGTTCGAATCATGAAGACTAGAAAAGTCTTGAGCCATACTCTTCTAATCA
CTGAGCTCTTCCAACAGCTGAAGTTCCCAATAAAACCCGGCTGATCTGAA

QA 2 771 2 771
DS 



AS 1 3

CO CL3709Contig1 763 3 4 U
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AAATTCGAATTCGTCTACCGTAAATCACCGATTCACTTCGGCTTGCAGAGCTTTTACACA
GAAGAAGCTCGAAGATCTCAAAACACTCTTCACCTCCCTCGCTTCTCAATCTCAAAGCAA
TGACGACTCATACGTCTCCTACTCTGTTTTCCAGACCTACTTTGGTCTGAGTGGTGCGTT
AGGAGAGAGGATGTTTGATATGGTCACTCAACACAGGAAAGATGGTAAATTGACTTATGA
AGATCTCGTTATCGCCAAGGCAACCTACGAGAAAGGAACTGATGATGAGATTGCTGAGTT
TATTTACCAGACTTTAGATGTCAATGGCAATGGCGTCTTGACTAGGTCAGATTTGGAGTT
GGTCCTTGTGGTGGTCTTCAAGAGTGTCTTCTCCACTAGCTCTGATCCGGAATACAAGGA
GATGGTGGATGCGCTTCTCAACGCTGCTTCTTTCTCTAAATCCACTGGTGGTGATGATGA
TAAAGGAATGTCTTTTGAAGATTTCAGAAGCTGGTGCTCACACGTTCCTACTGTAAGAAA
GTTTCTCGGAAGCTTGCTTACACCGCCCAGTCCAGCGAGACCTGGATATCAAGTCCCGCA
TCTGCTTTATGACGAGGATACTGTGGATTCAAATATACTTTTGCTGAAGAAGGATACGCT
TGGCATATCGGAGTGCTCTTCCTCACACGAGCTTCAAGAGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DV33TF U 8
AF RR3E059TF U 1
AF RR3FY47TF U 9
BS 1 426 RR3E059TF
BS 427 427 RR3DV33TF
BS 428 731 RR3E059TF
BS 732 763 RR3FY47TF

RD RR3DV33TF 625 0 0
GG
GTCGGAGGAGAGGAGAAGAGAAGAGGAGAGAGAACGTCCGGCGAAAATGGGAAATTCGAA
TTCGTCTACCGTAAATCACCGATTCACTTCGGCTTGCAGAGCTTTTACACAGAAGAAGCT
CGAAGATCTCAAAACACTCTTCACCTCCCTCGCTTCTCAATCTCAAAGCAATGATGACTC
ATACGTCTCCTACTCTGTTTTCCAGACCTACTTTGGTCTGAGTGGTGCGTTAGGAGAGAG
GATGTTTGATATGGTCACTCAACACAGGAAAGATGGTAAATTGACTTATGAAGATCTCGT
TATCGCCAAGGCAACCTACGAGAAAGGAACTGATGATGAGGTTGCTGAGTTTATTTACCA
GACTTTAGATGTCAATGGCAATGGCGTCTTGACTAGGTCAGATTTGGAGTTGGTCCTTGT
G*TGGTCTTCAAGAGTGTCTTCTCCACTAGCTCTGATCCGGAATACAAGGAGATGGTGGA
TGCGCTTCTCAACGCTGCTTCTTTCTCTAAATCCACTGGTGGTGATGATGATAAAGGAAT
GTCTTTTGAAGATTTCAGAAGCTGGTGCTCACACGTTCCTACTGTAAGAAAGTTTCTCGG
AAGCTTGCTTACACCGCCCAGTC

QA 3 625 3 625
DS 

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AAATTCGAATTCGTCTACCGTAAATCACCGATTCACTTCGGCTTGCAGAGCTTTTACACA
GAAGAAGCTCGAAGATCTCAAAACACTCTTCACCTCCCTCGCTTCTCAATCTCAAAGCAA
TGACGACTCATACGTCTCCTACTCTGTTTTCCAGACCTACTTTGGTCTGAGTGGTGCGTT
AGGAGAGAGGATGTTTGATATGGTCACTCAACACAGGAAAGATGGTAAATTGACTTATGA
AGATCTCGTTATCGCCAAGGCAACCTACGAGAAAGGAACTGATGATGAGATTGCTGAGTT
TATTTACCAGACTTTAGATGTCAATGGCAATGGCGTCTTGACTAGGTCAGATTTGGAGTT
GGTCCTCGTGGTGGTCTTCAAGAGTGTCTTCTCCACTAGCTCTGATCCGGAATACAAGGA
GATGGTGGATGCGCTTCTCAACGCTGCTTCTTTCTCTAAATCCACTGGTGGTGATGATGA
TAAAGGAATGTCTTTTGAAGATTTCAGAAGCTGGTGCTCACACGTTCCTACTGTAAGAAA
GTTTCTCGGAAGCTTGCTTACACCGCCCAGTCCAGCGAGACCTGGATATCAAGTCCCGCA
TCTGCTTTATGACGAGGATACTGTGGATTCAAATATACTTTTGCTGAAGAAGGATACGCT
TGGCATATCGG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3FY47TF 755 0 0
G
GTCGGAGGAGAGGAGAAGAGAAGAGGAGAGAGAACGTCCGGCGAAAATGGGAAATTCGAA
TTCGTCTACCGTAAATCACCGATTCACTTCGGCTTGCAGAGCTTTTACACAGAAGAAGCT
CGAAGATCTCAAAACACTCTTCACCTCCCTCGCTTCTCAATCTCAAAGCAATGACGACTC
ATACGTCTCCTACTCTGTTTTCCAGACCTACTTT**TCTGAGTGGTGCGTTAGGAGAGAG
GATGTTTGATATGGTCACTCAACACAGGAAAGATGGTAAATTGACTTATGAAGATCTCGT
TATCGCCAAGGCAACCTACGAGAAAGGAACTGATGATGAGATTGCTGAGTTTATTTACCA
GACTTTAGATGTCAATGGCAATGGCGTCCTGACTAGGTCAGATTTGGAGTTGGTCCTTGT
GGTGGTCTTCAAGAGTGTCTTCTCCACTAGCTCTGATCCGGAATACAAGGAGATGGTGGA
TGCGCTTCTCAACGCTGCTTCTTTCTCTAAATCCACTGGTGGTGATGATGATAAAGGAAT
GTCTTTTGAAGATTTCAGAAGCTGGTGCTCACACGTTCCTACTGTAAGAAAGTTTCTCGG
AAGCTTGCTTACACCGCCCAGTCCAGCGAGACCTGGATATCAAGTCCCGCATCTGCTTTA
TGACGAGGATACTGTGGATTCAAATATACTTTTGCTGAAGAAGGATACGCTTGGCATATC
GGAGTGCTCTTCCTCACACGAGCTTCAAGAGTGG

QA 2 755 2 755
DS 



AS 1 3

CO CL3710Contig1 819 3 17 U
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AGCTCAACATGGTACATAAATCTCAGTACACAAACCCAAATAGGAAAATTAAAAAAAGGA
GCTTTATAGACAAAAGCTCAAAACACAAACTCAGAAAGACCGCGTGTCTGTTATGCTTGT
TGGTTGAGATAATGATAACATTTATCATCGTAGGAAGCTGTTGGGTGGGAAATGTCTTAG
TGGGTTCTGTCGCAGCAGCTCTGTCTCTTTCTTAATCTCACGGCCATCATTAAGCGGCAG
ACCTTGTGATGACGATGATGATGAGTTAGTTTCACTCTTCCTCTTCTCTCCTACCTCTTC
TGTACATTCTTCTTCTTCTTCGTCCACAAAAACCTCAAAGGAGGAAGCAGAGGCTGCAGG
AGTTCTCACAATGGGTTTCTGAGGAACCTTGAATGTTTTCCATTTTCCAGGCAATAAATT
GTTTTCTTTGTTCCTCTCTGCTCTGCCTCCAAGCATTAGCCAAGAACCATACTCCGGTTT
TGACTTGTCTGTCTCTGGTTGATGATTCCCCGATGTATTGTCTGTGTAGATAGACAAAGG
TGTCTTGGATGAGTGATTTGGCTTTGGTTTCTTGGCTTGTGGTCCTAACGCTTGCCTTCC
TGCATAGTTATTATTATCTACCCTAGACAATACAGTGCCAAAGCTTCTTGACGGCATGTC
ATTATTCTCCTTAGGTTCTTCATCAGATGCTTTGGGTCTTCTCATAGTCCTCACCATGAA
CTTCTTGTAAGCATCATTCAACTTCTCCATAGGCTTTGC


BQ
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F880JQ U 1
AF RR3GU31JQ U 3
AF RR3F880TF C 118
BS 1 41 RR3F880JQ
BS 42 42 RR3GU31JQ
BS 43 64 RR3F880JQ
BS 65 65 RR3GU31JQ
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BS 159 187 RR3F880JQ
BS 188 188 RR3GU31JQ
BS 189 225 RR3F880JQ
BS 226 226 RR3GU31JQ
BS 227 251 RR3F880JQ
BS 252 744 RR3GU31JQ
BS 745 819 RR3F880TF

RD RR3F880JQ 257 0 0
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GCTTTATAAACAAAAGCTCAAAACACAAACTCAAAAAAACCGCGTGTCTGTTATGCTTGT
TGGTTGAAATAATGATAACATTTATCATCGTAGGAAGCTGTTGGGGGGGAAATGTCTTAG
TGGGTTCTGTC
CCACCA

QA 1 251 1 251
DS 

RD RR3GU31JQ 742 0 0
G
CGAACTTAAATCAATTAGATTAAAACAAACTCAAATAAGTTTCAAGAACACACGGAAAGC
TCAACATGGTACATAAATCTCAGTACACAAACCCAAATAGGAAAATTAAAAAAAGGAGCT
TTATAGACAAAAGCTCAAAACACAAACTCAGAAAGACCGCGTGTCTGTTATGCTTGTTGG
TTGAGATAATGATAACATTTATCATCGTAGGAAGCTGTTGGGTGGGAAATGTCTTAGTGG
GTTCTGTCGCAGCAGCTCTGTCTCTTTCTTAATCTCACGGCCATCATTAAGCGGCAGACC
TTGTGATGACGATGATGATGAGTTAGTTTCACTCTTCCTCTTCTCTCCTACCTCTTCTGT
ACATTCTTCTTCTTCTTCGTCCACAAAAACCTCAAAGGAGGAAGCAGAGGCTGCAGGAGT
TCTCACAATGGGTTTCTGAGGAACCTTGAATGTTTTCCATTTTCCAGGCAATAAATTGTT
TTCTTTGTTCCTCTCTGCTCTGCCTCCAAGCATTAGCCAAGAACCATACTCCGGTTTTGA
CTTGTCTGTCTCTGGTTGATGATTCCCCGATGTATTGTCTGTGTAGATAGACAAAGGTGT
CTTGGATGAGTGATTTGGCTTTGGTTTCTTGGCTTGTGGTCCTAACGCTTGCCTTCCTGC
ATAGTTATTATTATCTACCCTAGACAATACAGTGCCAAAGCTTCTTGACGGCATGTCATT
ATTCTCCTTAGGTTCTTCATC

QA 2 742 2 742
DS 

RD RR3F880TF 702 0 0
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TGTTGGTTGAGATAATGATAACATTTATCATCGTAGGAAGCTGTTGGGTGGGAAATGTCT
TAGTGGGTTCTGTCGCAGCAGCTCTGTCTCTTTCTTAATCTCACGGCCATCATTAAGCGG
CAGACCTTGTGATGACGATGATGATGAGTTAGTTTCACTCTTCCTCTTCTCTCCTACCTC
TTCTGTACATTCTTCTTCTTCTTCGTCCACAAAAACCTCAAAGGAGGAAGCAGAGGCTGC
AGGAGTTCTCACAATGGGTTTCTGAGGAACCTTGAATGTTTTCTATTTTCCAGGCAATGA
ATTGTTTTCTTTGTTCCTCTCTGCTCTGCCTCCAAGCATTAGCCAAGAACCATACTCCGG
TTTTGACTTGTCTGTCTCTGGTTGATGATTCCCCGATGTATTGTCTGTGTAGATAGACAA
AGGTGTCTTGGATGAGTGATTTGGCTTTGGTTTCTTGGCTTGTGGTCCTAACGCTTGCCT
TCCTGCATAGTTATTATTATCTACCCTAGACAATACAGTGCCAAAGCTTCTTGACGGCAT
GTCATTATTCTCCTTAGGTTCTTCATCAGATGCTTTGGGTCTTCTCATAGTCCTCACCAT
GAACTTCTTGTAAGCATCATTCAACTTCTCCATAGGCTTTGC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 3

CO CL3711Contig1 740 3 25 U
GGGAATCCACGCCGCTTGTCTCTCATGGCGATTTCCACAACACTCTTCTTCATCTCCAAC
CTCTCTGCGATTAAACATCTCTAGATCGGAATCTCGTTTCAGAAAAAAAAAATCAACCAT
CGCTGCAGCCGCGATCGAGAAGCTCCCTCAGCTCAAATCCGCCACCGATGGACTTAAAGA
GATGAGTGATAACGAGATCATGCTAGTTTCTTGAGAATAAATAGCATAGACACTCATCAT
TACCAGCCAGACATCACTCATCAGGCGAGCCCACAGATGCCACACAGATGCCATGGAGGG
CTGACTACGCAAAGTCCTCGAGGTCTTCCTGCAAGTCTTGCAAGTCCCCCATTAACAAGG
AGACTTTTCGTCTTGGAAAGCTTGTTCAAGCTACTCAATTCGCTGATGTCATACCTAAAG
ACAGGGAGATATAAACTTGCAGAGCAGCGATGCTCAAAGGTGATCATGATACTTGCTGCA
AGGTAATACGATGTTAGGCGGTCGCTTGTTTGGAAGATCATCTCTTCAGTCTGTTGGTCT
CCAAAGACAAAGGAAGGAGTTGCTGCAAGTGCCCGACCATTCTTGATTCTTTCTTTCTTT
TTCTATATACTTCTGTCCCTTCAAGAATTGTCCTATTGTAACCTTTTTTCATTAGGATAG
TTTATTTATGTGGTTGGACTGTTGTGGTATATTTTCACAGCCAGATCAATATGAATCAAA
ATAAAATTCTTCTCTGCTTG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G760TF U 2
AF RR3DG66TF U 1
AF RR3G760JQ C 89
BS 1 111 RR3DG66TF
BS 112 112 RR3G760TF
BS 113 217 RR3DG66TF
BS 218 218 RR3G760TF
BS 219 222 RR3DG66TF
BS 223 223 RR3G760TF
BS 224 226 RR3DG66TF
BS 227 227 RR3G760TF
BS 228 228 RR3DG66TF
BS 229 229 RR3G760TF
BS 230 308 RR3DG66TF
BS 309 309 RR3G760TF
BS 310 360 RR3DG66TF
BS 361 361 RR3G760TF
BS 362 401 RR3DG66TF
BS 402 402 RR3G760TF
BS 403 483 RR3DG66TF
BS 484 484 RR3G760TF
BS 485 512 RR3DG66TF
BS 513 513 RR3G760TF
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BS 656 656 RR3G760TF
BS 657 720 RR3DG66TF
BS 721 721 RR3G760JQ
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RD RR3G760TF 667 0 0
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TCTCTGCGATTAAACATCTCTAGATCGGAATCTCGTTTCAGAAAAAAAAAATCAACCATC
GCTGCAGCCGCGATCGAGAAGCTCCCTCAGCTCAAATCCGCCACCGATGGACTTAAAGAG
ATGAGTGATAACGAGATCATGCTAGTTTCTTGAGAATAAATAGCATAGACACTCATCATT
ACCAGCCAGACATCACTCATCAGGCGAGCCCACAGATGCCACACAGATGCCATGGAGGGC
TGACTACGCAAAGTCCTCGAGGTCTTCCTGCAAGTCTTGCAAGTCCCCCATTAACAAGGA
GACTTTTCGTCTTGGAAAGCTTGTTCAAGCTACTCAATTCGCTGATGTCATACCTAAAGA
CAGGGAGATATAAACTTGCAGAGCAGCGATGCTCAAAGGTGATCATGATACTTGCTGCAA
GGTAATACGATGTTAGGCGGTCGCTTGTTTGGAAGATCATCTCTTCAGTCTGTTGGTCTC
CAAAGACAAAGGAAGGAGTTGCTGCAAGTGCCCGACCATTCTTGATTCTTTCTTTCTTTT
TCTATATACTTCTGTCCCTTCAAGAATTGTCCTATTGTAACCTTTTTTCATTAGGATAGT
TTATTTA

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3DG66TF 740 0 0
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CTCTCTGCGATTAAACATCTCTAGATCGGAATCTCGTTTCAGAAAAAAAAA*TCAACCAT
CGCTGCAGCCGCGATCGAGAAGCTCCCTCAGCTCAAATCCGCCACCGATGGACTTAAAGA
GATGAGTGATAACGAGATCATGCTAGTTTCTTGAGAAAAAATGGCAGATACACTCATCAT
TACCAGCCAGACATCACTCATCAGGCGAGCCCACAGATGCCACACAGATGCCATGGAGGG
CTGACTAC*CAAAGTCCTCGAGGTCTTCCTGCAAGTCTTGCAAGTCCCCCATTAACAAGG
TGACTTTTCGTCTTGGAAAGCTTGTTCAAGCTACTCAATTCACTGATGTCATACCTAAAG
ACAGGGAGATATAAACTTGCAGAGCAGCGATGCTCAAAGGTGATCATGATACTTGCTGCA
AGGCAATACGATGTTAGGCGGTCGCTTGTTTGTAAGATCATCTCTTCAGTCTGTTGGTCT
CCAAAGACAAAGGAAGGAGTTGCTGCAAGTGCCCGACCATTCTTGATTCTTTCTTTCTTT
TTCTATATACTTCTGTCCCTTCAAGAATTGTCCTATTGTAACCTTTTTTCATTAG*ATAG
TTTATTTATGTGGTTGGACTGTTGTGGTATATTTTCACAGCCAGATCAATATGAATCAAA
*TAAAATTCTTCTCTGCTTG

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3G760JQ 645 0 0
GAATCTCGTTTCAGAAAAAAAAAATCAACCATCGCTGCAGCCGCGATCGAGAAGCTCCCT
CAGCTCAAATCCGCCACCGATGGACTTAAAGAGATGAGTGATAACGAGATCATGCTAGTT
TCTTGAGAATAAATAGCATAGACACTCATCATTACCAGCCAGACATCACTCATCAGGCGA
GCCCACAGATGCCACACAGATGCCATGGAGGGCTGACTACGCAAAGTCCTCGAGGTCTTC
CTGCAAGTCTTGCAAGTCCCCCATTAACAAGGAGACTTTTCGTCTTGGAAAGCTTGTTCA
AGCTACTCAATTCGCTGATGTCATACCTAAAGACAGGGAGATATAAACTTGCAGAGCAGC
GATGCTCAAAGGTGATCATGATACTTGCTGCAAGGTAATACGATGTTAGGCGGTCGCTTG
TTTGGAAGATCATCTCTTCAGTCTGTTGGTCTCCAAAGACAAAGGAAGGAGTTGCTGCAA
GTGCCCGACCATTCTTGATTCTTTCTTTCTTTTTCTATATACTTCTGTCCCTTCAAGAAT
TGTCCTATTGTAACCTTTTTTCATTAGGATAGTTTATTTATGTGGTTGGACTGTTGTGGT
ATATTTTCACAGCCAGATCAATATGAATCAAAATAAAATTCTTC
C

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 3

CO CL3712Contig1 1015 3 27 U
GGATGGGGGTGGTGATATAGAAAAACAAAATTATGACAGAGTTTGCGTGAGAAACATCAT
ATATCTACACAGATATAAAAGAGAGAGTTCTCGAACACTTCTGTAATAGAAAAAAAAATC
AAATGGAGAAAGAAAAGAAGAAACAGAAGAGGTTTGTGCTTGTCCATGGGGTCTGCCATG
GGGCATGGTGTTGGTACAAGATAATACCACACCTCGAGGCTGCCGGTCACAGCGTGGTTG
CTGTGGATCTTGCTGCTTCGGGTATAAGCACGGTCAAAGTGGAAGAGATCCAGAGCTTAG
AAGATTACTCCAAACCCTTGCTTGAGGTTCTCAGCTCGGATGATGATGACGAACAAGTGA
TTATTGTTGCTCACAGCATGGGAGGCATACCGGCTGCTATGGCTGCCGACATCTCCCCTC
GTAAGATCGCTTGTATTGTCTTCTTGACAGCTACTATGCCCGACACCAAGAACCCTCCTT
CCTACCCTTTTGAAAAGTTTGTCCCAAGCCTTACAGAAGAAGAGTTGTTGGACATGGTGT
TTCGCAGCTACGAAACACATGTTCCTCCTTTGCGTACTGTTATTTTCGGACCAAAGTTCA
TGGCCAAGAATCTCTATGAACTATCTCCGGTCCAAGATCTTGAATTGGCGAAACTGTTGG
TAAGGGAAAACCCTGCTTTATCTACGGACAATCTTTTAGGGACAACGCCATTTACTGAAC
AAGGGTACGGATCGGTTCCACGTGTTTATATCGTCTGCGGAGATGATAATCAGATTCCTG
AGGTATCCCAGCGTTTAATGATCAGCAACTTTCCACCGAATGAAGTGATTGAGATCAAAG
GTGCAGATCACATGGCGATGTTTTCCATGCCTCGCTAACTCAGTGATTGTCTCTTAGACA
TCGCTGATAAATATGCATAAAGATCATCATCCCTACTAATATGTACTTCAGATTGTATCC
TACTAATATGTACTTCAGATTGTATCATCAACAATTATCAAAATGTGTCCTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF06TF U 1
AF RR3DV76TF U 103
AF RR3DV76JQ C 553
BS 1 163 RR3EF06TF
BS 164 164 RR3DV76TF
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BS 583 592 RR3EF06TF
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BS 594 617 RR3EF06TF
BS 618 782 RR3DV76TF
BS 783 783 RR3DV76JQ
BS 784 840 RR3DV76TF
BS 841 841 RR3DV76JQ
BS 842 863 RR3DV76TF
BS 864 864 RR3DV76JQ
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BS 940 953 RR3DV76TF
BS 954 1015 RR3DV76JQ

RD RR3EF06TF 626 0 0
GGATGGGGGTGGTGATATAGAAAAACAAAATTATGACAGAGTTTGCGTGAGAAACATCAT
ATATCTACACAGATATAAAAGAGAGAGTTCTCGAACACTTCTGTAATAGAAAAAAAAATC
AAATGGAGAAAGAAAAGAAGAAACAGAAGAGGTTTGTGCTTGTTCATGGGGTCTGCCATG
GGGCATGGTGTTGGTACAAGATAATACCACACCTCGAGGCTGCCGGTCACAGCGTGGTTG
CTGTGGATCTTGCTGCTTCGGGTATAAGCACGGTCAAAGTGGAAGAGATCCAGAGCTTAG
AAGATTACTCCAAACCCTTGCTTGAGGTTCTCAGCTCGGATGATGATGATGAACAAGTGA
TTATTGTTGCTCACAGCATGGGAGGCATACCGGCTGCTATGGCTGCCGACATCTCCCCTC
GTAAGATCGCTTGTATTGTCTTCTTGACAGCTACTATGCCCGACACCAAGAACCCTCCTT
CTTACCCTTTTGAAAAGTTTGTCCCAAGCCTTACAGAAGAAGAGTTGTTGGACATGGTGT
TTCGCAGTTACGAAACACATGTTCCTCCTTTGCGTACTGTTGTTTTCGGACCGAAGTTCA
TGGCCAAGAATCTCTAT
CAGTTATCT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3DV76TF 851 0 0
GG
AATAGAAAAAAAAATCAAATGGAGAAAGAAAAGAAGAAACAGAAGAGGTTTGTGCTTGTC
CATGGGGTCTGCCATGGGGCATGGTGTTGGTACAAGATCATACCACATTTCGAGGCTGCC
GGTCACAGCGTGGTTGCTGTTGATCTTGCTGCTTCGGGTATAAGCACGGTCAAAGTGGAA
GAGATCCAGAGCTTAGAAGATTACTCCAAACCCTTGCTTGAGGTTCTCAGCTCGGATGAT
GATGACGAACAAGTGATTATTGTTGCTCATAGCATGGGAGGCATACCGGCTGCTCTGGCT
GCCGACATCTCCCCTCGTAAGATCGCTTGTATTGTCTTCTTGACAGCTACTATGCCCGAC
ACCAAGAACCCTCCTTCCTACCCTTTTGAAAAGTTTGTCCCAAGCCTTACAGAAGAAGAG
TTGTTGGACATGGTGTTTCGCAGCTACGAAACACATGTTCCTCCTTTGCGTACTGTTATT
TTCGGACCAAAGTTCATGGCCAAGAATCTCTATGAACTATCTCCGGTCCAAGATCTTGAA
TTGGCGAAACTGTTGGTAAGGGAAAACCCTGCTTTATCTACGGACAATCTTTTAGGGACA
ACGCCATTTACTGAACAAGGGTACGGATCGGTTCCACGTGTTTATATCGTCTGCGGAGAT
GATAATCAGATTCCTGAG*TATCCCAGCGTTTAATGATCAGCAACTTTCCACCGAATGAA
GTGATTGAGATCAAAG*TGCAGATCACATGGCGATGTTT*CCATGCCTCGCTAACTCAGT
GAT*GTCTCT*AGACATCGCTGATAAATATGCATAAAGATCATCATCCCTACTA*TATGT
ACTTCAGAT

QA 3 851 3 851
DS 

RD RR3DV76JQ 463 0 0
AAACACATGTTCCTCCTTTGCGTACTGTTATTTTCGGACCAAAGTTCATGGCCAAGAATC
TCTATGAACTATCTCCGGTCCAAGATCTTGAATTGGCGAAACTGTTGGTAAGGGAAAACC
CTGCTTTATCTACGGACAATCTTTTAGGGACAACGCCATTTACTGAACAAGGGTACGGAT
CGGTTCCACGTGTTTATATCGTCTGCGGAGATGATAATCAGATTCCTGAGGTATCCCAGC
GTTTAATGATCAGCAACTTTCCACCGAATGAAGTGATTGAGATCAAAGGTGCAGATCACA
TGGCGATGTTTTCCATGCCTCGCTAACTCAGTGATTGTCTCTTAGACATCGCTGATAAAT
ATGCATAAAGATCATCATCCCTACTAATATGTACTTCAGATTGTATCCTACTAATATGTA
CTTCAGATTGTATCATCAACAATTATCAAAATGTGTCCTTGTT

QA 1 463 1 463
DS 



AS 1 3

CO CL3713Contig1 1310 3 12 U
GGAAAACCCTACTACTCTCTTCTGTCTGAACCCAAAAGGCGAGCGGCGGCGTGAAAAAGC
TTAGAGAAAAAAAGGAGCGTCGAGCGAGAATGGCGGGAGGGAAGATAAGGAAGGAGAAGG
CCAAGGCACCGTCAAACAATTACCAAGGAGGAATCTCCTTCCACAAATCGAAAGGACAGC
ATATCCTCAAGAACCCTCTCCTCGTCGACTCAATCGTCCAGAAAGCAGGGATTAAGAGCA
CCGATGTGATCCTCGAGATCGGTCCAGGTACTGGTAACTTGACCAAGAAGCTTCTAGAAG
CTGGTAAAGAAGTCATCGCCGTCGAACTCGATTCCCGTATGGTTCTCGAGCTTCAGCGCC
GTTTCCAAGGCACTCCCCTTTCTAACCGCTTGAAGGTGATCCAAGGTGATGTGCTGAAGA
CTGAGCTTCCACGGTTTGACATATGTGTTGCCAACATTCCTTATCAGATATCATCTCCTC
TTACGTTCAAGCTTCTCTTTCACCCGACGAGCTTCAGGTGCGCTGTGATCATGTACCAGA
GAGAGTTCGCCATGAGACCCGTTGCTCAGCCTGGAGATAATCTTTACTGTCGTCTGTCTG
TTAACACTCAGCTGTATGCTAGAGTCTCGCATCTTCTCAAAGTCGGGAAGAACAACTTCC
GTCCGCCTCCCAAGGTGGATTCTTCTGTTGTGAGGATCGAACCTAGGAAGCCGCAGCCTC
AGGTGAACAAGAAGGAGTGGGATGGGTTCTTGAGAGTCTGTTTTATTAGGAAGAACAAGA
CTTTGGGTGCTATTTTCAGGCAGAAGTCTGTTGTTTTTATGCTGGAGAAGAACTTCAAGA
CTCTTCAGGCGGTGCTAGCTTCGTTGAATGGCTCCACTGGAGAAGCTGCTGTGAACACAT
CCATGGATCTTGGTGGTGACCAGAGCATGGGAATGGAAGATGATGACAACGAGATGGAGG
ATGATGATAATATGGAGATGGAAGAAGGACAAGGAGGAGGTGGAGGAGGAGGAGAGTTTA
AGGAGAAGGTTATGAATGTGTTGAAGGAAGGTGGTTTCGAGGAGAAGAGGTCTTCAAAGC
TATCGCAGCAAGAGTTTTTGTATCTTCTTTCTTTATTCAACAAGTCTGGTATTCACTTCT
CTTAAAAGTGTTTTTTGTCCCCTTTCTGGTTCTTATTGTTTCTGCATCAAAGGAGAACGT
GTACCACCCTGTCTTTGTCCTTAATAGTTTTTTTTTCTTTTTTTTGAGTTATTGACTACT
ATGGAGTCTTGCTTTGAGTTTACAAAGAAATGAGAGAGATTGATTAAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AGAAATGAGAGAGATTGATTAAGTT

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DS 



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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F138TF U 1
AF RR3GL21TF U 70
AF RR3GL21JQ C 567
BS 1 93 RR3F138TF
BS 94 94 RR3GL21TF
BS 95 545 RR3F138TF
BS 546 628 RR3GL21TF
BS 629 629 RR3GL21JQ
BS 630 825 RR3GL21TF
BS 826 1357 RR3GL21JQ

RD RR3F138TF 545 0 0
GGACACTATTAGCACTTTCTTCCCCCAAGAAAAAAAACAGAACGACTCTGTTTCTCACTT
CTTCGAAACTCCACATCTACACAAATAACATCAGAGAGCGGAAGAGAGAAGAGCCGAGAG
AGTAGAGATGACGCGAAAATATTTTCAGAGAGAGGTGTTGCCGGTGACGGCGCTGGTAAT
AATGGAATGTGCCAACGTGGGCTTAAACACTCTGTTCAAGGCAGCGACTTTACAAGGCAT
GAGTTTCCATGTCTTCATCGTTTACTCTTACGGTCTTGCTGCTCTTCTTCTACTTCCTTC
TCTTTTCTTCTCCTACAGATCAAGAACGCTTCCACCGATGAATTTCTCAATTCTCTACAA
AGTCGTGCTTCTTGGGTTAATTGGATGCTGCTCAAACATAATGGGATACACGGGAATTAA
CTATAGCTCTCCAACACTTGCTTCTGCAATCAGCAACCTCACTCCTGCGTTTACCTTCTT
GCAGGCCATCCTTTTCAGGATGGAGAGTGTATCATTCAAGAGAACAAGTAGTGTGGCTAA
AATGT

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3GL21TF 756 0 0
GGAT
CATCTACACAAATAACATCAAAGAGCGGAAGAGAGAAGAGCCGAGAGAGTAGAGATGACG
CGAAAATATTTTCAGAGAGAGGTGTTGCCGGTGACGGCGCTGGTAATAATGGAATGTGCC
AACGTGGGCTTAAACACTCTGTTCAAGGCAGCGACTTTACAAGGCATGAGTTTCCATGTC
TTCATCGTTTACTCTTACGGTCTTGCTGCTCTTCTTCTACTTCCTTCTCTTTTCTTCTCC
TACAGATCAAGAACGCTTCCACCGATGAATTTCTCAATTCTCTACAAAGTCGTGCTTCTT
GGGTTAATTGGATGCTGCTCAAACATAATGGGATACACGGGAATTAACTATAGCTCTCCA
ACACTTGCTTCTGCAATCAGCAACCTCACTCCTGCGTTTACCTTCTTGCTGGCCATCCTT
TTCAGGATGGAGAGTGTATCATTCAAGAGAACAAGTAGTGTGGCTAAAATGTTAGGAACC
GTAGTTTCCATTGGAGGAGCATTTATTGTGACTCTTTACAATGGTCCTGTGGTGATCGCT
ATGTCACCACCATCC*ATTTCTCTACGATCAGAGTCGCCTAACCATGATTGGATCATTGG
TGCGGCTTTCCTTGCCGTTGAGTACTTCATGGTTCCGTTGTGGTACATTGTACAGACTCA
AATCATGAGAGAGTATCCATCCGAGTTCACCATTGTTTGCTATTATAGCTTTGGAGTGAG
CTTTTGGACCGGGCTGGTCACGTTGTTCACTG

QA 5 756 5 756
DS 

RD RR3GL21JQ 791 0 0
GAGGAGCATTTATTGTGACTCTTTACAATG*TCCTGTGGTGATCGCTATGTCACCACCAT
CCCATTTCTCTACGATCAGAGTCGCCTAACCATGATTGGATCATTGGTGCGGCTTTCCTT
GCCGTTGAGTACTTCATGGTTCCGTTGTGGTACATTGTACAGACTCAAATCATGAGAGAG
TATCCATCCGAGTTCACCATTGTTTGCTATTATAGCTTTGGAGTGAGCTTTTGGACCGGG
CTGGTCACGTTGTTCACTGAAGGGAGTGACTTGAGTACATGGAAGATAAAACCAAATATA
GCTTTAGTATCAATCGTTTGCTCGGGATTGTTTGGATCTTGCATAAACAATACAATCCAC
ACGTGGGCGTTGCGGATCAAGGGGCCTTTATTCGTTGCAATGTTCAAGCCTCTGTCCATT
GCCATTGCCGTTGCAATGGGCGTGATCTTCCTCCGGGATTCTCTTTACATCGGCAGCTTG
ATAGGGGCAACGGTAATAACCATGGGGTTTTACACGGTGATGTGGGGCAAAGCCAAGGAA
GTGGCCTTGGTCGAAGATGACAACAAGGCTAATAACGAGGATGCTAACGAAGCTGACCTT
GATTCTCCACCAGGTTCACAGAAGGCTCCTCTCTTGGAAAGTTACAAGAACGATGAGCAT
GTATAAGTATCATCAACCAGTCAATACATCTCTCTATATTTGTGTATGAAAATTTGATAT
GTAAAAGTCTTTTAATTTATTTGACGATACAAATGTGATCTTTAATTTTAGGAATCAAGT
TTCTTCTAATC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

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TGAGCTTTCTTCTTCTTCTTCATCCCAAAACTACGAAAGAGATACTCTTTATATACATAC
ACATTCATATGGCTCTTTCTCTCCTCTCTCCAATTCCTCCCTCTTCCTCTTCTCTCTCTC
CTGTTCACTCCTTATATCACCTCAAAGGAAGCAGCAGAACCTCCGTTTTCGGCGGTTTCA
GAAGCTCGTGGAACCTGAGGATTGATTCTGTAGCGGAAAAGAGGCAACTTGGTCTCATGG
TTTCTAGAAACGGTGGAGGAGGTGGAGAATTGGATGATATGGATGAAGGCCAAATCGAGA
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CCCCTGAGAGATGGGATGTTTTGGGTCTCGGCCAAGCCATGGTAGATTTCTCTGGAGTAG
TGGATGATGGGTTTCTAAAGAAACTAGGCTTAGAAAAAGGAACGAGGAAGCTGATCAATC
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GAGGGTCTTTGTCCAACACTCTTGTCGCTCTGGCGAGATTAGGGTGTCCATCCATCACCG
ACCGCCCCTTGAATGTCGCCATGGCTGGCAGTATTGCTGGTGACCCTCTCGGTA


BQ
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AF RR3GU72TF U 1
AF RR3EP20TF U 1
BS 1 714 RR3EP20TF

RD RR3GU72TF 518 0 0
GGAGTTCTGGTGGTTCCTTCCTTCCTCTTCTCTCTCTTTCTGGAGTTTTGGATGGAGATG
TGAGCTTTCTTCTTCTTCTTCATCCCAAAACTACGAAAGAGATACTCTTTATATACATAC
ACATTCATATGGCTCTTTCTCTCCTCTCTCCAATTCCTCCCTCTTCCTCTTCTCTCTCTC
CTGTTCACTCCTTATATCACCTCAAAGGAAGCAGCAGAACCTCCGTTTTCGGCGGTTTCA
GAAGCTCGTGGAACCTGAGGATTGATTCTGTAGCGGAAAAGAGGCAACTTGGTCTCATGG
TTTCTAGAAACGGTGGAGGAGGTGGAGAATTGGATGATATGGATGAAGGCCAAATCGAGA
GCATCGGTGGCCAAGACGAAGATGACGAGGAAATGACACAAGTCCATGCTTCTTCTTCTT
CCCCTGAGAGATGGGATGTTTTGGGTCTCGGCCAAGCCATGGTAGATTTCTCTGGAGTAG
TGGATGATGGGTTTCTAAAGAAACTAGGCTTAGAAAAA

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR3EP20TF 714 0 0
GGAGTTCTGGTGGTTCCTTCCTTCCTCTTCTCTCTCTTTCTGGAGTTTTGGATGGAGATG
TGAGCTTTCTTCTTCTTCTTCATCCCAAAACTACGAAAGAGATACTCTTTATATACATAC
ACATTCATATGGCTCTTTCTCTCCTCTCTCCAATTCCTCCCTCTTCCTCTTCTCTCTCTC
CTGTTCACTCCTTATATCACCTCAAAGGAAGCAGCAGAACCTCCGTTTTCGGCGGTTTCA
GAAGCTCGTGGAACCTGAGGATTGATTCTGTAGCGGAAAAGAGGCAACTTGGTCTCATGG
TTTCTAGAAACGGTGGAGGAGGTGGAGAATTGGATGATATGGATGAAGGCCAAATCGAGA
GCATCGGTGGCCAAGACGAAGATGACGAGGAAATGACACAAGCCCATGCTTCTTCTTCTT
CCCCTGAGAGATGGGATGTTTTGGGTCTCGGCCAAGCCATGGTAGATTTCTCTGGAGTAG
TGGATGATGGGTTTCTAAAGAAACTAGGCTTAGAAAAAGGAACGAGGAAGCTGATCAATC
ACTAGGAGAGGGGTAGAGTCTTGCAAGCAATGGATGGTTGCAGCTATAAGGCTGCGGCTG
GAGGGTCTTTGTCCAACACTCTTGTCGCTCTGGCGAGATTAGGGTGTCCATCCATCACCG
ACCGCCCCTTGAATGTCGCCATGGCTGGCAGTATTGCTGGTGACCCTCTCGGTA

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 3

CO CL3716Contig1 1091 3 19 U
CTAACAAAACCATCATATAGGGAAAAAAAATCCAGTATTTGACAATAGTAATGTAGACAA
AAAGAAGTACTAATATACTATTCAAAGCAAAATAGATGAAGAAAAGTCTTGTTTATTTTT
GGTCTGGTACTTATAAAAATAACAAACGCTTTGGTGGTGGTAGATACTTGAAAGGTGGAT
CCATCAAAGTTTTAGCCGTTGGCAACAATCTCATGAATGGCCTCAGCGACAGAAACGTAC
TCTGCTCTAACCGCCAGTTTCATTGCAATCTCCCTTGAACTGTCCATCCCAAACTGTGCC
CTCACTAACACTTTCACGTTCCCTATGTACACACCTGACAATAAGCAAGTGTGTGACCTT
GCATTGCTCGGAATTGTCTCCGTCCCCTCACAAGGCTGCATGCCAAGAAGATCGATGACA
GCCTTTATAGCTTCTCCTAAAGTCTCTCTCTGGCCAAGCCCAT**TCGTCTACGTGCTCA
TCTTCTTCGTTCATGCTTTCCCACGCATTCCTGAAATTGGAGACACCCACCTTCACCATG
TAATCTGCAGCTAGAACCTCAAGATCCTCCAGCTGGTACTCATCTTCTACCCCATCGTCC
TCTGCTTCACCTGTGCTTGGGTCAACCTCCTTAACAACAAAAGTTAATGTGTTAGAAAAC
TTTCCAACTGCAGGGACACCTGCTGGCTTCTCAAAAGCAACAAAGGCTTGACCAGGCGAA
TCATAAGGAAGTGAGTTCAGGGCCTTTGAAGTTAATTCACTGAATTCCTCTGCTTCTAGC
ATCTACAATGACATTGACCCACTCCAACAACTGCTCTGGTATTGTGTTAGTGCAGTTGTA
CTGAAACACCACATGATTGTCAAAGATATGCTTGACAACATTGACGGCGTATTCTGTTTC
TGCTTCAGTTAGCTCCACAGGTGAAGAAGACTTGAAAAGTTTTCCAAAAGCCGCAAACTC
AGGAATAGATGAGAGAAGTCTTTCATAGCCATCAAATCCAGAAGTAGGTGCAGCTGGTGG
CGCACCGAGACCAGTGGGCTTTTTACCCTGGGCTTTCTTCTCTGCAAGGGGCTGGGATTT
TACTTCCCTAC


BQ
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25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C711JQ U 1
AF RR3AV92JQ U 4
AF RR3AV92TF C 278
BS 1 172 RR3C711JQ
BS 173 173 RR3AV92JQ
BS 174 238 RR3C711JQ
BS 239 239 RR3AV92JQ
BS 240 373 RR3C711JQ
BS 374 374 RR3AV92JQ
BS 375 409 RR3C711JQ
BS 410 410 RR3AV92JQ
BS 411 463 RR3C711JQ
BS 464 465 RR3AV92JQ
BS 466 488 RR3C711JQ
BS 489 489 RR3AV92JQ
BS 490 526 RR3C711JQ
BS 527 527 RR3AV92JQ
BS 528 553 RR3C711JQ
BS 554 554 RR3AV92JQ
BS 555 624 RR3C711JQ
BS 625 724 RR3AV92JQ
BS 725 1091 RR3AV92TF

RD RR3C711JQ 624 0 0
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AAAGAAGTACTAATATACTATTCAAAGCAAAATAGATGAAGAAAAGTCTTGTTTATTTTT
GGTCTGGTACTTATAAAAATAACAAACGCTTTGGTGGTGGTAGATACTTGAACGGTGGAT
CCATCAAAGTTTTAGCCGTTGGCAACAATCTCATGAATGGCCTCAGCGACAGAAACGTCC
TCTGCTCTAACCGCCAGTTTCATTGCAATCTCCCTTGAACTGTCCATCCCAAACTGTGCC
CTCACTAACACTTTCACGTTCCCTATGTACACACCTGACAATAAGCAAGTGTGTGACCTT
GCATTGCTCGGAACTGTCTCCGTCCCCTCACAAGGCTGCATGCCAAGAAAATCGATGACA
GCCTTTATAGCTTCTCCTAAAGTCTCTCTCTGGCCAAGCCCATATTCGTCTACGTGCTCA
TCTTCTTCATTCATGCTTTCCCACGCATTCCTGAAATTGGAGACACTCACCTTCACCATG
TAATCTGCAGCTACAACCTCAAGATCCTCCAGCTGGTACTCATCTTCTACCCCATCGTCC
TCTGCTTCACCTGTGCTTGGGTCA

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3AV92JQ 721 0 0
ACAAAACCATCATATAGGGAAAAAAAATCCAGTATTTGACAATAGTAATGTAGACAAAAA
GAAGTACTAATATACTATTCAAAGCAAAATAGATGAAGAAAAGTCTTGTTTATTTTTGGT
CTGGTACTTATAAGAATAACAAACGCTTTGGTGGTGGTAGATACTTGAAAGGTGGATCCA
TCAGAGTTTTAGCCGTTGGCAACAATCTCATGAATGGCCTCAGCGACAGAGACGTACTCT
GCTCTAACCGCCAGTTTCATTGCAATCTCCCTTGAACTGTCCATCCCAAACTGTGCCCTC
ACTAACACTTTCACGTTCCCTATGTACACACCTGACAATAAGCAAGTGTGTGACCTTGCA
TTGCTCGGAATTGTCTCCGTCCCCTCACAAGGCTGCATGCCAAGAAGATCGATGACAGCC
TTTATAGCTTCTCCTAAAGTCTCTCTCTGGCCAAGCCCAT**TCGTCTACGTGCTCATCT
TCTTCGTTCATGCTTTCCCACGCATTCCTGAAATTGGAGACACCCACCTTCACCATGTAA
TCTGCAGCTAGAACCTCAAGATCCTCCAGCTGGTACTCATCTTCTACCCCATCGTCCTCT
GCTTCACCTGTGCTTGGGTCAACCTCCTTAACAACAAAAGTTAATGTGTTAGAAAACTTT
CCAACTGCAGGGACACCTGCTGGCTTCTCAAAAGCAACAAAGGCTTGACCAGGCGAATCA
T

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3AV92TF 814 0 0
AACTGTCCATCCCAAACTGTGCCCTCACTAACACTTTCACGTTCCCTATGTACACACGTG
ACAATAAGCAAGTGTGTGACCTTGCATTGCTCGGAATTGTCTCCGTCCCCTCACAAGGCT
GCATGCCAAGAAGATCGATGACAGCGTTTATAGCTTCTCCTAAAGTCTCTCTCTGGCCAA
GCCCAT**TCGTCTACGTGCTCATCTTCTTCGTTCATGCTTTCCCACGCATTCCTGAAAT
TGGAGACACCCACCTTCACCATGTAATCTGCAGCTAGAACCTCAAGATCCTCCAGCTGGT
ACTCATCTTCTACCCCATCGTCCTCTGCTTCACCTGTGCTTGGGTCAACCTCCTTAACAA
CAAAAGTTAATGTGTTAGAAAACTTTCCAACTGCAGGGACACCTGCTGGCTTCTCAAAAG
CAACAAAGGCTTGACCAGGCGAATCATAAGGAAGTGAGTTCAGGGCCTTTGAAGTTAATT
CACTGAATTCCTCTGCTTCTAGCATCTACAATGACATTGACCCACTCCAACAACTGCTCT
GGTATTGTGTTAGTGCAGTTGTACTGAAACACCACATGATTGTCAAAGATATGCTTGACA
ACATTGACGGCGTATTCTGTTTCTGCTTCAGTTAGCTCCACAGGTGAAGAAGACTTGAAA
AGTTTTCCAAAAGCCGCAAACTCAGGAATAGATGAGAGAAGTCTTTCATAGCCATCAAAT
CCAGAAGTAGGTGCAGCTGGTGGCGCACCGAGACCAGTGGGCTTTTTACCCTGGGCTTTC
TTCTCTGCAAGGGGCTGGGATTTTACTTCCCTAC

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 3

CO CL3717Contig1 758 3 3 U
GGAAACCAATTCTTGATTCGCTTTCGAATCGATTCGTCACGAATCCAACCCCCTGATTTC
CTTTTCTTATTATTCTCCAGTTTTCGATCTCAATCTCTTTCTCGAGAGAAACAAACTATG
GGAAGAGGCAAGTTCAAGGGGAAACCTACGGGCCAGCGTCGATTCTCAAGTGCAGCTGAT
ATTCTTGCTGGCACTTCCGCCGCACGTCCTCGGTCATTCAAGCAGAAAGAAGCTGAATAT
GAAGAAGATGTTGAAGAGGAGTCTGAAGAGGAATCTGAAGAGGAATCCGAAGATGAATCT
GATGTGAAGAAGAAAGGACATGAAGCTCTGATTGAAGTTGATAACCCTAACAGAGCCAAA
CCAAAGACTTTAAAAGCTAGAGACCTTGATGCTAGTAAAACCACTGAACTCTCAAGGCGT
GAAAGGGAGGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATGAGCGATACATGAAGTTGCAGGAGCAA
GGCAAAACCGAACAATCAAGAAAGGATTTGGATCGTCTGGCTCTGATTCGCCAACAGAGA
GAAGAAGCTGCCAAGAAGCGAGAAGAGGAAAAAGCAGCAAGAGACGCCAAGAAAGTAGAT
GCTCGCAAATGAGAGAAGTTTTCTCCTTAAAAAATAACGAAAGAAGAATACTCATCGAGT
TTTACTTTGTTCCTTTTTCGATTGGTAAACAGATCATAAAACATTTGCCTAATACTCAGT
ACCGTGGGGATTCCATCTTAATACATTTGAAGTTAATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GJ82TF U 1
AF RR3GJ82JQ C 73
AF RR3CR12TF U 6
BS 1 731 RR3GJ82TF
BS 732 732 RR3GJ82JQ
BS 733 758 RR3GJ82TF

RD RR3GJ82TF 758 0 0
GGAAACCAATTCTTGATTCGCTTTCGAATCGATTCGTCACGAATCCAACCCCCTGATTTC
CTTTTCTTATTATTCTCCAGTTTTCGATCTCAATCTCTTTCTCGAGAGAAACAAACTATG
GGAAGAGGCAAGTTCAAGGGGAAACCTACGGGCCAGCGTCGATTCTCAAGTGCAGCTGAT
ATTCTTGCTGGCACTTCCGCCGCACGTCCTCGGTCATTCAAGCAGAAAGAAGCTGAATAT
GAAGAAGATGTTGAAGAGGAGTCTGAAGAGGAATCTGAAGAGGAATCCGAAGATGAATCT
GATGTGAAGAAGAAAGGACATGAAGCTCTGATTGAAGTTGATAACCCTAACAGAGCCAAA
CCAAAGACTTTAAAAGCTAGAGACCTTGATGCTAGTAAAACCACTGAACTCTCAAGGCGT
GAAAGGGAGGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATGAGCGATACATGAAGTTGCAGGAGCAA
GGCAAAACCGAACAATCAAGAAAGGATTTGGATCGTCTGGCTCTGATTCGCCAACAGAGA
GAAGAAGCTGCCAAGAAGCGAGAAGAGGAAAAAGCAGCAAGAGACGCCAAGAAAGTAGAT
GCTCGCAAATGAGAGAAGTTTTCTCCTTAAAAAATAACGAAAGAAGAATACTCATCGAGT
TTTACTTTGTTCCTTTTTCGATTGGTAAACAGATCATAAAACATTTGCCTAATACTCAGT
ACCGTGGGGAT*CCATCTTAATACATTTGAAGTTAATA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3GJ82JQ 682 0 0
TTCTCCAGTTTTCGATCTCAATCTCTTTCTCGAGAGAAACAAACTATGGGAAGAGGCAAG
TTCAAGGGGAAACCTACGGGCCAGCGTCGATTCTCAAGTGCAGCTGATATTCTTGCTGGC
ACTTCCGCCGCACGTCCTCGGTCATTCAAGCAGAAAGAAGCTGAATATGAAGAAGATGTT
GAAGAGGAGTCTGAAGAGGAATCTGAAGAGGAATCCGAAGATGAATCTGATGTGAAGAAG
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AAAGCTAGAGACCTTGATGCTAGTAAAACCACTGAACTCTCAAGGCGTGAAAGGGAGGAG
CTAGAGAAGCAGCGAGCTCATGAGCGATACATGAAGTTGCAGGAGCAAGGCAAAACCGAA
CAATCAAGAAAGGATTTGGATCGTCTGGCTCTGATTCGCCAACAGAGAGAAGAAGCTGCC
AAGAAGCGAGAAGAGGAAAAAGCAGCAAGAGACGCCAAGAAAGTAGATGCTCGCAAATGA
GAGAAGTTTTCTCCTTAAAAAATAACGAAAGAAGAATACTCATCGAGTTTTACTTTGTTC
CTTTTTCGATTGGTAAACAGATCATAAAACATTTGCCTAATACTCAGTACCGTGGGGATT
CCATCTTAATACATTTGAAGTT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3CR12TF 730 0 0
GG
AATTCTTGATTCGCTTTCGAATCGATTCGTCACGAATCCAACCCCCTGATTTCCTTTTCT
TATTATTCTCCAGTTTTCGATCTCAATCTCTTTCTCGAGAGAAACAAACGATGGGAAGAG
GCAAGTTCAAGGGGAAACCTACGGGCCAGCGTCGATTCTCAAGTGCAGCTGATATTCTTG
CTGGCACTTCCGCCGCACGTCCTCGGTCATTCAAGCAGAAAGAAGCTGAATATGAAGAAG
ATGTTGAAGAGGAGTCTGAAGAGGAATCTGAAGAGGAATCCGAAGATGAATCTGATGTGA
AGAAGAAAGGACATGAAGCTCTGATTGAAGTTGATAACCCTAACAGAGCCAAACCAAAGA
CTTTAAAAGCTAGAGACCTTGATGCTAGTAAAACCACTGAACTCTCAAGGCGTGAAAGGG
AGGAGCTAGAGAAGCAGCGAGCTCATGAGCGATACATGAAGTTGCAGGAGCAAGGCAAAA
CCGAACAATCAAGAAAGGATTTGGATCGTCTGGCTCTGATTCGCCAACAGAGAGAAGAAG
CTGCCAAGAAGCGAGAAGAGGAAAAAGCAGCAAGAGACGCCAAGAAAGTAGATGCTCGCA
AATGAGAGAAGTTTTCTCCTTAAAAA*TAACGAAAGAAGAATACTCATCGAGTTTTACTT
TGTTCCTTTTTCGATTGGTAAACAGATCATAAAACATTTGCCTAATACTCAGTACCGTGG
GGAT
TCCA

QA 3 726 3 726
DS 



AS 1 3

CO CL3718Contig1 717 3 4 U
GGCATTTTAGGGAATCTCTCACGGTCCTGACAATAATCGTATACGACGAGGTTACGTTGC
ACCCACGCATAGTCCATCTTCTGTGTCTTTGACAAGTGCCAAGCGTCGTACTGGTCCCAC
CAGTTGTCTGTCGTGGTGGAGACGCAAGCAGGGAATGGTTCCTTCCAGCGACAGCCCTCG
ACGGCGAAGTCCTTGTAGGAAAAGACGAACGGAGCTTTTTTCCAGTCGGTCTTCTCGAGA
CCACCACGTGTTGCCCAGTCGTCGGCGTTCCAGATGCTGGAGAACAAGTACATCGGCTTC
TGGTTCGGGAAGAAATCGTTGTTTGGTACCTTATCGCTGTTCTTGTACACTCGAATCGGT
ACTCTATCCACGAAGAACACGAGCTGG*TGGTTATTCCAGAGAATGGAGTAAGTGTGGTA
GTCCTTGGTTGGGTCGAACCAGAGAGTATGTCGCATCTCCCGATTCCCGGTTCCGTTCTT
AAACACATTGGTCTGAATGATGTACGGCTCTCCGGTTCGGTTCCCTAGAAATTCAAAATC
TATCTCGTCTCTCTCCGGTCCGGCTCCATTCTCCGAACACATGTAGTAAGCGGTAACGAC
GCCGGCTGAATCGCCGCCGACAAGCTTTAGCTTCATACTGAACCATCCAAATCTGTACAT
GTGCTTTGTCTGAAATCCGCAACCGGTATCGTTGTCTAGAGCGAGATTCCAGATCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3GQ65JQ U 145
AF RR3H468JQ U 1
AF RR3H468TF C 255
BS 1 201 RR3H468JQ
BS 202 202 RR3GQ65JQ
BS 203 674 RR3H468JQ
BS 675 717 RR3H468TF

RD RR3GQ65JQ 294 0 0
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ACGAACGGAGCTTTTTTCCAGTCGGTCTTCTCGAGACCACCACGTGTTGCCCAGTCGTCG
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GGTACCTTATCGCTGTTCTTGTACACTCGAATCGGTACTCTATCCACGAAGAACACGAGC
TGG*TGGTTATTCCAGAGAATGGAGTAAGTGTGGTAGTCCTTGGTTGGGTCGAA

QA 1 294 1 294
DS 

RD RR3H468JQ 675 0 0
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ACCCACGCATAGTCCATCTTCTGTGTCTTTGACAAGTGCCAAGCGTCGTACTGGTCCCAC
CAGTTGTCTGTCGTGGTGGAGACGCAAGCAGGGAATGGTTCCTTCCAGCGACAGCCCTCG
ACGGCGAAGTCCTTGTAGGAAGAGACGAACGGAGCTTTTTTCCAGTCGGTCTTCTCGAGA
CCACCACGTGTTGCCCAGTCGTCGGCGTTCCAGATGCTGGAGAACAAGTACATCGGCTTC
TGGTTCGGGAAGAAATCGTTGTTTGGTACCTTATCGCTGTTCTTGTACACTCGAATCGGT
ACTCTATCCACGAAGAACACGAGCTGG*TGGTTATTCCAGAGAATGGAGTAAGTGTGGTA
GTCCTTGGTTGGGTCGAACCAGAGAGTATGTCGCATCTCCCGATTCCCGGTTCCGTTCTT
AAACACATTGGTCTGAATGATGTACGGCTCTCCGGTTCGGTTCCCTAGAAATTCAAAATC
TATCTCGTCTCTCTCCGGTCCGGCTCCATTCTCCGAACACATGTAGTAAGCGGTAACGAC
GCCGGCTGAATCGCCGCCGACAAGCTTTAGCTTCATACTGAACCATCCAAATCTGTACAT
GTGCTTTGTCTGAA
T

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3H468TF 463 0 0
CCAGTCGTCGGCGTTCCAGATGCTGGAGAACAAGTACATCGGCTTCTGGTTCGGGAAGAA
ATCGTTGTTTGGTAC*TTATCGCTGTTCTTGTACACTCGAATCGGTACTCTATCCACGAA
GAACACGAGCTGGGTGGTTATTCCAGAGAATGGAGTAAGTGTGGTAGTCCTTGGTTGGGT
CGAACCAGAGAGTATGTCGCATCTCCCGATTCCCGGTTCCGTTCTTAAACACATTGGTCT
GAATGATGTACGGCTCTCCGGTTCGGTTCCCTAGAAATTCAAAATCTATCTCGTCTCTCT
CCGGTCCGGCTCCATTCTCCGAACACATGTAGTAAGCGGTAACGACGCCGGCTGAATCGC
CGCCGACAAGCTTTAGCTTCATACTGAACCATCCAAATCTGTACATGTGCTTTGTCTGAA
ATCCGCAACCGGTATCGTTGTCTAGAGCGAGATTCCAGATCTG

QA 1 463 1 463
DS 



AS 1 2

CO CL3719Contig1 738 2 4 U
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AAGATGATCCAGTGAGGCAGCAGGAGCTAGCTGCGTACTTCACTCACTGCAACCACCAAC
TACCTCACTTACGACTCGCGCTGTTTAGTGCAATGGGCGTCTGCTACAAGTCAAAGAACC
TCGCCACTGCCTATACCTTCGCCAAAAGATTGCTGGAAACCAACCCAATGGAGAGCCAAG
CCAAGACGGCTAGACAAATTGTTCAAGCCGCTGAACGCAATATGACTGATACAACCGAGC
TCAACTACGATTTCAGAAACCCGTTCGTGATATGTGGGTCAACCTATGTCCCCATCTACA
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GTGTACTTAAAAAATTATTCTGGTTTGTGAACTTTTCATTGCAGGTTCTATTATTACTAT
TTCAGTCTTCTAAGTTGTTTTTCATCTTTGTAACGACCCATGAGAACTTTTACTTGTTGC
TCTATATTTCATTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF92TF U 1
AF RR3EF92JQ C 5
BS 1 644 RR3EF92TF
BS 645 645 RR3EF92JQ
BS 646 731 RR3EF92TF
BS 732 738 RR3EF92JQ

RD RR3EF92TF 731 0 0
GCACCATCGTTAAAGAATATGTCCTCGGTCTGAAAATGGAGCTTAAGAGAAGAGAGACGA
AAGATGATCCAGTGAGGCAGCAGGAGCTAGCTGCGTACTTCACTCACTGCAACCACCAAC
TACCTCACTTACGACTCGCGCTGTTTAGTGCAATGGGCGTCTGCTACAAGTCAAAGAACC
TCGCCACTGCCTATACCTTCGCCAAAAGATTGCTGGAAACCAACCCAATGGAGAGCCAAG
CCAAGACGGCTAGACAAATTGTTCAAGCCGCTGAACGCAATATGACTGATACAACCGAGC
TCAACTACGATTTCAGAAACCCGTTCGTGATATGTGGGTCAACCTATGTCCCCATCTACA
GAGGTCAGAAAGACGTGTCTTGTCCATACTGCACTGCTAGGTTTGTACCAAGCCAAGCAG
GAAACATATGCGGGGTCTGTGATCTTGCAGTCATTGGCGCAGACGCATCTGGTCTGGTGT
GCTCTCCGTCTCAAGTCCGGTGATCAGTTCAGATTCATTATCTTGTCCAAACGTAAGGTA
AGTACAAGATGCTCTCCTTTTATATGGAAGAAGAGTGTTGAGCTTTTGGTCTTGGTGGTT
GTGTACTTAAAAAATTATTCTGGTTTGTGAACTTTTCATTGCAG*TTCTATTATTACTAT
TTCAGTCTTCTAAGTTGTTTTTCATCTTTGTAACGACCCATGAGAACTTTTACTTGTTGC
TCTATATTTCA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3EF92JQ 734 0 0
C
ATCGTTAAAGAATATGTCCTCGGTCTGAAAATGGAGCTTAAGAGAAGAGAGACGAAAGAT
GATCCAGTGAGGCAGCAGGAGCTAGCTGCGTACTTCACTCACTGCAACCACCAACTACCT
CACTTACGACTCGCGCTGTTTAGTGCAATGGGCGTCTGCTACAAGTCAAAGAACCTCGCC
ACTGCCTATACCTTCGCCAAAAGATTGCTGGAAACCAACCCAATGGAGAGCCAAGCCAAG
ACGGCTAGACAAATTGTTCAAGCCGCTGAACGCAATATGACTGATACAACCGAGCTCAAC
TACGATTTCAGAAACCCGTTCGTGATATGTGGGTCAACCTATGTCCCCATCTACAGAGGT
CAGAAAGACGTGTCTTGTCCATACTGCACTGCTAGGTTTGTACCAAGCCAAGCAGGAAAC
ATATGCGGGGTCTGTGATCTTGCAGTCATTGGCGCAGACGCATCTGGTCTGGTGTGCTCT
CCGTCTCAAGTCCGGTGATCAGTTCAGATTCATTATCTTGTCCAAACGTAAGGTAAGTAC
AAGATGCTCTCCTTTTATATGGAAGAAGAGTGTTGAGCTTTTGGTCTTGGTGGTTGTGTA
CTTAAAAAATTATTCTGGTTTGTGAACTTTTCATTGCAGGTTCTATTATTACTATTTCAG
TCTTCTAAGTTGTTTTTCATCTTTGTAACGACCCATGAGAACTTTTACTTGTTGCTCTAT
ATTTCATTTTGTT

QA 2 734 2 734
DS 



AS 1 3

CO CL3720Contig1 751 3 3 U
AAGATATTAAGTTATTAATGATTCTCATATCAGTACTTCTGGCAAGACGTCACGAAAGAA
GTACTAATGAAACAGAATTAGGAAAATAAATACGAAACAATGAAGATACATAATTAAAGT
TTAACATCAATAGTTAAGTTTACAGTAAGATACCAAATGAAGACAAAATCCTCTACTTGA
ACGTGTCATTCACCAAGAGCTTTCCATCACAAACTTTCAACCCAGTCACCTCCGTTTGCA
ACTATCCTTTTAATGAAAACATACAACTGTAACCATGTCCTACAAAAACCAGAGGAGCCT
TGAAGACGACTATATCTGAAACCTCTGGGCTTCTGAACAAGTACGAGACCTTCTCGGCCA
TAACACGATCACTAACATCGAGAGTAAGGTGCATAAACGTTGAAGGTATAGACTTCGGCT
CCGTCCACGCCGAACGGAAAAGGAGAGAAACAGTAACCGCCGTGAAAGCTGCCTTAACAT
CCTCCGAACAGATATCGAAAAGCTTGTTAACCCCTCAGTTTCCAAATTTAATAATTAGAA
AATTGCAGAGAAATAATAATACTTTAATGGAGTCTGAAACTCTTAGGAAAAGGAGAATGG
GCAAGAGGGAAAATTATTTGCAGCGGAATCTAAGAGAAATAAGAGGCAGAAGGGAGAATC
AGAGAAAACTTAAAACAATTATGAAAACCTATACAATCTCTTCTATATATAACCTTATAT
GATAAGATACAACTCTTAAGAGAACCACTCC


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DY84JQ U 1
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A
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AA
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DS 



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AAACGTATCCTCCGTCAAACGGAAAATTCAATGCTACGTATTTGAAATTTCTCCAACCGG
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ATAGAGACTTACATATTCGCCATGTTCGATGAGAATGATAAGCCGGGTGAGGAGACTGAG
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TATTTGAGGATTTTTATGTCTTAAAAAAGTGTGAACTTGCTGTAATAATAAGGACTAGTG
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BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EN69TF U 4
AF RR3F166TF U 1
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G
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GGCTATGTTCAAGAAGTACAGCATCCCGCGAATGCGGATGTACGATGTCAACCCTGAAGC
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DS 

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CCGCAGCAGACCTCAGCAATATCAAGGTCTCCACGACTACATTCATGGGAGCCTTCACGG
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GCTACATTCAATGACTACAACAACACGCTCCATTACCAAAACCTCTTCGATGCCAATCTC
GACTCAGTTTACGCTGCATTGGAGAAATCGGGC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3F166JQ 832 0 0
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AGCCTTCACGGAAACGTATCCTCCGTCAAACGGAAAATTCAATGCTACGTATTTGAAATT
TCTCCAACCGGCGATAGATTTCTTGGTGATAAAGCGATCTCCTCTGCTCGTGAATATCTA
CACTTACTTCGGCTACATTCAATGACTACAACAACACGCTCCATTACCAAAACCTCTTCG
ATGCCAATCTCGACTCAGTTTACGCTGCATTGGAGAAATCGGGCGGGGGATCGTTGGAAG
TCGTGGTGTCGGAGAGCGGTTGGCCCACGCAGGGAGAAGACACCGAGGCAAGTGTGCCGA
ATGCGGAGGCTTATGTTAACAATTTGAGACTAAGTGTGCAGAATGGATCTCCGAAAAGGC
CAGGGAAACCTATAGAGACTTACATATTCGCCATGTTCGATGAGAATGATAAGCCGGGTG
AGGAGACTGAGAGGCACTTTGGGCTGTTTAATTTTACTACAAGAGAGCCTAAATATGGTG
TTAGGTTCAACTAATCATCTTCGAGAGACTTCTTAAAGAAGCAAGGGCGATGCGGTAAAA
TGGTATTTGTCTATTTGAGGATTTTTATGTCTTAAAAAAGTGTGAACTTGCTGTAATAAT
AAGGACTAGTGAGCCTTAACCGTTGTTTTTACTTCATCTATTTCAATAATGT

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 3

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AAACAACCGGTTAGTTTCTTAAATCCCACGAAACAGCCCTTGAGAGACATGTCGGGAGAT
CACGCCGATGTTACGGAGAAGAAATCCCACGCAGACGCAGATCCTTTCGGTGGAGTCGAC
GATGTCGGAGAAATCGTCAACGGAGGGACGGTGAATGGTCGCCGCGGCGGAAAGGACTAT
GAGGAGGAGGAGGAGAGTCTTTACTCATTGGTTTGCATCATGATCGGTTCGATTCTGTTT
CCGGATTCGAAAACTTCTCCTTTGATTCAACGAATAAGAAACTCCTTCTCCATGAATGGC
CCCAAACTTCGAGAAGCTTCTCGCAAAACTTCTCTCGAGATTCTCCAGTGGACTCGTCGA
GGCAGCCCTTTTCGTGCACTCCTCGTCATCACTATGGGAACAATAGTTCTTGTTACGACA
ATGGCTTTGGTTGTGTTCGCGCTCTTCTTTGTAGCTGCAACAGCCAATGCAATAGTAATC
TCCCTTTTGGTTTCGCTTGCTGTTGCTGGTGGCTTCTTGGCTCTCTTCTTTCTCTCCCTG
ACTGCTGCTTACATCGGAGCTTTATCCGTCGCTGCATTCGTCATCTCTACCGTTACAGTC
TCAGCTGTTGTTTGCGTCTTGATTGCTTCACGTTGGATTGGGTTTTTCTATGCTGTGTGG
TTGGGAGCAAGAGGAAGCCTGAGCCTGGCTAAGCAATTGATGGGATTAGCCCTTTCAGGT
AACGGTTTCAGTCGTTATCAACGCATGGAGTCAGCAGAGGTAGTAAACATCGACTCATCT
AGCTGAGAGAAAGTCTCTATTAGAGTTTGTAGATTAACCCAGAGTTTTGGTCTTCCCGTG
TTGTTAATGAAAGTTTATAATAGAATGTTGTGAAAAGCAGCAGAGAACCGGAAGAATATT
TTTCAAGAAACTGATAATGAACATTTGTGATTGGTCAATGTCTGCGTTTGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BQ29TF U 45
AF RR3FC93TF U 1
AF RR3FC93JQ C 416
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BS 409 735 RR3FC93TF
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RD RR3BQ29TF 643 0 0
GGGT
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TTTCTCTCCCTGACTGCTGCTTACATCGGAGCTTTATCCGTCGCTGCATTCGTCATCTCT
ACCGTTACAGTCTCAGCTGTTGTTTGCGTCTTGATTGCT

QA 5 643 5 643
DS 

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AAACAACCGGTTAGTTTCTTAAATCCCACGAAACAGCCCTTGAGAGGCATGTCGGGAGAT
CACGCCGATGTTACGGATAAGAAATCCCACGCAGACGCAGATCCTTTCGGTGGAGTCGAC
GATGTCGGAGAAATCGTCAACGGAGGGACGGTGAATGGTCGCCGCGGCGGAAAGGACTAT
GAGGAGGAGGAGGAGAGTCTTTACTCATTGGTTTGCATCATGATCGGTTCGATTCTGTTT
CCGGATTCGAAAACTTCTCCTTTGATTCAACGAATAAGAAACTCCTTCTCCATGAATGGC
CCCAAACTTCGAGAAGCTTCTCGCAAAACTTCTCTCGAGATTCTCCATTGGACTCGTCGA
GGCAGCCCTTTTCGTGCACTCCTCGTCATCACTATGGGAACAATAGTTCTTGTTACGACA
ATGGCTTTGGTTGTGTTCGCGCTCTTCTTTGTAGCTGCAACAGCCAATGCAATAGTAATC
TCCCTTTTGGTTTCGCTTGCTGTTGCTGGTGGCTTCTTGGCTCTCTTCTTTCTCTCCCTG
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TCAGCTGTTGTTTGCGTCTTGATTGCTTCACGTTGGATTGGGTTTTTCTATGCTGTGTGG
TTGGGAGCAAGAGGA
GCC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3FC93JQ 598 0 0
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CGACAATGGCTTTGGTTGTGTTCGCGCTCTTCTTTGTAGCTGCAACAGCCAATGCAATAG
TAATCTCCCTTTTGGTTTCGCTTGCTGTTGCTGGTGGCTTCTTGGCTTTCTTCTTTCTCT
CCCTGACTGCTGCTTACATCGGAGCTTTATCCGTCGCTGCATTCGTCATCTCTACCGTTA
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TGTGGTTGGGAGCAAGAGGAAGCCTGAGCCTGGCTAAGCAATTGATGGGATTAGCCCTTT
CAGGTAACGGTTTCAGTCGTTATCAACGCATGGAGTCAGCAGAGGTAGTAAACATCGACT
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CCGTGTTGTTAATGAAAGTTTATAATAGAATGTTGTGAAAAGCAGCAGAGAACCGGAAGA
ATATTTTTCAAGAAACTGATAATGAACATTTGTGATTGGTCAATGTCTGCGTTTGGAT

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 3

CO CL3723Contig1 1122 3 12 U
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CGGTGCTCCAGCTGCAGTGCCAGTTCCATTACCAGATATGGTCTTGCCACCTTCATTTGA
CAGTGATAATTCAGCTTACCGATACCGTTTCCTGGAACCCACTTCACAGCTCCTAACTAG
GCCAGTATTGGATACCCATGGTTGGGACCATGACTGTGGGTATGACGGTGTGGATGCAGA
ATACAGTCTTGCTATAGCAAGCCGGTTCCCTGCTACAGCTACTGTCCAAACCACCAAGGA
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CTCCACCATGGCAGGTTTCGATATCCAGAATGTAGGTAAGCAGCTTGCATATGTGGTCAG
AGGAGAAACCAAATTCAAGAACTTGAAGAAGAACAAGACAACTCTCGGAGGTTCAGTGAC
TTTCTTGGGCGAGAACATTGCCACTGGTGTCAAAGTCGAGGACCAAATATCACTTGGTAA
AAGATTTGTGCTTGTGGGCAGTACAGGGACCATGCGATCACAGGGAGACGCGGCTTACGG
TGCGAACCTGGAGGTCAGGTTCAAGGAAGCTGATTTCCCAATAGGCCAGGACCAACACTC
TTTAGGACTGTCTCTGGTGAAGTGGAGAGGTGATTTAGCCCTCGGAGGCAACCTCCAATC
TCAAGTCTCTGTTGGAAGGAACTCAAAGATAGCCCTTCGTGCAGGGCTTAACAACAAGAT
GAGCGGGCAGATCACAGTCCGAACCAGCAGCTCGGATCAGTTGCAGATTGCTCTCACTGC
CATTCTTCCAATTGCTATGTCCATCTACAAGCTCATTCGACCCGAAGGGGCCAGTGACAA
GTACAGCATGTACTGAGTATATGCCTGCAACTCCCTCTGCTGATGAATGCAGGAGAAGGA
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TGAGATTTTCTTGAAGTTGTATTTTGTTCTGTTGAGAATTACCCTATCGGATTGTATCAG
TATTTCTTCAATTTCAGTAATTCATCAAAAAGAATGGAGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C887TF U 1
AF RR3C887JQ C 336
AF RR3CT10TF U 774
BS 1 644 RR3C887TF
BS 645 645 RR3C887JQ
BS 646 665 RR3C887TF
BS 666 666 RR3C887JQ
BS 667 706 RR3C887TF
BS 707 774 RR3C887JQ
BS 775 882 RR3CT10TF
BS 883 883 RR3C887JQ
BS 884 1000 RR3CT10TF
BS 1001 1001 RR3C887JQ
BS 1002 1106 RR3CT10TF
BS 1107 1122 RR3C887JQ

RD RR3C887TF 706 0 0
CGGGAAGAAGGTGGGTGAAAATGAGTTTGGTTATCCGGGTGAAGAAGAGGATCCGGAGAA
CGGTGCTCCAGCTGCAGTGCCAGTTCCATTACCAGATATGGTCTTGCCACCTTCATTTGA
CAGTGATAATTCAGCTTACCGATACCGTTTCCTGGAACCCACTTCACAGCTCCTAACTAG
GCCAGTATTGGATACCCATGGTTGGGACCATGACTGTGGGTATGACGGTGTGGATGCAGA
ATACAGTCTTGCTATAGCAAGCCGGTTCCCTGCTACAGCTACTGTCCAAACCACCAAGGA
CAAGAAAGAGTTCAACATTCATCTGGACTCCTCCGTGTCTGCTAAGCACGGTGAAAGTGG
CTCCACCATGGCAGGTTTCGATATCCAGAATGTAGGTAAGCAGCTTGCATATGTGGTCAG
AGGAGAAACCAAATTCAAGAACTTGAAGAAGAACAAGACAACTCTCGGAGGTTCAGTGAC
TTTCTTGGGCGAGAACATTGCCACTGGTGTCAAAGTCGAGGACCAAATATCACTTGGTAA
AAGATTTGTGCTTGTGGGCAGTACAGGGACCATGCGATCACAGGGAGACGCGGCTTACGG
TGCGAACCTGGAGGTCAGGTTCAAGGAAGCTGATTTCCCAATAG*CCAGGACCAACACTC
TTTAG*ACTGTCTCTGGTGAAGTGGAGAGGTGATTTAGCCCTCGGA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3C887JQ 787 0 0
TGTCTGCTAAGCACGGTGAAAGTGGCTCCACCATGGCAGGTTTCGATATCCAGAATGTAG
GTAAGCAGCTTGCATATGTGGTCAGAGGAGAAACCAAATTCAAGAACTTGAAGAAGAACA
AGACAACTCTCGGAGGTTCAGTGACTTTCTTGGGCGAGAACATTGCCACTGGTGTCAAAG
TCGAGGACCAAATATCACTTGGTAAAAGATTTGTGCTTGTGGGCAGTACAGGGACCATGC
GATCACAGGGAGACGCGGCTTACGGTGCGAACCTGGAGGTCAGGTTCAAGGAAGCTGATT
TCCCAATAGGCCAGGACCAACACTCTTTAGGACTGTCTCTGGTGAAGTGGAGAGGTGATT
TAGCCCTCGGAGGCAACCTCCAATCTCAAGTCTCTGTTGGAAGGAACTCAAAGATAGCCC
TTCGTGCAGGGCTTAACAACAAGATGAGCGGGCAGATCACAGTCCGAACCAGCAGCTCGG
ATCAGTTGCAGATTGCTCTCACTGCCATTCTTCCAATTGCTATGTCCATCTACAAGCTCA
TTCGACCCGAAGGGGCCAGTGACAAGTACAGCATGTACTGGGTATATGCCTGCAACTCCC
TCTGCTGATGAATGCAGGAGAAGGATGTTTTATGTTATTTGGTTTT*GGTTCATGTTTTT
CTCTTCACTTTAATAAAACTCTTGTTGAGATTTTCTTGAAGTTGTATTTTGTTCTGTTGA
GAATTACCCTATCGGATTGTATCAGTATTTCTTCAATTTCAGTAATTCATCAAAAAGAAT
GGAGTCT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3CT10TF 333 0 0
G
CAAGATGAGCGGGCAGATCACAGTCCGAACCAGCAGCTCGGATCAGTTGCAGATTGCTCT
CACTGCCATTCTTCCAATTGCTATGTCCATCTACAAGCTCATTCGACCTGAAGGGGCCAG
TGACAAGTACAGCATGTACTGAGTATATGCCTGCAACTCCCTCTGCTGATGAATGCAGGA
GAAGGATGTTTTATGTTATTTGGTTTTTGGTTCATGTTTTTCTCTTTACTTTAATAAAAC
TCTTGTTGAGATTTTCTTGAAGTTGTATTTTGTTCTGTTGAGAATTACCCTATCGGATTG
TATCAGTATTTCTTCAATTTCAGTAATTCATC

QA 2 333 2 333
DS 



AS 1 3

CO CL3724Contig1 823 3 9 U
GGCTAGCAAAAAAAATAAAAAAATAAAAATATAAGTGAATCATCTTTCTTCATCATCTCT
CAAGAACAGATTTTCGACGAGCTTGATCGATTTAAAATTCTCAAGATCTATGGCGGAAGA
GCATCGATGTCAGACGCCGGAAGGCCACCGTCTCTGCGCTAACAACTGCGGCTTCCTCGG
AAGCTCCGCCACCATGAATCTCTGCTCCAATTGCTACGGCGATCTCTGTCTCAAGCAGCA
GCAACAAGCCTCCATGAAAACCACCGTGGAATCCTCTCTCTCCGCCGTATCTCCTCCGTC
GTCGGCGGAGATAGCCTCCGTCTCTTCTCCGGCGATCTCACCTCTCGTTCAAAACCCATC
AGCTGAGCTAGAGGCAACGACGAAGAACGTTCCGGTGACGGTGACGGTGACTCCGCCGCG
GCTGACGACGACGGAGGAGAAGCAGCTTAAACGGCCGAATCGTTGCACGACGTGCAGGAA
ACGGGTCGGGTTGACCGGATTCAAGTGCCGGTGCGGGACGACTTACTGCGGGGTCCACAG
GTACCCCGAGGTCCATGGATGCACCTTCGACTTCAAATCGGTCGGTCGTGAAGAGATCGC
CAAGGCGAACCCGTTGGTCAAAGCGGCGAAGCTTCAGAAGATTTGATCCGAGCCGTTCGA
TGCATTGACTTTTCTGTCTTCATTTAAACGCGTCCGTCTCAGAGTAACCATGATGGTATC
TCGGCCGTTCATCATGGGTCATTATGTAAAAGATATGTATTATCAACGGACACGTGTCAC
GTGACGCTTTCATCATGTTCCCAATTAATTTTCTTTTCCCTAT


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3F757TF U 1
AF RR3DG62TF U 5
AF RR3DG62JQ C 220
BS 1 65 RR3F757TF
BS 66 66 RR3DG62TF
BS 67 252 RR3F757TF
BS 253 750 RR3DG62TF
BS 751 751 RR3DG62JQ
BS 752 760 RR3DG62TF
BS 761 761 RR3DG62JQ
BS 762 805 RR3DG62TF
BS 806 823 RR3DG62JQ

RD RR3F757TF 252 0 0
GGCTAGCAAAAAAAATAAAAAAATAAAAATATAAGTGAATCATCTTTCTTCATCATCTCT
CAAGAGCAGATTTTCGACGAGCTTGATCGATTTAAAATTCTCAAGATCTATGGCGGAAGA
GCATCGATGTCAGACGCCGGAAGGCCACCGTCTCTGCGCTAACAACTGCGGCTTCCTCGG
AAGCTCCGCCACCATGAATCTCTGCTCCAATTGCTACGGCGATCTCTGTCTCAAGCAGCA
GCAACAAGCCTC

QA 1 252 1 252
DS 

RD RR3DG62TF 808 0 0
G
GCAAAAAAAATAAAAAAATAAAAATATAAGTGAATCATCTTTCTTCATCATCTCTCAAGA
ACAGATTTTCGACGAGCTTGATCGATTTAAAATTCTCAAGATCTATGGCGGAAGAGCATC
GATGTCAGACGCCGGAAGGCCACCGTCTCTGCGCTAACAACTGCGGCTTCCTCGGAAGCT
CCGCCACCATGAATCTCTGCTCCAATTGCTACGGCGATCTCTGTCTCAAGCAGCAGCAAC
AAGCCTCCATGAAAACCACCGTGGAATCCTCTCTCTCCGCCGTATCTCCTCCGTCGTCGG
CGGAGATAGCCTCCGTCTCTTCTCCGGCGATCTCACCTCTCGTTCAAAACCCATCAGCTG
AGCTAGAGGCAACGACGAAGAACGTTCCGGTGACGGTGACGGTGACTCCGCCGCGGCTGA
CGACGACGGAGGAGAAGCAGCTTAAACGGCCGAATCGTTGCACGACGTGCAGGAAACGGG
TCGGGTTGACCGGATTCAAGTGCCGGTGCGGGACGACTTACTGCGGGGTCCACAGGTACC
CCGAGGTCCATGGATGCACCTTCGACTTCAAATCGGTCGGTCGTGAAGAGATCGCCAAGG
CGAACCCGTTGGTCAAAGCGGCGAAGCTTCAGAAGATTTGATCCGAGCCGTTCGATGCAT
TGACTTTTCTGTCTTCATTTAAACGCGTCCGTCTCAGAGTAACCATGATGGTATCTCGGC
CGTTCATCATGGGTCATTATGTAAA*GATATGTAT*ATCAACGGACACGTGTCACGTGAC
GCTTTCATCATGTTCCCAAT
AATTTCT

QA 2 801 2 801
DS 

RD RR3DG62JQ 604 0 0
CGATCTCTGTCTCAAGCAGCAGCAACAAGCCTCCATGAAAACCACCGTGGAATCCTCTCT
CTCCGCCGTATCTCCTCCGTCGTCGGCGGAGATAGCCTCCGTCTCTTCTCCGGCGATCTC
ACCTCTCGTTCAAAACCCATCAGCTGAGCTAGAGGCAACGACGAAGAACGTTCCGGTGAC
GGTGACGGTGACTCCGCCGCGGCTGACGACGACGGAGGAGAAGCAGCTTAAACGGCCGAA
TCGTTGCACGACGTGCAGGAAACGGGTCGGGTTGACCGGATTCAAGTGCCGGTGCGGGAC
GACTTACTGCGGGGTCCACAGGTACCCCGAGGTCCATGGATGCACCTTCGACTTCAAATC
GGTCGGTCGTGAAGAGATCGCCAAGGCGAACCCGTTGGTCAAAGCGGCGAAGCTTCAGAA
GATTTGATCCGAGCCGTTCGATGCATTGACTTTTCTGTCTTCATTTAAACGCGTCCGTCT
CAGAGTAACCATGATGGTATCTCGGCCGTTCATCATGGGTCATTATGTAAAAGATATGTA
TTATCAACGGACACGTGTCACGTGACGCTTTCATCATGTTCCCAATTAATTTTCTTTTCC
CTAT

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL3725Contig1 1064 2 2 U
TTGAAGAAAAGATGGAAGCTTGTTTGAGATGTTCACGAGGAGGAAGCAATCTAATCGAAG
CTTTGAGACCAATCGGCAAATTTTCCGGTTCTCTCCGGTCTTGTTCATCTTCTTCTGTCT
CTTTCAGCACCGAAGACAAGCGGGTGAAGAGAGCTTATGATGGTTTGTTGCTTGATGCTG
GAGGAACCCTTTTGCAGTTGTCGGAACCCGTACATGAAACTTACGCCTCCTTGGGCCAAA
AATACGGTATCAAGACAACTCCAGCTGAGATAAAGCAAGGTTTCAAGAGAGCTTTTGCTT
CTCCTTGGCCTGAGAAATTGCGTTACGAGGGTGATGGAAGACCCTTTTGGAAGCTCGTTG
TTTCCGAAGCTACTGGTTGTTCTGATAATGACTACTTTGAGGATGTCTACCAATATTACG
CGAATGGTGAGGCGTGGCATCTCCCAGAAGGAGCTTATGAGACAATGTCACTACTGAAAA
ATGCTGGAGTTAAGATGGCTGTTGTCTCCAATTTCGATACCCGCCTTAGAAAGCTATTGA
AGGATCTTAATGTCATCGATATGTTTGACGCTGTGATAGTTTCCTCAGAAGTCGGATACG
AGAAGCCTGATGACCGAATCTTCAAATGCGCTTTAGAGCAAATCAGCGTAGATGCAAACA
GAGCAGTGCATGTTGGAGATGATGAGGGGGCAGATAAAGGCGGTGCAAACTCCGTCGGTA
TTGCTTGTTGGCTTTGGGGAAAAGATGTGCAGACATTCTCAGACATACAAGATCGGATTT
TGTTTTCTGAACACTAAGCTTCAAAGAGCTTTACCCAATGTGGTTTAACTATGGTCCAGT
GGAGGTATTGGAGTGTCTCTAGCATTACTGATACGGTTGGTCCTGCCATGGCCATTGAAA
CTCTTAAAGTATTACTCATTAGTTACCATCCAGCTTAGGCATTCGTAGGTGTAATAAGAA
AAAGCATCGTCTATGTTGATTAGTATTCAAACCAAAATCGAATTACATTTCCAGTGTCTT
TACAATCACATGTTGCAATACAATACAAGTTATTGTTTGAGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H576TF U 1
AF RR3H576JQ C 350
BS 1 688 RR3H576TF
BS 689 1064 RR3H576JQ

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CTTTCAGCACCGAAGACAAGCGGGTGAAGAGAGCTTATGATGGTTTGTTGCTTGATGCTG
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AATACGGTATCAAGACAACTCCAGCTGAGATAAAGCAAGGTTTCAAGAGAGCTTTTGCTT
CTCCTTGGCCTGAGAAATTGCGTTACGAGGGTGATGGAAGACCCTTTTGGAAGCTCGTTG
TTTCCGAAGCTACTGGTTGTTCTGATAATGACTACTTTGAGGATGTCTACCAATATTACG
CGAATGGTGAGGCGTGGCATCTCCCAGAAGGAGCTTATGAGACAATGTCACTACTGAAAA
ATGCTGGAGTTAAGATGGCTGTTGTCTCCAATTTCGATACCCGCCTTAGAAAGCTATTGA
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AGAAGCCTGATGACCGAATCTTCAAATGCGCTTTAGAGCAAATCAGCGTAGATGCAAACA
GAGCAGTGCATGTTGGAGATGATGAGGG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3H576JQ 715 0 0
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ACTACTGAAAAATGCTGGAGTTAAGATGGCTGTTGTCTCCAATTTCGATACCCGCCTTAG
AAAGCTATTGAAGGATCTTAATGTCATCGATATGTTTGACGCTGTGATAGTTTCCTCAGA
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AGATGCAAACAGAGCAGTGCATGTTGGAGATGATGAGGGGGCAGATAAAGGCGGTGCAAA
CTCCGTCGGTATTGCTTGTTGGCTTTGGGGAAAAGATGTGCAGACATTCTCAGACATACA
AGATCGGATTTTGTTTTCTGAACACTAAGCTTCAAAGAGCTTTACCCAATGTGGTTTAAC
TATGGTCCAGTGGAGGTATTGGAGTGTCTCTAGCATTACTGATACGGTTGGTCCTGCCAT
GGCCATTGAAACTCTTAAAGTATTACTCATTAGTTACCATCCAGCTTAGGCATTCGTAGG
TGTAATAAGAAAAAGCATCGTCTATGTTGATTAGTATTCAAACCAAAATCGAATTACATT
TCCAGTGTCTTTACAATCACATGTTGCAATACAATACAAGTTATTGTTTGAGACT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 3

CO CL3726Contig1 1225 3 9 U
GGAGGTGCGACGTCTGCGATAAAGAAGAAGCCTCGGTGTTCTGCACCGCCGACGAAGCGT
CTCTGTGCGACGGCTGCGATCACCAAGTCCACCACGCTAACAAACTCGCCTCAAAACATC
TCCGTTTCTCTCTCCTCTGTCCTTCTTCCTCCGAGAACTCCTCTCCTATCTGCGACATCT
GTCAGGAGAAGAAAGTCCTGTTGTTTTGTCAACAAGATAGGGCTATTTTATGCGCAGACT
GTGATTCATCGATCCACTCGGCCAACGAACACACCAAGAAACACGATAGGTTTCTTCTCA
CAGGGGTTAAGCTATCTCAAACCTCCTCTGTTTACAAACCAACTTCAGAATCTCCTTTAA
ATAGTCAAGATTGCTCTGTCCCTGCTCTTTCAAAGAAACCTATCTCAGCTCCTCAGAGTC
AGATCAAGAACTCCAAGATCCAACCCTCTAAGATCAGTAGCGATGTAGGCATGAATCAGT
GGGGATCCACAAGCACGATTTCAGAGTACTTGATCGATACGTTACCTGGTTGGCACGTTG
AGGATTTTCTTGATTCCTCACTTCCTCCTTTTGGTTTCTCTAAGAGTGGTGATGATGATG
GAGTGTTACCATATATGGAAGCAGAAGATGACAGCACTAAGAGAAACAACAACAATACAG
TGTCACTTCCATCTAAGAATATGGGGATTTGGGTCCCTCAGATTCCACAAACTCTTCCTT
CTTCATACACAAACCAGTACTTTTCTCAGGACAACAATATTCAGTTTGGGATGTACAACA
ACAAAGAAGCATCACATGGAGTAGAGACTTATGCTCCAATACAAAACATGAAACAACAAG
GACAGAACAAGAGATGGTATGATGATGGTGGCTTCACTGTCCCACAGATAACTACTACTT
TTACTCATCCTCCTCCTATTACTTCTAATAAAAGGTCCAGATCCTTCTGGTAATCTACCT
GGTGTTTTCTGTTTTGTTTGTTTGTTGGCCTTTTGGGTCTTTCTTGATTTCTCTGAACTT
CGTTCTTTGTAGAACTAGGTTTACTTCTTGGTGTATTTTGTAAATTTTGAGTGTGATTGC
AAATGTTTTTTCTTATCCTCTATTGCAAGTTTTCGTGTAATAAAAGCCCCGTGACTTATA
TTGTGAATCACGGCGCAAGATTTCTCCGTTTTTTGTGGAAGCAAGACTTCATTTCATAGA
AAGAAATTAGTTATTTTCGATTGAC


BQ
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AF RR3B425TF U 1
AF RR3DS18TF U 456
AF RR3B425JQ C 428
BS 1 749 RR3B425TF
BS 750 750 RR3DS18TF
BS 751 825 RR3B425TF
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BS 844 996 RR3DS18TF
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BS 998 1029 RR3DS18TF
BS 1030 1225 RR3B425JQ

RD RR3B425TF 843 0 0
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CTCTGTGCGACGGCTGCGATCACCAAGTCCACCACGCTAACAAACTCGCCTCAAAACATC
TCCGTTTCTCTCTCCTCTGTCCTTCTTCCTCCGAGAACTCCTCTCCTATCTGCGACATCT
GTCAGGAGAAGAAAGTCCTGTTGTTTTGTCAACAAGATAGGGCTATTTTATGCGCAGACT
GTGATTCATCGATCCACTCGGCCAACGAACACACCAAGAAACACGATAGGTTTCTTCTCA
CAGGGGTTAAGCTATCTCAAACCTCCTCTGTTTACAAACCAACTTCAGAATCTCCTTTAA
ATAGTCAAGATTGCTCTGTCCCTGCTCTTTCAAAGAAACCTATCTCAGCTCCTCAGAGTC
AGATCAAGAACTCCAAGATCCAACCCTCTAAGATCAGTAGCGATGTAGGCATGAATCAGT
GGGGATCCACAAGCACGATTTCAGAGTACTTGATCGATACGTTACCTGGTTGGCACGTTG
AGGATTTTCTTGATTCCTCACTTCCTCCTTTTGGTTTCTCTAAGAGTGGTGATGATGATG
GAGTGTTACCATATATGGAAGCAGAAGATGACAGCACTAAGAGAAACAACAACAATACAG
TGTCACTTCCATCTAAGAATATGGGGATTTGGGTCCCTCAGATTCCACAAACTCTTCCTT
CTTCATACACAAACCAGTACTTTTCTCAG*ACAACAATATTCAGTTTGGGATGTACAACA
ACAAAGAAGCATCACATGGAGTAGAGACTTATGCTCCAATACAAA*CATGAAACAACAAG
GAC

QA 1 843 1 843
DS 

RD RR3DS18TF 574 0 0
G
GTAGCGATGTAGGCATGAATCCGTGGGGATCCACAAGCACGATTTCAGAGTATTTGATCG
ATACGTTACCTGGTTGGCACGTTGAGGATTTTCTTGATTCCTCACTTCCTCCTTTTGGTT
TCTCTAAGAGTGGTGATGATGATGGAGTGTTACCATATATGGAAGCAGAAGATGACAGCA
CTAAGAGAAACAACAACAATACAGTGTTACTTCCATCTAAGAATATGGGGATTTGGGTCC
CTCAGATTCCACAAACTCTTCCTTCTTCATACACAAACCAGTACTTTTCTCAGGACAACA
ATATTCAGTTTGGGATGTACAACAACAAAGAAGCATCACATGGAGTAGAGACTTATCCTC
CAATACAAAACATGAAACAACAAGGACAGAACAAGAGATGGTATGATGATGGTGGCTTCA
CTGTCCCACAGATAACTACTACTTTTACTCATCCTCCTCCTATTACTTCTAATAAAAGGT
CCAGATCCTTCTGGTAATCTACCTGGTGTTTTCTGTTTTGTTTGTTTGTTGGCCTTTTGG
*TCTTTCTTGATTTCTCTGAACTTCGTTCTTTG

QA 2 574 2 574
DS 

RD RR3B425JQ 798 0 0
GAACTCCAAGATCCAACCCTCTAAGATCAGTAGCGATGTAGGCATGAATCAGTGGGGATC
CACAAGCACGATTTCAGAGTACTTGATCGATACGTTACCTGGTTGGCACGTTGAGGATTT
TCTTGATTCCTCACTTCCTCCTTTTGGTTTCTCTAAGAGTGGTGATGATGATGGAGTGTT
ACCATATATGGAAGCAGAAGATGACAGCACTAAGAGAAACAACAACAATACAGTGTCACT
TCCATCTAAGAATATGGGGATTTGGGTCCCTCAGATTCCACAAACTCTTCCTTCTTCATA
CACAAACCAGTACTTTTCTCAGGACAACAATATTCAGTTTGGGATGTACAACAACAAAGA
AGCATCACATGGAGTAGAGACTTATGCTCCAATACAAAACATGAAACAACAAGGACAGAA
CATGAGATGGTATGATGATGGTGGCTTCACTGTCCCACAGATAACTACTACTTTTACTCA
TCCTCCTCCTATTACTTCTAATAAAAGGTCCAGATCCTTCTGGTAATCTACCTGGTGTTT
TCTGTTTTGTTTGTTTGTTGGCCTTTTGGGTCTTTCTTGATTTCTCTGAACTTCGTTCTT
TGTAGAACTAGGTTTACTTCTTGGTGTATTTTGTAAATTTTGAGTGTGATTGCAAATGTT
TTTTCTTATCCTCTATTGCAAGTTTTCGTGTAATAAAAGCCCCGTGACTTATATTGTGAA
TCACGGCGCAAGATTTCTCCGTTTTTTGTGGAAGCAAGACTTCATTTCATAGAAAGAAAT
TAGTTATTTTCGATTGAC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 3

CO CL3727Contig1 571 3 13 U
GGGCTTCGAACATTCAAGCTACCGCCGGCGAAAATGGTTTTCAAGAGGTACGTCTAGATC
GGGAGAGTCGCTCTTGTGAACTATGGAAAAGACCACGGAAAGCTCGTCGTCATCGTTGAC
GTCGTGGACCAGAACAGGGCTTTGGTAGACGCCCCTGACATGGAGAGAATCCAGATGAAC
TTCAAGAGGCTGTCTCTTACTGACATCGTTATCGAGATTAACCGAGTGCCAAAGAAGAAG
GCGTTGATCGAGGCCATGGAGAAGGCTGACGTGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCGTGG
GGTAGGAAGCTCATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTCAACGATTTCGACAGATTCAAG
ATCATGTTGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGTGTCGTCGGGCAAGAGCTTGCAAAACTCAAG
AAGGAGATCACTGCCTGATCAACTTGAGGATTATCTGCTTCTCTGTTTTTCGATTTTGAA
TTTGGTAGTTAGTGTTTTTTGAAAGTGTCAAACATCATTTATCTACTCTGCTGTCAGATG
CTAAGTTCAAGTTTGAATGAAACCTTGTTAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A372JQ C 1
AF RR3D306TF U 14
AF RR3A372TF U 1
BS 1 15 RR3A372TF
BS 16 54 RR3D306TF
BS 55 55 RR3A372TF
BS 56 99 RR3D306TF
BS 100 100 RR3A372TF
BS 101 334 RR3D306TF
BS 335 335 RR3A372TF
BS 336 396 RR3D306TF
BS 397 397 RR3A372TF
BS 398 540 RR3D306TF
BS 541 541 RR3A372TF
BS 542 557 RR3D306TF
BS 558 571 RR3A372TF

RD RR3A372JQ 571 0 0
GGGCTTCGAACATTCAAGCTACCGCCGGCGAAAATGGTTTTCAAGAGGTACGTCTAGATC
GGGAGAGTCGCTCTTGTGAACTATGGAAAAGACCACGGAAAGCTCGTCGTCATCGTTGAC
GTCGTGGACCAGAACAGGGCTTTGGTAGACGCCCCTGACATGGAGAGAATCCAGATGAAC
TTCAAGAGGCTGTCTCTTACTGACATCGTTATCGAGATTAACCGAGTGCCAAAGAAGAAG
GCGTTGATCGAGGCCATGGAGAAGGCTGACGTGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCGTGG
GGTAGGAAGCTCATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTCAACGATTTCGACAGATTCAAG
ATCATGTTGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGTGTCGTCGGGCAAGAGCTTGCAAAACTCAAG
AAGGAGATCACTGCCTGATCAACTTGAGGATTATCTGCTTCTCTGTTTTTCGATTTTGAA
TTTGGTAGTTAGTGTTTTTTGAAAGTGTCAAACATCATTTATCTACTCTGCTGTCAGATG
CTAAGTTCAAGTTTGAATGAAACCTTGTTAG

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3D306TF 544 0 0
GG
AAGCTACCGCCGGCGAAAATGGTTTTCAAGAGGTACGTCGAGATCGGGAGAGTCGCTCTT
GTGAACTATGGAAAAGACCACGGAGAGCTCGTCGTCATCGTTGACGTCGTGGACCAGAAC
AGGGCTTTGGTAGACGCCCCTGACATGGAGAGAATCCAGATGAACTTCAAGAGGCTGTCT
CTTACTGACATCGTTATCGAGATTAACCGAGTGCCAAAGAAGAAGGCGTTGATCGAGGCC
ATGGAGAAGGCTGACGTGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCGTGGGGTAGGAAGCTCATC
GTTCAGAAGCGTAGGGCTA*CCTCAACGATTTCGACAGATTCAAGATCATGTTGGCCAAA
ATCAAGAAAGCTGGTGTCGTCAGGCAAGAGCTTGCAAAACTCAAGAAGGAGATCACTGCC
TGATCAACTTGAGGATTATCTGCTTCTCTGTTTTTCGATTTTGAATTTGGTAGTTAGTGT
TTTTTGAAAGTGTCAAACATCATTTATCTACTCTGCTGTCAGATGTTAAGTTCAAGTTTG
AA

QA 3 544 3 544
DS 

RD RR3A372TF 571 0 0
GGGCTTCGAACATTCAAGCTACCGCCGGCGAAAATGGTTTTCAAGAGGTACGTCTAGATC
GGGAGAGTCGCTCTTGTGAACTATGGAAAAGACCACGGAAAGCTCGTCGTCATCGTTGAC
GTCGTGGACCAGAACAGGGCTTTGGTAGACGCCCCTGACATGGAGAGAATCCAGATGAAC
TTCAAGAGGCTGTCTCTTACTGACATCGTTATCGAGATTAACCGAGTGCCAAAGAAGAAG
GCGTTGATCGAGGCCATGGAGAAGGCTGACGTGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCGTGG
GGTAGGAAGCTCATCGTTCAGAAGCGTAGGGCTAGCCTCAACGATTTCGACAGATTCAAG
ATCATGTTGGCCAAAATCAAGAAAGCTGGTGTCGTCGGGCAAGAGCTTGCAAAACTCAAG
AAGGAGATCACTGCCTGATCAACTTGAGGATTATCTGCTTCTCTGTTTTTCGATTTTGAA
TTTGGTAGTTAGTGTTTTTTGAAAGTGTCAAACATCATTTATCTACTCTGCTGTCAGATG
CTAAGTTCAAGTTTGAATGAAACCTTGTTAG

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 2

CO CL3728Contig1 1171 2 8 U
GGGTGAGTGAGTGAGAGATCTGGTGGTGCCTCTCGCTCTCGGTGGCAATGGGAAGCTCGT
CGAAGGAAGAGACGGCGAGTGACGGAGACACGGCCAGTGGTGGCGCATCGCCTTCCAACG
ACGGCAGACTCTTTACGGAGGGCGAGCGTGTTCTCGCCTACCACGGTCCTCGCGTCTACG
GAGCCAAGATTCAAAAAGTGGAGCTTCGGAAGAAGGAGTGGAAGTACTTTGTTCATTACC
TCGGTTGGAACAAAAATTGGGATGAATGGGTTAGTGCGGATAGGTTGTTGAAACATACGG
AGGAGAATCTTGTGAAACAGAAAGCTCTAGACAAGAAGCAAGGAGTAGAGAAGGGTACCA
AGTCTGGGCGTTCGGCTCAGACTAAAACTAGAAGCTCTGCAGACACAAAGGCTGAGAAAG
ATGACACGAAAAACACTGCTGCAAAAGGGAAGAAGCGAAAGAACGAGTCTGGCAATGAGA
AGGATAACGTATCAGCAGAGAAGCTACTCAAGATCCAAATACCTGCAACACTTAAAAAAC
AGCTAGTTGACGACTGGGAGAATGTTACGCAGAAGGACAAGGTTGTGAAACTTCCGCGTT
CACCTAATGTCGACGAGATATTGTCCAAGTACCTTGAACTCAAAACCAAGAAGGATGGAA
TGATAACTGATGCTGTCGGTGAAATCTTGAAAGGCATAAGGTGTTATTTCGACAAGGCAC
TACCTATGATGCTCTTATATAAGAAAGAGCGGCGACAATACGAAGAAGCAGTCGTGGATG
ATATCTCACCTTCAACTGTTTATGGCGCCGAGCATCTGCTTCGTCTGTTTGTGAAATTTC
CGGAGCTTTTCTCATATGTAAACATGGAAGAAGAGACATGGAGTCGCATGCATCAAACAC
TATTAGACTTCCTCAAATTCATTCAGAAGAACCAGAGCAATTTCTTGTTGTCACCATCAG
CATATGAATCTGATAAGGTGGTTTCAGACGGTAAAGGCAAAGGCAAAGATGAGTGAGAAC
AAAAAGCCAGCTCCATAAATTTGTCGGTATAATCAATCGCTGACAAGTTGTCTTGTAACT
TTAGGATTCCTTCAAATTTTTCTGATGGATTTTATGACTGTAACTTACATTTTTCACAAC
GATTGCTCAATCAAAATAAACTTAAATACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H728TF U 1
AF RR3H728JQ C 365
BS 1 514 RR3H728TF
BS 515 515 RR3H728JQ
BS 516 644 RR3H728TF
BS 645 645 RR3H728JQ
BS 646 653 RR3H728TF
BS 654 654 RR3H728JQ
BS 655 690 RR3H728TF
BS 691 1171 RR3H728JQ

RD RR3H728TF 690 0 0
GGGTGAGTGAGTGAGAGATCTGGTGGTGCCTCTCGCTCTCGGTGGCAATGGGAAGCTCGT
CGAAGGAAGAGACGGCGAGTGACGGAGACACGGCCAGTGGTGGCGCATCGCCTTCCAACG
ACGGCAGACTCTTTACGGAGGGCGAGCGTGTTCTCGCCTACCACGGTCCTCGCGTCTACG
GAGCCAAGATTCAAAAAGTGGAGCTTCGGAAGAAGGAGTGGAAGTACTTTGTTCATTACC
TCGGTTGGAACAAAAATTGGGATGAATGGGTTAGTGCGGATAGGTTGTTGAAACATACGG
AGGAGAATCTTGTGAAACAGAAAGCTCTAGACAAGAAGCAAGGAGTAGAGAAGGGTACCA
AGTCTGGGCGTTCGGCTCAGACTAAAACTAGAAGCTCTGCAGACACAAAGGCTGAGAAAG
ATGACACGAAAAACACTGCTGCAAAAGGGAAGAAGCGAAAGAACGAGTCTGGCAATGAGA
AGGATAACGTATCAGCAGAGAAGCTACTCAAGATTCAAATACCTGCAACACTTAAAAAAC
AGCTAGTTGACGACTGGGAGAATGTTACGCAGAAGGACAAGGTTGTGAAACTTCCGCGTT
CACCTAATGTCGACGAGATATTGTCCAAGTACCTTGAACTCAAA*CCAAGAAG*ATGGAA
TGATAACTGATGCTGTCGGTGAAATCTTGA

QA 1 690 1 690
DS 

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CACGAAAAACACTGCTGCAAAAGGGAAGAAGCGAAAGAACGAGTCTGGCAATGAGAAGGA
TAACGTATCAGCAGAGAAGCTACTCAAGATCCAAATACCTGCAACACTTAAAAAACAGCT
AGTTGACGACTGGGAGAATGTTACGCAGAAGGACAAGGTTGTGAAACTTCCGCGTTCACC
TAATGTCGACGAGATATTGTCCAAGTACCTTGAACTCAAAACCAAGAAGGATGGAATGAT
AACTGATGCTGTCGGTGAAATCTTGAAAGGCATAAGGTGTTATTTCGACAAGGCACTACC
TATGATGCTCTTATATAAGAAAGAGCGGCGACAATACGAAGAAGCAGTCGTGGATGATAT
CTCACCTTCAACTGTTTATGGCGCCGAGCATCTGCTTCGTCTGTTTGTGAAATTTCCGGA
GCTTTTCTCATATGTAAACATGGAAGAAGAGACATGGAGTCGCATGCATCAAACACTATT
AGACTTCCTCAAATTCATTCAGAAGAACCAGAGCAATTTCTTGTTGTCACCATCAGCATA
TGAATCTGATAAGGTGGTTTCAGACGGTAAAGGCAAAGGCAAAGATGAGTGAGAACAAAA
AGCCAGCTCCATAAATTTGTCGGTATAATCAATCGCTGACAAGTTGTCTTGTAACTTTAG
GATTCCTTCAAATTTTTCTGATGGATTTTATGACTGTAACTTACATTTTTCACAACGATT
GCTCAATCAAAATAAACTTAAATACTC

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

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TAAGAACGCACCTGAGAGCAGCGAAGCAACAAGAGTGGTTGATCTCTTGTTTGACACTGC
TATAATCTCAAGTGGATTCACTCCTGATAGTCCAGCCGAGCTGGGGAACAAGATTTATGA
AATGATGGCTATGGCTGTTGGAGGAAGATGGGGACGAGTCGAGGAAGAAGTTGCAGAAAA
AGGAAGCACGAGTGTGGATGAAGGAGATGACACAAAAGATGGAGAAGCAGAAGTAATTGA
ACCATCTGAAGTTAGAGCAGAGAGTGATCCGTGGCAAGATTGATTCACAACCTCCTCCTG
TTCTCAACAGTGAATTTTTGGCACAGAATGCTTTGCTAAACTAGGATTGTCTTCATTGTG
TTGGGTCTTGAAGGGTACGAGGACCATGGGCCTAGCTAAAGCCCGGATATTGGATCATTT
GAACAATAATTAATCCGATATTTGCAGTATTTTTGAAGTACCG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3G552JQ C 1
AF RR3G552TF U 1
BS 1 1 RR3G552JQ
BS 2 519 RR3G552TF
BS 520 523 RR3G552JQ

RD RR3G552JQ 523 0 0
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TATAATCTCAAGTGGATTCACTCCTGATAGTCCAGCCGAGCTGGGGAACAAGATTTATGA
AATGATGGCTATGGCTGTTGGAGGAAGATGGGGACGAGTCGAGGAAGAAGTTGCAGAAAA
AGGAAGCACGAGTGTGGATGAAGGAGATGACACAAAAGATGGAGAAGCAGAAGTAATTGA
ACCATCTGAAGTTAGAGCAGAGAGTGATCCGTGGCAAGATTGATTCACAACCTCCTCCTG
TTCTCAACAGTGAATTTTTGGCACAGAATGCTTTGCTAAACTAGGATTGTCTTCATTGTG
TTGGGTCTTGAAGGGTACGAGGACCATGGGCCTAGCTAAAGCCCGGATATTGGATCATTT
GAACAATAATTAATCCGATATTTGCAGTATTTTTGAAGTACCG

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR3G552TF 523 0 0
G
AGGAGAATCCTTGAGATCAATCCAGATCATCCCATCATTAAAGACTTGAATGCTGCTTGT
AAGAACGCACCTGAGAGCAGCGAAGCAACAAGAGTGGTTGATCTCTTGTTTGACACTGCT
ATAATCTCAAGTGGATTCACTCCTGATAGTCCAGCCGAGCTGGGGAACAAGATTTATGAA
ATGATGGCTATGGCTGTTGGAGGAAGATGGGGACGAGTCGAGGAAGAAGTTGCAGAAAAA
GGAAGCACGAGTGTGGATGAAGGAGATGACACAAAAGATGGAGAAGCAGAAGTAATTGAA
CCATCTGAAGTTAGAGCAGAGAGTGATCCGTGGCAAGATTGATTCACAACCTCCTCCTGT
TCTCAACAGTGAATTTTTGGCACAGAATGCTTTGCTAAACTAGGATTGTCTTCATTGTGT
TGGGTCTTGAAGGGTACGAGGACCATGGGCCTAGCTAAAGCCCGGATATTGGATCATTTG
AACAATAATTAATCCGATATTTGCAGTATTTTTGAAGT
ACCG

QA 2 519 2 519
DS 



AS 1 3

CO CL3730Contig1 1236 3 13 U
GGCGGAGAAACAGCAGAAAGGAATAATGTCGATGGAGGTCACAGTTCTCCGTCCTCTCGT
TATAGCCGGCAAACCCACGCTTCCTCTTCCCCGACCGAAGAATCTCCATCTTCTTCGTCT
CTCACTTCCGCTTCGTCTCCCCCATCTATCTTCATCTTCCACCTCTCGTCTCACTTCTCC
CATATTATTCGCTACACAGGAGAGTAACCTGAGCGAAAGTGATACGAGTGAGTGGGTGAT
GCAAGATTTTTATACATTGAGGAAGGATGTAGAAATAGCATCAGCGCGTGTTGAAGAGAT
TAGAGCTTCTGTTGGGTTGCAGCAATTACAAGACGAAATTGCACTTTTGGAGTCAAAAGC
TACTGATAACTCCTTCTGGGATGATCGTGCCAAAGCTCAAGAAACGCTTTCCGCCTTGAA
CGATCTCAAAGACCGGTTCCGATTGCTCTCTGAATTCAAATCTATGGTTGAAGATGCGGA
TACGATTGTTAAGCTAACAGAAGAGATGGATTCTACTGATGTTAGCCTGCTTGAAGAAGC
CATGGGAATCATCAAAGAGTTGAACAAATCCGTTGATCGATTTGAGCTAACACAGCTTCT
ATCAGGACCTTATGATAAAGAAGGCGCTGTAGTCACCATTACTGCTGGAGCTGGAGGAAC
AGATGCTCAGGATTGGGCCGACATGCTGCTTAGGATGTATATGAGATGGGGGGAAAAGCA
GCGGTACAAGACTAAAATTGTTGAAATGTCGGCTGGAGAGGAAGCAGGGATTAAGTCAGC
CACGCTTGAGATCCAGGGGCGTTATGCCTATGGTTACCTTTCAGGGGAGAAAGGAACTCA
TAGGATTGTACGACAGTCACCATTCAATTCAAAAGGCCTTCGCCAGACAAGCTTTTTTGG
TGTGGAGGTGATGCCGCTTCTGCCTGATGAAGCAGTTGGAGTTGAAATAAGAGGAGATGT
AGTGAAAGCCGAGTGGGGACAGCAGATCAGGAACTACGTGTTTCATCCGTACAAACTGGT
TAAGGATGTCCGAACAAGTCATGAGACTTCAGATATCACATCTGTAATGGATGGTGACTT
GGACCCTTTCATCAAAGCTTACCTTAAGCATAAGTACACCTTAGCCATGGCTTCTGTTGT
CGCCAATTAGAACATACTGATAGGTTTCTTGTCTTTTATTTCTCTCATTCGATAGAATCG
AATCATCTCCTACACTGGTCAGTTTACTATAAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES95TF U 1
AF RR3A615TF U 36
AF RR3ES95JQ C 604
BS 1 78 RR3ES95TF
BS 79 79 RR3A615TF
BS 80 92 RR3ES95TF
BS 93 95 RR3A615TF
BS 96 153 RR3ES95TF
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BS 155 285 RR3ES95TF
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BS 287 605 RR3ES95TF
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BS 607 621 RR3ES95TF
BS 622 668 RR3A615TF
BS 669 1236 RR3ES95JQ

RD RR3ES95TF 621 0 0
GGCGGAGAAACAGCAGAAAGGAATAATGTCGATGGAGGTCACAGTTCTCCGTCCTCTCGT
TATAGCCGGCAAACCCACTCTTCCTCTTCCCCTCTCGAAGAATCTCCATCTTCTTCGTCT
CTCACTTCCGCTTCGTCTCCCCCATCTATCTTCTTCTTCCACCTCTCGTCTCACTTCTCC
CATATTATTCGCTACACAGGAGAGTAACCTGAGCGAAAGTGATACGAGTGAGTGGGTGAT
GCAAGATTTTTATACATTGAGGAAGGATGTAGAAATAGCATCAGCTCGTGTTGAAGAGAT
TAGAGCTTCTGTTGGGTTGCAGCAATTACAAGACGAAATTGCACTTTTGGAGTCAAAAGC
TACTGATAACTCCTTCTGGGATGATCGTGCCAAAGCTCAAGAAACGCTTTCCGCCTTGAA
CGATCTCAAAGACCGGTTCCGATTGCTCTCTGAATTCAAATCTATGGTTGAAGATGCGGA
TACGATTGTTAAGCTAACAGAAGAGATGGATTCTACTGATGTTAGCCTGCTTGAAGAAGC
CATGGGAATCATCAAAGAGTTGAACAAATCCGTTGATCGATTTGAGCTAACACAGCTTCT
ATCAG*ACCTTATGATAAAGA

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3A615TF 633 0 0
G
GGTCACAGTTCTCCGTCCTCTCGTTATAGCCGGCAAACCCACGCTTCCTCTTCCCCGACC
GAATAATCTCCATCTTCTTCGTCTCTCACTTCCGCTTCGTCTCCCCCATCTATCTTCATC
TTCCACCTCTCGTCTCACTTCTCCCATATTATTCGCTACACAGGAGAGTAACCTGAGCGA
AAGTGATACGAGTGAGTGGGTGATGCAAGATTTTTATACATTGAGGAAGGATGTAGAAAT
AGCATCAGCGCGTGTTGAAGAGATTGGAGCTTCTGTTGGGTTGCAGCAATTACAAGACGA
AATTGCACTTTTGGAGTCAAAAGCTACTGATAACTCCTTCTGGGATGATCGTGCCAAAGC
TCAAGAAACGCTTTCCGCCTTGAACGATCTCAAAGACCGGTTGCGATTGCTCTCTGAATT
CAAATCTATGGTTGAAGATGCGGATACGATTGTTAAGCTAACAGAAGAGATGGATTCTAC
TGATGTTAGCCTGCTTGAAGAGGCCATGGGAATCATCAAAGAGTTGAACAAATCCGTTGA
TCGATTTGAGCTAACACAGCTTCTATCAGGACCTTATGATAAAGAAGGCGCTGTAGTCAC
CATTACTGCTGGAGCTGGAGGAACAGATGCTC

QA 2 633 2 633
DS 

RD RR3ES95JQ 633 0 0
AGGACCTTATGATAAAGAAGGCGCTGTAGTCACCATTACTGCTGGAGCTGGAGGAACAGA
TGCTCAGGATTGGGCCGACATGCTGCTTAGGATGTATATGAGATGGGGGGAAAAGCAGCG
GTACAAGACTAAAATTGTTGAAATGTCGGCTGGAGAGGAAGCAGGGATTAAGTCAGCCAC
GCTTGAGATCCAGGGGCGTTATGCCTATGGTTACCTTTCAGGGGAGAAAGGAACTCATAG
GATTGTACGACAGTCACCATTCAATTCAAAAGGCCTTCGCCAGACAAGCTTTTTTGGTGT
GGAGGTGATGCCGCTTCTGCCTGATGAAGCAGTTGGAGTTGAAATAAGAGGAGATGTAGT
GAAAGCCGAGTGGGGACAGCAGATCAGGAACTACGTGTTTCATCCGTACAAACTGGTTAA
GGATGTCCGAACAAGTCATGAGACTTCAGATATCACATCTGTAATGGATGGTGACTTGGA
CCCTTTCATCAAAGCTTACCTTAAGCATAAGTACACCTTAGCCATGGCTTCTGTTGTCGC
CAATTAGAACATACTGATAGGTTTCTTGTCTTTTATTTCTCTCATTCGATAGAATCGAAT
CATCTCCTACACTGGTCAGTTTACTATAAAATC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 3

CO CL3731Contig1 753 3 10 U
GTCGCTCTCTCTCACATAGCTTTCATTCAAGAACGACGACTAGTTCTGATCAATCTCCGT
CGCACAATGTCTTTGTCTACGGCAGTTTCCAAGAACCATCCGTCGTCAACTTGATTCTCG
AATGTAATCCAGTCACCGTCTCTGCTCAACTCCACGGCTATCATCTAAATAGGCTCAAAG
GGCGTTTGCATCCATGTATTTCTCCTTCTGAGAACGGACTTATCGATGGAAAGATACTAA
CTGGACTAACAGATGCTCAGCTAGAGAATTTAGATATGATTGAAGGAGATGACTATGTGA
GGAAGACTGTTGAAGTTATATTGACTGAAACATCCGAGAAGATGCAAGTAGAAACCTTTG
TATGGGCTAACAAAGACGATCCTGATATGTATGGAGAATGGGATTTCGAGGAATGGAAGA
AACTTCACATGGAAAAGTTCATAAAGGCGTCAGAGAAGTTCGTCGAATGGAAGAAGAATC
CAGATGGGAGATCAAGGGAAGAGTTTGCCAAATTTGTAGAAGAAGATCTTACCGCGGCCT
GAAGACTCTCTCTGTACTTTTGTTTTGTTTCCAAATCAAGATTCACTATCTTTGATCTAT
CTGTAGCTGCAAAATAAAATAAAAATATCTGTGAGTTTGGGAATATGTTGTAGTTGTACT
GTTTGTTGACATTATTGAGTTGTGTGCAAGTGTGTCGTTATCATCTTAATTCAGCTTGTA
TCATTTTTACTATGCAGGGGTTTTAAAGAAGTT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A385TF U 2
AF RR3B109TF U 1
AF RR3A385JQ C 41
BS 1 224 RR3B109TF
BS 225 225 RR3A385TF
BS 226 262 RR3B109TF
BS 263 263 RR3A385TF
BS 264 376 RR3B109TF
BS 377 377 RR3A385TF
BS 378 461 RR3B109TF
BS 462 462 RR3A385TF
BS 463 728 RR3B109TF
BS 729 753 RR3A385JQ

RD RR3A385TF 717 0 0
GG
GCTCTCTCTCACATAGCTTTCATTCAAGAACGATGACTAGTTCTGATCAATCTCCGTCGC
ACAATGTCTTTGTCTACGGCAGTTTCCAAGAACCATCCGTCGTCAACTTGATTCTCGAAT
GTAATCCAGTCACCGTCTCTGCTCAACTCCACGGCTATCATCTAAATAGGCTCAAAGGGC
GTTTGCATCCATGTATTTCTCCTTCTGAGAACGGACTTATCGATGGAAAGATACTAACTG
GACTAACAGATGCTCAGCTAGAGAATTTAGATATGATTGAAGGAGATGACTATGTGAGGA
AGACTGTTGAAGTTATATTGACTGAAACATCCGAGAAGATGCAAGTAGAAACCTTTGTAT
GGGCTAACAAAGACGATCCTGATATGTATGGAGAATGGGATTTCGAGGAATGGAAGAAAC
TTCACATGGAAAAGTTCATAAAGGCGTCAGAGAAGTTCGTCGAATGGAAGAAGAATCCAG
ATGGGAGATCAAGGGAAGAGTTTGCCAAATTTGTAGAAGAAGATCTTACCGCGGCCTGAA
GACTCTCTCTGTACTTTTGTTTTGTTTCCAAATCAAGATTCACTATCTTTGATCTATCTG
TAGCTGCAAAATAAAATAAAAATATCTGTGAGTTTGGGAATATGTTGTAGTTGTACTGTT
TGTTGACATTATTGAGTTGTGTGCAAGTGTGTCGTTATCATCTTAATTCAGCTTG

QA 3 717 3 717
DS 

RD RR3B109TF 728 0 0
GTCGCTCTCTCTCACATAGCTTTCATTCAAGAACGACGACTAGTTCTGATCAATCTCCGT
CGCACAATGTCTTTGTCTACGGCAGTTTCCAAGAACCATCCGTCGTCAACTTGATTCTCG
AATGTAATCCAGTCACCGTCTCTGCTCAACTCCACGGCTATCATCTAAATAGGCTCAAAG
GGCGTTTGCATCCATGTATTTCTCCTTCTGAGAACGGACTTATCAATGGAAAGATACTAA
CTGGACTAACAGATGCTCAGCTGGAGAATTTAGATATGATTGAAGGAGATGACTATGTGA
GGAAGACTGTTGAAGTTATATTGACTGAAACATCCGAGAAGATGCAAGTAGAAACCTTTG
TATGGGCTAACAAAGATGATCCTGATATGTATGGAGAATGGGATTTCGAGGAATGGAAGA
AACTTCACATGGAAAAGTTCATAAAGGCGTCAGAGAAGTTCATCGAATGGAAGAAGAATC
CAGATGGGAGATCAAGGGAAGAGTTTGCCAAATTTGTAGAAGAAGATCTTACCGCGGCCT
GAAGACTCTCTCTGTACTTTTGTTTTGTTTCCAAATCAAGATTCACTATCTTTGATCTAT
CTGTAGCTGCAAAATAAAATAAAAATATCTGTGAGTTTGGGAATATGTTGTAGTTGTACT
GTTTGTTGACATTATTGAGTTGTGTGCAAGTGTGTCGTTATCATCTTAATTCAGCTTGTA
TCATTTTT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3A385JQ 713 0 0
TAGTTCTGATCAATCTCCGTCGCACAATGTCTTTGTCTACGGCAGTTTCCAAGAACCATC
CGTCGTCAACTTGATTCTCGAATGTAATCCAGTCACCGTCTCTGCTCAACTCCACGGCTA
TCATCTAAATAGGCTCAAAGGGCGTTTGCATCCATGTATTTCTCCTTCTGAGAACGGACT
TATCGATGGAAAGATACTAACTGGACTAACAGATGCTCAGCTAGAGAATTTAGATATGAT
TGAAGGAGATGACTATGTGAGGAAGACTGTTGAAGTTATATTGACTGAAACATCCGAGAA
GATGCAAGTAGAAACCTTTGTATGGGCTAACAAAGACGATCCTGATATGTATGGAGAATG
GGATTTCGAGGAATGGAAGAAACTTCACATGGAAAAGTTCATAAAGGCGTCAGAGAAGTT
CGTCGAATGGAAGAAGAATCCAGATGGGAGATCAAGGGAAGAGTTTGCCAAATTTGTAGA
AGAAGATCTTACCGCGGCCTGAAGACTCTCTCTGTACTTTTGTTTTGTTTCCAAATCAAG
ATTCACTATCTTTGATCTATCTGTAGCTGCAAAATAAAATAAAAATATCTGTGAGTTTGG
GAATATGTTGTAGTTGTACTGTTTGTTGACATTATTGAGTTGTGTGCAAGTGTGTCGTTA
TCATCTTAATTCAGCTTGTATCATTTTTACTATGCAGGGGTTTTAAAGAAGTT

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL3732Contig1 733 2 18 U
GGGCTTTCACTCTTCTTCTCTTCCAGTGAGAGAGTGAGAGAGAATGAAGAGGCTTCTGTT
GTTAGTTGGGCTTATTGTAGTGGTAGGAGCTCAAGCAAACGAGTATTTAGATTTCAATGT
GACAGAGATAGACCGCATTGAGGAACTAGAGTTTGGATTCTCCAAGTACAGCTCAAATTT
GAACCCTTTATTAGCTGGTCTCACTCTTATCAGAGGAGCTGATTCAGGAGCTGTTTGTTT
GGATGGAACATTACCTGGATATCACTTGCACCGTGGACATGGATCTGGAGCTAACAGCTG
GCTCATTCAATTAGAGGGAGGAGGATGGTGCAACAACGTCAGGACCTGTGTATACAGGAA
GAAGACTCGACGTGGATCCTCTAACTACATGGAGAAACAGCTTCAGTTTACAGGAATACT
TAGTGATAAAGCTCAAGAGAATCCTGACTTCTTTAACTGGAATAGAGTTAAGCTTCGTTA
CTGTGATGGCGCTTCTTTCAGTGGAGATGGTCAGAATCAGGCTGCACAGCTTCAGTTTAG
AGGAGAGCGTATCTGGAGAGCCGCAATAGCTGATCTGAAATCAAAAGGAATGCGATACGC
CAACCAGGCACTTCTCTCTGGATGTTCAGCTGGTGGCTTAGCAGCAATTTTACGCTGCGA
TGAGTTAGAACTTGTTCCCTGGTTCACTAAGTCAAGTGCTTGAGTGATGCTGGCTTGTCT
GGACAGCTGATGT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CU64TF U 1
AF RR3GJ40TF U 3
BS 1 47 RR3CU64TF
BS 48 48 RR3GJ40TF
BS 49 73 RR3CU64TF
BS 74 74 RR3GJ40TF
BS 75 189 RR3CU64TF
BS 190 190 RR3GJ40TF
BS 191 252 RR3CU64TF
BS 253 253 RR3GJ40TF
BS 254 294 RR3CU64TF
BS 295 295 RR3GJ40TF
BS 296 312 RR3CU64TF
BS 313 313 RR3GJ40TF
BS 314 345 RR3CU64TF
BS 346 346 RR3GJ40TF
BS 347 355 RR3CU64TF
BS 356 356 RR3GJ40TF
BS 357 373 RR3CU64TF
BS 374 733 RR3GJ40TF

RD RR3CU64TF 373 0 0
GGGCTTTCACTCTTCTTCTCTTCCAGTGAGAGAGTGAGAGAGAATGATGAGGCTTCTGTT
GTTAGTTGGGCTTCTTGTAGTGGTAGGAGCTCAAGCAAACGAGTATTTAGATTTCAATGT
GACAGAGATAGACCGCATTGAGGAACTAGAGTTTGGATTCTCCAAGTACAGCTCAAATTT
GAACCCTTTGTTAGCTGGTCTCACTCTTATCAGAGGAGCTGATTCAGGAGCTGTTTGTTT
GGATGGAACATTGCCTGGATATCACTTGCACCGTGGACATGGATCTGGAGCTAATAGCTG
GCTCATTCAATTGGAGGGAGGAGGATGGTGCAACAACGTCAGGACGTGTGTATACGGGAA
GAAGACTCGACGT

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR3GJ40TF 731 0 0
GCTTTCACTCTTCTTCTCTTCCAGTGAGAGAGTGAGAGAGAATGAAGAGGCTTCTGTTGT
TAGTTGGGTTTATTGTAGTGGTAGGAGCTCAAGCAAATGAGTATTTAGATTTCAATGTGA
CAGAGATAGACCGCATTGATGAACTAGAGTTTGGATTCTCCAAGTACAGCTCAAATTTGA
ACCCTTTATTAGTTGGTCTCACTCTTATCAGAGGAGCTGATTCAGGAGCTGTTTGTTTGG
ATGGAACGTTACCTGGATATCACTTGCACCGTGGACATGGATCTGGAGCTAACAGCTGGC
TCATTCAATTAGAGGGAGGAGGATGGTGCAACAACGTCAGGACCTGTGTATACAGGAAGA
AGACTCGACGTGGATCCTCTAACTACATGGAGAAACAGCTTCAGTTTACAGGAATACTTA
GTGATAAAGCTCAAGAGAATCCTGACTTCTTTAACTGGAATAGAGTTAAGCTTCGTTACT
GTGATGGCGCTTCTTTCAGTGGAGATGGTCAGAATCAGGCTGCACAGCTTCAGTTTAGAG
GAGAGCGTATCTGGAGAGCCGCAATAGCTGATCTGAAATCAAAAGGAATGCGATACGCCA
ACCAGGCACTTCTCTCTGGATGTTCAGCTGGTGGCTTAGCAGCAATTTTACGCTGCGATG
AGTTAGAACTTGTTCCCTGGTTCACTAAGTCAAGTGCTTGAGTGATGCTGGCTTGTCTGG
ACAGCTGATGT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 3

CO CL3733Contig1 995 3 2 U
GGTGAGTTGGATGGCTATATATTGATTATTATCATTGGAGATAGTCCAAACATTTAATAC
TCCGATTCTTTTAGTTCAGATTCTTTTTCGGCTTTCATTTTTTTTTGACTTCTTCTACTA
CTTTAGCATACACCAGCGGGTCTACCGTCTCCATTTTGTTCATGGTGATTACATGTTCTC
TAAGATCTTGGGGCAAAGCCTTGGTGACTTTGACGGCGATACCACGGATGAACCAAGAAA
CCGGTGGCACATTAAGAAGCGAAAATGGCTGAAATATATGCTCCATTGTCACCTTTGACT
CAATCCTTCCCTTACTGCCGCTACATTTTTTGTACTCTTCTTCACTAATCGGCGACCTAG
ATTTGCACAACCGTTTCTGATCTACGTATAGTGGCTCTATTTTCCAGCTACCCTCAAACA
CTTTCATGTGCATCACTTTCACTTTCTTATATGTTGCCTAAGCAATAACACAAATTATAG
TTCACCTAAAAATGAACGAAAACAAATTGGTTTTTGTGAGGAATATAGAGAAGCTCTCTT
ACTGTAACTTTTTTATGGTTTTCATCGATGATTAGATGTATTGGGATAGTCCCATTATAC
CCAAGTATCTTCCATCTCAAAACCTTTTCCACTTCCGTTATCTGCCTTGGTCCATCCTTG
TTTAAAACCTTTGTTGCTAATGTGTCCAAACGTGTGCGCCAATTGTTCTTGTACTTGCCC
ATTGAATGAAAAGATCCCATATTTCTTGGATCAGTGAACAACTCGAAACGGCTTGAGGAG
GAGATCCCAATGTGAAATCTATGTTTAAATGGCAAAGACCCTTTTTTGTTTTCACCTTCA
CCTTAGCAGGTGCATCGTTCCATGGATGTTTTTTATATTCAGAATTCCAAAGATCGTTTT
GGACGTCGTCTGAAGGGGCTGTTGAATATTCTGATTGATCCAGCCACCAAATCCGGGGAA
TAGACCCATTTTTATTCCAAAGTTAATTAGTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DP24JQ U 1
AF RR3AQ10JQ U 425
AF RR3AQ10TF C 425
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BS 525 995 RR3AQ10JQ

RD RR3DP24JQ 524 0 0
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TAAGATCTTGGGGCAAAGCCTTGGTGACTTTGACGGCGATACCACGGATGAACCAAGAAA
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CAATCCTTCCCTTACTGCCGCTACATTTTTTGTACTCTTCTTCACTAATCGGCGACCTAG
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CTTTCATGTGCATCACTTTCACTTTCTTATATGTTGCCTAAGCAATAACACAAATTATAG
TTCACCTAAAAATGAACGAAAACAAATTGGTTTTTGTGAGGAAT

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DS 

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QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3AQ10TF 571 0 0
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CCTAAAAATGAACGAAAACAAATTGGTTTTTGTGAGGAATATAGAGAAGCTCTCTTACTG
TAACTTTTTTATGGTTTTCATCGATGATTAGATGTATTGGGATAGTCCCATTATACCCAA
GTATCTTCCATCTCAAAACCTTTTCCACTTCCGTTATCTGCCTTGGTCCATCCTTGTTTA
AAACCTTTGTTGCTAATGTGTCCAAACGTGTGCGCCAATTGTTCTTGTACTTGCCCATTG
AATGAAAAGATCCCATATTTCTTGGATCAGTGAACAACTCGAAACGGCTTGAGGAGGAGA
TCCCAATGTGAAATCTATGTTTAAATGGCAAAGACCCTTTTTTGTTTTCACCTTCACCTT
AGCAGGTGCATCGTTCCATGGATGTTTTTTATATTCAGAATTCCAAAGATCGTTTTGGAC
GTCGTCTGAAGGGGCTGTTGAATATTCTGATTGATCCAGCCACCAAATCCGGGGAATAGA
CCCATTTTTATTCCAAAGTTAATTAGTCTAC

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 3

CO CL3734Contig1 962 3 28 U
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GGATTCTCTCAACTCTGTCCAAGAGATCTGTAGCTGCACATCCATGGCACGACCTTGAGA
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TATACGCTGAGTACATTCTCCATAGCTTGAGGAGATGAACGTACGCACAAGCTGCATATT
TATATTCCCATACGGCGAAAGGGATCATTCTTGGCAGCAGAATATTGTTTTAAATAATTA
TATCTGAATATTACAGTTTTCTCTTGTTATTTTTGTTGTTGTTCTTTCTTGAGATGTTGC
AATTTTGTTATATTGTATAATTTGAAACTGATACAAGGACGAATGTATTTTTCATTCTTT
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GG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 

AF RR3C534TF U 35
AF RR3CT20TF U 1
AF RR3C534JQ C 191
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BS 779 779 RR3C534JQ
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BS 788 788 RR3C534JQ
BS 789 799 RR3CT20TF
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ACGTCCTGCTCCAAAACTCAACGAGAGGATTCTCTCAACTCTGTCCAAGAGATCTGTAGC
TGCACATCCATGGCACGACCTTGAGATCGGTCCTGAAGCTCCATTGGTCTTCAATGTGGT
GGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAGTGAAGTATGAACTTGACAAAAAGACCGGTCTTAT
CAAGGTTGACCGGATCTTGTACTCATCGGTTGTTTATCCTCACAACTATGGATTCATCCC
AAGGACATTGTGTGAAGACAATGATCCTCTCGATGTTCTTGTCCTCATGCAGGAACCAGT
GCTTCCAGGATGTTTTCTCCGCGCTAGAGCCATTGGATTAATGCCCATGATTGATCAGGG
AGAGATGGACGACAAGATCATAGCGGTCTGTGCTGATGATCCTGAGTACAGACATTTCAC
TGACATCAAACAACTCGCTCCTCACCGTCTCTCAGAGATCCGTCGTTTCTTCGAAGACTA
CAAGAAGAACGAGCACAAGGAGGTGGCTGTAAACGATTTCTTGCCATCGGA

QA 1 591 1 591
DS 

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CATATGAAGAAACGATGGAATCAAACGG*TCTCCTCGCCCTGCTCCAAAACTCAACGAGA
GGATTCT*TCAACTCTGTCCAAGAGATCTGTAGCTGCACATCCATGGCACGACCTTGAGA
TCGGTCCTGAAGCTCCATTGGTCTTCAATGTGGTGGTTGAGATCACAAAGGGAAGCAAAG
TGAAGTATGAACTTGACAAAAAGACCGGTCTTATCAAGGTTGACCGGATCTTGTACTCAT
CGGTTGTTTATCCTCACAACTATGGATTCATCCCAAGGACATTGTGTGAAGACAACGATC
CTCTCGATGTTCTTGTCCTCATGCAGGAACCAGTGCTTCCAGGATGTTTTCTCCGCGCTA
GAGCCATTGGATTAATGCCCATGATCGATCAGGGAGAGATGGACGACAAGATCATAGCGG
TGTGTGCTGATGATCCTGAGTACAGACATTTCACTGACATCAAACAACTCGCTCCTCACC
GTCTCTCAGAGATCCGTCGTTTCTTCGAAGACTACAAGAAGAACGAGCACAAGGAGGTGG
CTGTAAACGACTTCTTGCCATCGGAAAAGGCACATGAAGCAATCCAGTACTCCATGGACC
TATACGCTGAGTACATTCTCCATAGCTTGAGGAGATGAACGTACGCACAAGCTGC*TATT
TATATTCCCATACG*CGAAAGGGATCATTCTTGGCAGCAGAATATTGTTT*AAATAAT*A
TATCTGA*TATTACAGTTT
CTCTG

QA 1 799 1 799
DS 

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ACTTGACAAAAAGACCGGTCTTATCAAGGTTGACCGGATCTTGTACTCATCGGTTGTTTA
TCCTCACAACTATGGATTCATCCCAAGGACATTGTGTGAAGACAATGATCCTCTCGATGT
TCTTGTCCTCATGCAGGAACCAGTGCTTCCAGGATGTTTTCTCCGCGCTAGAGCCATTGG
ATTAATGCCCATGATTGATCAGGGAGAGATGGACGACAAGATCATAGCGGTCTGTGCTGA
TGATCCTGAGTACAGACATTTCACTGACATCAAACAACTCGCTCCTCACCGTCTCTCAGA
GATCCGTCGTTTCTTCGAAGACTACAAGAAGAACGAGCACAAGGAGGTGGCTGTAAACGA
TTTCTTGCCATCGGAAAAGGCACATGAAGCAATCCAGTACTCCATGGACCTATACGCTGA
GTACATTCTCCATAGCTTGAGGAGATGAACGTACGCACAAGCTGCATATTTATATTCCCA
TACGGCGAAAGGGATCATTCTTGGCAGCAGAATATTGTTTTAAATAATTATATCTGAATA
TTACAGTTTTCTCTTGTTATTTTTGTTGTTGTTCTTTCTTGAGATGTTGCAATTTTGTTA
TATTGTATAATTTGAAACTGATACAAGGACGAATGTATTTTTCATTCTTTCCTTGTCATG
TTAACTTGTATACTAATGGGCTTTATAAGCTCATATGGCCCAAATAAACTGG

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 3

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TTACAAGCAGAATCGCTTCTCTCTCTCATAGCTGAAAATGGCGAACTCAAGAACTGTGCT
GATCTTATGCGGTGACTACATGGAAGACTATGAGGTGATGGTCCCGTGCCAGGCGCTGCA
AGCTTTCGGAGTCTCAGTCCATACCGTCTGCCCCGGAAAAAAGGCTGGCGACTCTTGCCC
CACCGCTGTTCACGACTTCTGTGGCCACCAGACCTATTCTGAGTCGCGAGGTCATAATTT
CACCCTCAATGCAACGTTTGACGAAGTTGACCTCACCAAGTACGATGGATTGGTTATACC
AGGAGGACGTGCTCCTGAATACCTCTCCATGAACGCATCTGTTGTTGAGTTAGTTAAACA
TTTCTCAACCTCTGGAAAGCCCATAGCCTCAATCTGCCACGGCCAGTTGATACTAGCAGC
TGCTGACACAGTTAACGGTCGAAGCTGCACAGGTTACGCAACTGTTGACCTGCTCTCATC
GCTGCAGGGGCCGAGTGGGTGGAACCAACAACACCTGATGTCTGTGTCGTTGATGGTAGT
TTGATTACTGCAGCTACTTATGAGGGGCATCCTGAGTTTATCCAGCTCTTTGTCAAGGCC
CTTGGCGGTAAAGTAACTGGAGCAAATAAAAGAATCTTGTTTCTTTGTGGGGATTATATG
GAGGACTATGAAGTCAAAGTCCCGTTTCAGTCTCTTCAAGCTTTGGGGTGTCAAGTTGAT
TCGGTTTGTCCAGAGAAAAAGGCTGGTGATCGTTGCCCAACTGCAATCCACGACTTTGAG
GGTGACCAGACTTACAGTGAAAAGCCAGGGCATACTTTTGCTTTAACTGCTACTTTTGAT
GGAGTAGATTCCTCTGGTTATGATGCTCTGATCATTCCAGGAGGCAGAGCTCCAGAATAT
CTAGCCTTGAACCAACAAGTTTTTAACATAGTTAAAGAGTTTATGAGTTTTGGGAAACCA
GTTGCATTTATTTGCCACGGACAACAGATTTTAGCTGCTGCCGGTGTCCTCAAGGGAAGG
AAATGCACTGCTTATCCAGCAGTGAAACTGAATGTGGTACTTGGAGGAGGAACTTGGTTA
GAACCAGATCCAATCCACCGATGCTTCACCGACGGGAATTTGGTTACTGGCGCAGCATGG
CCAGGACACCCAGAGTTTGTGTCACAGCTTATGGTTTTGTTGGGCCTTCAGGTTTCATTC
TAGTTATGTAAACCGTCCCTTTCATGCGGAACCAGCTCGTTTGCTATGTAGTAATATGTG
TAAAACTTGTTGCTCATGTCATTAGCAGTCTGTCATGTTGAGGTTTGTGTCTTTGATGTT
TGTTTAAACTGAAAACTTTGTTTGAATTGGCAATAAAAAGTTTTTGAGGATTTCGTTAAA
AG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3GD32TF U 1
AF RR3A239TF U 167
AF RR3A239JQ C 653
BS 1 343 RR3GD32TF
BS 344 344 RR3A239TF
BS 345 509 RR3GD32TF
BS 510 970 RR3A239TF
BS 971 1442 RR3A239JQ

RD RR3GD32TF 509 0 0
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TTACAAGCAGAATCGCTTCTCTCTCTCATAGCTGAAAATGGCGAACTCAAGAACTGTGCT
GATCTTATGCGGTGACTACATGGAAGACTATGAGGTGATGGTCCCGTGCCAGGCGCTGCA
AGCTTTCGGAGTCTCAGTCCATACCGTCTGCCCCGGAAAAAAGGCTGGCGACTCTTGCCC
CACCGCTGTTCACGACTTCTGTGGCCACCAGACCTATTCTGAGTCGCGAGGTCATAATTT
CACCCTCAATGCAACGTTTGACGAAGTTGACCTCACCAAGTACTATGGATTGGTTATACC
AGGAGGACGTGCTCCTGAATACCTCTCCATGAACGCATCTGTTGTTGAGTTAGTTAAACA
TTTCTCAACCTCTGGAAAGCCCATAGCCTCAATCTGCCACGGCCAGTTGATACTAGCAGC
TGCTGACACAGTTAACGGTCGAAGCTGCA

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR3A239TF 804 0 0
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GGTGACTCTTGCCCCACCGCTGTTCACGACTTCTGTGGCCACCAGACCTATTCTGAGTCG
CGAGGTCATAATTTCACCCTCAATGCAACGTTTGACGAAGTTGACCTCACCAAGTACGAT
GGATTGGTTATACCAGGAGGACGTGCTCCTGAATACCTCTCCATGAACGCATCTGTTGTT
GAGTTAGTTAAACATTTCTCAACCTCTGGAAAGCCCATAGCCTCAATCTGCCACGGCCAG
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GACCTGCTCTCATCGCTGCAGGGGCCGAGTGGGTGGAACCAACAACACCTGATGTCTGTG
TCGTTGATGGTAGTTTGATTACTGCAGCTACTTATGAGGGGCATCCTGAGTTTATCCAGC
TCTTTGTCAAGGCCCTTGGCGGTAAAGTAACTGGAGCAAATAAAAGAATCTTGTTTCTTT
GTGGGGATTATATGGAGGACTATGAAGTCAAAGTCCCGTTTCAGTCTCTTCAAGCTTTGG
GGTGTCAAGTTGATTCGGTTTGTCCAGAGAAAAAGGCTGGTGATCGTTGCCCAACTGCAA
TCCACGACTTTGAGGGTGACCAGACTTACAGTGAAAAGCCAGGGCATACTTTTGCTTTAA
CTGCTACTTTTGATGGAGTAGATTCCTCTGGTTATGATGCTCTGATCATTCCAGGAGGCA
GAGCTCCAGAATATCTAGCCTTGA

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3A239JQ 790 0 0
TCAAGGCCCTTGGCGGTAAAGTAACTGGAGCAAATAAAAGAATCTTGTTTCTTTGTGGGG
ATTATATGGAGGACTATGAAGTCAAAGTCCCGTTTCAGTCTCTTCAAGCTTTGGGGTGTC
AAGTTGATTCGGTTTGTCCAGAGAAAAAGGCTGGTGATCGTTGCCCAACTGCAATCCACG
ACTTTGAGGGTGACCAGACTTACAGTGAAAAGCCAGGGCATACTTTTGCTTTAACTGCTA
CTTTTGATGGAGTAGATTCCTCTGGTTATGATGCTTTGATCATTCCAGGAGGCAGAGCTC
CAGAATATCTAGCCTTGAACCAACAAGTTTTTAACATAGTTAAAGAGTTTATGAGTTTTG
GGAAACCAGTTGCATTTATTTGCCACGGACAACAGATTTTAGCTGCTGCCGGTGTCCTCA
AGGGAAGGAAATGCACTGCTTATCCAGCAGTGAAACTGAATGTGGTACTTGGAGGAGGAA
CTTGGTTAGAACCAGATCCAATCCACCGATGCTTCACCGACGGGAATTTGGTTACTGGCG
CAGCATGGCCAGGACACCCAGAGTTTGTGTCACAGCTTATGGTTTTGTTGGGCCTTCAGG
TTTCATTCTAGTTATGTAAACCGTCCCTTTCATGCGGAACCAGCTCGTTTGCTATGTAGT
AATATGTGTAAAACTTGTTGCTCATGTCATTAGCAGTCTGTCATGTTGAGGTTTGTGTCT
TTGATGTTTGTTTAAACTGAAAACTTTGTTTGAATTGGCAATAAAAAGTTTTTGAGGATT
TCGTTAAAAG

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 3

CO CL3736Contig1 963 3 14 U
GGTCCTACTTCACAACTATTCCATAATCCTTGTTCTTCCTGCCAATCAAAAATATGGGTG
ACAAACTTCGATTATCCATCGGAATCTTGGGAAATGGAGCTTCCATGCTGCTCTATACCG
CTCCAATATTAACATTTTCAAGGGTGTTTAAGAAGAAAAGCACAGAGGAATTCTCATGTT
TTCCTTACGTTATGACACTCTTAAACTGTTTGATTTACACTTGGTATGGCTTACCGATTG
TGAGTCATCTTTGGGAGAATCTTCCTCTCGTCACCATCAATGGAGTCGGCATCCTTCTCG
AATTACTCTTCATTTTCATATATTTCTGCTACGCGTCGCCCAAAGAAAAGGTTAAGGTTG
GTGTTATATTTGTTCCGGTGGTGATCGTTTTGTTCGGGGTAACGGCTGTAATCTCAGCCG
TAGTGTTTGACGATCACCGTCACCGGAAATCATTTGTCGGAAGTGTCGGCCTCGTGTCTT
CTATCTCCATGTATGGTTCTCCTCTCGTCGTTATGAAAAAAGTGATAGAGACAAAAAGTG
TGGAGTACATGCCATTTTACTTGTCATTCTTTTCATTTCTGGCAAGCTCCCTTTGGCTGG
CCTATGGTTTACTCAGCCATGATCTCTTTCTTGCGTCACCTAATATGGTGGGGACTCCAC
TGGGGATTCTCCAACTTATCCTCTACTTTAAGTACAAGAACAAGGAGGCACTGATTACAA
AAACAGTGATGAGCAAATCGGATGATGAGAAGAACAAGAGATCACTCGAGCTTGTAGTTG
ATGTTGATCATGACGGTGATGCCAATGAGAAGAAGTTCAACAACGCATGTTAGTTTCTCC
CTCCCCAAAAACTCCATGTGAATCCAGAGATTTAGTGTAAACTTGAGGGTCTCGTGGGAT
TCTGCTTTCATTACATGATGTTTTATCTCTATTGTGTATCATGTGAATAAAGCACTCGAC
GAC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
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10 10 10 

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AF RR3FX40TF U 1
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G
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TATTTGTTCCGGTGGTGATCGTTTTGTTCGGGGTAACGGCTTTAATCTCAGCCGTAGTGT
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ACATGCCATTTTACTTGTCATTCTTTTCATTTCTGGCAAGCTCCCTTTGGCTGGCCTATG
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G

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TTCCTTACGTTATGACACTCTTAAACTGTTTGATTTACACTTGGTATGGCTTACCGATTG
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AATTACTCTTCATTTTCATATATTTCTGCTACGCGTCGCCCAAAGAAAAGGTTAAGGTTG
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TAGTGTTTGACGATCACCGTCACCGGAAATCATTTGTCGGAAGTGTCGGCCTCGTGTCTT
CTATCTCCATGTATGGTTCTCCTCTCGTCGTTATGAAAAAAGTGATAGAGACAAAAAGTG
TGGAGTACATGCCATTTTACTTGTCATTCTTTTCATTTCTGGCAAGCTCCCTTTGGCTGG
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AA*CAGTGATGAGCAAATCGGATGATGAGAAGA
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CCTCTCGTCGTTATGAAAAAAGTGATAGAGACAAAAAGTGTGGAGTACATGCCATTTTAC
TTGTCATTCTTTTCATTTCTGGCAAGCTCCCTTTGGCTGGCCTATGGTTTATTCAGCCAT
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CTCTACTTTAAGTACAAGAACAAGGAGGCACTGATTACAAAAACAGTGATGAGCAAATCG
GATGATGAGAAGAACAAGAGATCACTCGAGCTTGTAGTTGATGTTGATCATGACGGTGAT
GCCAATGAGAAGAAGTTCAACAACGCATGTTAGTTTCTCCCTCCCCAAAAACTCCATGTG
AATCCAGAGATTTAGTGTAAACTTGAGGGTCTCGTGGGATTCTGCTTTCATTACATGATG
TTTTATCTCTATTGTGTATCATGTGAATAAAGCACTCGACGAC

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DS 



AS 1 3

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ACGTCTCAAGATGGAGTGAGGATACGGCGGCTGCAGAAGCAAAGAGAGGCTGAACGCCGT
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AGCAAGAAGAGAAAGATTAAGGGAAGCTCCCGTTTGTCTTTTGCTGAAGATCTTGATAAT
GGCAGTGATGAAGATGATGGAGATAACAA***GAGTTCTGAGAACATACGCTACGGAAAA
CTTGGCAAGGACCCCTCAGTGGAAACTAACTTCCTGCCTGACAGTGAGCGAGAGGCGGAG
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CCTGACTTCAGGGAGATCAGGACGGCATCAGTTGAGAATTTGCTTTACGTAAAGGAAGAT
CTTATAATCCCACATCAACACAGTTTCTACGAGCTGATCATAAACAAAGCTAGGGGGAAG
AGTGGCCCGCTGTTTCACTTTGATGTGCATGAAGACGTGAGAACAATTGCAGATGCAACG
GTCGAGAAAGACGAGTCACATGCGGGTAAAGTGGTGGAGAGGCATTGGTACGAGAAGAAC
AAGCATATATTCCCTGCTTCCAGATGGGAGATATACGACCCGACAAAGAAGTGGGAACGG
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CATCACTTGGTCCACATGTAATCCTGTTTGACATTGTTATATCAGATTTGGTGTAGTACT
AGTAGTGGAATGTTGATGGAATTTGTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL96TF U 126
AF RR3AU46TF U 1
AF RR3AU46JQ C 293
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BS 741 741 RR3FL96TF
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RD RR3FL96TF 645 0 0
G
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TCCAGCTCTTGCGAGATTCTTGACACTGCTTTCGAGAAGGAGACAGTGGGTTTAGTCACC
AGAGAGGAGTATGTGGAGAAGAGGGTTAATATTCGTAATAAGTTCGAGGAAGAAGAGAAG
GAGAAGTTGCTCAAGCTTCTGCAAGAGGAAGAGGAGCTTCAACAACAGAAGCGTAGCAAG
AAGAGAAAGATTAAGGGAAGCTCCCGTTTATCTTTTGCTGAAGATCTTGACAATGGTAGT
GATGAAGATGATGGAGATAACAACAAGAGTTCTGGGAACATACGCTACGGAAAACTTGGC
AAGGACCCCTCAGTGGAAACTAGCTTCCTGCCTGACAGTGAGCGAGAGGTGGAGGAACAA
GCTGAACGTGAAAGGCTAAAGAAGCAGTGGATTCGTGAACAAGAGCAGATTAAAAACGAG
CCTCTTCAAATTACTTACAGTTACTGGGATGGGACCGGCCATAGACGAGTTATCCAGGTC
CGAAAGGGTGACGCAATTGGGAATTTTCTACGGGCTGTTCAGCAGCAGCTTGCACCTGAC
TTCAGGGAGATTAGGACGGCATCAGTTGAGAATTTGCTTTACGT

QA 2 645 2 645
DS 

RD RR3AU46TF 835 0 0
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ACGTCTCAAGATGGAGTGAGGATACGGCGGCTGCAGAAGCAAAGAGAGGCTGAACGCCGT
AAGATCCAGGAGTTGAAGAGCAAGACTGCCTCTGGCCAGGAGCAATCAGGTCTTCTCCAA
TTCGGCTCCAGCTCTTGCGAGATTCTTGACACTGCTTTCAAGAAGGAGACAGTGGGTTTA
GTCACCAGAGAGGAGTATGTGGAGAAGAGGGTTAATATTCGTAATAAGTTCGAGGAAGAA
GAGAAGGAGAAATTGCTCAAGCTTCTGCAAGAGGAAGAGGAGCTTCAACAGCAGAAGCGT
AGCAAGAAGAGAAAGATTAAGGGAAGCTCCCGTTTGTCTTTTGCTGAAGATCTTGATAAT
GGCAGTGATGAAGATGATGGAGATAACAA***GAGTTCTGAGAACATACGCTACGGAAAA
CTTGGCAAGGACCCCTCAGTGGAAACTAACTTCCTGCCTGACAGTGAGCGAGAGGCGGAG
GAACAAGCTGAACGTGAAAGGCTAAAGAGGCAGTGGATTCGTGAACAAGAGCAGATTAAA
AACGAGCCTCTTCAAATTACTTACAGTTACTGGGATGGGACCGGCCATAGACGAGTTATC
CAGGTCCGAAAGGGTGACGCAATTGGGAATTTTCTACGGGCTGTTCAGCAGCAGCTTGCA
CCTGACTTCAGGGAGATCAG*ACGGCATCAGTTGAGAATTTGCTTTACGTAAAGGAAGAT
CTTATAATCCCACATCAACACAGTTTCTACGAGCTGATCATAAACAAAGCTAGGG

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR3AU46JQ 876 0 0
GA
GAAGAAGAGAAGGAGAAATTGCTCAAGCTTCTGCAAGAGGAAGAGGAGCTTCAACAGCAG
AAGCGTAGCAAGAAGAGAAAGATTAAGGGAAGCTCCCGTTTGTCTTTTGCTGAAGATCTT
GATAATGGCAGTGATGAAGATGATGGAGATAACAA***GAGTTCTGAGAACATACGCTAC
GGAAAACTTGGCAAGGACCCCTCAGTGGAAACTAACTTCCTGCCTGACAGTGAGCGAGAG
GCGGAGGAACAAGCTGAACGTGAAAGGCTAAAGAGGCAGTGGATTCGTGAACAAGAGCAG
ATTAAAAACGAGCCTCTTCAAATTACTTACAGTTACTGGGATGGGACCGGCCATAGACGA
GTTATCCAGGTCCGAAAGGGTGACGCAATTGGGAATTTTCTACGGGCTGTTCAGCAGCAG
CTTGCACCTGACTTCAGGGAGATCAGGACGGCATCAGTTGAGAATTTGCTTTACGTAAAG
GAAGATCTTATAATCCCACATCAACACAGTTTTTACGAGCTGATCATAAACAAAGCTAGG
GGGAAGAGTGGCCCGCTGTTTCACTTTGATGTGCATGAAGACGTGAGAACAATTGCAGAT
GCAACGGTCGAGAAAGACGAGTCACATGCGGGTAAAGTGGTGGAGAGGCATTGGTACGAG
AAGAACAAGCATATATTCCCTGCTTCCAGATGGGAGATATACGACCCGACAAAGAAGTGG
GAACGGTACACAGTCCATGGGGATTGATTGATTGATTTTGGAGCAGAACATGTTTTATTG
ATGGATCATCACTTGGTCCACATGTAATCCTGTTTGACATTGTTATATCAGATTTGGTGT
AGTACTAGTAGTGGAATGTTGATGGAATTTGTTT

QA 3 876 3 876
DS 



AS 1 3

CO CL3738Contig1 1447 3 15 U
GGTAGCACCTCCAGGTATTGGTGTTAAGGACTTCCGTGACCCAACAACTGCATGGAAGAC
ATCAGACGGGAAATGGCGGATCACTATTGGCTCCAAAATCAACAGAACCGGAATATCTAT
TATTTACGACACAACAGATTTCAAGACCTACCAGAAACATGATACCTTGTTGCACCAAGT
CCCAAACACTGGAATGTGGGAGTGCATTGACTTCCATCCAGTGTCCAAGACTAAAGACAA
GGGTCTTGACACTTCTGTCAATGGACCGGATGTTAAGCATATCATTAAGGCTAGCATGGA
CGATACTAGAATTGACCATTATGCAATTGGAACACACTATGATTCTAATGCAACATGGGT
CCCCGATAATCCTTCAATAGATGTCGGGATTAGTACCGGTTTGAGATATGATTATGGTAA
ATTTTATGCATCCAAGACGTTTTATGATCAACATAAAGGACGAAGAATCTTGTGGGGTTG
GATCGGTGAATCCGATAGCGAAGCAGCTGATGTACAGAAGGGTTGGTCTTCTGTTCAGGG
GATCCCGAGAACTGTTGCATTGGACACAAAGACGGGGAAGAACTTAGTCCAATGACCAGT
TAAGGAAATTGAGTCTCTGAGATTAAGAAGGAAGAAGTTCCACATGAAGGTTGAACCAGG
GACGGTGGTTCCCGTCGATTTAGGTCCCGCCGCTCAGCTAGATATAGAGGCTGAGTTCAA
GATCAAGAAGGACGATCTCGAAGTAGTCTTTGGAGATGATTCCGTGGAGGACGACAAGGA
GTTCAGCTGTGAAACGAGCGGTGGAGCCACCGTACGTGGGGCTTTAGGACCTTTCGGATT
CTCGGTTCTTGCTGACGAAAGCTTGTCCGAACAAACTCCCGTTTACTTCTATGTAACTAA
GGGAAAAGACTCAAAACTCAAAACCTTTTTCTGCACTGACACCTCAAGGTCGACCATAGC
AAACGATGTTGTGAAACCGGTATATGGAAGCTTCGTACCGGTACTAAAAGGAGAGAAGCT
GACCATGAGAATCTTGGTGGATCATTCGATAGTAGAAGGGTTCGGACAAGGTGGGAGAAC
ATGTATTACCTCAAGGGTTTATCCAACAAGAGCCATTTATGGAGCTGCAAAGCTATTCTT
GTTCAATAATGCTATTGATGCGACAATTACAGCATCGTTTAAGGTGTGGCAAATGAACAG
TGCTTTTATTCGTCCTTTCTCTGCCGACGATGTTCCTTCTAGCACCTGATGATTGTTAAT
TATCTACAAATAAGAAGGGGACTTTTATCCTCCTTTTTCGAGTGAGTCATTTGAATTGTT
TCTTATATAATTGGTCTGTCGACAAAAAAAAGTTATATAATTGGTCTGCTTTTGATTTGT
CATCTGTGTGATCAGTATTGATTCATCATGTGAGTCATGAGAAGAAAAATAAAATTATTT
TCTCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CY08TF U 1
AF RR3CO71TF U 117
AF RR3CO71JQ C 687
BS 1 121 RR3CY08TF
BS 122 122 RR3CO71TF
BS 123 151 RR3CY08TF
BS 152 152 RR3CO71TF
BS 153 213 RR3CY08TF
BS 214 215 RR3CO71TF
BS 216 310 RR3CY08TF
BS 311 311 RR3CO71TF
BS 312 492 RR3CY08TF
BS 493 493 RR3CO71TF
BS 494 594 RR3CY08TF
BS 595 595 RR3CO71TF
BS 596 681 RR3CY08TF
BS 682 827 RR3CO71TF
BS 828 1447 RR3CO71JQ

RD RR3CY08TF 681 0 0
GGTAGCACCTCCAGGTATTGGTGTTAAGGACTTCCGTGACCCAACAACTGCATGGAAGAC
ATCAGACGGGAAATGGCGGATCACTATTGGCTCCAAAATCAACAGAACCGGAATATCTAT
TGTTTACGACACAACAGATTTCAAGACCTACGAGAAACATGATACCTTGTTGCACCAAGT
CCCAAACACTGGAATGTGGGAGTGCATTGACTTTTATCCAGTGTCCAAGACTAAAGACAA
GGGTCTTGACACTTCTGTCAATGGACCGGATGTTAAGCATATCATTAAGGCTAGCATGGA
CGATACTAGAGTTGACCATTATGCAATTGGAACACACTATGATTCTAATGCAACATGGGT
CCCCGATAATCCTTCAATAGATGTCGGGATTAGTACCGGTTTGAGATATGATTATGGTAA
ATTTTATGCATCCAAGACGTTTTATGATCAACATAAAGGACGAAGAATCTTGTGGGGTTG
GATCGGTGAATCTGATAGCGAAGCAGCTGATGTACAGAAGGGTTGGTCTTCTGTTCAGGG
GATCCCGAGAACTGTTGCATTGGACACAAAGACGGGGAAGAACTTAGTCCAATGGCCAGT
TAAGGAAATTGAGTCTCTGAGATTAAGAAGGAAGAAGTTCCACATGAAGGTTGAACCAGG
GACGGTGGTTCCCGTCGATTT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3CO71TF 715 0 0
G
TATTATTTACGACACAACAGATTTCAAGACCTACCAGAAACATGATACCTTGTTGCACCA
AGTCCCAAACACTGGAATGTGGGAGTGCATTGACTTCCATCCAGTGTCCAAGACTAAAGA
CAAGGGTCTTGACACTTCTGTCAATGGACCGGATGTTAAGCATATCATTAAGGCTAGCAT
GGACGATACTAGAATTGACCATTATGCAATTGGAACATACTATGATTCTAATGCAACATG
GGTCCCCGATAATCCTTCAATAGATGTCGGGATTAGTACCGGTTTGAGATATGATTATGG
TAAATTTTATGCATC*AAGACGTTTTATGATCAACATAAAGGACGAAGAATCTTGTGGGG
TTGGATCGGTGAATCCGATAGCGAAGCAGCTGATGTACAGAAGGGTTGGTCTTCTGTTCA
GGGGATCCCGAGAACTGTTGCATTGGACACAAAGACGGGGAAGAACTTAGTCCAATGACC
AGTTAAGGAAATTGAGTCTCTGAGATTAAGAAGGAAGAAGTTCCACATGAAGGTTGAACC
AGGGACGGTGGTTCCTGTCGATTTAGGTCCCGCCGCTCAGCTAGATATAGAGGCTGAGTT
CAAGATCAAGAAGGACGATCTCGAAGTAGTCTTTGGAGATGATTCCGTGGAGGACGACAA
GGAGTTCAGCTGTGAAACGAGCGGTGGAGCCACCGTACGTGGGGCTTTAG
ACCT

QA 2 711 2 711
DS 

RD RR3CO71JQ 761 0 0
CCGCCGCTCAGCTAGATATAGAGGCTGAGTTCAAGATCAAGAAGGACGATCTCGAAGTAG
TCTTTGGAGATGATTCCGTGGAGGACGACAAGGAGTTCAGCTGTGAAACGAGCGGTGGAG
CCACCGTACGTGGGGCTTTAGGACCTTTCGGATTCTCGGTTCTTGCTGACGAAAGCTTGT
CCGAACAAACTCCCGTTTACTTCTATGTAACTAAGGGAAAAGACTCAAAACTCAAAACCT
TTTTCTGCACTGACACCTCAAGGTCGACCATAGCAAACGATGTTGTGAAACCGGTATATG
GAAGCTTCGTACCGGTACTAAAAGGAGAGAAGCTGACCATGAGAATCTTGGTGGATCATT
CGATAGTAGAAGGGTTCGGACAAGGTGGGAGAACATGTATTACCTCAAGGGTTTATCCAA
CAAGAGCCATTTATGGAGCTGCAAAGCTATTCTTGTTCAATAATGCTATTGATGCGACAA
TTACAGCATCGTTTAAGGTGTGGCAAATGAACAGTGCTTTTATTCGTCCTTTCTCTGCCG
ACGATGTTCCTTCTAGCACCTGATGATTGTTAATTATCTACAAATAAGAAGGGGACTTTT
ATCCTCCTTTTTCGAGTGAGTCATTTGAATTGTTTCTTATATAATTGGTCTGTCGACAAA
AAAAAGTTATATAATTGGTCTGCTTTTGATTTGTCATCTGTGTGATCAGTATTGATTCAT
CATGTGAGTCATGAGAAGAAAAATAAAATTATTTTCTCATT

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 3

CO CL3739Contig1 713 3 5 U
TTTTTTACAGCATACACTCACGGAAAATATCCAAAGATAGAAGCAAAGCTTCAAAGTTGA
TATAGTTATAGTCATATATAAATACATAAAACAACATCATGAGTTTGAATAGATTTGGTG
ATGAGCTTTTAACACACAAGAATCAACACACATATTATATCTGTACTTTAAAGCTAAAGA
GGATGTTTTTAGGATCTTCTTCTTAACCCAGCAGGGCCTCCTCCTGCCCTTCTTTTCCCT
CCCTTTCTCTTCCTGCTAGGAAGCTTAAGCCTAGAAGCCATTGTAACATTTGTCTTTGGC
TTCTCTCTTGAAACTCTACGTTTCTTTGGGTTGCTAGTCCCTTCCTTTACCTCCACGTCA
AGATTGCGTGGTTTTCTTTTCCTGACAGGTCTTGATGGACCTTCCTCAACAAAAGCTTGC
TCTGTCTTCTCCACTTTCTTGTCCGGAACAATAGCTTTCCCTCCTCTTTTCCTTGAAGCA
ATCATGTCCGACAGCAAAATATCTGTGTTCCCGTCGTCTTCTTCAGGAACTTTGTCGTGA
TGAGATGAAACCGAAGCAAACTTAGCTGGTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCAGAAACGATC
GGGTTCTCATCTTCGTTTTTGATAACCGGTTCAGGATTTTGCTGCTCCGAGCCGGTGACT
ACATCAGCAGATCCAAGCATAATCACTGTGTCATCCAAAGAGAACCTACTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3DI34JQ U 7
AF RR3GW04JQ U 36
AF RR3DI34TF C 1
BS 1 6 RR3DI34TF
BS 7 273 RR3DI34JQ
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BS 275 589 RR3DI34JQ
BS 590 713 RR3DI34TF

RD RR3DI34JQ 583 0 0
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TTTTAGGATCTTCTTCTTAACCCAGCAGGGCCTCCTCCTGCCCTTCTTTTCCCTCCCTTT
CTCTTCCTGCTAGGAAGCTTAAGCCTAAAAGCCATTGTAACATTTGTCTTTGGCTTCTCT
CTTGAAACTCTACGTTTCTTTGGGTTGCTAGTCCCTTCCTTTACCTCCACGTCAAGATTG
CGTGGTTTTCTTTTCCTGACAGGTCTTGATGGACCTTCCTCAACAAAAGCTTGCTCTGTC
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GAAACCGAAGCAAACTTAGCTGGTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3GW04JQ 520 0 0
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TATATCTGTACTTTAAAGCTAAAGAGGATGTTTTTAGGATTTTCTTCTTAACCCAGCAGA
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AGTCCCTTCCTTTACCTCCACGTCAAGATTGCGTGGTTTTCTTTTCCTGACAGGTCTTGA
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QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3DI34TF 713 0 0
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TATAGTTATAGTCATATATAAATACATAAAACAACATCATGAGTTTGAATAGATTTGGTG
ATGAGCTTTTAACACACAAGAATCAACACACATATTATATCTGTACTTTAAAGCTAAAGA
GGATGTTTTTAGGATCTTCTTCTTAACCCAGCAGGGCCTCCTCCTGCCCTTCTTTTCCCT
CCCTTTCTCTTCCTGCTAGGAAGCTTAAGCCTAGAAGCCATTGTAACATTTGTCTTTGGC
TTCTCTCTTGAAACTCTACGTTTCTTTGGGTTGCTAGTCCCTTCCTTTACCTCCACGTCA
AGATTGCGTGGTTTTCTTTTCCTGACAGGTCTTGATGGACCTTCCTCAACAGAAGCTTGC
TCTGTCTTCTCCACTTTCTTGTCCGGAACAATAGCTTTCCCTCCTCTTTTCCTTGAAGCA
ATCATGTCCGACAGCAAAATATCTGTGTTCCCGTCGTCTTCTTCAGGAACTTTGTCGTGA
TGAGATGAAACCGAAGCAGACTTAGCTGGTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCAGAAACGATC
GGGTTCTCATCTTCGTTTTTGATAACCGGTTCAGGATTTTGCTGCTCCGAGCCGGTGACT
ACATCAGCAGATCCAAGCATAATCACTGTGTCATCCAAAGAGAACCTACTTGC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3741Contig1 1302 3 14 U
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CCATCTCTCTCAATTTCTCAGATCTGTTTTCATCATCTCGTGTTATGGATCTGAACCGTT
TTTTTTTTTTTGCATGTATTAACAGGCTATCCACCGGAGGGATACCCGAAGGATGCGTAT
CCACCGCAGGGGTATCCTCCTCAGGGGTATCCGCCTCAGGGATACCCTCAGCAGGGGTAT
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AATGATTATGTGAGTATGCATCCATGTTGCATCGTATTATAAGGACGTGCATATGCTTTG
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TCTTGACTTTTGTTTATGATGATCAGATTGATTGTGACATATACTGAATGATTTGTTCTT
ATTGTGTTTACCTCTTTACATGTTTTTGCATCAAACGAGCTGCTTTTACTGGTTACTATT
TATTATCAATGTGGACTAATTTTTTTTTTTTACTTTTTGCAGTCTGGCTGCTCTCTGCTG
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TTGATTGCAACAGAGTGTTTGGCAACTTTAATTAAGTAATGGGCATTGTAATGGAATTGC
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CGGTTTACTTCCATAATTGCTTCTTTAGACGCGTTGTTATTAGTTTAATTGGAAAGTAGA
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CAATCAAACAGATATGCTATTAGAGTTTCATGTTATTATATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY47TF U 1
AF RR3EY47JQ C 373
AF RR3B672TF U 475
BS 1 571 RR3EY47TF
BS 572 628 RR3B672TF
BS 629 629 RR3EY47JQ
BS 630 650 RR3B672TF
BS 651 651 RR3EY47JQ
BS 652 670 RR3B672TF
BS 671 671 RR3EY47JQ
BS 672 680 RR3B672TF
BS 681 683 RR3EY47JQ
BS 684 844 RR3B672TF
BS 845 845 RR3EY47JQ
BS 846 1134 RR3B672TF
BS 1135 1135 RR3EY47JQ
BS 1136 1302 RR3B672TF

RD RR3EY47TF 571 0 0
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CCATCTCTCTCAATTTCTCAGATCTGTTTTCATCATCTCGTGTTATGGATCTGAACCGTT
TTTTTTTTTTTGCATGTATTAACAGGCTATCCACCGGAGGGATACCCGAAGGATGCGTAT
CCACCGCAGGGGTATCCTCCTCAGGGGTATCCGCCTCAGGGATACCCTCAGCAGGGGTAT
CCTCAGCAAGGCTATCCTCCTCCTTACGCCCCGCAGTATCCTCCTCCCCCGCAGCATCAG
CAGCAACAGAGCGGACCTGGTGTTCTAGAAGGATGGTAAATTCCAAAAAAATAGATATTG
TTTTATTTTGTATGGATCTGTTTGTGTGTGTAGACTAGGTGTTTGACTATTTTCTCAGTC
TTTGAATATTCAACTGTAGATCTTGACTTTGTTAATGATCAGATTGATTGTGATATGCTG
AATGATTATGTGAGTATGCATCCATGTTGCATCGTATTATAAGGACGTGCATATGCTTTG
TTGTGTTGTGAGTTTTGTATGGTCTGTGTAG

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3EY47JQ 835 0 0
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ACTGTAGATCTTGACTTTGTTAATGATCAGATTGATTGTGATATGCTGAATGATTATGTG
AGTATGCATCCATGTTGCATCGTATTATAAGGACGTGCATATGCTTTGTTGTGTTGTGAG
TTTTGTATGGTCTGTGTAGAAGACTAAGTGGTTGACTCTTTTTCAGTGTTTGAATATTCA
ACCACAGATTCTAGGAAGAAGTCTTGTGCTACCTACAGCTTAGTTTCTTCTTGACTTTTG
TTTATGATGATCAGATTGATTGTGACATATACTGAATGATTTGTTCTTATTGTGTTTGCC
TCTTTACATGTTTTTGCATCAAACGAGCTGCTTTTACTGGTTACTATTTATTATCAATGT
GGACTAATTTTTTTTT**TACTTT**GCAGTCTGGCTGCTCTCTGCTGTTGCCGTCTCTT
GGATGCTTGTTTCTGATGATTGGAGTACCTGCTTTTGGAGCCGGTGATTTGATTGCAACA
GAGTGTTTGGCAACTTTAATTAAGTAATGGGCATTGTAATGGAATTGCTGGATACATTCT
CTTGTCTATTCCTCTTTTTCCGGTTTATGTTCTTGAATTCATAAACAACTTATTCAATGG
CTTGGTTTGGATTTGAGACGTTAAAATGGGAATGTAAATTTGCGTGGAGATACTAAGTCC
TTTACCTCTCAGTCTTATGTGTTTTTGATAATTCATATCTCAATGATTCGGTTTACTTCC
ATAATTGCTTCTTTAGACGCGTTGTTATTAGTTTAATTGGAAAGTAGATTTGTT
C

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR3B672TF 828 0 0
G
TGCTGAATGATTGTGGGAGTATGCATCCATGTTGCATCGTATTATAAGGACGTGCATATG
CTTTGTTGTGTTGTGAGTTTTGTATGGTCTGTGTAGAAGACTAAGTGGTTGACTCTTTTT
CAGTGTTTGAATATTCAACCACAGATTCTAGGATGAAGTCTTGTGCTACCTACAGTTTAG
TTTCTTCTTGACTTT*GTTTATGAT***CAGATTGATTGTGACATATACTGAATGATTTG
TTCTTATTGTGTTTACCTCTTTACATGTTTTTGCATCAAACGAGCTGCTTTTACTGGTTA
CTATTTATTATCAATGTGGACTAATTTTTTTTTTTTACTTTTTGCAGTCTGGCTGCTCTC
TGCTGTTGCTGTCTCTTGGATGCTTGTTTCTGATGATTGGAGTACCTGCTTTTGGAGCCG
GTGATTTGATTGCAACAGAGTGTTTGGCAACTTTAATTAAGTAATGGGCATTGTAATGGA
ATTGCTGGATACATTCTCTTGTCTATTCCTCTTTTTCCGGTTTATGTTCTTGAATTCATA
AACAACTTATTCAATGGCTTGGTTTGGATTTGAGACGTTAAAATGGGAATGTAAATTTGC
GTGGAGATACTAAGTCCTTTACCTCTCAGTCTTATGTGTTTTTGATAATTCATATCTCAG
TGATTCGGTTTACTTCCATAATTGCTTCTTTAGACGCGTTGTTATTAGTTTAATTGGAAA
GTAGATTTGTTTTCCAGTGTTGCAAACCAGTTCACATGGGCACATGAGTTGGTTATGTTC
ACAAACAATCAAACAGATATGCTATTAGAGTTTCATGTTATTATATA

QA 2 828 2 828
DS 



AS 1 2

CO CL3742Contig1 761 2 8 U
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TAAAAATTTCAAAGCGCATAGTCTAATAAAAGGCAAAAGAAACATTGTCTTTTTCTTTGG
GTAATAACTCATTTCACTCCGTTGAGGAGGGAGCAAACTGATCATCAACGGAAGAAACAG
CTGTCGGATTAGCAGAGAGCCTGAGTACATCCAGAGCCATAGCCACTTTAGCCTTAAGAG
CTTCAGGTGACTCAAGAAGGTGCAAGATCTCAGCTTGGTCCATCTCCAGCAGCATCCCTG
TAACTTTGGCCACATGAACTGGCTCCTGCTTTTCCACAAGTGGGGAAAGCTGCTCTCCAA
GAATCTGCGAGTGATTGGCAGGGCTAGCCAATGCCAAGGCAGAAGTGAGCTTAGAAATGG
GGAGGAGAGCTGGCCTCTGTTGGTTTTGAGAACCATTGTGAGAGATCGCAGATGCATCCA
ATGGTATGATGCCTTGTGGAGCAGATGCTTCCACACGATTCATCATATTACCAACACCTC
CCATGTATCTTCCATTGTGCTGCATAATTTGTTGCTGCTGCTGGAAGTGATGCTGCATGT
TAGGAGCACCACGCCTGAATCCAACACGGGGACCAGGATGGTTTTGCCTCTGAAGTGGGT
AAGGCATCATGTAGTTAGCCGGGCCAGAACCCGGACGCACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BU60JQ U 1
AF RR3EN42JQ U 9
BS 1 316 RR3BU60JQ
BS 317 317 RR3EN42JQ
BS 318 397 RR3BU60JQ
BS 398 398 RR3EN42JQ
BS 399 404 RR3BU60JQ
BS 405 405 RR3EN42JQ
BS 406 720 RR3BU60JQ
BS 721 761 RR3EN42JQ

RD RR3BU60JQ 720 0 0
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TAAAAATTTCAAAGCGCATAGTCTAATAAAAGGCAAAAGAAACATTGTCTTTTTCTTTGG
GTAATAACTCATTTCACTCCGTTGAGGAGGGAGCAAACTGATCATCAACGGAAGAAACAG
CTGTCGGATTAGCAGAGAGCCTGAGTACATCCAGAGCCATAGCCACTTTAGCCTTAAGAG
CTTCAGGTGACTCAAGGAGGTGCAAGATCTCAGCTTGGTCCATCTCCAGCAGCATCCCTG
TAACTTTGGCCACATGAACTGGCTCCTGCTTTTCCACGAGTGGGTAAAGCTGCTCTCCAA
GAATCTGCGAGTGATTGGCAGGGCTAGCCAATGCCAAGGCAGAAGTGAGCTTAGAAATGG
GGAGGAGAGCTGGCCTCTGTTGGTTTTGAGAACCATTGTGAGAGATCGCAGATGCATCCA
ATGGTATGATGCCTTGTGGAGCAGATGCTTCCACACGATTCATCATATTACCAACACCTC
CCATGTATCTTCCATTGTGCTGCATAATTTGTTGCTGCTGCTGGAAGTGATGCTGCATGT
TAGGAGCACCACGCCTGAATCCAACACGGGGACCAGGATGGTTTTGCCTCTGAAGTGGGT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3EN42JQ 753 0 0
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TCCAATGCAACTAAAAGTTGCAAACGAGAAGAAAAACTGGTTAAATAAGTCCTAAAAATT
TCAAAGCGCATAGTCTAATAAAAGGCAAAAGAAACATTGTCTTTTTCTTTGGGTAATAAC
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TTAGCAGAGAGCCTGAGTACATCCAGAGCCATAGCCACTTTAGCCTTAAGAGCTTCAGGT
GACTCAAGAAGGTGCATGATCTCAGCTTGGTCCATCTCCAGCAGCATCCCTGTAACTTTG
GCCACATGAACTGGCTCCTGCTTTTCCACAAGTGGGGAAAGCTGCTCTCCAAGAATCTGC
GAGTGATTGGCAGGGCTAGCCAATGCCAAGGCAGAAGTGAGCTTAGAAATGGGGAGGAGA
GCTGGCCTCTGTTGGTTTTGAGAACCATTGTGAGAGATCGCAGATGCATCCAATGGTATG
ATGCCTTGTGGAGCAGATGCTTCCACACGATTCATCATATTACCAACACCTCCCATGTAT
CTTCCATTGTGCTGCATAATTTGTTGCTGCTGCTGGAAGTGATGCTGCATGTTAGGAGCA
CCACGCCTGAATCCAACACGGGGACCAGGATGGTTTTGCCTCTGAAGTGGGTAAGGCATC
ATGTAGTTAGCCGGGCCAGAACCCGGACGCACA

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL3743Contig1 642 2 19 U
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CGGTTCCGACCGCCCGTTTCTTTTCTGTTTTTTTTTTTATATTTTCCTTCCACAACAAAC
CAATGAATTGATTGATTCTACTATCCACAATTGGATTCATCTTCAATCGATGCTTTTATT
CACCCATTCAAAGACGTTACTCTCTTTGTTTACCCCAATCACCACCTCTTATGTCGGTAA
TTGACATGGGTTTGATTTTCCTTTGTTCATTTCTGGAATCATGGGACAGAGTTTTGAAGC
GATCTCGTCGAATGGAAGATTTGATTTTCTCCATTACAGAGAATCTTCTTCCGGCAAATC
AAGTTGGATCTGTCGGTGTATTTCCGGCCAATCTCCGTGGTTTCGTCGGCACTTTACCCG
AGCACTTGTTGCAAGATGTTTATTTTCCTCTTCTAGTCATTCTTGGAGAGACGCATTAAT
TTCTTAAGGCACCTTGGCCTCGAGACTATGACATCGTTTCCATCGTGCGTCACTCACCGT
CAAAATCCAACTTTAGAGTACAGAGAAGAACTTCTGTGCATGAGGAAACTAAGTTTGCAG
AGAGAAATCAGCGCTTGTTACAAATGGCCTTGTCAACGGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C912TF U 1
AF RR3CY29TF U 28
BS 1 50 RR3C912TF
BS 51 51 RR3CY29TF
BS 52 74 RR3C912TF
BS 75 75 RR3CY29TF
BS 76 199 RR3C912TF
BS 200 200 RR3CY29TF
BS 201 373 RR3C912TF
BS 374 374 RR3CY29TF
BS 375 426 RR3C912TF
BS 427 428 RR3CY29TF
BS 429 469 RR3C912TF
BS 470 470 RR3CY29TF
BS 471 471 RR3C912TF
BS 472 472 RR3CY29TF
BS 473 514 RR3C912TF
BS 515 515 RR3CY29TF
BS 516 573 RR3C912TF
BS 574 574 RR3CY29TF
BS 575 642 RR3C912TF

RD RR3C912TF 642 0 0
GGAAGCGACAAAAAGGCGACCGTATTCAACACACCTTTTCATCTTTGAGCTCATCACCGG
CGGTTCCGACCGCCGGTTTCTTTTCTGTTTTTTTTTTTATATTTTCCTTCCACAACAAAC
CAATGAATTGATTGATTCTACTATCCACAATTGGATTCATCTTCAATCGATGCTTTTATT
CACCCATTCAAAGACGTTATTCTCTTTGTTTACCCCAATCACCACCTCTTATGTCGGTAA
TTGACATGGGTTTGATTTTCCTTTGTTCATTTCTGGAATCATGGGACAGAGTTTTGAAGC
GATCTCGTCGAATGGAAGATTTGATTTTCTCCATTACAGAGAATCTTCTTCCGGCAAATC
AAGTTGGATCTGTTGGTGTATTTCCGGCCAATCTCCGTGGTTTCGTCGGCACTTTACCCG
AGCACT**TTGCAAGATGTTTATTTTCCTCTTCTAGTCATTCTTGGAGATATGCATTAAT
TTCTTAAGGCACCTTGGCCTCGAGACTATGACATTGTTTCCATCGTGCGTCACTCACCGT
CAAAATCCAACTTTAGAGTACAGAGAAGAACTTTTGTGCATGAGGAAACTAAGTTTGCAG
AGAGAAATCAGCGCTTGTTACAAATGGCCTTGTCAACGGTTT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3CY29TF 606 0 0
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TTTTTTTTTT*ATATTTTCCTTCCACAACAAACCAATGAATTGTTTGATTCTACTATCCA
CAATTTGATTCATCTTCAATCGATGCTTTTATTCACCCATTCAAAGACGTTACTCTCTTT
GTTTACCCCAATCACCGCCTCTTATGTCGGTAATTGACATGGGTTTGATTTTCCTTTGTT
CATTTCTGGAATCATGGGACAGAGTTTTGAAGCGATCTCGTCGAATGGAAGATTTGATTT
TCTCCATTACAGAGAATCTTCTTCTGGCAAATCAAGTTGGATCTGTCGGTGTATTTCTGG
CCAATCTCCGTGGTTTCGTCGGCACTTTACGCGAGCACTTGTTGCACGATTTTTATTTTC
CTCTTCTAGTCATTCTTGGAGAGACGCATTAATTTCTTAAGGCACCTTGGCCTCGAGACT
ATGACATCGTTTCCGTCGTGCGTCACTCACCGTCAAAATCCAACTTTAGAGTACAGAGAA
GAACTTCTGTGCATGAGGAAACTAAGTTTGCAGAGAGAAATCAGCGCTTGTTACAAATGG
CCTTGT

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 3

CO CL3744Contig1 701 3 2 U
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TCATTCAAACGGTCTGTCTTTCTTACATCAGAAAGATTATTATTCTTTAGCAAAGTTATG
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TTGTTCATCTTCAGGACTTGATGATGATCACTTCTTACCACGGAGTTTAGCTCCAAGTGC
TCTCTCAAGCTTAAAAAGGATTTGCTGGTTGGGGATGGCTTTACCAGACTCGTACTCTTG
GATCACTTGTGGCTTCTCATTGATGATTTGAGCAAGTTGGGATTGGGTAAGCTTCTTGTC
AGTTCGAGCTTGCATAATGGCTTTCTTTAGCTCAGTAGGCACACGCTCATGAGCGAGGTT
CTCAGTGTCGTCATCAAGCCTCTTAGTGTTGAGAGATGTGCCACTTGAGGCTGCCTTGTT
GGTTCCAGCATTGTATTTTCTGACGGATTCGATATCGGCGCCGGATCGACGAGCGGCGTT
GACGGTTTTCTCGTCGCGTTTGGCGGCGGAGTTAGGGGCTTTCTTGCGGATCACCACCGG
CTCCCAATCTTGTGTCAGCGGTCCAACTCCTGCCATGATTTCTTCTTCTTCTTCGAGCTT
GACAAAATCTAGGGTTTCGTTCGTCTCCAGATATTAGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3DD23JQ U 1
AF RR3A113JQ U 32
AF RR3A113TF C 32
BS 1 685 RR3DD23JQ
BS 686 701 RR3A113JQ

RD RR3DD23JQ 685 0 0
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TCATTCAAACGGTCTGTCTTTCTTACATCAGAAAGATTATTATTCTTTAGCAAAGTTATG
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TTGTTCATCTTCAGGACTTGATGATGATCACTTCTTACCACGGAGTTTAGCTCCAAGTGC
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GATCACTTGTGGCTTCTCATTGATGATTTGAGCAAGTTGGGATTGGGTAAGCTTCTTGTC
AGTTCGAGCTTGCATAATGGCTTTCTTTAGCTCAGTAGGCACACGCTCATGAGCGAGGTT
CTCAGTGTCGTCATCAAGCCTCTTAGTGTTGAGAGATGTGCCACTTGAGGCTGCCTTGTT
GGTTCCAGCATTGTATTTTCTGACGGATTCGATATCGGCGCCGGATCGACGAGCGGCGTT
GACGGTTTTCTCGTCGCGTTTGGCGGCGGAGTTAGGGGCTTTCTTGCGGATCACCACCGG
CTCCCAATCTTGTGTCAGCGGTCCAACTCCTGCCATGATTTCTTCTTCTTCTTCGAGCTT
GACAAAATCTAGGGTTTCGTTCGTC

QA 1 685 1 685
DS 

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AGAGATGTGCCACTTGAGGCTGCCTTGTTGGTTCCAGCATTGTATTTTCTGACGGATTCG
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TTAGGGGCTTTCTTGCGGATCACCACCGGCTCCCAATCTTGTGTCAGCGGTCCAACTCCT
GCCATGATTTCTTCTTCTTCTTCGAGCTTGACAAAATCTAGGGTTTCGTTCGTCTCCAGA
TATTAGGTCC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3A113TF 670 0 0
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AAAGATTATTATTCTTTAGCAAAGTTATGACATTACATCGAAGCTTGTTACTACATCGTC
ATTAAGAAAAGTGAAACTGCAAGTAAGTTTTGTTCATCTTCAGGACTTGATGATGATCAC
TTCTTACCACGGAGTTTAGCTCCAAGTGCTCTCTCAAGCTTAGAAAGGATTTGCTGGTTG
GGGATGGCTTTACCAGACTCGTACTCTTGGATCACTTGTGGCTTCTCATTGATGATTTGA
GCAAGTTGGGATTGGGTAAGCTTCTTGTCAGTTCGAGCTTGCATAATGGCTTTCTTTAGC
TCAGTAGGCACACGCTCATGAGCGAGGTTCTCAGTGTCGTCATCAAGCCTCTTAGTGTTG
AGAGATGTGCCACTTGAGGCTGCCTTGTTGGTTCCAGCATTGTATTTTCTGACGGATTCG
ATATCGGCGCCGGATCGACGAGCGGCGTTGACGGTTTTCTCGTCGCGTTTGGCGGCGGAG
TTAGGGGCTTTCTTGCGGATCACCACCGGCTCCCAATCTTGTGTCAGCGGTCCAACTCCT
GCCATGATTTCTTCTTCTTCTTCGAGCTTGACAAAATCTAGGGTTTCGTTCGTCTCCAGA
TATTAGGTCC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 3

CO CL3745Contig1 1151 3 11 U
GGATCTCTCCTCCTCGTTTACTGTTTGCACATCGGAGAGAGAACACAAAATGTCATCGAA
GGACAAGAAGCCAGCGAAGCCGTCGAGCAGTAGAGCCGGTGGAATCCGCACTCTTTCCGA
TCTCAATCGGAGATCGAATCCGGACTCCTACAGCGACTCCGACGGTCCTCAGGAATACTA
CACCGGCGGCGAGAAAAGTGGTATGATGGTTCAAGATCCATCGAAGAAAGATGATGTTGA
TGAGGTATTCAATCAAGCTAGACAATTAGGAGCTGTTGAAGGACCTCTTGAGACTCCTTC
TTCGTCTTCGAGTTCCAGAAGCTTTACAGGAACGGGGAGGTTGCTTTCTGGTGGAGAGAG
TGTTTCAACTGCTCCTCCTCAACAGTCTGACCCTGTGTCTCACACCATTATCTTCTGGCC
TGATGGTTTCACCATTGATGATGGTCCTTTGAGGAAGTTGGATGATCCAGACAATGCTTC
TTTTCTCGAGAGTATTCGAAAGTCTGAGTGTCCGAAAGAGCTTGAGCCTGAAGATAGAAG
AGCTCCTGTACATGTCAATCTGATGCGAAGGGAAGAGAAATGTCCAGAAAGAGAGAAGCC
TAAGGTTTCATTTCAGGGTGTTGGAAGGACTCTTGGTGCTACCTCATCGGTGGTGGCTCC
TGATTCCGTTCCTGTACAAACCGGGGTCGCAGCAGTAGCAGCACCATCTCCGTGTCTTGT
AATAGATGAAACCGCTCCGACCACATCGATCCAGATTAGACTAACGGATGGGACCCGGCT
TGTGGGTAAGTTCAATCACCATCACACGGTCCATGATATTCGCGCTTTCATTGACTCCTC
TAGACCTGGAGCTCCGGTTAATTACCAGCTTCAGACAATGGGGTTCCCACCTACGCCTTT
GGCTGATCTCGCTCAGACCATTCAACAAGCTGGTCTAGCCAACTCTGTCGTTCTTCAGAA
ATTCTAGAAATTTCTAGATTGTCCCTTCCTTTTTTTTCGAGTCTTTCTATATGCATTATG
GATCAGAGTTGCATAACTGTTATTATAATCAAGAAAATGTTGGCGTCTCTGTAAGCTACT
TCTACGCAGCATAAATGGGTTTTGGGAGGAAAAGACTTGTCGTATAGATTTCTTAATTTG
TTGAAAACAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV14TF U 1
AF RR3DA32TF U 365
AF RR3AV14JQ C 304
BS 1 817 RR3AV14TF
BS 818 983 RR3DA32TF
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BS 1001 1047 RR3DA32TF
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BS 1049 1102 RR3DA32TF
BS 1103 1151 RR3AV14JQ

RD RR3AV14TF 817 0 0
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GGACAAGAAGCCAGCGAAGCCGTCGAGCAGTAGAGCCGGTGGAATCCGCACTCTTTCCGA
TCTCAATCGGAGATCGAATCCGGACTCCTACAGCGACTCCGACGGTCCTCAGGAATACTA
CACCGGCGGCGAGAAAAGTGGTATGATGGTTCAAGATCCATCGAAGAAAGATGATGTTGA
TGAGGTATTCAATCAAGCTAGACAATTAGGAGCTGTTGAAGGACCTCTTGAGACTCCTTC
TTCGTCTTCGAGTTCCAGAAGCTTTACAGGAACGGGGAGGTTGCTTTCTGGTGGAGAGAG
TGTTTCAACTGCTCCTCCTCAACAGTCTGACCCTGTGTCTCACACCATTATCTTCTGGCC
TGATGGTTTCACCATTGATGATGGTCCTTTGAGGAAGTTGGATGATCCAGACAATGCTTC
TTTTCTCGAGAGTATTCGAAAGTCTGAGTGTCCGAAAGAGCTTGAGCCTGAAGATAGAAG
AGCTCCTGTACATGTCAATCTGATGCGAAGGGAAGAGAAATGTCCAGAAAGAGAGAAGCC
TAAGGTTTCATTTCAGGGTGTTGGAAGGACTCTTGGTGCTACCTCATCGGTGGTGGCTCC
TGATTCCGTTCCTGTACAAACCGGGGTCGCAGCAGTAGCAGCACCATCTCCGTGTCTTGT
AATAGATGAAACCGCTCCGACCACATCGATCCAGATTAGACTAACGGATGGGACCCGGCT
TGTGGGTAAGTTCAATCACCATCACACGGTCCATGAT

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3DA32TF 738 0 0
G
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GTTTCACCATTGATGATGGTCCTTTGAGGAATTTGGATGATCCAGACAATGCTTCTTTTC
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CTGTACATGTCAATCTGATGCGAAGGGAAGAGAAATGTCCAGAAAGAGAGAAGCCTAAGG
TTTCATTTCAGGGTGTTGGAAGGACTCTTGGTGCTACCTCATCGGTGGTGGCTCCTGATT
CCGTTCCTGTACAAACCGGGGTCGCAGCAGTAGCAGCACCATCTCCGTGTCTTGTAATAG
ATGAAACCGCTCCGACCACATCGATCCAGATTAGACTAACGGATGGGACCCGGCTTGTGG
GTAAGTTCAATCACCATCACACGGTCCATGATATTCGCGCTTTCATTGACTCCTCTAGAC
CTGGAGCTCCGGTTAATTACCAGCTTCAGACAATGGGGTTCCCACCTACGCCTTTGGCTG
ATCTCGCTCAGACCATTCAACAAGCTGGTCTAGCCAACTCTGTCGTTCTTCAGAAATTCT
AGAAATTTCTAGATTGTCTTTTCCTTTTTTTTGG*GTCTTTCTATATGCATTATGGATCA
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GCAGCATAAATGGGTTT

QA 2 738 2 738
DS 

RD RR3AV14JQ 848 0 0
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TTCAACTGCTCCTCCTCAACAGTCTGACCCTGTGTCTCACACCATTATCTTCTGGCCTGA
TGGTTTCACCATTGATGATGGTCCTTTGAGGAAGTTGGATGATCCAGACAATGCTTCTTT
TCTCGAGAGTATTCGAAAGTCTGAGTGTCCGAAAGAGCTTGAGCCTGAAGATAGAAGAGC
TCCTGTACATGTCAATTTGATGCGAAGGGAAGAGAAATGTCCAGAAAGAGAGAAGCCTAA
GGTTTCATTTCAGGGTGTTGGAAGGACTCTTGGTGCTACCTCATCGGTGGTGGCTCCTGA
TTCCGTTCCTGTACAAACCGGGGTCGCAGCAGTAGCAGCACCATCTCCGTGTCTTGTAAT
AGATGAAACCGCTCCGACCACATCGATCCAGATTAGACTAACGGATGGGACCCGGCTTGT
GGGTAAGTTCAATCACCATCACACGGTCCATGATATTCGCGCTTTCATTGACTCCTCTAG
GCCTGGAGCTCCGGTTAATTACCAGCTTCAGACAATGGGGTTCCCACCTACGCCTTTGGC
TGATCTCGCTCAGACCATTCAACAAGCTGGTCTAGCCAACTCTGTCGTTCTTCAGAAATT
CTAGAAATTTCTAGATTGTCCCTTCCTTTTTTTTCGAGTCTTTCTATATGCATTATGGAT
CAGAGTTGCATAACTGTTATTATAATCAAGAAAATGTTGGCGTCTCTGTAAGCTACTTCT
ACGCAGCATAAATGGGTTTTGGGAGGAAAAGACTTGTCGTATAGATTTCTTAATTTGTTG
AAAACAAT

QA 1 848 1 848
DS 



AS 1 3

CO CL3746Contig1 471 3 1 U
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TCCTCTCTCTCGTCCTTCTCCACGCATCTGCAGCGGCGCCTACCGGCCGATGGACTCCCA
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CGAGCAAGAACTATGAGGCGATTGTGTGGGAAAAAGAATGGTTGAAATCAATGAATCTCA
CTTCCTTCAAGCCTGTCGTCTGATAGTCATATCCTCTGATTTTTCCATGTAATCGGTCTC
ATGAAACATCAAAAGAAAGAAGATAAAATAAAACAGAAAGGGATTAATGTG


BQ
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AF RR3BA95JQ C 1
AF RR3BA95TF U 1
AF RR3AN52TF U 22
BS 1 471 RR3BA95TF

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TCCTCTCTCTCGTCCTTCTCCACGCATCTGCAGCGGCGCCTACCGGCCGATGGACTCCCA
TCAGTAACGTTAAGGATCCTCACGTCGTAGGGGTCGGCAAATTCGCTGTTTCCGAGTACG
ACATGCAAAGCAAGTCGGAACTTAAGTTCGTGGCGGTTGTTAGCGGTGAGTCTAAGGTAG
TCGCCGGCATTAGTTACCGGCCTATCGTGGCGGTTAATGACGGCGTAGCCGGCCCTGGTG
CGAGCAAGAACTATGAGGCGATTGTGTGGGAAAAAGAATGGTTGAAATCAATGAATCTCA
CTTCCTTCAAGCCTGTCGTTTGATAGTCATATCCTCTGATTTTTCCATGTAATCGGTCTC
ATGAAACATCAAAAGAAAGAAGATAAAATAAAACAGAAAGGGATTAATGTG

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR3BA95TF 471 0 0
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TCCTCTCTCTCGTCCTTCTCCACGCATCTGCAGCGGCGCCTACCGGCCGATGGACTCCCA
TCAGTAACGTTAAGGATCCTCACGTCGTAGGGGTCGGCAAATTCGCTGTTTCCGAGTACG
ACATGCAAAGCAAGTCGGAACTTAAGTTCGTGGCGGTTGTTAGCGGTGAGTCTAAGGTAG
TCGCCGGCATTAGTTACCGGCCTATCGTGGCGGTTAATGACGGCGTAGCCGGCCCTGGTG
CGAGCAAGAACTATGAGGCGATTGTGTGGGAAAAAGAATGGTTGAAATCAATGAATCTCA
CTTCCTTCAAGCCTGTCGTCTGATAGTCATATCCTCTGATTTTTCCATGTAATCGGTCTC
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QA 1 471 1 471
DS 

RD RR3AN52TF 450 0 0
G
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CGGATCTGCAGCGGCGCCTACCGGCCGATGGACTCCCATCAGTAACGTTAAGGATCCTCA
CGTCGTAGGGGTCGGCAAATTCGCTGTTTCCGAGTACGACATGCAAAGCAAGTCGGAACT
TAAGTTCGTGGCGGTTGTTAGCGGTGAGTCTAAGGTAGTCGCCGGCATTAGTTACCGGCT
TATCGTGGCGGTTAATGACGGCGTAGCCGGCCCTGGTGCGGGCAAGAACTATGAGGCGAT
TGTGTGGGAAAAAGAATGGTTGAAATCAATGAATCTCACTTCCTTCAAGCCTGTCGTCTG
ATAGTCATATCCTCTGATTTTTCCATGTAATCGGTCTCATGAAACATCAAAAGAAAGAAG
ATAAAATAAAACAGAAAGGGATTAATGTG

QA 2 450 2 450
DS 



AS 1 2

CO CL3747Contig1 523 2 1 U
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AGTGGTGGTCGGAGAATGAGATAAGGAGAGAGTTGAGATGGCTTAAGGCGAGGCATAAGA
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GAGATTGTATAAAGTCTTAATTATTCAAGCTGAAGCTGTAGTTTTATGAGAACATCTAAT
CAAATGGGCTTACAGTTTAAATACACTAAAAAGTAGAGCTTCG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E866JQ C 1
AF RR3E866TF U 1
BS 1 523 RR3E866TF

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AGCAGGGTCCGTCGGTGAGTTTGAGTTTGAGTTTGAGTACGAGGAAGAAAGTGAGAGGCG
AGTGGTGGTCGGAGAATGAGATAAGGAGAGAGTTGAGATGGCTTAAGGCGAGGCATAAGA
TTCAGCTAGCGAGAGTTAGTGATCATCAAAGGATCTGTTGTGAGAAGAAACAGACCGAGT
CAGCTTCACCTCCTCTTCTTTATAGGGCGATCTCGCTTCCTGTCGATGCCGTGGATATAT
GAGATTGTATAAAGTCTTAATTATTCAAGCTGAAGCTGTAGTTTTATGAGAACATCTAAT
CAAATGGGCTTACAGTTTAAATACACTAAAAAGTAGAGCTTCG

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR3E866TF 523 0 0
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GGATTCATTACGCGGATATTTGGGGTTTGAGAGATTCGCGTAGTGACGATGGAGAAGAAG
AGCAGGGTCCGTCGGTGAGTTTGAGTTTGAGTTTGAGTACGAGGAAGAAAGTGAGAGGCG
AGTGGTGGTCGGAGAATGAGATAAGGAGAGAGTTGAGATGGCTTAAGGCGAGGCATAAGA
TTCAGCTAGCGAGAGTTAGTGATCATCAAAGGATCTGTTGTGAGAAGAAACAGACCGAGT
CAGCTTCACCTCCTCTTCTTTATAGGGCGATCTCGCTTCCTGTCGATGCCGTGGATATAT
GAGATTGTATAAAGTCTTAATTATTCAAGCTGAAGCTGTAGTTTTATGAGAACATCTAAT
CAAATGGGCTTACAGTTTAAATACACTAAAAAGTAGAGCTTCG

QA 1 523 1 523
DS 



AS 1 3

CO CL3748Contig1 953 3 9 U
GAGGCTCCCTCTAATCTCCTCCGCCGCCGCCAACATCACCACCGGTATTCTCCACTTACC
TATACAAACTCACATTTAGCACGTGTTCTCGTATCATGAATCCAGGCATGGAGTCTCATA
ACCAGTCAGAGAAGCAAAGCTCGCCTGGTTCGAGCAGCGTGTCTAAGAAAGTCGCGTTGA
TGTGGGAGAGAATGAACGAGGGAGTACCTAAAAAGCGAGTCAACTTCCACTCAAAGACCT
CAACCGCTAATAACAACTGGAGAGGTTATCTTGGTGTGGATGCGAAGAAGAAGAAGAAGA
ATGAGCACGCAATTGTAGTCAAGGAAGATAGCGTTGTTTCGGATAGTAGGTGTAGCGAGG
AGGCTAAGAGCATTGCTGCAGCCGCTCTAGCTGCTGTCAGAAACGCTACTGCAACCGCTG
CAGCTGCATCGAGCCGTGGCAAGATCGAGATAACTGAGGTCAAAGACTTTGCTGGACAAG
AAATCCAAGTAAAGCGGTTAGTGGAAGCTGGTTCAAAGGAAGCCTCCTCCTCTTCATCGA
CTTCAGGGGTTGATGCGGTTCTTGAGCAGATAAAAAAGAAGCAGAAGCTGAGCGTTTTGG
ACAAGACCAAGAAAGATTGGGGAGAGTACAAGGAGGATAACAAAGGCGTTGAGGACGAGC
TGGATAAGTACAAGAAGAGCTCTGATCAGTATCTAGATAAAGTTTCTTTCTTGGAGAGAG
CTGATTACAGACAGTTTGAGAAAGAGAGAGACGCCCGTTTAGCTCTTCAGTCCAAGAGAA
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GTGTTCCCTGTTTTCTTGTATGTAGGCAAGGCATCCATCTTACGAAAGCTTGTAGCAGTT
TCTAAGGGATGTTTTGTCACATTCTCAGGTATGGACAACGCTTTCTAGTTGAC


BQ
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AF RR3C576TF U 1
AF RR3A938TF U 21
AF RR3A938JQ C 152
BS 1 80 RR3C576TF
BS 81 81 RR3A938TF
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BS 817 851 RR3A938TF
BS 852 953 RR3A938JQ

RD RR3C576TF 816 0 0
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TATACAAACTCACATTTAGCTCGTGTTCTCGTATCATGAATCCAGGCATGGAGTCTCATA
ACCAGTCAGAGAAGCAAAGCTCGCCTGGTTCGAGCAGCGTGTCTAAGAAAGTCGCGTTGA
TGTGGGAGAGAATGAACGAGGGAGTACCTAAAAAGCGAGTCAACTTCCACTCAAAGACCT
CAACCGCTAATAACAACTGGAGAGGTTATCTTGGTGTGGATGCGAAGAAGAAGAAGAAGA
ATGAGCACGCAATTGTAGTCAAGGAAGATAGCGTTGTTTCGGATAGTAGGTGTAGCGAGG
AGGCTAAGAGCATTGCTGCAGCCGCTCTAGCTGCTGTCAGAAACGCTACTGCAACCGCTG
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CTTCAGGGGTTGATGCGGTTCTTGAGCAGATAAAAAAGAAGCAGAAGCTGAGCGTTTTGG
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CTGATTACAGACAGTTTGAGAA*GAGAGAGACGCCCGTTTAGCTCTTCAGTCCAAGAGAA
GACTCGATGATGCCTGA*TGAATGTTGAGGACTCTT

QA 1 816 1 816
DS 

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GG
GCCGCCGCCAACATCACCACCGGTATTCTCCACTTACCTATACAGACTCACATTTAGCAC
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GCCTGGTTCGAGCAGCGTGTCTAAGAAAGTCGCGTTGATGTGGGAGAGAATGAACGAGGG
AGTACCTAAAAAGCGAGTCAACTTCCACTCAAAGACCTCAACCGCTAATAACAACTGGAG
AGGTTATCTTGGTGTGGATGCGAAGAAGAAGAAGAAGAATGAGCACGCAATTGTAGTCAA
GGAAGATAGCGTTGTTTCGGATAGTAGGTGTAGCGAGGAGGCTAAGAGCATTGCTGCAGC
CGCTCTAGCTGCTGTCAGAAACGCTACTGCAACCGCTGCAGCTGCATCGAGCCGTGGCAA
GATCGAGATAACTGAGGTCAAAGACTTTGCTGGACAAGAAATCCAAGTAAAGCGGTTAGT
GGAAGCTGGTTCAAAGGAAGCCTCCTCCTCTTCATCGACTTCAGGGGTTGATGCGGTTCT
TGAGCAGATAAAAAAGAAGCAGAAGCTGAGCGTTTTGGACAAGACCAAGAAAGATTGGGG
AGAGTACAAGGAGGATAACAAAGGCGTTGAGGACGAGCTGGATAAGTACAAGAAGAGCTC
TGATCAGTATCTAGATAAAGTTTCTTTCTTGGAGAGAGCTGATTACAGACAGTTTGAGAA
AGAGAGAGACGCCCGTTTAGCTCTTCAGTCCAAGAGAAGACTCGATGATGCCTGAATGAA
TGTTGAGGACTCTTATTAACTTTCTTCTTACGCTGCAAGTGTTCCCTGT

QA 3 831 3 831
DS 

RD RR3A938JQ 802 0 0
GAGCAGCGTGTCTAAGAAAGTCGCGTTGATGTGGGAGAGAATGAACGAGGGAGTACCTAA
AAAGCGAGTCAACTTCCACTCAAAGACCTCAACCGCTAATAACAACTGGAGAGGTTATCT
TGGTGTGGATGCGAAGAAGAAGAAGAAGAATGAGCACGCAATTGTAGTCAAGGAAGATAG
CGTTGTTTCGGATAGTAGGTGTAGCGAGGAGGCTAAGAGCATTGCTGCAGCCGCTCTAGC
TGCTGTCAGAAACGCTACTGCAACCGCTGCAGCTGCATCGAGCCGTGGCAAGATCGAGAT
AACTGAGGTCAAAGACTTTGCTGGACAAGAAATCCAAGTAAAGCGGTTAGTGGAAGCTGG
TTCAAAGGAAGCCTCCTCCTCTTCATCGACTTCAGGGGTTGATGCGGTTCTTGAGCAGAT
AAAAAAGAAGCAGAAGCTGAGCGTTTTGGACAAGACCAAGAAAGATTGGGGAGAGTACAA
GGAGGATAACAAAGGCGTTGAGGACGAGCTGGATAAGTACAAGAAGAGCTCTGATCAGTA
TCTAGATAAAGTTTCTTTCTTGGAGAGAGCTGATTACAGACAGTTTGAGAAAGAGAGAGA
CGCCCGTTTAGCTCTTCAGTCCAAGAGAAGACTCGATGATGCCTGAATGAATGTTGAGGA
CTCTTATTAACTTTCTTCTTACGCTGCAAGTGTTCCCTGTTTTCTTGTATGTAGGCAAGG
CATCCATCTTACGAAAGCTTGTAGCAGTTTCTAAGGGATGTTTTGTCACATTCTCAGGTA
TGGACAACGCTTTCTAGTTGAC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 3

CO CL3749Contig1 476 3 3 U
GGATATTCAGATAGACAAACTCAACGACTCATTTTCAATTGTCTTATCAAAATGTGGATC
AACAAGTTTTTCTTCCTTCTTCCAGTTGTGTGCATGGCCGTGTTCAGTACAGCTCAAACG
GTTCCTTCGCAACCTCCAGCTACACAGGGCCCATCAGATTGTTTGTCATCGCTGGAAGAT
ATTCCCGACTGCATCCCAGAGATATTGAGATCGATAATAAGTGGACAAATCGGGAGTATT
GGACATTCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGGTATCAGTACCGAATGTGCCACTCATGTGTTT
GTCTTCGCTCCCTTCTTCCCTCCGACTCTAAGGGATCACTGTTCCCGACAACATTAGTGC
CAAACTCCTTTGGAAGGGGTTTCTTATTATCAGTCTACATGTTCTAAGGCCATACATACT
AATGTGATAACAAACTTTGCTATGTTTCGCTTAATAAAAAAACATCTCTCCATATT


BQ
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AF RR3A278JQ C 1
AF RR3A278TF U 5
AF RR3H708TF U 1
BS 1 4 RR3A278JQ
BS 5 471 RR3A278TF
BS 472 476 RR3H708TF

RD RR3A278JQ 471 0 0
GGATATTCAGATAGACAAACTCAACGACTCATTTTCAATTGTCTTATCAAAATGTGGATC
AACAAGTTTTTCTTCCTTCTTCCAGTTGTGTGCATGGCCGTGTTCAGTACAGCTCAAACG
GTTCCTTCGCAACCTCCAGCTACACAGGGCCCATCAGATTGTTTGTCATCGCTGGAAGAT
ATTCCCGACTGCATCCCAGAGATATTGAGATCGATAATAAGTGGACAAATCGGGAGTATT
GGACATTCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGGTATCAGTACCGAATGTGCCACTCATGTGTTT
GTCTTCGCTCCCTTCTTCCCTCCGACTCTAAGGGATCACTGTTCCCGACAACATTAGTGC
CAAACTCCTTTGGAAGGGGTTTCTTATTATCAGTCTACATGTTCTAAGGCCATACATACT
AATGTGATAACAAACTTTGCTATGTTTCGCTTAATAAAAAAACATCTCTCC

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR3A278TF 467 0 0
ATTCAGATAGACAAACTCAACGACTCATTTTCAATTGTCTTATCAAAATGTGGATCAACA
AGTTTTTCTTCCTTCTTCCAGTTGTGTGCATGGCCGTGTTCAGTACAGCTCAAACGGTTC
CTTCGCAACCTCCAGCTACACAGGGCCCATCAGATTGTTTGTCATCGCTGGAAGATATTC
CCGACTGCATCCCAGAGATATTGAGATCGATAATAAGTGGACAAATCGGGAGTATTGGAC
ATTCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGGTATCAGTACCGAATGTGCCACTCATGTGTTTGTCT
TCGCTCCCTTCTTCCCTCCGACTCTAAGGGATCACTGTTCCCGACAACATTAGTGCCAAA
CTCCTTTGGAAGGGGTTTCTTATTATCAGTCTACATGTTCTAAGGCCATACATACTAATG
TGATAACAAACTTTGCTATGTTTCGCTTAATAAAAAAACATCTCTCC

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR3H708TF 476 0 0
GGAT
ATTCAGATAGACAAACTCAACGACTCATTTTCAATTGTCTTATCAAAATGTGGATCAACA
AGTTTTTCTTCCTTCTTCCAGTTGTGTGCATGGCCGTGTACAGTACAGCTCAAACGGTTC
CTTCGCAACCTCCAGCTACACAGGGCCCATCAGATTGTTTGTCATCGCTGGAAGATATTC
CCGACTGCATCCCAGAGATATTGAGATCGATAATAAGTGGACAAATCGGGAGTATTGGAC
ATTCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGTTATCAGTACCGAATGTGCCACTCATGTGTTTGTCT
TCGCTCCCTTCTTCCCTCCGACTCTAAGGGATCACTGTTCCCGACAACATTAGTGCCAAA
CTCCTTTGGAAGGGGTTTCTTATTATCAGTCTACATGTTCTAAGGCCATACATACTAATG
TGATAACAAACTTTGCTATGTTTCGCTTAATAAAAAAACATCTCTCCATATT

QA 5 476 5 476
DS 



AS 1 3

CO CL3750Contig1 868 3 13 U
GGAAGTAAGACAAGTAAAGCACAACAGAATCGCAAACACAACTGTCAAAGAGTTAAAGCT
AAGCAACCATTTTCACGCTCTCTTTTATATCATATCAATAAATAAATAAAAGCTATTCAT
CACCCCGAAAGGAAAAGAAAAATATCAAAAGAGAGTTCTCGAATCTGTTTCAATGGCGAT
TAACAACAAGCTTCCTCTTCTCCTTCCCTCTATCATCATTCTCATCCTCAGTCGCCCTGT
GGTCAGCGACACTGATGAAGAGGACGTTCTTTTCACAGGCATCAACAGCTACAGAACATC
ACAGAATCTCACAACCTTAAACAAGAACAAAAACGCAGAGTGTCTAGCCGACGAACTCGC
TGATCAATTCAAGAACAAACCATGCACCAACGACACCGGCTCAGCCACAGTGCCTGGAAC
CGAACCACAGTTCTCAGATTACCCTAATATTCTAGCTAAATGCCACTTAGACGTCTCAGA
CACAAGAGACGGCTCTATTATGCCCGCGTGTGTTCCTCGTCTAGAGTCAAGCCTCGTCCT
CACAAACTTCACCAAGTCGCAATACTCCATGAGTTTGAACGATTCCAAGTTTACAGGGAT
GGGCATCGGTAAGGAAGATGATTGGATCGTTGTGGTTCTCACCACCAGCACACCTGAAGG
AAACTATTCTCCAGCTACAAAACAGGATTCGAGTGGCTTCGTCTTTAGTATTGGCCTCTT
TAATTACTTGCTTGCTTTCACGTTGTCCTTCTGTTTCTTCCTCTGTTGATGAGAGTGACA
CCTACCATACATGTCATGAGTTTTTTTTTTTGTCTCAAGAATAATTTTTGCTTATGTTAT
TTACTAAATTTCTTTAAATTTTTCATAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B229TF U 1
AF RR3FG70JQ C 206
AF RR3FG70TF U 212
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GGGCATCGGTAAGGAAGATGATTGGATCGTTGTGGTTCTCACCACCAGCACACCTGAAGG
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TAATTACTTGCTTGCTTTCACGTTGTCCTTCTGTTTCTTCCTCTGTTGATGAGAGTGACA
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DS 

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CTCTCT
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QA 7 663 7 663
DS 

RD RR3FG70TF 639 0 0
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TTCACAGGCATCAACAGCTACAGAACATCACAGAATCTCACAACCTTAAACAAGAACAAA
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GACACCGGCTCAGCCACAGTGCCTGGAACCGAACCACAGTTCTCAGATTACCCTAATATT
CTAGCTAAATGCCACTTAGACGTCTCAGACACAAGAGACGGCTCTATTATGCCCGCGTGT
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GTCTCAAGAATAATTTT*GCTTATGTTATTTACTAAATT

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

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ACCGAAAACTAATGAAAGAGACCGAAGAAGCCTCTTTCCCATTTTCAATCCTCGTCCGCT
CTCTTCGCCTTCCTCGTTATATGTTGGAGTTGAAGGTCCTTCAAAGGATTTAAGTTTCTC
AAAAATTCTGTAGACAAACACAAAGGACATGAACTGCAGCGGTTTGTATTCAACATTACG
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CTTGGGGGACTTGGAATACCTAGGACCCCATGGTATCATCGGCTGATTATCAGCATATCT
AATGTCCTTGGAAACCTTAAACGAACCGAAAGTCACACCCTTTTTCCTATCCATTAACTG
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AATCAGAGGAGGAGGGTAACGAAACGCGTTGGAAACTGCGGGAGCCACCATGATGGGAGT
AGGAAGGGAACTGACGTAGTTGATATCGCGAGAGCCGGTAGGGCACAGA


BQ
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AF RR3DW04JQ U 1
AF RR3A501TF C 314
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RD RR3DW04JQ 802 0 0
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ATAAAAAATCCAATCTCTCCCAAGAAAAGAGAACTTCATCTCAAATTGTTAAACATCTAG
CAGCCACAGACTACACATCAAAAACTTCTCAAAATAAAAAACCTCCTGGTAGATCAAAGC
AAGCTCTTTGTGATCTCTCTCGCATTATCTGTAATACGACGCTATGACATAGAGCATCAA
AGCCGACGAGGCCGTCACTATAAGTTCCTGGTTATTGTAAAGTACTATGGGTATGGAGTT
ACCCATGTACTCAATAACATTTAAGATCCCAGTGTAAGCCAAGGAAGCCACAAGTATAGA
ACCGAAAACTAATGAAAGAGACCGAAGAAGCCTCTTTCCCATTTTCAATCCTCGTCCGTT
CTCTTCGCCTTCCTCGTTATATGTTGGAGTTGAAGGTCCTTCAAAGGATTTTAGTTTCTC
AAAAATTCTGTAGACAAACACAAAGGACATGAACTGCAGCGGTTTGTATTCAACATTACG
TTTTATGGCAATCCATGCACTAACCACAGCTGCTATTGCTAGGTTGATCAACATAGCGTT
CTTGGGGGACTTGGAATACCTAGGACCCCATGGTATCATCGGCTGATTATCAGCATATCT
AATGTCCTTGGAAACCTTAAACGAGCCGAAAGTCACACCCTTTTTCCTATTCATTAACTG
GGAATACATGAGCTTATCATATGCTTTCTCAAGTAGAGCAGCAGTGGCTTCATCAC*ACT
C*TCTGAGCTTCTTTGAGTTTT

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3A501TF 816 0 0
ATAACATTTAAGATCCCAGTGTAAGCCAAGGAAGCCACAAGTATAGAACCGAAAACTAAT
GAAAGAGACCGAAGAAGCCTCTTTCCCATTTTCAATCCTCGTCCGCTCTCTTCGCCTTCC
TCGTTATATGTTGGAGTTGAAGGTCCTTCAAAGGATTTAAGTTTCTCAAAA*TTCTGTAG
ACAAACACAAAGGACATGAACTGCAGCGGTTTGTATTCAACATTACGTTTTATGGCAATC
CATGCACTAAACACAGCTGATATTGCTAGGTTGATCAACATATCGTTCTTGGGGGACTTG
GAATACCTTGGACCCCATGGTATCATCGGCTGCTTATCAGCATATCTAATGTCCTTGGAA
ACCTTAAACGAACCGAAAGTCACACCTTTTTTCCTATCCATTAACTGGGAATACATGAGT
TTATCATATGCTTTCTCAAGTAGAGCAGCAGTGGCTTCATCACCACTCCTCTGAGCTTCT
TTAAGTTTTCTTCCGTAAGTCTGCTTGATCTTGTCGAATCCCTCTATAGGGTTAACACCG
AGAACCTCATATGGGTTAAAGTCACCATCAGACTGCGGATTTCCAGCAGAAGCAGAAGAC
GAAGCAGCACGTATCACGATCCTGCTCTGCAACACCCTTCGTGGAAGAAGCCTGACGAAA
GACGGCGACTTGGTAGCTCGAAGAATAGTATTGAAGCTCCGATGACCAATCAGAGGAGGA
GGGTAACGAAACGCGTTGGAAACTGCGGGAGCCACCATGATGGGAGTAGGAAGGGAACTG
ACGTAGTTGATATCGCGAGAGCCGGTAGGGCACAGA

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL3752Contig1 665 2 11 U
GGGTTCTTCTCTAGTGAATCGAAGCAACCACGGTGTTGAGTGAGAACTAGAAATCTCAAA
CGGGGAAGATGAGTTCATCTATGGCTCTTCGAGATTTGCAGAGAGACCTCGAGTCCAAGG
CCAATGATCTCGCCAAAATCCAGAAAGATATCGCCAAGGATCACCAGCTGAGGAAGAAGT
ATACAATCCAACTCGGAGAGAACGAGCTCGTGCTTAAGGAGTTGGATATGCTAGAAGAAG
AAGCAAACGTCTACAAGTTGATTGGTCCAGTGCTTGTGAAACAGGATTTGGCAGAAGCTA
ATGCGAATGTTCGCAAACGTATTGAGTACATCTCTGCTGAGTTGAAACGGGTTGATGCAT
CTATCCAAGATAATGAAGGACAACAGAACAGCAAGAGAGAAGCAATGATGAAGCTACAAC
AACGGTTACAATCTATCCAGGCAGGAAAAGCAAAGGCTTGATTGTCCAAGTCCTTCACTC
GTGCACGCCCCTGTCATAGTGGTTTCATATTCAGTTATTGAGTGCTCGTGTGGTTTCAGT
TTTGTGGTGATTAATGTCTCTGTATCCCTCATCTTCTTTTTGTTGACAACTGCACTTGAA
TGTGTGTAAACTTATACAAATCTTCTCGCCCTTTTTCAAATTATGAATTTGGAGATTTAC
ACCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3H344TF U 14
AF RR3FU04JQ C 1
BS 1 15 RR3FU04JQ
BS 16 105 RR3H344TF
BS 106 106 RR3FU04JQ
BS 107 184 RR3H344TF
BS 185 185 RR3FU04JQ
BS 186 329 RR3H344TF
BS 330 330 RR3FU04JQ
BS 331 524 RR3H344TF
BS 525 525 RR3FU04JQ
BS 526 653 RR3H344TF
BS 654 665 RR3FU04JQ

RD RR3H344TF 647 0 0
GG
GAATCGAAGCAACCACGGTGTTGAGTGAGAACTAGAAATCTCAAACGGGGAAGATGAGTT
CATCTATGGCTCTTCGAGATTTGCAGAGAGGCCTCGAGTCCAAGGCCAATGATCTCGCCA
AAATCCAGAAAGATATCGCCAAGGATCACCAGCTGAGGAAGAAGTATACGATCCAACTCG
GAGAGAACGAGCTCGTGCTTAAGGAGTTGGATATGCTAGAAGAAGAAGCAAACGTCTACA
AGTTGATTGGTCCAGTGCTTGTGAAACAGGATTTGGCAGAAGCTAATGCGAATGTTCGCA
AACGTATTGAGTACGTCTCTGCTGAGTTGAAACGGGTTGATGCATCTATCCAAGATAATG
AAGGACAACAGAACAGCAAGAGAGAAGCAATGATGAAGCTACAACAACGGTTACAATCTA
TCCAGGCAGGAAAAGCAAAGGCTTGATTGTCCAAGTCCTTCACTCGTGCACGCCCCTGTC
ATAGTGGTTTCATATTCAGTTATTGAGTGTTCGTGTGGTTTCAGTTTTGTGGTGATTAAT
GTCTCTGTATCCCTCATCTTCTTTTTGTTGACAACTGCACTTGAATGTGTGTAAACTTAT
ACAAATCTTCTCGCCCTTTTTCAAATTATGAATTTGGA
CATTCAC

QA 3 640 3 640
DS 

RD RR3FU04JQ 665 0 0
GGGTTCTTCTCTAGTGAATCGAAGCAACCACGGTGTTGAGTGAGAACTAGAAATCTCAAA
CGGGGAAGATGAGTTCATCTATGGCTCTTCGAGATTTGCAGAGAGACCTCGAGTCCAAGG
CCAATGATCTCGCCAAAATCCAGAAAGATATCGCCAAGGATCACCAGCTGAGGAAGAAGT
ATACAATCCAACTCGGAGAGAACGAGCTCGTGCTTAAGGAGTTGGATATGCTAGAAGAAG
AAGCAAACGTCTACAAGTTGATTGGTCCAGTGCTTGTGAAACAGGATTTGGCAGAAGCTA
ATGCGAATGTTCGCAAACGTATTGAGTACATCTCTGCTGAGTTGAAACGGGTTGATGCAT
CTATCCAAGATAATGAAGGACAACAGAACAGCAAGAGAGAAGCAATGATGAAGCTACAAC
AACGGTTACAATCTATCCAGGCAGGAAAAGCAAAGGCTTGATTGTCCAAGTCCTTCACTC
GTGCACGCCCCTGTCATAGTGGTTTCATATTCAGTTATTGAGTGCTCGTGTGGTTTCAGT
TTTGTGGTGATTAATGTCTCTGTATCCCTCATCTTCTTTTTGTTGACAACTGCACTTGAA
TGTGTGTAAACTTATACAAATCTTCTCGCCCTTTTTCAAATTATGAATTTGGAGATTTAC
ACCAC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL3753Contig1 604 2 2 U
GGGAAACAAACATTCGATCCAACCATCTCCGATTCAAAGCCATGGCTCGTACGAAGCAGA
CCGCTAGGAAATCCACCGGAGGAAAAGCTCCCAGGAAGCAACTCGCCACCAAGGCTGCGA
GAAAATCTGCACCGACCACCGGAGGAGTCAAGAAGCCTCACCGTTACCGTCCCGGAACCG
TCGCTCTCCGTGAGATTCGTAAGTACCAGAAGAGCACTGAGTTACTCATCCGTAAACTTC
CCTTCCAGCGTCTTGTTCGTGAAATCGCCCAGGATTTCAAGACGGATCTGAGGTTCCAGA
GCCACGCAGTGTTGGCTCTTCAGGAAGCGGCAGAGGCGTATTTGGTGGGATTGTTCGAAG
ACACGAATCTGTGTGCCATTCACGCCAAGAGAGTCACCATCATGCCCAAAGACATTCAAT
TGGCTAGGCGCATTCGTGGAGAGCGTGCTTAGAGATTCCTATAGTTTCCATTAGGCTTGT
GTTTTTGTGCTTTTTTGATTTCTTGCTCTTCTTTCTTTCTTCATGTCGTTGTCTAGCTTT
TAACCACAATTCGTGGTGTTTGTTAAACGCCCTTTGAATCAAAAACATATATGAATTTAG
CAGC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR3GT79JQ C 1
AF RR3GT79TF U 1
BS 1 4 RR3GT79JQ
BS 5 604 RR3GT79TF

RD RR3GT79JQ 604 0 0
GGGAAACAAACATTCGATCCAACCATCTCCGATTCAAAGCCATGGCTCGTACGAAGCAGA
CCGCTAGGAAATCCACCGGAGGAAAAGCTCCCAGGAAGCAACTCGCCACCAAGGCTGCGA
GAAAATCTGCACCGACCACCGGAGGAGTCAAGAAGCCTCACCGTTACCGTCCCGGAACCG
TCGCTCTCCGTGAGATTCGTAAGTACCAGAAGAGCACTGAGTTACTCATCCGTAAACTTC
CCTTCCAGCGTCTTGTTCGTGAAATCGCCCAGGATTTCAAGACGGATCTGAGGTTCCAGA
GCCACGCAGTGTTGGCTCTTCAGGAAGCGGCAGAGGCGTATTTGGTGGGATTGTTCGAAG
ACACGAATCTGTGTGCCATTCACGCCAAGAGAGTCACCATCATGCCCAAAGACATTCAAT
TGGCTAGGCGCATTCGTGGAGAGCGTGCTTAGAGATTCCTATAGTTTCCATTAGGCTTGT
GTTTTTGTGCTTTTTTGATTTCTTGCTCTTCTTTCTTTCTTCATGTCGTTGTCTAGCTTT
TAACCACAATTCGTGGTGTTTGTTAAACGCCCTTTGAATCAAAAACATATATGAATTTAG
CAGC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3GT79TF 604 0 0
GGGA
AACAAACATTCGATCCAACCATCTCCGATTCAAAGCCATGGCTCGTACGAAGCAGACCGC
TAGGAAATCCACCGGAGGAAAAGCTCCCAGGAAGCAACTCGCCACCAAGGCTGCGAGAAA
ATCTGCACCGACCACCGGAGGAGTCAAGAAGCCTCACCGTTACCGTCCCGGAACCGTCGC
TCTCCGTGAGATTCGTAAGTACCAGAAGAGCACTGAGTTACTCATCCGTAAACTTCCCTT
CCAGCGTCTTGTTCGTGAAATCGCCCAGGATTTCAAGACGGATCTGAGGTTCCAGAGCCA
CGCAGTGTTGGCTCTTCAGGAAGCGGCAGAGGCGTATTTGGTGGGATTGTTCGAAGACAC
GAATCTGTGTGCCATTCACGCCAAGAGAGTCACCATCATGCCCAAAGACATTCAATTGGC
TAGGCGCATTCGTGGAGAGCGTGCTTAGAGATTCCTATAGTTTCCATTAGGCTTGTGTTT
TTGTGCTTTTTTGATTTCTTGCTCTTCTTTCTTTCTTCATGTCGTTGTCTAGCTTTTAAC
CACAATTCGTGGTGTTTGTTAAACGCCCTTTGAATCAAAAACATATATGAATTTAGCAGC

QA 5 604 5 604
DS 



AS 1 3

CO CL3754Contig1 2072 3 3 U
GGAAGCGAAATAGAAGCGTAAAGAGAAAAATGTTCTGTAAAGAGTCGACGTCGTCGGGTC
TCCAGACCTTGAGCATAGCAAAGAGCCTCAGCTCTCCGTTCCATAAACCATCGCCACGCA
TCAACGTCCCCATTTGGACAGGACGTCGAGACAAGGTGTGTCGTCGTCAAAACCTCAGTG
GACGATGTAAGGTCAGGGCATCACAGTCAAATAGCGGAAAGAAAGGTGACATAGTGAAAG
AAAACGCTAAAAAAATCAAAGTGAAGGGATTCATAAAGGCCCAAGAAGGGACGTTGCTGG
AGGGCCTACGTTGGTCGAGAGGTCTCGATGACATTGCAGATATTGCCGGTAGATCACTGC
TCGTTGAGCTTATCGCCGCCGAGACTGACACCCGGACGCTGATGGAGAAGGATCCGGTAG
AAGACTATGCACAACGTGTATGGTTCGATGGAGATTCCGCTGAAGAGAAGTATGAGTGCG
TGTTTGACACGCCTGAAGACTTTGGAACCGTGGGGGCCATCAGGATACAAAACCAGCACC
ATAGAGAGATATTCATCACGGACATGGAGCTTGAGTTACCCAGCGGGAACGTTACGTTTT
CATGCCACTCATGGGTCGCCCCCAAGTCCGTTGACCCAGCAAAGAGGATATTCTTTTCCA
GCAAGTGTTACTTACCCTCAACAACCCCGGAGCCTCTTAAAAAGCTGCGGAAGGAGGAGC
TGGAGACCTTGCGAGGCCAAAACCGCGAGACAGTTGGTGAATTCGCCAAACACGAACGCA
TTTATGACTACGACGTGTACAACGATGTGGGTAATCCTGACAAAGATGACGAACTCGCCC
GTCCTGTTATTGGAGGCCGCTCTCATCCGTACCCGAGACGGTGCAAGACTGGTCGCAAAC
GCTCCAAGAAAGGCCCCTCTACGGAGAATCGCGAAGGGGAGTTCTATGTCCCCAGAGACG
AGGAGTTCTCCCCAACCAAGGGAACGGCATTCACGGGCAAGGCCGTCTTAGCAGCTCTTC
CCTCCGTGTTCACACAGATCGAGTCTATCATGCTGGATCCCAAATCGCCCTTCCCACACT
TCAATGCAATAGAAGATCTCTTTGACGTTGGCATCAATCTTCCCAAGGATACTGGCCTTT
TACCTATGATCCCCAAACTTATTAAAGTTGTTGCTGAAGCTCAAGATGATCTTCTCCAGT
TTGATCCCCCTGTTCTTCTTAACAGTACCAACCTCCCTCTCTCCTCTTTAGTCCTTCGTT
ATATTAACTCAATTCTACACTACCTATACAATTAATCCTGACTTTCCTAATATCATTATC
ATATTTGACTCAGGGGATAGATTTTCATGGATCCGAGACGACGAGTTTGCTCGCCAGACA
CTTGCAGGCCTTAATCCCTATTGCATTCAGCTAGTTACCGTAAGCTATATATGTCTTCAA
TTAATAAGTTTGAGTGTTTTGCTTATGGGTGGGAACTTCGATTATCTTATTGGTTCGGTT
TGATTAACTCAGTTCTAGAATTTTTTTCAACTGACGTAAACTATAGTTAGTTTTGTTTGG
ATTGGTTTTGGTTTGATTTGTATTCGGTTTTATTTGTGTTTCAGTTTCGTTTAATCAGAC
TTCTTTAGTTTAGTTTTTTTAAAAGAAATTATGTTTGAAAATTTAAACGCATATTCATAA
AATCATCTTGTTGGTAATAATAAATTCATTATAAAACTGAAACGGAACCTTTAAAAACCA
CAAAAAGAATTTGATAAAAATACATCAAACCAAAATTAAATAAAATAAATAGAAAATTAC
ACAGAGACTTAGAGAAAAAAGGTGTTGTGGGAAACTTTTATTTTAAATGAAACTTATTAG
TTTAGGTTTTATGCAGCCTCCGCTTGCATATAAGAGCACCCGCAACGCGGGGTACTTGGC
TCTGTTACCTAAAAAAAAACATTAAAATATTTGTTATGTTTGGTAATAGTGTTGTTACTG
GCCTAAGCTAAGGATTTTTTTTGGTTGTGTTTTGCCACGTTTCGTGGCATGATTAGCTCA
TTTTTACCTTTTTTTTTTTTTTTAGTTAAACG


BQ
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AF RR3GD28TF U 1
AF RR3AM52TF U 584
AF RR3AM52JQ C 1258
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BS 639 1332 RR3AM52TF
BS 1333 2072 RR3AM52JQ

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TCCAGACCTTGAGCATAGCAAAGAGCCTCAGCTCTCCGTTCCATAAACCATCGCCACGCA
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GACGATGTAAGGTCAGGGCATCACAGTCAAATAGCGGAAAGAAAGGTGACATAGTGAAAG
AAAACGCTAAAAAAATCAAAGTGAAGGGATTCATAAAGGCCCAAGAAGGGACGTTGCTGG
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TCGTTGAGCTTATCGCCGCCGAGACTGACACCCGGACGCTGATGGAGAAGGATCCGGTAG
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CATGCCACTCATGGGTCGCCCCCAAGTCCGTTGACCCA

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G
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AGGATATTCTTTTCCAGCAAGTGTTACTTACCCTCAACAACCCCGGAGCCTCTTAAAAAG
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GCCAAACACGAACGCATTTATGACTACGACGTGTACAACGATGTGGGTAATCCTGACAAA
GATGACGAACTCGCCCGTCCTGTTATTGGAGGCCGCTCTCATCCGTACCCGAGACGGTGC
AAGACTGGTCGCAAACGCTCCAAGAAAGGCCCCTCTACGGAGAATCGCGAAGGGGAGTTC
TATGTCCCCAGAGACGAGGAGTTCTCCCCAACCAAGGGAACGGCATTCACGGGCAAGGCC
GTCTTAGCAGCTCTTCCCTCCGTGTTCACACAGATCGAGTCTATCATGCTGGATCCCAAA
TCGCCCTTCCCACACTTCAATGCAATAGAAGATCTCTTTGACGTTGGCATCAATCTTCCC
AAGGATACTGGCCTTTTACCTATGATCCCCAAACTTATTAAAGTTGTTGCTGAAGCTCAA
GATGATCTTCTCCAGTTTGATCCCCCTGTTCTTCTTAACAGTACCAACCTCCCTCTCTCC
TCTTTAGTCCTTCGTTATATTAACTCAATTCTACACTACCTATACAATTAATCCTGACTT
TCCTAATATCATTATCATATTTGACTCA

QA 2 749 2 749
DS 

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ATCATATTTGACTCAGGGGATAGATTTTCATGGATCCGAGACGACGAGTTTGCTCGCCAG
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CAATTAATAAGTTTGAGTGTTTTGCTTATGGGTGGGAACTTCGATTATCTTATTGGTTCG
GTTTGATTAACTCAGTTCTAGAATTTTTTTCAACTGACGTAAACTATAGTTAGTTTTGTT
TGGATTGGTTTTGGTTTGATTTGTATTCGGTTTTATTTGTGTTTCAGTTTCGTTTAATCA
GACTTCTTTAGTTTAGTTTTTTTAAAAGAAATTATGTTTGAAAATTTAAACGCATATTCA
TAAAATCATCTTGTTGGTAATAATAAATTCATTATAAAACTGAAACGGAACCTTTAAAAA
CCACAAAAAGAATTTGATAAAAATACATCAAACCAAAATTAAATAAAATAAATAGAAAAT
TACACAGAGACTTAGAGAAAAAAGGTGTTGTGGGAAACTTTTATTTTAAATGAAACTTAT
TAGTTTAGGTTTTATGCAGCCTCCGCTTGCATATAAGAGCACCCGCAACGCGGGGTACTT
GGCTCTGTTACCTAAAAAAAAACATTAAAATATTTGTTATGTTTGGTAATAGTGTTGTTA
CTGGCCTAAGCTAAGGATTTTTTTTGGTTGTGTTTTGCCACGTTTCGTGGCATGATTAGC
TCATTTTTACCTTTTTTTTTTTTTTTAGTTAAACG

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 3

CO CL3755Contig1 830 3 15 U
AGATTTTGCTCTTGTTCGCATCTATCCAAAGTCGAAACAACCATGAATCCCGAGTACGAC
TACCTCTTCAAGCTCCTGCTCATAGGGGATTCTGGCGTGGGGAAGTCTTGTTTACTGTTG
AGATACTCTGATGATTCGTATGTAGAAAGTTACATAAGTACTATTGGAGTCGATTTTAAA
ATTCGGACTGTGGAGCAAGACGGGAAGACGATTAAGCTCCAAATCTGGGACACTGCTGGT
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GTCTACGACGTCACAGATCAAGAAAGCTTTAACAATGTGAAGCAATGGTTGAGTGAAATT
GATCGTTATTCAAGTGACAATGTGAACAAACTCCTGGTTGGAAACAAGTGTGATCTTACT
GAAAACAGAGCCGTTCCATATGAAACGGCAAAGGCTTTTGCCGATGAAATTGGAATTCCT
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GCATCCATCAAAGAGAGTATGGCAAGTCAACCAGCTGGGAGCAATGCCAGACCGCCGACG
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AGCAATATCCTTTTCTTCGAATCCAAAATTGTTTTCTCTTCAGTTCACTTGTACTCTGTA
TGTAATATCTGGTCTGTAATTAAGCTCACTTGTCATTTGGTGGTTGTTTTTCTCTTTGCG
TATCAACATTTTCGTACCAACACATTTTTATGGCTGCCTTCATTGTATTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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TG

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GG
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GTAC
A

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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3E126TF U 1
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CAAT

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DS 

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TCGGGTATTTCCAAAGATATGCTAAGTTGTTTGATGTCAACACAGGACCTTACTTAGACT
GCGAGAACCAGATGCCTTTCTCCTAGAATCCTACCATTGCAACTCTCTTTTTAATTTTTA
CTATAAACTATACAATCTATGTATCAATAAAACTGAAGTTTAATACATTAAATA

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 3

CO CL3758Contig1 779 3 11 U
GGAAAAACACAAAAAAAAAGAATCATTTACTTCCTCTCTGGAGCCTGGCCGGCGAATCCG
ACCAGTCGTTTCAGCTGTGTCCGGAGAGATCCAGTTAAGGCTCCCTCATTGAACAGTCAC
AGCTGTAAACATTCGTCGAGATCATAAAGCAGAGCTTCACTGTTTGAGTGTCAATGACGG
GTTCACTGCAGTTGTGTGGAGTTCAAACTCCAGGGCTTGCTTTGAGTTCAAAGAGGCTTG
AGTTTGGCACAAAGGGGATTTGTAATTTCTCAGTTACTCCGACCTCGAGTAGCGCAGCAA
TCTTTAGAACCGTAGAGAACTCTTGTAGGAACATAGCTTTGAGAGTTAGTTGTGAAGCTG
CTGCTGCAAGAGTCGATTTGATTGAGAGAAAAGAGACTGAGAGGAGCAGTGTAAGCGGAA
CAGGCAAAGAGCTGACATGTGTGATGAAATTTGGAGGCTCATCGGTGGAATCAGCTGAGA
GGATGAAAGAAGTTGCAAATCTTATACTCAGCTTTCCTGAGGAGAGGCCTGTTATTGTGC
TATCAGCAATGGGG*AAGACAACTAATAAGCTTCTGAAGGCTGGAGAGAAGGCTGTTACT
TGCGGTGTCACAAACGTAGAAAGTATTGAAGAACTGAGCTTTATTAAGGAACTCCATTTA
AGAACTGCTCATGAGCTTGGAGTGGAAACAACTGTTATTGCACAACACCTAGAAGACTAC
ACCAGCTGCTGAAAGGCATATCGATGATGAAAGAGTTGACCTTGCTTACTTTGGTGCCC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX87TF U 1
AF RR3FL45TF U 3
AF RR3H704TF U 38
BS 1 11 RR3DX87TF
BS 12 12 RR3FL45TF
BS 13 266 RR3DX87TF
BS 267 267 RR3FL45TF
BS 268 646 RR3DX87TF
BS 647 647 RR3FL45TF
BS 648 679 RR3DX87TF
BS 680 704 RR3FL45TF
BS 705 705 RR3H704TF
BS 706 755 RR3FL45TF
BS 756 779 RR3H704TF

RD RR3DX87TF 679 0 0
GGAAAAACACAGAAAAAAAGAATCATTTACTTCCTCTCTGGAGCCTGGCCGGCGAATCCG
ACCAGTCGTTTCAGCTGTGTCCGGAGAGATCCAGTTAAGGCTCCCTCATTGAACAGTCAC
AGCTGTAAACATTCGTCGAGATCATAAAGCAGAGCTTCACTGTTTGAGTGTCAATGACGG
GTTCACTGCAGTTGTGTGGAGTTCAAACTCCAGGGCTTGCTTTGAGTTCAAAGAGGCTTG
AGTTTGGCACAAAGGGGATTTGTAATCTCTCAGTTACTCCGACCTCGAGTAGCGCAGCAA
TCTTTAGAACCGTAGAGAACTCTTGTAGGAACATAGCTTTGAGAGTTAGTTGTGAAGCTG
CTGCTGCAAGAGTCGATTTGATTGAGAGAAAAGAGACTGAGAGGAGCAGTGTAAGCGGAA
CAGGCAAAGAGCTGACATGTGTGATGAAATTTGGAGGCTCATCGGTGGAATCAGCTGAGA
GGATGAAAGAAGTTGCAAATCTTATACTCAGCTTTCCTGAGGAGAGGCCTGTTATTGTGC
TATCAGCAATGGGG*AAGACAACTAATAAGCTTCTGAAGGCTGGAGAGAAGGCTGTTACT
TGCGGTGTCACAAACGTAGAAAGTATTGAAGAACTGAGCTTTATTA*GGAACTCCATTTA
AGAACTGCTCATGAGCTTG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3FL45TF 753 0 0
GG
AAACACAAAAAAAAAGAATCATTTACTTCCTCTCTGGAGCCTGGCCGGCGAATCCGACCA
GTCGTTTCAGCTGTGTCCGGAGAGATCCAGTTAAGGCTCCCTCATTGAACAGTCACAGCT
GTAAACATTCGTCGAGATCATAAAGCAGAGCTTCACTGTTTGAGTGTCAATGACGGGTTC
ACTGCAGTCGTGTGGAGTTCAAACTCCAGGGCTTGCTTTGAGTTCAAAGAGGCTTGAGTT
TGGCACAAAGGGGATTTGTAATTTCTCAGTTACTCCGACCTCGAGTAGCGCAGCAATCTT
TAGAACCGTAGAGAACTCTTGTAGGAACATAGCTTTGAGAGTTAGTTGTGAAGCTGCTGC
TGCAAGAGTCGATTTGATTGAGGGAAAAGAGACTGAGAGGAGCAGTGTAAGCGGAACAGG
CAAAGAGCTGACATGTGTGATGAAATTTGGAGGCTCATCGGTGGAATCAGCTGAGAGGAT
GAAAGAAGTTGCAAATCTTATACTCAGCTTTCCTGAGGAGAGGCCTGTTATTGTGCTATC
AGCAATGGGGGAAGACAACTAATAAGCTTCTGAAGGCTGGAGAGAAGGCTGTTACTTGCG
GTGTCACAAACGTAGAAAGTATTGAAGAACTGAGCTTTATTAAGGAACTCCATTTAAGAA
CTGCTCATGAGCTTGGAGTGGAAACAACTGTTATTGCACA*CACCTAGAAGACTACACCA
GCTGCTGAAAGGCATATCGATGATGAAAGAG

QA 3 753 3 753
DS 

RD RR3H704TF 742 0 0
GG
GGAGCCTGGCCGGCGAATTCGACCAGTCGTTTCAGCTGTGTCCGGAGAGATCCAGTTAAG
GCTCCCTCATTGAACAGTCACAGCTGTAAACATTCGTCGAGATCATAAAGCAGAGCTTCA
CTGTTTGAGTGTCAATGACGGGTTCACTGCAGTTGTGTGGAGTTCAAACTCCAGGGCTTG
CTTTGAGTTCAAAGAGGCTTGAGTTTGGCACAAAGGGGATTTGTAATTTCTCAGTTACTC
CGACCTCGAGTAGCGCAGCAATCTTTAGAACCGTAGAGAACTCTTGTAGGAACATAGCTT
TGAGAGTTAGTTGTGAAGCTGCTGCTGCAAGAGTCGATTTGATTGAGAGAAAAGAGACTG
AGAGGAGCAGTGTAAGCGGAACAGGCAAAGAGCTGACATGTGTGATGAAATTTGGAGGCT
CATCGGTGGAATCAGCTGAGAGGATGAAAGAAGTTGCAAATCTTATACTCAGCTTTCCTG
AGGAGAGGCCTGTTATTGTGCTATCAGCAATGGGG*AAGACAACTAATAAGCTTCTGAAG
GCTGGAGAGAAGGCTGTTACTTGCGGTGTCACAAACGTAGAAAGTATTGAAGAACTGAGC
TTTATTAAGGAACTCCATTTAAGAACTGCTCATGAGCTTGGAGTGGAAACAACTGTTATT
GCACAACACCTAGAAGACTACACCAGCTGCTGAAAG*CATATCGATGATGAAAGAGTTGA
CCTTGCTTACTTTGGTGCCC

QA 3 742 3 742
DS 



AS 1 3

CO CL3759Contig1 504 3 3 U
ATACAATAAAAACATCATTTAATATATATTTGAACTTATTACATCCAAAGCCATATTATA
ACAAATGGCTGGGGTATAGTTATACAAACATTTTAATACCAAGTTAGCCGATATAAGCTT
ACAATGCTAATATCCGCTAGTTATTGCTTACAAAATTTATTCTCATAAATGTAGTTACAG
TTTATTATGTACTTAGTAGTTTTAGAAGTAATTGAAAATTTAAGTTTTTACTCATTTCCC
AAGAGCGAAAAAATCTCTTAACCTCAACCCGCACGACACCTTCTACCACTACCCGGTTCA
CAACCCGGGTTAAATGGTTCTTCATCACTTCCTGTTTTGCATGTTCCCGAGGCACAACTC
TTGTGATCTTTATCCTTAGCTTCACTCCCTGTGTGTGCTTCAGTTGTGGTCATGACGATA
CAGATAATGGCTACAAGAGCCAATGATAGAACAATTGTTTTCTTAGATATAACCATTTTG
CTTTGGGTAAATTTGTGTTTTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CH50JQ U 1
AF RR3CH50TF C 1
AF RR3CR43JQ U 24
BS 1 465 RR3CH50JQ
BS 466 466 RR3CR43JQ
BS 467 504 RR3CH50JQ

RD RR3CH50JQ 504 0 0
ATACAATAAAAACATCATTTAATATATATTTGAACTTATTACATCCAAAGCCATATTATA
ACAAATGGCTGGGGTATAGTTATACAAACATTTTAATACCAAGTTAGCCGATATAAGCTT
ACAATGCTAATATCCGCTAGTTATTGCTTACAAAATTTATTCTCATAAATGTAGTTACAG
TTTATTATGTACTTAGTAGTTTTAGAAGTAATTGAAAATTTAAGTTTTTACTCATTTCCC
AAGAGCGAAAAAATCTCTTAACCTCAACCCGCACGACACCTTCTACCACTACCCGGTTCA
CAACCCGGGTTAAATGGTTCTTCATCACTTCCTGTTTTGCATGTTCCCGAGGCACAACTC
TTGTGATCTTTATCCTTAGCTTCACTCCCTGTGTGTGCTTCAGTTGTGGTCATGACGATA
CAGATAATGGCTACAAGAGCCAATGATAGAACAATTGTTTTCTTAAATATAACCATTTTG
CTTTGGGTAAATTTGTGTTTTTCC

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR3CH50TF 504 0 0
ATACAATAAAAACATCATTTAATATATATTTGAACTTATTACATCCAAAGCCATATTATA
ACAAATGGCTGGGGTATAGTTATACAAACATTTTAATACCAAGTTAGCCGATATAAGCTT
ACAATGCTAATATCCGCTAGTTATTGCTTACAAAATTTATTCTCATAAATGTAGTTACAG
TTTATTATGTACTTAGTAGTTTTAGAAGTAATTGAAAATTTAAGTTTTTACTCATTTCCC
AAGAGCGAAAAAATCTCTTAACCTCAACCCGCACGACACCTTCTACCACTACCCGGTTCA
CAACCCGGGTTAAATGGTTCTTCATCACTTCCTGTTTTGCATGTTCCCGAGGCACAACTC
TTGTGATCTTTATCCTTAGCTTCACTCCCTGTGTGTGCTTCAGTTGTGGTCATGACGATA
CAGATAATGGCTACAAGAGCCAATGATAGAACAATTGTTTTCTTAGATATAACCATTTTG
CTTTGGGTAAATTTGTGT
TTTTCC

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR3CR43JQ 477 0 0
ATATATTTGAACTTATTACATCCAAAGCCATATTATAACAAATGGCTGGGGTATAGTTAT
ACAAACATTTTAATACCAAGTTAGCCGATATAAGCTTACAATGCTAATATCCGCTAGTTA
TTGCTTACAGAATTTATTCTCATAAATGTAGTTACAGTTTATTATGTACTTAGTAGTTTT
AGAAGTAATTGAAAATTTAAGTTTTTACTCATTTCCCAAGAGCGAAAAAATCTCTTAACC
TCAACCCGCACGACATCTTCTACCACTACCCGGTTCACAACCCGGGTTAAATGGTTCTTC
ATCACTTCCTGTTTTGCATGTTCCCGAGGCACAACTCTTGTGATCTTTATCCTTAGCTTC
ACTCCCTGTGTGTGCTTCAGTTGTGGTCATGACGATACAGATAATGGCTACAAGAGCCAA
TGATAGAACAATTGTTTTCTTAGATATAACCATTTTGCTTTGGGTAAATTTGTGT
CC

QA 1 475 1 475
DS 



AS 1 3

CO CL3760Contig1 728 3 6 U
GCATGATGAAGAAGCAGAGGAGGCACTCAAACGTGAGCAAGCAGAGGAAGATGAGCATCC
TCCTCCTCCTCCTCCTGCTGCTGTATGTGTTCTCAACAAAGAAGCTCCATTGCCTCTCCT
CCAATACAAACGCAGACGCCAAAACGAATCAACCAGGACCGCACAGGACCACTGCTCGTC
CACAACAACAACCGTCGACAACACACCAACAACCTTAATCTCATCATCAACCGCTGCAGC
TGCCACCAACACCGCCATCTCGGCGTTGCTTGAGTTCTCACTCATGGGCATCTCCGACAA
GAATGAAAACCCGCCGCAACCTCCTCGCAAGGAAGCTTCTCCTCCTCCTGCTGCTCCACT
TCCATCTCCTGAAGAGAAGCTTAATGATCTCCAGAAGGAGGTTCACCAGATGTCTGTTGA
GAGAGAGAGACGTTCAAGCTTGAGATGATGAGTGCAGAGGCTATGATCAGTATTCTCCAG
TCCAGGATCGATGCTCTGCGTCAGGAGAATGATGAGCTCAAGAAGAGCAGCGCCAATGGA
CACTAAAATCATCTTATCTGTAGTCTCCCTAATATTATGAGCTATCTATGTTCTTCAGAC
AGACTGAGAACTGTCTGAGACTGTTGTAAAATTAGGATAAACTCTGTTTTTTTCATGGGA
TGTTTATGCATTAACATTTTCAGGTTTGATCCATTGTCATATTATCTACTCTTTTCAGAC
AAGAACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DS77TF U 1
AF RR3AH55JQ C 239
AF RR3AH55TF U 355
BS 1 288 RR3DS77TF
BS 289 289 RR3AH55JQ
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BS 431 679 RR3DS77TF
BS 680 728 RR3AH55TF

RD RR3DS77TF 679 0 0
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TCCTCCTCCTCCTCCTGCTGCTGTATGTGTTCTCAACAAAGAAGCTCCATTGCCTCTCCT
CCAATACAAACGCAGACGCCAAAACGAATCAACCAGGACCGCACAGGACCACTGCTCGTC
CACAACAACAACCGTCGACAACACACCAACAACCTTAATCTCATCATCAACCGCTGCAGC
TGCCACCAACACCGCCATCTCGGCGTTGCTTGAGTTCTCACTCATGGGTATCTCCGACAA
GAATGAAAACCCGCCGCAACCTCCTCGCAAGGAAGCTTCTCCTCCTCCTGCTGCTCCACT
TCCATCTCCTGAAGAGAAGCTTAATGATCTCCAGAAGGAGGTTCACCAGATGTCTGTTGA
GAGAGAGA**CGTTCAAGCTTGAGATGATGAGTGCAGAGGCTATGATCAGTATTCTCCAG
TCCAGGATCGATGCTCTGCGTCAGGAGAATGATGAGCTCAAGAAGAGCAGCGCCAATGGA
CACTAAAATCATCTTATCTGTAGTCTCCCTAATATTATGAGCTATCTATGTTCTTCAGAC
AGACTGAGAACTGTCTGAGACTGTTGTAAAATTAGGATAAACTCTGTTTTTTTCATGGGA
TGTTTATGCATTAACATTT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3AH55JQ 490 0 0
GCTGCCACCAACACCGCCATCTCGGCGTTGCTTGAGTTCTCACTCATGGGCATCTCCGAC
AAGAATGAAAACCCGCCGCAACCTCCTCGCAAGGAAGCTTCTCCTCCTCCTGCTGCTCCA
CTTCCATCTCCTGAAGAGAAGCTTAATGATCTCCAGAAGGAGGTTCACCAGATGTCTGTT
GAGAGAGAGAGACGTTCAAGCTTGAGATGATGAGTGCAGAGGCTATGATCAGTATTCTCC
AGTCCAGGATCGATGCTCTGCGTCAGGAGAATGATGAGCTCAAGAAGAGCAGCGCCAATG
GACACTAAAATCATCTTATCTGTAGTCTCCCTAATATTATGAGCTATCTATGTTCTTCAG
ACAGACTGAGAACTGTCTGAGACTGTTGTAAAATTAGGATAAACTCTGTTTTTTTCATGG
GATGTTTATGCATTAACATTTTCAGGTTTGATCCATTGTCATATTATCTACTCTTTTCAG
ACAAGAACAC

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR3AH55TF 374 0 0
TCCACTTCCATCTCCTGAAGAGAAGCTTAATGATCTCCAGAAGGAGGTTCACCAGATGTC
TGTTGAGAGAGAGAGACGTTCAAGCTTGAGATGATGAGTGCAGAGGCTATGATCAGTATT
CTCCAGTCCAGGATCGATGCTCTGCGTCAGGAGAATGATGAGCTCAAGAAGAGCAGCGCC
AATGGACACTAAAATCATCTTATCTGTAGTCTCCCTAATATTATGAGCTATCTATGTTCT
TCAGACAGACTGAGAACTGTCTGAGACTGTTGTAAAATTAGGATAAACTCTGTTTTTTTC
ATGGGATGTTTATGCATTAACATTTTCAGGTTTGATCCATTGTCATATTATCTACTCTTT
TCAGACAAGAACAC

QA 1 374 1 374
DS 



AS 1 3

CO CL3761Contig1 753 3 34 U
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TTAATTTTTCTGAAACATCTGCCATGACAGGAGAAAACAAATTAGCTTCCTAAATTGATG
GTACAATGATGTCAAAAGAAAAATGATGGTACAGTCGGCAAAACCTTCTGACTCTCTCAG
ACAATAATCTTACTCTAGCTCTTTCAGGCTTCTCGTCTTATTTTAACAGTCGGCAAGACC
TTCTAGTGCTACCCGAAGGTCTCCTCAGCGTATCCCCACAATGAAAATAGGTCCAAGCCA
GTCTTCTTCTGGCCAAAACGTATGTGTTGATGCACACATTAATCTTTCAAGAAATATCTC
GAGTCCTGGAAGTGAAGCGGTTCGTTTCCCCAAGAGGTCCATCCAGCTGCCATTTCCCTA
GCAAATAGCTCAAGGCACCGAGCTGGTTGTGACCCGGGAACATGTTTCATTAGTATCTCT
CCAATTGGGGGTTTCCTCGAAAAATCTCCAGGGATGCTTATGATAACTTTGTTCTTATCC
AAGAGTTCAAAACCTGACCTATGTTTTGTTTCTGCAAATTCGTTAAAGCGGTAGCCTAGT
AGCAGATATTCATAAGGTTTATGATGGACAAGGTCCAGATCGCAAATCATTGTACCGTCT
GGCTTCACCTTTAACCAATACAATGTAGCTGCGTACTTAACTCCCCACGCAGGGAATAGC
TCTTTCTCAACAAAGTTAAGTAATTTCTCTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GC42JQ U 1
AF RR3D588TF C 18
AF RR3D588JQ U 25
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RD RR3GC42JQ 707 0 0
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TTAATTTTTCTGAAACATCTGCCATGACAGGAGAAAAAAAATTAGCTTCCTAAATTGATG
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ACAATAATCTTACTCTAGCTCTTTCAGGCTTCTCGTCTTATTTTAACAGTCGGCAAGACC
TTCTAGTGCTACCCGAAGGTCTCCTCAGCGTATCCCCACAATGAAAATTGGTCCAAGTCA
GTCTTCTTCTGGCCAAAACCTATGTGTTGATGCACACATTAGTCTTTCAAGAAATATCTC
GAGTCCTGGAAGTGAAGCGGTTCGTTTCCCCAAGAGGTCCATCCAGCTGCCATTTCTCTA
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CCAATTGGGGGTTTCCTCGAAAAATCTCCAGGGATGCTTATGATAACTTTGTTCTTATCC
AAGAGTTCAAAATCTAACCTATGTTTTGGTTCTGCAAGTTCGTTAAAGCGGTAGCCTAGT
AGCAGATATTCGTAAGGTTTATGATGGACAAGGTCCAGATCGCAAATCATTGTACCGTCT
GGTTTCACCTTTAACCAATACATTGTAGCTACGTACTTAACTCCCCA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3D588TF 736 0 0
TTTTTTT
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GATGGTACAGTCGGCAAAAC*TTCTGACTCTCTCAGACAATAATCTTACTCTAGCTCTTT
CAGGCTTCTCGTCTTATTTTAACAGTCGGCAAGACCTTCTAGTGCTACCCGAAGGTCTCC
TCAGCGTATCCCCACAATGAAAATAGGTCCAAGCCAGTCTTCTTCTGGCCAAAACGTATG
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TTTCCCCAAGAGGTCCATCCAGCTGCCATTTCCCTAGCAAATAGCTCAAGGCACCGAGCT
GGTTGTGACCCGGGAACATGTTTCATTAGTATCTCTCCAATTGGGGGTTTCCTCGAAAAA
TCTCCAGGGATGCTTATGATAACTTTGTTCTTATCCAAGAGTTCAAAACCTGACCTATGT
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TGGACAAGGTCCAGATCGCAAATCATTGTACCGTCTGGCTTCACCTTTAACCAATACAAT
GTAGCTGCGTACTTAACTCCCCACGCAGGGAATAGCTCTTTCTCAACAAAGTTAAGTAAT
TTCTCTCTC

QA 8 736 8 736
DS 

RD RR3D588JQ 729 0 0
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TGACAGGAGAAAACAAATTAGCTTCCTAAATTGATGGTACAATGATGTCAAAAGAAAAAT
GATGGTACAGTCGGCAAAACCTTCTGACTCTCTCAAACAATAATCTTACTCTAGCTCTTT
CAGGCTTCTCGTCTTATTTTAACAGTCGGCAAGACCTTCTAGTGCTACCCGAAGGTCTCC
TCAGCGTATCCCCACAATGAAAATAGGTCCAAGCCAGTCTTCTTCTGGCCAAAACGTATG
TGTTGATGCACACATTAATCTTTCAAGAAATATCTCGAGTCCTGGAAGTGAAGCGGTTCG
TTTCCCCAAGAGGTCCATCCAGCTGCCATTTCCCTAGCAAATAGCTCAAGGCACCGAGCT
GGTTGTGACCCGGGAACATGTTTCATTAGTATCTCTCCAATTGGGGGTTTCCTCGAAAAA
TCTCCAGGGATGCTTATGATAACTTTGTTCTTATCCAAGAGTTCAAAACCTGACCTATGT
TTTGTTTCTGCAAATTCGTTAAAGCGGTAGCCTAGTAGCAGATATTCATAAGGTTTATGA
TGGACAAGGTCCAGATCGCAAATCATTGTACCGTCTGGCTTCACCTTTAACCAATACAAT
GTAGCTGCGTACTTAACTCCCCACGCAGGGAATAGCTCTTTCTCAACAAAGTTAAGTAAT
TTCTCTCTC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 3

CO CL3762Contig1 792 3 9 U
TTCGTGATTGATTGGTTCTATGGCGTTCTCGCTTCGCTAGGTTTATGGCAGAAAGGCTAA
GATCTTGTTCCTCGGGCTCGATAACGCCGGCAAAACCACCTTGCTTCACATGCTCAAAGA
CGAGAGGTTGGTGCAGCACCAGCCGACGCAGCATCCAACGTCTGAAGAACTGAGCATTGG
TAAAATCAAGTTCAAGGCTTTTGATTTGGGCGGTCATCAGATTGCTCGCAGGGTCTGGAA
GGATTACTACGCTAAGGTGGATGCTGTGGTCTACCTAGTGGATGCTTACGACAAGGAGCG
ATTTGCAGAATCGAAAAAGGAACTGGACGCACTTCTCTCAGACGAATCTCTAGCCACCGT
TCCGTTCCTCATCCTAGGAAACAAGATTGACATACCATACGCTGCATCAGAGGACGAGCT
CCGTTACCATCTCGGCCTCTCCAACTTCACCACGGGAAAGGGTAAAGTGAATCTAGTGGA
CTCCAATGTAAGACCATTGGAGGTTTTCATGTGCAGCATCGTCAGGAAGATGGGTTATGG
CGAAGGCTTCAAATGGCTCTCTCAGTACATCAAGTAACTACTAAAACCACCAAGACTCCA
ACAACCACATGGCCTTGTTATTGCTAAACCATAAGTTTCCAGCTTTGTCTACCTTGTCTT
GCTTTTTTCATGTTTTGTAAGAAATGTCGTGAAACTTAGCTTCTCGTTGCTCTGGTTTGT
TTCTTTGTACTAATTTTTTTTTAAAATAACATTACATGTTTCGTAATTTATACTATTTAA
ATAAGGTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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G
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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DS 

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GTGGGAATCCGATAGAGACGCGGAAAGCGACCTTTTGCAAAAGAACTCATGGTGTTGCAG
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GAGGGAGACTACTTCTTCTTCCTTCTT

QA 1 747 1 747
DS 

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C
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T*CTCTCTGTCCTTGTGCTTTTTATGTTTCCTATCCTTATCTTTCGACCCACGTTTTGAC
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TTTAGCTGGAAAGCCTCCTTAAGCTCATCCACATCAAAAGGCTGGATGCGGGTATTGCTC
TCCCGGGTCTGTGACGTATTATTATTCTGAACAAGCTGGTCTAACTGCATCCCTTCTCCT
TTTCTAATCTCAGCGTCTCCAACCACGTCGTGAAGATAGTGGGAATCCGATAGAGACGCG
GAAAGCGACCTTTTGCAAAAGAACTCATGGTGTTGCAGTAGTTTGTACTGAGAAATCAGA
TCCACGGCACCGCACAACTCTCTCGGACCTCCAAATTGGAGACGTTCAGGCTCCATCTTC
TTCTTTATAGCGCAGCTCTGAATTGCTTTTGCATGATCACTCTGATATGTATCACGTAAG
ACAAGCCCCAGATCTCGTGGAGAAAATCAATCTAGCTAAAAGAGCTGTATCTCCAGAAGC
AAGGAAAACGGGAGAAAGTGGTTGGTCCGATTTCCCGCGCAAATTTGATTGAGCAAAGTG
ATGGG*AGAAAGAGAGAGGAGAGAGATCGAGAGAGAGAGAGGGAGACTACTTCTTCTTCC
TTCTTCCC

QA 2 729 2 729
DS 



AS 1 2

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TGGTTTGAGCGACAAGCAGTATCTCAGCAACGTTAAACGCGAGGCTGGCGATGATCGTGT
CGGAGAACTAGGGTTGAGCAAGAAGGCCGCTAGACAATGGGGAAAGGCAAAGTTCTTGCC
TAGTTCAAGTTTCATGCCTGCTGCTGCAGATTTTCAGGCGGGATCATACCAGTGGGGCCC
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CTTGATCTCGTCGGCTGATGCACGAGTGACTTCCTCAGGATCACTACCTCAGCTCACTAT
CTTCTATGGTGGAACTGTTAGCGTCTTTAATGATCTATCTCCTGATAAGGCTCAAGCTGT
TATGTTATGTGCCCGGAACGGTTTGAAAGGAGAAACTGGAGAGAGCAGCTTGAAGAAACC
GGTTCGAGAAACTGAAAGAGTCTATGGCAAACAAATCCATAACGCTCCTGCTGCTGCTGC
ATCATCAAGCTCTGCCACTTACGCTGATAGTTTCTCTAGGTGTAGAGACAGACCCGTTGG
TGAGACTAATGCAATGAGAATGATTGAATCATTCAACGCAGCAGGTCCTGGAAATATGGT
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GAGGCTCATGAGTGCTCTGCCGTACAAGAAGATGCTTCTTGATTTGTCGACAGGAGAATC
CAGTGGAATGAATTACTCTTTTGCTTCGCATACCTAAAACATTTCTTCTTATTCCTTTTT
AAAAAACTATCCGAGGGTTTATTACGATGGTAACTTGTAATGTAATCAATAGATTATTAT
TATTAGCTACCATTTATTATGCTACGAGCAGGAGAAGGCGTCAGGCGTCTATATATTTGA
GCATTGTTGTAATGGTTTAGTCTGTTATCGTAGGATCACTTTATTATTTCAAACACTAAC
ATATATTTTATATGTTTTCACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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DS 

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CGAGAAACTGAAAGAGTCTATGGCAAACAAATCCATAACGCTCCTGCTGCTGCTGCATCA
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CTCATGAGTGCTCTGCCGTACAAGAAGATGCTTCTTGATTTGTCGACAGGAGAATCCAGT
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AACTATCCGAGGGTTTATTACGATGGTAACTTGTAATGTAATCAATAGATTATTATTATT
AGCTACCATTTATTATGCTACGAGCAGGAGAAGGCGTCAGGCGTCTATATATTTGAGCAT
TGTTGTAATGGTTTAGTCTGTTATCGTAGGATCACTTTATTATTTCAAACACTAACATAT
ATTTTATATGTTTTCACG

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 3

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ATATTCCCTGTAACCTCTCAACCTCAGAAGACATGTGGTGGCCCGGCTGGTTCATGTACC
GGAAATGTTAATGATGTGAAATATAACGCTTGTCCAATATACAGCAGATGCAAACGCATG
GTACCGATGTAACGTAATTCAAGTTTCCTCTATGGCTCCGACTCCGAATGGTTACGCTAT
GCGGGACATAGAAGAGGAAGCATACGCAAAGTCGACTATGCATATTTACAACTTTCTTTT
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CCCATGTATCCTCTATGGTGTGGACTTATTGTGTCGCTCAGAGTTATATTATACTCCTTC
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GTATATTTCCAAAATAAAAACACAATTACCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DS02TF U 7
AF RR3FV72JQ C 1
AF RR3FV72TF U 1
BS 1 7 RR3FV72JQ
BS 8 285 RR3DS02TF
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RD RR3DS02TF 540 0 0
G
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TGCTTCTTGCCGTTTCAACATCAGGGAACCAGATGTATAGTTGGCAAAATCTCACCGGCG
TTCATGAAGATGAAGGGATTTTGGATTCTCTTGCGCCGTATAAGGGAAAGTACATATTCC
CTGTAACCTCTCAACCTCAGAAGACATGTGGTGGCCCGGCTGGTTCATGTACCGGAAATG
TTAATGATGTGAAATATAACGCTTGTCCAATATACAGCGGATGCAAACGCATGGTACCGA
TGTAACGTAATTCAAGTTTCCTCTATGGCTCCGACTCCGAATGGTTACGCTATGCGGGAC
ATAGAAGAGGAAGCATACGCAAAGTCGACTATGCATATTTACAACTTTCTTTTGTTCCGT
CCCCGTACGCTCTGTGAGATCTATTCGATAAATACAGTGCATCTATTAGAAATCCCATGT
ATCCTCTATGGTGTGGACTTATTGTGTCGCTCAGAGTTATATTATACTCCTTCTGTTTT

QA 2 540 2 540
DS 

RD RR3FV72JQ 633 0 0
GGACACCACAAAAACATATAAAAAAAAGAAATAGTTGACGAAATGAAGTCAATAGTCTTG
CTCCTCCTGCTTCTTGCCGTTTCAACATCAGGGAACCAGATGTATAGTTGGCAAAATCTC
ACCGGCGTTCATGAAGATGAAGGGATTTTGGATTCTCTTGCGCCGTATAAGGGAAAGTAC
ATATTCCCTGTAACCTCTCAACCTCAGAAGACATGTGGTGGCCCGGCTGGTTCATGTACC
GGAAATGTTAATGATGTGAAATATAACGCTTGTCCAATATACAGCAGATGCAAACGCATG
GTACCGATGTAACGTAATTCAAGTTTCCTCTATGGCTCCGACTCCGAATGGTTACGCTAT
GCGGGACATAGAAGAGGAAGCATACGCAAAGTCGACTATGCATATTTACAACTTTCTTTT
GTTCCGTCCCCGTACGCTCTGTGAGATCTATTCGATAAATACAGTGCATCTATTAGAAAT
CCCATGTATCCTCTATGGTGTGGACTTATTGTGTCGCTCAGAGTTATATTATACTCCTTC
TGTTTTATTTTATTTGTCGTTTTAGGTTTATGCACACGAATTAAAAAAACATATGATTTT
GTATATTTCCAAAATAAAAACACAATTACCTAT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3FV72TF 633 0 0
GGACACC
ACAAAAACATATAAAAAAAAGAAATAGTTGACGAAATGAAGTCAATAGTCTTGCTCCTCC
TGCTTCTTGCCGTTTCAACATCAGGGAACCAGATGTATAGTTGGCAAAATCTCACCGGCG
TTCATGAAGATGAAGGGATTTTGGATTCTCTTGCGCCGTATAAGGGAAAGTACATATTCC
CTGTAACCTCTCAACCTCAGAAGACATGTGGTGGCCCGGCTGGTTCATGTACCGGAAATG
TTAATGATGTGAAATATAACGCTTGTCCAATATACAGCAGATGCAAACGCATGGTACCGA
TGTAACGTAATTCAAGTTTCCTCTATGGCTCCGACTCCGAATGGTTACGCTATGCGGGAC
ATAGAAGAGGAAGCATACGCAAAGTCGACTATGCATATTTACAACTTTCTTTTGTTCCGT
CCCCGTACGCTCTGTGAGATCTATTCGATAAATACAGTGCATCTATTAGAAATCCCATGT
ATCCTCTATGGTGTGGACTTATTGTGTCGCTCAGAGTTATATTATACTCCTTCTGTTTTA
TTTTATTTGTCGTTTTAGGTTTATGCACACGAATTAAAAAAACATATGATTTTGTATATT
TCCAAAATAAAAACACAATTACCTAT

QA 8 633 8 633
DS 



AS 1 2

CO CL3766Contig1 826 2 3 U
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GGGATAATTTTACAATTTCTAAACTAAACAAACAAGGAACAAAGTGTACGTTGATAATAA
GGGGTTGATAACTTGATATATCAACAAAGTAAATTAATCACAAGACATAAAATGTTGCTT
CAGACTCAAGTCACATGCACTGGAGGAGCCTAGGGGTTATTTTAAACATACAGTATAATC
GTCGCTAGCATTAAATGATCACATAGCTGAAGATAAAGCATGCGACCGATGGTGAAGTGT
TCCTCCGAGGAAGGAAGAGTACCAGTGAGCAGAGAGTTTAGGGTACCTCGTTAGATAAGG
ATCCTTGAAGTCCACGTAATATAATCCATAACCCATGTTATACCCACCAAATACCTCATA
CAAATCCATCAACGACCACTGAAAATACCCTCTTACGTTCGCTCCTTTCCTGATTGAATG
AAGTACTGCTTCAATGTGTGAGCTCAGATACTTTATTCTCGTCGTGTCCTCAAGTGATGA
GCTGTGAGGAGCCATCTGACCATTCTCTGCAATGTAGATAGGAGGGTTGCCGTAGTTTTC
TTTGATATACAACAGTACTTGTTGCAGACTCCATGGTGTATTTGCATACTCATTACTGAA
CGATGTGTTTCCAACCAGGATCAGTTCCACAGCCATGTCTATGTTGAAATCATGAAGACT
TTGTTTCGGAGAGGAAGAGTTATCTTTAACGTAAAGTGCCATGTAATTTATCACTCCTGC
AAAATCTACTGCACCCTTAACTTGTTCAGACTCATACTCTGTAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR51JQ U 177
AF RR3AA68JQ U 1
BS 1 616 RR3AA68JQ
BS 617 617 RR3BR51JQ
BS 618 826 RR3AA68JQ

RD RR3BR51JQ 583 0 0
GCTTCAGACTCAAGTCACATGCACTGGAGGAGCCTAGGGGTTATTTTAAACATACAGTAT
AATCGTCGCTAGCATTAAATGATCACATAGCTGAAGATAAAGCATGCGACCGATGGTGAA
GTGTTCCTCCGAGGAAGGAAGAGTACCAGTGAGCAGAGAGTTTAGGGTACCTCGTTAGAT
AAGGATCCTTGAAGTCCACGTAATATAATCCATAACTCATGTTATACCCACCAAATACCT
CATACAAATCCATCAACGACCACTGAAAATACCCTCTTACGTTCGCTCCTTTCCTGATTG
AATGAAGTACTGCTTCAATGTGTGAGCTCAGATACTTTATTCTCGTCGTGTCCTCAAGTG
ATGAGCTGTGAGGAGCCATCTGACCATTCTCTGCAATGTAGATAGGAGGGTTGCCGTAGT
TTTCTTTGATATACAACAGTACTTGTTGCAGACTCCATGGTGTATTTGCATACTCATTAC
TGAACGATGTGTTTCCAACCAGGATCAGTTCCACAGCCATGTCTATGTTGAAATCATGAA
GACTTTGTTTCGGAGAGGAAGAGTTATCTTTAACGTAAAGTGC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3AA68JQ 826 0 0
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GGGATAATTTTACAATTTCTAAACTAAACAAACAAGGAACAAAGTGTACGTTGATAATAA
GGGGTTGATAACTTGATATATCAACAAAGTAAATTAATCACAAGACATAAAATGTTGCTT
CAGACTCAAGTCACATGCACTGGAGGAGCCTAGGGGTTATTTTAAACATACAGTATAATC
GTCGCTAGCATTAAATGATCACATAGCTGAAGATAAAGCATGCGACCGATGGTGAAGTGT
TCCTCCGAGGAAGGAAGAGTACCAGTGAGCAGAGAGTTTAGGGTACCTCGTTAGATAAGG
ATCCTTGAAGTCCACGTAATATAATCCATAACCCATGTTATACCCACCAAATACCTCATA
CAAATCCATCAACGACCACTGAAAATACCCTCTTACGTTCGCTCCTTTCCTGATTGAATG
AAGTACTGCTTCAATGTGTGAGCTCAGATACTTTATTCTCGTCGTGTCCTCAAGTGATGA
GCTGTGAGGAGCCATCTGACCATTCTCTGCAATGTAGATAGGAGGGTTGCCGTAGTTTTC
TTTGATATACAACAGTGCTTGTTGCAGACTCCATGGTGTATTTGCATACTCATTACTGAA
CGATGTGTTTCCAACCAGGATCAGTTCCACAGCCATGTCTATGTTGAAATCATGAAGACT
TTGTTTCGGAGAGGAAGAGTTATCTTTAACGTAAAGTGCCATGTAATTTATCACTCCTGC
AAAATCTACTGCACCCTTAACTTGTTCAGACTCATACTCTGTAAAA

QA 1 826 1 826
DS 



AS 1 3

CO CL3767Contig1 672 3 43 U
GCAAGAATAGAAAAGTAGAAATTTCATTGCCAATGATCAGGGACAACCCCTCAACAATCA
GAATACAAACCATTTGCCGGAAAGACAAAGGGAAAATAAAAGCAAAGACAAAAGGATTGA
AACAACAAAGCAAGAGGAACATAAAACCGCTCCTAAATCCAAATGATATTAAGAATCAAA
AGAGATTTTTGTTATTATTCATCAAACACTGGAACCTTTTTCTTCAAGCTCTTTTAATGG
TTCCCACATCTTTTCTCTCGTCTTCATTACTCTTGAGCAAGAGGAACAGCCTTAGCCAGC
GGGCGATACTTCAAGGCATAGAACATCTCAAGGTAACGACGGCTCTCAAGACGGTCAAGG
TTCGAGACATGCTTCCAGAATCCATACACACCGGTCAATGTCAGGAGCCTCTGTGAGTAA
ATCTGCCATGTGTATTTCTCCTCAATCCTCTGAAGCCCTCCCTTTGAGATCTGGTCCCAG
TGAGATGGATCTTCCTTGCACTTGGTGAAGAAATCAGCAAGAGTATCAGCCGCCTGATCA
CCGTGGTAAGGGTCAATGTGGAAACCCGATTTGCCGTGCACAATGATCTCAGCTGGACCA
CCTTTGCATGTGGCGAACGTTGGTAAACCACAGGTCATGGCCTCCACAACAGTCAACCCA
AAGGCTTCATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 0 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 10 25 10 25 25 10 10 25 10 25 10 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH56TF C 9
AF RR3GH56JQ U 45
AF RR3EQ24JQ U 1
BS 1 42 RR3EQ24JQ
BS 43 43 RR3GH56TF
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RD RR3GH56TF 603 0 0
G
GAAAAGTAGAAATTTCATTGCCAATGATCAGGGAGATCCCCTCAACAATCAGAATACAAA
CCATTTGCCGGAAAGACAAAGGGAAAATAAAAGCAAAGACAAAAGGATTGAAACAACAAA
GCAAGAGGAACATAAAACCGCTCCTAAATCCAAATGATATTAAGAATCAAAAGAGATTTT
TGTTATTATTCATCAAACACTGGAACCTTTTTCTTCAAGCTCTTTTAATGGTTCCCACAT
CTTTTCTCTCGTCTTCATTACTCTTGAGCAAGAGGAACAGCCTTAGCCAGCGGGCGATAC
TTCAAGGCATAGAACATCTCAAGGTAACGACGGCTCTCAAGACGGTCAAGGTTCGAGACA
TGCTTCCAGAATCCATACACACCGGTCAATGTCAGGAGCCTCTGTGAGTAAATCTGCCAT
GTGTATTTCTCCTCAATCCTCTGAAGCCCTCCCTTTGAGATCTGGTCCCAGTGAGATGGA
TCTTCCTTGCACTTGGTGAAGAAATCAGCAAGAGTATCAGCCGCCTGATCACCGTGGTAA
GGGTCAATGTGGAAACCCGATTTGCCGTGCACAATGATCTCAGCTGGACCACCTTTGCAT
AC

QA 2 601 2 601
DS 

RD RR3GH56JQ 567 0 0
ATC
CCCTCAACAATCAGAATACAAACCATTTGCCGGAAAGACAAAGGGAAAATAAAAGCAAAG
ACAAAAGGATTGAAACAACAAAGCAAGAGGAACATAAAACCGCTCCTAAATCCAAATGAT
ATTAAGAATCAAAAGAGATTTTTGTTATTATTCATCAAACACTGGAACCTTTTTCTTCAA
GCTCTTTTAATGGTTCCCACATCTTTTCTCTCGTCTTCATTACTCTTGAGCAAGAGGAAC
AGCCTTAGCCAGCGGGCGATACTTCAAGGCATAGAACATCTCAAGGTAACGACGGCTCTC
AAGACGGTCAAGGTTCGAGACATGCTTCCAGAATCCATACACACCGGTCAATGTCAGGAG
CCTCTGTGAGTAAATCTGCCATGTGTATTTCTCCTCAATCCTCTGAAGCCCTCCCTTTGA
GATCTGGTCCCAGTGAGATGGATCTTCCTTGCACTTGGTGAAAAAATCAGCAAGAGTATC
AGCCGCCTGATCACCGTGGTAAGGGTCAATGTGGAAACCCGATTTGCCGTGCACAATGAT
CTCAGCTGGACCACCTTTGCAT
AC

QA 4 565 4 565
DS 

RD RR3EQ24JQ 672 0 0
GCAAGAATAGAAAAGTAGAAATTTCATTGCCAATGATCAGGGGCGATCCCTCAACAATCA
GAATACAAATCATT*GCCGGAAAGACAAAAGGGAAAAACAA**AGACAACAAAGGATTGA
AACAACAAAGCAAGAGGAACATAAAACCGCTCCTAAATCCAAATGATATTAAGAATCAAA
AGAGATTTTTGTTATT***CATCAAACACTGGAACCTTTAT*TTCAAGCTCTTTTAATGG
TTCCCACATCTTTTCTCTCTTCTTCATTACTCTTGAGCAAGAGGAACAGCCTTAGCCAGT
GGGCGATACTTCAAGGCATAGAACATCTCAAGGTAACGACGGCTCTCAAGACGGTCAAGG
TTCGAGACATGCTTCCAGAATCCATATACACCGGTCAATGTCAAGAGCCTCTGTGAGTAA
ATCTGCCATGTGTATTTCTCCTCAATCCTCTGAAGCCCTCCCTTTGAGATCTGGTCCCAG
TGAGATGGATCTTCCTTACACTTGGTGAAGAAATCAGCAAGAGTATCAGCCGCCTGATCA
CCGTGGTAAGGGTCAATGTGGAAACCCGATTTGCCGTGCACAATGATCTCAGCTGGACCA
CCTTTGCATGTGGCGAACGTTGGTAAACCACAGGTCATGGCCTCCACAACAGTCAACCCA
AAGGCTTCATAC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 3

CO CL3768Contig1 1002 3 11 U
GGAAGAAACCTTAAGCTTAAAAGAGTCTTCACTTTCCTTCATCATCTCTCTCCCTTCGTC
GTTGTTCGATCCGTACATCAAAAGGTTTTTTGAGGTTAGCTTTAAGGTGCAGTGGGAGAC
AGTCAATACTCGTTTTCTCTCACTACGTTCAGCCCATCAGGGAAGCTGGTTCAGATAGAA
CATGCTCTAACAGCTGTTGGATCAGGCCAAACATCTCTGGGGATCAAAGCTTCAAACGGA
GTTGTCATTGCAACAGAAAAGAAGCTTCCCTCTATTCTTGTTGATGAAGCCTCTGTTCAA
AAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAGTTGTGTACAGTGGTATGGGTCCTGATTTC
CGAGTTCTTGTACGTAAGAGTAGGAAGCAGGCTGAACAATACAACCGATTGTACAAAGAA
CCTATCCCTGTTACGCAACTTGTTAGGGAAACAGCAACGGTGATGCAAGAGTTCACTCAA
TCAGGTGGTGTGAGACCGTTTGGAGTTTCACTACTAGTGGCTGGGTATGATGACAAGGGT
CCACAGTTGTATCAGGTGGATCCGTCTGGCTCTTATTTCTCATGGAAAGCTTCTGCAATG
GGAAAGAATGTTTCGAATGCCAAGACATTCCTTGAGAAGAGGTACACTGAAGACATGGAA
CTTGATGATGCCATTCACACTGCCATATTGACATTAAAGGAAGGTTTCGAGGGAGAAATC
TCAAGCAAAAACATTGAGATTGGCAAAATTGGTGCTGATAAAGTATTTAGGGTGCTAACT
CCAGCAGAAATCGATGATTACTTGGCTGAAGTCGAGTAAACTTTCAGTTGGCCGTGCAAA
CAAACCAGGATTCGAATCCCAAATACTATATTTTGTTCTTCTTGCTGTTTGCCCAAACTT
CTTGGCTATTGCTTCGGTAACTCCTTTGGAACTTGTCATGTCTCAAAACTCAGTTTAGAA
TCTGTTTTCATTTGTTTCGATATGTTCAAAATCTCTTCATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AT64TF U 1
AF RR3CV02TF U 46
AF RR3AT64JQ C 105
BS 1 700 RR3AT64TF
BS 701 730 RR3CV02TF
BS 731 731 RR3AT64JQ
BS 732 740 RR3CV02TF
BS 741 741 RR3AT64JQ
BS 742 747 RR3CV02TF
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BS 772 772 RR3AT64JQ
BS 773 789 RR3CV02TF
BS 790 1002 RR3AT64JQ

RD RR3AT64TF 700 0 0
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GTTGTTCGATCCGTACATCAAAAGGTTTTTTGAGGTTAGCTTTAAGGTGCAGTGGGAGAC
AGTCAATACTCGTTTTCTCTCACTACGTTCAGCCCATCAGGGAAGCTGGTTCAGATAGAA
CATGCTCTAACAGCTGTTGGATCAGGCCAAACATCTCTGGGGATCAAAGCTTCAAACGGA
GTTGTCATTGCAACAGAAAAGAAGCTTCCCTCTATTCTTGTTGATGAAGCCTCTGTTCAA
AAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAGTTGTGTACAGTGGTATGGGTCCTGATTTC
CGAGTTCTTGTACGTAAGAGTAGGAAGCAGGCTGAACAATACAACCGATTGTACAAAGAA
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TCAGGTGGTGTGAGACCGTTTGGAGTTTCACTACTAGTGGCTGGGTATGATGACAAGGGT
CCACAGTTGTATCAGGTGGATCCGTCTGGCTCTTATTTCTCATGGAAAGCTTCTGCAATG
GGAAAGAATGTTTCGAATGCCAAGACATTCCTTGAGAAGAGGTACACTGAAGACATGGAA
CTTGATGATGCCATTCACACTGCCATATTGACATTAAAGG

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3CV02TF 752 0 0
GG
CTCTCCCTTCGTCGTTGTTCGATCCGTACATCAAAAGGTTTTTTGAGGTTAGCTTTAAGG
TGCAATGGGAGACAGTCAATACTCGTTTTCTCTCACTACGTTCAGCCCATCAGGGAAGCT
GGTTCAGATAGAACATGCTCTAACAGCTGTTGGATCAGGCCAAACATCTCTGGGGATCAA
AGCTTCAAACGGAGTTGTCATTGCAACAGAAAAGAAGCTTCCCTCTATTCTTGTTGATGA
AGCCTCTGTTCAAAAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAGTTGTGTACAGTGGTAT
GGGTCCTGATTTCCGAGTTCTTGTACGTAAGAGTAGGAAGCAGGCTGAACAATACAACCG
ATTGTACAAAGAACCTATCCCTGTTACGCAACTTGTTAGGGAAACAGCAACGGTGATGCA
AGAGTTCACTCAATCAGGTGGTGTGAGACCGTTTGGAGTTTCACTACTAGTGGCTGGGTA
TGATGACAAGGGTCCACAGTTGTATCAGGTGGATCCGTCTGGCTCTTATTTCTCATGGAA
AGCTTCTGCAATGGGAAAGAATGTTTCGAATGCCAAGACATTCCTTGAGAAGAGGTACAC
TGAAGACATGGAACTTGATGATGCCATTCACACTGCCATATTGACATTAAAGGAAGGTTT
CGAGGGAGAAATCTCAAGCAAAA*CATTGAGAT*GGCAAA*TTGGTGCTGATAAAGTATT
TAGG*TGCTAACTCCAGCAGAA
TCGATGAT

QA 3 744 3 744
DS 

RD RR3AT64JQ 898 0 0
AGGTGCAGTGGGAGACAGTCAATACTCGTTTTCTCTCACTACGTTCAGCCCATCAGGGAA
GCTGGTTCAGATAGAACATGCTCTAACAGCTGTTGGATCAGGCCAAACATCTCTGGGGAT
CAAAGCTTCAAACGGAGTTGTCATTGCAACAGAAAAGAAGCTTCCCTCTATTCTTGTTGA
TGAAGCCTCTGTTCAAAAGATTCAGCATTTGACTCCCAACATTGGAGTTGTGTACAGTGG
TATGGGTCCTGATTTCCGAGTTCTTGTACGTAAGAGTAGGAAGCAGGCTGAACAATACAA
CCGATTGTACAAAGAACCTATCCCTGTTACGCAACTTGTTAGGGAAACAGCAACGGTGAT
GCAAGAGTTCACTCAATCAGGTGGTGTGAGACCGTTTGGAGTTTCACTACTAGTGGCTGG
GTATGATGACAAGGGTCCACAGTTGTATCAGGTGGATCCGTCTGGCTCTTATTTCTCATG
GAAAGCTTCTGCAATGGGAAAGAATGTTTCGAATGCCAAGACATTCCTTGAGAAGAGGTA
CACTGAAGACATGGAACTTGATGATGCCATTCACACTGCCATATTGACATTAAAGGAAGG
TTTCGAGGGAGAAATCTCAAGCAAAAACATTGAGATTGGCAAAATTGGTGCTGATAAAGT
ATTTAGGGTGCTAACTCCAGCAGAAATCGATGATTACTTGGCTGAAGTCGAGTAAACTTT
CAGTTGGCCGTGCAAACAAACCAGGATTCGAATCCCAAATACTATATTTTGTTCTTCTTG
CTGTTTGCCCAAACTTCTTGGCTATTGCTTCGGTAACTCCTTTGGAACTTGTCATGTCTC
AAAACTCAGTTTAGAATCTGTTTTCATTTGTTTCGATATGTTCAAAATCTCTTCATGT

QA 1 898 1 898
DS 



AS 1 2

CO CL3769Contig1 1088 2 6 U
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AAATCAGAAATGGTTGACTTGTCAACTCTATCTCCTACGGAGATCACGGTGATGGGATCC
GTGTTCTGCGTTCTCCTCTCTATGCACTTCACGATGCAGCTCATCTCCCAGCATCTCTTC
TACTGGAAGAACCCTAAACAACAGAGAGCCATTCTCTTCATTGTACTCATGGCTCCTGTT
TACGCTGTCAGCTCCTTTTTGGGCTTGCTTGATGCTAAAGGAAGCAAACCCTTGTTCATG
TTCCTAGACGCCGCTAAAGATTGCTATGAGGCACTTGTCATTGCTAAGTTCTTGGAGTTG
ATGTATAGCTACGTCAACATATCGATGAGTGGAATGATTATCCCTGATGAGATCAAAGGG
AGAGAGATCCACCATTCGTTTCCAATGACGTTGTTCGTTCCCCGGACCACGCATCTGGAT
CACCGCACGCTGACGCAGCTCAAGCATTGGACGTGGCAGTTCTGTGTTATTCGCCCAGTA
TGTTCCTTCTTGATCATAGCGCTGCAGCTTCTCGGGGTTTATCCACCGTGGTTGAGCTGG
ATCTTCACCGTTATTCTGAACGTTTCGGTGTCACTGGCTTTGTACCCTTTGGTGAAGTTC
TTCCATGTTTTTGCTAAAGAGTTGGAGCCTCATAAGCCGCTTACCAAGTTCATGTGCATT
CAAGGGATAGTCTTCTTCTGCTTTTGGCAGGGAGTAGTGCTGGAGTTATTGGTGGGGTTG
GGGTTAGTTAGGGCGCATCATTTCTGGTTGGAGGTGGAGCAGCTTGGGGAAGCTCTGCAA
AACGTGCTTGTGGTTCTTGAGATGATCGTCTTCTCTATTATGCAGCAATACGCTTTTCGT
GTTGCTCCCTACAGTGGAGAAACCGAAGCTAAGATGAGAATGAGCAAGAGGGATTGATTC
TAAAAGAGGATTTAGACCAGAGAAGATTTTTGTTTTTTTTGGTTGTTTATGTTTAATGTG
AATGTTACTGATTTTCTCTTACGAACATTTGGATAGTGATTAATAATAATGTATCAGTCT
TTTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX22TF U 1
AF RR3GX22JQ C 357
BS 1 744 RR3GX22TF
BS 745 745 RR3GX22JQ
BS 746 751 RR3GX22TF
BS 752 752 RR3GX22JQ
BS 753 774 RR3GX22TF
BS 775 1088 RR3GX22JQ

RD RR3GX22TF 774 0 0
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AAATCAGAAATGGTTGACTTGTCAACTCTATCTCCTACGGAGATCACGGTGATGGGATCC
GTGTTCTGCGTTCTCCTCTCTATGCACTTCACGATGCAGCTCATCTCCCAGCATCTCTTC
TACTGGAAGAACCCTAAACAACAGAGAGCCATTCTCTTCATTGTACTCATGGCTCCTGTT
TACGCTGTCAGCTCCTTTTTGGGCTTGCTTGATGCTAAAGGAAGCAAACCCTTGTTCATG
TTCCTAGACGCCGCTAAAGATTGCTATGAGGCACTTGTCATTGCTAAGTTCTTGGAGTTG
ATGTATAGCTACGTCAACATATCGATGAGTGGAATGATTATCCCTGATGAGATCAAAGGG
AGAGAGATCCACCATTCGTTTCCAATGACGTTGTTCGTTCCCCGGACCACGCATCTGGAT
CACCGCACGCTGACGCAGCTCAAGCATTGGACGTGGCAGTTCTGTGTTATTCGCCCAGTA
TGTTCCTTCTTGATCATAGCGCTGCAGCTTCTCGGGGTTTATCCACCGTGGTTGAGCTGG
ATCTTCACCGTTATTCTGAACGTTTCGGTGTCACTGGCTTTGTACCCTTTGGTGAAGTTC
TTCCATGTTTTTGCTAAAGAGTTGGAGCCTCATAAGCCGCTTACCAAGTTCATGTGCATT
CAAGGGATAGTCTTCTTCTGCTTT*GGCAGG*AGTAGTGCTGGAGTTATTGGTG

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3GX22JQ 732 0 0
GTTGATGTATAGCTACGTCAACATATCGATGAGTGGAATGATTATCCCTGATGAGATCAA
AGGGAGAGAGATCCACCATTCGTTTCCAATGACGTTGTTCGTTCCCCGGACCACGCATCT
GGATCACCGCACGCTGACGCAGCTCAAGCATTGGACGTGGCAGTTCTGTGTTATTCGCCC
AGTATGTTCCTTCTTGATCATAGCGCTGCAGCTTCTCGGGGTTTATCCACCGTGGTTGAG
CTGGATCTTCACCGTTATTCTGAACGTTTCGGTGTCACTGGCTTTGTACCCTTTGGTGAA
GTTCTTCCATGTTTTTGCTAAAGAGTTGGAGCCTCATAAGCCGCTTACCAAGTTCATGTG
CATTCAAGGGATAGTCTTCTTCTGCTTTTGGCAGGGAGTAGTGCTGGAGTTATTGGTGGG
GTTGGGGTTAGTTAGGGCGCATCATTTCTGGTTGGAGGTGGAGCAGCTTGGGGAAGCTCT
GCAAAACGTGCTTGTGGTTCTTGAGATGATCGTCTTCTCTATTATGCAGCAATACGCTTT
TCGTGTTGCTCCCTACAGTGGAGAAACCGAAGCTAAGATGAGAATGAGCAAGAGGGATTG
ATTCTAAAAGAGGATTTAGACCAGAGAAGATTTTTGTTTTTTTTGGTTGTTTATGTTTAA
TGTGAATGTTACTGATTTTCTCTTACGAACATTTGGATAGTGATTAATAATAATGTATCA
GTCTTTTGTTTC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL3770Contig1 782 2 5 U
GGTTTAGTATAATTTTCTTGAAGCATTGGGTCTTTACATTAGAGAAATGTAAGCAAATAA
GTTCATAGCACGTGGGTGAAGACCAAAGATAACAACATAGTAAATCATTTTGATTGTGGA
TAGGAAAAATATCAAGTTCTTGTTTCTTGTTCTTTTTGCAACCTGACCAACTTGAGCTCA
TCCATCAACCTTTTAACCTCAACATCTGATGATCCTCCTTCTCTTACCGCATCCTTAGCC
ATTACAGCTAACTGCTTCGCCCGTTTCCTCCTCTCTTCTCCAACCATAACTTCCCTTACC
GCAATCTCCACTTTCTCTCTACTAATGAAATCTCCAGAACCTTTCACCATCTTCTCTACT
CCAACACTCACTCCTGTCTTCAACACTTGTGTCACCAACTTCTCGTTGTAGAACTGCTCG
GCTCCAACGGGCCATGTCACCATTGGCAGGCCTGATGCTGCACCTTCTAGAAGCGAGTTC
CATCCACAATGAGTCAAAAACCCTCCAATGGCTTGGTGGTATAGTATAAGCACTTGAGGT
GCCCATCCACGTATTATCAGTCCCTGTCCTTTGGTCCTCTCTTCGAAACCCTCTGGCAAC
CACTCTACCTTCTCCCCTTGGCTACTACTTCTGTTAACCACCCATACAAAATCATGTCCT
GACAACTCCAAGCCAGCTGCAATCTCAATCAGCTGCTCGTCGTCGAAGCTAGACATGGTT
CCAAAGGACAAGTAAATAACAGATTCGCATCTCTTGGAGTCAAACCATTTCAAACACTCA
TG


BQ
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10 10 

AF RR3FG71JQ U 217
AF RR3CZ20JQ U 1
BS 1 427 RR3CZ20JQ
BS 428 428 RR3FG71JQ
BS 429 563 RR3CZ20JQ
BS 564 564 RR3FG71JQ
BS 565 782 RR3CZ20JQ

RD RR3FG71JQ 503 0 0
CCTTCTCTTACCGCATCCTTAGCCATTACAGCTAACTGCTTCGCCCGTTTCCTCCTCTCT
TCTCCAACCATAACTTCCCTTACCGCAATCTCCACTTTCTCTCTACTAATGAAATCTCCA
GAACCTTTCACCATCTTCTCTACTCCAACACTCACTCCTGTCTTCAACACTTGTGTCACC
AACTTCTCGTTGTAGAACTGCTCGGCTCCAACGGGCCATGTCCCCATTGGCAGGCCTGAT
GCTGCACCTTCTAGAAGCGAGTTCCATCCACAATGAGTCAAAAACCCTCCAATGGCTTGG
TGGTCTAGTATAAGCACTTGAGGTGCCCATCCACGTATTATCAGTCCCTGTCCTTTGGTC
CTCTCTTCGAAACCCTCTGGCAACCACTCTACCTTCTCCCCTTGGCTACTACTTCTGTTA
ACCACCCATACAAAATCATGTCCTGACAACTCCAAGCCAGCTGCAATCTCAATCAGCTGC
TCGTCGTCGAAGCTAGACATGGT

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR3CZ20JQ 782 0 0
GGTTTAGTATAATTTTCTTGAAGCATTGGGTCTTTACATTAGAGAAATGTAAGCAAATAA
GTTCATAGCACGTGGGTGAAGACCAAAGATAACAACATAGTAAATCATTTTGATTGTGGA
TAGGAAAAATATCAAGTTCTTGTTTCTTGTTCTTTTTGCAACCTGACCAACTTGAGCTCA
TCCATCAACCTTTTAACCTCAACATCTGATGATCCTCCTTCTCTTACCGCATCCTTAGCC
ATTACAGCTAACTGCTTCGCCCGTTTCCTCCTCTCTTCTCCAACCATAACTTCCCTTACC
GCAATCTCCACTTTCTCTCTACTAATGAAATCTCCAGAACCTTTCACCATCTTCTCTACT
CCAACACTCACTCCTGTCTTCAACACTTGTGTCACCAACTTCTCGTTGTAGAACTGCTCG
GCTCCAATGGGCCATGTCACCATTGGCAGGCCTGATGCTGCACCTTCTAGAAGCGAGTTC
CATCCACAATGAGTCAAAAACCCTCCAATGGCTTGGTGGTATAGTATAAGCACTTGAGGT
GCCCATCCACGTATTATCAGTCCTTGTCCTTTGGTCCTCTCTTCGAAACCCTCTGGCAAC
CACTCTACCTTCTCCCCTTGGCTACTACTTCTGTTAACCACCCATACAAAATCATGTCCT
GACAACTCCAAGCCAGCTGCAATCTCAATCAGCTGCTCGTCGTCGAAGCTAGACATGGTT
CCAAAGGACAAGTAAATAACAGATTCGCATCTCTTGGAGTCAAACCATTTCAAACACTCA
TG

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL3771Contig1 637 2 2 U
TACACAAGAATAGACACACGCCAAATTATGGCTACTAGCAAGATGGTTCAAGAATACACC
GGCTTGTATGTTCAGCCCCACAAGCCTATAGTTGGAGCCAATTGTTTTGTTCATGAAAGC
GGCATTCACCAGGATGGGATATTGAAAAATCGGTGTACATATGAGATCTTATCACCAGAA
GAGTTGGAGTTGTAAAATCTCAAGATTCAGGCATTGTTCTTGGAAAGCTTAGTGGACGCC
ATGCGGTTAAAGGTCGTCTGAAAGAGTTGGGATATGAAATCAGCGATGAGAAACTGAACC
AGGTTTTCTCACGGTTCAGAGATTTAACCAAGCAGAAAAAGAGAATCACAGATGATGATC
TGAAGGCATTAGTAACGTGTGGTGATGAAATCTTCTCCTCAGAGAAATTAAACGGTACTC
ACGACAACCAATAACAATAACGGCTATGTACCGGCTCCTCCTATTTCCTCTGCGTCTGCG
GTATGAATATGTGAACACGTCTTTTAGTGTTTCAAAGAAAAAGAACATGTCTTTTATGTT
TGTGTATCACTGTAATATCAAGTTTCTTTTGATATATACATGTATTGTTGAAACTTGTAA
TGAATAAAACAATATGAAGATAAAAAGCTTAAGCATT


BQ
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AF RR3GN69TF U 1
AF RR3GN69JQ C 472
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TGTGTATCACTGTAATATCAAGTTTCTTTTGATATATACATGTATTGTTGAAACTTGTAA
TGAATAAAACAATATGAAGAT
AAAAA

QA 1 621 1 621
DS 

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GC
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TTATGTTTGTGTATCACTGTAATATCAAGTTTCTTTTGATATATACATGTATTGTTGAAA
CTTGTAATGAATAAAACAATATGAAGATAAAAAGCTTAAGCATT

QA 3 166 3 166
DS 



AS 1 3

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TGGCAAATAGCTCACCATCAATCGTTCACAAGAAAAATCATTCAAATCACGAAACAATTG
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ATGACACTATCTTCTTATCAGCTGAAGAAGAATCGGCATCATGTACTTTGATGGAATTTT
CAAATTGCTGAAGCTGAAAAACGAAACCAAAGTTAGGCAATGCTTGAGGACGTCTACTCT
TTACGAGCTCCATAGCTTTAGAGAAACCCATACCATGCTTTCTCATCAAATAAGCCACAA
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TCTCGACTCCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CT76JQB U 250
AF RR3BK73TF C 1
AF RR3BK73JQ U 1
BS 1 732 RR3BK73JQ

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CACTCCTTGA

QA 1 130 1 130
DS 

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QA 1 680 1 680
DS 

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CAAATTGCTGAAGCTGAAAAACGAAACCAAAGTTAGGCAATGCTTGAGGACGTCTACTCT
TTACGAGCTCCATAGCTTTAGAGAAACCCATACCATGCTTTCTCATCAAATAAGCCACAA
CTATAGTCACACTCCTTGAGATCCCCATGAAGCAATGAACCAAAACACCACCTCCAGATT
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ATCTGTCCACGACTTCGATGACTTTATAGACGAAGTCGTCAGGGTAGGGAGGAGAGAGGG
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CCAGTAGCCTCTGTGTATTGGCTTCTCCCACTCCGAAGAGATCTACCACTTTCTCCATCC
TCTCGACTCCCC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 3

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CATCGTAGAGCTTGCAGGCTTCACAGAAGTACTTCCCCATGCATACTCCGCAGTTAGTAC
AAGTTTGACGAACCTCTTGTTCGGTGCCACAGAGTAAGCAAATAACCTGTTCAACTTTCT
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GCATCCCACTCTTATCTCGGTCAGTCTTCTGAGGTTGCTCAACGAAATGGTCGAAGTGTA
CCCCCTCCATTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AH33JQ U 4
AF RR3CL16JQ U 1
AF RR3AH33TF C 464
BS 1 406 RR3CL16JQ
BS 407 407 RR3AH33JQ
BS 408 550 RR3CL16JQ
BS 551 551 RR3AH33JQ
BS 552 793 RR3CL16JQ
BS 794 1212 RR3AH33TF

RD RR3AH33JQ 729 0 0
GAACATAAACTTGACATCTTTGATTTAAGATCGAATGAAACTGTTCAATAACCGGTAACA
CAAGAGTAAGGACAAAGGAGACACGTAGTAATGAAAAACAACAAGGGCTTATTACAGAAC
ACCAGCTAACAAAAGACCAACCAGATAATGCTGAAACAGAGAGGAAAGAGATGAGACTCT
CCCTCTAGTGAAGGAGTCAAATGACACGATTGGCTCAAGTGAATTGCTCTTTAAATGCAT
CTGATAGCAAACGCAATGTTTTTCACAAAAGAGAAAAGCCTGCTTCAGTTCAGCCCCGGG
TTTGGCGAGTGTTGTATGATTTGCAGTCCGGACATTTCTGAGCCACCA*ATGGTACTGCA
CCTCCGATTTTTTCCCACAGTCGTTGCAGAGAATCTGAACCATACTGTTCTGGTATGGTT
CTGGCATTGGTGTAGCAGCAATCTCCACGTCAAATTTCTCCCACACCTTTGACATGTCGC
ATACAGATTTTGAGCACAGCGGGCACGCGTATTGGTAATGTTCTCTCATTTCCTCCAAGC
ACTTCTGGTGGATGGTGTGTCCACAGGGCAGTACTGTTACATCGTTCCGTGATTCAAAGA
GGTACTCGAAACAAATGGGGCAGTCGTGATGCATTGCTCCTTCAACACAAGGGTGACTGT
TCTTGAGAAGGATTGAATAACAACAGCCACACTTGTAACAGTGAAAGAAATTTTCATGTC
CGCCGATTC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3CL16JQ 793 0 0
CGTGAACATAAACTTGACATCTTTGATTTAAGATCGAATGAAACTGTTCAATAACCGGTA
ACACAAGAGTAAGGACAAAGGAGACACGTAGTAATGAAAAACAACAAGGGCTTATTACAG
AACACCAGCTAACAAAAGACCAACCAGATAATGCTGAAACAGAGAGGAAAGAGATGAGAC
TCTCCCTCTAGTGAAGGAGTCAAATGACACAATTGGCTCAAGTGAATTGCTCTTTAAATG
CATCTGATAGCAAACGCAATGTTTTTCACAAAAGAAAAAAGCCTGCTTCAGTTCAGCCCC
GGGTTTGGCGAGTGTTGTATGATTTGCAGTCCGGACATTTCTGAGCCACCACATGGTACT
GCACCTCCGATTTTTTCCCACAGTCGTTGCAAAAAATCTGAACCATTCTGTTCTGGTATG
GTTCTGGCATTGGTGTAGCAGCAATCTCCACGTCAAATTTCTCCCACACCTTTGACATGT
CGCATACAGATTTTGAGCACAGCGGGCACGCGTATTGGTAATGTTCTCTCATTTCCTCCA
AGCACTTCTGATGGATGGTGTGTCCACAGGGCAGTACTGTTACATCGTTCCGTGATTCAA
AGAGGTACTCGAAACAAATGGGGCAGTCGTGATGCATTGCTCCTTCAACACAAGGGTGAC
TGTTCTTGAGAAGGATTGAATAACAACAGCCACACTTGTAACAGTGAAAGAAATTTTCAT
GTCCGCCGATTCTGCAAATTCCACAGCCGTCGCAGTGATACTGTTTTTTAGATGTATCAT
CATCGTAGAGCTT

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3AH33TF 749 0 0
CACACCT
TTTGACATGTCGCATACAGATTTTGAGCACAGCGGGCACGCGTATTGGTAATGTTCTCTC
ATTTCCTCCAAGCACTTCTGGTGGATGGTGTGTCCACAGGGCAGTACTGTTACATCGTTC
CGTGATTCAAAGAGGTACTCGAAACAAATGGGGCAGTCGTGATGCATTGCTCCTTCAACA
CAAGGGTGACTGTTCTTGAGAAGGATTGAATAACAACAGCCACACTTGTAACAGTGAAAG
AAATTTTCATGTCCGCCGATTCTGCAAATTCCACAGCCGTCGCAGTGATACTGTTTTTTA
GATGTATCATCATCGTAGAGCTTGCAGGCTTCACAGAAGTACTTCCCCATGCATACTCCG
CAGTTAGTACAAGTTTGACGAACCTCTTGTTCGGTGCCACAGAGTAAGCAAATAACCTGT
TCAACTTTCTGGCGAGGAATATCATGGCTCTGTTTCTGATCTACACTTACACTGTTCTTC
GCCTCATTATGACAGTGATGGCAACCAAAGATCTCATTACAGCAAGGAGCTCTAATGCAA
CACCTTCTTCTGTAATGTGGACATCCATGCTCCATTTCTCCTCTATCAAGTATTTCTTTT
GAGAATGACTCTGCCGCCTCTGGTTCGAGAATCAACGACTCAGTTTTTTCATTGTGTGAA
TGAGGGCTGAGCATCCCACTCTTATCTCGGTCAGTCTTCTGAGGTTGCTCAACGAAATGG
TCGAAGTGTACCCCCTCCATTC

QA 8 749 8 749
DS 



AS 1 3

CO CL3774Contig1 726 3 10 U
AGGATTCATCATGAAAGCTCAGATACGTCGTGCCATAGAGGCCGCGGAGATACCTTATAC
GTATGTTGTCTCAGGTGGCTTTGCTGGCTATTTCGTACCTAGTTTGGGTCAATGCCACTT
GGGACTCAGAACTCCTCCTACAGACAAAGTTTCCATCTTCGACAGTGGCGATGCAAAAGC
TATTATCAACACAGAAGAGGACATTGTTGCCACTACAATGAAAGCTGTTGATGACCCGAA
AACACTTAACAAGATTCTCTACATCCATCCACCCAAGAACTTTGTCTCGCAGAACGATAT
GGTCAGTTTGTGGGAGAGAAAGATCGGTAAGACTCTGGAGAAGATTTATGTTTCAGAGGA
AGAACTTCTCAAAAGCATCAAGGAGGCTCAGGATCCAACGGATGTTGTGATGGGTTTGAT
CCACGCAATACTAGTGCAAGGTGAGCTTACCTCCTTCACTATAGACCCTTCTGTTGGAGT
GGAAGCTTCCGAGCTTTACCCTGATGTCAAGTACACTAGTCTCGATGAGTTTCTCAACCA
GTTTGTTTGAGAACAAACAACCTCCTTTATGTTGCATGTGTGTTTTAATAATCTGAGATC
GATTACATTATGTTATAATGTAAGTCTCCGTGGAAAGTTATGTATTCATAGCAGTCATAT
ATATACATGATGTCCATCCTTATCTATAGGATTGGATATATACAAATCAGATACATGTTT
ATCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3G312TF U 339
AF RR3AL86JQ C 1
AF RR3AL86TF U 10
BS 1 9 RR3AL86JQ
BS 10 339 RR3AL86TF
BS 340 381 RR3G312TF
BS 382 382 RR3AL86TF
BS 383 423 RR3G312TF
BS 424 424 RR3AL86TF
BS 425 441 RR3G312TF
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BS 443 708 RR3G312TF
BS 709 726 RR3AL86TF

RD RR3G312TF 370 0 0
G
GAAGATTTATGTTTCAGAGGAAGAACTTCTCAAAAGCATCAAAGAGGCTCAGGATCCAAC
GGATGTTGTGATGGGTTTGATCCATGCAATACTAGTGCAAGGCGAGCTTACCTCCTTCAC
TATAGACCCTTCTGTTGGAGTGGAAGCTTCCGAGCTTTACCCTGATGTCAAGTACACTAG
TCTCGATGAGTTTCTCAACCAGTTTGTTTGAGAACAAACAACCTCCTTTATGTTGCATGT
GTGTTTTAATAATCTGAGATCGATTACATTATGTTATAATGTAAGTCTCCGTGGAAAGTT
ATGTATTCATAGCAGTCATATATATACATGATGTCCATCCTTATCTATAGGATTGGATAT
ATACAAATC

QA 2 370 2 370
DS 

RD RR3AL86JQ 726 0 0
AGGATTCATCATGAAAGCTCAGATACGTCGTGCCATAGAGGCCGCGGAGATACCTTATAC
GTATGTTGTCTCAGGTGGCTTTGCTGGCTATTTCGTACCTAGTTTGGGTCAATGCCACTT
GGGACTCAGAACTCCTCCTACAGACAAAGTTTCCATCTTCGACAGTGGCGATGCAAAAGC
TATTATCAACACAGAAGAGGACATTGTTGCCACTACAATGAAAGCTGTTGATGACCCGAA
AACACTTAACAAGATTCTCTACATCCATCCACCCAAGAACTTTGTCTCGCAGAACGATAT
GGTCAGTTTGTGGGAGAGAAAGATCGGTAAGACTCTGGAGAAGATTTATGTTTCAGAGGA
AGAACTTCTCAAAAGCATCAAGGAGGCTCAGGATCCAACGGATGTTGTGATGGGTTTGAT
CCACGCAATACTAGTGCAAGGTGAGCTTACCTCCTTCACTATAGACCCTTCTGTTGGAGT
GGAAGCTTCCGAGCTTTACCCTGATGTCAAGTACACTAGTCTCGATGAGTTTCTCAACCA
GTTTGTTTGAGAACAAACAACCTCCTTTATGTTGCATGTGTGTTTTAATAATCTGAGATC
GATTACATTATGTTATAATGTAAGTCTCCGTGGAAAGTTATGTATTCATAGCAGTCATAT
ATATACATGATGTCCATCCTTATCTATAGGATTGGATATATACAAATCAGATACATGTTT
ATCTAT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3AL86TF 717 0 0
CATGAAAGCTCAGATACGTCGTGCCATAGAGGCCGCGGAGATACCTTATACGTATGTTGT
CTCAGGTGGCTTTGCTGGCTATTTCGTACCTAGTTTGGGTCAATGCCACTTGGGACTCAG
AACTCCTCCTACAGACAAAGTTTCCATCTTCGACAGTGGCGATGCAAAAGCTATTATCAA
CACAGAAGAGGACATTGTTGCCACTACAATGAAAGCTGTTGATGACCCGAAAACACTTAA
CAAGATTCTCTACATCCATCCACCCAAGAACTTTGTCTCGCAGAACGATATGGTCAGTTT
GTGGGAGAGAAAGATCGGTAAGACTCTGGAGAAGATTTATGTTTCAGAGGAAGAACTTCT
CAAAAGCATCAAGGAGGCTCAGGATCCAACGGATGTTGTGATGGGTTTGATCCACGCAAT
ACTAGTGCAAGGTGAGCTTACCTCCTTCACTATAGACCCTTCTGTTGGAGTGGAAGCTTC
CGAGCTTTACCCTGATGTCAAGTACACTAGTCTCGATGAGTTTCTCAACCAGTTTGTTTG
AGAACAAACAACCTCCTTTATGTTGCATGTGTGTTTTAATAATCTGAGATCGATTACATT
ATGTTATAATGTAAGTCTCCGTGGAAAGTTATGTATTCATAGCAGTCATATATATACATG
ATGTCCATCCTTATCTATAGGATTGGATATATACAAATCAGATACATGTTTATCTAT

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 3

CO CL3775Contig1 604 3 1 U
GGAATCGAAAAAGAAAGAAAAAATGGCAACGACCCAGCTCAAATCAGATGCGATCATGGA
TATGATGAAGCAGCATCTCTCCACCGACGCCGGTAAAGAGCTCACAGAGAAGATCGGCCT
CGTTTATCAGATCAACGTCGCTCCCAAGAAATTGGGGTTTGAAGAGGTTACGTACATCGT
TGATCTGAAGAAAGGAGAAGTCACCAAAGGAAAATACGAAGGAGGGAAAGTGGATGCTAC
TTTCTCCTTCAAAGATGATGACTTTGTCAAAGTTGCTACTGGCAAGATGAATCCTCAGAT
TGCTTTCATTAGGGGTGCAATGAAGATCAAGGGTAGTCTCAGTGCTGCACAGAAGTTCAC
CCCTGACATTTTCCCCAAGCCTTCAAAGCTGTGAACACAATAAGAATGGCCCCTTTGACC
CAGGCTCAATTTATGTCTTTCAAAAGGGTTTGTTTACCGTTTTAGCTTGTGGGGTGGATT
TTTTTTTTAAAAAGAAGCAATGTTTAAGAACTAGTCGCTAGAAATAAAGGTCTCTTCAAG
TATCGTTGTATGTTTCTGGTTCAATTGGTGTTTGGTTTAATAATATACTAAAACATTTGC
TTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 

AF RR3CC83TF U 132
AF RR3AT30TF U 1
AF RR3AT30JQ C 117
BS 1 604 RR3AT30TF

RD RR3CC83TF 363 0 0
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AAGGAGAAGTCACCAAAGGAAAATACGAAGGAGGGAAAGTGGATGCTACTTTCTCCTTCA
AAGATGATGACTTTGTCAAAGTTGCTACTGGCAAGATGAATCCTCAGATTGCTTTCATTA
GGGGTGCAATGAAGATCAAGGGTAGTCTCAGTGCTGCACAGAAGTTCACCCCTGACATTT
TCCCCAAGCCTTCAAAGCTGTGAACACAATAAGAATGGCCCCTTTGACCCAGGCTCAATT
TATGTCTTTCAAAAGGGTTTGTTTACCGTTTTAGCTTGTGGGGTGTATTTTTTTTTTTAA
AA
A

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR3AT30TF 604 0 0
GGAATCGAAAAAGAAAGAAAAAATGGCAACGACCCAGCTCAAATCAGATGCGATCATGGA
TATGATGAAGCAGCATCTCTCCACCGACGCCGGTAAAGAGCTCACAGAGAAGATCGGCCT
CGTTTATCAGATCAACGTCGCTCCCAAGAAATTGGGGTTTGAAGAGGTTACGTACATCGT
TGATCTGAAGAAAGGAGAAGTCACCAAAGGAAAATACGAAGGAGGGAAAGTGGATGCTAC
TTTCTCCTTCAAAGATGATGACTTTGTCAAAGTTGCTACTGGCAAGATGAATCCTCAGAT
TGCTTTCATTAGGGGTGCAATGAAGATCAAGGGTAGTCTCAGTGCTGCACAGAAGTTCAC
CCCTGACATTTTCCCCAAGCCTTCAAAGCTGTGAACACAATAAGAATGGCCCCTTTGACC
CAGGCTCAATTTATGTCTTTCAAAAGGGTTTGTTTACCGTTTTAGCTTGTGGGGTGGATT
TTTTTTTTAAAAAGAAGCAATGTTTAAGAACTAGTCGCTAGAAATAAAGGTCTCTTCAAG
TATCGTTGTATGTTTCTGGTTCAATTGGTGTTTGGTTTAATAATATACTAAAACATTTGC
TTTG

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3AT30JQ 488 0 0
GCCTCGTTTATCAGATCAACGTCGCTCCCAAGAAATTGGGGTTTGAAGAGGTTACGTACA
TCGTTGATTTGAAGAAAGGGGAAGTCCCCAAAGGAAAATACGAAGGAGGGAAAGTGGATG
CTACTTTTTCCTTCAAAGATGATGACTTTGTCAAAGTTGCTACTGGCAAGATGAATCCTC
AGATTGCTTTCATTAGGGGTGCAATGAAGATCAAGGGTAGTTTCAGTGCTGCACAGAAGT
TCACCCCTGACATTTTCCCCAAGCCTTCAAAGCTGTGAACACAATAAGAATGGCCCCTTT
GACCCAGGCTCAATTTATGTCTTTCAAAAGGGTTTGTTTACCGTTTTAGCTTGTGGGGTG
GATTTTTTTTTTAAAAAGAAGCAATGTTTAAGAACTAGTCGCTAGAAATAAAGGTCTTTT
CAAGTATCGTTGTATGTTTTTGGTTCAATTGGTGTTTGGTTTAATAATATACTAAAACAT
TTGCTTTG

QA 1 488 1 488
DS 



AS 1 2

CO CL3776Contig1 1226 2 2 U
GGGTCCCTTCCTTAGCCACATAAAATCAACCGTCGTCACCGGAGCTCCGATCTTTGCCAT
TCGACAATATGTCTGTTTCCGATGATGAAGACGAGTGCTTCGCTCGGTTCCTCGAATCAG
AAGTCTCCTCGGTAGAGGAGGAAGAAAAAACGAAAGAACCTGAACCGAAACGACAACGTC
TTGACAAGGACAAGACAAAGGCTGTAGACAAGGATGGAGATCAAAAGGAAGATGGTAATA
ACAACAAAGATAGAAATGCTGTAAAGAGAATAGAGAGTGGAGTTTTCAGCAAAGTTCCTA
CAGAACTTTTTCGTCATATCTTCAAGTTCTTATCCTCTGAGGATCTTCTATCATGCTCTT
TAGTGTGTAAATTTCTCAACTTTGCTGCCTCTGATGAATCCTTATGGCGTCGCCTGTACT
GTATTCGTTGGGGTCTAATGCCTTCAACTAGAGTGTTACGTGAGTGTGCTTGGAAGAAGC
TTTACATCGATCGTGACGAGAAGGACATGATTGAACTTGTAAGAAGCTGTCCAACGGACT
TTAAAGAGTATTACATTCAAATGCAAGCAGCAAAGCGAAGCCAAGCACCTCTTGCGGCCC
AGATGGTGGATGACCAGATAGTTCTTGACAAAACTGTACTTGACAAAGTATCTCTGTGGA
AGAAAAGCAAAGGACTTCCCGATAAGGCTGTAGTTGGCCATGTTTGTTTGGGAACAAAAT
GTGATTACCGTCAGATCGACGACGTTTTCATATGCCAGGAGACAGGAAATGTTCATGTAT
GTGATGACAACTGCAAGGAAGTAATATTTTGTCGGGAGAGTGGGAACATGGTGTGTACTA
TCTCAGGGCTTTGTTCTGAAAGTTTGTTCGTACAAGATGATTCAGACGCAGATGAGGAAG
AAGCTGAACAAGAAGCTGAAGTGTTAACAGTAAGAGGCCGTTTTGGTCGAGCTTTTGAAT
TTGGATACAACTGCGAGAGTGAGCAGGAGTTAGATCGCTCCTTTGGGTTCTGCTGATCAA
AACTTTCAGCCTTTTCGTTCAGTTCCAAAATCTTTACTGTCTCTAATACCAAGTCTGCAT
GAGTTTTCACGGTAAAACATCTGTAGAGTGCAATGAATCAAAAGTATCTTGTTGTTTTAG
TAGTCTTAATGTTTCTTTGTAATTTATGCAGATCTTTGTCTGTAATTTGCTATACAATCG
CCCTTACAAAAATGTTTACTTGTAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F084TF U 1
AF RR3F084JQ C 446
BS 1 682 RR3F084TF
BS 683 1226 RR3F084JQ

RD RR3F084TF 682 0 0
GGGTCCCTTCCTTAGCCACATAAAATCAACCGTCGTCACCGGAGCTCCGATCTTTGCCAT
TCGACAATATGTCTGTTTCCGATGATGAAGACGAGTGCTTCGCTCGGTTCCTCGAATCAG
AAGTCTCCTCGGTAGAGGAGGAAGAAAAAACGAAAGAACCTGAACCGAAACGACAACGTC
TTGACAAGGACAAGACAAAGGCTGTAGACAAGGATGGAGATCAAAAGGAAGATGGTAATA
ACAACAAAGATAGAAATGCTGTAAAGAGAATAGAGAGTGGAGTTTTCAGCAAAGTTCCTA
CAGAACTTTTTCGTCATATCTTCAAGTTCTTATCCTCTGAGGATCTTCTATCATGCTCTT
TAGTGTGTAAATTTCTCAACTTTGCTGCCTCTGATGAATCCTTATGGCGTCGCCTGTACT
GTATTCGTTGGGGTCTAATGCCTTCAACTAGAGTGTTACGTGAGTGTGCTTGGAAGAAGC
TTTACATCGATCGTGACGAGAAGGACATGATTGAACTTGTAAGAAGCTGTCCAACGGACT
TTAAAGAGTATTACATTCAAATGCAAGCAGCAAAGCGAAGCCAAGCACCTCTTGCGGCCC
AGATGGTGGATGACCAGATAGTTCTTGACAAAACTGTACTTGACAAAGTATCTCTGTGGA
AGAAAAGCAAAGGACTTCCCGA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3F084JQ 781 0 0
AACTAGAGTGTTACGTGAGTGTGCTTGGAAGAAGCTTTACATCGATCGTGACGAGAAGGA
CATGATTGAACTTGTAAGAAGCTGTCCAACGGACTTTAAAGAGTATTACATTCAAATGCA
AGCAGCAAAGCGAAGCCAAGCACCTCTTGCGGCCCAGATGGTGGATGACCAGATAGTTCT
TGACAAAACTGTACTTGACAAAGTATCTCTGTGGAAGAAAAGCAAAGGACTTCCCGATAA
GGCTGTAGTTGGCCATGTTTGTTTGGGAACAAAATGTGATTACCGTCAGATCGACGACGT
TTTCATATGCCAGGAGACAGGAAATGTTCATGTATGTGATGACAACTGCAAGGAAGTAAT
ATTTTGTCGGGAGAGTGGGAACATGGTGTGTACTATCTCAGGGCTTTGTTCTGAAAGTTT
GTTCGTACAAGATGATTCAGACGCAGATGAGGAAGAAGCTGAACAAGAAGCTGAAGTGTT
AACAGTAAGAGGCCGTTTTGGTCGAGCTTTTGAATTTGGATACAACTGCGAGAGTGAGCA
GGAGTTAGATCGCTCCTTTGGGTTCTGCTGATCAAAACTTTCAGCCTTTTCGTTCAGTTC
CAAAATCTTTACTGTCTCTAATACCAAGTCTGCATGAGTTTTCACGGTAAAACATCTGTA
GAGTGCAATGAATCAAAAGTATCTTGTTGTTTTAGTAGTCTTAATGTTTCTTTGTAATTT
ATGCAGATCTTTGTCTGTAATTTGCTATACAATCGCCCTTACAAAAATGTTTACTTGTAG
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 3

CO CL3777Contig1 1294 3 6 U
GGAACAAATACGCGACGACGACGAAGAAGACAAACACGAAGGAAGAAGAGAATCAATCTC
ACACGAAATTACACAACAATAATAATAGTTAGTTATTTAAAAGATTTTATAAATAAAACT
CCAAAGCTTCTCTGTAACTACTACTCTCGTCTTCAATGTTAATCATTTAGATCTTGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGAGACAAAAATCGAAAATCAAAATCATGGCGGCGAAATCGAAGAACA
ACCTTCGTTACCAACCGCGAAAATCATCATCGCGATCCACACAAGCGTTCACGGTGCTGA
TCGGTCTGCTGGTGGTGCTTATGATACTTCTGGGTCTGGGGATCTTATCACTCCCCAATG
CCAACAGAAACTCATCCAAGCCCAACGATTTGACCAACATTGTACGGAAGAGCCAGGATG
AGAGTAATGGAGGAGAGGAGGAAGGGAACGGAGAGCGTTGGGTTGAAGTGATATCGTGGG
AGCCTAGAGCTGTTGTTTACCACAATTTCTTGACCAATGAAGAATGTGAGCACCTCATCA
GTCTCGCTAAACCCAACATGGTTAAGTCAACTGTGGTCGATGAGAAAACTGGTGGCAGCA
AAGACAGCAGAGTAAGGACTAGCTCTGGGACTTTTCTTAAAAGAGGACATGACCAAGTTG
TCGAGAGGATTGAGCAAAGGATTTCTGATTTCACCTTCATTCCTGTTGAAAATGGAGAAG
GTCTTCAG*TTCTTCACTACCAAGTTGGACAGAAGTATGAGTCTCACTATGATTATTTCT
TAGATGAGTTCAACACCAAGAACGGAGGACAACGAATAGCAACTGTTCTTATGTACCTAT
CGGATGTTGATGATGGTGGCGAGACCGTGTTCCCAGCAGCAAAAGGAAACATTAGTGCAG
TCCCATGGTGGGACCAGCTCTCCAAATGTGTCAAAGAAGGACTCTCTGTTCTACCAAAGA
AGAGAGATGCTTTACTTTTCTGGAACATGAGACCTGATGCCTCTCTAGACCCTTCCAGTT
TGCACGGTGGATGCCCAGTGGTGAAAGGAAACAAATGGTCATCCACGAAATGGTTCCACG
TCCATGAGTTCAAGGTTTAAGAAAAATAAGATAAGAGGAGGTTTACACGACAGCACAGTT
ACAAACAGATGTATTGTTGTATTTCCCTTTTCAAGTGAGAAATGATCTTTAGGCTGTGTT
TTATCATGAGCGATATTTGAACTTTTTCTTTTAAACTATTTGAGATTTTTGTAACTTTAC
ATGTTCTGTTTTTATAACATCAATAATTTAATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C556TF U 149
AF RR3DV35TF U 1
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ACAGAAG

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DS 

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ACCTTCGTTACCAACTGCGAAAATCATCATCGCGATCCACACAAGCGTTCACGGTGCTGA
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CCAACAGAAACTCATCCAAGCCCAACGATTTGACCAACATTGTACGGAAGAGCCAGGATG
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GTCTTCAG*TTCTTCACTACCAAGTTGGACAGAAGTATGAGTCTCACTATGATTATTTCT
TAGATGAGT

QA 1 789 1 789
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TCACCTTCATTCCTGTTGAAAATGGAGAAGGTCTTCAGGTTCTTCACTACCAAGTTGGAC
AGAAGTATGAGTCTCACTATGATTATTTCTTAGATGAGTTCAACACCAAGAACGGAGGAC
AACGAATAGCAACTGTTCTTATGTACCTATCGGATGTTGATGATGGTGGCGAGACCGTGT
TCCCAGCAGCAAAAGGAAACATTAGTGCAGTCCCATGGTGGGACCAGCTCTCCAAATGTG
TCAAAGAAGGACTCTCTGTTCTACCAAAGAAGAGAGATGCTTTACTTTTCTGGAACATGA
GACCTGATGCCTCTCTAGACCCTTCCAGTTTGCACGGTGGATGCCCAGTGGTGAAAGGAA
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ATAAGAGGAGGTTTACACGACAGCACAGTTACAAACAGATGTATTGTTGTATTTCCCTTT
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TTAAACTATTTGAGATTTTTGTAACTTTACATGTTCTGTTTTTATAACATCAATAATTTA
ATAC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 3

CO CL3778Contig1 1304 3 13 U
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ATGGACTTCTATAATCAGAAACGTTGTGTGGATGGAAAAGGACTTGTGCTACCTAGCCAA
ATTAGATATGTGAAATACTTTGAAAGAATATTGACCTACTTCAACGGGGAAAATCAACCA
GGCCGCAAGTGTATGCTTAGGGGATTCCGGCTCCACAGGTGTCCCTATTGGATCAGACCG
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GACCGCCAAGGAGATTTTTACTGCTGGTCAAACACGACAATGATGGAAAACAGAGTGATC
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GTCGAAGTTGTTCTTGCTGATATTGACACAACAATCCCTGCAAAACCTAGTTCTGAACCA
GCTTCCAAGGCACCCGAAGAAACTTCAGCAGCCAATTCTTCCACTGTAGAGGGTGTTACA
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AACGAAGCAGACTCAACTGGTCCCGCCAAAACCACACCATCTGCTTCTTCTCAAACCCCA
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ATTTCTGGAAACAAGGGATCATCATCCTCATCATCACAGCCGGTGCAAGGAACGGTTAGC
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AAAAAAACAAGGGAGTGTTTAAGTCAATGAGATGAATCCATTCATTGTGTTGTGGTTTCT
TCTTGTTGATCTTGGATTTTTACGGTATTTTATTCTTTTTCTTGAATATTACTGCACAAA
ATTATACGTTGGTTACTTACGTCTTTAATTTGTATTCCGACTTTTTATTATTTCAGACAA
AGAAACCAATGTTGTATCTTTTCTTGGTTTTAGACTTCACAGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ33TF U 1
AF RR3H354TF U 236
AF RR3H354JQ C 582
BS 1 311 RR3FQ33TF
BS 312 312 RR3H354TF
BS 313 448 RR3FQ33TF
BS 449 449 RR3H354TF
BS 450 605 RR3FQ33TF
BS 606 903 RR3H354TF
BS 904 904 RR3H354JQ
BS 905 920 RR3H354TF
BS 921 921 RR3H354JQ
BS 922 940 RR3H354TF
BS 941 941 RR3H354JQ
BS 942 951 RR3H354TF
BS 952 1304 RR3H354JQ

RD RR3FQ33TF 605 0 0
GGGCTTATGATATGTAGTCTTCTTCTGTATCTGAAGTTTTTTCCTACTGCGGAAGAGTGC
ATGGACTTCTATAATCAGAAACGTTGTGTGGATGGAAAAGGACTTGTGCTACCTAGCCAA
ATTAGATATGTGAAATACTTTGAAAGAATATTGACCTACTTCAACGGGGAAAATCAACCA
GGCCGCAAGTGTATGCTTAGGGGATTCCGGCTCCACAGGTGTCCCTATTGGATCAGACCG
TCCATCACCATTTCAGATCACAATGGTGTTCTCTTCACCACCAAAAAGCATCTTCGGACC
AAGGATTTATCTCCAGAAGACTTTTGGTTCAGTGCGCCAAAGAAAGGGGTTATGGTCTTT
GCCCTACCCGGAGAGCCTGGTCTAACAGAACTGGCTGGCGACTTCAAAATCCATTTCCAC
GACCGCCAAGGAGATTTTTACTGCTGGTTAAACACGACAATGATGGAAAACAGAGTGATC
CTAAAAACCAGTGAGCTTGACGGGTTTGACAAGAGGAAGCTACCTTCGCCTGGGTTTATG
GTCGAAGTTGTTCTTGCTGATATTGACACAACAATCCCTGCAAAACCTAGTTCTGAACCA
GCTTC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3H354TF 716 0 0
GGCCA
TCCATCACCATTTCAGATCACAATGGTGTTCTCTTTACCACCAAAAAGCATCTTCGGACC
AAGGATTTATCGCCAGAAGACTTTTGGTTCAGTGCGCCAAAGAAAGGTGTTATGGTCTTT
GCTCTACCCGGAGAGCCTGGTCTAACAGAACTGGCTGGCGACTTCAAAATCCATTTCCGC
GACCGCCAAGGAGATTTTTACTGCTGGTCAAACACGACAATGATGGAAAACAGAGTGATC
CTAAAAACGAGTGAGCTTGACGGGTTTGACAAGAGGAAGCTACCTTCGCCTGGGTTTATG
GTCGAAGTTGTTCTTGCTGATATTGACACAACAATCCCTGCAAAACCTAGTTCTGAACCA
GCTTCCAAGGCACCCGAAGAAACTTCAGCAGCCAATTCTTCCACTGTAGAGGGTGTTACA
CCGGTTCCAGCACCTAAGAAAGAAACAGAGAGCCCTGATAAGGACGATGTGTTCTCTGAT
AACGAAGCAGACTCAACTGGTCCCGCCAAAACCACACCATCTGCTTCTTCTCAAACCCCA
GAAGCCAAGCAGAGCGCAGATGAAACCTCTGGTCTGGCTCGTGCCACTGAGAAAGTGTCT
ATTTCTGGAAACAAGGGATCATCATCCTCATCATCACAGCCGGTGCAAGGAACGGTTAGC
AAG*CTGAAGCGGCAGAGAA*TCCACTGGGTCTGGGGTCA*CGTGTCGAGC

QA 6 716 6 716
DS 

RD RR3H354JQ 723 0 0
AAAACCTAGTTCTGAACCAGCTTCCAAGGCACCCGAAGAAACTTCAGCAGCCAATTCTTC
CACTGTAGAGGGTGTTACACCGGTTCCAGCACCTAAGAAAGAAACAGAGAGCCCTGATAA
GGACGATGTGTTCTCTGATAACGAAGCAGACTCAACTGGTCCCGCCAAAACCACACCATC
TGCTTCTTCTCAAACCCCAGAAGCCAAGCAGAGCGCAGATGAAACCTCTGGTTTGGCTCG
TGCCACTGAGAAAGTGTCTATTTCTGGAAACAAGGGATCATCATCCTCATCATCACAGCC
GGTGCAAGGAACGGTTAGCAAGGCTGAAGCGGCAGAGAAATCCACTGGGTCTGGGGTCAA
CGTGTCGAGCTCAGAGAGTAGTGAGTTCAAGGTTATGGCGGCTGATGCATCTGTGTTCTC
GTTTGGAGATGAAGACGAGTTTGATAGCGATTGAAGAATGATGATGATTTAAAAGAAGGA
AGATGTGTACATAAGAAAGAAAAAAACAAGGGAGTGTTTAAGTCAATGAGATGAATCCAT
TCATTGTGTTGTGGTTTCTTCTTGTTGATCTTGGATTTTTACGGTATTTTATTCTTTTTC
TTGAATATTACTGCACAAAATTATACGTTGGTTACTTACGTCTTTAATTTGTATTCCGAC
TTTTTATTATTTCAGACAAAGAAACCAATGTTGTATCTTTTCTTGGTTTTAGACTTCACA
GTT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 3

CO CL3779Contig1 743 3 2 U
GGAACTCAAAGTATCTACGAACACAAGAAGAAAAAAAATGGAATCTACTTTAAACACAAC
CGCACGAATCGGGAGCTGGTCATCGTTTATATCTCCACCTCTACAAGTGTGTGAATCTTT
CAAGTGGAAGCTACCAAAGGCAACAAGAAGAGTCGTCAGTGTTGCAGATCGTCAGAACTC
AAACTTCCGATGGAGGAAAGTAACAACAGGCAGAGCAAATGTTGCGGCGGAAGCAGCAGC
TAGAGTTCCGACATCAGTACCGGTGAGAGTTGCGCGTGAGCTAGCTCAAGCAGGATACAA
ACATCTTGACGTCAGGACACCGGACGAGTTCAGTATCGGACATCCGTCTAGAGCTATTAA
CGTGCCTTACATGTACAGAGTCGGGTCAGGAATGGTTAAGAACCCGAGTTTTCTAAGGCA
GGTATCGTCTCATTTCAGGAAACACGACGAGATCATCATCGGTTGTGAGAGCGGAGAAAG
ATCTCTCATGGCTTCCACTGAACTTCTCACTGCTGGCTTCACCGGGGTTACAGACATTGC
TGGAGGATACGTTGCCTGGACAGAGAATGAACTACCAGTAGAAGAGTGAAAACAAAAAAA
AAAACATGGACCTATCCGTTTGTAAATTTGCAAATAAATAATTGTATATGTTTCAACACA
AGTGTTTGTGTATGTCAATGGCACTACCAAATGATATAAGTTTCATTTGGAACAAAAATC
TCATAGCCGCTCAGTGATTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF25TF U 1
AF RR3CO70TF U 72
AF RR3FF25JQ C 71
BS 1 686 RR3FF25TF
BS 687 743 RR3FF25JQ

RD RR3FF25TF 690 0 0
GGAACTCAAAGTATCTACGAACACAAGAAGAAAAAAAATGGAATCTACTTTAAACACAAC
CGCACGAATCGGGAGCTGGTCATCGTTTATATCTCCACCTCTACAAGTGTGTGAATCTTT
CAAGTGGAAGCTACCAAAGGCAACAAGAAGAGTCGTCAGTGTTGCAGATCGTCAGAACTC
AAACTTCCGATGGAGGAAAGTAACAACAGGCAGAGCAAATGTTGCGGCGGAAGCAGCAGC
TAGAGTTCCGACATCAGTACCGGTGAGAGTTGCGCGTGAGCTAGCTCAAGCAGGATACAA
ACATCTTGACGTCAGGACACCGGACGAGTTCAGTATCGGACATCCGTCTAGAGCTATTAA
CGTGCCTTACATGTACAGAGTCGGGTCAGGAATGGTTAAGAACCCGAGTTTTCTAAGGCA
GGTATCGTCTCATTTCAGGAAACACGACGAGATCATCATCGGTTGTGAGAGCGGAGAAAG
ATCTCTCATGGCTTCCACTGAACTTCTCACTGCTGGCTTCACCGGGGTTACAGACATTGC
TGGAGGATACGTTGCCTGGACAGAGAATGAACTACCAGTAGAAGAGTGAAAACAAAAAAA
AAAACATGGACCTATCCGTTTGTAAATTTGCAAATAAATAATTGTATATGTTTCAACACA
AGTGTTTGTGTATGTCAATGGCACTA
CCAA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3CO70TF 615 0 0
GGG
GCTGGTCATCGTTTATATCTCCACCTCTACAAGTGTGTGAATCTTTCAAGTGGAAGCTAC
CAAAGGCAACAAGAGGAGTCGTCAGTGTTGCAGATCGTCAGAACTCAAACTTCCGATGGA
GGAAAGTAACAACAGGCAGAGCAAATGTTGCGGCGGAAGCAGCAGCTAGAGTTCCGACAT
CAGTACCGGTGAGAGTTGCGCGTGAGCTAGCTCAAGCAGGAG*CAAACATCTTGACGTCA
GGACACCGGACGAGTTCAGTATCGGACATCCGTCTAGAGCTATTAACGTGCCTTACATGT
ACAGAGTCGGGTCAGGAATGGTTAAGAACCCGAGTTTTCTAAGGCAGGTATCTTCTCATT
TCAGGAAACACGACGAGATCATCATCGGTTGTGAGAGCGGAGAAAGATCTCTCATGGCTT
CCACTGAACTTCTCACTGCTGGCTTCACCGGGGTTACAGACATTGCTGGAGGATACGTTG
CCTGGACAGAGAATGAACTACCAGTAGAAGAGTGAAAACAAAAAAAAA**CATGGACCTA
TCCGTTTGTAAATTTGCAAATAAATAATTGTATATGTTTCAACACAAGTGTTTGTGTATG
TCAATGGCACTA

QA 4 615 4 615
DS 

RD RR3FF25JQ 673 0 0
GGGA
GCTGGTCATCGTTTATATCTCCACCTCTACAAGTGTGTGAATCTTTCAAGTGGAAGCTAC
CAAAGGCAACAAGAAGAGTCGTCAGTGTTGCAGATCGTCAGAACTCAAACTTCCGATGGA
GGAAAGTAACAACAGGCAGAGCAAATGTTGCGGCGGAAGCAGCAGCTAGAGTTCCGACAT
CAGTACCGGTGAGAGTTGCGCGTGAGCTAGCTCAAGCAGGATACAAACATCTTGACGTCA
GGACACCGGACGAGTTCAGTATCGGACATCCGTCTAGAGCTATTAACGTGCCTTACATGT
ACAGAGTCGGGTCAGGAATGGTTAAGAACCCGAGTTTTTTAAGGCAGGTATCGTCTCATT
TCAGGAAACACGACGAGATCATCATCGGTTGTGAGAGCGGAGAAAGATCTCTCATGGCTT
CCACTGAACTTCTCACTGCTGGCTTCACCGGGGTTACAGACATTGCTGGAGGATACGTTG
CCTGGACAGAGAATGAACTACCAGTAGAAGAGTGAAAACAAAAAAAAAAACATGGACCTA
TCCGTTTGTAAATTTGCAAATAAATAATTGTATATGTTTCAACACAAGTGTTTGTGTATG
TCAATGGCACTACCAAATGATATAAGTTTCATTTGGAACAAAAATCTCATAGCCGCTCAG
TGATTTCTT

QA 5 673 5 673
DS 



AS 1 3

CO CL3780Contig1 1191 3 4 U
GGGAGTGAGTCGGGAAGGAAGGTTGAAGAAGGTTGAGTGGAACAAGGAGATGGAGGAGAC
GATCCTTTCAAGAATCTTCATAGCAGAGAGTATCAAGGTCACAAGAAGAAGGTACATTCG
GTGGCTTGGAACTCTAATGGGACAAAGCTTGCTTCTGGTTCTGTTGACCAAACAGCTCGT
GTTTGGACCATTGAACCTCACGGTCATAGTAAGGTTAAGGACCTTGAGCTAAAGGCACAT
ACTGATAGTGTGGATCAGCTATGCTGGGACCCTAAACATTCAGATCTTGTTGCTACTGCC
TCTGGTGATAAGAGCGTTCGTCCCTGGGATGCTCGCAGTGGAAAATGCACACAGCAGGCA
GAACTTAGTGGGGAGAATATAAACATCACCTACAGACCTGACGGGACACATATAGCTGTT
GGTAATAGGGACGATGAGCTTACCATTCTGGATGTCCGTAAGTTTAATAAATCCCTATAC
AAGCGCAAATTCTCATATGAGGTAAATGAGATTGCTTGGAATATGTCAGGAGATCTTTTC
TTCTTGACTACTGGACTTGGCACTGTTGAAGTTCTCTCATATCCACTTGAGAAAATGCAA
AATGATCTAAAACCAGTTGACACTCTCACTGCCCACACAGCCGGGTGCTATTGCATTGCA
ATTGATCCTAAAGGAAGATACTTTGCTGTTGGGAGTGCGGATTCCTTAGTTAGCCTTTGG
GATATGTCAGACATGCTTTGTTTGAGAACATTTACAAAACTTGACTCGCCAGTCAGGACA
ATAAGCTTCAATCATTCAGGAGAATACATTGCTTCAGCCAGTGAAGATTTATTTATAGAT
ATTGCAAACGTCCAAACCGGGCGGACGGTGCATCAAATTCCATGTAGAGCTGCCATGAAT
AGCGTGGAGTGGAATCCCAAATACAACTTACTTGCATATGCAGGTGATGACAAGAGTGCC
AAGTATTATGGTGATGAAGGTGTTTTCCGGATATTTGGTTTTGATAGCTCGTAGGAACAC
AACACAGTACACCACCGCATCTGGTTCCAGATATAAGCAACTCTGCTCGGGCACTTGGTC
GATTTGAAAAAGTTTGTGTACTATTAAACATGTGTTAACAGTATCAATATTTTCACATGG
AATGTTTTGCGGTTGTGATTTTATATATGAATCTGCAATTTTATTTGCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D231TF U 117
AF RR3AQ76TF U 1
AF RR3AQ76JQ C 461
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BS 236 236 RR3D231TF
BS 237 758 RR3AQ76TF
BS 759 1191 RR3AQ76JQ

RD RR3D231TF 275 0 0
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G*CAGA*CTTAGTGGGGAGA
TATAACATCCCTACA

QA 1 260 1 260
DS 

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GTGGCTTGGAACTCTAATGGGACAAAGCTTGCTTCTGGTTCTGTTGACCAAACAGCTCGT
GTTTGGACCATTGAACCTCACGGTCATAGTAAGGTTAAGGACCTTGAGCTAAAGGGACAT
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TCTGGTGATAAGAGCGTTCGTCCCTGGGATGCTCGCAGTGGAAAATGCACACAGCAGGCA
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TTCTTGACTACTGGACTTGGCACTGTTGAAGTTCTCTCATATCCACTTGAGAAAATGCAA
AATGATCTAAAACCAGTTGACACTCTCACTGCCCACACAGCCGGGTGCTATTGCATTGCA
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CTTGA

QA 1 758 1 758
DS 

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ATCCACTTGAGAAAATGCAAAATGATCTAAAACCAGTTGACACTCTCACTGCCCACACAG
CCGGGTGCTATTGCATTGCAATTGATCCTAAAGGAAGATACTTTGCTGTTGGGAGTGCGG
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TTGACTCGCCAGTCAGGACAATAAGCTTCAATCATTCAGGAGAATACATTGCTTCAGCCA
GTGAAGATTTATTTATAGATATTGCAAACGTCCAAACCGGGCGGACGGTGCATCAAATTC
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CAGGTGATGACAAGAGTGCCAAGTATTATGGTGATGAAGGTGTTTTCCGGATATTTGGTT
TTGATAGCTCGTAGGAACACAACACAGTACACCACCGCATCTGGTTCCAGATATAAGCAA
CTCTGCTCGGGCACTTGGTCGATTTGAAAAAGTTTGTGTACTATTAAACATGTGTTAACA
GTATCAATATTTTCACATGGAATGTTTTGCGGTTGTGATTTTATATATGAATCTGCAATT
TTATTTGCTGC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 3

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TCATTGAATATCTATACACGTATCTATCTTTATGTATTTGAGTGTTTTATATCAATAATG
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ATCAATAATTTACTCTCTAGATCTAAAGAGATGTGATATGAAAGTGTTACGAGATATATC
TATCTAGTTAAATAAAACTATATCTTTATGCTT


BQ
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AF RR3DS22TF U 1
AF RR3FK35TF U 1
AF RR3DS22JQ C 147
BS 1 752 RR3DS22TF
BS 753 753 RR3DS22JQ

RD RR3DS22TF 752 0 0
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TCATTGAATATCTATACACGTATCTATCTTTATGTATTTGAGTGTTTTATATCAATAATG
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ATCAATAATTTACTCTCTAGATCTAAAGAGATGTGATATGAAAGTGTTACGAGATATATC
TATCTAGTTAAATAAAACTATATCTTTATGCT

QA 1 752 1 752
DS 

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CGATGTTGAAGCCTTCTCTACAAGGAGAGATTAAGGCAGACGTTGAGATCAA*GCTCCAG
CCACAAAGTTCTATCACATGTTCGCAGTGAGACCACAAGACGTATCTAAAGCCAGTCTTG
AAAACCTCAAGGGATGTCGTGTGGAAGAGGGAGAGATGGGCAAAGTTGGCACTCTCCTCA
CCTGGAACTACGTCTTGGATGGCAAGCCAATGGTGGCCAATGAGAGGATCGAGGCAGTGG
AACCGAAGAACAATATGATAAAGTTTAGAGTACTGGAGGGAGATCTGATGAAGGAGTTCA
AGAGCTTCCTATGCACGATCCAGGTGACCCCGAAGCAAGGAGGATCTGGAGGTGTGGTGA
AATGGCGCTTGGAATACGAGAGGATTGACGAAAACGTGGCTCCCCCGGAGTCTCTGCTCC
AAGCGTGTGTCAAAACGACCAAAGGAATCGACGAAATGCTTTTGTCTAATGAGTAGATAC
TCATTGAATATCTATACACGTATCTATCTTTATGTATTTGAGTGTTTTATATCAATAATG
TAATCTCTAGATCTAAAGAGATGTGATATGTATCTATCTTTATGTATTTGGGTGTTTTAT
ATCAATAATTTACTCTCTAGATCTAAAGAGATGTGATATGAAAGTGTTACGAGATATATC
TATCTAG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3DS22JQ 607 0 0
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CCAATGGTGGCCAATGAGAGGATCGAGGCAGTGGAACCGAAGAACAATATGATAAAGTTT
AGAGTACTGGAGGGAGATCTGATGAAAGAGTTCAAGAGCTTCCTATGCACGATCCAGGTG
ACCCCGAAGCAAGGAGGATCTGGAGGTGTGGTGAAATGGCGCTTGGAATACGAGAGGATT
GACGAAAACGTGGCTCCCCCGGAGTTTTTGCTCCAAGCGTGTGTCAAAACGACCAAAGGA
ATCGACGAAATGCTTTTGTCTAATGAGTAGATACTCATTGAATATCTATACACGTATCTA
TCTTTATGTATTTGAGTGTTTTATATCAATAATGTAATCTCTAGATCTAAAGAGATGTGA
TATGTATCCATCTTTATGTATTTGGGTGTTTTATATCAATAATTTACTCTCTAGATCTAA
AGAGATGTGATATGAAAGTGTTACGAGATATATCTATCTAGTTAAATAAAACTATATCTT
TATGCTT

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 3

CO CL3782Contig1 873 3 8 U
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CGCGGTTGTAGCAGCAAGGCCATGGAGAAGGTGATGAGGAATAAGGCTATGATCGAAGCT
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CTCAAAGCTGTTCGCAATGGAGAAGATAGCTTGTTCGGGTTTCTCCAGCAAAGGGACTGG
GACATTCTGATAATGGACGCACTTGTCCACGTCCCTTCTAACGATGGACCCCAACAAACC
TTGAGAATCGACATCTCTGACTTTGCTCCTCCTTCGGCTCCTACAGACTACAAACCTGCT
TCCGAATCAGAAAAGCCAGAGAAAAGCTAAGAAGAGAAAGAATGGCTACGTACGTAAGCT
TTTTGTGGATCTCCTGGCTAGAGTTTTATTCCTTTCCATGATATGTTCTTCTGTGCGACA
AGTATACCAACAAGATGTTTTGTGTACTGACAAATAAAAACATAATTCTTTTTGGTACTA
TACAAAAGTTGAATACATGACTGGTAAACTAACCAGTGCGTTTGGATGTTGAATACATTG
GTTATGCAATCAAGGGTATTTATTGTGTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EZ42TF U 56
AF RR3FR73TF U 1
AF RR3EZ42JQ C 377
BS 1 606 RR3FR73TF
BS 607 607 RR3EZ42TF
BS 608 720 RR3FR73TF
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BS 733 753 RR3FR73TF
BS 754 873 RR3EZ42JQ

RD RR3EZ42TF 628 0 0
GG
ATGTTCGCGAGGCGTCTCACTTCTGTCTTCAAACGATCTTCGACTTCAACTAGCTCGTCG
GACAAAGCAGCAGGGAAAGAAAATGGGACACTGGGATCATTTGGTCGGAAGGCAGTGTCT
TTTGTGTTGATTACAGTCACTGGCGGTGTTGCTTTGAGTGCTCTCGACGACCTTTCTATC
TATCGCGGTTGTAGCAGCAAGGCCATGGAGAAGGTGATGAGGAATAAGGCTATGATCGAA
GCTATGGGAGAGCCAATTGAGAAAGGGCCATGGTACAATGCCTCACTAGCTGTTTCTCAG
CAAAGGCACTCTGTCTCTTGTTCCTTTCCTCTGGTTGGCCCCCAAGGCACCGGAATCTTG
CATCTCAAAGCTGTTCGCAATGGAGAAGATAGCTTGTTCGGGTTTCTCCAGCAAAGGGAC
TGGGACATTCTGATAATGGACGCACTTGTCCACGTCCCTTCTAACGATGGACCCCAACAA
ACCTTGAGAATCGACATCTCTGACTTTGCTCCTCCTTCGGCTCCTACAGACTACAAACCT
GCTTCCGAATCAGAAAAGCCAGAGAAAAGCTAAGA*GAGAAAGAATGGCTACGTACGTAA
GCTTTTTGTGGATCTCCTGGCTAGAG

QA 3 628 3 628
DS 

RD RR3FR73TF 756 0 0
GGGCCCTACCAATATGCTCCGGGTCAAAAATCCTGCAAAATTCACCTGAGCTAAAATATG
TTCGCGAGGCGTCTCACTTCTGTCTTCAAACGATCTTCGACTTCAACTAGCTCGTCGGAC
AAAGCAGCAGGGAAAGAAAATGGGACACTGGGATCATTTGGTCGGAAGGCAGTGTCTTTT
GTGTTGATTACAGTCACTGGCGGTGTTGCTTTGAGTGCTCTCGACGACCTTTCTATCTAT
CGCGGTTGTAGCAGCAAGGCCATGGAGAAGGTGATGAGGAATAAGGCTATGATCGAAGCT
ATGGGAGAGCCAATTGAGAAAGGGCCATGGTACAATGCCTCACTAGCTGTTTCTCAGCAA
AGGCACTCTGTCTCTTGTTCCTTTCCTCTGGTTGGCCCCCAAGGCACCGGAATCTTGCAT
CTCAAAGCTGTTCGCAATGGAGAAGATAGCTTGTTCGGGTTTCTCCAGCAAAGGGACTGG
GACATTCTGATAATGGACGCACTTGTCCACGTCCCTTCTAACGATGGACCCCAACAAACC
TTGAGAATCGACATCTCTGACTTTGCTCCTCCTTCGGCTCCTACAGACTACAAACCTGCT
TCCGAACCAGAAAAGCCAGAGAAAAGCTAAGAAGAGAAAGAATGGCTACGTACGTAAGCT
TTTTGTGGATCTCCTGGCTAGAGTTTTATTCCTTTCCATGATATGTTCTTCTGTGCGACA
*GTATACCAC**AGATGTTTTGTGTACTGACAA
TAA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3EZ42JQ 497 0 0
GTTCCTTTCCTCTGGTTGGCCCCCAAGGCACCGGAATCTTGCATTTCAAAGCTGTTCGCA
ATGGAGAAGATAGCTTGTTCGGGTTTCTCCAGCAAAGGGACTGGGACATTTTGATAATGG
ACGCACTTGTCCACGTCCCTTCTAACGATGGACCCCAACAAACCTTGAGAATCGACATTT
TTGACTTTGCTCCTCCTTCGGCTCCTACAGACTACAAACCTGCTTCCGAATCAGAAAAGC
CAGAGAAAAGCTAAGAAGAGAAAGAATGGCTACGTACGTAAGCTTTTTGTGGATTTCCTG
GCTAGAGTTTTATTCCTTTCCATGATATGTTTTTTTGTGGGACAAGTATACCAACAAGAT
GTTTTGTGTACTGACAAATAAAAACATAATTCTTTTTGGTACTATACAAAAGTTGAATAC
ATGACTGGTAAACTAACCAGTGCGTTTGGATGTTGAATACATTGGTTATGCAATCAAGGG
TATTTATTGTGTTTGTT

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 3

CO CL3783Contig1 522 3 7 U
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GAGAGGAAGAGAAGGAGAGCTAAGAAGAAGAGAAAGTTCAAAGCTGAATCTGCAAAACAA
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TAAAAGAGTGGAGAGAGAGATACAGCCGTGCAGATACAAGGTCATAAGAGTTCAGTCAAG
AGCAGTGCATTTTGATTTATGGAAAAAAAGAATCTACTAAACAAGGCCACTAAACAAAAG
ACTACTTGAAGATTGGATAATAGCCAAGGGTTTTGCATGTCAGATATATTTGAATCTCTC
TTTTTTTTACTGTTTAAGGTGGAGAATTTTGTTAAGACAATCATGATGAAACATATGCCT
TTGACCTTGATATTTATGCACTTTTAAAGATGGGTATTTTGT


BQ
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AF RR3CA17JQ C 1
AF RR3GL82TF U 108
AF RR3CA17TF U 1
BS 1 107 RR3CA17TF
BS 108 195 RR3GL82TF
BS 196 196 RR3CA17TF
BS 197 286 RR3GL82TF
BS 287 287 RR3CA17TF
BS 288 487 RR3GL82TF
BS 488 522 RR3CA17TF

RD RR3CA17JQ 522 0 0
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CCAGAGGAAATATTTGCGGGGACAGGGAAGATTAATGATGAGTCAGAGCTTACACAGGAG
GAGAGGAAGAGAAGGAGAGCTAAGAAGAAGAGAAAGTTCAAAGCTGAATCTGCAAAACAA
CCAGTGAAGAAGGCGCGGGATACTAATACAGAGATCCAGAACTCCGGCAATGAATAATGG
TAAAAGAGTGGAGAGAGAGATACAGCCGTGCAGATACAAGGTCATAAGAGTTCAGTCAAG
AGCAGTGCATTTTGATTTATGGAAAAAAAGAATCTACTAAACAAGGCCACTAAACAAAAG
ACTACTTGAAGATTGGATAATAGCCAAGGGTTTTGCATGTCAGATATATTTGAATCTCTC
TTTTTTTTACTGTTTAAGGTGGAGAATTTTGTTAAGACAATCATGATGAAACATATGCCT
TTGACCTTGATATTTATGCACTTTTAAAGATGGGTATTTTGT

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR3GL82TF 380 0 0
GCTTACACAGGAGGAGAGGAAGAGAAGGAGAGCTAAGAAGAAGAGAAAGTTCAAAGCTGA
ATCTGCAAAACAACCAGTGAAGAAGGCGTGGGATACTAATACAGAGATCCAGAACTCCGG
CAATGAATAATGGTAAAAGAGTGGAGAGAGAGATACAGCCGTGCAGATACAAGGTCATA*
GAGTTCAGTCAAGAGCAGTGCATTTTGATTTATGGAAAAAAAGAATCTACTAAACAAGGC
CACTAAACAAAAGACTACTTGAAGATTGGATAATAGCCAAGGGTTTTGCATGTCAGATAT
ATTTGAATCTCTCTTTTTTTTACTGTTTAAGGTGGAGAATTTTGTTAAGACAATCATGAT
GAAACATATGCCTTTGACCT

QA 1 380 1 380
DS 

RD RR3CA17TF 522 0 0
GCAGCCATAGCAATGGGAGAGGTTGCGCCAGTGGCAGTGTCAGATGCAGCAATGCTTGCT
CCAGAGGAAATATTTGCGGGGACAGGGAAGATTAATGATGAGTCAGAGCTTACACAGGAG
GAGAGGAAGAGAAGGAGAGCTAAGAAGAAGAGAAAGTTCAAAGCTGAATCTGCAAAACAA
CCAGTGAAGAAGGCGCGGGATACTAATACAGAGATCCAGAACTCCGGCAATGAATAATGG
TAAAAGAGTGGAGAGAGAGATACAGCCGTGCAGATACAAGGTCATAAGAGTTCAGTCAAG
AGCAGTGCATTTTGATTTATGGAAAAAAAGAATCTACTAAACAAGGCCACTAAACAAAAG
ACTACTTGAAGATTGGATAATAGCCAAGGGTTTTGCATGTCAGATATATTTGAATCTCTC
TTTTTTTTACTGTTTAAGGTGGAGAATTTTGTTAAGACAATCATGATGAAACATATGCCT
TTGACCTTGATATTTATGCACTTTTAAAGATGGGTATTTTGT

QA 1 522 1 522
DS 



AS 1 3

CO CL3784Contig1 1015 3 9 U
GAGGCATCTCCCTCCTTTTGCTGTGCGAGCCAGTGAATCCAGGGTTGGTGTCCTCCCTAT
TGGTCTTGGCTTCCTCCGCCAATTCACCCACCCCACTATTTTTCTCAAGATCTCTTGTGA
TGGCGACTACTTGCTTCCCCTTATTGTTGCTGATTCTGCTGCTGAGAAACTATTAGACGT
ACCTCCTCTCCATGGCCCCATTGAGGAGTGCCCTGATCAGTTCCACTTTGTGTCTTCTCT
TGTCGATAAACTTGGCCATGAGGTTAAAATGGTGAAGCTTACAAGTAGAGTATTCAACAC
TTATTATGCAAGCCTATATCTCGGCAAGCCAGGAGACAATGATGTTATATGCATTGACTC
ACGGCCATCTGATGCCATCAACGTTGCAAGAGCATGCCAGGCTCCGATATATGTGAATAA
AACAATAGTCCTGGAAGATGCTATCAAGATTGGTTATGGAGGCAGACCGCAGAGCACAAA
GCCCATTTTCAATGTTATCCTTGACAGCGCTCCAGAGGGACCAGATCCCATATCGGAGGA
GCTTAAACTACTGAGGAATATGGATTTGGCGTCTAAAGAGGAAAGTTACACCGACGCAGC
GATGTGGAGAGACAGATTGAAGAAGCTTCAGAACTCGAGCTCTGTTGTATACGAGGGTGT
AGCAACTCCTGAGAGCTACGACTAGAGAAAGAATAGGAGGAAATGGATGTAGATAAAGGC
TTGGGTCAAGAGAATGCAGGTGTGATGAAAAGGGTATGGTGAGGACTCAGGAGAAATATA
AGATGCGCTTAGATTGATAGGGTATCCCTATCGCATGTAGTAAGTTTAGAGGAAGGGCGT
TGATTGTCGGTATTATGAAGAAACTAAAAGTAGACCAAAGATGAAATGAATATCCGAGGG
AAAGTGTAAAAAAAATGTAAATAGAAGAATGACGATGAATACATTTTTCTTTTTCTTTTT
GGTGTAAGTGAGTTTCTACTTTGAATGAATTGGTAAATAAGATGTTTTAAGAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E028TF U 1
AF RR3BL50TF U 192
AF RR3E028JQ C 238
BS 1 691 RR3E028TF
BS 692 739 RR3BL50TF
BS 740 740 RR3E028JQ
BS 741 770 RR3BL50TF
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BS 772 806 RR3BL50TF
BS 807 807 RR3E028JQ
BS 808 845 RR3BL50TF
BS 846 1015 RR3E028JQ

RD RR3E028TF 691 0 0
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AGCAACTCCTGAGAGCTACGACTAGAGAAAG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3BL50TF 654 0 0
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TTGGCCATGAGGTTAAAATGGTGAAGCTTACAAGTAGAGTATTCAACACTTATTATGCAA
GCCTATATCTCGGCAAGCCAGGAGACAATGGTGTTATATGCATTGACTCACGGCCATCTG
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DS 

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CTC
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ACGGCCATCTGATGCCATCAACGTTGCAAGAGCATGCCAGGCTCCGATATATGTGAATAA
AACAATAGTCCTGGAAGATGCTATCAAGATTGGTTATGGAGGCAGACCGCAGAGCACAAA
GCCCATTTTCAATGTTATCCTTGACAGCGCTCCAGAGGGACCAGATCCCATATCGGAGGA
GCTTAAACTACTGAGGAATATGGATTTGGCGTCTAAAGAGGAAAGTTACACCGACGCAGC
GATGTGGAGAGACAGATTGAAGAAGCTTCAGAACTCGAGCTCTGTTGTATACGAGGGTGT
AGCAACTCCTGAGAGCTACGACTAGAGAAAGAATAGGAGGAAATGGATGTAGATAAAGGC
TTGGGTCAAGAGAATGCAGGTGTGATGAAAAGGGTATGGTGAGGACTCAGGAGAAATATA
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AAAGTGTAAAAAAAATGTAAATAGAAGAATGACGATGAATACATTTTTCTTTTTCTTTTT
GGTGTAAGTGAGTTTCTACTTTGAATGAATTGGTAAATAAGATGTTTTAAGAGGG

QA 4 778 4 778
DS 



AS 1 3

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GCGAGCTTGTCCTTGTCGTTTATTTGGTTCTTCATGTTGTACACGTAAGTCTCGAGGCTG
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ATGGAGACAGTGGTCTGTTGGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3HB22JQ U 1
AF RR3DB71JQ U 79
AF RR3DB71TF C 79
BS 1 108 RR3HB22JQ
BS 109 111 RR3DB71JQ
BS 112 165 RR3HB22JQ
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RD RR3HB22JQ 717 0 0
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GTCTAAAACCAAAATAATACATATAAAAGGAAACAAAAGAGTTCTCTT***CTTTATCCC
TCAAAACTTTCACCAAGAGGTCTGTCTAATCAAATTAACAATAAAAACAACATTAAACAA
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CCTGGCGCACCACCTGACCTCTGATAAACGGCCGTGATGATTGGGTTACAAACTGCCTCT
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TCCAAGGCTTCTTTCGTCGCTGCCTCAATCTTCTCCTTCTCGTCACCCTCAAGTTTGTCT
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TTCCTCGCGTCGATTCTCTCCTTCACCTTCTTGTCTTCCTCTGCAAACTCCTCTGCCTCC
TTCACCATCCGGTCAATCTCTTCCTGGCTCAAACGTCCCTTCTCGTTTGTGATTGTGATC
TTCTCTGATTTACCACTTGCCTTGTCCTCTGCCTTCACGTTCAGGATACCGTTGGCGTCC
ACTTCAAAGGTAACCTCGATTTGAGGTGTTCCTCTTGGTGCTGGTGGGATTCCGGTG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3DB71JQ 726 0 0
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GGTCTGTCTAATCAAATTAACAATAAAGACAACATTAAACAACTTAGAGCTCATCGTGAG
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TGGTCC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3DB71TF 726 0 0
ACATATAAAAGGAAACAAAAGAGTTCTCT*CATCTTTATCCCTCAAAACTTTCACCAAGA
GGTCTGTCTAATCAAATTAACAATAAAGACAACATTAAACAACTTAGAGCTCATCGTGAG
ACTCATCCTCCTCTTCGGCCGCTCCTTCTCCACCCAGCACCACCTGGCGCACCACCTGAC
CTCTGATAAACGGCCGTGATGATTGGGTTACAAACTGCCTCTACTTCCTTCAACTTCTCG
TCGTACTCTTCCTTCTCTGAGTTTTGGTTCTCGTCAAGCCACTCCAAGGCTTCTTTCGTC
GCTGCCTCAATCTTCTCCTTCTCGTCACCCTCAAGTTTGTCTGCGAGCTTGTCCTTGTCG
TTTATTTGGTTCTTCATGTTGTACACGTAAGTCTCGAGGCTGTTCCTTGCGTCGATTCTC
TCCTTCACCTTCTTGTCTTCCTCTGCAAACTCCTCTGCCTCCTTCACCATCCGGTCAATC
TCTTCCTGGCTCAGACGACCCTTCTCGTTTGTGATTGTGATCTTCTCTGATTTACCACTT
GCCTTGTCCTCTGCCTTCACGTTCAGGATACCGTTGGCGTCCACTTCAAAGGTAACCTCG
ATTTGAGGTGTTCCTCTTGGTGCTGGTGGGATTCCGGTGAGGTCGAAGTTCCCGAGCAGC
CTGCAGTCCTTGGTGAGACTTCGCTCACCTTCAAAGACCTGAATGGAGACAGTGGTCTGT
TGGTCC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 3

CO CL3786Contig1 704 3 2 U
GGACAACCATCCGATCTGAGAATATGAGCGAAGAACTCGTTCAACACGAATCTCATTCTC
AGCAATCGATATTTAGTCGTTTCTTCAGAATGTTCTCTTTTATCTTCCCATTGCTGAACG
TTATAAAGATTATTATAGCTTCCGTGACCTCCTTAGTCTTCTTAGCCCCTTCTTGTGTAA
CACTCGGTGGTTCAGCCGTGGCATTAATCGTATCCGCACCAGTTTTCATCATATTTAGTC
CAATTCTCGTACCCGCCACTATTACCACTACCCTCCTAGCCAGTGGGCTCATGGCCGGTA
CCACCCTCGGACTGACCGGCATAGGTCTCATCACGGGGCTCTTTAGGACTGCAGGAGAAG
TCACATTGGCCTCAAACCCGTTACGAAGAATTATAATAAATAGAATTAAAGCAAGACTTG
GGGGTGGCGGTGGCGGCGGTTCACGTTTGGCAATTCTCAAAAAAATTCTAGGACTCGTTA
ATAAATATCGTAGCATGGCTTCAGGTGGAGCTGCAGCAGCACCAGCAGCTGCACCTGCAG
CCGAAGCAGCACCAGCAGCAGATCCAGCAGCGGCACCAGCGGCTGCACCTGCACCCACCT
GATAAAAAATGTTGGTTTATACTGTTTCAATATGTAGCATATATAAATCATGTAATGATT
AACTTAAGAATTTATGATACGGAACTAAAATAAATAGCCTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX89JQ C 19
AF RR3CX89TF U 1
AF RR3CW69TF U 7
BS 1 654 RR3CX89TF
BS 655 704 RR3CW69TF

RD RR3CX89JQ 567 0 0
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GTTTCTTCAGAATGTTCTCTTTTATCTTCCCATTGCTGAACGTTATAAAGATTATTATAG
CTTCCGTGACCTCCTTAGTCTTCTTAGCCCCTTCTTGTGTAACACTCGGTGGTTCAGCCG
TGGCATTAATCGTATCCGCACCAGTTTTCATCATATTTAGTCCAATTCTCGTACCCGCCA
CTATTACCACTACCCTCCTAGCCAGTGGGCTCATGGCCGGTACCACCCTCGGACTGACCG
GCATAGGTCTCATCACGGGGCTCTTTAGGACTGCAGGAGAAGTCACATTGGCCTCAAACC
CGTTACGAAGAATTATAATAAATAGAATTAAAGCAAGACTTGGGGGTGGCGGTGGCGGCG
GTTCACGTTTGGCAATTCTCAAAAAAATTCTAGGACTCGTTAATAAATATCGTAGCATGG
CTTCAGGTGGAGCTGCAGCAGCACCAGCAGCTGCACCTGCAGCCGAAGCAGCACCAGCAG
CAGATCCAGCAGCGGCACCAGCGGCTG

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3CX89TF 664 0 0
GGACAACCATCCGATCTGAGAATATGAGCGAAGAACTCGTTCAACACGAATCTCATTCTC
AGCAATCGATATTTAGTCGTTTCTTCAGAATGTTCTCTTTTATCTTCCCATTGCTGAACG
TTATAAAGATTATTATAGCTTCCGTGACCTCCTTAGTCTTCTTAGCCCCTTCTTGTGTAA
CACTCGGTGGTTCAGCCGTGGCATTAATCGTATCCGCACCAGTTTTCATCATATTTAGTC
CAATTCTCGTACCCGCCACTATTACCACTACCCTCCTAGCCAGTGGGCTCATGGCCGGTA
CCACCCTCGGACTGACCGGCATAGGTCTCATCACGGGGCTCTTTAGGACTGCAGGAGAAG
TCACATTGGCCTCAAACCCGTTACGAAGAATTATAATAAATAGAATTAAAGCAAGACTTG
GGGGTGGCGGTGGCGGCGGTTCACGTTTGGCAATTCTCAAAAAAATTCTAGGACTCGTTA
ATAAATATCGTAGCATGGCTTCAGGTGGAGCTGCAGCAGCACCAGCAGCTGCACCTGCAG
CCGAAGCAGCACCAGCAGCAGATCCAGCAGCGGCACCAGCGGCTGCACCTGCACCCACCT
GATAAAAAATGTTGGTTTATACTGTTTCAATATGTAGCATATATAAATCATGTA
TATACTAGAT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3CW69TF 698 0 0
GG
ATCCGATCTGAGAATATGAGCGAAGAACTCGTTCAACACGAATCTCATTCTCAGCAATCG
ATATTTAGCCGTTTCTTCAAAATGTTCTCTTTTATCTTCCCATTGCTGAACGTTATAAAG
ATTATTATAGCTTCCGTGACCTCCTTAGTCTTCTTAGCCCTTTCTTGTGTAACACTCGGT
GGTTCAGCCGTGGCATTAATCGTATCCGCACCAGTTTTCATCATATTTAGTCCAATTCTC
GTACCCGCCACTATTACCACTACCCTCCTAGCCAGTGGGCTCATGGCCGGTACCACCCTC
GGACTGACCGGCATAG*TCTCATCGCGGGGCTCTTTAGGACTGCAGGAGAAGTCACATTG
GCCTCAAACCCGTTACGAAGAATTATAATAAATAGAATTAAATCAAGACTTGGGGGTGGC
GGTGGCGGCGGTTCACGTTTGGCAATTCTCAAAAAAATTCTAGGACTCGTTAATAAATAT
CGTAGCATGGCTTCAGGTGGAGCTGCAGCAGCACCAGCAGCTGCACCTGCAGCTGAAGCA
GCACCAGCAGCAGATCCAGCAGCGGCACCAGCGGCTGCACCTGCACCCACCTGATAAAAA
ATGTTGGTTTATACTGTTTCAATATGTAGCATATATAAATCATGTAATGATTAACTTAAG
AATTTATGATACGGAACTAAAATAAATAGCCTTTTT

QA 3 698 3 698
DS 



AS 1 3

CO CL3787Contig1 1000 3 3 U
TTTTTACTTTCTCTCTCACCTTTTTTTCAAATCATACACAAAACAAAGAAACTTTCTTCA
CTGAACACATGGGAGACAGGCACCAGGACTTGAACGGCGCCTACTACGGCCCATCGATTC
CTCCGCCGAGGAAAGTCTCCCACAGCCACGGCAGAGGCGGCGGTGGATGCTGCGGCTGCA
TAGGCGACTGTCTCGGCTGCTGCGGATGCTGCATCTTGAGCGTCATCTTCAACATCCTCA
TAACCATAGCCATCATCCTAGGCATCGCCGCTCTGATCATCTGGCTAATCTTCCGACCAA
ACGCAATCAAGTTCCACGTCGCCGACGCCAAGCTCACGCAGTTCACACTCGGCGCGGACA
ACAACCTCCAGTACAGCCTCGACCTCAACTTCACGATCCGGAACCCTAACCGACGGATCG
GCGTCTACTACGACCAGATCGAGGTCACGGGATACTACGGAGACCAGCGGTTCGGTAACG
GTAACGTCGCGCCGTTTTACCAGGGGCACAAGAACACGACCGATGTTGGGAGTAAACTGT
CGGGACAGAGCTTGGTGTTGCTTAACGGCGGAGAACGGAAGAATCTGGACGAGGATCTGA
AGTCGGGGATATACAGGATCGATGCGAAGCTGAGGCTTAGGGTTAGGTTTAAGTTCGGGT
TGATCAAGTCGTGGAGGTTCAAGCCCAAGGTTAGGTGTGATCTCAAGGTTCCTCTCGGTT
CCTCTAATGTAACCAGCGGGTTTCAGTTTCAGAGGACCAAGTGTGACATTGACTTTTGAT
GCTACTAGTCAAAGTCAATGGTATTGTCTTGGAATTCTGTTTTCATTTATATGCACTTGT
TTATTTTATCTTTTAGATTGCTTATCTTCATTATTTTCGTACATGACTTTATGTGATATT
GTCGGAGAGGTATATGTTTTGTGTAATAATCTTTTAGTGTATGGTTCCATGTAAATAAAA
TAGTTTTTCTTATAAATATATGAATCATCATTTAGAATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EW47TF U 1
AF RR3EW47JQ C 255
AF RR3GP65TF U 386
BS 1 607 RR3EW47TF
BS 608 970 RR3GP65TF
BS 971 1000 RR3EW47JQ

RD RR3EW47TF 611 0 0
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CTGAACACATGGGAGACAGGCACCAGGACTTGAACGGCGCCTACTACGGCCCATCGATTC
CTCCGCCGAGGAAAGTCTCCCACAGCCACGGCAGAGGCGGCGGTGGATGCTGCGGCTGCA
TAGGCGACTGTCTCGGCTGCTGCGGATGCTGCATCTTGAGCGTCATCTTCAACATCCTCA
TAACCATAGCCATCATCCTAGGCATCGCCGCTCTGATCATCTGGCTAATCTTCCGACCAA
ACGCAATCAAGTTCCACGTCGCCGACGCCAAGCTCACGCAGTTCACACTCGGCGCGGACA
ACAACCTCCAGTACAGCCTCGACCTCAACTTCACGATCCGGAACCCTAACCGACGGATCG
GCGTCTACTACGACCAGATCGAGGTCACGGGATACTACGGAGACCAGCGGTTCGGTAACG
GTAACGTCGCGCCGTTTTACCAGGGGCACAAGAACACGACCGATGTTGGGAGTAAACTGT
CGGGACAGAGCTTGGTGTTGCTTAACGGCGGAGAACGGAAGAATCTGGACGAGGATCTGA
AGTCGGG
ATAT

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3EW47JQ 746 0 0
ATCCTAGGCATCGCCGCTCTGATCATCTGGCTAATCTTCCGACCAAACGCAATCAAGTTC
CACGTCGCCGACGCCAAGCTCACGCAGTTCACACTCGGCGCGGACAACAACCTCCAGTAC
AGCCTCGACCTCAACTTCACGATCCGGAACCCTAACCGACGGATCGGCGTCTACTACGAC
CAGATCGAGGTCACGGGATACTACGGAGACCAGCGGTTCGGTAACGGTAACGTCGCGCCG
TTTTACCAGGGGCACAAGAACACGACCGATGTTGGGAGTAAACTGTCGGGACAGAGCTTG
GTGTTGCTTAACGGCGGAGAACGGAAGAATCTGGACGAGGATCTGAAGTCGGGGATATAC
AGGATCGATGCGAAGCTGAGGCTTAGGGTTAGGTTTATGTTCGGGTTGATCAAGTCGTGG
AGGTTCAAGCCCAAGGTTAGGTGTGATCTCAAGGTTCCTCTCGGTTCCTCTAATGTAACC
AGCGGGTTTCAGTTTCAGAGGACCAAGTGTGACATTGACTTTTGATGCTACTAGTCAAAG
TCAATGGTATTGTCTTGGAATTCTGTTTTCATTTATATGCACTTGTTTATTTTATCTTTT
AGATTGCTTATCTTCATTATTTTCGTACATGACTTTATGTGATATTGTCGGAGAGGTATA
TGTTTTGTGTAATAATCTTTTAGTGTATGGTTCCATGTAAATAAAATAGTTTTTCTTATA
AATATATGAATCATCATTTAGAATGG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3GP65TF 585 0 0
G
AACTTCACGATCCGGAACCCTAACCGACGGATCGGCGTCTACTACGACCAGATCGAGGTC
ACGGGATACTACGGAGACCAGCGGCTCGGTAACGGTAACGTCGCGCCGTTTTACCAGGGG
CACAAGAACACGACCGATGTTGGGAGTAAACTGTCGGGACAGAGCTTGGTGTTGCTTAAC
GGCGGAGAACGGAAGAATCTGGACGAGGATCTGAAGTCGGGGATATACAGGATCGATGCG
AAGCTGAGGCTTAGGGTTAGGTTTAAGTTCGGGTTGATCAAGTCGTGGAGGTTCAAGCCC
AAGGTTAGGTGTGATCTCAAGGTTCCTCTCGGTTCCTCTAATGTAACCAGCGGGTTTCAG
TTTCAGAGGACCAAGTGTGACATTGACTTTTGATGCTACTAGTCAAAGTCAATGGTATTG
TCTTGGAATTCTGTTTTCATTTATATGCACTTGTTTATTTTATCTTTTAGATTGCTTATC
TTCATTATTTTCGTACATGACTTTATGTGATATTGTCGGAGAGGTATATGTTTTGTGTAA
TAATCTTTTAGTGTATGGTTCCATGTAAATAAAATAGTTTTTCT

QA 2 585 2 585
DS 



AS 1 3

CO CL3788Contig1 887 3 8 U
ATGAAGATTTTAACAGAAAATAACAGGAAATATGCACAAGAAAACTTAAGTTGTTCGTGT
TCCCCTTTCCACGTTATAGTTTTGCTCTGCAAACTCTGCAAAGTAGATAATAAACGTAGA
ACCCAAAATCCATCTCACATCTCTTTAATTCTTAACACCAAATTTATTTCTACAAAGACA
TTATTGAATCTTCCTCCTGTAAAGAAGACACTTAGAGTTCTATTTCTTTGTCAAAGATGT
CCCAGCCATCTTCCAGGAGCTCCTTACGTTCGTCCTCTTTTTCCTCGTTAACCGAAGCTT
CTTCTGGGCTCTTGCTGTTGCCTGAGGATTCAGGTGCTTCATAAGATAGGTCAAGCGGCT
TCTCAAGCAACAAGCTCTTCATGGATGATACAGAAGAAGCTAGCTTACAGCTTGTCTGGC
TTGAGGTGATTGATTGGCTCAACGGCACACCATTGTCGAATTTCTCTTTCAAGAGCCGGA
TGTCTTTACAGATCACATAGATTTCTCCTTGTAAAGAATCAACAATCCGACCACGCTCCA
TAAGGAACTCTCGCAGCTTGGAATTTTCCTCTGCCTCCTTCTGTAGAAGCTTTGATTCTT
GGACAACCTTATCCATGATTGCTTCCTGTTCAGCAAGTTCCTTGCGTGCGGCACCTTCTT
TCTCTTGGATCTATTTCTCAGCAGCATTTTTAATCTCCAGGGCTGCAGCCAGTCTCACTC
CGAGGACTCCACGCATCTCATCAAGAACAGAAAGAGACTTGTCACGTTGTCTGATAAGTT
GAGCAAACGGTTTTCAAGCTCATTTACTTCAGTTGCCAAAACTGACCTCTCCCAATAGAC
TTCTCCGGCATCCATGTCGTTTCCCTCCTTGGCATGTGCAAGATCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP01JQ U 1
AF RR3GE63JQ U 80
AF RR3DD40JQ U 113
BS 1 484 RR3EP01JQ
BS 485 485 RR3GE63JQ
BS 486 625 RR3EP01JQ
BS 626 626 RR3DD40JQ
BS 627 672 RR3GE63JQ
BS 673 673 RR3DD40JQ
BS 674 762 RR3GE63JQ
BS 763 887 RR3DD40JQ

RD RR3EP01JQ 629 0 0
ATGAAGATTTTAACAGAAAATAACAGGAAATATGCACAAGAAAACTTAAGTTGTTCGTGT
TCCCCTTTCCACGTTATAGTTTTGCTCTGCAAACTCTGCAAAGTAGATAATAAACGTAGA
ACCCAAAATCCATCTCACATCTCTTTAATTCTTAACACCAAATTTATTTCTACAAAGACA
TTATTGAATCTTCCTCCTGTAAAGAAGACACTTAGAGTTCTATTTCTTTGTCAAAGATGT
CCCAGCCATCTTCCAGGAGCTCCTTACGTTCGTCCTCTTTTTCCTCGTTAACCGAAGCTT
CTTCTGGGCTCTTGCTGTTGCCTGAGGATTCAGGTGCTTCATAAGATAGGTCAAGCGGCT
TCTCAAGCAACAAGCTCTTCATGGATGATACAGAAGAAGCTAGCTTACAGCTTGTCTGGC
TTGAGGTGATTGATTGGCTCAACGGCACACCATTGTCGAATTTCTCTTTCAAGAGCCGGA
TGTCATTACAGATCACATAGATTTCTCCTTGTAAAGAATCAACAATCCGACCACGCTCCA
TAAGGAACTCTCGCAGCTTGGAATTTTCCTCTGCCTCCTTCTGTAGAAGCTTTGATTCTT
GGACAACCTTATCCATGATTGCTTC
CTGT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3GE63JQ 683 0 0
TTTTGCTCTGCAAACTCTGCAAAGTAGATAATAAACGTAGAACCCAAAATACATCTCACA
TCTCTTTAATTCTTAACACCAAATTTATTTCTACAAAGACATTATTGAATCTTCCTCCTG
TAAAGAAGACACTTAGAGTTCTATTTCTTTGTCAAAGATGTCCCAGCCATCTTCCAGGAG
CTCCTTACGTTCGTCCTCTTTTTCCTCGTTAACCGAAGCTTCTTCTGGGCTCTTGCTGTT
GCCTGAGGATTCAGGTACTTCATAAGATAGGTCAAGCGGCTTCTCAAGCAACAAGCTCTT
CATGGATGATACAGAAGAAGCTAGCTTACAGCTTGTCTGGCTTGAGGTTATTGATTGGCT
CAACGGCACACCATTGTCGAATTTCTCTTTCAAGAGCCGGATGTCTTTACAGATCACATA
GATTTCTCCTTGTAAAGAATCAACAATCCGACCACGCTCCATAAGGAACTCTCGCAGCTT
GGAATTTTCCTCTGCCTCCTTCTGTAGAAGCTTTGATTCTTGGACAACCTTATCCATGAT
TGCTTCTTGTTCAGCAAGTTCCTTGCGTGCGGCACCTTCTTTCTCTTGGATCTCTTTCTC
AGCAGCATTTTTAATCTCCAGGGCTGCAGCCAGTCTCACTCCGAGGACTCCACGCATCTC
ATCAAGAACAGAAAGAGACTTGT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3DD40JQ 775 0 0
AACGTAGAACCCAAAATCCATCTCACATCTCTTTAATTCTTAACACCAAATTTATTTCTA
CAAAGACATTATTGAATCTTCCTCCTGTAAAGAAGACACTTAGAGTTCTATTTCTTTGTC
AAAGATGTCCCAGCCATCTTCCAGGAGCTCCTTACGTTCGTCCTCTTTTTCCTCGTTAAC
CGAAGCTTCTTCTGGGCTCTTGCTGTTGCCTGAGGATTCAGGTGCTTCATAAGATAGGTC
AAGCGGCTTCTCAAGCAACAAGCTCTTCATGGATGATACAGAAGAAGCTAGCTTACAGCT
TGTCTGGCTTGAGGTGATTGATTGGCTCAACGGCATACCATTGTCGAATTTCTCTTTCAA
GAGCCGGATGTCTTTACAGATCACATAGATTTCTCCTTGTAAAGAATCAACAATCCGACC
ACGCTCCATAAGGAACTCTCGCAGCTTGGAATTT*CCTCTGCCTCCTTCTGTAGAAGCTT
TGATTCTTGGACAACCTTATCCATGATTGCTTCCTGTTCAGCAAGTTCCTTGCGTGCGGC
ACCTTCTTTCTCTTGGATCTATTTCTCAGCAGCATTTTTAATCTCCAGGGCTGCAGCCAG
TCTCACTTCGAGGACTCCACGCATCTCATCAAGAACAGAAAGAGACTTGTCACGTTGTCT
GATAAGTTGAGCAAACGGTTTTCAAGCTCATTTACTTCAGTTGCCAAAACTGACCTCTCC
CAATAGACTTCTCCGGCATCCATGTCGTTTCCCTCCTTGGCATGTGCAAGATCTT

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 3

CO CL3789Contig1 617 3 5 U
GGGCTGTTTACAGAGAGTCGCATCGAGGTTCTGATCTTAGGAAGCAGCAGAAATGGCGGT
ACCGTTGCTAACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTGCCAAGTTCATCAGACCCCAGAG
CGACCGTAGAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCAAGGGT
TAGGAGAAAGTTCAAGGGTGTGACATTGATGCCCAATGTGGGTTACGGATCAGACAAGAA
GACACGTCACTACTTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTCGTCGTGCACAACACGAGTGACCT
CGAGCTGCTGATGATGCACAACAGGACGTACTGCGCGGAGATTGCCCACAACGTTTCGAC
AAAGAAGAGGAAGGCTATTGTGGAGAGAGCTTCGCAGTTGGATATTGTTGTTACCAATAG
GCTTGCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGAAGCAAAGGCGTTTGAAATATTAA
GTTTGTTTCTGGTTTGTTTGCATTTCTCTTTTTGTAAGACGATTTTTGTTTACTGTTTGT
GTTTGCAATCTACAAACATGAGTTTTGGTATCAGACAAACATTGCTAAGACCGTTCCTAT
ACTATTTCAGTTTTAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EX55TF U 12
AF RR3BS61JQ C 1
AF RR3BS61TF U 1
BS 1 12 RR3BS61TF
BS 13 253 RR3EX55TF
BS 254 254 RR3BS61TF
BS 255 550 RR3EX55TF
BS 551 617 RR3BS61TF

RD RR3EX55TF 539 0 0
G
GAGAGTCGCATCGAGGTTCTGATCTTAGGAAGCAGCAGAAATGGCGGTACCGTTGCTAAC
GAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTGCCAAGTTCATCAGACCCCAGAGCGACCGTAGAAT
CACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCAAGGGTTAGGAGAAAGTT
CAAGGGTGTGACATTGATGCCCAATGTGGGTTACGGATCAGACAAGAAGACACGTCACTA
CCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTCGTCGTGCACAACACGAGTGACCTCGAGCTGCTGAT
GATGCACAACAGGACGTACTGCGCGGAGATTGCCCACAACGTTTCGACAAAGAAGAGGAA
GGCTATTGTGGAGAGAGCTTCGCAGTTGGATATTGTTGTTACCAATAGGCTTGCTAGGCT
CCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGAAGCAAAGGCGTTTGAAATATTAAGTTTGTTTCTGG
TTTGTTTGCATTTCTCTTTTTGTAAGACGATTTTTGTTTACTGTTTGTGTTTGCAATC

QA 2 539 2 539
DS 

RD RR3BS61JQ 617 0 0
GGGCTGTTTACAGAGAGTCGCATCGAGGTTCTGATCTTAGGAAGCAGCAGAAATGGCGGT
ACCGTTGCTAACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTGCCAAGTTCATCAGACCCCAGAG
CGACCGTAGAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCAAGGGT
TAGGAGAAAGTTCAAGGGTGTGACATTGATGCCCAATGTGGGTTACGGATCAGACAAGAA
GACACGTCACTACTTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTCGTCGTGCACAACACGAGTGACCT
CGAGCTGCTGATGATGCACAACAGGACGTACTGCGCGGAGATTGCCCACAACGTTTCGAC
AAAGAAGAGGAAGGCTATTGTGGAGAGAGCTTCGCAGTTGGATATTGTTGTTACCAATAG
GCTTGCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGAAGCAAAGGCGTTTGAAATATTAA
GTTTGTTTCTGGTTTGTTTGCATTTCTCTTTTTGTAAGACGATTTTTGTTTACTGTTTGT
GTTTGCAATCTACAAACATGAGTTTTGGTATCAGACAAACATTGCTAAGACCGTTCCTAT
ACTATTTCAGTTTTAGC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3BS61TF 617 0 0
GGGCTGTTTACAGAGAGTCGCATCGAGGTTCTGATCTTAGGAAGCAGCAGAAATGGCGGT
ACCGTTGCTAACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCTGCCAAGTTCATCAGACCCCAGAG
CGACCGTAGAATCACCGTCAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGATTCAAGGGT
TAGGAGAAAGTTCAAGGGTGTGACATTGATGCCCAATGTGGGTTACGGATCAGACAAGAA
GACACGTCACTACTTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTCGTCGTGCACAACACGAGTGACCT
CGAGCTGCTGATGATGCACAACAGGACGTACTGCGCGGAGATTGCCCACAACGTTTCGAC
AAAGAAGAGGAAGGCTATTGTGGAGAGAGCTTCGCAGTTGGATATTGTTGTTACCAATAG
GCTTGCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGAAGCAAAGGCGTTTGAAATATTAA
GTTTGTTTCTGGTTTGTTTGCATTTCTCTTTTTGTAAGACGATTTTTGTTTACTGTTTGT
GTTTGCAATCTACAAACATGAGTTTTGGTATCAGACAAACATTGCTAAGACCGTTCCTAT
ACTATTTCAGTTTTAGC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3791Contig1 790 3 12 U
GGGTTTCCGACCAGAATCTCGTAACCGAAGCCAAACTCTACCGAATCTCGCCCACTACTA
ACTTGTTGTCCTAATCGAAGTTAAGTTGGAGAAGAACAAGAAACACCAGGGGGAATTAGA
TCGTAGGGAGAAGGAAGGAGGAAGATGGGAGATATTTGGGCATGGCTTATATCCTTCTTC
TTCCTCATCGCTCTTGTCGGAATCATCGTCTATCAGCTTGTTTGCTTAGCGGATCTTGAG
TTTGATTACATAAACCCTTACGACTCTGCATCGAGGATAAACTCCGTGGTTTTACCGGAG
TTCATTGTACAAGGAGTTCTATGTGTATTCTATCTCTTGACAGGACACTGGTTCATGGCA
CTCCTATGCCTTCCTTATCTCTACTACAACTTCCAACTCTACTCGAAGCGACAACACTTG
GTAGATGTGACAGAGATATTCAATTTGCTTAACTGGGAAAAGAAGAAACGGCTGTTCAAG
CTTGCTTACATAGTCCTTAACCTCTTTCTTACTATCTTCTGGATGATTTATTCAGCACTG
GATGATCATGATGACTGATTGAGTACAAGACGCTGTTCATTATTTCGGTCTCTTTCCATC
TGATTAAACACCCATGGTCGAGGACATGAAATGAACAAAGTGTTTGTTGTTGTTGATACC
AGTTTGGTGTTTGTAAGAATAGTGCCTGAAAGATTTGTGTATTTCTTTTTTTCCTTTCTT
TTTAGAAACATTTTTTTCAGACAAGAAGTCGGAAGTTCAAAGTGCCTTGTTGTCTCATTT
AACCAAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3D886TF U 1
AF RR3GD96TF U 71
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G
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QA 2 701 2 701
DS 



AS 1 3

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TATATAATATATAGTTCTCTTGTTTTAGACTGGTTTATGAGTCTATTTTCTGAAACGTTA
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BQ
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AF RR3AR77TF U 1
AF RR3B020TF U 1
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QA 1 820 1 820
DS 

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ATCTTCAGAGCCTTTCAGACTCAACTCGTATCATATTTCTAAGTTGCCCTCCAGTGGACG
AAGCCAAAGTTCGTCAAAACCAGAGCCCATATTTGAGCGAGGTAATCCGCACAAACGAGC
TATGCAAGACGTATTCAGACGCTTGTGTGGAGCTGTGCAAAGAGCTCGGCTTACAAGTAG
TTGATCTCTACTCTGCTTTTCAGAAAGCAGATGACTGGGAAAACCGTTTGCTTCACAGAT
GGGATTCATTTGTCGGCACAAGGAAGCAAACTTGTAGCTGCAGAGATACTGAGAGTGGTT
AAAGAAGCGGAGTGGAGACCTTCGCTTCACTGGAAATCGATGCCGACAGAATTCTCTGAG
GACTCTCCTTATGATCTTGTTGCAGCAGATGGCAAAACGACGTTGA
CT

QA 1 826 1 826
DS 

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CGTC
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AGACGCTTGTGTGGAGCTGTGCAAAGAGCTCGGCTTACAAGTAGTTGATCTCTACTCTGC
TTTTCAGAAAGCAGATGACTGGGAAAACCGTTTGCTTCACAGATGGGATTCATTTGTCGG
CACAAGGAAGCAAACTTGTAGCTGCAGAGATACTGAGAGTGGTTAAAGAAGCGGAGTGGA
GACCTTCGCTTCACTGGAAATCGATGCCGACAGAATTCTCTGAGGACTCTCCTTATGATC
TTGTTGCAGCAGATGGCAAAACGACGTTGAACTCTTCCGAGTGGACGTACTTCTGGGGAG
AACAATGGGAGTAACAGCACACACAACAACGAATATAAAACCTTTATATAATATATAGTT
CTCTTGTTTTAGACTGGTTTATGAGTCTATTTTCTGAAACGTTATTATTTCTTCATGCTT
GAGTAGTTTCTTGAATCTATCTTCTTTTCCG

QA 5 635 5 635
DS 



AS 1 3

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CAAAGATCATAAATCCATAAATGTTTCCAATATAACAAGAGACAAATAGATAACTTGGGA
GTGAAACAACTAGTTAGCTGGAACTATGCCTTTGAGGAAGTTCTTGCAAATCGTCTCCAA
AAGTTTCCTGTCAGCTCCCTTATTATCCATCGATGCCTTTGCCGCATCAGCCATTTCTTG
CTTGATGAAGCCAAGACGAAAAACACGATCTACGATCTCGAAGAGAATCTCTTTGTTATA
CTCGGGATGTCCTTGAATACAGAACAAATGATCTTCTATGGAGAACATCTCCACCTCGTA
CTTGTCTGAATAAGCTAGTACTTTGGCACCTTCCGGCAACACCAACACCTCATCCTGGTG
TAGTTTTATGATGGATATGCTGTCTGGAATCTCGTCTCCGAAGTAGCTTCCTGGTGTGAT
TGCATCCTTGACGATGGTTATCTTTCCAAGTGTAAGCTCTGGTCCCTTCCTTGCTCTTCC
AACTGTTCCTCCTCTAACTCTGGCTATGATCTGGTGACCGAAGCAGATGCCAAGAACTTT
CTTCTTCATCTCATCAAGTTTCTTGACGATCTCGCATAGCTTAAGGATCCACTCATCATT
CTCAAAAGAATCATGAGAGCTTCCACTGATAACGAAGCCATCGTACTTCTCAAGATCTTT
CTCGTCGGGGAACTCGCCTTCCACGACCCTAAACGAGTCCCAGTGCTCTCCCTCGTCTCC
GAACGTCTCCACGAACACGTTGTGGTACCCTCCGTACGCTTTCTTAACGAACTCTGAATC
AGGAGTCGCTAGAAACAGAGCGAACTTCTTCTGGTCAACCATTTCTTTTACCGGCTGAAA
ATAAACACAAAGAGAAGTTGATTACGTGAGAGAGATAAGGAGAGAGAGAGAGGGAGACAA
GGAGCAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CT79JQB U 1
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QA 1 820 1 820
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GG
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AATGTTTCCAATATAACAAGAGCCAAATAGATAACTTGGGAGTGAAACAACTAGTTAGCT
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TTATTATCCATCGATGCCTTTGCCGCATCAGCCATTTCTTGCTTGATGAAGCCAAGACGA
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CAGAACAAATGATCTTCTATGGAGAACATCTCCACCTCGTACTTGTCTGAATAAGCTAGT
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QA 3 774 3 774
DS 

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AAGCTCTGGTCCCTTCCTTGCTCTTCCAACTGTTCCTCCTCTAACTCTGGCTATGATCTG
GTGACCGAAGCAGATGCCAAGAACTTTCTTCTTCATCTCATCAAGTTTCTTGACGATCTC
GCATAGCTTAAGGATCCACTCATCATTCTCAAAAGAATCATGAGAGCTTCCACTGATAAC
GAAGCCATCGTACTTCTCAAGATCTTTCTCGTCGGGGAACTCGCCTTCCACGACCCTAAA
CGAGTCCCAGTGCTCTCCCTCGTCTCCGAACGTCTCCACGAACACGTTGTGGTACCCTCC
GTACGCTTTCTTAACGAACTCTGAATCAGGAGTCGCTAGAAACAGAGCGAACTTCTTCTG
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GATAAGGAGAGAGAGAGAGGGAGACAAGGAGCAATCC

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 3

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GTAGCTTTCTCTTCCTCAATGGCCACTCGTCTTCAGTTTGAGAACAACTGTGAAGTTGGT
GTCTTTTCAAAACTCACCAACGCCTATTGCTTAGTCGCTATTGGAGGCTCTGAGAACTTC
TACAGTGCTTTTGAGTCGGAGTTAGCTGATGTTATCCCTATCGTTAAAACCTCTATTGGT
GGAACACGAATCATTGGTCGTCTCTGTGCTGGAAACAAGAATGGCCTTCTTGTGCCTCAT
ACAACTACTGACCAAGAGCTTCAGCACTTGAGGAACAGTCTACCTGATTCAGTTGTTGTC
CAGAGAATCGAGGAACGTCTGCCTGCTCTTGGAAACTGCATTGCCTGCAATGACCATGTT
GCTCTTGCTCACACCGATCTTGACAAGGAAACTGAGGAGATAATAGCAGATGTTCTCGGT
GTTGAAGTTTTCCGTCAGACAATTGCAGGCAACATTCTTGTGGGCAGTTACTGTGCCTTG
TCCAACAGAGGTGGAATTGTCCATCCTCACACCTCAGTGGAAGACTTGGACGAACTATTA
ACACTTCTTCAAGTCCCTCTAGTTGCAG*AACCGTGAACCGTGGTAGTGAAGTCATAGGC
GCTGGTATGACGGTTAATGACTGGACTGCTTTCTGCGGGTCAGACACAACCGCAACAGAG
CTCTCTGTTATTGACAGCATCTTCAAGCTAAAGGGAAGCCCAGCCCAGCTCCATTGTCGA
CGAGATGAGGAAGTCTCTGATCGATACCTACGTTTAAATTTTGCTTTGTTTGGATGACAT
TACACAAGAACATCATCCAACGAATGTCGCAATGCCATAAAATTTTCATCTTTTTGTGGT
CTCCTGAATGAAACATCTCTTTATGTTTTGTTGAATCCTATCCATGAAAAAGAAAAATCA
AACAATCTTTTAATTTGGGGGTC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3D658TF U 2
AF RR3AJ06TF U 1
AF RR3D658JQ C 205
BS 1 381 RR3AJ06TF
BS 382 382 RR3D658TF
BS 383 598 RR3AJ06TF
BS 599 599 RR3D658TF
BS 600 629 RR3AJ06TF
BS 630 630 RR3D658TF
BS 631 846 RR3AJ06TF
BS 847 849 RR3D658JQ
BS 850 876 RR3AJ06TF
BS 877 877 RR3D658JQ
BS 878 881 RR3AJ06TF
BS 882 883 RR3D658JQ
BS 884 915 RR3AJ06TF
BS 916 983 RR3D658JQ

RD RR3D658TF 731 0 0
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TAGCTTTCTCTTCCTCAATGGCCACTCGTCTTCAGTTTGAGAACAACTGTGAAGTTGGTG
TCTTTTCAAAACTCACCAACGCCTATTGCTTAGTCGCTATTGGAGGCTCTGAGAACTTCT
ACAGTGCTTTTGAGTCGGAGTTAGCTGATGTTATCCCTATCGTTAAAACCTCTATTGGTG
GAACACGAATCATTGGTCGTCTCTGTGCTGGAAACAAGAATGGCCTTCTTGTGCCTCATA
CAACTACTGACCAAGAGCTTCAGCACTTGAGGAACAGTCTACCTGATTCAGTTGTTGTCC
AGAGAATCGAGGAACGTCTGCCTGCTCTTGGAAACTGCATTGCCTGCAATGACCATGTTG
CTCTTGCTCACACCGATCTTGACAAGGAAACTGAGGAGATAATAGCAGATGTTCTCGGTG
TTGAAGTTTTCCGTCAGACAATTGCAGGCAACATTCTTGTGGGCAGTTACTGTGCCTTGT
CCAACAGAGGTGGAATTGTCCATCCTCACACCTCAGTGGAAGACTTGGACGAACTATTAA
CACTTCTTCAAGTCCCTCTAGTTGCAG*AACCGTGAACCGTGGTAGTGAAGTCATAG*CG
CTGGTATGACGGTTA*TGACTGGACTGCTTTCTGCGGGTCAGACACAACCGCA*CAGAGC
TCTCTGT
ATTG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3AJ06TF 915 0 0
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GTAGCTTTCTCTTCCTCAATGGCCACTCGTCTTCAGTTTGAGAACAACTGTGAAGTTGGT
GTCTTTTCAAAACTCACCAACGCCTATTGCTTAGTCGCTATTGGAGGCTCTGAGAACTTC
TACAGTGCTTTTGAGTCGGAGTTAGCTGATGTTATCCCTATCGTTAAAACCTCTATTGGT
GGAACACGAATCATTGGTCGTCTCTGTGCTGGAAACAAGAATGGCCTTCTTGTGCCTCAT
ACAACTACTGACCAAGAGCTTCAGCACTTGAGGAACAGTCTACCTGATTCAGTTGTTGTC
CAGAGAATCGAGGAACGTCTGTCTGCTCTTGGAAACTGCATTGCCTGCAATGACCATGTT
GCTCTTGCTCACACCGATCTTGACAAGGAAACTGAGGAGATAATAGCAGATGTTCTCGGT
GTTGAAGTTTTCCGTCAGACAATTGCAGGCAACATTCTTGTGGGCAGTTACTGTGCCTTG
TCCAACAGAGGTGGAATTGTCCATCCTCACACCTCAGTGGAAGACTTGGACGAACTATCA
ACACTTCTTCAAGTCCCTCTAGTTGCAG*CACCGTGAACCGTGGTAGTGAAGTCATAGGC
GCTGGTATGACGGTTAATGACTGGACTGCTTTCTGCGGGTCAGACACAACCGCAACAGAG
CTCTCTGTTATTGACAGCATCTTCAAGCTAAAGGGAAGCCCAGCCCAGCTCCATTGTCGA
CGAGATGAGGAAGTCTCTGATCGATACCTACGTTTAAATTTTGCTTTGTTTGGATGACAT
TACACA**GACATCATCCAACGAATGTCGCAATGCCGTAAA**TTTCATCTTTTTGTGGT
CTCCTGAATGAAACA

QA 1 915 1 915
DS 

RD RR3D658JQ 779 0 0
GCTGATGTTATCCCTATCGTTAAAACCTCTATTGGTGGAACACGAATCATTGGTCGTCTC
TGTGCTGGAAACAAGAATGGCCTTCTTGTGCCTCATACAACTACTGACCAAGAGCTTCAG
CACTTGAGGAACAGTCTACCTGATTCAGTTGTTGTCCAGAGAATCGAGGAACGTCTGCCT
GCTCTTGGAAACTGCATTGCCTGCAATGACCATGTTGCTCTTGCTCACACCGATCTTGAC
AAGGAAACTGAGGAGATAATAGCAGATGTTCTCGGTGTTGAAGTTTTCCGTCAGACAATT
GCAGGCAACATTCTTGTGGGCAGTTACTGTGCCTTGTCCAACAGAGGTGGAATTGTCCAT
CCTCACACCTCAGTGGAAGACTTGGACGAACTATTAACACTTCTTCAAGTCCCTCTAGTT
GCAGGAACCGTGAACCGTGGTAGTGAAGTCATAGGCGCTGGTATGACGGTTAATGACTGG
ACTGCTTTCTGCGGGTCAGACACAACCGCAACAGAGCTCTCTGTTATTGACAGCATCTTC
AAGCTAA*GGGAAGCCCAGCCCAGCTCCATTGTCGACGAGATGAGGAAGTCTCTGATCGA
TACCTACGTTTAAATTTTGCTTTGTTTGGATGACATTACACAAGAACATCATCCAACGAA
TGTCGCAATGCCATAAAATTTTCATCTTTTTGTGGTCTCCTGAATGAAACATCTCTTTAT
GTTTTGTTGAATCCTATCCATGAAAAAGAAAAATCAAACAATCTTTTAATTTGGGGGTC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

CO CL3795Contig1 1039 2 4 U
GCAACACCGATGGAACTTCACAGTAGTAAGAGTTACCAAGAAGTTCCAAATTCCCTTGAG
CGGTCACGCACGCTTCCACCACCAATGGAACTTCATGGTGGGAGGAGTTGTTACCAAGAA
GGAGCTATGGATGATACCCGGGTCGCTGCTAAGGATTCATCATCTCAAATTGACGCTTCG
AGATTCGCTGCACAAAACGCGTATCCTTACTATATGCATGGGGTCATGAACCAAGTTATG
ATGCAATCAGCAGGCATGATGCCTCAGTATGGTCATCAACATCCTCATTGCCCACCTAAT
CATCTGAATGGAATGACAGGGTTTCCTTATTACCACCACCACCCCATGAACACATCGTTA
CAGCACAGTCAGATGTCACAGAATGGTCAGGTGCCTTTACAGAATGGTCAGATGCCTATG
GTCCATCATCATCATCATCATTCTTGGCCACAGACACAGATAGGAAACCACCCGTCTCCT
AACGAGGTGAGAGTGACTAAACTTGACAGAAGAGAGGAAGCTTTGCTTAAATTTAGACGT
AAAAGGAACCAAAGGTGTTTTGATAAGAAGATTAGGTATGTGAATAGGAAGCGGCTTGCT
GAGAGGAGACCACGTGTTAAGGGTCAGTTTGTTAGGAAAATGAACGGCGTGAATGTTGAC
TTGAACGGGCAGCCTGAGCCTGACTCTGCTGACTATGATGACGAGGAAGAGGAGGACGAA
GAAGAAGAAGAGAATCGAGACTCGTCTCCTCAGGATGATGCTCTTGGAACTTGAGAAAAC
ATGGGAGAGAACTGAAAACCGTGTTTGGTTTTATATCTCGAGAATGATGCGCTGCTACAG
CCAAAAACACTGGATATGTACTTCATTTGCAAGGGAAATAATGTGCTCAGCTTTGGCAGA
GCATTGAAAATCACTATGTTTAGTTCGTTTATAAACATAAGATGTGCTTGATCATGTTCA
GTGAGTTATGTATAAACCCTTTTTTCTCCTTCCAGCAATTTTCTTGAATTTTATTTTTCA
TGTGTTCCCCGTCTGTTTT


BQ
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AF RR3H493TF U 1
AF RR3H493JQ C 315
BS 1 639 RR3H493TF
BS 640 640 RR3H493JQ
BS 641 716 RR3H493TF
BS 717 1039 RR3H493JQ

RD RR3H493TF 719 0 0
GCAACACCGATGGAACTTCACAGTAGTAAGAGTTACCAAGAAGTTCCAAATTCCCTTGAG
CGGTCACGCACGCTTCCACCACCAATGGAACTTCATGGTGGGAGGAGTTGTTACCAAGAA
GGAGCTATGGATGATACCCGGGTCGCTGCTAAGGATTCATCATCTCAAATTGACGCTTCG
AGATTCGCTGCACAAAACGCGTATCCTTACTATATGCATGGGGTCATGAACCAAGTTATG
ATGCAATCAGCAGGCATGATGCCTCAGTATGGTCATCAACATCCTCATTGCCCACCTAAT
CATCTGAATGGAATGACAGGGTTTCCTTATTACCACCACCACCCCATGAACACATCGTTA
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GTCCATCATCATCATCATCATTCTTGGCCACAGACACAGATAGGAAACCACCCGTCTCCT
AACGAGGTGAGAGTGACTAAACTTGACAGAAGAGAGGAAGCTTTGCTTAAATTTAGACGT
AAAAGGAACCAAAGGTGTTTTGATAAGAAGATTAGGTATGTGAATAGGAAGCGGCTTGCT
GAGAGGAGACCACGTGTTAAGGGTCAGTTTGTTAGGAAA*TGAACGGCGTGAATGTTGAC
TTGAACGGGCAGCCTGAGCCTGACTCTGCTGACTATGATGACGAGGAAGAGGAGGA
CGA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3H493JQ 725 0 0
GACAGGGTTTCCTTATTACCACCACCACCCCATGAACACATCGTTACAGCACAGTCAGAT
GTCACAGAATGGTCAGGTGCCTTTACAGAATGGTCAGATGCCTATGGTCCATCATCATCA
TCATCATTCTTGGCCACAGACACAGATAGGAAACCACCCGTCTCCTAACGAGGTGAGAGT
GACTAAACTTGACAGAAGAGAGGAAGCTTTGCTTAAATTTAGACGTAAAAGGAACCAAAG
GTGTTTTGATAAGAAGATTAGGTATGTGAATAGGAAGCGGCTTGCTGAGAGGAGACCACG
TGTTAAGGGTCAGTTTGTTAGGAAAATGAACGGCGTGAATGTTGACTTGAACGGGCAGCC
TGAGCCTGACTTTGCTGACTATGATGACGAGGAAGAGGAGGACGAAGAAGAAGAAGAGAA
TCGAGACTCGTCTCCTCAGGATGATGCTCTTGGAACTTGAGAAAACATGGGAGAGAACTG
AAAACCGTGTTTGGTTTTATATCTCGAGAATGATGCGCTGCTACAGCCAAAAACACTGGA
TATGTACTTCATTTGCAAGGGAAATAATGTGCTCAGCTTTGGCAGAGCATTGAAAATCAC
TATGTTTAGTTCGTTTATAAACATAAGATGTGCTTGATCATGTTCAGTGAGTTATGTATA
AACCCTTTTTTCTCCTTCCAGCAATTTTCTTGAATTTTATTTTTCATGTGTTCCCCGTCT
GTTTT

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 3

CO CL3796Contig1 480 3 2 U
GGAAAACACCATTAGTTCATTATCTAAGATGAAAAATCATTTTCGATCTTCGCTTATTGT
CGTGCTCGCAATTCTTTTGCTTGGAGTACTGGCGAGTGCTCGAAGAAGGGGAGGAACTGC
TCCAAGGGGGGGAGGAATTGCTCAAAACAAGGGAGGAATGAAAAAACCTTGTATTGAACA
ATACCCAAACACAGATGGAAAATGTGATATCAAACAATGTAAAGCCGAATGTGCCAGAAA
GAGGAAACAAGGGCTAGGTCGTTGCATGGATACAGGCGGAGGAATTATGCAATGCAGATG
CGATTATATCTGTCCCTGATTTTTGACTACGCTGAAATTCAAATAAATATAATATACTAT
AGTATTACGCCTTTATCGATGAAATAATTACAATATTAATAATGTGTTGGTGCTTGTTGC
TTAATAAGGTGTACTCAATAAGGTGTACTATGTTACCAAATATAAATAACAAATTCTCAT


BQ
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AF RR3AA69JQ C 1
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BS 468 480 RR3BZ16TF

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DS 

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TCCAAGGGGGGGAGGAATTGCTCAAAACAAGGGAGGAATGAAAAAACCTTGTATTGAACA
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QA 1 467 1 467
DS 

RD RR3BZ16TF 480 0 0
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CGTGCTCGCAATTCTTTTGCTTGGAGTACTGGCGAGTGCTCAAAGAAGGGGAGGAACTGC
TCCAAGGGGGGGAGGAATTGCTCAAAACAAGGGAGGAATGAAAAAACCTTGTATTGAACA
ATACCCAAACACAGATGGAAAATGTGATATCAAACAATGTAAAGCCGAATGTGCCAGAAA
GAGGAAACAAGGGCTAGGTCGTTGCATGGATACAGGCGGAGGAATTATGCAATGCAGATG
CGATTATATCTGTCCCTGATTTTTGACTACGCTGAAATTCAAATAAATATAATATACTAT
AGTATTACGCCTTTATCGATGAAATAATTACAATATTAATAATGTGTTGGTGCTTGTTGC
TTAATAAGGTGTACTCAATAAGGTGTACTATGTTACCAAATATAAATAACAAATTCTCAT

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 3

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ATCATTTTCATACATTACTGGTAATTTAGTAAAACAAAAACACAATCAATGAAGCGGTCT
GCAAATGTTTTTTTTTTTCTTAGTGTTTTCAAAGAAGAGCAAATTTGAGAGACTTTGTGA
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CAAGGTAAATAAACCCTTCTGATGCTTCAACAATTCGCTTCATCCTCTCTGTTGGTGTGG
TTGGTGTAGTGAGTAGGACCAGTTCAATGCCGTTGCTAAGTGCTCCTTCTCTCAGCAACT
CAGTTTCCTCAAGCGGAACATCAGGAACCACAAGCCCTTGCACACCAACATCTCTTATAC
TGGACATGAACTTCCCCAACCCACGTTTAAGAATCGGGTTGTAATAAGTAAACAGCGAAA
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TTCCTTTATCCAAAGACCTTGTCGCCGCAGCCTGAATAACAGGTCCATCAGCTAAAGGGT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR32JQ U 22
AF RR3H946JQ U 1
AF RR3H946TF C 413
BS 1 96 RR3H946JQ
BS 97 97 RR3GR32JQ
BS 98 717 RR3H946JQ
BS 718 1004 RR3H946TF

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AGTGTTTTCAAAGAAGA

QA 1 137 1 137
DS 

RD RR3H946JQ 717 0 0
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ATCATTTTCATACATTACTGGTAATTTAGTAAAACAGAAACACAATCAATGAAGCGGTCT
GCAAATGTTTTTTTTTTTCTTAGTGTTTTCAAAGAAGAGCAAATTTGAGAGACTTTGTGA
GACGCTCAAGCTCCTTGAGCCCTTCCGTTGGTGACTTGGCATCTCCCAAAAGCCTCACCA
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AGAGTGACTCAACCTTTCCGCTGACAGATGAACGTGCACCGGTCACTCCTATTGAGCTCA
CAAGGTAAATAAACCCTTCTGATGCTTCAACAATTCGCTTCATCCTCTCTGTTGGTGTGG
TTGGTGTAGTGAGTAGGACCAGTTCAATGCCGTTGCTAAGTGCTCCTTCTCTCAGCAACT
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TGGACATGAACTTCCCCAACCCACGTTTAAGAATCGGGTTGTAATAAGTAAACAGCGAAA
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DS 

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TCTTATACTGGACATGAACTTCCCCAACCCACGTTTAAGAATCGGGTTGTAATAAGTAAA
CAGCGAAACAGGACAAGATAACTCTGGAAGAACCTTATCCAACATGTCAAGAATGTTATC
AAGGTTGGTTCCTTTATCCAAAGACCTTGTCGCCGCAGCCTGAATAACAGGTCCATCAGC
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TTTCAATGCCTCTGCGGTAGTAGAGAGATCTGGGTCACCAGCTGTGATGTACGGTATGAA
TGCTACTTTGCCCTGTTTTTTGAGCTGGGTGAAGGTATCGGCGAGACCAAGGGTGGGAGA
AGAAGTGGAGAGGGCGGCGGTGGGAGTTAATCTCTTGAAAGAGAGGGAGGAG

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 3

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CAGTGAAGTCTATAAACACACACTTCTTCTGCGGATACGGTTAACAATAAAAAAAGGAAA
ACAAAGACGAGTATGTCAAGTCATTAGATTTTCTGATAAAACATCAACTATGCCGACATG
ATTTACAAGGTGAAAGGGCTTGGAGGAGGCTGAACGATGGGGAGTTTCGACATGGATACA
TTTCCATTAATCACATCCTGCGCAACCGTATCCTCAAATGGTATAGGATCAACCCTCACC
ACATTCTCTGGTATAACCTTGTCACCATCAACCTTAGCAAGAACCTCAAAATGCATTCTC
ATCGTTTTGGGTTTCGTTCTCCACTCTGGAAAGTCCACCCCTTCAAGATCACTTTCCTTC
AGCTTCCTCTCTACACCAAAACCAATCTTCATAAAAGTCTGAGCTGCAACGTCTGCTTTC
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TCAAAGCCGAATAAGTTAGCGTTTGAGCCGTTGACTGAAGTGATCGGCCACATGGTTGTG
AACTCCCTCGGAGTAAGAACAGTAGTAGTAACACCCTCAACGGTTGAGACATCTCTACTA
CTACCTTTGTCTTTAGACATGGAAGATAGCTCCACAAGTCCAGGCGCAAGGCGCTTAAGC
TTGAGTTTGCTCTCAGGAGATCGAGAGGTCGATGCAAGAGAACTAGGACCAACAATGCGG
AGAGATAGAAGTGGAGTTTCTTGATCACTTGATGAAGCGCCACCACGTCGAAGCTGCTCA
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TCAATAGGGTGACGCAAACTAACAGATCTAGCTCCCTTGACAGTCACAACAGCACCATCT
CCTAATATCACTTTCTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ04JQ U 133
AF RR3H307JQ U 1
AF RR3H307TF C 325
BS 1 759 RR3H307JQ
BS 760 980 RR3H307TF

RD RR3FZ04JQ 223 0 0
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AAAGGGCTTGGAGGAGGCTGAACGATGGGGAGTTTCGACATGGATACATTTCCATTAATC
ACATTCTGCGCAACCGTATCCTCAAATGGTATAGGATCAACCCTCACCACATTCTCTGGT
ATAACCTTGTCACCATCAACCTTAACAAGAACCTCAAAATGCA

QA 1 223 1 223
DS 

RD RR3H307JQ 759 0 0
GTACTTCAGTTTTAATAGATTATGTATATTTAAACCAAAAAGAGTAGTAATTACAAGTAG
CAGTGAAGTCTATAAACACACACTTCTTCTGCGGATACGGTTAACAATAAAAAAAGGAAA
ACAAAGACGAGTATGTCAAGTCATTAGATTTTCTGATAAAACATCAACTATGCCGACATG
ATTTACAAGGTGAAAGGGCTTGGAGGAGGCTGAACGATGGGGAGTTTCGACATGGATACA
TTTCCATTAATCACATCCTGCGCAACCGTATCCTCAAATGGTATAGGATCAACCCTCACC
ACATTCTCTGGTATAACCTTGTCACCATCAACCTTAGCAAGAACCTCAAAATGCATTCTC
ATCGTTTTGGGTTTCGTTCTCCACTCTGGAAAGTCCACCCCTTCAAGATCACTTTCCTTC
AGCTTCCTCTCTACACCAAAACCAATCTTCATAAAAGTCTGAGCTGCAACGTCTGCTTTC
AACACCTTAAAAGAACCTCCTTCCTGAGCTTTGGGACCTAACACAGAGGTCAACAGCTTC
TCAAAGCCGAATAAGTTAGCGTTTGAGCCGTTGACTGAAGTGATCGGCCACATGGTTGTG
AACTCCCTCGGAGTAAGAACAGTAGTAGTAACACCCTCAACGGTTGAGACATCTCTACTA
CTACCTTTGTCTTTAGACATGGAAGATAGCTCCACAAGTCCAGGCGCAAGGCGCTTAAGC
TTGAGTTTGCTCTCAGGAGATCGAGAGGTCGATGCAAGA

QA 1 759 1 759
DS 

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ACCATCAA
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GTCCACCCCTTCAAGATCACTTTCCTTCAGCTTCCTCTCTACACCAAAACCAATCTTCAT
AAAAGTCTGAGCTGCAACGTCTGCTTTCAACACCTTAAAAGAACCTCCTTCCTGAGCTTT
GGGACCTAACACAGAGGTCAACAGCTTCTCAAAGCCGAGTAAGTTAGCGTTTGAGCCGTT
GACTGAAGTGATCGGCCACATGGTTGTGAACTCCCTCGGAGTAAGAACAGTAGTAGTAAC
ACCCTCAACGGTTGAGACATCTCTACTACTACCTTTGTCTTTAGACATGGAAGATAGCTC
CACAAGTCCAGGCGCAAGGCGCTTAAGCTTGAGTTTGCTCTCAGGAGATCGAGAGGTCGA
TGCAAGAGAACTAGGACCAACAATGCGGAGAGATAGAAGTGGAGTTTCTTGATCACTTGA
TGAAGCGCCACCACGTCGAAGCTGCTCAGCTAAAGAGAGAAGACCAGAGGCAAACTCATT
GGAGCTTTGGTTCAACGGAAGCGGCAAATCAATAGGGTGACGCAAACTAACAGATCTAGC
TCCCTTGACAGTCACAACAGCACCATCTCCTAATATCACTTTCTTCAC

QA 9 656 9 656
DS 



AS 1 3

CO CL3799Contig1 859 3 2 U
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AGAGGTCTAGCAAAAATGGCGATGGCCATGGCTCTTCGAAGACTTTCTTCTTCAGTTGAC
AAACCCATTCGTCCTCTTATCAGATCAACTTCATGCTTCATGTCATCTCTGCCTAGTGAA
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GAGGAGGTTGATCCTGAGATTGCTGACATCATTGAGCTTGAGAAAGCTAGACAATGGAAG
GGACTTGAACTCATTCCATCTGAGAATTTCACATCTGTCTCGGTGATGCAAGCTGTTGGC
TCTGTGATGACTAACAAGTACAGTGAAGGGTACCCTGGCGCTAGATACTATGGAGGAAAC
GAGTACATAGACATGGCTGAAACTTTATGCCAAAAGCGTGCTCTTGAAGCTTTCCGGTTA
GACCCTGAAAAGTGGGGAGTGAATGTTCAACCTCTGTCTGGATCTCCTGCTAACTTCCAT
GTCTACACTGCATTGCTAAAGCCTCATGAGAGAATCATGGCTCTTGATCTTCCTCATGGT
GGTCATCTTTCTCATGGTTATCAGACTGACACCAAGAAGATATCTGCTGTGTCTATCTTC
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GAGAAAAGTGCTACTCTTTTCAGCCAAACTAATTGTTGCTGGTGCAAGTGCTTATGCTCG
GTGTATGACTATGCCCGCATCCGAAAGTGTGTACAGCAAAAGCTGTGATGCTAGCAGATA
TGGCACACATCAGTGGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV66TF U 1
AF RR3B408TF U 11
AF RR3F143TF U 51
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BS 736 859 RR3F143TF

RD RR3GV66TF 735 0 0
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AGAGGTCTAGCAAAAATGGCGATGGCCATGGCTCTTCGAAGACTTTCTTCTTCAGTTGAC
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GCTGTGGATGACAAGGAGAGATCTCGTGTCACTTGGCCAAAACAGCTTAACGCATCATTG
GAGGAGGTTGATCCTGAGATTGCTGACATCATTGAGCTTGAGAAAGCTAGACAATGGAAG
GGACTTGAACTCATTCCATCTGAGAATTTCACATCTGTCTCGGTGATGCAAGCTGTTGGC
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GAGTACATAGACATGGCTGAAACTTTATGCCAAAAGCGTGCTCTTGAAGCTTTCCGGTTA
GACCCTGAAAAGTGGGGAGTGAATGTTCAACCTCTGTCTGGATCTCCTGCTAACTTCCAT
GTCTACACTGCATTGCTAAAGCCTCATGAGAGAATCATGGCTCTTGATCTTCCTCATGGT
GGTCATCTTTCTCATGGTTATCAGACTGACACCAAGAAGATATCTGCTGTGTCTATCTTC
TTTGAAACAATGCCTTATCGATTGGATGAGAGCACTGGCTACATCGACTATGATCAGATG
GAGAAAAGTGCTACT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3B408TF 729 0 0
GG
ATGATTCAAATCTGTCTCTAGGGTTTCCAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGTCTAGCA
AAAATGGCGATGGCCATGGCTCTTCGAAGACTTTCTTCTTCAGTTGACAAACCCATTCGT
CCTCTTATCAGATCAACTTCATGCTTCATGTCATCTCTGCCTAGTGAAGCTGTGGATGAC
AAGGAGAGATCTCGTGTCACTTGGCCAAAACAGCTTAACGCATCATTGGAGGAGGTTGAT
CCTGATATTGCTGACATCATTGAGCTTGAGAAAGCTAGACAATGGAAGGGACTTGAACTC
ATTCCATCTGAGAATTTCACATCTGTCTCGGTGATGCAAGCTGTTGGCTCTGTGATGACT
AACAAGTACAGTGAAGGGTACCCTGGCGCTAGATACTATGGAGGAAACGAGTACATAGAC
ATGGCTGAAACTTTATGCCAAAAGCGTGCTCTTGAAGCTTTCCGGTTAGACCCTGAAAAG
TGGGGAGTGAATGTTCAACCTCTGTCTGGATCTCCTGCTAACTTCCATGTCTACACTGCA
TTGCTAAAGCCTCATGAGAGAATCATGGCTCTTGATCTTCCTCATGGTGGTCATCTTTCT
CATGGTTATCAGACTGACACCAAGAAGATATCTGCTGTGTCTATCTTCTTTGAAACAATG
CCTTATCGATTGGATGAGAGCACTGGCTACATCGACTATGATCAGATGGAGAAAAGTGCT
ACT
CTTT

QA 3 725 3 725
DS 

RD RR3F143TF 809 0 0
G
GAGAGAGAGAGAGGTCTAGCAAAAATGGCGATGGCCATGGCTCTTCGAAGACTTTCTTCT
TCAGTTGACAAACCCATTCGTCCTCTTATCAGATCAACTTCATGCTTCATGTCATCTCTG
CCTAGTGAAGCTGTGGATGACAAGGAGAGATCTCGTGTCACTTGGCCAAAACAGCTTAAC
GCATCATTGGAGGAGGTTGATCCTGAGATTGCTGACATCATTGAGCTTGAGAAAGCTAGA
CAATGGAAGGGACTTGAACTCATTCCATCTGAGAATTTCACATCTGTCTCGGTGATGCAA
GCTGTTGGCTCTGTGATGACTAACAAGTACAGTGAAGGGTACCCTGGCGCTAGATACTAT
GGAGGAAACGAGTACATAGACATGGCTGAAACTTTATGCCAAAAGCGTGCTCTTGAAGCT
TTCCGGTTAGACCCTGAAAAGTGGGGAGTGAATGTTCAACCTCTGTCTGGATCTCCTGCT
AACTTCCATGTCTACACTGCATTGCTAAAGCCTCATGAGAGAATCATGGCTCTTGATCTT
CCTCATGGTGGTCATCTTTCTCATGGTTATCAGACTGACACCAAGAAGATATCTGCTGTG
TCTATCTTCTTTGAAACAATGCCTTATCGATTGGATGAGAGCACTGGCTACATCGACTAT
GATCAGATGGAGAAAAGTGCTACTCTTTTCAGCCAAACTAATTGTTGCTGGTGCAAGTGC
TTATGCTCGGTGTATGACTATGCCCGCATCCGAAAGTGTGTACAGCAAAAGCTGTGATGC
TAGCAGATATGGCACACATCAGTGGTTG

QA 2 809 2 809
DS 



AS 1 3

CO CL3800Contig1 931 3 3 U
CTATGGCTTCGTATTGCTCTGAGCTTCAGTACTTGGCCAATCCTGTTACGAGCCATGTTC
AATCAGCTGAGCAGCATAACCAAGACGTTAACTCTTTGGGGCTCATCTCGTCGCGCAAAA
CGTCGGAAGCTGTTGACATTCTCAAGCTCATGTCGACGACGTTCCTCGTCGCGATATGCC
AGGCTGTTGATCTGAGACATCTCGAGGAGAATCTGAGACAGACGGTGAAGAACACGGTCT
CTCAAGTGGCGAAGAAAGTGTTGACTACTGGAGTCAACGGTGAGCTGCATCCTTCGCGCT
TCTGCGAGAAGGACTTGCTTAAGGTCGTCGATCGTGAGCAAGTGTTCACGTACGTGGATG
ATCCTTGTAGCGCCACGTACCCGTTGATGCAGAAGCTGAGACAGGTTATTGTTGACCACG
CTTTATCTAACGGCGAGACTGAGAAGAACGCGGTGACGTCGATCTTTCAAAAGATCGGAG
CTTTCGGGGAAGAGCTGAAGATGGTTCTTCCTAAAGAAGTGGATGCGGCTAGAGAGGCTT
ATGGTAATGGAAACGCGGCGATTCCGAACAGGATTAAGGAGTGTCGGTCTTACCCGTTGT
ATAAGTTCGTGAGGGAAGAGCTCGGAACGAAGTTGCTGACCGGAGAGAAGGTTGTGTCTC
CGGGAGAGGAGTTTGATAAGGTGTTCACTGCAATGTGTGAAGGTAAGATCATTGATCCGC
TGAGGGATTGCCTCAAGGAATGGAACGGAGCTCCGATTCCGATATGCTAAGACAGCATTC
CTCTGTTTTTGTTCTGTTTTTGTTTTGTCTAATTTTATATGTTTGAATCAAATGTTTTAC
CACTGAGTGATTGTAATGTGAATGGTGTCATTTTGTATGATATAAATATATATATGAAAA
TTTACGTGTAACTATTTGTGGATTTGACAGT


BQ
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AF RR3GA78TF U 1
AF RR3GA78JQ C 102
AF RR3FL72TF U 730
BS 1 564 RR3GA78TF
BS 565 729 RR3GA78JQ
BS 730 931 RR3FL72TF

RD RR3GA78TF 564 0 0
CTATGGCTTCGTATTGCTCTGAGCTTCAGTACTTGGCCAATCCTGTTACGAGCCATGTTC
AATCAGCTGAGCAGCATAACCAAGACGTTAACTCTTTGGGGCTCATCTCGTCGCGCAAAA
CGTCGGAAGCTGTTGACATTCTCAAGCTCATGTCGACGACGTTCCTCGTCGCGATATGCC
AGGCTGTTGATCTGAGACATCTCGAGGAGAATCTGAGACAGACGGTGAAGAACACGGTCT
CTCAAGTGGCGAAGAAAGTGTTGACTACTGGAGTCAACGGTGAGCTGCATCCTTCGCGCT
TCTGCGAGAAGGACTTGCTTAAGGTCGTCGATCGTGAGCAAGTGTTCACGTACGTGGATG
ATCCTTGTAGCGCCACGTACCCGTTGATGCAGAAGCTGAGACAGGTTATTGTTGACCACG
CTTTATCTAACGGCGAGACTGAGAAGAACGCGGTGACGTCGATCTTTCAAAAGATCGGAG
CTTTCGGGGAAGAGCTGAAGATGGTTCTTCCTAAAGAAGTGGATGCGGCTAGAGAGGCTT
ATGGTAATGGAAACGCGGCGATTC

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3GA78JQ 808 0 0
CTCATCTCGTCGCGCAAAACGTCGGAAGCTGTTGACATTCTCAAGCTCATGTCGACGACG
TTCCTCGTCGCGATATGCCAGGCTGTTGATCTGAGACATCTCGAGGAGAATCTGAGACAG
ACGGTGAAGAACACGGTCTCTCAAGTGGCGAAGAAAGTGTTGACTACTGGAGTCAACGGT
GAGCTGCATCCTTCGCGCTTCTGCGAGAAGGACTTGCTTAAGGTCGTCGATCGTGAGCAA
GTGTTCACGTACGTGGATGATCCTTGTAGCGCCACGTACCCGTTGATGCAGAAGCTGAGA
CAGGTTATTGTTGACCACGCTTTATCTAACGGCGAGACTGAGAAGAACGCGGTGACGTCG
ATCTTTCAAAAGATCGGAGCTTTCGGGGAAGAGCTGAAGATGGTTCTTCCTAAAGAAGTG
GATGCGGCTAGAGAGGCTTATGGTAATGGAAACGCGGCGATTCCGAACAGGATTAAGGAG
TGTCGGTCTTACCCGTTGTATAAGTTCGTGAGGGAAGAGCTCGGAACGAAGTTGCTGACC
GGAGAGAAGGTTGTGTCTCCGGGAGAGGAGTTTGATAAGGTGTTCACTGCAATGTGTGAA
GGTAAGATCATTGATCCGCTGAGGGATTGCCTCAAGGAATGGAACGGAGCTCCGATTCCG
ATATGCTAAGACAGCATTCCTCTGTTTTTGTTCTGTTTTTGTTTTGTCTAATTTTATATG
TTTGAATCAAATGTTTTACCACTGAGTGATTGTAATGTGAATGGTGTCATTTTGTATGAT
ATAAATATATATATGAAAATTTACGTGT

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3FL72TF 202 0 0
GCCTCAAGGAATGGAACGGAGCTCCGATTCCGATATGCTAAGACAGCATTCCTCTGTTTT
TGTTCTGTTTTTGTTTTGTCTAATTTTATATGTTTGAATCAAATGTTTTACCACTGAGTG
ATTGTAATGTGAATGGTGTCATTTTGTATGATATAAATATATATATGAAAATTTACGTGT
AACTATTTGTGGATTTGACAGT

QA 1 202 1 202
DS 



AS 1 2

CO CL3801Contig1 1077 2 2 U
GGAAGAGAGAATCTAGGGTTCCAGATTTACTCTTTTCTCTTCCCTATCCTCTCTTCGATC
TACACACATCCCTCAATCTCTGTACATTTCAGAGAACCTTTTAGCTTTCTCTACCGCTTT
TACCTGTTTTTAGCTTCTTTCCCATGGCGAAAACTCGACCTGGTGTCCCCTCCAAAATCA
AAACCGGAAGGAAGGAGCTTGACTCTTATACCATCAAAGGCACCAACAAAGTCGTCAGAG
CTGGAGAGTGTGTGTTGATGCGCCCATCGGATGCTGGCAAGCCACCATACGTGGCACGTG
TCGAGAAGATCGAAGCTGATGCTAGGAACAATGTGAAGGTGCATTGTCGTTGGTACTACC
GCCCTGAGGAGTCCCTTGGTGGTAGAAGGCAGTTCCATGGAGCTAAGGAACTTTTCTTGT
CCGACCATTTCGACGTTCAGAGCGGACACGCCATCGAAGGGAAATGCATTGTTCACACCT
TCAAGAACTACACCAGGCTCGAAAACGTTGGGGCTGAGGATTATTATTGTAGGTTTGAGT
ACAAGGCTGCCACTGGCGCCTTCACCCCTGATCGAGTTGCTGTGTACTGCAAGTGTGAAA
TGCCTTATAACCCAGATGATCTCATGGTTCAATGTGAAGGCTGCAAAGACTGGTACCATC
CGGGGTGTGTTGGTATGACGATTGAAGAAGCAAAGAAGCTTGATCACTTTGTATGTGCTG
AATGCAGTTCTGATGACGATGTCAAGAAGTCGCGGAACGGATTTGCTGAGTCTCCAGCTG
ATGATGTCAAGGTGGAAACAAAGCGCAGAAAAAGATAATCGCCAGGTTTTGATGAGTAAA
AGCCGCGCAGGGGTTGTCAAGTTGTAACTTGTAAGCTCTTTGGTGCATATTTAAAGTAAG
TTAGGATTTGTGTCGTCTTTGTTGTGATGATGCCTTGTATGTTGCGTTCCAAAAACTTTA
AGAGAAAATGTGAAAAAAAGTAGAGATGATGATGAAGACAAGTTATGGTGGGCAGAGTCT
GTATAGACTTTTCCGTGGGATCTTTTAAGTTAACTTTTAGGTCTGTTTATTGTTGGT


BQ
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AF RR3CO96TF U 1
AF RR3CO96JQ C 436
BS 1 635 RR3CO96TF
BS 636 1077 RR3CO96JQ

RD RR3CO96TF 635 0 0
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TACACACATCCCTCAATCTCTGTACATTTCAGAGAACCTTTTAGCTTTCTCTACCGCTTT
TACCTGTTTTTAGCTTCTTTCCCATGGCGAAAACTCGACCTGGTGTCCCCTCCAAAATCA
AAACCGGAAGGAAGGAGCTTGACTCTTATACCATCAAAGGCACCAACAAAGTCGTCAGAG
CTGGAGAGTGTGTGTTGATGCGCCCATCGGATGCTGGCAAGCCACCATACGTGGCACGTG
TCGAGAAGATCGAAGCTGATGCTAGGAACAATGTGAAGGTGCATTGTCGTTGGTACTACC
GCCCTGAGGAGTCCCTTGGTGGTAGAAGGCAGTTCCATGGAGCTAAGGAACTTTTCTTGT
CCGACCATTTCGACGTTCAGAGCGGACACGCCATCGAAGGGAAATGCATTGTTCACACCT
TCAAGAACTACACCAGGCTCGAAAACGTTGGGGCTGAGGATTATTATTGTAGGTTTGAGT
ACAAGGCTGCCACTGGCGCCTTCACCCCTGATCGAGTTGCTGTGTACTGCAAGTGTGAAA
TGCCTTATAACCCAGATGATCTCATGGTTCAATGT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3CO96JQ 642 0 0
TTCAGAGC
GGACACGCCATCGAAGGGAAATGCATTGTTCACACCTTCAAGAACTACACCAGGCTCGAA
AACGTTGGGGCTGAGGATTATTATTGTAGGTTTGAGTACAAGGCTGCCACTGGCGCCTTC
ACCCCTGATCGAGTTGCTGTGTACTGCAAGTGTGAAATGCCTTATAACCCAGATGATCTC
ATGGTTCAATGTGAAGGCTGCAAAGACTGGTACCATCCGGGGTGTGTTGGTATGACGATT
GAAGAAGCAAAGAAGCTTGATCACTTTGTATGTGCTGAATGCAGTTCTGATGACGATGTC
AAGAAGTCGCGGAACGGATTTGCTGAGTCTCCAGCTGATGATGTCAAGGTGGAAACAAAG
CGCAGAAAAAGATAATCGCCAGGTTTTGATGAGTAAAAGCCGCGCAGGGGTTGTCAAGTT
GTAACTTGTAAGCTCTTTGGTGCATATTTAAAGTAAGTTAGGATTTGTGTCGTCTTTGTT
GTGATGATGCCTTGTATGTTGCGTTCCAAAAACTTTAAGAGAAAATGTGAAAAAAAGTAG
AGATGATGATGAAGACAAGTTATGGTGGGCAGAGTCTGTATAGACTTTTCCGTGGGATCT
TTTAAGTTAACTTTTAGGTCTGTTTATTGTTGGT

QA 9 642 9 642
DS 



AS 1 2

CO CL3802Contig1 615 2 2 U
GCTGGAATTACAAGGTGTACTACGTGTATGGATTCATGCTGCTGGTGTTTGTGATTCTGG
TCATAGTGACGGTCTGTGTGACAATAGTGGGAACGTATTTCCTGCTGAATGCAGAGAATT
ATCACTGGCAATGGACTTCGTTTTCCCTGCTGCATCAACGGCCGTCTATGTCTACCTATA
CTCCATCTATTACTACTACGTGAAGACGAAGATGTCAGGATTCTTCCAGACAAGCTTCTA
CTTTGGGTACACCATGATGTTCTGTCTTGGCCTTGGAATCCTTTGCGGAGCTGTTGGATT
CTTGGGATCAAACCTGTTTGTGAGGAGAATCTACAGAAACATCAAATGCGACTAGAGGAA
AAAAAACATCCAGTTGAGAAGGAAGGAAGCTTGTTATGGTGGACATACATCTCTATATAA
AAAAGCAGTAGAGAGGGAGAATATATACATGTATCATCCTTCAATGGGGGCTTTTTGTCA
GTCTTATTTTATTCCCAATTTGGTAAGTGAACTGTTTTTTCTATTTAGATTAGAATTTGA
GTGGGTGTAATATACAACAACACAACTACTACTACTACCTGTAATTTTTTCCCCTGTTCC
TTATGACTTCACTCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CG30JQ C 1
AF RR3CG30TF U 1
BS 1 1 RR3CG30JQ
BS 2 615 RR3CG30TF

RD RR3CG30JQ 615 0 0
GCTGGAATTACAAGGTGTACTACGTGTATGGATTCATGCTGCTGGTGTTTGTGATTCTGG
TCATAGTGACGGTCTGTGTGACAATAGTGGGAACGTATTTCCTGCTGAATGCAGAGAATT
ATCACTGGCAATGGACTTCGTTTTCCCTGCTGCATCAACGGCCGTCTATGTCTACCTATA
CTCCATCTATTACTACTACGTGAAGACGAAGATGTCAGGATTCTTCCAGACAAGCTTCTA
CTTTGGGTACACCATGATGTTCTGTCTTGGCCTTGGAATCCTTTGCGGAGCTGTTGGATT
CTTGGGATCAAACCTGTTTGTGAGGAGAATCTACAGAAACATCAAATGCGACTAGAGGAA
AAAAAACATCCAGTTGAGAAGGAAGGAAGCTTGTTATGGTGGACATACATCTCTATATAA
AAAAGCAGTAGAGAGGGAGAATATATACATGTATCATCCTTCAATGGGGGCTTTTTGTCA
GTCTTATTTTATTCCCAATTTGGTAAGTGAACTGTTTTTTCTATTTAGATTAGAATTTGA
GTGGGTGTAATATACAACAACACAACTACTACTACTACCTGTAATTTTTTCCCCTGTTCC
TTATGACTTCACTCC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3CG30TF 615 0 0
G
CTGGAATTACAAGGTGTACTACGTGTATGGATTCATGCTGCTGGTGTTTGTGATTCTGGT
CATAGTGACGGTCTGTGTGACAATAGTGGGAACGTATTTCCTGCTGAATGCAGAGAATTA
TCACTGGCAATGGACTTCGTTTTCCCTGCTGCATCAACGGCCGTCTATGTCTACCTATAC
TCCATCTATTACTACTACGTGAAGACGAAGATGTCAGGATTCTTCCAGACAAGCTTCTAC
TTTGGGTACACCATGATGTTCTGTCTTGGCCTTGGAATCCTTTGCGGAGCTGTTGGATTC
TTGGGATCAAACCTGTTTGTGAGGAGAATCTACAGAAACATCAAATGCGACTAGAGGAAA
AAAAACATCCAGTTGAGAAGGAAGGAAGCTTGTTATGGTGGACATACATCTCTATATAAA
AAAGCAGTAGAGAGGGAGAATATATACATGTATCATCCTTCAATGGGGGCTTTTTGTCAG
TCTTATTTTATTCCCAATTTGGTAAGTGAACTGTTTTTTCTATTTAGATTAGAATTTGAG
TGGGTGTAATATACAACAACACAACTACTACTACTACCTGTAATTTTTTCCCCTGTTCCT
TATGACTTCACTCC

QA 2 615 2 615
DS 



AS 1 3

CO CL3803Contig1 1034 3 5 U
GGAAGAATAATCAGGTTTTATATAAAATAGCAAAAGAGATGCAACAGCACCTGATGCAGA
TGCAGCCCATGATGGCCGGTTACTACCCCAGCAATGTCACCTCTGATCATATCCAGCAGT
ACTTGGACGAGAACAAGTCTTCAATTCTGAAGATAGTTGAGTCTCAAAACTCTGGAAAGC
TCAGCGAGTGCGCCGAGAATCAGGCAAGGCTTCAACGCAACCTGATGTACTTGGCTGCAA
TAGCAGATTCTCAGCCTCAACCTCCAAACGTGCATGGCCAGTATGGATCTGCTGGTGGTG
GGTTGATTCAAGGAGAAGGAGCGTCACACTATTTGCAGCAGCAACAGGCGACTCAACAGC
AGCAGATGACTCAGCAGTCTCTTATGGCGGCTCGTTCTTCGATGATGTATGGTCAGCAGC
AGCAACAACCTTATGCAACGCTTCAGCATCAGCAGTTGCACCATAGCCAGCTGGGGATGA
GCTCTAGCAGCGGAGGAGGAAGCAGTGGTCTCCATATCCTTCAGAGAGAGGCTGGTGGGT
TTCATGAGTTTGGCCGTGGGAAGCCGGAGATGGGGAGTGGTGAAGGCAGAGGAGGGAGCT
CAGGGGATGGTGGAGAAACACTCTACTTGAAGTCATCAGATGATAGGAACTGAAAGAGTG
TGGCACAAGTAAGTCCAGTGAAGAAGAAGTAGTAGTAGTAGTAGTATGTGTCTGAAGTTT
GTGTGCTTTGGTTTAGTTGCTTGTCGAAGAAGCAAAGAACTCGTATTTACGTTTTAGTGT
TTTTTTTTTTTAATTTTCTCTATGTTTGTTCCCTAAAAGTATGAACTCTTACGTGGTGTA
GTGTACCAAGCAGATCTGCTCGCTACAAGTTGTGTCGTAATCCTAGTATGTTATTTCTTA
GAACGATACATGAGTCTACTCTTTCGCTTGAGCAATAATTTCTAGAGATCCTTGTTTGTG
AAATGTGACGTAATTTGAATTTGGTTCGGTTATCAACCACAACCTTTCTTAATGACCAAT
TATCTTGTCTGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A585TF U 1
AF RR3CT81TF U 323
AF RR3A585JQ C 297
BS 1 744 RR3A585TF
BS 745 847 RR3CT81TF
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BS 849 905 RR3CT81TF
BS 906 1034 RR3A585JQ

RD RR3A585TF 744 0 0
GGAAGAATAATCAGGTTTTATATAAAATAGCAAAAGAGATGCAACAGCACCTGATGCAGA
TGCAGCCCATGATGGCCGGTTACTACCCCAGCAATGTCACCTCTGATCATATCCAGCAGT
ACTTGGACGAGAACAAGTCTTCAATTCTGAAGATAGTTGAGTCTCAAAACTCTGGAAAGC
TCAGCGAGTGCGCCGAGAATCAGGCAAGGCTTCAACGCAACCTGATGTACTTGGCTGCAA
TAGCAGATTCTCAGCCTCAACCTCCAAACGTGCATGGCCAGTATGGATCTGCTGGTGGTG
GGTTGATTCAAGGAGAAGGAGCGTCACACTATTTGCAGCAGCAACAGGCGACTCAACAGC
AGCAGATGACTCAGCAGTCTCTTATGGCGGCTCGTTCTTCGATGATGTATGGTCAGCAGC
AGCAACAACCTTATGCAACGCTTCAGCATCAGCAGTTGCACCATAGCCAGCTGGGGATGA
GCTCTAGCAGCGGAGGAGGAAGCAGTGGTCTCCATATCCTTCAGAGAGAGGCTGGTGGGT
TTCATGAGTTTGGCCGTGGGAAGCCGGAGATGGGGAGTGGTGAAGGCAGAGGAGGGAGCT
CAGGGGATGGTGGAGAAACACTCTACTTGAAGTCATCAGATGATAGGAACTGAAAGAGTG
TGGCACAAGTAAGTCCAGTGAAGAAGAAGTAGTAGTAGTAGTAGTATGTGTCTGAAGTTT
GTGTGCTTTGGTTTAGTTGCTTGT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3CT81TF 583 0 0
GTCACACTATCTGCAGCAGCAACAGGCGACTCAACAGCAGCAGATGACTCAGCAGTCTCT
TATGGCAGCTCGTTCTTCAATGATGTATGGTCAGCAGCAGCAACAGCCTTATGCAACGCT
TCAGCATCAGCAGTTGCACCATAGCCAGCTGGGGATGAGCTCTAGCAGCGGAGGAGGAAG
CAGTGGTCTCCATATCCTTCAGGGAGAGGCTGGTGGGTTTCATGAGTTTGGCCGTGGGAA
GCCGGAGATGGGGAGTGGTGAAGGCAGAGGAGGGAGCTCAGGGGATGGTGGAGAAACACT
CTACTTGAAGTCATCAGATGATGGGAACTGAAAGAGTATGGCACAAGTAAGTCCAGTGAA
GAAGCAGTTGTAGTAGTAGTAA***GTGTCTGAAGTTTGTGTGTTTTGGTTTAGTTGCTT
GTCGAAGAAGCAAAGAACTCGTATTTACGTTTTAGTGTTTTTTTTTTTTAATTTTCTCTA
TGTTTGTTCCCTAAAAGTATGAACTCTTACGTGGTGTAGTGTACCCAGCAGATCTGCTCG
CTACAAGTTGTGTCGTAATCCTAGTATGTTATTTCTTAGAACG

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3A585JQ 738 0 0
GGTGGGTTGATTCAAGGAGAAGGAGCGTCACACTATTTGCAGCAGCAACAGGCGACTCAA
CAGCAGCAGATGACTCAGCAGTCTCTTATGGCGGCTCGTTCTTCGATGATGTATGGTCAG
CAGCAGCAACAACCTTATGCAACGCTTCAGCATCAGCAGTTGCACCATAGCCAGCTGGGG
ATGAGCTCTAGCAGCGGAGGAGGAAGCAGTGGTCTCCATATCCTTCAGAGAGAGGCTGGT
GGGTTTCATGAGTTTGGCCGTGGGAAGCCGGAGATGGGGAGTGGTGAAGGCAGAGGAGGG
AGCTCAGGGGATGGTGGAGAAACACTCTACTTGAAGTCATCAGATGATAGGAACTGAAAG
AGTGTGGCACAAGTAAGTCCAGTGAAGAAGAAGTAGTAGTAGTAGTAGTATGTGTCTGAA
GTTTGTGTGCTTTGGTTTAGTTGCTTGTCGAAGAAGCAAAGAACTCGTATTTACGTTTTA
GTGTTTTTTTTTTT*AATTTTCTCTATGTTTGTTCCCTAAAAGTATGAACTCTTACGTGG
TGTAGTGTACCAAGCAGATCTGCTCGCTACAAGTTGTGTCGTAATCCTAGTATGTTATTT
CTTAGAACGATACATGAGTCTACTCTTTCGCTTGAGCAATAATTTCTAGAGATCCTTGTT
TGTGAAATGTGACGTAATTTGAATTTGGTTCGGTTATCAACCACAACCTTTCTTAATGAC
CAATTATCTTGTCTGCAC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 3

CO CL3804Contig1 1449 3 17 U
CTCAGGTCCCTGGTAGTCCCATGGAAAGTGGTCACCATCGATCTGCTAGTGAAAGTAGCT
CATACGAAAGTTCTGAATATGATCATCCTACTAGTGATGAATTTGTATGTGAGAGGAGCT
TTATGGGGTACAATGAAAGGCCATCTAGAAATTTCCAGCCGCAACGGTCCATTAGAAAGG
GTGAGAAGCCCATTGATGTCCTGAGAAAAGTCTTTGGGAATGACAAATGTGCTGATTGCG
GAGCTCCTGAACCAGACTGGGCTTCGTTAAACCTAGGTGTTCTTGTCTGTATTGAGTGTT
CTGGTGTTCACCGGAACCTTGGTGTGCACATATCGAAGGTTAGGTCACTCACTCTAGACG
TGAAAGTATGGGAGCCATCTGTGATAACTTTGTTCCAAGCTCTTGGAAACAATTTTGCAA
ACACAGTCTGGGAGGAGCTGCTTCACTCAAGGAGCGCCTTTCATGTTGATCCAGGCTTAA
CAGGATCTGATAAATCAAGAGTGTTTGTCACTGGAAAACCTAGTTATGCTGATATGATAT
CTGTCAAGGAGAAGTACATACAAGCTAAGTATGCTGAGAAGCTATTTGTTCGGAGATCAA
GAGACTGCGATTTCCCACAATCAGTTGCACAACAAATGTGGGATGCTGTGTCTGCCAATG
ATAAAAAGGCTGTTTACAGGCTTATTGTCAACGGTGAAGCTGATGTGAACTCTGTGTATG
ACCAACCATCATCTTCCAGCTCTTCGTTGACACTTTCCAGAGTGATGTTAATACCAGAGA
GGCCACCAACGCGTGAGGAAGTGCTACTCAGATTAAGAAACGATTTGCTTGATAGAACTT
CCTCAGGTTGTTCTTCAAATGTTCCACTAGAGGAAACTGGAGGTTGCTCTCTGCTTCACT
GTGCTTGCGAGAAGGCAGACATTGGGATGGTGGAGCTTTTGCTGCAGTATGGTGCAAATG
TAAACGCTACAGACTCAAGTGGTCAAACGCCGCTCCACTACTGTATTCTCAGAGGCAAAG
CGGTAGTTGCAAGACTACTACTCACGAGGGGAGCTGACCCAGAAGCCGTCAATGGAGAAG
GAAAAACCGCTCTTGACATTGCTGCAGAGTCAAAGTTTACTGATGCAGAAGTCCTATCTC
TCCTTTCAGAAGCTGCAAATGGTTACAATCACAGACACTGCTGATAAAAAAGATACAGAA
AGAAGGGCACATAAGTCTTGGGAGGTTATGATGTTTCAATCACTACTTTCAGAAGAAGGG
CCTCTAGTTGTTCTCATCCTACACTTTGTCTCGAGCAAAGCTTAGCCCCATAGTATTTGT
ATTATTGATGTTTTGTGATGGATATAGGCTCTGCTTAATGGGAAGTTAATAGTGTGTCAT
GTTGTGTGTATTTGATGATGTTTACGACTATAGCATCCTCAGTTTGTCATGCGTTGTAAC
GTGTTAAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B010TF U 1
AF RR3DU08TF U 530
AF RR3DU08JQ C 896
BS 1 665 RR3B010TF
BS 666 1190 RR3DU08TF
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BS 1192 1226 RR3DU08TF
BS 1227 1227 RR3DU08JQ
BS 1228 1259 RR3DU08TF
BS 1260 1260 RR3DU08JQ
BS 1261 1298 RR3DU08TF
BS 1299 1299 RR3DU08JQ
BS 1300 1308 RR3DU08TF
BS 1309 1309 RR3DU08JQ
BS 1310 1322 RR3DU08TF
BS 1323 1323 RR3DU08JQ
BS 1324 1333 RR3DU08TF
BS 1334 1334 RR3DU08JQ
BS 1335 1357 RR3DU08TF
BS 1358 1449 RR3DU08JQ

RD RR3B010TF 665 0 0
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CATACGAAAGTTCTGAATATGATCATCCTACTAGTGATGAATTTGTATGTGAGAGGAGCT
TTATGGGGTACAATGAAAGGCCATCTAGAAATTTCCAGCCGCAACGGTCCATTAGAAAGG
GTGAGAAGCCCATTGATGTCCTGAGAAAAGTCTTTGGGAATGACAAATGTGCTGATTGCG
GAGCTCCTGAACCAGACTGGGCTTCGTTAAACCTAGGTGTTCTTGTCTGTATTGAGTGTT
CTGGTGTTCACCGGAACCTTGGTGTGCACATATCGAAGGTTAGGTCACTCACTCTAGACG
TGAAAGTATGGGAGCCATCTGTGATAACTTTGTTCCAAGCTCTTGGAAACAATTTTGCAA
ACACAGTCTGGGAGGAGCTGCTTCACTCAAGGAGCGCCTTTCATGTTGATCCAGGCTTAA
CAGGATCTGATAAATCAAGAGTGTTTGTCACTGGAAAACCTAGTTATGCTGATATGATAT
CTGTCAAGGAGAAGTACATACAAGCTAAGTATGCTGAGAAGCTATTTGTTCGGAGATCAA
GAGACTGCGATTTCCCACAATCAGTTGCACAACAAATGTGGGATGCTGTGTCTGCCAATG
ATAAA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3DU08TF 835 0 0
G
GATATGATATCTGTCAAGGAGAAGTACATACAAGCTAAGTATGCTGAGAAGCTATTTGTT
CGGAGATCAAGAGACTGCGATTTCCCACAATCAGTTGCACAACAAATGTGGGATGCTGTG
TCTGCCAATGATAAAAAGGCTGTTTACAGGCTTATTGTCAACGGTGAAGCTGATGTGAAC
TCTGTGTATGACCAACCATCATCTTCCAGCTCTTCGTTGACACTTTCCAGAGTGATGTTA
ATACCAGAGAGGCCACCAACGCGTGAGGAAGTGCTACTCAGATTAAGAAACGATTTGCTT
GATAGAACTTCCTCAGGTTGTTCTTCAAATGTTCCACTAGAGGAAACTGGAGGTTGCTCT
CTGCTTCACTGTGCTTGCGAGAAGGCAGACATTGGGATGGTGGAGCTTTTGCTGCAGTAT
GGTGCAAATGTAAACGCTACAGACTCAAGTGGTCAAACGCCGCTCCACTACTGTATTCTC
AGAGGCAAAGCGGTAGTTGCAAGACTACTACTCACGAGGGGAGCTGACCCAGAAGCCGTC
AATGGAGAAGGAAAAACCGCTCTTGACATTGCTGCAGAGTCAAAGTTTACTGATGCAGAA
GTCCTATCTCTCCTTTCAGAAGCTGCAAATGGTTACAATCACAGACACTGCTGATAAAAA
*GATACAGAAAGAAGGGCACATAAGTCTTGGGAGGT*ATGATGTTTCAATCACTACTTTC
AGAAGAAGG*CCTCTAGTTGTTCTCATCCTACACTTTGTCTCGAGCAA*GCTTAGCCC*A
TAGTATTTGTAT*ATTGATGTTT*GTGATGGATATAGGCTCTGCTTA
TGGGAAG

QA 2 828 2 828
DS 

RD RR3DU08JQ 554 0 0
TCACTGTGCTTGCGAGAAGGCAGACATTGGGATGGTGGAGCTTTTGCTGCAGTATGGTGC
AAATGTAAACGCTACAGACTCAAGTGGTCAAACGCCGCTCCACTACTGTATTCTCAGAGG
CAAAGCGGTAGTTGCAAGACTACTACTCACGAGGGGAGCTGACCCAGAAGCCGTCAATGG
AGAAGGAAAAACCGCTCTTGACATTGCTGCAGAGTCAAAGTTTACTGATGCAGAAGTCCT
ATCTCTCCTTTCAGAAGCTGCAAATGGTTACAATCACAGACACTGCTGATAAAAAAGATA
CAGAAAGAAGGGCACATAAGTCTTGGGAGGTTATGATGTTTCAATCACTACTTTCAGAAG
AAGGGCCTCTAGTTGTTCTCATCCTACACTTTGTCTCGAGCAAAGCTTAGCCCCATAGTA
TTTGTATTATTGATGTTTTGTGATGGATATAGGCTCTGCTTAATGGGAAGTTAATAGTGT
GTCATGTTGTGTGTATTTGATGATGTTTACGACTATAGCATCCTCAGTTTGTCATGCGTT
GTAACGTGTTAAGC

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 3

CO CL3805Contig1 710 3 9 U
GGTGAAACTCATTTCACGACTGTGCTGCAAAAACCCTTGGCCAAACGCGAAAGCTCAACG
ATTGTTCCGAACTCTGGTTCGCCGTCGAACGATCTGTTTCACCGGACTTCTCGCATCCAT
TTCTTCCAGAGAGTAAGGATGAGTGGTTTTAGAGCATTCAAAGCGCAAGTGCCCATTGAA
TGGAGCCAAAGCTTGTACATAACCTTAGTGAGAGGTCTCCCTGGAACGAGGAAGCTTCAC
AGGCGAACTCTCGAGGCCAGGGGACTCCGGAGATGCCACCGCACTGTTTTGCACTCCAAC
ACTTCTTCCATTAGAGGAATGATTCAACAGGTTAAAAGGATGGTTGTTGTTGAAACGGAG
GAGATGTACACAGCTCGCAAGGAAGCTGAAGCTAACCACAAAGCTCTGCGTCCGCCACTT
GTTGTCAGTCATTCAAGCCCTGCAACAGGCTCCTCCAACATATCTTGAGTTTTTTTTCAA
GAAGATGGGTAAAGCCTCTTCGAATCGTCACTTTTGCTTAAGATCCACTTGTAACTTTAA
GATTCCGACAAGGTGTGAGGGAAGTCATAAGTAGTAGTCTAGACACAATAAGAAGTGTTG
GTATTGGTTAATTGGTGCCTCTTTAATGTTTTCTGGTGTGTACACTGGATTCTTTATGTA
TGTTTGCTCTCATTTTATCAAATCTCAAACCCATAAGTTTGGTTACTTTG


BQ
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10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B490TF U 1
AF RR3B490JQ C 1
AF RR3H888TF U 224
BS 1 223 RR3B490TF
BS 224 259 RR3H888TF
BS 260 260 RR3B490TF
BS 261 476 RR3H888TF
BS 477 477 RR3B490TF
BS 478 540 RR3H888TF
BS 541 542 RR3B490TF
BS 543 681 RR3H888TF
BS 682 710 RR3B490JQ

RD RR3B490TF 573 0 0
GGTGAAACTCATTTCACGACTGTGCTGCAAAAACCCTTGGCCAAACGCGAAAGCTCAACG
ATTGTTCCGAACTCTGGTTCGCCGTCGAACGATCTGTTTCACCGGACTTCTCGCATCCAT
TTCTTCCAGAGAGTAAGGATGAGTGGTTTTAGAGCATTCAAAGCGCAAGTGCCCATTGAA
TGGAGCCAAAGCTTGTACATAACCTTAGTGAGAGGTCTCCCTGGAACGAGGAAGCTTCAC
AGGCGAACTCTCGAGGCCAGGGGACTCCGGAGATGCCACCGCACTGTTTTGCACTCCAAC
ACTTCTTCCATTAGAGGAATGATTCAACAGGTTAAAAGGATGGTTGTTGTTGAAACGGAG
GAGATGTACACAGCTCGCAAGGAAGCTGAAGCTAACCACAAAGCTCTGCGTCCGCCACTT
GTTGTCAGTCATTCAAGCCCTGCAACAGGCTCCTCCAACATATCTTGAGTTTTTTTTCAA
GAAGATGGGTAAAGCCTCTTCGAATCGTCACTTTTGCTTAAGATCCACTTGTAACTTTAA
GATTCCGACAAGGTGTGAGGGAAGTCATAAGTA

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3B490JQ 710 0 0
GGTGAAACTCATTTCACGACTGTGCTGCAAAAACCCTTGGCCAAACGCGAAAGCTCAACG
ATTGTTCCGAACTCTGGTTCGCCGTCGAACGATCTGTTTCACCGGACTTCTCGCATCCAT
TTCTTCCAGAGAGTAAGGATGAGTGGTTTTAGAGCATTCAAAGCGCAAGTGCCCATTGAA
TGGAGCCAAAGCTTGTACATAACCTTAGTGAGAGGTCTCCCTGGAACGAGGAAGCTTCAC
AGGCGAACTCTCGAGGCCAGGGGACTCCGGAGATGCCACCGCACTGTTTTGCACTCCAAC
ACTTCTTCCATTAGAGGAATGATTCAACAGGTTAAAAGGATGGTTGTTGTTGAAACGGAG
GAGATGTACACAGCTCGCAAGGAAGCTGAAGCTAACCACAAAGCTCTGCGTCCGCCACTT
GTTGTCAGTCATTCAAGCCCTGCAACAGGCTCCTCCAACATATCTTGAGTTTTTTTTCAA
GAAGATGGGTAAAGCCTCTTCGAATCGTCACTTTTGCTTAAGATCCACTTGTAACTTTAA
GATTCCGACAAGGTGTGAGGGAAGTCATAAGTAGTAGTCTAGACACAATAAGAAGTGTTG
GTATTGGTTAATTGGTGCCTCTTTAATGTTT*CTGGTGTGTACACTGGATTCTTTATGTA
TGTTTGCTCTCATTTTATCAAATCTCAAACCCATAAGTTTGGTTACTTTG

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3H888TF 470 0 0
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CTGTTTTGCACTCCAACACTTCTTCCATTAGAGGAATGATTCAACAGGTTAAAAGGATGG
TTGTTGTTGAAACGGAGGAGATGTACACAGCTCGCAAGGAAGCTGAAGCTAACCACAAAG
CTCTGCGTCCGCCACTTGTTGTCAGTCATTCAAGCCCTGCAACAGGCTCCTCCAACATAT
CTTGAGTTTTTTT*CAAGAAGATGGGTAAAGCCTCTTCGAATCGTCACTTTTGCTTAAGA
TCCACTTGTAACTTTAA**TTCCGACAAGGTGTGAGGGAAGTCATAAGTAGTAGTCTAGA
CACAATAAGAAGTGTTGGTATTGGTTAATTGGTGCCTCTTTAATGTTTTCTGGTGTGTAC
ACTGGATTCTTTATGTATGTTTGCTCTCATTTTATCAA
TCTCAACCCATA

QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 2

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TTGCGTTCGCACTTGTAATGGTGATTGTGGGACGGTTCATTATAAAATTCATTTTACTAG
AAATGGCGGCATGGATACTCTTCATATTCTTGGAGACGTACACGAGGATGTTCTGGACAG
CAGAGTCTCTTTATTACAACCCAGTGTGGCACTTCATCGTTGGGACATGGGAGACTGTAG
TGTATAGTCCCGTTCTCGACTTGGACAGATGGGCGATTCCTATAGTCTGCATAATCGCGT
TGGGTGTTCTTTATTGGCGGTGTATGGGAAGAGGAAACATGGGGGTAGTTGGCTACTTCC
TATGTACAACATCCAGAAGAATGGTCGGAACAGGGAACGGTCAGAGTAAACCAATTTGCT
CCTCCTCCAATTATAAATTATAGCATCTTCTCGGGCATGCTCGTTGTTTTTAATCATCCG
GAGCTTTCTGCCCGTTACTACCAATTTTTGGACGCTGAAACATTTCAAGTGAAGAAGAAA
GAATCTAGAGGATGATTTAATCGATCCAAGTTGGTTTGATTGATGCCTGTATTCACACTG
CACTTTGTACCATTTACATAGAGTTTACCTTTGTAACGTTTTAACTTTATATATATATGG
TTGGATCTGTTTTTATCTATAAGTGATGGCTTGTATCGCTATTTGATATGAAGATTCTAA
GTAGCACTTGCATTTTCTGTTTGTAT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F643TF U 1
AF RR3F643JQ C 2
BS 1 701 RR3F643TF
BS 702 746 RR3F643JQ

RD RR3F643TF 701 0 0
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TTGCGTTCGCACTTGTAATGGTGATTGTGGGACGGTTCATTATAAAATTCATTTTACTAG
AAATGGCGGCATGGATACTCTTCATATTCTTGGAGACGTACACGAGGATGTTCTGGACAG
CAGAGTCTCTTTATTACAACCCAGTGTGGCACTTCATCGTTGGGACATGGGAGACTGTAG
TGTATAGTCCCGTTCTCGACTTGGACAGATGGGCGATTCCTATAGTCTGCATAATCGCGT
TGGGTGTTCTTTATTGGCGGTGTATGGGAAGAGGAAACATGGGGGTAGTTGGCTACTTCC
TATGTACAACATCCAGAAGAATGGTCGGAACAGGGAACGGTCAGAGTAAACCAATTTGCT
CCTCCTCCAATTATAAATTATAGCATCTTCTCGGGCATGCTCGTTGTTTTTAATCATCCG
GAGCTTTCTGCCCGTTACTACCAATTTTTGGACGCTGAAACATTTCAAGTGAAGAAGAAA
GAATCTAGAGGATGATTTAATCGATCCAAGTTGGTTTGATTGATGCCTGTATTCACACTG
CACTTTGTACCATTTACATAGAGTTTACCTTTGTAACGTTTTAACTTTATATATATATGG
TTGGATCTGTTTTTATCTATAAGTGATGGCTTGTATCGCTA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3F643JQ 745 0 0
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TGCGTTCGCACTTGTAATGGTGATTGTGGGACGGTTCATTATAAAATTCATTTTACTAGA
AATGGCGGCATGGATACTCTTCATATTCTTGGAGACGTACACGAGGATGTTCTGGACAGC
AGAGTCTCTTTATTACAACCCAGTGTGGCACTTCATCGTTGGGACATGGGAGACTGTAGT
GTATAGTCCCGTTCTCGACTTGGACAGATGGGCGATTCCTATAGTCTGCATAATCGCGTT
GGGTGTTCTTTATTGGCGGTGTATGGGAAGAGGAAACATGGGGGTAGTTGGCTACTTCCT
ATGTACAACATCCAGAAGAATGGTCGGAACAGGGAACGGTCAGAGTAAACCAATTTGCTC
CTCCTCCAATTATAAATTATAGCATCTTCTCGGGCATGCTCGTTGTTTTTAATCATCCGG
AGCTTTCTGCCCGTTACTACCAATTTTTGGACGCTGAAACATTTCAAGTGAAGAAGAAAG
AATCTAGAGGATGATTTAATCGATCCAAGTTGGTTTGATTGATGCCTGTATTCACACTGC
ACTTTGTACCATTTACATAGAGTTTACCTTTGTAACGTTTTAACTTTATATATATATGGT
TGGATCTGTTTTTATCTATAAGTGATGGCTTGTATCGCTATTTGATATGAAGATTCTAAG
TAGCACTTGCATTTTCTGTTTGTAT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 3

CO CL3807Contig1 892 3 6 U
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CAACACAAAAGAGAAGAACTTGAAACAAATAGAAACTAGTAAAAGGTAGAAACAACTTAT
TTAAAGTTCAAAGACCATTATGAGAGAGAGACCACAAAAGCTGTGACAAATTCATGTGAT
CAACGATCAGTTGGTGATGGGAAGGACATAAACTCCAAATTTATGAAGCAAATCACCAGC
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GGTAAGCCCAAAGGGACCATATGTTGCTGGCTTATTAGTCTTGAACGTAAGCATGGTAAG
GACCGCGGAGTCACTCCCAAAGATTATATCGAATGTGCCATTTACTTCCGTGATGTATTC
ACTTGGATAGTCGAACTCAAACTCTTCGAATCCAAGTAGAGTACTCTTTCCATGTTCATC
TCCTATGATTTCAGAAGAACCTTTGTTGTACACAAACTTAACCGCTGATATACCATCTTG
GGCTTGTCCTACAGAGACTTTTCTTACGCCGTCGAAAGCACCATCATCCCACGATGTTCC
TCCCTCACCACCCTTGGCTTCTAGCTTCTTGGTTGGTTCGGCAGGAGTCAAGGGGATGGT
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CGGTCCATATGTTTTGTTCTTGTTAGTCTTGAAAGTGAGCATCGTCAGCCCATCACTCCC
TAAGATTTTGTCGTAGGTGCCTTCCATGATGGTTATGTATTCATCTGATTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FR60JQ U 1
AF RR3AQ61JQ U 1
AF RR3AQ61TF C 166
BS 1 65 RR3AQ61JQ
BS 66 72 RR3FR60JQ
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BS 104 780 RR3AQ61JQ
BS 781 892 RR3AQ61TF

RD RR3FR60JQ 671 0 0
AA
TTCAAATAAAATTTATTCATTAAGAGGGATCACAAATCCATCTTAGACAGAACAACAACA
ACACAAAAGAGAAGAACTTGAAACAAATAGAAACTAGTAAAAGGTAGAAACAACTTATTT
AAAGTTCAAAGACCATTATGAGAGAGAGACCACAAAAGCTGTGACAAATTCATGTGATCC
ACGATCAGTTGGTGATGGGAAGGACATAAACTACAAATTTATGAAGCAAATCACCAGCAC
TTCCATGGAAACCAACGATCTTGTGGCCTCCCTCTTTGAGATGGAAGGCCTCACCAGCGG
TAAGCCCAAAGGGACCATATGTTGCTGGCTTATTAGTCTTGAACGTAAGCATGGTAAGGA
CCGCGGAGTCACTCCCAAAGATTATATCGAATGTGCCATTTACTTCCGTGATGTATTCAC
TTGGATAGTCAAGCTCAAACTCTTCGAATCCAAGTAGAGTACTCTTTCCATGTTCATCTC
CTATGATTTCAGAAGAACCTTTGTTGTACACAAACTTAACCGCTGATATACCATCTTGGG
CTTGTCCTACAGAGACTTTTCTTACGCCGTCGAAAGCACCATCATCCCATGATGTTCCTC
CCTCACCACCCTTGGCTTCTAGCTTCTTGGTTGGTTGGGCAGGAGTCAAGGGGATGGTGC
CTACTGGAG

QA 3 671 3 671
DS 

RD RR3AQ61JQ 780 0 0
ATTTCAAATAAAATTTATTCATTAAGAGGGATCACAAATCCATCTTAGACAGAACAACAA
CAACA*******GAAGAACTTGAAACAAATAGAAACTAGTAATAGGTAGAAACAACTTAT
TTAAAGTTCAAAGACCATTATGAGAGAGAGACCACAAAAGCTGTGACAAATTCATGTGAT
CAACGATCAGTTGGTGATGGGAAGGACATAAACTCCAAATTTATGAAGCAAATCACCAGC
ACTTCCATGGAAACCCACGATCTTGTGGCCTTCCTCTTTGAGATGGAAGGCCTCACCAGC
GGTAAGCCCAAAGGGACCATATGTTGCTGGCTTATTAGTCTTGAACGTAAGCATGGTAAG
GACCGCGGAGTCACTCCCAAAGATTATATCGAATGTGCCATTTACTTCCGTGATGTATTC
ACTTGGATAGTCGAACTCAAACTCTTCGAATCCAAGTAGAGTACTCTTTCCATGTTCATC
TCCTATGATTTCAGAAGAACCTTTGTTGTACACAAACTTAACCGCTGATATACCATCTTG
GGCTTGTCCTACAGAGACTTTTCTTACGCCGTCGAAAGCACCATCATCCCACGATGTTCC
TCCCTCACCACCCTTGGCTTCTAGCTTCTTGGTTGGTTCGGCAGGAGTCAAGGGGATGGT
GCCTACTGGAGCTAAGTAAACTCCAATAGCACTAATAGTTGAACCAGCTCGTCCATGGAA
TCCTGTAATCTTGTGACCTTCGTCCTTGAAATCAAAGTGTGTGCTACCTTCGAGACCATA

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3AQ61TF 727 0 0
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AAGCAAATCACCAGCACTTCCATGGAAACCCACGATCTTGTGGCCTTCCTCTTTGAGATG
GAAGGCCTCACCAGCGGTAAGCCCAAAGGGACCATATGTTGCTGGCTTATTAGTCTTGAA
CGTAAGCATGGTAAGGACCGCGGAGTCACTCCCAAAGATTATATCGAATGTGCCATTTAC
TTCCGTGATGTATTCACTTGGATAGTCGAACTCAAACTCTTCGAATCCAAGTAGAGTACT
CTTTCCATGTTCATCTCCTATGATTTCAGAAGAACCTTTGTTGTACACAAACTTAACCGC
TGATATACCATCTTGGGCTTGTCCTACAGAGACTTTTCTTACGCCGTCGAAAGCACCATC
ATCCCACGATGTTCCTCCCTCACCACCCTTGGCTTCTAGCTTCTTGGTTGGTTCGGCAGG
AGTCAAGGGGATGGTGCCTACTGGAGCTAAGTAAACTCCAATAGCACTAATAGTTGAACC
AGCTCGTCCATGGAATCCTGTAATCTTGTGACCTTCGTCCTTGAAATCAAAGTGTGTGCT
ACCTTCGAGACCATACGGTCCATATGTTTTGTTCTTGTTAGTCTTGAAAGTGAGCATCGT
CAGCCCATCACTCCCTAAGATTTTGTCGTAGGTGCCTTCCATGATGGTTATGTATTCATC
TGATTCC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 3

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AGACTGAAGATGGATCTAATAGGCAGCAAGTAGGGATGAGCCTGAACGGGACAGTAGTCA
CTGGGTTTCACCCGGGGCTTTCGTGCAACTCTAATGTTCCTAGCCTGAAACAAGATGTTG
ATCTTGAGAATGCCAATGATAAAGGACAAGAAATGGAGCCGCAGGTCGACGTGGCTCAGT
TAGATGGCAGAGAGTTTTTCGTAAAGGTGATTTGTGAATACAAACCAGGAGGCTTCACAA
GGCTAATGGAGGCACTTGATTCTTTGGGACTTGAGGTTACGAATGCTAACACCACTCGCT
TCCTCAGTCTTGTCTCTAATGTCTTTAAAGTCGAGAAAACAGATAGGGAGATGGTGCCAG
CTGAACATGTGAGGAACTCTTTGCTGGAAATAACCAGGAACACATCTAGAGGATGGCATG
ATGATCCGATGGCAACCGGTTCCATGCAAAACGAGAAGAACGAAGTTGACTACCAACACT
ATGATGATCGCCACCATCACGGTGATCATCACCACCTACATGATCCTCGGATGAATCATA
GCGCTCACCATCATCATCATCACCAACACATCAGCCATTACCAAAACCAATAAGGAACAT
GTTCTCAGAGCTATCAAGATGGGTGTTCTTTACAGGAGAAAGAACCATTAATATACGCAT
AAATGCACTTCAAACATCTTTCCATTTCAAGAAATATAATAAAAAGGAATATCAGATTCT
CATGGGACATAGAAGTATACATAAAAAGCCAAAAAACTTCACTTTTAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
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AF RR3EJ65TF U 1
AF RR3EJ65JQ C 106
AF RR3C896TF U 545
BS 1 682 RR3EJ65TF
BS 683 831 RR3C896TF

RD RR3EJ65TF 682 0 0
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AGACTGAAGATGGATCTAATAGGCAGCAAGTAGGGATGAGCCTGAACGGGACAGTAGTCA
CTGGGTTTCACCCGGGGCTTTCGTGCAACTCTAATGTTCCTAGCCTGAAACAAGATGTTG
ATCTTGAGAATGCCAATGATAAAGGACAAGAAATGGAGCCGCAGGTCGACGTGGCTCAGT
TAGATGGCAGAGAGTTTTTCGTAAAGGTGATTTGTGAATACAAACCAGGAGGCTTCACAA
GGCTAATGGAGGCACTTGATTCTTTGGGACTTGAGGTTACGAATGCTAACACCACTCGCT
TCCTCAGTCTTGTCTCTAATGTCTTTAAAGTCGAGAAAACAGATAGGGAGATGGTGCCAG
CTGAACATGTGAGGAACTCTTTGCTGGAAATAACCAGGAACACATCTAGAGGATGGCATG
ATGATCCGATGGCAACCGGTTCCATGCAAAACGAGAAGAACGAAGTTGACTACCAACACT
ATGATGATCGCCACCATCACGGTGATCATCACCACCTACATGATCCTCGGATGAATCATA
GCGCTCACCATCATCATCATCACCAACACATCAGCCATTACCAAAACCAATAAGGAACAT
GTTCTCAGAGCTATCAAGATGG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3EJ65JQ 612 0 0
ACGGGACAGTAGTCACTGGGTTTCACCCGGGGCTTTCGTGCAACTCTAATGTTCCTAGCC
TGAAACAAGATGTTGATCTTGAGAATGCCAATGATAAAGGACAAGAAATGGAGCCGCAGG
TCGACGTGGCTCAGTTAGATGGCAGAGAGTTTTTCGTAAAGGTGATTTGTGAATACAAAC
CAGGAGGCTTCACAAGGCTAATGGAGGCACTTGATTCTTTGGGACTTGAGGTTACGAATG
CTAACACCACTCGCTTCCTCAGTCTTGTCTCTAATGTCTTTAAAGTCGAGAAAACAGATA
GGGAGATGGTGCCAGCTGAACATGTGAGGAACTCTTTGCTGGAAATAACCAGGAACACAT
CTAGAGGATGGCATGATGATCCGATGGCAACCGGTTCCATGCAAAACGAGAAGAACGAAG
TTGACTACCAACACTATGATGATCGCCACCATCACGGTGATCATCACCACCTACATGATC
CTCGGATGAATCATAGCGCTCACCATCATCATCATCACCAACACATCAGCCATTACCAAA
ACCAATAAGGAACATGTTTTCAGAGCTATCAAGATGGGTGTTCTTTACAGGAGAAAGAAC
CATTAATATACG

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3C896TF 287 0 0
G
GATCACCACCATCACGGTGATCATCACCACCTACATGATCCTCGGATGAATCATAGCGCT
CACCATCATCATCATCACCAACACATCAGCCATTACCAAAACCAATAAGGAACATGTTCT
CAGAGCTATCAAGATGGGTGTTCTTTACAGGAGAAAGAACCATTAATATACGCATAAATG
CACTTCAAACATCTTTCCATTTCAAGAAATATAATAAAAAGGAATATCAGATTCTCATGG
GACATAGAAGTATACATAAAAAGCCAAAAAACTTCACTTTTAAATT

QA 2 287 2 287
DS 



AS 1 3

CO CL3809Contig1 606 3 2 U
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GTTTCAAATGTGAGAAGTAATAGTGAGACTTTCGTCTTATTCTTTTGTTCAACAAAATTA
ATATCAAAGAACAAAAAGAGAAAAAATCAATCAAGCTCCATATCATCCGAGTTTCGACGT
CCATGGGATCCATTATGTTCCGATTTTGTGGGAGGAGAGTTTGACTTCCCAATGTACTTG
CACGTCGCGTTAAGAGCATCGGCCTTTCTCCTGATTTCACCAGATTGCAGCTCCGGATGG
CTATGTGATTCTTGTTCCGTGGTTCTCTCGTGGAGCCACCTCTCGACTTTCTTACATTCA
TCAAGAACCGCGTTCTTTCTTGGAGGAGGAAGAGACTCTGCAGCCATTCTATTATCTGCT
ATAGTTTTAGCAAGATCTTTTGATGCTTTTACTCGCTCTTCACCATCTTTAAACCGATTT
TCAATAGGATCAATGAGCTTTTTGATGTCATTCAACTTCTCGATGTAAGCATTTTCAGAT
TCATCATCACCATCTTCGTATAGCCATTCCTCTGTTTCTTGAAGATTTCTGGCGATGCAT
TCCCGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3C156JQ U 1
AF RR3C156TF C 1
AF RR3F649JQ U 16
BS 1 446 RR3C156JQ
BS 447 606 RR3F649JQ

RD RR3C156JQ 458 0 0
CGAAAAAATCAACTTCGAGAATAATCGTTTTCAAACGGTTTGACAAAAATGAACATTATC
GTTTCAAATGTGAGAAGTAATAGTGAGACTTTCGTCTTATTCTTTTGTTCAACAAAATTA
ATATCAAAGAACAAAAAGAGAAAAAATCAATCAAGCTCCATATCATCCGAGTTTCGACGT
CCATGGGATCCATTATGTTCCGATTTTGTGGGAGGAGAGTTTGACTTCCCAATGTACTTG
CACGTCGCGTTAAGAGCATCGGCCTTTCTCCTGATTTCACCAGATTGCAGCTCCGGATGG
CTATGTGATTCTTGTTCCGTGGTTCTCTCGTGGAGCCACCTCTCGACTTTCTTACATTCA
TCAAGAACCGCGTTCTTTCTTGGAGGAGGAAGAGACTCTGCAGCCATTCTATTATCTGCT
ATAGTTTTAGCAAGATCTTTTGATGC
CTGTACTCTCTC

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3C156TF 458 0 0
CGAAAAAATCAACTTCGAGAATAATCGTTTTCAAACGGTTTGACAAAAATGAACATTATC
GTTTCAAATGTGAGAAGTAATAGTGAGACTTTCGTCTTATTCTTTTGTTCAACAAAATTA
ATATCAAAGAACAAAAAGAGAAAAAATCAATCAAGCTCCATATCATCCGAGTTTCGACGT
CCATGGGATCCATTATGTTCCGATTTTGTGGGAGGAGAGTTTGACTTCCCAATGTACTTG
CACGTCGCGTTAAGAGCATCGGCCTTTCTCCTGATTTCACCAGATTGCAGCTCCGGATGG
CTATGTGATTCTTGTTCCGTGGTTCTCTCGTGGAGCCACCTCTCGACTTTCTTACATTCA
TCAAGAACCGCGTTCTTTCTTGGAGGAGGAAGAGACTCTGCAGCCATTCTATTATCTGCT
ATAGTTTTAGCAAGATCTTTTGATGC
CTGTACTCTCTC

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3F649JQ 591 0 0
CGAGAATAATCGTTTTCAAACCGTTTGACAAAAATGAACATTATCGTTTCAAATGTGAAA
AGTAATAGTAAGACTTTCGTCTTATTCTTTTGTTCACCAAAATTAATATCAAAGAACAAA
AAGAGAAAAA*TCAATCAAGCTCCATATCATCCGAGTTTCGACGTCCGTGGGATCCATTA
TGTTCCGATTTTGTGGGAGGAGAGTTTGACTTCCCAATGTACTTGCACGTCGCGTTAAAA
GCATCGGCCTTTCTCCTGATTTCACCAAATTGCAGCTCCGGATGGCTATGTGATTCTTGT
TCCGGGGTTCTCTCGTGGAGCCACCTCTCGACTTTCTTACATTCATCAAGAACCGCGTTC
TTTCTTGGAGGAGGAAAAAACTCTGCAGCCATTCTATAATCTGCTATAGTTTTCGCAAGA
TCTTTTGATGCTTTTACTCGCTCTTCACCATCTTTAAACCGATTTTCAATAGGATCAATG
AGCTTTTTGATGTCATTCAACTTCTCGATGTAAGCATTTTCAGATTCATCATCACCATCT
TCGTATAGCCATTCCTCTGTTTCTTGAAGATTTCTGGCGATGCATTCCCGT

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 3

CO CL3810Contig1 956 3 10 U
GGAGGGTTCGAATCAGATTATCTGCAACAACAAAAATGGCGTTGGCTGGTCGTATCAGAT
CCGGGATCTCCTTCTTCAAGACCACCTCCGTCTCATCCGCTAGATCTCACCTCCGTGGAG
CGCCGCTCATCCCCGCGTTGAGAGATTACGCAACAGATTCGGCTCAGAAGACCGCCAATG
TTAAGGTGCCTGTGGCTTTAGTTGGTGAATCTGGCAACTTCGCCTCGTGGCTGTACATAG
CAGCATTGAAAATGAACTCCTTGGAGAAGATCGAGTCTGATCTCTCCGAGCTCGTCGAGG
CTATGAAGACGAGCCCTATTTTTTCGCAGTTCACTAAAGATCCCTCTGTTCCTAGAGAGA
CGAGACTCGCTGCTATCGTGGATGTTTGTGATAAAGCCAAGTTTGCAGAACCCACCAAGA
ACTTTCTCTCTCTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAATTTGGATGTGATT*GTCAAA
AAATTCATGCAGTTGACGACAGCACATAGAGGGGATGTCAAGGTTTTGGTTACCACTGTC
ATGCCGCTTCCCCCTGCTGAGGAAAAGGAGTTGAAGGAGACACTCCAGGAGATAATTGGA
GAAGGGAAGAAAGTAACTGTGGAACAAAAGATTGATCCGAGTATCTACAGAGGGCTAATA
GTAGAGTTTCAACAAAAGGTGTTGGACATGTCTATCAGGACAAGGGCACAGCAGATGGAG
AGGCTCCTCCGTGAGCCTGTTGTCTTCACCAACCTCTGAAGAAATTTCCCACAAGAAACG
TTCTTTTGATGATTTTACCACCAGTTGACAAATAAAATATGACACTGTCCTGAGAAACAA
CATATAAACACTTGTGTCGGTTTGTTTGAATTTTGTCATTTCATTTTACAGTTGTTTTTG
CTTCGAAATAAGCTTTTGAAGACATCAAATTTCAATGATATCTGAGTTTACGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H732TF U 344
AF RR3H348TF U 1
AF RR3H348JQ C 319
BS 1 678 RR3H348TF
BS 679 679 RR3H348JQ
BS 680 698 RR3H348TF
BS 699 699 RR3H348JQ
BS 700 702 RR3H348TF
BS 703 703 RR3H348JQ
BS 704 740 RR3H348TF
BS 741 741 RR3H348JQ
BS 742 758 RR3H348TF
BS 759 956 RR3H348JQ

RD RR3H732TF 329 0 0
CTCTGTTCCTAGAGAGACGAGACTCGCTGCTATCGTGGATGTTCGTGATAAAGCCAAGTT
TGCAGAACCCACCAAGAACTTTCTCTCTCTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAATTT
GGATGTGATTTGTCAAAAAATTCATGCAGTTGACGACAGCACATAGAGGGGATGTCAAGG
TTTTGGTTACCACTGTCATGCCGCTTCCCCCTGCTGAGGAAAAGGAGTTGAAGGAGACAC
TCCAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAAAGTAACTGTGGAACAAAAGATTGATCCGAGTA
TCTAC*GAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAA

QA 1 329 1 329
DS 

RD RR3H348TF 758 0 0
GGAGGGTTCGAATCAGATTATCTGCAACAACAAAAATGGCGTTGGCTGGTCGTATCAGAT
CCGGGATCTCCTTCTTCAAGACCACCTCCGTCTCATCCGCTAGATCTCACCTCCGTGGAG
CGCCGCTCATCCCCGCGTTGAGAGATTACGCAACAGATTCGGCTCAGAAGACCGCCAATG
TTAAGGTGCCTGTGGCTTTAGTTGGTGAATCTGGCAACTTCGCCTCGTGGCTGTACATAG
CAGCATTGAAAATGAACTCCTTGGAGAAGATCGAGTCTGATCTCTCCGAGCTCGTCGAGG
CTATGAAGACGAGCCCTATTTTTTCGCAGTTCACTAAAGATCCCTCTGTTCCTAGAGAGA
CGAGACTCGCTGCTATCGTGGATGTTTGTGATAAAGCCAAGTTTGCAGAACCCACCAAGA
ACTTTCTCTCTCTGTTAGCTGAGAATGGGAAGCTGAAGAATTTGGATGTGATT*GTCAAA
AAATTCATGCAGTTGACGACAGCACATAGAGGGGATGTCAAGGTTTTGGTTACCACTGTC
ATGCCGCTTCCCCCTGCTGAGGAAAAGGAGTTGAAGGAGACACTCCAGGAGATAATTGGA
GAAGGGAAGAAAGTAACTGTGGAACAAAAGATTGATCCGAGTATCTACAGAGGGCTAATA
GTAGAGTTTCAACAAAAG*TGTTGGACATGTCTATCAG*ACA*GGGCACAGCAGATGGAG
AGGCTCCTCCGTGAGCCTGT*GTCTTCACCAACCTCTG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3H348JQ 638 0 0
TTTTTTCGCAGTTCACTAAAGATCCCTCTGTTCCTAGAGAGACGAGACTCGCTGCTATCG
TGGATGTTTGTGATAAAGCCAAGTTTGCAGAACCCACCAAGAACTTTCTCTCTCTGTTAG
CTGAGAATGGGAAGCTGAAGAATTTGGATGTGATT*GTCAAAAAATTCATGCAGTTGACG
ACAGCACATAGAGGGGATGTCAAGGTTTTGGTTACCACTGTCATGCCGCTTCCCCCTGCT
GAGGAAAAGGAGTTGAAGGAGACACTCCAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAAAGTAACT
GTGGAACAAAAGATTGATCCGAGTATCTACGGAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAACAAAAG
GTGTTGGACATGTCTATCAGGACAAGGGCACAGCAGATGGAGAGGCTCCTCCGTGAGCCT
GTTGTCTTCACCAACCTCTGAAGAAATTTCCCACAAGAAACGTTCTTTTGATGATTTTAC
CACCAGTTGACAAATAAAATATGACACTGTCCTGAGAAACAACATATAAACACTTGTGTC
GGTTTGTTTGAATTTTGTCATTTCATTTTACAGTTGTTTTTGCTTCGAAATAAGCTTTTG
AAGACATCAAATTTCAATGATATCTGAGTTTACGTTTG

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 3

CO CL3811Contig1 859 3 2 U
CGTGCAATCATAAACTGTCGCTTTTATTAACAATAATCTTTACCTGATGGAAACAAGAAC
ACAAACACAACACAACACAACACAAGAGTTCTAAAGTAGACAGTAGACAAAAGAGATCAG
AAACTAATCTCCTTTGTTGTCGGCTGAGAAGTAAATCTCACAAGACCGAGGAAGAAACAC
AGGCAACAAGAGACCAAACAGATTGTAAAACCACATGACAGTGTTAACAGAAGCAATGGC
TCTTCCTCCGTACAATCTTACTGGACCACCAGGACGCTGAGTATCTGTGAACTCAGCTTT
AACCCAATCCAACAGCGCGAAGATACGACGAGCGTTGTAGAAAACAGGTCCAAGAATACC
AATGGGAGTCGCAAACCGGTCAGAGAAACCAATTGGTTCTGTGAAGGCTTGACCGGAGAG
GAGGAAGAGATGTGGAGCTGCGGCTCTAACACCGTGAATGTCTCCCCGGTATAGTCCATC
TCCGATGTAGCAAATCGGGAACAGTAGGCCGATAATAGCAGTGGCGAGGAAGTAAGTTTG
AAAGAGTTTGTTTTTAGGGTTTGAGAGCCTCCTCTTCTGCTCGTTCTGCTTGCGTGGGAA
GGCAAACCTAGAGAGGAACTCATACAAGTATATGTAAGATAGTATCACAAACGCTACTTC
TCCTATCCCCACGAGTCCTTTTGCGGCTAGTAATATCATGAGGGAGAGAAACACGAGCTG
TCTCTTGCGGCTGATGAGACCACGTTTTGGCGGCGGTGGAGAAGGTTTAGGGTTGGTGTC
ACTACCGTGCTCGCGTATCTCTTCCGACATTAGAGAAGTCTTTGGTTTCAAGAGTTGTTC
AGAAGCTGTTTAAAGTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E493JQ U 1
AF RR3GX68JQ U 4
AF RR3E493TF C 172
BS 1 730 RR3E493JQ
BS 731 859 RR3E493TF

RD RR3E493JQ 730 0 0
CGTGCAATCATAAACTGTCGCTTTTATTAACAATAATCTTTACCTGATGGAAACAAGAAC
ACAAACACAACACAACACAACACAAGAGTTCTAAAGTAGACAGTAGACAAAAGAGATCAG
AAACTAATCTCCTTTGTTGTCGGCTGAGAAGTAAATCTCACAAGACCGAGGAAGAAACAC
AGGCAACAAGAGACCAAACAGATTGTAAAACCACATGACAGTGTTAACAGAAGCAATGGC
TCTTCCTCCGTACAATCTTACTGGACCACCAGGACGCTGAGTATCTGTGAACTCAGCTTT
AACCCAATCCAACAGCGCGAAGATACGACGAGCGTTGTAGAAAACAGGTCCAAGAATACC
AATGGGAGTCGCAAACCGGTCAGAGAAACCAATTGGTTCTGTGAAGGCTTGACCGGAGAG
GAGGAAGAGATGTGGAGCTGCGGCTCTAACACCGTGAATGTCTCCCCGGTATAGTCCATC
TCCGATGTAGCAAATCGGGAACAGTAGGCCGATAATAGCAGTGGCGAGGAAGTAAGTTTG
AAAGAGTTTGTTTTTAGGGTTTGAGAGCCTCCTCTTCTGCTCGTTCTGCTTGCGTGGGAA
GGCAAACCTAGAGAGGAACTCATACAAGTATATGTAAGATAGTATCACAAACGCTACTTC
TCCTATCCCCACGAGTCCTTTTGCGGCTAGTAATATCATGAGGGAGAGAAACACGAGCTG
TCTCTTGCGG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3GX68JQ 727 0 0
GCAATCATAAACTGTCGCTTTTATTAACAATAATCTTTACCTGATGGAAACAAGAACACA
AACACAACACAACACAACACAAGAGTTCTAAAGTAGACAGTAGACAAAAGAGATCAGAAA
CTAATCTCCTTTGTTGTCGGCTGAGAAGTAAATCTCACAAGACCGAGGAAGAAACACAGG
CAACAAGAGACCAAACAGATTGTAAAACCACATGACAGTGTTAACAGAAGCAATGGCTCT
TCCTCCGTACAATCTTACTGGACCACCAGGACGCTGAGTATCTGTGAACTCAGCTTTAAC
CCAATCCAACAGCGCGAAGATACGACGAGCGTTGTAGAAAACAGGTCCAAGAATACCAAT
GGGAGTCGCAAACCGGTCAGAAAAACCAATTGGTTCTGTGAAGGCTTGACCGGAGAGGAG
GAAGAAATGTGGAGCTGCGGCTCTAACACCGTGAATGTCTCCCCGGTATAGTCCATCTCC
GATGTAGCAAATCGGGGACAGTAGGCCGATAATAGCAGTGGCGAGGAAGTAAGTTTGAAA
GAGTTTGTTTTTAGGGTTTGAGAGCCTCCTCTTCTGCTCGTTCTGCTTGCGTGGGAAGGC
AAACCTAGAGAGGAACTCATACAAGTATATGTAAGATAGTATCACAAACGCTACTTCTCC
TATCCCCACGAGTCCTTTTGCGGCTAGTAATATCATGAGGGAGAGAAACACGAGCTGTCT
CTTGCGG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3E493TF 688 0 0
AAGAAACACAGGCAACAAGAGACCAAACAGATTGTAAAACCACATGACAGTGTTAACAGA
AGCAATGGCTCTTCCTCCGTACAATCTTACTGGACCACCAGGACGCTGAGTATCTGTGAA
CTCAGCTTTAACCCAATCCAACAGCGCGAAGATACGACGAGCGTTGTAGAAAACAGGTCC
AAGAATACCAATGGGAGTCGCAAACCGGTCAGAGAAACCAATTGGTTCTGTGAAGGCTTG
ACCGGAGAGGAGGAAGAGATGTGGAGCTGCGGCTCTAACACCGTGAATGTCTCCCCGGTA
TAGTCCATCTCCGATGTAGCAAATCGGGAACAGTAGGCCGATAATAGCAGTGGCGAGGAA
GTAAGTTTGAAAGAGTTTGTTTTTAGGGTTTGAGAGCCTCCTCTTCTGCTCGTTCTGCTT
GCGTGGGAAGGCAAACCTAGAGAGGAACTCATACAAGTATATGTAAGATAGTATCACAAA
CGCTACTTCTCCTATCCCCACGAGTCCTTTTGCGGCTAGTAATATCATGAGGGAGAGAAA
CACGAGCTGTCTCTTGCGGCTGATGAGACCACGTTTTGGCGGCGGTGGAGAAGGTTTAGG
GTTGGTGTCACTACCGTGCTCGCGTATCTCTTCCGACATTAGAGAAGTCTTTGGTTTCAA
GAGTTGTTCAGAAGCTGTTTAAAGTTCC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 3

CO CL3812Contig1 793 3 14 U
TATCTTTAAACGTTTCAAACTTGAATTATCAGAAAAATGTAGACTTTCGTAACAAACATT
GATTCTGAATCTTTGTAATAAATAAAAAGGAACTTGTGTATCCCCACACTGTTTCTCACT
CTCAAAAGTAGTATTATAAAAACCAATAATCGACTATGTCTCTGCTGGAAGCGAACATTG
AGCTTCTTCACATGTACGTAACGTATTGTTTGGGATTCTCTATCTAGCACCCCAGCCCCA
GCCTTGCCTTTTGACGTTCCCTTCCTCTCTTTCATCCGATACTAACTTCTGCTTTCTAAG
CATCTCAACTTCAGCTTCAATGGATTGTCCCGACTCCAATGCTTTCTGCAGTTCTGCTAT
CTGTGCCTCGAGTTTAAAGCATCTGGACCGCTCTGAAATAAGTTGACCTTGTACAGATTG
GAGTTCTTGGGATAGTTCAGCGTGCGTGCTATTAACTTCATCTATCTTTTCCCTGAGCTT
CGAGTTTTCTACTTGGGTTTCTGCAACAGACGACTCCAGAGTTCTTTTCTCTTATTTAAC
GGAATCGATTGTGTTTCTAATATCACTCCCAGAGAAGCTGTTTCCTGTTCCGTTGAGAGT
TGGGTTTGCAGGTGGTGGTGGAGGAAAATCTGAGCTATCTGACTTGGCTATGGCATAAGC
AGCAGTGACAGAGGCTGCAGCTGCAGCGGCTGCTGGTGACTTGAAGATTTTGGGATGCGA
GGATACTTCTCCTGGCTTTAGTCTCATGACGAATATATCATTGTTATACTTGCCGTTGTA
GCCGCCAAAAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER10JQ U 120
AF RR3ER10TF C 1
AF RR3BY13JQ U 79
BS 1 78 RR3ER10TF
BS 79 119 RR3BY13JQ
BS 120 316 RR3ER10JQ
BS 317 384 RR3BY13JQ
BS 385 385 RR3ER10TF
BS 386 444 RR3BY13JQ
BS 445 445 RR3ER10TF
BS 446 518 RR3BY13JQ
BS 519 519 RR3ER10TF
BS 520 533 RR3BY13JQ
BS 534 534 RR3ER10TF
BS 535 539 RR3BY13JQ
BS 540 540 RR3ER10TF
BS 541 793 RR3BY13JQ

RD RR3ER10JQ 197 0 0
TCTCAAAAGTAGTATTATAAAAACCAATAATCGACTATGTCTCTGCTGGAAGCGAACATT
GAGCTTCTTCACATGTACGTAACGTATTGTTTGGGATTCTCTATCTAGCACCCCAGCCCC
AGCCTTGCCTTTTGACGTTCCCTTCCTCTCTTTCATCCGATACTAACTTCTGCTTTCTAA
GCATCTCAACTTCAGCT

QA 1 197 1 197
DS 

RD RR3ER10TF 558 0 0
TATCTTTAAACGTTTCAAACTTGAATTATCAGAAAAATGTAGACTTTCGTAACAAACATT
GATTCTGAATCTTTGTAATAAATAAAAAGGAACTTGTGTATCCCCACACTGTTTCTCACT
CTCAAAAGTAGTATTATAAAAACCAATAATCGACTATGTCTCTGCTGGAAGCGAACATTG
AGCTTCTTCACATGTACGTAACGTATTGTTTGGGATTCTCTATCTAGCACCCCAGCCCCA
GCCTTGCCTTTTGACGTTCCCTTCCTCTCTTTCATCCGATACTAACTTCTGCTTTCTAAG
CATCTCAACTTCAGCTTCAATGGATTGTCCCGACTCCAATGCTTTCTGCAGTTCTGCTAT
CTGTGCCTCGAGTTTAAAGCATCTGGACCGCTCTGAGATAAGTTGACCTTGTACAGATTG
GAGTTCTTGGGATAGTTCAGCGTGCGTGCTATTAACTTCATCTATCTTTTCCCTGAGCTT
CGAGTTTTCTACTTGGGTTTCTGCAACAGACGACTCCAGAGTTCTTTTCTCTTATTTAAC
GGAATCGA
CTTTGTTTCC

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3BY13JQ 715 0 0
TAAATAAAAAGGAACTTGTGTATCCCCACACTGTTTCTCACTCTCAAAAGTAGTATTATA
AAAAACAATAATCGACTATGTCTCTGCTGGAAGCGAACATTGAGCTTTTTCGCATGTACG
TAACGTATTGTTTGGGATTCTCTATCTAGCACCCCAGCCCCAGCCTTGCCTTTTGGCGTT
CCCTTCCTCTCTTTCATCCGATGCTAACTTCTGCTTTCTAAGCATCTCAACTTCAGCTTC
AATGGATTGTCCCGACTCCAATGCTTTCTGCAGTTCTGCTATCTGTGCCTCGAGTTTAAA
GCATCTTGACCGCTCTGAAATAAGTTGACCTTGTACAGATTGGAGTTCTTGGGATAGTTC
AGCGTGGGTGCTATTAACTTCATCTATCTTTTCCCTGAGCTTCGAGTTTTCTACTTGGGT
TTCTGCAACAGACGACTCCATAGTTCTTTTCTCTTCTTTAATGGAATCGATTGTGTTTCT
AATATCACTCCCAGAGAAGCTGTTTCCTGTTCCGTTGAGAGTTGGGTTTGCAGGTGGTGG
TGGAGGAAAATCTGAGCTATCTGACTTGGCTATGGCATAAGCAGCAGTGACAGAGGCTGC
AGCTGCAGCGGCTGCTGGTGACTTGAAGATTTTGGGATGCGAGGATACTTCTCCTGGCTT
TAGTCTCATGACGAATATATCATTGTTATACTTGCCGTTGTAGCCGCCAAAAGCT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL3813Contig1 803 2 2 U
GTAGACCAAAGGATCAAATCAGACACAGACTACGATCTGATTCTTTTTGATTCGAAAGAT
GCTGCCTTATGCACTAGCTGGCTTGACACAAGGCCACAAGGTTCGGTGGTGTATGTAGCA
TTTGGGAGCGTTTCTAAGCTGAACAATATGCAGATGGAGGAGCTTGCTTCAGCAGTTAGC
AACTTCAGCTTCCTGTGGGTCGTCAGAGATTCAGAGGAGGCAAAACTGCCATCAGGGTTT
CTTGAAACACTCGATAAAGACAAGTGCTTGGTATTGAAATGGAGTCCTCAGCTTGAAGTT
CTATCTAACAAAGCCATCGGTTGTTTCTTGACTCATTGTGGCTGGAACTCAACTATGGAG
GCATTAACCTTTGGTGTTCCCATGGTGGCTATGCCTCAATGGACTGATCAACCTATGAAC
GCAAAATACATACAAGATGTGTGGAAGGTTGGAGTTAGTGTGAAGACTGACAATGAGAGT
GGGATTGCAAAGAGGGAAGTAATTGAGTTAAGCATTAAGGAAGTGATGGAAGGAGAGAAG
AGCAGAGAGATGAAGGAGAATGCAAAGAAATGGAGAGACTTGGCTGTGAAGTCATCCAGT
GAAGGAGGTTCTACAGATATTAACATTGACACATTTGTATCAACGGTTCAGAACAAATAA
GATATCACATGAAGTACAAAAAATCTCTTCTATAGTGTCCTAAGAACTATGTTTGTCTCC
TTAATTACTCTGTTCCTGCTTTTCTTTTGCCGTATTATTCTGTTCTTTTCTCTCTATAAC
ATGTTTTTCATCTACTCGTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK73TF U 1
AF RR3EK73JQ C 149
BS 1 606 RR3EK73TF
BS 607 803 RR3EK73JQ

RD RR3EK73TF 606 0 0
GTAGACCAAAGGATCAAATCAGACACAGACTACGATCTGATTCTTTTTGATTCGAAAGAT
GCTGCCTTATGCACTAGCTGGCTTGACACAAGGCCACAAGGTTCGGTGGTGTATGTAGCA
TTTGGGAGCGTTTCTAAGCTGAACAATATGCAGATGGAGGAGCTTGCTTCAGCAGTTAGC
AACTTCAGCTTCCTGTGGGTCGTCAGAGATTCAGAGGAGGCAAAACTGCCATCAGGGTTT
CTTGAAACACTCGATAAAGACAAGTGCTTGGTATTGAAATGGAGTCCTCAGCTTGAAGTT
CTATCTAACAAAGCCATCGGTTGTTTCTTGACTCATTGTGGCTGGAACTCAACTATGGAG
GCATTAACCTTTGGTGTTCCCATGGTGGCTATGCCTCAATGGACTGATCAACCTATGAAC
GCAAAATACATACAAGATGTGTGGAAGGTTGGAGTTAGTGTGAAGACTGACAATGAGAGT
GGGATTGCAAAGAGGGAAGTAATTGAGTTAAGCATTAAGGAAGTGATGGAAGGAGAGAAG
AGCAGAGAGATGAAGGAGAATGCAAAGAAATGGAGAGACTTGGCTGTGAAGTCATCCAGT
GAAGGA

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3EK73JQ 655 0 0
TGCAGATGGAGGAGCTTGCTTCAGCAGTTAGCAACTTCAGCTTCCTGTGGGTCGTCAGAG
ATTCAGAGGAGGCAAAACTGCCATCAGGGTTTCTTGAAACACTCGATAAAGACAAGTGCT
TGGTATTGAAATGGAGTCCTCAGCTTGAAGTTCTATCTAACAAAGCCATCGGTTGTTTCT
TGACTCATTGTGGCTGGAACTCAACTATGGAGGCATTAACCTTTGGTGTTCCCATGGTGG
CTATGCCTCAATGGACTGATCAACCTATGAACGCAAAATACATACAAGATGTGTGGAAGG
TTGGAGTTAGTGTGAAGACTGACAATGAGAGTGGGATTGCAAAGAGGGAAGTAATTGAGT
TAAGCATTAAGGAAGTGATGGAAGGAGAGAAGAGCAGAGAGATGAAGGAGAATGCAAAGA
AATGGAGAGACTTGGCTGTGAAGTCATCCAGTGAAGGAGGTTCTACAGATATTAACATTG
ACACATTTGTATCAACGGTTCAGAACAAATAAGATATCACATGAAGTACAAAAAATCTCT
TCTATAGTGTCCTAAGAACTATGTTTGTCTCCTTAATTACTCTGTTCCTGCTTTTCTTTT
GCCGTATTATTCTGTTCTTTTCTCTCTATAACATGTTTTTCATCTACTCGTTTTT

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 3

CO CL3814Contig1 760 3 6 U
GGACATATCTTCTCTCTCTTTCTCTCTTTCTCTCACGCTCTGAATCTCCCCAAGACAACA
ATGCCAACAGGTGGATCTGACCATCCTGCATCACTGATGAGCAAGCAAGACACGGCCACC
TTTTCCGACAAGATACCGTCGAGCAAACGAAGGTTATCTTCTCAGGCACCAGCTTGTCCT
TCCTTTAGAATCTACTACTACGACGGAGCCGCCGGTTCCATCCCATTCGAATGGGAATCC
CATCCCGGCACTCCCAAGCACAAGCACCCCTCCTCCGAGCTACCTCCGCTGCCTCTCACC
CCTCCGCCGTGTCATTTGTCCTTCTCCAGCGAACAAATCCGTGGTAGTTCAAGAAAACCC
ATCAAGAAAATCCTGGCACTAATCCATACCAGACTCTTGTGGTTATCATCAGGTGGTCAC
AAGAAGAATAACAAGGTCATGAAACTGTCGGCTTCTTCACCGTCTCTGTCGGAGAGGGTG
CTGATGGATGAGAATGAGTACCATCTGTTCAAGTGTCAGACAAAAGGGAAGGTCATTAGA
AGATTTTCATCCTTTGACTCTTCTATTGATCACTACCCCATTCGTAGATCACAATCCCCC
TCTTGCTTCGGAATCCGCGGATGTTTCATCTGGTAATAATATAGATGGGTTTCAGCATAG
AATCTGGAAAATAAAACTTGAAAATTCTTATAAATTGTGTGTTTCCATAATATATTTGTA
ATCCCCATCGTCTTATTATATTTTAATCAACCATGTCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G730TF U 1
AF RR3G730JQ C 32
AF RR3DB62TF U 319
BS 1 50 RR3G730TF
BS 51 51 RR3G730JQ
BS 52 635 RR3G730TF
BS 636 636 RR3DB62TF
BS 637 670 RR3G730TF
BS 671 760 RR3DB62TF

RD RR3G730TF 671 0 0
GGACATATCTTCTCTCTCTTTCTCTCTTTCTCTCACGCTCTGAATCTCCC*AAGACAACA
ATGCCAACAGGTGGATCTGACCATCCTGCATCACTGATGAGCAAGCAAGACACGGCCACC
TTTTCCGACAAGATACCGTCGAGCAAACGAAGGTTATCTTCTCAGGCACCAGCTTGTCCT
TCCTTTAGAATCTACTACTACGACGGAGCCGCCGGTTCCATCCCATTCGAATGGGAATCC
CATCCCGGCACTCCCAAGCACAAGCACCCCTCCTCCGAGCTACCTCCGCTGCCTCTCACC
CCTCCGCCGTGTCATTTGTCCTTCTCCAGCGAACAAATCCGTGGTAGTTCAAGAAAACCC
ATCAAGAAAATCCTGGCACTAATCCATACCAGACTCTTGTGGTTATCATCAGGTGGTCAC
AAGAAGAATAACAAGGTCATGAAACTGTCGGCTTCTTCACCGTCTCTGTCGGAGAGGGTG
CTGATGGATGAGAATGAGTACCATCTGTTCAAGTGTCAGACAAAAGGGAAGGTCATTAGA
AGATTTTCATCCTTTGACTCTTCTATTGATCACTACCCCATTCGTAGATCACAATCCCCC
TCTTGCTTCGGAATCCGCGGATGTTTCATCTGGTA*TAATATAGATGGGTTTCAGCATAG
AATCTGGAAA
T

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3G730JQ 729 0 0
CTCACGCTCTGAATCTCCCCAAGACAACAATGCCAACAGGTGGATCTGACCATCCTGCAT
CACTGATGAGCAAGCAAGACACGGCCACCTTTTCCGACAAGATACCGTCGAGCAAACGAA
GGTTATCTTCTCAGGCACCAGCTTGTCCTTCCTTTAGAATCTACTACTACGACGGAGCCG
CCGGTTCCATCCCATTCGAATGGGAATCCCATCCCGGCACTCCCAAGCACAAGCACCCCT
CCTCCGAGCTACCTCCGCTGCCTCTCACCCCTCCGCCGTGTCATTTGTCCTTCTCCAGCG
AACAAATCCGTGGTAGTTCAAGAAAACCCATCAAGAAAATCCTGGCACTAATCCATACCA
GACTCTTGTGGTTATCATCAGGTGGTCACAAGAAGAATAACAAGGTCATGAAACTGTCGG
CTTCTTCACCGTCTCTGTCGGAGAGGGTGCTGATGGATGAGAATGAGTACCATCTGTTCA
AGTGTCAGACAAAAGGGAAGGTCATTAGAAGATTTTCATCCTTTGACTCTTCTATTGATC
ACTACCCCATTCGTAGATCACAATCCCCCTCTTGCTTCGGAATCCGCGGATGTTTCATCT
GGTAATAATATAGATGGGTTTCAGCATAGAATCTGGAAAATAAAACTTGAAAATTCTTAT
AAATTGTGTGTTTCCATAATATATTTGTAATCCCCATCGTCTTATTATATTTTAATCAAC
CATGTCAGT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3DB62TF 442 0 0
G
CCTTCTCCAGCGAGCAAATCCGTGGTAGTTCAAGAAAACCCATCAAGAAAATCCTGGCAC
TAATCCATACCAGACTCTTGTGGTTATCATCAGGTGGTCACAAGAAGAATAACAAGGTCA
TGAAACTGTCGGCTTCTTCACCGTCTCTGTCGGAGAAGGTGCTGATGGATGAGAATGAGT
ACCATCTGTTCAAGTGTCAGACAAAAGGGAAGGTCATTAGAAGATTTTCATCCTTTGACT
CTTCTATTGATCACTACCCCATTCGTAGATCACAATCCCCCTCTTGCTTCGGAATCCGCG
GATGTTTCATCTGGTAATAATATAGATGGGTTTCAGCTTAGAATCTGGAAAATAAAACTT
GAAAATTCTTATAAATTGTGTGTTTCCATAATATATTTGTAATCCCCATCGTCTTATTAT
ATTTTAATCAACCATGTCAGT

QA 2 442 2 442
DS 



AS 1 3

CO CL3815Contig1 1872 3 9 U
GGAAAAACAAAAAAAAAGACAAAACGGACTCGATTCCTCTCTCTCTTAAGGTGTTTCTGT
AGCGATCAGAATCCTTCAATTACTTTTGCTAAAATGGAGAAAGTGAGGCAAGCATCGCAC
GCAGGCTCTTGGTATACCGATAATCCTACAAAGTTGTCATCGGATCTTGAGGAATGGCTA
AGAGCAACTGGTTTAACCAGATCACCTCATGTCCGAGGCGTCATTGCCCCACACGCAGGT
TACTCCTACTCGGGTCGTGCAGCTGCTTATGCCTTTGCAAACATTGATCCCACCAACATT
TCCAGGATATTTATTCTTGTCCATCTCACCATTACTATACTCCAAAATGTGCACTTTCAA
CTGCAAAAGTTTACAAAACTCCCATAGGAGATCTACCTGTTGACGTAGAGATGATTAAGG
AGATAAGAGCTATGGGGAAATTTGGAATGATGGATCTCCGTGTCGATGAAGCTGAGCATA
GCATGGAAATGCACTTGCCTTATCTGGCTAAAGTGTTTCAAGGGCACGATGTGAAAGTTG
TACCCATCTTGGTTGGAGCAGTAAGTCCAGAAAACGAAGCCATGTACGGTGAGTTGCTAT
CTAAATACGTGGATGATCCCAAGAACTTTTTCTCAGTCTCCTCTGACTTTTGTCACTGGG
GCTCTAGGTTTAATTACATGCATTACGACAACAATCATGGTCCAATTCACAAATCCATTG
AGGCACTAGACAAGATGGGTATGGATATAATAGAGACCGGAGATCCAGATGCTTTCGACA
AGTATCTTTTGGAGTTTGACAACACCATTTGTGGACGCCACCCCATTAGTATTTTTCTCC
ATATGATAAAACATAGCTCAAGCAAGATGAAGATCAATTTCCTCAAGTACGAGCAGTCAA
GCGAGTGCAAGACGATGCGAGACAGCAGTGTCAGCTATGCATCTGCTGCTGCTAAGTTGG
AAACTTGAACATCCCTCAAGAATTGGTGCAACAAAAATTTCTACATTTCGGTTAGCAGTG
TCTTTTAATGTGTTTGAAACATATAATCTGATAGCATTTAACAAACCTTAAAGAAAAAGA
AACCAAAAGGTTTGGTGTTTTACAAATCTTTGTAATAAGACAAAAGCACAAGAACATCAT
CCCCTCCTCCATTGACTGATCTCTCTAATATTTTGAATCTCTCTCACAACGTTAACGTCA
ACACAAAATCATTTGTCTACTGAGATTGAGAGAGATACATTCAGAAGTTAACTCTTACGA
TCTCCTTACTTTCTGAATATTCTGGCAAAGCTTGCTTCCGGTGCCGTCTCTCTCTACTGT
AGATGATCCAGAACACAAGCGAGAGCATCACAGCGGTCGATAACATGGCCAGACCCACGT
AGACTCTGTAACCATAACGTCTGAGTCCTGGACAGTTGTTATTGGTTATGTCTCTGAAGG
TCTGCTTTGCGTATGAACAATCCTGAAGCTGAACCAAGAACGGTGCGTCGTTGATCAACC
CTGTGCTGATGTTCACGCATGATGCCATCTGACCATACAGCGCCGGCGTGAGCCTCCCTG
TTGTTATGCAAGTCCCGTTCTGGTTTACTTGGCACACAAAAGGGGTCCATGCTTGAGTAG
CATTGTTCAAGTCGAGCTCACCAGGGGAGCAAGGGCGATCGGTGAGGTCATGGTTGAAGG
GATTGCAGAGCAGAGGGAGCAACGGTCCAGATTGGTTGTAGTACATTTGGACAAAGACTG
GAGAGAAGTTGATGTTGGAGACATTAGATACGACTGTGTTGATGAGCTCCACGAGCTGAC
CGGTCACCTCTTTGCTACGCATCAGAGTTTCCTGAGCTGTAGCATTGTCTGTACAAGCAG
ATCTCGTCTAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EG25JQ C 401
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AG*CACTAGACA
GAT

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CTCTGACTTTTGTCACTGGGGCTCTAGGTTTAATTACATGCATTACGACAACAATCATGG
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CTACATTTCGGTTAGCAGTGTCTTTTAATGTGTTTGAAACATATAATCTGATAGCATTTA
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GGACAGTTGTTATTGGTTATGTCTCTGAAGGTCTGCTTTGCGTATGAACAATCCTGAAGC
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ACGACTGTGTTGATGAGCTCCACGAGCTGACCGGTCACCTCTTTGCTACGCATCAGAGTT
TCCTGAGCTGTAGCATTGTCTGTACAAGCAGATCTCGTCTAGA

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DS 



AS 1 3

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AGAAAGCAGTTGCACTTGATGTAAATAAGTTTTTTTTTGGTTGAATAAATTTTACATTCA
TTCAAAAAAAAAAGATGAGAAAAAATTTTTCATAATGAAAAAACTTTACTATATGAGTTC
CAAAAAAAAAACTTTACTATATGAAGATGAATTTTTTAAAAATGTTTGCAGTCTATTTAA
TTTATTTATTTTGGAAATCAAAAGAGGATAGAGTTGGATCGGTTCATTAAAGGAAGAGAA
TGAAAAAA*GGACACTAAAACAGA*****CGATCCTTA**AGCTTTCATCACAATTTGGA
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TGGTTTTATCCTGAAAACATTCCCATGAAGCCCTCCCTTTCCAACGAGAATGCCAAGTTC
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TAAGTAACCAGGAGCC


BQ
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G565JQ U 1
AF RR3G565TF C 153
AF RR3B336JQ U 232
BS 1 179 RR3G565JQ
BS 180 180 RR3G565TF
BS 181 751 RR3G565JQ
BS 752 780 RR3B336JQ
BS 781 781 RR3G565TF
BS 782 976 RR3B336JQ

RD RR3G565JQ 751 0 0
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AGAAAGCAGTTGCACTTGATGTAAATAAGTTTTTTTTTGGTTGAATAAATTTTACATTCA
TTCAAAAAAAAAAGATGAGAAAAAATTTTTCATAATGAAAAAACTTTACTATATGAGTTT
CAAAAAAAAAACTTTACTATATGAAGATGAATTTTTTAAAAATGTTTGCAGTCTATTTAA
TTTATTTATTTTGGAAATCAAAAGAGGATAGAGTTGGATCGGTTCATTAAAGGAAGAGAA
TGAAAAAA*GGACACTAAAACAGA*****CGATCCTTA**AGCTTTCATCACAATTTGGA
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TGGTTTTATCCTGAAAACATTCCCATGAAGCCCTCCCTTTCCAACGAGAATGCCAAGTTC
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GTTTCCACCAAAAGTGTTGAACTGAATCTTT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3G565TF 746 0 0
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AAAAACTTTACTATATGAGTTC**AAAAAAAAACTTTACTATATGAAGATGAATTTTT*A
AAAATGTTTGCAGTCTATTTAATTTATTTATTTTGGAAATCAAAAGAGGATAGAGTTGGA
TCGGTTCATTAAAGGAAGAGAATGAAAAAA*GGACACTAAAACAGA*****CGATCCTTA
**AGCTTTCATCACAATTTGGAGATGGAATAGTCCATTGCATCAACCAAGAAATCTGCAT
CGTCTTTGGTGAAACACATTGGTGGTTTTATCCTGAAAACATTCCCATGAAGCCCTCCCT
TTCCAACGAGAATGCCAAGTTCTCTAAGTTGCTCAAACAAGACAGCTGTTTCAGCCTTGG
CTGGTGTCTTGTCCTTCCGGTCAGTCACAAGCTCTATCCCAACCATTAATCCTCTCCCTC
TCACATCTCCAATAATATCATGTCTTTTCTGTAGATCTTTCAAACGTTGAATAAGGCGTG
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TTCCTGTCCTGCCAAACCC
C

QA 7 745 7 745
DS 

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TGAAAAAAAGAACATTAAAACAGATCGCACAATCCTTAAAAGCTTTCATCACAATTTGGA
GATGGAATAGTCCATTGCATCTACCAAGAAATCTGCATCGTCTTTGGTGAAACACATTGG
TGGTTTTATCCTGAAAACATTCCCATGAAGCCCTCCCTTTCCAACGAGTATGCCAAGCTC
TCTAAGCTGCTCAAACAAGACAGCTGTTTCAGCCTTGGCTGGTGTCTTGTCCTTCCGGTC
AGTCACAAGCTCTATCCCAACCATTAATCCTCTCCCTCTCACATCTCCAATAATATCATG
TCTTTTCTGTAAATCTTTCAAACGTTGAATAAGGTGTGAACCAACTTCAGCACAATGTGT
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GGTCACCACAGCTCCTAATGGCAATCCATTTCCAATTCCCTTTGCCATCGTGACTATGTC
CGGTACTACATCTTGTGTCTGAAAACCCCAATAGTGACTTCCTGTCCTGCCAAACCCTGT
TTGGACTTCATCGGCTATGCATACACCACCAGCTTTGCGTACAATGTCATAAACCGACTT
TAAGTAACCAGGAGCC

QA 10 745 10 745
DS 



AS 1 3

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AATAGAAGATTACAACATGAACTAGAAGTATCCTTCTTTACACATTTCATTGTCACGGAT
TATTTAAATGAACTATTACCAAAGCGCAATATGTGAGCACATATTGGGTTTACTTAATAG
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GCATCCCAGGACCGGTACCGTTCCCCTGGCTGCTGAAAGTTGTTCTCCTTCTCAATCATG
CACTTCTCACGATTTCCAGAGCAAAAAACAGGAGTTGTTGGGTATTTGTCAGCATGACGA
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AGTTTATCATCTGAATAATGGACGCCAGGAACCACAATA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C157JQ U 18
AF RR3B742JQ U 2
AF RR3D813JQ U 1
BS 1 38 RR3D813JQ
BS 39 39 RR3B742JQ
BS 40 45 RR3D813JQ
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BS 266 443 RR3D813JQ
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BS 563 699 RR3D813JQ

RD RR3C157JQ 422 0 0
G
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ATTCAGAACTTTGGCTTCACGTTAAGACGAGTAGCTAGTTTCTGTCCAAGAAATTTGTCT
GCCTGAAACCAGTAAGATATCCAAATGCTGCGGATCTCGTGGGTGACACGAGGCTCAGCA
AGCGCTTCAACAAAACGCTTCACGAAACGCTCTTGCCTGTCTGCATCCCAGGACCGGTAC
CGTTCCCCTGGCTGCTGAAAGTTGTTCTCCTTCTCAATCATGCACTTCTCACGATTTCCA
G

QA 2 422 2 422
DS 

RD RR3B742JQ 636 0 0
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ATTTAAATGAACTATTACCAAAGCGCAATATGTGAGCACATATTGGGTTTACTTAATAGT
CTTTTGAGATGACAACCATTCAGAACTTTGGCTTCACGTTAAGACGAGTAGCTAGTTTCT
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ACTTCTCACGATTTCCAGAGCAAAAAACAGGAGTTGTTGGGTATTTGTCAGCATGACGAA
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AGTTTGGTCCGAGACGGTGTCTCTGACTATCGGCGT

QA 1 636 1 636
DS 

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AAGCTTACATAACGCATAGCTTTTTATTACTTGCCTTAGAAAATACTCGTTAACATTGTG
AATAGAAGATTACAACATGAACTAGAAGTATCCTTCTTTACACATTTCATTGTCACGGAT
TATTTAAATGAACTATTACCAAAGCGCAATATGTGAGCACATATTGGGTTTACTTAATAG
TCTTTTGAGATGACAACCATTCAGAACTTTGGCTTCACGTTAAGACGAGTAGCTAGTTTC
TGTCCAAGAGATTTGTCTGCCTGAGACCAGTAAGATATCCAAATGCTGCGGATCTCGTGG
GTGACACGAGGCTCAGCAAGCGCTTCAACAAAACGCTTCACGAAACGCTCTTGCCTGTCT
GCATCCCAGGACCGGTACCGTTCCCCTGGCTGCTGAAAGTTGTTCTCCTTCTCAATCATG
CACTTCTCACGATTTCCAGAGCAGAAAACAGGAGTTGTTGGGTATTTGTCAGCATGACGA
ACCGGATTCAACCTTGAAGGGAAGTAATTAACCTCCTCATCTCTGTGCATGAAGTTCATA
AAACCTTCATGGTGATTGTTGTGATGAGCACATTTGGGGGCATTGACAGGTAATTGCAGA
TAGTTTGGTCCGAGACGGTGTCTCTGACTATCGGCGTAGGAGGAGATCCTGGTCTGGAGT
AGTTTATCATCTGAATAATGGACGCCAGGAACCACAATA

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 3

CO CL3818Contig1 611 3 5 U
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AACATACGTTTTTTATTACAATCTATCAAAAACTTAAAATGTAAAGGTATACATCAAAGC
TCTAGACAATAAACAGATCATGAGAATAAAACTGTATTGCCTATTGGCATCTGTGAGGCT
CAAAACCTATATACTTGAAATAGAAATATAGACCATGACCTTATTGATGTGTATAGGCAC
AACGAGCAACTCAAGACTGAAAGGAGGATTGTATCTTGATGATTACAAAGTTATATCAAA
AATGTAACATGTCATCTTCGATCAGAAGTGGCTTCTTCATCTTCCATGTTTGCGTATCGA
AACGTGACTGATGAGTATTCGTTTTTTCACGTATAAGAAGAGACAAATTAGACACACTAG
TTTTATCAACCACTATTGAATCACCTCTCTTTTGGGTTATCTTCAAATTTGGAGTAGCAG
CGACGAGGCTTGTAGCCGGAGGAAAAGCTCGTGGGTAGAAGAAGTCGGTAGGGAAGAAAC
TGTATTGTAGTCCGGCCATGTCCTGGTCTTTTAGTGGTTTCTCTTCTTTATTGTGAGTGT
TATGTTTAGCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3FG31TF C 189
AF RR3FG31JQ U 1
AF RR3CB63JQ U 54
BS 1 73 RR3FG31JQ
BS 74 74 RR3CB63JQ
BS 75 589 RR3FG31JQ
BS 590 590 RR3CB63JQ
BS 591 611 RR3FG31JQ

RD RR3FG31TF 340 0 0
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ACTCAAGACTGAAAGGAGGATTGTATCTTGATGATTACAAAGTTATATCAAAAATGTAAC
ATGTCATCTTCGATCAGAAGTGGCTTCTTCATCTTCCATGTTTGCGTATCGAAACGTGAC
TGATGAGTATTCGTTTTTTCACGTATAAGAAGAGACAAATTAGACACACTAGTTTTATCA
ACCACTATTGAATCACCTCTCTTTTGGGTTATCTTCAAATTTGGAGTAGCAGCGACGAGG
CTTGTAGCCGGAGGAGAAGCTCGTGAGTAGAAGAAGTCGG

QA 1 340 1 340
DS 

RD RR3FG31JQ 611 0 0
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AACATACGTTTTT*ATTACAATCTATCAAAAACTTAAAATGTAAAGGTATACATCAAAGC
TCTAGACAATAAACAGATCATGAGAATAAAACTGTATTGCCTATTGGCATCTGTGAGGCT
CAAAACCTATATACTTGAAATAGAAATATAGACCATGACCTTATTGATGTGTATAGGCAC
AACGAGCAACTCAAGACTGAAAGGAGGATTGTATCTTGATGATTACAAAGTTATATCAAA
AATGTAACATGTCATCTTCGATCAGAAGTGGCTTCTTCATCTTCCATGTTTGCGTATCGA
AACGTGACTGATGAGTATTCGTTTTTTCACGTATAAGAAGAGACAAATTAGACACACTAG
TTTTATCAACCACTATTGAATCACCTCTCTTTTGGGTTATCTTCAAATTTGGAGTAGCAG
CGACGAGGCTTGTAGCCGGAGGAAAAGCTCGTGGGTAGAAGAAGTCGGTAGGGAAGAAAC
TGTATTGTAGTCCGGCCATGTCCTGGTCTTTTAGTGGTTTCTCTTCTTTCTTGTGAGTGT
TATGTTTAGCC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3CB63JQ 557 0 0
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TCAGAGCTCTAGACAATAAACAGATCATGAGAATAAAACTGTATTGCCTATTGGCATCTG
TGAGGCTCAAAACCTATATACTAGAAATAGAAATATAGACCACGACCTTATTGATGTGTA
TAGGCACAACGAGCAACTCAAGACTGAAAGGAGGATTGTATCTTGATGATTACAAAGTTA
TATCAAAAATGTAACATGTCATCTTCGATCAGAAGTGGCTTCTTCATCTTCCATGTTTGC
GTATCGAAACGTGACTGATGAGTATTCGTTTTTTCACGTATAAGAAGAGACAAATTAGAC
ACACTAGTTTTATCAACCACTATTGAATCACCTCTCTTTTGGGTTATCTTCAAATTTGGA
GTAGCAGCGACGAGGCCTGTAGCCGGAGGAAAAGCTCGTGGGTAGAAAAAGTCGGTAGGG
AAGAAACTGTATTGTAGTCCGGCCATGTCCTGGTCTTTTAGTGGTTTCTCTTCTTTATTG
TGAGTGTTATGTTT
TCC

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 3

CO CL3819Contig1 729 3 33 U
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GAAAATTTTAAAAAACAAGAACTAAGAAGTTTCTACTTGGTTCTGCAAGAACCGGTTCTT
GTTTTCTCATCAGCCAAATCATGGGAACTTCTGATGAAGCGGTCCATATCTTCTTCTTCC
CTTACATGGCTCATGGCCACATGATACCAACTCTAGACATGGCCAAGCTCTTCGCCACCA
AAGGAGCTAAGTCCACCATCCTCACTACTCCTCTCAACTCCAAACTCTTCGAGAAACCCA
TCAATTCATTCAACCAGGAGAATCCTGAACTCGAAGACATCACCATCCAGATCCTCAACT
TCCCTTGCACAGAGCTAGGCTTGCCCGAAGGATGCGAGAACACCGACTTCATCTTCTCTA
ACCATGACCTAACCAAAGGTAACTTGAATATGAAGTTTTTACTAGCAATGGAATATTTCA
AAGAGCAGATAGAGGAGCTTCTTGAGACAGTGAGACCAGACTGTTTCGTAGCCAATATGT
TCTTCCCATGGGCGACTAAAGTCGCTGAGAAGTTTAATGTGCCGAGACTTGTCTTCCACG
GCACAGGCTACTTCTCTTTATGTGCTTCTCATTGCTTAAGACTCCACAAGCCTTACAAGA
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CAGAGGACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG71TF U 33
AF RR3D351TF U 1
AF RR3CZ20TF U 29
BS 1 42 RR3D351TF
BS 43 43 RR3CZ20TF
BS 44 68 RR3D351TF
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BS 79 79 RR3CZ20TF
BS 80 83 RR3D351TF
BS 84 84 RR3CZ20TF
BS 85 247 RR3D351TF
BS 248 248 RR3CZ20TF
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BS 384 484 RR3D351TF
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RD RR3FG71TF 603 0 0
GG
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TAATGTGCCGAGACTTGTCTTCCACGGCACAGGCTACTTCTCTTTATGTGCTTCTCATTG
C

QA 3 603 3 603
DS 

RD RR3D351TF 729 0 0
GGATATTAATACACATTCATTGTCTCTTTGATCCACAAACATCCAATCTCAAAACTTCAA
GAAAATTT*AAAAAACAATAACTGAGAAGTTTCTACTTGGTTCTGCAAGAACCGGTTCTT
GTTTTCTCATCAGCCAAATCATGGGAACTTCTGATGAAGCGGTCCATATCTTCTTCTTCC
CTTACATGGCTCATGGCCACATGATACCAACTCTAGACATGGCCAAGCTCTTCGCCACCA
AAGGAGCAAAGTCCACCATCCTCACTACTCCTCTCAACTCCAAACTCTTCGAGAAACCCA
TCAATTCATTCAACCAGGAGAATCCTGAACTCGAAGACATCACCATCCAGATCCTCAACT
TCCCTTGCACAGAGCTAGGCTTACCCGAAGGATGCGAGAACACCGACTTCATCTTCTCTA
ACCATGACCTAACCAAAGGTAACTTGAATATGAAGTTTTTACTAGCAATGGAATATTTCA
AAGACCAGTTAGAGGAGCTTCTCGAGACAGCGAGACCAGACTGTTTCGTCGCCAACATGT
TCTTCCCATGGGCGACTGAAGTCGCTGAGAAGTTTAATGTGCCGAGACTTGTCTTCCACG
GCACAGGCTACTTCTCTCTATGTGCTTCTCATTGCTTAAGACTCCACAAGCCTTACAAGA
ACGTGGCTTCGAGTTCTGAGCCCTTTGTGATCCCTGAACTTCCGGGAGAAGTTGTCATTA
CAGAGGACA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3CZ20TF 693 0 0
GGATCC
ACAAACATTCAATCTCAAAACTTCAAGAAAATTTTAAAAAACAAGAACTAAGAAGTTTCT
ACTTGGTTCTGCAAGAACCGGTTCTTGTTTTCTCATCAGCCAAATCATGGGAACTTCTGA
TGAAGCGGTCCATATCTTCTTCTTCCCTTACATGGCTCATGGCCACATGATACCAACTCT
AGACATGGCCAAGCTCTTCGCCACCAAAGGAGCTAAGTCCACCATCCTCACTACTCCTCT
CAACTCCAAACTCTTCGAGAAACCCATCAATTCATTCAACCAGGAGAATCCTGAACTCGA
AGACATCACCATCCAGATCCTCAACTTCCCTTGCACAGAGCTAGGCTTGCCCGAAGGATG
CGAGAACACCGACTTCATCTTCTCTAACCATGACCTAACCAAAGGTAACTTGAATATGAA
GTTTTTACTAGCAATGGAATATTTCAAAGAGCAGATAGAGGAGCTTCTTGAGACAGTGAG
ACCAGACTGTTTCGTAGCCAATATGTTCTTCCCATGGGCGACTAAAGTCGCTGAGAAGTT
TAATGTGCCGAGACTTGTCTTCCACGGCACAGGCTACTTCTCTTTATGTGCTTCTCATTG
CTTAAGGCTCCACAAGCCTTACAAGAACGTGGCTTCGAGCTCTGAGCCCTTTGTGATCCC
TCAACTTCCGGGAGACGTTGTCATTAC

QA 7 693 7 693
DS 



AS 1 3

CO CL3820Contig1 744 3 10 U
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CTCCAACTCATATCTTTAGCCACAAAACCAAACTTAGTAACCCAAAGCCGTCCTTCTTAC
GTTCAAACCACAATGCCACCAGAGTCAAGACCATCCGAGCCATAAGCACTGCACCAGCAA
GCCAGCCTCCATCGGCAGATGAGCAGGATGATGAACCTCCTGCTGTCGATTTTGCGTTCG
TCCATTCGGTGTTGTTACCGGACGGGACACCAGACGTGCATTGGAGAAGAGCGTGCGGTG
GACAGAAACTTAGAGACATAATGTTGGATTCTAACATCGAACTCTATGGTCCTTACAGTA
AGCCGTTGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACTTGCGCTACCTGCATGGTCGAGATTGTAA
ATGGAAAAGAGCTTCTAAATCCACGAACTGACATTGAGAAGGAGAAACTAAAAAGGAAAC
CAAAAAATTGGAGACTCGCTTGTCAGACCAACGTGGGCAACCCAGATTCAACTGGATTGG
TTGTCATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCACGAATGGAACATCCCTAGGAACCTGC
CTATCGATGATCCCGAAGCTTCTACGTGAAATGATTAATTTGTATTATTGTTAATACTAT
ATATATCATCATGAAAATGTAACGTTATATTTGTTTTATATATATGTCGATAGTTAGCCA
TAAAAATATCGTAATGATTCCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C655TF U 1
AF RR3AT62TF U 7
AF RR3AT62JQ C 7
BS 1 284 RR3C655TF
BS 285 285 RR3AT62TF
BS 286 592 RR3C655TF
BS 593 593 RR3AT62TF
BS 594 595 RR3C655TF
BS 596 596 RR3AT62TF
BS 597 696 RR3C655TF
BS 697 697 RR3AT62TF
BS 698 717 RR3C655TF
BS 718 744 RR3AT62JQ

RD RR3C655TF 717 0 0
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CTCCAACTCATATCTTTAGCCACAAAACCAAACTTAGTAACCCAAAGCCGTCCTTCTTAC
GTTCAAACCACAATGCCACCAGAGTCAAGACCATCCGAGCCATAAGCACTGCACCAGCAA
GCCAGCCTCCATCGGCAGATGAGCAGGATGATGAACCTCCTGCTGTCGATTTTGCGTTCG
TCCATTCGGTGTTGTTACCGGACGGGACACCAGACGTGCATTGGGGAAGAGCGTGCGGTG
GACAGAAACTTAGAGACATAATGTTGGATTCTAACATCGAACTCTATGGTCCTTACAGTA
AGCCGTTGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACTTGCGCTACCTGCATGGTCGAGATTGTAA
ATGGAAAAGAGCTTCTAAATCCACGAACTGACATTGAGAAGGAGAAACTAAAAAGGAAAC
CAAAAAATTGGAGACTCGCTTGTCAGACCAACGTGGGCAACCCAGATTCAACTGGATTGG
TTGTCATACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCACGAATGGAACATCCCTAG*AATCTGC
CTATCGATGATCCCGAAGCTTCTACGTGAAATGATTAATTTGTATTATTGTTAATACTAT
ATATATCATCATGAAAATGTAACGTTATATTTGTTT*ATATATATGTCGATAGTTAG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3AT62TF 715 0 0
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ACCACAATGCCACCAGAGTCAAGACCATCCGAGCCATAAGCACTGCACCAGCAAGCCAGC
CTCCATCGGCAGATGAGCAGGATGATGAACCTCCTGCTGTCGATTTTGCGTTCGTCCATT
CGGTGTTGTTACCGGACGGGACACCAGACGTGCATTGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACAGA
AACTTAGAGACATAATGTTGGATTCTAACATCGAACTCTATGGTCCTTACAGTAAGCCGT
TGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACTTGCGCTACCTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAA
AAGAGCTTCTAAATCCACGAACTGACATTGAGAAGGAGAAACTAAAAAGGAAACCAAAAA
ATTGGAGACTCGCTTGTCAGACCAACGTGGGCAACCCAGATTCAACTGGATTGGTTGTCA
TACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCACGAATGGAACATCCCTAGGAACCTGCCTATCG
ATGATCCCGAAGCTTCTACGTGAAATGATTAATTTGTATTATTGTTAATACTATATATAT
CATCATGAAAATGTAACGTTATATTTGTTTTATATATATGTCGATAGTTAG
CCAT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3AT62JQ 738 0 0
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CTCATATCTTTAGCCACAAAACCAAACTTAGTAACCCAAAGCCGTCCTTCTTACGTTCAA
ACCACAATGCCACCAGAGTCAAGACCATCCGAGCCATAAGCACTGCACCAGCAAGCCAGC
CTCCATCGGCAGATGAGCAGGATGATGAACCTCCTGCTGTCGATTTTGCGTTCGTCCATT
CGGTGTTGTTACCGGACGGGACACCAGACGTGCATTGGAGAAGAGCGTGCGGTGGACAGA
AACTTAGAGACATAATGTTGGATTCTAACATCGAACTTTATGGTCCTTACAGTAAGCCGT
TGTCAAACTGCGCAGGAGTAGGAACTTGCGCTACCTGCATGGTCGAGATTGTAAATGGAA
AAGAGCTTCTAAATCCACGAACTGACATTGAGAAGGAGAAACTAAAAAGGAAACCAAAAA
ATTGGAGACTCGCTTGTCAGACCAACGTGGGCAACCCAGATTCAACTGGATTGGTTGTCA
TACAACAATTGCCAGAGTGGAAAGCTCACGAATGGAACATCCCTAGGAACCTGCCTATCG
ATGATCCCGAAGCTTTTACGTGAAATGATTAATTTGTATTATTGTTAATACTATATATAT
CATCATGAAAATGTAACGTTATATTTGTTTTATATATATGTCGATAGTTAGCCATAAAAA
TATCGTAATGATTCCATT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 3

CO CL3821Contig1 359 3 6 U
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GGTTCTTTAAGGTTCTTGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGGGGAAGCCTTTTGTTGTGAAGG
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TCACTGCCTAGGGTTAGGTCTGTTTTTTACGTTTTGCTTTTTT*AAGTATCGTTGTTGGA
CTCAGAGTTTGTTGCTTTTTGGAATGAGACGTCTTTTAATCAATATTAATGGATTTTAT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 

AF RR3AM74JQ C 1
AF RR3C452TF U 1
AF RR3AM74TF U 1
BS 1 77 RR3C452TF
BS 78 78 RR3AM74TF
BS 79 283 RR3C452TF
BS 284 284 RR3AM74TF
BS 285 358 RR3C452TF
BS 359 359 RR3AM74JQ

RD RR3AM74JQ 359 0 0
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GGTTCTTTAAGGTTCTTGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGGGGAAGCCTTTTGTTGTGAAGG
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TCACTGCCTAGGGTTAGGTCTGTTTTTTACGTTTTGCTTTTTT*AAGTATCGTTGTTGGA
CTCAGAGTTTGTTGCTTTTTGGAATGAGACGTCTTTTAATCAATATTAATGGATTTTAT

QA 1 359 1 359
DS 

RD RR3C452TF 358 0 0
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AGGATGTGAAGGCGAAGCCCACCAAGGACAAGGTGCCGTTGATCGATGTGACGCAGCACG
GGTTCTTTAAGGTTCTTGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGGGGAAGCCTTTTGTTGTGAAGG
CTAAGCTCATTTCCAAGACTGCTGAGAAGAAGATCAAGGAGGCTGGTGGCGCCGTCGTGC
TCACTGCCTAGGGTTAGGTCTGTTTTTTACGTTTTGCTTTTTTTAAGTATCGTTGTTGGA
CTCAGAGTTTGTTGCTTTTTGGAATGAGACGTCTTTTAATCAATATTAATGGATTTTA

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR3AM74TF 359 0 0
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GGTTCTTTAAGGTTCTTGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGGGGAAGCCTTTTGTTGTGAAGG
CTAAGCTCATTTCCAAGACTGCTGAGAAGAAGATCAAGGAGGCTGGTGGCGCCGTCGTGC
TCACTGCCTAGGGTTAGGTCTGTTTTTTACGTTTTGCTTTTTT*AAGTATCGTTGTTGGA
CTCAGAGTTTGTTGCTTTTTGGAATGAGACGTCTTTTAATCAATATTAATGGATTTTA
T

QA 1 358 1 358
DS 



AS 1 3

CO CL3822Contig1 757 3 2 U
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AAGGACAAACAGTGTTCGAGTAGTTTTGCTTTAAGAGCTTCTCTCTCGCTCTCGATCTCG
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GACTTTGTTCACTGCATCCAAAAAGTCTTTCTCAGTTACTGTCTTTCTCCTAGCTCTGAT
TGCATACATTCCAGCTTCAGTGCACACACTCCTGATATCAGCTCCGGTTGAGTTTGGGCA
GAGGCGAGCAAGGAGTTCAAAACGGATGTCTCTCTCGCAGTTCATGGTTCTTGTGTGAAT
CTTGAAGATCTGAGTTCTGCTCTCCAGGTCAGGCAAACCAAACTCAACCTTACGGTCAAG
ACGTCCAGGACGTAAAAGAGCAGGGTCCAGTGTGTCAGGCCTGTTCGTTGCCATAAGAAC
CTTGATGTTACCACGTGCATCGAACCCATCAAGCTGATTCACAATCTCAAGCATAGTACG
TTGGACTTCGTTGTCACCTCCTACACCGTCGTCAAATCTTGCACCACCGATGGCATCAAC
TTCATCAAAGAAGACAATGCAGGCTTTTTTGGACCGTGCCATCTGAAATAGTTCACGAAC
CATCCTAGCTCCTTCACCGACATACTTCTGAGCAAGCTCACTGCCGATAACCCTGATAAA
GCAAGCATCGGTTCTGTTGGCAACAGCTCTAGCCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO46JQ U 1
AF RR3FO46TF C 1
AF RR3CI72JQ U 6
BS 1 461 RR3FO46JQ
BS 462 757 RR3CI72JQ

RD RR3FO46JQ 462 0 0
GGGTAAGAAAGTATCAAATATATCTGGATTAAGCAAAACGATTCTTGCAAAATAGAAAAA
AAGGACAAACAGTGTTCGAGTAGTTTTGCTTTAAGAGCTTCTCTCTCGCTCTCGATCTCG
ATCTCACTAGTTGTAGACCATATACTTGGGAGTTGCACTGAACTTCTGATAACCCTTGAT
GACTTTGTTCACTGCATCCAAAAAGTCTTTCTCAGTTACTGTCTTTCTCCTAGCTCTGAT
TGCATACATTCCAGCTTCAGTGCACACACTCCTGATATCAGCTCCGGTTGAGTTTGGGCA
GAGGCGAGCAAGGAGTTCAAAACGGATGTCTCTCTCGCAGTTCATGGTTCTTGTGTGAAT
CTTGAAGATCTGAGTTCTGCTCTCCAGGTCAGGCAAACCAAACTCAACCTTACGGTCAAG
ACGTCCAGGACGTAAAAGAGCAGGGTCCAGTGTGTCAGGCC
C

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR3FO46TF 462 0 0
GGGTAAGAAAG
TATCAAATATATCTGGATTAAGCAAAACGATTCTTGCAAAATAGAAAAAAAGGACAAACA
GTGTTCGAGTAGTTTTGCTTTAAGAGCTTCTCTCTCGCTCTCGATCTCGATCTCACTAGT
TGTAGACCATATACTTGGGAGTTGCACTGAACTTCTGATAACCCTTGATGACTTTGTTCA
CTGCATCCAAAAAGTCTTTCTCAGTTACTGTCTTTCTCCTAGCTCTGATTGCATACATTC
CAGCTTCAGTGCACACACTCCTGATATCAGCTCCGGTTGAGTTTGGGCAGAGGCGAGCAA
GGAGTTCAAAACGGATGTCTCTCTCGCAGTTCATGGTTCTTGTGTGAATCTTGAAGATCT
GAGTTCTGCTCTCCAGGTCAGGCAAACCAAACTCAACCTTACGGTCAAGACGTCCAGGAC
GTAAAAGAGCAGGGTCCAGTGTGTCAGGCC
C

QA 12 461 12 461
DS 

RD RR3CI72JQ 752 0 0
CTCCTC
TATCAAATATATCTGGATTAAGCAAAACGATTCTTGCAAAATAAAAAAAAAGGACAAACA
GTGTTCGAGTAGTTTTGCTTTAAGAGCTTCTCTCTCGCTCTCGATCTCGATCTCACTAGT
TGTAGACCATATACTTGGGAGTTGCACTGAACTTCTGATAACCCTTGATGACTTTGTTCA
CTGCATCCAAAAAGTCTTTCTCAGTTACTGTCTTCCTCCTAGCTCTGATTGCATACATTC
CAGCTTCAGTGCACACACTCCTGATATCAGCTCCGGTTGAGTTTGGGCAGAGGCGAGCAA
GGAGTTCAAAACGGATGTCTCTCTCGCAGTTCATGGTTCTTGTGTGAATCTTGAAGATCT
GAGTTCTGCTCTCCAGGTCAGGCAAACCAAACTCAACCTTACGGTCAAGACGTCCAGGAC
GTAAAAAAGCAGGGTCCAGTGTGTCAGGCCTGTTCGTTGCCATAAGAACCTTGATGTTAC
CACGTGCATCGAACCCATCAAGCTGATTCACAATCTCAAGCATAGTACGTTGGACTTCGT
TGTCACCTCCTACACCGTCGTCAAATCTTGCACCACCGATGGCATCAACTTCATCAAAGA
AGACAATGCAGGCTTTTTTGGACCGTGCCATCTGAAATAGTTCACGAACCATCCTAGCTC
CTTCACCGACATACTTCTGAGCAAGCTCACTGCCGATAACCCTGATAAAGCAAGCATCGG
TTCTGTTGGCAACAGCTCTAGCCAAA

QA 7 752 7 752
DS 



AS 1 2

CO CL3823Contig1 715 2 2 U
GCACGAGCAGCTCTCTGTTGCTGAGATCACAAACAGCGCCTTCTAGCCAGCTTCCATGAT
GGCCAAGTGTGACCCACGTCACGGGAAATACATGGCTTGCTGTTTGATGTACCGTGGTGA
TGTCGTCCCTAAAGACGTGAACGCAGCTGTTGGCACCATCAAGACCAAGCGTACCATCCA
GTTTGTCGACTGGTGTCCTACTGGGTTCAAGTGCGGTATCAACTACCAGCCACCAACTGT
TGTCCCAGGAGGTGATCTTGCTAAAGTGCAGAGAGCTGTTTGTATGATCTCCAACTCCAC
AAGTGTCGCTGAGGTCTTCTCCAGGATTGATCACAAGTTCGATCTCATGTACGCAAAATG
TGCTTTCGTTCACTGGTATGTCGGTGAGGGTATGGAGGAGGGAGAGTTCTCTGAGGCTCG
TGAGGATCTTGCAGCGTTGGAGAAGGATTATGAAGAGGTTGGTGCTGAAGGTGGTGACGA
TGAGGATGACGAAGGTGAGGAGTACTAAGGACCAGTGTGTTGGAGAAACATGGATATTCT
GTTTGGCTTTTCTGCTATCGTTTTATATTTGCGTGAAGGGGCTCGAAACATTCCTGTGAC
GAGTCTTTAGTTTGTATTTTCTTGCAACTATCCGTCTCTTGCTTTCTGAATTCTATTATG
GTTTTTACTATCTATCTCTGTCTTTTGCTCTCTGAATTCTATTATGGTTTTCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AH46JQ C 1
AF RR3AH46TF U 258
BS 1 257 RR3AH46JQ
BS 258 715 RR3AH46TF

RD RR3AH46JQ 715 0 0
GCACGAGCAGCTCTCTGTTGCTGAGATCACAAACAGCGCCTTCTAGCCAGCTTCCATGAT
GGCCAAGTGTGACCCACGTCACGGGAAATACATGGCTTGCTGTTTGATGTACCGTGGTGA
TGTCGTCCCTAAAGACGTGAACGCAGCTGTTGGCACCATCAAGACCAAGCGTACCATCCA
GTTTGTCGACTGGTGTCCTACTGGGTTCAAGTGCGGTATCAACTACCAGCCACCAACTGT
TGTCCCAGGAGGTGATCTTGCTAAAGTGCAGAGAGCTGTTTGTATGATCTCCAACTCCAC
AAGTGTCGCTGAGGTCTTCTCCAGGATTGATCACAAGTTCGATCTCATGTACGCAAAATG
TGCTTTCGTTCACTGGTATGTCGGTGAGGGTATGGAGGAGGGAGAGTTCTCTGAGGCTCG
TGAGGATCTTGCAGCGTTGGAGAAGGATTATGAAGAGGTTGGTGCTGAAGGTGGTGACGA
TGAGGATGACGAAGGTGAGGAGTACTAAGGACCAGTGTGTTGGAGAAACATGGATATTCT
GTTTGGCTTTTCTGCTATCGTTTTATATTTGCGTGAAGGGGCTCGAAACATTCCTGTGAC
GAGTCTTTAGTTTGTATTTTCTTGCAACTATCCGTCTCTTGCTTTCTGAATTCTATTATG
GTTTTTACTATCTATCTCTGTCTTTTGCTCTCTGAATTCTATTATGGTTTTCAAC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3AH46TF 458 0 0
TTGCTAAAGTGCAGAGAGCTGTTTGTATGATCTCCAACTCCACAAGTGTCGCTGAGGTCT
TCTCCAGGATTGATCACAAGTTCGATCTCATGTACGCAAAATGTGCTTTCGTTCACTGGT
ATGTCGGTGAGGGTATGGAGGAGGGAGAGTTCTCTGAGGCTCGTGAGGATCTTGCAGCGT
TGGAGAAGGATTATGAAGAGGTTGGTGCTGAAGGTGGTGACGATGAGGATGACGAAGGTG
AGGAGTACTAAGGACCAGTGTGTTGGAGAAACATGGATATTCTGTTTGGCTTTTCTGCTA
TCGTTTTATATTTGCGTGAAGGGGCTCGAAACATTCCTGTGACGAGTCTTTAGTTTGTAT
TTTCTTGCAACTATCCGTCTCTTGCTTTCTGAATTCTATTATGGTTTTTACTATCTATCT
CTGTCTTTTGCTCTCTGAATTCTATTATGGTTTTCAAC

QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 3

CO CL3824Contig1 1563 3 7 U
GGAAAAGCTTGATTTGGTTAAGGAGCTGCAAGATCGGATCAACTTGCTTAGTTTGGAGTC
TAAAGAAAAGGAAGAAGAAACTCAACGCATTAGCGCATTACTGGCTGAGAAAGAAGCAGA
ACTGGAGAAACTCAACTCTGCTTACACTCAAACTAGCAGAGATCTTGCTGGAGCAAAATT
TGATATCAAACAGCTTAAGGAAGAAGTCACGAGAAGGCAGACTGAGTTGGACTCAAAGAA
CTCTGCCATTGAGGAACTGAACACTAGAGTAAGGACTTTAGAGGCTGAGAAGGAGAGTTA
CATCCAAAAGCTTGATGATGTTTCAAGAAATTACAGTGCTTTGAAATCGGCGTCTGAAAC
GCGAGCAGCTGCTGATGCAGAGCTCATTAGCAGGAAAGAGCAGGATATTCAGGACCTCAA
GGAAAAGCTGGATCATGCGGTAAATGCTGTAAATGAGAGTAAAGACGAAGTTGCTGACCT
TACTGAGAAGTACCAAGACTCGAAGAGAATGCTGGATATAGAACTCACTAATGTACAAAA
TTTGAAACATGAACTTGAAGGAACAAAGAAAGCACTCAAGGCATCTAGAGATCGTGTCTC
TGACCTGGAAACGCTGCTGGATGAGTCTAGAGCTTTGTGTTCGAAGTTTGAATCAGAGCT
TGATGTAATTCACGCAGAGTTTGATAAAGCTAAGGAAAGATATGAAAGGAACATTGCTGA
GGAAAGACGTAACAATGAGAGTTTGGCTAGTAAACTTGCAGCGGAGAAAGATCAACTGAA
GAAAGCTAGAGACGAGATTGAGGCACTGACCCGTGAAGTGGAAAAGTCTTCTGTCAAGAA
CCAGAGTCTCCAGAAGGAACTGGTGGAGATTTACAAGAAAGCTGAAGCCACTAACAAGGA
ATTAGAAGAGGAGAAGAAGACGGTTCTGGCATTGGAGAAAGAGGTGAAAGCAATGGAGAA
TCAGATGTTGATGGAGAAGGAGGCGAGGAAGTCCGTTGAAACAGAACTGGAAGAAGCAGT
TAAGTCCTTAGATGAGATGAACAAAAACACATCGATACTCCCGAAAGAGCTTGAGAAAGT
GAATACACATGTGTCGAGTCTGGATGACGAGAAAGAAGTGCTTCAAAGATCACTAGAAGA
GGCGAAGAAGGCATCAAAAGAAGCCAAGGAAAACGTGGAAGACGCACACAACCTCGTGAT
AAGTTTAGGAAAAGACAGGGAAGTGCTAGAGAAGAAAGTGAAGAAACTCGAGGAGGATTT
GGGCTCTGCAAAGGGAGAGATACTTCGCAGAGAAGCCAACAACAGAGTTCTGTAAAAGCT
GTGAATAGTAGAGATGATGAAGAGAAGAGTGATGATGATAAGGTTACTGTGAAGAAAGCT
GTCAGGAGGAGAAAGAGCAGTACCAGTTCTTGAACAGACAAGGTTATATAATGACCAGAG
CTTGTATTAAATCTGTGTGTAAATTTTGACAAGAGGCAAGTGGCTCCAGAGTTTCATCAT
TGAGATCATTTCATCAATGGTGATAGGAAATGTAGAGTGAGAAGATCAATGCTTTGTATC
TGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3AN73TF U 1
AF RR3BU93TF U 444
AF RR3AN73JQ C 930
BS 1 450 RR3AN73TF
BS 451 451 RR3BU93TF
BS 452 493 RR3AN73TF
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BS 495 693 RR3AN73TF
BS 694 1137 RR3BU93TF
BS 1138 1563 RR3AN73JQ

RD RR3AN73TF 696 0 0
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TAAAGAAAAGGAAGAAGAAACTCAACGCATTAGCGCATTACTGGCTGAGAAAGAAGCAGA
ACTGGAGAAACTCAACTCTGCTTACACTCAAACTAGCAGAGATCTTGCTGGAGCAAAATT
TGATATCAAACAGCTTAAGGAAGAAGTCACGAGAAGGCAGACTGAGTTGGACTCAAAGAA
CTCTGCCATTGAGGAACTGAACACTAGAGTAAGGACTTTAGAGGCTGAGAAGGAGAGTTA
CATCCAAAAGCTTGATGATGTTTCAAGAAATTACAGTGCTTTGAAATCGGCGTCTGAAAC
GCGAGCAGCTGCTGATGCAGAGCTCATTAGCAGGAAAGAGCAGGATATTCAGGACCTCAA
GGAAAAGCTGGATCATGCGGTAAATGCTGTTAATGAGAGTAAAGACGAAGTTGCTGACCT
TACTGAGAAGTACGAAGACTCGAAGAGAATGCTGGATATAGAACTCACTAATGTACAAAA
TTTGAAACATGAACTTGAAGGAACAAAGAAAGCACTCAAGGCATCTAGAGATCGTGTCTC
TGACCTGGAAACGCTGCTGGATGAGTCTAGAGCTTTGTGTTCGAAGTTTGAATCAGAGCT
TGATGTAATTCACGCAGAGTTTGATAAAGCTAA
AGA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3BU93TF 694 0 0
GG
GCTGTAAATGAGAGTAAAGACGAAGTTGCTGACCTTACTGAGAAGTACCAAGACTCGAAG
AGAATGCTGGATATAGAACTCACTAATGTACAAAATTTGAAACATGAACTTGAAGGAACA
AAGAAAGCACTCAAGGCATCTAGAGATCGTGTCTCTGACCTGGAAACGCTGCTGGATGAG
TCTAGAGCTTTGTGTTCGAAGTTTGAATCAGAGCTTGATGTAATTCACGCAGAGTTTGAT
AAAGCTAAGGAAAGATATGAAAGGAACATTGCTGAGGAAAGACGTAACAATGAGAGTTTG
GCTAGTAAACTTGCAGCGGAGAAAGATCAACTGAAGAAAGCTAGAGACGAGATTGAGGCA
CTGACCCGTGAAGTGGAAAAGTCTTCTGTCAAGAACCAGAGTCTCCAGAAGGAACTGGTG
GAGATTTACAAGAAAGCTGAAGCCACTAACAAGGAATTAGAAGAGGAGAAGAAGACGGTT
CTGGCATTGGAGAAAGAGGTGAAAGCAATGGAGAATCAGATGTTGATGGAGAAGGAGGCG
AGGAAGTCCGTTGAAACAGAACTGGAAGAAGCAGTTAAGTCCTTAGATGAGATGAACAAA
AACACATCGATACTCCCGAAAGAGCTTGAGAAAGTGAATACACATGTGTCGAGTCTGGAT
GACGAGAAAGAAGTGCTTCAAAGATCACTAGA

QA 3 694 3 694
DS 

RD RR3AN73JQ 634 0 0
CATTGGAGGAAGAGGTGAAAGCAATGGAGAATCAGATGTTGATGGAGAAGGAGGCGAGGA
AGTCCGTTGAAACAGAACTGGAAGAAGCAGTTAAGTCCTTAGATGAGATGAACAAAAACA
CATCGATACTCTCGAAAGAGCTTGAGAAGGTGAATACACATGTGTCGAGTCTGGATGACG
AGAAAGAAGTGCTTCAAAGATCACTAGAAGAGGCGAAGAAGGCATCAAAAGAAGCCAAGG
AAAACGTGGAAGACGCACACAACCTCGTGATAAGTTTAGGAAAAGACAGGGAAGTGCTAG
AGAAGAAAGTGAAGAAACTCGAGGAGGATTTGGGCTCTGCAAAGGGAGAGATACTTCGCA
GAGAAGCCAACAACAGAGTTCTGTAAAAGCTGTGAATAGTAGAGATGATGAAGAGAAGAG
TGATGATGATAAGGTTACTGTGAAGAAAGCTGTCAGGAGGAGAAAGAGCAGTACCAGTTC
TTGAACAGACAAGGTTATATAATGACCAGAGCTTGTATTAAATCTGTGTGTAAATTTTGA
CAAGAGGCAAGTGGCTCCAGAGTTTCATCATTGAGATCATTTCATCAATGGTGATAGGAA
ATGTAGAGTGAGAAGATCAATGCTTTGTATCTGA

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 3

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CTGAGTACGTTGCTCATCCTATTCACGTTGAGTTCGCCACCATGTTCCTAGGCAGCTTGG
ATAAAGTGTTGGTCATAGACTACAAGCCTACCTCTGTTTAAATTCGTCTTCTTTGTGTGA
TCTTTGTTTGTAATAAAGTATGTTCCTTTTTGATGTATTTGCCTTTGGTTAATTTGTCTG
CCTTCTTATAATGTTTCTGTCAATCTCTTTATTTTTCTTTGTAGCAGACAATGTGTGTAA
AAGATCATTAGTGTTTTGCTTGTTTTCTTTTATGGTTTGAGTACTTTGTCGTCACTTAAT
CTCTTGTATTTTTTTTTTTTATCAATAATGGTAATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BQ04TF U 6
AF RR3G315JQ C 1
AF RR3G315TF U 1
BS 1 8 RR3G315JQ
BS 9 79 RR3BQ04TF
BS 80 80 RR3G315TF
BS 81 85 RR3BQ04TF
BS 86 86 RR3G315TF
BS 87 334 RR3BQ04TF
BS 335 335 RR3G315TF
BS 336 390 RR3BQ04TF
BS 391 391 RR3G315TF
BS 392 401 RR3BQ04TF
BS 402 402 RR3G315TF
BS 403 403 RR3BQ04TF
BS 404 404 RR3G315TF
BS 405 428 RR3BQ04TF
BS 429 429 RR3G315TF
BS 430 463 RR3BQ04TF
BS 464 464 RR3G315TF
BS 465 511 RR3BQ04TF
BS 512 577 RR3G315TF

RD RR3BQ04TF 506 0 0
GGG
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GTTGCTCATCCTATTCACGTTGAGTTCGCCACCATGTTCCTAGGCAGCTTGGATAAAGTG
TTGGTCATAGACTACAAGCCTACCTCAGTTTAAATTCGTCTTCTTTGTGTGATCTTTGTT
TGTAATAAAGTATGTTCCTTTT*GATGTATTTGACATTGGTTAATTTGTCTGCCTTCTTA
CAATGTTTCTGTCAATCTCTTTATTTTTCTTTGTATCAGACAATGTGTGTAAAAGATCAT
TAGTGTTTTGCTTGTTTTCTTTT

QA 4 506 4 506
DS 

RD RR3G315JQ 577 0 0
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AGTTCAAAGATGACGTCACCCCAGATAAGATCGATGAACTTATCAAAGGTTACGCTAATC
TCGTCAATCTCATCGAACCTATGAAAGCTTTCCACTGGGGAAAAGATGTGAGCATAGAGA
ATCTGCATCAAGGTTTCACACACATCTTTGAATCCACGTTTGAGAGCAAAGAAGCTGTAG
CTGAGTACGTTGCTCATCCTATTCACGTTGAGTTCGCCACCATGTTCCTAGGCAGCTTGG
ATAAAGTGTTGGTCATAGACTACAAGCCTACCTCTGTTTAAATTCGTCTTCTTTGTGTGA
TCTTTGTTTGTAATAAAGTATGTTCCTTTTTGATGTATTTGCCTTTGGTTAATTTGTCTG
CCTTCTTATAATGTTTCTGTCAATCTCTTTATTTTTCTTTGTAGCAGACAATGTGTGTAA
AAGATCATTAGTGTTTTGCTTGTTTTCTTTTATGGTTTGAGTACTTTGTCGTCACTTAAT
CTCTTGTATTTTTTTTTTTTATCAATAATGGTAATAG

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3G315TF 577 0 0
GGAATCGC
AGGGAGAAAATGGAGGAAGCAAAGGGACCTGTGAAGCACGTTCTGCTTGCTAAGTTCAAA
GATGACGTCACCCCAGATAAGATCGATGAACTTATCAAAGGTTACGCTAATCTCGTCAAT
CTCATCGAACCTATGAAAGCTTTCCACTGGGGAAAAGATGTGAGCATAGAGAATCTGCAT
CAAGGTTTCACACACATCTTTGAATCCACGTTTGAGAGCAAAGAAGCTGTAGCTGAGTAC
GTTGCTCATCCTATTCACGTTGAGTTCGCCACCATGTTCCTAGGCAGCTTGGATAAAGTG
TTGGTCATAGACTACAAGCCTACCTCTGTTTAAATTCGTCTTCTTTGTGTGATCTTTGTT
TGTAATAAAGTATGTTCCTTTTTGATGTATTTGCCTTTGGTTAATTTGTCTGCCTTCTTA
TAATGTTTCTGTCAATCTCTTTATTTTTCTTTGTAGCAGACAATGTGTGTAAAAGATCAT
TAGTGTTTTGCTTGTTTTCTTTTATGGTTTGAGTACTTTGTCGTCACTTAATCTCTTGTA
TTTTTTTTTTTTATCAATAATGGTAATAG

QA 9 577 9 577
DS 



AS 1 3

CO CL3826Contig1 1261 3 10 U
GGGAGGACACAATGAAGTTAAGTTTGTGATCTAAGGACTTGCACTATCTCCAAATCTGCA
GGAAGGACTTTTTGATTGGATCAATATAAATACCTTCTTCATTCGCTTCCATCTTCATCA
ACTTCTTCCCAATTTACAATACCCCGTTATTTCATCTTTTTTTTCTTTAATTGCGTATCA
AATTCCTAGCACCATGACTGTTCTTGTTGAACATTTCGCCTCCGATTCAAGAATCGAGGA
AAAGAAAATGAAAGATGAGAGGGATGAGGAACTGTTGTGGGATGGAGGTTTCGTGGTTCC
AAAATCTAAAGAAGCTGATGGATTTGATGCTCCTGATATCAACTTCTTGGGCCACTCTTT
TAGGGATTATGAGAATGGTGCAAGCGAGAGACAGCAAAGTGTTGAGGAATTCTATAGGAT
GCAACACATTCACCAGACTTATGACTTTGTGAAAGAAATGAGAAAAGAGTATGGAAAACT
TAACAAAATGGAAATGAGTATATGGGAATGTTGTGAACTATTGAACAACGTGGTCGATGA
CAGTGATCCCGATCTGGACGAGCCTCAAATTCAACACCTTCTCCAAACCGCTGAAGCCAT
TAGGAGGGATTATCCTAATGAAGACTGGCTCCATCTCACTGCTTTAATCCATGATCTTGG
AAAGGTTCTGCTTTTGCCAGAATTCGGTGGTCTTCCCCAGTGGGCTGTCGTTGGCGATAC
ATTTCCAGTTGGATGCGCCTTTGACTCGGCCAATATCCACCACAAGTATTTCAAAGAAAA
TCCTGATAATAACACCCCAAAATACAATACGAAAAATGGAGTATACAGTGAAGGATGTGG
GCTGGACAATGTTTTTATGTCATGGTCATGACGACTACATGTATTTGGTGGCTAAGGAGA
ATGGCACAACTCTTCCTCACGCTGGTCTCTTCATTATTCGATACCATTCCTTTTATCCAT
TGCACAAGGCGGGGACGTACACACACTTGATGAACGGTGAAGACAGGGAGGATATCAAGT
GGCTCCATGTATTCAATAAGTATGACTTATACAGTAAGAGCAAAGTTCATGTAGACGTTG
AACAGGTGAAGCCTTACTACATTTCACTTATCAACAAGTATTTTCCGGCAAAACTAAAAT
GGTGAAGAATAAAAACTGGGAGAGCACTGATTACATTTTACTTGGAAGATGAGATCGAAG
ATTTGTGAGTTTGTTGTATAAATCAAAGATTAATCTTATCTAATAAAACGCTATGATTTT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3BN35TF U 1
AF RR3EA25TF U 118
AF RR3BN35JQ C 496
BS 1 141 RR3BN35TF
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RD RR3BN35TF 680 0 0
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AATTCCTAGCACCATGACTGTTCTTGTTGAACATTTCGCCTCCGATTCAAGAATTGAGGA
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AAAGGTTCTGCTTTTGCCAG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3EA25TF 544 0 0
GGAACA
TCTTCCCAATTTACAATACCCCGTTATTTCATCTTTTTTTTCTTTAATTGCGTATCAAAT
TCCTAGCACCATGACTGTTCTTGTTGAACATTTCGCCTCCGATTCAAGAATCGAGGAAAA
GAAAATGAAAGATGAGAGGGATGATGAACTGTTGTGGGATGGAGGTTTCGTGGTTCCAAA
ATCTAAAGAAGCTGATGGATTTGATGCTCCTGATATCAATTTCTTGGGCCACTCTTTTAG
GGATTATGAGAATGGTGCAAGCGAGAGACAGCAAAGTGTTGAGGAATTCTATCGGATGCA
ACACATTCACCAGACTTATGACTTTGTGAAAGAAATGAGAAAAGAGTATGGAAAACTTAG
CAAAATGGAAATGAGTATATGGGAATGTTGTGAACTATTGAACAACGTGGTCGATGACAG
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GAGGGATTATCCTAATGAAGACTGGCTCCATCTCACTGCTTTAATCCATGATCTTGGA

QA 7 544 7 544
DS 

RD RR3BN35JQ 766 0 0
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TAATGAAGACTGGCTCCATCTCACTGCTTTAATCCATGATCTTGGAAAGGTTCTGCTTTT
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CGCCTTTGACTCGGCCAATATCCACCACAAGTATTTCAAAGAAAATCCTGATAATAACAC
CCCAAAATACAATACGAAAAATGGAGTATACAGTGAAGGATGTGGGCTGGACAATGTTTT
TATGTCATGGTCATGACGACTACATGTATTTGGTGGCTAAGGAGAATGGCACAACTCTTC
CTCACGCTGGTCTCTTCATTATTCGATACCATTCCTTTTATCCATTGCACAAGGCGGGGA
CGTACACACACTTGATGAACGGTGAAGACAGGGAGGATATCAAGTGGCTCCATGTATTCA
ATAAGTATGACTTATACAGTAAGAGCAAAGTTCATGTAGACGTTGAACAGGTGAAGCCTT
ACTACATTTCACTTATCAACAAGTATTTTCCGGCAAAACTAAAATGGTGAAGAATAAAAA
CTGGGAGAGCACTGATTACATTTTACTTGGAAGATGAGATCGAAGATTTGTGAGTTTGTT
GTATAAATCAAAGATTAATCTTATCTAATAAAACGCTATGATTTTC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 3

CO CL3827Contig1 916 3 19 U
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TAATTGCAAGAAAGAATGGCGAAAGAGTCCACCACCATTGACGTCGGCGAGCCGAACACA
ATGACCAAAAGTACAAGCCATGTCGTAGTGGATGAGAAGAAAAAGAAAGGCTTTGTGGCA
GCCGCTGCAGGAGGTGGCTACAAGAGAGGTTTGGCCGTATTCGATTTCCTCCTCCGTTTG
GCGGCCATAGGAATCACTATCGGGGCTTCCTCTGTCATGTTTACCGCCGAGGAGACACTT
CCCTTCTTCACTCAGTTCTTACAGTTCCAAGCCGGTTACGATGACTTTCCCACATTTCAG
TTCTTCGTGATAGCAATAGCCATTGTCGCCAGCTATCTCGTCCTATCACTTCCATTCTCT
ATCGTAACTATTGTCCGCCCACTTGCGGTTGCGCCCCGGCTCATCCTGCTCATCTCCGAC
ACTGTTGTTTTAACGCTTACCACAGCAGCAGCTGCTGCCGCAGCATCAATTGTCTACCTT
GCACATAACGGCAACACAAACACCAATTGGCTCCCCATTTGTCAGCAATTTGGAGACTTC
TGCCAAACCGCGAGTACTGCTGTTGTAGCCGCCTCTATCTCCGTTGCCTTCTTCGTCCTT
CTTATTGTCATCTCAGCCATTGCCCTAAAAAGGCATTGATTTGATATTTTCCGCGTGTCA
AGATGGAAAAGGGATCTAGTGTCTTCATGTATATGTGTGTAGTGTGTGCTTTGTGTAACA
TGAGATTGTAAGTATATGGTATCATTATGGTGTGGAAAATGTAACCGGAGTTCACATGTT
TTAAGAAGATTTGTCTTGGTTCAGCTTGAAAGCTCTGGATATAGAAAACAAGGAAAATTT
GTGAGGATGTTTACAC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DP68TF U 1
AF RR3C394TF U 2
AF RR3C394JQ C 274
BS 1 296 RR3DP68TF
BS 297 297 RR3C394TF
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BS 755 766 RR3C394TF
BS 767 916 RR3C394JQ

RD RR3DP68TF 754 0 0
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QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3C394TF 765 0 0
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CGGCCATAGGAATCACTATCGGGGCTTCCTCTGTCATGTTTACCGCCGAGGAGACACTTC
CCTTCTTCACTCAGTTCTTACAGTTCCAAGCCGGTTACGATGACTTTCCCACATTTCAGT
TCTTCGTGATAGCAATAGCCATTGTCGCCAGCTATCTCGTCCTATCACTTCCATTCTCTA
TCGTAACTATTGTCCGCCCACTTGCGGTTGCGCCCCGGCTCATCCTGCTCATCTCCGACA
CTGTTGTTTTAACGCTTACCACAGCAGCAGCTGCTGCCGCAGCATCAATTGTCTACCTTG
CACATAACGGCAACACAAACACCAATTGGCTCCCCATTTGTCAGCAATTTGGAGACTTCT
GCCAAACCGCGAGTACTGCTGTTGTAGCCGCCTCTATCTCCGTTGCCTTCTTCGTCCTTC
TTATTGTCATCTCAGCCATTGCCCTAAAAAGGCATTGATTTGATATTTTCCGCGTGTCAA
GATGGAAAAGGGATCTAGTGTCTTCATGTATATGTGTGTAGTGTG

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3C394JQ 643 0 0
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GGTTACGATGACTTTCCCACATTTCAGTTCTTCGTGATAGCAATAGCCATTGTCGCCAGC
TATCTCGTCCTATCACTTCCATTCTCTATCGTAACTATTGTCCGCCCACTTGCGGTTGCG
CCCCGGCTCATCCTGCTCATTTCCGACACTGTTGTTTTAACGCTTACCACAGCAGCAGCT
GCTGCCGCAGCATCAATTGTCTACCTTGCACATAACGGCAACACAAACACCAATTGGCTC
CCCATTTGTCAGCAATTTGGAGACTTCTGCCAAACCGCGAGTACTGCTGTTGTAGCCGCC
TCTATCTCCGTTGCCTTCTTCGTCCTTCTTATTGTCATCTCAGCCATTGCCCTAAAAAGG
CATTGATTTGATATTTTCCGCGTGTCAAGATGGAAAAGGGATCTAGTGTCTTCATGTATA
TGTGTGTAGTGTGTGCTTTGTGTAACATGAGATTGTAAGTATATGGTATCATTATGGTGT
GGAAAATGTAACCGGAGTTCACATGTTTTAAGAAGATTTGTCTTGGTTCAGCTTGAAAGC
TCTGGATATAGAAAACAAGGAAAATTTGTGAGGATGTTTACAC

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 3

CO CL3828Contig1 613 3 2 U
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CCAACCAAAACAAAACAAAACTAAATAATGGGTGGCTGTGCGAGTAAACCCAAGGAATCA
GACATGAACAACGAAGAAGGCTCTGTTCCTAACAAGCCTGTGTCTGAAACCATAGTACAG
GAGAACAACACGGAAGAAAGCGGTGAGAAACAGAACCAGACAGAGCCTGAAACAACTTCT
GTCGAACCTAAGGAAGCATCTGAGGTCGAGCCGACCAAGGAAGCATCTCCTGCTGTTGAG
CCAGAGGTTGCAGCAGCTGTGGAAGATTCATCTTCTGCTGGTGAGGCTGCAGCACCTGAG
AAGGTGGAGAACGCAGCGGCTGCAACAGAAAATGCTGAAGCAGCTGTGGAAGCGGTCGTC
GCTGCTGAACCAGTAAAGGATGAGGTTAAAAAGGAAGAGAAAGAAGTTGTTGTCGCTATT
TGATTGATTAAATCTTGTGAAAATGTTTTGAATGTTGTTGTATACCACCTGGATTTGATT
TGCTACTGACTGGTTTTATCGAGCTGTTCTTTGTATTTCATAATGGTTATTCTTTGATTC
AATTAAATATAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D372JQ C 1
AF RR3D372TF U 1
AF RR3D684TF U 1
BS 1 579 RR3D372TF
BS 580 613 RR3D684TF

RD RR3D372JQ 579 0 0
GGAATCCTAGGGTCATCAATAAAAATCTTGTGTAATTTTTTCAATCTCCACAGCCTTAAC
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GAGAACAACACGGAAGAAAGCGGTGAGAAACAGAACCAGACAGAGCCTGAAACAACTTCT
GTCGAACCTAAGGAAGCATCTGAGGTCGAGCCGACCAAGGAAGCATCTCCTGCTGTTGAG
CCAGAGGTTGCAGCAGCTGTGGAAGATTCATCTTCTGCTGGTGAGGCTGCAGCACCTGAG
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GCTGCTGAACCAGTAAAGGATGAGGTTAAAAAGGAAGAGAAAGAAGTTGTTGTCGCTATT
TGATTGATTAAATCTTGTGAAAATGTTTTGAATGTTGTTGTATACCACCTGGATTTGATT
TGCTACTGACTGGTTTTATCGAGCTGTTCTTTGTATTTC

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3D372TF 583 0 0
GGAATCCTAGGGTCATCAATAAAAATCTTGTGTAATTTTTTCAATCTCCACAGCCTTAAC
CCAACCAAAACAAAACAAAACTAAATAATGGGTGGCTGTGCGAGTAAACCCAAGGAATCA
GACATGAACAACGAAGAAGGCTCTGTTCCTAACAAGCCTGTGTCTGAAACCATAGTACAG
GAGAACAACACGGAAGAAAGCGGTGAGAAACAGAACCAGACAGAGCCTGAAACAACTTCT
GTCGAACCTAAGGAAGCATCTGAGGTCGAGCCGACCAAGGAAGCATCTCCTGCTGTTGAG
CCAGAGGTTGCAGCAGCTGTGGAAGATTCATCTTCTGCTGGTGAGGCTGCAGCACCTGAG
AAGGTGGAGAACGCAGCGGCTGCAACAGAAAATGCTGAAGCAGCTGTGGAAGCGGTCGTC
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TGATTGATTAAATCTTGTGAAAATGTTTTGAATGTTGTTGTATACCACCTGGATTTGATT
TGCTACTGACTGGTTTTATCGAGCTGTTCTTTGTATTTC
AAAA

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3D684TF 613 0 0
GGAATCCTAGGGTCATCAATAAAAATCTTGTGTAATTTTTTCAATCTCCACAGCCTTAAC
CCAACCAAAACAAAACAAAACTAAATAATGGGTGGCTGTGCGAGTAAACCCAAGGAATCA
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TGATTGATTAAATCTTGTGAAAATGTTTTGAATGTTGTTGTATACCACCTGGATTTGATT
TGCTACTGACTGGTTTTATCGAGCTGTTCTTTGTATTTCATAATGGTTATTCTTTGATTC
AATTAAATATAAA

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

CO CL3829Contig1 1322 2 2 U
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ATTGTTGGGACAAAAAATAAAGCAGCTGATTTAGTGTCGCGGGCTGCAATAAGGGCTCGG
TGTCATTATGTTAATAAAAAGTGGCTCGGCGGCATGTTAACAAATTGGTCTACTACAGAA
AAAAGACTTCATAAGTTTAGGGACTTGAGAACTGAACAAAAGACAGAGGGATTCCACCGT
CTTCCGAAAAGGGATGCAGCTGTGTTGAAGAGACAATTATCTCGCTTGGAAACATATCTA
GGCGGGATTAAATATATGACGGGATTGCCTGATATTGTAATCATCATCGATCAGCAAGAA
GAATATACGGCTCTTCGAGAATGTATAACTTTGGGAATTCCAACCATTTCTTTAATCGAT
ACAAATTGTAATCCCGATCTCGCGGATATTTCTATTCCAGCAAATGATGACGCTATAGCT
TCAATTCGATTCATTCTTAACAAATTAGTATTCGCAATTTGTGAGGGTCGTTCTAGCTAT
ATACAAAATTCTTGATTAATAATAAGATAAATAAATCAATTTTTTTTGAGGGAGGGGCTC
CCTGTATTTCGATTTATAAAATCGGTTACTATTCCTGAATCATACAAAAGAAAAAGAGAT
AAAAAACTGGGGATATTGTGTGATTAGTTTAGTTGGTATCCAAAACTAAAATAGAAAATT
CAAGTAAATAAGTAAAAAAAAAAGGGGGAGTCTTGAATCAAAATAATTTAAAGTTCTTAT
TTCTGTCAGAGGGCAATATGAATGTTTTATCATGTTCCATCAATACACTAATAAAAGAAG
GGTTATATGAGATATTGGTGTAGAAGTAGGCCAACATTTCTATTGGCAAATAGGGGGGTT
CCAAGTCCATGCGCAAGTCCTTATTACTTCTTGGGTTGTAATTGCTATCTTATTAGGTTC
TGCAGCTCTAGCGGTTCGCAATCCACAAACCATTCCAACTGGCGGCCAAAACTTCTTTGA
ATTTGTCCTTGAATTCATTCGAGATGTGAGTCAAACCCAGATTGGAGAAGAATACGGCCC
TTGGGTTCCCTTTATTGGAACCCTGTTTTTATTTATTTTTGTTTCTAACTGGTCAGGAGC
CCTTTTACCGTGGAAAATTATCCAGTTACCTCAAGGGGAGTTAGCAGCACCAACGAATGA
TATAAATACGACGGTTGCTTTAGCTTTACTCACATCAGTAGCATATTTTTATGCGGGTCT
TATCAAAAAGGATTAGGGTATTTCAGTAAATACATTCAACCAACTCCAATTCTTTTACCC
AT


BQ
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10 10 

AF RR3EL27JQ C 1
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ACAAATTGTAATCCCGATCTCGCGGATATTTCTATTCCAGCAAATGATGACGCTATAGCT
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AAAAAA

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DS 

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AAGAATACGGCCCTTGGGTTCCCTTTATTGGAACCCTGTTTTTATTTATTTTTGTTTCTA
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TTTATGCGGGTCTTATCAAAAAGGATTAGGGTATTTCAGTAAATACATTCAACCAACTCC
AATTCTTTTACCCAT

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 3

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CAAACGCAAGAGACAAGAGAGCTCCTCCGGAGAGAATGGCGACTCCTTCGCCGTAGGCTT
TGTGAGAGGTGGGCTTCCCACGACGCAGATCGTCATTGTCCATACAAGGCAAGTCGTCTT
TGATAAGAGACATGGTGGGGATCATCTCAACCGCACAAGCCGCTGGCATCGCGGCGTTTT
CTTCGCCGCCTACTAGCTCACAAGAAGCGAGGCAGAGAATAGGCCTAACACGTTTACCGG
CTGCAAGAACAGAGTAACGCATGGCTTCGTGGATCTTGAGTGGCTCCCCGGCAGGTATGG
CTTCGTCTAGAGCTTTGTTCACTGCATCGGCTTTACTCGTCATGTATGGATCAAAATCGA
ACGTGGAACTAGAAGTGGTATTTATATCTTCATCTTCTACTACTTCCACAATGGGAGAAT
CAAGAAACTCGGCTACTTCTTTTCTTGATAAAATGGCGGCCTCGGCTTGAGTTTCAAGAG
AAGGCTGGAACATGCGGCTTAGGCTCGGTTTGATATACTGAAATAAGAAATTTAGAGAGA
GAACGAGGAGTGAGAAATAGAGCAACAGAATTTGAGCTTCCATTTTTCATCAAGACAAAC
TTCC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3DZ59JQ U 1
AF RR3C463JQ U 26
AF RR3DZ59TF C 613
BS 1 609 RR3DZ59JQ
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CCAGTTCCC

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DS 

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TAAACCCGACACAACAAAACAAACAATCGAAGTTCTAAAAGACATAACATTTCATTTATT
TCTATTGGCAATAAAATTAGTAAGAGCTACTAAAGGTGCCACCTTCTCCGTAGTAA*CCC
ATGAAGATGTTGACGTGCATCTTTAGTCAATCTCTTAACAAATTCTTTGGATTTCTCCAA
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AATGCACCTAGCAAACTTTCTTACACTCTCAATCTCTTCATCAGATCCACCACCAATAAT
GGCTCCAAGAACCGCAGCAGTTTCCAACAAAACCGCAGTTTTGTGTACATGGATAAACTC
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TCCCGCGACTAACCCTCTAGTTCCAATGGACCTAGCCAGTTCCCTGACCGCCCAAACCAT
TCTATCCGAGGATATCTCCGCCGTTGTCATGTGCTCAAACGCGAGAGACAAGAGAGCTCC
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CAGATCGTCATTGTCCATACAAGGCAAGTCGTCTTTGATAAGAGACATGGTGGGGATCAT
CTCA*CCGCACAAGCCGCTGGCATCG

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3DZ59TF 652 0 0
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GCTTCCCACGACGCAGATCGTCATTGTCCATACAAGGCAAGTCGTCTTTGATAAGAGACA
TGGTGTGGATCATCTCAACCGCACAAGCCGCTGGCATCGCGGCGTTTTCTTCGCCGCCTA
CTAGCTCACAAGAAGCGAGGCAGAGAATAGGCCTAACACGTTTACCGGCTGCAAGAACAG
AGTAACGCATGGCTTCGTGGATCTTGAGTGGCTCCCCGGCAGGTATGGCTTCGTCTAGAG
CTTTGTTCACTGCATCGGCTTTACTCGTCATGTATGGATCAAAATCGAACGTGGAACTAG
AAGTGGTATTTATATCTTCATCTTCTACTACTTCCACAATGGGAGAATCAAGAAACTCGG
CTACTTCTTTTCTTGATAAAATGGCGGCCTCGGCTTGAGTTTCAAGAGAAGGCTGGAACA
TGCGGCTTAGGCTCGGTTTGATATACTGAAATAAGAAATTTAGAGAGAGAACGAGGAGTG
AGAAATAGAGCAACAGAATTTGAGCTTCCATTTTTCATCAAGACAAACTTCC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 3

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AGAAGACAAGAGGATGGGAACAGCAGCTGTAGCGCCATGGAAGCAGCTTCTCTTTGGTGC
GATCGAGGCCAATTCTCACCTAAAACACTATTCTTACGCTCAGCTCGCGACGATTGGTGT
TAATGGACGCCCTTCTAATCGCACCGTCGTATTCAGGGGATTTGAAGAGAACAGTGACAA
AATTCAAATCAACACCGATCTTCGTAATCGTAAGATTCAAGAGCTTAAGCAGTGTCCGTT
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TGAAGTCATTGATGCATCGAGTTCTGATCAGACCAAGCTTCAGCTAAGAGAGAAAGCTTG
GTTTGCTAATTCTCTAAAGTCAAGGCTGATGTACATCTGTCCTGCGCCTGGTAGTACTTA
CAATGGTGAGCAACCAGATCAAGAATTTAAGTTAGATCCCTCAAGTGGCCCAGTTGCTGA
TTACTGTCTAATGCTTCTAGAGCCTGAAAAGGTTGATTACTTGAATCTTAAAAGTAATCA
GAGGCTTTTGTTTTCATCCATGATTAGTGGAACAGGAGAGAAGTGCTGGACTTCTGAAAA
GGTTAACCCATAATTAAGTTTTAATGGCTGTGTGGTAGATTTGATTCGCCAGTTTGTAGC
AATTCGTAATACTTTCAGACAGACTACTGTGTATCTCTGCTTTCTGTGTTGGATCATATT
GAAAAAAATGAATAAAAAATCTGAACCTTTCTCTTTCT


BQ
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI15TF U 1
AF RR3BY17TF U 42
AF RR3DI15JQ C 191
BS 1 657 RR3DI15TF
BS 658 787 RR3BY17TF
BS 788 788 RR3DI15JQ
BS 789 798 RR3BY17TF
BS 799 818 RR3DI15JQ

RD RR3DI15TF 657 0 0
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AGAAGACAAGAGGATGGGAACAGCAGCTGTAGCGCCATGGAAGCAGCTTCTCTTTGGTGC
GATCGAGGCCAATTCTCACCTAAAACACTATTCTTACGCTCAGCTCGCGACGATTGGTGT
TAATGGACGCCCTTCTAATCGCACCGTCGTATTCAGGGGATTTGAAGAGAACAGTGACAA
AATTCAAATCAACACCGATCTTCGTAATCGTAAGATTCAAGAGCTTAAGCAGTGTCCGTT
CTCCGAGATGTGTTGGTATTTCTCGGATACTTGGGAGCAGTTTCGGATCAATGGAAGGGT
TGAAGTCATTGATGCATCGAGTTCTGATCAGACCAAGCTTCAGCTAAGAGAGAAAGCTTG
GTTTGCTAATTCTCTAAAGTCAAGGCTGATGTACATCTGTCCTGCGCCTGGTAGTACTTA
CAATGGTGAGCAACCAGATCAAGAATTTAAGTTAGATCCCTCAAGTGGCCCAGTTGCTGA
TTACTGTCTAATGCTTCTAGAGCCTGAAAAGGTTGATTACTTGAATCTTAAAAGTAATCA
GAGGCTTTTGTTTTCATCCATGATTAGTGGAACAGGAGAGAAGTGCTGGACTTCTGA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3BY17TF 757 0 0
GGACGAAACTGTGTGAAGAAGAAGACAAGAGGATGGGAACAGCAGCTGTAGCGCCATGGA
AGCAGCTTCTCTTTGGTGCGATCGAGGCCAATTCTCACCTAAAACACTATTCTTACGCTC
AGCTCGCGACGATTGGTGTTAATGGACGCCCTTCTAATCGCACCGTCGTATTCAGGGGAT
TTGAAGAGAACAGTGACAAAATTCAAATCAACACCGATCTTCGTAGTCGTAAGATTCAAG
AGCTTAAGCAGTGTCCGTTCTCCGAGATGTGTTGGTATTTCTCGGATACTTGGGAGCAGT
TTCGGATCAATGGAAGGGTTGAAGTCATTGATGCATCGAGTTCTGATCAGACCAAGCTTC
AGCTAAGAGAGAAAGCTTGGTTTGCTAATTCTCTAAAGTCAAGGCTGATGTACATCTGTC
CTGCGCCTGGTAGTACTTACAATGGTGAGCAACCAGATCAAGAATTTAAGTTAGATCCCT
CAAGTGGCCCAGTTGCTGATTACTGTCTAATGCTTCTAGAGCCTGAAAAGGTTGATTACT
TGAATCTTAAAAGTAATCAGAGGCTTTTGTTTTCATCCATGATTAGTGGAACAGGAGAGA
AGTGCTGGACTTCTGAAAAGGTTAACCCATAATTAAGTTTTAATGGCTGTGTGGTAGATT
TGATTCGCCAGTTTGTAGCAATTCGTAATACTTTCAGACAGACTACTGTGTATCTCTGCT
TTCTGTGTTGGATCATATTGAAAAAA*TGAATAAAAA

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3DI15JQ 628 0 0
CCTTCTAATCGCACCGTCGTATTCAGGGGATTTGAAGAGAACAGTGACAAAATTCAAATC
AACACCGATCTTCGTAATCGTAAGATTCAAGAGCTTAAGCAGTGTCCGTTTTCCGAGATG
TGTTGGTATTTCTCGGATACTTGGGAGCAGTTTCGGATCAATGGAAGGGTTGAAGTCATT
GATGCATCGAGTTCTGATCAGACCAAGCTTCAGCTAAGAGAGAAAGCTTGGTTTGCTAAT
TCTCTAAAGTCAAGGCTGATGTACATCTGTCCTGCGCCTGGTAGTACTTACAATGGTGAG
CAACCAGATCAAGAATTTAAGTTAGATCCCTCAAGTGGCCCAGTTGCTGATTACTGTCTA
ATGCTTCTAGAGCCTGAAAAGGTTGATTACTTGAATCTTAAAAGTAATCAGAGGCTTTTG
TTTTCATCCATGATTAGTGGAACAGGAGAGAAGTGCTGGACTTCTGAAAAGGTTAACCCA
TAATTAAGTTTTAATGGCTGTGTGGTAGATTTGATTCGCCAGTTTGTAGCAATTCGTAAT
ACTTTCAGACAGACTACTGTGTATCTCTGCTTTCTGTGTTGGATCATATTGAAAAAAATG
AATAAAAAATCTGAACCTTTCTCTTTCT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 3

CO CL3832Contig1 748 3 11 U
TTTGTGATAAAAGCTGATCAATTGATAGATAAAAATTTATTAGGATTCCTTAAAAAAGTT
ATTACCGTTACAAAAAATTTGAAA*CAAAAGGACCACTGATCTTAGGGCGGGATTGGTCT
TTAAGCAGGTGTAACGTAAGAGACGACGGCGGTGATGTCATCAAGCTTTCCTCCGTAAAA
CCTGTAGCCAGCCTCCTGAGCCGCGTCCGCGAAAGGACTCTGACGAT*CTTGTCCAACGC
TCTTGCACGTGCCAAATCCGCAATCTTCTGAGCAGTGGCTTTCGGGTCAAGTCCAGCTCT
GACCGAGCTAACCACCACTCCTGTGATGTCTTCGTTGTATAGATTGTCATACACACCGTC
CGTTCCCGCCACAATCACGTCTCCAGCCTCCACATCTATCATGAAAACCTGACCGGAGCG
AGGCATATCGCCACCACTGTCTCCAGTCCCTAATTGATAAGTGAAGTTGAATCCGTGCTG
CTGAACAGGCGACTGAAACACCGTGGCCCCGTCTCTAACCACCGTGAATCCACTGTCTCC
GAGATTAATAGCGTGTAGTCCCTTGTCTGTCAAAGCGATGATACAAGCAGTGGAGGAGCC
TTGAGCTTTGGTTTGAGAATGCGCTTTCTCTAAAACCAACAACGGGTCAATAAAAGAACC
CTTAGCCAGTTCTCGAATCGCTGATACAGAGTAAGACATGAGTTCGCGAGAGAACAAGCC
AGCGTTGACACCGACTTCAGCCCAATCG


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3A821JQ U 4
AF RR3A821TF C 1
AF RR3BK81JQ U 4
BS 1 5 RR3A821TF
BS 6 473 RR3A821JQ
BS 474 486 RR3BK81JQ
BS 487 487 RR3A821TF
BS 488 641 RR3BK81JQ
BS 642 642 RR3A821TF
BS 643 648 RR3BK81JQ
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BS 650 717 RR3BK81JQ
BS 718 718 RR3A821TF
BS 719 748 RR3BK81JQ

RD RR3A821JQ 470 0 0
GG
GATAAAAGCTGATCAATTGATAGATAAAAATTTATTAGGATTCCTTAAAAAAGTTATTAC
CGTTACAAAAAATTTGAAA*CAAAAGGACCACTGATCTTAGGGCGGGATTGGTCTTTAAG
CAGGTGTAACGTAAGAGACGACGGCGGTGATGTCATCAAGCTTTCCTCCGTAAAACCTGT
AGCCAGCCTCCTGAGCCGCGTCCGCGAAAGGACTCTGACGAT*CTTGTCCAACGCTCTTG
CACGTGCCAAATCCGCAATCTTCTGAGCAGTGGCTTTCGGGTCAAGTCCAGCTCTGACCG
AGCTAACCACCACTCCTGTGATGTCTTCGTTGTATAGATTGTCATACACACCGTCCGTTC
CCGCCACAATCACGTCTCCAGCCTCCACATCTATCATGAAAACCTGACCGGAGCGAGGCA
TATCGCCACCACTGTCTCCAGTCCCTAATTGATAAGTGAAGTTGAATC

QA 3 470 3 470
DS 

RD RR3A821TF 744 0 0
TTTGTGATAAAAGCTGATCAATTGATAGATAAAAATTTATTAGGATTCCTTAAAAAAGTT
ATTACCGTTACAAAAAATTTGAAA*CAAAAGGACCACTGATCTTAGGGCGGGATTGGTCT
TTAAGCAGGTGTAACGTAAGAGACGACGGCGGTGATGTCATCAAGCTTTCCTCCGTAAAA
CCTGTAGCCAGCCTCCTGAGCCGCGTCCGCGAAAGGACTCTGACGAT*CTTGTCCAACGC
TCTTGCACGTGCCAAATCCGCAATCTTCTGAGCAGTGGCTTTCGGGTCAAGTCCAGCTCT
GACCGAGCTAACCACCACTCCTGTGATGTCTTCGTTGTATAGATTGTCATACACACCGTC
CGTTCCCGCCACAATCACGTCTCCAGCCTCCACATCTATCATGAAAACCTGACCGGAGCG
AGGCATATCGCCACCACTGTCTCCAGTCCCTAATTGATAAGTGAAGTTGAATCCGTGCTG
CTGAACAGGTGACTGAAACACCGTGGTCCCGTCTCTAACCACCGTGAATCCACTGTCTCC
GAGATTAATAGCGTGTAGTCCCTTGTCTGTCAAAGCGATGATACAAGCAGTGGAGGAGCC
TTGAGCTTTGGTTTGAGAATGCGCTTTCTCTAAAACCAACAACGGGTCAATAAAAGAACC
CTTAGCCAGTTCTCGAATGGCTGATACAGAGTAAGACATGAGTTCGCGAGAGAACAAGCC
AGCGTTGATACCGACTTCAGCCC
C

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3BK81JQ 745 0 0
GT
GATAAAAGCTGATCAATTGATAGATAAAAATTTATTAGGATTCCTTGAAAAAGTTATTAC
CGTTACAAAAAAATTGAAAACAAAAGGACCACTGATCTTAGGGCGGGATTGGTCTTTAAG
CTGGTGTAACGTAGGAGACGACGGCGGTGATGTCATCAAGCTTTCCTCCGTAAAACCTGT
AGCCAGCCTCCTGAGCCGCGTCCGCGAAAGGACTCTGCCGTTTCTTGTCCAACGCTCTCG
CGCGTGCCAAATCCGCAATCTTCTGAGCCGTGCCTTTCGGGTCAAGTCCAGCTCTAACCG
AGCTAACCACCACTCCTGTGATGTCCTCGCCGTATAGATTGTCATACACACCGTCCGTTC
CCGTCACAATCACATCTCCAGCCTCCACATCAATCATGAAAACCTGACCGGAGCGAGGCA
TATCGCCACCACTGTCTCCAGTCCCTAATTGATAAGTAAAGTTGAATCCGTGCTGCTGAA
CCGGCGACTGAAACACCGTGGCCCCGTCTCTAACCACCGTGAATCCACTGTCTCCGAGAT
TAATAGCGTGTAGTCCCTTGTCTGTCAAAGCGATGATACAAGCAGTGGAGGAGCCTTGAG
CTTTGGTTTGAGAATGCGCTTTCTCTAAAACCAACAGCGGGTCGATAAAAGAACCCTTAG
CCAGTTCTCGAATCGCTGATACAGAGTAAGACATGAGTTCGCGAGAGAACAATCCAGCGT
TGACACCGACTTCAGCCCAATCG

QA 3 745 3 745
DS 



AS 1 3

CO CL3833Contig1 952 3 3 U
TCGATGAAGATAACCCATCTCTCCTCCCATCAAGAAATTAATCCAAAAAATTGTAGACAA
GGCATTACAACAACTGCCTTTAGCCTTTGGCTTAGCTTAAAGCCTTTCAATATTACCAAA
AAAAAATAATACAATGGGTATGAAGAACAATCTTTTTTTTTAAGAAAAAAGAAAGCCATG
AAAGAAGAAGAAATGTGAGCTTCTGACTCTCTAAATCTTCACGACCCTGAAGGAATCCAT
AACTCTTCTTAGATCTTTCTCCTCTTCCAGGAAAACTTTCTCAGGAGTTTGGAGTCTCAG
TGAGTAGAGTCTATTGTTCTCAACTCCTAGAACCGCCAGGTAGCGCCTGTCCCATTCCAA
ACGAGCCACTCTATCTTGCGGCATCACTGCCAGCTCGTTGTTGTTTGCGTATGACTTTAT
GTTCACCTCGACTTGGTAGTAGAGTTTACCATCATCTGCAACTCTGGAGGAAGTTGTAAG
GATGTTGGACTCCCGCTTGACACCGAGTCTAGTGGACATAAACTCAGTCAAGTACTGTCT
GAGTACTTTCTTCCCCGCTTCTTCAGGTGATCCCAAGTCCTCAAGCGACTTGTATTTGGA
GGAAGAAGGCGAAGAGAACTCGACAGAGAGGTTCTCGTCGAGGACGATAGGGTCTCTGAA
GAAGATGTCAGCGCCAGCTCCTCGGACTTGGATCCAGTTCTGAGGGTACTTGAAAGAGTA
ACCATCGAATGTGTCGATGTACTCTCTGAAGCCTGGAGTCAAAGCGAATGCTGGTGTTGG
AAGATTGGCTTCTGATAGCATTATTAAACCAGACATGAGCAGTCCACCACCCATCATCAT
GCTCCTCCTCCCAACTGCACATGCTTGTTTGGCATCGGTTAACAAGCTTGTGGGAGGTGG
AGATTCCGGTTTAGCGAACTTGGCAGATTGGTAAGAGATGGGTCTGGAGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3C792JQ U 1
AF RR3AH59JQ U 8
AF RR3AH59TF C 330
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AAAAAATAATACAATGGGTATGAAGAACAATCTTTTTTTTTAAGAAAAAAGAAAGCCATG
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DS 

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GATG
AACCCGTCTCTCCTCCCATCAAGAAATTAATCCAAAAAATTGTAGACAAGGCATTACAAC
AACTGCCTTTAGCCTTTGGCTTAGCTTAAAGCCTTTCAATATTACCAAAAAAAA*TAATA
CAATGGGTATGAAGAACAATCTTTTTTTTTAAGAAAAAAGAAAGCCATGAAAGAAGAAGA
AATGTGAGCTTCTGACTCTCTAAATCTTCTCGACCCTGAAGGAATCCATAACTCTTCTTA
GATCTTTCTCCTCTTCCAGGAAAACTTTCTCAGGAGTTTGGAGTCTCAGTGAGTAGAGTC
TATTGTTCTCAACTCCTAGAACCGCCAGGTAGCGCCTGTCCCATTCCAAACGAGCCACTC
TATCTTGCGGCATCACTGCCAGCTCGTTGTTGTTTGCGTATGACTTTATGTTCACCTCGA
CTTGGTAGTAGAGTTTACCATCATCTGCAACTCTGGAGGAAGTTGTAAGGATGTTGGACT
CCCGCTTGACACCGAGTCTAGTGGACATAAACTCAGTCAAGTACTGTCTGAGTACTTTCT
TCCCCGCTTCTTCAGGTGATCCCAAGTCCTCAAGCGACTTGTATTTGGAGGAAGAAGGCG
AAGAGAACTCGACAGAGAGGTTCTCGTCGAGGACGATAGGGTCTCTGAAGAAGATGTCAG
CGCCAGCTCCTCGGACTTGGATCCAGTTCTGAGGGTACTTGAAAGAGTAACCATCGAATG

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DS 

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CATCATCTGCAACTCTGGAGGAAGTTGTAAGGATGTTGGACTCCCGCTTGACACCGAGTC
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ATCCCAAGTCCTCAAGCGACTTGTATTTGGAGGAAGAAGGCGAAGAGAACTCGACAGAGA
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CAGACATGAGCAGTCCACCACCCATCATCATGCTCCTCCTCCCAACTGCACATGCTTGTT
TGGCATCGGTTAACAAGCTTGTGGGAGGTGGAGATTCCGGTTTAGCGAACTTGGCAGATT
GGTAAGAGATGGGTCTGGAGAAA

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 3

CO CL3834Contig1 1236 3 5 U
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GATTCCAGAAAATCCAAAGCAAGGAGAAGCCTTCATAACCCGCTTCACTCAAAAATATGA
AGACTGGGTCAATAACCGCAGCATAAACCATGAGGATGTTCCCAAAAGAAACTATCTTTC
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CGGTGTTGGGAAGACAGCTTTATGCAAGACCATCTTCAATGATGAAGATGTGAAGAGTGT
TTACGCTCCAAGAATCTGGGTGTCTATGCATAGCATTGAACGGTCTAAAGAGGGGCTTGA
TGGGAAGATATCCGTTTTAAAGAAGATCTTGACGGTTCTTGGAGTTGAAGTTTCTATATT
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CTTGAATCTGAGGTGGAAGAAGTATCTCATCGTGTTTGATGATGTGCGAGAAGAGGACAA
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GTATCTTTCAGATGGATTCCCTAAAGGGCCTGGTGGAAGAGTCATATACACAACCAGGGA
TGAGAACAAGAACCTGGCCAAGAAGCTAGTGGCAGAGGAACATGAGATACATCTTCTTTG
GCCTCTGACTGATTCTCTGAGTGTCTGGAGGATATATGATGAAGCACGGATAGAGAACGG
GGAAGATGATCCTCCTAGGAACGACAAGAAATGCATTGAAGAGCTTATGAACAAGTCTCG
TGGTCTTCCTCTAGCTGTTAGACTATTGGCCACGCTTCTTCCCGTGTTTCTTGACGATGA
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TTGTTTCTTGTTTTTGTTTCTTTGGTTTGATGCTGTCTGTATGTCTCTCTGTTGTATGAA
TAATCAAGAATCTCTAACTAGAGATTCTTCATTCTC


BQ
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AF RR3AO59TF U 1
AF RR3BH25TF U 149
AF RR3AO59JQ C 417
BS 1 702 RR3AO59TF
BS 703 703 RR3BH25TF
BS 704 736 RR3AO59TF
BS 737 922 RR3BH25TF
BS 923 1236 RR3AO59JQ

RD RR3AO59TF 736 0 0
GAACTAATTTTTTTACTTGTTCATCTTCTTTCTTTTTATACTCTATCCCCTCTTGAATAT
GATTCCAGAAAATCCAAAGCAAGGAGAAGCCTTCATAACCCGCTTCACTCAAAAATATGA
AGACTGGGTCAATAACCGCAGCATAAACCATGAGGATGTTCCCAAAAGAAACTATCTTTC
TGCAGGAGCTTTGAACAAGAGAGAGGGGGAGCCAGATGAAAATGATCGTGTGGAAACCAA
TTCTGAACTTCCAGGCCATAAAATCCACGGTTTCGACAACGAGATCAAGTCCTTGAAGAA
CTTCTTGCTGGACCAGAAGGTCTACAATGAGTTCAAGAGTCTTGTGGTTGTAGGAGAATA
CGGTGTTGGGAAGACAGCTTTATGCAAGACCATCTTCAATGATGAAGATGTGAAGAGTGT
TTACGCTCCAAGAATCTGGGTGTCTATGCATAGCATTGAACGGTCTAAAGAGGGGCTTGA
TGGGAAGATATCCGTTTTAAAGAAGATCTTGACGGTTCTTGGAGTTGAAGTTTCTATATT
GGACAAGATCAAAACAGATGCGGTAGATGAGGAGTTATCTGCTCTGCTCTATGCACTTCA
CTTGAATCTGAGGTGGAAGAAGTATCTCATCGTGTTTGATGATGTGCGAGAAGAGGACAA
CTGGAACGAGATGCTTCAAGACGATGTGGAGAAGCTCAAGAAAGATACTAAATGGGGAAA
GTATCTTTCAGATGGA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3BH25TF 774 0 0
G
ATGAGGATGTTCCCAAAAGAAACTATCTTTCTGCAGGAGCTTTGAACAAGAGAGAGGGGG
AGCCAGATGAAAATGATCGTGTGGAAACCAATTCTGAACTTCCAGGCCATAAAATCCACG
GTTTCGACAACGAGATCAAGTCCTTGAAGAACTTCTTGCTGGACCAGAAGGTCTACAATG
AGTTCAAGAGTCTTGTGGTTGTAGGAGAATACGGTGTTGGGAAGACAGCTTTATGCAAGA
CCATCTTCAATGATGAAGATGTGAAGAGTGTTTACGCTCCAAGAATCTGGGTGTCTATGC
ATAGCATTGAACGGTCTAAAGAGGGGCTTGATGGGAAGATATCTGTTTTAAAGAAGATCT
TGATGGTTCTTGGAGTTGAAGTTTCTATATTGGACAAGATCAAAACAGATGCGGTAGATG
AGGAGTTATCTGCTCTGCTCTATGCACTTCACTTGGATCTGAGGTGGAAGAAGTATCTCA
TCGTGTTTGATGATGTGCGAGAAGAGGACGACTGGAACGAGATGCTTCAAGACGATGTGG
AGAAGCTCAAGAAGGATACTAAATGGGGAAAGTATCTTTCAGATGGATTCCCTAAAGGGC
CTGGTGGAAGAGTCATATACACAACCAGGGATGAGAACAAGAACCTGGCCAAGAAGCTAG
TGGCAGAGGAACATGAGATACATCTTCTTTGGCCTCTGACTGATTCTCTGAGTGTCTGGA
GGATATATGATGAAGCACGGATAGAGAACGGGGAAGATGATCCTCCTAGGAAC

QA 2 774 2 774
DS 

RD RR3AO59JQ 820 0 0
GTGTTTACGCTCCAAGAATCTGGGTGTCTATGCATAGCATTGAACGGTCTAAAGAGGGGC
TTGATGGGAAGATATCCGTTTTAAAGAAGATCTTGACGGTTCTTGGAGTTGAAGTTTCTA
TATTGGACAAGATCAAAACAGATGCGGTAGATGAGGAGTTATCTGCTCTGCTCTATGCAC
TTCACTTGAATCTGAGGTGGAAGAAGTATCTCATCGTGTTTGATGATGTGCGAGAAGAGG
ACAACTGGAACGAGATGCTTCAAGACGATGTGGAGAAGCTCAAGAAGGATACTAAATGGG
GAAAGTATCTTTCAGATGGATTCCCTAAAGGGTCTGGTGGAAGAGTCATATACACAACCA
GGGATGAGAACAAGAACCTGGCCAAGAAGCTAGTGGCAGAGGAACATGAGATACATCTTC
TTTGGCCTCTGACTGATTCTCTGAGTGTCTGGAGGATATATGATGAAGCACGGATAGAGA
ACGGGGAAGATGATCCTCCTAGGAACGACAAGAAATGCATTGAAGAGCTTATGAACAAGT
CTCGTGGTCTTCCTCTAGCTGTTAGACTATTGGCCACGCTTCTTCCCGTGTTTCTTGACG
ATGAAACCACTGAGCAGAACGGTTCCATCCACGGCTCAGACAACACCACTACTGCAGAAG
AGAATGGAACTACTCAACCTCCAACAGCCTGAGAAGATTGAAGAGCTTCTTGCCTTTGTT
TTCTTTGTTTCTTGTTTTTGTTTCTTTGGTTTGATGCTGTCTGTATGTCTCTCTGTTGTA
TGAATAATCAAGAATCTCTAACTAGAGATTCTTCATTCTC

QA 1 820 1 820
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL3836Contig1 606 2 3 U
TATCTAAATAAAATTTAATTATTATTTATGAATTCAGAGCTCAGAGTTATACTCCCAAAA
GCTCTAAATCCGAACCGATCAAACAACGTCCATGTAACTTATTGCAAAACGAACACTCAA
ACAGATGTCTGGGTTTGTCTTATTTATTTTTAGTACAATAGCTCCTTTTTAAGCTTTGAT
CACATAGTGGTAACACAATCTTAGATAAGGAAGGAGACAGCCTTGTCAACTAGAGAAAGC
CATTGATTCTCCATCTCCGACTGCATCTTGATATCATAAAGACTCTCTATTTTGATCTGC
TTCGGCCTCAATGCAGCCATGGCTTCCTGTATCTCAGCTAACGTGACTGTAACATTCAGA
GGAAGGAAAAGAAGCTCCCTGAGATTGTTCGGTCAAACCACTTCCGGATCGGCTCCCCAC
ATCAAATGGCCAACCTGAAGGTTCCCTTCTTGAGTCAAATGCTTACCGTCAAAGAAGAGA
TAATCTCCAGGCTTAGTGCACACATTGTTAGTCGAACAACTTGTTCCATTGACTGACCCG
GTTCCACAACAAGCTGCCATTCCCGTCTCAAATGTGTAGGTCTTGGAATTGATAACTCTG
TGCTGC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN35JQ U 2
AF RR3DN35TF C 1
BS 1 1 RR3DN35TF
BS 2 473 RR3DN35JQ
BS 474 606 RR3DN35TF

RD RR3DN35JQ 472 0 0
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CTCTAAATCCGAACCGATCAAACAACGTCCATGTAACTTATTGCAAAACGAACACTCAAA
CAGATGTCTGGGTTTGTCTTATTTATTTTTAGTACAATAGCTCCTTTTTAAGCTTTGATC
ACATAGTGGTAACACAATCTTAGATAAGGAAGGAGACAGCCTTGTCAACTAGAGAAAGCC
ATTGATTCTCCATCTCCGACTGCATCTTGATATCATAAAGACTCTCTATTTTGATCTGCT
TCGGCCTCAATGCAGCCATGGCTTCCTGTATCTCAGCTAACGTGACTGTAACATTCAGAG
GAAGGAAAAGAAGCTCCCTGAGATTGTTCGGTCAAACCACTTCCGGATCGGCTCCCCACA
TCAAATGGCCAACCTGAAGGTTCCCTTCTTGAGTCAAATGCTTACCGTCAAA

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3DN35TF 606 0 0
TATCTAAATAAAATTTAATTATTATTTATGAATTCAGAGCTCAGAGTTATACTCCCAAAA
GCTCTAAATCCGAACCGATCAAACAACGTCCATGTAACTTATTGCAAAACGAACACTCAA
ACAGATGTCTGGGTTTGTCTTATTTATTTTTAGTACAATAGCTCCTTTTTAAGCTTTGAT
CACATAGTGGTAACACAATCTTAGATAAGGAAGGAGACAGCCTTGTCAACTAGAGAAAGC
CATTGATTCTCCATCTCCGACTGCATCTTGATATCATAAAGACTCTCTATTTTGATCTGC
TTCGGCCTCAATGCAGCCATGGCTTCCTGTATCTCAGCTAACGTGACTGTAACATTCAGA
GGAAGGAAAAGAAGCTCCCTGAGATTGTTCGGTCAAACCACTTCCGGATCGGCTCCCCAC
ATCAAATGGCCAACCTGAAGGTTCCCTTCTTGAGTCAAATGCTTACCGTCAAAGAAGAGA
TAATCTCCAGGCTTAGTGCACACATTGTTAGTCGAACAACTTGTTCCATTGACTGACCCG
GTTCCACAACAAGCTGCCATTCCCGTCTCAAATGTGTAGGTCTTGGAATTGATAACTCTG
TGCTGC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

CO CL3837Contig1 747 2 29 U
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TGTCTACTAAACAATATGGTTGAAGAAGATTCTTAAGCTCTATTAAGAACTTTTAGACGT
AGAGATGAAAGAAGAAGAAGAAACCAAGCTAACAGTGGGATCTAGCATGCTCAGGTTTGT
GAGTATACTCATAATCAAGATGCACAAAAGCCCTTTCTATCTCCTGCATCAGCTCCAGCT
TCTCTTGCAGCGATTCCCCAATGTCATGCGCCACTTGCAGAGGCATATCAGCAGGGAGAA
CTATATCAACCTCCACAAAGTAATGAGATCCAAACGTGTAAGCCCTCACCGTGTCAATAT
GCCTAATCTCTCTATGGTGGTTCCAACACAGGTAAGTCAGCTTCTGCAGATACTCTGGCG
TCGCTGTTTTCCCAACTAGAGAGTTCACGCTCTCCAAAACCGTCATTGACCACGTCCTTA
TCGTGTACAGTGCAAGAATGATGGCTCCAACTGGATCCATCCAGTTATCGATGTAGTTGG
CGAGGATCACTGCAACGAGTCCAATGATGTTTGTGATGACGTCGAAAAAGTGGTCTTGAG
CATAAGCTTTAACAATCTCGTTACTGAAGGATCTGCAGTAAAGGACGAGAAGCAGTTTGA
CCAATGTAACGGAGAGCATGATCCCAACCACCCAACTCTCTTGCTCTCTAGTTAGGCTGA
ACTCCTTTTGACTGGATAACATTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C058JQ U 43
AF RR3CV48JQB U 1
BS 1 84 RR3CV48JQB
BS 85 87 RR3C058JQ
BS 88 125 RR3CV48JQB
BS 126 126 RR3C058JQ
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BS 129 130 RR3C058JQ
BS 131 211 RR3CV48JQB
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BS 296 296 RR3C058JQ
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BS 342 409 RR3CV48JQB
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BS 450 450 RR3C058JQ
BS 451 553 RR3CV48JQB
BS 554 554 RR3C058JQ
BS 555 555 RR3CV48JQB
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BS 695 695 RR3C058JQ
BS 696 747 RR3CV48JQB

RD RR3C058JQ 678 0 0
TAGT
TTACAAAGGTACTTTGTCTACTAACCAATATGGTTGAAGAAGATTCTTAAGCTCTATTAA
GAACTTTTAGACGTAGAGATGGAAGAAGAAGAAGAAACCAAGCTAACAGTGGGATCTAGC
ATGCTCAGGTTTGTGAGTATACTCATAATCAAGATGCACAAAAGCCCTTTCTATCTCCTG
CATCAGCTCCAGCTTCTCTTGCAGCGATTCCCCAATGTCGTGCGCCACTTGCAGAGGCAT
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CACCGTGTCAATATGCCTAATCTCTCTATGGTGGTTCCAACACAGGTAAGTCAGTTTCTG
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TGACCACGTCCTTATCGTGTACAGTGCAAGAATGATGGCTCCAACTGGATCCATCCAGTT
ATCGATGTAGTTGGCGAGGATCACTGCAACGAGTCCAATGATGTTTGTGATGACGTCGAA
AAAGTGGTCTTGAGCATAAGCTTTGACAATCTCGTTACTGAAGGATCTGCAGTAAAGGAC
GAGAAGCAGTTTGACCAATGTAACGGAGAGCATGATCCCAACCACCCAACTCTCTTGCTC
T
TTTTGTTAGGCTG

QA 5 665 5 665
DS 

RD RR3CV48JQB 747 0 0
GGACTTAAAAATTATAGTTTTATTGCCAGTAGAACAACAAAACTAGTTACAAAGGTACTT
TGTCTACTAAACAATATGGTTGAA***GATTCTTAAGCTCTATTAAGAACTTTTAGACGT
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GAGTATACTCATAATCAAGATGCACAAAAGCTCTTTCTATCTCCTGCATCAGCTCCAGCT
TCTCTTGCAGCGATTCCCCAATGTCATGCGCCACTTGCAGAGGCATATCAGCAGGTAGAA
CTATATCAACCTCCACAAAGTAATGAGATCCAAACGTGTACGCCCTCACCGTGTCAATAT
GCCTAATCTCTCTATGGTGGTTCCAACACAGGTAAGTCAGCTTCTGCAGGTACTCTGGCG
TCGCTGTTTTCCCAACTAGAGAGTTCACGTTCTCCAAAACCGTCATTGACCACGTCCTTA
TCGTGTACAGTGCAAGAATGATGGCTCCAACTGGATCCATCCAGTTATCGATGTAGTTGG
CGAGGATCACTGCGATGAGTCCAATGATGTTTGTGATGACGTCGAAGAAGTGGTCTTGAG
CATAGGCTTTAACGATCTCGTTACTGAAGGATCTGCAGTAAAGGACGAGAAGCAGTTTGA
CCAATGTAACGGAGAGCATGATCCCAACCACCCAGCTCTCTTGCTCTCTAGTTAGGCTGA
ACTCCTTTTGACTGGATAACATTGTCC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL3838Contig1 1200 2 2 U
GGACTTTTCAAGTTTACAAATGAAATTTACTTTTGGACTGTTTTATTATGATCATATACC
AATAGGCTAGTTACAAAAAAAAAAAATACCAATAGGCTACCAGAATAAATATAATTTAGA
ATGTTGTGTTCTATATATACTTTGATAAAAAATAAGATTTATATTTTCAATGTACTTTTA
TATTGGCATTTTGTCGAACATCTGGTGTGCATTGTAGATTTACATTTGATTTTCTTCTTC
TTGGCAGATGTGGCGGTTATGAATTCAGCTACTTCGAAGGATCCGAAGATTTTGAACAAG
GAGAAAGTTAATGAGATGGAGCAAGCAAACATGGGTCATCGCCACATTTCTTGGAAGCAT
TATGGTCAAACTTCTGTGTCTTTCGTGTAATAACGAGAAGTTGCTTAACGACGATGCTGC
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TATGTGACGAAGAAGGGTCCGGGAAGACACTCGAAGAGGAAGAAGCATCATCTCTTTTGT
TCACTCCACAAGATTTGTTAGATAGTAGCGGTAAGTTGTCGACCAAACATAGTTATGTCG
CTCAACACTTGATTGATGTCGAGATGTTCATCAACGAACAGGGCACTGTGATTACATAGC
TTCATATCCCCTTATCGTGTAGCACAATACGAAAGATGTTCTGCTTTTGAAGCCAAATAT
GAAAAGTTGTATCAGCTTATTATACGAAGGTTCTGATCATGGCGTCGATGATGTCGTGGT
CGGATCAGGGAGGCGGAAGGAGGAAGAGAGAGCTCGGAGGTGTATTGTTTCTTGAATTTT
TTACATGCATAGATGGATAGTTTATCTACGAGAATATGATGATGAAGAGGCTGCTTCTAG
AGCTTACCACCTTTGCTACCTTTAAATACTGGGCCCTGGGACACTTATAAACTTTCCAGT
GGGTATGCTATGGTAGCGTATGCTTTAAATAATCAAGGTTTAAGCTCTTCAGGCATAAGT
GGTAGAAGGATGGTTATAGATGTTATGGGCCATCCTTTGCATTTTTCATTGTTTTATATA
CATTTATGCACTTACATATTTTTCTTTATTTGTCGATGATCTCTTAGCATGTTGAAGGTT
CCTTTGCGGTCAAGGTTGTAATGTAATTTGGGATCATGATCATAAACTGATTTTCATCTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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AF RR3AA21JQ C 356
BS 1 710 RR3AA21TF
BS 711 1200 RR3AA21JQ

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ATGTTGTGTTCTATATATACTTTGATAAAAAATAAGATTTATATTTTCAATGTACTTTTA
TATTGGCATTTTGTCGAACATCTGGTGTGCATTGTAGATTTACATTTGATTTTCTTCTTC
TTGGCAGATGTGGCGGTTATGAATTCAGCTACTTCGAAGGATCCGAAGATTTTGAACAAG
GAGAAAGTTAATGAGATGGAGCAAGCAAACATGGGTCATCGCCACATTTCTTGGAAGCAT
TATGGTCAAACTTCTGTGTCTTTCGTGTAATAACGAGAAGTTGCTTAACGACGATGCTGC
TCTTTAGGATGTCGGAGTCCGGAACAAGTCTCAGCATGAATACAGATCTCATGTGTTCCA
TATGTGACGAAGAAGGGTCCGGGAAGACACTCGAAGAGGAAGAAGCATCATCTCTTTTGT
TCACTCCACAAGATTTGTTAGATAGTAGCGGTAAGTTGTCGACCAAACATAGTTATGTCG
CTCAACACTTGATTGATGTCGAGATGTTCATCAACGAACAGGGCACTGTGATTACATAGC
TTCATATCCCCTTATCGTGTAGCACAATACGAAAGATGTTCTGCTTTTGA

QA 1 710 1 710
DS 

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GCTGCTCTTTAGGATGTCGGAGTCCGGAACAAGTCTCAGCATGAATACAGATCTCATGTG
TTCCATATGTGACGAAGAAGGGTCCGGGAAGACACTCGAAGAGGAAGAAGCATCATCTCT
TTTGTTCACTCCACAAGATTTGTTAGATAGTAGCGGTAAGTTGTCGACCAAACATAGTTA
TGTCGCTCAACACTTGATTGATGTCGAGATGTTCATCAACGAACAGGGCACTGTGATTAC
ATAGCTTCATATCCCCTTATCGTGTAGCACAATACGAAAGATGTTCTGCTTTTGAAGCCA
AATATGAAAAGTTGTATCAGCTTATTATACGAAGGTTCTGATCATGGCGTCGATGATGTC
GTGGTCGGATCAGGGAGGCGGAAGGAGGAAGAGAGAGCTCGGAGGTGTATTGTTTCTTGA
ATTTTTTACATGCATAGATGGATAGTTTATCTACGAGAATATGATGATGAAGAGGCTGCT
TCTAGAGCTTACCACCTTTGCTACCTTTAAATACTGGGCCCTGGGACACTTATAAACTTT
CCAGTGGGTATGCTATGGTAGCGTATGCTTTAAATAATCAAGGTTTAAGCTCTTCAGGCA
TAAGTGGTAGAAGGATGGTTATAGATGTTATGGGCCATCCTTTGCATTTTTCATTGTTTT
ATATACATTTATGCACTTACATATTTTTCTTTATTTGTCGATGATCTCTTAGCATGTTGA
AGGTTCCTTTGCGGTCAAGGTTGTAATGTAATTTGGGATCATGATCATAAACTGATTTTC
ATCTG

QA 1 845 1 845
DS 



AS 1 3

CO CL3839Contig1 928 3 9 U
GGACACGAGACCTTCTCATCGATCACAACATCGATCATCCCTTTTGAATCATTGTGAGTC
AAAACTCATCGATCAGCAACTCATCTTCCCTGGTTTTTTGCTCTCTCGCATTCTCCATGG
ATCCAAGCAGCATCATGGAAGACTCTTCTCCCACTGCCGAACCATCCTTTGCTGATGGCT
GGGTATCAAGTGATTCAGAGAGTGAGTTGGAAGACTATTACCTACCAGACCAACTTGTCA
TGTCGAATTTGGACCCTGCCACTGTTAAGCTTGATATTGAGGTCTTCTTTAACAACAAGC
CTTGCTATGTTAACATTGCTGATGAACCGATCAGGACGGCAGAAATTTGGTTTAACTCTC
TTCAAGATACTAAAGAGGGGTTTAAGAAACGTGGGGAATTATTGCGAGGCCTTCCTGTTC
GTATTAAGCGAGTCCCTAACAACCGCCGGATAGTGCTTTCAGTGATGGGTTTTGAACCTG
GTTTACCAGAGTAGCTTATCAAGGAACAGCTGAAAACTTTTTTCAAATCATGTGGAGTTA
TCAGGAAGATTTTTATCCCTAAAGACATGAACACTGGTGCTTGTTTAAGTTTCGGATGCG
TTTTTATGAGACAGATAGGTCGGAAAGCTGAGAAGAAGGATAATGATGAGATGGAAGGTC
GTACAATCAGGGTTTCAGACTGCACTAAACGTGTGAGATTCAGGGAAATTAACGCGGCCA
TGAAAGCAGATGGGTATGAGGAGCCTGAGATGTCTGAGGATGATGATTCTGATGATGGGG
AGGACTAGGTCTGAGTTGTTCTACAGGCGCTCTATTAATAAGTTGGTTTAGTTATTAAGT
AACCTGGTTTGGTCATTTGTTAGACCAAGAACAATAGTATATGTAAAGGCGTTTTAGCCA
TTGAACCTAATCTAATCTCTTAATCTCC


BQ
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AF RR3FY38TF U 1
AF RR3AX29TF U 25
AF RR3FY38JQ C 248
BS 1 158 RR3FY38TF
BS 159 159 RR3AX29TF
BS 160 638 RR3FY38TF
BS 639 639 RR3AX29TF
BS 640 655 RR3FY38TF
BS 656 758 RR3AX29TF
BS 759 759 RR3FY38JQ
BS 760 825 RR3AX29TF
BS 826 928 RR3FY38JQ

RD RR3FY38TF 655 0 0
GGACACGAGACCTTCTCATCGATCACAACATCGATCATCCCTTTTGAATCATTGTGAGTC
AAAACTCATCGATCAGCAACTCATCTTCCCTGGTTTTTTGCTCTCTCGCATTCTCCATGG
ATCCAAGCAGCATCATGGAAGACTCTTCTCCCACTGCCTAACCATCCTTTGCTGATGGCT
GGGTATCAAGTGATTCAGAGAGTGAGTTGGAAGACTATTACCTACCAGACCAACTTGTCA
TGTCGAATTTGGACCCTGCCACTGTTAAGCTTGATATTGAGGTCTTCTTTAACAACAAGC
CTTGCTATGTTAACATTGCTGATGAACCGATCAGGACGGCAGAAATTTGGTTTAACTCTC
TTCAAGATACTAAAGAGGGGTTTAAGAAACGTGGGGAATTATTGCGAGGCCTTCCTGTTC
GTATTAAGCGAGTCCCTAACAACCGCCGGATAGTGCTTTCAGTGATGGGTTTTGAACCTG
GTTTACCAGAGTAGCTTATCAAGGAACAGCTGAAAACTTTTTTCAAATCATGTGGAGTTA
TCAGGAAGATTTTTATCCCTAAAGACATGAACACTGGTGCTTGTTTAAGTTTCGGATGCG
TTTTTATGAGACAGATAGGTCGGAAAGCTGAGAAGAAG*ATAATGATGAGATGGA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3AX29TF 801 0 0
GG
AACATCGATCATCCCTTTTGAATCATTGTGAGTCAAAACTCATCGATCAGCAACTCATCT
TCCCTGGTTTTTTGCTCTCTCGCATTCTCCATGGATCCAAGCAGCATCATGGAAGACTCT
TCTCCCACTGCCGAACCATCCTTTGCTGATGGCTGGGTATCAAGTGATTCAGAGAGTGAG
TTGGAAGACTATTACCTACCAGACCAACTTGTCATGTCGAATTTGGACCCTGCCACTGTT
AAGCTTGATATTGAGGTCTTCTTTAACAACAAGCCTTGCTATGTTAACATTGCTGATGAA
CCGATCAGGACGGCAGAAATTTGGTTTAACTCTCTTCAAGATACTAAAGAGGGGTTTAAG
AAACGTGGGGAATTATTGCGAGGCCTTCCTGTTCGTATTAAGCGAGTCCCTAACAACCGC
CGGATAGTGCTTTCAGTGATGGGTTTTGAACCTGGTTTACCAGAGGAACTTATCAAGGAA
CAGCTGAAAACTTTTTTCAAATCATGTGGAGTTATCAGGAAGATTTTTATCCCTAAAGAC
ATGAACACTGGTGCTTGTTTAAGTTTCGGATGCGTTTTTATGAGACAGATAGGTCGGAAA
GCTGAGAAGAAGGATAATGATGAGATGGAAGGTCGTACAATCAGGGTTTCAGACTGCACT
AAACGTGTGAGATTCAGGGAAATTAACGCGGCCATGAAAGCAGATGGGTATGAGGAGCCT
GAGATGTCTGAG*ATGATGATTCTGATGATGGGGAGGACTAGGTCTGAGTTGTTCTACAG
GCGCTCTATTAATAAGTTG

QA 3 801 3 801
DS 

RD RR3FY38JQ 681 0 0
TTTGGACCCTGCCACTGTTAAGCTTGATATTGAGGTCTTCTTTAACAACAAGCCTTGCTA
TGTTAACATTGCTGATGAACCGATCAGGACGGCAGAAATTTGGTTTAACTCTCTTCAAGA
TACTAAAGAGGGGTTTAAGAAACGTGGGGAATTATTGCGAGGCCTTCCTGTTCGTATTAA
GCGAGTCCCTAACAACCGCCGGATAGTGCTTTCAGTGATGGGTTTTGAACCTGGTTTACC
AGAGTAGCTTATCAAGGAACAGCTGAAAACTTTTTTCAAATCATGTGGAGTTATCAGGAA
GATTTTTATCCCTAAAGACATGAACACTGGTGCTTGTTTAAGTTTCGGATGCGTTTTTAT
GAGACAGATAGGTCGGAAAGCTGAGAAGAAGGATAATGATGAGATGGAAGGTCGTACAAT
CAGGGTTTCAGACTGCACTAAACGTGTGAGATTCAGGGAAATTAAGGCGGCCATGAAGGC
AGATGGGTATGAGGAGCCTGAGATGTCTGAGGATGATGATTCTGATGATGGGGAGGACTA
GGTCTGAGTTGTTCTACAGGCGCTCTATTAATAAGTTGGTTTAGTTATTAAGTAACCTGG
TTTGGTCATTTGTTAGACCAAGAACAATAGTATATGTAAAGGCGTTTTAGCCATTGAACC
TAATCTAATCTCTTAATCTCC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 3

CO CL3840Contig1 799 3 16 U
GGGAGAGAAATCAATCAATCACAGATCTGTTTCGCATCTTCATCTTCTTCGAAAGATCAA
ACACCATGGCGATCCCCTTAGCTAAGCTTCTGATCTCCGCCGTTGCGGTTCTCACGCTAG
TCTCCGCTTCGTTCGCGACCTCGGAAATGCCGTTCATGGTGGTTCACAAGAAAGCTACTC
TCAACAGGCTCAAATCCGGCGCTGAGCGTGTCCTCGTTTCCTTCGACATCTACAACGAAG
GATCTGCGACGGCGTATGATGTGACTCTGGCTGATAATACCTGGGATAAGAAAACTTTTG
AAGTTGTTAATGGAAACACATCAAGATCATGGGAGAGACTTGATGCAGGAGGTATTCTGT
CTCATTCTTTCGAATTAGAGGCTAAGGTTAAAGGACTCTTCTATGGTGCTCCTGCTGTGG
TTACTTTCCGCATCCCCACAAAGGCAGCTCTACAGCAAGTGTACTCAACTCCAATACTAC
CTCTAGACATCCTCGCGGACATTCCTCCAACAGACCCGCTTGCCCTGGCAAAGAGGGTGC
TGGCAAAATATGGATCACTTGTTTCAGTGGTCTCCATGGTGGTTTTGTTCGTATACTTGG
TAGCAACACCTTCAAAGTCCAATGCAGCAAAAGCGAGCGGCAAGAAGAAACGCTAAAAGT
AGTGAGACGATAATGAGAAAGATCTGCATTGTTCGTTGTTGTGTTTAGCAGTTAAAGCAC
AGTTTCCGAACTTGTACGAATTAGAGAATATACTTGATTTTGGTGTTGCAGAGGACTATT
TAAAGAGTTATTTTGGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EM39TF U 11
AF RR3G001TF U 1
AF RR3EM39JQ C 83
BS 1 114 RR3G001TF
BS 115 115 RR3EM39TF
BS 116 118 RR3G001TF
BS 119 119 RR3EM39TF
BS 120 202 RR3G001TF
BS 203 203 RR3EM39TF
BS 204 220 RR3G001TF
BS 221 221 RR3EM39TF
BS 222 236 RR3G001TF
BS 237 237 RR3EM39TF
BS 238 269 RR3G001TF
BS 270 270 RR3EM39TF
BS 271 332 RR3G001TF
BS 333 333 RR3EM39TF
BS 334 739 RR3G001TF
BS 740 799 RR3EM39JQ

RD RR3EM39TF 698 0 0
GG
AATCAATCACAGATCTGTTTCGCATCTTCATCTTCTTTGAAAGATCAAACACCATGGCGA
TCCCCTTAGCTAAGCTTCTGATCTCCGCCGTTGCGGTTCTCACGCTAGTCTCCGCTTCGT
TCGCGACCTCGGAAATGCCGTTCATGGTGGTTCACAAGAAAGCTACTCTCAACAGGCTCA
AATCCGGCGCTGAGCGTGTCCTCGTTTCCTTCGACATCTACAACGAAGGATCTGCGACGG
CGTATGATGTGACTCTGGCTGATAATACCTGGGATAAGAAAACTTTTGAAGTTGTTAATG
GAAACACATCAAGATCATGGGAGAGACTTGATGCAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTTTCG
AATTAGAGGCTAAGGTTAAAGGACTCTTCTATGGTGCTCCTGCTGTGGTTACTTTCCGCA
TCCCCACAAAGGCAGCTCTACAGCAAGTGTACTCAACTCCAATACTACCTCTAGACATCC
TCGCGGACATTCCTCCAACAGACCCGCTTGCCCTGGCAAAGAGGGTGCTGGCAAAATATG
GATCACTTGTTTCAGTGGTCTCCATGGTGGTTTTGTTCGTATACTTGGTAGCAACACCTT
CAAAGTCCAATGCAGCAAAAGCGAGCGGCAAGAAGAAACGCTAAAAGTAGTGAGACGATA
ATGAGAAAGATCTGCATTGTTCGTTGTTGTGTTTAG

QA 3 698 3 698
DS 

RD RR3G001TF 739 0 0
GGGAGAGAAATCAATCAATCACAGATCTGTTTCGCATCTTCATCTTCTTCGAAAGATCAA
ACACCATGGCGATCCCCTTAGCTAAGCTTCTGATCTCCGCCGTTGCGGTTCTCATGCTCG
TCTCCGCTTCGTTCGCGACCTCGGAAATGCCGTTCATGGTGGTTCACAAGAAAGCTACTC
TCAACAGGCTCAAATCCGGCGCCGAGCGTGTCCTCGTTTCTTTCGACATCTACAACCAAG
GATCTGCGACGGCGTATGATGTGACTCTGACTGATAATACCTGGGATAAGAAAACTTTTG
AAGTTGTTAATGGAAACACATCAAGATCATGGAAGAGACTTGATGCAGGAGGTATTCTGT
CTCATTCTTTCGAATTAGAGGCTAAGGTTAAAGGACTCTTCTATGGTGCTCCTGCTGTGG
TTACTTTCCGCATCCCCACAAAGGCAGCTCTACAGCAAGTGTACTCAACTCCAATACTAC
CTCTAGACATCCTCGCGGACATTCCTCCAACAGACCCGCTTGCCCTGGCAAAGAGGGTGC
TGGCAAAATATGGATCACTTGTTTCAGTGGTCTCCATGGTGGTTTTGTTCGTATACTTGG
TAGCAACACCTTCAAAGTCCAATGCAGCAAAAGCGAGCGGCAAGAAGAAACGCTAAAAGT
AGTGAGACGATAATGAGAAAGATCTGCATTGTTCGTTGTTGTGTTTAGCAGTTAAAGCAC
AGTTTCCGAACTTGTACGA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3EM39JQ 717 0 0
TAAGCTTCTGATCTCCGCCGTTGCGGTTCTCACGCTAGTCTCCGCTTCGTTCGCGACCTC
GGAAATGCCGTTCATGGTGGTTCACAAGAAAGCTACTCTCAACAGGCTCAAATCCGGCGC
TGAGCGTGTCCTCGTTTCCTTCGACATCTACAACGAAGGATCTGCGACGGCGTATGATGT
GACTCTGGCTGATAATACCTGGGATAAGAAAACTTTTGAAGTTGTTAATGGAAACACATC
AAGATCATGGGAGAGACTTGATGCAGGAGGTATTCTGTCTCATTCTTTCGAATTAGAGGC
TAAGGTTAAAGGACTCTTCTATGGTGCTCCTGCTGTGGTTACTTTCCGCATCCCCACAAA
GGCAGCTCTACAGCAAGTGTACTCAACTCCAATACTACCTCTAGACATCCTCGCGGACAT
TCCTCCAACAGACCCGCTTGCCCTGGCAAAGAGGGTGCTGGCAAAATATGGATCACTTGT
TTCAGTGGTCTCCATGGTGGTTTTGTTCGTATACTTGGTAGCAACACCTTCAAAGTCCAA
TGCAGCAAAAGCGAGCGGCAAGAAGAAACGCTAAAAGTAGTGAGACGATAATGAGAAAGA
TCTGCATTGTTCGTTGTTGTGTTTAGCAGTTAAAGCACAGTTTCCGAACTTGTACGAATT
AGAGAATATACTTGATTTTGGTGTTGCAGAGGACTATTTAAAGAGTTATTTTGGTTT

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL3841Contig1 322 2 2 U
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ACCTTCAAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAACACGAGGAGGAAGAAACAGAAATGCCTGCCAA
GAAGAAAGAAAAGAAAGATAAAAAGAAAAAGAAGAGTGAGGTCTGAAGACAGGTTTAAAG
TTTTGAATGTGTACGCTTATTATCTTTATAACGTTTTTTATCAGGAACAAAAAAAAGTCC
ACAAAAAATGTCCTGTTTTTGTTTTGGTTTAAGAACTACTGCTCATGGTTTTTGTAAGGT
TAAGGTATGTGGTTTAGTCAGC


BQ
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3DD61JQ C 1
AF RR3DD61TF U 1
BS 1 320 RR3DD61TF
BS 321 322 RR3DD61JQ

RD RR3DD61JQ 322 0 0
GAAGTGGAAGAAGAAGAAAACAGAAGTAGAAGCTGAAGCCGAAGAGCCCAAAACCGAGGA
ACCTTCAAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAACACGAGGAGGAAGAAACAGAAATGCCTGCCAA
GAAGAAAGAAAAGAAAGATAAAAAGAAAAAGAAGAGTGAGGTCTGAAGACAGGTTTAAAG
TTTTGAATGTGTACGCTTATTATCTTTATAACGTTTTTTATCAGGAACAAAAAAAAGTCC
ACAAAAAATGTCCTGTTTTTGTTTTGGTTTAAGAACTACTGCTCATGGTTTTTGTAAGGT
TAAGGTATGTGGTTTAGTCAGC

QA 1 322 1 322
DS 

RD RR3DD61TF 322 0 0
GAAGTCGAAGAAGAAGAAAACAGAAGTAGAAGCTGAAGCCGAAGAGCCCAAAACCGAGGA
ACCTTCAAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAACACGAGGAGGAAGAAACAGAAATGCCTGCCAA
GAAGAAAGAAAAGAAAGATAAAAAGAAAAAGAAGAGTGAGGTCTGAAGACAGGTTTAAAG
TTTTGAATGTGTACGCTTATTATCTTTATAACGTTTTTTATCAGGAACAAAAAAAAGTCC
ACAAAAAATGTCCTGTTTTTGTTTTGGTTTAAGAACTACTGCTCATGGTTTTTGTAAGGT
TAAGGTATGTGGTTTAGTCA
GC

QA 1 320 1 320
DS 



AS 1 2

CO CL3842Contig1 581 2 6 U
GGATAGAGATCGAGAGAGAGAGAAGAAGAAGAACAGAACTTTGATCTTGTGAGAGAAAAT
GGCTGCTTCAGTGATGCTTTCATCAGTGACATTGAAACCGGCGGGTTTCACGGTGGAGAA
GATGTCGGCGAGAGGATTACCGTCGCTCACAAGAGCTTCTCCTTCTTCCTTCAGAATCGT
CGCGAGTGGCGTCAAGAAGATCAAGACAGACAAGCCCTTTGGAGTTAACGGCAGCATGGA
CTTGAGGGACGGCCTCGACGCTTCCGGCAGAAAGGGCAAGGGATATGGTGTTTACAAATT
CGTCGACAAGTACGGTGCTAACGTCGATGGATACAGTCCTATCTACAACGAGGACGAGTG
GTCAGCGAGTGGTGACGTGTACAAGGGAGGGGTCACTGGTTTGGCTATTTGGGCGGTGAC
ACTCGCCGGAATTCTTGCCGGAGGAGCTCTTCTTGTGTACAACACAAGTGCTTTGGCTCA
GTAAAATCATGAAAGTGTGTGTACTTATGCTTATCTGTTTTTAGTGTCATTGTTCTGTTC
TATGTAATGTTGTTAAGTAACTTAAAGAACATACTTTGCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3B036TF U 1
AF RR3HA69TF U 50
BS 1 173 RR3B036TF
BS 174 174 RR3HA69TF
BS 175 281 RR3B036TF
BS 282 282 RR3HA69TF
BS 283 376 RR3B036TF
BS 377 581 RR3HA69TF

RD RR3B036TF 376 0 0
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GGCTGCTTCAGTGATGCTTTCATCAGTGACATTGAAACCGGCGGGTTTCACGGTGGAGAA
GATGTCGGCGAGAGGATTACCGTCGCTCACAAGAGCTTCTCCTTCTTCCTTCATAATCGT
CGCGAGTGGCGTCAAGAAGATCAAGACAGACAAGCCCTTTGGAGTTAACGGCAGCATGGA
CTTGAGGGACGGCCTCGACGCTTCCGGCAGAAAGGGCAAGGTATATGGTGTTTACAAATT
CGTCGACAAGTACGGTGCTAACGTCGATGGATACAGTCCTATCTACAACGAGGACGAGTG
GTCAGCGAGTGGTGAC

QA 1 376 1 376
DS 

RD RR3HA69TF 532 0 0
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ACGGTGGAGAAGATGTCGGCGAGAGGATTACCGTCGCTCACAAGAGCTTCTCCTTCTTCC
TTCAGAATCGTCGCGAGTGGCGTCAAGAAGATCAAGACAGACAAGCCCTTTGGAGTTAAC
GGCAGCATGGACTTGAGGGACGGCCTCGACGCTTCCGGCAGAAAGGGCAAGGGATATGGT
GTTTACAAATTCGTCGACAAGTACGGTGCTAACGTCGATGGATACAGTCCTATCTACAAC
GAGGACGAGTGGTCAGCGAGTGGTGACGTGTACAAGGGAGGGGTCACTGGTTTGGCTATT
TGGGCGGTGACACTCGCCGGAATTCTTGCCGGAGGAGCTCTTCTTGTGTACAACACAAGT
GCTTTGGCTCAGTAAAATCATGAAAGTGTGTGTACTTATGCTTATCTGTTTTTAGTGTCA
TTGTTCTGTTCTATGTAATGTTGTTAAGTAACTTAAAGAACATACTTTGCAT

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 3

CO CL3843Contig1 478 3 2 U
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AATGAAGATCACTCCACTGATTCCCACTGCCTTCATCATTCTCTTGTCATCCTTTCCAGC
TCTGATTAAAATCGTTGAAGCGAGGGTGGAAATTCCAAACCAATGCGGAGCCGTGATGCC
AAGTTGCATATTTAATCCTTTAAACAAACAACCATGGGGTGCAAAACCATGGGACGGAGA
AGCCTGTTGTAAGAGGGTGTTTGGCGACAATAATGCGGCTGTTTGCTTACAACATCTTTT
TATATCGAACAATGATCCTAACCTAATAGGAGCGGCTGAAAGAATTTTTAAACAGTGTAT
GAGTTTCTGGACTTGTGCCAAATAATAACAATGTATCAAACATATTTTGAAACATTGTAT
ACCAACATAGCTGGTTTTGATATGGTTAAATAAATCAATAATATTGTTATTGATATTT


BQ
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AF RR3A229JQ C 1
AF RR3A229TF U 1
AF RR3AE52TF U 1
BS 1 472 RR3A229TF
BS 473 478 RR3AE52TF

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AAGTTGCATATTTAATCCTTTAAACAAACAACCATGGGGTGCAAAACCATGGGACGGAGA
AGCCTGTTGTAAGAGGGTGTTTGGCGACAATAATGCGGCTGTTTGCTTACAACATCTTTT
TATATCGAACAATGATCCTAACCTAATAGGAGCGGCTGAAAGAATTTTTAAACAGTGTAT
GAGTTTCTGGACTTGTGCCAAATAATAACAATGTATCAAACATATTTTGAAACATTGTAT
ACCAACATAGCTGGTTTTGATATGGTTAAATAAATCAATAATATTGTTATTG
T

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3A229TF 473 0 0
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AATGAAGATCACTCCACTGATTCCCACTGCCTTCATCATTCTCTTGTCATCCTTTCCAGC
TCTGATTAAAATCGTTGAAGCGAGGGTGGAAATTCCAAACCAATGCGGAGCCGTGATGCC
AAGTTGCATATTTAATCCTTTAAACAAACAACCATGGGGTGCAAAACCATGGGACGGAGA
AGCCTGTTGTAAGAGGGTGTTTGGCGACAATAATGCGGCTGTTTGCTTACAACATCTTTT
TATATCGAACAATGATCCTAACCTAATAGGAGCGGCTGAAAGAATTTTTAAACAGTGTAT
GAGTTTCTGGACTTGTGCCAAATAATAACAATGTATCAAACATATTTTGAAACATTGTAT
ACCAACATAGCTGGTTTTGATATGGTTAAATAAATCAATAATATTGTTATTG
T

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3AE52TF 478 0 0
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AATGAAGATCACTCCACTGATTCCCACTGCCTTCATCATTCTCTTGTCATCCTTTCCAGC
TCTGATTAAAATCGTTGAAGCGAGGGTGGAAATTCCAAACCAATGCGGAGCCGTGATGCC
AAGTTGCATATTTAATCCTTTAAACAAACAACCATGGGGTGCAAAACCATGGGACGGAGA
AGCCTGTTGTAAGAGGGTGTTTGGCGACAATAATGCGGCTGTTTGCTTACAACATCTTTT
TATATCGAACAATGATCCTAACCTAATAGGAGCGGCTGAAAGAATTTTTAAACAGTGTAT
GAGTTTCTGGACTTGTGCCAAATAATAACAATGTATCAAACATATTTTGAAACATTGTAT
ACCAACATAGCTGGTTTTGATATGGTTAAATAAATCAATAATATTGTTATTGATATTT

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 3

CO CL3844Contig1 1219 3 3 U
GGACCCTCTCTAATCTCGAGATCCGCCGTTAGAGCTTTGTGTCCTAAACTCAGAGCTTCT
GTCTTTTTCTTTTCTTCTTCTCATCTGTGGAACCAGAGAAGGGATCTACAGATCTAGTTT
GTGTTACTCTCATTTGATTAATCAAGTGTGAACAATGGCAACATCGACAGAGAACCAATG
GCTCAAAGGAAGAGTGAAGGCTGTTACCTCCGGAGACTGTTTGGTGATCACCGCTTTGAC
CCACAACAGACCTGGAGCTCCACCGGAAAAGACTATCACTCTTTCTTCTCTTATGGCACC
TAAGATGGCTCGTAGGGGAGGTAGAGATGAGCCTTTTGCATGGGAGAGCAAGGAGTTTCT
GAGGAAACTCTGCATTGGAAAGGAAGTTGCTTTCAAAGTGGATTACAAAGTGGAAGCTAT
TTCTGGAAGAGAATTTGGATCTGTTTTCCTTGGGAACCAGAATCTTGCAAAGCTTGTTGT
TCAAAATGGTTGGGCAAAGGTTAGGGAGCAAGGTCAGCAGAATCAAGGTAAGGTTAGTCC
TTACATTACAGAGCTGCTTCAGCTCCAAGAGCAGGCTAAGCAAGAAGGATTTGGTTGTTT
TAGCAAGGTTCCTGGTGCTGCTGAGGCATCTATCAGAGACCTTCCTCCTTCTGCCATTGG
TGATGCTGGAGGTTTTGATGCAATGGGGCTTTTAGCTGCTAATAAGGGCAAGCCTATGGA
AGGTATTGTGGAGCAAGTGCGCGATGGAAGTACTATTCGTGTTTATCTTCTTCCAGAGTT
CCAGTTTGTGCAAGTCTTCGTTGCTGGAATCCAGTCTCCACCGATGGGAAGAAGAAACGC
AAATGGAAACGTTGTCGAGACGGTTCCTGATGAGTCTAATGGAGATGCTTCTGGTGGTGA
GTCAAGAGGTCCTTTGACGTCAGCTCAGAGACTTGCCGCCTCTGCAGCATCCTCTGGCGA
GGTTTCTCCTGACCCATTTGCAACTGAAGCCAAGTACTTCACTGAGCATCGTGTTCTTAG
CAGAGATGTTCGCATTGTTCTTGAAGGTGTGGACAAATTCAACAACCTGATTGGTTCAGT
CCATTACTCTGATGGAGAAGCAGTTAAAGACTTGGGTTTGGAGCTCGTTGAAAATGGTCT
TGCTAAATATGTTGAGTGGAGTGCTAACATGATGGAGGAAGAAGCCAAGAGGGAGTTGAA
AGCTGCTGAGCTTCAATGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H801TF U 1
AF RR3AA23TF U 372
AF RR3H801JQ C 641
BS 1 703 RR3H801TF
BS 704 1125 RR3AA23TF
BS 1126 1219 RR3H801JQ

RD RR3H801TF 703 0 0
GGACCCTCTCTAATCTCGAGATCCGCCGTTAGAGCTTTGTGTCCTAAACTCAGAGCTTCT
GTCTTTTTCTTTTCTTCTTCTCATCTGTGGAACCAGAGAAGGGATCTACAGATCTAGTTT
GTGTTACTCTCATTTGATTAATCAAGTGTGAACAATGGCAACATCGACAGAGAACCAATG
GCTCAAAGGAAGAGTGAAGGCTGTTACCTCCGGAGACTGTTTGGTGATCACCGCTTTGAC
CCACAACAGACCTGGAGCTCCACCGGAAAAGACTATCACTCTTTCTTCTCTTATGGCACC
TAAGATGGCTCGTAGGGGAGGTAGAGATGAGCCTTTTGCATGGGAGAGCAAGGAGTTTCT
GAGGAAACTCTGCATTGGAAAGGAAGTTGCTTTCAAAGTGGATTACAAAGTGGAAGCTAT
TTCTGGAAGAGAATTTGGATCTGTTTTCCTTGGGAACCAGAATCTTGCAAAGCTTGTTGT
TCAAAATGGTTGGGCAAAGGTTAGGGAGCAAGGTCAGCAGAATCAAGGTAAGGTTAGTCC
TTACATTACAGAGCTGCTTCAGCTCCAAGAGCAGGCTAAGCAAGAAGGATTTGGTTGTTT
TAGCAAGGTTCCTGGTGCTGCTGAGGCATCTATCAGAGACCTTCCTCCTTCTGCCATTGG
TGATGCTGGAGGTTTTGATGCAATGGGGCTTTTAGCTGCTAAT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3AA23TF 754 0 0
GCATTGGAAAGGAAGTTGCTTTCAAAGTGGATTACAAAGTGGAAGCTATTTCTGGAAGAG
AATTTGGATCTGTTTTCCTTGGGAACCAGAATCTTGCAAAGCTTGTTGTTCAAAATGGTT
GGGCAAAGGTTAGGGAGCAAGGTCAGCAGAATCAAGGTAAGGTTAGTCCTTACATTACAG
AGCTGCTTCAGCTCCAAGAGCAGGCTAAGCAAGAAGGATTTGGTTGTTTTAGCAAGGTTC
CTGGTGCTGCTGAGGCATCTATCAGAGACCTTCCTCCTTCTGCCATTGGTGATGCTGGAG
GTTTTGATGCAATGGGGCTTTTAGCTGCTAATAAGGGCAAGCCTATGGAAGGTATTGTGG
AGCAAGTGCGCGATGGAAGTACTATTCGTGTTTATCTTCTTCCAGAGTTCCAGTTTGTGC
AAGTCTTCGTTGCTGGAATCCAGTCTCCACCGATGGGAAGAAGAAACGCAAATGGAAACG
TTGTCGAGACGGTTCCTGATGAGTCTAATGGAGATGCTTCTGGTGGTGAGTCAAGAGGTC
CTTTGACGTCAGCTCAGAGACTTGCCGCCTCTGCAGCATCCTCTGGCGAGGTTTCTCCTG
ACCCATTTGCAACTGAAGCCAAGTACTTCACTGAGCATCGTGTTCTTAGCAGAGATGTTC
GCATTGTTCTTGAAGGTGTGGACAAATTCAACAACCTGATTGGTTCAGTCCATTACTCTG
ATGGAGAAGCAGTTAAAGACTTGGGTTTGGAGCT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3H801JQ 579 0 0
CTTCCTCCTTCTGCCATTGGTGATGCTGGAGGTTTTGATGCAATGGGGCTTTTAGCTGCT
AATAAGGGCAAGCCTATGGAAGGTATTGTGGAGCAAGTGCGCGATGGAAGTACTATTCGT
GTTTATCTTCTTCCAGAGTTCCAGTTTGTGCAAGTTTTCGTTGCTGGAATCCAGTCTCCA
TCGATGGGAAGAAGAAACGCAAATGGAAACGTTGTCGAGACGGTTCCTTATGAGTCTAAT
GGAGATGCTTCTGGTGGTGAGTCAAGAGGTCCTTTGACGTCAGCTCAGAGACTTGCCGCC
TCTGCAGCATCCTCTGGCGAGGTTTCTCCTGACCCATTTGCAACTGAAGCCAAGTACTTC
ACTGAGCATCGTGTTCTTAGCAGAGATGTTCGCATTGTTCTTGAAGGTGTGGACAAATTC
AACAACCTGATTGGTTCAGTCCATTACTCTGATGGAGAAGCAGTTAAAGACTTGGGTTTG
GAGCTCGTTGAAAATGGTCTTGCTAAATATGTTGAGTGGAGTGCTAACATGATGGAGGAA
GAAGCCAAGAGGGAGTTGAAAGCTGCTGAGCTTCAATGC

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 3

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GGGCCTTACCCTAACCTTGAACGCTTCTCTCAGATCTCTTCTAGAAATCAAAACCATCTC
ACAAAAGATGTCGACGAAGAAGATCGTGTTGAAAAGCTCCGACGGCGAGTCCTTCGAGGT
GGACGAGGCCGTGGCTCTCGAGTCTCAGACCATAGCCCACATGGTCGAAGACGACTGCGT
CGACAACGGGATCCCTCTCCCCAACGTCACGAGCAAGATCCTCGCCAAGGTGATTGAGTA
CTGCAAGAAGCACGCCGACGCCGCCGCTTCCAAGACCGAGGCCGTCGACGGTGGCGCTTC
CTCCGACGATGACCTCAAGGCGTGGGACGGCGAGTTCATGAAGATCGATCAGGCCACCCT
CTTCGAGCTCATCCTGGCTGCTAACTACCTGAACATCAAGAACCTTCTTGACCTGACATG
CCAGACGGTTGCTGATATGATCAAGGGCAAGACTCCAGAGGAGATTCGCCAGACCTTCAA
CATCAAGAACGACTTTACACCCGAGGAAGAGGAGGAGGTGCGCAGAGAGAACCAGTGGGC
TTTTGAATGATCAATTGCCTGTCATTGAAGCAAACCCCCTTTTATGTTATTGTCCTTCTC
TTTTACTCTGTGGATGGTGATAGACTTGGTTTTCTTTCTATTTTCGCTCTGCAATTCATG
ACTATTTTCGTCCTTATTTATTAAATATTAAGAACCTATGCTTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3BM64TF U 1
AF RR3E958TF U 6
AF RR3E958JQ C 183
BS 1 66 RR3BM64TF
BS 67 67 RR3E958TF
BS 68 174 RR3BM64TF
BS 175 175 RR3E958TF
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BS 255 255 RR3E958TF
BS 256 342 RR3BM64TF
BS 343 343 RR3E958TF
BS 344 367 RR3BM64TF
BS 368 368 RR3E958TF
BS 369 388 RR3BM64TF
BS 389 389 RR3E958TF
BS 390 555 RR3BM64TF
BS 556 556 RR3E958TF
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BS 618 622 RR3BM64TF
BS 623 623 RR3E958TF
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BS 650 684 RR3BM64TF
BS 685 707 RR3E958JQ

RD RR3BM64TF 694 0 0
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ACAAAATATGTCGACGAAGAAGATCGTGTTGAAAAGCTCCGACGGCGAGTCCTTCGAGGT
GGACGAGGCCGTGGCTCTCGAGTCTCAGACCATAGCCCACATGGTCGAAGACGATTGCGT
CGACAACGGGATCCCTCTCCCCAACGTCACGAGCAAGATCCTCGCCAAGGTGATTGAGTA
CTGCAAGAAGCACGTCGACGCCGCCGCTTCCAAGACCGAGGCCGTCGACGGTGGCGCTTC
CTCCGACGATGACCTCAAGGCGTGGGACGGCGAGTTCATGAATATCGATCAGGCCACCCT
CTTCGAGTTCATCCTGGCTGCTAACTACTTGAACATCAAGAACCTTCTTGACCTGACATG
CCAGACGGTTGCTGATATGATCAAGGGCAAGACTCCAGAGGAGATTCGCCAGACCTTCAA
CATCAAGAACGACTTTACACCCGAGGAAGAGGAGGAGGTGCGCAGAGAGAACCAGTGGGC
TTTTGAATGATCAATGGCCTGTCATTGAAGCAAAACCCCTTTTATGTTATTGTCCTTCTC
TTTTACTCTGTGGATGATGATAAACTTGGTTTTCTTTCTATTTTCGCTTTGCAATTCATG
ACTATTTTCGTCCTTATTTATTAA
TATTAGACCA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3E958TF 666 0 0
GG
ACCCTAACCTTGAACGCTTCTCTCAGATCTCTTCTAGAAATCAAAACCATCTCACAAAAG
ATGTCGACGAAGAAGATCGTGTTGAAAAGCTCCGACGGCGATTCCTTCGAGGTGTACGAG
GCCGTGGCTCTCGAGTCTCAGACCATAGCCCACATGGTCGAAGACGACTGCGTCGACAAC
GGGATCCCTCTCCCCAACGTCACGAGCAAGATCCTCGCCAAGGTGATTGAGTACTGCAAG
AAGCACGCCGACGCCGCCGCTTCCAAGACCGAGGCCGTCGACGGTGGCGCTTCCTCCGAC
GATGACCTCAAGGCGTGGGACGGCGAGTTCATGAAGATCGATCAGGCCACCCTCTTCGAG
CTCATCCTGGCTGCTAACTACCTGAACATCAAGAACCTTCTTGACCTGACATGCCAGACG
GTTGCTGATATGATCAAGGGCAAGACTCCAGAGGAGATTCGCCAGACCTTCAACATCAAG
AACGACTTTACACCCGAGGAAGAGGAGGAGGTGCGCAGAGAGAACCAGTGGGCTTTTGAA
TGATCAATTGCCTGTCATTGAAGCAAACCCCCTTTTATGTTATTGTCCTTCTCTTTTACT
CTGTGGATGGTGATAGACTTGGTTTTCTTTCTATTTTCGCTCTGCAATTCATGACTATTT
TCGT

QA 3 666 3 666
DS 

RD RR3E958JQ 525 0 0
ACAACGGGATCCCTCTCCCCAACGTCACGAGCAAGATCCTCGCCAAGGTGATTGAGTACT
GCAAGAAGCACGCCGACGCCGCCGCTTCCAAGACCGAGGCCGTCGACGGTGGCGCTTCCT
CCGACGATGACCTCAAGGCGTGGGACGGCGAGTTCATGAAGATCGATCAGGCCACCCTCT
TCGAGCTCATCCTGGCTGCTAACTACCTGAACATCAAGAACCTTCTTGACCTGACATGCC
AGACGGTTGCTGATATGATCAAGGGCAAGACTCCAGAGGAGATTCGCCAGACCTTCAACA
TCAAGAACGACTTTACACCCGAGGAAGAGGAGGAGGTGCGCAGAGAGAACCAGTGGGCTT
TTGAATGATCAATTGCCTGTCATTGAAGCAAACCCCCTTTTATGTTATTGTCCTTCTCTT
TTACTCTGTGGATGGTGATAGACTTGGTTTTCTTTCTATTTTCGCTCTGCAATTCATGAC
TATTTTCGTCCTTATTTATTAAATATTAAGAACCTATGCTTGCCC

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 3

CO CL3846Contig1 710 3 10 U
GGACACTCAGCAAGAGCAGAAACCACAAACTCTTAGCAACCATGCCGCCGAAGTTGGACC
CGAGCGCGATCGTCGACGTCTACGTCCGCGTGACCGGAGGAGAAGTCGGAGCCGCGAGTT
CCCTCGCCCCCAAGATCGGTCCTCTCGGTCTCGCACCAAAGAAGATCGGAGAAGACATCG
CCAAAGAGACGGCCAAAGAGTGGAAAGGACTCCGCGTCACCGTCAAGCTAACCGTCCAGA
ACCGTCAGGCTAAGGTCACGGTGGTTCCGTCCGCCGCCGCTCTCGTCATCAAGGCCTTGA
AGGAGCCGGAGAGAGACAGGAAGAGGGTGAAGAACATCAAGCACAATGGGAACATTTCGT
TTGATGACGTGATTGAGATCGCTAGGATCATGAGGCCTAGATCTATTGCTATGGAGCTGA
GTGGGACCGTGAGGGAGATTCTTGGGACGTGTGTGTCTGTTGGGTGCACTGTTGATGGGA
AGGATCCCAAGGATCTTCAGCAGGAGATTCAAGAGGGTGAGATTGAGATTCCTGAGAACT
AAGGAAAAGGAAAAGAAAAGATTTTATCTTTTAGTTTTGGGTTTTTGTTGCGTTTTGTTA
TCTCTGTTTAAGGATCTTTCTTTGTTTTGTCATGAGAATTTGAATTTGCATTTGATGTTC
ATGTTCTATCTATGCCATTGCTTTCTATAAAGTTTGGAGCTTTGACAAAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BP42TF U 1
AF RR3GD29TF U 1
AF RR3GD29JQ C 79
BS 1 34 RR3BP42TF
BS 35 35 RR3GD29TF
BS 36 324 RR3BP42TF
BS 325 325 RR3GD29TF
BS 326 429 RR3BP42TF
BS 430 430 RR3GD29TF
BS 431 583 RR3BP42TF
BS 584 584 RR3GD29TF
BS 585 685 RR3BP42TF
BS 686 710 RR3GD29TF

RD RR3BP42TF 685 0 0
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AAGGAAAAGGAAAAGAAAAGATTTTATCTTTTAGTTTTGGGTTGTTGTTGCGTTTTGTTA
TCTCTGTTTAAGGATCTTTCTTTGTTTTGTCATGAGAATTTGAATTTGCATTTGATGTTC
ATGTTCTATCTATGCCATTGCTTTC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3GD29TF 710 0 0
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CGAGCGCGATCGTCGACGTCTACGTCCGCGTGACCGGAGGAGAAGTCGGAGCCGCGAGTT
CCCTCGCCCCCAAGATCGGTCCTCTCGGTCTCGCACCAAAGAAGATCGGAGAAGACATCG
CCAAAGAGACGGCCAAAGAGTGGAAAGGACTCCGCGTCACCGTCAAGCTAACCGTCCAGA
ACCGTCAGGCTAAGGTCACGGTGGTTCCGTCCGCCGCCGCTCTCGTCATCAAGGCCTTGA
AGGAGCCGGAGAGAGACAGGAAGAGGGTGAAGAACATCAAGCACAATGGGAACATTTCGT
TTGATGACGTGATTGAGATCGCTAGGATCATGAGGCCTAGATCTATTGCTATGGAGCTGA
GTGGGACCGTGAGGGAGATTCTTGGGACGTGTGTGTCTGTTGGGTGCACTGTTGATGGGA
AGGATCCCAAGGATCTTCAGCAGGAGATTCAAGAGGGTGAGATTGAGATTCCTGAGAACT
AAGGAAAAGGAAAAGAAAAGATTTTATCTTTTAGTTTTGGGTTTTTGTTGCGTTTTGTTA
TCTCTGTTTAAG*ATCTTTCTTTGTTTTGTCATGAGAATTTGAATTTGCATTTGATGTTC
ATGTTCTATCTATGCCATTGCTTTCTATAAAGTTTGGAGCTTTGACAAAA

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DS 

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CGGTGGTTCCGTCCGCCGCCGCTCTCGTCATCAAGGCCTTGAAGGAGCCGGAGAGAGACA
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TCGCTAGGATCATGAGGCCTAGATCTATTGCTATGGAGCTGAGTGGGACCGTGAGGGAGA
TTCTTGGGACGTGTGTGTCTGTTGGGTGCACTGTTGATGGGAAGGATCCCAAGGATCTTC
AGCAGGAGATTCAAGAGGGTGAGATTGAGATTCCTGAGAACTAAGGAAAAGGAAAAGAAA
AGATTTTATCTTTTAGTTTTGGGTTTTTGTTGCGTTTTGTTATCTCTGTTTAAGGATCTT
TCTTTGTTTTGTCATGAGAATTTGAATTTGCATTTGATGTTCATGTTCTATCTATGCCAT
TGCTTTCTATAAAGTTTGGAGCTT

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 3

CO CL3847Contig1 1073 3 11 U
CCAGATACCAACCAAAGAAATGAGGAGAGAAATAAACATAATCTTTGTCTTCCTTTTTGA
GCTCTAATTGTAAAACATTAAGAAAAGATTTAAAGTCTGGAAACATTTTTAAAACAAAAA
TCAATGAAAAGAGTTTGTTCTTGTTGTGCGTTCTCATTCTTTTCACTTAGCCGTTAATGG
TTGGTGTTGCCTTCCATCTGGAATTGAGAATAAGACAATGGGCTTGGATGGTTTCACAAA
AGGAACATCACATCTGTAATAGCCTTTCCTCTCAAGCTGAATCACATCTCCACTCTTCAG
ACTCCTCATATTCGAATCACCAAGTGCTAATGTTTCCTTCTTCGTGTAAGGATTCACAAA
TGTAGCAACCTCATCATCTTCCTCCAGCTTCTTCTTGGTGATTAAGTAATCAAAATCTGT
TAATGTAAGCTTGACCAACTCATTAATCTCAGGCAGCCAAGTGAGCTTCAGCTTTGTAGT
CTTCACAGATCCTTGGAGATTCAAGACGCCAGATAACGCAGTGACACGACCCTCCTCGTC
TTTAGTAACCTCTTTCACAATAGCATTTCCCCAATCCATCAGAGTCACTTCCTCACCAAC
AGAGATAACACTCGCATCAGCTCCTTCCAACCATATCCTCTTGGTGAACGTGGTAGCCTT
CTCTCCAGCACCTTCAAACTTCTTGTGCTTCGGTATCAAACGAACAAACGGCTCATCAGG
ACCATCACTCAACGTCAACAGCACACTCCTCTCTTCAACCACAGCCGTATGTCTAGGACA
CACAGGATCGATGATCTTCTTGTTGATAGACCAGAGCTTGTCCCACTCCATCAAGTTCAG
ATTCTTAGAAGCACCCTGCTCGAGGATGAACTGGATCAGAGCCTCTATCTTCAAACCTCT
CCGAACAATGCCTTGGACCGTAGGGAATCGTGGATCATCCCACCCACCAACCAAACCCTG
CTGAACAAACCAGAGAAGCTTCCTCTTACTCAAAAGAGTGTAAACAAGATTCAACCTACT
GAACTCATAAATCTCAACCCTCCTCAACCCCATGTCCTCCAGAACCTTATAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AH70JQ U 1
AF RR3FT56JQ U 40
AF RR3AH70TF C 340
BS 1 132 RR3AH70JQ
BS 133 133 RR3FT56JQ
BS 134 714 RR3AH70JQ
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BS 806 822 RR3FT56JQ
BS 823 823 RR3AH70TF
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BS 848 855 RR3FT56JQ
BS 856 1073 RR3AH70TF

RD RR3AH70JQ 714 0 0
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GCTCTAATTGTAAAACATTAAGAAAAGATTTAAAGTCTGGAAACATTTTTAAAACAAAAA
TCAATGAAAAGATTTTGTTCTTGTTGTGCGTTCTCATTCTTTTCACTTAGCCGTTAATGG
TTGGTGTTGCCTTCCATCTGGAATTGAGAATAAGACAATGGGCTTGGATGGTTTCACAAA
AGGAACATCACATCTGTAATAGCCTTTCCTCTCAAGCTGAATCACATCTCCACTCTTCAG
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TGTAGCAACCTCATCATCTTCCTCCAGCTTCTTCTTGGTGATTAAGTAATCAAAATCTGT
TAATGTAAGCTTGACCAACTCATTAATCTCAGGCAGCCAAGTGAGCTTCAGCTTTGTAGT
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TTTAGTAACCTCTTTCACAATAGCATTTCCCCAATCCATCAGAGTCACTTCCTCACCAAC
AGAGATAACACTCGCATCAGCTCCTTCCAACCATATCCTCTTGGTGAACGTGGTAGCCTT
CTCTCCAGCACCTTCAAACTTCTTGTGCTTCGGTATCAAACGAACAAACGGCTC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3FT56JQ 826 0 0
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TTTTCGCTTAGCCGTTAATGGTTGGTGTTGCCTTCCATCTGGAATTGAGAATAAGACAAT
GGGCTTGGATGGTTTCACAAAAGGAACATCACATCTGTAATAGCCTTTCCTCTCAAGCTG
AATCACATCTCCACTCTTCAGACTCCTCATATTCGAATCACCAAGTGCTAATGTTTCCTT
CTTCGTGTAAGGATTCACAAATGTAGCAACCTCATCATCTTCCTCCAGATTCTTCTTGGT
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AGTGACACGACCCTCCTCGTCTTTAGTAACCTCTTTTACAATAGCATTCCCCCAATCCAT
CAGAGTCACTTCCTCACCAACAGAGATAGCACTCGCATCAGCTCCTTCCAACCATATCCT
CTTGGTGAACGTGGTAGCCTTCTCTCCAGCACCTTCAAACTTCTTGTGCTTCGGTATCAA
ACGAACAAACGGCTCATCAGGACCATCACTCAACGTCAACAGCACACTCCTCTCTTCAAC
CACAGCCGTATGTCTAGGACACACAGGATCGATGATCTTCTTGTT*ATAGACCAGAGCTT
GTCTCACTCCATCAAGTTCAGATTCTTGGAAGCACC
TGCTCGAGAT

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3AH70TF 734 0 0
CTTCGTGTAAGGATTCACAAATGTAGCAACCTCATCATCTTCCTCCAGCTTCTTCTTGGT
GATTAAGTAATCAAAATCTGTTAATGTAAGCTTGACCAACTCATTAATCTCAGGCAGCCA
AGTGAGCTTCAGCTTTGTAGTCTTCACAGATCCTTGGAGATTCAAGACGCCAGATAACGC
AGTGACACGACCCTCCTCGTCTTTAGTAACCTCTTTCACAATAGCATTTCCCCAATCCAT
CAGAGTCACTTCCTCACCAACAGAGATAACACTCGCATCAGCTCCTTCCAACCATATCCT
CTTGGTGAACGTGGTAGCCTTCTCTCCAGCACCTTCAAACTTCTTGTGCTTCGGTATCAA
ACGAACAAACGGCTCATCAGGACCATCACTCAACGTCAACAGCACACTCCTCTCTTCAAC
CACAGCCGTATGTCTAGGACACACAGGATCGATTATCTTCTTGTTGATAGACCAGAGCTT
GTCCCATTCCATCAAGTTCAGATTCTTAGAAGCACCCTGCTCGAGGATGAACTGGATCAG
AGCCTCTATCTTCAAACCTCTCCGAACAATGCCTTGGACCGTAGGGAATCGTGGATCATC
CCACCCACCAACCAAACCCTGCTGAACAAACCAGAGAAGCTTCCTCTTACTCAAAAGAGT
GTAAACAAGATTCAACCTACTGAACTCATAAATCTCAACCCTCCTCAACCCCATGTCCTC
CAGAACCTTATAGC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 3

CO CL3848Contig1 764 3 11 U
GGGCTACCCTTGTTCATAACCCACCCACCATGAACGAGAAAGCCAACGTCTCTAAGGAGC
TTAATGCCCGCCATAGGAAGATTCTTGAAGGGCTTCTTAAACATCCTGAGAACAGAGAAT
GTGCTGACTGCAAAACCAAAGGTCCAAGATGGGCTAGTGTTAATTTAGGTATCTTTATCT
GTATGCAATGTTCTGGGATCCACAGGAGTCTCGGGGTACACATTTCAAAGGTTCGATCTG
CCACTCTGGACACATGGCTCCCGGAGCAGGTTGCATTTATTCAGTCAATGGGAAACGAGA
TTGCAAATAGTTACTGGGAAGCTGAGCTACCTCCAAACTATGATAGAGTTGGGATTGAGA
ACTTCATACGTGCAAAGTATGAAGAGAAGAGATGGGTTTCTAGAGGTGAAAAGGCTAGAT
CACCCCCAAGAGTCGAGCAGGAACGGCGGAGATCTATGGAGAGGACTGGGCCTGTATATG
AGCATGGGCACACTAGTAGCCCTGTAAATTTATTTGAGGAAAAGAAAACAGTCCAAGCCC
CTAGGACAAGAAATAGTGTTTCCGGAACAAGGATAAGTCTTCCCGTTCCTCCACAAGGAC
CTGGTCAGGTTATAAAGCCACAGCAGAAGACAGAATCTGTAGCCGCTCCTGTCGAGATGA
CGAAACCAACAGTAAATGTTGCACCCGCATCGGAGCCTCCAAAGTGGATTTTGCTACTGA
CCTCTTTAACATGCTATCATGGATGAGCCCACTACAAATACCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GM42TF U 61
AF RR3EQ73TF U 14
AF RR3BP23TF U 1
BS 1 19 RR3BP23TF
BS 20 20 RR3EQ73TF
BS 21 106 RR3BP23TF
BS 107 107 RR3EQ73TF
BS 108 136 RR3BP23TF
BS 137 137 RR3EQ73TF
BS 138 391 RR3BP23TF
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BS 393 447 RR3BP23TF
BS 448 448 RR3EQ73TF
BS 449 764 RR3BP23TF

RD RR3GM42TF 176 0 0
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QA 1 176 1 176
DS 

RD RR3EQ73TF 502 0 0
GG
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CCAAAGGTCCAAGATGGGCTAGTGTTAATTTAGGTATCTTTATCTGTATGCAATGTTCTG
GGATCCACAGGAGTCTCGGGGTACACATTTCAAAGGTTCGATCTGCCACTCTGGACACAT
GGCTCCCGGAGCAGGTTGCATTTATTCAGTCAATGGGAAACGAGATTGCAAATAGTTACT
GGGAAGCTGAGCTACCTCCAAACTATGATAGAGTTGGGATTGAGAACTTCATACGTGCAA
AGTATGAAGAGAAGAGATGGGTTTCTAGAGGTGAAAAGGCTAGATCACCCCCAAGAGTCG
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GTAGCCCTGTAAATTT
GTTT

QA 3 498 3 498
DS 

RD RR3BP23TF 764 0 0
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TTAATGCCCGCCATAGGAAGATTCTTGAAGGGCTTCTTAAACATCCAGAGAACAGAGAAT
GTGCTGACTGCAAAACAAAAGGTCCAAGATGGGCTAGTGTTAATTTAGGTATCTTTATCT
GTATGCAATGTTCTGGGATCCACAGGAGTCTCGGGGTACACATTTCAAAGGTTCGATCTG
CCACTCTGGACACATGGCTCCCGGAGCAGGTTGCATTTATTCAGTCAATGGGAAACGAGA
TTGCAAATAGTTACTGGGAAGCTGAGCTACCTCCAAACTATGATAGAGTTGGGATTGAGA
ACTTCATACGTGCAAAGTATGAAGAGAAGAGGTGGGTTTCTAGAGGTGAAAAGGCTAGAT
CACCCCCAAGAGTCGAGCAGGAACGGCTGAGATCTATGGAGAGGACTGGGCCTGTATATG
AGCATGGGCACACTAGTAGCCCTGTAAATTTATTTGAGGAAAAGAAAACAGTCCAAGCCC
CTAGGACAAGAAATAGTGTTTCCGGAACAAGGATAAGTCTTCCCGTTCCTCCACAAGGAC
CTGGTCAGGTTATAAAGCCACAGCAGAAGACAGAATCTGTAGCCGCTCCTGTCGAGATGA
CGAAACCAACAGTAAATGTTGCACCCGCATCGGAGCCTCCAAAGTGGATTTTGCTACTGA
CCTCTTTAACATGCTATCATGGATGAGCCCACTACAAATACCTC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 3

CO CL3849Contig1 672 3 11 U
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CTCAGAGAGTTTTTTCTTTTGTTCTGTTTAGTAATAATACAAACCAACAAATACGAAAAC
GAAAATGACACATTACATAATAGGGCTAGATTAAAACACACAGATACTGTGATGAATAGC
ATCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTAGTCAACATGGCCGCAAAGCTTTGATTATGGATGTATA
TCTAAAAAGATATACACACCCGTTGTCTTTAGTTTTGTGATCTTCTGTGCAAGCTTGGCT
TTAGCCAGCCATCCTAGAAACCAAAGTCAATTGGTTGGCTTCTTATTGGAGGATAGGTTA
CTTGTTGCCTCCCCGTTGCTGCATTCTCTGTTGGTTTCACTGTTGTTGTAACGGGTTCAG
GCGGGGGTGGCTGCGGCATTGTTTGGCTATTACCTTCTGTGGCGGCTATAGCTGTTTCTG
TGTTTGGAGTTGAAGACGGATCGCTTTTTTCTTCCGAAGGAGTTTCCTCGACAACAGGAG
GCTCAGATACTGTCTCTGTCACTGGTCCATCCACATGTGCTGTTGTCTCAGCAACTGCTA
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TCGCTGCAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AU13JQ U 9
AF RR3G476TF C 1
AF RR3G476JQ U 9
BS 1 8 RR3G476TF
BS 9 316 RR3AU13JQ
BS 317 317 RR3G476JQ
BS 318 428 RR3AU13JQ
BS 429 429 RR3G476JQ
BS 430 493 RR3AU13JQ
BS 494 494 RR3G476JQ
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BS 584 628 RR3AU13JQ
BS 629 672 RR3G476JQ

RD RR3AU13JQ 620 0 0
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GTTTTTTCTTTTGTTCTGTTTAGTAATAATACAAACCAACAAATACGAAAACGAAAATGA
CACATTACATAATAGGGCTAGATTAAAACACACAGATACTGTGATGAATAGCATCTTCTT
CTTCTTCTTCCTCTAGTCAACATGGCCGCAAAGCTTTGATTATGGATGTATATCTAAAAA
GATATACACACCCGTTGTCTTTAGTTTTGTGATCTTCTGTGCAAGCTTGGCTTTAGCCAG
CCATCCTAAAAACCAAAGTCAATTGGTTGGCTTCTTATTGGAGGATAGGTTACTTGTTGC
CTCCCCGTTGCTGCATTCTCTGTTGGTTTCACTGTTGTTGTAACGGGTTCAGGCGGGGGT
AGCTGCGGCATTGTTTGGCTATTACCTTCTGTGGCGGCTATAGCTGTTTCTGTGTTTGGA
GTTGAGGACGGATCGCTTTTTTCTTCCGAAGGAGTTTCCTCGACAACAGGAGGCTCAGAT
ACTGTCTCTGTCACTGGTCCATCCACATGTGCTGCTGTCTCAGCAACTGCTACAGTTTCC
GGTGCTGCTGACTCAGAATC

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3G476TF 672 0 0
TTTTTTTTATCAAAAATCAAATCTCTTTCCATCAGTTTACACGCTTCACACAGACGTATC
CTCAGAGAGTTTTTTCTTTTGTTCTGTTTAGTAATAATACAAACCAACAAATACGAAAAC
GAAAATGACACATTACATAATAGGGCTAGATTAAAACACACAGATACTGTGATGAATAGC
ATCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTAGTCAACATGGCCGCAAAGCTTTGATTATGGATGTATA
TCTAAAAAGATATACACACCCGTTGTCTTTAGTTTTGTGATCTTCTGTGCAAGCTTGGCT
TTAGCCAGCCATCCTAGAAACCAAAGTCAATTGGTTGGCTTCTTATTGGAGGATAGGTTA
CTTGTTGCCTCCCCGTTGCTGCATTCTCTGTTGGTTTCACTGTTGTTGTAACGGGTTCAG
GCGGGGGTGGCTGCGGCATTGTTTGGCTATTACCTTCTGTGGCGGCTATAGCTGTTTCTG
TGTTTGGAGTTGAAGACGGATCGCTTTTTTCTTCCGAAGGAGTTTCCTCGACAACAGGAG
GCTCAGATACTGTCTCTGTCACTGGTCCATCCACATGTGCTGTTGTCTCAGCAACTGCTA
CAGTTTCCGGTGCTGCTGACTCAGAATCAGCTGCAGTTTCTCATGCTTCTGACTCGGAAA
TCGCTGCAGTTT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3G476JQ 664 0 0
ATCAAAAATCAAATCTCTTTCCATCAGTTTACACGCTTCACACAGACGTATCCTCAGAGA
GTTTTTTCTTTTGTTCTGTTTAGTAATAATACAAACCAACAAATACGAAAACGAAAATGA
CACATTACATAATAGGGCTAGATTAAAACACACAGATACTGTGATGAATAGCATCTTCTT
CTTCTTCTTCCTCTAGTCAACATGGCCGCAAAGCTTTGATTATGGATGTATATCTAAAAA
GATATACACACCCGTTGTCTTTAGTTTTGTGATCTTCTGTGCAAGCTTGGCTTTAGCCAG
CCATCCTAGAAACCAAAGTCAATTGGTTGGCTTCTTATTGGAGGATAGGTTACTTGTTGC
CTCCCCGTTGCTGCATTCTCTGTTGGTTTCACTGTTGTTGTAACGGGTTCAGGCGGGGGT
GGCTGCGGCATTGTTTGGCTATTACCTTCTGTGGCGGCTATAGCTGTTTCTGTGTTTGGA
GTTGAAGACGGATCGCTTTTTTCTTCCGAAGGAGTTTCCTCGACAACAGGAGGCTCAGAT
ACTGTCTCTGTCACTGGTCCATCCACATGTGCTGTTGTCTCAGCAACTGCTACAGTTTCC
GGTGCTGCTGACTCAGAATCAGCTGCAGTTTCTCATGCTTCTGACTCGGAAATCGCTGCA
GTTT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 3

CO CL3850Contig1 1158 3 19 U
GGAAATGTAGCATGCTTTGGTAGAAACAAATGCGCTTTCCAAGTAGATGAGATTAAAGTC
CAACCGAACCTGCCAAACTCAGACAGGTTTGGTTCAAAAGAAGATAACTGAAACATAAAC
TGAACCACCAAAAAGACTGGACATGGCTTCTCGGTTGTACACAAATCCACCTCAAAACCT
TCACTTTCTCGCTTCTTCTTCTTCTCCTAAACCTCAATCTTTCAAATCCTCCGTCACCGT
CCGTTGCGCATCCATTGCCACAAACAGATGGTCTCTCCATGGAATGTCTGCTCTTGTCAC
CGGCGGCACCCGAGGCATCGGGCGTGCGATTGTTGAAGAACTGGTCGGTCTTGGAGCAAA
GGTTCACACTTGCGCAAGGAATGAGACCGAGCTCAAAGATTGTCTGAGAGACTGGAACCG
TTCGGGTTTCCAAGTTGATGGGTCTGTCTGCGATGTCTCTGATCGAGCTCAGCGACATAA
CCTGATGGACACCGTCTCTTCTCTCTTCCACGGGAAGCTCCATATCCTTGTAAACAATGT
TGGGACGAACATCAGGAAACCAATGGTAGACTTCACTCCTGAAGAGTTTTCAACTCTCGT
TTCCACGAATTTTGAATCCGTTTTTCATTTATGCCAACTTGCTTATCCGATGCTTAGAGC
ATCCGAGGCTGCAACCGTTGTCTCCATCTCCTCTGTTTCCGGTTTTGTCTCTCTCAAGAA
TATGTCTGTCCAATCCGCAACCAAAGGTGCGATCAATCAACTTACGAGAAACTTAGCTTG
CGAGTGGGCCAAGGACAATATAAAGGGTCAATGCTGTTGCTCCCTGGTATATCAAGACAT
CTATGGTGGAGCAAGTTCTTAGCAACAAAGACTACTTGGATGAAGTTTACTCTGTAACTC
CTCTTGGTCGGCTTGGCGAACCGAAAGAAGTGTCTTCTGCTGTGGCCTTTCTGTGCCTAC
CTGCATCATCCTATATCACAGGGCAGATTATATGTGTTGATGGAGGAATGTCTATTAACG
GTTTCTCACCACGACATGATTAGTTACCCACTCTTAATAACATTTATTAGTTTCCTTCGT
GATCCTTATCCGTCATATGCGACTTTTTAACAGCTTTCTGCCTTCTGTGTTTTATGAGAA
TTGAAGTTGTTTTCATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR74TF U 1
AF RR3BD70TF U 125
AF RR3BD70JQ C 295
BS 1 189 RR3BR74TF
BS 190 190 RR3BD70TF
BS 191 249 RR3BR74TF
BS 250 250 RR3BD70TF
BS 251 289 RR3BR74TF
BS 290 290 RR3BD70TF
BS 291 475 RR3BR74TF
BS 476 476 RR3BD70TF
BS 477 575 RR3BR74TF
BS 576 576 RR3BD70TF
BS 577 635 RR3BR74TF
BS 636 636 RR3BD70TF
BS 637 667 RR3BR74TF
BS 668 668 RR3BD70TF
BS 669 684 RR3BR74TF
BS 685 685 RR3BD70TF
BS 686 698 RR3BR74TF
BS 699 867 RR3BD70TF
BS 868 1158 RR3BD70JQ

RD RR3BR74TF 698 0 0
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CAACCGAACCTGCCAAACTCAGACAGGTTTGGTTCAAAAGAAGATAACTGAAACATAAAC
TGAACCACCAAAAAGACTGGACATGGCTTCTCGGTTGTACACAAATCCACCTCAAAACCT
TCACTTTCTTGCTTCTTCTTCTTCTCCTAAACCTCAATCTTTCAAATCCTCCGTCACCGT
CCGTTGCGC*TCCATTGCCACAAACAGATGGTCTCTCCATGGAATGTCTTCTCTTGTCAC
CGGCGGCACCCGAGGCATCGGGCGTGCGATTGTTGAAGAACTGGTCGGTCTTGGAGCAAA
GGTTCACACTTGCGCAAGGAATGAGACCGAGCTCAAAGATTGTCTGAGAGACTGGAACCG
TTCGGGTTTCCAAGTTGATGGGTCTGTCTGCGATGTCTCTGATCGAGCTCAGCGATATAA
CCTGATGGACACCGTCTCTTCTCTCTTCCACGGGAAGCTCCATATCCTTGTAAACAATGT
TGGGACGAACATCAGGAAACCAATGGTAGACTTCATTCCTGAAGAGTTTTCAACTCTCGT
TTCCACGAATTTTGAATCCGTTTTTCATTTATGCCGACTTGCTTATCCGATGCTTAGAGC
ATCCGAG*CTGCAACCGTTGTCTC*ATCTCCTCTGTTT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3BD70TF 743 0 0
GG
ACCAAAAAGACTGGACATGGCTTCTCGGTTGTACACAAATCCACCTCAAAACCTTCACTT
TCTCGCTTCTTCTTCTTCTCCTAAACCTCAATCTTTCAAATCCTCCGTCACCGTCCGTTG
CGCATCCATTGCCACAAACAGATGGTCTCTCCATGGAATGTCTGCTCTTGTCACCGGCGG
CACCCGAGGCATCGGGCGTGCGATTGTTGAAGAACTGGTCGGTCTTGGAGCAAAGGTTCA
CACTTGCGCAAGGAATGAGACCGAGCTCAAAGATTGTCTGAGAGACTGGAACCGTTCGGG
TTTCCAAGTTGATGGGTCTGTCTGCGATGTCTCTGATCGAGCTCAGCGACATAACCTGAT
GGACACCGTCTCTTCTCTCTTCCACGGGAAGCTCCATATCCTTGTAAACAATGTTGGGAC
GAACATCAGGAAACCAATGGTAGACTTCACTCCTGAAGAGTTTTCAACTCTCGTTTCCAC
GAATTTTGAATCCGTTTTTCATTTATGCCAACTTGCTTATCCGATGCTTAGAGCATCCGA
GGCTGCAACCGTTGTCTCCATCTCCTCTGTTTCCGGTTTTGTCTCTCTCAAGAATATGTC
TGTCCAATCCGCAACCAAAGGTGCGATCAATCAACTTACGAGAAACTTAGCTTGCGAGTG
GGCCAAGGACAATATAAAGGGTCAATGCTGTTGCTCCCTGGTATATCAAGACATCTATGG
TGGAGCAAGTTCTTAGCAACA

QA 3 743 3 743
DS 

RD RR3BD70JQ 864 0 0
TGTCACCGGCGGCACCCGAGGCATCGGGCGTGCGATTGTTGAAGAACTGGTCGGTCTTGG
AGCAAAGGTTCACACTTGCGCAAGGAATGAGACCGAGCTCAAAGATTGTCTGAGAGACTG
GAACCGTTCGGGTTTCCAAGTTGATGGGTCTGTCTGCGATGTCTCTGATCGAGCTCAGCG
ACATAACCTGATGGACACCGTCTCTTCTCTCTTCCACGGGAAGCTCCATATCCTTGTAAA
CAATGTTGGGACGAACATCAGGAAACCAATGGTAGACTTCACTCCTGAAGAGTTTTCAAC
TCTCGTTTCCACGAATTTTGAATCCGTTTTTCATTTATGCCAACTTGCTTATCCGATGCT
TAGAGCATCCGAGGCTGCAACCGTTGTCTCCATCTCCTCTGTTTCCGGTTTTGTCTCTCT
CAAGAATATGTCTGTCCAATCCGCAACCAAAGGTGCGATCAATCAACTTACGAGAAACTT
AGCTTGCGAGTGGGCCAAGGACAATATAA*GGGTCAATGCTGTTGCTCCCTGGTATATCA
AGACATCTATGGTGGAGCAAGTTCTTAGCAACAAAGACTACTTGGATGAAGTTTACTCTG
TAACTCCTCTTGGTCGGCTTGGCGAACCGAAAGAAGTGTCTTCTGCTGTGGCCTTTCTGT
GCCTACCTGCATCATCCTATATCACAGGGCAGATTATATGTGTTGATGGAGGAATGTCTA
TTAACGGTTTCTCACCACGACATGATTAGTTACCCACTCTTAATAACATTTATTAGTTTC
CTTCGTGATCCTTATCCGTCATATGCGACTTTTTAACAGCTTTCTGCCTTCTGTGTTTTA
TGAGAATTGAAGTTGTTTTCATGT

QA 1 864 1 864
DS 



AS 1 3

CO CL3851Contig1 637 3 6 U
GGATTTCTGCAAGCGGTTTTCAGCAGCAGCAGCCAGACGCACTTTAACGATCTACCATCA
ACGAGGAGGATACTTACTTGTTCATTATTACCACGGCAACCAGAAGCGCTTTCAGATTTG
TGTCTCGCAGGTTCTCTAACGGAAAAGTTCTTAGCGAAGAGGAGAAAGCTGCTGAGAATG
TTTTCATCAAGAAAATGGAGCAAGAGAAGCTTGAGAAGATAGCTAGACAGGGTCCGGGAG
AACAAGCAGCAAGTGGAGGAGCCAAGGCTAGTGGTGGTGGAACATCATCAGCAGGATCAG
CTGAATCAGGGCCAAAAGTGTCAGAAGACAAGGACAGAAACTATGCGGTTGTGGCAGGTG
TGGTCGCTGTTGTTGGAGCCATTGGTTGGTACATGAAATCAGGTGGGAAGAAGCAGCAGC
CAGAGGTTCAAGAGTGAAGAATGATGGGAGAAAGCGAGTGAATAAAACAGAGAGTGGAAT
CTTTTACCAATTCCTCTCTTATGAGAAACTTTGGAATGGCTACTATATGTTATTTTGGTT
TTGGTTTCCAAATCTATCCAACTTTTT*CTGTTTGTTGACATTTAGTTTTGGAGCCTTTA
ATTACATAAACTCTTCTGCTCTGATCAGAGTAAGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BV13TF U 1
AF RR3FU67JQ C 7
AF RR3FU67TF U 7
BS 1 93 RR3BV13TF
BS 94 94 RR3FU67TF
BS 95 298 RR3BV13TF
BS 299 299 RR3FU67TF
BS 300 620 RR3BV13TF
BS 621 637 RR3FU67TF

RD RR3BV13TF 620 0 0
GGATTTCTGCAAGCGGTTTTCAGCAGCAGCAGCCAGACGCACTTTAACGATCTACCATCA
ACGAGGAGGATACTTACTTGTTCATTATTACCATGGCAACCAGAAGCGCTTTCAGATTTG
TGTCTCGCAGGTTCTCTAACGGAAAAGTTCTTAGCGAAGAGGAGAAAGCTGCTGAGAATG
TTTTCATCAAGAAAATGGAGCAAGAGAAGCTTGAGAAGATAGCTAGACAGGGTCCGGGAG
AACAAGCAGCAAGTGGAGGAGCCAAGGCTAGTGGTGGTGGAACATCATCAGCAGGATCGG
CTGAATCAGGGCCAAAAGTGTCAGAAGACAAGGACAGAAACTATGCGGTTGTGGCAGGTG
TGGTCGCTGTTGTTGGAGCCATTGGTTGGTACATGAAATCAGGTGGGAAGAAGCAGCAGC
CAGAGGTTCAAGAGTGAAGAATGATGGGAGAAAGCGAGTGAATAAAACAGAGAGTGGAAT
CTTTTACCAATTCCTCTCTTATGAGAAACTTTGGAATGGCTACTATATGTTATTTTGGTT
TTGGTTTCCAAATCTATCCAACTTTTT*CTGTTTGTTGACATTTAGTTTTGGAGCCTTTA
ATTACATAAACTCTTCTGCT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3FU67JQ 631 0 0
GG
GCAAGCGGTTTTCAGCAGCAGCAGCCAGACGCACTTTAACGATCTACCATCAACGAGGAG
GATACTTACTTGTTCATTATTACCACGGCAACCAGAAGCGCTTTCAGATTTGTGTCTCGC
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AAGAAAATGGAGCAAGAGAAGCTTGAGAAGATAGCTAGACAGGGTCCGGGAGAACAAGCA
GCAAGTGGAGGAGCCAAGGCTAGTGGTGGTGGAACATCATCAGCAGGATCAGCTGAATCA
GGGCCAAAAGTGTCAGAAGACAAGGACAGAAACTATGCGGTTGTGGCAGGTGTGGTCGCT
GTTGTTGGAGCCATTGGTTGGTACATGAAATCAGGTGGGAAGAAGCAGCAGCCAGAGGTT
CAAGAGTGAAGAATGATGGGAGAAAGCGAGTGAATAAAACAGAGAGTGGAATCTTTTACC
AATTCCTCTCTTATGAGAAACTTTGGAATGGCTACTATATGTTATTTTGGTTTTGGTTTC
CAAATCTATCCAACTTTTT*CTGTTTGTTGACATTTAGTTTTGGAGCCTTTAATTACATA
AACTCTTCTGCTCTGATCAGAGTAAGTGG

QA 3 631 3 631
DS 

RD RR3FU67TF 631 0 0
GG
GCAAGCGGTTTTCAGCAGCAGCAGCCAGACGCACTTTAACGATCTACCATCAACGAGGAG
GATACTTACTTGTTCATTATTACCACGGCAACCAGAAGCGCTTTCAGATTTGTGTCTCGC
AGGTTCTCTAACGGAAAAGTTCTTAGCGAAGAGGAGAAAGCTGCTGAGAATGTTTTCATC
AAGAAAATGGAGCAAGAGAAGCTTGAGAAGATAGCTAGACAGGGTCCGGGAGAACAAGCA
GCAAGTGGAGGAGCCAAGGCTAGTGGTGGTGGAACATCATCAGCAGGATCAGCTGAATCA
GGGCCAAAAGTGTCAGAAGACAAGGACAGAAACTATGCGGTTGTGGCAGGTGTGGTCGCT
GTTGTTGGAGCCATTGGTTGGTACATGAAATCAGGTGGGAAGAAGCAGCAGCCAGAGGTT
CAAGAGTGAAGAATGATGGGAGAAAGCGAGTGAATAAAACAGAGAGTGGAATCTTTTACC
AATTCCTCTCTTATGAGAAACTTTGGAATGGCTACTATATGTTATTTTGGTTTTGGTTTC
CAAATCTATCCAACTTTTTTCTGTTTGTTGACATTTAGTTTTGGAGCCTTTAATTACATA
AACTCTTCTGCTCTGATCAGAGTAAGTGG

QA 3 631 3 631
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL3853Contig1 1197 2 2 U
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AAAGCCACCGGATAGCGAGTTTCAATGGCGGCGATGCTAATCGGAAGAGCCTTTAATTCA
GCTAGAGTCGTCCGTGCTCGATCATTCTGCACAGTCTCCGCCGCTCGTAAACCCGATTCA
CTCGATGGTCACTCATCGGCGGAACCTTCTCCCTCGTCCTCTTCGTTCACGTTCGACGAG
GAAAACGAGAAACCCATCCTCGTGAAAGCCCCCAACGCTCGCCGGAACAACAACGATTCC
GACTCGGTGACGATGCCGACGTCTTTCATGACGGGGTCGATCGTGGGGAAGAGGTTCTAT
AAGAAGGTGACGACGAGAGAGGCAGACGATGGGAATGGATGGACTGTGATGCTCGATTAC
AGAACGCTTAAAACTCCTTCGAAGAGACCTCTCAAGCTTCCTTCTTTGGCTCTCGCTAAG
GCCATTGCAGCTGAGTGGGAGTATCAGCTAGCAGAAGGAATCAGACCATTCACAATGCCG
CTGATGAAACTAGCATGTACTGCACTTGAAAGAGTTCCTCTCACACGCCCAAAGATTATT
GAGCATCTATTAAGAAAGTTACATCAAGATCTCGTCTTTTTCCGAGCACCTGAGGATAAC
GATCTAACTAGTGACGTCCATGAGGTTCAGGTGGAGAGGATTGATCCTCTACTTGAGTGG
GTAGAATCAGAGTTTGGGATCAAACCCAAAGTGTATTCGAGCATCTTTGGAGGAAAACAA
GATGATAAGCTAGTGAAAGCAGTAGAGAATCTGCTCAAGAAGACAAATGATGGTGAACTC
GCAAGCATCGATGCGCTTGAAGCATCAGCTCACTCTGTAGTAATTGCTCTTGGCGTCTAC
TGTGGGAAGTTGCAGATCGATGATGCAATTAAATTGATTAGACTTGAAGAAGATTTACAG
GTGGATAAGTGGGGACTAGTGGAAGGTGGGCATGATATTGATATTGCTGATCTCAAAGTT
CAAATCTCAGCGGCTACTGTGTTTCTTGCTCTGTCCCGTCAGAACTGATCATAAGTCTCT
TTTTGCTCAAGTATCTTTTCAGTTATTCCAAAAAAAATAAAGCTTCTCTCTGAGCTTCTC
TGTTTGTAGAATTGATGATTGTAAGGGTTAACATCAATACAAGAATGATCTAAAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK07TF U 1
AF RR3AK07JQ C 456
BS 1 680 RR3AK07TF
BS 681 1197 RR3AK07JQ

RD RR3AK07TF 680 0 0
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AAAGCCACCGGATAGCGAGTTTCAATGGCGGCGATGCTAATCGGAAGAGCCTTTAATTCA
GCTAGAGTCGTCCGTGCTCGATCATTCTGCACAGTCTCCGCCGCTCGTAAACCCGATTCA
CTCGATGGTCACTCATCGGCGGAACCTTCTCCCTCGTCCTCTTCGTTCACGTTCGACGAG
GAAAACGAGAAACCCATCCTCGTGAAAGCCCCCAACGCTCGCCGGAACAACAACGATTCC
GACTCGGTGACGATGCCGACGTCTTTCATGACGGGGTCGATCGTGGGGAAGAGGTTCTAT
AAGAAGGTGACGACGAGAGAGGCAGACGATGGGAATGGATGGACTGTGATGCTCGATTAC
AGAACGCTTAAAACTCCTTCGAAGAGACCTCTCAAGCTTCCTTCTTTGGCTCTCGCTAAG
GCCATTGCAGCTGAGTGGGAGTATCAGCTAGCAGAAGGAATCAGACCATTCACAATGCCG
CTGATGAAACTAGCATGTACTGCACTTGAAAGAGTTCCTCTCACACGCCCAAAGATTATT
GAGCATCTATTAAGAAAGTTACATCAAGATCTCGTCTTTTTCCGAGCACCTGAGGATAAC
GATCTAACTAGTGACGTCCA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3AK07JQ 742 0 0
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TCCTCTCACACGCCCAAAGATTATTGAGCATCTATTAAGAAAGTTACATCAAGATCTCGT
CTTTTTCCGAGCACCTGAGGATAACGATCTAACTAGTGACGTCCATGAGGTTCAGGTGGA
GAGGATTGATCCTCTACTTGAGTGGGTAGAATCAGAGTTTGGGATCAAACCCAAAGTGTA
TTCGAGCATCTTTGGAGGAAAACAAGATGATAAGCTAGTGAAAGCAGTAGAGAATCTGCT
CAAGAAGACAAATGATGGTGAACTCGCAAGCATCGATGCGCTTGAAGCATCAGCTCACTC
TGTAGTAATTGCTCTTGGCGTCTACTGTGGGAAGTTGCAGATCGATGATGCAATTAAATT
GATTAGACTTGAAGAAGATTTACAGGTGGATAAGTGGGGACTAGTGGAAGGTGGGCATGA
TATTGATATTGCTGATCTCAAAGTTCAAATCTCAGCGGCTACTGTGTTTCTTGCTCTGTC
CCGTCAGAACTGATCATAAGTCTCTTTTTGCTCAAGTATCTTTTCAGTTATTCCAAAAAA
AATAAAGCTTCTCTCTGAGCTTCTCTGTTTGTAGAATTGATGATTGTAAGGGTTAACATC
AATACAAGAATGATCTAAAGTC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 3

CO CL3854Contig1 788 3 4 U
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TTGTTATTCCAGAAAGATGGGGGACGAAAAGGTTAGAGATGAAGCGATGCAGATCATTGG
AATGTTTCAGATCCTTCCGAGACTTGTCGTTTTCGATCTCGATTATACTCTTTGGCCTTT
CTACTGTGAATGTCGTTCTAAACGAGAAATGCCGTCTTTGTATCCACAAGCAAAGGGTAT
AGTGAGTGCTCTGAAAGCGAAAGGAATTCAAATGGCGATTGCTTCCAGATCTCCCACTTC
AGACATCGCCAACACTTTCATTGACAAATTGAATATTAAGTCCATGTTCGTCGCCAAGGA
AATATTCTCGAGTTGGAGTCACAAGACGGAGCATTTTCAAAAGATACACACAAGGACAGG
GGTGCCGTTTACTGACATGCTCTTCTTCGATGATGAGGACAGAAACATTAAATCAGTTTC
TAAAATGGGAGTGACAAGCATCTTGGTGGGTGATGGGGTTACACTTGGAGCACTCAGACA
AGGGCTTACTGAATTTTCTCAAAACCATAACACTATCGAGAAGAATAAACAGGTTTGGCG
CAACAAGTATTCCGGAAAGGCTGCCTCATCTGAGACCGACAAAGACTGACATAGGAAACC
CATACCATTCTATGGTGATCATCCACCATTATTTACTGTATAAATAAATTGCCTGAGTTT
TGTGTTGAAGAAACTAACTCTCAATACTGGCTTTGTTATTACATGGATGTTCCTTAAGTA
ACTGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GE69TF U 64
AF RR3H065TF U 1
AF RR3C709TF U 67
BS 1 654 RR3H065TF
BS 655 655 RR3C709TF
BS 656 703 RR3H065TF
BS 704 788 RR3C709TF

RD RR3GE69TF 471 0 0
GGATT
CCAGAAAGATGGGGGACGAAAAGGTTAGAGATGAAGCGATGCAGATCATTGGAATGTTTC
AGATCCTTCCGAGACTTGTCGTTTTCGATCTCGATTATACTCCCTGGCCTTTCTACTGTG
AATGTCGTTCTAAACGCGAAATGCCGTCTTTGTATCCACAAGCAAAGGGTATAGTGAGTG
CTCTGAAAGAGAAAGGAATTCAAATGGCGATTGCTTCCAGATCTCCCACTTCAGACATCG
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TTACTGACATGCTCTTCTTCGATGATGAGGACAGAAACATTAAATCAGTTTCTAAAATGG
GAGTGACAAGCATCTTGGTGGGTAATGGGGTTACACTTGGATCACT

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DS 

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AGTGAGTGCTCTGAAAGCGAAAGGAATTCAAATGGCGATTGCTTCCAGATCTCCCACTTC
AGACATCGCCAACACTTTCATTGACAAATTGAATATTAAGTCCATGTTCGTCGCCAAGGA
AATATTCTCGAGTTGGAGTCACAAGACGGAGCATTTTCAAAAGATACACACAAGGACAGG
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CATACCATTCTATGGTGATCATCCACCATTATTTACTGTATAA
TAATT

QA 1 703 1 703
DS 

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GG
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AGATTCTTCCGAGACTTGTCGTTTTCGATCTCGATTATACTCTTTGGCCTTTCTACTGTG
AATGTCGTTCTAAACGAGAAATGCCGTCTTTGTATCCACAAGCAAAGGGTATAGTGAGTG
CTCTGAAAGCGAAAGGAATTCAAATGGCGATTGCTTCCAGATCTCCCACTTCAGACATCG
CCAACACTTTCATTGACAAATTGAATATTAAGTCCATGTTCGTCGCCAAGGAAATATTCT
CGAGTTGGAGTCACAAGACGGAGCATTTTCAAAAGATACACACAAGGACAGGGGTGCCGT
TTACTGACATGCTCTTCTTCGATGATGAGGACAGAAACATTAAATCAGTTTCTAAAATGG
GAGTGACAAGCATCTTGGTGGGTGATGGGGTTACACTTGGAGCACTCAGACAAGGGCTTA
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ATTCCGGAAAGGCTGCCTCATCTGAGACCGACAAAGACTGACATAGGAAACCCATACCAT
TCTATGGTGATCATCCACCATTATTTACTGTATAAATAAATTGCCTGAGTTTTGTGTTGA
AGAAACTAACTCTCAATACTGGCTTTGTTATTACATGGATGTTCCTTAAGTAACTGTGTT

QA 3 722 3 722
DS 



AS 1 3

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ATGCCTTGGACGCCAACCAGTGAGTTTCCACACCCTTTGTCACGTGTCAAACAACCAGCA
GGATACAGACTTTCGTATCAAATCGTGGATTCATTGATCTGGCTTGGAATAAGAGACATG
ATAAATGACCTTAGGAAAAAGAAACTGAAGCTACGGCCCGTCACATATCTAAGTGGAACA
CAAAGCTCTGGCTCTAATATTCCATATGGATATATGTGGAGTCCTCATCTAGTCCCAAAG
CCCAAAGACTGGGGCCCACAAATAGATGTAGTGGGATTCTGCTTCCTTGATCTTGCATCA
AACTATGAACCTCCGGCAGAACTTGTGAAATGGCTAGAAGCTGGTGACAAACCTATTTAC
ATCGGCTTTGGTAGTCTCCCTGTGCAAGAACCAGAGACAATGACTGAAATCATTGTGGAA
GCACTACAAAGAACCAAACAAAGAGGAATCATAAACAAAGGCTGGGGTGGCCTTGGAAAC
TTGAAAGAACCGAAGGACTTTGTTTACTTGTTGGATAATGTCCCACATGACTGGTTATTC
CC*AAGATGCAAGGCAGTGGTTCATCATGGTGGTGCTGGAACAACGGCTGCAGGTCTTAA
AGCAGCGTGCCCAACTACAATCGTGCCTTTCTTTGGAGACCAACCTTTCTGGGGGGAACG
AGTGCATGCTAGAGGAGTAGGTCCTGCACCAATCCCAGTAGACGAATTCTCACTCCATAA
GCTTGAAGATGCCATTAATTTCATGCTTGACGATAAAGTGAAGAGCAGTGCAGAGACTCT
AGCAAAGGCAATGAAGGACGAGGATGGTGTGGCTGGAGCAGTGAAGGCCTTCTTCAAACA
TCTTCCGACTATGAAACAGAATGTTTCGGATCCTATCCCTGAACCATCTGGATTCCTATC
GTTCAGAAGATGCTTTGGCTGTTCGTAACTTTCTCCCCACCCCTTCCCCCAAGAATCTCC
TCTTTACTCTTGTGCATTGTTGTGACCTCTTGTATGTTTGTTTTGTATTTTGTTTTTTGC
TCATTGATTTTGGCTTTACTACAACTCACTTAGGAAAAGTTGTAAAGTACTTGGTGTACT
TGGTAATTCAATGTTTTATGTGATACATGCTATAATTTTTTATATGACAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C767TF U 1
AF RR3GV15TF U 170
AF RR3C767JQ C 417
BS 1 297 RR3C767TF
BS 298 298 RR3GV15TF
BS 299 740 RR3C767TF
BS 741 741 RR3GV15TF
BS 742 775 RR3C767TF
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BS 921 921 RR3C767JQ
BS 922 958 RR3GV15TF
BS 959 1190 RR3C767JQ

RD RR3C767TF 815 0 0
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ATAAATGACCTTAGGAAAAAGAAACTGAAGCTACGGCCCGTCACATATCTAAGTGGAACA
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CC*AAGATGCAAGGCAGTGGTTCATCATGGTGGTGCTGGAACAACGGCTGCAGGTCTTAA
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GCTTGAAGATGCCATTAATTTCATGCTTGACGATA

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR3GV15TF 789 0 0
G
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AAGTGGAACACAAAGCTCTGGCTCTAATATTCCATATGGATATATGTGGAGTCCTCATCT
AGTCCCAAAGCCCAAAGACTGGGGCCCACAAATAGATGTAGTGGGATTCTGCTTCCTTGA
TCTTGCATCAAACTATGAACCTCCGGCAGAACTTGTGAAATGGCTAGAAGCTGGTGACAA
ACCTATTTACATCGGCTTTGGTAGTCTCCCTGTGCAAGAACCAGAGACAATGACTGAAAT
CATTGTGGAAGCACTACAAAGAACCAAACAAAGAGGAATCATAAACAAGGGCTGGGGTGG
CCTTGGAAACTTGAAAGAACCGAAGGACTTTGTTTACTTGTTGGATAATGTCCCACATGA
CTGGTTATTCCC*AAGATGCAAGGCAGTGGTTCATCATGGTGGTGCTGGAACAACGGCTG
CAGGTCTTAAAGCAGCGTGCCCAACTACAATCGTGCCTTTCTTTGGAGACCAACCTTTCT
GGGGGGAACGAGTGCATGCTAGAGGAGTAGGTCCTGCACCAATCCCAGTAGACGAATTCT
CACTCCATAAGCTTGAAGATGCCATTAATTTCATGCTTGACGATAAAGTGAAGAGCAGTG
CAGAGACTCTAGCAAAGGCAATGAAGGACGAGGATGGTGTGGCTGGAGCAGTGAAG*CCT
TCTTCAA*CATCTTCCGACTATGAAACAGAGTGTTTCGGATCCTATCCCTGAACCATCTG
GATTCCTA

QA 2 789 2 789
DS 

RD RR3C767JQ 774 0 0
TTACATCGGCTTTGGTAGTCTCCCTGTGCAAGAACCAGAGACAATGACTGAAATCATTGT
GGAAGCACTACAAAGAACCAAACAAAGAGGAATCATAAACAAAGGCTGGGGTGGCCTTGG
AAACTTGAAAGAACCGAAGGACTTTGTTTACTTGTTGGATAATGTCCCACATGACTGGTT
ATTCCCCAAGATGCAAGGCAGTGGTTCATCATGGTGGTGCTGGAACAACGGCTGCAGGTC
TTAAAGCAGCGTGCCCAACTACAATCGTGCCTTTCTTTGGAGACCAACCTTTCTGGGGGG
AACGAGTGCATGCTAGAGGAGTAGGTCCTGCACCAATCCCAGTAGACGAATTCTCACTCC
ATAAGCTTGAAGATGCCATTAATTTCATGCTTGACGATAAGGTGAAGAGCAGTGCAGAGA
CTCTAGCAAAGGCAATGAAGGACGAGGATGGTGTGGCTGGAGCTGTGAAGGCCTTCTTCA
AACATCTTCCGACTATGAAACAGAATGTTTCGGATCCTATCCCTGAACCATCTGGATTCC
TATCGTTCAGAAGATGCTTTGGCTGTTCGTAACTTTCTCCCCACCCCTTCCCCCAAGAAT
CTCCTCTTTACTCTTGTGCATTGTTGTGACCTCTTGTATGTTTGTTTTGTATTTTGTTTT
TTGCTCATTGATTTTGGCTTTACTACAACTCACTTAGGAAAAGTTGTAAAGTACTTGGTG
TACTTGGTAATTCAATGTTTTATGTGATACATGCTATAATTTTTTATATGACAG

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 3

CO CL3856Contig1 914 3 9 U
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AGGTTGTCCCTTGCTTTCCTCGGTTAAAAAGAGGAAAGATGTTGTGTAGAATGGTGGTGG
TGACCGGCGGCCGGAAGAAGAAAGCCGGTTCGGTTCCGGTTTATCTGAATGTATACGACC
TCACACCCATCAATGGCTACGCTTACTGGTTAGGTCTTGGCGTCTACCACTCTGGTGTTG
AAGTTCACGGGGTTGAGTACGGTTTCGGAGCTCACGAGCATTCGACAACAGGGATCTTCG
AGGTGGAACCGAAGCAGTGTCCAGGTTTCACATTCAGGAAGTCTATTTTGATTGGGAGAA
CAGATTTGGATCCTGAGAAAGTCCGTGCCTTTATGGAGAAGCTTGCTGAAGAGTACAGCG
GAAACACTTACCATCTCATTACAAAGAACTGTAATCACTTTTGTAACGACGTTTGTGTTC
AGCTGACTCGAAGATCTATCCCTAGTTGGGTTAACCGTCTTGCTCGTTTCGGTTTGTTCT
GCAACTGTGTTCTGCCTGCAGAGCTGAACGAGACGAAGGTGAGGCAGGTTAGGTCAAAAG
AGGAGAAGGTTCCGGAAGCAGAAGAGAAGAAACTTAGGAGCAGGTCAAGTAGATATCCAC
CTGGACCTTCGCTTTCTTCGTCGGAGTCTTTAAACCGAAGCAGAAGAAGAGGAGGAGCAC
GAGGAGGAGAGAGGAGAAGACAATGTCTTCCTCCATCACCACCTGTGAGTGCTTAGGTTT
TAGATTCTCCTAGTAAAATCTTTTTTTGTTTCGTTATTTGATTCGGTTTGTAATGGTTTC
AAGAAGTTGTGTTTATGTGAACCAAACATTTTTATTGATGGCTAATGGTATAAGATCTTT
ACATCACTTAACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AN08TF U 1
AF RR3G837TF U 154
AF RR3AN08JQ C 183
BS 1 702 RR3AN08TF
BS 703 776 RR3G837TF
BS 777 777 RR3AN08JQ
BS 778 797 RR3G837TF
BS 798 798 RR3AN08JQ
BS 799 806 RR3G837TF
BS 807 807 RR3AN08JQ
BS 808 825 RR3G837TF
BS 826 914 RR3AN08JQ

RD RR3AN08TF 702 0 0
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AGGTTGTCCCTTGCTTTCCTCGGTTAAAAAGAGGAAAGATGTTGTGTAGAATGGTGGTGG
TGACCGGCGGCCGGAAGAAGAAAGCCGGTTCGGTTCCGGTTTATCTGAATGTATACGACC
TCACACCCATCAATGGCTACGCTTACTGGTTAGGTCTTGGCGTCTACCACTCTGGTGTTG
AAGTTCACGGGGTTGAGTACGGTTTCGGAGCTCACGAGCATTCGACAACAGGGATCTTCG
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CAGATTTGGATCCTGAGAAAGTCCGTGCCTTTATGGAGAAGCTTGCTGAAGAGTACAGCG
GAAACACTTACCATCTCATTACAAAGAACTGTAATCACTTTTGTAACGACGTTTGTGTTC
AGCTGACTCGAAGATCTATCCCTAGTTGGGTTAACCGTCTTGCTCGTTTCGGTTTGTTCT
GCAACTGTGTTCTGCCTGCAGAGCTGAACGAGACGAAGGTGAGGCAGGTTAGGTCAAAAG
AGGAGAAGGTTCCGGAAGCAGAAGAGAAGAAACTTAGGAGCAGGTCAAGTAGATATCCAC
CTGGACCTTCGCTTTCTTCGTCGGAGTCTTTAAACCGAAGCA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3G837TF 677 0 0
TTCCGGTTTATCTGAATGTATACGACCTCACACCCATCAATGGCTACGCTTACTGGTTAG
GTCTTGGCGTCTACCACTCTGGTGTTGAAGTTCACGGGGTTGAGTACGGTTTCGGAGCTC
ACGAGCATTCGACAACAGGGATCTTCGAGGTGGAACCGAAGCAGTGTCCAGGTTTCACAT
TCAGGAAGTCTATTTTGATTGGGAGAACAGATTTGGATCCTGAGAAAGTCCGTGCCTTTA
TGGAGAAGCTTGCTGAAGAGTACAGCGGAAACACTTACCATCTCATTACAAAGAACTGTA
ATCACTTTTGTAACGACGTTTGTGTTCAGCTGACTCGAAGATCTATCCCTAGTTGGGTTA
ACCGTCTTGCTCGTTTCGGTTTGTTCTGCAACTGTGTTCTGCCTGCAGAGCTGAACGAGA
CGAAGGTGAGGCAGGTTAGGTCAAAAGAGGAGAAGGTTCCGGAAGCAGAAGAGAAGAAAC
TTAGGAGCAGGTCAAGTAGATATCCACCTGGACCTTCGCTTTCTTCGTCGGAGTCTTTAA
ACCGAAGCAGAAGAAGAGGAGGAGCACGAGGAGGAGAGAGGAGAAGACAATGTCTTCCTC
CATCACCACCTGTGAGTGCTTAG*TTTTAGATTCTCCTAGTAAA*TCTTTTTT*GTTTCG
TTATTTGATTCG
TTTGT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3AN08JQ 732 0 0
ACACCCATCAATGGCTACGCTTACTGGTTAGGTCTTGGCGTCTACCACTCTGGTGTTGAA
GTTCACGGGGTTGAGTACGGTTTCGGAGCTCACGAGCATTCGACAACAGGGATCTTCGAG
GTGGAACCGAAGCAGTGTCCAGGTTTCACATTCAGGAAGTCTATTTTGATTGGGAGAACA
GATTTGGATCCTGAGAAAGTCCGTGCCTTTATGGAGAAGCTTGCTGAAGAGTACAGCGGA
AACACTTACCATCTCATTACAAAGAACTGTAATCACTTTTGTAACGACGTTTGTGTTCAG
CTGACTCGAAGATCTATCCCTAGTTGGGTTAACCGTCTTGCTCGTTTCGGTTTGTTCTGC
AACTGTGTTCTGCCTGCAGAGCTGAACGAGACGAAGGTGAGGCAGGTTAGGTCAAAAGAG
GAGAAGGTTCCGGAAGCAGAAGAGAAGAAACTTAGGAGCAGGTCAAGTAGATATCCACCT
GGACCTTCGCTTTCTTCGTCGGAGTCTTTAAACCGAAGCAGAAGAAGAGGAGGAGCAGGA
GGAGGAGAGAGGAGAAGACAATGTCTTCCTCCATCACCACCTGTGAGTGCTTAGGTTTTA
GATTCTCCTAGTAAAATCTTTTTTTGTTTCGTTATTTGATTCGGTTTGTAATGGTTTCAA
GAAGTTGTGTTTATGTGAACCAAACATTTTTATTGATGGCTAATGGTATAAGATCTTTAC
ATCACTTAACTC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 3

CO CL3857Contig1 812 3 7 U
GGAGAACATAAGCTCCGACCGAGAAACCAATCCCCATCTCTCTCCGACGACAAACCAGAC
CTGCGACCCTTTGGAGACAAGAAGAAATGGGTTTCTTCTCTTTTCTAGGAAGAGTTCTCT
TCGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCCTGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGCTGACGGTG
GTCCAGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCGAAGCTTGATCTGGCCAAAGCACACCTCTCTTCCA
GATTAGGAGTAGCATTGCCCCACATAGAGGTGAAGCAAGTCGTATCGGCAATTGTTGCTT
TGAAAGGGCTCGGAGGCTTACTCTTTGTTGTTGGCAACATCTTTGGTGCCTATCTTCTGG
CTTTCTACTTTGTGGTTGTTAGTCCCATCTTATATGATTTCTACAACTATGGACCCCAGG
ACCGCCAATTCTCCCTTCTATTGACTGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCGCTTCTCGGGGCAT
TGCTATTTTTCATTGGAATGAAGAATTCGAGGACTACGACCTCCTCAAAGAGCAGCAACC
TGAAGAAGAGGATACCCAAGCCTAAGGCTGCTTAGAGCTGTTCTATTCTCTTCCACACAC
GCTTATCAGGCTTTAGAACAGCTTCTGATGTGTTCAAGCTTTGCCTTCATTTTGTCTTCC
TGACAACTTTTTCTACTGTAGAATTCTAGACTTGGCCACGATTCTTTTTTATTTCTCTTC
TAGTTTTTATTTATTTTTGAGATCTAAGAATTTTCGTTTGTTTGATCATACAATTTTTTT
GATCATAATTTATTGTTCCGACAATTTTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM30TF U 1
AF RR3AV23TF U 44
AF RR3AV23JQ C 44
BS 1 370 RR3FM30TF
BS 371 371 RR3AV23TF
BS 372 524 RR3FM30TF
BS 525 525 RR3AV23TF
BS 526 709 RR3FM30TF
BS 710 744 RR3AV23TF
BS 745 812 RR3AV23JQ

RD RR3FM30TF 725 0 0
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CTGCGACCCTTTGGAGACAAGAAGAAATGGGTTTCTTCTCTTTTCTAGGAAGAGTTCTCT
TCGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCCTGGCAAATGTTCAATGACTTTGGAGCTGACGGTG
GTCCAGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCGAAGCTTGATCTGGCCAAAGCACACCTCTCTTCCA
GATTAGGAGTAGCATTGCCCCACATAGAGGTGAAGCAAGTCGTATCGGCAATTGTTGCTT
TGAAAGGGCTCGGAGGCTTACTCTTTGTTGTTGGCAACATCTTTGGTGCCTATCTTCTGG
CTTTCTACTTGGTGGTTGTTAGTCCCATCTTATATGATTTCTACAACTATGGACCCCAGG
ACCGCCAATTCTCCCTTCTATTGACTGAGTTCTTGCAGAGCGTTGCGCTTCTCGGGGCAT
TGCTATTTTTCATTGGAATGAAGAATTCGAGGACTACGACCTCCCCAAAGAGCAGCAACC
TGAAGAAGAGGATACCCAAGCCTAAGGCTGCTTAGAGCTGTTCTATTCTCTTCCACACAC
GCTTATCAGGCTTTAGAACAGCTTCTGATGTGTTCAAGCTTTGCCTTCATTTTGTCTTCC
TGACAACTTTTTCTACTGTAGAATTCTAGACTTGGCCACGATTCTTTTT
ATTCTCTCTAGTTTTA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3AV23TF 701 0 0
GG
GACGACAAACCAGACCTGCGACCCTTTGGAGACAAGAAGAAATGGGTTTCTTCTCTTTTC
TAGGAAGAGTTCTCTTCGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCCTGGCAAATGTTCAATGACT
TTGGAGCTGACGGTGGTCCAGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCGAAGCTTGATCTGGCCAAAG
CACACCTCTCTTCCAGATTAGGAGTAGCATTGCCCCACATAGAGGTGAAGCAAGTCGTAT
CGGCAATTGTTGCTTTGAAAGGGCTCGGAGGCTTACTCTTTGTTGTTGGCAACATCTTTG
GTGCCTATCTTCTGGCTTTCTACTTTGTGGTTGTTAGTCCCATCTTATATGATTTCTACA
ACTATGGACCCCAGGACCGCCAATTCTCCCTTCTATTGACTGAGTTCTTGCAGAGCGTTG
CGCTTCTCGGGGCATTGCTATTTTTCATTGGAATGAAGAATTCGAGGACTACGACCTCCT
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TTCTCTTCCACACACGCTTATCAGGCTTTAGAACAGCTTCTGATGTGTTCAAGCTTTGCC
TTCATTTTGTCTTCCTGACAACTTTTTCTACTGTAGAATTCTAGACTTGGCCACGATTCT
TTTTTATTTCTCTTCTAGTTTTTATTTATTTTTGAGATC

QA 3 701 3 701
DS 

RD RR3AV23JQ 769 0 0
GG
GACGACAAACCAGACCTGCGACCCTTTGGAGACAAGAAGAAATGGGTTTCTTCTCTTTTC
TAGGAAGAGTTCTCTTCGCTTCTCTCTTCATCCTCTCCGCCTGGCAAATGTTCAATGACT
TTGGAGCTGACGGTGGTCCAGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCGAAGCTTGATCTGGCCAAAG
CACACCTCTCTTCCAGATTAGGAGTAGCATTGCCCCACATAGAGGTGAAGCAAGTCGTAT
CGGCAATTGTTGCTTTGAAAGGGCTCGGAGGCTTACTCTTTGTTGTTGGCAACATCTTTG
GTGCCTATCTTCTGGCTTTCTACTTTGTGGTTGTTAGTCCCATCTTATATGATTTCTACA
ACTATGGACCCCAGGACCGCCAATTCTCCCTTCTATTGACTGAGTTCTTGCAGAGCGTTG
CGCTTCTCGGGGCATTGCTATTTTTCATTGGAATGAAGAATTCGAGGACTACGACCTCCT
CAAAGAGCAGCAACCTGAAGAAGAGGATACCCAAGCCTAAGGCTGCTTAGAGCTGTTCTA
TTCTCTTCCACACACGCTTATCAGGCTTTAGAACAGCTTCTGATGTGTTCAAGCTTTGCC
TTCATTTTGTCTTCCTGACAACTTTTTCTACTGTAGAATTCTAGACTTGGCCACGATTCT
TTTTTATTTCTCTTCTAGTTTTTATTTATTTTTGAGATCTAAGAATTTTCGTTTGTTTGA
TCATACAATTTTTTTGATCATAATTTATTGTTCCGACAATTTTTGGC

QA 3 769 3 769
DS 



AS 1 3

CO CL3858Contig1 709 3 10 U
TCTTTTTTTTGTGTGTTGGAATGGCGTCGCTGCAAAGCTCAGGGATGTTGACGAAAGAGC
AGATGGTTTATCTCTTTGATCGATTCGATTACTTGACCTCTCAATCTGATGTGAAGAAAA
GAATCTCCGACGCCGTTGAAGATAAACAGGAAGCTGTAGCGGTCACAACTGCAATTCAAG
AGGAGATATTCTTGGAGATGGGAATTGACCCAGGATTTGGTATTGGATGCTTGGGAAAGC
TCAACTCTGCGTTTGAAAACGATAAAGAGTTGATGATTGGTTTCTACAAGTTTCTCGCTA
AGGAGGAGATGGCGTGTGAAGAAGCTGAGCTTGGACCAGATGGATTTGAACAGAAGATGG
AAGCACAACAGCAATTACATGAACAGCAACTGGAGATGCTAAAGTATATGCGTAAGTTTC
CTCTGGATGGCCAATCTGCTATCCTTAAAAAGCTTCAGAAGCAACTAGAGAATGCGGATC
TCGAGCCTGAGGCATCCCTTTTGTCAGGAGAGCAATTGGAGGAAGCTGGAAGAAGAAGGG
TTTCACCAGTTTTTGGAAGCAGATGATAGCTTTCTCGTTTTCTCACAGGCCACTTCAATT
TGTAAACTGTGTCTCTAATCTCTTTTCACTTCCATATACTTAACCTTTTTATATGCAAAT
GTAAACAAATAATTTGGTTGAACTTTTCATTTGCATGGGAAATGTAAGG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3DH63TF U 3
AF RR3A371JQ C 1
AF RR3A371TF U 11
BS 1 2 RR3A371JQ
BS 3 429 RR3DH63TF
BS 430 430 RR3A371TF
BS 431 479 RR3DH63TF
BS 480 480 RR3A371TF
BS 481 539 RR3DH63TF
BS 540 540 RR3A371TF
BS 541 584 RR3DH63TF
BS 585 707 RR3A371TF
BS 708 709 RR3A371JQ

RD RR3DH63TF 582 0 0
TTTTTTTTGTGTGTTGGAATGGCGTCGCTGCAAAGCTCAGGGATGTTGACGAAAGAGCAG
ATGGTTTATCTCTTTGATCGATTCGATTACTTGACCTCTCAATCTGATGTGAAGAAAAGA
ATCTCCGACGCCGTTGAAGATAAACAGGAAGCTGTAGCGGTCACAACTGCAATTCAAGAG
GAGATATTCTTGGAGATGGGAATTGACCCAGGATTTGGTATTGGATGCTTGGGAAAGCTC
AACTCTGCGTTTGAAAACGATAAAGAGTTGATGATTGGTTTCTACAAGTTTCTCGCTAAG
GAGGAGATGGCGTGTGAAGAAGCTGAGCTTGGACCAGATGGATTTGAACAGAAGATGGAA
GCACAACAGCAATTACATGAACAGCAACTGGAGATGCTAAAGTATATGCGTAAGTTTCCT
CTGGATGACCAATCTGCTATCCTTAAAAAGCTTCAGAAGCAACTAGAGAATGCGGATTTC
GAGCCTGAGGCATCCCTTTTGTCAGGAGAGCAATTGGAGGAAGCTGGAAGAAGAAGG*TT
TCACCAGTTTTTGGAAGCAGATGATAGCTTTCTCGTTTTCTC

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3A371JQ 709 0 0
TCTTTTTTTTGTGTGTTGGAATGGCGTCGCTGCAAAGCTCAGGGATGTTGACGAAAGAGC
AGATGGTTTATCTCTTTGATCGATTCGATTACTTGACCTCTCAATCTGATGTGAAGAAAA
GAATCTCCGACGCCGTTGAAGATAAACAGGAAGCTGTAGCGGTCACAACTGCAATTCAAG
AGGAGATATTCTTGGAGATGGGAATTGACCCAGGATTTGGTATTGGATGCTTGGGAAAGC
TCAACTTTGCGTTTGAAAACGATAAAGAGTTGATGATTGGTTTCTACAAGTTTCTCGCTA
AGGAGGAGATGGCGTGTGAAGAAGCTGAGCTTGGACCAGATGGATTTGAACAGAAGATGG
AAGCACAACAGCAATTACATGAACAGCAACTGGAGATGCTAAAGTATATGCGTAAGTTTC
CTCTGGATGGCCAATCTGCTATCCTTAAAAAGCTTCAGAAGCAACTAGAGAATGCGGATC
TCGAGCCTGAGGCATCCCTTTTGTCAGGAGAGCAATTGGAGGAAGCTGGAAGAAGAAGGG
TTTCACCAGTTTTTGGAAGCAGATGATAGCTTTCTCGTTTTCTCACAGGCCACTTCAATT
TGTAAACTGTGTCTCTAATCTCTTTTCACTTCCATATACTTAACCTTTTTATATGCAAAT
GTAAACAAATAATTTGGTTGAACTTTTCATTTGCATGGGAAATGTAAGG

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3A371TF 699 0 0
GTGTGTTGGAATGGCGTCGCTGCAAAGCTCAGGGATGTTGACGAAAGAGCAGATGGTTTA
TCTCTTTGATCGATTCGATTACTTGACCTCTCAATCTGATGTGAAGAAAAGAATCTCCGA
CGCCGTTGAAGATAAACAGGAAGCTGTAGCGGTCACAACTGCAATTCAAGAGGAGATATT
CTTGGAGATGGGAATTGACCCAGGATTTGGTATTGGATGCTTGGGAAAGCTCAACTCTGC
GTTTGAAAACGATAAAGAGTTGATGATTGGTTTCTACAAGTTTCTCGCTAAGGAGGAGAT
GGCGTGTGAAGAAGCTGAGCTTGGACCAGATGGATTTGAACAGAAGATGGAAGCACAACA
GCAATTACATGAACAGCAACTGGAGATGCTAAAGTATATGCGTAAGTTTCCTCTGGATGG
CCAATCTGCTATCCTTAAAAAGCTTCAGAAGCAACTAGAGAATGCGGATCTCGAGCCTGA
GGCATCCCTTTTGTCAGGAGAGCAATTGGAGGAAGCTGGAAGAAGAAGGGTTTCACCAGT
TTTTGGAAGCAGATGATAGCTTTCTCGTTTTCTCACAGGCCACTTCAATTTGTAAACTGT
GTCTCTAATCTCTTTTCACTTCCATATACTTAACCTTTTTATATGCAAATGTAAACAAAT
AATTTGGTTGAACTTTTCATTTGCATGGGAAATGTAA
AG

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL3859Contig1 762 2 9 U
GCAAGGATGAGAGTTATCTCAGGAGGGTGATTATGCCTCTTGAGGTGATATTGACGAGTT
ACAAGAGGCTTGTTGTGAAGGACTCTGCTGTTAATGCGATTTGCTATGGTGCTAAGCTGA
TGATTCCTGGGTTGTTGAGGTTTGAGAATGATGTTGATGTTGGTACTGAGGTTGTTTTGA
TGACGACTAAAGGTGAGGCGATTGCTGTTGGGATCGCTGAGATGACGACGTCGGTGATGG
CTACGTGTGACCATGGTGTGGTGGCTAAGATTAAGCGGGTGGTGATGGATAGAGATACTT
ACCCGAGGAAGTGGGGGTTGGGGCCCAGAGCTTCGATGAAGAAGAAGCTTATTGCTGATG
GGAAGTTGGATAAGCACGGGAAGCCGAATGAGAAAACGCCTGTTGAGTGGAGCAGGAATG
TTGTTTTGCCTACTGGTGGTGATGCTATGGTCGCTGGTGCTGCTGCCGCTCCTGAGAAGG
TTGAGGCTGAGAGTGGAGAAGTGCGCAAGCGTAAGCTTGATGAGAGCAGTGACAGCCCTG
CGCCTGTGTCTACCAAGAAAGCCAAAACAAAAGAGGTTGAGGTTGAAGAGAAGGTGAAGT
CTGAGAAAAAGGAGAAGAAGAAAAAGAAGGACAAGGAGGAGGATAAAGAAGAGTTGGCAA
CACCAAAGTCTGAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGAGCAAGGAGACAGATGAAGCTGCTGCTG
CGGTTAATGGCGAAGATGAATCACCAGCAGAGAAGAGTGAGT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV50TF U 1
AF RR3BV50JQ C 1
BS 1 1 RR3BV50JQ
BS 2 609 RR3BV50TF
BS 610 610 RR3BV50JQ
BS 611 624 RR3BV50TF
BS 625 625 RR3BV50JQ
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BS 660 660 RR3BV50JQ
BS 661 678 RR3BV50TF
BS 679 762 RR3BV50JQ

RD RR3BV50TF 678 0 0
G
CAAGGATGAGAGTTATCTCAGGAGGGTGATTATGCCTCTTGAGGTGATATTGACGAGTTA
CAAGAGGCTTGTTGTGAAGGACTCTGCTGTTAATGCGATTTGCTATGGTGCTAAGCTGAT
GATTCCTGGGTTGTTGAGGTTTGAGAATGATGTTGATGTTGGTACTGAGGTTGTTTTGAT
GACGACTAAAGGTGAGGCGATTGCTGTTGGGATCGCTGAGATGACGACGTCGGTGATGGC
TACGTGTGACCATGGTGTGGTGGCTAAGATTAAGCGGGTGGTGATGGATAGAGATACTTA
CCCGAGGAAGTGGGGGTTGGGGCCCAGAGCTTCGATGAAGAAGAAGCTTATTGCTGATGG
GAAGTTGGATAAGCACGGGAAGCCGAATGAGAAAACGCCTGTTGAGTGGAGCAGGAATGT
TGTTTTGCCTACTGGTGGTGATGCTATGGTCGCTGGTGCTGCTGCCGCTCCTGAGAAGGT
TGAGGCTGAGAGTGGAGAAGTGCGCAAGCGTAAGCTTGATGAGAGCAGTGACAGCCCTGC
GCCTGTGTCTACCAAGAAAGCCAAAACAAAAGAGGTTGAGGTTGAAGAGAAGGTGAAGTC
TGAGAAAA*GGAGAAGAAGAAAA*GAAGGACAAGGAGGAGGATAAAGAAGAGTTGGCA*C
ACCAAAGTCTGAGAAGA

QA 2 678 2 678
DS 

RD RR3BV50JQ 762 0 0
GCAAGGATGAGAGTTATCTCAGGAGGGTGATTATGCCTCTTGAGGTGATATTGACGAGTT
ACAAGAGGCTTGTTGTGAAGGACTCTGCTGTTAATGCGATTTGCTATGGTGCTAAGCTGA
TGATTCCTGGGTTGTTGAGGTTTGAGAATGATGTTGATGTTGGTACTGAGGTTGTTTTGA
TGACGACTAAAGGTGAGGCGATTGCTGTTGGGATCGCTGAGATGACGACGTCGGTGATGG
CTACGTGTGACCATGGTGTGGTGGCTAAGATTAAGCGGGTGGTGATGGATAGAGATACTT
ACCCGAGGAAGTGGGGGTTGGGGCCCAGAGCTTCGATGAAGAAGAAGCTTATTGCTGATG
GGAAGTTGGATAAGCACGGGAAGCCGAATGAGAAAACGCCTGTTGAGTGGAGCAGGAATG
TTGTTTTGCCTACTGGTGGTGATGCTATGGTCGCTGGTGCTGCTGCCGCTCCTGAGAAGG
TTGAGGCTGAGAGTGGAGAAGTGCGCAAGCGTAAGCTTGATGAGAGCAGTGACAGCCCTG
CGCCTGTGTCTACCAAGAAAGCCAAAACAAAAGAGGTTGAGGTTGAAGAGAAGGTGAAGT
CTGAGAAAAAGGAGAAGAAGAAAAAGAAGGACAAGGAGGAGGATAAAGAAGAGTTGGCAA
CACCAAAGTCTGAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGAGCAAGGAGACAGATGAAGCTGCTGCTG
CGGTTAATGGCGAAGATGAATCACCAGCAGAGAAGAGTGAGT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 3

CO CL3860Contig1 850 3 6 U
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CCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTACGAGATGGGAAGGCAGC
CAGCCAACACCAAGTTGTCAAGCAACAAGACGGTGAGAAGAATCCGAGTCCGTGGAGGTA
ACGTCAAGTGGCGCGCGTTGAGGCTCGACACCGGTAACTACTCGTGGGGAAGTGAAGCTG
TTACCCGCAAGACCAGGGTTCTTGATGTCGTCTACAACGCTTCCAACAATGAGCTCGTCA
GGACCAAGACTCTTGTTAAGAGTGCTATTGTTCAGGTCGATGCCGCTCCTTTCAAGCAGT
GGTACTTGCAGCATTACGGAGTTGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAGTGCTGCTTCTGTCG
CCGCCAAGAAGGACGGAGAGGAAGGTGAAGAAGCTGCTCCAGCTGCTGCCGCTCCTGAGG
AGACCAAGAAGAGTAACCACGTCTTGAGGAAGATCGAGAGCCATCAAGAGGGACGCAGCC
TTGATTCCCACATCGAGGATCAATTCGCTAGCGGACGTCTGTTGGCTTGCATCTCATCTA
GGCCAGGCCAGTGTGGACGTGCCGATGGATACATTCTGGAAGGCAAAGAGCTAGAGTTTT
ACCAGAAGAAGATCCAGAAGAAGAAGGGAAAGGGTGCCGCTTAAAAGCTTCACTTTTTTA
CTTTCAAACTTTTTTTTTTGTTTTATCATCAAACATGTTTTGAGTTTCAGTTTCTACTAT
TGTCTGAGAACCCGAGATGCTTTTGGATTAGCTTGCAATGATATTTCATAAACTACCCCA
TCAGTTAATT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G889TF U 3
AF RR3AU96TF U 1
AF RR3AU96JQ C 264
BS 1 174 RR3AU96TF
BS 175 175 RR3G889TF
BS 176 211 RR3AU96TF
BS 212 212 RR3G889TF
BS 213 641 RR3AU96TF
BS 642 850 RR3AU96JQ

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GCCAACACCAAGTTGTCAAGCAACAAGACGGTGAGAAGAATCCGAGTCCGTGGAGGTAAC
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TACTTGCAGCATTACGGAGTTGAGGTTGGTCGCAATAAGAAGAGTGCTGCTTCTGTCGCC
GCCAAGAAGGACGGAGAGGAAGGTGAAGAAGCTGCTCCAGCTGCTGCCGCTCCTGAGGAG
ACCAAGAAGAGTAACCACGTCTTGAGGAAGATCGAGAGCCGTCAAGAGGGACGCAGCCTT
GATTCCCACATCGAGGATCAATTCGCTAGCGGACGTCTGTTGGCTTGCATCTCAT
C

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DS 

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CCACTGGAGGCAAGCAGAAGGGATGGAGGAAGAAGCGAAAGTACGAGATGGGAAGGCAGC
CAGCCAACACCAAGTTGTCAAGCAACAAGACGGTGAGAAGAATCCGAGTCCGTG*AGGTA
ACGTCAAGTGGCGCGCGTTGAGGCTCGACACTGGTAACTACTCGTGGGGAAGTGAAGCTG
TTACCCGCAAGACCAGGGTTCTTGATGTCGTCTACAACGCTTCCAACAATGAGCTCGTCA
GGACCAAGACTCTTGTTAAGAGTGCTATTGTTCAGGTCGATGCCGCTCCTTTCAAGCAGT
GGTACTTGCAGCATTACGGAGTTGAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAGTGCTGCTTCTGTCG
CCGCCAAGAAGGACGGAGAGGAAGGTGAAGAAGCTGCTCCAGCTGCTGCCGCTCCTGAGG
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TTGATTCCCACATCGAGGATCAATTCGCTAGCGGACGTCTGTTGGCTTGCATCTCATCTA
GGCCAGGCCAGTGTGGACGTGCCGATGGATACATTCTGGAA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3AU96JQ 587 0 0
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GCTATTGTTCAGGTCGATGCCGCTCCTTTCAAGCAGTGGTACTTGCAGCATTACGGAGTT
GAGGTTGGTCGCAAGAAGAAGAGTGCTGCTTCTGTCGCCGCCAAGAAGGACGGAGAGGAA
GGTGAAGAAGCTGCTCCAGCTGCTGCCGCTCCTGAGGAGACCAAGAAGAGTAACCACGTC
TTGAGGAAGATCGAGAGCCATCAAGAGGGACGCAGCCTTGATTCCCACATCGAGGATCAA
TTCGCTAGCGGACGTCTGTTGGCTTGCATTTCATTTAGGCCAGGCCAGTGTGGACGTGCC
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AAGGGAAAGGGTGCCGCTTAAAAGCTTCACTTTTTTACTTTCAAACTTTTTTTTTTGTTT
TATCATCAAACATGTTTTGAGTTTCAGTTTCTACTATTGTCTGAGAACCCGAGATGCTTT
TGGATTAGCTTGCAATGATATTTCATAAACTACCCCATCAGTTAATT

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

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AGCTGAAATCGCCGAATTCCGTTTCCGAGTTCTCATAAAAACCGAACCTTTTTAGCTGTC
ACTACCTGAATCGGAGGTTGTTGTTGTTGTTTGAGATAAGATGGTGGGTGGTGGAAACAG
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GGAGCCTGAGCCGCAGGTCTTCTGGTCTCCTACGCCTCTCAAAGCCAAGGCTTGGGCGGA
TATCGACAGCGACGATGAAGATGATGACTATTTCGCCACCACTGCTCCTCCCAAGGCCTT
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ACCACCCAAGGAGCCAGAGAGGCAGCTTTCCAAGAAAGAGCTGAAACAGAAGGAACTTGC
TGAGTTTGAGGCTTTGTTAGCAGATTTTGGAATTGCACCCAAGGAGAATAATGGCGGCCA
AGAAAACTCTCAAGATAAGCAAGAGAAGAAGGAAGCCAATGGAGAGGGAGAGAAGAAGGA
GAACGCAGGCGGGGAATCAAAGGCCTCGAAGAATAAGAAAAAGAAGAATAAACAGAAGGA
GGTAAAAGAATCTCAGGATGAAGTGAAGAGCAACTCAGATGCTGCTGCAGGTGAGTCCGT
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GATAGCATCGATGAAGAAGAAGAAATCAAGCAAAGAGACGGATGCTGGTGCTAAAGTTGC
TGCACAAGAAGCAGCTGCGAGGAAGGCAAAGCTGGCTGCGGAGAAGAAGAAGAAAGAGAA
GAGTCACTACAATCAGCAGCCAGTGAGGTGAAACCAATCACCCACTCGTTTTGAACATGT
GTTTCTTCCTTCCCTCCTTTTTGCAGGGAATGTGGTTGGGTCAGTACTTTTAGAGATATG
ACTTTTTGATCTTTTGAATTATGCTGAATACAATGCGAGACATAGACAAGATAAAAGCTC
TCTCTTTGAATTCC


BQ
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AF RR3CK87TF U 1
AF RR3CK87JQ C 460
BS 1 670 RR3CK87TF
BS 671 671 RR3CK87JQ
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BS 697 1274 RR3CK87JQ

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GAGAGACGAAGGATCGATGCCGATTCAGAACACCAACTTGTTCGCCGCTTTGGATACTCG
GAGTAAGAAGAAGAAGTCGTCGTCCGACAAGAGCAAAGGACGTCAAGATCCGGTGAAGGA
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GTGGAGTGCCTCCGAAGCGTCCCGTTCCGATGCAAAAGAGGTTCAAGTTGAGGAAAGTGA
GAGTGAAGAAGACATTCTTGACGAAGGTGATGATGATGATGATGATTTGGAGGAGGAGCA
TGAGACGCAAGTTCATCCAGAAGCAGAGCCTGAAGTGAAGAAGGCTCCTGAAGTTCCTGC
ACCACCCAAGGAGCCAGAGAGGCAGCTTTCCAAGAAAGAGCTGAAACAGAAGGAACTTGC
TGAGTTTGAG*CTTTGTTAGCAGATTTTGGAATTGC
ACCAAGAGATATGCG

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3CK87JQ 815 0 0
AAAGAGTCAGTGA
GAAAGTGAGAGTGAAGAAGACATTCT*GACGAAGGTGATGATGATGATGATGATTTGGAG
GAGGAGCATGAGACGCAAGTTCATCCAGAAGCAGAGCCTGAAGTGAAGAAGGCTCCTGAA
GTTCCTGCACCACCCAAGGAGCCAGAGAGGCAGCTTTCCAAGAAAGAGCTGAAACAGAAG
GAACTTGCTGAGTTTGAGGCTTTGTTAGCAGATTTTGGAATTGCACCCAAGGAGAATAAT
GGCGGCCAAGAAAACTCTCAAGATAAGCAAGAGAAGAAGGAAGCCAATGGAGAGGGAGAG
AAGAAGGAGAACGCAGGCGGGGAATCAAAGGCCTCGAAGAATAAGAAAAAGAAGAATAAA
CAGAAGGAGGTAAAAGAATCTCAGGATGAAGTGAAGAGCAACTCAGATGCTGCTGCAGGT
GAGTCCGTTGAGCAAGGGGGGGAGGAGGAGGCTTCTTCGTCCATGGATATCAAAGAACGG
CTAAAGAAGATAGCATCGATGAAGAAGAAGAAATCAAGCAAAGAGACGGATGCTGGTGCT
AAAGTTGCTGCACAAGAAGCAGCTGCGAGGAAGGCAAAGCTGGCTGCGGAGAAGAAGAAG
AAAGAGAAGAGTCACTACAATCAGCAGCCAGTGAGGTGAAACCAATCACCCACTCGTTTT
GAACATGTGTTTCTTCCTTCCCTCCTTTTTGCAGGGAATGTGGTTGGGTCAGTACTTTTA
GAGATATGACTTTTTGATCTTTTGAATTATGCTGAATACAATGCGAGACATAGACAAGAT
AAAAGCTCTCTCTTTGAATTCC

QA 14 815 14 815
DS 



AS 1 3

CO CL3862Contig1 678 3 2 U
GGAAAGATGGAAGGATGGGATCCGAGCACCAAATCGACCCTAACGAGAATCCCTCTTCTA
ACCACAAAGGCGGGACCACGAGACGGCGACGCATGGAAGCAGAGGCTGAAAGAAGAGTAC
AAATCTCTGATCGCGTACACCCAGATGAACAAGTCCAACGACAACGACTGGTTCCGCATC
TCCGCCTCCAATCCCGAAGGCACCCGCTGGACCGGCAAGTGCTGGTACGTTCACAACCTC
CTCAAGTACGAGTTCGATCTCCAATTCGATATCCCCATCACGTACCCCGCCACTGCTCCC
GAGCTTGAGTTGCCTGAGATTGACGGCAAAACACAAAAGATGTATCGAGGTGGGAAGATT
TGTCTGACTGTGCATTTCAAGCCGCTCTGGGCTAAAAACTGCCCTAGGTTTGGTGTAGCG
CATGCACTTTGTTTGGGGCTCGCTCCGTGGCTTGCTGCAGAGATTCCAATTCTTGTGGAC
TCGGGTATGATTAAGCACAAAGATGACGCTACCTCATCTGCGGAATCTTAGTCTGTTTAA
CCTGTTTATCAATCTCAGAGTGAGGTGTTTATGTTTAATCAGTAATAGCTGAACTCAGAA
ATGACTAAGGTGGATGCGTCTACCCTGTAAAACATTTACATGAAACCAAATAATAAAGAT
TTAAGCTATTGCAATGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H415TF U 1
AF RR3H415JQ C 225
AF RR3F967TF U 563
BS 1 605 RR3H415TF
BS 606 678 RR3F967TF

RD RR3H415TF 605 0 0
GGAAAGATGGAAGGATGGGATCCGAGCACCAAATCGACCCTAACGAGAATCCCTCTTCTA
ACCACAAAGGCGGGACCACGAGACGGCGACGCATGGAAGCAGAGGCTGAAAGAAGAGTAC
AAATCTCTGATCGCGTACACCCAGATGAACAAGTCCAACGACAACGACTGGTTCCGCATC
TCCGCCTCCAATCCCGAAGGCACCCGCTGGACCGGCAAGTGCTGGTACGTTCACAACCTC
CTCAAGTACGAGTTCGATCTCCAATTCGATATCCCCATCACGTACCCCGCCACTGCTCCC
GAGCTTGAGTTGCCTGAGATTGACGGCAAAACACAAAAGATGTATCGAGGTGGGAAGATT
TGTCTGACTGTGCATTTCAAGCCGCTCTGGGCTAAAAACTGCCCTAGGTTTGGTGTAGCG
CATGCACTTTGTTTGGGGCTCGCTCCGTGGCTTGCTGCAGAGATTCCAATTCTTGTGGAC
TCGGGTATGATTAAGCACAAAGATGACGCTACCTCATCTGCGGAATCTTAGTCTGTTTAA
CCTGTTTATCAATCTCAGAGTGAGGTGTTTATGTTTAATCAGTAATAGCTGAACTCAGAA
ATGAC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3H415JQ 454 0 0
GTACGTTCACAACCTCCTCAAGTAGGAGTTCGATCTCCAATTCGATATCCCCATCACGTA
CCCCGCCACTGCTCCCGAGCTTGAGTTGCCTGAGATTGACGGCAAAACACAAAAGATGTA
TCGAGGTGGGAAGATTTGTCTGACTGTGCATTTCAAGCCGCTCTGGGCTAAAAACTGCCC
TAGGTTTGGTGTAGCGCATGCACTTTGTTTGGGGCTCGCTCCGTGGCTTGCTGCAGAGAT
TCCAATTCTTGTGGACTCGGGTATGATTAAGCACAAAGATGACGCTACCTCATCTGCGGA
ATCTTAGTCTGTTTAACCTGTTTATCAATCTCAGAGTGAGGTGTTTATGTTTAATCAGTA
ATAGCTGAACTCAGAAATGACTAAGGTGGATGCGTCTACCCTGTAAAACATTTACATGAA
ACCAAATAATAAAGATTTAAGCTATTGCAATGTT

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR3F967TF 116 0 0
AGGTGTTTATGTTTAATCAGTAATAGCTGAACTCAGAAATGACTAAGGTGGATGCGTCTA
CCCTGTAAAACATTTACATGAAACCAAATAATAAAGATTTAAGCTATTGCAATGTT

QA 1 116 1 116
DS 



AS 1 2

CO CL3863Contig1 919 2 6 U
GTGAAGTAACGAATAATAATTTGACTTAAAATGTTTGTACTGAAATTTGTTAGACAAAAC
TACTGGCTAACCGTTTGATGTGAAAAAAACTATTATCAAAAGTTAAGTTGGACGTTTAGT
TTTTGATTAAAATTAAATGTCGTCATGCATCCGCCACTGGGTGGATTCACCATAGCCGAT
TCCAAATTAACAACAACGTTTGGATATTCAGCGTCATGGTCTGTGTCATGGTCATGGAAC
AGGGCCTGAGCTTCCGGATTCTCACATGTACTCGGCGAATGGACCATCCGGCCTAGGAGG
GACGAGAGACATTCCAAGACCTTGGAAACACTTTCCGGCAGTCATCTCCAACAAAGGATC
TTCGAAAAAGTAACTACAACATATCTGATCAACGCGAGCCTTGAGCTCAGCCAGCGAGCC
TCCTTCATTTAGAATCTTCTCACCAGTTTTACAAATGTAGGAGCTCAGTGCATCGTTGAT
ATGACCCACTAAATCCGCCTGGGAGAAGAGATTATACATCCTATAAAGTCCCTCACAGTG
TCTATCATCCATTAGCTTCGCAAAACCTTTTTTCCCTGTTGACAACTTCAAGCAGCTCAT
CCTCGAACTTAGAGAAAAAGGGGAAGATTCTGCATTTTTCCTTCTCCTCACAAACCCTTT
GATGGACATGTTTCAAGTAGTGGGGAAGATCAGAAGACTGTTCCAGGACATGTTTTGCTT
CTGCGGCGTAAAACTCAGCAGTGGAGTCAAGAAAAGGCTTTTCTAAGAAGCCCGCGAAAA
CCGATGATGAATTAAGCATAAGCAAAAGATTCTTTAGCAGACTCACGTTAACAGACTTGC
CTAGTCTTTGATCCTTAATGAAAAGTAGAATGCTGGTTCGATCTTGTCACAAACTTGAGA
GAACAAAGAGAGCTTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER93JQ U 1
AF RR3GI67JQ U 135
BS 1 272 RR3ER93JQ
BS 273 273 RR3GI67JQ
BS 274 485 RR3ER93JQ
BS 486 486 RR3GI67JQ
BS 487 507 RR3ER93JQ
BS 508 919 RR3GI67JQ

RD RR3ER93JQ 507 0 0
GTGAAGTAACGAATAATAATTTGACTTAAAATGTTTGTACTGAAATTTGTTAGACAAAAC
TACTGGCTAACCGTTTGATGTGAAAAAAACTATTATCAAAAGTTAAGTTGGACGTTTAGT
TTTTGATTAAAATTAAATGTCGTCATGCATCCGCCACTGGGTGGATTCACCATAGCCGAT
TCCAAATTAACAACAACGTTTGGATATTCAGCGTCATGGTCTGTGTCATGGTCATGGAAC
AGGGCCTGAGCTTCCGGATTCTCACATGTACTTGGCGAATGGACCATCCGGCCTAGGAGG
GACGAGAGACATTCCAAGACCTTGGAAACACTTTCCGGCAGTCATCTCCAACAAAGGATC
TTCGAAAAAGTAACTACAACATATCTGATCAACGCGAGCCTTGAGCTCAGCCAGCGAGCC
TCCTTCATTTAGAATCTTCTCACCAGTTTTACAAATGTAGGAGCTCAGTGCATCGTTGAT
ATGACTCACTAAATCCGCCTGGGAGAA

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR3GI67JQ 785 0 0
AAATGTCGTCATGCATCCGCCACTGGGTGGATTCACCATAGCCGATTCCAAATTAACAAC
AACGTTTGGATATTCAGCGTCATGGTCTGTGTCATGGTCATGGAACAGGGCCTGAGCTTC
CGGATTCTCACATGTACTCGGCGAATGGACCATCCGGCCTAGGAGGGACGAGAGACATTC
CAAGACCTTGGAAACACTTTCCGGCAGTCATCTCCAACAAAGGATCTTCGAAAAAGTAAC
TACAACATATCTGATCAACGCGAGCCTTGAGCTCAGCCAGCGAGCCTCCTTCATTTAGAA
TCTTCTCACCAGTTTTACAAATGTAGGAGCTCAGTGCATCGTTGATATGACCCACTAAAT
CCGCCTGGGAGAAGAGATTATACATCCTATAAAGTCCCTCACAGTGTCTATCATCCATTA
GCTTCGCAAAACCTTTTTTCCCTGTTGACAACTTCAAGCAGCTCATCCTCGAACTTAGAG
AAAAAGGGGAAGATTCTGCATTTTTCCTTCTCCTCACAAACCCTTTGATGGACATGTTTC
AAGTAGTGGGGAAGATCAGAAGACTGTTCCAGGACATGTTTTGCTTCTGCGGCGTAAAAC
TCAGCAGTGGAGTCAAGAAAAGGCTTTTCTAAGAAGCCCGCGAAAACCGATGATGAATTA
AGCATAAGCAAAAGATTCTTTAGCAGACTCACGTTAACAGACTTGCCTAGTCTTTGATCC
TTAATGAAAAGTAGAATGCTGGTTCGATCTTGTCACAAACTTGAGAGAACAAAGAGAGCT
TTGTG

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 3

CO CL3864Contig1 736 3 7 U
GGATGAAAGGCTTAGAAATGGTGGTGACGTCTTTCTCTTCAACGCCGCCTATCTTCTTCT
CCCTTGGAGCTGCTGATCCTCAAGTTTCTTCTTCTCTTTTCCGTGGAAGCTTTACGATTC
CGTTGACTCCTTATTCCTCTTCTCTACTAAAGGGACTAAGAAGACACCAAGATGCAACAA
GAACCAGAGGTGGAGGAGCAGTTCGAGTCCTAGCTAATCCAAATGCATCATCTCCTCCTC
CAGGAAAAGTAAAGGCAAAAAAGGAGGTAATCATGGTAGACCCTCTTGAGGCCAAGCGAT
TAGCAGCGAAGCAAATGGAAGTGATCAAAGGCAGAGAGAGGGAACAGAGAAGGCGTGAAA
TAGAGGCTATTAACGGAGCCTGGGCAATCATAGGATTCACCATAGGCCTTATAATCGAAG
CCCAAACTGGGAAGGGTATCTTGGCTCAGTTGGTTGGTTATTGGTCTGCGCTTCTGCATC
TATTCACTCCATCAACATAGCCATCTCCCAACAATCCTAAGAAGAGTACATGAATTATAT
ACGTAAATGAAGCGAAACAATGTTGCAGATGTGTTTGGTCTTATCTTATCTGTGAAGTAT
AAAAATGATGCTTCTCCTTGGCAAAGAGCATTCAGCAAAAGACATAAACAGTTAAAAAAA
TTTAATAATAGAGTTACAAAGATAATTAACTGTACATGTTTTATTTACAAATCTCCAGAA
TTAATGTTTATAGTAT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB26JQ C 1
AF RR3EB26TF U 1
AF RR3CA25TF U 1
BS 1 174 RR3CA25TF
BS 175 175 RR3EB26TF
BS 176 252 RR3CA25TF
BS 253 256 RR3EB26TF
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BS 397 736 RR3CA25TF

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QA 1 566 1 566
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ACGTAAATGAAGCGAAACAATGTTGC

QA 1 566 1 566
DS 

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TATTCACTCCATCAACATAGCCATCTCCCAACAATCCTAAGAAGAGTACATGAATTATAT
ACGTAAATGAAGCGAAACAATGTTGCAGATGTGTTTGGTCTTATCTTATCTGTGAAGTAT
AAAAATGATGCTTCTCCTTGGCAAAGAGCATTCAGCAAAAGACATAAACAGTTAAAAAAA
TTTAATAATAGAGTTACAAAGATAATTAACTGTACATGTTTTATTTACAAATCTCCAGAA
TTAATGTTTATAGTAT

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CC41TF U 1
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BS 714 720 RR3CC41JQ

RD RR3CC41TF 720 0 0
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TCTCAACCGTCTAGGTATGACGTGTTCCGAAGAAGACTGCGTGAGAATGATCGGGCGTGT
TGACACTGACGGCGACGGAAACGTTAACTTCGAGGAGTTCAAGAAGATGATGTCGTCACC
TGAACTGCTCAACAAGCAAGGATCCGCCTAGGGTTCCGATTCGCCCTAATTTTTATGTTG
GATAATGAGATCCATGGTTACATATATATAATATTGTATGCTACTTGTTTACATTTCTAG
GTTAACAAACAAATCGTTCTCTTCCTATATATGGAATGAGGAACGTCTTACCTGTGCAAG
TATGATTGCTTGCTGTTTAAGCAATCGATAAACATATTTAAACTTCAGTTTTT
AGTGTCC

QA 1 713 1 713
DS 

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GATCCACAAGGTTCTCAACCGTCTAGGTATGACGTGTTCCGAAGAAGACTGCGTGAGAAT
GATCGGGCGTGTTGACACTGACGGCGACGGAAACGTTAACTTCGAGGAGTTCAAGAAGAT
GATGTCGTCACCTGAACTGCTCAACAAGCAAGGATCCGCCTAGGGTTCCGATTCGCCCTA
ATTTTTATGTTGGATAATGAGATCCATGGTTACATATATATAATATTGTATGCTACTTGT
TTACATTTCTAGGTTAACAAACAAATCGTTCTCTTCCTATATATGGAATGAGGAACGTCT
TACCTGTGCAAGTATGATTGCTTGCTGTTTAAGCAATCGATAAACATATTTAAACTTCAG
TTTTTAGTGTCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 3

CO CL3866Contig1 760 3 2 U
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ATTTGTGCGTTTTCTCAAACACTCACCATTTTCTAAATAAAGAACACACCCAACGAAAAT
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AAAAAAGTAGAAAAACCCTTATTATATCGAGGGGGATAAGTACGTCACAACAGAAACCAT
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ATACAAGGCCTCTTGAGCGGCCTTAACGTTCTCCTCTTTACCTGCCCATGTCTTCAAAGT
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CAAAGTTCCCTCGAGCAAGACGTGGTGGTCGCTAAGAGCCTTGTAGCAAGCAGCAAGGAC
ACGCTCAGTGACGGCAGCGCACTTATGGATATCATGTGAT


BQ
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AF RR3BW01JQ U 1
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C

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DS 

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ATTTGTGCGTTTTCTCAAACACTCACCATTTTCTAAATAAAGAACACACCCAACGAAAAT
CAAAACACAAATCGAAAAGAAAAATCGAAAAAAACATTGTTACTCCGATATTGTCAAGCA
AAAAAAGTAGAAAAACCCTTATTATATCGAGGGGGATAAGTACGTCACAACAGAAACCAT
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AAGCTTAGCATCACCATTGTATGTTCCGAGCGTGGCTTCAGAGTTAGCCTTGCACCTCAC
ATACAAGGCCTCTTGAGCGGCCTTAACGTTCTCCTCTTTACCTGCCCATGTCTTCAAAGT
ACTCTGCTGCAACGCACGTCCGAAAGAGAAAGACAATGACCACGGCTTCTTGGTCTTCAA
CTGGTTCATCGCGTTCAAGTTCTTGGTCGCCTCCTCCTCGCTCTGTCCTCCAGACAAGAA
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C

QA 1 589 1 589
DS 

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GG
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ATTTTCTAAATAAAGAACACACCCAACGAAAATCAAAACACAAATCGAAAAGAAAAATCG
AAAAAAACATTGTTACTCCGATATTGTCAAGCAAAAAAAGTAGAAAAACCCTTATTATAT
CGAGGGGGATAAGTACGTCACAACAGAAACCATTGACGACGACTCTCAGTACTTGTAGTC
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GATATCATGTGAT

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DS 



AS 1 3

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AATGGCAACTCGAGTGGCTGGATCACTCTGTCTCGCAACTGGCCTGGGACATGAGATGAT
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CATGCGCTGGGTGAAGAATCTTGAGAGGTCGTACTTCAAAATGTGGAACCTCCATTGCTC
TGGACAGAAGCCTCAGCACTTCAAAGTAGTGGAAAACGACATGGAGTTCCCACACGACAG
ATAAAACAAAATGAGGGGGAAAGAAAATTGAGAGCATAAACAAGATTTCACTCGGCATTG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AS79TF U 1
AF RR3G924TF U 186
AF RR3AS79JQ C 564
BS 1 324 RR3AS79TF
BS 325 325 RR3G924TF
BS 326 354 RR3AS79TF
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BS 751 751 RR3AS79JQ
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BS 883 1359 RR3AS79JQ

RD RR3AS79TF 713 0 0
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GAGACAGCGTACCCAGTCAGAAGCTGAGCATTTCCTGGACGTTTCTGCTATGTCGTCCGA
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TATGGGCTTCCCGGGTACAACTGGAGCAACCTACATCGACTATTTAGTGACTGATGAGTT
TGTGTCTCCTCTGCAATATGCACATATTTACTCAGAGAAGCTTGTCCATCTTCCTCACTG
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GAAGAGATCTGACTATGGACTACCTGAAGATAAATTCATCTTTGGATGCTTCAACCAACT
GTACAAAATGGATCCTGAGATCGTCAATACTTGGTGCAACGTTCTTAAAAGAGTACCCAA
CAGTGCTCTTTGGCTTCTCCGTTTCCCTGCAGCTGGAGAGATGAGGTTTCGCGCATATGC
TGCTGCTCAAGGAGTGCAGGCTGATCAGATTATCTTCACGGATGTTGCCATGAAGAATGA
GCATATAAAGCGAAGTGTACTTGCAGATGTAATCCTCGACACGCCTCTGTGTA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3G924TF 697 0 0
GGGGG
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ATCCTTTAGATCCCAATGTTATATCACAAAAACAAACAAACATTCCATATCAGTGTGTAA
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QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 3

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CCAACCCTTATCCGTAACGAGCCCGTTCTCGCTGCTCCTGCTCCTATCATCACCCCTTAC
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CTCATCGAGAAGGAAGAGCTAAAGACGGTAGCGGCCGCTAAGGTGGAGCAGATCACGGCA
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CTCGCCAAGGGTCAAAGCCCTAAGTACATGGTGTTTGCTTGTTCAGACTCACGTGTGTGT
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AAGGGACTTATGTCTTTCCCCTTAGATGGAAACAACTCTACTGATTTCATAGAGGACTGG
GTCAAAATCTGTTTACCAGCCAAGTCAAAGGTCAAATCAGAATTTGGAGATTCAGCCTTT
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TTATTTAATAATTAAAAAATGAATATCTCTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H152TF U 1
AF RR3GA37TF U 82
AF RR3H152JQ C 511
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ATGGTTCCTC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3GA37TF 795 0 0
GG
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TCAAAT

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DS 

RD RR3H152JQ 723 0 0
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GGTGGAGTTGGAGCAGCCATTGAATACGCTGTTTTGCACCTTAAGGTGGAGAACATTGTG
GTGATAGGACACAGTGCTTGTGGTGGGATCAAGGGACTTATGTCTTTCCCCTTAGATGGA
AACAACTTTACTGATTTCATAGAGGACTGGGTCAAAATCTGTTTACCAGCCAAGTCAAAG
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GCAGTGAATGTTTCACTAGCAAACTTATTGACATATCCATTTGTGAGAGAAGGACTTGTA
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TGGGGACTTGAGTTTGGCCTTTCCGAAACTAGCTCTGTTAAAGATGTGGCTACCATACTA
CATTGGAAGCTGTAGGAACTCTTTGAAGCCTTTGCTTTGTCCCATTCACATGGAAATGTC
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AGT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

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TGGATGCTCTCAAGGTCTTAGTTGATGTAAGAAACCATCCCATTCTCATACACTGCAAAG
CCGGAAAGCATCGGACAGGTTGTTTGGTGGGATGCTTAAGAAAAGTTCAGAGCTGGTGTT
TATCGTCGGTTCTCGAGGAATACCAGAAGAACGCTGGTGTGAAGTGGAGACAAAGGGATA
TGAATTTCATTGAGGCCTTTGATACCCTGAGCTTGAGGCAATGTCTATTGAGCACTATGT
ATCGTTATCACGGTTATGGATTTAAGAGGAAAAGGTTGCTCCATGAAGAAGAAAATGTCC
AGACGCCCAAACCTCAGGCTGCCAAAGTTTGAAAATGAGAGCTAACCAAGTGGGGATATG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CG28TF U 1
AF RR3CG28JQ C 186
BS 1 634 RR3CG28TF
BS 635 635 RR3CG28JQ
BS 636 670 RR3CG28TF
BS 671 671 RR3CG28JQ
BS 672 677 RR3CG28TF
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BS 679 694 RR3CG28TF
BS 695 695 RR3CG28JQ
BS 696 706 RR3CG28TF
BS 707 707 RR3CG28JQ
BS 708 726 RR3CG28TF
BS 727 728 RR3CG28JQ
BS 729 743 RR3CG28TF
BS 744 882 RR3CG28JQ

RD RR3CG28TF 747 0 0
CTATAAAAGGAGAATCCTTTCTTCTCTCTCAAAAAATCAATTATTTGCTCTGTTTCTCTT
CTGATCCTCAAATGTGTTTGATTATGGAAGCGGCGGATGATCACGTCGACGGTGGTGGTG
TTTTAGTTGCGCCGTCGAACTTCTCGATGGTTGAAGACGGGATTTACCGATCCGGGTTTC
CTAAACCGGAGAATTTCGGTTTCCTCACTACCCTAAATCTTCGTTCCATCATATATCTTT
GTCCTGAACCATACCCAGAGGAGAATCTCAAGTTTCTTGAGGCTAACAACATTAAACTTT
TTCAATTTGGAATCGAAGGCAAAACGGATCCTCCAACTCCCATGCCAAAAGATACAGTTT
TGGATGCTCTCAAGGTCTTAGTTGATGTAAGAAACCATCCCATTCTCATACACTGCAAAG
CCGGAAAGCATCGGACAGGTTGTTTGGTGGGATGCTTAAGAAAAGTTCAGAGCTGGTGTT
TATCGTCGGTTCTCGAGGAATACCAGAAGAACGCTGGTGTGAAGTGGAGACAAAGGGATA
TGAATTTCATTGAGGCCTTTGATACCCTGAGCTTGAGGCAATGTCTATTGAGCACTATGT
ATCGTTATCACGGTTATGGATTTAAGAGGAAAAG*TTGCTCCATGAAGAAGAAAATGTCC
AGACGCCCAA*CCTCAG*CTGCCAAAGTTTGAAA*TGAGAGCTAAC*AAGTGGGGATATG
GTTCAG**TTTAATTTGAGACGC
ATTC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3CG28JQ 697 0 0
CCGGAGAATTTCGGTTTCCTCACTACCCTAAATCTTCGTTCCATCATATATCTTTGTCCT
GAACCATACCCAGAGGAGAATCTCAAGTTTCTTGAGGCTAACAACATTAAACTTTTTCAA
TTTGGAATCGAAGGCAAAACGGATCCTCCAACTCCCATGCCAAAAGATACAGTTTTGGAT
GCTCTCAAGGTCTTAGTTGATGTAAGAAACCATCCCATTTTCATACACTGCAAAGCCGGA
AAGCATCGGACAGGTTGTTTGGTGGGATGCTTAAGAAAAGTTCAGAGCTGGTGTTTATCG
TCGGTTCTCGAGGAATACCAGAAGAACGCTGGTGTGAAGTGGAGACAAAGGGATATGAAT
TTCATTGAGGCCTTTGATACCCTGAGCTTGAGGCAATGTCTATTGAGCACTATGTATCGT
TATCACGGTTATGGATTTAAGAGGAAAAGGTTGCTCCATGAAGAAGAAAATGTCCAGACG
CCCAAACCTCAGGCTGCCAAAGTTTGAAAATGAGAGCTAACCAAGTGGGGATATGGTTCA
GGTTTTAATTTGAGACGCCATTCATAGGATGATAAGTTAGTCTTTGTCAAGATTCATAAA
TAGTGGTTTGATACCTTTTTAGCAATAGAATTGTACAGAAAGGCATGAGAGGTCAATTAA
CTCCATGACCACTAATGCCTAAGTTACTTTATCTTTT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL3870Contig1 1020 2 12 U
GGATCCAATACTTCTTGTATTTGCTTCCATCTGATCCAACTATGGCTTATTCAGCTCCAT
CCCTATCCCTATCCGTCTCCAAAACCCCACAACTCGCCAGATTCTCGTTCGCTTTCTCCC
CGCTATTCTCTCGCCGCCCTAGGATTCAGAATCTAAGGATGCCCACCAACAAGAAGCAGC
AGAAGAAGAGATACCCGGGAGAATCGAAAGGGTTTGTGGAGGAGATGAGGTTTGTGGCGA
TGAGACTTCACACGAGAGAGCAGGCCAAGGAAGGAGAGAAAGAGACCAAATCTCCCGAGG
AACGCCCCGTCGCTAAATGGGAACCCACCGTTGAAGGCTACTTGAGGTTTTTGGTGGATA
GTAAGTTGGTTTATGACACCCTTGAAGGGATTATTCACCAATCCACTTTCCCTACTTATG
CTGAATTCAAGAACACGGGACTGGAAAGGGCAGAGAGTCTGGCAACGGATTTGAAGTGGT
TCGAAGAACAAGGATACGAGATTCCGGAACCAACTGATTCTGGTAAAACATATGCTCAGT
ATCTAAAGGATTTAGCGGAGAAAGATCCTCCTTCATTCATTTGTCACTTCTACAACATCT
ACTTTGCCCACAGCGCTGGTGGCCGAATGATTGGAAGAAAGGTAGCCGAGAGGATTCTGG
ACAATAGAGAACTCGAGTTTTACAAATGGGACGGCGAGCTTTCTGAGTTGTTGCAGAACG
TGAGGGAGAAACTGAACAAAGTTGCCGAGGAGTGGACGAGAGAAGAAAAGAATCATTGTT
TGGAAGAGACTGAGAAATCGTTCAAGTATTCTGGTGAGATACTTCGTCTCATTTTGTCCT
GATTTCTCTCTCTTTCTGTCTATAAAAGCGCTTGTGGCAAACTAAAATCCCCTGCTCAAA
AGTTTTTAATTCCTGTATCATATTTAAACAACTCGCTTCTGCTTGTTTGTATCAAACTCT
TTATTTGCTTAAAAAAGCTATTACGACGTTGGAAGTTCAGCGTTAATGTATCATAGTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D595TF U 1
AF RR3CR16JQ C 182
BS 1 286 RR3D595TF
BS 287 287 RR3CR16JQ
BS 288 301 RR3D595TF
BS 302 302 RR3CR16JQ
BS 303 439 RR3D595TF
BS 440 440 RR3CR16JQ
BS 441 466 RR3D595TF
BS 467 467 RR3CR16JQ
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BS 483 573 RR3D595TF
BS 574 1020 RR3CR16JQ

RD RR3D595TF 573 0 0
GGATCCAATACTTCTTGTATTTGCTTCCATCTGATCCAACTATGGCTTATTCAGCTCCAT
CCCTATCCCTATCCGTCTCCAAAACCCCACAACTCGCCAGATTCTCGTTCGCTTTCTCCC
CGCTATTCTCTCGCCGCCCTAGGATTCAGAATCTAAGGATGCCCACCAACAAGAAGCAGC
AGAAGAAGAGATACCCGGGAGAATCGAAAGGGTTTGTGGAGGAGATGAGGTTTGTGGCGA
TGAGACTTCACACGAGAGAGCAGGCCAAGGAAGGAGAGAAAGAGACGAAATCTCCCGAGG
AGCGCCCCGTCGCTAAATGGGAACCCACCGTTGAAGGCTACTTGAGGTTTTTGGTGGATA
GTAAGTTGGTTTATGACACCCTTGAAGGGATTATTCACCAATCCACTTTCCCTACTTATG
CTGAATTCAAGAACACGGGGCTGGAAAGGGCAGAGAGTCTGGCAACTGATTTGAAGTGGT
TTGAAGAACAAGGATACGAGATTCCGGAACCAACTGATTCTGGTAAAACATATGCTCAGT
ATCTAAAGGATTTAGCGGAGAAAGATCCTCCTT

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3CR16JQ 839 0 0
CAGAG
AGAGATACCCGGGAGAATCGAAAGGGTTTGTGGAGGAGATGAGGTTTGTGGCGATGAGAC
TTCACACGAGAGAGCAGGCCAAGGAAGGAGAGAAAGAGACCAAATCTCCCGAGGAACGTC
CCGTCGCTAAATGGGAACCCACTGTTGAAGGCTACTTGAGGTTTTTGGTGGATAGTAAGT
TGGTTTATGACACCCTTGAAGGGATTATTCACCAATCCACTTTCCCTACTTATGCTGAAT
TCAAGAACACGGGACTGGAAAGGGCAGAGAGTCTGGCAACGGATTTGAAGTGGTTCGAAG
AACAAGGATACGAGATTCCGGAACCAACTGGTTCTGGTAAAACATATGCTCAGTATCTAA
AGGATTTAGCGGAGAAGGATCCTCCTTCATTCATTTGTCACTTCTACAACATCTACTTTG
CCCACAGCGCTGGTGGCCGAATGATTGGAAGAAAGGTAGCCGAGAGGATTCTGGACAATA
GAGAACTCGAGTTTTACAAATGGGACGGCGAGCTTTCTGAGTTGTTGCAGAACGTGAGGG
AGAAACTGAACAAAGTTGCCGAGGAGTGGACGAGAGAAGAAAAGAATCATTGTTTGGAAG
AGACTGAGAAATCGTTCAAGTATTCTGGTGAGATACTTCGTCTCATTTTGTCCTGATTTC
TCTCTCTTTCTGTCTATAAAAGCGCTTGTGGCAAACTAAAATCCCCTGCTCAAAAGTTTT
TAATTCCTGTATCATATTTAAACAACTCGCTTCTGCTTGTTTGTATCAAACTCTTTATTT
GCTTAAAAAAGCTATTACGACGTTGGAAGTTCAGCGTTAATGTATCATAGTCAG

QA 6 839 6 839
DS 



AS 1 3

CO CL3871Contig1 902 3 2 U
CTTCACGCCAACCATTTCAGCTTACGTTTCTCACTTATTCCACGCTGAGATGAGCAAGTT
TCACTGTGAAAGGATCACATTAGGTTTTAGAGATCATATGTTGTTGTATAATGCTTCCTG
TTTATATATTACGTTGGATACAACAATCATAACTTTCATTAAGCTTATCCACCGAAGAGC
CCCATCAAGTTTCCGTCACAGTGAATTAGGAGAGGGCAGTTTTAAAGCATAATAATACAA
AAAAAAGCATTTTCATGGCTGGCTTTGATATGTCGGAACTCTGAAACCTTCTATGATGAT
TTTTGCTCTTTTTACCCTTCGCAAGCTGGTTTGGTGTCAAAGCTGCTGATGCATATAGCA
A**GCTTGAAAAGCAGAGAGAGGATAACGATA*TCCATGGTGAAAATGTCCTTTCCGATT
TTGCCAAACTGTAAGATCACTCTCTCATGTTCTTCAGGCAGCGCATCTAAAGAAGGGTCA
ATGTCTGCCACAAGCTGGAAGTTCTTTACCGAAGCAACGGTCACTCTCCCCTTGAAGTTG
AGGCACCAGCACTGCAACTGCTCGTGCCATCTTGGGGATTTGTTTTTGAGAACCAGCGGC
TGATCCAACAAGCTTGGAGAGTTATTCTCTTTGTCTGCTGAGCTTGGCGAGGAGGATGCT
TCTTCTTTAACTACTGATGGCTCAGCGATAACAGAAGAGAGTGGTATAGAGTCCATAACG
CAATGCATTCTTCTAGGTCCCCTTGTGCGAAGAACGTTGAGCTCGTAGGTTATGGTTCCT
GAGGTATAGCTAGTAGCGGGTGACTTAGGTGATGCTTGCTTAGGTTGGGCTTGTGCAGTG
GATGATGCCGTTTGGTTGTCATATATTGTGAACTTGGTTCCTAGAAAACCAGACCTCAGC
TT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CP15JQ U 106
AF RR3DI40TF C 1
AF RR3AH17JQ U 103
BS 1 105 RR3DI40TF
BS 106 902 RR3AH17JQ

RD RR3CP15JQ 535 0 0
GTATAATGCTTCCTGTTTATATATTACGTTGGATACAACAATCATAACTTTCATTAAGCT
TATCCACCGAAGAGCCCCATCAAGTTTCCGTCACAGTGAATTAGGAGAGGGCAGTTTTAA
AGCATAATAATACAAAAAAAAGCATTTTCATGGCTGGCTTTGATATGTCGGAACTCTGAA
ACCTTCTATGATGATTTTTGCTCTTTTTACCCTTCGCAAGCTGGTTTGGTGTCAAAGCTG
CTGATGCATATAGCAA**GCTTGAAAAGCAGAGAGAGGATAACGATA*TCCATGGTGAAA
ATGTCCTTTCCGATTTTGCCAAACTGTAAGATCACTCTCTCATGTTCTTCAGGCAGCGCA
TCTAAAGAAGGGTCAATGTCTGCCACAAGCTGGAAGTTCTTTACCGAAGCAACGGTCACT
CTCCCCTTGAAGTTGAGGCACCAGCACTGCAACTGCTCGTGCCATCTTGGGGATTTGTTT
TTGAGAACCAGCGGCTGATCCAACAAGCTTGGAGAGTTATTCTCTTTGTCTGCTG

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3DI40TF 714 0 0
CTTCACGCCAACCATTTCAGCTTACGTTTCTCACTTATTCCACGCTGAGATGAGCAAGTT
TCACTGTGAAAGGATCACATTAGGTTTTAGAGATCATATGTTGTTGTATAATGCTTCCTG
TTTATATATTACGTTGGATACAACAATCATAACTTTCATTAAGCTTATCCACCGAAGAGC
CCCATCAAGTTTCCGTCACAGTGAATTAGGAGAGGGCAGTTTTAAAGCATAATAATACAA
AAAAAAGCATTTTCATGGCTGGCTTTGATATGTCGGAACTCTGAAACCTTCTATGATGAT
TTTTGCTCTTTTTACCCTTCGCAAGCTGGTTTGGTGTCAAAGCTGCCGATGCATATAGCA
AAAGCTTGAAAAGCGGAGAGAGGATAACGATAATCCATGGTGAAAATGTCCTTTCCGATT
TTGCCAAACTGTAAGATCACTCTCTCATGTTCTTCAGGCAGCGCATCTAAAGAAGGGTCA
ATGTCTGCCACAAGCTGGAAGTTCTTTACCGAAGCAACGGTCACTCTCCCCTTGAAGTTG
AGGCACCAGCACTGCAACTGCTCGTGCCATCTTGGGGATTTGTTTTTGAGAACCAGCGGC
TGATCCAACAAGCTTGGAGAGTTATTCTCTTTGTCTGCTGAGCTTGGCGAGGAGGATGCT
TCTTCTTTAACTACTGATGGCTCAGCGATAACAGAAGAGAGTGGTATAGAGTCC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3AH17JQ 800 0 0
GTT
GTATAATGCTTCCTGTTTATATATTACGTTGGATACAACAATCATAACTTTCATTAAGCT
TATCCACCGAAGAGCCCCATCAAGTTTCCGTCACAGTGAATTAGGAGAGGGCAGTTTTAA
AGCATAATAATACAAAAAAAAGCATTTTCATGGCTGGCTTTGATATGTCGGAACTCTGAA
ACCTTCTATGATGATTTTTGCTCTTTTTACCCTTCGCAAGCTGGTTTGGTGTCAAAGCTG
CTGATGCATATAGCAA**GCTTGAAAAGCAGAGAGAGGATAACGATA*TCCATGGTGAAA
ATGTCCTTTCCGATTTTGCCAAACTGTAAGATCACTCTCTCATGTTCTTCAGGCAGCGCA
TCTAAAGAAGGGTCAATGTCTGCCACAAGCTGGAAGTTCTTTACCGAAGCAACGGTCACT
CTCCCCTTGAAGTTGAGGCACCAGCACTGCAACTGCTCGTGCCATCTTGGGGATTTGTTT
TTGAGAACCAGCGGCTGATCCAACAAGCTTGGAGAGTTATTCTCTTTGTCTGCTGAGCTT
GGCGAGGAGGATGCTTCTTCTTTAACTACTGATGGCTCAGCGATAACAGAAGAGAGTGGT
ATAGAGTCCATAACGCAATGCATTCTTCTAGGTCCCCTTGTGCGAAGAACGTTGAGCTCG
TAGGTTATGGTTCCTGAGGTATAGCTAGTAGCGGGTGACTTAGGTGATGCTTGCTTAGGT
TGGGCTTGTGCAGTGGATGATGCCGTTTGGTTGTCATATATTGTGAACTTGGTTCCTAGA
AAACCAGACCTCAGCTT

QA 4 800 4 800
DS 



AS 1 2

CO CL3872Contig1 797 2 14 U
GGTTCGTCTTCTTCTCATATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAACCCAATATCAGTT
TTAATCCTGTGTACGAACATCAACCTTCATCGCAGCGAAACACTCAAAAAGACCACAACA
TGGCCAACTTCGATGGGCCAGGGTTCGCGATGGTCGACGGTTACTGGATCCAGACCAAAG
CCATAGACGTCGAATCATCAACCGACATCTCTCCATACCTCTCCCGTCTCCTAGAAGACT
GCGTCTGGAACGGCAACAGAGCCATCGTCTTCGACCTCTACTGGGACGTCACCAAATCCG
CCGACGCAAAGCCAGAGTGGCGTCTCTCCTCGGTGAAGCTGAGCACCAAGAACTTCTGTC
TCTTCCTCCGCCTCCCGAACCCGTTCAACGACAACCTCAAGGATCTCTACCGCTTCTTCG
CCTCCAAGTTCGTCACCTTCGTCGGCGTCCAGATCCAGGAAGACCTTGTCTTGCTCAAGG
AGAATCACGGGATTGTGATCAGGAGCTCTTTGGAGATCGGGAAGCTTGCTGCGAAAGCGA
GAGGGACTCCGATCGTTGAGTTCCTTGGGACGAGAGAGTTGGCTCATAAGATACTTTGGT
ATGATATGAGCAGGCTCGATTCGATTCAGTCCAAGTGGGATGAAGCTGGGGGGAATGATC
GTCTTGAAGCTGCTGCTATTGAAAGTTGGCTTATTTATAGTGTTTACGATCAGTTGCAGC
AGTGATGTGTTGTTCTTGATCATATGGATTTTGTGAGATTGCTTGCGCTTGATATTGATT
GCAGTTGTTGTGCATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FA66TF U 1
AF RR3FZ59TF U 44
BS 1 154 RR3FA66TF
BS 155 155 RR3FZ59TF
BS 156 224 RR3FA66TF
BS 225 225 RR3FZ59TF
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BS 313 448 RR3FA66TF
BS 449 449 RR3FZ59TF
BS 450 478 RR3FA66TF
BS 479 480 RR3FZ59TF
BS 481 609 RR3FA66TF
BS 610 797 RR3FZ59TF

RD RR3FA66TF 609 0 0
GGTTCGTCTTCTTCTCATATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAACCCAATATCAGTT
TTAATCCTGTGTACGAACATCAACCTTCATCGCAGCGAAACACTCAAAAAGACCACAACA
TGGCCAACTTCGATGGGCCAGGGTTCGCGATGGTTGACGGTTACTGGATCCAGACCAAAG
CCATAGACGTCGAATCATCAACCGACATCTCTCCATACCTCTCC*GTCTCCTAGAAGACT
GCGTCTGGAACGGCAACAGAGCCATCGTCTTCGACCTCTACTGGGACGTCAGCAAATCCG
CCGACGCAAAGTCAGAGTGGCGTCTCTCCTCGGTGAAGCTGAGCACCAAGAACTTCTGTC
TCTTCCTCCGCCTCCCGAACCCGTTCAACGACAACCTCAAGGATCTCTACCGCTTCTTCG
CCTCCAAGTTCGTCACCTTCGTCGGCGTTCAGATCCAGGAAGACCTTGTCTTGCTCAA**
AGAATCACGGGATTGTGATCAGGAGCTCTTTGGAGATCGGGAAGCTTGCTGCGAAAGCGA
GAGGGACTCCGATCGTTGAGTTCCTTGGGACGAGAGAGTTGGCTCATAAGATACTTTGGT
ATGATATGA

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3FZ59TF 754 0 0
GG
AACCCAATATCAGTTTTAATCCTGTGTACGAACATCAACCTTCATCGCAGCGAAACACTC
AAAA*GACCACAACATGGCCAACTTCGATGGGCCAGGGTTCGCGATGGTCGACGGTTACT
GGATCCAGACCAAAGCCATAGACGTGGAATCATCGACCGACATCTCTCCATACCTCTCCC
GTCTCCTAGAAGACTGCGTCTGGAACGGTAACAGAGCCATCGTCTTCGACCTTTACTGGG
ACGTGACTAAATCCGCCGACGCCAAGCCAGAGTGGCGTCTCTCCTCGGTGAAGCTGAGCA
CCAAGAACTTCTGTCTCTTCCTCCGCCTCCCGAACCCGTTCACCGACAACCTCAAGGATC
TCTACCGCTTCTTCGCTTCCAAGTTCGTCACGTTCGTCGGGGTCCAGATCCAGGAGGACC
TTGTCTTGCTCAAGGAGAATCACGGGATTGTGATTAGGAGCTCTTTGGAGATCGGGAAGC
TTGCTGCGAAAGCGAGAGGGACTCCGATCGTTGAGTTCCTTGGGACGAGGGAGTTGGCTC
ATAAGATACTTTGGTATGATATGAGCAGGCTCGATTCGATTCAGTCCAAGTGGGATGAAG
CTGGGGGGAATGATCGTCTTGAAGCTGCTGCTATTGAAAGTTGGCTTATTTATAGTGTTT
ACGATCAGTTGCAGCAGTGATGTGTTGTTCTTGATCATATGGATTTTGTGAGATTGCTTG
CGCTTGATATTGATTGCAGTTGTTGTGCATTT

QA 3 754 3 754
DS 



AS 1 3

CO CL3873Contig1 891 3 2 U
GGCTAGAAATAGTTCTTCTTTGGTCCAAAACAGGAAGAAATACCGTTTTGTAGCATAAAC
AGACTACATAATTTATTAAGCAAAAATAAAACGATAATATACTTGAGCAAAACCAAAGAA
AAGCTAGTTCTCATCTTGAGCAAAACAAAAGCGTCAAAGGCAAATATAAAGAAGAATGTC
ATCGGACCGGAGACACCATGAAATCCACCTTCTGCTAAACTTCTTCCGAGCAGGGGGGGT
AACGCAAACTCAAGCGCAAGACAGTGTGTCTCTCTCTCAGAAGCTAGACAAGCTATACAC
CAGAATCCACGCAAGCAGGAATACACTTAGAGAAGCAAAAAGACCGTCCTGGAGCAGAGC
TGCATGGCCCCCATAGTCTTCTTCATCGATCTTCAGAATCAATGCATAGTAACCGTATAC
AATCCCTGAAGAAATTGCCAGAAACAGAAGTAACCAGATGCCTCCAACCAAAGGGATGGC
ACCCCAAAGCAAACCGCAGAGTAATCCAACAACTTGCCTGATCCAATGCAACACATCTCC
TAGTTGGTCCTTGTCCCAGGAAGCGTCTGAATCGAAGAGTTTGGCGAATTTGAAAGAACT
GAGATGACTGTTTTGGTAGTGAACATGTTCATCGTGGTCTTGATGATGCTGGTTCGACTT
CCCAGATCTCCCTTCTTTCATATTTTGTTTTTTGCCGATTTTGATTTCTAAAGAAGATAG
ATCCGATGCAAAGACAGGATCGAGAATCAAAAACCCTGCTGACTCACGACTGTGAATCGA
TTAGAATCTAATCTAGGGTTCTTTGCTAATAAAAGGGTTCTGAATTCTGATGATTCAGAT
CTATTCACCCACCACCGTAAAGATAATTTTTTTTTCCTTTTAATTTTATCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3FS66JQ U 1
AF RR3E595JQ U 1
AF RR3FS66TF C 226
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BS 673 891 RR3FS66TF

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AGACTACATAATTTATTAAGCAAAAATAAAACGATAATATACTTGAGCAAAACCAAAGAA
AAGCTAGTTCTCATCTTGAGCAAAACAAAAGCGTCAAAGGCAAATATAAAGAAGAATGTC
ATCGGACCGGAGACACCATGAAATCCACCTTCTGCTAAACTTCTTCCGAGCAGGGGGGGT
AACGCAAACTCAAGCGCAAGACAGTGTGTCTCTCTCTCAGAAGCTAGACAAGCTATACAC
CAGAATCCACGCAAGCAGGAATACACTTAGAGAAGCAAAAAGACCGTCCTGGAGCAGAGC
TGCATGGCCCCCATAGTCTTCTTCATCGATCTTCAGAATCAATGCATAGTAACCGTATAC
AATCCCTGAAGAAATTGCCAGAAACAGAAGTAACCAGATGCCTCCAACCAAAGGGATGGC
ACCCCAAAGCAAACCGCAGAGTAATCCAACAACTTGCCTGATCCAATGCAACACATCTCC
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GAGATGACTGTTTTGGTAGTGAACATGTTCATCGTGGTCTTGATGATGCTGGTTCGACTT
CCCAGATCTCCC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3FS66TF 666 0 0
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CGTATACAATCCCTGAAGAAATTGCCAGAAACAGAAGTAACCAGATGCCTCCAACCAAAG
GGATGGCACCCCAAAGCAAACCGCAGAGTAATCCAACAACTTGCCTGATCCAATGCAACA
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AAGAACTGAGATGACTGTTTTGGTAGTGAACATGTTCATCGTGGTCTTGATGATGCTGGT
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AAGATAGATCCGATGCAAAGACAGGATCGAGAATCAAAAACCCTGCTGACTCACGACTGT
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TTCAGATCTATTCACCCACCACCGTAAAGATAATTTTTTTTTCCTTTTAATTTTATCC

QA 9 666 9 666
DS 



AS 1 3

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TTCACCGGCTACATAGTTGATGCTCATGAATCTGATTCTGAGTCTGACGACGAGGAGCCT
GCTGAGCCAGCTGTTGCGAAATCAGGTGTGAAACAGGTGAACTTTCAGTTGCCTAATGAT
GATGCCAAGGCCGAGCAAGATGATGATGATGA***GGATGAAGATGATAGTGATGATGAG
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GTTTTTGGTTTTCAAAACTTGAGTTTGCAAGTGAACCAGTTTTAGTTATCTTTTTCCTAA
TCGTCAGGGTAGACGAAACTTTTCTGAACTCTATGTTTAGTGCTAATATGGTGGATATTA
TATTATGTTGGCTTTTGCCG


BQ
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN33TF U 1
AF RR3GT52TF U 346
AF RR3GT52JQ C 367
BS 1 407 RR3GN33TF
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BS 409 512 RR3GN33TF
BS 513 515 RR3GT52TF
BS 516 595 RR3GN33TF
BS 596 597 RR3GT52TF
BS 598 675 RR3GN33TF
BS 676 1088 RR3GT52TF
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BS 1090 1103 RR3GT52TF
BS 1104 1160 RR3GT52JQ

RD RR3GN33TF 687 0 0
GGACCACACTCGGCGCCCTAAAAGCTTTAATCGCTCTCTCGTCTTCTTCTCTTCTCCGTC
GCAACCGTCACCGTCAGCTCGTTACCGATTGTATCAATGGAGTTCTGGGGTGTTGAAGTT
AAGGGTGGTGAGCCACTTAGGGTGGATCCTGGGAAGGATATGATTGTGCACATCTCACTG
GCTGCTCTAGGCGAGAAGAAGAACGGTGGGAACGAGCCTGTCAGGCTCTACACGAAAGTT
GAAGATCAAAAGCTTCTGATTGGGACGCTCTCACATGATAAGTTTCCTCAGCTGTGCACG
GAGATTGTGTTGCCAAGGTCTTTTGAGCTGTCTCATAGCTGGAAGGATGGGAGTGTTTTC
TTCACCGGCTACATAGTTGATGCTCATGAATCTGATTCTGAGTCTGATGACGAGGAGCCT
GCTGAGCCAGCTGTTGCGAAATCAGGTGTGAAACAGGTGAACTTTCAGTTGCCTAATGAT
GATGCCAAGGCCGAGCAAGATGATGATGATGATGAGGATGAAGATGATAGTGATGATGAG
GATGCTGACTCTGAAGATGAGGAGGAAGAAAAGAAGGTTACGGTTGAAGCTGACG**GAT
GATGATGAAGACTCATCTGACGATGAGGAAGATGAGGAAGATGAGTCATCAGACGAGGAG
ACCCCAGAGAAGAAG
TTGAGAGCCAAG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3GT52TF 758 0 0
GATGGGAGTGTTTTCTTCACCGGCTACATAGTTGATGCTCATGAATCTGATTCTGAGTCT
GACGACGAGGAGCCTGCTGAGCCAGCTGTTGCGAAATCAGGTGTGAAACAGGTGAACTTT
CAGTTGCCTAATGATGATGCCAAGGCCGAGCAAGATGATGATGATGA***GGATGAAGAT
GATAGTGATGATGAGGATGCTGACTCTGAAGATGAGGAGGAAGAAAAGAAGGTTACGGTT
GAAGCTGACGAGGATGATGATGAAGACTCATCTGACGATGAGGAAGATGAGGAAGATGAG
TCATCAGACGAGGAGACCCCAGAGAAGAAGGTTGAAGAAGCCAAGAAGAGGCCTGCGGAA
GCCAACACCTCGAAGACTGCTTCAAACAAGAAGGCTAAATTCGTAACTCCTCAGAAATCA
GAATCGAAGAAGCCACACGTCCACGTTGCGACTCCGCATCCATCAAAGGGAGTAAAGAGC
TCGGGAAGTAATGGAGAGACCTCGAAGCAGCAGCAGACACCCAAGTCTGCAGGTGCATTT
GGGTGCAGCTCCTGCAACAGAACGTTTAACTCGGAGATGGGCTTGCAGTCTCACACGGAG
GCCAAACACAGTGCAGCTGCTTGAAGTCTGATGAAGAAGAAAGAGACTATCCATAATCCT
CTTTAGACTTTTGATGTTTTTGGTTTTCAAAACTTGAGTTTGCAAGTGAACCAGTTTTAG
TTATCTTTTTCCTAATCGTCAGG*TAGACGAAACTTTT

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3GT52JQ 794 0 0
GGCTACATAGT*GATGCTCATGAATCTGATTCTGAGTCTGACGACGAGGAGC*TGCTGAG
CCAGCTGTTGCGAAATCAGGTGTGAAACAGGTGAACTTTCAGTTGCCTAATGATGATGCC
AAGGCCGAGCAAGATGATGATGATGA***GGATGAAGATGATAGTGATGATGAGGATGCT
GACTCTGAAGATGAGGAGGAAGAAAAGAAGGTTACGGTTGAAGCTGACGAGGATGATGAT
GAAGACTCATCTGACGATGAGGAAGATGAGGAAGATGAGTCATCAGACGAGGAGACCCCA
GAGAAGAAGGTTGAAGAAGCCAAGAAGAGGCCTGCGGAAGCCAACACCTCGAAGACTGCT
TCAAACAAGAAGGCTAAATTCGTAACTCCTCAGAAATCAGAATCGAAGAAGCCACACGTC
CACGTTGCGACTCCGCATCCATCAAAGGGAGTAAAGAGCTCGGGAAGTAATGGAGAGACC
TCGAAGCAGCAGCAGACACCCAAGTCTGCAGGTGCATTTGGGTGCAGCTCCTGCAACAGA
ACGTTTAACTCGGAGATGGGCTTGCAGTCTCACACGGAGGCCAAACACAGTGCAGCTGCT
TGAAGTCTGATGAAGAAGAAAGAGACTATCCATAATCCTCTTTAGACTTTTGATGTTTTT
GGTTTTCAAAACTTGAGTTTGCAAGTGAACCAGTTTTAGTTATCTTTTTCCTAATCGTCA
GGGTAGACGAAACTTTTCTGAACTCTATGTTTAGTGCTAATATGGTGGATATTATATTAT
GTTGGCTTTTGCCG

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 3

CO CL3875Contig1 468 3 5 U
GAGATGTCGTTGGTGTGGCTAGAAGCGGCTCTGCCTCTGGGAATCATCGGAGGGATGCTC
TGCATTATGGGAAACTCTCAGTACTACATCCACAAAGCTTATCATGGCCGTCCGAAGCAC
ATCGGGCACGATGAATGGGATGTTGCTATGGAGAGACGCGACAAGAAAGTCGTCGAGAAA
GCCACATCTCCTTCCTCGTGATGATCAGGGCGTAAGGTGGTCCACAAATAAAAGGATACT
CCAGAAGATAAGAAGAAGAAGAAGAAGCCGGAGAATCTAATTCTGTTGTTTCAAAATTGA
CAACCTTAATGACATTTGGTCGATAACTCTCGACTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCTTCT
TGTTAAGTTGCATGATATTTGGTTTACAAAAACACTTCTTGCTGTGTGAATGTATTATGA
ATATCTCGAAAAATTGGCTCTCACCAAAAACTTGTGTGTTTGCATAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AC78TF U 1
AF RR3DC92JQ C 108
AF RR3DC92TF U 108
BS 1 348 RR3AC78TF
BS 349 349 RR3DC92TF
BS 350 351 RR3AC78TF
BS 352 353 RR3DC92TF
BS 354 468 RR3AC78TF

RD RR3AC78TF 468 0 0
GAGATGTCGTTGGTGTGGCTAGAAGCGGCTCTGCCTCTGGGAATCATCGGAGGGATGCTC
TGCATTATGGGAAACTCTCAGTACTACATCCACAAAGCTTATCATGGCCGTCCGAAGCAC
ATCGGGCACGATGAATGGGATGTTGCTATGGAGAGACGCGACAAGAAAGTCGTCGAGAAA
GCCACATCTCCTTCCTCGTGATGATCAGGGCGTAAGGTGGTCCACAAATAAAAGGATACT
CCAGAAGATAAGAAGAAGAAGAAGAAGCCGGAGAATCTAATTCTGTTGTTTCAAAATTGA
CAACCTTAATGACATTTGGTCGATAACTCTCGACTCTTTTTTTTTTTTCTT**TGCTTCT
TGTTAAGTTGCATGATATTTGGTTTACAAAAACACTTCTTGCTGTGTGAATGTATTATGA
ATATCTCGAAAAATTGGCTCTCACCAAAAACTTGTGTGTTTGCATAAT

QA 1 468 1 468
DS 

RD RR3DC92JQ 321 0 0
G
CGTCCGAAGCACATCGGGCACGATGAATGGGATGTTGCTATGGAGAGACGCGACAAGAAA
GTTGTCGAGAAAGCCACATCTCCTTCCTCGTGATGATCAGGGGGTAAGGTGGTCCACAAA
TAAAAGGATACTCCAGAAGATAAGAAGAAGAAGAAGAAGCCGGAGAATCTAATTCTGTTG
TTTCAAAATTGACAACCTTAATGACATTTGGTCGATAACTCTCGACTCTTTTTTTTTTTT
TTTTTTGCTTCTTGTTAAGTTGCATGATATTTGGTTTACAAAAACACTTCTTGCTGTGTG
AATGTATTATGAATATCTCG

QA 2 321 2 321
DS 

RD RR3DC92TF 321 0 0
G
CGTCCGAAGCACATCGGGCACGATGAATGGGATGTTGCTATGGAGAGACGCGACAAGAAA
GTCGTCGAGAAAGCCACATCTCCTTCCTCGTGATGATCAGGGCGTAAGGTGGTCCACAAA
TAAAAGGATACTCCAGAAGATAAGAAGAAGAAGAAGAAGCCGGAGAATCTAATTCTGTTG
TTTCAAAATTGACAACCTTAATGACATTTGGTCGATAACTCTCGACTCTTTTTTTTTTTT
TTCTTTGCTTCTTGTTAAGTTGCATGATATTTGGTTTACAAAAACACTTCTTGCTGTGTG
AATGTATTATGAATATCTCG

QA 2 321 2 321
DS 



AS 1 3

CO CL3876Contig1 1190 3 7 U
AGGGGGAAGACAGTAGAGAGCAGCAAAAACCCTCCTCTACCCATGTCTGGTCTGTATAAT
CCCAGCTACTCACCTTCTAGAGCCGCTTCTCCCCAGATTCGAACCCCCTCCGATGTTGAC
AGTCAATACCTAACACAGTTGCTAGCTGAGCATCAAAAGCTTGGACCTTTCATGCAAGTC
TTGCCCATATGTAGCCGTCTCTTAAACCAAGAGATCTTCCGGGTTAGTGGAATGATGTCC
AACCAAGGGTTTACTTATTTTGATCGGCTGAGGCATCGAAGCCCTAGTCCAATGGCTTCA
CCAAATCATATGTCTAATCTTCCTGGTGCTGGATACGGTGGTGGTTGGAATGGTCTTCCA
CCAGAGAGAATGGTTGGTCCTCATGGAATGGCAATGGAGTGGCAAGGTGCACCTGCTAGC
CCAAGCGCATACACAGTGAAGCGTATCTTGCGTTTAGATCTTCCAGTTGATACATTTCCT
AATTTCAATTTTGTTGGAAGGCTTCTGGGGCCTAGAGGGAACTCGTTGAAGCGTGTGGAA
GCAACTACGGGTTGCCGTGTGTTTATTAGAGGGAAAGGATCAATTAAAGACCCTGACAAA
GAAGAGAAACTGAAAGGGAAGCCTGGCTATGAGCATCTCAACGAGCAGCTCCATATCCTC
ATTGAGGCTGATCTCCCTGCTGATATTGTCGATATAAAGCTGCGACATGCCCAAGAGATC
ATCGAGGAGTTAGTAAAACCTGTGGACGAGTCACAGGACTACATCAAGAGGCAGCAACTA
CGAGAGCTCGCTTTGCTGAACTCGAACCTGAGAGAAAACAGTCCAGGTCCAAGCGGTGGA
AGTGTCTCTCCATTCAATTCAAACGCAATGAAACGTCCAAAAACAGGACGCTAAGCAAAA
GAGACCATGAGGTACCAAGCATATGTGTATATGTGTATAACCACTAGCCTAATGGTGTTT
GTTTTATGTTACGTCTCTCTACTCTTGGTTCTTGTGCTTTTACCTCTCTGATGATCCACA
CAGTGATTCTCAAAGCACAAAGCACCAAGACGAAGTACTAATAATGAAAGTAGCTATGAT
GCATTTGTAACCATTAAGATTAGATTTGTTCTGGATTTATTTATTCATGTGTTGTGACTT
GTGAGTTTGTAGTATGGACATCTAATTACATTATATTCGTGTTTTTGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA20TF U 1
AF RR3A314TF U 381
AF RR3EA20JQ C 682
BS 1 426 RR3EA20TF
BS 427 428 RR3A314TF
BS 429 612 RR3EA20TF
BS 613 1050 RR3A314TF
BS 1051 1051 RR3EA20JQ
BS 1052 1168 RR3A314TF
BS 1169 1190 RR3EA20JQ

RD RR3EA20TF 612 0 0
AGGGGGAAGACAGTAGAGAGCAGCAAAAACCCTCCTCTACCCATGTCTGGTCTGTATAAT
CCCAGCTACTCACCTTCTAGAGCCGCTTCTCCCCAGATTCGAACCCCCTCCGATGTTGAC
AGTCAATACCTAACACAGTTGCTAGCTGAGCATCAAAAGCTTGGACCTTTCATGCAAGTC
TTGCCCATATGTAGCCGTCTCTTAAACCAAGAGATCTTCCGGGTTAGTGGAATGATGTCC
AACCAAGGGTTTACTTATTTTGATCGGCTGAGGCATCGAAGCCCTAGTCCAATGGCTTCA
CCAAATCATATGTCTAATCTTCCTGGTGCTGGATACGGTGGTGGTTGGAATGGTCTTCCA
CCAGAGAGAATGGTTGGTCCTCATGGAATGGCAATGGAGTGGCAAGGTGCACCTGCTAGC
CCAAGC**ATACACAGTGAAGCGTATCTTGCGTTTAGATCTTCCAGTTGATACATTTCCT
AATTTCAATTTTGTTGGAAGGCTTCTGGGGCCTAGAGGGAACTCGTTGAAGCGTGTGGAA
GCAACTACGGGTTGCCGTGTGTTTATTAGAGGGAAAGGATCAATTAAAGACCCTGACAAA
GAAGAGAAACTG

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3A314TF 788 0 0
G
CATGGAATGGCAATGGAGTGGCAAGGTGCACCTGCTAGCCCAAGCGCATACACAGTGAAG
CGTATCTTGCGTTTAGATCTTCCAGTTGATACATTTCCTAATTTCAATTTTGTTGGAAGG
CTTCTGGGGCCTAGAGGGAACTCGTTGAAGCGTGTGGAAGCAACTACGGGTTGCCGTGTG
TTTATTAGAGGGAAAGGATCAATTAAGGACCCTGACAAAGAAGAGAAACTGAAAGGGAAG
CCTGGCTATGAGCATCTCAACGAGCAGCTCCATATCCTCATTGAGGCTGATCTCCCTGCT
GATATTGTCGATATAAAGCTGCGACATGCCCAAGAGATCATCGAGGAGTTAGTAAAACCT
GTGGACGAGTCACAGGACTACATCAAGAGGCAGCAACTACGAGAGCTCGCTTTGCTGAAC
TCGAACCTGAGAGAAAACAGTCCAGGTCCAAGCGGTGGAAGTGTCTCTCCATTCAATTCA
AACGCAATGAAACGTCCAAAAACAGGACGCTAAGCAAAAGAGACCATGAGGTACCAAGCA
TATGTGTATATGTGTATAACCACTAGCCTAATGGTGTTTGTTTTATGTTACGTCTCTCTA
CTCTTGGTTCTTGTGCTTTTACCTCTCTGATGATCCACACAGTGATTCTCAAAGCACAAA
GCACCAAGATGAAGTACTAATAATGAAAGTAGCTATGATGCATTTGTAACCATTAAGATT
AGATTTGTTCTGGATTTATTTATTCATGTGTTGTGACTTGTGAGTTTGTAGTATGGACAT
CTAATTA

QA 2 788 2 788
DS 

RD RR3EA20JQ 509 0 0
GATATTGTCGATATAAAGCTGCGACATGCCCAAGAGATCATCGAGGAGTTAGTAAAACCT
GTGGACGAGTCACAGGACTACATCAAGAGGCAGCAACTACGAGAGCTCGCTTTGCTGAAC
TCGAACCTGAGAGAAAACAGTCCAGGTCCAAGCGGTGGAAGTGTCTCTCCATTCAATTCA
AACGCAATGAAACGTCCAAAAACAGGACGCTAAGCAAAAGAGACCATGAGGTACCAAGCA
TATGTGTATATGTGTATAACCACTAGCCTAATGGTGTTTGTTTTATGTTACGTCTCTCTA
CTCTTGGTTCTTGTGCTTTTACCTCTCTGATGATCCACACAGTGATTCTCAAAGCACAAA
GCACCAAGACGAAGTGCTAATAATGAAAGTAGCTATGATGCATTTGTAGCCATTAAGATT
AGATTTGTTCTGGATTTATTTATTCATGTGTTGTGACTTGTGAGTTTGTAGTATGGACAT
CTAATTACATTATATTCGTGTTTTTGAGC

QA 1 509 1 509
DS 



AS 1 2

CO CL3877Contig1 1038 2 2 U
GGGCGAAAAGTAGAGCCGTAAGTTGAGGAGACCAACAAAAAGTAGCAACAAATCGAGATT
TTCAAATGAAACAGCAAAAAGTAGTAAAAATGGATGAGCCCACTCTCTCTATCCTTAAGT
ATGGGAACAATCCTGAATTAAGTAGCACAAATTTCAAAAAAAAATAATAATCCGGGAATG
AGCTCACTCTTCCTCATATGTTTATCTTATTTGTTTTTTTCTCCAAACAAAAATCCTAAC
CATTTTCATCATCATTTAGCAGGGACTGGAGCAGCACCACCGGTGGTTGGCAGGCCAACA
AAGACTTTGAAGGCATCATATAAACCCCACTGTGCTCCGGTCAATGTCCCTATCATCACA
ATTCTTAGAGGAAGCCCTCTCGTGAATAGTCCCACCATTCCTATCTTCTTCACCGCATCT
CCAACGGTTGCTCCCTTGGCATTGTTGAGGAATGACACCAAATTATCTGCAGGGTGGGAG
ACAATTGCGCAGAACACTCCAGCAACATAGCCTCCTGCAAAACTCACCCCGAGCTGCAGA
CCTTTGCTGCACTCGTGTTTCGGGTTGGGGATAGCATACTTGTAGATCATCTCGACAATG
GTCTCAAACGAAGCAAACTTCATCATAGTGTAAGGAATCTGACGTCCCCAGAGTGGTGCA
AGACCCTTGTACAAGCCTCCGTATCCTTCGGTCTTGACAAACTTGGGAAACCCATCAGAC
ATTCCCCTGGCGAAACCAGGCTGCATCTGAACCCGGACCTTGACAGCTTCGAACGGGCAA
AGCGCAACATCGGCGATAACCTCAGCGGAGGCAGAACCGGCGAGGTAGATGAGAGTCTTG
TACTTAGCAGCGAACTCAGGTCCAGCAAGATCGGAGTAGTACTTCTTAAAGAACTCGTAA
AAACCAAACTTGCAAGCGCCCTGAGCACTGTAACCCAAAGTAGGAACCCATCCACGGAAG
AAGCCTCTGACTCCTTGCTCTTTCAGCAAAACCCCAAAACCAGACGAGATGCTCTTGTAC
TTGGCCGGATCAATCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX92JQ U 1
AF RR3DL49TF C 519
BS 1 780 RR3EX92JQ
BS 781 1038 RR3DL49TF

RD RR3EX92JQ 787 0 0
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TTCAAATGAAACAGCAAAAAGTAGTAAAAATGGATGAGCCCACTCTCTCTATCCTTAAGT
ATGGGAACAATCCTGAATTAAGTAGCACAAATTTCAAAAAAAAATAATAATCCGGGAATG
AGCTCACTCTTCCTCATATGTTTATCTTATTTGTTTTTTTCTCCAAACAAAAATCCTAAC
CATTTTCATCATCATTTAGCAGGGACTGGAGCAGCACCACCGGTGGTTGGCAGGCCAACA
AAGACTTTGAAGGCATCATATAAACCCCACTGTGCTCCGGTCAATGTCCCTATCATCACA
ATTCTTAGAGGAAGCCCTCTCGTGAATAGTCCCACCATTCCTATCTTCTTCACCGCATCT
CCAACGGTTGCTCCCTTGGCATTGTTGAGGAATGACACCAAATTATCTGCAGGGTGGGAG
ACAATTGCGCAGAACACTCCAGCAACATAGCCTCCTGCAAAACTCACCCCGAGCTGCAGA
CCTTTGCTGCACTCGTGTTTCGGGTTGGGGATAGCATACTTGTAGATCATCTCGACAATG
GTCTCAAACGAAGCAAACTTCATCATAGTGTAAGGAATCTGACGTCCCCAGAGTGGTGCA
AGACCCTTGTACAAGCCTCCGTATCCTTCGGTCTTGACAAACTTGGGAAACCCATCAGAC
ATTCCCCTGGCGAAACCAGGCTGCATCTGAACCCGGACCTTGACAGCTTCGAACGGGCAA
GCGCAAC

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3DL49TF 520 0 0
AAAACTCACCCCGAGCTGCAGACCTTTGCTGCACTCGTGTTTCGGGTTGGGGATAGCATA
CTTGTAGATCATCTCGACAATGGTCTCAAACGAAGCAAACTTCATCATAGTGTAAGGAAT
CTGACGTCCCCAGAGTGGTGCAAGACCCTTGTACAAGCCTCCGTATCCTTCGGTCTTGAC
AAACTTGGGAAACCCATCAGACATTCCCCTGGCGAAACCAGGCTGCGTCTGAACCCGGAC
CTTGACAGCTTCGAACGGGCAAAGCGCAACATCGGCGATAACCTCAGCGGAGGCAGAACC
GGCGAGGTAGATGAGAGTCTTGTACTTAGCAGCGAACTCAGGTCCAGCAAGATCGGAGTA
GTACTTCTTAAAGAACTCGTAAAAACCAAACTTGCAAGCGCCCTGAGCACTGTAACCCAA
AGTAGGAACCCATCCACGGAAGAAGCCTCTGACTCCTTGCTCTTTCAGCAAAACCCCAAA
ACCAGACGAGATGCTCTTGTACTTGGCCGGATCAATCTGC

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 3

CO CL3878Contig1 773 3 1 U
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CCAAACAAAATAAAATCCTTGATCTTCTGAAGATATGAATCCAAACTATTTATTGTTTGA
TCTGATCTGATC*****TTGTCTGAATTCCGACAGATGCTTTCAGTTTCCTCTTACCAAA
TCTGAAGACTGGAACGCTTTTTGCTTAGCCCACAAGTTACAACAAGAATCAAAAACATCA
ATCAATCATACTTTTCTCTCCATGAATAAACAAGAAAGAAAACCCATGAGATCCCCAAAG
CTATATCTCCAAGAGCTTGCTTAGGCCATTCATAAGCAAGATCCTCAATCTTCCACTCAA
ACAAAACCCTCCACGAAGCCATCAACACGTAGAGAATCACAGACCCTCCAGCGAAGAAGC
TGTGAAACTCTCTGTCTTTGACGAAAGACACCATGAACAGTACCAGACCAATAGCAAAGA
GAAGCAAACCAGAGAAAGATTGCGAAATCTGAATGAGTAGCTCATCGTGCGGCGTTGATC
CTTTGAGTTTGCTAGCGATTTCACTTCCTGGTCCGAAGATGGAGGCTTTCTCTGTGTAGA
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AACGAAAGGAGAAAGTTTTGGGGAGAGAGATGATCTGATTTGGAGATTTGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3F422JQ U 1
AF RR3GK66JQ U 16
AF RR3F422TF C 77
BS 1 773 RR3F422JQ

RD RR3F422JQ 773 0 0
CACAAAGGGTTTGGATTGATTCAGCAAAATATAGAGGATCTACATAGCAATAATTAAAGA
CCAAACAAAATAAAATCCTTGATCTTCTGAAGATATGAATCCAAACTATTTATTGTTTGA
TCTGATCTGATC*****TTGTCTGAATTCCGACAGATGCTTTCAGTTTCCTCTTACCAAA
TCTGAAGACTGGAACGCTTTTTGCTTAGCCCACAAGTTACAACAAGAATCAAAAACATCA
ATCAATCATACTTTTCTCTCCATGAATAAACAAGAAAGAAAACCCATGAGATCCCCAAAG
CTATATCTCCAAGAGCTTGCTTAGGCCATTCATAAGCAAGATCCTCAATCTTCCACTCAA
ACAAAACCCTCCACGAAGCCATCAACACGTAGAGAATCACAGACCCTCCAGCGAAGAAGC
TGTGAAACTCTCTGTCTTTGACGAAAGACACCATGAACAGTACCAGACCAATAGCAAAGA
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CTTTGAGTTTGCTAGCGATTTCACTTCCTGGTCCGAAGATGGAGGCTTTCTCTGTGTAGA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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RD RR3BC17TF 623 0 0
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DS 

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GAGATCTCTCAGAGATCCACAATGGCTATTAAGGGTCGTAATGTGTTCGTTGAAAATCTC
TCCCTGGATGGTGCTCTTATTGTAGATTCCATTGATGATGCAGAGGTAAAACTTGGAGGC
TCGATCAAGAACAATGGTTGGACCATGGAAACTGTAGACTACAAGGACACATCGGTTCCA
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CAAATGATCTATTTGTCCTTCTTTTACACCTTCATTCATCCAACGAGACATGGTTTCTTT
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ACGAAACATAACTGGCGGTTTTT

QA 1 623 1 623
DS 



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ATATCAAAGAAACCAAAATTGAAAATTCTAATAATTCAACGAACAGGAGACGATAACGAA
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TCTTCCTCATCACTGATCTCTCCATCCCTGAGGTTCTGCCTGGCAAGTTTCTCCTCTTCC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C060JQ U 248
AF RR3D867JQ U 116
AF RR3D867TF C 1
BS 1 115 RR3D867TF
BS 116 247 RR3D867JQ
BS 248 381 RR3C060JQ
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BS 440 495 RR3D867JQ
BS 496 737 RR3D867TF

RD RR3C060JQ 192 0 0
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CATCACTGATCTCTCCATCCCTGAGGTTCTGCCTGGCAAGTTTCTCCTCTTCCTGCAGCG
ACTTCCATTGCTTCCCCCATTTCTCCCACTCTTCCTTCAACGCCTTCCTCTTCTCTCTGT
CTTGTTCACTCA

QA 1 192 1 192
DS 

RD RR3D867JQ 380 0 0
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GAAAGGAAAATGACACTTCTTGAAGTGGGGAGGAAACTTGCATTCATTCTTGGACGACTT
CTTCAGTGACGTCAATAACATCCTCAAACTCAACTTCTTTAACTTCTTTGGCTTCATCCT
CTTCTTCTTCCTCATCACTGATCTCTCCATCCCTGAGGTTCTGCCTGGCAAGTTTCTCCT
CTTCCTGCAGCGACTTCCATTGCTTCACCCATTTCTCCCACTCTTCCTTCAACGCCCACC
TCTTCTCTCTGTCTTGTTCACTCAACAGCAACGACACGTCCTGATCCTCCAACTCGTACT
TCTTGCTGTACTTCTTCAGG

QA 1 380 1 380
DS 

RD RR3D867TF 737 0 0
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AAAGAAAGAAACAGTTTCACAGATGTCTAAAGAGTGATCCGAAGGACAGGAAAAGGAAAG
GAGAATGACACTTCTTGAAGTGGGGAGGAAACTTGCATTCATTCTTGGACGACTTCTTCA
GTGACGTCAATAACATCCTCAAACTCAACTTCTTTAACTTCTTTGGCTTCATCCTCTTCT
TCTTCCTCATCACTGATCTCTCCATCCCTGAGGTTCTGCCTGGCAAGTTTCTCCTCTTCC
TGCAGCGACTTCCATTGCTTCACCCATTTCTCCCACTCTTCCTTCAACGCCCACCTCTTC
TCTCTGTCTTGTTCACTCAACAGCAACGACACGTCCTGATCCTCCAACTCGTACTTCTTG
CTGTACTTCTTCAGGTTCTTCGCTATCTCTTCTTCCTTCTCCGGAGACAAGAATGATGGA
GGTCTTGGGCGCCATGCCAACTGGAAGAAATGATCCTTCAGATTCCGGTAAAGCAATTTT
CCATTGAACGACCAGATGGTGAATCCATTCTCCATCTCATGGACTGACGTCACTGCTGTT
GCAACGTACCTTCCAGTTGGGTCCCATTCGATATCAGTGGCCATGAAGTGTTCAGTTGTG
GCCATCGTCTCGAGCTC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 3

CO CL3881Contig1 1368 3 10 U
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GGCGCGTGCGTACGCGTGCGGTCGCCGGAGGAGCCTCTACTCCTTTATCTCATTTGTCTT
TTGCTGCTCCTCACCTTTCTCTTGCCCTTTGATATGTTTGTGGTCCTGGCTTGGCGGTGT
CTGGCGATTGTTTGCTCTTCGCGCGCGGAGCTTCTACAATGGCGAGTCCTTGGCTTCGTC
TGGAATTATAACGAGGAGGTGTTAAGGTTGGGTGGTGGAGTAGTCGGCTTTTAGGGTTCA
TGGTGGGGATCGATTTTCAATTTTTGATTTCACCGGATCTCTGCATCGTTGAAAGAGTTT
GAAGGGTTGGTCCAGCTAATCGTCTACGGCGGTGCCGTATGGTTATTGGTGGTCTCAATC
GAACTCAGTGGCTGGTTCCTTGGTCCTCTTCGGTGTCGACGAGTCCCATTCCATCCTCTC
GATTTCAAGTGAGCTTCGGGAGTTCTTCACTTCCGAGACGTGCCTTAGACCCGTGATACG
CAGGCGGAGATGGTATCTGGTTCTTCGGGAGCTTCTTCAGCTCTGGCTCGTGTGGGTGTA
GCTGGTGGTCGTGACAGATAGTCGTCTATGGCTTCTCGATGACCCTCGGTTGCCCCACTT
CACTTCTGATTGCTCTTTCACGGCATCATGTCCAGTCCTTCGTTTGAAGGTTACAACTTC
TTATCGGAGCCAAGTCTTAAGGCGTAGATTTGTTTCACTTCCGATTGACTCTGGAAGCTG
GTATTTAACAGCATTGCAAGCGGTCCATCGGTTCTCGATGGTCGGAATTGGGAGGCGATC
CTCTCTCGGGAGTCACTGGTCGTCTCGGGTCAACAATTTGTCAAAGCGCACATCCGGGTG
TCGCATTGGTTCTTTGGTGCTATATGACAGTGTGGCTAGACTTTCTTTGCAGGTTTACAA
GACTAACTTGGCAGGCTGTAGCGTTGAGCTCAACCCGTTTTTTGTTTGGTTTGTGCGAGT
TTGGAGACGGACTTCTCTTGGTAAGAGCAAGGTACGTTCCCAGTTCGTCTAGCGCTTCAA
CATCGGTGATGGTTATAAGCTTTGAGGAGTTCATCGGGCACTAGCTACTCCAAAAACGAC
ATGGAAATTCCTGGTATCCGAAGCAATGAGGAGAACCTCACATTCCCGTGGTTATCGTTA
ATGGATGAGAACGGTACTCGATTCCTGGAAATTTTAAAAACAGACTAGTGGAATGTGCCG
GGTTTAGTGGGTGGACGAAACTAGTTTTGTAATTCTTTGATCTGGGAAATTTTGTTCAAA
TCGGGCCTGTAATCGGATCTGAATCCCCGCTTTAGGGTTGAATAAACT


BQ
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AF RR3GG18TF U 1
AF RR3GG18JQ C 567
AF RR3BQ90TF U 722
BS 1 621 RR3GG18TF
BS 622 722 RR3GG18JQ
BS 723 855 RR3BQ90TF
BS 856 856 RR3GG18JQ
BS 857 979 RR3BQ90TF
BS 980 980 RR3GG18JQ
BS 981 1135 RR3BQ90TF
BS 1136 1136 RR3GG18JQ
BS 1137 1351 RR3BQ90TF
BS 1352 1368 RR3GG18JQ

RD RR3GG18TF 621 0 0
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GGCGCGTGCGTACGCGTGCGGTCGCCGGAGGAGCCTCTACTCCTTTATCTCATTTGTCTT
TTGCTGCTCCTCACCTTTCTCTTGCCCTTTGATATGTTTGTGGTCCTGGCTTGGCGGTGT
CTGGCGATTGTTTGCTCTTCGCGCGCGGAGCTTCTACAATGGCGAGTCCTTGGCTTCGTC
TGGAATTATAACGAGGAGGTGTTAAGGTTGGGTGGTGGAGTAGTCGGCTTTTAGGGTTCA
TGGTGGGGATCGATTTTCAATTTTTGATTTCACCGGATCTCTGCATCGTTGAAAGAGTTT
GAAGGGTTGGTCCAGCTAATCGTCTACGGCGGTGCCGTATGGTTATTGGTGGTCTCAATC
GAACTCAGTGGCTGGTTCCTTGGTCCTCTTCGGTGTCGACGAGTCCCATTCCATCCTCTC
GATTTCAAGTGAGCTTCGGGAGTTCTTCACTTCCGAGACGTGCCTTAGACCCGTGATACG
CAGGCGGAGATGGTATCTGGTTCTTCGGGAGCTTCTTCAGCTCTGGCTCGTGTGGGTGTA
GCTGGTGGTCGTGACAGATAG

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3GG18JQ 802 0 0
GGGAGCTTCTTCAGCTCTGGCTCGTGTGGGTGTAGCTGGTGGTCGTGACAGATAGTCGTC
TATGGCTTCTCGATGACCCTCGGTTGCCCCACTTCACTTCTGATTGCTCTTTCACGGCAT
CATGTCCAGTCCTTCGTTTGAAGGTTACAACTTCTTATCGGAGCCAAGTCTTAAGGCGTA
GATTTGTTTCACTTCCGATTGACTCTGGAAGCTGGTATTTAACAGCATTGCAAGCGGTCC
ATCGGTTCTCGATGGTCGGAATTGGGAGGCGATCCTCTCTCGGGAGTCACTGGTCGTCTC
GGGTCAACAATTTGTCAAAGCGCACATCCGGGTGTCGCATTGGTTCTTTGGTGCTATATG
ACAGTGTGGCTAGACTTTCTTTGCAGGTTTACAAGACTAACTTGGCAGGCTGTAGCGTTG
AGCTCAACCCGTTTTTTGTTTGGTTTGTGCGAGTTTGGAGACGGACTTCTCTTGGTAAGA
GCAAGGTACGTTCCCAGTTCGTCTAGCGCTTCAACATCGGTGATGGTTATAAGCTTTGAG
GAGTTCATCGGGCACTAGCTACTCCAAAAACGACATGGAAATTCCTGGTATCCGAAGCAA
TGAGGAGAACCTCACATTCCCGTGGTTATCGTTAATGGATGAGAACGGTACTCGATTCCT
GGAAATTTTAAAAACAGACTAGTGGAATGTGCCGGGTTTAGTGGGTGGACGAAACTAGTT
TTGTAATTCTTTGATCTGGGAAATTTTGTTCAAATCGGGCTTGTAATCGGATCTGAATCC
CCGCTTTAGGGTTGAATAAACT

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3BQ90TF 630 0 0
G
ATCGGAGCCAAGTCTTAAGGCGTAGATTTGTTTCACTTCCGATTGACTCTGGAAGCTGGT
ATTTAACAGCATTGCAAGCGGTCCATCGGTTCTCGATGGTCGGAATTGGGAGGCGATCCT
CTCTCGGGAGTCATTGGTCGTCTCGGGTCAACAATTTGTCAAAGCGCACATCCGGGTGTC
GCATTGGTTCTTTGGTGCTATATGACAGTGTGGCTAGACTTTCTTTGCAGGTTTACAAGA
CTAACTTGGCAGGCTGTGGCGTTGAGCTCAACCCGTTTTTTGTTTGGTTTGTGCGAGTTT
GGAGACGGACTTCTCTTGGTAAGAGCAAGGTACGTTCCCAGTTCGTCTAGCGCTTCAACA
TCGGTGATGGTTATAAGCTTTGAGGAGTTCATCGGGCACTAGCTACTCCAAAA*CGACAT
GGAAATTCCTGGTATCCGAAGCAATGAGGAGAACCTCACATTCCCGTGGTTATCGTTAAT
GGATGAGAACGGTACTCGATTCCTGGAAATTTTAAAAACAGACTAGTGGAATGTGCCGGG
TTTAGTGGGTGGACGAAACTAGTTTTGTAATTCTTTGATCTGGGAAATTTTGTTCAAATC
GGGCCTGTAATCGGATCTGAATCCCCGCT

QA 2 630 2 630
DS 



AS 1 3

CO CL3882Contig1 872 3 13 U
GGATTTTCACTTCTCTTATCATTCTGTCCGCATAGATTGATGTCCATGGAAGAGCTAAAA
CCTTCGAACAATAAGATTCTTGAGCAGCTGAGACATGGACTCGCTCGGTTCGAGCTTGTG
TCCTCCCCTACACTTTCACTCTCCTCTGCTTCCTTCTTAGGCGCAAAGCAGAGCAATAGC
TATGCCTTCTTCGCCAGAATCGGTTCCTCCTTAAATGGGTCTCCAGCAGCGAAGAAGGTT
GAGCAGTACGCGGTGGATAGAGTTACTGGGGATGGTCGCTGTCTCTTTAGAGCTTTGGTG
AAAGGAATGGCCTTTAACAAGGGACTTACTATCAATCCCCGGAGAGAGAGAGATGATGCA
GATGAACTACGAATGGCTGTGAAAGAGGTTATATGCAATGACCCTAAGGAAAGAGACAAG
TACAAAGAAGCTTTAGTAGCTATCACTGTGGAAGAGTCTCTGAAACGGTACTGCCAGAGG
ATTGGAAGACACGATTTCTGGGGAGGGGAATCTGAGCTGCTTGTTCTTTCCAAGCTATGT
AAACAGCCAATCATCGTCTACATACCAGAGCATGAGCATAGGAGAGGAGGAGGGTATGGG
*TCGGGGTTTATTCCGATTGCAGAGTATGGAGCTGAGTTTAGAGGAGGCTGGGGAAAAGG
GAACAAGACCAAGAATGTTGTTAGGCTTCTTTACAGTGGTAGAAACCATTATGATCTGCT
TCGCTAGACCTGAGATGATTGAAGTTTTCTACTTCCTGTTGGAATCCATGATTCCAAATT
TGTTTAAAAACTTTCAATGCAAAAAACATGAACATGTACCAGTTCTCCCTTCTCTGCTAT
AGGTGGATATTTCAATTGAATTTGGATTCGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD89TF U 1
AF RR3D274TF U 216
AF RR3BB88TF U 390
BS 1 223 RR3GD89TF
BS 224 224 RR3D274TF
BS 225 600 RR3GD89TF
BS 601 601 RR3D274TF
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BS 664 684 RR3GD89TF
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BS 686 716 RR3GD89TF
BS 717 805 RR3D274TF
BS 806 806 RR3BB88TF
BS 807 866 RR3D274TF
BS 867 872 RR3BB88TF

RD RR3GD89TF 716 0 0
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CCTTCGAACAATAAGATTCTTGAGCAGCTGAGACATGGACTCGCTCGGTTCGAGCTTGTG
TCCTCCCCTACACTTTCACTCTCCTCTGCTTCCTTCTTAGGCGCAAAGCAGAGCAATAGC
TATGCCTTCTTCGCCAGAATCGGTTCCTCCTTAAATGGGTCTCTAGCAGCGAAGAAGGTT
GAGCAGTACGCGGTGGATAGAGTTACTGGGGATGGTCGCTGTCTCTTTAGAGCTTTGGTG
AAAGGAATGGCCTTTAACAAGGGACTTACTATCAATCCCCGGAGAGAGAGAGATGATGCA
GATGAACTACGAATGGCTGTGAAAGAGGTTATATGCAATGACCCTAAGGAAAGAGACAAG
TACAAAGAAGCTTTAGTAGCTATCACTGTGGAAGAGTCTCTGAAACGGTACTGCCAGAGG
ATTGGAAGACACGATTTCTGGGGAGGGGAATCTGAGCTGCTTGTTCTTTCCAAGCTATGT
AAACAGCCAATCATCGTCTACATACCAGAGCATGAGCATAGGAGAGGAGGAGGGTATGGG
GTCGGGGTTTATTCCGATTGCAGAGTATGGAGCTGAGTTTAGAGGAGGCTGGGGAAAAGG
GA*CAAGACCAAGAATGTTGTTAG*CTTCTTTACAGTGGTAGAAACCATTATGATC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3D274TF 651 0 0
G
GGGTCTCCAGCAGCGAAGAAGGTTGAGCAGTACGCGGTGGATAGAGTTACTGGGGATGGT
CGCTGTCTCTTTAGAGCTTTGGTGAAAGGAATGGCCTTTAACAAGGGACTTACTATCAAT
CCCCGGAGAGAGAGAGATGATGCAGATGAACTACGAATGGCTGTGAAAGAGGTTATATGC
AATGACCCTAAGGAAAGAGACAAGTACAAAGAAGCTTTAGTAGCTATCACTGTGGAAGAG
TCTCTGAAACGGTACTGCCTGAGGATTGGAAGACACGATTTCTGGGGAGGGGAATCTG*G
CTGCTTGTTCTTTCCAAGCTATGTAAACAGCCAATCATCGTCTACATACCAGAGCATGAG
CATAGGAGAGGAGGAGGGTATGGG*TCGGGGTTTATTCCGATTGCAGAGTATGGAGCTGA
GTTTAGAGGAGGCTGGGGAAAAGGGAACAAGACCAAGAATGTTGTTAGGCTTCTTTACAG
TGGTAGAAACCATTATGATCTGCTTCGCTAGACCTGAGATGATTGAAGTTTTCTACTTCC
TGTTGGAATCCATGATTCCAAATTTGTTTAAAAACTTTCAATGCAAAAA*CATGAACATG
TACCAGTTCTCCCTTCTCTGCTATAGGTGGATATTTCAATTGAATTTGGA

QA 2 651 2 651
DS 

RD RR3BB88TF 483 0 0
G
ATATGCAATGACCCTAAGGAAAGAGACAAGTACAAAGAAGCTTTAGTAGCTATCACTGTG
GAAGAGTCTCTGAAACGGTACTGCCAGAGGATTGGAAGACACGATTTCTGGGGAGGGGAA
TCTGAGCTGCTTGTTCTTTCCAAGCTATGTAAACAGCCAATCATCGTCTACATACCAGAG
CATGAGCATAGGAGAGGAGGAGGGTATGGG*TCGGGGTTTATTCCGATTGCAGAGTATGG
AGCTGAGTTTAGAGGAGGCTGGGGAAAAGGGAACAAGACCAAGAATGTTGTTAGGCTTCT
TTACAGTGGTAGAAACCATTATGATCTGCTTCGCTAGACCTGAGATGATTGAAGTTTTCT
ACTTCCTGTTGGAATCCATGATTCCAAATTTGTTTAAAAACTTTCAATGCAAAAAACATG
AACATGTACCAGTTCTCCCTTCTCTGCTATAGGTGGATATTTCAATTGAATTTGGATTCG
GT

QA 2 483 2 483
DS 



AS 1 3

CO CL3883Contig1 1027 3 3 U
GGACTGAGGAAGAAGTAGGAGAGTCGTCGTCTGCTCCGAAACAACAGCTGCAAACATGGC
AAGGGGATTGAAGAAGCATCTGAAGAGGCTCAATGCCCCCCATCATTGGGGTCTTGACAA
ACTTGGTGGTGCCTTCGCTCCCAAGCCGTCTTCTGGACCTCACAAGTCTAGGGAGTGTCT
TCCTCTCGTCCTGATCATCAGGAACAGGTTGAAGTATGCTTTGACATACCGTGAAGTCAT
CTCCATCCTCATGCAGAGGCATATTCAAGTCGATGGTAAAGTCAGGACTGACAAAACATA
CCCTGCTGGCTTCATGGATGTTGTCACCATCCCCAAGACCAATGAGAGCTTCCGTCTTCT
TTACGACACCAAGGGACGTTTCCGTCTCCACTCCATCAGAGATGAGGAAACAAAGTTCAA
GCTTTGCAAGGTGGGGGCTATCCTGCTCGGACGAAAGGGAATCCCTTACCTCAACACTTA
CGACGGTCGCACCATCCGCTACCCCGACCCGCTCATCAAACCCAACGACACCATCAAGCT
CGACCTCGAGGAGAACAAGATTGTCGAGTTCATCAAGTTTGACGTCGG*AACGTTGTGAT
GGTTACTGGTGGAAGGAACAGAGGGCGTGTTGGTGTGATTAAGAACCGTGAGAAGCATAA
GGGAAGCTTTGAGACGATTCACATCCAAGACTCTACGGGGCATGAGTTCGCCACGAGGTT
GGGTAATGTGTTCACTCTGGGGAAAGGGACTAAGCCGTGGGTGTCTCTTCCAAAGGGTAA
AGGTATTAAGCTGACCATCATTGAGGAAGCTAGGAAGAGGCTTTCTGCTCAGCAAGCTGC
TTAAAATGTTGAATAATTCAAGACTGTTTGTTCGCTTATTGCTTCAGTTTTGAGTTTGTT
TTTTTCTTTCTATTACATGTTTGTTGCTTGCAAAAACCCCATAAGAAAAAGAAAACAGAT
GAGCGTTTTAGAGAGTTTTGTAATATTTGTATGGATATTTTTTTATAGTAACTTACTCTT
CAAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3B476TF U 1
AF RR3FO14TF U 510
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BS 780 1019 RR3FO14TF
BS 1020 1027 RR3B476JQ

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CCCTGCTGGCTTCATGGATGTTGTCACCATCCCCAAGACCAATGAGAGCTTCCGTCTTCT
TTACGACACCAAGGGACGTTTCCGTCTCCACTCCATCAGAGATGAGGAAACAAAGTTCAA
GCTTTGCAAGGTGGGGGCTATCCTGCTCGGACGAAAGGGAATCCCTTACCTCAACACTTA
CGACGGTCGCACCATCCGCTACCCCGACCCGCTCATCAAACCCAACGACACCATCAAGCT
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GGTTACTGGTGGAAGGAACAGAGGGCGTGTTGGTGTGATTAAGAACCGTGAGAAGCATAA
GGGAAGCTTTGAGACGATTCACATCCAAGACTCTACGGGGCATGAGTTCGCCACGAGGTT
GGGTAATGTGTTCACTCTGGGGAAAGGGACTAAGCCGTGGGTGTCTCTTCCAAAGGGTA

QA 1 779 1 779
DS 

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TCATCAAGTTTGACGTCGGCAACGTTGTGATGGTTACTGGTGGAAGGAACAGAGGGCGTG
TTGGTGTGATTAAGAACCGTGAGAAGCATAAGGGAAGCTTTGAGACGATTCACATCCAAG
ACTCTACGGGGCATGAGTTCGCCACGAGGTTGGGTAATGTGTTCACTCTGGGGAAAGGGA
CTAAGCCGTGGGTGTCTCTTCCAAAGGGTAAAGGTATTAAGCTGACCATCATTGAGGAAG
CTAGGAAGAGGCTTTCTGCTCAGCAAGCTGCTTAAAATGTTGAATAATTCAAGACTGTTT
GTTCGCTTATTGCTTCAGTTTTGAGTTTGTTTTTTTCTTTCTATTACATGTTTGTTGCTT
GCAAAAACCCCATAAGAAAAAGAAAACAGATGAGCGTTTTAGAGAGTTTTGTAATATTTG
TATGGATATTTTTTTATAGTAACTTACTCT

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DS 

RD RR3B476JQ 878 0 0
T
TTCTGGACCTCACAAGTCTAGGGAGTGTCTTCCTCTCGTCCTGATCATCAGGAACAGGTT
GAAGTATGCTTTGACATACCGTGAAGTCATCTCCATCCTCATGCAGAGGCATATTCAAGT
CGATGGTAAAGTCAGGACTGACAAAACATACCCTGCTGGCTTCATGGATGTTGTCACCAT
CCCCAAGACCAATGAGAGCTTCCGTCTTCTTTACGACACCAAGGGACGTTTCCGTCTCCA
CTCCATCAGAGATGAGGAAACAAAGTTCAAGCTTTGCAAGGTGGGGGCTATCCTGCTCGG
ACGAAAGGGAATCCCTTACCTCAACACTTACGACGGTCGCACCATCCGCTACCCCGACCC
GCTCATCAAACCCAACGACACCATCAAGCTCGACCTCGAGGAGAACAAGATTGTCGAGTT
CATCAAGTTTGACGTCGG*AACGTTGTGATGGTTACTGGTGGAAGGAACAGAGGGCGTGT
TGGTGTGATTAAGAACCGTGAGAAGCATAAGGGAAGCTTTGAGACGATTCACATCCAAGA
CTCTACGGGGCATGAGTTCGCCACGAGGTTGGGTAATGTGTTCACTCTGGGGAAAGGGAC
TAAGCCGTGGGTGTCTCTTCCAAAGGGTAAAGGTATTAAGCTGACCATCATTGAGGAAGC
TAGGAAGAGGCTTTCTGCTCAGCAAGCTGCTTAAAATGTTGAATAATTCAAGACTGTTTG
TTCGCTTATTGCTTCAGTTTTGAGTTTGTTTTTTTCTTTCTATTACATGTTTGTTGCTTG
CAAAAACCCCATAAGAAAAAGAAAACAGATGAGCGTTTTAGAGAGTTTTGTAATATTTGT
ATGGATATTTTTTTATAGTAACTTACTCTTCAAAATC

QA 2 878 2 878
DS 



AS 1 3

CO CL3884Contig1 1195 3 7 U
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GCATAGAACATGAGATTTTTTTTCATATAATTCAGTTACAACCTTTTTCTCATTCCATGG
AATGATCAATTTACATAATGAGCTACTTCAGAACCCTGAATCTTGCAAAGACCATCATCA
AGGAGAAACTCTGTGTACGCAGCAAGGCAGACAAGGTTATTGATTTATCTAAAGATGAGA
AGATAGAAGAAATAATGCGTGCTGAAACGTGTGAAGAGCTACACAAAATTGTTGGTGAGG
ATTTCTGGGTGGCTACTTGGTGCCACAGTACCGCATTCGAAGGGAAACGCCTTGAAGGAA
CTAGAATCACCTGCATTAAGAAACCGGGAAGTCTTGGGTATGATTTCGCAATAAGAACTC
CATGTACACCTGCGAGGTGGAGTGATTTTGATGAATAAATGACCTCAGCTTGGGAGGCTT
TATGCAATGCCTATTGTGGAGAGAATTACGGTTCTACCGACCTCGACGCTCTAGAAACCG
TCAGAGACGCTATCTTGCGCATGACATACTACTGGTACAATTTTATGCCGTTAGCTCGAG
GGACAGCGGTAACGGGATTTGTAGTGTTACTAGGACTTCTGCTAGCTGCTAATATGGAGT
TCACTGAGAGTATCCCTAAAGATTTACAGATCGATTGGGAAGCTATACTTAGTGTTGAAC
CAGGTTCCTTTGTTGGTTCTGTTAAGTCTTGGTTATACCCTTCCTTGAAAATCAACACCT
CTTGGAGAGATCACTCGGAAGTTTCCTCGGCTTTTTCAACAACTGGATCGGTTGTCGCGG
CGCTTAGCTCTTACAATGATTGAGTTTCAAAAATCTAACCAACCAGAATGAGCTGCAAGA
AAAAACTTGTGTTTCAGTCCTAAATCTTCGGGTTTATGATATGTTTGTGTCAAATTTCAT
AGGGTTTCTTTTTTTTTTTTTACATACCTCATTTAACTTTATTTTACAGTTTGAATAATG
TACCTCTATATTACATGAACTTTCTCTTTGCAAATCGCAAGTCAACACGAGTGTGTTGCT
TATGATTTGCGAAGCCTTGTACTATTTACTAGTCTAAAATGATGGCATTCACCATTAATA
CCGTGATTAGTATGAAGCTTGTTTATTCTGAAATAAATCTAATTGTTGTTCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL41TF U 1
AF RR3EC55TF U 459
AF RR3DL41JQ C 392
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RD RR3DL41TF 471 0 0
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GCATAGAACATGAGATTTTTTTTCATATAATTCAGTTACAACCTTTTTCTCATTCCATGG
AATGATCAATTTACATAATGAGCTACTTCAGAACCCTGAATCTTGCAAAGACCATCATCA
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AGATAGAAGAAATAATGCGTGCTGAAACGTGTGAAGAGCTACACAAAATTGTTGGTGAGG
ATTTCTGGGTGGCTACTTGGTGCCACAGTACCGCATTCGAAGGGAAACGCCTTGAAGGAA
CTAGAATCACCTGCATTAAGAAACCGGGAAGTCTTGGGTATGATTTCGCAATAAGAACTC
CATGTACACCTGCGAGGTGGAGTGATTTTGATGAATAAATGACCTCAGCTT

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR3EC55TF 642 0 0
G
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ACCTCGACGCTCTAGAAACCGTCAGAGACGCTATCTTGCGCATGACATACTACTGGTACA
ATTTTATGCCGTTAGCTCGAGGGACAGCGGTAACGGGATTTGTAGTGTTACTAGGACTTC
TGCTAGCTGCTAATATGGAGTTCACTGAGAGTATCCCTAAAGATTTACAGATCGATTGGG
AAGCTATACTTAGTGTTGAACCAGGTTCCTTTGTTGGTTCTGTTAAGTCTTGGTTATACC
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CAACTGGATCGGTTGTCGCGGCGCTTAGCTCTTACAATGATTGAGTTTCAAAAATCTAGC
CAACCAGAATGAGCTGCAAGAAAAAACTTGTGTTTCAGTCCTAAATCTTCGGGTTTATGA
TATGTTTGTGTCAAATTTCATAGGGTTTCTTTTTTTTTTTT*ACATACCTCATTTAACTT
TATTTTACAGTTTGAATAATGTACCTCTATATTACATGAACTTTCTCTTTGCAAATCGCA
AGTCAACACGAGTGTGTTGCTTATGATTTGCGAAGCCTTGT

QA 2 642 2 642
DS 

RD RR3DL41JQ 804 0 0
TCTTGGGTATGATTTCGCAATAAGAACTCCATGTACAC*TGCGAGGTGGAGTGATTTTGA
TGAATAAATGACCTCAGCTTGGGAGGCTTTATGCAATGCCTATTGTGGAGAGAATTACGG
TTCTACCGACCTCGACGCTCTAGAAACCGTCAGAGACGCTATCTTGCGCATGACATACTA
CTGGTACAATTTTATGCCGTTAGCTCGAGGGACAGCGGTAACGGGATTTGTAGTGTTACT
AGGACTTCTGCTAGCTGCTAATATGGAGTTCACTGAGAGTATCCCTAAAGATTTACAGAT
CGATTGGGAAGCTATACTTAGTGTTGAACCAGGTTCCTTTGTTGGTTCTGTTAAGTCTTG
GTTATACCCTTCCTTGAAAATCAACACCTCTTGGAGAGATCACTCGGAAGTTTCCTCGGC
TTTTTCAACAACTGGATCGGTTGTCGCGGCGCTTAGCTCTTACAATGATTGAGTTTCAAA
AATCTAACCAACCAGAATGAGCTGCAAGAAAAAACTTGTGTTTCAGTCCTAAATCTTCGG
GTTTATGATATGTTTGTGTCAAATTTCATAGGGTTTCTTTTTTTTTTTTTACATACCTCA
TTTAACTTTATTTTACAGTTTGAATAATGTACCTCTATATTATATGAACTTTCTCTTTGC
AAATCGCAAGTCAACACGAGTGTGTTGCTTATGATTTGCGAAGCCTTGTACTATTTACTA
GTCTAAAATGATGGCATTCACCATTAATACCGTGATTAGTATGAAGCTTGTTTATTCTGA
AATAAATCTAATTGTTGTTCATCC

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 3

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CCAGGGCTCGTTGTCTAACTTTCTTGCCGGGAAAAAGAAGAATAGAGTATCTGTGACAGT
CCCATCAGTCACCACAAACGCTCTTGGTTACGGCGCGTTTCTTGGATTGTACGCTAACTT
GAGGTATCAGCTGTTATGTGGGTTTGAGAGAACTATGAGCAGTCACTTTGATGTCATAGG
AGTAGCACTCTTCTTTGGCACTGCAGTGAGGATTATGAATGTTCAGTTAGGTGAAAGATC
AAGACAAATATGTTTAGGTGTGGAGGCGGACCCGCTGGCTCGGTCAGATGGTTTGCTGGC
AAAAGCATACAACCGACCCTCCTCAGAGGAAGGAGGAGTTGCAAAGCCGTCTTCGAGATG
GTTCATCTCAAAGAACACAATAATCTCAGGGCTGCTTGGTATGAAGAAGCAACAAGAGGA
CTCAGGTTCAGATTCTCCTCCACCTCCAAAGGCTAGGCGGAAGAGGATTGTAAGGAAGAA
GGTTGCTGCTGCTGCATCTGCTTCATAAGATAGCCAAAAGAAACCTCTACTGATGTGTCA
CTGTTTTTGGGAGCTCGTGGAAGAGCCAGCAGCAGTGAAAAAGTTTTGTCACCAGAGGGA
AGTGAGGGGGTGGAGACTGTGTGAACAAATTCTATAGCTTTTCTTTGTGACAATCTCTCT
GTCTTTTAAGTGGTTTTGTAAAACACACATTTCTATTTTTCT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AF44JQ C 257
AF RR3H551TF U 1
AF RR3AF44TF U 3
BS 1 312 RR3H551TF
BS 313 313 RR3AF44TF
BS 314 436 RR3H551TF
BS 437 437 RR3AF44TF
BS 438 660 RR3H551TF
BS 661 661 RR3AF44TF
BS 662 712 RR3H551TF
BS 713 713 RR3AF44TF
BS 714 726 RR3H551TF
BS 727 727 RR3AF44TF
BS 728 736 RR3H551TF
BS 737 737 RR3AF44TF
BS 738 742 RR3H551TF
BS 743 743 RR3AF44TF
BS 744 756 RR3H551TF
BS 757 762 RR3AF44TF

RD RR3AF44JQ 332 0 0
GGCACTGCAGTGAGGATTATGAATGTTCAGTTAGGTGAAAGATCAAGACAAATATGTTTA
GGTGTGGAGGGGGACCCGCTGGCTCGGTCAGATGGTTTGCTGGCAAAAGCATACAACCGA
CCCTCCTCAGAGGAAGGAGGAGTTGCAAAGCCGTTTTCGAGATGGTTCATTTCAAAGAAC
ACAATAATTTCAGGGCTGCTTGGTATGAAGAAGCAACAAGAGGACTCAGGTTCAGATTTT
CCTCCCCCTCCAAAGGCTAGGCGGAAGAGGATTGTAAGGAAGAAGGTTGCTGCTGCTGCA
TTTGCTTCATAAGATAGCCAAAAGAA
GCCTTT

QA 1 326 1 326
DS 

RD RR3H551TF 756 0 0
GCACTCTCTTTTCTACAAGGCCGCAGAGTTGTCTATTCTTGGAGTCGCCACAGGTGCCTT
CCAGGGCTCGTTGTCTAACTTTCTTGCCGGGAAAAAGAAGAATAGAGTATCTGTGACAGT
CCCATCAGTCACCACAAACGCTCTTGGTTACGGCGCGTTTCTTGGATTGTACGCTAACTT
GAGGTATCAGCTGTTATGTGGGTTTGAGAGAACTATGAGCAGTCACTTTGATGTCATAGG
AGTAGCACTCTTCTTTGGCACTGCAGTGAGGATTATGAATGTTCAGTTAGGTGAAAGATC
AAGACAAATATGGTTAGGTGTGGAGGCGGACCCGCTGGCTCGGTCAGATGGTTTGCTGGC
AAAAGCATACAACCGACCCTCCTCAGAGGAAGGAGGAGTTGCAAAGCCGTCTTCGAGATG
GTTCATCTCAAAGAACGCAATAATCTCAGGGCTGCTTGGTATGAAGAAGCAACAAGAGGA
CTCAGGTTCAGATTCTCCTCCACCTCCAAAGGCTAGGCGGAAGAGGATTGTAAGGAAGAA
GGTTGCTGCTGCTGCATCTGCTTCATAAGATAGCCAAAAGAAACCTCTACTGATGTGTCA
CTGTTTTTGGGAGCTCGTGGAAGAGCCAGCAGCAGTGAAAAAGTTTTGTCACCAGAGGGA
*GTGAGGGGGTGGAGACTGTGTGAACAAATTCTATAGCTTTTCTTTGTGACA*TCTCTCT
GTCTTT*AAGTGGTTT*GTAAA*CACACATTTCTAT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3AF44TF 760 0 0
G
CTCTCTTTTCTACAAGGCCGCAGAGTTGTCTATTCTTGGAGTCGCCTCAGGTGCCTTCCA
GGGCTCGTTGTCTAACTTTCTTGCCGGGAAAAAGAAGAATAGAGTATCTGTGACAGTCCC
ATCAGTCACCACAAACGCTCTTGGTTACGGCGCGTTTCTTGGATTGTACGCTAACTTGAG
GTATCAGCTGTTATGTGGGTTTGAGAGAACTATGAGCAGTCACTTTGATGTCATAGGAGT
AGCACTCTTCTTTGGCACTGCAGTGAGGATTATGAATGTTCAGTTAGGTGAAAGATCAAG
ACAAATATGTTTAGGTGTGGAGGCGGACCCGCTGGCTCGGTCAGATGGTTTGCTGGCAAA
AGCATACAACCGACCCTCCTCAGAGGAAGGAGGAGTTGCAAAGCCGTCTTCGAGATGGTT
CATCTCAAAGAACACAATAATCTCAGGGCTGCTTGGTATGAAGAAGCAACAAGAGGACTC
AGGTTCAGATTCTCCTCCACCTCCAAAGGCTAGGCGGAAGAGGATTGTAAGGAAGAAGGT
TGCTGCTGCTGCATCTGCTTCATAAGATAGCCAAAAGAAGCCTCTACTGATGTGTCACTG
TTTTTGGGAGCTCGTGGAAGAGCCAGCAGCAGTGAAAAAGTTTTGTCACCAGAGGGAAGT
GAGGGGGTGGAGACTGTGTGAACAAATTCTATAGCTTTTCTT*GTGACAATCTCTCTGTC
TTTTAAGTGGTTTTGTAAAACACACATTTCTATTTTTCT

QA 2 760 2 760
DS 



AS 1 3

CO CL3886Contig1 639 3 9 U
GGAAAAATTATATCTCACAAAAAAATATCCCAAAAAAATATGAATAAATTCATAGTGTTT
CTGTTTGCTATTAAAATATGTTTTGTATTGAGTGAAGCTTGCGCAGAAAGTCGTATAGAC
CTCAAGAACGAACTCGGCGCAGGTGTGATGCTCGAAATCCATTGTAAAACTGACGATCCA
ACCAGAGATTTGGGGAGAGTCTCTATAAAATTCAATGACAAAATGGGTTATGGATTCTGG
CCTCTTGTTGAACGAAGACGCAGAACTATATATAGATGTGATCTATGGCATACGATTCCG
AAAAGTCCGGCACATCCTCGCGGCGGAATGAATAGTGTTAATAAGCTTGAAGCATTTGCC
GGGGGCTCGAATAGTAGATGTGGTCAATACCGTGAATGGGTTGCCAGACCTGATGGGATT
TACTTCAGAAGAAATGCTAATAGCCCATATGAACGTAGAAACGACTATCAATGGTTTACA
CTAAGATTTTAAATAAGTTTTTTCTCTTATAACTTAAAAAGGAATATTTATGTAAGTTGA
TTCTTTGTATTTGTAAATAACTAATCCCTAAGTTGTATTAATAATGTGCTACAAATATGT
AGCAAAAAATGTAATAAAATGTGAGATTATTAAATGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3DS88JQ C 1
AF RR3C485TF U 8
AF RR3DS88TF U 12
BS 1 11 RR3DS88JQ
BS 12 63 RR3C485TF
BS 64 64 RR3DS88TF
BS 65 168 RR3C485TF
BS 169 169 RR3DS88TF
BS 170 214 RR3C485TF
BS 215 215 RR3DS88TF
BS 216 608 RR3C485TF
BS 609 639 RR3DS88TF

RD RR3DS88JQ 639 0 0
GGAAAAATTATATCTCACAAAAAAATATCCCAAAAAAATATGAATAAATTCATAGTGTTT
CTGTTTGCTATTAAAATATGTTTTGTATTGAGTGAAGCTTGCGCAGAAAGTCGTATAGAC
CTCAAGAACGAACTCGGCGCAGGTGTGATGCTCGAAATCCATTGTAAAACTGACGATCCA
ACCAGAGATTTGGGGAGAGTCTCTATAAAATTCAATGACAAAATGGGTTATGGATTCTGG
CCTCTTGTTGAACGAAGACGCAGAACTATATATAGATGTGATCTATGGCATACGATTCCG
AAAAGTCCGGCACATCCTCGCGGCGGAATGAATAGTGTTAATAAGCTTGAAGCATTTGCC
GGGGGCTCGAATAGTAGATGTGGTCAATACCGTGAATGGGTTGCCAGACCTGATGGGATT
TACTTCAGAAGAAATGCTAATAGCCCATATGAACGTAGAAACGACTATCAATGGTTTACA
CTAAGATTTTAAATAAGTTTTTTCTCTTATAACTTAAAAAGGAATATTTATGTAAGTTGA
TTCTTTGTATTTGTAAATAACTAATCCCTAAGTTGTATTAATAATGTGCTACAAATATGT
AGCAAAAAATGTAATAAAATGTGAGATTATTAAATGATT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3C485TF 601 0 0
GGAT
ATCTCACAAAAAAATATCCCAAAAAAATATGAATAAATTCATAGTGTTTCTGGTTGCTAT
TAAAATATGTTTTGTATTGAGTGAAGCTTGCGCAGAAAGTCGTATAGACCTCAAGAACGA
ACTCGGCGCAGGTGTGATGCTCGAAATCCATTGTAAATCTGACGATCCAACCAGAGATTT
GGGGAGAGTCTCTATAAAATTCAGTGACAAAATGGGTTATGGATTCTGGCCTCTTGTTGA
ACGAAGACGCAGAACTATATATAGATGTGATCTATGGCATACGATTCCGAAAAGTCCGGC
ACATCCTCGCGGCGGAATGAATAGTGTTAATAAGCTTGAAGCATTTGCCGGGGGCTCGAA
TAGTAGATGTGGTCAATACCGTGAATGGGTTGCCAGACCTGATGGGATTTACTTCAGAAG
AAATGCTAATAGCCCATATGAACGTAGAAACGACTATCAATGGTTTACACTAAGATTTTA
AATAAGTTTTTTCTCTTATAACTTAAAAAGGAATATTTATGTAAGTTGATTCTTTGTATT
TGTAAATAACTAATCCCTAAGTTGTATTAATAATGTGCTACAAATATGTAGCAAAAA

QA 5 601 5 601
DS 

RD RR3DS88TF 628 0 0
ATCTCACAAAAAAATATCCCAAAAAAATATGAATAAATTCATAGTGTTTCTGTTTGCTAT
TAAAATATGTTTTGTATTGAGTGAAGCTTGCGCAGAAAGTCGTATAGACCTCAAGAACGA
ACTCGGCGCAGGTGTGATGCTCGAAATCCATTGTAAAACTGACGATCCAACCAGAGATTT
GGGGAGAGTCTCTATAAAATTCAATGACAAAATGGGTTATGGATTCTGGCCTCTTGTTGA
ACGAAGACGCAGAACTATATATAGATGTGATCTATGGCATACGATTCCGAAAAGTCCGGC
ACATCCTCGCGGCGGAATGAATAGTGTTAATAAGCTTGAAGCATTTGCCGGGGGCTCGAA
TAGTAGATGTGGTCAATACCGTGAATGGGTTGCCAGACCTGATGGGATTTACTTCAGAAG
AAATGCTAATAGCCCATATGAACGTAGAAACGACTATCAATGGTTTACACTAAGATTTTA
AATAAGTTTTTTCTCTTATAACTTAAAAAGGAATATTTATGTAAGTTGATTCTTTGTATT
TGTAAATAACTAATCCCTAAGTTGTATTAATAATGTGCTACAAATATGTAGCAAAAAATG
TAATAAAATGTGAGATTATTAAATGATT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 3

CO CL3887Contig1 1011 3 2 U
GGGGCGAAGGCTGCGATTGTCCCCGGGATTGCGTCGTTGATTGTTGTTCCGTTTCTGTTG
TATCTTATCTATCCGCCCACGGTGAAGAGCAGCCCTGATGCTCCCAAGCTGGCTCAGGAG
AAGCTTGATAAGATGGGACCTATGTCCAAGAACGAGTTGATTATGGCTGCCACTTTGTTT
CTCACCGTTGGTCTCTGGATTTTTGGAGCTAAGCTGAGTGTAGATGCTGTGACTGCAGCC
ATTCTTGGATTATCGGTGCTTCTTGTGACAGGTGTTGTCACATGGAAAGAGTGCTTAGCT
GAGTCAGTTGCATGGGACACGCTCACTTGGTTTGCTGCTCTCATTGCAATGGCAGGTTAT
CTTAACAAATACGGTCTCATTGAGTGGTTCAGCCAGACCGTTGTCAAGTTTGTGGGAGGA
TTGGGTTTGTCATGGCAACTATCGTTTGGAATCCTCGTCTTTTTGTACTTCTACACTCAC
TACTTCTTTGCGAGTGGAGCGGCTCACATCGGGGCTATGTTCACTGCATTTTTGTCGGTC
TCAACCGCTCTAGGCACACTACCTTACTTTGCAGCCTTGGTTCTTGCATTCCTCTCGAAC
CTGATGGGAGGACTGACCCATTACGGTATCGGGTCTGCGCCTATCTTCTACGGGGCTAAC
TACGTGCCGCTGGCCAAATGGTGGGGCTACGGATTCTTGATATCGATAGTCAACATTCTT
ATCTGGCTTGGTGTAGGTGGTGCCTGGTGGAAGTTCATTGGCTTGTGGTGAGGACAACTG
TACACCATTGATCTCATTCTTTTCTTTACTGATATGTAATCTCTTAGAATGGCTTCGAGA
TTAGATTGATAAGGAACAAGGATTTTTAAGAGTTTGAGCTGGTGATTTTCTGCGATAATT
TATTCTCTCGCACACATTTTGAGTTATAAGCAGATCTTAACTTTCATCAGTTTTGTTTGT
CACAGACTACTTTTTTTTGTTTTGTTATTAAAGGGAGACCACCCACCTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FA37TF U 1
AF RR3FA37JQ C 209
AF RR3AD72TF U 314
BS 1 593 RR3FA37TF
BS 594 1011 RR3AD72TF

RD RR3FA37TF 593 0 0
GGGGCGAAGGCTGCGATTGTCCCCGGGATTGCGTCGTTGATTGTTGTTCCGTTTCTGTTG
TATCTTATCTATCCGCCCACGGTGAAGAGCAGCCCTGATGCTCCCAAGCTGGCTCAGGAG
AAGCTTGATAAGATGGGACCTATGTCCAAGAACGAGTTGATTATGGCTGCCACTTTGTTT
CTCACCGTTGGTCTCTGGATTTTTGGAGCTAAGCTGAGTGTAGATGCTGTGACTGCAGCC
ATTCTTGGATTATCGGTGCTTCTTGTGACAGGTGTTGTCACATGGAAAGAGTGCTTAGCT
GAGTCAGTTGCATGGGACACGCTCACTTGGTTTGCTGCTCTCATTGCAATGGCAGGTTAT
CTTAACAAATACGGTCTCATTGAGTGGTTCAGCCAGACCGTTGTCAAGTTTGTGGGAGGA
TTGGGTTTGTCATGGCAACTATCGTTTGGAATCCTCGTCTTTTTGTACTTCTACACTCAC
TACTTCTTTGCGAGTGGAGCGGCTCACATCGGGGCTATGTTCACTGCATTTTTGTCGGTC
TCAACCGCTCTAGGCACACTACCTTACTTTGCAGCCTTGGTTCTTGCATTCCT

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3FA37JQ 692 0 0
CTAAGCTGAGTGTAGATGCTGTGACTGCAGCCATTCTTGGATTATCGGTGCTTCTTGTGA
CAGGTGTTGTCACATGGAAAGAGTGCTTAGCTGAGTCAGTTGCATGGGACACGCTCACTT
GGTTTGCTGCTCTCATTGCAATGGCAGGTTATCTTAACAAATACGGTCTCATTGAGTGGT
TCAGCCAGACCGTTGTCAAGTTTGTGGGAGGATTGGGTTTGTCATGGCAACTATCGTTTG
GAATCCTCGTCTTTTTGTACTTCTACACTCACTACTTCTTTGCGAGTGGAGCGGCTCACA
TCGGGGCTATGTTCACTGCATTTTTGTCGGTCTCAACCGCTCTAGGCACACTACCTTACT
TTGCAGCCTTGGTTCTTGCATTCCTCTCGAACCTGATGGGAGGACTGACCCATTACGGTA
TCGGGTCTGCGCCTATCTTCTACGGGGCTAACTACGTGCCGCTGGCCAAATGGTGGGGCT
ATGGATTCTTGATATCGATAGTCAACATTCTTATCTGGCTTGGTGTAGGTGGTGCCTGGT
GGAAGTTCATTGGCTTGTGGTGAGGACAACTGTACACCATTGATCTCATTCTTTTCTTTA
CTGATATGTAATCTCTTAGAATGGCTTCGAGATTAGATTGATAAGGAACAAGGATTTTTA
AGAGTTTGAGCTGGTGATTTTCTGCGATAATT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3AD72TF 698 0 0
GGGACACGCTCACTTGGTTTGCTGCTCTCATTGCAATGGCGGGTTATCTTAACAAATACG
GTCTCATTGAGTGGTTCAGCCAGACCGTTGTCAAGTTTGTGGGAGGATTGGGTTTGTCAT
GGCAACTATCGTTTGGAATCCTCGTCCTTTTGTACTTCTACACTCACTATTTCTTTGCGA
GTGGAGCGGCTCACATCGGGGCTATGTTCACTGCATTTTTGTCGGTCTCAACCGCTCTAG
GCACACCACCTTACTTTGCAGCCTTGGTTCTTGCATTCCTCTCGAACCTGATGGGAGGAC
TGACCCATTACGGTATCGGGTCTGCGCCTATCTTCTACGGGGCTAACTACGTGCCGCTGG
CCAAATGGTGGGGCTACGGATTCTTGATATCGATAGTCAACATTCTTATCTGGCTTGGTG
TAGGTGGTGCCTGGTGGAAGTTCATTGGCTTGTGGTGAGGACAACTGTACACCATTGATC
TCATTCTTTTCTTTACTGATATGTAATCTCTTAGAATGGCTTCGAGATTAGATTGATAAG
GAACAAGGATTTTTAAGAGTTTGAGCTGGTGATTTTCTGCGATAATTTATTCTCTCGCAC
ACATTTTGAGTTATAAGCAGATCTTAACTTTCATCAGTTTTGTTTGTCACAGACTACTTT
TTTTTGTTTTGTTATTAAAGGGAGACCACCCACCTTTA

QA 1 698 1 698
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL3889Contig1 924 2 2 U
GGAAGACACTTGAACACCACCATGGGTCGTGTCATCAGAGCCCAACGTAAGGGAGCGGGT
TCCGTCTTCAAGTCCCACACTCACCACCGCAAGGGTCCCGCCAAATTCAGGAGCCTCGAC
TTCGGCGAGAGAAACGGATACCTCAAGGGCGTCGTCACGGAGATCATCCACGATCCGGGA
CGCGGAGCTCCGTTGGCTCGCGTCGCGTTCCGTCATCCTTTCCGTTACAAGAAGCAGAAG
GAGCTTTTCGTCGCCGCCGAGGGTATGTACACCGGGCAGTTTCTCTACTGCGGTAAGAAA
GCAACTCTCGTCGTCGGAAATGTGCTTCCTCTCAGATCTATCCCCGAAGGAGCTGTTGTC
TGCAACGTCGAGCACCATGTCGGTGATCGTGGGGTTTTCGCTAGGGCTTCTGGTGATTAC
GCTATCGTTATCGCTCACAACCCCGACAACGACACCACTAGGGTTAAGTTGCCATCTGGT
TCGAAGAAGATTGTTCCAAGTGGATGCAGGGCTATGATTGGTCAAGTTGCTGGTGGTGGA
AGGACGGAAGCCGATGCTTAAGGCTGGTAACGCATACCACAAGTACCGTGTGAAGAGAAA
CTGCTGGCCTAAGGTTCGTGGTGTGGCTATGAATCCAGTTGAGCATCCTCACGGAGGAGG
TAACCATCAGCATATCGGTCACGCTAGTACTGTTCGTCGTGATGCGCCTCCTGGACAAAA
AGTTGGTCTTATTGCTGCGAGGAGGACCGGTCGTCTCATAGGTCAAGCTGCTGCTCTTGC
TTCCAAGCAAGAATAAGGAGAGGAGGCTTGACGATGAAATCGCTCAATGTTTTTGGATGG
TGTTTAAGACCTTGTTTTGAAACCTTAAGGAGAGGAGACAGTGTTCTTTGAGACCTTTTC
TCGATCTATTTCTTGAGTTTATTG


BQ
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AF RR3AV61TF U 1
AF RR3AV61JQ C 151
BS 1 756 RR3AV61TF
BS 757 924 RR3AV61JQ

RD RR3AV61TF 756 0 0
GGAAGACACTTGAACACCACCATGGGTCGTGTCATCAGAGCCCAACGTAAGGGAGCGGGT
TCCGTCTTCAAGTCCCACACTCACCACCGCAAGGGTCCCGCCAAATTCAGGAGCCTCGAC
TTCGGCGAGAGAAACGGATACCTCAAGGGCGTCGTCACGGAGATCATCCACGATCCGGGA
CGCGGAGCTCCGTTGGCTCGCGTCGCGTTCCGTCATCCTTTCCGTTACAAGAAGCAGAAG
GAGCTTTTCGTCGCCGCCGAGGGTATGTACACCGGGCAGTTTCTCTACTGCGGTAAGAAA
GCAACTCTCGTCGTCGGAAATGTGCTTCCTCTCAGATCTATCCCCGAAGGAGCTGTTGTC
TGCAACGTCGAGCACCATGTCGGTGATCGTGGGGTTTTCGCTAGGGCTTCTGGTGATTAC
GCTATCGTTATCGCTCACAACCCCGACAACGACACCACTAGGGTTAAGTTGCCATCTGGT
TCGAAGAAGATTGTTCCAAGTGGATGCAGGGCTATGATTGGTCAAGTTGCTGGTGGTGGA
AGGACGGAAGCCGATGCTTAAGGCTGGTAACGCATACCACAAGTACCGTGTGAAGAGAAA
CTGCTGGCCTAAGGTTCGTGGTGTGGCTATGAATCCAGTTGAGCATCCTCACGGAGGAGG
TAACCATCAGCATATCGGTCACGCTAGTACTGTTCGTCGTGATGCGCCTCCTGGACAAAA
AGTTGGTCTTATTGCTGCGAGGAGGACCGGTCGTCT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3AV61JQ 774 0 0
GTCGTCACGGAGATCATCCACGATCCGGGACGCGGAGCTCCGTTGGCTCGCGTCGCGTTC
CGTCATCCTTTCCGTTACAAGAAGCAGAAGGAGCTTTTCGTCGCCGCCGAGGGTATGTAC
ACCGGGCAGTTTCTCTACTGCGGTAAGAAAGCAACTCTCGTCGTCGGAAATGTGCTTCCT
CTCAGATCTATCCCCGAAGGAGCTGTTGTCTGCAACGTCGAGCACCATGTCGGTGATCGT
GGGGTTTTCGCTAGGGCTTCTGGTGATTACGCTATCGTTATCGCTCACAACCCCGACAAC
GACACCACTAGGGTTAAGTTGCCATCTGGTTCGAAGAAGATTGTTCCAAGTGGATGCAGG
GCTATGATTGGTCAAGTTGCTGGTGGTGGAAGGACGGAAGCCGATGCTTAAGGCTGGTAA
CGCATACCACAAGTACCGTGTGAAGAGAAACTGCTGGCCTAAGGTTCGTGGTGTGGCTAT
GAATCCAGTTGAGCATCCTCACGGAGGAGGTAACCATCAGCATATCGGTCACGCTAGTAC
TGTTCGTCGTGATGCGCCTCCTGGACAAAAGGTTGGTCTTATTGCTGCGAGGAGGACCGG
TCGTCTCATAGGTCAAGCTGCTGCTCTTGCTTCCAAGCAAGAATAAGGAGAGGAGGCTTG
ACGATGAAATCGCTCAATGTTTTTGGATGGTGTTTAAGACCTTGTTTTGAAACCTTAAGG
AGAGGAGACAGTGTTCTTTGAGACCTTTTCTCGATCTATTTCTTGAGTTTATTG

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL3890Contig1 709 2 5 U
GGAGGTTTTCTTTCAGCTTAAAGGACAAACCTTTTTTGATCCTATCTCTCACACGAAGTG
GTTGAGACTAGGCGTAGTTGAGACTGTTGCCATAAATAAACAAAAGCTCTCTCTTTCTTT
CTTTCTGATTGATTGATTGTTTGGTAGGTTCGACGAAAGCTTTGATCTTTTGCATAAAAT
GGCGTCTCTTTTAAGCAGATTCGGTCGGAAAGTGGCTGTTCCGGGCTCAGCTCACGGAGC
ACGGATGGTTTCTACGACGACGTCGTGTGGATCAGAAACCGTGAAGTCGTTGAACCTGTA
CTCTGCTATCAACCAAGCTCTTCACATCGCCTTGGAAACCGATCCTCGCTCTTATGTATT
TGGGGAAGATGTTGGATTTGGTGGAGTCTTTCGCTGCACAACAGGATTAGCTGAACGGTT
CGGGAAAAACCGTGTCTTCAACACTCCTCTTTGTGAACAAGGCATTGTTGGATTTGGTAT
TGGTCTAGCAGCAATGGGGAATCGAGCAGTTGTAGAAATTCAATTTGCAGACTATATTTA
TCCTGCTTTTGATCAGATTGTTAATGAAGCTGCAAAGTTCAGATACCGAAGTGGTAACCA
GTTCAACTGTGGAGGACTTACAATAAGAGCACCGTATGGGGGCGGTTGGTCATGGTGGAC
ATTACCATTCCCAATCCCCTGAGGCTTTCTTCTGCCATGTCCCCGGTAT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EL78TF U 1
AF RR3G168TF U 32
BS 1 127 RR3EL78TF
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BS 642 642 RR3G168TF
BS 643 709 RR3EL78TF

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CTTTCTGGTTGATTGATTGTTTGGTAGGTTCGACGAAAGCTTTGATCTTTTGCATAAAAT
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ACGGATGGTTTCTACGACGACGTCGTGTGGATCAGAAACCGTGAAGTCGTTGAACCTGTA
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TGGGGAAGATGTTGGATTTGGTGGAGTCTTTCGCTGCACAACAGGATTAGCTGAACGGTT
CGGGAAAAACCGTGTCTTCAACACTCCTCTTTGTGAACAAGGCATTGTTGGATTTGGTAT
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GTTCAACTGTGGAGGACTTACAATAAGAGCACCGTATGGGG*CGGTTGGTCATGGTGGAC
ATTACCATTCCCAATCCCCTGAGGCTTTCTTCTGCCATGTCCCCGGTAT

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DS 

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GTGGCTGTTCCGGGCTCAGCTCACGGAGCACGGATGGTTTCTACGACGACGTCGTGTGGA
TCAGAAACCGTGAAGTCGTTGAACCTGTACTCTGCTATCAACCAAGCTCTTCACATCGCC
TTGGAAACCGATCCTCGCTCTTATGTATTTGGGGAAGATGTTGGATTTGGTGGAGTCTTT
CGCTGCACAACAGGATTAGCTGAACGGTTCGGGAAAAACCGTGTCTTCAACACTCCTCTT
TGTGAACAAGGCATTGTTGGATTTGGTATTGGTCTAGCAGCAATGGGGAATCGAGCAGTT
GTAGAAATTCAATTTGCAGACTATATTTATCCTGCTTTTGATCAGATTGTTAATGAAGCT
GCAAAGTTCAGATACCGAAGTGGTTACCAGTTCAACTGTGGAGGACTTACAATAAGAGCA
CCGTATGGGGGCGGTTGGTCATGGTGGACATTACCATTCCCAATCCCCTGAGGCTTTCTT
CTGCCATGTCC
CCGGTA

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

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TGGACTTGATAAAGCGAAAGGACCATTTGCGACATTCATTGTTCAGAAGGGCACTTTGAA
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CAGCGGGGAACGAGTTGATGAAGCTGGACCCTCCATACCTGTACAGGTGATTGGTTTAAA
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GATGGCAGAGGCACGTGCAGTATCACTACGAGATGAAAGGATATCTGCAAAGGCTGGGGA
TGGAAAAGTCACGCTTTCATCCTTAGCTTCTGCTGTATCAGCCAAAAAGATGTCAGGCTT
AGATTTGCATCAGCTTAATATCATCTTGAAGGTTGATGTACAGGGATCCATTGAAGCTGT
CAGACAAGCTCTGCAAGTGCTTCCTCAAGAGAATGTGACATTGAAATTTTTGCTACAAGC
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CGGGTTTAATGTCAAAGCATCTGGCTCCGTTAAAAAAGCTGCAGAAAACAAAGGTGTTGA
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ACTTCTTGAGTCTGTTGAGGAACAAATCCCAATAGGGTCAGCAGAAGTTCGAGCTACTTT
CAGCAGTGGAAGCGGTCGTGTGGCTGGATGCATGGTGAATGAAGGCAAATTTGTCAAAGA
TTGTGGCATCAGGGTGATCCGGAAGGGTAAAACCGTCCATGTCGGTGTCCTTGATTTTTT
TAAACGTGTCAAAGAAAATGTGAAAGAGGTGGGTGCTGGATTAGAATGTGGTATCGGTAT
GGATGACTATGATGATTGGATTGAAGGAGACACCATTGAGGCCTTTAACGCGGTTCAAAA
GAGGAGAACGTTAGAAGAAGCATTTGCTTCAATGTCTGTTGCAATTGAAGAGGCTGGAGT
TTGAGCTGTAATTTTTAGTCATCAAAGAAGCAAACAGGGTACAGCTTTGAGTTCGCACAA
CAGTTTGGTTGGTACATTGTGTGTATGGTCTCATGTTGTATATGGTAAATGTTTCTCTAC
ATTCAGTTGATTAATGTAGGGAAAAAAACAAAATGTGACAATATTTTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AW26TF U 1
AF RR3AW26JQ C 532
BS 1 820 RR3AW26TF
BS 821 1251 RR3AW26JQ

RD RR3AW26TF 820 0 0
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AGATTTGCATCAGCTTAATATCATCTTGAAGGTTGATGTACAGGGATCCATTGAAGCTGT
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GACAGGGGATGTGAGCAACAGTGATGTTGATCTAGCTTCAGCGAGTGAAGCCATCATTTT
CGGGTTTAATGTCAAAGCATCTGGCTCCGTTAAAAAAGCTGCAGAAAACAAAGGTGTTGA
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ACTTCTTGAGTCTGTTGAGGAACAAATCCCAATAGGGTCAGCAGAAGTTCGAGCTACTTT
CAGCAGTGGAAGCGGTCGTGTGGCTGGATGCATGGTGAAT

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3AW26JQ 720 0 0
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CATCATTTTCGGGTTTAATGTCAAAGCATCTGGCTCCGTTAAAAAAGCTGCAGAAAACAA
AGGTGTTGAAATCCGGCCTTACAGAGTTATCTATGAGCTTATTGACGATGTACGAAACGC
AATGGAAGGACTTCTTGAGTCTGTTGAGGAACAAATCCCAATAGGGTCAGCAGAAGTTCG
AGCTACTTTCAGCAGTGGAAGCGGTCGTGTGGCTGGATGCATGGTGAATGAAGGCAAATT
TGTCAAAGATTGTGGCATCAGGGTGATCCGGAAGGGTAAAACCGTCCATGTCGGTGTCCT
TGATTTTTTTAAACGTGTCAAAGAAAATGTGAAAGAGGTGGGTGCTGGATTAGAATGTGG
TATCGGTATGGATGACTATGATGATTGGATTGAAGGAGACACCATTGAGGCCTTTAACGC
GGTTCAAAAGAGGAGAACGTTAGAAGAAGCATTTGCTTCAATGTCTGTTGCAATTGAAGA
GGCTGGAGTTTGAGCTGTAATTTTTAGTCATCAAAGAAGCAAACAGGGTACAGCTTTGAG
TTCGCACAACAGTTTGGTTGGTACATTGTGTGTATGGTCTCATGTTGTATATGGTAAATG
TTTCTCTACATTCAGTTGATTAATGTAGGGAAAAAAACAAAATGTGACAATATTTTGTTG

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 3

CO CL3892Contig1 1107 3 10 U
GTGGAGCAGGGGAATTAGTGCTTGCGCGATATGTGATGGAGCTTCGCCTCTGTTTAAAGG
GCAAGTACTTGCCGTGGTTGGAGGAGGAGATACTGCGACCGAGGAAGCTTTGTACCTCAC
AAAATATGCACGTCATGTTCATTTGCTTGTTCGCAGAGACCAGTTGAGAGCATCCAAAGC
TATGCAAGATAGAGTGATCAACAATCCAAACATCACAGTGCATTACAACACGGAAACGGT
GGACATATTGAGCAACACCAAGGGACAGATGTCTGGCATTCTACTCAGAAGAGTTGATAC
CGGAGAAGAAACAGAGTTGGAGGCAAAAGGGTTGTTTTATGGAATAGGGCATTCGCCAAA
TAGTCAGCTATTGGAAGGCCAAGTCGAGCTCGACAGCTCAGGGTCCGTGCTGGTTCGCGA
AGGGACATCGAATACATCAGTTGAAGGTGTATTTGCTGCAGGAGATGTGCAGGACCATGA
ATGGAGACAAGCTGTAACTGCTGCTGGATCAGGATGCATGGCTGCTTTGTCAGCCGAGAG
ATACCTCACAAGTAACAATCTTCTTGTTGAATTTCACCAGCCTCAAACTGAAGAGACCAA
GAAAGAATTCACACAGCGGGATGTCCAAGAAAAGTTTGATATCACTCTTACAAAGCATCG
GGGACAGTATGCTCTTAGAAAATTGTACCATGAGTCTCCAAGAGTTATATGTGTATTATA
CACTTCACCAACTTGTGGCCCATGTAGGACTCTGAAGCCTATCTTGAACAAGGTGGTCGA
CGAGTATCACAACGATGTGCACTTTGTTGAAATAGACATCGAGGAAGATCAAGAAATTGC
TGAAGCAGCCGGAATCATTGGAACGCCATGTGTGCAGTTCTTTAAGAACAAGGAAATGCT
CAGGACTGTATCGGGTGTGAAGATGAAGAAAGAGTACCGAGAATTCATCGAGGCCAATAA
ATGAGGACAGCAGATAGACTTTATTGTTTCTGGCACACGCCAAATCTTATCATATGATTC
AGTTTGTTCATTCAAACATACTTTGGAGTTACTGAAGCAACGCCAATGAATCTCAAAATT
TAAACAAATAAAATCATCATTCATCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI16TF U 1
AF RR3FM43TF U 91
AF RR3CI16JQ C 243
BS 1 681 RR3CI16TF
BS 682 682 RR3FM43TF
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BS 701 701 RR3FM43TF
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BS 731 731 RR3FM43TF
BS 732 747 RR3CI16TF
BS 748 748 RR3CI16JQ
BS 749 758 RR3CI16TF
BS 759 1107 RR3CI16JQ

RD RR3CI16TF 765 0 0
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GCAAGTACTTGCCGTGGTTGGAGGAGGAGATACTGCGACCGAGGAAGCTTTGTACCTCAC
AAAATATGCACGTCATGTTCATTTGCTTGTTCGCAGAGACCAGTTGAGAGCATCCAAAGC
TATGCAAGATAGAGTGATCAACAATCCAAACATCACAGTGCATTACAACACGGAAACGGT
GGACATATTGAGCAACACCAAGGGACAGATGTCTGGCATTCTACTCAGAAGAGTTGATAC
CGGAGAAGAAACAGAGTTGGAGGCAAAAGGGTTGTTTTATGGAATAGGGCATTCGCCAAA
TAGTCAGCTATTGGAAGGCCAAGTCGAGCTCGACAGCTCAGGGTCCGTGCTGGTTCGCGA
AGGGACATCGAATACATCAGTTGAAGGTGTATTTGCTGCAGGAGATGTGCAGGACCATGA
ATGGAGACAAGCTGTAACTGCTGCTGGATCAGGATGCATGGCTGCTTTGTCAGCCGAGAG
ATACCTCACAAGTAACAATCTTCTTGTTGAATTTCACCAGCCTCAAACTGAAGAGACCAA
GAAAGAATTCACACAGCGGGATGTCCAAGAAAAGTTTGATATCACTCTTACAAAGCATCG
GGGACAGTATGCTCTTAGAAA*TTGTACCATGAGTCTCCA*GAGTTATATGTGTATTATA
CACTTCACCA*CTTGTGGCCCATGTAG*ACTCTGAAGC
TATCTTG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3FM43TF 653 0 0
GG
CTGCGACCGAGGAAGCTTTGTACCTCACAAAATATGCACGTCATGTTCATTTGCTTGTTC
GCAGAGACCAGTTGAGAGCATCCAAAGCTATGCAAGATAGAGTGATCAACAATCCAAACA
TCACAGTGCATTACAACACGGAAACGGTGGACATATTGAGCAACACCAAGGGACAGATGT
CTGGCATTCTACTCAGAAGAGTTGATACCGGAGAAGAAACAGAGCTGGAGGCAAAATGGT
TGTTTTATGGAATAGGGCATTCGCCAAATAGTCAGCTATTGGAAGGCCAAGTCGAGCTCG
ACAGCTCAGGGTACGTGCTGGTTCGCGAAGGGACATCGAATACATCAGT**AAGGTGTAT
TTGCTGCAGGAGATGTGCAGGACCATGAATGGAGACAAGCTGTAACTGCTGCTAGATCAG
GATGCATGGCTGCTTTGTCAGCCGAGAGATACCTCACAAGTAACAATCTTCTTGTTGAAT
TTCACCAGCCTCAAACTGAAGAGACCAAGAAAGAATTCACACAGCGGGATGTCCAAGAAA
AGTTTGATATCACTCTTACAAAGCATCGGGGACAGTATGCTCTTAGAAAATTGTACCATG
AGTCTCCAAGAGTTATATGTGTATTATACACTTCACCAACTTGTGGCCCAT

QA 3 653 3 653
DS 

RD RR3CI16JQ 865 0 0
GACATA
TGAGCAACACCAAGGGACAGATGTCTGGCATTCTACTCAGAAGAGT*GATAC*GGAGAAG
AAACAGAGTTGGAGGCAAAAGGGT*GTTTTATGGAATAGGGCATTCGCCAAATAGTCAGC
TATTGGAAGGCCAAGTCGAGCTCGACAGCTCAGGGTCCGTGCTGGTTCGCGAAGGGACAT
CGAATACATCAGTTGAAGGTGTATTTGCTGCAGGAGATGTGCAGGACCATGAATGGAGAC
AAGCTGTAACTGCTGCTGGATCAGGATGCATGGCTGCTTTGTCAGCCGAGAGATACCTCA
CAAGTAACAATCTTCTTGTTGAATTTCACCAGCCTCAAACTGAAGAGACCAAGAAAGAAT
TCACACAGCGGGATGTCCAAGAAAAGTTTGATATCACTCTTACAAAGCATCGGGGACAGT
ATGCTCTTAGAAAATTGTACCATGAGTCTCCAAGAGTTATATGTGTATTATACACTTCAC
CAACTTGTGGCCCATGTAGGACTCTGAAGCCTATCTTGAACAAGGTGGTCGACGAGTATC
ACAACGATGTGCACTTTGTTGAAATAGACATCGAGGAAGATCAAGAAATTGCTGAAGCAG
CCGGAATCATTGGAACGCCATGTGTGCAGTTCTTTAAGAACAAGGAAATGCTCAGGACTG
TATCGGGTGTGAAGATGAAGAAAGAGTACCGAGAATTCATCGAGGCCAATAAATGAGGAC
AGCAGATAGACTTTATTGTTTCTGGCACACGCCAAATCTTATCATATGATTCAGTTTGTT
CATTCAAACATACTTTGGAGTTACTGAAGCAACGCCAATGAATCTCAAAATTTAAACAAA
TAAAATCATCATTCATCGT

QA 7 865 7 865
DS 



AS 1 3

CO CL3893Contig1 758 3 9 U
GGACGCTGACCAAATAACATCTCCTTGTGGTTGGTTTCTCACCGCCTGATTGCGATTCCC
GCTTAAATCGACACTCTGCCTCCGTCGCTCGAATCTCCGGCAATAGAATCTCACGGTTTC
GCTAAATCACCGCCGGGTAAACTCTTTATATATCCCCAATATTCAAAAGCGATGATATCT
GAAATCAACAAAAGAAAGGATTCTTGTTTCGGCAACTCCGATGCGTCGAAATCGAATTCG
TGTGTTGATCAAAAGTTGGAGACTTTCTGCTTCTGTTTAGGACTCAGTCACTGTTAATCC
TTGTGTGTCTTTTTTGTCAGGTGCTTTGGTCGATATCTTCCCTTTTGGCCATGGACGTTA
CAGGACAAGCAGCGAAGAAAGAGGTTTCAAAGACTGTAAACGACGACGTTTCATCAGTCG
AGATCAAAGTGTTGTTATTCGCTAGAGCGCGTGAGCTCACGGGTGTGCCTGATCTAACAC
TGAAGATGCCATCAGGTAGTACTACAAAGAAATGTATGGACGAGTTGGTCGTCAAGTTTC
CAAAGTTAGAAGAGGTACGCAGCTGTGTGGTTCTTGCTTTGAACGAGGAATATACAACTG
ACTCGGCCATTGTTAAACACAGAGATGAGTTAGCCATCATACCTCCTATAAGTGGTGGCT
AATGCCTTTTTTTTTGTATATGTAACTAAATCCTTTTAACTTTGGGGTTTTGTATTTTCA
TTGGCAATAAAATTATAAATGTAACAGTTTAAAAGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO77TF U 1
AF RR3BS60TF U 6
AF RR3BS60JQ C 50
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BS 245 255 RR3EO77TF
BS 256 256 RR3BS60TF
BS 257 304 RR3EO77TF
BS 305 305 RR3BS60TF
BS 306 492 RR3EO77TF
BS 493 639 RR3BS60TF
BS 640 758 RR3BS60JQ

RD RR3EO77TF 492 0 0
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GCTTAAATCGACACTCTGCCTCCGTCGCTCGAATCTCCGGCAATAGAATCTCACGGTTTC
GCTAAATCACCGCCGGGTAAACTCTTTATATATCCCCAATATTCAAAAGCGATGATATCT
GAAATCAACAAAAGAAAGGATTCTTGTTTCGGCAACTCCGATGCGTCGAAATCGAATTCG
TG**TTGATCAAAAGCTGGAGACTTTCTGCTTCTGTTTAGGACTCAGTCACTGTTAATCC
TTGT*TGTCTTTTTTGTCAGGTGCTTTGGTCGATATCTTCCCTTTTGGCCATGGACGTTA
CAGGACAAGCAGCGAAGAAAGAGGTTTCAAAGACTGTAAACGACGACGTTTCATCAGTCG
AGATCAAAGTGTTGTTATTCGCTAGAGCGCGTGAGCTCACGGGTGTGCCTGATCTAACAC
TGAAGATGCCAT

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR3BS60TF 634 0 0
GG
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TCGACACTCTGCCTCCGTCGCTCGAATCTCCGGCAATAGAATCTCACGGTTTCGCTAAAT
CACCGCCGGGTAAACTCTTTATATATCCCCAATATTCAAAAGCGATGATATCTGAAATCA
ACAAAAGAAAGGATTCTTGTTTCGGCAACTCCGATGCGTCGAAATCGAATTCGTGTGTTG
ATCAAAAGTTGGAGACTTTCTGCTTCTGTTTAGGACTCAGTCACTGTTAATCCTTGTGTG
TCTTTTTTGTCAGGTGCTTTGGTCGATATCTTCCCTTTTGGCCATGGACGTTACAGGACA
AGCAGCGAAGAAAGAGGTTTCAAAGACTGTAAACGACGACGTTTCATCAGTCGAGATCAA
AGTGTTGTTATTCGCTAGAGCGCGTGAGCTCACGGGTGTGCCTGATCTAACACTGAAGAT
GCCATCAGGTAGTACTACAAAGAAATGTATGGACGAGTTGGTCGTCAAGTTTCCAAAGTT
AGAAGAGGTACGCAGCTGTGTGGTTCTTGCTTTGAACGAGGAATATACAACTGACTCGGC
CATTGTTAAACACAGAGATGAGTTAGCCATCA

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DS 

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CTCACGGTTTCGCTAAATCACCGCCGGGTAAACTCTTTATATATCCCCAATATTCAAAAG
CGATGATATCTGAAATCAACAAAAGAAAGGATTCTTGTTTCGGCAACTCCGATGCGTCGA
AATCGAATTCGTGTGTTGATCAAAAGTTGGAGACTTTCTGCTTCTGTTTAGGACTCAGTC
ACTGTTAATCCTTGTGTGTCTTTTTTGTCAGGTGCTTTGGTCGATATCTTCCCTTTTGGC
CATGGACGTTACAGGACAAGCAGCGAAGAAAGAGGTTTCAAAGACTGTAAACGACGACGT
TTCATCAGTCGAGATCAAAGTGTTGTTATTCGCTAGAGCGCGTGAGCTCACGGGTGTGCC
TGATCTAACACTGAAGATGCCATCAGGTAGTACTACAAAGAAATGTATGGACGAGTTGGT
CGTCAAGTTTCCAAAGTTAGAAGAGGTACGCAGCTGTGTGGTTCTTGCTTTGAACGAGGA
ATATACAACTGACTCGGCCATTGTTAAACACAGAGATGAGTTAGCCATCATACCTCCTAT
AAGTGGTGGCTAATGCCTTTTTTTTTGTATATGTAACTAAATCCTTTTAACTTTGGGGTT
TTGTATTTTCATTGGCAATAAAATTATAAATGTAACAGTTTAAAAGACT

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DS 



AS 1 3

CO CL3894Contig1 1471 3 11 U
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GAGGAGACGAACGTCGCGGAGGAGATGATCAAAGGGACGAGAGACCCAGATCCACTTGGG
CTAATGTGGTTTCCGGTGAGGACGATGATCATAACCGCGCGGGAGGATCTGTGCCATCGC
CACATGATCGTCGCCAAAATCCAGAGGAGAATCAATGGGAGAAGAAGGGAGAAAGGATGT
CCACAAGACATTCACATAAGGAAGAGAATGAGTATGCTGCTCAAGTAACCGAGCAACAAG
ACTCCTCGGAGAGCCAGAAAGAAGACAACGACGGTTGGGAAACCGTGGGGAAAAGAAACC
TTCAAGACAATCACATAAGGTCAAGAAGGAGCAGTGGCAAGGCTACAAATGCCCAGCGAG
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GCTCTCAGGTCTCTCAGAAGCTTGCAACAAACTCTGGGAGCTCGACTCGAACCGCCTCGT
CCCCGGAAACGATTACCAGATCGACTGCGGAGACGGGAAAAGAGTCCACGAGAGATCAGA
CATGGCTGAAGGGTTGCTCTTCTCTTGGGTGAGCGACGAGGTCTTCAGAAAACCGACGTT
CGCTAGGTTCTGCTCGTTGCTCGACAACTACAACCCGCACGAAGGTTACAAAGAAGTTGC
CACCCAAGAAGAGAGGCAAGAGCAGGCGGCTTTCATCGAAGAGATCAGCAGAACCGCTGT
TGTTAAGTACCTTCACAAGTACCTTGCGATCAAGGACGTTGCTCCTGGGAGCTACCAAGA
GTTCAAGAGAATGCTGACCAGTCTCTGGTTCGATCTCTATGGACGTGGAGGCACCTCTGG
CTCCTCTTCTGCCTTTGAACATGTCTTTGTAGGTGAGATCAAACAGTGTGGTGGAGAACA
AGTCTCTGGCTTCCATAACTGGCTTCAGTTCTACCTAGAAGAAGCCAAAGGATCAGTTGA
TTACCAAGGGTATATATTCCCCCGTCGTCGTGGTGAAATTCCTGATTCAGAGACTCAGCT
GCTAACGATCCAGTTCGAGTGGAACGGTGTTTTGAAATCAGTGTCGAGTACACTAGTTGG
AGTTAGTCCAGAGTTCGAGTTGGCTCTGTACACGATGTGTTTCTTCATGGGAAGGGAAGA
CAACCACATTCAGTTGGGTCCATACAGTGCCAATGTCAAATGCTACCGACTTGGCAACAA
CCGTATTGGCTCAGCTTTCCCCATTGCAGAATCTTGATAACCTCTCTCTCTCTTTCTTGA
TGGGTCCTTAATCAAAAAAAAACATTACAAAATATCTATGCGTTGAGCAGTACTCTATTG
AATTATTATTATTGTTGTCAGAGATCTTTCTGTCTACCTGTTAGACTTATAGAAATATCT
TGTTTTGATATTTCCTTGGATATTTTATGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GE22TF U 1
AF RR3BB47TF U 558
AF RR3GE22JQ C 939
BS 1 704 RR3GE22TF
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BS 706 745 RR3GE22TF
BS 746 746 RR3BB47TF
BS 747 790 RR3GE22TF
BS 791 1225 RR3BB47TF
BS 1226 1226 RR3GE22JQ
BS 1227 1351 RR3BB47TF
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BS 1353 1385 RR3BB47TF
BS 1386 1471 RR3GE22JQ

RD RR3GE22TF 790 0 0
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GAGGAGACGAACGTCGCGGAGGAGATGATCAAAGGGACGAGAGACCCAGATCCACTTGGG
CTAATGTGGTTTCCGGTGAGGACGATGATCATAACCGCGCGGGAGGATCTGTGCCATCGC
CACATGATCGTCGCCAAAATCCAGAGGAGAATCAATGGGAGAAGAAGGGAGAAAGGATGT
CCACAAGACATTCACATAAGGAAGAGAATGAGTATGCTGCTCAAGTAACCGAGCAACAAG
ACTCCTCGGAGAGCCAGAAAGAAGACAACGACGGTTGGGAAACCGTGGGGAAAAGAAACC
TTCAAGACAATCACATAAGGTCAAGAAGGAGCAGTGGCAAGGCTACAAATGCCCAGCGAG
CGAACAACACTACTCAGACGACTCTGAAACACACGGAGACCTAGAGCCCTCAGAGCTAGA
GCTCTCAGGTCTCTCAGAAGCTTGCAACAAACTCTGGGAGCTCGACTCGAACCGCCTCGT
CCCCGGAAACGATTACCAGATCGACTGCGGAGACGGGAAAAGAGTCCACGAGAGATCAGA
CATGGCTGAAGGGTTGCTCTTCTCTTGGGTGAGCGACGAGGTCTTCAGAAAACCGACGTT
CGCTAGGTTCTGCTCGTTGCTCGACAACTACAACCCGCACGAAG*TTACAAAGAAGTTGC
CACCCAAGAAGAGAGGCAAGAGCAG*CGGCTTTCATCGAAGAGATCAGCAGAACCGCTGT
TGTTAAGTAC

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3BB47TF 828 0 0
G
GATCGACTGCGGAGACGGGAAAAGAGTCCACGAGAGATCAGACATGGCTGAAGGGTTGCT
CTTCTCTTGGGTGAGCGACGAGGTCTTCAGAAAACCGACGTTCGCTAGGTTCTGCTCGTT
GCTCGACAACTACAACCCGCACGAAGGTTACAAAGAAGTTGTCACCCAAGAAGAGAGGCA
AGAGCAGGCGGCTTTCATCGAAGAGATCAGCAGAACCGCTGTTGTTAAGTACCTTCACAA
GTACCTTGCGATCAAGGACGTTGCTCCTGGGAGCTACCAAGAGTTCAAGAGAATGCTGAC
CAGTCTCTGGTTCGATCTCTATGGACGTGGAGGCACCTCTGGCTCCTCTTCTGCCTTTGA
ACATGTCTTTGTAGGTGAGATCAAACAGTGTGGTGGAGAACAAGTCTCTGGCTTCCATAA
CTGGCTTCAGTTCTACCTAGAAGAAGCCAAAGGATCAGTTGATTACCAAGGGTATATATT
CCCCCGTCGTCGTGGTGAAATTCCTGATTCAGAGACTCAGCTGCTAACGATCCAGTTCGA
GTGGAACGGTGTTTTGAAATCAGTGTCGAGTACACTAGTTGGAGTTAGTCCAGAGTTCGA
GTTGGCTCTGTACACGATGTGTTTCTTCATGGGAAGGGAAGACAACCACATTCAGTTGGG
TCCATACTGTGCCAATGTCAAATGCTACCGACTTGGCAACAACCGTATTGGCTCAGCTTT
CCCCATTGCAGAATCTTGATAACCTCTCTCTCTCTTTCTTGATGGGTCCTTAATCAAAAA
AAAACATTACAAA*TATCTATGCGTTGAGCAGTACTCTATTGAATTA

QA 2 828 2 828
DS 

RD RR3GE22JQ 533 0 0
TCAAACAGTGTGGTGGAGAACAAGTCTCTGGCTTCCATAACTGGCTTCAGTTCTACCTAG
AAGAAGCCAAAGGATCAGTTGATTACCAAGGGTATATATTCCCCCGTCGTCTTGGTGAAA
TTCCTGATTCAGAGACTCAGCTGCTAACGATCCAGTTCGAGTGGAACGGTGTTTTGAAAT
CAGTGTCGAGTACACTAGTTGGAGTTAGTCCAGAGTTCGAGTTGGCTCTGTACACGATGT
GTTTCTTCATGGGAAGGGAAGACAACCACATTCAGTTGGGTCCATACAGTGTCAATGTCA
AATGCTACCGACTTGGCAACAACCGTATTGGCTCAGCTTTCCCCATTGCAGAATCTTGAT
AACCTCTCTCTCTCTTTCTTGATGGGTCCTTAATCAAAAAAAAACATTACAAAATATCTA
TGCGTTGAGCAGTACTCTATTGGATTATTATTATTGTTGTCAGAGATCTTTCTGTCTACC
TGTTAGACTTATAGAAATATCTTGTTTTGATATTTCCTTGGATATTTTATGCG

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 3

CO CL3895Contig1 816 3 6 U
GGACACACAAACACATGAAGGAAGATATTCAGATTTCGAAAATGAAGCAACTGAAAATGA
GTACCGAACTAAACCGGACCTGATCGTAACAATTCATCCTCGAGGCGGCCTTCTCAATCT
CAAGACATCCGAGGCACATAGCTTGGCCTGCATAGACCTCTCTGTCTTTGCAACGCCCGC
ATAGAACCACCTGGGATTACTATTTTTCTGCCCGAGATCATACTTTGAACTTTGATTCAT
GGGAAGAGACAGCTGAGTTGGATTATGTAAGGCTTTTGATTAGTTCTCTCCTTGTAAAGT
GATGAGAACGAGAAGCTGGATCGATACTCTATCACGTAACTACCAACCTCCCCTTGATGC
TCACTTGGTAATTTCTGTCATGTCTATGCGGACTCGTGTACAACCTGCATATGCTGTTAA
TATGTGGAACGAGGCAGTCAATAAACTACGGCTCGGTACAGAGCAACTGGATTTGTATGG
GATTCTTGAAGAAACAATGAGGCGTGAAATGTCATTTGATGAGATAGTCGCCATCCCCAA
ACAGGACGAGTGACAACATGTGTTGCTTTTATCCTTGCAATGTACAAAGCCGCTGGTGCA
TTCGGCCCTCTGACTGATCACATTCAAGGCCCTCTAAGTGTTAGGAAAAAATATTCAACC
TGTTTGTCTCTGTAACTCTGTGTTTTATCTACTTTATGTTTATTTATTTAGCAAGCTTTA
GCTTTTTAGTTATAAGTTATAAGCGAAGAAAACCACACATGACAATTATATGTGATTATG
TGATGATATTTTATTAAATATAAGTTGGTTCGAACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL75TF U 1
AF RR3EG77TF U 1
AF RR3EG77JQ C 152
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BS 651 816 RR3EG77JQ

RD RR3FL75TF 587 0 0
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QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3EG77TF 650 0 0
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GTACCGAACTAAACCGGACCTGATCGTAACAATTCATCTTCGAGGCGGCCTTCTCAATCT
CAAGACATCCGAGGCACATAGCTTGGCCTGCATAGACCTCTCTGTCTTTGCAACGCCCGC
ATAGAACCACCTGGGATTACTATTTTTCTGCCCGAGATCATACTTTGAACTTTGATTCAT
GGGAAGAGACAGCTGAGTTGGATTATGTAAGGCTTTTGATTAGTTCTCTCCTTGTAAAGT
GATGAGAACGAGAAGCTGGATCGATACTCTATCACGTAACTACCAACCTCCCCTTGATGC
TCACTTGGTAATTTCTGTCATGTCTATGCGGACTCGTGTACAACCTGCATATGCTGTTAA
TATGTGGAACGAGGCAGTCAATAAACTACGGCTCGGTACAGAGCAACTGGATTTGTATGG
GATTCTTGAAGAAACAATGAGGCGTGAAATGTCATTTGATGAGATAGTCGCCATCCCCAA
ACAGGACGAGTGACAACATGTGTTGCTTTTATCCTTGCAATGTACAAAGCCGCTGGTGCA
TTCGGCCCTCTGACTGATCACATTCAAG*CCCTCTAAGTGTTAGGAAAAA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3EG77JQ 665 0 0
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CCGAGATCATACTTTGAACTTTGATTCATGGGAAGAGACAGCTGAGTTGGATTATGTAAG
GCTTTTGATTAGTTCTCTCCTTGTAAAGTGATGAGAACGAGAAGCTGGATCGATACTCTA
TCACGTAACTACCAACCTCCCCTTGATGCTCACTTGGTAATTTCTGTCATGTCTATGCGG
ACTCGTGTACAACCTGCATATGCTGTTAATATGTGGAACGAGGCAGTCAATAAACTACGG
CTCGGTACAGAGCAACTGGATTTGTATGGGATTCTTGAAGAAACAATGAGGCGTGAAATG
TCATTTGATGAGATAGTCGCCATCCCCAAACAGGACGAGTGACAACATGTGTTGCTTTTA
TCCTTGCAATGTACAAAGCCGCTGGTGCATTCGGCCCTCTGACTGATCACATTCAAGGCC
CTCTAAGTGTTAGGAAAAAATATTCAACCTGTTTGTCTCTGTAACTCTGTGTTTTATCTA
CTTTATGTTTATTTATTTAGCAAGCTTTAGCTTTTTAGTTATAAGTTATAAGCGAAGAAA
ACCACACATGACAATTATATGTGATTATGTGATGATATTTTATTAAATATAAGTTGGTTC
GAACC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 3

CO CL3896Contig1 809 3 9 U
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ACAGCTCAAAAAGTAAAAAAGCCAAAAGAAACAAAGGTTAAAAAAAAGATTCAAAAACTC
TTATTATTGCTCAAAAACTGATGAACAACAATCAAAAGATTTGAGAAGAGTAACATCTCC
TAAGGAACTCAAAAAACATCGCAAAATATATCATCTCGAGCTCATTTAGATCAACTTCCT
CACATCAAAACACCTTCATGTAACTCGCAATGATTTGTGATCATGTCCTATGTTCTCATG
GTAGTTGTCTTAATCGTCCAAGTAGTAGTACGAGCCTGCAGACTTTTGCTCCCTGTCTTT
AGTCGACTCTAATTTGTTGATTCTTGGTCTGAAATTTGTGGGATCCCTTCTGAAGGTGAT
GTTCAGATGGGATAAAAAGAGATTCATCCCAGTGAGCAGTGACTGAGGACAATTTGCAAC
ACAATCAATGGATGGTTGTCCTTCATAGACGATGACTCGGTCTGCCTGATAGGTTGCCAT
TATAAAGTCATGCTCAACTACAAATGCGGTTTTCTTCGCATGGAGAATAAACCGCTTGAT
GACTTTAGACGCCACAATACGCTGCTCTGAATCGAGATATGCACTTGGCTCATCGATCAG
GTATATATCCGCAGGCTTTCCGAGGCACAGAGCTAAAGAAACCCTTTGCAACTCTCCTCC
TGAGAGATTGACAACTTGTTGACCCATCAGCTGCTCAATCTGCAGTGGTTTCATCACGTC
CGACACAAACTGAGGATGCATGTAAGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ32JQ U 12
AF RR3EQ32TF C 106
AF RR3DZ31JQ U 1
BS 1 165 RR3DZ31JQ
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RD RR3EQ32JQ 648 0 0
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AGTAGAAAAGCCAAAAGAAACAAAGGTTAAAAAAAAGATTCAAAAACTCTTATTATTGCT
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ACCTTCATGTAACTCGCAATGATTTGTGATCATGTCCTATGTTCTCATGGTAGTTGTCTT
AATCGTCCAAGTAGTAGTACGAGCCTGCAGACTTTTGCTCCCTGTCTTTAGTCGACTCTA
ATTTGTTGATTCTTGGTCTGAAATTTGTGGGATCCCTTCTGAAGGTGATGTTCAGATGGG
ATAAAAAGAGATTCATCCCAGTGAGCAGTGACTGAGGACAATTTGCAACACAATCAATGG
ATGGTTGTCCTTCATAGACGATGACTCGGTCTGCCTGATAGGTTGCCATTATAAAGTCAT
GCTCAACTACAAATGCGGTTTTCTTCGCATGGAGAATAAACCGCTTGATGACTTTAGACG
CCACAATACGCTGCTCTGAATCGAGATATGCACTTGGCTCATCGATCA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3EQ32TF 656 0 0
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AAGAGTAACATCTCCTAAGGAACTCAGAAAACATCGCAAAATATATCATCTCGAGCTCAT
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TTGCTCCCTGTCTTTAGTCGACTCTAATTTGTTGATTCTTGGTCTGAAATTTGTGGGATC
CCTTCTGAAGGTGATGTTCAGATGGGATAAAAAGAGATTCATCCCAGTGAGCAGTGACTG
AGGACAATTTGCAACACAATCAATGGATGGTTGTCCTTCATAGACGATGACTCGGTCTGC
CTGATAGGTTGCCATTATAAAGTCATGCTCAACTACAAATGCGGTTTTCTTCGCATGGAG
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TGGCTCATCGATCAGGTATATATCCGCAGGCTTTCCGAGGCACAGAGCTAAAGCAACCCT
TTGCAACTCTCCTCCTGAGAGATTGACAACTTGTTGATCCATCAGCTGCTCAATC
C

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3DZ31JQ 809 0 0
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ACAGCTCAAAAAGTAAAAAAGCCAAAAGAAACAAAGGTTAAAAAAAAGATTCAAAAACTC
TTATTATTGCTCAAAAACTGATGAACAACAATCAAAAGATTTGAGGAGAGTAACATCTCC
TAAGGAACTCAAAAAACATCGCAAAATATATCATCTCGAGCTCATTTAGATCAACTTCCT
CACATCAAAACACCTTCATGTAACTCGCAATGATTTGTGATCATGTCCTATGTTCTCATG
GTAGTTGTCTTAATCGTCCAAGTAGTAGTACGAGCCTGCAGACTTTTGCTCCCTGTCTTT
AGTCGACTCTAATTTGTTGATTCTTGGTCTGAAATTTGTGGGATCCCTTCTGAAGGTGAT
GTTCAAATGGGATAAAAAGAGATTCATCCCAGTGAGCAGTGACTGAGGACAATTTGCAAC
ACAATCAATGGATGGTTGTCCTTCATAGACGATGACTCGGTCTGCCAGATAGGTTGCCAT
TATAAAGTCATGCTCAACTACAAATGCGGTTTTCTTCACATGGAGAATAAACCGCTTGAT
GACTTTAGACGCCACAATACGCTGCTCTGAATCGAGATATGCACTTGGCTCATCGATCAG
GTATATATCCGCAGGCTTTCCGAGGCACAGAGCTAAAGAAACCCTTTGCAACTCTCCTCC
TGAGAGATTGACAACTTGTTGACCCATCAGCTGCTCAATCTGCAGTGGTTTCATCACGTC
CGACACAAACTGAGGATGCATGTAAGAGT

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 3

CO CL3897Contig1 870 3 4 U
AGAATTAACGAGGACAACTAGCATATCATAAGGCCAAAGGTTTTCACATCAAAAGAACAA
TAGAAGCTCACTACTTAATGAAACAAAACCACAAGCACGTCCAAAAGATTCAACAATCTT
TCACAAAAACCAAAAGGACCCTACCCGAAGTTATCTTATTGACAGGTTTCTAAAACATAA
GCATGTCCAAAGCCACAAGAACAAGTTTCCATCAGTAAATTTTCTTCGGTTTACCTTTTG
TAGAGAACTCTTATATCTTCTCATAAGGCAGGACTTTCAAGGAACAGATCACCAGCATCA
TCCACATCGATTGTCTCTACCTCAAAGTTACGGTATCCACAGTACTCATTCCACTCGAAC
CACATCTTTGAGATGACTTCCTTTTTGAAGCAAGTGTTGTGATCCTCTTCCTCAGGTGAT
GACCCAGCGATCAATCTGTACGCATGCACTTTCTTCGTTTGCCCTGGTCTAAAAGCTCTC
CCAATCGCTTGGCGTGTCACTGAAGGGTTTAGAGGAACATCCAGAATCAGTATCCGAGAT
GCTCCAACTAGAGATATACCTTCTCCACAAGCCCTTATCGAACCGAAGAATACTTTGGCG
TCTGGCGAATTGTTGAACCTTTCCATAGACAACTCACGCTGCTCAGAGCTGGATTCCCCC
GTAAGAACAAAGACTTCTTTCCCTAGCTTCCATCCCTTAGCTAGAGCAGCTAGTCTCTCA
AGAAACTTCAGAGGCACGAGATACTGGCTGAAAACCAAGAGCTTCTCCCCTGCTGAGTCA
CACAGGTCTATCAAGTTCAGGAAGAACTTTGCTTTCACGCCTTCATCCACATCTAGCTTC
TCTAGCATTTCGTCCATAGTTGAATCAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ83JQ U 1
AF RR3CH96JQ U 7
AF RR3CH96TF C 315
BS 1 262 RR3EQ83JQ
BS 263 263 RR3CH96JQ
BS 264 728 RR3EQ83JQ
BS 729 870 RR3CH96TF

RD RR3EQ83JQ 728 0 0
AGAATTAACGAGGACAACTAGCATATCATAAGGCCAAAGGTTTTCACATCAAAAGAACAA
TAGAAGCTCACTACTTAATGAAACAAAACCACAAGCACGTCCAAAAGATTCAACAATCTT
TCACAAAAACCAAAAGGACCCTACCCGAAGTTATCTTATTGACAGGTTTCTAAAACATAA
GCATGTCCAAAGCCACAAGAACAAGTTTCCATCAGTAAATTTTCTTCGGTTTACCTTTTG
TAGAGAACTCTTATATCTTCTCGTAAGGCAGGACTTTCAAGGAACAGATCACCAGCATCA
TCCACATCGATTGTCTCTACCTCAAAGTTACGGTATCCACAGTACTCATTCCACTCGAAC
CACATCTTTGAGATGACTTCCTTTTTGAAGCAAGTGTTGTGATCCTCTTCCTCAGGTGAT
GACCCAGCGATCAATCTGTACGCATGCACTTTCTTCGTTTGCCCTGGTCTAAAAGCTCTC
CCAATCGCTTGGCGTGTCACTGAAGGGTTTAGAGGAACATCCAGAATCAGTATCCGAGAT
GCTCCAACTAGAGATATACCTTCTCCACAAGCCCTTATCGAACCGAAGAATACTTTGGCG
TCTGGCGAATTGTTGAACCTTTCCATAGACAACTCACGCTGCTCAGAGCTGGATTCCCCC
GTAAGAACAAAGACTTCTTTCCCTAGCTTCCATCCCTTAGCTAGAGCAGCTAGTCTCTCA
AGAAACTT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3CH96JQ 724 0 0
AACGAGGACAACTAGCATATCATAAGGCCAAAGGTTTTCACATCAAAAGAACAATAGAAG
CTCACTACTTAATGAAACAAAACCACAAGCACGTCCAAAAGATTCAACAATCTTTCACAA
AAACCAAAAGGACCCTACCCGAAGTTATCTTATTGACAGGTTTCTAAAACATAAGCATGT
CCAAAGCCACAAGAACAAGTTTCCATCAGTAAATTTTCTTCGGTTTACCTTTTGTAGAGA
ACTCTTATATCTTCTCATAAGGCAGGACTTTTAAGGAACAGATCACCGGCATCATCCACA
TCGATTGTCTCTACCTCAAAGTTACGGTATCCACAGTACTCATTCCACTCGAACCACATC
TTTGAGATGACTTCCTTTTTGAAGCAAGTGTTGTGATCCTCTTCCTCAGGTGATGACCCA
GCGATCAATCTGTACGCATGCACTTTCTTCGTTTGCCCTGGTCTAAAAGCTCTCCCAATC
GCTTGGCGTGTCACTGAAGGGTTTAGAGGAACATCCAGAATCAGTATCCGAGATGCTCCA
ACTAGAGATATACCTTCTCCACAAGCCCTTATCGAACCGAAGAATACTTTGGCGTCTGGC
GAATTGTTGAACCTTTCCATAGACAACTCACGCTGCTCAGAGCTGGATTCCCCCGTAAGA
ACAAAGACTTCTTTCCCTAGCTTCCATCCCTTAGCTAGAGCAGCTAGTCTCTCAAGAAAC
TT
CA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3CH96TF 556 0 0
CTCTACCTCAAAGTTACGGTATCCACAGTACTCATTCCACTCGAACCACATCTTTGAGAT
GACTTCCTTTTTGAAGCAAGTGTTGTGATCCTCTTCCTCAGGTGATGACCCAGCGATCAA
TCTGTACGCATGCACTTTCTTCGTTTGCCCTGGTCTAAAAGCTCTCCCAATCGCTTGGCG
TGTCACTGAAGGGTTTAGAGGAACATCCAGAATCAGTATCCGAGATGCTCCAACTAGAGA
TATACCTTCTCCACAAGCCCTTATCGAACCGAAGAATACTTTGGCGTCTGGCGAATTGTT
GAACCTTTCCATAGACAACTCACGCTGCTCAGAGCTGGATTCCCCCGTAAGAACAAAGAC
TTCTTTCCCTAGCTTCCATCCCTTAGCTAGAGCAGCTAGTCTCTCAAGAAACTTCAGAGG
CACGAGATACTGGCTGAAAACCAAGAGCTTCTCCCCTGCTGAGTCACACAGGTCTATCAA
GTTCAGGAAGAACTTTGCTTTCACGCCTTCATCCACATCTAGCTTCTCTAGCATTTCGTC
CATAGTTGAATCAGCT

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 3

CO CL3898Contig1 603 3 2 U
GGATACAATTCAAAGTAATATAAAGCACATCAAGCATGGAGTATTACACATTTTCTCAAG
GGTTTACCGAAAACGACCAAGAACGTGCACCGGGAAAGCATCACGTGAAGAAGACGTGGG
TGAAAGAACGTTATGAGAGTGATGAAGAAGATGGTTCGAGAGAGGAAGAGGTGAACCAAA
TGATCATAAAAGAAGAAGAGGATGAAGAAACTAAAGGTATGGTGATGTCATCTAGTACGA
TGCTAACAAGTAAGGTGAAGTATCTTAACTATGGAGCTCTCAAACATGATACGCTACCGG
CAGCGTCTAGTGGTGGAGGAAGAGTCATGCCTCCTCCGTCGAACAGGTACCACCGTGGCC
ATCCCAAATACTACAGATGCAGGGGTTGAAGTCAAAAATCTCTGGAGATTATTCTATTTG
CGAATTATTATATGAATAATAAATGACTTTGGTAAATATCTATAACTTCCAAGAGTTTGA
ACAAAAAAAAACTTCCATGCATGCAACATGTTTCACCATGTGCTTGTAAGTTGTAATTTC
TGTTGCGAAATATTGATATCTAAGAGAAAAAATAATATGAATGATCATCGAGTACTTATT
TTA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR3E426JQ C 1
AF RR3E426TF U 1
AF RR3CV52TF U 103
BS 1 583 RR3E426TF
BS 584 603 RR3CV52TF

RD RR3E426JQ 583 0 0
GGATACAATTCAAAGTAATATAAAGCACATCAAGCATGGAGTATTACACATTTTCTCAAG
GGTTTACCGAAAACGACCAAGAACGTGCACCGGGAAAGCATCACGTGAAGAAGACGTGGG
TGAAAGAACGTTATGAGAGTGATGAAGAAGATGGTTCGAGAGAGGAAGAGGTGAACCAAA
TGATCATAAAAGAAGAAGAGGATGAAGAAACTAAAGGTATGGTGATGTCATCTAGTACGA
TGCTAACAAGTAAGGTGAAGTATTTTAACTATGGAGCTCTCAAACATGATACGCTACCGG
CAGCGTCTAGTGGTGGAGGAAGAGTCATGCCTCCTCCGTCGAACAGGTACCACCGTGGCC
ATCCCAAATACTACAGATGCAGGGGTTGAAGTCAAAAATCTCTGGAGATTATTCTATTTG
CGAATTATTATATGAATAATAAATGACTTTGGTAAATATCTATAACTTCCAAGAGTTTGA
ACAAAAAAAAACTTCCATGCATGCAACATGTTTCACCATGTGCTTGTAAGTTGTAATTTC
TGTTGCGAAATATTGATATCTAAGAGAAAAAATAATATGAATG

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3E426TF 583 0 0
GGATACAATTCAAAGTAATATAAAGCACATCAAGCATGGAGTATTACACATTTTCTCAAG
GGTTTACCGAAAACGACCAAGAACGTGCACCGGGAAAGCATCACGTGAAGAAGACGTGGG
TGAAAGAACGTTATGAGAGTGATGAAGAAGATGGTTCGAGAGAGGAAGAGGTGAACCAAA
TGATCATAAAAGAAGAAGAGGATGAAGAAACTAAAGGTATGGTGATGTCATCTAGTACGA
TGCTAACAAGTAAGGTGAAGTATCTTAACTATGGAGCTCTCAAACATGATACGCTACCGG
CAGCGTCTAGTGGTGGAGGAAGAGTCATGCCTCCTCCGTCGAACAGGTACCACCGTGGCC
ATCCCAAATACTACAGATGCAGGGGTTGAAGTCAAAAATCTCTGGAGATTATTCTATTTG
CGAATTATTATATGAATAATAAATGACTTTGGTAAATATCTATAACTTCCAAGAGTTTGA
ACAAAAAAAAACTTCCATGCATGCAACATGTTTCACCATGTGCTTGTAAGTTGTAATTTC
TGTTGCGAAATATTGATATCTAAGAGAAAAAATAATATGAATG

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3CV52TF 501 0 0
G
CGTGAAGAAGACGTGGGTGAAAGAACGTTATGAGAGTGATGAAGAAGATGGTTCGAGAGA
GGAAGAGGTGAACCAAATGATCATAAAAGAAGAAGAGGATGAAGAAACTAAAGGTATGGT
GATGTCATCTAGTACGATGCTAACAAGTAAGGTGAAGTATCTTAACTATGGAGCTCTCAA
ACATGATACGCCACCGGCAGCGTCTAGTGGTGGAGGAAGAGTCATGCCTCCTCCGTCGAA
CAGGTACCACCGTGGCCATCCCAAATACTACAGATGCAGGGGTTGAAGTCAAAAATCTCT
GGAGATTATTCTATTTGCGAATTATTATATGAATAATAAATGACTTTGGTAAATATCTAT
AACTTCCAAGAGTTTGAACAAAAAAAAACTTCCATGCATGCAACATGTTTCACCATGTGC
TTGTAATTTGTAATTTCTGTTGCGAAATATTGATATCTAAGAGAAAAAATAATATGAATG
ATCATCGAGTACTTATTTTA

QA 2 501 2 501
DS 



AS 1 3

CO CL3899Contig1 870 3 6 U
GAGCTATGTTTAGCCCCAATGTTAAACGTTTGGTCGGTCTGGCTGGTCCCCCTGGCGCCG
GGAAAAGCACGTTAGCATATGAAGTTGCACGTCGTGTAAATAGGTTATGGCCTCAGAAAG
CTGCTTCTTTTGATGCTGAGGTTATGCCGCCTGATGTCGCTACTGTGCTTCCTATGGATG
GGTTCCACTTGTATCGTTCCCAGCTTGATGCCATGGAGGATCCTAAAGAAGCTCACGCGA
GAAGAGGAGCTCCTTGGACTTTTAATCCTGCACTATTACTCAACTGTTTAAAGAAGCTGA
GAAACGAGGGCTCAGTTTATGTGCCATCATTCGATCATGGAGTTGGAGATCCAGTTGAAG
ATGATATCTTTGTTAGCCTCCAGCATAAAGTGGTGATTGTAGAGGGAAACTATTTGCTGT
TAGAAGAAGGATCTTGGAAAGACATCTCTGATATGTTTGATGAGAAGTGGTTCATTGACG
TCAATCTCGACACAGCGATGTAACGTGTTGAAGCCCGACATATCTCAACCGGTAAACCAC
CGGACGTTGCTAAATGGCGGATTGATTACAACGACCGGCCCAACGCAGAGCTGATAATGA
AGTCAAAGACGAACGCGGATTTACTGATCAGATCCATCAGTTTTTGAATCTACTTTCTTG
GCTGTTATTGCATGAAACAGAGTAACAGACAGACGACTAGACGATGGAGATGATGAGTAC
AAAAAAAACGCAATCTTTTGCTCTCAAATTTAAGTTTTGTCTTTGTGATTTAATATTCCA
ATAAGGCATTTCGGCATGCAGTAAGCTGTGACATTCCCATTACTATGATGTTCTATGATG
GTATATATATATGTGATATTTGACCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3H805TF U 1
AF RR3GW89TF U 157
AF RR3GW89JQ C 413
BS 1 478 RR3H805TF
BS 479 479 RR3GW89TF
BS 480 500 RR3H805TF
BS 501 501 RR3GW89TF
BS 502 684 RR3H805TF
BS 685 870 RR3GW89TF

RD RR3H805TF 684 0 0
GAGCTATGTTTAGCCCCAATGTTAAACGTTTGGTCGGTCTGGCTGGTCCCCCTGGCGCCG
GGAAAAGCACGTTAGCATATGAAGTTGCACGTCGTGTAAATAGGTTATGGCCTCAGAAAG
CTGCTTCTTTTGATGCTGAGGTTATGCCGCCTGATGTCGCTACTGTGCTTCCTATGGATG
GGTTCCACTTGTATCGTTCCCAGCTTGATGCCATGGAGGATCCTAAAGAAGCTCACGCGA
GAAGAGGAGCTCCTTGGACTTTTAATCCTGCACTATTACTCAACTGTTTAAAGAAGCTGA
GAAACGAGGGCTCAGTTTATGTGCCATCATTCGATCATGGAGTTGGAGATCCAGTTGAAG
ATGATATCTTTGTTAGCCTCCAGCATAAAGTGGTGATTGTAGAGGGAAACTATTTGCTGT
TAGAAGAAGGATCTTGGAAAGACATCTCTGATATGTTTGATGAGAAGTGGTTCATTGATG
TCAATCTCGACACAGCGATGCAACGTGTTGAAGCCCGACATATCTCAACCGGTAAACCAC
CGGACGTTGCTAAATGGCGGATTGATTACAACGACCGGCCCAACGCAGAGCTGATAATGA
AGTCAAAGACGAACGCGGATTTACTGATCAGATCCATCAGTTTTTGAATCTACTTTCTTG
GCTGTTATTGCATGAAACAGAGTA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3GW89TF 714 0 0
G
CGCTACTGTGCTTCCTATGGATGGGTTCCACTTGTATCGTTCCCAGCTTGATGCCATGGA
GGATCCTAAAGAAGCTCACGCGAGAAGAGGAGCTCCTTGGACTTTTAATCCTGCACTATT
ACTCAACTGTTTAAAGAAGCTGAGAAACGAGGGCTCAGTTTATGTGCCATCATTCGATCA
TGGAGTTGGAGATCCAGTTGAAGATGATATCTTTGTTAGCCTCCAGCATAAAGTGGTGAT
TGTAGAGGGAAACTATTTGCTGTTAGAAGAAGGATCTTGGAAAGACATCTCTGATATGTT
TGATGAGAAGTGGTTCATTGACGTCAATCTCGACACAGCGATGTAACGTGTTGAAGCCCG
ACATATCTCAACCGGTAAACCACCGGACGTTGCTAAATGGCGGATTGATTACAACGACCG
GCCCAACGCAGAGCTGATAATGAAGTCAAAGACGAACGCGGATTTACTGATCAGATCCAT
CAGTTTTTGAATCTACTTTCTTGGCTGTTATTGCATGAAACAGAGTAACAGACAGACGAC
TAGACGATGGAGATGATGAGTACAAAAAAAACGCAATCTTTTGCTCTCAAATTTAAGTTT
TGTCTTTGTGATTTAATATTCCAATAAGGCATTTCGGCATGCAGTAAGCTGTGACATTCC
CATTACTATGATGTTCTATGATGGTATATATATATGTGATATTTGACCAAAAA

QA 2 714 2 714
DS 

RD RR3GW89JQ 453 0 0
TTTGCTGTTAGAAGAAGGATCTTGGAAAGACATTTTTGATATGTTTGATGAGAAGTGGTT
CATTGACGTCAATCTCGACACAGGGATGTAACGTGTTGAAGCCCGACATATTTCAACCGG
TAAACCCCCGGACGTTGCTAAATGGGGGATTGATTACAACGACCGGCCCAACGCAGAGCT
GATAATGAAGTCAAAGACGAACGGGGATTTACTGATCAGATCCATCAGTTTTTGAATTTA
CTTTTTTGGCTGTTATTGCATGAAACAGAGTAACAGACAGACGACTAGACGATGGAGATG
ATGAGTACAAAAAAAACGCAATTTTTTGCTTTCAAATTTAAGTTTTGTTTTTGTGATTTA
ATATTCCAATAAGGCATTTCGGCATGCAGTAAGCTGTGACATTCCCATTACTATGATGTT
TTATGATGGTATATATATATGTGATATTTGACC

QA 1 453 1 453
DS 



AS 1 3

CO CL3900Contig1 560 3 7 U
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CCAAGTCGTCGTCTTTCGTCGCATTTCCTCAACGCAACAATGGTTCTCCAAAACGACATC
GATCTGCTAAACCCTCCAGCTGAGCTCGAGAAGAGAAAGCACAAGCTCAAGCGTCTCGTG
CAATCTCCTAACTCTTTCTTCATGGACGTCAAGTGCCAGGGATGCTTTAACATAACGACA
GTGTTTAGCCACTCTCAAACAGTTGTAGTGTGTGGTAACTGTCAGTCGGTTCTGTGCCAG
CCCACTGGTGGTAAAGCCAGGCTCACTGAGGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGAGATT
TGATATTTCTCACATTAATCTCATCTTTTCACAAATGTTGCTGTGAGAAAGAAGTCGGAT
CTTTTTTCAGTTTGCTTTAGTACTTCCTATTGTGTTTATGACAGTCTTTTTTTTTTT**G
ATTATGAGAAGATTTTGAAACCATCATCACAAACTACTAGTTGGGTTCCTACTTTCGTTT
AGTCATAAATCGAATCGCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AO84JQ C 7
AF RR3AO84TF U 7
AF RR3DB36TF U 1
BS 1 82 RR3DB36TF
BS 83 83 RR3AO84TF
BS 84 285 RR3DB36TF
BS 286 286 RR3AO84TF
BS 287 477 RR3DB36TF
BS 478 479 RR3AO84TF
BS 480 560 RR3DB36TF

RD RR3AO84JQ 536 0 0
GG
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TCGTCTTTCGTCGCATTTCCTCAACGCAACAATGGTTCTCCAAAACGACATCGATCTGCT
AAACCCTCCAGCTGAGCTCGAGAAGAGAAAGCACAAGCTCAAGCGTCTCGTGCAATCTCC
TAACTCTTTCTTCATGGACGTCAAGTGCCAGGGATGCTTTAACATAACGACAGTGTTTAG
CCACTCTCAAACAGTTGTAGTGTGTGGTAACTGTCAGTCGGTTCTGTGCCAGCCCACTGG
TGGTAAAGCCAGGCTCACTGAGGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGAGATTTGATATTT
CTCACATTAATCTCATCTTTTCACAAATGTTGCTGTGAGAAAGAAGTCGGATCTTTTTTC
AGTTTGCTTTAGTACTTCCTATTGTGTTTATGACAGTCTTTTTTTTTTT**GATTATGAG
AAGATTTTGAAACCATCATCACAAACTACTAGTTGGGTTCCT
CTACCTTCGTCC

QA 3 524 3 524
DS 

RD RR3AO84TF 536 0 0
GG
GCGCAGCCGCATTTTAGAGGTTCTCTTGCATCCTTCTTCGTCTAGGGTTTCACCAAGTCG
TCGTCTTTCGTCGCATTTCCTCAACGCAACAATGGTTCTCCAAAACGACATCGATCTGCT
AAACCCTCCAGCTGAGCTCGAGAAGAGAAAGCACAAGCTCAAGCGTCTCGTGCAATCTCC
TAACTCTTTCTTCATGGACGTCAAGTGCCAGGGATGCTTTAACATAACGACAGTGTTTAG
CCACTCTCAAACAGTTGTAGTGTGTGGTAACTGTCAGTCGGTTCTGTGCCAGCCCACTGG
TGGTAAAGCCAGGCTCACTGAGGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGAGATTTGATATTT
CTCACATTAATCTCATCTTTTCACAAATGTTGCTGTGAGAAAGAAGTCGGATCTTTTTTC
AGTTTGCTTTAGTACTTCCTATTGTGTTTATGACAGTCTTTTTTTTTTT**GATTATGAG
AAGATTTTGAAACCATCATCACAAACTACTAGTTGGGTTCCT
CTACCTTCGTCC

QA 3 524 3 524
DS 

RD RR3DB36TF 560 0 0
GGGTTCCTGCGCAGCCGCATTTTAGAGGTTCTCTTGCATCCTTCTTCGTCTAGGGTTTCA
CCAAGTCGTCGTCTTTCGTCGCGTTTCCTCAACGCAACAATGGTTCTCCAAAACGACATC
GATCTGCTAAACCCTCCAGCTGAGCTCGAGAAGAGAAAGCACAAGCTCAAGCGTCTCGTG
CAATCTCCTAACTCTTTCTTCATGGACGTCAAGTGCCAGGGATGCTTTAACATAACGACA
GTGTTTAGCCACTCTCAAACAGTTGTAGTGTGTGGTAACTGTCAGACGGTTCTGTGCCAG
CCCACTGGTGGTAAAGCCAGGCTCACTGAGGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGAGATT
TGATATTTCTCACATTAATCTCATCTTTTCACAAATGTTGCTGTGAGAAAGAAGTCGGAT
CTTTTTTCAGTTTGCTTTAGTACTTCCTATTGTGTTTATGACAGTCTTTTTTTTTTTTTG
ATTATGAGAAGATTTTGAAACCATCATCACAAACTACTAGTTGGGTTCCTACTTTCGTTT
AGTCATAAATCGAATCGCAT

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 2

CO CL3901Contig1 359 2 4 U
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AAGGTTTTTCCTTGCAAAAAAACAAAACCTCCTCAAAAAATCTTTTACAGAAAAATTGAA
AGTCATAAAAAATCTGAAAACTTTACTTTCCAAGTACTACCCAACGGGCTGGTCAAGCAA
AGGACCTTAATTAAGCTCAAGAAAACTTTATTGGAAAAGCATGAAAATGAAGTTCTTGTG
GGTTTGTTTCTTTCTTTCAAATCCAACACAAATCAAAAACTTCTCAAGCTGATTTTGGTA
CATTCTCAAAAAGACTGAAATCACTGAAAACTGAGTCGTATTCTGCATCGCGAGCGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G570JQ U 1
AF RR3GI44JQ U 202
BS 1 269 RR3G570JQ
BS 270 270 RR3GI44JQ
BS 271 279 RR3G570JQ
BS 280 359 RR3GI44JQ

RD RR3G570JQ 279 0 0
CAAAGCAAAAGGTCATATTTCATCTCAAAGTGAACACTTATTACACAACCTTGTCCCCAC
AAGGTTTTTCCTTGCAAAAAAACAAAACCTCCTCAAAAAATCTTTTACAGAAAAATTGAA
AGTCATAAAAAATCTGAAAACTTTACTTTCCAAGTACTACCCAACGGGCTGGTCAAGCAA
AGGACCTTAATTAAGCTCAAGAAAACTTTATTGGAAAAGCATGAAAATGAAGTTCTTGTG
GGTTTGTTTCTTTCTTTCAAATCCAACACGAATCAAAAA

QA 1 279 1 279
DS 

RD RR3GI44JQ 158 0 0
A
AAACTTTATTGGAAAAGCATGAAAATGAAGTTCTTGTGTGTTTGTTTCTTTCTTTCAAAT
CCAACACAAATCAAAAACTTCTCAAGCTGATTTTGGTACATTCTCAAAAAGACTGAAATC
ACTGAAAACTGAGTCGTATTCTGCATCGCGAGCGTTC

QA 2 158 2 158
DS 



AS 1 3

CO CL3902Contig1 1138 3 4 U
GGATGAAAAAAATAATACCCAAGTGTTCTCCAATTCTCCATTCCCATAACCATATAAGCC
GAGATGAATACCCGAGAAGAAGTAAGTGAATTCTCTAAACTCTTCAGTGGTTTCATTACT
CTAATGAGGAGATTCATATTCAAAGTTATATGCGTCGGTCCAATCCCTAATCACATCTCA
TTCATCATGGATGGAAACCGCAGATTCGCCAAGAAACACAATCTTCAAGGCCTAGACGCA
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AAACTATAAATATGAACAAGAAAACATAAGAAAATCATTCTTATTATGTATTAAATCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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DS 



AS 1 3

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H509TF U 1
AF RR3GB92TF U 8
AF RR3GB92JQ C 630
BS 1 471 RR3H509TF
BS 472 472 RR3GB92TF
BS 473 534 RR3H509TF
BS 535 535 RR3GB92TF
BS 536 658 RR3H509TF
BS 659 659 RR3GB92TF
BS 660 674 RR3H509TF
BS 675 677 RR3GB92TF
BS 678 678 RR3GB92JQ
BS 679 746 RR3GB92TF
BS 747 747 RR3GB92JQ
BS 748 768 RR3GB92TF
BS 769 1455 RR3GB92JQ

RD RR3H509TF 675 0 0
GGAAGAGGTAGGTAGAAGAGGAGGAAGAGAAAGAACAGAGCTCCTCCTTGTTATCCCCCC
TGCGGTGCGGTTAATAAGACAGCCAAGGCGGAAACTGAAAAGGAGCTTTCTTTTGTTGCC
AATGGCTGAGTCAAACGGCTCCGTTTCCGTCGACGTTGGAACCATCTATCTTGGCGGCAA
GGAGCATCGTGTTAAAACAGCATGTGGCGTTGTGTCCGTCATAGTCTATGGAGACCGAGA
AAAGCCAGCATTGATTACTTATCCCGATCTGGCCCTTAACCATATGTCACGCTTCCAAGG
ATTGTTCTTTTGCCCTGAAGCAGCTTCCTTGCTTCTACATAACTTCTGCATCTATCATAT
AAGTCCACCTGGCCATGAGTTAGGAGCTGCTCCGATTTTTCCTAATGATTCAGTCCCTTC
TGCTGACGATTTGGCGGATCAGATCCTTGAAGTTCTCAACTTTTTCGGCCTTGGTGCTGT
TATGTGTATGGGAGTGACTGCAGGTGCTTACATCCTCACATTATTCGCTATGAAGCATAG
AGAAAGGGTTGCCGGTTTGATTCTCGTCTCACCGTTATGCAAGGCGCCGTCTTGGTCTGA
ATGGTTCTACAACAGAGTTGTCTCAAACTTGTTGTATTTCTACGGAATGTGTGGAGTGTT
AAAAGAGTTTCTGC
T

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3GB92TF 761 0 0
GGAGGG
AGAAGAGGAGGAAGAGAAAGAACAGAGCTCCTCCTTGTTATCCCCCCTGCGGTGCGGTTA
ATAATA*AGCCAAGGCGGAAACTGAAAAGGAGCTTTCTTTTGTTGCCAATGGCTGAGTCA
AACGGCTCCGTTTCCGTCGACGTTGGAACCATCTATCTTGGCGGCAAGGAGCATCGTGTT
AAAACAGCATGTGGCGTTGTGTCCGTCATAGTCTATGGAGACCGAGAAAAGCCAGCATTG
ATTACTTATCCCGATCTGGCCCTTAACCATATGTCATGCTTCCAAGGATTGTTCTTTTGC
CCTGAAGCAGCTTCCTTGCTTCTACATAACTTCTGCATCTATCATATAAGTCCACCTGGC
CATGAGTTAGGAGCTGCTCCGATTTTTCCTAATGATTCAGTCCCTTCTGCTGACGATTTG
GCGGATCAGATCCTTGAAGTTCTCAACTTTTTCGGCCTCGGTGCTGTTATGTGTATGGGA
GTGACTGCAGGTGCTTACATCTTCACATTATTCGCTATGAAACATAGAGAAAGGGTTGCC
GGTTTGATTCTCGTCTCACCGTTATGCAGGGCGCCGTCTTGGTCTGAATGGTTCTACAAC
AGAGTTGTCTCAAACTTGTTGTATTTCTACGGA*TGTGTGGAGTGGTAAAAGAGTTTCTG
CAAA*GATATTTTAGTAAGGAAGTGCGTGGTAACGTGGAGATTCCAGAGTCAGATATAGC
ACAAGCTTGCAGA*GACTGCTTGATGAGAGGCAAA

QA 7 761 7 761
DS 

RD RR3GB92JQ 826 0 0
TGTTGTATTTCTACGGAATGTGTGGAGTGGTAAAAGAGTTTCTGCAAAAGATATTTTAGT
AAGGAAGTGCGTGGTAACGTGGAGATTCCAGAGTCAGATATAGCACAAGCTTGCAGAAGA
CTGCTTGATGAGAGGCAAAGTGTAAATGTCATGCGGTTTCTTGATGCCATTGATCGGAGA
CCTGACATCTCAAGTGGATTGAAGAAACTAAAATGCAGGACACTTATCTTTATAGGAGGT
CAATCTCCATTCTATTCAGAAGCTGTTCACATGGCAGCAAATTTGGATAGAGGATACTGT
GCTTTGGTTGAGGTTCAGGCTTGTGGTTCAATGGTAACAGAGGAGCAACCACATGCAATG
TTGGTTCCAATGGAATATTTCTTGATGGGTTATGGATTGTATAGACCATCTTGTTTCACA
GACAGCCCTAGAAGTCCTCTTAGCCCTTCCTGCATCTCACCTGAGCTTCTCTCCCCTGAA
AGCATGGGACTAAAGCTTAAGCCTATCAAAACCCGAGTCTCGGCTTAAGTGTATGTGTGT
GCAACTTCTGATTTCACTGGTCTAGTTTTGTAGATATATAGAGCAAACACTAGGGATATT
TGAGGAGAAGACATCTAAAGCCATCCTTATATAACACATTCTTTTGTAGTCAGCCATGAT
ATAAAGACCACCGTTCTTTTGTTAAGAAGCCACAAATGTTGTTTCATTATATTCATTTTT
CTTTATATCTGTAAAATGTTCTGGTGTTGTGATATTGTAACAATTTTTTGTGATGGGACA
CTTGCAGATTCTGTCTACTTCAATAATAAAATTCATATTGCCTGCG

QA 1 826 1 826
DS 



AS 1 3

CO CL3904Contig1 950 3 6 U
GAAATCGTGTAAAGCTTGAGTTCGTGCCATAAAACCAAAAAACATAACTGATCATCACGT
AAATAGAGGAAATCGAATATATCGATTATAGAGAAAAAAGACATCCTAAGATAAAGTAAC
AAAACGATTTGATGGACGTGTACAGGAAGCAAAACAAAACCATAGTCACAGGGCTTAGGA
CCGCTCTGTTTGGAAAACGTGAACTAGCAGACATTAATTCCTCGAGGAATGTATTATCTA
GCAGGAGGAGGAGGGCCAAGGGATTTAGCCATGCCAACCCAAGCAACAATCCCACAAGCG
AGAATGATCCAACCATATACATCGTAAGTGAAGTCGTTGTTACTCTTCTTATTCTTCTTC
TTACCACCGCCAGCATTTGATGAGGCTGAGGGACCCCCTCCTCCTCCTCCACCACCGCCT
CCACCTAATGACTGCTGCATCATCATCCCATCCGCATGTATGTTCATATGCAGCGACGGG
GCCCTTGCTGTAACTTCCAAGGACTTGAGGTACATCTCATTACCTGGATCCTCATTTTCA
GCTTTTTGGAAAAAATCAGTGGCTTTATCAAAGTGAAGTTTGGCAGCATCGGGATCAGGG
GTAAGGAAGGCGTGGGCGGTGTAGGCGTTGCCAATACACCAAAGAGCCTGATGCTTCCCT
GGATTTATTGTCAACACCTCTTCCAACTTTGAAACAGCATCATCTAACATGAGCTTGGCA
TCGGGAATAGCCTGGAACTGAGCAAGCTCAAGCAATGCTCCACCCCACTGCAGCAGATTC
TCGGAATCGAGAGGATCCTTAACGTACTGAGCCTCACAAGCTTTGCGAGTATGCTCGAAC
ATCACAAGCCTTTCAAAGTCGGCGGCATTGAATTCCATAGTGAGATTGATGCGGTGGGAG
GAGACGGAAAGAAAAAAGTTAGGGTTAGGTTCTCTGTGTGTAAATTATTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CO04JQ U 11
AF RR3GL59JQ U 1
AF RR3GL59TF C 423
BS 1 41 RR3GL59JQ
BS 42 42 RR3CO04JQ
BS 43 201 RR3GL59JQ
BS 202 202 RR3CO04JQ
BS 203 750 RR3GL59JQ
BS 751 950 RR3GL59TF

RD RR3CO04JQ 239 0 0
AAAGCTTGAGTTCGTGCCATAAAACCAAAAAACATAACTGATCATCACGTAAATAGAGGA
AATCGAATATATCGATTATAGAGAAAAAAGACATCCTAAGATAAAGTAACAAAACGATTT
GATGGACGTGTACAGGAAGCAAAACAAAACCATAGTCACAGGGCTTAGGACCGCTCTGTT
TGGAAAACGTGAACTAGCAGACATTAATTCCTCGAGGAATGTATTATCTAGCAGGAGGA

QA 1 239 1 239
DS 

RD RR3GL59JQ 750 0 0
GAAATCGTGTAAAGCTTGAGTTCGTGCCATAAAACCAAAAA*CATAACTGATCATCACGT
AAATAGAGGAAATCGAATATATCGATTATAGAGAAAAAAGACATCCTAAGATAAAGTAAC
AAAACGATTTGATGGACGTGTACAGGAAGCAAAACAAAACCATAGTCACAGGGCTTAGGA
CCGCTCTGTTTGGAAAACGTGGACTAGCAGACATTAATTCCTCGAGGAATGTATTATCTA
GCAGGAGGAGGAGGGCCAAGGGATTTAGCCATGCCAACCCAAGCAACAATCCCACAAGCG
AGAATGATCCAACCATATACATCGTAAGTGAAGTCGTTGTTACTCTTCTTATTCTTCTTC
TTACCACCGCCAGCATTTGATGAGGCTGAGGGACCCCCTCCTCCTCCTCCACCACCGCCT
CCACCTAATGACTGCTGCATCATCATCCCATCCGCATGTATGTTCATATGCAGCGACGGG
GCCCTTGCTGTAACTTCCAAGGACTTGAGGTACATCTCATTACCTGGATCCTCATTTTCA
GCTTTTTGGAAAAAATCAGTGGCTTTATCAAAGTGAAGTTTGGCAGCATCGGGATCAGGG
GTAAGGAAGGCGTGGGCGGTGTAGGCGTTGCCAATACACCAAAGAGCCTGATGCTTCCCT
GGATTTATTGTCAACACCTCTTCCAACTTTGAAACAGCATCATCTAACATGAGCTTGGCA
TCGGGAATAGCCTGGAACTGAGCAAGCTCA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3GL59TF 528 0 0
ACCTAATGACTGCTGCATCATCATCCCATCCGCATGTATGTTCATATGCAGCGACGGGGC
CCTTGCTGTAACTTCCAAGGACTTGAGGTACATCTCATTACCTGGATCCTCATTTTCAGC
TTTTTGGAAAAAATCAGTGGCTTTATCAAAGTGAAGTTTGGCAGCATCGGGATCAGGGGT
AAGGAAGGCGTGGGCGGTGTAGGCGTTGCCAATACACCAAAGAGCCTGATGCTTCCCTGG
ATTTATTGTCAACACCTCTTCCAACTTTGAAACAGCATCATCTAACATGAGCTTGGCATC
GGGAATAGCCTGGAACTGAGCAAGCTCAAGCAATGCTCCACCCCACTGCAGCAGATTCTC
GGAATCGAGAGGATCCTTAACGTACTGAGCCTCACAAGCTTTGCGAGTATGCTCGAACAT
CACAAGCCTTTCAAAGTCGGCGGCATTGAATTCCATAGTGAGATTGATGCGGTGGGAGGA
GACGGAAAGAAAAAAGTTAGGGTTAGGTTCTCTGTGTGTAAATTATTA

QA 1 528 1 528
DS 



AS 1 2

CO CL3905Contig1 1372 2 4 U
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CTTTCTTCAACGAAGCACTTAATCTAGAAGACTCGCTCACAGCCATTACCGTAGGGATAG
TAACAATGACAAACTCTGTAGACTCTGTGTCACGGAAAAGCTCTCGAACTTTAACCATCC
TCTCTCTTAGCCTTTCCAATTTGTCAGCAGCATCAGGCTTGTTATCTTCTTTCCCAAAGA
CTGATTTGATTGCTGAAGTAGCTGAGGTCATTTTCTGCCTAAGCTTCAAGATTTTACCTA
TGGAGGCGTCAAGAAAGTCTGGTAAGGAGAGTAGCCTCAGCGTATGACCCGTTGGTGCAG
TGTCAAACACGATTCTGGTGAACATGTTATACTCAGGTGATTCCAAAAATTGAATGACCT
TAGAAATGGCAATGGCTTCATCCAATCCAGGAGGAGGTGTGTCAAGCAACTCACCAAGTT
TAAGTTCCCCCAACTGTTCAACAAGCATCCCAAGACCCATACCATCCATAAAATCTTTAA
CACCAGTCCCTCCATTCGCTGAGAGGCACTACGAAACTCTTCTCTCGCCTTCTCAGGGTT
TATCTGTTGCACTTTTCAAGAGCAAACAAAGGAGATTCAGGTCCTTCAACAGGCACAAGC
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ATCTCATCGAACTCCGACGCCGTCTCCGCCGGGCTAGCTACTGCTTTCACTTGGAGCGAG
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CTGGATTTGCATAGAGGCGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATAATAGAGAGGATGAAGAAGGA
GTCGTCATTTTTGCGTCTTCTTCTTTCACTTGTGAGACTAATGTTAAGACCC


BQ
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AF RR3F963TF C 699
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BS 710 710 RR3F963TF
BS 711 784 RR3GB62JQ
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TGTCAAACACGATTCTGGTGAACATGTTATACTCAGGTGATTCCAAAAATTGAATGACCT
TAGAAATGGCAATGGCTTCATCCAATCCAGGAGGAGGTGTGTCAAGCAATTCACCAAGTT
TAAGTTCCCCCAACTGTTCAACAAGCATCCCAAGACCCATACCATCCATAAAATCTTTAA
CACC

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DS 

RD RR3F963TF 674 0 0
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AGGTCCTTCAACAGGCACAAGCATTCCTCCAGTCAAATCCTGAGCAAAGGAGTCGCTTAA
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AGCTAAAGAAGCAGCGCAACTAGTTTTCCCCACTCCTCCTTTCCCTCCGAGCATGTAATA
CTTTCTCTTCGTCCCGGAGACCATCTCATCGAACTCCGACGCCGTCTCCGCCGGGCTAGC
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AATCGGCGGAGAGGAAAGAGTTGTCCGATGGGAGAAAGAGATGAAGTCAGTTCTCCTCGA
TACAAGAGTGGTTGGAGAGAATCTGGATTTGCATAGAGGCGAAGAAGAAGAAGAAGAAGA
TAATAGAGAGGATGAAGAAGGAGTCGTCATTTTTGCGTCTTCTTCTTTCACTTGTGAGAC
TAATGTTAAGACCC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 3

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CCTTCTCCAATGTTGTGTAATACATAAAGGAGCTCTAACTCACACAGTGCTTCACGCACC
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CCTGTGAACAAGGTGCTTTCCAGAAGTCCTGTGGAAGGGCCTCTTCCGTTTCCATATTGA
TTATATAGGTACTTTACGATGTCACCACTCTCGTACATTGAAGTATCAGTATTGGGGTCA
ATGAGGAAGGGAAACATCTCTTTTCCACCGGATCTTCTAACCATTTCCCTGTGTCTTACA
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ACCCTCCGGCAAAAGGGACATGCCTCAAATTCAAAAAGCTGCAATCGCAAAGGTGGACTA
GAAGAAACATCTTTATTACTCATGGATGCTACTCGAGATCCCCATGGAAGTCTTGCAATA
GATGCTAAAGAAGAAGTTGCGCTCTCAAGAGCATGATTCCGTTGCTGAGAAGGGTCACCT
CCAGAGAAGAGTTTAAGCAAGGGACAGAGAAAAGACAAGAAGCTTCCGCTCGTAGTGCTT
TCACTAGACGAAGCTTCTTCTTCATCAGTTTCGCCTCTGATTTCGCGTATACTCTTCCTC
TTTCGCGAATCCAGGCCCCGTTTCCTGAAATTCGCTCCTTCGGGAATCGACCAGGACGAA
ACGTCGATGCTGGAAACGACGCAGTTGGTCGGCTGAGATTGACATATGCCACCGGAGAAC
AAGAGGATGGAATCGACATTGGTCCTGTCTTGTTGAAATTCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B011JQ U 1
AF RR3BL33JQ U 32
AF RR3B011TF C 405
BS 1 356 RR3B011JQ
BS 357 357 RR3BL33JQ
BS 358 386 RR3B011JQ
BS 387 388 RR3BL33JQ
BS 389 449 RR3B011JQ
BS 450 450 RR3BL33JQ
BS 451 523 RR3B011JQ
BS 524 524 RR3BL33JQ
BS 525 727 RR3B011JQ
BS 728 1242 RR3B011TF

RD RR3B011JQ 728 0 0
GATATCAAACTGATGCTTGAAAGAAAAGAATCGGAACCCCAAACACAAAACAAGACAGGG
GTTTAGACTTGATATACAATATGTACCACTATGGGTACTATTATATAAATATCAAAGATA
CTTAAAATAAGAAAAGGACCTCTGTGTAACCATGCATCCTGATCCTTGCTGTTGTCAAGT
TGAGGATAATGGTGTATATGTCAGATTATGAACTATACAGATGCTGCTGAAGAATAAGTC
TTGAAGAGGTAAGACAGAATCTTCTGGTAATCACCTAACTGGACACCAGTGTTTGGATCA
ACCAAGAATGGAACCTTATCGGATCCCGAAACATTTAGAAGTGATCTCATCCGTGTGGAC
CCTTCTCCAATGTTGTGTAATACATAGGGGAGCTCTAACTCACACAGTGCTTCACGCACC
AACCGTGCATACGAGTTGTTTTCGTAAGAAAAGAGCTGGAGCATTTCAGGTGGTGGATCT
GATGAAGCCTTGTCCCATAATGACATGCCTCTACCAGCTCGGAAAAGTGTTGGCATCCAT
CCTGTGAACAAGGTGCTTTCCAGAAGTCCTGTGGAAGGGCCTCTTCCGTTTCCATATTGA
TTATATAGGTACTTTACGATGTCACCACTCTCGTACATTGAAGTATCAGTATTGGGGTCA
ATGAGGAAGGGAAACATCTCTTTTCCACCGGATCTTCTAACCATTTCCCTGTGTCTTACA
GATCCTT
T

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3BL33JQ 696 0 0
CGGATCCCCAAACACAAAACAAGACAGGTGTTTAGTCTTGATATACAATATTTACCACTA
TGGGTACTATTATATAAATATCAAAGATACTTAAAATAAGAAAAGGACCTCTGTGTAACC
ATGCATCCTGATCCTTGCTGTTGTCAAGTTGAGGATAGTGGTGTATATGTCAGATTATGA
ACTATACAGATGCTGCTGAAGAATAAGTCTTGAAGAGGTAAGACAGAATCTTCTGGTAAT
CACCTAACTGGACACCAGTGTTTGGATCAACCAAGAATGGAACCTTATCGGATCCCGAAA
CATTTAGAAGTGATCTCATCCGTGTAGACCCTTCTCCAATGTTGTTTAATACATAAAGGA
GCTCTAACTCGCACAGTGCTTCACGCACCAACCGTGCATACGAGTTGTTTTCGTAAGAGA
AGAGCTGGAGCATTTCAGGTGGTGGATCTGATGAAGCCTTGTCCCATAATGACATGCCTC
TACCAGCTCGGAGAAGTGTTGGCATCCATCCTGTGAGCAAGGTGCTTTCCAGAAGTCCTG
TGGAAGGGCCTCTTCCATTTCCATATTGATTATATAGGTACTTAACGATGTCACCACTCT
CGTACATGGAAGTATCAGTATTGGGGTCAATGAGGAAAGGAAACATCTCTTTTCCACCGG
ATCTTCTAACCATTTCCCCGTGTCTTACAGATCCTT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3B011TF 838 0 0
CAGTGCTTCACGCACCAACCGTGCATACGAGTTGTTTTCGTAAGAGAAGAGCTGGAGCAT
TTCAGGTGGTGGATCTGATGAAGCCTTGTCCCATAATGACATGCCTCTACCAGCTCGGAG
AAGTGTTGGCATCCATCCTGTGAACAAGGTGCTTTCCAGAAGTCCTGTGGAAGGGCCTCT
TCCGTTTCCATATTGATTATATAGGTACTTTACGATGTCACCACTCTCGTACATTGAAGT
ATCAGTATTGGGGTCAATGAGGAAGGGAAACATCTCTTTTCCACCGGATCTTCTAACCAT
TTCCCTGTGTCTTACAGATCCTTTAGGACAAGGATAAACTTCTACAGAGAGGTCTAGCTC
GGTCATGGCTTCGCGCACCCTCCGGCAAAAGGGACATGCCTCAAATTCAAAAAGCTGCAA
TCGCAAAGGTGGACTAGAAGAAACATCTTTATTACTCATGGATGCTACTCGAGATCCCCA
TGGAAGTCTTGCAATAGATGCTAAAGAAGAAGTTGCGCTCTCAAGAGCATGATTCCGTTG
CTGAGAAGGGTCACCTCCAGAGAAGAGTTTAAGCAAGGGACAGAGAAAAGACAAGAAGCT
TCCGCTCGTAGTGCTTTCACTAGACGAAGCTTCTTCTTCATCAGTTTCGCCTCTGATTTC
GCGTATACTCTTCCTCTTTCGCGAATCCAGGCCCCGTTTCCTGAAATTCGCTCCTTCGGG
AATCGACCAGGACGAAACGTCGATGCTGGAAACGACGCAGTTGGTCGGCTGAGATTGACA
TATGCCACCGGAGAACAAGAGGATGGAATCGACATTGGTCCTGTCTTGTTGAAATTCC

QA 1 838 1 838
DS 



AS 1 2

CO CL3907Contig1 812 2 9 U
AGGCAGGCATAAGTTCATATATTGTGATGATAGTTCTAATAATACAAAGTCTAGTGATAT
ATTACACAACTTCACTTCAACTTAAACACAAAGCTGACCAGATGGGAGATACAACATCAA
ACAGTACATCATAAAATTACATTATTAGGAGATTAGTCTTTTCTTCATTAGTAAAAGTCT
AGGAGTGAACTGAGTTCTTTCCTCTGAACTTGGTAAAACAGATGCTCAAAAAAAAGCCCT
GCTCCCATAGTACACACGAAATCCGTTGTTGTTGCTCTTGGGTGTTGGAAGCTTCTGAAA
ATCAAAGCTTGAGTTCTCTGATTTTGTTGGGCTATCAATGTCCAGAGGAAGCTTCATCTT
AGCCAGTGAATCAGTAAACTGTTGCATGCTTTTCATGTACATGTCGACTATATCCTGCTG
CACCACCTTTGACTCTGGCTCAACCCTCACACTGAGGATGGGTTTCATAGTCTTCTCTTT
GGATGTCTCGCCCTCTGACTCCTCCTGAAAATGCGCTTTGGAGTTCAAGAAAGGGAGATG
ATCACGGTTTGGTAATTCTGTTGCAGAGTGAGCTGAAGCGTGAGGAGAGACGGCTTCATC
TGTTGCATTACTGATCTCAGGTGAATCTTGCTTCAGTACAGAAGTGACAGAGTTTGTTAC
ATGATTCTCAGCATCAGAAGTAACCAAGCTGTCAGAAGTTTCTGAGTCGATAGTGGAACA
GGAGATCCCAAAATACTCAGAAACCATCTTCTCGTTTTCATTAGCTACATTAGGATCAGG
AAACTCTATCTTATCCAACTCACCAGGGAAGT


BQ
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AF RR3H083JQ U 2
AF RR3A340JQ U 1
BS 1 88 RR3A340JQ
BS 89 89 RR3H083JQ
BS 90 113 RR3A340JQ
BS 114 114 RR3H083JQ
BS 115 166 RR3A340JQ
BS 167 167 RR3H083JQ
BS 168 566 RR3A340JQ
BS 567 567 RR3H083JQ
BS 568 812 RR3A340JQ

RD RR3H083JQ 677 0 0
C
GCAGGCATAAGTTCATATATTGTGATGATAGTTCTAATAATACAAAGTCTAGTGATATAT
TACACAACTTCACTTCAACTTAAACACAAAGCTGACCAGATGGGAGATACAACATCAAAC
AGTACATCATAAAATTACATTATTAGGAGATTAGTCTTTTCTTCATTAGTAAAAGTCTAG
GAGTGAACTGAGTTCTTTCCTCTGAACTTGGTAAAACAGATGCTCAGAAGAAAGCCCTGC
TCCCATAGTACACACGAGATCCGTTGTTGTTGCTCTTGGGTGTTGGAAGCTTCTGAGAAT
CAGAGCTTGAGTTCTCTGATTTTGTTGGGCTATCAATGTCCAGAGGAAGCTTCATCTTAG
CCCGTGAATCAGTAAACTGTTGCATGCTTTTCATGTACATGTCGACTATATCCTGCTGCA
CCACCTTTGACTCTGGCTCAACCCTCACACTGAGGATGGGTTTCATAGTCTTCTCTTTGG
ATGTCTCGCCCTCTGACTCCTCCTGAGAATGCGCTTTGGAGTTCACGAGAGGGAGATGAT
CACGGTTTGGTAATTCTGTTGCAGAGTGAGCTGAAGCGTGAGGAGAGACGGCTTCATCTG
TTGCATTACTGATCTCAGGTGAATCTTGCTTCAGTACAGAAGTGACAGAGTTTGTTACAT
GATTCTCAGCATCAGA

QA 2 677 2 677
DS 

RD RR3A340JQ 812 0 0
AGGCAGGCATAAGTTCATATATTGTGATGATAGTTCTAATAATACAAAGTCTAGTGATAT
ATTACACAACTTCACTTCAACTTAAACATAAAGCTGACCAGATGGGAGATACAGCATCAA
ACAGTACATCATAAAATTACATTATTAGGAGATTAGTCTTTTCTTCGTTAGTAAAAGTCT
AGGAGTGAACTGAGTTCTTTCCTCTGAACTTGGTAAAACAGATGCTCAAAAAAAAGCCCT
GCTCCCATAGTACACACGAAATCCGTTGTTGTTGCTCTTGGGTGTTGGAAGCTTCTGAAA
ATCAAAGCTTGAGTTCTCTGATTTTGTTGGGCTATCAATGTCCAGAGGAAGCTTCATCTT
AGCCAGTGAATCAGTAAACTGTTGCATGCTTTTCATGTACATGTCGACTATATCCTGCTG
CACCACCTTTGACTCTGGCTCAACCCTCACACTGAGGATGGGTTTCATAGTCTTCTCTTT
GGATGTCTCGCCCTCTGACTCCTCCTGAAAATGCGCTTTGGAGTTCAAGAAAGGGAGATG
ATCACGGTTTGGTAATTCTGTTGCAGGGTGAGCTGAAGCGTGAGGAGAGACGGCTTCATC
TGTTGCATTACTGATCTCAGGTGAATCTTGCTTCAGTACAGAAGTGACAGAGTTTGTTAC
ATGATTCTCAGCATCAGAAGTAACCAAGCTGTCAGAAGTTTCTGAGTCGATAGTGGAACA
GGAGATCCCAAAATACTCAGAAACCATCTTCTCGTTTTCATTAGCTACATTAGGATCAGG
AAACTCTATCTTATCCAACTCACCAGGGAAGT

QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 2

CO CL3908Contig1 1109 2 2 U
GATCGTTTAACTCGCTCCGTCTCCCACCACTGTCTCTCTCACCGCGGAAAAAAAAATGTC
GTCCGGTTTAATCGGAAGATTAGTTAGAACCAAACCGTCGCGATTAGCCACATCATCGGC
GAGGTTAATCCCATCGCGATGCACGTCTTCCGCAACCGAATCAAAACCTTCGAAACCATC
GAAGTTCAAGACGTTCCAGATCTACTGATGGAACCCCGACAACCCTAGCAAGCCAGAGCT
CCAAACTACAAGATCGATCTCAAGGACCGCGGCCCCATGGTCCTCGACGCTCTCATCAAG
ATCAAAAACGAGATGGATCCCTCCCTCACGTTCCGCCGCTCGTGCCGAGAAGGGATCTGC
GGGTCGTGCGCGATGAACATCGACGGGTGCAACGGGCTCGCGTGTCTGACGAAGATCGAA
GGAGGCGACGGGGCCAAGGAGACGACCATCACTCCCTTGCCTCACATGTTCGTGATCAAG
GATCTGGTGGTGGACATGACTAATTTTTACAATCAGTACAAGAGTATCGAGCCGTGGCTG
AAGAGGAAGAACCCGGCGTCTGAGCCTGGGAAGGAGATTCTTCAGAGTAAGAAAGATAGG
GCTAAGCTCGATGGGATGTATGAGTGTATCTTGTGTGCTTGTTGTAGCACTTCTTGTCCT
AGTTACTGGTGGAACCCTGAGTCTTACCTTGGCCCTGCCGCTTTGCTACACGCCAACAGG
TGGATAAGTGATAGTCGTGATGAGTACACTAAGGAAAGGCTTGAGGCTATTGACGATGAG
TTCAAGCTTTACCGTTGCCATACGATCTTGAACTGTGCTCGTGCTTGTCCTAAGGGTTTG
AACCCGGGCAAACAGATCGCGCACATCAAGCAGCTTCAGCGTTGATGTGTATTATTATCG
TGGTCTAAACAGTTTATCGTTTTAAAAGCTAATAAGTTTACTTCACAAAGTCTTTGATTT
TGGATTTCATTCTTGTATTGTTGTTGCCAAATATTAGCAACCTTGGCTAGTCTTGCCAAG
TAGATGAGCTTTGTGATTGTATCTTGCTGAAAAAACTCGACTCTTTTTTTAAGTAATAAA
ACTGAAGTGAACTTAAATTTCATCTACTT


BQ
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AF RR3DD10TF U 1
AF RR3DD10JQ C 564
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BS 692 1109 RR3DD10JQ

RD RR3DD10TF 691 0 0
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CCAAACTACAAGATCGATCTCAAGGACCGCGGCCCCATGGTCCTCGACGCTCTCATCAAG
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GGGTCGTGCGCGATGAACATCGACGGGTGCAACGGGCTCGCGTGTCTGACGAAGATCGAA
GGAGGCGACGGGGCCAAGGAGACGACCATCACTCCCTTGCCTCACATGTTCGTGATCAAG
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AAGAGGAAGAACCCGGCGTCTGAGCCTGGGAAGGAGATTCTTCAGAGTAAGAAAGATAGG
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AGTTACTGGTGGAACCCTGAGTCTTACCTTG

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DS 

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TTACCTTGGCCCTGCCGCTTTGCTACACGCCAACAGGTGGATAAGTGATAGTCGTGATGA
GTACACTAAGGAAAGGCTTGAGGCTATTGACGATGAGTTCAAGCTTTACCGTTGCCATAC
GATCTTGAACTGTGCTCGTGCTTGTCCTAAGGGTTTGAACCCGGGCAAACAGATCGCGCA
CATCAAGCAGCTTCAGCGTTGATGTGTATTATTATCGTGGTCTAAACAGTTTATCGTTTT
AAAAGCTAATAAGTTTACTTCACAAAGTCTTTGATTTTGGATTTCATTCTTGTATTGTTG
TTGCCAAATATTAGCAACCTTGGCTAGTCTTGCCAAGTAGATGAGCTTTGTGATTGTATC
TTGCTGAAAAAACTCGACTCTTTTTTTAAGTAATAAAACTGAAGTGAACTTAAATTTCAT
CTACTT

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL3909Contig1 938 2 18 U
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GAAAGTAAGTAATACAAGACCTGGATCATCACAACTGTGTAAACGTATGACCCGCCGAAA
CCAGACACCATAACCGCTTCTCTAATTCTACATCGACTCAGAACAATACAACATCTAACT
AAAGCATATCATGACAAAGCTCCGCGCCATGGCTCCAGTTTTGTACATTCCACAAACACA
CACCCTCGCTAGTCTGTTGTTTTGCTGCTAGTCTCAGACAATTGATGTGTCCATGGTGAT
GAGGATTGGCTGATACCGAGCCCATTGCAAGTGAGTATCATTCCCTTAAATCTGGCAAGA
TATTCCCGCAAAGTATACTTGTGGATCTCATAGATACCGGTTAAATCATATTCAAAACGT
GCAGCAGGATCCATCAGCACATTATAAGCATCATTTATCTCTATAAACTTTTCTGAAGCT
GCACTATCTCCTTTGTGCTTATCAGGATGCCACTTCAAAGCAAGCTTCCGATAATTCACT
CTGATCAGTTCCTCAGTTGCATCGTAATCAACTTCTAGAATCTTATAGTAATCCTTAGGG
GGAGGAGACTTATCATCATTGTCTTCCATCTGACAGAGAAACGAACAGAGGAGGAAGAAT
CTCCTCCTCGCACCTCATCAAACAGAAACACACCCCGAACGCTAAAAAAAGTGAAAAGGA
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GGAATTTTGAGGAATGAAAGAAAGGTTTTGGATTCTCTTTTAGACAAAAAAGAAAAGGTT
TCCCGAATCCTTTTTTAGATATTTTGCATTTGTGACCC


BQ
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AF RR3EE33JQ U 1
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AAAGCATATCATGACAAAGCTCCGCGCCATGGCTCCAGTTTTGTACATTCCACAAACACA
CACCCTTGCTAGTCTGTTGTTTTGCTGGTAGTCTCAGACAATTGATGTGTCCATGGTGAT
GAGGATTGGCTGATACCGAGCCCATTGCAAGTGAGTATCATTCCCTTAAATCTGGCAAGA
TATTCCCGCAAAGTATACTTGTGGATCTCATAGATACCGGTTAAATCATATTCAAAACGT
GCCTCAGGATCCATTAGCACATTATAAGCATCATTTATCTCTATAAACTTTTCTGAAGCT
GCACTATCTCCTTTGTGCTTATCAGGATGCCACTTCAAAGCAAGCTTCCGATAATTCACT
CTGATCAGTTCCTCAGTTGCATCGTAATCAACTTCTAGAATCTTATAGTAATCCTTAGGG
GGAGGAGACTTATC***ATTGTCTTCCATCTGACAGAGAAACGAACA

QA 1 647 1 647
DS 

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ATTCTACATCGACTCAGAACAATACAACATCTAACTAAAGCATATCATGACAAAGCTCCG
CGTCATGGCTCCAGTTTTGTACATTCCACAAACACACACCCTCGCTAGTCTGTTGTTTTG
CTGCTAGTCTCAGACAATTGATGTGTCCATGGTGATGAGGATTGGCTGATACCGAGCCCA
TTGCAAGTGAGTATCATTCCCTTAAATCTGGTAAGATATTCCCGTAGAGTATACTTGTGG
ATCTCATAGATACCGGTTAAATCATATTCAAAACGTGCAGCAGGGTCCATCAGCACGTTA
TAAGCATCATTTATCTCTATAAACTTTTCTGAAGCTGCACTATCTCCTTTGTGCTTATCA
GGATGCCACTTCAAAGCAAGCTTCCGATAATTCACTCTGATCAGTTCCTCAGTTGCGTCG
TAATCAACTTCTAGAATCTTATAGTAATCCTTAGGGGGAGGAGACTTATCATCATTGTCT
TCCATCTGACAGAGAGACGAACAGAGGAGGAAGAATCTCCTCCTCGCACCTCATCAAACA
GAAACACACCCCGAACGCTAAAAAAAGTGAAAAGGAAGATTGAATATGTTTCCCTTTCGG
TTTCGGTTTCAGCAGAAAAGAAAAATCAAAAACGAAACTTTTACTGAGAAAATGGGATTA
GTTGAATCGACGAATCTTGTGGGATTGCTTGTGCTGGGAATTTTGAGGAATGAAAGAAAG
GTTTTGGATTCTCTTTTAGACAAAAAAGAAAAGGTTTCCCGAATCCTTTTTTAGATATTT
TGCATTTGTGACCC

QA 1 854 1 854
DS 



AS 1 3

CO CL3910Contig1 1056 3 7 U
GGGTTTCTATGAACCCATCGGAAAACTAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAACCAA
ACTGAGAGTTTCTCTCCTGTTACTTTCGACGCTTCCAACCTCTTACCTATGTCCGAATGA
AATCATCAATTACGAACAAGGAATGACGAGTAGCTCGTCATCTAAGAAACAAGCTCAAGA
TCCGCCTGAATCCTCCGAGCCCACTTTGAAATCCCTCAGAACCAAGATGACCAAATCCGA
CGAAAAGAAGAAGCTTAAAGACATTGAGATAAGCGTTCCACTTGTCTATGGTAACATTGC
TTTCTGGCTCGGCAAGAAGGCTAGCGAATACCAATCTCACAAATGGGCTGTATATGTTCG
TGGGGCAACAAACGAAGACATCAGTGTTGCAATCAAGAAAGTCGTCTTCCAGCTTCATTC
TAGTTTCAACAACCCAACAAGAGTCATCGAGGAGCCTCCTTTCGAGGTGTCCGAATCTGG
CTGGGGAGAATTCGAGATTGCTATCACATTGCATTTCCACAGCGACGTCTGTGACAAGCC
ATTGAGTTTATATCATCACTTGAAGTTATACCCAGAAGATGAATCAGGTCCTTTGACAAT
GAAGAAGCCTGTGGTTGTCGAACACTACGACGAGATTGTGTTTCCTGACCCTTCTGAAAG
TTTTCTTGCTAGGGTTCAGAATCACCCTGCTTTGACGTTTCCTAGATTACCTTCTGGTTA
CAACTTGCCTGCTCCTATGTAAGTTGATGATAACGGGAAAAAGAAGAGAGGTGATACTAA
AGATCATAGCTTGGGACAATGGTTCACGAGCTTCTCTGAAGCCGATGAGTTGTTACAGCT
TGCGGCTGCTCGTCAACAGGTTCAAGCTCATATTGCTAAACTTAGGCGACAAATAAGCTT
GCTAGAGGGACAGAATCAGACCATCAAAACAGGTTCTGATCCGTGAAGCTGTAGCCAGTT
TCCATTGGTGGAGTGGGAGATTGGTTTTGTTGTAACATTAATGTGTATCAGTATTATTAG
CGTAGCGCTTTTTTTTACCAGTCTTGATACATTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CS55TF U 1
AF RR3EI27TF U 33
AF RR3EI27JQ C 402
BS 1 41 RR3CS55TF
BS 42 42 RR3EI27TF
BS 43 389 RR3CS55TF
BS 390 390 RR3EI27TF
BS 391 584 RR3CS55TF
BS 585 684 RR3EI27TF
BS 685 1056 RR3EI27JQ

RD RR3CS55TF 584 0 0
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CGAAAAGAAGAAGCTTAAAGACATTGAGATAAGCGTTCCACTTGTCTATGGTAACATTGC
TTTCTGGCTCGGCAAGAAGGCTAGCGAATACCAATCTCACAAATGGGCTGTATATGTTCG
TGGGGCAACAAACGAAGACATCAGTGTTGTAATCAAGAAAGTCGTCTTCCAGCTTCATTC
TAGTTTCAACAACCCAACAAGAGTCATCGAGGAGCCTCCTTTCGAGGTGTCCGAATCTGG
CTGGGGAGAATTCGAGATTGCTATCACATTGCATTTCCACAGCGACGTCTGTGACAAGCC
ATTGAGTTTATATCATCACTTGAAGTTATACCCAGAAGATGAAT

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3EI27TF 652 0 0
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TTCCAACCTCTTACCTATGTCCGAATGAAATCATCAATTACGAACAAGGAATGACGAGTA
GCTCGTCATCTAAGAAACAAGCTCAAGATCCGCCTGAATCCTCCGAGCCCACTTTGAAAT
CCCTCATAACCAAGATGACCAAATCCGACGAAAAGAAGAAGCTTAAAGACATTGAGATAA
GCGTTCCACTTGTCTATGGTAACATTGCTTTCTGGCTCGGCAAGAAGGCTAGCGAATACC
AATCTCACAAATGGGCTGTATATGTTCGTGGGGCAACAAACGAAGACATCAGTGTTGCAA
TCAAGAAAGTCGTCTTCCAGCTTCATTCTAGTTTCAACAACCCAACAAGAGTCATCGAGG
AGCCTCCTTTCGAGGTGTCCGAATCTGGCTGGGGAGAATTCGAGATTGCTATCACATTGC
ATTTCCACAGCGACGTCTGTGACAAGCCATTGAGTTTATATCATCACTTGAAGTTATACC
CAGAAGATGAATCAGGTCCTTTGACAATGAAGAAGCCTGTGGTTGTCGAACACTACGACG
AGATTGTGTTTCCTGACCCTTCTGAAAGTTTTCTTGCTAGGGTTCAGAATCA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3EI27JQ 655 0 0
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TCGAGGTGTCCGAATCTGGCTGGGGAGAATTCGAGATTGCTATCACATTGCATTTCCACA
GCGACGTCTGTGACAAGCCATTGAGTTTATATCATCACTTGAAGTTATACCCAGAAGATG
AATCAGGTCCTTTGACAATGAAGAAGCCTGTGGTTGTCGAACACTACGACGAGATTGTGT
TTCCTGACCCTTCTGAAAGTTTTCTTGCTAGGGTTCAGAATCACCCTGCTTTGACGTTTC
CTAGATTACCTTCTGGTTACAACTTGCCTGCTCCTATGTAAGTTGATGATAACGGGAAAA
AGAAGAGAGGTGATACTAAAGATCATAGCTTGGGACAATGGTTCACGAGCTTCTCTGAAG
CCGATGAGTTGTTACAGCTTGCGGCTGCTCGTCAACAGGTTCAAGCTCATATTGCTAAAC
TTAGGCGACAAATAAGCTTGCTAGAGGGACAGAATCAGACCATCAAAACAGGTTCTGATC
CGTGAAGCTGTAGCCAGTTTCCATTGGTGGAGTGGGAGATTGGTTTTGTTGTAACATTAA
TGTGTATCAGTATTATTAGCGTAGCGCTTTTTTTTACCAGTCTTGATACATTCCC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL3911Contig1 622 2 3 U
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GGACACGAATGATAGCTTGAGAGTAGCCAGTTTATGGCACTCAATGCACGCCATTTCCCA
GCAGCTTTCACCTGTTAATGGCTGTTCTGGAATCGAGCTTCTCCAAGCCGATACCTTTGA
TCTCCATTGTTTCCAGTCTCTCCCAGGAACAAAGTTCTTTGTGGTTTGTGAACCTGGAAC
TCCTCACATGGAGAACCTCCTTCGATACATTTACGAACTCTACACTGACTACGTCTTGAA
GAATCCTTTCTATGAGATTGAGATGCCTATTCGTTGCGAGCTTTTCGACATCAACCTCAC
TCAAGCTGTTCAGTCTGATCGCGTTGCTCTCTTAGGACGTTGACCTCTACAAGATTGATT
CTCTGCTGTGATCTCTTACCTCTTTGCCTTTTTTGTTTTGTTTCCTCTAGTCTTCTTATC
CATATAACATTTTATATCCGACAAACACTTGAACGTTGCAACAAAACCTTTGTTTTTTTT
TTTCATGCCAAGAAATTGCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E758TF U 25
AF RR3B230TF U 1
BS 1 314 RR3B230TF
BS 315 315 RR3E758TF
BS 316 622 RR3B230TF

RD RR3E758TF 347 0 0
TTTTTGGGGAAAAATGGCAGCGATCTACAGTCTTTACATAATCAACAAATCTGGTGGTTT
GATCTTTTACAAGGATTGTGGAACGAAGGGAAGGATGGACACGAATGATAGCTTGAGAGT
AGCCAGTTTATGGCACTCAATGCACGCCATTTCTCAGCAGCTTTCACCTGTTAATGGCTG
TTCTGGAATCGAGCTTCTCCAAGCCGATACCTTTGATCTCCATTGTTTCCAGTCTCTCCC
AGGAACAAAGTTCTTTGTGGTT*GTGAACCTGGAACTCCTCACATGGAGAACCTCCTTCG
ATACATTTACGAACTCTACACTGACTACGTCTTGAAGA
TCCTTTCTA

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR3B230TF 622 0 0
GGGCTGAGAGATTTGTTCTGGATCTTTTGGGGGAAAAATGGCAGCGATCTACAGTCTTTA
CATAATCAACAAATCTGGTGGTTTGATCTTTTACAAGGATTGTGGAACGAAGGGAAGGAT
GGACACGAATGATAGCTTGAGAGTAGCCAGTTTATGGCACTCAATGCACGCCATTTCCCA
GCAGCTTTCACCTGTTAATGGCTGTTCTGGAATCGAGCTTCTCCAAGCCGATACCTTTGA
TCTCCATTGTTTCCAGTCTCTCCCAGGAACAAAGTTCTTTGTGGTTTGTGAACCTGGAAC
TCCTCACATGGAGAGCCTCCTTCGATACATTTACGAACTCTACACTGACTACGTCTTGAA
GAATCCTTTCTATGAGATTGAGATGCCTATTCGTTGCGAGCTTTTCGACATCAACCTCAC
TCAAGCTGTTCAGTCTGATCGCGTTGCTCTCTTAGGACGTTGACCTCTACAAGATTGATT
CTCTGCTGTGATCTCTTACCTCTTTGCCTTTTTTGTTTTGTTTCCTCTAGTCTTCTTATC
CATATAACATTTTATATCCGACAAACACTTGAACGTTGCAACAAAACCTTTGTTTTTTTT
TTTCATGCCAAGAAATTGCAAC

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 3

CO CL3912Contig1 628 3 5 U
TTTTTAGAAACGGAAAAAAATAATCTCCTCTTTCGCGGTCGTCTTCTGCAAGCTAAGCTC
CTCTTTCGATTTCAGCAGAGAGATGTCAGCGTACGAAAATGTTATTGGTGGGAAGCTAAA
GCTGAAAGGGAAGGCTTTAGATGTGAAAGCAGGTGGAGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
GAAGAAGAAGAAACAGGAAGAGCAAGCTCTTAAAATTACTGAACATGAACACATAGAAGG
AGGAAACGAAGAAGCATTGGGTAAATTGATTGAAGGAGGAGAAGAAGAAGATGAGGAGGG
TAGGAGTGAAAAGGAGGATGGAAAAGTGCAACATGATGATGATGATCTGTTAACGCCTGC
GGAAAGACGGTACATAGAGCAGAAGCAGAAATTGGATGTGCAGAAACTAGCAAAGGAAGC
GAACAAGTCTCACCGTAACAGGATTGAGGATTTCAATCAGTATCTGGCTAACATGAGTGA
GCATTACGATATCCCTAAAGTCGGACCTGGTTAAATCAACTTCTTCCTTGTCTCTCTCTG
CTTATTTCAGTTTGGCATTGTCGAACAGCTACTGTTGTTGGATCTCTCGTGTTATTCCCA
TAACTTTGCTATTATATGGCCTCTGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EI23TF U 1
AF RR3DS49JQ C 33
AF RR3DS49TF U 33
BS 1 332 RR3EI23TF
BS 333 333 RR3DS49TF
BS 334 384 RR3EI23TF
BS 385 385 RR3DS49TF
BS 386 628 RR3EI23TF

RD RR3EI23TF 628 0 0
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CTCTTTCGATTTCAGCAGAGAGATGTCAGCGTACGAAAATGTTATTGGTGGGAAGCTAAA
GCTGAAAGGGAAGGCTTTAGATGTGAAAGCAGGTGGAGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
GAAGAAGAAGAAACAGGAAGAGCAAGCTCTTAAAATTACTGAACATGAACACATAGAAGG
AGGAAACGAAGAAGCATTGGGTAAATTGATTGAAGGAGGAGAAGAAGAAGATGAGGAGGG
TAGGAGTGAAAAGGAGGATGGAAAAGTGCAACCTGATGATGATGATCTGTTAACGCCTGC
GGAAAGACGGTACATAGAGCAGAATCAGAAATTGGATGTGCAGAAACTAGCAAAGGAAGC
GAACAAGTCTCACCGTAACAGGATTGAGGATTTCAATCAGTATCTGGCTAACATGAGTGA
GCATTACGATATCCCTAAAGTCGGACCTGGTTAAATCAACTTCTTCCTTGTCTCTCTCTG
CTTATTTCAGTTTGGCATTGTCGAACAGCTACTGTTGTTGGATCTCTCGTGTTATTCCCA
TAACTTTGCTATTATATGGCCTCTGCTC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3DS49JQ 578 0 0
GG
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GAAAATGTTATTGGTGGGAAGCTAAAGCTGAAAGGGAAGGCTTTAGATGTGAAAGCAGGT
GGAGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAACAGGAAGAGCAAGCTCTTAAA
ATTACTGAACATGAACACATAGAAGGAGGAAACGAAGAAGCATTGGGTAAATTGATTGAA
GGAGGAGAAGAAGAAGATGAGGAGGGTAGGAGTGAAAAGGAGGATGGAAAAGTGCAACAT
GATGATGATGATCTGTTAACGCCTGCGGAAAGACGGTACATAGAGCAGAAGCAGAAATTG
GATGTGCAGAAACTAGCAAAGGAAGCGAACAAGTCTCACCGTAACAGGATTGAGGATTTC
AATCAGTATCTGGCTAACATGAGTGAGCATTACGATATCCCTAAAGTCGGACCTGGTTAA
ATCAACTTCTTCCTTGTCTCTCTCTGCTTATTTCAGTTTGGCATTGTCGAACAGCTACTG
TTGTTGGATCTCTCGTGTTATTCCCATAACTTTGCT

QA 3 578 3 578
DS 

RD RR3DS49TF 578 0 0
GG
GCGGTCGTCTTCTGCAAGCTAAGCTCCTCTTTCGATTTCAGCAGAGAGATGTCAGCGTAC
GAAAATGTTATTGGTGGGAAGCTAAAGCTGAAAGGGAAGGCTTTAGATGTGAAAGCAGGT
GGAGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAACAGGAAGAGCAAGCTCTTAAA
ATTACTGAACATGAACACATAGAAGGAGGAAACGAAGAAGCATTGGGTAAATTGATTGAA
GGAGGAGAAGAAGAAGATGAGGAGGGTAGGAGTGAAAAGGAGGATGGAAAAGTGCAACAT
GATGATGATGATCTGTTAACGCCTGCGGAAAGACGGTACATAGAGCAGAAGCAGAAATTG
GATGTGCAGAAACTAGCAAAGGAAGCGAACAAGTCTCACCGTAACAGGATTGAGGATTTC
AATCAGTATCTGGCTAACATGAGTGAGCATTACGATATCCCTAAAGTCGGACCTGGTTAA
ATCAACTTCTTCCTTGTCTCTCTCTGCTTATTTCAGTTTGGCATTGTCGAACAGCTACTG
TTGTTGGATCTCTCGTGTTATTCCCATAACTTTGCT

QA 3 578 3 578
DS 



AS 1 2

CO CL3913Contig1 782 2 17 U
GGAATCTCGAATCATAAACAAAAGCTTCCTAATTTATATTCTTCTGTGTATCTTCTTCTT
GTTTCTCAATCCTCATCGTTAGAATCGAAAATGGGTCGAATCAGCATAGTGGCTTCTGAT
CTGGTATTGTCCTTTATGTGGACATGGGCAGGAGTTCTCGTCAACATCTTAGTTCACGGA
GTACTCGGATTCAGCCGGAAAGATACCACCGGCGAGATCGTCCGGTATCTATTCTCCGTC
ATCTCCATGTTCGTCTTCGCTTTCCTTCAGAAACTCACCAAAGGCGGACTTTACAACCCT
TTGACCGCTTTGGCTGCCGGTGTCACCGGTGGCTTCGGTAGTTTCATCTTCACCGTCCTG
GTTCGAATCCCCGTTGAGGTGATGGGATCAATCCTTGGGGTTAAACATATCATCCATGTT
TTCCCAGAGATTGGGAAAGGACCAAAACTAAATGTAGCGATCCATCACGGTGCCTTAACC
GAGGGGGTACTAACATTCTTCATTGTAATGCTCTCAATGGGACTAGCAAGAAAGATCCCT
GGAAGTTTCTTCATGAAGACTTGGATTGGTAGCATTGCTAAATTAAGTCTCCATGTTCTT
GGAGCTGATCTAACCGGCGGATGCATGAATCCAGCAGCGGTTATGGGATGGGCTTATGCA
CGCGGTGAGCATATAACACAGGAGCATTTACTTGTGTATTGGCTTGGACCTATAAAGGCG
ACATTGCTTGCTGTTTGGTTCTTCAATGTCGTGTTTAAGCCTCTCACCGAAGACAAGAGA
AC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3HA26TF U 52
AF RR3B346TF U 1
BS 1 70 RR3B346TF
BS 71 71 RR3HA26TF
BS 72 257 RR3B346TF
BS 258 258 RR3HA26TF
BS 259 323 RR3B346TF
BS 324 324 RR3HA26TF
BS 325 413 RR3B346TF
BS 414 414 RR3HA26TF
BS 415 425 RR3B346TF
BS 426 426 RR3HA26TF
BS 427 446 RR3B346TF
BS 447 447 RR3HA26TF
BS 448 473 RR3B346TF
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BS 475 515 RR3B346TF
BS 516 516 RR3HA26TF
BS 517 782 RR3B346TF

RD RR3HA26TF 480 0 0
TTTTTTCT
TGTTTCTCAATCCTCATCGTTAGAATCGAAAATGGGTCGAATCAGTATAGTGGTTTCTGA
TCTGGTATTGTCCTTTATGTGGACATGGGCAGGAGTTCTTGTCAACATCTTAGTTCACGG
AGTACTCGGATTCAGCCGGAAAGATACCACCGGCGAGATCGTCCGGTATCTATTCTCCGT
CATCTCCATGTTCGTCTTCGCTTTCCTTCAGAAACTCACCAAAGGCGGACTTTACAACCC
TTTGACCGCTTTGGCTGTCGGTGTCACCGGTGGCTTCGGTAGTTTCATCTTCACCGTCCT
GGTTCGAATCCCCGTTGAGGTGATGGGATCAATCCTTGGGGTTAAACATATCATCCATGT
TTTCCCAGAGATTGGGAAAGGACCAAAACTAAATGTAGCGATCCATCACGGTGCCTTAAC
CGAGGGGGTACTAACATTCTTCATTGTAATGCTCTCACTGGGACTAGCAAGA

QA 9 480 9 480
DS 

RD RR3B346TF 782 0 0
GGAATCTCGAATCATAAACAAAAGCTTCCTAATTTATATTCTTCTGTGTATCTTCTTCTT
GTTTCTCAATTCTCATCGTTAGAATCGAAAATGGGTCGAATCAGCATAGTGGCTTCTGAT
CTGGTATTGTCCTTTATGTGGACATGGGCAGGAGTTCTCGTCAACATCTTAGTTCACGGA
GTACTCGGATTCAGCCGGAAAGATACCACCGGCGAGATCGTCCGGTATCTATTCTCCGTC
ATCTCCATGTTCGTCTTTGCTTTCCTTCAGAAACTCACCAAAGGCGGACTTTACAACCCT
TTGACCGCTTTGGCTGCCGGTGT*ACCGGTGGCTTCGGTAGTTTCATCTTCACCGTCCTG
GTTCGAATCCCCGTTGAGGTGATGGGATCAATCCTTGGGGTTAAACATATCATTCATGTT
TTCCCTGAGATTGGGAAAGGACCAAAGCTAAATGTAGCGATCCATCACGGTGCTTTAACC
GAGGGGGTACTAACATTCTTCATTGTAATGCTCTCGATGGGACTAGCAAGAAAGATCCCT
GGAAGTTTCTTCATGAAGACTTGGATTGGTAGCATTGCTAAATTAAGTCTCCATGTTCTT
GGAGCTGATCTAACCGGCGGATGCATGAATCCAGCAGCGGTTATGGGATGGGCTTATGCA
CGCGGTGAGCATATAACACAGGAGCATTTACTTGTGTATTGGCTTGGACCTATAAAGGCG
ACATTGCTTGCTGTTTGGTTCTTCAATGTCGTGTTTAAGCCTCTCACCGAAGACAAGAGA
AC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 3

CO CL3914Contig1 1388 3 7 U
AGTTTTCGAAGACTTTTCTTTTGTTACAATAAAACTTAACTTGACATGCTCTTTCCTCAC
GAAGACAACAAACTATCGAACAATAACTAAAAGCATCTCGCTCAGACAACATTTTAAAAT
TTTATAACAACTAATCCTATTTATTAATCGATAAAAAGACGAAAATAACTACTGATTAAA
TTGAAAAGATTCACACTTAAGATTTTTGTAATCCATATTAAAGAACACAAGAACAAATAA
AGAGTTTTACTGATAGAACTGTAAAACCACTAATCATCATCATCCACTTTCCTTTTTAGC
ATTGATTCGCTGACAACCCAATAAGATTATTCGCCAGATCGTAAGTGATACGCGTCCCTT
GCTGCTGCACGTTCCCTATGATCGACAACGAAGACGACGTCGGAGCAAAAGCAAAGCAGA
ACGTCCCCGCATCGTCCACAGGGATCAAGTAGTTCTTCGCCGGCAGATCGATCGACTTAC
CTCCGGTGAAATGAAACGCCACCGTGGGGACTTTCACGGTGGAGAGAGACGAGAAGTCGT
AGCACGTGTCGAATAACGAGATGCTCGACGCTCCCCTCTTGAGATTCGACGTGAGCCTCA
CGAACGCGTCGCGCAGAGAGTTGTAGGCCTGAGTCTGGAGCCGAGTCACGGCGGTTCCGC
AGTCGAGGATCACTCCTCCGGCGCCGGAAGCGTCGACGGCGAAGACCGAGGAAGGGATGG
AGACTTGCTGCCCGCCGACGCTGAACCCGCTGAGTCCGACGTAGCAGTCGGAGCAAGGCT
GGCACTGGATCCAGTTGATGTCGCTTCCGGTGTCGAGGACCATGAACATCTCCTTCGCCG
GAGTTCCGACTCCGATGCGGGAGAAGTACTCGCCGCTTCCTTGGCTGGCTCCGGAGACGA
CGGGGGTGGTCAGATCCTCGGGTCGGTATGATGAGGTTTCGTCGTTGTAGACGGGTTTGA
GTTCGGATCTGTCGATGTCCTCGACGGCGAAGCGGATCTTGGCGAAGATTCCGGCGACTC
GGGATGAGTCACGCTCGAGTCGGCTTAGTACTAGGCTCTTGTAGTTCTTGTGCTGTGATG
CGGTGAGAGTGTCTCGGGAGTGGAGCTCTAGAGATAGTGGAGAGGATGAGTTGAGGAAAA
CCGGGTCGGATCCGGGTAGGGTGGTGGTGGTGGTTGTGAGTGAGGAAACAGTCGGGTCGA
GTGAGATGATGTGTTGGGTTTGCTGGAGAGATGAGACGACGTCGAGGACGGTGGTTTCGT
GTGGAGTTAGTAGACAGCGAGATGAAGCATCGGTGGTGGTGAGAAGAAGAGAGATAGTGA
CGACGGAGAGGAGAGAGAACAATCGCGTTAAAGCCATTGTTTCCGGTGAATAATGCGAGT
TAAAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AT17JQ U 1
AF RR3B768JQ U 146
AF RR3AT17TF C 631
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AGAGTTTTACTGATAGAACTGTAAAACCACTAATCATCATCATCCACTTTCCTTTTTAGC
ATTGATTCGCTGACAACCCGATAAGATTATTCGCCAGATCGTAAGTGATACGCGTCCCTT
GCTGCTGCACGTTCCCTATGATCGACAACGAAGACGACGTCGGAGCAAAAGCAAAGCAGA
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CGAACGCGTCGCGCAGAGAGTTGTAGGCCTGAGTCTGGAGCCGAGTCACGGCG

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DS 

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AG
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GTAATCCATATTAAAGAACACAAGAACAAATAAAGAGTTTTACTGATAGAACTGTGAAAC
CACTAATCATCATCATCCACTTTCCTTTTTAGCATTGATTCGCTGACAACCCAATAAGAT
TATTCGCCAGATCGTAAGTGATACGCGTCCCTTGCTGCTGCACGTTCCCTATGATCGACA
ACGAAGACGACGTCGGAGCGAAAGCAAAGCAGAACGTCCCCGCATCGTCCACAGGGATCA
AGTAGTTCTTCGCCGGCAGATCGATCGACTTACCTCCGGTGAAATGAAACGCCACCGTGG
GGACTTTCACGGTGGAGAGAGACGAGAAGTCGTAGCACGTGTCGAATAGCGAGATGCTCG
ACGCTCCCCTCTTGAGGTTCGAGGTGAGCTTCACGAACGCGTCGCGCAGCGAGTTGTAGG
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CGCTGAGTCCGACGTAG
TAGAAGGTGTCGATCTTGC

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CGTCGACGGCGAAGACCGAGGAAGGGATGGAGACTTGCTGCCCGCCGACGCTGAACCCGC
TGAGTCCGACGTAGCAGTCGGAGCAAGGCTGGCACTGGATCCAGTTGATGTCGCTTCCGG
TGTCGAGGACCATGAACATCTCCTTCGCCGGAGTTCCGACTCCGATGCGGGAGAAGTACT
CGCCGCTTCCTTGGCTGGCTCCGGAGACGACGGGGGTGGTCAGATCCTCGGGTCGGTATG
ATGAGGTTTCGTCGTTGTAGACGGGTTTGAGTTCGGATCTGTCGATGTCCTCGACGGCGA
AGCGGATCTTGGCGAAGATTCCGGCGACTCGGGATGAGTCACGCTCGAGTCGGCTTAGTA
CTAGGCTCTTGTAGTTCTTGTGCTGTGATGCGGTGAGAGTGTCTCGGGAGTGGAGCTCTA
GAGATAGTGGAGAGGATGAGTTGAGGAAAACCGGGTCGGATCCGGGTAGGGTGGTGGTGG
TGGTTGTGAGTGAGGAAACAGTCGGGTCGAGTGAGATGATGTGTTGGGTTTGCTGGAGAG
ATGAGACGACGTCGAGGACGGTGGTTTCGTGTGGAGTTAGTAGACAGCGAGATGAAGCAT
CGGTGGTGGTGAGAAGAAGAGAGATAGTGACGACGGAGAGGAGAGAGAACAATCGCGTTA
AAGCCATTGTTTCCGGTGAATAATGCGAGTTAAAGTCC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

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CAACCTTAGGGTGGCTCATCCATGCCCTACCCAAATAGATTCCTTGACCAACTCCAGTCA
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BQ
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AF RR3G374JQ U 40
AF RR3BD57TF C 1
BS 1 39 RR3BD57TF
BS 40 375 RR3G374JQ
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RD RR3G374JQ 336 0 0
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ATTACGCAAGTCTCATCTAAAAAGAGAGGACTCTTGGAAAAATATAACCAACGCAAATAG
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TTTTAAACTAGATTCATATTGAAGCCGCAACAGCGGGAGGTGGGAGAAGCCACTTGGATC
CTTCAATGTAGCCGAGGGTAAGGAAACGGTTAGCTACAGTAGTGTCAATCTTTTGTGTAA
ATGGAACTCTCTTGTCTGTCTGTGCTCCTTCTCCTA

QA 1 336 1 336
DS 

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CAAGATACAAGGGTTATGAATTGTCGTAATGAAACCAAAATTACGCAAGTCTCATCTAAG
AAGAGAGGACTCTTGGAAAAATATAACCAACGCAAATAGCAAAAAATACACCGAGATACA
TTCTCTCGGTGAATAAGTATATACGTATATAGTTTTTAGTTTTAAACTAGATTCATATTG
AAGCCGCAACAGCGGGAGGTGGGAGAAGCCACTTGGATCCTTCAATGTAGCCGAGGGTAA
GGAAACGGTTAGCTACAGTAGTGTCAATCTTTTGTGTAAATGGAACTCTCTTGTCTGTCT
GTGCTCCTTCTCCTACGCACTTGTACTCTCCATAGAACACGGTCTTGTCATGTGCGGCTA
TCTTGTTTTCTTGCCATCCAGATGGGTTGACTACGCTGGTCATCTCTGTGTAGGCGTAGA
CAACCTTAGGGTGGCTCATCCATGCCCTACCCAAATAGATTCCTTGACCAACTCCAGTCA
CCTTGCAATGCACGAAAGAGTATCCGGTCTTCTCGTCTGCGGTCTTTCCCGCATGCGCTG
TTATCACTCTAATGCCATCTCCCACCACGTGCAATTGTGTACCCAAGTAAAGAGAGGTCC
CACTTCCGAAGATGAAATCGAATGTCCCTTCGACGTAC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL3916Contig1 756 2 4 U
GGACAACAGTGATCATTCAAATTTGTTTTGTTGGAAAATTTGATGGGGACACTTTGGTTT
GGAGAAATCAAGAAACAAGCCTCTTTGTTTCTTCATGACAAGTACAATGTTGCTAGACTT
GTTCTCACCGATGTTACCGAAATTGAGCTGTTAGTAGAAAAAGTGACAAACGATGATCCT
TCTTCTCCAGACGCTAAAACGATGACTAAAATAGCCGAGGCATCATTTAATACAGTGGAT
TACTGGAGAATCGTGGATGTCCTTCACAGAAAAATAGGAAAAGGGGAAGGAGAGATGAAA
AAATGGAGAGAAGCTTACAAGGCCATGGTGTTGTTGGAGTTCTTATTAACACATGGTCCT
CTTCATTTGCCTCATGATTTTCTTTACGACTTGGACCATATTCGCTTCCTCTCAACCTTC
CAATACGTTGACGATAAAGGGTTTGATTGGGGAGCTAAGGTACAAAAGAAGGCGGATCAG
ATTCAAACTCTTATTCTAGGGAAAGAAGAACTAAGAGAAGCTCGTGCTAAAGCTCTCAAG
ATCACCTCCCAAATCAATGGCTTCGGAAACTCCACATGTTTCTCCACTCCTCCTCCTCCG
TCTCCTTCACCGGTCTCGCCCTCGAGGTCCGGTACAACACTAACCGAAAGAGAAGCTATG
TCCGAGTCAGATTCATTGATCGGCGTGGATGACAAGAGGACCGAGCCGCCGTGAAGAGAC
GCTGATCAGCGGATCTGCTCTAAGCTCGCCGGTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT53TF U 1
AF RR3CV12TF U 12
BS 1 141 RR3DT53TF
BS 142 142 RR3CV12TF
BS 143 384 RR3DT53TF
BS 385 756 RR3CV12TF

RD RR3DT53TF 384 0 0
GGACAACAGTGATCATTCAAATTTGTTTTGTTGGAAAATTTGATGGGGACACTTTGGTTT
GGAGAAATCAAGAAACAAGCCTCTTTGTTTCTTCATGACAAGTACAATGTTGCTAGACTT
GTTCTCACCGATGTTACCGAAGTTGAGCTGTTAGTAGAAAAAGTGACAAACGATGATCCT
TCTTCTCCAGACGCTAAAACGATGACTAAAATAGCCGAGGCATCATTTAATACAGTGGAT
TACTGGAGAATCGTGGATGTCCTTCACAGAAAAATAGGAAAAGGGGAAGGAGAGATGAAA
AAATGGAGAGAAGCTTACAAGGCCATGGTGTTGTTGGAGTTCTTATTAACACATGGTCCT
CTTCATTTGCCTCATGATTTTCTT

QA 1 384 1 384
DS 

RD RR3CV12TF 745 0 0
GGG
ATTCAAATTTGTTTTGTTGGAAAATTTGATGGGGACACTTTGGTTTGGAGAAATCAAGAA
ACAAGCCTCTTTGTTTCTTCATGACAAGTACAATGTTGCTAGACTTGTTCTCACCGATGT
TACCGAAATTGAGCTGTTAGTAGAAGAAGTGACAAACGATGATCCTTCTTCTCCAGACGC
TAAAACGATGACTAAAATAGCCGAGGCATCATTTAATACAGTGGATTACTGGAGAATCGT
GGATGTCCTTCACAGAAAAATAGGAAAAGGGGAAGGAGAGATGAAAAAATGGAGAGAAGC
TTACAAGGCCATGGTGTTGTTGGAGTTCTTATTAACACATGGTCCTCTTCATTTGCCTCA
TGATTTTCTTTACGACTTGGACCATATTCGCTTCCTCTCAACCTTCCAATACGTTGACGA
TAAAGGGTTTGATTGGGGAGCTAAGGTACAAAAGAAGGCGGATCAGATTCAAACTCTTAT
TCTAGGGAAAGAAGAACTAAGAGAAGCTCGTGCTAAAGCTCTCAAGATCACCTCCCAAAT
CAATGGCTTCGGAAACTCCACATGTTTCTCCACTCCTCCTCCTCCGTCTCCTTCACCGGT
CTCGCCCTCGAGGTCCGGTACAACACTAACCGAAAGAGAAGCTATGTCCGAGTCAGATTC
ATTGATCGGCGTGGATGACAAGAGGACCGAGCCGCCGTGAAGAGACGCTGATCAGCGGAT
CTGCTCTAAGCTCGCCGGTTTA

QA 4 745 4 745
DS 



AS 1 2

CO CL3917Contig1 613 2 1 U
GGATCTGAGAAAGCACGCGAGGCTCCAGCATCCAGGGGTAAGGCCATCGGAAGCTGATCC
AGAGAGACGGAGAAGCTGGAGGAGGCTAGAGAGGCAGAGGGATTTAGGGGATTTGCTTAG
CACGCTTCAGTCTTCTTTCGGAGGAGAAGAGAGAAGCAGCAATGATGATGGTATTCTATC
GTTTGATGATGGTGGTTGGCTTACGGTGTTCTTCCTCATCCGTGTGTTTAGACCAGAATC
GAGTGGTGGAGGATCAAGGAGTAGTAGCTGGTCTGGAACGTCTAGAGCTAGGTCACATAT
AGGTGTGAGAAGAAGATCTTCAAGGCTTTGGGGAGAGAGCTATGAAGGTGATACGGGAAC
GTCATCTAGAGATAGAGATGAAGAGAACAACAATCAGTCTTCTGATGAACAAGAGTCTAG
ACGTCGTGTCAGAAGAAGAGCTTTCATCGCTGATGATGTTGATGATGATGATGAAGAACC
TTGATGGCTCTTTTGGTGTTTATGCAAAGAAAATGGTGGAAACTTTGTAGTAATAATGAA
ACCTATTCTGTAAAATTTTGTTGAAGATTGAGAAAAAAGTTTCTTTTTTTTCTAATTTAG
AAACAAAATGTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DJ92JQ C 1
AF RR3DJ92TF U 1
BS 1 613 RR3DJ92TF

RD RR3DJ92JQ 613 0 0
GGATCTGAGAAAGCACGCGAGGCTCCAGCATCCAGGGGTAAGGCCATCGGAAGCTGATCC
AGAGAGACGGAGAAGCTGGAGGAGGCTAGAGAGGCAGAGGGATTTAGGGGATTTGCTTAG
CACGCTTCAGTCTTCTTTCGGAGGAGAAGAGAGAAGCAGCAATGATGATGGTATTCTATC
GTTTGATGATGGTGGTTGGCTTACGGTGTTCTTCCTCATCCGTGTGTTTAGACCAGAATC
GAGTGGTGGAGGATCAAGGAGTAGTAGCTGGTCTGGAACGTCTAGAGCTAGGTCACATAT
AGGTGTGAGAAGAAGATCTTCAAGGCTTTGGGGAGAGAGCTATGAAGGTGATACGGGAAC
GTCATCTAGAGATAGAGATGAAGAGAACAACAATCAGTCTTCTGATGAACAAGAGTCTAG
ACGTCGTGTCAGAAGAAGAGCTTTCATCGCTGATGATGTTGATGATGATGATGAAGAACC
TTGATGGCTCTTTTGGTGTTTATGCAAAGAAAATGGTGGAAACTTTGTAGTAATAATGAA
ACCTATTCTGTAAAATTTTGTTGAAGATTGAGAAAAAAGTTTCTTTTTTTTCTAATTTAG
AAACAAAATGTTC

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3DJ92TF 613 0 0
GGATCTGAGAAAGCACGCGAGGCTCCAGCATCCAGGGGTAAGGCCATCGGAAGCTGATCC
AGAGAGACGGAGAAGCTGGAGGAGGCTAGAGAGGCAGAGGGATTTAGGGGATTTGCTTAG
CACGCTTCAGTCTTCTTTCGGAGGAGAAGAGAGAAGCAGCAATGATGATGGTATTCTATC
GTTTGATGATGGTGGTTGGCTTACGGTGTTCTTCCTCATCCGTGTGTTTAGACCAGAATC
GAGTGGTGGAGGATCAAGGAGTAGTAGCTGGTCTGGAACGTCTAGAGCTAGGTCACATAT
AGGTGTGAGAAGAAGATCTTCAAGGCTTTGGGGAGAGAGCTATGAAGGTGATACGGGAAC
GTCATCTAGAGATAGAGATGAAGAGAACAACAATCAGTCTTCTGATGAACAAGAGTCTAG
ACGTCGTGTCAGAAGAAGAGCTTTCATCGCTGATGATGTTGATGATGATGATGAAGAACC
TTGATGGCTCTTTTGGTGTTTATGCAAAGAAAATGGTGGAAACTTTGTAGTAATAATGAA
ACCTATTCTGTAAAATTTTGTTGAAGATTGAGAAAAAAGTTTCTTTTTTTTCTAATTTAG
AAACAAAATGTTC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3919Contig1 376 3 4 U
TAGAATTCTGCAATTTGTAACAAAAGTTTTACTCTCTCGAGCATAAAAAAAAA*GTGTCT
TCAAACAACAAAAGCTGTAACTACTACCCTCTTCATCGTCCCTGGTTATCTTTTAAGTAG
CACCGACAATGATGTTGTTGATCGGAATAAAGATGAGCTTCACAAAGAAACCGACAAATC
CCATCACTACAAAACCAATAGCTGTACGGACCGCCACTTTCGTGAATTCTTTGCGATCTG
GTTTGTGATAACGCTTAACGAGACGAATGCTGTCCTTGGCAAAGTCTCTTAAAGGATCTA
CGACTGAATCGATGGCATCCATGGCTATTTCTTTTCTTTTTTTCTTTTAATTTGTGTTTT
TCTTTTTCTCGATTCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV96JQ U 1
AF RR3AV96TF C 1
AF RR3FG68JQ U 1
BS 1 301 RR3AV96JQ
BS 302 302 RR3FG68JQ
BS 303 360 RR3AV96JQ
BS 361 376 RR3FG68JQ

RD RR3AV96JQ 362 0 0
TAGAATTCTGCAATTTGTAACAAAAGTTTTACTCTCTCGAGCATAAAAAAAAA*GTGTCT
TCAAACAACAAAAGCTGTAACTACTACCCTCTTCATCGTCCCTGGTTATCTTTTAAGTAG
CACCGACAATGATGTTGTTGATCGGAATAAAGATGAGCTTCACAAAGAAACCGACAAATC
CCATCACTACAAAACCAATAGCTGTACGGACCGCCACTTTCGTGAATTCTTTGCGATCTG
GTTTGTGATAACGCTTAACGAGACGAATGCTGTCCTTGGCAAAGTCTCTTAAAGGATCTA
CAACTGAATCGATGGCATCCATGGCTATTTCTTTTCTTTTTTTCTTTTAATTTGTGTTTT
CC

QA 1 360 1 360
DS 

RD RR3AV96TF 362 0 0
TAGAATTCTGCAATTTGTAACAAAAGTTTTACTCTCTCGAGCATAAAAAAAAA*GTGTCT
TCAAACAACAAAAGCTGTAACTACTACCCTCTTCATCGTCCCTGGTTATCTTTTAAGTAG
CACCGACAATGATGTTGTTGATCGGAATAAAGATGAGCTTCACAAAGAAACCGACAAATC
CCATCACTACAAAACCAATAGCTGTACGGACCGCCACTTTCGTGAATTCTTTGCGATCTG
GTTTGTGATAACGCTTAACGAGACGAATGCTGTCCTTGGCAAAGTCTCTTAGAGGATCTA
CGACTGAATCGATGGCATCCATGGCTATTTCTTTTCTTTTTTTCTTTTAATTTGTGTTTT
CC

QA 1 360 1 360
DS 

RD RR3FG68JQ 376 0 0
TAGAATTCTGCAATTTGTAACAAAAGTTTTACTCTCTCGAGCATAAAAAAAAAAGTGTCT
TCAAACAACAAAAGCTGTAACTACTACCCTCTTCATCGTCCCTGGTTATCTTTTAAGTAG
CACCGACAATGATGTTGTTGATCGGAGTAAAGATGAGCTTCACAAAGAAACCGACAAATC
CCATCACTACAAAACCAATAGCTGTACGGACCGCCACTTTCGTGAATTCTTTGCGATCTG
GTTTGTGACAACGCTTAACGAGACGAATGCTGTCCTTGGCAAAGTCTCTTAAAGGATCTA
CGACTGAATCGATGGCATCCATGGCTATTTCTTTTCTTTTTTTCTTTTAATTTGTGTTTT
TCTTTTTCTCGATTCC

QA 1 376 1 376
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL3921Contig1 736 3 12 U
GGAAGTCATTTAGTTCCGAGACGGGAAAATCCAAAGCACGTTCTTGGTCTCGGATTCAGA
AAAAAAAAAAAA*GAGAGAAGATGAGTTCAAGATCTGACCTCACAATCATGCGCGTTTGC
TTCATAATCTTCCTGCTTGGAGCTCTTGTTGAGTTATGTGATGGAGGGATCACCAGTGAA
TATGTTAGAGCCAGAGGAAGTGATTTACCAGACGACATGCCATTAGACAGCGATGTCTTT
AAAGTTCCCCCCGGTCCTAATGCTCCCCAACAGGTTCACATAACGCAAGGTAACCATGAA
GGCAATGGAGTGATTATTTCATGGGTGACTCCTTCTGCGCCAGGTTCTAACACAGTTCGC
TACTGGAATGAGAATGGAGAATCGAAGAAGAAACAAGCAGAAGCAACCATAAACATCTAC
CGTTTCTACAATTATACTTCTGGTTACATCCACCACTGCGCCATTGATAATTTGGAATTT
GATACTAAATACTACTATGAAATTGGGTGTGGGAAGTGGCATAGGCGATTCTGGTTCTTT
ACCCCGCCTAAACCTGGTCCTGACGTACCTTACACCTTTGGCTTAATTGGGGATCTGGGA
CAAACATATGACTCAAATCGAACGTTAAGCCATTATGAGATGAATCCGAAAAAGGACAGG
CGGTTCTGTTCGTAGAGACTTGTCTTATGCAGATCGTTACCCTTTGCACGACAACAACAG
ATGGGATACTTGGGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D745TF U 1
AF RR3H056TF U 8
AF RR3F962TF U 1
BS 1 71 RR3D745TF
BS 72 72 RR3F962TF
BS 73 312 RR3D745TF
BS 313 313 RR3F962TF
BS 314 403 RR3D745TF
BS 404 404 RR3F962TF
BS 405 432 RR3D745TF
BS 433 433 RR3F962TF
BS 434 527 RR3D745TF
BS 528 528 RR3F962TF
BS 529 649 RR3D745TF
BS 650 736 RR3F962TF

RD RR3D745TF 653 0 0
GGAAGTCATTTAGTTCCGAGACGGGAAAATCCAAAGCACGTTCTTGGTCTCGGATTCAGA
AAAAAAAAAAAG*GAGAGAAGATGAGTTCAAGATCTGACCTCACAATCATGCGCGTTTGC
TTCATAATCTTCCTGCTTGGAGCTCTTGTTGAGTTATGTGATGGAGGGATCACCAGTGAA
TATGTTAGAGCCAGAGGAAGTGATTTACCAGACGACATGCCATTAGACAGCGATGTCTTT
AAAGTTCCCCCCGGTCCTAATGCTCCCCAACAGGTTCACATAACGCAAGGTAACCATGAA
GGCAATGGAGTGGTTATTTCATGGGTGACTCCTTCTGCGCCAGGTTCTAACACAGTTCGC
TACTGGAATGAGAATGGAGAATCGAAGAAGAAACAAGCAGAAGTAACCATAAACATCTAC
CGTTTCTACAATCATACTTCTGGTTACATCCACCACTGCGCCATTGATAATTTGGAATTT
GATACTAAATACTACTATGAAATTGGGTGTGGGAAGTGGCATAGGCGTTTCTGGTTCTTT
ACCCCGCCTAAACCTGGTCCTGACGTACCTTACACCTTTGGCTTAATTGGGGATCTGGGA
CAAACATATGACTCAAATCGAACGTTAAGCCATTATGAGATGAATCCGA
GAAA

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3H056TF 645 0 0
ATTTAGTTCCGAGACGGGAAAATCCAAAGCACGTTCTTGGTCTCGGATTCAGAAAAAAAA
AAAA**GAGAGAAGATGAGTTCAAGATCTGACCTCACAATCATGCGCGTTTGCTTCATAA
TCTTCCTGCTTGGAGCTCTTGTTGAGTTATGTGATGGAGGGATCACCAGTGAATATGCTA
GAGCCAGAGGAAGTGATTTACCAGACGACATGCCATTAGACAGCGATGTCTTTAAAGTTC
CCCCCGGTCCTAATGCTCCCCAACAGGTTCACATAACGCAAGGTAACCATGAAGGCAATG
GAGTGATTATTTCATGGGTGACTCCTTCTGCGCCAGGTTCTAACACAGTTCGCTACTGGA
ATGAGAATGGAGAATCGAAGAAGAAACAAGCAGAAGCAACCATAAACATCTACCGTTTCT
ACAATTATACTTCTGGTTACATCCACCACTGCGCCATTGATGATTTGGAATTTGATACTA
AATACTACTATGAAATTGGGTGTGGGAAGTGGCATAGGCGATTCTGGTTCTTTACCCCGC
CTAAACCTGGTCCTGACGTACCTTACACCTTTGGCTTAATTGGGGATCTGGGACAAACAT
ATGACTCAAATCGAACGTTAAGCCATTATGAGATGA
TCCGAGAAA

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3F962TF 736 0 0
GGAAGTC
ATTTAGTTCCGAGACGGGAAAATCCAAAGCACGTTCTTGGTCTCGGATTCAGAAAAAAAA
AAAAAAGAGAGAAGATGAGTTCAAGATCTGACCTCACAATCATGCGCGTTTGCTTCATAA
TCTTCCTGCTTGGAGCTCTTGTTGAGTTATGTGATGGAGGGATCACCAGTGAATATGTTA
GAGCCAGAGGAAGTGATTTACCAGACGACATGCCATTAGACAGCGATGTCTTTAAAGTTC
CCCCCGGTCCTAATGCTCCCCAACAGGTTCACATAACGCAAGGTAACCATGAAGGCAATG
GAGTGATTATTTCATGGGTGACTCCTTCTGCGCCAGGTTCTAACACAGTTCGCTACTGGA
ATGAGAATGGAGAATCGAAGAAGAAACAAGCAGAAGCAACCATAAACATCTACCGTTTCT
ACAATTATACTTCTGGTTACATCCACCACTGCGCCATTGATAATTTGGAATTTGATACTA
AATACTACTATGAAATTGGGTGTGGGAAGTGGCATAGGCGATTCTGGTTCTTTACCCCGC
CTAAACCTGGTCCTGACGTACCTTACACCTTTGGCTTAATTGGGGATCTGGGACAAACAT
ATGACTCAAATCGAACGTTAAGCCATTATGAGATGAATCCGAAAAAGGACAGGCGGTTCT
GTTCGTAGAGACTTGTCTTATGCAGATCGTTACCCTTTGCACGACAACAACAGATGGGAT
ACTTGGGGA

QA 8 736 8 736
DS 



AS 1 3

CO CL3922Contig1 845 3 9 U
AGGAAATGACCATGAATTGGAAGAAAAAGGTAAGGGACAATAGAAAGATGCCCTGCTAAA
TATGGTCAAGTTCAGAAAAATTGTTACTAGATTCTATTAAGTAGCCTTTGAAGTTTTACC
AGAAACTGAGCATGACGATGATCTGTTACAGGTAACCCAAAAAAAAAAAA*TTCATACTC
TCTTCTTCCTTGGTGATGTATTTGCAGTGCAAAGCCCTTGAGATTCCACTGATGTGGCTT
GTTCTGATTTATAATCTTTGGCTGAAGTACATGTTCATGAAATATCTTGAGGGGTTGAAT
CCACTTAAGATCAAAATAGGGGACAGGACAGTCACGATGCCAATAGGGTAGAGGAAGAAG
GTTGTTCGTTCCAAAAATGGAAGCACGTCGTATCCTAGGAAGTTAAGATAATGGTAATAC
GAAGCCCCGACCATGAAAAGCAGATTTGAAAGTAG*AGAGCGATGAATCCATGAGTTATC
AGGAGTGGTGATAAGAAATAGTGTACGACGTAGAGCAGCACAAACATTGGAAAGAACGAG
TTGCAGTGAACATCAAACGTATACAGCCATTCAACACGTTGTTCCACCACATGACTGTTA
GGAGCCTCCTTGCGAAGGTAAGAGTTCGTCAGAAACCAACAGCATGTAGCTATAACTGCA
CCAGTGATTAAGAAATGGGTGAGGAACACTAATACAACTACGACGACAGCATGAGAGCCA
CTATGGTCATAAGTGGCACAGTAGGCTAAAGTTGCAACAATAAGAAGCAGGCTAAGATCA
CAATAAAAGCAGGGTCATCACGTGCCCATTGGTTTTTCGTCTGTTTGTGATACTTAGTGT
GTTGC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 5 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3E787JQ U 1
AF RR3EJ78JQ U 1
AF RR3E787TF C 149
BS 1 102 RR3E787JQ
BS 103 103 RR3EJ78JQ
BS 104 170 RR3E787JQ
BS 171 171 RR3EJ78JQ
BS 172 621 RR3E787JQ
BS 622 690 RR3EJ78JQ
BS 691 691 RR3E787TF
BS 692 740 RR3EJ78JQ
BS 741 845 RR3E787TF

RD RR3E787JQ 621 0 0
AGGAAATGACCATGAATTGGAAGAAAAAGGTAAGGGACAATAGAAAGATGCCCTGCTAAA
TATGGTCAAGTTCAGAAAAATTGTTACTAGATTCTATTAAGTGGCCTTTGAAGTTTTACC
AGAAACTGAGCATGACGATGATCTGTTACAGGTAACCCAAAAAAAAAAAAATTCATACTC
TCTTCTTCCTTGGTGATGTATTTGCAGTGCAAAGCCCTTGAGATTCCACTGATGTGGCTT
GTTCTGATTTATAATCTTTGGCTGAAGTACATGTTCATGAAATATCTTGAGGGGTTGAAT
CCACTTAAGATCAAAATAGGGGACAGGACAGTCACGATGCCAATAGGGTAGAGGAAGAAG
GTTGTTCGTTCCAAAAATGGAAGCACGTCGTATCCTAGGAAGTTAAGATAATGGTAATAC
GAAGCCCCGACCATGAAAAGCAGATTTGAAAGTAG*AGAGCGATGAATCCATGAGTTATC
AGGAGTGGTGATAAGAAATAGTGTACGACGTAGAGCAGCACAAACATTGGAAAGAACGAG
TTGCAGTGAACATCAAACGTATACAGCCATTCAACACGTTGTTCCACCACATGACTGTTA
GGAGCCTCCTTGCGAAGGTAA

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3EJ78JQ 740 0 0
C
GGAAATGACCATGAATTGGAAGAAAAAGGTATGGGACAATAGAAAGATGCCCTGCTAAAT
ATGGTCAAGTTCAGAAAAATTGTTACTAGATTCTATTAAGTAGCCTTTGAAGTTTTACCA
GAAACTGAGCATGACGATGATCTGTTACAGGTAACCCAAAAAAAAAAA**TTCATACTCT
CTTCTTCCTTGGTGATGTATATGCAGTGCAAAGCCCTTGAAATTCCACTGATGTGGCTTG
TTCTGATTTATAATCTTTGGCTGGAGTACATGTTCATGAAATATCTTGAGGGGTTGAATC
CACTTAAGATCAAAATAGGGGACAGGACAATCACGATCCCAATAGGGTAGAGGAAGAAGG
TTGTTCGTTCCAAAAATGGAAGCACGTCGTATCCTAGGAAGTTAAGATAATGGTAATACG
AAGCCCCGACCATGAAAAGCAGATTTGAAAGTAGTAGAGCGATGAATCCATGAGTTATCA
GGAGTGGTGATAAGAAATAGTGTACGACGTAAAGCAGCACAAACATTGGAAAGAACGAGT
TGCAGTGAACATCAAACGTATACAGCCATTCAACACGTTGTTCCACCACATGACTGTTAG
GAGCCTCCTCGCGAAGGTAAGAGTTCGTCAGAAACCAACAGCATGTAGCTATAACTGCAC
CAGTGATTAAGAAATGGGTGAGGAACACTGATACAACTACGACGACAGCATGAGAGCCAC
TATGGTCATAAGTGGCACA

QA 2 740 2 740
DS 

RD RR3E787TF 697 0 0
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GCAGAGCCCTTGAGATTCCACTGATGTGGCTTGTTCTGATTTATAATCTTTGGCTGAAGT
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CGTATCCTAGGAAGTTAAGATAATGGTAATACGAAGCCCCGACCATGAAAAGCAGATTTG
AAAGTAG*AGAGCGATGAATCCATGAGTTATCAGGAGTGGTGATAAGAAATAGTGTACGA
CGTAGAGCAGCACAAACATTGGAAAGAACGAGTTGCAGTGAACATCAAACGTATACAGCC
ATTCAACACGTTGTTCCACCACATGACTGTTAGGAGCCTCCTTGCGAAGGTAAGAGTTCG
TCAGAAACCAACAGCATGTAGCTATAACTGCACCAGTGATTAAGAAATGGGTGAGGAACA
CTAATACAACTACGACGACAGCATGAGAGCCACTATGGTCATACGTGGCACAGTAGGCTA
AAGTTGCAACAATAAGAAGCAGGCTAAGATCACAATAAAAGCAGGGTCATCACGTGCCCA
TTGGTTTTTCGTCTGTTTGTGATACTTAGTGTGTTGC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 3

CO CL3923Contig1 1525 3 7 U
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ACATCACGAGCTAAAGCACATTGCTTAATTAACCAAAAACAAACACAAATAAAACCCTTT
CTCAAGAAAAAAAAACAAACACAATTATCAACTTATCATTCATGAACGATCTCGAACTAA
AATGCTTGTGTAGCTTCACTCCACTTCCCCTGTTTCTCCAGAAGACGAGAGAATGCCCCT
AGTGAACAAAGAAGAACCATTGTTAGAAGCTGGTCTGAGTCCAAGAATCTCCGCAACAAC
GTTGTAGATCTGAACATTCTCGAACGAAGGCACTTTCTCTCCTTGCCTAAACCTTGGACC
ATGTCCAATGAAGATAGATCTCATGGAGAAGTACTTGTTGTCGTATCCATGATCTCCATA
ACATTCATGAATACCTGTTCTGTTCTGTCTAACAATTAGACCTTCTCCGACCATTCCTAC
AATCGGTGGAATCCTAGAACTCTCCGAATAGTGCAGCCTTTTAGGTAACTTCTCCTTCAA
GTAAACCTGCAAAAACTCACCGTTCTCTACTTTACCTGAGCTTAAACCCTCGTTCATCTT
AGCCACGAGGTCTGCGTTCTTCTCGCTTGGATTCTCGACATCTTTACCCCACTTAGGGTT
CATGGCCAGCACGGGGCTATAAGCATTGATCCATTCCGCTGGTATCTTCACCCACTCTGC
TAAATCATCAATGTAAATTGTTTTCATGTCACAGTTTGACACCATTCCGTGATCGCCAAG
TAATATCACATTAACCTCGTCGAAGATCTCCCTCTTCTTGAGTCCTTGTATGACCCTACC
GATCATTTTATCGACCCTCCCTACCGCAGCCGTAACTCTAGGATCATCAGGACCATACTC
ATGGCCTTCCTTGTCCGGTTGGTCGAAATACAGCATCAAGAGTCCGACGTTATCGACCCT
TTCTTCAAAAGTAACCGAAGAGTTGTAATGAGGACAGAACTCTTTAGGACAAGTCCAGGA
ATCTTTGGGAACTTCAGAGCCTGGCCAAAAGTAAGTGACAGCCTTGCGACCTTGGTTTGC
TGCGGTTACCCACAACGGTTCACCTAGCCACCATTTTGGGTCTAGTCCTTTGTTGAACTT
ATCTCCGGTTACAGGATCGGTAAAGGAGTTCATGATTATACCGTGGTAAGCCGGGTAGAG
TCCGGTTGCAATTGAGTAGTGGTTTGGGAAGGTCATGGTGGGGAAAACCGGGATTAAACC
GTACTTGGCTTCAGTTCCTTCGGATATGAGTAGGTCGATGTTTGGTGTATCGGTTTTGAA
CTGGTAACCGAATCGGAAACCGTCGCAGGAAATCATTAAAACCACCGGTTTGTTGAGTTT
CTTGAAGGGCCAGGGACGCCCGGTTTTGGACGAAGGAGAATCCAAACCGTTGGTCGTGGC
AAGAACATGAGCTAAAGTGAGAAGGGTGAGAGATAGTTTGAGGTACATAACATGTTTGGT
TTTTGCCATTGGAAAGAATGTATCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B118JQ U 1
AF RR3CR19JQ U 4
AF RR3B118TF C 660
BS 1 156 RR3B118JQ
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BS 491 829 RR3CR19JQ
BS 830 1525 RR3B118TF

RD RR3B118JQ 490 0 0
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ACATCACGAGCTAAAGCACATTGCTTAATTAACCAAAAACAAACACAAATAAAACCCTTT
CTCAAGAAAAAAAAACAAACACAATTATCAACTTATTATTCATGAACGATCTTGAACTAA
AATGCTTGTGTAGCTTCACTCCACTTCCCCTGTTTCTCCAGAAGACGAGAGAATGCCCCT
AGTGAACAAAGAAGAACCATTGTTAGAAGCTGGTCTGAGTCCAAGAATCTCCGCAACAAC
GTTGTAGATCTGAACATTCTCGAACGAAGGCACTTTCTCTCCTTGCCTAAACCTTGGACC
ATGTCCAATGAAGATAGATCTCATGGAGAAGTACTTGTTGTCGTATCCATGATCTCCATA
ACATTCATGAATACCTGTTCTGTTCTGTCTAACAATTAGACCTTCTCCGACCATTCCTAC
AATCGGTGGA

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR3CR19JQ 826 0 0
GC
AGTAAAAACGATGTTATTCAAGAACATTTATTCATTTCCAGAATTAACACAAAAAACATC
ACGAGCTAAAGCACATTGCTTAATTAACCAAAAACAAACACAAATAAAACCCTTTCTCAA
GAAAAAAAAACAAACACAATTATCAACTTATCATTCATGAACGATCTCGAACTAAAATGC
TTGTGTAGCTTCACTCCACTTCCCCTGTTTCTCCAGAAGACGAGAGAATGCTCCTAGTGA
ACAAAGAAGAACCATTGTTAGAAGCTGGTCTGAGTCCAAGAATCTCCGCAACAACGTTGT
AGATCTGAACATTCTCGAACGAAGGCACTTTCTTTCCTTGCCTAAACCTTGGACCATGTC
CAATGAAGATAGATCTCATGGAGAAGTACTTGTTGTCGTATCCATGATCTCCATAACATT
CATGAATACCTGTTCTGTTCTGTCTAACAATTAGACCTTCTCCGACCATTCCTACAATCG
GTGGAATCCTAGAACTCTCCGAATAGTGCAGCCTTTTAGGTAACTTCTCCTTCAAGTAAA
CCTGCAAAAACTCACCGTTCTCTACTTTACCTGAGCTTAAACCCTCGTTCATCTTAGCCA
CGAGGTCTGCGTTCTTCTCGCTTGGATTCTCGACATCTTTACCCCACTTAGGGTTCATGG
CCAGCACGGGGCTATAAGCATTGATCCATTCCGCTGGTATCTTCACCCACTCTGCTAAAT
CATCAATGTAAATTGTTTTCATGTCACAGTTTGACACCATTCCGTGATCGCCAAGTAATA
TCACATTAACCTCGTCGAAGATCTCCCTCTTCTTGAGTCCTTGT

QA 3 826 3 826
DS 

RD RR3B118TF 866 0 0
TCATGGCCAGCACGGGGCTATAAGCATTGATCCATTCCGCTGGTATCTTCACCCACTCTG
CTAAATCATCAATGTAAATTGTTTTCATGTCACAGTTTGACACCATTCCGTGATCGCCAA
GTAATATCACATTAACCTCGTCGAAGATCTCCCTCTTCTTGAGTCTTTGTATGACCCTAC
CGATCATTTTATCGACCCTCCCTACCGCAGCCGTAACTCTAGGATCATCAGGACCATACT
CATGGCCTTCCTTGTCCGGTTGGTCGAAATACAGCATCAAGAGTCCGACGTTATCGACCC
TTTCTTCAAAAGTAACCGAAGAGTTGTAATGAGGACAGAACTCTTTAGGACAAGTCCAGG
AATCTTTGGGAACTTCAGAGCCTGGCCAAAAGTAAGTGACAGCCTTGCGACCTTGGTTTG
CTGCGGTTACCCACAACGGTTCACCTAGCCACCATTTTGGGTCTAGTCCTTTGTTGAACT
TATCTCCGGTTACAGGATCGGTAAAGGAGTTCATGATTATACCGTGGTAAGCCGGGTAGA
GTCCGGTTGCAATTGAGTAGTGGTTTGGGAAGGTCATGGTGGGGAAAACCGGGATTAAAC
CGTACTTGGCTTCAGTTCCTTCGGATATGAGTAGGTCGATGTTTGGTGTATCGGTTTTGA
ACTGGTAACCGAATCGGAAACCGTCGCAGGAAATCATTAAAACCACCGGTTTGTTGAGTT
TCTTGAAGGGCCAGGGACGCCCGGTTTTGGACGAAGGAGAATCCAAACCGTTGGTCGTGG
CAAGAACATGAGCTAAAGTGAGAAGGGTGAGAGATAGTTTGAGGTACATAACATGTTTGG
TTTTTGCCATTGGAAAGAATGTATCC

QA 1 866 1 866
DS 



AS 1 3

CO CL3924Contig1 756 3 27 U
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TTTTTAACATGGCCACAATGGGATATGAAAAAACAATTACTGTATGTCCAAAATTTCCTA
AAATTTTATTGGCTGAATTAAAAATTAAAACCCAGAAAACAATACTTCAGCACCTCTCAC
ATGGTATAAAAGAAAATAGAATAGTTCTGGCTTTTTCCCCTCTTCAACCTCTCTTCTCTA
AGAATCCAGATCAAATCATTTTGAGACTATCACAAGCCACAGCTTCCGATGACTGATAAC
GAAATTACCTTTTAAACTGTCCCCTAAGAAACAGCAAGGATCAGGGAGAGAGA****TGT
GTGAGTGATGAATTTCATCGACGATGCTGAGATCTTTGGTTTCAAGCTGCGGACTTTGGA
GCCTCGCTGCCTCTGATGACTCTGCTATAAGCAATCTTGAACGGTTGAGAATCATAAGGC
CTGTTGAGCAAACTGATGGGCATTCTCAGTGTCTGTTTCCTGTTTCTTATTCCTCTTAAC
AAAATGCTAAAAGTCCTCTCGTCATCCTCAAATTTCTTGTTTCCATTCTCCATTTCAATG
CTAGCAACTACATTCACATGATTAACAGAATCCATAGTTTCACCCGCGGTTGCCGCCACA
TCTTGCTTGCTTTCTTCCACTCCTGAAGTGTCAATATCAGTTGGTAGAATCACAGTGGGC
TCTAACACAGTTGCAGCTACAGGCTCGGCAGCCATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA55JQ U 48
AF RR3CA55TF C 48
AF RR3BV56JQ U 1
BS 1 138 RR3BV56JQ
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BS 140 146 RR3BV56JQ
BS 147 147 RR3CA55JQ
BS 148 164 RR3BV56JQ
BS 165 165 RR3CA55JQ
BS 166 191 RR3BV56JQ
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BS 193 196 RR3BV56JQ
BS 197 197 RR3CA55JQ
BS 198 209 RR3BV56JQ
BS 210 210 RR3CA55JQ
BS 211 232 RR3BV56JQ
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BS 240 240 RR3CA55JQ
BS 241 353 RR3BV56JQ
BS 354 357 RR3CA55JQ
BS 358 391 RR3BV56JQ
BS 392 392 RR3CA55JQ
BS 393 452 RR3BV56JQ
BS 453 453 RR3CA55JQ
BS 454 509 RR3BV56JQ
BS 510 510 RR3CA55JQ
BS 511 528 RR3BV56JQ
BS 529 529 RR3CA55JQ
BS 530 756 RR3BV56JQ

RD RR3CA55JQ 515 0 0
GG
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AAAATTTCCTAAAATTTTATTGGCTGAATTAAAAATTAAAACCCAGAAAACAATACTTCA
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C

QA 3 514 3 514
DS 

RD RR3CA55TF 515 0 0
GG
TAACAAAAGTTTTTTTAACATGGCCACAATGGGATATGAAAAAACAATTACTGTATGTCC
AAAATTTCCTAAAATTTTATTGGCTGAATTAAAAATTAAAACCCAGAAAACAATACTTCA
GCACCTCTCACATGGTATAAAAGAAAATAGAATAGTTCTGGCTTTTTCCCCTCTTCAACC
TCTCTTCTCTAAGAATCCAGATCAAATCATTTTGAGACTATCACAAGCCACAGCTTCCGA
TGACTGATAACGAAATTACCTTTTAAACTGTCCCCTAAGAAACAGCAAGGATCAGGGAGA
GAGA****TGTGTGAGTGATGAATTTCATCGACGATGCTGAGATCTTTGGTTTCAAGCTG
CGGACTTTGGAGCCTCGCTGCCTCTGATGACTCTGCTATAAGCAATCTTGAACGGTTGAG
AATCATAAGGCCTGTTGAGCAAACTGATGGGCATTCTCAGTGTCTGTTTCCTGTTTCTTA
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C

QA 3 514 3 514
DS 

RD RR3BV56JQ 756 0 0
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TTTTTAACATGGCCACAATGGGATATGAAAAAACAATTACTGTATGTCCAAAATTTCCTA
AAATTTTATTGGCTGAATCAAAAATTTAAACCCAGAAAACAATAGTTCAGCACCTCTCAC
ATGGTATAAAAAAAAAAAGAATAGTTCTGCCTTTTTCCCCTCTTCAACCTCTTTTCTCTT
AGAATCCAGATCAAATCATTTTGAGACTATCACAAGCCACAGCTTCCGATGACTGATAAC
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GCCTCGCTGCCTCTGATGACTCTGCTATAAGCGATCTTGAACGGTTGAGAATCATAAGGC
CTGTTGAGCAAACTGATGGGCATTCTCAGAGTCTGTTTCCTGTTTCTTCTTCCTCTTAAC
AAAATGCTAAAAGTCCTCTCGTCATCCTCAAATTTCTTGTTTCCATTCTCCATTTCAATG
CTAGCAACTACATTCACATGATTAACAGAATCCATAGTTTCACCCGCGGTTGCCGCCACA
TCTTGCTTGCTTTCTTCCACTCCTGAAGTGTCAATATCAGTTGGTAGAATCACAGTGGGC
TCTAACACAGTTGCAGCTACAGGCTCGGCAGCCATC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 3

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GTTTAATGTTGTCGTTCTTGAAAAGCTTTGCGATGCTCCATATCAAACAACTTTTACAAT
CTATTGTTAATTCTACACACTGCACCATTGCATACAATGTATTTTTCCCAAGCTTCTTTT
TCCCTTCTGCGTAAAGTATGACGAGGTCGCCAGCCTCGCTATTTTTATCAACTTTAAGTG
TTAGCTCAGAGAAAAAATCCAACACCTTCTTAACAAAAAATTTTGCATTTCCTTTCACGT
TATTTGGGTTGTACATAGAAAAAATATTCTTGTAGTCAGTATTGATTGGCATTTCTTCAC
CGATCGCACTAACCCAGAGAAAACATTGGTCATACCATATTATTCCTCCTTTGTTTCTTA
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AGCTTGCGCGCACAAAACCGTTGTTATAATAATTACCATTACGAACACTGCGCAAAATAA
TGTTGAGGTTGTCCTGGTACC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CV67JQB U 1
AF RR3GZ94JQ U 1
AF RR3GZ94TF C 183
BS 1 256 RR3CV67JQB
BS 257 257 RR3GZ94JQ
BS 258 293 RR3CV67JQB
BS 294 294 RR3GZ94JQ
BS 295 365 RR3CV67JQB
BS 366 609 RR3GZ94JQ
BS 610 741 RR3GZ94TF

RD RR3CV67JQB 365 0 0
AATCACTATTTATTAATACATGTATTAAACTTCAGCAAAAAAAAGTAAACAAAACTAAAA
CATAATTAGAAGTTACGAAGCGGATATATTCATCACCACCACAAAAAAATGCTCAACTCC
TAATAAAAGGGTATAGCTCATATCTTACTTCACAGTTCGAACCTAAAACTCTTCCTCCTT
GTTTAATGTTGTCGTTCTTGAAAAGCTTTGCGATGCTCCATATCAAACAACTTTTACAAT
CTATTGTTAATTCTACGCACTGCACCATTGCATACAATGTATTTTTCCCAAGCCTCTTTT
TCCCTTCTGCGTAAAGTATGACGAGGTCGCCAGCCTCGCTATTTTTATCAACTTTAAGTG
TTAGC

QA 1 365 1 365
DS 

RD RR3GZ94JQ 609 0 0
AAA
CACTATTTATTAATATATGTATTAAACTTCAGCAAAAAAA*GTAAACAAAACTAAAACAT
AATTAGAAGTTACGAAGCGGATATATTCATCACCACCACAAAAAA*TGTTCAACTCCTAA
TAAAAGGGTATAGCTCATATCTTACTTCACAGTTCGAACCTAAAACTCTTCCTCCTTGTT
TAATGTTGTCGTTCTTGAAAAGCTTTGCGATGCTCCATATCAAACAACTTTTACAATCTA
TTGTTAATTCTACACACTGCACCATTGCATACAATGTATTTTTCCCAAGCTTCTTTTTCC
CTTCTGCGTAAAGTATGACGAGGTCGCCAGCCTCGCTATTTTTATCAACTTTAAGTGTTA
GCTCAGAGAAAAAATCCAACACCTTCTTAACAAAAAATTTTGCATTTCCTTTCACGTTAT
TTGGGTTGTACATAGAAAAAATATTCTTGTAGTCAGTATTGATTGGCATTTCTTCACCGA
TCGCACTAACCCAGAGAAAACATTGGTCATACCATATTATTCCTCCTTTGTTTCTTAGAC
ATCTTCTACGAAACCCTGCAACTGCTGTGTCAGCACATGAACGGCATTTAGACCCATAAG
AGTCAC

QA 4 609 4 609
DS 

RD RR3GZ94TF 559 0 0
TTAATGTTGTCGTTCTTGAAAAGCTTTGCGATGCTCCATATCAAACAACTTTTACAATCT
ATTGTTAATTCTACACACTGCACCATTGCATACAATGTATTTTTCCCAAGCTTCTTTTTC
CCTTCTGCGTAAAGTATGACGAGGTCGCCAGCCTCGCTATTTTTATCAACTTTAAGTGTT
AGCTCAGAGAAAAAATCCAACACCTTCTTAACAAAAAATTTTGCATTTCCTTTCACGTTA
TTTGGGTTGTACATAGAAAAAATATTCTTGTAGTCAGTATTGATTGGCATTTCTTCACCG
ATCGCACTAACCCAGAGAAAACATTGGTCATACCATATTATTCCTCCTTTGTTTCTTAGA
CATCTTCTACGAAACCCTGCAACTGCTGTGTCAGCACATGAACGGCATTTAGACCCATAA
GAGTCACCACGACACTGGAACATGACGGTAACAGCATCAGGAGCAGGTTCACGACCCAAG
CTTGCGCGCACAAAACCGTTGTTATAATAATTACCATTACGAACACTGCGCAAAATAATG
TTGAGGTTGTCCTGGTACC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 3

CO CL3926Contig1 533 3 12 U
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CAAGGTGGTGAGGAAATCAATCGCTCAGGTGTTGACAGTGATCTCACAGAAGCAAAAGTC
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GAAGAAGAAGGAAATGTACTTTCCAATCAGAAAGTACGCTGTTAAGGTGTAACCTGTTCT
TATCAATCACATCATCAATCTTTGTGTTTTGAGTTTTAGCTCTTGTGTGAGTTGGCTTTT
TGTTTTATGTTCCATGTTAAAAGACTCATCTGAATTAAAGATTTTGATTCACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP61TF U 1
AF RR3DB27JQ C 15
AF RR3DB27TF U 15
BS 1 108 RR3BP61TF
BS 109 109 RR3DB27TF
BS 110 117 RR3BP61TF
BS 118 118 RR3DB27TF
BS 119 132 RR3BP61TF
BS 133 133 RR3DB27TF
BS 134 267 RR3BP61TF
BS 268 268 RR3DB27TF
BS 269 274 RR3BP61TF
BS 275 275 RR3DB27TF
BS 276 527 RR3BP61TF
BS 528 533 RR3DB27JQ

RD RR3BP61TF 527 0 0
GGAAACAGAGTAAGGGGAAGCCAGAGAGCTCGAAGACGCAATGGCGAGGATCAAGGTTCA
TGAGCTAAGGGAGAAATCAAAATCTGATCTTTCGACTCAGTTGCAAGAATTCAAGGCGGA
GCTAGCTCTTCTCCGCGTCGCCAAGGTCACTGGAGGTGCTCCCAACAAGCTCTCTAAGAT
CAAGGTGGTGAGGAAATCAATCGCTCAGGTGTTGACAGTGATCTCACAGAAGCAAAAGTC
TGCTCTAAGAGAGGCGTACAAGAACAAGAAGTTTTTGCCACTTGATCTTCGTCCCAAGAA
GACTAGAGCTATCAGGAGGAGACTCACCAAGCATCAGGCATCGCTGAAGACAGAAAGGGA
GAAGAAGAAGGAAATGTACTTTCCAATCAGAAAGTACGCTGTTAAGGTGTAACCTGTTCT
TATCAATCACATCATCAATCTTTGTGTTTTGAGTTTTAGCTCTTGTGTGAGTTGGCTTTT
TGTTTTATGTTCCATGTTAAAAGACTCATCTGAATTAAAGATTTTGA

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR3DB27JQ 519 0 0
GGGAAGCCAGAGAGCTCGAAGACGCAATGGCGAGGATCAAGGTTCATGAGCTAAGGGAGA
AATCAAAATCTGATCTTTCGACTCAGTTGCAAGATTTCAAGGCCGAGCTAGCTCTTTTAC
GCGTCGCCAAGGTCACTGGAGGTGCTCCCAACAAGCTCTCTAAGATCAAGGTGGTGAGGA
AATCAATCGCTCAGGTGTTGACAGTGATCTCACAGAAGCAAAAGTCTGCTCTAAGAGAGG
CGTACAAGAACAAAAAGTTTCTGCCACTTGATCTTCGTCCCAAGAAGACTAGAGCTATCA
GGAGGAGACTCACCAAGCATCAGGCATCGCTGAAGACAGAAAGGGAGAAGAAGAAGGAAA
TGTACTTTCCAATCAGAAAGTACGCTGTTAAGGTGTAACCTGTTCTTATCAATCACATCA
TCAATCTTTGTGTTTTGAGTTTTAGCTCTTGTGTGAGTTGGCTTTTTGTTTTATGTTCCA
TGTTAAAAGACTCATCTGAATTAAAGATTTTGATTCACG

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR3DB27TF 519 0 0
GGGAAGCCAGAGAGCTCGAAGACGCAATGGCGAGGATCAAGGTTCATGAGCTAAGGGAGA
AATCAAAATCTGATCTTTCGACTCAGTTGCAAGATTTCAAGGCCGAGCTAGCTCTTCTAC
GCGTCGCCAAGGTCACTGGAGGTGCTCCCAACAAGCTCTCTAAGATCAAGGTGGTGAGGA
AATCAATCGCTCAGGTGTTGACAGTGATCTCACAGAAGCAAAAGTCTGCTCTAAGAGAGG
CGTACAAGAACAAAAAGTTTCTGCCACTTGATCTTCGTCCCAAGAAGACTAGAGCTATCA
GGAGGAGACTCACCAAGCATCAGGCATCGCTGAAGACAGAAAGGGAGAAGAAGAAGGAAA
TGTACTTTCCAATCAGAAAGTACGCTGTTAAGGTGTAACCTGTTCTTATCAATCACATCA
TCAATCTTTGTGTTTTGAGTTTTAGCTCTTGTGTGAGTTGGCTTTTTGTTTTATGTTCCA
TGTTAAAAGACTCATCTGAATTAAAGATTTTGA
TTCACG

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 3

CO CL3927Contig1 859 3 9 U
GTTCAAGTTGTTCTGAGGCCAAGAGTGCACCTGGTCCCGTACCATATTGATGGAGGTCAG
CCATCATACATAATAATTGCTGGTTTGGTGTTTACTCCACTCTCAGAACCCCTGATAGAG
GAGGAGTGCGAGGACACCATAGGCTTGAAATTGTTAACAAAGGCACGCTACTCCGTGGCA
AGATTCAGAGGAGAACAAATCGTCATCCTATCACAGGTTTTGGCAAATGAAGTAAACATT
GGCTATGAAGACATGAACAACCAGCAGGTCCTGAAGTTCAATGGAACTCATATAAGAAAC
ATCCATCACTTGGCACACCTCATTGACATGTGCAAAGACAAGTATCTGGTTTTTGAGTTT
GAAGACAACTATGTGGCCGTGTTGGAGAGAGAAGCTTCGAATTCTGCTTCTTTGTACATC
CTCAAAGACTACGGAATTCCCTCAGAAAGATCCGCTGATCTGCGTGATCCATATGTAGAT
CCAGTTGATGACACCCAGGCACTTAACCAAGGTTTTGGAGACAGCCCTGTGTCAAATCTA
GAAATTGGCTTCGATGGACTGGTGTGGGCATAAGGAAGGGTTCAGAGAAACAAAAAAAAA
AACCCGCCAGATGGAAGCTACTGGGAACTTCTCTCCATAACCTATGGGAAAGCTTTCAGC
TTCATACTCATTCATAAGGTCTTGACCTGTTCCAAGCTCAGTTCATTCTTTCTTCAGATC
TCTAGGGACTAGAACTTGATTGAAAATTTGCCATAAGATTGCTCTCCCTTGTGTTCAGTT
GAGTGTAGTAGAACAATGTCAACATTTTATATTTAGTGTCTGATTTTGATGAGAAATGAA
AATGTAGTAATTTCTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G360TF U 1
AF RR3EH43TF U 203
AF RR3EH43JQ C 436
BS 1 211 RR3G360TF
BS 212 212 RR3EH43TF
BS 213 275 RR3G360TF
BS 276 276 RR3EH43TF
BS 277 451 RR3G360TF
BS 452 452 RR3EH43TF
BS 453 474 RR3G360TF
BS 475 765 RR3EH43TF
BS 766 859 RR3EH43JQ

RD RR3G360TF 474 0 0
GTTCAAGTTGTTCTGAGGCCAAGAGTGCACCTGGTCCCGTACCATATTGATGGAGGTCAG
CCATCATACATAATAATTGCTGGTTTGGTGTTTACTCCACTCTCAGAACCCCTGATAGAG
GAGGAGTGCGAGGACACCATAGGCTTGAAATTGTTAACAAAGGCACGCTACTCCGTGGCA
AGATTCAGAGGAGAACAAATCGTCATCCTATTACAGGTTTTGGCAAATGAAGTAAACATT
GGCTATGAAGACATGAACAACCAGCAGGTCCTGAATTTCAATGGAACTCATATAAGAAAC
ATCCATCACTTGGCACACCTCATTGACATGTGCAAAGACAAGTATCTGGTTTTTGAGTTT
GAAGACAACTATGTGGCCGTGTTGGAGAGAGAAGCTTCGAATTCTGCTTCTTTGTACATC
CTCAAAGACTACGGAATTCCCTCAGAAAGATGCGCTGATCTGCGTGATCCATAT

QA 1 474 1 474
DS 

RD RR3EH43TF 563 0 0
G
CATCCTATCACAGGTTTTGGCAAATGAAGTAAACATTGGCTATGAAGACATGAACAACCA
GCAGGTCCTGAAGTTCAATGGAACTCATATAAGAAACATCCATCACTTGGCACACCTCAT
TGACATGTGCAAAGACAAGTATCTGGTTTTTGAGTTTGAAGACAACTATGTGGCCGTGTT
GGAGAGAGAAGCTTCGAATTCTGCTTCTTTGTGCATCCTCAAAGACTACGGAATTCCCTC
AGAAAGATCCGCTGATCTGCGTGATCCATATGTAGATCCAGTTGATGACACCCAGGCACT
TAACCAAGGTTTTGGAGACAGCCCTGTGTCAAATCTAGAAATTGGCTTCGATGGACTGGT
GTGGGCATAAGGAAGGGTTCAGAGAAACAAAAAAAAAAACCCGCCAGATGGAAGCTACTG
GGAACTTCTCTCCATAACCTATGGGAAAGCTTTCAGCTTCATACTCATTCATAAGGTCTT
GACCTGTTCCAAGCTCAGTTCATTCTTTCTTCAGATCTCTAGGGACTAGAACTTGATTGA
AAATTTGCCATAAGATTGCTCT

QA 2 563 2 563
DS 

RD RR3EH43JQ 424 0 0
ATTCCCTCAGAAAGATCCGCTGATCTGCGTGATCCATATGTAGATCCAGTTGATGACACC
CAGGCACTTAACCAAGGTTTTGGAGACAGCCCTGTGTCAAATCTAGAAATTGGCTTCGAT
GGACTGGTGTGGGCATAAGGAAGGGTTCAGAGAAACAAAAAAAAAAACCCGCCAGATGGA
AGCTACTGGGAACTTCTCTCCATAACCTATGGGAAAGCTTTCAGCTTCATACTCATTCAT
AAGGTCTTGACCTGTTCCAAGCTCAGTTCATTCTTTCTTCAGATCTCTAGGGACTAGAAC
TTGATTGAAAATTTGCCATAAGATTGCTCTCCCTTGTGTTCAGTTGAGTGTAGTAGAACA
ATGTCAACATTTTATATTTAGTGTCTGATTTTGATGAGAAATGAAAATGTAGTAATTTCT
GCCC

QA 1 424 1 424
DS 



AS 1 3

CO CL3928Contig1 822 3 5 U
GGTCCAAACCAAACCTCTCTTTCTCTCTCTCCACTCTTTCTCTCTCTAGGGCGAGACGAA
ACGATGAAGGCTTCAGTCAAAGGCAAGTACGATGGCGACAAGAGCACCGGAGTCGGTTCA
CTCGCCTTCAACGCTGGCGATCTTAAGCTACGCGCCACGATGACCGATGCTACCTTCGTC
GCTGGGCCTACTTTGAACGGCCTCTCTCTCGCCGTGGAGAAGCCTGGTTTCTTCATCGTC
GAGTATAACGTCCCTAAGAAAGATGTTAGGTTTCAGTTCATGAACACAGTTAGAGTTGCT
GAGAAGCCATTGAATCTGACTTACATTCATAGCAGAGCTGATAACAGAACAATCGTGGAT
GGGAGCCTTTTGATTGATCCTGCTAACAAACTCTCTGTTAATCACATGGTGGGAACAAAC
AACTGTAAGCTTAAGTATACTTATGCTCACGGGAAGATTGCTACCTTCGAGCCGTGCTAC
GACTTTGCCAAAAACGCCTGGGATTTTGCCGTTTCTCGCAGAGTTTATGGTGATGATGTT
CTCAAGGCTACTTATCAGACGTCTAGTAAGTTGCTTGGCATGGAGTGGACAAGGACCTCC
AAATCCACTGGATCTTTCAAGGTATGTGCGTCTGTGAATCTGGCGGAGGAAGTGAAAACG
CCCAAATTGACGGCAGAAACAACATGGAACCTTGAAATGTAATCTCATTTTACTATTAAC
CAAGTTTCCCACTTAATTTTTTGGTGTTACATACGATTAAACTAGCCATTGCGAATCATC
TTCCCACATTTTATGGTACATTTCGTGAAACATCATACATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3GI17TF U 1
AF RR3GI17JQ C 181
AF RR3AB54TF U 184
BS 1 655 RR3GI17TF
BS 656 773 RR3AB54TF
BS 774 774 RR3GI17JQ
BS 775 812 RR3AB54TF
BS 813 822 RR3GI17JQ

RD RR3GI17TF 655 0 0
GGTCCAAACCAAACCTCTCTTTCTCTCTCTCCACTCTTTCTCTCTCTAGGGCGAGACGAA
ACGATGAAGGCTTCAGTCAAAGGCAAGTACGATGGCGACAAGAGCACCGGAGTCGGTTCA
CTCGCCTTCAACGCTGGCGATCTTAAGCTACGCGCCACGATGACCGATGCTACCTTCGTC
GCTGGGCCTACTTTGAACGGCCTCTCTCTCGCCGTGGAGAAGCCTGGTTTCTTCATCGTC
GAGTATAACGTCCCTAAGAAAGATGTTAGGTTTCAGTTCATGAACACAGTTAGAGTTGCT
GAGAAGCCATTGAATCTGACTTACATTCATAGCAGAGCTGATAACAGAACAATCGTGGAT
GGGAGCCTTTTGATTGATCCTGCTAACAAACTCTCTGTTAATCACATGGTGGGAACAAAC
AACTGTAAGCTTAAGTATACTTATGCTCACGGGAAGATTGCTACCTTCGAGCCGTGCTAC
GACTTTGCCAAAAACGCCTGGGATTTTGCCGTTTCTCGCAGAGTTTATGGTGATGATGTT
CTCAAGGCTACTTATCAGACGTCTAGTAAGTTGCTTGGCATGGAGTGGACAAGGACCTCC
AAATCCACTGGATCTTTCAAGGTATGTGCGTCTGTGAATCTGGCGGAGGAAGTGA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3GI17JQ 642 0 0
GCT
GGGCCTACTTTGAACGGCCTCTCTCTCGCCGTGGAGAAGCCTGGTTTCTTCATCGTCGAG
TATAACGTCCCTAAGAAAGATGTTAGGTTTCAGTTCATGAACACAGTTAGAGTTGCTGAG
AAGCCATTGAATCTGACTTACATTCATAGCAGAGCTGATAACAGAACAATCGTGGATGGG
AGCCTTTTGATTGATCCTGCTAACAAACTCTCTGTTAATCACATGGTGGGAACAAACAAC
TGTAAGCTTAAGTATACTTATGCTCACGGGAAGATTGCTACCTTCGAGCCGTGCTACGAC
TTTGCCAAAAACGCCTGGGATTTTGCCGTTTCTCGCAGAGTTTATGGTGATGATGTTCTC
AAGGCTACTTATCAGACGTCTAGTAAGTTGCTTGGCATGGAGTGGACAAGGACCTCCAAA
TCCACTGGATCTTTCAAGGTATGTGCGTCTGTGAATCTGGCGGAGGAAGTGAAAACGCCC
AAATTGACGGCAGAAACAACATGGAACCTTGAAATGTAATCTCATTTTACTATTAACCAA
GTTTCCCACTTAATTTTTTGGTGTTACATACGATTAAACTAGCCATTGCGAATCATCTTC
CCACATTTTATGGTACATTTCGTGAAACATCATACATGC

QA 4 642 4 642
DS 

RD RR3AB54TF 629 0 0
GGGCCTACCTTGAACGGCCTCTCTCTCGCCGTGGAGAAGCCTGGTTTCTTCATCGTCGAG
TATAACGTCCCTAAGAAAGATGTTAGGTTTCAGTTCATGAACACAGTTAGAGTTGCTGAG
GAGCCATTGAATCTGACTTACATTCATAGCAGAGCTGATAACAGAACAATCGTGGATGGG
AGCCTTTTGATTGATCCTGCTAACAAACTCTCTGTTAATCACATGGTGGGAACAAACAAC
TGTAAGCTTAAGTATACTTATGCTCACGGGAAGATTGCTACCTTCGAGCCGTGCTACGAC
TTTGCCAAAAACGCCTGGGATTTTGCCGTTTCTCGCAGAGTTTATGGTGATGATGTTCTC
AAGGCTACTTATCAGACGTCTAGTAAGTTGCTTGGCATGGAGTGGTCAAGGACCTCCAAA
TCCACTGGATCTTTCAAGGTATGTGCGTCTGTGAATCTGGCGGAGGAAGTGAAAACGCCC
AAATTGACGGCAGAAACAACATGGAACCTTGAAATGTAATCTCATTTTACTATTAACCAA
GTTTCCCACTTAATTTTTTGGTGTTACATACGATTAAACTAGCCATTGCGGATCATCTTC
CCACATTTTATGGTACATTTCGTGAAACA

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 3

CO CL3929Contig1 992 3 5 U
GGCACCTCCAGCTGCTAATAAACCCTAACTCACTCAACCTTTTCTTCCTCGATTGTCAGC
TATGGAGTTCTGGGGAGTCGAAGTTCAAGCAGGGGGGCCACTTAAAGTGACGCCCGAAGA
TGGCACTCTTGTCCACATCTCTCATGCATCGCTTGGAGATTGTAAAGGAAAGAAAGGAGA
AGCTGTGACTCTGAATGTGAAGGTTGGGGACAAGAAGTTTGTCATGGGAACTCTTTTGTC
TGAGAGCATTCCTCAGACTTGCTTTGATATGTTATTCGATCAGGAGTTTGAGCTTTCTCA
CAACTGGGGAAAAGGAAGTGTCCACTTTGTTGGATTCCAATGTCCCAACAACAAAGATGA
TGAGGGAGGAGAAGACTTTTCTGATTCAGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGTTGC
TGCCACTGTTGCAGCTAATGGGAATGCTGCAAAGGGCGTAACAAAACCAAAGCCTGAAGC
AGATGATTCTGATTCTGAAGGAATGGATGAAGATGGTTCTGATGATGAAGATGATTCAGA
GGAAGAAGAGGAGGCTCCTAAGGCTGAAACAAGAAGAAAGAGAGCACATGAAGTCGCACC
CGGACCCAAGACACCTGTGTCTGCGAAGAAGGCCAAAGCAGAAGCTACTCCCAAGAAAAC
AGAGGAGAAGAAGAAAGGTGGACCTGCAACCCCCCACCCGGCAAAGAAAGGTGAAAACAC
TCCCGCAACTGCAACGCAGAGCCCAAAGTCTGCAAGTCAAATCTCATGTGGCTCATGCAA
GAAGACATTCAACTCATCGAACGCACTTGAGTCTCACACCAAGGCCAAGCACTCTGCTAC
CGCCAAGTGAAGTGGTTTCCTAAGAGTAACAACTTCCGCTGTTTTGGATTTAGTTGGAGA
CTTATCTTTTTGAACTTTGGCTGTAGTCTTTTTGAAACCTCTCGGATTTGTATTTACCAG
TTACCGATATCTTTCAGTATTCTTTTTTAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BX92TF U 1
AF RR3BX92JQ C 263
AF RR3A570TF U 327
BS 1 627 RR3BX92TF
BS 628 771 RR3A570TF
BS 772 772 RR3BX92JQ
BS 773 985 RR3A570TF
BS 986 992 RR3BX92JQ

RD RR3BX92TF 627 0 0
GGCACCTCCAGCTGCTAATAAACCCTAACTCACTCAACCTTTTCTTCCTCGATTGTCAGC
TATGGAGTTCTGGGGAGTCGAAGTTCAAGCAGGGGGGCCACTTAAAGTGACGCCCGAAGA
TGGCACTCTTGTCCACATCTCTCATGCATCGCTTGGAGATTGTAAAGGAAAGAAAGGAGA
AGCTGTGACTCTGAATGTGAAGGTTGGGGACAAGAAGTTTGTCATGGGAACTCTTTTGTC
TGAGAGCATTCCTCAGACTTGCTTTGATATGTTATTCGATCAGGAGTTTGAGCTTTCTCA
CAACTGGGGAAAAGGAAGTGTCCACTTTGTTGGATTCCAATGTCCCAACAACAAAGATGA
TGAGGGAGGAGAAGACTTTTCTGATTCAGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGTTGC
TGCCACTGTTGCAGCTAATGGGAATGCTGCAAAGGGCGTAACAAAACCAAAGCCTGAAGC
AGATGATTCTGATTCTGAAGGAATGGATGAAGATGGTTCTGATGATGAAGATGATTCAGA
GGAAGAAGAGGAGGCTCCTAAGGCTGAAACAAGAAGAAAGAGAGCACATGAAGTCGCACC
CGGACCCAAGACACCTGTGTCTGCGAA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3BX92JQ 730 0 0
TTTGATATGTTATTCGATCAGGAGTTTGAGCTTTCTCACAACTGGGGAAAAGGAAGTGTC
CACTTTGTTGGATTCCAATGTCCCAACAACAAAGATGATGAGGGAGGAGAAGACTTTTCT
GATTCAGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGTTGCTGCCACTGTTGCAGCTAATGGG
AATGCTGCAAAGGGGGTAACAAAACCAAAGCCTGAAGCAGATGATTTTGATTCTGAAGGA
ATGGATGAAGATGGTTCTGATGATGAAGATGATTCAGAGGAAGAAGAGGAGGCTCCTAAG
GCTGAAACAAGAAGAAAGAGAGCACATGAAGTCGCACCCGGACCCAAGACACCTGTGTTT
GCGAAGAAGGCCAAAGCAGAAGCTACTCCCAAGAAAACAGAGGAGAAGAAGAAAGGTGGA
CCTGCAACCCCCCACCCGGCAAAGAAAGGTGGAAACACTCCCGCAACTGCAACGCAGAGC
CCAAAGTCTGCAAGTCAAGTCTCATGTGGCTCATGCAAGAAGACCTTCAACTCATCGAAC
GCACTTGAGTCTCACACCAAGGCCAAGCACTTTGCTACCGCCAAGTGAAGTGGTTTCCTA
AGAGTAACAACTTCCGCTGTTTTGGATTTAGTTGGAGACTTATCTTTTTGAACTTTGGCT
GTAGTCTTTTTGAAACCTCTCGGATTTGTATTTACCAGTTACCGATATCTTTCAGTATTC
TTTTTTAGTT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3A570TF 659 0 0
G
TGTTGGATTCCAATGTCCCAACAACAAAGATGATGAGGGAGGAGAAGACTTTTCTGATTC
AGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAGTTGCTGCCACTGTTGCAGCTAATGGGAATGC
TGCAAAGGGCGTAACAAAACCAAAGCCTGAAGCAGATGATTCTGATTCTGAAGGAATGGG
TGAAGATGGTTCTGATGATGAAGATGATTCAGAGGAATAAGAGGAGGCTCCTAAGGCTGA
AACAAGAAGAAAGAGAGCACATGAAGTCGCACCCGGACCCAAGACACCTGTGTCTGCGAA
GAAGGCCAAAGCAGAAGCTACTCCCAAGAAAACAGAGGAGAAGAAGAAAGGTGGACCTGC
AACCCCCCACCCGGCAAAGAAAGGTGAAAACACTCCCGCAACTGCAACGCAGAGCCCAAA
GTCTGCAAGTCAAATCTCATGTGGTTCATGCAAGAAGACATTCAACTCATCGAACGCACT
TGAGTCTCACACCAAGGCCAAGCACTCTGCTACCGCCAAGTGAAGTGGTTTCCTAAGAGT
AACAACTTCCGCTGTTTTGGATTTAGTTGGAGACTTATCTTTTTGAACTTTGGCTGTAGT
CTTTTTGAAACCTCTCGGATTTGTATTTACCAGTTACCGATATCTTTCAGTATTCTTT

QA 2 659 2 659
DS 



AS 1 3

CO CL3930Contig1 933 3 4 U
AGGCTTGGAACGTTTTTTTCTGTTAAATACAGAAAGCGAAGCAAAGGTGTTAAAAACAGA
GGCATCTGTTTTGTTTTTTTCTTTGTGCAAACATGAAACAAAGGATCTGAGTCTATGCTC
AGTAACAACAGGAAACGGGAAATGAGTGTTCTCGGTCCGTTTCGAGAAGAAAGTGAATAC
ATGTGCTCCTCAACTGTGGACGATGATATTGAGACCCATGATCATCTCAATGAACCAAGA
AGTAAAAACACTCACTACATACGGTGTTGAGCTCATCGGGGTGGCAATGAAGTGCAGGAT
GCATGTTTTCATATGATTCCAAGTAAACTTTCTTCATAGAGATGTCAAACCCGCTCAATG
CGATCTGGATAGTTGCCCAGCTTCCCTCAACGACAGTGATGCCTGCAGTGTTGGTTAAAT
TGTTGAGGACTTTTTTTTACCTTTTTTAGACCTCCCAAAACACATGAGCATCACCCCAAA
AAGATAGGTTCTTCCTGGATGATCTCCCCTAGTAGCGAATAGCGATCTCAAGGTGGTGGA
AACCTAGGTATTTGTTCCCTCTGTCAAAGAATTCAAGGACGCCTTTTGATGTAGTGAGTA
TCTAGGTTGGCCACCTTCAAGCAAGAGTTGATCAGAGAGCTGTAAGACTTAGCTTTGGAA
GGGTTTTTAACCAAGGAGGAGAGCTTCAACAAAGATAAGTAGACAAGTAGACAATTACAT
CCCTCGTGGTGGCTGCATCGTTCCTAAGATCGGACCCCTGCACAAATCTTATTTCACCAA
CAACATCTATTTAAAGGAGGGGGAGAAGGCCTTATGGGAAACGAAATCGCTTTTATGGCA
AACAACGTGCACGGAGGAGGCGAAGAGATCGAGTTACTAAATTTAATTCGTCGGGAAAGG
AAGCGCCCCTCTGTAAAAGAACATTCTCGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB71JQ U 30
AF RR3EW82JQ U 1
AF RR3EW82TF C 431
BS 1 79 RR3EW82JQ
BS 80 80 RR3EB71JQ
BS 81 792 RR3EW82JQ
BS 793 933 RR3EW82TF

RD RR3EB71JQ 453 0 0
CG
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CATGAAACAAAGGATCTGAGTCTATGCTCAGTAACAACAGGAAACGGGAAATGAGTGTTC
TCGGTCCGTTTCGAGAAGAAAGTGAATACATGTGCTCCTCAACTGTGGACGATGATGTTG
AGACCCGTGATCATCTCAATGAACCAAGAAGTAAAAACACTCACTACATACGGTGTTGAG
CTCATCGGGGTG*CAATGAAGTGCAGGATGCATGTTTTCATATGATTCCAAGTAAACTTT
CTTCATAGAGATGTCAAACCCGCTCAATGCGATCTGGATAGTTGCCCAGCTTCCCTCAAC
GACAGTGATGCCTGCAGTGTTGGTTAAATTGTTGAGGACTTTTTTTTACCTTTTTTAGAC
CTCCCAAAACACATGAGCATCACCCCAAAAA

QA 3 453 3 453
DS 

RD RR3EW82JQ 792 0 0
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AGTAACAACAGGAAACGGGAAATGAGTGTTCTCGGTCCGTTTCGAGAAGAAAGTGAATAC
ATGTGCTCCTCAACTGTGGACGATGATATTGAGACCCATGATCATCTCAATGAACCAAGA
AGTAAAAACACTCACTACATACGGTGTTGAGCTCATCGGGGTGGCAATGAAGTGCAGGAT
GCATGTTTTCATATGATTCCAAGTAAACTTTCTTCATAGAGATGTCAAACCCGCTCAATG
CGATCTGGATAGTTGCCCAGCTTCCCTCAACGACAGTGATGCCTGCAGTGTTGGTTAAAT
TGTTGAGGACTTTTTTTTACCTTTTTTAGACCTCCCAAAACACATGAGCATCACCCCAAA
AAGATAGGTTCTTCCTGGATGATCTCCCCTAGTAGCGAATAGCGATCTCAAGGTGGTGGA
AACCTAGGTATTTGTTCCCTCTGTCAAAGAATTCAAGGACGCCTTTTGATGTAGTGAGTA
TCTAGGTTGGCCACCTTCAAGCAAGAGTTGATCAGAGAGCTGTAAGACTTAGCTTTGGAA
GGGTTTTTAACCAAGGAGGAGAGCTTCAACAAAGATAAGTAGACAAGTAGACAATTACAT
CCCTCGTGGTGGCTGCATCGTTCCTAAGATCGGACCCCTGCACAAATCTTATTTCACCAA
CAACATCTATTT

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3EW82TF 503 0 0
TTTTTTTTACCTTTTTTAGACCTCCCAAAACACATGAGCATCACCCCAAAAAGATAGGTT
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TTTGTTCCCTCTGTCAAAGAATTCAAGGACGCCTTTTGATGTAGTGAGTATCTAGGTTGG
CCACCTTCAAGCAAGAGTTGATCAGAGAGCTGTAAGACTTAGCTTTGGAAGGGTTTTTAA
CCAAGGAGGAGAGCTTCAACAAAGATAAGTAGACAAGTAGACAATTACATCCCTCGTGGT
GGCTGCATCGTTCCTAAGATCGGACCCCTGCACAAATCTTATTTCACCAACAACATCTAT
TTAAAGGAGGGGGAGAAGGCCTTATGGGAAACGAAATCGCTTTTATGGCAAACAACGTGC
ACGGAGGAGGCGAAGAGATCGAGTTACTAAATTTAATTCGTCGGGAAAGGAAGCGCCCCT
CTGTAAAAGAACATTCTCGATCC

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 3

CO CL3931Contig1 739 3 7 U
GCTTCACACTTAACGGGCCCTTAGCTTTTTCATTGGGCTTCTTAGATATCATGAAACAGT
TTTATTATATGGTTTTCAACACTCTTTTATGGTACATGAAAAGTATATATTAGTAGGCAC
ACACGCATTGTATTTAATGAAACACTCTTTGAATCTCTCTCACTCATTCGAGTTGCTAGC
CATGCCGACTAGTTTGAGCATGTTGCGATCTTCCTTAAACCTCTCTAGAACAGTGCCTTT
GATAGCGTTATGTTGCGTGTCTAGTTCGTCAGAGGCCTGAACTATCCCCCAGCATTCGAT
CACTTCTGGCTGTATCCTGCTGGACTTGGAGAGACTCGGGCTACCAAAAGTAGTGCAGGA
GAACGTCTGGCCTTGGTCGAAGCTCGAGGATATAAACAGACCAAAGTGGTTGATCTTTCC
TCCGAATCCTATGCCGTTTGGGATGTTCTCTGATGTGAAGTTCGTAGCACACCATTGAAT
GTTGGTGTTGGCTCCAGTTGGTCGGAAGATGGAGGCATTAGGGTTAAGCTGGAAAAGAAA
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AGTGTGACCGAAGAATGTGTTGAAGCTTTGACCGTGTAAGGAACTATGATAGAGGAGTTT
CCACTCTTGAAGCTCGTGG


BQ
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5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E059JQ U 48
AF RR3DV33JQ U 48
AF RR3FY47JQ U 1
BS 1 52 RR3FY47JQ
BS 53 53 RR3DV33JQ
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RD RR3E059JQ 459 0 0
ATCATGAAACAGTTTTATTATATGGTTTTCAACACTCTTTTATGGTACATGAAAAGTATA
TATTAGTAGGCACACACGCATTGTATTTAATGAAACACTCTTTGAATCTCTCTCACTCAT
TCGAGTTGCTAGCCATGCCGACTAGTTTGAGCATGTTGCGATCTTCCTTAAACCTCTCTA
GAACAGTGCCTTTGATAGCGTTATGTTGCGTGTCTAGTTCGTCAGAGGCCTGAACTATCC
CCCAGCATTCGATCACTTCTGGCTGTATCCTGCTGGACTTGGAAAGACTCGGGCTACCAA
AAGTAGTGCAGGAAAACGTCTGGCCTTGGTCGAAGCTCGAGGATATAAACAGACCAAAGT
GGTTGATCTTTCCTCCGAATCCTATGCCGTTTGGGATGTTCTCTGATGTGAAGTTCGTAA
CACACCATTGAATGTTGGTGTTGGCTCCAGTTGGTCGGA

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR3DV33JQ 649 0 0
ATCATGAAACAGTTTTATTATATGGTTTTCAACACTCTTTTATGGTACATGAAAAGTATA
TATTAGTAGGCACACACGCATTGTATTTAATGAAACACTCTTTGAATCTCTCTCACTCAT
TCGAGTTGCTAGACATGCCGACTAGTTTGAGCATGTTGCGATCTTCCTTAAACCTCTCTA
GAACAGTGCCTTTGATAGCGTTATGTTGCGTGTCTAGTTCGTCAGAGGCCTGAACTATCC
CCCAGCATTCGATCACTTCTGGCTGTATCCTGCTGGACTTGGAGAGACTCGGGCTACCAA
AAGTAGTGCAGGAGAACGTCTGGCCTTGGTCGAAGCTCGAGGATATAAACAGACCAAAGT
GGTTGATCTTTCCTCCGAATCCTATGCCGTTTGGGATGTTCTCTGATGTGAAGTTCGTAG
CACACCATTGAATGTTGGTGTTGGCTCCAGTTGGTCGGAAGATGGAGGCATTAGGGTTAA
GCTGGAAAAGAAAAGACTTCATGTCTCCGTAGAAATCGCTGTGCCTCTCCCAAGGCTGAG
AGGCGTATCCTCCATACACACAGCCTTCCCTGTCTTTGATGATCAACACGGATGCAGACA
TACCAGTGTTTGAAGTGTGACCGAGGA*TGTGTTGAAGCTTTGACCGTG

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3FY47JQ 739 0 0
GCTTCACACTTAACGGGCCCTTAGCTTTTTCATTGGGCTTCTTAGATATCATAAAACAGT
TTTATTATATGGTTTTCAACACTCTTTTATGGTACATGAAAAGTATATATTAGTAGGCAC
ACACGCATTGTATTTAATGAAACACTCTTTGAATCTCTCTCACTCATTCGAGTTGCTAGC
CATGCCGACTAGTTTGAGCATGTTGCGATCTTCCTTAAACCTCTCTAGAACAGTGCCTTT
GATAGCGTTATGTTGCGTGTCTAGTTCGTCAGAGGCCTGAACTATCCCCCAGCATTCGAT
CACTTCTGGCTGTATCCTGCTGGACTTGGAGAGACTCGGGCTACCAAAAGTAGTGCAGGA
GAACGTCTGGCCTTGGTCGAAGCTCGAGGATATAAACAGACCAAAGTGGTTGATCTTTCC
TCCGAATCCTACGCCGTTTGGGATGTTCTCTGATGTGAAGTTCGTAGCACACCATTGAAT
GTTGGTGTTGGCTCCAGTTGGTCGGAAGATGGAGGCATTAGGGTTAAGCTGGAAAAGAAA
AGACTTCATGTCTCCGTAGAAATCGCTGTGCCTCTCCCAAGGCTGAGAGGCGTATCCTCC
ATACACACAGCCTTCTCTGTCTTTGATGATCAACACGGATGCAGACATACCAGTGTTTGA
AGTGTGACCGAAGAATGTGTTGAAGCTTTGACCGTGTAAGGAACTATGATAGAGGAGTTT
CCACTCTTGAAGCTCGTGG

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 3

CO CL3932Contig1 948 3 16 U
AAAACTTGCTCATATCATCATCACAAATGCAAAAGTTCTACAAAAGGATAAGTTTTGGTG
CACCACAACAACTATACAAAAGTAAAAAAGCTTTCAATAGAGAAAATCAAGCTCTTCTTC
TTCATCTGTTCTAACATTCTAGAACTAGACTGAATGTGTTTTGTAAAGTCGACGGATTCT
TCTTTGCTCTTCTTTACCGAACAAGATTCAAGAACGAGGTCAGAGAATCAACATCTCTCT
TCTCTGATGGATACTTGATCGGTCTCGAAGAGTTCTTTGGGAACACAAGTATCGTCGGGA
AGCTCCCAAGCTGCAACTCCCTTTTAGCAAACTCCTTTTGGTCACCATCAGCTCTGAACT
TACCCACCTTCACGCCA***CTCTCTCCCAACTTATCCGCCAACTCATCAAACGAACCTT
CCATCGCTTGACAAAACGGGCACCAAGGTGCATAAAGCACCACGATCCAAGCCTCTCTAC
GATTCTCCAGCTTCATCAAATTCTCAATCCCTTGCCTGCTCAAGCTCACCACATTCTCGC
TTTTGAAGATATCAGCAACCGTGGATGACGATGATGATGTCCCATTGACACTAGCTGCTG
CC***TTCTCCTTGATGTTCCCTTTGTGAAGTCCACACTCTTTAGCCTTGGCATCTTCCC
ACCACCACCTCCCTTCCCTCTCGTGCTGACCAGGCAAAACCGCTCTCGTGCACGGCTCAC
ACCCTATAGAAACATACCCCGCAGCGTGAAGAGTGTTGACAGGAACATCCATAGTCCTCA
AGAAGTTCCAAACATCGTTCCCTTCCACATTCGCAACCGGATTCCACTTCACCAAACTAC
CAGCCCCACCGTCAAGCCCTTCAAACACCGGATCAACCTGAACAACGGGGATCTCAGACC
TCGTCCCCGGCGACTGATCTTTCCTCTGTCCAGTGATCCAAGCTCGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AO22JQ U 1
AF RR3BB51TF C 124
AF RR3FH23JQ U 196
BS 1 799 RR3AO22JQ
BS 800 820 RR3FH23JQ
BS 821 821 RR3BB51TF
BS 822 844 RR3FH23JQ
BS 845 845 RR3BB51TF
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BS 877 901 RR3FH23JQ
BS 902 902 RR3BB51TF
BS 903 907 RR3FH23JQ
BS 908 908 RR3BB51TF
BS 909 948 RR3FH23JQ

RD RR3AO22JQ 799 0 0
AAAACTTGCTCATATCATCATCACAAATGCAAAAGTTCTACAAAAGGATAAGTTTTGGTG
CACCACAACAACTATACAAAAGTAAAAAAGCTTTCAATAGAGAAAATCAAGCTCTTCTTC
TTCATCTGTTCTAACATTCTAGAACTAGACTGAATGTGTTTTGTAAAGTCGACGGATTCT
TCTTTGCTCTTCTTTACCGAACAAGATTCAAGAACGAGGTCAGAGAATCAACATCTCTCT
TCTCTGATGGATACTTGATCGGTCTCGAAGAGTTCTTTGGGAACACAAGTATCGTCGGGA
AGCTCCCAAGCTGCAACTCCCTTTTAGCAAACTCCTTTTGGTCACCATCAGCTCTGAACT
TACCCACCTTCACGCCA***CTCTCTCCCAACTTATCCGCCAACTCATCAAACGAACCTT
CCATCGCTTGACAAAACGGGCACCAAGGTGCATAAAGCACCACGATCCAAGCCTCTCTAC
GATTCTCCAGCTTCATCAAATTCTCAATCCCTTGCCTGCTCAAGCTCACCACATTCTCGC
TTTTGAAGATATCAGCAACCGTGGATGACGATGATGATGTCCCATTGACACTAGCTGCTG
CC***TTCTCCTTGATGTTCCCTTTGTGAAGTCCACACTCTTTAGCCTTGGCATCTTCCC
ACCACCACCTCCCTTCCCTCTCGTGCTGACCAGGCAAAACCGCTCTCGTGCACGGCTCAC
ACCCTATAGAAACATACCCCGCAGCGTGAAGAGTGTTGACAGGAACATCCATAGTCCTCA
AGAAGTTCCAAACATCGTT

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3BB51TF 817 0 0
ATCTGTTCTAACATTCTAGAACTAGACTGAATGTGTTT*GTAAAGTCGACGGATTCTTCT
TTGCTCTTCTTTACCGAACAAGATTCAAGAACGAGGTCAGAGAATCAACATCTCTCTTCT
CTGATGGATACTTGATCGGTCTCGAAGAGTTCTTTGGGAACACAAGTATCGTCGGGAAGC
TCCCAAGCTGCAACTCCCTTTTAGCAAACTCCTTTTGGTCACCATCAGCTCTGAACTTAC
CCACCTTCACGCCA***CTCTCTCCCAACTTATCCGCCAACTCATCAAACGAACCTTCCA
TCGCTTGACAAAACGGGCACCAAGGTGCATAAAGCACCACGATCCAAGCCTCTCTACGAT
TCTCCAGCTTCATCAAATTCTCAATCCCTTGCCTGCTCAAGCTCACCACATTCTCGCTTT
TGAAGATATCAGCAACCGTGGATGACGATGATGATGTCCCATTGACACTAGCTGCTGCC*
**TTCTCCTTGATGTTCCCTTTGTGAAGTCCACACTCTTTAGCCTTGGCATCTTCCCACC
ACCACCTCCCTTCCCTCTCGTGCTGACCAGGCAAAACCGCTCTCGTGCACGGCTCACACC
CTATAGAAACATACCCCGCAGCGTGAAGAGTGTTGACAGGAACATCCATAGTCCTCAAGA
AGTTCCAAACATCGTTCCCTTCCACATTCGCAACCGGATTCCACTTCACCAAACTACCAG
CCCCACCGTCAAGCCCTTCAAACACCGGATCAACTTGAACAACGGGGATCTCAGACCTCG
TCCCCGGCGACTGATCTTTCCTCTGTCCAGTGATCC
C

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3FH23JQ 753 0 0
ACCGAACGAGATTCAAGAACGAGGTCAGAGAATCAATATCTCTCTTCTCTGATGGATACT
TGATTGGTCTCGAAGAGTTCTTTGGGAACACAAGTATCGTCGGGAAGCTCCCAAGCTGCA
ACTCCCTTTTAGCAAACTCCTTTTGGTCACCATCAGCTCTGAACTTACCCACCTTCACGC
CACTACTCCCACCCAACTTATCTGCCAACTCATCAAACGAACCTTCCATCGCTTGACAAA
ACGGGCACCAAGGTGCATAAAGCACGACGATCCAAGCCTCTCTACGATTCTCCAGCTTCA
TCAAATTCTCAATCCCTTGCCTGCTCAAGCTCACCACATTCTCGCTTTTGAAGATATCAG
CAACCGTGGATGATGATGATGATGTGCCATTGACACTAGCTGCTGCGCTGTTCTCCTTGA
TGTTCCCTTTGTGAAGTCCACACTCTTTAGCCTTGGCATCTTCCCACCACCACCTCCCTT
CCCTCTCGTGCTGACCTGGCAAAACCGCTCTCGTGCACGGCTCACACCCGATTGAAACAT
ACCCCGCAGCGTGAAGCGTGTTGACAGGAACATCCATAGTCCTCAAGAAGTTCCAAACAT
CGTTCCCTTCCACATTCGCAACCGGGTTCCACTTCACCAAACTACCAGCTCCACCGTCTA
GCGCTTCAAACACCGGATCAGCCTGAACAACGGGGATCTCAGACCTTGTCCCTGGCGACT
GATCTTTCCTCTGTCCAGTGATCCAAGCTCGTA

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL3933Contig1 632 2 2 U
GTGATAAGAAACAATTTTATTAATCTTGTACGAGAGAATCCGATACCAAAAAATGCTTAG
CCTTTGAGAAATACTGAAATAATCCAAGAAACGGTCTGAAAAGAAAAACTCATGTTTGTT
GAGTCCAAACACAAAACACGGTAGCAACAAACCAGAAACAATAAGATATCTCTCTCAAGT
GTCTTGTCTTCTTCTTCACTCGTCTTCCTGGCTACGGAGCCTAGCAAGCCTGTTGGTAAC
AACAATGTCTAGCTGAAAAGCTCTCTCGACAATGGCCTTCCTCTTCTTGGTAGAGACGTT
GTGAGCAATCTCCGCGCAGTAAGTCCTGTTGTGCATCATCAACAACTCCAGATCACTCGT
GTTGTGAACAACGAACTTCTTGAATCCATTGGGCAGATAGTGACGTGTCTTCTTGTCGGA
TCCGTAACCGACATTGGGCATCAACGTCACACCTTTGAACTTCCTTCTGACCCTGGAATC
AATACCCTTTGGCCTCCTCCAGCTTTCCTTGACGGTTATTCTACGGTCGCTTTGGGGTCT
GATGAACTTGGCGGACCTCTTCTTCACCACCTTCTTCGTAAGCAACGGAACCGCCATTTT
TGCTGATGCTTCCTAATGCGACTCCTCCGTCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A959TF C 1
AF RR3A959JQ U 5
BS 1 4 RR3A959TF
BS 5 632 RR3A959JQ

RD RR3A959TF 632 0 0
GTGATAAGAAACAATTTTATTAATCTTGTACGAGAGAATCCGATACCAAAAAATGCTTAG
CCTTTGAGAAATACTGAAATAATCCAAGAAACGGTCTGAAAAGAAAAACTCATGTTTGTT
GAGTCCAAACACAAAACACGGTAGCAACAAACCAGAAACAATAAGATATCTCTCTCAAGT
GTCTTGTCTTCTTCTTCACTCGTCTTCCTGGCTACGGAGCCTAGCAAGCCTGTTGGTAAC
AACAATGTCTAGCTGAGAAGCTCTCTCGACAATGGCCTTCCTCTTCTTGGTAGAGACGTT
GTGAGCAATCTCCGCGCAGTAAGTCCTGTTGTGCATCATCAACAACTCCAGATCACTCGT
GTTGTGAACAACGAACTTCTTGAATCCATTGGGCAGATAGTGACGTGTCTTCTTGTCGGA
TCCGTAACCGACATTGGGCATCAACGTCACACCTTTGAACTTCCTTCTGACCCTGGAATC
AATACCCTTTGGCCTCCTCCAGCTTTCCTTGACGGTTATTCTACGGTCGCTTTGGGGTCT
GATGAACTTGGCGGACCTCTTCTTCACCACCTTCTTCGTAAGCAACGGAACCGCCATTTT
TGCTGATGCTTCCTAATGCGACTCCTCCGTCC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3A959JQ 628 0 0
TAAGAAACAATTTTATTAATCTTGTACGAGAGAATCCGATACCAAAAAATGCTTAGCCTT
TGAGAAATACTGAAATAATCCAAGAAACGGTCTGAAAAGAAAAACTCATGTTTGTTGAGT
CCAAACACAAAACACGGTAGCAACAAACCAGAAACAATAAGATATCTCTCTCAAGTGTCT
TGTCTTCTTCTTCACTCGTCTTCCTGGCTACGGAGCCTAGCAAGCCTGTTGGTAACAACA
ATGTCTAGCTGAAAAGCTCTCTCGACAATGGCCTTCCTCTTCTTGGTAGAGACGTTGTGA
GCAATCTCCGCGCAGTAAGTCCTGTTGTGCATCATCAACAACTCCAGATCACTCGTGTTG
TGAACAACGAACTTCTTGAATCCATTGGGCAGATAGTGACGTGTCTTCTTGTCGGATCCG
TAACCGACATTGGGCATCAACGTCACACCTTTGAACTTCCTTCTGACCCTGGAATCAATA
CCCTTTGGCCTCCTCCAGCTTTCCTTGACGGTTATTCTACGGTCGCTTTGGGGTCTGATG
AACTTGGCGGACCTCTTCTTCACCACCTTCTTCGTAAGCAACGGAACCGCCATTTTTGCT
GATGCTTCCTAATGCGACTCCTCCGTCC

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL3934Contig1 855 2 16 U
GTACTCTTATTCGCCCATCTTTCTCAGAGGTAAGTTTCACAGATGAATCTGACACACCTT
GGAATATTCTCTTTGTTACAACTTTGACTGTAAACTTAGGTTTGCAAAAAAAAAGAGTCA
AGCCCATGTGCGTAAATATATACAAAATCGGCTACTGATCACAGTTTGGAGTATCTATCC
ACAAAGGCCTTGGCTTTGTCTGGTGCGAAAAACCGTGCCTGAATGAACATTCTCTCTGCA
TCTCCTCTGCTTCCATTTTCTTTCAATATAATTCCCTTAGCCAAGTAACCTCGGAAGTCT
TCAGGACGTTCAGAGATAAGCCGGTCATAAACAGCTATAGCGTCGCTGATATGTCCCCAG
TCTGAATAAGCTTTTCCAAGAAGCAACTCAACCTGAATTGGGTCTAGATCTGGTTCATTT
TCAGCGGTAACACTGTCTACAGTGCTTGTTTTCCTTGTATTCAGACGTTCGCGAGTATCC
AGAAAAAATTTGACAGCCTCGTCTGGTTTCTTAGCAGCTAAATACGCGTTCATGAGGCCC
CGTGTGACTTCAAGATCAATACCTTTAGAAACCTTTTCAGAGATTTTGTAAGCAGCGATA
CTGCCTTCATAGTTCTTAAGTTCATAATTTACCTCTCCAAGCAATCGAAAGACATCAGGG
TCCGTTGGTCTCTCCTTAGCCAATTTCTCAAGAAGCGTAGCAGCCCGCGAATACTCTCCT
AGATTAGTCAGTGTCACAGCTGCGCCCTCTAGAGCAGTTTGATCATTAGAGTGCCATCGA
GAGTTGTTTCAACTCTCTGAGCCTTTGCTGAAGCGTGGATTTCTCCTCTTCTGAAATTTA
TTTTAACCACGAGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DP72JQ U 1
AF RR3DT26JQ U 38
BS 1 176 RR3DP72JQ
BS 177 177 RR3DT26JQ
BS 178 221 RR3DP72JQ
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BS 223 306 RR3DP72JQ
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BS 308 484 RR3DP72JQ
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BS 496 617 RR3DP72JQ
BS 618 618 RR3DT26JQ
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BS 648 648 RR3DT26JQ
BS 649 653 RR3DP72JQ
BS 654 855 RR3DT26JQ

RD RR3DP72JQ 653 0 0
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GGAATATTCTCTTTGTTACAACTTTGACTGTAAACTTAGGTTTGCAAAAAAAAAGAGTCA
AGCCCATGTGCGTAAATATATACAAAATCGGCTACTGATCACAGTTTGGAGTATCTGTCC
ACAAAGGCCTTGGCTTTGTCTGGTGCGAAAAACCGTGCCTGGATGAACATTCTCTCTGCA
TCTCCTCTGCTTCCATTTTCTTTCAATATAATTCCCTTAGCCAAGTAACCTCGGAAGTCT
TCAGGATGTTCAGAGATAAGCCGGTCATAAACAGCTATAGCGTCGCTGATATGTCCCCAG
TCTGAATAAGCTTTTCCAAGAAGCAACTCAACCTGAATTGGGTCTAGATCTGGTTCATTT
TCAGCGGTAACACTGTCTACAGTGCTTGTTTTCCTTGTATTCAGACGTTCGCGAGTATCC
AGAAGAAATTTGACTGCCTCGTCTGGTTTCTTAGCAGCTAAATACGCGTTCATGAGGCCC
CGTGTGACTTCAAGATCAATACCTTTAGAAACCTTTTCAGAGATTTTGTAAGCAGCGATA
CTGCCTTCATAGTTCTTGAGTTCATAATTTACCTCTCCAAGCAATCGGAAGAC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3DT26JQ 818 0 0
CG
CAGATGAATCTGACACACCTTGGAATATTCTCTT*GTTACAACTTTGACTGTAAACTTAG
GTT*GCAAAAAAAAAG**TCAAGCCCATGTGCGTAAATATATACAAAATCGGCTACTGAT
CACAGTTTGGAGTATCTATCCACAAGGGCCTTGGCTTTGTCTGGTGCGAAAAACCGTGCC
TGAATGAACATTCTCTCTGCATCTCCTCTGCTTCCATTTTCTTTCAATATAATTCCCTTA
GCCAAGTAACCTCGGAAGTCTTCAGGACGTTCAGAGATAAGCCGGTCATAAACAGCTATA
GCGTCGCTGATATGTCCCCAGTCTGAATAAGCTTTTCCAAGAAGCAACTCAACCTGAATT
GGGTCTAGATCTGGTTCATTTTCAGCGGTAACACTGTCTGCCGTGCTTGTTTTCCTTGTA
TTCAGACGTTCGCGAGTATCCAGAAAAAATTTGACAGCCTCGTCTGGTTTCTTAGCAGCT
AAATACGCGTTCATGAGGCCTCGTGTGACTTCAAGATCAATGTCTTTAGAAACCTTTTCA
GAGATTTTGTAAGCAGCGATACTGCCTTCATAGTTCTTAAGTTCATAATTTACCTCTCCA
AGCAATCGAAAGACATCAGGGTCCGTTGGTCTCTCCTTAGCCAATTTCTCAAGAAGCGTA
GCAGCCCGCGAATACTCTCCTAGATTAGTCAGTGTCACAGCTGCGCCCTCTAGAGCAGTT
TGATCATTAGAGTGCCATCGAGAGTTGTTTCAACTCTCTGAGCCTTTGCTGAAGCGTGGA
TTTCTCCTCTTCTGAAATTTATTTTAACCACGAGGT

QA 3 818 3 818
DS 



AS 1 2

CO CL3935Contig1 963 2 2 U
GGTTGCGTCTGCTCGTATGCAAAACGGTGGGATGGCTAGAAACGCAAGCCCTGCTTGTCT
GCTTAAAGAAGCTATCCAAGTCATTAGTTGTGGATATGAGGATAAAACCGAATGGGGAAA
AGAGATTGGGTGGATCTACGGTTCTGTTACTGAAGATATTCTCACGGGTTTCAAGATGCA
TTCTCATGGTTGGAGGTCTGTTTACTACACACCCAAGTTACCTGCTTTCAAAGGATCAGC
TCCAATCAATCTTTCAGACCGTCTTCATCAAGTTCTTAGATGGGCTCTTGGTTCCGTTGA
GATTTTCTTGAGTAGGCATTGTCCTATTTGGTATGGTTATGGAGGTGGTTTGAAGTGGCT
TGAGAGGTTGTCATACATCAACTCTGTGGTTTACCCTTGGACCTCTCTCCCTCTCATCGT
TTACTGTTCTCTCCCTGCCATCTGTCTTCTCACTGGAAAATTCATTGTTCCTGAGATCAG
CAACTATGCAAGTATCCTCTTCATGGCCCTCTTCTCGTCCATTGCTATAACGGGTATCCT
GGAGATGCAATGGGGCAAAGTTGGGATCGATGATTGGTGGAGAAATGAACAGTTTTGGGT
CATAGGAGGTGTCTCTACGCATCTCTTTGCTCTCTTCCAAGGTCTTCTCAAGGTTCTTGC
TGGTGTGGACACTAACTTCACGGTCACGTCAAAAGCAGCTGATGACGGAGAGTTTTCAGA
CCTTTACCTCTTCAAATGGACTTCACTTCTCATCCCTCCAACGACTCTCCTCATCATAAA
CATGATTGGAATCGTGGTCGGAATCTCTGATGCTATAAGCAATGGATACGACTCATGGGG
ACCGCTTTTCGGAAGATTGTTCTTTGCACTTTGGGTGGTCATTCATCTTTACCCTTTCCT
TAAAGGTTTGCTTGGGAAACAAGATAGAATGCCGACCATTATCATCGTCTGGTCCATCCT
CAT


BQ
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10 10 10 

AF RR3A887TF U 1
AF RR3A887JQ C 589
BS 1 795 RR3A887TF
BS 796 963 RR3A887JQ

RD RR3A887TF 796 0 0
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GCTTAAAGAAGCTATCCAAGTCATTAGTTGTGGATATGAGGATAAAACCGAATGGGGAAA
AGAGATTGGGTGGATCTACGGTTCTGTTACTGAAGATATTCTCACGGGTTTCAAGATGCA
TTCTCATGGTTGGAGGTCTGTTTACTACACACCCAAGTTACCTGCTTTCAAAGGATCAGC
TCCAATCAATCTTTCAGACCGTCTTCATCAAGTTCTTAGATGGGCTCTTGGTTCCGTTGA
GATTTTCTTGAGTAGGCATTGTCCTATTTGGTATGGTTATGGAGGTGGTTTGAAGTGGCT
TGAGAGGTTGTCATACATCAACTCTGTGGTTTACCCTTGGACCTCTCTCCCTCTCATCGT
TTACTGTTCTCTCCCTGCCATCTGTCTTCTCACTGGAAAATTCATTGTTCCTGAGATCAG
CAACTATGCAAGTATCCTCTTCATGGCCCTCTTCTCGTCCATTGCTATAACGGGTATCCT
GGAGATGCAATGGGGCAAAGTTGGGATCGATGATTGGTGGAGAAATGAACAGTTTTGGGT
CATAGGAGGTGTCTCTACGCATCTCTTTGCTCTCTTCCAAGGTCTTCTCAAGGTTCTTGC
TGGTGTGGACACTAACTTCACGGTCACGTCAAAAGCAGCTGATGACGGAGAGTTTTCAGA
CCTTTACCTCTTCAAATGGACTTCACTTCTCATCCCTCCAACGACTCTCCTCATCATAAA
CATGATTGGAATCGT
G

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3A887JQ 375 0 0
ACAGTTTTGGGTCATAGGAGGTGTCTCTACGCATCTCTTTGCTCTCTTCCAAGGTCTTCT
CAAGGTTCTTGCTGGTGTGGACACTAACTTCACGGTCACGTCAAAAGCAGCTGATGACGG
AGAGTTTTCAGACCTTTACCTCTTCAAATGGACTTCACTTCTCATCCCTCCAACGACTCT
CCTCATCATAAACATGATTGGAATCGTGGTCGGAATCTCTGATGCTATAAGCAATGGATA
CGACTCATGGGGACCGCTTTTCGGAAGATTGTTCTTTGCACTTTGGGTGGTCATTCATCT
TTACCCTTTCCTTAAAGGTTTGCTTGGGAAACAAGATAGAATGCCGACCATTATCATCGT
CTGGTCCATCCTCAT

QA 1 375 1 375
DS 



AS 1 3

CO CL3936Contig1 1260 3 7 U
GATCTTGAATTTGCAATTTAAATATGGGACTGAATCAAAATAATGCATCATGATTCCCTC
TCTTGTAAGTTACAAGTTTTTACTATTTCACCAACACAAAACACAATTGGGTTCTCCTGC
TTCTCTCATTTCATTTTGATCTTCTCTTAAGTTTACACCACATCCCATTTTTGGCATGGA
TCGTAGCGCCGCTCACGAGCTCAACAGATTCTGGCGTTCCACGCAGCTCCACGTCGAATT
TCTGCAACAACATAGCCAGTGCAACGGTGGACTCCATTAGTGCAAACTGGTCTCCAATGC
ATTTCCTTGGCCCTCCACCAAATGGTAAGAATGCAAAGTCTGCTATGATCTCGTTGGGGT
AGAGTGCACCAGGGCTTCGAGATGGATCAAAGCCAGCCCAGCCTTCAATACCGTTGCTCT
CCTTTGTTCTTAAGAACCTCTCAGGCTCAAACTCTTGTGGGTTATCCCAAAAGTATGGAG
ATCTATGGAGATTGTACACGGAAATGAAGATATCAGTCCCTTTTGGAACTTTATGACCTT
CCTTTTCACCTTTGTATCCTCCAGGCAAGGTTTCTGGTTTAAGAGTGCGTCTGATGAGCA
GAGGCGGCTGAGGATATAGACGAAGGGATTCAACAACGATGAGTCGTATGTACTCAAGCT
TTTTCAATGATTCATAGGTAGGTGCATTTTCACCAAGAGCAGCATCAATCTCCGCTTGAG
CTTTCCTAATTTTTGCAGGACTTTGTGCAAGAAGGTAAACAGCCCAAGTAAGAACAGCTG
CTGTTGTCTCGTGACCAGCAATTAGCATAGTCATTAAGTCATCCCTCAGCTGCCGGTCAT
CAATATCAACACCCCTCATGTCCACCAAGAACCGTAAAAGACTTGCATCCTTGAGATTAG
AGTAGTCACGTTGCTGAAGCTTCTCTACATCTGTTTCCTGTCTTGTCTCTTTTGCATTTT
GAATGAGTCCATCAAGGCACTCGTTTATAATCTTGAGATCGCTTTGGAACTTTCTTTGCC
TCGGAACTATCCACCTAGCTGGAGGAAAGTTCCAGTACGGAAAGTAGAAAGTAGACCGAT
GCTCTGCCTCGAAAAGAGTCCCATAAACCGCCTTAATGACAGGGGACTCTTTTGTGACAG
AGCCAAAGTCGTAGTTGAAGACGCTAAGGCCTATAATATCAAGAGCCAAACTCGAGAACT
CTGCTTCAAGATCCAACTCAATCGTCTCCCCTCCGCTTTCCCTTAAGAGTTTTTCAGACC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3FY26JQ U 1
AF RR3B522JQ U 20
AF RR3B522TF C 433
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QA 1 597 1 597
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GTCCACCAAGAACCGTAAAA

QA 1 860 1 860
DS 

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CCCTCATGTCCACCAAGAACCGTAAAAGACTTGCATCCTTGAGATTAGAGTAGTCACGTT
GCTGAAGCTTCTCTACATCTGTTTCCTGTCTTGTCTCTTTTGCATTTTGAATGAGTCCAT
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ACCTAGCTGGAGGAAAGTTCCAGTACGGAAAGTAGAAAGTAGACCGATGCTCTGCCTCGA
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AGTTGAAGACGCTAAGGCCTATAATATCAAGAGCCAAACTCGAGAACTCTGCTTCAAGAT
CCAACTCAATCGTCTCCCCTCCGCTTTCCCTTAAGAGTTTTTCAGACC

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 3

CO CL3937Contig1 1196 3 10 U
CTGTTCAATCAAAGGTAGCAACTTTATTATAAAAACACAACACCACTAAGAGAATTTTTT
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CGCGTCTGCTAATGGAAATGTCGGAGTTATATCCACTGGTACCTTAACACTCTCGAGCTT
CTCCAGAGCGATTTTCAACGGTCCGGGGATGGTGCAGTACTTGTTTAGAAGCAATGTCGC
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ATCTTCTATCTTAGTGAAATCAACCGAGAATGTAGCGTCCTCGTGGAAAACAAAGGCTCC
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AAACCGGATGGATCGAAAGCATCCAGCTAGGAAAGAAACATACATACTCTCCTCCATACT
CTTGGAAAGCAGACCCTTGGTGATGAGAAACTTTAGTGCCCAAAGACCAACTATATCTGC
CTTTGCTTCTTCCACTGCAGAGTAAACGTTTTGCAGTTCCTTTCTCACTGAAGAGGTTCG
ACCATCAGGGAGTGTTATGCTATGTGGGCCAATGCCATGACAACACTCATGGCAAATGGT
GTGAGTAAAGAAAGAATCAAAATCAACAAATCCTCGCTGTTCCTTGCTGATGATGATTTC
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ACATCTTTTGATTTGTATACACTGTCAAGCGGGAGATTGTCTTCCAATAGCTTTAGATTG
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TCCAGTTTTGAATCCAAGTCCATCCATGCAATGTCTGACTCATAGTAGGCATTCGAAAGG
AAGGCTTCAGCTTTTCTGTGCAACAGCTTCTTCAAACTCTGTGAAGTGACCAAGTC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CS08JQB U 143
AF RR3GV34JQ U 1
AF RR3GV34TF C 548
BS 1 206 RR3GV34JQ
BS 207 207 RR3CS08JQB
BS 208 280 RR3GV34JQ
BS 281 281 RR3CS08JQB
BS 282 410 RR3GV34JQ
BS 411 411 RR3CS08JQB
BS 412 485 RR3GV34JQ
BS 486 486 RR3CS08JQB
BS 487 839 RR3GV34JQ
BS 840 1196 RR3GV34TF

RD RR3CS08JQB 592 0 0
GGAA
TTATATCCACTGGTACCTTAACACTCTCGAGCTTCTCCAGAGCGATTTTCAACGGTCCGG
GGATGGTGCAGTACTTGTTTAGAAGCAATGTCGCTGCGTTTTTGTCACCTCTTCCTTGGA
TTGTGAGTATCTCACGGCTCAAACTCTCAACTGCATCTTCTATCTTAGTGAAATCAACCG
AGAATGTAGCGTCCTCGTGGAAAACAAAGGCTCCTTTCTCATACAACCAGTTAAACTGCA
ACGCTTGCCCTTTCCCATGAGCTTATGTGAGACCAAACCGGATGGATCGAAAGCATCCAG
CTAGGAAAGAAACATACATACTCTCCTCCATACTCTTGGAAAGCAGACCCTTGGTGATGA
GAAACTTTAGTGCCCAAAGACCAACTATATCTGCCTTTGCTTCTTCCACTGCAGAGTAAA
CGTTTCGCAGTTCCTTTCTCACTGAAGAGGTTCGACCATCAGGGAGTGTTATGCTATGTG
GGCCAATGCCATGACAACACTCATGGCAAATGGTGTGAGTAAAGAAAGAATCAAAATCAA
CAAATCCTCGCTGTTCCTTGCTGATGATGATTTCAGCTATAGGCTTTA

QA 5 592 5 592
DS 

RD RR3GV34JQ 839 0 0
CTGTTCAATCAAAGGTAGCAACTTTATTATAAAAACACAACACCACTAAGAGAATTTTTT
CAAATACAGACACAGACTGAAACTAAAACATTGCATGAGGACAACATCTCAGTTCAAAAA
CGCGTCTGCTAATGGAAATGTCGGAGTTATATCCACTGGTACCTTAACACTCTCGAGCTT
CTCCAGAGCGATTTTCAACGGTCCGGTGATGGTGCAGTACTTGTTTAGAAGCAATGTCGC
TGCGTTTTTGTCACCTCTTCCTTGGATTGTGAGTATCTCATGGCTCAAACTCTCAACTGC
ATCTTCTATCTTAGTGAAATCAACCGAGAATGTAGCGTCCTCGTGGAAAACAAAGGCTCC
TTTCTCATACAACCAGTTAAACTGCAACGCTTGCCCTTTCCCATGAGCTTCTGTGAGACC
AAACCGGATGGATCGAAAGCATCCAGCTAGGAAAGAAACATACATACTCTCCTCCATACT
CTTGGGAAGCAGACCCTTGGTGATGAGAAACTTTAGTGCCCAAAGACCAACTATATCTGC
CTTTGCTTCTTCCACTGCAGAGTAAACGTTTTGCAGTTCCTTTCTCACTGAAGAGGTTCG
ACCATCAGGGAGTGTTATGCTATGTGGGCCAATGCCATGACAACACTCATGGCAAATGGT
GTGAGTAAAGAAAGAATCAAAATCAACAAATCCTCGCTGTTCCTTGCTGATGATGATTTC
AGCTATAGGCTTTAGAATATGTTCAAACTTTGCTTCTGGAACGTTTTTGAGCATAACCAT
TGATGTTCCTCTTTCTTTGAGATTTGCTCGTCGTTGGGCAAATTGAAAGCAACAGTCTG

QA 1 839 1 839
DS 

RD RR3GV34TF 649 0 0
TCTTCCACTGCAGAGTAAACGTTTTGCAGTTCCTTTCTCACTGAAGAGGTTCGACCATCA
GGGAGTGTTATGCTATGTGGGCCAATGCCATGACAACACTCATGGCAAATGGTGTGAGTA
AAGAAAGAATCAAAATCAACAAATCCTCGCTGTTCCTTGCTGATGATGATTTCAGCTATA
GGCTTTAGAATATGTTCAAACTTTGCTTCTGGAACGTTTTTGAGCATAACCATTGATGTT
CCTCTTTCTTTGAGATTTGCTCGTCGTTGGGCAAATTGAAAGCAACAGTCTGAGGACCGT
TCACATCTCCGGAATTGTAAATTAACTGGATGACCCGAATAGGAGCAGCAGACACATCTT
TTGATTTGTATACACTGTCAAGCGGGAGATTGTCTTCCAATAGCTTTAGATTGTCACCAA
AGAGTTTCAGATCAGCTGTGGCTTTATCATCTCGAATGCCGATGAAGGCCTCAAACGAAG
CCTTGTAACCAAACATTTCATCTTCGTACGTCTCATATGGACCAATGGTAACATCCAGTT
TTGAATCCAAGTCCATCCATGCAATGTCTGACTCATAGTAGGCATTCGAAAGGAAGGCTT
CAGCTTTTCTGTGCAACAGCTTCTTCAAACTCTGTGAAGTGACCAAGTC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 3

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GGCGACGTCAGGAACATACGTGACGGAGGTTCCGTTAAAAGGGACGGTGGAGAAACATTA
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ATGCGATGGGAAGCCAGAGGTATTCAAAGAAAGGAGAGAGATAGACGATGAGAAGAAAAC
GGTGACGTTTAGAGGACTTGAAGGTCACGTGATGGAACAGCTCAAGGTGTATGACGTCAC
CTTGGAGTTTATTCCCAAGTCCGAGGATGGCTGTGCCTGCAAAGTTACTATGATATGGGA
GAAGCGCAACAATGAGTTCCCCCAACCAAGCAACTACATGAAATTTGCCAAGAGCATGGT
TGCTGACATGGACGACCATGTTCTCAAAGCTTAATTGTCATCATCATCACCAGCATCACC
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TTCATCTCTATTACGAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAATTCAATAAATGTGGTCTTGT
AGTTTCATTTCTTTATAAGATCATGCTTTGATATGTTCTTGTGGTCATCGACCGGTTTGA
TATGTTATGCTTTGATATATTCCA


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DV21TF U 1
AF RR3DG08TF U 2
AF RR3G815TF U 2
BS 1 158 RR3DV21TF
BS 159 159 RR3DG08TF
BS 160 312 RR3DV21TF
BS 313 313 RR3DG08TF
BS 314 351 RR3DV21TF
BS 352 352 RR3DG08TF
BS 353 428 RR3DV21TF
BS 429 430 RR3DG08TF
BS 431 431 RR3DV21TF
BS 432 432 RR3DG08TF
BS 433 636 RR3DV21TF
BS 637 637 RR3DG08TF
BS 638 693 RR3DV21TF
BS 694 694 RR3DG08TF
BS 695 739 RR3DV21TF
BS 740 744 RR3DG08TF

RD RR3DV21TF 744 0 0
GGGATCAACCTAAACGAACAAATAAAAAACAGTCGAGGCTTTGTAACGAGAGAGA**AAT
GGCGACGTCAGGAACATACGTGACGGAGGTTCCGTTAAAAGGGACGGTGGAGAAACATTA
CAAGAGGTGGAGGAGCGAGAACCATGCCTTCCCGGAAGTCATCGGCCACCACATCCAAAA
TGTCACCATTCACGACGGCGAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGAACTACAC
ATGCGATGGGAAGCCAGAGGTATTCAAAGAAAGGAGAGAGATAGACGATGAGAAGAAAAC
GGTGACGTTTAGTGGACTTGAAGGTCACGTGATGGAACAGCTCAAGGTGTAAGACGTCAC
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GAAGCGCATGA*TGAGTTCCCCCAACCAAGCAACTACATGAAATTTGCCAAGAGCATGGT
TGCTGACATGGACGACCATGTTCTCAAAGCTTAATTGTCATCATCATCACCAGCATCACC
ATCATCATCATAATCGCCATCCAAATCATCACCATCACAATCACCCTCACCATGATCAAT
TTCATCTCTATTACGAAATACTTATTAAGATGCTTT*CAATTCAATAAATGTGGTCTTGT
AGTTTCATTTCTTTATAAGATCATGCTTTGATACGTTCTTGTGGTCATCGACCGGTTTGA
TATGTTATGCTTTGATATA
TTCCA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3DG08TF 743 0 0
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GTCACCATTCACGACGGCGAATGGGACTCTCACGGGGCCACCAAGACTTGGAACTACACA
TGCGATGGGAAGCCAGAGGTATTCAAAGAAAGGAGAGAGATAGACGATGAGAAGAAAACG
GTGACGTTTAGAGGACTTGAAGGTCACGTGATGGAACAGCTCAAGGTGTATGACGTCACC
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AAGCGCAACAATGAGTTCCCCCAACCAAGCAACTACATGAAATTTGCCAAGAGCATGGTT
GCTGACATGGACGACCATGTTCTCAAAGCTTAATTGTCATCATCATCACCAGCATCACCA
TCATCATCATAATCGCCATCCAAATCATCACCATCACAATCACCCTCACCATGATCAATT
TCATCTCTATTACGAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAATTCAATAAATGTGGTCTTGTA
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ATGTTATGCTTTGATATATTCCA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3G815TF 738 0 0
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GCGACGTCAGGAACATACGTGACGGAGGTTCCGTTAAAAGGGACGGTGGAGAAACATTAC
AAGAGGTGGAGGAGCGAGAACCATGCCTTCCCGGAAGCCATCGGCCACCACATCCAAAAT
GTCACCATTCACGACGGCGAATGGGACTCTCACGGGGCCATCAAGACTTGGAACTACACA
TGCGATGGGAAGCCAGAGGTATTCAAAGAAAGGAGAGAGATAGACGATGAGAAGAAAACG
GTGACGTTTAGAGGACTTGAAGGTCACGTGATGGAACAGCTCAAGGTGTATGACGTCACC
TTGGAGTTTATTCCCAAGTCCGAGAATGGCTGTGCCTGCAAAGTTACTATGATATGGGAG
AAGCGCAACGATGAGTTCCCCCAACCAAGCAACTACATGAAATTTGCCAAGAGCATGGTT
GCTGACATGGACGACCATGTTCTCAAAGCTTAATTGTCATCATCATCACCAGCATCACCA
TCATCATCGTAATCGCCATCCAAATCATCACCATCACAATCACCCTCACCATGATCAATT
TCATCTCTATTACGAAATACTTATTAAGATGCTTTTCAATTCAATAAATGTGGTCTTGTA
GTTTCATTTCTTTATAAGATCATGCTTTGATATGTTCTTGTGGTCATCGACCGGTTTGAT
ATGTTATGCTTTGATATA

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 3

CO CL3939Contig1 1103 3 5 U
CTCAAATTCTAAGGTCAAATTGCTTGCGACACGGAGAAGATTTCTTCTTGGCGGCTGCGA
TGTCGACGATTTCAATCCATCGGACTGAGCTGCTTAGAATCACGCACAATCGCTCGCGAA
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CTTCTGATGCGACTAAGAAGGACGAACTCTCTGTTAAGATTCCTCAAGTTGATCAATTAA
GACCTGAGGGTTTGAGATTCGACCGTTTGCAGCCTCCCGAGCCTGAGCAAGATCGATTGG
ATTTTGGTAAATTCGTAGCACGAGAAGCAATTCTTGATGAAGAATACTGGACAGCAGCGT
GGCTACGTGCAGAGAGTCACTGGGAAGATCGTGACAATGAAAGGTATGTTGACAACTTCA
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GCCTGAAATGTTCCTGTATCGTTGCGGTAAAGAAGGAAGAGAAGCACATTAAACGTTCTG
TAATCAAAAGTGTGGTTGGGACGCTTGATTTGAACATTCGTTTTTTCTTGCAAGGAGAGA
CCTTTCCTGGGGAAAATGTGAAGTCTCAATTGTTTTGCACCATTAACCGGGAAGGTTCAA
ATAGGTATGGTTATATTGCTAATCTATGTGTTGCCAAATCAGCACGCCGCCAGGGTATTG
CTTGCAACATGTTACGTTTCGCTGTCGAATCAGCCAGATTGAGTGGAGTTGAGCAAGTAT
ATGTTCATGTACATAGAAACAATTTAGTTGCTCAAGAACTATACCAGAAGACTGGTTTCG
AGGTCGTTGAAATGGGACAGTTTGAATCATCAGATGATACATACTTGCTCCAGTACACAA
GATGACTCACAAGAAACGATGCGTGTTGTCTCTTTTCCCTTTCTTTACTTTTTATTTCGG
AGAATGGGATAATAGAACCAAAACGTAGAAAATTGAGTATTAATACGTTTTGTATCATGT
AATGTCTAAAAATGGAATGTGTGTAGTAACTCAAAATTTCATGTACGATTGTTGTGGATA
AATTTACATTAAGCTTCGGATCG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ64TF U 1
AF RR3EC64TF U 86
AF RR3EC64JQ C 336
BS 1 483 RR3EJ64TF
BS 484 484 RR3EC64TF
BS 485 610 RR3EJ64TF
BS 611 720 RR3EC64TF
BS 721 1103 RR3EC64JQ

RD RR3EJ64TF 610 0 0
CTCAAATTCTAAGGTCAAATTGCTTGCGACACGGAGAAGATTTCTTCTTGGCGGCTGCGA
TGTCGACGATTTCAATCCATCGGACTGAGCTGCTTAGAATCACGCACAATCGCTCGCGAA
TTTCTCGGCAGCGATATAGGAGAACTATTCCACCATGGCGGATGATGATCAGTTCGAGAT
CTTCTGATGCGACTAAGAAGGACGAACTCTCTGTTAAGATTCCTCAAGTTGATCAATTAA
GACCTGAGGGTTTGAGATTCGACCGTTTGCAGCCTCCCGAGCCTGAGCAAGATCGATTGG
ATTTTGGTAAATTCGTAGCACGAGAAGCAATTCTTGATGAAGAATACTGGACAGCAGCGT
GGCTACGTGCAGAGAGTCACTGGGAAGATCGTGACAATGAAAGGTATGTTGACAACTTCA
AAAGGAAATTTGCAGATCAGGAGTTCAATGCAATAAAAAGAAGATGCAATGGGCTCCAGA
GCCAGAAATGTTCCTGTATCGTTGCGGTAAAGAAGGAAGAGAAGCACATTAAACGTTCTG
TAATCAAAAGTGTGGTTGGGACGCTTGATTTGAACATTCGTTTTTTCTTGCAAGGAGAGA
CCTTTCCTGG

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3EC64TF 635 0 0
G
GAGCTGCTTAGAATCACGCACAATCGCTCGCGAATTTCTCGGCAGCGATATAGGAGAACT
ATTCCACCATGGCGGATGATGATCAGTTCGAGATCTTCTGATGCGACTAAGAAGGACGAA
CTCTCTGTTAAGATTCCTCAAGTTGATCAATTAAGACCTGAGGGTTTGAGATTCGACCGT
TTGCAGCCTCCCGAGCCTGAGCAAGATCGATTGGATTTTGGTAAATTCGTAGCACGAGAA
GCAATTCTTGATGAAGAATACTGGACAGCAGCGTGGCTACGTGCAGAGAGTCACTGGGAA
GATCGTGACAATGAAAGGTATGTTGACAACTTCAAAAGGAAATTTGCAGATCAGGAGTTC
AATGCAATAAAAAGAAGATGCAATGGGCTCCAGAGCCTGAAATGTTCCTGTATCGTTGCG
GTAAAGAAGGAAGAGAAGCACATTAAACGTTCTGTAATCAAAAGTGTGGTTGGGACGCTT
GATTTGAACATTCGTTTTTTCTTGCAAGGAGAGACCTTTCCTGGGGAAAATGTGAAGTCT
CAATTGTTTTGCACCATTAACCGGGAAGGTTCAAATAGGTATGGTTATATTGCTAATCTA
TGTGTTGCCAAATCAGCACGCCGCCAGGGTATTG

QA 2 635 2 635
DS 

RD RR3EC64JQ 768 0 0
GATGAAGAATACTGGACAGCAGCGTGGCTACGTGCAGAGAGTCACTGGGAAGATCGTGAC
AATGAAAGGTATGTTGACAACTTCAAAAGGAAATTTGCAGATCAGGAGTTCAATGCAATA
AAAAGAAGATGCAATGGGCTCCAGAGCCTGAAATGTTCCTGTATCGTTGCGGTAAAGAAG
GAAGAGAAGCACATTAAACGTTCTGTAATCAAAAGTGTGGTTGGGACGCTTGATTTGAAC
ATTCGTTTTTTCTTGCAAGGAGAGACCTTTCCTGGGGAAAATGTGAAGTCTCAATTGTTT
TGCACCATTAACCGGGAAGGTTCAAATAGGTATGGTTATATTGCTAATCTATGTGTTGCC
AAATCAGCACGCCGCCAGGGTATTGCTTGCAACATGTTACGTTTCGCTGTCGAATCAGCC
AGATTGAGTGGAGTTGAGCAAGTATATGTTCATGTACATAGAAACAATTTAGTTGCTCAA
GAACTATACCAGAAGACTGGTTTCGAGGTCGTTGAAATGGGACAGTTTGAATCATCAGAT
GATACATACTTGCTCCAGTACACAAGATGACTCACAAGAAACGATGCGTGTTGTCTCTTT
TCCCTTTCTTTACTTTTTATTTCGGAGAATGGGATAATAGAACCAAAACGTAGAAAATTG
AGTATTAATACGTTTTGTATCATGTAATGTCTAAAAATGGAATGTGTGTAGTAACTCAAA
ATTTCATGTACGATTGTTGTGGATAAATTTACATTAAGCTTCGGATCG

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 3

CO CL3940Contig1 692 3 3 U
GGGTCTCTCGAAGAAAATAACAAACTTAAGAAGGAGAGCGAGCGTACCCTAGTTTCCTTG
ACGATGCCGCCGATTCTGAGATCCGTCAATTTCGCGCAGGTAACTCGCGGGGGGAGATCC
GTTGCCCGCAATTTCTCTTCGTACCGCAGAAGAAGAAGAATAAGCTATGAAGAGTCTAAG
GGACGAGGAATAAGAATAGGAAATGTCATAACTGGAGGTGCAGGAGCCACTCTGGGTTGT
TACTTTGGTTATTTGCTCACTGGAGACTGGATACAAGATCTCGAGAAGAAACGACAAGAG
GCTATGAGGAATGCTTTGGGTCACTCTGCAAAAATTGAAGATTTAACGGAGAAGATGTGG
TCTGATGTTAAGTTGATAAAGATGTTTTCTGATCTCGAGAAGAAGATGCTGTCTCAACTT
AGTGGTTTAAGTTTCGAAAGGATGTGGTCTGATCTGATGGAGAAGATTGGTTCCGGTCGA
TCACCCTAATTATTGTCAAGCTTGTCTTTGTGGAGTAGCAGTCAATCTTAATAAATTATT
ATGTAGACGTCTGTGCTTTTTGTTTAAATGTATGGTGTGAGCATCTTATCTTATTGTAGG
AAAACGTGTTAGCTTAAATGTGAACAAACATGGAAGCCTAGCTTATGCTTCTTTTGATAT
TTAACATAAGATTTTAATGATTTACACACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D870TF U 1
AF RR3D870JQ C 63
AF RR3GW02TF U 463
BS 1 598 RR3D870TF
BS 599 599 RR3GW02TF
BS 600 692 RR3D870TF

RD RR3D870TF 692 0 0
GGGTCTCTCGAAGAAAATAACAAACTTAAGAAGGAGAGCGAGCGTACCCTAGTTTCCTTG
ACGATGCCGCCGATTCTGAGATCCGTCAATTTCGCGCAGGTAACTCGCGGGGGGAGATCC
GTTGCCCGCAATTTCTCTTCGTACCGCAGAAGAAGAAGAATAAGCTATGAAGAGTCTAAG
GGACGAGGAATAAGAATAGGAAATGTCATAACTGGAGGTGCAGGAGCCACTCTGGGTTGT
TACTTTGGTTATTTGCTCACTGGAGACTGGATACAAGATCTCGAGAAGAAACGACAAGAG
GCTATGAGGAATGCTTTGGGTCACTCTGCAAAAATTGAAGATTTAACGGAGAAGATGTGG
TCTGATGTTAAGTTGATAAAGATGTTTTCTGATCTCGAGAAGAAGATGCTGTCTCAACTT
AGTGGTTTAAGTTTCGAAAGGATGTGGTCTGATCTGATGGAGAAGATTGGTTCCGGTCGA
TCACCCTAATTATTGTCAAGCTTGTCTTTGTGGAGTAGCAGTCAATCTTAATAAATTATT
ATGTAGACGTCTGTGCTTTTTGTTTAAATGTATGGTGTGAGCATCTTATCTTATTGTACG
AAAACGTGTTAGCTTAAATGTGAACAAACATGGAAGCCTAGCTTATGCTTCTTTTGATAT
TTAACATAAGATTTTAATGATTTACACACTCC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3D870JQ 630 0 0
GATGCCGCCGATTCTGAGATCCGTCAATTTCGCGCAGGTAACTCGCGGGGGGAGATCCGT
TGCCCGCAATTTCTCTTCGTACCGCAGAAGAAGAAGAATAAGCTATGAAGAGTCTAAGGG
ACGAGGAATAAGAATAGGAAATGTCATAACTGGAGGTGCAGGAGCCACTCTGGGTTGTTA
CTTTGGTTATTTGCTCACTGGAGACTGGATACAAGATCTCGAGAAGAAACGACAAGAGGC
TATGAGGAATGCTTTGGGTCACTCTGCAAAAATTGAAGATTTAACGGAGAAGATGTGGTC
TGATGTTAAGTTGATAAAGATGTTTTCTGATCTCGAGAAGAAGATGCTGTCTCAACTTAG
TGGTTTAAGTTTCGAAAGGATGTGGTCTGATCTGATGGAGAAGATTGGTTCCGGTCGATC
ACCCTAATTATTGTCAAGCTTGTCTTTGTGGAGTAGCAGTCAATCTTAATAAATTATTAT
GTAGACGTCTGTGCTTTTTGTTTAAATGTATGGTGTGAGCATCTTATCTTATTGTAGGAA
AACGTGTTAGCTTAAATGTGAACAAACATGGAAGCCTAGCTTATGCTTCTTTTGATATTT
AACATAAGATTTTAATGATTTACACACTCC

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3GW02TF 200 0 0
G
AGATTGGTTCCGGTCGATCACCCTAATTATTGTCAAGCTTGTCTTTGTGGAGTAGCAGTC
AATCTTAATAAATTATTATGTAAACGTCTGTGCTTTTTGTTTAAATGTATGGTGTGAGCA
TCTTATCTTATTGTAGGAAAACGTGTTAGCTTAAATGTGAACAAACATGGAAGCCTAGCT
TATGCTTCTTTTGATATTT

QA 2 200 2 200
DS 



AS 1 3

CO CL3941Contig1 1038 3 5 U
ATAGAAGCTCATCTCTATTTCCGTCAGTTGTTTATTTTCATTTTTTGTATTAAATCACAA
ATGGAAATAGCTTTAAATATGAATGGCTGCAAAGAAGAGTTCATGCAAGCTCTTGAACCG
TTCATGAAGGTAACTTCATCTTCTTCTTTTCCATCTTCATCAAAACAAGAACCATTAACT
CCCAATAACCAAACGGGTCCAATTGGGCTAAACCAGCTCACTCCCACTCAAATCCTCCAA
ATTCAAAGAGAGTTACATCTCAGACAAAACCAAGCTCGCCGTCGCGGTAGTGCACATAAC
CTCCATCTTCTCAACGCAAAACCAACCCTAATGAAGAAAACCGACGTAAGTAAACCGGTT
AAGCTATACCGCTGTGTAAGACAACGACATTGGGACAAATGGGTTGCTGAGATACGGTTG
CCTAAAACCAGAACCCGGTTGTGGCTCGGTACGTTTGAAACCGAGGAAGAAGCTGCATTA
GCTTACGATCAAGCTGCTCGTAGGATAAGAGGAGAAAACGCTCGTCTCAATTTCCCAAAC
AATGGAGAATACAAGCAGACCTTGTCTCCTACTGTCAACGCTAAGATCGAATCCATCTTC
AATACCTCAGATCTTCCCCTGCATGAGCTCAAGAAACCGGCCAAAACAGAGGAAGAGTTC
CTTGGTTTTCATTATACAGGTCCTACACCAGATCGAGAGCGTGAATTTTCGGATATGTTC
GGATACGGGTTTGGTTCTTCTCTAGAGTCGGATATAACGTTGTTGGATTTGTCAAGCGAA
TGGGTAAAGGAAGATGAGAGCTTTTGCATGGGTTTGCAGAAGTATCCTTCTTTTGAGATT
GATTGGGACGCTATAGATAAACTATCTGGATCCGTATAAGCCTTCAAAACTCATTCGTTT
ATAATTGTTTTAGAAGTTTATATGTTTTGGGCTTTGTAATATAGAACTTCTTGATGCAGA
GGACCAATGAACTTAACTCTGTTTATGCTTTCATTTGTAACATCATTTATTTTAATGGGC
CATGTTTATTGGAATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AG47TF U 1
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CCCAATAACCAAACGGGTCCAATTGGGCTAAACCAGCTCACTCCCACTCAAATCCTCCAA
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AATACCTCAGATCTTCCCCTGCATGAGCTCAAGAAACCGGCCAAAACA

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AAACAAGAACCATTAACTCCCAATAACCAAACGGGTCCAATTGGGCTAAACCAGCTCACT
CCCACTCAAATCCTCCAAATTCAAAGAGAGTTACATCTCAGACAAAACCAAGCTCGCCGT
CGCGGTAGTGCACATAACCTCCATCTTCTCAACGCAAAACCAACCCTAATGAAGAAAACC
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GTTGCTGAGATACGGTTGCCTAAAACCAGAACCCGGTTGTGGCTCGGTACTTTTGAAACC
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CGTCTCAATTTCCCAAACAATGGAGAATACAAGCAGACCTTGTCTCCTACTGTCAACGCT
AAGATCGAATCCATCTTCAATACCTCAGATCTTCCCCTGCATGAGCTCAAGAAACCGGCC
AAAACAGAGGAAGAGTTCCTTGGTTTTCATT**ACAGGTCCTACACCAGATCGAGAGCGT
GAATTTTCGGATATGTTCGGATACGGGTTTGGTTCTTCTCTAGAGTCGGATATAACGTTG
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TATCCTTCTTTTGAGATTGATTGGGACGCTATAGATAAACTATC

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CAAATGGGTTGCTGAGATACGGTTGCCTAAAACCAGAACCCGGTTGTGGCTCGGTACGTT
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AAACGCTCGTCTCAATTTCCCAAACAATGGAGAATACAAGCAGACCTTGTCTCCTACTGT
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ACCGGCCAAAACAGAGGAAGAGTTCTTTGGTTTTCATTATACGGGTCCTACACCAGATCG
AGAGCGTGAATTTTCGGATATGTTCGGATACGGGTTTGGTTCTTCTCTAGAGTCGGATAT
AACGTTGTTGGATTTGTCAAGCGAATGGGTAAAGGAAGATGAGAGCTTTTGCATGGGTTT
GCAGAAGTATCCTTCTTTTGAGATTGATTGGGACGCTATAGATAAACTATCTGGATCCGT
ATAAGCCTTCAAAACTCATTCGTTTATAATTGTTTTAGAAGTTTATATGTTTTGGGCTTT
GTAATATAGAACTTCTTGATGCAGAGGACCAATGAACTTAACTCTGTTTATGCTTTCATT
TGTAACATCATTTATTTTAATGGGCCATGTTTATTGGAATACC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 3

CO CL3942Contig1 948 3 15 U
GGATCCTCTGTCGATGGCTCGTTTCGTCAGATGTCTGAGGAGAACCGTCTTCTCCAATTC
GTCCCCTTCGATTGCGTACCGGAACCCTAAAATCGGTTTATCCACGAATCAAAATGGAAA
CTTTTTGATCAGCTCTGGGAGATGTCTAAGCTCGGCGGGGAGTTACGTCTCAGAAATGCA
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CAATCACTCGCCTCCTCTTCAGTCTCCTAGCAGTTATGGTCCATTCGCTGTGGAGGAAAG
GCCTGGAGAGCAGTGGATTAGCTTGAAGAGGAAGTACGGGGAGAAAGAAGACATTAAAGT
TGAGGCAACCATGTTTGATAGATCAGTTCCGTCCTCAAAATCCACCAGCACTGAACCTGA
CTATATTCTTCACATCACTTTCCTTGTCAACATCTCTAAGGGCGTTCCTGGTGAATCCTT
GGAGATCGTGTGTTCCGCTTGGCCAGATAACATTGAGATATCCAAGCTCTGCATTCGTAA
AGGCACCAACAGCTCGCCGTCTTCCTACGCTGGACCAGAGTTTGAGGAATTAGATGATGA
GCTTCAAGACGCTCTTTATCAGTTTTTAGAGGAGAGGGGTATAAGCGACGAGCTTGCTGT
TTTCTTGCATCGTTATATGAAGAACAAAAGTAAATTCGAGTACGTTAGATGGATGGAAAG
CGTTAAATCTTATGTCGAGCAGAATTAGAATTTAGACATTGGTCTCTTTGGCTTTCCACT
CCTTGGTTCCTCATAAATGCAGTGTGTATGCGAGTACATAACTCTCTTTGATTTGGATAT
GCTCCAAATAACAAGTTCAGTTGCCATTTTTTTTATTTGTTGCTTGGGTTCTTAGTTTAC
AGGTTTGTGTAAAAACTACTCCTCTGATGCATAATACAAGACCGTTTC


BQ
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C375TF U 1
AF RR3A156TF U 11
AF RR3A156JQ C 82
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BS 506 506 RR3A156TF
BS 507 578 RR3C375TF
BS 579 579 RR3A156TF
BS 580 691 RR3C375TF
BS 692 789 RR3A156TF
BS 790 790 RR3A156JQ
BS 791 844 RR3A156TF
BS 845 948 RR3A156JQ

RD RR3C375TF 691 0 0
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GTCCCCTTCGATTGCGTACCGGAACCCTAAAATCGGTTTATCCACGAATCAAAATGGAAA
CTTTTTGATCAGCTCTGGGAGATGTCTAAGCTCGGCGGGGAGTTACGTCTCAGAAATGCA
GAAATCAGCTTTCCAAGGAAACATCTGCCGTCTAATCCGTAATGAGATCGATTACGAACT
CAATCACTCGCCTCCTCTTCAGTCTCCTAGCAGTTATGGTCCATTCGCTGTGGAGGAAAG
GCCTGGAGAGCAGTGGATTAGCTTGAAGAGGAAGTATGGGG*GAAAGAAGACATTAAAGT
TGAGGCAACCATGTTTGATAGATCAGTTCCGTCCTCAAAATCCACCAGCACTGAACCTGA
CTATATTCTTCACATCACTTTCCTTGTCAACATCTCTAAGGGCGTTCCCGGTGAATCCTT
GGAGATCGTGTGTTCCGCTTGGCCATATAACATTGAGATATCCAAGCTCTGCATTCGTAA
AGGCACCAACAGCTCGCCGTCTTCCTACGCTGGACCAGGGTTTGAGGAATTAGATGATGA
GCTTCAAGACGCTCTTTATCAGTTTTTAGAGGAGAGGGGTATAAGCGACGAGCTTGCTGT
TTTCTTGCATCGTTATATGAAGAACAAAAGT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3A156TF 838 0 0
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ATTGCGTACCGGAACCCTAAAATCGGTTTATCCACGAATCAAAATGGAAACTTTTTGATC
AGCTCTGGGAGATGTCTAAGCTCGGCGGGGAGTTACGTCTCAGAAATGCAGAAATCAGCT
TTCCAAGGAAACATCTGCCGTCTAATCCGTAATGAGATCGATTACGAACTCAATCACTCG
CCTCCTCTTCAGTCTCCTAGCAGTTATGGTCCATTCGCTGTGGAGGAAAGGCCTGGAGAG
CAGTGGATTAGCTTGAAGAGGAAGTACGGGGAGAAAGAAGACATTAAAGTTGAGGCAACC
ATGTTTGATAGATCAGTTCCGTCCTCAAAATCCACCAGCACTGAACCTGACTATATTCTT
CACATCACTTTCCTTGTCAACATCTCTAAGGGCGTTCCTGGTGAATCCTTGGAGATCGTG
TGTTCCGCTTGGCCAGATAACATTGAGATATCCAAGCTCTGCATTCGTAAAGGCACCAAC
AGCTCGCCGTCTTCCTACGCTGGACCAGAGTTTGAGGAATTAGATGATGAGCTTCAAGAC
GCTCTTTATCAGTTTTTAGAGGAGAGGGGTATAAGCGACGAGCTTGCTGTTTTCTTGCAT
CGTTATATGAAGAACAAAAGTAAATTCGAGTACGTTAGATGGATGGAAAGCGTTAAATCT
TATGTCGAGCAGAATTAGAATTTAGACATTGGTCTCTTTGGCTTTCCACTCCTTGGTTC*
TCATAAATGCAGTGTGTATGCGAGTACATAACTCTCTTTGATTTGGATATGCTC
AATA

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR3A156JQ 867 0 0
GG
ACCCTAAAATCGGTTTATCCACGAATCAAAATGGAAACTTTTTGATCAGCTCTGGGAGAT
GTCTAAGCTCGGCGGGGAGTTACGTCTCAGAAATGCAGAAATCAGCTTTCCAAGGAAACA
TCTGCCGTCTAATCCGTAATGAGATCGATTACGAACTCAATCACTCGCCTCCTCTTCAGT
CTCCTAGCAGTTATGGTCCATTCGCTGTGGAGGAAAGGCCTGGAGAGCAGTGGATTAGCT
TGAAGAGGAAGTACGGGGAGAAAGAAGACATTAAAGTTGAGGCAACCATGTTTGATAGAT
CAGTTCCGTCCTCAAAATCCACCAGCACTGAACCTGACTATATTCTTCACATCACTTTCC
TTGTCAACATCTCTAAGGGCGTTCCTGGTGAATCCTTGGAGATCGTGTGTTCCGCTTGGC
CAGATAACATTGAGATATCCAAGCTCTGCATTCGTAAAGGCACCAACAGCTCGCCGTCTT
CCTACGCTGGACCAGAGTTTGAGGAATTAGATGATGAGCTTCAAGACGCTCTTTATCAGT
TTTTAGAGGAGAGGGGTATAAGCGACGAGCTTGCTGTTTTCTTGCATCGTTATATGAAGA
ACAAAAGTAAATTCGAGTACGTTAGATGGATGGAAAGCGTTAAATCTTATGTCGAGCAGA
ATTAGAATTTAGACATTGGTCTCTTTGGCTTTCCACTCCTTGGTTCCTCATAAATGCAGT
GTGTATGCGAGTACATAACTCTCTTTGATTTGGATATGCTCCAAATAACAAGTTCAGTTG
CCATTTTTTTTATTTGTTGCTTGGGTTCTTAGTTTACAGGTTTGTGTAAAAACTACTCCT
CTGATGCATAATACAAGACCGTTTC

QA 3 867 3 867
DS 



AS 1 3

CO CL3943Contig1 1118 3 7 U
GGACTACAAACGAATCGTTTAAGCCAAAACGTTAGATAATAATAGTAGTAATACATCTAT
TGCCAAATTGTCATGTGATAGATATACACAAAAATGGAAGTCATAGTGTTTTTCTCCTTT
GAAAATAAAATAAATAAAAATACGAATAGGCATGGGGGGAACTTGAGGGTTGTGTCGTTT
TTCTTCTTACATAAAACAGAAAATGTTTGTTTTTGTCTCAATCATCGATCTCTTGAACCC
ATGCTAAATCTTGTAAGACAGTTTCTACAGCTGCATTAGGGATAGAGAGGCCCACTATTC
GCTGATTATCCGTCGTCGTCTATATGCGTATCACTCTAATCCTCTTGTGGCTTTGACGGG
CTTGTTTGGAAAGAGCTTTCTCAATGGTTCCCCAGATGGGAAGAATAAGGCCACCCACAA
CATTTACTTCCTGTATTTCTTCTTCCTACTGTGCAATACTCTCCCAGCTTACACTTCGGT
CCGTGCATACACTGTTTAGAAGAAACTTAGTACTCGTCTTCCCAACCGTTACGAGCCTTC
TCCAGGGATGAGAGTTTTCGGTACTTAGTTTTCAACTCTGAAAGGGACATCTCTCTGATC
GACTCTCCTACCGCAGGACGGACGGTCTTAAACAACCCTGAGGCCGTACTCTCAAATGCT
AATATGAAGTGCCGTCTTCCTAACCATTCCCTTTTAGATTCGTAAAAGCCATCACTAGCC
GAGCCAAGCCCATCCCTTCTCTTCCCCTCTAGCATTGAACTTGTAGACTCCCATGTAATA
CCACGATCTAGAGTGAAAGTAAAGAGCATAGTGGATGCACCAGACATTTGATCGACATGG
ACGGTCTTTGGAGTGGTCAGCAGTTCAACGCTATTAGCTTTCATATCCACGATTCCCGAA
TCAAAAGTTCCTTCAATTCGAGCATTATGTACAAGCACATCTAATATACTCGTAAACAAT
TCAAACAGCCTGTTCTGAATATCAGGTGGCAATCCCAAGAGGCGATTCAAAAACCGTCCA
ACATCATGCATGTCAGAATCAATAATACGTCCTGATAACTTTCCAGTGTCTTTCCCATTA
GCCAACACACTGTCCCTAACTATTCCTACCGCGATAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN43JQ U 1
AF RR3FI71JQ U 13
AF RR3GN43TF C 448
BS 1 194 RR3GN43JQ
BS 195 195 RR3FI71JQ
BS 196 437 RR3GN43JQ
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BS 439 621 RR3GN43JQ
BS 622 730 RR3FI71JQ
BS 731 1118 RR3GN43TF

RD RR3GN43JQ 621 0 0
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TGCCAAATTGTCATGTGATAGATATACACAAAAATGGAAGTCATAGTGTTTTTCTCCTTT
GAAAATAAAATAAATAAAAATACGAATAGGCATGGGGGGAACTTGAGGGTTGTGTCGTTT
TTCTTCTTACATAAGACAGAAAATGTTTGTTTTTGTCTCAATCATCGATCTCTTGAACCC
ATGCTAAATCTTGTAAGACAGTTTCTACAGCTGCATTAGGGATAGAGAGGCCCACTATTC
GCTGATTATCCGTCGTCGTCTATATGCGTATCACTCTAATCCTCTTGTGGCTTTGACGGG
CTTGTTTGGAAAGAGCTTTCTCAATGGTTCCCCAGATGGGAAGAATAAGGCCACCCACAA
CATTTACTTCCTGTATT*CTTCTTCCTACTGTGCAATACTCTCCCAGCTTACACTTCGGT
CCGTGCATACACTGTTTAGAAGAAACTTAGTACTCGTCTTCCCAACCGTTACGAGCCTTC
TCCAGGGATGAGAGTTTTCGGTACTTAGTTTTCAACTCTGAAAGGGACATCTCTCTGATC
GACTCTCCTACCGCAGGACGG

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3FI71JQ 718 0 0
AATCGTTTAAGCCAAAACGTTAGATAATAATAGTAGTAATACATCTATTGCCAAATTGTC
ATGTGATAGATATACACAAAAATGGAAGTCATAGTGTTTTTCTCCTTTGAAAATAAAATA
AATAAAAATACGAATAGGCATGGGGGGAACTTGAGGGTTGTGTCGTTTTTCTTCTTACAT
AAAACAGAAAATGTTTGTTTTTGTCTCAATCGTCGATCTCTTGAACCCATGCTAAATCTT
GTAAGACAGTTTCTACAGCTGCATTAGGGATAGAGAGGCCCACTATTCGCTGATTATCCG
TCGTCGTCTCTATGCGTATCACTCTAATCCTCTTGTGGCTTTGACGGGCTTGTTTGGAAA
GGGCTTTTTCAATGGTTCCCCAGATGGGAAGAATAAGGCCACCCACAACATTTACTTCCT
GTATTTCTTCTTCCTACTGTGCAATACTCTCCCAGCTTACACTTCGGTCCGTGCATACAC
TGTTTAGAAAAAACTTCGTACTCGTCTTCCCAACCGTTACGAGCCTTCTCCAGGGATGAA
AGTTTTCGGTACTTAGTTTTCAACTCTGAAAGAGACATCTCTCTGATCGACTCTCCTACC
GCAGGACGGACGGTCTTAAACAACCCTGAGGCCGTACTCTCAAATGCTAATATGAAGTGC
CGTCTTCCTAACCATTCCCTTTTAGATTCGTAAAAGCCATCACTAGCCGAGCCAAGCC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3GN43TF 671 0 0
ACTGTGCAATACTCTCCCAGCTTACACTTCGGTCCGTGCATACACTGTTTAGAAGAAACT
TAGTACTCGTCTTCCCAACCGTTACGAGCCTTCTCCAGGGATGAGAGTTTTCGGTACTTA
GTTTTCAACTCTGAAAGGGACATCTCTCTGATCGACTCTCCTACCGCAGGACGGACGGTC
TTAAACAACCCTGAGGCCGTACTCTCAAATGCTAATATGAAGTGCCGTCTTCCTAACCAT
TCCCTTTTAGATTCGTAAAAGCCATCACTAGCCGAGCCAAGCCCATCCCTTCTCTTCCCC
TCTAGCATTGAACTTGTAGACTCCCATGTAATACCACGATCTAGAGTGAAAGTAAAGAGC
ATAGTGGATGCACCAGACATTTGATCGACATGGACGGTCTTTGGAGTGGTCAGCAGTTCA
ACGCTATTAGCTTTCATATCCACGATTCCCGAATCAAAAGTTCCTTCAATTCGAGCATTA
TGTACAAGCACATCTAATATACTCGTAAACAATTCAAACAGCCTGTTCTGAATATCAGGT
GGCAATCCCAAGAGGCGATTCAAAAACCGTCCAACATCATGCATGTCAGAATCAATAATA
CGTCCTGATAACTTTCCAGTGTCTTTCCCATTAGCCAACACACTGTCCCTAACTATTCCT
ACCGCGATAAG

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

CO CL3944Contig1 1209 2 2 U
GATCAGTCGCTCTCTTTCTCTCTCCATGGAAGCTACTGAGTTATGATCTGATCTGACTGT
CTTTTAACTGTGATGTTCTGCTGAGAAACAAAGCATCTCTAAACTAATTAATGGCTGATC
AACTTCCATCTCCAACACCTAACACCTATTACCCATCTGTCTTCTTTAGCTCTCCAAAGT
TTAGGTTTTTCTCTTCTAAGATCACTCATGTTGACTCCATCATCAGCCCTACTTCCACCC
TCGAAGCCAACCACCCATTCGTTTTCTTCTCCTCCTCCAAAATCCCTAAACCCCAAAGGT
TTCTTCACCCACCTGAAGCCTTTGGCCTCGCCGATCTCGTCAAAAACAGAGACCGCTCCA
GCAAACCTACCAACATGATGGTTCTTTTCGGGTCAAAGCTCAGAGTCCAGATAACTTCAG
CTGATTTTGGTACTGAATCCGCTGCTGCTTGCACCAGCCAGCCCAGGCCTTGTCTCAAAA
CAAAGGTCTTAACAGTGAGCGAGGTTGACCAGACGACGGAGGACTACACTCGCGTCATAT
CTCACGGTCCAAACCCAACCATCACCCATATCTTCGATAACTCTGTTTTCGTGGAGGCGA
CTCCTCCTTCCTCTGTTCCTTTGCCACAAGTACCCACGGAGACCAAGAATAATTTCTTTA
GTTATTGCTACACTTGCAACAAGAATCTTGACCAAAAACATGACATCTACATTTACAGGT
CGGTCCTTAGGTCTCTATAGATATACATACTTTCTCTTTCAATCTGAGTTGCCCTTCCAA
AACTAAAAGTTTTAAGTAATGGGGCGTGCTTGTTTGCAGAGGAGAAAAAGGGTTTTGCAG
CAGCGAGTGCAGGTACCAGGAGATGCTTCTTGATCAGATCGATGGCTAGCACCACCACCA
TTTCTCTCCATTATTCTCTGATTTTTTTCCCTTTTTTCATTTTTGTCACAATAAAATCTA
CTATTTGTTGTGTTTTTATTTTTTTTAATTTTAGTTCTCTTCTTCTTCTTCTTTTTTTTC
TTGGTATTTTGTTATAATAACCTTTCTAGCCAGCAGATGTATTAAAGATAGATAGAGATA
GTTGTGATCATTTTTCTTGTGACTTTTGATATGAGGGTGAATTGGAGAGATGATAAATAT
CATAAATCTGCAGAATGTATGGTCTGAACAATCTTCCCCAATAATAACATAAAAAGGGTT
GGCAAGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ68TF U 1
AF RR3CZ68JQ C 388
BS 1 697 RR3CZ68TF
BS 698 1209 RR3CZ68JQ

RD RR3CZ68TF 700 0 0
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CTTTTAACTGTGATGTTCTGCTGAGAAACAAAGCATCTCTAAACTAATTAATGGCTGATC
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TTAGGTTTTTCTCTTCTAAGATCACTCATGTTGACTCCATCATCAGCCCTACTTCCACCC
TCGAAGCCAACCACCCATTCGTTTTCTTCTCCTCCTCCAAAATCCCTAAACCCCAAAGGT
TTCTTCACCCACCTGAAGCCTTTGGCCTCGCCGATCTCGTCAAAAACAGAGACCGCTCCA
GCAAACCTACCAACATGATGGTTCTTTTCGGGTCAAAGCTCAGAGTCCAGATAACTTCAG
CTGATTTTGGTACTGAATCCGCTGCTGCTTGCACCAGCCAGCCCAGGCCTTGTCTCAAAA
CAAAGGTCTTAACAGTGAGCGAGGTTGACCAGACGACGGAGGACTACACTCGCGTCATAT
CTCACGGTCCAAACCCAACCATCACCCATATCTTCGATAACTCTGTTTTCGTGGAGGCGA
CTCCTCCTTCCTCTGTTCCTTTGCCACAAGTACCCACGGAGACCAAGAATAATTTCTTTA
GTTATTGCTACACTTGCAACAAGAATCTTGACCAAAA
CAT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3CZ68JQ 822 0 0
TTC
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GCACCAGCCAGCCCAGGCCTTGTCTCAAAACAAAGGTCTTAACAGTGAGCGAGGTTGACC
AGACGACGGAGGACTACACTCGCGTCATATCTCACGGTCCAAACCCAACCATCACCCATA
TCTTCGATAACTCTGTTTTCGTGGAGGCGACTCCTCCTTCCTCTGTTCCTTTGCCACAAG
TACCCACGGAGACCAAGAATAATTTCTTTAGTTATTGCTACACTTGCAACAAGAATCTTG
ACCAAAAACATGACATCTACATTTACAGGTCGGTCCTTAGGTCTCTATAGATATACATAC
TTTCTCTTTCAATCTGAGTTGCCCTTCCAAAACTAAAAGTTTTAAGTAATGGGGCGTGCT
TGTTTGCAGAGGAGAAAAAGGGTTTTGCAGCAGCGAGTGCAGGTACCAGGAGATGCTTCT
TGATCAGATCGATGGCTAGCACCACCACCATTTCTCTCCATTATTCTCTGATTTTTTTCC
CTTTTTTCATTTTTGTCACAATAAAATCTACTATTTGTTGTGTTTTTATTTTTTTTAATT
TTAGTTCTCTTCTTCTTCTTCTTTTTTTTCTTGGTATTTTGTTATAATAACCTTTCTAGC
CAGCAGATGTATTAAAGATAGATAGAGATAGTTGTGATCATTTTTCTTGTGACTTTTGAT
ATGAGGGTGAATTGGAGAGATGATAAATATCATAAATCTGCAGAATGTATGGTCTGAACA
ATCTTCCCCAATAATAACATAAAAAGGGTTGGCAAGCTG

QA 4 822 4 822
DS 



AS 1 3

CO CL3945Contig1 831 3 6 U
AAAGCAATTAGGAGCATTAGCATTAACATCAAGCAAACCATACAAAATATAGATACCAAA
ATCCCATATAAAAACAATAATACAATCCACAAGATAACATGTGGCACTATATCCTTTTCA
CTGATCTCCACAATACTATCAGTTTTATTATACTCGCAATCTGGAGAAAAATGATACATA
GAACATACTCTTAGCGCAGATTTCATTCAAACCGAAGGAGCATCGCGTAAGGCATTGTTG
AACTCGTCCCTTCCCTTTCCTTGAGGATTCCTTTTCCATTCCATGATTTCTTTGAACGTC
TTCATGAATTCCTTCATGTGTAGGCGTCTCCATTCCTCAAAATCCCATTCTCCTCCGATA
TCAGGATCATCTTTATTGATCCATATATATGTTTTCACAGTCATCTTCTCAGAATTGTCC
TCTCGTACGACACCAACTGTCACTCTCTCATATTCGTTACCCTCAACAGTATCTAAATTC
TCAAGTTCTTCATCTGTTAATCCCATTAGTAACTTTCCATGAACTTCTCCATCTTCAGAC
GGTATAACACATGGATACTGACGTCCTTTAAGCCTAAACCTCTTACTGAATTTTAAAAAG
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AAGACAATACGTACAAGCCAGGGAGTGTTACAGAGATGATTTCAGGAGTACGATCAAGCA
TGACCTTGACGACCTCAGGCTCCTGAAAGCTACCATAGACGAAAACATTGTGAAGCTGCG
CACCGGAGCCACTCATTTTTCTTTTTTTTTCCTCAGTTTTTTTTCTCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FU88JQ U 49
AF RR3CO36JQ U 1
AF RR3CO36TF C 117
BS 1 71 RR3CO36JQ
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RD RR3FU88JQ 485 0 0
AA
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ATCCTTTTCACTGATCTCCACAATACTATCAGTTTTATTATACTCCCAATCTGGAAAAAA
ATGATACATAAAACATACTCTTAGCACAAATTTCATTCAAACCGAAGGAGCATCCCGTAA
GGGATTGTTGAACTCGTCCCTTCCCTTTCCTTGAGGATTCCTTTTCCATTCCATGATTTC
TTTGAACGTCTTCATGAATTCATTCATGTGTAGGCGTCTCCATTCCTCAAAATCCCATTC
TCCTCCGATATCAGGATCACCTTTATTGATCCATATATATGTTTTCACAGTCATCTTCTC
AAAATTGTCCTCTCGTACGACACCAACTGTCACTCTCTCATATTCATTACCCTCAACAGT
ATCTAAATTCTCAAGTTATTCATCTGTTAATCCCATTAGTAACTTTCCATGAACTTCTCC
ATC

QA 3 485 3 485
DS 

RD RR3CO36JQ 729 0 0
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ATCCCATATAAGAACAATAATACAATCCACGAGATAACATGTGGCACTATATCCTTTTCA
CTGATCTCCACAATACTATCAGTTTTATTATACTCGCAATCTGGAGAAAAATGATACATA
GAACATACTCTTAGCGCAGATTTCATTCAAACCGAAGGAGCATCGCGTAAGGCATTGTTG
AACTCGTCCCTTCCCTTTCCTTGAGGATTCCTTTTCCATTCCATGATTTCTTTGAACGTC
TTCATGAATTCCTTCATGTGTAGGCGTCTCCATTCCTCAAAATCCCATTCTCCTCCGATA
TCAGGATCATCTTTATTGATCCATATATATGTTTTCACAGTCATCTTCTCAGAATTGTCC
TCTCGTACGACACCAACTGTCACTCTCTCATATTCGTTACCCTCAACAGTATCTAAATTC
TCAAGTTCTTCATCTGTTAATCCCATTAGTAACTTTCCATGAACTTCTCCATCTTCAGAC
GGTATAACACATGGATACTGACGTCCTTTAAGCCTAAACCTCTTACTGAATTTTAAAAAG
GTATCCAAATCACCATCAAGTCTTAGATCTATACACAGAGAAAAAATTAATACAGATATA
AAGACAATACGTACAAGCCAGGGAGTGTTACAGAGATGATTTCAGGAGTACGATCAAGCA
TGACCTTGA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3CO36TF 715 0 0
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CATAGAACATACTCTTAGCGCAGATTTCATTCAAACCGAAGGAGCATCGCGTAAGGCATT
GTTGAACTCGTCCCTTCCCTTTCCTTGAGGATTCCTTTTCCATTCCATGATTTCTTTGAA
CGTCTTCATGAATTCCTTCATGTGTAGGCGTCTCCATTCCTCAAAATCCCATTCTCCTCC
GATATCAGGATCATCTTTATTGATCCATATATATGTTTTCACAGTCATCTTCTCAGAATT
GTCCTCTCGTACGACACCAACTGTCACTCTCTCATATTCGTTACCCTCAACAGTATCTAA
ATTCTCAAGTTCTTCATCTGTTAATCCCATTAGTAACTTTCCATGAACTTCTCCATCTTC
AGACGGTATAACACATGGATACTGACGTCCTTTAAGCCTAAACCTCTTACTGAATTTTAA
AAAGGTATCCAAATCACCATCAAGTCTTAGATCTATACACAGAGAAAAAATTAATACAGA
TATAAAGACAATACGTACAAGCCAGGGAGTGTTACAGAGATGATTTCAGGAGTACGATCA
AGCATGACCTTGACGACCTCAGGCTCCTGAAAGCTACCATAGACGAAAACATTGTGAAGC
TGCGCACCGGAGCCACTCATTTTTCTTTTTTTTTCCTCAGTTTTTTTTCTCTTTC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 3

CO CL3946Contig1 844 3 4 U
GGAGTGACTGTACTGGTTAGGGTTTATTCGATCTTGTAATCTCTCGATTCCTCCCCCGAT
CGAGGTCAATGACCTCGCTACTCCTCCTCAGAACACTCCCTCTCCTCCGCAGCGGTTTTC
TTTCCCACCGTCATCAAGTAAGCATCGCAGCGGCCGGGTTTCTCTCTCGCCGTCAGCGTC
TGCTGTGTTCCCTTGCCGAAAAACCACAGTTGCGCGAGGATGATTCTCCCGGGGAGGAAG
GCTCTGCCACGGCGGCGATCAGCTCGACGCCGTCTACCGGTGGTGACAACTGGCGTTTCG
AAGATCCTGATTATCGGAAGTGGAAGAACCTGGAGGCGGAGATCCTTCGAGATATTGAAC
CTGTCGCTCTTCTCGCCAAAGATATTCTTCATTCGGATAGGTATTTGGATGGAGAACGCT
TAGACTTTGAGGATGAGAAAATTGTCATGGAAAAGCTTCTGGCTTATCACCCCTACTCCA
AAGACAAAATTGGCTGCGGTCTTGATTTTATAATGGTTGATCGGCATCCTCAGTTCAGGC
ACTCGAGGTGTCTCTTTGTTGTGAGAACAGATGGTGGATGGATAGATTTCTCATACCAAA
AGTGTCTTCGAGCCTATGTTCGTGATAGGTACCCGTCTCACGCCGAGAGATTTATTCGTG
AACATTTTAAGCGTGCTAGTAGCTAAATCATAACTGGTTGCTGATGTAATACCGTCCCAC
TCATCGTCAATAGCAAGCAATTCTCATATAAATTTTGCTGCTTTCCCCCCCTTATTGAAG
AAGTTACACAGAACGAAATCAGTTGTATGTAAGGCTTTGTTGTATAAAATTTGGAATGAC
TCTC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3GV88TF U 1
AF RR3GS03TF U 6
AF RR3EX88TF U 329
BS 1 477 RR3GV88TF
BS 478 478 RR3GS03TF
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BS 770 844 RR3EX88TF

RD RR3GV88TF 769 0 0
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CGAGGTCAATGACCTCGCTACTCCTCCTCAGAACACTCCCTCTCCTCCGCAGCGGTTTTC
TTTCCCACCGTCATCAAGTAAGCATCGCAGCGGCCGGGTTTCTCTCTCGCCGTCAGCGTC
TGCTGTGTTCCCTTGCCGAAAAACCACAGTTGCGCGAGGATGATTCTCCCGGGGAGGAAG
GCTCTGCCACGGCGGCGATCAGCTCGACGCCGTCTACCGGTGGTGACAACTGGCGTTTCG
AAGATCCTGATTATCGGAAGTGGAAGAACCTGGAGGCGGAGATCCTTCGAGATATTGAAC
CTGTCGCTCTTCTCGCCAAAGATATTCTTCATTCGGATAGGTATTTGGATGGAGAACGCT
TAGACTTTGAGGATGAGAAAATTGTCATGGAAAAGCTTCTGGCTTATCACCCCTACTTCA
AAGACAAAATTGGCTGCGGTCTTGATTTTATAATGGTTGATCGGCATCCTCAGTTCAGGC
ACTCGAGGTGTCTCTTTGTTGTGAGAACAGATGGTGGATGGATAGATTTCTCATACCAAA
AGTGTCTTCGAGCCTATGTTCGTGATAGGTACCCGTCTCACGCCGAGAGATTTATTCGTG
AACATTTTAAGCGTGCTAGTAGCTAAATCATAACTGGTTGCTGATGTAATACCGTCCCAC
TCATCGTCAATAGCAAGCAATTCTCATATAAATTTTGCTGCTTTCCCCC

QA 1 769 1 769
DS 

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GACTGTACTGGTTAGGGTTTATTCGATCTTGTAATCTCTCGATTCCTCCCCCGATCGAGG
TCAATGACCTCGCTACTCCTCCTCAGAACACTCCCTCTCCTCCGCAGCGGTTTTCTTTCC
CACCGTCATCAAGTAAGCATCGCAGCGGCCGGGTTTCTCTCTCGCCGTCAGCGTCTGCTG
TGTTCCCTTGCCGAAAAACCACAGTTGCGCGAGGATGATTCTCCCGGGGAGGAAGGCTCT
GCCACGGCGGCGATCAGCTCGACGCCGTCTACCGGTGGTGACAACTGGCTTTTCGAAGAT
CCTGATTATCGGAAGTGGAAGAACCTGGAGGCGGAGATCCTTCGAGATATTGAACCTGTC
GCTCTTCTCGCCAAAGATATTCTTCATTCGGATAGGTATTTGGATGGAGAACGCTTAGAC
TTTGAGGATGAGAAAATTGTCATGGAAAAGCTTCTGGCTTATCACCCCTACTCCAAAGAC
AAAATTGGCTGCGGTCTTGATTTTATAATGGTTGATCGGCATCCTCAGTTCAGGCACTCG
AGGTGTCTCTTTGTTGTGAGAACAGATGGTGGATGGATAGATTTCTCATACCAAAAGTGT
CTTCGAGCCTATGTTCGTGATAGGTACCCGTCTCACGCCGAGAGATTTATTCGCGAACAT
TTTAAGCGTGCTAGTAGCTAAATCATAACTGGTTGCTGATGTAATACCGTCCCACTCATC
GTCAATAGCAAGCAATTCTCATATAAATTTTGCTGCTTTCCCCC
C

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3EX88TF 516 0 0
G
CTGGAGGCGGAGATCCTTCGAGATATTGAACCTGTCGCTCTTCTCGCCAAAGATATTCTT
CATTCGGATAGGTATTTGGATGGAGAACGCTTAGACTTTGAGGATGAGAAAATTGTCATG
GAAAAGCTTCTGGCTTATCACCCCTACTCCAAAGATAAAATTGGCTGCGGTCTTGATTTT
ATAATGGTTGATCGGCATCCTCAGTTCAGGCACTCGAGGTGTCTCTTTGTTGTGAGAACA
GATGGTGGATGGATAGATTTCTCATACCAAAAGTGTCTTCGAGCCTATGTTCGTGATAGG
TGCCCGTCTCACGCCGAGAGATTTATTCGTGAACATTTTAAGCGTGCTAGTAGCTAAATC
ATAACTGGTTGCTGATGTAATACCGTCCCACTCATCGTCAATAGCAAGCAATTCTCATAT
AAATTTTGCTGCTTTCCCCCCCTTATTGAAGAAGTTACACAGAACGAAATCAGTTGTATG
TAAGGCTTTGTTGTATAAAATTTGGAATGACTCTC

QA 2 516 2 516
DS 



AS 1 3

CO CL3947Contig1 908 3 4 U
GGGTGAACGCGGAGACTTTTGAGGGATCATCCGAATTCTCAGTGCAACTTGACAAGTTAT
CATCATCATCTTCTCCAAATCACAATCAAATCAAAACCACATCATCTGAGAAGAGAAAAA
ATGGCGGTCACTATGAAACAGATGTCGTTGATCGTGTCTCTGTTTGGCGTCTTGTCGTTT
ATTCTCGGAGTCATCGCTGAGAACAAGAAGCCTGCGTCTGGAACTCCAATAAATGGAAAG
GGAGTAGTCATCTGCAAATATCCATCTGATCCAACTGTTGCCTTGGGTTACCTTTCTGCC
GCTTTTCTCCTTGCCTGCACCGTTGCTGGATACAAATCGCTGTTCATCTCTTACAAGGGA
AGGTCTGTTCCCAACTCTGTCTTGTTCAAAAGCACCAGCTTCTCTGTCTTCTTCAACATT
GCCTTGATAACATCTGGACTGGTACTGTCTCTGTTGCTATGGCCAACCATAACAGAGCAA
CTTCACTTGACCCGTAATGTACACAGGAATCTAGAGACCAGCTGCCCCACGGCTAAAACT
GGTCTGCTAGGTGGAGGTGCATTTGTGTCATTGGACTCGTGTCTTTTCTGGCTGGTGGCT
CTGATGCTAGCTGATAACGCCCGTGAAGACCATTTGGATGAAGCTGAAAACAGAAACGGC
GATGGGAACTCTTCTTCCTCCAGGGATGTTAACCTCAAGATTGATGCTTGAGAGAATGAA
TGATCTGCATCTGCTTATTGGTATTGGGGTGTAGTAAATAGTTTTTTTTTTAAAATACAT
TTGATTTTAAAGATGCTATTAATTGCTTGTGCAGCTTAATGCACTGTGAATCTGTGATTC
TCAAAGTTTTATATGTCTACAGTCTACTCAGTCAGATTCTTGCTTAAATAATATTTTGAT
TTGGATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE08TF U 86
AF RR3BA84TF U 1
AF RR3BA84JQ C 229
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BS 130 842 RR3BA84TF
BS 843 908 RR3BA84JQ

RD RR3EE08TF 669 0 0
GG
AAATCAAAACCACATCATCTGAGAAGAGAAAAAATGGCGGTCACTATGAAACAGATGTCG
TTGATCGTGTCTCTGTTTGGCGTCTTGTCGTTTATTCTCGGAGTCATCGCTGAGAACAAG
AAGCCTGCGTCTGGAACTCCAATAAATGGAAAGGGAGTAGTCATCTGCAAATATCCATCT
GATCCAACTGTTGCCTTGGGTTACCTTTCTGCCGCTTTTCTCCTTGCCTGCACCGTTGCT
GGATACAAATCGCTGTTCATCTCTTACAAGGGAAGGTCTGTTCCCAACTCTGTCTTGTTC
AAAAGCACCATCTTCTCTGTCTTCTTCAACATTGCCTTGATAACATCTGGACTGGCACTG
TCTCTGTTGCTATGGCCAACCATTACAGAGCAACTTCACTTGACCCGTAATGTACACAGG
AACTTAGAGACCAGCTGCCCCACGGCTAAGACCGGTCTGCTAGGTGGAGGTGCATTTGTG
TCATTGGACTCGTGTCTTTTCTGGCTGGTGGCTCTGATGCTAGCTGATAACGCCCGTGAA
GACCATTTGGATGAAGCTGAAAACAGAAACGGCGATGGGAACTCTTCTTCCTCCAGGGAT
GTTAACCTCAAGATTGATGCTTGAGAGTATGAATGATCTGCATCTGCTTAT*GGTATTGG
GGTGTAG

QA 3 669 3 669
DS 

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CATCATCATCTTCTCCAAATCACAATCAAATCAAAACCACATCATCTGAGAAGAGAAAAA
ATGGCGGTTACTATGAAACAGATGTCGTTGATCGTGTCTCTGTTTGGCGTCTTGTCGTTT
ATTCTCGGAGTCATCGCTGAGAACAAGAAGCCTGCGTCTGGAACTCCAATAAATGGAAAG
GGAGTAGTCATCTGCAAATATCCATCTGATCCAACTGTTGCCTTGGGTTACCTTTCTGCC
GCTTTTCTCCTTGCCTGCACCGTTGCTGGATACAAATCGCTGTTCATCTCTTACAAGGGA
AGGTCTGTTCCCAACTCTGTCTTGTTCAAAAGCACCAGCTTCTCTGTCTTCTTCAACATT
GCCTTGATAACATCTGGACTGGTACTGTCTCTGTTGCTATGGCCAACCATAACAGAGCAA
CTTCACTTGACCCGTAATGTACACAGGAATCTAGAGACCAGCTGCCCCACGGCTAAAACT
GGTCTGCTAGGTGGAGGTGCATTTGTGTCATTGGACTCGTGTCTTTTCTGGCTGGTGGCT
CTGATGCTAGCTGATAACGCCCGTGAAGACCATTTGGATGAAGCTGAAAACAGAAACGGC
GATGGGAACTCTTCTTCCTCCAGGGATGTTAACCTCAAGATTGATGCTTGAGAGAATGAA
TGATCTGCATCTGCTTATTGGTATTGGGGTGTAGTAAATAGTTTTTTTTTTAAAATACAT
TTGATTTTAAAGATGCTATTAATTGCTTGTGCAGCTTAATGCACTGTGAATCTGTGATTC
TC

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR3BA84JQ 680 0 0
ATAAATGGAAAGGGAGTAGTCATCTGCAAATATCCATCTGATCCAACTGTTGCCTTGGGT
TACCTTTCTGCCGCTTTTCTCCTTGCCTGCACCGTTGCTGGATACAAATCGCTGTTCATC
TCTTACAAGGGAAGGTCTGTTCCCAACTCTGTCTTGTTCAAAAGCACCAGCTTCTCTGTC
TTCTTCAACATTGCCTTGATAACATCTGGACTGGTACTGTTTCTGTTGCTATGGCCAACC
ATAACAGAGCAACTTCACTTGACCCGTAATGTACACAGGAATCTAGAGACCAGCTGCCCC
ACGGCTAAAACTGGTTTGCTAGGTGGAGGTGCATTTGTGTCATTGGACTCGTGTCTTTTC
TGGCTGGTGGCTTTGATGCTAGCTGATAACGCCCGTGAAGACCATTTGGATGAAGCTGAA
AACAGAAACGGCGATGGGAACTTTTCTTCCTCCAGGGATGTTAACCTCAAGATTGATGCT
TGAGAGAATGAATGATCTGCATCTGCTTATTGGTATTGGGGTGTAGTAA*TAGTTTTTTT
TTTAAAATACATTTGATTTTAAAGATGCTATTAATTGCTTGTGCAGCTTAATGCACTGTG
AATCTGTGATTCTCAAAGTTTTATATGTCTACAGTCTACTCAGTCAGATTCTTGCTTAAA
TAATATTTTGATTTGGATTT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL3948Contig1 907 2 2 U
GGGGCTGTCTGCAATTCGAAATGGCTTCCTTCACAACATCTTCTTCCTTGCTTCTCCCCA
AGACCCTACTTCCCTCAAGCCACCTGGCACGCTTCCCTACACTCTCCTCCAGTATCCGCC
TCACCGAAAAACGGAATCCTCTGCTCCGGAGCATCATCTCCGCCGCCGGGTCTCGGCGTC
GGGTTGCGATGGTCAAGGCAGCGACGGTGGATTCGGATTACTCGTCGAGAAGGAGTAGCA
GCAACGAGCAGAGGGAGACGATAATGCTTCCAGGGTGCGATTACAATCACTGGCTGATAG
TGATGGAGTTCCCCAAGGATCCAGCGCCAACGAGGGAGCAGATGATTGATACTTACCTCA
ACACTCTTGCTACTGTTCTTGGAAGTATGGAAGAGGCAAAGAAGAATATGTATGCATTCA
GTACTACCACGTATACTGGATTCCAATGCACCATTGACGAAGAAACTTCTGAGAAGTTCA
AGGGTTTGCCGGGAGTTCTCTGGGTTTTGCCTGACTCCTACATAGATGTCAAGAACAAGG
ACTATGGAGGCGACAAGTACATCAATGGAGAGATTATCCTCTGCACATACCCAACATACC
AACCAAAGCAGCGCAATAACTCCAAGTATCAAAGTAAGAGGTACGAAAGAAAAAGAGACG
GTCCACCACCTCCTGAGCAGCAGGAAACTAAGACAAGCGCCACCACCACCCGCTTCTGAT
TCCTCTTGAACGTTAAAGCCCTTTGTACCGGAGCGTGTGAGATTTTGATTGATTGGTTAG
TCCCTAGCTTTATTCTAACCGGATGTAAAATCGTCGTTTGGAACAATATATAAGACAGTC
CATGTGGTTTTTAGTTTACTGTTCTGTCCGGTTAACTTGTAGCAAGGTATTCAAATCATG
TTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP24TF U 1
AF RR3CP24JQ C 143
BS 1 654 RR3CP24TF
BS 655 907 RR3CP24JQ

RD RR3CP24TF 654 0 0
GGGGCTGTCTGCAATTCGAAATGGCTTCCTTCACAACATCTTCTTCCTTGCTTCTCCCCA
AGACCCTACTTCCCTCAAGCCACCTGGCACGCTTCCCTACACTCTCCTCCAGTATCCGCC
TCACCGAAAAACGGAATCCTCTGCTCCGGAGCATCATCTCCGCCGCCGGGTCTCGGCGTC
GGGTTGCGATGGTCAAGGCAGCGACGGTGGATTCGGATTACTCGTCGAGAAGGAGTAGCA
GCAACGAGCAGAGGGAGACGATAATGCTTCCAGGGTGCGATTACAATCACTGGCTGATAG
TGATGGAGTTCCCCAAGGATCCAGCGCCAACGAGGGAGCAGATGATTGATACTTACCTCA
ACACTCTTGCTACTGTTCTTGGAAGTATGGAAGAGGCAAAGAAGAATATGTATGCATTCA
GTACTACCACGTATACTGGATTCCAATGCACCATTGACGAAGAAACTTCTGAGAAGTTCA
AGGGTTTGCCGGGAGTTCTCTGGGTTTTGCCTGACTCCTACATAGATGTCAAGAACAAGG
ACTATGGAGGCGACAAGTACATCAATGGAGAGATTATCCTCTGCACATACCCAACATACC
AACCAAAGCAGCGCAATAACTCCAAGTATCAAAGTAAGAGGTACGAAAGAAAAA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3CP24JQ 765 0 0
GCTCCGGAGCATCATCTCCGCCGCCGGGTCTCGGCGTCGGGTTGCGATGGTCAAGGCAGC
GACGGTGGATTCGGATTACTCGTCGAGAAGGAGTAGCAGCAACGAGCAGAGGGAGACGAT
AATGCTTCCAGGGTGCGATTACAATCACTGGCTGATAGTGATGGAGTTCCCCAAGGATCC
AGCGCCAACGAGGGAGCAGATGATTGATACTTACCTCAACACTCTTGCTACTGTTCTTGG
AAGTATGGAAGAGGCAAAGAAGAATATGTATGCATTCAGTACTACCACGTATACTGGATT
CCAATGCACCATTGACGAAGAAACTTCTGAGAAGTTCAAGGGTTTGCCGGGAGTTCTCTG
GGTTTTGCCTGACTCCTACATAGATGTCAAGAACAAGGACTATGGAGGCGACAAGTACAT
CAATGGAGAGATTATCCTCTGCACATACCCAACATACCAACCAAAGCAGCGCAATAACTC
CAAGTATCAAAGTAAGAGGTACGAAAGAAAAAGAGACGGTCCACCACCTCCTGAGCAGCA
GGAAACTAAGACAAGCGCCACCACCACCCGCTTCTGATTCCTCTTGAACGTTAAAGCCCT
TTGTACCGGAGCGTGTGAGATTTTGATTGATTGGTTAGTCCCTAGCTTTATTCTAACCGG
ATGTAAAATCGTCGTTTGGAACAATATATAAGACAGTCCATGTGGTTTTTAGTTTACTGT
TCTGTCCGGTTAACTTGTAGCAAGGTATTCAAATCATGTTTTGTT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL3949Contig1 922 2 6 U
GATTCATCACAGGAAGGTTATGGATCTGCAGTAGTTTTGCCTGAACAGGGAATATATCTA
GCTGCATCTATTTACCGGCCTGTCCTTCAGTTTACAGATAAAATCACTTCAATGTTGCCC
AAAAAACATTCTCAGCTTGTGAATGATGGATTGCTTACATTCACCGAGAACTTTGTGAAG
GACCACCTGTTACCGACAATGTTTGTAGACTATAGGAAAGGCGTACAGCAAGCTATATCA
AGTGCTGCCGCATTTAGACCCCGTGCACATACAACTACTTACACCCCAACCGTAGAAAAG
GGTCGACCTATCTTGCAAGGTCTTTTGGCAATAGATCTCCTCGCAAAAGAGGTTCTTGGT
TGGGCTCAAGCCATGCCTAAATTTGCTACTGACCTTGTGAAGTATGTTCAGACATTTCTT
GAGAGAACATTTGAGAGATGTCGAACATCATACATGGAGGCTGTACTGGAGAAGCTCAGT
TACAGGCTCATTGGGAGGCATGATATTGAGAGATTGATGCGACTTGATGCGGCAAGTGCT
TGTTTGCCATCTCAACTTGGCCATTCTGTTTCTCACTCTGAGGCTGTTGGCTCCGAAGTA
GAACTCACTGAATTATTCTTAAGTTTGCCGTCTATCAAGCAGGATAATCTAATTCGTGAT
GACAACAAACTCATTTTGTTAGCCTCTCTTAGTGACTCGCTTGAATACGTGGCAGATTCT
ATTGAGAGGCTTGGACAAGCAGTTCCTCGTGCAGCAAGTCAAGCTGAAGGTAATAGCAGG
AATCAAGCAACTTCTCCAAGGAATCTGGCATCATTTGCTGATGAGTACAGAAAACTTGCC
ACCGATTGCCTTAGGTTCTTCGTGTTGAGATGCAACTGGAAACAGTCTTTCATCTTCAGA
AATGACAAATCGGGAATATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FE34TF U 1
AF RR3BR07TF U 235
BS 1 642 RR3FE34TF
BS 643 643 RR3BR07TF
BS 644 664 RR3FE34TF
BS 665 665 RR3BR07TF
BS 666 701 RR3FE34TF
BS 702 922 RR3BR07TF

RD RR3FE34TF 701 0 0
GATTCATCACAGGAAGGTTATGGATCTGCAGTAGTTTTGCCTGAACAGGGAATATATCTA
GCTGCATCTATTTACCGGCCTGTCCTTCAGTTTACAGATAAAATCACTTCAATGTTGCCC
AAAAAACATTCTCAGCTTGTGAATGATGGATTGCTTACATTCACCGAGAACTTTGTGAAG
GACCACCTGTTACCGACAATGTTTGTAGACTATAGGAAAGGCGTACAGCAAGCTATATCA
AGTGCTGCCGCATTTAGACCCCGTGCACATACAACTACTTACACCCCAACCGTAGAAAAG
GGTCGACCTATCTTGCAAGGTCTTTTGGCAATAGATCTCCTCGCAAAAGAGGTTCTTGGT
TGGGCTCAAGCCATGCCTAAATTTGCTACTGACCTTGTGAAGTATGTTCAGACATTTCTT
GAGAGAACATTTGAGAGATGTCGAACATCATACATGGAGGCTGTACTGGAGAAGCTCAGT
TACAGGCTCATTGGGAGGCATGATATTGAGAGATTGATGCGACTTGATGCGGCAAGTGCT
TGTTTGCCATCTCAACTTGGCCATTCTGTTTCTCACTCTGAGGCTGTTGGCTCCGAAGTA
GAACTCACTGAATTATTCTTAAGTTTGCCGTCTATCAAGCAG*ATAATCTAATTCGTGAT
GACA*CAAACTCATTTTGTTAGCCTCTCTTAGTGACTCGCT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3BR07TF 688 0 0
ATATCAAGTGCTGCCGCATTTAGACCCCGTGCACATACAACTACTTACACCCCAACCGTA
GAAAAGGGTCGACCTATCTTGCAAGGTCTTTTGGCAATAGATCTCCTTGCAAAAGAGGTT
CTTGGTTGGGCTCAAGCCATGCCTAAATTTGCTACTGACCTTGTGAAGTATGTTCAGACA
TTTCTTGAGAGAACATTTGAGAGATGTCGAACATCATACATGGAGGCTGTACTGGAGAAG
CTCAGTTACAGGCTCATTGGGAGGCATGATATTGAGAGATTGATGCGACTTGATGCGGCA
AGTGCTTGTTTGCCATCTCAACTTGGCCATTCTGTTTCTCACTCTGAGGCTGTTGGCTCC
GAAGTAGAACTCACTGAATTATTCTTAAGTTTGCCGTCTATCAAGCAGGATAATCTAATT
CGTGATGACAACAAACTCATTTTGTTAGCCTCTCTTAGTGACTCGCTTGAATACGTGGCA
GATTCTATTGAGAGGCTTGGACAAGCAGTTCCTCGTGCAGCAAGTCAAGCTGAAGGTAAT
AGCAGGAATCAAGCAACTTCTCCAAGGAATCTGGCATCATTTGCTGATGAGTACAGAAAA
CTTGCCACCGATTGCCTTAGGTTCTTCGTGTTGAGATGCAACTGGAAACAGTCTTTCATC
TTCAGAAATGACAAATCGGGAATATTTG

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 3

CO CL3950Contig1 1336 3 5 U
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AAAATAATGCCGATTAGTGAGAAAATTCCGACTTGGGCCGTTGTTCCGGCTACTTTTGCC
GTCTTTTCCGTAATTTCGTATCAGATCCTAATCGCGCCGGACAATTTGAACGGCACCAAA
AATGTATTGTCGATGGCTAAGACCATACCACTTCCTGTCGATGGACCAGAGAGCATCGAG
TGGGATCCGCAAGGAGGGGGTCCTTATGCTGCTGTTGTGGACGGCCGTATTCTCAAGTGG
CGTGGAGATGGTCTCGGTTGGGTTGAGTTCGCATACACATCTCCTCACAGAGGAAACTGT
TCACGGCATGAAGTAGTACCTACATGTGGAAGGCCACTTGGACTTAGTTTCGAGAAGAAA
ACAGGAGACTTGTACATCTGTGATGGTTACTTTGGGGTCATGAAAGTGGGGCCAGAAGGA
GGCTTGGCTGAGTTGGTAGTGGACCAGGTTGAAGGTCGCAAAGTAATGTTTGCGAACCAG
ATGGATATTGACGAAGAGGAAGATGTCTTCTACTTCAATGATAGTAGTGACAAGTATCAT
TTCAGGGAAGTATTTTACGTGACTGTCAACGGTGAGCGGTCAGGAAGAGTGATCAGATAC
AACAAGAAGACGAAAGAGGCCAAAGTTGTCATGGACAATCTCCGTTGTAACGACGGTTTG
GCTCTAAACAAAGATAGATCTTTCTTAATCTCATGTGAGTCTGCCACTGGCCTTGTCCAT
AGATATTGGATTAAAGGTCCTAAAGCCGGGACTCGTGATATCTTCGCCAAGGTTCCTGGT
TATCCTGACAACATCCGTTTAACACCCACGGGTGATTTTTGGATTGGCATACACTGTAAG
AAAAACTTATTTGGAAGACTGGCCGTGAATAATTATCAGTGCTTAGGTAAGTTGGTTGAA
AAGACGGTGAAGTTAGAGTTGTTGATTGGGTTAGTGAACGGGTTTAAGCCGCATGGGGTC
GCCGTCAAAATATCCGTGGAGACGGGGGAGATAGTTGAGATACTTGAGGACAAAGAAGGG
AAGACAATGCAGTATGTGAGTGAGGCTTATGAGAGAGATGATGGTAAGATATGGTTTGGG
TCGGTTTTTAAGCCTGCCGTATGGGTTCTTGATCGCAAGTGAGTAGTTCCGTTTGTTGTA
TGTACGTAGTCATGTTATGTAAGTTCAAGTGTCTCTTGTTTGGTGCTTGTACTTTTGAAT
ATAGACATGCTTGCAGAGTATATGCATCCATATTGTACCATGTAAACTTTCAGTTACTAA
AGTACTTCTTGCTGGT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL68TF U 1
AF RR3GR72TF U 1
AF RR3GR72JQ C 525
BS 1 545 RR3CL68TF
BS 546 546 RR3GR72TF
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BS 640 708 RR3GR72TF
BS 709 1336 RR3GR72JQ

RD RR3CL68TF 639 0 0
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AAAATAATGCCGATTAGTGAGAAAATTCCGACTTGGGCCGTTGTTCCGGCTACTTTTGCC
GTCTTTTCCGTAATTTCGTATCAGATCCTAATCGCGCCGGACAATTTGAACGGCACCAAA
AATGTATTGTCGATGGCTAAGACCATACCACTTCCTGTCGATGGACCAGAGAGCATCGAG
TGGGATCCGCAAGGAGGGGGTCCTTATGCTGCTGTTGTGGACGGCCGTATTCTCAAGTGG
CGTGGAGATGGTCTCGGTTGGGTTGAGTTCGCATACACATCTCCTCACAGAGGAAACTGT
TCACGGCATGAAGTAGTACCTACATGTGGAAGGCCACTTGGACTTAGTTTCGAGAAGAAA
ACAGGAGACTTGTACATCTGTGATGGTTACTTTGGGGTCATGAAAGTGGGGCCAGAAGGA
GGCTTGGCTGAGTTGGTAGTGGACCAGGTTGAAGGTCGCAAAGTAATGTTTGCGAACCAG
ATGGACATTGACGAAGAGGAAGATGTCTTCTACTTCAATGATAGTAGTGACAAGTATCAT
TTCAGGGAAGTATTTTACGTGACTGTCAACGGTGAGCGG

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3GR72TF 708 0 0
GGAAGCTAACAACGGCTAGTGTTACACACGTCTCTTCAACCAACATATTTGCCTCTGGTG
AAAATAATGCCGATTAGTGAGAAAATTCCGACTTGGGCCGTTGTTCCGGCTACTTTTGCC
GTCTTTTCCGTAATTTCGTATCAGATCCTAATCGCGCCGGACAATTTGAACGGCACCAAA
AATGTATTGTCGATGGCTAAGACCATACCACTTCCTGTCGATGGACCAGAGAGCATCGAG
TGGGATCCGCAAGGAGGGGGTCCTTATGCTGCTGTTGTGGACGGCCGTATTCTCAAGTGG
CGTGGAGATGGTCTCGGTTGGGTTGAGTTCGCATACACATCTCCTCACAGAGGAAACTGT
TCACGGCATGAAGTAGTACCTACATGTGGAAGGCCACTTGGACTTAGTTTCGAGAAGAAA
ACAGGAGACTTGTACATCTGTGATGGTTACTTTGGGGTCATGAAAGTGGGGCCAGAAGGA
GGCTTGGCTGAGTTGGTAGTGGACCAGGTTGAAGGTCGCAAAGTAATGTTTGCGAACCAG
ATGGATATTGACGAAGAGGAAGATGTCTTCTACTTCAATGATAGTAGTGACAAGTATCAT
TTCAGG*AAGTATTTTACGTGACTGTCAACGGTGAGCGGTCAGGAAGAGTGATCAGATAC
AACAAGAAGACGAAAGAGGCCAAAGTTGTCATGGACAATCTCCGTTGT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3GR72JQ 812 0 0
AATGTTTGCGAACCAGATGGATATTGACGAAGAGGAAGATGTCTTCTACTTCAATGATAG
TAGTGACAAGTATCATTTCAGGGAAGTATTTTACGTGACTGTCAACGGTGAGCGGTCAGG
AAGAGTGATCAGATACAACAAGAAGACGAAAGAGGCCAAAGTTGTCATGGACAATCTCCG
TTGTAACGACGGTTTGGCTCTAAACAAAGATAGATCTTTCTTAATCTCATGTGAGTCTGC
CACTGGCCTTGTCCATAGATATTGGATTAAAGGTCCTAAAGCCGGGACTCGTGATATCTT
CGCCAAGGTTCCTGGTTATCCTGACAACATCCGTTTAACACCCACGGGTGATTTTTGGAT
TGGCATACACTGTAAGAAAAACTTATTTGGAAGACTGGCCGTGAATAATTATCAGTGCTT
AGGTAAGTTGGTTGAAAAGACGGTGAAGTTAGAGTTGTTGATTGGGTTAGTGAACGGGTT
TAAGCCGCATGGGGTCGCCGTCAAAATATCCGTGGAGACGGGGGAGATAGTTGAGATACT
TGAGGACAAAGAAGGGAAGACAATGCAGTATGTGAGTGAGGCTTATGAGAGAGATGATGG
TAAGATATGGTTTGGGTCGGTTTTTAAGCCTGCCGTATGGGTTCTTGATCGCAAGTGAGT
AGTTCCGTTTGTTGTATGTACGTAGTCATGTTATGTAAGTTCAAGTGTCTCTTGTTTGGT
GCTTGTACTTTTGAATATAGACATGCTTGCAGAGTATATGCATCCATATTGTACCATGTA
AACTTTCAGTTACTAAAGTACTTCTTGCTGGT

QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 3

CO CL3951Contig1 938 3 2 U
TAGACACATCTTTTAGGAGTACAATTTCGTTCATGAAAACCATACAACAAAGCTTCCAAA
TTTCTCATACGTGTGGCTTAAAAAGATGGTGATAAAAAAACGAAATTTGATCGTGCTCTG
CAAAACACAGCAAAAAAACCAAGTCACGCGTACCACAAATCCTCAGCTCGAAACTTTGGG
TTTTTGGCTCTACACAAATATTTTTGCAACCCTCTCTACAATCAAAAGGTAATAGGTTCA
GCGTACTTCCTTCCCCTCATTGTCCCAGGTGGTACCCAATGACGCACCATGCTTCTTTAT
AATCTTGACAGACTCGAGAAGAACCTCCTGTTGTGTTGTGTAAAGCTCCTCTTTCCCCAT
GTATTTAAGATTGCATCCAAGGGTGAGTTCAGCGAATGATTTTTCCACTCGGGATAAGTA
ACAGTGAGGAGCTTCTTTCCCTAAGAAAACTTTTGGGTTTGACCTCAACGTTTCCTTGAT
TTCTTCTGATATTTGAGGGATCTTGTCCAAGTCATCTATCTGCAGTGGGATCTTGGATGC
TATAGCACGCCACTGAGCTCGTGACTTGTTCACAATCACCTGACTGGAAAACAGTGAATT
AGGTACCAAGACAGGGAATTTTTCGGCGTTCAACAAGGATGTTGTTGTAAGTCCCATCTC
AACCACTTGACCTTCTACCGATCCAGCTTTGATCGTATCTCCCATAGAGAAAGGCCTTGA
GAATTGCATGGAGAGACCACTCAGCACATTACCAAGGATATCTCTTGCAGCAAAAGCAGT
GGCCACTCCTCCTACTCCACCAACAGCCAAGATAGACTGAACAGCTACACCACAAGCTTC
GGCAGAAGCCATTAAACCGATTGCAAAGAGACCAACTGATGAAACTTTGTCCAAAGTCAA
AATCTTCTCCCTGTCTAGGCCAGCAACATTCTTAGCAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG01JQ U 1
AF RR3AG01TF C 1
AF RR3AM03JQ U 107
BS 1 349 RR3AG01JQ
BS 350 938 RR3AM03JQ

RD RR3AG01JQ 350 0 0
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TTTCTCATACGTGTGGCTTAAAAAGATGGTGATAAAAAAACGAAATTTGATCGTGCTCTG
CAAAACACAGCAAAAAAACCAAGTCACGCGTACCACAAATCCTCAGCTCGAAACTTTGGG
TTTTTGGCTCTACACAAATATTTTTGCAACCCTCTCTACAATCAAAAGGTAATAGGTTCA
GCGTACTTCCTTCCCCTCATTGTCCCAGGTGGTACCCAATGACGCACCATGCTTCTTTAT
AATCTTGACAGACTCGAGAAGAACCTCCTGTTGTGTTGTGTAAAGCTCC
C

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DS 

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TAGACACATCTTTTAGGAGTACAATTTCGTTCATGAAAACCATACAACAAAGCTTCCAAA
TTTCTCATACGTGTGGCTTAGAAAGATGGTGATAAAAAAACGAAATTTGATCGTGCTCTG
CAAAACACAGCAAAAAAACCAAGTCACGCGTACCACAAATCCTCAGCTCGAAACTTTGGG
TTTTTGGCTCTACACAAATATTTTTGCAACCCTCTCTACAATCAAAAGGTAATAGGTTCA
GCGTACTTCCTTCCCCTCATTGTCCCAGGTGGTACCCAATGACGCACCATGCTTCTTTAT
AATCTTGACAGACTCGAGAAGAACCTCCTGTTGTGTTGTGTAAAGCTCC
C

QA 1 349 1 349
DS 

RD RR3AM03JQ 832 0 0
TTGATCGTGCTCTGCAAAACACAGCAAAAAAACCAAGTCACGCGTACCACAAATCCTCAG
CTCGAAACTTTGGGTTTTTGGCTCTACACAAATATTTTTGTAACCCTCTCTACAATCAAA
AGGTAATAGGTTCAGCGTACTTCCTTCCCCTCATTGTCCCAGGTGGTACCCAATGACGCA
CCATGCTTCTTTATAGTCTTGACAGACTCGAGAAGAACCTCCTGTTGTGTTGTGTAAAGC
TCCTCTTTCCCCATGTATTTAAGATTGCATCCAAGGGTGAGTTCAGCGAATGATTTTTCC
ACTCGGGATAAGTAACAGTGAGGAGCTTCTTTCCCTAAGAAAACTTTTGGGTTTGACCTC
AACGTTTCCTTGATTTCTTCTGATATTTGAGGGATCTTGTCCAAGTCATCTATCTGCAGT
GGGATCTTGGATGCTATAGCACGCCACTGAGCTCGTGACTTGTTCACAATCACCTGACTG
GAAAACAGTGAATTAGGTACCAAGACAGGGAATTTTTCGGCGTTCAACAAGGATGTTGTT
GTAAGTCCCATCTCAACCACTTGACCTTCTACCGATCCAGCTTTGATCGTATCTCCCATA
GAGAAAGGCCTTGAGAATTGCATGGAGAGACCACTCAGCACATTACCAAGGATATCTCTT
GCAGCAAAAGCAGTGGCCACTCCTCCTACTCCACCAACAGCCAAGATAGACTGAACAGCT
ACACCACAAGCTTCGGCAGAAGCCATTAAACCGATTGCAAAGAGACCAACTGATGAAACT
TTGTCCAAAGTCAAAATCTTCTCCCTGTCTAGGCCAGCAACATTCTTAGCAG

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 3

CO CL3952Contig1 862 3 10 U
GGGGAGAAACCCGTGGCGACCGAAGAGTCTCTGATGGAGAAGATAGCTGAGAAGATCCAC
GATCACGATTCATCATCGTCATCGGACTCGGAGCACGAGAAACCGGAGTCTCCGTCGGCT
TTGAAGTCGAAGATATACCGTTTGTTTGGTAGAGAGAAGCCTGTTCACAAGGTTCTCGGC
GGTGGCTTGCCCGCTGATGTGTTCTTGTGGAGGGACAAAAAGCTCTCAGCCGCTGTTCTC
GGTGTAGCGACTGCCATATGGGTTCTGTTCGAGTTGGTTGAGTATCATTTGTTGAGTCTT
GCGTGTCACATTTTGATATTCTCCCTCGCTGCCATGTTTTTGTGGTCTAATGCTCATGCC
TTTATGAAAAAGCCTCCACCTAAAATTCCTGAGATCCATGTTAAAGAGGAACATTTCCTT
TTGATTGCTTCTGCACTGAGAAACGAGCTGAACCAGGCCTTCGTTATCCTAAGGAGCATT
GCATTAGGAAGGGACTTGAAGAAGTTTCTCATGGTGGTTGTTGGGCTATGGATAATCTCT
GTTGTGGGCAACTGGTTCAATTTCTTGACCCTTGTCTACATATGTTTTGTGGTGTTGCAT
ACAGTACCGATGTTGTATGAGAAACATGAGGACAAGGTGGATCCAGTGGCGGAGAAGACG
ATAAATGAACTGAAGAAACATTACATGGTTTTCGATGAGAAAGTTCTTTCTAAGATCCCT
CTTGCTTCCCTGAAAGCAAAGTTGGGTTAGACACTTTATAATGAAAGTAACTATCTCTCT
ATATCCCCTTTGACGTTTTGTTTTGGTCTTGGGGCATTTCTGTTTATTTATATTTTTACA
CAAGACTCGATAAGAATCTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD93TF U 25
AF RR3BX46TF U 1
AF RR3BX46JQ C 715
BS 1 80 RR3BX46TF
BS 81 81 RR3FD93TF
BS 82 126 RR3BX46TF
BS 127 128 RR3FD93TF
BS 129 760 RR3BX46TF
BS 761 761 RR3BX46JQ
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BS 770 770 RR3BX46JQ
BS 771 803 RR3BX46TF
BS 804 862 RR3BX46JQ

RD RR3FD93TF 707 0 0
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GACTCGGAGCACGAGAAACCGGAGTCTCCGTCGGCTTTGAAGTCGAAGATATACCGTTTG
TTTGGTAGAGAGAAGCCTGTTCACAAGGTTCTCGGCGGTGGCTTGCCCGCTGATGTGTTC
TTGTGGAGGGACAAAAAGCTCTCAGCCGCTGTTCTCGGTGTAGCGACTGCCATATGGGTT
CTGTTCGAGTTGGTTGAGTATCATTTGTTGAGTCTTGCGTGTCACATTTTGATATTCTCC
CTCGCTGCCATGTTTTTGTGGTCTAATGCTCATGCCTTTATGAAAAAGCCTCCACCTAAA
ATTCCTGAGATCCATGTTAAAGAGGAACATTTCCTTTTGATTGCTTCTGCACTGAGAAAC
GAGCTGAACCAGGCCTTCGTTATCCTAAGGAGCATTGCATTAGGAAGGGACTTGAAGAAG
TTTCTCATGGTGGTTGTTGGGCTATGGATAATCTCTGTTGTGGGCAACTGGTTCAATTTC
TTGACCCTTGTCTACATATGTTTTGTGGTGTTGCATACAGTACCGATGTTGTATGAGAAA
CATGAGGACAAGGTGGATCCAGTGGCGGAGAAGACGATAAATGAACTGAAGAAACATTAC
ATGGTTTTCGATGAGAAAGTTCTTTCTAAGATCCCTCTTGCTTCCCT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3BX46TF 804 0 0
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GATCACGATTCATCATCGTCGTCGGACTCGGAGCACGAGAAACCGGAGTCTCCGTCGGCT
TTGAAG**GAAGATATACCGTTTGTTTGGTAGAGAGAAGCCTGTTCACAAGGTTCTCGGC
GGTGGCTTGCCCGCTGATGTGTTCTTGTGGAGGGACAAAAAGCTCTCAGCCGCTGTTCTC
GGTGTAGCGACTGCCATATGGGTTCTGTTCGAGTTGGTTGAGTATCATTTGTTGAGTCTT
GCGTGTCACATTTTGATATTCTCCCTCGCTGCCATGTTTTTGTGGTCTAATGCTCATGCC
TTTATGAAAAAGCCTCCACCTAAAATTCCTGAGATCCATGTTAAAGAGGAACATTTCCTT
TTGATTGCTTCTGCACTGAGAAACGAGCTGAACCAGGCCTTCGTTATCCTAAGGAGCATT
GCATTAGGAAGGGACTTGAAGAAGTTTCTCATGGTGGTTGTTGGGCTATGGATAATCTCT
GTTGTGGGCAACTGGTTCAATTTCTTGACCCTTGTCTACATATGTTTTGTGGTGTTGCAT
ACAGTACCGATGTTGTATGAGAAACATGAGGACAAGGTGGATCCAGTGGCGGAGAAGACG
ATAAATGAACTGAAGAAACATTACATGGTTTTCGATGAGAAAGTTCTTTCTAAGATCCCT
CTTGCTTCCCTGAAAGCAAAGTTGGGTTAGACACTTTATA*TGAAAGTA*CTATCTCTCT
ATATCCCCTTTGACGTTTTGTTT
G

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3BX46JQ 148 0 0
ATCCCTCTTGCTTCCCTGAAAGCAAAGTTGGGTTAGACACTTTATAATGAAAGTAACTAT
CTCTCTATATCCCCTTTGACGTTTTGTTTTGGTCTTGGGGCATTTCTGTTTATTTATATT
TTTACACAAGACTCGATAAGAATCTGTT

QA 1 148 1 148
DS 



AS 1 3

CO CL3953Contig1 1148 3 4 U
ACTTCATATAAATTAGATTTTTGCTTCAAGACAAGGGAAGAGGGTTGAAAAAGTTCTCAG
GACCATTAGATTCATTAAAGACACTACACATGCATTTGCAATAACTGGAGAAATTGTGAG
TGAGCTTTCACTTTCTCCCCTTCTCAGCATACCCTTAGTTTTCCCTTCTCTGTCTCCTCT
CACATGTAATTGTCTTCTTGCATCGTAACAGTCACCAAATTCAGTTACGGTCCAAAAGAA
TATACCAAACTGAGAACAAGAACTCACCAGCCTCGCGTCAAAATTTCTATCAAAGTAATG
CGACTCGAATTTATGGGCAGAAAAAAACGACAAAGTTCAAGAGTTGCTTAAACCAGTAAA
GACCGACGAACTCATAGTTGCCTTGAGGGATTAAACACGTGATACACCATCTCTTTGCCT
TAAAAGACGAGTTTGCCCCTCGATGAACTTAAACTTGTCGTAGGAAAGTCTAACTACTGA
GGAGATCCGGCTACGATTCATTTACTCCGTCACGTCTGATTCCACCGCCTGCTGCTTCGA
AAGAGGGATCTTAGGGACCTCGGTGAGGATCTGAACGACTTCCCTCATCGTCGGCCTTGC
CACCGCCTGTTCTTCAACGCAAAGCATCGCAACGTAGAAGACGTGTGTTACTTCGTGGAC
GGGTACGGAAGAGAGTCTATGATCGATAACTTTGAGCACACATTCTTTGTTCGAATCCGT
CATGCTTCGTACCCACTGAACGATGTCCACGCCGTCTCCGAACTCTCCCACGGGTTTCCT
TCCGGTGATGAGTTCCAAAAGAACAACACCGAAACTGTACACATCGCTCTTCTCATCTAC
CTTTAATGTATACGCATACTCTGGAGCGATGTAGCCGTAGGAGCCGGCAATTGCAGACAT
ACACTCAGAAGTACCGGAGTCTTGTAAGAACTTGGCAAGACCAAAGTCGGCGACATGAGC
TTCAAAGCAGGAGTCTAGGAGGATGTTGTTGGATTTGACATCTCTGTGGACGATCAGAGG
AGAACAGTCGTGGTGGAGATAGCAAAGACCCTTGGCCGCTTCAAGAGCAATCTTGTAACG
TGTGTCCCAATGCAAATGACCTCCTTTCTTTCCGTGGAGGACCTCTCCGAGGCTACCGTT
GGGCATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

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ATTTCTATCAAAGTAATGCGACTCGAATTTATGGGCAGAAAAAAACGACAAAGTTCAAGA
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CTCTCCCACGGGTTT
CCT

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TGGAGGACCTCTCCGAGGCTACCGTTGGGCATGC

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DS 



AS 1 3

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TTTCCCAATCCATAACTTTTACATTCCTGAACAAAATGAATTTGTGAAGTTGTAGCAAGC
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ATTGCTCTCTCCAACACGCTTAGTCCTCCATCGTCCTCTATCGATGGACGTGCACCTCTT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DG12JQ U 1
AF RR3DG60JQ U 1
AF RR3DG60TF C 483
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TTTCTGCTTTGAACAGCTTCCCATATTCTACACG

QA 1 694 1 694
DS 

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TTTCCCAATCCATAACTTTTACATTCCTGAACAAAATGAATTTGTGAAGTTGTAGCAAGC
TGAATCATTCTCATGGTTTTGAATTTTGGTGTTTCTCTTATGGAACATGTGCCAATGTTG
GTTTAAGCGCATTCGGCTAAGAGAAGAAAGAGCTCTTCATCGGTTATGGCTCCCATTTCC
ATTGCTCTCTCCAACACGCTTAGTCCTCCATCGTCCTCTATCGATGGACGTGCACCTCTT
CGGAGTAGAATCTTTGCAAACTTGTGGTTCCCTGAAGAGATGCAGTGGTGTAACGGAGTC
CTTCCGTGGTAATCTCTCATGTTTGGGTCAGCACCAAACTGCAGCAACAGTTCAAGCAAG
ACAGAGTCACCAATGTGACAAGCCACATGGAGCAACGAACAGCCTTGAAGACAGTTTCCT
GGTTCGTTGGAGTCTTTGATCCTCTGACACGCAGTTGGGTCATGTCTTTTCTTTACCGCT
TCCCCTGATGCGTCGGCATGGTGATGATAAGCATCGATGTCAGTTATTATGTCATCGAAC
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QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3DG60TF 629 0 0
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GGTGTTGATGATATTCACATCCCCTGAAGTAACGATCAGTCGATATATTTCTCGTATGTT
TCTGCTTTGAACAGCTTCCCATATTCTACACGCAGCAGAAGGGTTGGCTTTGCTTTCATC
TTTGATGACTAATGCTTTCTCCAGGTACTTCGCTAGAATGTATCTCTCCTTGACAGTAAA
AGAATCGTCTGGACATGGTTTTGAAACTGAAGCACGTGACAATGTTGATTCGTTTTCACT
GTCATCGTCAAGGTGAAGTAGCCCTTCCCACAGTGAATTACAGTACAAATTTCCCAAATT
TCTAAATAGGTCCAAGATTGTTGGCTCCCACACTTTCACATCTAGTGTGAGGGACCGCAC
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TCCAAGATTTAATGATGCCCAATCGGGATTAGGAGCATTGCACTCTGCACACACATTATT
CCCTGGAATTCCTCTCAGTATTGTGGAGC

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 3

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AACACACACAAATGTACCGTGAAGTGAACACAACAGACAAGTTGGTAATAACTCCATCCC
AACAAAGTCATCGTCCTTTCTTACAAACACAAACATTTATTCTTCGTTTTATTCTTCTTT
TTCACACCAACTAACCACTTCATCCAACACCAAACCGGATCAATCATTCATCGTCGCTTA
AAGGAACAGTTTTCACCAAGTCGCGGAACTTGAGAATGTAGAACATCTCAAGGTATCTTC
TAGTCTCAAGACGCTCCAGCTTCGATACGTACTTCCAAAAGCCATACACACCAGCTAGTG
TCATTAGCCTCTCTGAGTATATCTTCCACGTGTACCTTTCGTATATCCTTTGGAGACTAG
CATCTGATACTTTGTTCCAATGGTTAGGATCCTCCTTACAACGCTGAAAGAACTCAGCCA
TAATGTTACCCGCTTGCTCAGGATGGTACGGGTCAATATGAAAACCAGACACACCATGCT
CTATAATCTCCGCAGGACCACCGTGCAAAGTGGCGAAAGTAGGAAGCCCACAAGTCATTG
CTTCCACGACCGTAAGCCCAAAGGCCTCGTAGAACGCAGGCTGAGCGAAAGCGCCTTTCG
TATCCGCAATGTAACGGTAAAGCTCACCGTTTCTAGCACGGTTAGTCTGAGCCGTTATCC
AACGGACCTGTCCTTCGAGCTCGTACGTCTTGATAAGGTTATGCATCTTCTCGATCTCCG
TGATCTCTTCTCTGTCTTTGGACTTGCTCACGTCGATGTTACCAGCTATCACGACCAGAT
TCACCAGCTCTCTCAGCGTCGCGTTCTTACCGTACATCTCGACTAAACCCGAGATGTTCT
TCACTTTGTCTAGCCTCGCCATCGAGAAGAGTATCGGCTTCGACCTATCGCTCAATGTGC
CGACGTGCTCGTCGGTTTGCTCAGGGCTATAGAGCATCTCTTCTATGGAACCGTGTAAAG
CTGTGAGCCTCTTGTCTTTTTCGGTGAAAGGGAAGTATATGGTCATGTCTGCTCCTGGTG
AGACTATGTTGAGCTTCGGATCAAACACGTCGATGCCGTGGACTACTCTGTATAGTCCAG
GAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3EW87JQ U 1
AF RR3EW87TF C 280
AF RR3ET39TF U 402
BS 1 755 RR3EW87JQ
BS 756 756 RR3ET39TF
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BS 832 857 RR3ET39TF
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BS 859 922 RR3ET39TF
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BS 936 954 RR3ET39TF
BS 955 955 RR3EW87TF
BS 956 1144 RR3ET39TF

RD RR3EW87JQ 793 0 0
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AACAAAGTCATCGTCCTTTCTTACAAACACAAACATTTATTCTTCGTTTTATTCTTCTTT
TTCACACCAACTAACCACTTCATCCAACACCAAACCGGATCAATCATTCATCGTCGCTTA
AAGGAACAGTTTTCACCAAGTCGCGGAACTTGAGAATGTAGAACATCTCAAGGTATCTTC
TAGTCTCAAGACGCTCCAGCTTCGATACGTACTTCCAAAAGCCATACACACCAGCTAGTG
TCATTAGCCTCTCTGAGTATATCTTCCACGTGTACCTTTCGTATATCCTTTGGAGACTAG
CATCTGATACTTTGTTCCAATGGTTAGGATCCTCCTTACAACGCTGAAAGAACTCAGCCA
TAATGTTACCCGCTTGCTCAGGATGGTACGGGTCAATATGAAAACCAGACACACCATGCT
CTATAATCTCCGCAGGACCACCGTGCAAAGTGGCGAAAGTAGGAAGCCCACAAGTCATTG
CTTCCACGACCGTAAGCCCAAAGGCCTCGTAGAACGCAGGCTGAGCGAAAGCGCCTTTCG
TATCCGCAATGTAACGGTAAAGCTCACCGTTTCTAGCACGGTTAGTCTGAGCCGTTATCC
AACGGACCTGTCCTTCGAGCTCGTACGTCTTGATA*GGTTATGCATCTTCTCGATCTCCG
TGATCTCTTCTCT

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3EW87TF 797 0 0
AGAACATCTCAAGGTATCT*CTAGTCTCAAGACGCTCCAGCTTCGATACGTACTTCCAAA
AGCCATACACACCAGCTAGTGTCATTAGCCTCTCTGAGTATATCTTCCACGTGTACCTTT
CGTATATCCTTTGGAGACTAGCATCTGATACTTTGTTCCAATGGTTAGGATCCTCCTTAC
AACGCTGAAAGAACTCAGCCATAATGTTACCCGCTTGCTCAGGATGGTACGGGTCAATAT
GAAAACCAGACACACCATGCTCTATAATCTCCGCAGGACCACCGTGCAAAGTGGCGAAAG
TAGGAAGCCCACAAGTCATTGCTTCCACGACCGTAAGCCCAAAGGCCTCGTAGAACGCAG
GCTGAGCGAAAGCGCCTTTCGTATCCGCAATGTAACGGTAAAGCTCACCGTTTCTAGCAC
GGTTAGTCTGAGCCGTTATCCAACGGACCTGTCCTTCGAGCTCGTACGTCTTGATAAGGT
TATGCATCTTCTCGATCTCCGTGATCTCTTCTCTGTCTTTGGACTTGCTGGCGTCGATGT
TACCAGCTATCACGACCAGATTCACCAGCTCTCTCAGCGTCGCGTTCTTACCGTACATCT
CGACTAAACCCGAGATGTTCTTCACTTTGTCTAGCCTCGCCATCGAGAAGAGTATCGGCT
TCGACCTATCGCTCAATGTGCCGACGTGCTCGTCGGTTTGCTTAGGGCTATAGAGCATCT
CTTCTATGGAACCGTGTAAAGCTGTGAGCCTCTTGTCTTTTTCGGTGAAAGGGAAGTATA
TGGTCATGTCTGCTCC
C

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3ET39TF 743 0 0
G
ATATCCTTTGGAGACCAGCATCTGATACTTTGTTCCAATGGTTAGGATCCTCCTTACAAC
GCTGAAAGAACTCAGCCATAATGTTACCCGCTTGCTCAGGATGGTACGGGTCAATATGAA
AACCAGACACACCATGCTCTATAATCTCCGCAGGACCACCGTGCAAAGTGGCGAAAGTAG
GAAGCCCACAAGTCATTGCTTCCACCACCGTAAGCCCAAAGGCCTCGTAGAACGCAGGCT
GAGCGAAAGCGCCTTTCGTATCCGCAATGTAACGGTAAAGCTCGCCGTTTCTAGCTCGGT
TAGTCTGAGCCGTTATCCAGCGAAACTGTCCTTCGAGCTCGTACGTCTTGATAAGGTTAT
GCATCTTCTCGATCTCCGTGATCTCTTCTCTGTCTTTGGACTTGCTCACGTCGATGTTAC
CAGCTATCTCGACCAGATTCACCAGCTCTCTCAGCTTCGCGTTCTTACCGTACATCTCGA
CTAAACCCGAGATGTTCTTCACTTTGTCTAGCCTCGCCATTGAGAAGAGTATTGGCTTCG
ACCTATCGCTCAGTGTGCCGACGTGCTCGTCGGTTTGCTCAGGGCTATAGAGCATCTCTT
CTATGGAACCGTGTAAAGCTGTGAGCCTCTTGTCTTTTTCGGTGAAAGGGAAGTATATGG
TCATGTCTGCTCCTGGTGAGACTATGTTGAGCTTCGGATCAAACACGTCGATGCCGTGGA
CTACTCTGTATAGTCCAGGAGC

QA 2 743 2 743
DS 



AS 1 3

CO CL3956Contig1 734 3 5 U
GGCAAACACTTTGGCATTCATTTAAGTTCCAGTTCCAAGAGGACATGCTTAAGCCACAGA
GATCTAAATGTACAAAAACCCAAGGAATAAAAGACTCCTTGAGAAAAGCAAGAGTGGGAC
TGTTCCATCTAACTAACTAACCATCTTAGATAACTTTCTTCTTCTCCAGAAACGTCTTCA
AGTGCATAAACTGCATTCCAGCGACTCCTAAGCATACAAAAAGAGAAAGAAAACTCAACC
AAGCCATTTTAGAGTTTGTAGCCCTGTTCAGATTCTGCATCTCTTCCTCCCTGTCTCTGA
GATAAAACATCTCATCATGAATCGTATTGACGGTTTCAATCAGTTGCTTAACCTCAAACT
CCATGACTTCGACTTGACTCTTCTTGGCGACACTACTCCAGCTCTTGGAATGAATACCCG
TCCTCCAATCAAAATCGATACTCAACGTCACCTCAGGCTTATGGCCGTTGGCAGTGAAAC
AAGCCATGTAGTCTCCAGCTTCAACCGCCGTGAACGCGAACTGTCCCGAGTCCACATCTT
CCGCGTGATGAAACGTGTTCCCGTAACTCGATGTCACCCTTATGGAGATCTTGTGAGAGG
GAGGAGAAGGGTGAGCCTCGTCGGGTTTGACGACGGTGTATTTCCCGACGGTCATTGAAT
TGCTTTTGATGTCTTCCGATATACATTTTGTTCGGCCTGATCGCAGTTCGAAGTGGAGGG
ACTGAGATACGCCG


BQ
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG59JQ U 1
AF RR3CG59TF C 1
AF RR3C492JQ U 1
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C

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C

QA 1 612 1 612
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AS 1 3

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GATTTATTTGATAGATAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B072TF U 1
AF RR3DH06TF U 89
AF RR3B072JQ C 112
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GGGGATGGTAAAA
ACAGTAT

QA 1 793 1 793
DS 

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G
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CAGTATAAAAAA

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DS 

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T
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AACGGAGCGGTGGTGAATTACTGCCGACTAGTGTTACGTTGGCTGTTTGAGGAAGAAAAC
AGAGATGGAGTTTTTGTTATTATTATTGGAATGGTAGAAAAGTAAATATGTCTCAACTGG
TTTTGGCGGGGGATGGTAAAAACAGTATAAAAAAGGTGTTAATAGTTTTTTTGTTCTTTT
TATTTACTTATAGTTTTTGTGTTTATGTACGCGGTAAGGGAGGGGTGATTTCTGTAGCAA
ATTATAGCGATTTATTTGATAGATAAA

QA 2 808 2 808
DS 



AS 1 3

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CAAAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 

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AF RR3E538JQ U 3
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C
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QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI21TF U 1
AF RR3DI21JQ C 306
BS 1 628 RR3DI21TF
BS 629 629 RR3DI21JQ
BS 630 644 RR3DI21TF
BS 645 1087 RR3DI21JQ

RD RR3DI21TF 644 0 0
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ACTTCCTCTGTTGGGTACCAGTGTCCGATCCCAATTGAGATGGTGAAGCCATTAGCTGAG
ATTGATCACGAAGGACGAGAGGGATCACCAAGGGGCAGAGCAAGAAGAGGCAGAGGAAGC
GGAAGGGGAAGAGGTGGCAGAGGGGACGGGTATGTGAATGTTGAGTACGATGATGGAGTT
ATGGAGCCTGAACGGTCACCTGGTAGAGGAAGAGGGGGCAGGAGAGGGCGTGGTGGTCGT
GGAAGAGGAGGTTACAGTGCTCCTCAACCTCCCTATGAAGCTCAGCAAGATGGAGGGGAG
TATGGACACAATGCTACTCAACAGTACCGTGAGTATGATGATGGAGGTATGGATCATGAA
CGTAGAGGAGGTCGCGGGGGAAGAGGAGGACGCCGTGGTGGTCGTGGAAGAGGAGGTTAC
AATGGTCATCAACCTCACTATGAAGCTCAACAAGCTGGAGGAGACTATGGTTACACTGCC
CCTCCTCCAAGAGAACATGGGTATGATGAAGGAGGTATGAACACCGAGCGATCATCTGGT
AGAGGAAGAGGAGGCGGGAGAAGAGGAG*ACGTGGAAAGGGAGG

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3DI21JQ 782 0 0
AGGAGGTTACAGTGCTCCTCAACCTCCCTATGAAGCTCAGCAAGATGGAGGGGAGTATGG
ACACAATGCTACTCAACAGTACCGTGAGTATGATGATGGAGGTATGGATCATGAACGTAG
AGGAGGTCGCGGGGGAAGAGGAGGACGCCGTGGTGGTCGTGGAAGAGGAGGTTACAATGG
TCATCAACCTCACTATGAAGCTCAACAAGCTGGAGGAGACTATGGTTACACTGCCCCTCC
TCCAAGAGAACATGGGTATGATGAAGGAGGTATGAACACCGAGCGATCATTTGGTAGAGG
AAGAGGAGGCGGGAGAAGAGGAGGACGTGGAAGGGGAGGTTACGGTGGTACTCCACAATA
CCATGAAGCTCAACAACATGGAGGAGATTATGGATACAACAACTCTGGTCCTCCACAGGA
TTATGGATATGATGCTCCTCAACAGGGCCGTGGACGTGGTGGGCGTGGAAGGGGAGGACG
TGGAAGAGGAGGAGGCCGTGGTGGATTCAACAGATCGGATGGACCACCGAACAATGCAGC
TGCTTAAGTGAGCAGGGTCGTTGAATCATGGACTTTGGTTTTTTTTTTCCTTCATTGTCT
ATCTTTTGTTTTTGTCCACCAAAAGAACAAGATGTTGCCGTAGAATAATTTCTATCTTTG
ATTTGGTCGTTAGGTAATGTTATATGTTCATTTATTTCACGAATGTTGCCTTTGTGATTT
TTGAGGTTTGTTTTGTACCTTTTGACATTTCCCAGTTTTGTCTCTATTTTTCGAGTTGTT
GG

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL3960Contig1 1105 2 4 U
GGGTGTCAGCTCTCTTCACTCTCTCTGTTTCAAGGTTTGAAGAAGATGAAGAGCAAAGGT
TCCATGGGCGTCGTGACTCATCTTCCTCCCCATTTGCCATCTCTCTCCGACCTTGAAGCT
CGGATGCAACTCATGCGTGAATCTGCCTTTGAAGAAAGCCAAGGAGATGATGATACATTT
GCTCATCGTGCTGAATGGTTTTACCAGAGAAGGCCTCTCCTTCTCTCCCTTTGTCTTGAC
CTTTACAACGGCTACGTCACTCTCTTGGGCCGTTCTCATCAAAGCAAACCGAACCAGCAG
CTTAAACCCACGGCTTCTCATCCCAATCATCTCCTCCACGACGAAGAAGACTGCGTTTCA
GAGGTTGATTCCGGTAGCGAGATAAGTTCGGAGAGCACCTTATCCTTTCAACAGATGGAA
GATCCTGCTGCGGTCTCAGACAAAGTCGATCAGCTCGTGTCCCCAACTCGTGGCTGCAAA
CTTGGACAAGGAGATTCTGCAACACGAGTTACTCAACAAGGAGCAGCAGTTTTGTGAAGC
CGCCAAGACCATAGAGCTGTTGAAGAAGTTCGTCATGTTGCTGGAGATGGAGAAGGAAGT
GGCTATGGAGGAAAACGCTAATCTTGGATACAAAGTCACTTCTCTCCTCGAGGAGAACAG
AGAGCTAGCCACTGAGGCCTTGTTCATGAAGAACGAAGCTGTTGGTCTCGCTAGGTGTGT
GCTTAAGATGAGAGATGACCACTTCCACAAGGTCTGCATCCTCCAAAACCGCATCTATTC
ACTTCAGGCACCGCAGAACTCCGAGCCTGTTTATGATAAGGTCTCAACCGGCTGCTTTGG
CCTGGATAAGTACAAGACCAAGAAGAAGAAGGAGAACTAAGCTGAAGACAAGACTGGATT
CAAGTGGTTGAAGAAGCTGAACAACATCAACCTCTTCACAAAGTCCAGCCTTAACCCATC
AGCTGCTCCATCATGCTGCACTTCTCAACTTGCCTAATTAATCTATCCTTTGTTGTATTA
GTAAACTATGAACAATGCATACATTACTGTGTATGTTTTACGGCCTTGTTACGTTTAATG
CTATTTAGTGCATCGTCCTGATGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FL54TF U 1
AF RR3AL78JQ C 429
BS 1 463 RR3FL54TF
BS 464 464 RR3AL78JQ
BS 465 739 RR3FL54TF
BS 740 1105 RR3AL78JQ

RD RR3FL54TF 743 0 0
GGGTGTCAGCTCTCTTCACTCTCTCTGTTTCAAGGTTTGAAGAAGATGAAGAGCAAAGGT
TCCATGGGCGTCGTGACTCATCTTCCTCCCCATTTGCCATCTCTCTCCGACCTTGAAGCT
CGGATGCAACTCATGCGTGAATCTGCCTTTGAAGAAAGCCAAGGAGATGATGATACATTT
GCTCATCGTGCTGAATGGTTTTACCAGAGAAGGCCTCTCCTTCTCTCCCTTTGTCTTGAC
CTTTACAACGGCTACGTCACTCTCTTGGGCCGTTCTCATCAAAGCAAACCGAACCAGCAG
CTTAAACCCACGGCTTCTCATCCCAATCATCTCCTCCACGACGAAGAAGACTGCGTTTCA
GAGGTTGATTCCGGTAGCGAGATAAGTTCGGAGAGCACCTTATCCTTTCAACAGATGGAA
GATCCTGCTGCGGTCTCAGACAAAGTCGATCAGCTCGTGTCCC*AACTCGTGGCTGCAAA
CTTGGACAAGGAGATTCTGCAACACGAGTTACTCAACAAGGAGCAGCAGTTTTGTGAAGC
CGCCAAGACCATAGAGCTGTTGAAGAAGTTCGTCATGTTGCTGGAGATGGAGAAGGAAGT
GGCTATGGAGGAAAACGCTAATCTTGGATACAAAGTCACTTCTCTCCTCGAGGAGAACAG
AGAGCTAGCCACTGAGGCCTTGTTCATGAAGAACGAAGCTGTTGGTCTCGCTAGGTGTGT
GCTTAAGATGAGAGATGAC
ACTT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3AL78JQ 677 0 0
TGCGGTCTCAGACAAAGTCGATGAGCTCGTGTCCCCAACTCGTGGCTGCAAACTTGGACA
AGGAGATTCTGCAACACGAGTTACTCAACAAGGAGCAGCAGTTTTGTGAAGCCGCCAAGA
CCATAGAGCTGTTGAAGAAGTTCGTCATGTTGCTGGAGATGGAGAAGGAAGTGGCTATGG
AGGAAAACGCTAATCTTGGATACAAAGTCACTTCTCTCCTCGAGGAGAACAGAGAGCTAG
CCACTGAGGCCTTGTTCATGAAGAACGAAGCTGTTGGTCTCGCTAGGTGTGTGCTTAAGA
TGAGAGATGACCACTTCCACAAGGTCTGCATCCTCCAAAACCGCATCTATTCACTTCAGG
CACCGCAGAACTCCGAGCCTGTTTATGATAAGGTCTCAACCGGCTGCTTTGGCCTGGATA
AGTACAAGACCAAGAAGAAGAAGGAGAACTAAGCTGAAGACAAGACTGGATTCAAGTGGT
TGAAGAAGCTGAACAACATCAACCTCTTCACAAAGTCCAGCCTTAACCCATCAGCTGCTC
CATCATGCTGCACTTCTCAACTTGCCTAATTAATCTATCCTTTGTTGTATTAGTAAACTA
TGAACAATGCATACATTACTGTGTATGTTTTACGGCCTTGTTACGTTTAATGCTATTTAG
TGCATCGTCCTGATGCA

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 3

CO CL3961Contig1 1080 3 8 U
CGCGTCAACCTTTTTTAATGTAAAAAATAAACCTCTTTTTCAGTACAAAGTCTAATAATC
AATCAACCATTACTTAATAGAGAATTCGGAGACGACATGAACATGTAACGACCAAACAGC
ACTCACAAAATCAAAACTTTCTATGTTGTCGGGGGAGTCTTCTCAATCGCTCATGTCGTC
AAAATCCTCAAAAGCATTGACACCATCAGCTGCTTCATCCGCTGATTCGTCTCCATCTTC
ATCTGTTTCCATTGCTTCATCTGGTCCTTGTCCTTCTTCATCATCAGTGTCCTTGTCCTC
GTAAATCACTGGACCTTCATCTTCTTATTCTTCATCCAAATCGTCCACAAGCAAGTCTAA
GCCGCTTGAAACTTCTACGGCAGTGTGAAGAGTTGATACTCGTGATTCGATGAGCTGATA
CATTGAGTTCAAAGCGATCAAAGATGAGTTTTGGGACATAATCCCACTGGAATGAGTAAG
TAACACACACTTTATCCACGGAATCGCACAAGCTAAAACCGCACCCCTTGATTGTAGTAT
TGGTAGAAGGGAATTAAGAAGCTTTAGAACTTCTGCTGAATTCAACTTAGCAACCGAATT
AGCAATCACCTGTTCATCTCGGTTGTACAAGCAATCAAGTAGAAGAGAGCGATCATCAGC
ATGCAATGCCTGTCTCAGAAGAACGTTCACAGAGGCTGCTGTAGGAGGCTTCTTATCATC
GACTCTATTACTCTCCTCCTCGCTTCTAAGTTTCTCTCCCTCTAACAAATGAAGACTCTC
GAATTTATCACCCATTGTTGGCTCGTTATGAGCATCCTCTACTACCCCTCCATCCCTTTC
TTCGTCAACACCGGAATGACGCGGCTCTCTTGTTGTTGAAGGCACATCGGGATCGGGTTC
AGATCGCTTCCTGTTCTTCTTCTTATGCTTCTTCTCTCTAGGAGTAGTGTCGGCGATTTC
ACCTCCGTCAGAGGTGGGAAGAGGCTTCAGTTTCTCTTTCGCCATGGTCGGCGGTGAAGC
GTAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACGACGACGCGGGTTTCC


BQ
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AF RR3CV05JQB U 1
AF RR3CB01JQ U 22
AF RR3CB01TF C 624
BS 1 753 RR3CV05JQB
BS 754 754 RR3CB01JQ
BS 755 768 RR3CV05JQB
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BS 836 839 RR3CV05JQB
BS 840 1080 RR3CB01TF

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AAAATCCTCAAAAGCATTGACACCATCAGCTGCTTCATCCGCTGATTCGTCTCCATCTTC
ATCTGTTTCCATTGCTTCATCTGGTCCTTGTCCTTCTTCATCATCAGTGTCCTTGTCCTC
GTAAATCACTGGACCTTCATCTTCTTATTCTTCATCCAAATCGTCCACAAGCAAGTCTAA
GCCGCTTGAAACTTCTACGGCAGTGTGAAGAGTTGATACTCGTGATTCGATGAGCTGATA
CATTGAGTTCAAAGCGATCAAAGATGAGTTTTGGGACATAATCCCACTGGAATGAGTAAG
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AGCAATCACCTGTTCATCTCGGTTGTACAAGCAATCAAGTAGAAGAGAGCGATCATCAGC
ATGCAATGCCTGTCTCAGAAGAACGTTCACAGAGGCTGCTGTAGGAGGCTTCTTATCATC
GACTCTATTACTCTCCTCCTCGCTTCTAAGTTTATCTCCCTCTAACAAGCGAAGACTCTC
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TTCATCACACCGGAC

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DS 

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AAAAAATAAACCTCTTTTTCAGTACAAAGTCTAATAATCAATCAACCATTACTTAATAGA
GAATTCGGAGACGACATGAACATGTAACGACCAAACAGCACTCACAAAATCAAAACTTTT
TATGTTGTCGGGGGAGTCTTCTCAATCGCTCATGTCGTCAAAATCCTCAAAAGCATTGAC
ACCATCAGCTGCTTCATCCGCTGATTCGTCTCCATCTTCATCTGTTTCCATTGCT*CATC
TGGTCCTTGTCCTTCTTCATCATCAGTGTCCTTGTCCTCGTAAATCACTGGACCTTCATC
TTCTTCTTCTTCATCCAAATCGTCCACAAGCAAGTCTAAGCCGCTTGAAACTTCTACGGC
AGTGTGAAGAGTTGATACTCGTGATTCGATGAGCTGATACATTGAGTTCAAAGCGATCAA
AGATGAGTTTTGGGACATAATCCCACTGGAATGAGTAAGTAACACACACTTTATCCACGG
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CTTTAGAACTTCTGCTGAATTCAACTTAGCAACCGAATTAGCAATCACCTGTTCATCTCG
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GCTTCTAAGTTTCTCTCCCTCTAACAAATGAAGACTCTCGAATTTATCACCCATT

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DS 

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TTCTAAGTTTCTCTCCCTCTAACAAATGAAGACTCTCGAATTTATCACCCATTGTTGGCT
CGTTATGAGCATCCTCTACTACCCCTCCATCCCTTTCTTCGTCAACACCGGAATGACGCG
GCTCTCTTGTTGTTGAAGGCACATCGGGATCGGGTTCAGATCGCTTCCTGTTCTTCTTCT
TATGCTTCTTCTCTCTAGGAGTAGTGTCGGCGATTTCACCTCCGTCAGAGGTGGGAAGAG
GCTTCAGTTTCTCTTTCGCCATGGTCGGCGGTGAAGCGTAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGACGACGACGCGGGTTTCC

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DS 



AS 1 2

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GAGAGAGTCCAAGACATTTCATCATCTTCCCTCCGCACCGAAGCCATCCCTTTGGAGTTC
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AACTACAGTTTCTGGCCAAAGAACCCACCCGAGTACAGGGAGGTGAACGAAGAGCACGCA
TTGCATGTGAAGAAGCTGTCGGAGACATTGTTAGGTATTCTCTCGGAAGGGTTGGGGGTT
ACGTCGTGACGCGTTGAGAGAAGGTCTCGGAGGAGATCTGGCGGAGTATATGATGAAGAT
TAACTATTATCCGCCGTGTCCTCGGCCGGATTTAGCTTTGGGAGTACCGGCGCATACCGA
TCTCAGTGGGATAACTCTGCTTGTACCTAACGAAGTTCCTGGACTTCAAGTTTTCAAAGA
CGATCACTGGTTCGACGCCGAGTATATTCCTTCCGCCGTCATTGTTCACATCGGCGATCA
GATTCTGAGGCTGAGTAATGGGAGGTATAAGAATGTGTTGCATAGGACGACGGTGGATAA
GGACAGGACAAGGATGTCGTGGCCAGTTTTCTTGGAGCCTCACCGTGAAATGATCGTCGG
GCCTTTACCGGAGCTTATAAGCGATGGTAATCCTCCGAAGTACAAGCCTTTTGCTTTCAA
GGACTACAGTTACCGCAAGCTCAATAAGCTTCCTCTGGATTGAGAAAGAAGAAGAAAATC
AAAAGTATGAAGAAAAGTGTGTGATGAATTTAAATTGTTTTATTTAAAAAAACTGTTTTG
TTTGAAATAAGGTGTGGTTGTTGTTTTCCCGCGATAAGAAGTTTCGATGTGTCGCTTCTC
GTGGTCAGTTATTTATGATTAAATAAAGACTAAAGACATGTAGTAGCTACATTAACGTTT
GATG


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3GZ04TF U 1
AF RR3GZ04JQ C 474
BS 1 741 RR3GZ04TF
BS 742 742 RR3GZ04JQ
BS 743 756 RR3GZ04TF
BS 757 757 RR3GZ04JQ
BS 758 773 RR3GZ04TF
BS 774 774 RR3GZ04JQ
BS 775 801 RR3GZ04TF
BS 802 1264 RR3GZ04JQ

RD RR3GZ04TF 801 0 0
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GAGAGAGTCCAAGACATTTCATCATCTTCCCTCCGCACCGAAGCCATCCCTTTGGAGTTC
ATCAGATCGGAGAAAGAACAGCCGGCGATCACAACTTTCCGAGGTCCGACGCCGGCGATC
CCCGTCGTCGATCTGAGCGATCCCGACGAAGAGAGCGTGGCGCGTTCGGTGGTTAAGGCG
AGCGAAGAGTGGGGGATTTTCCAGGTGGTTAACCACGGGATCCCCACGGAGCTGATAAAA
CGGTTGCAGGAAGTCGGGAGAACGTTCTTCGAGCTTCCTTCGTCGGAGAAAGAGTCCGTC
GCGAAGCCCGTTGATGCTAAGGACATCGAAGGGTACGGGACGAAGCTACAAAAAGAAGTA
GAAGGCAAGAAAGCATGGGTTGATCATCTCTTCCACAGGATCTGGCCACCGTCGTGCGTT
AACTACAGTTTCTGGCCAAAGAACCCACCCGAGTACAGGGAGGTGAACGAAGAGCACGCA
TTGCATGTGAAGAAGCTGTCGGAGACATTGTTAGGTATTCTCTCGGAAGGGTTGGGGGTT
ACGTCGTGACGCGTTGAGAGAAGGTCTCGGAGGAGATCTGGCGGAGTATATGATGAAGAT
TAACTATTATCCGCCGTGTCCTCGGCCGGATTTAGCTTTGGGAGTACCGGCGCATACCGA
TCTCAGTGGGATAACTCTGCT*GTACCTAACGAAGT*CCTGGACTTCAAGTTT*CAAAGA
CGATCACTGGTTCGACGCCGA

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3GZ04JQ 791 0 0
GTGCGTTAACTACAGTTTCTGGCCAAAGAACCCACCCGAGTACAGGGAGGTGAACGAAGA
GCACGCATTGCATGTGAAGAAGCTGTCGGAGACATTGTTAGGTATTCTCTCGGAAGGGTT
GGGG*TTACGTCGTGACGCGTTGAGAGAAGGTCTCGGAGGAGATCTGGCGGAGTATATGA
TGAAGATTAACTATTATCCGCCGTGTCCTCGGCCGGATTTAGCTTTGGGAGTACCGGCGC
ATACCGATCTCAGTGGGATAACTCTGCTTGTACCTAACGAAGTTCCTGGACTTCAAGTTT
TCAAAGACGATCACTGGTTCGACGCCGAGTATATTCCTTCCGCCGTCATTGTTCACATCG
GCGATCAGATTCTGAGGCTGAGTAATGGGAGGTATAAGAATGTGTTGCATAGGACGACGG
TGGATAAGGACAGGACAAGGATGTCGTGGCCAGTTTTCTTGGAGCCTCACCGTGAAATGA
TCGTCGGGCCTTTACCGGAGCTTATAAGCGATGGTAATCCTCCGAAGTACAAGCCTTTTG
CTTTCAAGGACTACAGTTACCGCAAGCTCAATAAGCTTCCTCTGGATTGAGAAAGAAGAA
GAAAATCAAAAGTATGAAGAAAAGTGTGTGATGAATTTAAATTGTTTTATTTAAAAAAAC
TGTTTTGTTTGAAATAAGGTGTGGTTGTTGTTTTCCCGCGATAAGAAGTTTCGATGTGTC
GCTTCTCGTGGTCAGTTATTTATGATTAAATAAAGACTAAAGACATGTAGTAGCTACATT
AACGTTTGATG

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL3963Contig1 1019 2 8 U
GGGCAGGGAGAAGGGAGAAGGGAGAAGGGAGAAGGGAGAAGATGTCGAGGCGAGAGAGCA
GAGATTCAGAGCCTAAACGAGATCGTTCTAGATTCGATCGCGAATCCAGCCCTAAGAGGT
CTAGGAGAGATGCACAACCTGAAGCTGAAGGAGTTCTTCTGAGTAAGAAGGATTTTGATG
TTAGTACTGAGACAGATAAGAAACCACGCCAGTCCCTGAGAGATGCTGCTCCACTCGAAC
CTGATTCTCAGGGCTTGACAAAAGACGATGACAAGAAGACGACCAAACGAGCTCCCCATC
TGTCAGAAGGACCTCGTTCTAGACCTTACCATCAGCAGCATGATGATCGTCGTACTACTG
GGAGAGGAGACAGAAGGCCAACTCCTGAGAGAGGATCTTGGAGAGGTTCGAGAGATCAGA
GCAATCGTCGAGCTGGAGATGATCGTAGAGACCAAGACAAAAGCACTTGGCGACACGACA
AGTTCCGTGAGGGTGACGACACCAAAGGAGCACTCTCTCGGAAACGCCCTGCCTTCAGGG
AGAAGAAGATTCCAGAGGAATCTAGGAACGGCACAGACAGAACAAGAACTGAGGAGGCAA
AAGACACGAATCTAAACACTCGCAGACAGAACGAGAGAAACTGGAGGAGCAACAACAATG
AGAGACCGGCAATGGGAAGAGACAGGGTGTGGAACAGAGACGATGGAAGCAGACAGAGTT
ATCGAGCTGATAGAGAGGTGGGATTCAACAGAAATGGACGAAGTGGTTTTCATGGAAGCT
GGACAAAGGCTGAGAAGAAATGGGACCATGACTTGTACGAGGAGGCGAACAAGAGTCCTG
GTAGAGCCAACGAGGAAGAACAGATTGCAAAGGTCGAAGCTTTGTTGGCTTCTTAAAGCT
ATTGCTTATTGTTATGTTTCTTGGTGTGGATTTTGCATCTAATCTCTTTTAATGTCTTAG
TTTTGCAAGTGTAGAAGATAATCTCTGAGTTTATATAATGAAAAACTTTGTTCTATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D427TF U 1
AF RR3D427JQ C 606
BS 1 677 RR3D427TF
BS 678 678 RR3D427JQ
BS 679 686 RR3D427TF
BS 687 687 RR3D427JQ
BS 688 719 RR3D427TF
BS 720 720 RR3D427JQ
BS 721 730 RR3D427TF
BS 731 1019 RR3D427JQ

RD RR3D427TF 730 0 0
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GAGATTCAGAGCCTAAACGAGATCGTTCTAGATTCGATCGCGAATCCAGCCCTAAGAGGT
CTAGGAGAGATGCACAACCTGAAGCTGAAGGAGTTCTTCTGAGTAAGAAGGATTTTGATG
TTAGTACTGAGACAGATAAGAAACCACGCCAGTCCCTGAGAGATGCTGCTCCACTCGAAC
CTGATTCTCAGGGCTTGACAAAAGACGATGACAAGAAGACGACCAAACGAGCTCCCCATC
TGTCAGAAGGACCTCGTTCTAGACCTTACCATCAGCAGCATGATGATCGTCGTACTACTG
GGAGAGGAGACAGAAGGCCAACTCCTGAGAGAGGATCTTGGAGAGGTTCGAGAGATCAGA
GCAATCGTCGAGCTGGAGATGATCGTAGAGACCAAGACAAAAGCACTTGGCGACACGACA
AGTTCCGTGAGGGTGACGACACCAAAGGAGCACTCTCTCGGAAACGCCCTGCCTTCAGGG
AGAAGAAGATTCCAGAGGAATCTAGGAACGGCACAGACAGAACAAGAACTGAGGAGGCAA
AAGACACGAATCTAAACACTCGCAGACAGAACGAGAGAAACTGGAGGAGCAACAACAATG
AGAGACCGGCAATGGGA*GAGACAGG*TGTGGAACAGAGACGATGGAAGCAGACAGAGT*
ATCGAGCTGA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3D427JQ 414 0 0
ACGAATCTAAACACTCGCAGACAGAACGAGAGAAACTGGAGGAGCAACAACAATGAGAGA
CCGGCAATGGGAAGAGACAGGGTGTGGAACAGAGACGATGGAAGCAGACAGAGTTATCGA
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AAGGCTGAGAAGAAATGGGACCATGACTTGTACGAGGAGGCGAACAAGAGTCCTGGTAGA
GCCAACGAGGAAGAACAGATTGCAAAGGTCGAAGCTTTGTTGGCTTCTTAAAGCTATTGC
TTATTGTTATGTTTCTTGGTGTGGATTTTGCATCTAATCTCTTTTAATGTCTTAGTTTTG
CAAGTGTAGAAGATAATCTCTGAGTTTATATAATGAAAAACTTTGTTCTATTAC

QA 1 414 1 414
DS 



AS 1 3

CO CL3964Contig1 1506 3 9 U
GGGCTCAAAAACACCTCCATCACTCCAATGGCTTCTTCACTTCCTCAATCACCCAAACCC
ATCTCTCCCTTCTTTAAAACGCCGCCGTTTCCAACCAAACCACTCGTCTTCCTCAACTTC
CAAACCCGGCTAGCCTCGAGACCCTTGGATGTATCAGTCAATCTCAAGAAGAAGAAGAGC
GTGTGGCTCGACCCCTTTGACGACGGTGAAGACCTCAACAACGAATACGGGTCACTGTTC
GCCGATGGAAAGCAAGAAGAGGATCCGAGACCACCGGATAATCCTGACAATCCTTACGGG
TTCTTGAAGTTCCCAATGGGTTACACTGTCGAGCTCGCTTCTCTGCCGTTGAAAATCAGA
GGAGATGTTCGACGGTGCTGCTGCGTCGTCTCCGGTGGAGTGTACGAGAATCTACTCTTT
TTCCCGACGATTCAGCTACTTAAAGACAGGTATCCTGGTGTTCAGGTAGATGTCTTAACG
ACAGAGAGAGGAAAACAAACGTACGAGTTAAACAAGAACGTGAGATGGGCAAATGTGTAC
GATCCAGACGATCATTGGCCTGAGCCAGCTGAATATACAGACATGATCGGACTTCTCAAA
GGAAGGTACTATGACATGATTCTGTCAACGAAGCTCGCAGGGCTAGGCCACGCAGCGTTC
TTGTTCATGACAACGGCTAGAGACAGAGTTAGTTACATTTACCCGAATGTTAACTCTGCT
GGAGCTGGTCTGATGTTATCTGAGACCTTTACAGCAGAAAACACCAACCTGTCAGAATTA
GGTTACAAAATGTATGACCAGATGGAGGATTGGTTAGGAAGGCCGTTTAGGAGTGTTCCA
AGGACTCCTGTGCTGCCACTTAGGGTGTCGGTTTCACGGAGATTGAAAGAGGTTGTGGCT
GACAAGTATAGGAAAGCTGGAGTGGAGACAGGGAAGTTTATAGTGATCCATGGGATCGAA
TCAGATTCAAAGGCATCAATGCAATCAAAAGGAGATGGTGATAGTTTGCTTCCACTTACA
AAATGGGCTCAGATATCAAGGGGTATAAGGGGATTCAAGCCGGTCTATGTGATTCCACAT
GAGAAAGAGAGAGAAAACGTTGAAGAATTTGTGGGTGATGATACATCTATAGTGTTCATC
ACAACACCAGGACAGTTGGCTGCTCTGATAAACGATTCTGCTGGAGTTATCGCTACAAAC
ACAGCTGCTATTCAACTAGCTAATGCTCGAGACAAACCCAGTATTGGGTTGTTCTCTTCG
GAAGAGAAAGCAAAGCTATTTGTACCAGACGCAGAAGAGAAGAGTAACTGTGTCATTGTT
GCTTCAAAGACCGGAAATCTAGCAGATATTGACGTAGTAGCTGTTAAAAATGCAATGCAG
GTCTTTGAGGGATCATTGGCTCTCGTGTAGATAATCTTAAAAAGTTTGTGAAACAAGTTA
GGGAAGACGACCTATTTTCCCACCATAACTATGACATAGTAATAAATGTACACAAAGTTT
CGACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG91TF U 1
AF RR3EF18TF U 228
AF RR3EF18JQ C 667
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BS 692 774 RR3EF18TF
BS 775 1506 RR3EF18JQ

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ATCTCTCCCTTCTTTAAAACGCCGCCGTTTCCAACCAAACCACTCGTCTTCCTCAACTTC
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GTGTGGCTCGACCCCTTTGACGACGGTGAAGACCTCAACAACGAATACGGGTCACTGTTC
GCCGATGGAAAGCAAGAAGAGGATCCGAGACCACCGGATAATCCTGACAATCCTTACGGG
TTCTTGAAGTTCCCAATTGGTTACACTGTCGAGCTCGCTTCTCTGCCGTTGAAAATCAGA
GGAGATGTTCGACGGTGCTGCTGCGTCGTCTCCGGTGGAGTGTACGAGAATCTACTCTTT
TTCCCGACGATTCAGCTACTTAAAGACAGGTATCCTGGTGTTCAGGTAGATGTCTTAACG
ACAGAGAGAGGAAAACAAACGTACGAGTTAAACAAGAACGTGAGATGGGCAAATGTGTAC
GATCCAGACGATCATTGGCCTGAGCCAGCTGAATATACAGACATGATCGGACTTCTCAAA
GGAAGGTACTATGACATGATTCTGTCAACGAAGCTCGCAGGGCTAG*CCACGCAGCGTTC
TTGTTCATGACA*CGGCTAGAGACAGAGTTA

QA 1 691 1 691
DS 

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GACGGGTCAC
TTCGCCGATGGAAAGCAAGAAGAGGATCCGAGACCACCGGATAATCCTGACAATCCTTAC
GGGTTCTTGAAGTTCCCAATGGGTTACACTGTCGAGCTCGCTTCTCTGCCGTTGAAAATC
AGAGGAGATGTTCGACGGTGCTGCTGCGTCGTCTCCGGTGGAGTGTACGAGAATCTACTC
TTTTTCCCGACGATTCAGCTACTTAAAGACAGGTATCCTGGTGTTCAGGTAGATGTCTTA
ACGACAGAGAGAGGAAAACAAACGTACGAGTTAAACAAGAACGTGAGATGGGCAAATGTG
TACGATCCAGACGATCATTGGCCTGAGCCAGCTGAATATACAGACATGATCGGACTTCTC
AAAGGAAGGTACTATGACATGATTCTGTCAACGAAGCTCGCAGGGCTAGGCCACGCAGCG
TTCTTGTTCATGACAACGGCTAGAGACAGAGTTAGTTACATTTACCCGAATGTTAACTCT
GCTGGAGCTGGTCTGATGTTATCTGAGACCTTTACAGCAGAAAACACCAACCTGTCA

QA 11 547 11 547
DS 

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GGTCTGATGTTATCTGAGACCTTTACAGCAGAAAACACCAACCTGTCAGAATTAGGTTAC
AAAATGTATGACCAGATGGAGGATTGGTTAGGAAGGCCGTTTAGGAGTGTTCCAAGGACT
CCTGTGCTGCCACTTAGGGTGTCGGTTTCACGGAGATTGAAAGAGGTTGTGGCTGACAAG
TATAGGAAAGCTGGAGTGGAGACAGGGAAGTTTATAGTGATCCATGGGATCGAATCAGAT
TCAAAGGCATCAATGCAATCAAAAGGAGATGGTGATAGTTTGCTTCCACTTACAAAATGG
GCTCAGATATCAAGGGGTATAAGGGGATTCAAGCCGGTCTATGTGATTCCACATGAGAAA
GAGAGAGAAAACGTTGAAGAATTTGTGGGTGATGATACATCTATAGTGTTCATCACAACA
CCAGGACAGTTGGCTGCTCTGATAAACGATTCTGCTGGAGTTATCGCTACAAACACAGCT
GCTATTCAACTAGCTAATGCTCGAGACAAACCCAGTATTGGGTTGTTCTCTTCGGAAGAG
AAAGCAAAGCTATTTGTACCAGACGCAGAAGAGAAGAGTAACTGTGTCATTGTTGCTTCA
AAGACCGGAAATCTAGCAGATATTGACGTAGTAGCTGTTAAAAATGCAATGCAGGTCTTT
GAGGGATCATTGGCTCTCGTGTAGATAATCTTAAAAAGTTTGTGAAACAAGTTAGGGAAG
ACGACCTATTTTCCCACCATAACTATGACATAGTAATAAATGTACACAAAGTTTCGACTC

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 2

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GGACCATGAGAATGGATTCAGATGAAACAGAAACGAGGGCGAGAATGAATCTGTCGCAAG
AAGTCAACGACTACATCAAAGACACCATTGACCACTCCTTAGGGCTTCCCATCTCAATCG
AATCTCTCCAAAAGAAGCTTCTTGCGTCTGAAGAATCACATCTCCGTCTCCGAGATCAAT
ACCTACTTCTACAATCCAGATTAAAAGAGAAGGACCAAGTACTAGACAGAGTTAGGTCGG
AAGCGAGTTTAAACGCACAGGCGTTGAAGAAGTTCGTGGAGGAGAACCAGAAACTGGCGG
AGGAGTGCGGGAACTTGTTGAGCCAGTGTAAGAAATGGGAGAGAGAGTGCTTGCTTTATC
ATCAAGATCGTGATGCCTTGATGGAGTTCGGGAATGAAGCGGATGAGAGGGCGAGGGAAG
CGGAATCTAGGGTTCGTGAATTGGAAGAGGAAGTTGCAAGAATGTCTGAGGAACTGCAAG
TTCGTAAGCGACAAATTGGGACTGAGCAAGTTGATAACTGCTCACCACAAGAAGAAGATT
TGCTTGATTCAGTTTTGGGATCACTCATAAGCAAAGATGAAAATATAGTAGGGCGTCTTT
TCTTAGAGGCAAACATTCAAGACCAGTCTTGCCAAGCCTTGTTGAGCAAATGGGATCGAT
TAAAGCCTTCAACCCAAAAGGTTCTGTCTTTAGTCTCAGTGGCAAAGAAATTTGAGAAAG
AAAGGGAATGCATCATCCAGAATCTCGCTAAAGCCGAGCAAGAGAACCGAAAACTGGATA
AAGAAAATCGTAAGCTGTTAAGGCAGCAGCAAAGCCCTCTTGGTTCTTCTGAGAAAAGCC
ACAAAAGCGCATCTGCTAAGTCAAACAAGAGAAAGTGTCCAAAGATGATGAGCAGTCCAA
TCGAGAAGATGCTTGAGTTTAGCGGCAGTCCTGAAGTTAGCAGGAAGCCTCTGTCACCTG
TGTGGGATAACTCAGCAGATTCTAGGATGAACAAGAAGTGATGACAAACATGTCTCTGTA
TTATCAATGTATAACTGAAGAACTAATGGCTTGTAAACTAACACAATGCTTGTTTTGTTT
GTCATCTGATCTGATTGAAAGTTTTAC


BQ
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AF RR3H262TF U 1
AF RR3H262JQ C 388
BS 1 680 RR3H262TF
BS 681 681 RR3H262JQ
BS 682 720 RR3H262TF
BS 721 1107 RR3H262JQ

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AAGTCAACGACTACATCAAAGACACCATTGACCACTCCTTAGGGCTTCCCATCTCAATCG
AATCTCTCCAAAAGAAGCTTCTTGCGTCTGAAGAATCACATCTCCGTCTCCGAGATCAAT
ACCTACTTCTACAATCCAGATTAAAAGAGAAGGACCAAGTACTAGACAGAGTTAGGTCGG
AAGCGAGTTTAAACGCACAGGCGTTGAAGAAGTTCGTGGAGGAGAACCAGAAACTGGCGG
AGGAGTGCGGGAACTTGTTGAGCCAGTGTAAGAAATGGGAGAGAGAGTGCTTGCTTTATC
ATCAAGATCGTGATGCCTTGATGGAGTTCGGGAATGAAGCGGATGAGAGGGCGAGGGAAG
CGGAATCTAGGGTTCGTGAATTGGAAGAGGAAGTTGCAAGAATGTCTGAGGAACTGCAAG
TTCGTAAGCGACAAATTGGGACTGAGCAAGTTGATAACTGCTCACCACAAGAAGAAGATT
TGCTTGATTCAGTTTTGGGATCACTCATAAGCAAAGATGAAAATATAGTAGGGCGTCTTT
TCTTAGAGGCAAACATTCAAGACCAGTCTTGCCAAGCCTTGTTGAGCAAATGGGATCGAT
TAAAGCCTTCAACCCAAAAG*TTCTGTCTTTAGTCTCAGTGGCAAAGAAATTTGAGAAAG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3H262JQ 720 0 0
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AGGAAGTTGCAAGAATGTCTGAGGAACTGCAAGTTCGTAAGCGACAAATTGGGACTGAGC
AAGTTGATAACTGCTCACCACAAGAAGAAGATTTGCTTGATTCAGTTTTGGGATCACTCA
TAAGCAAAGATGAAAATATAGTAGGGCGTCTTTTTTTAGAGGCAAACATTCAAGACCAGT
CTTGCCAAGCCTTGTTGAGCAAATGGGATCGATTAAAGCCTTCAACCCAAAAGGTTCTGT
CTTTAGTCTCAGTGGCAAAGAAATTTGAGAAAGAAAGGGAATGCATCATCCAGAATCTCG
CTAAAGCCGAGCAAGAGAACCGAAAACTGGATAAAGAAAATCGTAAGCTGTTAAGGCAGC
AGCAAAGCCCTCTTGGTTCTTCTGAGAAAAGCCACAAAAGCGCATCTGCTAAGTCAAACA
AGAGAAAGTGTCCAAAGATGATGAGCAGTCCAATCGAGAAGATGCTTGAGTTTAGCGGCA
GTCCTGAAGTTAGCAGGAAGCCTCTGTCACCTGTGTGGGATAACTCAGCAGATTCTAGGA
TGAACAAGAAGTGATGACAAACATGTCTCTGTATTATCAATGTATAACTGAAGAACTAAT
GGCTTGTAAACTAACACAATGCTTGTTTTGTTTGTCATCTGATCTGATTGAAAGTTTTAC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL3966Contig1 582 2 2 U
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AAGCATCTCCGAGCTTGTTAGTTCTGTAGAACAATCTGGCAGTAAATATACAGCTCTTTA
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TGGTACAGGAAACAGCACTGTTGGTGTTGCTACAGCCTGTGATGAACTCTGCAAATTTAA
GTCATCACTTTTGGAGGGCATACTAGTGGGAATCGTTTTCCTTCTCATCTTGATCAGTGG
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AGCTTGTTGTTGACCCCTTAAAAGAGTCATCCCCACCTTTTGCTTTGCTTTGCCTTTTTG
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CTTTTAAAAACAAAAATTTGCATATGCGATTACAAAGTCCCC


BQ
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AF RR3DU14JQ C 1
AF RR3DU14TF U 1
BS 1 2 RR3DU14JQ
BS 3 582 RR3DU14TF

RD RR3DU14JQ 582 0 0
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TGGTACAGGAAACAGCACTGTTGGTGTTGCTACAGCCTGTGATGAACTCTGCAAATTTAA
GTCATCACTTTTGGAGGGCATACTAGTGGGAATCGTTTTCCTTCTCATCTTGATCAGTGG
ACTTTGTTGTATGGCGGGTATCGATACGCCAACTAGATTCGTGACTCCTCAAGATTCTTG
AGCTTGTTGTTGACCCCTTAAAAGAGTCATCCCCCCCTTTTGCTTTGCTTTGCCTTTTTG
ATTGTGACGGGTCTTTTCTTCTGCATAGTGCGTATGGTGAAAAAGGTACTTATTACACTA
CTTTTAAAAACAAAAATTTGCATATGCGATTACAAAGTCCCC

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3DU14TF 582 0 0
GG
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TGGTTGTGCTCTGTTCCGAGGGTTCTGAATCAAAGGGTCAATCACACTCAGAGCATGAAA
GCATCTCCGAGCTTGTTAGTTCTGTAGAACAATCTGGCAGTAAATATACAGCTCTTTATG
TATCTGATCCTTATTGGTACACATCTTACAAAACTCTCCAAAGGTTTCTAGCTGAAAGTG
GTACAGGAAACAGCACTGTTGGTGTTGCTACAGCCTGTGATGAACTCTGCAAATTTAAGT
CATCACTTTTGGAGGGCATACTAGTGGGAATCGTTTTCCTTCTCATCTTGATCAGTGGAC
TTTGTTGTATGGCGGGTATCGATACGCCAACTAGATTCGTGACTCCTCAAGATTCTTGAG
CTTGTTGTTGACCCCTTAAAAGAGTCATCCCCACCTTTTGCTTTGCTTTGCCTTTTTGAT
TGTGACGGGTCTTTTCTTCTGCATAGTGCGTATGGTGAAAAAGGTACTTATTACACTACT
TTTAAAAACAAAAATTTGCATATGCGATTACAAAGTCCCC

QA 3 582 3 582
DS 



AS 1 3

CO CL3967Contig1 1280 3 3 U
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TCCTCAACAGAAAGAAACAGAGGAACGTCAGTTTTATTCTTCACACATAAACAGAGGAAC
TTTAGAAAAGACTAATGACTTAATACTTCACAGGCATGAGTAGAAGCTCGTTTTTCTTGT
TGACAGTGAGCCCCGGAGCTTCTTCTATGTCAATATCATCGACCTTCATGCCTTCTGGTA
ACTCCCAGTCAAACTGATACAACATATTAGCAAGACCAAACTCCACCATCGTTGTCCCCA
TGTAAATTGCAGGACAGATTCCCCTTCCACCCCCAAACGGTAATAGCTCAAAGTGCTGTC
CTTTTGCATCGATGTCACTATCAACAAACCTCTCTGGGAGAAACACTTCAGGGTCTTTCC
AAGTATCAGGATCACGCCCTATAGCCCAGACATTCACATGAAGCCGTGTCTTGACTGGAA
TCGTGTAGCCGTTGATCTCAAACTCAGACATTACTTCTCTTGGGAGCAGTATAGGTGTTG
TAGGATGTAGCCTCCACGTTTCTTTGATCACCATTTTGAGGTACTTGAAGTGATCAGTGT
CGTCTAAGGTGATCGTTGATCTTTTCCCCATATGGTTTCTGATTTCAGATTGAACTTTCT
TCATTACACGTGGATTCCTTGCGAGCTCTGTCATTGCCCATGTCATGGTTATTGCAGAAG
TATCGATGCCTGCCAGAAGAACGTTCATCAAGATTGCTTTGATATGGTTTCTTGTGAGCT
TGTCATTTCCAAGAACAGCTTCTTCCCTCTCTAACTTCAATAACAGATCCACAAAGTCAT
CACTCCCTTGTGTTTTTTCCTGTTTGTGCATATCAATCATTTGTTCATAGAACGCATCAA
GATCTCTCACGCTCTTCTCTCTACGACCTTGCGAACCAGTGAACCAGTCTATGATCCATC
CGAAACTGGGTATAAAGTCTGAGGCTGAAAAGCTTCCCAACATCTCAAGCGCCTCGCGGA
CTAACTTATTGAAACTGGCACTGTTGAGTACAGTTCCTTCAAAGCTCACACTAAATGCAG
CCCTGCAAATCACGCTTACAGTCAAAGCAAGACACGTCTTGTTCAAGTTGATAGGAGTTT
TCAGAGAAGCTGATTCAGTGATTGAATCGATCAGCTTCTTGACCTCTTCTTCCTCTATAG
GCTGAATCGAGTGAACTTGTTTAATACTGAAAAGTTCCTGAGCAGCGAGCTTTCTTAGTT
CTTTCCAGTAATCATCATAC


BQ
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AF RR3C911JQ U 1
AF RR3C947JQ U 1
AF RR3C947TF C 555
BS 1 639 RR3C911JQ
BS 640 764 RR3C947JQ
BS 765 1280 RR3C947TF

RD RR3C911JQ 639 0 0
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TCCTCAACAGAAAGAAACAGAGGAACGTCAGTTTTATTCTTCACACATAAACAGAGGAAC
TTTAGAAAAGACTAATGACTTAATACTTCACAGGCATGAGTAGAAGCTCGTTTTTCTTGT
TGACAGTGAGCCCCGGAGCTTCTTCTATGTCAATATCATCGACCTTCATGCCTTCTGGTA
ACTCCCAGTCAAACTGATACAACATATTAGCAAGACCAAACTCCACCATCGTTGTCCCCA
TGTAAATTGCAGGACAGATTCCCCTTCCACCCCCAAACGGTAATAGCTCAAAGTGCTGTC
CTTTTGCATCGATGTCACTATCAACAAACCTCTCTGGGAGAAACACTTCAGGGTCTTTCC
AAGTATCAGGATCACGCCCTATAGCCCAGACATTCACATGAAGCCGTGTCTTGACTGGAA
TCGTGTAGCCGTTGATCTCAAACTCAGACATTACTTCTCTTGGGAGCAGTATAGGTGTTG
TAGGATGTAGCCTCCACGTTTCTTTGATCACCATTTTGAGGTACTTGAAGTGATCAGTGT
CGTCTAAGGTGATCGTTGATCTTTTCCCCATATGGTTTC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3C947JQ 764 0 0
GGATTGATGGATGGTCCATTTATTAAATTGAACAAATGGTATATGGTTCTGTCAGACATT
TCCTCAACAGAAAGAAACAGAGGAACGTCAGTTTTATTCTTCACACATAAACAGAGGAAC
TTTAGAAAAGACTAATGACTTAATACTTCACAGGCATGAGTAGAAGCTCGTTTTTCTTGT
TGACAGTGAGCCCCGGAGCTTCTTCTATGTCAATATCATCGACCTTCATGCCTTCTGGTA
ACTCCCAGTCAAACTGATACAACATATTAGCAAGACCAAACTCCACCATCGTTGTCCCCA
TGTAAATTGCAGGACAGATTCCCCTTCCACCCCCAAACGGTAATAGCTCAAAGTGCTGTC
CTTTTGCATCGATGTCACTATCAACAAACCTCTCTGGGAGAAACACTTCAGGGTCTTTCC
AAGTATCAGGATCACGCCCTATAGCCCAGACATTCACATGAAGCCGTGTCTTGACTGGAA
TCGTGTAGCCGTTGATCTCAAACTCAGACATTACTTCTCTTGGGAGCAGTATAGGTGTTG
TAGGATGTAGCCTCCACGTTTCTTTGATCACCATTTTGAGGTACTTGAAGTGATCAGTGT
CGTCTAAGGTGATCGTTGATCTTTTCCCCATATGGTTTCTGATTTCAGATTGAACTTTCT
TCATTACACGTGGATTCCTTGCGAGCTCTGTCATTGCCCATGTCATGGTTATTGCAGAAG
TATCGATGCCTGCCAGAAGAACGTTCATCAAGATTGCTTTGATA

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3C947TF 726 0 0
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GTTGATCTTTTCCCCATATGGTTTCTGATTTCAGATTGAACTTTCTTCATTACACGTGGA
TTCCTTGCGAGCTCTGTCATTGCCCATGTCATGGTTATTGCAGAAGTATCGATGCCTGCC
AGAAGAACGTTCATCAAGATTGCTTTGATATGGTTTCTTGTGAGCTTGTCATTTCCAAGA
ACAGCTTCTTCCCTCTCTAACTTCAATAACAGATCCACAAAGTCATCACTCCCTTGTGTT
TTTTCCTGTTTGTGCATATCAATCATTTGTTCATAGAACGCATCAAGATCTCTCACGCTC
TTCTCTCTACGACCTTGCGAACCAGTGAACCAGTCTATGATCCATCCGAAACTGGGTATA
AAGTCTGAGGCTGAAAAGCTTCCCAACATCTCAAGCGCCTCGCGGACTAACTTATTGAAA
CTGGCACTGTTGAGTACAGTTCCTTCAAAGCTCACACTAAATGCAGCCCTGCAAATCACG
CTTACAGTCAAAGCAAGACACGTCTTGTTCAAGTTGATAGGAGTTTTCAGAGAAGCTGAT
TCAGTGATTGAATCGATCAGCTTCTTGACCTCTTCTTCCTCTATAGGCTGAATCGAGTGA
ACTTGTTTAATACTGAAAAGTTCCTGAGCAGCGAGCTTTCTTAGTTCTTTCCAGTAATCA
TCATAC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL3968Contig1 935 2 2 U
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ATTCCTCTAGACTCTCGGAAGGATCTGAAAGCTAAGGAGAAGGAACTCCAGGCAAAAGAA
GCTGATTTGAAGAGGCGAGAGCAGGAACTCAAGCGGAAAGAGGATGCTATAGCACAGGCC
GGGATTGTGATAGAAGACAAAAACTGGCCACCGTTTCTCCCTCTCATCCATCATGACATT
TCGAATGAGATTCCCATCCATCTCCAGAGAATCCAATATGTTGCATTCACATCGTTTCTG
GGTCTTGTGGTGTGCCTGTTATGGAACATTGTTGCAGTCACCACCGCGTGGATTAAGGGA
GAAGGTCCAACCATATGGTTTCTAGCTATTATCTATTTCATATCGGGGGTTCCTGGAGCG
TATGTTATGTGGTATAGACCTCTTTATCGTGCCATGAGGACTGATAGTGCTCTCAAGTTT
GGGTGGTTTTTCTTAACATATCTGTTTCACATAGGGTTTTGTGTATTCGCGGCGGTGGCT
CCTCCAATTATCTTCAAGGGGAAGTCGCTGACGGGAATATTACCGGCGATTGACGTGTTG
AGCGGGAACATATTAGTTGGGATATTCTACTTCATTGGGTTTGGATTCTTCTGCCTGGAG
TCACTCGTGAGCATCTGGGTTATTCAGCAAGTATACATGTACTTCAGGGGGAGCGGTAAA
GCAGCAGAGATGAAGCAGGAGGCAACAAGACGAGCAATGATGGCAGCTCTCAGACCACAC
ACACCCTTGAGTCTTAACCATGAAGATACCATACAGACAGATCCTCTCCTTTTCACTCTT
CTTTTGCTTCATTTAACTAAATGTAACCAAAACTTCTTGATTTCTTTTTAACCATCATCT
TTGAAAGGAGCCCCAAAATACTGATTTCATAACTT


BQ
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AF RR3FH46TF U 1
AF RR3FH46JQ C 190
BS 1 706 RR3FH46TF
BS 707 935 RR3FH46JQ

RD RR3FH46TF 711 0 0
GAGGTTAATCCTTTTGCGAATCCTTCAACTGTTCCTGCTGCGTATGAGCACACCACTGAT
ATTCCTCTAGACTCTCGGAAGGATCTGAAAGCTAAGGAGAAGGAACTCCAGGCAAAAGAA
GCTGATTTGAAGAGGCGAGAGCAGGAACTCAAGCGGAAAGAGGATGCTATAGCACAGGCC
GGGATTGTGATAGAAGACAAAAACTGGCCACCGTTTCTCCCTCTCATCCATCATGACATT
TCGAATGAGATTCCCATCCATCTCCAGAGAATCCAATATGTTGCATTCACATCGTTTCTG
GGTCTTGTGGTGTGCCTGTTATGGAACATTGTTGCAGTCACCACCGCGTGGATTAAGGGA
GAAGGTCCAACCATATGGTTTCTAGCTATTATCTATTTCATATCGGGGGTTCCTGGAGCG
TATGTTATGTGGTATAGACCTCTTTATCGTGCCATGAGGACTGATAGTGCTCTCAAGTTT
GGGTGGTTTTTCTTAACATATCTGTTTCACATAGGGTTTTGTGTATTCGCGGCGGTGGCT
CCTCCAATTATCTTCAAGGGGAAGTCGCTGACGGGAATATTACCGGCGATTGACGTGTTG
AGCGGGAACATATTAGTTGGGATATTCTACTTCATTGGGTTTGGATTCTTCTGCCTGGAG
TCACTCGTGAGCATCTGGGTTATTCAGCAAGTATACATGTACTTCA
CGGGG

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3FH46JQ 746 0 0
ATAGAAGACAAAAACTGGCCACCGTTTCTCCCTCTCATCCATCATGACATTTCGAATGAG
ATTCCCATCCATCTCCAGAGAATCCAATATGTTGCATTCACATCGTTTCTGGGTCTTGTG
GTGTGCCTGTTATGGAACATTGTTGCAGTCACCACCGCGTGGATTAAGGGAGAAGGTCCA
ACCATATGGTTTCTAGCTATTATCTATTTCATATCGGGGGTTCCTGGAGCGTATGTTATG
TGGTATAGACCTCTTTATCGTGCCATGAGGACTGATAGTGCTCTCAAGTTTGGGTGGTTT
TTCTTAACATATCTGTTTCACATAGGGTTTTGTGTATTCGCGGCGGTGGCTCCTCCAATT
ATCTTCAAGGGGAAGTCGCTGACGGGAATATTACCGGCGATTGACGTGTTGAGCGGGAAC
ATATTAGTTGGGATATTCTACTTCATTGGGTTTGGATTCTTCTGCCTGGAGTCACTCGTG
AGCATCTGGGTTATTCAGCAAGTATACATGTACTTCAGGGGGAGCGGTAAAGCAGCAGAG
ATGAAGCAGGAGGCAACAAGACGAGCAATGATGGCAGCTCTCAGACCACACACACCCTTG
AGTCTTAACCATGAAGATACCATACAGACAGATCCTCTCCTTTTCACTCTTCTTTTGCTT
CATTTAACTAAATGTAACCAAAACTTCTTGATTTCTTTTTAACCATCATCTTTGAAAGGA
GCCCCAAAATACTGATTTCATAACTT

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 3

CO CL3969Contig1 1231 3 4 U
GCCAAGAGCTAAAGTTTGGATAAAATAAAATTAACATGGAATCAGATCATTACAGGACTC
ATTCCATGTATTACCCTCTATCAATGTAATAATACAAATTCTTCTGAATGGTCCAAGAAT
CACTATCACCTAGATATTTAGCAGTTGAACTTAGCAGCTACCCCCTGTGAATCTGAAAAG
ATGTAAGGTTCTTAGACCTTCTTCTTCTTCTTGTCAAGGTATGGATATTTCTGGTACAAC
GAGATACTACTGATCACGAGAGGAAGAGCTACGAGGCAATACGATGAAGGCGGTTTTCCT
TCAAACGCAAACTGCAGTAGAGCCGTCACAAGTAACGCCGAGACGATCACAAATCCCTTT
CTTACACCACCTGCATGTGATGTAACTAGGCCAACGAGAATCCCACCGAGAGCATTGCTT
ATAACTGGAACCATGGTTAAAGCAGTCCAACCATGAAAGAAGCCATGTCTTTTGATCGCT
TCGCCATCTGGAGACTTAAGGGTACTTACTAACATGCAGAGGCTTCCAACAATAGACATT
TCTACTGTCATTAAGTATGATGAATGCTTCTTGACCTGAGAAGCCCATTGACAGAGAGAA
GAGGCTAAACCGGAGAGCACAGAGGCGACCAACACCGGGATGATTCCAGAAAACAGCACC
TGCTCCGGATTAATGCCACTTGAAGAAGTCTTGTTAGATCCTTCGCCAACACTCAGAAGG
ACTGCTGCCATGATGAGTAAACACAAAGCTCCTATTTGTTGCACTGATTGCTTCTGCCTA
AGTATGATGAAAGTGAAGAAGGCAGTGAAAAAGATTTTGGTCTGATTGAGAATAGAAAAA
GTCAAGGAGTCAAGACTGCGGTAGGAGATCTGAAGCAAACTGTTCTGAAGAGCATATATG
GCTGCAGGGAGTCCAGATGCAGTCAAGGATCCCATCAACGTCCACTCTTTTGCTAACCCT
TTCAAACTACCATCTCTTGCCATGAGAACCAGAGCACATACAACCTTAACAATCTCGCAT
GTCAAAACAGATGAAGTTACAATAACCTCCTTCCCGATGCAGCGTTTGGAGATGAGGGGC
TGGGCTCCGTACTGAAGCGTGAGGAGTAAGGAATAAAACAAAACCTTAGGGCCCATCTTC
GACGATGGACTCTTCTTCGCTCCGTTAGGCGTCGCCATTTGAATCCGAAAGATCTGCCTT
CGCTTTTGGGTTGGAGAATGTGTTTGTACCC


BQ
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AF RR3CH65JQ U 35
AF RR3D508JQ U 1
AF RR3D508TF C 580
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BS 241 241 RR3CH65JQ
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CAAATTCTTCTGAATGGTCCAAGAATCACTATCACCTAGATATTTAGCAGTTGAACTTAG
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CGAGAATCCCACCGAG

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DS 

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CACTATCACCTAGATATTTAGCAGTTGAACTTAGCAGCTACCCCCTGTGAATCTGAAAAG
ATGTAAGGTTCTTAGACCTTCTTCTTCTTCTTGTCAAGGTATGGATATTTCTGGTACAAC
*AGATACTACTGATCACGAGAGGAAGAGCTACGAGGCAATACGATGAAGGCGGTTTTCCT
TCAAACGCAAACTGCAGTAGAGCCGTCACAAGTAACGCCGAGACGATCACAAATCCCTTT
CTTACACCACCTGCATGTGATGTAACTAGGCCAACGAGAATCCCACCGAGAGCATTGCTT
ATAACTGGAACCATGGTTAAAGCAGTCCAACCATGAAAGAAGCCATGTCTTTTGATCGCT
TCGCCATCTGGAGACTTAAGGGTACTTACTAACATGCAGAGGCTTCCAACAATAGACATT
TCTACTGTCATTAAGTATGATGAATGCTTCTTGACCTGAGAAGCCCATTGACAGAGAGAA
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TGCTCCGGATTAATGCCACTTGAAGAAGTCTTGTTAGA

QA 1 698 1 698
DS 

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ATGATTCCAGAAAACAGCACCTGCTCCGGATTAATGCCACTTGAAGAAGTCTTGTTAGAT
CCTTCGCCAACACTCAGAAGGACTGCTGCCATGATGAGTAAACACAAAGCTCCTATTTGT
TGCACTGATTGCTTCTGCCTAAGTATGATGAAAGTGAAGAAGGCAGTGAAAAAGATTTTG
GTCTGATTGAGAATAGAAAAAGTCAAGGAGTCAAGACTGCGGTAGGAGATCTGAAGCAAA
CTGTTCTGAAGAGCATATATGGCTGCAGGGAGTCCAGATGCAGTCAAGGATCCCATCAAC
GTCCACTCTTTTGCTAACCCTTTCAAACTACCATCTCTTGCCATGAGAACCAGAGCACAT
ACAACCTTAACAATCTCGCATGTCAAAACAGATGAAGTTACAATAACCTCCTTCCCGATG
CAGCGTTTGGAGATGAGGGGCTGGGCTCCGTACTGAAGCGTGAGGAGTAAGGAATAAAAC
AAAACCTTAGGGCCCATCTTCGACGATGGACTCTTCTTCGCTCCGTTAGGCGTCGCCATT
TGAATCCGAAAGATCTGCCTTCGCTTTTGGGTTGGAGAATGTGTTTGTACCC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 3

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TAAAAAAAACAGATCGGAACTTCACAATTGATCGGAATCACTACTAACAAAGTCGAAGAT
GGATGTGATAAAGACGCAGCAGATATCAGCAAGGACGATCGAGAAAGTTGTCGTTCACCC
ACTCGTCTTGCTCAGTATCGTCGACCATTACAACCGCGTCGCTAAAGACTCGCGCAAGCG
CGTCGTCGGCGTTCTTCTCGGTAGCAGCTCCCGTGGCGTCGTTGATGTCACCAACAGCTA
CGCAGTGCCATTCGAGGAGGATGACAAGGATCCAAGTATCTGGTTTCTTGATCATAACTA
CCATGAGTCAATGTTCCACATGTTCAAGAGAATTAATGCCAAGGAGCATGTTGCGGTTGG
TACAGCACAGGTCCTAAACTTCGGGAGAATGATTTGGACGTTCACGCGTTGTTCAGTGGC
TATGTTCCAAATCCAGTGTTGGTCATTATCGATGTCCAGCCTAAAGAACTTGGAATCCCC
ACTAAAGCTTACTATGCAGTTGAGGAGGTCAAGGAGAATGCTACTCAGAAAAGCCAGAAA
GTCTTTGTTCATGTGTCTACAGAAATTGCCGCTCACGAAGTCGAGGAAATCGGCGTGGAA
CATTTGCTCAGGGATGTGAAAGACACAACTATCAGTACCCTTGCGACTGAGGTCACTGCC
AAACTTACTGCTTTGAAGGGGCTGGATGCACGTCTTCGGGAGATCCGGAGTTACCTTGAC
CATGTAATTGATGGGAAACTCCCTCTTAATCATGAGATTTTGTACCATCTGCAGGACGTT
TTCAACTTGCTTCCGAACCTGAATGTGAACGAACTGGTCAAAGCCTTCTCAGTGAAAACA
AATGACATGATGCTCGTTATCTATTTATCGTCCCTCATCAGAAGTGTAATTGCGCTCCAC
AACTTGATCAACAACAAGTTACTGAACAAGGAACATGAAAAAGCAGAGGACTCAAAGCCC
GTGGCCATACCCGCCACAAGCTAAATCCCGCTGATGAGATGTGATTTAGCTAGTCATCAT
TGTCTCTTGCGATGATGATATCAGGTTTCTTTCCAGAATGTTGACTTTCATCTGTTGTTC
TGCTTCTGAATGTGTCAAAGAGGCTTTTTCATTTTTATCTTTCAAGTTGGTTAGGGCTTA
GAGTCCTTTTTTTTTAGTGGGGTTCAAGATGATACAAAGTTTCACCATTAATGTGTCGAA
ATCTCCACAAACATATTTAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GO62TF U 1
AF RR3BS38TF U 516
AF RR3GO62JQ C 537
BS 1 711 RR3GO62TF
BS 712 712 RR3BS38TF
BS 713 740 RR3GO62TF
BS 741 741 RR3BS38TF
BS 742 752 RR3GO62TF
BS 753 762 RR3BS38TF
BS 763 763 RR3GO62JQ
BS 764 781 RR3BS38TF
BS 782 782 RR3GO62JQ
BS 783 857 RR3BS38TF
BS 858 858 RR3GO62JQ
BS 859 1031 RR3BS38TF
BS 1032 1032 RR3GO62JQ
BS 1033 1040 RR3BS38TF
BS 1041 1041 RR3GO62JQ
BS 1042 1047 RR3BS38TF
BS 1048 1048 RR3GO62JQ
BS 1049 1162 RR3BS38TF
BS 1163 1163 RR3GO62JQ
BS 1164 1175 RR3BS38TF
BS 1176 1176 RR3GO62JQ
BS 1177 1191 RR3BS38TF
BS 1192 1192 RR3GO62JQ
BS 1193 1207 RR3BS38TF
BS 1208 1280 RR3GO62JQ

RD RR3GO62TF 752 0 0
GGAAGCTCAAGAGGAGTTTTCCTGGAGAAGAAGCTAAACCCGAAGCTCCTTCGCGAATAA
TAAAAAAAACAGATCGGAACTTCACAATTGATCGGAATCACTACTAACAAAGTCGAAGAT
GGATGTGATAAAGACGCAGCAGATATCAGCAAGGACGATCGAGAAAGTTGTCGTTCACCC
ACTCGTCTTGCTCAGTATCGTCGACCATTACAACCGCGTCGCTAAAGACTCGCGCAAGCG
CGTCGTCGGCGTTCTTCTCGGTAGCAGCTCCCGTGGCGTCGTTGATGTCACCAACAGCTA
CGCAGTGCCATTCGAGGAGGATGACAAGGATCCAAGTATCTGGTTTCTTGATCATAACTA
CCATGAGTCAATGTTCCACATGTTCAAGAGAATTAATGCCAAGGAGCATGTTGCGGTTGG
TACAGCACAGGTCCTAAACTTCGGGAGAATGATTTGGACGTTCACGCGTTGTTCAGTGGC
TATGTTCCAAATCCAGTGTTGGTCATTATCGATGTCCAGCCTAAAGAACTTGGAATCCCC
ACTAAAGCTTACTATGCAGTTGAGGAGGTCAAGGAGAATGCTACTCAGAAAAGCCAGAAA
GTCTTTGTTCATGTGTCTACAGAAATTGCCGCTCACGAAGTCGAGGAAATCGGCGTGGAA
CATTTGCTCAGGGATGTGAAAGACACAACTATCAGTACCCTTGCGACTGAG*TCACTGCC
AAACTTACTGCTTTGAAGGG*CTGGATGCACG

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3BS38TF 692 0 0
G
CAGCCTAAAGAACTTGGAATCCCCACTAAAGCTTACTATGCAGTTGAGGAGGTCAAGGAG
AATGCTACTCAGAAAAGCCAGAAAGTCTTTGTTCATGTGTCTACAGAAATTGCCGCTCAC
GAAGTCGAGGAAATCGGCGTGGAACATTTGCTCAGGGATGTGAAAGACACAACTATCAGT
ACCCTTGCGACTGAGGTCACTGCCAAACTTACTGCTTTGAAGGGGCTGGATGCACGTCTT
CGGGAGTTCCGGAGTTACCTTGACCTTGTAATTGATGGGAAACTCCCTCTTAATCATGAG
ATTTTGTACCATCTGCAGGACGTTTTCAACTTGCTTCCGAATCTGAATGTGAACGAACTG
GTCAAAGCCTTCTCAGTGAAAACAAATGACATGATGCTCGTTATCTATTTATCGTCCCTC
ATCAGAAGTGTAATTGCGCTCCACAACTTGATCAACAACAAGTTACTGAACAAGGAACAT
GAAAAAGCAGAGGACTCAAAGCCCGTGGCCATACCTGCCACAAGTTAAATCGCGCTGATG
AGATGTGATTTAGCTAGTCATCATTGTCTCTTGCGATGATGATATCAGGTTTCTTTCCAG
AATGTTGACTTTCATCTGTTGTTCTGCTTCTGAATGTGTCAAAGAG*CTTTTTCATTTT*
ATCTTTCAAGTTGGT*AGGGCTTAGAGTCCT

QA 2 692 2 692
DS 

RD RR3GO62JQ 744 0 0
CCCCACTAAAGCTTACTATGCAGTTGAGGAGGTCAAGGAGAATGCTACTCAGAAAAGCCA
GAAAGTCTTTGTTCATGTGTCTACAGAAATTGCCGCTCACGAAGTCGAGGAAATCGGCGT
GGAACATTTGCTCAGGGATGTGAAAGACACAACTATCAGTACCCTTGCGACTGAGGTCAC
TGCCAAACTTACTGCTTTGAAGGGGCTGGATGCACGTCTTCGGGAGATCCGGAGTTACCT
TGACCATGTAATTGATGGGAAACTCCCTCTTAATCATGAGATTTTGTACCATCTGCAGGA
CGTTTTCAACTTGCTTCCGAACCTGAATGTGAACGAGCTGGTCAAAGCCTTCTCAGTGAA
AACAAATGACATGATGCTCGTTATCTATTTATCGTCCCTCATCAGAAGTGTAATTGCGCT
CCACAACTTGATCAACAACAAGTTGCTGAACAAGGAACATGAAAAAGCAGAGGACTCAAA
GCCCGTGGCCATACCCGCCACAAGCTAAATCCCGCTGATGAGATGTGATTTAGCTAGTCA
TCATTGTCTCTTGCGATGATGATATCAGGTTTCTTTCCAGAATGTTGACTTTCATCTGTT
GTTCTGCTTCTGAATGTGTCAAAGAGGCTTTTTCATTTTTATCTTTCAAGTTGGTTAGGG
CTTAGAGTCCTTTTTTTTTAGTGGGGTTCAAGATGATACAAAGTTTCACCATTAATGTGT
CGAAATCTCCACAAACATATTTAC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL3971Contig1 814 2 8 U
GGAAGACAAAAAAGAAAAAACAGAAATCAAGAACTCTGTTTCCGACACATAATCGTGAAC
AAAAAAATGTCGTCAGGATCCGACAAAGAGAGGGAGACATTCGTCTACTTGGCTAAGCTC
TCCGAACAAGCCGAGCGCTACGACGAGATGGTTGAGACGATGAAGAAGGTGGCGAAGGTG
GACAGCGAGCTTACGGTGGAAGAGAGGAATCTGCTGTCCGTTGGTTACAAGAACGTGATC
GGAGCGAGACGGGCCTCGTGGAGGATCATGTCGTCGATCGAGCAGAAGGAAGAGTCTAAA
GGCAACGAATCAAACGTGAAAACAATCAAGGGGTATCGCCAAAAGGTAGAGGACGAGCTC
GCAGACATCTGTCAAGACATTCTCAGCATCATTGATCAGCATCTCATCCCTCACGCTACC
TCTGGAGAAGCCACTGTTTTCTATTACAAGATGAAAGGGGATTATTACCGTTACTTGGCT
GAGTTTAAGACCGAGCAAGATAGGAAGGAAGCCTCTGAACAGTCTCTCAAAGGCTACGAG
GCTGCAACACAAGCTGCAAGCACTGAGCTTCCTTCAACACACCCGATTCGTCTTGGCCTT
GCTCTTAACTTCTCTGTTTTCTACTACGAGATCATGAACTCTCCTGAAAGAGCTTGCCAT
TTGGCGAAGCAAGCCTTCGATGAGCGATTGCGGAGTTGGATACTCTTAGTGAGGAGTCGT
ACAAGACAGCACTTTGATCATGCAGCTCCTTAGAGACACCTCACCCTCTGGACTTCTGAT
CTCCTGAGATGGAGGAGAGAGAGCATCAGACCGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BS87TF U 1
AF RR3FM07TF U 5
BS 1 66 RR3BS87TF
BS 67 67 RR3FM07TF
BS 68 244 RR3BS87TF
BS 245 245 RR3FM07TF
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BS 724 724 RR3FM07TF
BS 725 782 RR3BS87TF
BS 783 814 RR3FM07TF

RD RR3BS87TF 796 0 0
GGAAGACAAAAAAGAAAAAACAGAAATCAAGAACTCTGTTTCCGACACATAATCGTGAAC
AAAAAA*TGTCGTCAGGATCCGACAAAGAGAGGGAGACATTCGTCTACTTGGCTAAGCTC
TCCGAACAAGCCGAGCGCTACGACGAGATGGTTGAGACGATGAAGAAGGTGGCGAAGGTG
GACAGCGAGCTTACGGTGGAAGAGAGGAATCTGCTGTCCGTTGGTTACAAGAACGTGATC
GGAGTGAGACGGGCCTCGTGGAGGATCATGTCGTCGATCGAGCAGAAGGAAGAGTCTAAA
GGCAACGAATCAAACGTGAAAACAATCAAGGGGTATCGCCAAAAGGTAGAGGACGAGCTC
GCAGACATCTGTCAAGACATTCTCAGCATCATTGATCAGCATCTCATCCCTCACGCTACC
TCTGGAGAAGCCACTGTTTTCTATTACAAGATGAAAGGGGATTATTACCGTTACTTGGCT
GAGTTTAAGACCGAGCAAGATAGGAAGGAAGCCTCTGAACAGTCTCTCAAAGGCTACGAG
GCTGCAACACAAGCTGCAAGCACTGAGCTTCCTTCAACACACCCGATTCGTCTTGGCCTT
GCTCTTAACTTCTCTGTTTTCTACTACGAGATCATGAACTCTCCTGAAAGAGCTTGCCAT
TTGGCGAAGCAAGCCTTCGATGAGCGATTGCGGAGTTGGATACTCTTAGTGAGGAGTCGT
ACA*GACAGCACTTTGATCATGCAGCTCCTTAGAGACACCTCACCCTCTGGACTTCTGAT
CT
TCCTGAAGATGGAG

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3FM07TF 810 0 0
GGAGACCAAA
AAAAAACAGAAATCAAGAACTCTGTTTCCGACACATAATCGTGAACAAAAAAATGTCGTC
AGGATCCGACAAAGAGAGGGAGACATTCGTCTACTTGGCTAAGCTCTCCGAACAAGCCGA
GCGCTACGACGAGATGGTTGAGACGATGAAGAAGGTGGCGAAGGTGGACAGCGAGCTTAC
GGTGGAAGAGAGGAATCTGCTGTCCGTTGGTTACAAGAACGTGATCGGAGCGAGACGGGC
CTCGTGGAGGATCATGTCGTCGATCGAGCAGAAGGAAGAGTCTAAAGGCAACGAATCAAA
CGTGAAAACAATCAAGGGGTATCGCCAAAAGGTAGAGGACGAGCTCGCAGACATCTGTCA
AGACATTCTCAGCATCATTGATCAGCATCTCATCCCTCACGCTACCTCTGGAGAAGCCAC
TGTTTTCTATTACAAGATGAAAGGGGATTATTACCGTTACTTGGCTGAGTTTAAGACCGA
GCAAGATAGGAAGGAAGCCTCTGAACAGTCTCTCAAAGGCTATGAGGCTGCAACACAAGC
TGCAAGCACTGAGCTTCCTTCAACACACCCGATTCGTCTTGGCCTTGCTCTTAACTTCTC
TGTTTTCTACTATGAGATCATGAACTCTCCTGAAAGAGCTTGCCATTTGGCGAAGCAAGC
CTTCGATGAGCGATTGCGGAGTTGGATACTCTTAGTGAGGAGTCGTACAAGACAGCACTT
TGATCATGCAGCTCCTTAGAGACACCTCACCCTCTGGACTTCTGATCTCCTGAGATGGAG
GAGAGAGAGCATCAGACCGA

QA 11 810 11 810
DS 



AS 1 3

CO CL3972Contig1 1237 3 24 U
GGGCTTCTCTTTTGACTTCCCCATTAACAAAGCCCAAGCCTTTTTGCCTCTCTTCACCTC
CACGAACTCTAACCACACCACCGTCGTTAAACCTCACCAGAATCTCTTTCACCCGCAGCC
AAAGGCTCGCTCCTTTCAAGCTCCCGAGCCTCGTCTCCGCATTCTCTGAAAAGGGTCCGA
AGCGAGATGTCACCGCATCAGCTGCGGAGCCGGGAGATTACAGAAGGATAATGCTATCTG
ATGTGATGGTGAAGAAGAAGAAGGATAAGGTGCCGTGGTGGGAAAGAGAATGGTTGCCGA
TGGACTTTGGAGCTGTTGCTGTGGTGCTGTCAATGCATGTGCTTAGCCTTTTGGCTCCGT
TTCAGTTTAACTGGAGAGCTGTGTTGGTTGCTTTTGGGCTTTATATCGTTACCGGGCTTT
TTGGTGTAACTCTGTCTTTCCATAGGAATCTCTCTCATAAAAGCTTCAAGCTTCCTAAAT
GGCTTGAGTACTTGTTTGCTTATTGTGGGACTCAAGCTCTTCAGGGAAACCCTATTGATT
GGGTGAGTACACATAGGTACCATCATCAATTCTGTGATTCAGACAGAGATCCTCATAGTC
CACTTGATGGGTTTTGGTTCAGTCATATGAATTGGATGTTTGATGCCAATACTACCACCC
AAAGGGTTGGTGAGCGTACTAATGTTGGAGATCTAGAGAAGCAGCCGTTCTATCAGTTCC
TTAGATCTACTTACATTTGGCATCCGCTGGCTCTAGCAGTTGCTCTATACGCAATGGGAG
GCTTCCCCTTCGTTGTTTGGGGGATGGGTGTAAGAATAGTATGGGTGTATCATATAACTT
GGTTAGTAAACTCAGCTTGTCATGTATGGGGGGAACAAGCATGGAACACTGGAGATCTGT
CTAAGAACAACTGGTTGGTAGCAACTCTTGCGTTTGGAGAAGGATGGCACAATAATCACC
ATGCTTTTGAGTTCTCAGCTAGACATGGCCTTGGATTAGCAACCGATGTTAAGCTGCCAT
CAGAAGTTCAGAAACAACGAATGGCATTGACTAGTGACTGATCTTTAAACTACGTGGTTA
CGACCAGTATATAAGCAAAACTGTACCATTGGCGCTATGATAGTTCAAAAAGGGGTTTGT
GCTTTTTTTGTGTTTACATAAAAGGTATATATATGTCTGTGCAAGAGACTGTATGTGACA
AACTGATTAAGAATTTTAAATTACTATAGTTACATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GU68TF U 129
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AF RR3GU68JQ C 479
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AACTGGAGAGCTGTGTTGGTTGCTTTTGGGCTTTATATCGTTACCGGGCTTTTTGGTGTA
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GGTGAGCGTACTAATGTTGGAGATCTAGAGAAGCAGCCGTTCTATCAGT

QA 1 589 1 589
DS 

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TGGACTTTGGAGCTGTTGCTGTGGTTCTGTCAATGCATGTGCTTAGCCTTTTGGCTCCGT
TTCAGTTTAACTGGAGAGCTGTGTTGGTTGCTTTTGGGCTTTATATCGTTACTGGGCTTT
T*GGTGTTACTCTGTCTTTCCATAGGAATCTCTCTCATAAAAGCTTCAAGCTTCCTAAAT
GGCTTGAGTACTTGTTTGCTTATTGTGGAACTCAAGCTCTTCAGGGGAACCCTATTGATT
GGGTGAGTACACATAGGTACCATCATCAGTTCTGTGATTCAGACAGAGATCCTCATAGTC
CACTTGATGGGTTTTGGTTCAGTCATATGAATTGGATGTTTGATGCCAATACTATCACCC
AAAGGGTTGGTGAGCGTAATAATGTTGGAGATCTAGAGAAGCAGCGGTTCTATCAGTTCC
TTAGATCTACTTACATTTGGCATCCGCTGGCTCTAGCAGTTGCTCTATACGCA

QA 1 773 1 773
DS 

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TCCACTTGATGGGTTTTGGTTCAGTCATATGAATTGGATGTTTGATGCCAATACTACCAC
CCAAAGGGTTGGTGAGCGTACTAATGTTGGAGATCTAGAGAAGCAGCCGTTCTATCAGTT
TCTTAGATCTACTTACATTTGGCATCCTCTGGCTCTAGCAGTTGCTCTATACGCAATGGG
AGGCTTCCCCTTCGTTGTTTGGGGGATGGGTGTAAGAATAGTATGGGTGTATCATATAAC
TTGGTTAGTAAACTCAGCTTGTCATGTATGGGGGGAACAAGCATGGAACACTGGAGATCT
GTCTAAGAACAACTGGTTGGTAGCAACTCTTGCGTTTGGAGAAGGATGGCACAATAATCA
CCATGCTTTTGAGTTCTCAGCTAGACATGGCCTTGGATTAGCAACCGATGTTAAGCTGCC
ATCAGAAGTTCAGAAACAACGAATGGCATTGACTAGTGACTGATCTTTAAACTACGTGGT
TACGACCAGTATATAAGCAAAACTGTACCATTGGCGCTATGATAGTTCAAAAAGGGGTTT
GTGCTTTTTTTGTGTTTACATAAAAGGTATATATATGTCTGTGCAAGAGACTGTATGTGA
CAAACTGATTAAGAATTTTAAATTACTATAGTTACATTC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL3973Contig1 995 2 4 U
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GTCCAAGGATGAAGACATTCCTTTTCATTACTCTGTTGATGATTACTCCAACAAGGTCAA
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TGGGTTTATAGGAAGACTTGATTACCAGAAGGGCATTGATCTGATCCAAGCTGCTGGTCA
TGATCTCATGGTGGATGACATTCAATTCGTCATGCTTGGTTCAGGTGATCCAAAATGTGA
AAGCTGGATGAGAAGTATGGAGGAAACATACAAAGACAAATTTCGCGGTTGGGTTGGGTT
CAATGTTCCCATCTCTCATCGCATCACTGCCGGATGTGACATTCTTCTGATGCCATCAAG
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TCATGCCACAGGAGGACTCAGGGATACTGTTGAGAATTTCAATCCTTATGCAGAAGGTGG
AGCTGGTTCTGGTACAGGATGGGTTTTCTCTCCATTGTCAAAAGATAGCATGGTGTCGGC
ATTGAGGTTGGCTGCAGCAACGTACAGGGAGTATAGAGAGTCATGGGAAGGATTGATGAG
AAGAGGAATGAGCAGAAACTATTCTTGGGAAAACGCTGCCGTTCAGTACGAGCAAGTGTT
CCAGTGGGTTTTCATGGACCCTCCCTACATCAACTAGATCCGAACCAAACTGAGTTGGAT
CCGATCAGACCAGACCAATCCGAAAATCTATGGTGTTCATTTGCACAATGAACCATGTAT
CTATGTTATTATAAATATAAATTATAACTATCATGTCTTTTTTCCGTTTCGGGGAGGTAT
AGAATTCTAGTTATGATGAGGCAATACTTTGGTTCATTTCTTGGGTTTTACGAAGATAAT
GTTTATCTTTGAACTTGATGTGTCTTTGACTATTC


BQ
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AF RR3H931TF U 1
AF RR3H931JQ C 285
BS 1 606 RR3H931TF
BS 607 607 RR3H931JQ
BS 608 635 RR3H931TF
BS 636 995 RR3H931JQ

RD RR3H931TF 639 0 0
GAGTCGGAAGAGTGTTATAAACGGGATCACTAATGGAATCAATATTGATGAGTGGGATCC
GTCCAAGGATGAAGACATTCCTTTTCATTACTCTGTTGATGATTACTCCAACAAGGTCAA
ATGCAAAATTGCACTACAAAAGGAACTTGGTCTCCCTATCAGGCCTGACTGTCCTATGAT
TGGGTTTATAGGAAGACTTGATTACCAGAAGGGCATTGATCTGATCCAAGCTGCTGGTCA
TGATCTCATGGTGGATGACATTCAATTCGTCATGCTTGGTTCAGGTGATCCAAAATGTGA
AAGCTGGATGAGAAGTATGGAGGAAACATACAAAGACAAATTTCGCGGTTGGGTTGGGTT
CAATGTTCCCATCTCTCATCGCATCACTGCCGGATGTGACATTCTTCTGATGCCATCAAG
ATTCGAACCATGTGGTTTAAATCAGTTATATGCAATGAGATATGGAACCATTCCCGTCGT
TCATGCCACAGGAGGACTCAGGGATACTGTTGAGAATTTCAATCCTTATGCAGAAGGTGG
AGCTGGTTCTGGTACAGGATGGGTTTTCTCTCCATTGTCAAAAGATAGCATGGTGTCGGC
ATTGAG*TTGGCTGCAGCAACGTACAGGGAGTATA
GAGA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3H931JQ 711 0 0
GTGATCCAAAATGTGAAAGCTGGATGAGAAGTATGGAGGAAACATACAAAGACAAATTTC
GCGGTTGGGTTGGGTTCAATGTTCCCATCTCTCATCGCATCACTGCCGGATGTGACATTC
TTCTGATGCCATCAAGATTCGAACCATGTGGTTTAAATCAGTTATATGCAATGAGATATG
GAACCATTCCCGTCGTTCATGCCACAGGAGGACTCAGGGATACTGTTGAGAATTTCAATC
CTTATGCAGAAGGTGGAGCTGGTTCTGGTACAGGATGGGTTTTCTCTCCATTGTCAAAAG
ATAGCATGGTGTCGGCATTGAGGTTGGCTGCAGCAACGTACAGGGAGTATAGAGAGTCAT
GGGAAGGATTGATGAGAAGAGGAATGAGCAGAAACTATTCTTGGGAAAACGCTGCCGTTC
AGTACGAGCAAGTGTTCCAGTGGGTTTTCATGGACCCTCCCTACATCAACTAGATCCGAA
CCAAACTGAGTTGGATCCGATCAGACCAGACCAATCCGAAAATCTATGGTGTTCATTTGC
ACAATGAACCATGTATCTATGTTATTATAAATATAAATTATAACTATCATGTCTTTTTTC
CGTTTCGGGGAGGTATAGAATTCTAGTTATGATGAGGCAATACTTTGGTTCATTTCTTGG
GTTTTACGAAGATAATGTTTATCTTTGAACTTGATGTGTCTTTGACTATTC

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 3

CO CL3974Contig1 701 3 14 U
GGACCACTTCTCGACTTGAAATTAATTTATAGGGCTTTTTTCCCATTCCCTCAGTAACCA
ATGGCTCTTAAAGACTCTCTTGCTCTCTTCCTTCTCTTCAACATCCTTTTCTTCACCCTC
ACTACAGCCACCCGAAGTACCAATTGTCCTCCTCCACCACGCAAACACAACAAACACAAA
CCTAGCCCACCATCTACACCAACCACCACGGGAGCTTGCCCTAAAGACGCCTTAAAGCTT
GGTGTTTGTGTTGACGCCCTAAACTTGTTGAACGATGTGACTCTCGGAACTCCTCCTGTG
ACTCCATGTTGTAACCTCATCAGGGGTTTGGTCGATCTTGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGC
ACTGCCCTCAAGGCTAGCGTTCTTGGCATCAAACTTAACCTTCCCATCAACCTAAGTTTG
CTTCTCAATGTGTGCAAAAGAAAGTCCCCAGCTGGCTTCCAATGCCCTTAAACTCAAAGC
GACGTCAATCGGATAAATTAAAGCTTGAATCTTTTATTGTAATGTTTTCTTTTGTACTCG
CTTATTTGAAGTGGTGAAGTTCAAGATGAACATCAGAACATCAATGAGTTTGTGTTGTTT
ACTTTTGTTGTATGGCGAGAGCGCCTTGCTTGAGTGTTACTCCCTTTATTGTAATTTGTT
CATTTGTCGTATTGAATAAAATACCAATGATTGTTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AF02TF U 1
AF RR3BG02JQ C 31
AF RR3BG02TF U 31
BS 1 94 RR3AF02TF
BS 95 95 RR3BG02TF
BS 96 160 RR3AF02TF
BS 161 161 RR3BG02TF
BS 162 371 RR3AF02TF
BS 372 372 RR3BG02TF
BS 373 430 RR3AF02TF
BS 431 431 RR3BG02TF
BS 432 527 RR3AF02TF
BS 528 528 RR3BG02TF
BS 529 540 RR3AF02TF
BS 541 541 RR3BG02TF
BS 542 680 RR3AF02TF
BS 681 701 RR3BG02TF

RD RR3AF02TF 696 0 0
GGACCACTTCTCGACTTGAAATTAATTTATAGGGCTTTTTTCCCATTCCCTCAGTAACCA
ATGGCTCTTAAAGACTCTCTTGCTCTCTTCCTTCCCTTCAACATCCTTTTCTTCACCCTC
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CCTAGCCCACCATCTACACCAACCACCACGGGAGCTTGCCCTAAAGACGCCTTAAAGCTT
GGTGTTTGTGTTGACGCCCTAAACTTGTTGAACGATGTGACTCTCGGAACTCCTCCTGTG
ACTCCATGTTGTAACCTCATCAGGGGTTTGGTCGATCTTGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGC
ACTGCCCTCAACGCTAGCGTTCTTGGCATCAAACTTAACCTTCCCATCAACCTAAGTTTG
CTTCTCAATGCGTGCAAAAGAAAGTCCCCAGCTGGCTTCCAATGCCCTTAAACTCAAAGC
GACGTCAATCGGATAAATTAAAGCTTGAATCTTTTATTGTAATGTTTCCTTTTGTACTCG
TTTATTTGAAGTGGTGAAGTTCAAGATGAACATCAGAACATCAATGAGTTTGTGTTGTTT
ACTTTTGTTGTATGGCGAGAGCGCCTTGCTTGAGTGTTACTCCCTTTATTGTAATTTGTT
CATTTGTCGTATTGAATAAA
TATCAATGATTGTTTT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3BG02JQ 659 0 0
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CTTCTCTTCAACATCCTTTTCTTCACCCTCACTACAGCCACCCGAAGTACCAATTGTCCT
CCTCCACCACGCAAACACAACAAACACAAACCTAGCCCACCATCTACACCAACCACCACG
GGAGCTTGCCCTAAAGACGCCTTAAAGCTTGGTGTTTGTGTTGACGCCCTAAACTTGTTG
AACGATGTGACTCTCGGAACTCCTCCTGTGACTCCATGTTGTAACCTCATCAGGGGTTTG
GTCGATCTTGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGCACTGCCCTCAAGGCTAGCGTTCTTGGCATC
AAACTTAACCTTCCCATCAACCTAAGTTTGCTTCTCAATGTGTGCAAAAGAAAGTCCCCA
GCTGGCTTCCAATGCCCTTAAACTCAAAGCGACGTCAATCGGATAAATTAAAGCTTGAAT
CTTTTATTGTAATGTTTTCTTTTGTACTCGCTTATTTGAAGTGGTGAAGTTCAAGATGAA
CATCAGAACATCAATGAGTTTGTGTTGTTTACTTTTGTTGTATGGCGAGAGCGCCTTGCT
TGAGTGTTACTCCCTTTATTGTAATTTGTTCATTTGTCGTATTGAATAAA
ATACCAATG

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3BG02TF 671 0 0
AGGGCTTTTTTCCCATTCCCTCAGTAACCAATGGCTCTTAAAGACTCTCTTGCTCTCTTC
CTTCTCTTCAACATCCTTTTCTTCACCCTCACTACAGCCACCCGAAGTACCAATTGTCCT
CCTCCACCACGCAAACACAACAAACACAAACCTAGCCCACCATCTACACCAACCACCACG
GGAGCTTGCCCTAAAGACGCCTTAAAGCTTGGTGTTTGTGTTGACGCCCTAAACTTGTTG
AACGATGTGACTCTCGGAACTCCTCCTGTGACTCCATGTTGTAACCTCATCAGGGGTTTG
GTCGATCTTGAAGCTGCGGTTTGTCTTTGCACTGCCCTCAAGGCTAGCGTTCTTGGCATC
AAACTTAACCTTCCCATCAACCTAAGTTTGCTTCTCAATGTGTGCAAAAGAAAGTCCCCA
GCTGGCTTCCAATGCCCTTAAACTCAAAGCGACGTCAATCGGATAAATTAAAGCTTGAAT
CTTTTATTGTAATGTTTTCTTTTGTACTCGCTTATTTGAAGTGGTGAAGTTCAAGATGAA
CATCAGAACATCAATGAGTTTGTGTTGTTTACTTTTGTTGTATGGCGAGAGCGCCTTGCT
TGAGTGTTACTCCCTTTATTGTAATTTGTTCATTTGTCGTATTGAATAAAATACCAATGA
TTGTTTTTTCC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 3

CO CL3975Contig1 1091 3 3 U
GGGATCTCTACCTTGGAACTACCAAGAAGCTCTCTCTTTCTAGGAATGCTCTCTGCTCTA
AGTGTAACGGAAAGGGTTCGAAATCAGGAGCCTCTATGAAATGTGGTGGGTGTCAGGGTA
CAGGTATGAAGGTGGCAATGAGGCAGCTTGGACCTGGAATGATCCAGCAGATGCAGCACG
CTTGTAACGAGTGCAAAGGCACTGGTGAGACCATCAGCGATCGGGACAGGTGTCCACAAT
GCAAAGGAGACAAGGTCGTCCCCGAGAAGAAGGTGCTTGAAGTGAACGTGGAGAAAGGAA
TGCTACACAGTCAGAAGATCACTTTCGAAGGACAAGCTGATGAAGCGCCTGACACTGTCA
CTGGGGATATAGTCTTCGTCATTCAGCAGAAAGAGCATCCAAAGTTCAAAAGAAAGGGAG
AAGACCTCTTTGTTGAGCACACACTTTCTCTCACCGAAGCTCTTTGTGGCTTTTCATTCG
TCCTTACCCACTTGGATGGCAGAAACCTTCTCATCAAATCTAATCCCGGGGAGGTCGTGA
AACCTGATTCATACAAGGCCATCAGCGATGAGGGAATGCCGATATACCAGAGGCCATTCA
TGAAGGGTAAGCTTTACATCCACTTCACCGTGGAGTTCCCGGACTCGCTGAGCCCTGACC
AGACCAAAGCACTTGAATCTGTTCTGCCTAAGCCTTCGACTACTCAGCTGAGCGACATGG
AGATCGATGAGTGCGAGGAAACTACGCTACACGATGTCAACATCGAAGATGAGATGAGAA
GGAAAGCGCAAGCTCAAAGGGAGGCTTATGATGATGAAGACGACGATGATGACCATCCTG
GAGGCGCGCAAAGGGTGCAATGTGCTCAGCAGTAACCTTAGAGAGAGAGAGACTTTAGTC
ACATGGTTTTTGGTTCCTTTTCTTATTTTCAGCGTATTAGAGTCTTATGGAGTTTGGTAT
GGTTTAAGACTTCGCCCACTTCGGTGCAAAACCTACTTCGTTCTCATAAACTGATTCCGT
GTTACAATTTTGTATTTTCCATTTTAAATTTGTAGTAATCTCAATATATTGAAGAAGTAT
TTTGTGTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3FD80TF U 1
AF RR3FD80JQ C 343
AF RR3G054TF U 689
BS 1 740 RR3FD80TF
BS 741 1090 RR3G054TF
BS 1091 1091 RR3FD80JQ

RD RR3FD80TF 740 0 0
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AGTGTAACGGAAAGGGTTCGAAATCAGGAGCCTCTATGAAATGTGGTGGGTGTCAGGGTA
CAGGTATGAAGGTGGCAATGAGGCAGCTTGGACCTGGAATGATCCAGCAGATGCAGCACG
CTTGTAACGAGTGCAAAGGCACTGGTGAGACCATCAGCGATCGGGACAGGTGTCCACAAT
GCAAAGGAGACAAGGTCGTCCCCGAGAAGAAGGTGCTTGAAGTGAACGTGGAGAAAGGAA
TGCTACACAGTCAGAAGATCACTTTCGAAGGACAAGCTGATGAAGCGCCTGACACTGTCA
CTGGGGATATAGTCTTCGTCATTCAGCAGAAAGAGCATCCAAAGTTCAAAAGAAAGGGAG
AAGACCTCTTTGTTGAGCACACACTTTCTCTCACCGAAGCTCTTTGTGGCTTTTCATTCG
TCCTTACCCACTTGGATGGCAGAAACCTTCTCATCAAATCTAATCCCGGGGAGGTCGTGA
AACCTGATTCATACAAGGCCATCAGCGATGAGGGAATGCCGATATACCAGAGGCCATTCA
TGAAGGGTAAGCTTTACATCCACTTCACCGTGGAGTTCCCGGACTCGCTGAGCCCTGACC
AGACCAAAGCACTTGAATCTGTTCTGCCTAAGCCTTCGACTACTCAGCTGAGCGACATGG
AGATCGATGAGTGCGAGGAA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3FD80JQ 749 0 0
AAGCGCCTGACACTGTCACTGGGGATATAGTCTTCGTCATTCAGCAGAAAGAGCATCCAA
AGTTCAAAAGAAAGGGAGAAGACCTCTTTGTTGAGCACACACTTTCTCTCACCGAAGCTC
TTTGTGGCTTTTCATTCGTCCTTACCCACTTGGATGGCAGAAACCTTCTCATCAAATCTA
ATCCCGGGGAGGTCGTGAAACCTGATTCATACAAGGCCATCAGCGATGAGGGAATGCCGA
TATACCAGAGGCCATTCATGAAGGGTAAGCTTTACATCCACTTCACCGTGGAGTTCCCGG
ACTCGCTGAGCCCTGACCAGACCAAAGCACTTGAATCTGTTCTGCCTAAGCCTTCGACTA
CTCAGCTGAGCGACATGGAGATCGATGAGTGCGAGGAAACTACGCTACACGATGTCAACA
TCGAAGATGAGATGAGAAGGAAAGCGCAAGCTCAAAGGGAGGCTTATGATGATGAAGACG
ACGATGATGACCATCCTGGAGGCGCGCAAAGGGTGCAATGTGCTCAGCAGTAACCTTAGA
GAGAGAGAGACTTTATTCACATGGTTTTTGGTTCCTTTTCTTATTTTCAGCGTATTAGAG
TCTTATGGAGTTTGGTATGGTTTAAGACTTCGCCCACTTCGGTGCAAAACCTACTTCGTT
CTCATAAACTGATTCCGTGTTACAATTTTGTATTTTCCATTTTAAATTTGTAGTAATCTC
AATATATTGAAGAAGTATTTTGTGTCTTC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3G054TF 403 0 0
G
AAGCCTTCGACTACTCAGCTGAGCGACATGGAGATCGATGAGTGCGAGGAAACTACGCTA
CACGATGTCAACATCGAAGATGAGATGAGAAGGAAAGCGCAAGCTCAAAGGGAGGCTTAT
GATGATGAAGACGACGATGATGACCATCCTGGAGGCGCGCAAAGGGTGCAATGTGCTCAG
CAGTAACCTTAGAGAGAGAGAGACTTTAGTCACATGGTTTTTGGTTCCTTTTCTTATTTT
CAGCGTATTAGAGTCTTATGGAGTTTGGTATGGTTTAAGACTTCGCCCACTTCGGTGCAA
AACCTACTTCGTTCTCATAAACTGATTCCGTGTTACAATTTTGTATTTTCCATTTTAAAT
TTGTAGTAATCTCAATATATTGAAGAAGTATTTTGTGTCTT
T

QA 2 402 2 402
DS 



AS 1 3

CO CL3976Contig1 771 3 13 U
TTATAAACGAAGCTCCCTCGTTTCTTTCATTCACCTGGTTTGTTGTCACCTCCACACAGA
AATAAAATAAAATAGAATGAGCAGCTTGATAAGTTCTCTCGAACTCTCATCTCTTACGCT
TGAAGAGCCATGGCCTGCTTTCTAGCCTAAATTTCCTCGAGATTTTCGTTTTTTTTTTAT
CTTGAGTCTTTCTTGGTTTCTTCATCATCTTCTTAAAAACGTTTTCTAAAATCATGGGGA
CTGGAGAAAAATCTTTGAAAGGCTTCCATTTACTTCGCAAACAAACGGTCAAAAACAAAG
ATGTTCCAAAAGGATGCTTAGCGATCAAAGTTGGATCACAAGGAGAAGAGCAACAAAGAT
TTGTAGTTCCTGTTTTGTATTTTAACCATCCTTTGTTCATGCAGCTATTGAAGGAAGCAG
AAGATGAGTATGGATTCGATCAAAAGGGAACCATCACGATTCCATGCGAAGTAGCGGAGT
TTCGTTACGTTCAAGATTTGATTGAAGGAGAGAGATCGATTAATCATAACCATCATCATA
GACATAGCGGTCGTGATCAGTATCATCATCTTGTTGGATGCTTCAGAGCGTGAAGGATGA
TGAAGATAAATTGATAATGGTTAATGAATGAATGATTGTTTGTGTTTTTGCATTTTCGAT
CTTTTTTTATGTGTGTTGATCCTGTGGAGTTGAGGAGCCAAAACATGGCCTAACCCAAGA
AAGAAGTGAATTTCTGAATGTTTTTCTGTAGTTTAATGGAATTTTAAGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G842TF U 1
AF RR3G729TF U 30
AF RR3G729JQ C 48
BS 1 62 RR3G842TF
BS 63 63 RR3G729TF
BS 64 276 RR3G842TF
BS 277 277 RR3G729TF
BS 278 492 RR3G842TF
BS 493 493 RR3G729TF
BS 494 505 RR3G842TF
BS 506 507 RR3G729TF
BS 508 595 RR3G842TF
BS 596 596 RR3G729TF
BS 597 623 RR3G842TF
BS 624 722 RR3G729TF
BS 723 771 RR3G729JQ

RD RR3G842TF 625 0 0
TTATAAACGAAGCTCCCTCGTTTCTTTCATTCACCTGGTTTGTTGTCACCTCCACACAGA
AACAAAATAAAATAGAATGAGCAGCTTGATAAGTTCTCTCGAACTCTCATCTCTTACGCT
TGAAGAGCCATGGCCTGCTTTCTAGCCTAAATTTCCTCGAGATTTTCGTTTTTTTTTTAT
CTTGAGTCTTTCTTGGTTTCTTCATCATCTTCTTAAAAACGTTTTCTAAAATCATGGGGA
CTGGAGAAAAATCTTTGAAAGGCTTCCATTTACTTCTCAAACAAACGGTCAAAAACAAAG
ATGTTCCAAAAGGATGCTTAGCGATCAAAGTTGGATCACAAGGAGAAGAGCAACAAAGAT
TTGTAGTTCCTGTTTTGTATTTTAACCATCCTTTGTTCATGCAGCTATTGAAGGAAGCAG
AAGATGAGTATGGATTCGATCAAAAGGGAACCATCACGATTCCATGCGAAGTAGCGGAGT
TTCGTTACGTTCGAGATTTGATTGA**GAGAGAGATCGATTAATCATAACCATCATCATA
GACATAGCGGTCGTGATCAGTATCATCATCTTGTTGGATGCTTCAGAGCGTGAAG*ATGA
TGAAGATAAATTGATAATGGTTA
TG

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3G729TF 693 0 0
GG
CACCTGGTTTGTTGTCACCTCCACACAGAAATAAAATAAAATAGAATGAGCAGCTTGATA
AGTTCTCTCGAACTCTCATCTCTTACGCTTGAAGAGCCATGGCCTGCTTTCTAGCCTAAA
TTTCCTCGAGATTTTCGTTTTTTTTTTATCTTGAGTCTTTCTTGGTTTCTTCATCATCTT
CTTAAAAACGTTTTCTAAAATCATGGGGACTGGAGAAAAATCTTTGAAAGGCTTCCATTT
ACTTCGCAAACAAACGGTCAAAAACAAAGATGTTCCAAAAGGATGCTTAGCGATCAAAGT
TGGATCACAAGGAGAAGAGCAACAAAGATTTGTAGTTCCTGTTTTGTATTTTAACCATCC
TTTGTTCATGCAGCTATTGAAGGAAGCAGAAGATGAGTATGGATTCGATCAAAAGGGAAC
CATCACGATTCCATGCGAAGTAGCGGAGTTTCGTTACGTTCAAGATTTGATTGAAGGAGA
GAGATCGATTAATCATAACCATCATCATAGACATAGCGGTCGTGATCAGTATCATCATCT
TGTTGGATGCTTCAGAGCGTGAAGGATGATGAAGATAAATTGATAATGGTTAATGAATGA
ATGATTGTTTGTGTTTTTGCATTTTCGATCTTTTTTTATGTGTGTTGATCCTGTGGAGTT
GAGGAGCCAAAACATGGCCTAACCCAAGAAA

QA 3 693 3 693
DS 

RD RR3G729JQ 724 0 0
ACCTCCACACAGAAATAAAATAAAATAGAATGAGCAGCTTGATAAGTTCTCTCGAACTCT
CATCTCTTACGCTTGAAGAGCCATGGCCTGCTTTCTAGCCTAAATTTCCTCGAGATTTTC
GTTTTTTTTTTATCTTGAGTCTTTCTTGGTTTCTTCATCATCTTCTTAAAAACGTTTTCT
AAAATCATGGGGACTGGAGAAAAATCTTTGAAAGGCTTCCATTTACTTCGCAAACAAACG
GTCAAAAACAAAGATGTTCCAAAAGGATGCTTAGCGATCAAAGTTGGATCACAAGGAGAA
GAGCAACAAAGATTTGTAGTTCCTGTTTTGTATTTTAACCATCCTTTGTTCATGCAGCTA
TTGAAGGAAGCAGAAGATGAGTATGGATTCGATCAAAAGGGAACCATCACGATTCCATGC
GAAGTAGCGGAGTTTCGTTACGTTCAAGATTTGATTGAAGGAGAGAGATCGATTAATCAT
AACCATCATCATAGACATAGCGGTCGTGATCAGTATCATCATCTTGTTGGATGCTTCAGA
GCGTGAAGGATGATGAAGATAAATTGATAATGGTTAATGAATGAATGATTGTTTGTGTTT
TTGCATTTTCGATCTTTTTTTATGTGTGTTGATCCTGTGGAGTTGAGGAGCCAAAACATG
GCCTAACCCAAGAAAGAAGTGAATTTCTGAATGTTTTTCTGTAGTTTAATGGAATTTTAA
GATC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL3977Contig1 603 2 3 U
GGATATCTCACAAAAAAAAATGAATAATTTCATAGTGTTTCTGTTTGTTATTGCTATATG
TTTTGGATTGAGTGAAGCTTGCGCAGAAAGTCGTGTAGTATTCACGAACGAACTCGGTAA
TGGTAGTACTATTTTTCATGTCAAGTGTCAATCTTACAACCCATCCATTAATCATCCACA
AATAGATATACAACCCGGCAAGAATCATATTTTCCGATTCGTCTCGGCTAAAGAAAGAAC
AACGTATTATTGTACAGTCTTTTACCAGCTTCCGCCCGTTCCAGGTAATACTCGTCCTCG
AATAAGACAGTTTCATGAACTCGAAGCATTTCGAGCAGGCACGCAGTCGAATAAATGTGG
TCAGTACCGTGAATGGAGTGCCAGACGGGATGGGATTTATTTCAGAAGAAATCCTAATGA
ACCACTGGGGCATGCGCTTAAATGGACTACCAGAACCTAAATATGTTTTTTCCTAAATGC
TATAACAATATTTATGTACGTTGATTATTTTTATTTGTAAATAAAAATCCCTAAATTGTA
TAAATAAATAAAGTGCTACAGTATGTAGCAAAATAATAAAATGAACTATATTTTTGTTTC
CGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR3B886TF U 1
AF RR3B886JQ C 381
BS 1 387 RR3B886TF
BS 388 388 RR3B886JQ
BS 389 603 RR3B886TF

RD RR3B886TF 603 0 0
GGATATCTCACAAAAAAAAATGAATAATTTCATAGTGTTTCTGTTTGTTATTGCTATATG
TTTTGGATTGAGTGAAGCTTGCGCAGAAAGTCGTGTAGTATTCACGAACGAACTCGGTAA
TGGTAGTACTATTTTTCATGTCAAGTGTCAATCTTACAACCCATCCATTAATCATCCACA
AATAGATATACAACCCGGCAAGAATCATATTTTCCGATTCGTCTCGGCTAAAGAAAGAAC
AACGTATTATTGTACAGTCTTTTACCAGCTTCCGCCCGTTCCAGGTAATACTCGTCCTCG
AATAAGACAGTTTCATGAACTCGAAGCATTTCGAGCAGGCACGCAGTCGAATAAATGTGG
TCAGTACCGTGAATGGAGTGCCAGACGTGATGGGATTTATTTCAGAAGAAATCCTAATGA
ACCACTGGGGCATGCGCTTAAATGGACTACCAGAACCTAAATATGTTTTTTCCTAAATGC
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TAAATAAATAAAGTGCTACAGTATGTAGCAAAATAATAAAATGAACTATATTTTTGTTTC
CGT

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3B886JQ 223 0 0
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AATGGACTACCAGAACCTAAATATGTTTTTTCCTAAATGCTATAACAATATTTATGTACG
TTGATTATTTTTATTTGTAAATAAAAATCCCTAAATTGTATAAATAAATAAAGTGCTACA
GTATGTAGCAAAATAATAAAATGAACTATATTTTTGTTTCCGT

QA 1 223 1 223
DS 



AS 1 3

CO CL3978Contig1 937 3 8 U
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AAATCTAATTCAATCTCCGAGATGCCAAAACACTGAGAGCAACAACAAACCACCCACAAC
TCCGACACGACACGTAACCACTAGATCCGAACCGGGAACCCCGTACCCGACAACCTTCGT
CCAAGCCGACACATCTTCCTTCAAGCAAGTCGTCCAGATGCTAACCGGATCATCCTCAGA
CAGACCCACCTCGTCTCTCAAACCAAACCCGACCCAACAACCCGACCCGAGATCCTCTCC
GTCTCAATTCTCAATCCCTCCAATCAAAGCCGTGCCAAACAAGAAACACTCCTCCTCCTC
TTCCTCAGGGTTCCGTCTCTACGAGCGTCGTAACTCGATGAAGAACCTCAAAATCAACCC
GTTAAACCCGGTTTTCAACCCGGTTAACTCGGCTTTCTCGCCTCGGAAACCCGAGATCCT
CTCTCCCAGCATCCTCGATTTCCCTTCCCTCGTTCTGAGCCCGGTCACGCCTCTTGTACC
CGACCCGTTTGATCGATCCGGGTCGTCGAGTCAAAGCCCCGAAGAGAGAGCGATGAAAGA
GAGAGGCTTTTACTTGCATCCACCGTCTCCGGCGACGACTCCGATGGATCAGGAGGAGCC
TCGTCTTCTTCCTCTCTTTCCACTCACTTCTCCTCGACTCTCAGCTTCTTCCACCACTGC
TTCTGCTTCTACTTGATAATAATTTTTTTTTTCTCTTTAATTGTTTTTAATATAATTTCC
TTTGTGATTTTAATTATATTTACTATAGTGGGAATTTGATATGAATTTCTGATGAGAATT
ATATAATACGAGAGTAATTGTAATACCGAGATGCTTTGCCGATCCAAATGATTCGGCTTC
AATTGTAGTATTATTAAATCTCTTTGATTTTGAGTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D868TF U 1
AF RR3BC18TF U 1
AF RR3D868JQ C 277
BS 1 453 RR3BC18TF
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BS 721 789 RR3BC18TF
BS 790 937 RR3D868JQ

RD RR3D868TF 762 0 0
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TTCTGCTTCTACTTGATAATAATTTTTTTT
CTCTTTAATTGT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3BC18TF 789 0 0
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TCCGACACGACACGTAACCACTAGATCCGAACCGGGAACCCCGTACCCGACAACCTTCGT
CCAAGCCGACACATCTTCCTTCAAGCAAGTCGTCCAGATGCTAACCGGATCATCCTCAGA
CAGACCCACCTCGTCTCTCAAACCAAACCCGACCCAACAACCCGACCCGAGATCCTCTCC
GTCTCAATTCTCAATCCCTCCAATCAAAGCCGTGCCAAACAAGAAACACTCCTCCTCCTC
TTCCTCAGGGTTCCGTCTCTACGAGCGTCGTAACTCGATGAAGAACCTCAAAATCAACCC
GTTAAACCCGGTTTTCAACCCGGTTAACTCGGCCTTCTCGCCTCGGAAACCCGAGATCCT
CT**CCCAGCATCCTCGATTTCCCTTCCCTCGTTCTGAGCCCGGTCACGCCTCTTGTACC
CGACCCGTTTGATCGATCCGGGTCGTCGAGTCAAAGCCCCGAAGAGAGAGCGATGAAAGA
GAGAGGCTTTTACTTGCATCCACCGTCTCCGGCGACGACTCCGATGGATCAGGAGGAGCC
TCGTCTTCTTCCTCTCTTTCCACTCACTTCTCCTCGACTCTCAGCTTCTTCCACCACTGT
TTCTGCTTCTACTTGATAATAATTTTTTTTTTCTCTTTAATTGTTTTTAATATAATTTCC
TTTGTGATT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3D868JQ 661 0 0
AT
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QA 3 661 3 661
DS 



AS 1 3

CO CL3979Contig1 1083 3 7 U
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CCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3CS06JQB U 1
AF RR3BL07JQ U 25
AF RR3BL07TF C 255
BS 1 259 RR3CS06JQB
BS 260 260 RR3BL07JQ
BS 261 568 RR3CS06JQB
BS 569 569 RR3BL07JQ
BS 570 670 RR3CS06JQB
BS 671 825 RR3BL07JQ
BS 826 1083 RR3BL07TF

RD RR3CS06JQB 671 0 0
GGACAAATCCATTGCATATAAATTCTGCTGCAAAAGAATTGGTATAAACATAAACTTGTA
CTAGAGCCAGTCTTTCAGTTTATACCTTCATCAGTCTTATAACTTCATCTGACAGCTACT
ATGTACCTGAGATAGTAATGTTACACTGACTATACTTCATCACTTTTTGGAGGACTTTTG
AACCTCTTGATCCACAGTTTCCGAGGGAAATTTGCTGAGTAGCCAAACCAACACAACACC
GACAAGAGCACCAGAGAGATGCGCAATGTGATTAACAGTCTGCAAAGAATAGCCACCATA
TATAGTTCCTGATACTCCAGCTGAAGCCTGAGCTGCTTCCATTACCCTCTCAATAACGAA
CTGACCCAATATAAGAACTTCAAGGATCTTCCTCCAATCCCAAGACATCTTGACGAGGAC
GCTAATAGCAAACAACCCAAAAACAGCTCCAGAGGCTCCAACGGAAACAGCATTTCTCGG
CAAAACTAACCAAGAAACCAGGTTAGCTCCAACACCAGTGAACAAGTAAGACAGCCACAA
ACCAAAGCTCCCTTCCTCTTCTTCAACGTGCTTTCCAAAGATGTAGAGGAAGAAAAGGTT
GCTGGAGAGATGGTTCCAGCTAGCATGACAGAACGTTGCAGTGACAAACTGGTACCACGC
TGGAAAGTTG
C

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3BL07JQ 818 0 0
CTGCTGCAAAAGAATTGGTATAAACATAAACTTGTACTAGAGCCTGTCTTTCAGTTTATA
CCTTCATCAGTCTTATAACTTCATCTGACAGCTACTATGTACCTGAGATAGTAATGTTAC
ACTGACTATATTTCATCACTTTTTGGAGGACTTTTGAACCTCTTGATCCACAGTTTCCGA
GGGAAATTTGCTGAGTAGCCAAACCAACACAACACCGACAAGAGCACCAGAGAGACGCGC
AATGTGATTAACAGTCTGCAAAGAATAGCCACCATATATAGTTCCTGATACTCCAGCTGA
AGCCTGAGCTGCTTCCATTACCCTCTCAATAACGAACTGACCCAATATAAGAACTTCAAG
GATCTTCCTCCAATCCCAAGACATCTTGACGAGGACGCTAATAGCAAACAACCCAAAAAC
AGCTCCAGAGGCTCCAACGGAAACAGCATTTCTCGGCAAAACTAACCAAGAAACCAGGTT
AGCTCCAACACCAGTGAACAAGTAAGACAGCCACAAACCAAAGCTCCCTTCCTCTTCTTC
AACGAGCTTTCCAAAGATGTAGAGGAAGAAAAGGTTGCTGGAGAGATGGTTCCAGCTAGC
ATGACAGAACGTTGCAGTGACAAACTGGTACCACGCTGGAAAGTTGTGATAGAGATAAGG
AGACTTGATGCTGCGAACCTGAAAGAAGTGATCTGCTACATAGATGCCAAGATTGATGAG
TATGATCCAGAATATGCCATTGGCTCTCTTTTGTGGTTTCTGTTTATCTCCTCCTTTACT
AAGCTCAAGCGGATTGGCTGA
CCTGCAGCGATAGGGAT

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3BL07TF 829 0 0
AGAGACGCGCAATGTGAT**ACAGTCTGCAAAGAATAGCCACCATATATAGT**CTGATA
CTCCAGCTGAAGC*TGAGCTGCTTCCAT*ACCCTCTCAATAACGAACTGACCCAATATAA
GAACTTCAAGGATCT*CCTCCAATCCCAAGACATCTTGACGAGGACGCTAATAGCAAACA
ACCCAAAAACAGCTCCAGAGGCTCCAACGGAAACAGCATTTCTCGGCAAAACTAACCAAG
AAACCAGGTTAGCTCCAACACCAGTGAACAAGTAAGACAGCCACAAACCAAAGCTCCCTT
CCTCTTCTTCAACGAGCTTTCCAAAGATGTAGAGGAAGAAAAGGTTGCTGGAGAGATGGT
TCCAGCTAGCATGACAGAACGTTGCAGTGACAAACTGGTACCACGCTGGAAAGTTGTGAT
AGAGATAAGGAGACTTGATGCTGCGAACCTGAAAGAAGTGATCTGCTACATAGATGCCAA
GATTGATGAGTATGATCCAGAATATGCCATTGGCTCTCTTTTGTGGTTTCTGTTTATCTC
CTCCTTTACTAAGCTCAAGCGGATTGGCTGAACCTGCAAGCGATAGGGGATTTTGAGAAG
GTGGGTGGGCGAAAGGTTGAGGCTTTTGATGAATTGAGCTCGGAGGTTGAGGAAAGTGTG
AAGCTTTTGATGTTGTTGGTAAGTGGTAGCGGCGACGGAGGTGCGCGGCGGCGATGGGAG
GGAGGTGAAGGCGGGGTTGTGAAACGAGTGGAAGATTGTGGGAGGGAGATGCGGTGAAGG
TGAAGCTGCGACATTTGCGAGCTCTCCTCGTTTGTATTGTACTCAGCCC

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 2

CO CL3980Contig1 901 2 14 U
GAAAGCTACATCGAGATCTTTTCAAAATGTTTTACAGCCTCAAAAAGTTTCTTAAACAGG
GTAAGTCGAAAATGATAATACATGTAAGAAGACATAATATAATAAATATCTTTCTTAATC
CCTTACAAAATAGTATATTGAGAAAACGAATCAGTCAAAAAAAACATGGTGTGGCTTATG
GCGAATCTTCTTTTGTACACTGTCTTTGCTCTCACTAAGACCTTTTCTTCTTTTCAGACA
AAGGTGAAGGCAGATTGTACTGTGGATTGGAACCGTGATGCGATTGTCTGTGAGGCAAAC
TGCTGAAACTGCTTCTTTGCATCTTTCTTGCACTTTGTGAAGCCGATGATATTAGCCACG
TTGAGGGACAAGCAAACACCGACAACAAGCAGATAGTCGGCCTGAAACCTTATCAGTGAA
AATATCCCAAGGACTAACCACGCAGCTGCTGCAAGGTAAAGAGTCCACCAGAAAAGCCAC
GAGTCTTTCTTGTTCATCCGAGCCAACGACTCCTGGTCAAGAGACTCAAACTTCCACACA
CTTTCACCCAAGTCATTGATCTCGTTCCACCACCTGAGACCAACCAGTATACGCCCACTC
ACATTCTTAACCACCCAGAAGTCAAGTGCAGCAAGAAGAACAGTCACCACAAAGATAATG
ACAAAGCTGTTGAAGAAGAGAGCCGAGAGGATGTAAAACGCCAACGCAGCACCCTTGAAG
AGAACATGGAAGAGACACGTCTTCGGGTTCGCATAGTTTTCAACTGGTGCCTGATTAGGA
TCCATCTTTCCAAGTATCCAAATGGATCAACCCGACGCCGAACAGCAGAATAACGAAACA
CTTTTCCGATATGGAATGCACGGATCTTCCCTCCGACAAAGACAGAATTTTCCGACAAAA
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3EO61JQ U 1
AF RR3D732TF C 189
BS 1 217 RR3EO61JQ
BS 218 218 RR3D732TF
BS 219 241 RR3EO61JQ
BS 242 242 RR3D732TF
BS 243 377 RR3EO61JQ
BS 378 378 RR3D732TF
BS 379 461 RR3EO61JQ
BS 462 462 RR3D732TF
BS 463 465 RR3EO61JQ
BS 466 466 RR3D732TF
BS 467 523 RR3EO61JQ
BS 524 524 RR3D732TF
BS 525 656 RR3EO61JQ
BS 657 901 RR3D732TF

RD RR3EO61JQ 658 0 0
GAAAGCTACATCGAGATCTTTTCAAAATGTTTTACAGCCTCAAAAAGTTTCTTAAACAGG
GTAAGTCGAAAATGATAATACATGTAAGAAGACATAATATAATAAATATCTTTCTTAATC
CCTTACAAAATAGTATATTGAGAAAACGAATCAGTCAAAAAAAACATGGTGTGGCTTATG
GCGAATCTTCTTTTGTACACTGTCTTTGCTCTCACTATGACCTTTTCTTCTTTTCAGACA
AGGGTGAAGGCAGATTGTACTGTGGATTGGAACCGTGATGCGATTGTCTGTGAGGCAAAC
TGCTGAAACTGCTTCTTTGCATCTTTCTTGCACTTTGTGAAGCCGATGATATTAGCCACG
TTGAGGGACAAGCAAACGCCGACAACAAGCAGATAGTCGGCCTGAAACCTTATCAGTGAA
AATATCCCAAGGACTAACCACGCAGCTGCTGCAAGGTAAAGCGTCTACCAGAAAAGCCAC
GAGTCTTTCTTGTTCATCCGAGCCAACGACTCCTGGTCAAGAGGCTCAAACTTCCACACA
CTTTCACCCAAGTCATTGATCTCGTTCCACCACCTGAGACCAACCAGTATACGCCCACTC
ACATTCTTAACCACCCAGAAGTCAAGTGCAGCAAGAAGAACAGTCACCACAAAGAT
TA

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3D732TF 713 0 0
CTC
TTTGTACACTGT*TTTGCTCTCACTAAGAC*TTTTCTTCTTT*CAGACAAAGGTGAAGGC
AGATTGTACTGTGGATTGGAACCGTGATGCGATTGTCTGTGAGGCAAACTGCTGAAACTG
TTTCTTTGCATCTTTCTTGCACTTTGTGAAGCCGATGATATTAGCCACGTTGAGGGACAA
GCAAACACCGACAACAAGCAGATAGTCGGCCTGAAACCTTATCAGTGAAAATATCCCAAG
GACTAACCACGCAGCTGCTGCAAGGTAAAGAGTCCACCAGAAAAGCCACGAGTCTTTCTT
GTTCATCCGAGCTAAGGACTCCTGGTCAAGAGACTCAAACTTCCACACACTTTCACCCAA
GTCATTGATCTCGTTCCACCACCTGAGGCCAACCAGTATACGCCCACTCACATTCTTAAC
CACCCAGAAGTCAAGTGCCGCAAGAAGAACAGTCACCACAAAGATAATGACAAAGCTGTT
GAAGAAGAGAGCCGAGAGGATGTAAAACGCCAACGCAGCACCCTTGAAGAGAACATGGAA
GAGACACGTCTTCGGGTTCGCATAGTTTTCAACTGGTGCCTGATTAGGATCCATCTTTCC
AAGTATCCAAATGGATCAACCCGACGCCGAACAGCAGAATAACGAAACACTTTTCCGATA
TGGAATGCACGGATCTTCCCTCCGACAAAGACAGAATTTTCCGACAAAAA

QA 4 713 4 713
DS 



AS 1 3

CO CL3981Contig1 604 3 6 U
GATCTCCAAAAGGAAAGCAAATAAGCAATTACCAGTTAAACCTAATTTTATCGTTTTATT
TTAGAAAGAAAATGACTTCATGGAAGAAAACAATCGCAACGCCATTCAAGAAAGCGGCGA
CGTTCTTTAACCAACCGCAGCAAACGCCACACAACCGCCACGCAAACGTCAAGACGAGAG
AAGAACACCAGAGACGATCGGTGAAGGAGCTTCAAGGAGACGTCATGGCTTGTGGTTATG
AAGATGTCCTCGTCATGTGGTCAATTCTTGACAAGTCAAACTCTTCAAACAATTTCTCTT
CTTGATTTGGATTTCTCACAACGAAAAATGAGAAACTCTCCTTCCTCTTTCAGCGAAATT
TACATTACGTTGAACAAATGGAATTCGAATTTCTCTTCTTCTTCAATGTGAATAGCTTTG
TATTTGAGCCCGCCATGTGTCTCTTCTTTCTCCTTATCTTTTATGTGGTCGCGGCTTTTT
TT*CCCCTTTAAGTTAGAGTTTAGTAATTTTTTTATCCGATGATCAGTTTGGATTCGGAT
GTAATTAATCCCTGCGATGATCTAATCCAAGTCACGGTGCGATTTTTCATTTAACAAGAG
TTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR3EM45TF U 1
AF RR3DD06JQ C 2
AF RR3DD06TF U 17
BS 1 482 RR3EM45TF
BS 483 483 RR3DD06TF
BS 484 513 RR3EM45TF
BS 514 514 RR3DD06TF
BS 515 587 RR3EM45TF
BS 588 604 RR3DD06TF

RD RR3EM45TF 587 0 0
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TTAGAAAGAAAATGACTTCATGGAAGAAAACAATCGCAACGCCATTCAAGAAAGCGGCGA
CGTTCTTTAACCAACCGCAGCAAACGCCACACAACCGCCACGCAAACGTCAAGACGAGAG
AAGAACACCAGAGACGATCGGTGAAGGAGCTTCAAGGAGACGTCATGGCTTGTGGTTATG
AAGATGTCCTCGTCATGTGGTCAATTCTTGACAAGTCAAACTCTTCAAACAATTTCTCTT
CTTGATTTGGATTTCTCACAACGAAAAATGAGAAACTCTCCTTCCTCTTTCAGCGAAATT
TACATTACGTTGAACAAATGGAATTCGAATTTCTCTTCTTCTTCAATGTGAATAGCTTTG
TATTTGAGCCCGCCATGTGTCTCTTCTTTCTCCTTATCTTTTATGTGGTCGCGGCTTTTT
TTTCCCCTTTAAGTTAGAGTTTAGTAATTTTTT*ATCCGATGATCAGTTTGGATTCGGAT
GTAATTAATCCCTGCGATGATCTAATCCAAGTCACGGTGCGATTTTT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3DD06JQ 603 0 0
GATCTCC
AAAGGAAAGCAAATAAGCAATTACCAGTTAAACCTAATTTTATCGTTTTATTTTAGAAAG
AAAATGACTTCATGGAAGAAAACAATCGCAACGCCATTCAAGAAAGCGGCGACGTTCTTT
AACCAACCGCAGCAAACGCCACACAACCGCCACGCAAACGTCAAGACGAGAGAAGAACAC
CAGAGACGATCGGTGAAGGAGCTTCAAGGAGACGTCATGGCTTGTGGTTATGAAGATGTC
CTCGTCATGTGGTCAATTCTTGACAAGTCAAACTCTTCAAACAATTTCTCTTCTTGATTT
GGATTTCTCACAACGAAAAATGAGAAACTCTCCTTCCTCTTTCAGCGAAATTTACATTAC
GTTGAACAAATGGAATTCGAATTTCTCTTCTTCTTCAATGTGAATAGCTTTGTATTTGAG
CCCGCCATGTGTCTCTTCTTTCTCCTTATCTTTTATGTGGTCGCGGCTTTTTTT*CCCCT
TTAAGTTAGAGTTTAGTAATTTTTTTATCCGATGATCAGTTTGGATTCGGATGTAATTAA
TCCCTGCGATGATCTAATCCAAGTCACGGTGCGATTTTTCATTTAACAAGAGTTCC

QA 8 603 8 603
DS 

RD RR3DD06TF 588 0 0
GCAAATAAGCAATTACCAGTTAAACCTAATTTTATCGTTTTATTTTAGAAAGAAAATGAC
TTCATGGAAGAAAACAATCGCAACGCCATTCAAGAAAGCGGCGACGTTCTTTAACCAACC
GCAGCAAACGCCACACAACCGCCACGCAAACGTCAAGACGAGAGAAGAACACCAGAGACG
ATCGGTGAAGGAGCTTCAAGGAGACGTCATGGCTTGTGGTTATGAAGATGTCCTCGTCAT
GTGGTCAATTCTTGACAAGTCAAACTCTTCAAACAATTTCTCTTCTTGATTTGGATTTCT
CACAACGAAAAATGAGAAACTCTCCTTCCTCTTTCAGCGAAATTTACATTACGTTGAACA
AATGGAATTCGAATTTCTCTTCTTCTTCAATGTGAATAGCTTTGTATTTGAGCCCGCCAT
GTGTCTCTTCTTTCTCCTTATCTTTTATGTGGTCGCGGCTTTTTTT*CCCCTTTAAGTTA
GAGTTTAGTAATTTTTTTATCCGATGATCAGTTTGGATTCGGATGTAATTAATCCCTGCG
ATGATCTAATCCAAGTCACGGTGCGATTTTTCATTTAACAAGAGTTCC

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 3

CO CL3982Contig1 803 3 12 U
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ATGGATACAATTTCATTTATTATTTCGAGAAATCCAAAACGAAAATAGCCGCCAGGTTGG
GTTTTATTTAGTGCTTTTGCGATGTAGGCATGGCAAGAGATACTGAAGTTGGAATATCCT
TCCACTGTTGTGTCACAGTCTTGATCTGAGTGAAAAAGTCTACTCCAGCTTTGCCATAAA
AGTTCAGGTCTCCTGCAAATGAAGCTTTGTTCCCAGTAAAGGAGAAGAACGGTAACGGAA
CCGGGATTGGAACGTTTATACCAATCTGTCCTGCTTCTATTTCCATCTGGAACTTTCTTG
CCGCTGCGCCCGATGCAGTGAAAATTGCAGCACCGTTGCCATACTTGTTTCTATTCAGTA
TGTCTATGGCTTCATCAAAGCTGCTTGCCTCCATGCATACAAGAACGGGGCCAAATATTT
CTTCCTTGTAACACTCCATGTCTGGGGTAACACCAAATAAAATGGTAGGACCGATAAAAT
TCCCTTTCTCGTATCCAGGAACCACAATATTTCTTCCGTCAAGCAACAGTTTAGCACCAT
CGTCCACACCAGACTGAATCAAGCGACATATCCTTTCTTTGGCCTGTTTACTAATCACAG
GACCCAGGTCTGCATCTGGCTCTGTTCCACATGAGACTTTAAGGGCTTTAGCTCGCTCGA
CAAGTTTATCCTCCCATGATTTTGAACTGCCAACAAAGACAACTGTACTCAGAGCCATGC
ATCTCTGTCCAGCGGCACCAAAT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM19TF C 65
AF RR3AE06JQ U 1
AF RR3BM04JQ U 2
BS 1 99 RR3AE06JQ
BS 100 100 RR3BM04JQ
BS 101 167 RR3AE06JQ
BS 168 168 RR3BM04JQ
BS 169 483 RR3AE06JQ
BS 484 484 RR3BM04JQ
BS 485 515 RR3AE06JQ
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BS 517 541 RR3AE06JQ
BS 542 542 RR3BM04JQ
BS 543 683 RR3AE06JQ
BS 684 803 RR3BM04JQ

RD RR3DM19TF 456 0 0
ATACAATTTCATTTATTATTTCGAGAAATCCAAAACGAAAATAGCCGCCAGGTTGGGTTT
TATTTAGTGCTTTTGCGATGTAGGCATGGCAAGAGATACTGAAGTTGGAATATCCTTCCA
CTGTTGTGTCACAGTCTTGATCTGAGTGAAAAAGTCTACTCCAGCTTTGCCATAGAGGTT
CAGGTCTCCTGCAAATGAAGCTTTGTTCCCAGTAAAGGAGAAGAACGGTAACGGAACCGG
GATTGAAACGTTTATACCAATCTGTCCTGCTTCTATTTCCATCTGGAACTTTCTTGCCGC
TGCGCCCGATGCAGTGAAAATTGCAGCACCGTTGCCATACTTGTTTCTATTCAGTATGTC
TATGGCTTCATCAAAGCTGCTTGCCTCCATGCATACAAGAACGGGGCCAAATATTTCTTC
CTTGTAACACTCCATGTCTGGGGTAACACCA
GATAC

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR3AE06JQ 683 0 0
TCAAAACGAAGTGTTTATTTTACGCATTTGCCTACGTAAACGGAAGTGATATTAACTGAA
ATGGATACAATTTCATTTATTATTTCGAGAAATCCAAAAAGAAAATAGCCGCCAGGTTGG
GTTTTATTTAGTGCTTTTGCGATGTAGGCATGGCAAGAGATACTGAACTTGGAATATCCT
TCCACTGTTGTGTCACAGTCTTGATCTGAGTGAAAAAGTCTACTCCAGCTTTGCCATAAA
AGTTCAGGTCTCCTGCAAATGAAGCTTTGTTCCCAGTAAAGGAGAAGAACGGTAACGGAA
CCGGGATTGGAACGTTTATACCAATCTGTCCTGCTTCTATTTCCATCTGGAACTTTCTTG
CCGCTGCGCCCGATGCAGTGAAAATTGCAGCACCGTTGCCATACTTGTTTCTATTCAGTA
TGTCTATGGCTTCATCAAAGCTGCTTGCCTCCATGCATACAAGAACGGGGCCAAATATTT
CTTTCTTGTAACACTCCATGTCTGGGGTAACACCAGATAAAATGGTAGGACCGATAAAAT
TTCCTTTCTCGTATCCAGGAACCACAATATTTCTTCCGTCAAGCAACAGTTTAGCACCAT
CGTCCACACCAGACTGAATCAAGCGACATATCCTTTCTTTGGCCTGTTTACTAATCACAG
GACCCAGGTCTGCATCTGGCTCT

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3BM04JQ 802 0 0
CG
AAACGAAGTGTTTATTTTACGCATTTGCCTACGTAAACGGAAGTGATATTAACTGAAATG
GATACAATTTCATTTATTATTTCGAGAAATCCAAAACGAAAATAGCCGCCAGGTTGGGTT
TTATTTAGTGCTTTTGCGATGTAGGCATGGCAAGAGATACTGAAGTTGGAATATCCTTCC
ACTGTTGTGTCACAGTCTTGATCTGAGTGAAAAAGTCTACTCCAGCTTTGCCATAAAAGT
TCAGGTCTCCTGCAAATGAAGCTTTGTTCCCAGTAAAGGAAAAAAACGGTAACGGAACCG
GGATTGGAACGTTTATACCAATCTGTCCTGCTTCTATTTCCATCTGGAACTTTCTTGCCG
CTGCGCCCGATGCAGTGAAAATTGCAGCACCGTTGCCATACTTGTTTCTATTCAGTATGT
CTATGGCTTCATCAAAGCTGCTTGCCTCCATGCATACAAAAACGGGGCCAAATATTTCTT
CCTTGTAACACTCCATGTCTGGGGTAACACCAAATAAAATGGTAGGACCGATAAAATTCC
CTTTCTCGTATCCAGGAACCACAATATTTCTTCCGTCAAGCAACAGTTTAGCACCATCGT
CCACACCAGACTGAATCAAGCGACATATCCTTTCTTTGGCCTGTTTACTAATCACAGGAC
CCAGGTCTGCATCTGGCTCTGTTCCACATGAGACTTTAAGGGCTTTAGCTCGCTCGACAA
GTTTATCCTCCCATGATTTTGAACTGCCAACAAAGACAACTGTACTCAGAGCCATGCATC
TCTGTCCAGCGGCACCAAAT

QA 3 802 3 802
DS 



AS 1 2

CO CL3983Contig1 1252 2 10 U
GGACGACTTGGATAATAAACCAGAAATTAAAAAAAATTCGTTTCTATCCTCTCTTGGAAG
CAATTTCGAATTTCGTTTTGCTTTTTTTTTTCTCGTCCCACAAATCCCTCTGAAATCCCG
AGAACAACGGTTGCAGATTCTTACTTTTAGTCGTCAGAGAGAGATGAGCTTTGGAAGCGG
GGAGGAAATTAATAAAGGGGAACAAGGATGGAGGAGGAACAGAAGCGGTGGCGTCTGGCA
TCTTTCAGATAAACACGGCCGTTCCTAACTTCCAGCGCCTTGTTAATACTCTCGGTACTC
CTAAGGATACCCCGGAGCTCCGTCACAAGCTGCACAAGACAAGGTTACATATTGGGCAGT
TGGTAAAGGACACTTCGGCCAAACTTAAAGAAGCTAGCGAGACCGATCATCATCGAGATG
TTTCTGTAAAGTGTTTTCTTCGATGTTTTTTCTATTTTTTTCATTCAGTCATTTGAAAGA
TTAGGACCTATTTCTTCAGCAAAGTAAGAAGATTGCGGATGCTAAGCTTGCAAAGGACTT
CGAAGCAGTGCTTAAAGAGTTTCAGAAGGCACAGAGAGTTGCAGCCGAAAGGGAGACTTC
CTACACTCCTTCCCATCCAAAAGGTGACTTTTCTTCAAGTGAAGTAGACATTGGCTATGA
TAGATCACAAGAGCAGCGTATCCTCATGGAATCTAGAAGGCAAGAAGTTGTGTTGCTTGA
AAACGAAATATCCTTCAACGAAGCAGTGATAGAGGAAAGAGAACAGGGGATACTGGAAGT
TCAGCAGCAAATCGGTGAAGTAAACGAGATTTTCAAAGATCTCGCGGTGTTGGTTCACGA
CCAAGGAGCCATGATAGATGATATTGGTAGCCATGTGGAGAATGCACATTCCGCTACAGC
TCAGGGAAGGTCTCATCTCGTGAAAGCCTCCAGGACACAACGATCAAACTCTTCTCTGAT
GTGCTTACTAATGGTGATATTTGGTATCGTTCTACTCATCGTTGTCGTAGTACTCGCAGC
TTGAGATCGCCTGAAACACACACACAATCTTGGTTAAACATTCAAGAGAAGTCTGGTTTT
GGGACAGAGAATTCTTGAGTGTTTGAACTTTGCATCTGTATATTCCCTCTACTCCCTTGT
CTTTCAATCACTTGTAAAACGAGTCAGTTTGTGTAGCTATTTCAATGGTGTTTAACTGTT
TTTGTCAAATGGTTTTAGGCCACCACATTACTATTTATAACGTATATTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FT63TF U 1
AF RR3F013JQ C 486
BS 1 600 RR3FT63TF
BS 601 601 RR3F013JQ
BS 602 623 RR3FT63TF
BS 624 624 RR3F013JQ
BS 625 699 RR3FT63TF
BS 700 700 RR3F013JQ
BS 701 722 RR3FT63TF
BS 723 723 RR3F013JQ
BS 724 750 RR3FT63TF
BS 751 1252 RR3F013JQ

RD RR3FT63TF 750 0 0
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CAATTTCGAATTTCGTTTTGCTTTTTTTTTTCTCGTCCCACAAATCCCTCTGAAATCCCG
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GGAGGAAATTAATAAAGGGGAACAAGGATGGAGGAGGAACAGAAGCGGTGGCGTCTGGCA
TCTTTCAGATAAACACGGCCGTTCCTAACTTCCAGCGCCTTGTTAATACTCTCGGTACTC
CTAAGGATACCCCGGAGCTCCGTCACAAGCTGCACAAGACAAGGTTACATATTGGGCAGT
TGGTAAAGGACACTTCGGCCAAACTTAAAGAAGCTAGCGAGACCGATCATCATCGAGATG
TTTCTGTAAAGTGTTTTCTTCGATGTTTTTTCTATTTTTTTCATTCAGTCATTTGAAAGA
TTAGGACCTATTTCTTCAGCAAAGTAAGAAGATTGCGGATGCTAAGCTTGCAAAGGACTT
CGAAGCAGTGCTTAAAGAGTTTCAGAAGGCACAGAGAGTTGCAGCCGAAAGGGAGACTTC
*TACACTCCTTCCCATCCAAAAG*TGACTTTTCTTCAAGTGAAGTAGACATTGGCTATGA
TAGATCACAAGAGCAGCGTATCCTCATGGAATCTAGAAG*CAAGAAGTTGTGTTGCTTGA
AA*CGAAATATCCTTCAACGAAGCAGTGAT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3F013JQ 767 0 0
ATCCAGATGTTTCTA
AAAGTAAGAAGATTGCGGATGCTAAGCTTGCAAAGGACTTCGAAGCAGTGCTTAAAGAGT
TTCAGAAGGCACAGCGAGTTGCAGCTGAAAGGGAGACTTCCTACACTCCTTCCGATCCAA
AAGGTGACTTTTCTTCAAGTGAAGTAGACATTGGCTATGATAGATCACAAGAGCAGCGTG
TCCTCATGGAATCTAGAAGGCAAGAAGTTGTGTTGCTTGAAAACGAAATATCCTTCAACG
AAGCTGTGATAGAGGAAAGAGAACAGGGGATACTGGAAGTTCAGCAGCAAATCGGTGAAG
TAAACGAGATTTTCAAAGATCTCGCGGTGTTGGTTCACGACCAAGGAGCCATGATAGATG
ATATTGGTAGCCATGTGGAGAATGCACATTCCGCTACAGCTCAGGGAAGGTCTCATCTCG
TGAAAGCCTCCAGGACACAACGATCAAACTCTTCTCTGATGTGCTTACTAATGGTGATAT
TTGGTATCGTTCTACTCATCGTTGTCGTAGTACTCGCAGCTTGAGATCGCCTGAAACACA
CACACAATCTTGGTTAAACATTCAAGAGAAGTCTGGTTTTGGGACAGAGAATTCTTGAGT
GTTTGAACTTTGCATCTGTATATTCCCTCTACTCCCTTGTCTTTCAATCACTTGTAAAAC
GAGTCAGTTTGTGTAGCTATTTCAATGGTGTTTAACTGTTTTTGTCAAATGGTTTTAGGC
CACCACATTACTATTTATAACGTATATTAACC

QA 16 767 16 767
DS 



AS 1 3

CO CL3984Contig1 897 3 2 U
CGAAAAGAAATTTAAACTTTTATTTCCGTTGAATGATAGATATAAAAGAAACGAGGCTTC
ATCAATGCAAATGGAAGCTTTTTTGACAATTGGAATCAAATCATAAATGCAAAAAACATA
AAAACTGATCTTGTCTTTGTCTGAAAAAAAGCGTTTTTAATGGGTGGAGACTTTGAGGCT
GAAGGACTTGTTGATCCAAGCTTTAAAGCTCCCTCCTTTCCTTGCTCCTTCCTTGGCCAC
AACCTTCTTCTCCTCTGGTTTCTTACACAGAGTAAAGTTCCTCGCACCAAGCGATCCAAT
CGCATTCCACGCGCTTAAAGCTTCAGGTCCAAACATGGGACAGTAGAGAAGAAAGTCATT
GAAATCAGATCCGAGGAGAGGGAGGCGACCTTCGCGAGCGTAGCACTTGAGAGCAGTGTC
GATAACAGAAGCGACGAGATCTTCCTCGTAAGCAACGAACCGGATCGGACCGGCGCTGCC
GAGAACGGTTACGCTGATTAGGATCCGGTTTCCCTTAGCGTTCTTCTTCTGCTTGTTGTA
GAGCAACATCTTTGGTAGAGATTAAAGAGATATTTAAAAAACAAAAAAAACGGTAGATGG
ATCCCAAATAAAAGAGAAACCCTAGAAATCGAGATTAGGGTTTCACGGGTCGAGGCCGAT
GCAGCGGAAGTACCAGCCTTCTTTGCAGGAGCCGAAAGAGAAAGCAGAGGATGCAGAGAG
AAGGAGGAGGCTCGCCCTTTGGATTTGAAGGGAAAGCGTAAACTCACCACTGATCGGATT
CGTTTCCACCATTCACAAACGATTCCACACGAAAAGTTGAGATCGAAATCGAGCTAGGAA
GAGGGACTTTTTTTTTCGAGAGAGAGGGTTGTGAAGAAGAAGAAGGAATGTGATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FJ71JQ U 1
AF RR3GY78JQ U 182
AF RR3FJ71TF C 266
BS 1 720 RR3FJ71JQ
BS 721 897 RR3FJ71TF

RD RR3FJ71JQ 720 0 0
CGAAAAGAAATTTAAACTTTTATTTCCGTTGAATGATAGATATAAAAGAAACGAGGCTTC
ATCAATGCAAATGGAAGCTTTTTTGACAATTGGAATCAAATCATAAATGCAAAAAACATA
AAAACTGATCTTGTCTTTGTCTGAAAAAAAGCGTTTTTAATGGGTGGAGACTTTGAGGCT
GAAGGACTTGTTGATCCAAGCTTTAAAGCTCCCTCCTTTCCTTGCTCCTTCCTTGGCCAC
AACCTTCTTCTCCTCTGGTTTCTTACACAGAGTAAAGTTCCTCGCACCAAGCGATCCAAT
CGCATTCCACGCGCTTAAAGCTTCAGGTCCAAACATGGGACAGTAGAGAAGAAAGTCATT
GAAATCAGATCCGAGGAGAGGGAGGCGACCTTCGCGAGCGTAGCACTTGAGAGCAGTGTC
GATAACAGAAGCGACGAGATCTTCCTCGTAAGCAACGAACCGGATCGGACCGGCGCTGCC
GAGAACGGTTACGCTGATTAGGATCCGGTTTCCCTTAGCGTTCTTCTTCTGCTTGTTGTA
GAGCAACATCTTTGGTAGAGATTAAAGAGATATTTAAAAAACAAAAAAAACGGTAGATGG
ATCCCAAATAAAAGAGAAACCCTAGAAATCGAGATTAGGGTTTCACGGGTCGAGGCCGAT
GCAGCGGAAGTACCAGCCTTCTTTGCAGGAGCCGAAAGAGAAAGCAGAGGATGCAGAGAG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3GY78JQ 504 0 0
AAGGGA
TTGTTGATCCAAGCTTTAAAGCTCCCTCCTTTCCTTGCTCCTTCCTTGGCCACAACCTTC
TTCTCCTCTGGTTTCTTACACAGAGTAAAGTTCCTCGCACCAAGCGATCCAATCGCATTC
CACGCGCTTAAAGCTTCAGGTCCAAACATGGGACAGTAGAGAAGAAAGTCATTGAAATCA
GATCCGAGGAGAGGGAGGCGACCTTCGCGAGCGTAGCACTTGAGAGCAGTGTCGATAACA
GAAGCGACGAGATCTTCCTCGTAAGCAACGAACCGGATCGGACCGGCGCTGCCGAGAACG
GTTACGCTGATTAGGATCCGGTTTCCCTTAGCGTTCTTCTTCTGCTTGTTGTAGAGCAAC
ATCTTTGGTAGAGATTAAAGAGATATTTAAAAAACAAAAAAAACGGTAGATGGATCCCAA
ATAAAAGAGAAACCCTAGAAATCGAGATTAGGGTTTCACGGGTCGAGGCCGATGCAGCGG
AAGTACCAGCCTTCTTTG

QA 7 504 7 504
DS 

RD RR3FJ71TF 632 0 0
CACAGAGTAAAGT*CCTCGCACCAAGCGATCCAATCGCATTCCACGCGCTTAAAGCTTCA
GGTCCAAACATGGGACAGTAGAGAAGAAAGTCATTGAAATCAGATCCGAGGAGAGGGAGG
CGACCTTCGCGAGCGTAGCACTTGAGAGCAGTGTCGATAACAGAAGCGACGAGATCTTCC
TCGTAAGCAACGAACCGGATCGGACCGGCGCTGCCGAGAACGGTTACGCTGATTAGGATC
CGGTTTCCCTTAGCGTTCTTCTTCTGCTTGTTGTAGAGCAACATCTTTGGTAGAGATTAA
AGAGATATTTAAAAAACAAAAAAAACGGTAGATGGATCCCAAATAAAAGAGAAACCCTAG
AAATCGAGATTAGGGTTTCACGGGTCGAGGCCGATGCAGCGGAAGTACCAGCCTTCTTTG
CAGGAGCCGAAAGAGAAAGCAGAGGATGCAGAGAGAAGGAGGAGGCTCGCCCTTTGGATT
TGAAGGGAAAGCGTAAACTCACCACTGATCGGATTCGTTTCCACCATTCACAAACGATTC
CACACGAAAAGTTGAGATCGAAATCGAGCTAGGAAGAGGGACTTTTTTTTTCGAGAGAGA
GGGTTGTGAAGAAGAAGAAGGAATGTGATTCC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 3

CO CL3985Contig1 806 3 17 U
AGGTGAAACTGTATGTTTTATTAAAAAGCATCCACATACAACAACAAGCAGCAAGAAAAA
TGATAATTTGATTACTTGCACATCACAAAGCAACGTTCTGTTCAAACGACACACCTCTTA
AATTTCCTGTAGCAGAGTTACCTGTAGCCAAAGCCAAGGTCGAGTTCATGACCCATAGAG
CCTTGACGATTAGGACCACCAGCTTGACCCATTGCTGGTGACTGCTTGGATGGGTCTATC
CTTTGGTGAATCCCCAAGAGTGCCTGAAGTGAAGCTGGATGATCAACTCTGTTGACTTGG
GAAGCTGGTGGCATACCGTTGTTGGGCTGGCGATGAGCAAAGGGAAAGCCTTGTGATGGA
TTTAACTCGGGGATGAGACTCTGCATTTGGTTGTTTACATTAGGAGAGTGATGGTGTTGT
GGACCACCACCGGGGAATCCTCGCATTAGATGCTGGCGTTGCAGGTTGTCTTGCATATGC
ATCATGTGTGAAGAAAGACGATCAAACTCCGGAAGTCCGCTAGTTGTATTTCGACCATAA
AAATGGTAAAAGTCTCCAAAGAACCCTCGAAAATCGAAAAACCCTAAATTTGAAAAAAAA
AAATTATCGTCTCGTGAACCAATCCAATCTGAGGTCTACGAAAGCTAGGGTTCTACAAGG
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TGGGTTTCGATCTGCAGAAATAAAATTTGATTTTTGATCGAATGGCGGAAAAGAGAAGAA
GATCGATTTGAGCAAGTCTACGACCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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RD RR3FK34JQ 483 0 0
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ATC

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DS 

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GATAATTTGATTACTTGCACATCACAAAGCAACGTTCTGTTCAGACGACACACCTCTTAG
ATTTCCTGTAGCAGAGTTACCTGTAGCCAAAGCCAAGGTCGAGTTCATGACCCATAGAGC
CTTGACGATTAGGACCACCAGCTTGACCCATTGCTGGTGACTGCTTGGATGGGTCTATCC
TTTGGTGAATCCCCAAGAGTGCCTGAAGTGAAGCTGGATGATCAACTCTGTTGACTTGGG
AAGCTGGTGGCATACCGTTGTTGGGCTGGCGATGAGCAAAGGGAAAGCCTTGTGATGGAT
TTAACTCGGGGATGAGACTCTGCATTTGGTTGTTTACATTAGGAGAGTGATGGTGTTGTG
GACCACCACCGGGGAATCCTCGCATTAGATGCTGGCGTTGCAGGTTGTCTTGCATATGCA
TCATGTGTGAAGAAAGACGATCAAACTCCGGAAGTCCGCTAGTTGTATTTCGACCATAAA
AATGGTAAAAGTCTCCAAAGAACCCTCGAAAATCGAAAAACCCTAAATTTGAAAAAAAAA
AATTATCGTCTCGTGAACCAATCCAATCTGAGGTCTACGAAAGCTAGGGTTCTACAAGGA
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TGAATCCCCAAGAGTGCCTGAAGTGAAGCTGGATGATCAACTCTGTTGACTTGGGAAGCT
GGTGGCATACCGTTGTTGGGCTGGCGATGAGCAAAGGGAAAGCCTTGTGATGGATTTAAC
TCGGGGATGAGACTCTGCATTTGGTTGTTTACATTAGGAGAGTGATGGTGTTGTGGACCA
CCACCGGGGAATCCTCGCATTAGATGCTGGCGTTGCAGGTTGTCTTGCATATGCATCATG
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TAAAAGTCTCCAAAGAACCCTCGAAAATCGAAAAACCCTAAATTTGAAAAAAAAAAATTA
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GAATCCATCGGTAAAGATGGATAACAGAAAAAAAGAAACAAGGAGAAGGCAGTTTGGGTT
TCGATCTGCAGAAATAAAATTTGATTTTTGATCGAATGGCGGAAAAGAGAAGAAGATCGA
TTTGAGCAAGTCTACGACCC

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DS 



AS 1 3

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GCATTAGAATTATACTAATCTTGAAAGATACTAGTCTTTGCATGCCCATCTCGTTCTTCA
TGGTTCCTGGCTGTAAAATCTTATGAATGGGAAACGGGGCGACAAGACATTGTTTGCCTC
AGTTCCCTGTAGCGGAAAGTGACTCAAAAGCTTGAACCAAAAACTTGACTTTATCTCTCC
GAGCTGGGGTAAGCTTGGAAACAACTTCTTGAAGCGAGTTATCGACCATCCACTCGTCCC
CGTTTCTCTTGTTTCGAGTTTCTTGACGCCTAAGGTTCACTCTCTCTGCTTCAACACCAG
GGTCCAATGGCAAGAACCGAGGCTCTCTTGGGTTGAACTTCCTCACATTCTCCAACGCTT
TGACGAATTTCCTGAGCTGCATCGCTTTCTTGACGCTGCTCCATCTGTTAATCCTCACTT
GTGATGATGCCTGTGAAGTTTCACTCTTCTGTCTTGTGTCTCCTTCAAGTGAGATTCCAT
CTATGACTTCTCCTAACAGCTCCACCGCTTCGGTTTTGTAAACTTCCATTTTCTCACCAT
CCATACTTGTTGTGTCATCCTCTGAGTCTTGTTCTTCTTTAGGCAACGTTTGGTTTCTCT
CGTTGTCTTCCATCTGTTTGCATAACAACCTCCACAAGCTCGAGCACTGTTGTTTCTCCT
CCAAATCACCATCAGCTTTTGTAGTCTCTTTGAGATCCTTGTAGCTTTCTCAGTTTACCC
CTTAGTATCTCAGCGTTACCTTCATTTTCACTCTGAACCGCCGTCATAGAAGAAAGGCTG
GACTGACGAGAGATGTTCCTTGACCCTGCTGCCGAACCTGGAGTCGAAGAAAAGCTTATG
GTATCAAAAGCTTGTGCAAGAAGAGAGACTTTTCTTCTCTGAGACGGTGGTAACGTCGAT
ATGGCTTGCCTCAGAGCGTAATCAAGCATCCACTCCTCTGAGTTCCTCTTCCCTCCGATC
TCCTGATGCCTCAGACGAATCTTTTCTGTTTCTGGATCAGGCTCCCAAGGTAGAAACCGA
GGCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL52JQ U 92
AF RR3DN37JQ U 1
AF RR3DN37TF C 401
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RD RR3GL52JQ 348 0 0
TAGTCTTTGCATGCCCATCTCGTTCTTCATGGTTCCTGGCTGTAAAATCTTATGAATGGG
AAACGGGGCGACAAGACATTGTTTGCCTCAGTTCCCTGTAGCGGAAAGTGACTCAAAAGC
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AAGCGAGTTATCGACCATCCACTCGTCCCCGTTTCTCTTGTTTCGAGTTTCTTGATGCCT
AAGGTTCACTCTCTCTGCTTCAACACCAGGGTCCAATGGCAAGAACCGAGGCTCTCTTGG
GTTGAACTTCCTCACGTTCTCCAACGCTTTGACGAATTTCCTGAGCTG

QA 1 348 1 348
DS 

RD RR3DN37JQ 805 0 0
GAATGCATCATTTATTCACATCAAAAATATTCATAATCATAAACCAATAGTAACATATAA
GCATTAGAATTATACTAATCTTGAAAGATACTAGTCTTTGCATGCCCATCTCGTTCTTCA
TGGTTCCTGGCTGTAAAATCTTATGAATGGGAAACGGTGCGACAAGACATTGTTTGCCTC
AGTTCCCTGTAGCGGAGAGTGACTCAAAAGCTTGAACCAACAACTTGACTTTATCTCTCC
GAGCTGGTGTAAGCTTGGAAACAACTTCTTGAAGCGAGTTATCGACCATCCACTCGTCCC
CGTTTCTCTTGTTTCGAGTTTCTTGACGCCTAAGGTTCACTCTCTCTGCTTCAACACCAG
GGTCCAATGGCAAGAACCGAGGCTCTCTTGGGTTGAACTTCCTCACATTCTCCAACGCTT
TGACGAATTTCCTGAGCTGCATCGCTTTCTTGACGCTGCTCCATCTGTTAATCCTCACTT
GTGATGATGCCTGTGAAGTTTCACTCTTCTGTCTTGTGTCTCCTTCAAGTGAGATTCCAT
CTATGACTTCTCCTAACAGCTCCACCGCTTCGGTTTTGTAAACTTCCATTTTCTCACCAT
CCATACTTGTTGTGTCATCCTCTGAGTCTTGTTCTTCTTTAGGCAACGTTTGGTTTCTCT
CGTTGTCTTCCATCTGTTTGCATAACAACCTCCACAAGCTCGAGCACTGTTGTTTCTCCT
CCAAATCACCATCAGCTTTTGTAGTCTCTTTGAGATCCTTGTAGCTTTCTCAGTTTACCC
CTTAGTATCTCAGCGTTACCTTCAT

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR3DN37TF 687 0 0
CCTCACATTCTCCAACGCTTTGACGAATTTC*TGAGCTGCATCGCTTTCTTGACGCTGCT
CCATCTGTTAATCCTCACTTGTGATGATGCCTGTGAAGTTTCACTCTTCTGTCTTGTGTC
TCCTTCAAGTGAGATTCCATCTATGACTTCTCCTAACAGCTCCACCGCTTCGGTTTTGTA
AACTTCCATTTTCTCACCATCCATACTTGTTGTGTCATCCTCTGAGTCTTGTTCTTCTTT
AGGCAACGTTTGGTTTCTCTCGTTGTCTTCCATCTGTTTGCATAACAACCTCCACAAGCT
CGAGCACTGTTGTTTCTCCTCCAAATCACCATCAGCTTTTGTAGTCTCTTTGAGATCCTT
GTAGCTTTCTCAGTTTACCCCTTAGTATCTCAGCGTTACCTTCATTTTCACTCTGAACCG
CCGTCATAGAAGAAAGGCTGGACTGACGAGAGATGTTCCTTGACCCTGCTGCCGAACCTG
GAGTCGAAGAAAAGCTTATGGTATCAAAAGCTTGTGCAAGAAGAGAGACTTTTCTTCTCT
GAGACGGTGGTAACGTCGATATGGCTTGCCTCAGAGCGTAATCAAGCATCCACTCCTCTG
AGTTCCTCTTCCCTCCGATCTCCTGATGCCTCAGACGAATCTTTTCTGTTTCTGGATCAG
GCTCCCAAGGTAGAAACCGAGGCGTCC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 3

CO CL3987Contig1 732 3 2 U
ATCCAAAACCAAACCGGTCTTTTTCTGTAATTAGTATATTGCCTGGAACACCTTTAACCT
TGACTATAATCAACAATTACAAAAATTCAAGTAAAACAAAAACGAACACTCATATAAACG
TGTCTCTGTCTCACTATACCATTTTCTGCTGTCTTCTTGACTTCACATAAATCCAATGAA
ACCCAAAATTCCGGATCAAATATCCAAAAAGTCTTCCAAAACAAAAGAGAGAAGGAAGCA
ATAGCGAGCGGTCCATGGCTTATGCCGGGATGTACAGAATGGCAAGAAGGGTCAAGGCTG
AGCAAATTCGTGTATTAAAGTAGCTTGCTCGTCCTTCTTTTCGATGGCCCTCCTGGGAAC
ATCTTCATGATCCATCCAAGAACCCTTTCCACCACCTCATCGCCCTCATCTGCAATCGGT
GGTCTCTCTTGAACAACATGAGAATCCGGTTGCATTGCAGGTAAAACATTGTCTATCGCC
ATATTCTGTGCTGTTAGAAGCTCTAACCTTTGCGTCTGCACTTCAAGTTTTCTGGATAGC
TCTTTATTCAACTCCTTCACATGCGCACTTCGAGATAACTCAAATGACAATGCTTGCACT
AGTTCCTCTTTTTCAATTGCCAACTCGGCAATCAATGTATTAATGTTATCAATCACTCGC
ATCTGATCAGCTGGAACGCTTAATGAAAAACCTTCAAGAGTTAATTGTCCAGTTTCAGGA
ATGATAGCGGTA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC70JQ U 1
AF RR3FC70TF C 1
AF RR3AT85JQ U 65
BS 1 405 RR3FC70JQ
BS 406 732 RR3AT85JQ

RD RR3FC70JQ 406 0 0
ATCCAAAACCAAACCGGTCTTTTTCTGTAATTAGTATATTGCCTGGAACACCTTTAACCT
TGACTATAATCAACAATTACAAAAATTCAAGTAAAACAAAAACGAACACTCATATAAACG
TGTCTCTGTCTCACTATACCATTTTCTGCTGTCTTCTTGACTTCACATAAATCCAATGAA
ACCCAAAATTCCGGATCAAATATCCAAAAAGTCTTCCAAAACAAAAGAGAGAAGGAAGCA
ATAGCGAGCGGTCCATGGCTTATGCCGGGATGTACAGAATGGCAAGAAGGGTCAAGGCTG
AGCAAATTCGTGTATTAAAGTAGCTTGCTCGTCCTTCTTTTCGATGGCCCTCCTGGGAAC
ATCTTCATGATCCATCCAAGAACCCTTTCCACCACCTCATCGCCC
C

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR3FC70TF 406 0 0
ATCCAAAACCAAACCGGTCTTTTTCTGTAATTAGTATATTGCCTGGAACACCTTTAACCT
TGACTATAATCAACAATTACAAAAATTCAAGTAAAACAAAAACGAACACTCATATAAACG
TGTCTCTGTCTCACTATACCATTTTCTGCTGTCTTCTTGACTTCACATAAATCCAATGAA
ACCCAAAATTCCGGATCAAATATCCAAAAAGTCTTCCAAAACAAAAGAGAGAAGGAAGCA
ATAGCGAGCGGTCCATGGCTTATGCCGGGATGTACAGAATGGCAAGAAGGGTCAAGGCTG
AGCAAATTCGTGTATTAGAGTAGCTTGCTCGTCCTTCTTTTCGATGGCCCTCCTGGGAAC
ATCTTCATGATCCATCCAAGAACCCTTTCCACCACCTCATCGCCC
C

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR3AT85JQ 668 0 0
TATAATCAACAATTACAAAAATTCAAGTAAAACAAAAACGAACACTCATATAAACGTGTC
TCTGTCTCACTATACCATTTTCTGCTGTCTTCTTGACTTCACATAAATCCAATGAAACCC
AAAATTCCGGATCAAATATCCAAAAAGTCTTCCAAAACAAAAGAAAGAAGGAAGCAATAG
CGGGCGGTCCATGGCTTATGCCGGGATGTACAGAATGGCAAGAAGGGTCAAGGCTGAACA
AATTCGTGTATTAAAGTAGCTTGCTCGTCCTTCTTTTCGATGGCCCTCCTGGGAACATCT
TCATGATCCATCCAAGAACCCTTTCCACCACCTCATCGCCCTCATCTGCAATCGGTGGTC
TCTCTTGAACAACATGAGAATCCGGTTGCATTGCAGGTAAAACATTGTCTATCGCCATAT
TCTGTGCTGTTAGAAGCTCTAACCTTTGCGTCTGCACTTCAAGTTTTCTGGATAGCTCTT
TATTCAACTCCTTCACATGCGCACTTCGAGATAACTCAAATGACAATGCTTGCACTAGTT
CCTCTTTTTCAATTGCCAACTCGGCAATCAATGTATTAATGTTATCAATCACTCGCATCT
GATCAGCTGGAACGCTTAATGAAAAACCTTCAAGAGTTAATTGTCCAGTTTCAGGAATGA
TAGCGGTA

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 3

CO CL3988Contig1 894 3 20 U
AGAAGCTGTAGTAAAAAAGTAGAGACGGTGTCATATATTAAATTCTCCGTCTGAGATTAC
TCCTCTGTTTCCGTCGCCGCCGAGATCAGTAGATCGATACACAGAGACGTAACAGAGATG
GCTATGTCTCAGGTGGTGAACACGTACCCGCTTTCGAACTACAGCTTCGGAACTAAAGAA
CCGAAGCTCGAAAAGGACACCTCCGTCGCCGACCGTCTTGCTCGTATGAAAATCAACTAT
ATGAAAGAGGGCATGAGGACTAGCGTTGATGCGATTCTGTTGGTACAAGAACACAACCAT
CCTCACATACTTCTCCTGCAAATTGGGAACACATTCTACAAACTCCCTGGTGGACGCCTG
AAGCCTGGAGAAAATGAAGTTGAAGGCCTGAAAAGAAAGTTGACTAGTAAGCTTGGAGGC
AATTCGGCTGGTCTTGTACCTGACTGGAAGGTAGGAGAATGTGTTGCGACATGGTGGCGT
CCAAACTTTGAAACCATGATGTACCCGTATTGCCCTCCTCACATAACCAAGCCAAAGGAA
TGCAAGAGGCTCTACATTGTTCACTTGTCCGAGAAAGAGTACTTTGCAGTGCCCAAAAAC
TTGAAGCTCTTGGCCGTCCCTTTGTTCGAACTCTATGACAATGTTCAGAGATACGGACCC
GTTATATCAACCATTCCTCAACAGCTATCCAGATTCCATTTCAACATTATTAGTTCATGA
TCCGACTTGGTGTTCAAGAACAAAGAAAACCTATCTGATGGTAAAGTTACTTA*GCACAG
TAGAGAGCTGTCCCTACTTGACATTATAAACTTGTTTGGTTCATTCAAGTTTCGCACAGA
GATATTAATTATATTTCCAAAGCATTCGTCATTTTTGACTAACGGCTGTCGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK46TF U 75
AF RR3BA53TF U 1
AF RR3C913TF U 71
BS 1 217 RR3BA53TF
BS 218 218 RR3C913TF
BS 219 337 RR3BA53TF
BS 338 338 RR3C913TF
BS 339 450 RR3BA53TF
BS 451 451 RR3C913TF
BS 452 578 RR3BA53TF
BS 579 579 RR3C913TF
BS 580 648 RR3BA53TF
BS 649 649 RR3C913TF
BS 650 707 RR3BA53TF
BS 708 708 RR3C913TF
BS 709 739 RR3BA53TF
BS 740 740 RR3C913TF
BS 741 748 RR3BA53TF
BS 749 749 RR3C913TF
BS 750 827 RR3BA53TF
BS 828 828 RR3C913TF
BS 829 845 RR3BA53TF
BS 846 894 RR3C913TF

RD RR3CK46TF 728 0 0
CGCCGCCGAGATCAGTAGATCGATACACAGAGACGTAACAGAGATGGCTATGTCTCAGGT
GGTGAACACGTACCCGCTTTCGAACTACAGCTTCGGAACTAAAGAACCGAAGCTCGAAAA
GGACACCTCCGTCGCCGACCGTCTTGCTCGTATGAAAATCAACTATATGAAAGAGGGCAT
GAGGACTAGCGTTGATGCGATTCTGTTGGTACAAGAACACAACCATCCTCACATACTTCT
CCTGCAAATTGGGAACACATTCTACAAACTCCCTGGTGGACGCCTGAAGCCTGGAGAAAA
TGAAGTTGAAGGCCTGAAAAGAAAGTTGACTAGTAAGCTTGGAGGCAATTCGGCTGGTCT
TGTACCTGACTGGAAGGTAGGAGAATGTGTTGCGACATGGTGGCGTCCAAACTTTGAAAC
CATGATGTACCCGTATTGCCCTCCTCACATAACCAAGCCAAAGGAATGCAAGAGGCTCTA
CATTGTTCACTTGTCCGAGAAAGAGTACTTTGCAGTGCCCAAAAACTTGAAGCTCTTGGC
CGTCCCTTTGTTCGAACTCTATGACAATGTTCAGAGATACGGACCCGTTATATCAACCAT
TCCTCAACAGCTATCCAGATTCCATTTCAACATTATTAGTTCATGATCCGACTTGGTGTT
CAAGAACAAAGAAAACCTATCTGATGGTAAAGTTACTTA*GCACAGTAGAGAGCTGTCCC
TACTTGAC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3BA53TF 857 0 0
AGAAGCTGTAGTAAAAAAGTAGAGACGGTGTCATATATTAAATTCTCCGTCTGAGATTAC
TCCTCTGTTTCCGTCGCCGCCGAGATCAGTAGATCGATACACAGAGACGTAACAGAGATG
GCTATGTCTCAGGTGGTGAACACGTACCCGCTTTCGAACTACAGCTTCGGAACTAAAGAA
CCGAAGCTCGAAAAGGACACCTCCGTCGCCGACCGTCATGCTCGTATGAAAATCAACTAT
ATGAAAGAGGGCATGAGGACTAGCGTTGATGCGATTCTGTTGGTACAAGAACACAACCAT
CCTCACATACTTCTCCTGCAAATTGGGAACACATTCTGCAAACTCCCTGGTGGACGCCTG
AAGCCTGGAGAAAATGAAGTTGAAGGCCTGAAAAGAAAGTTGACTAGTAAGCTTGGAGGC
AATTCGGCTGGTCTTGTACCTGACTGGAAGATAGGAGAATGTGTTGCGACATGGTGGCGT
CCAAACTTTGAAACCATGATGTACCCGTATTGCCCTCCTCACATAACCAAGCCAAAGGAA
TGCAAGAGGCTCTACATTGTTCACTTGTCCGAGAAAGA*TACTTTGCAGTGCCCAAAAAC
TTGAAGCTCTTGGCCGTCCCTTTGTTCGAACTCTATGACAATGTTCAG*GATACGGACCC
GTTATATCAACCATTCCTCAACAGCTATCCAGATTCCATTTCAACATGATTAGTTCATGA
TCCGACTTGGTGTTCAAGA*CAAAGAAA*CCTATCTGATGGTAAAGTTACTTA*GCACAG
TAGAGAGCTGTCCCTACTTGACATTATAAACTTGTTTGGTTCATTCA*GTTTCGCACAGA
GATAT
GATCTTATATTT

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR3C913TF 824 0 0
GGGT
CGCCGCCGAGATCAGTAGATCGATACACAGAGACGTAACAGAGATGGCTATGTCTCAGGT
GGTGAACACGTACCCGCTTTCGAACTACAGCTTCGGAACTAAAGAACCGAAGCTCGAAAA
GGACACCTCCGTCGCCGACCGTCTTGCTCGTATGAAAATCAACTATATGAAAGAGGGCAT
GAGGACTAGCGTTGATGCGATTCTGTTGGTACAAGAACACAACCATCCTCACATACTTCT
CCTGCAAATTGGGAACACATTCTACAAACTCCCTGGTGGACGCCTGAAGCCTGGAGAAAA
TGAAGTTGAAGGCCTGAAAAGAAAGTTGACTAGTAAGCTTGGAGGCAATTCGGCTGGTCT
TGTACCTGACTGGAAGGTAGGAGAATGTGTTGCGACATGGTGGCGTCCAAACTTTGAAAC
CATGATGTACCCGTATTGCCCTCCTCACATAACCAAGCCAAAGGAATGCAAGAGGCTCTA
CATTGTTCACTTGTCCGAGAAAGAGTACTTTGCAGTGCCCAAAAACTTGAAGCTCTTGGC
CGTCCCTTTGTTCGAACTCTATGACAATGTTCAGAGATACGGACCCGTTATATCAACCAT
TCCTCAACAGCTATCCAGATTCCATTTCAACATTATTAGTTCATGATCCGACTTGGTGTT
CAAGAACAAAGAAAACCTATCTGATGGTAAAGTTACTTATGCACAGTAGAGAGCTGTCCC
TACTTGACAT*ATAAACTTGTTTGGTTCATTCAAGTTTCGCACAGAGATATTAATTATAT
TTCCAAAGCATTCGTCATTTTTGACTAACGGCTGTCGTTG

QA 5 824 5 824
DS 



AS 1 2

CO CL3989Contig1 902 2 2 U
AGGGAATCTTCCAAACCGTGCTTCAGCAAACAGTTTTTCAGCTCCTATCAAATCCTCTGG
AGGCTTCCGTGATTCTATGGATGACAAGTCGAAGACTAGTGTGGTTCAAATCAAAGGAAG
ATTTCAAGTAACATCAGAGAACTTAGATCTAGCAAGGGCATCCCCTCTCAGAAAATCTGC
CAGTGTTGGGAATTGGATACTCGAATCCAAAATGCAACAGCCAACGGGTCAGCCCATCAA
GGAGTTAAGTAGTCATCCTGTGTCTCCCTCATTCATCATGCCTCAGCTTCAAAATCTGTT
ACAGCAGAATTTAATACAACAGGATCTTTTAATTAATCTACTGAATAGCTTACAAGCTGG
TGAGGCTACAGATGGTTCACAAAATGGAAAGTTGCCACCTTTGCCTTGAGGATCTGACAG
CAACGGAGCCGTTATTGAGCCCACATCTTCCGAGAGGGAAAGGCTACTACTTAACAATAT
CTCTGAACTTCGGGCTAGGATGAAAGAGTTGACAGAAGAACTTGAAGAAGAGAAATCAAA
AGACACCCGACTGCAGCAGATATTGAAATCAGTTACAGGTCAATTGTAGCCTGTGGCCAG
AACACTGAGCTACTCAGAAGTGAAGTACATTTTGTACACTACACAAGTACCAGAGGAGGA
CATATTTGGTTCTGTTTTGTGCGCAGAAGCGGACATCATCGGCCGTATAGAGAATAAATG
GAGAAGAAAGCTCCTTGTCATCCTGTATTTGGGTAAACTTATATTAATCATCGGTAACTA
ATATAATAGGGCTCTATGTTTTCGTGGATTGTAAATGAAACTTAATTTACATGTATTTGA
ATTGTATCCACCAGATTCTTTTAGTAATTATCTCATCTAGTGATATATGAACATATTTGT
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3F627TF U 1
AF RR3F627JQ C 144
BS 1 648 RR3F627TF
BS 649 902 RR3F627JQ

RD RR3F627TF 651 0 0
AGGGAATCTTCCAAACCGTGCTTCAGCAAACAGTTTTTCAGCTCCTATCAAATCCTCTGG
AGGCTTCCGTGATTCTATGGATGACAAGTCGAAGACTAGTGTGGTTCAAATCAAAGGAAG
ATTTCAAGTAACATCAGAGAACTTAGATCTAGCAAGGGCATCCCCTCTCAGAAAATCTGC
CAGTGTTGGGAATTGGATACTCGAATCCAAAATGCAACAGCCAACGGGTCAGCCCATCAA
GGAGTTAAGTAGTCATCCTGTGTCTCCCTCATTCATCATGCCTCAGCTTCAAAATCTGTT
ACAGCAGAATTTAATACAACAGGATCTTTTAATTAATCTACTGAATAGCTTACAAGCTGG
TGAGGCTACAGATGGTTCACAAAATGGAAAGTTGCCACCTTTGCCTTGAGGATCTGACAG
CAACGGAGCCGTTATTGAGCCCACATCTTCCGAGAGGGAAAGGCTACTACTTAACAATAT
CTCTGAACTTCGGGCTAGGATGAAAGAGTTGACAGAAGAACTTGAAGAAGAGAAATCAAA
AGACACCCGACTGCAGCAGATATTGAAATCAGTTACAGGTCAATTGTAGCCTGTGGCCAG
AACACTGAGCTACTCAGAAGTGAAGTACATTTTGTACACTACACAAGT
ACC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3F627JQ 759 0 0
TAGATCTAGCAAGGGCATCCCCTCTCAGAAAATCTGCCAGTGTTGGGAATTGGATACTCG
AATCCAAAATGCAACAGCCAACGGGTCAGCCCATCAAGGAGTTAAGTAGTCATCCTGTGT
CTCCCTCATTCATCATGCCTCAGCTTCAAAATCTGTTACAGCAGAATTTAATACAACAGG
ATCTTTTAATTAATCTACTGAATAGCTTACAAGCTGGTGAGGCTACAGATGGTTCACAAA
ATGGAAAGTTGCCACCTTTGCCTTGAGGATCTGACAGCAACGGAGCCGTTATTGAGCCCA
CATCTTCCGAGAGGGAAAGGCTACTACTTAACAATATCTCTGAACTTCGGGCTAGGATGA
AAGAGTTGACAGAAGAACTTGAAGAAGAGAAATCAAAAGACACCCGACTGCAGCAGATAT
TGAAATCAGTTACAGGTCAATTGTAGCCTGTGGCCAGAACACTGAGCTACTCAGAAGTGA
AGTACATTTTGTACACTACACAAGTACCAGAGGAGGACATATTTGGTTCTGTTTTGTGCG
CAGAAGCGGACATCATCGGCCGTATAGAGAATAAATGGAGAAGAAAGCTCCTTGTCATCC
TGTATTTGGGTAAACTTATATTAATCATCGGTAACTAATATAATAGGGCTCTATGTTTTC
GTGGATTGTAAATGAAACTTAATTTACATGTATTTGAATTGTATCCACCAGATTCTTTTA
GTAATTATCTCATCTAGTGATATATGAACATATTTGTTC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 3

CO CL3990Contig1 698 3 5 U
GGAACTTAAGGAGAAACTCAAACCAGACGGAAAAAAAAAAGAGAGCCGAGAGAGAAAAAA
AAGGAGAAGTCACCGTTTCTTCACCTTCTCCGGTCGATGGCTCCGTGCCGTTGATACCGT
GAGAAGGTGGATACCTTTTCTTGCTTATGTTTGTCTAGTTTAAGTCTTGTTTCTTAGTCT
AGAGGATTCAGATCTGGTCGGAAACTTTGATTTTTGGATTGAAGTTGAGAGTTTCAAATC
GGTTTCCATGGCCGTCGATCTCGTCCGATCTACAGCTTATGGCGATGGATCTGTGGTTAC
CGGCTGTGTTGGTTAAGAATGTGTCAAAATTAGGTTTTGGTTGGCTTTGCCGTGGTGGTG
AGTCGCGTTGATGGCGCGTGGTGAGTTTCTTCAGAGTCCAATGGCCAGTTTTAATTGGAT
CTGGAAAGAAGCAGTGGAGTGAAGGCGCAGAGAAGGCGCGTGATATTCTTTCTTCTTAGT
CCAATGGCGAGTTTAGTTGGTTTAGAAGGAGGGTCGGTGAAGCAGAGGAGCATTGGAGAC
ACATTCGACAGCGACGGTTATCCATAATCTATCAGACCGGTTTCGTTCTTTCTATGGCTG
GGTTCGTTTCTTTCTTGTGTTTGCTAAGTTTGTTTGTTAGTCTAAGTGTGTGTGTTTTTG
TTTCTGGGATTGTTTCTTGGCAGTCGCCAGCTTTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AS96TF U 1
AF RR3AW66JQ C 115
AF RR3AW66TF U 115
BS 1 448 RR3AS96TF
BS 449 449 RR3AW66TF
BS 450 650 RR3AS96TF
BS 651 651 RR3AW66TF
BS 652 698 RR3AS96TF

RD RR3AS96TF 698 0 0
GGAACTTAAGGAGAAACTCAAACCAGACGGAAAAAAAAAAGAGAGCCGAGAGAGAAAAAA
AAGGAGAAGTCACCGTTTCTTCACCTTCTCCGGTCGATGGCTCCGTGCCGTTGATACCGT
GAGAAGGTGGATACCTTTTCTTGCTTATGTTTGTCTAGTTTAAGTCTTGTTTCTTAGTCT
AGAGGATTCAGATCTGGTCGGAAACTTTGATTTTTGGATTGAAGTTGAGAGTTTCAAATC
GGTTTCCATGGCCGTCGATCTCGTCCGATCTACAGCTTATGGCGATGGATCTGTGGTTAC
CGGCTGTGTTGGTTAAGAATGTGTCAAAATTAGGTTTTGGTTGGCTTTGCCGTGGTGGTG
AGTCGCGTTGATGGCGCGTGGTGAGTTTCTTCAGAGTCCAATGGCCAGTTTTAATTGGAT
CTGGAAAGAAGCAGTGGAGTGAAGGCGCGGAGAAGGCGCGTGATATTCTTTCTTCTTAGT
CCAATGGCGAGTTTAGTTGGTTTAGAAGGAGGGTCGGTGAAGCAGAGGAGCATTGGAGAC
ACATTCGACAGCGACGGTTATCCATAATCTATCAGACCGGTTTCGTTCTTTCTATGGCTG
GGTTCGTTTCTTTCTTGTGTTTGCTAAGTTTGTTTGTTAGTCTAAGTGTGCGTGTTTTTG
TTTCTGGGATTGTTTCTTGGCAGTCGCCAGCTTTTGAC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3AW66JQ 548 0 0
G
ACCGTGAGAAGGTGGATACCTTTTCTTGCTTATGTTTGTCTAGTTTAAGTCTTGTTTCTT
AGTCTAGAGGATTCAGATCTGGTCGGAAACTTTGATTTTTGGATTGAAGTTGAGAGTTTC
AAATCGGTTTCCATGGCCGTCGATCTCGTCCGATCTACAGCTTATGGCGATGGATCTGTG
GTTACCGGCTGTGTTGGTTAAGAATGTGTCAAAATTAGGTTTTGGTTGGCTTTGCCGTGG
TGGTGAGTCGCGTTGATGGCGCGTGGTGAGTTTCTTCAGAGTCCAATGGCCAGTTTTAAT
TGGATCTGGAAAGAAGCAGTGGAGTGAAGGCGCAGAGAAGGCGCGTGATATTCTTTCTTC
TTAGTCCAATGGCGAGTTTAGTTGGTTTAGAAGGAGGGTCGGTGAAGCAGAGGAGCATTG
GAGACACATTCGACAGCGACGGTTATCCATAATCTATCAGACCGGTTTCGTTCTTTCTAT
GGCTGGGTTCGTTTCTTTCTTGTGTTTGCTAAGTTTGTTTGTTAGTCTAAGTGTGTGTGT
TTTTGT
C

QA 2 547 2 547
DS 

RD RR3AW66TF 548 0 0
G
ACCGTGAGAAGGTGGATACCTTTTCTTGCTTATGTTTGTCTAGTTTAAGTCTTGTTTCTT
AGTCTAGAGGATTCAGATCTGGTCGGAAACTTTGATTTTTGGATTGAAGTTGAGAGTTTC
AAATCGGTTTCCATGGCCGTCGATCTCGTCCGATCTACAGCTTATGGCGATGGATCTGTG
GTTACCGGCTGTGTTGGTTAAGAATGTGTCAAAATTAGGTTTTGGTTGGCTTTGCCGTGG
TGGTGAGTCGCGTTGATGGCGCGTGGTGAGTTTCTTCAGAGTCCAATGGCCAGTTTTAAT
TGGATCTGGAAAGAAGCAGTGGAGTGAAGGCGCAGAGAAGGCGCGTGATATTCTTTCTTC
TTAGTCCAATGGCGAGTTTAGTTGGTTTAGAAGGAGGGTCGGTGAAGCAGAGGAGCATTG
GAGACACATTCGACAGCGACGGTTATCCATAATCTATCAGACCGGTTTCGTTCTTTCTAT
GGCTGGGTTCGTTTCTTTCTTGTGTTTGCTAAGTTTGTTTGTTAGTCTAAGTGTGTGTGT
TTTTGT
C

QA 2 547 2 547
DS 



AS 1 3

CO CL3991Contig1 679 3 6 U
GACTCATCAGTAAATTAAGAAAGAGAGAATTTTAAGATGGCATCTTCTAAAGTATCATCT
TGCATGCTTGTCTCTCTCCTTCTTCTGGTTCTTGTGCTTTCCGATATGGATAAAGCCCTG
GGTGAACCAATTCAGCTCCTCAACCGCAAACTTAAAGTGACTGAACATCATGATCAATTG
ACGACAGACCGACGTCTCGCTGTTGTTTCTAAGAGTTTGCGGGATACGTTGCCGAAATGG
TTCAGAAAGGTCCAGGAATTGGTGGGCGCTGCTAAAGATAAACTCCCTCCTTCATCTCCG
AAATATTGCAACAATAATGACTACGCATGTAAGAGGAAGTTGCTAGCCTTGATAAAAGCC
TTTAACTTGTATAAGGCAAAACGTATGTCGCTGAGACAGGTGAAAATGGCCTATGACTCC
TGGCTGAAGGCAAAATCCCATCCATCGCCTTGAAGGTCTTCCAAAGGCAAAAACATATGA
TTCCACAAATTTCTTTTTTTTTTTGACAATATCCACAAATTTCTTGATGAAAAAATATTT
TCACAAGTTGTCACCATAAATGTAATTCTGAAAATTTCTTGCAAAATAAAAGATATTATG
CCACTCGGGATGATGGTATGATGATATGATGTTACAAGCTTTAAGCTATTGTCGAACTGT
TTTATTTTAATTTCCTTAT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3F046TF U 1
AF RR3D516JQ C 1
AF RR3D516TF U 1
BS 1 296 RR3F046TF
BS 297 297 RR3D516TF
BS 298 503 RR3F046TF
BS 504 504 RR3D516TF
BS 505 585 RR3F046TF
BS 586 679 RR3D516TF

RD RR3F046TF 585 0 0
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TGCATGCTTGTCTCTCTCCTTCTTCTGGTTCTTGTGCTTTCCGATATGGATAAAGCCCTG
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QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3D516JQ 679 0 0
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TGCATGCTTGTCTCTCTCCTTCTTCTGGTTCTTGTGCTTTCCGATATGGATAAAGCCCTG
GGTGAACCAATTCAGCTCCTCAACCGCAAACTTAAAGTGACTGAACATCATGATCAATTG
ACGACAGACCGACGTCTCGCTGTTGTTTCTAAGAGTTTGCGGGATACGTTGCCGAAATGG
TTCAGAAAGGTCCAGGAATTGGTGGGCGCTGCTAAAGATAAACTCCCTCCTTCATCTCCG
AAATATTGCAACAATAATGACTACGCATGTAAGAGGAAGTTGCTAGCCTTGATAAAAGCC
TTTAACTTGTATAAGGCAAAACGTATGTCGCTGAGACAGGTGAAAATGGCCTATGACTCC
TGGCTGAAGGCAAAATCCCATCCATCGCCTTGAAGGTCTTCCAAAGGCAAAAACATATGA
TTCCACAAATTTCTTTTTTTTTTTGACAATATCCACAAATTTCTTGATGAAAAAATATTT
TCACAAGTTGTCACCATAAATGTAATTCTGAAAATTTCTTGCAAAATAAAAGATATTATG
CCACTCGGGATGATGGTATGATGATATGATGTTACAAGCTTTAAGCTATTGTCGAACTGT
TTTATTTTAATTTCCTTAT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3D516TF 679 0 0
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TGCATGCTTGTCTCTCTCCTTCTTCTGGTTCTTGTGCTTTCCGATATGGATAAAGCCCTG
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TGGCTGAAGGCAAAATCCCATCCATCGCCTTGAAGGTCTTCCAAAGGCAAAAACATATGA
TTCCACAAATTTCTTTTTTTTTTTGACAATATCCACAAATTTCTTGATGAAAAAATATTT
TCACAAGTTGTCACCATAAATGTAATTCTGAAAATTTCTTGCAAAATAAAAGATATTATG
CCACTCGGGATGATGGTATGATGATATGATGTTACAAGCTTTAAGCTATTGTCGAACTGT
TTTATTTTAATTTCCTTAT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 3

CO CL3992Contig1 523 3 12 U
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CGGAGGTAAAGCGTGTTAGAGCAGAGCTGCTGCGTAAAGCTAGAGAGGAGGATCCTCTTG
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GAGAAGTACCTCGCTCTTCCGTTGTCTTCCTCAACCTTGTATCATGGATTCTGTCTGTAA
TTCTTGCTCTGCCTTTGTCTTCCTCAACTTTGAATCACTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BZ93TF U 1
AF RR3BV61JQ C 6
AF RR3BV61TF U 6
BS 1 44 RR3BZ93TF
BS 45 45 RR3BV61TF
BS 46 312 RR3BZ93TF
BS 313 313 RR3BV61TF
BS 314 324 RR3BZ93TF
BS 325 325 RR3BV61TF
BS 326 340 RR3BZ93TF
BS 341 341 RR3BV61TF
BS 342 358 RR3BZ93TF
BS 359 359 RR3BV61TF
BS 360 427 RR3BZ93TF
BS 428 523 RR3BV61TF

RD RR3BZ93TF 427 0 0
GGTTCTCGAAAAAAGCAGCAGAAGAAGCTTACGGCTAAGAAGAGAAGAAGAAGATGGTGA
AGGTGTTGACATACTTTGGGATGACATTGGCTGCTTTCGCCTTCTGGCAGTCCATGGACA
AAGTTCATGTCTGGATCGCTCTTCACCAAGACGAAAAGCAAGAAAGAATGGAGAAGGAAG
CGGAGGTAAAGCGTGTTAGAGCAGAGCTGCTGCGTAAAGCTAGAGAGGAGGATCCTCTTG
CCTGATCATAGTTTTTGTTGGCTTTCTAATCAAAATATCAATTCCCTACTCCCCTTCACA
TTTTTTTCACTGCTATGGACCAAA*TCGAGTTTGCATAACATATATGCTTTTGAATTTTT
GATGATCATGAATAATATAGCCTTCTTCGTTGTTCTTCTAACCTAATGAAAAAACTACTG
GAGAAGT

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR3BV61JQ 518 0 0
GG
GAAAAAAGCAGCAGAAGAAGCTTACGGCTAAGAAGAGGAGAAGAAGATGGTGAAGGTGTT
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CACTGTTATGGACCAAAATCGAGTTTGCATAACTTATATGCTTTTGAATTTGTGATGATC
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TCTGCCTTTGTCTTCCTCAACTTTGAATCACTCACC

QA 3 518 3 518
DS 

RD RR3BV61TF 518 0 0
GG
GAAAAAAGCAGCAGAAGAAGCTTACGGCTAAGAAGAGGAGAAGAAGATGGTGAAGGTGTT
GACATACTTTGGGATGACATTGGCTGCTTTCGCCTTCTGGCAGTCCATGGACAAAGTTCA
TGTCTGGATCGCTCTTCACCAAGACGAAAAGCAAGAAAGAATGGAGAAGGAAGCGGAGGT
AAAGCGTGTTAGAGCAGAGCTGCTGCGTAAAGCTAGAGAGGAGGATCCTCTTGCCTGATC
ATAGTTTTTGTTGGCTTTCTAATCAAAATATCAATTCCCTACTCCCCTTCACATTTTTTT
CACTGTTATGGACCAAAATCGAGTTTGCATAACTTATATGCTTTTGAATTTGTGATGATC
ATGAATAATATAGCCTTCTTCGTTGTTCTTCTAACCTAATGAAAAAACTACTGGAGAAGT
ACCTCGCTCTTCCGTTGTCTTCCTCAACCTTGTATCATGGATTCTGTCTGTAATTCTTGC
TCTGCCTTTGTCTTCCTCAACTTTGAATCACTCACC

QA 3 518 3 518
DS 



AS 1 2

CO CL3993Contig1 765 2 6 U
GGATACTACATGGATAACAATTCTTAACCTTACACACAAATCTCTCTCTCTCTCACGCCT
CCTTCTCCTCCAATCATCCATAACGTTTGAACTTCTCCACCATCTCTCCTCATGCTCGTC
ACCACCACCACCGCTTATTCACTTGTCACCACCACAACCAACATCGTCATCTTTCCCATC
CGCCATCGTTCGTCACCACCACCATCGCTTCTCAGATTCATCACCACCACCATTGCTTCT
CAGATTCATCACCACCACCATCCGCCGTCTCTACCACCATCCGCCGTCTCTACCACCATC
CGCCATCTCTCTCTCCACGATCTGATTCTCTTCTTCTTTTCCACTCTTGTAGTGCTCTTT
CCCTCTCTCTTTCTCTCCTTTGAATCTGATTTTGAATTGTTTTTTTTTTGGTAAAGTAAG
TTGGAAGAAGCATGAGAGGCCTGACGAGACGAGGTGACTGGAGGTCTCTCTTTTGTTCCA
TCACCGAAACAGTGTTAATGTCTGCTACTTTGGATTGTTCTTTGCTCATGGTTGAAGCGG
AGAGAACAGATCCGGGAGGCGAAGAGGAGATCGGAGAGAAGACAGAGCCAGAGGCTGGAG
AAGAGAACATCAGGCGGCTGGAGTCTTTTTTTTTTTTAGGTTTAGTTTTTTTTTTTTAAA
ATTTGGTTTAGTGTAAACCGAGATAGGAAAATTGTAGTGGTTTGATTTTAGTTTTAATAT
CTGGTTCAGTTTTGTAAACCGGTTTAATTTGTAAATCATTTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP26TF U 1
AF RR3FM15TF U 32
BS 1 408 RR3CP26TF
BS 409 409 RR3FM15TF
BS 410 613 RR3CP26TF
BS 614 614 RR3FM15TF
BS 615 714 RR3CP26TF
BS 715 765 RR3FM15TF

RD RR3CP26TF 714 0 0
GGATACTACATGGATAACAATTCTTAACCTTACACACAAATCTCTCTCTCTCTCACGCCT
CCTTCTCCTCCAATCATCCATAACGTTTGAACTTCTCCACCATCTCTCCTCATGCTCGTC
ACCACCACCACCGCTTATTCACTTGTCACCACCACAACCAACATCGTCATCTTTCCCATC
CGCCATCGTTCGTCACCACCACCATCGCTTCTCAGATTCATCACCACCACCATTGCTTCT
CAGATTCATCACCACCACCATCCGCCGTCTCTACCACCATCCGCCGTCTCTACCACCATC
CGCCATCTCTCTCTCCACGATCTGATTCTCTTCTTCTTTTCCACTCTTGTAGTGCTCTTT
CCCTCTCTCTTTCTCTCCTTTGAATCTGATTTTGAATTGTTTTTTTTT*GGTAAAGTAAG
TTGGAAGAAGCATGAGAGGCCTGACGAGACGAGGTGACTGGAGGTCTCTCTTTTGTTCCA
TCACCGAAACAGTGTTAATGTCTGCTACTTTGGATTGTTCTTTGCTCATGGTTGAAGCGG
AGAGAACAGATCCGGGAGGCGAAGAGGAGATCGGAGAGAAGACAGAGCCAGAGGCTGGAG
AAGAGAACATCAG*CGGCTGGAGTCTTTTTTTTTTTTAGGTTTAGTTTTTTTTTTTTAAA
ATTTGGTTTAGTGTAAACCGAGATAGGAAAATTGTAGTGGTTTGATTTTAGTTT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3FM15TF 734 0 0
GGACAAATC
TCTCTCTCTCTCTCACGCCTCCTTCTCCTCCAATCATCCATAACGTTTGAACTTCTCCAC
CATCTCTCCTCATGCTCGTCACCACCACCACCGCTTATTCACTTGTCACCACCACAACCA
ACATCGTCATCTTTCCCATCCGCCATCGTTCGTCACCACCACCATCGCTTCTCAGATTCA
TCACCACCACCATTGCTTCTCAGATTCATCACCACCACCATCCGCCGTCTCTACCACCAT
CCGCCGTCTCTACCACCATCCGCCATCTCTCTCTCCACGATCTGATTCTCTTCTTCTTTT
CCACTCTTGTAGTGCTCTTTCCCTCTCTCTTTCTCTCCTTTGAATCTGATTTTGAGTTGT
TTTTTTTTTGGTAAAGTAAGTTGGAAGAAGCATGAGAGGCCTGACGAGACGAGGTGACTG
GAGGTCTCTCTTTTGTTCCATCACCGAAACAGTGTTAATGTCTGCTACTTTGGATTGTTC
TTTGCTCATGGTTGAAGCGGAGAGAACAGATCCGGGAGGCGAAGAGGAGATCGGAGAGAA
GACAGAGCCAGAGGCTGGAGAAGAGAACATCAGGCGGCTGGAGTCTTTTTTTTTTT*AGG
TTTAGTTTTTTTTTT**AAAATTTGGTTTAGTGTAAACCGAGATAGGAAAATTGTAGTGG
TTTGATTTTAGTTTTAATATCTGGTTCAGTTTTGTAAACCGGTTTAATTTGTAAATCATT
TTATT

QA 10 734 10 734
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 3

CO CL3996Contig1 912 3 8 U
GGATTCCCAATAGAGAGAAATGGCGCAACAGCAACAATCGTTGATCTACAGTTTCGTGGC
ACGAGGGACGGTGATCCTGGTGGAGTTCACGGATTTCAAGGGAAATTTCACATCGATCGC
TGCACAGTGCCTCCAAAAGCTTCCTTCTTCCAACAACAAGTTCACCTACAACTGCGATGG
TCATACCTTCAATTACTTAGTTGAAAATGGATTCACTTATTGTGTGGTTGCAGTTGATTC
TGCTGGGAGGCAGATTCCTATGGCTTTCTTGGAGCGAGTTAAGGAGGATTTCAACAAGAG
ATATGGTGGTGGCAAGGCTGCTACTGCTCAACCCAACTCCTTGAATAAGGAATTTGGGTC
GAAACTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGC
TAAGGTTAAAGCTCAAGTTTCTGAAGTTAAAGGTGTCATGATGGAAAACATTGAGAAGGT
TCTTGACCGTGGTGAGAAAATCGAACTTTTGGTGGACAAAACCGAAAACCTTCGCTCACA
GGCGCAAGATTTCAGAACACAAGGAACTCAAATGAGAAGAAAGATGTGGTTTCAGAACAT
GAAGATAAAACTCATTGTTCTTGCAATCATCATCGCTTTGATCCTCATCATCGTCCTCTC
AGTCTGCGGTGGCTTCAACTGCGGCAAATAAGTCCGGAACATCTCTGATTTCCGAGAACA
TCATCCTCATTCAGTTTGTTGTGCTTTTTTTTTTTCCTTTTGGTTTAAAATTTCTCATGG
CTATGTTTCTCTTGCTTAGATTTGCACTTGTTGAAATTGGTTTTGTATAGGTCATATATA
TATATGTATGAAACTGATTCTTGCAAACCATTTACTTGGGACCTAATTTGAACGCTTGTG
TTTGCTTTGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DA82TF U 1
AF RR3H406TF U 139
AF RR3DA82JQ C 352
BS 1 696 RR3DA82TF
BS 697 698 RR3H406TF
BS 699 717 RR3DA82TF
BS 718 718 RR3H406TF
BS 719 754 RR3DA82TF
BS 755 756 RR3DA82JQ
BS 757 807 RR3H406TF
BS 808 912 RR3DA82JQ

RD RR3DA82TF 754 0 0
GGATTCCCAATAGAGAGAAATGGCGCAACAGCAACAATCGTTGATCTACAGTTTCGTGGC
ACGAGGGACGGTGATCCTGGTGGAGTTCACGGATTTCAAGGGAAATTTCACATCGATCGC
TGCACAGTGCCTCCAAAAGCTTCCTTCTTCCAACAACAAGTTCACCTACAACTGCGATGG
TCATACCTTCAATTACTTAGTTGAAAATGGATTCACTTATTGTGTGGTTGCAGTTGATTC
TGCTGGGAGGCAGATTCCTATGGCTTTCTTGGAGCGAGTTAAGGAGGATTTCAACAAGAG
ATATGGTGGTGGCAAGGCTGCTACTGCTCAACCCAACTCCTTGAATAAGGAATTTGGGTC
GAAACTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGC
TAAGGTTAAAGCTCAAGTTTCTGAAGTTAAAGGTGTCATGATGGAAAACATTGAGAAGGT
TCTTGACCGTGGTGAGAAAATCGAACTTTTGGTGGACAAAACCGAAAACCTTCGCTCACA
GGCGCAAGATTTCAGAACACAAGGAACTCAAATGAGAAGAAAGATGTGGTTTCAGAACAT
GAAGATAAAACTCATTGTTCTTGCAATCATCATCGCTTTGATCCTCATCATCGTCCTCTC
AGTCTGCGGTGGCTTCAACTGCGGCAAATAAGTCCG**ACATCTCTGATTTCCGAGA*CA
TCATCCTCATTCAGTTTGTTGTGCTTTTTTTTTT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3H406TF 669 0 0
GCTTCCTTCTTCCAACAACGAGTTCACCTACAACTGCGATGGTCATACCTTCAATTACTT
AGTTGAAAATGGATTCACTTATTGTGTGGTTGCAGTTGATTCTGCTGGGAGGCAGATTCC
TATGGCTTTCTTGGAGCGAGTTAAGGAGGATTTCAACAAGAGATATGGTGGTGGCAAGGC
TGCTACTGCTCAACCCAACTCCTTGAATAAGGAATTTGGGTCGAAACTGAAAGAGCACAT
GCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAAGGTTAAAGCTCAAGT
TTCTGAAGTTAAAGGTGTCATGATGGAAAACATTGAGAAGGTTCTTGACCGTGGTGAGAA
AATCGAACTTTTGGTGGACAAAACCGAAAACCTTCGCTCACAGGCGCAAGATTTCAGAAC
ACAAGGAACTCAAATGAGAAGAAAGATGTGGTTTCAGAACATGAAGATAAAACTCATTGT
TCTTGCAATCATCATCGCTTTGATCCTCATCATCGTCCTCTCAGTCTGCGGTGGCTTCAA
CTGCGGCAAATAAGTCCGGAACATCTCTGATTTCCGAGAACATCATCCTCATTCAGTTTG
TTGTGCTTTTTTTTTT**CTTTTGGTTTAAAATTTCTCATGGCTATGTTTCTCTTGCTTA
GATTTGCAC

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3DA82JQ 561 0 0
ATTTGGGTCGAAACTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAG
CAAGCTTGCTAAGGTTAAAGCTCAAGTTTCTGAAGTTAAAGGTGTCATGATGGAAAACAT
TGAGAAGGTTCTTGACCGTGGTGAGAAAATCGAACTTTTGGTGGACAAAACCGAAAACCT
TCGCTCACAGGCGCAAGATTTCAGAACACAAGGAACTCAAATGAGAAGAAAGATGTGGTT
TCAGAACATGAAGATAAAACTCATTGTTCTTGCAATCATCATCGCTTTGATCCTCATCAT
CGTCCTCTCAGTCTGCGGTGGCTTCAACTGCGGCAAATAAGTCCGGAACATCTCTGATTT
CCGAGAACATCATCCTCATTCAGTTTGTTGTGCTTTTTTTTTTTCCTTTTGGTTTAAAAT
TTCTCATGGCTATGTTTCTCTTGCTTAGATTTGCACTTGTTGAAATTGGTTTTGTATAGG
TCATATATATATATGTATGAAACTGATTCTTGCAAACCATTTACTTGGGACCTAATTTGA
ACGCTTGTGTTTGCTTTGGCC

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

CO CL3997Contig1 1212 2 2 U
GGAAGTTAACACAACCCTTTGTCTCATCAGAAAGTCGCTGCCGCCTGCCTACCTCGTTGG
ATTTGTAAGTTCGCTTCTCCACTCTCCAGCCAACTGATACGATACGCTGGAAACCATGTT
TACGTCTCTCTCAGCTCCTTCTTCATTGTCTTCCTCTTTACTCGCCGTTAAAACTCCTCC
GGTCGCCTCCGGGCATATCATTCCCCGTCGTGATCTCATCTCTCTGCGCATAAGGGCTAG
CAAGAATGGTTCTTCCGATCACTGTTTTCACGAAAAGCTCAAATCTTTCGCCAAATCAGC
GATTCTAATCGGCGCTGCTGTTTCCATGACCGGAAAGTTCGCAACTTTACCGGCGAAAGC
GGAATCTCCGGTTACTACGACCACCGAGGAAGTGACAGAAGAGAACGTTTCGTCTGAGAT
CGAACCCACTTCGCCGTTGTCCGAGCTTCTAGAATCCACCCCGGAGGCGGTCAAAACGCT
GAGATCACTACTTCAGCAGAAGCTAGAGAACGGAGAAGACGAAGAAGCTCTCAAGATCCT
AGAGAGACTCGTAACCGCACAGCCAGATGAAACTGAGTGGAAGTTCCTGATGGCGAGGCT
ATTGGGAGAGATGGGTCGTACCGAGAATGCACGCCAAGTGTTCGAGGAAATTCTCCACCG
AAACCCGCTTTCGTTCGAGGCTTTGTTCGAGAACGCATTGCTCATGGACAGGTCCGGGGA
AGGAGACGCGGTGCTGCAGAGGCTGGAAGATGCGTTGGCTGTGGCTGAAGCTGAGAATAT
GGTGAAGGAGATTAGAGACGTGAGGCTGATCATTGCGCAGATACAGTTCTTGCAGAAGAA
TGTGGATGAGGCGTTGAAGAGTTATGAGCAGCTGACGAGAGAGGATCCTAAGGATTTCAG
ACCGTATTTCTGTAGAGGTATGATTTATAGTTTGCTCGACAAGAATGTTGAAGCTAAGGA
GCAGTTTGCTAAGTACAGAGAGCTTTCTCCAAAGAAGTTTGAAGTTGAAGGGTATTTGAG
GACGCCACTGTTTAAGATGAAGCTCTTTGGTAGCGGTGGAGATAACTGAGTTTTAGAATA
ATAGTTCATATTTGAAGAATAATACACGGAAGACTAAGATTGTTTTCCTGAGAGATTACG
TTGGAGTTACTTAATAAACAAAATGCTCTTTTATGTCGATTTTAAACTTATGAATTTGTG
GTTTATTTTTTT


BQ
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GTGGTTTATTTTTTT

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DS 



AS 1 3

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TATGAAAAACTTTTGGTTATATAACATATGTATAATCATCTTAGCAAAAAAATATCATTT
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CTCC


BQ
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AF RR3HA76TF U 1
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TTCGCCGGAAACTTCCCTATTCTCAAGAGGAAGTTTCCTGTGGGAGTGAGATGCATGGCT
GAGGGAGAACCAATGAAGGATGAGTCTGCCCCGTCGACCTCGGCGGCTCAGCCTCTGCCT
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ACAGCTGCACCAACACCGCAGCTGCGTTCTCCTTGTTCCGCGGCGACCCGCTTCTAACAA
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CTCAATAGTATAGCTAATATAGCCAACGCTTCATCCACCATTCTTCCTTCCGGTTCGGTT
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CTCAGCAAGTCCACAAGCGGAGGGATGGCTCCTGCTGCCCCTATCGTGACTTTGTTCTCG
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GGACGTTTTGGAGGTTCGC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AR55JQ U 1
AF RR3FL51JQ U 1
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BS 768 1099 RR3AR55TF

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G

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GC
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CGATAGTATAGCTAATATAGCCAACGCTTCATCCACCATTCTTCCTTCCGGTTCGGTTAA
TAACCGCATTAGAACCGGAACTAAACCGGCTCTCACGGCTCTCCCTTTGTTCCCTTGAAA
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DS 

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TACTACTCGGTTGAGGATTCTTGGGACGTTTTGGAGGTTCGC

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DS 



AS 1 3

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GCTTTAAACCTGCCTCTCCTAACTCACTGGGACCAAAAACTGATGGGGCTCTTGGTGGTA
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ACACAACAACATATAATAGTTTCTAAACCTAATGCGACAATAGAGTCTTCCCGAGATCAA
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ATTTGACAACATGGCTATTTGCAACATAAATGTATTCACAAATGTTTCCCTCGGATCGGT
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BQ
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25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F477JQ U 1
AF RR3H016JQ U 60
AF RR3H016TF C 187
BS 1 80 RR3F477JQ
BS 81 81 RR3H016JQ
BS 82 159 RR3F477JQ
BS 160 160 RR3H016JQ
BS 161 170 RR3F477JQ
BS 171 171 RR3H016JQ
BS 172 220 RR3F477JQ
BS 221 221 RR3H016JQ
BS 222 225 RR3F477JQ
BS 226 226 RR3H016JQ
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BS 269 329 RR3F477JQ
BS 330 330 RR3H016JQ
BS 331 387 RR3F477JQ
BS 388 388 RR3H016JQ
BS 389 411 RR3F477JQ
BS 412 412 RR3H016JQ
BS 413 417 RR3F477JQ
BS 418 418 RR3H016JQ
BS 419 428 RR3F477JQ
BS 429 429 RR3H016JQ
BS 430 597 RR3F477JQ
BS 598 598 RR3H016JQ
BS 599 606 RR3F477JQ
BS 607 607 RR3H016JQ
BS 608 615 RR3F477JQ
BS 616 616 RR3H016JQ
BS 617 655 RR3F477JQ
BS 656 665 RR3H016JQ
BS 666 882 RR3H016TF

RD RR3F477JQ 655 0 0
GCTTTAAACCTGCCTCTCCTAACTCACTGGGACCAAAAACTGATGGGGCTCTTGGTGGTA
AGATTAATGAAGTTATGATT*GTTATATGATCCAATGTAATATATAAAGCAGAGGCCATT
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ATAACAGTTATCTTCAACAGTCCATGTTCTTCACACTTCTCCTGCCCAAAGCTCTCATCT
CAACGTGGAGTATGTGAGAAACTCCGTTGAAGTAAACTGAAATGGTTGGCGCGGAATAGG
ATTCGGTCTAGGGCCATAAACTTTGATCTGACGGATATGAGTATCTCTCCCGTTGAGGTG
ATTTGACAACATGGCTATTTGCAACATGAATGTATTCACAAATGTTTCCCTTGGATCAGT
CCCAGACAGAGATACGGAAACCCAACCAGATGGCTTTACAAGCTCAACACTTTTTACCTC
CTTTAAGTTATGAAAGCCATCACCAGCACGAACAGAGATCTTACTAGGCGTATAGCTCTC
ATCAAGCTTAAAGTCAACGTACAAAGCCACTAACTGTAATCTCACTTTCTTCTGGAATTG
AATGTTAATCAAATGCGGTTGCAAACCATCCGATTGCCAATAGGTCTCGAGATTG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3H016JQ 606 0 0
AG
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CACAACAACATATAATAGTTTTTAAACCTAATGCGACAATAGAGTCTTCCCGAGATCAAA
TAACAGTTATCTTCAACAGTCCATGTTCTTCACACTTCTTCTGCTCAAAGCTCTCATCTC
AACGTGGAGTATGTGAGAAACTCCGTCGAAGTAAACTGAAATGGTTGGCGCGGAATAGGA
TTCGGTCTAGGGCCATAAACTTTGATCTAACGGATATGAGTATCTCTCCCGTTGAGGTGA
TTTGACAACATGGCTATTTGCAACATAAATGTATTCACAAATGTTTCCCTCGGATCGGTC
CCAGACAAAGATACGGAAACCCAACCAGATGGCTTTACAAGCTCAACACTTTTTACCTCC
TTTAAGTTATGAAAGCCATCACCAGCACGAACAGAGATCTTACTAGGCGTATAGCTCTCA
TCAAGCTTAAAGTCAACGTACAAAGCCACTAACTGTAATCTCACTTTCTTCTGGAACTGA
ATGTTGATCAAATGTGGTTGCAAACCATCCGATTGCCAATAGGTCTCGAGATTGTCGTCG
CGGA

QA 3 606 3 606
DS 

RD RR3H016TF 696 0 0
GTTATCTTCAACAGTCCATGTTCTTCACACTTCTTCTGCTCAAAGCTCTCATCTCAACGT
GGAGTATGTGAGAAACTCCGTCGAAGTAAACTGAAATGGTTGGCGCGGAATAGGATTCGG
TCTAGGGCCATAAACTTTGATCTAACGGATATGAGTATCTCTCCCGTTGAGGTGATTTGA
CAACATGGCTATTTGCAACATAAATGTATTCACAAATGTTTCCCTCGGATCGGTCCCAGA
CAAAGATACGGAAACCCAACCAGATGGCTTTACAAGCTCAACACTTTTTACCTCCTTTAA
GTTATGAAAGCCATCACCAGCACGAACAGAGATCTTACTAGGCGTATAGCTCTCATCAAG
CTTAAAGTCAACGTACAAAGCCACTAACTGTAATCTCACTTTCTTCTGGAACTGAATGTT
GATCAAATGTGGTTGCAAACCATCCGATTGCCAATAGGTCTCGAGATTGTCGTCGCGGAG
AGTGTTGACGCCGTTGCCGGGCTTGCAAGAGCTGACGCTCCAGGCTGCGTTTTTCCCCAT
CTCTCTCAGATCGTCGTCCAAGATTAGCTTCTCGTTTCCTCCGCTGATCTTCCCTTCTTC
CTCCGATTCCGATGACTCCGTCGCCATGTCTAATCTCCGATGTCAAACACTTTTTTTTTT
GTTGCTAAAACCCTCTAGACGAGGGTTTGAATTCCC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 3

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GTACAGGACCTTGAAACTGTGACCAACACTGCCTAGTGTATTGTAAGTCTGTAACAGGTC
TCATAAAGCAAACAAAGAAAACACTTAAAAGAGAAAAGATACACCACTGAGTAAAGATGA
AGATCATTAGCAACACAGCTTATTCAGAGATCTTCTT***CTCAACCTTGACAAGGATCG
ATATCAACCATCCAACCTTTTGTATCTTCAACAAGACCTGTCTGAATACTCGTCAACATC
GAGTGAAGCTTCTTAGACAATGCCTCTTCTCCTGTCCTGTACTTTACCTTCTTGTCATGG
AAGGTCACGGTTTCAACAGCTTTAACGACCACTGCAGTTCCTGTGCAGAACACTTCTTCC
GCTTCTAATAACTCATCCACAGAAACATCTCGTTCTTGAACCTGGTAGCCGATATCAAGA
GCTAGCTCGCTTATGCTTTTCCTTGTGATTCCTGGTAAAATGGTTCCTGAAGTCGGTGGA
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AGCGATTTCACAATTGGGGAATAGTTTGTGCAACTCTTGACACCACCCGTCCCACCAGAA
TGTGCTCGGTGATGCTTATGATCAACTTTAAGGTTCAGACCTGAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AI41JQ U 1
AF RR3AI41TF C 18
AF RR3BV86JQ U 1
BS 1 10 RR3AI41JQ
BS 11 11 RR3BV86JQ
BS 12 700 RR3AI41JQ
BS 701 765 RR3BV86JQ

RD RR3AI41JQ 707 0 0
CCTTCCTAATTCTTTTTATTCAACGGCGACGACT*TGGTCTCCCAAATCAAAACGATGGC
GTACAGGACCTTGAAACTGTGACCAACACTGCCTAGTGTATTGTAAGTCTGTAACAGGTC
TCATAAAGCAAACAAAGAAAACACTTAAAAGAGAAAAGATACACCACTGAGTAAAGATGA
AGATCATTAGCAACACAGCTTATTCAGAGATCTTCTT***CTCAACCTTGACAAGGATCG
ATATCAACCATCCAACCTTTTGTATCTTCAACAAGACCTGTCTGAATACTCGTCAACATC
GAGTGAAGCTTCTTAGACAATGCCTCTTCTCCTGTCCTGTACTTTACCTTCTTGTCATGG
AAGGTCACGGTTTCAACAGCTTTAACGACCACTGCAGTTCCTGTGCAGAACACTTCTTCC
GCTTCTAATAACTCATCCACAGAAACATCTCGTTCTTGAACCTGGTAGCCGATATCAAGA
GCTAGCTCGCTTATGCTTTTCCTTGTGATTCCTGGTAAAATGGTTCCTGAAGTCGGTGGA
GTGGACACAATGTTCCCCTTGACAATGAAGATGTTACATGCAGACGCCTCTTCGATGTTC
CTGCCAGTTGCAGCATCTAGGAACAAGACATCAGAGAAGCCTGATGACTTTGCTTCTACC
AGCGATTTCACAATTGGGGAATAGTTTGTGCAACTCTTGA
CACCACC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3AI41TF 683 0 0
ATTCAACGGCGACGACT*TGGTCTCCCAAATCAAAACGATGGCGTACAGGACCTTGAAAC
TGTGACCAACACTGCCTAGTGTATTGTAAGTCTGTAACAGGTCTCATAAAGCAAACAAAG
AAAACACTTAAAAGAGAAAAGATACACCACTGAGTAAAGATGAAGATCATTAGCAACACA
GCTTATTCAGAGATCTTCTT***CTCAACCTTGACAAGGATCGATATCAACCATCCAACC
TTTTGTATCTTCAACAAGACCTGTCTGAATACTCGTCAACATCGAGTGAAGCTTCTTAGA
CAATGCCTCTTCTCCTGTCCTGTACTTTACCTTCTTGTCATGGAAGGTCACGGTTTCAAC
AGCTTTAACGACCACTGCAGTTCCTGTGCAGAACACTTCTTCCGCTTCTAATAACTCATC
CACAGAAACATCTCGTTCTTGAACCTGGTAGCCGATATCAAGAGCTAGCTCGCTTATGCT
TTTCCTTGTGATTCCTGGTAAAATGGTTCCTGAAGTCGGTGGAGTGGACACAATGTTCCC
CTTGACAATGAAGATGTTACATGCAGACGCCTCTTCGATGTTCCTGCCAGTTGCAGCATC
TAGGAACAAGACATCAGAGAAGCCTGATGACTTTGCTTCTACCAGCGATTTCACAATTGG
GGAATAGTTTGTGCAACTCTTGA

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3BV86JQ 765 0 0
CCTTCCTAATACTTTTTATTCAACGGCGACGACTCTGGTCTCCCAAATCGGAACGATGAC
GTACAGGACCTTGAAACTGTGACCAACACTGCCTAGTGTATTGTAAGTCTGTAACAGGTC
TCATAAAGCAAACAAAGAAAACACTTAAAGGAGAAAAGATACACCACTGAGTAAAGATGA
AGATCACTAGCATCACAACTTATTCAGAGATCTTCTTCTTCTCAACCTTGACAAGGATCG
ATATCAACCATCCAACCTTTTGTGTCTTCAACAAGACCTGTCTGAATACTCGTCAACATC
GAGTGAAGCTTCTTAGACAATGCCTCTTCTCCTGTTCTGTATTTTACCTTCTTGTCATGG
AAGGTCACGGTTTCAACAGCTTTAACGACCACTGCAGTTCCCGTGCAGAACACTTCTTCC
GCCTCTAATAACTCATCCACAGAAACATCACGTTCTTGAACCTGGTAGCCGATATCAAGA
GCTAGCTCGCTTATGCTTTTCCTAGTGATTCCTGGTAAAATGGTTCCTGAAGTTGGTGGA
GTAGACACAATATTCCCCTTGACAATGAAGATGTTACATGCAGACGCCTCTTCGATGTTC
CTGCCAGTTGCAGCATCTAGGAACAAGACATCAGAGAAGCCTGATGACTTTGCTTCTACC
AACGATTTCACAATTGGGGAATAGTTTGTGCAACTCTTGACACCACCCGTCCCACCAGAA
TGTGCTCGGTGATGCTTATGATCAACTTTAAGGTTCAGACCTGAG

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 3

CO CL4002Contig1 735 3 4 U
GGAAGTTGAAACCGAGAAAATAAGAGAAGAAAGAGGGATTTGGTCACCCGTAGTGTGTGT
GACTATATATATATCATCAGAGCTGCGATTTGGAACTGGAATCTGATCTGTAGTAATGGA
GGAAATAAGATCTGCGATGGAGCAACAAATGGATCTGATGGCGGATCTGGTCCAGAAGCT
CTCCGGTGAGCTCCGAACCGGATTACAACCTGCCTACGCTAATTTCATTGGATTTTTCCA
CGCCATCGATTGGAAGGAACCATGGATAATGGGATTAATGGCGTTCCATGCTCTGTTTCT
ATTGGTTACTCTTCTTTCTAGAAGGCATCTCAACTTCCATATGTTCCTCTTCTTATTCTC
ATTGGGTGGAGTGTACTTTGCAGAGAGTCTCAACCGAGTCTTGAGAAAAAACTGGAAGAG
CTTCTCTACTCAAAACTACTTTGACCCCCACGGAGTCTTCCTCTCGGTTCTCTGGTCTGG
ACCCCTTCTTGTCATTGCAATGATAATTCTGATAAACACACTCTTTTCGCTTTGCTACCT
AATTGTAAAATGGAAAAGAGCTGAACTCAGGCATCGTGCAAGGCTTGCTCGTACCAAGCA
GGAATAGGACCCAAAGCTCTCTCTTATTAGCGTATCCTTAGTATACTCTCGCATTGCACC
AAACTATTTTCTATTTGAATTGTGTTTCATTTTGAACTGAACGAACCAAACCAGATTAAA
CCAAGCATGTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DU07TF U 1
AF RR3C915JQ C 6
AF RR3C915TF U 6
BS 1 551 RR3DU07TF
BS 552 709 RR3C915TF
BS 710 710 RR3C915JQ
BS 711 735 RR3C915TF

RD RR3DU07TF 551 0 0
GGAAGTTGAAACCGAGAAAATAAGAGAAGAAAGAGGGATTTGGTCACCCGTAGTGTGTGT
GACTATATATATATCATCAGAGCTGCGATTTGGAACTGGAATCTGATCTGTAGTAATGGA
GGAAATAAGATCTGCGATGGAGCAACAAATGGATCTGATGGCGGATCTGGTCCAGAAGCT
CTCCGGTGAGCTCCGAACCGGATTACAACCTGCCTACGCTAATTTCATTGGATTTTTCCA
CGCCATCGATTGGAAGGAACCATGGATAATGGGATTAATGGCGTTCCATGCTCTGTTTCT
ATTGGTTACTCTTCTTTCTAGAAGGCATCTCAACTTCCATATGTTCCTCTTCTTATTCTC
ATTGGGTGGAGTGTACTTTGCAGAGAGTCTCAACCGAGTCTTGAGAAAAAACTGGAAGAG
CTTCTCTACTCAAAACTACTTTGACCCCCACGGAGTCTTCCTCTCGGTTCTCTGGTCTGG
ACCCCTTCTTGTCATTGCAATGATAATTCTGATAAACACACTCTTTTCGCTTTGCTACCT
AATTGTAAAAT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3C915JQ 730 0 0
GG
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TATATATCATCAGAGCTGCGATTTGGAACTGGAATCTGATCTGTAGTAATGGAGGAAATA
AGATCTGCGATGGAGCAACAAATGGATCTGATGGCGGATCTGGTCCAGAAGCTCTCCGGT
GAGCTCCGAACCGGATTACAACCTGCCTACGCTAATTTCATTGGATTTTTCCACGCCATC
GATTGGAAGGAACCATGGATAATGGGATTAATGGCGTTCCATGCTCTGTTTCTATTGGTT
ACTCTTCTTTCTAGAAGGCATCTCAACTTCCATATGTTCCTCTTCTTATTCTCATTGGGT
GGAGTGTACTTTGCAGAGAGTCTCAACCGAGTCTTGAGAAAAAACTGGAAGAGCTTCTCT
ACTCAAAACTACTTTGACCCCCACGGAGTCTTCCTCTCGGTTCTCTGGTCTGGACCCCTT
CTTGTCATTGCAATGATAATTCTGATAAACACACTCTTTTCGCTTTGCTACCTAATTGTA
AAATGGAAAAGAGCTGAACTCAGGCATCGTGCAAGGCTTGCTCGTACCAAGCAGGAATAG
GACCCAAAGCTCTCTCTTATTAGCGTATCCTTAGTATACTCTCGCATTGCACCAAACTAT
TTTCTATTTGAATTGTGTTTCATTTTGAACTGAACGAACCAAACCAGATTAAACCAAGCA
TGTTTTCC

QA 3 730 3 730
DS 

RD RR3C915TF 730 0 0
GG
GAAACCGAGAAAATAAGAGAAGAAAGAGGGATTTGGTCACCCGTAGTGTGTGTGACTATA
TATATATCATCAGAGCTGCGATTTGGAACTGGAATCTGATCTGTAGTAATGGAGGAAATA
AGATCTGCGATGGAGCAACAAATGGATCTGATGGCGGATCTGGTCCAGAAGCTCTCCGGT
GAGCTCCGAACCGGATTACAACCTGCCTACGCTAATTTCATTGGATTTTTCCACGCCATC
GATTGGAAGGAACCATGGATAATGGGATTAATGGCGTTCCATGCTCTGTTTCTATTGGTT
ACTCTTCTTTCTAGAAGGCATCTCAACTTCCATATGTTCCTCTTCTTATTCTCATTGGGT
GGAGTGTACTTTGCAGAGAGTCTCAACCGAGTCTTGAGAAAAAACTGGAAGAGCTTCTCT
ACTCAAAACTACTTTGACCCCCACGGAGTCTTCCTCTCGGTTCTCTGGTCTGGACCCCTT
CTTGTCATTGCAATGATAATTCTGATAAACACACTCTTTTCGCTTTGCTACCTAATTGTA
AAATGGAAAAGAGCTGAACTCAGGCATCGTGCAAGGCTTGCTCGTACCAAGCAGGAATAG
GACCCAAAGCTCTCTCTTATTAGCGTATCCTTAGTATACTCTCGCATTGCACCAAACTAT
TTTCTATTTGAATTGTGTTTCATTTTGAACTGAACGAACCAA*CCAGATTAAACCAAGCA
TGTTTTCC

QA 3 730 3 730
DS 



AS 1 3

CO CL4003Contig1 720 3 5 U
GGCCATTGAACTTGCGTCAAGCCAATTAGCTAAACGTGGAGCAATCGCTGTTACTATGTA
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AAAAGACAGCTGGAGAGTTGTAAACCACAGAGACATAATTCCCACAGTTCCTCGCTTGAT
GGGTTATTGTCATGTTGCTCATCCTGTTTATCTCGCTGCTGGAGAAGTGGAGAACACGGA
TTTTCAAAAAGTTGGTTATCATGGTGAGGTGATAGGGGAAGCGACACCTGATATTCTTGT
TAGTAGATTTATGAAAGGTGAGAAGGAACTCGTTGAGCAGATACTTCAAACTGAAATCAA
ACTATTCAACGCAATTCGTGATGGGAGTGCCCTTATGCAGCATATGGAGGATTTCTACTA
CATCACACTGCTAGAGAGTGTGAAATTATATTACAAAAATGTTGAAGATTTGGAAGGCGT
TGAAAAGACTACCATATGATCGAAGGGAGAGAACTAATGGCTCGCTCCAGCTTCATCGGA
TTCACACTTTATACCAATTTACAAGAGATAAGCATCCACTGGTTTGCATTGTTTTCTCAT
TGGATTACAAAGTAAAGAATACTGTGTACCAAAATGTAATTATTTACACGATGTCAAATA
ATCATATACACGATGTCAAAAGGGAACAAGAATGGTTGGAAGTTATCAAAATATTTAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B564TF U 1
AF RR3DG39JQ C 99
AF RR3DG39TF U 99
BS 1 251 RR3B564TF
BS 252 252 RR3DG39TF
BS 253 382 RR3B564TF
BS 383 383 RR3DG39TF
BS 384 720 RR3B564TF

RD RR3B564TF 720 0 0
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AAAAGACAGCTGGAGAGTTGTAAACCACAGAGACATAATTCCCACAGTTCCTCGCTTGAT
GGGTTATTGTCATGTTGCTCATCCTGTTTATCTCGCTGCTGGAGAAGTGGAGAACACGGA
TTTTCAAAAAGATGGTTATCATGGTGAGGTGATAGGGGAAGCGACACCTGATATTCTTGT
TAGTAGATTTATGAAAGGTGAGAAGGAACTCGTTGAGCAGATACTTCAAACTGAAATCAA
ACTATTCAACGCAATTCGTGATAGGAGTGCCCTTATGCAGCATATGGAGGATTTCTACTA
CATCACACTGCTAGAGAGTGTGAAATTATATTACAAAAATGTTGAAGATTTGGAAGGCGT
TGAAAAGACTACCATATGATCGAAGGGAGAGAACTAATGGCTCGCTCCAGCTTCATCGGA
TTCACACTTTATACCAATTTACAAGAGATAAGCATCCACTGGTTTGCATTGTTTTCTCAT
TGGATTACAAAGTAAAGAATACTGTGTACCAAAATGTAATTATTTACACGATGTCAAATA
ATCATATACACGATGTCAAAAGGGAACAAGAATGGTTGGAAGTTATCAAAATATTTAAAG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3DG39JQ 586 0 0
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TTCCCACAGTTCCTCGCTTGATGGGTTATTGTCATGTTGCTCATCCTGTTTATCTCGCTG
CTGGAGAAGTGGAGAACACGGATTTTCAAAAAGTTGGTTATCATGGTGAGGTGATAGGGG
AAGCGACACCTGATATTCTTGTTAGTAGATTTATGAAAGGTGAGAAGGAACTCGTTGAGC
AGATACTTCAAACTGAAATCAAACTATTCAACGCAATTCGTGATGGGAGTGCCCTTATGC
AGCATATGGAGGATTTCTACTACATCACACTGCTAGAGAGTGTGAAATTATATTACAAAA
ATGTTGAAGATTTGGAAGGCGTTGAAAAGACTACCATATGATCGAAGGGAGAGAACTAAT
GGCTCGCTCCAGCTTCATCGGATTCACACTTTATACCAATTTACAAGAGATAAGCATCCA
CTGGTTTGCATTGTTTTCTCATTGGATTACAAAGTAAAGAATACTGTGTACCAAAATGTA
ATTATTTACACGATGTCAAATAATCATATACACGATGTCAAAAGGG

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3DG39TF 586 0 0
CTGATGTTTATAACCAGAAAGTAAAAGACAGCTGGAGAGTTGTAAACCACAGAGACATAA
TTCCCACAGTTCCTCGCTTGATGGGTTATTGTCATGTTGCTCATCCTGTTTATCTCGCTG
CTGGAGAAGTGGAGAACACGGATTTTCAAAAAGTTGGTTATCATGGTGAGGTGATAGGGG
AAGCGACACCTGATATTCTTGTTAGTAGATTTATGAAAGGTGAGAAGGAACTCGTTGAGC
AGATACTTCAAACTGAAATCAAACTATTCAACGCAATTCGTGATGGGAGTGCCCTTATGC
AGCATATGGAGGATTTCTACTACATCACACTGCTAGAGAGTGTGAAATTATATTACAAAA
ATGTTGAAGATTTGGAAGGCGTTGAAAAGACTACCATATGATCGAAGGGAGAGAACTAAT
GGCTCGCTCCAGCTTCATCGGATTCACACTTTATACCAATTTACAAGAGATAAGCATCCA
CTGGTTTGCATTGTTTTCTCATTGGATTACAAAGTAAAGAATACTGTGTACCAAAATGTA
ATTATTTACACGATGTCAAATAATCATATACACGATGTCAAAAGGG

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 3

CO CL4004Contig1 867 3 30 U
GGCTAGTTTCAGAAATATGCCACAAAAGGGGAACTCTTGTTTGCATCGATGGCACCTTTG
CCACACCCCTGAATCAGAAAGTCCTTGCTTTTGGTGCTGATCTTGTCGTGCACTCTCTTA
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TGGTTTCAGAAATTCGCAATCTGCATCATGTGTTGGGAGGCACACTTAATCCGAACGCAG
CGTACCTAATGATCCGAGGCATGAAGACAATGCATCTTCGTGTAAAGCAACAGAATTCTA
CTGCCTCAAGGATGGCCGAAATTTTAGAGGCGCATCCTAAGGTGAGTCATGTGTACTATC
CAGGCCTTGCAAGTCATCCGGAGCATCACATTGCCAAGCGACAAATGACTGGTTTTGGAG
GTGTGGTCAGTTTCGAGATTGATGGAGACATTGAAAGAACGATAAAGTTTGTGGATTCAC
TCAAGATTCCTTACATAGCACCATCTTTTGGTGGCTGCGAAAGCATCGTGGACCAACCGG
CCATCATGTCTTACTGGGATCTGACACAGGAGGAGAGGCTAAAGTATGGAATCAAAAACA
ATTTGGTTCGTTTCAGCTTTGGAGTTGAAGACTTTGAAGATGTCAAAGCTGACATTCTTC
AAGCTCTCGAAGCCATCTGAAATTCCAATTATTTCACTCCCCCAAAACACAATGTCGTTT
CTGTCATCTTTTGAATTATTGTCTGTTTCCTTTGTCTCTTTTTTTTTTATCGCTCTCTAT
TTGAACGGTTTGTCATTGTAATAATGTTGTCTTTGAACTATTGTTCGGCGACATTTACCG
TTTCGTAATAACGATGAACTATTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3F226TF U 1
AF RR3AB16JQ C 133
AF RR3AB16TF U 133
BS 1 150 RR3F226TF
BS 151 151 RR3AB16TF
BS 152 170 RR3F226TF
BS 171 171 RR3AB16TF
BS 172 238 RR3F226TF
BS 239 239 RR3AB16TF
BS 240 241 RR3F226TF
BS 242 242 RR3AB16TF
BS 243 331 RR3F226TF
BS 332 332 RR3AB16TF
BS 333 371 RR3F226TF
BS 372 372 RR3AB16TF
BS 373 379 RR3F226TF
BS 380 380 RR3AB16TF
BS 381 496 RR3F226TF
BS 497 497 RR3AB16TF
BS 498 580 RR3F226TF
BS 581 581 RR3AB16TF
BS 582 592 RR3F226TF
BS 593 593 RR3AB16TF
BS 594 596 RR3F226TF
BS 597 597 RR3AB16TF
BS 598 604 RR3F226TF
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BS 608 608 RR3AB16TF
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BS 703 704 RR3AB16TF
BS 705 760 RR3F226TF
BS 761 867 RR3AB16TF

RD RR3F226TF 760 0 0
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AAGCTCTCGAAGCCATCTGAAATTCCAATTATTTCACTCCCC**AAACACAATGTCGTTT
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DS 

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QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3AB16TF 735 0 0
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TGGCCGAAATTTTAGAGGCGCATCCTAAGGTGAGTCATGTGTACTATCCAGGCCTTGCAA
GTCATCCGGAGCATCACATTGCCAAGCGACAAATGACTGGTTTTGGAGGTGTGGTCAGTT
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TCAGCTTTGGAGTTGAAGACTTTGAAGATGTCAAAGCTGACATTCTTCAAGCTCTCGAAG
CCATCTGAAATTCCAATTATTTCACTCCCCCAAAACACAATGTCGTTTCTGTCATCTTTT
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TCATTGTAATAATGTTGTCTTTGAACTATTGTTCGGCGACATTTACCGTTTCGTAATAAC
GATGAACTATTTACG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 3

CO CL4005Contig1 1026 3 4 U
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AAGCGAGCAGATACAACCTTGGGGAAACGTATGATCCACTTTCCACCATTGCAGTTGGCA
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AGTAGCGTTCATCGGAAAAGGAGTCGGTAACGTACTGCGACTTGATGTTGTCCATGTTTG
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AAACCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN41JQ U 2
AF RR3BC82JQ U 1
AF RR3BC82TF C 284
BS 1 262 RR3BC82JQ
BS 263 263 RR3GN41JQ
BS 264 818 RR3BC82JQ
BS 819 1026 RR3BC82TF

RD RR3GN41JQ 695 0 0
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QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3BC82JQ 818 0 0
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AGCAAGTAAGCTCAAGTTTTCTTTTGAAAATGAAACAATAGAGTTTCAAACAAGACTCAC
CATTGAAGGTAACAACGACATCAAGAAACCAGAAAACGAATGAAAAACTACTGCTGCAGA
ATTAGCCAGGATTTTTCATTGCTGAGATTCAAAGCCAGTGATACCATTGCAGGAGAGCTT
CCCGTATCACGTGACACAATTGGTCAACTTCGAACCTATCCTCTCAGCCATGTGTTTCTG
TAGGATGAGTTGTCGCGAAGAGAAGCATCGTGTGGCTTGTACTCCATGACATAAGCATGA
GGCAGCTTCAAATGCCTCTTGATTGAGTCTCTCAACCCCATCACCGCCTGGTGATCAGAA
ACGTTGCGGTTCCATACACTAACGATGTCCTCGTTGATGCGGACACTCAGCACTGCCCCA
CAAATGTTTTCAGCATCATCAAGCTGGTCGCCTACCAACGCAAGAAGCAGATCCTCCCAG
AAGCGAGCAGATACAACCTTGGGGAAACGTATGATCCACTTTCCACCATTGCAGTTGGCA
CCATCCTCCCACAAGGGTCGAATCCCATCCTTAAAAAAATGAAGATCTGTTGGATTAGGC
AAGAGAGAAGAACGAGCAAGGTGACAGTAACTGGCCCAAAACCTTCAACAGTGCTGAACT
CGACAATCTTCTTAATGTTATCCTCGTAAGATACCAGGCTCCTGACTCCTGGTGTTCGAC
GTGTGTACCAAATCGCAAACTTGTACCGTAGAGGATGG

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR3BC82TF 743 0 0
TCAGCCATGTGTT*CTGTAGGATGAGTTGTCGCGAAGAGAAGCATCGTGTGGCTTGTACT
CCATGACATAAGCATGAGGCAGCTTCAAATGCCTCTTGATTGAGTCTCTCAACCCCATCA
CCGCCTGGTGATCAGAAACGTTGCGGTTCCATACACTAACGATGTCCTCGTTGATGCGGA
CACTCAGCACTGCCCCACAAATGTTTTCAGCATCATCAAGCTGGTCGCCTACCAACGCAA
GAAGCAGATCCTCCCAGAAGCGAGCAGATACAACCTTGGGGAAACGTATGATCCACTTTC
CACCATTGCAGTTGGCACCATCCTCCCACAAGGGTCGAATCCCATCCTTAAAAAAATGAA
GATCTGTTGGATTAGGCAAGAGAGAAGAACGAGCAAGGTGACAGTAACTGGCCCAAAACC
TTCAACAGTGCTGAACTCGACAATCTTCTTAATGTTATCCTCGTAAGATACCAGGCTCCT
GACTCCTGGTGTTCGACGTGTGTACCAAATCGCAAACTTGTACCGTAGAGGATGGAGACC
ATCCTTGAGCTCGCGAGAGTAGCGTTCATCGGAAAAGGAGTCGGTAACGTACTGCGACTT
GATGTTGTCCATGTTTGCCGATTCTTTTGAGTCTCTGATCTCATCGTCCCTCCCCTCCGT
AATCTCCATTTCAGGGATGCTTCAGGCGTGTTCGGTTTCCAAATCCCTAAATATCTAATC
GTCTAACCAGGAGGCAGAAACCC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL4006Contig1 591 2 8 U
GGACACTTAAAATCAACAAAATACAAAAAAAATGGTCTCAAAGAGCTCAAGCGCCATTAG
CCTCATCATCATCTTCCTCATCTTCAGCCTCGCTGAGGCTGACCTCTTGCTCTCGCCTTC
GCAGGGCTTTGGTACGTGTCCTAGAGACCCATTGCAACTTGGTGTATGCGCCAATGTCCT
TGGCCTAGGCAATGTCATTGCTGGCGACACCAGAGCACGGCCGTGCTGCAGTGCTATCAC
TGGCCTTCCGAACGTCCAAGTAGCCGATTGCCTCTGCTTTGTCTTCAGGCCACTTCCTTT
GGTTTTCGGTATCGATAAGGCCGTTAGAACAATATTTTTCGCTTGTAATATGGTTTTTCC
TATTGGCTTTCAGTGTCCACCACCACCAGTATCTAGCCCTTAATCTCACCTGATTAAGAA
CAAGAACCCTATCCAGTAACTACTTACAACGCAAGTATGCTTACTTATTCATGTTATACA
GTGTTGATGCGTGTTTCGTTGTTAAACAGGGCGTAATAGTGACTATATATGTTGTTATGT
GTACGAAGAATAATACTTGAATAAATATGTCGTGTGCGAATATTAATATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GP63TF U 1
AF RR3F767JQ C 73
BS 1 134 RR3GP63TF
BS 135 135 RR3F767JQ
BS 136 331 RR3GP63TF
BS 332 332 RR3F767JQ
BS 333 489 RR3GP63TF
BS 490 490 RR3F767JQ
BS 491 585 RR3GP63TF
BS 586 591 RR3F767JQ

RD RR3GP63TF 585 0 0
GGACACTTAAAATCAACAAAATACAAAAAAAATGGTCTCAAAGAGCTCAAGCGCCATTAG
CCTCATCATCATCTTCCTCATCTTCAGCCTCGCTGAGGCTGACCTCTTGCTCTCGCCTTC
GCAGGGCTTTGGTATGTGTCCTAGAGACCCATTGCAACTTGGTGTATGCGCCAATGTCCT
TGGCCTAGGCAATGTCATTGCTGGCGACACCAGAGCACGGCCGTGCTGCAGTGCTATCAC
TGGCCTTCCGAACGTCCAAGTAGCCGATTGCCTCTGCTTTGTCTTCAGGCCACTTCCTTT
GGTTTTCGGTATCGATAAGGCCGTTAGAACAGTATTTTTCGCTTGTAATATGGTTTTTCC
TATTGGCTTTCAGTGTCCACCACCACCAGTATCTAGCCCTTAATCTCACCTGATTAAGAA
CAAGAACCCTATCCAGTAACTACTTACAACGCAAGTATGCTTACTTATTCATGTTATACA
GTGTTGATGTGTGTTTCGTTGTTAAACAGGGCGTAATAGTGACTATATATGTTGTTATGT
GTACGAAGAATAATACTTGAATAAATATGTCGTGTGCGAATATTA

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3F767JQ 519 0 0
CTTCCTCATCTTCAGCCTCGCTGAGGCTGACCTCTTGCTCTCGCCTTCGCAGGGCTTTGG
TACGTGTCCTAGAGACCCATTGCAACTTGGTGTATGCGCCAATGTCCTTGGCCTATGCAA
TGTCATTG***GCGACACCAGAGCACGGCCGTGCTGCAGTGCTATCACTGGCCTTCCGAA
CGTCCAAGTAGCCGATTGCCTCTGCTTTGTCTTCAGGCCACTTCCTTTGGTTTTCGGTAT
CGATAAGGCCGTTAGAACAATATTTTTCGCTTGTAATATGGTTTTTCCTATTGGCTTTCA
GTGTCCACCACCACCAGTATCTAGCCCTTAATCTCACCTGATTAAGAACAAGAACCCTAT
CCAGTAACTACTTACAACGCAAGTATGCTTACTTATTCATGTTATACAGTGTTGATGCGT
GTTTCGTTGTTAAACAGGGCGTAATAGTGACTATATATGTTGTTATGTGTACGAAGAATA
ATACTTGAATAAATATGTCGTGTGCGAATATTAATATAC

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

CO CL4007Contig1 748 2 1 U
GGACGGACTCTCGTTCGGCCGTTTCAGCTCTCTCTCAATCGCAAAACAAAGAATGGCTGG
ACAAAAGCAAGAGCTTCCCGTTTCCGGCGAACCCTTAGCCGCCGTCGAGAGTCCGATGAC
AGACGCGATAAACAAGAAGAAGAAGAAGAGCAAGAAGAACAAACACGCAGAGGTCGAAGT
GCCTCAAGAGGTCGTCGAGGAGTTGAGTAGTAAAGAGAAGAAGAAGAAGCGTAAGAGAGA
GGAGAAAGAGATGGAGAAGAAGGAGGAGAAGAAGGAGAAGAAGGAGAAGAAGGACGAAGA
GAGTGAGGCTTCAAACGGAGGAGAAAGTGAGCAGAAGGTTGTTGTCACCGGGAAAGGTGC
GGAGGAAGCAAAGTACGCAGCTTTAACATCATTTGCTGAGTCGAAGTTGCCTGAGAATGT
TCTTGATTGCTGCAAGACTTTCCAGAAACCTTCTCCGATTCAGTCTCATTCGTGGCCCTT
TTTGTTGGATGGTCGTGATCTTATCGGGATTGCCAAAACCGGTTCAGGTAAGACATTGGC
GTTTGGGATTCCTGCGATTATGCACATGTTGAAGAAGAACAAGAGTGGTAAAGGAACAAG
GAACCCGACTCGTCTTGTTCTTTCTCCGACAAGAGAGTTAGCTGTTCAGATTTCTGATGT
TTTGAGTGAAGCTGGAGAACCGTGTGGTTTGAAATCGATTTGTGTGTATGGTGGAAGCTC
TAAAAGCCTCAATTGACGCCATTCGATC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E408TF U 1
AF RR3DF45TF U 3
BS 1 748 RR3E408TF

RD RR3E408TF 748 0 0
GGACGGACTCTCGTTCGGCCGTTTCAGCTCTCTCTCAATCGCAAAACAAAGAATGGCTGG
ACAAAAGCAAGAGCTTCCCGTTTCCGGCGAACCCTTAGCCGCCGTCGAGAGTCCGATGAC
AGACGCGATAAACAAGAAGAAGAAGAAGAGCAAGAAGAACAAACACGCAGAGGTCGAAGT
GCCTCAAGAGGTCGTCGAGGAGTTGAGTAGTAAAGAGAAGAAGAAGAAGCGTAAGAGAGA
GGAGAAAGAGATGGAGAAGAAGGAGGAGAAGAAGGAGAAGAAGGAGAAGAAGGACGAAGA
GAGTGAGGCTTCAAACGGAGGAGAAAGTGAGCAGAAGGTTGTTGTCACCGGGAAAGGTGC
GGAGGAAGCAAAGTACGCAGCTTTAACATCATTTGCTGAGTCGAAGTTGCCTGAGAATGT
TCTTGATTGCTGCAAGACTTTCCAGAAACCTTCTCCGATTCAGTCTCATTCGTGGCCCTT
TTTGTTGGATGGTCGTGATCTTATCGGGATTGCCAAAACCGGTTCAGGTAAGACATTGGC
GTTTGGGATTCCTGCGATTATGCACATGTTGAAGAAGAACAAGAGTGGTAAAGGAACAAG
GAACCCGACTCGTCTTGTTCTTTCTCCGACAAGAGAGTTAGCTGTTCAGATTTCTGATGT
TTTGAGTGAAGCTGGAGAACCGTGTGGTTTGAAATCGATTTGTGTGTATGGTGGAAGCTC
TAAAAGCCTCAATTGACGCCATTCGATC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3DF45TF 726 0 0
GG
GGACTCTCGTTCGGCCGTTTCAGCTCTCTCTCAATCGCAAAACAAAGAATGGCTGGACAA
AAGCAAGAGCTTCCCGTTTCCGGCGAACCCTTAGCCGCCGTCGAGAGTCCGATGACAGAC
GCGATAAACAAGAAGAAGAAGA***GCAAGAAGAACAAACACGCAGAGGTCGAAGTGCCT
CAAGAGGTCGTCGAGGAGTTGAGTAGTAAAGAGAAGAAGAAGAAGCGTAAGAGAGAGGAG
AAAGAGATGGAGAAGAAGGAGGAGAAGAAGGAGAAGAAGGAGAAGAAGGACGAAGAGAGT
GAGGCTTCAAACGGAGGAGAAAGTGATCAGAAGGTTGTTGTCACCGGGAAAGGTGCGGAG
GAAGCAAAGTACGCAGCTTTAACATCATTTGCTGAGTCGAAGTTGCCTGAGAATGTTCTT
GATTGCTGCAAGACTTTCCAGAAACCTTCTCCGATTCAGTCTCATTCGTGGCCCTTTTTG
TTGGATGGTCGTGATCTTATCGGGATTGCCAAAACCGGTTCAGGTAAGACATTGGCGTTT
GGGATTCCTGCGATTATGCACATGTTGAAGAAGAACAAGAGTGGTAAAGGAACAAG*AAC
CCGACTTGTCTTGTTCTTTCTCCGACAAGAGAGTTAGCTGTTCAGATTTCTGATGTTTTG
AGTGAAGCTGGAGAACCGTGTGGTTTGAAATCGATTTGTGTGTATGGTGGAAGCTCTAAA
AG
CC

QA 3 724 3 724
DS 



AS 1 3

CO CL4008Contig1 1242 3 10 U
GGATTTGTCTAAACCATTATGGGAAATCCACTTACTCTGCCTCAAAACATCAAACGCTGA
TTCCATTGGCCTTCTCAAGATCCATCATTCTTTGGGTGATGGAATGTCTCTCATGTCTCT
TTTCCTCGCTTGCACCCGCAAAACATCAGACCTCGAGGCTTTACCTACTGTCGCAGTTCA
GAAAAAACAGTTTGGTCCGAGCTGTTACACCGGTTTTTTCAACAAGATTTGGTGGTTATT
TGTGGGACTTTGGTTCATCCTAAAATTGGTTTTCAACACTTTTGTTGATGTCTTAATGTT
TGCTCTAACAATTTGTTTCTTGAGGGATACGGAGACTCCTCTCTTGGCTAAATCCGGTAC
TGAACTTATACCTAAGAGGTTCGTCCACCGGATTATCAATTTCGACGATGTTAAGGTGGT
GAAGAATGCAATGAAACTGACGGTAAATGATGTTCTTCTTGGAGTAACGCAAGCCGGACT
TTCCCGGTACCATAGTCGGAGATATGATCAAGAAGCAACACCGAAATCAAAAGAGTCAAT
GAGGAGAATCCGACTTCGTTCAGCCATTATGATTAATTTGAGACCAAACACTGGAATAGA
GGCTCTAGCGGATATGATGGCCAAGAAATCGAAATGCAGATGGGGAAATCTCTTCGGTTA
CATTCTCCTACCATTCTCTGTCGGGCTGGAGACAGACCCTCTAGAATACGTACGCCGAGC
CAAAGTTACGGTCGACCGCAAAAAACACTCCCTTGAGGCTGTATTCTTTATGGCGTTCTT
TAAATTGATACTAAAAGTTTTGGGGCTCAAGGCAAGTGTAGTTCTTGTAAGGAAAGTGAT
TCATAACACGACGTCGACGTTCTCCAATGTAGTAGGTCCAAAAGAAGAAATAACCTTTCA
CGGCCACCCGTTATCTTATATCGCCCCTAGTGTTTTTGGCCACCCACATGCTCTTACTGT
ACATTTCCAGAGTTATGAGAACAAGGTCATAATATCAGTAACGGCCGATCCAACAGTCAT
TCCTGACCCTCATAAGATGTGTGATGATTTTGTGGAGTCTCTCAAGTTAATTAAATCCTC
TGTCCTGGAAAGAGGACTATATGAGATGGAGGTTTAGTAAAAGCTCTTCTGTTGTGGCAT
ACTATCGTATCATAACTTTGGTTAAATAAGATTTTAAGTACTTATTTTTACTTGAGAGGT
TATCAGTGTAATAGATGCCAATTCACATGTTAATCTCTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW64TF U 1
AF RR3C343TF U 122
AF RR3C343JQ C 530
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RD RR3BW64TF 742 0 0
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G
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AAGT

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TGTTGTGGCATACTATCGTATCATAACTTTGGTTAAATAAGATTTTAAGTACTTATTTTT
ACTTGAGAGGTTATCAGTGTAATAGATGCCAATTCACATGTTAATCTCTGTTC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 3

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AACTTCGGAACTCCTTTAGATATAGCTTCAATGGCTTCGGGAACATCAGCCTTTAAGATT
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TTTATATTTGGGTCTGTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GC02JQ U 1
AF RR3FK72JQ U 7
AF RR3GC02TF C 1
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RD RR3GC02JQ 562 0 0
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ACCATCACCACCACCATCTTCTTCATATTTCTTCTCTCTTAGTTATAGTTTGATGATTAT
TGGAAAGACGGAGGAGCTGCTTTGATCTCACGGTTTTGAAGAAGAACAGGAGTTATATAA
GTAATCTATATATATTCTTTCTCTTTTTGAGA

QA 10 701 10 701
DS 

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CATACCACATACTTGTATGAACATAAA*GATAAAATCAAAGCAACATTCTCACAATGGCT
CTTGTCACATTAGAGATTTTCTGCATTGATTTGGTTAAACTAGTCAACGGAGATTTCCCT
TTAAATTCTCCTTCACATGCAGCAGCTTCCACACCAGCATCGATCACACCGTCCTCGCCG
AACTTCGGAACTCCTTTAGATATAGCTTCAATGGCTTCGGGAACATCAGCCTTTAAGATT
GTTTTGTATCTTCGACTACATTCGTCTAAAGCCTGTTTCAGTTCCGGTCTCTTTTTATAT
AGATAGTTGATTTCGTTCAAGGTCTTCGTCGCCAACCCCTTGATTTTGTCGACGAGGATA
AGAGCGAGGCCAGAGGTGTCGGCAGAGGAGCCACGTGGGTCGGAGTCGAGGAGAGAGACG
CATAGATTGAAATCTGGT**CTCTTTGCATGTCTGCTCTATCATACTCGCTTCACTCACC
ATCACCAACATCATCACCATCACCGCCACCATCTTCTTCATATTTCTTCTCTCTTAGTTA
TAGTTTGATGATTATTGGAAAGACGGAGGAGCTGCTTTGATCTCACGATTTTGAAGAAGA
ACAGGAGTTATATAAGTAATGTATATATATTCTTTCTCTTTTTGAGAAAAGGCTTAAATA
TTTATATTTGGGTCTGTTCC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL4010Contig1 974 2 4 U
GGACCTTATCTCAGTTGTCTTCCACCACCTATATCTCATCAAATTGTCTTCATAATTTCT
AAACGCATGAAGTCTCTTCGATTCCACAACGTGAAAAAATCCGGCGGCTTCGACTCCTAT
CAAACGCAATAGCCAATTCCAAGACGGTTCATCATCGACGGCTCCAACTTCTCTCTTTTC
TCAACGACCTTCTTCCTGGACGTGAATATGAAGAAACCATAAATATCGTGACAGGAGGCC
TCCTAATTGGCCTTGACTTGAGATGCTGTTGAAGGAGAAGCAGAAGAGAGAAGTTGCTGC
TGCTGGTGACTTATCTCCCAGGCGGCAGATAAAAGTATTCAGAAGTTGATTTTTATGACT
TCTCTTGACTAAGTTTGGACAACTCAGTTTTATAAGTTTCACGTTAATATATATGTAAAA
AGAAGAGGAGCTTAATTGAAGATAAGGTGCTGCAAGATGACCATAATTACGGCCAGGGCC
AGCGAAGCACAAGAACATTTAAATCACATATAGGACACAAAGTAAAGGTCCTCAGAAAAA
TACGATATCGTGAACTTCAGAAATAGTACGAAAAGGTTCACACCTACTCATCAGAAATCC
AGGAAATTGGTAAATATGATTAGGAGAGTATTTTGAGATCCAACCAGAGAGCCACGGACC
GTTTACTATGGTGTGGCTCTGCCGATGGAAATCTTGTGGTCATTTCCCCATGTGCTAATG
GAGACAGTAACGGAACAATGAGTATGTCCATCGACATACTCGATAGTTAAAGTGAAAGAA
TAAATAAGAACGAGGACATGCTAGGCGGATCAAAAGCACCACTAATGGCCAAGCAAAATG
CTATGTCTGGTACTCTTGCAAGTAGGGATTTCTATGTAGAATCTTCTCAGCCTTCCAACG
CTTTGAAAAAGACAACAGTGGGTAAGTACAGTAATTATCACATAACAATTTATTATAGGT
AATAAAACCAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G080TF U 1
AF RR3G080JQ C 256
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BS 693 974 RR3G080JQ

RD RR3G080TF 692 0 0
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CAAACGCAATAGCCAATTCCAAGACGGTTCATCATCGACGGCTCCAACTTCTCTCTTTTC
TCAACGACCTTCTTCCTGGACGTGAATATGAAGAAACCATAAATATCGTGACAGGAGGCC
TCCTAATTGGCCTTGACTTGAGATGCTGTTGAAGGAGAAGCAGAAGAGAGAAGTTGCTGC
TGCTGGTGACTTATCTCCCAGGCGGCAGATAAAAGTATTCAGAAGTTGATTTTTATGACT
TCTCTTGACTAAGTTTGGACAACTCAGTTTTATAAGTTTCACGTTAATATATATGTAAAA
AGAAGAGGAGCTTAATTGAAGATAAGGTGCTGCAAGATGACCATAATTACGGCCAGGGCC
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TACGATATCGTGAACTTCAGAAATAGTACGAAAAGGTTCACACCTACTCATCAGAAATCC
AGGAAATTGGTAAATATGATTAGGAGAGTATTTTGAGATCCAACCAGAGAGCCACGGACC
GTTTACTATGGTGTGGCTCTGC*GATGGAAAT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3G080JQ 719 0 0
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TCCCAGGCGGCAGATAAAAGTATTCAGAAGTTGATTTTTATGACTTCTCTTGACTAAGTT
TGGACAACTCAGTTTTATAAGTTTCACGTTAATATATATGTAAAAAGAAGAGGAGCTTAA
TTGAAGATAAGGTGCTGCAAGATGACCATAATTACGGCCAGGGCCAGCGAAGCACAAGAA
CATTTAAATCACATATAGGACACAAAGTAAAGGTCCTCAGAAAAATACGATATCGTGAAC
TTCAGAAATAGTACGAAAAGGTTCACACCTACTCATCAGAAATCCAGGAAATTGGTAAAT
ATGATTAGGAGAGTATTTTGAGATCCAACCAGAGAGCCACGGACCGTTTACTATGGTGTG
GCTCTGCCGATGGAAATCTTGTGGTCATTTCCCCATGTGCTAATGGAGACAGTAACGGAA
CAATGAGTATGTCCATCGACATACTCGATAGTTAAAGTGAAAGAATAAATAAGAACGAGG
ACATGCTAGGCGGATCAAAAGCACCACTAATGGCCAAGCAAAATGCTATGTCTGGTACTC
TTGCAAGTAGGGATTTCTATGTAGAATCTTCTCAGCCTTCCAACGCTTTGAAAAAGACAA
CAGTGGGTAAGTACAGTAATTATCACATAACAATTTATTATAGGTAATAAAACCAGTTC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 3

CO CL4011Contig1 1129 3 7 U
GGGGGGCCTCGTCTTCTTCCTCACATTCTCGTTAAAATCGCGCAACACCTTACCCATCTC
CGGACGGCGAACATTTCCAAATCCTCGACGACGGCAAACCCAATTTCTCAAAATCCGAAA
GTTTCAAACTTTTGATTTTGATTTGGTGGTGGAGCGATATGGACGATTACACTAGAGAGA
TGATGGATCTCAAGACCTTAGTCACTCGAACCCTCGAGAAGAAGGGTGTTCTCGCTAAGA
TCCGGGCTGAGCTACGAGCGAGTGTGTTTGAGGTAATTGAAGAAGAGGATCGAGTGATTG
AGAACAACGAAGGGCTGCCACCAGCTTTGTTGGGAAGCTGTAATGATCGTGCAAGGCAGC
TTCATGCTCTTCCCTCAGGTAGGTTGCTGTGTGCATTAGTTTGTGAGTACTTGGAATGGG
CGCAACTCGATCACACGCTCAAAGTGTATCAACCCGAATGCAATTTGCAAAAGGACTCTT
GGAAGTCTGAATTAAGCGACTTTAGCAGCAACCATGGTTATGAGCTCAACAGAAATGGAG
ATAGCGCACCTCTCCTTCTCGATGTTCTTGAAGGATTCTTGAAGTTCGAGAGCATGACAC
AGATTACTAATTCAAGGAGAGACCCTGAAACTGAGTCTTCATCAAGCCTTGACTCTAAGA
ATCCTCCTCGCAGATCATCTGCATCTGACAATTTGCCTCCTCTAAGAAGGACGGGTTCTG
GATCCCAAGGAGCAGATAGAAGAGGTGGGAGTAATTACAGAAAAGATGAAATCAACTGGA
GACACGGTAATCAAGATGCGCATGAAGAGGTGATGAGAGCTTCAGCGGCACTTGAGAATC
TTCAGCTTGATAGGAAAACTCGGAACATGACATCCTCTTGGAGGAATGTGAGGGATGGAG
CAAATGAAGATGAAGGGAGGGATTGAGTTAGGAGGTTGCTAATTAAAAAATGCAGCTTCT
GAGAATTGAGTGTTGGTTTGTGTACGTGTGATATGTATGTATGCTCTTTATTTGCAAACT
GTGTGTTTCGCGGGAACCCCTTCTGTCTCTTTTAAGGTTATTCATGAGATCATATTGAAC
TGTTTAATGTTTATTTCTGAATTTTTTACGCATAGAGACACTTTTCCAC


BQ
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AF RR3ES03TF U 1
AF RR3GN28TF U 379
AF RR3ES03JQ C 556
BS 1 594 RR3ES03TF
BS 595 623 RR3GN28TF
BS 624 624 RR3ES03JQ
BS 625 657 RR3GN28TF
BS 658 658 RR3ES03JQ
BS 659 729 RR3GN28TF
BS 730 1129 RR3ES03JQ

RD RR3ES03TF 594 0 0
GGGGGGCCTCGTCTTCTTCCTCACATTCTCGTTAAAATCGCGCAACACCTTACCCATCTC
CGGACGGCGAACATTTCCAAATCCTCGACGACGGCAAACCCAATTTCTCAAAATCCGAAA
GTTTCAAACTTTTGATTTTGATTTGGTGGTGGAGCGATATGGACGATTACACTAGAGAGA
TGATGGATCTCAAGACCTTAGTCACTCGAACCCTCGAGAAGAAGGGTGTTCTCGCTAAGA
TCCGGGCTGAGCTACGAGCGAGTGTGTTTGAGGTAATTGAAGAAGAGGATCGAGTGATTG
AGAACAACGAAGGGCTGCCACCAGCTTTGTTGGGAAGCTGTAATGATCGTGCAAGGCAGC
TTCATGCTCTTCCCTCAGGTAGGTTGCTGTGTGCATTAGTTTGTGAGTACTTGGAATGGG
CGCAACTCGATCACACGCTCAAAGTGTATCAACCCGAATGCAATTTGCAAAAGGACTCTT
GGAAGTCTGAATTAAGCGACTTTAGCAGCAACCATGGTTATGAGCTCAACAGAAATGGAG
ATAGCGCACCTCTCCTTCTCGATGTTCTTGAAGGATTCTTGAAGTTCGAGAGCA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3GN28TF 357 0 0
TAGGT
TTGCTGTGTGCGTTAGTTTGTGAGTACTTGGAATGGGCGCAACTCGATCACACGCTCAAA
GTGTATCAACCCGAATGCAATTTGCAAAAGGACTCTTGGAAGTCTGAATTAAGCGACTTT
AGCAGCAACCATGGTTATGAGCTCAACAGAAATGGAGATAGCGCACCTCTCCTTCTCGAT
GTTCTTGAAGGATTCTTGAAGTTCGAGAGCATGACACAGATTACTAATTCAAGGAGAGAC
TCTGAAACTGAGTCTTCATCAAGCCTTGACTCTAGGAATCCTCCTCGCAGATCATCTGCA
TCTGACAATTTGCCTCCTCTAAGAAGGACGGGTTCTGGATCCCAAG
AGCAGA

QA 6 351 6 351
DS 

RD RR3ES03JQ 574 0 0
TTCTCGATGTTCTTGAAGGATTCTTGAAGTTCGAGAGCATGACACAGATTACTAATTCAA
GGAGAGACCCTGAAACTGAGTCTTCATCAAGCCTTGACTCTAAGAATCCTCCTCGCAGAT
CATCTGCATCTGACAATTTGCCTCCTCTAAGAAGGACGGGTTCTGGATCCCAAGGAGCAG
ATAGAAGAGGTGGGAGTAATTACAGAAAAGATGAAATCAACTGGAGACACGGTAATCAAG
ATGCGCATGAAGAGGTGATGAGAGCTTCAGCGGCACTTGAGAATCTTCAGCTTGATAGGA
AAACTCGGAACATGACATCCTCTTGGAGGAATGTGAGGGATGGAGCAAATGAAGATGAAG
GGAGGGATTGAGTTAGGAGGTTGCTAATTAAAAAATGCAGCTTCTGAGAATTGAGTGTTG
GTTTGTGTACGTGTGATATGTATGTATGCTCTTTATTTGCAAACTGTGTGTTTCGCGGGA
ACCCCTTCTGTCTCTTTTAAGGTTATTCATGAGATCATATTGAACTGTTTAATGTTTATT
TCTGAATTTTTTACGCATAGAGACACTTTTCCAC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 3

CO CL4012Contig1 1207 3 4 U
GGGGAGAGAGCTTTTGTTTCACGTTTCTCATCGCCAAAAAAGGGACAAAATCCCAATCCG
CTTTTTAACTCGGAAAGTTGTAAGACGTACACACAATCAAATCCCTCGGGACTAGAGCTT
TCAGGTCTAGATGGATTTCTGGCCGGAGTTTATGGCGAGCAGCTGGGGAAGGGAGTTCGT
ACCCGGTGGATTCGGAGGCGTTGCCGGTATTATTTCCGGATATCCCTTGGACACGCTGAG
AATTCGTCAGCAACAGAGCTCCAAATCCGGATCTGCCTTTACCATTCTCCGCCGGATGCT
TGCCGTCGAGGGCCCCGCCTCACTCTACAGAGGTATGGCTGCACCCTTGGCCTCCGTCAC
CTTTCAGAATGCTAAGGTATTCCAGATATATGCCATACTCTCTCGCTCCTTTGATTCCTC
TCTTCCCCTAGAAGAGCCTCCTTCCTACAGAGGCGTTGCTCTTGGTGGGGTTGGCACTGG
CGCTGTTCAGAGCCTCTTGCTTAGCCCCGTTGAGCTCATCAAGATCCGTCTTCAGCTGCA
GCAGAGCAACAGCGGCCCCATCTGCTTGGCTAAGACCATCCTTAGGAGAGAAGGTCTCAA
AGGCATTTACAAAGGCCTTACCATAACTGTTCTCAGAGATGCTCCTTCCCACGGCCTCTA
TTTCTGGACTTACGAGTACGTACGAGAAATGCTTCATCCCGGCTGCAGGAAGAGTGGAGA
AGAAACCCTCCGCACCATGCTGGTCGCAGGTGGCCTGGCTGGTGTCTCCAGCTGGGTCGT
TTGCTATCCTCTTGATGTCGTCAAGACCAGGCTTCAACAAGGAAATCATGGTTCTTACGA
TGGCATTGCAGATTGTTTTCGTAAGAGCATCGCACAGGAAGGCTATGGGGTTTTCTGGCG
TGGCCTCGGGACTGCAGTTGCCAGGGCCTTTGTTGTCAACGGTGCCATTTTTGCTGCTTA
TGAAGTTGCCTTGAGGTGTTTATTCCCTCAACTGACGTCCGCTGATGTTGCCAGCAGAGA
TTTGAGTAAAAAGCCAAAACAAGACGTCTTGAAGATTCATAAAGAGTGACTATAGCTAAT
AATATTGTTAACATATCTGATTCGCTTTATGAATCAGGCAGAAGCTTCGTCTGTGATAAA
TAGTTGAACACCAAGAACTTGGAAGAAAGCAGATGAAATGAAAATTCTTTTGCTCTCTGT
TTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG35TF U 97
AF RR3EU68TF U 1
AF RR3EU68JQ C 530
BS 1 181 RR3EU68TF
BS 182 182 RR3FG35TF
BS 183 713 RR3EU68TF
BS 714 1207 RR3EU68JQ

RD RR3FG35TF 139 0 0
GG
AAATCCCTCGGGACTAGAGCTTTCAGGTCTAGATGGATTTCTGGCCGGAGTTTATGGCGA
GCAGCTGGGGAAGGGAGTTCGTACCCGGTGGATTCGGAGGCGTTGCCGGTATTATTTCCG
GATATCCCTTGGACACG

QA 3 139 3 139
DS 

RD RR3EU68TF 713 0 0
GGGGAGAGAGCTTTTGTTTCACGTTTCTCATCGCCAAAAAAGGGACAAAATCCCAATCCG
CTTTTTAACTCGGAAAGTTGTAAGACGTACACACAATCAAATCCCTCGGGACTAGAGCTT
TCAGGTCTAGATGGATTTCTGGCCGGAGTTTATGGCGAGCAGCTGGGGAAGGGAGTTCGT
AGCCGGTGGATTCGGAGGCGTTGCCGGTATTATTTCCGGATATCCCTTGGACACGCTGAG
AATTCGTCAGCAACAGAGCTCCAAATCCGGATCTGCCTTTACCATTCTCCGCCGGATGCT
TGCCGTCGAGGGCCCCGCCTCACTCTACAGAGGTATGGCTGCACCCTTGGCCTCCGTCAC
CTTTCAGAATGCTAAGGTATTCCAGATATATGCCATACTCTCTCGCTCCTTTGATTCCTC
TCTTCCCCTAGAAGAGCCTCCTTCCTACAGAGGCGTTGCTCTTGGTGGGGTTGGCACTGG
CGCTGTTCAGAGCCTCTTGCTTAGCCCCGTTGAGCTCATCAAGATCCGTCTTCAGCTGCA
GCAGAGCAACAGCGGCCCCATCTGCTTGGCTAAGACCATCCTTAGGAGAGAAGGTCTCAA
AGGCATTTACAAAGGCCTTACCATAACTGTTCTCAGAGATGCTCCTTCCCACGGCCTCTA
TTTCTGGACTTACGAGTACGTACGAGAAATGCTTCATCCCGGCTGCAGGAAGA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3EU68JQ 678 0 0
CTTCAGCTGCAGCAGAGCAACAGCGGCCCCATCTGCTTGGCTAAGACCATCCTTAGGAGA
GAAGGTCTCAAAGGCATTTACAAAGGCCTTACCATAACTGTTCTCAGAGATGCTCCTTCC
CACGGCCTCTATTTCTGGACTTACGAGTACGTACGAGAAATGCTTCATCCCGGCTGCAGG
AAGAGTGGAGAAGAAACCCTCCGCACCATGCTGGTCGCAGGTGGCCTGGCTGGTGTCTCC
AGCTGGGTCGTTTGCTATCCTCTTGATGTCGTCAAGACCAGGCTTCAACAAGGAAATCAT
GGTTCTTACGATGGCATTGCAGATTGTTTTCGTAAGAGCATCGCACAGGAAGGCTATGGG
GTTTTCTGGCGTGGCCTCGGGACTGCAGTTGCCAGGGCCTTTGTTGTCAACGGTGCCATT
TTTGCTGCTTATGAAGTTGCCTTGAGGTGTTTATTCCCTCAACTGACGTCCGCTGATGTT
GCCAGCAGAGATTTGAGTAAAAAGCCAAAACAAGACGTCTTGAAGATTCATAAAGAGTGA
CTATAGCTAATAATATTGTTAACATATCTGATTCGCTTTATGAATCAGGCAGAAGCTTCG
TCTGTGATAAATAGTTGAACACCAAGAACTTGGAAGAAAGCAGATGAAATGAAAATTCTT
TTGCTCTCTGTTTTTCCC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL4013Contig1 582 2 2 U
GGCAAGAATCTCGACATAGTAATCTACAATATCGGATTTTGAAGAAACCCTTTGTGGAGG
TCTATCCAAAATTACCATCCAGTAGGTGTTTCGGGAGAGAGTAGTAAAAGACGACGGTGC
GGATACTGGAGAGGAGGAGTATACAAGGTGTGATGAGAAAGAGAGATGATTCTTCCGAAA
AGTTCCGAGCTTTATGTTGGGAGAAGAAGGCGAAGAGAAGAATCGGTTGTGTAAGTAAGA
GTTGGAGATAGGGAGGAAGAAGGAAGGGGAAGCAATAAGAGCTTCCATGGTAACTCCTTC
AAGCTTCTTGCTTTGTTTCCTCTACTCTTTTCCAGTCAACGTAATTTTATAGAATTTGGT
AATAAATCCAAGCAGTTTAACCGGAGATAGAAGAACTGTGCTAGTCTGACCTGAATCCGA
CGGTTTAACAGAAAACCGGGAATATTTCAGTTATAACCAAAAAAAAACATTGGATCTATA
AGAAAAAATATCTGAAAAAGAAAACAAAAACTCTCCGTCTCGAACAGGAGAGATGAAGAA
GCACGCCGGAGCCGAGAAGAAGAGGGTTAAACGATCACCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FA03TF C 1
AF RR3FA03JQ U 37
BS 1 36 RR3FA03TF
BS 37 582 RR3FA03JQ

RD RR3FA03TF 582 0 0
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TCTATCCAAAATTACCATCCAGTAGGTGTTTCGGGAGAGAGTAGTAAAAGACGACGGTGC
GGATACTGGAGAGGAGGAGTATACAAGGTGTGATGAGAAAGAGAGATGATTCTTCCGAAA
AGTTCCGAGCTTTATGTTGGGAGAAGAAGGCGAAGAGAAGAATCGGTTGTGTAAGTAAGA
GTTGGAGATAGGGAGGAAGAAGGAAGGGGAAGCAATAAGAGCTTCCATGGTAACTCCTTC
AAGCTTCTTGCTTTGTTTCCTCTACTCTTTTCCAGTCAACGTAATTTTATAGAATTTGGT
AATAAATCCAAGCAGTTTAACCGGAGATAGAAGAACTGTGCTAGTCTGACCTGAATCCGA
CGGTTTAACAGAAAACCGGGAATATTTCAGTTATAACCAAAAAAAAACATTGGATCTATA
AGAAAAAATATCTGAAAAAGAAAACAAAAACTCTCCGTCTCGAACAGGAGAGATGAAGAA
GCACGCCGGAGCCGAGAAGAAGAGGGTTAAACGATCACCAGC

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3FA03JQ 546 0 0
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GAGAGTAGTAAAAGACGACGGTGCGGATACTGGAGAGGAGGAGTATACAAGGTGTGATGA
GAAAGAGAGATGATTCTTCCGAAAAGTTCCGAGCTTTATGTTGGGAGAAGAAGGCGAAGA
GAAGAATCGGTTGTGTAAGTAAGAGTTGGAGATAGGGAGGAAGAAGGAAGGGGAAGCAAT
AAGAGCTTCCATGGTAACTCCTTCAAGCTTCTTGCTTTGTTTCCTCTACTCTTTTCCAGT
CAACGTAATTTTATAGAATTTGGTAATAAATCCAAGCAGTTTAACCGGAGATAGAAGAAC
TGTGCTAGTCTGACCTGAATCCGACGGTTTAACAGAAAACCGGGAATATTTCAGTTATAA
CCAAAAAAAAACATTGGATCTATAAGAAAAAATATCTGAAAAAGAAAACAAAAACTCTCC
GTCTCGAACAGGAGAGATGAAGAAGCACGCCGGAGCCGAGAAGAAGAGGGTTAAACGATC
ACCAGC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL4014Contig1 273 2 2 U
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AATCCTTGCTTTTAATTTCATGCAGATGTCAACTATGGCATCCGATTTAAAAGACTATAT
TTTAATTTTATTTTCTTATCAATGTTTACAGAAATAAAATTTATGATGTTTTTTGTTAAA
AAAATTAGTTGTTGGATTTTTTAGTTATGACACTTTAAAAGCTTTATGTTTGAATCTTAC
AACGTTTTGTAAAATAATATGCATTCAAACATG


BQ
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AF RR3AV31JQ C 1
AF RR3AV31TF U 1
BS 1 1 RR3AV31JQ
BS 2 273 RR3AV31TF

RD RR3AV31JQ 273 0 0
GACAAAAAGATCAAAGGTAAAGACGAACGTGAACGCCATTGCAGTTTCTCTTCCAAATTA
AATCCTTGCTTTTAATTTCATGCAGATGTCAACTATGGCATCCGATTTAAAAGACTATAT
TTTAATTTTATTTTCTTATCAATGTTTACAGAAATAAAATTTATGATGTTTTTTGTTAAA
AAAATTAGTTGTTGGATTTTTTAGTTATGACACTTTAAAAGCTTTATGTTTGAATCTTAC
AACGTTTTGTAAAATAATATGCATTCAAACATG

QA 1 273 1 273
DS 

RD RR3AV31TF 273 0 0
G
ACAAAAAGATCAAAGGTAAAGACGAACGTGAACGCCATTGCAGTTTCTCTTCCAAATTAA
ATCCTTGCTTTTAATTTCATGCAGATGTCAACTATGGCATCCGATTTAAAAGACTATATT
TTAATTTTATTTTCTTATCAATGTTTACAGAAATAAAATTTATGATGTTTTTTGTTAAAA
AAATTAGTTGTTGGATTTTTTAGTTATGACACTTTAAAAGCTTTATGTTTGAATCTTACA
ACGTTTTGTAAAATAATATGCATTCAAACATG

QA 2 273 2 273
DS 



AS 1 2

CO CL4015Contig1 1232 2 6 U
AAAAAAACAAGGAGCCTATTAATCACATTATCTCAACTCCATAGGTTTTAATAGATATAA
CCTTGGTGAACAACAGAACAAGCCAAACCGAAAGCGACTCTAATAATATGGAAAGACAAG
CAACGCAACTTGAAAACCAAGGATAGTGGAAAGGGGGTGGACAACAAACTTCATTCAAGT
TTGTTTTTTGTAGCTGCTGAACTTCAAATGTGATTCTTCGTAACGTTGGGTGAGATACGC
CGAACATTTGATTGCGGGATATTTGGGAAGATTGTTTTCGGACTGGCAAGTTGGAAGACA
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ATTTAAAATAACCCGGTGCAATGTGGATCTGAAAAGACCATTGCTCCAACGCTCCATCAT
ATCACCAAGATTCACAACAATTGCTCCTTCAATCGACGGTACATATTCCCACTTTTGAAT
CTTAGCGTTCCTATCCTTTGCATATCTGTAGTCCCATTACACCATCTGTTGCTAAGAGTG
TAATCATCCCATAATCAGAATGTGCTCCAGTTCCATATATTCCTTTTGAGGGATCCGATT
TTCCTTCATAGTGAAGCAAGCGTAAAGTTGAAATAGGCTTTCCAAGCATCTCAGGGCTAT
CAAAGTAATCTGCATCCAAGTTAAGCGACAATGCCAATAGTTTTGCAATAGCCTTACAAA
CCCTCAGTGCTTCTTGATGGTATCCCTCCATTGTCTCTCGCCACCCAGGCAAAACATCAG
GATTAGGCCACGTGTTGGGGCCATAGAATGGCCGATCCCACTGAGGATCATCTCTGGGAA
CTTCTGACCCAATGTAGTAACCTTCTTTGTGATCCCCTTGAATCTGATTCTCAGGATCAG
GGATTTGATCATACAAAGGTGTATAGCCACGATGCTTTTCGTTTTTCAACACTTTCATCT
TCTCTTCCAAAGGAAGAGCGAAGAATTTTTGGCTCTGCTCGAAAGCCTTATCCATGACTT
TTTTGCTGATTCCGTGGTTTATAACATAAAAAAATCCACTATCCAGACATGCCTTCTTAA
GCAAAAGAGCTGATTGGTGAACATCAGAGTTTCCCAGATCAATGCAAGTAAGCAATGATT
CTTGGATAATAGAATCCTCCACCTGATTTTTAGTCCGCATTTCGCTCATTTCTTTGTTTT
GAGTGATTGACTGAAATGTCTTTTGCGTTCCC


BQ
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AF RR3FG45JQ U 1
AF RR3B586TF C 367
BS 1 498 RR3FG45JQ
BS 499 499 RR3B586TF
BS 500 556 RR3FG45JQ
BS 557 557 RR3B586TF
BS 558 650 RR3FG45JQ
BS 651 1232 RR3B586TF

RD RR3FG45JQ 650 0 0
AAAAAAACAAGGAGCCTATTAATCACATTATCTCAACTCCATAGGTTTTAATAGATATAA
CCTTGGTGAACAACAGAACAAGCCAAACCGAAAGCGACTCTAATAATATGGAAAGACAAG
CAACGCAACTTGAAAACCAAGGATAGTGGAAAGGGGGTGGACAACAAACTTCATTCAAGT
TTGTTTTTTGTAGCTGCTGAACTTCAAATGTGATTCTTCGTAACGTTGGGTGAGATACGC
CGAACATTTGATTGCGGGATATTTGGGAAGATTGTTTTCGGACTGGCAAGTTGGAAGACA
CTCTATTATGCAGTCGTGATTCGGTTCCACGAAAAATGGAATGGAATATCGAGTCTGTCC
ATTTAAAATAACCCGGTGCAATGTGGATCTGAAAAGACCATTGCTCCAACGCTCCATCAT
ATCACCAAGATTCACAACAATTGCTCCTTCAATCGACGGTACATATTCCCACTTTTGAAT
CTTAGCGTTCCTATCCTT*GCATATCTGTAGTCCCATTACACCATCTGTTGCTAAGAGTG
TAATCATCCCATAATCGGAATGTGCTCCAGTTCCATATATTCCTTTTGAGGGATCCGATT
TTCCTTCATAGTGAAGCAAGCGTAAAGTTGAAATAGGCTTTCCAAGCATC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3B586TF 866 0 0
AAAT
ACCCGGTGCAATGTGGATCTGAAAAGACCATTGCTCCAACGCTCCATCATATCACCAAGA
TTCACAACAATTGCTCCTTTAATCGACGGTACATATTCCCACTTTTGAATCTTAGCGTTC
CTATCCTTTGCATATCTGTAGTCCCATTACACCATCTGTTGCTAAGAGTGTAATCATCCC
ATAGTCAGAATGTGCTCCAGTTCCATATATTCCTTTTGAGGGATCCGATTTTCCTTCATA
GTGAAGCAAGCGTAAAGTTGAAATAGGCTTTCCAAGCATCTCAGGGCTATCAAAGTAATC
TGCATCCAAGTTAAGCGACAATGCCAATAGTTTTGCAATAGCCTTACAAACCCTCAGTGC
TTCTTGATGGTATCCCTCCATTGTCTCTCGCCACCCAGGCAAAACATCAGGATTAGGCCA
CGTGTTGGGGCCATAGAATGGCCGATCCCACTGAGGATCATCTCTGGGAACTTCTGACCC
AATGTAGTAACCTTCTTTGTGATCCCCTTGAATCTGATTCTCAGGATCAGGGATTTGATC
ATACAAAGGTGTATAGCCACGATGCTTTTCGTTTTTCAACACTTTCATCTTCTCTTCCAA
AGGAAGAGCGAAGAATTTTTGGCTCTGCTCGAAAGCCTTATCCATGACTTTTTTGCTGAT
TCCGTGGTTTATAACATAAAAAAATCCACTATCCAGACATGCCTTCTTAAGCAAAAGAGC
TGATTGGTGAACATCAGAGTTTCCCAGATCAATGCAAGTAAGCAATGATTCTTGGATAAT
AGAATCCTCCACCTGATTTTTAGTCCGCATTTCGCTCATTTCTTTGTTTTGAGTGATTGA
CTGAAATGTCTTTTGCGTTCCC

QA 5 866 5 866
DS 



AS 1 3

CO CL4016Contig1 623 3 2 U
GGAACATACAGATCACTGAAAGCAGAACAACCACAAAGACAGAGAATCAAAGAAGAAGAA
ACATGGTGAAGGTGATGTGGGGTTCCATTTTAGCTCTCGCTGCAGCGCTTCTCCTGGTGA
CGGTGGAAAACATTCCGATGGCAGAGGGAGTGACGTGCTCGCCGACGGAACTGACTTCAT
GTTCGTCGGCGTTTATGTCTGCTTCCCCGCCGTCGGCAACGTGCTGCGCCAAGCTGAGAG
AGCAGAAGCCATGCCTTTGTGGGTATCTGAGGAACCCTGCCCTTCGCCAATACGTTAACT
CTCCAAACGCCAAAAAAGTCGCCAGCAGTTGCAATGTTGCAACCCCAAACTGTTAATCAT
GATTATTTAGTGACAAGTTTCGCTGATCATGAGTGTTTAGTTTCTAGTTAAAATGGGTCT
GGTCCTCGACACTACTGTTTAGAATAATAGTGTGTGGTGATTATGATGATCATCATCATG
CTTTAATGTTATGTCATGTTATGCTACGTATGTTATGTTATGTATGTTTCTATCTTTTGA
AACATTTTCCAAATATGTTTACTCTGTCTCTGTGCTAATCCTACGTTTCAATTTCTAGCT
ATCAATTTTCACATCCAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS46TF U 1
AF RR3GS46JQ C 271
AF RR3FD14TF U 4
BS 1 537 RR3GS46TF
BS 538 623 RR3FD14TF

RD RR3GS46TF 537 0 0
GGAACATACAGATCACTGAAAGCAGAACAACCACAAAGACAGAGAATCAAAGAAGAAGAA
ACATGGTGAAGGTGATGTGGGGTTCCATTTTAGCTCTCGCTGCAGCGCTTCTCCTGGTGA
CGGTGGAAAACATTCCGATGGCAGAGGGAGTGACGTGCTCGCCGACGGAACTGACTTCAT
GTTCGTCGGCGTTTATGTCTGCTTCCCCGCCGTCGGCAACGTGCTGCGCCAAGCTGAGAG
AGCAGAAGCCATGCCTTTGTGGGTATCTGAGGAACCCTGCCCTTCGCCAATACGTTAACT
CTCCAAACGCCAAAAAAGTCGCCAGCAGTTGCAATGTTGCAACCCCAAACTGTTAATCAT
GATTATTTAGTGACAAGTTTCGCTGATCATGAGTGTTTAGTTTCTAGTTAAAATGGGTCT
GGTCCTCGACACTACTGTTTAGAATAATAGTGTGTGGTGATTATGATGATCATCATCATG
CTTTAATGTTATGTCATGTTATGCTACGTATGTTATGTTATGTATGTTTCTATCTTT

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR3GS46JQ 267 0 0
GGAACCCTGCCCTTCGCCAATACGTTAACTCTCCAAACGCCAAAAAAGTCGCCAGCAGTT
GCAATGTTGCAACCCCAAACTGTTAATCATGATTATTTAGTGACAAGTTTCGCTGATCAT
GAGTGTTTAGTTTCTAGTTAAAATGGGTCTGGTCCTCGACACTACTGTTTAGAATAATAG
TGTGTGGTGATTATGATGATCATCATCATGCTTTAATGTTATGTCATGTTATGCTACGTA
TGTTATGTTATGTATGTTTCTATCTTT

QA 1 267 1 267
DS 

RD RR3FD14TF 620 0 0
GG
ATACAGATCACTGAAAGCAGAACAACCACAAAGACAGAGAATCAAAGAAGAAGAAACATG
GTGAAGGTGATGTGGGGTTCCATTTTAGCTCTCGCTGCAGCGCTTCTCCTGGTGACGGTG
GAAAACATTCCGATGGCAGAGGTAGTGACGTGCTCGCCGACGGAACTGACTTCATGTTCG
TCGGCGTTTATGTCTGCTTCCCCGCCGTCGGCAACGTGCTGCGCCAAGTTGAGAGAGCAG
AAGCCATGCCTTTGTGGGTATCTGAGGAACCCTGCCCTTCGCCAATACGTTAACTCTCCA
AACGCCAAAAAAGTCGCCAGCAGTTGCAATGTTGCAACCCCAAACTGTTAATCATGATTA
TTTAGTGACAAGTTTCGCTGATCATGAGTGTTTAATTACTAGTTAAAATGGGTCAGGTCC
TCGACACTACTGTTTAGAATAATAGTGTGTGGTGATTATGATGATCATCATCATGCTTTA
ATGTTATGTCATGTTATGCTACGTATATTATGTTATGTATGTTTCTATCTTTTGAAACAT
TTTCCAAATATGTTTACTCTGTCTCTGTGCTAATCCTACGTTTCAATTTCTAGCTATCAA
TTTTCACATCCAAAAAAA

QA 3 620 3 620
DS 



AS 1 3

CO CL4017Contig1 643 3 4 U
GATCTTTGATTGCAGAGAGTCTTCTTCTACACAATCGATCTGTTACCAATTAGTTATCAG
AGAAAGCCATGACGGATACAACCGTTGCAGATGCTACGCCGTCTACTACTACCCTTTTCC
GTACTTGGTGGACAAACAAGAACTTACAATACGACTTGGTGATGAGTTTCATCCTCATAG
TCATCAACGTTGCAGCAATCCTGTATATAACACACCACAAGATTCCTTTTACCGCAAATA
ACTTATTTTTCCAGTTTTGCATTTTTTCGTACGGCTTTTCTGGCCTAGGGAGTTTCATGG
GTTGGTCCTGGGCAATTTGCATAGTCGAAGCTTATGACATGTACGTCTTTGGACGCACCT
GCCACATCTTTGGCTTCGCTGTTTTCCTCCACCTCCTCTATTTTATTTCTCCACGTCTGA
CCCTATGGATCGGTATACCATGTTCATTATGGTTCCTAGCCGCTTT*CATT*GAATCTCT
TTACACAGTTTTTCTAGCTCAGGTATTTGAAGATTTCCGAAATTGCTGGAAGTTTGTGAA
TACAGAACAAGTTAGAGTTGTTACAGTTTAGTTTTATATCATTAATAACTTCTTAGGTTT
TTCTTTTTAATTGTACAATCTAATAATATTAATTTGATTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FI23TF U 89
AF RR3FJ74TF U 1
AF RR3FI23JQ C 112
BS 1 351 RR3FJ74TF
BS 352 352 RR3FI23TF
BS 353 592 RR3FJ74TF
BS 593 643 RR3FI23JQ

RD RR3FI23TF 430 0 0
GGAC
GCTACGCCGTCTACTACTACCCTTTTCCGTACTTGGTGGACAAACAAGAACTTACAATAC
GACTTGGTGATGAGTTTCATCCTCATAGTCATCAACGTTGCAGCAATCCTGTATATAACA
CACCACAAGATTCCTTTTACCGCAAATAACTTATTTTTCCAGTTTTGCATTTTTTCGTAC
GGCTTTTCTGGCCTAGGGAGTTTCATGGGTTGGTCCTGGGCAATTTGCATAGTCGAAGCT
TATGACATGTACGTCTTTGGACGCACCTGCCACATCTTTGGCTTCGCTGTTTTCCTCCAC
CTCCTCTATTTTATTTCTCCACGTCTGACCCTATGGATCGGTATACCATGTTCATTATGG
TTCCTAGCCGCTTTTCATTTGAATCTCTTTACACAGTTTTTCTAGCTCAGGTATTTGAAG
ATTTCC

QA 5 430 5 430
DS 

RD RR3FJ74TF 592 0 0
GATCTTTGATTGCAGAGAGTCTTCTTCTACACAATCGATCTGTTACCAATTAGTTATCAG
AGAAAGCCATGACGGATACAACCGTTGCAGATGCTACGCCGTCTACTACTACCCTTTTCC
GTACTTGGTGGACAAACAAGAACTTACAATACGACTTGGTGATGAGTTTCATCCTCATAG
TCATCAACGTTGCAGCAATCCTGTATATAACACACCACAAGATTCCTTTTACCGCAAATA
ACTTATTTTTCCAGTTTTGCATTTTTTCGTACGGCTTTTCTGGCCTAGGGAGTTTCATGG
GTTGGTCCTGGGCAATTTGCATAGTCGAAGCTTATGACATGTACGTCTTTGAACGCACCT
GCCACATCTTTGGCTTCGCTGTTTTCCTCCACCTCCTCTATTTTATTTCTCCACGTCTGA
CCCTATGGATCGGTATACCATGTTCATTATGGTTCCTAGCCGCTTT*CATT*GAATCTCT
TTACACAGTTTTTCTAGCTCAGGTATTTGAAGATTTCCGAAATTGCTGGAAGTTTGTGAA
TACAGAACAAGTTAGAGTTGTTACAGTTTAGTTTTATATCATTAATAACTTC

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3FI23JQ 532 0 0
CCCTTTTCCGTACTTGGTGGACAAACAAGAACTTACAATACGACTTGGTGATGAGTTTCA
TCCTCATAGTCATCAACGTTGCAGCAATCCTGTATATAACACACCACAAGATTCCTTTTA
CCGCAAATAACTTATTTTTCCAGTTTTGCATTTTTTCGTACGGCTTTTTTGGCCTAGGGA
GTTTCATGGGTTGGTCCTGGGCAATTTGCATAGTCGAAGCTTATGACATGTACGTCTTTG
GACGCCCCTGCCACATCTTTGGCTTCGCTGTTTTCCTCCACCTCCTTTATTTTATTTCTC
CACGTCTGACCCTATGGATCGGTATACCATGTTCATTATGGTTCCTAGCCGCTTT*CATT
*GAATCTCTTTACACAGTTTTTCTAGCTCAGGTATTTGAAGATTTCCGAAATTGCTGGAA
GTTTGTGAATACAGAACAAGTTAGAGTTGTTACAGTTTAGTTTTATATCATTAATAACTT
CTTAGGTTTTTCTTTTTAATTGTACAATCTAATAATATTAATTTGATTTTGG

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 3

CO CL4018Contig1 808 3 2 U
GGAAAGGAGAATAGAATCATTCCCTTCCAATCTTCTTCTTCTTCCGCGTAGTTTCCCTGG
AAAAATCAATTTTCGTGGAGTCAGCTTCATCCCTTCTCTATTACTTAATTCTCTCGCTGC
CTGCTGTTGCTGTTCGTTTGCTTCATCTTTAATCGTTGACGATGTCGAAAGAGGGAGAGA
CGGTGATGGGAGTACCGTATTACGCGGGGCAGAACCCGTATCAGGCGGGGATTGTGCCGC
CGAACGCAATCTATGGAGATCCGATGGGTGCTCCGATCCATCAAACGTTTTACCGGGACA
CTCCTGCTCCTTTCAATTGCCTCTATTGCGGCAATACTGGTCTCACCCATATCAGATCAA
AACCCGGTGTAGCTGCTGTTGTTGCTTGCATGACTCCATTTATGCTTGGATTCTGTTTTC
TCTGCCCTTCAATGGATTGCCTCTGGAACAAACAGCATCATTGCCCTCAGTGTGGGAATA
AGGTTGCTGACTTTGAGAAATCAGATCCCTGTCTGGTGATGGATCCGCCACAGTGGACGC
AACCGAGCTTTGCACCCCCTGCATGATATAAGACTGCATTCTTTTTTTTCTTGTTAATAT
TACTTGTGAAGTTGAGACCTTGTGTTTGCACGTACCTACAAAAATTGAAGATTCTGAATA
AACCCTGTAAAATGTGTGAGAAAAGGAACATATACAATTGTCTGTATCGTCCAGTGATTC
GTGAATTGCACCGTTTAGTGTCTTGATTCTTATCCCTTCTTTGGATATGAAACACAGATT
CTTTAAGCAAAGACGTCTATTTCGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3ED02TF U 115
AF RR3BD83TF U 1
AF RR3ED02JQ C 310
BS 1 687 RR3BD83TF
BS 688 808 RR3ED02JQ

RD RR3ED02TF 262 0 0
G
GCTGCCTGCTGTTGCTGTTCGTTTGCTTCATCTTTAATCGTTGACGATGTCGAAAGAGGG
AGAGACGGTGATGGGAGTACCGTATTACGCGGGGCAGAACCCGTATCAGGCGGGGATTGT
GCCGCCGAACGCAATCTATGGAGATCCGATGGGTGCTCCGATCCATCAAACGTTTTACCG
GGACACTCCTGCTCCTTTCAATTGCCTCTATTGCGGCAATACTGGTCTCACCCATATCAG
ATCAAAACCCGGTGTAGCTGC

QA 2 262 2 262
DS 

RD RR3BD83TF 687 0 0
GGAAAGGAGAATAGAATCATTCCCTTCCAATCTTCTTCTTCTTCCGCGTAGTTTCCCTGG
AAAAATCAATTTTCGTGGAGTCAGCTTCATCCCTTCTCTATTACTTAATTCTCTCGCTGC
CTGCTGTTGCTGTTCGTTTGCTTCATCTTTAATCGTTGACGATGTCGAAAGAGGGAGAGA
CGGTGATGGGAGTACCGTATTACGCGGGGCAGAACCCGTATCAGGCGGGGATTGTGCCGC
CGAACGCAATCTATGGAGATCCGATGGGTGCTCCGATCCATCAAACGTTTTACCGGGACA
CTCCTGCTCCTTTCAATTGCCTCTATTGCGGCAATACTGGTCTCACCCATATCAGATCAA
AACCCGGTGTAGCTGCTGTTGTTGCTTGCATGACTCCATTTATGCTTGGATTCTGTTTTC
TCTGCCCTTCAATGGATTGCCTCTGGAACAAACAGCATCATTGCCCTCAGTGTGGGAATA
AGGTTGCTGACTTTGAGAAATCAGATCCCTGTCTGGTGATGGATCCGCCACAGTGGACGC
AACCGAGCTTTGCACCCCCTGCATGATATAAGACTGCATTCTTTTTTTTCTTGTTAATAT
TACTTGTGAAGTTGAGACCTTGTGTTTGCACGTACCTACAAAAATTGAAGATTCTGAATA
AACCCTGTAAAATGTGTGAGAAAAGGA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3ED02JQ 499 0 0
CTTTCAATTGCCTCTATTGCGGCAATACTGGTCTCACCCATATCAGATCAAAACCCGGTG
TAGCTGCTGTTGTTGCTTGCATGACTCCATTTATGCTTGGATTCTGTTTTCTCTGCCCTT
CAATGGATTGCCTCTGGAACAAACAGCATCATTGCCCTCAGTGTGGGAATAAGGTTGCTG
ACTTTGAGAAATCAGATCCCTGTCTGGTGATGGATCCGCCACAGTGGACGCAACCGAGCT
TTGCACTCCCTGCATGATATAAGACTGCATTCTTTTTTTTCTTGTTAATATTACTTGTGA
AGTTGAGACCTTGTGTTTGCACGTACCTACAAAAATTGAAGATTCTGAATAAACCCTGTA
AAATGTGTGAGAAAAGGAACATATACAATTGTCTGTATCGTCCAGTGATTCGTGAATTGC
ACCGTTTAGTGTCTTGATTCTTATCCCTTCTTTGGATATGAAACACAGATTCTTTAAGCA
AAGACGTCTATTTCGAACC

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 2

CO CL4019Contig1 548 2 1 U
GCACACGGAGGTGGTGCTTTCTCCGGAAAGGACCCGACCAAGGTTGACAGGAGTGGTGCT
TCATCGTGAGGCAAGCGGCTAAGAGTATTGTGGCCAGTGGGCTAGCTAGGCGTTGCATTG
TGCAGGTCTCGTACGCCATTGGTGTCCCTGAGCCGTTGTCTGTGTTTGTTGACAGCTACG
GAACAGGGAAGATACCAGACAAGGAGATTCTTGAGATTGTGAAGGAGAGTTTTGACTTCA
GGCCTGGGATGATCTCTATCAACTTGGATTTGAAGAGAGGTGGTAATGGTAGGTTCTTGA
AGACTGCTGCTTATGGTCATTTCGGAAGGGACGATGCTGACTTCACCTGGGAGGTTGTGA
AGCCACTCAAGTCTAACAAGGTCCAAGCTTGAAAAAAAACCTGAACCAGTTCTCATGTTT
TGTCTTATGTTTCAGCTCTAAGATTAATTATTAATTATTTTATCATTATGTTATTGTTGT
GGTGCCATAAGTTAAAAAAAAAATCATATTTTGTATTTCTTGTTTCTTTTCAGAAGAGAA
TTATATAA


BQ
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AF RR3BB08TF U 1
AF RR3BB08JQ C 37
BS 1 548 RR3BB08TF

RD RR3BB08TF 548 0 0
GCACACGGAGGTGGTGCTTTCTCCGGAAAGGACCCGACCAAGGTTGACAGGAGTGGTGCT
TCATCGTGAGGCAAGCGGCTAAGAGTATTGTGGCCAGTGGGCTAGCTAGGCGTTGCATTG
TGCAGGTCTCGTACGCCATTGGTGTCCCTGAGCCGTTGTCTGTGTTTGTTGACAGCTACG
GAACAGGGAAGATACCAGACAAGGAGATTCTTGAGATTGTGAAGGAGAGTTTTGACTTCA
GGCCTGGGATGATCTCTATCAACTTGGATTTGAAGAGAGGTGGTAATGGTAGGTTCTTGA
AGACTGCTGCTTATGGTCATTTCGGAAGGGACGATGCTGACTTCACCTGGGAGGTTGTGA
AGCCACTCAAGTCTAACAAGGTCCAAGCTTGAAAAAAAACCTGAACCAGTTCTCATGTTT
TGTCTTATGTTTCAGCTCTAAGATTAATTATTAATTATTTTATCATTATGTTATTGTTGT
GGTGCCATAAGTTAAAAAAAAAATCATATTTTGTATTTCTTGTTTCTTTTCAGAAGAGAA
TTATATAA

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3BB08JQ 512 0 0
ACCAAGGTTGACAGGAGTGGTGCTTCATCGTGAGGCAAGCGGCTAAGAGTATTGTGGCCA
GTGGGCTAGCTAGGCGTTGCATTGTGCAGGTTTCGTACGCCATTGGTGTCCCTGAGCCGT
TGTCTGTGTTTGTTGACAGCTACGGAACAGGGAAGATACCAGACAAGGAGATTCTTGAGA
TTGTGAAGGAGAGTTTTGACTTCAGGCCTGGGATGATCTCTATCAACTTGGATTTGAAGA
GAGGTGGTAATGGTAGGTTCTTGAAGACTGCTGCTTATGGTCATTTCGGAAGGGACGATG
CTGACTTCACCTGGGAGGTTGTGAAGCCACTCAAGTCTAACAAGGTCCAAGCTTGAAAAA
AAACCTGAACCAGTTCTCATGTTTTGTCTTATGTTTCAGCTCTAAGATTAATTATTAATT
ATTTTATCATTATGTTATTGTTGTGGTGCCATAAGTTAAAAAAAAAATCATATTTTGTAT
TTCTTGTTTCTTTTCAGAAGAGAATTATATAA

QA 1 512 1 512
DS 



AS 1 3

CO CL4020Contig1 820 3 5 U
GGGTGTACAGTGTAATCGTACCAGCACCACCCAATATAATCGAGCTGCAATAATTTTTTT
ATTATATATATTCATTCATTCCTCTGTATCACCACC*ATAAGATCATCTTCTTCTTCTTT
TGATTGAAAAAGGAGGATTCTTTACTACTACTCTCTACAGACTTGATCATATGGAAGATC
CAAAGGAGAACAAGAACTCGCCATGGCTATCAGTACCACAGTTTGGAGATTGGGATCAGA
AAGGAGGAACCATTCCTGATTACTCTATGGATTTCTCTAAGATCAGAGAGATGAGGAAAC
AGAACAAGAGAGATCCTTCTCGCGCCAGTCTTGGCAACGATGAAGAACTCGTTAATCCTT
TTCATAATCAACCTACTTCGGTTGATAATGCTAAGCCTAAGCTCACCACCGTTCACAGTG
ACAACAACAACAAAACCCACAATGACTTCTCTCATCACCAGCCACTTTCTCCATCTGCGA
GGAGAGGAATCTTCAGCTGCTTCAACTGCTGCGTTAAAGCTTGAAGGTGTATCTTATCAT
AGAGACCGATGAGAGGAGATGAATCTTCTTCAGCTGTTTCAGTTATTTTACAATAATAAT
AGTAGTGATGATGATTTCAAGACAGAAATTAAAAAATGGCAGTGTGGCAACTTATTACTA
CGGAAGCAGCAGTAAATCAAGTTTGTCTGCTGTTTACTGTTATCTTAAACTGTCTAACAA
TATGATGTTTTTGGTAAATGTGAAGTGTAGTTAGTTTTCTTTCTATTTCTTTGTAATTTT
TTAGTTTGGTTTAGAAATTGGTGAAGTTTCAATATTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C722TF U 1
AF RR3DI30JQ C 66
AF RR3DI30TF U 66
BS 1 88 RR3C722TF
BS 89 89 RR3DI30TF
BS 90 784 RR3C722TF
BS 785 811 RR3DI30TF
BS 812 820 RR3DI30JQ

RD RR3C722TF 784 0 0
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ATTATATATATTCATTCATTCCTCTGTACCACCACC*ATAAGATCATCTTCTTCTTCTTT
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CAAAGGAGAACAAGAACTCGCCATGGCTATCAGTACCACAGTTTGGAGATTGGGATCAGA
AAGGAGGAACCATTCCTGATTACTCTATGGATTTCTCTAAGATCAGAGAGATGAGGAAAC
AGAACAAGAGAGATCCTTCTCGCGCCAGTCTTGGCAACGATGAAGAACTCGTTAATCCTT
TTCATAATCAACCTACTTCGGTTGATAATGCTAAGCCTAAGCTCACCACCGTTCACAGTG
ACAACAACAACAAAACCCACAATGACTTCTCTCATCACCAGCCACTTTCTCCATCTGCGA
GGAGAGGAATCTTCAGCTGCTTCAACTGCTGCGTTAAAGCTTGAAGGTGTATCTTATCAT
AGAGACCGATGAGAGGAGATGAATCTTCTTCAGCTGTTTCAGTTATTTTACAATAATAAT
AGTAGTGATGATGATTTCAAGACAGAAATTAAAAAATGGCAGTGTGGCAACTTATTACTA
CGGAAGCAGCAGTAAATCAAGTTTGTCTGCTGTTTACTGTTATCTTAAACTGTCTAACAA
TATGATGTTTTTGGTAAATGTGAAGTGTAGTTAGTTTTCTTTCTATTTCTTTGTAATTTT
TTAG

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3DI30JQ 755 0 0
GG
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TCAACCTACTTCGGTTGATAATGCTAAGCCTAAGCTCACCACCGTTCACAGTGACAACAA
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AATCTTCAGCTGCTTCAACTGCTGCGTTAAAGCTTGAAGGTGTATCTTATCATAGAGACC
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GGTTTAGAAATTGGTGAAGTTTCAATATTGTGT

QA 3 755 3 755
DS 

RD RR3DI30TF 754 0 0
GG
ATATTCATTCATTCCTCTGTATCACCACC*ATAAGATCATCTTCTTCTTCTTTTGATTGA
AAAAGGAGGATTCTTTACTACTACTCTCTACAGACTTGATCATATGGAAGATCCAAAGGA
GAACAAGAACTCGCCATGGCTATCAGTACCACAGTTTGGAGATTGGGATCAGAAAGGAGG
AACCATTCCTGATTACTCTATGGATTTCTCTAAGATCAGAGAGATGAGGAAACAGAACAA
GAGAGATCCTTCTCGCGCCAGTCTTGGCAACGATGAAGAACTCGTTAATCCTTTTCATAA
TCAACCTACTTCGGTTGATAATGCTAAGCCTAAGCTCACCACCGTTCACAGTGACAACAA
CAACAAAACCCACAATGACTTCTCTCATCACCAGCCACTTTCTCCATCTGCGAGGAGAGG
AATCTTCAGCTGCTTCAACTGCTGCGTTAAAGCTTGAAGGTGTATCTTATCATAGAGACC
GATGAGAGGAGATGAATCTTCTTCAGCTGTTTCAGTTATTTTACAATAATAATAGTAGTG
ATGATGATTTCAAGACAGAAATTAAAAAATGGCAGTGTGGCAACTTATTACTACGGAAGC
AGCAGTAAATCAAGTGTGTCTGCTGTTTACTGTTATCTTAAACTGTCTAACAATATGATG
TTTTTGGTAAATGTGAAGTGTAGTTAGTTTTCTTTCTATTTCTTTGTAATTTTTTAGTTT
GGTTTAGAAATTGGTGAAGTTTCA
TATTGTGT

QA 3 746 3 746
DS 



AS 1 3

CO CL4021Contig1 1089 3 4 U
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CTCCTCTCTGTTTTTAGGGTTTTCTTAAAAACGGAGAAAGATGTTCAGAAGAGGACCTTC
GAGTAAGAGCGACAACACCAAGTTCTACGAGATCCTCGGCGTCCCCAAGACCGCCTCACC
TGAAGATCTCAAAAAGGCTTACAAGAAAGCCGCCATCAAAAACCATCCCGACAAGGGTGG
AGATCCCGAGAAGTTCAAGGAGCTAGCTCAGGCTTATGAAGTTCTAAGCGATCCAGAGAA
GCGTGAGATCTACGATCAGTATGGTGAGGACGCGCTCAAGGAAGGAATGAGCGGTGGAGG
CGGTGGTCACGACCCCTTTGATATCTTCTCCTCCTTCTTTGGTGGTGGTGGTGGTGGACA
CCCTTTCGGAGGTGGTAGTAGCCGTGGAAGGAGGCAGAGGCGTGGTGAAGATGTTGTTCA
CCCTCTGAAGGTTTCTCTAGAGGATCTTTATCTTGGGACAACGAAGAAGCTTTCGCTTTC
TAGGAAGGCTTTGTGCTCAAAGTGTAACGGAAAGGGTTCGAAGTCTGGAGCTTCGATGAC
GTGCGGTGGATGCCAGGGATCGGGAATGAAGGTGTCGATCAGGCAGATCGGACCTGGGAT
GATTCAGCAGATGCAGCATCCTTGTCATGACTGCAAGGGCACAGGAGAGACCATCAACGA
TCGTGGTAGGTGCACAGTGCAAAGGAGAGAAGGTTGTTTCCGAGAAGAAGGTGCTTGAAG
TAGCTGTGAAGAAGGCTCGTGCTCAGAGAGAGGCTTATGATGATGACGACGATGATGAAG
AAGGTCCAGGCTGTGCTCAGCGTGTGCAATGTGCCCAGCAGTGAGATATCCAAATGCTGC
TGGTTACGATTTTTTTTAATAGACTTTTGCCGGTTTTGTGGCAAGAAACTCGTGTCCTTA
TTCAAAATGCTGGTCAAGATCTTTTGTTTTTTGTTTTTGGTTTTTTTTTTTTTCAGAATA
AACTTTTACTACTAGTTGTCGAGATCTTGTCATTACCGCCAAGAATTCAATGGATCTAGT
TTCGTGTTG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D894TF U 2
AF RR3GV23TF U 1
AF RR3GV23JQ C 350
BS 1 349 RR3GV23TF
BS 350 350 RR3D894TF
BS 351 564 RR3GV23TF
BS 565 1089 RR3GV23JQ

RD RR3D894TF 406 0 0
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TCCTCTCTGTTTTTAGGGTTTTCTTAAAAACGGAGAAAGATGTTCAGAAGAGGACCTTCG
AGTAAGAGCGACAACACCGAGTTCTACGAGATCCTCGGCGTTCCCAAGACCGCCTCACCT
GAAGATCTCAAAAAGGCTTACAAGAAAGCCGCCATCAAAAACCATCCCGACAAGGGTGGA
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GGTGGTCACGACCCCTTTGATATCTTCTCTTCCTTCTTTGGTGGTG

QA 1 406 1 406
DS 

RD RR3GV23TF 564 0 0
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CTCCTCTCTGTTTTTAGGGTTTTCTTAAAAACGGAGAAAGATGTTCAGAAGAGGACCTTC
GAGTAAGAGCGACAACACCAAGTTCTACGAGATCCTCGGCGTCCCCAAGACCGCCTCACC
TGAAGATCTCAAAAAGGCTTACAAGAAAGCCGCCATCAAAAACCATCCCGACAAGGGTGG
AGATCCCGAGAAGTTCAAGGAGCTAGCTCAGGCTTATGAAGTTCTAAGCGATCCAGAGAA
GCGTGAGATCTACGATCAGTATGGTGAGGACGCGCTCAAGGAAGGAATGGGCGGTGGAGG
CGGTGGTCACGACCCCTTTGATATCTTCTCCTCCTTCTTTGGTGGTGGTGGTGGTGGACA
CCCTTTCGGAGGTGGTAGTAGCCGTGGAAGGAGGCAGAGGCGTGGTGAAGATGTTGTTCA
CCCTCTGAAGGTTTCTCTAGAGGATCTTTATCTTGGGACAACGAAGAAGCTTTCGCTTTC
TAGGAAGGCTTTGTGCTCAAAGTG

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3GV23JQ 740 0 0
G
GCGGTGGAGGCGGTGGTCACGACCCCTTTGATATCTTCTCCTCCTTCTTTGGTGGTGGTG
GTGGTGGACACCCTTTCGGAGGTGGTAGTAGCCGTGGAAGGAGGCAGAGGCGTGGTGAAG
ATGTTGTTCACCCTCTGAAGGTTTCTCTAGAGGATCTTTATCTTGGGACAACGAAGAAGC
TTTCGCTTTCTAGGAAGGCTTTGTGCTCAAAGTGTAACGGAAAGGGTTCGAAGTCTGGAG
CTTCGATGACGTGCGGTGGATGCCAGGGATCGGGAATGAAGGTGTCGATCAGGCAGATCG
GACCTGGGATGATTCAGCAGATGCAGCATCCTTGTCATGACTGCAAGGGCACAGGAGAGA
CCATCAACGATCGTGGTAGGTGCACAGTGCAAAGGAGAGAAGGTTGTTTCCGAGAAGAAG
GTGCTTGAAGTAGCTGTGAAGAAGGCTCGTGCTCAGAGAGAGGCTTATGATGATGACGAC
GATGATGAAGAAGGTCCAGGCTGTGCTCAGCGTGTGCAATGTGCCCAGCAGTGAGATATC
CAAATGCTGCTGGTTACGATTTTTTTTAATAGACTTTTGCCGGTTTTGTGGCAAGAAACT
CGTGTCCTTATTCAAAATGCTGGTCAAGATCTTTTGTTTTTTGTTTTTGGTTTTTTTTTT
TTTCAGAATAAACTTTTACTACTAGTTGTCGAGATCTTGTCATTACCGCCAAGAATTCAA
TGGATCTAGTTTCGTGTTG

QA 2 740 2 740
DS 



AS 1 3

CO CL4022Contig1 691 3 1 U
GGACCGTCTCTAAACGTGTAAGCTTTCGGTATGTCGTACCTTCGCCGAAATGCGAGGATC
GAGGGATCCGTAAGCCGCATGGCGTTGCTTTTTGGAAGCTCTGACTCAATGCAGGGCAGA
A*CAGGTCGGTAGTTTTTGGCCCGCTTCCAACTCGTCCACACGATGCTATAAGAACTGCA
TTAAGACGTATGCACCCTAAGCGTCGCCCGTTTACCAATCGAATGAGGATTATTCTCAGG
CGGCGTATGGAAGGCTTAGAGCCTTTACCATCCGACTTTGAAACTGAAACTGAAACTGAG
GAAAAGTTGTCTCTCGAGGCTACTACCTCCACGACGCTTCCTTCATCAATCGTGCAAGAA
CAAGAACAAGATCTGCAAGCAGATGCTCCTCCGCTCAAGCTGGAAGATGTGATTCCTCCT
CCTACACAAGCTTCTTCTTCTGGAAAAAAGAAGAAAAGAAACAAGAAGAAGAAGAAGCTC
GTCAGCAAAACCACACCACCACCTAACTAAGGCTGCCTCTTTTCATTTCCTAGCTTTGAA
TCTTTGTACTTCTCTAGCCTATAATAAACTCGTATCTTTTCTTTATTCAACTCCTGCTTG
CCCCAGTTTGCAACAAGCTCCGCCCTTTACTAATACCATCGCCATTTAGTTTGTATTCCA
TTACTTAACTATAAACAAGCAAACAATTACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3AP05TF U 1
AF RR3EQ20TF U 1
AF RR3AP05JQ C 44
BS 1 691 RR3AP05TF

RD RR3AP05TF 691 0 0
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GAGGGATCCGTAAGCCGCATGGCGTTGCTTTTTGGAAGCTCTGACTCAATGCAGGGCAGA
A*CAGGTCGGTAGTTTTTGGCCCGCTTCCAACTCGTCCACACGATGCTATAAGAACTGCA
TTAAGACGTATGCACCCTAAGCGTCGCCCGTTTACCAATCGAATGAGGATTATTCTCAGG
CGGCGTATGGAAGGCTTAGAGCCTTTACCATCCGACTTTGAAACTGAAACTGAAACTGAG
GAAAAGTTGTCTCTCGAGGCTACTACCTCCACGACGCTTCCTTCATCAATCGTGCAAGAA
CAAGAACAAGATCTGCAAGCAGATGCTCCTCCGCTCAAGCTGGAAGATGTGATTCCTCCT
CCTACACAAGCTTCTTCTTCTGGAAAAAAGAAGAAAAGAAACAAGAAGAAGAAGAAGCTC
GTCAGCAAAACCACACCACCACCTAACTAAGGCTGCCTCTTTTCATTTCCTAGCTTTGAA
TCTTTGTACTTCTCTAGCCTATAATAAACTCGTATCTTTTCTTTATTCAACTCCTGCTTG
CCCCAGTTTGCAACAAGCTCCGCCCTTTACTAATACCATCGCCATTTAGTTTGTATTCCA
TTACTTAACTATAAACAAGCAAACAATTACC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3EQ20TF 683 0 0
GGACCGTCTCTAAACGTGTAAGCTTTCGGTATGTCGTACCTTCGCCGAAATGCGAGGATC
GAGGGATCCGTAAGCCGCATGGCGTTGCTTTTTGGAAGCTCTGACTCAATGCAGGGCAGA
AGCAGGTCGGTAGTTTTTGGCCCGCTTCCAACTCGTCCACACGATGCTATAAGAACTGCA
TTAAGACGTATGCACCCTAAGCGTCGCCCGTTTACCAATCGAATGAGGATTATTCTCAGG
CGGCGTATGGAAGGCTTAGAGCCTTTACCATCCGACTTTGAAACTGAAACTGAAACTGAG
GAAAAGTTGTCTCTCGAGGCTACTACCTCCACGACGCTTCCTTCATCAAGCGTGCAAGAA
CAAGAACAAGATCTGCAAGCAGATGCTCCTCCGCTCAAGCTGGAAGATGTGATTCCTCCT
CCTACACAAGCTTCTTCTTCTAGAAAAAAGAAGAAAAGAAACAAGAAGAAGAAGAAGCTC
GTCAGCAAAACCACGCCACCACCTAACTAAGGCTGCCTCTTTTCATTTCCTAGCTTTGAA
TCTTTGTACTTCTCTAGCCTATAATAAACTCGTATCTTTTCTTTATTCAACCCCTGCTTG
CCCCAGTTTGCAACAAGCTCCGCCCTTTACTAATACCATCGCCATTTAGTTTGTATTCCA
TTACTTAACTATAAACA
GCAAAC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3AP05JQ 648 0 0
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ACTCAATGCAGGGCAGAA*CAGGTCGGTAGTTTTTGGCCCGCTTCCAACTCGTCCACACG
ATGCTATAAGAACTGCATTAAGACGTATGCACCCTAAGCGTCGCCCGTTTACCAATCGAA
TGAGGATTATTCTCAGGCGGCGTATGGAAGGCTTAGAGCCTTTACCATCCGACTTTGAAA
CTGAAACTGAAACTGAGGAAAAGTTGTCTCTCGAGGCTACTACCTCCACGACGCTTCCTT
CATCAATCGTGCAAGAACAAGAACAAGATCTGCAAGCAGATGCTCCTCCGCTCAAGCTGG
AAGATGTGATTCCTCCTCCTACACAAGCTTCTTCTTCTGGAAAAAAGAAGAAAAGAAACA
AGAAGAAGAAGAAGCTCGTCAGCAAAACCACACCACCACCTAACTAAGGCTGCCTCTTTT
CATTTCCTAGCTTTGAATCTTTGTACTTCTCTAGCCTATAATAAACTCGTATCTTTTCTT
TATTCAACTCCTGCTTGCCCCAGTTTGCAACAAGCTCCGCCCTTTACTAATACCATCGCC
ATTTAGTTTGTATTCCATTACTTAACTATAAACAAGCAAACAATTACC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL4023Contig1 534 2 3 U
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GCACCGGCGGTGGTTGCATGGACAAGAGCGGGAGTCGCGTTCAAATCCGGGCAGTCACAG
AGGAAAACGGAGATGAAAATTTCGTACGTGAGAGGACTAAATTCTTACGGTGGTCTCAAG
GCACAGAACAACAAGGTTGTCTCCATGGGATTACCGCTCTGCACCGAACAGTGCTTTGCC
AATGTCGTGAGGTCTCTCAAAGGGCGAACAAGTGGAAGTGGAGGAGCCTTAACCTCAACT
TGTAACGCAGTCGGAGAGATCTTCAAGATTGCAGCAATCATGAACGCTCTTGCTCTTGTT
GGCGTTGCGGTTGGATTCGTTCTCCTTCGAATCGAAGCTTCTGTTGAGGAAGCTGAGTAA
ATAGATTGAACAATCCTTTTCTTTATATTAATATATATTTGTTATTGTTGTTGTCAAGCT
TCTGGATGCATATGAGACATTTGTTTTATGAAGCTCTTTTGTTCTTACTGATCT


BQ
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AF RR3H765JQ C 1
AF RR3H765TF U 1
BS 1 5 RR3H765JQ
BS 6 529 RR3H765TF
BS 530 534 RR3H765JQ

RD RR3H765JQ 534 0 0
GCCACTTCTGTTGCATCCTTCAACCTTACTCATAGCAAAAAGGAAATGGCTACAGCAGCG
GCACCGGCGGTGGTTGCATGGACAAGAGCGGGAGTCGCGTTCAAATCCGGGCAGTCACAG
AGGAAAACGGAGATGAAAATTTCGTACGTGAGAGGACTAAATTCTTACGGTGGTCTCAAG
GCACAGAACAACAAGGTTGTCTCCATGGGATTACCGCTCTGCACCGAACAGTGCTTTGCC
AATGTCGTGAGGTCTCTCAAAGGGCGAACAAGTGGAAGTGGAGGAGCCTTAACCTCAACT
TGTAACGCAGTCGGAGAGATCTTCAAGATTGCAGCAATCATGAACGCTCTTGCTCTTGTT
GGCGTTGCGGTTGGATTCGTTCTCCTTCGAATCGAAGCTTCTGTTGAGGAAGCTGAGTAA
ATAGATTGAACAATCCTTTTCTTTATATTAATATATATTTGTTATTGTTGTTGTCAAGCT
TCTGGATGCATATGAGACATTTGTTTTATGAAGCTCTTTTGTTCTTACTGATCT

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR3H765TF 534 0 0
GCCAC
TTCTGTTGCATCCTTCAACCTTACTCATAGCAAAAAGGAAATGGCTACAGCAGCGGCACC
GGCGGTGGTTGCATGGACAAGAGCGGGAGTCGCGTTCAAATCCGGGCAGTCACAGAGGAA
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GAACAACAAGGTTGTCTCCATGGGATTACCGCTCTGCACCGAACAGTGCTTTGCCAATGT
CGTGAGGTCTCTCAAAGGGCGAACAAGTGGAAGTGGAGGAGCCTTAACCTCAACTTGTAA
CGCAGTCGGAGAGATCTTCAAGATTGCAGCAATCATGAACGCTCTTGCTCTTGTTGGCGT
TGCGGTTGGATTCGTTCTCCTTCGAATCGAAGCTTCTGTTGAGGAAGCTGAGTAAATAGA
TTGAACAATCCTTTTCTTTATATTAATATATATTTGTTATTGTTGTTGTCAAGCTTCTGG
ATGCATATGAGACATTTGTTTTATGAAGCTCTTTTGTTCTTACT
GATCT

QA 6 529 6 529
DS 



AS 1 3

CO CL4024Contig1 883 3 9 U
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GAGAAAAGATGGATTCGGAGAAATCGGTGGTGGACGAGCTGCCGCTAGCTATCGTGCGGC
GGGTGGTGAAAGAGAAGCTTTCGGAGTGTTCGCCGGATTATGACGTGAGCATTCACAAGG
AAGCGCTGCTTGCTTTCTCCGAGAGTGCCCGGATCTTCATCCACTACCTCTCCGCCACTG
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CATTAGAAGACATGGAATTTTCAGAATTTTTGGAGCCGCTTAAAGCTTCTCTTGAAGATT
TTAAGAAGAAGAACGCTGGGAAAAAGGCTGCTGGTGGTGGTGGTGGTGGAGCAGCAGGAG
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AGGGCGTGACAAAAAGCAAAAGAGATGAGGGAGATTTGGAGAAGAATGTTGAGGATGAGA
ACACGAAAGACAATGAGGATGATAATACCGAAGAGAATGGGAATGATGATGATGAGGAGG
AGGATGCTGCTGACGGGAATGAGGAAAACAGCATGGAAGAGAATGGGAATGAGGACAATA
GCATGGAAGAAGAAGCTGGGAGTGGGAGTGGTGAAGATGATGAGAACGGAGGTACTGGCG
AAGAGGAGGATGAGTGAACTGAATTGGAGAGGCCTTTTCATATTCTTTTCTGCAAAAAGA
TGTTTTCAGGCTAATGTTCTCTCATTATAGTGCTAAAAATCGATTAGCTTGTTAAGCTTG
AGTAGCACTGTTGTAGTTGTTGGCATGTCCATGTCGTAGACTC


BQ
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AF RR3FD31TF U 1
AF RR3E107TF U 30
AF RR3E107JQ C 154
BS 1 174 RR3FD31TF
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GAGAAAAGATGGATTCGGAGAAATCGGTGGTGGACGAGCTGCCGCTAGCTATCGTGCGGC
GGGTGGTGAAAGAGAAGCTTTCGGAGTGTTCGCCGGATTATGACGTGAGCATTCGCAAGG
AAGCGCTGCTTGCTTTCTCCGAGAGTGCCCGGATCTTCATCCACTACCTCTCCGCCACTG
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CATTAGAAGACATGGAATTTTCAGAATTTTTGGAGCCGCTTAAAGCTTCTCTTGAAGATT
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CAGCTTCGAAGCCCAAAGAGACGAAAAAGAGGAAACATGAAGAAGAAGCATCAACGCAGA
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AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAAAAGATGGATTCGGAGAAATCGGTGGTGGAC
GAGCTGCCGCTAGCTATCGTGCGGCGGGTGGTGAAAGAGAAGCTTTCGGAGTGTTCGCCG
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ATGAAAGCTGAGGATGTGTTTAAGGCATTAGAAGACATGGAATTTTCAGAATTTTTGGAG
CCGCTTAAAGCTTCTCTTGAAGATTTTAAGAAGAAGAACGCTGGGAAAAAGGCTGCTGGT
GGTGGTGGTGGTGGAGCAGCAGGAGCAGCTTCGAAGCCCAAAGAGACGAAAAAGATGAAA
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AATGGGAATGATGATGATGAGGAGGAGGATGCTGCTGACGGGAATGAGGAAAACAGCATG
GAAGAGAATGGGAATGAGGACAATAGCATGGAAGA

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DS 

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TCTTCATCCACTACCTCTCCGCCACTGCAAATGATGTATGTAAAGATTCAAGAAGACAGA
CGATGAAAGCTGAGGATGTGTTTAAGGCATTAGAAGACATGGAATTTTCAGAATTTTTGG
AGCCGCTTAAAGCTTCTCTTGAAGATTTTAAGAAGAAGAACGCTGGGAAAAAGGCTGCTG
GTGGTGGTGGTGGTGGAGCAGCAGGAGCAGCTTCGAAGCCCAAAGAGACGAAAAAGATGA
AACATGAAGAAGAAGCATCAACGCAGAAGGGCGTGACAAAAAGCAAAAGAGATGAGGGAG
ATTTGGAGAAGAATGTTGAGGATGAGAACACGAAAGACAATGAGGATGATAATACCGAAG
AGAATGGGAATGATGATGATGAGGAGGAGGATGCTGCTGACGGGAATGAGGAAAACAGCA
TGGAAGAGAATGGGAATGAGGACAATAGCATGGAAGAAGAAGCTGGGAGTGGGAGTGGTG
AAGATGATGAGAACGGAGGTACTGGCGAAGAGGAGGATGAGTGAACTGAATTGGAGAGGC
CTTTTCATATTCTTTTCTGCAAAAAGATGTTTTCAGGCTAATGTTCTCTCATTATAGTGC
TAAAAATCGATTAGCTTGTTAAGCTTGAGTAGCACTGTTGTAGTTGTTGGCATGTCCATG
TCGTAGACTC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 3

CO CL4025Contig1 1193 3 9 U
GTGTAAAGAGGATCTAAGTGTGTTTGAAAAAACAATAGGATCTGCTCTGTTTGGTCTTTT
GTATTTAACTATTGGATTTGAATAGCATTGAAATGCTTATGATGTTATTTTGGTATGTGA
GAGAGCTAAAAAGGTTTCAAATGCTTTGCCTTTGGTTGTGAGAAAAAATGCTAATGGCGG
GAACTGAGGTCGCGGTTGTTGAAGTACAAGTGGCCTTGTAGATCAGGTGCAGAGACGAGG
AGAGGAGTGAAGCCTTCGTAGTCTCCGTTGGTTTTAGCAGAAAAGATGTCTGTCATGTAC
CTTAACAGCTCATGGTTCTGTACGAATGGTTGCTTCTTGTATTCCTCCCATGGCATCCAC
TGAGCTGCCTCTATCTCAGACTCCTGTGCATTGATCTCCAAAGAAAGAGGCTTCATCATG
CAGACGAAGAACAAATCTGACTTTTCAAAGAAAGCTTTGTGGGTCTGTCTGAAAGCCAAT
ACTTGGACAAACTCTGTATCCACTCCTGTCTCTTCTTTCACCTCTCTGACCGAGCCATCA
TGGATGTACTCTCCCTCATTGACTACTCCGGTTGGGAACTTCCAGATACCTTGTCCTTTA
AATCTTCCTGTCTTCTCTTGAACAACAAGCACCTCTTTCTTGTGGTTGATGACAAAGGCA
GCTATGCCAACACGGTGAGAGGCATTGGAAGGAAGGGTATGGTCTTGTTTTGGAATCCAA
TACACAAGCATCAAGTGGTTTTGCTCCGCGTGATGGAACCAGAATCCCTCCTTCACAGCA
GTTTCAGCAAGACCAATAAGCTGCCTAGGCAATTTGATCCACACTCCCTTCTTTCCCTGA
AGAGTCCAGGTGGAGAGAGAGGAACGGAGAAGAGCAGAGAAGGCAGAAGGATCCATGGGA
CGACTCATCTCAGCCATCACGCCACCGTACTTGTCTTCAACAGCCGGAAGCAGCGTAACG
CCGCCGCCGTTTGCCTCCTCTCCTCCAGCCATCGGATCCGTTGAGGAGGAGGAGGAAGCG
GACATGATTCTGTTCCTCGCCGTGTTGCAACTGCGAAACGCGGAAGAGAACCCATCAGCC
GGATAACAACGGAGAAACTTTGAAGTTTAAAAGAAGATTAAGGTCAAAAGAGTGTATGAC
ACGGTTGATTAGAAGACTCCGATCAATGCTATAAGGCCAGTTATATGATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FM11JQ U 1
AF RR3B323JQ U 60
AF RR3B323TF C 354
BS 1 129 RR3FM11JQ
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BS 581 804 RR3B323JQ
BS 805 1193 RR3B323TF

RD RR3FM11JQ 580 0 0
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GTATTTAACTATTGGATTTGAATAGCATTGAAATGCTTATGATGTTATTTTGGTATGTGA
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CTTAACAGCTCATGGTTCTGTACGAATGGTTGCTTCTTGTATTCCTCCCATGGCATCCAC
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TGGATGTACTCTCCCTCATTGACTACTCCGGTTGGGAACT

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3B323JQ 745 0 0
A
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GAGAGCTAAAAAGGTTTCAAATGCTTTGCCTTTGGTTGTGAGAAAAAATGCTAATGGCGG
GAACTGAGGTCGCGGTTGTTGAAGTACAAGTGGCCTTGTAGATCAGGTGCAGAGACGAGG
AGAGGAGTGAAGCCTTCGTAGTCTCCGTTGGTTTTAGCAGAGCAGATGTCTGTCATGTAC
CTTAACAGCTCATGGTTCTGTACGAATGGTTGCTTCTTGTATTCCTCCCATGGCATCCAC
TGAGCTGCCTCTATCTCAAACTCCTGTGCATTGATCTCCAAAGAAAGAGGCTTCATCATG
CAGACGAAGAACAAATCTGACTTTTCAAAGAAAGCTTTGTGGGTCTGTCTGAAAGCCAAT
ACTTGGACAAACTCTGTATCCACTCCTGTCTCTTCTTTCACCTCTCTGACCGAGCCATCA
TGGATGTACTCTCCCTCATTGACTACTCCGGTTGGGAACTTCCAGATACCTTGTCCTTTA
AATCTTCCTGTCTTCTCTTGAACAACAAGCACCTCTTTCTTGTGGTTGATGACAAAGGCA
GCTATGCCAACACGGTGAGAGGCATTGGAAGGAAGGGTATGGTCTTGTTTTGGAATCCAA
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GTTTCAGCAAGACCAATAAGCTGC

QA 2 745 2 745
DS 

RD RR3B323TF 840 0 0
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CATCATGCAGACGAAGAACAAATCTGACTTTTCAAAGAAAGCTTTGTGGGTCTGTCTGAA
AGCCAATACTTGGACAAACTCTGTATCCACTCCTGTCTCTTCTTTCACCTCTCTGACCGA
GCCATCATGGATGTACTCTCCCTCATTGACTACTCCGGTTGGGAACTTCCAGATACCTTG
TCCTTTAAATCTTCCTGTCTTCTCTTGAACAACAAGCACCTCTTTCTTGTGGTTGATGAC
AAAGGCAGCTATGCCAACACGGTGAGAGGCATTGGAAGGAAGGGTATGGTCTTGTTTTGG
AATCCAATACACAAGCATCAAGTGGTTTTGCTCCGCGTGATGGAACCAGAATCCCTCCTT
CACAGCAGTTTCAGCAAGACCAATAAGCTGCCTAGGCAATTTGATCCACACTCCCTTCTT
TCCCTGAAGAGTCCAGGTGGAGAGAGAGGAACGGAGAAGAGCAGAGAAGGCAGAAGGATC
CATGGGACGACTCATCTCAGCCATCACGCCACCGTACTTGTCTTCAACAGCCGGAAGCAG
CGTAACGCCGCCGCCGTTTGCCTCCTCTCCTCCAGCCATCGGATCCGTTGAGGAGGAGGA
GGAAGCGGACATGATTCTGTTCCTCGCCGTGTTGCAACTGCGAAACGCGGAAGAGAACCC
ATCAGCCGGATAACAACGGAGAAACTTTGAAGTTTAAAAGAAGATTAAGGTCAAAAGAGT
GTATGACACGGTTGATTAGAAGACTCCGATCAATGCTATAAGGCCAGTTATATGATATCC

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 3

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TCAGGCTCCGGAGAACGAGGTCTGTTCGATATGCCATGGAAATTTCAGTGCTCCTTGCCA
AGCCAATTGCTCCCACTGGTTCTGCGGAAATTGCATTATGCTTGTGTGGAGACATGGTTC
TACATTACGCCCATGCAAATGTCCCTTGTGCCGTCGTCCTATTACTTTGCTTGTTCCTTC
TGAGGATACATCGAGAGTGAGAGATGACCCTACAGTTTTAGAGGTTCTTCGCGATGTTCA
AACTTACAACCGAGTCTTTGGTGGACAGTCAACTGGTTTGTTTCAGAGGATTCAAGACCT
TCCCTTCTTACTCCGAAGGCTATTAAGAGAAATTATGGATCCACAAAGAACGCTTCCATT
CGTTATCAAAGCTCGTGTTTACATTTCGTTGATACTCAGTGTGATTTACATAATCAGCCC
AATAGATATGATTCCGGAAGCATTATTTGGGATTATTGGTTTGCTGGATGATGTAATCAT
AGCCCTGATTTTTCTTCTCCATGTTGCTGCTCTCTACCGATCCGTTCTCTATTCCCGTCA
TGGTGGTTCTGCTTCATGAATCTCTCTCAAGTGGCATGTGTTACTTTTTCTTGTTATGTA
CTGTTACAAAACTACATAAAACACAAGCATTGCTTTCATTTTGGCAGCAGAAAGTATTGA
ATTTCTTGAGTAGAAAGAAAATATATATAGACTTTTC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN77TF U 1
AF RR3EN77JQ C 4
AF RR3DB79TF U 34
BS 1 425 RR3EN77TF
BS 426 472 RR3DB79TF
BS 473 473 RR3EN77JQ
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BS 506 530 RR3DB79TF
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BS 532 615 RR3DB79TF
BS 616 616 RR3EN77JQ
BS 617 684 RR3DB79TF
BS 685 685 RR3EN77JQ
BS 686 757 RR3DB79TF

RD RR3EN77TF 425 0 0
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TCAGGCTCCGGAGAACGAGGTCTGTTCGATATGCCATGGAAATTTCAGTGCTCCTTGCCA
AGCCAATTGCTCCCACTGGTTCTGCGGAAATTGCATTATGCTTGTGTGGAGACATGGTTC
TACATTACGCCCATGCAAATGTCCCTTGTGCCGTCGTCCTATTACTTTGCTTGTTCCTTC
TGAGGATACATCGAGAGTGAGAGATGACCCTACAGTTTTAGAGGTTCTTCGCGATGTTCA
AACTTACAACCGAGTCTTTGGTGGACAGTCAACTGGTTTGTTTCAGAGGATTCAAGACCT
TCCCTTCTTACTCCGAAGGCTATTAAGAGAAATTATGGATCCACAAAGAACGCTTCCATT
CGTTA

QA 1 425 1 425
DS 

RD RR3EN77JQ 728 0 0
TATAGCGATCGAAGAAGAACGAGCAGACAGAGAAGTAGAGAGGAGGAAGAAGATGAATCA
GGCTCCGGAGAACGAGGTCTGTTCGATATGCCATGGAAATTTCAGTGCTCCTTGCCAAGC
CAATTGCTCCCACTGGTTCTGCGGAAATTGCATTATGCTTGTGTGGAGACATGGTTCTAC
ATTACGCCCATGCAAATGTCCCTTGTGCCGTCGTCCTATTACTTTGCTTGTTCCTTCTGA
GGATACATCGAGAGTGAGAGATGACCCTACAGTTTTAGAGGTTCTTCGCGATGTTCAAAC
TTACAACCGAGTCTTTGGTGGACAGTCAACTGGTTTGTTTCAGAGGATTCAAGACCTTCC
CTTCTTACTCCGAAGGCTATTAAGAGAAATTATGGATCCACAAAGAACGCTTCCATTCGT
TATCAAAGCTCGTGTTTACATTTCGTTGATACTCAGTGTGATTTACATAATCAGCCCAAT
AGATATGATTCCGGAAGCATTATTTGGGATTATTGGTTTGCTGGATGATGTAATCATAGC
CCTGATTTTTCTTCTCCATGTTGCTGCTCTCTACCGATCCGTTCTCTATTCCCGTCATGG
TGGTTCTGCTTCATGAATCTCTCTCAAGTGGCATGTGTTACTTTTTTTTGTTATGTACTG
TTACAAAACTACATAAAACACAAGCATTGCTTTCATTTTGGCAGCAGAAAGTATTGAATT
TCTTGAGT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3DB79TF 724 0 0
G
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CATGGAAATTTCAGTGCTCCTTGCCAAGCCAATTGCTCCCACTGGTTCTGCGGAAATTGC
ATTATGCTTGTGTGGAGACATGGATCTACATTACGCCCATGCAAATGTCCCTTGTGCCGT
CGTCCTATTACTTTGCTCGTTCCTTCTGAGGATACATCGAGAGTGAGAGATGACCCTACA
GTTTTAGAGGTTCTTCGCGATGTTCAAACTTACAACCGAGTCTTTGGTGGACAGTCAACT
GGTTTGTTTCAGAGGATACAAGACCTTCCCTTCTTACTCCGAAGGCTATTAAGAGAAATT
ATGGATCCACAAAGAACGCTTCCATTTGTTATCAAAGCTCGTGTTTACATTTCGTTGATA
CTCAGTGTGATTTACATAGTGAGCCCAATAGATATGATTCCGGAAGCATTCTTTGGGATT
ATTGGTTTGCTGGATGCTGTAATCATAGCCCTGATTTTTCTTCTCCATGTTGCTGCTCTC
TACCGATCCGTTCTCTATTCCCGTCATGGTGGTTCTGCTTCCTGAATCTCTCTCAAGTGG
CATGTGTTACTTTTTCTTGTTATGTACTGTTACAAAACTACATAAAACACTAGCATTGCT
TTCATTTTGGCAGCAGAAAGTATTGAATTTCTTGAGTAGAAAGAAAATATATATAGACTT
TTC

QA 2 724 2 724
DS 



AS 1 3

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CATCGTTGAACAAGCTGCCATCAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGTGTACGATGGTTACAC
TCTCCCGAAGTTGTATGCCAAGACGCAGTACTGTGTCTCATGTGCTATCCACTCTCACGT
CGTGAGAGTCCGTTCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACCCCACCTCCACGTTTTGTCAG
ACGCAAGGAGGATGCTCCCAAGCCCGGACAACCTGGTCAGGCTGCTCGCCCTGCTGGTGG
TGCCCCTGCTGCTGCT***CGTGCTTAAAGACTGCAAGAAGCTGGCAACTCAAAAATCTT
TATGTTCTAGTATCAGTCTCAGGGTTGGCTAGAATTTTTGAAGATGTTTTCTGCATTTGG
TTAAAAGATAATTTCGTCATGTGGACCTTTGAATACTGTGAGACTATTTATCAGTTTGTT
TTGACATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 10 

AF RR3G493JQ C 1
AF RR3G493TF U 1
AF RR3AZ87TF U 10
BS 1 605 RR3G493TF
BS 606 608 RR3AZ87TF

RD RR3G493JQ 605 0 0
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TTCCAACTGCGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATCAAGAGGTTCATCGTCAGGAA
CATCGTTGAACAAGCTGCCATCAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGTGTACGATGGTTACAC
TCTCCCGAAGTTGTATGCCAAGACGCAGTACTGTGTCTCATGTGCTATCCACTCTCACGT
CGTGAGAGTCCGTTCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACCCCACCTCCACGTTTTGTCAG
ACGCAAGGAGGATGCTCCCAAGCCCGGACAACCTGGTCAGGCTGCTCGCCCTGCTGGTGG
TGCCCCTGCTGCTGCT***CGTGCTTAAAGACTGCAAGAAGCTGGCAACTCAAAAATCTT
TATGTTCTAGTATCAGTCTCAGGGTTGGCTAGAATTTTTGAAGATGTTTTCTGCATTTGG
TTAAAAGATAATTTCGTCATGTGGACCTTTGAATACTGTGAGACTATTTATCAGTTTGTT
TTGAC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3G493TF 605 0 0
GGAACGAAAAAGAAACGCGAATAGGCTTTGTTCTAACTCTCCACACTGCAACATGACTTT
CAAGCGCAGGAACGGTGGAAGGAACAAGCACAACCGTGGTCATGTGAACCCCATCAGGTG
TTCCAACTGCGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATCAAGAGGTTCATCGTCAGGAA
CATCGTTGAACAAGCTGCCATCAGAGATGTTCAAGAAGCCAGTGTGTACGATGGTTACAC
TCTCCCGAAGTTGTATGCCAAGACGCAGTACTGTGTCTCATGTGCTATCCACTCTCACGT
CGTGAGAGTCCGTTCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACCCCACCTCCACGTTTTGTCAG
ACGCAAGGAGGATGCTCCCAAGCCCGGACAACCTGGTCAGGCTGCTCGCCCTGCTGGTGG
TGCCCCTGCTGCTGCT***CGTGCTTAAAGACTGCAAGAAGCTGGCAACTCAAAAATCTT
TATGTTCTAGTATCAGTCTCAGGGTTGGCTAGAATTTTTGAAGATGTTTTCTGCATTTGG
TTAAAAGATAATTTCGTCATGTGGACCTTTGAATACTGTGAGACTATTTATCAGTTTGTT
TTGAC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3AZ87TF 599 0 0
AAGAAACGCGAATAGGCTTTGTTCTAACTCTCCACACTGCAACATGACTTTCAAGCGCAG
GAACGGTGGAAGGAACAAGCACAACCGTGGTCATGTGAACCCCATCAGGTGTTCCAACTG
CGGGAAATGCTGTCCCAAGGATAAGGCGATCAAGAGGTTCATCGTCAGGAATATCGTTGA
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GTTGTATGCCAAGACGCAGTACTGTGTCTCATGTGCTATCCACTCTCACGTCGTGAGAGT
CCGTTCCCGCACCAACCGTAGGGTTCGTACCCCACCTCCACGTTTTGTCAGACGCAAGGA
GGATGCTCCCAAGCCCGGACAACCTGGTCAGGCCGCTCGCCCTGCTGGTGGTGCCCCTGC
TGCTGCTGCTCGTGCTTAAAGACTGCAAGAAGCTGGCAACTCAAAAATCTTTATGTTCTA
GTATCAGTCTCAGGGTTGGCTAGAATTTTTGAAGATGTTTTCTGCATTTGGTTAAAAGAT
AATTTCGTCATGTGGACCTTTGAATACTGTGAGACTATTTATCAGTTTGTTTTGACATT

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 3

CO CL4028Contig1 1340 3 29 U
CGGAACTAACACATTTGATTGCATTCAAAAATAAACTCGTCTTTCAATCTAACATCGATA
ATAAACAATAGCCAAGAAAACAAAATAATGGAATTACTACATCAAATCTTTTACTGGTAT
GATCTTTCTGTTCGCATTGTTGCATGCTATATATTACCTTATGTAACCTTAAAAGTCTTC
TTCTTCTCTCTGTCTCCATTACTGAATCCAGAACGTGCTCGCTATATAGATTATTTCATC
AAATGTTGAGAGGATCATCTTCTGTGTTTCTTTCACTAAGAGGTGTCCAATCATTTGTCT
TCGGCTTGTCAGCAATCATCATGAGCCTTCTTTGCAGGAGACTTGCAATAAAGAGGAACA
CGGAGCACATTCCAAACATGACAGTCATAGGGAACGCATTCACATTGTACAAGACAACAC
AGACAAAGATGTTCAGAGGAATCCGGAAAAAGTTCATGATTGTGCTTCTGGCTTCCTCAG
GGATGTATTGAGATCTCATCTTAATTATGGATGGCCAAAACAGACCTACACACGCCTCAA
AGACACAGAACCCAAGAAGCTGAAAGCAACCAGAGAAAGAGATTCCTCCACCTTTTACCT
TGGAAGGTGCTACCAATGAAGCCATTATAATTGGAAGCAATAGTGAGGCTGCAGAGACTA
GGAAGACGATCTGCATGTAGCTCTCTACTTTGGGAGATGAGCGAGACAATAGACGAGAAG
CAAGGGAACTACCGAGCATAGAAGCGAGCATAAACGTTGCAAAAATGAAACCATGGGGAA
TCTCCTCATCGTTGGGGCTTAGAGCAGGAGTCCACAGGAATACAAAAGTATACATAGATC
CTTCAAAGAGGGACTGGATGAAAAGAGAAGGGAAGTAGCAATGCCTCCCAACACACGGCC
AACCATCAAAACCTTGTATTGAGGAGAGTGCTTGGTGATGCAACTCAATATGTAGGTAAT
ACAGTAAGTAACACACGCCCTCTTACGACCCTGTTTGTCGGCAAGAGATCCAACGATGGT
ACCGAAGAGCATAGAGGAACCAAAACCAGCAATGAAAAGCTGACCAATGTCCCCTTTGCT
GAACCCATAAGTACTATAAAGATAGTACACATATGGTCCCTGCAACCAGTCACCCGCCAT
CATGAGCGAGTAAACGACGAGATAATTGTTCTTGAAAGAAGTGAAAGCTGAAGAAGTGTT
GATCCGATCCTTATTGTTCTTGCTTAGCTCCAAGGCCGCCACCACCATGCCTAGGACCCC
GAACACCACGTAGTAGAACACCTCCATTGTCGTTTAGATCCAGAGAAAATCAAAGATATT
TTGTCGATGGAGAAGTGATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CL20JQ U 15
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G

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TCCATTACTGAATCCAGAACGTGCTCGCTATATAGATTATTTCATCAAATGTTGAGAGGA
TCATCTTCTGTGTTTCTTTCACTCAGAGGTGTCCAATCATTTGTCTTCGGCTTGTCAGCA
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AGAGGAATCCGGAAAAAGTTCATGATTGTGCTTCTGGCTTCCTCAGGGATGTATTGGGAT
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AACACCACGTAGTAGAACACCTCCATTGTCGTTTAGATCCAGAGAAAATCAAAGATATTT
TGTCGATGGAGAAGTGATA

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DS 



AS 1 3

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TATTTTATCAAACAAAATTATATAAATTGGGAACTGCAAGTATTAATTTTA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GM85TF U 1
AF RR3D437TF U 4
AF RR3GM85JQ C 480
BS 1 93 RR3GM85TF
BS 94 94 RR3D437TF
BS 95 233 RR3GM85TF
BS 234 234 RR3D437TF
BS 235 701 RR3GM85TF
BS 702 715 RR3D437TF
BS 716 716 RR3GM85JQ
BS 717 748 RR3D437TF
BS 749 1311 RR3GM85JQ

RD RR3GM85TF 701 0 0
GACTCGCAAGAGTTCTTACCAAACACAACAGCAACAATGGCGGTTTATCATCTCCTCCTC
TCGACGACCTCTCCTTCGCTTGTTCTTCCTCCTTGCCGACCCAACTCCAGCTCAATCCTC
CACCGGATACCACCAGCTCACCCTCGTCTCACAAAATTCCCCACCTCACCTTCTTCGTCT
CCACCAGTAATTCGGAAAATTCTCGTCCGCAGCACTCTCCGGGAAGACCCCGT*TCTCCG
GACTCCGAGAGTCCAACTCTGCTGATCGGAGAAGACTCTGCTGCTTTCGAATTAGGCAAA
CAGAAGCTCGTTTCCTGGGTTTATTTCGGCGTTATCCTTGGAGTCGTTCTCTACATCCTC
AACGTAGTCTGGATCGATAACTCCACTGGTTTCGGTAAATCATACATCGACGCCGTCTCC
ACCGTCTCCGGCTCGCCGGAGGTGGCGATGTTAATGCTTATACTCATCTTCGCAACTGTG
CACAGTGGGTTAGCTAGTCTCAGAGATGTAGGAGAGAAGCTCATAGGTGAACGAGCGTTT
CGTGTTCTGTTTGCTGGAGTCTCTCTTCCTTTAGCTATGAGCACCATTGTTTTCTTTATA
AACCATAGATACGATGGGTCACAGTTATGGCAGCTACAGGGTGTTCCGGGTGTCCATGAA
GCTATCTGGTTCGCTAACTTTGTCTCCTTCTTCTTTCTCTA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3D437TF 753 0 0
GG
GCAAGAGTTCTTACCAAACACAACAGCAACAATGGCGGTTTATCATCTCCTCCTCTCGAC
GACCTCTCCTTCGCTTGTTCTTCCTCCTCGCCGACCCAACTCCAGCTCAATCCTCCACCG
GATACCACCAGCTCACCCTCGTCTCACAAAATTCCCCACCTCACCTTCTTCGTCTCCACC
AGTAATTCGGAAAATTCTCGTCCGCAGCACTCTCCGGGAAGACCCCGTCTCTCCGGACTC
CGAGAGTCCAACTCTGCTGATCGGAGAAGACTCTGCTGCTTTCGAATTAGGCAAACAGAA
GCTCGTTTCCTGGGTTTATTTCGGCGTTATCCTTGGAGTCGTTCTCTACATCCTCAACGT
AGTCTGGATCGATAACTCCACTGGTTTCGGTAAATCATACATCGACGCCGTCTCCGCCGT
CTCCGGCTCGCCGGAGGTGGCGATGTTAATGCTTATACTCATCTTCGCAACTGTGCACAG
TGGGTTAGCTAGTCTCAGAGATGTAGGAGAGAAGCTCATAGGTGAACGAGCGTTTCGTGT
TCTGTTTGCTGGAGTCTCTCTTCCTTTAGCTATGAGCACCATTGTTTTCTTTATAAACCA
TAAATACGATGGGTCACAGTTATGGCAGCTACAGGGTGTTCCGGGTGTCCATGAAGCTAT
CTGGTTCGCTAACTTTGTCTCCTTCTTCTTTCTCTATCCCTCTACCTTCA*TCTTCTCGA
GGTCGCTGCTGTTGATAAACCCA
GATGCATC

QA 3 745 3 745
DS 

RD RR3GM85JQ 832 0 0
GCACAGTGGGTTAGCTAGTCTCAGAGATGTAGGAGAGAAGCTCATAGGTGAACGAGCGTT
TCGTGTTCTGTTTGCTGGAGTCTCTCTTCCTTTAGCTATGAGCACCATTGTTTTCTTTAT
AAACCATAGATACGATGGGTCACAGTTATGGCAGCTACAGGGTGTTCCGGGTGTCCATGA
AGCTATCTGGTTCGCTAACTTTGTCTCCTTCTTCTTTCTCTATCCCTCTACCTTCAATCT
TCTCGAGGTCGCTGCTGTTGATAAACCCAAGATGCATCTCTGGGAGACTGGCATCATGAG
AATCACTCGTCATCCTCAGATGGTTGGACAAATAGTTTGGTGTTTGGCGCACACTCTCTG
GATTGGAAACTCAGTAGCTGCATCAGCTTCTCTTGGTTTGATTGCACACCATTTGTTTGG
GGCGTGGAATGGAGACAGGAGACTGGCTAAAAGATACGGAGATGCCTTCGAAGGCATCAA
GAAGAGAACGAGTGTGATTCCTTTCGCTGCCATTATTGAAGGACGCCAAGTTTTGCCTGA
GGATTACTACTAGAGTTCGTTCGGTTGCCTTATCTTGCAATCACGGCGTTAACAGTTGGA
GCCTATTTTGCTCACCCGCTAATGCAAGGTGCAAGCTTCAGGCTTCATTGGTAGATTCTT
TTTATTACCTCATGGCGTATTCAAAGAGGGGGTTCCTCGTAAAAACTTCTCAAGGAACAA
TGTATAATTATTTTACTACAAAAAAAGAACTGTATAAATACAAAAAAACTACTGCTTGTA
ATATTTTATCAAACAAAATTATATAAATTGGGAACTGCAAGTATTAATTTTA

QA 1 832 1 832
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4031Contig1 909 3 10 U
GGACATTACATCTGATAGAAGAAGAGCTCCGATCGCCAAAAGATGAGCTTGATCCTCAGA
TTCAGACAACACTTATCAAACAAGCTATCTCCACCACTCGCCTCTCTCATCGCCTGTCGC
CGGAGCTTCGGACAACCGGCGAGAAAACAAGATGAAGAGGAGGAAGAAGAAGTAGAAATA
GACCAGAGGAAGCTCCCGACCGACTACGATCCCGCCACATTCGATCCGACGGAACACCGA
AGTCCGCCGACGGACCGAGTGTTCCGCCTCGTCGACGAGATCTCGTCTCTGACACTGTCG
GAAATCTCAGAGCTCGGCGCGATTATAATGAAGAAGAGAGGCATCACGGAGATACCAACC
GTCGCCGTTATGAAACCCGGAGCTGTAGGTGGTGGTATCGCTCAGGGTCAAACCGGTGGT
GGTGGTGGTGGTGGTG***CGAGTGAGGAAGCGAAAGTGGAGAAGACTGTGTTTGAGGTC
AAGCTTGAAGGGTTTGAAGCGTCTGGGAAGATCAAGATTATTAAAGAGGTGAGGAGCTTT
ACTGATTTGGGGCTTAAGGAAGCGAAGGAGTTGGTGGAGAAGACTCCTTCGGTTTTGAAA
GCTGGTGTTTCTAAGGAAGAAGGTGAGAAGATTGTTGAGAAGCTTAAGGCTCTTGGTGCT
AAAGTTGTTCTCGAGTGATTGATTCAAAAAGCAAGGTTTTTCGATTTTATTTTTCTTTTG
GTTCCGTCTTGATAGGAGCTAATAATGTAATAGATTAAACTTAAAAGCAGCTTTGTCTCA
TTGCTATAATTGGTGGTTTTTGAGAGATGATCAAGCACATCAATGTTTGGGAACCGTTGT
GTTGTAGTTTAGTGTTGTTTTTTGTGGCTTTGGTATTGGCTTTAGTTTGAAGCATATTGG
TTTTGTCTC


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR16TF U 1
AF RR3B410TF U 1
AF RR3BR16JQ C 283
BS 1 436 RR3B410TF
BS 437 439 RR3BR16TF
BS 440 501 RR3B410TF
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BS 627 627 RR3BR16TF
BS 628 804 RR3B410TF
BS 805 909 RR3BR16JQ

RD RR3BR16TF 689 0 0
GGG
CATTACATCTGATAGAAGAAGAGCTCCGATCGCCAAAAGATGAGCTTGATCCTCAGATTC
AGACAACACTTATCAGACAAGCTATCTCCACCACTCGCCTCTCTCATCGCCTGTCGCCGG
AGCTTCGGACAACCGGCGAGAAAACAAGATGAAGAGGAGGAAGAAGAAGTAGAAATAGAC
CAGAGGAAGCTCCCGACCGACTACGATCCCGCCACATTCGATCCGACGGAACACCGAAGT
CCGCCGACGGACCGAGTGTTCCGCCTCGTCGACGAGATCTCGTCTCTGACACTGTCGGAA
ATCTCAGAGCTCGGCGCGATTATAATGAAGAAGAGAGGCATCACGGAGATACCAACCGTC
GCCGTTATGAAACCCGGAGCTGTAGGTGGTGGTATCGCTCAGGGTCAAACCGGTGGTGGT
GGTGGTGGTGGTG***CGAGTGAGGAAGCGAAAGTGGAGAAGACTGTGTTTGAGGTCAAG
CTTGAAGGGTTTGAAGCGTCTGGGAAGATCAAGATTATTAAAGAGGTGAGGAGCTTTACT
GATTTGGGGCTTAAGGAAGCGAAGGAGTTGGTGGAGAAGACTCCTTCGGTTTTGAAAGCT
GGTGTTTCTAAGGAAGAAGGTGAGAAGATTGTTGAGAAGCTTAAG*CTCTTGGTGCTAAA
GTTGTTCTCGAGTGATTGAT
CAAAAA

QA 4 683 4 683
DS 

RD RR3B410TF 804 0 0
GGACATTACATCTGATAGAAGAAGAGCTCCGATCGCCAAAAGATGAGCTTGATCCTCAGA
TTCAGACAACACTTATCAAACAAGCTATCTCCACCACTCGCCTCTCTCATCGCCTGTCGC
CGGAGCTTCGGACAACCGGCGAGAAAACAAGATGAAGAGGAGGAAGAAGAAGTAGAAATA
GACCAGAGGAAGCTCCCGACCGACTACGATCCCGCCACATTCGATCCGACGGAACACCGA
AGTCCGCCGACGGACCGAGTGTTCCGCCTCGTCGACGAGATCTCGTCTCTGACACTGTCG
GAAATCTCAGAGCTCGGCGCGATTATAATGAAGAAGAGAGGCATCACGGAGATACCAACC
GTCGCCGTTATGAAACCCGGAGCTGTAGGTGGTGGTATCGCTCAGGGTCAAACCGGTGGT
GGTGGTGGTGGTGGTGGTGCGAGTGAGGAAGCGAAAGTGGAGAAGACTGTGTTTGAGGTC
AAGCTTGAAGGGTTTGAAGCGGCTGGGAAGATCAAGATTATTAAAGAGGTGAGGAGCTTT
ACTGATTTGGGGCTTAAGGAAGCGAAGGAGTTGGTGGAGAAGACTCCTTCGGCTTTGAAA
GCTGGTGTTTCTAAGGAAGAAGGTGATAAGATTGTTGAGAAGCTTAAGGCTCTTGGTGCT
AAAGTTGTTCTCGAGTGATTGATTCAAAAAGCAAGGTTTTTCGATTTTATTTTTCTTTTG
GTTCCGTCTTGATAGGAGCTAATAATGTAATAGATTAAACTTAAAAGCAGCTTTGTCTCA
TTGCTATAATTGGTGGTTTTTGAG

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3BR16JQ 627 0 0
TCGTCTCTGACACTGTCGGAAATCTCAGAGCTCGGCGCGATTATAATGAAGAAGAGAGGC
ATCACGGAGATACCAACCGTCGCCGTTATGAAACCCGGAGCTGTAGGTGGTGGTATCGCT
CAGGGTCAAACCGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTG***CGAGTGAGGAAGCGAAAGTGGAG
AAGACTGTGTTTGAGGTCAAGCTTGAAGGGTTTGAAGCGTCTGGGAAGATCAAGATTATT
AAAGAGGTGAGGAGCTTTACTGATTTGGGGCTTAAGGAAGCGAAGGAGTTGGTGGAGAAG
ACTCCTTCGGTTTTGAAAGCTGGTGTTTCTAAGGAAGAAGGTGAGAAGATTGTTGAGAAG
CTTAAGGCTCTTGGTGCTAAAGTTGTTCTCGAGTGATTGATTCAAAAAGCAAGGTTTTTC
GATTTTATTTTTCTTTTGGTTCCGTCTTGATATGAGCTAATAATGTAATAGATTAAACTT
AAAAGCAGCTTTGTCTCATTGCTATAATTGGTGGTTTTTGAGAGATGATCAAGCACATCA
ATGTTTGGGAACCGTTGTGTTGTAGTTTAGTGTTGTTTTTTGTGGCTTTGGTATTGGCTT
TAGTTTGAAGCATATTGGTTTTGTCTC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 3

CO CL4032Contig1 1226 3 3 U
ACGAGTTTGACAAGATGGATATCAAAGATCAGGTTGCTATTCATGAAGCCATGGAACAGC
AAACAATAAGCATTACGAAAGCTGGGATTCAAGCAACGTTGAATGCTAGGACATCAATTC
TTGCAGCAGCTAATCCGGTTGGTGGGCGATATGATAAATCTAAACCACTTAAGTATAACG
TTAACCTTCCACCTGCCATTCTCTCGAGGTTTGATCTTGTGTACGTTATGATTGACGACC
CTGATGAGGTAACGGATTACCACATCGCCCATCATATCGTGCGTGTCCACCAGAAACAAG
AAGCTGCTCTTTCGCCTGAATTTACTACCGTACAACTCAAGCGCTACATTGCATATGCCA
AAACGTTAAAGCCAAAGCTAAGCCCCGAAGCAAGAAAGCTACTTGTCGAGTCTTATGTTG
TTCTACGCAGAGGCGATACAACTCCTGGCACAAGAGTCGCATATCGAATGACAGTGAGAC
AGCTGGAGGCTCTGATCAGGCTCTCGGAAGCCATTGCTAGGAGTCATTTAGAAACTCTGG
TGAAACCAAGTCATGTTCTTTTAGCTGTCAAACTTTTAAAAACCTCAGTTATCAGTGTTG
AGTCAGGTGATATTGATCTTTCGGAGTACGAAGATGCGAACGGTGGTGACAACATGGACG
ACACAGATGACGCTGAAAATCCTGGTAACGGAGATGAAGATCAACAGAATGGTGCAGCCG
AGCCAGCTCCTACTGCTACTGCAGATAATGGAGCAGCAGCTCCAAAGCTGGTGATTAGCG
AGGAAGAATATGATAAAATCACACAGGCCTTAGTCATTCGCCTTAGACAACACGAAGAAA
CTGTTAACAAAGACAGTTCTGAATTACCTGGAATGAGACAAAAGGAGCTGATTCGATGGT
ACATCGATCAGCAGAACGAAAAAAAGAAATACAGTTCGCAAGAGCAAGTCAAACTCGATA
TCAAGAAACTCAGAGCCATTATTGAGAGTTTGGTATGCAAAGAAGGCCACCTTATAGTGT
TGGCCAATGAGCAAGAAGCAGCAGAAGCTGAGGAACCAAGAAGAAGAGCTTCACAAAGAG
ATGAGAGGATCTTGGCCGTTGCTCCAAACTATGTTATCGAGTGATGTTACGAAATGTTGT
GTTTAATTTGTAGTTCTAAGTAGAATCCTGCCTAAAACCTTTCGTTAGGTCATTTGGAAC
TAATTTTTATTGGATTCCTTTAGCTC


BQ
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AGTAGAATCCTGCCTAAAACCTTTCGTTAGGTCATTTGGAACTAATTTTTATTGGATTCC
TTTAGCTC

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DS 



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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3GZ68TF U 1
AF RR3DS43JQ C 248
AF RR3DS43TF U 248
BS 1 260 RR3GZ68TF
BS 261 261 RR3DS43TF
BS 262 274 RR3GZ68TF
BS 275 275 RR3DS43TF
BS 276 279 RR3GZ68TF
BS 280 280 RR3DS43TF
BS 281 331 RR3GZ68TF
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BS 333 450 RR3GZ68TF
BS 451 451 RR3DS43TF
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BS 464 464 RR3DS43TF
BS 465 475 RR3GZ68TF
BS 476 476 RR3DS43TF
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BS 532 532 RR3DS43TF
BS 533 542 RR3GZ68TF
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BS 632 632 RR3DS43TF
BS 633 667 RR3GZ68TF
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BS 669 684 RR3GZ68TF
BS 685 927 RR3DS43TF
BS 928 931 RR3DS43JQ

RD RR3GZ68TF 684 0 0
GGGCTCACAGAGTCATAGGAAAAAAAAATCAAAAACGCAATCTTTACTCACAGATTCAAC
AGAGAGATGTGGAAAATATTGAAGTTCTAATCTTAAAGAGAACTCGGTGAAATGGCGGTT
TTATCTTCGGCCACGTTCGGAACCTACCGGCCGATGAAGACGGAGCTTAGACCAATTACA
CGGTGGAGAGTGAAGTGCAGGTGTCATCCATAAAACCCGCCACGTATTCGTCAAGACTCT
CCACAGATATTCCTCTCCACGAGGCTCCTCAGGCTTTGTTCGATGACTATTTGGAGAATA
CATCGAGAGTGTTCGAAGCAATGTTCCCTGATAAACCCAGAAGCCATAAACTCAACGAGG
AAGAGTGGAGGATACAGATGTTACCAATTAACTTCCTCTTCCTCACTGTGTGGCCTGTGG
TGGATATGCGTTTGAGTTGCAAATCCAACG*TCAGGATTACCCCGCAGACGTACCTTTAG
ACATAACCAAAGTTGTTGAGCTCAACATGACGAGATGGCAGCTTAAAGGGCCTGACCGAG
TGATGGAACCGTCTGACTTTAGTTTGGGAGCCAAAGGAGCATTGTACCCAGACCGGAGAG
GAAAGCACACAAGGCTCAGAGGTCAGCTAGAAATGAACATAAGCTTTGTTCTTCCTCCGG
TTCTTGAATTGGTACCTGAAGACG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3DS43JQ 684 0 0
G
ATTCCTCTCCACTAGGCTCCTCAGGCGTTGTCCGATGACTATTTGGAGAATACATCGAGA
GTGTTCGAAGCAATGTTCCCTGACAAACCCAGAAGCCATAAACTCAACGAGGAAGAGTGG
AGGATACAGATGTTACCAATTAACTTCCTCTTCCTCACTGTGTGGCCTGTGGTGGATATG
CGTTTGAGTTGCAAATCCAACGGTCAGGATTACCCGGCAGACGTACCGTTAGACATAACC
AAAGTTGTTGAGCTCAACATGACGAGATGGCAGCTTAAAGGGCTTGACCGAGTGGTGGAA
CCGTCTGATTTTAGTTTGGGAGTCAAAGGAGCATTGTACCCAGACCGGAGAGGAAAGCAC
ACAAGGCTCAGAGGTCAGCTAGAGATGAACATAAGCTTTGTTCTTCCTCCGGTTCTTGAG
TTGGTACCTGAAGACGTTAGGAGAAACGTGGCCAATGCGGTTTTGACCGGTTTAGTGGAT
AATATGAAGCATAAGGTTAATGGCAGTTTGCTCGCTGATTACGGCAGGTTCAAGAATGAG
AGAAGATTACACAAGTTATCTACTAAAGCCGAGTTTTAATGTCAATGCTCAACCATGTAT
ATTTTCTCAATCCAACATGAGCAAATCGTTTATGAACAGTCAACGACTCAACGTAACATA
CTATATAAGATTTTGATTGTTTT

QA 2 684 2 684
DS 

RD RR3DS43TF 680 0 0
G
ATTCCTCTCCACTAGGCTCCTCAGGCGTTGTCCGATGACTATTTGGAGAATACATCGAGA
GTGTTCGAAGCAATGTTCCCTGACAAACCCAGAAGCCATAAACTCAACGAGGAAGAGTGG
AGGATACAGATGTTACCAATTAACTTCCTCTTCCTCACTGTGTGGCCTGTGGTGGATATG
CGTTTGAGTTGCAAATCCAACGGTCAGGATTACCCGGCAGACGTACCGTTAGACATAACC
AAAGTTGTTGAGCTCAACATGACGAGATGGCAGCTTAAAGGGCTTGACCGAGTGGTGGAA
CCGTCTGATTTTAGTTTGGGAGTCAAAGGAGCATTGTACCCAGACCGGAGAGGAAAGCAC
ACAAGGCTCAGAGGTCAGCTAGAGATGAACATAAGCTTTGTTCTTCCTCCGGTTCTTGAG
TTGGTACCTGAAGACGTTAGGAGAAACGTGGCCAATGCGGTTTTGACCGGTTTAGTGGAT
AATATGAAGCATAAGGTTAATGGCAGTTTGCTCGCTGATTACGGCAGGTTCAAGAATGAG
AGAAGATTACACAAGTTATCTACTAAAGCCGAGTTTTAATGTCAATGCTCAACCATGTAT
ATTTTCTCAATCCAACATGAGCAAATCGTTTATGAACAGTCAACGACTCAACGTAACATA
CTATATAAGATTTTGATTG

QA 2 680 2 680
DS 



AS 1 2

CO CL4034Contig1 741 2 2 U
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GGGTTTCATCGTCACACTGCTTCCATATTTCATATGTCAAGTACCGGGCGAACAATCTCC
AACAAACCGCTCCATCATATGGGCCACTACATCTTCGTCGCTTCTACTTATAACCTTTGT
CACAAACCCAGGTTGCTCTCCATTCTCCTCTCGCCTCCATGGAACCAACTGGGCTGTCTT
GAAATCGGTGACCATCTCAGCTGCCTTCATTGGTCTATGCCTCATGTCCATAATCAATTT
CGCTACCGCAGAGATTGGAGCGTTGCTACTAGTGCCAATGTGTCTAATGGTTCGCCCAGT
AAAACCAGATTTGAGATCCAGGCGTGTTAAGAGCCTGCTACGTGCGTTGTGCAGCATTGC
ATTGGTTACCATCGGGTTCCCGGTCATGTTTTTCGCGATCTCCAAGGGATTGCTAGGAGA
AGGGCTCGTGGGGTTGAGCCTTGGAGGGGAGTTCTGGACGTGGTTAGAGTCGCTGTGGGC
ATGGAAGAGTGCTACGTATCTATACATAGGTATGGTTCATCTTCCTTGCTGGCTCCTTTG
CCTCTGCATTTTGTTTCATACTTCTTAATCGTTTCCTTACTTCGGCTAAAGCACACTCTT
TGTTTAAACATGTCATCCAACAATCTTGTGTTTGTAATTTTTTTGGTTTTTTGAGAAATA
TAAAAACTAAGCTCGGAAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C596TF U 1
AF RR3C596JQ C 87
BS 1 705 RR3C596TF
BS 706 741 RR3C596JQ

RD RR3C596TF 717 0 0
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GGGTTTCATCGTCACACTGCTTCCATATTTCATATGTCAAGTACCGGGCGAACAATCTCC
AACAAACCGCTCCATCATATGGGCCACTACATCTTCGTCGCTTCTACTTATAACCTTTGT
CACAAACCCAGGTTGCTCTCCATTCTCCTCTCGCCTCCATGGAACCAACTGGGCTGTCTT
GAAATCGGTGACCATCTCAGCTGCCTTCATTGGTCTATGCCTCATGTCCATAATCAATTT
CGCTACCGCAGAGATTGGAGCGTTGCTACTAGTGCCAATGTGTCTAATGGTTCGCCCAGT
AAAACCAGATTTGAGATCCAGGCGTGTTAAGAGCCTGCTACGTGCGTTGTGCAGCATTGC
ATTGGTTACCATCGGGTTCCCGGTCATGTTTTTCGCGATCTCCAAGGGATTGCTAGGAGA
AGGGCTCGTGGGGTTGAGCCTTGGAGGGGAGTTCTGGACGTGGTTAGAGTCGCTGTGGGC
ATGGAAGAGTGCTACGTATCTATACATAGGTATGGTTCATCTTCCTTGCTGGCTCCTTTG
CCTCTGCATTTTGTTTCATACTTCTTAATCGTTTCCTTACTTCGGCTAAAGCACACTCTT
TGTTTAAACATGTCATCCAACAATCTTGTGTTTGTAATTTTTTTG
GTTTTTTGAGAA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3C596JQ 655 0 0
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CTACATCTTCGTCGCTTCTACTTATAACCTTTGTCACAAACCCAGGTTGCTCTCCATTCT
CCTCTCGCCTCCATGGAACCAACTGGGCTGTCTTGAAATCGGTGACCATCTCAGCTGCCT
TCATTGGTCTATGCCTCATGTCCATAATCAATTTCGCTACCGCAGAGATTGGAGCGTTGC
TACTAGTGCCAATGTGTCTAATGGTTCGCCCAGTAAAACCAGATTTGAGATCCAGGCGTG
TTAAGAGCCTGCTACGTGCGTTGTGCAGCATTGCATTGGTTACCATCGGGTTCCCGGTCA
TGTTTTTCGCGATCTCCAAGGGATTGCTAGGAGAAGGGCTCGTGGGGTTGAGCCTTGGAG
GGGAGTTCTGGACGTGGTTAGAGTCGCTGTGGGCATGGAAGAGTGCTACGTATCTATACA
TAGGTATGGTTCATCTTCCTTGCTGGCTCCTTTGCCTCTGCATTTTGTTTCATACTTCTT
AATCGTTTCCTTACTTCGGCTAAAGCACACTCTTTGTTTAAACATGTCATCCAACAATCT
TGTGTTTGTAATTTTTTTGGTTTTTTGAGAAATATAAAAACTAAGCTCGGAAGAT

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 3

CO CL4035Contig1 1094 3 19 U
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GTGTTCCTCATCATCACAGCGGGGATATCTATCATGAAGTTTATCAACGGTGGCGTGGCG
ATGCCAAGATTGATTCCAGATGTTAGTGACTTAACATCTTTCTTGAACCTCTTCACAGTT
GTACCTGTTCTCGTCACCGCTTTCATTTGCCATTACAATGTTCACAGCATACAGAACGAG
CTTGACGACGAAACTCAGATACAACCTGTTGTCAGATCAGCTCTTGTGCTTTGCTCATCT
GTATACATAATGATAAGCATTTTTGGTTTCCTCTTGTTTGGAGACGATACTCTTGATGAT
GTCCTTTCAAACTTCGACACTGATCTTGGTATCCCTCTTGGTTCTGTCCTCAACGATGCG
GTTCGAGTTAGCTACGCGCTTCATCTTATGCTCGTGTTCCCTATTGTTTTCTACCCGTTG
AGGATCAATATCGATGGGCTCTTGTTCCCTTCTGCTCCATCGTTAACCACCTCAAATGTT
AGGTTTGGTTGCCTCAGCGCTGGTCTCATCTCTGTCATCTTCTTGGGTGTAAACTGCATC
CCGAGCATTTGGGATGCGTTCCAGTTCACTGGAGCCACTGCTTCTGTTTGTCTCGGATTC
ATATTCCCAGCTTCTATTATACTAAAGGATCGTCATGGCAGAGCAACAAGCAGGGACACG
ATCTTAGGAGTTTTCATGGTTGTTCTTGCGGTGTTGGCCAATGCTATCGCTATTTACAGC
GATGCTTATGCGCTGTTCAAGAGGAACGCACCTCGTGAGTGATGTGGAGGATGAGTAAAT
TGTGCCAGTTTGGGGGTGTTCTTGGATGAAGAAGAAAAACAAAAGTGTTTGTTTTTATTC
CATCTTCTTTTTCTTATGCGAGGTTGAATAAGCGAGAAGACAGGACTTGTCTTCTCTTTG
TGTGTTGTACCGTTGTTGTTGAGTGTTGTTTTAGGGTGTATGTACTTCTCTGCTTGCTTG
TGGTTTTGTATCACCATGAGTGTAGAAACTTTGTATAAAGATCAAATGTAATGCAGAATA
CATACTTTTTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A069TF U 1
AF RR3A986TF U 84
AF RR3A986JQ C 257
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BS 691 860 RR3A986TF
BS 861 1094 RR3A986JQ

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GTACCTGTTCTCGTCACCGCTTTCATTTGCCATTACAATGTTCACAGCATACAGAACGAG
CTTGACGACGAAACTCAGATACAACCTGTTGTCAGATCAGCTCTTGTGCTTTGCTCATCT
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GTTCTTTCAAACTTCGACACTGATCTTGGTATCCCTCTTGGTTCTGTCCTCAACGATGCG
GTTCGAGTTAGCTACGCGCTTCGTCTTATGCTCGTGTTCCCTATTGTTTTCTACCCGTTG
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AGGTTTGTTTGCCTCAGCGCTGGTCTCATCTCTGTCATCTTCTTGGGTGCAAACTGCATC
CCGAGCATTTGGGATGCGTTCCATTTCACTGGAGCCACTGCTGCTGTTTGTCTCGGATTC
ATATTCCCAGCTTCTATTATACTAAAGGAT

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DS 

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TAGTGACTTAACATCTTTCTTGAACCTCTTCACAGTTGTACCTGTTCTCGTCACCGCTTT
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ACCTGTTGTCAGATCAGCTCTTGTGCTTTGCTCATCTGTATACATAATGATAAGCATTTT
TGGTTTCCTCTTGTTTGGAGACGATACTCTTGATGATGTCCTTTCAAACTTCGACACTGA
TCTTGGTATCCCTCTTGGTTCTGTCCTCAACGATGCGGTTCGAGTTAGCTACGCGCTTCA
TCTTATGCTCGTGTTCCCTATTGTTTTCTACCCGTTGAGGATCAATATCGATGGGCTCTT
GTTCCCTTCTGCTCCATCGTTAACCACCTCAAATGTTAGGTTTGGTTGCCTCAGCGCTGG
TCTCATCTCTGTCATCTTCTTGGGTGTAAACTGCATCCCGAGCATTTGGGATGCGTTCCA
GTTCACTGGAGCCACTGCTTCTGTTTGTCTCGGATTCATATTCCCAGCTTCTATTATACT
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TCTTGCGGTGTTGGCCAATGCTATCGCTATTTACAGCGATGCTTATGCGCTGTTCAAGAG
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QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3A986JQ 838 0 0
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ACACTGATCTTGGTATCCCTCTTGGTTCTGTCCTCAACGATGCGGTTCGAGTTAGCTACG
CGCTTCATCTTATGCTCGTGTTCCCTATTGTTTTCTACCCGTTGAGGATCAATATCGATG
GGCTCTTGTTCCCTTCTGCTCCATCGTTAACCACCTCAAATGTTAGGTTTGGTTGCCTCA
GCGCTGGTCTCATCTCTGTCATCTTCTTGGGTGTAAACTGCATCCCGAGCATTTGGGATG
CGTTCCAGTTCACTGGAGCCACTGCTTCTGTTTGTCTCGGATTCATATTCCCAGCTTCTA
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TGGTTGTTCTTGCGGTGTTGGCCAATGCTATCGCTATTTACAGCGATGCTTATGCGCTGT
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TGTTGAGTGTTGTTTTAGGGTGTATGTACTTCTCTGCTTGCTTGTGGTTTTGTATCACCA
TGAGTGTAGAAACTTTGTATAAAGATCAAATGTAATGCAGAATACATACTTTTTGTGT

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DS 



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AAATGGCCACTTCTTTCTATAAGTTAGTAGCCGAAAGAGGACCATGGAGTTCTCTCTCTA
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GAATGGCAGAGATGGGTCATGAAGTAGCACAAAGTAATGCTGCATGGATCCTCGATAAAT
ACGGTGAAAGAAGCATGTGCATGGGAGCATCTGGATTTTGCACAGACAAGGAGAGACATG
AGAGAGCACATTCTTTGTGGTGGCGTGCCTCTGAACAAGGCAATGAGCATGCTGCTCTCC
TCATTGGAGATGCATATTACTATGGACGGGGAACCGAGAGAGATTATGTGCGTGCGGCTG
AGGCATACATGCATGCTAAATCACAGTCCAATGCGCAAGCAATGTTCAACTTAGGATACA
TGCATGAGCATGGACAAGGGCTTCCCTTTGATCTGCATCTAGCAAAACGTTACTACGATC
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TGTATCCAAAGGTAGAGACTTGGGTTGAGAATGTGGTGTTTGACGAAGGTAACGCGACAA
TCCTCACACTTTTTGTCTGCCTTATTACGATTCTCTACCTACGAGAGAGACAACGAAGAC
AAGTCGTTGTCTCCGATCCAGTGGGAGGCGATGTGGCACAACCTCTTGATGCTGACGTTG
CACAGCACCTGGCTGCGTTCCCACGGTGATAAGGTGATCATCGTCTTCTTCATTGCCATA
GCAGAGAACCATCGTATTTTGGTTTTTATTGTACAGTTAAAAAATTTGTGATACTCTGTA
ATGGTAGAATCTTTCAGCCTTTTTTTCTTCTTTGCAGCGTTATCTTGTTGGGCCAATGTC
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GATTTGGAAAAGGTATCTTGTTTTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN74TF U 1
AF RR3GN74JQ C 561
BS 1 714 RR3GN74TF
BS 715 715 RR3GN74JQ
BS 716 766 RR3GN74TF
BS 767 767 RR3GN74JQ
BS 768 784 RR3GN74TF
BS 785 1407 RR3GN74JQ

RD RR3GN74TF 784 0 0
GGGCGAAAGAAGGTCTCTATTCAGCGTTTAGTGGGATTGGCTACTTGTATGTTAAAGGGT
ATGGAGTAGAGAAGAAAAACTACACTAAGGCAAGAGAATATTTTGAAAAGGCTGTTGACA
ATGAAGACCCCAGTGGTCATTATAACCTTGGGGTTCTGTATCTAAAAGGCATCGGAGTCA
AAAGGGATGTGAGGCAGGCAACAAAATACTTCTTTGTTGCTGCAAATGCTGGTCAGCCAA
AGGCTTTCTATCAACTCGCCAAGATGTTCCATACTGGAGTTGGGCTTAAGAAGAACCTGG
AAATGGCCACTTCTTTCTATAAGTTAGTAGCCGAAAGAGGACCATGGAGTTCTCTCTCTA
GATGGGCACTTGAAGCTTACCTGAAAGGTGATGTGGGTAAGGCTTTAATCTTATACTCAA
GAATGGCAGAGATGGGTCATGAAGTAGCACAAAGTAATGCTGCATGGATCCTCGATAAAT
ACGGTGAAAGAAGCATGTGCATGGGAGCATCTGGATTTTGCACAGACAAGGAGAGACATG
AGAGAGCACATTCTTTGTGGTGGCGTGCCTCTGAACAAGGCAATGAGCATGCTGCTCTCC
TCATTGGAGATGCATATTACTATGGACGGGGAACCGAGAGAGATTATGTGCGTGCGGCTG
AGGCATACATGCATGCTAAATCACAGTCCAATGCGCAAGCAATGTTCAACTTAG*ATACA
TGCATGAGCATGGACAAGGGCTTCCCTTTGATCTGCATCTAGCAAA*CGTTACTACGATC
AAGC

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3GN74JQ 847 0 0
TGGCGTGCCTCTGAACAAGGCAATGAGCATGCTGCTCTCCTCATTGGAGATGCATATTAC
TATGGACGGGGAACCGAGAGAGATTATGTGCGTGCGGCTGAGGCATACATGCATGCTAAA
TCACAGTCCAATGCGCAAGCAATGTTCAACTTAGGATACATGCATGAGCATGGACAAGGG
CTTCCCTTTGATCTGCATCTAGCAAAACGTTACTACGATCAAGCACTTCAGAGCGATGCA
GCAGCTAAACTGCCAGTCACACTTGCTCTCGCCAGCTTATGGCTACGTAGAAACTATGCT
GACACCTTCCTGGTGAGAGTTGTGGACTCGTTACCAGAAGTGTATCCAAAGGTAGAGACT
TGGGTTGAGAATGTGGTGTTTGACGAAGGTAACGCGACAATCCTCACACTTTTTGTCTGC
CTTATTACGATTCTCTACCTACGAGAGAGACAACGAAGACAAGTCGTTGTCTCCGATCCA
GTGGGAGGCGATGTGGCACAACCTCTTGATGCTGACGTTGCACAGCACCTGGCTGCGTTC
CCACGGTGATAAGGTGATCATCGTCTTCTTCATTGCCATAGCAGAGAACCATCGTATTTT
GGTTTTTATTGTACAGTTAAAAAATTTGTGATACTCTGTAATGGTAGAATCTTTCAGCCT
TTTTTTCTTCTTTGCAGCGTTATCTTGTTGGGCCAATGTCTCTGATAGATGTGGCTTATT
ACGTTATATTAACCAAACTACAAGGCCAGTCAGTGAACCTGACTTGCTCTTTAACATTTT
TCTCATTTGGGGTGGTGTTATTATGTGCCTTTGACCTTAAGATTTGGAAAAGGTATCTTG
TTTTTTG

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 3

CO CL4037Contig1 686 3 2 U
AGGGGATTACAATTTACAAGTTTAAGTGCTCTCTCTACGTACCAAATAAGTAATCAGTCT
AAAGATGGAAGGCAAAAATGTGATTTTAAGTGTGCTCATAATGAGTCTTGTCATGGCGCA
GAATCAAGTCGAAGGAAAGAGTTGTTGCCCGGGCACCACTGCCAGAAATGCATATAATAT
ATGCCGTCTTACTGGATCATCTAGGAAAACTTGTGCAAAACTCAGTGGGTGCAAAATCGT
TTCTGGGACAACATGTCCCCAGGGATATCTACATGAAATTATCGAAAACTCTGGTGATGC
TGTCAATGAATACTGCAAGTTGGGGTGTGCATCCTCTGTGTGTGGTGGCTTAACCACTCT
CCAGGACTCCGATGCAAGTGAAATTGTGAATGGAGCGGTTGCACAATGCACCGACACATG
TGCTTATTTCTGCACCAAGGGCTCAGATAAAGCAGTTGAAACTGCCTAACAAGCATATCC
ACGATCTATGTGTTGTTGTTCTCCGTGTTTT*AATAATCGTCGTGTATGTGACAAAATGC
TAGACTGATCTTATACAATTTCCTGGTAGTCTATCTGACGTAGAAG*TCATCATAGATCC
CTAGATTGTCTATCCCTTCTACTTGCTATATCTAAATAAAGAATAATGTTTCCTTCTCGA
ATATTATCAAAATAATCTCTTGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 10 25 25 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DB81TF U 8
AF RR3GE65JQ C 1
AF RR3GE65TF U 1
BS 1 13 RR3GE65JQ
BS 14 686 RR3GE65TF

RD RR3DB81TF 643 0 0
GGACCA
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AAAAATGTGATTTTAAGTGTGCTCATAATGAGTCTTGTCATGGCGCAGAATCAAGTCGAA
GGAAAGAGTTGTTGCCCGGGCACCACTGCCAGAAACGCATATAATATATGCCGTCTTACT
GGATCCTCTAGGAAAACTTGTGCAAAAATCAGTGGATGCAAAATCGTTTCTGGGACAACA
TGTCCCCAGGGATATCTACATGAAATTATCGAAAACTCTGGTGATACTGTCAATGAATAC
TGCAAGTTGGGGTGTGCATCCTCTGTGTGTGGTGGCTTAACCACTCTCCAGGAATCCGAT
GCAAGTGAAATTGTGAATGGAGCGGTTGCACAATGCACCGACACATGTGCTTATTTCTGC
ACCAAGGGCTCAGATAAAGCAGTTGAAACTGCTTAACAAGCATATCCACGATCTATGTGT
TGTTGTTCTCCGTGTTTTTAATAATCGTCGTGTATGTGACAAAATGCTAGACTCAT****
*ACAATTTCCTGGTAGTCTATCTGACGTAGAAG*TCATCATCGATCCCTAGATTGTCTAT
CCCTTCTACTTGCTATATCTAAATAAAGAATAATGTT

QA 7 643 7 643
DS 

RD RR3GE65JQ 686 0 0
AGGGGATTACAATTTACAAGTTTAAGTGCTCTCTCTACGTACCAAATAAGTAATCAGTCT
AAAGATGGAAGGCAAAAATGTGATTTTAAGTGTGCTCATAATGAGTCTTGTCATGGCGCA
GAATCAAGTCGAAGGAAAGAGTTGTTGCCCGGGCACCACTGCCAGAAATGCATATAATAT
ATGCCGTCTTACTGGATCATCTAGGAAAACTTGTGCAAAACTCAGTGGGTGCAAAATCGT
TTCTGGGACAACATGTCCCCAGGGATATCTACATGAAATTATCGAAAACTCTGGTGATGC
TGTCAATGAATACTGCAAGTTGGGGTGTGCATCCTCTGTGTGTGGTGGCTTAACCACTCT
CCAGGACTCCGATGCAAGTGAAATTGTGAATGGAGCGGTTGCACAATGCACCGACACATG
TGCTTATTTCTGCACCAAGGGCTCAGATAAAGCAGTTGAAACTGCCTAACAAGCATATCC
ACGATCTATGTGTTGTTGTTCTCCGTGTTTT*AATAATCGTCGTGTATGTGACAAAATGC
TAGACTGATCTTATACAATTTCCTGGTAGTCTATCTGACGTAGAAGGTCATCATAGATCC
CTAGATTGTCTATCCCTTCTACTTGCTATATCTAAATAAAGAATAATGTTTCCTTCTCGA
ATATTATCAAAATAATCTCTTGTTTT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3GE65TF 686 0 0
AGGGGATTACAAT
TTACAAGTTTAAGTGCTCTCTCTACGTACCAAATAAGTAATCAGTCTAAAGATGGAAGGC
AAAAATGTGATTTTAAGTGTGCTCATAATGAGTCTTGTCATGGCGCAGAATCAAGTCGAA
GGAAAGAGTTGTTGCCCGGGCACCACTGCCAGAAATGCATATAATATATGCCGTCTTACT
GGATCATCTAGGAAAACTTGTGCAAAACTCAGTGGGTGCAAAATCGTTTCTGGGACAACA
TGTCCCCAGGGATATCTACATGAAATTATCGAAAACTCTGGTGATGCTGTCAATGAATAC
TGCAAGTTGGGGTGTGCATCCTCTGTGTGTGGTGGCTTAACCACTCTCCAGGACTCCGAT
GCAAGTGAAATTGTGAATGGAGCGGTTGCACAATGCACCGACACATGTGCTTATTTCTGC
ACCAAGGGCTCAGATAAAGCAGTTGAAACTGCCTAACAAGCATATCCACGATCTATGTGT
TGTTGTTCTCCGTGTTTT*AATAATCGTCGTGTATGTGACAAAATGCTAGACTGATCTTA
TACAATTTCCTGGTAGTCTATCTGACGTAGAAG*TCATCATAGATCCCTAGATTGTCTAT
CCCTTCTACTTGCTATATCTAAATAAAGAATAATGTTTCCTTCTCGAATATTATCAAAAT
AATCTCTTGTTTT

QA 14 686 14 686
DS 



AS 1 2

CO CL4038Contig1 1050 2 8 U
TTTTTCGACAAGGCAGCGGTTGAGAGTCATTCTGATAGCATCAAAGACGGTGAGGTGAAT
CCATGGAGACTCTGCTCAGTAACACAAGTGGAAGAGCTCAAGTCCATAATCACTCTTCTA
CCAGTATGGGCCTCAGGGATAGTCTTTGCCACAGTGTACAGCCAAATGAACACAATGTTC
GTCTTACAAGGAAACACAATGGACCAACACATGGGGAAGAGCTTCGAGATCCCATCAGCT
TCCCTCTCGCTTTTCGACACGGTCAGTGTACTCTTCTGGACTCCTGTCTACGACCAGTTC
ATCGTCCCGTTCGCTAGAAAGTTCACACGTCAAGAACGTGGCTTCACTCAGCTTCAACGT
ATGGGAATAGGTCTAGTGATCTCGATCTTCGCCATGATCACTGCAGGGGTTCTTGAGGTC
GTGAGGCTCGACTACGTGAAAACCCACAACGCATATGATGATAAAAAGATCCCCATGTCG
ATCTTCTGGCAGATACCTCAGTATTTACTCATTGGGTGTGCTGAAGTTTTCACCTTTATA
GGGCAGCTTGAGTTTTTCTATGACCAGGCTCCTGATGCCATGAGAAGTCTCTGCTCTGCT
TTGTCTTTGACAACTGTTGCGCTTGGGAACTACTTGAGCACGGTTCTTGTGACGGTTGTG
ATGAAACTGACTAAAAAGAATGGTAAACCGGGTTGGATACCAGATAACTTGAACCGGGGA
CATCTTGATTACTTTTTCTACTTGTTGGCGGCTCTGAGTTTCCTCAACTTCTTGGTGTAC
CTTTGGATCTCCAAACGCTACAAGTACAAGAAAGCTATAGGTCGAGCACATTGATTGAAA
GAAACTGGTTTCAAGTCTTGAGATTCTTCACAGGGTTACAGTGTTGGTTTAGGTGTTGTT
TAATATTATTTCGAAGTACTTGGTTGTGATTTTTAAATGTAGATAAACGTGTGATTGATG
AATTGGGTTTTCCTCAACTTTGTTGTGTGTGTTGCCTGAATAATGCTAGTACTTGTACGT
AAAAGGTTTATTTGATTAAGAAAAATTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GB16TF U 1
AF RR3C894JQ C 311
BS 1 317 RR3GB16TF
BS 318 318 RR3C894JQ
BS 319 452 RR3GB16TF
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BS 475 674 RR3GB16TF
BS 675 1050 RR3C894JQ

RD RR3GB16TF 676 0 0
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CCATGGAGACTCTGCTCAGTAACACAAGTGGAAGAGCTCAAGTCCATAATCACTCTTCTA
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GTCTTACAAGGAAACACAATGGACCAACACATGGGGAAGAGCTTCGAGATCCCATCAGCT
TCCCTCTCGCTTTTCGACACGGTCAGTGTACTCTTCTGGACTCCTGTCTACGACCAGTTC
ATCGTCCCGTTCGCTAGGAAGTTCACACGTCAAGAACGTGGCTTCACTCAGCTTCAACGT
ATGGGAATAGGTCTAGTGATCTCGATCTTCGCCATGATCACTGCAGGGGTTCTTGAGGTC
GTGAGGCTCGACTACGTGAAAACCCACAACGCTTATGATGATAAAAAGATCCCTATGTCG
ATCTTCTGGCAGATACCTCAGTATTTACTCATTGGGTGTGCTGAAGTTTTCACCTTTATA
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ATGAAACTGACTAA
GA

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DS 

RD RR3C894JQ 740 0 0
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GTCTCGTGATCTCGATCTTTGCCATGATCACTGCAGGGGTTCTTGAGGTCGTTAGGCTTG
ACTACGTGAAAACCCACAACGCATATGATGATAAAAAGATCCCCATGTCGATCTTCTGGC
AGATACCTCAGTATTTACTCATTGGGTGTGCTGAAGTTTTCACCTTTATAGGTCAGCTTG
AGTTTTTCTATGACCAGGCTCCTGATGCCATGAGAAGTCTCTGCTCTGCTTTGTCTTTGA
CAACTGTTGCGCTTGGGAACTACTTGAGCACGGTTTTTGTGACGGTTGTGATGAAACTGA
CTAAAAAGAATGGTAAACCGGGTTGGATACCAGATAACTTGAACCGGGGACATCTTGATT
ACTTTTTCTACTTGTTGGCGGCTCTGAGTTTCCTCAACTTCTTGGTGTACCTTTGGATCT
CCAAACGCTACAAGTACAAGAAAGCTATAGGTCGAGCACATTGATTGAAAGAAACTGGTT
TCAAGTCTTGAGATTCTTCACAGGGTTACAGTGTTGGTTTAGGTGTTGTTTAATATTATT
TCGAAGTACTTGGTTGTGATTTTTAAATGTAGATAAACGTGTGATTGATGAATTGGGTTT
TCCTCAACTTTGTTGTGTGTGTTGCCTGAATAATGCTAGTACTTGTACGTAAAAGGTTTA
TTTGATTAAGAAAAATTTCG

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 3

CO CL4039Contig1 1242 3 4 U
GATGAAACGCTCACGGCAATTTTAACAACCAAACCTTTGACCTGATCAACCAACTACCAT
ATAGGAACAAGTTTCGAAAGAATCTGTAGTTTCAGTTGTAAAGTAACAAAAATGCTTAAA
GCACATTATCTGGAGGATATAGAGAAGAGCCGGACGCTTGAGCGGTCATACGAATGCATA
TACGGTAAAAGCTCATACGGAGGCTTAAGTTCTTCCGTCAAGTCCGTGATGGAAAGGTTC
ATCTGATCCAAAAGTGTCAAGAACGCATTGAAAGTGTCTGAATTGCGGATCACAGATGCG
ATATAAGCCACTGCAGGGCTGCTTCCTTCAGTCTCGAGAGAGCCATTGTCTCTTTTGGTT
GGTCTCCTTAAAAGGGCTACTAGAACTCGAAGTAGATGAGGGAAACATGACGGATCATAG
ATTACATCTGCACCTAGAACAATATCTGGACGATACTCGCTCACTTCACTATCCGATGCA
GTTTCCCATGGGAGATGGATGCATTTAACTCGTGAGTTCTCAGCTTCTCCGTGTTGTTTG
AGCAGCTCGTCCTCATAGTTTAAGTGATTCCTCTCCAAGTTAAGCTTCATGTTAGAGAGA
GTTAAGAAATCTCCGTCTGTTAATATCACCTTATTTGCCTTTACATGTGCAAGACAAATT
CCGACCAAACCAACTCCAGAACCAACCTCAAAACACGATTTATCAGTGAATAACTCTGGA
TATGACAGAACAAACTCTGACAAAAACAAACTCGAAGGCCAGATTGAACACCCGGTATCT
CCTTCAAGCATGTTCAATGAACACTGCAGCGGAACAACAAACTTCCTTGAAATTGGACAA
CTTGGATGTTCGTATAAACCTTCAGGGAAAAGAAAAGAGATGAACTTGGTGATCCTTATG
TTTTCTTTCACCAATGCATCCTCCTTAGAAGCCGCTGACATGTGAAGAGCATACTCTTCA
TACACTTCATCTAACACTTCACCTTTCTCCAACTCAACTTCAGTTATGAGTTTCTTCAGT
AACTTTTTCGCGTATGATACGTTACCATTGGCAGCAGCTTTGACGCAAACCTCCCACAGA
AACCTCTGCACACTCTCCGTGAGTGATCCTCCTGAACACCCTCTCGCGAGAGCAATGACG
GAGTCCACCGGTTCCACTGCGAGGAAAGCGGAGAGTACATGAAGGTACTGCTGTGACTCT
GCCTCCGTCGAGTTCTCGCTCGCCGCCATGACTTCGCCGTCC


BQ
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AF RR3AP12JQ U 1
AF RR3FQ41JQ U 39
AF RR3AP12TF C 620
BS 1 607 RR3AP12JQ
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BS 742 1242 RR3AP12TF

RD RR3AP12JQ 741 0 0
GATGAAACGCTCACGGCAATTTTAACAACCAAACCTTTGACCTGATCAACCAACTACCAT
ATAGGAACAAGTTTCGAAAGAATCTGTAGTTTCAGTTGTAAAGTAACAAAAATGCTTAAA
GCACATTATCTGGAGGATATAGAGAAGAGCCGGACGCTTGAGCGGTCATACGAATGCATA
TACGGTAAAAGCTCATACGGAGGCTTAAGTTCTTCCGTCAAGTCCGTGATGGAAAGGTTC
ATCTGATCCAAAAGTGTCAAGAACGCATTGAAAGTGTCTGAATTGCGGATCACAGATGCG
ATATAAGCCACTGCAGGGCTGCTTCCTTCAGTCTCGAGAGAGCCATTGTCTCTTTTGGTT
GGTCTCCTTAAAAGGGCTACTAGAACTCGAAGTAGATGAGGGAAACATGACGGATCATAG
ATTACATCTGCACCTAGAACAATATCTGGACGATACTCGCTCACTTCACTATCCGATGCA
GTTTCCCATGGGAGATGGATGCATTTAACTCGTGAGTTCTCAGCTTCTCCGTGTTGTTTG
AGCAGCTCGTCCTCATAGTTTAAGTGATTCCTCTCCAAGTTAAGCTTCATGTTAGAGAGA
GTTAAGAGATCTCCGTCTGTTAATATCACCTTATTTGCCTTTACATGTGCAAGACAAATT
CCGACCAAACCAACTCCAGAACCAACCTCAAAACACGATTTATCAGTGAATAACTCTGGA
TATGACAGAACAAACTCTGAC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3FQ41JQ 708 0 0
GG
CCTGATCAACCAACTACCATATAGGAACAAGTTTCGAAAGAATCTGTAGTTTCAGTTGTA
AAGTAACAAAAATGCTTAAAGCACATTATCTGGAGGATATAGAGAAGAGCCGGACGCTTG
AGCGGTCATACGAATGCATATACGGTAAAAGCTCATACGGAGGCTTAAGTTCTTCCGTCA
AGTCCGTGATGGAAAGGTTCATCTGATCCAAAAGTGTCAAGAACGCATTGAAAGTGTCTG
CATTGCGGATCACAGATGCGATATAAGCCACTGCAGGGCTGCTTCCTTCAGTCTCGAGAG
AGCCATTGTCTCTTTTGGTTGGTCTCCTTAAAAGGGCTACTAGAACTCGAAGTAGATGAG
GGAAACATGACGGATCATAGATTACATCTGCACCTAGAACAATATCTGGACGATACTCGC
TCACTTCACTATCCGATGCAGTTTCCCATGGGAGATGGATGCATTTAACTCGTGAGTTCT
CAGCTTCTCCGTGTTGTTTGAGCAGCTCGTCCTCATAGTTTAAGTGATTCCTCTCCAAGT
TAAGCTTCATGTTAGAGAGAGTTAAGAAATCTCCGTCTGTTAATATCACCTTATTTGCCT
TTACATGTGCAAGACAAATTCCGACCAAACCAACTCCAGAACCAAACTCAAAACACGATT
TATCAGTGAATAACTCTGGATATGACAGAACAAACTCTGAC
AAAAA

QA 3 703 3 703
DS 

RD RR3AP12TF 623 0 0
TTAATATCACCTTATTTGCCTTTACATGTGCAAGACAAATTCCGACCAAACCAACTCCAG
AACCAACCTCAAAACACGATTTATCAGTGAATAACTCTGGATATGACAGAACAAACTCTG
ACAAAAACAAACTCGAAGGCCAGATTGAACACCCGGTATCTCCTTCAAGCATGTTCAATG
AACACTGCAGCGGAACAACAAACTTCCTTGAAATTGGACAACTTGGATGTTCGTATAAAC
CTTCAGGGAAAAGAAAAGAGATGAACTTGGTGATCCTTATGTTTTCTTTCACCAATGCAT
CCTCCTTAGAAGCCGCTGACATGTGAAGAGCATACTCTTCATACACTTCATCTAACACTT
CACCTTTCTCCAACTCAACTTCAGTTATGAGTTTCTTCAGTAACTTTTTCGCGTATGATA
CGTTACCATTGGCAGCAGCTTTGACGCAAACCTCCCACAGAAACCTCTGCACACTCTCCG
TGAGTGATCCTCCTGAACACCCTCTCGCGAGAGCAATGACGGAGTCCACCGGTTCCACTG
CGAGGAAAGCGGAGAGTACATGAAGGTACTGCTGTGACTCTGCCTCCGTCGAGTTCTCGC
TCGCCGCCATGACTTCGCCGTCC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4041Contig1 778 2 28 U
CCAGTAACAATATATGTATATTCGTACGACTAAAAGCATCATCAATCGAAGATCAGCAAA
ATATATGTATTTTCTTGTTTATGAGCTCTCTTTTAGAGAGTAAAAGATGAGATTCAAAGT
CTCCTCAGAGATAAGTTAACACAACTCTTCACATTACTTGCTGCTACTCTCATTAACGGG
AAGGTAGACTCCTTCTGCTGCCAACCAAACATTATCTGCCCGCTTCACCCTGATTCCACA
CACCTCTTGCTGACCACCGGCTATACGCTGGTACTTTTTGTCAGGGCTATGGAGGTAGCC
ACTAGTGTCAATGTGTTGAAGTCGGACTCTTTGGTCTTGTTTCCATGTCTTCCCGCTCCC
TTCGATTATAAGCTTCCAGTGATCCCCAGTATCGGAATTTGAATCATCTCCAAAGCAGCT
AACCTCTAAGTTGCCTGAAATAGGGGAAGCATGCAAGTGACTGTGGAGCCATTTCCGGGT
CTTCATGTGCTGCAACCTAACGGTAGCTCCACTCAGGACGGCATCACCTTGCTTGGCTGT
TGTCCCAGGCACAGGTTTAACAATCCAGTAGCTGTTGGAATCAACGACGCCAGGAAAACC
AGTGACAGATTGCTGACCACTGCCGGAGCCATACGGCACATCGTGAGAATGAAGTCGGAA
CTTAGTCTTCTCGTGCATCAGCTTAATCGCACTTCCATACGTTATCTCGACGACGCCTTC
TTTACCAGACGCGGCGGCGGCGGAATCCGAATCGACGCTAAGGAAGAGGAACAGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E615JQ U 1
AF RR3D312TF C 96
BS 1 125 RR3E615JQ
BS 126 126 RR3D312TF
BS 127 255 RR3E615JQ
BS 256 256 RR3D312TF
BS 257 264 RR3E615JQ
BS 265 265 RR3D312TF
BS 266 283 RR3E615JQ
BS 284 284 RR3D312TF
BS 285 309 RR3E615JQ
BS 310 310 RR3D312TF
BS 311 447 RR3E615JQ
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BS 449 495 RR3E615JQ
BS 496 496 RR3D312TF
BS 497 525 RR3E615JQ
BS 526 526 RR3D312TF
BS 527 551 RR3E615JQ
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BS 560 578 RR3E615JQ
BS 579 579 RR3D312TF
BS 580 663 RR3E615JQ
BS 664 664 RR3D312TF
BS 665 684 RR3E615JQ
BS 685 685 RR3D312TF
BS 686 690 RR3E615JQ
BS 691 778 RR3D312TF

RD RR3E615JQ 690 0 0
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ATATATGTATTTTCTTGTTTATGAGCTCTCTTTTAGAGAGTAAAAGATGAGATTCAAAGT
CTCCTGAGAGATAAGTTAACACAACTCTTCACATTACTTGCTGCTACTCTCATTAACGGG
AAGGTAGACTCCTTCTGCTGCCAACCAAACATTATCTGCCCGCTTCACCCTGATTCCACA
CACCTCTTGCTGACCGCCGGCTATGCGCTGGTACTTTTTGTCATGGCTATGGAGGTAGCC
ACTAGTGTCTATGTGTTGAAGTCGGACTCTTTGGTCTTGTTTCCATGTCTTCCCGCTCCC
TTCGATTATAAGCTTCCAGTGATCCCCAGTATCGGAATTTGAATCATCTCCAAAGCAGCT
AACCTCTAAGTTGCCTGAAATAGGGGAGGCATGCAAGTGACTGTGGAGCCATTTCCGGGT
CTTCATGTGCTGCAATCTAACGGTAGCTCCACTCAGGACGGCATCGCCTTGCTTGGCTGT
TGTCCCAGGCATAGGTTTTACAATCCAGTAGCTGTTGGGATCAACGACGCCAGGAAAACC
AGTGACAGATTGCTGACCACTGCCGGAGCCATACGGCACATCGTGAGAATGAAGTCGGAA
CTTTGTCTTCTCGTGCATCAGCTTTATCGC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3D312TF 683 0 0
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ACTTGCTGCTACTCTCATTAACGGGAAGGTAGACTCTTTCTGCTGCCAACCAAACATTAT
CTGCCCGCTTCTCCCTGATTCC*CACACCTCTTGCTGACCACCGGCTATACGCTGGTACT
TTTTGTCAGGGCTATGGAGGTAGCCACTAGTGTCAATGTGTTGAAGTCGGACTCTTTGGT
CTTGTTTCCATGTCTTCCCGCTCCCTTCGATTATAAGCTTCCAGTGATCCCCGGTATCGG
AATTTGAATCATCTCCAAAGCAGCTAACCTCTAAGTTGCCTGAAATAGGGGAAGCATGCA
AGTGACTGTGGAGCCATTTCCGGGTCTTCATGTGCTGCAACCTAACGGTAGCTCCACTCA
TGACGGCATCACCTTGCTTGGCTGTTGTCCCAGGCACAGGTTTAACAATCCAGTAGCTGT
TGGAATCAACGACGCCTGGAAAACCAGTGACAGATTGCTGACCACTGCCGGATCCATACG
GCACATCGTGAGAATGAAGTCGGAACTTAGTCTTCTCGTGCATCAGCTTAATCGCACTTC
CATACGTTATCTCGACGACGCCTTCTTTACCAGACGCGGCGGCGGCGGAATCCGAATCGA
CGCTAAGGAAGAGGAACAGAGCC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4043Contig1 818 2 24 U
GGCCGCCTCTTCTTCTTCTATCATCGCCAGTAGCATGAATACTAGTGACATAGTTTTACA
GACATCATCTCCTAAACTCTCACAGAACCAAGACTATATCTTCCATGGAGGGAGACGCCA
TGTGAGGCCGTACTACTTCGAGTTCATCTCTCATGTGAACAAACGCTGGACTGGGAAAAC
AATCGTGGACTTGTTCGCTGATGAATTCAAAGGCAGACAACGTGACTACTATGTTGGGGC
AGTCAAAAGTGGAAGAATCAAAGTTAATGGAGAAACTGTACCGGTTTCTTACATTGTTAA
ATCGTCTCAAAAGATCACTCATTTCGTCCACAGACATGAACCACCGGTGATGACTGATGA
TGTAGAGATCCCTGTGAATGAACCTGATGTCGTTACTGTCTGCAAACCAGCTTCTATTCC
CGTGCATCCATGTGGTCAATACCGTAAGAACACGGTTGTTGGAATCCTTGATGCTGAGCA
TGACCTCGGCCCTCTTTTTCCTATTCACCGATTAGACCGTTTGGTTTCTGGATTGCTCAT
CATAGCAAGAACTGCTGCCAAAGCTGATTTTTTCAGGCAACAGATCGAGGGGTGGAATGG
TGAAGAAACGTTATATTGCAAAAGTTATTGGCGTGTTCCCAGAAGATGAGAAAGTAGTCG
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CAAATGGGACTCATAGCCTCGTCTTGTGTGAACCAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3D171TF U 1
AF RR3E116TF U 115
BS 1 159 RR3D171TF
BS 160 160 RR3E116TF
BS 161 282 RR3D171TF
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BS 409 409 RR3E116TF
BS 410 479 RR3D171TF
BS 480 480 RR3E116TF
BS 481 558 RR3D171TF
BS 559 559 RR3E116TF
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BS 587 622 RR3D171TF
BS 623 623 RR3E116TF
BS 624 682 RR3D171TF
BS 683 683 RR3E116TF
BS 684 757 RR3D171TF
BS 758 818 RR3E116TF

RD RR3D171TF 757 0 0
GGCCGCCTCTTCTTCTTCTATCATCGCCAGTAGCATGAATACTAGTGACATAGTTTTACA
GACATCATCTCCTAAACTCTCACAGAACCAAGACTATATCTTCCATGGAGGGAGACGCCA
TGTGAGGCCGTACTACTTCGAGTTCATCTCTCATGTGAATAAACGCTGGACTGGGAAAAC
AATCGTGGACTTGTTCGCTGATGAATTCAAAGGCAGACAACGTGACTACTATGTTGGGGC
AGTCAAAAGTGGAAGAATCAAAGTTAATGGAGAAACTGTACCTGTTTCTTATATTGTTAA
ATCGTCTCAAAAGATCACTCATTTTGTCCACAGACATGAACCACCGGTGATGACTGATGA
TGTAGAGATCCCTGTGAATGAACCTGATGTTGTTACTGTCTGCAAACCCGCTTCTATTCC
CGTGCATCCATGTGGTCAATACCGTAAGAACACGGTTGTTGGAATCCTTGATGCTGAGCC
TGACCTCGGCCCTCTTTTTCCTATTCACCGATTAGACCGTTTGGTTTCTGGATTGCTCAT
CATAGCAAGAACTGCTGCTAAAGCTGATTTTTTCAGGCAACAGATTGAGGGGTGGAATGG
TGAAGAAACGTTATATTGCAAAGGTTATTGGCGTGTTCCCAGAAGATGAGAAAGTAGTCG
ACGCCAACATAAACTATAATGGTAGTGAAGGAAGAAGTACAGCAGAGGACGCTAATTCAA
GTGGTGATGATAAGAAAGTGAAAGGGAAGCCCGCGTG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3E116TF 704 0 0
G
CGCCATGTGAGGCCGTACTACTTCGAGTTCATCTCTCATGTGAACAAACGCTGGACTGGG
AAAACAATCGTGGACTTGTTCGCTGATGAATTCAAAGGCAGACAACGTGACTACTATGTT
GGGGCAGTCAAAAGTGGAAGAATCAAAGTTGATGGAGAAACTGTACCGGTTTCTTACATT
GTTAAATCGTCTCAAAAGATCACTCATTTCGTCCACAGGCATGAACCACCTGTGATGACT
GATGATGTAGAGATCCTTGTGAATGAACCTGATGTCGTTACTGTCTGCAAACCAGCTTCT
ATTCCCGTGCATCCATGTGGTCAATACCGTAAGAACACGGTTGTTGGAATCCTTGATGCT
GAGCATGACCTCGGCCCTCTTTTTCCTATTCACCGATTAGACCGTTTGGTTTCTGGATTG
CTCATCATAGCTAGAACTGCTGCCAAAGCTGATTTTTTCAGGCAACAGATCGAGGG*TGG
AATGGTTAAGAAACGTTATATTGCAAAAGTTATTGGCGTGTTCCCAGAAGATGAGAAAGT
AGTCGACGCCAACATAAACTATAATGGCAGTGAAGGAAGAAGTACAGCAGAGGA******
TTCAAGTGGTGATGATAAGAAGGTGAAGGGGAAGCCTGCGTGTACCAAGTTCACCAGAAT
CGACACAAATGGGACTCATAGCCTCGTCTTGTGTGAACCAGTG

QA 2 704 2 704
DS 



AS 1 3

CO CL4044Contig1 670 3 2 U
TTTTTATCTCTACTTCCAGACTAACGAGAGGCGTCGGCGCTGCTCCCTGCTTCAATTTCA
AGTTTGAAGAATGGTGAGAATCAGTGTCCTAAATGACGCTCTTAAGAGCATGTATAATGC
AGAGAAGAGGGGGAAGAGGCAGGTTATGATCAGGCCTTCTTCCAAAGTCATCATCAAGTT
CCTTATTGTCATGCAAAAGCACGGTTACATTGGGGAGTTTGAGTATGTTGATGACCACAG
GTCTGGTAAGATCGTTGTTGAGCTAAACGGAAGGCTCAACAAGTGTGGAGTTATCAGCCC
TCGTTTCGACGTTGGTGTTAAGGAGATTGAGGGTTGGACCGCTCGTCTTCTTCCTTCCCG
ACAGTTTGGTTACATTGTCCTGACAACCTCAGCTGGAATCATGGATCACGAAGAAGCCAG
GAGAAAGAATGTGGGTGGCAAGGTTCTTGGCTTTTTTTACTGAAGCAGCAGCTTCACACG
AGTTCCTGTTATATCGGGTTGTATTTCGCTGCTTTTTTTGAACTCGTCAATGTACTCAGA
TGCTTTAGACATTTAGGAGAGAAATAGACAACTTATTTCGGCTTTTGAGTTCGTCAGTCG
TCATGCAACCGTGAATTTGTATTGTACGAACTAAAGTAGATTTCTTTGATCAACTCTAGT
TCTGCTTATT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GM19TF U 1
AF RR3BX27JQ C 1
AF RR3BX27TF U 1
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BS 663 670 RR3BX27JQ

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CC

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DS 

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TCTGCTTATT

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DS 

RD RR3BX27TF 662 0 0
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TC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 3

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CCATCTACCCTGGTGCTGTCACCACCAATCTCGGATCTTCTGGTCTCATCGCTTGCACTC
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CAGCAACCGAGGTCACCGTTGTGATCGAAGCCTACAGAGCCCTCAGAGACCGTGGTCCAT
ACCCTGCCGACCAAGTTGTTAGAGACTTTCAAGGGAGATTTGCGTTTATGCTCTTTGACT
GCACCACCAAGAATGTCTTCCTTGCTGCGGACGCAGATGGTAGCGTTCCTCTCTTCTGGG
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GTGGTAAATCCTTTGCGCCATTCCCTAAAGGGTGCTTCTTTACCTCGTCTGGAGGGTTGA
GGAGCTTTGAGTTTCCACTGAACGAGCTAAAGCCTGTACCAAGGGTGTACAGTTCCGGTC
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TTTTCTCACACTGGTCATTCTAAGGTTTCTCTGGATCTACTAATGCTCATGAAGCTACGA
ATAAAGGACAAACTTCTGATTCAGTGCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A991TF U 1
AF RR3B023TF U 1
AF RR3B023JQ C 183
BS 1 53 RR3A991TF
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BS 701 794 RR3B023TF
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QA 1 700 1 700
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TCTTCCAAGGACATATAGAGAACATACCGTTCCTTAAACAGCAATATGGACTGACAAAAA
CAGCAACCGAGGTCACCGTTGTGATCGAAGCCTACAGAGCCCTCAGAGACCGTGGTCCAT
ACCCTGCCGACCAAGTTGTTAGAGACTTTCAAGGGAGATTTGCGTTTATGCTCTTTGACT
GCACCACCAAGAATGTCTTCCTTGCTGCGGACGCAGATGGTAGCGTTCCTCTCTTCTGGG
GAACTGATGGTGAAGGTCATCTCGTTATCTCTGAAGATGTTGAAACCGTGAAGAAAGGTT
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GAGTCGGCAGTGTT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3B023JQ 806 0 0
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GCAACCGAGGTCACCGTTGTGATCGAAGCCTACAGAGCCCTCAGAGACCGTGGTCCATAC
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ACCACCAAGAATGTCTTCCTTGCTGCGGACGCAGATGGTAGCGTTCCTCTCTTCTGGGGA
ACTGATGGTGAAGGTCATCTCGTTATCTCTGAAGATGTTGAAACCGTGAAGAAAGGTTGT
GGTAAATCCTTTGCGCCATTCCCTAAAGGGTGCTTCTTTACCTCGTCTGGAGGGTTGAGG
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TTCTCACACTGGTCATTCTAAGGTTTCTCTGGATCTACTAATGCTCATGAAGCTACGAAT
AAAGGACAAACTTCTGATTCAGTGCC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 3

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GCAGGGAGGAGGCTTCTGTCTCTTCAGCAGAGATCTTCCACTGCCACCTCTTTCGTCCTT
TCCAGAGATCACACCATCTCCAAAGAAGGCGACGACTCCACCAGATCTGCTCCCTCTGCA
GATCTTTCTTGTTTCAGTTCTTACCACCGGAGCCTTTTAAGAGGTTTCTCTTCTCAAGTC
ATCGCCCAAGGAAATGAGATTGGTTTCGCCTCTGAAGTCCCAGCCACCGTTGAGGCTGTC
AAGACACCTAACTCAAAGATTGTCTATGATGACCACAACCATGAGCGTTACCCACCTGGT
GACCCTAGCAAGCGTGCATTCGCATACTTCGTCCTGTCCGGTGGGAGGTTTGTCTACGCC
CCTGTTCTCCGCCTTCTTGTCCTGAAGCTCATTGTCAGCATGTCCGCAAGTAAAGATGTC
CTTGCACTTGCGTCCCTCGAGGTTGACCTCGGAAGCATCGAACCGGGAACTACTGTCACG
GTGAAGTGGCGTGGAAAACCTGTCTTCATCAGGAGAAGAACAGAAGATGACATCAAGCTG
GCGAACAGCGTGGATCTTGGATCTCTGAGAGACCCGCAAGAGGACTCGGTTAGGGTCAAG
AATCCGGAATGGTTGGTGGTGGTAGGAGTCTGCACTCACTTGGGGTGCATCCCTTTGCCG
AATGCTGGTGATTACGGTGGTTGGTTTTGTCCGTGTCACGGATCGCATTACGATATCGCT
GGAAGGATCAGGAAAGGTCCTGCCCCTTACAATCTGGAAGTACCAACTTACAGCTTCTTG
GAAGAGAATAAGTTACTCATTGGTTAATGATGAATAAAAGCACATCAGACAGTGTTTGTG
TTTTAAAGATCCTCATATGCTTTTGTTTGATATATACTTTCCGGCTACAAATGTAGCGTG
CAAGTTCGCTTTCCCTACACACTTGGGTTTTTTCAGCAAGGAGAGTAAAAGATTGTTTTG
GTTTTGCTGAATAATACAAACTTGTCTTTGTATGACTTATCATCTGTTTCATTTGGTGAA
AAAACAATTTTGGGAATAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BJ24TF U 1
AF RR3GH15TF U 30
AF RR3GH15JQ C 523
BS 1 91 RR3BJ24TF
BS 92 92 RR3GH15TF
BS 93 269 RR3BJ24TF
BS 270 270 RR3GH15TF
BS 271 420 RR3BJ24TF
BS 421 421 RR3GH15TF
BS 422 512 RR3BJ24TF
BS 513 513 RR3GH15TF
BS 514 647 RR3BJ24TF
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BS 649 706 RR3BJ24TF
BS 707 720 RR3GH15TF
BS 721 1105 RR3GH15JQ

RD RR3BJ24TF 706 0 0
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GCAGGGAGGAGGCTTCTGTCTCTTCAGCAGATATCTTCCACTGCCACCTCTTTCGTCCTT
TCCAGAGATCACACCATCTCCAAAGAAGGCGACGACTCCACCAGATCTGCTCCCTCTGCA
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ATCGCCCAAGGAAATGAGATTGGTTTCGCTTCTGAAGTCCCAGCCACCGTTGAGGCTGTC
AAGACACCTAACTCAAAGATTGTCTATGATGACCACAACCATGAGCGTTACCCACCTGGT
GACCCTAGCAAGCGTGCATTCGCATACTTCGTCCTGTCCGGTGGGAGGTTTGTCTACGCC
TCTGTTCTCCGCCTTCTTGTCCTGAAGCTCATTGTCAGCATGTCCGCAAGTAAAGATGTC
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GCGAACAGCGTGGATCTTGGATCTCTGAGAGACCCGCAAGAGGACTCAGTTAGGGTCAAG
AATCCGGAATGGTTGGTGGTGGTAGGAGTCTGCACTCACTTGGGGT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3GH15TF 691 0 0
GG
AGAGAAGAGAAGAGGAGATGTTGCGAGCTGCAGGGAGGAGGCTTCTGTCTCTTCAGCAGA
GATCTTCCACTGCCACCTCTTTCGTCCTTTCCAGAGATCACACCATCTCCAAAGAAGGCG
ACGACTCCACCAGATCTGCTCCCTCTGCAGATCTTTCTTGTTTCAGTTCTTACCACCGGA
GCCTTTTAAGAGGTTTCTCTTCTCAAGTCATCGCCCAAGGAAATGAGATTGGTTTCGCCT
CTGAAGTCCCAGCCACCGTTGAGGCTGTCAAGACACCTAACTCAAAGATTGTCTATGATG
ACCACAACCATGAGCGTTACCCACCTGGTGACCCTAGCAAGCGTGCATTCGCATACTTCG
TCCTGTCCGGTGGGAGGTTTGTCTACGCCCCTGTTCTCCGCCTTCTTGTCCTGAAGCTCA
TTGTCAGCATGTCCGCAAGTAAAGATGTCCTTGCACTTGCGTCCCTCGAGGTTGACCTCG
GAAGCATCGAACCGGGAACTACTGTCACGGTGAAGTGGCGTGGAAAACCTGTCTTCATCA
GGAGAAGAACAGAAGATGACATCAAGCTGGCGAACAGCGTGGATCTTGGATCTCTGAGAG
ACCCGCAAGAGGACTCGGTTAGGGTCAAGAATCCGGA*TGGTTGGTGGTGGTAG*AGTCT
GCACTCACTTGGGGTGCATCCCTTTGCCG

QA 3 691 3 691
DS 

RD RR3GH15JQ 583 0 0
CCGGGAACTACTGTCACGGTGAAGTGGCGTGGAAAACCTGTCTTCATCAGGAGAAGAACA
GAAGATGACATCAAGCTGGCGAACAGCGTGGATCTTGGATTTTTGAGAGACCCGCAAGAG
GACTCGGTTAGGGTCAAGAATCCGGAATGGTTGGTGGTGGTAGGAGTCTGCACTCACTTG
GGGTGCATCCCTTTGCCGAATGCTGGTGATTACGGTGGTTGGTTTTGTCCGTGTCACGGA
TCGCATTACGATATCGCTGGAAGGATCAGGAAAGGTCCTGCCCCTTACAATCTGGAAGTA
CCAACTTACAGCTTCTTGGAAGAGAATAAGTTACTCATTGGTTAATGATGAATAAAAGCA
CATCAGACAGTGTTTGTGTTTTAAAGATCCTCATATGCTTTTGTTTGATATATACTTTCC
GGCTACAAATGTAGCGTGCAAGTTCGCTTTCCCTACACACTTGGGTTTTTTCAGCAAGGA
GAGTAAAAGATTGTTTTGGTTTTGCTGAATAATACAAACTTGTCTTTGTATGACTTATCA
TCTGTTTCATTTGGTGAAAAAACAATTTTGGGAATAAAAAAAA

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 3

CO CL4047Contig1 882 3 4 U
GCATAAAATTTGATATGATTATTTCAGTCTACATGACTACAAGATTACAACACAACTTTT
TTCTTTGGACCATATATTCGAATGCACGAGATGTGCATTCTGAATATTTCTTAAATTCAT
ACAAAAATAAAATAAAGAGCAACACAAAATCATGATAGAACATGATGGATAAACACATCT
ATTATGACTATTAACCAAAACTTTATTTGGTTAGTCTCAACAAGGTAATTTAAACCCCAT
GTAACGACCAGAGACAAAATCATTCCAAACGTCAAGGGCTCCATAGCTTGTCATCAACAC
AATACTCAATGCCATGACAATACCAACGGAGAACACTATGATCGAAGCCCTTCCGAACTG
AGTTATTACCTTTTGAACCACCATTAGTCCAACGAGTGATGCCACAAAACATAAAATCGC
AAATAAACAAGCGGTTCCGGTATGTTCCATGCCTAGTAACAAGTATTGAATAGCAGACAT
TGTGGATGAAAACAGAACCATGAAAGAACATGTCGCTGCAGTTACCTCGGGAGCGATGCC
AACTTGGAGGAGGAGAGGGCTAATGAGCATACCGCCTCCAATACCAAAAACACCTCCTAA
AACTCCAGCTAGTAGAGCCATTACAGGAAACATACATTTGTTTGCTCTTCCTCCATCATA
TGATCTCAAATCTTCTACGTCCTTTACTGAGACATGGTGATCTGAACACTGGTTGCCTTG
AACATTGTCACTTAAGCAGATCCAAAGAGTGAAGAAGAGTGTGAGTGGGATTTGAGTTGA
TGAGAGGAGCCAGTACGTGATGCCACATGGCTCGATCGATATGATCCCCTCGCGTATTGT
TTCTCGAGAGATAAAAGCAAGTAGATAGCAATACACAAACGC


BQ
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AF RR3G985JQ U 1
AF RR3G985TF C 129
AF RR3CE20JQ U 47
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BS 727 882 RR3CE20JQ

RD RR3G985JQ 726 0 0
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ATTATGACTATTAACCAAAACTTTATTTGGTTAGTCTCAACAAGGTAATTTAAACCCCAT
GTAACGACCAGAGACAAAATCATTCCAAACGTCAAGGGCTCCATAGCTTGTCATCAACAC
AATACTCAATGCCATGACAATACCAACGGAGAACACTATGATCGAAGCCCTTCCGAACTG
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AACTTGGAGGAGGAGAGGGCTAATGAGCATACCGCCTCCAATACCAAAAACACCTCCTAA
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AACATT

QA 1 726 1 726
DS 

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A
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AGAGACAAAATCATTCCAAACGTCAAGGGCTCCATAGCTTGTCATCAACACAATACTCAA
TGCCATGACAATACCAACGGAGAACACTATGATCGAAGCCCTTCCGAACTGAGTTATTAC
CTTTTGAACCACCATTAGTCCAACGAGTGATGCCACAAAACATAAAATCGCAAATAAACA
AGCGGTTCCGGTATGTTCCATGCCTAGTAACAAGTATTGAATAGCAGACATTGTGGATGA
AAACAGAACCATGAAAGAACATGTCGCTGCAGTTACCTCGGGAGCGATGCCAACTTGGAG
GAGGAGAGGGCTAATGAGCATACCGCCTCCAATACCAAAAACACCTCCTAAAACTCCAGC
TAGTAGAGCCATTACAGGAAACATACATTTGTTTGCTCTTCCTCCATCATATGATCTCAA
ATCTTCTACGTCCTTTACTGAGACATGGTGATCTGAACACTGGTTGCCTTGAACATTGTC
ACTTAAGCAGATCCAAAGAGTGA
C

QA 2 624 2 624
DS 

RD RR3CE20JQ 836 0 0
G
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TTCTTAAATTCATACAAAAATCAAATAAAGAGCAACACAAAATCATGATAGAACATGATG
GATAAACACATCTATTATGACTATTAACCAAAACTTTATTTGGTTAGTCTCAACAAGGTA
ATTTAAACCCCATGTAACGACCAGAGACAAAATCATTCCAAACGTCAAGGGCTCCATAGC
TTGTCATCAACACAATACTCAATGCCATGACAATACCAACGGAGAACACTATGATCGAAG
CCCTTCCGAACTGAGTTATTACCTTTTGAACCACCATTAGTCCAACGAGTGATGCCACAA
AACATAAAATCGCAAATAAACAAGCGGTTCCGGTATGTTCCATGCCTAGTAACAAGTATT
GAATAGCAGACATTGTGGATGAAAACAGAACCATGAAAGGACATGTCGCTGCAGTTACCT
CGGGAGCGATGCCAACTTGGAGGAGGAGAGGGCTAATGAGCATACCGCCTCCAATACCAA
AAACACCTCCTAAAACTCCAGCTAGTAGAGCCATTACAGGAAACATACATTTGTTCGCTC
TTCCTCCATCATTTGATCTCAAATCTTCTACGTCCTTTACTGAGACATGGTGATCTGAAC
ACTGGTTGCCTTGAACATTGTCACTTAAGCAGATCCAAAGAGTGAAGAAGAGTGTGAGTG
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CCTCGCGTATTGTTTCTCGAGAGATAAAAGCAAGTAGATAGCAATACACAAACGC

QA 2 836 2 836
DS 



AS 1 3

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CTTACTTACTCACTCCATTATCTTCCTCTCATTAATTCAATCAGAACACAAATGGAGAGC
TCTACATCTTTAGCCATCGTTCTTCATCAGTCTGCCAATCATGACGAACTCTTCATGCAG
CAGACTCTTCAATTCTCACAAACTCTCAAGGATTTAAAGAACTTACGGAAACAATTATAC
TCAGCTGCTGAGTACTTCGAAACATCTTATGGCAAAGAAGAGCACAAAGAAACGGTGATC
GAGACGTTGAAAGAGTATGCAGCCAAGGCAGTAGTGAACACAGTGGATCATCTTGGCTCT
GTCTCTGATAAATTCAACTCTTTTCTCTCTGATAACTCAACCCATTTCTCCACCACTCAT
CTTCGTTTGTCTTCTCTCGAACAAAGGATGAAACTATGCAGAGAGTACATGGGGAAAAGT
GGGACTTCTCATCATTCCTTTCTCATTCAATCTCCTCCTCACCATCATAAGCGTTACTTC
TTCCCTCAACATGGAAGAGGTGAACGTGGAAGAGGCACAAGTTTCTCCGCAGGAGATGAC
TCGCATAGGTTCAAGAGTGCTGTTCGATCAACAATACTAGAAAAACACGCAAGTACTACT
GCAAGAAAAGCTTATAAGACAGGAAGCTTCTCCTTCTTACATAACAACATCAGCAACAAC
AGAACACCAAACAGTAAAAGAGGAAACTCTCCTCTGAGGTTTCCTCTCTTACGTTCAGGA
TCTCAACTGAAACACTCAAGCTCTCCAGGCCAGCCAAGAATACTGGCGTTGTTACCGGAA
CCAGAAAGAGCGATATCTTTGTCCACAAGTAGAGAGATAGTGGAGATAAAGCAAAAATCT
TCATTGAGAAAGGGGAAGAAGAGTCTGATGCTCAAGGCACTGATGAGTATGAGCAGCAAG
TCCAGAACCTAAATCCCTCCCTTTGTATTTTACATTTTTATAATTTTTTTTAAAACTCTA
CATTTTATAGTGTTCATCCTTAAGATCGTACAAAAAAACATGTGAACTAAGGAGAGAGTA
ATAGTGGTTATTCTCAATCTTCTTTAGATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX61TF U 1
AF RR3CF63TF U 89
AF RR3FX61JQ C 376
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RD RR3FX61TF 768 0 0
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TCAGCTGCTGAGTACTTCGAAACATCTTATGGCAAAGAAGAGCACAAAGAAACGGTGATC
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GTCTCTGATAAATTCAACTCTTTTCTCTCTGATAACTCAACCCATTTCTCCACCACTCAT
CTTCGTTTGTCTTCTCTCGAACAAAGGATGAAACTATGCAGAGAGTACATGGGGAAAAGT
GGGACTTCTCATCATTCCTTTCTCATTCAATCTCCTCCTCACCATCATAAGCGTTACTTC
TTCCCTCAACATGGAAGAGGTGAACGTGGAAGAGGCACAAGTTTCTCCGCAGGAGATGAC
TCGCATAGGTTCAAGAGTGCTGTTCGATCAACAATACTAGAAAAACACGCAAGTACTACT
GCAAGAAAAGCTTATAAGACAGGAAGCTTCTCCTTCTTACATAACAACATCAGCAACAAC
AGAACACCAAACAGTAAAAGAGGAA*CTCTCCTCTGAGGTT
CCTCTCT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3CF63TF 760 0 0
GTTACGGCCGGGGG
AGAACACAAATGGAGAGCTCTACATCTTTAGCCATCGTTCTTCATCAGTCTGCCAATCAT
GACGAACTCTTCATGCAGCAGACTCTTCAATTCTCACAAACTCTCAAGGATTTAAAGAAC
TTACGGAAACAATTATACTCAGCTGCTGAGTACTTCGAAACATCTTATGGCAAAGAAGAG
CACAAAGAAACGGTGATCGAGACGTTGAAAGAGTATGCAGCCAAGGCAGTAGTGAACACA
GTGGATCATCTTGGCTCTGTCTCTGATAAATTCAACTCTTTTCTCTCTGATAACTCAACC
CATTTCTCCACCACTCATCTTCGTTTGTCTTCTCTCGAACAAAGGATGAAACTATGCAGA
GAGTACATGGGGAAAAGTGGGACTTCTCATCATTCCTTTCTCATTCAATCTCCTCCTCAC
CATCATAAGCGTTACTTCTTCCCTCAACATGGAAGAGGTGAACGTGGAAGAGGCACAAGT
TTCTCCGCAGGAGATGACTCGCATAGGTTCAAGAGCGCTGTTCGATCAACAATACTAGAA
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AACAACATCAGCAACAACAGAACACCAAACAGTAAAAGAGGAAACTCTCCTCTGAGTTT*
CCTCTCTTACGTTCAGGATCTCAACTGAA*CACTCAAGCTCTC*AGGC*AGCCA*GAATA
CTGGCGTTGTTAC
GGACAGAAAGAGC

QA 15 747 15 747
DS 

RD RR3FX61JQ 736 0 0
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TCCTTTCTCATTCAATCTCCTCCTCACCATCATAAGCGTTACTTCTTCCCTCAACATGGA
AGAGGTGAACGTGGAAGAGGCACAAGTTTCTCCGCAGGAGATGACTCGCATAGGTTCAAG
AGTGCTGTTCGATCAACAATACTAGAAAAACACGCAAGTACTACTGCAAGAAAAGCTTAT
AAGACAGGAAGCTTCTCCTTCTTACATAACAACATCAGCAACAACAGAACACCAAACAGT
AAAAGAGGAAACTCTCCTCTGAGGTTTCCTCTCTTACGTTCAGGATCTCAACTGAAACAC
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TCTTTGTCCACAAGTAGAGAGATAGTGGAGATAAAGCAAAAATCTTCATTGAGAAAGGGG
AAGAAGAGTCTGATGCTCAAGGCACTGATGAGTATGAGCAGCAAGTCCAGAACCTAAATC
CCTCCCTTTGTATTTTACATTTTTATAATTTTTTTTAAAACTCTACATTTTATAGTGTTC
ATCCTTAAGATCGTACAAAAAAACATGTGAACTAAGGAGAGAGTAATAGTGGTTATTCTC
AATCTTCTTTAGATGC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 3

CO CL4049Contig1 1107 3 3 U
GGACTCCATTACCATTTCCTCTGTACTTTAGATTCCTTAACGTTGTAAGAAAGAAAACAC
CACCAATATCAGGGGGGAATAACATGGCGGATGGTAGTAGTAGCTGTACGTCGGAGTCCA
CCGTCGACGGAAGCTGCATCAGTAGATAGATCATGCTGTTCGGTGTGAGGGTGGTTCTTG
ATCCGATGAGGAAGAGTGTGAGTTTTAACAACTTGTCAGAGTACGAGCAGACGGAGGAGA
TCCCAAAGATCATCGCTGAGGATGAGAAGAACAAAACCTACGCCTCCGCGGACGAGGCTG
TTCCGATAACTTCTAGCCGCGAGAGGAAACGAGGAGTTCCGTGGACAGAGGAAGAGCACA
AGCTGTTCTTGCTTGGGCTGCAGAAAGTAGGGAAAGGAGATTGGAAAG*AATATCTAAAA
ACTTTGTCAAGAGCAGGACGTCTACACAAGTAGCTAGTCACGCTCAGAAGTACTTCCTCC
GGCGAAGTAATCTCAACCGTCGCCGGCGAAGATCTAGTCTTTTCGACATGACAACTGACA
CGGTCATGCCCATGAAAGAAGATCAAGTGCTTGTACAGGAGAACACACCACAACAGGAAG
TTAACAACTTCTCTGTACACCCGGTTACGCAAGTGTTTCCATCTAGTGATAATGCATCAG
GGACTCAATCTTATGGACATCTTTCTTCCTCTAACCTAATCAACTTGGTCCCATATACTT
TTCAAGCAAGACCCACTGAACCGATCTCTCTCAGCCTCACACTAGCCTCGTCTAATCTCA
ATGAGCCTTCTTCCTCAAGGCACTCAGCATTCAACACGATTGGAGTCGCTTAGAGAAACC
CCTCCCAAAAGGTTGAATCTGTAACACACCTTGTTTGTTTCTCTGTTGTACAGATAGGTC
TTGAGACTTTCTATGTATTTGGCTGAAGAGACCTGTGTCAAAAGAAGAATAATAGACAGA
GAAGTTTGGTTTTTTTAGGGTTTCATCATCATCTTTTGTTTTTTTTTTCCTTCCATTCTT
GGGAGTTGCTGTAATACTACTTATCTGGTCATTCGTGTGGATCTATATCAAAACTATATT
AACGTTATGTTTCATTAATTTTCTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ27TF U 1
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ATTTCGTTTTATGTCCAATAAAGTATTAGTATTTGTAACTACAATCCAGAAGTGAACTTT
TTCTTTTGTGAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BM58TF U 23
AF RR3DT84TF U 1
AF RR3DT84JQ C 162
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QA 1 756 1 756
DS 

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GACGTTTGAGACGGCAGAGGAGGCAGCAAGAGCCTACGACGAGGCAGCCGTTTTAATGAG
CGGCCGCAACGCCAAGACTAACTTCCCCCTCAACAACAACAAC***ACAGGAGACACATC
GGAGGGCAAAACAGATATTTCATCCTCCTCTTCATCACTCTCTTCTATCCTCAGCGCCAA
ACTGAGGAAATGCTGCAAGTCTCCTTCGCCTTCCCTCACCTGCCTCCGTCTTGACACGGC
CAGCTCCCACATCGGCGTCTGGCAGAAGCGCGCCGGTTCCAAGTCCGACTCCAGTTGGGT
CATGACGGTGGAGCTCGGTCCCGCTGGTTCCTCCCAAGAGCCTACTAAAAATGCTTCACA
AGATGATGTTGGTCCGGCCACTGAAGTTGGCGGCGGCGGAGGAGGAGAAGAAGGAGCAAT
GGACGAAGAAGAGAAAGCTGCTTTGCAAATGATAGAGGAGCTTCTCAATACAAACTAAAT
ATTATTTGCTTATATATACCTATTTTTATTGCTGATTTACAGCCATAATTATTAATTATA
CCCATATATATGCCATGTATCGTGTTTATATTTATATGTGATAGTTATAAGTTGTTTTAT
ATTTCGTTTTATGTC

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3DT84JQ 691 0 0
AACGGAGAATTTGGCTTGGGACGTTTGAGACGGCAGAGGAGGCAGCAAGAGCCTACGACG
AGGCAGCCGTTTTAATGAGCGGCCGCAACGCCAAGACTAACTTCCCCCTCAACAACAACA
AC***ACAGGAGACACATCGGAGGGCAAAACAGATATTTCATCCTCCTCTTCATCACTCT
CTTCTATCCTCAGCGCCAAACTGAGGAAATGCTGCAAGTCTCCTTCGCCTTCCCTCACCT
GCCTCCGTCTTGACACGGCCAGCTCCCACATCGGCGTCTGGCAGAAGCGCGCCGGTTCCA
AGTCCGACTCCAGTTGGGTCATGACGGTGGAGCTCGGTCCCGCTGGTTCCTCCCAAGAGC
CTACTAAAAATGCTTCACAAGATGATGTTGGTCCGGCCACTGAAGTTGGCGGCGGCGGAG
GAGGAGAAGAAGGAGCAATGGACGAAGAAGAGAAAGCTGCTTTGCAAATGATAGAGGAGC
TTCTCAATACAAACTAAATATTATTTGCTTATATATACCTATTTTTATTGCTGATTTACA
GCCATAATTATTAATTATACCCATATATATGCCATGTATCGTGTTTATATTTATATGTGA
TAGTTATAAGTTGTTTTATATTTCGTTTTATGTCCAATAAAGTATTAGTATTTGTAACTA
CAATCCAGAAGTGAACTTTTTCTTTTGTGAT

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 3

CO CL4051Contig1 813 3 2 U
ACTAACTGAATTTTGATACAATGATTGATTCATCCTTGTCTTGATCTAGTTAAGCAAATA
TAGTTTCTCCAGTGTCACAAATTGTATGAACATACGTCAAACAAACACAAACATCATACT
AGCCTTTTTAATTTCAAGATCAAAAAATTCAATAAAACTAAATAGAGAGACGACAGCAAG
TTTTGCCTTGAGATAAAGAAAACTTATCGCCTTCTCATACCACGGCCACGACCTCCACCG
CGTCCTCTTCCCATAGCACCTGCGGCATCTCCCTGTGCGTCCTCAGATTTTGGGTTCTTC
ACAGTTTCATCCACACTAAGGATAAGGCAAGCTGCTTCAGTCGCAGCGTTTATAGCATTA
ATCTTTACAACTGCAGGCTCCCAGACGAAGTTAGCAAATGAATCAGCTATTCCACCAGTG
TTAATGTCCACCCCATATGGAGCTCCTTCACCGCTTTGCATGGCGTGTTTTTGTCTTAAT
TTATTCAGGACATCAGTCGCATCAAATCCAGCATTGTCACATAATTGTCGTGGAATAACC
TCCAGGGCCTTTGCATACGAGTTGATGAAAAGCTGAGACTTCCCGGCAATTGTTCGCGAA
TGCTGCCTCAGGTACTTGCTTATCTCCATATCTATAGCTCCACCTCCAGGAACAACAGTT
GAGTTCTTCACAGCTCTTCTCACAATCATAATCGCATCATGTAAACTCCGCTCAGCTTCT
TCGATGAACTGATCAGCTCCACCACGGAGGACAATAGTTGCTGTACGCCCTGAAGGGCAC
CACTGAATATGTTAAACCTCTCGCCACCAACTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BY07JQ U 1
AF RR3BY07TF C 1
AF RR3D668JQ U 27
BS 1 681 RR3BY07JQ
BS 682 813 RR3D668JQ

RD RR3BY07JQ 681 0 0
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TTTTGCCTTGAGATAAAGAAAACTTATCGCCTTCTCATACCACGGCCACGACCTCCACCG
CGTCCTCTTCCCATAGCACCTGCGGCATCTCCCTGTGCGTCCTCAGATTTTGGGTTCTTC
ACAGTTTCATCCACACTAAGGATAAGGCAAGCTGCTTCAGTCGCAGCGTTTATAGCATTA
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TTAATGTCCACCCCATATGGAGCTCCTTCACCGCTTTGCATGGCGTGTTTTTGTCTTAAT
TTATTCAGGACATCAGTCGCATCAAATCCAGCATTGTCACATAATTGTCGTGGAATAACC
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TGCTGCCTCAGGTACTTGCTTATCTCCATATCTATAGCTCCACCTCCAGGAACAACAGTT
GAGTTCTTCACAGCTCTTCTC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3BY07TF 681 0 0
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TAGTTTCTCCAGTGTCACAAATTGTATGAACATACGTCAAACAAACACAAACATCATACT
AGCCTTTTTAATTTCAAGATCAAAAAATTCAATAAAACTAAATAGAGAGACGACAGCAAG
TTTTGCCTTGAGATAAAGAAAACTTATCGCCTTCTCATACCACGGCCACGACCTCCACCG
CGTCCTCTTCCCATAGCACCTGCGGCATCTCCCTGTGCGTCCTCAGATTTTGGGTTCTTC
ACAGTTTCATCCACACTAAGGATAAGGCAAGCTGCTTCAGTCGCAGCGTTTATAGCATTA
ATCTTTACAACTGCAGGCTCCCAGACGAAGTTAGCAAATGAATCAGCTATTCCACCAGTG
TTAATGTCCACCCCATATGGAGCTCCTTCACCGCTTTGCATGGCGTGTTTTTGTCTTAAT
TTATTCAGGACATCAGTCGCATCAAATCCAGCATTGTCACATAATTGTCGTGGAATAACC
TCCAGGGCCTTTGCATACGAGTTGATGAAAAGCTGAGACTTCCCGGCAATTGTTCGCGAA
TGCTGCCTCAGGTACTTGCTTATCTCCATATCTATAGCTCCACCTCCAGGAACAACAGTT
GAGTTCTTCACAGCTCTTCTC

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3D668JQ 787 0 0
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TGAACATACGTCAAACAAACACAAACATCATACTAGCCTTTTTAATTTCAAGATCAAAAA
ATTCAATAAAACTAAATAGAGAGACGACAGCAAGTTTTGCCTTGAGATAAAGAAAACTTA
TCGCCTTCTCATACCACGGCCACGACCTCCACCGCGTCCTCTTCCCATAGCACCTGCGGC
ATCTCCCTGTGCGCTCTCAGATTTTGGGTTCTTCACAGTTTCATCCACACTAAGGATAAG
GCAAGCTGCTTCAGTCGCAGCGTTTATAGCATTAATCTTTACAACTGCAGGCTCCCAGAC
GAAGTTAGCAAATGAATCAGCTATTCCACCAGTGTTAATGTCCACCCCATATGGAGCTCC
TTCACCGCTTTGCATGGCGTGTTTTTGTCTTAATTTATTCAGGACATCAGTCGCATCAAA
TCCAGCATTGTCACATAATTGTCGTGGAATAACCTCCAGGGCCTTTGCATACGAGTTGAT
GAAAAGCTGAGACTTCCCGGCAATTGTTCGCGAATGCTGCCTCAGGTACTTGCTTATCTC
CATATCTATAGCTCCACCTCCAGGAACAACAGTTGAGTTCTTCACAGCTCTTCTCACAAT
CATAATCGCATCATGTAAACTCCGCTCAGCTTCTTCGATGAACTGATCAGCTCCACCACG
GAGGACAATAGTTGCTGTACGCCCTGAAGGGCACCACTGAATATGTTAAACCTCTCGCCA
CCAACTT

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL4052Contig1 757 2 7 U
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GCGCAAGGGGCGATCCAGTTTTCTGTAACGGTATGCGTGGTGATCAATCGTCTTTAATCC
TCTTAATTCGCAAGCCCACTTCAAAGCTTTTGATTGCGGCTAAATCGGGTATAAATATGT
TATGATCTTTACTTTGCGAGAGCTTATGTGGATGGATTTTCTCCTGGTGTATGTAAACGT
GAGTGTGTGTTTCTGATTTCATTTTTTGTATCGATCGTTATATGTTGATATTTACCGTAT
TGATGTGATTCTGGTTAACCTGAAAGCCGAGATTCACATTCTTCGTCTTCCCAAATCGAG
GTATTGTTACATATCCATTCTTCTTGGATCTGATTGTGATTCTCGATTTCGAATCTCCTT
GCTTCTGGTGTTATTCCCTACGGAGATATTTTATTATCTAACAAGAATTTGAGATTTGAA
TCGAAATGAAACCATAGCCTCAAGAGCTTTGTGCCAGAAAGTTTTATTTCATAGTGTTAC
TGACAATAGCTATTTGTTCTCTTTTTTCCCCGTTTATGTCTGGCTTTAATTATTGTCTAT
TATTTTTGGATTCCGTTTTGCAGTGGGTTCTATCTCCCAAGTACTTCAATTTTCCAGTTC
CTAACATTGACTCACGATCCATATGAGATTTTCTAAGTTCGTGGGCTTCCTTCTTATTCG
AGTATTCAAGTCGCATCTGTATAAATTATAATGAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CE45TF U 23
AF RR3GK25TF U 1
BS 1 260 RR3GK25TF
BS 261 261 RR3CE45TF
BS 262 273 RR3GK25TF
BS 274 274 RR3CE45TF
BS 275 663 RR3GK25TF
BS 664 664 RR3CE45TF
BS 665 757 RR3GK25TF

RD RR3CE45TF 657 0 0
G
GAAGAACGCTTTGGTGATTATCGTTTCTCTTCGATCGGCGCAAGGGGCGATCCAGTTTTC
TGTAACGGTATGCGTGGTGATCAATCGTCTTTAATCCTCTTAATTCGCAAGCCCACTTCA
AAGCTTTTGATTGCGGCTAAATCGGGTATAAATATGTTATGATCTTTACTTTGCGAGAGC
TTATGTGGATGGATTTTCTCCTGGTGTATGTAAACGTGAGTGTGTGTTTCTGATTTCATT
TTTTGTATCGATCGTTATATGTTGATATTTACCGTATTGATGTGATTCTGGTTAACCTGA
AAGCCGAGATTCACATTCTTCGTCTTCCCAAATCGAGGTATTGTTACATATCCATTCTTC
TTGGATCTGATTGTGATTCTCGATTTCGAATCTCCTTGCTTCTGGTGTTATTCCCTACGG
AGATATTTTATTATCTAACAAGAATTTGAGATTTGAATCGAAATGAAACCATAGCCTCAA
GAGCTTTGTGCCAGAAAGTTTTATTTCATAGTGTTACTGACAATAGCTATTTGTTCTCTT
TTTTCCCCGTTTATGTCTGGCTTTAATTATTGTCTATTATTTTTGGATTCCGTTTTGCAG
TGGGTTCTATCTCCCAAGTACTTCAATTTTCCAGTTCCTAACATTGACTCATGATC

QA 2 657 2 657
DS 

RD RR3GK25TF 757 0 0
GGAGGAAAACCCTAATCGGTGGTGAAGAACGCTTTGGTGATTATCGTTTCTCTTCGATCG
GCGCAAGGGGCGATCCAGTTTTCTGTAACGGTATGCGTGGTGATCAATCGTCTTTAATCC
TCTTAATTCGCAAGCCCACTTCAAAGCTTTTGATTGCGGCTAAATCGGGTATAAATATGT
TATGATCTTTACTTTGCGAGAGCTTATGTGGATGGATTTTCTCCTGGTGTATGTAAACGT
GAGTGTGTGTTTCTGATTTCGTTTTTTGTATCGGTCGTTATATGTTGATATTTACCGTAT
TGATGTGATTCTGGTTAACCTGAAAGCCGAGATTCACATTCTTCGTCTTCCCAAATCGAG
GTATTGTTACATATCCATTCTTCTTGGATCTGATTGTGATTCTCGATTTCGAATCTCCTT
GCTTCTGGTGTTATTCCCTACGGAGATATTTTATTATCTAACAAGAATTTGAGATTTGAA
TCGAAATGAAACCATAGCCTCAAGAGCTTTGTGCCAGAAAGTTTTATTTCATAGTGTTAC
TGACAATAGCTATTTGTTCTCTTTTTTCCCCGTTTATGTCTGGCTTTAATTATTGTCTAT
TATTTTTGGATTCCGTTTTGCAGTGGGTTCTATCTCCCAAGTACTTCAATTTTCCAGTTC
CTAGCATTGACTCACGATCCATATGAGATTTTCTAAGTTCGTGGGCTTCCTTCTTATTCG
AGTATTCAAGTCGCATCTGTATAAATTATAATGAAAT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL4053Contig1 1420 2 4 U
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ATCAAGCTTGTGAAGAAGCTGCCTCCTAACTGTACCCAACCCATGCCTTTCACGTTTGAG
ACCAAGGGGTATAAGTCTGCGGTTATCCAAGATGTTCCCATCTCCAAACCGCTGTCTCGG
TCTCAAGTTGTTGAGCTTCAGACGACTCTTGACTCTGCTCAAGACCTGCCTCCCACTCTT
GTTCAGGTCCAGGACCCGAATCAGTTACAGAACTTTGTGGATCGTATGAAACATGTGGGC
GATGTTCTTAACGTCACCATAAGCAAGCATGGTGATCTTCAGGTGCAGATCTCGACGACT
TTGGTTAGGCTCGGCTCTGAGTTCCAGAGGCTTTCGGTTATTGGAGAGAAGTCTCAGGCT
CCTGCTGAGGATAGGAACTTGAGCGCTCAGGCTCGGTCAGAGAGAGCGATTTCGAGAGGA
GATGCTCAGTCTGTGCAGGTGAGTGTTAAGCACTTTTCAAAGAGCCTTCAGTGTCAGCTA
ACCAAACCAGACTCGGCTTTCTATGGGATTGCTCCTCAAGGTGCTTGCTTGACTGTCATC
TTCCAGTTCATGGTTCCAGGGACTCGCCAGACCGACAAATCAATCAGTTTGCATTGCAGG
CTTCCTGTCTTGGATCCAGGCTCCAACTAAATCTTAAATGAGTGATAGTAGTTTGCTTTT
ATCAGAAAGACTTTCCGTGAAGACCATTATTGTACTACATTACACTTCCTTACAAGCTGT
CAATCAAATGATTAAAAAAAAAAGCAAAAGCAAAATCAGATTCTTACAAAAGAAACAAAG
AATGTGTGAAACCGAACAAAGAGACTTTTATCTACTCTTGTTCTTGTTTTTGATGTTCCT
TCTCTTTAGAGATTTCATCTATAGCTTCCCCTCCTTTGTTTCTATTGAAGAGTGGAGTAC
CTTCAAGATACGCCATCTTCTCCTTAGATTCATTCATCAGCATCTCCACAACCTCAGACA
TGGTTGGTCTCTTCTCAGGCTCACTCTGAGCACACATAAGCGAAACCAAAACTACCCTTT
TCAGCTCCTCTTCCACATACTTCCCATTCAGCCTTTGATCCACAATGTCACCATACTTCT
TCTCGTAAACCAAAGGTAAAACCCATTCGGTAATACCCCGGTTTGTTGTTTGGTTTAGCC
TTTCTATAGGTCTCTTACCGGTAACAAGCTCAAGCAAAACAACACCGAAACTATACACAT
CTCCCATATACGACTCTCTTCCTGATTCAATACATTCTGGTGAGAGATACCCAATGTTTT
TACTCCCCTTGGTGGTTTTAGTAGCTCCATCTTCATCTTGCATCAGCTTACCATATCCAA
AATCAGTAACCCGAGCTTCAAACTCAGAGTCTAGCAGCAC


BQ
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GY25JQ C 1
AF RR3EA09JQ U 723
BS 1 722 RR3GY25JQ
BS 723 785 RR3EA09JQ
BS 786 786 RR3GY25JQ
BS 787 1420 RR3EA09JQ

RD RR3GY25JQ 793 0 0
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ATCAAGCTTGTGAAGAAGCTGCCTCCTAACTGTACCCAACCCATGCCTTTCACGTTTGAG
ACCAAGGGGTATAAGTCTGCGGTTATCCAAGATGTTCCCATCTCCAAACCGCTGTCTCGG
TCTCAAGTTGTTGAGCTTCAGACGACTCTTGACTCTGCTCAAGACCTGCCTCCCACTCTT
GTTCAGGTCCAGGACCCGAATCAGTTACAGAACTTTGTGGATCGTATGAAACATGTGGGC
GATGTTCTTAACGTCACCATAAGCAAGCATGGTGATCTTCAGGTGCAGATCTCGACGACT
TTGGTTAGGCTCGGCTCTGAGTTCCAGAGGCTTTCGGTTATTGGAGAGAAGTCTCAGGCT
CCTGCTGAGGATAGGAACTTGAGCGCTCAGGCTCGGTCAGAGAGAGCGATTTCGAGAGGA
GATGCTCAGTCTGTGCAGGTGAGTGTTAAGCACTTTTCAAAGAGCCTTCAGTGTCAGCTA
ACCAAACCAGACTCGGCTTTCTATGGGATTGCTCCTCAAGGTGCTTGCTTGACTGTCATC
TTCCAGTTCATGGTTCCAGGGACTCGCCAGACCGACAAATCAATCAGTTTGCATTGCAGG
CTTCCTGTCTTGGATCCAGGCTCCAACTAAATCTTAAATGAGTGATAGTAGTTTGCTTTT
ATCAGAAAGACTTTCCGTGAAGACCATTATTGTACTACATTACACTTCCTTACAAGCTGT
CAATCAAATGATT

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3EA09JQ 698 0 0
CAGAAAGACTTTCCGTGAAGACCATTATTGTACTACATTACACTTCCTTACAAGCTGTCA
ATCGAATGATTAAAAAAAAAAGCAAAAGCAAAATCAGATTCTTACAAAAGAAACAAAGAA
TGTGTGAAACCGAACAAAGAGACTTTTATCTACTCTTGTTCTTGTTTTTGATGTTCCTTC
TCTTTAGAGATTTCATCTATAGCTTCCCCTCCTTTGTTTCTATTGAAGAGTGGAGTACCT
TCAAGATACGCCATCTTCTCCTTAGATTCATTCATCAGCATCTCCACAACCTCAGACATG
GTTGGTCTCTTCTCAGGCTCACTCTGAGCACACATAAGCGAAACCAAAACTACCCTTTTC
AGCTCCTCTTCCACATACTTCCCATTCAGCCTTTGATCCACAATGTCACCATACTTCTTC
TCGTAAACCAAAGGTAAAACCCATTCGGTAATACCCCGGTTTGTTGTTTGGTTTAGCCTT
TCTATAGGTCTCTTACCGGTAACAAGCTCAAGCAAAACAACACCGAAACTATACACATCT
CCCATATACGACTCTCTTCCTGATTCAATACATTCTGGTGAGAGATACCCAATGTTTTTA
CTCCCCTTGGTGGTTTTAGTAGCTCCATCTTCATCTTGCATCAGCTTACCATATCCAAAA
TCAGTAACCCGAGCTTCAAACTCAGAGTCTAGCAGCAC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 3

CO CL4054Contig1 723 3 22 U
GAGCGAGCTCAAGAGCGTTACGTTCTTAGACCTTTCCTTTAACCAGTTTACCGGTCCAAT
TCCCGGGTCGATTTCTCAGATGCCGAAGCTAGGAGCCCTTCAGATCAACGATAATAAGTT
AACCGGTTCTATACCAGACTCTTTCGGTTCTTTTGTAGGCACCGTTCCTAATCTCTACCT
GTTTAACAATAAGCTCTCAGGAAAAGTACCGGAATCGTTGTTAAAGTACGACTTTAACGC
AGTGGATCTGTCGGGAAACGGTTTCACAGGAGATGGTTCGATGTTTTTCGGACGTAACAA
AACAACAATACGTGTGAATCTATGCAGGAACATGTTTGAGTTCGATCTCTCCAAGGTTAA
GTTTGCTAGGAGCATAGTGTCGTTGGATCTGAGCCATAACAAAATCTTCGGGAAGTTTCC
TAGGGAGCTGAGTAAGCTGCGTCTCGAGCATTTCGACGTTAGTTACAATCATCTATGCGG
AAAAATCCCACGTGGTGGTCTCCTTCAGACATTTGAACCATCTGCTTTCTCTCACAACCT
CTGTCTTTGTGGGACCCCACTTAAGGCTTGTTGATTTGGTTTAATGGCGTGAGAAGAAAT
AAGTAGTAGTATGTCTTTTATCTGTATGATGATGTTGTGTTAATTATCACGCCACCTATC
AAACGCGAATTGTTCTATTTAATAAAATTAATGTTAAGAGTTTGGTAAGAATGTCGTTGA
GAT


BQ
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25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 

AF RR3A561TF U 1
AF RR3FE32JQ C 215
AF RR3FE32TF U 215
BS 1 221 RR3A561TF
BS 222 222 RR3FE32TF
BS 223 261 RR3A561TF
BS 262 262 RR3FE32TF
BS 263 323 RR3A561TF
BS 324 324 RR3FE32TF
BS 325 349 RR3A561TF
BS 350 350 RR3FE32TF
BS 351 449 RR3A561TF
BS 450 450 RR3FE32TF
BS 451 606 RR3A561TF
BS 607 607 RR3FE32TF
BS 608 626 RR3A561TF
BS 627 627 RR3FE32TF
BS 628 663 RR3A561TF
BS 664 664 RR3FE32TF
BS 665 685 RR3A561TF
BS 686 687 RR3FE32TF
BS 688 688 RR3A561TF
BS 689 689 RR3FE32TF
BS 690 705 RR3A561TF
BS 706 723 RR3FE32TF

RD RR3A561TF 705 0 0
GAGCGAGCTCAAGAGCGTTACGTTCTTAGACCTTTCCTTTAACCAGTTTACCGGTCCAAT
TCCCGGGTCGATTTCTCAGATGCCGAAGCTAGGAGCCCTTCAGATCAACGATAATAAGTT
AACCGGTTCTATACCAGACTCTTTCGGTTCTTTTGTAGGCACCGTTCCTAATCTCTACCT
GTTTAACAATAAGCTCTCAGGAAAAGTACCGGAATCGTTGTCAAAGTACGACTTTAACGC
AGTGGATCTGTCGGGAAACGGCTTCACAGGAGATGGTTCGATGTTTTTCGGACGTAACAA
AACAACAATACGTGTGAATCTATCCAGGAACATGTTTGAGTTCGATCTCGCCAAGGTTAA
GTTTGCTAGGAGCATAGTGTCGTTGGATCTGAGCCATAACAAAATCTTCGGGAAGTTTCC
TAGGGAGCTGAGTAAGCTGCGTCTCGAGCGTTTCGACGTTAGTTACAATCATCTATGCGG
AAAAATCCCACGTGGTGGTCTCCTTCAGACATTTGAACCATCTGCTTTCTCTCACAACCT
CTGTCTTTGTGGGACCCCACTTAAGGCTTGTTGATTTGGTTTAATGGCGTGAGAAGAAAT
AAGTAGCAGTATGTCTTTTATCTGTACGATGATGTTGTGTTAATTATCACGCCACCTATC
AAAAGCGAATTGTTCTATTTAATAA**TGAATGTTAAGAGTTTGG

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3FE32JQ 509 0 0
G
CGTTGTTAAAGTACGACTTTAACGCAGTGGATCTGTCGGGAAACGGTTTCACAGGAGATG
GTTCGATGTTTTTCGGACGTAACAAAACAACAATACGTGTGAATCTATGCAGGAACATGT
TTGAGTTCGATCTCTCCAAGGTTAAGTTTGCTAGGAGCATAGTGTCGTTGGATTTGAGCC
ATAACAAAATCTTCGGGAAGTTTCCTAGGGAGCTGAGTAAGCTGCGTCTCGAGCATTTCG
ACGTTAGTTACAATCATCTATGCGGAAAAATCCCACGTGGTGGTCTCCTTCAGACATTTG
AACCATCTGCTTTCTCTCACAACCTCTGTCTTTGTGGGACCCCACTTAAGGCTTGTTGAT
TTGGTTTAATGGCGTGAGAAGAAATAAGTAGTAGTATGTCTTTTATCTGTATGATGATGT
TGTGTTAATTATCACGCCACCTATCAAACGCGAATTGTTCTATTTAATAAAATTAATGTT
AAGAGTTTGGTAAGAATGTCGTTGAGAT

QA 2 509 2 509
DS 

RD RR3FE32TF 509 0 0
G
CGTTGTTAAAGTACGACTTTAACGCAGTGGATCTGTCGGGAAACGGTTTCACAGGAGATG
GTTCGATGTTTTTCGGACGTAACAAAACAACAATACGTGTGAATCTATGCAGGAACATGT
TTGAGTTCGATCTCTCCAAGGTTAAGTTTGCTAGGAGCATAGTGTCGTTGGATCTGAGCC
ATAACAAAATCTTCGGGAAGTTTCCTAGGGAGCTGAGTAAGCTGCGTCTCGAGCATTTCG
ACGTTAGTTACAATCATCTATGCGGAAAAATCCCACGTGGTGGTCTCCTTCAGACATTTG
AACCATCTGCTTTCTCTCACAACCTCTGTCTTTGTGGGACCCCACTTAAGGCTTGTTGAT
TTGGTTTAATGGCGTGAGAAGAAATAAGTAGTAGTATGTCTTTTATCTGTATGATGATGT
TGTGTTAATTATCACGCCACCTATCAAACGCGAATTGTTCTATTTAATAAAATTAATGTT
AAGAGTTTGGTAAGAATGTCGTTGAGAT

QA 2 509 2 509
DS 



AS 1 3

CO CL4055Contig1 745 3 2 U
GCCATGAACAGAGTGCCACATGCCATTTTTATATATTAGCCAATGAGGATCCAGTCTGAT
CCCAAAAGTATGAACCGGGTCAAAAGCACAATATTTCAACGTGATCACTTTACATAAGAA
TCAAAACAGAGAAGAAATTAATGATAAGTATGATGAGTGACGAAGTTGCAAGGTTTGAAG
CAGCGTTAGGAAGCCATGGATACGAGTCTGGAGGTGGCATAACGCAGTTATCTCCGTTGA
AGTAAATGCGTCTTGGAAACGCCCATCCTTTCTCGAGCGTGAACGATGACGGGTCCTTTC
GGAAGAGAAGTTCTGACTGTACGTTGCCTACTGGACCGGCCTGGCTCAAAAAATCGTTAT
AGAACTTGATCCCCCATAGCATGGCCGTGTCATTTATGCCAGCGTAAGGACTAAGAGGTT
TGTAGTTAAAGCTGAAAAGCTGAGTGATATTGTCGAAGTTGGGATGCTGAACAACCAAAT
TCCACTGCGAGTAATTCATATTGTAGTTGAAGTTTGTGATTGTGACCTTCACACGCCAGT
ACTCTTTGTAGTTAGTTTTCACATGCCAATGAACTCTGATGGGACACATATGCTGCGTAC
ATTG**AGAGCGGCTGGAGGTTGTTCTTCCCTGAGACAGCTGATACCACCGAAGCTATTT
TCGGGTTGTCGAAACATGTACCGTTTTGACATCCACACGAACATGTAGGGCATGGTACGA
TAGTCTTATTGTAGAAAGCCGAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D112JQ U 15
AF RR3DL01JQ U 1
AF RR3DL01TF C 80
BS 1 668 RR3DL01JQ
BS 669 745 RR3DL01TF

RD RR3D112JQ 617 0 0
GCCG
CATGCCATTTTTATATATTAGCCAATGAGGATCCAGTCTGATCCCAAAAGTATGAACCGG
GTCAAAAGCACAATATTTCAACGTGATCACTTTACATAAGAATCAAAACAGAGAAGAAAT
TAATGATAAGTATGATGAGTGACGAAGTTGCAAGGTTTGAAGCAGCGTTAGGAAGCCATG
GATACGAGTCTGGAGGTGGCATAACGCAGTTATCTCCGTTGAAGTAAATGCGTCTTGGAA
ACGCCCATCCTTTCTCGAGCGTGAACGATGACGGGTCCTTTCGGAAGAGAAGTTCTGACT
GTACGTTGCCTACTGGACCGGCCTGGCTCAAAAAATCGTTATAGAACTTGATCCCCCATA
GCATGGCCGTGTCATTTATGCCAGCGTAAGGACTAAGAGGTTTGTAGTTAAAGCTGAAAA
GCTGAGTGATATTGTCGAAGTTGGGATGCTGAACAACCAAATTCCACTGCGAGTAATTCA
TATTGTAGTTGAAGTTTGTGATTGTGACCTTCACACGCCAGTACTCTTTGTAGTTAGTTT
TCACATGCCAATGAACTCTGATGGGACACATATGCTGCGTACATTGCAAGAGCGGCTGGA
GGTTGTTCTTCCC

QA 5 617 5 617
DS 

RD RR3DL01JQ 668 0 0
GCCATGAACAGAGTGCCACATGCCATTTTTATATATTAGCCAATGAGGATCCAGTCTGAT
CCCAAAAGTATGAACCGGGTCAAAAGCACAATATTTCAACGTGATCACTTTACATAAGAA
TCAAAACAGAGAAGAAATTAATGATAAGTATGATGAGTGACGAAGTTGCAAGGTTTGAAG
CAGCGTTAGGAAGCCATGGATACGAGTCTGGAGGTGGCATAACGCAGTTATCTCCGTTGA
AGTAAATGCGTCTTGGAAACGCCCATCCTTTCTCGAGCGTGAACGATGACGGGTCCTTTC
GGAAGAGAAGTTCTGACTGTACGTTGCCTACTGGACCGGCCTGGCTCAAAAAATCGTTAT
AGAACTTGATCCCCCATAGCATGGCCGTGTCATTTATGCCAGCGTAAGGACTAAGAGGTT
TGTAGTTAAAGCTGAAAAGCTGAGTGATATTGTCGAAGTTGGGATGCTGAACAACCAAAT
TCCACTGCGAGTAATTCATATTGTAGTTGAAGTTTGTGATTGTGACCTTCACACGCCAGT
ACTCTTTGTAGTTAGTTTTCACATGCCAATGAACTCTGATGGGACACATATGCTGCGTAC
ATTG**AGAGCGGCTGGAGGTTGTTCTTCCCTGAGACAGCTGATACCACCGAAGCTATTT
TCGGGTTG

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3DL01TF 666 0 0
TCAAAAGCACAATATTTCAACGTGATCACTTTACATAAGAATCAAAACAGAGAAGAAATT
AATGATAAGTATGATGAGTGACGAAGTTGCAAGGTTTGAAGCAGCGTTAGGAAGCCATGG
ATACGAGTCTGGAGGTGGCATAACGCAGTTATCTCCGTTGAAGTAAATGCGTCTTGGAAA
CGCCCATCCTTTCTCGAGCGTGAACGATGACGGGTCCTTTCGGAAGAGAAGTTCTGACTG
TACGTTGCCTACTGGACCGGCCTGGCTCAAAAAATCGTTATAGAACTTGATCCCCCATAG
CATGGCCGTGTCATTTATGCCAGCGTAAGGACTAAGAGGTTTGTAGTTAAAGCTGAAAAG
CTGAGTGATATTGTCGAAGTTGGGATGCTGAACAACCAAATTCCACTGCGAGTAATTCAT
ATTGTAGTTGAAGTTTGTGATTGTGACCTTCACACGCCAGTACTCTTTGTAGTTAGTTTT
CACATGCCAATGAACTCTGATGGGACACATATGCTGCGTACATTG**AGAGCGGCTGGAG
GTTGTTCTTCCCTGAGACAGCTGATACCACCGAAGCTATTTTCGGGTTGTCGAAACATGT
ACCGTTTTGACATCCACACGAACATGTAGGGCATGGTACGATAGTCTTATTGTAGAAAGC
CGAGAC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL4056Contig1 978 2 4 U
TTTTTCTCTCTGTTGCGATTTTGTATAAAAAATCATCTCTTTTGTTAATCAAGTTGATTT
AGAGTGAAGTAGTTGTAGTTTGCTCAGAAAGATACAACGAGACTTTTTTGCTTTTGTTTC
AGAATCTTTACAACTTTTCTGAGTTTCTTTTTTCTTGGGATGTATCCTTTTTTATTATTA
TTATTACATTGTATGAATTGATATACTGTTCCTTTAGATGTTCTTGTGCATTAGTTGATT
TATCATTTCAACCCAAATCAGTATATACTTGATGTTATATTTGATTGCAATTTGCCCAGC
TTGTTCTTCAAACAAGAGATGGAGCTCTCACTCGTTGGCCTTCAGAATGCTGGAAAGACT
TCTCTTGTCAATGCCATCGCTACTGGAGGTTACAGTGAAGATATGATACCAACTGTGGGG
TTCAACATGAGGAAAGTCACTAAAGGAAACGTTACCATCAAGATTTGGGATCTTGGAGGC
CAACGAAGGTTCCGCACCATGTGGGAGCGTTACTGTCGTGGAGTTTCCGCCATTGTTTAT
GTGATTGATGCTGCAGACCGAGACAGTGTACCGATATCAAGAAGTGAGTTGCATGATCTG
TTAACGAAACCGTCCTTGAACGGTATTCCTCTTTTGATCCTAGGCAACAAGATTGATAAG
TCTGAAGCTCTCTCCAAGCAAGCTTTGGTTGATCAACTAGGGCTTGATTCCGTAGCTGAC
AGAGAGGTTTGTTGTTACATGATCTCGTGTAAGGACTCGGTTAACATCGATGCAGTCATT
GATTGGCTCATTAAGCACTCGAGAACCGCTAAATAAACAGCAGACGCAGTCATCGGTGCA
GTGGAGGAGGAGACAGGCTTTGTGTGTTTGGTTTCTTGATGTTGTTTATTTGTCGAGAAT
CAATCAGATGTAAATCACCCAGCTTTTGGTTTCTTCTTCATCTTTATTATATCTTAAACC
TTGTTTTACAATTCTTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB77TF U 1
AF RR3FB77JQ C 355
BS 1 643 RR3FB77TF
BS 644 644 RR3FB77JQ
BS 645 664 RR3FB77TF
BS 665 978 RR3FB77JQ

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AGAGTGAAGTAGTTGTAGTTTGCTCAGAAAGATACAACGAGACTTTTTTGCTTTTGTTTC
AGAATCTTTACAACTTTTCTGAGTTTCTTTTTTCTTGGGATGTATCCTTTTTTATTATTA
TTATTACATTGTATGAATTGATATACTGTTCCTTTAGATGTTCTTGTGCATTAGTTGATT
TATCATTTCAACCCAAATCAGTATATACTTGATGTTATATTTGATTGCAATTTGCCCAGC
TTGTTCTTCAAACAAGAGATGGAGCTCTCACTCGTTGGCCTTCAGAATGCTGGAAAGACT
TCTCTTGTCAATGCCATCGCTACTGGAGGTTACAGTGAAGATATGATACCAACTGTGGGG
TTCAACATGAGGAAAGTCACTAAAGGAAACGTTACCATCAAGATTTGGGATCTTGGAGGC
CAACGAAGGTTCCGCACCATGTGGGAGCGTTACTGTCGTGGAGTTTCCGCCATTGTTTAT
GTGATTGATGCTGCAGACCGAGACAGTGTACCGATATCAAGAAGTGAGTTGCATGATCTG
TTAACGAAACCGTCCTTGAACGGTATTCCTCTTTTGATCCTAG*CAACAAGATTGATAAG
TCTG

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3FB77JQ 624 0 0
AAGACTTCTCTTGTCAATGCCATCGCTACTGGAGGTTACAGTGAAGATATGATACCAACT
GTGGGGTTCAACATGAGGAAAGTCACTAAAGGAAACGTTACCATCAAGATTTGGGATCTT
GGAGGCCAACGAAGGTTCCGCACCATGTGGGAGCGTTACTGTCGTGGAGTTTCCGCCATT
GTTTATGTGATTGATGCTGCAGACCGAGACAGTGTACCGATATCAAGAAGTGAGTTGCAT
GATCTGTTAACGAAACCGTCCTTGAACGGTATTCCTCTTTTGATCCTAGGCAACAAGATT
GATAAGTCTGAAGCTCTCTCCAAGCAAGCTTTGGTTGATCAACTAGGGCTTGATTCCGTA
GCTGACAGAGAGGTTTGTTGTTACATGATCTCGTGTAAGGACTCGGTTAACATCGATGCA
GTCATTGATTGGCTCATTAAGCACTCGAGAACCGCTAAATAAACAGCAGACGCAGTCATC
GGTGCAGTGGAGGAGGAGACAGGCTTTGTGTGTTTGGTTTCTTGATGTTGTTTATTTGTC
GAGAATCAATCAGATGTAAATCACCCAGCTTTTGGTTTCTTCTTCATCTTTATTATATCT
TAAACCTTGTTTTACAATTCTTCA

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 3

CO CL4057Contig1 773 3 7 U
GAAAATAAAATAAAAAGGGTATCATTAACTTGGTTCACGTCTTGGAAAACACAATCGACA
TGAGAAGAGAAAAGTTGTAACAGAAAAATGGGAAAACCGATTTGGGATTTGAGTTACAAA
AGTAAAAACACTGCGTTTAGGTTTATTTCATCTGGACGATTCCAGAGCTGATAAGCTTTT
GAATTTTGTTCATGATCATTGGGTTCTGCATGTGTTTCTGTGCTGCTGCTGGATTCTCCT
GGAGATCAGAAAGAACCTGTCTCATTACAGGATCTGTGAGAATGTTTTGGATCTCCGGGT
CTTGCATTCCCTTAGCCTGTCTTTCTTTCAACTCCTCCGGAGTAAGGTCACCACGGTTTG
CCTTGTTGATCTGTTGCACACATCTTCTAACACCGTCAAGGAGCTCCTGATTGTTAGGAT
CATGTTTGAGACCTTCCTGGTATGTTTCCATTGCATTGTCATACTCCTTCATGAAGAATT
GGACAGCACCTTTTCTGCTGTACCCCTTTGAGAATGTTGGGCCGAGCTCAATGCATTTCT
CTGCATCCTTCAATCCTTCGGGCATTGCCCCAAGTTTTGTGTAACATGCGGCTCGGTTGC
TGTATGCTCTCGGGTCTTTTGGATTCCTTTTGATCGCTTCAGTGTAGTGTTTCACAGCAT
CAGGATACTTCTGCTCCTTGAAAAACTGATCACCTTTCTCACGCTCCTCATCACCAATAG
CTGGATCAAAATACTCTTGCTGCTCCAACTCTTTCTCGGCTCTCTCTGCCTCA


BQ
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AF RR3CY90JQ U 7
AF RR3CY90TF C 7
AF RR3CU24JQB U 1
BS 1 220 RR3CU24JQB
BS 221 221 RR3CY90JQ
BS 222 310 RR3CU24JQB
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BS 312 521 RR3CU24JQB
BS 522 522 RR3CY90JQ
BS 523 773 RR3CU24JQB

RD RR3CY90JQ 646 0 0
AAAATAAAAAGGGTATCATTAACTTGGTTCACGTCTTGGAAAACACAATCGACATGAGAA
GAGAAAAGTTGTAACAGAAAAATGGGAAAACCGATTTGGGATTTGAGTTACAAAAGTAAA
AACACTGCGTTTAGGTTTATTTCATCTGGACGATTCCAGAGCTGATAAGCTTTTGAATTT
TGTTCATGATCATTGGGTTCTGCATGTGTTTCTGTGCTGCTGCTGGATTCTCCTGGAGAT
CAGAAAGAACCTGTCTCATTACAGGATCTGTGAGAATGTTTTGGATCTCCGGGTCTTGCA
TTCCCTTAGCCTGTCTTTCTTTCAACTCCTCCGGAGTAAGGTCACCACGGTTTGCCTTGT
TGATCTGTTGCACACATCTTCTAACACCGTCAAGGAGCTCCTGATTGTTAGGATCATGTT
TGAGACCTTCCTGGTATGTTTCCATTGCATTGTCATACTCCTTCATGAAGAATTGGACAG
CACCTTTTCTGCTGTACCCCTTTGAGAATGTTGGGCCGAGCTCAATGCATTTCTCTGCAT
CCTTCAATCCTTCGGGCATTGCCCCAAGTTTTGTGTAACATGCGGCTCGGTTGCTGTATG
CTCTCGGGTCTTTTGGATTCCTTTTGATCGCTTCAGTGTAGTGT
CC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3CY90TF 646 0 0
AAAATAAAAAGGGTATCATTAACTTGGTTCACGTCTTGGAAAACACAATCGACATGAGAA
GAGAAAAGTTGTAACAGAAAAATGGGAAAACCGATTTGGGATTTGAGTTACAAAAGTAAA
AACACTGCGTTTAGGTTTATTTCATCTGGACGATTCCAGAGCTGATAAGCTTTTGAATTT
TGTTCATGATCATTGGGTTCTGCATGTGTTTCTGTGCTGCTGCTGGATTCTCCTGGAGAT
CAGAAAGAACCTGTCTCATTACAGGATCTGTGAGAATGTTTTGGATCTCCGGGTCTTGCA
TTCCCTTAGCCTGTCTTTCTTTCAACTCCTCCGGAGTAAGGTCACCACGGTTTGCCTTGT
TGATCTGTTGCACACATCTTCTAACACCGTCAAGGAGCTCCTGATTGTTAGGATCATGTT
TGAGACCTTCCTGGTATGTTTCCATTGCATTGTCATACTCCTTCATGAAGAATTGGACAG
CACCTTTTCTGCTGTACCCCTTTGAGAATGTTGGGCCGAGCTCAATGCATTTCTCTGCAT
CCTTCAATCCTTCGGGCATTGCCCCAAGTTTTGTGTAACATGCGGCTCGGTTGCTGTATG
CTCTCGGGTCTTTTGGATTCCTTTTGATCGCTTCAGTGTAGTGT
CC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3CU24JQB 773 0 0
GAAAATAAAATAAAAAGGGTATCATTAACTTGGTTCACGTCTTGGAAAACACAATCGACA
TGAGAAGAGAAAAGTTGTAACAGAAAAATGGGAAAACCGATTTGGGATTTGAGTTACAAA
AGTAAAAACACTGCGTTTAGGTTTATTTCATCTGGACGATTCCAGAGCTGATAAGCTTTT
GAATTTTGTTCATGATCATTGGGTTCTGCATGTGTTTCTGCGCTGCTGCTGGATTCTCCT
GGAGATCAGAAAGAACCTGTCTCATTACAGGATCTGTGAGAATGTTTTGGATCTCCGGGT
CTTGCATTCCTTTAGCCTGTCTTTCTTTCAACTCCTCCGGAGTAAGGTCACCACGGTTTG
CCTTGTTGATCTGTTGCACACATCTTCTAACACCGTCAAGGAGCTCCTGATTGTTAGGAT
CATGTTTGAGACCTTCCTGGTATGTTTCCATTGCATTGTCATACTCCTTCATGAAGAATT
GGACAGCACCTTTTCTGCTGTACCCCTTTGAGAATGTTGGGTCGAGCTCAATGCATTTCT
CTGCATCCTTCAATCCTTCGGGCATTGCCCCAAGTTTTGTGTAACATGCGGCTCGGTTGC
TGTATGCTCTCGGGTCTTTTGGATTCCTTTTGATCGCTTCAGTGTAGTGTTTCACAGCAT
CAGGATACTTCTGCTCCTTGAAAAACTGATCACCTTTCTCACGCTCCTCATCACCAATAG
CTGGATCAAAATACTCTTGCTGCTCCAACTCTTTCTCGGCTCTCTCTGCCTCA

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 3

CO CL4058Contig1 1153 3 21 U
GCTTTGTGGAAGAATATGGGCCCGTTTTGAAAAAAGCACATTCATATGTCAAGAATTCTC
AGGTGGCAGAGGACTGCCCTGGAGATCTGAGTTACTGGTATCGACACATTTCTAAAGGGG
CTTGGCCTTTCTCAACTGCAGATCATGGTTGGCCAATCTCCGATTGCACCGCAGAGGGAC
TTAAAGCTGCTCTTTTACTATCCAAAGTTCCTAAGGAGATTGTTGGTGAACCAGTAGATA
CAAAACGGTTATATGATGCTGTTAATGTTATCATTTCGTTACAGAATGCAGATGGAGGTT
TGGCAACGTATGAGCTCACAAGGTCATACCCTCGGTTGGAGCTAATCAATCCAGCAGAAA
CCTTTGGCGATATTGTTATTGACTACCCTTACGTGGAGTGTACGTCAGCTGCTATCCAAG
CGTTGGTAGCATTCCGAAAGCTTTATCCTGGTCATCGAAAGAAGGATGTAGATGAGTGCA
TTGAGAAGGCGGTTAAGTTCATTGAATCTATTCAAGCATCGGATGGCTCATGGTATGGAT
CATGGGCTGTTTGCTTCACTTATGGTACATGGTTTGGAGTGAAAGGGCTTGAAGCTGCTG
GAAAGACATTGAAAAACTCTCCAACTGTTGCGAAAGCTTGTGAATTTCTCTTGTCGAAAC
AACTTCCTTCGGGCGGATGGGGAGAAAGCTATCTTTCATGTCAAGACAAAGTATATTCAA
ACCTTGAAGGCAACCGGTCTCATGTCGTGAATACAGCATGGGCTTTGCTATCACTCATTG
GTGCTGGGCAAGCGGAGGTAGATCAGAAACCCCTACATCGGGCTGCTAGATACTTGATTA
ATGCTCAAATGGAGAGTGGTGATTTCCCACAACAGGAAATAATGGGAGTCTTCAACAGGA
ACTGCATGATAACTTACGCTGCATACCGAAACATTTTCCCAATATGGGCACTGGGAGAGT
ACCGTAGTAAGTTATTATTGCAACAAGGAGAATGAGTAGTAGTAGTTCACGTTCTCTTGG
GGGAGGAACTGTGTTAGCTTCAATGCTTACTTTTTTCCAAAGTTGTGTGTTTCCGTATCT
CTTATGGTTTTGCTGTCCAATCTTTTGTTTACTTTACTCAAATCTTGGTTCCAGTTTTTT
TGTGGGTTCTCCG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 5 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ66TF U 1
AF RR3DD25TF U 306
AF RR3GF12JQ C 462
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CTTGGCCTTTCTCAACTGCAGATCATGGTTGGCCAATCTCCGATTGCACCGCAGAGGGAC
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CAAAACGGTTATATGATGCTGTTAATGTTATCATTTCGTTACAGAATGCAGATGGAGGTT
TGGCAACGTATGAGCTCACAAGGTCATACCCTCGTTTGTAGCTAATCAATCCAGCAGAAA
CCTTTGGCGATATTGTTATTGACTACCCTTACGTGGAGTGTACGTCAGCTGCTATCCAAG
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CATGGGCTGTTTGCTTCACTTATGGTACATGGTTTGGAGTGAAAGGGCTTGAAGCTGCTG
GAAAGACATTGAAAA*CTCTCCAACTGTTGCGAAAGCTTGTGAATTTCTCTTGTCGAAAC
AACTTCCT

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DS 

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TGGG
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ATATTGTTATTGACTACCCTTACGTGGAGTGTACGTCAGCTGCTATCCAAGCGTTGGTAG
CATTCCGAAAGCTTTATCCTGGTCATCGGAAGAAGGATGTAGATGAGTGCATTGAGAAGG
CGGTCAAGTTCATTGAATCTATTCAAGCATCGGATGGCTCATGGTATGGATCATGGGCTG
TTTGCTTCACTTATGGTACATGGTTTGGAGTGAAAGGGCTTGAAGCTGCTGGAAAGACAT
TGAAAAACTCTCCAACTGTTGCGAAAGCTTGTGAGTTTCTTTTGTCGAAACAACTTCCTT
CGGGGGGATGGGGAGAAAGCTATCTTTCATGTCAAGACAAAGTATATTCAAACCTTGAAG
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TAACTTACGCTGCATACCGAAACATTTTCCCAATATGGGCATTGGGAGAGTACCGTA

QA 5 661 5 661
DS 

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A
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ATGGCTCATGGTATGGATCATGGGCTGTTTGCTTCACTTATGGTACATGGTTTGGAGTGA
AAGGGCTTGAAGCTGCTGGAAAGACATTGAAAAACTCTCCAACTGTTGCGAAAGCTTGTG
AATTTCTCTTGTCGAAACAACTTCCTTCGGGCGGATGGGGAGAAAGCTATCTTTCATGTC
AAGACAAAGTATATTCAAACCTTGAAGGCAACCGGTCTCATGTCGTGAATACAGCATGGG
CTTTGCTATCACTCATTGGTGCTGGGCAAGCGGAGGTAGATCAGAAACCCCTACATCGGG
CTGCTAGATACTTGATTAATGCTCAAATGGAGAGTGGTGATTTCCCACAACAGGAAATAA
TGGGAGTCTTCAACAGGAACTGCATGATAACTTACGCTGCTTACCGGAACATTTTCCCAA
TATGGGCACTGGGAGAGTACCGTAGTAAGTTATTATTGCAACAAGGAGAATGAGTAGTAG
TAGTTCACGTTCTCTTGGGGGAGGAACTGTGTTAGCTTCAATGCTTACTTTTTTCCAAAG
TTGTGTGTTTCCGTATCTCTTATGGTTTTGCTGTCCAATCTTTTGTTTACTTTACTCAAA
TCTTGGTTCCAGTTTTTTTGTGGGTTCTCCG

QA 2 692 2 692
DS 



AS 1 3

CO CL4059Contig1 1105 3 21 U
GGAAAATTCAAACTCCTTCTCAAACGACCCCACACACCGATTTTTACCTTACGCGCCACG
ATCCGTCCGAGAGAGAAGAAACCATTAACCTGAAAGATGGAGCCGCCGCCTAAGGCAGAT
ATCGAAGTGAAGATAGATCCGAAAGCTGCGGATCATGGACCGAATAAGAAGGGAGGCGAC
GAGATTGAGATCGAGACGAAAGGGAGCGATCAAACACCACCGGCGAAACCGCTCGTTCGA
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GAGACCACCGATGCTTCGTTGAAAGATACGATGGAGTCTGTGAAAGGAGCGCTTGGGAGA
TGGGGAAGGAGAGTTGCTGAAGCTGCCAAGAAGACCGAGAGCCTTGCCGGGAACACGTGG
CAGCATCTGAGAACTGCTCCGAGTTTTGCTGATGCAGCAATGGGAAGAATTGCGCAGAGT
ACTAAGGTTCTTGCAGAAGGAGGGTACGAGAAGATTTTCAGACAAACCTTTGAGACCGAT
CCAGATGAGCAGCTGTTGAACTCTTTTGCATGTTACTTGTCCACCTCAGCTGGTCCAGTT
ATGGGAGTTCTCTATGTGTCCACTGCTAAGCTTTCTTACTCTAGTGACAACCCTTTATCT
TACAAAAATAATGGTCAAACCGAGTGGAGCTACTACAAG*TACTGATACCATTACATCAA
CTTAAAGCAGTGAATCCATCAGCAAACATCGTGAATCCTGCAGAAAAGTACATACAGGTG
ATTTCGGTAGACAATCATGAGTTCTGGTTCATGGGTTTCTTGAACTACGGAGGCGCTGTC
ACCTCTCTGCAAGAATCTTTGCAAGACAGTGGTTTAGGGTCAGTGTGATTGATACACACA
CACACACTTGGTGGATTCTTTGATGACCATTTTAAGCCTATTGATGATTGAGATACTCTC
TTTTTTTCTTTTTGCTTAGTTATTTTGATTCCAGAAGACTCAATTAACATTATTTGCATA
AATATAATCTCAAAATCTTTTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DB28TF U 1
AF RR3ET30TF U 66
AF RR3DB28JQ C 283
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BS 759 769 RR3DB28TF
BS 770 770 RR3ET30TF
BS 771 793 RR3DB28TF
BS 794 820 RR3ET30TF
BS 821 821 RR3DB28JQ
BS 822 826 RR3ET30TF
BS 827 827 RR3DB28JQ
BS 828 837 RR3ET30TF
BS 838 1105 RR3DB28JQ

RD RR3DB28TF 799 0 0
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ATCCGTCCGAGAGAGAAGAAACCATTAACCTGAAAGATGGAGCCGCCGCCTAAGGCAGAT
ATCGAAGTGAAGATAGATCCGAAAGCTGCGGATCATGGACCGAATAAGAAGGGAGGCGAC
GAGATTGAGATCGAGACGAAAGGGAGCGATCAAACACCACCGGCGAAACCGCTCGTTCGA
ACCGCGTCTGGATCGAAGAAAAACGTCCACTGGAGCCCCGAATTGGTTTCCGGGTCTCAG
GAACCGGATCAGTCGTCGTACACTGCCAGATCTAACCCGTACATTGCTCGTTCTCCACCA
GAGACCACCGATGCTTCGTTGAAAGATACGATGGAGTCTGTGAAAGGAGCGCTTGGGAGA
TGGGGAAGGAGAGTTGCTGAAGCTGCCAAGAAGACCGAGAGCCTTGCCGGGAACACGTGG
CAGCATCTGAGAACTGCTCCGAGTTTTGCTGATGCAGCAATGGGAAGAATTGCGCAGAGT
ACTAAGGTTCTTGCAGAAGGAGGGTACGAGAAGATTTTCAGACAAACCTTTGAGACCGAT
CCAGATGAGCAGCTGTTGA*CTCTTTTGCATGTTACTTGTCCACCTCAGCTGGTC*AGTT
ATGGGAGTTCTCTATGTGTC*ACTGCTAAGCTTTCTTACTCTAGTGACAACCCTTTATCT
TACAAAAT**ATGGTCAA*CCGAGTGGAGCTACTACA*G*TACTGATAC*ATTACATCAA
CTTAAAGCAGTGA
TCATCA

QA 1 793 1 793
DS 

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GGA
GAGAGAGAAGAAACCATTAACCTGAAAGATGGAGCCGCCGCCTAAGGCAGATATCGAAGT
GAAGATAGATCCGAAAGCTGCGGATCATGGACCGAATAAGAAGGGAGGCGACGAGATTGA
GATCGAGACGAAAGGGAGCGATCAAACACCACCGGCGAAACCGCTCGTTCGAACCGCGTC
TGGATCGAAGAAAAACGTCCACTGGAGCCCCGAATTGGTTTCCGGGTCTCAGGAACCGGA
TCAGTCGTCGTACACTGCCAGATCTAACCCGTACATTGCTCGTTCTCCACCAGAGACCAC
CGATGCTTCGTTGAAAGATACGATGGAGTCTGTGAAAGGAGCGCTTGGGAGATGGGGAAG
GAGAGTTGCTGAAGCTGCCAAGAAGACCGAGAGCCATGCCGGGAACACGTGGCAGCATCT
GAGAACTGCTCCGAGTTTTGCTGATGCAGCAATGGGAAGAATTGCGCAGAGTACTAAGGT
TCTTGCAGAAGGAGGGTACGAGAAGATTTTCAGACAAACCTTTGAGACCGATCCAGATGA
GCAGCTGTTGAACTCTTTTGCATGTTACTTGTCCACCTCAGCTGGTCCAGTTATGGGAGT
TCTCTATGTGTCCACTGCTAAGCTTTCTTACTCTAGTGACAACCCTTTATCTTACAAAAA
TAATGGTCAAACCGAGTGGAGCTACTACAAG*TACTGATACCATTACATGAACTTAAAGC
AGTGAATCCATCAGCAAACATCGTGAATCCTGTAGAAA*GTACATACAG

QA 4 772 4 772
DS 

RD RR3DB28JQ 823 0 0
TTGGTTTCCGGGTCTCAGGA*CCGGATCAGTCGTCGTACACTGCCAGATCTAACCCGTAC
ATTGCTCGTTCTCCACCAGAGACCACCGATGCTTCGTTGAAAGATACGATGGAGTCTGTG
AAAGGAGCGCTTGGGAGATGGGGAAGGAGAGTTGCTGAAGCTGCCAAGAAGACCGAGAGC
CTTGCCGGGAACACGTGGCAGCATCTGAGAACTGCTCCGAGTTTTGCTGATGCAGCAATG
GGAAGAATTGCGCAGAGTACTAAGGTTCTTGCAGAAGGAGGGTACGAGAAGATTTTCAGA
CAAACCTTTGAGACCGATCCAGATGAGCAGCTGTTGAACTCTTTTGCATGTTACTTGTCC
ACCTCAGCTGGTCCAGTTATGGGAGTTCTCTATGTGTCCACTGCTAAGCTTTCTTACTCT
AGTGACAACCCTTTATCTTACAAAAATAATGGTCAAACCGAGTGGAGCTACTACAAGGTA
CTGATACCATTACATCAACTTAAAGCAGTGAATCCATCAGCAAACATCGTGAATCCTGCA
GAAAAGTACATACAGGTGATTTCGGTAGACAATCATGAGTTCTGGTTCATGGGTTTCTTG
AACTACGGAGGCGCTGTCACCTCTCTGCAAGAATCTTTGCAAGACAGTGGTTTAGGGTCA
GTGTGATTGATACACACACACACACTTGGTGGATTCTTTGATGACCATTTTAAGCCTATT
GATGATTGAGATACTCTCTTTTTTTCTTTTTGCTTAGTTATTTTGATTCCAGAAGACTCA
ATTAACATTATTTGCATAAATATAATCTCAAAATCTTTTTGCC

QA 1 823 1 823
DS 



AS 0 0

AS 1 3

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CTTCTTTACCTATGCTCTCTAGGCTTGAGCATTTGGATTTCGTTATAAAGAATTTAGAAA
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TCGATAGAGGCACTGCAGTTAGAGAAGCTTATTTCAAAGGATCGTTGCTAGATAGAATCG
CAGCTTTGGAGACCAGACTTTTTCAGATATGTTTGGAGTTGGAATCGGGCAGTGCATCTT
CTACTTCAACTGGAGGGTCCGGTGAAACATCAAACCAAAGAATTAAGAGAAATTTGACAA
AACCATTGCCCATTTTCACTAGCAACATTAATCCTTTTCATATCCCCTTGCAACATCCAC
AAGATCCTCATGAAGCAGGAGAGAAGATTGAAGAAGAGAAAGAGGAAGAGATAAATATTG
AGAAACCATTACTGGAAAAGAAGAATAAGAAGAAGGATGCTAATGAAACTTGCACACCAA
ATAAGAAGACAAAATCTCCAAAGAAATGGTCTCGATTTAACTTCTTGGGTTGCTAAATTA
TTTATTTTAGTGTTTGGACTATGCAGGATTTCGTATTTCGTTTGAAATTAAGTTTTTCTT
CTTAACA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3E124TF U 1
AF RR3FW82TF U 1
AF RR3FW82JQ C 335
BS 1 434 RR3E124TF
BS 435 667 RR3FW82TF

RD RR3E124TF 434 0 0
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CTTCTTTACCTATGCTCTCTAGGCTTGAGCATTTGGATTTCGTTATAAAGAATTTAGAAA
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TCGATAGAGGCACTGCAGTTAGAGAAGCTTATTTCAAAGGATCGTTGCTAGATAGAATCG
CAGCTTTGGAGACCAGACTTTTTCAGATATGTTTGGAGTTGGAATCGGGCAGTGCATCTT
CTACTTCAACTGGAGGGTCCGGTGAAACATCAAACCAAAGAATTAAGAGAAATTTGACAA
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AAGATCCTCATGAA

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR3FW82TF 667 0 0
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GACAGCAAAACCTTTCTAAATGGAAAGAAGAAAGCGCATCATCTACCACACGCGGTTTAA
TCGATAGAGGCACTGCAGTTAGAGAAGCTTATTTCAAAGGATCGTTGCTAGATAGAATCG
CAGCTTTGGAGACCAGACTTTTTCAGATATGTTTGGAGTTGGAATCGGGCAGTGCATCTT
CTACTTCAACTGGAGGGTCCGGTGAAACA**AAACCAAAGAATTAAGAGAAATTTGACAA
AACCATTGCCCATTTTCACTAGCAACATTAATCCTTTTCATATCCCCTTGCAACATCCAC
AAGATCCTCATGAAGCAGGAGAGAAGATTGAAGAAGAGAAAGAGGAAGAGATAAATATTG
AGAAACCATTACTGGAAAAGAAGAATAAGAAGAAGGATGCTAATGAAACTTGCACACCAA
ATAAGAAGACAAAATCTCCAAAGAAATGGTCTCGATTTAACTTCTTGGGTTGCTAAATTA
TTTATTTTAGTGTTTGGACTATGCAGGATTTCGTATTTCGTTTGAAATTAAGTTTTTCTT
CTTAACA

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3FW82JQ 328 0 0
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TTTTCATATCCCCTTGCAACATCCACAAGATCCTCATGAAGCAGGAGAGAAGATTGAAGA
AGAGAAAGAGGAAGAGATAAATATTGAGAAACCATTACTGGAAAAGAAGAATAAGAAGAA
GGATGCTAATGAAACTTGCACACCAAATAAGAAGACAAAATCTCCAAAGAAATGGTCTCG
ATTTAACTTCTTGGGTTGCTAAATTATTTATTTTAGTGTTTGGACTATGCAGGATTTCGT
ATTTCGTTTGAAATTAAGTTTTTCTTCT

QA 1 328 1 328
DS 



AS 1 3

CO CL4062Contig1 781 3 6 U
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CGGATGGACGTGGTGTGTATGAGTACTATACCTGGGCAAATCTTGGTGAAAAGATTAGCT
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CTGGTCTTTACATACAAGGATCGGTCTCTCCTCCTCTTCCTGGTGTTAACATTAAGGTCT
CTGCAGCAAAAGACAGCCTTATTTCTTCACTTAAGAAAGGTGAAGTAGCTGTTGAAACAA
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CACCATTGTTGTTATCGTTGAGTGGCGATCATGGTTACAGAAATAATTCTATATCTGGCG
CTGGTGGACTCTTTGTATTTGATAGCTTGTTTCCTGGAAATTTCTACTTGCGCCCCCTTC
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3AK45TF U 1
AF RR3DT32TF U 89
AF RR3DS24TF U 59
BS 1 537 RR3AK45TF
BS 538 538 RR3DS24TF
BS 539 638 RR3AK45TF
BS 639 639 RR3DS24TF
BS 640 774 RR3AK45TF
BS 775 781 RR3DS24TF

RD RR3AK45TF 774 0 0
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GTTTGATAAATGTGGAGTCTAGCTCAACCGAGACTGAATCTGAGTTGCCAGAGAGTTTCA
TTGTTGATATGCAAGACAAAGAAGGAAGAGTTATCAACAGTGTTTCTGCCAAACTTGCAT
CGGATGGACGTGGTGTGTATGAGTACTATACCTGGGCAAATCTTGGTGAAAAGATTAGCT
TTGTTCCTCGGGATTCTAGGGGTAATGCGGAGAAGAAGATGTTATTTTATCCGAAAGAGC
TTCGTGCGGTAGTGTCAAATGATGGTTGCCAAGCTGCTGTTTCCCCATTTACTGGTCGAC
CTGGTCTTTACATACAAGGATCGGTCTCTCCTCCTCTTCCTGGTGTTAACATTAAGGTCT
CTGCAGCAAAAGACAGCCTTATTTCTTCACTTAAGAAAGGTGAAGTAGCTGTTGAAACAA
GCACATCACCAGATGGTTCTTTTGTTGCTGGGCCATTGTATGATGATATACCATATGGCA
CCGATGCATCAAAGCCTGGCTATCATATTAAAAGACTAGGACCATACTCCTTCTCCTGCC
AGAAGCTTGGTCAGATCTCTGTGCGTGTTTCCTCAAAG*ACAATGCCGAGACATCAGTCC
CACCATTGTTGTTATCGTTGAGTGGCGATCATGGTTACAGAAATAATTCTATATCTGGCG
CTGGTGGACTCTTTGTATTTGATAGCTTGTTTCCTGGAAATTTCTACTTGCGCC

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3DT32TF 693 0 0
G
GAGACTGAATCTGAGTTGCCAGAGGGTTTCATTGTTGATATGCAAGACAAAGAAGGAAGA
GTTATCAACAGTGTTTCTGCCAAACTTGCATCGGATGGACGTGGTGTGTATGAGTACTAT
ACCTGGGCAAATCTTGGTGAAAAGATTAGCTTTGTTCCTCGGGATTCTAGGGGTAATGTG
GAGAAGAAGATGTTATTTTATCCGAAAGAGCTTCGTGTGGTAGTGTCAAATGATGGTTGC
CAAGCTGCTGTTTCCCCATTTACTGGTCGACCTGGTCTTTACATACAAGGATCGGTCTCT
CCTCCTCTTCCTGGTGTTAACATTAAGGTCTCTGCAGCAAAAGACAGCCTTATTTCTTCA
CTTAAGAAAGGTGAAGTAGCTGTTGAAACAAGCACATCACCAGATGGTCCTTTTGTTGCT
GGGCCATTGTATGATGATATACCATATGACACCGATGCATCAAAGCCTGGCTATCATATT
AAAAGACTAGGACCATACTCCTTCTCCTGCCAGAAGCTTGGTCAGATCTCTGTGCGTGTT
TCCTCAATGGACAATGCCGAGACATCAGTCCCACCATTGTTGTTATCGTTGAGTGGCGAT
CATGGTTACAGAAATAATTCTATATCTGGCGCTGGTGGACTCTTTGTATTTGATAGCTTG
TTTCCTGGAAATTTCTACTTGCGCC
CCCTTCT

QA 2 686 2 686
DS 

RD RR3DS24TF 723 0 0
G
GGTTTGATAAATGTGGAGTCTAGCTCAACCGAGACTGAATCTGAGTTGCCAGAGAGTTTC
ATTGTTGATATGCAAGACAAAGAAGGAAGAGTTATCAACAGTGTTTCTGCCAAACTTGCA
TCGGATGGACGTGGTGTGTATGAGTACTATACCTGGGCAAATCTTGGTGAAAAGATTAGC
TTTGTTCCTCGGGATTCTAGGGGTAATGCGGAGAAGAAGATGTTATTTTATCCGAAAGAG
CTTCGTGCGGTAGTGTCAAATGATGGTTGCCAAGCTGCTGTTTCCCCATTTACTGGTCGA
CCTGGTCTTTACATACAAGGATCGGTCTCTCCTCCTCTTCCTGGTGTTAACATTAAGGTC
TCTGCAGCGAAAGACAGCCTTATTTCTTCACTTAAGAAAGGTGAAGTAGCTGTTGAAACA
AGCACATCACCAGATGGTTCTTTTGTTGCTGGGCCATTGTATGATGATATACCATATGAC
ACCGATGCATCAAAGCCTGGCTATCATATTAAAAGACTAGGACCATACTCCTTCTCCTGC
CAGAAGCTTGGTCAGATCTCTGTGCGTGTTTCCTCAAAGGACAATGCCGAGACATCAGTC
CCACCATTGTTGTTATCGTTGAGTGGCGATCATGGTTACAGAAGTAATTCTATATCTGGC
GCTGGTGGACTCTTTGTATTTGATAGCTTGTTTCCTGGAAATTTCTACTTGCGCCCCCTT
CT

QA 2 723 2 723
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4064Contig1 811 2 4 U
CTGATGCATCTACAACTACATTGGATAGCAAAGAAAAAATATTGAATATTTTCTGGTACA
TATTGATTCCGGAATCTTAAAGACGAGCGATACATTGTACTATTACTATTTGTTATATAC
ACAAACTGACAAAAGCAACAGAAATTTTCGATAAAAAGAAACTAAAAAATATATTAGTCT
CTCTAGCCATGAATATAAGCAAAGTGATTAATCAAAGCTAAAGCATTACTCGTTAGATGA
GCAATAACCAAAATCCTCCCTCTAACCAAATCCTTGACTTTCCCATTCATGTCAGCTCCT
CCAAAACCATCCGAGCACGTGTTCTCATCGGTCAGAGCCGCGCTAACCCAAGTCTGAATA
TCACTCATGTAGATTTCGTAGTTCGAGCCACTTAACAGACCCATCTCACCTATCGATTTC
CTAAGCTCCGCCAACGTGTCACCTAGCTCCTCAACGCAGTCTCTCATGGCCGAGACTTCT
CTGGGCTTGAGCTGACTACTCGAGAGACGCACCATCATTGCTGATGTGGCTTTAACCGAG
GCTAATGTGATGTTGAGAGCCGCGTGAGCCATGAGTTTGTGGCTGGTTTGGATGAGACTG
GATTGAGTTGAGAGTGAAGTGACACAGAGTTTTTGATATGTTGTGAATTTGCATGATGAT
TTTACGAACTCCGTGTTTGTTGTTGTTGCTGTATGGACCGACTTGAGCGTGGTTACCGTA
ATGGTAATGAGAAGAGATGTGAGGAAGTGATGATTAAATCTAAGAGATCCAGCCATTCTT
ATATAGTATGAGTTATATGAGATTGTGAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU93JQ U 1
AF RR3CS76TF C 172
BS 1 425 RR3EU93JQ
BS 426 426 RR3CS76TF
BS 427 680 RR3EU93JQ
BS 681 811 RR3CS76TF

RD RR3EU93JQ 680 0 0
CTGATGCATCTACAACTACATTGGATAGCAAAGAAAAAATATTGAATATTTTCTGGTACA
TATTGATTCCGGAATCTTAAAGACGAGCGATACATTGTACTATTACTATTTGTTATATAC
ACAAACTGACAAAAGCAACAGAAATTTTCGATAAAAAGAAACTAAAAAATATATTAGTCT
CTCTAGCCATGAATATAAGCAAAGTGATTAATCAAAGCTAAAGCATTACTCGTTAGATGA
GCAATAACCAAAATCCTCCCTCTAACCAAATCCTTGACTTTCCCATTCATGTCAGCTCCT
CCAAAACCATCCGAGCACGTGTTCTCATCGGTCAGAGCCGCGCTAACCCAAGTCTGAATA
TCACTCATGTAGATTTCGTAGTTCGAGCCACTTAACAGACCCATCTCACCTATCGATTTC
CTAAGTTCCGCCAACGTGTCACCTAGCTCCTCAACGCAGTCTCTCATGGCCGAGACTTCT
CTGGGCTTGAGCTGACTACTCGAGAGACGCACCATCATTGCTGATGTGGCTTTAACCGAG
GCTAATGTGATGTTGAGAGCCGCGTGAGCCATGAGTTTGTGGCTGGTTTGGATGAGACTG
GATTGAGTTGAGAGTGAAGTGACACAGAGTTTTTGATATGTTGTGAATTTGCATGATGAT
TTTACGAACTCCGTGTTTGT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3CS76TF 640 0 0
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GTTAGATGAGCAATAACCAAAATCCTCCCTCTAACCAAATCCTTGACTTTCCCATTCATG
TCAGCTCCTCCAAAACCATCCGAGCACGTGTTCTCATCGGTCAGAGCCGCGCTAACCCAA
GTCTGAATATCACTCATGTAGATTTCGTAGTTCGAGCCACTTAACAGACCCATCTCACCT
ATCGATTTCCTAAGCTCCGCCAACGTGTCACCTAGCTCCTCAACGCAGTCTCTCATGGCC
GAGACTTCTCTGGGCTTGAGCTGACTACTCGAGAGACGCACCATCATTGCTGATGTGGCT
TTAACCGAGGCTAATGTGATGTTGAGAGCCGCGTGAGCCATGAGTTTGTGGCTGGTTTGG
ATGAGACTGGATTGAGTTGAGAGTGAAGTGACACAGAGTTTTTGATATGTTGTGAATTTG
CATGATGATTTTACGAACTCCGTGTTTGTTGTTGTTGCTGTATGGACCGACTTGAGCGTG
GTTACCGTAATGGTAATGAGAAGAGATGTGAGGAAGTGATGATTAAATCTAAGAGATCCA
GCCATTCTTATATAGTATGAGTTATATGAGATTGTGAATG

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL4065Contig1 1014 2 20 U
GGGAGGGGTCTGTTAGAGTTTATTTGTTTATGTTTTCCTCTGTCACCAAGCAACCCTAGA
AGAAAGAGAGAGAGAAAGAAAGATAACACTAAAACCTAGATCAAATCTTCTTAGCCATTA
TGAACAGAAGTAAGCTGAGAAGTTTATAAGCTTTGCATGTTCCTTTCCCCTCAAGTTTTT
AAATATCTTTCAGAAAGTCTCCACCTTTGATTCTGTTTCTTTCTCTTTCTTATCCATTTA
TCCTCTCACTCTCTCTCACCTCACAATTCTAACCACAAAGGTTTCTTCACTCTTTCTTTC
TCTCTAGAAAGCTCTCACTTTTAAGAGATCTTTTTTTTGCTCTCTTCAACTGTTGGTGAA
TGCTAATGGATCAAAGAGATCCAATGGGTTTAACCGGGGCAGGCTCTTACTATATCCAAA
GAGGTTTACCCGGTTCGGTTCCTCCTACGTTTCACGGATCGTCATCATCATCACAGCAAC
AACAACAAGGGCTTCGTCACTTGCATAACCAAAACTCTCCATTCGGTTCAGGCTCCACCG
GTGGGTTCGGATCTCCTCCTCCTTTACACGGTGACCCTTCTCCATCAGCAGCAGCAACGG
GAGCTGTTCCTCATCATGTTGGCGTTCATATGATCTCTCCTCCTCCTCCTACTCAGAGTG
AAACTCCGATGAAACGTAAGAGAGGACGGCCTAGAAAATACGGACAAGACGGTTCTGTTT
CTTTGGCATTGTCTTCTTCTTCTGTTTCCACCGTTAACAACTCTAACAAACGTGGCCGTG
GCCGACCTCCTGGCTCTGGCAAGAAACAGAGATTGTCTTCCACTGGTGAGTTGATGATGC
CTTCATCTTCTGGAATGAGCTTCACACCACACGTAATTGTGGTTTCAATAGGAGAAGATA
TTGCAACAAAGTTATAGCTTTCTCTCAACAAGTCCAAGAGCTATCTGCGTTCTATCCGCA
AGTGGAGCTGTCTCTACTGCACGCTGCTTCATCATCATCTTCTCCTAGTGCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI31TF U 1
AF RR3E667TF U 263
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BS 272 272 RR3E667TF
BS 273 295 RR3CI31TF
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BS 400 460 RR3CI31TF
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BS 500 500 RR3E667TF
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BS 691 697 RR3CI31TF
BS 698 1014 RR3E667TF

RD RR3CI31TF 705 0 0
GGGAGGGGTCTGTTAGAGTTTATTTGTTTATGTTTTCCTCTGTCACCAAGCAACCCTAGA
AGAAAGAGAGAGAGAAAGAAAGATAACACTAAAACCTAGATCAAATCTTCTTAGCCATTA
TGAACAGAAGTAAGCTGAGAAGTTTATAAGCTTTGCATGTTCCTTTCCCCTCAAGTTTTT
AAATATCTTTCAGAAAGTCTCCACCTTTGATTCTGTTTCTTTCTCTTTCTTATCCATTTA
TCCTCTCACTCTCTCTCACCTCACAATTCTAGCCACAAAGGTTTCTTCACTCTTTTTTTC
TCTCTAGAAAGCTCTCACTTTTAAGAGATCTTTTTTTTGCTCTCTTCAACTGTTG*TGAA
TGCTAATGGATCAAAGAGATCCAATGGGTTTAACCGGGTCAGGCTCTTACTATATCCAAA
GAGGTTTACCCGGTTCGGTTCCTCCTACGTTTCACGGATC***ATCATCATCACAGCAAC
AACAACAAGGGCTTCGTCATTTGCATAACCAAAACTCTCCATTCGGTTCAGGCTCCACC*
**GGGTTCGGATCTCCTCCTCCTTTACACGGTGACCCTTCTCCATCAGCAGCAGCAACGG
GAGCTGTTCCTCATCATGTTGGCGTTCATATGATCTCTCCTCCTCCTCCTACTCAGAGTG
AGACTCCGATGAAACGTAAGAGAGGACGGGCTAGAAA
TACGGACA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3E667TF 752 0 0
GG
AATTCTAACCACAAAGGTTTCTTCACTCTTTCTT*CTCTCTAGAAAGCTCTCACTTTTAA
GAGATCTTTTTTTTGCTCTCTTCAACTGTTGGTGAATGCTAATGGATCAAAGAGATCCAA
TGGGTTTAACCGGGGCAGGCTCTTACTATATCCAAAGAGGTTTACCCGGTTCTGTTCCTC
CTACGTTTCACGGATCGTCATCATCATCACAGCAACAACAACAAGGGCTTCGTCACTTGC
GTAACCAAAACTCTCCATTCGGTTCAGGCTCCACCGGTGGGTTCGGATCTCCTCCTCCTT
TACACGGTGACCCTTCTCCATCAGCAGCAGCAACGGGAGCTGTTCCTCATCATGTTGGCG
TTCATATGATTTCTCCTCCTCCTCCTACTCAGAGTGAAACTCCGATGAAACGTAAGAGAG
GACGGCCTAGAAAATACGGACAAGACGGTTCTGTTTCTTTGGCATTGTCTTCTTCTTCTG
TTTCCACCGTTAACAACTCTAACAAACGTGGCCGTGGCCGACCTCCTGGCTCTGGCAAGA
AACAGAGATTGTCTTCCACTGGTGAGTTGATGATGCCTTCATCTTCTGGAATGAGCTTCA
CACCACACGTAATTGTGGTTTCAATAGGAGAAGATATTGCAACAAAGTTATAGCTTTCTC
TCAACAAGTCCAAGAGCTATCTGCGTTCTATCCGCAAGTGGAGCTGTCTCTACTGCACGC
TGCTTCATCATCATCTTCTCCTAGTGCTAT

QA 3 752 3 752
DS 



AS 1 3

CO CL4066Contig1 860 3 9 U
ACTCAAGAAAACCTTTTTATACATTGAAAATAGTTAACAATCACTAGTGATAGTCGAGGG
GGAAAAAACACTCCTAAAATTGAGAGACACACAAGGCTGCAACTTTTACAAAGAAATACA
TAAGGAATCCTCATTCATCAGAGCTGTAGTCGCTGGACTCAGGAAGAGGCGGGACAGTGG
CACAGCAGAATGCATCTTTGTCTTTGAGAAGGAGACAGCTTCCATCAATGTTCCATTTGA
GATCAGTAATGGAGAATCCAGGGAGGGGATTGCATACACAGAACGCACCCGAGGGAGTCC
ACATGTAGAGGTGAGAGCTTCCGGTGCATAGGAGAAGGCGAGTGCAGGTTGGATCCCACA
CAGCGGCTCGGATAGGTTCCTTCTGGACGAGGATGGCTGCAACCTCGAGGCGTTGCATGT
CCCAAATCCATAGGGCAGTGGGCATACTGTCGTTTCGTGTGCATATGTACTGGCTGTCTT
TGCTCCAAGCCAGAAGCCCGACTCCTTGTTTTGGGTTAGGCTTGTCCACGGGAGGTTTCT
GAAAAGGAAGTGCTACTGGTAATTCCATGGCTTCCTACCTGACACTTATATAGCCTTCCG
AAGCATCATAATTGCTTGGCATAAAGTTGTCATCCAACGATAACTCAGACATATCGAGCT
GCAAGGGTTCATCGATTTCCTTGAAAATAGCAGCATAACAGGGCGCACGAACCGTTGATA
GGTGTAAGAACTCAGCGAATGTTTTCCAAGTAAGGTGATTCAGGACCCGTAGCATCTGGT
CATAGCTACCAATAGCAAGAAACTGACCACACGGAGACCAGGAAACAGTCTTCACACCAA
GTCCACATTCATATGCCTGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E388JQ U 1
AF RR3FC67JQ U 1
AF RR3FC67TF C 197
BS 1 180 RR3E388JQ
BS 181 181 RR3FC67JQ
BS 182 436 RR3E388JQ
BS 437 437 RR3FC67JQ
BS 438 520 RR3E388JQ
BS 521 521 RR3FC67JQ
BS 522 557 RR3E388JQ
BS 558 687 RR3FC67JQ
BS 688 860 RR3FC67TF

RD RR3E388JQ 557 0 0
ACTCAAGAAAACCTTTTTATACATTGAAAATAGTTAACAATCACTAGTGATAGTCGAGGG
GGAAAAAACACTCCTAAAATTGAGAGACACACAAGGCTGCAACTTTTACAAAGAAATACA
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GACAGCAGAATGCATCTTTGTCTTTGAGAAGGAGACAGCTTCCATCAATGTTCCATTTGA
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ACATGTAGAGGTGAGAGCTTCCGGTGCATAGGAGAAGGCGAGTGCAGGTTGGATCCCACA
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CCCAAATCCATAGGGCTGTGGGCATACTGTCGTTTCGTGTGCATATGTACTGGCTGTCTT
TGCTCCAAGCCAGAAGCCCGACTCCTTGTTTTGGGTTAGGATTGTCCACGGGAGGTTTCT
GAAAAGGAAGTGCTACT

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3FC67JQ 687 0 0
ACTCAAGAAAACCTTTTTATACATTGAAAATAGTTAACAATCACTAGTGATAGTCGAGGG
GGAAAAAACACTCCTAAAATTGAGAGGCACACAAGGCTGCAACTTTTACAAAGAAATACA
TAAGGAATCCTCATTCATCAGAGCTGTAGTCGCTGGACTCAGGAAGAGGCGGGACAGTGG
CACAGCAGAATGCATCTTTGTCTTTGAGAAGGAGACAGCTTCCATCAATGTTCCATTTGA
GATCAGTAATGGAGAATCCAGGGAGGGGATTGCATACACAGAACGCACCCGAGGGAGTCC
ACATGTAGAGGTGAGAGCTTCCGGTGCATAGGAAAAGGCGAGTGCAGGTTGGATCCCACA
CAGCGGCTCGGATAGGTTCCTTCTGGACGAGGATGGCTGCAACCTCGAGGCGTTGCATGT
CCCAAATCCATAGGGCAGTGGGCATACTGTCGTTTCGTGTGCATATGTACTGGCTGTCTT
TGCTCCAAGCCAGAAGCCCGACTCCTTGTTTTGGGTTAGGCTTGTCCACGGGAGGTTTCT
GAAAAGGAAGTGCTACTGGTAATTCCATGGCTTCCTACCTGACACTTATATAGCCTTCCG
AAGCATCATAATTGCTTGGCATAAAGTTGTCATCCAACGATAACTCAGACATATCGAGCT
GCAAGGGTTCATCGATTTCCTTGAAAA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3FC67TF 664 0 0
ATCTTGTCTTGAGAA
GAGACAGCTTCCATCAATGTTCCATTTGAGATCAGTA*TGGAGA*TCCAGGGAGGGGATT
GCATACACAGAACGCACCCGAGGGAGTCCACATGTAGAGGTGAGAGCTTCCGGTGCATAG
GAGAAGGCGAGTGCAGGTTGGATCCCACACAGCGGCTCGGATAGGTTCTTTCTGGACGAG
GATGGCTGCAACCTCGAGGCGTTGCATGTCCCAAATCCATAGGGCAGTGGGCATACTGTC
GTTTCGTGTGCATATGTACTGGCTGTCTTTGCTCCAAGCCAGAAGCCCGACTCCTTGTTT
TGGGTTAGGCTTGTCCACGGGAGGTTTCTGAAAAGGAAGTGCTACTGGTAATTCCATGGC
TTCGTACCTGACACTTATATAGCCTTCCGAAGCATCATAATTGCTTGGCATAAAGTTGTC
ATCCAACGATAACTCAGACATATCGAGCTGCAAGGGTTCATCGATTTCCTTGAAAATAGC
AGCATAACAGGGCGCACGAACCGTTGATAGGTGTAAGAACTCAGCGAATGTTTTCCAAGT
AAGGTGATTCAGGACCCGTAGCATCTGGTCATAGCTACCAATAGCAAGAAACTGACCACA
CGGAGACCAGGAAACAGTCTTCACACCAAGTCCACATTCATATGCCTGC

QA 16 664 16 664
DS 



AS 1 2

CO CL4067Contig1 1075 2 8 U
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ATGGCGACGCCTAACGGTGTAAAGAGTCCGTCGAAGATGGGGCCCAAGGTGTTGTTTTAC
TCAATATTGCTCACGCTTCAGTACGGAGCTCAGCCTCTCATCTCCAAACGCTGCATCGGG
TAACCACATCTGTACACAACCTATGTTAGTCTCTTTATCACTGATTGTTGGTGAATTGAT
CACGTTCCTGTTCGAAAAATGTGAGCTTTGGCTTGAATAAGTTTAGTGTAGAGCTATGGA
ATTAGAGTTCTGTGCGTGTGTTTGCAGGAAGGAGGTTATTGTAACTTCATCTGTATTGAC
GTGCGAGATTGTTAAGGTCATATGTGCTCTGATCCTCATGGCAAGAGATGGTAGCTTGAA
GGGATTATCAAAAGAGTGGACCTTGATGGGATCCTTGACTGCTTCTGGCCTCCCTGCAGC
CATATACGCACTCCAGAACAGCTTGCTGCAGATCTCTTACCGGAGCCTCGATTCCTTGAC
TTTTTCTATTCTGAATCAGACCAAAATCTTCTTCACAGCCTTCTTCACGTTCATCATACT
GAGACAGAAGCAATCGGTTCAGCAAATAGGAGCTTTGTGTTTACTGATCATGGCAGCGGT
TCTTCTAAGCGTCGGTGAAGGCTCTAGCAAGAGTTCGAGCGGCGTTAACCCGGAGCAAGT
GCTGTTCTATGGGATCATACCGGTCTTGGTAGCCTCTGTGCTCTCCGGTTTAGCTTCTTC
TCTGTGTCAGTGGGCTTCTCAGGTGAAGAAGCATTCGTCGTACTTGATGACGGTGGAAAT
GTCTATTGTTGGGAGCCTCTGCTTGTTGGTGAGTACACTTAAGTCTCCTGATGGTGAAGC
GATTAAAAGACATGGTTTCTTTCATGGTTGGACTGCTTTAACCATGGTTCCAGTTGTAAG
CAATGCTCTTGGTGGGATTCTCGTTGGCCTAGTTACATCACATGCCGGTGGTGTAAGAAA
GGGATTTGTGATTGTGTCGGCGTTACTTGTGACGGCTCTGCTACAGTTTGCGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B711TF U 1
AF RR3C884TF U 352
BS 1 625 RR3B711TF
BS 626 626 RR3C884TF
BS 627 695 RR3B711TF
BS 696 696 RR3C884TF
BS 697 802 RR3B711TF
BS 803 803 RR3C884TF
BS 804 828 RR3B711TF
BS 829 1075 RR3C884TF

RD RR3B711TF 828 0 0
AGGGGATCACAACAATAAGTGAATCACCGATCTTGTGGGATTCACGGTGGCCAGCGAGTC
ATGGCGACGCCTAACGGTGTAAAGAGTCCGTCGAAGATGGGGCCCAAGGTGTTGTTTTAC
TCAATATTGCTCACGCTTCAGTACGGAGCTCAGCCTCTCATCTCCAAACGCTGCATCGGG
TAACCACATCTGTACACAACCTATGTTAGTCTCTTTATCACTGATTGTTGGTGAATTGAT
CACGTTCCTGTTCGAAAAATGTGAGCTTTGGCTTGAATAAGTTTAGTGTAGAGCTATGGA
ATTAGAGTTCTGTGCGTGTGTTTGCAGGAAGGAGGTTATTGTAACTTCATCTGTATTGAC
GTGCGAGATTGTTAAGGTCATATGTGCTCTGATCCTCATGGCAAGAGATGGTAGCTTGAA
GGGATTATCAAAAGAGTGGACCTTGATGGGATCCTTGACTGCTTCTGGCCTCCCTGCAGC
CATATACGCACTCCAGAACAGCTTGCTGCAGATCTCTTACCGGAGCCTCGATTCCTTGAC
TTTTTCTATTCTGAATCAGACCAAAATCTTCTTCACAGCCTTCTTCACGTTCATCATACT
GAGACAGAAGCAATCGGTTCAGCAAGTAGGAGCTTTGTGTTTACTGATCATGGCAGCGGT
TCTTCTAAGCGTCGGTGAAGGCTCTAGCAAGAGTTTGAGCGGCGTTAACCCGGAGCAAGT
GCTGTTCTATGGGATCATACCGGTCTTGGTAGCCTCTGTGCTCTCCGGTTTAGCTTCTTC
TCTGTGTCAGTGGGCTTCTCAG*TGAAGAAGCATTCGTCGTACTTGAT

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR3C884TF 724 0 0
G
GTATTGACGTGCGAGATTGTTAAGGTCATATGTGCTCTGATCCTCATGGCAAGAGATGGT
AGCTTGAAGGGATTATCAAAAGAGTGGACCTTGATGGGATCCTTGACTGCTTCTGGCCTC
CCTGCAGCCATATACGCACTCCAGAACAGCTTGCTGCAGATCTCTTACCGGAGCCTCGAT
TCCTTGACTTTTTCTATTCTGAATCAGACCAAAATCTTCTTCACAGCCTTCTTCACGTTC
ATCATACTGAGACAGAAGCAATCGGTTCAGCAAATAGGAGCTTTGTGTTTACTGATCATG
GCAGCGGTTCTTCTAAGCGTCGGTGAAGGCTCTAGCAAGAGTTCGAGCGGCGTTAACCCG
GAGTAAGTGCTGTTCTATGGGATCATACCGGTCTTGGTAGCCTCTGTGCTCTCCGGTTTG
GCTTCTTCTCTGTGTCAGTGGGCTTCTCAGGTGAAGAAGCATTCGTCGTACTTGATGACG
GTGGAAATGTCTATTGTTGGGAGCCTCTGCTTGTTGGTGAGTACACTTAAGTCTCCTGAT
GGTGAAGCGATTAAAAGACATGGTTTCTTTCATGGTTGGACTGCTTTAACCATGGTTCCA
GTTGTAAGCAATGCTCTTGGTGGGATTCTCGTTGGCCTAGTTACATCACATGCCGGTGGT
GTAAGAAAGGGATTTGTGATTGTGTCGGCGTTACTTGTGACGGCTCTGCTACAGTTTGCG
TTT

QA 2 724 2 724
DS 



AS 1 3

CO CL4068Contig1 603 3 2 U
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GCTGCGTGAGACACACAAGAAACCAGATGGGTCCTTTGTGGATGAAAGGGCAAGGCTAAT
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CAAGAAAATGAAGATATCAAAGAAAGGCTGAGCAAACTTGAAGGGTTTGAGAAAATGATT
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TTTGTTATTTTTCTAAGGTTTTAGTAGTTTTTCTAGTTTTAAATTATTGCTGGTTTTTCT
ATTAATGCGTTGTTGAATTTTTTTCAGTATTTTATTTTATTTAATAAAATTGGTCTTTTG
ACT


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 10 

AF RR3EW27TF U 1
AF RR3GQ01JQ C 1
AF RR3GQ01TF U 1
BS 1 601 RR3EW27TF
BS 602 603 RR3GQ01JQ

RD RR3EW27TF 601 0 0
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GCTGCGTGAGACACACAAGAAACCAGATGGGTCCTTTGTGGATGAAAGGGCAAGGCTAAT
TAGTAAGGATTTGAAAAAGATGTAGCTGATCATATGCTTGAAGATGATATCCTTTCAACA
GAAGAACTAACTGCAGAGCAAAAGAACCAAATGTATCTGAAGTTGGTTGATTCAGCACAA
GGACGTGTGTTTGGTCTTGGAGCTCTCCTTGGTGAACTTTCACTCAATGCTAAAATGCCA
GTCACAGTTGAAAGTCACTTGGAAAATGATGAGTTCAAGAAAAAGGTAGAAGACATTTCT
CAAGAAAATGAAGATATCAAAGAAAGGCTGAGCAAACTTGAAGGGTTTGAGAAAATGATT
GCTATCCTTTGTCCAGCTATTTTATCCATGGGTGGCAACAACCAAGTTTAAACTAGCTCT
TTTGTTATTTTTCTAAGGTTTTAGTAGTTTTTCTAGTTTTAAATTATTGCTGGTTTTTCT
ATTAATGCGTTGTTGAATTTTTTTCAGTATTTTATTTTATTTAATAAAATTGGTCTTTTG
A

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3GQ01JQ 603 0 0
GCATGCTAGGGTTGCAGATATTTTGAAAGAAAAGAATGGAGATGCCTCCTACATTGATGT
GCTGCGTGAGACACACAAGAAACCAGATGGGTCCTTTGTGGATGAAAGGGCAAGGCTAAT
TAGTAAGGATTTGAAAAAGATGTAGCTGATCATATGCTTGAAGATGATATCCTTTCAACA
GAAGAACTAACTGCAGAGCAAAAGAACCAAATGTATCTGAAGTTGGTTGATTCAGCACAA
GGACGTGTGTTTGGTCTTGGAGCTCTCCTTGGTGAACTTTCACTCAATGCTAAAATGCCA
GTCACAGTTGAAAGTCACTTGGAAAATGATGAGTTCAAGAAAAAGGTAGAAGACATTTCT
CAAGAAAATGAAGATATCAAAGAAAGGCTGAGCAAACTTGAAGGGTTTGAGAAAATGATT
GCTATCCTTTGTCCAGCTATTTTATCCATGGGTGGCAACAACCAAGTTTAAACTAGCTCT
TTTGTTATTTTTCTAAGGTTTTAGTAGTTTTTCTAGTTTTAAATTATTGCTGGTTTTTCT
ATTAATGCGTTGTTGAATTTTTTTCAGTATTTTATTTTATTTAATAAAATTGGTCTTTTG
ACT

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3GQ01TF 603 0 0
GCATGCTAGGGTTGCAGATATTTTGAAAGAAAAGAATGGAGATGCCTCCTACATTGATGT
GCTGCGTGAGACACACAAGAAACCAGATGGGTCCTTTGTGGATGAAAGGGCAAGGCTAAT
TAGTAAGGATTTGAAAAAGATGTAGCTGATCATATGCTTGAAGATGATATCCTTTCAACA
GAAGAACTAACTGCAGAGCAAAAGAACCAAATGTATCTGAAGTTGGTTGATTCAGCACAA
GGACGTGTGTTTGGTCTTGGAGCTCTCCTTGGTGAACTTTCACTCAATGCTAAAATGCCA
GTCACAGTTGAAAGTCACTTGGAAAATGATGAGTTCAAGAAAAAGGTAGAAGACATTTCT
CAAGAAAATGAAGATATCAAAGAAAGGCTGAGCAAACTTGAAGGGTTTGAGAAAATGATT
GCTATCCTTTGTCCAGCTATTTTATCCATGGGTGGCAACAACCAAGTTTAAACTAGCTCT
TTTGTTATTTTTCTAAGGTTTTAGTAGTTTTTCTAGTTTTAAATTATTGCTGGTTTTTCT
ATTAATGCGTTGTTGAATTTTTTTCAGTATTTTATTTTATTTAATAAAATTGGTCTTTTG
A
CT

QA 1 601 1 601
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4070Contig1 681 3 8 U
TTTTTCGATTATATTTTTTTTGTTGACCATAAAAAAAATTATATAGTTTTTTTCTAGTGA
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CCAAGAAAGACGTAGCTCCAGGGAGGTTGATCGATACCTACGCGGCACAATGCGAAAACT
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TCGACGACCCTTTTACCTGCGACAAGAAGAAACAAGTCTCTTGCGAAGACCCTGCAGATC
TTGACTATGATTCCTCTCGTACCTGGGTCATCGACAAGCCTGGTCTCCCCAAAACCCCCA
AAGGTTTCAAGAGGAGCCTTGTCCTACGCAAAGACTACTCTAAGATGGATACTTACTACT
TCACTCCTACCGGTAAAAAGCTTAGGAGCCGCAATGAAGTCGCTTCCTACGTTGAAGCCA
ATCCTGAGTTCAAGGGTGCTCCTCTTGGAGACTTCTCTTTCACTGTTCCCAAGGTTATGG
AGGACACCTTTCCTCCCGATCCTAAGGTTGCCTCTCCTCCTGATCCTAAGGTTGCCTCTC
CTCATGTTGCTAAGGTTGTGTCTCCTGTTTCTACACCTTCTGATGATGTTTCAGGCAAGA
TCACGAAATCTAAGCAAATCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BQ86JQ C 49
AF RR3EK03TF U 1
AF RR3BQ86TF U 14
BS 1 106 RR3EK03TF
BS 107 107 RR3BQ86TF
BS 108 376 RR3EK03TF
BS 377 377 RR3BQ86TF
BS 378 556 RR3EK03TF
BS 557 557 RR3BQ86TF
BS 558 586 RR3EK03TF
BS 587 681 RR3BQ86TF

RD RR3BQ86JQ 188 0 0
TTTTTCTAGTGAAGAAGAAGCAAATCAGAGCTATG*CGGAGGAAGAGAACGGGAGCGTGG
CGAAACCAAGAGCCAAGAAAGACGTAGCTCCAGGGAGGTTGATCGATACCTACGCGGCAC
AATGCGAAAACTGTCACCAGTGGAGAGTCATTGATAGCCAGGAGGAGTACGAGGATATCA
GAAGTCGT

QA 1 188 1 188
DS 

RD RR3EK03TF 586 0 0
TTTTTCGATTATATTTTTTTTGTTGACCATAAAAAAAATTATATAGTTTTTTTCTAGTGA
AGAAGAAGCAAATCAGAGCTATGGCGGAGGAAGAGAACGGGAGCGTAGCGAAACCAAGAG
CCAAGAAAGACGTAGCTCCAGGGAGGTTGATCGATACCTACGCGGCACAATGCGAAAACT
GTCACCAGTGGAGAGTCATTGATAGCCAGGAGGAGTACGAGGATATCAGAAGTCGTATGA
TCGACGACCCTTTTACCTGCGACAAGAAGAAACAAGTCTCTTGCGAAGACCCTGCAGATC
TTGACTATGATTCCTCTCGTACCTGGGTCATCGACAAGCCTGGTCTCCCCAAAACCCCCA
AAGGTTTCAAGAGGAGTCTTGTCCTACGCAAAGACTACTCTAAGATGGATACTTACTACT
TCACTCCTACCGGTAAAAAGCTTAGGAGCCGCAATGAAGTCGCTTCCTACGTTGAAGCCA
ATCCTGAGTTCAAGGGTGCTCCTCTTGGAGACTTCTCTTTCACTGTTCCCAAGGTTATGG
AGGACACCTTTCCTCCTGATCCTAAGGTTGCCTCTCCTCCTGATCC

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3BQ86TF 668 0 0
TTTTTTTTGTTGACCATAAAAAAAATTATATAGTTTTTTTCTAGTGAAGAAGAAGCAAAT
CAGAGCTATGGCGGAGGAAGAGAACGGGAGCGTGGCGAAACCAAGAGCCAAGAAAGACGT
AGCTCCAGGGAGGTTGATCGATACCTACGCGGCACAATGCGAAAACTGTCACCAGTGGAG
AGTCATTGATAGCCAGGAGGAGTACGAGGATATCAGAAGTCGTATGATCGACGACCCTTT
TACCTGCGACAAGAAGAAACAAGTCTCTTGCGAAGACCCTGCAGATCTTGACTATGATTC
CTCTCGTACCTGGGTCATCGACAAGCCTGGTCTCCCCAAAACCCCCAAAGGTTTCAAGAG
GAGCCTTGTCCTACGCAAATACTACTCTAAGATGGATACTTACTACTTCACTCCTACCGG
TAAAAAGCTTAGGAGCCGCAGTGAAGTCGCTTCCTACGTTGAAGCCAATCCTGAGTTCAA
GGGTGCTCCTCTTGGAGACTTCTCTTTCACTGTTCCCAAGGTTATGGAGGACACCTTTCC
TCCCGATCCTAAGGTTGCCTCTCCTCCTGATCCTAAGGTTGCCTCTCCTCATGTTGCTAA
GGTTGTGTCTCCTGTTTCTACACCTTCTGATGATGTTTCAGGCAAGATCACGAAATCTAA
GCAAATCA

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 3

CO CL4071Contig1 683 3 4 U
GGAAAAGCTTTCTCTTCGTGCGTTAACAAAGTCCAAATGACGAGGAAGAAGCTCAACCCT
TTGGAAGATCCACCGACGGCGTCTTCAAGCGGCGAAGATGAATTGGAGCCGCTGCCCGGA
GACGACGAAGAAGAACAGATCTCCGACGATTCTTCGTCCGACGATCTCATGAGTCCAGTC
AACATTCCGTCCGCGAAGAAGTCCAAATCTGAGAAGCCGATCGCCGTCACCGTGAAGAAG
CGGCCGATCGAAACGACCTCCGTTAGTGCAAAACGAGCCAAAATTGCAGAGGAGGCTAAG
AAACCGACGACGTTTCAGAGGCTGTGGAGCGAAGAAGATGAGATCTCTATGCTTCAAGGT
ATGATCGATTTCAAAGCTGATACAGGGAAGAGTCCGTACGAAGACATGGATAGGTTTTAC
GAACTCACCAGTAAGTCGATTAGCTTTGAGGCTAGTAAGATCCAGTTCGTGGATAAGATT
AGGTCTTTGAAGAGGAAGTATATGGGGAAAGTGATGAAGCAAGGTGTTGAGTCTTTGACT
AAATCTCATGATATTGATTGTTTGAAACTGGCCAAGTATATTTGGGGATCTCATGGAATG
GCTCTCAGTTCTAATGTCAAGAAGAAGGTGGTTCAAGAAGAAGAAGAAGTTGTGACTCCT
GAATCCAATGGAACACCAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3GI65TF U 102
AF RR3CG09TF U 1
AF RR3G284TF U 97
BS 1 464 RR3CG09TF
BS 465 465 RR3GI65TF
BS 466 682 RR3CG09TF
BS 683 683 RR3G284TF

RD RR3GI65TF 481 0 0
ATTGGAGCCGCTGCCCGGAGACGACGAAGAAGAACAGATCTCCGACGATTCTTCGTCCGA
CGATCTCATGAGTCCAGTCAACATTCCGTCCGCGAAGAAGTCCAAATCTGAGAAGCCGAT
CGCCGTCACCGTGAAGAAGCGGCCGATCGAAACGACCTCCGTTAGTGCAAAACGAGCCAA
AATTGCAGAGGAGGCTAAGAAACCGACGACGTTTCAGAGGCTGTGGAGCGAAGAAGATGA
GATCTCTATGCTTCAAGGTATGATCGATTTCAAAGCTGATACAGGGAAGAGTCCGTACGA
AGACATGTATAGGTTTTACGAACTCACCAGTAAGTCGATTAGCTTTGAGGCTAGTAAGAT
CCAGTTCGTGGATAAGATTAGGTCTTTGAAGAGGAAGTATATGGGGAAAGTGATGAAGCA
AGGTGTTGAGTCTTTGACTAAATCTCATGATATTGATTGTTTGAAACTGGCCAAGTATAT
T

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR3CG09TF 682 0 0
GGAAAAGCTTTCTCTTCGTGCGTTAACAAAGTCCAAATGACGAGGAAGAAGCTCAACCCT
TTGGAAGATCCACCGACGGCGTCTTCAAGCGGCGAAGATGAATTGGAGCCGCTGCCCGGA
GACGACGAAGAAGAACAGATCTCCGACGATTCTTCGTCCGACGATCTCATGAGTCCAGTC
AACATTCCGTCCGCGAAGAAGTCCAAATCTGAGAAGCCGATCGCCGTCACCGTGAAGAAG
CGGCCGATCGAAACGACCTCCGTTAGTGCAAAACGAGCCAAAATTGCAGAGGAGGCTAAG
AAACCGACGACGTTTCAGAGGCTGTGGAGCGAAGAAGATGAGATCTCTATGCTTCAAGGT
ATGATCGATTTCAAAGCTGATACAGGGAAGAGTCCGTACGAAGACATGGATAGGTTTTAC
GAACTCACCAGTAAGTCGATTAGCTTTGAGGCTAGTAAGATCCATTTCGTGGATAAGATT
AGGTCTTTGAAGAGGAAGTATATGGGGAAAGTGATGAAGCAAGGTGTTGAGTCTTTGACT
AAATCTCATGATATTGATTGTTTGAAACTGGCCAAGTATATTTGGGGATCTCATGGAATG
GCTCTCAGTTCTAATGTCAAGAAGAAGGTGGTTCAAGAAGAAGAAGAAGTTGTGACTCCT
GAATCCAATGGAACACCAAAAA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3G284TF 587 0 0
GATGA
ATTGGAGCCGCTGCCCGGAGACGACGAAGAAGAACAGATCTCCGACGATTCTTCGTCCGA
CGATCTCATGAGTCCAGTCAACATTCCGTCCGCGAAGAAGTCCAAATCTGAGAAGCCGAT
CGCCGTCACCGTGAAGAAGCGGCCGATCGAATCGACCTCCGTTAGTGTAAAACGAGCCAA
AATTGCAGAGGAGGCTAAGAAACCGACGACGTTTCAGAGGCTGTGGAGCGAAGAAGATGA
GATCTCTATGCTTCAAGGTATGATCGATTTCAAAGCTGATACAGGGAAGAGTCCGTACGA
AGACATGGATAGGTTTTACGAACTCACCAGTAAGTCGATTAGCTTTGAGGCTAGTAAGAT
CCAGTTCGTGGATAAGATTAGGTCTTTGAAGAGGAAGTATATGGGGAAAGTGATGAAGCA
AGGTGTTGAGTCTTTGACTAAATCTCATGATATTGATTGTTTGAACCTGGCCAAGTATAT
TTGGGGATCTCATGGAATGGCTCTCAGTTCTAATGTCAAGAAGAAGGTGGTTCAAGAAGA
AGAAGAAGTTGTGACTCCTGAATCCAATGGAACACCAAAAAA

QA 6 587 6 587
DS 



AS 1 2

CO CL4072Contig1 1243 2 10 U
AGATGACTATTTTTTATAAATAGAGAATTTCTGTAAAGTTTTAGATATGAAATAAAAAGG
AACACTGAAGAAAAACCAAAACTTTTTGTATGGTTTTCAAGTTTCAACATTAGAGCTTTC
TCCTTCCCTTCCTCTGGTTAAGGTCCAAAGATTCTTTCCCAATGATGCAATGACTTTGTA
TCTTCACTTATGAACTCAGAAGGGAGCCTCCAGGGACTCATCCCAGGCCTCAGCACTTCC
ATTGGATGCATCTTCAACATCTTCTTCCATTGATAGCCTTATGTACTCTCTATGTGCAAA
ACGGTCCCACTCTGTCAATGTTGGGTTCTCCCGCTCCTGACGGATGAGGAACGGATCCCG
TGTTTCAAATGCCATAAACTTGTTGAGATTAAACAGGATGTTGAAGACGTGTCCAGAGAG
CTTTGAGCCCTTTAGGTCATGCACCGTTATATGGCTCTCGTTCTCTGGTCCGATCATATC
AATCATCTGGCATAAGATATCCTCAAAAAGAACAGCCTCTTGCGCCATACACTCCATGCG
ACGCAACTGCTCCTCATAAAAGAACAGCATCTCATTTCGCGTAATAATCCCATTCCCATC
CAAGTCTATGCACTTAAACCAGTATTCAAGGCTAGGCTCTGACGATTTATCTTCTTCAGC
AAGTATGAAATACACAAAATCCTCATACCCCATTTTCCCTTCAACTTTGCTAGTAAACTT
CCTAGCAACCTGGGAGAATATTCTGTCGACAATCCGGAAAGTAAGAGCATGGTTGCCATA
TCTCATAAGGTTTTCTTTGTCAATAAGGAAATCATGATCCGTATCCAGCTCCCAGAACTT
GCAGTATATGACATAAAAATGCTCATATGAGAAGTACCTCAACACTTTGTTGATATCTTC
TTCTTGATCAGCATGAATCATTGCATCAATCAAGTTTCCTCTTCTGAGCTCCCTAAATGT
AAGTCGCCCATTTCCAGATCTGTTTATGTAGTAAAATATTCTGTAGGTGACAGTTTCAGC
ATATCTTTCTTGGAACTCAGGTGTGGTTTGCAGGAACTCTAGACCAGGATGTGTCGCCAA
CAGTGCTTTAAGTAGTGGTTTAAAATCATCCTTAACAATGTAATTCTGATTCTTCTGCTT
TAGTATCTTAAAGATTTGTGTCGTTGTATCCATTATCAACATGTTACCGTTCACCCAATA
ATCAATAAATGCTTCCCTAGTAACAAAACCAGTGTTGTTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AU21JQ U 1
AF RR3AR64TF C 434
BS 1 470 RR3AU21JQ
BS 471 471 RR3AR64TF
BS 472 564 RR3AU21JQ
BS 565 565 RR3AR64TF
BS 566 628 RR3AU21JQ
BS 629 629 RR3AR64TF
BS 630 759 RR3AU21JQ
BS 760 760 RR3AR64TF
BS 761 806 RR3AU21JQ
BS 807 1243 RR3AR64TF

RD RR3AU21JQ 806 0 0
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AACACTGAAGAAAAACCAAAACTTTTTGTATGGTTTTCAAGTTTCAACATTAGAGCTTTC
TCCTTCCCTTCCTCTGGTTAAGGTCCAAAGATTCTTTCCCAATGATGCAATGACTTTGTA
TCTTCACTTATGAACTCAGAAGGGAGCCTCCAGGGACTCATCCCAGGCCTCAGCACTTCC
ATTGGATGCATCTTCAACATCTTCTTCCATTGATAGCCTTATGTACTCTCTATGTGCAAA
ACGGTCCCACTCTGTCAATGTTGGGTTCTCCCGCTCCTGACGGATGAGGAACGGATCCCG
TGTTTCAAATGCCATAAACTTGTTGAGATTAAACAGGATGTTGAAGACGTGTCCAGAGAG
CTTTGAGCCCTTTAGGTCATGCACCGTTATATGGCTCTCGTTCTCTGGTCTGATCATATC
AATCATCTGGCATAAGATATCCTCAAAAAGAACAGCCTCTTGCGCCATACACTCCATGCG
ACGCAACTGCTCCTCATAAAAGAAGAGCATCTCATTTCGCGTAATAATCCCATTCCCATC
CAAGTCTATGCACTTAAACCAGTATTCACGGCTAGGCTCTGACGATTTATCTTCTTCAGC
AAGTATGAAATACACAAAATCCTCATACCCCATTTTCCCTTCAACTTTGCTAGTAAACTT
CCTAGCAACCTGGGAGAATATTCTGTCGACAATCCGGAAGGTAAGAGCATGGTTGCCATA
TCTCATAAGGTTTTCTTTGTCAATAA

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3AR64TF 810 0 0
AGGTCATGTACCGTTATATGGCTCTCGTTCTCTGGTCCGATCATATCAATCATCTGGCAT
AAGATATCCTCAAAGAGAACAGC*TCTTGCGCCATACACTCCATGCGACGCAACTGCTC*
TCATAAAAGAACAGCATCTCATTTCGCGTTATAATCCCATTCCCATCCAAGTCTATGCAC
TTAAACCAGTATTCAAGGCTAGGCTCTGACGATTTATCTTCTTCAGCAAGTATGAAATAC
ACAAAATCCTCATACCCCATTTTCCCTTGAACTTTGCTAGTAAACTT**TAGCAACCTGG
GAGAATATTCTGTCGACAATCCGGAAAGTAAGAGCATGGTTGCCATATCTCATAAGGTTT
TCTTTGTCAATAAGGAAATCATGATCCGTATCCAGCTCCCAGAACTTGCAGTATATGACA
TAAAAATGCTCATATGAGAAGTACCTCAACACTTTGTTGATATCTTCTTCTTGATCAGCA
TGAATCATTGCATCAATCAAGTTTCCTCTTCTGAGCTCCCTAAATGTAAGTCGCCCATTT
CCAGATCTGTTTATGTAGTAAAATATTCTGTAGGTGACAGTTTCAGCATATCTTTCTTGG
AACTCAGGTGTGGTTTGCAGGAACTCTAGACCAGGATGTGTCGCCAACAGTGCTTTAAGT
AGTGGTTTAAAATCATCCTTAACAATGTAATTCTGATTCTTCTGCTTTAGTATCTTAAAG
ATTTGTGTCGTTGTATCCATTATCAACATGTTACCGTTCACCCAATAATCAATAAATGCT
TCCCTAGTAACAAAACCAGTGTTGTTGACC

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL4073Contig1 980 2 4 U
GGGTGATAGGGTTTTGTCCGAATCTCAAACAAAGAAGAGAAGGAGATCATAGTTCTCAAA
CCTTGCGCAGTTGCCTCAGCCACAGACAAAGGTTCGAGCAACTTGGAGGAGGCTTCGATG
GAAGCATCTTCAGTGATTCTCAAACCTTGCGCAGCCGTGACGGCGAGGGAAGGGTGTTCG
AGCGAGGCAATGGAGGTTTCATCGGGCGTTTACGATTCGCGCCAGAGAAAGCGTAAGGCC
GAGCTCGATCCAGAGGAAGAGAGCGATGGTGAGATTGAGGAAGGCAGAATTGAGGAGAGC
AAGGATGATGATGACAAAGATCCCCTAGCGGTGCCAGAGTGGGATGTGGACAGCTTCGAT
GGTGTGGTCTATACTTCCTCTTCGGAGCCTGATCGAGAAAACAATGAGAAAGCTATCAAT
GACTATCGCATCTGTAAAAAACAGCTCATCACCAGCAAGGGTTTCATGGTGGATCCATCG
CTTAGGCCACATTATTTGTACAAAAGAATCGGCCACTTAAATTTTAACGACAGTGGATTC
AACAGAGATTACTGTGAAAAGATGGTCTCTGTATGTCTTGAGAGGCATAACCAAGACAAG
GGTTCGAATGTGGAGTTTGTTGAAGTGGTGAGAGCTAACTATCGAGGGGGTCCGAGACCC
AAGTCATACATTACATTCATGGCCAGGGAGAAACCGGATGGGCCTCTTGTTGAGTATCAA
GCCAAAGGTATGGCTACTCTTGACAGGAAGAAGCATCCCATCCTCTGTAGACCGGCTCCT
ACGCCAAAGCCTCAAAACCAAAACTAATTAAGAAGGTGGACTTGGCAAAAGGGCAATCAT
CAGAAGTCAAGATACAATCCCTAGTGGTTGTAACATTTTAACTTTAGCTTTTTGTTTTAT
AATGTCTCTCGTGACCATGTTCTCTAGAACTCAACAACCATGTAATTGATTGAATATTTT
TGGAGTACCATTTTTTTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD78TF U 1
AF RR3DD78JQ C 348
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BS 743 980 RR3DD78JQ

RD RR3DD78TF 742 0 0
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GAAGCATCTTCAGTGATTCTCAAACCTTGCGCAGCCGTGACGGCGAGGGAAGGGTGTTCG
AGCGAGGCAATGGAGGTTTCATCGGGCGTTTACGATTCGCGCCAGAGAAAGCGTAAGGCC
GAGCTCGATCCAGAGGAAGAGAGCGATGGTGAGATTGAGGAAGGCAGAATTGAGGAGAGC
AAGGATGATGATGACAAAGATCCCCTAGCGGTGCCAGAGTGGGATGTGGACAGCTTCGAT
GGTGTGGTCTATACTTCCTCTTCGGAGCCTGATCGAGAAAACAATGAGAAAGCTATCAAT
GACTATCGCATCTGTAAAAAACAGCTCATCACCAGCAAGGGTTTCATGGTGGATCCATCG
CTTAGGCCACATTATTTGTACAAAAGAATCGGCCACTTAAATTTTAACGACAGTGGATTC
AACAGAGATTACTGTGAAAAGATGGTCTCTGTATGTCTTGAGAGGCATAACCAAGACAAG
GGTTCGAATGTGGAGTTTGTTGAAGTGGTGAGAGCTAACTATCGAGGGGGTCCGAGACCC
AAGTCATACATTACATTCATGGCCAGGGAGAAACCGGATGGGCCTCTTGTTGAGTATCAA
GCCAAAG*TATGGCTACTCTTG

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3DD78JQ 633 0 0
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GGTGGATCCATCGCTTAGGCCACATTATTTGTACAAAAGAATCGGCCACTTAAATTTTAA
CGACAGTGGATTCAACAGAGATTACTGTGAAAAGATGGTCTCTGTATGTCTTGAGAGGCA
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GGGTCCGAGACCCAAGTCATACATTACATTCATGGCCAGGGAGAAACCGGATGGGCCTCT
TGTTGAGTATCAAGCCAAAGGTATGGCTACTCTTGACAGGAAGAAGCATCCCATCCTCTG
TAGACCGGCTCCTACGCCAAAGCCTCAAAACCAAAACTAATTAAGAAGGTGGACTTGGCA
AAAGGGCAATCATCAGAAGTCAAGATACAATCCCTAGTGGTTGTAACATTTTAACTTTAG
CTTTTTGTTTTATAATGTCTCTCGTGACCATGTTCTCTAGAACTCAACAACCATGTAATT
GATTGAATATTTTTGGAGTACCATTTTTTTTGT

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL4074Contig1 732 2 2 U
CTGACAAGAAAATGGCGCTACAAATCCACTCTTCGTGTTCCTCCTTCTCCGCGAGACCCT
ATCATCTCCACCACCTCCACGCGAGCAGAAACCCTAGATTCGCAATCAAATGTCAGAACT
CCCAAACCGAAACCGAGACGACGGAGGATCCGTCGCAACCCAGGAAACCGAGCTCCTCCG
GGGTTGGATTCGGGTCGCCGGCTCCTCCGTCTTCTCCGGCCAAGAAAGGGAAAGGGAAGA
AAGAGGTGATCAGGCGATCTCCCGTGGAGAAACCGGTGTTCATCAGCGAAGAAGGAGCGG
CCAAGGTAGAGGAGCTGAGACGGAACGAGAATGCTTTTCTTCTTGCTTGGCTTGGCCTCG
GTGGCGTCATCCTCGTCCAAGGCCTTCTTCTAGCTGCTTCAGGCTTTCTTCCAGAAGAGC
TGGATAAGTTGTTTGTGAAGTACGTGTATCCGGTGTTCACTCCTTCTGTTGGATTATTTG
TGGCTGGAACTACTGCATATGGAGTTCTTAAGTACTTACAAAATGAGAAACTCAAGGATC
AAAAGTGATAAACACACACACATACACACCTTTGGATATTTTGAGGTAGCCTGTGATTGT
GAGAGGTTGGTGTTCAATGGATACTCTAGTAAAAAGAATAGTTTGTGTATCGATTTGATC
TTTGTTCTTGTATATGCAAAGAGATGGTTATGTTAAATTAAAAAATATGTTGGAAGATAT
ATTCAGGTGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AM48TF U 1
AF RR3AM48JQ C 103
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BS 694 732 RR3AM48JQ

RD RR3AM48TF 693 0 0
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TTGCTTGGCTTGGCCTCGGTGGCGTCATCCTCGTCCAAGGCCTTTTTCTAGCTGCTTCAG
GCTTTCTTCCAGAAGAGCTGGATAAGTTGTTTGTGAAGTACGTGTATCCGGTGTTCACTC
CTTCTGTTGGATTATTTGTGGCTGGAACTACTGCATATGGAGTTCTTAAGTACTTACAAA
ATGAGAAACTCAAGGATCAAAAGTGATAAACACACACACATACACACCTTTGGATATTTT
GAGGTAGCCTGTGATTGTGAGAGGTTGGTGTTCAATGGATACTCTAGTAAAAAGAATAGT
TTGTGTATCGATTTGATCTTTGTTCTTGTATATGCAAAGAGATGGTTATGTTAAATTAAA
AAATATGTTGGAAGATATATTCAGGTGCTG

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 3

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ATGCCAAGATAAGATCCGCTATGGTCAAATTCCACCGAGTTTGCATTTGGAAAGTCGAAT
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GCGAGGAAATAACCATTTTCAGAAAATGATACAGATGTGATTTCACCAGTGTGGCCACCG
AACTTCGCCACGTTTGCCTGACTCTTTACATCCCAAATCTTGACAATAGATTGAGCGGTA
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BQ
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AF RR3AU07JQ U 5
AF RR3AU07TF C 1
AF RR3A084JQ U 58
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RD RR3AU07JQ 664 0 0
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TCGC

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DS 

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GACCAAACAGGATTTTCAGAGATACAACATAAATAGAGGGAACTGGGAATGTAGCTCAGA
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CC

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AATGTTCGGAAGTTCTTTAGCTTGCGCAGGTCCCACAGTCTAACACCATCCAGCGCAGAT
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ACCTCTGCAGTGTGATCTTTCAATGTATGTTT

QA 1 872 1 872
DS 



AS 1 2

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GGTGTCATCCGACTCTCTTGTCTTGTCTCTTCTTCTTCTCTTCTCCCAATCTGAATCTAA
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ATGATAGTCTCGGATCTTGACCATACCATGGTTGATCATCACGATCCTGAGAACCTCTCT
TTGCTGAGATTCAACTCACTCTGGGAACACGCCTATCGCCACGACTCTCTCCTCGTCTTC
TCAACCGGAAGATCACCGACTCTGTACAAAGAGCTCAGAAAGGAGAAGCCTTTACTGACC
CCTGATGTTACCATCATGTCTGTAGGGACGGAGATCACTTACGGTAACTCCATGGTTCCT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP84TF U 1
AF RR3EA47TF U 149
BS 1 389 RR3EP84TF
BS 390 390 RR3EA47TF
BS 391 395 RR3EP84TF
BS 396 396 RR3EA47TF
BS 397 464 RR3EP84TF
BS 465 465 RR3EA47TF
BS 466 503 RR3EP84TF
BS 504 795 RR3EA47TF

RD RR3EP84TF 503 0 0
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GGTGTCATCCGACTCTCTTGTCTTGTCTCTTCTTCTTCTCTTCTCCCAATCTGAATCTAA
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ATGATAGTCTCGGATCTTGACCATACCATGGTTGATCATCACGATCCTGAGAACCTCTCT
TTGCTGAGATTCAACTCACTCTGGGAACACGCCTATCGCCACGACTCTCTCCTCGTCTTC
TCAACCGGAAGATCACCGACTCTGTACAAAGAGCTCAGAAAGGAGAAGCCTTTACTGACC
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ACTAGCAAGTTCTCTGAGTTAAC

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DS 

RD RR3EA47TF 647 0 0
GG
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GAGCTCAGAAAGGAGAAGCCTTTGCTGACCCCTGATGTTACCATCATGTCTGTAGGGACG
GAGATCACTTACGGTAACTCCATGGTTCCTGATCATGGTTGGGTTGATACTTTGAACCAT
AAATGGGATTTGGGAGTTGTGAAAGAAGAGACTAGCAAGTTCTCTGAGTTAACTCTTCAG
GCAGAGACTGAGCAGAGGCCACATAAGGTTAGCTTTTACGTTGACAAGAGTAAGGCTCAA
GAAGTGACCAAGGAGCTGTCACAGCGGTTGGAGAAACGTGGGTTGGATGTCAAAATAATC
TACAGTGGAGGAATGGATTTGGACATCTTACCACAAGGTGCTGGGAAGGGACAAGCGCTT
GCATACCTCCTGAAGAAGCTCAAGAGCGAAAGAAAGCTTCCTGTTAACACTCTTGCCTGC
GGAGACTCCGGGAACGATGCTGAGCTCTTTAGCATTCCTGATGTT

QA 3 647 3 647
DS 



AS 1 3

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GCACATCGAACGCCTCAATCACTTTGCTTTGGAGCTCGTTCCTCTGGTTTCTCACTATCT
TCAAGACTACACTACGCAACAAGCTTCCCTCTTAAGCAATTGTCAGGAGCTTACAAGCTC
CAGAGAACAGCTTGTGTCAAATCAATGGCCGCCGAGAAGGAAGAAGAAGTGCTAGCACCT
CCTCAGGCTAAAGTGACGAAAAAGGTTTACTTTGATATTGAGATTGGTGGTGAAGTCGCT
GGAAGGATTGTGATGGGTCTGTTTGGTGATGTTGTCCCTAGAACCGTCGACAACTTCCGT
GCCTTGTGTACTGGTGAGAAGGAGTATGGGTACAAAGGTTCTTCCTTTCACCGTATCATT
AAGGACTTCATGATCCAAGGAGGTGATTTCACTGAGGGAAATGGTACTGGAGGTATTAGT
ATCTACGGTGCCAAGTTTGAAGATGAAAACTTCACCCTGAAGCATACTGGACCTGGAATC
TTGAGCATGGCTAACGCTGGTCCTAATACCAATGGAAGCCAGTTTTTCATTTGCACCGCC
AAGACTTCATGGTTAGATGGGATGCATGTTGTGTTTGGACAAGTCATTGAAAGTATGAAC
ATTGTGAGGAGACTTGAGTCTCAGGAGACGCGTGCCATGGATGTTCCCAAGAAACCTTGC
AGAATCTATGCCTGTGGAGAGCTCCCAATGGAAGCTTGATTAACGTTGGATCTTATTTCT
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TGTTTTTTCACTATGGATGCATGAGTTAAGAAAGTACAATAAGGTTCTCTCTTACTAGAG
TTTCTCTTTAGGCTTGAACCATGGTTGCAAACGTGGCTTTCTGAACAATGGGCTAGAGCT
TAACATCTTTATTTGTCTTTCC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B126TF U 1
AF RR3E292TF U 1
AF RR3E292JQ C 366
BS 1 27 RR3B126TF
BS 28 28 RR3E292TF
BS 29 49 RR3B126TF
BS 50 50 RR3E292TF
BS 51 68 RR3B126TF
BS 69 69 RR3E292TF
BS 70 155 RR3B126TF
BS 156 156 RR3E292TF
BS 157 332 RR3B126TF
BS 333 333 RR3E292TF
BS 334 336 RR3B126TF
BS 337 337 RR3E292TF
BS 338 501 RR3B126TF
BS 502 502 RR3E292TF
BS 503 628 RR3B126TF
BS 629 629 RR3E292TF
BS 630 804 RR3B126TF
BS 805 1102 RR3E292JQ

RD RR3B126TF 809 0 0
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AAGGACTTCATGATCCAAGGAGGTGATTTCACTGAGGGAAATGGTACTGGAGGTATTAGT
ATCTACGGTGCCAAGTTTGAAGATGAAA*CTTCACCCTGAAGCATACTGGACCTGGAATC
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AAGACTTCATGGTTAGATGGGATGCATGTTGTGTTTGGACAAGTCATTGAAAGTATGAAC
ATTGTGAGGAGACTTGAGTCTCAG
AGATG

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3E292TF 794 0 0
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CTTCTTCTCCACTTCGACTCTTACGGTATCAATCAATCAATGGCTTCTTCGTCTCCATTT
CAAATGGTTAACACTTCTCGCACCATCTCTCAGATCGGTGTGAAGTCGCAGCTCGTCTCC
GCACATCGAACGCCTCAATCACTTTGCTTTGGAGCTCGTTCCTCTGGTTTCTCACTATCT
TCAAGACTACACTACGCAACAAGCTTCCCTCTTAAGCAATTGTCAGGAGCTTACAAGCTC
CAGAGAACAGCTTGTGTCAAATCAATGGCCGCCGAGAAGGAAGAAGAAGTGCTAGCACCT
CCTCAGGCTAAAGTGACGAAAAAGGTTTACTTTGATATTGAGATTGGTGGTGAAGTCGCT
GGAAGGATTGTGATGGGTCTGTTTGGTGATGTTGTCCCTAGAACCGTCGACAACTTCCGT
GCCTTGTGTACTGGTGAGAAGGAGTATGGGTACAAAGGTTCTTCCTTTCACCGTATCATT
AAGGACTTCATGATCCAAGGAGGTGATTTCACTGAGGGAAATGGTACTGGAGGTATTAGT
ATCTACGGTGCCAAGTTTGAAGATGAAAACTTCACCCTGAAGCATACTGGACCTGGAATC
TTGAGCATGGCTAACGCTGGTCCTAATACCAATGGAAGCCAGTTTTTCATTTGCACCGCC
A*GACTTCATGGTTAGATGGGATGCATGTTGTGTTTGGACA*GTCATTGAA*GTATGAAC
ATTGTGAGGAGACT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3E292JQ 737 0 0
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GTGTACTGGTGAGAAGGAGTATGGGTACAAAGGTTCTTCCTTTCACCGTATCATTAAGGA
CTTCATGATCCAAGGAGGTGATTTCACTGAGGGAAATGGTACTGGAGGTATTAGTATCTA
CGGTGCCAAGTTTGAAGATGAAAACTTCACCCTGAAGCATACTGGACCTGGAATCTTGAG
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GAGGAGACTTGAGTCTCAGGAGACGCGTGCCATGGATGTTCCCAAGAAACCTTGCAGAAT
CTATGCCTGTGGAGAGCTCCCAATGGAAGCTTGATTAACGTTGGATCTTATTTCTGTTTT
TTTTTTTCTTTTTTTTTCCATGAGAAGCCAAAGATTTTGAAGTTTATGTCTCTTTTGTTT
TTTCACTATGGATGCATGAGTTAAGAAAGTACAATAAGGTTCTCTCTTACTAGAGTTTCT
CTTTAGGCTTGAACCATGGTTGCAAACGTGGCTTTCTGAACAATGGGCTAGAGCTTAACA
TCTTTATTTGTCTTTCC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 3

CO CL4078Contig1 1319 3 7 U
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GACTTGTTCCGATGCATTATCACAGCAGCCAGGTCAAGCTACACACTGCCGCCTCAGCTC
ATTGGTGAAGCTTTGCACGTCTACACCTGCCGTTGGTTACCATACTTCAAATCAAAAAGC
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AGACTTGTTAGCATAGCTAATTATGTGGGAGCTTCTCTGACGACAAAGACTGAGTTGATT
AGAAAAGCTGGTCTCCAGCTCGAGGAGGCAACTCTTGCAGACCTCTTGTTGCCTTCACAG
TCATCCTCTCATCTTCATCGCAATGATACTGACTTGGTTGCTGCAGTTCTTGATAGTTTT
CTAATGCTTTGGAGAAGACAGTCTTCTGCGCATATTTCTAGTAACAGTCAGTTGCTACAT
TCGATCAGGAAGGTGGCAAAGCTTATTGACTCCTATCTTCAGGCAGTGGCACAAGATGTC
CATATGCCAGTTCCTAATTTCGCGTCTCTTGCTGAGGCAGTGCCTGACATCGCACGGGAA
AGCCATGACAGACTTTACAAAGCAATTAACATGTATCTCAAGGTGCATCCGGAGATAAGT
AAAGAAGAGAAAAAGCGACTATGCAGAAGCCTTGACTGCCAGAAATTGTCTGCAGAGGTA
CGAGCCCACGCTGTGAAAAACGAGAGGATGCCATTGAGAACTGTCGTACAAGCCCTCTTC
TTCGACCAAGAGAGCAGTTCCAAGGGAGTATTAAGTCAAGCAGCGAGCCAAGTTCTCGCC
TCAAGAGGTAAAGAGATGCCCACGGATGAAACCAGCATGATGCACAAGCTTCACCTAGGT
CCAGCTGAAACAGCTTCTATAGGGAAAGCCAGGAGCATGCGCGAGGGAGGAAGCCAAAGA
GGAGAAGAGAAAATCAGATCCAGTACAGACCCCAAGAAGCTAGTGAGGCAAGGAACAGGA
TCAGAGCGTAAGTATCATGCAAGTAGAGACAGGTAGTGGAGGACTAAACCATGTTTGGCC
ACAGAAACTCAAGTCTCTTGTCTGTATTCACCAGATTTCTGGTTCTTTTATCTTTCGATA
CAATTAAAGAATTGATGATACTTGTAGATGGTCAAGTGGCATTTATCTGTATTAATACAG
TGCAGAGCTCAAGCTCCTGCTCAACCATTCTTCTTCAGCTAGAAAACGATTCTGCAACC


BQ
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AF RR3FX62TF U 1
AF RR3CC01TF U 480
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T

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G
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TCGATCAGGAAGGTGGCAAAGCTTATTGACTCCTATCTTCAGGCAGTGGCACAAGATGTC
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CCTGCTCAACCATTCTTCTTCAGCTAGAAAACGATTCTGCAACC

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DS 



AS 1 3

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GCCTAGCCCAACACACACTGCACTTCCGCTTTTGAAAGATCAAATCTCTATCGACAGCAA
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TCCCCTACGATTAACACTGCCATCACTCGCATACGTCGGATCCAATCGGCTCTTTCCGTT
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AGTGTGTGCTAGGGTTCTTTTGCGTGCTAAGAGTGAATATGGAAGTGCAGATTCATATAC
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CTTGGGAAAAAGAAAGCATGATAACAGAGCTGCGTAAAGAACTGAGAGTATCTGATGATG
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ATGAACCTGCGGAGCTCTCATGGAAGAAAGTGTGGACGAATGGCTGAGGACACAGCTTTT
ATGAG


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3AO08JQ C 1
AF RR3AO08TF U 1
AF RR3D617TF U 74
BS 1 338 RR3AO08TF
BS 339 845 RR3D617TF

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GCCTAGCCCAACACACACTGCACTTCCGCTTTTGAAAGATCAAATCTCTATCGACAGCAA
AAGCGTTTCTTACCAAAAAAGAAAAAAAAAGTGCCAAACTTATTTCAATTCCTCGTTGGA
TCCCCTACGATTAACACTGCCATCACTCGCATACGTCGGATCCAATCGGCTCTTTCCGTT
AGGAGTCAAATTTGTCATCTTTGGATTCTTAGGGTTTCCTGTCAGTGTCTGAAGATT

QA 1 297 1 297
DS 

RD RR3AO08TF 338 0 0
GGATCTCCAACTTGAACTTCCCCCGTCATCGATCTTCTCTCTCTTTATATCGCAAGCTGT
GCCTAGCCCAACACACACTGCACTTCCGCTTTTGAAAGATCAAATCTCTATCGACAGCAA
AAGCGTTTCTTACCAAAAAAGAAAAAAAAAGTGCCAAACTTATTTCAATTCCTCGTTGGA
TCCCCTACGATTAACACTGCCATCACTCGCATACGTCGGATCCAATCGGCTCTTTCCGTT
AGGAGTCAAATTTGTCATCTTTGGATTCTTAGGGTTTCCTGTCAGTGTCTGAAGATTGCG
GTTCTCCGACAGCATTCTGAAACCTCGGTAACCTTTGG

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR3D617TF 772 0 0
GGG
ACTGCACTTCCGCTTTTGAAAGATCAAATCTCTATCGACAGCAAAAGCGTTTCTTACCAA
AAAAGAAAAAAAAAGTGCCAAACTTATTTCAATTCCTCGTTGGATCCCCTACGATTAACA
CTGCCATCACTCGCACACGTCGGATCCAATCGGCTCTTTCCGTTAGGAGTCAAATTTGTC
ATCTTTGGATTCTTAGGGTTTCCTGTCAGTGTCTGAAGATTGCGGTTCTCCGACAGCATT
CTGAAACCTCGGTAACCTTTGGAAAAGGCTTTATTTGAATGGCAAGTGTGTGCTAGGGTT
CTTTTGCGTGCTAAGAGTGAATATGGAAGTGCAGATTCATATACTTGAGCAGGAAGCTTA
CTGTGCTGTACTAAGGGCTTTTAAAGCTCAGTCTGATGCAATCTCTTGGGAAAAAGAAAG
CATGATAACAGAGCTGCGTAAAGAACTGAGAGTATCTGATGATGAACACCGAGAACTGTT
GAGCAGTGTCCACAACGACGACATTATCAAAAGGATAAGGGAGTGGAGACAGGGAGGTGG
AAACCAAGTTGCTAGGCATGCAAGTAACCAGTCCCTCGATGTTCTTCCTAGTCCGGCTTT
TTCAGCTTCTCGGAAGAGACAGAAGACGTTTCAATCCTATCCATCCATTGGTTCTACTAG
AAGTAGTCATTCAACAACCATCTAGTGTCTGGCGCGTATCAGCTATGAACCTGCGGAGCT
CTCATGGAAGAAAGTGTGGACGAATGGCTGAGGACACAGCTTTTATGAG

QA 4 772 4 772
DS 



AS 1 3

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AGGGATCTCACTTTCTCTGTGTGTGGCTAAAGCCATTTCTCTCTTCTGCGTAAGAAGTCA
AAATGGCCTCCGTCGCTCTTCGAAACCCTAACTCCAAGCGTCTACTCCCCTTCTCCGCTC
AGATCTACTCTCGCTGCGGTGGTAGTTCCATCTCTTCCTCTCCCTCGATCTCTCACTCGA
TCGGAGGAGGAGATGATCTCTCTCCCTCGACCTTCGGAGCTTCTCTCTGGAGATCCATGG
CCACCTTTACTCGAAATAAACCTCATGTGAATGTCGGAACGATTGGTCATGTAGATCACG
GGAAGACCACTTTGACTGCTGCTATCACAAAGGTTCTTGCTGAGGAGGGTAAAGCTAAAG
CTATTGCCTTTGATGAGATTGATAAAGCTCCTGAGGAGAAGAAGAGAGGAATCACTATTG
CCACGGCTCATGTGGAGTACGAGACTGCTAAGCGTCACTATGCTCATGTTGATTGCCCTG
GTCACGCTGATTATGTTAAGAATATGATTACTGGAGCTGCACAAATGGATGGTGGGATTC
TTGTGGTTTCAGGTCCAGATGGACCCATGCCTCAGACCAAGGAACATATTCTACTTGCGC
GTCGGGTTGGCGTTCCATCACTTGTTTGCTTCTTGAACAAAGTTGATGTTGTGGATGATC
CAGAGTTGTTGGAGCTTGTTGAGATGGAACTACGTGAACTTCTCAGCTTCTACAAGTTTC
CTGGTGATGATATCCCCATCATCCGTGGTTCTGCTCTGTGTGCACTTCAGGGCACAAACG
ATGAAATTAGAAGGCAAGCTATTTTAAAGCTGACGGATGCTGTTGATGAGTACATTCCTG
ACCCTGTTCGTGTGCTCGACAAACCTTTCTTGATGCCTATTGAAGATGTTTTCTCAATCC
AAGGACGTGGAACTGTTGCAACCGGTCGTATTGAACAAGGAGTCATCAAAGTCGGTGAAG
AAGTTGAGATATTGGGTTTAAAAGACGGACCTCCAATGAAATCAGCTGTAACTGGGGTCG
AGATGTTCAAGAAGATTCTGGATAATGGACAGGCTGGTGATAACGTAGGACTTCTTCTGC
TGGGCTCAAGAGAGAAGACATTCAACGTGGAATGGTGATTGCTAAGCCTGGTTCATGCAA
GACGTACAAGAAGTTTGAAGCAGAGATCTACGTGCTCACCAAGGACGAAGGTGGACGTCA
CACTGCCTTTTTATCTAACTACAGGCCTCAGTTTTACTTGAGGACTGCAGATATCACTGG
AAGAGTGGAGTTACCAGAAGAGGTGAAGATGGTTATGCCTGGTGACAATGTCACTGCAGT
GTTTGAGCTTATCATGCCTGTCCCACTCGAAATAGGTCAAAGATTTGCTTTGAGGGAAGG
AGGCAGAACAGTTGGAGCTGGTGTTGTATCCAAAGTGATGACGTGAAGAGTTTTCTCAAA
AGGCACATCCTTAGGTTTTCTTTAGGAAGAACCCATCAATGATGTGATTTTTTTTTTTTT
CTGTTCCGCTGCTTTGAGATTTGAACTATATCAAATAACAGAGGGAGAAACATAGTTTAA
GTTTTCAACTCTTGATTTGTTGCTTCCTACTCTGTGAAAAAACTATAAAGAGCCACTTCC
CATTCTCACTTTTTGCATTATTTTGGGATCCAGGCAGAGCATAAGCATTAACGAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DF63TF U 1
AF RR3GI86TF U 695
AF RR3DF63JQ C 1080
BS 1 736 RR3DF63TF
BS 737 737 RR3GI86TF
BS 738 764 RR3DF63TF
BS 765 1187 RR3GI86TF
BS 1188 1189 RR3DF63JQ
BS 1190 1194 RR3GI86TF
BS 1195 1195 RR3DF63JQ
BS 1196 1351 RR3GI86TF
BS 1352 1677 RR3DF63JQ

RD RR3DF63TF 764 0 0
AGGGATCTCACTTTCTCTGTGTGTGGCTAAAGCCATTTCTCTCTTCTGCGTAAGAAGTCA
AAATGGCCTCCGTCGCTCTTCGAAACCCTAACTCCAAGCGTCTACTCCCCTTCTCCGCTC
AGATCTACTCTCGCTGCGGTGGTAGTTCCATCTCTTCCTCTCCCTCGATCTCTCACTCGA
TCGGAGGAGGAGATGATCTCTCTCCCTCGACCTTCGGAGCTTCTCTCTGGAGATCCATGG
CCACCTTTACTCGAAATAAACCTCATGTGAATGTCGGAACGATTGGTCATGTAGATCACG
GGAAGACCACTTTGACTGCTGCTATCACAAAGGTTCTTGCTGAGGAGGGTAAAGCTAAAG
CTATTGCCTTTGATGAGATTGATAAAGCTCCTGAGGAGAAGAAGAGAGGAATCACTATTG
CCACGGCTCATGTGGAGTACGAGACTGCTAAGCGTCACTATGCTCATGTTGATTGCCCTG
GTCACGCTGATTATGTTAAGAATATGATTACTGGAGCTGCACAAATGGATGGTGGGATTC
TTGTGGTTTCAGGTCCAGATGGACCCATGCCTCAGACCAAGGAACATATTCTACTTGCGC
GTCGGGTTGGCGTTCCATCACTTGTTTGCTTCTTGAACAAAGTTGATGTTGTGGATGATC
CAGAGTTGTTGGAGCTTGTTGAGATGGAACTACGTGAACTTCTCAGCTTCTACAAGTTTC
CTGGTGATGATATCCC*ATCATCCGTGGTTCTGCTCTGTGTGCA

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3GI86TF 675 0 0
G
GAACTTCTCAGCTTCTACAAGTTTCCTGGTGATGATATCCCCATCATCCGTGGTTCTGCT
CTGTGTGCACTTCAGGGCACAAACGATGAAATTAGAAGGCAAGCTATTTTAAAGCTGACG
GATGCTGTTGATGAGTACATTCCTGACCCTGTTCGTGTGCTCGACAAACCTTTCTTGATG
CCTATTGAAGATGTTTTCTCAATCCAAGGACGTGGAACTGTTGCAACCGGTCGTATTGAA
CAAGGAGTCATCAAAGTCGGTGAAGAAGTTGAGATATTGGGTTTAAAAGACGGACCTCCA
ATGAAATCAGCTGTAACTGGGGTCGAGATGTTCAAGAAGATTCTGGATAATGGACAGGCT
GGTGATAACGTAGGACTTCTTCTGCTGGGCTCAAGAGAGAAGACATTCAACGTGGAATGG
TGATTGCTAAGCCTGGTTCATGCAAGACGTACAAGAAGTTTGAAGCAGAGATCTACGTGC
TCACCAAGGACG**GGTGGTCGTCACACTGCCTTTTTATCTAACTACAGGCCTCAGTTTT
ACTTGAGGACTGCAGATATCACTGGAAGAGTGGAGTTACCAGAAGAGGTGAAGATGGTTA
TGCCTGGTGACAATGTCACTGCAGTGTTTGAGCTTATCATGCCTGTCCCACTCGAA
TAGTCAAAGATTTGCTCT

QA 2 657 2 657
DS 

RD RR3DF63JQ 598 0 0
G
TGGGCTCAAGAGAGAAGACATTCAACGTGGAATGGTGATTGCTAAGCCTGGTTCATGCAA
GACGTACAAGAAGTTTGAAGCAGAGATCTACGTGCTCACCAAGGACGAAGGTGGACGTCA
CACTGCCTTTTTATCTAACTACAGGCCTCAGTTTTACTTGAGGACTGCAGATATCACTGG
AAGAGTGGAGTTACCAGAAGAGGTGAAGATGGTTATGCCTGGTGACAATGTCACTGCAGT
GTTTGAGCTTATCATGCCTGTCCCACTCGAAATAGGTCAAAGATTTGCTTTGAGGGAAGG
AGGCAGAACAGTTGGAGCTGGTGTTGTATCCAAAGTGATGACGTGAAGAGTTTTCTCAAA
AGGCACATCCTTAGGTTTTCTTTAGGAAGAACCCATCAATGATGTGATTTTTTTTTTTTT
CTGTTCCGCTGCTTTGAGATTTGAACTATATCAAATAACAGAGGGAGAAACATAGTTTAA
GTTTTCAACTCTTGATTTGTTGCTTCCTACTCTGTGAAAAAACTATAAAGAGCCACTTCC
CATTCTCACTTTTTGCATTATTTTGGGATCCAGGCAGAGCATAAGCATTAACGAATT

QA 2 598 2 598
DS 



AS 1 3

CO CL4081Contig1 894 3 3 U
GGACCATCGTCTCCTTCTTCGTTGTTGTACGGCGACCTCTCATCTTCATCATCTCTGAAA
CGCTTTTCTTCTTCATATTTAATCTCTATTAATTCTCCAACCACGATTTAGCCTTTGAAT
GCTTACTTCGCCTTTGGATTCGGTGTATCTGCGAATATAAATAGTATAATGACCAAGCAG
TTTTTTCCACTTACTGATTTGAGATGAGGACGTTGTTCTTCCACTTCCTTGCGGCTGCTC
AGATTCTGGGAAACCAGAAACTGAAGTTGACAGGATCCTCCTAGATGCTGAGTTAACACT
CATGCCAGTCGACGTGAATGTCAACCTTCTTTCTCCACCGACATGAAGATGGACAAAGGG
TGTTGTTACGTCTCTTGCTCCAGGTGGACCACGGAGCTTCAACGGACTGTAGCAGCCTTT
ACTTGCGTGTCATGCAACAACGCTAATGCGTATTGCTGTTGGTGTCCTCCCTTTATGGAG
CATCATCTCCCTGGCCTTCCTGCAACCAAAGACTGGCAATGATAACGATGATATGCTTGG
AATGAACTCAGACTCTGCTAAGGTGGACGTTGGTGGTAGTACTCTTGAGGGAGGACCGAC
TACCTGAGCAGATCCAAGCGATCTATACACTAAGAAGCCTCCGGTTCGAGCATCTTTGTA
GATGGCAGAGAAAGCACGCATGGAATAAGCGAAGATAACAGAGCTCTGAACTCAGTATTT
CCTATTTGAATCATGCTAACACATCAATGTTTCTCAAATAAAGTGTTGTATTTATCATGT
CGTTCCATTTAAAATAAAAACATGAGCTTCAAATTCAGCAAATACAGTGAGGGATAATTT
GTTTCGAGCGTTGATTTGAGTAAATAATATAATCGTAATGATTCTATGAGTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3A888TF U 1
AF RR3A888JQ C 283
AF RR3HB84TF U 626
BS 1 795 RR3A888TF
BS 796 892 RR3HB84TF
BS 893 894 RR3A888JQ

RD RR3A888TF 795 0 0
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CGCTTTTCTTCTTCATATTTAATCTCTATTAATTCTCCAACCACGATTTAGCCTTTGAAT
GCTTACTTCGCCTTTGGATTCGGTGTATCTGCGAATATAAATAGTATAATGACCAAGCAG
TTTTTTCCACTTACTGATTTGAGATGAGGACGTTGTTCTTCCACTTCCTTGCGGCTGCTC
AGATTCTGGGAAACCAGAAACTGAAGTTGACAGGATCCTCCTAGATGCTGAGTTAACACT
CATGCCAGTCGACGTGAATGTCAACCTTCTTTCTCCACCGACATGAAGATGGACAAAGGG
TGTTGTTACGTCTCTTGCTCCAGGTGGACCACGGAGCTTCAACGGACTGTAGCAGCCTTT
ACTTGCGTGTCATGCAACAACGCTAATGCGTATTGCTGTTGGTGTCCTCCCTTTATGGAG
CATCATCTCCCTGGCCTTCCTGCAACCAAAGACTGGCAATGATAACGATGATATGCTTGG
AATGAACTCAGACTCTGCTAAGGTGGACGTTGGTGGTAGTACTCTTGAGGGAGGACCGAC
TACCTGAGCAGATCCAAGCGATCTATACACTAAGAAGCCTCCGGTTCGAGCATCTTTGTA
GATGGCAGAGAAAGCACGCATGGAATAAGCGAAGATAACAGAGCTCTGAACTCAGTATTT
CCTATTTGAATCATGCTAACACATCAATGTTTCTCAAATAAAGTGTTGTATTTATCATGT
CGTTCCATTTAAAAT

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3A888JQ 612 0 0
AGATGCTGAGTTAACACTCATGCCAGTCGACGTGAATGTCAACCTTCTTTCTCCACCGAC
ATGAAGATGGACAAAGGGTGTTGTTACGTCTCTTGCTCCAGGTGGACCACGGAGCTTCAA
CGGACTGTAGCAGCCTTTACTTGCGTGTCATGCAACAACGCTAATGCGTATTGCTGTTGG
TGTCCTCCCTTTATGGAGCATCATCTCCCTGGCCTTCCTGCAACCAAAGACTGGCAATGA
TAACGATGATATGCTTGGAATGAACTCAGATTCTGCTAAGGTGGACGTTGGTGGTAGTAC
TCTTGAGGGAGGACCGACTACCTGAGCAGATCCAAGCGATCTATACACTAAGAAGCCTCC
GGTTCGAGCATCTTTGTAGATGGCAGAGAAAGCACGCATGGAATAAGCGAAGATAACAGA
GCTCTGAACTCAGTATTTCCTATTTGAATCATGCTAACACATCAATGTTTCTCAAATAAA
GTGTTGTATTTATCATGTCGTTCCATTTAAAATAAAAACATGAGCTTCAAATTCAGCAAA
TACAGTGAGGGATAATTTGTTTCGAGCGTTGATTTGAGTAAATAATATAATCGTAATGAT
TCTATGAGTCTC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3HB84TF 269 0 0
G
ACACTAAGAAGCCTC*GGTTCGAGCATCTTTGTAGATGGCAGAGAAAGCACGCATGGAAT
AAGCGAAGATAACAGAGCTCTGAACTCAGTATTTCCTATTTGAATCATGCTAACACATCA
ATGTTTCTTAAATAAAGTGTTGTATTTATCATGTCGTTCCATTTAAAATAAAAACATGAG
CTTCAAATTCAGCAAATACAGTGAGGGATAATTTGTTTCGAGCGTTGATTTGAGTAAATA
ATATAATCGTAATGATTCTATGAGTC
AC

QA 2 267 2 267
DS 



AS 1 3

CO CL4082Contig1 634 3 2 U
GGACTCAATAGCAACATTTGTTAAGCAATAATAACTTCAGGAGAGTGAGTACCCCATAAA
GGCTATCATTTATTTCATCATACAAAACTCTCAAGCTACCGATGAAAAAAAAACAAGAAC
GCTCTAGATCCTTCCGAGGACCCTCTCGGCCGCAGAAATAGTGAACTGAATATCCTCAGG
AGTGTGAGACAAGCTGGTAAACCCAGCCTCGAACTGAGACGGTGCAAAGTAAACACCTTC
CTCCAACATCCCCCTGAAAAACCTACCAAACTTCTCCGTGTCGCTCTTCTTCGCGTCAGC
GAAGTTGTACACCGGTCCTTCCGCGAAAAAGAAACCGAACATACCACTTATGTAACCCCC
GCACATCGGATGTCCTGTTTTCCTCCCTGCTTCCAAGATCCCGTTGGTCAGCTCCTTTGT
GATCTTGTCTAAATACTCGTACGTCCCCGCCTGCTTTAGCCGCTTCAGCGTGTGGATCCC
TGCGGTCATAGCCAGAGGGTTACCACTCAGAGTCCCAGCTTGGTACATAGGCCCTGCAGG
AGCAACCATCTCCATAATATCTCGTCTTCCACCGTAAGCACCAACGGGAAGACCACCACC
GATGATTTTCCCAAGAGTTGTCAAGTCAGGAGTG


BQ
10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B682JQ U 1
AF RR3B682TF C 1
AF RR3BG86JQ U 1
BS 1 445 RR3B682JQ
BS 446 634 RR3BG86JQ

RD RR3B682JQ 445 0 0
GGACTCAATAGCAACATTTGTTAAGCAATAATAACTTCAGGAGAGTGAGTACCCCATAAA
GGCTATCATTTATTTCATCATACAAAACTCTCAAGCTACCGATGAAAAAAAAACAAGAAC
GCTCTAGATCCTTCCGAGGACCCTCTCGGCCGCAGAAATAGTGAACTGAATATCCTCAGG
AGTGTGAGACAAGCTGGTAAACCCAGCCTCGAACTGAGACGGTGCAAAGTAAACACCTTC
CTCCAACATCCCCCTGAAAAACCTACCAAACTTCTCCGTGTCGCTCTTCTTCGCGTCAGC
GAAGTTGTACACCGGTCCTTCCGCGAAAAAGAAACCGAACATACCACTTATGTAACCCCC
GCACATCGGATGTCCTGTTTTCCTCCCTGCTTCCAAGATCCCGTTGGTCAGCTCCTTTGT
GATCTTGTCTAAATACTCGTACGTC

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR3B682TF 445 0 0
GG
ACTCAATAGCAACATTTGTTAAGCAATAATAACTTCAGGAGAGTGAGTACCCCATAAAGG
CTATCATTTATTTCATCATACAAAACTCTCAAGCTACCGATGAAAAAAAAACAAGAACGC
TCTAGATCCTTCCGAGGACCCTCTCGGCCGCAGAAATAGTGAACTGAATATCCTCAGGAG
TGTGAGACAAGCTGGTAAACCCAGCCTCGAACTGAGACGGTGCAAAGTAAACACCTTCCT
CCAACATCCCCCTGAAAAACCTACCAAACTTCTCCGTGTCGCTCTTCTTCGCGTCAGCGA
AGTTGTACACCGGTCCTTCCGCGAAAAAGAAACCGAACATACCACTTATGTAACCCCCGC
ACATCGGATGTCCTGTTTTCCTCCCTGCTTCCAAGATCCCGTTGGTCAGCTCCTTTGTGA
TCTTGTCTAAATACTCGTACGTC

QA 3 445 3 445
DS 

RD RR3BG86JQ 634 0 0
GA
ACTCAATAGCAACATTTGTTAAGCAATAATAACTTCAGGAGAGTGAGTACCCCATAAAGG
CTATCATTTATTTCATCATACAAAACTCTCAAGCTACCGATGAAAAAAAA*CAAGAACGC
TCTAGATCCTTCCGAGGACCCTCTCGGCCGCAGAAATAGTGAACTGAATATCCTCAGGAG
TGTGAGCCAAGCTGGTAAACCCAGCCTCGAACTGAGACGGTGCAAAGTAAACACCTTCCT
CCAACATCCCCCTGAAAAACCTACCAAACTTCTCCGTGTCGCTCTTCTTCGCGTCAGCGA
AGTTGTACACCGGTCCTTCCGCGAAAAAGAAACCGAACATACCACTTATGTAACCCCCGC
ACATCGGATGTCCTGTTTTCCTCCCTGCTTCCAAGATCCCGTTGGTCAGCTCCTTTGTGA
TCTTGTCTAAATACTCGTACGTCCCCGCCTGCTTTAGCCGCTTCAGCGTGTGGATCCCTG
CGGTCATAGCCAGAGGGTTACCACTCAGAGTCCCAGCTTGGTACATAGGCCCTGCAGGAG
CAACCATCTCCATAATATCTCGTCTTCCACCGTAAGCACCAACGGGAAGACCACCACCGA
TGATTTTCCCAAGAGTTGTCAAGTCAGGAGTG

QA 3 634 3 634
DS 



AS 1 3

CO CL4083Contig1 695 3 1 U
ATAACAAACCTCATTATTATCATTATAGTTTTGAATTTTTCTGCTCTGCACTCTTTATTT
GTTCTTACACTTAAAAAGCATCATATCACAACTCCATCTCGGATTACTGAGTTCTTCAAG
ATTACTGTAATGCCAGATCTGATGTAAAATCCATCTGATGACCTATCTGCTTCTTGTACT
CCCTCCGAGTTTGCGATGATTACATTCTTCCCCACTCT*GCATTCTTGTCTATAATGCAT
TCTTTGATTTTTGTGTTCTCTCCTATTCCAATGGGAACTTTTCCCTCAGCTAGTAGTGAT
GCAACTTCTGCTTCAGTTTCGTAGAAATCTGCTCCAAGCATCACAGTGTCCTTCAACTGA
ACGTTGCTGCCTATTCTAGATCTAATCCCAACAATGCTGTGCTCAACTAAGCAGTTGGTT
AAGAAGCTCCCATGAGAAATGATCGAATCAATCAGCTTAGAGCCGTCTATTTTTGATGGT
GGCAGGTTTCTCCTTGATGTATATATTGGTTTCGCTGCGTCGTAGAAACTAAATGCAGGT
GGATGCTCAGTGAGGGCGAGATTTGCCTCAAAGAAAGATCTTATGGTTCCTATGTCTTCC
CAGTAGTCATTAAAGAGATAAGCATTCACGTAGAACTCTTTGGCTGAAAAGGGTATAATC
TCTGAACCAAAGTCGTTTGCTGTTGGGAAACGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G766JQ U 126
AF RR3GK01JQ U 1
AF RR3GK01TF C 49
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QA 1 118 1 118
DS 

RD RR3GK01JQ 695 0 0
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QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3GK01TF 647 0 0
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GCTTCTTGTACTCCCTCCGAGTTTGCGATGATTACATTCTTCCCCACTCT*GCATTCTTG
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AAGGGTATAATCTCTGAACCAAAGTCGTTTGCTGTTGGGAAACGCCC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

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AAGAGAGGGATTCGAAATGGGCCTAAGGCTCTTAAGCCTGTTCCTGTCATCATCCGTTGC
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TGGTTGACTCTGTTTTGTCGAACTATTTGGGCTTTTCTTGCAAAATCATGTTATTTTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3AP63JQ C 1
AF RR3AP63TF U 2
BS 1 1 RR3AP63JQ
BS 2 595 RR3AP63TF
BS 596 598 RR3AP63JQ

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TTTGGTTTGAGTGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCCAAGAAGAAGGTTTCTAAACAC
AAGAGAGGGATTCGAAATGGGCCTAAGGCTTTTAAGCCTGTTCCTGTCATCATCCGTTGC
AGGAGTTGCGGGAGAGTTAAGCTGCCACATTTCTTTTGTTGCAGCGGTGAGCGAGGAAAC
CCTAGTGAGCAAGGCAATTAGATCAACTATTCCAAGATTTCCTTTTATGATTTGTCACTT
GTTGGATGTTTAGAGGGAAAAAAATATCTTGGCTTTTTTAGTCGAGTGATACTATACACT
TGGTTGACTCTGTTTTGTCGAACTATTTGGGCTTTTCTTGCAAAATCATGTTATTTTT

QA 1 598 1 598
DS 

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TTGGTTTGAGTGGATCCATGGAGCTAATGGCTGTGCCCAAGAAGAAGGTTTCTAAACACA
AGAGAGGGATTCGAAATGGGCCTAAGGCTCTTAAGCCTGTTCCTGTCATCATCCGTTGCA
GGAGTTGCGGGAGAGTTAAGCTGCCACATTTCTTTTGTTGCAGCGGTGAGCGAGGAAACC
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TTGGATGTTTAGAGGGAAAAAAATATCTTGGCTTTCTTAGTCGAGTGATACTATACACTT
GGTTGACTCTGTTTTGTCGAACTATTTGGGCTTTTCTTGCAAAATCATGTTATT
CTT

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 3

CO CL4085Contig1 546 3 8 U
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TTTTTGATCCGGCT*GGCCGTGGACTTGTTTCTTATTATCTCCTTTGTTTGGTTCCTTCA
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AAATCG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 

AF RR3B773TF U 1
AF RR3FX30JQ C 1
AF RR3FX30TF U 1
BS 1 67 RR3B773TF
BS 68 68 RR3FX30TF
BS 69 416 RR3B773TF
BS 417 418 RR3FX30TF
BS 419 434 RR3B773TF
BS 435 435 RR3FX30TF
BS 436 541 RR3B773TF
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TTTTTGATCCGGCTTGGCCGTGGACTTGTTTCTTATTATCTCCTTTGTTTGGTTCCTTCA
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A
T

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3FX30JQ 546 0 0
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TCATTCGAGCCAGCAGATCTACACTCGTGCCACCAACACCTAAGAATGTTTTTTTTTTGG
TTTTTGATCCGGCT*GGCCGTGGACTTGTTTCTTATTATCTCCTTTGTTTGGTTCCTTCA
GTAACTCGTTTAGAATCTTGTTTTCAGATATTTTGAGCAATGCATTGCGACTATTAAATT
AAATCG

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3FX30TF 546 0 0
GGAGCCTCCTCCTCCTCCTTCTCCTCCTCATTTTACAAAACCTCTAGTTCGATCCTCCGT
CTCCGTCGAAGTCAACATGGCGCCAAAGAAGGACAAGGTTCCACCACCATCATCAAAGCC
AGCGAAATCCGGAGGTGGCAAGCAGAAGAAGAAGAAGTGGAGCAAGGGAAAGCAAAAGGA
GAAGGTGAACAACATGGTGTTGTTTGATCAGGCTACTTACGACAAGCTTCTCACTGAAGC
TCCCAAGTTCAAGCTCATCACTCCTTCCATTCTCTCCGACCGTATGAGGATTAACGGGTC
TCTAGCAAGGAGAGCGATTAGGGAGCTAATGGCGAAGGGTGTGATCAGGATGGTCGCTGC
TCATTCGAGCCAGCAGATCTACACTCGTGCCACCAACACCTAAGAATGTTTTTTTTTTGG
TTTTTGATCCGGCT*GGCCGTGGACTTGTTTCTTATTATCTCCTTTGTTTGGTTCCTTCA
GTAACTCGTTTAGAATCTTGTTTTCAGATATTTTGAGCAATGCATTGCGACTATTAAATT
A
AATCG

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 3

CO CL4086Contig1 890 3 7 U
CATATAGTGAATGAAAATCCCCAAAGATACTCCGAAATTTAACATAAGTTAACTAAGTAT
TATTATTATATAAATTAAAGACTAACATAAAAGAAACCATAGGTGGGTCATACAAGACCG
ATATGGAGCACAAAGCTGTGGTGATTGAACAAGATGCCGATGATCCTAATGAACATCTCC
GGGAACCATCTTCCGAGTGAACAACTTCTTCTTCTTCTCTTTGTCGAGTTGTTCCCGTGT
TGGTCCAAATCTATGTTCCCGCAAATCCATCAACCCCTGGTATATCTGACGGTGAAGAAT
ACCCATCTCGGCATAGGTCATATCTTCCAGCTCTCTACCATTCAGTCTCTCCTTCAGTAG
CCACAGCCTCTCGAACTCCATCTCCATGGATTCAGCCTTTCGTCTTTCGAATTCTATCTG
CGATTTCGACATTGGTGCTGCTTCACCAACTTGTCCCTCTCCCGAGCTGTTGCCGCTAGA
GAATCTGCGGGGAGCCACTCTCATCCTACCACCATACTCGTCCACTGTTTCACTCTGTAT
GAGCAAACTCTCCAAATCTTCCTCCAGCTGCTCATTCTTCTTGTTCACAATGGGCAAGAC
GACTTCTCTGAGATGGTTTTCAAGAAACACAAGCTCTGTGAAACTCAGACCGTCCAGATC
CTTGCCAGTCATTCTCCTGGTCAAAACACGTAATCTCTTGAGCTCGCTCTCCATGTGATC
TCGTTCATACCGCGTGGAGAATCCGCAGAAGTCGCAGAGTATTCCTCCAACCTTATTCTT
CTTCTTCGTCAGATCTCTTGGCCTCCTCTTCAATTTCAACCTAATCCTCCTCCTCCTCCC
CATTTCGATTTTGTTTTTAATTTTTTTCTTCTTTTCTGGGATTTGGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS16JQ U 1
AF RR3B826JQ U 6
AF RR3B826TF C 170
BS 1 200 RR3DS16JQ
BS 201 201 RR3B826JQ
BS 202 203 RR3DS16JQ
BS 204 204 RR3B826JQ
BS 205 435 RR3DS16JQ
BS 436 845 RR3B826JQ
BS 846 890 RR3B826TF

RD RR3DS16JQ 435 0 0
CATATAGTGAATGAAAATCCCCAAAGATACTCCGAAATTTAACATAAGTTAACTAAGTAT
TATTATTATATAAATTAAAGACTAACATAAAAGAAACCATAGGTGGGTCATACAAGACCG
ATATGGAGCACAAAGCTGTGGTGATTGAACAAGATGCCGATGATCCTAATGAACATCTCC
GGGAACCATCTTCCGAGTGAGCAGCTTCTTCTTCTTCTCTTTGTCGAGTTGTTCCCGTGT
TGGTCCAAATCTATGTTCCCGCAAATCCATCAACCCCTGGTATATCTGACGGTGAAGAAT
ACCCATCTCGGCATAGGTCATATCTTCCAGCTCTCTACCATTCAGTCTCTCCTTCAGTAG
CCACAGCCTCTCGAACTCCATCTCCATGGATTCAGCCTTTCGTCTTTCGAATTCTATCTG
CGATTTCGACATTGG

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR3B826JQ 840 0 0
AGTGAATGAAAATCCCCAAAGATACTCCGAAATTTAACATAAGTTAACTAAGTATTATTA
TTATATAAATTAAAGACTAACATAAAAGAAACCATAGGTGGGTCATACAAGACCGATATG
GAGCACAAAGCTGTGGTGATTGAACAAGATGCTGATGATCCTAATGAACATCTCCGGGAA
CCATCTTCCGAGTGAACAACTTCTTCTTCTTCTCTTTGTCGAGTTGTTCCCGTGTTGGTC
CAAATCTATGTTCCCGCAAATCCATCAACCCCTGGTATATCTGACGGTGAAGAATACCCA
TCTCGGCATAGGTCATATCTTCCAGCTCTCTACCATTCAGTCTCTCCTTCAGTAGCCACA
GCCTCTCGAACTCCATCTCCATGGATTCAGCCTTTCGTCTTTCGAATTCTATCTGCGATT
TCGACATTGGTGCTGCTTCACCAACTTGTCCCTCTCCCGAGCTGTTGCCGCTAGAGAATC
TGCGGGGAGCCACTCTCATCCTACCACCATACTCGTCCACTGTTTCACTCTGTATGAGCA
AACTCTCCAAATCTTCCTCCAGCTGCTCATTCTTCTTGTTCACAATGGGCAAGACGACTT
CTCTGAGATGGTTTTCAAGAAACACAAGCTCTGTGAAACTCAGACCGTCCAGATCCTTGC
CAGTCATTCTCCTGGTCAAAACACGTAATCTCTTGAGCTCGCTCTCCATGTGATCTCGTT
CATACCGCGTGGAGAATCCGCAGAAGTCGCAGAGTATTCCTCCAACCTTATTCTTCTTCT
TCGTCAGATCTCTTGGCCTCCTCTTCAATTTCAACCTAATCCTCCTCCTCCTCCCCATTT

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR3B826TF 721 0 0
TGAACATCTCCGGGAACCATCTTCCGAGTGAACAACTTCTTCTTCTTCTCTTTGTCGAGT
TGTTCCCGTGTTGGTCCAAATCTATGTTCCCGCAAATCCATCAACCCCTGGTATATCTGA
CGGTGAAGAATACCCATCTCGGCATAGGTCATATCTTCCAGCTCTCTACCATTCAGTCTC
TCCTTCAGTAGCCACAGCCTCTCGAACTCCATCTCCATGGATTCAGCCTTTCGTCTTTCG
AATTCTATCTGCGATTTCGACATTGGTGCTGCTTCACCAACTTGTCCCTCTCCCGAGCTG
TTGCCGCTAGAGAATCTGCGGGGAGCCACTCTCATCCTACCACCATACTCGTCCACTGTT
TCACTCTGTATGAGCAAACTCTCCAAATCTTCCTCCAGCTGCTCATTCTTCTTGTTCACA
ATGGGCAAGACGACTTCTCTGAGATGGTTTTCAAGAAACACAAGCTCTGTGAAACTCAGA
CCGTCCAGATCCTTGCCAGTCATTCTCCTGGTCAAAACACGTAATCTCTTGAGCTCGCTC
TCCATGTGATCTCGTTCATACCGCGTGGAGAATCCGCAGAAGTCGCAGAGTATTCCTCCA
ACCTTATTCTTCTTCTTCGTCAGATCTCTTGGCCTCCTCTTCAATTTCAACCTAATCCTC
CTCCTCCTCCCCATTTCGATTTTGTTTTTAATTTTTTTCTTCTTTTCTGGGATTTGGGCC
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL4087Contig1 778 2 6 U
GGGAAAACAGACACAGAGCAATGGCAACATCTCATCTTGTCTCTCCATTACCATCTCTCG
CCTTCTTCCAAACCAGAAACGTAACCGGTCGTTCTTTTTCTCTCCCTCTAAACCCTAACC
CCCAATTCTCAAAACCTAGACTTTCAAGGGAAAGAGCCGCCACACTCGTCCTCCGATCCA
AGGGAGACGACTCCGTCGACGCATCAGATCGGATAATCTCAGCCGTATGTTACTTCTACC
CGTTCTTCGATGGGATTCAGTACGGTAAATTCATCATCACGCAATACCAACCTTTCCAGA
TCCTCATCCAGCCTCTGTTTCCCGCCATCAAGGCCTTCAAGAGCTTCCCTTTCAATGGCT
TTCTCATCTTCATCGCTCTTTACTTCGTCGTCGTGAGGAACTCCAACTTCAGCAGGTACG
TTAGGTTCAACACGATGCAGGCGATTGTGCTCGACGTGCTGTTGATTTTTCCGGATTTGC
TTGAGAGGAGCTTTAATCCTAGAGATGGGTTTGGGTTGGATGTGGTGATGAGTTTGGACA
GCACAGTGTTCCTCTTTTTACTTGTCTGTTTGATCTATGGATTCTCTGCTTGCTTGTTTG
GTCTGACCCCGAGGTTGCCCATTGTTGCTGATGCTGCTGATAGGCAAGTCCTTTGATTTA
TGAAAAAAACCACAACAAATAATATATCTGTATGTAGTACACGTGTGCTGTGACTGCACT
TTCTCTGTATTGGATCAGTTTATTGTAATCACCAAAACATAATGTAACCATTTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ91TF U 1
AF RR3FZ91JQ C 395
BS 1 613 RR3FZ91TF
BS 614 614 RR3FZ91JQ
BS 615 643 RR3FZ91TF
BS 644 644 RR3FZ91JQ
BS 645 653 RR3FZ91TF
BS 654 778 RR3FZ91JQ

RD RR3FZ91TF 653 0 0
GGGAAAACAGACACAGAGCAATGGCAACATCTCATCTTGTCTCTCCATTACCATCTCTCG
CCTTCTTCCAAACCAGAAACGTAACCGGTCGTTCTTTTTCTCTCCCTCTAAACCCTAACC
CCCAATTCTCAAAACCTAGACTTTCAAGGGAAAGAGCCGCCACACTCGTCCTCCGATCCA
AGGGAGACGACTCCGTCGACGCATCAGATCGGATAATCTCAGCCGTATGTTACTTCTACC
CGTTCTTCGATGGGATTCAGTACGGTAAATTCATCATCACGCAATACCAACCTTTCCAGA
TCCTCATCCAGCCTCTGTTTCCCGCCATCAAGGCCTTCAAGAGCTTCCCTTTCAATGGCT
TTCTCATCTTCATCGCTCTTTACTTCGTCGTCGTGAGGAACTCCAACTTCAGCAGGTACG
TTAGGTTCAACACGATGCAGGCGATTGTGCTCGACGTGCTGTTGATTTTTCCGGATTTGC
TTGAGAGGAGCTTTAATCCTAGAGATGGGTTTGGGTTGGATGTGGTGATGAGTTTGGACA
GCACAGTGTTCCTCTTTTTACTTGTCTGTTTGATCTATGGATTCTCTGCTTGCTTGTTTG
GTCTGACCCCGAG*TTGCCCATTGTTGCTGATGCTGCTGATAG*CAAGTCCTT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3FZ91JQ 384 0 0
GAGGAACTCCAACTTCAGCAGGTACGTTAGGTTCAACACGATGCAGGCGATTGTGCTCGA
CGTGCTGTTGATTTTTCCGGATTTGCTTGAGAGGAGCTTTAATCCTAGAGATGGGTTTGG
GTTGGATGTGGTGATGAGTTTGGACAGCACAGTGTTCCTCTTTTTACTTGTCTGTTTGAT
CTATGGATTCTCTGCTTGCTTGTTTGGTCTGACCCCGAGGTTGCCCATTGTTGCTGATGC
TGCTGATAGGCAAGTCCTTTGATTTATGAAAAAAACCACAACAAATAATATATCTGTATG
TAGTACACGTGTGCTGTGACTGCACTTTCTCTGTATTGGATCAGTTTATTGTAATCACCA
AAACATAATGTAACCATTTGATCC

QA 1 384 1 384
DS 



AS 1 3

CO CL4088Contig1 1248 3 11 U
GGTGAAAGGGAAACATATAATTGTTGCAACTGGCTCCGATGTCAAGTCTTTGCCTGGCAT
CACCATCGATGAAAAGAAGATTGTCTCGTCGACTGGAGCACTGTCTCTGACTGAGATACC
GAAGAAACTGATCGTCATCGGCGCTGGCTACATTGGTCTTGAGATGGGTTCTGTGTGGGG
AAGGCTTGGATCTGAGGTCACTGTTGTTGAGTTTGCTTCGGATATTGTGCCCACGATGGA
TGGTGAAATCCGCAAGCAGTTCCAACGTTCGCTAGAGAAGCAGAAGATGAAGTTCATGCT
CAAGACTAAAGTTGTGGGCGTGGATTCATCAGGAGATGGTGTGAAGCTCACAGTGGAACC
TGCAGAAGGTGGAGACCAGACCACTCTCGAAGCTGATGTTGTCCTCGTCTCAGCAGGAAG
ATCTCCCTTCACATCTGGACTTGATCTTGACAAAATCGGTGTTGAAACGGACAAAGTCGG
GAGGATTCTAGTGAATGAGAGATTCTCAACCAATGTTTCAGGCGTTTATGCTATCGGAGA
TGTGATTCCAGGACCAATGCTGGCTCACAAAGCTGAAGAAGACGGTGTGGCTTGTGTTGA
GTTCATAGCAGGCAAACACGGCCACGTGGATTACGACAAGGTCCCTGGTGTTGTCTACAC
ATATCCCGAAGTTGCCCCTGTGGGTAAAACCGAGGAGCAGCTGAAGAAAGACGGTGTGAG
CTACCGAGTTGGGAAGTTCCCGTTCATGGCCAATAGCAGAGCAAAGGCTATAGATACAGC
AGAGGGAATGGTCAAGATTTTGGCTGATAAAGAGACAGACAAGATCTTAGGAGTTCACAT
TATGTCCCCAAACGCAGGAGAGTTGATCCACGAGGCGGTTCTAGCGATCAACTATGATGC
TTCTAGTGAAGACATCGCTCGAGTGTGTCACACTCATCCCACCATGAGTGAGGCTATCAA
GGAAGCTGCAATGGCTACCTACGACAAGCCCATTCACATGTAAGAAGAAGCCCCACAGGT
AAAATCACGGTTTAGCTTTGGTCCTGTTTAGGCCAAATCGAGAACTTAAACCGGAGTTGT
TTTGGTTATATTTGGTTTGGTTTTATATTTTCGGTTTAAACCTTGATTTTTCTTTTTACT
TTCCCGCTGATGTGGAATGAGCTCAAAGAATATAACTTTACCACTCCTTTGTAATAATTT
GAAATGCTCAAGTAACCATTTTTAATTGAGTAAACCAAATTCGGTGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BX23TF U 1
AF RR3BX23JQ C 511
AF RR3DP76TF U 530
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GTTCATAGCA
C

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3BX23JQ 738 0 0
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CACTCATCCCACCATGAGTGAGGCTATCAAGGAAGCTGCAATGGCTACCTACGACAAGCC
CATTCACATGTAAGAAGAAGCCCCACAGGTAAAATCACGGTTTAGTTTTGGTCCTGTTTA
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QA 1 738 1 738
DS 

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GCTTGTGTTGAGTTTATAGCAGGCAAACACGGCCACGTGGATTACGACAAGGTCCCTGGT
GTTGTCTACACATATCCCGAAGTTGCCCCTGTGGGTAAAACCGAGGAGCAGCTGAAGAAA
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ATAGATACAGCAGAGGGAATGGTCAAGATTTTGGCTGATAAAGAGACAGACAAGATCTTA
GGAGTTCACATTATGTCCCCAAACGCAGGAGAGTTGATCCACGAGGCGGTTCTAGCGATC
AACTATGATGCTTCTAGTGAAGACATCGCTCGAGTGTGTCACGCTCATCCCACCATGAGT
GAGGCTATCAAGGAAGCTGCAATGGCTACTTACGACAAGCCCATTCACATGTAAGAAGAA
GCCCCACAGGTAAAATCACGGTTTAGCTTTGGTCCTGTTTAGGCCAAATCGAGAACTTAA
ACCGGAGTTGTTTTGGTTATATTTGGTTTGGTTTTATATTTTCGGTTTAAACCTTGATTT
TTCTTTTTACTTTCCCGCTGATGTGGGATGAGCTCAAAGAATATAACTTTACCACTCCTT
TGTAATAATTTGAAATGCTCAAGTAACCATTTTTAATTGAGTAA
CCAAA

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 3

CO CL4089Contig1 859 3 23 U
GACACAAATATGAACAATTATGCAATGAATGTGAACGACTCGTTACTTTGTTCACTGTTG
TCTGGACTAAGACCGTGTATTGGAATATGTCCAAAGGAAGAAAAAAATAATTCCATCTCG
TACTAAATACACCAAATTCAAAAACATACCAAATTTTCATGGCCTTGAACTTCACCTTTT
GCTTGTACGTTCCTGAACACCTGAGACTTCAAAAGTTCCTGAACCCTATTATAAATCTTT
ACCAGTCAAAAGTCGTATCTTGGAACTATCTCACAGCTACGACAGCTTCGAGATTCTTCT
GCACCACCCACCCTTGTGGATAAGGGACATCTAGCGTATCCAAGTGAAGATGCCAGTTCA
GTATCCTCGAACAAGTTGGTGGAACACCTTCCATATCGCTTTCATCTGCCACCACCTGCT
CTATAAATGTTGTCTCTTGGAAACCTTCCTTCACTGTGTCTAGTTGGCGGGTTGGATGTG
AAAAAGGACGTTTCCACCTTT*AGGGTCCCAGAGTATAGTGATGTTGAAAGCAAACCCTG
ACATATCAACATGGAACCTTCGTACTCTTTTACTCTTTTAGT**GTGTGCCATCCAATTA
CTTGACTTTCATTGCATACTGGACCCTCCAGGATGGCTTTGTTTTTGCTTGGCGCCAGCA
TGGCAACAGGCCAAGTTCCAAATCGCCTGATCTCTCTCAAGCTTTGGAACAAGTCAAGCG
AGTAGACATTATCATCATCAGCAAAGTAAACAATCCCATCAAGCTTATGCAACTCAATAT
GTTCCAAGGCAGTGTTCCTCTGATGAACACCTCTATCCTTAAAACTCGTCATGTTCCTCT
TGCAAACCAAGTGTCTATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C507JQ U 1
AF RR3BT58JQ U 31
AF RR3BT58TF C 180
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BS 410 410 RR3BT58JQ
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BS 502 502 RR3BT58JQ
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BS 542 542 RR3BT58JQ
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BS 580 581 RR3BT58JQ
BS 582 582 RR3C507JQ
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BS 585 780 RR3C507JQ
BS 781 823 RR3BT58JQ
BS 824 859 RR3BT58TF

RD RR3C507JQ 780 0 0
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TCTGGACTAAGACCGTGTATTGGAATATGTCCAAAGGAAGAAAAAAATAATTCCATCTCG
TACTAAATACACCAAATTCAAAAACATACCAAATTTTCATGGTCTTGAACTTCACCTTTT
GCTTGTACGTTCCTGAACACCTGAGACTTCAAAAGTTCCTGAACCCTATTATAAATCTTT
ACCAGTCAAAAGTCGTATCTTGGAACTATCTCACAGCTACGACAGCTTCGAGATTCTTCT
GCACCACCCACCCTTGTGGATAAGGGACATCTAGCGCATCCAAGTGAAGATGCCAGTTCA
GTATCCTCGAACAAGTTGGTGGAACACCTTCCATATCGCTTTCATCTGCTACCACCTGCT
CTATAAATGTTGTCTCTTGGAAACCTTCCTTCACTGTGTCTAGTTGGCGGGTTGGACGTG
AAAAAGGACGTTTCCACCTTTTAGGGTCCCAGAGTATAGTGCTGTTGAAAGCAAACCCTG
ATATATCAACATGGAACCTTCGTACTCTTTTACTCTTTTCATTAGTGTGCCATCCAATTA
CTTGACTTTCATTGCATACTGGACCCTCCAGGATGGCTTTGTTTTTGCTTGGCGCCAGCA
TGGCAACAGGCCAAGTTCCAAATCGCCTGATCTCTCTCAAGCTTTGGAACAAGTCAAGCG
AGTAGACATTATCATCATCAGCAAAGTAAACAATCCCATCAAGCTTATGCAACTCAATAT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3BT58JQ 795 0 0
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CCAAAGGAAGAAAAAAATAATTCCATCTCGTACTAAATACACCAAATTCAAAAACATACC
AAATTTTCATGGCCTTGAACTTCACCTTTTGCTTGTACGTTCCTGAACACCTGAGACTTC
AAAAGTTCCTGAACCCTATTATAAATCTTTACCAGTCAAAAGTCGTATCTTGGAACTATC
TCACAGCTACGACAGCTTCGAGATTCTTCTGCACCACCCACCCTTGTGGATAAGGGACAT
CTAGCGTATCCAAGTGAAGATGCCAGTTCAGTATCCTCGAACAAGTTGGTGGAACACCTT
CCATATCGCTTTCATCTGCCACCACCTGCTCTATAAATGTTGTCTCTTGGAAACCTTCCT
TCACTGTGTCTAGTTGGCGGGTTGGATGTGAAAAAGGACGTTTCCACCTTT*AGGGTCCC
AGAGTATAGTGATGTTGAAAGCAAACCCTGACATATCAACATGGAACCTTCGTACTCTTT
TACTCTTTTAGT**GTGTGCCATCCAATTACTTGACTTTCATTGCATACTGGACCCTCCA
GGATGGCTTTGTTTTTGCTTGGCGCCAGCATGGCAACAGGCCAAGTTCCAAATCGCCTGA
TCTCTCTCAAGCTTTGGAACAAGTCAAGCGAGTAGACATTATCATCATCAGCAAAGTAAA
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CTCTATCCTTAAA
CT

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3BT58TF 680 0 0
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TACCAGTCAAAAGTCGTATCTTGGAACTATCTCACAGCTACGACAGCTTCGAGATTCTTC
TGCACCACCCACCCTTGTGGATAAGGGACATCTAGCGTATCCAAGTGAAGATGCCAGTTC
AGTATCCTCGAACAAGTTGGTGGAACACCTTCCATATCGCTTTCATCTGCCACCACCTGC
TCTATAAATGTTGTCTCTTGGAAACCTTCCTTCACTGTGTCTAGTTGGCGGGTTGGATGT
GAAAAAGGACGTTTCCACCTTT*AGGGTCCCAGAGTATAGTGATGTTGAAAGCAAACCCT
GACATATCAACATGGAACCTTCGTACTCTTTTACTCTTTTAGT**GTGTGCCATCCAATT
ACTTGACTTTCATTGCATACTGGACCCTCCAGGATGGCTTTGTTTTTGCTTGGCGCCAGC
ATGGCAACAGGCCAAGTTCCAAATCGCCTGATCTCTCTCAAGCTTTGGAACAAGTCAAGC
GAGTAGACATTATCATCATCAGCAAAGTAAACAATCCCATCAAGCTTATGCAACTCAATA
TGTTCCAAGGCAGTGTTCCTCTGATGAACACCTCTATCCTTAAAACTCGTCATGTTCCTC
TTGCAAACCAAGTGTCTATC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

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TCGTTCTGCGTCGCCGGGATCTGGGCTGCCTACATTTACCAAGGCGTTCTTCAGGAAACC
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TTGGCTCAGAATGTGGTCTGCTTGGTTCGGTCTTTTATAATGATTAAGCTGTGGTCCAAT
GGAGGTAGTGGTGGAGCTCCATGGTGGACGTACTGGAGTGCTGGCATCACTAATACCATT
GGTCCTGCCATGGGTATTGAAGCTCTCAAGTATATTAGTTATCCTGCTCAGGTCCTGGCA
AAGTCTTCTAAAATGATTCCAGTCATGTTAATGGGGTCCTTAGTTTATGGCATAAGATAC
ACTTTGCCTGAGTATCTTTGCACCTTTCTTGTTGCTGGAGGAGTGTCCATGTTTGCCCTT
CTTAAGACTAGCTCGAAGACCATCAGCAAGCTAGCAAATCCAAATGCTCCCCTTGGTTAC
GGCCTCTGCTTCTTGAACCTCGCCTTTGACGGGTTCACAAACGCCACCCAAGATTCCATT
ACCGCAAGGTACCCGAAAACCAGCGCGTGGGACATAATGCTGGGAATGAACTTATGGGGA
ACCATATACAACATGGTCTACATGTTTGGTCTGCCACACGGGAGCGGATTCGAAGTTGTG
CAGTTCTGCAAGCAACACCCTGAGGCAGCATGGGACATTCTCATGTACTGTCTGTGCGGT
GCGGTGGGACAAAACTTCATCTTCTTGACGATAAGCAGATTCGGGTCTCTAGCTAACACG
ACCATAACAACAACGAGGAAGTTTGTAAGCATCGTGGTGTCTTCAGTTCTGAGCGGGAAT
CCATTGTCGTCCAAACAGTGGGGATGTGTGTCGATGGTGTTTGGTGGGTTGTCTTACCAA
ATTTACTTGAAATGGAGGAAGCTGCAGAGAACGCAGAAAAAGAAAAAGACTTGATTGAAG
CTGAGAATGGGGGCGCAGCGGAATCTATAATTCTTGTTTTTGATTTGGGAAACGTTTTAC
TTTTCACCATATAATGTCTGAAACGTAGATGGAAGAAAGGCTTAGCAAATGTAGTACTAA
TGCACTTAGAAGAAACTTATATATATCAAGCCAAAGTCGAATCATATTTCCTTCC


BQ
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AF RR3GI76TF U 1
AF RR3GI76JQ C 544
BS 1 668 RR3GI76TF
BS 669 669 RR3GI76JQ
BS 670 678 RR3GI76TF
BS 679 679 RR3GI76JQ
BS 680 691 RR3GI76TF
BS 692 1255 RR3GI76JQ

RD RR3GI76TF 691 0 0
GGAAATTGATCACAAAAACTTAATTCAAAACTCACATTCGAATCGTCGCCGGAGTAATAT
TCGGAGAAACAACAGGTGATGGAATCTCACGGCACCGGTCTCCGGCGAGTTCTGTTGTTG
TCGTTCTGCGTCGCCGGGATCTGGGCTGCCTACATTTACCAAGGCGTTCTTCAGGAAACC
CTGTCCACGAAGAGATTTGGGGAAGATGAGAAGAGATTCGAGCATCTTGCGTTTCTCAAC
TTGGCTCAGAATGTGGTCTGCTTGGTTCGGTCTTTTATAATGATTAAGCTGTGGTCCAAT
GGAGGTAGTGGTGGAGCTCCATGGTGGACGTACTGGAGTGCTGGCATCACTAATACCATT
GGTCCTGCCATGGGTATTGAAGCTCTCAAGTATATTAGTTATCCTGCTCAGGTCCTGGCA
AAGTCTTCTAAAATGATTCCAGTCATGTTAATGGGGTCCTTAGTTTATGGCATAAGATAC
ACTTTGCCTGAGTATCTTTGCACCTTTCTTGTTGCTGGAGGAGTGTCCATGTTTGCCCTT
CTTAAGACTAGCTCGAAGACCATCAGCAAGCTAGCAAATCCAAATGCTCCCCTTGGTTAC
GGCCTCTGCTTCTTGAACCTCGCCTTTGACGGGTTCACAAACGCCACCCAAGATTCCATT
ACCGCAAG*TACCCGAAA*CCAGCGCGTGGG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3GI76JQ 712 0 0
AAGACTAGCTCGAAGACCATCAGCAAGCTAGCAAATCCAAATGCTCCCCTTGGTTACGGC
CTCTGCTTCTTGAACCTCGCCTTTGACGGGTTCACAAACGCCACCCAAGATTCCATTACC
GCAAGGTACCCGAAAACCAGCGCGTGGGACATAATGCTGGGAATGAACTTATGGGGAACC
ATATACAACATGGTCTACATGTTTGGTCTGCCACACGGGAGCGGATTCGAAGTTGTGCAG
TTCTGCAAGCAACACCCTGAGGCAGCATGGGACATTCTCATGTACTGTCTGTGCGGTGCG
GTGGGACAAAACTTCATCTTCTTGACGATAAGCAGATTCGGGTCTCTAGCTAACACGACC
ATAACAACAACGAGGAAGTTTGTAAGCATCGTGGTGTCTTCAGTTCTGAGCGGGAATCCA
TTGTCGTCCAAACAGTGGGGATGTGTGTCGATGGTGTTTGGTGGGTTGTCTTACCAAATT
TACTTGAAATGGAGGAAGCTGCAGAGAACGCAGAAAAAGAAAAAGACTTGATTGAAGCTG
AGAATGGGGGCGCAGCGGAATCTATAATTCTTGTTTTTGATTTGGGAAACGTTTTACTTT
TCACCATATAATGTCTGAAACGTAGATGGAAGAAAGGCTTAGCAAATGTAGTACTAATGC
ACTTAGAAGAAACTTATATATATCAAGCCAAAGTCGAATCATATTTCCTTCC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL4091Contig1 500 2 1 U
CAAAATCCCCGATTCACCTTCCCCTTTCTTGGATTCAAACCCTAAAACACGATCTTGATC
TCCAGAAGCGATTCGAAATCGAGCCATGGATAAAAGCAGCAGCATCAACTCCACGGCCTC
GACCGCCTCCAATCTGAGCACGGCTTCCCTCGAGAAGCTAGATCAGGCGGCGAGCTGGTT
CGGCGCCACCGTAATCTCCGCCTTCTTCGCCTCCCTCGAGCGTTGCTCCTGCGTGAACCT
ATCTACCTTCGATGACGATGATGACGACGACGACGAGGACAACGAGGAATCCAACAGCCG
TCCCCTTGCTCTCTCCGCCGCTCCTCAACCAGACGACATCGTTTAGACTCTCCGTTTTAG
GAATTTAATCTAAACGATGTAAGACGTTCGGAACTTTTGATTGTATATTGGCGGATTTGA
TATCTAATTCCAAATGTTTATGTGTAAACTGATTATGCTTGAAGGTTTATTTTTTTTAAT
ATATGGTTGGTTTTTGGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F186TF U 77
AF RR3F185TF U 1
BS 1 500 RR3F185TF

RD RR3F186TF 102 0 0
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AGCACGGCTTCCCTCGAGAAGCTAGATCAGGCGGCGAGCTGG

QA 1 102 1 102
DS 

RD RR3F185TF 500 0 0
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TCCAGAAGCGATTCGAAATCGAGCCATGGATAAAAGCAGCAGCATCAACTCCACGGCCTC
GACCGCCTCCAATCTGAGCACGGCTTCCCTCGAGAAGCTAGATCAGGCGGCGAGCTGGTT
CGGCGCCACCGTAATCTCCGCCTTCTTCGCCTCCCTCGAGCGTTGCTCCTGCGTGAACCT
ATCTACCTTCGATGACGATGATGACGACGACGACGAGGACAACGAGGAATCCAACAGCCG
TCCCCTTGCTCTCTCCGCCGCTCCTCAACCAGACGACATCGTTTAGACTCTCCGTTTTAG
GAATTTAATCTAAACGATGTAAGACGTTCGGAACTTTTGATTGTATATTGGCGGATTTGA
TATCTAATTCCAAATGTTTATGTGTAAACTGATTATGCTTGAAGGTTTATTTTTTTTAAT
ATATGGTTGGTTTTTGGATT

QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 3

CO CL4092Contig1 898 3 9 U
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GAATCGGATTAGGGTATAAGACTAGTCGGAGAAAGAAGTCGTGGGAAGAAGAAAAGTGGA
GATCAAACGAATTGAGAGCAAAAGCAGTCAACAAGTCACTTTCTGTAAACGCCGCAATGG
TCTCATAGAGAAAGCTCGTCAGCTCTCAGTTCTTTGTGAATCGTCAGTGGCCATTCTAAT
GGTTTCCTCCACCGGAAAACTCTATAGCTCCTCCTTTGGCGATAGCATGGCCAAAATCAT
CAAGCGTTATGAGATACAACATGCTGCTGCACTTAAAAACATGGATCTAGCAGAGAAATC
TCGGAATTATCTTTCACACAAGGAGTTACTGGAAATAGTCAAGTGCAAGCTTGATGAAGC
GAATCTCGATGATGCAAGTGTAGAGTCTCTAATTTACCTGGAAGGGCAGTTCAAGGCTGC
TCTGTCTGTAACTAGAGCTAGGAAGACAGAACTAATGTGGGAGCTTGTGAAAAATCTTGA
AGAGAAGGAAAAACTGTTGAGAGAAGAGAATCATATTTTGGTCAGCCAGCTAGCAAAGAT
GGAGAAGAAGAGGTTTCCGGAAACAGAGGATGAAGGAGCAATGTCATCGGTAAATAGCTA
CGGCAACAGCCCACCGAAGACCCTCCCTCTTCTAAAGTAACAATCATCATCATCGGCTGC
TTTTGCAGCATATCCTGGTTTTAAATAAATGTAAAAAAAAATCATATATGTATCCTAAAC
ATCCTCTTCTTCACCTGATCATACGGAAAGTTGAAGAAAAGAAACTCAGGGAAATCATTA
AACTATCTTTGCTGTTACCTTTGGAGACATGATCACAGTTTCATATGGTTTCTATGTG


BQ
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AF RR3GQ26TF U 1
AF RR3AZ13TF U 2
AF RR3AZ13JQ C 67
BS 1 100 RR3GQ26TF
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BS 102 224 RR3GQ26TF
BS 225 225 RR3AZ13TF
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BS 560 645 RR3GQ26TF
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BS 725 898 RR3AZ13JQ

RD RR3GQ26TF 645 0 0
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TCTCATAGAGAAAGCTCGTCAGCTCTCAGTTCTTTGTGAATCGTTAGTGGCCATTCTAAT
GGTTTCCTCCACCGGAAAACTCTATAGCTCCTCCTTTGGCGATAGCATGGCCAAAATCAT
CAAGCGTTATGAGATACAACATGCTGCTGCACTTAAAAACATGGATCTAGCAGAGAAATC
TCGGAATTATCTTTCACACAAGGAGTTACTGGAAATAGTCAAGTGCAAGCTTGATGAAGC
GAATCTCGATGATGCAAGTGTAGAGTCTCTAATTTACCTGGAAGGGCAGTTCAAGGCTGC
TCTGTCTGTAACTAGAGCTAGGAAGACAGAACTAATGTGGGAGCTTGTGAAAAATCTTGA
AGAGAAGGAAAAACTGTTTAGAGAAGAGAATCATATTTTGGTCAGCCAGCTAGCAAAGAT
GGAGAAGAAGAGGTTTCCGGAAACAGAGGATGAAGGAGCAATGTC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3AZ13TF 723 0 0
GG
GAAAAATAAAAAGATAGAAAACGTTTCAGTGTCTCCGACCAAGCTATACGACCATCTGAA
TCGGATTAGGGTATAAGACTAGTCGGAGAAAGAAGTCGTGGGAAGAAGAAAAGTGGAGAT
CAAACGAATTGAGAGCAAAAGCAGTCAACAAGTCACTTTCTGTAAACGCCGCAATGGTCT
CATAGAGAAAGCTCGTCAGCTCTCAGTTCTTTGTGAATCGTCAGTGGCCATTCTAATGGT
TTCCTCCACCGGAAAACTCTATAGCTCCTCCTTTGGCGATAGCATGGCCAAAATCATCAA
GCGTTATGAGATACAACATGCTGCTGCACTTAAAAACATGGATCTAGCAGAGAAATCTCG
GAATTATCTTTCACACAAGGAGTTACTGGAAATAGTCAAGTGCAAGCTTGATGAAGCGAA
TCTCGATGATGCAAGTGTAGAGTCTCTAATTTACCTGGAAGGGCAGTTCAAGGCTGCTCT
GTCTGTAACTAGAGCTAGGAAGACAGAACTAATGTGGGAGCTTGTGAAAAATCTTGAAGA
GAAGGAAAAACTGTTGAGAGAAGAGAATCATATTTTGGTCAGCCAGCTAGCAAAGATGGA
GAAGAAGAGGTTTCCGGAAACAGAGGATGAAGGAGCAATGTCATCGGTAAATAGCTACGG
CAACAGCCCACCGAAGACCCTCCCTCTTCTAAAGTAACAATCATCATCATCGGCTGCTTT
T

QA 3 723 3 723
DS 

RD RR3AZ13JQ 832 0 0
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ACGAATTGAGAGCAAAAGCAGTCAACAAGTCACTTTCTGTAAACGCCGCAATGGTCTCAT
AGAGAAAGCTCGTCAGCTCTCAGTTCTTTGTGAATCGTCAGTGGCCATTCTAATGGTTTC
CTCCACCGGAAAACTCTATAGCTCCTCCTTTGGCGATAGCATGGCCAAAATCATCAAGCG
TTATGAGATACAACATGCTGCTGCACTTAAAAACATGGATCTAGCAGAGAAATCTCGGAA
TTATCTTTCACACAAGGAGTTACTGGAAATAGTCAAGTGCAAGCTTGATGAAGCGAATCT
CGATGATGCAAGTGTAGAGTCTCTAATTTACCTGGAAGGGCAGTTCAAGGCTGCTCTGTC
TGTAACTAGAGCTAGGAAGACAGAACTAATGTGGGAGCTTGTGAAAAATCTTGAAGAGAA
GGAAAAACTGTTGAGAGAAGAGAATCATATTTTGGTCAGCCAGCTAGCAAAGATGGAGAA
GAAGAGGTTTCCGGAAACAGAGGATGAAGGAGCAATGTCATCGGTAAATAGCTACGGCAA
CAGCCCACCGAAGACCCTCCCTCTTCTAAAGTAACAATCATCATCATCGGCTGCTTTTGC
AGCATATCCTGGTTTTAAATAAATGTAAAAAAAAATCATATATGTATCCTAAACATCCTC
TTCTTCACCTGATCATACGGAAAGTTGAAGAAAAGAAACTCAGGGAAATCATTAAACTAT
CTTTGCTGTTACCTTTGGAGACATGATCACAGTTTCATATGGTTTCTATGTG

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL4093Contig1 1168 2 8 U
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AACTCCTATAGAGGTGCTGTGTAGAAATTGCCCGTCAGAATTTGTATCATACTTCCATTA
CTGCCGATCTTTACGGTTTGATGACAAACCTGATTACTCTTACCTCAAGCGTCTTTTCCG
CGACTTGTTCATCCGAGAAGGTTACCAATTCGATTACGTGTTTGACTGGACGGTCTTAAA
GTATCCTCAAATCGGTTCCAGTTCTGGTTCTAGCTCACGTACAAGGCAACAAACAACGAC
GAAACCAGATTCAACGCGGGTCCTTCTACAAGTAGGCAAGAGAGGCACGCTGGTAAGGAA
ACAACCAGAGTCTCGGGTGCAGTGGAAGCCTTCTCCCGAAGACACCCGACAAACAACTCT
GCTACGCCACGTGATCGTTCAAGATCAAGAAACTCTGATGACGGACCTTTCACTAAGCAT
ATAGTAAGTAAAAAATGAACCTTACTTTTACAGAAGCTGTAATCAGACAAAGACTTGATT
GTTTTTTGTTGTGCAGCATGGAGAGAGTGGAAGAGGAAGCAGTTCGTCAAGACAGGGAAC
ATCAACATCAAGGAAAGCAGTTGGTGGTGGTTCAAGCTCTAGGCCAAGTTCTGCAGGTGG
ACCAAGTGGTAGCCGAGTTTCAAGCCGTCTGGTATCATCAAGCGGTGGTGGCAGTGGGCG
TCCATCGAGCAGTCAGAGAGTCCAAGCTGGATATGAATCAAAGACACTGTCTTTCGCTCG
TGCAACCGCTTCAAGAAACGCTAGGGAAGATCAGTTGAGAAGCTTCGAGCTTCTGTCTCT
TCGCAAATAAATAAATAAAAAATGAAAAAGAGAGGGATAGAGAGAGACTCCATTAAAACC
CAACCGAAATGTTTCATATACTTGAAAAGATCTTTTTACAGGTGATTTCAGCTTCAGCCT
GAAGAGATCTTTTGCCAGCAGCACTCTTGCTCGTTTGTATATTTTAAATGATGATGTGTT
GGAGAAAAGAGAGAGAGTCAAAAATGTAGAAAGTTTCAAATTGTAAAAGAGGTGAACTTG
TATGCCTCCTATTATCTTATATATACCCCCATTACTTCCAGTCTATCATTGTAATAAACA
AACATATAAAAAAGAAGACAAAATTTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H827TF U 1
AF RR3H827JQ C 542
BS 1 642 RR3H827TF
BS 643 643 RR3H827JQ
BS 644 656 RR3H827TF
BS 657 657 RR3H827JQ
BS 658 742 RR3H827TF
BS 743 743 RR3H827JQ
BS 744 753 RR3H827TF
BS 754 1168 RR3H827JQ

RD RR3H827TF 753 0 0
GGGACTAAAAGCTGGGACGAAGAAGCAGAAGTATGATGTAATAAGTGAGAAGAAAGTATC
AACTCCTATAGAGGTGCTGTGTAGAAATTGCCCGTCAGAATTTGTATCATACTTCCATTA
CTGCCGATCTTTACGGTTTGATGACAAACCTGATTACTCTTACCTCAAGCGTCTTTTCCG
CGACTTGTTCATCCGAGAAGGTTACCAATTCGATTACGTGTTTGACTGGACGGTCTTAAA
GTATCCTCAAATCGGTTCCAGTTCTGGTTCTAGCTCACGTACAAGGCAACAAACAACGAC
GAAACCAGATTCAACGCGGGTCCTTCTACAAGTAGGCAAGAGAGGCACGCTGGTAAGGAA
ACAACCAGAGTCTCGGGTGCAGTGGAAGCCTTCTCCCGAAGACACCCGACAAACAACTCT
GCTACGCCACGTGATCGTTCAAGATCAAGAAACTCTGATGACGGACCTTTCACTAAGCAT
ATAGTAAGTAAAAAATGAACCTTACTTTTACAGAAGCTGTAATCAGACAAAGACTTGATT
GTTTTTTGTTGTGCAGCATGGAGAGAGTGGAAGAGGAAGCAGTTCGTCAAGACAGGGAAC
ATCAACATCAAGGAAAGCAGTTGGTGGTGGTTCAAGCTCTAG*CCAAGTTCTGCAG*TGG
ACCAAGTGGTAGCCGAGTTTCAAGCCGTCTGGTATCATCAAGCGGTGGTGGCAGTGGGCG
TCCATCGAGCAGTCAGAGAGTC*AAGCTGGATA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3H827JQ 627 0 0
TTTTTTGTTGTGCAG
CATGGAGAGAGTGGAAGAGGAAGCAGTTCGTCAAGACAGGGAACATCAACATCAAGGAAA
GCAGTTGGTGGTGGTTCAAGCTTTAGGCCAAGTTCTGCAGGTGGACCAAGTGGTAGCCGA
GTTTCAAGCCGTCTGGTATCATCAAGCGGTGGTGGCAGTGGGCGTCCATCGAGCAGTCAG
AGAGTCCAAGCTGGATATGAATCAAAGACACTGTCTTTCGCTCGTGCAACCGCTTCAAGA
AACGCTAGGGAAGATCAGTTGAGAAGCTTCGAGCTTCTGTCTCTTCGCAAATAAATAAAT
AAAAAATGAAAAAGAGAGGGATAGAGAGAGACTCCATTAAAACCCAACCGAAATGTTTCA
TATACTTGAAAAGATCTTTTTACAGGTGATTTCAGCTTCAGCCTGAAGAGATCTTTTGCC
AGCAGCACTCTTGCTCGTTTGTATATTTTAAATGATGATGTGTTGGAGAAAAGAGAGAGA
GTCAAAAATGTAGAAAGTTTCAAATTGTAAAAGAGGTGAACTTGTATGCCTCCTATTATC
TTATATATACCCCCATTACTTCCAGTCTATCATTGTAATAAACAAACATATAAAAAAGAA
GACAAAATTTGT

QA 16 627 16 627
DS 



AS 1 2

CO CL4094Contig1 922 2 2 U
GGGAACCACATCTCCCATTTTCATTCTTCATCATCATCATCATCGCTTTGATCGTCACAC
TAAGATTTCAGTTTTGTGGCTTCCGTGGAGGTCAGATCTTGGACGATCTCCAGCTTAAAG
AGAAGAAGTAGGAAGTAAAGGCAAAAGGGGGTTGAAGGATGTCTTCTTTCACAGGAACTC
AACAGAAGTGCAAGGCTTGCGAGAAGACGGTCTACCCTGTGGAGCTTCTCTCAGCTGATG
GAGTTAGCTACCACAAGTCCTGCTTCAAATGCTCTCACTGCAAATCCAGGCTTCAGCTGA
GTAGATATTCATCGATGGAAGGTGTGGTGTACTGTAAGCCTCATTATGAGCAGCTATTCA
CAGAGTCTGGTAGCTTCGCCAAGAACTTCCAGTCACCTGCAAAACCAGCTGAGAAATCAA
GTCCTGAGCTGACAAGGACTCCTAGCCGAGTTGCTGGTATGTTCTCTGGTACACAAGAAA
AATGTGCCACTTGCAGTAAAACTGTGTATCCTATCGAAAAGGTAACAGTGGAGAGCCAGA
CATATCACAAGTCCTGCTTCAAATGCTCACATGGAGGCTGCCCAATTTCTCCTTCAAACT
ACGCAGCTCTTGAAGGAATCTTGTACTGCAAGCACCACTTCGCTCAGCTTTTCAAGGAAA
AGGGTAGTTACAACCACTTGATCAAATCCGCTTCCATCAAACGCTCTGCAGCAGCAGCAG
TAGCCGCTGGTACACCAGCAACAGCGGTTCCTGAATCTTAAATTCAAGGATCATCTCCTC
TCTCTAGTTTAAGCTGAAGTTAATGCCAAACTGATTCAGTTTGTTTTCTCTTTGTGTGTG
AGTGTGCGTTCTTTGTTTCTATTGATGTCTCCTGAAGTCTTTGTGTTGTTATCTATAAAA
AAAGTTTGATACATTCCTTTGG


BQ
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AF RR3BX52TF U 1
AF RR3BX52JQ C 145
BS 1 659 RR3BX52TF
BS 660 922 RR3BX52JQ

RD RR3BX52TF 659 0 0
GGGAACCACATCTCCCATTTTCATTCTTCATCATCATCATCATCGCTTTGATCGTCACAC
TAAGATTTCAGTTTTGTGGCTTCCGTGGAGGTCAGATCTTGGACGATCTCCAGCTTAAAG
AGAAGAAGTAGGAAGTAAAGGCAAAAGGGGGTTGAAGGATGTCTTCTTTCACAGGAACTC
AACAGAAGTGCAAGGCTTGCGAGAAGACGGTCTACCCTGTGGAGCTTCTCTCAGCTGATG
GAGTTAGCTACCACAAGTCCTGCTTCAAATGCTCTCACTGCAAATCCAGGCTTCAGCTGA
GTAGATATTCATCGATGGAAGGTGTGGTGTACTGTAAGCCTCATTATGAGCAGCTATTCA
CAGAGTCTGGTAGCTTCGCCAAGAACTTCCAGTCACCTGCAAAACCAGCTGAGAAATCAA
GTCCTGAGCTGACAAGGACTCCTAGCCGAGTTGCTGGTATGTTCTCTGGTACACAAGAAA
AATGTGCCACTTGCAGTAAAACTGTGTATCCTATCGAAAAGGTAACAGTGGAGAGCCAGA
CATATCACAAGTCCTGCTTCAAATGCTCACATGGAGGCTGCCCAATTTCTCCTTCAAACT
ACGCAGCTCTTGAAGGAATCTTGTACTGCAAGCACCACTTCGCTCAGCTTTTCAAGGAA

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3BX52JQ 778 0 0
AAA
GGGGTTGAAGGATGTCTTCTTTCACAGGA*CTCAACAGAAGTGCAAGGCT*GCGAGAAGA
CGGTCTACCCTGTGGAGCTTCTCTCAGCTGATGGAGTTAGCTACCACAAGTCCTGCTTCA
AATGCTCTCACTGCAAATCCAGGCTTCAGCTGAGTAGATATTCATCGATGGAAGGTGTGG
TGTACTGTAAGCCTCATTATGAGCAGCTATTCACAGAGTCTGGTAGCTTCGCCAAGAACT
TCCAGTCACCTGCAAAACCAGCTGAGAAATCAAGTCCTGAGCTGACAAGGACTCCTAGCC
GAGTTGCTGGTATGTTCTCTGGTACACAAGAAAAATGTGCCACTTGCAGTAAAACTGTGT
ATCCTATCGAAAAGGTAACAGTGGAGAGCCAGACATATCACAAGTCCTGCTTCAAATGCT
CACATGGAGGCTGCCCAATTTCTCCTTCAAACTACGCAGCTCTTGAAGGAATCTTGTACT
GCAAGCACCACTTCGCTCAGCTTTTCAAGGAAAAGGGTAGTTACAACCACTTGATCAAAT
CCGCTTCCATCAAACGCTCTGCAGCAGCAGCAGTAGCCGCTGGTACACCAGCAACAGCGG
TTCCTGAATCTTAAATTCAAGGATCATCTCCTCTCTCTAGTTTAAGCTGAAGTTAATGCC
AAACTGATTCAGTTTGTTTTCTCTTTGTGTGTGAGTGTGCGTTCTTTGTTTCTATTGATG
TCTCCTGAAGTCTTTGTGTTGTTATCTATAAAAAAAGTTTGATACATTCCTTTGG

QA 4 778 4 778
DS 



AS 1 2

CO CL4095Contig1 1227 2 6 U
GAAACAGAACTTAACTCTGATTGCGAATTGTTCCACAAAAAAAAAAAAAGACTCTGATTG
TGATTTTTTTGGGGACAAAAGAAACAACTGTGATAGAAAGAACAGAGTTGGCTCTGATTG
TGAATCCAGTAATAAAAAGAACAGAGTTGAATAAAGACTAAAATGGAAGAGTACCTGGTA
ACTGGAGGGACAAGCTTCATAGCCTCTCACGTTGTAAAGGCACTTCTCGACTTGGGCCAT
TCCGTAAGAACAACTGTAAGAGACATCTCAGATGAAGAGAAGGTTAGGTTTTTGTGGGAG
TTGAAAGGAGCAAAAGAAAGGCTGAAGATTTTCGAAGCCGATCTAACGGTGGATGGAAGC
TTTGACGAAGCAGTCAAAGGTGTTGATGGAGTCTTCCACATCGCCTCTCGTGTTACTGTT
TCTCTGAACAACAATGATCTGGAAAAGTTGGTGGACCGAGATATAAATGGGACAAGGAAC
TTGATGAACTCTTGCGAAAAATCAAGAAACACGGTGAAAAGGATTGTTCTCACATCTTCT
TCGACAGCTGTCCGGTACCGTTATGATGCCAGAGAAGCCTCTCCACTAAACGAATCGCAT
TTTAGCGATCTTGACTACTGCAGAAGCTTCAAAATATGGTATGGTTATGCAAAGACTATG
GGAGAGAAAGAAGCTTGGAGTATAGCAGCGGAAAATAATCTAGACCTAGTGGTCGTAATC
CCTTCGTATTGTATCGGTCCTATACTTAGTCCAAAACCCACAAGCACCCCTTCAATTTTT
CTCTCCATAGTCAAAGGTGTTTGTGGAGATTACCCGAACGTCACAGGAGGGTTTGTGCAC
GTAGAGGATGTAGCTGCTGCACAGGTCTTAGCAATGAAAGAGCCTAAAGCATCAGGACGA
TTCATTTGTTCGAGTTCAGTGGCTCATTGGTCAGAGATCATTGAGATGCTTAGACCCAAA
TACCCACAATATCCATTTGAGACCAAGTGCAGTAGTGAAGAAGGGAAAGATATGGCTCAT
AGCTTGGACACAACAAAGATACGTGAACTTGGCTTGCCGCCCTTCAAGTCATTGTCTGAG
ATGTTTGATGACTGCATCAAGTGTTTCCAAGACAAGGGTCTACTCTGAAACTCCCACTGT
TATTAGAAAATCAAAGTGATCCAGCTAGCTTTTGTTGAAACTGTTGAAGTTTATTCAAAC
ACTAATAATCTACCTTCCTATCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN14TF U 1
AF RR3FN14JQ C 588
BS 1 694 RR3FN14TF
BS 695 695 RR3FN14JQ
BS 696 755 RR3FN14TF
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BS 757 771 RR3FN14TF
BS 772 1227 RR3FN14JQ

RD RR3FN14TF 771 0 0
GAAACAGAACTTAACTCTGATTGCGAATTGTTCCACAAAAAAAAAAAAAGACTCTGATTG
TGATTTTTTTGGGGACAAAAGAAACAACTGTGATAGAAAGAACAGAGTTGGCTCTGATTG
TGAATCCAGTAATAAAAAGAACAGAGTTGAATAAAGACTAAAATGGAAGAGTACCTGGTA
ACTGGAGGGACAAGCTTCATAGCCTCTCACGTTGTAAAGGCACTTCTCGACTTGGGCCAT
TCCGTAAGAACAACTGTAAGAGACATCTCAGATGAAGAGAAGGTTAGGTTTTTGTGGGAG
TTGAAAGGAGCAAAAGAAAGGCTGAAGATTTTCGAAGCCGATCTAACGGTGGATGGAAGC
TTTGACGAAGCAGTCAAAGGTGTTGATGGAGTCTTCCACATCGCCTCTCGTGTTACTGTT
TCTCTGAACAACAATGATCTGGAAAAGTTGGTGGACCGAGATATAAATGGGACAAGGAAC
TTGATGAACTCTTGCGAAAAATCAAGAAACACGGTGAAAAGGATTGTTCTCACATCTTCT
TCGACAGCTGTCCGGTACCGTTATGATGCCAGAGAAGCCTCTCCACTAAACGAATCGCAT
TTTAGCGATCTTGACTACTGCAGAAGCTTCAAAATATGGTATGGTTATGCAAAGACTATG
GGAGAGAAAGAAGCTTGGAGTATAGCAGCGGAAA*TAATCTAGACCTAGTGGTCGTAATC
CCTTCGTATTGTATCGGTCCTATACTTAGTCCAAA*CCCACAAGCACCCCT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3FN14JQ 640 0 0
A
AACGAATCGCATTTTAGCGATCTTGACTACTGCAGAAGCTTCAAAATATGGTATGGTTAT
GCAAAGACTATGGGAGAGAAAGAAGCTTGGAGTATAGCAGCGGAAAATAATCTAGACCTA
GTGGTCGTAATCCCTTCGTATTGTATCGGTCCTATACTTAGTCCAAAACCCACAAGCACC
CCTTCAATTTTTCTCTCCATAGTCAAAGGTGTTTGTGGAGATTACCCGAACGTCACAGGA
GGGTTTGTGCACGTAGAGGATGTAGCTGCTGCACAGGTCTTAGCAATGAAAGAGCCTAAA
GCATCAGGACGATTCATTTGTTCGAGTTCAGTGGCTCATTGGTCAGAGATCATTGAGATG
CTTAGACCCAAATACCCACAATATCCATTTGAGACCAAGTGCAGTAGTGAAGAAGGGAAA
GATATGGCTCATAGCTTGGACACAACAAAGATACGTGAACTTGGCTTGCCGCCCTTCAAG
TCATTGTCTGAGATGTTTGATGACTGCATCAAGTGTTTCCAAGACAAGGGTCTACTCTGA
AACTCCCACTGTTATTAGAAAATCAAAGTGATCCAGCTAGCTTTTGTTGAAACTGTTGAA
GTTTATTCAAACACTAATAATCTACCTTCCTATCTTTCC

QA 2 640 2 640
DS 



AS 1 2

CO CL4096Contig1 611 2 2 U
TTTTTTAGAAATAAAACATGCTGTTTCTCGAAAAGTAAATCAAAGTTGCAAGATCAAACA
CAAATAAGGTCTGTGCAAAGATTCATCAAAGGTAAATCGTGGTCAACTAACAAGCCGAGG
GGATATAATAACAGAAGAAGGAGACTACTACTCTGCCTTGCATCTCTTCTCTAGTTCCTC
CAAATGCTCAAGGTCTTTGTTGTACTTGCAGATGCGATGAATACACCAGTAGAGAAGGAT
CCCCGCCGCACACAGAACCACGTTCCTCTGAGCCTTGTAGATGGATTTCTCGTAGCGATC
TCGCTCTGTAGCAGTGCAAACCTCAGATGAGCACTCTAGTCTATGCTCATTCTTCCAATA
AATATCGAGGAGTTGAAACCCGGCGAAGGCGACGATGGAGGCGGCAGGCTGGAGTATGAG
CGAGACGAGTGACACGACGCGTTTCTTCAGAAGCATAGGGTAAGGGAGAGTCAATATGAC
GGCGATCGCGACCTCCGCTGCAACCACGTACGTCAGAATCAGCCATTGCAATGCCATCTT
CTTCTTCTTCTTCTTCTAGATCACTCTTTCGCTCTCTTTCTTTCGGTCCTCTTCGTTTAT
GATCTCCCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FW27TF C 1
AF RR3FW27JQ U 7
BS 1 6 RR3FW27TF
BS 7 611 RR3FW27JQ

RD RR3FW27TF 611 0 0
TTTTTTAGAAATAAAACATGCTGTTTCTCGAAAAGTAAATCAAAGTTGCAAGATCAAACA
CAAATAAGGTCTGTGCAAAGATTCATCAGAGGTAAATCGTGGTCAACTAACAAGCCGAGG
GGATATAATAACAGAAGAAGGAGACTACTACTCTGCCTTGCATCTCTTCTCTAGTTCCTC
CAAATGCTCAAGGTCTTTGTTGTACTTGCAGATGCGATGAATACACCAGTAGAGAAGGAT
CCCCGCCGCACACAGAACCACGTTCCTCTGAGCCTTGTAGATGGATTTCTCGTAGCGATC
TCGCTCTGTAGCAGTGCAAACCTCAGATGAGCACTCTAGTCTATGCTCATTCTTCCAATA
AATATCGAGGAGTTGAAACCCGGCGAAGGCGACGATGGAGGCGGCAGGCTGGAGTATGAG
CGAGACGAGTGACACGACGCGTTTCTTCAGAAGCATAGGGTAAGGGAGAGTCAATATGAC
GGCGATCGCGACCTCCGCTGCAACCACGTACGTCAGAATCAGCCATTGCAATGCCATCTT
CTTCTTCTTCTTCTTCTAGATCACTCTTTCGCTCTCTTTCTTTCGGTCCTCTTCGTTTAT
GATCTCCCCCT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3FW27JQ 605 0 0
AGAAATAAAACATGCTGTTTCTCGAAAAGTAAATCAAAGTTGCAAGATCAAACACAAATA
AGGTCTGTGCAAAGATTCATCAAAGGTAAATCGTGGTCAACTAACAAGCCGAGGGGATAT
AATAACAGAAGAAGGAGACTACTACTCTGCCTTGCATCTCTTCTCTAGTTCCTCCAAATG
CTCAAGGTCTTTGTTGTACTTGCAGATGCGATGAATACACCAGTAGAGAAGGATCCCCGC
CGCACACAGAACCACGTTCCTCTGAGCCTTGTAGATGGATTTCTCGTAGCGATCTCGCTC
TGTAGCAGTGCAAACCTCAGATGAGCACTCTAGTCTATGCTCATTCTTCCAATAAATATC
GAGGAGTTGAAACCCGGCGAAGGCGACGATGGAGGCGGCAGGCTGGAGTATGAGCGAGAC
GAGTGACACGACGCGTTTCTTCAGAAGCATAGGGTAAGGGAGAGTCAATATGACGGCGAT
CGCGACCTCCGCTGCAACCACGTACGTCAGAATCAGCCATTGCAATGCCATCTTCTTCTT
CTTCTTCTTCTAGATCACTCTTTCGCTCTCTTTCTTTCGGTCCTCTTCGTTTATGATCTC
CCCCT

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 3

CO CL4097Contig1 1055 3 14 U
AGAAACCAAGAAAGACTAATATTATTTATAAGACAAGGCCAAGCCACAAGGTCTTACCAA
GAGGAAAAGAAAAAAAGATCAAAAGAAGGTGATACAGAGGCAAAAAAAAAAACAAACAAA
GAGAAAGGTAAAAGCAAATATTTACAAAAAAAGGGTGAAAAGATAAAACAAACCAAACCC
CTTTTTCACCTTGCTGCTTCTGTCATAAAGCCAAACCTTCCCAAACGTAACTATTTTTTT
TCTTCTTACTACTAACATAGAACGAGAACAAGAAGCCTCCTCCAGTTTCATACTGTAAAT
CCTGCCTCTCTTCTTACTAGTATATATAAGCTCCTCTCAAAACTGGCATGAAGTGCCAAG
TCTCTGTCTCTTGCTCATCGTTGCCGTTTTGCGTTTTGCAAAAGCCGGTCCAAGCAACTC
TTGGAACCTCTCCAAAAACACAACCCACTCCTCCTCTTTCATGTCCGCTAACTTCACAAA
GCTTGCACTCGCTTGAAGCTGCTCGTTAGCGCTTTTGTGACCAGACGATGTGTTCTCTGA
TTTGCCTCTTGTCAAAGTCTTTGTGCTGTTTTTCCTTCCCGTGTCGCTGAGATGCGTGTT
CTTCATCGATGTAGAAAGCTTCGAAAGAGATGTAGATTTGTCATGAAAAGCAGCACAACT
AAAAAAGCTGTCTTTCATTGTCATCATCACAGGGACAGCGTTTTCAGTATTGTCCTCGTC
CTCTTCTTCATCATCATAATCTTCATCCTCTTCTTCCTTGATGCTTTCTTCAAGCTTTCC
TAGCGAAGAACGTCCGTTCGAAAAAGGATTCTTCGCGAAGTAGTCATCGGTCACTTGCAT
CTTGGAGCCGTAGACTGATTCCAACTCATCACAGTCAAGATCAAACTGAAACTCTGCTTC
TCCTCCCATCACATCAGACCTAGGAGAGAACACATCTCGTTCAGTAACTAATCTCTTGGC
TTCAATACACACAACCTCCAGCTCACTAGGCTCCTCTTCCCCCACACGAAACTCTCGAGT
CATCATCTCACCGATCTCCGCGAGACACATCCCAC


BQ
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AS 1 3

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BQ
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AF RR3CU36TF U 1
AF RR3DB04TF U 427
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BS 1 489 RR3CU36TF
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BS 662 662 RR3DB04TF
BS 663 718 RR3CU36TF
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RD RR3CU36TF 733 0 0
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CCCGTCGATAGCGATCTTCGCCTTTTTCAGCGACAATTACTGCGAATTTCTCGTGTCTAC
CAAAAGCAGCTATGCCTAAAAGAGCAGCAGAGTCGCCTCCTTCATCAGAAACCCAAGGAG
TCAAACCTGCAGACTCTTTTGGTGATTACAGATCTCAAGTATCTCAACTCCTGTCTCAAG
AAGAGAAGAAGATCTCGCTTCTTCGCGATCAAGAAGCCACTATGAGTCATTCCAACACCG
CGATAGGAGCCGGGATGTCGCATCTAAAGAAAGAGGATTTGAATGTTCTGTTAAGGCAGT
GCGTGAGGGATCTAACTCCAGAAGTTAATGAGATGCATATGCGTGTATGCAGCATGAAAC
TGTTTTCAGACAAGGCTACCAAATGTAATAATGTTCCTGCAGAATCTAAAGAGGCAACTG
TATCTGAAGGTGATGTAGAAACTCTTCTGTGTAACCCTGATATTGTCAAGAAATTAACGT
CCCAGTACTCAAATGTTCTTTATCATGAGCTGGAGGATATGCAGCAGCAACTCGAGAGCC
TCCTTGATGATGTGGTAGCTACTTGCAGACCTATGAGTCGCGGTGAAAAGCGAGATCTTC
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GACATTGCAGACATC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3DB04TF 646 0 0
G
AGACAAGGCTACCAAATGTAATAATGTTCCTGCAGAATCTAAAGAGGCAACTGTATCTGA
AGATGATGTAGAAACTCTTCTGTGTAACCCTGATATTGTCAAGAAATTAACGTCCCAGTA
CTCAAATGTTCTTTATCATGAGCTGGAGGATATGCAGCAGCAACTCGAGAGCCTCCTTGA
TGATGTGGTAGCTACTTGCAGACCTATGAGTCGCGGTGAAAAGCGAGATCTTCA*AAAGC
AATCGTGGAGTTACCTGGCGGAAACCGTGACCGTATCGCTGGGATAGTGGAAGAACATTG
CAGAACATCTGGGAAGGATTTCTCTGACGAGGTTATAGCCAACCTGGATCAGTCGGAGGA
CAACGTAATGCTATGGAGATTGCATTTCTATGTGGGAGCAGTCAAGAATGCTCAGAAGCT
CGCTAGCTAAGCTTAGACTGTGTATATGGATGATGGTTAGGGGATGTTGGAATGGTGTGA
AGTGATGCTTTCAAACCGGTCTGGAATCCTCTATATACTGTTTTTTTTTCTTCCTCATAA
ACGTGTTTAAACTGGTTTTGATTTTGCAACACGTTGATCAAAGATTGAAATTGGCTGGTC
TAGTACAATTTTTATGGATGGGTATGCATACATACATGTTCTTTC

QA 2 646 2 646
DS 

RD RR3DB04JQ 605 0 0
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AAGAAATTAACGTCCCAGTACTCAAATGTTCTTTATCATGAGCTGGAGGATATGCAGCAG
CAACTCGAGAGCCTCCTTGATGATGTGGTAGCTACTTGCAGACCTATGAGTCGCGGTGAA
AAGCGAGATCTTCA*AAAGCAATCGTGGAGTTACCTGGCGGAAACCGTGACCGTATCGCT
GGGATAGTGGAAGAACATTGCAGAACATCTGGGAAGGATTTTTCTGACGAGGTTATAGCC
AACCTGGATCAGTCGGAGGACAACGTAATGCTATGGAGATTGCATTTCTATGTGGGAGCA
GTCAAGAATGCTCAGAAGCTCGCTAGCTAAGCTTAGACTGTGTATATGGATGATGGTTAG
GGGATGTTGGAATGGTGTGAAGTGATGCTTTCAAACCGGTCTGGAATCCTCTATATACTG
TTTTTTTTTCTTCCTCATAAACGTGTTTAAACTGGTTTTGATTTTGCAACACGTTGATCA
AAGATTGAAATTGGCTGGTCTAGTACAATTTTTATGGATGGGTATGCATACATACATGTT
CTTTC

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

CO CL4099Contig1 1153 2 6 U
GGCAGAACCTGATGCCCCAGTAGAACAATCAACTTTTGCAAATAACGTTGCACCCCTTGT
CCCTGAAGTTGTTGTGGAGCCTTCAGCAGTTGTAACAGCTCCTGTTCAATCACATCTTAA
CAATGTTACGGGACGGAGTGCTACTCAAACTGTTCCTCAAATACCTTTCCCTGTGTTCAG
TGACCCATTTCAGCATGAACTGGAGAAGTTGCGGAGAGAACCAGAGAACACAAAGAAGAG
TTATGAAGAAAAGAAATCAGTTTTAAAAGCTGAATTTGACAGGAAAATGACTGAACTACA
AGCAGAGTATCAAAGGAACTTACATGAGGTACAAGCTGAGCATACAGCCAAAGCGACAAA
GTTACAGACGAGCAAGAACTTTATTATAATGAACAAGCTGTTGACGAATGCCTTCTTGTC
TAAATGTACGAGCAGAATGGAATCTCATCCCTCGGCAGCTCCAAGGGATAGAATTCAGCA
GCTAGCACAGAGAGCAGCACAAATGAGCGCACTGAGAAATTATTATACAGCTTCGGCTCC
TGCTCCTATGCAGCCTCCTCGGGCATCTTCTTTTCCATCTTCAGTTTCTCGCTCATCATA
CCTTCCTCCGAGTACCACCCACTGCCCAATGCCTCAGCCAAGACAGCCTCTCATCTCCAA
CCCAGCTCCATCTTTTTCAGCTTCTCCTGCAAGTGCAACTAACGTAGCTGCCAATGGAAG
ACTAGTTTCTCCTGCACCGCAGATAAACCCATATGGATCGTCATCCTCTTCATTTCCCAT
CCCTAGAACTACCCAAACCTCGTCAGCTGCTCCTCAAGCTTTAACATATTCCTCTTCAGT
TCCCATCCCCTCGACAACTACTCCAACCTCATCAGCTGTTCCTCAAGCTTTAACATATTC
CTCTTCAGTTCCCATACCCTTGACCTTGTCAACTACTCCAACCTCGTCCGCTGTTCCTCA
AGCTTTAACATATTCAAGTGCGTTAACTCAGCTGCAAGAGCATCAACAGCAACAGAACTT
GGGAAGTGGATCGCAGAGGAGTGGTGATGTGGTTTGTCTCTCTGATGATGAGTGATGTTT
AGCGTATAATAATGATTGATTTAGAGTTTGTATAACCTAATACTGTAGGATTCAATAATG
AGTTAGTGAGTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GC19TF U 1
AF RR3GC19JQ C 452
BS 1 777 RR3GC19TF
BS 778 778 RR3GC19JQ
BS 779 782 RR3GC19TF
BS 783 783 RR3GC19JQ
BS 784 810 RR3GC19TF
BS 811 1153 RR3GC19JQ

RD RR3GC19TF 810 0 0
GGCAGAACCTGATGCCCCAGTAGAACAATCAACTTTTGCAAATAACGTTGCACCCCTTGT
CCCTGAAGTTGTTGTGGAGCCTTCAGCAGTTGTAACAGCTCCTGTTCAATCACATCTTAA
CAATGTTACGGGACGGAGTGCTACTCAAACTGTTCCTCAAATACCTTTCCCTGTGTTCAG
TGACCCATTTCAGCATGAACTGGAGAAGTTGCGGAGAGAACCAGAGAACACAAAGAAGAG
TTATGAAGAAAAGAAATCAGTTTTAAAAGCTGAATTTGACAGGAAAATGACTGAACTACA
AGCAGAGTATCAAAGGAACTTACATGAGGTACAAGCTGAGCATACAGCCAAAGCGACAAA
GTTACAGACGAGCAAGAACTTTATTATAATGAACAAGCTGTTGACGAATGCCTTCTTGTC
TAAATGTACGAGCAGAATGGAATCTCATCCCTCGGCAGCTCCAAGGGATAGAATTCAGCA
GCTAGCACAGAGAGCAGCACAAATGAGCGCACTGAGAAATTATTATACAGCTTCGGCTCC
TGCTCCTATGCAGCCTCCTCGGGCATCTTCTTTTCCATCTTCAGTTTCTCGCTCATCATA
CCTTCCTCCGAGTACCACCCACTGCCCAATGCCTCAGCCAAGACAGCCTCTCATCTCCAA
CCCAGCTCCATCTTTTTCAGCTTCTCCTGCAAGTGCAACTAACGTAGCTGCCAATGGAAG
ACTAGTTTCTCCTGCACCGCAGATAAACCCATATGGATCGTCATCCTCTTCATTTCC*AT
CC*TAGAACTACCCAAACCTCGTCAGCTGC

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3GC19JQ 702 0 0
TCGGCAGCTCCAAGGGATAGAATTCAGCAGCTAGCACAGAGAGCAGCACAAATGAGCGCA
CTGAGAAATTATTATACAGCTTCGGCTCCTGCTCCTATGCAGCCTCCTCGGGCATCTTCT
TTTCCATCTTCAGTTTCTCGCTCATCATACCTTCCTCCGAGTACCACCCACTGCCCAATG
CCTCAGCCAAGACAGCCTCTCATCTCCAACCCAGCTCCATCTTTTTCAGCTTCTCCTGCA
AGTGCAACTAACGTAGCTGCCAATGGAAGACTAGTTTCTCCTGCACCGCAGATAAACCCA
TATGGATCGTCATCCTCTTCATTTCCCATCCCTAGAACTACCCAAACCTCGTCAGCTGCT
CCTCAAGCTTTAACATATTCCTCTTCAGTTCCCATCCCCTCGACAACTACTCCAACCTCA
TCAGCTGTTCCTCAAGCTTTAACATATTCCTCTTCAGTTCCCATACCCTTGACCTTGTCA
ACTACTCCAACCTCGTCCGCTGTTCCTCAAGCTTTAACATATTCAAGTGCGTTAACTCAG
CTGCAAGAGCATCAACAGCAACAGAACTTGGGAAGTGGATCGCAGAGGAGTGGTGATGTG
GTTTGTCTCTCTGATGATGAGTGATGTTTAGCGTATAATAATGATTGATTTAGAGTTTGT
ATAACCTAATACTGTAGGATTCAATAATGAGTTAGTGAGTTT

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL4100Contig1 714 2 2 U
GGTAGGAAGCAGCGTGATTGAAAAGGGTGGTAGAAGAATCGGGTTTGATCTTGACTACGA
CGAGAAAGACAGCAGCTACAACAGGATCAAGAGCTTGGTGACTGAGGAACTGAAACAGTA
TTTCAGACCTGAGTTCTTGAACAGGTTAGATGAGATGATTGTTTTCAGACAGTTGACGAA
GCTTGAAGTGAAGGAGATTGCTGATATAATGCTTAAAGAAGTGGTGGTGAGGCTTAAGGA
CAAGGAGATTGAGCTTCAAGTGACAGAGAGGTTCAAAGAGAGAGTGGTGGATGAAGGGTT
TGACCCGAGTTACGGTGGAGGCCGCTGAGAAGAGCGATTATGAGGCTTTTGGAAGATAGC
ATGGCGGAGAAGATGCTTTCGAGGGAGATTAAAGATGGAGATTCCGTGATTGTTGATGTT
GATGCTGAAGGAAGTGTGGTTGTGTTGAATGGTAAGAATGGAAGTGGTGACGGTTTTGTT
GCTGAAGAAGCCATGGAGGATCCAATTCCTGTCTTGTAGAAGGGAAGTGGAGAGAATTCT
AGAGAGATTTGATTTTTCTTCTATGTTGTCTTTGAAGTGTTGTTGAACTGTCTCATTTGA
TTAGTTTTTGTACTTTTAAATCGTTTCTGGATATTGATTGCTCGTGAACCATGGTGAGCT
TCCCATCAACACAAAAAAAATAAAAGAATAACATGGTTAGAGCTGAATCTGAGC


BQ
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AF RR3GL77JQ C 1
AF RR3GL77TF U 1
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BS 664 714 RR3GL77JQ

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AGAGAGATTTGATTTTTCTTCTATGTTGTCTTTGAAGTGTTGTTGAACTGTCTCATTTGA
TTAGTTTTTGTACTTTTAAATCGTTTCTGGATATTGATTGCTCGTGAACCATGGTGAGCT
TCCCATCAACACAAAAAAAATAAAAGAATAACATGGTTAGAGCTGAATCTGAGC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3GL77TF 672 0 0
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CGAGAAAGACAGCAGCTACAACAGGATCAAGAGCTTGGTGACTGAGGAACTGAAACAGTA
TTTCAGACCTGAGTTCTTGAACAGGTTAGATGAGATGATTGTTTTCAGACAGTTGACGAA
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CAAGGAGATTGAGCTTCAAGTGACAGAGAGGTTCAAAGAGAGAGTGGTGGATGAAGGGTT
TGACCCGAGTTACGGTGGAGGCCGCTGAGAAGAGCGATTATGAGGCTTTTGGAAGATAGC
ATGGCGGAGAAGATGCTTTCGAGGGAGATTAAAGATGGAGATTCCGTGATTGTTGATGTT
GATGCTGAAGGAAGTGTGGTTGTGTTGAATGGTAAGAATGGAAGTGGTGACGGTTTTGTT
GCTGAAGAAGCCATGGAGGATCCAATTCCTGTCTTGTAGAAGGGAAGTGGAGAGAATTCT
AGAGAGATTTGATTTTTCTTCTATGTTGTCTTTGAAGTGTTGTTGAACTGTCTCATTTGA
TTAGTTTTTGTACTTTTAAATCGTTTCTGGATATTGATTGCTCGTGAACCATGGTGAGCT
TCC
CATCAACAC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

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AGAAAAAAAACTTTCAGGTCTCAACTAGAAATGGAGATGAAGAAGATTGCCTGTGGAGTT
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GGACCCGCCGCAAGTGGAGCCTCCGTAGCCGTACCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGAGCT
TCCCTTGTGTCTCTCTTCACCTACTACTTAAACTAAATAAGCTTATACAAAAAAATTGAT
GTTTCTATCAATTTATACTACGTCACGGTTTTGTACGTGTAGGCAAAGTGAATAAGACGG
AAGAAGAAATAATCTGATTATGATCAGACAATTTTTATGTAATACATGCTGATTATAAAA
ATATACAATGGGTTCTTCTCT


BQ
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AF RR3CA21TF U 1
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ATATACAATGGGTTCTTCTCT

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DS 

RD RR3CA21TF 441 0 0
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TCCCTTGTGTCTCTCTTCACCTACTACTTAAACTAAATAAGCTTATACAAAAAAATTGAT
GTTTCTATCAATTTATACTACGTCACGGTTTTGTACGTGTAGGCAAAGTGAATAAGACGG
AAGAAGAAATAATCTGATTATGATCAGACAATTTTTATGTAATACATGCTGATTATAAAA
ATATACAATGGGTTCTTCTC
T

QA 1 440 1 440
DS 



AS 1 2

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CAATGGAGGAGGAGGGAACTCATCTTTCTTCAGTTCGAACCTCTGGGGAAACAATGGGGG
TCGCAACTATAACAACAACAACAACAACAACATGGGAGGAGGATCAACAAGTGGGAACAA
CACACTTAACGGTCCATTTGGGAGTTCAGGGGATGTTAACTGGGGTGCTCCTGGAGGAAA
CAATGGTGTTAGTAACGAGAATGTGAAGTTTGGTTATGGAGGAAACGGTGAATCTGGTTT
TGGATTGGGAGGAGCAAGAAACATTGGGCCTCCTAGCAAGGCAGCAGCAGCACCATCATC
TTCATTCTCTTCTAACAATGCGGGTTATGAAGCAGGAGGACTTGCAGAGTTTTATGGGAA
TGGTGCAGTCTATAGTGATCCCACATGGAGATCATCATCACCGCCTGAGACAGAAGGTCC
TGCTTCTTTTAGCTATGGGATTGTAGGAGGAGTTGGAGGAGGAGGTCCTTCTTCGGATGT
TTCAGCTAGAAGTTCATCTCCCGGTTACGTTGGTAGTTACAGTGTGAACAAGAGACAACC
AAACAGAGGCGAGCCATCAGAGTGAACGATCTGTGTATCTTTTGGGGAATCGTTTAGATA
ATTTTTTCTCCTTTCATACAAAGCCTATGAGGACAAAACTTGGATCACAATTTTCAGCTA
GAGCTAACCAGAAAAATCCCTCATGGTTTGGTTTTCTAAATTCATTGGTCCTCCTCCTAA
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CCTGGCGGTATTTACATAAGAAGAGTTCAAAACAAACTCTTTCCTTAGTTTCTTTGTTGT
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AAAGAGGATTTAGCCATGTAGGGCTTTTGAGAAT


BQ
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BS 683 1234 RR3BA19JQ

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CTTTGAGCAGGGGCTACCCACAGGGTTCACTGGAGGGAACGTAGACTATGGTAGAGGGAT
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TCGCAACTATAACAACAACAACAACAACAACATGGGAGGAGGATCAACAAGTGGGAACAA
CACACTTAACGGTCCATTTGGGAGTTCAGGGGATGTTAACTGGGGTGCTCCTGGAGGAAA
CAATGGTGTTAGTAACGAGAATGTGAAGTTTGGTTATGGAGGAAACGGTGAATCTGGTTT
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TTCATTCTCTTCTAACAATGCGGGTTATGAAGCAGGAGGACTTGCAGAGTTTTATGGGAA
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TGCTTCTTTTAGCTATGGGATT

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DS 

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CCATCAGAGTGAACGATCTGTGTATCTTTTGGGGAATCGTTTAGATAATTTTTTCTCCTT
TCATACAAAGCCTATGAGGACAAAACTTGGATCACAATTTTCAGCTAGAGCTAACCAGAA
AAATCCCTCATGGTTTGGTTTTCTAAATTCATTGGTCCTCCTCCTAAGGCTTTTTTTTTT
TTTTTTTTTTTTCAATGAGGGACAGAAGAAACTGTATCAGTTTCCGGCCTGGCGGTATTT
ACATAAGAAGAGTTCAAAACAAACTCTTTCCTTAGTTTCTTTGTTGTCATGTAATGGTTC
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TAAGTATCTTTAAGGTTTTATGTTTTTGATAGTGTGAGAGATATTGGAAAGAGGATTTAG
CCATGTAGGGCTTTTGAGAAT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 3

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GGCACATGAGCATAATCACCACTCCCATACGAGGAAACCACAGGCTTTGAATATGTTCAC
TACTAAAAAACGCACATTTCTCTCTATCATCCCAAAGAAATGAAGAGAGTGGCCTTTTTC
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AAACTCATTAACCATAACGTTTTTGTTCTTGTTTCTCCCCACTTAAACGAGTATAATTAG
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GGCTCGTGAACCACTGAGTTAGAGGAGACAGATATCGGATTACCCTCAAGCTGCAACATT
ATACTTCCCAATATCTCTGCCATTGTTTTCTTAAACTCCTCTTCCTTCACCACCTTTCCA
TCATCTCCCTT*CACCATCTTCAGTGCTTCCGTTATCATATCATCCATCTGGGACACTGC
ACCTATTGGTGGTAAAGTCGGAGATGGTGCAACAGTATCTAGCACAGCTCGTAGATACTC
TTTAGACACCTTACCATGACGGTCTTTTGGAATGATCTCCAACCCAACGTTTAATGCCTT
GTCGAACTCGAACTTATTGGACAGGAGCCTTCTGATGCCGCTCCCATCGAATGTGTTTTC
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CTTGAATGCTTCCAAGAATCTCTCCTGTGACACACTCTTCTCTATCTTATCTTCTTCATC
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AGGGCTGTGGATGAACTACGACAGATCCTCACCGTCCATCCTGAGGATGACGATGGGGTC
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CTTGCTCACTTTCTCTTGACTTCCATGAGTGAATTCGTTTAGGACCTCTGAGTAGATGTG
ATCGGAATCAGGAGAAGTGCCCTGAGCAGGCAAACCAAGGGCAGCGCCGATATCAGCAGC
GGCAGGCTGTAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C505JQ U 1
AF RR3AF22JQ U 82
AF RR3AF22TF C 476
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GGCACATGAGCATAATCACCACTCCCATACGAGGAAACCACAGGCTTTGAATATGTTCAC
TACTAAAAAACGCACATTTCTCTCTATCATCCCAAAGAAATGAAGAGAGTGGCCTTTT*C
TTACACATCCCAAAGTAAAGCTGGTCTTCCTCGAATATTTAAAAACTTAAAGGGGGGTAA
AAACTCATTAACCATAACGTTTTTGTTCTTGTTTCTCCCCACTTAAACGAGTATAATTAG
TTAGAAGGCTCCTCTGGCGACTCAGCCGGAGGCGGAGGTAGAAAGGTGGCGGAGGTGAGC
GGCTCGTGAACCACTGAGTTAGAGGAGACAGATATCGGATTACCCTCAAGCTGCAACATT
ATACTTCCCAATATCTCTGCCATTGTTTTCTTAAACTCCTCTTCCTTCACCACCTTTCCA
TCATCTCCCTT*CACCATCTTCAGTGCTTCCGTTATCATATCATCCATCTGGGACACTGC
ACCTATTGGTGGTAAAGTCGCAGATGGTGCAACAGTATCTAGCACAGCTCGTAGATACTC
TTTAGACACCTTACCATGACGGTCTTTTGGAATGATCTCCAACCCAACGTTTAATGCCTT
GTCGAACTCGAACTTATTGGACAGGAGCCTTCTGATGCCGCTCCCATCGAATGTGTTTTC
GCTGTGGGCGACGATCA

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3AF22JQ 816 0 0
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CTCCCATACGAGGAAACCACAGGCTTTGAATATGTTCACTACTAAAAAACGCCCATTTCT
CTCTATCATCCCAAAGAAATGAAGAGAGTGGCCTTTTTCTTACACATCCCAAAGTAAAGC
TGGTCTTCCTCGAATATTTAAAAACTTAAAGGGGGGTAAAAACTCATTAACCATAACGTT
TTTGTTCTTGTTTCTCCCCACTTAAACGAGTATAATTAGTTAGAAGGCTCCTCTGGCGAC
TCAGCCGGAGGCGGAGGTAGAAAGGTGGCGGAGGTGAGCGGCTCGTGAACCACTGAGTTA
GAGGAGACAGATATCGGATTACCCTCAAGCTGCAACATTATACTTCCCAATATCTCTGCC
ATTGTTTTCTTAAACTCCTCTTCCTTCACCACCTTTCCATCATCTCCCTT*CACCATCTT
CAGTGCTTCCGTTATCATATCATCCATCTGGGACACTGCACCTATTGGTGGTAAAGTCGG
AGATGGTGCAACAGTATCTAGCACAGCTCGTAGATACTCTTTAGACACCTTACCATGACG
GTCTTTTGGAATGATCTCCAACCCAACGTTTAATGCCTTGTCGAACTCGAACTTATTGGA
CAGGAGCCTTCTGATGCCGCTCCCATCGAATGTGTTTTCGCTGTGGGCGACGATCACGGG
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CTCCTGTGACACACTCTTCTCTATCTTATCTTCTTC

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3AF22TF 859 0 0
ACATTATACTTCCCAATATCTCTGCCATTGTTT*CTTAAACTCCTCTTCCTTCACCACCT
TTCCATCATCTCCCTTTCACCATCTTCAGTGCTTCCGTTATCATATCATCCATCTGGGAC
ACTGCACCTATTGGTGGTAAAGTCGGAGATGGTGCAACAGTATCTAGCACAGCTCGTAGA
TACTCTTTAGACACCTTACCATGACGGTCTTTTGGAATGATCTCCAACCCAACGTTTAAT
GCCTTGTCGAACTCGAACTTATTGGACAGGAGCCTTCTGATGCCGCTCCCATCGAATGTG
TTTTCGCTGTGGGCGACGATCACGGGCTGTTCATTGAGACGTTGAGCTACTCTCTCCACG
ACTCTCTTGAATGCTTCCAAGAATCTCTCCTGTGACACACTCTTCTCTATCTTATCTTCT
TCATCAAGACAAGAGTCAACGATCGGTTCTACAATGTTGCTCATTACCCATGGATCGTTA
GAAGGAGGCATTCCACGATCAACAGAAAGCGACTGGAGAGCTTTCACGATGCAATCACTG
AGTGATGCTTCCTCGCAGCCGGAGACCGCTGAGAAGTAGACGGAGACGATCTCGGCTTCG
TATCCAGGGCTGTGGATGAACTACGACAGATCCTCACCGTCCATCCTGAGGATGACGATG
GGGTCGCGTTTTAGACCAGCAGCCATGCCCAACAAAATATCTGACAACACTTCTTTGAAC
TCTGTCTTGCTCACTTTCTCTTGACTTCCATGAGTGAATTCGTTTAGGACCTCTGAGTAG
ATGTGATCGGAATCAGGAGAAGTGCCCTGAGCAGGCAAACCAAGGGCAGCGCCGATATCA
GCAGCGGCAGGCTGTAGCC

QA 1 859 1 859
DS 



AS 1 3

CO CL4104Contig1 783 3 15 U
ATGATTACAAAGACAGAGTTGACAAGTAAAAAAATACCAAGGAAACATTGGTTTAAAAGG
ATTACAAAGCATATCATCATTATTATTATACAGACACAGAAACAACAACACATGGGATAA
AATATCTTTTGAGGGACTTTTTTAAAAAGTGATGAAGGATCGATCATGATTTGTACCTTT
CCCAGGACATACAAACTCTAAATGCTTGGCCTCACGTTCAGACGGCTTGCAAGTTTCTGT
CCCAGTGATCGATCAGCCTGAGACCAGTAAGAGATCCAGATGCTGCGAATCTCATGAGTC
AGCCGTGGCTCTGACAGTATCTCAACCCATCTCTTCACAAACCTGTCTTGCCTGTCTGG*
GCCCAGGATCTGTATCTGTCTCCAGCCTGTTTGAAGTTGTTCTCCTTCTTGATGATACAC
TTTGTTCTGATTCCAGTGTATGATTTGTTAGGGATAGGAACCTTCTCTGCGCAGCGGACG
GGGTCAAACTTTGATGGGTAGTAATTGATCTCCTCGTCTCTGTGCATGAAGTTCATGAAA
CCTTCATGGTGATTGTTGTGGTGAGCACATTTTGGAGCATTAACCGGCAGCTGCAAGTAG
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GTCTCATTAAAGAAGTTGTCAATGGTCCTGTTGAGAACCAAGCGACCAACAGGCTGCAAA
GGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 

AF RR3EE06JQ U 1
AF RR3F339JQ U 1
AF RR3F339TF C 210
BS 1 190 RR3EE06JQ
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BS 704 727 RR3F339JQ
BS 728 783 RR3F339TF

RD RR3EE06JQ 703 0 0
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TTATCATCTGAGTAGTAGATCCCAGGAACCACAAGACCAGGGT

QA 1 703 1 703
DS 

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ATGATTACAAAGACAGAGTTGACAAGTAAAAAAATACCAAGGAAACATTGGTTTAAAAGG
ATTACAAAGCATATCATCATTATTATTATACAGACACAGAAACAACAACACGTGGGATAA
AATATCTTTTGAGGGACTTTTTTAAAAAGTGATGAAGGATCGATCATGATTTGTACCTTT
CCCAGGACATACAAACTCTAGATGCTTGGCCTCACGTTCAGACGGCTTGCAAGTTTCTGT
CCCAGTGATCGATCAGCCTGAGACCAGTAAGAGATCCAGATGCTGCGAATCTCATGAGTC
AGCCGTGGCTCTGACAGTATCTCAACCCATCTCTTCACAAACCTGTCTTGCCTGTCTGG*
GCCCAGGATCTGTATCTGTCTCCAGCCTGTTTGAAGTTGTTCTCCTTCTTGATGATACAC
TTTGTTCTGATTCCAGTGTATGATTTGTTAGGGATAGGAACCTTCTCTGCGCAGCGGACG
GGGTCAAACTTTGATGGGTAGTAATTGATCTCCTCGTCTCTGTGCATGAAGTTCATGAAA
CCTTCATGGTGATTGTTGTGGTGAGCACATTTTGGAGCATTAACCGGCAGCTGCAAGTAG
TTAGGTCCAAGACGATGTCTCTGAGTGTCACCATACGCAAAGATCCTACACTGGAGCAGC
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GTCTCAT

QA 1 727 1 727
DS 

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AGGGATAGGAACCTTCTCTGCGCAGCGGACGGGGTCAAACTTTGATGGGTAGTAATTGAT
CTCCTCGTCTCTGTGCATGAAGTTCATGAAACCTTCATGGTGATTGTTGTGGTGAGCACA
TTTTGGAGCATTAACCGGCAGCTGCAAGTAGTTAGGTCCAAGACGATGTCTCTGAGTGTC
ACCATACGCAAAGATCCTACACTGGAGCAGCTTATCATCTGAGTAGTAGATCCCAGGAAC
CACAAGACCAGGGTTAAAAGCGAGCTGCTCAGTCTCATTAAAGAAGTTGTCAATGGTCCT
GTTGAGAACCAAGCGACCAACAGGCTGCAAAGGC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 3

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CAGGTTGATCCTATTGGATTATGATGGAACAATGATGGATCAGGACACTTTGGATAAGAA
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CTTTATTGTCAGTGGTCGAGGTAAGGACCCTCTTAGCAAATGGTTTGGTTCTTGCGCAAA
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GGTGATCAATATGCTGGAATGGTTGGCCTCATCCTCAGATAAGTCAAAGGATGGTGAACA
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TTGAAACTGGTCCAATTTGGGAGGCTTTGTCCCCTATGTGAGATGCTTATACATAGAAAA
GGAAATAGATATGCTATGAAATTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH83TF U 1
AF RR3GX79TF U 738
AF RR3BH83JQ C 416
BS 1 715 RR3BH83TF
BS 716 738 RR3BH83JQ
BS 739 777 RR3GX79TF
BS 778 778 RR3BH83JQ
BS 779 1085 RR3GX79TF
BS 1086 1086 RR3BH83JQ
BS 1087 1154 RR3GX79TF
BS 1155 1155 RR3BH83JQ
BS 1156 1192 RR3GX79TF
BS 1193 1225 RR3BH83JQ

RD RR3BH83TF 715 0 0
GGACGTGGCCTACTGGTCGCGTAGCTACGACCAAGACCTTCAGAGGGCGTGCAAGGATCA
TTACAACAAGAGGTTCTGGGGAGTTGGACTCGGTCTTGGGTTCAGGGTTGTTGCGTTAGA
CCCGAACTTCAGGAAACTCGGTGTTAAAACCATAGTCCCTGCGTATAAGAAAACAAGCAG
CAGGTTGATCCTATTGGATTATGATGGAACAATGATGGATCAGGACACTTTGGATAAGAA
GCCAAGTGATGATCTCATCTCGCTTCTAAACCGTTTGTGTGGCGACACCAACAATCTAGT
CTTTATTGTCAGTGGTCGAGGTAAGGACCCTCTTAGCAAATGGTTTGGTTCTTGCGCAAA
TCTCGGTATCTCAGCTGAGCATGGTTATTTCACTAGATGGAACAGTGATTCCCCATGGGA
GACGAGTGTTTTGCCCACGGACTTAGGGTGGAAGAAGATAGCTGAACCAGTGATGAAACA
CTACACAGAAGCAACTGATGGATCTTTCATAGAGGAGAAAGAGAGTGCAATGGTGTGGCA
CCACCAAGAGGCTGACCCTTCATTCGGTTCTTGGCAAGCTAAGGAGCTTCTTGATCATCT
AGAGAGCGTGCTCGCCAACGAGCCTGTTGTTGTCAAGAGAGGCCAGCACATCGTAGAAGT
TAAACCTCAGGGAGTAAGCAAAGGAAAGGTGGTGGAGCATTTGATAGCAACAATG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3GX79TF 455 0 0
G
GGACTTTCTGTTGTGCATTGGTGATGACAGGTCAGATGA*GACATGTTTGATAGCATAGT
GAAGCACCAAGATGTTTCCCCAATCGCTTTTGCAGAGGTGTTTGCGTGCACGGTGGGTCA
GAAACCGAGCAAGGCCAAGTACTATCTCGATGATACGCCAATGGTGATCAATATGCTGGA
ATGGTTGGCCTCATCCTCAGATAAGTCAAAGGATGGTGAACAACAGAGCAAGTTCACTTT
TCAACAGGGGCATTGTCGAAACGAAATCATAGATCTTTGAAAAAGGGGTTTGTTTTTAGA
GATTTCATGTTGTGATATTAAAAAAAAAAGAAGGATGGTAGGATTTGGTATCATGAAAGG
GTTCTTTTAGGGTTTGGTTATTATGCCTTTGTACAGAGTATCTTGAAACTGGTCCAGTTT
GGGAGGCTTTGTCCCCTATGTGAGATGCTTATAC

QA 2 455 2 455
DS 

RD RR3BH83JQ 810 0 0
TGGGAGACGAGTGTTTTGCCCACGGACTTAGGGTGGAAGAAGATAGCTGAACCAGTGATG
AAACACTACACAGAAGCAACTGATGGATCTTTCATAGAGGAGAAAGAGAGTGCAATGGTG
TGGCACCACCAAGAGGCTGACCCTTCATTCGGTTCTTGGCAAGCTAAGGAGCTTCTTGAT
CATCTAGAGAGCGTGCTCGCCAACGAGCCTGTTGTTGTCAAGAGAGGCCAGCACATCGTA
GAAGTTAAACCTCAGGGAGTAAGCAAAGGAAAGGTGGTGGAGCATTTGATAGCAACAATG
AGGAACAGCAAAGGGAAGAGACCGGACTTTCTGTTGTGCATTGGTGATGACAGGTCGGAT
GAAGACATGTTTGATAGCATAGTGAAGCACCAAGATGTTTCCCCAATCGCTTTTGCAGAG
GTGTTTGCGTGCACGGTGGGTCAGAAACCGAGCAAGGCCAAGTACTATCTCGATGATACG
CCAATGGTGATCAATATGCTGGAATGGTTGGCCTCATCCTCAGATAAGTCAAAGGATGGT
GAACAACAGAGCAAGTTCACTTTTCAGCAGGGGCATTGTCGAAACGAAATCATAGATCTT
TGAAAAGGGGGTTTGTTTTTAGAGATTTCATGTTGTGATATTAAAAAAAAA*GAAGGATG
GTAGGATTTGATATCATGAAAGGGTTCTTTTAGGGTTTG*TTATTATGCCTTTGTACAGA
GTATCTTGAAACTGGTCCAATTTGGGAGGCTTTGTCCCCTATGTGAGATGCTTATACATA
GAAAAGGAAATAGATATGCTATGAAATTCC

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 3

CO CL4106Contig1 1316 3 6 U
CTACTTTGTTGTCGCTCCGTTAATGGCGACGGGTACGCAAGGGCAGCAGCAGCAGCAGCA
GCAGACGGCGATTGACTCGTCGGTTCTGGATGATATAATCAGACGCCTCACGGAGGTTCG
GTTAGCTAGACCAGAGAAGCAAGTCCAGCTCTCCGAAGCCGAGATCAAACAGCTCTGCAC
TACCGCTAGAGACATCTTCCTTCACCAACCCAATTTGCTTGAGCTCGAGGCGCCCATCAA
AATCTGCGGGGACATACATGGGCAATACAGTGATTTGCTGAGGCTGTTTGAGTACGGTGG
CTTCCCTCCTAGTTCCAACTATCTCTTCCTAGGAGACTACGTGGACCGTGGCAAACAGAG
TCTTGAAACCATTTGTCTCTTGCTAGCTTACAAGATCAAATACCCAGGCAACTTTTTCTT
GCTCAGAGGAAACCACGAGTGTGCTTCTATCAACCGGATATACGGGTTTTACGATGAGTG
CAAAAGGAGGTTTAACGTGAGGGTGTGGAAGGTTTTCACAGACTGTTTCAATTGCCCTCC
CGTTGCGGCGCTTATAGATGACAAGATACTGTGTATGCACGGTGGACTCTCTCCTGAGCT
CGACCATTTGGATGAGATTAGAAGCTTGCCTCGTCCGACTATGATTCCCGACACTGGTCT
GCTCTGTGATTTGCTCTGGTCTGATCCTGGGAAAGATGTTAAAGGATGGGGGATGAATGA
TAGAGGCGTTTCGTACACGTTTGGTCCGGATAAAGTCTCTGAGTTTCTAGAGAAACATGA
TTTGGATCTTGTGTGCCGTGCGCATCAGGTTGTGGAAGATGGTTATGAGTTCTTTGCGGA
TAGACAGCTGGTGACGGTGTTCTCAGCTCCTAACTACTGTGGGGAGTTTGATAATGCTGG
TGCGATGATGAGTGTGGATGAGAACCTTATGTGCTCGTTTCAGGTTTTGAAGCCTGCGGA
GAAGAAGTCTAAATTCATGATGTCTACAAAGATTTGATCCCTTTGATTTGAGATAGGTGT
GGTCTTTGATCAGAGAAATTGATTTAAAACGTTGGAAGATTTGGCTTTGAAGTGTGTGCT
TATGGTAGTGAGTGACTAGTGATAACTCTTGGAAAGAGGGGGGGGCAGAACCATAGTCTT
CTCTACTTCCCAACTTCACTTTCTGCATTTTTTTTGTTCCCATCTTTTCTTGTAAGGGGT
TTACATGATTTACATTTGCCTGTTGGAAAGCACATAATTGGTGTGTACATGCATATGATT
CTCTCTTGGATCCTAAAACACCAATGAAATGATGATTATAAAAGAAGAGTTTGGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BL26TF U 536
AF RR3FI63TF U 1
AF RR3BL26JQ C 532
BS 1 547 RR3FI63TF
BS 548 548 RR3BL26TF
BS 549 725 RR3FI63TF
BS 726 726 RR3BL26JQ
BS 727 741 RR3FI63TF
BS 742 1316 RR3BL26JQ

RD RR3BL26TF 188 0 0
CTTT
CCGTTGCGGCGCTTATAGATGACAAGATACTGTGTATGCACGGTGGACTCTCTCCTGAGC
TCGACCATTTGGATGAGATTAGAAGCTTGCCTCGTCCGACTATGATTCCCGACACTGGTC
TGCTCTGTGATTTGCTCTGGTCTGATCCTGGGAAAGATGTTAAAGGATGGGGGATGA
TGATAGA

QA 5 181 5 181
DS 

RD RR3FI63TF 741 0 0
CTACTTTGTTGTCGCTCCGTTAATGGCGACGGGTACGCAAGGGCAGCAGCAGCAGCAGCA
GCAGACGGCGATTGACTCGTCGGTTCTGGATGATATAATCAGACGCCTCACGGAGGTTCG
GTTAGCTAGACCAGAGAAGCAAGTCCAGCTCTCCGAAGCCGAGATCAAACAGCTCTGCAC
TACCGCTAGAGACATCTTCCTTCACCAACCCAATTTGCTTGAGCTCGAGGCGCCCATCAA
AATCTGCGGGGACATACATGGGCAATACAGTGATTTGCTGAGGCTGTTTGAGTACGGTGG
CTTCCCTCCTAGTTCCAACTATCTCTTCCTAGGAGACTACGTGGACCGTGGCAAACAGAG
TCTTGAAACCATTTGTCTCTTGCTAGCTTACAAGATCAAATACCCAGGCAACTTTTTCTT
GCTCAGAGGAAACCACGAGTGTGCTTCTATCAACCGGATATACGGGTTTTACGATGAGTG
CAAAAGGAGGTTTAACGTGAGGGTGTGGAAGGTTTTCACAGACTGTTTCAATTGCCCTCC
CGTTGCGACGCTTATAGATGACAAGATACTGTGTATGCACGGTGGACTCTCTCCTGAGCT
CGACCATTTGGATGAGATTAGAAGCTTGCCTCGTCCGACTATGATTCCCGACACTGGTCT
GCTCTGTGATTTGCTCTGGTCTGATCCTGGGAAAGATGTTAAAGGATGGGGGATGAATGA
TAGAG*CGTTTCGTACACGTT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3BL26JQ 785 0 0
ATTGCTTC
CCGTTGCGGCGCTTATAGATGACAAGATACTGTGTATGCACGGTGGACTCTCTCCTGAGC
TCGACCATTTGGATGAGATTAGAAGCTTGCCTCGTCCGACTATGATTCCCGACACTGGTC
TGCTCTGTGATTTGCTCTGGTCTGATCCTGGGAAAGATGTTAAAGGATGGGGGATGAATG
ATAGAGGCGTTTCGTACACGTTTGGTCCGGATAAAGTCTCTGAGTTTCTAGAGAAACATG
ATTTGGATCTTGTGTGCCGTGCGCATCAGGTTGTGGAAGATGGTTATGAGTTCTTTGCGG
ATAGACAGCTGGTGACGGTGTTCTCAGCTCCTAACTACTGTGGGGAGTTTGATAATGCTG
GTGCGATGATGAGTGTGGATGAGAACCTTATGTGCTCGTTTCAGGTTTTGAAGCCTGCGG
AGAAGAAGTCTAAATTCATGATGTCTACAAAGATTTGATCCCTTTGATTTGAGATAGGTG
TGGTCTTTGATCAGAGAAATTGATTTAAAACGTTGGAAGATTTGGCTTTGAAGTGTGTGC
TTATGGTAGTGAGTGACTAGTGATAACTCTTGGAAAGAGGGGGGGGCAGAACCATAGTCT
TCTCTACTTCCCAACTTCACTTTCTGCATTTTTTTTGTTCCCATCTTTTCTTGTAAGGGG
TTTACATGATTTACATTTGCCTGTTGGAAAGCACATAATTGGTGTGTACATGCATATGAT
TCTCTCTTGGATCCTAAAACACCAATGAAATGATGATTATAAAAGAAGAGTTTGGGT

QA 9 785 9 785
DS 



AS 1 3

CO CL4107Contig1 740 3 21 U
GGATCTCAGACCAGACAGAAGCTGCTTTTATCCGAAGAATATAGGGTTTTCATTCTCTCA
TATAATCCAAATCGTCGAAACCCTAATACATCTACATCAGGCTTTAGCATCCTTGTCGAG
TTTGCTCCCTTGTTTCAACAAAGGTTCATGTCAGATTTTGAAGTTCAAGTCCCCACTGCC
TTTGATCCGTTTGCTGATGCAAATGCTGAGGACGCTGGAGCAGGAGCTGGAACAAAGGAA
TACGTGCACATACGTGTTCAGCAGCGTAATGGTAGAAAAAGCCTGACCACTGTCCAGGGC
CTTAAGAAAGAGTATAGCTATACCAAGATCCTTAAAGACCTTAAGAAAGAGTTCTGCTGC
AATGGCACTGTCGTCCAGGACTCTGAACTAGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGTGATCAG
AGGAAAAACGTCTCTACTTTCCTTGTTCAGGCTGGTCTTGTGAAGAAGGATAACATCAAG
ATCCATGGTTTTTGAGCAAACTCTATATACTTGTTGTTGTTGTTCATCTTTGCACAACGA
GTTGAATTTGCAGAATCAATCATCCCTTCTCAAAGGCAGCACTATAAACAATCACTTATG
TATTATTAATGCTTTTCTTCCATATATATTGTGTCAGAAAAAATTAAATGGTTTGCTTAT
GAGCGGATATAACAAATATATGAACTTTTCATTTGCGTTTGTAGTGTGAGATCATCAATA
AAACTGTGCATTGAGTGCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3AP73JQ C 112
AF RR3AP73TF U 1
AF RR3AE10TF U 11
BS 1 54 RR3AP73TF
BS 55 55 RR3AE10TF
BS 56 107 RR3AP73TF
BS 108 108 RR3AE10TF
BS 109 425 RR3AP73TF
BS 426 426 RR3AE10TF
BS 427 444 RR3AP73TF
BS 445 445 RR3AE10TF
BS 446 472 RR3AP73TF
BS 473 473 RR3AE10TF
BS 474 620 RR3AP73TF
BS 621 621 RR3AE10TF
BS 622 635 RR3AP73TF
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BS 637 642 RR3AP73TF
BS 643 643 RR3AE10TF
BS 644 677 RR3AP73TF
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BS 679 690 RR3AP73TF
BS 691 691 RR3AE10TF
BS 692 740 RR3AP73TF

RD RR3AP73JQ 317 0 0
CTTGTCGAGTTTGCTCCCTTGTTTCAACAAAGGTTCATGTCAGATTTTGAAGTTCAAGTC
CCCACTGCCTTTGATCCGTTTGCTGATGCAAATGCTGAGGACGCTGGAGCAGGAGCTGGA
ACAAAGGAATACGTGCACATACGTGTTCAGCAGCGTAATGGTAGAAAAAGCCTGACCACT
GTCCAGGGCCTTAAGAAAGAGTATAGCTATACCAAGATCCTTAAAGACCTTAAGAAAGAG
TTTTGCTGCAATGGCACTGTCGTCCAGGACTTTGAACTAGGACAGGTTATTCAGCTTCAA
GGTGATCAGAGGAA
GAA

QA 1 314 1 314
DS 

RD RR3AP73TF 740 0 0
GGATCTCAGACCAGACAGAAGCTGCTTTTATCCGAAGAATATAGGGTTTTCATT*TCTCA
TATAATCCAAATCGTCGAAACCCTAATACATCTACATCAGGCTTTAGTATCCTTGTCGAG
TTTGCTCCCTTGTTTCAACAAAGGTTCATGTCAGATTTTGAAGTTCAAGTCCCCACTGCC
TTTGATCCGTTTGCTGATGCAAATGCTGAGGACGCTGGAGCAGGAGCTGGAACAAAGGAA
TACGTGCACATACGTGTTCAGCAGCGTAATGGTAGAAAAAGCCTGACCACTGTCCAGGGC
CTTAAGAAAGAGTATAGCTATACCAAGATCCTTAAAGACCTTAAGAAAGAGTTCTGCTGC
AATGGCACTGTCGTCCAGGACTCTGAACTAGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGTGATCAG
AGGAAGAACGTCTCTACTTTCCTTTTTCAGGCTGGTCTTGTGAAGAAGGATAGCATCAAG
ATCCATGGTTTTTGAGCAAACTCTATATACTTGTTGTTGTTGTTCATCTTTGCACAACGA
GTTGAATTTGCAGAATCAATCATCCCTTCTCAAAGGCAGCACTATAAACAATCACTTATG
TATTATTAATGCTTTTCTTCTATATATATTGTGTCCGAAAAA*TTAAATGGTTTGCTTAT
GAGCGGATATAACAAATGTATGAACTTTTCTTTTGCGTTTGTAGTGTGAGATCATCAATA
AAACTGTGCATTGAGTGCAA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3AE10TF 725 0 0
GG
AGACAGAAGCTGCTTTTATCCGAAGAATATAGGGTTTTCATTCTCTCGTATAATCCAAAT
CGTCGAAACCCTAATACATCTACATCAGGCTTTAGCATCCTTGTCGAGTTTGCTCCCTTG
TTTCAACAAAGGTTCATGTCAGATCTTGAAGTTCAAGTCCCCACTGCTTTTGATCCGTTT
GCTGATGCAAATGCTGAGGACGCTGGAGCTGGTGCTGGAACAAAGGAATACGTGCACATA
CGTGTTCAGCAGCGTAATGGTAGAAAAAGCCTGACCACTGTCCAGGGCCTTAAGAAAGAG
TATAGCTATACTAAGATCCTTAAAGACCTTAAGAAAGAGTTCTGCTGCAATGGCACTGTC
GTCCAGGACTCTGAACTAGGACAGGTTATTCAGCTTCAAGGTGATCAGAGGAAAAACGTC
TCTACTTTCCTTGTTCAGGCTGGTCTTGTGAAGAAGGATAACATCAAGATCCATGGTTTT
TGAGCAAACTCTATATACTTGTTGTTGTTGTTCATCTTTGCACAACGAGTTGAATTTGCG
GAATCGATCATCCCTTCTCAAAGGCAGCACTATAAACAATCACTTATGTATTATTAATGC
TTTTCTTCCATATATATTGTGTCAGAAAAAATTAAATGGTTTGCTTATGAGCGGATATAA
CAAATATATGAACTTTTCATTTGCGTTTGTAGTGTGAGATCATCAATAAAACTGTGCATT
GAG

QA 3 725 3 725
DS 



AS 1 2

CO CL4108Contig1 759 2 18 U
ATCTCAAAACTGGGATTAAAAAGCTATAACAAGTAGACAAAATCTTAGTGCATTAAAATC
TTGAAAATTCAATGTGAAATTCTCCATAGATAAAATGGATAAAATAGTAGTAGATCTCAA
CACTATCCAAGAAAATCCCTCCTTACATTCCAGTGAAAGCCCTCTTTGAGAAAGCAGAAG
CACCAGCTGGTATCACCTTCAACACATTGAACCTCACAGTCTTGGACAATGGCCTGCATT
GGCCAATGATGACATGGTCACCTTCCTTGACACGGAAACAAGGAGAAACATGAGCTGGGA
TGTTCGAATGCCTCTTCTCATACCTCTGATACTTCTTGACAAAGTGAAGGTAATTCCTTC
GCACGATAATAGTTCTCTGCATCTTGGCACTGTGGCAAGTACCAGCTAAGATACGACCTC
TAATAGAAACAGTTCCAGTGAAGGGACATTTACTGTCAATGTAAGTTCCTGAAATGGCTT
CGCGAGGAGTCTTGAAGCCCAAGCCGATGTTCTTCACAAATCTGTTTCCACCCTTCCCAG
GTCGCTTTCCCTTGCCTGATGTCTTGGAGCTGAGGAAGACCTTAGGTTGCTTTAGAAAAG
CTTTCTCAGTCTGGAAATGTAAAGAAAGAGCATGAGAATCGATTGATTGGAAGGAAAGTC
AATCTTGAGTGAGAGACGATCGAGTTCAAACCTGTTCCGCCATGGCTGATGTTTTGTTCC
CGACAGGTAAGAAAGAATGTAGTAGAGAGGGGACGGTCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3ES11JQ U 1
AF RR3A465TF C 3
BS 1 161 RR3ES11JQ
BS 162 162 RR3A465TF
BS 163 259 RR3ES11JQ
BS 260 260 RR3A465TF
BS 261 277 RR3ES11JQ
BS 278 278 RR3A465TF
BS 279 319 RR3ES11JQ
BS 320 320 RR3A465TF
BS 321 328 RR3ES11JQ
BS 329 329 RR3A465TF
BS 330 370 RR3ES11JQ
BS 371 371 RR3A465TF
BS 372 415 RR3ES11JQ
BS 416 416 RR3A465TF
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BS 443 443 RR3A465TF
BS 444 601 RR3ES11JQ
BS 602 759 RR3A465TF

RD RR3ES11JQ 601 0 0
ATCTCAAAACTGGGATTAAAAAGCTATAACAAGTAGACAAAATCTTAGTGCATTAAAATC
TTGAAAATTCAATGTGAAATTCTCCATAGATAAAATGGATAAAATAGTAGTAGATCTCAA
CACTATCCAAGAAAATCCCTCCTTACATTCCAGTGAAAGCCTTCTTTGAGAAAGCAGAAG
CACCAGCTGGTATCACCTTCAACACATTGAACCTCACAGTCTTGGACAATGGCCTGCATT
GGCCAATGATGACATGGTCGCCTTCCTTGACACGGAAGCAAGGAGAAACATGAGCTGGGA
TGTTCGAATGCCTCTTCTCGTACCTCTGGTACTTCTTGACAAAGTGAAGGTAATTCCTTC
GCACGATAATGGTTCTCTGCATCTTGGCACTGTGGCAAGTACCAGCTAAGATACGGCCTC
TAATAGAAACAGTTCCAGTGAATGGACATTTACTGTCAATGTAAGTTCCTGAAATGGCTT
CGCGAGGAGTCTTGAAGCCCAAGCCGATGTTCTTCACAAATCTGTTTCCACCCTTCCCAG
GTCGCTTTCCCTTGCCTGATGTCTTGGAGCTGAGGAAGACCTTAGGTTGCTTTAGAAAAG
C

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3A465TF 757 0 0
CC
CAAAACTGGGATTAAAAAGCTATAACAAGTAGACAAAATCTTAGTGCATTAAAATCTTGA
AAATTCAATGTGAAATTCTCCATAGATAAAATGGATAAAATAGTAGTAGATCTCAACACT
ATCCAAGAAAATCC*TCCTTACATTCCAGTGAAAGCCCTCTTTGAGAAAGCAGAAGCACC
GGCTGGTATCACCTTCAACACATTGAACCTCACAGTCTTGGACAATGGCCTGCATTGGCC
AATGATGACATGGTCACCTTCCTTGACACGGAAACGAGGTGAGACATGAGCTGGGATGTT
CGAATGCCTCTTCTCATACCTCTGATACTTCTTGACAAAGTGGAGGTAGTTCCTTCGCAC
GATAATAGTTCTCTGCATCTTGGCGCTGTGGCAAGTACCAGCTAAGATACGACCTCTAAT
AGAAACAGTTCCAGTGAAGGGGCATTTACTGTCGATGTAAGTTCCTGAGATGGCTTCGCG
AGGAGTCTTGAAGCCCAAGCCGATGTTCTTCACAAATCTGTTTCCACCCTTCCCAGGTCG
CTTTCCCTTGCCTGATGTCTTGGAGCTGAGGAAGACCTTGGGTTGCTTTAGAAAAGCTTT
CTCAGTCTGGAAATGTAAAGAAAGAGCATGAGAATCGATTGATTGGAAGGAAAGTCAATC
TTGAGTGAGAGACGATCGAGTTCAAACCTGTTCCGCCATGGCTGATGTTTTGTTCCCGAC
AGGTAAGAAAGAATGTAGTAGAGAGGGGACGGTCC

QA 3 757 3 757
DS 



AS 1 2

CO CL4109Contig1 831 2 11 U
CAGTGCAGCTGGTGCTCTCTTCTGCTCTTGTTTCTGTTCCATGTATGTTGCTTCCGAAGC
CGTTCATCTTGAAGAAACAACATGAAGCTAGGCATCAAGGTTAGTCATATGCAGCTCTTG
AGGAGACGGATGAGAGTCTTCATGTGGAGGCAAACGGAGGAACCCATGGGCATGAGGAGT
TTGAATTCAGTGAGATATTTGTGCATCAGCTGATTCACACCATAGAGTTTGTGCTCGGAG
CTGTTTCCAACACTGCTTCTTACCTGCGTCTATGGGCTCTCAGTCTTGCACACTCAGAGC
TATCGTCAGTCTTCTATGAGAAGGTCCTCCTCCTCGCTCTGGGATACAACAATTGGTTGA
TCCTGATCGTTGGGTTAATCGTGTTCGTATTCGCCACGGTGGGAGTGCTGCTGGTGATGG
AGACACTGAGTGCGTTCCTTCACGCGCTGCGTCTACATTGGGTAGAGTTTCAGAACAAAT
TCTACGAAGGAGATGGTTACAAGTTCGCTCCTTTCTCTTTCATTCTTACCGCTAATGAAG
ACGAGTGATATGAATATTCATGGTTCATTCCCCCATCTCTCATCTCTCTGCTATTTGCAC
ATCTGTATATATAAAGAGGCCCAGCTAGACCCAAGTTCTATTTATTTTTTTTCCCTTCTC
TCTTTATTTATTTATTTGCCTGTGTGGAGATCAGATTTTTTTTACAGACAAGTAAAGAGA
GGGGGATGATGGAATTTGTTTGAGCCAAAACCCATTTGTTGTGTATTTCTTGTTTGTTTG
GAATTATATGAATAATAATGAGATGTGGATAAGAAGAATAAAGGATTTGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FW52TF U 28
AF RR3FW52JQ C 1
BS 1 27 RR3FW52JQ
BS 28 357 RR3FW52TF
BS 358 358 RR3FW52JQ
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BS 480 488 RR3FW52TF
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CTAGGCATCAAGGTTAGTCATATGCAGCTCTTGAGGAGACGGATGAGAGTCTTCATGTGG
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QA 1 461 1 461
DS 

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CTGTTTCCAACACTGCTTCTTACCTGCGTCTATGGGCTCTCAGTCTTGCACACTCAGAGC
TATCGTCAGTCTTCTATGAGAAGGTCCTCCTCCTCGCTCTGGGATACAACAATTGGTTGA
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TCTTTATTTATTTATTTGCCTGTGTGGAGATCAGATTTTTTTTACAGACAAGTAAAGAGA
GGGGGATGATGGAATTTGTTTGAGCCAAAACCCATTTGTTGTGTATTTCTTGTTTGTTTG
GAATTATATGAATAATAATGAGATGTGGATAAGAAGAATAAAGGATTTGGA

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 3

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AACACACTGAATAGTCTGTTTACTGCTTCCAACTTCTCATTGGCATTCCCATATATCGCT
GCGCCAAAGGAAGAAAGGATGGAGAATTTACTGCTTTCAGGGCTTAAAGAAGCTTGCCCT
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AAAACCCTCCAAAGGTTTCTAGCTGAAAGCGCTACAGGAAACAGCAGCGTTGGTGTTTCC
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ATCGTTTTCCTTCTCATCCTCATCAGTGGACTTTGTTGTATGGCCGGTATCGATACACCA
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GAAAAAGGTATCTCAATGTCGATTGTTACATCTCAAAAACAAAAATGGATATGCGATAAA
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TAATAATGGAGAACGAGTAAAAGAACCAGAGAGAGACTGGAAGAACAACTATATTCTTTT
ATAAAGTTTGTTATATTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK87TF U 6
AF RR3BI25TF U 1
AF RR3BI25JQ C 507
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BS 148 148 RR3DK87TF
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BS 224 224 RR3DK87TF
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BS 259 304 RR3BI25TF
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BS 417 417 RR3DK87TF
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BS 427 427 RR3DK87TF
BS 428 466 RR3BI25TF
BS 467 467 RR3DK87TF
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BS 606 607 RR3DK87TF
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G
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TTGGTGGCTCTATCTGCGATTGAATTTGGATTGACTTCTGCCAATACCGTTCCTGCTTTC
CTCTGGTCTCCGCATCTCCAGCGTGTTAATGGTGAAGTGGATGAGGGTGTAAACTATCAG
GTGATGTCTGCGAAGGATCTAGTAGGCTCTGTTTTCACTCAAGGAGGATGGTCTAACTTT
CTGTGCTCGGACAAGAAAGTTGAGCAAGCTGTTGACGTTGCACTTGTGTTCATCGGCAAA
GAGTTACTGTCTTCTGATGTTTCCTCGAAAAAGAATTCGGATCCTGCCCTTGTTAACACA
CTGAATAGTCTGTTTACTGCTTCCAACTTCTCATTGGCATTCCCATATATCGCTGCGCCA
AAGGAAGAAAGGATGGAGAATTTACTGCTTTCAGGGCTTAAAGAAGCTTGCCCTAACAAT
GTAGGAGTCAGCAATATTGTCTTCTCTGATTCTTGCTTTGTTGAAGATGGAACAGTTCAG
AAACTATCTGACTTGCAGTCTTTCAAAGATCATTTGCTTGCTAGAAGAGAAACAAGAAAA
GAAG*AGAAACTGACTTGGTTGTGCTCTGTTCTGAGG*TTCCCAATCAATTAGTGAATCT
GGCCACTCACATTCAGAGCGTGAAA*CATTGCGGAAATTGTTAGTTCTGTAGAACAATCT
GGCAGTAA
TATACA

QA 2 729 2 729
DS 

RD RR3BI25TF 789 0 0
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GCGTTTTTGGTGGCTCTATCTGCGATTGAATTTGGATTGACTTCTGCCAATACCGTTCCT
GCTTTCCTCTGGTCTCCGCATCTCCAGGGTGCTAATGGTGAAGTGGATGAGGGTGTAAAC
TATCAGGTGATGTCTGCGAAGGATCTAGTAGGCTCTGTTTTCAGTCAAGGAGGATGGTCT
AACTTTCTGTGCTCGGAGAAGAAAGTTGAGCAAGCTGTTGACGTTGCACTTGTGTTCATC
GGCAGAGAGTTACTGTCTTCTGATGTTTCCTCGAAAAAGAATTCGGATCCTGCCCTTGTT
AACACACTGAATAGTCTGTTTACTGCTTCCAACTTCTCATTGGCATTCCCATATATTGCT
GCGCCAGAGGAAGAAAGGATGGAGAATTTACTGCTTTCAGGGCTTAGAGAAGCTTGCCCT
AACAATGTAGGAGTCAGCAATATTGTCTTCTCTGATTCTTGCTTTGTTGAAGATGGAACA
GTTCAGAAACTATCTGACTTGCAGTCTTTCAAAGATCATTTGCTTGCTAGAAGAGAAACA
AGAAAGAAGG*AGAAACTGACTTGGTTGTGCTCTGTTCTGAGGGTTCCCAATCAATTAGT
GAATCTGGCCACTCACATTCAGAGCGTGAAAACATTGCGGAAATTGTTAGTTCTGTAGAA
CAATCTGGCAGTAAATATACAGCTCTTTATGTTTCTGATCCTTATTGGTACACATCTTAC
AAA
CCCTCC

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3BI25JQ 773 0 0
CTTCTCTGATTCTTGCTTTGTTGAAGATGGAACAGTTCAGAAACTATCTGACTTGCAGTC
TTTCAAAGATCATTTGCTTGCTAGAAGAGAAACAAGAAAAGAAGGAGAAACTGACTTGGT
TGTGCTCTGTTCTGAGGGTTCCCAATCAATTAGTGAATCTGGCCACTCACATTCAGAGCG
TGAAAACATTGCGGAAATTGTTAGTTCTGTAGAACAATCTGGCAGTAAATATACAGCTCT
TTATGTTTCTGATCCTTATTGGTACACATCTTACAAAACCCTCCAAAGGTTTCTAGCTGA
AAGCGCTACAGGAAACAGCAGCGTTGGTGTTTCCACAACCTGTGATGAACTCTGCAAATT
TAAGTCATCGCTTTTGGAGGGCATACTAGTGGGAATCGTTTTCCTTCTCATCCTCATCAG
TGGACTTTGTTGTATGGCCGGTATCGATACACCAACTAGATTCGAGACTCCTCAAGATTC
TTGAGCAGTTGACTTCTAAAAGAGTCATCCCCACCTTTTGCTTTGCTTTTGCTTGTGGAC
GGGTCTTTCTTTTCTTCTGCATAGTGCGTATGGTGAAAAAGGTATCTCAATGTCGATTGT
TACATCTCAAAAACAAAAATGGATATGCGATAAAAAAATCCCCTTGTAACATTTATTCAT
CTTGTTTGTGAGTCTTTCCTTAAACGTTATAAATTAATAATGGAGAACGAGTAAAAGAAC
CAGAGAGAGACTGGAAGAACAACTATATTCTTTTATAAAGTTTGTTATATTTC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL4111Contig1 1054 2 2 U
GGGAGCTTCTCTTCTTCTCTGTTTCGGAGCGGCGGCGTGATCGTAACAGTAATGGAATCC
ATGGAAGCTCCATCGCCAGCTTTTCAGTCTCCTTCTCGTTCCAGTCAACAACAATTGCAT
TTCTACCTCGCCGTGGACCGTCCCCAATTCAAAATGGAGACAGTGGTGGAGTTACTAGGA
GTGCTAGGACGTCGTCCATGGCTTCCCATTGTAGTCTGTTGCAGCTCTCGCGATGAACTC
GACGCCGTCTCCTCTTCCTTGTCCACTCTCCCTTACATCTCCTTTGCTGCTTTGTACAGT
GATCTGGGAGAGAGAGACCGAGCTATGGTTTTAGACAATTTTCGACAAGCTACAGTAAAC
TGGAACCATCACCTTAACTCTGCAGTGGAAGAAGGTTTGGAAGAGAGTGAAGCCGGAGAA
GAAGAAGAAAAGAAATCTCATTTGGTGGTTGTGGCCGATGTTTGTCTTCCCATGCTTTCA
TCTGGAGAGTCTTCTCTTTCCTCACGAGTTCTCATCAACTACGAGCTTCCTACTAAGAAG
GAAACTTATACTAGGCGTTTTACTTCTTGCTTAGCTTCAGGTGGGATTGTCATAAACATG
GTTGTTGGAGGTGAAGTGACGACTCTCAAAAGCCTTGAAGAAAACAGCGGCATTATCATC
GCAGAGATGCCTATCAATATTTCTGAGATTTTGTAACAAACGCATGGCTCCTACGACCTG
AAGGATACTGTCTAAGCGGGTTTAATGGCTCTGATGCTTCAATATGTATGTTACATGACT
TCTCTAGAAAAATCAATAGTTTGTGTTAAGCTTCAAAATGTACGTTATATGACTTTTCTA
GAGAATCAATAGTTTGTGTTAAGCTACAGAAGCTGTTTCTCTGCTCCACTTTTAGCTTTT
GAGAGTTGATTACTTTTGCATACAACGCTGCGTTTTGACATTTGTGTTCATCTTGGAAGA
TTTTTTCTTCTAAAACATTTGGATAAAAGGCATAAAGAGAAACAGAGCGAGCAATAGTGG
ACATGCGATTGCAGTTCAATCATGATTATTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E336TF U 1
AF RR3E336JQ C 409
BS 1 550 RR3E336TF
BS 551 1054 RR3E336JQ

RD RR3E336TF 550 0 0
GGGAGCTTCTCTTCTTCTCTGTTTCGGAGCGGCGGCGTGATCGTAACAGTAATGGAATCC
ATGGAAGCTCCATCGCCAGCTTTTCAGTCTCCTTCTCGTTCCAGTCAACAACAATTGCAT
TTCTACCTCGCCGTGGACCGTCCCCAATTCAAAATGGAGACAGTGGTGGAGTTACTAGGA
GTGCTAGGACGTCGTCCATGGCTTCCCATTGTAGTCTGTTGCAGCTCTCGCGATGAACTC
GACGCCGTCTCCTCTTCCTTGTCCACTCTCCCTTACATCTCCTTTGCTGCTTTGTACAGT
GATCTGGGAGAGAGAGACCGAGCTATGGTTTTAGACAATTTTCGACAAGCTACAGTAAAC
TGGAACCATCACCTTAACTCTGCAGTGGAAGAAGGTTTGGAAGAGAGTGAAGCCGGAGAA
GAAGAAGAAAAGAAATCTCATTTGGTGGTTGTGGCCGATGTTTGTCTTCCCATGCTTTCA
TCTGGAGAGTCTTCTCTTTCCTCACGAGTTCTCATCAACTACGAGCTTCCTACTAAGAAG
GAAACTTATA

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR3E336JQ 646 0 0
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CCCATGCTTTCATCTGGAGAGTCTTCTCTTTCCTCACGAGTTCTCATCAACTACGAGCTT
CCTACTAAGAAGGAAACTTATACTAGGCGTTTTACTTCTTGCTTAGCTTCAGGTGGGATT
GTCATAAACATGGTTGTTGGAGGTGAAGTGACGACTCTCAAAAGCCTTGAAGAAAACAGC
GGCATTATCATCGCAGAGATGCCTATCAATATTTCTGAGATTTTGTAACAAACGCATGGC
TCCTACGACCTGAAGGATACTGTCTAAGCGGGTTTAATGGCTCTGATGCTTCAATATGTA
TGTTACATGACTTCTCTAGAAAAATCAATAGTTTGTGTTAAGCTTCAAAATGTACGTTAT
ATGACTTTTCTAGAGAATCAATAGTTTGTGTTAAGCTACAGAAGCTGTTTCTCTGCTCCA
CTTTTAGCTTTTGAGAGTTGATTACTTTTGCATACAACGCTGCGTTTTGACATTTGTGTT
CATCTTGGAAGATTTTTTCTTCTAAAACATTTGGATAAAAGGCATAAAGAGAAACAGAGC
GAGCAATAGTGGACATGCGATTGCAGTTCAATCATGATTATTATGC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 3

CO CL4112Contig1 818 3 7 U
GGATCAACAGTTAGGGACTAAACCCCTCATTTCTGAATTTTCATACTCGATCTCCGTCGT
CAAAACAATGTCTCCTCCTACGACAAGCAGCAAATACTCTGAGGCTAAGACAGGCGTGTT
CTGGGACGTGACGGATTGTCCAATCCCTACTGGTCTCGACCCTGGTTCGATCCATCAGAA
CATCGAGTTAGCTCTTGCTAAAAAGGGTTATCATGGTGAGGTGACAATCACGCCTTACTG
TGATAAGAACCAGTTCCCAGACGGACCAGATGACTTTGAGTCTGCCGGAATGAAGCTCAT
ACCCACAGGATATAAGCACATGAGACTTAGGAAGATGGTGCAAGAGTTCACAAGGTGGGT
ATTGAATTATGGATTGTCCAACTTTATGGTAATCTCACGGAACGGTATGGAGTTAGCTAG
GGCTCTCCAGTCTTTAAAAAGGAATGGTCACAACATCTTCTTTGCTCATCCTCAACACGG
TCCCATCGAAACTAGGTCTTACGATCTTGCCACCGAGCTATGGGTTTGGGAGACCCTAGC
TGCCGGAGGAGACCCCATCGTCAAAACAATAAGAGATGCAGAGGTGAGCAACAAGGACGA
TGATGTTTAATGACTCTGTTTCTCAAGACTAGTTCTTTCATGACAACTTTTAAGTAGTAG
CTACATATGTTTATAAGTTGCTACATATTGTTTAGTAGTTAATGTTACTAATTAGCTACA
TATTGCTAGGTTAGTGTGCTTAGTGATTAGTGAATTGGGAACCAAGCAAGTAGTTATCTG
TTTTAATAATAGTATCATCCTATATAAAGATTTATGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO47TF U 1
AF RR3CV57TF U 11
AF RR3EO47JQ C 203
BS 1 158 RR3EO47TF
BS 159 159 RR3CV57TF
BS 160 560 RR3EO47TF
BS 561 731 RR3CV57TF
BS 732 732 RR3EO47JQ
BS 733 755 RR3CV57TF
BS 756 818 RR3EO47JQ

RD RR3EO47TF 560 0 0
GGATCAACAGTTAGGGACTAAACCCCTCATTTCTGAATTTTCATACTCGATCTCCGTCGT
CAAAACAATGTCTCCTCCTACGACAAGCAGCAAATACTCTGAGGCTAAGACAGGCGTGTT
CTGGGACGTGACGGATTGTCCAATCCCTACTGGTCTCGGCCCTGGTTCGATCCATCAGAA
CATCGAGTTAGCTCTTGCTAAAAAGGGTTATCATGGTGAGGTGACAATCACGCCTTACTG
TGATAAGAACCAGTTCCCAGACGGACCAGATGACTTTGAGTCTGCCGGAATGAAGCTCAT
ACCCACAGGATATAAGCACATGAGACTTAGGAAGATGGTGCAAGAGTTCACAAGGTGGGT
ATTGAATTATGGATTGTCCAACTTTATGGTAATCTCACGGAACGGTATGGAGTTAGCTAG
GGCTCTCCAGTCTTTAAAAAGGAATGGTCACAACATCTTCTTTGCTCATCCTCAACACGG
TCCCATCGAAACTAGGTCTTACGATCTTGCCACCGAGCTATGGGTTTGGGAGACCCTAGC
TGCCGGAGGAGACCCCATCG

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3CV57TF 747 0 0
GG
AGGGACTAAACCCCTCATTTCTGAATTTTCATACTCGATCTCCGTCGTCGAAACAATGTC
TCCTCCTACGACAAGCAGCAAATACTCTGAGGCTAAGACAGGCGT*TTCTGGGACGTGAC
GGATTGTCCAATCCCTACTGGTCTCGACCCTGGTTCGATCCATCAGAACATCGAGTTAGC
TCTTGCTAAAAAGGGTTATCATGGTGAGGTGACAATCACGCCTTACTGTGATAAGAACCA
GTTCCCAGACGGACCAGATGACTTTGAGTCTGCCGGAATGAAGCTCATACCCACAGGAGA
TAAGCACATGAGACTTAGGAAGATGGTGCAAGAGTTCACAAGGTGGGTATTGAATTATGG
ATTGTCCAACTTTATGGTAATCTCACGGAACGGTATGGAGTTAGCTAGGGCTCTCCAGTC
TTTAAAAAGGAATGGTCACAACATCTTCTTTGCTCATCCTCAACACGGTCCCATCGAAAC
TAGGTCTTACGATCTTGCCACCGAGCTATGGGTTTGGGAGACCCTAGCTGCCGGAGGAGA
CCCCATCGTCAAAACAATAAGAGATGCAGAGGTGAGCAACAAGGACGATGATGTTTAATG
ACTCTGTTTCTCAAGACTAGTTCTTTCATGACAACTTTTAAGTAGTAGCTACATATGTTT
ATAAGTTGCTACATATTGTTTAGTAGTTAATGTTACTAATTAGCTACATATTGCTAGGT*
AGTGTGCTTAGTGATTAGTGAAT
GG

QA 3 745 3 745
DS 

RD RR3EO47JQ 616 0 0
AAGGGTTATCATGGTGAGGTGACAATCACGCCTTACTGTGATAAGAACCAGTTCCCAGAC
GGACCAGATGACTTTGAGTCTGCCGGAATGAAGCTCATACCCACAGGATATAAGCACATG
AGACTTAGGAAGATGGTGCAAGAGTTCACAAGGTGGGTATTGAATTATGGATTGTCCAAC
TTTATGGTAATCTCACGGAACGGTATGGAGTTAGCTAGGGCTCTCCAGTCTTTAAAAAGG
AATGGTCACAACATCTTCTTTGCTCATCCTCAACACGGTCCCATCGAAACTAGGTCTTAC
GATCTTGCCACCGAGCTATGGGTTTGGGAGACCCTAGCTGCCGGAGGAGACCCCATCGTC
AAAACAATAAGAGATGCAGAGGTGAGCAACAAGGACGATGATGTTTAATGACTCTGTTTC
TCAAGACTAGTTCTTTCATGACAACTTTTAAGTAGTAGCTACATATGTTTATAAGTTGCT
ACATATTGTTTAGTAGTTAATGTTACTAATTAGCTACATATTGCTAGGTTAGTGTGCTTA
GTGATTAGTGAATTGGGAACCAAGCAAGTAGTTATCTGTTTTAATAATAGTATCATCCTA
TATAAAGATTTATGAG

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL4113Contig1 704 2 8 U
GGGGTTCACCTCTTTCATTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCTGTGTAGTAAAAGGCCTCATCA
ATAACCTCCTGAGATGAAGCGTGAAGGCAAGCAACACGGTATGGTTAGAACCTACAGGAT
CCTGCCTCCGTCGCTGAATCCAAGACCCCAAGCCAAGTTGGTCAACCCTTTGACCTGTCG
TCCAACCGCCGGGCTATTCACCAAAGTGTCATCTAAGCCGACCAATCACTCCAAGTTCAC
CGGAAAATGTGGCCAGGCAAGGTGCCTTGAGTGCCATATGCATCCCATCACCAAGTCCAA
AGTCAAAAGTAAAGGCTCTTCTAAGGTGAGATCAAATGATATCACTTACAAGATGCTGAC
TTGGCAGGTTGCTTCTGGTGGGTCAAGACCCGGTTTGAAGCTTTCCGGGTTCTCGGCTAC
TGGACTTCTTGATCTTATGTCTGATGATTATGGTTATGATCATGATTATGAATCTGATGA
AGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAATACACAGGATGTGTTTTAGAGGAAAT
AGTGAATATACAGAGTGATGGTGATGGTGAAAAGGAAGAAGATGGGTCTCTTGATGATGA
TGTTGATGATGATGATGATGGAAGGATGAGTTTTTGTGATGTGGGGGTGATGATGATGGT
TGATCATGTGGAAGTATTTGATGAAGGATGGTGTTTGGTTGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3ER80TF U 1
AF RR3CU56TF U 22
BS 1 37 RR3ER80TF
BS 38 38 RR3CU56TF
BS 39 136 RR3ER80TF
BS 137 137 RR3CU56TF
BS 138 369 RR3ER80TF
BS 370 370 RR3CU56TF
BS 371 381 RR3ER80TF
BS 382 704 RR3CU56TF

RD RR3ER80TF 381 0 0
GGGGTTCACCTCTTTCATTCTTCTTCCTCTTCTTCTTTTGTGTAGTAAAAGGCCTCATCA
ATAACCTCCTGAGATGAAGCGTGAAGGCAAGCAACACGGTATGGTTAGAACCTACAGGAT
CCTGCCTCCGTCGCTGGATCCAAGACCCCAAGCCAAGTTGGTCAACCCTTTGACCTGTCG
TCCAACCGCCGGGCTATTCACCAAAGTGTCATCTAAGCCGACCAATCACTCCAAGTTCAC
CGGAAAATGTGGCCAGGCAAGGTGCCTTGAGTGCCATATGCATCCCATCACCAAGTCCAA
AGTCAAAAGTAAAGGCTCTTCTAAGGTGAGATCAAATGATATCACTTACAAGATGCTGAC
TTGGCAGGT*GCTTCTGGTGG

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR3CU56TF 683 0 0
CATTCT
TCTTCTTCTTCTGTGTAGTAAAAGGTCTCATCAATAACCTCCTGAGATGAAGCGTGAAGG
CAAGCAACACGGTATGGTTAGAACCTACAGGATCCTGCCTCCGTCGCTGAATCCAAGACC
GCAAGCCAAGTTGGTCAATCCTTTGACCTGTCGTCCAACCGCCGGGCTATTCACCAAAGT
GTCATCTAAGCCGACCAATCACTCCAAGTTCACCGGAAAATGTGGCCAGGCAAGGTGCCT
TGAGTGCCATATGCATCCCATCACCAAGTCCAAAGTCAAAAGTAAAGGCTCTTCTAAGGT
GAGATCAAATGATATCACTTACAAGATGCTGACTTGGCAGGTTGCTTCTGGTGGGTCAAG
ACCCGGTTTGAAGCTTTCCGGGTTCTCGGCTACTGGACTTCTTGATCTTATGTCTGATGA
TTATGGTTATGATCATGATTATGAATCTGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGA
AGAAGAATACACAGGATGTGTTTTAGAGGAAATAGTGAATATACAGAGTGATGGTGATGG
TGAAAAGGAAGAAGATGGGTCTCTTGATGATGATGTTGATGATGATGATGATGGAAGGAT
GAGTTTTTGTGATGTGGGGGTGATGATGATGGTTGATCATGTGGAAGTATTTGATGAAGG
ATGGTGTTTGGTTGAAG

QA 7 683 7 683
DS 



AS 1 2

CO CL4114Contig1 658 2 2 U
AGGCGAACGAAAAATCGCAAAATCTTTCGTGAACCAAAAAATGTCACGTCTCCCGATCCT
AATCGCCGCCTTCCTCTTCCTCTCCATCGCCACCGCCGAATCAGACTCTCCGACGGCGTA
CTCCCTCCTCCAGAACTACAACTTCCCCGTCGGAATCCTCCCAAAAGGAGTCGTCGCTTA
CGATCTCGACACGTCGACAGGCAAATTCCACGCCTACTTCAACGGCTCCTGCAGCTTCTC
CCTCGTGGGCTCTTACCAGTTGAACTACAAATGACGATCAGCGGCTACATCTCCGAGAAC
AAGCTCACGAAGCTGAGTGGCATCAAGGTCAAAGTCCTCTTCCTCTGGCTCAACATCGTC
GAGGTCATCTGGAAAGGAGACGAGATGGCGTTCTCCGTTGGGATCACGTCGGCGAATTTC
GAGATCGAGGAGTTTCTGGAGTCTCCTCAGTGTGGGTGTGGGTTCGAGTGCGAGAAATCG
AGTTCCGACAAGTTTGACAGAAGCTTCCCTTTTGTCTCTTCGTCGTGAAAAGATTGAATC
TTTGTCTAATAATAATAAGTTATTGTCATTGGCTGAGGAACCCTTTAAGTTTATGTTATT
GTTTCAATCAAACTGGTTATGGTTAGGATTCGTCATGCTTATGTTATTGTTTCAATCG


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AK11JQ C 1
AF RR3AK11TF U 1
BS 1 5 RR3AK11JQ
BS 6 658 RR3AK11TF

RD RR3AK11JQ 658 0 0
AGGCGAACGAAAAATCGCAAAATCTTTCGTGAACCAAAAAATGTCACGTCTCCCGATCCT
AATCGCCGCCTTCCTCTTCCTCTCCATCGCCACCGCCGAATCAGACTCTCCGACGGCGTA
CTCCCTCCTCCAGAACTACAACTTCCCCGTCGGAATCCTCCCAAAAGGAGTCGTCGCTTA
CGATCTCGACACGTCGACAGGCAAATTCCACGCCTACTTCAACGGCTCCTGCAGCTTCTC
CCTCGTGGGCTCTTACCAGTTGAACTACAAATGACGATCAGCGGCTACATCTCCGAGAAC
AAGCTCACGAAGCTGAGTGGCATCAAGGTCAAAGTCCTCTTCCTCTGGCTCAACATCGTC
GAGGTCATCTGGAAAGGAGACGAGATGGCGTTCTCCGTTGGGATCACGTCGGCGAATTTC
GAGATCGAGGAGTTTCTGGAGTCTCCTCAGTGTGGGTGTGGGTTCGAGTGCGAGAAATCG
AGTTCCGACAAGTTTGACAGAAGCTTCCCTTTTGTCTCTTCGTCGTGAAAAGATTGAATC
TTTGTCTAATAATAATAAGTTATTGTCATTGGCTGAGGAACCCTTTAAGTTTATGTTATT
GTTTCAATCAAACTGGTTATGGTTAGGATTCGTCATGCTTATGTTATTGTTTCAATCG

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3AK11TF 658 0 0
AGGCG
AACGAAAAATCGCAAAATCTTTCGTGAACCAAAAAATGTCACGTCTCCCGATCCTAATCG
CCGCCTTCCTCTTCCTCTCCATCGCCACCGCCGAATCAGACTCTCCGACGGCGTACTCCC
TCCTCCAGAACTACAACTTCCCCGTCGGAATCCTCCCAAAAGGAGTCGTCGCTTACGATC
TCGACACGTCGACAGGCAAATTCCACGCCTACTTCAACGGCTCCTGCAGCTTCTCCCTCG
TGGGCTCTTACCAGTTGAACTACAAATGACGATCAGCGGCTACATCTCCGAGAACAAGCT
CACGAAGCTGAGTGGCATCAAGGTCAAAGTCCTCTTCCTCTGGCTCAACATCGTCGAGGT
CATCTGGAAAGGAGACGAGATGGCGTTCTCCGTTGGGATCACGTCGGCGAATTTCGAGAT
CGAGGAGTTTCTGGAGTCTCCTCAGTGTGGGTGTGGGTTCGAGTGCGAGAAATCGAGTTC
CGACAAGTTTGACAGAAGCTTCCCTTTTGTCTCTTCGTCGTGAAAAGATTGAATCTTTGT
CTAATAATAATAAGTTATTGTCATTGGCTGAGGAACCCTTTAAGTTTATGTTATTGTTTC
AATCAAACTGGTTATGGTTAGGATTCGTCATGCTTATGTTATTGTTTCAATCG

QA 6 658 6 658
DS 



AS 1 3

CO CL4115Contig1 701 3 4 U
GGACTTCGACGCTATCTCTAGAACATTCCGATTAAGCACTGAAGAAGCAGAGCCGAGGAA
GAAGATGTCGTGGCAGACTTATGTTGACGATCACTTGATGTGCGACGTTGACGGCAGCCG
CCTCACCTCCGCCGCAATTCTCGGTCAAGACGGTAGCGTCTGGGCTCAGAGCGCTAATTT
CCCTCAGTTGAAGCCTGAGGAGATCACTGGCATCAACAACGATTTTGCGGAGCCTGGAAC
GCTTGCCCCAACGGGATTGTTCATCGGTGGCACAAAGTACATGGTCATCCAAGGAGAGCC
TAATGCTGTCATTCGTGGGAAGAAGGGAGCTGGTGGTGTTACCATCAAGAAGACCACCCA
AGCCTTGGTCTTTGGTATCTATGAAGAACCAATGACTCCTGGACAGTGCAATATGGTTGT
TGAGAGGCTCGGTGACTACCTTATTGAATCAGGCCTCTGAAACCCAACCTGCTGTGCTCA
TGTTTTCACAATTCTGAGAGGAAAACTATTTATATATCAAATCAATCACTTTATGTCCAA
CTGTGTATTACCCTTTATGATGTGATGGATCTTGGGGATGTTTGATTATAAAACAATATG
GTATTGTCTTCATTTGTGGTTGAGTTAAAAAATTTTAGTGAATGACAGTGTGGTATGGCC
ATAGCTTGTTTGGTATTTTATGATTGGTTGAGATTGAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D233TF U 1
AF RR3E961TF U 6
AF RR3F876JQ C 9
BS 1 34 RR3D233TF
BS 35 35 RR3E961TF
BS 36 631 RR3D233TF
BS 632 701 RR3F876JQ

RD RR3D233TF 632 0 0
GGACTTCGACGCTATCTCTAGAACATTCCGATTA*GCACTGAAGAAGCAGAGCCGAGGAA
GAAGATGTCGTGGCAGACTTATGTTGACGATCACTTGATGTGCGACGTTGACGGCAGCCG
CCTCACCTCCGCCGCAATTCTCGGTCAAGACGGTAGCGTCTGGGCTCAGAGCGCTAATTT
CCCTCAGTTGAAGCCTGAGGAGATCACTGGCATCAACAACGATTTTGCGGAGCCTGGAAC
GCTTGCCCCAACGGGATTGTTCATCGGTGGCACAAAGTACATGGTCATCCAAGGAGAGCC
TAATGCTGTCATTCGTGGGAAGAAGGGAGCTGGTGGTGTTACCATCAAGAAGACCACCCA
AGCCTTGGTCTTTGGTATCTATGAAGAACCAATGACTCCTGGACAGTGCAATATGGTTGT
TGAGAGGCTCGGTGACTACCTTATTGAATCAGGCCTCTGAAACCCAACCTGCTGTGCTCA
TGTTTTCACAATTCTGAGAGGAAAACTATTTATATATCAAATCAATCACTTTATGTCCAA
CTGTGTATTACCCTTTATGATGTGATGGATCTTGGGGATGTTTGATTATAAAACAATATG
GTATTGTCTTCATTTGTGGTTGAGTTAAAAA
A

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3E961TF 626 0 0
GGG
ACGCTATCTCTAGAGCATTCCGATTAAGCACTGAAGAAGCAGAGCCGAGGAAGAAGATGT
CGTGGCAGACTTATGTTGACGATCACTTGATGTGCGGCGTTGACGGCAGCCGCCTCACCT
CCGCCGCAATTCTCGGTCAAGACGGTAGCGTCTGGGCCCAGAGCGCTAATTTCCCTCAGT
TGAAGCCTGAGGAGATCACTGGCATCAACAACGATTTTGCGGAGCCTGGA*CGCTTGCCC
CAACGGGATTGTTCATCGGTGGCACAAAGTACATGGTCATCCAAGGAGAGCCTAATGCTG
TCATTCGTGGGAAGAAGGGAGCTGGTGGTGTTACCATCAAGAAGACCACCCAAGCCTTGG
TCTTTGGTATCTATGAAGAACCAATGACTCCTGGACAGTGCAATATGGTTGTTGAGAGGC
TCGGTGACTACCTTATTGAATCAGGCCTCTGAAACCCAACCTGCTGTGCTCATGTTTTCA
CAATTCTGAGGGGAAAACTATTTATATATCAAATCAATCACTTTATGTCCAACTGTGTAT
TACCCTTTATGATGTGATGGATCTTGGGGATGTTTGATTATAAAACAATATGGTATTGTC
TTCATTTGTGGTTGAGTTAAAAA

QA 4 626 4 626
DS 

RD RR3F876JQ 693 0 0
ACGCTATCTCTAGAACATTCCGATTAAGCACTGAAGAAGCAGAGCCGAGGAAGAAGATGT
CGTGGCAGACTTATGTTGACGATCACTTGATGTGCGACGTTGACGGCAGCCGCCTCACCT
CCGCCGCAATTTTCGGTCAAGACGGTAGCGTCTGGGCTCAGAGCGCTAATTTCCCTCAGT
TGAAGCCTGAGGAGATCACTGGCATCAACAACGATTTTGCGGAGCCTGGAACGCTTGCCC
CAACGGGATTGTTCATCGGTGGCACAAAGTACATGGTCATCCAAGGAGAGCCTAATGCTG
TCATTCGTGGGAAGAAGGGAGCTGGTGGTGTTACCATCAAGAAGACCACCCAAGCCTTGG
TTTTTGGTATTTATGAAGAACCAATGACTCCTGGACAGTGCAATATGGTTGTTGAGAGGC
TCGGTGACTACCTTATTGAATCAGGCCTTTGAAACCCAACCTGCTGTGCTCATGTTTTCA
CAATTTTGAGAGGAAAACTATTTATATATCAAATCAATCACTTTATGTCCAACTGTGTAA
TACCCTTTATGATGTGATGGATCTTGGGGATGTTTGATTATAAAACAATATGGTATTGTC
TTCATTTGTGGTTGAGTTAAAAAATTTTAGTGAATGACAGTGTGGTATGGCCATAGCTTG
TTTGGTATTTTATGATTGGTTGAGATTGAAATT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 3

CO CL4116Contig1 709 3 8 U
GGAGTCACTTCTCCTCCGTCATCGAATCACCTGTTTGGCCGCCATGGTGAAGTACTCCCA
GGAACCCGACAATTCCACCAAATCTTGCAAGGCGAGGGGAGCTGATCTCAGGGTCCACTT
CAAGA*CACGAGGGAGACAGCACACGCCATAAGAAGGCTACCATTGAACAAGGCCAAGAG
GTACTTGGAACACGTGATAGCTCACAAGCAAGCTATCCCCTTCACACGTTTCTGTCGTGG
TGTTGGTCGTACCGCTCAGGCTAAGAACAGGCATTCGAACGGTCAAGGTAGATGGCCTGC
TAAATCTGCTCAGTTCGTTCTCGATCTCCTCAAGAATGCTGAGAGCAATGCCGAGGTCAA
AGG***GGATGTGGATGCACTTTTCATATCTCACATCCAAGTGAACCAAGCTGCTAAACA
GAGGCGGAGGACATACCGTGCTCATGGAAGAATCAATCCTTACATGTCAAACCCATGCCA
CATTGAGTTGATATTGTCAGAGAAGGAAGAGCCTGTGAAAAAAGAGCCGGAGACTCAGTT
GGCAGCTAAGTCAAAGAAGGGAGCCTCGTCTTGAGCTTATATATAGACAA*GTAGCTTTC
GTTGATCATCTCTGTTATAAGAACGTATCATACGTTTTGTTATAGACTTATCATTCTGTA
AGACAAGGAGCCAACATTTTCAAAGACATAATTATGTTGATTTGTTTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 20 20 
0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3G996TF U 1
AF RR3E233TF U 1
AF RR3E233JQ C 36
BS 1 660 RR3E233TF
BS 661 661 RR3E233JQ
BS 662 665 RR3E233TF
BS 666 667 RR3E233JQ
BS 668 683 RR3E233TF
BS 684 684 RR3E233JQ
BS 685 708 RR3E233TF
BS 709 709 RR3E233JQ

RD RR3G996TF 665 0 0
GGAGTCACTTCTCCTCCGTCATCGAATCACCTGTTTGGCCGCCATGGTGAAGTACTCCCA
GGAACCCGACAATTCCACCAAATCTTGCAAGGCGAGGGGAGCTGATCTCAGGGTCCACTT
CAAGAACACGAGGGAGACAGCGCACGCCATAAGAAGGCTACCATTGAACAAGGCCAAGAG
GTACTTGGAAGATGTGATAGCTCACAAGCAAGCTATCCCCTTCACGCGTTTCTGTCGTGG
TGTCGGTCGTACTGCTCAGGCTAAGAACAGGCATTCAAACGGTCAAGGTCGGTGGCCTGC
TAAATCTGCTCAATTCGTTCTCGATCTCCTCAAGAATTCTGAGAGCAATGCCGAGGTCAA
AGGTTTGGATGTGGATGCACTTTTCATATCTCACATCCAAGTGAACCAAGCTGCTAAACA
GAGGCGGAGGACATACCGTGCTCATGGAAGAATCAATCCTTACATGTCGAACCCTTGCCA
CATTGAGTTGATATTGTCAGAGAAGGAAGAGCCTGTGAAAAAAGAGCCGGAGACTCAGTT
GGCAGCTAAGTCAAAGAAAGGAGCCTCGTCTTGAGCCAATATATAGACAAAGTAGCTTTT
CGTGATCATCTCTGTTATAAGAACGTATGATACGTTTTGTTATAGACTTATCATTCTGTA
AGAGA

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3E233TF 708 0 0
GGAGTCACTTCTCCTCCGTCATCGAATCACCTGTTTGGCCGCCATGGTGAAGTACTCCCA
GGAACCCGACAATTCCACCAAATCTTGCAAGGCGAGGGGAGCTGATCTCAGGGTCCACTT
CAAGA*CACGAGGGAGACAGCACACGCCATAAGAAGGCTACCATTGAACAAGGCCAAGAG
GTACTTGGAACACGTGATAGCTCACAAGCAAGCTATCCCCTTCACACGTTTCTGTCGTGG
TGTTGGTCGTACCGCTCAGGCTAAGAACAGGCATTCGAACGGTCAAGGTAGATGGCCTGC
TAAATCTGCTCAGTTCGTTCTCGATCTCCTCAAGAATGCTGAGAGCAATGCCGAGGTCAA
AGG***GGATGTGGATGCACTTTTCATATCTCACATCCAAGTGAACCAAGCTGCTAAACA
GAGGCGGAGGACATACCGTGCTCATGGAAGAATCAATCCTTACATGTCAAACCCATGCCA
CATTGAGTTGATATTGTCAGAGAAGGAAGAGCCTGTGAAAAAAGAGCCGGAGACTCAGTT
GGCAGCTAAGTCAAAGAAGGGAGCCTCGTCTTGAGCTTATATATAGACAA*GTAGCTTTC
GTTGATCATCTCTGTTATAAGAACGTATCATACGTTTTGTTATAGACTTATCATTCTGTA
*GACA**GAGCCAACATTTTCAA*GACATAATTATGTTGATTTGTTTT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3E233JQ 674 0 0
TGGCCGCCATGGTGAAGTACTCCCAGGAACCCGACAATTCCACCAAATCTTGCAAGGCGA
GGGGAGCTGATCTCAGGGTCCACTTCAAGA*CACGAGGGAGACAGCACACGCCATAAGAA
GGCTACCATTGAACAAGGCCAAGAGGTACTTGGAACACGTGATAGCTCACAAGCAAGCTA
TCCCCTTCACACGTTTCTGTCGTGGTGTTGGTCGTACCGCTCAGGCTAAGAACAGGCATT
CGAACGGTCAAGGTAGATGGCCTGCTAAATCTGCTCAGTTCGTTCTCGATCTCCTCAAGA
ATGCTGAGAGCAATGCCGAGGTCAAAGG***GGATGTGGATGCACTTTTCATATCTCACA
TCCAAGTGAACCAAGCTGCTAAACAGAGGCGGAGGACATACCGTGCTCATGGAAGAATCA
ATCCTTACATGTCAAACCCATGCCACATTGAGTTGATATTGTCAGAGAAGGAAGAGCCTG
TGAAAAAAGAGCCGGAGACTCAGTTGGCAGCTAAGTCAAAGAAGGGAGCCTCGTCTTGAG
CTTATATATAGACAA*GTAGCTTTCGTTGATCATCTCTGTTATAAGAACGTATCATACGT
TTTGTTATAGACTTATCATTCTGTAAGACAAGGAGCCAACATTTTCAAAGACATAATTAT
GTTGATTTGTTTTT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL4117Contig1 1354 2 2 U
GGGATTGGAATTTGAATAGTCTCTTCTTCTCTGCGGCGCCTGACCTTTGTGATCCCTTCC
AGTGGAGAGAATTAGGGTTTAGTTGTTGTCTCTATCTCTGCGATGAATGAGCTCGGGCAA
CAATGGAGATCAAGCAGCCGTCGTTTCGTATTTGGTACTTAACCCCCAGCCGTTATGAGT
TGTCTTAATTCATCAGCTTTAAGAGATGTCTTTAACTCCACCGACGGGAATCAAGCACAA
CTTCTCACACAATAATATCATACAACTCCAAGGCGGTTTCTTTACATATAAAAAGGGACC
GTCTCTACACTGGTTCACCGGTGCAGCCAGAACTTCGTGCTTTCAGACTCATTTCTCAGA
ATCTGGTTCAGTGATTCAACCAGTCTAGATGTTCTAATCTCTCATTCCTGAAGAACGTGT
CCAGGTTCGGTGATTATGAATCGCTTCTTGGCCTAACCAATACCAAGCACGCATCTACCA
GCCTCTCAGGCGTTATTGGTGAGCTCACTGCTGTGAGAAGTACAGTGAGTGACATTCCTC
AAGGAAAAGAGCGTATCAAGATCGACAGTAACTCTCTTCTATGGTTGAGTTTATTCAATA
CTTTCAGAATTATCTTACTTTAATATATCATTGAATTTTTGATGTTCCGTTTTCCTTTTC
ACACTCATATCTCTGTTACTTTGGGTACGTGTAAGGAGCGCCTAATATTCTTCAAACACA
CATGGAATATTTTCATGCAGGACATTGTTCTTGGATGTCACCTCAGGAACACATGTATCT
TTCGACAAGGAAACTGATGCAGGGGATTCTGTTTTTTAGAGTAGGTGTTTGATGCTTCAT
AAATTATTATATCCATAATAAACTTTCACGTATATGTTTCTGCAAAGTTCAAAATGTAGA
ACATTGAATTTGTCTGCACTGGAATGTTGACTGATATCAAAATGTAGATAGGCTGGTGTT
ATGTCTCTTGCTTTAGATGGACAAAGAACTTCCAACGAATGGTCTCATCCTTTACTTGCG
TGACCTGCAATAACTTGGTTTGCTCAGGTACCGTGTGGAGGGTGTCTTTGTTGGATTCGA
TGGTGAGATGCCAAAACTACATACCTGTGAGGCTGGTAATTTAAGTGTAGGAACATCTCC
AAGTGGTGTCGCCATCAAGAAACCTCAGGCATCAAATTCTTTAAAGGTGGTGAAGATGCC
ACGTAAGGAATAGGTGAAGCTGAGATTGTGATGCGGATGGAGTACTTATATTTCAAAAAT
GAGTATGTATTGGTTCTTATTTTAGAATATGTTCTCTTATGTAGTTTTGGTATGGTTTAT
TAAAAATCTAAAACAATATAAAAAAGGCTTTTGG


BQ
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AF RR3H149TF U 1
AF RR3H149JQ C 636
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RD RR3H149TF 691 0 0
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CCAGGTTCGGTGATTATGAATCGCTTCTTGGCCTAACCAATACCAAGCACGCATCTACCA
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CTTTCAGAATTATCTTACTTTAATATATCATTGAATTTTTGATGTTCCGTTTTCCTTTTC
ACACTCATATCTCTGTTACTTTGGGTACGTG

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DS 

RD RR3H149JQ 719 0 0
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GAGCGCCTAATATTCTTCAAACACACATGGAATATTTTCATGCAGGACATTGTTCTTGGA
TGTCACCTCAGGAACACATGTATCTTTCGACAAGGAAACTGATGCAGGGGATTCTGTTTT
TTAGAGTAGGTGTTTGATGCTTCATAAATTATTATATCCATAATAAACTTTCACGTATAT
GTTTCTGCAAAGTTCAAAATGTAGAACATTGAATTTGTCTGCACTGGAATGTTGACTGAT
ATCAAAATGTAGATAGGCTGGTGTTATGTCTCTTGCTTTAGATGGACAAAGAACTTCCAA
CGAATGGTCTCATCCTTTACTTGCGTGACCTGCAATAACTTGGTTTGCTCAGGTACCGTG
TGGAGGGTGTCTTTGTTGGATTCGATGGTGAGATGCCAAAACTACATACCTGTGAGGCTG
GTAATTTAAGTGTAGGAACATCTCCAAGTGGTGTCGCCATCAAGAAACCTCAGGCATCAA
ATTCTTTAAAGGTGGTGAAGATGCCACGTAAGGAATAGGTGAAGCTGAGATTGTGATGCG
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CTTATGTAGTTTTGGTATGGTTTATTAAAAATCTAAAACAATATAAAAAAGGCTTTTGG

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL4118Contig1 680 2 5 U
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BQ
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AF RR3AW93JQ C 1
AF RR3AW93TF U 37
BS 1 36 RR3AW93JQ
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BS 671 680 RR3AW93JQ

RD RR3AW93JQ 680 0 0
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ACTCTTTTGATTGTAAACGTTGCCTCCAAATGTGGCTTGACGGATGCGAACTACAAGGAA
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AACTTCACAAAGTTCTTGGTTTCTCCTGACGGCAAAGTCTCCCAGAGATACTCTCCCAGA
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ATCATCATCATCACAAGTTTCAAGAACGGTTTTATCTAAATCTTTGTTTTGTTCTTAAGA
ATCCCACAATGTTGCAAACTCTTAATCTCTGAATCTGTGTGTTTGAATAAACATGCTGTC
TTTTCACTGGTGACCTGTCGCTTCATTGATAAGTTTATCATGTTTATCGTGTGACTCATT
ATAACGCTCAAACTTTACAA

QA 1 680 1 680
DS 

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TTGGAGATATTAGCGTTCCCATGCAATCAGTTCCTGGGACAAGAACCGGGAAACAATGAA
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GATGTGAACGGGAAGAACACTGCGCCGTTATACAAATACTTGAAAGCAGAGAAAGGAGGT
TTGCTTATTGATGCAATCAAATGGAACTTCACAAAGTTCTTGGTTTCTCCTGACGGCAAA
GTCTCCCAGAGATACTCTCCCAGAACCTCTCCTCTTCAATTCGAGAAAGACATTCAAACT
CTGTTGGGACAGGCTTCTTCTTGAATCATCATCATCACAAGTTTCAAGAACGGTTTTATC
TAAATCTTTGTTTTGTTCTTAAGAATCCCACAATGTTGCAA*CTCTTAATCTCTGAATCT
GTGTGTTTGAATAAACATGCTGTCTTTTCACTGGTGACCTGTCGCTTCATTGATAAGTTT
ATCATGTTTATCGTGTGACTCATTATAACGCTCA

QA 1 634 1 634
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4120Contig1 923 3 5 U
GGCCGTGGTTCTACCAACACGCGCAGACCGCACTGACGAAAGGACAGTTTGTTGAGTACA
TCCCGACTCGCGAGTACTACCACAGACACACGAGGTGTTTGTACTGGGAAGGGAAGCTGA
TTCTTCCTTTTGGCGATCAGTTTTGGTTTAGGTTCCTTTTTGGTTGGTTGATGCCTCCGA
AGGTGTCTCTTCTCAAAGCTACTCAAGGTGTAGCTATCAGGAACTATTACCATGATATGC
ATGTTATTCAGGACATGCTTGTTCCCCTTTACAAGGTTGGTGATGCTCTCGAATGGGTTC
ACCAAGAAATGGAGGTTTATCCCATTTGGCTTTGCCCACACAAACTCTACAAGACACCAA
TCAAACAACAGATTTATCCAGAACCAGGGTTTGAGTATGAGAAGAGACAAGGAGACACAG
ATGATGCTCAGATGTACACTGACGTTGGAGTCTACTACGCACCAGGTCCTGTCCTAAGAG
GTGAAGAGTTTGATGGAGCAGAAGCTGTGCGTAAGCTGGAGAAGTGGCTGATTGAGAACC
ACGGGTTCCAGCCTCAGTACGCTGTGTCTGAGCTGGACGAGAAGAGTTTCTGGAGGATGT
TTGATGCTGACTTGTATGAGCATTGCCGTAAGAAGTACAGAGCTGTTGGAACGTTCATGA
GTGTTTACTATAAGTCTAAGAAAGGAAGGAAGACTGAGAAAGAAGTTAAAGAAGCAGAGC
AAGCTCATCTTGAAACAGCTTATGCAGAAGCAGATTAAGTAACGAAAATGTGGGTTTGAG
ATTATGATTGCTATGGGTGGTAGTGTGTTGTTTCTTTTGCAATTTGTCTGTTATGTGTGT
TTCCTGTTTTCAGTGTAGTGTCTTGATGATGACTATCCTTGTTGGTTGTTTGGACTTATG
GTTTGAATAAATGTTAGATTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CO87TF U 1
AF RR3BA73TF U 162
AF RR3CO87JQ C 182
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BS 681 859 RR3BA73TF
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BS 861 892 RR3BA73TF
BS 893 923 RR3CO87JQ

RD RR3CO87TF 680 0 0
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ATGTTATTCAGGACATGCTTGTTCCCCTTTACAAGGTTGGTGATGCTCTCGAATGGGTTC
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TCAAACAACAGATTTATCCAGAACCAGGGTTTGAGTATGAGAAGAGACAAGGAGACACAG
ATGATGCTCAGATGTACACTGACGTTGGAGTCTACTACGCACCAGGTCCTGTCCTAAGAG
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ACGGGTTCCAGCCTCAGTACGCTGTGTCTGAGCTGGACGAGAAGAGTTTCTGGAGGATGT
TTGATGCTGACTTGTATGAGCATTGCCGTAAGAAGTACAGAGCTGTTGGAACGTTCATGA
GTGTTTACTATAAGTCTAAG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3BA73TF 740 0 0
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GATGCTCTCGAATGGGTTCACCAAGAAATGGAGGTTTATCCCATTTGGCTTTGCCCACAC
AAACTCTACAAGACACCAATCAAACAACAGATTTATCCAGAACCAGGGTTTGAGTATGAG
AAGAGACAAGGAGACACAGATGATGCTCAGATGTACACTGACGTTGGAGTCTACTACGCA
CCAGGTCCTGTCCTAAGAGGTGAAGAGTTTGATGGAGCAGAAGCTGTGCGTAAGCTGGAG
AAGTGGCTGATTGAGAACCACGGGTTCCAGCCTCAGTACGCTGTGTCTGAGCTGGACGAG
AAGAGTTTCTGGAGGATGTTTGATGCTGACTTGTATGAGCATTGCCGTAAGAAGTACAGA
GCTGTTGGAACGTTCATGAGTGTTTACTATAAGTCTAAGAAAGGAAGGAAGACTGAGAAA
GAAGTTAAAGAAGCAGAGCAAGCTCATCTTGAAACAGCTTATGCAGAAGCAGATTAAGTA
ACGAAAATGTGGGTTTGAGATTATGATTGCTATGGGTGGTAGTGTGTTGTTTCTTTTGCA
ATTTGTCTGTTATGTGTGTTTCCTGTTTTCAGTGTAGTTTCTTGATGATGACTATCCTTG
TTGGTTGTTTG
ACTATGTTT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3CO87JQ 742 0 0
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TGTTATTCAGGACATGCTTGTTCCCCTTTACAAGGTTGGTGATGCTCTCGAATGGGTTCA
CCAAGAAATGGAGGTTTATCCCATTTGGCTTTGCCCACACAAACTCTACAAGACACCAAT
CAAACAACAGATTTATCCAGAACCAGGGTTTGAGTATGAGAAGAGACAAGGAGACACAGA
TGATGCTCAGATGTACACTGACGTTGGAGTCTACTACGCACCAGGTCCTGTCCTAAGAGG
TGAAGAGTTTGATGGAGCAGAAGCTGTGCGTAAGCTGGAGAAGTGGCTGATTGAGAACCA
CGGGTTCCAGCCTCAGTACGCTGTGTTTGAGCTGGACGAGAAGAGTTTCTGGAGGATGTT
TGATGCTGACTTGTATGAGCATTGCCGTAAGAAGTACAGAGCTGTTGGAACGTTCATGAG
TGTTTACTATAAGTCTAAGAAAGGAAGGAAGACTGAGAAAGAAGTTAAAGAAGCAGAGCA
AGCTCATCTTGAAACAGCTTATGCAGAAGCAGATTAAGTAACGAAAATGTGGGTTTGAGA
TTATGATTGCTATGGGTGGTAGTGTGTTGTTTCTTTTGCAATTTGTCTGTTATGTGTGTT
TCCTGTTTTCAGTGTAGTGTCTTGATGATGACTATCCTTGTTGGTTGTTTGGACTTATGG
TTTGAATAAATGTTAGATTTTG

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 3

CO CL4121Contig1 804 3 4 U
GCCGCTGAATATTTCATTAGAAAACTAAGAAGATGAAATGAGCCTAAAACGATGGCTCAA
ATCATGATGTCCGATACAAAGAGAAATGTGCTTGAAGATTGAAAAACATGATAGAAAAGA
AACTGCTGCAAACCAGAGGAAATCGATCGGATGTCTTTCACAATACCGATGATTTCTTTT
GACTGGAAGTTGCCGGAGATAGCTCTGACGAGCGTTGAAATGTCGGTGAGAACCTTGAGT
GTGGAGAACTCCAAGGTAAACGCCATGCTAAATGCCGATAGAATCGTGGTGGCCTCTGCA
ATAAGAGATGAGCTGATGAAGATTTCGACCGTAGATCCACGGATTAGTGTCTCGAGACCT
GAACCTGAGAAGACCCATCCCAGTCCTGCTGTTAACTTGTCGTTGCTCCAGGCCGCATTG
GAAAGGCTCCTTGGTGCTTGTCTGACCCGATCTTGATGGAGAGAAAGAACTTTCCTTGCT
TCCTTGGCTTTTCCTTGCGATGAAACCGGCTTTGGGCTAGGTGAACCCCGTAATCTTACA
CTGAAATTGAGCTTTGGGCTATGTGAACCCCGTAATCTGAAGCTATACGGTGAAATGCAT
GAGTTGTAAACATTAAGCAAAACCACAGCCACAAAACAATCCACTACCAATGTTTCAACA
TCCAAAGTCCAGTCCTCAAAACTTTGTAATGTTGTGCACCGGAGAGAGGAAGGCTTGAGA
ACAGCTAGCAACTGTATCAATACACTCATGTCGGCACCAATTTCTTGCAGAGAAACCGAC
CAGGCCCTTATGGCTGATTTAAAA


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A802JQ U 1
AF RR3ET06JQ U 1
AF RR3E064JQ U 1
BS 1 171 RR3A802JQ
BS 172 172 RR3E064JQ
BS 173 706 RR3A802JQ
BS 707 804 RR3E064JQ

RD RR3A802JQ 706 0 0
GCCGCTGAATATTTCATTAGAAAACTAAGAAGATGAAATGAGCCTAAAACGATGGCTCAA
ATCATGATGTCCGATACAAAGAGAAATGTGCTTGAAGATTGAAAAACATGATAGAAAAGA
AACTGCTGCAAACCAGAGGAAATCGATCGGATGTCTTTCACAATACCGATGTTTTCTTTT
GACTGGAAGTTGCCGGAGATAGCTCTGACGAGCGTTGAAATGTCGGTGAGAACCTTGAGT
GTGGAGAACTCCAAGGTAAACGCCATGCTAAATGCCGATAGAATCGTGGTGGCCTCTGCA
ATAAGAGATGAGCTGATGAAGATTTCGACCGTAGATCCACGGATTAGTGTCTCGAGACCT
GAACCTGAGAAGACCCATCCCAGTCCTGCTGTTAACTTGTCGTTGCTCCAGGCCGCATTG
GAAAGGCTCCTTGGTGCTTGTCTGACCCGATCTTGATGGAGAGAAAGAACTTTCCTTGCT
TCCTTGGCTTTTCCTTGCGATGAAACCGGCTTTGGGCTAGGTGAACCCCGTAATCTTACA
CTGAAATTGAGCTTTGGGCTATGTGAACCCCGTAATCTGAAGCTATACGGTGAAATGCAT
GAGTTGTAAACATTAAGCAAAACCACAGCCACAAAACAATCCACTACCAATGTTTCAACA
TCCAAAGTCCAGTCCTCAAAACTTTGTAATGTTGTGCACCGGAGAG

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3ET06JQ 708 0 0
GT
CGCTGAATATTTCATTAGAAAACTAAGAAGATGAAATGAGCCTAAAACGATGGCTCAAAT
CATGATGTCCGATACAAAGAGAAATGTGCTTGAAGATTGAAAAACATGATAGAAAAGAAA
CTGCTGCAAACCAGAGGAAATCGATCGGATGTCTTTCACAATACCGATGATTTCTTTTGA
CTGGAAGTTGCCGGAGATAGCTCTGACGAGCGTTGAAATGTCGGTGAGAACCTTGAGTGT
GGAGAACTCCAAGGTAAACGCCATGCTAAATGCCGATAGAATCGTGGTGGCCTCTGCAAT
AAGAGATGAGCTGATGAAGATTTCGACCGTAGATCCACGGATTAGTGTCTCGAGACCTGA
ACCTGAGAAGACCCATCCCAGTCCTGCTGTTAACTTGTCGTTGCTCCAGGCCGCATTGGA
AAGGCTCCTTGGTGCTTGTCTGACCCGATCTTGATGGAGAGAAAGAAATTTCCTTGCTTC
CTTGGCTTTTCCTTGCGATGAAACCGGCTTTGGGCTAGGTGAACCCCGTAATCTTACACT
GAAATTGAGCTTTGGGCTATGTGAACCCCGTAATCTGAAGCTATACGGTGAAATGCATGA
GTTGTAAACGTTAAGCAAAACCACAGCCACAAAACAATCCACTACCAATGTTTCAACATC
CAAAGTCCAGTCCTCAAAACTTTGTAATGTTGTGCACCGGAGAG
AG

QA 3 706 3 706
DS 

RD RR3E064JQ 804 0 0
GC
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CATGATGTCCGATACAAAGAGAAATGTGCTTGAAGATTGAAAAACATGATAGAAAAGAAA
CTGCTGCAAACCAGAGGAAATCGATCGGATGTCTTTCACAATACCGATGATTTCTTTTGA
CTGGAAGTTGCCGGAGATAGCTCTGACGAGCGTTGAAATGTCGGTGAGAACCTTGAGTGT
GGAGAACTCCAAGGTAAACGCCATGCTAAATGCCGATAGAATCGTGGTGGCCTCTGCAAT
AAGAGATGAGCTGATGAAGATTTCGACCGTAGATCCACGGATTAGTGTCTCGAGACCTGA
ACCTGAGAAGACCCATCCCAGTCCTGCTGTTAACTTGTCGTTGCTCCAGGCCGCATTGGA
AAGGCTCCTTGGTGCTTGTCTGACCCGATCTTGATGGAGAGAAAGAACTTTCCTTGCTTC
CTTGGCTTTTCCTTGCGATGAAACCGGCTTTGGGCTAGGTGAACCCCGTAATCTTACACT
GAAATTGAGCTTTGGGCTATGTGAACCCCGTAATCTGAAGCTATACGGTGAAATGCATGA
GTTGTAAACATTAAGCAAAACCACAGCCACAAAACAATCCACTACCAATGGTTCAACATC
CAAAGTCCAGTCCTCAAAACTTTGTAATGTTGTGCACCGGAGAGAGGAAGGCTTGAGAAC
AGCTAGCAACTGTATCAATACACTCATGTCGGCACCAATTTCTTGCAGAGAAACCGACCA
GGCCCTTATGGCTGATTTAAAA

QA 3 804 3 804
DS 



AS 1 2

CO CL4122Contig1 975 2 2 U
GGGATTCATCCTCCGCCCAGATGCTACTTACAGCATTCTCATTGACAATGTTGAGAAACA
AACCGGTAGCCTGTACTCTGACTGGGATCTTCTTCCACCAAAGAAGATCAAGGACCCCAG
CGCCAAGAAGCCTGAGGACTGGGACAGCAAGAGTACATTCCCGACCCTGAAGACAAGAAA
CCTGACGGATACGATGGTATCCCAAAGGAGATCCCAGATACCGATGCAACGAAGCCTGAG
GACTGGGATGAGGAAGAAGATGGTGAGTGGACTGCTCCTACCATTCCCAACCCTGAGTAC
ATGGGTGAATGGAAGCCCAAGCAAATTAAGAACCCCAACTACAAGGGCAAATGGGAAGCT
CCACTGATTGACAACCCTGACTTCAAGGATGACGCAGAGCTCTATGTCTTCCCCAAGCTG
AAGTATGTTGGAATCGAATTGTGGCAGGTGAAATCAGGATCATTGTTCGACAATGTCTTG
ATCTGCGATGACCCAGACTACGCCAAGAAGTTGGCAGATGAAACATGGGGAAAGCTCAAG
GATGCGGAGAAAGCAGCTTTCGATGAGATTGAGAAGAAGAAAGAGGAAGAGGAATCCAAG
GACGCTCCAGCAGAAACTGATGCTGAAGATGAAGCAGAGGAAGATGAAAGAGATGAATCA
GATACCGAATCAAAGACCGAGGCCAAATCCGAAGCTAGCGAGGAAACCTCAGAGGAGAAA
GACGCCACCGCTCATGATGAGCTGTAAGGGAAAGAACGTTGAAGAATGAAGACCAAAAGT
TTTCGAGCCTCTTTTATTTTTGTTTTGATCCTTTCTTTTGAAGTACTCTAGCAATCTAGC
TTGTCGGAGGGTAGAACAAGTTTTAGCAGTTTAAAAAGTGGGGCAAATGTGTGGGGCGAG
TAGCGGTACACAATGATGTGATGATCAAGATGCTCTTTTTGTACTGAAAACCATAAGATG
ACATTTTGCACTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV29TF U 1
AF RR3EV29JQ C 485
BS 1 678 RR3EV29TF
BS 679 975 RR3EV29JQ

RD RR3EV29TF 678 0 0
GGGATTCATCCTCCGCCCAGATGCTACTTACAGCATTCTCATTGACAATGTTGAGAAACA
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CCTGACGGATACGATGGTATCCCAAAGGAGATCCCAGATACCGATGCAACGAAGCCTGAG
GACTGGGATGAGGAAGAAGATGGTGAGTGGACTGCTCCTACCATTCCCAACCCTGAGTAC
ATGGGTGAATGGAAGCCCAAGCAAATTAAGAACCCCAACTACAAGGGCAAATGGGAAGCT
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AAGTATGTTGGAATCGAATTGTGGCAGGTGAAATCAGGATCATTGTTCGACAATGTCTTG
ATCTGCGATGACCCAGACTACGCCAAGAAGTTGGCAGATGAAACATGGGGAAAGCTCAAG
GATGCGGAGAAAGCAGCTTTCGATGAGATTGAGAAGAAGAAAGAGGAAGAGGAATCCAAG
GACGCTCCAGCAGAAACTGATGCTGAAGATGAAGCAGAGGAAGATGAAAGAGATGAATCA
GATACCGAATCAAAGACC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3EV29JQ 491 0 0
GCGATGACCCAGACTACGCCAAGAAGTTGGCAGATGAAACATGGGGAAAGCTCAAGGATG
CGGAGAAAGCAGCTTTCGATGAGATTGAGAAGAAGAAAGAGGAAGAGGAATCCAAGGACG
CTCCAGCAGAAACTGATGCTGAAGATGAAGCAGAGGAAGATGAAGGAGATGAATCAGATA
CCGAATCAAAGACCGAGGCCAAATCCGAAGCTAGCGAGGAAACCTCAGAGGAGAAAGACG
CCACCGCTCATGATGAGCTGTAAGGGAAAGAACGTTGAAGAATGAAGACCAAAAGTTTTC
GAGCCTCTTTTATTTTTGTTTTGATCCTTTCTTTTGAAGTACTCTAGCAATCTAGCTTGT
CGGAGGGTAGAACAAGTTTTAGCAGTTTAAAAAGTGGGGCAAATGTGTGGGGCGAGTAGC
GGTACACAATGATGTGATGATCAAGATGCTCTTTTTGTACTGAAAACCATAAGATGACAT
TTTGCACTTAC

QA 1 491 1 491
DS 



AS 1 3

CO CL4123Contig1 919 3 6 U
CCGAGCTTGACTGACAGTTCATTCAAACTTATTAGGTGAAGATATGAAAATCAAAGCTTG
AATGACAGTTGAATCAAACTTATTAGGTGAAGACACAAAAATCAAACATAAAGTGATATG
GATCAATCTCATATATATGTGTATATTCTGTGCGTGCGTGTGTGTCTCTTCCTCAGTACT
CTCTGGCCTTATTTTGTAAGACCAAGCATAAAGAGAACAAGCTTGAAGTAAGCTTCACGA
AAGGCGAGTCTAAGAAAGGTGAGCTTGAAGCTGTTCCATGGAGGGTATCGAGCTTCAAGA
TCCGCTGCTAAGCTTCCTTCCATTATTGCCTTCTCGTGACTGAAACATTCGAATGAGTAT
TTCCCGTGATACCTTCCTATTCCACTCTCTCCCACTCCTCCAAAGGGCAACGCATCACAC
ATGTACTGGATCATGACATCGTTGAAAGTAACACTTCCGGAAGATGTTTCTGACAAGATT
CTAGTTTTAAGGTTCTCGTCTTTGGTGAATGCATAGATGGCAAGTGGTTTTGGTTTTGAC
TTGATGAACCCTATGCTTTCTTGGATGTCACGTAATGTGATAATAGGGAGAATTGGGCCA
AATATTTCTTCATTCATTATCTCAGAATCAAGAGGAGGATCCAACAAGATGGTTGGCTCA
ATATACAGCTTCTCTACATCCATGGAGCCGCCATAAACGATTGAAGCTTGAACACCAGGA
TCATTAAGAAGACGAGCCAATCTCTGAAAGTGTTTCTTGGTGACAATCCTAGAGAGACAT
CCAGATTCTTTAGGGTTTTCCCCAAAGAAAGACCTTATCATCGGCTTCAATCCTTGGACT
CCCAGTGAAGAAGATCTTGTCCATGGCTTCTCTCGCTAACTTTCTCTCTCTCTGATCTGT
TCTAAAGCAGAGTTTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A947JQ U 1
AF RR3A177JQ U 41
AF RR3A177TF C 193
BS 1 253 RR3A947JQ
BS 254 254 RR3A177JQ
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BS 677 789 RR3A947JQ
BS 790 919 RR3A177TF

RD RR3A947JQ 789 0 0
CCGAGCTTGACTGACAGTTCATTCAAACTTATTAGGTGAAGATATGAAAATCAAAGCTTG
AATGACAGTTGAATCAAACTTATTAGGTGAAGACACAAAAATCAAACATAAAGTGATATG
GATCAATCTCATATATATGTGTATATTCTGTGCGTGCGTGTGTGTCTCTTCCTCAGTACT
CTCTGGCCTTATTTTGTAAGACCAAGCATAAAGAGAACAAGCTTGAAGTAAGCTTCACGA
AAGGCGAGTCTAAAAAAGGTGAGCTTGAAGCTGTTCCATGGAGGGTATCGAGCTTCAAGA
TCCGCTGCTAAGCTTCCTTCCATTATTGCCTTCTCGTGACTGAAACATTCGAATGAGTAT
TTCCCGTGATACCTTCCTATTCCACTCTCTCCCACTCCTCCAAAGGGCAACGCATCACAC
ATGTACTGGATCATGACATCGTTGAAAGTAACACTTCCGGAAGATGTTTCTGACAAGATT
CTAGTTTTAAGGTTCTCGTCTTTGGTGAATGCATAGATGGCAAGTGGTTTTGGTTTTGAC
TTGATGAACCCTATGCTTTCTTGGATGTCACGTAATGTGATAATAGGGAGAATTGGGCCA
AATATTTCTTCATTCATTATCTCAGAATCAAGAGGAGGATCCAACAAGATGGTTGGCTCA
ATATACAGCTTCTCTTCATCCATGGAGCCGCCATAAACGATTGAAGCTTGAACACCAGGA
TCATTAAGAAGACGAGCCAATCTCTGAAAGTGTTTCTTGGTGACAATCCTAGAGAGACAT
CCAGATTCT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3A177JQ 749 0 0
GATATGAAAATCAAAGCTTGAATGACAGTTGAATCAAACTTATTAGGTGAAGACACAAAA
ATCAAACATAAAGTGATATGGATCAATCTCATATATATGTGTATATTCTGTGCGTGCGTG
TGTGTCTCTTCCTCAGTACTCTCTGGCCTTATTTTGTAAGACCAAGCATAAAGAGAACAA
GCTTGAAGTAAGCTTCACGAAAGGCGAGTCTAAGAAAGGTGAGCTTGAAGCTGTTCCATG
GAGGGTATCGAGCTTCAAGATCCGCTGCTAAGCTTCCTTCCATTATTGCCTTCTCGTGAC
TGAAACATTCGAATGAGTATTTCCCGTGATACCTTCCTATTCCACTCTCTCCCACTCCTC
CAAAGGGCAACGCATCACACATGTACTGGATCATGACATCGTTGAAAGTAACACTTCCGG
AAGATGTTTCTGACAAGATTCTAGTTTTAAGGTTCTCGTCTTTGGTGAATGCATAGATGG
CAAGTGGTTTTGGTTTTGACTTGATGAACCCTATGCTTTCTTGGATGTCACGTAATGTGA
TAATAGGGAGAATTGGGCCAAATATTTCTTCATTCATTATCTCAGAATCAAGAGGAGGAT
CCAACAAGATGGTTGGCTCAATATACAGCTTCTCTACATCCATGGAGCCGCCATAAACGA
TTGAAGCTTGAACACCAGGATCATTAAGAAGACGAGCCAATCTCTGAAAGTGTTTCTTGG
TGACAATCCTAGAGAGACATCCAGATTCT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3A177TF 727 0 0
TTTGTAAGACCAAGCATAAAGAGAACAAGCTTGAAGTAAGCTTCACGAAAGGCGAGTCTA
AGAAAGGTGAGCTTGAAGCTGTTCCATGGAGGGTATCGAGCTTCAAGATCCGCTGCTAAG
CTTCCTTCCATTATTGCCTTCTCGTGACTGAAACATTCGAATGAGTATTTCCCGTGATAC
CTTCCTATTCCACTCTCTCCCACTCCTCCAAAGGGCAACGCATCACACATGTACTGGATC
ATGACATCGTTGAAAGTAACACTTCCGGAAGATGTTTCTGACAAGATTCTAGTTTTAAGG
TTCTCGTCTTTGGTGAATGCATAGATGGCAAGTGGTTTTGGTTTTGACTTGATGAACCCT
ATGCTTTCTTGGATGTCACGTAATGTGATAATAGGGAGAATTGGGCCAAATATTTCTTCA
TTCATTATCTCAGAATCAAGAGGAGGATCCAACAAGATGGTTGGCTCAATATACAGCTTC
TCTACATCCATGGAGCCGCCATAAACGATTGAAGCTTGAACACCAGGATCATTAAGAAGA
CGAGCCAATCTCTGAAAGTGTTTCTTGGTGACAATCCTAGAGAGACATCCAGATTCTTTA
GGGTTTTCCCCAAAGAAAGACCTTATCATCGGCTTCAATCCTTGGACTCCCAGTGAAGAA
GATCTTGTCCATGGCTTCTCTCGCTAACTTTCTCTCTCTCTGATCTGTTCTAAAGCAGAG
TTTGGTT

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 3

CO CL4124Contig1 572 3 7 U
GGCTCCACAAACAGTTGAAAAAGATTCTTCTCCGGCGCGTCTCCTTGTCCTCGCTTCGTC
GTCTGTGAATCGATTCAGGTTAAGAAGTAGTTATGTCACGAGCCACGTACATAGTCGGTG
CCCTTGCGGGATCTGCTGTAGTAGCCTACATCTGTGACAAAGTCATTTCTGATGAAAAGA
TTTTCGGAGGCAGTACACCGGGAACTATAACTAACAAGGCATGGGGTGTTGCGACTGAAG
AGAGGCTCCAGGCATGGCCAAGAACCGCTGGTCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTC
GCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTGAATAAACTGCTTCCCTTCACTCCCACCATT
CCTTATGGATTTCATTTCGATATTATTTGCTCTTTTGTTGGCCTTTGAGGATCGGCTAAT
TTCTCTACCTGGTTGTAGTAATAATTTGTGGGGATGATTGGATGTATGCACATTGTTCAG
TCCAAAGCTTTCTCGAGATGCAATTTACTTTTTTGTAACGTTTAATGATTTTAACGATAA
AATAAAAATCAAGCCAATAAGACTTGGCAGCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AZ55TF U 45
AF RR3A592JQ C 1
AF RR3A592TF U 1
BS 1 46 RR3A592TF
BS 47 265 RR3AZ55TF
BS 266 266 RR3A592TF
BS 267 464 RR3AZ55TF
BS 465 465 RR3A592TF
BS 466 501 RR3AZ55TF
BS 502 572 RR3A592TF

RD RR3AZ55TF 457 0 0
GG
GTCCTCGCTTCGTCGTCTGTGAATCGATTCAGGTTAAGAAGTAGTTATGTCACGAGCCAC
GTACATAGTCGGTGCCCTTGCGGGATCTGCTGTAGTAGCCTACATCTGTGACAAAGTCAT
TTCTGATGAAAAGATTTTCGGAGGCAGTACACCGGGAACTATAACTAACAAGGCATGGGG
TGTTGCGACTGAAGAGAGGCTCCAGGCATGGCCAAGAAC*GCTGGTCCTCCCGTCGTCAT
GAACCCTATCAGTCGCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTGAATAAACTGCTTCCCT
TCACTCCCACCATTCCTTATGGATTTCATTTCGATATTATTTGCTCTTTTGTTGGCCTTT
GAGGATCGGCTAATTTCTCTACCTGGTTGTAGTAATAATTTGTGGGGATGATTGGATGGA
TGCACATTGTTCAGTCCAAAGCTTTCTCGAGATGC

QA 3 457 3 457
DS 

RD RR3A592JQ 543 0 0
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GTCTGTGAATCGATTCAGGTTAAGAAGTAGTTATGTCACGAGCCACGTACATAGTCGGTG
CCCTTGCGGGATCTGCTGTAGTAGCCTACATCTGTGACAAAGTCATTTCTGATGAAAAGA
TTTTCGGAGGCAGTACACCGGGAACTATAACTAACAAGGCATGGGGTGTTGCGACTGAAG
AGAGGCTCCAGGCATGGCCAAGAACCGCTGGTCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTC
GCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTGAATAAACTGCTTCCCTTCACTCCCACCATT
CCTTATGGATTTCATTTCGATATTATTTGCTCTTTTGTTGGCCTTTGAGGATCGGCTAAT
TTCTCTACCTGGTTGTAGTAATAATTTGTGGGGATGATTGGATGTATGCACATTGTTCAG
TCCAAAGCTTTCTCGAGATGCAATTTACTTTTTTGTAACGTTTAATGATTTTAACGATAA
AAT

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR3A592TF 572 0 0
GGCTCCACAAACAGTTGAAAAAGATTCTTCTCCGGCGCGTCTCCTTGTCCTCGCTTCGTC
GTCTGTGAATCGATTCAGGTTAAGAAGTAGTTATGTCACGAGCCACGTACATAGTCGGTG
CCCTTGCGGGATCTGCTGTAGTAGCCTACATCTGTGACAAAGTCATTTCTGATGAAAAGA
TTTTCGGAGGCAGTACACCGGGAACTATAACTAACAAGGCATGGGGTGTTGCGACTGAAG
AGAGGCTCCAGGCATGGCCAAGAACCGCTGGTCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTC
GCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTGAATAAACTGCTTCCCTTCACTCCCACCATT
CCTTATGGATTTCATTTCGATATTATTTGCTCTTTTGTTGGCCTTTGAGGATCGGCTAAT
TTCTCTACCTGGTTGTAGTAATAATTTGTGGGGATGATTGGATGTATGCACATTGTTCAG
TCCAAAGCTTTCTCGAGATGCAATTTACTTTTTTGTAACGTTTAATGATTTTAACGATAA
AATAAAAATCAAGCCAATAAGACTTGGCAGCT

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL4125Contig1 662 2 2 U
TTTTTTTAGTTCATGAACAAGCATTTATATAACATATAGTGATAGACATCAAGATCGACA
CTAACATCCATGGAGAAGAGTGATTATGATAATTCATAACCAAACAAAAAGTTAAAAAAA
CTGAAGCAAATAAAACAGAGATAAAGTTCAAAGTCCTAACTGGCTCTGCATCTCCAATAT
AGTCTTTGCCGATTTCTGCAGCTTCTCGGACTCTTCATCAGTCATATGCACATTAGTAAC
GGCCACCACGCCATTACGTCCAAGCAGAGCCGGGAGACTGAGGAAGACATCACCACCATC
AACACCATAGAAGCCACGAGCAAGAACCGTGACCGGGTGGATCTTACGCTGGTCACGGAG
GATAGTGTAGGCCAGGTTGGCAACAGAGTAGCCAATGGCCCAAGAAGTGTTGCTTCTCCA
GGAAGCTTAAAACAGGGATGCCCCCAACACTTATGCTCGACCACAAAGCCACCGAGCTGT
CTCCATGCTCTCCCACAATGAATGCCTGAACATCCTGAGCATTAACGTCGAGATGATCTG
CGATCAAGAACCTGAACCGAGAGGAATCAAGATTAGTACCCGATCCAAGAACCCGGTTCA
CCGGAAAACCAGAGAGTTTCCAGGCGACGTAGGTCAAGACATCCACGGGGTTAGAGACGA
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 

AF RR3BS48TF C 1
AF RR3BS48JQ U 8
BS 1 7 RR3BS48TF
BS 8 662 RR3BS48JQ

RD RR3BS48TF 662 0 0
TTTTTTTAGTTCATGAACAAGCATTTATATAACATATAGTGATAGACATCAAGATCGACA
CTAACATCCATGGAGAAGAGTGATTATGATAATTCATAACCAAACAAAAAGTTAAAAAAA
CTGAAGCAAATAAAACAGAGATAAAGTTCAAAGTCCTAACTGGCTCTGCATCTCCAATAT
AGTCTTTGCCGATTTCTGCAGCTTCTCGGACTCTTCATCAGTCATATGCACATTAGTAAC
GGCCACCACGCCATTACGTCCAAGCAGAGCCGGGAGACTGAGGAAGACATCACCACCATC
AACACCATAGAAGCCACGAGCAAGAACCGTGACCGGGTGGATCTTACGCTGGTCACGGAG
GATAGTGTAGGCCAGGTTGGCAACAGAGTAGCCAATGGCCCAAGAAGTGTTGCTTCTCCA
GGAAGCTTAGAACAGGGATGCCCCCAACACTTATGCTCGACCACAAAGCCACCGAGCTGT
CTCCATGCTCTCCCACAATGAATGCCTGAACATCCTGAGCATTAACGTCGAGATGATCTG
CGATCAAGAACCTGAACCGAGAGGAATCAAGATTAGTACCCGATCCAAGAACCCGGTTCA
CCGGAAAACCAGAGAGTTTCCAGGCGACGTAGGTCAAGACATCCACGGGGTTAGAGACGA
T
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3BS48JQ 655 0 0
AGTTCATGAACAAGCATTTATATAACATATAGTGATAGACATCAAGATCGACACTAACAT
CCATGGAGAAGAGTGATTATGATAATTCATAACCAAACAAAAAGTTAAAAAAACTGAAGC
AAATAAAACAGAGATAAAGTTCAAAGTCCTAACTGGCTCTGCATCTCCAATATAGTCTTT
GCCGATTTCTGCAGCTTCTCGGACTCTTCATCAGTCATATGCACATTAGTAACGGCCACC
ACGCCATTACGTCCAAGCAGAGCCGGGAGACTGAGGAAGACATCACCACCATCAACACCA
TAGAAGCCACGAGCAAGAACCGTGACCGGGTGGATCTTACGCTGGTCACGGAGGATAGTG
TAGGCCAGGTTGGCAACAGAGTAGCCAATGGCCCAAGAAGTGTTGCTTCTCCAGGAAGCT
TAAAACAGGGATGCCCCCAACACTTATGCTCGACCACAAAGCCACCGAGCTGTCTCCATG
CTCTCCCACAATGAATGCCTGAACATCCTGAGCATTAACGTCGAGATGATCTGCGATCAA
GAACCTGAACCGAGAGGAATCAAGATTAGTACCCGATCCAAGAACCCGGTTCACCGGAAA
ACCAGAGAGTTTCCAGGCGACGTAGGTCAAGACATCCACGGGGTTAGAGACGATC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 3

CO CL4126Contig1 870 3 2 U
GGTTAGCATTCTACTTTGAAACCTCTCTCTTAATTGCTCTACCTTCTCTCTAGGTCACCT
AAAAATTGAAATCGTTTCCGGTGGCCGGTGAGCACTCGCCACCGGTCGCCGCCCCCTTTT
GTGTGTTTGTTTTATTTGTTGTATAATAATCAATATATCGATCTATCTTCTGTTGCGGAA
TAACTTTCGCTTTGGCGATCTTTTGTTCGGTTTTAAGT*GATTTTGTTGTGTTAATGATT
CAAGTCAGAGCCTTTCTTAATGGTTCTTCTTCTATCTCTGAACTTGAATTGTTTAATAAT
CTCTCTCAATCAAAACAACTCTTCTCTCGACTTTGATTGAGTTTTAATCTGGTTCTCCTT
TCTTTGCTAAGTTAATGATTCCATTTAATTTTAGGGGACCTTT*ATCTTTTCGTTAGTCA
TGCTTAATCTCTTGCTAAGCAGAGAAATCAATCTTCATTTATATGGCGAAGTC*TCCTT*
GCAAGTAAGAAATT*GAGATAGTT*GTTCAGCTATGGTGGATT*GATGCGTAATCAGATA
AGCTGGAGTTTTCTCTTTAGAAAGCTTCTACCAAGATTTGTATCTTCCTCCTTGATGCTG
CTCACTGTTTTTAATCTCTGATGAGAAGATGAAGACTTTCTTAAGATTGATGGCGATACA
AGAAGGAGGAGCAGGCAAGTGGTTCAAACTTGGCGGCGAAGTAGGTCGGTGATCAGTCCG
GTGGAAGTTCCGGCGAAGCCATCGGTTTCTTCTCTATGACTCCAGAGACTTCGATGCTCC
AGTTAGGAGGCACGTGTCGTTCATGCGTAATTCAATAGACATTTGGTAGAACACGTGTTT
TGTTTGTATAAATCTTATCTTTATATGTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BS26TF U 1
AF RR3CT54TF U 145
AF RR3BS26JQ C 137
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BS 667 870 RR3BS26JQ

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TCTTTGCTAAGTTAATGATTCCATTTAATTTTAGGGGACCTTT*ATCTTTTCGTTAGTCA
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TCTCGACTTTGATTGAGTTTTAATCTGGTTCTCCTTTCTTTGCTAAGTTAATGATTCCAT
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QA 1 522 1 522
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AACTCTTCTCTCGACTTTGATTGAGTTTTAATCTGGTTCTCCTTTCTTTGCTAAGTTAAT
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TTAGAAAGCTTCTACCAAGATTTGTATCTTCCTCCTTGATGCTGCTCACTGTTTTTAATC
TCTGATGAGAAGATGAAGACTTTCTTAAGATTGATGGCGATACAAGAAGGAGGAGCAGGC
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ATCTTTATATGTTG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR3A521JQ U 1
AF RR3A521TF C 2
AF RR3F641JQ U 192
BS 1 701 RR3A521JQ
BS 702 707 RR3F641JQ
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BS 738 738 RR3A521TF
BS 739 805 RR3F641JQ

RD RR3A521JQ 701 0 0
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ACACAGTAACACACACAAATACAAACGCTAAAGTGATTTCAAATTCAGAACTCATGCATT
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GGTCGGTCTGAAATTAAGCTTCTTGACCAACAAAGTTTCCATCATGTCAAAAACCGGCAT
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TAACCAAGCCGGTTTCTTAAGTGACATGAGGATATTGTCTT

QA 1 701 1 701
DS 

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TTTTTTTTTTGAGAAAAAAACTTAACACATATTAATGTTGCTTAGTCATATTACATGGCA
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GCGACAATACCATCAAGAAAATACCAAACACGATACATACCCAGTTGGCCCACCAAGATA
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GTCGGTCTGAAATTAAGCTTCTTGACCAACAAAGTTTCCATCATGTCAAAAACCGGCATA
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ACTCCTTTC

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3F641JQ 614 0 0
GG
GAAAAAAACTTAACACATATTAATGTTGCTTAGTCATATTACATGGCAATTACGAGTAAA
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TAACTACCAATAACGTGAATCACAACGAACATGTTAGCGGTTGCGATTAACCAAGCCGGT
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AAGGCCACCGGAAAATAACAGAGCGCGACGACGATGTAAGCAACGATGACTCCTTTCCAC
ATCGGACCTTTT

QA 3 614 3 614
DS 



AS 1 3

CO CL4128Contig1 901 3 3 U
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ACGCCTATTATAGATAAATTTAAAGACATGGGAACTGTTGTTATGGGAAAAGTAGAATCT
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GACAACGCTATTTTCACAGCTGGTTACAAGGCTATTCTGCACATTCATGCAGTTGTTGAG
GAATGTGAGATCATCGAATTGATAAGCCAAATTGATATGAAGACGAGGAAGCCCATGAAA
AAGAAAGTTCTGTTTGTGAAGAACGGTGCTGCTGTGGTCTGCCGTATACAGGTTACCAAT
TTAATCTGTGTTGAAAAATTCTCAGATTTCCCTCAACTAGGAAGATTCACTCTACGAACG
GAAGGGAAAACAGTAGCTGTTGGGAAGGTGACTGCGCTCTCAGGTGCTTCCTCAAGCGCT
TGATCCCAATTTTGCATGGAAGAAGGATATGGACATTGAGTTCCCTAAACTCAAATCGTT
GTTCCAGTTGGGGTTTTGAGACTTACTGCTGCAGATGTGTACCCTGAGACTTTTTTGGAA
ATTTAAAAGCTAGAAAGAGTATTATGATGAACATGAGTGTGACTTTTTTTCTCTGTTAAG
CTAAATTTACTACTACTATTACCTTCTTAGCTGGAGTCTGCTTTAAGGCTTTTTGGAGTT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3E447TF U 1
AF RR3E763TF U 258
AF RR3E447JQ C 167
BS 1 602 RR3E447TF
BS 603 809 RR3E763TF
BS 810 901 RR3E447JQ

RD RR3E447TF 602 0 0
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GTTGCTATATATTGCGACGAAGATAAAGTTAAGCGTGCTGGACCGGGTGAGAATTTGAGA
GTCCGCATAACTGGCATTGAAGATGAGGATATCCTTCCAGGTTTTGTTTTATCCAGCACG
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GACAACGCTATTTTCACAGCTGGTTACAAGGCTATTCTGCACATTCATGCAGTTGTTGAG
GAATGTGAGATCATCGAATTGATAAGCCAAATTGATATGAAGACGAGGAAGCCCATGAAA
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TTAATCTGTGTTGAAAAATTCTCAGATTTCCCTCAACTAGGAAGATTCACTCTACGAACG
GA

QA 1 602 1 602
DS 

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G
GAAGATGAGGATATCCTTCCAGGTTTTGTTTTATCCAGCACGGTAAAACCTGTACCTGCT
GTTACTGAATTTGTTGCACAGCTTCAAATCCTTGAGCTGCTTGACAACGCTATTTTCACA
GCTGGTTACAAGGCTATTCTGCACATTCATGCAGTTGTTGAGGAATGTGAGATCATCGAA
TTGATAAGCCAAATTGATATGAAGACGAGGAAGCCCATGAAAAAGAAAGTTCTGTTTGTG
AAGAACGGTGCTGCTGTGGTCTGCCGTATACAGGTTACCAATTCAATCTGTGTTGAAAAA
TTCTCAGATTTCCCTCAACTAGGAAGATTCACTCTACGAACGGAAGGGAAAACAGTAGCT
GTTGGGAAGGTGACTGCGCTCTCAGGTGCTTCCTCAAGCGCTTGATCCCAATTTTGCATG
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GTATTATGATG

QA 2 552 2 552
DS 

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GTGAGAATTTGAGAGTCCGCATAACTGGCATTGAAGATGAGGATATCCTTCCAGGTTTTG
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ATGCAGTTGTTGAGGAATGTGAGATCATCGAATTGATAAGCCAAATTGATATGAAGACGA
GGAAGCCCATGAAAAAGAAAGTTCTGTTTGTGAAGAACGGTGCTGCTGTGGTCTGCCGTA
TACAGGTTACCAATTTAATCTGTGTTGAAAAATTCTCAGATTTCCCTCAACTAGGAAGAT
TCACTCTACGAACGGAAGGGAAAACAGTAGCTGTTGGGAAGGTGACTGCGCTCTCAGGTG
CTTCCTCAAGCGCTTGATCCCAATTTTGCATGGAAGAAG*ATATGGACATTGAGTTCCCT
AAACTCAAATCGTTGTTCCAGTTGGGGTTTTGAGACTTACTGCTGCAGATGTGTACCCTG
AGACTTTTTTGGAAATTTAAAAGCTAGAAAGAGTATTATGATGAACATGAGTGTGACTTT
TTTTCTCTGTTAAGCTAAATTTACTACTACTATTACCTTCTTAGCTGGAGTCTGCTTTAA
GGCTTTTTGGAGTTC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 3

CO CL4129Contig1 695 3 2 U
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AGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGTCGTGGCAATCGTACGTTGACGACCACCTTA
TGTGCGATGTCGAAGGCAGCCAACTCACAGCCGCCGCCATCCTCGGTCATGACGGCAGTG
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AGGACTTCGAGGAGCCCGGGTTTCTCGCCCCGACCGGTTTATTTCTCGGTGGTGCAAAGT
ACATGGTCATCCAAGGTGAACCAGGAGCTGTCATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGAG
TTACTATCAAGAAGACGAATCAAGCCTTGGTCATTGGTATCTACGAGGAGCCTATGACTG
GAGGTCAATGCAATTTGGTTGTGGAGAGGCTCGGAGATTACCTCATCGAGTCTGATCTCT
AAAAATTTCTGTTTCAAAGTCTCTCTTCTTTTTAACTAAAAAGAATGGTGGTCATTACCC
CTTTTTCATTGTGATTGATTGTAGTGACGCAATCGATCTGATACTTTGGAACCGAATATC
TTTGTTTTGGTCTTCTTGTTCCCGGGTTTGGGTTTGTGTGTCTTGTAATGGCATTTGATG
ATATTATTTTTTCTTTTCATTATGTGTTTTCTTTG


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3BD23JQ C 1
AF RR3BD23TF U 1
AF RR3DZ69TF U 1
BS 1 693 RR3BD23TF
BS 694 695 RR3BD23JQ

RD RR3BD23JQ 695 0 0
GGGCTCACGAAGTCTAATTGAGAGAGAGAGAGAAGCAGAGAAGTCTTTCACCAAGTCGTG
AGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGTCGTGGCAATCGTACGTTGACGACCACCTTA
TGTGCGATGTCGAAGGCAGCCAACTCACAGCCGCCGCCATCCTCGGTCATGACGGCAGTG
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AGGACTTCGAGGAGCCCGGGTTTCTCGCCCCGACCGGTTTATTTCTCGGTGGTGCAAAGT
ACATGGTCATCCAAGGTGAACCAGGAGCTGTCATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGAG
TTACTATCAAGAAGACGAATCAAGCCTTGGTCATTGGTATTTACGAGGAGCCTATGACTG
GAGGTCAATGCAATTTGGTTGTGGAGAGGCTCGGAGATTACCTCATCGAGTTTGATCTCT
AAAAATTTTTGTTTCAAAGTCTCTCTTCTTTTTAACTAAAAAGAATGGTGGTCATTACCC
CTTTTTCATTGTGATTGATTGTAGTGACGCAATCGATTTGATACTTTGGAACCGAATATC
TTTGTTTTGGTCTTCTTGTTCCCGGGTTTGGGTTTGTGTGTCTTGTAATGGCATTTGATG
ATATTATTTTTTCTTTTCATTATGTGTTTTCTTTG

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3BD23TF 693 0 0
GGGCTCACGAAGTCTAATTGAGAGAGAGAGAGAAGCAGAGAAGTCTTTCACCAAGTCGTG
AGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGTCGTGGCAATCGTACGTTGACGACCACCTTA
TGTGCGATGTCGAAGGCAGCCAACTCACAGCCGCCGCCATCCTCGGTCATGACGGCAGTG
TCTGGGCTCAGAGCGCCGCTTTCCCTCAGTTGAAGACTGAAGAAGTCAATGGGATCAACA
AGGACTTCGAGGAGCCCGGGTTTCTCGCCCCGACCGGTTTATTTCTCGGTGGTGCAAAGT
ACATGGTCATCCAAGGTGAACCAGGAGCTGTCATCCGAGGCAAGAAGGGACCTGGAGGAG
TTACTATCAAGAAGACGAATCAAGCCTTGGTCATTGGTATCTACGAGGAGCCTATGACTG
GAGGTCAATGCAATTTGGTTGTGGAGAGGCTCGGAGATTACCTCATCGAGTCTGATCTCT
AAAAATTTCTGTTTCAAAGTCTCTCTTCTTTTTAACTAAAAAGAATGGTGGTCATTACCC
CTTTTTCATTGTGATTGATTGTAGTGACGCAATCGATCTGATACTTTGGAACCGAATATC
TTTGTTTTGGTCTTCTTGTTCCCGGGTTTGGGTTTGTGTGTCTTGTAATGGCATTTGATG
ATATTATTTTTTCTTTTCATTATGTGTTTTCTT

QA 1 693 1 693
DS 

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GGGCTCACGAAGTCTAATTGAGAGAGAGAGAGAAGCAGAGAAGTCTTTCACCAAGTCGTG
AGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGTCGTGGCAATCGTACGTTGACGACCACCTTA
TGTGCGATGTCGAAGGCAGCCAACTCACAGCCGCCGCCATCCTCGGTCATGACGGCAGTG
TCTGGGCTCAGAGCGCCGCTTTCCCTCAGTTGAAGACTGAAGAAGTCAATGGGATCAACA
AGGACTTCGAGGAGCCCGGGTTTCTCGCCCCGACCGGTTTATTTCTCGGTGGTGCAAAGT
ACATGGTTATCCAAGGTGAACCAGGAGCTGTCATCCGAGGGAAGAAGGGACCAGGAGGTG
TTACTATTAAGAAGACGAATCAAGCCTTGGTCATTGGTATCTACGAGGAGCCTATGACTG
GAGGTCAATGCAATTTGGTTGTGGAAAGGCTCGGGGATTACCTCATCGAGTCTGATCTCT
AAAAATTTCTGTTTCAAAGTCTCTCTTCTTTTTAACTAAAAAGAATGGTGGTCATTACCC
CTTTTTCATTTTGATTGATTGTAGTGACGCAATCGATCTGATACTTTGGAACCGAATATC
TTTGTTTTGGTCTTCTTGTTCCCGGGTTTGGGTTTGTGTGTCTTGTAATGGCATTTGATG
ATA

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 3

CO CL4130Contig1 803 3 11 U
AAATCGCAAGCTTGCTCTCTTTTTATTCAAACATGATTTTTGTTCACTCATAGCAACAAC
AAACAGATCAAAATGCACAATCTCACAGATCAATTTTGATCAAGAAATAAAATGTTAGTT
GTCACATATAAAAACATCCTTTCACTGCTGCAACTGATCATAGACATTGTAAACAAGCCA
ACCTTCAATAGCTGCAGCTTCGAGCCGATCATTACCCCCAGCTTCATCCCACTTAGACTG
AATCGAATCAAGTCGACTCATATCGCACGAAAGTATTTTATGAGCCAACTCTCTAGCCCC
AAGAAACTCAACGATAGGAGTTCCTCTAGCCACAGCAGCCAACTTCCCAATCTCCAGAGA
GCTTCTGATCACAACCCCGTGATTCTCTTTGAGCAGAACAAGGTCTTCTTGGATCTGGAC
GCCGACGAATGTGACGAACTTGGAAGCAAAGAAGCGGTAGAGGTCCTTGAGGCTGTCGGT
GAACTGGTTTGGTAGACGGAGGAAGAGACAGAAGTTCTTGGTGCTTAGCTTCACGGAGGA
AAGACGCAGCGTGGACTTTGTGTGAACGGACTCGACGTCCCAGTAGACGTCGAAGACGAT
GGCTAGGTTTCCGTTCCAGACGGTGTCTTCTAGGATGCGGGAAAGGTAAGGGGAGATGTC
GGTTGAGGGTTCAACGTCAATGGCTTTCGTTTGGATCCAAGATTTGTCAACCATTGAGAA
TCCTGGTCCATCGAAGTTGGCCATGTGGTTCTTGAGAGATTGATTAGCTTGGAGAAGGAG
AGAAAATGCTGTTGTGTTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FN83JQ U 1
AF RR3FC90JQ U 46
AF RR3FN83TF C 141
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BS 802 803 RR3FN83TF

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DS 

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AATAAAATGTTAGTTGTCACATATAAGAACATCCTTTCACTGCTGCAACTGATCATAGAC
ATTGTAAACAAGCCAACCTTCAATAGCTGCAGCTTCGAGCCGATCATTACCCCCAGCTTC
ATCCCACTTAGACTGAATCGAATCAAGTCGACTCATATCGCACGAAAGTATTTTATGAGC
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CCCAATCTCCAGAGAGCTTCTGATCACAACCCCGTGATTCTCTTTGAGCAGAACAAGGTC
TTCTTGGATCTGGACGCCGACGAATGTGACGAACTTGGAAGCAAAGAAGCGGTAGAGGTC
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G

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DS 

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CCATGTGGTTCTTGAGAGATTGATTAGCTTGGAGAAGGAGAGAAACTGCTGTTGTGTTTC
TCC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

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GTGCCAAAAAGAAGATCGACAGAGGCGTCGCTTTTCCGACATGCGTTTCTGTAAACAACG
TTGTTGGTCATTTCTCACCTCTTGCTAGCGATGAGTCTGTGTTGGCAGAGGGTGACATGG
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AAGCACTGGTGATGGCAAGCCTAAGCTGTTAGACGAGAAGCAAACAACTATTTACAGGAA
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TAAAGAGAACTTCCCCCCACATGCCATTCACTTCAAGGTCATTGGAAGAGAAAAGGGCAC
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AGAAGCCTGGGGATTTTGTTGCCCAGATTAAATTCACAGTTCTGCTGATGCCAAATGGAT
CGGATAGGATCACATCGCACACACTTCAGGAGATTCAACCTACGAAGACCATTGACGACC
CTGAGATCAAAGGTTGGTTAGCCTTGGGCATCAAAAAGAAGAAGGGTGGTGGAAAGAAGA
AGAAAGCCAAGAAGGCAGGAGAGAAAGGAGAGGCCTCAACGGAGGCTGAGCCAATGGAAG
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AAAACAAATTAAATGTGTCTTTTTGCACAAGTCCTTTTACTGAATGTTCATCATCATTGT
TCTGATTTTACTTACTGTACGTTATCAAATTATCAATGGCTTCC


BQ
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AF RR3A328TF U 1
AF RR3A328JQ C 337
BS 1 397 RR3A328TF
BS 398 398 RR3A328JQ
BS 399 632 RR3A328TF
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BS 636 656 RR3A328TF
BS 657 1244 RR3A328JQ

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TTGTTGGTCATTTCTCACCTCTTGCTAGCGATGAGTCTGTGTTGGCAGAGGGTGACATGG
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TGTTCTTCAAGAAGGACCCGTTACTGGACGCAAAGCTGATGTTATCGCTGCTGCCAATAC
TACCGCTGAAGTTGCTTTGAGGCTCGTTCGTCCTGGGAAGAAGAACCATCCTGTCACTGA
AGCTATTCAGAAGGTGGCTGAAGCGTACGACTGCAAA*TTGTGGAAGGGGTTCTTTCCCA
CCAGATGAAACAGAACGTGATTGATGCAAGCAAGGTTGTCTTAAGTGTAACCAGTCCCGA
AACTAGGGTTGATGATGTTGAGTTTGAAGAGAATGAAGTGTATGCTATCGATATTGTGGC
AAGCACTGGTGATGGCAAGCCTAAGCTGTTAGACGAGAAGCAAACAACTATTTACAGGAA
AGATGAGAGTATTAACTATCAGTTGAAGATGACG*CCTCCAGATCCTTGATAAGCG

QA 1 656 1 656
DS 

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GG
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TTGTGGAAGGGGTTCTTTCCCACCAGATGAAACAGAACGTGATTGATGCAAGCAAGGTTG
TCTTAAGTGTAACCAGTCCCGAAACTAGGGTTGATGATGTTGAGTTTGAAGAGAATGAAG
TGTATGCTATCGATATTGTGGCAAGCACTGGTGATGGCAAGCTTAAGCTGTTAGACGAGA
AGCAAACAACTATTTACAGGAAAGATGAGAGTATTAACTATCAGTTGAAGATGAAGGCCT
CCAGATCCTTGATAAGCGAGGTTAAAGAGAACTTCCCCCCACATGCCATTCACTTCAAGG
TCATTGGAAGAGAAAAGGGCACGACTTGGACTTGTGGAGTGTGTGAACCATGGTCATTTG
CAACCATATCCTGTTCTTTACGAGAAGCCTGGGGATTTTGTTGCCCAGATTAAATTCACA
GTTCTGCTGATGCCAAATGGATCGGATAGGATCACATCGCACACACTTCAGGAGATTCAA
CCTACGAAGACCATTGACGACCCTGAGATCAAAGGTTGGTTAGCCTTGGGCATCAAAAAG
AAGAAGGGTGGTGGAAAGAAGAAGAAAGCCAAGAAGGCAGGAGAGAAAGGAGAGGCCTCA
ACGGAGGCTGAGCCAATGGAAGCAAGTAGCAATGCTGAAGCATGATATCTTTCTTTTGTT
TTCTTTTAAAAGATTTTTTGGAACTTCAGGTCTTTTGTAGGTTTGAGTTTCAGAGAGTCT
CTTAGATAAAAAAGAACAAAGAAAAACAAATTAAATGTGTCTTTTTGCACAAGTCCTTTT
ACTGAATGTTCATCATCATTGTTCTGATTTTACTTACTGTACGTTATCAAATTATCAATG
GCTTCC

QA 3 908 3 908
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 3

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GCTGTAAAATCTTCTTATTCAATAACAAAGCTTCAAGTTGAAGACATGAGACATCATCAT
TTTTACTTTTATGTTAGTCAACTCTCAGCAACTACAACACATCAATTGTCAAATCTTTGA
CGAGCCATTTAATTTGAATCCTCTCGATACATAAGCAGAAAGAAGCAAAAAACTGTACAT
CTGAAACTGGACTAAACAGAACATCATCAGACAAACAGAGGTGAAGCAGAGGGACGTGGA
TAAGCAGCTGCTATCCCACCCACAGCACTTTGTCTAGCAAAACCCGCATTAGGTTTTTGA
CTCACCACAACACTATCGCTTCTCCTACGCATTCTCCTCTCGATCTTATCGATGTTCCTT
CCTCCTCCAGTTTCATGCAAAGTTTGTATGTGTTCGAGGTGAGAAACAACCTCGGTCATG
TTTGGTCTCAGCTTTATCTCTGTCGTCAGGCATCTCAGCGCCAGAGTAGCTACTTTACAC
GCTTCTTCCATCGAGTATTGATCGTGGAGACGGTTATCGATAACACGGAAGACCTTTCTC
TTGTTTGCAAGTAACGGTTTTGCCCAGTCCACCAGTTTTTGCTCACCCGGTGGACGGTTC
TTGTCCACGACTCTACGTCCTGACAGTATCTCCAAAAGCACAACACCGTAGCTATAGACA
TCACTCTTGGTTGTTAAATGACCTGTCATAAGATACTCAGGAGCTGCGTATCCATAAGTA
CCCATGATCCTTGTAGAGACATGGCTTTTATCACCCGTTGGACCGTCTTTAGCCAACCCA
AAATCGGAAAGCTTGGGGTTGTAGTCCGAATCAATAAGTATGTTAGAAGTTTTGAAGTCA
CGGTATATGACTTGAGTCTCAGCGTTGTGAAGATATGCTAGGCCTTTTGCAGCACCAAGA
GCTACTTTCAACCGGAGAGTCCAAGACAATGGTTCGAAGTAAGAACCTCTTCTGAATAAA
TGATTCTCTAAGCTTCCACGTGGCATGAACTCATACACAAGAAGACGTTGCTCATCCTCT
AAGCAATACCCGATAAGTTTCACAAGATTAGGATGAGAAAACTTCCCCAAGTAATCCACT
TCCGCCAGCCATTCTTGATGACCTTGCCAACCATCTTGGTTAAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC10JQ U 1
AF RR3GL22JQ U 84
AF RR3DC10TF C 369
BS 1 447 RR3DC10JQ
BS 448 689 RR3GL22JQ
BS 690 690 RR3DC10TF
BS 691 789 RR3GL22JQ
BS 790 790 RR3DC10TF
BS 791 870 RR3GL22JQ
BS 871 1127 RR3DC10TF

RD RR3DC10JQ 447 0 0
GCTGTAAAATCTTCTTATTCAATAACAAAGCTTCAAGTTGAAGACATGAGACATCATCAT
TTTTACTTTTATGTTAGTCAACTCTCAGCAACTACAACACATCAATTGTCAAATCTTTGA
CGAGCCATTTAATTTGAATCCTCTCGATACATAAGCAGAAAGAAGCAAAAAACTGTACAT
CTGAAACTGGACTAAACAGAACATCATCAGACAAACAGAGGTGAAGCAGAGGGACGTGGA
TAAGCAGCTGCTATCCCACCCACAGCACTTTGTCTAGCAAAACCCGCATTAGGTTTTTGA
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CCTCCTCCAGTTTCATGCAAAGTTTGTATGTGTTCGAGGTGAGAAACAACCTCGGTCATG
TTTGGTCTCAGCTTTATCTCTGTCGTC

QA 1 447 1 447
DS 

RD RR3GL22JQ 787 0 0
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TCGATACATAAGCAGAAAGAAGCAAAAAACTGTACATCTGAAACTGGACTAAACAGAACA
TCATCAGACAAACAGAGGTGAAGCAGAGGGACGTGGATAAGCAGCTGCTATCCCACCCAC
AGCACTTTGTCTAGCAAAACCCGCATTAGGTTTTTGACTCACCACAACACTATCGCTTCT
CCTACGCATTCTCCTCTCGATCTTATCGATGTTCCTTCCTCCTCCAGTTTCATGCAAAGT
TTGTATGTGTTCGAGGTGAGAAACAACCTCGGTCATGTTTGGTCTCAGCTTTATCTCTGT
CGTCAGGCATCTCAGCGCCAGAGTAGCTACTTTACACGCTTCTTCCATCGAGTATTGATC
GTGGAGACGGTTATCGATAACACGGAAGACCTTTCTCTTGTTTGCAAGTAACGGTTTTGC
CCAGTCCACCAGTTTTTGCTCACCCGGTGGACGGTTCTTGTCCACGACTCTACGTCCTGA
CAGTATCTCCAAAAGCACAACACCGTAGCTATAGACATCACTCTTGGTTGTTAAATGACC
TGTCATGAGATACTCAGGAGCTGCGTATCCATAAGTACCCATGATCCTTGTAGAGACATG
GCTTTTATCACCCGTTGGACCGTCTTTAGCCAACCCAAAATCGGAAGGCTTGGGGTTGTA
GTCCGAATCAATAAGTATGTTAGAAGTTTTGAAGTCACGGTATATGACTTGAGTCTCAGC
GTTGTGA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3DC10TF 759 0 0
AGTTTCATGCAAAGTT*GTATGTGTTCGAGGTGAGAAACAAC*TCGGTCATGTTTG*TCT
CAGCTTTATCTCTGTCGTCAGGCATCTCAGCGCCAGAGTAGCTACTTTACACGCTTCTTC
CATCGAGTATTGATCGTGGAGACGGTTATCGATAACACGGAAGACCTTTCTCTTGTTTGC
AAGTAACGGTTTTGCCCAGTCCACCAGTTTTTGCTCACCCGGTGGACGGTTCTTGTCCAC
GACTCTACGTCCTGACAGTATCTCCAAAAGCACAACACCGTAGCTATAGACATCACTCTT
GGTTGTTAAATGACCTGTCATAAGATACTCAGGAGCTGCGTATCCATAAGTACCCATGAT
CCTTGTAGAGACATGGCTTTTATCACCCGTTGGACCGTCTTTAGCCAACCCAAAATCGGA
AAGCTTGGGGTTGTAGTCCGAATCAATAAGTATGTTAGAAGTTTTGAAGTCACGGTATAT
GACTTGAGTCTCAGCGTTGTGAAGATATGCTAGGCCTTTTGCAGCACCAAGAGCTACTTT
CAACCGGAGAGTCCAAGACAATGGTTCGAAGTAAGAACCTCTTCTGAATAAATGATTCTC
TAAGCTTCCACGTGGCATGAACTCATACACAAGAAGACGTTGCTCATCCTCTAAGCAATA
CCCGATAAGTTTCACAAGATTAGGATGAGAAAACTTCCCCAAGTAATCCACTTCCGCCAG
CCATTCTTGATGACCTTGCCAACCATCTTGGTTAAGTCC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 3

CO CL4135Contig1 1062 3 2 U
GGGAAAAAAGAAAACCACAAGATTCCTCTAGTGTGCTTTAGCACTTTTGAGAGAGAGAAA
AAATGGAGGAGCAAGGTCTGAAGATTCAATCATTAATCATTTTTCCGATCAAATCTTGCC
GTGGGATCTCTGTCCCTCAAGCAACCGTAACTCAGACTGGATTTGAATGGGACCGGTATT
GGTTAGTTGTGAACCATAAAGGAAGAGCATGCACTCTAAACGTTGAGCCAAAGCTTGTTC
TTGTTGAACCAGAGCTGCCCAAGGAAGCTTTCTTTGAAGATTGGGAGCCAACAAAGCACT
CCTTTTTGGTGGTGAGAGCTCCTGGCATGAGTCCTTTAAAGATCCCATTGACTAAACCAA
GCGGGGTGGCAGAAGGTGTGTCCATGTGGGAATGGTCTGGCTCTGCTTTTGATGAAGGAG
AAGAAGCTGCTAAACGGTTTTCTGACTACCTTGGAAAACAAAGCCGTCTGGTCCGGTTTA
ACAAAGAAACGGAATATAGAGCTACACCTCCTGCGTATGCATCAGGTTACTCTACAACAT
TTTCAAATACGTTTCCGTTTCTGGTTTCATTTCAGGCGTCTTTGGACCATCTGAATACAC
TTATGCCAGAACCAATTCCTATGAACCGTTTTAGAGCCAACATTGTTGTGGAGAATGGTG
ATCCTTTCGATGAAGATCTTTGGGACGAGATCAAGATAAATGACTTAATCTTCAAAGGAG
TTAGGCTATGTTACCGCTGCAAGATAACAACTGTAGATCAAGAAACCGGGGTTCCGTCCA
CTGAACCAATCCAAACTTTTAGGAAATTCAGATCAGACACACTCTTAATGCCAGACAAGA
AATTTCAGAGAAAGGTTTTTTTTGGTAAGGAGATGGTTTGGAATTGGAACATAAACAACA
ACAAAGGCAAAGGCAACAAGACAATCAGAGTTAGTGATTCCATTTCTGTCCTAAGTAAGA
TTTCTTCCATAACTGAAGCAGCTACTTAAAGTCATAAAATATAAACCTATGATGTGTTGA
GTAATCATCTAAAAATAAAGTAGACAGAGATACTTTCTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H291TF U 100
AF RR3F290TF U 1
AF RR3F290JQ C 444
BS 1 570 RR3F290TF
BS 571 1062 RR3F290JQ

RD RR3H291TF 179 0 0
TTTTTCCGATCAAATCTTGCCGTGGGATCTCTGTCCCTCAAGCAACCGTAACTCAGACTG
GATTTGAATGGGACCGGTATTGGTTAGTTGTGAACCATAAAGGAAGAGCATGCACTCTAA
ACGTTGAGCCAAAGCTTGTTCTTGTTGAACCAGAGCTGCCCAAGGAAGCTTTCTTTGA
G

QA 1 178 1 178
DS 

RD RR3F290TF 572 0 0
GGGAAAAAAGAAAACCACAAGATTCCTCTAGTGTGCTTTAGCACTTTTGAGAGAGAGAAA
AAATGGAGGAGCAAGGTCTGAAGATTCAATCATTAATCATTTTTCCGATCAAATCTTGCC
GTGGGATCTCTGTCCCTCAAGCAACCGTAACTCAGACTGGATTTGAATGGGACCGGTATT
GGTTAGTTGTGAACCATAAAGGAAGAGCATGCACTCTAAACGTTGAGCCAAAGCTTGTTC
TTGTTGAACCAGAGCTGCCCAAGGAAGCTTTCTTTGAAGATTGGGAGCCAACAAAGCACT
CCTTTTTGGTGGTGAGAGCTCCTGGCATGAGTCCTTTAAAGATCCCATTGACTAAACCAA
GCGGGGTGGCAGAAGGTGTGTCCATGTGGGAATGGTCTGGCTCTGCTTTTGATGAAGGAG
AAGAAGCTGCTAAACGGTTTTCTGACTACCTTGGAAAACAAAGCCGTCTGGTCCGGTTTA
ACAAAGAAACGGAATATAGAGCTACACCTCCTGCGTATGCATCAGGTTACTCTACAACAT
TTTCAAATACGTTTCCGTTTCTGGTTTCAT
CT

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3F290JQ 619 0 0
GACTACCTTGGAAAACAAAGCCGTCTGGTCCGGTTTAACAAAGAAACGGAATATAGAGCT
ACACCTCCTGCGTATGCATCAGGTTACTCTACAACATTTTCAAATACGTTTCCGTTTCTG
GTTTCATTTCAGGCGTCTTTGGACCATCTGAATACACTTATGCCAGAACCAATTCCTATG
AACCGTTTTAGAGCCAACATTGTTGTGGAGAATGGTGATCCTTTCGATGAAGATCTTTGG
GACGAGATCAAGATAAATGACTTAATCTTCAAAGGAGTTAGGCTATGTTACCGCTGCAAG
ATAACAACTGTAGATCAAGAAACCGGGGTTCCGTCCACTGAACCAATCCAAACTTTTAGG
AAATTCAGATCAGACACACTCTTAATGCCAGACAAGAAATTTCAGAGAAAGGTTTTTTTT
GGTAAGGAGATGGTTTGGAATTGGAACATAAACAACAACAAAGGCAAAGGCAACAAGACA
ATCAGAGTTAGTGATTCCATTTCTGTCCTAAGTAAGATTTCTTCCATAACTGAAGCAGCT
ACTTAAAGTCATAAAATATAAACCTATGATGTGTTGAGTAATCATCTAAAAATAAAGTAG
ACAGAGATACTTTCTTACC

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 3

CO CL4136Contig1 847 3 7 U
GGAGATTAGATAAACCACCGTACTGGTTATCGAGTTCCCAGACGGGAGTATATGGAAAAG
CAGCACCAGAGGATTTCACCGCTGATTATGAGCACTGGAAACGTGTAGTGACCAAATCGT
ACCTTAAAGGTTTAGGAATCAACTGGGGAACTGTTAGAAATGTCATGGACATGAAAGCCG
TTTATGGAGGATTTGCAGCGGCTCGAAGAGAAATGAAAGTGTGGGTGATGAATGTGGTTC
CGATAGATTCACCAGACACGCTAGCAATAATCTATGAGCGAGGACTCTTCGGTATCTACC
ACGATTGGTGTGTATCTTTCAGTACTTACCCGAGATCATACGATCTTCTTCACGCCGACC
ATCTTTTCTCCAAACTCAAACAAAGGTGCAATCTGACGGCGGTTGTGGCGGAAGTGGATA
GGGTGTTGAGACCGGAAGGGAAACTGATAGTGAGGGACGATGCGGAGACGATACAAGAAG
TGGAAGCAATGGTGAAAGCGATGAAATGGGAAGTGCGTATGACTTTCTCAAAGGAAAAAG
AAGGTTTGCTTTCTGTTCAGAAGTCAATTTGGCGACCCAAAGATGTAGAGACTCTCACTT
ATGCTATCGCGGATTGAGTTAGAAGGAAAAAAAAAAAGACTCTTTTTGTACGTTAAACAC
ACACAGTCTTGTATTGTCGTAACTCCTCGTTATCATCGTCTCTCTTTTTCTTCTTTTAGG
AAATTTAATTCGTTTATTTTGTAGCGTCGAGTATGAGTTGAGTCACTTGTTTGAGTATTG
CCACTTTTTCTCTTCGTCTAAGATGATGAACTTGAGTGAAGTTTTATGGTGAAGATAATT
ACAGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D377TF U 1
AF RR3GZ91TF U 144
AF RR3D377JQ C 183
BS 1 173 RR3D377TF
BS 174 174 RR3GZ91TF
BS 175 624 RR3D377TF
BS 625 625 RR3GZ91TF
BS 626 629 RR3D377TF
BS 630 798 RR3GZ91TF
BS 799 847 RR3D377JQ

RD RR3D377TF 629 0 0
GGAGATTAGATAAACCACCGTACTGGTTATCGAGTTCCCAGACGGGAGTATATGGAAAAG
CAGCACCAGAGGATTTCACCGCTGATTATGAGCACTGGAAACGTGTAGTGACCAAATCGT
ACCTTAAAGGTTTAGGAATCAACTGGGGAACTGTTAGAAATGTCATGGACATGGAAGCCG
TTTATGGAGGATTTGCAGCGGCTCGAAGAGAAATGAAAGTGTGGGTGATGAATGTGGTTC
CGATAGATTCACCAGACACGCTAGCAATAATCTATGAGCGAGGACTCTTCGGTATCTACC
ACGATTGGTGTGTATCTTTCAGTACTTACCCGAGATCATACGATCTTCTTCACGCCGACC
ATCTTTTCTCCAAACTCAAACAAAGGTGCAATCTGACGGCGGTTGTGGCGGAAGTGGATA
GGGTGTTGAGACCGGAAGGGAAACTGATAGTGAGGGACGATGCGGAGACGATACAAGAAG
TGGAAGCAATGGTGAAAGCGATGAAATGGGAAGTGCGTATGACTTTCTCAAAGGAAAAAG
AAGGTTTGCTTTCTGTTCAGAAGTCAATTTGGCGACCCAAAGATGTAGAGACTCTCACTT
ATGCTATCGCGGATTGAGTTAGAAAGAAA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3GZ91TF 655 0 0
G
GGGGAACTGTTAGAAATGTCATGGACATGAAAGCCGTTTATGGATGATTTGCAGCGGCTC
TAAGAGAAATGAAAGTGTGGGTGATGAATGTGGTTCCGATAGATTCACCAGACACGCTAG
CAATAATCTATGAGCGAGGACTCTTCGGTATCTACCACGATTGGTGTGAATCTTTCAGTA
CTTACCCGAGATCATACGATCTTCTTCACGCCGACCATCTTTTCTCCAAACTCAAACAAA
GGTGCAATCTGACGGCGGTTGTGGCGGAAGTGGATAGGGTGTTGAGACCGGAAGGGAAAC
TGATAGTGAGGGACGATGCGGAGACGATACAAGAAGTGGAAGCAATGGTGAAAGCGATGA
AATGGGAAGTGCGTATGACTTTCTCAAAGGAAAAAGAAGGTTTGCTTTCTGTTCAGAAGT
CAATTTGGCGACCCAAAGATGTAGAGACTCTCACTTATGCTATCGCGGATTGAGTTAGAA
GGAAAAAAAAAAAGACTCTTTTTGTACGTTAAACACACACAGTCTTGTATTGTCGTAACT
CCTCGTTATCATCGTCTCTCTTTTTCTTCTTTTAGGAAATTTAATTCGTTTATTTTGTAG
CGTCGAGTATGAGTTGAGTCACTTGTTTGAGTATTGCCACTTTTTCTCTTCGTC

QA 2 655 2 655
DS 

RD RR3D377JQ 665 0 0
TATGGAGGATTTGCAGCGGCTCGAAGAGAAATGAAAGTGTGGGTGATGAATGTGGTTCCG
ATAGATTCACCAGACACGCTAGCAATAATCTATGAGCGAGGACTCTTCGGTATCTACCAC
GATTGGTGTGTATCTTTCAGTACTTACCCGAGATCATACGATCTTCTTCACGCCGACCAT
CTTTTCTCCAAACTCAAACAAAGGTGCAATCTGACGGCGGTTGTGGCGGAAGTGGATAGG
GTGTTGAGACCGGAAGGGAAACTGATAGTGAGGGACGATGCGGAGACGATACAAGAAGTG
GAAGCAATGGTGAAAGCGATGAAATGGGAAGTGCGTATGACTTTCTCAAAGGAAAAAGAA
GGTTTGCTTTCTGTTCAGAAGTCAATTTGGCGACCCAAAGATGTAGAGACTCTCACTTAT
GCTATCGCGGATTGAGTTAGAAGGAAAAAAAAAA*GACTCTTTTTGTACGTTAAACACAC
ACAGTCTTGTATTGTCGTAACTCCTCGTTATCATCGTCTCTCTTTTTCTTCTTTTAGGAA
ATTTAATTCGTTTATTTTGTAGCGTCGAGTATGAGTTGAGTCACTTGTTTGAGTATTGCC
ACTTTTTCTCTTCGTCTAAGATGATGAACTTGAGTGAAGTTTTATGGTGAAGATAATTAC
AGTGT

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 3

CO CL4137Contig1 1529 3 9 U
GCATCGGGGGATTCTCACATAGATCTCCAACGATCAGGAAGTTGGGCCCATGAACGTGAT
GAAGGAGAAGAACAGGTTTTGCAACCTACAATAAAGCGGAAGCGGAGTATTCGTCTAAGA
CCCCGTCAAACAGCAGAAAGAATAGACGGTATTGATATGCCTGCATCTCAGCCATTGCAA
GTCGATCGTAGCTATCGATTAAAATTGAGGACAGTTGTTGACTCGCATGGTTCAAGACAA
GAACAGAGTGATTCGTCCTCGAGACTTAGGAGTTTACCTGGAAAGAAAGTAGCTAATACT
TCCAAGCTGCATGTATCATCACCAAAATCTGGTAGATTAAATGCCACCCAGGAGGACAAC
ACTGAAGCTGCTAGAGAAACATGGGACGGAACTAGTCCTATTGGCTCTTCAAGTGCAGGT
GCAAGAATGTCCCACAACATACAGAAACGGTGCAAAACGGTCATTAGCAAACTCCAAAGG
AGAATCGATAAGGAAGGTCAGCAGATTGTGCCTATGCTGACAAATTTGTGGAAGAGAATC
CAGACTGGTTATGCAGCTGGAGGTGTAAATAATCTATTGGAACTGCGAGAGATTGATCAC
CGGTTAGAAAGGCTAGAGTACGCACGGGTTATGGAACTCGCATCTGACGTGCAGTATATG
CTAAGGGGAGCAATGCAATTCTATGGATTCTCACACGAGGTGAGATCTGAAGCAAAGAAG
GTTCACAGTCTGTTCTTTGATCTACTGAAGATGTCTTTTCCGGACACAGATTTCCGAGAA
GCAAGGAATGCTCTTTCCTTCTCTGGCCCAACCCCGACTTTGGTATCCACACTATCCCCA
AGAGCAGCAGGTAGTAGTCAGGGTAAGAAACAAAGCTCGGCGGGACATCAAGCCACACCG
ATGACTCTCCAATTTTAACTCATCCAGGGGAACTAATAATCTGCAAGAAGAAGAGGAAAG
ACAGAGAAAAGTCTGCTCCAAGAACCCGAACCGCTGGCTCAAGCAGCCCGGTCTCACCCC
CAGCTATGGTAGGTCGTGGTCTTAGAAGTCCTGTGTCTGGTTCAGGTACAAGGGAAACAA
GGCTAGCTCAGCAGCAACGATGGCCAAACCAAAGCACACATCCAAACAACAGCGGTACGG
CTGGTGATTCAGTGGGATGGGCTAATCCTGTGAAGAGGTTAAGAACCGATGCTGGTAGAA
GAAGGCCGAGCCATTTGTAAACAGATTGAGCCTCTTTTTATCCTTTTAGTGCTTACAGGT
GGTGGGTGATATGCAATGTGGCAATTGAAAGCAATCTAGCAGCGAGTCTTGGACTTACCT
TAGTAAAACAAATAATAGTATTCTCCCTTCTTGGTATGTTGCTATTTAGAAGAATATGTC
CTTTTGTCCGCAGTATCCTCCCATCTTTAGATATGTTCTTTGTATAAAAAAGAACGTTAT
TGGAGAGATGAATTCATGTTTTATTGTAGTAAGGTTGCAAATTGTTATATGTTATTTACA
TTTGAAGCAAATGAAAGTTTCAATGATCC


BQ
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AF RR3DK82TF U 1
AF RR3BZ84TF U 331
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CGGTTAGAAAGGCTAGAGTACGCACGGGTTATGGAACTCGCATCTGACGTGCAGTATATG
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*TTCACAGTCTGTTCTTTGATCTAC

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AATCTATTGGAACTGCGAGAGATTGATCACCGGTTAGAAAGGCTAGAGTACGCAGGGGTT
ATGGAACTCGCATCTGACGTGCAGTATATGCTAAGGGGAGCAATGCAATTCTATGGATTC
TCACACGAGGTGAGATCTGAAGCAAAGAAGGTTCACAGTCTGTTCTTTGATCTACTGAAG
ATGTCTTTTCCGGACACAGATTTCCGAGAAGCAAGGAATGCTCTTTCCTTCTCTGGCCCA
ACCCCGACTTTGGTATCCACACTATCCCCAAGAGCAGCAGGTAGTAGTCAGGGTAAGAA
G

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DS 

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ATCCAGGGGAACTAATAATCTGCAAGAAGAAGAGGAAAGACAGAGAAAAGTCTGCTCCAA
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TTAGAAGTCCTGTGTCTGGTTCAGGTACAAGGGAAACAAGGCTAGCTCAGCAGCAACGAT
GGCCAAACCAAAGCACACATCCAAACAACAGCGGTACGGCTGGTGATTCAGTGGGATGGG
CTAATCCTGTGAAGAGGTTAAGAACCGATGCTGGTAGAAGAAGGCCGAGCCATTTGTAAA
CAGATTGAGCCTCTTTTTATCCTTTTAGTGCTTACAGGTGGTGGGTGATATGCAATGTGG
CAATTGAAAGCAATCTAGCAGCGAGTCTTGGACTTACCTTAGTAAAACAAATAATAGTAT
TCTCCCTTCTTGGTATGTTGCTATTTAGAAGAATATGTCCTTTTGTCCGCAGTATCCTCC
CATCTTTAGATATGTTCTTTGTATAAAAAAGAACGTTATTGGAGAGATGAATTCATGTTT
TATTGTAGTAAGGTTGCAAATTGTTATATGTTATTTACATTTGAAGCAAATGAAAGTTTC
AATGATCC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 3

CO CL4138Contig1 670 3 1 U
GGAAAAAACAAAAGACACAAACTCATCTGTTTGTCCAAAGAAAGACACAAACTCATCTGG
ATTCTCTCACCGGAAACACAACATGGATTCATCTACTTTTCTCGCCGCCGCAAGCTTAGA
CCAGGGAAACCCATCTCCTGTTTCGAGAAAGCCATCAAAGCAAAAGAAGAAGACGGCTTC
AGCAAACAAAGCCATCAAAGTGCGTTACATATCAAACCCCATGAAAGTCAAAACCTGTGC
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GCCCGTGTTCTCCCCCTCCACCGTCTCCGACCTCAGCCCTTCTCCTCCCCTGTCGGAGAA
TCTTGCGCCACGTGTTCTTCTGCAGGAGCCGTTCGATGATCGGGTGGGTCATGAGTACTT
TGAGCCGTTGGATGGTGAAGATATGTTTTTGTCTCAGATGTCGGCAGGTTTTTCTGGTTT
TTTTTCTAATGGGTTTTACAATGTGAATGACTTCGGAAGAATCGATTCTGTGTGAAGATC
TTCAGAGTTTTAGGGTTTTCATCAAAGTATATATAAAAAATTATGAAATCCATACATGAT
TTTAACCAAAAAATAAGCTGATACATGGGTATATTAATTAGTAAGGTTTGTGAGGCAAAT
TATTAGAGTT


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AF RR3G055JQ C 2
AF RR3B316TF U 4
AF RR3G055TF U 1
BS 1 670 RR3G055TF

RD RR3G055JQ 308 0 0
GGAA
AAACAAAAGACACAAACTCATCTGTTTGTCCAAAGAAAGACACAAACTCATCTGGATTCT
CTCACCGGAAACACAACATGGATTCATCTACTTTTCTCGCCGCCGCAAGCTTAGACCAGG
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ACAAAGCCATCAAAGTGCGTTACATATCAAACCCCATGAAAGTCAAAACCTGTGCTTCCA
AGTTTAGAGAGCTCGTACAAGAGCTCACTGGCCAAGACGCCGTCGATCAACCGGAGCCCG
TGTT

QA 5 308 5 308
DS 

RD RR3B316TF 571 0 0
GG
AAACAAAAGACACAAACTCATCTGTTTGTCCAAAGAAAGACACAAACTCATCTGGATTCT
CTCACCGGAAACACAACATGGATTCATCTACTTTTCTCGCCGCCGCAAGCTTAGACCAGG
GAAACCCATCTCCTGTTTCGAGAAAGCCATCAAAGCAAAAGAAGAAGACGGCTTCAGCAA
ACAAAGCCATCAAAGTGCGTTACATATCAAACCCCATGAAAGTCAAAACCTGTGCTTCCA
AGTTTAGAGAGCTCGTACAAGAGCTCACTGGCCAAGACGCCGTCGATCAACCGGAGCCCG
TGTTCTCCCCCTCCACCGTCTCCGACCTCAGCCCTTCTCCTCCCCTGTCGGAGAATCTTG
CGCCACGTGTTCTTCTGCAGGAGCCGTTCGATGATCGGGTGGGTCATGAGTACTTTGAGC
CGTTGGATGGTGAAGATATGTTTTTTTCTCAGATGTCGGCAGGTTTTTCTGGTTTTTTTT
CTAATGGGTTTTACAATGTGAATGACTTCGGAAGAATCGATTCTGTGTGAAGATCTTCAG
AGTTTTAGGGTTTTCATCAAAGTATATAT

QA 3 571 3 571
DS 

RD RR3G055TF 670 0 0
GGAAAAAACAAAAGACACAAACTCATCTGTTTGTCCAAAGAAAGACACAAACTCATCTGG
ATTCTCTCACCGGAAACACAACATGGATTCATCTACTTTTCTCGCCGCCGCAAGCTTAGA
CCAGGGAAACCCATCTCCTGTTTCGAGAAAGCCATCAAAGCAAAAGAAGAAGACGGCTTC
AGCAAACAAAGCCATCAAAGTGCGTTACATATCAAACCCCATGAAAGTCAAAACCTGTGC
TTCCAAGTTTAGAGAGCTCGTACAAGAGCTCACTGGCCAAGACGCCGTCGATCAACCGGA
GCCCGTGTTCTCCCCCTCCACCGTCTCCGACCTCAGCCCTTCTCCTCCCCTGTCGGAGAA
TCTTGCGCCACGTGTTCTTCTGCAGGAGCCGTTCGATGATCGGGTGGGTCATGAGTACTT
TGAGCCGTTGGATGGTGAAGATATGTTTTTGTCTCAGATGTCGGCAGGTTTTTCTGGTTT
TTTTTCTAATGGGTTTTACAATGTGAATGACTTCGGAAGAATCGATTCTGTGTGAAGATC
TTCAGAGTTTTAGGGTTTTCATCAAAGTATATATAAAAAATTATGAAATCCATACATGAT
TTTAACCAAAAAATAAGCTGATACATGGGTATATTAATTAGTAAGGTTTGTGAGGCAAAT
TATTAGAGTT

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL4139Contig1 1319 2 2 U
GGACATTTCTTGTTTTCAATGGAGAACACGTACCTCAACATCCTTTCGTTTTGCTTCTCC
AACACGATTTGTTGGTTACTCATACTTTCTTGGCTTGCAAGAAACATTATCCATACTAAT
GGAATAAGAAGAACATTAGCATGGAGAAAGAAAACAAGAAAGAATAAGAAGAAGAATCCA
GATGATGAAACCAAAATGTCTCTGCTGGATTTACCTGACTTAACCTTAGACTGCATCTTG
GAGAAGCTCTCTCCATCTGAGCTATGTGTTATGACTTGTGTTTGCTCCGAGCTAAGAGAT
AAATGTGGGAGCGATCATATTTGGGAGAAGCACATGGAGAAGAGATGGGGGAGAGTAATG
GGTGATGCAGCGATTAAAGAGTGGAAATCACATGTCGCCACGTTAATGTCATGTTTCAGA
AACTCGAATAGAAGTAGTAGAAATAACACACGACATTGGAGGTCGAGGCTTGCTGCCAAT
CTTAAACCTTTTTCATGGTTAAGAACAAACCATGGTTGCCACACCAGAGGTTCGTCATCA
GCTATTGATTCTGTCATGTATTGCTACTGGACTCTTGAGAATGGCAAGTTCTGGTTTCCT
GCTCAGGTCTACAACCGAGAGAACGGACACGTTGGATTCATGATGTCGTGTTACGATGCT
AAAGTCAGATACGATGCCAAGACTGATACATTTCAAGCAAGATACTCGGCGCATGGACGG
CGTGCGGCGGAGGAAAACGTGACGTGGCAGAGACTGAGACCGTCTCTAGTGGACACAGAG
TCACGTGACCTACATGTCTCTGATTGTCTGCAGGAACTTAGACCTGGTGACCATTTCGAG
ATCCAGTGGAGAAGAACTAAAGAGTTCCCTTATGGCTGGTGGTTTGGAGTTGTGGGTCAC
CTTCAAAACTGTGGCGGAGAAGAGAGCTGTCATTGCATCTCTGACGAGAATGTGGTGATG
GAGTTTAGACAATTTAAACCGGAGTCACCGTGGAAAACTACGGTGTTAAAGAGGAGGGAA
CACCGTGGGACGGGGAATGAAGTCTGTGGTTTTTACGGCGGTGTTAAGAAGTTGGGTACA
GAGGAAGAAGTTTCTACCTGGAAGCGGTTGTGGCCTTCCCAAGTTTTAGATTAAAATTAT
ACTCTTTCTTTTAGATTAAAACTATACTTTAAGAGTTAGATTCGTACTTTTATTTAGGGG
AGTTTGCTTAAGAAATAGCAAATCTCATTTAATTAATTTTGGAATTTCGACTTGATTGTA
AACAAAAACACACTTAAAGAAAAGTGTGTATATTGGCTCTGCTTCAAGAAAACGTAAAC


BQ
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AF RR3AW13TF U 1
AF RR3AW13JQ C 493
BS 1 644 RR3AW13TF
BS 645 1319 RR3AW13JQ

RD RR3AW13TF 644 0 0
GGACATTTCTTGTTTTCAATGGAGAACACGTACCTCAACATCCTTTCGTTTTGCTTCTCC
AACACGATTTGTTGGTTACTCATACTTTCTTGGCTTGCAAGAAACATTATCCATACTAAT
GGAATAAGAAGAACATTAGCATGGAGAAAGAAAACAAGAAAGAATAAGAAGAAGAATCCA
GATGATGAAACCAAAATGTCTCTGCTGGATTTACCTGACTTAACCTTAGACTGCATCTTG
GAGAAGCTCTCTCCATCTGAGCTATGTGTTATGACTTGTGTTTGCTCCGAGCTAAGAGAT
AAATGTGGGAGCGATCATATTTGGGAGAAGCACATGGAGAAGAGATGGGGGAGAGTAATG
GGTGATGCAGCGATTAAAGAGTGGAAATCACATGTCGCCACGTTAATGTCATGTTTCAGA
AACTCGAATAGAAGTAGTAGAAATAACACACGACATTGGAGGTCGAGGCTTGCTGCCAAT
CTTAAACCTTTTTCATGGTTAAGAACAAACCATGGTTGCCACACCAGAGGTTCGTCATCA
GCTATTGATTCTGTCATGTATTGCTACTGGACTCTTGAGAATGGCAAGTTCTGGTTTCCT
GCTCAGGTCTACAACCGAGAGAACGGACACGTTGGATTCATGAT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3AW13JQ 827 0 0
TCATGGTTAAGAACAAACCATGGTTGCCACACCAGAGGTTCGTCATCAGCTATTGATTCT
GTCATGTATTGCTACTGGACTCTTGAGAATGGCAAGTTCTGGTTTCCTGCTCAGGTCTAC
AACCGAGAGAACGGACACGTTGGATTCATGATGTCGTGTTACGATGCTAAAGTCAGATAC
GATGCCAAGACTGATACATTTCAAGCAAGATACTCGGCGCATGGACGGCGTGCGGCGGAG
GAAAACGTGACGTGGCAGAGACTGAGACCGTCTCTAGTGGACACAGAGTCACGTGACCTA
CATGTCTCTGATTGTCTGCAGGAACTTAGACCTGGTGACCATTTCGAGATCCAGTGGAGA
AGAACTAAAGAGTTCCCTTATGGCTGGTGGTTTGGAGTTGTGGGTCACCTTCAAAACTGT
GGCGGAGAAGAGAGCTGTCATTGCATCTCTGACGAGAATGTGGTGATGGAGTTTAGACAA
TTTAAACCGGAGTCACCGTGGAAAACTACGGTGTTAAAGAGGAGGGAACACCGTGGGACG
GGGAATGAAGTCTGTGGTTTTTACGGCGGTGTTAAGAAGTTGGGTACAGAGGAAGAAGTT
TCTACCTGGAAGCGGTTGTGGCCTTCCCAAGTTTTAGATTAAAATTATACTCTTTCTTTT
AGATTAAAACTATACTTTAAGAGTTAGATTCGTACTTTTATTTAGGGGAGTTTGCTTAAG
AAATAGCAAATCTCATTTAATTAATTTTGGAATTTCGACTTGATTGTAAACAAAAACACA
CTTAAAGAAAAGTGTGTATATTGGCTCTGCTTCAAGAAAACGTAAAC

QA 1 827 1 827
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4141Contig1 433 2 1 U
GGAGGGTTTGTGACTCTTCGCTTATCGCCGCTAAGCTCTCTCGTCTCCTTGAAACCGTCG
TTTCTTCAGAATGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTGAAAGTGATGGGCCGTAC
TGGGTCCAGGGGTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTCAAGTTCACAGACTCTGATCGTTACAT
TATGAGAAACGTCAAGGGGCCAGTGAGAGAAGGCGACATCCTCACCTTGCTCGAGTCTGA
GAGAGAAGCCAGGAGACTTCGTTGATTGGCCTTTTTCTTACCGCTAAGTGGAAACAAGAA
AACAGAACAATGTCTTACTTGTTTCTCTTTTTGGTTTCTCTGACCGGTTTAGTTTGGTTT
GTTGCTTTAAGACAGTTGCTGGATTGATATTGTTATTTGGTATTCAAAGCCTCTTCTTTA
TCTGCTTGTTTCT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EC17JQ C 1
AF RR3EC17TF U 1
BS 1 433 RR3EC17TF

RD RR3EC17JQ 433 0 0
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TATGAGAAACGTCAAGGGGCCAGTGAGAGAAGGCGACATCCTCACCTTGCTCGAGTCTGA
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AACAGAACAATGTCTTACTTGTTTCTCTTTTTGGTTTCTCTGACCGGTTTAGTTTGGTTT
GTTGCTTTAAGACAGTTGCTGGATTGATATTGTTATTTGGTATTCAAAGCCTCTTCTTTA
TCTGCTTGTTTCT

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR3EC17TF 433 0 0
GGAGGGTTTGTGACTCTTCGCTTATCGCCGCTAAGCTCTCTCGTCTCCTTGAAACCGTCG
TTTCTTCAGAATGGATTCTCAGATTAAGCACGCCGTGGTGGTGAAAGTGATGGGCCGTAC
TGGGTCCAGGGGTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTCAAGTTCACAGACTCTGATCGTTACAT
TATGAGAAACGTCAAGGGGCCAGTGAGAGAAGGCGACATCCTCACCTTGCTCGAGTCTGA
GAGAGAAGCCAGGAGACTTCGTTGATTGGCCTTTTTCTTACCGCTAAGTGGAAACAAGAA
AACAGAACAATGTCTTACTTGTTTCTCTTTTTGGTTTCTCTGACCGGTTTAGTTTGGTTT
GTTGCTTTAAGACAGTTGCTGGATTGATATTGTTATTTGGTATTCAAAGCCTCTTCTTTA
TCTGCTTGTTTCT

QA 1 433 1 433
DS 



AS 1 3

CO CL4142Contig1 757 3 8 U
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GCTCTTGGTGAAATTATGTTGGGGCCATGCATCTTCACTCTGCGCAGCACTCACTGGAAG
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CCCAGCCGTTCATTCCTAAGTAGCTCGGCCATGCCTAGAGAGTTCAAATTTGGGCCCTCA
TTCCACTTATCCCAGTGACCATTGGACAAGGCTTGATTTGCAGATGGTTGTTGTCTTGTT
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TTAAATCCGTAAGGATCCAGAGGCGAAGGAGATAAGTTTCTGACATCATGATGAAACCCA
TTGACTTGTTGTTGTGCAGCAGACAGAGACTGATGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F202JQ U 1
AF RR3GR26JQ U 78
AF RR3GR26TF C 66
BS 1 129 RR3F202JQ
BS 130 130 RR3GR26JQ
BS 131 222 RR3F202JQ
BS 223 223 RR3GR26JQ
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BS 625 625 RR3GR26JQ
BS 626 681 RR3F202JQ
BS 682 757 RR3GR26TF

RD RR3F202JQ 681 0 0
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TTGTATAAAATTGTTTTAGATAAAAACTTTATTGTCTATAGAACTAAATTGAGTTACAGT
TTTGAATAAAAAAACAAATAAGAGGCGGCCTCTCTAACCAACCAGTGGACTTGGACGCTT
ACATGCATCAACAAGGCAACCAAACATCAACATCTTCACGCTACTTTGGAGTTCAAAAAT
GCTCTTGGTGAAATTATGTTGGGGCCATGCATCTTCACTCTGCGCAGCACTCACTGGAAG
CAGTTTTTGATGATTCTTCCATCAACTTGGGACCAACCAGGGCAAATCCAACAAAGCAGA
ATATACCTCTCTTCATGCAAGAATTACATCCCATATGTTCTATTATACACATCCCCACCA
GGACTTGGAATACGGAATTTCGGATCTTCATATCCATTGTTGTATAGGCTCCCATTGAAT
CCCAGCCGTTCATTCCTAAGTAGCTCGGCCATGCCTAGAGAGTTCAAATTTGGGCCCTCA
TTCCACTTATCCCAGTGACCATTGGACAAGGCTTGATTTGCAGATGGTTGTTGTCTTGTT
GATCCATGTGAGAAAAGAGATAAGCTACTTCCCTGTGCCTGTTGATCCATTAGCCTTGAG
TTAAATCCGTAAGGATCCAGA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3GR26JQ 595 0 0
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GTTGGGGCCATGCATCTTCACTCTGCGCAGCACTCACTGGAAGCAGTTTTTGATGATTCT
TCCATCAACTTGGGACCAACCAGGGCAAATCCAACAAAGCAGAATATACCTCTCTTCATG
CAAGAATTACATCCCATATGTTCTATTATACACATCCCCACCAGGACTTGGAATACGGAA
TTTCGGATCTTCATATCCATTGTTGTATAGGCTCCCATTGAATCCCAGCCGTTCATTCCT
AAGTAGCTCGGCCATGCCTAGAGAGTTCAAATTTGGGCCCTCATTCCACTTATCCCAGTG
ACCATTGGACAAGGCTTGATTTGCAGATGGTTGTTGTCTTGTTGATCCATGTGAGAAAAG
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QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3GR26TF 692 0 0
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GGCAACCAAACATCAACATCTTCACGCTCCTTTGGAGTTCAAAAATGCTCTTGGTGAAAT
TATGTTGGGGCCATGCATCTTCACTCTGCGCAGCACTCACTGGAAGCAGTTTTTGATGAT
TCTTCCATCAACTTGGGACCAACCAGGGCAAATCCAACAAAGCAGAATATACCTCTCTTC
ATGCAAGAATTACATCCCATATGTTCTATTATACACATCCCCACCAGGACTTGGAATACG
GAATTTCGGATCTTCATATCCATTGTTGTATAGGCTCCCATTGAATCCCAGCCGTTCATT
CCTAAGTAGCTCGGCCATGCCTAGAGAGTTCAAATTTGGGCCCTCATTCCACTTATCCCA
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AAGAGATAAGTTACTTCCCTGTGCCTGTTGATCCATTAGCCTTGAGTTAAATCCGTAAGG
ATCCAGAGGCGAAGGAGATAAGTTTCTGACATCATGATGAAACCCATTGACTTGTTGTTG
TGCAGCAGACAGAGACTGATGTC

QA 10 692 10 692
DS 



AS 1 2

CO CL4143Contig1 757 2 12 U
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TGGTGTTTACAAGAATGGTCATGTTGAGATCATTGCCAATGACCAAGGAAACCGTATTAC
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TATTTCGTCCTTGAATTAAACGTTTATCAGTTAAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB22TF U 1
AF RR3D114JQ C 164
BS 1 186 RR3HB22TF
BS 187 187 RR3D114JQ
BS 188 342 RR3HB22TF
BS 343 343 RR3D114JQ
BS 344 417 RR3HB22TF
BS 418 418 RR3D114JQ
BS 419 483 RR3HB22TF
BS 484 484 RR3D114JQ
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BS 512 513 RR3D114JQ
BS 514 538 RR3HB22TF
BS 539 757 RR3D114JQ

RD RR3HB22TF 544 0 0
GGAACTAAAATTAAATAAAAAGAAGCCACGCAGAAAAAAGAAAAGTGAGATCCAAAGAGA
GCTCGAACACACAGACACACAAAAGCATTTCGCTATGGCTCGCTCATTCGGAGCAAACGG
CACCGTTGTGCTCGCGATCATCTTCTTCGGATGTTTATTTGCGTTCTCCACTGCTAAAGA
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TATACATGTGTTATTTCGTCCTTGAATTAAACGTTTATCAGTTAAGGC

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DS 



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TCTGAGTATGACTCTAGGGTTAAAGCCATGGAGGTCGATGAGAAGCCTACGGAAGATTAC
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ATGACGCACAAGGAGCGTTTCGAAAAGCTAGGTGTTCGTCCACCAAAGGGAGTGCTCTTG
TATGGTCCTCCAGGGACTGGTAAAACTTTAATGGCTCGTGCTTGTGCAGCACAGACCAAT
GCCACCTTCCTCAAATTGGCAGGCCCTCAATTGGTCCAGATGTTCATTGGAGATGGAGCA
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GATGAAATCGATGCAATTGGTACAAAGCGATTTGACAGTGAAGTAAGTGGAGACAGGGAA
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ATTAAGGTGATTGCAGCCACTAACCGTGCAGATATTCTAGACCCAGCACTGATGCGTTCT
GGTCGACTGGACAGGAAGATTGAGTTCCCACATCCTACAGAAGAAGCAAGAGTCAGAATC
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CTTGTTTCTTTCAACTAGTTTTACATTCCGATTGGGATATTTTTCATATTTAGTTGTGTT
CATCTTCTTTTCCTGAAAAAGTGGAATTTAATATGGAAACACACTACAGTTTCACGCC


BQ
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AF RR3CA32TF U 1
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AF RR3FL82JQ C 791
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DS 

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G
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TTTCAATGGTGCTCAGCTGAAAGCAGTTTGTG

QA 2 753 2 753
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DS 



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ATCAATAATTTGAGAGACACGGGTGAT


BQ
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AF RR3BY21TF U 1
AF RR3EP86TF U 44
BS 1 457 RR3BY21TF
BS 458 507 RR3EP86TF

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GAATACAAAATGTCGGCGGTAGGAACATCGAAAGGGATCTTGGAGATAGCTAAGTTCGGT
TTCTACGTCGCAGTACCTATCGGTCTTATGTATACATTCGCCAACAACAGCACCAATATC
AAGAAATTTATGGGCGATCGTTCGTATGTTGTCTACCCTGAAGAGGCACCTCGACCTCCT
TCACCCGAGGAGATGCGAGAGATGGCGCGAGAGCTTGCCCGTAAGAAGAACATTTCCTGA
ATTGAATTGAGGAACAAGTTAATATTGCAATTGCTCGGGGTAAGGTAATAATGTATCTTT
GTTGATTCCTGTACTGTAAGAATAGAAATGGGATGTGTAACTCAAATAATGAGGAAGAAC
ATGCGTGTTTTGTTCGCTAAAGGAACCTTTTTGTTAC
AT

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR3EP86TF 464 0 0
GACAT
CTCTGATCTCTGGAATACAAAATGTCGGCGGTAGGAACATCGAAAGGGATCTTGGAGATA
GCTAAGTTCGGTTTCTACGTCGCAGTACCTATCGGTCTTATGTATACATTCGCCAACAAC
AGCACCAATATCAAGAAATTTATGGGCGATCGTTCGTATGTTGTCTACCCTGAAGAGGCA
CCTCGACCTCCTTCACCCGAGGAGATGCGAGAGATGGCGCGAGAGCTTGCCCGTAAGAAG
AACATTTCCTGAATTGAATTGAGGAACAAGTTAATATTGCAATTGCTCGGGGTAAGGTAA
TAATGTATCTTTGTTGATTCCTGTACTGTAAGAATAGAAATGGGATGTGTAACTCAAATA
ATGAGGAAGAACATGTGTGTTTTGTTCGCTAAAGGAACCTTTTTGTTACATATCTTGTAC
TTTACTATACGCATCAATAATTTGAGAGACACGGGTGAT

QA 6 464 6 464
DS 



AS 1 3

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TTTTTCTCCGCCTATCTCTTTCTCTCTCTGCGGAATCTCTTCTTCTCGTTTTGAGTCCGT
AAGATCCCCCTCGAAAACAAAAAAGAGATGGCGGAGGAGAAGAAAGTTGCCCCGATTGGT
GTGTGGACCGCCGTGAAGCCCTTCGTCAATGGCGGAGCCTCCGGTATGCTCGCGACTTGC
GTCATCCAGCCGATTGACATGATCAAGGTGAGGATTCAACTAGGTCAGGGATCTGCAGCC
AGTGTGACCAAGAACATGTTGAAGAATGATGGTATTGGTGCTTTCTACAAGGGATTGTCT
GCTGGTTTGTTGAGGCAAGCAACTTACACCACAGCCCGTCTTGGATCTTTCAAGATGCTG
ACTGCAAAAGCGATTGAGGCTAACGATGGGAAGCCGCTACCTCTGTATCAGAAGGCTCTC
TGTGGTCTGACGGCCGGTGCCATTGGTGCTTGCGTCGGTAGTCCGGCCGATTTGGCGCTT
ATCAGAATGCAAGCCGACAACACCTTGCCGTTAGCTCAGCGCAGGAACTACACCAACGCC
TTCCACGCGCTGTACCGTATCAGCGCCGACGAAGGAGTTTTGGCGCTCTGGAAAGGTTGT
GGTCCCACTGTGGTCAGAGCTATGGCTTTGAACATGGGTATGCTTGCTTCTTACGATCAG
AGTGCTGAGTACATGAGAGATAATCTCGGTCTTGGGGAGACTTCTACCGTCGTTGGAGCA
AGTGCTGTTTCGGGGTTCTGCGCTGCGGCTTGCAGTCTACCATTTGACTTTGTCAAAACA
CAGATCCAGAAAATGCAACCGGACGCTCAGGGGAAGTATCCATACACGGGTTCGCTCGAC
TGTGCAATGCAAACCTTGAAGTCGGGAGGACCTCTGAAATTCTACACAGGTTTCCCTGTT
TACTGCGTCAGGATCGCCCCTCACGTCATGATGACATGGATCTTCCTGAACCAGATTACA
AAGCTTCAGAAGACCATTGGTCTGTGAGATTCAAGCATTGTGAAGTGCGTGGCGAGAATA
AGATGAGAAGAAAAACACAATTGGAATTGTGTTAGATTTGCCTTTTTTATTCATATACAT
GATGATCACATTTACCTCGACGCATTATTGGAAACTGTTGAAGACTTTAATATTTTTGTT
GTTGTTGAGGATCGTTGATTGGTCTGGTAAACTTCCTTTTGAAATTTAAAAGAAACACAA
TTCTGAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW04TF U 1
AF RR3EK77TF U 523
AF RR3BW04JQ C 472
BS 1 720 RR3BW04TF
BS 721 1118 RR3EK77TF
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AAGATCCCCCTCGAAAACAAAAAAGAGATGGCGGAGGAGAAGAAAGTTGCCCCGATTGGT
GTGTGGACCGCCGTGAAGCCCTTCGTCAATGGCGGAGCCTCCGGTATGCTCGCGACTTGC
GTCATCCAGCCGATTGACATGATCAAGGTGAGGATTCAACTAGGTCAGGGATCTGCAGCC
AGTGTGACCAAGAACATGTTGAAGAATGATGGTATTGGTGCTTTCTACAAGGGATTGTCT
GCTGGTTTGTTGAGGCAAGCAACTTACACCACAGCCCGTCTTGGATCTTTCAAGATGCTG
ACTGCAAAAGCGATTGAGGCTAACGATGGGAAGCCGCTACCTCTGTATCAGAAGGCTCTC
TGTGGTCTGACGGCCGGTGCCATTGGTGCTTGCGTCGGTAGTCCGGCCGATTTGGCGCTT
ATCAGAATGCAAGCCGACAACACCTTGCCGTTAGCTCAGCGCAGGAACTACACCAACGCC
TTCCACGCGCTGTACCGTATCAGCGCCGACGAAGGAGTTTTGGCGCTCTGGAAAGGTTGT
GGTCCCACTGTGGTCAGAGCTATGGCTTTGAACATGGGTATGCTTGCTTCTTACGATCAG
AGTGCTGAGTACATGAGAGATAATCTCGGTCTTGGGGAGACTTCTACCGTCGTTGGAGCA
GTGCTGT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3EK77TF 596 0 0
G
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CGCTCTGGAAAGGTTGTGGTCCCACTGTGGTCAGAGCTATGGCTTTGAACATGGGTATGC
TTGCTTCTTACGATCAGAGTGCTGAGTACATGAGAGATAATCTCGGTCTTGGGGAGACTT
CTACCGTCGTTGGAGCAAGTGCTGTTTCGGGGTTCTGCGCTGCGGCTTGCAGTCTACCAT
TTGACTTTGTCAAAACACAGATCCAGAAAATGCAACCGGACGCTCAGGGGAAGTATCCAT
ACACGGGTTCGCTCGACTGTGCAATGCAAACCTTGAAGTCGGGAGGACCTCTGAAATTCT
ACACAGGTTTCCCTGTTTACTGCGTCAGGATCGCCCCTCACGTCATGATGACATGGATCT
TCCTGAACCAGATTACAAAGCTTCAGAAGACCATTGGTCTGTGAGATTCAAGCATTGTGA
AGTGCGTGGCGAGAATAAGATGAGAAGAAAAACACAATTGGAATTGTGTTAGATTTGCCT
TTTTTATTCATATACATGATGATCACATTTACCTCGACGCATTATTGGAAACTGT

QA 2 596 2 596
DS 

RD RR3BW04JQ 740 0 0
TTGGCGCTTATCAGAATGCAAGC*GACAACACCTTGCCGTTAGCTCAGCGCAGGAACTAC
ACCAACGCCTTCCACGCGCTGTACCGTATCAGCGCCGACGAAGGAGTTTTGGCGCTCTGG
AAAGGTTGTGGTCCCACTGTGGTCAGAGCTATGGCTTTGAACATGGGTATGCTTGCTTCT
TACGATCAGAGTGCTGAGTACATGAGAGATAATCTCGGTCTTGGGGAGACTTCTACCGTC
GTTGGAGCAAGTGCTGTTTCGGGGTTCTGCGCTGCGGCTTGCAGTCTACCATTTGACTTT
GTCAAAACACAGATCCAGAAAATGCAACCGGACGCTCAGGGGAAGTATCCATACACGGGT
TCGCTCGACTGTGCAATGCAAACCTTGAAGTCGGGAGGACCTCTGAAATTCTACACAGGT
TTCCCTGTTTACTGCGTCAGGATCGCCCCTCACGTCATGATGACATGGATCTTCCTGAAC
CAGATTACAAAGTTTCAGAAGACCATTGGTCTGTGAGATTCAAGCATTGTGAAGTGCGTG
GCGAGAATAAGATGAGAAGAAAAACACAATTGGAATTGTGTTAGATTTGCCTTTTTTATT
CATATACATGATGATCACATTTACCTTGACGCATTATTGGAAACTGTTGAAGACTTTAAT
ATTTTTGTTGTTGTTGAGGATCGTTGATTGGTCTGGTAAACTTCCTTTTGAAATTTAAAA
GAAACACAATTCTGAGATCC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 3

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ATTAATCAAAGAGCTATATGGAAATATCCAATGTGATGCTTCTTGTAGCGACTATTGCAG
CGTATTGGCTATGGTTCAAGAGGATATCACGGTGGCTAAAGGGTCCACGTGTGTGGCCTG
TACTGGGCAGTCTCCCTGGTCTGATAGAGCAGCGTGACAGGATGCATGAGTGGATCACCG
AGAACCTCCGTGCGTGCGGAGGTACTTACCAAACTTGTATCTGTGCAGTGCCTTTCTTGG
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AGACCCGGTTCGATAACTACCCTAAAGGTCCAACGTGGCAATCCGTCTTCCACGACCTTC
TTGGCCAAGGTATTTTCAACTCCGACGGTGACACTTGGCTATTCCAACGCAAAACTGCTG
CTCTCGAATTCACAACAAGAACGTTACGGCAAGCCATGGGTAGGTGGGTAAACCGAGGAA
TTAAGCTCCGGTTCTGTCCAATACTTGAATCGGCCCAAGCCAAAGCCGAGCCGGTTGATC
TGCAGGACTTGATACTCCGGCTCACACTTGATAACATTTGCGGATTGGCGTTCGGTAAGG
ACACAAAAACCTGCTCGCCGGGGCTTCCTGAGAACAGTTTTGCGACGGCTTTCGACAGAG
CCACCGAAGCATCCCTTCAAAGGTTTATCTTGCCGGAGTTTCTTTGGAAGCTGAAGAAAT
GGCTTGGACTGGGCCTAGAAGTCAGTTTGAGCCGAAGCCTGGAAGAAATGGACGGATATT
TAGCCAAGGTCATTAATACACGTAAGCAGGAACTGATGAGTCAGCAGCAAGAAAGTGGAC
ACGACGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CF73TF U 1
AF RR3CN33TF U 40
AF RR3CN33JQ C 253
BS 1 306 RR3CF73TF
BS 307 307 RR3CN33TF
BS 308 343 RR3CF73TF
BS 344 344 RR3CN33TF
BS 345 605 RR3CF73TF
BS 606 606 RR3CN33TF
BS 607 626 RR3CF73TF
BS 627 627 RR3CN33TF
BS 628 645 RR3CF73TF
BS 646 646 RR3CN33TF
BS 647 662 RR3CF73TF
BS 663 707 RR3CN33TF
BS 708 708 RR3CN33JQ
BS 709 738 RR3CN33TF
BS 739 909 RR3CN33JQ

RD RR3CF73TF 662 0 0
GGAACTTCATCTTTTCACTCCTCTTCTCAATCACCACATTCATATTTCCCCCGGGGAAAT
ATTAATCAAAGAGCTATATGGAAATATCCAATGTGATGCTTCTTGTAGCGACTATTGCAG
CGTATTGGCTATGGTTCAAGAGGATATCACGGTGGCTAAAGGGTCCACGTGTGTGGCCTG
TACTGGGCAGTCTCCCTGGTCTGATAGAGCAGCGTGACAGGATGCATGAGTGGATCACCG
AGAACCTCCGTGCGTGCGGAGGTACTTACCAAACTTGTATCTGTGCAGTGCCTTTCTTGG
CAAGGACGCAAGGTCTCGTGACTGTCACGTGTGACCCGAGGAACCTTGAACACATGCTCA
AGACCCGGTTCGATAACTACCCTAAAGGTCCAACGTGGCAATCCGTCTTCCACGACCTTC
TTGGCCAAGGTATTTTCAACTCCGACGGTGACACTTGGCTATTCCAACGCAAAACTGCTG
CTCTCGAATTCACAACAAGAACGTTACGGCAAGCCATGGGTAGGTGGGTAAACCGAGGAA
TTAAGCTCCGGTTCTGTCCAATACTTGAATCGGCCCAAGCCAAAGCCGAGCCGGTTGATC
TGCAG*ACTTGATACTCCGGCTCACATTTGATAACATTTGCGGAT*GGCGTTCGGTAAGG
AC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3CN33TF 699 0 0
G
CATATTTCCCCCGGGGAAATATTAATCAAAGAGCTATATGGAAATATCCAATGTGATGCT
TCTTGTAGCGACTATTGCAGCGTATTGGCTATGGTTCAAGAGGATATCACGGTGGCTAAA
GGGTCCACGTGTGTGGCCTGTACTGGGCAGTCTCCCTGGTCTGATAGAGCAGCGTGACAG
GATGCATGAGTGGATCACCGAGAACCTCCGTGCGTGCGGAGGTACTTACCAAACTTGTAT
CTGTGCAGTGCCTTTCTTGGCAAGGAAGCAAGGTCTCGTGACTGTCACGTGTGACCCGAG
GAATCTTGAACACATGCTCAAGACCCGGTTCGATAACTACCCTAAAGGTCCAACGTGGCA
ATCCGTCTTCCACGACCTTCTTGGCCAAGGTATTTTCAACTCCGACGGTGACACTTGGCT
ATTCCAACGCAAAACTGCTGCTCTCGAATTCACAACAAGAACGTTACGGCAAGCCATGGG
TAGGTGGGTAAACCGAGGAATTAAGCTCCGGTTCTGTCCAATACTTGAATCGGCCCAAGC
CAAAGCCGAGCCGGTTGATCTGCAGGACTTGATACTCCGGCTCACACTTGATAACATTTG
CGGATTGGCGTTCGGTAAGGACACAAAAACCTGCTCGCCGGGGCTTCCTGAGAACAGTTT
TGCGACG*CTTTCGACAGAGCCACCGAAGCATCCCTTC

QA 2 699 2 699
DS 

RD RR3CN33JQ 657 0 0
CGTGCGGAGGTACTTACCAAACTTGTATCTGTGCAGTGCCTTTCTTGGCAAGGAAGCAAG
GTCTCGTGACTGTCACGTGTGACCCGAGGAATCTTGAACACATGCTCAAGACCCGGTTCG
ATAACTACCCTAAAGGTCCAACGTGGCAATCCGTCTTCCACGACCTTCTTGGCCAAGGTA
TTTTCAACTCCGACGGTGACACTTGGCTATTCCAACGCAAAACTGCTGCTCTCGAATTCA
CAACAAGAACGTTACGGCAAGCCATGGGTAGGTGGGTAAACCGAGGAATTAAGCTCCGGT
TCTGTCCAATACTTGAATCGGCCCAAGCCAAAGCCGAGCCGGTTGATCTGCAGGACTTGA
TACTCCGGCTCACACTTGATAACATTTGCGGATTGGCGTTCGGTAAGGACACAAAAACCT
GCTCGCCGGGGCTTCCTGAGAACAGTTTTGCGACGGCTTTCGACAGAGCCACCGAAGCAT
CCCTTCAAAGGTTTATCTTGCCGGAGTTTCTTTGGAAGCTGAAGAAATGGCTTGGACTGG
GCCTAGAAGTCAGTTTGAGCCGAAGCCTGGAAGAAATGGACGGATATTTAGCCAAGGTCA
TTAATACACGTAAGCAGGAACTGATGAGTCAGCAGCAAGAAAGTGGACACGACGATC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 3

CO CL4148Contig1 577 3 3 U
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AAAATGGTGACTGCCAAGAAAACGAAGAAGTCTCACGAGGGAATCAACAGTAGGTTGGCT
CTTGTGATGAAGAGTGGTAAATACACTCTTGGTTGCAAGTCCGTCCTCAAGTCTCTCCGT
GGCTCTAAAGGGAAGCTTATTCTCATCTCTTCCAACTGCCCACCGTTGAGGAGATCAGAG
ATTGAGTATTACGCAATGCTCGCCAAAGTTGGTGTTCACCACTACAATGGAAACAACGTT
GATTTGGGTACAGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATCGTTGATCCT
GGTGATTCTGACATTATCAAGAGCATTCCTGGTGATCAGTGATATACCATTATCAATTTT
GTTTTTCCCCTACTTCTATGGATATTCTCAAAATTTTATTAGCAAACAATCTTGTGTTTG
GTGTTTTGTTATTTTACATTATGAAAAGGATAGGAAAAAATATAAATGTTTTATTTTTGA
CATTTCTGAGAGTCAAATTTTCTGTTCTATATTTAAG


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E740JQ C 1
AF RR3E740TF U 1
AF RR3F052TF U 4
BS 1 5 RR3E740JQ
BS 6 541 RR3E740TF
BS 542 577 RR3F052TF

RD RR3E740JQ 542 0 0
GGCTTCTTGATCTCTCCTCTGCCGCACGACAGGACAGTAGTTTCTCAATCTCTCTCTGCG
AAAATGGTGACTGCCAAGAAAACGAAGAAGTCTCACGAGGGAATCAACAGTAGGTTGGCT
CTTGTGATGAAGAGTGGTAAATACACTCTTGGTTGCAAGTCCGTCCTCAAGTCTCTCCGT
GGCTCTAAAGGGAAGCTTATTCTCATCTCTTCCAACTGCCCACCGTTGAGGAGATCAGAG
ATTGAGTATTACGCAATGCTCGCCAAAGTTGGTGTTCACCACTACAATGGAAACAACGTT
GATTTGGGTACAGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATCGTTGATCCT
GGTGATTCTGACATTATCAAGAGCATTCCTGGTGATCAGTGATATACCATTATCAATTTT
GTTTTTCCCCTACTTCTATGGATATTCTCAAAATTTTATTAGCAAACAATCTTGTGTTTG
GTGTTTTGTTATTTTACATTATGAAAAGGATAGGAAAAAATATAAATGTTTTATTTTTGA
C
G

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3E740TF 542 0 0
GGCTT
CTTGATCTCTCCTCTGCCGCACGACAGGACAGTAGTTTCTCAATCTCTCTCTGCGAAAAT
GGTGACTGCCAAGAAAACGAAGAAGTCTCACGAGGGAATCAACAGTAGGTTGGCTCTTGT
GATGAAGAGTGGTAAATACACTCTTGGTTGCAAGTCCGTCCTCAAGTCTCTCCGTGGCTC
TAAAGGGAAGCTTATTCTCATCTCTTCCAACTGCCCACCGTTGAGGAGATCAGAGATTGA
GTATTACGCAATGCTCGCCAAAGTTGGTGTTCACCACTACAATGGAAACAACGTTGATTT
GGGTACAGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATCGTTGATCCTGGTGA
TTCTGACATTATCAAGAGCATTCCTGGTGATCAGTGATATACCATTATCAATTTTGTTTT
TCCCCTACTTCTATGGATATTCTCAAAATTTTATTAGCAAACAATCTTGTGTTTGGTGTT
TTGTTATTTTACATTATGAAAAGGATAGGAAAAAATATAAATGTTTTATTTTTGAC
G

QA 6 541 6 541
DS 

RD RR3F052TF 574 0 0
GA
CTTGATCTCTCCTCTGCCGCACGACAGGACAGTAGTTTCTCAATCTCTCTCTGCGAAAAT
GGTGACTGCCAAGAAAACGAAGAAGTCTCACGAGGGAATCAACAGTAGGTTGGCTCTTGT
GATGAAGAGTGGTAAATACACTCTTGGTTACAAGTCCGTCCTCAAGTCTCTCCGTGGCTC
TAAAGGGAAACTTATTCTCATCTCTTCCAACTGCCCACCGTTGAGGAGATCAGAGATTGA
GTATTACGCAATGCTCGCCAAAGTTGGTGTTCACCACTACAATGGAAACAACGTTGATTT
GGGTACAGCTTGTGGAAAGTACTTCCGTGTTTCTTGTCTGAGCATCGTTGATCCTGGTGA
TTCTGACATTATCAAGAGCATTCCTGGTGATCAGTGATATACCATTATCAATTTTGTTTT
TCCCCTACTTCTATGGATATTCTCAAAATTTTATTAGCAAACAATCTTGTGTTTGGTGTT
TTGTTATTTTACATTATGAAAAGGATAGGAAAAAATATAAATGTTTTATTTTTGACATTT
CTGAGAGTCAAATTTTCTGTTCTATATTTAAG

QA 3 574 3 574
DS 



AS 1 2

CO CL4149Contig1 829 2 4 U
GCATCACTTTGCTCCAAAACTGACACTGAGGAGAAAGCAGAGGACAGGAAGGAGACGACG
ACGGCGGCGGGGCAGTCTCCGGTGGTTTCAAGAAGAGACATAGCTACTCAGATGAGTCCA
GAAGAGATGAGTCCTAGTAATGACCAATCTACTCCTCAAGAGCTGCTGCTATCTCCACCG
TTGGTTGTTTCTGTGATTGAGCCTCCTCCTCCTGCTCCTTGTAGAGGTGGTGGTGGTGGT
GGTGAAGTGAGAGAAGTGAAGATGGATAAATGAGCAAAGATGATTAAGCGTCCAAAGAGA
CGAGTTATGTCTTCTAGGATTATTATGAGGAGAGAGCAACCTGAGGTTGAAGAAGAAGAC
AACTCTGAAGAAGCTTCTGCTTCTTCTTCTTCTTGGGATATCTCTGAACCTGCCATGTCT
CTTTCTAAGTTGCAGAGAGAGGAAGCAAAGATAGCAGCTTGGGAAAATCTGCAGAAGGCC
AAAGCAGAAGCTGCCATTAGAAAACTCGAGGTGAAGCTGGAGAAGAAGAAATCAGCATCA
ATGGATAAGATCTTGAACAAGCTCCAATCAGCAAAGCTAAAAGCACAGGAGATGAGGAGG
AGTTCAGTATCAAGTGACCATCAACAACAACAACAAGAACAACAAGAACAACAACAAGTC
CCCAGAAACTCAGTGAAGATCACTCATCTTGTCAGAAGACATACTACTTTCATGACACCT
TTCATGGCTTGCTTTGCTCCTCGCGTCGATTGCAGCAGAAAGTCTCCTTCTCCTGCTGCT
CTCTAGTTTTCCCCCATTCTTTTTGGTTTTGTTAAAAGACACAAATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EJ70TF U 1
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CTTTCTAAGTTGCAGAGAGAGGAAGCAAAGATAGCAGCTTGGGAAAATCTGCAGAAGGCC
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AAAGATGATTAAGCGTCCAAAGAGACGAGTTATGTCTTCTAGGATTATTATGAGGAGAGA
GCAACCTGAGGTTGAAGAAGAAGACAACTCTGAAGAAGCTTCTGCTTCTTCTTCTTCTTG
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AGAACAACAAGAACAACAACAAGTCCCCAGAAACTCAGTGAAGATCACTCATCTTGTCAG
AAGACATACTACTTTCATGACACCTTTCATGGCTTGCTTTGCTCCTCGCGTCGATTGCAG
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AAGACACAAATTTG

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR3BR84JQ C 1
AF RR3BR84TF U 1
AF RR3CI91TF U 1
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G

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AATAACAGTATCC
G

QA 1 433 1 433
DS 

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CCACCGTGGCATTTCCGGTGGTTGGCTCTATCGTTGCTGCATCAGTCTCCGCCTTCTTGG
CCCTTCTATTGCAGTAAAGAGTTACATTGAGAAGGTTTCTAAGAGATATGTAACAAAAAC
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AATAACAGTATCCTATATA

QA 1 439 1 439
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GCACGCTGAAGCTTATTCTGGTGCGGACGTGGCAAGCGAATCTATCAAGCGGCTTGTGGT
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TGTGCATCTCGACTATTCTTGTTATGTATCCGAGAATCATTGGTTTGATGATTTGGAGTC
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ATGATGATGATGATGAGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGATGAT


BQ
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AF RR3EZ85TF U 47
AF RR3C291TF U 1
BS 1 87 RR3C291TF
BS 88 88 RR3EZ85TF
BS 89 766 RR3C291TF

RD RR3EZ85TF 141 0 0
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TCGATCCTGTCGAAGAGGTGG

QA 1 141 1 141
DS 

RD RR3C291TF 766 0 0
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TTAGGTTAGTATGAAAAAAAATTCTAGGGATTTGATAAGTAGTTTGCCAGATGAGCTTCT
TGGCAAAATCCTGTCATTGGTTCCGACAAAAGAGGCTGCTTCTACATCGATCCTGTCGAA
GAGGTGGAAGAACCGGCTGTGTCTTGTAGACAGCCTTTGTTTTGATGATTCGATGGTTAT
GTATCCCAGGGAGGAAGGAGCATCATGTGGTTCACATCGCTTCTTAGATTTCGTGGACAA
GACTTTTGCTCTGTTAAACAATTCTCCTGCTGTCATCATCAAGAAATTATCTCTGTCTCG
CGGACATGTATATGGCAGTCGCTGTCACGCTCAGGCAGCGTGTAAGCAAGATCATGTGAA
ACTTTGTTTGAACCGTTGGATTTGGACTGCTATGGAGCGCGGTTTATTGGAACTACACTT
GCACGCTGAAGCTTATTCTGGTGCGGACGTGGCAAGCGAATCTATCAAGCGGCTTGTGGT
TTTTGTCAATCTTCCAAAATTTGATCACCCCGAAGTAACTTATTTGAGAGCACCTAATCT
TGTGCATCTCGACTATTCTTGTTATGTATCCGAGAATCATTGGTTTGATGATTTGGAGTC
GCTTGTCCAAGTCAGCTGGATCTCAGTTATGGGAGTCAACTTATGATTATGATTACGATG
ATGATGATGATGATGAGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGATGAT

QA 1 766 1 766
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4154Contig1 1063 2 2 U
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TTTTGTATATTTAAAAGTTTTGTGTAAAAGGTTATAGCTCTTGCAATTCTGTTGAGAAAT
TAGTCGGTTGTTTTTTAAATCTAAAACGGATCACTGGTTGTTGATTATAGGAGTAGAAAA
AAGAAAAGTCTTTGTGATCATCAGTAAAAAGAAACAAGGGCACAAACTAAAAGAAGATGA
ACTGAAACCTACTTTAACATCTCTGTCTCTCTATTTATCTAAAACCAAAGCTGAAGTAAA
GAGAAAGTAGGAAGCATAAGAAGAAGATGATGTTGAGAGAGTAAGAAGAAAGCTCAATCT
AATTTGAAGGAGGCATGTGTAAACTGAAACAGAGAAGTAAACTGAGACCAGCCAGCCCTG
AGGAATGGACCATCTCTGTTTACTGAGGATTGTGGCCAGGCCAGAGGTGAGGACGGTACA
TCTGCTGCATAGGCATTTGGTGAAGTGGTTGCGGCGGAGGAGAGTTTCCAAATAGTCCGT
GATGATTGTTGTTGTTATTGTTGTTGCTACCACGGTGCAACGGAGAGTTACTTTCGTTTT
CTTCTGATGAGTCGCTTGAATGCTGCTGTCCCTGAGACCGAGGAGGGCTTCCTGGTCCTC
CACCACCACCACCACCAAAGCTCAACATATTGGCTGGTGCTGAAGCTGGCTCGGGAGTAG
GATTCTGAACTCGCGCTGCGCTTTGTTTAGGTTTCTTCACTTCTGGTACAAAGCTTCCAA
CAACGACCTATATTAAAACCAGAAGCAAAGTCAGCGTCTTGAAGATTGTGTGAATTTAAC
TCGGTTTGAGATATGGGAGTAAACCTGGACTTGTGATCCAGCAACAAGCATTCCAGCAAC
ACAACCACCCACAACCTGACCATCTGGTCTAGCCAGAGATACACTAAGACTACCGGTTTT
AGTCACAGTACCATTACTCTCAGTATTCAAGAAAGAGCCTGACATAGGAATGATCTCATA
TGGTCCCTGCATATACAACAACACAAGATCACACAGACAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3ET35TF U 1
AF RR3ET35JQ C 504
BS 1 773 RR3ET35TF
BS 774 1063 RR3ET35JQ

RD RR3ET35TF 773 0 0
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TTTTGTATATTTAAAAGTTTTGTGTAAAAGGTTATAGCTCTTGCAATTCTGTTGAGAAAT
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AAGAAAAGTCTTTGTGATCATCAGTAAAAAGAAACAAGGGCACAAACTAAAAGAAGATGA
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GAGAAAGTAGGAAGCATAAGAAGAAGATGATGTTGAGAGAGTAAGAAGAAAGCTCAATCT
AATTTGAAGGAGGCATGTGTAAACTGAAACAGAGAAGTAAACTGAGACCAGCCAGCCCTG
AGGAATGGACCATCTCTGTTTACTGAGGATTGTGGCCAGGCCAGAGGTGAGGACGGTACA
TCTGCTGCATAGGCATTTGGTGAAGTGGTTGCGGCGGAGGAGAGTTTCCAAATAGTCCGT
GATGATTGTTGTTGTTATTGTTGTTGCTACCACGGTGCAACGGAGAGTTACTTTCGTTTT
CTTCTGATGAGTCGCTTGAATGCTGCTGTCCCTGAGACCGAGGAGGGCTTCCTGGTCCTC
CACCACCACCACCACCAAAGCTCAACATATTGGCTGGTGCTGAAGCTGGCTCGGGAGTAG
GATTCTGAACTCGCGCTGCGCTTTGTTTAGGTTTCTTCACTTCTGGTACAAAG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3ET35JQ 560 0 0
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TGCTGTCCCTGAGACCGAGGAGGGCTTCCTGGTCCTCCACCACCACCACCACCAAAGCTC
AACATATTGGCTGGTGCTGAAGCTGGCTCGGGAGTAGGATTCTGAACTCGCGCTGCGCTT
TGTTTAGGTTTCTTCACTTCTGGTACAAAGCTTCCAACAACGACCTATATTAAAACCAGA
AGCAAAGTCAGCGTCTTGAAGATTGTGTGAATTTAACTCGGTTTGAGATATGGGAGTAAA
CCTGGACTTGTGATCCAGCAACAAGCATTCCAGCAACACAACCACCCACAACCTGACCAT
CTGGTCTAGCCAGAGATACACTAAGACTACCGGTTTTAGTCACAGTACCATTACTCTCAG
TATTCAAGAAAGAGCCTGACATAGGAATGATCTCATATGGTCCCTGCATATACAACAACA
CAAGATCACACAGACAATCC

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 3

CO CL4155Contig1 1185 3 9 U
GGACTCTGTTTCTCTACCACTCCAAAGTTTCTAAAGTAGTAGAAAGATGATGATGATGAA
CGGAGAAGCTACAGAAGCTGAGCTTTTCCTCAACTGTGCCGACATGTCTGTCTTAGAGCG
CCAAAGGGCTCACCTCAACTACCACCCCCACCACTATCCCGGCTTCTTCTCCAATTCTTC
CACGATTAACGGCGGCGATATCGACGGCTTTCTAGCGTCGGCCGGTTTAGAGCTTCCGGC
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TACAACTGAGTCTGGAAATTTCAAGAAAAGGAAGTTTGGTTGCGTCGATACAGAGACTAA
GGTTTGTAATGAGAAGAAGAAGATGATGATGATGATGATGAACAGAGAAGCAGCAGTTGA
GGAGGAAGAAGAAGAAGAGAAGTCGAAAGACTCGCAGAGAACAGATTATATTCATGTTCG
TGCACGGAGAGGCCAAGCCACCGATAGCCACAGCATTGCAGAACGAGCTAGAAGAGAAAA
GATCAGTGAGAGAATGAAGTTTCTACAAGATTTAGTTCCTGGATGTGACAAGATCACAGG
CAAAGCAGGGATGCTTGATGAGATCATTAACTATGTTCAGTCTCTTCAGCGACAAGTCGA
GTTCTTATCGATGAAGCTAGCAACTGTTAGTCCAAGGCTGGATTTCAACATCGATGACAT
TTTTGCCAAAGAGGTTGTCTCAGCTCCAATGACGAACTTACCAAACACTGTGATGCCACC
TCATATGATGGTGAATTCCGGTTATCCTCATGATATGGTCGATTCCGGTTATGTTCATTT
CAATCCAATGCAACAAGTGGTTGCTAGTTCTGATCCACTATCATGTTTCAACAATGGTCA
ATCAGCTGCTAATGTGTGGGACTCCGATGTGCAGAATCTTTATAGCAGTCTAGGTGTTTG
ATTTAAAAGTGTTCCTTAGTTCTAGACCATTGTCAGGTTCTCTGGATACATGCAGCTTAT
TTTTTTCAAGTGGGAAGATCAAACTCATATTATTTTCATCAGAAAAGAGAGCAAAGTTAG
CAGTTATTTACTAATTTCAGTAAATTAATTTAAGATTTTCAGCCCATCATTGTAGTATCA
GAGACAAGAGTGTATACAGTATTGTGTGTATAGATGCCAAACAAT


BQ
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AF RR3AP69TF U 1
AF RR3AP69JQ C 403
AF RR3EL42TF U 729
BS 1 696 RR3AP69TF
BS 697 697 RR3AP69JQ
BS 698 725 RR3AP69TF
BS 726 729 RR3AP69JQ
BS 730 819 RR3EL42TF
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BS 821 924 RR3EL42TF
BS 925 925 RR3AP69JQ
BS 926 1185 RR3EL42TF

RD RR3AP69TF 725 0 0
GGACTCTGTTTCTCTACCACTCCAAAGTTTCTAAAGTAGTAGAAAGATGATGATGATGAA
CGGAGAAGCTACAGAAGCTGAGCTTTTCCTCAACTGTGCCGACATGTCTGTCTTAGAGCG
CCAAAGGGCTCACCTCAACTACCACCCCCACCACTATCCCGGCTTCTTCTCCAATTCTTC
CACGATTAACGGCGGCGATATCGACGGCTTTCTAGCGTCGGCCGGTTTAGAGCTTCCGGC
GATTTATGGGGAGACGACGGTGCACGGTGACGCGAGAATCTCTGTTACTCCGGGAAATAT
TACAACTGAGTCTGGAAATTTCAAGAAAAGGAAGTTTGGTTGCGTCGATACAGAGACTAA
GGTTTGTAATGAGAAGAAGAAGATGATGATGATGATGATGAACAGAGAAGCAGCAGTTGA
GGAGGAAGAAGAAGAAGAGAAGTCGAAAGACTCGCAGAGAACAGATTATATTCATGTTCG
TGCACGGAGAGGCCAAGCCACCGATAGCCACAGCATTGCAGAACGAGCTAGAAGAGAAAA
GATCAGTGAGAGAATGAAGTTTCTACAAGATTTAGTTCCTGGATGTGACAAGATCACAGG
CAAAGCAGGGATGCTTGATGAGATCATTAACTATGTTCAGTCTCTTCAGCGACAAGTCGA
GTTCTTATCGATGAAGCTAGCAACTGTTAGTCCAAG*CTGGATTTCAACATCGATGACAT
TTTTG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3AP69JQ 783 0 0
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AGATTATATTCATGTTCGTGCACGGAGAGGCCAAGCCACCGATAGCCACAGCATTGCAGA
ACGAGCTAGAAGAGAAAAGATCAGTGAGAGAATGAAGTTTCTACAAGATTTAGTTCCTGG
ATGTGACAAGATCACAGGCAAAGCAGGGATGCTTGATGAGATCATTAACTATGTTCAGTC
TCTTCAGCGACAAGTCGAGTTCTTATCGATGAAGCTAGCAACTGTTAGTCCAAGGCTGGA
TTTCAACATCGATGACATTTTTGCCAAAGAGGTTGTTTCAGCTCCAATGACGAACTTACC
AAACACTGTGATGCCACCTCATATGATGGTGAATTCCGGTTATCCTCATGATATGGTCGA
TTCCGGTTATGTTCATTTCAATCCAATGCAACAAGTGGTTGCTAGTTCTGATCCACTATC
ATGTTTCAACAATGGTCAATCAGCTGCTAATGTGTGGGACTCCGATGTGCAGAATCTTTA
TAGCAGTCTAGGTGTTTGATTTAAAAGTGTTCCTTAGTTCTAGACCATTGTCAGGTTCTC
TGGATACATGCAGCTTATTTTTTTCAAGTGGGAAGATCAAACTCATATTATTTTCATCAG
AAAAGAGAGCAAAGTTAGCAGTTATTTACTAATTTCAGTAAATTAATTTAAGATTTTCAG
CCCATCATTGTAGTATCAGAGACAAGAGTGTATACAGTATTGTGTGTATAGATGCCAAAC
AAT

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3EL42TF 457 0 0
G
AGAGGTTGTCTCAGCTCCAATGACGAACTTACCAAACACTGTGATGCCACCTCATATGAT
GGTGAATTCCGGTTATCCTCATGATATGGTTGATTCCGGTTATGTTCATTTCAATCCAAT
GCAACAAGTGGTTGCTAGTTCTGATCCACTATCATGTTTCAACAATGGTCAATCAGCTGC
TAATGTGTGGGACTCTGATGTGCAGAATCTTTATAGCAGTCTAGGTGTTTGATTTAAAAG
TGTTCCTTAGTTCTAGACCATTGTCAGGTTCTCTGGATACATGCAGCTTATTTTTTTCAA
GTGGGAAGATCAAACTCATATTATTTTCATCAGAAAAGAGAGCAAAGTTAGCAGTTATTT
ACTAATTTCAGTAAATTAATTTAAGATTTTCAGCCCATCATTGTAGTATCAGAGACAAGA
GTGTATACAGTATTGTGTGTATAGATGCCAAACAAT

QA 2 457 2 457
DS 



AS 1 3

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GGTCGAAGTCTAACCAGTACCCAAACACATCCCTTATCCAGATCGAAGGGGTCAACACTA
CAGAGGAGGTGACATGGTACAAGGGAAAGAGGATGGCTTACATCTACAAGGCTAAGACCA
AGAAGAACGGTAGCCATTACCGCTGCATCTGGGGAAAGGTTACAAGGCCCCATGGTAACA
GCGGTGTTGTCCGTGCCAAATTCACATCCAACTTGCCTCCTAAGTCCATGGGCATGAGGG
TCAGAGTCTTCATGTATCCGAGTAACATATGAAGAAAACTTTTATTTTTAGCTGTGGTTT
TTGTCCACTAGTTTGTTATTTTGTATTTTTGATATTCGAAAGCATTTTCCTTTCTCTGTT
TTGGAGATTCTCTGGTTTTAATCGCAGAATTAGAATGTGTTTTCTCCTTTTTTTTGTGCA
CCGTGTTTTCTCCTTATAATTGAGTTGGAACATATGAATATCTCTGTCTCTATTCGTTTG
CATGCTATACGATCTATGTTGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY65TF U 17
AF RR3EY65JQ C 17
AF RR3E379TF U 1
BS 1 371 RR3E379TF
BS 372 372 RR3EY65TF
BS 373 624 RR3E379TF

RD RR3EY65TF 479 0 0
GG
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GTGTCAGACTCTACGTCAGGGGAACCATCTTGGGATACAAAAGGTCGAAGTCTAACCAGT
ACCCAAACACATCCCTTATCCAGATCGAAGGGGTCAACACTACAGAGGAGGTGACATGGT
ACAAGGGAAAGAGGATGGCTTACATCTACAAGGCTAAGACCAAGAAGAACGGTAGCCATT
ACCGCTGCATCTGGGGAAAGGTTACAAGGCCCCATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCA
AATTCACATCCAACTTGCCTCCTAAGTCCATGGGCATGAGGGTCAGAGTCTTCATGTATC
CGAGTAACATATGAAGAAAACTTTTATTTTTAGCTGTGGTTTTTGTCCACTAGTTTGTTA
TTTTGTATTTTTGATATTCGAAAGCATTTTCCTTTCTCTGTTTTGGAGATTCTCTGG

QA 3 479 3 479
DS 

RD RR3EY65JQ 560 0 0
GG
AGCAGCAGACTTTGCGTTTATCAGCCGACGCGAAAATGGTGAAGGGACGCCAAGGAGAAC
GTGTCAGACTTTACGTCAGGGGAACCATCTTGGGATACAAAAGGTCGAAGTCTAACCAGT
ACCCAAACACATCCCTTATCCAGATCGAAGGGGTCAACACTACAGAGGAGGTGACATGGT
ACAAGGGAAAGAGGATGGCTTACATCTACAAGGCTAAGACCAAGAAGAACGGTAGCCATT
ACCGCTGCATCTGGGGAAAGGTTACAAGGCCCCATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCA
AATTCACATCCAACTTGCCTCCTAAGTCCATGGGCATGAGGGTCAGAGTCTTCATGTATC
CGAGTAACATATGAAGAAAACTTTTATTTTTAGCTGTGGTTTTTGTCCACTAGTTTGTTA
TTTTGTATTTTTGATATTCGAAAGCATTTTCCTTTCTCTGTTTTGGAGATTCTCTGGTTT
TAATCGCAGAATTAGAATGTGTTTTCTCCTTTTTTT*GTGCACCGTGTTTTCTCCTTATA
ATTGAGTTGGAACATATG

QA 3 560 3 560
DS 

RD RR3E379TF 624 0 0
GGCTCCGTTTTCATCACTAGCAGCAGACTTTGCGTTTATCAGCCGACGCGAAAATGGTGA
AGGGACGCCAAGGAGAACGTGTCAGACTCTACGTCAGGGGAACCATCTTGGGATACAAAA
GGTCGAAGTCTAACCAGTACCCAAACACATCCCTTATCCAGATCGAAGGGGTCAACACTA
CAGAGGAGGTGACATGGTACAAGGGAAAGAGGATGGCTTACATCTACAAGGCTAAGACCA
AGAAGAACGGTAGCCATTACCGCTGCATCTGGGGAAAGGTTACAAGGCCCCATGGTAACA
GCGGTGTTGTCCGTGCCAAATTCACATCCAACTTGCCTCCTAAGTCCATGGGCATGAGGG
TCAGAGTCTTCGTGTATCCGAGTAACATATGAAGAAAACTTTTATTTTTAGCTGTGGTTT
TTGTCCACTAGTTTGTTATTTTGTATTTTTGATATTCGAAAGCATTTTCCTTTCTCTGTT
TTGGAGATTCTCTGGTTTTAATCGCAGAATTAGAATGTGTTTTCTCCTTTTTTTTGTGCA
CCGTGTTTTCTCCTTATAATTGAGTTGGAACATATGAATATCTCTGTCTCTATTCGTTTG
CATGCTATACGATCTATGTTGAAA

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 3

CO CL4157Contig1 902 3 5 U
AGCAAACAACATAAGCAGAACTTGATTAAAATGATCAAATAAAGATTCTTGAAACAAATC
TAACACTAAGATTCTCAGGTGAAAATAAAAACACCACATGATGAGAATCTCTCTGAATCA
TACAAACCACATGTGATATATATATTACATACAAAGATGTCTTCTTCTTCTTCTATCATT
CGCATGCGAGTTTGGTATCGAAACTGCTCAAACATATAGCAAAGGCCTGAAACGCAGACA
GCGGATACCTGAAGTCCATCGTGAACATGTCTTTCCCCACTTTCCCAAACTGCAACAAGA
TCTTGTCCGGCCCATCAGCCTGGCCAGACCCCTGAGCCTGAGCCTGTGGTTGGTTTGCTG
CAATAAGCTGAAAGTTCTTGACCGATGCAACCGTCACACGTCCCCTGAAGTTCAAACACC
AGCACTGAAGCTGTTCATGCCACCTAGGCGGCTTGTTCTTGAGCACAAGAGGCGGCGAAA
CACTTTGCTCTTTCCCTTCTCCAAACACAGCTTCTTCCTCCTCTCCCAACGGGCCAAGAA
TGTCTGAAAACCTAGCGCTGTTAAACTCAGCCGAGTAATCGCTGATGAACTTCCTCGACG
AGGAGGAGGAGGATGTAATGCTGCGGAAAGACTCGTCGAGAATAGACCGCGGGGCAATGG
CCTCAGGTTGTCCAGGCACGGTTCCACCTTCCGCAGAGAAGAAGCGGGGATAGAGTCCAT
AGCACAGTGCATTCTCCTTGGACCTCGAGTGCCAAGAACGTTAAGCTCGTATGACACTTG
CGCTATTTTGTAGCTACCGGTAGGGACTTTAGGTGATACTCTCTTTGAGTGAAACCTGCG
GCTAAGTCCTAACGGTTGAACCGCTTGAGAGGCTGTGTTGTTGTTGTAAGGAGGTTGTGT
GC


BQ
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3B796JQ U 1
AF RR3EY20JQ U 1
AF RR3EY20TF C 196
BS 1 223 RR3B796JQ
BS 224 224 RR3EY20JQ
BS 225 634 RR3B796JQ
BS 635 663 RR3EY20JQ
BS 664 902 RR3EY20TF

RD RR3B796JQ 634 0 0
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TAACACTAAGATTCTCAGGTGAAAATAAAAACACCACATGATGAGAATCTCTCTGAATCA
TACAAACCACATGTGATATATATATTACATACAAAGATGTCTTCTTCTTCTTCTATCATT
CGCATGCGAGTTTGGTATCGAAACTGCTCAAACATATAGCAAAAGCCTGAAACGCAGACA
GCGGATACCTGAAGTCCATCGTGAACATGTCTTTCCCCACTTTCCCAAACTGCAACAAGA
TCTTGTCCGGCCCATCAGCCTGGCCAGACCCCTGAGCCTGAGCCTGTGGTTGGTTTGCTG
CAATAAGCTGAAAGTTCTTGACCGATGCAACCGTCACACGTCCCCTGAAGTTCAAACACC
AGCACTGAAGCTGTTCATGCCACCTAGGCGGCTTGTTCTTGAGCACAAGAGGCGGCGAAA
CACTTTGCTCTTTCCCTTCTCCAAACACAGCTTCTTCCTCCTCTCCCAACGGGCCAAGAA
TGTCTGAAAACCTAGCGCTGTTAAACTCAGCCGAGTAATCGCTGATGAACTTCCTCGACG
AGGAGGAGGAGGATGTAATGCTGCGGAAAGACTC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3EY20JQ 663 0 0
AGCAAACAACATAAGCAGAACTTGATTAAAATGATCAAATAAAGATTCTTGAAACAAATC
TAACACTAAGATTCTCAGGTGAAAATAAAAACACCACATGATGAGAATCTCTCTGAATCA
TACAAACCACATGTGATATATATATTACATACAAAGATGTCTTCTTCTTCTTCTATCATT
CGCATGCGAGTTTGGTATCGAAACTGCTCAAACATATAGCAAAGGCCTGAAACGCAGACA
GCGGATACCTGAAGTCCATCGTGAACATGTCTTTCCCCACTTTCCCAAACTGCAACAAGA
TCTTGTCCGGCCCATCAGCCTGGCCAGACCCCTGAGCCTGAGCCTGTGGTTGGTTTGCTG
CAATAAGCTGAAAGTTCTTGACCGATGCAACCGTCACACGTCCCCTGAAGTTCAAACACC
AGCACTGAAGCTGTTCATGCCACCTAGGCGGCTTGTTCTTGAGCACAAGAGGCGGCGAAA
CACTTTGCTCTTTCCCTTCTCCAAACACAGCTTCTTCCTCCTCTCCCAACGGGCCAAGAA
TGTCTGAAAACCTAGCGCTGTTAAACTCAGCCGAGTAATCGCTGATGAACTTCCTCGACG
AGGAGGAGGAGGATGTAATGCTGCGGAAAGACTCGTCGAGAATAGACCGCGGGGCAATGG
CCT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3EY20TF 707 0 0
TATCGAAACTGCTCAAACATATAGCAAAGGC*TGAAACGCAGACAGCGGATAC*TGAAGT
CCATCGTGAACATGTCTTTCCCCACTTTCCCAAACTGCAACAAGATCTTGTCCGGCCCAT
CAGCCTGGCCAGACCCCTGAGCCTGAGCCTGTGGTTGGTTTGCTGCAATAAGCTGAAAGT
TCTTGACCGATGCAACCGTCACACGTCCCCTGAAGTTCAAACACCAGCACTGAAGCTGTT
CATGCCACCTAGGCGGCTTGTTCTTGAGCACAAGAGGCGGCGAAACACTTTGCTCTTTCC
CTTCTCCAAACACAGCTTCTTCCTCCTCTCCCAACGGGCCAAGAATGTCTGAAAACCTAG
CGCTGTTAAACTCAGCCGAGTAATCGCTGATGAACTTCCTCGACGAGGAGGAGGAGGATG
TAATGCTGCGGAAAGACTCGTCGAGAATAGACCGCGGGGCAATGGCCTCAGGTTGTCCAG
GCACGGTTCCACCTTCCGCAGAGAAGAAGCGGGGATAGAGTCCATAGCACAGTGCATTCT
CCTTGGACCTCGAGTGCCAAGAACGTTAAGCTCGTATGACACTTGCGCTATTTTGTAGCT
ACCGGTAGGGACTTTAGGTGATACTCTCTTTGAGTGAAACCTGCGGCTAAGTCCTAACGG
TTGAACCGCTTGAGAGGCTGTGTTGTTGTTGTAAGGAGGTTGTGTGC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 3

CO CL4158Contig1 917 3 6 U
GGAGACGCTTCCAGACAGATCGTTCTACGCTAAACGCCTAGATACAGAGACGCAAACACA
TGGCTTTCTTAAGTAAAGTTGGAAGGATATTTAGGCAGACTAGCACCCATGTCTCTGCCT
CTAACTCAATAATGCTACAGAGCATCCGTTCCATGTCTTCTTCCAAAATCTTTGTTGGAG
GTATCTCCTACAGCACTGATGGGTTTGGCTTAAGAGAAGCTTTTAGCAAATATGGAGAAG
TTGTTGATGCGAAAATTATCGTGGACCGTGAAACTGGTAGATCGAGGGGTTTTGCTTTCG
TAACGTTTACTTCAACCGAGGAAGCTAGTAATGCAATGCAGTTGGATGGACAGGACCTTC
ATGGTCGAAGAATTAGAGTGAACTACGCTACTGAAAGAGGAAGTGGATTTGGAGGAAGAG
GGTTCGGTGGTCCTGGTGGTGGTTATGGTGCTCCAGGCGGCGGTTATGGAGGCGGTGGTG
GTTATGGTGGCAATTCCGGTGGTGATGGCTATGGTGTCGCTGGTGGTGTTGGTGGAAGTG
ACAACTTTGCCCAAGGCAGTTCTTCTAGCGCTGGCTTTGATGACAAGTTTAGCAGCAACG
AACCACTAGGCAATGGTACGGACCATCAGCTTGAAAGCGCTGGCGATGAGCAGTTTGGTG
GCAGTGACAATCAGTTTGGTGACTCAGAGAACGGTCAAACAGAGGCTGGTGCAGACGGGT
TTGATCAGACTGATGATGGTGATGTTGCCAAGAGAGCTTAAATCTCTACACACAATGTTG
GACCGCTGCAGTTTCAGAATAAACCTCTCTATTGTTGTTGGTTGTTTTTAAATGTTTTCT
GACATTTGAGACTCATAAATTAAGGTGTAATAAACTTATAACAGACTACTCCTATTCTAA
TTTGAGATTTTCGGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F217TF U 340
AF RR3DM48TF U 1
AF RR3DM48JQ C 192
BS 1 555 RR3DM48TF
BS 556 556 RR3DM48JQ
BS 557 608 RR3DM48TF
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BS 610 700 RR3DM48TF
BS 701 917 RR3DM48JQ

RD RR3F217TF 106 0 0
G
GTTGGATGGACAGGACCTTCATGGTCGAAAAATTAGAGTGAACTACGCTACTGAAAGAGG
AAGTGGATTTGGAGGAAGGGGGTTCGGTGGTCCTGGTGGTGGTTA

QA 2 106 2 106
DS 

RD RR3DM48TF 700 0 0
GGAGACGCTTCCAGACAGATCGTTCTACGCTAAACGCCTAGATACAGAGACGCAAACACA
TGGCTTTCTTAAGTAAAGTTGGAAGGATATTTAGGCAGACTAGCACCCATGTCTCTGCCT
CTAACTCAATAATGCTACAGAGCATCCGTTCCATGTCTTCTTCCAAAATCTTTGTTGGAG
GTATCTCCTACAGCACTGATGGGTTTGGCTTAAGAGAAGCTTTTAGCAAATATGGAGAAG
TTGTTGATGCGAAAATTATCGTGGACCGTGAAACTGGTAGATCGAGGGGTTTTGCTTTCG
TAACGTTTACTTCAACCGAGGAAGCTAGTAATGCAATGCAGTTGGATGGACAGGACCTTC
ATGGTCGAAGAATTAGAGTGAACTACGCTACTGAAAGAGGAAGTGGATTTGGAGGAAGAG
GGTTCGGTGGTCCTGGTGGTGGTTATGGTGCTCCAGGCGGCGGTTATGGAGGCGGTGGTG
GTTATGGTGGCAATTCCGGTGGTGATGGCTATGGTGTCGCTGGTGGTGTTGGTGGAAGTG
ACAACTTTGCCCAAG*CAGTTCTTCTAGCGCTGGCTTTGATGACAAGTTTAGCAGCAACG
AACCACTATGCAATGGTACGGACCATCAGCTTGAAAGCGCTGGCGATGAGCAGTTTGGTG
GCAGTGACAATCAGTTTGGTGACTCAGAGAACGGTCAAAC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3DM48JQ 726 0 0
AGCACTGATGGGTTTGGCTTAAGAGAAGCTTTTAGCAAATATGGAGAAGTTGTTGATGCG
AAAATTATCGTGGACCGTGAAACTGGTAGATCGAGGGGTTTTGCTTTCGTAACGTTTACT
TCAACCGAGGAAGCTAGTAATGCAATGCAGTTGGATGGACAGGACCTTCATGGTCGAAGA
ATTAGAGTGAACTACGCTACTGAAAGAGGAAGTGGATTTGGAGGAAGAGGGTTCGGTGGT
CCTGGTGGTGGTTATGGTGCTCCAGGCGGCGGTTATGGAGGCGGTGGTGGTTATGGTGGC
AATTCCGGTGGTGATGGCTATGGTGTCGCTGGTGGTGTTGGTGGAAGTGACAACTTTGCC
CAAGGCAGTTCTTCTAGCGCTGGCTTTGATGACAAGTTTAGCAGCAACGAACCACTAGGC
AATGGTACGGACCATCAGCTTGAAAGCGCTGGCGATGAGCAGTTTGGTGGCAGTGACAAT
CAGTTTGGTGACTCAGAGAACGGTCAAACAGAGGCTGGTGCAGACGGGTTTGATCAGACT
GATGATGGTGATGTTGCCAAGAGAGCTTAAATCTCTACACACAATGTTGGACCGCTGCAG
TTTCAGAATAAACCTCTCTATTGTTGTTGGTTGTTTTTAAATGTTTTCTGACATTTGAGA
CTCATAAATTAAGGTGTAATAAACTTATAACAGACTACTCCTATTCTAATTTGAGATTTT
CGGCTC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 3

CO CL4159Contig1 931 3 6 U
GAATGAGAATAGTTGAGAATTACAATGGTATAATACTTTCAAAACAGCCCCACAACAAAG
AGAAATATACACTTTTTACGTATCTTCTTTCCTCTTGGTTCAGGAAAGCCCATCCTCTCC
ACTCCAAGACTAAAAAACAACGAGGAAGAGAGCTTTTAGAAACTGAGCTTCTCAACTATG
AGGAACTTCTCAGTGCAAGAATACAAAAGCAGGATTTTCAAGAAGCTCTTCTGCTGGTTT
GATTCCTACAAAGTCCTTCTCTTGCATCGAACTTGAGATATCATCGATTGAGAATGGAAT
GCTGGAATCATCATCTAACAAGAAGGAATCACTGTCTGCATCATTGGATTCTTCTGTCAT
GAGTGCCCGCATGCTTGATATAACTTCTTGTGAGACGCTTCTGGTGTTATAGCTGTCGTC
CCAGTATAATGTGCAAATACGGTAAAGCTGCAGGACACTGAGTCCCGGGCAAAGATCGTG
TGCTATATCATCAAAAGAGATTCTGTACTTTTGGTGTATAACCAGGAACCCAACGGCTTG
TCTGATTTGTTTTAGTTCTTCCCAAGACGGTCCAGCATATTCTTTGGCTTGGCAACACCA
TAGCTCTAGCTCAGCAAGCCCGGCTTTGACAAACTCTCCATTGCTGAATGTACAGCACTC
TTTCCGCAGAAGAAGACTGTTGAAAAGTTGTACGTTGATGAAAGAGAAAGTTTGAGAGTA
TGTCTTCTGGATGAGTACTAAAGGAACATGATTTTCTTTCAATGTGACAAGAAGCGAATT
GAGACAGTCGATAATGCTTTGCCAGTGAGTTGCAGGAGAATCTTTTCCAAAGGATCTACC
AGATCTTAGCATCCCTCCTTTAGAAGTTCTCGGCGCCTGAATGCATAGAGAAAGTAAAGT
GGATAACTCTTTCTTCAAGTTATCTCTAACC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV68JQ U 1
AF RR3AI43JQ U 1
AF RR3BV68TF C 218
BS 1 451 RR3AI43JQ
BS 452 452 RR3BV68JQ
BS 453 552 RR3AI43JQ
BS 553 553 RR3BV68JQ
BS 554 801 RR3AI43JQ
BS 802 931 RR3BV68TF

RD RR3BV68JQ 663 0 0
GAATGAGAATAGTTGAGAATTACAATGGTATAATACTTTCAAAACAGCCCCCCAACAAAG
AGAAATATACACTTTTTACGTATCTTCTTTCCTCTTGGTTCAGGAAAGCCCATCCTCTCC
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AGGAACTTCTCAGTGCAAGAATACAAAAGCAGGATTTTCAAGAAGCTCTTCTGCTGGTTT
GATTCCTACAAAGTCCTTCTCTTGCATCGAACTTGAGATATCATCGATTGAGAATGGAAT
GCTGGAATCATCATCTAACAAGAAGGAATCACTGTCTGCATCATTGGATTCTTCTGTCAT
GAGTGCCCGCATGCTTGATATAACTTCTTGTGAGACGCTTCTGGTGTTATAGCTGTCGTC
CCAGTATAATGTGCAAATACGGTAAAGCTGCAGGACACTGAGTCCCGGGCAAAGATCGTG
TGCTATATCATCAAAAGAGATTCTGTACTTTTGGTGTATAACCAGGAACCCAACGGCTTG
TCTGATTTGTTTTAGTTCTTCCCAAGACGGTCCAGCATATTCTTTGGCTTGGCAACACCA
TAGCTCTAGCTCAGCAAGCCCGGCTTTGACAAACTCTCCATTGCTGAATGTACAGCACTC
TTT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3AI43JQ 801 0 0
GAATGAGAATAGTTGAGAATTACAATGGTATAATACTTTCAAAACAGCCCCACAACAAAG
AGAAATATACACTTTTTACGTATCTTCTTTCCTCTTGGTTCAGGAAAGCCCATCCTCTCC
ACTCCAAGACTAAAAAACAACGAGGAAGAGAGCTTTTAGAAACTGAGCTTCTCAACTATG
AGGAACTTCTCAGTGCAAGAATACAAAAGCAGGATTTTCAAGAAGCTCTTCTGCTGGTTT
GATTCCTACAAAGTCCTTCTCTTGCATCGAACTTGAGATATCATCGATTGAGAATGGAAT
GCTGGAATCATCATCTAACAAGAAGGAATCACTGTCTGCATCATTGGATTCTTCTGTCAT
GAGTGCCCGCATGCTTGATATAACTTCTTGTGAGACGCTTCTGGTGTTATAGCTGTCGTC
CCAGTATAATGTGCAAATACGGTAAAGCTGCTGGACACTGAGTCCCGGGCAAAGATCGTG
TGCTATATCATCAAAAGAGATTCTGTACTTTTGGTGTATAACCAGGAACCCAACGGCTTG
TCTGATTTGTTTCAGTTCTTCCCAAGACGGTCCAGCATATTCTTTGGCTTGGCAACACCA
TAGCTCTAGCTCAGCAAGCCCGGCTTTGACAAACTCTCCATTGCTGAATGTACAGCACTC
TTTCCGCAGAAGAAGACTGTTGAAAAGTTGTACGTTGATGAAAGAGAAAGTTTGAGAGTA
TGTCTTCTGGATGAGTACTAAAGGAACATGATTTTCTTTCAATGTGACAAGAAGCGAATT
GAGACAGTCGATAATGCTTTG

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3BV68TF 714 0 0
TCAAGAAGCTCTTCTGCTGGTTTGATTCCTACAAAGTCTTTCTCTTGCATCGAACTTGAG
ATATCATCGATTGAGAATGGAATGCTGGAATCATCATCTAACAAGAAGGAATCACTGTCT
GCATCATTGGATTCTTCTGTCATGAGTGCCCGCATGCTTGATATAACTTCTTGTGAGACG
CTTCTGGTGTTATAGCTGTCGTCCCAGTATAATGTGCAAATACGGTAAAGCTGCAGGACA
CTGAGTCCCGGGCAAAGATCGTGTGCTATATCATCAAAAGAGATTCTGTACTTTTGGTGT
ATAACCAGGAACCCAACGGCTTGTCTGATTTGTTTTAGTTCTTCCCAAGACGGTCCAGCA
TATTCTTTGGCTTGGCAACACCATAGCTCTAGCTCAGCAAGCCCGGCTTTGACAAACTCT
CCATTGCTGAATGTACAGCACTCTTTCCGCAGAAGAAGACTGTTGAAAAGTTGTACGTTG
ATGAAAGAGAAAGTTTGAGAGTATGTCTTCTGGATGAGTACTAAAGGAACATGATTTTCT
TTCAATGTGACAAGAAGCGAATTGAGACAGTCGATAATGCTTTGCCAGTGAGTTGCAGGA
GAATCTTTTCCAAAGGATCTACCAGATCTTAGCATCCCTCCTTTAGAAGTTCTCGGCGCC
TGAATGCATAGAGAAAGTAAAGTGGATAACTCTTTCTTCAAGTTATCTCTAACC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL4160Contig1 791 2 6 U
GGACTTGCGAAAAAAAGACACGGTTTCGTCTTAACCTTCCTTTGTCTCTTCCTTTTTAAT
TTATGCGATTCGCGTCTCTCGTCTCTAAATCACAGTTCCGTGGAAAAACAACAAAAAATG
GGTCAAGTTCTAGGATGTGTCCAAGTCGATCAGTCCACTGTTGCAATCAAAGAGACGTTC
GGAAAATTCGACGACGTTCTCGAGCCAGGTTGTCACTGTTTGCCGTGGTGCATAGGGAGT
CAAGTCGCTGGCCACCTTTCCCTGCGTGTTCAACAGCTCGATGTTCGCTGCGAGACCAAA
ACTAAAGATAATGTGTTTGTCACCGTCGTTGCCTCCATTCAGTACCGTGCTTTAGCTGAG
AGTGCTCAAGATGCTTTTTACAAGCTCAGCAACACCAGGAATCAGATTCAAGCTTATGTC
TTTGATGTGATCCGAGCAAGTGTGCCTAAGCTGGATCTAGACTCAACCTTTGAGCAGAAG
AACGACATTGCGAAAACCGTTGAGAGTGAGCTCGAAAAGGCTATGTCGCATTACGGGTAT
GAGATAGCCCAGACGCTTATTGTGGACATCGAGCCTGATGTGCATGTCAAGAGAGCTATG
AATGAGATCAACGCTGCTTCGAGAATGAGAGAGGCAGCTAGTGAGAAAGCAGAAGCAGAG
AAGATACTTCAGATCAAGAGAGCCGAAGGAGAAGCTGAGTCCAAGTACCTTTCGGGTCTC
GGTATAGCACGTCAGAGACAAGCAATCGTGGACGGTCTGAGGAACAGCGTGCTGGCCTCT
CCGAGTCTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP24TF U 1
AF RR3CS58TF U 196
BS 1 364 RR3FP24TF
BS 365 365 RR3CS58TF
BS 366 686 RR3FP24TF
BS 687 687 RR3CS58TF
BS 688 712 RR3FP24TF
BS 713 791 RR3CS58TF

RD RR3FP24TF 712 0 0
GGACTTGCGAAAAAAAGACACGGTTTCGTCTTAACCTTCCTTTGTCTCTTCCTTTTTAAT
TTATGCGATTCGCGTCTCTCGTCTCTAAATCACAGTTCCGTGGAAAAACAACAAAAAATG
GGTCAAGTTCTAGGATGTGTCCAAGTCGATCAGTCCACTGTTGCAATCAAAGAGACGTTC
GGAAAATTCGACGACGTTCTCGAGCCAGGTTGTCACTGTTTGCCGTGGTGCATAGGGAGT
CAAGTCGCTGGCCACCTTTCCCTGCGTGTTCAACAGCTCGATGTTCGCTGCGAGACCAAA
ACTAAAGATAATGTGTTTGTCACCGTCGTTGCCTCCATTCAGTACCGTGCTTTAGCTGAG
AGTGTTCAAGATGCTTTTTACAAGCTCAGCAACACCAGGAATCAGATTCAAGCTTATGTC
TTTGATGTGATCCGAGCAAGTGTGCCTAAGCTGGATCTAGACTCAACCTTTGAGCAGAAG
AACGACATTGCGAAAACCGTTGAGAGTGAGCTCGAAAAGGCTATGTCGCATTACGGGTAT
GAGATAGCCCAGACGCTTATTGTGGACATCGAGCCTGATGTGCATGTCAAGAGAGCTATG
AATGAGATCAACGCTGCTTCGAGAATGAGAGAGGCAGCTAGTGAGAAAGCAGAAGCAGAG
AAGATACTTCAGATCAAGAGAGCCGA*GGAGAAGCTGAGTCCAAGTACCTTT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3CS58TF 596 0 0
GTTCTCGAGCCAGGTTGTCACTGTTTGCCGTGGTGCATAGGGAGTCAAGTCGCTGGCCAC
CTTTCCCTGCGTGTTCAACAGCTCGATGTTCGCTGCGAGACCAAAACTAAAGATAATGTG
TTTGTCACCGTCGTTGCCTCCATTCAGTACCGTGCTTTAGCTGAGAGTGCTCAAGATGCT
TTTTACAAGCTCAGCAACACCAGGAATCAGATTCAAGCTTATGTCTTTGATGTGATCCGA
GCAAGTGTGCCTAAGCTGGATCTAGACTCAACCTTTGAGCAGAAGAACGACATTGCGAAA
ACCGTTTAGAGTGAGCTCGAAAAGGCTATGTCGCATTACGGGTATGAGATAGTCCAGACG
CTTATTGTGGACATCGAGCCTGATGTGCATGTCAAGAGAGCTATGAATGAGATCAACGCT
GCTTCGAGAATGAGAGAGGCAGCTAGTGAGAAAGCAGAAGCAGAGAAGATACTTCAGATC
AAGAGAGCCGAAGGAGAAGCTGAGTCCAAGTACCTTTCGGGTCTCGGTATAGCACGTCAG
AGACAAGCAATCGTGGACGGTCTGAGGAACAGCGTGCTGGCCTCTCCGAGTCTGTT

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 3

CO CL4161Contig1 1099 3 16 U
AATTCCTTGCACAAATAAATTTGCAAAAAACAAACACGGATTGATACTGTAAATCCTCAA
GACTCTGCCATGTTTTTGAGCTCACAAACTTAAAACTTACAATTATTAATCAGACGCTTC
ATCACATGAGTCATCATCACCACTCTCATCCACATCATCATCATCGTTATCACCATCGGA
TAAAACTTCCTCGGCATGTTCACAGCCCGTTTCTTCTACCATAACCAAAGGAAACTTCAG
AGGTTCCTCTGGCGACTCCTTGAAGAATGAGTTCATTTCCATGAAGCGGAGGACCTGTAA
CAACTGGATCTTGTCTTTCTTTATGTCAGCGCTCAGGAGCTTCTCAAGCAATGCAGGTTC
TCTCGTCGTGATGGTAGAAGATTCTTCAGATGAATCTTTGTCTTGGAACTTCCGTCTTTT
ATCGAACTTGTCTTTACCACCATATCTTCTCTTGTTATGTCTAAATCTTCCCTTCCTGCC
ATCCTTGTTTTGGGACTGTCCACTGTTGTCTCCATTAACTTGATCAACTGGGTTGGATAA
ATAATGTGAAGGGACTTCTGCTACTTCAACGCCTAGCTCACGCTGCTTTGCTAACACTTC
CCGGAGTTGCTGACGACGCAGTTTTGCTTCATCGTCAAGGCTGGAGTTTGAATCATTTTT
CTTTATTTTCTTTTCAACGTTGAGTTTCGTTGGAAAATTCTTACGCCGAGCTTGACGCCA
TTGCTGAACTTCTTTTGGAGGATAGTTCGGAATGTATGGTCTTTTCGTTTCTTCAGCGAT
ACCAGCATCAGATCCATAAATCCTAGGTACCATCTTATTATTCTTCCCTTTTCCCTTATG
AGCCTTGTTGAACCCAAACTTTTTCTTTGCATTGTCTCCTTGATAAGACTGAGATCCTTG
ACCAGGGCCTCTGAAGTTCTGTTGTTTTGTAAAACTATTACGAGAATCACTCCCTCTCGG
ATTGAAATTGTTGGTGTTGTTGACGTTTCCTACAGACTGCACCTGTGGTCTCGCCTCTGA
GAAACCTGGAGGCCGCGATTGGTGATTTTGATTTTGAGGTGGAGGTGGAACATGAGTATA
CGGAGGCGGATAATAAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CD75JQ U 1
AF RR3D464JQ U 23
AF RR3D464TF C 489
BS 1 164 RR3CD75JQ
BS 165 170 RR3D464JQ
BS 171 353 RR3CD75JQ
BS 354 354 RR3D464JQ
BS 355 493 RR3CD75JQ
BS 494 494 RR3D464JQ
BS 495 662 RR3CD75JQ
BS 663 663 RR3D464JQ
BS 664 806 RR3CD75JQ
BS 807 807 RR3D464TF
BS 808 810 RR3D464JQ
BS 811 811 RR3D464TF
BS 812 851 RR3D464JQ
BS 852 852 RR3D464TF
BS 853 891 RR3D464JQ
BS 892 1099 RR3D464TF

RD RR3CD75JQ 813 0 0
AATTCCTTGCACAAATAAATTTGCAAAAAACAAACACGGATTGATACTGTAAATCCTCAA
GACTCTGCCATGTTTTTGAGCTCACAAACTTAAAACTTACAATTATTAATCAGACGCTTC
ATCACATGAGTCATCATCACCACTCTCATCCACATCATCATCAT******CACCATCGGA
TAAAACTTCCTCGGCATGTTCACAGCCCGTTTCTTCTACCATAACCAAAGGAAACTTCAG
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TCTCGTCGTGATGGTAGAAGATTCTTCAGATGAATCTTTGTCTTGGAACTTCCGTCTTTT
ATCGAACTTGTCTTTACCACCATATCTTCTCTTGTTATGTCTAAATCTTCCCTTCCTGCC
ATCCTTGTTTTGGAACTGTCCACTGTTGTCTCCATTAACTTGATCAACTGGGTTGGATAA
ATAATGTGAAGGGACTTCTGCTACTTCAACGCCTAGCTCACGCTGCTTTGCTAACACTTC
CCGGAGTTGCTGACGACGCAGTTTTGCTTCATCGTCAAGGCTGGAGTTTGAATCATTTTT
CTCTATTTTCTTTTCAACGTTGAGTTTCGTTGGAAAATTCTTACGCCGAGCTTGACGCCA
TTGCTGAACTTCTTTTGGAGGATAGTTCGGAATGTATGGTCTTTTCGTTTCTTCAGCGAT
ACCAGCATCAGATCCATAAATCCTAG
TGCCATC

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3D464JQ 869 0 0
GCAAAAAACAAACACGGATTGATACTGTAAATCCTCAAGACTCTGCCATGTTTTTGAGCT
CACAAACTTAAAACTTACAATTATTAATCAGACGCTTCATCACATGAGTCATCATCACCA
CTCTCATCCACATCATCATCATCGTTATCACCATCGGATAAAACTTCCTCGGCATGTTCA
CAGCCCGTTTCTTCTACCATAACCAAAGGAAACTTCAGAGGTTCCTCTGGCGACTCCTTG
AAGAATGAGTTCATTTCCATGAAGCGGAGGACCTGTAACAACTGGATCTTGTCTTTCTTT
ATGTCAGCGCTCAGGAGCTTCTCAAGCAATGCAGGTTCTCTCGTCGTGATGGTAGAAGAT
TCTTCAGATGAATCTTTGTCTTGGAACTTCCGTCTTTTATCGAACTTGTCTTTACCACCA
TATCTTCTCTTGTTATGTCTAAATCTTCCCTTCCTGCCATCCTTGTTTTGGGACTGTCCA
CTGTTGTCTCCATTAACTTGATCAACTGGGTTGGATAAATAATGTGAAGGGACTTCTGCT
ACTTCAACGCCTAGCTCACGCTGCTTTGCTAACACTTCCCGGAGTTGCTGACGACGCAGT
TTTGCTTCATCGTCAAGGCTGGAGTTTGAATCATTTTTCTTTATTTTCTTTTCAACGTTG
AGTTTCGTTGGAAAATTCTTACGCCGAGCTTGACGCCATTGCTGAACTTCTTTTGGAGGA
TAGTTCGGAATGTATGGTCTTTTCGTTTCTTCAGCGATACCAGCATCAGATCCATAAATC
CTAG*TAC*ATCTTATTATTCTTCCCTTTTCCCTTATGAGCCTTGTTGA*CCCAAACTTT
TTCTTTGCATTGTCTCCTTGATAAGACTG

QA 1 869 1 869
DS 

RD RR3D464TF 611 0 0
TTTGGGACTGTCCACTGTTGTCTCCATTAACTTGATCAACTGGGTTGGATAAATAATGTG
AAGGGACTTCTGCTACTTCAACGCCTAGCTCACGCTGCTTTGCTAACACTTCCCGGAGTT
GCTGACGACGCAGTTTTGCTTCATCGTCAAGGCTGGAGTTTGAATCATTTTTCTTTATTT
TCTTTTCAACGTTGAGTTTCGTTGGAAAATTCTTACGCCGAGCTTGACGCCATTGCTGAA
CTTCTTTTGGAGGATAGTTCGGAATGTATGGTCTTTTCGTTTCTTCAGCGATACCAGCAT
CAGATCCATAAATCCTAGGTACCATCTTATTATTCTTCCCTTTTCCCTTATGAGCCTTGT
TGAACCCAAACTTTTTCTTTGCATTGTCTCCTTGATAAGACTGAGATCCTTGACCAGGGC
CTCTGAAGTTCTGTTGTTTTGTAAAACTATTACGAGAATCACTCCCTCTCGGATTGAAAT
TGTTGGTGTTGTTGACGTTTCCTACAGACTGCACCTGTGGTCTCGCCTCTGAGAAACCTG
GAGGCCGCGATTGGTGATTTTGATTTTGAGGTGGAGGTGGAACATGAGTATACGGAGGCG
GATAATAAGTG

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL4162Contig1 756 2 3 U
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CAAGGTAGATGAACTCTATCTCCACGGCTTTATCTGTGGTGCTCTTTACTGAACAGCTTT
CAACGATGAACTCAACATTGTCCAACTTTGCTGCTTTTCCACCTTGAAAAGTAACTAGAG
TCACCTCCACCTTTATCATTGTCTGTAGGTGCTCGCCAGAAGCATGGCAGTATAGCTTCA
TTCATAAGTAGAACTCCTTGCACCTTCCAGCTTTCAATGGCTCCTTTTTGAACATTTATC
ATTAGCTCCCATGAACCTTGCTGACTGATCTTAATGAAATCTCCAACAGTTTCACAAGTG
ATGACAGAGTCTTTCTCTTTCATCACCTGTGGTATTATCTCTCTCTTTGACGGTAAAGGA
ATCTGCGTTGAAGACAAGAGATGACCAGCTTCAAGTGAACGGGTAGGATTTGATAGCTTG
GCAGTTATTGTCAGAAACAATTCTCCAGCATTTGAGTCATTCCATGAAGAAAACCATGGA
CCTGACTTCCAGTAACCAGATAAAGACTTAACAAAGGGTAACCCGTCGACCCAAAAAGCA
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CGCAAGGTGACGTGAGGGTATCTCTTGCGCCATTTC


BQ
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AF RR3C266JQ U 62
AF RR3C266TF C 1
BS 1 61 RR3C266TF
BS 62 269 RR3C266JQ
BS 270 756 RR3C266TF

RD RR3C266JQ 208 0 0
AAGGTAGATGAACTCTATCTCCACGGCTTTATCTGTGGTGCTCTTTACTGAACAGCTTTC
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CACCTCCACCTTTATCATTGTCTGTAGGTGCTCGCCAGAAGCATGGCAGTATAGCTTCAT
TCATAAGTAGAACTCCTTGCACCTTCCA

QA 1 208 1 208
DS 

RD RR3C266TF 756 0 0
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CAAGGTAGATGAACTCTATCTCCACGGCTTTATCTGTGGTGCTCTTTACTGAACAGCTTT
CAACGATGAACTCAACATTGTCCAACTTTGCTGCTTT*CCACCTTGAAAAGTAACTAGAG
TCACCTCCACCTTTATCATTGTCTGTAGGTGCTCGCCAGAAGCATGGCAGTATAGCTTCA
TTCATAAGTAGAACTCCTTGCACCTTCCAGCTTTCAATGGCTCCTTTTTGAACATTTATC
ATTAGCTCCCATGAACCTTGCTGACTGATCTTAATGAAATCTCCAACAGTTTCACAAGTG
ATGACAGAGTCTTTCTCTTTCATCACCTGTGGTATTATCTCTCTCTTTGACGGTAAAGGA
ATCTGCGTTGAAGACAAGAGATGACCAGCTTCAAGTGAACGGGTAGGATTTGATAGCTTG
GCAGTTATTGTCAGAAACAATTCTCCAGCATTTGAGTCATTCCATGAAGAAAACCATGGA
CCTGACTTCCAGTAACCAGATAAAGACTTAACAAAGGGTAACCCGTCGACCCAAAAAGCA
GCACTATCAAGAGAAGCTTGAACAGCATCATCGTTCCAAACAGCAGATTTTGATACAGTG
AGATCCACGTTGTTTCTCTGGTACCAGTACCTCAAAGACCCTTCGACGGAATCATGGCAC
CGCAAGGTGACGTGAGGGTATCTCTTGCGCCATTTC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL4163Contig1 676 2 4 U
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AACTACTGCAGAAACCCTAAAGTATATCATAAAGCCGAATCTATAGATGATGAGAAAAGG
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GGTTGTTCCAGCTGCGCCAGGTCCAGCAGCAGCGCCGGGTCCAGCAGCAACAGCTCCTCC
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TCAACAACTAAAATCATCGTACCCACTTTTTTCAGACAAAACCTAAGTTTAGATAACCAC
AACGGTTCCAAGTCTTATTATCTTTTAATAAACACAAACTTTTGTCATGTTTCATGAGCT
AGAAATAAGATAGTTTTTTCTTAAGTTTAGATAAACTGAGGTACACAGTCCAGATGGTCT
CAGTACATAAATCAAACAAATAATGATTTTAAATTAGTATTTAAAACAAAAAAAACATTG
CATGAGGCAAAAATGAAGAGTGAATAACAAAGAAAAATGAAAATAAATAAAGGAGAAAGA
TGAAATACCTGGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GM10JQ U 1
AF RR3CW60JQ U 40
BS 1 309 RR3GM10JQ
BS 310 310 RR3CW60JQ
BS 311 592 RR3GM10JQ
BS 593 676 RR3CW60JQ

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GGTTGTTCCAGCTGCGCCAGGTCCAGCAGCAGCGCCGGGTCCAGCAGCAACAGCTCCTCC
TGGAGCAAGGCCTGGACATGATTGATTCCAAATTTAAGTAACTTCAAAAGCATAAACACC
TCAACAACTAAAATCATCGTACCCACTTTTTTCAGACAAAACCTAAGTTTAGATAACCAC
AACGGTTCCAAGTCTTATTATCTTTTAATAAACACAAACTTTTGTCATGTTTCATGAGCT
AGAAATAAGATAGTTTTTTCTTAAGTTTAGATAAACTGAGGTACACAGTCCAGATGGTCT
CAGTACATAAATCAAACAAATAATGATTTTAAATTAGTATTTAAAACAAAAA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3CW60JQ 637 0 0
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TGGAGATGGGTTTGGAGCTAGGGTTGTTCCAGCTGCGCCAGGTCCAGCAGCAGCGCCGGG
TCCAGCAGCAACAGCTCCTCCTGGAGCAAGACCTGGACATGATTGATTCCAAATTTAAGT
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TTTTGTCATGTTTCATGAGCTAGAAATAAGATAGTTTTTTCTTAAGTTTAGATAAACTGA
GGTACACAGTCTAGATGGTCTCAGTACATAAATCAAACAAATAATGATTTTAAATTAGTA
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AAAATAAATAAAGGAGAAAGATGAAATACCTGGAGCC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 3

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GGATTGGTCCATCCGGTGTGCCTTCCGATAACCGGAGAACGGAGTTTAACATTTTATCAG
GCACTTCGATGGCGTGCCCGCACGTGTCGGGTCTCGCAGCTTTGCTCAAAGCGGCTCATC
CTGATTGGAGTCCGGCGGCGATAAGGTCTGCATTGATGACTACGGCTTACACTGTAGATA
ACCGTGATGAGCCAATGCTGGATGAGTCAACCGGGAATACATCTTCGGTTATGGATTACG
GGTCGGGTCATGTTCACCCGACCAAAGCTATGGATCCGGGATTAGTCTACGATATTACAT
CTTACGATTACATCAACTTCTTGTGTAACTCCAACTACACGGGATCCAATATTGTGACGA
TAACCCGGCGGAAAGCTGACTGCGATGGTGCTAGACGCGCGGGACATGTTGGGAACTTGA
ATTATCCGTCGTTCTCAGTCGTGTTTCAGCAGTATGGTGAGAGTAAAATGTCGACACATT
TCATTAGGACAGTGACCAATGTAGGTGATTCTGACTCGGTTTATGAGGTTAAGATTAGGC
CACCGAGAGGGTCGAACGTGACGGTTGCGCC*GGAGAAGCTATCGTTCAGACGGGTTGGG
CAGAAACTGAGTTTTGTTGTTAGGGTTAAGACGACGGAGGTGAAACTGTCACCAGGAGCT
ACAAATGTTGAGACTGGTCATATAGTTTGGTCGGATGGGAAACGAAATGTTACGAGTCCT
TTGGTTGTTACTCTTCAACAACCTCTGTGAAAGGGCTTTTTTAGGATTTAGAGACCAGAA
AATCGTGGCCTCATTGTTTTTGTTTTATAAAATGTGAAAGTAAGAGATCATAAGATCTTG
TTGTTGTAAACCTGTAATGTCTAAGATCGTTATTGGACGTTCATGTAATATATAACGTTC
ATTAGATGATGTGGGCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F706TF U 1
AF RR3B486TF U 92
AF RR3F706JQ C 281
BS 1 598 RR3F706TF
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BS 934 980 RR3F706JQ

RD RR3F706TF 687 0 0
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GGATTGGTCCATCCGGTGTGCCTTCCGATAACCGGAGAACGGAGTTTAACATTTTATCAG
GCACTTCGATGGCGTGCCCGCACGTGTCGGGTCTCGCAGCTTTGCTCAAAGCGGCTCATC
CTGATTGGAGTCCGGCGGCGATAAGGTCTGCATTGATGACTACGGCTTACACTGTAGATA
ACCGTGATGAGCCAATGCTGGATGAGTCAACCGGGAATACATCTTCGGTTATGGATTACG
GGTCGGGTCATGTTCACCCGACCAAAGCTATGGATCCGGGATTAGTCTACGATATTACAT
CTTACGATTACATCAACTTCTTGTGTAACTCCAACTACACGGGATCCAATATTGTGACGA
TAACCCGGCGGAAAGCTGACTGCGATGGTGCTAGACGCGCGGGACATGTTGGGAACTTGA
ATTATCCGTCGTTCTCAGTCGTGTTTCAGCAGTATGGTGAGAGTAAAATGTCGACACATT
TCATTAGGACAGTGACCAATGTAGGTGATTCTGACTCGGTTTATGAGGTTAAGATTAG*C
CACCGAGAGGGTCGAACGTGACGGTTGCGCCCGGAGAAGCTATCGTTCAGACGGGTTGGG
CAGAAACTGAGTTTTGTTGTTAGGGTT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3B486TF 842 0 0
G
CGGAGAACGGAGTTTAACATTTTATCAGGCACTTCGATGGCGTGCCCGCACGTGTCGGGT
CTCGCAGCTTTGCTCAAAGCGGCTCATCCTGATTGGAGTCCGGCGGCGATAAGGTCTGCA
TTGATGACTACGGCTTACACTGTAGATAACCGTGATGAGCCAATGCTGGATGAGTCAACC
GGGAATACATCTTCGGTTATGGATTACGGGTCGGGTCATGTTCACCCGACCAGAGCTATG
GATCCGGGATTAGTCTACGATATTACATCTTACGATTACATCAACTTCTTGTGTAACTCC
AACTACACGGGATCCAATATTGTGACGATAACCCGGCGGAAAGCTGACTGCGATGGTGCT
AGACGCGCGGGACATGTTGGGAACTTGAATTATCCGTCGTTCTCAGTCGTGTTTCAGCAG
TATGGTGAGAGTAAAATGTCGACACATTTCATTAGGACAGTGACCAATGTAGGTGATTCT
GACTCGGTTTATGAGGTTAAGATTAGGCCACCGAGAGGGTCGAACGTGACGGTTGCGCC*
GGAGAAGCTATCGTTCAGACGGGTTGGGCAGAAACTGAGTTTTGTTGTTAGGGTTAAGAC
GACGGAGGTGAAACTGTCACCAGGAGCTACAAATGTTGAGACTGGTCATATAGTTTGGTC
GGATGGGAAACGAAATGTTACGAGTCCTTTGGTTGTTACTCTTCAACAACCTCTGTGAAA
GGGCTTTTTTAGGATTTAGAGACCAGAAAATCGTGGCCTCATTGTTTTTGTTTTATAAAA
TGTGAAAGTAAGAGATCATAAGATCTTGTTGTTGTAAACCTGTAATGTCTAAGATCGTTA
T

QA 2 842 2 842
DS 

RD RR3F706JQ 700 0 0
ATCTTCGGTTATGGATTACGGGTCGGGTCATGTTCACCCGACCAAAGCTATGGATCCGGG
ATTAGTCTACGATATTACATCTTACGATTACATCAACTTCTTGTGTAACTCCAACTACAC
GGGATCCAATATTGTGACGATAACCCGGCGGAAAGCTGACTGCGATGGTGCTAGACGCGC
GGGACATGTTGGGAACTTGAATTATCCGTCGTTCTCAGTCGTGTTTCAGCAGTATGGTGA
GAGTAAAATGTCGACACATTTCATTAGGACAGTGACCAATGTAGGTGATTCTGACTCGGT
TTATGAGGTTAAGATTAGGCCACCGAGAGGGTCGAACGTGACGGTTGCGCC*GGAGAAGC
TATCGTTCAGACGGGTTGGGCAGAAACTGAGTTTTGTTGTTAGGGTTAAGACGACGGAGG
TGAAACTGTCACCAGGAGCTACAAATGTTGAGACTGGTCATATAGTTTGGTCGGATGGGA
AACGAAATGTTACGAGTCCTTTGGTTGTTACTCTTCAACAACCTCTGTGAA*GGGCTTTT
TTAGGATTTAGAGACCAGAAAATCGTGGCCTCATTGTTTTTGTTTTATAAAATGTGAAAG
TAAGAGATCATAAGATCTTGTTGTTGTAAACTTGTAATGTCTAAGATCGTTATTGGACGT
TCATGTAATATATAACGTTCATTAGATGATGTGGGCTTTC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 3

CO CL4165Contig1 644 3 3 U
GGATACAACAATTATCCAAAACTACATTGTTTCAAATTTCTCAAAAAATATTTAGTCCGA
AGCTAATTATCACGAGAACTACAAATTAATTCCAAAAATGAAGTTAATTTCATTGATGTG
CATCGCTGTTGTCATACTCTTAACATCATTCCCGGCTACGGCTCAAAACGACCTTTTTTG
CTATGATAATATTGATAATTGTAACCCGGACAACGACCCCGAATGTTGTAAACTTTGGAC
CGGGAATCTACCGTACAAAACAAGATATTGTGCATGCTTTGCAATGACATATCGTAATCA
AGAGAAGTTGCTTCGCGTTCTTTTATACAAGTGTAAATTACCTAGTGGTGTCGAACGATT
CAAGTGCCACGAAACTACCATCACAGCAAAGTTTATTGACATTAAGAACGGTTATTAACT
AACCAGAACCTTCAAACCAAACTGGAGATAATAAGATTAGCAATCAATTGGCCGGGTATT
TCTTTATTTCTTTTTAATCATTTTTATTAATGTTACAGTTCAATAAGGAGAGAGAATTGT
TACGACTCCATAATTTTGTTTCTATGTATTTTCTTATATTTTTAGCAAAAACAAAAATGT
ATAATCTACTTTGGATTAACTACCATAAATAAGTTTTTGTTCTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BV57JQ C 1
AF RR3AX20TF U 132
AF RR3BV57TF U 1
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DS 

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TTGATAATTGTAACCCGGACAACGACCCCGAATGTTGTAAACTTTGGACCGGGAATCTAC
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TCAAACCAAACTGGAGATAATAAGATTAGCAATCAATTGGCCGGGTATTTCTTTATTTCT
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AATTTTGTTTCTATGTATTTTCTTATATTTTTAGCAAAAACAAAAATGTATAATCTACTT
TGGATTAACTACCATAAATAAGTTTTTGTTCT

QA 1 512 1 512
DS 

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AGCTAATTATCACGAGAACTACAAATTAATTCCAAAAATGAAGTTAATTTCATTGATGTG
CATCGCTGTTGTCATACTCTTAACATCATTCCCGGCTACGGCTCAAAACGACCTTTTTTG
CTATGATAATATTGATAATTGTAACCCGGACAACGACCCCGAATGTTGTAAACTTTGGAC
CGGGAATCTACCGTACAAAACAAGATATTGTGCATGCTTTGCAATGACATATCGTAATCA
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AACCAGAACCTTCAAACCAAACTGGAGATAATAAGATTAGCAATCAATTGGCCGGGTATT
TCTTTATTTCTTTTTAATCATTTTTATTAATGTTACAGTTCAATAAGGAGAGAGAATTGT
TACGACTCCATAATTTTGTTTCTATGTATTTTCTTATATTTTTAGCAAAAACAAAAATGT
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T

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DS 



AS 1 3

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C048TF C 1
AF RR3C048JQ U 27
AF RR3FZ76JQ U 136
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C

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CGCTAAGTGCTGCCTTCAGTACGTCTTGAGAACATCCTGGCTTCACTATCGTCCTCACCT
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GACTCACTGCTTTAGCATCTGCACCTGGACCATCGTACTGAAGCGGTCCTGGGTTCCTGT
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TCAAATCCACC
C

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DS 

RD RR3FZ76JQ 661 0 0
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CATCTCAAAGGAATTAAAAAGAGAACACGAAATGTGGAATGGTTGAAAGAGTTTAAGCAA
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TGAAGCCATCACGCTAAGTGCTGCCTTCAGTACGTCTTGAGAACATCCTGGCTTCACTAT
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ACCACACTTCCACTTGTTTACAGGACTCTTTAGGTTGCTCACTGTTGCCATGTAACCATT
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

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GTAGCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DV71JQ C 1
AF RR3DV71TF U 1
BS 1 1 RR3DV71JQ
BS 2 546 RR3DV71TF

RD RR3DV71JQ 546 0 0
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GGAGAGAATATGAAGCAAACGAATCACCTGAAGCCAAAGTTGTTAAAGATTTCGATAAGC
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TTTTCCAATCCACTGCAGGGAAGTTTCAGACTGATATAGGCAAAGCTTGGGCGTTGGAGA
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GTAGCC

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3DV71TF 546 0 0
G
GGATCACATGTATCGGATGGGTCTTATGGCCTTAGTTTCTTCTGATATTCCCGGTGTTAA
CAGAGACAAATGTATGAAAATGGCAATTGTTCATGACATTGCAGAAGCCATTGTAGGGGA
TATCACACCTACTTGCGGTGTCTCCAAAGAAGAGAAAAACCGTAGAGAAACTGAAGCGCT
TCAACACATGTGCAAACTCTTGGGTGGAGGAGAAAGAGCTGAAGAAATCGCTGAGCTGTG
GAGAGAATATGAAGCAAACGAATCACCTGAAGCCAAAGTTGTTAAAGATTTCGATAAGCT
TGAGATGATACTACAAGCTTTGGAATATGAACAAGAGCAAGGTAAAGATTTAGATGAGTT
TTTCCAATCCACTGCAGGGAAGTTTCAGACTGATATAGGCAAAGCTTGGGCGTTGGAGAT
TGCTTCAAGAAGAACAAAGCGACAGTAGTTAGTTCTCACTTGAGCTTAATACACTCTTTG
CGCTCAACTTTAATCATTTTCAAGACTTATTGTGGATCCAGAACTTAAGGGTAACTCTTG
TAGCC

QA 2 546 2 546
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AACCTTTATCAGAGCCGCTGCCTTGGGAAGTATTTGTATCATGCCGTATTATATTCAGAG
GCTTTTCAACACTTGCAAGGCCTCTCTCTCACCTAATGGACCTGTGTCTGAGGAGGCCTT
AGACAAGGTTCGCAACATGTTGGAGAAAATCAAGCCGTCTGATGTTGGTCTCGAACAGGA
AGCTCAGCTGGTGCGTAACTGGTCTGGTCCTGGGAACGATCGTAATGGAAACCATAATTC
TCTGCCAGCCATCAAATACCTTCATTTACATGAGTGTGACAGCTTCTCGATTGGAATTTT
CTGCATGCCACCTTCGTCTATCATACCACTTCATAACCATCCAGGCATGACAGTGGTCAG
CAAGCTAGTGTACGGTTCGATGCACGTGAAGTCATATGATTGGGTTGAGCCTGATCCATC
AGAGCTTGACGATCCATTACAAGCAAGACCTGCAAAGCTGGTCAAGGATACTGACATGGC
GGCTCCTTGCCCAGCAACCACACTATATCCAACAACAGGTGGCAACATCCATTGTTTCAA
AGCCATTACTCATTGTGCTATCTTTGATATCTTATCTCCTCCCTACTCTCCTACTCATGG
AAGACACTGCAACTACTTCCGGAAATCCCCAATCCGTGACTTACCTGGTGAGATTGAAGT
GATGAATGGAGAAGTGATACCGAATGTGACATGGCTTGAAGAGTATCAGCCTCCAGATAA
CTTTGTGATATGGAAAGTTCCTTACAGAGGTCCTGTGATTAGAAAATGAGTTCATGACAG
CACAGAATAAATGAGCAGAAAGAAAGAACAATGGAGCTTTATCATCAGGAGAGAATAAAA
TTGGTAAACCATTCAGAAGGCTACATACTGGTTTGTGGTCAAAGAGGTTCTTTAACGTAT
GATAATGTTTTACTACTATTTACATCTTTACTATTTTACTTTACTAGTTTTAATAAAGAT
AATATTTTTGTCTACATAAAAGAACAATTGTCCACAAAC


BQ
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AF RR3H634TF U 1
AF RR3H634JQ C 588
BS 1 668 RR3H634TF
BS 669 1179 RR3H634JQ

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AGACAAGGTTCGCAACATGTTGGAGAAAATCAAGCCGTCTGATGTTGGTCTCGAACAGGA
AGCTCAGCTGGTGCGTAACTGGTCTGGTCCTGGGAACGATCGTAATGGAAACCATAATTC
TCTGCCAGCCATCAAATACCTTCATTTACATGAGTGTGACAGCTTCTCGATTGGAATTTT
CTGCATGCCACCTTCGTCTATCATACCACTTCATAACCATCCAGGCATGACAGTGGTCAG
CAAGCTAGTGTACGGTTCGATGCACGTGAAGTCATATGATTGGGTTGAGCCTGATCCATC
AGAGCTTGACGATCCATTACAAGCAAGACCTGCAAAGCTGGTCAAGGATACTGACATGGC
GGCTCCTT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3H634JQ 592 0 0
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CTCCTACTCATGGAAGACACTGCAACTACTTCCGGAAATCCCCAATCCGTGACTTACCTG
GTGAGATTGAAGTGATGAATGGAGAAGTGATACCGAATGTGACATGGCTTGAAGAGTATC
AGCCTCCAGATAACTTTGTGATATGGAAAGTTCCTTACAGAGGTCCTGTGATTAGAAAAT
GAGTTCATGACAGCACAGAATAAATGAGCAGAAAGAAAGAACAATGGAGCTTTATCATCA
GGAGAGAATAAAATTGGTAAACCATTCAGAAGGCTACATACTGGTTTGTGGTCAAAGAGG
TTCTTTAACGTATGATAATGTTTTACTACTATTTACATCTTTACTATTTTACTTTACTAG
TTTTAATAAAGATAATATTTTTGTCTACATAAAAGAACAATTGTCCACAAAC

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 3

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GCTATAACTAAACCGACTCTCTGTGACATCCTAGTACTTGCACAACACATCATTTACACC
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GGGAGAGTGCAAGCTCTTTTATTCTTCTGATGGGTCGAATTGGTTATAGAAAGGAATCAA
GGTAGGAGTAGTTGTGACACCTACCATACTCAAGGAGACTACCGTAAGTGCGGTCCCAAA
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AATCGATCTCTTGCTCTGCTTCATACCCTTTCGTGACATCGTACACATGGACAAAGTCAG
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CGAGGTTACCCCTCAAGACAGCAACAGACTTAGACAGGTTACGTATGTCCCAAACCCGGC
AGGTCTTGTCTTGGTTACCTGTGGAGAAAGTGAGCCCATCTGGATGCCATGCAGATGCAA
AGGAGAAGTACAAATGTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG80JQ U 1
AF RR3GG80TF C 1
AF RR3C360JQ U 112
BS 1 508 RR3GG80JQ
BS 509 740 RR3C360JQ

RD RR3GG80JQ 509 0 0
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AGCTACGTGCTCGAACCGTGTTGTCTCTTCCTGCTATGGCCAGGGTAAAAAGAGTTTATA
ATTCAAGCTGAAATTCAACACTTATGTACACATACATGAGAACCTCAACAACACTGGATA
GCTATAACTAAACCGACTCTCTGTGACATCCTAGTACTTGCACAACACATCATTTACACC
ACTAAAGATTTGATTATACTACCATGTTGTTTTTTTTT*CTGTCGGGTAACAAAGGCAAC
GGGAGAGTGCAAGCTCTTTTATTCTTCTGATGGGTCGAATTGGTTATAGAAAGGAATCAA
GGTAGGAGTAGTTGTGACACCTACCATACTCAAGGAGACTACCGTAAGTGCGGTCCCAAA
CACCGATGAAGAGCGCTTCTGTGTCAGGGCTGAAGGACATTCCCGATATCTCCCCAAAGA
AATCGATCTCTTGCTCTGCTTCATACCC
C

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR3GG80TF 509 0 0
GAGATCAAAAGGGATTCAAGCCCAACCCCTAAAAACAATTTGATTATAGTAAAACTAATG
AGCTACGTGCTCGAACCGTGTTGTCTCTTCCTGCTATGGCCAGGGTAAAAAGAGTTTATA
ATTCAAGCTGAAATTCAACACTTATGTACACATACATGAGAACCTCAACAACACTGGATA
GCTATAACTAAACCGACTCTCTGTGACATCCTAGTACTTGCACAACACATCATTTACACC
ACTAAAGATTTGATTATACTACCATGTTGTTTTTTTTT*CTGTCGGGTAACAAAGGCAAC
GGGAGAGTGCAAGCTCTTTTATTCTTCTGATGGGTCGAATTGGTTATAGAAAGGAATCAA
GGTAGGAGTAGTTGTGACACCTACCATACTCAAGGAGACTACCGTAAGTGCGGTCCCAAA
CACCGATGAAGAGCGCTTCTGTGTCAGGGCTGAAGGACATTCCCGATATCTCCCCAAAGA
AATCGATCTCTTGCTCTGCTTCATACCC
C

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR3C360JQ 629 0 0
GGA
TTTATAATTCAAGCTGAAATTCAACACTTATGTACACATACATGAGAACCTCAACAACAC
TGGATAGCTATAACTAAACCGACTCTCTGTGACATCCTAGTACTTGCACAACACATCATT
TACACCACTAAAGATTTGATTATACTACCATGTTGTTTTTTTTTTCTGTCGGGTAACAAA
GGCAACGGGAGAGTGCAAGCTCTTTTATTCTTCTGATGGGTCGAATTGGTTATAGAAAGG
AATCAAGGTAGGAGTAGTTGTGACACCTACCATACTCAAGGAGACTACCGTAAGTGCGGT
CCCAAACACCGATGAAGAGCGCTTCTGTGTCAGGGCTGAAGGACATTCCCGATATCTCCC
CAAAGAAATCGATCTCTTGCTCTGCTTCATACCCTTTCGTGACATCGTACACATGGACAA
AGTCAGCCGGCTCAGCCATGGCCATGTATTTCCCATCGGATGTGTAGCGGATGGATCGGA
TCGCTCCGAGGTTACCCCTCAAGACAGCAACAGACTTAGACAGGTTACGTATGTCCCAAA
CCCGGCAGGTCTTGTCTTGGTTACCTGTGGAGAAAGTGAGCCCATCTGGATGCCATGCAG
ATGCAAAGGAGAAGTACAAATGTCCC

QA 4 629 4 629
DS 



AS 1 3

CO CL4171Contig1 751 3 11 U
AGGAACTGATTGAGAGGCATTGCGGAGGTGTTAGGGGTGGATGGGACAACCTGCTTGCTA
TCATCCCTTGAGGTTCCTCTGTCCCTTTGATTCCTAAGAACATATGCGAGGATGTGCTGA
TGGATTTCGATGCGCTCAAAGCTGTCCAGTCAGGGCTAGGAACTGCGGCGGTGATTGTGA
TGGATAAATCAACCGATGTCGTGGATGCAATTGCGAGGCTCTCGTACTTCTACAAGCACG
AAAGCTGTGGGCAGTGTACTCCTTGCAGAGAGGGGACTGGTTGGCTTTGGATGATCATGG
AGAGGATGAAGGTTGGCAATGCAAAGCTGGAAGAGATTGATATGCTTCACGAGGTAACCA
AACAGATCGAAGGACACACAATCTGTGCATTGGGTGATGCAGCTGCGTGGCCCGTGCAAG
GTCTGATTAGGCACTTTAGGCCGGAGCTTGAGAGAAGGATCAAGGAACGCGCTGAAAGGG
AGTTGCTACAGGCTGCTGCTTAGAAAATCCTTGCTAACCACAGGGAGTTTGCTATTATTC
TCAATGGAAATAAAACCTGAAGAACAATATTAGAGTTTTGGGATTGCAAAGCTACTTCAG
AAGGAGAAGAAGGTAATGTATTTGTGTTAAATGGTTAAATGTTAAACTTTATTCAAGTTG
TATCAGAAAGAGCTATATTTGTTCTTTTGATTACTCTACTTTCTTCAATGTTTGTTTGTT
TTCTTATGACTATGCTGAGATCACATTTTGG


BQ
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AF RR3DB80TF U 43
AF RR3GE94TF U 1
AF RR3DB80JQ C 48
BS 1 68 RR3GE94TF
BS 69 70 RR3DB80TF
BS 71 608 RR3GE94TF
BS 609 609 RR3DB80TF
BS 610 611 RR3GE94TF
BS 612 612 RR3DB80TF
BS 613 664 RR3GE94TF
BS 665 666 RR3DB80JQ
BS 667 721 RR3GE94TF
BS 722 722 RR3DB80JQ
BS 723 751 RR3GE94TF

RD RR3DB80TF 622 0 0
GGGAC
AACCTGCTTGCTATCATCCCTTGAGGTTCCTCTGTCCCTTTGATTCCTAAGAACATATGC
GAGGATGTGCTGATGGATTTCGATGCGCTCAAAGCTGTCCAGTCAGGGCTAGGAACTGCG
GCGGTGATTGTGATGGATAAATCAACCGATGTCGTGGATGCAATTGCGAGGCTCTCGTAC
TTCTACAAGCACGAAAGCTGTGGGCAGTGTACTCCTTGCAGAGAGGGGACTGGTTGGCTT
TGGATGATCATGGAGAGGATGAAGGTTGGCAATGCAAAGCTGGAAGAGATTGATATGCTT
CACGAGGTAACCAAACAGATCGAAGGACACACAATCTGTGCATTGGGTGATGCAGCTGCG
TGGCCCGTGCAAGGTCTGATTAGGCACTTTAGGCCGGAGCTTGAGAGAAGGATCAAGGAA
CGCGCTGAAAGGGAGTTGCTACAGGCTGCTGCTTAGAAAATCCTTGCTAACCACAGGGAG
TTTGCTATTATTCTCAATGGAAATAAAACCTGAAGAACAATATTAGAGTTTTGGGATTGC
AAAGCTACTTCAGAAGGAGAAGAAGGTAATGTATTTGTGTTAAATGGTTAAATGTTAAAC
TTTATTCAAGTTGTATC

QA 6 622 6 622
DS 

RD RR3GE94TF 751 0 0
AGGAACTGATTGAGAGGCATTGCGGAGGTGTTAGGGGTGGATGGGACAACCTGCTTGCTA
TCATCCCTGTAGGTTCCTCTGTCCCTTTGATTCCTAAGAACATATGCGAGGATGTGCTGA
TGGATTTCGATGCGCTCAAAGCTGTCCAGTCAGGGCTAGGAACTGCGGCGGTGATTGTGA
TGGATAAATCAACCGATGTCGTGGATGCAATTGCGAGGCTCTCGTACTTCTACAAGCACG
AAAGCTGTGGGCAGTGTACTCCTTGCAGAGAGGGGACTGGTTGGCTTTGGATGATCATGG
AGAGGATGAAGGTTGGCAATGCAAAGCTGGAAGAGATTGATATGCTTCACGAGGTAACCA
AACAGATCGAAGGACACACAATCTGTGCATTGGGTGATGCAGCTGCGTGGCCCGTGCAAG
GTCTGATTAGGCACTTTAGGCCGGAGCTTGAGAGAAGGATCAAGGAACGCGCTGAAAGGG
AGTTGCTACAGGCTGCTGCTTAGAAAATCCTTGCTAACCACAGGGAGTTTGCTATTATTC
TCAATGGAAATAAAACCTGAAGAACAATATTAGAGTTTTGGGATTGCAAAGCTACTTCAG
AAGGAGAA*AAAGTAATGTATTTGTGTTAAATGGTTAAATGTTAAACTTTATTCAAGTTG
TATC**AAAGAGCTATATTTGTTCTTTTGATTACTCTACTTTCTTCAATGTTTGTTTGTT
T*CTTATGACTATGCTGAGATCACATTTTGG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3DB80JQ 684 0 0
AACCTGCTTGCTATCATCCCTTGAGGTTCCTCTGTCCCTTTGATTCCTAAGAACATATGC
GAGGATGTGCTGATGGATTTCGATGCGCTCAAAGCTGTCCAGTCAGGGCTAGGAACTGCG
GCGGTGATTGTGATGGATAAATCAACCGATGTCGTGGATGCAATTGCGAGGCTCTCGTAC
TTCTACAAGCACGAAAGCTGTGGGCAGTGTACTCCTTGCAGAGAGGGGACTGGTTGGCTT
TGGATGATCATGGAGAGGATGAAGGTTGGCAATGCAAAGCTGGAAGAGATTGATATGCTT
CACGAGGTAACCAAACAGATCGAAGGACACACAATCTGTGCATTGGGTGATGCAGCTGCG
TGGCCCGTGCAAGGTCTGATTAGGCACTTTAGGCCGGAGCTTGAGAGAAGGATCAAGGAA
CGCGCTGAAAGGGAGTTGCTACAGGCTGCTGCTTAGAAAATCCTTGCTAACCACAGGGAG
TTTGCTATTATTCTCAATGGAAATAAAACCTGAAGAACAATATTAGAGTTTTGGGATTGC
AAAGCTACTTCAGAAGGAGAAGAAGGTAATGTATTTGTGTTAAATGGTTAAATGTTAAAC
TTTATTCAAGTTGTATCAGAAGGAGCTATATTTGTTCTTTTGATTACTCTACTTTCTTCA
ATGTTTGTTTGTTTTCTTATGACT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 3

CO CL4172Contig1 1165 3 22 U
GGAGGAAGAAGAGGTAAAAAGCTCCATATCCATGGCTCTTCTATCTCCATCTTTCTCCTC
TCCAAGCTATCATATTTTCAGGAGGAGGAGCAACAACATATCGAACAAGTATCATCAACA
TGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAATCAAAGGAGATGATGATGATTTCTCCTTCTCGTGCTTC
TACGAGGAGATCGGAAGAGGGACTTTCTCGTAGGGATTTAGTGCTAATTGGTCTCTCTTC
TCCCTTGTCTACGCTCCTGCCTTCTCCTGTCACTTTTGCTGCAGAAGAAGAAGAAGCAGG
GAAAATGGGTTCGATGGTGGATGATATCAATGCTTATTCTTATGCTTACCCACTCGACCT
TCCATCCGAGAAGCTTGTCTTCAAATGGGTTGCATCGAGAAAGCCTGAACGTTACTCTTC
AGCTGCGCCACTCTCTCCTGATGCGCGTCTACGGATTGTTTCTGAACGACTTGACCTCAT
CGACAACCTAGTCATTTCTATTTCCATAGGGCCCCCAAACCCAAGCTTCCTAACTTCAAA
AGACAAGAAAACATGGACTGCCAAAGACGTTGCTGACTCTGTTCTCTCTGATAAATCAGC
TTTGCGTGTCACTTCAAGTCAGCGTCTAGAAGAGAGCTCAGTTCTTGATGCTCATTCTAC
CGATATTGATGGGGAGCCTTACTGGTACTACGAGTACCTTGTCCGCAAATCACCTACCAA
AATCGCTGAAGCATCAAAGATGTACAGACACTACATTTCTTCAACAGCTGAACGTGATGG
GTACTTATACACCATGAATGCCTCAACCCTTGGCAAGCAATGGGACATGATGGGACCGGT
GTTAGAAAGAGCAGTTGAGTCCTTTAGGCTTCTTCCTCCTACTGATAGTTATGTTCCTCC
ATTCAAGGATCCATGGAGGTTTTGGTGATACTTCCATCTACTCTACCTCAAAGCTTTTCT
TCATCAAAATTGCTTCTTCTTTTTTTTTTTTTGAAACTGTAGTTAAAATTTGATAGGAGA
GATTCAGAATCTTGATAGCTCTCTCATTCTCAGTTGTATTAAAAAGCCACGGGGACTAGT
CTTCCCCAACTTTGAAGATCTTGTTTACTGCCCAATGTATTGAGAGAGTTGTATATTTGC
ATGACTTCTAAACTCATCAAGGAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BN33TF U 1
AF RR3AP21JQ C 438
AF RR3AP21TF U 438
BS 1 504 RR3BN33TF
BS 505 505 RR3AP21TF
BS 506 510 RR3BN33TF
BS 511 511 RR3AP21TF
BS 512 534 RR3BN33TF
BS 535 535 RR3AP21TF
BS 536 565 RR3BN33TF
BS 566 566 RR3AP21TF
BS 567 639 RR3BN33TF
BS 640 640 RR3AP21TF
BS 641 651 RR3BN33TF
BS 652 652 RR3AP21TF
BS 653 660 RR3BN33TF
BS 661 661 RR3AP21TF
BS 662 723 RR3BN33TF
BS 724 724 RR3AP21TF
BS 725 763 RR3BN33TF
BS 764 764 RR3AP21TF
BS 765 771 RR3BN33TF
BS 772 772 RR3AP21TF
BS 773 801 RR3BN33TF
BS 802 1165 RR3AP21TF

RD RR3BN33TF 801 0 0
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TCCAAGCTATCATATTTTCAGGAGGAGGAGCAACAACATATCGAACAAGTATCATCAACA
TGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAATCAAAGGAGATGATGATGATTTCTCCTTCTCGTGCTTC
TACGAGGAGATCGGAAGAGGGACTTTCTCGTAGGGATTTAGTGCTAATTGGTCTCTCTTC
TCCCTTGTCTACGCTCCTGCCTTCTCCTGTCACTTTTGCTGCAGAAGAAGAAGAAGCAGG
GAAAATGGGTTCGATGGTGGATGATATCAATGCTTATTCTTATGCTTACCCACTCGACCT
TCCATCCGAGAAGCTTGTCTTCAAATGGGTTGCATCGAGAAAGCCTGAACGTTACTCTTC
AGCTGCGCCACTCTCTCCTGATGCGCGTCTACGGATTGTTTCTGAACGACTTGACCTCAT
CGACAACCTAGTCATTTCTATTTCGATAGGTCCCCCAAACCCAAGCTTCCTAACATCAAA
AGACAAGAAAACATGGACTGCCAAAAACGTTGCTGACTCTGTTCTCTCTGATAAATCAGC
TTTGCGTGTCACTTCAAGTCAGCGTCTAGAAGAGAGCTCGGTTCTTGATGCACATTCTAC
TGATATTGATGGGGAGCCTTACTGGTACTACGAGTACCTTGTCCGCAAATCACCTACCAA
AATTGCTGAAGCATCAAAGATGTACAGACACTACATTTCTTCA*CAGCTGA*CGTGATGG
GTACTTATACACCATGAATGC

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3AP21JQ 728 0 0
GG
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ATTTCCATAGGGCCCCCAAACCCAAGCTTCCTAACTTCAAAAGACAAGAAAACATGGACT
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TACTGGTACTACGAGTACCTTGTCCGCAAATCACCTACCAAAATCGCTGAAGCATCAAAG
ATGTACAGACACTACATTTCTTCAACAGCTGAACGTGATGGGTACTTATACACCATGAAT
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TCCTTTAGGCTTCTTCCTCCTACTGATAGTTATGTTCCTCCATTCAAGGATCCATGGAGG
TTTTGGTGATACTTCCATCTACTCTACCTCAAAGCTTTTCTTCATCAAAATTGCTTCTTC
TTTTTTTTTTTTTGAAACTGTAGTTAAAATTTGATAGGAGAGATTCAGAATCTTGATAGC
TCTCTCATTCTCAGTTGTATTAAAAAGCCACGGGGACTAGTCTTCCCCAACTTTGAAGAT
CTTGTTTACTGCCCAATGTATTGAGAGAGTTGTATATTTGCATGACTTCTAAACTCATCA
AGGAAC

QA 3 728 3 728
DS 

RD RR3AP21TF 728 0 0
GG
GATGCGCGTCTACGGATTGTTTCTGAACGACTTGACCTCATCGACAACCTAGTCATTTCT
ATTTCCATAGGGCCCCCAAACCCAAGCTTCCTAACTTCAAAAGACAAGAAAACATGGACT
GCCAAAGACGTTGCTGACTCTGTTCTCTCTGATAAATCAGCTTTGCGTGTCACTTCAAGT
CAGCGTCTAGAAGAGAGCTCAGTTCTTGATGCTCATTCTACCGATATTGATGGGGAGCCT
TACTGGTACTACGAGTACCTTGTCCGCAAATCACCTACCAAAATCGCTGAAGCATCAAAG
ATGTACAGACACTACATTTCTTCAACAGCTGAACGTGATGGGTACTTATACACCATGAAT
GCCTCAACCCTTGGCAAGCAATGGGACATGATGGGACCGGTGTTAGAAAGAGCAGTTGAG
TCCTTTAGGCTTCTTCCTCCTACTGATAGTTATGTTCCTCCATTCAAGGATCCATGGAGG
TTTTGGTGATACTTCCATCTACTCTACCTCAAAGCTTTTCTTCATCAAAATTGCTTCTTC
TTTTTTTTTTTTTGAAACTGTAGTTAAAATTTGATAGGAGAGATTCAGAATCTTGATAGC
TCTCTCATTCTCAGTTGTATTAAAAAGCCACGGGGACTAGTCTTCCCCAACTTTGAAGAT
CTTGTTTACTGCCCAATGTATTGAGAGAGTTGTATATTTGCATGACTTCTAAACTCATCA
AGGAAC

QA 3 728 3 728
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4174Contig1 605 3 4 U
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CTTCGACAGTGTTTTCTCGAAGATTGTAATTAGATTCACCTATCATGGATTTTCTATCTA
CTAAACGATCTGGAAGGGAGGAAATCGCCGCTCCTCCGAAGAGAGGACGGATTAAGATCA
TGATCGCTCGTGATCTAGCTACATCGGCGACCTCAATCACCTGGAAACCGCGGCGAAGCC
GAATCAAGATCATGATTGCTCGCGATCTAATCATATCGGCAACCTCCCTATGGGCCCAGA
ACAACCACGACGGGAATAACGAAAGCTGAGCTGTCTCTCAGACTGCAAACGCTGATCTCC
ATGCCTGTGTCGTCTTCCATAATTCGATCGGATCGGACCGAATCGTCCGATCCAACTGTA
AATTTGTCTGATATATGATATTGATTTACGTAAGAGAACATACGGGTTAGTTTGGTTCTC
AAGAAAAGTATACCAGTTTGGAGTTTGTAAGTGATATTATGGTTGATCATATGTTGTATA
AATGTTGGGGTAATACTTTGTAAAATATATGTTCGTTTAAAAATAATATATGTCCATATT
GAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 

AF RR3BF33TF U 1
AF RR3E564TF U 4
AF RR3E564JQ C 18
BS 1 78 RR3BF33TF
BS 79 79 RR3E564TF
BS 80 578 RR3BF33TF
BS 579 605 RR3E564TF

RD RR3BF33TF 578 0 0
GGACTCGTCTCTTCTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCGTCTCTTCTCTTGGTTTCTTT
CTTCGACAGTGTTTTCTCAAAGATTGTAATTAGATTCACCTATCATGGATTTTCTATCTA
CTAAACGATCTGGAAGGGAGGAAATCGCCGCTCCTCCGAAGAGAGGACGGATTAAGATCA
TGATCGCTCGTGATCTAGCTACATCGGCGACCTCAATCACCTGGAAACCGCGGCGAAGCC
GAATCAAGATCATGATTGCTCGCGATCTAATCATATCGGCAACCTCCCTATGGGCCCAGA
ACAACCACGACGGGAATAACGAAAGCTGAGCTGTCTCTCAGACTGCAAACGCTGATCTCC
ATGCCTGTGTCGTCTTCCATAATTCGATCGGATCGGACCGAATCGTCCGATCCAACTGTA
AATTTGTCTGATATATGATATTGATTTACGTAAGAGAACATACGGGTTAGTTTGGTTCTC
AAGAAAAGTATACCAGTTTGGAGTTTGTAAGTGATATTATGGTTGATCATATGTTGTATA
AATGTTGGGGTAATACTTTGTAAAATATATGTTCGTTT

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR3E564TF 602 0 0
GGG
GTCTCTTCTCTTAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCGTCTCTTCTCTTGGTTTCTTTCTTCGA
CAGTGTTTTCTCGAAGATTGTAATTAGATTCACCTATCATGGATTTTCTATCTACTAAAC
GATCTGGAAGGGAGGAAATCGCCGCTCCTCCGAAGAGAGGACGGATTAAGATCATGATCG
CTCGTGATCTAGCTACATCGGCGACCTCAATCACCTGGAAACCGCGGCGAAGCCGAATCA
AGATCATGATTGCTCGCGATCTAATCATATCGGCAACCTCCCTATGGGCCCAGAACAACC
ACGACGGGAATAACGAAAGCTGAGCTGTCTCTCAGACTGCAAACGCTGATCTCCATGCCT
GTGTCGTCTTCCATAATTCGATCGGATCGGACCGAATCGTCCGATCCAACTGTAAATTTG
TCTGATATATGATATTGATTTACGTAAGAGAACATACGGGTTAGTTTGGTTCTCAAGAAA
AGTATACCAGTTTGGAGTTTGTAAGTGATATTATGGTTGATCATATGTTGTATAAATGTT
GGGGTAATACTTTGTAAAATATATGTTCGTTTAAAAATAATATATGTCCATATTGAAGG

QA 4 602 4 602
DS 

RD RR3E564JQ 588 0 0
TAAAAAAAAAAAAAAAAAACTCGTCTCTTCTCTTGGTTTCTTTCTTCGACAGTGTTTTCT
CGAAGATTGTAATTAGATTCACCTATCATGGATTTTCTATCTACTAAACGATCTGGAAGG
GAGGAAATCGCCGCTCCTCCGAAGAGAGGACGGATTAAGATCATGATCGCTCGTGATCTA
GCTACATCGGCGACCTCAATCACCTGGAAACCGCGGCGAAGCCGAATCAAGATCATGATT
GCTCGCGATCTAATCATATCGGCAACCTCCCTATGGGCCCAGAACAACCACGACGGGAAT
AACGAAAGCTGAGCTGTCTCTCAGACTGCAAACGCTGATCTCCATGCCTGTGTCGTCTTC
CATAATTCGATCGGATCGGACCGAATCGTCCGATCCAACTGTAAATTTGTCTGATATATG
ATATTGATTTACGTAAGAGAACATACGGGTTAGTTTGGTTCTCAAGAAAAGTATACCAGT
TTGGAGTTTGTAAGTGATATTATGGTTGATCATATGTTGTATAAATGTTGGGGTAATACT
TTGTAAAATATATGTTCGTTTAAAAATAATATATGTCCATATTGAAGG

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 3

CO CL4175Contig1 1195 3 9 U
TTTTTCTCCATCTATATCCGTAGGTTTCTTGAACGATGCATGGGCAGCAACAACCAACAC
CCCCTCGATGTCGGCGGCAACTGGCTTTCCCTGAGCCGTCCACGGGCTCGTGGACTCGAC
GCGTCGGTCGTTGAGACATTCCCGACGTTCCGATACTCAATGGTGAAGACGCTCAAGATT
GGCAAAGAAGCCCTTGAGTGTCCTGTTTGCTTAAACGAGTTCGAAGACGATGAAACGCTG
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TCTCACGCCACATGTCCTCTCTGCCGCGCCGATCTCGTCCCTGTACCGGGTGAATCTGCT
GTTTCTATCCAGATACCCGGTTTAGCCGATAATGCTCCCGGTTCTGATTCAACCGGTAAC
CGCACGATGGTTTTGAGTTCTCCGGATGCGAGGCTAATTGACTCGGTGGCGTTGACCGGT
AACCAGAGTATGCGTAGGTCTCTGTCTACCGGATGGAATTTAGCCGGACTTTTCACCAAT
TCTGACTCGACAGGTCAACATGCAGAGAATCTTGACCGGTTCACGCTTAGGTTACCGCAA
AACATTCACAGTAATCTCGTGAACCCAAACCTTTCAAAAAGCCACGTAGCGTTACCTCAG
GCGATGAGTTCAGCGAGAGGGTACAGAACCGGTGGCCTAGAGACAGATCGAAACTATTTC
TACTATGAACGGTTTGATGACCAAGATGGCCGGTTCGACCGTAGACCATTCTCCATAACA
CCTCCGTACCGGACATGTTCAATCAATACGTCTCCATGTGGCAGTGGTGATCAGGTGCGT
GCTGGTACACCCAAGGGTTTGCTTCTAGCGATAAAATCACCGTTTGATCGGTTGTTTCTT
GGAAAGAACAACATCGGTGAACGTTCAATAAACAACAACATCGGTGAACGTTCGTCGGAT
CACCTTCGCTCCGGCGATGCTAGCCCTGTGTAGACCAAGTTGTGTAATAGTTGTTTATTT
GAGAAAGTCTTTAACTTGTACATATTTAATTTTTACTCTCGCATTCTGCATTTTCAGTTT
TAATAATGGAACGAAGTTTCTATTTGTTCTTTGTTTTCTTTCTGGGGTGTCTAATATTTA
AAAAGGTAAAACAGTTCGTCAGCGATTAGAATACAAAAACACAATTAGTATGTGG


BQ
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AF RR3GQ89TF U 1
AF RR3DJ49TF U 293
AF RR3GQ89JQ C 449
BS 1 590 RR3GQ89TF
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BS 953 1195 RR3GQ89JQ

RD RR3GQ89TF 651 0 0
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CCCCTCGATGTCGGCGGCAACTGGCTTTCCCTGAGCCGTCCACGGGCTCGTGGACTCGAC
GCGTCGGTCGTTGAGACATTCCCGACGTTCCGATACTCAATGGTGAAGACGCTCAAGATT
GGCAAAGAAGCCCTTGAGTGTCCTGTTTGCTTAAACGAGTTCGAAGACGATGAAACGCTG
CGTTTGATTCCTAAATGTTGCCACGTGTTCCATCCTGGTTGTGTAGACGCTTGGCTACGG
TCTCACGCCACATGTCCTCTCTGCCGCGCCGATCTCGTCCCTGTACCGGGTGAATCTGCT
GTTTCTATCCAGATACCCGGTTTAGCCGATAATGCTCCCGGTTCTGATTCAACCGGTAAC
CGCACGATGGTTTTGAGTTCTCCGGATGCGAGGCTAATTGACTCGGTGGCGTTGACCGGT
AACCAGAGTATGCGTAGGTCTCTGTCTACCGGATGGAATTTAGCCGGACTTTTCACCAAT
TCTGACTCGACAGGTCAACATGCAGAGAATCTTGACCGGTTCACGCTTAG*TTACCGCAA
AACATTCACAGTAATCTCGTGAACCCAAACCTTTCAAAA*GCCACGTAGCG

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3DJ49TF 660 0 0
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AATCTGCTGTTTCTATCCAGATACCCGGTTTAGCCGATAATGCTCCCGGTTCTGATTCAA
CCGGTAACCGCACGATGGTTTTGAGTTCTCCGGATGCGAGGCTAATTGACTCGGTGGCGT
TGACCGGTAACCAGAGTATGCGTAGGTCTCTGTCTACCGGATGGAATTTAGCCGGACTTT
TCACCAATTCTGACTCGACAGGTCAACATGCAGAGAATCTTGACCGGTTCACGCTTAGGT
TACCGCAAAACATTCACAGTAATCTCGTGAACCCAAACCTTTCAAAAAGCCACGTAGCGT
TACCTCAGGCGATGAGTTCAGCGAGAGGGTACAGAACCGGTGGCCTAGAGACAGATCGAA
ACTATTTCTACTATGAACGGTTTGATGACCAAGATGGCCGGTTCGACCGTAGACCATTCT
CCATAACACCTCCGTACCGGACATGTTCAATCAATACGTCTCCATGTGGCAGTGGTGATC
ATGTGCGTGCTGGTACACCCAAGGGTTTGCTTCTAGCGATAAAATCACCGTTTGATCGGT
TGTTTCTTGGAAAGAACAACATCGGTGAACGTTCAATAAACAACAACATCGGTGAACGTT

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DS 

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CCGGATGGAATTTAGCCGGACTTTTCACCAATTCTGACTCGACAGGTCAACATGCAGAGA
ATCTTGACCGGTTCACGCTTAGGTTACCGCAAAACATTCACAGTAATCTCGTGAACCCAA
ACCTTTCAAAAAGCCACGTAGCGTTACCTCAGGCGATGAGTTCAGCGAGAGGGTACAGAA
CCGGTGGCCTAGAGACAGATCGAAACTATTTCTACTATGAACGGTTTGATGACCAAGATG
GCCGGTTCGACCGTAGACCATTCTCCATAACACCTCCGTACCGGACATGTTCAATCAATA
CGTCTCCATGTGGCAGTGGTGATCAGGTGCGTGCTGGTACACCCAAGGGTTTGCTTCTAG
CGATAAAATCACCGTTTGATCGGTTGTTTCTTGGAAAGAACAACATCGGTGAACGTTCAA
TAAACAACAACATCGGTGAACGTTCGTCGGATCACCTTCGCTCCGGCGATGCTAGCCCTG
TGTAGACCAAGTTGTGTAATAGTTGTTTATTTGAGAAAGTCTTTAACTTGTACATATTTA
ATTTTTACTCTCGCATTCTGCATTTTCAGTTTTAATAATGGAACGAAGTTTCTATTTGTT
CTTTGTTTTCTTTCTGGGGTGTCTAATATTTAAAAAGGTAAAACAGTTCGTCAGCGATTA
GAATACAAAAACACAATTAGTATGTGG

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL4176Contig1 731 2 5 U
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CCTCCAGATATACGTCTCCGACGCCGGTATCCTCGCCGTGTGCTACGGTCTCTACCGCTA
CGCAGCTGCTCAAGGACTGGCCTCGATGGTCTGCCTCTACGGAGTCCCGCTTCTGATTGT
CAACGGGTTCCTAGTTTTGATCACTTACTTGCAGCACACGCACCCTTCGCTGCCTCACTA
CGACTCCTCGGAGTGGGACTGGTTGAGGGGAGCCTTGGCTACCGTGGACAGAGACTACGG
AATCTTGAACAAGGTCTTCCACAATATCACGGACACGCACGTGGCGCATCACCTGTTCTC
CACGATGCCGCATTACCACGCGATGGAAGCTACCAAGGCGATAAAGCCGATACTGGGAGA
TTATTACCAGTTCGATGGGACGCCGGTGTTTAAGGCGATGTGGAGGGAGGCGAAGGAGTG
TATCTATGTAGAGCCTGACAGGCAAGGTGAGAAGAAAGGTGTGTTTTGGTACAACAATAA
GTTATGAGGAGGATGATATGGTGAAAGAAGAACAGAAGAAGATATTGTCATTGATCTTTT
CTATTGTTGTCTCTCTGGTCGTCTTTGTTTTTAAGAAGCTATGTTTTTTCTTCAATAATC
TAAATTGTCCATTTTGTTGTGTTTTCTGACATTTTGGCTAAAATTATTGTGATATGGGAC
GTTAGTAGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B582TF U 160
AF RR3F921JQ C 1
BS 1 160 RR3F921JQ
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BS 712 731 RR3F921JQ

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G
GGAGTCCCGCTTCTGATTGTCAACGGGTTCCTAGTTTTGATCACTTACTTGCAGCACACG
CACCCTTCGCTGCCTCACTACGACTCCTCGGAGTGGGACTGGTTGAGGGGAGCCTTGGCT
ACCGTGGACAGAGACTACGGAATCTTGAACAAGGTCTTCCACAATATCACGGACACGCAC
GTGGCGCATCACCTGTTCTCCACGATGCCGCATTACCACGCGATGGAAGCTACCAAGGCG
ATAAAGCCGATACTGGGAGATTATTACCAGTTCGATGGGACGCCGGTGTTTAAGGCGATG
TGGAGGGAGGCGAAGGAGTGTATCTATGTAGAGCCTGACAGGCAAGGTGAGAAGAAAGGT
GTGTTTTGGTACAACAATAAGTTATGAGGAGGATGATATGGTGAAAGAAGAACAGAAGAA
GATATTGTCATTGATCTTTTCTATTGTTGTCTCTCTGGTCGTCTTTGTTTTTAAGAAGCT
ATGTTTTTT**TCAATAATCTAAATTGTCCATTTTGTTGTGTTTTCTGACATTTTGGCTA
AAATTATTGTG

QA 2 552 2 552
DS 

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CCTCCAGATATACGTCTCCGACGCCGGTATCCTCGCCGTGTGCTACGGTCTCTACCGCTA
CGCAGCTGCTCAAGGACTGGCCTCGATGGTCTGCCTCTACGGAGTCCCGCTTCTGATTGT
CAACGGGTTCTTAGTTTTGATCACTTACTTGCAGCACACGCACCCTTCGCTGCCTCACTA
CGACTCCTCGGAGTGGGACTGGTTGAGGGGAGCCTTGGCTACCGTGGACAGAGACTACGG
AATCTTGAACAAGGTCTTCCACAATATCACGGACACGCACGTGGCGCATCACCTGTTCTC
CACGATGCCGCATTACCACGCGATGGAAGCTACCAAGGCGATAAAGCCGATACTGGGAGA
TTATTACCAGTTCGATGGGACGCCGGTGTTTAAGGCGATGTGGAGGGAGGCGAAGGAGTG
TATCTATGTAGAGCCTGACAGGCAAGGTGAGAAGAAAGGTGTGTTTTGGTACAACAATAA
GTTATGAGGAGGATGATATGGTGAAAGAAGAACAGAAGAAGATATTGTCATTGATCTTTT
CTATTGTTGTCTCTCTGGTCGTCTTTGTTTTTAAGAAGCTATGTTTTTTCTTCAATAATC
TAAATTGTCCATTTTGTTGTGTTTTCTGACATTTTGGCTAAAATTATTGTGATATGGGAC
GTTAGTAGTCC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL4177Contig1 990 2 6 U
GGATCCGAATTAAGCCCGGGTTTCAAAATCGGGTATTCCCATTATTCAATCCTAGCCGCT
TTTGAAAATTCCCCCAATTTTTTTTTCTCCAATTCGCGTTCAGATCTGTTCCTTCTTCCT
CATTGATCTTCAAATCAATTGTTAAAATAACATGGGTTATAAGCGAACTTTTGACGCTGA
GGATCTATTCCACGAGGTTGTTTACTCCAACCCGGTTTCGCTAGACCGGGATTTCTGGAA
AGAACTAAAGTCTGCGTTTCCTTCACGGACCATGAAGGAGATTGTGAGCTATTACTTCAA
CGTCTTCATCCTGCGAAGACGAGCTGTACAGAATCGGTCTAGAAGCCTGGACATCGATAG
TGATGATGACGAGTGGCAAGTAGAGTATGACAACACGTTTCAGCGTCCCGAAACTCCGGG
AAAGAGCCTCTCAAGAGTTGAAGAAGACGAGGAAGAAGAGGTGAATACTGAAGAAGATTC
ATGCATGTCCTATGACTTCAAGTCCAATACATTCTCCACTCGGTGTCCAGTTAGAAAGAG
AGAAGAGTCCAACGTTGGGAACTACTGGCGCCACTGCAATGATCTTGTGGAGGATCATCA
TCCGTATTCATTTGATCCTTGTGATTCGATACTAGCAGATCAGTTTTGGAGTAAGAACAT
TGATCTTCTTCCAACTTCGAACATCATCGACGAGATCTTTGGTCAAGACCCATGGGATGA
TGATTTCTTTAGGGGAAAGTAAGATGAAGAAGAAGGTCTGCAATCTTCTTCATTTGTTAC
TCTCTACCTCTAGTTCTGAATCTTGTGTATGTAAATGCTTTTATTTAAAAGACAATCCCA
AGTTTGGAAGTTTTCAGTGAGTTCTCTGTATAGTGTAACCCCTGCAGTCTTTTTTGTATT
TTTAACCTTTTTGTAAATTAGAATTAGATTTTTCTTGTAAGAAGAAGCAAAAATCTTCAG
AAAACTGTTTAATAAACTAACTTTTTCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DB31TF U 1
AF RR3DB31JQ C 489
BS 1 705 RR3DB31TF
BS 706 706 RR3DB31JQ
BS 707 734 RR3DB31TF
BS 735 735 RR3DB31JQ
BS 736 746 RR3DB31TF
BS 747 990 RR3DB31JQ

RD RR3DB31TF 746 0 0
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TTTGAAAATTCCCCCAATTTTTTTTTCTCCAATTCGCGTTCAGATCTGTTCCTTCTTCCT
CATTGATCTTCAAATCAATTGTTAAAATAACATGGGTTATAAGCGAACTTTTGACGCTGA
GGATCTATTCCACGAGGTTGTTTACTCCAACCCGGTTTCGCTAGACCGGGATTTCTGGAA
AGAACTAAAGTCTGCGTTTCCTTCACGGACCATGAAGGAGATTGTGAGCTATTACTTCAA
CGTCTTCATCCTGCGAAGACGAGCTGTACAGAATCGGTCTAGAAGCCTGGACATCGATAG
TGATGATGACGAGTGGCAAGTAGAGTATGACAACACGTTTCAGCGTCCCGAAACTCCGGG
AAAGAGCCTCTCAAGAGTTGAAGAAGACGAGGAAGAAGAGGTGAATACTGAAGAAGATTC
ATGCATGTCCTATGACTTCAAGTCCAATACATTCTCCACTCGGTGTCCAGTTAGAAAGAG
AGAAGAGTCCAACGTTGGGAACTACTGGCGCCACTGCAATGATCTTGTGGAGGATCATCA
TCCGTATTCATTTGATCCTTGTGATTCGATACTAGCAGATCAGTTTTGGAGTAAGAACAT
TGATCTTCTTCCAACTTCGAACATCATCGACGAGATCTTTGGTCA*GACCCATGGGATGA
TGATTTCTTTAGGG*AAAGTAAGATG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3DB31JQ 502 0 0
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CCAACGTTGGGAACTACTGGCGCCACTGCAATGATCTTGTGGAGGATCATCATCCGTATT
CATTTGATCCTTGTGATTCGATACTAGCAGATCAGTTTTGGAGTAAGAACATTGATCTTC
TTCCAACTTCGAACATCATCGACGAGATCTTTGGTCAAGACCCATGGGATGATGATTTCT
TTAGGGGAAAGTAAGATGAAGAAGAAGGTCTGCAATCTTCTTCATTTGTTACTCTCTACC
TCTAGTTCTGAATCTTGTGTATGTAAATGCTTTTATTTAAAAGACAATCCCAAGTTTGGA
AGTTTTCAGTGAGTTCTCTGTATAGTGTAACCCCTGCAGTCTTTTTTGTATTTTTAACCT
TTTTGTAAATTAGAATTAGATTTTTCTTGTAAGAAGAAGCAAAAATCTTCAGAAAACTGT
TTAATAAACTAACTTTTTCATC

QA 1 502 1 502
DS 



AS 1 3

CO CL4178Contig1 887 3 2 U
GGTTCAATCATCAAATTCATTGATTTCTTTATTCAGTGCTCTGTCTTATCATTATGATCG
CTGCTTTCCACGACTACTAAGATTTAGATTACCACAAACGTCAAGAGTTTCGACTTTGGA
TACGATAAAAGCTCCTTAACTTGCCTGACAAGGAAACAAACAAACACATGTGCCATTCTG
ATTTTTTTAGGTCGTCGTTGTTGAGTCGCGGCTGTAGAATTGGTCAAGTGTCTTGGCAGG
GATACGGTGAAGAAGCTCGCGAGGGAAGATACGGAGCAATGTCCAAGCCAAGTCCAGCGA
CTGGAAGATGTTGCGTGTGTCATAAGCTCCTTGCATCACAAACTTCCTCTCGAACTTATC
CAGAAACTCTAGGTAAAGCAGATCCTCCGAAGAAAGTGCTTCTTCTCCAACCACAGCTTT
CATGGCTTGCACATCTTTCCCGATTGCATAGTTTGCGTATAGCTGGTTCGACACATCCGA
ATGGTCTTTCCGAGTCATGCCCTCACCAATAGCACTCTTCATGAGACGAGAAAGAGATGG
AAGCACATTGATGGGTGGATATATCTGTCGGTTGTGAAGCTGTCTATCGATATATATCTG
ACCTTCGGTGATGTAACCAGTAAGATCCGGGGTTGGATGTGTGATGTCGTCATTGGGCAT
AGTAAGGATTGGGATTTGGGTGATGGAACCTTTTCTTCCTTCAATACGCCCAGCACGTTC
ATAGATAGTTGCAAGATCAGTGTACATATAACCCGGATATCCACGTCTTCCAGGACTTCT
TCTCGAGCAGCGGAAACCTCACGAAGAGCATCAGCATAAGAACTCATATCAGTCATATAC
AAGTACATGTTTCCCACATTCATAAGCGAGGTATCTGCTGTGTGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3CM90JQ U 1
AF RR3CM90TF C 35
AF RR3EK41JQ U 48
BS 1 682 RR3CM90JQ
BS 683 887 RR3EK41JQ

RD RR3CM90JQ 683 0 0
GGTTCAATCATCAAATTCATTGATTTCTTTATTCAGTGCTCTGTCTTATCATTATGATCG
CTGCTTTCCACGACTACTAAGATTTAGATTACCACAAACGTCAAGAGTTTCGACTTTGGA
TACGATAAAAGCTCCTTAACTTGCCTGACAAGGAAACAAACAAACACATGTGCCATTCTG
ATTTTTTTAGGTCGTCGTTGTTGAGTCGCGGCTGTAGAATTGGTCAAGTGTCTTGGCAGG
GATACGGTGAAGAAGCTCGCGAGGGAAGATACGGAGCAATGTCCAAGCCAAGTCCAGCGA
CTGGAAGATGTTGCGTGTGTCATAAGCTCCTTGCATCACAAACTTCCTCTCGAACTTATC
CAGAAACTCTAGGTAAAGCAGATCCTCCGAAGAAAGTGCTTCTTCTCCAACCACAGCTTT
CATGGCTTGCACATCTTTCCCGATTGCATAGTTTGCGTATAGCTGGTTCGACACATCCGA
ATGGTCTTTCCGAGTCATGCCCTCACCAATAGCACTCTTCATGAGACGAGAAAGAGATGG
AAGCACATTGATGGGTGGATATATCTGTCGGTTGTGAAGCTGTCTATCGATATATATCTG
ACCTTCGGTGATGTAACCAGTAAGATCCGGGGTTGGATGTGTGATGTCGTCATTGGGCAT
AGTAAGGATTGGGATTTGGGTG
C

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3CM90TF 649 0 0
AGTGCTCTGTCTTATCATTATGATCGCTGCTTTCCACGACTACTAAGATTTAGATTACCA
CAAACGTCAAGAGTTTCGACTTTGGATACGATAAAAGCTCCTTAACTTGCCTGACAAGGA
AACAAACAAACACATGTGCCATTCTGATTTTTTTAGGTCGTCGTTGTTGAGTCGCGGCTG
TAGAATTGGTCAAGTGTCTTGGCAGGGATACGGTGAAGAAGCTCGCGAGGGAAGATACGG
AGCAATGTCCAAGCCAAGTCCAGCGACTGGAAGATGTTGCGTGTGTCATAAGCTCCTTGC
ATCACAAACTTCCTCTCGAACTTATCCAGAAACTCTAGGTAAAGCAGATCCTCCGAAGAA
AGTGCTTCTTCTCCAACCACAGCTTTCATGGCTTGCACATCTTTCCCGATTGCATAGTTT
GCGTATAGCTGGTTCGACACATCCGAATGGTCTTTCCGAGTCATGCCCTCACCAATAGCA
CTCTTCATGAGACGAGAAAGAGATGGAAGCACATTGATGGGTGGATATATCTGTCGGTTG
TGAAGCTGTCTATCGATATATATCTGACCTTCGGTGATGTAACCAGTAAGATCCGGGGTT
GGATGTGTGATGTCGTCATTGGGCATAGTAAGGATTGGGATTTGGGTG
C

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3EK41JQ 840 0 0
G
TCATCATGATCGCTGCTTTCCACGACTACTAAGATTTAGATTACCACAAACGTCAAGAGT
TTCGACTTTGGATACGATAAAAGCTCCTTAACTTGCCTGACAAGGAAACAAACAAACACA
TGTGCCATTCTGATTTTTT*AGGTCGTCGTTGTTGAGTCGCGGCTGTAGAATTGGTCAAG
TGTCTTGGCAGGGATACGGTGAAGAAGCTCGCGAGGGAAGATACGGAGCAATGTCCAAGC
CAAGTCCAGTGACTGGAAGATGTTGCGTGTGTCATAAGCTCCTTGCATCACAAACTTCCT
CTCGAACTTATCCAGAAACTCTAGGTAAAGCAGATCCTCCGAAGAAAGTGCTTCTTCTCC
AACCACAGCTTTCATGGCTTGCACATCTTTCCCGATTGCATAGTTTGCGTATAGCTGGTT
CGACACATCCGAATGGTCTTTCCGAGTCATGCCCTCACCAATAGCACTCTTCATGAGACG
AGAAAGAGATGGAAGCACATTGATGGGTGGATATATCTGTCGGTTGTGAAGCTGTCTATC
GATATATATCTGACCTTCGGTGATGTAACCAGTAAGATCCGGGGTTGGATGTGTGATGTC
GTCATTGGGCATAGTAAGGATTGGGATTTGGGTGATGGAACCTTTTCTTCCTTCAATACG
CCCAGCACGTTCATAGATAGTTGCAAGATCAGTGTACATATAACCCGGATATCCACGTCT
TCCAGGACTTCTTCTCGAGCAGCGGAAACCTCACGAAGAGCATCAGCATAAGAACTCATA
TCAGTCATATACAAGTACATGTTTCCCACATTCATAAGCGAGGTATCTGCTGTGTGAGT

QA 2 840 2 840
DS 



AS 1 3

CO CL4179Contig1 598 3 3 U
GTGCTGGAATAGAAGCAGAGGATTGGCGAAACGGCTAATGGACTATGGATTCCATGCACC
CACAATGTCTTTCCCTGTCTCTGGAACGCTTATGATTGAGCCCACCGAGAGTGAAAGCAA
GGCGGAGTTAGACAGGTTCTGCGATACTCTCATTTCGATCAGGGAAGAAATTACACAGAT
TGAAAAAGGAAATGCAGATGTCCAGAACAACGTTCTCAAGGGAGCTCCACATTCTCCAGC
TATGCTAATGTCAGACACATGGAAGAAGCCGTATTCCCGAGAGTACGCTGCTTTCCCTAC
CGCATGGCTCCGATCTGCCAAGTTCTGGCCAACCACAGGGCGTGTGGACAATGTGTATGG
AGACAGGAAGCTGGTGTGCACTCTCCTCCCAGAAGAAGAACAAGTCGCAGCTGCAGTATC
AGCTTGATTTGCATTCATGTCTTTATGTTATGTGTCCCCCCCCCCCTCTTTCCCTCATTT
CTCTTCTCTCTCTGCTCATCCATGTTTATGTCCACAGTGTTCTTATTATCATACACTTTC
TATCTAGCTGTGTAATGTTTACATTGGAATGTTGCTATTCACATCATCCTTCGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3FX52JQ C 80
AF RR3FX52TF U 1
AF RR3BP39TF U 353
BS 1 465 RR3FX52TF
BS 466 466 RR3BP39TF
BS 467 598 RR3FX52TF

RD RR3FX52JQ 374 0 0
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TGCGATACTCTCATTTCGATCAGGGAAGAAATTACACAGATTGAAAAAGGAAATGCAGAT
GTCCAGAACAACGTTCTCAAGGGAGCTCCACATTCTCCAGCTATGCTAATGTCAGACACA
TGGAAGAAGCCGTATTCCCGAGAGTACGCTGCTTTCCCTACCGCATGGCTCCGATCTGCC
AAGTTCTGGCCAACCACAGGGCGTGTGGACAATGTGTATGGAGACAGGAAGCTGGTGTGC
ACTCTCCTCCCAGAAGAAGAACAAGTCGCAGCTGCAGTATCAGCTTGATTTGCATTCATG
TCTTTATGTTATGT

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR3FX52TF 598 0 0
GTGCTGGAATAGAAGCAGAGGATTGGCGAAACGGCTAATGGACTATGGATTCCATGCACC
CACAATGTCTTTCCCTGTCTCTGGAACGCTTATGATTGAGCCCACCGAGAGTGAAAGCAA
GGCGGAGTTAGACAGGTTCTGCGATACTCTCATTTCGATCAGGGAAGAAATTACACAGAT
TGAAAAAGGAAATGCAGATGTCCAGAACAACGTTCTCAAGGGAGCTCCACATTCTCCAGC
TATGCTAATGTCAGACACATGGAAGAAGCCGTATTCCCGAGAGTACGCTGCTTTCCCTAC
CGCATGGCTCCGATCTGCCAAGTTCTGGCCAACCACAGGGCGTGTGGACAATGTGTATGG
AGACAGGAAGCTGGTGTGCACTCTCCTCCCAGAAGAAGAACAAGTCGCAGCTGCAGTATC
AGCTTGATTTGCATTCATGTCTTTATGTTATGTGTCCCCCCCCCC*TCTTTCCCTCATTT
CTCTTCTCTCTCTGCTCATCCATGTTTATGTCCACAGTGTTCTTATTATCATACACTTTC
TATCTAGCTGTGTAATGTTTACATTGGAATGTTGCTATTCACATCATCCTTCGTTTCC

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3BP39TF 246 0 0
GG
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AGTATCAGCTTGATTTGCATTCATGTCTTTATGTTATGTGTCCCCCCCCCCCTCTTTCCC
TCATTTCTCTTCTCTCTCTGCTCATCCATGTTTATGTCCACAGTGTTCTTATTATCATAC
ACTTTCTATCTAGCTGTGTAATGTTTACATTGGAATGTTGCTATTCACATCATCCTTCGT
TTCC

QA 3 246 3 246
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4181Contig1 592 3 4 U
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CGCGTTCGCCGCTCACCAGATCTCTCAGCTCGCGGCGGCTCAAGGCAGCGACAACCGCGG
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GCCGGCTCTCAACCAGATCAACAAGATGCGTGCGAGCAAAGGAGTCGTCGTGGGTCTTGG
CGGCGGTCTCGCTGCGTCAGGGCTTTTGACTATGACCCCGGAGGCGTCTGCTGGTATGGT
TAACGAGATGGCGGCGGTGGCTGAAGCGGCGGCGAAAGTTGAAGACAACAGGGGACAGTT
GTTGCTGTTCGTTGTTGCACCGGCTCTGCTTTGGGTTCTGTACAATATATTGCAGCCTGC
TTTGAACCAACTCAACAAAATGAGGAATAAGTAATAATCTTGTTTATCAAAATATATAAT
CATCGTTGGGATTCAAAATGTAAAATTAATCAATTTGTTTCATGGACAGATTCTATGGTT
AAATTTTGGACAAACTTGATCTTGTTTTTTGCTATCTAGAAATAGAGTAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FY08TF U 1
AF RR3F402JQ C 391
AF RR3F402TF U 391
BS 1 399 RR3FY08TF
BS 400 400 RR3F402TF
BS 401 537 RR3FY08TF
BS 538 592 RR3F402TF

RD RR3FY08TF 537 0 0
GGCCGTCACTAGCACCGCCCTCGCCGGAGCCGTGTTCTCTGCCTTCAGCTACTCCGAACC
CGCGTTCGCCGCTCACCAGATCTCTCAGCTCGCGGCGGCTCAAGGCAGCGACAACCGCGG
CCTAGCTCTTCTTCTCCCCATCGTCCCGGCCATCGGATGGGTCCTCTTCAACATCCTCCA
GCCGGCTCTCAACCAGATCAACAAGATGCGTGCGAGCAAAGGAGTCGTCGTGGGTCTTGG
CGGCGGTCTCGCTGCGTCAGGGCTTTTGACTATGACCCCGGAGGCGTCTGCTGGTATGGT
TAACGAGATGGCGGCGGTGGCTGAAGCGGCGGCGAAAGTTGAAGACAACAGGGGACAGTT
GTTGCTGTTCGTTGTTGCACCGGCTCTGCTTTGGGTTCTTTACAATATATTGCAGCCTGC
TTTGAACCAACTCAACAAAATGAGGAATAAGTAATAATCTTGTTTATCAAAATATATAAT
CATCGTTGGGATTCAAAATGTAAAATTAATCAATTTGTTTCATGGACAGATTCTATG

QA 1 537 1 537
DS 

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GG
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TATCTAGAAATAGAGTAAGG

QA 3 202 3 202
DS 

RD RR3F402TF 202 0 0
GG
GGGTTCTGTACAATATATTGCAGCCTGCTTTGAACCAACTCAACAAAATGAGGAATAAGT
AATAATCTTGTTTATCAAAATATATAATCATCGTTGGGATTCAAAATGTAAAATTAATCA
ATTTGTTTCATGGACAGATTCTATGGTTAAATTTTGGACAAACTTGATCTTGTTTTTTGC
TATCTAGAAATAGAGTAAGG

QA 3 202 3 202
DS 



AS 1 3

CO CL4182Contig1 631 3 1 U
GGGCTTTCGTCTACTCAACTAAAAAGAAAAAAACGCCGCTCGTCTCTTCAGAGAGTGTTC
CACTTTCCAGGATTTGCTCAAGAGAAAAAAAAATGAGTAGAGGAAGTGCAGCTGTTGCCA
AGGGAAAGAAGAAGGGAGTGTCCTTCTCCATTGACTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGA
TCATGGAGATTGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAG
TCGGTGCACTCGGTGATTCCGCCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACCGTCACTC
CCGATGGTCAATTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGC
ACAACGTGAGGGATGGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGT
TGAGGTACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGTTATTACA
TCTGTTTCCGGTTTTTGTTTTGTGTTCGTTGTTGCTCAATACTATTTATCATCGACCTTG
TGTTCTTCTTTATCGACACCTTATTTTAGTTTTGTTCAAGTTACCTCTTGGTTCAGACTA
TTGTTTAAGAAAAATATTTTGTTAATGATTC


BQ
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AF RR3FP85JQ C 1
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TCGGTGCACTCGGTGATTCCGCCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACCGTCACTC
CCGATGGTCAATTCTCCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGC
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TGAGGTACTTCAACATCGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGTTATTACA
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TGTTCTTCTTTATCGACACCTTATTTTAGTTTTGTTCAAGTTACCTCTTGGTTCAGACTA
TTGTTTAAGAAAAATATTTTGTTAATGATTC

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GG
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TGCTTCCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGTGCACT
CGGTGATTCCGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACCGTCACTTCCGATGGTCA
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GGATTGGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTACTT
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TATCGACACCTTATTTTAGTTTTGTTCAAGTTACCTCTTGGTTCAGACTATTGTTTAAGA
AAAA

QA 3 606 3 606
DS 



AS 1 3

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GACGGCAACGGCACGTGCAAGACTATTTCGGAAGCCATCAAGAAAGCTCCTCAGTACAGT
CCTCACCGGACTATTATCTACGTGAAAGCCGGAAGGTACGAAGAGGACAACCTCAAAGTC
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GGAGGGAAAAGTATTTTTGACAACATGACCACTTTTCACACGGCGACGTTTGCTGCCACC
GGAGCTGGATTTATTGCAAGGGACATCACATTTGAAAATTGGGCTGGTCCGGCGAAGCAC
CAGGCAGTCGCTCTCCGCGTCGGGGCTGACCACGCGGTGATCTATCGATGCAATATAATT
GGTTATCAAGACACGCTCTATGTTCATTCAAACCGACAATTCTTTCGTGAATGCGATATC
TACGGTACAGTCGATTTCATCTTCGGTACTGCAGCCGTGGTGCTACAGAACTGTAGCATC
TACGCACGCGAACCCATGGATTTTCAGAAAAACACGATTACAGC**AGAATAGAAAAGAC
CCGAACCAAAACACCGGTATGTCAATACATGCATCTAGGATTTTGGCGACACCTGATCTC
CAAGCCACCAACGGTACTTTCCAGACGTTTCTAGGCCGGCCTTGGAAGCAATTCTCTAGG
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AACACAAGTTCATTTGCTTTAGATACTTTATATTACGGAGAGTATTTGAATACTGGACCC
GGGTCGGCTCTTGCGCAACGTGTGAAGTGGCCAGGATATCGGGTCATCAATTCGACGGCT
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CCGATGTATTGTTTCATTCTTACGTCCTTATATCTATGGACATATGATTAATCCTATATA
TGTATGTTTTAACTTTTTTTAATTGCATTATATCCGAACATATTACCAATAATATTGTAA
TTCATGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR3AU01TF U 1
AF RR3AU01JQ C 373
AF RR3H526TF U 587
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GGAGGGAAAAGTATTTTTGACAACATGACCACTTTTCACACGGCGACGTTTGCTGCCACC
GGAGCTGGATTTATTGCAAGGGACATCACATTTGAAAATTGGGCTGGTCCGGCGAAGCAC
CAGGCAGTCGCTCTCCGCGTCGGGGCTGACCACGCGGTGATCTATCGATGCAATATAATT
GGTTATCAAGACACGCTCTATGTTCATTCAAACCGACAATTCTTTCGTGAATGCGATATC
TACGGTACAGTCGATTTCATCTTCGGTACTGCAGCCGTGGTGCTACAGAACTGTAGCATC
TACGCACGCGAACCCATGGATTTTCAGAAAAACACGATTACAGC**AGAATAGAAAAGAC
CCGAACCAAAACACCGGTATGTCAATACATGCATCTAGGATTTTGGCGACACCTGATCTC
CAAGCCACCAACGGTACTTTCCAGACGTTTCTAGGCCGGCCTTGGAAGCAATTCT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3AU01JQ 818 0 0
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GATTTCATCTTCGGTACTGCAGCCGTGGTGCTACAGAACTGTAGCATCTACGCACGCGAA
CCCATGGATTTTCAGAAAAACACGATTACAGC**AGAATAGAAAAGACCCGAACCAAAAC
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GCGCAACGTGTGAAGTGGCCAGGATATCGGGTCATCAATTCGACGGCTGAGGCTAACCGT
TTTACGGTGGCAGAATTCATATACGGTTCGTCGTGGTTGCCTTCAACAGGCGTTTCATTC
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TTCATTCTTACGTCCTTATATCTATGGACATATGATTAATCCTATATATGTATGTTTTAA
CTTTTTTTAATTGCATTATATCCGAACATATTACCAAT

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR3H526TF 621 0 0
G
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GAATAGAAAAGACCCGAACCAAAACACCGGTATGTCAATACATGCATCTAGGATTTTGGC
GACACCTGATCTCCAAGCCACCAACGGTACTTTCCAGACGTTTCTAGGCCGGCCTTGGAA
GCAATTCTCTAGGACGGTTTACATGTTATCGTATATCGAGAAACATGTACACACAAGAGG
TTGGCTCGAGTGGAACACAATTTCATTTGCTTTAGATACTTTATATTACGGAGAGTATTT
GAATACTGGACCCGGGTCGGCTCTTGCGCAACGTGTGAAGTGGCCAGGATATCGGGTCAT
CAATTCGACGGCTGAGGCTAACCGTTTTACGGTGGCAGAATTCATATACGGTTCGTCGTG
GTTGCCTTCAACAGGCGTTTCATTCTTGGCTGGATTGAACATTTAGATAAAGAAAATAAT
ATTGCTTTTGTTTCCGATGTATTGTTTCATTCTTACGTCCTTATATCTATGGACATATGA
TTAATCCTATATATGTATGTTTTAACTTTTTTTAATTGCATTATATCCGAACATATTACC
AATAATATTGTAATTCATGA

QA 2 621 2 621
DS 



AS 1 3

CO CL4184Contig1 923 3 4 U
GGGCTTTCCGACGGAAAAAACAAGGAATCTCATCCACTATGGTCTCTCTATACTCCTCCT
CTACCATCATCAAAGCTTCTTTCCATTCTTCGTTTCCTCCTCTCCGATCACCATCATCAT
CACCACTCTCTGTCGGATCTCATATTCAGCTTGGAAAGCACGATCACTCCGTAGTCGCTG
CTGCTTCTCGTGGTGTCTCCATGTCAACTAACAGAGATTCTCACCGATCGTCTTCACATG
TTGCTGAACCATTCTTCAGAAGCGTATTAGGACAGATGGAAACGGTTTACCTAAACCGGA
ACCCGACTCCTAAATCCGTTTTGGACCTTGTCAGATCCGTTGATGACGAGCAGCTTTGCT
ATGATCATCTCGCTTTCAGGACCTTTGGGATTGGTGGTTATGGGATTGACTCGCTTGCAA
GTTTTTTCCTTGACTATGGGTATACCCAAATGGATGAGCTGAGATTTCCGGCCAAAAAGC
TCCGAGCTTTGTGGTTTGCGCCTCCTCATGCTTCTGCTGTTCCTGGTGGAAGTGGTGTCT
ACGGTCCTTTGCCAAGAGTTTTTATCTCAGAGCTTCTAGTCGAGCAGATGAGTACACAGA
CTCGACTTCTTTCAAGTTCTCTGATGGAGTCACCAAATCTATCCCTTGTTCGTACATTGA
GTTTGCTGAACGCCTCGTGCTTCCCCAGTTTCAAAATGTACCCGAAAGCGAGATAAAGGA
GTCTCATCGGCGAGATGGATTTGAGGTGGGAAATGCAGACAAGATCTTCGAGAGCACAAA
CCAGGAGCAGCTTTCCCGACGAACCGGGTGATGACCAGGGGCTTTGACCATATGTTCCAT
CATGTCTTTGTACATACACATGTGAAGAATAAGAGCTGAAACTGTTTGTAATGTTGTTAA
TCACTAAAAATATAAACTAATCC


BQ
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AF RR3FM46TF U 2
AF RR3H504TF U 1
AF RR3H504JQ C 361
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BS 696 696 RR3H504JQ
BS 697 714 RR3H504TF
BS 715 923 RR3H504JQ

RD RR3FM46TF 548 0 0
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TACCATCATCAAAGCTTCTTTCCATTCTTCGTTTCCTCCTCTCCGATCACCATCATCATC
ACCACTCTCTGTTGGATCTCATATTCAGCTTGGAAAGCACGATCACTCCGTAGTCGCTGC
TGCTTCTCGTGGTGTCTCCATGTCAACTAACAGAGATTCTCACCGATCGTCTTCACATGT
TGCTGAACCATTCTTCAGAAGCGTATTAGGACAGATGGAAACGGTTTACCTAAACCGGAA
CCCGACTCCTAAATCCGTTTTGGACCTTGTCAGATCCGTTGATGACGAGCAGCTTTGCTA
TGATCATCTCGCTTTCAGGACCTTTGGGATTGGTGGTTATGGGATTGACTCGCTTGCAAG
TTTTTTCCTTGACTATGGGTATACCCAAATGGATGAGCTGAGATTTCCGGCCAAAAAGCT
CCGAGCTTTGTGGTTTGCGCCTCCTCATGCTTCTGCTGTTCCTGGTGGAAGTGGTGTCTA
CGGTCCTT

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DS 

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CTACCATCATCAAAGCTTCTTTCCATTCTTCGTTTCCTCCTCTCCGATCACCATCATCAT
CACCACTCTCTGTCGGATCTCATATTCAGCTTGGAAAGCACGATCACTCCGTAGTCGCTG
CTGCTTCTCGTGGTGTCTCCATGTCAACTAACAGAGATTCTCACCGATCGTCTTCACATG
TTGCTGAACCATTCTTCAGAAGCGTATTAGGACAGATGGAAACGGTTTACCTAAACCGGA
ACCCGACTCCTAAATCCGTTTTGGACCTTGTCAGATCCGTTGATGACGAGCAGCTTTGCT
ATGATCATCTCGCTTTCAGGACCTTTGGGATTGGTGGTTATGGGATTGACTCGCTTGCAA
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TCCGAGCTTTGTGGTTTGCGCCTCCTCATGCTTCTGCTGTTCCTGGTGGAAGTGGTGTCT
ACGGTCCTTTGCCAAGAGTTTTTATCTCAGAGCTTCTAGTCGAGCAGATGAGTACACAGA
CTCGACTTCTTTCAAGTTCTCTGATGGAGTCACCAAATCTATCCCTTGTTCGTACATTGA
GTTTGCTGAACGCCTCGTGCTTCCCCAGTTTCAAA*TGTACCCGAAAGCGAGAT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3H504JQ 563 0 0
ATGATCATCTCGCTTTCAGGACCTTTGGGATTGGTGGTTATGGGATTGACTCGCTTGCAA
GTTTTTTCCTTGACTATGGGTATACCCAAATGGATGAGCTGAGATTTCCGGCCAAAAAGC
TCCGAGCTTTGTGGTTTGCGCCTCCTCATGCTTCTGCTGTTCCTGGTGGAAGTGGTGTCT
ACGGTCCTTTGCCAAGAGTTTTTATCTCAGAGCTTCTAGTCGAGCAGATGAGTACACAGA
CTCGACTTCTTTCAAGTTCTCTGATGGAGTCACCAAATCTATCCCTTGTTCGTACATTGA
GTTTGCTGAACGCCTCGTGCTTCCCCAGTTTCAAAATGTACCCGAAAGCGAGATAAAGGA
GTCTCATCGGCGAGATGGATTTGAGGTGGGAAATGCAGACAAGATCTTCGAGAGCACAAA
CCAGGAGCAGCTTTCCCGACGAACCGGGTGATGACCAGGGGCTTTGACCATATGTTCCAT
CATGTCTTTGTACATACACATGTGAAGAATAAGAGCTGAAACTGTTTGTAATGTTGTTAA
TCACTAAAAATATAAACTAATCC

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 3

CO CL4185Contig1 1644 3 15 U
TGATCTACTGCAAAATTGTGCAATCTCTTCTCCGCGGGCAATGGCGATTCTGTCCAGAAG
GATCGGATTCCTCCTATTCGTTACCTTCCTATCATCCTCAATCTCAATCTCATCTCTCTC
TTTCTCCCCCTCCGACGACTACCTCGTGAACTGCGGCTCGGACGTTGACTCCATCGTGGA
TAACCGCCGGTTCGTCTCCGACGCATCATCAAAAGTGAAGTTCTTCTCATCGGAAGGATC
AGTCTCCCTCCGGGGAGAAGATCTAGCTCCCAACGTCCCTCAGATCTACCGGACCGCCAG
GGTATTCACGCGACAGGCCAAGTACGAGTTCAATGTCCGCGAGAAAGGGACTCACATGGT
ACGTCTCCATTTCAATCGACTCACTTCCTCTAAAATCGATCTTAACGACGCTGAGTTTCA
CGTCACCGTTAACGGCCACGTCGTCCTTAGAAATTTTAAAGACACGTCGTCTGAAGTTAG
GGAGTTTCTGATTTGGGTCGGTGTTGGAGAGGTTGTGGTCAGGTTTGTTCCTAGTAAAGA
TTCGAAATTAGCGTTCGTTAACGCTATAGAAGTTATATCCGCGCCTAAAGATTTGATCGC
TGACGTGGCAACCTCTGTATCTGGTGATGGAACTGGGAAAGTGAATGGTTTAGCTAAGCA
AGCTATGGAACTGATGTACAGAATCAATGTTGGTGGTAGAAAGGTCACTCCTTTCAATGA
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TTCTCGCAAAGCTTACTTCACCGGTAGATTAAGTATAGGCCCGGAGGTGCGAGCCGGGAA
GTTGGTCCTGATAACGTCTACAACACTGCCCGTGTGGGCAACGTTATGAGTTGGGACTTC
CCTGTGAGCACGGGTTACAAATATCTGATCCGGATGCATTTCTGTGACATTGCTAGCAAA
TCACTCGGTCTCCTCTATTTCAACGTTCACATCAACGGGAACTCGGCGTATCAAGATTTC
GATATCTCTGACTCTACTGGTTACGTCCTAGCTTCCCCTTATTACATGGATTTCGTGGTG
GATCTTACAGCTGATTCCAACAACCCTTCAGGATCATCGATTAGAGTAAGTGTGGGACCA
TCAAACAAGACCAGTGTTGATGAGCGTGGGGTGGATGCGATGTTGAACGGTGTTGAGATC
ATGAAGATGAATAACTCGATGGGGAGTCTTGATGGGTTTGTTTCAACAGATATGATTCTC
ACTCCTTGCCCAAATAGAAGAAACCTAAGCATATTCATAGCAATGATGGCCTGTATGTGT
ATATTCATGAGCTTTTACGTTGTGGTTCAGAGGAAGAAAGTCAGAGATGACGTCTTTAAC
TGGACCAAGCTGCCCATGGACGTCCCTCAAGATAATCTCAAGTCTGGGAATCAATTTGCA
GCAAGAAAGCCTTGATATTGCTTTTTGCTTGTTGGGTATACATAAACAAACTTCTTCCTC
GAGTATTTTCTACTTTGATACGATCTTCTTCTTTTTTAATGTTGTTTCTCATGGGTGATG
TATTGTACTTTTTGTTTTTTTCTTTATGTATTTGTATCTGTGTATATTTATTCGACGGTC
AATATCGATATATGTATGTTATCC


BQ
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AF RR3G963TF U 1
AF RR3GO69TF U 559
AF RR3GO69JQ C 895
BS 1 610 RR3G963TF
BS 611 1210 RR3GO69TF
BS 1211 1211 RR3GO69JQ
BS 1212 1242 RR3GO69TF
BS 1243 1243 RR3GO69JQ
BS 1244 1264 RR3GO69TF
BS 1265 1266 RR3GO69JQ
BS 1267 1273 RR3GO69TF
BS 1274 1274 RR3GO69JQ
BS 1275 1278 RR3GO69TF
BS 1279 1281 RR3GO69JQ
BS 1282 1302 RR3GO69TF
BS 1303 1303 RR3GO69JQ
BS 1304 1324 RR3GO69TF
BS 1325 1644 RR3GO69JQ

RD RR3G963TF 618 0 0
TGATCTACTGCAAAATTGTGCAATCTCTTCTCCGCGGGCAATGGCGATTCTGTCCAGAAG
GATCGGATTCCTCCTATTCGTTACCTTCCTATCATCCTCAATCTCAATCTCATCTCTCTC
TTTCTCCCCCTCCGACGACTACCTCGTGAACTGCGGCTCGGACGTTGACTCCATCGTGGA
TAACCGCCGGTTCGTCTCCGACGCATCATCAAAAGTGAAGTTCTTCTCATCGGAAGGATC
AGTCTCCCTCCGGGGAGAAGATCTAGCTCCCAACGTCCCTCAGATCTACCGGACCGCCAG
GGTATTCACGCGACAGGCCAAGTACGAGTTCAATGTCCGCGAGAAAGGGACTCACATGGT
ACGTCTCCATTTCAATCGACTCACTTCCTCTAAAATCGATCTTAACGACGCTGAGTTTCA
CGTCACCGTTAACGGCCACGTCGTCCTTAGAAATTTTAAAGACACGTCGTCTGAAGTTAG
GGAGTTTCTGATTTGGGTCGGTGTTGGAGAGGTTGTGGTCAGGTTTGTTCCTAGTAAAGA
TTCGAAATTAGCGTTCGTTAACGCTATAGAAGTTATATCCGCGCCTAAAGATTTGATCGC
TGACGTGGCA
CCTCTGTA

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3GO69TF 766 0 0
G
AACGCTATAGAAGTTATATCCGCGCCTAAGGATTTGATCGCTGACGTGGCAACCTCTGTA
TCTGGTGATGGAACTGGGAAAGTGAATGGTTTAGCTAAGCAAGCTATGGAACTGATGTAC
AGAATCAATGTTGGTGGTAGAAAGGTCACTCCTTTCAATGACACCTTGTGGAGAACTTGG
CTGCCTGATGATGACTTGTTCAAATCCCTTGGTGGGTCTTCTTCTCGCAAAGCTTACTTC
ACCGGTAGATTAAGTATAGGCCCGGAGGTGCGAGCCGGGAAGTTGGTCCTGATAACGTCT
ACAACACTGCCCGTGTGGGCAACGTTATGAGTTGGGACTTCCCTGTGAGCACGGGTTACA
AATATCTGATCCGGATGCATTTCTGTGACATTGCTAGCAAATCACTCGGTCTCCTCTATT
TCAACGTTCACATCAACGGGAACTCGGCGTATCAAGATTTCGATATCTCTGACTCTACTG
GTTACGTCCTAGCTTCCCCTTATTACATGGATTTCGTGGTGGATCTTACAGCTGATTCCA
ACAACCCTTCAGGATCATCGATTAGAGTAAGTGTGGGACCATCAAACAAGACCAGTGTTG
ATGAGCGTGGGGTGGATGCGATGTTGAACGGTGTTGAGATCATGAAGATGA*TAACTCGA
TGGGGAGTCTTGATGGGTTTGTT*CAACAGATATGATTCTCACTC**TGCCCAA*TAGA*
*GAACCTAAGCATATTCATAGCA*TGATGGCCTGTATGTGTATAT

QA 2 766 2 766
DS 

RD RR3GO69JQ 750 0 0
GACTTCCCTGTGAGCACGGGTTACAAATATCTGATCCGGATGCATTTCTGTGACATTGCT
AGCAAATCACTCGGTCTCCTCTATTTCAACGTTCACATCAACGGGAACTCGGCGTATCAA
GATTTCGATATCTCTGACTCTACTGGTTACGTCCTAGCTTCCCCTTATTACATGGATTTC
GTGGTGGATCTTACAGCTGATTCCAACAACCCTTCAGGATCATCGATTAGAGTAAGTGTG
GGACCATCAAACAAGACCAGTGTTGATGAGCGTGGGGTGGATGCGATGTTGAACGGTGTT
GAGATCATGAAGATGAATAACTCGATGGGGAGTCTTGATGGGTTTGTTTCAACAGATATG
ATTCTCACTTCTTGCCCAAATAGAAGAAACCTAAGCATATTCATAGCAATGATGGCCTGT
ATGTGTATATTCATGAGCTTTTACGTTGTGGTTCAGAGGAAGAAAGTCAGAGATGACGTC
TTTAACTGGACCAAGCTGCCCATGGACGTCCCTCAAGATAATCTCAAGTCTGGGAATCAA
TTTGCAGCAAGAAAGCCTTGATATTGCTTTTTGCTTGTTGGGTATACATAAACAAACTTC
TTCCTCGAGTATTTTCTACTTTGATACGATCTTCTTCTTTTTTAATGTTGTTTCTCATGG
GTGATGTATTGTACTTTTTGTTTTTTTCTTTATGTATTTGTATCTGTGTATATTTATTCG
ACGGTCAATATCGATATATGTATGTTATCC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL4186Contig1 731 2 3 U
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CCTATAAGCATTTTACAAGGCAGGAGGATCAACAGAACATGAAAAAAAAGAAAAGAGAAA
CTGAAAACTGTAAAGACAAGGTAAAAAAAGAGAACAACGAAAAGATTGAAGAAACAATAA
AACAGGGACATTTAACTTCTAAAGGGCATAGAAACAGTATCTCGGTCTCAGGTATTAAGG
GTCTTCCTTCCATGCTTCAAAGCTCTCGGCACTTGGTTCTCAAGAGAAACTGTAAACGGG
AATGTTCATATCTTCTTCTCTCATGTTTCGTTTTTATGCTCTCCAGCCGTGAGCTACATC
GCCTATTCTAGCAACCATTTGCCACCACACCGACTGGTTTAGCAACAGACCCATTCTCAT
CAGCCTTGACATCACTGGCAGTTTGAGCAGCGGTAGGAGATTCCTTATTATTAGCTGAAT
CAGCAGTTGCGGTTTCCTTTTTCTCATCTGTTGCAGTTTTCTCCTCACTTACCTGTTTCT
GGGTTTGCTGCTGCTTTGCCTTCTTCTCCAAGATAGTCTTTTGCCTAACCTCATAGAAGG
AAAAGTCATCCAAAATGCAAGTCTTGCTAGAATGCTCCTTGAAAACTTTCACAATCTTCA
AACCTTGCTCCATCTTGACCTCTTGTGTGTCTCTGCTGTTGGTAACAGGCTTGTTCTCAT
TGTTCTCAAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CY26JQ U 331
AF RR3CY26TF C 1
BS 1 330 RR3CY26TF
BS 331 441 RR3CY26JQ
BS 442 731 RR3CY26TF

RD RR3CY26JQ 111 0 0
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CGACTGGTTTAGCAACAGACCCATTCTCATCAGCCTTGACATCACTGGCAG

QA 1 111 1 111
DS 

RD RR3CY26TF 731 0 0
GGAACAACTCCCACCCTGCTATATCATCTTCTCTTACTTTCCCACAATTTAGTAGTAGGT
CCTATAAGCATTTTACAAGGCAGGAGGATCAACAGAACATGAAAAAAAAGAAAAGAGAAA
CTGAAAACTGTAAAGACAAGGTAAAAAAAGAGAACAACGAAAAGATTGAAGAAACAATAA
AACAGGGACATTTAACTTCTAAAGGGCATAGAAACAGTATCTCGGTCTCAGGTATTAAGG
GTCTTCCTTCCATGCTTCAAAGCTCTCGGCACTTGGTTCTCAAGAGAAACTGTAAACGGG
AATGTTCATATCTTCTTCTCTCATGTTTCGTTTTTATGCTCTCCAGCCGTGAGCTACATC
GCCTATTCTAGCAACCATTTGCCACCACACCGACTGGTTTAGCAACAGACCCATTCTCAT
CAGCCTTGACATCACTGGCAGTTTGAGCAGCGGTAGGAGATTCCTTATTATTAGCTGAAT
CAGCAGTTGCGGTTTCCTTTTTCTCATCTGTTGCAGTTTTCTCCTCACTTACCTGTTTCT
GGGTTTGCTGCTGCTTTGCCTTCTTCTCCAAGATAGTCTTTTGCCTAACCTCATAGAAGG
AAAAGTCATCCAAAATGCAAGTCTTGCTAGAATGCTCCTTGAAAACTTTCACAATCTTCA
AACCTTGCTCCATCTTGACCTCTTGTGTGTCTCTGCTGTTGGTAACAGGCTTGTTCTCAT
TGTTCTCAAGC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL4187Contig1 834 2 2 U
CCCTCGTGAACCCCCCTTCTACATTAAAGATACTGACACATATGTCAAAGATTCGTGTTC
CATCATCAACACTATTGGTACAGTTTTAGAAACCAGGATTTTTGATACTGTTTTCAACTA
TTTACTATTTTAGGACATTTACAATTTACCGAGTATTGTTAGGAAAGATTAACATGGAGA
CTAGCGTTCTTTGGAGATTTACAGATTGGACATGTGTTAATCGAAGAACCACACACACTG
CATAAGCACATGTGTCTGCATGGTAACAGTAACACACTCGCTTCTCCTTTCCCACAGCTT
CTACACATCGTACTTGAAACCGTGCGCATCATCGTAGTACTGTCACCCTTGTCGTTGCTT
CCGCAACAAGACTGCGCGTCATCAGCAGTCGTAGGCTCCTCCCACCGGTTACGTTCCACA
GCGGCGAGGACTTGTTGGAGATTGGACCTTAGGGAGTTTACAGTGGCTTCGTTAGACTGT
GCCATGTCACGCCATAACTGATTCTCTACACTAAGAGACTTAACCTTCTCTTCAAGAAAG
AGGTTTAGTTTGCCTATGTGATTTATCTCTTCGTCTTTGGCTCTAAGTGTCTTCATCAAC
CCTTGTTCAATCGCTTCCATTATCTTCCTACCTTGCTGTTTTCTCTTCTCTTCAATCCCC
ATTCTCATTATCTCTACATGATTAGAGATCAAGCGATCGATATCTAAGTTGTGATGTTGG
ATGTTAGAAGACAAGTCTTGTCCTAGGAACATGAGAGGATCAGTGCAACGTTTCTGGCTT
GGCATAGGGTTTTCAACAACCGATTCTTCTCTGGGGCGTTTTCTCAAAGACGAC


BQ
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AF RR3CV59JQB U 1
AF RR3CS34JQB U 104
BS 1 827 RR3CV59JQB
BS 828 834 RR3CS34JQB

RD RR3CV59JQB 833 0 0
CCCTCGTGAACCCCCCTTCTACATTAAAGATACTGACACATATGTCAAAGATTCGTGTTC
CATCATCAACACTATTGGTACAGTTTTAGAAACCAGGATTTTTGATACTGTTTTCAACTA
TTTACTATTTTAGGACATTTACAATTTACCGAGTATTGTTAGGAAAGATTAACATGGAGA
CTAGCGTTCTTTGGAGATTTACAGATTGGACATGTGTTAATCGAAGAACCACACACACTG
CATAAGCACATGTGTCTGCATGGTAACAGTAACACACTCGCTTCTCCTTTCCCACAGCTT
CTACACATCGTACTTGAAACCGTGCGCATCATCGTAGTACTGTCACCCTTGTCGTTGCTT
CCGCAACAAGACTGCGCGTCATCAGCAGTCGTAGGCTCCTCCCACCGGTTACGTTCCACA
GCGGCGAGGACTTGTTGGAGATTGGACCTTAGGGAGTTTACAGTGGCTTCGTTAGACTGT
GCCATGTCACGCCATAACTGATTCTCTACACTAAGAGACTTAACCTTCTCTTCAAGAAAG
AGGTTTAGTTTGCCTATGTGATTTATCTCTTCGTCTTTGGCTCTAAGTGTCTTCATCAAC
CCTTGTTCAATCGCTTCCATTATCTTCCTACCTTGCTGTTTTCTCTTCTCTTCAATCCCC
ATTCTCATTATCTCTACATGATTAGAGATCAAGCGATCGATATCTAAGTTGTGATGTTGG
ATGTTAGAAGACAAGTCTTGTCCTAGGAACATGAGAGGATCAGTGCAACGTTTCTGGCTT
GGCATAGGGTTTTCAACAACCGATTCTTCTCTGGGGCGTTTTCTCAA
GACGAC

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DS 

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AAAGATTAACATGGAGACTAGCGTTCTTTGGAGATTTACAGATTGGACATGTGTTAATCG
AAGAACCACACACACTGCATAAGCACATGTGTCTGCATGGTAACAGTAACACACTCGCTT
CTCCTTTCCCACAGCTTCTACACATCGTACTTGAAACCGTGCGCATCATCGTAGTACTGT
CACCCTTGTCGTTGCTTCCGCAACAAGACTGCGCGTCATCAGCAGTCGTAGGCTCCTCCC
ACCGGTTACGTTCCACAGCGGCGAGGACTTGTTGGAGATTGGACCTTAGGGAGTTTACAG
TGGCTTCGTTAGACTGTGCCATGTCACGCCATAACTGATTCTCTACACTAAGAGACTTAA
CCTTCTCTTCAAGAAAGAGGTTTAGTTTGCCTATGTGATTTATCTCTTCGTCTTTGGCTC
TAAGTGTCTTCATCAACCCTTGTTCAATCGCTTCCATTATCTTCCTACCTTGCTGTTTTC
TCTTCTCTTCAATCCCCATTCTCATTATCTCTACATGATTAGAGATCAAGCGATCGATAT
CTAAGTTGTGATGTTGGATGTTAGAAGACAAGTCTTGTCCTAGGAACATGAGAGGATCAG
TGCAACGTTTCTGGCTTGGCATAGGGTTTTCAACAACCGATTCTTCTCTGGGGCGTTTTC
TCAAAGACGAC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 3

CO CL4188Contig1 763 3 2 U
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ACAAAAACGAACCGCGTTATTGAGTACAACAAAAAAGTAATGCTTTTTTTCTCCTTCATA
CATAACCACCAACCAATGTAGTAAAACACAATACTTGCATAAATCCCCCAAACACGTGAT
TTTCTTTCTATTTATATATGTAAACGAAGTTCCCAAGCTTTAGAACAATGGGCCTTTACT
CTGTCTGATAGAGCCAAAACGTGCCGCCAAGTCATCATAATCAGGCAGTTTTGGGTGCAC
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TCTGTTTGGCGGGAGGGAAGAAGAAGCACGACTCCTCTGTAAGGGTCCTTCTTCTGGCTC
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GCAGCTGTGTCTTCTGGTGTTTCCTCTGTTTTCTACGGAAGGTTTAGCGTAGTAGTAGGA
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CTCCTCGTTGCTGCTGTCTCCTCTTCTGTTAGCTAACAAGGCGGCTACTTGAGCTGCTGC
AACCGCCTGCTTGGCTAATTCAGCTGCTGCTTCAGCTGCTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 
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AF RR3EN84JQ U 1
AF RR3EN84TF C 372
AF RR3GX95JQ U 57
BS 1 608 RR3EN84JQ
BS 609 763 RR3GX95JQ

RD RR3EN84JQ 608 0 0
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ACAAAAACGAACCGCGTTATTGAGTACAACAAAAAAGTAATGCTTTTTTTCTCCTTCATA
CATAACCACCAACCAATGTAGTAAAACACAATACTTGCATAAATCCCCCAAACACGTGAT
TTTCTTTCTATTTATATATGTAAACGAAGTTCCCAAGCTTTAGAACAATGGGCCTTTACT
CTGTCTGATAGAGCCAAAACGTGCCGCCAAGTCATCATAATCAGGCAGTTTTGGGTGCAC
ATGGTGACCGCTCGAGTCCCTTCTCGAATCACCGGACTGAGGAGGAGCCTGAGGTGGTGC
TCTGTTTGGCGGGAGGGAAGAAGAAGCACGACTCCTCTGTAAGGGTCCTTCTTCTGGCTC
TGTATCTTCCTCGTAGTAGTCAGACTCATCAAACTTGACCTCAGAAGTCGCTGGAGGAGG
AAGTGTGTGTCTCCTCCTCATTGTTTCCTTGGCTTCTTCTTCATTTACACCTGGATTGTT
GCAGCTGTGTCTTCTGGTGTTTCCTCTGTTTTCTACGGAAGGTTTAGCGTAGTAGTAGGA
GCTTGTTT

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3EN84TF 296 0 0
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TTCTGGTGTTTCCTCTGTTTTCTACGGAAGGTTTAGCGTAGTAGTAGGAGCTTGTTTCAG
ATTGTCTTGTCGAATGATCCAAAGACGAAGAGGAGGATACAGAGAAGTCCTCCTC
C

QA 1 295 1 295
DS 

RD RR3GX95JQ 707 0 0
CT
CAACAAAAACGAACCGCGTTATTGAGTACAACAAAAAAGTAATGCTTTTTTTCTCCTTCA
TACATAACCACCAACCAATGTAGTAAAACACAATACTTGCATAAATCCCCCAAACACGTG
ATTTTCTTTCTATTTATATATGTAAACGAAGTTCCCAAGCTTTAGAACAGTGGGCCTTTA
CTCTGTCTGATAGAGTCAAAACGTGCCGCCAAGTCATCATAATCAGGCAGTTTTGGGTGC
ACATGGTGACCGCTCGAGTCCCTTCTCGAATCACCGGACTGTGGAGGAGCCTGAGGTGGT
GCTCTGTTTGGCGGGAGGGAAGAAGAAGCACGACTCCTCTGTAAGGGTCCTTCTTCTGGC
TCTGTATCTTCCTCGTAGTAGTCAGACTCATCAAACTTGACCTCAGAAGTCGCTGGAGGA
GGAAGTGTGTGTCTCCTCCTCATTGTTTCCTTGGCTTCTTCTTCATTTACACCTGGATTG
TTGCAGCTGTGTCTTCTGGTGTTTCCTCTGTTTTCTACGGAAGGTTTAGCGTAGTAGTAG
GAGCTTGTTTCAGATTGTCTTGTCGAATGATCCAAAGACGAAGAGGAGGATACAGAGAAG
TCCTCCTCGTTGCTGCTGTCTCCTCTTCTGTTAGCTAACAAGGCGGCTACTTGAGCTGCT
GCAACCGCCTGCTTGGCTAATTCAGCTGCTGCTTCAGCTGCTGAC

QA 3 707 3 707
DS 



AS 1 2

CO CL4189Contig1 852 2 6 U
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TGGCGTCTTGCTTACAAGCATCCATGAATTCTATGCTTCCACGCTCTTCTCCTCCTTCTC
TCTCTTTGAATTCATCTGGGAGGAAGGCCTTTCGCGTTAAACCCGCTGCCAAAATCCCTA
TGCCTCCGATGAACCCTAACGATCCTTTCCCCTCGAAGCTCGCTTCAGTCGCCGCGCAAT
CGCCGGAGAAACTTCTCGCTCGTCCGTTAAACGCCGATACGCCGCCGTATCTCGACATCT
TCGATTCGCCTCAGCTCATGTCTTCTCCTGCTCAGGTTGAGAGATCAGTGGCTTATAACG
AGCACAGGCCAAGAACACCTCCACCAGATTTGCCATCTATGCTTCTTGACGGGAGAATTG
TTTACATTGGCATGCCTCTGGTGCCGGCGGTTACGGAGCTGGTTGTGGCAGAGCTGATGT
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TGATGCAACTTAAAAACGAGGTACATACAGTGTGTGTGGGAGCAGCCATAGGTCACGCAT
GTTTGTTGCTTTCAGCGGGCACAAAGGGTAAACGGTTTATGATGCCACACTCCAAAGCGA
TGATCCAGCAGCCTCGTGTGCCTTCTTCTGGGTTGATGCCTGCCAGTGATGTCCTGATTC
GTGCCAAGAGTTATAACGAACAGGATATACTTGTGGGACTACTATCAAAGCACACTGGGA
ATCCGTGGAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV67TF U 1
AF RR3C354TF U 53
BS 1 161 RR3DV67TF
BS 162 162 RR3C354TF
BS 163 210 RR3DV67TF
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BS 212 575 RR3DV67TF
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RD RR3DV67TF 575 0 0
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TGGCGTCTTGCTTACAAGCATCCATGAATTCTATGCTTCCACGCTCTTCTCCTCCTTCTC
TCTCTTTGAATTCATCTGGGAGGAAGGCCTTTCGCGTTAAAGCCGCTGCCAAAATCCCTA
TGCCTCCGATGAACCCTAACGATCCTTTCCTCTCGAAGCTCGCTTCAGTCGCCGCGCAAT
CGCCGGAGAAACTTCTCGCTCGTCCGTTAAACGCCGATACGCCGCCGTATCTCGACATCT
TCGATTCGCCTCAGCTCATGTCTTCTCCTGCTCAGGTTGAGAGATCAGTGGCTTATAACG
AGCACAGGCCAAGAACACCTCCACCAGATTTGCCATCTATGCTTCTTGACGGGAGAATTG
TTTACATTGGCATGCCTCTGGTGCCGGCGGTTACGGAGCTGGTTGTGGCAGAGCTGATGT
ATCTTCAGTGGTTGGATCCCAAGGAGCCTATATACATTTACATCAACTCCACAGGGACCA
CTCGTGACGATGGCGAGACGGTTGGAATGGAATCA

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR3C354TF 800 0 0
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TCCTTCTCTCTCTTTGAATTCATCTGGGAGGAAGGCCTTTCGCGTTAAACCCGCTGCCAA
AATCCCTATGCCTCCGATGAACCCTAACGATCCTTTCCCCTCGAAGCTCGCTTCAGTCGC
CGCGCAATCGCCGGAGAAACTTCTCGCTCGTCCGTTAAACGCCGATACGCCGCCGTATCT
CGACATCTTCGATTCGCCTCAGCTCATGTCTTCTCCTGCTCAGGTTGAGAGATCAGTGGC
TTATAACGAGCACAGGCCAGGAACACCTCCACCAGATTTGCCATCTATGCTTCTTGACGG
GAGAATTGTTTACATTGGCATGCCTCTGGTGCCGGCGGTTACGGAGCTGGTTGTGGCAGA
GCTGATGTATCTTCAGTGGTTGGATCCCAAGGAGCCTATATACATTTACATCAACTCCAC
AGGGACCACTCGTGACGATGGCGAGACGGTTGGAATGGAATCAGAAGGTTTTGCGATATA
TGATTCCTTGATGCAACTTAAAAACGAGGTACATACAGTGTGTGTGGGAGCAGCCATAGG
TCACGCATGTTTGTTGCTTTCAGCGGGCACAAAGGGTAAACGGTTTATGATGCCACACTC
CAAAGCGATGATCCAGCAGCCTCGTGTGCCTTCTTCTGGGTTGATGCCTGCCAGTGATGT
CCTGATTCGTGCCAAGAGTTATAACGAACAGGATATACTTGTGGGACTACTATCAAAGCA
CACTGGGAATCCGTGGAGAC

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 3

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CTTGATTGAGCCTCAGGAAAGCTTGGACTTCACTTTGCTAGAAGTCGTGTTAGAGAGCAA
CAGCTTGGCTCCCTTGACAAGCTCTTCCTTGATCATGAACAGAACTGCAGCAGATAAAAC
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CATCTTCAGAGTCGCATCCAGCGTTCCTTTGTACTGATGTCTTTGGTCCCCTGTTGTGAC
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GAGTTTAGCCACAGCTCCTAGTAGAAACGTCTCCCAAGCGGTCACGGTGCTGCTACTCTT
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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GR02JQ U 1
AF RR3CN81JQ U 1
AF RR3CN81TF C 158
BS 1 55 RR3CN81JQ
BS 56 56 RR3GR02JQ
BS 57 714 RR3CN81JQ
BS 715 835 RR3CN81TF

RD RR3GR02JQ 289 0 0
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TATTGGACGTTTAATTTTAATCTACTAATTTATTTCAATCTTATTTTTCTAAAATCCTAG
CTTGATTGAGCCTCAGGAAAGCTTGGACTCCACTTTGCTAGAAGTCGTGTTAGAAAGCAA
CAGCTTGGCTCCCTTGACAAGCTCTTCCTTGATCATGAACAGAACTGCA

QA 1 289 1 289
DS 

RD RR3CN81JQ 714 0 0
GCCAAATTTTAAGATATAGAATCATACAAACCAATAGTTTTGCAGGAAAATACAATAATC
AATTTGCAACGATCAGGAAATGAACACCATTCCTGATGGTGTAATAACTAATCAAGAAAT
TATTGGACGTTTAAATTTAATCTACTAATTTATTTCAATCTTATTTTTCTAAAATCCTAG
CTTGATTGAGCCTCAGGAAAGCTTGGACTTCACTTTGCTAGAAGTCGTGTTAGAGAGCAA
CAGCTTGGCTCCCTTGACAAGCTCTTCCTTGATCATGAACAGAACTGCAGCAGATAAAAC
GCTCTGAACAATCTTTGTGCTCATCCCTTTGTAGAACCCGTAAAGCCCTTCATATCTAAT
CATCTTCAGAGTCGCATCCAGCGTTCCTTTGTACTGATGTCTTTGGTCCCCTGTTGTGAC
CTGTTTGGCTTGAAGTCTCGACTTTACAACAAGAAGAGGATAAGTTGTGACTGTAGCTCC
GAGTTTAGCCACAGCTCCTAGTAGAAACGTCTCCCAAGCGGTCACGGTGCTGCTACTCTT
AAAGGCACGTTTTTTCTTCAGCTTTGCTAGCATTGTCTCGTACAACATAAATTGCATTGA
TGGATTACTTACCATGATCAATGTAGGAATTACACCTTTCCAGAACCCAGTCACTCCAGA
TTCATCGTAAACGTCTCGAATCGTGTTAAAGGTTCCATATGGGCGCGGCTCAAC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3CN81TF 678 0 0
AATCTTA
TTTTCTAAAATCCTAGCTTGAT*GAGC*TCAGGAAAGCTTGGACTTCACTTTGCTAGAAG
TCGTGTTAGAGAGCAACAGCTTGGCTCCCTTGACAAGCTCTTCCTTGATCATGAACAGAA
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GCCCTTCATATCTAATCATCTTCAGAGTCGCATCCAGCGTTCCTTTGTACTGATGTCTTT
GGTCCCCTGTTGTGACCTGTTTGGCTTGAAGTCTCGACTTTACAACAAGAAGAGGATAAG
TTGTGACTGTAGCTCCGAGTTTAGCCACAGCTCCTAGTAGAAACGTCTCCCAAGCGGTCA
CGGTGCTGCTACTCTTAAAGGCACGTTTTTTCTTCAGCTTTGCTAGCATTGTCTCGTACA
ACATAAATTGCATTGATGGATTACTTACCATGATCAATGTAGGAATTACACCTTTCCAGA
ACCCAGTCACTCCAGATTCATCGTAAACGTCTCGAATCGTGTTAAAGGTTCCATATGGGC
GCGGCTCAACTGGAACCAAAACTTCTTCTATCTCAGAAGGAGGTGACTCAGAGACTGTCT
TTTGATCTTTTGGCATTTTCCTGTGGGTCTGCATGCGTGTAACAATCACCCAAATCGGAT
TCGTCATCAGA

QA 8 678 8 678
DS 



AS 1 3

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CGGAGGAGGAAACGAGAGACCCAATCGAAGAAGAAGAAGGAAAGGGTGATAAGAAGATGT
CGGAGTATGAAAAGAAGAGGTCGACAAGGATCGCCGAGAACAGAGCGAGATTAGAAGCTC
TCGGCATATCTAAAGCCGCCAAGGCCCTTGTGCCTCCTCCATCTACAAGAAAACCTAATT
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AAGAGGAGGAGTTTCTGGAGAAATCAAGCTCCGTTTCTCGTAAAAGAAACAAGACCAAGA
CCGCCTCCCCGCCAAAGAGGAAGAAGCATTTGTGTAGATCAGACCCACTTGGAGAGGATA
ACGATGACGACTTAAACAAGGCAATAGCGCTTTCTCTAGGCTCTGTTGCAGTAGCAGGAG
TAGGCTCTCGTAGAAACGGCCAAGAGTCGGCATCTTCGAAGAAGAATAAATCGGACTTGA
GCATGAGCAAGATGCAGATGA*TGGGGATGAATTGGTCTTATACTTCTTTCAGTTTGATA
AAGCGGGAAAAGGTTTCATTACTCTGAGAGATGTGGCGACAATGGCCACTGTGCATGATT
TCACTTGGTCAGACGAGGAATTACAAGACATGATTCGTTGCTTTGACTTTGATAAAGATG
GAAAGCTAAGCTTGGATGAGTTCAG*AAAGTTGTTACTCGATGTCGCATGTTGAATGA*T
CTTGATGATGGCTGATATGTTT*GGGTGAGTGCACCTCTTCGGTGTTTTTGATTCTCCAC
ATGCGTTGAAAACATCACTCTTTTTTTCATGGTCTCTGTAAACAAAAGATCTTGTTCTGA
TCATTTCAAATTGTGTATTGCATGTTTAATCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ09TF U 1
AF RR3FB88TF U 40
AF RR3BZ09JQ C 214
BS 1 141 RR3BZ09TF
BS 142 142 RR3FB88TF
BS 143 187 RR3BZ09TF
BS 188 188 RR3FB88TF
BS 189 216 RR3BZ09TF
BS 217 219 RR3FB88TF
BS 220 774 RR3BZ09TF
BS 775 777 RR3FB88TF
BS 778 808 RR3BZ09TF
BS 809 932 RR3BZ09JQ

RD RR3BZ09TF 818 0 0
GGGTGGAGATTCAAATGGGTGAAGGAGAGAGGTCGAAGTCCGGCGGCGACGAATCGGAGT
CGGAGGAGGAAACGAGAGACCCAATCGAAGAAGAAGAAGGAAAGGGTGATAAGAAGATGT
CGGAGTATGAAAAGAAGAGGTTGACAAGGATCGCCGAGAACAGAGCGAGATTAGAAGCTC
TCGGCATCTCTAAAGCCGCCAAGGCCCTTGTGCCTC***CATCTACAAGAAAACCTAATT
CCAGTGATGAAGAAGACGACGATTATAGACTCGAAGATGAAATTGACGAGAGTGAATATG
AAGAGGAGGAGTTTCTGGAGAAATCAAGCTCCGTTTCTCGTAAAAGAAACAAGACCAAGA
CCGCCTCCCCGCCAAAGAGGAAGAAGCATTTGTGTAGATCAGACCCACTTGGAGAGGATA
ACGATGACGACTTAAACAAGGCAATAGCGCTTTCTCTAGGCTCTGTTGCAGTAGCAGGAG
TAGGCTCTCGTAGAAACGGCCAAGAGTCGGCATCTTCGAAGAAGAATAAATCGGACTTGA
GCATGAGCAAGATGCAGATGA*TGGGGATGAATTGGTCTTATACTTCTTTCAGTTTGATA
AAGCGGGAAAAGGTTTCATTACTCTGAGAGATGTGGCGACAATGGCCACTGTGCATGATT
TCACTTGGTCAGACGAGGAATTACAAGACATGATTCGTTGCTTTGACTTTGATAAAGATG
GAAAGCTAAGCTTGGATGAGTTCAG*AAAGTTGTTACTCGATGTCGCATGTTGATGAA*T
CTTGATGATGGCTGATATGTTT*GGGTG
GGTGCACCTC

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3FB88TF 773 0 0
GG
GGCGGCGACGAATCGGAGTCGGAGGAGGAAACGAGAGACCCAATCGAAGAAGTAGAAGGA
AAGGGTGATAATAAGATGTCGGAGTATGAAAAGAAGAGGTCGACAAGGATCGCCGAGAAC
AGAGCGAGATTAGAAGCTCTCGGCATATCTAAAGCCGCCAAGGCCCTTGTGCCTCCTCCA
TCTACGAGAAAACCTAATTCCGGTGATGAAGAAGACGACGATTATAGACCCGGAGATGAA
ATAGACGAGAGTGAATATGAAGAGGAGGAGTTTCTGGAGAAATCAAGCTCCGTTTCTCGT
AAAAGAAACAAGACCAAGACCGTCTCCCCGCCAAAGAGGAAGAAGCATTCGTGTAGATCA
GACCCCCTTGGAGAGGATGACGATGACGACTTAAACAAGGCAATAGCGCTTTCTCTAGGC
TCTGTTGCAGTAGCAGGAGTGGGCTCTCGTAGAAACGGCCAAGAGTCAGCATCTTCTAAG
AAGAATAAATCGGACTTGAGCATGAGCAAGATGCAGATGACTGCGGATGAATTGGTCTTA
TACTTCTTTCAGTTTGATAAAGCGGGAAAAGGTTTCATTACTCTGAGAGATGTGGCGACA
ATGGCCACTGTGCATGATTTCACTTGGTCAGACGAGGA*TTACAAGACATGATTCGTTGC
TTTGATTTTGATAAAGATGGAAAGCTAAGCTTGGATGAGTTCAG*AAAGTTGTTACTCGA
TGTCGCATGTTGAATGA*TCT*GATGATGGCTGATATGTTT*GGGTG
AGTG

QA 3 769 3 769
DS 

RD RR3BZ09JQ 719 0 0
TG
CCTCCATCTACAAGAAAACCTAATTCCAGTGATGAAGAAGACGACGATTATAGACTCGAA
GATGAAATTGACGAGAGTGAATATGAAGAGGAGGAGTTTCTGGAGAAATCAAGCTCCGTT
TCTCGTAAAAGAAACAAGACCAAGACCGCCTCCCCGCCAAAGAGGAAGAAGCATTTGTGT
AGATCAGACCCACTTGGAGAGGATAACGATGACGACTTAAACAAGGCAATAGCGCTTTCT
CTAGGCTCTGTTGCAGTAGCAGGAGTAGGCTCTCGTAGAAACGGCCAAGAGTCGGCATCT
TCGAAGAAGAATAAATCGGACTTGAGCATGAGCAAGATGCAGATGA*TGGGGATGAATTG
GTCTTATACTTCTTTCAGTTTGATAAAGCGGGAAAAGGTTTCATTACTCTGAGAGATGTG
GCGACAATGGCCACTGTGCATGATTTCACTTGGTCAGACGAGGAATTACAAGACATGATT
CGTTGCTTTGACTTTGATAAAGATGGAAAGCTAAGCTTGGATGAGTTCAGGAAAGTTGTT
ACTCGATGTCGCATGTTGAATGAATCTTGATGATGGCTGATATGTTTTGGGTGAGTGCAC
CTCTTCGGTGTTTTTGATTCTCCACATGCGTTGAAAACATCACTCTTTTTTTCATGGTCT
CTGTAAACAAAAGATCTTGTTCTGATCATTTCAAATTGTGTATTGCATGTTTAATCT

QA 3 719 3 719
DS 



AS 1 2

CO CL4192Contig1 825 2 6 U
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TATCTGTTTAGAGTTGTGAGGTACATACATTAGTCCTAATACACAACTGGTGGATTCTTT
CATTAATCGCTAAAATCTATGCGTGGTTAGAAGAATTAGCTGCAATGGTTTGCTTCACCA
AAAGATAGCAGTTCCACCACCTGAGTAATCAAAGGTTTTGCACAATCTTCCCACTCTGTA
GCCCATCGACCTGAAGAACCAGTCTCCATTGCACCCGCTTTAAGCGACACTAGGGCATCG
CAGTTACCCGGAAAGCCCTTGAAAAGGACCAGTAACTGATCTGCTAATTCCGACGAAAAT
GAAAACAAGAGTCCGTTCTGCCCATCTTTAACGAGTTCTTGAATGCATGAGTAGGAAACT
GAGCAAACTGGAAGGCCACATCCAAACATATCAACAACCTTCATGGGAAGGTCTAAACCT
GATGAGGAAGTGTGTAAGCAAACACCTAGATCTGCAGAACCTAAAAGCAGTGGGTAATCT
TCAGCTGCGAGCCACATTGTCCGGAATGCCACATGTTTGAGGTTCAATCTTTTGATTTTC
TCCTCGTACATCTCCTTTTCAGGTCCTTTACCTGTTATGATGAACAATAAGTTGGGATAA
AGGTCTTGTTCTTCTGAAATTTCGGCTGTATCACTTCGTATCAATCTTGCAGCAACGCGC
CGATCATACATCACTGCGGCTTCTAATAGGATACCAAAATTTTCATCAGGGTCCAGCTTG
TACTGCTTACAACAAGAGCTGGTCTGTTTGCTTCGCAGATGTCAG


BQ
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AF RR3E678JQ U 1
AF RR3G705JQ U 1
BS 1 78 RR3E678JQ
BS 79 79 RR3G705JQ
BS 80 103 RR3E678JQ
BS 104 104 RR3G705JQ
BS 105 766 RR3E678JQ
BS 767 825 RR3G705JQ

RD RR3E678JQ 766 0 0
ATGCAAATCATGATATAAACTAATTTTGGTACAATGTGCTTTGTCGTGCCTCCTTTGACA
TATCTGTTTAGAGTTGTGTGGTACATACATTAGTCCTAATACATAACTGGTGGATTCTTT
CATTAATCGCTAAAATCTATGCGTGGTTAGAAGAATTAGCTGCAATGGTTTGCTTCACCA
AAAGATAGCAGTTCCACCACCTGAGTAATCAAAGGTTTTGCACAATCTTCCCACTCTGTA
GCCCATCGACCTGAAGAACCAGTCTCCATTGCACCCGCTTTAAGCGACACTAGGGCATCG
CAGTTACCCGGAAAGCCCTTGAAAAGGACCAGTAACTGATCTGCTAATTCCGACGAAAAT
GAAAACAAGAGTCCGTTCTGCCCATCTTTAACGAGTTCTTGAATGCATGAGTAGGAAACT
GAGCAAACTGGAAGGCCACATCCAAACATATCAACAACCTTCATGGGAAGGTCTAAACCT
GATGAGGAAGTGTGTAAGCAAACACCTAGATCTGCAGAACCTAAAAGCAGTGGGTAATCT
TCAGCTGCGAGCCACATTGTCCGGAATGCCACATGTTTGAGGTTCAATCTTTTGATTTTC
TCCTCGTACATCTCCTTTTCAGGTCCTTTACCTGTTATGATGAACAATAAGTTGGGATAA
AGGTCTTGTTCTTCTGAAATTTCGGCTGTATCACTTCGTATCAATCTTGCAGCAACGCGC
CGATCATACATCACTGCGGCTTCTAATAGGATACCAAAATTTTCAT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3G705JQ 825 0 0
ATGCAAATCATGATATAAACTAATTTTGGTACAATGTGCTTTGTCGTGCCTCCTTTGACA
TATCTGTTTAGAGTTGTGAGGTACATACATTAGTCCTAATACACAACTGGTGGATTCTTT
CATTAATCGCTAAAATCTATGCGTGGTTAGAAGAATTAGCTGCAATGGTTTGCTTCACCA
AAAGATAGCAGTTCCACCACCTGAGTAATCAAAGGTTTTGCACAATCTTCCCACTCTGTA
GCCCATCGACCTGAAGAACCAGTCTCCATTGCACCCGCTTTAAGCGACATTAGGGCATCG
CAGTTACCCGGAAAGCCCTTGAAAAGGACCAGTAACTGATCTGCTAATTCCGACGAAGAT
GAAAACAAGAGTCCGTTCTGCCCATCTTTAACGAGTTCTTGAATGCATGAGTAGGAAACT
GAGCAAACTGGAAGGCCACATCCAAACATATCAACAACCTTCATGGGAAGGTCTAAACCT
GATGAGGAAGTGTGTAAGCAAACACCTAGATCTGCAGAACCTAAAAGCAGTGGGTAATCT
TCAGCTGCGAGCCACATTGTCCGGAATGCCACATGTTTGAGGTTCAATCTTTTGATTTTC
TCCTCGTACATCTCCTTTTCAGGTCCTTTACCTGTTATGATGAACAATAAGTTGGGATAA
AGGTCTTGTTCTTCTGAAATTTCGGCTGTATCACTTCGTATCAATCTTGCAGCAACGCGC
CGATCATACATCACTGTGGCTTCTAATAGGATACCAAAATTTTCATCAGGGTCCAGCTTG
TACTGCTTACAACAAGAGCTGGTCTGTTTGCTTCGCAGATGTCAG

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 3

CO CL4193Contig1 1006 3 4 U
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ACGATCGAAGTCATTAAACAAAAGAAACATTTAACTTAAAATCACATCCTCCACAGCAAA
AATGACCAAACAGCACAACCCTTCTCTCTCTCCATCTATCGTTGTCTCTTCCTCCTCCGC
GTTATCTGCGGGAACTGGAGAGGAACCGGCAACGTGGCAAAACGAATCGAGTTCTCAACC
GAGAATTTGCAACCAAGGTTCTCAAAATGCCTCCTCACATCCATCGAGCTCATCCTCAGA
TCCTTCGCAATGTCTTCAAAGTCGGTCTTGAACTTATCCACGTGAAGCGTGAGCACAAGA
ATGTAACTTATCAGAAGGTTGACCTTGTCATCAGGTATCCTCCTGCCGCCCGTGTCGGAA
TCCTTGAACAACCTATTACATTTATCACGGATCATCCCCGGAAAATGGTGTTTCCTAGCC
GAATCAACACCCACCATCGAGTTCACGTCCTTGAACTTTATCAGATGCGTTAGCAACGTC
AAGATACCAGCAACCGTCTCCTTCTCAGTCTCATCCTTGTTGTCACGCAACCTGAACAAC
CGGTTACGGACAAAAGCAGGGTAAGCCTCGGTCGCTGCTCCTGCTCCAGCTTCTTGTTGA
AGAAGGCGGGAAACATCCTGAAGGG*AGCCCCACTCTCCCTTTTCGATAATCTGTTCTAT
AGGATAAGCGTCTCTCGGATTCGTCGCGGAGACGTTGTGAGGAGGAATGTTGCGTGCAAC
AATAGCATTGGCACCTTCGAGAGCACTAATGTTGACATCCAATTTGTCAAGTTTATTTTC
AAGCGTCTTCTGTGCCTCGGGGTCATCGTCTCTTAGAACTCTAGCACTCCTCTTCTTATC
ATCTAAAATAGCTCTCTTGGTCCAGAAAGTGCGGCGTCTAGGGTCAGCTTCTTCTTCTTC
TTCAGCCTCCGTGTTGGACGCACCCTCCCCACCTTCTGAATCAACC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CB62JQ U 1
AF RR3H652JQ U 1
AF RR3H652TF C 251
BS 1 361 RR3CB62JQ
BS 362 362 RR3H652JQ
BS 363 744 RR3CB62JQ
BS 745 1006 RR3H652TF

RD RR3CB62JQ 744 0 0
GACAGCGCTAATAGTCTTTTTAAGTTCCTTTATGGGGGCAATGGTTAAACACTTATCAGT
ACGATCGAAGTCATTAAACAAAAGAAACATTTAACTTAAAATCACATCCTCCACAGCAAA
AATGACCAAACAGCACAACCCTTCTCTCTCTCCATCTATCGTTGTCTCTTCCTCCTCCGC
GTTATCTGCGGGAACTGGAGAGGAACCGGCAACGTGGCAAAACGAATCGAGTTCTCAACC
GAGAATTTGCAACCAAGGTTCTCAAAATGCCTCCTCACATCCATCGAGCTCATCCTCAGA
TCCTTCGCAATGTCTTCAAAGTCGGTCTTGAACTTATCCACGTGAAGCGTGAGCACAAGA
ACGTAACTTATCAGAAGGTTGACCTTGTCATCAGGTATCCTCCTGCCGCCCGTGTCGGAA
TCCTTGAACAACCTATTACATTTATCACGGATCATCCCCGGAAAATGGTGTTTCCTAGCC
GAATCAACACCCACCATCGAGTTCACGTCCTTGAACTTTATCAGATGCGTTAGCAACGTC
AAGATACCAGCAACCGTCTCCTTCTCAGTCTCATCCTTGTTGTCACGCAACCTGAACAAC
CGGTTACGGACAAAAGCAGGGTAAGCCTCGGTCGCTGCTCCTGCTCCAGCTTCTTGTTGA
AGAAGGCGGGAAACATCCTGAAGGG*AGCCCCACTCTCCCTTTTCGATAATCTGTTCTAT
AGGATAAGCGTCTCTCGGATTCGT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3H652JQ 721 0 0
A
ACAGCGCTAATAGTCTTTTTAAGTTCCTTTATGGTGGCAATGGTTAAACACTTATCAGTA
CGATCGAAGTCATTAAACAAAAGAAACATTTAACTTAAAATCACATCCTCCACAGCAAAA
ATGACCAAACAGCACAACCCTTCTCTCTCTCCATCTATCGTTGTCTCTTCCTCCTCCGCG
TTATCTGCGGGAACTGGAGAGGAACCGGCAACGTGGCAAAACGAATCGAGTTCTCAACCG
AGAATTTGCAACCAAGGTTCTCAAAATGCCTCCTCACATCCATCGAGCTCATCCTCAGAT
CCTTCGCAATGTCTTCAAAGTCGGTCTTGAACTTATCCACGTGAAGCGTGAGCACAAGAA
TGTAACTTATCAAAAGGTTGACCTTGTCATCAGGTATCCTCCTGCCGCCCGTGTCGGAAT
CCTTGAACAACCTATTACATTTATCACGGATCATCCCCGGAAAATGGTGTTTCCTAGCCG
AATCAACACCCACCATCGAGTTCACGTCCTTGAACTTTATCAGATGCGTTAGCAACGTCA
AGATACCAGCAACCGTCTCCTTCTCAGTCTCATCCTTGTTGTCACGCAACCTGAACAACC
GGTTACGGACAAAAGCAGGGTAAGCCTCGGTCGCTGCTCCTGCTCCAGCTTCTTGTTGAA
GAAGGCGGGAAACATCCTGAAGGGGAGCCCCACTCTCCCTTTTCGATAATCTGTTCTATA

QA 2 721 2 721
DS 

RD RR3H652TF 756 0 0
C
ACCAAGGTTCTCAAAATGCCTCCTCACATCCATCGAGCTCATC*TCAGATC*TTCGCAAT
GTCTTCAAAGTCGGTCTTGAACTTATCCACGTGAAGCGTGAGCACAAGAATGTAACTTAT
CAGAAGGTTGACCTTGTCATCAGGTATCCTCCTGCCGCCCGTGTCGGAATCCTTGAACAA
CCTATTACATTTATCACGGATCATCCCCGGAAAATGGTGTTTCCTAGCCGAATCAACACC
CACCATCGAGTTCACGTCCTTGAACTTTATCAGATGCGTTAGCAACGTCAAGATACCAGC
AACCGTCTCCTTCTCAGTCTCATCCTTGTTGTCACGCAACCTGAACAACCGGTTACGGAC
AAAAGCAGGGTAAGCCTCGGTCGCTGCTCCTGCTCCAGCTTCTTGTTGAAGAAGGCGGGA
AACATCCTGAAGGG*AGCCCCACTCTCCCTTTTCGATAATCTGTTCTATAGGATAAGCGT
CTCTCGGATTCGTCGCGGAGACGTTGTGAGGAGGAATGTTGCGTGCAACAATAGCATTGG
CACCTTCGAGAGCACTAATGTTGACATCCAATTTGTCAAGTTTATTTTCAAGCGTCTTCT
GTGCCTCGGGGTCATCGTCTCTTAGAACTCTAGCACTCCTCTTCTTATCATCTAAAATAG
CTCTCTTGGTCCAGAAAGTGCGGCGTCTAGGGTCAGCTTCTTCTTCTTCTTCAGCCTCCG
TGTTGGACGCACCCTCCCCACCTTCTGAATCAACC

QA 2 756 2 756
DS 



AS 1 3

CO CL4194Contig1 708 3 1 U
AAGAAAAGCTGCTGTCTTCATATAAAAAAGCCAGAGCTATCTCAAGTTTATCTTACAAAA
ATTAAAGCATCTTTCTTCCCAAAAAGGGTTCAAACGATAAACAGGAAAAAACCAACAACG
TAGCAAAAACTTAAAATGTTTTATTTAAGTAAAAGGAGCAAACACAACTCTGATCTTCTT
CTTCTCGTCACAAAGAAACTGGCACTTTGTCTAGTAGGGCTCCACAGGTTTGCGGAAGTT
AGCTCCAGCGTAAACTGCCTCTGATCCCAACTCCTCCTCAATACGCAAAAGCTGGTTGTA
CTTGGCAAGACGCTCGGACCTGCAAGGAGCTCCAGTCTTGATTTGTCCAGTAGACAAGCC
AACAGCTAGGTCAGCGATGAAGGTGTCCTCGGTTTCACCACTTCTGTGGCTGGTCATCAC
TCCCCATCCTGCTTTCTTCGACATCCTCACTGCCTCAATACTCTCTGTCACTGACCCGAT
TTGGTTAACCTTCAAGAGAAGAGCATTGCAAGACTTCTCTGCGATTGCCTTCGCAACCCT
CTTGGGGTTGGTGACCAACAAGTCATCACCGACAATCTGAACATTGTCTCCACACTCAGC
GGTCATCTTAGCGTAGTGCTCCCAGTCATCTTGGTCAAATGGATCCTCAATAGACACGAT
TGGGTACTCCGAAACAAAGGACTTGTAGAGGTCCTTGAGTGCATCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3C612JQ U 16
AF RR3AT59JQ U 1
AF RR3C612TF C 15
BS 1 708 RR3AT59JQ

RD RR3C612JQ 365 0 0
AC
TCATATAAAAAAGCCAGAGCTATCTCAAGTTTATCTTACAAAAATTAAAGCATCTTTCTT
CCCAAAAAGGGTTCAAACGATAAACAGGAAAAAACCAACAACGTAGCAAAAACTTAAAAT
GTTTTATTTAAGTAAAAGGAGCAAACACAACTCTGATCTTCTTCTTCTCGTCACAAAGAA
ACTGGCACTTTGTCTAGTAGGGCTCCACAGGTTTGCGGAAGTTAGCTCCAGCGTAAACTG
CCTCTGATCCCAACTCCTCCTCAATACGCAAAAGCTGGTTGTACTTGGCAAGACGCTCGG
ACCTGCAAGGAGCTCCAGTCTTGATTTGTCCAGTAGACAAGCCAACAGCTAGGTCAGCGA
TGA

QA 3 365 3 365
DS 

RD RR3AT59JQ 708 0 0
AAGAAAAGCTGCTGTCTTCATATAAAAAAGCCAGAGCTATCTCAAGTTTATCTTACAAAA
ATTAAAGCATCTTTCTTCCCAAAAAGGGTTCAAACGATAAACAGGAAAAAACCAACAACG
TAGCAAAAACTTAAAATGTTTTATTTAAGTAAAAGGAGCAAACACAACTCTGATCTTCTT
CTTCTCGTCACAAAGAAACTGGCACTTTGTCTAGTAGGGCTCCACAGGTTTGCGGAAGTT
AGCTCCAGCGTAAACTGCCTCTGATCCCAACTCCTCCTCAATACGCAAAAGCTGGTTGTA
CTTGGCAAGACGCTCGGACCTGCAAGGAGCTCCAGTCTTGATTTGTCCAGTAGACAAGCC
AACAGCTAGGTCAGCGATGAAGGTGTCCTCGGTTTCACCACTTCTGTGGCTGGTCATCAC
TCCCCATCCTGCTTTCTTCGACATCCTCACTGCCTCAATACTCTCTGTCACTGACCCGAT
TTGGTTAACCTTCAAGAGAAGAGCATTGCAAGACTTCTCTGCGATTGCCTTCGCAACCCT
CTTGGGGTTGGTGACCAACAAGTCATCACCGACAATCTGAACATTGTCTCCACACTCAGC
GGTCATCTTAGCGTAGTGCTCCCAGTCATCTTGGTCAAATGGATCCTCAATAGACACGAT
TGGGTACTCCGAAACAAAGGACTTGTAGAGGTCCTTGAGTGCATCACC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3C612TF 654 0 0
TAC
TCATATAAAAAAGCCAGAGCTATCTCAAGTTTATCTTACAAAAATTAAAGCATCTTTCTT
CCCAAAAAGGGTTCAAACGATAAACAGGAAAAAACCAACAACGTAGCAAAAACTTAAAAT
GTTTTATTTAAGTAAAAGGAGCAAACACAACTCTGATCTTCTTCTTCTCGTCACAAAGAA
ACTGGCACTTTGTCTAGTAGGGCTCCACAGGTTTGCGGAAGTTAGCTCCAGCGTAAACTG
CCTCTGATCCCAACTCCTCCTCAATACGCAAAAGCTGGTTGTACTTGGCAAGACGCTCGG
ACCTGCAAGGAGCTCCAGTCTTGATTTGTCCAGTAGACAAGCCAACAGCTAGGTCAGCGA
TGAAGGTGTCCTCGGTTTCACCACTTCTGTGGCTGGTCATCACTCCCCATCCTGCTTTCT
TCGACATCCTCACTGCCTCAATACTCTCTGTCACTGACCCGATTTGGTTAACCTTCAAGA
GAAGAGCATTGCAAGACTTCTCTGCGATTGCCTTCGCAACCCTCTTGGGGTTGGTGACCA
ACAAGTCATCACCGACAATCTGAACATTGTCTCCACACTCAGCGGTCATCTTAGCGTAGT
GCTCCCAGTCATCTTGGTCAAATGGATCCTCAATAGACACGATTGGGTAC
C

QA 4 653 4 653
DS 



AS 1 2

CO CL4195Contig1 609 2 2 U
GCATCTTTATCGACTCAAAGGACGTTTGCATCCTTGTATTTCTCCTTCTGAGTCCGGACT
AGTCAACGGCAAGGTACTAACTGGCTTAACAGAAGCTCAGTTAAAGAATTTAGATATGAT
TCAAGGAGCTGAATACGTGAGGAAGACTGTTGAGGTTGTTTTAACTGAGACATCCGAGAA
AATGCAAGTGGAAGCTCTAATATGGGCCAACAAGGATGATCCAGACATGTATGGAGAATG
GGATTTCGAGGAGTGGAAACGGCTTCACATGGATAAATTCATAGAGGCGTCAAAGAAATT
CATCGAATGGAAGAAGAATCCAGATGGTAAAACAAGGGATGAGTTTGAGAAATTTGTACA
CGAGGATCGTCCTCCTGTGGTGTGAAGAATATGTCTGCCTTTTCTTGATATTTTAATCGT
TTACCACAAAATAGAAAGGTCTCTCACTTCAACTTCAAGTGCAATATAAGATTATAAGTT
TTAGTACATGATCATTGGGTCGTGGATCAGTTCGTTACACAAGGTGATCAATGTTGTCGT
ATCTACTTCATGAACGTTGAGTTGCATTGCATGTTATTGTTTTTATCGTTTCTAATCATT
ATGTCATCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GE68TF U 1
AF RR3GE68JQ C 63
BS 1 241 RR3GE68TF
BS 242 609 RR3GE68JQ

RD RR3GE68TF 241 0 0
GCATCTTTATCGACTCAAAGGACGTTTGCATCCTTGTATTTCTCCTTCTGAGTCCGGACT
AGTCAACGGCAAGGTACTAACTGGCTTAACAGAAGCTCAGTTAAAGAATTTAGATATGAT
TCAAGGAGCTGAATACGTGAGGAAGACTGTTGAGGTTGTTTTAACTGAGACATCCGAGAA
AATGCAAGTGGAAGCTCTAATATGGGCCAACAAGGATGATCCAGACATGTATGGAGAATG
G

QA 1 241 1 241
DS 

RD RR3GE68JQ 547 0 0
TCAACGGCAAGGTACT
AACTGGCTTAACAGAAGCTCAGTTAAAGAATTTAGATATGATTCAAGGAGCTGAATACGT
GAGGAAGACTGTTGAGGTTGTTTTAACTGAGACATCCGAGAAAATGCAAGTGGAAGCTTT
AATATGGGCCAACAAGGATGATCCAGACATGTATGGAGAATGGGATTTCGAGGAGTGGAA
ACGGCTTCACATGGATAAATTCATAGAGGCGTCAAAGAAATTCATCGAATGGAAGAAGAA
TCCAGATGGTAAAACAAGGGATGAGTTTGAGAAATTTGTACACGAGGATCGTCCTCCTGT
GGTGTGAAGAATATGTCTGCCTTTTCTTGATATTTTAATCGTTTACCACAAAATAGAAAG
GTCTCTCACTTCAACTTCAAGTGCAATATAAGATTATAAGTTTTAGTACATGATCATTGG
GTCGTGGATCAGTTCGTTACACAAGGTGATCAATGTTGTCGTATCTACTTCATGAACGTT
GAGTTGCATTGCATGTTATTGTTTTTATCGTTTCTAATCATTATGTCATCG

QA 17 547 17 547
DS 



AS 1 3

CO CL4196Contig1 825 3 2 U
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TGTCGGCAAGTCGAATCTCCTCTCTAGATTCACTCGCGACGAGTTCTGCTTGGAATCCAA
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CAGAGGTGCGCTCGGTGCTCTCTTGGTCTACGACGTCACGAAACCAACAACGTTCGAGAA
CGTTAGCAGGTGGTTGAAAGAGCTCAGAGACCATGCGGATTCCAACATCGTGATCATGTT
GATCGGAAACAAGACGGACCTGAAGCATCTCAGAGCTGTTGCCACGGAGGATGCTCAGAG
CTTCGCCGAGAAAGAAGGCTTGTCTTTCATCGAGACATCGGCTCTCGAGGCGCTGAACGT
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ATCTTCGGACCAGGCAGATGCAAATGGTAACGTCAGGGAAGGTCAAACAATCGATGTCGC
TGCTGCCTCTTCTGAATCAAACACTAAGAAGCCTTGTTGCTCTTCTTCCTGAAAGGGCTT
ATCTCACTTCGAAGCCAATATCTATGTATCTCCTTTTTACGCCTAGCTTGCGCTGTGTAA
TATAACTCAAGGATCATTCCTATATGAATCGTGAAATTCAAAAGC


BQ
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AF RR3DB49TF U 3
AF RR3A910TF U 1
AF RR3A910JQ C 75
BS 1 665 RR3A910TF
BS 666 825 RR3A910JQ

RD RR3DB49TF 563 0 0
G
CAATCACGCTCTTCTCCAGAAAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAGGGTTTTAACAATGGCGAG
AAGACCGGAAGAAGAGTACGACTACTTGTTTAAAGTGGTTCTCATCGGAGACTCCGGTGT
CGGCAAGTCGAATCTCCTCTCTAGATTCACTCGCGACGAGTTCTGCTTGGAATCCAAATC
TACCATCGGTGTCGAATTCGCTACTCGCACTCTCCAAGTGGAAGGAAGGACTGTGAAAGC
GCAGATATGGGACACGGCTGGGCAAGAACGATACAGAGCCATAACCAGCGCCTACTACAG
AGGTGCGCTCGGTGCTCTCTTGGTCTACGACGTCACGAAACCAACAACGTTCGAGAACGT
TAGCAGGTGGTTGAAAGAGCTCAGAGACCATGCGGATTCCAACATCGTGATCATGTTGAT
CGGAAACAAGACGGACCTGAAGCATCTCAGAGCTGTTGCCACGGAGGATGCTCAGAGCTT
CGCCGAGAAAGAAGGCTTGTCTTTCATCGAGACATCGGCTCT*GAGGCGCTGAACGTGGA
GAAGGCCTTTCAGACGATTCTC

QA 2 563 2 563
DS 

RD RR3A910TF 668 0 0
GGCCAATCACGCTCTTCTCCAGAAAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAGGGTTTTAACAATGGC
GAGAAGACCGGAAGAAGAGTACGACTACTTGTTTAAAGTGGTTCTCATCGGAGACTCCGG
TGTCGGCAAGTCGAATCTCCTCTCTAGATTCACTCGCGACGAGTTCTGCTTGGAATCCAA
ATCTACCATCGGTGTCGAATTCGCTACTCGCACTCTCCAAGTGGAAGGAAGGACTGTGAA
AGCGCAGATATGGGACACGGCTGGGCAAGAACGATACAGAGCCATAACCAGCTCCTACTA
CAGAGGTGCGCTCGGTGCTCTCTTGGTCTACGACGTCACGAAACCAACAACGTTCGAGAA
CGTTAGCAGGTGGTTGAAAGAGCTCAGAGACCATGCGGATTCCAACATCGTGATCATGTT
GATCGGAAACAAGACGGACCTGAAGCATCTCAGAGCTGTTGCCACGGAGGATGCTCAGAG
CTTCGCCGAGAAAGAAGGCTTGTCTTTCATCGAGACATCGGCTCTCGAGGCGCTGAACGT
GGAGAAGGCCTTTCAGACGATTCTCTCTGAGATTTACAGGATCATCAGCAAGAAATCGAT
ATCTTCGGACCAGGCAGATGCAAATGGTAACGTCAGGGAAGGTCAAACAATCGATGTCGC
TGCTG
TCT

QA 1 665 1 665
DS 

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ATCTCCTCTCTAGATTCACTCGCGACGAGTTCTGCTTGGAATCCAAATCTACCATCGGTG
TCGAATTCGCTACTCGCACTCTCCAAGTGGAAGGAAGGACTGTGAAAGCGCAGATATGGG
ACACGGCTGGGCAAGAACGATACAGAGCCATAACCAGCTCCTACTACAGAGGTGCGCTCG
GTGCTCTCTTGGTTTACGACGTCACGAAACCAACAACGTTCGAGAACGTTAGCAGGTGGT
TGAAAGAGCTCAGAGACCATGCGGATTCCAACATCGTGATCATGTTGATCGGAAACAAGA
CGGACCTGAAGCATTTCAGAGCTGTTGCCACGGAGGATGCTCAGAGCTTCGCCGAGAAAG
AAGGCTTGTCTTTCATCGAGACATCGGCTCTCGAGGCGCTGAACGTGGAGAAGGCCTTTC
AGACGATTCTCTCTGAGATTTACAGGATCATCAGCAAGAAATCGATATCTTCGGACCAGG
CAGATGCAAATGGTAACGTCAGGGAAGGTCAAACAATCGATGTCGCTGCTGCCTCTTCTG
AATCAAACACTAAGAAGCCTTGTTGCTCTTCTTCCTGAAAGGGCTTATCTCACTTCGAAG
CCAATATCTATGTATCTCCTTTTTACGCCTAGCTTGCGCTGTGTAATATAACTCAAGGAT
CATTCCTATATGAATCGTGAAATTCAAAAGC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL4197Contig1 898 2 2 U
GTATCAACAAAGTGTTCCAAGGATTGCTGAGTAAGAATGGTGTGAAACACAAGGTTGCAA
CCGCCTATCATCCTCAAACAAGTGGTCAAGTGGAAGTTTCCAACAGAGAGATCAAGAACA
TCCTCCAGAAGACTGTCAACGCCACCCGCAAGGATTGGTCCCTTAAGCTTGACGATGCTC
TCTGGGCATACAGAACAGCCTACAAGACCCCTCTAGGGACCACCCCCTATCACCTGGTCT
ATGGCAAGGCGTGCCACCTACCTGTTGAGCTAGAGTACAAGGCGGCTTGGGCTGTCAAAC
TACTCAACTTCGACATCAAACCTGCCAAAGAGAGGCGAACCATTCAGATCCACGAGTTGG
AGGAGATCAGGCATCTGGCCTATGAGAGTTCTAAGATCTACAAGGAAAAGACCAAGGCGT
TCCATGACAAGCGGATCATCAGCAGAAGCTTTGTTCCGAACGATCAGGTCTTACTCTTCA
ATTCGCGGGTTAAGCTGTTCCCTGGAAAGCTTAAATCTAGATGGTCGGGACCTTTCACCA
TTAAGGAGGTCCGCCCTTATGGAGCTGTTGTGTTGCTGGACACAAGAGGAGGAGAATTCG
TTGTTAATGGTCAGCGTCTCAAGCCATATCTTGCTGACACAACAATCGCTGAAGGTGTAG
AGATACCCTTGAGCGATCCCCCTCAAGCCTAATCGGCTCATTGAAGTCAAGCTAGTGACA
GAAAACAAGCGCTTGGTGGGAGGCAACCCACTGGTGAGTGTAAATATTGTTTTCTCTTTG
TCTTTATCTTTCTAGGAACTAACTTGCAGGTTGAAAAAAATCAAGAAAATTCGAGATCAC
TCCAGGGGAGCACTCCAGCGGTTGTTCCGCCGATTGTTCCCAGGTAAGTTCTCGACCG


BQ
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AF RR3EH24TF U 1
AF RR3EH24JQ C 260
BS 1 612 RR3EH24TF
BS 613 898 RR3EH24JQ

RD RR3EH24TF 612 0 0
GTATCAACAAAGTGTTCCAAGGATTGCTGAGTAAGAATGGTGTGAAACACAAGGTTGCAA
CCGCCTATCATCCTCAAACAAGTGGTCAAGTGGAAGTTTCCAACAGAGAGATCAAGAACA
TCCTCCAGAAGACTGTCAACGCCACCCGCAAGGATTGGTCCCTTAAGCTTGACGATGCTC
TCTGGGCATACAGAACAGCCTACAAGACCCCTCTAGGGACCACCCCCTATCACCTGGTCT
ATGGCAAGGCGTGCCACCTACCTGTTGAGCTAGAGTACAAGGCGGCTTGGGCTGTCAAAC
TACTCAACTTCGACATCAAACCTGCCAAAGAGAGGCGAACCATTCAGATCCACGAGTTGG
AGGAGATCAGGCATCTGGCCTATGAGAGTTCTAAGATCTACAAGGAAAAGACCAAGGCGT
TCCATGACAAGCGGATCATCAGCAGAAGCTTTGTTCCGAACGATCAGGTCTTACTCTTCA
ATTCGCGGGTTAAGCTGTTCCCTGGAAAGCTTAAATCTAGATGGTCGGGACCTTTCACCA
TTAAGGAGGTCCGCCCTTATGGAGCTGTTGTGTTGCTGGACACAAGAGGAGGAGAATTCG
TTGTTAATGGTC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3EH24JQ 639 0 0
ACCTGTTGAGCTAGAGTACAAGGCGGCTTGGGCTGTCAAACTACTCAACTTCGACATCAA
ACCTGCCAAAGAGAGGCGAACCATTCAGATCCACGAGTTGGAGGAGATCAGGCATCTGGC
CTATGAGAGTTCTAAGATCTACAAGGAAAAGACCAAGGCGTTCCATGACAAGCGGATCAT
CAGCAGAAGCTTTGTTCCGAACGATCAGGTCTTACTCTTCAATTCGCGGGTTAAGCTGTT
CCCTGGAAAGCTTAAATCTAGATGGTCGGGACCTTTCACCATTAAGGAGGTCCGCCCTTA
TGGAGCTGTTGTGTTGCTGGACACAAGAGGAGGAGAATTCGTTGTTAATGGTCAGCGTCT
CAAGCCATATCTTGCTGACACAACAATCGCTGAAGGTGTAGAGATACCCTTGAGCGATCC
CCCTCAAGCCTAATCGGCTCATTGAAGTCAAGCTAGTGACAGAAAACAAGCGCTTGGTGG
GAGGCAACCCACTGGTGAGTGTAAATATTGTTTTCTCTTTGTCTTTATCTTTCTAGGAAC
TAACTTGCAGGTTGAAAAAAATCAAGAAAATTCGAGATCACTCCAGGGGAGCACTCCAGC
GGTTGTTCCGCCGATTGTTCCCAGGTAAGTTCTCGACCG

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL4198Contig1 764 2 11 U
GCATAAATGAAGACATGGACATGCACGAAAGTGCAAAACTTGAGAGGCAGAGACGAGAGG
AAGCTAGGATGAGCTTACGCTCTGGTCTGACTGGGCTTCCTCAGCCAAAGAATGAATACC
ATATAGTTGCACAACCTCCTCCGGAAGAAAGTGAAGAGCCAGAAGAGAAAATTGAGGAAG
ACATGTCAGACAAGATAGCTAGGGAAAAGGCTGAGGAGGAAGCAAGACACCAAGCGCTCC
TTAGGAAAAGGTCCAAGGTTTTGCAAAGAGATCTTCCCAGACCTCCAGCAGCTTCGTTGG
AACTAATTAGGAATTCGTTGCTTTCAGCGAACCGAGATAAAAGTTCTGTTGTCCCTCCTA
GTGCAGTTGATGTTGCAGATGAAATGGTAAGAGAGGAGCTTCTACAGTTGCTGGAGCATG
ATAATGCAAAGTATCCTCTTGATGAGAAAGCTGAGAAAAAGAAAGGAGCCAGGAACCGTG
CTAACAGTTCTGGTTCTCAAGTTCCTGCAATTGAAGGCTTTGAGGAAAATGAACTCCTAG
AGGCTGACAAAATGATAAAGGAGGAGGCACAATTTCTTTGCGCGGCAATGGGAAACGAGA
GCAAGACATTTGACGAGTTCGTAGTAGCTCACGACGATTGCGTGAAGGATATCATGTACT
TCCCCACTCGAAATGCTTACGGGCCCTCAAGTGTTGCCGTGAAGCAGAGAAAGTTGCAGC
GTTGCAAGTCGAGATGGAGATGCGAAGAAAAGATGGAGGAGGAT


BQ
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AF RR3CV15TF U 56
AF RR3FQ92TF U 1
BS 1 118 RR3FQ92TF
BS 119 119 RR3CV15TF
BS 120 154 RR3FQ92TF
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BS 156 238 RR3FQ92TF
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BS 240 265 RR3FQ92TF
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BS 278 278 RR3CV15TF
BS 279 764 RR3FQ92TF

RD RR3CV15TF 302 0 0
G
GAGGAAGCTAGGATGAGCTTACGCTCTGGTCTGACTGGGCTTCCTCAGCCAAAGAATGA*
TACCATATAGTTGCACAACCTCCTCCGGAAGAAAGTGAAGAGCCAGAAGAGAAAATTGAG
GAAGACATGTCAGATAAGATAGCTAGGGAAAAGGCTGAGGAGGAAGCAAGATACCAAGCG
CTCCTTAGGAAAAGGTCCAAGGTTTTGCAAAGAGATCTTCCCAGACCTCCAGCAGCTTCG
TTGGAACTAATTAGGAATTCTTTGCTTTCAGCGAACCGAGATAAAAGTTCTGTTGTCCCT
C

QA 2 302 2 302
DS 

RD RR3FQ92TF 764 0 0
GCATAAATGAAGACATGGACATGCACGAAAGTGCAAAACTTGAGAGGCAGAGACGAGAGG
AAGCTAGGATGAGCTTACGCTCTGGTCTGACTGGGCTTCCTCAGCCAAAGAATGAATATC
ATATAGTTGCACAACCTCCTCCGGAAGAAAGTGAGGAGCCAGAAGAGAAAATTGAGGAAG
ACATGTCAGACAAGATAGCTAGGGAAAAGGCTGAGGAGGAAGCAAGACACCAAGCGCTGC
TTAGGAAAAGGTCCAAGGTTTTGCAGAGAGATCTTCCTAGACCTCCAGCAGCTTCGTTGG
AACTAATTAGGAATTCGTTGCTTTCAGCGAACCGAGATAAAAGTTCTGTTGTCCCTCCTA
GTGCAGTTGATGTTGCAGATGAAATGGTAAGAGAGGAGCTTCTACAGTTGCTGGAGCATG
ATAATGCAAAGTATCCTCTTGATGAGAAAGCTGAGAAAAAGAAAGGAGCCAGGAACCGTG
CTAACAGTTCTGGTTCTCAAGTTCCTGCAATTGAAGGCTTTGAGGAAAATGAACTCCTAG
AGGCTGACAAAATGATAAAGGAGGAGGCACAATTTCTTTGCGCGGCAATGGGAAACGAGA
GCAAGACATTTGACGAGTTCGTAGTAGCTCACGACGATTGCGTGAAGGATATCATGTACT
TCCCCACTCGAAATGCTTACGGGCCCTCAAGTGTTGCCGTGAAGCAGAGAAAGTTGCAGC
GTTGCAAGTCGAGATGGAGATGCGAAGAAAAGATGGAGGAGGAT

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL4199Contig1 840 2 4 U
GCCATCTCCTTGTTCTCCTTGTGGGCTGCTGGCTGGGAAGCGACGCCTAGGCAGACTTAT
GGGTTTTTCAGGGTTGAGATTCTTGGTGCTCTTGTCTCTATCCAGCTCATTTGGCTGCTT
ACAGGGATTCTTGTCTATGAAGCTATCATCAGACTTCTTAGTGAGACCAGTGAGGTTAAT
GGGTTCCTTATGTTCCTTGTTGCTGCTTTTGGGTTGCTTGTGAATATCGTGATGGCTGTT
CTGTTAGGACATGATCACGGCCACGGTCATGGACATGGTCACGGTCATGACCATCACAGT
CATGGGGTGACTGTTACCACACATCACCATCATGGTCATGATCATGGAGAGGACAAGCAT
CATCACGCTCATGGGATGTGACTGAGCAGTTGCTGGAGAAATCAGAGAAGAGAAAGAGGA
ACATCAACGTCCAAGGAGCTTATCTTCATGTCCTTGGAGACTCCATCCAGAGCGTTGGCG
TTATGATCGGTGGAGCGGTCATCTGGTACAAACCGGAGTGGAAGATAGTTGATCTCATCT
GCACGCTTGTCTTTTCGGTTATTGTCTTGGGGACCACCGTCAACATGATCAGAAGCATTC
TTGAGGTGTTGATGGAGAGCACACCGAGGGAGATTGACGCCACGAAGCTGGAAAAGGGTT
TGCTGGAGATGGAAGAGGTGGGGGCTGTTCATGAGCTTCACATTTGGGCTATCACGGTGG
GGAAAGTGCTGCTTGCTTGCCATGTTAATATCCCCCCAGAGGCAGATGGTGATATGGTGC
TCAACAAGGTGATTGATTACATCCGCAGGGAGTATAATATCAGTCATGTCACTACACAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G153TF U 1
AF RR3G153JQ C 623
BS 1 681 RR3G153TF
BS 682 682 RR3G153JQ
BS 683 752 RR3G153TF
BS 753 840 RR3G153JQ

RD RR3G153TF 756 0 0
GCCATCTCCTTGTTCTCCTTGTGGGCTGCTGGCTGGGAAGCGACGCCTAGGCAGACTTAT
GGGTTTTTCAGGGTTGAGATTCTTGGTGCTCTTGTCTCTATCCAGCTCATTTGGCTGCTT
ACAGGGATTCTTGTCTATGAAGCTATCATCAGACTTCTTAGTGAGACCAGTGAGGTTAAT
GGGTTCCTTATGTTCCTTGTTGCTGCTTTTGGGTTGCTTGTGAATATCGTGATGGCTGTT
CTGTTAGGACATGATCACGGCCACGGTCATGGACATGGTCACGGTCATGACCATCACAGT
CATGGGGTGACTGTTACCACACATCACCATCATGGTCATGATCATGGAGAGGACAAGCAT
CATCACGCTCATGGGATGTGACTGAGCAGTTGCTGGAGAAATCAGAGAAGAGAAAGAGGA
ACATCAACGTCCAAGGAGCTTATCTTCATGTCCTTGGAGACTCCATCCAGAGCGTTGGCG
TTATGATCGGTGGAGCGGTCATCTGGTACAAACCGGAGTGGAAGATAGTTGATCTCATCT
GCACGCTTGTCTTTTCGGTTATTGTCTTGGGGACCACCGTCAACATGATCAGAAGCATTC
TTGAGGTGTTGATGGAGAGCACACCGAGGGAGATTGACGCCACGAAGCTGGAAAAGGGTT
TGCTGGAGATGGAAGAGGTGGTGGCTGTTCATGAGCTTCACATTTGGGCTATCACGGTGG
GGAAAGTGCTGCTTGCTTGCCATGTTAATATC
ACAC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3G153JQ 218 0 0
C
CCGAGGGAGATTGACGCCACGAAGCTGGAAAAGGGTTTGCTGGAGATGGAAGAGGTGGGG
GCTGTTCATGAGCTTCACATTTGGGCTATCACGGTGGGGAAAGTGCTGCTTGCTTGCCAT
GTTAATATCCCCCCAGAGGCAGATGGTGATATGGTGCTCAACAAGGTGATTGATTACATC
CGCAGGGAGTATAATATCAGTCATGTCACTACACAAA

QA 2 218 2 218
DS 



AS 1 2

CO CL4200Contig1 811 2 23 U
CTTCCAAGGCTCAAAGAGAGGATAGTATTAGAAGAACTGTATATGTCTCTGACATTGATC
AGAGTGTGACTGAGGAAGTCTTAGCTGGTTTGTTCAGCAGCTATGGACAAGTTGTTGATT
GTCGTATCTGTGGAGATCCACATTCAGTTCTTCGCTTTGCCTTTGTTGAGTTCTCTGATG
ACCATGGTGCAAGGGCTGCTCTAAGTGTAGGTGGAACAATGATCGGTTATTACCCAGTTA
GGGTCTTACCTTCAAAAACTGCTATTCTTCCTGTGAATCCCACATTTCTCCCCAGGTCAG
AAGATGAAAGGGAGATGTGTAGCAGAACCATCTACTGCACTAATGTCGACAAGAATGCCA
CTGAAGATGATGTCAAAATCTTCTTTGAGTCTGCCTGCGGTGAGGTAACTCGCATAAGAC
TTCTTGGTGACCAGTTGCATTCTACTCGTATAGCTTTTGTTGAATTTGCCATGGCAGAGA
GTGCAGTTGGGGCGCTCAACTGCAGTGGAGTAGTCTCAGGATCGCAGCCGATAAGGGTAA
GCCCTTCAAAGACACCAGTGAGACCAAGATTCACTCGATCACCATCCTCCAACTAGGAGA
GAAACAGAACCAACCCCAAGAGGCTTTGTTGTGCTGGAGAGTGATGAAAAACATTTCGTT
TTTTTCCTTGAGTAATTTATCTTTTGAGTTATCTTTTTTAATTGTTCTCTAATCTCTAGA
GCAGAGTTATATCTCCAGTTCTGTAGTATCTGGAAACAAATGTAACGATGAACATGCTTC
TGAGTTCTTGTTCTGAGACTCATTTCAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E750TF U 102
AF RR3CP16JQ C 1
BS 1 102 RR3CP16JQ
BS 103 200 RR3E750TF
BS 201 201 RR3CP16JQ
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BS 255 307 RR3E750TF
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BS 348 418 RR3E750TF
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BS 420 475 RR3E750TF
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BS 518 536 RR3E750TF
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BS 550 550 RR3CP16JQ
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RD RR3E750TF 496 0 0
G
ATGGACAAGTTGTTGATTGTCGTATCTGTGGAGATCCACATTCAGTTCTTCGCTTTGCCT
TTGTTGAGTTCTCTGATGACCATGGTGCAAGGGCTGCTTTAAGTGTAGGTGGAACAATGA
TCGGTTATTACCCAGTTAGGGTCTTACCTTCTAAAACTGCTATTCTTCCTGTGAATCCCA
CATTTCTCCCCAGGTCAGAAGATGAGAGGGAGATGTGTAGCAGAACCATCTACTGCACTA
ATGTTGACAAGAATGCCACTGAAGATGATGTCAAAATCTTCTTTGAGTCTGCCTGCGGTG
AGGTAACTCGCATAAGGCTTCTTGGTGACCAGTTGCATTCTACTCGTATAGCTTTTGTTG
AATTTGCCATGGCGGAGAGTGCAGTTGGGGCGCTCAACTGCAGTGGAGTAGTCTTAGGAT
CGCAGCCGATAAGG*TAAGCCCTTCAA*GACACCAGTGAGACCAAGATTCA*TCGATCAC
CATCCTC
AACTAGGG

QA 2 488 2 488
DS 

RD RR3CP16JQ 811 0 0
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AGAGTGTGACTGAGGAAGTCTTAGCTGGTTTGTTCAGCAGCTATGGACAAGTTGTTGATT
GTCGTATCTGTGGAGATCCACATTCAGTTCTTCGCTTTGCCTTTGTTGAGTTCTCTGATG
ACCATGGTGCAAGGGCTGCTCTAAGTGTAGGTGGAACAATGATCGGTTATTACCCAGTTA
GGGTCTTGCCTTCAAAGACTGCTATTCTTCCTGTGAATCCCACATTTCTCCCCAGGTCAG
AAGATGAAAGGGAGATGTGTAGCAGAACCATCTACTGCACTAATGTCGACAAGAATGCCA
CTGAAGATGATGTCAAAATCTTCTTTGAGTCTGCCTGCGGTGAGGTAACTCGCATAAGAC
TTCTTGGTGACCAGTTGCATTCTACTCGTATAGCTTTTGTTGAATTTGCCGTGGCAGAGA
GTGCAGTTGGGGCGCTCAACTGCAGTGGAGTAGTCTCAGGATCGCAGCCGATAAGGGTAA
GCCCTTCAAAGACACCAGTGAGACCAAGATTCACTCGGTCACCATCCTCCAACTAGGAGA
GAAACAGAACCAACCCCAAGAGGCTTTGTTGTGCTGGAGAGTGATGAAAAACATTTCGTT
TTTTTCCTTGAGTAATTTATCTTTTGAGTTATCTTTTTTAATTGTTCTCTAATCTCTAGA
GCAGAGTTATATCTCCAGTTCTGTAGTATCTGGAAACAAATGTAACGATGAACATGCTTC
TGAGTTCTTGTTCTGAGACTCATTTCAGTTT

QA 1 811 1 811
DS 



AS 1 3

CO CL4201Contig1 676 3 12 U
GGATCAGCATCCTAAAGAAAACACTTTCTATTGTAATAAACTAAATAAAAGTAATATGTA
CAGATCCGCGAGCTGGAACCGTGGGACAGAAGACTACTCATCCGCACCACCTAAAGGATT
GTGGATGGGCTCCATGATCGGTTCCCTCGACGATGACGAACTACCTTCACACAATAATCC
ACCAGAGGAGATGATCAAGAAGGAGAAGTCACGTACCAAGTTCGCAGAAAACGCTATTCA
CATCATTCCTTTTGTTCTTCTTGCATGCGCTCTCGTCCTTTGGCTCTTCTCAAATCCAGA
TGTAGATGTTGGGATGAGAGAGGAATCTATTGCGGCTAGGATTGAAGGATTGACAATCGA
AGGAGACATCGACAACGACAGTGATGGAACTCAGACTGGTTTCTTGGGAGCCACCTTAGA
ACTCGGTGGTGATTTAGACAAACCACACCATGTTGAACGGAACAGACGAGCTTCAAGGAA
ACTGATCAAAGGTTTCTACTAGTTTAAACAAAGATTTGTCTTGATTATTTTTATTTAATC
TAAAAGATTTGCTAAAACTATGAACGTCTTTTTTTTGGTTAATGAGGCAGCTAAATTTAA
ATCCAAGTATATTTTCTTCAAAAAACTTGTACATGAATCCGGTTGACAAAACTTCTGAAT
AAAGAGGTATATGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AG38TF U 1
AF RR3FS30JQ C 28
AF RR3FS30TF U 28
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BS 396 396 RR3FS30TF
BS 397 575 RR3AG38TF
BS 576 576 RR3FS30TF
BS 577 587 RR3AG38TF
BS 588 624 RR3FS30TF
BS 625 625 RR3FS30JQ
BS 626 650 RR3FS30TF
BS 651 651 RR3FS30JQ
BS 652 666 RR3FS30TF
BS 667 667 RR3FS30JQ
BS 668 676 RR3FS30TF

RD RR3AG38TF 587 0 0
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CAGATCCGCGAGCTGGAACCGTGGGACAGAAGACTACTCATCCGCACCACCTAAAGGATT
GTGGATGGGCTCCATGATCGGTTCCCTCGACGATGACGAACTACCTTCACACAATAATCC
ACCAGAGGAGATGATCAAGAAGGAGAAGTCACGTACCAAGTTCGCAGAAAACGCTATTCA
CATCATTCCTTTTGTTCTTCTTGCATGCGCTCTCGTCCTTTGGCTCTTCTCAAATCCAGA
TGTAGATGTTGGGATGAGAGAGGAATCTATTGCGGCTAGGATTGAAGGATTGACAATCGA
AGGAGACATCGACAACGACAGTGATGGAACTCAGATTGGTTTCTTGGGAGCCACCTTAGA
ACTCGGTGGTGATTTAGACAAACCACACCATGTTGAACGGAACAGACGAGCTTCAAGGAA
ACTGATCAAAGGTTTCTACTAGTTTAAACAAAGATTTGTCTTGATTATTTTTATTTAATC
TAAAAGATTTGCTAAAACTATGAACGTCTTTTTTT*GGTTAATGAGG

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3FS30JQ 649 0 0
GG
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AAGACTACTCATCCGCACCACCTAAAGGATTGTGGATGGGCTCCATGATCGGTTCCCTCG
ACGATGACGAACTACCTTCACACAATAATCCACCAGAGGAGATGATCAAGAAGGAGAAGT
CACGTACCAAGTTCGCAGAAAACGCTATTCACATCATTCCTTTTGTTCTTCTTGCATGCG
CTCTCGTCCTTTGGCTCTTCTCAAATCCAGATGTAGATGTTGGGATGAGAGAGGAATCTA
TTGCGGCTAGGATTGAAGGATTGACAATCGAAGGAGACATCGACAACGACAGTGATGGAA
CTCAGACTGGTTTCTTGGGAGCCACCTTAGAACTCGGTGGTGATTTAGACAAACCACACC
ATGTTGAACGGAACAGACGAGCTTCAAGGAAACTGATCAAAGGTTTCTACTAGTTTAAAC
AAAGATTTGTCTTGATTATTTTTATTTAATCTAAAAGATTTGCTAAAACTATGAACGTCT
TTTTTTTGGTTAATGAGGCAGCTAAATTTAAATCCAAGTATATTTTCTTCAAAAAACTTG
TACATGAATCCGGTTGACAAAACTTCTGAATAAAGAGGTATATGTAC

QA 3 649 3 649
DS 

RD RR3FS30TF 649 0 0
GG
ATTGTAATAAACTAAATAAAAGTAATATGTACAGATCCGCGAGCTGGAACCGTGGGACAG
AAGACTACTCATCCGCACCACCTAAAGGATTGTGGATGGGCTCCATGATCGGTTCCCTCG
ACGATGACGAACTACCTTCACACAATAATCCACCAGAGGAGATGATCAAGAAGGAGAAGT
CACGTACCAAGTTCGCAGAAAACGCTATTCACATCATTCCTTTTGTTCTTCTTGCATGCG
CTCTCGTCCTTTGGCTCTTCTCAAATCCAGATGTAGATGTTGGGATGAGAGAGGAATCTA
TTGCGGCTAGGATTGAAGGATTGACAATCGAAGGAGACATCGACAACGACAGTGATGGAA
CTCAGACTGGTTTCTTGGGAGCCACCTTAGAACTCGGTGGTGATTTAGACAAACCACACC
ATGTTGAACGGAACAGACGAGCTTCAAGGAAACTGATCAAAGGTTTCTACTAGTTTAAAC
AAAGATTTGTCTTGATTATTTTTATTTAATCTAAAAGATTTGCTAAAACTATGAACGTCT
TTTTTTTGGTTAATGAGGCAGCTAAATTTAAATCCAAGTATATTTTCTTCAAAAA*CTTG
TACATGAATCCGGTTGACAAA*CTTCTGAATAAAGAG*TATATGTAC

QA 3 649 3 649
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4203Contig1 981 3 2 U
GATTTGTAGGTGAACTTAAACTAATGCATAGAGTAAAAGCGTACAAATGGTACAGCCGAG
CTAACAAATGGCGTGGGAGTAAAAATAAGATAAACACCCTTACGATTAACTAAAACATTT
CATACATTATTACATCATTGTTGTTCTGGAAGTGTTACTAGGGTTTAAACCTCTGGCTTG
TAGGAGAAGCCATTAACAGTGAAACCTCCATCAATACAAATGGTTTGTCCTGTTATATAA
GAAGCTGCAGGGAGACAAAGAAACGTAACCAGCGAGGCAACCTCACCCGGCTCACACGCA
CGCCCTAATGGGGTTCTTGAGTAGATAGCTTCAGCATATTTCTTGTCGTCAAGACGTGTT
TGGGCAAGAGGAGTTCTAGTCACCCAAGGAGCTACAGAGTTAGCCCTTATGCCATCACTT
GCCCATTCACATGCCAAGTTTCTTGCCAGTTGATTCATGCCTCCTTTTGTTAAGCTGTAT
ATGGATACTTGACCAGCTGAGACAACCCCACATACTGAAGACAAGAACACAATGCTACCA
AATCCAGAGGCCTTAAGTAAAGGATGAGCCAGTTGAGATAAATGATAAGCAGACTCCAAA
TTTGTAGCTATCTGACTTGAGAAATCTTGTGCTGTAAATTCTGTAGCCGGCTTTGACATA
ATGGTACCAACATTGTTGATAAGGATGTTGAGTTTGCCACTGAACAGAGAAGAGACCGTA
TTCATCAACTCATCTCTCTGAGGTCGAGAGGACACATCACAGACTGAGCCAGTGACTTGA
AACCCTTTCACTTTCCATTCATTTAAGCATTCACCAAGCAGAGTCTGGTCTCTAGCACAC
GTGTGAACTCTTGCACCAAAACCAGCAAGTTCCTCCACTATCGCATACCCAATCCCCTTG
GTTCCACCAGTTACTAGAGCGGTCATACCTTGAAGACTCCACCGGCTATCCATTGTAAGG
TATCAGTCAGAAAACGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BK63JQ U 193
AF RR3EO18JQ U 1
AF RR3EO18TF C 348
BS 1 677 RR3EO18JQ
BS 678 981 RR3EO18TF

RD RR3BK63JQ 151 0 0
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AGACAAAGAAACGTAACCAGCGAGGCAACCTCACCCGGCTCACACGCACGCCCTAATGGG
GTTCTTGAGTAGATAGCTTCAGCATATTTCT

QA 1 151 1 151
DS 

RD RR3EO18JQ 677 0 0
GATTTGTAGGTGAACTTAAACTAATGCATAGAGTAAAAGCGTACAAATGGTACAGCCGAG
CTAACAAATGGCGTGGGAGTAAAAATAAGATAAACACCCTTACGATTAACTAAAACATTT
CATACATTATTACATCATTGTTGTTCTGGAAGTGTTACTAGGGTTTAAACCTCTGGCTTG
TAGGAGAAGCCATTAACAGTGAAACCTCCATCAATACAAATGGTTTGTCCTGTTATATAA
GAAGCTGCAGGGAGACAAAGAAACGTAACCAGCGAGGCAACCTCACCCGGCTCACACGCA
CGCCCTAATGGGGTTCTTGAGTAGATAGCTTCAGCATATTTCTTGTCGTCAAGACGTGTT
TGGGCAAGAGGAGTTCTAGTCACCCAAGGAGCTACAGAGTTAGCCCTTATGCCATCACTT
GCCCATTCACATGCCAAGTTTCTTGCCAGTTGATTCATGCCTCCTTTTGTTAAGCTGTAT
ATGGATACTTGACCAGCTGAGACAACCCCACATACTGAAGACAAGAACACAATGCTACCA
AATCCAGAGGCCTTAAGTAAAGGATGAGCCAGTTGAGATAAATGATAAGCAGACTCCAAA
TTTGTAGCTATCTGACTTGAGAAATCTTGTGCTGTAAATTCTGTAGCCGGCTTTGACATA
ATGGTACCAACATTGTT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3EO18TF 634 0 0
GTCAAGACGTGTTTGGGCAAGAGGAGTTCTAGTCACCCAAGGAGCTACAGAGTTAGCCCT
TATGCCATCACTTGCCCATTCACATGCCAAGTTTCTTGCCAGTTGATTCATGCCTC*TTT
TGTTAAGCTGTATATGGATACTTGACCAGCTGAGACAACCCCACATACTGAAGACAAGAA
CACAATGCTACCAAATCCAGAGGCCTTAAGTAAAGGATGAGCCAGTTGAGATAAATGATA
AGCAGACTCCAAATTTGTAGCTATCTGACTTGAGAAATCTTGTGCTGTAAATTCTGTAGC
CGGCTTTGACATAATGGTACCAACATTGTTGATAAGGATGTTGAGTTTGCCACTGAACAG
AGAAGAGACCGTATTCATCAACTCATCTCTCTGAGGTCGAGAGGACACATCACAGACTGA
GCCAGTGACTTGAAACCCTTTCACTTTCCATTCATTTAAGCATTCACCAAGCAGAGTCTG
GTCTCTAGCACACGTGTGAACTCTTGCACCAAAACCAGCAAGTTCCTCCACTATCGCATA
CCCAATCCCCTTGGTTCCACCAGTTACTAGAGCGGTCATACCTTGAAGACTCCACCGGCT
ATCCATTGTAAGGTATCAGTCAGAAAACGTTTCC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL4204Contig1 774 2 13 U
GTAGAAAATTAATAGTATATATATTACAAGATAATTAACATGATAGAGTTGTTTCATAGA
CTCTTACACAACTTTAATAAAAATAATTATATAAAAAATAAGAATTTGAACATCCACATT
ATAAAATATGTGACTATACTTTGCTCAGGCATTCATTCCAGACTGCGAGCATTACTAGGC
TTACATATCGTATATGAACACTGAGAAAAAGGTTTATAAGACCTTATAGAGCATACTGAG
AAATTTAACTGGAAGTGGATCCATATTTTCCTAAAATCATATCGCCAAGGCTGCAAACTG
GGACTCGGGTTCCTGCGTGGTGGGTGGGCGGTAGTTGTTGTATCTGTTTTGCTGCGTTTG
TTTCTGATTCTGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTTGGTGCTTTCGAAACTTCAAATTTCCTAT
CTCTCTTTCAAGGAATTGTTGCTCAACATGTTTAAATTTTTGGATTTCTGCTAAACTATC
CAAACGTTGTTTCAAGGCTCTATTTTCCATACCAAGCATGACCAGCTGTTGATCCAAGTA
GTGAATGGCAAATGACATTTCACATCCTTGAGCTTGTAGCACTTGGATGGTTCTTTCCAA
ATCTGATATGTACTCAAGCCTCCTTAAACGTGCCCGGTGAACATTTTGGTGTTTGATACG
TTTAGAGTCAGTTTTTGATCCAGGACCATCTGGTTTTGTTAAAGAGCCTTCTTTCATTTT
ACTTGCTTGTATTTCAGCCGATTTCGAGGCAGAGGTACCTGCTCTATTTACAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3F178JQ U 1
AF RR3BQ68JQ U 333
BS 1 410 RR3F178JQ
BS 411 411 RR3BQ68JQ
BS 412 482 RR3F178JQ
BS 483 483 RR3BQ68JQ
BS 484 543 RR3F178JQ
BS 544 544 RR3BQ68JQ
BS 545 550 RR3F178JQ
BS 551 551 RR3BQ68JQ
BS 552 640 RR3F178JQ
BS 641 641 RR3BQ68JQ
BS 642 738 RR3F178JQ
BS 739 739 RR3BQ68JQ
BS 740 774 RR3F178JQ

RD RR3F178JQ 774 0 0
GTAGAAAATTAATAGTATATATATTACAAGATAATTAACATGATAGAGTTGTTTCATAGA
CTCTTACACAACTTTAATAAAAATAATTATATAAAAAATAAGAATTTGAACATCCACATT
ATAAAATATGTGACTATACTTTGCTCAGGCATTCATTCCAGACTGCGAGCATTACTAGGC
TTACATATCGTATATGAACACTGAGAAAAAGGTTTATAAGACCTTATAGAGCATACTGAG
AAATTTAACTGGAAGTGGATCCATATTTTCCTAAAATCATATCGCCAAGGCTGCAAACTG
GGACTCGGGTTCCTGCGTGGTGGGTGGGCGGTAGTTGTTGTATCTGTTTTGCTGCGTTTG
TTTCTGATTCTGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTTGGTGCTTTCGAAACTTCAGATTTCCTAT
CTCTCTTTCAAGGAATTGTTGCTCAACATGTTTAAATTTTTGGATTTCTGCTAAACTATC
CAGACGTTGTTTCAAGGCTCTATTTTCCATACCAAGCATGACCAGCTGTTGATCCAAGTA
GTGGATGGCAGATGACATTTCACATCCTTGAGCTTGTAGCACTTGGATGGTTCTTTCCAA
ATCTGATATGTACTCAAGCCTCCTTAAACGTGCCCGGTGAGCATTTTGGTGTTTGATACG
TTTAGAGTCAGTTTTTGATCCAGGACCATCTGGTTTTGTTAAAGAGCCTTCTTTCATTTT
ACTTGCTTGTATTTCAGCTGATTTCGAGGCAGAGGTACCTGCTCTATTTACAGC

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3BQ68JQ 438 0 0
AGTTGTTGTATCTGTTTTGCTGTGTTTGTTTCTGATTCTGTTGTGGTTGTGGTTGTTGTT
GGTGCTTTCGAAACTTCAAATTTCCTATCTCTCTTTCAAGGAATTGTTGCTCAACATGTT
TAAGTTTTTGGATTTCTGCTAAACTATCCAAACGTTGTTTCAAGGCTCTATTTTCCATAC
CAAGCATGATCAGCTGTTGATCCAAGTAGTGAATGGCAAATGACATTTCACATCCTTGAG
CTTGTAGCACTTGGATGGTTCTTTCCAAATCTGATATGTACTCAAGCCTCCTTAAACGTG
CCCGGTGAACATTTTGGTGTTTGATACGTTTAGAGTCAGTTTTTGATCCAGGACCGTCTG
GTTTTGTTAAAGAGCCTTCTTTCATTTTACTTGCTTGTATTTCAGCCGATTTCGAGGCAG
AGGTACCTGCTCTATTTA

QA 1 438 1 438
DS 



AS 1 3

CO CL4205Contig1 803 3 19 U
GAAGACTGATCTGCTTTCCTTTCCTTCTTCTCTCCAAGCGAAACCATGGCGCTACACCTA
TGGCAAACACTGAGAGAAGCGATACATGCTTACACAGGTCTCTCCCCGGTGGTCTTCTTC
ACCGCCCTCGCTCTCGCCTTCGCCATTTACCAAGTCGTCTCAGGCTGGTTTGCTTCGCCT
TTCGATGATGTTCGCCGACATCAGAGGGCTAGATCGTCAGCTGCAGAGGAAGAACCACCG
ATTCCTCAGCCTGTTCAGGTCGGCGAGATCACAGAGGATGAGCTTAAGCAGTACGATGGC
TCCGATCCTCAAAAGCCCCTTCTTATGGCCATCAAACATCAGATCTATGATGTTACTCAA
AGCAGGATGTTCTATGGACCAGGAGGACCGTATGCTTTGTTTGCAGGGAAAGACGCAAGC
CGAGCTCTTGCAAAGATGTCTTTTGAGGAGAAAGATTT*GACTT*GGGATATCTCTGGTC
TTGGTCCCTTT*GAGCTAGAAGCTCTTCAGGACTGGGAGTACAAGTTCAAGAGCAAGTAT
GCTACCGTTGGCACCGTCAAAGTGACCGGTTCAGAAGCCGAAGAAACCCCATCTGCGTCT
GAACCCGCAGAGACTGGTGAGAAAGACGCTCATGTAACCAAGCAAGAATCGGCCGTTGTG
TCTAAGAATGATGAGCCTCCTACTGAGCGTGATGTGAAGAACGAGTAGATTCCTTTTCAG
TGATTTTTTCATAGAGACCAGGGGAAGTCTCAATGTAGAATCTCTGATGTTTTTGAAGTT
TCAGTGATATGATTTTGTTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BS81TF U 1
AF RR3C456TF U 45
AF RR3C456JQ C 34
BS 1 73 RR3BS81TF
BS 74 74 RR3C456TF
BS 75 278 RR3BS81TF
BS 279 279 RR3C456TF
BS 280 305 RR3BS81TF
BS 306 306 RR3C456TF
BS 307 353 RR3BS81TF
BS 354 354 RR3C456TF
BS 355 380 RR3BS81TF
BS 381 381 RR3C456TF
BS 382 620 RR3BS81TF
BS 621 667 RR3C456TF
BS 668 668 RR3C456JQ
BS 669 700 RR3C456TF
BS 701 701 RR3C456JQ
BS 702 728 RR3C456TF
BS 729 729 RR3C456JQ
BS 730 743 RR3C456TF
BS 744 803 RR3C456JQ

RD RR3BS81TF 624 0 0
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TGGCAAACACTGAAAGAAGCGATACATGCTTACACAGGTCTCTCCCCGGTGGTCTTCTTC
ACCGCCCTCGCTCTCGCCTTCGCCATTTACCAAGTCGTCTCAGGCTGGTTTGCTTCGCCT
TTCGATGATGTTCGCCGACATCAGAGGGCTAGATCGTCAGCTGCAGAGGAAGAACCACCG
ATTCCTCAGCCTGTTCAGGTCGGCGAGATCACAGAGGAGGAGCTTAAGCAGTACGATGGC
TCCGACCCTCAAAAGCCCCTTCTTATGGCCATCAAACATCAGATCTATGATGTAACTCAA
AGCAGGATGTTCTATGGACCCGGAGGACCGTATGCTTTGTTTGCAGGGAAAGACGCAAGC
CGAGCTCTTGCAAAGATGTCTTTTGAGGAGAAAGATTT*GACTT*GGGATATCTCTGGTC
TTGGTCCCTTT*GAGCTAGAAGCTCTTCAGGACTGGGAGTACAAGTTCAAGAGCAAGTAT
GCTACCGTTGGCACCGTCAAAGTGACCGGTTCAGAAGCCGAAGAAACCCCATCTGCGTCT
GAACCCGCAGAGACTGGTGA
AAAA

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3C456TF 718 0 0
CATGGCGCTACACCTATGGCAAACACTGAGAGAAGCGATACATGCTTACACAGGTCTCTC
CCCGGTGGTCTTCTTCACCGCCCTCGCTCTCGCCTTCGCCATTTACCAAGTCGTCTCAGG
CTGGTTTGCTTCGCCTTTCGATGATGTTCGCCGACATCAGAGGGCTAGATCGTCAGCTGC
AGAGGAAGAACCACCGATTCCTCAGCCTGTTCAGGTCGGCGAGATCACAGAGGATGAGCT
TAAGCAGTACGATGGCTCCGATCCTCAAAAGCCCCTTCTTATGGCCATCAAACATCAGAT
CTATGATGTTACTCAAAGCAGGATGTTCTATGGACCAGGAGGACCGTATGCTTTGTTTGC
AGGGAAAGACGCAAGCCGAGCTCTTGCAAAGATGTCTTTTGAGGAGAAAGATTTTGACTT
TGGGATATCTCTGGTCTTGGTCCCTTTTGAGCTAGAAGCTCTTCAGGACTGGGAGTACAA
GTTCAAGAGCAAGTATGCTACCGTTGGCACCGTCAAAGTGACCGGTTCAGAAGCCGAAGA
AACCCCATCTGCGTCTGAACCCGCAGAGACTGGTGAGAAAGACGCTCATGTAACCAAGCA
AGAATCGGCCGTTGTGTCTAAGA*TGATGAGCCTCCTACTGAGCGTGATGTGAAGA*CGA
GTAGATTCCTTTTCAGTGATTTTT*CATAGAGACCAGGG
AGTCTCATGTAGATCTCTG

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3C456JQ 770 0 0
GG
AAGCGAAACCATGGCGCTACAC*TATGGCAAACACTGAGAGAAGCGATACATGCTTACAC
AGGTCTCTCCCCGGTGGTCTTCTTCACCGCCCTCGCTCTCGCCTTCGCCATTTACCAAGT
CGTCTCAGGCTGGTTTGCTTCGCCTTTCGATGATGTTCGCCGACATCAGAGGGCTAGATC
GTCAGCTGCAGAGGAAGAACCACCGATTCCTCAGCCTGTTCAGGTCGGCGAGATCACAGA
GGATGAGCTTAAGCAGTACGATGGCTCCGATCCTCAAAAGCCCCTTCTTATGGCCATCAA
ACATCAGATCTATGATGTTACTCAAAGCAGGATGTTCTATGGACCAGGAGGACCGTATGC
TTTGTTTGCAGGGAAAGACGCAAGCCGAGCTCTTGCAAAGATGTCTTTTGAGGAGAAAGA
TTT*GACTT*GGGATATCTCTGGTCTTGGTCCCTTT*GAGCTAGAAGCTCTTCAGGACTG
GGAGTACAAGTTCAAGAGCAAGTATGCTACCGTTGGCACCGTCAAAGTGACCGGTTCAGA
AGCCGAAGAAACCCCATCTGCGTCTGAACCCGCAGAGACTGGTGAGAAAGACGCTCATGT
AACCAAGCAAGAATCGGCCGTTGTGTCTAAGAATGATGAGCCTCCTACTGAGCGTGATGT
GAAGAACGAGTAGATTCCTTTTCAGTGATTTTTTCATAGAGACCAGGGGAAGTCTCAATG
TAGAATCTCTGATGTTTTTGAAGTTTCAGTGATATGATTTTGTTTCAC

QA 3 770 3 770
DS 



AS 1 2

CO CL4206Contig1 825 2 1 U
GAGATAATAGATCCATTTAAAAAAAGAAAACAAAACAAAAAGCAAAAAAACAAGAGGAAA
ATCAAGAGACACCCATTGTTATTACAATCCTTCGTCAATCCTTAATCCACTTCTTCCATC
TTGCTACCTTCAGCATCAGCGTCGTCTTCAAGAGGAGGCATCTCTGCATCAGCATCGGCA
GAATCATCCTCATCAATGCTCAATCCGAGTTTCAACATCCTGTGGATCCTGCTCCCGAAA
GTGTTGGGCTCGTCCAGGCTGAAACCAGAGGTGAGAAGGGCAGTCTCAAAGAGGAGAAGA
ACGAGATCCTTCACAGACTTGTCATTCTTATCAGCTTCCGCTCTTTTCCTCAGCTCCTAC
ATGATGGCATTCTCTGGATTGATCTCCATCGTCTTCTTGCTCGACATGTAACCAGCCATG
CTGCTATCTCTCAAAGCTTGCGTTTTCATGATCCTCTCCATGTTTGCTGTCCACCCGTAT
TCTCCCGTCACAAGACAGCACGGTGAGTCAACCACACGGTCAGATACAATAACCTTCTCC
ACTTTGTCTCCCAAGACGTCCTTGATGACTTTGCACAGCCCTTCAAACTTCTCCTTTAGC
TCTTCCTTTTTCCTCTTCTCGTCCTCAGACTCGTCAAGTTTCAAGCCTTCCTTGGTTGCG
GATACAAGCTTCTTCCCTTCGAACTCCTTGAGCTGGCCAATAGCATACTCGTCGATTGCA
TCAACCATGTACAGAACTTCATACCCCTTCTTCTTCAGACTCTCGAGGAAAGGAGAGTCT
CAACAGCCTCTTGCTCTCACCGGTGATGTAGAGATGTCGTTCTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B239JQ U 14
AF RR3FC15JQ U 1
BS 1 825 RR3FC15JQ

RD RR3B239JQ 115 0 0
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CATTGTTATTACAATCCTTCGTCAATCCTTAATCCACTTCTTCCATCTTGCTACC

QA 1 115 1 115
DS 

RD RR3FC15JQ 825 0 0
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ATCAAGAGACACCCATTGTTATTACAATCCTTCGTCAATCCTTAATCCACTTCTTCCATC
TTGCTACCTTCAGCATCAGCGTCGTCTTCAAGAGGAGGCATCTCTGCATCAGCATCGGCA
GAATCATCCTCATCAATGCTCAATCCGAGTTTCAACATCCTGTGGATCCTGCTCCCGAAA
GTGTTGGGCTCGTCCAGGCTGAAACCAGAGGTGAGAAGGGCAGTCTCAAAGAGGAGAAGA
ACGAGATCCTTCACAGACTTGTCATTCTTATCAGCTTCCGCTCTTTTCCTCAGCTCCTAC
ATGATGGCATTCTCTGGATTGATCTCCATCGTCTTCTTGCTCGACATGTAACCAGCCATG
CTGCTATCTCTCAAAGCTTGCGTTTTCATGATCCTCTCCATGTTTGCTGTCCACCCGTAT
TCTCCCGTCACAAGACAGCACGGTGAGTCAACCACACGGTCAGATACAATAACCTTCTCC
ACTTTGTCTCCCAAGACGTCCTTGATGACTTTGCACAGCCCTTCAAACTTCTCCTTTAGC
TCTTCCTTTTTCCTCTTCTCGTCCTCAGACTCGTCAAGTTTCAAGCCTTCCTTGGTTGCG
GATACAAGCTTCTTCCCTTCGAACTCCTTGAGCTGGCCAATAGCATACTCGTCGATTGCA
TCAACCATGTACAGAACTTCATACCCCTTCTTCTTCAGACTCTCGAGGAAAGGAGAGTCT
CAACAGCCTCTTGCTCTCACCGGTGATGTAGAGATGTCGTTCTGA

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 3

CO CL4207Contig1 1069 3 9 U
ATAATAACCGCAGGAATGTCACCATTATCATAAAACAAAATATCCAAAACAGGATCATAA
TCCGAAAGCACAAGAAAAGCAAAAAAAACAGGAAACTTGAGTGATCAGTAGCTCCCCCAC
CTCCGATCAAGAACCCAATTAGGACAAGAGAGTTCTGACGGAAACGAACGGAAGCTGTAA
CACAAACAAGCTACATAAAACCAAACTAGAGTAAGAAAACTAAAATAGTACTTTGATTCA
TCTGCGGATGACAGAAACTTGATGATTGGACTTTACTTGGCACCCTTCTTGACGGCAGCC
TTGGTCACCTTGGCTCCAGTTGGGTCCTTCTTGTCAACGCTCTTGATGACACCGACTGCA
ACAGTCTGCCTCATGTCCCTCACAGCGAAACGTCCAAGGGGTGGGTACTCAGAGAAGGTC
TCAACAACCATGGGCTTGGTCGGAGTCATCTTCACCATACCAGCATCACCATTCTTCAAA
AACTTGGGCTCCTTCTCGATCTCCTTGCCAGAACGCCTGTCGATCTTGGTGAGGATCTCA
GAGAACTTCACGGCAATGTGGGAGGTGTGGCAATCAAGAACCGGAGCATAACCGTTACCA
ATCTGACCAGGGTGGTTCATGATGATAACCTGAGAGGTGAAGTTGGCAGCACCCTTGGCA
GGGTCATCCTTGGGGTTGGATGCAACATACCCACGCTTGAGATCCTTGACGGCAACATTC
TTAACGTTGAATCCCACATTGCCACCTGGAAGCGCCTCCACAAGAGACGCGTGGTGCATC
TCAACAGACTTAACCTCAGTGGTCAACCCTGAAGGAGCAAAGGTCACAACCATACCGGGC
TTGAGCATACCAGTCTCCACACGACCCACTGACCGTTCCAATACCACCGATCTTGTAGAC
ATCCTGAAGTGGAAGACGGAGGGGCTTGTCTGAGGGCCTCTTTGGCTCGTTGATCTGGTC
AAGAGCCTCAAGGAGGGTTGGTCCCTTGTACCAGTCGAGGTTGGTGGACCTCTCAATCAT
GTTGTCACCCTCAAACCCAGAGATGGGGACGAATGGGATTTTGTCAGGC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ44JQ U 1
AF RR3C233JQ U 6
AF RR3C233TF C 330
BS 1 50 RR3CZ44JQ
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BS 811 1069 RR3C233TF

RD RR3CZ44JQ 539 0 0
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TCCGAAAGCACAAGAAAAGCAAAAAAA*CAGGAAACTTGAGTGATCAGTAGCTCCCCCAC
CTCCGATCAAGAACCCAATTAGGACAAGAGAGTTCTGACGGAAACGAACGGAAGCTGTAA
CACAAACAAGCTACATAAAACCAAACTAGAGTAAGAAAACTAAAATAGTACTTTGATTCA
TCTGCGGATGACAGAAACTTGATGATTGGACTTTACTTGGCACCCTTCTTGACGGCAGCC
TTGGTCACCTTGGCTCCAGTTGGGTCCTTCTTGTCAACGCTCTTGATGACACCGACTGCA
ACAGTCTGCCTCATGTCCCTCACAGCGAAACGTCCAAGGGGTGGGTACTCAGAGAAGGTC
TCAACAACCATGGGCTTGGTCGGAGTCATCTTCACCATACCAGCATCACCATTCTTCAAA
AACTTGGGCTCCTTCTCGATCTCCTTACCAGAACGCCTGTCGATCTTGGTGAGGATCTC

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR3C233JQ 805 0 0
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ATCAAGAACCCAATTAGGACAAGAGAGTTCTGACGGAGACGAACGGAAGCTGTAACACAA
ACAAGCTACATAAAACCAAACTAGAGTAAGAAAACTAAAATAGTACTTTGATTCATCTGC
GGATGATAGAGACTTGATGATTGGACTTTACTTGGCACCCTTCTTGACGGCAGCCTTGGT
CACCTTGGCTCCAGTTGGGTCCTTCTTGTCAACGCTCTTGATGACACCGACTGCAACAGT
CTGCCTCATGTCCCTCACAGCGAAACGTCCAAGGGGTGGGTACTCAGAGAAGGTCTCAAC
AACCATGGGCTTGGTCGGAGTCATCTTCACCATACCAGCATCACCATTCTTCAAAAACTT
GGGCTCCTTCTCGATCTCCTTGCCAGAACGCCTGTCGATCTTGGTGAGGATCTCAGAGAA
CTTCACGGCAATGTGGGAGGTGTGGCAATCAAGAACCGGAGCATAACCGTTACCAATCTG
ACCAGGGTGGTTCATGATGATAACCTGAGAGGTGAAGTTGGCAGCACCCTTGGCAGGGTC
ATCCTTGGGGTTGGATGCAACATACCCACGCTTGAGATCCTTGACGGCAACATTCTTAAC
GTTGAATCCCACATTGCCACCTGGAAGCGCCTCCACAAGAGACGCGTGGTGCATCTCAAC
AGACTTAACCTCAGTGGTCAACCCT

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR3C233TF 740 0 0
TC
TGTCAACGCTCTTGATGACAC*GACTGCAACAGTCTGCCTCATGTCCCTCACAGCGAAAC
GTCCAAGGGGTGGGTACTCAGAGAAGGTCTCAACAACCATGGGCTTGGTCGGAGTCATCT
TCACCATACCAGCATCACCATTCTTCAAAAACTTGGGCTCCTTCTCGATCTCCTTGCCAG
AACGCCTGTCGATCTTGGTGAGGATCTCAGAGAACTTCACGGCAATGTGGGAGGTGTGGC
AATCAAGAACCGGAGCATAACCGTTACCAATCTGACCAGGGTGGTTCATGATGATAACCT
GAGAGGTGAAGTTGGCAGCACCCTTGGCAGGGTCATCCTTGGGGTTGGATGCAACATACC
CACGCTTGAGATCCTTGACGGCAACATTCTTAACGTTGAATCCCACATTGCCACCTGGAA
GCGCCTCCACAAGAGACGCGTGGTGCATCTCAACAGACTTAACCTCAGTGGTCAACCCTG
AAGGAGCAAAGGTCACAACCATACCGGGCTTGAGCATACCAGTCTCCACACGACCCACTG
ACCGTTCCAATACCACCGATCTTGTAGACATCCTGAAGTGGAAGACGGAGGGGCTTGTCT
GAGGGCCTCTTTGGCTCGTTGATCTGGTCAAGAGCCTCAAGGAGGGTTGGTCCCTTGTAC
CAGTCGAGGTTGGTGGACCTCTCAATCATGTTGTCACCCTCAAACCCAGAGATGGGGACG
AATGGGATTTTGTCAGGC

QA 3 740 3 740
DS 



AS 1 2

CO CL4208Contig1 1320 2 4 U
GGGCTTCCTCATAGAAACGTCTTATCTCTGCACTGTTGTCACTCTTCTCTTCTCTACGAG
ACGAGACGAAACCAAACAAAAAAATGGAATGGATACACACAATGCCCAAGATCGAGCTTC
ATGCTCACCTCAACGGCTCCATTAGAGACTCCACTCTCCTAGAACTTGCTAGGGTTCTTC
GTGAAAAAGGGGTTACAGAGTTGACTGATGTTGAAGATGTCATTCAGAAAAATGATCGAT
CTTTGGATGAGGTATTCAAGTTGTTTGATTATGTGATCACCACTGATCACCAAACTGTGA
CAAGAATCACTAGAGAAGTTGTACAAGACTTTGCTTTGGAGAATGTGGTTTATCTCGAGT
TACGAACAACTCCAAAGAGGAATGATTCGATAGGTATGAGTAAACGTTCTTACATGGAAG
CGGTAATCAAGGGTCTTAGATCTATCAGTGAAGTCGATGTTGAGTTTTTTAATTCTCAAC
AACTAAACAAGTCGTGTGGAAGAAAGAAGATTTATGTTAGACTTCTTCTTAGTATTGACC
GTAGAGAAACAACAGAGTCTGCAATGGAAACTGTTAAGCTCGCCTTGGAGATGAGAAATG
TCGGTGTTGTCGGCATAGATCTCTCTGGGAACCCTCTTGTTGGAGAATGGAGCACTTTCT
TGCCTGCGTTACAGTTTGCTAAAGACAATGATCTTTACATCACTCTTCACTGTGGAGAGG
TCCCTAATCCAGAAGAAATACAAGCCATGCTTGATTTCAACCCACATCGAGTTGGCCATG
CCTGTTTCTTCAAAGATCAAGATTGGGAGAAGTTGAAATCTTTCAGGATTCCGGTTGAGA
TATGTCTATCATCCAACATTATAACCAAATCAATATCTTCAATCGATGTACACCACTTTG
CTGATCTCTACAAGGTAAAGCATCCGTTGATTATATGCACAGATGATTTTGGAGTGTTCT
CCACTACCCTCTGCAACGAGTACTCTCTCGCTGTTCGTTCCTTTGGTCTTGGTAAAAGAG
AAACATTTTCATTGGCTAAATCAGGCATAGACGCAACATTTGCAGAAGATGAAGTTAAGC
AACAACTTAGGTTGATTTTTGATTCAGCCTCGCCAGAGTATGTTTAGTGTTCTGCTTCCA
CCGGTTTACCTGGTCTGATTGGTTCGTACCAAATCGGGAAAATGTGTTCTGGTTCGTTGG
AATTGATGACATTCGGTATTTCCATTGTTACTAATATTTATTTTACAATTAGTATATGAA
ACTAAACTACACTTTTTATAAACATAAAGAGTATTGAAATATAATATTTAATTTGAATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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TTTGGAGTGTTCTCCACTACCCTCTGCAACGAGTACTCTCTCGCTGTTCGTTCCTTTGGT
CTTGGTAAAAGAGAAACATTTTCATTGGCTAAATCAGGCATAGACGCAACATTTGCAGAA
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ATTAGTATATGAAACTAAACTACACTTTTTATAAACATAAAGAGTATTGAAATATAATAT
TTAATTTGAATCG

QA 1 733 1 733
DS 



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TCTCCACTGCTTGTTCGGGCTTCTTCCCCAGGAGAGTCTGACAGTGTTCTTGCCTATGAC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA59JQ U 1
AF RR3BM31JQ U 71
AF RR3GA59TF C 727
BS 1 269 RR3GA59JQ
BS 270 801 RR3BM31JQ
BS 802 802 RR3GA59TF
BS 803 882 RR3BM31JQ
BS 883 1019 RR3GA59TF

RD RR3GA59JQ 278 0 0
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CCTCTTTTTTCCACTACAAGTTTAACAATGACAGAGGCTTTTTAACCACCATGATGATCA
AATTGAGTTTCAAGTCTCGGCAGGATAGGTGTTGGAGTCGTGGTGGTTAGCATATCCTCC
ATTGTTGTAACCTTGTCCTCGTTGTGAGTATCCACCATTCCACTGCTGCCCTGAGTCTCC
TCTCCACTGCTTGTTCGGGCTTCTTCCCC
CCGAAAGTC

QA 1 269 1 269
DS 

RD RR3BM31JQ 812 0 0
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CAAGTCTCGGCAGGATAGGTGTTGGAGTCGTGGTGGTTAGCATATCCTCCATTGTTGTAA
CCTTGTCCTCGTTGTGAGTATCCACCATTCCACTGCTGCCCTGAGTCTCCTCTCCACTGC
TTGTTCGGGCTTCTTCCCCAGGAGAGTCTGACAGTGTTCTTGCCTATGACTGTCCCGTTC
AAACTCTGGATGGCATCATCAGCACTCTTCCTGTTAGCTAATTGGACGAATCCACAACCT
TTCCCTACTGGGATCTTCACTGAAACAACCTCTCCAAACTGGGAGAAAGGTTGTCTGAGG
TCTTCTTCTGTAACATCAGGATCAATTCCACCAACAAATATGGTTGAGTTGTTTGATTCG
CCATCAGACTGTGAGCCATGAGCCATGTAACCATTTGCTCCATGTCCACCAGCCAGTATC
AGAGCTTGTGAAGGATGATGATGTTGTTGCTGATTAGCAACGGCTCTTTTAGGGGTCGCA
ACACCTACACGCATCTGCCTGTTGGAACAATAAGCTCCATTCATCTCCGTCAAAGCCCTT
GATCTCTCGTTCTCATCACCAAACCTAACAAAACCATAACCTTTAGACCGGCCGGTGTTG
GAGTCGATCACAACTTTAGCGCTCTTGACAGATGGATATCTCTCGACAAAGAGCTCTTGC
AATAAAGTGTCGGTCACATCTGGAGACAGATCTCCAACGAATATCGATAGCCCTGGACCA
TTCTCAACTGCTCTCTTCTCACCGGTGCTAAA

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3GA59TF 293 0 0
GTTGGAGTCGATCACAACTTTAGCGCTCTTGACAGATGGATATCTCTCGACAAAGAGCTC
TTGCAATAAAGTGTCAGTCACATCTGGAGACAGATCTCCAACGAATATCGATAGCTCTGG
ACCATTCTCAACTGCTCTCTTCTCACCGGTGCTAAAAGATGCCCAGTTTAGACGGAAAAG
CTGCTCGGAGTTTGGCATTACTGAACCGTTAAAGTTCTGAAGAACCTCTTCAGCTGTAGC
TCGCGAAAGAAACTCAACAAAACCATAGCCTTCTGATTGACATGTTAGCCTGT

QA 1 293 1 293
DS 



AS 1 3

CO CL4210Contig1 1103 3 11 U
GAACGGGAGGACGGTGAAGCAGGCGAAGCTACTTGATGTGGAGATACGCCAGCTCTGCTC
TACTTCCAAAGACGTTTTTCTCAGCCAGCCTAATCTCCTCGAGCTTGAGGCTCCTATCAA
GATTTGCGGTGATGTTCATGGTCAGTTTCCAGACCTCTTGCGATTGTTTGAGTATGGTGG
CTATCCTCCAGCTGCGAACTACTTGTTCCTCGGGGACTATGTTGATCGTGGTAAGCAGAG
CATAGAGACCATATGTCTTCTTCTTGCCTACAAGCTCAAATACAAGCTCAACTTCTTTCT
TCTCAGAGGCAATCATGAATGCGCTTCAATCAACCGTGTTTACGGATTCTACGATGAGTG
CAAGAGAAGATATAATGTGCGCCTGTGGAAGAGTTTCACCGACTGTTTCAACTGTCTGCC
TGTTGCTGCTCTCATCGACGACAAGATCCCCTGTATGCACGGTGGACTATCGCCTGATCT
GAAGAGCTTGGATGATATAAGGCGGATTCCTCGTCCTGTTGATGTTCCTGATCAGGGAGT
CCTTTGCGATTTGTTATGGGCTGATCCTGACAAAGAAATCCAAGGCTGGGGGGAGAATGA
CAGAGGTGTGTCTTATACATTTGGTCCTGACAAAGTGGCTGAGTTCCTTCAGACTCATGA
CCTTGATCTTGTTTGCCGAGCTCATCAGGTTGTAGAAGATGGATACGAGTTCTTTGCGAA
GAGACAACTGGTGACAATATTCTCTGCACCTAACTACTGTGGTGAGTTTGACAATGCTGG
CGCAATGATGAGTGTTGATGATAGTTTGACATGTTCATTCCAAATCCTCAAGTCAACTGA
GAAGAAAGGAAATTTTGGATACAACAACAACGTTCATAGGCCAGGAACACCACCTCATAA
GGGAGTAAAAAGTGGTTGAGACATTAATATCAATGGAGTATCAAGAGAAGAGTGAAAGAA
GAGTGAAGCCGATTGGTTCAAGCTTTAGGGTCAATGTAATGTAGGTGATTTGAGGCAACA
CCGATTGTTTACTAGGTTGTTTTGTTTAATTAAAATTTGAAACAAAGATTTTGGTTTTGT
TAGATTGTTTTTGTAATGGTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F887TF U 1
AF RR3A546TF U 230
AF RR3A546JQ C 587
BS 1 449 RR3F887TF
BS 450 450 RR3A546TF
BS 451 452 RR3F887TF
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BS 454 458 RR3F887TF
BS 459 459 RR3A546TF
BS 460 684 RR3F887TF
BS 685 1004 RR3A546TF
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BS 1006 1021 RR3A546TF
BS 1022 1103 RR3A546JQ

RD RR3F887TF 684 0 0
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TACTTCCAAAGACGTTTTTCTCAGCCAGCCTAATCTCCTCGAGCTTGAGGCTCCTATCAA
GATTTGCGGTGATGTTCATGGTCAGTTTCCAGACCTCTTGCGATTGTTTGAGTATGGTGG
CTATCCTCCAGCTGCGAACTACTTGTTCCTCGGGGACTATGTTGATCGTGGTAAGCAGAG
CATAGAGACCATATGTCTTCTTCTTGCCTACAAGCTCAAATACAAGCTCAACTTCTTTCT
TCTCAGAGGCAATCATGAATGCGCTTCAATCAACCGTGTTTACGGATTCTACGATGAGTG
CAAGAGAAGATATAATGTGCGCCTGTGGAAGAGTTTCACCGACTGTTTCAACTGTCTGCC
TGTTGCTGCTCTCATCGACGACAAGATCCTCTTTATGCGCGGTGGACTATCGCCTGATCT
GAAGAGCTTGGATGATATAAGGCGGATTCCTCGTCCTGTTGATGTTCCTGATCAGGGAGT
CCTTTGCGATTTGTTATGGGCTGATCCTGACAAAGAAATCCAAGGCTGGGGGGAGAATGA
CAGAGGTGTGTCTTATACATTTGGTCCTGACAAAGTGGCTGAGTTCCTTCAGACTCATGA
CCTTGATCTTGTTTGCCGAGCTCA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3A546TF 792 0 0
GGTAAGCAGAGCATAGAGACCATATGTCTTCTTCTTGCCTACAAGCTCAAATACAAGCTC
AACTTCTTTCTTCTCAGAGGCAATCATGAATGCGCTTCAATCAACCGTGTTTACGGATTC
TACGATGAGTGCAAGAGAAGATATAATGTGCGCCTGTGGAAGAGTTTCACCGACTGTTTC
AACTGTCTGCCTGTTGCTGCTCTCATCGACGACAAGATCCCCTGTATGCACGGTGGACTA
TCGCCTGATCTGAAGAGCTTGGATGATATAAGGCGGATTCCTCGTCCTGTTGATGTTCCT
GATCAGGGAGTCCTTTGCGATTTGTTATGGGCTGATCCTGACAAAGAAATCCAAGGCTGG
GGGGAGAATGACAGAGGTGTGTCTTATACATTTGGTCCTGACAAAGTGGCTGAGTTCCTT
CAGACTCATGACCTTGATCTTGTTTGCCGAGCTCATCAGGTTGTAGAAGATGGATACGAG
TTCTTTGCGAAGAGACAACTGGTGACAATATTCTCTGCACCTAACTACTGTGGTGAGTTT
GACAATGCTGGCGCAATGATGAGTGTTGATGATAGTTTGACATGTTCATTCCAAATCCTC
AAGTCAACTGAGAAGAAAGGAAATTTTGGATACAACAACAACGTTCATAGGCCAGGAACA
CCACCTCATAAGGGAGTAAAAAGTGGTTGAGACATTAATATCAATGGAGTATCAAGAGAA
GAGTGAAAGAAGAGTGAAGCCGATTGGTTCAAGCTTTAGGGTCAATGTAATGTAG*TGAT
TTGAGGCAACAC

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3A546JQ 517 0 0
TGGGGGGAGAATGACAGAGGTGTGTCTTATACATTTGGTCCTGACAAAGTGGCTGAGTTC
CTTCAGACTCATGACCTTGATCTTGTTTGCCGAGCTCATCAGGTTGTAGAAGATGGATAC
GAGTTCTTTGCGAAGAGACAACTGGTGACAATATTCTCTGCACCTAACTACTGTGGTGAG
TTTGACAATGCTGGCGCAATGATGAGTGTTGATGATAGTTTGACATGTTCATTCCAAATC
CTCAAGTCAACTGAGAAGAAAGGAAATTTTGGATACAACAACAACGTTCATAGGCCAGGA
ACACCACCTCATAAGGGAGTAAAAGGTGGTTGAGACATTAATATCAATGGAGTATCAAGA
GAAGAGTGAAGGAAGAGTGAAGCCGATTGGTTCAAGCTTTAGGGTCAATGTAATGTAGGT
GATTTGAGGCAACACCGATTGTTTACTAGGTTGTTTTGTTTAATTAAAATTTGAAACAAA
GATTTTGGTTTTGTTAGATTGTTTTTGTAATGGTTAC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 3

CO CL4211Contig1 1316 3 7 U
GGGTTTGTTCCCTGAGATATTGCTCCCTCCTGGTTGCTAAGATGGAAGTAGAATCAGAAA
CTCAAGAACTGCATATTCACGTCAATGTCGAACCTGAAATTAGGAAATCCTCAACAGAAC
AGAGAAGTCACAACTACTCATGGAGGTTAAGAGTGTCTCTCTACGTCATTCCCCTCTTAG
CCGGAGAGACAATAGCCACTCTATTAGGTAGACTTTACTACGACAAAGGTGGCAACAGTA
TTTGGCTCGAGACCTTGGTTCAGCTAGTTGGTTTTCCTTTAACCCTTCCTTGCTATTATT
ACCTAAAGCCTGAGTCGTCTTCAAAGAATAATACCTTAACCAATAAAACAACTACCTCCT
TCTTGACACTTTGTTTAGTTTACATAGGACTTGGCTTGCTTGCTGCTGGTCACAGTGTTC
TGTATTCCTTTGGATTACTCTACCTTCCTGTCTCAACTTTCTCTTTGATCTCTGCATCTC
AGTTGGCTTTTAATGCTGTCTTCTCTTACTTCCTTAACTCACAGAAGTTCACACCTTGTA
TACTCAACTCACTTGTTCTCTTGACCACATCTTCTACACTTCTTGTCATCCAACCTGAGT
CTCAATCTTCTACTTTAAACTCATCTTCCAAATACAATTATGTGATTGGATACATCTGTG
CCATCGGTAGCTCAGCTGGATATTCTCTAGTGCTTTCTTTAACAGACTACGCTTTCGAAA
AGATCCTAAAGAAACAAACATTCAAGGCTATTTTGGACATGGTCACATATCAGTCTTTGG
TAGCTACTTGTGCAGTTGTGGTTGGACTTTTTGCAAGTGGTGGATGGAAAATGTTAAGTA
CAGAAATGGAAGAGTTTAGTCTTGGGAAATACTCTTATCTTTTGATAAATATTGGTTCAA
TGATATCTTGGCAAGCTTGTTGGATCGGTAGTGTGGGTTTGATTCTTGAAGTTTCATCGC
TTTTCTCAAACGTGATAAGCACTCTTTGTTTACCTGTTGTTCCTGTTCTTGCTGTTGTGT
TCTTCCGAGATGAGATGAGTGGAATCAAGTTGATTGCAATGTTTTTGGCCATATGGGGAT
TCGTTTCTTATGCTTACCAGCATTATATTGATGATCCAAAACCAGAAGAAGAGCAAGAGA
TTCCTCAAGGTGAAGAAAAGGAAGAAAAAGAAACACAAGAAGAGAAGAGTAACAACATTC
AGTGACTAGACAAAGATCCAAGACCTATGGTTTTATAAATTTTATTTAATAACTAAACCC
GTTGTAACAACAACTCTCCTAGAATAAATGATCTTTATTTGACCAAAATTTAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3F073TF U 1
AF RR3FL79TF U 5
AF RR3FL79JQ C 585
BS 1 355 RR3F073TF
BS 356 356 RR3FL79TF
BS 357 484 RR3F073TF
BS 485 485 RR3FL79TF
BS 486 663 RR3F073TF
BS 664 723 RR3FL79TF
BS 724 1316 RR3FL79JQ

RD RR3F073TF 663 0 0
GGGTTTGTTCCCTGAGATATTGCTCCCTCCTGGTTGCTAAGATGGAAGTAGAATCAGAAA
CTCAAGAACTGCATATTCACGTCAATGTCGAACCTGAAATTAGGAAATCCTCAACAGAAC
AGAGAAGTCACAACTACTCATGGAGGTTAAGAGTGTCTCTCTACGTCATTCCCCTCTTAG
CCGGAGAGACAATAGCCACTCTATTAGGTAGACTTTACTACGACAAAGGTGGCAACAGTA
TTTGGCTCGAGACCTTGGTTCAGCTAGTTGGTTTTCCTTTAACCCTTCCTTGCTATTATT
ACCTAAAGCCTGAGTCGTCTTCAAAGAATAATACCTTAACCAATAAAACAACTACTTCCT
TCTTGACACTTTGTTTAGTTTACATAGGACTTGGCTTGCTTGCTGCTGGTCACAGTGTTC
TGTATTCCTTTGGATTACTCTACCTTCCTGTCTCAACTTTCTCTTTGATCTCTGCATCTC
AGTTTGCTTTTAATGCTGTCTTCTCTTACTTCCTTAACTCACAGAAGTTCACACCTTGTA
TACTCAACTCACTTGTTCTCTTGACCACATCTTCTACACTTCTTGTCATCCAACCTGAGT
CTCAATCTTCTACTTTAAACTCATCTTCCAAATACAATTATGTGATTGGATACATCTGTG
CCA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3FL79TF 719 0 0
GG
GTTCCCTGAGATATTGCTCCCTCCTGGTTGCTAAGATGGAAGTAGAATCAGAAACTCAAG
AACTGCATATTCACGTCAATGTCTAACCTGAAATTAGGAAATCCTCAACAGAACAGAGAA
GTCACAACTACTCATGGAGGTTAAGAGTGTCTCTCTACGTCATTCTCCTCTTAGCCGGAG
AGACAATAGCCACTCTATTAGGTAGACTTTACTACGACAAAGGTGGCAACAGTATTTGGC
TCGAGACCTTGGTTCAGCTAGTTGGTTTTCCTTTAACCCTTCCTTGCTATTATTACCTAA
AGCCTGAGTCGTCTTCAAAGAATAATACCTTAACCAATAAAACAACTACCTCCTTCTTGA
CACTTTGTTTAGTTTACATAGGACTTGGCTTGCTTGCTGCTGGTCACAGTGTTCTGTATT
CCTTTGGATTACTCTACCTTCCTGTCTCAACTTTCTCTTTGATCTCTGCATCTCAGTTGG
CTTTTAATGCTGTCTTCTCTTACTTCCTTAACTCACAGAAGTTCACACCTTGTATACTCA
ACTCACTTGTTCTCTTGACCACATCTTCTACACTTCTTGTCATCCAACCTGAGTCTCAAT
CTTCTACTTTAAACTCATCTTCCAAATACAATTATGTGATTGGATACATCTGTGCCATCG
GTAGCTCAGCTGGATATTCTCTAGTGCTTTCTTTAACAGACTACGCTTTCGAAAAGA

QA 3 719 3 719
DS 

RD RR3FL79JQ 732 0 0
GTCATCCAAC*TGAGTCTCAATCTTCTACTTTAAACTCATCTTCCAAATACAATTATGTG
ATTGGATACATCTGTGCCATCGGTAGCTCAGCTGGATATTCTCTAGTGCTTTCTTTAACA
GACTACGCTTTCGAAAAGATCCTAAAGAAACAAACATTCAAGGCTATTTTGGACATGGTC
ACATATCAGTCTTTGGTAGCTACTTGTGCAGTTGTGGTTGGACTTTTTGCAAGTGGTGGA
TGGAAAATGTTAAGTACAGAAATGGAAGAGTTTAGTCTTGGGAAATACTCTTATCTTTTG
ATAAATATTGGTTCAATGATATCTTGGCAAGCTTGTTGGATCGGTAGTGTGGGTTTGATT
CTTGAAGTTTCATCGCTTTTCTCAAACGTGATAAGCACTCTTTGTTTACCTGTTGTTCCT
GTTCTTGCTGTTGTGTTCTTCCGAGATGAGATGAGTGGAATCAAGTTGATTGCAATGTTT
TTGGCCATATGGGGATTCGTTTCTTATGCTTACCAGCATTATATTGATGATCCAAAACCA
GAAGAAGAGCAAGAGATTCCTCAAGGTGAAGAAAAGGAAGAAAAAGAAACACAAGAAGAG
AAGAGTAACAACATTCAGTGACTAGACAAAGATCCAAGACCTATGGTTTTATAAATTTTA
TTTAATAACTAAACCCGTTGTAACAACAACTCTCCTAGAATAAATGATCTTTATTTGACC
AAAATTTAAAAA

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL4212Contig1 658 2 2 U
GGGGGAGTTCCTTCCATAGGATCATACCAAGCTTTATGCTCCAGGGAGGCGACTTCACTG
ATGGTAATGGTATGGGAGGTGAATCTATTTATGGTGAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCA
AACTCAAGCATACTGGTCCAGGGTATCTATCAATGGCAAACGCCGGTGAAGACACCAACG
GATCACAGTTTTTCATCACAACAGTTACAACAAGCTGGTTGGACGGGAGGCACGTAGTGT
TCGGGAAGGTAGTGACAGGAATGGACGTGGTGTACGAAATCGAAGCTGAGGGTACTCAGA
GTGGAACTCCTAAGAGTAAAGTTGTGATTGTTGACAGTGGTGAGCTTCCTCTGTAACTCT
CAACTTCTCATGTAGTTTTCTCCATCTGATCATCCATTGCTGTGAGCTTAGTGATTTGAA
GACTTTTGTTTTCCAAACGACTATGTTTAGCCACTTAATAAAGATTCAACCATTCTGCTT
TTTATTTCTTCTCTCTGCTTATAACTCAAAATCTAAATTACAATGAGATATGTATGTCCC
TGCCAGATGCACAAATGAACACAGGAGTTGTGTTCTTAGCTATTATCGTCATATCCTTTA
TAGTCAGTGTTTCTACAAAGTAAGAAGTTAATGAAAATATATGTATTGTCTTGTGTCG


BQ
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AF RR3B102JQ C 1
AF RR3B102TF U 1
BS 1 1 RR3B102JQ
BS 2 658 RR3B102TF

RD RR3B102JQ 658 0 0
GGGGGAGTTCCTTCCATAGGATCATACCAAGCTTTATGCTCCAGGGAGGCGACTTCACTG
ATGGTAATGGTATGGGAGGTGAATCTATTTATGGTGAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCA
AACTCAAGCATACTGGTCCAGGGTATCTATCAATGGCAAACGCCGGTGAAGACACCAACG
GATCACAGTTTTTCATCACAACAGTTACAACAAGCTGGTTGGACGGGAGGCACGTAGTGT
TCGGGAAGGTAGTGACAGGAATGGACGTGGTGTACGAAATCGAAGCTGAGGGTACTCAGA
GTGGAACTCCTAAGAGTAAAGTTGTGATTGTTGACAGTGGTGAGCTTCCTCTGTAACTCT
CAACTTCTCATGTAGTTTTCTCCATCTGATCATCCATTGCTGTGAGCTTAGTGATTTGAA
GACTTTTGTTTTCCAAACGACTATGTTTAGCCACTTAATAAAGATTCAACCATTCTGCTT
TTTATTTCTTCTCTCTGCTTATAACTCAAAATCTAAATTACAATGAGATATGTATGTCCC
TGCCAGATGCACAAATGAACACAGGAGTTGTGTTTTTAGCTATTATCGTCATATCCTTTA
TAGTCAGTGTTTCTACAAAGTAAGAAGTTAATGAAAATATATGTATTGTCTTGTGTCG

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3B102TF 658 0 0
G
GGGGAGTTCCTTCCATAGGATCATACCAAGCTTTATGCTCCAGGGAGGCGACTTCACTGA
TGGTAATGGTATGGGAGGTGAATCTATTTATGGTGAGAAGTTTGCTGATGAGAACTTCAA
ACTCAAGCATACTGGTCCAGGGTATCTATCAATGGCAAACGCCGGTGAAGACACCAACGG
ATCACAGTTTTTCATCACAACAGTTACAACAAGCTGGTTGGACGGGAGGCACGTAGTGTT
CGGGAAGGTAGTGACAGGAATGGACGTGGTGTACGAAATCGAAGCTGAGGGTACTCAGAG
TGGAACTCCTAAGAGTAAAGTTGTGATTGTTGACAGTGGTGAGCTTCCTCTGTAACTCTC
AACTTCTCATGTAGTTTTCTCCATCTGATCATCCATTGCTGTGAGCTTAGTGATTTGAAG
ACTTTTGTTTTCCAAACGACTATGTTTAGCCACTTAATAAAGATTCAACCATTCTGCTTT
TTATTTCTTCTCTCTGCTTATAACTCAAAATCTAAATTACAATGAGATATGTATGTCCCT
GCCAGATGCACAAATGAACACAGGAGTTGTGTTCTTAGCTATTATCGTCATATCCTTTAT
AGTCAGTGTTTCTACAAAGTAAGAAGTTAATGAAAATATATGTATTGTCTTGTGTCG

QA 2 658 2 658
DS 



AS 1 3

CO CL4213Contig1 957 3 5 U
GGGATCAAACATATACTCAAGCTCCAACTTCTCTCTAGAAAGTCTCTTAAATTATAAACA
GCGAACGGTGGCCGGTGGCCTTCGCCGCCGGTTACCATCTCTTTCTCTTTTGTTTTTATG
TAAATATTTCCGGTTGCGGATCTCCTTTTCACTAGGTGACTTGAAGTTTCGCAGTGGCGA
TCTTTTTTTGTAGTGTTTTTCAGCCTCGATTGAAGCAAACCTTCATGGCTTCTTTCTTGA
TTCTTCGATAGAGGTTGAGTTATCTAAATCCTCCTCTTTCGCAGCTTTTTATTCAGATCC
CGTTTTGCCAAAGTTGAACTTCTGTTGCTTTCTTGGATTTGCACTAAGCCCTTTTCTAAA
GGAATCAATCTTCACTCACCCAAAAAGTGGTGCCGATGAATCGGCGTAGAAGTGAAGTCT
CCTTGACAAGAAGGAGGAAGTGATGTTGGAACGATTTCGACTGATTCTAATAGCGATTTA
GATGAGTTGGCATCTTCATATATGAAGGTGGTCCGATAAGATCGTTTATTGGAACAGTGA
GTTTTCCCAGAGTTTATTATCCGGTGGTGATGGTGGCTTCTTCAAAGGAAACGGTAGAGC
GAAAGTTAGGAGATATGAGAAGTTCATAAACGGACCCAGCAACAAAACTCCTGCAGATCG
TCGTTTCAAGGCGGAGTTGTGTCTCAGATTCCATACGGTGGCGCGTGGGAGAGCGTGTCT
ATCCCAATAACTTTCACGTTTCATGCAAAAAGAGGTGAGGACACGTGTTAAGGCTCATCC
TTCAAGAGACGCGTGGAATTATACGGGACAAGGAAAAAGACTCGAAGACTTTTAGGTTTC
ATATGGGCTTGATAATTAAGTTATATTTTGTTGAGTCTATCTTACTAAAAGTGGGCCATA
TGTACTTCTCTTTGTGTAATGCCCAGTTGGGCTTCTCTAATGAAAGAGAAAGTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DX91TF U 1
AF RR3CU63TF U 7
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GCGAACGGTGGCCGGTGGCCTTCGCCGCCGGTTACCATCTCTTTCTCTTTTGTTTTTATG
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TCTTTTTTTGTAGTGTTTTTCAGCCTCGATTGAAGCAAACCTTCATGGCTTCTTTCTTGA
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CGTTTTGCCAAAGTTGAACTTCTGTTGCTTTCTTGGATTTGCACTAAGCCCTTTTCTAAA
GGAATCAATCTTCACTCACCCAAAAAGTGGTGCCGATGAATCGGCGTAGAAGTGAAGTCT
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GATGAGTTGGCATCTTCATATATGAAGGTGGTCCGATAAGATCGTTTATTGGAACAGTGA
GTTTTCCCAGAGTTTATTATCCGGTGGTGATGGTGGCTTCTTCAAAGGAAACGGTAGAGC
GAAAGTT

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GGTGGCCGGTGGCCTTCGCCGCCGGTTACCATCTCTTTCTCTTTTGTTTTTATGTAAATA
TTTCCGGTTGCGGATCTCCTTTTCACTAGGTGACTTGAAGTTTCGCAGTGGCGATCTTTT
TTTGTAGTGTTTTTCAGCCTCGATTGAAGCAAACCTTCATGGCTTCTTTCTTGATTCTTC
GATAGAGGTTGAGTTATCTAAATCCTCCTCTTTCGCAGCTTTTTATTCAGATCCCGTTTT
GCCAAAGTTGAACTTCTGTTGCTTTCTTGGATTTGCACTAAGCCCTTTTCTAAAGGAATC
AATCTTCACTCACCCAAAAAGTGGTGCCGATGAATCGGCGTAGAAGTGAAGTCTCCTTGA
CAAGAAGGAGGAAGTGATGTTGGAACGATTTCGACTGATTCTAATAGCGATTTAGATGAG
TTGGCATCTTCATATATGAAGGTGGTCCGATAAGATCGTTTATTGGAACAGTGAGTTTTC
CCTGAGTTTATTATCCGGTGGTGATGGTGGCTTCTTCAAAGGAAACGGTAGAGCGAAAGT
TAG*AGATATGAGAAGTTCATAA

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DS 

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CTTTTTATTCAGATCCCGTTTTGCCAAAGTTGAACTTCTGTTGCTTTCTTGGATTTGCAC
TAAGCCCTTTTCTAAAGGAATCAATCTTCACTCACCCAAAAAGTGGTGCCGATGAATCGG
CGTAGAAGTGAAGTCTCCTTGACAAGAAGGAGGAAGTGATGTTGGAACGATTTCGACTGA
TTCTAATAGCGATTTAGATGAGTTGGCATCTTCATATATGAAGGTGGTCCGATAAGATCG
TTTATTGGAACAGTGAGTTTTCCCAGAGTTTATTATCCGGTGGTGATGGTGGCTTCTTCA
AAGGAAACGGTAGAGCGAAAGTTAGGAGATATGAGAAGTTCATAAACGGACCCAGCAACA
AAACTCCTGCAGATCGTCGTTTCAAGGCGGAGTTGTGTCTCAGATTCCATACGGTGGCGC
GTGGGAGAGCGTGTCTATCCCAATAACTTTCACGTTTCATGCAAAAAGAGGTGAGGACAC
GTGTTAAGGCTCATCCTTCAAGAGACGCGTGGAATTATACGGGACAAGGAAAAAGACTCG
AAGACTTTTAGGTTTCATATGGGCTTGATAATTAAGTTATATTTTGTTGAGTCTATCTTA
CTAAAAGTGGGCCATATGTACTTCTCTTTGTGTAATGCCCAGTTGGGCTTCTCTAATGAA
AGAGAAAGTTGCC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

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GATTTACAAGCACCCTAAAGAAGAACGTATAGCAAGAACCTGGGGGACAACAGCACCAGG
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ACAAGTCCTGGAACCGATCAAGTACAACGACGGTCTTGACCGGTTCCGTCTGTCTCCGTC
TCAGCTTCGTGAGGAGTTCACGAAGCGTGACGCAGACGCCGTTTTTGCGTTCCAGCTTAG
GAACCCGGTACACAACGGTCACGCCCTTCTCATGACCGATACTCGAAGGAGACTTCTTGA
GATGGGTTACAAAAACCCTGTCTTGTTGCTTAATCCACTTGGTGGATTCACTAAAGCCGA
TGATGTACCTCTCAGCTGGCGCATGAGGCAACACGAGAAGGTGCTTGAGGATGGTGTTCT
TGATCCAGAGACTACAGTGGTCTCCATCTTCCCATCTCCGATGCACTATGCTGGCCCCAC
CGAGGTACAGTGGCATGCCAAAGCTAGGATCAACGCGGGAGCCAATTTCTACATTGTTGG
CCGTGATCCGGCAGGTATGGGCCATCCAACAGAGAAGAGGGATCTATATGATGCTGATCA
CGGGAAGCAAGTACTCAGCATGGCTCCAGGACTCGAACGCCTCAACATTCTTCCCTTTAA
GGTTGCTGCGTATGATACAACTCAGGGGAAAATGGCTTTCTTTGATCCTTCCAGGTCTCA
AGACTTCCTCTTCATATCAGGAACCAAGATGCGTGGCTTGGCGAAGAAGAAAGAGAACCC
ACCAGACGGTTTCATGTGTCCCTCTGGTTGGAAAGTGCTGGTTGATTATTACGACAGTCT
CAACGCAGAGTCTGGTAATGGAAGGGTTTCAGAAGCTGCCATTTCTGCTTGAATGCAGAG
ATTCCGTGTCCCACAAGTTCACATTTCATGTTCAATAGTACCACTTCGCTCAGAAGCTTC
TGTTTGTGTATCAAAAAGCTTCCCAAATAAAACCACTGTAAGATTGTATAAATGAACTGT
GTGTTTTGCTCTTTGCGACAATAGATTTGTACCATATTTGTGTATTGTGGCTTTTAAAAA
AAACACTTATGATTGCGTTTG


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EW72TF U 1
AF RR3E528JQ C 431
BS 1 534 RR3EW72TF
BS 535 535 RR3E528JQ
BS 536 614 RR3EW72TF
BS 615 615 RR3E528JQ
BS 616 700 RR3EW72TF
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RD RR3EW72TF 710 0 0
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TCTTCCTTACGCAGAAGAAGCAATCACCAGATCAGGAAACTGGCTGATCGGGGGCGATTT
ACAAGTCCTGGAACCGATCAAGTACAACGACGGTCTTGACCGGTTCCGTCTGTCTCCGTC
TCAGCTTCGTGAGGAGTTCACGAAGCGTGACGCAGACGCCGTTTTTGCGTTCCAGCTTAG
GAACCCGGTACACAACGGTCACGCCCTTCTCATGACCGATACTCGAAGGAGACTTCTTGA
GATGGGTTACAAAAACCCTGTCTTGTTGCTTAATCCACTTGGTGGATTCACTAAAGCCGA
TGATGTACCTCTCAGCTGGCGCATGAGGCAACACGAGAAGGTGCTTGAGGATGGTGTTCT
TGATCCAGAGACTACAGTGGTCTCCATCTTCCCATCTCCGATGCACTATGCTGGTCCCAC
CGAGGTACAGTGGCATGCCAAAGCTAGGATCAACGCGGGAGCCAATTTCTACATTGTTGG
CCGTGATCCGGCAG*TATGGGCCATCCAACAGAGAAGAGGGATCTATATGATGCTGATCA
CGGGAAGCAAGTACTCAGCATGGCTCCAGGACTCGAACGC
TCACATTCTT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3E528JQ 731 0 0
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ACTACAGTGGTCTCCATCTTTCCATCTCCGATGCACTATGCTGGCCCCACCGAGGTACAG
TGGCATGCCAAAGCTAGGATCAACGCGGGAGCCAATTTCTACATTGTTGGCCGTGATCCG
GCAGGTATGGGCCATCCAACAGAGAAGAGGGATCTATATGATGCTGATCACGGGAAGCAA
GTACTCAGCATGGCTCCAGGACTCGAACGCCTCAACATTCTTCCCTTTAAGGTTGCTGCG
TATGATACAACTCAGGGGAAAATGGCTTTCTTTGATCCTTCCAGGTCTCAAGACTTCCTC
TTCATATCAGGAACCAAGATGCGTGGCTTGGCGAAGAAGAAAGAGAACCCACCAGACGGT
TTCATGTGTCCCTCTGGTTGGAAAGTGCTGGTTGATTATTACGACAGTCTCAACGCAGAG
TCTGGTAATGGAAGGGTTTCAGAAGCTGCCATTTCTGCTTGAATGCAGAGATTCCGTGTC
CCACAAGTTCACATTTCATGTTCAATAGTACCACTTCGCTCAGAAGCTTCTGTTTGTGTA
TCAAAAAGCTTCCCAAATAAAACCACTGTAAGATTGTATAAATGAACTGTGTGTTTTGCT
CTTTGCGACAATAGATTTGTACCATATTTGTGTATTGTGGCTTTTAAAAAAAACACTTAT
GATTGCGTTTG

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 3

CO CL4215Contig1 554 3 13 U
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ACAGCTGAATGTTGTCTTAGAATAAGGAGGACTCCTATGTGGTGCGTTTGCTCTATTATA
ACCCCGCAGCTTGCGGCTCTCGTCAATGCCAATGATGTAAGCTACGCTGTTGGGGTCATT
CGTCAATGCGGTCGACCAGTAGCCCGCGGTACCAAATGTGGAAGTCTTACGGCTCCATGA
GCCGTTCTTGACGATGAATAAGGAATCGATGTGTCTGAAACTATAGTCTATGGGTACTAT
TTATGTAACATTTGAGCGTGGTCGTATGCCATTTATGATCTCGTTGAATGCTTGTAAATT
ATATTCATGGCCAATAAACAAGTTAAAACCTTATATCTATCCAATTCCGTGGTGAATAAC
TGATTAGAATCAGC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CY91TF U 107
AF RR3EY22JQ C 1
AF RR3EY22TF U 1
BS 1 106 RR3EY22TF
BS 107 164 RR3CY91TF
BS 165 165 RR3EY22TF
BS 166 256 RR3CY91TF
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BS 258 313 RR3CY91TF
BS 314 314 RR3EY22TF
BS 315 406 RR3CY91TF
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BS 410 410 RR3EY22TF
BS 411 491 RR3CY91TF
BS 492 554 RR3EY22TF

RD RR3CY91TF 385 0 0
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TGAGGCAGTCTCCAACAGCTGAATGTTGTCTTAGAATAAGGAGGACTCCTATGTGGTGCG
TTTGCTCTATTATAACCCCGCAGCTTGCGGTTCTCGTCAATGCCAATGATGTAAGCTACG
CTGTTGGGGTCATTCGTCAATGCGGTCTACCAGTAGCCCGCGGTACCAAATGTGGAAGTC
TTACGGCTCCATGAGCCGTTCTTGACGATGAATAAGGAATCGATGTGTCTGAAACTATAG
CCTTTGGGTACTATTTATGTAACATTTGAGCGTGGTCGTATGCCATTTATGATCTCGTTG
AATGCTTGTAAATTATATTCATGGC

QA 1 385 1 385
DS 

RD RR3EY22JQ 554 0 0
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ACAGCTGAATGTTGTCTTAGAATAAGGAGGACTCCTATGTGGTGCGTTTGCTCTATTATA
ACCCCGCAGCTTGCGGCTCTCGTCAATGCCAATGATGTAAGCTACGCTGTTGGGGTCATT
CGTCAATGCGGTCGACCAGTAGCCCGCGGTACCAAATGTGGAAGTCTTACGGCTCCATGA
GCCGTTCTTGACGATGAATAAGGAATCGATGTGTCTGAAACTATAGTCTATGGGTACTAT
TTATGTAACATTTGAGCGTGGTCGTATGCCATTTATGATCTCGTTGAATGCTTGTAAATT
ATATTCATGGCCAATAAACAAGTTAAAACCTTATATCTATCCAATTCCGTGGTGAATAAC
TGATTAGAATCAGC

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3EY22TF 554 0 0
GGAAACTTCAAAAGGTCACTTAGGAAAATGGAGAAAAAGAGAGCTATTTTGATGTCACTG
ATCCTAATCGTATTGATTTCAAATTTTACCCTCAATATGGTGGCTGCAGAGAGCTACTGC
CATGCACAACGTCGAGTGTTAGTGAACGCGTGCAAGAGGCTGATTTTGAGGCAGTCTCCA
ACAGCTGAATGTTGTCTTAGAATAAGGAGGACTCCTATGTGGTGCGTTTGCTCTATTATA
ACCCCGCAGCTTGCGGCTCTCGTCAATGCCAATGATGTAAGCTACGCTGTTGGGGTCATT
CGTCAATGCGGTCGACCAGTAGCCCGCGGTACCAAATGTGGAAGTCTTACGGCTCCATGA
GCCGTTCTTGACGATGAATAAGGAATCGATGTGTCTGAAACTATAGTCTATGGGTACTAT
TTATGTAACATTTGAGCGTGGTCGTATGCCATTTATGATCTCGTTGAATGCTTGTAAATT
ATATTCATGGCCAATAAACAAGTTAAAACCTTATATCTATCCAATTCCGTGGTGAATAAC
TGATTAGAATCAGC

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 2

CO CL4216Contig1 871 2 8 U
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AGATATTGAACAAGGACAGAATCTCAGGTCTAAGCGCCGCGAGATTGATCTAATAGTGAT
GAGTATGAGAATTAATATGGAAGAGACGGCGACTTTGTGGTCTCTGCTCAAGTCCGATCT
CCGGCCTATCGAAGACGTTGTGGCGGAATTCAACTCCAAGTTCCCACGCGATCGTCACTT
CATTGCCTGCTACTCTCTTTCCCTGCTCTTACAGGATCTGAAGTTGCTACGGAGTACTGA
TCGTATAATTGCGTTTGCTATCATGTCCCAGTGTTATCCTTCCGAGAAACCGTCTGTAAA
CCCGTTCGTATCTGATATGATGAATGCTGCTTGTAATGAGCAGGTGGAAAAGCATGAAAG
AGCATTTATTCTCCACCTTTTACAATGGAATAGCTACAACAACGCCAAAGAGATTCTCAA
ACTGTCAGCTGTTGATTACATCAAATCGTTTGATCCTTCAACTCATGATTTTCCGGAGCT
TGGAGAGCTGCAACGAGAGTATGGCGACAAATCTGGTTCTGGACTACCTAGTCACATAGC
TGCAGACTATGCCGTCAAAAAGCTATTGCATGATCCTGATGTTCCTCGTGGGTGCGATCC
TAACTCTCCAGAGTTTGACGTGCAACCTGGTGGGAATCCCAAAATTGGATGTGGTGATAG
AGATGAGGCTGTAACTGGAATATTGGGAAGTTTGACAACGGGGGGATTAGCTCCTAGGTG
GATCCGTCCATGTCCTCCTAGGTACCCAGTTCATCAGAGCGAGTTGCTTTGGATTGATCC
TGATAACAAGCATGAGCTTATTTGGGACGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FE02TF U 1
AF RR3BJ92TF U 173
BS 1 361 RR3FE02TF
BS 362 362 RR3BJ92TF
BS 363 416 RR3FE02TF
BS 417 417 RR3BJ92TF
BS 418 728 RR3FE02TF
BS 729 729 RR3BJ92TF
BS 730 739 RR3FE02TF
BS 740 871 RR3BJ92TF

RD RR3FE02TF 746 0 0
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AGATATTGAACAAGGACAGAATCTCAGGTCTAAGCGCCGCGAGATTGATCTAATAGTGAT
GAGTATGAGAATTAATATGGAAGAGACGGCGACTTTGTGGTCTCTGCTCAAGTCCGATCT
CCGGCCTATCGAAGACGTTGTGGCGGAATTCAACTCCAAGTTCCCACGCGATCGTCACTT
CATTGCCTGCTACTCTCTTTCCCTGCTCTTACAGGATCTGAAGTTGCTACGGAGTACTGA
TCGTATAATTGCGTTTGCTATCATGTCCCAGTGTTATCCTTCCGAGAAACCGTCTGTAAA
CTCGTTCGTATCTGATATGATGAATGCTGCTTGTAATGAGCAGGTGGAAAAGCATGGAAG
AGCATTTATTCTCCACCTTTTACAATGGAATAGCTACAACAACGCCAAAGAGATTCTCAA
ACTGTCAGCTGTTGATTACATCAAATCGTTTGATCCTTCAACTCATGATTTTCCGGAGCT
TGGAGAGCTGCAACGAGAGTATGGCGACAAATCTGGTTCTGGACTACCTAGTCACATAGC
TGCAGACTATGCCGTCAAAAAGCTATTGCATGATCCTGATGTTCCTCGTGGGTGCGATCC
TAACTCTCCAGAGTTTGACGTGCAACCTGGTGGGAATCCCAAAATTGGATGTGGTGATAG
AGATGAGG*TGTAACTGGA
TATTGGG

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3BJ92TF 699 0 0
GGAGTATAAGCTCAAGAG
GAAGACGTTGTGGCGGAATTCAACTCCAAGTTCCCACGCGATCGTCACTTCATTGCCTGC
TACTCTCTTTCCCTGCTCTTACAGGATCTGAAGTTGCTACGGAGTACTGATCGTATAATT
GCGTTTGCTATCATGTCCCAGTGTTATCCTTCCGAGAAACCGTCTGTAAACCCGTTCGTA
TCTGATATGATGAATGCTGCTTGTAATGAGCAGGTGGAAAAGCATGAAAGAGCATTTATT
CTCCACCTTTTACAATGGAATAGCTACAACAACGCCAAAGAGATTCTCAAACTGTCAGCT
GTTGATTACATCAAATCGTTTGATCCTTCAACTCATGATTTTCCGGAGCTTGGAGAGCTG
CAACGAGAGTATGGCGACAAATCTGGTTCTGGACTACCTAGTCACATAGCTGCAGACTAT
GCCGTCAAAAAGCTATTGCATGATCCTGATGTTCCTCGTGGGTGCGATCCTAACTCTCCA
GAGTTTGACGTGCAACCTGGTGGGAATCCCAAAATTGGATGTGGTGATAGAGATGAGGCT
GTAACTGGAATATTGGGAAGTTTGACAACGGGGGGATTAGCTCCTAGGTGGATCCGTCCA
TGTCCTCCTAGGTACCCAGTTCATCAGAGCGAGTTGCTTTGGATTGATCCTGATAACAAG
CATGAGCTTATTTGGGACGAT

QA 19 699 19 699
DS 



AS 1 2

CO CL4217Contig1 977 2 4 U
GGGAAAAGAGTTTCAGTTGTTAAAATTTAAATTACTTTTTTTTTCCCGTACAAAATCGAA
AAAAATGTCATCGTTTCTCAGTTTTCCGGCCATTTCACCTCCTCCATCTGCTTTTCCCGG
CGCTTCATTTCGTCCTCGCTTTTCATCTCCACGATTGTTCAAGTCTTGTGTTAAGTGCAG
TTATGCTGAAGCTACAATTGACATTGTGGCAGATGTCAGATCTGAAAGGGTTGTAGTTCT
TGGAGGCAATGGTTTCGTTGGCTCAGCTATCTGCAAGGAAGCAATCTCCAACGGAATCGA
GGTTGTAAGTGTCAGCAGGCCTGGTCGTCCTAGCTTGCAAGATTCATGGTTGGATCAGGT
TACATGGGTTACTGGTGATGTTTTCTATTTGAACTGGGATGAAGTACTTCTCGGTGCCAC
TGCTGTAGTTTCGACCATTGGTGGTTTTGGTAATGAAGAACAGATGAAAAGAATCAACGG
TGAAGCTAACGTTATCGCTGTCAATGCTGCTAAGGATTTCGGGGTTCCTAAGTTTGTCCT
GATCACTGTTCACGACTACAATCTTCCACCATTTGTTCTATCCAGCGGTTACTTCACCGG
AAAGCGTAGCGCTGAGCCACTAGACAAGATCTATGATGCTGCAGAGAGGTTCATTAGGCC
GTTGAGGTCTCTCCCTGCGTCTGATCTCATCTTGGCTCCACCGGTTAAAGTCGATGATCT
AGCACTTGCTGTGATTAACGCCGTTAAAGATGACGACATCTTTGGCATTTTCACTACTGA
GCAGATCAAAGAAGCAGCTGCAAAGATGAGAGCCTTTAGCTACTAAAACAGCTTCTTCCT
GTTCCTCTCCCTTTACATACTTTGTGACCGTAATACCGTATATATTTTTGCTTGTTTCGC
GACGAGCGAGCAATCGTATTATTTCGGGACCGGAGATTTATGTGTTAACTAGGCCTTGCC
CGCGTAAATGATATCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF22TF U 1
AF RR3FA96JQ C 161
BS 1 585 RR3GF22TF
BS 586 586 RR3FA96JQ
BS 587 606 RR3GF22TF
BS 607 977 RR3FA96JQ

RD RR3GF22TF 606 0 0
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TGGAGGCAATGGTTTCGTTGGCTCAGCTATCTGCAAGGAAGCAATCTCCAACGGAATCGA
GGTTGTAAGTGTCAGCAGGCCTGGTCGTCCTAGCTTGCAAGATTCATGGTTGGATCAGGT
TACATGGGTTACTGGTGATGTTTTCTATTTGAACTGGGATGAAGTACTTCTCGGTGCCAC
TGCTGTAGTTTCGACCATTGGTGGTTTTGGTAATGAAGAACAGATGAAAAGAATCAACGG
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GATCACTGTTCACGACTACAATCTTCCACCATTTGTTCTATCCAGTGGTTACTTCACCGG
AAAGCG

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3FA96JQ 817 0 0
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TAAGTGCAGTTATGCTGAAGCTACAATTGACATTGTGGCAGATGTCAGATCTGAAAGGGT
TGTAGTTCTTGGAGGCAATGGTTTCGTTGGCTCAGCTATCTGCAAGGAAGCAATCTCCAA
CGGAATCGAGGTTGTAAGTGTCAGCAGGTCTGGTCGTCCTAGCTTGCAAGATTCGTGGTT
GGATCAGGTTACATGGGTTACTGGTGATGTTTTCTATTTGAACTGGGATGAAGTACTTCT
CGGTGCCACTGCTGTAGTTTCGACCATTGGTGGTTTTGGTAATGAAGAACAGATGAAAAG
AATCAACGGTGAAGCTAACGTTATCGCTGTCAATGCTGCTAAGGATTTCGGGGTTCCTAA
GTTTGTCCTGATCACTGTTCACGACTACAATCTTCCACCATTTGTTCTATCCAGCGGTTA
CTTCACCGGAAAGCGTAGCGCTGAGCCACTAGACAAGATCTATGATGCTGCAGAGAGGTT
CATTAGGCCGTTGAGGTCTCTCCCTGCGTCTGATCTCATCTTGGCTCCACCGGTTAAAGT
CGATGATCTAGCACTTGCTGTGATTAACGCCGTTAAAGATGACGACATCTTTGGCATTTT
CACTACTGAGCAGATCAAAGAAGCAGCTGCAAAGATGAGAGCCTTTAGCTACTAAAACAG
CTTCTTCCTGTTCCTCTCCCTTTACATACTTTGTGACCGTAATACCGTATATATTTTTGC
TTGTTTCGCGACGAGCGAGCAATCGTATTATTTCGGGACCGGAGATTTATGTGTTAACTA
GGCCTTGCCCGCGTAAATGATATCAT

QA 12 817 12 817
DS 



AS 1 2

CO CL4218Contig1 811 2 2 U
GCTTAACTTCAACATGACTGGTTTCATGGGAGCGATGATCTCGAACTTGGCTTTCGTATT
CCGTAACATCTTCTCAAAGAAGGGGATGAAGGGAAAGTCTGTGAGCGGGATGAACTACTA
CGCATGTCTCTCGATGCTATCGCTCTTGATCCTCACGCCCTTTGCATTTGCGGTTGAAGG
ACCTCAGATGTGGGCTGATGGCTGGCAAAAGGCTCTCTCCGACATCGGACCTCAGTTTGT
CGGATGGGTGGCTGCGCAAAGTGTGTTCTATCATCTCTACAACCAAGTGTCTTACATGTC
TTTAGACCAAATCTCTCCCTTGACGTTTAGTGTGGGGAACACCATGAAGCGTATCTCAGT
CATCGTCTCCTCCATCATTATCTTCCGCACTCCTGTCCAGCCCGTTAATGCTCTTGGAGC
TGCCATTGCTATCCTTGGAACCTTCTTGTATTCCCAGGCAAAGCTTTGATAGGGCAAGAC
ATGGAGTGTTACAGTCCGATGTTGAGCTCGTGATTTACGGTTTAAACCGGGAGTAAAGGG
CTTGATGTAGATATGTGTCCTCAATAATGAAAGAAGAACGATGAGAATGGAGACGACAAT
ATTTAGTGTGTTAGGCAGTGTTTTTTAAATTGAGTGTTTTGGATTCGAGTGTTTGAATTT
GGGGAAATGAGATGATTGCCTCTCTGTAACTAAAGTGGGAGATATAAATTGTCCCCTTGA
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ATCCTCAATTTTATACAAATGCATGAAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F305TF U 1
AF RR3F305JQ C 71
BS 1 711 RR3F305TF
BS 712 811 RR3F305JQ

RD RR3F305TF 711 0 0
GCTTAACTTCAACATGACTGGTTTCATGGGAGCGATGATCTCGAACTTGGCTTTCGTATT
CCGTAACATCTTCTCAAAGAAGGGGATGAAGGGAAAGTCTGTGAGCGGGATGAACTACTA
CGCATGTCTCTCGATGCTATCGCTCTTGATCCTCACGCCCTTTGCATTTGCGGTTGAAGG
ACCTCAGATGTGGGCTGATGGCTGGCAAAAGGCTCTCTCCGACATCGGACCTCAGTTTGT
CGGATGGGTGGCTGCGCAAAGTGTGTTCTATCATCTCTACAACCAAGTGTCTTACATGTC
TTTAGACCAAATCTCTCCCTTGACGTTTAGTGTGGGGAACACCATGAAGCGTATCTCAGT
CATCGTCTCCTCCATCATTATCTTCCGCACTCCTGTCCAGCCCGTTAATGCTCTTGGAGC
TGCCATTGCTATCCTTGGAACCTTCTTGTATTCCCAGGCAAAGCTTTGATAGGGCAAGAC
ATGGAGTGTTACAGTCCGATGTTGAGCTCGTGATTTACGGTTTAAACCGGGAGTAAAGGG
CTTGATGTAGATATGTGTCCTCAATAATGAAAGAAGAACGATGAGAATGGAGACGACAAT
ATTTAGTGTGTTAGGCAGTGTTTTTTAAATTGAGTGTTTTGGATTCGAGTGTTTGAATTT
GGGGAAATGAGATGATTGCCTCTCTGTAACTAAAGTGGGAGATATAAATTG

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3F305JQ 741 0 0
TTCTCAAAGAAGGGGATGAAGGGAAAGTCTGTGAGCGGGATGAACTACTACGCATGTCTC
TCGATGCTATCGCTCTTGATCCTCACGCCCTTTGCATTTGCGGTTGAAGGACCTCAGATG
TGGGCTGATGGCTGGCAAAAGGCTCTCTCCGACATCGGACCTCAGTTTGTCGGATGGGTG
GCTGCGCAAAGTGTGTTCTATCATCTCTACAACCAAGTGTCTTACATGTCTTTAGACCAA
ATCTCTCCCTTGACGTTTAGTGTGGGGAACACCATGAAGCGTATCTCAGTCATCGTCTCC
TCCATCATTATCTTCCGCACTCCTGTCCAGCCCGTTAATGCTCTTGGAGCTGCCATTGCT
ATCCTTGGAACCTTCTTGTATTCCCAGGCAAAGCTTTGATAGGGCAAGACATGGAGTGTT
ACAGTCCGATGTTGAGCTCGTGATTTACGGTTTAAACCGGGAGTAAAGGGCTTGATGTAG
ATATGTGTCCTCAATAATGAAAGAAGAACGATGAGAATGGAGACGACAATATTTAGTGTG
TTAGGCAGTGTTTTTTAAATTGAGTGTTTTGGATTCGAGTGTTTGAATTTGGGGAAATGA
GATGATTGCCTCTCTGTAACTAAAGTGGGAGATATAAATTGTCCCCTTGAGAATAAGACG
CCCCCTTATACAATGAGATATTATATAAAAACTGAGAATAACTTAAAATTATCCTCAATT
TTATACAAATGCATGAAATCC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL4219Contig1 1006 2 20 U
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GCAAAGTTTTGAGAATCTTCTTGCGATCATGATGAATTCCATCTTCGGAAAGCGAAAAAC
TCCCGCAGAACTACTGCGGGAAAACAAGAGGATGCTCGATAAGTCGATCAGGGACATTGA
GAGGGAGAGACAAGGTCTTCAGACACAAGAGAAGAAACTTATTACCGAGATTAAAAAGAC
CGCAAAACAGGGCCAAATGGGAGCTGTGAAAGTGATGGCAAAGGACCTTATCAGAACACG
ACACCAGATTGAGAAGTTTTACAAGCTTAAATCCCAGCTCCAAGGTGTTTCTCTCAGGAT
CCAGACTCTCAAATCAACACAAGCAATGGGAGAGGCAATGAAAGGCGTGACTAAAGCAAT
GGGGCAAATGAACAGGCAGACGAATCTGCCATCTCTGCAGAAAATCATGCAAGAGTTTGA
GAGGCAAAACGAAAAAATGGAGATGACCTCCGAGGTGATGGGAGATGCTATTGATGATGC
CTTGGAAGGAGATGAGGAAGAGGAAGAGACTGAAGACCTTGTTAGCCAAGTCCTTGACGA
GATCGGTATCGATATCAACCAAGAGCTGGTGAATGCTCCATCTGGTGCGGTGGCAGCACC
AGCAGCAAAGAACAAGGTGGTGCAAGCTGAGGCGGCCGGAGCTGAGGACGGTGGGGGAAT
TGATAGTGGTCTTCAGGCAAGGTTGGACAACCTTCGAAAAATGTGAGGCCTTCCCGGATT
CTGTATAATATTGTTGACTTGTCAGTTGTTACCCGATTATTACTTTTAAAACTCCAAAGG
AATATGTGGCAAACTAGAGACATGTTTACTGTTTGAGGTGGGTTTGTAATAATTTCATAA
TTTGAGCCCTGAATTTATAAATCTCATTGTTGTCCATTCTTTACTTTTGTGCTTTACTTT
TGCTCTGTATAGTGTGCAGTGAAAACTTCATAAATTAAGGCTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FE03TF U 1
AF RR3CJ91JQ C 230
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BS 494 576 RR3FE03TF
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BS 578 665 RR3FE03TF
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BS 667 676 RR3FE03TF
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BS 693 694 RR3FE03TF
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RD RR3FE03TF 694 0 0
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GCAAAGTTTTGAGAATCTTCTTGCGATCATGATGAATTCCATCTTCGGAAAGCGAAAAAC
TCCCGCAGAACTACTGCGGGAAAACAAGAGGATGCTCGATAAGTCGATCAGGGACATTGA
GAGGGAGAGACAAGGTCTTCAGACACAAGAGAAGAAACTTATTACCGAGATTAAAAAGAC
CGCAAAGCAGGGCCAGATGGGAGCTGTGAAAGTGATGGCAAAGGACCTTATCAGAACACG
ACACCAGATTGAGAAGTTTTACAAGCTTAAATCCCAGCTCCAAGGTGTTTCTCTCAGGAT
CCAGACTCTCAAATCAACACAAGCAATGGGAGAGGCAATGAAAGGTGTGACTAAAGCAAT
GGGGCAAATGAACAGGCAGACGAATCTTCCATCTCTGCAGAAAATCATGCAAGAGTTTGA
GAGGCAAAACGAGAAAATGGAGATGACCTCCGAGGTGATGGGAGATGCTATTGATGATGC
CTTGGAAGGAGATGAGGAAGAGGAAGAGACTGAAGATCTTGTTAGCCAAGTCCTTGACGA
GATCGGTATCGATATCAACCAAGAGCTGGTGAATGCTCCATCTGGTGCGGTGGCAGCACC
AGCAG*AAAGAACAAG*TGGTGCAAGCTGAG*CG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3CJ91JQ 777 0 0
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ATCAGAACACGGCACCAGATTGAGAAGTTTTACAAGCTTAAATCCCAGCTCCAAGGTGTT
TCTCTCAGGATCCAGACTCTCAAATCAACACAAGCAATGGGAGAGGCAATGAAAGGCGTG
ACTAAAGCAATGGGGCAAATGAACAGGCAGATGAATCTGCCTTCTCTGCAGAAAATCATG
CAAGAGTTTGAGAGGCAAAACGAAAAAATGGAGATGACCTCCGAGGTGATGGGAGATGCT
ATTGATGATGCCTTGGAAGGAGATGAGGAAGAGGAAGAGACTGAAGACCTTGTTAGCCAA
GTCCTTGACGAGATCGGTATCGATATCAACCAAGAGCTGGTGAATGCTCCATCTGGTGCG
GTGGCAGCACCAGCATCAAAGAACAAGGTTGTGCAAGCTGAGGCGGCCGGAGCTGAGGAC
GGTGGGGGAATTGATAGTGGTCTTCAGGCAAGGTTGGACAACCTTCGAAAAATGTGAGGC
CTTCCCGGATTCTGTATAATATTGTTGACTTGTCAGTTGTTACCCGATTATTACTTTTAA
AACTCCAAAGGAATATGTGGCAAACTAGAGACATGTTTACTGTTTGAGGTGGGTTTGTAA
TAATTTCATAATTTGAGCCCTGAATTTATAAATCTCATTGTTGTCCATTCTTTACTTTTG
TGCTTTACTTTTGCTCTGTATAGTGTGCAGTGAAAACTTCATAAATTAAGGCTTGAC

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 3

CO CL4220Contig1 985 3 11 U
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AGAACAACTCAACACGAGAGATGGGTTTCTCCGGGAGATGAAGAGGCTTAGTTACATAGC
AGGTCCCATGATTGCAGTGAACTCTTCCATGTACTTTCTTCAAGTCATATCCATCATGAT
GGTTGGTCATCTAGGTGAGATTTACCTCTCAAGCACTGCCATCGCCGTTTCTTTCTGCAG
CGTCACCGGCTTTAGCCTCGTCTTTGGATTGGCTAGTGCGTTGGAGACTTTATGTGGTCA
AGCTAATGGAGGTAAACAATACGAGAAGCTTGGAGAACATACTTACACAGGGATCTTCTC
TCTGTTCATTGTCTCTATCCCTTTGTCTGTTCTCTGGAGTTACATGGGTGAGATACTTTC
TTTCATCGGACAAGATCCTCTTGTTTCTCAAGAAGCAGGGAAGTTCGCCACTAGGCTCAT
ACCAGCTCTCTTTGCTTACGCAACACTCCAGCCTCTTGTTAGGTTTTTCCAAGCGCAGAG
TCTGGTTTTGCCTTTGATTATGAGCTCAATATCAGCTCTGTGTTGCCATGTTGTTCTATG
CTGGAGCTTGGTTTTCAAGTTTGGGCTTGGAAGCTTAGGTGCAGCTATTGCCATCAGTGT
TTCTTACTGGCTTAACGCGACTGTGCTTGGATTGTATATGACGTTTTCTTCTAGCTGTAG
CAAGACCCGTGGGAGGATCTCCATGAGTGTGTTTAAAGGAATGAGAGAGTTTTTCCGGTT
TGGTATCCCATCTGCTTCTATGATCTGCCTTGAGTGGTGGTCATTCGAGTTTCTTGTCAT
GCTCTCTGGGATCCTACCAAATCCAAAGCTAGAAACCTCTGTTCTCTCAGTGTGTCTATC
AACAATCTCCTCCTTGTACAAATACCAGAGAGTCTAGCGCAGCAGCAGTACAGAGTTGCA
ACGAGTTAGGAGCTGGAACCCGAGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO06TF U 1
AF RR3HB23TF U 1
AF RR3ES42TF U 203
BS 1 336 RR3FO06TF
BS 337 337 RR3HB23TF
BS 338 351 RR3FO06TF
BS 352 352 RR3HB23TF
BS 353 365 RR3FO06TF
BS 366 570 RR3HB23TF
BS 571 571 RR3ES42TF
BS 572 597 RR3HB23TF
BS 598 598 RR3ES42TF
BS 599 629 RR3HB23TF
BS 630 985 RR3ES42TF

RD RR3FO06TF 379 0 0
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AGGTCCCATGATTGCAGTGAACTCTTCCATGTACTTTCTTCAAGTCATATCCATCATGAT
GGTTGGTCATCTAGGTGAGATTTACCTCTCAAGCACTGCCATCGCCGTTTCTTTCTGCAG
CGTCACCGGCTTTAGCCTCGTCTTTGGATTGGCTAGTGCGTTGGAGACTTTATGTGGTCA
AGCTAATGGAGGTAAACAATACGAGAAGCTTGGAGA*CATACTTACACAGG*ATCTTCTC
TCTGT
CATGTCTCTATCCT

QA 1 365 1 365
DS 

RD RR3HB23TF 629 0 0
GTGAGAGAAGTCAGGAAAGATGGACACGGCGGAAAAGGCTTTACTCGCCGGAGGAGAAGA
AGAACAACTCAACACGAGAGATGGGTTTCTCCGGGAGATGAAGAGGCTTAGTTACATAGC
AGGTCCCATGATTGCAGTGAACTCTTCCATGTACTTTCTTCAAGTCATATCCATCATGAT
GGTTGGTCATCTAGGTGAGATTTACCTCTCAAGCACTGCCATCGCCGTTTCTTTCTGCAG
CGTCACCGGCTTTAGCCTCGTCTTTGGATTGGCTAGTGCGTTGGAGACTTTATGTGGTCA
AGCTAATGGAGGTAAACAATACGAGAAGCTTGGAGAACATACTTACACAGGGATCTTCTC
TCTGTTCATTGTCTCTATCCCTTTGTCTGTTCTCTGGAGTTACATGGGTGAGATACTTTC
TTTCATCGGACAAGATCCTCTTGTTTCTCAAGAAGCAGGGAAGTTCGCCACTAGGCTCAT
ACCAGCTCTCTTTGCTTACGCAACACTCCAGCCTCTTGTTAGGTTTTTCCAAGCGCAGAG
TCTGGTTTTGCCTTTGATTATGAGCTCAATGTCAGCTCTGTGTTGCCATGTTGTTCTCTG
CTGGAGCTTGGTTTTCAAGTTTGGGCTTG

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3ES42TF 783 0 0
G
ACCTCTCAAGCACTGCCATCGCCGTTTCTTTCTGCAGCGTCACCGGCTTTAGCCTCGTCT
TTGGATTGGCTAGTGCGTTGGAGACTTTATGTGGTCAAGCTAATGGAGGTAAACAATACG
AGAAGCTTGGAGAACATACTTACACAGGGATCTTCTCTCTGTTCATTGTCTCTATCCCTT
TGTCTGTTCTCTGGAGTTACATGGGTGAGATACTTTCTTTCATCGGACAAGA*CCTCTTG
TTTCTCAAGAAGCAGGGAAGTTCGCCACTAGGCTCATACCAGCTCTCTTTGCTTACGCAA
CACTCCAGCCTCTTGTTAGGTTTTTCCAAGCGCAGAGTCTGGTTTTGCCTTTGATTATGA
GCTCAATATCAGCTCTGTGTTGCCATGTTGTTCTATGCTGGAGCTTGGTTTTCAAGTTTG
GGCTTGGAAGCTTAGGTGCAGCTATTGCCATCAGTGTTTCTTACTGGCTTAACGCGACTG
TGCTTGGATTGTATATGACGTTTTCTTCTAGCTGTAGCAAGACCCGTGGGAGGATCTCCA
TGAGTGTGTTTAAAGGAATGAGAGAGTTTTTCCGGTTTGGTATCCCATCTGCTTCTATGA
TCTGCCTTGAGTGGTGGTCATTCGAGTTTCTTGTCATGCTCTCTGGGATCCTACCAAATC
CAAAGCTAGAAACCTCTGTTCTCTCAGTGTGTCTATCAACAATCTCCTCCTTGTACAAAT
ACCAGAGAGTCTAGCGCAGCAGCAGTACAGAGTTGCAACGAGTTAGGAGCTGGAACCCGA
GA

QA 2 783 2 783
DS 



AS 1 3

CO CL4221Contig1 765 3 3 U
GGACCAAGAAAACAAACGGCTCTGTTCTCTCTCTTGCCAAGAAAATTTTGAACCCACCTC
GGGAACATCTTCTCAACTTTACAAAAGACAATGATCTCTTCAGTTAAACCAACTCCATCA
TCCTTCTCCGCCACATCCACCGGCGTCAGACGGTCATTTCCGACGAAGCTCCAGTTTTCT
CCTTTAAACATCATCAGAAGCTGCCATAACCAAATCTTCATAAACTCCAACGTCTCCTAT
CAAAAGCCTCTCCACATTTCATCTACCCAGAACTTTTCTAGCTTCAAGCGCGAGGTCAGA
GTCGAAGCCTACGAGGCAGATCGGTCTCGTCCGCTCGACATCAACATCGAGCTTCCCGAC
GAACAATCAGCGCAGAAGCTGAAAATAGGAATCTACTTCGCGACTTGGTGGGCACTCAAC
GTTGTCTTCAACATCTACAACAAGAAAGTCCTCAACGCTTTTCCTTACCCGTGGCTAACT
TCGACCTTGTCTCTCGCTTGTGGCTCCCTCATGATGCTCGTTTCTTGGGCCACTAGAATC
GCCGAAGCTCCTAAAACTGATGTCGATTTCTGGAAAACTCTGTTCCCGGTCGCTGTGGCG
CACACAATAGGACATGTGGCAGCAACAGTGAGTATGTCGAAAGTAGCAGTGTCCTTCACA
CACATCATCAAAAGTGGTGAACCAGCTTTCAGTGTCTTGGTCTCAAGATTCTTCTTGGGA
GAGACTTTCCCTCTTCCAGTTTATCTCTCTCTCTTACCCATCATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CS53TF U 368
AF RR3A982TF U 1
AF RR3H435TF U 1
BS 1 146 RR3A982TF
BS 147 147 RR3H435TF
BS 148 765 RR3A982TF

RD RR3CS53TF 114 0 0
CAGCGCATAAGCTGAAAATAGGAATCTACTTCACGACTTGGTGGGCACTCAACGTTGTCT
TCAACATCTACAACAAGAAAGTCCTCAACGCTTTTCCTTACCCGTGGCTAACTT

QA 1 114 1 114
DS 

RD RR3A982TF 765 0 0
GGACCAAGAAAACAAACGGCTCTGTTCTCTCTCTTGCCAAGAAAATTTTGAACCCACCTC
GGGAACATCTTCTCAACTTTACAAAAGACAATGATCTCTTCAGTTAAACCAACTCCATCA
TCCTTCTCCGCCACATCCACCGGCGTTAGACGGTCATTTCCGACGAAGCTCCAGTTTTCT
CCTTTAAACATCATCAGAAGCTGCCATAACCAAATCTTCATAAACTCCAACGTCTCCTAT
CAAAAGCCTCTCCACATTTCATCTACCCAGAACTTTTCTAGCTTCAAGCGCGAGGTCAGA
GTCGAAGCCTACGAGGCAGATCGGTCTCGTCCGCTCGACATCAACATCGAGCTTCCCGAC
GAACAATCAGCGCAGAAGCTGAAAATAGGAATCTACTTCGCGACTTGGTGGGCACTCAAC
GTTGTCTTCAACATCTACAACAAGAAAGTCCTCAACGCTTTTCCTTACCCGTGGCTAACT
TCGACCTTGTCTCTCGCTTGTGGCTCCCTCATGATGCTCGTTTCTTGGGCCACTAGAATC
GCCGAAGCTCCTAAAACTGATGTCGATTTCTGGAAAACTCTGTTCCCGGTCGCTGTGGCG
CACACAATAGGACATGTGGCAGCAACAGTGAGTATGTCGAAAGTAGCAGTGTCCTTCACA
CACATCATCAAAAGTGGTGAACCAGCTTTCAGTGTCTTGGTCTCAAGATTCTTCTTGGGA
GAGACTTTCCCTCTTCCAGTTTATCTCTCTCTCTTACCCATCATC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3H435TF 750 0 0
GGACCAAGAAAACAAACGGCTCTGTTCTCTCTCTTGCCAAGAAAATTTTGAACCCACCTC
GGGAACATCTTCTCAACTTTACAAAAGACAATGATCTCTTCAGTTAAACCAACTCCATCA
TCCTTCTCCGCCACATCCACCGGCGTCAGACGGTCATTTCCGACGAAGCTCCAGTTTTCT
CCTTTAAACATCATCAGAAGCTGCCATAACCAAATCTTCATAAACTCCAACGTCTCCTAT
CAAAAGCCTCTCCACATTTCATCTACCCAGAACTTTTCTAGCTTCAAGCGCGAGGTCAGA
GTCGAAGCCTACGAGGCAGATCGGTCTCGTCCGCTCGACATCAACATCGAGCTTCCCGAC
GAACAATCAGCGCAGAAGCTGAAAATAGGAATCTACTTCGCGACTTGGTGGGCACTCAAC
GTTGTCTTCAACATCTACAACAAGAAAGTCCTCAACGCTTTTCCTTACCCGTGGCTAACT
TCGACCTTGTCTCTCGCTTGTGGCTCCCTCATGATGCTCGTTTCTTGGGCCACTAGAATC
GCCGAAGCTCCTAAAACTGATGTCGATTTCTGGAAAACTCTGTTCCCGGTCGCTGTGGCG
CACACAATAGGACATGTGGCAGCAACAGTGAGTATGTCGAAAGTAGCAGTGTCCTTCACA
CACATCATCAAAAGTGGTGAACCAGCTTTCAGTGTCTTGGTCTCAAGATTCTTCTTGGGA
GAGACTTTCCCTCTTC*AGTTTATCTCTCT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL4224Contig1 681 2 2 U
GGACAAAAAAATGACTCTCCGATCTGTCAAAACGCCGTTTGTAACTCCCGCCGCCGTCGT
CTCCTCCTCAATTATCAACAGACCACAGTCTTTCAGATTCGCGAGGGCATCACTCGCCGT
CTACAACAACCACCACCAACCGATCTCCATCACTCGATCGAATCTTATACCCAAACTCAA
ACCATCATCTCCCGCCGCGAAATTCAGGTGCTCGGCGTCGTCGTCGGCGCTCACGCCTCA
ACTCAGAGATACGCTGGAGAAGCTGGTGAATTCGGAGAAAGTCGTGTTATTCATGAAAGG
CACGAGGGATTTCCCCATGTGCGGATTCTCGAACACGGTGGTGCAGATCCTCAAGAATCT
CAACGTCCCCTTCGAAGACGTGAACATTCTCGAGAACGAGATACTGAGGCAAGGGCTGAA
AGAGTACTCTAATTGGCCCACGTTTCCTCAGCTTTACATCGACGGCGAGTTCTTCGGTGG
CTGTGACATCACTCTCGAGGCGTTTCAGAGTGGGGAGTTGCAGGAAGTTGTTGAAAGAGC
TATTTGTTCTTGATACTTTGATATGCTTGTCTTTGGGTTTTTGTAACAATGCTATTTGAT
CGTGTTGTGTGATGGATTTAGTTATAGAACAGTACTACTATGTGCTTGAATCTATACGTT
ATAAAAGTCTTCTTGATGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3AH48TF U 1
AF RR3AH48JQ C 227
BS 1 679 RR3AH48TF
BS 680 681 RR3AH48JQ

RD RR3AH48TF 679 0 0
GGACAAAAAAATGACTCTCCGATCTGTCAAAACGCCGTTTGTAACTCCCGCCGCCGTCGT
CTCCTCCTCAATTATCAACAGACCACAGTCTTTCAGATTCGCGAGGGCATCACTCGCCGT
CTACAACAACCACCACCAACCGATCTCCATCACTCGATCGAATCTTATACCCAAACTCAA
ACCATCATCTCCCGCCGCGAAATTCAGGTGCTCGGCGTCGTCGTCGGCGCTCACGCCTCA
ACTCAGAGATACGCTGGAGAAGCTGGTGAATTCGGAGAAAGTCGTGTTATTCATGAAAGG
CACGAGGGATTTCCCCATGTGCGGATTCTCGAACACGGTGGTGCAGATCCTCAAGAATCT
CAACGTCCCCTTCGAAGACGTGAACATTCTCGAGAACGAGATACTGAGGCAAGGGCTGAA
AGAGTACTCTAATTGGCCCACGTTTCCTCAGCTTTACATCGACGGCGAGTTCTTCGGTGG
CTGTGACATCACTCTCGAGGCGTTTCAGAGTGGGGAGTTGCAGGAAGTTGTTGAAAGAGC
TATTTGTTCTTGATACTTTGATATGCTTGTCTTTGGGTTTTTGTAACAATGCTATTTGAT
CGTGTTGTGTGATGGATTTAGTTATAGAACAGTACTACTATGTGCTTGAATCTATACGTT
ATAAAAGTCTTCTTGATGT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3AH48JQ 455 0 0
GCGCTCACGCCTCAACTCAGAGATACGCTGGAGAAGCTGGTGAATTCGGAGAAAGTCGTG
TTATTCATGAAAGGCACGAGGGATTTCCCCATGTGCGGATTCTCGAACACGGTGGTGCAG
ATCCTCAAGAATCTCAACGTCCCCTTCGAAGACGTGAACATTCTCGAGAACGAGATACTG
AGGCAAGGGCTGAAAGAGTACTCTAATTGGCCCACGTTTCCTCAGCTTTACATCGACGGC
GAGTTCTTCGGTGGCTGTGACATCACTCTCGAGGCGTTTCAGAGTGGGGAGTTGCAGGAA
GTTGTTGAAAGAGCTATTTGTTCTTGATACTTTGATATGCTTGTCTTTGGGTTTTTGTAA
CAATGCTATTTGATCGTGTTGTGTGATGGATTTAGTTATAGAACAGTACTACTATGTGCT
TGAATCTATACGTTATAAAAGTCTTCTTGATGTCT

QA 1 455 1 455
DS 



AS 1 3

CO CL4225Contig1 956 3 4 U
GGGAATGTAGCTTACCCAAATACAAGAAGATAAACCAATGTCTTCCATGTGAATCCTTCC
TTCCTCGATTCTCAGCTTCTGGCTTCTTTGTGTTCAAAAAGATCTTCTGAAAACGATGTC
GCTTTTGTCGAAGCTACGGTGTATCACAGTAGATGTAACTGGCACACTCATAGCTTACAA
AGGGGAGCTTGGTGATTACTACTGTATGGCTGCTAAAGCCGTTGGCTTGCCTTGTCCTGA
TTACACACGAGTCCACGAAGGTTTCAAAATTGCTTACACAGACATGGCTCAGAAGTATCC
TTGTTTCGGTTTCTCCAAAATGTTAAACATTGTCTGGTGGAAAACCTGCGTGAGAGATTC
ATTTGTCAAGGCAGGGTATGACTATGATGAAGAGACGTTTGAGAAAGTGTTTAGAAGAAT
CTATTCGACGTTTGGTTCTGCTGCACCTTACTCTGTCTTTCAAGACTCTCGTCCCTTCTT
GAGATGGGCTCGCGAGAAAGGGCTCATCGTTGGACTCGTTAGCAACGCCGAGTATCGTTA
TCAAGAAGTTATTCTACCTGCCTTAGGTTTGAACAAGGGAGAGTGGGACTTTGGTGTGTT
CTCTGGTATGGAAGGGATAGAGAAACCAGATCCGAGGATATACAAGCTGGCGTTAGAGAG
AGCGGGGAACAACATTGCGCCTGAAGAGGTTCTGCATATTGGAGATAGCATGCGTAAAGA
TTATGTTCCGGCAAAGAGTATTGGGATGCATGCTTTGTTGCTTGATAGGTTTAAGACAGA
GGCTGCTAACGACTGGAGAGAAGCTGGAGCTGTTGTGCTTCCTGATTTAGTTGCTGTTCA
ACAGCTTTTGGAGTCTGACAAGTTGAAATGTTAATGAAGAGACCTCTCTCTAATGTATTG
TAGTATTGCACATTTTGGCTCTTTCTTCTTATGAGTAAAAAGAGTCTCAAAGGCCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A388TF U 2
AF RR3BF64TF U 1
AF RR3BF64JQ C 126
BS 1 57 RR3BF64TF
BS 58 58 RR3A388TF
BS 59 764 RR3BF64TF
BS 765 956 RR3BF64JQ

RD RR3A388TF 686 0 0
GGAATGTAGCTTACCCAAATACAAGAAGATAAACCAATGTCTTCCATGTGAATCCTTCCT
TCCTCGATTCTCAGCTTCTGGCTTCTTTGTGTTCAAAAAGATCTTCTGAAAACGATGTCG
CTTTTGTCGAAGCTACGGTGTATCACAGTCGATGTAACTGGCACGCTCATAGCTTACAAA
GGGGAGCTTGGTGATTACTATTGTATGGCTGCTAAAGCCGTTGGCTTGCCTTGTCCTGAT
TACACACGAGTCCACGAAGGTTTCAAAATTGCTTACACAGACATGGCTCAGAAGTATCCT
TGTTTCGGTTTCTCCAAAATGTTAAACATTGTCTGGTGGAAAACCTGCGTGAGAGATTCA
TTTGTCAAGGCAGGGTATGACTATGATGAGGAGACGTTTGAGAAAGTGTTTAGAAGAATC
TATTCGACGTTTGGTTCTGCTGCACCTTACCCTGTCTTTCAAGACTCTCGTCCCTACTTG
AGATGGGCTCGCGAGAAAGGGCTCATCGTTGGACTCGTTAGCAACGCCGAGTATCGTTAT
CAAGAAGTTATTCTACCTGCCTTAGGTTTGAACAAGGGAGAGTGGGACTTTGGTGTGTTC
TCTGGTATGAAAGGGATAGAGAAACCAGATCCGAGGATATACAAGCTGGCGTTAGAGAGA
GCGGGGAACAACATTGCGCCTGAAGA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3BF64TF 764 0 0
GGGAATGTAGCTTACCCAAATACAAGAAGATAAACCAATGTCTTCCATGTGAATCCT*CC
TTCCTCGATTCTCAGCTTCTGGCTTCTTTGTGTTCAAAAAGATCTTCTGAAAACGATGTC
GCTTTTGTCGAAGCTACGGTGTATCACAGTAGATGTAACTGGCACACTCATAGCTTACAA
AGGGGAGCTTGGTGATTACTACTGTATGGCTGCTAAAGCCGTTGGCTTGCCTTGTCCTGA
TTACACACGAGTCCACGAAGGTTTCAAAATTGCTTACACAGACATGGCTCAGAAGTATCC
TTGTTTCGGTTTCTCCAAAATGTTAAACATTGTCTGGTGGAAAACCTGCGTGAGAGATTC
ATTTGTCAAGGCAGGGTATGACTATGATGAAGAGACGTTTGAGAAAGTGTTTAGAAGAAT
CTATTCGACGTTTGGTTCTGCTGCACCTTACTCTGTCTTTCAAGACTCTCGTCCCTTCTT
GAGATGGGCTCGCGAGAAAGGGCTCATCGTTGGACTCGTTAGCAACGCCGAGTATCGTTA
TCAAGAAGTTATTCTACCTGCCTTAGGTTTGAACAAGGGAGAGTGGGACTTTGGTGTGTT
CTCTGGTATGGAAGGGATAGAGAAACCAGATCCGAGGATATACAAGCTGGCGTTAGAGAG
AGCGGGGAACAACATTGCGCCTGAAGAGGTTCTGCATATTGGAGATAGCATGCGTAAAGA
TTATGTTCCGGCAAAGAGTATTGGGATGCATGCTTTGTTGCTTG

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3BF64JQ 831 0 0
TGTCGAAGCTACGGTGTATCACAGTAGATGTAACTGGCACACTCATAGCTTACAAAGGGG
AGCTTGGTGATTACTACTGTATGGCTGCTAAAGCCGTTGGCTTGCCTTGTCCTGATTACA
CACGAGTCCACGAAGGTTTCAAAATTGCTTACACAGACATGGCTCAGAAGTATCCTTGTT
TCGGTTTCTCCAAAATGTTAAACATTGTCTGGTGGAAAACCTGCGTGAGAGATTCATTTG
TCAAGGCAGGGTATGACTATGATGAAGAGACGTTTGAGAAAGTGTTTAGAAGAATCTATT
CGACGTTTGGTTCTGCTGCACCTTACTCTGTCTTTCAAGACTCTCGTCCCTTCTTGAGAT
GGGCTCGCGAGAAAGGGCTCATCGTTGGACTCGTTAGCAACGCCGAGTATCGTTATCAAG
AAGTTATTCTACCTGCCTTAGGTTTGAACAAGGGAGAGTGGGACTTTGGTGTGTTCTCTG
GTATGGAAGGGATAGAGAAACCAGATCCGAGGATATACAAGCTGGCGTTAGAGAGAGCGG
GGAACAACATTGCGCCTGAAGAGGTTCTGCATATTGGAGATAGCATGCGTAAAGATTATG
TTCCGGCAAAGAGTATTGGGATGCATGCTTTGTTGCTTGATAGGTTTAAGACAGAGGCTG
CTAACGACTGGAGAGAAGCTGGAGCTGTTGTGCTTCCTGATTTAGTTGCTGTTCAACAGC
TTTTGGAGTCTGACAAGTTGAAATGTTAATGAAGAGACCTCTCTCTAATGTATTGTAGTA
TTGCACATTTTGGCTCTTTCTTCTTATGAGTAAAAAGAGTCTCAAAGGCCC

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 3

CO CL4226Contig1 1117 3 2 U
GGGAGAAATTTCTCAAAACATTCTCTCCCAAAGGAGATTAGATTCTACGCACGCGCCACC
GGAGAGGAAGATTAGCGTGGACTGGGGAAAAAAAAGAGAGAATCGATTCGTTTTCCCAAT
CGGATTGGCTTAGGAGATGGTGACAGGCGCGGTCTCCGCCATGGCGGCGAAACAAGCCGA
GCGGTTAAAGGAAGACGGCAACAATTGCTTCAAGAAGGAACGTTTCGGCGCCGCCATTGA
TGCTTATACAGAGGCGATAACTTTGTCACCCAAGGTTCCTGTTTACTGGACTAATCGAGC
TCTCTGCCACATGAAGCGAAAGGATTGGACTAGGGTTGAAGAGGACTGTCGTAAAGCTAT
TCAGCTTGACCATGATTCTGTTAAGAGGGAAGATTATGCTGATGGAGTCAAAGCGTTGCA
AAGGGCTTTAGATTTTGGAAGAGGCGCAAATCCAACAGGGTACATGGTAGAAGAAATATG
GGAAGAGCTGTCGAAAGCAAAATACATGGAGTGGGAACTGCTTTCTGCTAGGCGCTCGTG
GGAATTGAACAGTTTGAAGGAAACCTGCGTGGCGGCTCTTAATCAACAACGTGCTTTAGA
TATGTCTCGAACAGAAGAGTCCTCGGAAGAAGACTATTCTTCCCATACTGAGCAGCTGAG
ATCTCTTGACCGAGTGTTTGAGAAAGCTGCAGAAGAGGACAAACCAACCGAGGTGCCAGA
TTACTTGTGTTGTAACATTACTCTTGAGATATTCCGGGATCCTGTGATTTCTCCAAGTGG
GGTTACATATGAAAGAGCAGCTATCCTTGAACATATTAACAAGGTGGGAAGGTTTGATCC
TATAACGCGTGAGAAACTCGATCCATCCAAACTCGTTCCAAATTTGGCTATCAAAGAGGC
AGTGGCTGCTTATCTAGAGAAGCACGTTTGGGCTTACAAGATGGGTAGTTGACTCAAAAT
GGGGCTTGAACATACACACAATGAAGCGGAAGAGATATATCTAGTTTGAACAAAACAGAC
CGCCCGTTTTTACCTTTTCAGTTTCTGTGTGTTTTTTGCTTGCCCAATGGGTTTAAGTGT
AAGATACTCTTACCTTGTATATATATTTATATATTGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CQ60TF U 1
AF RR3CQ60JQ C 407
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GGAGAGGAAGATTAGCGTGGACTGGGGAAAAAAAAGAGAGAATCGATTCGTTTTCCCAAT
CGGATTGGCTTAGGAGATGGTGACAGGCGCGGTCTCCGCCATGGCGGCGAAACAAGCCGA
GCGGTTAAAGGAAGACGGCAACAATTGCTTCAAGAAGGAACGTTTCGGCGCCGCCATTGA
TGCTTATACAGAGGCGATAACTTTGTCACCCAAGGTTCCTGTTTACTGGACTAATCGAGC
TCTCTGCCACATGAAGCGAAAGGATTGGACTAGGGTTGAAGAGGACTGTCGTAAAGCTAT
TCAGCTTGACCATGATTCTGTTAAGAGGGAAGATTATGCTGATGGAGTCAAAGCGTTGCA
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GGAAGAGCTGTCGAAAGCAAAATACATGGAGTGGGAACTGCTTTCTGCTAGGCGCTCGTG
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TGAACAAAACAGACCGCCCGTTTTTACCTTTTCAGTTTCTGTGTGTTTTTTGCTTGCCCA
ATGGGTTTAAGTGTAAGATACTCTTACCTTGTATATATATTTATATATTGC

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 3

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AAGATAAGTCACTGAGATGCTTCTCTTACAAATAATGATGCAAGTAGTATAGATGACAAA
TATATGTTTCATCCAAGTTATTTAAGGATTTGACTGCCATAATCATCGTTGAACTTGTCG
TAAAGATGGGCGTGCAGATGAGCCGATGGTCGAGTGTTACTCAGTGCTCTGTCAACGTCT
TCCGGTAAGATAGGTCCCACTTTTGGCAAATCATCTTCAGGCACAAGTTCTTCCGTGTCT
TCTAATACAGCCAATGTGCGTCTCAATGGTTGCATAGCAGCTTCCTTACAAAGTATCCTA
ATGTCTGAACCGGAGTATCCCTCTGATTTCTCAACCAGCACATCATGAGGCAGTGGCTCA
TCACCCGGCTGTGAAGGCAAGAGCATCTCAAACATTCCTCTTCTTGCTTCCGGATCAGGT
AAAGGCACAAGAATTCTTTTCTCTAGTCGCCGGAGCATAGCTGCATCTAGTTCCCATGGG
AGATTTGTTGCTGCTAAAACAAATACAAGCTCGTTCGTTTTTTGTAAACCATCCATCTGG
ATGAGCAGCTCAGTTTTGAGACGCCTACTAGCTTCATGTTCGCTACGTCCTTCACCACCA
CGCTGGCTTATGATTGCGTCTATCTCATCAAGAAAATATTGTGGAAGGTGCATGATGCTT
AGCTAGATCAAACAGCACTCTTATCAACTTCTCAGAATCACCTCTCCATTTGCTAACAAC
AGATGAGGCTGAGATATTGAAAAACGTTGTGTTACACTCTGTAGCAACAGCCTTTGCAAG
CATAGTCTTTCCGGTACCAGGTGGACCAAACAGAAGAATCCCTTTCCATGGAGATAGTAG
ACCATTAAAGTAGGAGGGGTATTTGATAGGCATGACAACAGCTTCTTTAAGCAACCTTTT
AGCGCTCTCTAGACCCTTGATGCTTTCCCACTTGACATTTGGATTCCCACGTATGATATC
CCTACTCAAACTCTCTGCGAGAGCACGAGTTTCTGCTGATTCAAAAGGTGGAAACATTGA
CTTTTTCGGCTTCTCTCGAATCCCATTGGCCAAGCCAGTACTGTTGTTACCCTCCTGAAC
TGGTTTGGTGACGACTTGGGAAGGGTCTTCCTTAGTGCTGCTGAATGATCCATCTTCTGG
TTGTTCGTTCTGTGGTTCTTCAGGCAGCTTCTTCCTCCACAGAAAGCTCCAGCGAGAGGG
GGAGGGCTCTTCAGTCGCCATCGTTGGATCTCAAAGCTACAAAAGAGAAGATAAAAA


BQ
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AF RR3EP66JQ U 1
AF RR3G004JQ U 2
AF RR3G004TF C 627
BS 1 539 RR3EP66JQ
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**ATTTGTTGCTGCTAAAACAAATACAAGCTCGTTCGTTTTTTGTAAACCATCCATCTGG
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CGCTGGCTTATGATTGCGTCTATCTCATCAAGAAA
TATT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3G004JQ 777 0 0
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ATATGTTTCATCCAAGTTATTTAAGGATTTGACTGCCATAATCATCGTTGAACTTGTCGT
AAAGATGGGCGTGCAGATGAGCCGATGGTCGAGTGTTACTCAGTGCTCTGTCAACGTCTT
CCGGTAAGATAGGTCCCACTTTTGGCAAATCATCTTCAGGCACAAGTTCTTCCGTGTCTT
CTAATACAGCCAATGTGCGTCTCAATGGTTGCATAGCAGCTTCCTTACAAAGTATCCTAA
TGTCTGAACCGGAGTATCCCTCTGATTTCTCAACCAGCACATCATGAGGCAGTGGCTCAT
CACCCGGCTGTGAAGGCAAGAGCATCTCAAACATTCCTCTTCTTGCTTCCGGATCAGGTA
AAGGCACAAGAATTCTTTTCTCTAGTCGCCGGAGCATAGCTGCATCTAGTTCCCATGGGA
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TGAGCAGCTCAGTTTTGAGACGCCTACTAGCTTCATGTTCGCTACGTCCTTCACCACCAC
GCTGGCTTATGATTGCGTCTATCTCATCAAGAAA*TATTGTGGAAGGTGCATGATGCTTA
GCTAGATCAAACAGCACTCTTATCAACTTCTCAGAATCACCTCTCCATTTGCTAACA

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3G004TF 691 0 0
ACTAGCTTCATGTTCGCTACGTCCTTCACCACCACGCTGGCTTATGATTGCGTCTATCTC
ATCAAGAAAATATTGTGGAAGGTGCATGATGCTTAGCTAGATCAAACAGCACTCTTATCA
ACTTCTCAGAATCACCTCTCCATTTGCTAACAACAGATGAGGCTGAGATATTGAAAAACG
TTGTGTTACACTCTGTAGCAACAGCCTTTGCAAGCATAGTCTTTCCGGTACCAGGTGGAC
CAAACAGAAGAATCCCTTTCCATGGAGATAGTAGACCATTAAAGTAGGAGGGGTATTTGA
TAGGCATGACAACAGCTTCTTTAAGCAACCTTTTAGCGCTCTCTAGACCCTTGATGCTTT
CCCACTTGACATTTGGATTCCCACGTATGATATCCCTACTCAAACTCTCTGCGAGAGCAC
GAGTTTCTGCTGATTCAAAAGGTGGAAACATTGACTTTTTCGGCTTCTCTCGAATCCCAT
TGGCCAAGCCAGTACTGTTGTTACCCTCCTGAACTGGTTTGGTGACGACTTGGGAAGGGT
CTTCCTTAGTGCTGCTGAATGATCCATCTTCTGGTTGTTCGTTCTGTGGTTCTTCAGGCA
GCTTCTTCCTCCACAGAAAGCTCCAGCGAGAGGGGGAGGGCTCTTCAGTCGCCATCGTTG
GATCTCAAAGCTACAAAAGAGAAGATAAAAA

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 3

CO CL4228Contig1 1043 3 4 U
GGAACACTGAATTAAAAAAGGAACCGTTTAGGGTTTTGTAGGGATTCATCTTTACGACTT
CGTCTCCGTTGCAGCTCCTTTCCGAGAAATTTACCTTTCTCGGAGACGGAGGATATTATT
TCTTTCTTTGCTTTAGGTTCGGTGGTTCTAGCGTTTGGCTCACTTCGGTATTTATTTGAC
GGATTCTAAACATGTCAGGAGGGTGTGAACGAACAATGGACAAGTTATCAGATTCTGAGG
ATGAACGATCAAGAACTGGGAGTCTAGCCAAGAAAGCCATTAGATGTTCCATTGAAGATG
TTAGGGACGAGGATGATGAAAAGATTGTTCTTATATTGCGCCAAGAGCTTCTTAACAGAC
ATTCTTTGCCTCCAAGGCATGATGATTATCATATGTTGTTGAGGTTTCTGAAAACAATGG
ACTTCAACATCGACAAAACCGTCACCGCATGGGAAGAAATGCTCAAATGGAGGAATGAGT
TTGGAGCAGATCGCATTATACATGATTTTAATTTCAATGAGCTGGACCAAGTCACAATGT
ACTATCCTCAAGGGTACCATGGAGTTGATAAAGATGGTAGACCTATCCATATCGAGAGAC
TTGGAAAAGCTCATCCCGGTAAGCTTATGGATGTTACAACCATCGAGCGCTACTTGAAGT
ACCATGTCCAAGAATTCGAAAAGGCTCTTCAACACAAGCTCCCTGCATGTTCCATTGCAG
CAAAGCGACGTGTCACTACAACTACTACAATACTTGATCTCGACAAAACCCAATCAGTAT
TACATTTAACGTTAGCAAAACAGCTTCACATCACAGAACAGCGTGACTCTCATTACGAAG
AACAAAGAAAGCGATGCTGCATCTGAAGCTTTGGGACGTAACCTTACGGAGACATTTTGT
TACTATAATTTATTTACAGCACTAAGAGAATGAAAAAAAATCTATACACAGATATTTGGG
GATTTTTTCTTCCTACAACTTGTAAACAAATTTTTCAACATTCCGTGTGCGTGAAGTAAT
ATAAACATTTAAATTTGTAGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB47TF U 23
AF RR3AQ56TF U 1
AF RR3AQ56JQ C 143
BS 1 767 RR3AQ56TF
BS 768 768 RR3AQ56JQ
BS 769 836 RR3AQ56TF
BS 837 1043 RR3AQ56JQ

RD RR3FB47TF 524 0 0
GGGT
TTTAGGGTTTTGTAGGGATTCATCTTTACGACTTCGTCTCCGTTGCAGCTCCTTTCCGAG
AAATTTACCTTTCTCGGAGACGGAGGATATTATTTCTTTCTTTGCTTTAGGTTCGGTGGT
TCTAGCGTTTGGCTCACTTCGGTATTTATTTGACGGATTCTAAACATGTCAGGAGGGTGT
GAACGAACAATGGACAAGTTATCAGATTCTGAGGATGAACGATCAAGAACTGGGAGTCTA
GCCAAGAAAGCCATTAGATGTTCCATTGAAGATGTTAGGGACGAGGATGATGAAAAGATT
GTTCTTATATTGCGCCAAGAGCTTCTTAACAGACATTCTTTGCCTCCAAGGCATGATGAT
TATCACATGTTGTTGAGGTTTCTGAAAACAATGGACTTCAACATCGACAAAACCGTCACC
GCATGGGAAGAAATGCTCAAATGGAGGAATGAGTTTGGAGCAGATCGCATTATACATGAT
TTTAATTTCAATGAGCTGGACCAAGTCACAATGTACTATC

QA 5 524 5 524
DS 

RD RR3AQ56TF 836 0 0
GGAACACTGAATTAAAAAAGGAACCGTTTAGGGTTTTGTAGGGATTCATCTTTACGACTT
CGTCTCCGTTGCAGCTCCTTTCCGAGAAATTTACCTTTCTCGGAGACGGAGGATATTATT
TCTTTCTTTGCTTTAGGTTCGGTGGTTCTAGCGTTTGGCTCACTTCGGTATTTATTTGAC
GGATTCTAAACATGTCAGGAGGGTGTGAACGAACAATGGACAAGTTATCAGATTCTGAGG
ATGAACGATCAAGAACTGGGAGTCTAGCCAAGAAAGCCATTAGATGTTCCATTGAAGATG
TTAGGGACGAGGATGATGAAAAGATTGTTCTTATATTGCGCCAAGAGCTTCTTAACAGAC
ATTCTTTGCCTCCAAGGCATGATGATTATCATATGTTGTTGAGGTTTCTGAAAACAATGG
ACTTCAACATCGACAAAACCGTCACCGCATGGGAAGAAATGCTCAAATGGAGGAATGAGT
TTGGAGCAGATCGCATTATACATGATTTTAATTTCAATGAGCTGGACCAAGTCACAATGT
ACTATCCTCAAGGGTACCATGGAGTTGATAAAGATGGTAGACCTATCCATATCGAGAGAC
TTGGAAAAGCTCATCCCGGTAAGCTTATGGATGTTACAACCATCGAGCGCTACTTGAAGT
ACCATGTCCAAGAATTCGAAAAGGCTCTTCAACACAAGCTCCCTGCATGTTCCATTGCAG
CAAAGCGACGTGTCACTACAACTACTACAATACTTGATCTCGACAAA*CCCAATCAGTAT
TACATTTAACGTTAGCAAAACAGCTTCACATCACAGAACAGCGTGACTCTCATTAC

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR3AQ56JQ 901 0 0
TGGTTCTAGCGTTTGGCTCACTTCGGTATTTATTTGACGGATTCTAAACATGTCAGGAGG
GTGTGAACGAACAATGGACAAGTTATCAGATTCTGAGGATGAACGATCAAGAACTGGGAG
TCTAGCCAAGAAAGCCATTAGATGTTCCATTGAAGATGTTAGGGACGAGGATGATGAAAA
GATTGTTCTTATATTGCGCCAAGAGCTTCTTAACAGACATTCTTTGCCTCCAAGGCATGA
TGATTATCATATGTTGTTGAGGTTTCTGAAAACAATGGACTTCAACATCGACAAAACCGT
CACCGCATGGGAAGAAATGCTCAAATGGAGGAATGAGTTTGGAGCAGATCGCATTATACA
TGATTTTAATTTCAATGAGCTGGACCAAGTCACAATGTACTATCCTCAAGGGTACCATGG
AGTTGATAAAGATGGTAGACCTATCCATATCGAGAGACTTGGAAAAGCTCATCCCGGTAA
GCTTATGGATGTTACAACCATCGAGCGCTACTTGAAGTACCATGTCCAAGAATTCGAAAA
GGCTCTTCAACACAAGCTCCCTGCATGTTCCATTGCAGCAAAGCGACGTGTCACTACAAC
TACTACAATACTTGATCTCGACAAAACCCAATCAGTATTACATTTAACGTTAGCAAAACA
GCTTCACATCACAGAACAGCGTGACTCTCATTACGAAGAACAAAGAAAGCGATGCTGCAT
CTGAAGCTTTGGGACGTAACCTTACGGAGACATTTTGTTACTATAATTTATTTACAGCAC
TAAGAGAATGAAAAAAAATCTATACACAGATATTTGGGGATTTTTTCTTCCTACAACTTG
TAAACAAATTTTTCAACATTCCGTGTGCGTGAAGTAATATAAACATTTAAATTTGTAGCT
G

QA 1 901 1 901
DS 



AS 1 3

CO CL4229Contig1 620 3 10 U
AGCAAATTGAAACTGTTAAAACCCATTAACGGGCAAGTAGTAAACAAAGAGTAGCTACGA
TGCAATAAGGAAAAGTTTACAAGTAACAAACGCATAAGATAAGTACCAACACAAGTAGTA
GAAGAAAAGCAAAGCAAATCAATCATCAGCTCCATCGGTCTTTCCAGCACCAAAAGGGTC
ATGATTCGGACCCAACTCTTCTCCCATATGGCGCTGCACAAGCCTCGAAAGATCAGCCAT
AACCTTAGCCTCGCGCTTAGCCTTCTCCTCGTAGTTAAACATGGCCAACGCCCGCTTGTC
TTCAGCACTGTAAACCTGGTTCTCCTTCCTGATACGAATAGCATTCATCCTCTGATGCCT
ACTCCCACTCATCA**TACCCAAGATCCTCAAACCTCTGAATCTCATCAGCGTTAAGACC
CACTTCTCCTCTACGTGGGATACGCTTCCCTTGCTGCACGTACTGCGCTATAGCGTCTCC
TTCACCGGGTCTCAAAGCACCTCCGTAGCTGATGTGTCCTTCGGCTTTAGGTAACGGCAT
TGGACCCACCTCGGCTTCCTCTTCATCTTCAGCTGCAGCAGAAGCTTTCTTCTTTGATTC
AATCATCTCCTTGAACTTCC


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP65TF C 5
AF RR3DK20JQ U 1
AF RR3CP65JQ U 5
BS 1 211 RR3DK20JQ
BS 212 212 RR3CP65JQ
BS 213 374 RR3DK20JQ
BS 375 376 RR3CP65JQ
BS 377 416 RR3DK20JQ
BS 417 417 RR3CP65JQ
BS 418 462 RR3DK20JQ
BS 463 463 RR3CP65JQ
BS 464 580 RR3DK20JQ
BS 581 620 RR3CP65JQ

RD RR3CP65TF 490 0 0
AATTGAAACTGTTAAAACCCATTAACGGGCAAGTAGTAAACAAAGAGTAGCTACGATGCA
ATAAGGAAAAGTTTACAAGTAACAAACGCATAAGATAAGTACCAACACAAGTAGTAGAAG
AAAAGCAAAGCAAATCAATCATCAGCTCCATCGGTCTTTCCAGCACCAAAAGGGTCATGA
TTCGGACCCAACTCTTCTCCCATATGGCGCTGCACAAGCCTCGAAAGATCAGCCATAACC
TTAGCCTCGCGCTTAGCCTTCTCCTCGTAGTTAAACATGGCCAACGCCCGCTTGTCTTCA
GCACTGTAAACCTGGTTCTCCTTCCTGATACGAATAGCATTCATCCTCTGATGCCTACTC
CCACTCATCA**TACCCAAGATCCTCAAACCTCTGAATCTCATCAGCGTTAAGACCCACT
TCTCCTCTACGTGGGATACGCTTCCCTTGCTGCACGTACTGCGCTATAGCGTCTCCTTCA
CCGGGTCTCA

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR3DK20JQ 580 0 0
AGCAAATTGAAACTGTTAAAACCCATTAACGGGCAAGTAGTAAACAAAGAGTAGCTACGA
TGCAATAAGGAAAAGTTTACAAGTAACAAACGCATAAGATAAGTACCAACACAAGTAGTA
GAAGAAAAGCAAAGCAAATCAATCATCAGCTCCATCGGTCTTTCCAGCACCAAAAGGGTC
ATGATTCGGACCCAACTCTTCTCCCATATGGGGCTGCACAAGCCTCGAAAGATCAGCCAT
AACCTTAGCCTCGCGCTTAGCCTTCTCCTCGTAGTTAAACATGGCCAACGCCCGCTTGTC
TTCAGCACTGTAAACCTGGTTCTCCTTCCTGATACGAATAGCATTCATCCTCTGATGCCT
ACTCCCACTCATCACATACCCAAGATCCTCAAACCTCTGAATCTCATCAGCGTTAAAACC
CACTTCTCCTCTACGTGGGATACGCTTCCCTTGCTGCACGTAATGCGCTATAGCGTCTCC
TTCACCGGGTCTCAAAGCACCTCCGTAGCTGATGTGTCCTTCGGCTTTAGGTAACGGCAT
TGGACCCACCTCGGCTTCCTCTTCATCTTCAGCTGCAGCA

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3CP65JQ 616 0 0
AATTGAAACTGTTAAAACCCATTAACGGGCAAGTAGTAAACAAAGAGTAGCTACGATGCA
ATAAGGAAAAGTTTACAAGTAACAAACGCATAAGATAAGTACCAACACAAGTAGTAGAAG
AAAAGCAAAGCAAATCAATCATCAGCTCCATCGGTCTTTCCAGCACCAAAAGGGTCATGA
TTCGGACCCAACTCTTCTCCCATATGGCGCTGCACAAGCCTCGAAAGATCAGCCATAACC
TTAGCCTCGCGCTTAGCCTTCTCCTCGTAGTTAAACATGGCCAACGCCCGCTTGTCTTCA
GCACTGTAAACCTGGTTCTCCTTCCTGATACGAATAGCATTCATCCTCTGATGCCTACTC
CCACTCATCA**TACCCAAGATCCTCAAACCTCTGAATCTCATCAGCGTTAAGACCCACT
TCTCCTCTACGTGGGATACGCTTCCCTTGCTGCACGTACTGCGCTATAGCGTCTCCTTCA
CCGGGTCTCAAAGCACCTCCGTAGCTGATGTGTCCTTCGGCTTTAGGTAACGGCATTGGA
CCCACCTCGGCTTCCTCTTCATCTTCAGCTGCAGCAGAAGCTTTCTTCTTTGATTCAATC
ATCTCCTTGAACTTCC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL4230Contig1 764 2 2 U
GGGAGAGATCTATCGCTTTGGCCTAAGACCCCAAGTGATTACATAGAAGCGACGAGTGAG
TACGCCAAGTGTCTTCGTTCGCTAGCAACAAAACTCTTCAAGGCTCTCTCTGTCGGCCTA
GGCTTAGACCCTGACTGTCTAGAGAAAGAAGTTGGTGGTTTAGATGAGCTTCTTCTACAG
ATGAAGATAAACTATTACCCGAAATGCCCTCAGCCTGAGCTAGCGCTTGGCGTGGAAGCT
CACACCGACGTAAGCGCTTTGACCTTCATTCTACACAACATGGTTCCGGGTCTGCAGCTT
TTCTACGAGCGCAAATGGGTCATTGCAAAATGTGTTCCTGATTCCATTGTGATGCATATT
GGAGATACGTTGGAGATTCTTAGTAACGGCAAGTTTAAGAGTATACTTCACCGTGGGTTG
GTGAATAAGGAGAAGGTTAGGATCTCTTGGGCTGTGTTTTGTGAGCCACCCAAGGATAAG
ATCGTTCTTAAGCCGTTGCCGGAGATGGTGAACGCAGAGACTCCGGCTAAGTTTCCTCCA
AGGACATTTGCTCAACATATTGAGCATAAGTTGTTTAGGAACAACAAACAAGAAGAACTG
GTGCCTGAGAAAAAAGACTAAGTGTGAGTCTGTATATGTAATACCCTATATGTCTTTGTG
TGTTTGTGTCTTTATCCTGCATATGATGTGTTCATTTTATAATTTGAAGACATATATGTT
ATATCTCTACAGATTGTGTAATTAAAATATATGTTAGTAAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS60TF U 1
AF RR3DS60JQ C 143
BS 1 710 RR3DS60TF
BS 711 764 RR3DS60JQ

RD RR3DS60TF 710 0 0
GGGAGAGATCTATCGCTTTGGCCTAAGACCCCAAGTGATTACATAGAAGCGACGAGTGAG
TACGCCAAGTGTCTTCGTTCGCTAGCAACAAAACTCTTCAAGGCTCTCTCTGTCGGCCTA
GGCTTAGACCCTGACTGTCTAGAGAAAGAAGTTGGTGGTTTAGATGAGCTTCTTCTACAG
ATGAAGATAAACTATTACCCGAAATGCCCTCAGCCTGAGCTAGCGCTTGGCGTGGAAGCT
CACACCGACGTAAGCGCTTTGACCTTCATTCTACACAACATGGTTCCGGGTCTGCAGCTT
TTCTACGAGCGCAAATGGGTCATTGCAAAATGTGTTCCTGATTCCATTGTGATGCATATT
GGAGATACGTTGGAGATTCTTAGTAACGGCAAGTTTAAGAGTATACTTCACCGTGGGTTG
GTGAATAAGGAGAAGGTTAGGATCTCTTGGGCTGTGTTTTGTGAGCCACCCAAGGATAAG
ATCGTTCTTAAGCCGTTGCCGGAGATGGTGAACGCAGAGACTCCGGCTAAGTTTCCTCCA
AGGACATTTGCTCAACATATTGAGCATAAGTTGTTTAGGAACAACAAACAAGAAGAACTG
GTGCCTGAGAAAAAAGACTAAGTGTGAGTCTGTATATGTAATACCCTATATGTCTTTGTG
TGTTTGTGTCTTTATCCTGCATATGATGTGTTCATTTTATAATTTGAAGA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3DS60JQ 622 0 0
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AATGCCCTCAGCCTGAGCTAGCGCTTGGCGTGGAAGCTCACACCGACGTAAGCGCTTTGA
CCTTCATTCTACACAACATGGTTCCGGGTCTGCAGCTTTTCTACGAGCGCAAATGGGTCA
TTGCAAAATGTGTTCCTGATTCCATTGTGATGCATATTGGAGATACGTTGGAGATTCTTA
GTAACGGCAAGTTTAAGAGTATACTTCACCGTGGGTTGGTGAATAAGGAGAAGGTTAGGA
TCTCTTGGGCTGTGTTTTGTGAGCCACCCAAGGATAAGATCGTTCTTAAGCCGTTGCCGG
AGATGGTGAACGCAGAGACTCCGGCTAAGTTTCCTCCAAGGACATTTGCTCAACATATTG
AGCATAAGTTGTTTAGGAACAACAAACAAGAAGAACTGGTGCCTGAGAAAAAAGACTAAG
TGTGAGTCTGTATATGTAATACCCTATATGTCTTTGTGTGTTTGTGTCTTTATCCTGCAT
ATGATGTGTTCATTTTATAATTTGAAGACATATATGTTATATCTCTACAGATTGTGTAAT
TAAAATATATGTTAGTAAACCC

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 3

CO CL4231Contig1 619 3 2 U
AGGTTGTTTGATTCAACCGAAAACCACAATACACACAAGTTGGTTCCATTAGCTTCTGAA
GAAAGCTCAGTGTTTTTTTAACCGAAAACTGAAGAGTAATGAGAGAACAGTATATGGGTG
GCATATACATGAATACTTCTTTGGGATGAAAACATTACATAGTGAGAAAAAAAATATCAA
TACAAAATCATAGCTGTTTATTCTTGCTGCATATCTCGTCTTAGCTGCATCATTTAAATC
ATGGTTTATACTCATAGTGGCAAGAACCATGACTTGGGTCAAGCTCAGTGATCATGGCAG
CGCCTTTGAAGTAACAAGAGCCACCTTTGTGCTTATAAGTTTGGTAATAACTGTTAAAGG
CAACAGAGGCATGATCCCTGATTGTGTTGGGCAAGAAGCAAGGCTGGTTTTCCTGCTGCA
TTTTGCTACAGTCTGCTCCGCCTTTCGAGCAAGCCCAGTCTAAGGCTGCTTGCAACTCAT
CGTCTGGCGTTTGTTCACCTGCTATGCACCATTGTTCCGACTCTGCCTCTGACTGTTGAG
GAATTGTCAATGCTAAGACGAGCAAAGAAAGAAGTATCCTCATCAAGAAAGTTGACATAT
TTTCCAAAGAACGCAATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FV71JQ U 42
AF RR3GL20JQ U 1
AF RR3GL20TF C 1
BS 1 555 RR3GL20JQ
BS 556 619 RR3GL20TF

RD RR3FV71JQ 395 0 0
GGTTCCATTAGCTTCTGAAGAAAGCTCAGTGTTTTTT*AACCGAAAACTGAAGAGTAATG
AGAGAACAGTATATGGGTGGCATATACATGAATACTTCTTTGGGATGAAAACATTACATA
GTGAGAAAAAAAATATCAATACAAAATCATAGCTGTTTATTCTTGCTGCATATCTCGTCT
TAGCTGCATCATTTAAATCATGGTTTATACTCATAGTGGCAAGAACCATGACTTGGGTCA
AGCTCAGTGATCATGGCAGCGCCTTTGAAGTAACAAGAGCCACCTTTGTGCTTATAAGTT
TGGTAATAACTGTTAAAGGCAACAGAGGCATGATCCCTGATTGTGTTGGGCAAGAAGCAA
GGCTGGTTTTCCTGCTGCATTTTGCTGCAGTCTGC

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR3GL20JQ 555 0 0
AGGTTGTTTGATTCAACCGAAAACCACAATACACACAAGTTGGTTCCATTAGCTTCTGAA
GAAAGCTCAGTGTTTTTTTAACCGAAAACTGAAGAGTAATGAGAGAACAGTATATGGGTG
GCATATACATGAATACTTCTTTGGGATGAAAACATTACATAGTGAGAAAAAAAATATCAA
TACAAAATCATAGCTGTTTATTCTTGCTGCATATCTCGTCTTAGCTGCATCATTTAAATC
ATGGTTTATACTCATAGTGGCAAGAACCATGACTTGGGTCAAGCTCAGTGATCATGGCAG
CGCCTTTGAAGTAACAAGAGCCACCTTTGTGCTTATAAGTTTGGTAATAACTGTTAAAGG
CAACAGAGGCATGATCCCTGATTGTGTTGGGCAAGAAGCAAGGCTGGTTTTCCTGCTGCA
TTTTGCTACAGTCTGCTCCGCCTTTCGAGCAAGCCCAGTCTAAGGCTGCTTGCAACTCAT
CGTCTGGCGTTTGTTCACCTGCTATGCACCATTGTTCCGACTCTGCCTCTGACTGTTGAG
GAATTGTCAATGCTA

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3GL20TF 619 0 0
AGGTTGTTTGATTCAACCGAAAACCACAATACACACAAGTTGGTTCCATTAGCTTCTGAA
GAAAGCTCAGTGTTTTTTTAACCGAAAACTGAAGAGTAATGAGAGAACAGTATATGGGTG
GCATATACATGAATACTTCTTTGGGATGAAAACATTACATAGTGAGAAAAAAAATATCAA
TACAAAATCATAGCTGTTTATTCTTGCTGCATATCTCGTCTTAGCTGCATCATTTAAATC
ATGGTTTATACTCATAGTGGCAAGAACCATGACTTGGGTCAAGCTCAGTGATCATGGCAG
CGCCTTTGAAGTAACAAGAGCCACCTTTGTGCTTATAAGTTTGGTAATAACTGTTAAAGG
CAACAGAGGCATGATCCCTGATTGTGTTGGGCAAGAAGCAAGGCTGGTTTTCCTGCTGCA
TTTTGCTACAGTCTGCTCCGCCTTTCGAGCAAGCCCAGTCTAAGGCTGCTTGCAACTCAT
CGTCTGGCGTTTGTTCACCTGCTATGCACCATTGTTCCGACTCTGCCTCTGACTGTTGAG
GAATTGTCAATGCTAAGACGAGCAAAGAAAGAAGTATCCTCATCAAGAAAGTTGACATAT
TTTCCAAAGAACGCAATCC

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 3

CO CL4232Contig1 1204 3 15 U
AAAAGTGTTACAAGGATGATGACGATCATCGATCTTGCTCGGAACATTCGTGAGCGTCAC
AAGCTACCCTTGAAAACTCCTCTAAAGGAAATCACTGTAGTTCATCCAGATGCAGAATTC
TTGGATGACATAACTGGAAAACTAAGAGAGTATGTTTTGGAAGAACTTAATGTAAGATCT
CTAGTGCCATGCAATGATACTCTGAAGTATGCGTCTCTAAAAGCAGAGCCAGATTTCAGT
GTACTGGGAAAACGGCTTGGAAAGTCAATGGGGCTTGTTGCCAAAGAAGTTAAAGGAATG
TCTCAGCAAGATATCTTAAGATTCGAGGAGGCTGGGAAAGTTACTATTGCTGGACACACG
CTGGAGCTAGCAGATATCAAGATTGTGAGGGTTTTCAAACGCCCGGATGGTTTGAAGGAT
ACAGAGATTGATGCAAATGGAGATGGTGATGTTTTGGTGATTTTGGATCTACGAGCAGAT
GAGTCGTTGTATGAATCAGGTGTTGCTCGTGAGATTGTCAATAGGATCCAAAAACTACGG
AAGAAGTCAGGTCTGGAACCAACAGACTTTGTGGAAGTGTACATTGAGTCATTGGACAAA
GAGGTATCTGCCTTGCAACAAGTTCTGAAGTCTCAGGAACAATACATAAAGGATACTATT
GGTTCCTCTTTGCTTTTGTCGACGTTGATGCCATCACATGCAGTGGTATTATCTGACGAG
AGTTTCCAAAACGTTTCAAAGCTGTCCTTTAAGATTAGCCTGGCTAGACCAGCTTTGAAG
TTCAATGAAGAAGCTGTTCTTGCGTTATATTCAGGAGATGTGAAATTTGCAAGCGGGCTC
CAAGCGTACTTGTTATCGCGGGACCATTCTGATTTGAAATCAGAATTCCAAGAAGGAAAT
GGCAAGATAACTGTAAGCTGCATTGAGAAGCTGCCAGTGGTGACTCTGGTACTTGGAGAC
CATCTTCATTTGACAGTCGGGGACTACTCGTTGAGCACAGCCAACTCTTAGGACCCCCCT
CCCCTTTGTCACGCCATACTATTTTTTTTCTTCTATTGTCTTCAGTATCTCGTTGCTCTT
TGCAACCCTGACTTTTTGCGGATCTCATTTTCTACTTAAGAAGTAATGTTTTACGACGGT
TGCACAAATTCATTCTCGATAATATCTTTCTGCAAAATTAAATATTCTAGAAACTGTTGA
CACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 10 10 

AF RR3G832TF U 1
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GAGTCGTTGTATGAATCAGGTGTTGCTCGTGAGATTGTCAATAGGATCCAAAAACTACGG
AAGAAGTCAGGTCTGGAACCAACAGACTTTGTGGAAGTGTACATTGAGTCATTGGACAAA
GAGGTATCTGCCTTGCAACAAGTTCTGAAGTCTCAG*AACAATACATAAAGGATACTATT
GGTTCCTCTTTGCTTTTGTCGACGTTGATGC*ATCACATGCAGTGGTATTATCTGACGAG
AGTT**CCAAACGTTTCAAAGCTG

QA 1 744 1 744
DS 

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ATGAATCAGGTGTTGCTCGTGAGATTGTCAATAGGATCCAAAAACTACGGAAGAAGTCAG
GTCTGGAACCAACAGACTTTGTGGAAGTGTACATTGAGTCATTGGACAAAGAGGTATCTG
CCTTGCAACAAGTTCTGAAGTCTCAGGAACAATACATAAAGGATACTATTGGTTCCTCTT
TGCTTTTGTCGACGTTGATGCCATCACATGCAGTGGTATTATCTGACGAGAGTTTCCAAA
ACGTTTCAAAGCTGTCCTTTAAGATTAGCCTGGCTAGACCAGCTTTGAAGTTCAATGAAG
AAGCTGTTCTTGCGTTATATTCAGGAGATGTGAAATTTGCAAGCGGGCTCCAAGCGTACT
TGTTATCGCGGGACCATTCTGATTTGAAATCAGAATTCCAAGAAGGAAATGGCAAGATAA
CTGTAAGCTGCATTGAGAAGCTGCCAGTGGTGACTCTGGTACTTGGAGACCATCTTCATT
TGACAGTCGGGGACTACTCGTTGAGCACAGCCAACTCTTAGGACCCCCCTCCCCTTTGTC
ACGCCATACTATTTTTTTTCTTCTATTGTCTTCAGTATCTCGTTGCTCTTTGCAACCCTG
ACTTTT*GCGGATCTCATTTTCTACTTAAGAAGTAATGTTTTACGACGGTTGCACAAATT
CATTCTCGATAATATCTTTCTGCAAAATTAAATATTCTAGAAACTGTTGACACC

QA 1 834 1 834
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GG
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TTCAAAGCTGTCCTTTAAGATTAGCCTGGCTAGACCAGCTTTGAAGTTCAATGAAGAAGC
TGTTCTTGCGTTATATTCAGGAGATGTGAAATTTGCAAGCGGGCTCCAAGCGTACTTGTT
ATCGCGGGACCATTCTGATTTGAAATCAGAATTCCAAGAAGGAAATGGCAAGATAACTGT
AAGCTGCATTGAGAAGCTGCCAGTGGTGACTCTGGTACTTGGAGACCATCTTCATTTGAC
AGTCGGGGACTACTCGTTGAGTACAGCCAACTCTTAGGACCCCCCTCTCCTTTGTCACGC
CATACTATTTTTTTTCTTCTATTGTCTTCAGTATCTCGTTGCTCTTTGCAACCCTGACTT
TTTGCGGATCTCATTTTCTACTTAAGAAGTAATGTTTTACGACGGTTGCACAAATTCATT
CTCGATAATATCTTTCTGCAAAATTAAATATTCTAGAAACTGTTGACA

QA 3 590 3 590
DS 



AS 1 2

CO CL4233Contig1 971 2 26 U
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AACCAGATGTTACATAATATAGATACAAAGACTTGGCTTAAAGACTAATTTGACGCTGAA
GAGTTCCAGTTTTCAAACATCAAAGCATGGGGATGCCAAGGCCATCGAAGATGCCTATTC
CACCATGGACTGCTCTCATATGCTCATAACAAGGTTCTTGATGAGTGAAGAAGTCTAAAC
AGACCCAGCAAATGTGCTTCCCACACCGGCACAGCACATGGTTACACCCTTCAGATTTCT
CTATCGTCGACTTGCAAAACGGACACTCCTTCACGTTCTTCCCCTTTGCCCAGTCTTTCA
ACGACATGTCCGGATCTTCCTTGAACAGTTTGTACCTCTCGCAAGTGATATACGGGTGAT
ACTCCAGGTGGCACTTCCTGCATGTCTCTGCGTTACAAGCTCCGCAGATGAACGGCTCCC
CTGATTCTCGAGGACCAGCTACACGGTAAACGGAAGGGCAACCAGGTGTGAAGCAAAACC
GGAAGTTACCATCACTGGTTGTTACGAAAGAGGACAGGGATGCTCTGAAGAGCTCATCTA
GCTTCTCTTGTGATAAGAGGGCTCTCAAATCAGCGACTACCATTGGAGATCCACAGACCG
TGTGAGAACAAAGTATGGGAAACGCGTCAAAGTTTCTCATTGACGCCTCGAGCTGTTCCA
ACAGACAAGCTTTGCAGAAGAGGTGTGAGCATCCTTCGAGAGAGTAGCCATCATCAACCT
CACACAAGCAAATGGGGCATTCAACTTCAATGTCATCTGGTTTTCCGCCAGGTTCACTAC
TTTCCTGTGCAAGTTCGTACACAATCTTTTCTACTTCCTGCCTCATTTCTATGCTCCCAT
GAACCTGAATAACATGGTACCGGGTGTTGAGCTTGAGATCAACACCACTTACCTTCTCTT
TGATACCTTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI41JQ U 1
AF RR3CG70TF C 331
BS 1 454 RR3CI41JQ
BS 455 455 RR3CG70TF
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RD RR3CI41JQ 885 0 0
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AACCAGATGTTACATAATATAGATACAAAGACTTGGCTTAAAGACTAATTTGACGCTGAA
GAGTTCCAGTTTTCAAACATCAAAGCATGGGGATGCCAAGGCCATCGAAGATGCCTATTC
CACCATGGACTGCTCTCATATGCTCATAACAAGGTTCTTGATGAGTGAAGAAGTCTAAAC
AGACCCAGCAAATGTGCTTCCCACACCGGCACAGCACATGGTTACACCCTTCAGATTTCT
CTATCGTCGACTTGCAAAACGGACACTCCTTCACGTTCTTCCCCTTTGCCCAGTCTTTCA
ACGACATGTCCGGATCTTCCTTGAACAGTTTGTACCTCTCGCAAGTGATATACGGGTGAT
ACTCCAGGTGGCACTTCCTGCATGTCTCTGCGTTGCAAGCTCCGCAGATGAACGGCTCCC
CTGATTCTCGAGGACCAGCTACACGGTAAACGGAAGGGCAATCAGGTGTGAAGCAGAACC
GGAAGTTACCGTCACTGGTTGTTACGAAAGAGGACAGGGATGCTCTGAAGAGCTCATCTA
GCTTCTCTTGTGATAAGAGGGCTCTCAAATCAGCGACTACTATTGGAGATCCACAGTCCG
TGTGAGAACAAAGTATGGGAAACGCGTCGAAGTTTCTCATTGATGCCTCGAGCTGTTCCA
ACAGACAAGCTTTGCAGAAGAGGTGTGAGCATCCTTCGAGAGAGTAGCCATCATCAACCT
CACACAAGCAAATGGGGCATTCAACTTCAATGTCATCTGGTTTTCCGCCCGGT*CACTAC
TTTCCTGTGCAG**TCGTACACA*TCTTTTCTACTTCCTGCCTCA

QA 1 885 1 885
DS 

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CTTCACGTCTT
CCCTTTGCCCAGTCTTTCAACGACATGTCCGGATCT*CCTTGAACAGTTTGTACCTCTCG
CAAGTGATATACGGGTGATACTCCAGGTGGCACTTTCTGCATGTCTCTGCGTTACAAGCT
CCGCAGATGAACGGCTCCCCTGATTCTCGAGGACCGGCTACACGGTAAACGGAAGGGCAA
CCAGGTGTGGAGCAAAACCGGAAGTTACCATCACTGGTTGTTACGAAAGAGGACAGGGAT
GCTCTGAAGAGCTCATCTAGCTTCTCTTGTGATAAGAGGGCTCTCATATCAGCGAGTACC
ATTGGAGCTCCACAGACCGTGTGAGAGCAAAGTATGGGAAATGCGTCAAAGTTTCTCATT
GACGCCTCGAGCTGTTCCAACAGACAAGCTTTGCAGAAGAGGTGTGAGCATCCTTCGAGA
GAGTAGCCATCATCAACCTCACACAAGCAAATGGGGCATTCAACTTCAATGTCATCTGGT
TTTCCGCCAGGTTCACTACTTTCCTGTGCAAGTTCGTACACAATCTTTTCTACTTCCTGC
CTCATTTCTATGCTCCCATGAACCTGAATAACATGGTACCGGGTGTTGAGCTTGAGATCA
ACACCACTTACCTTCTCTTTGATACCTTGG

QA 12 641 12 641
DS 



AS 1 3

CO CL4234Contig1 698 3 5 U
GGGATTCATTTCATCTTTATTTGAAGAAAACATACACAAATAAATTTTCTTGCAAAGTTC
TATACTCTCGCGATCAAAATGGCGAGCGAGGAAGTCGTGGTGGTTGAAGGAGAGAGAGCA
GGAGCTGAGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAACTCGGTGGAGCTTCTAGAG
GAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTTATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAGAGTT
AGAGCCACCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAAACACTCCATACGAACATTTCTTTGAAGCC
ACCAACACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCACCGCCTATATCGACAAGTGTTGTATG
AAGAAGATGACAGGCGTGAAGAGTAAGCAGATGTTTTT*GTGGGTGCCGATTGTGGAGAT
GAGTATGGAGGAGCCTAAAAGCAAGAAGATTTACTTCAAGACTCCTATGGGAATCGGCAA
GTCTTTTCACGTTACTGCATTCATGGACGAGGAAGAGAAACGCAACTACTACTTGGAGAA
TCCTAAAAAATAAATCGTTTAAGTATTAGTATTATTAATTTATTATATTTTGGTTGTCCT
TGTTTTTATTTTAATAGTTGTACTCTTGTAAG*TTGCTTCATTGCAATTACTGAATTTTT
ATTTTTATGATTATAAAGTGGAATAAGATTTGAAATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3GC58TF U 8
AF RR3F914JQ C 1
AF RR3F914TF U 1
BS 1 7 RR3F914JQ
BS 8 682 RR3F914TF
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BS 684 694 RR3F914TF
BS 695 698 RR3F914JQ

RD RR3GC58TF 655 0 0
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ATTTTAATAGTTGTACTCTTGTAAG*TTGCTTCATTGCA*TTACTGAATTTT
ATT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3F914JQ 698 0 0
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TATACTCTCGCGATCAAAATGGCGAGCGAGGAAGTCGTGGTGGTTGAAGGAGAGAGAGCA
GGAGCTGAGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAACTCGGTGGAGCTTCTAGAG
GAGCTAGGGTTTCCAAAAGGTGTTATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAGAGTT
AGAGCCACCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAAACACTCCATACGAACATTTCTTTGAAGCC
ACCAACACTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCACCGCCTATATCGACAAGTGTTGTATG
AAGAAGATGACAGGCGTGAAGAGTAAGCAGATGTTTTT*GTGGGTGCCGATTGTGGAGAT
GAGTATGGAGGAGCCTAAAAGCAAGAAGATTTACTTCAAGACTCCTATGGGAATCGGCAA
GTCTTTTCACGTTACTGCATTCATGGACGAGGAAGAGAAACGCAACTACTACTTGGAGAA
TCCTAAAAAATAAATCGTTTAAGTATTAGTATTATTAATTTATTATATTTTGGTTGTCCT
TGTTTTTATTTTAATAGTTGTACTCTTGTAAGGTTGCTTCATTGCAATTACTGAATTTTT
ATTTTTATGATTATAAAGTGGAATAAGATTTGAAATGC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3F914TF 697 0 0
GGGATTC
ATTTCATCTTTATTTGAAGAAAACATACACAAATAAATTTTCTTGCAAAGTTCTATACTC
TCGCGATCAAAATGGCGAGCGAGGAAGTCGTGGTGGTTGAAGGAGAGAGAGCAGGAGCTG
AGATCGTGTATGGAGCGGAGGAGTGTTACAAGAACTCGGTGGAGCTTCTAGAGGAGCTAG
GGTTTCCAAAAGGTGTTATGCCTTTGAAGAACCTCGTGGAGTGTGGAAGAGTTAGAGCCA
CCGGTTTCGTGTGGATGAAGCAAAACACTCCATACGAACATTTCTTTGAAGCCACCAACA
CTCGCGTTTCTTACGCTGTTGAGGTCACCGCCTATATCGACAAGTGTTGTATGAAGAAGA
TGACAGGCGTGAAGAGTAAGCAGATGTTTTT*GTGGGTGCCGATTGTGGAGATGAGTATG
GAGGAGCCTAAAAGCAAGAAGATTTACTTCAAGACTCCTATGGGAATCGGCAAGTCTTTT
CACGTTACTGCATTCATGGACGAGGAAGAGAAACGCAACTACTACTTGGAGAATCCTAAA
AAATAAATCGTTTAAGTATTAGTATTATTAATTTATTATATTTTGGTTGTCCTTGTTTTT
ATTTTAATAGTTGTACTCTTGTAAG*TTGCTTCATTGCAATTACTGAATTTTTATTTTTA
TGATTATAAAGTGGA*TAAGATTTGAA
TGC

QA 8 694 8 694
DS 



AS 1 3

CO CL4235Contig1 915 3 3 U
AAATACAAACATGGAAAACTAATGACTTAACTAGCTTCTCTCTCGCATCAGGAAGACTGT
ATTACTTTCACTTTAATAGATTACAACGTTAGAAAATTACTATATGAAAATTGGATTTAC
TTTCACCTAAGAAAGAGAAAAAACAAATAAAAGGATTTTATCTAATTTCTACTTGAACCT
CAAGTCTTCCTATACCTGCACAAGAGAAGAAGCTTGAAAGCTACAAATCACCAGAAACCC
GCGAAGTAGAAGATGGTGGTAGCAGGTGCTGTGTCAAGCTGGTTGGCGGGTAAGCAGATG
CTATAAGCTTCTCTTTCGTCAACAGATCAGACCCGTTATTATTAGACTTTACCACAAAAG
TGTGAAACAATGTGTCTTCAGCTAATGAAAGATTAGACTCAGTAACCTCTGAGTTTCTCA
TTGCCTGTATGATTCTCGAAGCTGGATGCGACTCCAACGGTGAGATCACTCTTACCACAA
CCTCTTCTTCCGCAGCTTGAATGTCAACAACCTCTTGACTCTCCTCTGCCCCAGTGGTCT
CTGTTCCAACTGCTTCGGCTTCAATGATCTTTACTTTCTCTTGAAGCTCTTTGATGTAAG
AGATGGCGTCTCCAAGAAGAGAAGCTTTGTCCATTTTAGAGATGTTAGGCACAACAGCTC
TTAAAGCGTAGAATCTCTGGTTAAGCTTCTCACGTCTCTGCCTCTCAGCTTCCACGTGGT
TCAACGCCTCTTCTCTCCCGTTTGCAGGCTTCCTCCCTCGTTTCCTCGGTCGCTTCTCCT
CCACAACAGACACCGTTCCTCCTCCTCCTCCTACTCCTGCTAATAAACTCGCTGGTCTTG
TCTGTGTGCAAGAAGTCTTCTTCACCTTGTGATTCTTATCCTCTACAGCAACCACGTTCA
CATTCTCTTGCACTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AS92JQ U 1
AF RR3AS92TF C 1
AF RR3BI32JQ U 470
BS 1 422 RR3AS92JQ
BS 423 469 RR3AS92TF
BS 470 915 RR3BI32JQ

RD RR3AS92JQ 422 0 0
AAATACAAACATGGAAAACTAATGACTTAACTAGCTTCTCTCTCGCATCAGGAAGACTGT
ATTACTTTCACTTTAATAGATTACAACGTTAGAAAATTACTATATGAAAATTGGATTTAC
TTTCACCTAAGAAAGAGAAAAAACAAATAAAAGGATTTTATCTAATTTCTACTTGAACCT
CAAGTCTTCCTATACCTGCACAAGAGAAGAAGCTTGAAAGCTACAAATCACCAGAAACCC
GCGAAGTAGAAGATGGTGGTAGCAGGTGCTGTGTCAAGCTGGTTGGCGGGTAAGCAGATG
CTATAAGCTTCTCTTTCGTCAACAGATCAGACCCGTTATTATTAGACTTTACCACAAAAG
TGTGAAACAATGTGTCTTCAGCTAATGAAAGATTAGACTCAGTAACCTCTGAGTTTCTCA
TT

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR3AS92TF 716 0 0
AAATACAAACATGGAAAACTAATGACTTAACTAGCTTCTCTCTCGCATCAGGAAGACTGT
ATTACTTTCACTTTAATAGATTACAACGTTAGAAAATTACTATATGAAAATTGGATTTAC
TTTCACCTAAGAAAGAGAAAAAACAAATAAAAGGATTTTATCTAATTTCTACTTGAACCT
CAAGTCTTCCTATACCTGCACAAGAGAAGAAGCTTGAAAGCTACAAATCACCAGAAACCC
GCGAAGTAGAAGATGGTGGTAGCAGGTGCTGTGTCAAGCTGGTTGGCGGGTAAGCAGATG
CTATAAGCTTCTCTTTCGTCAACAGATCAGACCCGTTATTATTAGACTTTACCACAAAAG
TGTGAAACAATGTGTCTTCAGCTAATGAAAGATTAGACTCAGTAACCTCTGAGTTTCTCA
TTGCCTGTATGATTCTCGAAGCTGGATGCGACTCCAACGGTGAGATCACTCTTACCACAA
CCTCTTCTTCCGCAGCTTGAATGTCAACAACCTCTTGACTCTCTTCTGCCCCAGTGGTCT
CTGTTCCAACTGCTTCGGCTTCAATGATCTTTACTTTCTCTTGAAGCTCTTTGATGTAAG
AGATGGCGTCTCCAAGAAGAGAAGCTTTGTCCATTTTAGAGATGTTAGGCACAACAGCTC
TTAAAGCGTAGAATCTCTGGTTAAGCTTCTCACGTCTCTGCCTCTCAGCTTCCAC
C

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3BI32JQ 446 0 0
TCTTACCACAACCTCTTCTTCCGCAGCTTGAATGTCAACAACCTCTTGACTCTCCTCTGC
CCCAGTGGTCTCTGTTCCAACTGCTTCGGCTTCAATGATCTTTACTTTCTCTTGAAGCTC
TTTGATGTAAGAGATGGCGTCTCCAAGAAGAGAAGCTTTGTCCATTTTAGAGATGTTAGG
CACAACAGCTCTTAAAGCGTAGAATCTCTGGTTAAGCTTCTCACGTCTCTGCCTCTCAGC
TTCCACGTGGTTCAACGCCTCTTCTCTCCCGTTTGCAGGCTTCCTCCCTCGTTTCCTCGG
TCGCTTCTCCTCCACAACAGACACCGTTCCTCCTCCTCCTCCTACTCCTGCTAATAAACT
CGCTGGTCTTGTCTGTGTGCAAGAAGTCTTCTTCACCTTGTGATTCTTATCCTCTACAGC
AACCACGTTCACATTCTCTTGCACTT

QA 1 446 1 446
DS 



AS 1 2

CO CL4236Contig1 715 2 1 U
GGGAACAGAACTCATAAACTCTTGTTTGGTCTGTAATGGCGGAAGCTTCTAATCCCGACA
CCGGCAAAGAGAGCCCGACATTCAAGATCCGAAGACTAGAGATCTCCGACAAGAGAAAGG
GATACCTGGAGCTTCTCGGTCAACTCACCGTCGCCGGACCACTCACCGACGACGAATTCG
ATCGGCGATTCGAGGAAATCAGCTCGTACGGAGACGACCACTTCATCTGCGTGATCGAAG
ACGAGTCTTCGGGGAAGATTGTCGCGACGGGGAGCGTGATGATAGAGAAGAAGTTCCTGA
GGAGCTGCGGGAAAGTCGGGCACGTAGAGGACGTGGTCGTGGACTCGGAGTTTCGCGGGA
AGCATCTTGGGAAGAGAGTTGTTGAGTTTCTGACGGAACATAGCAGATCTATGGGTTGCT
ACAAGGTGATGCTTGATTGTAGCGTGGAGAAGAAAGGGTTCTACGAGAAGTGTGGGATGT
TCAATAGAGCGATTCAGATGACCAAGTACTTCGATTGAACACTCTCTCCGATCATTATCA
TATTGTTTGATTACTTCGATTGAACACTTTCCTTCCTGCTTCATCTTCCTTCTCTGGTCA
CCATCAGTCCCCTTTTCCACACTTTCCCAATTATGTATCATCTTCGTTTTCTTTCCTCGG
CATTCTCACTTGTTGCCTGTTGTAATTTCAATCTCTATAATATTATTCCTTGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FG82TF U 1
AF RR3FG82JQ C 32
BS 1 715 RR3FG82TF

RD RR3FG82TF 715 0 0
GGGAACAGAACTCATAAACTCTTGTTTGGTCTGTAATGGCGGAAGCTTCTAATCCCGACA
CCGGCAAAGAGAGCCCGACATTCAAGATCCGAAGACTAGAGATCTCCGACAAGAGAAAGG
GATACCTGGAGCTTCTCGGTCAACTCACCGTCGCCGGACCACTCACCGACGACGAATTCG
ATCGGCGATTCGAGGAAATCAGCTCGTACGGAGACGACCACTTCATCTGCGTGATCGAAG
ACGAGTCTTCGGGGAAGATTGTCGCGACGGGGAGCGTGATGATAGAGAAGAAGTTCCTGA
GGAGCTGCGGGAAAGTCGGGCACGTAGAGGACGTGGTCGTGGACTCGGAGTTTCGCGGGA
AGCATCTTGGGAAGAGAGTTGTTGAGTTTCTGACGGAACATAGCAGATCTATGGGTTGCT
ACAAGGTGATGCTTGATTGTAGCGTGGAGAAGAAAGGGTTCTACGAGAAGTGTGGGATGT
TCAATAGAGCGATTCAGATGACCAAGTACTTCGATTGAACACTCTCTCCGATCATTATCA
TATTGTTTGATTACTTCGATTGAACACTTTCCTTCCTGCTTCATCTTCCTTCTCTGGTCA
CCATCAGTCCCCTTTTCCACACTTTCCCAATTATGTATCATCTTCGTTTTCTTTCCTCGG
CATTCTCACTTGTTGCCTGTTGTAATTTCAATCTCTATAATATTATTCCTTGTCT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3FG82JQ 684 0 0
TGT
AATGGCGGAAGCTTCTAATCCCGACACCGGCAAAGAGAGCCCGACATTCAAGATCCGAAG
ACTAGAGATCTCCGACAAGAGAAAGGGATACCTGGAGCTTCTCGGTCAACTCACCGTCGC
CGGACCACTCACCGACGACGAATTCGATCGGCGATTCGAGGAAATCAGCTCGTACGGAGA
CGACCACTTCATCTGCGTGATCGAAGACGAGTCTTCGGGGAAGATTGTCGCGACGGGGAG
CGTGATGATAGAGAAGAAGTTCCTGAGGAGCTGCGGGAAAGTCGGGCACGTAGAGGACGT
GGTCGTGGACTCGGAGTTTCGCGGGAAGCATCTTGGGAAGAGAGTTGTTGAGTTTCTGAC
GGAACATAGCAGATCTATGGGTTGCTACAAGGTGATGCTTGATTGTAGCGTGGAGAAGAA
AGGGTTCTACGAGAAGTGTGGGATGTTCAATAGAGCGATTCAGATGACCAAGTACTTCGA
TTGAACACTCTCTCCGATCATTATCATATTGTTTGATTACTTCGATTGAACACTTTCCTT
CCTGCTTCATCTTCCTTCTCTGGTCACCATCAGTCCCCTTTTCCACACTTTCCCAATTAT
GTATCATCTTCGTTTTCTTTCCTCGGCATTCTCACTTGTTGCCTGTTGTAATTTCAATCT
CTATAATATTATTCCTTGTCT

QA 4 684 4 684
DS 



AS 1 2

CO CL4237Contig1 1037 2 4 U
GGAACAGGGTTTTACTTGTGGAACAAGGAGCTGAAGTGTCTGATCTTTTCTGCGAACCGT
TTCCGTACACTTCTTGGTTTCTTCCCTCAGAGTTTCCACTCAATGAACAGTCTCTTCTTC
GCCATCTTGTTCTAGATTCCACTGACCAACAAAAGCTTTTCTTTTGTGAGGAAGGTCAAG
CTTTGTTGAAGGAAACACCGTGGCTGATCTTGAAAGCAGAAAGTTATTATGTCCCATCAC
TCTTCTCCATCTCTTCATTTGAGCAGGAATTTGAAAAGCTCTTCCCGGTTAAAGAAACGG
TCTTTTACTTCTTGGGACAGCATCTCTTTCACCCAACTAATGGAGTCTGGGGTCTCATCA
CACGATACTACAGCGCTTATCTTGCTGGAGCTGATCAAAGAATAGGAATCCATATTGAAG
TCTCTGATACTACAAATTTGGTAGAACAGATTCTAGCTTGTGGAGTTAGGCATGAGTTGC
TTCCTGAAGTAGACAAAGGGAGACATCTCCCTTCAAGCCAAGTTCTAAACCGAAAATCAA
AGGCAGTGTTCATCTCATCTTCTTCTCCAGGGTACTTTGAGAGTATCTGAGACGTATACT
GGGAAAACCCGACGGTGACGGGAGAGATAGTCAGTGTTCACAGGCCTAGCCACAAGGAAT
ACCAAAAAACCCAGAGGAACATGGAGAGCAGAAGAGCTTGGACTGAGATTTACCTTCTAA
GTTGTTCTGATGTGCTGATGGTCACAAGCCCATGGTCCTCACTCGTAGAGGTAGCTCATG
GCCTTGGAGGGTTGAAGCCATGGGTATTGAATGAGACTGACCATGACTCTTTCTGTACGA
GAGCAAGGTCAATGGAGCCCTGTTCCCAAAAGCCAGGGTCCCATGGCTGTAAAATATTAA
GAGATGAATAGTCTTGTAAGGTCAAGTGTTTCTGAGTTTCTCAATAGAGACGTAAGGAAT
ATTAAGAATTAACTAAATGTATGAGTGCATAACTTGATCGAGTTCTATATTTTCTCTAAC
ATATCTGTATTCATGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX83TF U 1
AF RR3DX83JQ C 464
BS 1 614 RR3DX83TF
BS 615 615 RR3DX83JQ
BS 616 650 RR3DX83TF
BS 651 1037 RR3DX83JQ

RD RR3DX83TF 650 0 0
GGAACAGGGTTTTACTTGTGGAACAAGGAGCTGAAGTGTCTGATCTTTTCTGCGAACCGT
TTCCGTACACTTCTTGGTTTCTTCCCTCAGAGTTTCCACTCAATGAACAGTCTCTTCTTC
GCCATCTTGTTCTAGATTCCACTGACCAACAAAAGCTTTTCTTTTGTGAGGAAGGTCAAG
CTTTGTTGAAGGAAACACCGTGGCTGATCTTGAAAGCAGAAAGTTATTATGTCCCATCAC
TCTTCTCCATCTCTTCATTTGAGCAGGAATTTGAAAAGCTCTTCCCGGTTAAAGAAACGG
TCTTTTACTTCTTGGGACAGCATCTCTTTCACCCAACTAATGGAGTCTGGGGTCTCATCA
CACGATACTACAGCGCTTATCTTGCTGGAGCTGATCAAAGAATAGGAATCCATATTGAAG
TCTCTGATACTACAAATTTGGTAGAACAGATTCTAGCTTGTGGAGTTAGGCATGAGTTGC
TTCCTGAAGTAGACAAAGGGAGACATCTCCCTTCAAGCCAAGTTCTAAACCGAAAATCAA
AGGCAGTGTTCATCTCATCTTCTTCTCCAGGGTACTTTGAGAGTATCTGAGACGTATACT
GGGAAAACCCGACG*TGACGGGAGAGATAGTCAGTGTTCACAGGCCTAGC

QA 1 650 1 650
DS 

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TCTAAACCGAAAATCAAAGGCAGTGTTCATCTCATCTTCTTCTCCAGGGTACTTTGAGAG
TATCTGAGACGTATACTGGGAAAACCCGACGGTGACGGGAGAGATAGTCAGTGTTCACAG
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TGAGATTTACCTTCTAAGTTGTTCTGATGTGCTGATGGTCACAAGCCCATGGTCCTCACT
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ATAGAGACGTAAGGAATATTAAGAATTAACTAAATGTATGAGTGCATAACTTGATCGAGT
TCTATATTTTCTCTAACATATCTGTATTCATGCC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 3

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GACAAATCATCTATTGGAATACTAATGAATCTTGGTCTGATTGATGAGTCTAAAATCACT
CGTTCTTTACCTTGGAGACGCCCTGCAAATGTTTTCCGTACTAAGGAAGATGTTCGCCCC
ATCTTCTGGGCAAACCGTCCAAAGAGTTACATATCAAGGACTAAGGGCTGGAATGACTTC
CCACAGGGACGATGGGGTGATTCACGCAGTGCATCATATGGCACACTTTCGGATTACCAG
TTCATGCGCCCACGAGCACGTGACAAGAAGCTCCAGCAAGAATGGGCTGTCCCACTGAAA
GGCATTGATGATGTTCAAGAGAAATTCAAAGAGCTCTGTCTTGGAAACTTAAAAAGCAGT
CCATGGTCTGAGTTAGATGGACTCCAGCCAGAAACAAAGATCATAAACGAGAAACTCGGA
AAAATAAACTCCAACGGCTTCCTGACCATCAATAGCCAACCATCAGTCAATGCAGCCAAA
TCTGATTCCCCAGCTATTGGATGGGGTGGTCCTGGTGGTTATGTCTACCAGAAAGCTTAC
CTAGAGTTCTTTTGCTCTAAGGATAAGTTAGACACACTTGTGGAGAAGTCCAAATCTTTT
CCTTCCATCACCTTCATGGCCGTGAACAAAGCAGAGAACTGGGTATCAAACATTGGTGAA
TCCGATGTGAATGCAGTTACCTGGGGAGTGTTCCCAGCTAAGGAGGTTATCCAACCCACA
ATTGTGGATCCAGCCAGTTTCAAAGTCTGGAAAGACGAAGCCTTTGAGATTTGGTCAAGA
AGCTGGGCTAACTTGTACCCTGAGGATGACCCTTCTAGAAAGCTGCTCGAAGAGGTGAAG
AACAGCTACTATTTGGTAAGCTTAGTGGACAACGATTACATCAGTGGTGATATATTCTCA
GTCTTTGCCTGATCTCTGAGAAACCCCAACGGGGGAAATGAGGAAACCATTCGATTTTCA
CGATTTGTTGTAACTTTTCTAAAGATATTTGTGATGTATCAACAATACTCATCAGTTTCA
TTGTGGCTTGTTCTTTTATCTATGTCAAAACAAATAAATTAAGAAATGCTGGCGTTGCTT
AG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR3DI24TF U 1
AF RR3DI24JQ C 372
AF RR3D332TF U 671
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BS 612 671 RR3DI24JQ
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BS 817 995 RR3D332TF
BS 996 996 RR3DI24JQ
BS 997 1142 RR3D332TF

RD RR3DI24TF 615 0 0
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GACAAATCATCTATTGGAATACTAATGAATCTTGGTCTGATTGATGAGTCTAAAATCACT
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CCATGGTCTGAGTTAGATGGACTCCAGCCAGAAACAAAGATCATAAACGAGAAACTCGGA
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TCTGATTCCCCAGCTATTGGATGGGGTGGTCCTGGTGGTTATGTCTACCAGAAAGCTTAC
CTAGAGTTCTT
CTGC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3DI24JQ 726 0 0
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GTTAGATGGACTCCAGCCAGAAACAAAGATCATAAACGAGAAACTCGGAAAAATAAACTC
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AGCTATTGGATGGGGTGGTCCTGGTGGTTATGTCTACCAGAAAGCTTACCTAGAGTTCTT
TTGCTCTAAGGATAAGTTAGACACACTTGTGGAGAAGTCCAAATCTTTTCCTTCCATCAC
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AGCCAGTTTCAAAGTCTGGAAAGACGAAGCCTTTGAGATTTGGTCAAGAAGCTGGGCTAA
CTTGTACCCTGAGGATGACCCTTCTAGAAAGCTGCTCGAAGAGGTGAAGAACAGCTACTA
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ATCTCTGAGAAACCCCAATGGGGGAAATGAGGAAACCATTCGATTTTCACGATTTGTTGT
AACTTTTCTAAAGATATTTGTGATGTATCAACAGTACTCATCAGTTTCATTGTGGCTTGT
TCTTTT

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3D332TF 472 0 0
G
CTTCATGGCCGTGAACAAAGCAGAGAACTGGGTATCAAACATTGGTGAATCCGATGTGAA
TGCAGTTACCTGGGGAGTGTTCCCAGCTAAGGAGGTTATCCAACCCACAATTGTGGATCC
AGCCAGTTTCAAAGTCTGGAAAGATGAAGCCTTTGAGATTTGGTCAAGAAGCTGGGCTAA
CTTGTACCCTGAGGATGACCCTTCTAGAAAGCTGCTCGAAGAGGTGAAGAACAGCTACTA
TTTGGTAAGCTTAGTGGACAACGATTACATCAGTGGTGATATATTCTCAGTCTTTGCCTG
ATCTCTGAGAAACCCCAACGGGGGGAATGAGGAAACCATTCGATTTTCACGATTTGTTGT
AACTTTTCTAAAGATATTTGTGATGTATCAACAATACTCATCAGTTTCATTGTGGCTTGT
TCTTTTATCTATGTCAAAACAAATAAATTAAGAAATGCTGGCGTTGCTTAG

QA 2 472 2 472
DS 



AS 1 2

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GGAGAATCTGTTCTTTAGATTACAGTTCTTCAAGAACTGAATTGGTGGAAAGCTAAAACT
GATCTTCTTCGGCAGCAAACGCGTATAGATATAGAGTATCAAGACAACTCTAGTGTCGGC
ATGGCAAACACTTGGGGTGACGACATGATCCTCAGCTACAACGATGTTGTCCTCAGGAGA
TCAGATCTAGACATCCTTAACGGACCCAATTTTCTAAACGACCGTATCATCGAGTTCTAC
CTAAGCTACTTATCCACACTCCACACTTCCCCTACCATCTCGCTAATCCCTCCCTCCATC
GCCTTCTGGATCTCAAACTGTCCCGACGCTGAATCACTCAAAGACTTCATGAAACCCCTT
AGGTTACTCGACAGCGAGCTCGTGATATTGCCTGTAAACGACAACCTCAATGTCGAGCTA
GCAGAAGGCGGGTTACACTGGAGCTTACTCGTGTACTACAGAGAAGCCAACTCGTTTTTC
CATCACGATAGCTTTATGGGGTCGAATCGATGGAATGCGAGACAGCTCTACAAGGCGGTT
TCTCCATTTGTGTCTGATGGAGATGCTGCGTATAGAGAATGCAGTGATTCACCGCAGCAG
AAGAATGGGTACGACTGTGGTGTGTACCTTCTTGCAAACGCTCAGGTTATATGCAAATGG
TTTAGCTCTGATGGAGTGAAGAACCGGGATGAGCTTTGGTTAGGTGATGTGAAGGAGACT
GTACCGGATGTGGCTAACCATTTGCGAGAAGAGATATTGGGGTTGATCAAAAGGTTGATG
TTTGAGAAGAGTGTGAGTAAATGAGAGATGCTTGTTGAAGACTTTTTTTGTAACTTTTTA
CCGGATTTAATACATTTGATATTTTCACCTGTTATTGTTGTACTTTTAAGTGTAACTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG75TF U 1
AF RR3CG75JQ C 271
BS 1 645 RR3CG75TF
BS 646 646 RR3CG75JQ
BS 647 703 RR3CG75TF
BS 704 704 RR3CG75JQ
BS 705 714 RR3CG75TF
BS 715 715 RR3CG75JQ
BS 716 738 RR3CG75TF
BS 739 739 RR3CG75JQ
BS 740 749 RR3CG75TF
BS 750 899 RR3CG75JQ

RD RR3CG75TF 755 0 0
GGAGAATCTGTTCTTTAGATTACAGTTCTTCAAGAACTGAATTGGTGGAAAGCTAAAACT
GATCTTCTTCGGCAGCAAACGCGTATAGATATAGAGTATCAAGACAACTCTAGTGTCGGC
ATGGCAAACACTTGGGGTGACGACATGATCCTCAGCTACAACGATGTTGTCCTCAGGAGA
TCAGATCTAGACATCCTTAACGGACCCAATTTTCTAAACGACCGTATCATCGAGTTCTAC
CTAAGCTACTTATCCACACTCCACACTTCCCCTACCATCTCGCTAATCCCTCCCTCCATC
GCCTTCTGGATCTCAAACTGTCCCGACGCTGAATCACTCAAAGACTTCATGAAACCCCTT
AGGTTACTCGACAGCGAGCTCGTGATATTGCCTGTAAACGACAACCTCAATGTCGAGCTA
GCAGAAGGCGGGTTACACTGGAGCTTACTCGTGTACTACAGAGAAGCCAACTCGTTTTTC
CATCACGATAGCTTTATGGGGTCGAATCGATGGAATGCGAGACAGCTCTACAAGGCGGTT
TCTCCATTTGTGTCTGATGGAGATGCTGCGTATAGAGAATGCAGTGATTCACCGCAGCAG
AAGAATGGGTACGACTGTGGTGTGTACCTTCTTGCAAACGCTCAG*TTATATGCAAATGG
TTTAGCTCTGATGGAGTGAAGAACCGGGATGAGCTTTGGTTAG*TGATGTGAAG*AGACT
GTACCGGATGTGGCTAAC*ATTTGCGAGA
GAGATA

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3CG75JQ 629 0 0
CCTACCATCTCGCTAATCCCTCCCTCCATCGCCTTCTGGATCTCAAACTGTCCCGACGCT
GAATCACTCAAAGACTTCATGAAACCCCTTAGGTTACTCGACAGCGAGCTCGTGATATTG
CCTGTAAACGACAACCTCAATGTCGAGCTAGCAGAAGGCGGGTTACACTGGAGCTTACTC
GTGTACTACAGAGAAGCCAACTCGTTTTTCCATCACGATAGCTTTATGGGGTCGAATCGA
TGGAATGCGAGACAGCTCTACAAGGCGGTTTCTCCATTTGTGTTTGATGGAGATGCTGCG
TATAGAGAATGCAGTGATTCACCGCAGCAGAAGAATGGGTACGACTGTGGTGTGTACCTT
CTTGCAAACGCTCAGGTTATATGCAAATGGTTTAGCTCTGATGGAGTGAAGAACCGGGAT
GAGCTTTGGTTAGGTGATGTGAAGGAGACTGTACCGGATGTGGCTAACCATTTGCGAGAA
GAGATATTGGGGTTGATCAAAAGGTTGATGTTTGAGAAGAGTGTGAGTAAATGAGAGATG
CTTGTTGAAGACTTTTTTTGTAACTTTTTACCGGATTTAATACATTTGATATTTTCACCT
GTTATTGTTGTACTTTTAAGTGTAACTTG

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 3

CO CL4240Contig1 1148 3 17 U
GGAACTAACAACAGATCCACAAGCGAATCGGATCGGCGAGCCTAGAGAGAGAGAGAGATG
GTGACGAAGACGGAGGAGACGGAGCTAAACCAACTCGAGAATCAAGTGGAGAACAGAGGA
GGAGGTGTTTGGGAGTATCTGTGCCTCGTCCGTAAGCTCAAGGTTCGCCGATCAGAGCTT
GTGCTCAAGCACGGTCTCTCGATCTTGAACGATCCGGGAAAGCGATCCGCTCTTGGTCCT
GATGAATGGACCCTTTATGAGCAGGTAGCAATTGCAGCTATGGATTGTCAATCTCTTGCT
GTTGCACAGAATTGCATCAAGGTTCTGCAGAAGAAGTTTCCGGAGAGCAAACGTGTGGGA
AAGCTGGAGGCGTTGCTTCTAGAAGCAAAGGGGATGTGGGAAGAGGCTGAAAAAGCCTAT
TCAATCCTTTTGGAGGATAATCCACTCGATCAAGTAATACACAAAAGAAAGGTGGCTATG
GCCAAGGCGCAGGGCAAACCTTCCTTAGCCATTGAACATCTTAACAAATATCTTGAAGTA
TTCATGGCTGATCATGATGCATGGAGAGAACTTGCAGAAATTTATGTTTCCTTGCAAATG
TACAAACAAGCAGCTTTCTGTTACGAGGAGCTCATTTTATCTCAGCCTACTCTTCCATTG
TACCACTTAGCATATGCCGAGGTACTCTATACGATTGGTGGACATGAAAACCTCATCGCA
GCAAGAAAGTACTATGCATCAACCATAGACCTTACAGGTGGTAAAAGCACAAGAGCCCTC
TTTGGATTATGCTTGTGTGGATCAGCAATAGCACAGCTCTCAAAAGGCAGGAACAAAGAG
GACAAGGACATGGCTGCACCAGAGCTTCAGTCTCTAGCTGCAACTGCTCTGGAGAAAGAG
TACAAGCAAAAAGCTCCTGCCAAACTCAACCTACTCTTTTTTGCATTAAGAAGCTTGAAG
CTCTAGTAAGTTCATCAGAGGCCCATCAGAGTAAAAACGCTGGCTCACATTTTTCTTGGT
TAAAGCTTTTTTTTTTGTTGTCAGAATTTGATCTCGTTGTTCTCGCTTATTTTATTTTCA
CTCTTGATTTATTATTTACTGGCTCTTATATACACTGTTTACTAGAGGTGTTTAATCAAG
TTAATTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI02TF U 1
AF RR3FR05TF U 33
AF RR3FR05JQ C 386
BS 1 114 RR3GI02TF
BS 115 115 RR3FR05TF
BS 116 458 RR3GI02TF
BS 459 459 RR3FR05TF
BS 460 719 RR3GI02TF
BS 720 741 RR3FR05TF
BS 742 742 RR3FR05JQ
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BS 766 766 RR3FR05JQ
BS 767 777 RR3FR05TF
BS 778 778 RR3FR05JQ
BS 779 787 RR3FR05TF
BS 788 788 RR3FR05JQ
BS 789 807 RR3FR05TF
BS 808 808 RR3FR05JQ
BS 809 819 RR3FR05TF
BS 820 1148 RR3FR05JQ

RD RR3GI02TF 719 0 0
GGAACTAACAACAGATCCACAAGCGAATCGGATCGGCGAGCCTAGAGAGAGAGAGAGATG
GTGACGAAGACGGAGGAGACGGAGCTAAACCAACTCGAGAATCAAGTGGAGAACGGAGGA
GGAGGTGTTTGGGAGTATCTGTGCCTCGTCCGTAAGCTCAAGGTTCGCCGATCAGAGCTT
GTGCTCAAGCACGGTCTCTCGATCTTGAACGATCCGGGAAAGCGATCCGCTCTTGGTCCT
GATGAATGGACCCTTTATGAGCAGGTAGCAATTGCAGCTATGGATTGTCAATCTCTTGCT
GTTGCACAGAATTGCATCAAGGTTCTGCAGAAGAAGTTTCCGGAGAGCAAACGTGTGGGA
AAGCTGGAGGCGTTGCTTCTAGAAGCAAAGGGGATGTGGGAAGAGGCTGAAAAAGCCTAT
TCAATCCTTTTGGAGGATAATCCACTCGATCAAGTAATGCACAAAAGAAAGGTGGCTATG
GCCAAGGCGCAGGGCAAACCTTCCTTAGCCATTGAACATCTTAACAAATATCTTGAAGTA
TTCATGGCTGATCATGATGCATGGAGAGAACTTGCAGAAATTTATGTTTCCTTGCAAATG
TACAAACAAGCAGCTTTCTGTTACGAGGAGCTCATTTTATCTCAGCCTACTCTTCCATTG
TACCACTTAGCATATGCCGAGGTACTCTATACGATTGGTGGACATGAAAACCTCATCGC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3FR05TF 787 0 0
GG
GGCGAGCCTAGAGAGAGAGAGAGATGGTGACGAAGACGGAGGAGACGGAGCTAAACCAAC
TCGAGAATCAAGTGGAGAACAGAGGAGGAGGTGTTTGGGAGTATCTGTGCCTCGTCCGTA
AGCTCAAGGTTCGCCGATCAGAGCTTGTGCTCAAGCACGGTCTCTCGATCTTGAACGATC
CGGGAAAGCGATCCGCTCTTGGTCCTGATGAATGGACCCTTTATGAGCAGGTAGCAATTG
CAGCTATGGATTGTCAATCTCTTGCTGTTGCACAGAATTGCATCAAGGTTCTGCAGAAGA
AGTTTCCGGAGAGCAAACGTGTGGGAAAGCTGGAGGCGTTGCTTCTAGAAGCAAAGGGGA
TGTGGGAAGAGGCTGAAAAAGCCTATTCAATCCTTTTGGAGGATAATCCACTCGATCAAG
TAATACACAAAAGAAAGGTGGCTATGGCCAAGGCGCAGGGCAAACCTTCCTTAGCCATTG
AACATCTTAACAAATATCTTGAAGTATTCATGGCTGATCATGATGCATGGAGAGAACTTG
CAGAAATTTATGTTTCCTTGCAAATGTACAAACAAGCAGCTTTCTGTTACGAGGAGCTCA
TTTTATCTCAGCCTACTCTTCCATTGTACCACTTAGCATATGCCGAGGTACTCTATACGA
TTGGTGGACATGAAAACCTCATCGCAGCAAGAAAGTACTATGCATCA*CCATAGACCTTA
CAGGTGGTAAA*GCACAAGAGCC*TCTTTGGAT*ATGCTTGTGTGGATCAGCA*TAGCAC
AGCTC

QA 3 787 3 787
DS 

RD RR3FR05JQ 763 0 0
CAAAGGGGATGTGGGAAGAGGCTGAAAAAGCCTATTCAATCCTTTTGGAGGATAATCCAC
TCGATCAAGTAATACACAAAAGAAAGGTGGCTATGGCCAAGGCGCAGGGCAAACCTTCCT
TAGCCATTGAACATCTTAACAAATATCTTGAAGTATTCATGGCTGATCATGATGCATGGA
GAGAACTTGCAGAAATTTATGTTTCCTTGCAAATGTACAAACAAGCAGCTTTCTGTTACG
AGGAGCTCATTTTATCTCAGCCTACTCTTCCATTGTACCACTTAGCATATGCCGAGGTAC
TCTATACGATTGGTGGACATGAAAACCTCATCGCAGCAAGAAAGTACTATGCATCAACCA
TAGACCTTACAGGTGGTAAAAGCACAAGAGCCCTCTTTGGATTATGCTTGTGTGGATCAG
CAATAGCACAGCTCTCAAAAGGCAGGAACAAAGAGGACAAGGACATGGCTGCACCAGAGC
TTCAGTCTCTAGCTGCAACTGCTCTGGAGAAAGAGTACAAGCAAAAAGCTCCTGCCAAAC
TCAACCTACTCTTTTTTGCATTAAGAAGCTTGAAGCTCTAGTAAGTTCATCAGAGGCCCA
TCAGAGTAAAAACGCTGGCTCACATTTTTCTTGGTTAAAGCTTTTTTTTTTGTTGTCAGA
ATTTGATCTCGTTGTTCTCGCTTATTTTATTTTCACTCTTGATTTATTATTTACTGGCTC
TTATATACACTGTTTACTAGAGGTGTTTAATCAAGTTAATTAG

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL4241Contig1 783 2 2 U
GGACATTTCGCCGGCTCTCCTGTTCATCCCTCTCTACAAAGAGCCAAGTTTCTCTTTCTC
TCTCTCTAACAAAAATGGCGATGGCGAATTTAGCAAGAAGGAAGGCTTATTTTCTCACAA
GAAACGTAACTAACTCTCACACTGACGCTCTTAGATTCTCCTTCTCCCTCTCCCGTGGCT
TTGCGTCATCGGGATCTGACGAGAACGACGTCGTCGCCATCGGCGGCGGTCCAGGCGGTT
ACGTGGCGGCGATCAAGGCGGCTCAGCTCGGTCTCAAAACCACGTGTATCGAGAAGCGCG
GCGCACTCGGTGGTACTTGTCTCAACGTCGGATGTATTCCCTCTAAGGCTCTTCTTCACT
CTTCACATATGTACCATGAGGCGAAACACGCTTTTGCCCATCACGGTATCAAGGTGGCTT
CAGTTGAGGTTGATCTTCCTGCTATGTTGGCTCAGAAAGACAATGCGGTCAAGGGCCTCA
CTCGTGGCATTGAGGGTTTGTTCAAGAAGAACAAGGTTACCTACGTCAAGGGGTATGGTA
AGTTTCTCTCCCCTAATGAAGTCTCTGTTGAGACTATCGATGGAGGAAACACCGTTGTCA
AAGGCAAACACATCATTGTTGCTACCGGCTCTGACGTCAAGTCTTTGCCTGGTATTACAA
TCGATGAGAAGAAGATTGTTTCGTCGACGGGAGCTTTGTCTTTGTCTGAAGTTCCTAAGA
AACTGATTGTGATTGGTGCTGGATATATTGGGCTGGAGATGGGTTCTGTTTGGGGAAGGC
TTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 

AF RR3FN87TF U 1
AF RR3BA88TF U 30
BS 1 686 RR3FN87TF
BS 687 783 RR3BA88TF

RD RR3FN87TF 686 0 0
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TCTCTCTAACAAAAATGGCGATGGCGAATTTAGCAAGAAGGAAGGCTTATTTTCTCACAA
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CTCGTGGCATTGAGGGTTTGTTCAAGAAGAACAAGGTTACCTACGTCAAGGGGTATGGTA
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QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3BA88TF 754 0 0
GG
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CAAGGTTACCTACGTCAAGGGTTATGGTAAGTTTCTCTCCCCTAATGAAGTCTCTGTTGA
GACTATCGATGGAGGAAACACCGTTGTCAAAGGCAAACACATCATTGTTGCTACCGGCTC
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AGCTTTGTCTTTGTCTGAAGTTCCTAAGAAACTGATTGTGATTGGTGCTGGATATATTGG
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QA 3 754 3 754
DS 



AS 1 2

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AACACACAACTGAGAAACCAGTTTTGGCCAAACCGGCTCCAAGACAACCTGTCACGGTTC
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GTTGTACTGTTTTCAATGCTTCCTTCCATAAAGATATGG


BQ
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AF RR3GH46TF U 1
AF RR3D737JQ C 207
BS 1 653 RR3GH46TF
BS 654 654 RR3D737JQ
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GTTTTCACTCACTCAAGGTACTCTTCGACGCTCTATAAGAAGTTAGATCTGCAACGAAGC
TTCAGTGCCAACGTATTGGCTGCAACGCCATGTTCACCGATGACGACAATCCAGTCGGTT
CTTGTCGGTTTCATGCCTCTGGACCATTTTTTCACGACGGAATGAAAGAATGGAGCTGCT
GCAAGCAAAGAAGTCACGATTTCACTTTGTTCTTGGAAATTCCTGGATGTAAGACAGGTA
AACACACAACTGAGAAACCAGTTTTGGCCAAACCGGCTCCAAGACAACCTGTCACGGTTC
CTACTTCATCTCCACAAGCCACCAATGCTGCAACAAAAGACTCTTGCTCCAGATGCCGCC
AAGGCTTCTTCTGCTCAGACCATGGCTCCCAGCCCAAAGAACAGACACCAGTACAAGCGC
AAGAAGAAAAGACTGAGTCCTTAGTAGCCCCAGCTCCAGTTCAAAAGGTTGTTATAGACA
TGAATCAACCGCAAGTGTGCAAAAACAAAGGATGTGGCAAAACATTCAAGGAGAGAGACA
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G*TGGAAGTGTTGCGATGTTCACGTGAAAGAGTTCGACGAGTTCATGGAGATACCTCCT
GCAC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3D737JQ 673 0 0
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GCCAAACCGGCTCCAAGACAACCTGTCACGGTTCCTACTTCATCTCCACAAGCCACCAAT
GCTGCAACAAAAGACTCTTGCTCCAGATGCCGCCAAGGCTTCTTCTGCTCAGACCATGGC
TCCCAGCCCAAAGAACAGACACCAGTACAAGCGCAAGAAGAAAAGACTGAGTCCTTAGTA
GCCCCAGCTCCAGTTCAAAAGGTTGTTATAGACATTAATCAACCGCAAGTGTGCAAAAAC
AAAGGATGTGGCAAAACATTCAAGGAGAGAGACAATCACGAGACGGCTTGTAGCTATCAT
CCAGGTCCTGCGGTCTTCCACGACAGACTGAGAGGGTGGAAGTGTTGCGATGTTCACGTG
AAAGAGTTCGACGAGTTCATGGAGATACCTCCTTGCACCAAAGGTTGGCACAGCAGCAGC
GCTGATCAAGCGGTTTGATATGTTTCCATGTGCTTTTCAAAAGAAGTTTTACCATCTTAT
GGAAAATATCATTGATAACAGATTATATGTAATGGTTGTACTGTTTTCAATGCTTCCTTC
CATAAAGATATGG

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 3

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TCATCTCAAATTAATACGATTGCCTTCGTATAAATTAACCAATAGTTGTTCTCCAAGTTA
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ATGATTGACTTCTTGCTTCTTGCAGGTACCAGGATTTGCTTTATCGCAAGCCAAAGCGTG
ATCTCCACCATTAAGATCACCATAATTTATGTATCTTGCTTCAATATTGGTTGCTGCAAG
AGCCAAGAACACTACAAGAACTAGAGAAACAAACACTTTGACATTTTTAGACATCCTCGT
ATTATTACTAATTATTTTTTATCTTCCAAATAAATTAAATAAATAAATTTATAAAAGAAA
TCCTGGATAGGAGTTCAATTTATTTTATTTATATATTTAATTTTATTTGGAGTTGGATCT
CTTCC


BQ
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25 25 25 25 25 

AF RR3EG01JQ U 1
AF RR3F345JQ U 1
AF RR3F345TF C 1
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A
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A
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TTCC

QA 2 605 2 605
DS 



AS 1 3

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GAATGTCCTTCTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CV60JQB U 1
AF RR3BO36JQ U 7
AF RR3BO36TF C 319
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QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3BO36JQ 836 0 0
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TCTCGTAAAGGAATGAAACTAACGGAGTCCTGAATAACTCAGTTGAAAGAGGCATTGGTT
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QA 1 836 1 836
DS 

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TGCTTCCACTAGCCACAGCCAAATCAAGATGCGTCTCGTTACCTGAGTAACTCTTTTTAC
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GACTAATCAATGCTAATGAGTTATAGCATATAGGGCAAGCTAGAATGTCCTTCTTCTC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 3

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GCACGGGTGCTCTAGCTATTTTTCTTAACAAGGAGTCTAATCTAGACATAACTACTTCAG
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CCCCTTCTCTCCCCCATATCAACCATACATGGGGAGATGAATTTCCAACCTCAGTACCAG
ATTGGGATTTGATCATTGCCAGTGACATCCTTCTATATGTGAAACAGTACCCAAACTTGA
TTAAGTCACTCTCTTTTCTTCTCAAGTCCTACAAACCTAAAGACACCACCAATGCCGTTC
CTCCAGCAGAGCGCAAGCTAAATGGAGCAGAGTCTGATATGCTACCGTGGCC*GGTGTTC
TTAATGAGTTGGAGAAGACGGATTGGGAAAGAGGACGAGTCTTTATTCTTTAGTGGTTGC
CAAGAAGCTGGATTCGAGGTGAAGCATCTTGGAAACCGAGTTTATTGCATCACCCTTACA
GAAACCAACCTCTGAAGAATACGTTACTATACTACTCCTTATGAGTCGGGTCTCCTTCCG
CAGATTGTTCGCCTCTGAAATTAGTGTGTTACTCTTGCCGCTTATTTGGATTTGCGTTTC
TTTTCTTTTTTGGGTCAAAGTTAAAGGTGAAATGAGATACTGTTGTGGTAGGGGTCATTT
CATCAGTTTGCGTCGCTTCCCGTGTAGATTGAATTTTTAACAAACGTTCTATTATGATC


BQ
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AF RR3EL46TF U 6
AF RR3B780TF U 1
AF RR3B780JQ C 422
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GG
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DS 



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CTCATCTACCTTCAACGTATACGCATACTCTGGAGCTATGTAGCCGTAAGATCCAGCGAT
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AATCAGCGGAGAACGATCGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E113JQ U 1
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CGAATCAGTCATTTTACGAACCCACTGCACGATATCGACACCGTCACCGAACTCACCGAC
GGGTTTTCTCCCGGTGACTAGTTCTAAAAGAACCACACCGAAACTGTACACGTCGCTCTT
CTCATCTACCTTCAACGTATACGCATACTCTGGTGCTATGTAGCCGTAAGATCCAGCGAT
GGCAGACATGCATTCAGAAGTACCGGAGTCT
TGT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3A242TF 700 0 0
AAAGCACAAACCGGACTAAACATGGGAAAATAAGTGATTAACAAACCAAATCTCATCGCT
AATACCATCTTCTCTCACCGGAACCAACCCTAATTTTTAGTTTTT*ACTGCTCTCAGAGA
TCGAGTAGATCCGGCTGACCTTGACCGCCCTCTGGCGTCGTTGTTTTCTCCTCTCCGGCT
GTTGATTCCGTCGCAGGCTGATCCTTAGACGGTGGCATCTTCGGCACCTCAGTGAGAATC
TGAACGACTTCTCTCATCGTAGGTCTCTCAACGGCTTGTTCTTCGACACAGAGCATAGCA
ACGTAGAAAACGTGCGTCACTTCGTGAATAGGAATCGAAGAAAGCCTCGGATCCAACACT
TTGAGAACAGAGTCCTTGTTCGAATCAGTCATTTTACGAACCCACTGCACGATATCGACA
CCGTCGCCGAACTCACCGACGGGTTTTCTCCCGGTGACTAGCTCTAAAAGAACCACACCG
AAACTGTACACATCGCCCTTCTCATCTACCTTCAACGTATACGCATATTCTGGAGCTATG
TAGCCGTAAGATCCAGCGATGGCAGACATGCATTCAGAAGTACCGGAGTCTCGTAAGAAC
TTGGCGAGACCAAAGTCAGCGACATGAGCTTCGAAGCTGGAATCGAGGAGGATGTTGTTC
GACTTAACATCTCGATGAACAATCAGCGGAGAACGATCGT

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 3

CO CL4247Contig1 723 3 8 U
TAACCAGTTATGTAACTTATGTTTCTACAAATCTGGTACCGAGATATTTTCGAGGCAGTA
TAAAAAATCAAAATGGGTAGGATCCAACAAGCGATTCTCACAATAAAAAGACTAAAAAAC
ATTTGGTCGGAGGAGATTAAGCTACTCGTCTGCAGCAGCAGAAGAGTGGTGAGGGAACCT
AGCCCACTCATCTTGCCATGTCCTCCTCCCCTCCGCGACTGAGCTCACGACATAGGCTGC
CTCCTGCAAGCTAACTCGGATTTGGTCTTTGCTGTCTCTTTCTCTGATTGTCACAGTTTT
ATCTGAGTCCACTGTTATTGCAAATGGCACTCCGAGTTCATCGGTTCTCGCATATCTTTT
CCCTATCGATGTACCAGTGATGTCAATCTTATGTGAGATGCCGAAAGAAGTGAGTTTCTT
AAAGATCACTTTAGTTGCTTCCTCGAATTGTTGGTTCTGAACAAGCGGGAAAACCGTGCA
CTTGATGGGAGCCACAAGAGGAGGGAAACGGAACACGTTCAACTGCTCGTCACCTGCTTT
GCTTGGCCGTGTGCTGAAACAATGCTCGTACAGACAATATATGATCCGACCAATCCCGAA
TGATGGTTCAATCACTGAAGGGGTGAACACCCTCTGGTGCTCTTTCTTTTTCTCCTTTGA
GATTGACACCATGCTCTTCTTGATGATCACGTTTTTGCCGAGGGTACACACGTAGAACTC
CAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3CQ89JQ U 230
AF RR3AC06JQ U 1
AF RR3CQ89TF C 95
BS 1 127 RR3AC06JQ
BS 128 128 RR3CQ89TF
BS 129 205 RR3AC06JQ
BS 206 206 RR3CQ89TF
BS 207 239 RR3AC06JQ
BS 240 240 RR3CQ89JQ
BS 241 715 RR3AC06JQ
BS 716 723 RR3CQ89TF

RD RR3CQ89JQ 177 0 0
ACATAGGCTGCCTCCTGCAAGCTAACTCGGATTTGGTCTTTGCTGTCTCTTTCTCTGATT
GTCACAGTTTTATCTGAATCCACTGTTATTGCAAATGGCACTCCGAGTTCATCGGTTCTC
GCATATCTTTTCCCTATCGATGTACCAGTGATGTCAATCTTATGTGAAATGCCGAAA

QA 1 177 1 177
DS 

RD RR3AC06JQ 715 0 0
TAACCAGTTATGTAACTTATGTTTCTACAAATCTGGTACCGAGATATTTTCGAGGCAGTA
TAAAAAATCAAAATGGGTAGGATCCAACAAGCGATTCTCACAATAAAAAGACTAAAAAAC
ATTTGGTTGGAGGAGATTAAGCTACTCGTCTGCAGCAGCAGAAGAGTGGTGAGGGAACCT
AGCCCACTCATCTTGCCATGTCCTCTTCCCCTCCGCGACTGAGCTCACGACATAGGCTGA
CTCCTGCAAGCTAACTCGGATTTGGTCTTTGCTGTCTCTTTCTCTGATTGTCACAGTTTT
ATCTGAGTCCACTGTTATTGCAAATGGCACTCCGAGTTCATCGGTTCTCGCATATCTTTT
CCCTATCGATGTACCAGTGATGTCAATCTTATGTGAGATGCCGAAAGAAGTGAGTTTCTT
AAAGATCACTTTAGTTGCTTCCTCGAATTGTTGGTTCTGAACAAGCGGGAAAACCGTGCA
CTTGATGGGAGCCACAAGAGGAGGGAAACGGAACACGTTCAACTGCTCGTCACCTGCTTT
GCTTGGCCGTGTGCTGAAACAATGCTCGTACAGACAATATATGATCCGACCAATCCCGAA
TGATGGTTCAATCACTGAAGGGGTGAACACCCTCTGGTGCTCTTTCTTTTTCTCCTTTGA
GATTGACACCATGCTCTTCTTGATGATCACGTTTTTGCCGAGGGTACACACGTAG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3CQ89TF 629 0 0
ATT
TCACAATAAAAAGACTAAAAA*CATTTGGTCGGAGGAGATTAAGCTACTCGTCTGCAGCA
GCAGAAGAGTGGTGAGGGAAC*TAGCCCACTCATCTTGCCATGTCCTCCTCCCCTCCGCG
ACTGAGCTCACGACATAGGCTGCCTCCTGCAAGCTAACTCGGATTTGGTCTTTGCTGTCT
CTTTCTCTGATTGTCACAGTTTTATCTGAGTCCACTGTTATTGCAAATGGCACTCCGAGT
TCATCGGTTCTCGCATATCTTTTCCCTATCGATGTACCAGTGATGTCAATCTTATGTGAG
ATGCCGAAAGAAGTGAGTTTCTTAGAGATCACTTTAGTTGCTTCCTCGAATTGTTGGTTC
TGAACAAGCGGGAAAACCGTGCACTTGATGGGAGCCACAAGAGGAGGGAAACGGAACACG
TTCAACTGCTCGTCACCTGCTTTGCTTGGCCGTGTGCTGAAACAATGCTCGTACAGACAA
TATATGATCCGACCAATCCCGAATGATGGTTCAATCAC***AGGGGTGAACACCCTCTGG
TGCTCTTTCTTTTTCTCCTTTGAGATTGACACCATGCTCTTCTTGATGATCACGTTTTTG
CCGAGGGTACACACGTAGAACTCCAC

QA 4 629 4 629
DS 



AS 1 3

CO CL4248Contig1 702 3 1 U
GGACATCCAACACAAGAAATCATATTCAGCAAACCAAGAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAT
GAACTTCCTCTCCGATCAGGTAAAGAAATTCTCCGACTCCAAACCAGAGGAGCCAGACCA
CAACAAGCCCGCCGAAGGAACCGAAACAACCAACAGACCAGCTTCATCCTCCGAGCTCAT
GGCCAGTGCCAAGGTCGTAGCCGAAGCTGCTCAAGCCGCTGCTCGTAACGAGTCAGACAA
ACTCGACAAGGCTAAAGTCGCCGGAGCCAGCGCTGATATCTTAGATGCCGCCCAGAAATA
CGGAAAGCTCGGTGAGAAGAGCGGCACTGGTCAGTACATAGAGAAGGCCGAGAAGTATCT
AAACGACTTCGAGTCCTCACATTCCTCCGGCGCCGCCGGTACTCCTCCCCCGGCAAGTCA
GGCTGAACCGGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGGTGGCTTGGGAGGTTATGC
TAATATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTGTTAATTGTTATTATATCGT
GGATTAATAAATTTAAATAAGTACGTACGTTTAGTATGGAATATAAAACTAGATAACTAA
GTACGTAAGAAATCATGATGTATCGTTTTAGTATGGGGAGCGGATGTAATCTATCTTTGT
CATTGTTATGTCTTTAATCTATCTATATTTGTTGTGATGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H379TF U 1
AF RR3H379JQ C 98
AF RR3AY31TF U 496
BS 1 702 RR3H379TF

RD RR3H379TF 702 0 0
GGACATCCAACACAAGAAATCATATTCAGCAAACCAAGAAAAAAAAAGAAAAAAAAAGAT
GAACTTCCTCTCCGATCAGGTAAAGAAATTCTCCGACTCCAAACCAGAGGAGCCAGACCA
CAACAAGCCCGCCGAAGGAACCGAAACAACCAACAGACCAGCTTCATCCTCCGAGCTCAT
GGCCAGTGCCAAGGTCGTAGCCGAAGCTGCTCAAGCCGCTGCTCGTAACGAGTCAGACAA
ACTCGACAAGGCTAAAGTCGCCGGAGCCAGCGCTGATATCTTAGATGCCGCCCAGAAATA
CGGAAAGCTCGGTGAGAAGAGCGGCACTGGTCAGTACATAGAGAAGGCCGAGAAGTATCT
AAACGACTTCGAGTCCTCACATTCCTCCGGCGCCGCCGGTACTCCTCCCCCGGCAAGTCA
GGCTGAACCGGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCTGGTGGTGGCTTGGGAGGTTATGC
TAATATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTGTTAATTGTTATTATATCGT
GGATTAATAAATTTAAATAAGTACGTACGTTTAGTATGGAATATAAAACTAGATAACTAA
GTACGTAAGAAATCATGATGTATCGTTTTAGTATGGGGAGCGGATGTAATCTATCTTTGT
CATTGTTATGTCTTTAATCTATCTATATTTGTTGTGATGTAC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3H379JQ 605 0 0
TCCAAACCAGAGGAGCCAGACCACAACAAGCCCGCCGAAGGAACCGAAACAACCAACAGA
CCAGCTTCATCCTCCGAGCTCATGGCCAGTGCCAAGGTCGTAGCCGAAGCTGCTCAAGCC
GCTGCTCGTAACGAGTCAGACAAACTCGACAAGGCTAAAGTCGCCGGAGCCAGCGCTGAT
ATCTTAGATGCCGCCCAGAAATACGGAAAGCTCGGTGAGAAGAGCGGCACTGGTCAGTAC
ATAGAGAAGGCCGAGAAGTATCTAAACGACTTCGAGTCCTCACATTCCTCCGGCGCCGCC
GGTACTCCTCCCCCGGCAAGTCAGGCTGAACCGGAAGCTAAGAAGCCCGAAGAGGAGTCT
GGTGGTGGCTTGGGAGGTTATGCTAATATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGATTATTGATC
TTTGTTAATTGTTATTATATCGTGGATTAATAAATTTAAATAAGTACGTACGTTTAGTAT
GGAATATAAAACTAGATAACTAAGTACGTAAGAAATCATGATGTATCGTTTTAGTATGGG
GAGCGGATGTAATCTATCTTTGTCATTGTTATGTCTTTAATCTATCTATATTTGTTGTGA
TGTAC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3AY31TF 199 0 0
TTTCATGAAGTGATTATTGATCTTTGTTAATTGTTATTATATCGTGGATTAATAAATTTA
AATAAGTACGTACGTTTAGTATGGAATATAAAACTAAATAACTAAGTACGTAAGAAATCA
TGATGTATCGTTTTAGTATGGGGAGCGGATGTAATCTATCTTTGTCATTGTTATGTCTTT
AATCTATCTATATTTGTTG

QA 1 199 1 199
DS 



AS 1 3

CO CL4249Contig1 602 3 1 U
GGACCAACTTCCATCTCTCTATCTCGTCTCCTTTATTCCGCATCTTTTTTAAATATCCTC
TCTCGATCAATCCGTCACAAACGATGTCTGCCTTCACCAGCAAATACGCCGATGAGTTGA
TCGCTAACGCTGCCTACATCGGCACACCCGGGAAAGGTATCCTCGCCGCCGATGAGTCCA
CCGGTACCATCGGAAAGCGTCTCGCGAGCATCAACGTGGAGAACGTTGAGTCCAACAGAC
GTGCTCTCCGTGAGCTTCTCTTCACCGCCCCTGGTGCTCTCCCTTGCCTCAGTGGTGTCA
TCCTCTTCGAGGAGACTCTTTACCAAAAGAGCTCCGATGGCAAGCTTTTCGTTGATATCT
TGAAGGAAGGAGGAGTTCTTCCAGGTATCAAAGTCGACAAGGGTACCGTCGAGCTAGCCG
GAACCAACGGTGAGACCACCACTCAAGGTCTCGACGGTCTCGGTGAGCGTTGCAAGAAGT
ACTACGAAGCCGGTGCACGTTTCGCCAAGTGGCGTGCGGTTCTCAAGATCGGCGAGAACG
AGCCATCAGAGCATTCGATCCACGAGAACGCTTACGGGTTGGCTAGGTACGCTGTGATCT
GT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 10 

AF RR3AN09TF U 140
AF RR3DM62TF U 1
AF RR3EO71TF U 70
BS 1 602 RR3DM62TF

RD RR3AN09TF 278 0 0
G
GGCACACCCGGGAAGGGTATCCTCGCGGCCGATGAGTCCACCGGTACCATCGGAAAGCGT
CTCGCGAGCATCAACGTCGAGAACGTTGAGTCCAACAGACGCGCTCTCCGCGAGCTTCTC
TTCACCGCCCCTGGTGCTCTCCCTTGCCTCAGTGGTGTCATCCTCTTCGAGGAGACTCTT
TACCAAAAGATCTCCGATGGCAAGCTTTTCGTTGATATCTTGAAGGAAGGAGGAGTTCTT
CCAGGTATCAAAGTTGACAAGGGTACCGTCGAGCTAG

QA 2 278 2 278
DS 

RD RR3DM62TF 602 0 0
GGACCAACTTCCATCTCTCTATCTCGTCTCCTTTATTCCGCATCTTTTTTAAATATCCTC
TCTCGATCAATCCGTCACAAACGATGTCTGCCTTCACCAGCAAATACGCCGATGAGTTGA
TCGCTAACGCTGCCTACATCGGCACACCCGGGAAAGGTATCCTCGCCGCCGATGAGTCCA
CCGGTACCATCGGAAAGCGTCTCGCGAGCATCAACGTGGAGAACGTTGAGTCCAACAGAC
GTGCTCTCCGTGAGCTTCTCTTCACCGCCCCTGGTGCTCTCCCTTGCCTCAGTGGTGTCA
TCCTCTTCGAGGAGACTCTTTACCAAAAGAGCTCCGATGGCAAGCTTTTCGTTGATATCT
TGAAGGAAGGAGGAGTTCTTCCAGGTATCAAAGTCGACAAGGGTACCGTCGAGCTAGCCG
GAACCAACGGTGAGACCACCACTCAAGGTCTCGACGGTCTCGGTGAGCGTTGCAAGAAGT
ACTACGAAGCCGGTGCACGTTTCGCCAAGTGGCGTGCGGTTCTCAAGATCGGCGAGAACG
AGCCATCAGAGCATTCGATCCACGAGAACGCTTACGGGTTGGCTAGGTACGCTGTGATCT
GT

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3EO71TF 532 0 0
GG
CCGTCACAAACGATGTCTGCCTTCACCAGCAAATACGCCGATGAGTTGATCGCTAACGCT
GCCTACATCGGCACACCCGGGAAAGGTATCCTCGCCGCCGATGAGTCCACCGGTACCATC
GGAAAGCGTCTCGCGAGCATCAACGTGGATAACGTTGAGTCCAACAGACGTGCTCTCCGT
GAGCTTCTCTTCACCGCCCCTGGTGCTCTCCCTTGCCTCAGTGGTGTCATCCTCTTCGAG
GAGACTCTTTACCAAAAGAGCTCCGATGGCAAGCTTTTCGTTGATATCTTGAAGGAAGGA
GGAGTTCTTCCAGGTATCAAAGTCGACAAGGGTACCGTCGAGCTAGCCGGAACCAACGGT
GAGACCACCACTCAAGGTCTCGACGGTCTCGGTGAGCGTTGCAAGAAGTACTACGAAGCC
GGTGCACGTTTCGCCAAGTGGCGTGCGGTTCTCAAGATCGGCGAGAACGAGCCATCAGAG
CATTCGATCCACGAGAACGCTTACGGGTTGGCTAGGTACGCTGTGATCTG

QA 3 532 3 532
DS 



AS 1 2

CO CL4250Contig1 1143 2 10 U
GATTTCGTTACACTCTCCGGCGACATGAGCTCTCCGGGAATAGCGAGTATGTTCACAAAT
TTCACAAAGCTCTGCAAAGGACTTGCTCTTGTGCTTGTGGTGGGACACCTCTTGGTTCAG
TTCGTTCCCGCCACCATCCCTTACCTCGCTCTCATTCCCGCCAGGACTATCCCTTTTGGC
TGGAACCTGATTACAAGCGGCTACTTTGAACTCTCTGTATATGGTGTTGTCATCAACACC
GTTTCTCTCCTCTTTATGGGGAAGTTCCTTGAGCCTGTGTGGGGTTCCAAGGAGTTTCTT
AAGTTCATCTTTGTCGTCAACTTTCTTACCTACCTCTGTGTTTTCGTCACAGCCATTGCT
TTATACTACATTACCAGGCTCGAAATCTACCTATATATGCCCTTTGCAGGTTTTCATGGT
GTCTTGGCAGGCCTTCTTGTCGGGATTAAGCAGATTATACCTGACCAGGAGGTATTATTC
GTAAAGATCAAAGCAAAGTGGTTGCCCTCTATAACGCTAGTTCTGTCAATAGCCTCAAGC
TTCTTCACACTCAATTCAGCAGCGTATCTCCCCACTTTGATATTTGGTACATATATGGGA
TGGCTATACCTCAGATACTTACAGAGGAGGCCAGAAACAAAGCTCAGAGGTGATCCGAGT
GATGACTTTGCCTTCTCTACTTTCTTTCCTGAACTTCTCAGACCGATAATTGACCCTATA
GCCTAATCTTTCATCGGATGCTTTGTGGACGATCAAATGCCACCAGCGAGGACCATGGTT
ATTCTACCAGCGGTGCTCCTTTGCCGGGTTCTGACTCTGCTGAAGCTTCTAGAAGGAGAG
AAAGAGGAGCCAGGGCTCTAGAGGAGAGACTTGCAACGGAAAGGGTGGTTCCTCCAAGGA
ATAAAGAGGAGTCGCAGAGTGATGCTTTGGATAGCGTTTAAGTGGAGACTGCAAACTAGC
GATGTGTGTGGGGGTTCTTACTTGGTTCAGGTGGGCAGTGCTTTTTTTTTTCTAAATGAA
AAGTTGCTTTATATCAATCAGCTTCTCCGTAAATTACCTATGACTGCTCTGAAAATAGTG
CTTCCCTTGGACAGACAAACAAGTTTACTTGGACCAGAGTATATAAAGATATACCTTCAC
CTC


BQ
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10 10 10 

AF RR3H908TF U 1
AF RR3D683JQ C 497
BS 1 512 RR3H908TF
BS 513 513 RR3D683JQ
BS 514 562 RR3H908TF
BS 563 563 RR3D683JQ
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BS 570 570 RR3D683JQ
BS 571 635 RR3H908TF
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BS 637 640 RR3H908TF
BS 641 1143 RR3D683JQ

RD RR3H908TF 644 0 0
GATTTCGTTACACTCTCCGGCGACATGAGCTCTCCGGGAATAGCGAGTATGTTCACAAAT
TTCACAAAGCTCTGCAAAGGACTTGCTCTTGTGCTTGTGGTGGGACACCTCTTGGTTCAG
TTCGTTCCCGCCACCATCCCTTACCTCGCTCTCATTCCCGCCAGGACTATCCCTTTTGGC
TGGAACCTGATTACAAGCGGCTACTTTGAACTCTCTGTATATGGTGTTGTCATCAACACC
GTTTCTCTCCTCTTTATGGGGAAGTTCCTTGAGCCTGTGTGGGGTTCCAAGGAGTTTCTT
AAGTTCATCTTTGTCGTCAACTTTCTTACCTACCTCTGTGTTTTCGTCACAGCCATTGCT
TTATACTACATTACCAGGCTCGAAATCTACCTATATATGCCCTTTGCAGGTTTTCATGGT
GTCTTGGCAGGCCTTCTTGTCGGGATTAAGCAGATTATACCTGACCAGGAGGTATTATTC
GTAAAGATCAAAGCAAAGTGGTTGCCCTCTATTACGCTAGTTCTGTCAATAGCCTCAAGC
TTCTTCACACTCAATTCAGCAGTGTATCTTCCCACTTTGATATTTGGTACATATATGGGA
TGGCTATACCTCAGATACTTACAGAGGAGGCCAGAGACAA
GCTC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3D683JQ 647 0 0
AGTGGTTGCCCTCTATAACGCTAGTTCTGTCAATAGCCTCAAGCTTCTTCACACTCAATT
CAGCAGCGTATCTCCCCACTTTGATATTTGGTACATATATGGGATGGTTATACCTCAGAT
ACTTACAGAGGAGGCCAGAAACAAAGCTCAGAGGTGATCCGAGTGATGACTTTGCCTTCT
CTACTTTCTTTCCTGAACTTCTCAGACCGATAATTGACCCTATAGCCTAATCTTTCATCG
GATGCTTTGTGGACGATCAAATGCCACCAGCGAGGACCATGGTTATTCTACCAGCGGTGC
TCCTTTGCCGGGTTCTGACTCTGCTGAAGCTTCTAGAAGGAGAGAAAGAGGAGCCAGGGC
TCTAGAGGAGAGACTTGCAACGGAAAGGGTGGTTCCTCCAAGGAATAAAGAGGAGTCGCA
GAGTGATGCTTTGGATAGCGTTTAAGTGGAGACTGCAAACTAGCGATGTGTGTGGGGGTT
CTTACTTGGTTCAGGTGGGCAGTGCTTTTTTTTTTCTAAATGAAAAGTTGCTTTATATCA
ATCAGCTTCTCCGTAAATTACCTATGACTGCTCTGAAAATAGTGCTTCCCTTGGACAGAC
AAACAAGTTTACTTGGACCAGAGTATATAAAGATATACCTTCACCTC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 3

CO CL4251Contig1 929 3 17 U
GGCGTCTCACTTCTCTCTCTCACCGTCTCACCGCTTTCGAAGTAACAATGCCGCAGGGAG
ATTATATCGATTTGCACCAGAAGAGGCATGGACGCCGCCTCGATTACGAAGAGCGCAAGC
GCAAGAAGGAGGCTCGTCAAGTTCACAAGCGCTCCAAACAGGCTCAGAATTCTATAGGTA
TAAAGGGTAAGATGATTGCTAAGAAAAACTATGCTGAGAAAGCTCAAATGAAGAAAACAT
TGAAGATGCATGAGGAGAGTTCATCAAGGCGTAAAACTGATGAGGATGTTCAGGAAGGAG
CTGTTCCTGCTTATCTTCTTGATCGTGAGAATACCTCTCGGGCCAAGGTTCTTAGCAACA
CTATTAAACAAAAGAGGAAAGAGAAAGCTGGGAAGTGGGAGGTTCCTCTGCCAAAGGTCC
GTCCCGTGGCTGAAGATGAGATGTTCAGAGTCATCAGATCTGGGAAGAGGAAAACAAAAC
AGTGGAAGAGGATGGTTACAAAAGCTACATTTGTTGGACCTGGTTTCACAAGGAAGCCGC
CAAAGTACGAGCGATTCATCCGCCCTTCTGGACTTCGTTTCACCAAGGCCCACGTTACTC
ACCCTGAGCTAAGATGCACTTTCTGTCTTGAGATCATCGGGATCAAGAAGAATCCCAACG
GTCCAATGTATACATCGCTTGGTGTCATGACCAGAGGAACAATCATTGAGGTCAATGTGA
GTGAGCTTGGTCTTGTTACACCAGCTGGAAAAGTTGTCTGGGGGAAGTACGCTCAGGTGA
CAAACAATCCAGAGAATGACGGGTGTATAAACGCTGTTCTGCTTGTGTAATCAAAATCTC
CGGCGAGAATCATGTTGTTTACTCTTTTTTTTGTTCTCTACTGAAACAATTTTGTCTTTA
ACTCAGCCTTTTTTTATGTATCGGTGTGC


BQ
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AF RR3C030TF U 2
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RD RR3AQ38TF 692 0 0
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TGAAGATGCATGAGGAGAGTTCATCAAGGCGTAAAACTGATGAGGATGTTCAGGAAGGAG
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CTATTAAACAAAAGAGGAAAGAGAAAGCTGGCAAGTGGGAGGTTCCTCTGCCAAAGGTCC
GTCCCGTGGCTGAAGATGAGATGTTCAGAGTCATCAGATCTGGGAAGAGGAAAACAAAAC
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GTCCAATGTATACATCGCTTGGTGTCATGACC

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DS 

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GG
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GTATCGATTTGCACCAGAAGAGGCATGGACGCCGCCTCGATTACGAAGAGCGCAAGCGCA
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TTCCTGCTTATCTTCTTGATCGTGAGAATACCTCTCGGGCCAAGGTTCTTAGCAACACTA
TTAAACAAAAGAGGAAAGAGAAAGCTGGGAAGTGGGAGGTTCCTCTGCCAAAGGTCCGTC
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AGTACGAGCGATTCATCCGCCCTTCTGGACTTCGTTTCACCAAGGCCCACGTTACTCACC
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AGCTTGGTCTTGTTACACCAGCTGGAAA*GTTGTCTGGGGGAAGT

QA 3 767 3 767
DS 

RD RR3C030JQ 720 0 0
TT
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TAAAACTGATGAGGATGTTCAGGAAGGAGCTGTTCCTGCTTATCTTCTTGATCGTGAGAA
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CATCAGATCTGGGAAGAGGAAAACAAAACAGTGGAAGAGGATGGTTACAAAAGCTACATT
TGTTGGACCTGGTTTCACAAGGAAGCCGCCAAAGTACGAGCGATTCATCCGCCCTTCTGG
ACTTCGTTTCACCAAGGCCCACGTTACTCACCCTGAGCTAAGATGCACTTTCTGTCTTGA
GATCATCGGGATCAAGAAGAATCCCAACGGTCCAATGTATACATCGCTTGGTGTCATGAC
CAGAGGAACAATCATTGAGGTCAATGTGAGTGAGCTTGGTCTTGTTACACCAGCTGGAAA
AGTTGTCTGGGGGAAGTACGCTCAGGTGACAAACAATCCAGAGAATGACGGGTGTATAAA
CGCTGTTCTGCTTGTGTAATCAAAATCTCCGGCGAGAATCATGTTGTTTACTCTTTTTTT
TGTTCTCTACTGAAACAATTTTGTCTTTAACTCAGCCTTTTTTTATGTATCGGTGTGC

QA 3 720 3 720
DS 



AS 1 2

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AGTTGTCATGCCTCTACCATCGTTGAGGTTGTTAAAGATCACTTTCTGGCTGCTTATTTC
GGAGGCACATTTGAGGGAGCATCTGATGTCAAAATCTGGTTGCAGCATTTCAAGGAAGGT
CAATGGGAGTCACCGGTTATTGTGGATGAAGAGCCAGGAGTTCCAATGTGGAATCCTGTC
TTGTTCAAGCTTCCGTCACAAGAGCTCTTATTGTTCTACAAAATCGGTCAGGAGGTTCAA
AAATGGAGCGGTTGCATGAAACGATCCTATGACAAAGGTAAAACCTGGACTAACAGAGAA
CAGCTTCCTCCAGGGATCCTCGGACCCATTAAAAACAAGCCTATCTTGCTTGAAGACGGG
ACTCTCCTCTGTGGATCATCCGTTGAAAGCTGGAACTCTTGGGGAGCGTGGATGGAGGTC
ACTTCAGACGAAGGTAGATCATGGAGAAAACATGGCCCAATATACATTCAAGGGAAGAGT
CTTAGCGTGATCCAACCGGTTCCATACCAAACCGCAGCTGGGACATTACGTGTTCTACTC
AGATCATTCACCGGAATTGACAGAGTCTGTATCTCAGAATCTTGTGATGGCGGTGAGAAC
TGGAGTTATGCAACACCAATCGTTCTCCCAAACCCTAATTCAGGTATTGATGGAGTCAAG
CTAAAGGATGGTAGGCTGGTGCTTGCTTACAACACAGACTCGAGAGGTGTGCTCAAAGTA
GGAGTTTCTTTAGACGATGGTGATTTTTGGACCGATGTTTTGACGTTGGAGGATATTCCC
GGAATGGAGTTTTTGTATCCGGCGGTTATTCAAGCCGGAGACGGGGATGTCCACGTCACT
TATACCTATAACAGGACACAGATTAAGCATGTAGTGCTAAAGAGTGGGACAGATATTGAT
ACAAGCCATACCGGAAACATGGAGAAGCTGGTGGGGGACTCGTGGGTTTGGGTTAGTATT
TGAACCGAACCATTGATATGGAATGGGACATTTTTTTTACGGAAGAACAAAAATTTTGTT
ATTTTTTTTGAATAAATGTAAAATTAATTTTTTAAACATTTTTTTTTACAAACTTGATTT
TGAAAACATTGATTGAGAATTTGAAAGATGCAA


BQ
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AF RR3AR46TF U 1
AF RR3AR46JQ C 642
BS 1 703 RR3AR46TF
BS 704 704 RR3AR46JQ
BS 705 724 RR3AR46TF
BS 725 1173 RR3AR46JQ

RD RR3AR46TF 724 0 0
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AGTTGTCATGCCTCTACCATCGTTGAGGTTGTTAAAGATCACTTTCTGGCTGCTTATTTC
GGAGGCACATTTGAGGGAGCATCTGATGTCAAAATCTGGTTGCAGCATTTCAAGGAAGGT
CAATGGGAGTCACCGGTTATTGTGGATGAAGAGCCAGGAGTTCCAATGTGGAATCCTGTC
TTGTTCAAGCTTCCGTCACAAGAGCTCTTATTGTTCTACAAAATCGGTCAGGAGGTTCAA
AAATGGAGCGGTTGCATGAAACGATCCTATGACAAAGGTAAAACCTGGACTAACAGAGAA
CAGCTTCCTCCAGGGATCCTCGGACCCATTAAAAACAAGCCTATCTTGCTTGAAGACGGG
ACTCTCCTCTGTGGATCATCCGTTGAAAGCTGGAACTCTTGGGGAGCGTGGATGGAGGTC
ACTTCAGACGAAGGTAGATCATGGAGAAAACATGGCCCAATATACATTCAAGGGAAGAGT
CTTAGCGTGATCCAACCGGTTCCATACCAAACCGCAGCTGGGACATTACGTGTTCTACTC
AGATCATTCACCGGAATTGACAGAGTCTGTATCTCAGAATCTTGTGATGGCGGTGAGAAC
TGGAGTTATGCAACACCAATCGTTCTCCCAAACCCTAATTCAG*TATTGATGGAGTCAAG
CTAA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3AR46JQ 532 0 0
TTGTGATGGCGGTGAGAACTGGAGTTATGCAACACCAATCGTTTTCCCAAACCCTAATTC
AGGTATTGATGGAGTCAAGCTAAAGGATGGTAGGCTGGTGCTTGCTTACAACACAGACTC
GAGAGGTGTGCTCAAAGTAGGAGTTTCTTTAGACGATGGTGATTTTTGGACCGATGTTTT
GACGTTGGAGGATATTCCCGGAATGGAGTTTTTGTATCCGGCGGTTATTCAAGCCGGAGA
CGGGGATGTCCACGTCACTTATACCTATAACAGGACACAGATTAAGCATGTAGTGCTAAA
GAGTGGGACAGATATTGATACAAGCCATACCGGAAACATGGAGAAGCTGGTGGGGGACTC
GTGGGTTTGGGTTAGTATTTGAACCGAACCATTGATATGGAATGGGACATTTTTTTTACG
GAAGAACAAAAATTTTGTTATTTTTTTTGAATAAATGTAAAATTAATTTTTTAAACATTT
TTTTTTACAAACTTGATTTTGAAAACATTGATTGAGAATTTGAAAGATGCAA

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 3

CO CL4253Contig1 1086 3 5 U
GGGAGTCCCACCTTTCTGGGCAGAAACACAGCAAGGGATATTTGATGCTGTGTTGAAGGG
ATATATCGACTTTGATTCAGACCCTTGGCCTGTGATATCAGACAGTGCTAAAGACTTGAT
CCGTAGAATGTTATGCTCCAAGCCTGCAGAACGCTTGACAGCTCATGAAGTCTTGCGTCA
TCCATGGATATGTGAGAACGGTGTGGCACCAGATAGAGCACTTGATCCAGCTGTTCTGTC
ACGTCTCAAGCAGTTCTCTGCAATGAATAAACTAAAGAAGATGGCTTTGAAGGTTATAGC
TGAGAGTCTCTCGGAAGAAGAGATTGCTGGTTTAAGAGAGATGTTTCAGGCAATGGATAC
TGATAACAGCGGTGCAATCACATTTGATGAACTCAAAGCTGGCCTCAGGAAATACGGATC
CACCTTGAAAGACACAGAGATCCATGATCTTATGGAAGCGGCTGATGTGGACAACAGTGG
GACAATTGACTACAGCGAGTTCATTGCAGCGACCATCCATCTCAACAAGCTGGAGAGGGA
AGAGCATCTCGTGGCTGCGTTTCAATACTTTGACAAAGACGGAAGCGGTTACATAACGAT
AGATGAGCTGCAACAAGCGTGTGTGGAACATAGTATGACTGATGTTTTCCTTGAAGACAT
CATCAAAGAAGTTGATAAAAACAATGATGGGCAGATTGATTATGGTGAGTTTGTGGAGAT
GATGCAAAAGGGAAATGCTGGTGTTGGGAGAAAGGACGATGAGAAATAGTCTGAACATTA
GCATGAGAGACGCATAGAGAGGTTTGGTGTTTTCATCTGTTGACTGCAAAGATGTGTTCA
ACACTCTTAATGCTCACCACATAGAAGAAGGAGAGACCAGACCGAGTTCATAAGCAGTGG
AGGAATGAGCTAATGTTTTAACTACATTGTGACTTAATAGTTTTTTTCTTCACCTCTCTG
TGGTTGTTTGTATGTTTGTTTGTTATGGCCATTGTTGAAGTAAGTGACCTTTGTTTATCT
TCAACTATTCAATCTTTGTATTTGTAAAACGAAAAAAAAATATGTTTATGTTGTGTGTTT
CTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG73TF U 1
AF RR3CY02TF U 97
AF RR3AG73JQ C 212
BS 1 765 RR3AG73TF
BS 766 766 RR3CY02TF
BS 767 864 RR3AG73TF
BS 865 868 RR3CY02TF
BS 869 1086 RR3AG73JQ

RD RR3AG73TF 864 0 0
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ATATATCGACTTTGATTCAGACCCTTGGCCTGTGATATCAGACAGTGCTAAAGACTTGAT
CCGTAGAATGTTATGCTCCAAGCCTGCAGAACGCTTGACAGCTCATGAAGTCTTGCGTCA
TCCATGGATATGTGAGAACGGTGTGGCACCAGATAGAGCACTTGATCCAGCTGTTCTGTC
ACGTCTCAAGCAGTTCTCTGCAATGAATAAACTAAAGAAGATGGCTTTGAAGGTTATAGC
TGAGAGTCTCTCGGAAGAAGAGATTGCTGGTTTAAGAGAGATGTTTCAGGCAATGGATAC
TGATAACAGCGGTGCAATCACATTTGATGAACTCAAAGCTGGCCTCAGGAAATACGGATC
CACCTTGAAAGACACAGAGATCCATGATCTTATGGAAGCGGCTGATGTGGACAACAGTGG
GACAATTGACTACAGCGAGTTCATTGCAGCGACCATCCATCTCAACAAGCTGGAGAGGGA
AGAGCATCTCGTGGCTGCGTTTCAATACTTTGACAAAGACGGAAGCGGTTACATAACGAT
AGATGAGCTGCAACAAGCGTGTGTGGAACATAGTATGACTGATGTTTTCCTTGAAGACAT
CATCAAAGAAGTTGATAAAAACAATGATGGGCAGATTGATTATGGTGAGTTTGTGGAGAT
GATGCAAAAGGGAAATGCTGGTGTTGGGAGAAAGGACGATGAGAA*TAGTCTGAACATTA
GCATGAGAGACGCATAGAGAGGTTTGGTGTTTTCATCTGTTGACTGCAAAGATGTGTTCA
ACACTCTTAATGCTCACCACATAG

QA 1 864 1 864
DS 

RD RR3CY02TF 788 0 0
G
TCAGACAGTGCTAAAGACTTGATCCGTAGAATGTTATGCTCCAAGCCTGCAGAACGCTTG
ACAGCTCATGAAGTCTTGCGTCATCCATGGATATGTGAGAACGGTGTGGCACCAGATAGA
GCACTTGATCCAGCTGTTCTGTCACGTCTCAAGCAGTTCTCTGCAATGAATAAACTAAAG
AAGATGGCTTTGAAGGTTATAGCTGAGAGTCTCTCGGAAGAAGAGATTGCTGGTTTAAGA
GAGATGTTTCAGGCAATGGATACTGATAACAGCGGTGCAATCACATTTGATGAACTCAAA
GCTGGCCTCAGGAAATACGGATCCACCTTGAAAGACACAGAGATCCATGATCTTATGGAA
GCGGCTGATGTGGACAACAGTGGGACAATTGACTACAGCGAGTTCATTGCAGCGACCATC
CATCTCAACAAGCTGGAGAGGGAAGAGCATCTCGTGGCTGCGTTTCAATACTTTGACAAA
GACGGAAGCGGTTACATAACGATAGATGAGCTGCGACAAGCGTGTGTGGAACATAGTATG
ACTGATGTTTTCCTTGAAGACATCATCAAAGAAGTTGATAAAAACAATGATGGGCAGATT
GATTATGGTGAGTTTGTGGAGATGATGCAAAAGGGAAATGCTGGTGTTGGGAGAAAG*AC
GATGAGAAATAGTCTGAACATTAGCATGAGAGACGCATAGAGAGGTTTGGTGTTTTCATC
TGTTGACTGCAAAGATGTGTTCA*CACTCTTAATGCTCACCACATAGAAGA
GAGAGACAGATCGAGT

QA 2 772 2 772
DS 

RD RR3AG73JQ 875 0 0
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CTAAAGAAGATGGCTTTGAAGGTTATAGCTGAGAGTCTCTCGGAAGAAGAGATTGCTGGT
TTAAGAGAGATGTTTCAGGCAATGGATACTGATAACAGCGGTGCAATCACATTTGATGAA
CTCAAAGCTGGCCTCAGGAAATACGGATCCACCTTGAAAGACACAGAGATCCATGATCTT
ATGGAAGCGGCTGATGTGGACAACAGTGGGACAATTGACTACAGCGAGTTCATTGCAGCG
ACCATCCATCTCAACAAGCTGGAGAGGGAAGAGCATCTCGTGGCTGCGTTTCAATACTTT
GACAAAGACGGAAGCGGTTACATAACGATAGATGAGCTGCAACAAGCGTGTGTGGAACAT
AGTATGACTGATGTTTTCCTTGAAGACATCATCAAAGAAGTTGATAAAAACAATGATGGG
CAGATTGATTATGGTGAGTTTGTGGAGATGATGCAAAAGGGAAATGCTGGTGTTGGGAGA
A*GGACGATGAGAAATAGTCTGAACATTAGCATGAGAGACGCATAGAGAGGTTTGGTGTT
TTCATCTGTTGACTGCAAAGATGTGTTCAACACTCTTAATGCTCACCACATAGAAGAAGG
AGAGACCAGACCGAGTTCATAAGCAGTGGAGGAATGAGCTAATGTTTTAACTACATTGTG
ACTTAATAGTTTTTTTCTTCACCTCTCTGTGGTTGTTTGTATGTTTGTTTGTTATGGCCA
TTGTTGAAGTAAGTGACCTTTGTTTATCTTCAACTATTCAATCTTTGTATTTGTAAAACG
AAAAAAAAATATGTTTATGTTGTGTGTTTCTTTCT

QA 1 875 1 875
DS 



AS 1 3

CO CL4254Contig1 679 3 1 U
GGACGGAGTTAGCTTCTCTCTCTTCTCTCTCTCTCGTGTCGAATCGAATTGAGCGTTAGG
GTTTCTTCATCAATCTCTTGGGGAGACGACGAAGATGGTGTGCGATAAGTGTGAGAAGAA
GTTATCAAAGGTGATAGTCCCAGATAAGTGGAAGGACGGTGCTCGTAATGTTACCGAAGG
CGGTGGCCGCAAGATCAACGAGAACAAACTTCTCTCCAAGAAGAACAGATGGACACCTTA
CGGTACTGCTACCACCAAGTGCACGATCTGCAAGCAGCAAGTGCATCAAGATGGTAAATA
TTGTCACACTTGTGCCTATAGCAAAGGAGTGTGTGCCATGTGCGGGAAGCAAGTGTTGGA
CACGAAGATGTATAAGCAGAGCAATGTTTAACCAAATCTACTAGTTTTTCACCCTGCTAG
CGCAACCAGGGGAGACTTATCTGGTGATCTTTGAACAATCTCTGTCATGTGTTGATTCTC
TGTACCTCTCCCTTTTGTTTCTAGTAATAACAAACAAACAAAAGCTTCCCTCTTTTATGT
GATCATGATAGTGTTCTAATCTTTCGTATTAATCATGTCGTTTCTCTGTGTTCATTGGGT
GAACATGCTCATAATCAAACGTGAGCCAACAACTTTGTATACGCTAAACTGAGATTTGAT
TCGTGGTTAATACCATCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP95JQ C 27
AF RR3BP95TF U 27
AF RR3C388TF U 1
BS 1 679 RR3C388TF

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GG
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CTTCTCTCCAAGAAGAACAGATGGACACCTTACGGTACTGCTACCACCAAGTGCACGATC
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AACAAACAAACAAAAGCTTCCCTCTTTTATGTGATCATGATAGTGTTCTAATCTTTCGTA
TTAATCATGTCG

QA 3 554 3 554
DS 

RD RR3BP95TF 554 0 0
GG
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ACGAAGATGGTGTGCGATAAGTGTGAGAAGAAGTTATCAAAGGTGATAGTCCCAGATAAG
TGGAAGGACGGTGCTCGTAATGTTACCGAAGGCGGTGGCCGCAAGATCAACGAGAACAAA
CTTCTCTCCAAGAAGAACAGATGGACACCTTACGGTACTGCTACCACCAAGTGCACGATC
TGCAAGCAGCAAGTGCATCAAGATGGTAAATATTGTCACACTTGTGCCTATAGCAAAGGA
GTGTGTGCCATGTGCGGGAAGCAAGTGTTGGACACGAAGATGTATAAGCAGAGCAATGTT
TAACCAAATCTACTAGTTTTTCACCCTGCTAGCGCAACCAGGGGAGACTTATCTGGTGAT
CTTTGAACAATCTCTGTCATGTGTTGATTCTCTGTACCTCTCCCTTTTGTTTCTAGTAAT
AACAAACAAACAAAAGCTTCCCTCTTTTATGTGATCATGATAGTGTTCTAATCTTTCGTA
TTAATCATGTCG

QA 3 554 3 554
DS 

RD RR3C388TF 679 0 0
GGACGGAGTTAGCTTCTCTCTCTTCTCTCTCTCTCGTGTCGAATCGAATTGAGCGTTAGG
GTTTCTTCATCAATCTCTTGGGGAGACGACGAAGATGGTGTGCGATAAGTGTGAGAAGAA
GTTATCAAAGGTGATAGTCCCAGATAAGTGGAAGGACGGTGCTCGTAATGTTACCGAAGG
CGGTGGCCGCAAGATCAACGAGAACAAACTTCTCTCCAAGAAGAACAGATGGACACCTTA
CGGTACTGCTACCACCAAGTGCACGATCTGCAAGCAGCAAGTGCATCAAGATGGTAAATA
TTGTCACACTTGTGCCTATAGCAAAGGAGTGTGTGCCATGTGCGGGAAGCAAGTGTTGGA
CACGAAGATGTATAAGCAGAGCAATGTTTAACCAAATCTACTAGTTTTTCACCCTGCTAG
CGCAACCAGGGGAGACTTATCTGGTGATCTTTGAACAATCTCTGTCATGTGTTGATTCTC
TGTACCTCTCCCTTTTGTTTCTAGTAATAACAAACAAACAAAAGCTTCCCTCTTTTATGT
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GAACATGCTCATAATCAAACGTGAGCCAACAACTTTGTATACGCTAAACTGAGATTTGAT
TCGTGGTTAATACCATCTC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 3

CO CL4255Contig1 746 3 3 U
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BQ
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AF RR3C450TF C 1
AF RR3C450JQ U 2
AF RR3G665JQ U 7
BS 1 6 RR3C450TF
BS 7 676 RR3C450JQ
BS 677 746 RR3G665JQ

RD RR3C450TF 677 0 0
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GAGTATAGGGTGTGTAAAGTAAAGTAAAAGAAGCTGATAATGAGGGAGACTCACTCACCA
GCCGAGACCCCGAAACATACAGTAACAGTCTTAGAGACTCATAACAAGCGAGGAGACAGA
GAGACATACCCAGAACAATATTACATTGGTATATTTAAGAACACAAAAGACAAAAATAAA
AATAAACAGAAGATTAAAATTTTACTACCAAGACTTAGAACCATAAGGACACATCTTGTT
GCTTCTGCTGCATAACATCCATTACTCCTTGCATTGACATATCATCTCTGAAATCAAATG
AAGCCATGTCAAACGGTGGAGCATCATACATAAGCTGAAACCTGTTGCTGCTACTGTTGT
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TTGGGATGTTCAAGTCTTCAAAGAAACTTCCTTCCACCATGTTTCCTTGGAACTGGAGAT
TTTCTTGATGATTCTGGACCGTTGGATGAAGCAGTGACATGCTTTGATTCTCTATGACCA
TAGAAGTTTGGTTGTTGCTATGGATATTTCTGTCGTACATGGACATGAGCTCAGAGATCA
TCTTCTGCCCATCTTC
C

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3C450JQ 676 0 0
GGAGT
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CAGAAGATTAAAATTTTACTACCAAGACTTAGAACCATAAGGACACATCTTGTTGCTTCT
GCTGCATAACATCCATTACTCCTTGCATTGACATATCATCTCTGAAATCAAATGAAGCCA
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GATGATTCTGGACCGTTGGATGAAGCAGTGACATGCTTTGATTCTCTATGACCATAGAAG
TTTGGTTGTTGCTATGGATATTTCTGTCGTACATGGACATGAGCTCAGAGATCATCTTCT
GCCCATCTTC
C

QA 6 675 6 675
DS 

RD RR3G665JQ 740 0 0
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AGGGTGTGTAAAGTAAAGTAAAAGAAGCTGATAATGAGGGAGACTCACTCACCAGCCGAG
ACCCCGAAACATACAGTAACAGTCTTAGAGACTCATAACAAGCGAGGAGACAGAGAGACA
TACCCAGAACAATATTACATTGGTATATTTAAGAACACAAAAGACAAAAATAAAAATAAA
CAGAAGATTAAAATTTTACTACCAAGACTTAGAACCATAAGGACACATCTTGTTGCTTCT
GCTGCATAACATCCATTACTCCTCGCATTGACATATCATCTCTGAAATCAAATGAAGCCA
TGTCAAACGGTGGAGCATCATACATAAGCTGAAACCTGTTGCTGCTACTGTTGTTGTGCG
CAGCTTCAAAGTTGTTCCCTTGGAAAAATGTTTGGTTGCTGTTATTAGCTCTGTTTGGGA
TGTTCAAGTCTTCAAAGAAACTTCCTTCCACCATGTTTCCTTGGAACTGGAGATTTTCTT
GATGATTCTGGACCGTTGGATGAAGCAGTGACATGCTTTGATTCTCTATGACCATAGAAG
TTTGGTTGTTGCTCTGGATATTTCTGTCGTACATGGACATGAGCTCAGAGATCATCTTCT
GCCCATCTTCAGGAACCCCAATACCGGTTAAGTCAATTGGTTGAGCCACTGAGTTCACTG
GTGGCCTTGGCTGAGAAAAA

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 3

CO CL4256Contig1 981 3 10 U
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TCGCCAGACCTATGTTGTGCCAGTTCGGTTTCTGCGGTAACACTTCAGACTATTGTGGTG
TAGGTTGTCAACAAGGGCCTTGTTTTGCCCCTCCTCCGGCGAATGGTGTCTCGGTTGATG
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GAAATGGATTTTACAGCCGAGGAGCTTTTCTTGAGGCCTTAGAATCATATTCTCGTTTCG
GTAGGATTGGATCCGTCGATGATTCTAGGCGTGAGATCGCAGCCTTCTTTGCCCATGTCA
CGCATGAAACTGGACACTTTTGCTACATAGAAGAAATAAATGGACCCTCAAGGGATTATT
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CCATCCAACTCTCTTGGAACTCCAACTACGGGCCAGCGGGGACCGCCATTGGTTTTGACG
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GGTACTGGACCAACAGAGTTCAGCCTGTTATCTCACAAGGCTTTGGTGCAACAATCCGAG
CCATCAACGGTGCTCTGGAGTGCGACGGAGCCAACTCAGCCACCGTTCAAGCCAGAGTTC
GTTACTACACCGATTATTGCCGTCAGTT*GGGTGTTGACCCCGGAAACAACCTCACTTGC
TAACCAAAAAA**AACATCTAGTAGTAATCTATTTTATTTGTATACACACATTAAAGAAA
TAAAGACATGCTTAAGATCATGTAAATGACCCATAAATGTTTTAAATTTCTATGAATTTG
TTATTATTACATCACTCAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A618TF U 1
AF RR3A618JQ C 218
AF RR3CM81TF U 302
BS 1 829 RR3A618TF
BS 830 830 RR3CM81TF
BS 831 853 RR3A618TF
BS 854 854 RR3A618JQ
BS 855 867 RR3A618TF
BS 868 868 RR3A618JQ
BS 869 892 RR3A618TF
BS 893 893 RR3CM81TF
BS 894 905 RR3A618TF
BS 906 981 RR3CM81TF

RD RR3A618TF 905 0 0
GATTCTCCAATCAAAAATCAATATGTTGACTCACGCTATATCTAAACCCATCCTTATACT
AACCATTCTATTAGCTCTACAAGCTTTTATACAACAGCAAAGGCTCAAAACTGTGGTTGT
TCGCCAGACCTATGTTGTGCCAGTTCGGTTTCTGCGGTAACACTTCAGACTATTGTGGTG
TAGGTTGTCAACAAGGGCCTTGTTTTGCCCCTCCTCCGGCGAATGGTGTCTCGGTTGATG
AGATTGTCACACAAGAATTCTTCAGTGGAATCATCAACCAAGCTGAGTCTGGTTGCGCTG
GAAATGGATTTTACAGCCGAGGAGCTTTTCTTGAGGCCTTAGAATCATATTCTCGTTTCG
GTAGGATTGGATCCGTCGATGATTCTAGGCGTGAGATCGCAGCCTTCTTTGCCCATGTCA
CGCATGAAACTGGACACTTTTGCTACATAGAAGAAATAAATGGACCCTCAAGGGATTATT
GCGACGAGAACGCAACGCAGTATCCATGCAACCCCAACAAAGGCTATTACGGCCGAGGAC
CCATCCAACTCTCTTGGAACTCCAACTACGGGCCAGCGGGGACCGCCATTGGTTTTGACG
GTCTCAATGCACCAGAAACAGTAGCCACCGATCCAGTCATATCCTTCAAGACCGCCTTGT
GGTACTGGACCAACAGAGTTCAGCCTGTTATCTCACAAGGCTTTGGTGCAACAATCCGAG
CCATCAACGGTGCTCTGGAGTGCGACGGAGCCAACTCAGCCACCGTTCAAGCCAGAGTTC
GTTACTACACCGATTATTGCCGTCAGTT*GGGTGTTGACCCCGGAAACA*CCTCACTTGC
TAACCAAAAAA**GACATCTAGTAGTA*TCTATTTTATTTGTATACACACAT*AAAGAAA
TAAAG

QA 1 905 1 905
DS 

RD RR3A618JQ 688 0 0
GGCGAATGGTGTCTCGGTTGATGAGATTGTCACACAAGAATTCTTCAGTGGAATCATCAA
CCAAGCTGAGTCTGGTTGCGCTGGAAATGGATTTTACAGCCGAGGAGCTTTTCTTGAGGC
CTTAGAATCATATTCTCGTTTCGGTAGGATTGGATCCGTCGATGATTCTAGGCGTGAGAT
CGCAGCCTTCTTTGCCCATGTCACGCATGAAACTGGACACTTTTGCTACATAGAAGAAAT
AAATGGACCCTCAAGGGATTATTGCGACGAGAACGCAACGCAGTATCCATGCAACCCCAA
CAAAGGCTATTACGGCCGAGGACCCATCCAACTCTCTTGGAACTCCAACTACGGGCCAGC
GGGGACCGCCATTGGTTTTGACGGTCTCAATGCACCAGAAACAGTAGCCACCGATCCAGT
CATATCCTTCAAGACCGCCTTGTGGTACTGGACCAACAGAGTTCAGCCTGTTATCTCACA
AGGCTTTGGTGCAACAATCCGAGCCATCAACGGTGCTCTGGAGTGCGACGGAGCCAACTC
AGCCACCGTTCAAGCCAGAGTTCGTTACTACACCGATTATTGCCGTCAGTT*GGGTGTTG
ACCCCGGAAACAACCTCACTTGCTAACCAAAAAAAGAACATCTAGTAGTAATCTATTTTA
TTTGTATACACCCATTAAAGAAATAAAG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3CM81TF 680 0 0
T
AATGGATTTTACAGCCGAGGAGCTTTTCTTGAGGCCTTAGAATCATATTCTCGTTTCGGT
AGGATTGGATCCGTCGATGATTCTAGGCGTGAGATCGCAGCCTTCTTTGCCCATGTCACT
CATGAAACTGGACATTTTTGCTACATAGAAGAAATAAACGGACCCTCAAGGGATTATTGC
GACGAGAACGCAACGCAGTATCCATGCAATCCCAACAAAGGCTATTACGGGCGAGGACCC
ATCCAACTCTCTTGGAACTTCAACTACGGGCCAGCCGGGACCGCCATTGGTTTTGACGGT
CTCAATGCACCAGGAACAGTAGCCACGGATCCAGTCATATCCTTCAAGACCGCCTTGTGG
TACTGGACTAACAGAGTTCAGCCTGTTATCTCACAAGGCTTTGGTGCAACAATCCGAGCC
ATCAACGGTGCTTTGGAGTGCGACGGAGCCAACTCAGCCACCGTTCAATCCAGAGTTCGT
TACTACACAGATTATTGCCGTCAGTTTGGGTGTTGACCCCGGAAACAACCTCACTTGCTA
ACCAAAAAA***CCATCTAGTAGTACTCTATTTTATTTGTATACACACATTAAAGAAATA
AAGACATGCTTAAGATCATGTAAATGACCCATAAATGTTTTAAATTTCTATGAATTTGTT
ATTATTACATCACTCAAAA

QA 2 680 2 680
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4258Contig1 824 3 2 U
GGATTTCACATGAAAATTTCATCACTTTTGAAACATTCTTCGATTATCTCTCCTCTCTCT
CTATAAATCTGCAATCTCTGATCTCACACACTCTCTCCTCTTCTTTCAAGGTCTCCACGA
TGAGGAACAAAGTCTCGAGGAGAGTCATCTCTCTCAGATGGGTTCCGTTCATCTGCATCT
CTTTCTTCGTCCTCGGAGCCATCTTCACCTCAAGGTCATGGGAGGAGCCGTCGTCTGATT
CCGGCAGTCAGCTGATCTCACAGCGTCATCGTGACCAAGAACTCCAGATTGTATCTGACG
ATTGTGCTCATAAGAAAAAAGCTACAGAAGAAAAAGATGTAATTGACCAAGTTTTGAAAA
CTCACCAAGCAATAGATGTTGACAGGTCTTCAGTCACAAGAACCTCACAAGAGACGGTTG
ATGGCTCGGAAACACTTTCTTCCTCTTTAACCGGAACAAACCCAAAGAAGAAAGTGTTCA
TGGTTATGGGAATCAACACTGCATTCAGCAGTAGAAGACGGCGTGATTCACTCAGGGGAA
CATGGATGCCACAAGGGGAGAAGCTAGAGAAACTGGAGAAAGAGAAAGGGATTGTCATCA
AGTTCATGATTGGTCACAGTGCAACCTCAAATAGTATTCTGGATAGAGCTATTGATTCAG
AAGATGCTCAGCACAAAGACTTCCTTAGGCTGGAGCATGTTGAAGGATATCACGAACTCT
CAGCAAAAACCAAAATATTCTTTTCAACAGCAGTAGCTAAATGGGATGCAGAGTTCTATA
TCAAGGTATGCTAGCCTCCACACTTGCTCGTCACCGCTCAAAGC


BQ
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AF RR3AK05TF U 1
AF RR3AK89TF U 1
AF RR3AM54TF U 1
BS 1 684 RR3AK05TF
BS 685 824 RR3AM54TF

RD RR3AK05TF 684 0 0
GGATTTCACATGAAAATTTCATCACTTTTGAAACATTCTTCGATTATCTCTCCTCTCTCT
CTATAAATCTGCAATCTCTGATCTCACACACTCTCTCCTCTTCTTTCAAGGTCTCCACGA
TGAGGAACAAAGTCTCGAGGAGAGTCATCTCTCTCAGATGGGTTCCGTTCATCTGCATCT
CTTTCTTCGTCCTCGGAGCCATCTTCACCTCAAGGTCATGGGAGGAGCCGTCGTCTGATT
CCGGCAGTCAGCTGATCTCACAGCGTCATCGTGACCAAGAACTCCAGATTGTATCTGACG
ATTGTGCTCATAAGAAAAAAGCTACAGAAGAAAAAGATGTAATTGACCAAGTTTTGAAAA
CTCACCAAGCAATAGATGTTGACAGGTCTTCAGTCACAAGAACCTCACAAGAGACGGTTG
ATGGCTCGGAAACACTTTCTTCCTCTTTAACCGGAACAAACCCAAAGAAGAAAGTGTTCA
TGGTTATGGGAATCAACACTGCATTCAGCAGTAGAAGACGGCGTGATTCACTCAGGGGAA
CATGGATGCCACAAGGGGAGAAGCTAGAGAAACTGGAGAAAGAGAAAGGGATTGTCATCA
AGTTCATGATTGGTCACAGTGCAACCTCAAATAGTATTCTGGATAGAGCTATTGATTCAG
AAGATGCTCAGCACAAAGACTTCC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3AK89TF 684 0 0
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CTATAAATCTGCAATCTCTGATCTCACACACTCTCTCCTCTTCTTTCAAGGTCTCCACGA
TGAGGAACAAAGTCTCGAGGAGAGTCATCTCTCTCAGATGGGTTCCGTTCATCTGCATCT
CTTTCTTCGTCCTCGGAGCCATCTTCACCTCAAGGTCATGGGAGGAGCCGTCGTCTGATT
CCGGCAGTCAGCTGATCTCACAGCGTCATCGTGACCAAGAACTCCAGATTGTATCTGACG
ATTGTGCTCATAAGAAAAAAGCTACAGAAGAAAAAGATGTAATTGACCAAGTTTTGAAAA
CTCACCAAGCAATAGATGTTGACAGGTCTTCAGTCACAAGAACCTCACAAGAGACGGTTG
ATGGCTCGGAAACACTTTCTTCCTCTTTAACCGGAACAAACCCAAAGAAGAAAGTGTTCA
TGGTTATGGGAATCAACACTGCATTCAGCAGTAGAAGACGGCGTGATTCACTCAGGGGAA
CATGGATGCCACAAGGGGAGAAGCTAGAGAAACTGGAGAAAGAGAAAGGGATTGTCATCA
AGTTCATGATTGGTCACAGTGCAACCTCAAATAGTATTCTGGATAGAGCTATTGATTCAG
AAGATGCTCAGCACAAAGACTTCC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3AM54TF 824 0 0
GGATTTCACATGAAAATTTCATCACTTTTGAAACATTCTTCGATTATCTCTCCTCTCTCT
CTATAAATCTGCAATCTCTGATCTCACACACTCTCTCCTCTTCTTTCAAGGTCTCCACGA
TGAGGAACAAAGTCTCGAGGAGAGTCATCTCTCTCAGATGGGTTCCGTTCATCTGCATCT
CTTTCTTCGTCCTCGGAGCCATCTTCACCTCAAGGTCATGGGAGGAGCCGTCGTCTGATT
CCGGCAGTCAGCTGATCTCACAGCGTCATCGTGACCAAGAACTCCAGATTGTATCTGACG
ATTGTGCTCATAAGAAAAAAGCTACAGAAGAAAAAGATGTAATTGACCAAGTTTTGAAAA
CTCACCAAGCAATAGATGTTGACAGGTCTTCAGTCACAAGAACCTCACAAGAGACGGTTG
ATGGCTCGGAAACACTTTCTTCCTCTTTAACCGGAACAAACCCAAAGAAGAAAGTGTTCA
TGGTTATGGGAATCAACACTGCATTCAGCAGTAGAAGACGGCGTGATTCACTCAGGGGAA
CATGGATGCCACAAGGGGAGAAGCTAGAGAAACTGGAGAAAGAGAAAGGGATTGTCATCA
AGTTCATGATTGGTCACAGTGCAACCTCAAATAGTATTCTGGATAGAGCTATTGATTCAG
AAGATGCTCAGCACAAAGACTTCCTTAGGCTGGAGCATGTTGAAGGATATCACGAACTCT
CAGCAAAAACCAAAATATTCTTTTCAACAGCAGTAGCTAAATGGGATGCAGAGTTCTATA
TCAAGGTATGCTAGCCTCCACACTTGCTCGTCACCGCTCAAAGC

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

CO CL4259Contig1 1011 2 16 U
GATCATGGATGAAGCTAGCTATGGAGACACTCTGCGAGACTCACAACAACATCAACACAC
TCATCACCGACCTCCAGCTCCCCGTCTCCGACTGGGAAGAGAAATGGGTCGACGTCTACC
TCGACATAAGCGTCAAGCTACTGGATCTCTGCAACGCCTTTAGCTCCGAGCTCACGCGTC
TCAACCAAGGGGATCTATACCTTAAGTGCGTGCTGCATAGTTTACAGTCTGGTTCTGGTG
AGAAGTATCTCCAGGCTCGGTCTTCTCTCGATAGCTGGAGGCAGCATGTTAATGCCAACA
ACGCTAGAGTCGAAAACTGCCGTGCGGTTCTAGACTCTCTTGTGAAGACTCTGAGCTTGC
CTAAGGTCAAGAACTCTCCTAAAGGGAAAGTTCTGATGAGAGCTTTCTACGGTGTGAAGG
TCCAAACGGTTTATATCTGCAGTGTATTTACCGCGGCCTGGTCTGACTCCACCAACGATC
TTTTCGATTTAACCGTCTCTGATAAACCGCTGTGGGCTAAGGCTTTCGCTGATATGCAGA
GTGTTGTGAACGCTGAGATCAGAGACTTGTTGTCTTCGGGTAGGAGTACTACGATTCTCA
AAGAGCTGGAGAGGGTTGATGCTAGTGTGGAGAAGCTTTACCCAATGATACAAGACGGTG
TTGATCCTGTGGAAGATGAAAGATTTAGAGACTATGTGATGGAGCTGGGGACGCAGGCTG
AGAAGTTTTCTCAAGGGTTAGATCAGTTACTAGAGGAAGTTGACAGTTTCTTCAAAATGA
CTTTAAGCGGAAGAGATGTGTTGCTATGTAATCTTAGGTCTAGTGACTCATTCTCTGGCG
ATGCAAATGTGGAGTAAGAGTAAACAAGTGTAAGCCTGACAAGAAAGGCAGAGTCTAGGT
CTCTGAAAGTGTGCGTCTGTTGAGCTTTGTCTCTTTGGTCTAAGTGTGTTGGTCTTGTCT
GTACTGATTGAAATCAATACATACAAATTATATAAAACTTCTGTTTGACTC


BQ
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GAGAGCTTTCTACGGTGTGAAGGTTCAAACGGTTTATATCTGCAGTGTATTTACCGCGGC
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GTCTAAGTGTGTTGGTCTTGTCTGTACTGATTGAAATCAATACATACAAATTATATAAAA
CTTCTGTTTGACTC

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DS 



AS 1 3

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AACTCTCTGCCGTACAATAACCTCATGGCCATGTACCTGCGGCTAGGTCAATACGACAAG
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TCCATGTGGATACAAAGCTGTGGAAGTTTAAACGACTTGGACGGTGTGGAGAAAGTTGTG
GAGGAGATGAAAGATGATTCCTCGTGGGATACATTCGCTAATCTCGCGTCCATCTACGCT
AAAGCTGGTCTCTATAGTAAAGCAGAAGCAGCGTTGAAGTCTTCGGAAGAGAAGATGAAT
CCACACAAGCGTGATTCGTATCATTTCCTCATTAGTCTGTACGCTGGAATCTCTAACCCT
TCCGAGGTGTATAGAGTTTGGGAGTTGCTAAAGAAGGGTCACCCTAAAGTCAACAACTCG
AGCTCTCTTGCAATGCTCCAAGCGCTGAGTAGACTCAATGACTTTGAAGGAATCAAGAAG
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ATAAGCAGCTACTTGAAAGAGAACATTTACGAAGAAGCCGAGGCTGTTTTCGACGGTGCT
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AAGAACTGGAGTTGGAGCTCGGAGCTGATTTGTTCTTTCTTTCTCCACTTTGAGAAGGCT
AAAGACGTTGAGGGTGCAGAAGAGTTGTGCAAGACTTTGGCGAAGTGGAGTCCTTTAGGT
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ATGCGAGAGAGATTGAAGGAAGATGGGATCGAAATAGACGATGAGATGGAAGGTTTGCTT
AGCAAGATTTGCCATTGATTAATCAAATATGTTTTTCAGACTCATGTTATCGTTTGCGTT
TGATCTTACGTTGCGTTTATAAAAC


BQ
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AF RR3E886TF U 5
AF RR3B628TF U 1
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BS 150 167 RR3B628TF
BS 168 168 RR3E886TF
BS 169 287 RR3B628TF
BS 288 288 RR3E886TF
BS 289 396 RR3B628TF
BS 397 397 RR3E886TF
BS 398 777 RR3B628TF
BS 778 778 RR3B628JQ
BS 779 809 RR3B628TF
BS 810 1105 RR3B628JQ

RD RR3E886TF 581 0 0
G
TGAAGACAAAGCAAAGTCACATTTCGACGAGATGGCCGACCTCAATCTCGTGACCAACTC
TCTGCCGTACAATAACCTCATGGCCATGTACCTGCGGCTAGGTCAATACGACAAGGTACC
ATCACTTGTCGCTGCAATGAAGGAGAAGAATATATCTCCTTGCGCCATCACTTACTCCAT
GTGGATACAAAGCTGTGGAAGTTTAAACGACTTGGACGGTGTTGAGAAAGTTGTGGAGGA
GATGAAAGATGATTCCTCGTGGGATACATTCGCTAATCTCGCGTCGATCTACGCTAAAGC
TGGTCTCTATAGTAAAGCAGAAGCAGCGTTGAAGTCTTTGGAAGAGAAGATGAATCCACA
CAAGCGTGATTCGTATCATTTCCTCATTAGTCTGTACGCTGGAATCTCTAACCCTTCCGA
GGTGTATCGAGTTTGGGAGTTGCTAAAGAAAGGTCACCCTAAAGTCAACAACTCGAGCTC
TCTTGCAATGATCCAAGCGCTGAGTAGACTCAACGACTTTGATGGAATCAAGAAGATCTT
TAAAGAGTGGGAGTCGAGTTGCTGGACTTACGATATGAGG

QA 2 581 2 581
DS 

RD RR3B628TF 809 0 0
GGTGATGAAGACAAAGCAAAGGCACATTTCGACGAGATGGCCGACCTCAATCTCGTGACC
AACTCTCTGCCGTACAATAACCTCATGGCCATGTACTTGCGGCTAGGTCAATACGACAAG
GTACCAGCACTGGTCGCTGCGATGAAGGTGAAGAATATATCTCCTTGTGCCATCACTTAC
TCCATGTGGATACAAAGCTGTGGAAGTTTAAACGACTTGGACGGTGTGGAGAAAGTTGTG
GAGGAGATGAAAGATGATTCCTCGTGGGATACATTCGCTAATCTCGCTTCCATCTACGCT
AAAGCTGGTCTCTATAGTAAAGCAGAAGCAGCGTTGAAGTCTTCGGAAGAGAAGATGAAT
CCACACAAGCGTGATTCGTATCATTTCCTCATTAGTTTGTACGCTGGAATCTCTAACCCT
TCCGAGGTGTATAGAGTTTGGGAGTTGCTAAAGAAGGGTCACCCTAAAGTCAACAACTCG
AGCTCTCTTGCAATGCTCCAAGCGCTGAGTAGACTCAATGACTTTGAAGGAATCAAGAAG
GTTTTTAAAGAGTGGGAATCGAGTTGCTGGACTTACGACATGAGGGTGGCTAACGTGATG
ATAAGCAGCTACTTGAAAGAGAACATTTACGAAGAAGCCGAGGCTGTTTTCGACGGTGCT
GTGGAGAAGTGTAAAGGTCAGCTCTCGAAGGGGAGACAGCTTTTGATGATTCATTTGTTG
AAGAATGGTCGGGCGGATTTGGCTTTGAAGCATTTGGAAGCGGCTGTTGCGGATCAG*AC
AAGAACTGGAGTTGGAGCTCGGAGCTGAT

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR3B628JQ 660 0 0
TGCTAAAGAAGGGTCACCCTAAAGTCAACAACTCGAGCTCTCTTGCAATGCTCCAAGCGC
TGAGTAGACTCAATGACTTTGAAGGAATCAAGAAGGTTTTTAAAGAGTGGGAATCGAGTT
GCTGGACTTACGACATGAGGGTGGCTAACGTGATGATAAGCAGCTACTTGAAAGAGAACA
TTTACGAAGAAGCCGAGGCTGTTTTCGACGGTGCTGTGGAGAAGTGTAAAGGTCAGCTCT
CGAAGGGGAGACAGCTTTTGATGATTCATTTGTTGAAGAATGGTCGGGCGGATTTGGCTT
TGAAGCATTTGGAAGCGGCTGTTGCGGATCAGGACAAGAACTGGAGTTGGAGCTCGGAGC
TGATTTGTTCTTTCTTTCTCCACTTTGAGAAGGCTAAAGACGTTGAGGGTGCAGAAGAGT
TGTGCAAGACTTTGGCGAAGTGGAGTCCTTTAGGTTCTGAAACTTACACTCTTCTTGTAA
AGACTTATGTAGCTGCGGAGAAAGCTTGTCACGGTATGCGAGAGAGATTGAAGGAAGATG
GGATCGAAATAGACGATGAGATGGAAGGTTTGCTTAGCAAGATTTGCCATTGATTAATCA
AATATGTTTTTCAGACTCATGTTATCGTTTGCGTTTGATCTTACGTTGCGTTTATAAAAC

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL4261Contig1 528 2 2 U
TTTTTAGTGAAAGCACCTGTTTATTTAAAGAAAAGTCAAGAAAGCTGTCTGAAATTGAAC
AATGGAGCACGGTAGCATACATGTATCTTCCGGAAAACAAATATTATGTTTTAACAAATC
CCCAAAAATCCGGTCTCAGGTTTGTTGTTTATTACGTAAGCAACCCCTTTTTCTCAGGCA
CTTCATCCAAGTTGTCAAGAAACCATACAATAACATAAAAAAAAGTAGAGATTAAGAGAT
TGGTAGGTGTTGAATACACTACTCTTCAGGATGGACAACGCTGATCTCGCCCCTCTCAAG
CAAGTCATAAAAAGCTCTGGTTTTCCTCTGCTCGTTCCAGTGGTGCATCTTCCAGAAACC
ACCCGCAGCTAAACCGAGTGCCAAACCGATAACTAACTCCTTGACCACACTCGGGCCTTT
CAGTGTAGCATGCGCAACCCTGTGTCCTGCCATTTCAACCTAGCACAAATCCTCGAGTCA
AATCGCGTAGACGAGCGAGAGAGAAGCAACACGAACGAGGAGACCACC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3EQ17TF C 1
AF RR3EQ17JQ U 6
BS 1 5 RR3EQ17TF
BS 6 528 RR3EQ17JQ

RD RR3EQ17TF 528 0 0
TTTTTAGTGAAAGCACCTGTTTATTTAAAGAAAAGTCAAGAAAGCTGTCTGAAATTGAAC
AATGGAGCACGGTAGCATACATGTATCTTCCGGAAAACAAATATTATGTTTTAACAAATC
CCCAAAAATCCGGTCTCAGGTTTGTTGTTTATTACGTAAGCAACCCCTTTTTCTCAGGCA
CTTCATCCAAGTTGTCAAGAAACCATACAATAACATAAAAAAAAGTAGAGATTAAGAGAT
TGGTAGGTGTTGAATACACTACTCTTCAGGATGGACAACGCTGATCTCGCCCCTCTCAAG
CAAGTCATAGAAAGCTCTGGTTTTCCTCTGCTCGTTCCAGTGGTGCATCTTCCAGAGACC
ACCCGCAGCTAAACCGAGTGCCAAACCGATAACTAACTCCTTGACCACACTCGGGCCTTT
CAGTGTAGCATGCGCAACCCTGTGTCCTGCCATTTCAACCTAGCACAAATCCTCGAGTCA
AATCGCGTAGACGAGCGAGAGAGAAGCAACACGAACGAGGAGAC
CACC

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR3EQ17JQ 523 0 0
AGTGAAAGCACCTGTTTATTTAAAGAAAAGTCAAGAAAGCTGTCTGAAATTGAACAATGG
AGCACGGTAGCATACATGTATCTTCCGGAAAACAAATATTATGTTTTAACAAATCCCCAA
AAATCCGGTCTCAGGTTTGTTGTTTATTACGTAAGCAACCCCTTTTTCTCAGGCACTTCA
TCCAAGTTGTCAAGAAACCATACAATAACATAAAAAAAAGTAGAGATTAAGAGATTGGTA
GGTGTTGAATACACTACTCTTCAGGATGGACAACGCTGATCTCGCCCCTCTCAAGCAAGT
CATAAAAAGCTCTGGTTTTCCTCTGCTCGTTCCAGTGGTGCATCTTCCAGAAACCACCCG
CAGCTAAACCGAGTGCCAAACCGATAACTAACTCCTTGACCACACTCGGGCCTTTCAGTG
TAGCATGCGCAACCCTGTGTCCTGCCATTTCAACCTAGCACAAATCCTCGAGTCAAATCG
CGTAGACGAGCGAGAGAGAAGCAACACGAACGAGGAGACCACC

QA 1 523 1 523
DS 



AS 1 2

CO CL4262Contig1 894 2 20 U
GGGCCGTTTCCTTCTCTCCGTCTTCTTCTTCTTCTCAGGTCTCGTGAAGAAGAATTAGGG
TTTTGAACAAGAGATGTGGTTTCTATGTGTCTTCTACCACAGGCTACTAGACTTCAGAAA
GCCAGAGGTCGAAGCTTTAGCCGAACTCTTCGGAGAAGATGAGTCTCCTCTCCAATGGCG
TCTCCCTGAACATCACCATAACGACACTCCATTCCACTTCGTCCACCTTTCTTCCGAAGA
AATCGCTCAAAACATCGCCAAGCGAAGCATATTGGTGAAAGGAATGTACGAGCTTTGGGG
CCAAGGAGCTTCCTACGAAGAGCTTAAAGACTCCATTCAAAGCTTCCCTGACTCTCGCAA
GCTCCCGTTTCTTGATTCTGATTCCACCTTCAGAATCTCCGTCGAAACGTTCGGAAAGGC
TCTGACTTTCGATGAGCAGAGGGAGAGAATCAACTCCCTTACTTACATCCCCTTCCAGGG
AAAGGTTAACTTGAAGAACCCAGATCACAAGTTTTTTATAATAGAGATGGATGAGTCTGA
AGAGAACAATGGACTTCAACCCATTCTCCAGAGAAGAATCTTCTTTGGGAGGGAGGTTGG
TTTTGCCGATAGGAAGCTGTTACCTACTTTTCAGCTCAAGTCTCGAACTTACCTTGGCCC
GACCGCTATGGACGCTGAGATGGCTTTCTTGATGGCTAATCAAGCGAAAGCTACAACTGG
AAAGCTTGTGTATGATCCTTTTGTTGGCACTGGGAGCATTCTTGTCTCTGCTGCACGTTT
TGGTGCAATGACAATGGGTGCAGATATTGATATCAGAGTAGTGCGTGATGGACGTGGTCC
AGACTGTAATTTGGAGCAATTTCAAGCAGTATGGACTACCTATGCCAGTTGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AO56TF U 1
AF RR3AK46TF U 67
BS 1 167 RR3AO56TF
BS 168 168 RR3AK46TF
BS 169 301 RR3AO56TF
BS 302 302 RR3AK46TF
BS 303 390 RR3AO56TF
BS 391 391 RR3AK46TF
BS 392 408 RR3AO56TF
BS 409 409 RR3AK46TF
BS 410 475 RR3AO56TF
BS 476 476 RR3AK46TF
BS 477 498 RR3AO56TF
BS 499 499 RR3AK46TF
BS 500 501 RR3AO56TF
BS 502 502 RR3AK46TF
BS 503 507 RR3AO56TF
BS 508 508 RR3AK46TF
BS 509 645 RR3AO56TF
BS 646 646 RR3AK46TF
BS 647 733 RR3AO56TF
BS 734 894 RR3AK46TF

RD RR3AO56TF 733 0 0
GGGCCGTTTCCTTCTCTCCGTCTTCTTCTTCTTCTCAGGTCTCGTGAAGAAGAATTAGGG
TTTTGAACAAGAGATGTGGTTTCTATGTGTCTTCTACCACAGGCTACTAGACTTCAGAAA
GCCAGAGGTCGAAGCTTTAGCCGAACTCTTCGGAGAAGATGAGTCTCTTCTCCAATGGCG
TCTCCCTGAACATCACCATAACGACACTCCATTCCACTTCGTCCACCTTTCTTCCGAAGA
AATCGCTCAAAACATCGCCAAGCGAAGCATATTGGTGAAAGGAATGTACGAGCTTTGGGG
CGAAGGAGCTTCCTACGAAGAGCTTAAAGACTCCATTCAAAGCTTCCCTGACTCTCGCAA
GCTCCCGTTTCTTGATTCTGATTCCACCTTTAGAATCTCCGTCGAAACTTTCGGAAAGGC
TCTGACTTTCGATGAGCAGAGGGAGAGAATCAACTCCCTTACTTACATCCCCTTCGAGGG
AAAGGTTAACTTGAAGAAGCCGGATCATAAGTTTTTTATAATAGAGATGGATGAGTCTGA
AGAGAACAATGGACTTCAACCCATTCTCCAGAGAAGAATCTTCTTTGGGAGGGAGGTTGG
TTTTGCCGATAGGAAGCTGTTACCTACTTTTCAGCTCAAGTCTCGGACTTACCTTGGCCC
GACCGCTATGGACGCTGAGATGGCTTTCTTGATGGCTAATCAAGCGAAAGCTACAACTGG
AAAGCTTGTGTAT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3AK46TF 828 0 0
GG
AAGAGATGTGGTTTCTCTGTGTCTTCTACCACAGGCTACTAGACTTCAGAAAGCCAGAGG
TCGAAGCTTTGGCCGAACTCTTCGGAGAAGATGAGTCTCCTCTCCAATGGCGTCTCCCTG
AACATCACCATAACGACACTCCATTCCACTTCGTCCACCTTTCTTCCGAAGAAATCGCTC
GTAACATCGCCAAGCGAAGCATATTGGTGAAAGGAATGTACGAGCTTTGGGGCCAAGGAG
CTTCCTACGAAGAGCTTAAAGACTCTATTCAAAGCTTCCCTGACTCTCGCAAGCTCCCGT
TTCTTGATTCTGATTCCACTTTCAGAATCTCCGTCGAAACGTTCGGAAAGGCTCTGACTT
TCGATGAGCAGAGGGAGAGAATCAACTCCCTTACTTACATCCCCTTCCAGGGAAAGGTTA
ACTTGAAGAACCCAGATCACAAGTTTTTTATAATAGAGATGGATGAGTCTGAAGAGAACA
ATGGACTTCAACCCATTCTCCAGAGAAGAATCTTCTTTGGGAGGGAGGTTGGTTTTGCCG
ATAGGAAGCTGTTACCTACTTTTCAGCTCAAGTCTCGAACTTACCTTGGCCCGACCGCTA
TGGACGCTGAGATGGCTTTCTTGATGGCTAATCAAGCGAAAGCTACCTCTGGAAAGCTTG
TGTATGATCCTTTTGTTGGCACTGGGAGCATTCTTGTCTCTGCTGCACGTTTTGGTGCAA
TGACAATGGGTGCAGATATTGATATCAGAGTAGTGCGTGATGGACGTGGTCCAGACTGTA
ATTTGGAGCAATTTCAAGCAGTATGGACTACCTATGCCAGTTGCTT

QA 3 828 3 828
DS 



AS 1 3

CO CL4263Contig1 807 3 44 U
GGGAAAGCTTCTCTTTTATTTCATAGAATTCTCTGGAAATCAAAACGCGTCAGGGATCGG
ATTTGAGAAAGAAAGAAAAAAAAATGGGGAGTCCAAAGAAGAACGAGAACAAGGGCTTCT
TCGCCGCCATGACCTCCGGTTTCTCCATGTTCGGCAACGCCATGTCTAGATCCGTCAACG
GGTTGATTGCTTATGAAGGAGTTGAGGTCATAAATCCAGAAGGTGGTAAAGAAGATGCAG
AAGAGGAAGCTCAGAGAGGAAGGTGGAAAGACGAGGAACGTGATAGTTACTGGAAGATGA
TGCAGAAGTATATAGGTTCGGATATTACCTCAATGGTCACACTTCCTGTTATTATTTTCG
AGCCCATGACTATGCTCCAGAAGATGGCTGAGTTAATGGAGTATTCCTATTTGCTGGATC
AAGCCGATGAATGCGAGGATCCGTACTTGCGTTTAGTATATGCTTCATCATGGGCTATAT
CTGTTTACTTTGCCTACCAACGAACTTGGAAGCCTTTCAATCCTATTCTTGGTGAGACAT
ATGAGATGGCCAACCATGGTGGTATTTCCTTTCTTTCCGAGCAGGTTAGCCATCATCCCC
CAATGAGTGCTGGTCACGCCGAGAACGAGCACTTCACTTACAACGTCACCTCAAAGTTGA
AAACTAAGCTTTTGGGTAACTCTGTTGATGTTTACCCTGTTGGCAGAACGCGTGTAACCC
TCAAAAAAGATGGTGTGGTTCTGGATTTGGTGCCGCCTCTCACTAAGTCCACAATCTGAT
ATTTGGACGTACTTGGGTTGACTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CTGTTTACTTTGCCTACCAACGAACTTGGAAGCCTTTCAATCCTACTCTTGGTGAGACAT
ATGAGATGGCCAACCATGGTGGTATTTCCTTTCGTTCTGAGCAGGTTAGCCATCATCCCC
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QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3CV84TF 717 0 0
GG
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AAGAAGATGCAGAAGAGGAAGCTCAGAGAGGAAGGTGGAAAGACGAGGAACGTGATAGTT
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TTATTATTTTCGAGCCCATGACTATGCTCCAGAAGATGGCTGAGTTAATGGAGTATTCCT
ATTTGCTGGATCAAGCCGATGAATGCGAGGATCCGTACTTGCGTTTAGTATATGCTTCAT
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DS 

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GG
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AATGGGGAGTCCAAAGAAGAACGAGAACAAGGGCTTCTTCGCCGCCACGACCTCCGGTTT
CTCCATGTTCGGCAACGCCATGTCTAGATCCGTCAACGGGTTGATTGCTTATGAAGGAGT
TGAGGTCATAAATCCAGAAGGTGGTAAAGAAGATGCAGAAGAGGAAGCTCAGAGAGGAAG
GTGGAAAGACGAGGAACGTGATAGTTACTGGAAGATGATGCAGAAGTATATAGGTTCGGA
TATTACCTCAATGGTCACACTTCCTGTTATTATTTTCGAGCCCATGACTATGCTCCAGAA
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GTACTTGCGTTTAGTATATGCTTCATCATGGGCTATATCTGTTTACTTTGCCTACCAACG
AACTTGGAAGCCTTTCAATCCTATTCTTGGTGAGACATATGAGATGGCCAACCATGGTGG
TATTTCCTTTCTTTCCGAGCAGGTTAGCCATCATCCCCCAATGAGTGCTGGTCACGCCGA
GAACGAGCACTTCACTTACGACGTCACCTCAAAGTTGAAAACTAAGCTTTTGGGTAACTC
TGTTGATGTTTACCCTGTTGGCAGAACGCGTGTAACCCTCAAAAAAGATGGTGTGGTTCT
GGATTTGGTGCCGCCTCTCACTAAGTCCACAATCTGATATTTGGACGTACTTGGGTTGAC
TCACC

QA 3 787 3 787
DS 



AS 1 3

CO CL4264Contig1 824 3 27 U
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GTCTGAAATCTAACAGCGTACTAAAAGCGAGAAAACAGGAGTTACAAACATATAGAATTG
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GAAAGAGCTGACTTTCATGGGAGTTGCAATGACCAGAGGCGCTTCAGGTGAACCAAAGAT
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GTAGCAGTAGCATTTCTTCAGGCCTTCCTGGTCATGGTAGCATTCATGAGATCCGTTCTT
CACTTGCTGAAAGTTCCATATCACACTGAATTTGCCAACGGTTGCCACCACATGACGCTC
TTGTTTCCCATCCTCCGTGACCCATGAAAACTGAGCATTGCGGAACTTGTTGTTAGATCC
AGCTAAATGGGCGTCAAGAGGTCTTAGCTTTAGCAACCTCGGCGCAGCGATCTTATTTCC
CATGCGACCCTCGAAACCAGTCTTGGTTTTACCAGCCTTGTCAGTGAAAAGGGTACAGAT
AACAATCAGATACGTATCAGTTGTACCAACAATCCATTTCCCATCGTACGTAGCATCCAC
ATGAGTTACAGGCGCACCAAGTCCAGGGAAAGCAGTCTTCGCCTGCCTCATAGTGTTGCT
CGAGTAAAGCCTAATCTTCCCATCAAGAGAGCCAACAACAATTGAGCCATCACCAGTGGT
CGCAAAGCACTGGAAGTTAGTCCCTCTAGAAAACTGATGCCCCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 5 25 10 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV09JQ U 1
AF RR3EK10JQ U 2
AF RR3AV09TF C 84
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RD RR3AV09JQ 511 0 0
ACCCAACTTAAAAGTCAATGTCATAACAAAACAGTTTTGCAACATCCTGGGATGTCTTGT
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GAACTATATAAACTTAAGGTTGTTCATCACTTGCTTTTTTTATCGCTTGCTGGATAAGCT
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TGCAAAGTTGTCATTCATGAAGCGGCTGTCCACGATGGATTCATTTCGAAGGACTATCTT
GTAGCAGTAGCATTTCTTCAGGCCTTCCTGGTCATGGTAGCATTCATGAAATCCGTTCTT
CACTTGCTGAAAGTTCCATATCACACTGAATTTGCCAACGGTTGCCACCACATGACGCTC
TTGTTTCCCATCCTCCGTGACCCATGAAAACTGAGCATTGCGGAACTTGTTGTTAAATCC
AGCTAAATGGGCGTCAAGAGGTCTTAACTTT

QA 1 511 1 511
DS 

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CG
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TGAAATCTAACAGCGTACTAAGAGCGAGAAAACAGGAGTTACAAACATATAGAATTGGAA
CTATATAGACTTAAGGTTGTTCATCACTTGCTTTTTTTATCGCTTGCTGGATAAGCTGAA
AGAGCTGACTTTCATGGGAGTTGCAATGACCAGAGGCGCTTCAGGTGAACCAAAGATTGC
AAAGTTGTCATTCATGAAGCGGCTGTCCACGATGGATTCATTTCGAAGGACTATCTTGTA
GCAGTAGCATTTCTTCAGGCCTTCCTGGTCATGGTAGCATTCATGAGATCCGTTCTTCAC
TTGCTGAAAGTTCCATATCACACTGAATTTGCCAACGGTTGCCACCACATGACGCTATTG
TTTCCCATCCTCCGTGACCCATGAAAACTGAGCATTGCGGAACTTGTTGTTAGATCCAGC
TAAATGGGCGTCAAGAGGTCTTAGCTTTAGCAACCTCGGCGCAGCGATCTTATTTCCCAT
GCGACCCTCGAAACCAGTCTTGGTTTTACCAGCCTTGTCAGTGAAAAGGGTACAGATAAC
AATCAGATACGTATCAGTTGTACCGACAATCCATTTCCCATCGTACGTAGCATCCACATG
AGTTACAGGCGCACCAAGTCCAGGGAAAGCA*TCTTCGCCTGCCTCATAGTGTTGCTCGA
GTAAAGCCTAATCTTCCCA

QA 3 741 3 741
DS 

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AG
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ATCACTTGCTTTTTTTATCGCTTGCTGGATAAGCTGAAAGAGCTGACTTTCATGGGAGTT
GCAATGACCAGAGGCGCTTCAGGTGAACCAGAGATTGCAAAGTTGTCATTCATGAAGCGG
CTGTCCACGATGGATTCATTTCGAAGGACTATCTTGTAGCAGTAGCATTTCTTCAGGCCT
TCCTGGTCATGGTAGCATTCATGAGATCCGTTCTTCACTTGCTGAAAGTTCCATATCACA
CTGAATTTGCCAACGGTTGCCACCACATGACGCTCTTGTTTCCCATCCTCCGTGACCCAT
GAAAACTGAGCATTGCGGAACTTGTTGTTAGATCCAGCTAAATGGGCGTCAAGAGGTCTT
AGCTTTAGCAACCTCGGCGCAGCGATCTTATTTCCCATGCGACCCTCGAAACCAGTCTTG
GTTTTACCAGCCTTGTCAGTGAAAAGGGTACAGATAACAATCAGATACGTATCAGTTGTA
CCAACAATCCATTTCCCATCGTACGTAGCATCCACATGAGTTACAGGCGCACCAAGTCCA
GGGAAAGCAGTCTTCGCCTGCCTCATAGTGTTGCTCGAGTAAAGCCTAATCTTCCCATCA
AGAGAGCCAACAACAATTGAGCCATCACCAGTGGTCGCAAAGCACTGGAAGTTAGTCCCT
CTAGAAAACTGATGCCCCC

QA 3 741 3 741
DS 



AS 1 3

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TCTTCTGTTTCTTTGCGTCCTTCCTTGCCTTATCGAATCTGCTATACCTTCTCACCAGCA
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TACAGGACCATCAGGCAGTGGACATGGTGGTGGTCGCACTCCAGCCCCCTAGTCCTACAG
CTAAAGCCGTGGACATTGTATGTGTTGGTTTATTATTGTAATTTGCAGTCTCTAAGCTCA
CAACTCAAGCTTTTAATTTCTTTCGATTTTATTTATATTGTATGTGTTGGTGTATTATGT
ATAATGTATGTGTTCTTAAGTTTCTGTCCTCAAAGTCATGCTTTAACTTTTCATTGTGTA
TAAACTTAATGAATATTAAAAAAAAGTGTTGGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F016JQ C 16
AF RR3F016TF U 16
AF RR3BD31TF U 1
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BS 26 26 RR3F016TF
BS 27 60 RR3BD31TF
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BS 62 275 RR3BD31TF
BS 276 276 RR3F016TF
BS 277 323 RR3BD31TF
BS 324 324 RR3F016TF
BS 325 332 RR3BD31TF
BS 333 333 RR3F016TF
BS 334 349 RR3BD31TF
BS 350 350 RR3F016TF
BS 351 455 RR3BD31TF

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AAGTTTCTGTCCTCAAAGTCATGCTTTAACT

QA 3 393 3 393
DS 

RD RR3F016TF 393 0 0
GG
AGAGAGACGTGGGTTCTTCACAGTTAAGTCAAGTACTCATTGTTCTTCTGTTTCTTTGCG
TCCTTCCTTGCCTTATCGAATCTGCTATACCTTCTCACCAGCAACCACTTCCAGTCACCG
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GTGGACATGGTGGTGGTCGCACTCCAGCCCCCTAGTCCTACAGCTAAAGCCGTGGACATT
GTATGTGTTGGTTTATTATTGTAATTTGCAGTCTCTAAGCTCACAACTCAAGCTTTTAAT
TTCTTTCGATTTTATTTATATTGTATGTGTTGGTGTATTATGTATAATGTATGTGTTCTT
AAGTTTCTGTCCTCAAAGTCATGCTTTAACT

QA 3 393 3 393
DS 

RD RR3BD31TF 455 0 0
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TACAGGACCATCAGGCAGTGGACATGGTGGTGGTCGCACTCCAGCCCCCTAGTCCTACAG
CTAAAGCCGTGGACATTGTATGTGTTGGTTTATTAATGTAATTTGCAGTCTCTAAGCTCA
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TAAACTTAATGAATATTAAAAAAAAGTGTTGGGTT

QA 1 455 1 455
DS 



AS 1 3

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CTGCGTTTCCCGCTTCTCCGCCCCCGTCTTACCTCCTTCGCTCTCCTTCAAACTCCACCC
CCTCTCTCTCTCCGCTTCCTCCGCCCTCAAATCCTCCTCACCCGCCCAACACCCATCTCT
CTTCGTCACACACGTCGCCGTATCCTCTGATTTCGAGGTTGAGGAAGACGACATGTTCGC
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TGTCACACTCGGTTCTCCTCAAGAGGTCACAAGAGCCATCAATTCTTTGAATGGAGCTGA
TTTGGATGGAAGACAGATTAGAGTCTCGGAGGCGGAGGCTAGACCACCAAGGCGCCAATT
TTGAGTGACCACGCAACTTCATCTTCTTGAATCTAGAGGTTTAGCTCATCTTGACTGGCG
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TGAATGTTTTGCGTTTATCTTTGTAGACTAGGAGTTTGGACTTTGTTTTCTTTTTATATA
TTAGTACTCCCCTTCTTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR19TF U 1
AF RR3BV12TF U 411
AF RR3BR19JQ C 382
BS 1 691 RR3BR19TF
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RD RR3BR19TF 691 0 0
GGACTCTCAAATCTCTAGCAGAGCCCTTAAACCTTATCCCATCCCGAGAGAGAGAGCCAT
GTCTGCCTCCGCTTCTTCCGTTTCCCTCTCTTCCTTCAACCCCAAATCCCTTCTTCCTCT
CTGCGTTTCCCGCTTCTCCGCCCCCGTCTTACCTCCTTCGCTCTCCTTCAAACTCCACCC
CCTCTCTCTCTCCGCTTCCTCCGCCCTCAAATCCTCCTCACCCGCCCAACACCCATCTCT
CTTCGTCACACACGTCGCCGTATCCTCTGATTTCGAGGTTGAGGAAGACGACATGTTCGC
TGATGACGATTCTCCTCCGCCGCAGGAGCGCAGCTCCTTCTCTGCTGACCTCAAACTCTT
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CGGTAACGTTGAGATGGTTGAGGTTATCTATGACAAAGTGACTGGCCGAAGCAGGGGTTT
TGGGTTTGTCACTATGTCCTCTGCAGCTGAAGCTGAGGCAGCTGCTCAACAGTTCAATGG
CTATGAATTTGAAGGTAGACCCTTGAGGGTTAACGCTGGCCCTCCTCCACCTAAGAGGGA
GGAATCATTCTCCAGAGGACCGAGGAGTGGTGGTTACGGTTCCGAACGTTCCGGTTACGG
TTCTGAACGTTCCGGTTACGGGTCTCAACGT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3BV12TF 656 0 0
G
CGAGAGCGCCGGTAACGTTGAGATGGTTGAGGTTATCTATGACAAAGTGACTGGCCGAAG
CAGGGGTTTTGGGTTTGTCACTATGTCCTCTGCAGCTGAAGCTGAGGCAGCTGCTCAACA
GTTCAATGGCTATGAATTTGAAGGTAGACCCTTGAGGGTTAACGCTGGCCCTCCTCCACC
TAAGAGGGAGGAATCATTCTCCAGAGGACCGAGGAGTGGTGGTTACGGTTCCGAACGTTC
CGGTTACGGTTCTGAACGTTCCGGTTACGGGTCTCAACGTTCAGGACGTTCTGGTTACGG
TTCTGAGCGTTCTAGCCACGGTTCTGGGTCCGGTTCGGGCTCGGGCTCATCAGACCGTGT
TTATGTGGGTAACCTTTCGTGGGGTGTGGATGACATGGCTCTTGAGAGCTTGTTTAGTGA
GCAAGGAAAGGTTGTCGAGGCCAGGGTCATTTACGATAGGGACACTGGTCGATCCAAGGG
TTTTGGGTTTGTCACACTCGGTTCTCCTCAAGAGGTCACAAGAGCCATCAATTCTTTGAA
TGGAGCTGATTTGGATGGAAGACAGATTAGAGTCTCGGAGGCGGAGGCTAGACCACCAAG
GCGCCAATTTTGAGTGACCACGCAACTTCATCTTCTTGAATCTAGAGGTTTAGCT

QA 2 656 2 656
DS 

RD RR3BR19JQ 838 0 0
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GGTTATCTATGACAAAGTGACTGGCCGAAGCAGGGGTTTTGGGTTTGTCACTATGTCCTC
TGCAGCTGAAGCTGAGGCAGCTGCTCAACAGTTCAATGGCTATGAATTTGAAGGTAGACC
CTTGAGGGTTAACGCTGGCCCTCCTCCACCTAAGAGGGAGGAATCATTCTCCAGAGGACC
GAGGAGTGGTGGTTACGGTTCCGAACGTTCCGGTTACGGTTCTGAACGTTCCGGTTACGG
GTCTCAACGTTCAGGACGTTCTGGTTACGGTTCTGAGCGTTCTAGCTACGGTTCTGGGTC
CGGTTCGGGCTCGGGCTCATCAGACCGTGTTTATGTGGGTAACCTTTCGTGGGGTGTGGA
TGACATGGCTCTTGAGAGCTTGTTTAGTGAGCAAGGAAAGGTTGTCGAGGCCAGGGTCAT
TTACGATAGG*ACACTGGTCGATCCAAGGGTTTTGGGTTTGTCACACTCGGTTCTCCTCA
AGAGGTCACAAGAGCCATCAATTCTTTGAATGGAGCTGATTTGGATGGAAGACAGATTAG
AGTCTCGGAGGCGGAGGCTAGACCACCAAGGCGCCAATTTTGAGTGACCACGCAACTTCA
TCTTCTTGAATCTAGAGGTTTAGCTCATCTTGACTGGCGACAATCTATTTATGTTTTGGG
CTTTTGTTTCTTTATTTTACTTTAATTCGTTTTGCGCTTTGAATGTTTTGCGTTTATCTT
TGTAGACTAGGAGTTTGGACTTTGTTTTCTTTTTATATATTAGTACTCCCCTTCTTTC

QA 1 838 1 838
DS 



AS 1 2

CO CL4267Contig1 820 2 2 U
GGATATGTTGTTAGTTCTCGAATAGACATCATGCTTTAGCTTTTTTTGGAACTTCATGTA
ATAGATAGATCTGTGAATGGATGGTTTATGTTGCTTAGACAAGTTTTGGAATTTCATGTA
ATAGATCCTAACTGAATCGATCTGAAGGCTGTTGCGTATCTGTTTAGTAACTGTTTGTGT
GTGTGTGTTTTTTTCTCAGCGGCTGAGACAGGTCTGTTCTGGGACAAGGATGAATGCGAG
ATCACTAATGCATCCAGAGCTGCTCAGGTTTTGAAGAACATGAGAAAAGCCCTTGTCGGT
GGTGGTCATATTGGTCCAGCCACATTCCACGCTTATGGTGATATGACCGGTCTTGACTTC
CAGTCAACCGACATCAAGCTCAATCATTTTCCCGCAGGAGAGAAGAATGCGAGACACACC
AAAATGTTGGAGGACATTGTGGCTTGGGCAGCGGAGCATCCTGAGCCATCGACGCTGATG
CTAGTGATGAGTGACGTCTCACGAGACTTTCTCGATGTTGTTGATGTTTTGACTACCAAG
AAGAATTACAGGTTCATTTCAGTGCTTCCAGATCCACCACGACCACCACCAAGGCCAATG
ATGCTGCTTATAGTGCCCAATGATTCTTGATTCTCAGCTGATTCCAGTGGCTAGTAGGAC
CTTTAATTTAATAAGTGTTGTAGACCACATTCAGGGGAAAAATTAAGTAGAGTTGTATTT
TTTTCTTGGTTGCAACTTGTAAGAAATGTTGGATCGTCCTCTTTAATGGAACTTTATTAG
ATGCTTAATTAAATAATTTACTTTAACATTCCTTGTAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL71TF U 1
AF RR3AL71JQ C 215
BS 1 653 RR3AL71TF
BS 654 820 RR3AL71JQ

RD RR3AL71TF 653 0 0
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ATAGATAGATCTGTGAATGGATGGTTTATGTTGCTTAGACAAGTTTTGGAATTTCATGTA
ATAGATCCTAACTGAATCGATCTGAAGGCTGTTGCGTATCTGTTTAGTAACTGTTTGTGT
GTGTGTGTTTTTTTCTCAGCGGCTGAGACAGGTCTGTTCTGGGACAAGGATGAATGCGAG
ATCACTAATGCATCCAGAGCTGCTCAGGTTTTGAAGAACATGAGAAAAGCCCTTGTCGGT
GGTGGTCATATTGGTCCAGCCACATTCCACGCTTATGGTGATATGACCGGTCTTGACTTC
CAGTCAACCGACATCAAGCTCAATCATTTTCCCGCAGGAGAGAAGAATGCGAGACACACC
AAAATGTTGGAGGACATTGTGGCTTGGGCAGCGGAGCATCCTGAGCCATCGACGCTGATG
CTAGTGATGAGTGACGTCTCACGAGACTTTCTCGATGTTGTTGATGTTTTGACTACCAAG
AAGAATTACAGGTTCATTTCAGTGCTTCCAGATCCACCACGACCACCACCAAGGCCAATG
ATGCTGCTTATAGTGCCCAATGATTCTTGATTCTCAGCTGATTCCAGTGGCTA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3AL71JQ 606 0 0
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AGAACATGAGAAAAGCCCTTGTCGGTGGTGGTCATATTGGTCCAGCCACATTCCACGCTT
ATGGTGATATGACCGGTCTTGACTTCCAGTCAACCGACATCAAGCTCAATCATTTTCCCG
CAGGAGAGAAGAATGCGAGACACACCAAAATGTTGGAGGACATTGTGGCTTGGGCAGCGG
AGCATCCTGAGCCATTGACGCTGATGCTAGTGATGAGTGACGTCTCACGAGACTTTCTCG
ATGTTGTTGATGTTTTGACTACCAAGAAGAATTACAGGTTCATTTCAGTGCTTCCAGATC
CACCACGACCACCACCAAGGCCAATGATGCTGCTTATAGTGCCCAATGATTCTTGATTTT
CAGCTGATTCCAGTGGCTAGTAGGACCTTTAATTTAATAAGTGTTGTAGACCACATTCAG
GGGAAAAATTAAGTAGAGTTGTATTTTTTTCTTGGTTGCAACTTGTAAGAAATGTTGGAT
CGTCCTCTTTAATGGAACTTTATTAGATGCTTAATTAAATAATTTACTTTAACATTCCTT
GTAGGG

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 3

CO CL4268Contig1 663 3 1 U
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ACAAACTTATTAAAACACTTTTCTCAACAAAAAAAACAACTTATTAAAATGCAAGCAGAC
C**TTTCTAAAGACCAAGACCAACACTCTCAAACTTAGACGTGGTATATCTTCGAGGGTA
CGATTGTTTAGGCAGTTTCAATTGCAAGCTTAGAAGAGCCATTAGTGCAAAAAGTAGAAC
ATACTTTGGCACAATCTTCAACGGCTCCATCTCCAATTTCACTTGCACCCGAATTTTGGA
GAGTGGTCAAAGGACCGCACACAGAGGACGTACATCCCAACTTGCAGTATTCATTGGCAA
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GTATTATGCAATCAACGATTCGTATACAGAAGCTCACGGGGATACCTTGAGCAGTGCAAG
AATTAAACGTATTTCTAGCTCTAGTGTTACGGCAACAGATCTTTTCTGCTTCTACTTAAA
TTTGCGCCATGACAAGACCTATTATGAGAACACTTAATATCACAGTTTTGCCTTCCATCT
TTTGATTGATGTTACTTGTTTGATCACTAAATGTAGAGAAAACACTAAGCTTGTATTTAT
CCC


BQ
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3C427JQ U 1
AF RR3B171TF C 1
AF RR3B171JQ U 1
BS 1 663 RR3B171JQ

RD RR3C427JQ 657 0 0
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CGCTTTCTAAAGACCAAGACCAACACTCTCAAACTTAGACGTGGTATATCTTCGAGGGTA
CGATTGTTTAGGCAGTTTCAATTGCAAGCTTAGAAGAGCCATTAGTGCAAAAAGTAGAAC
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GAGTGGTCAAAGGACCGCACACAGAGGACGTACATCCCAACTTGCAGTATTCATTGACAA
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GTATTATGCAATCAACGATTCGTATACAGAAGCTCACGGGGATACCTTGAGCAGTGCAAG
AATTAAACGTATTTCTAGCTCTAGTGTTACGGCAACAGATCTTTTCTGCTTCTACTTGAA
TTTGCGCCATGACAAGACCTATTATGAGAACACTTAATATCACAGTTTTGCCTTCCATCT
TTTGATTGATATTACTTGTTTGATCACTAAATGTAGAGAAAACACTAAGCTTGTAT
C

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3B171TF 663 0 0
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C**TTTCTAAAGACCAAGACCAACACTCTCAAACTTAGACGTGGTATATCTTCGAGGGTA
CGATTGTTTAGGCAGTTTCAATTGCAAGCTTAGAAGAGCCATTAGTGCAAAAAGTAGAAC
ATACTTTGGCACAATCTTCAACGGCTCCATCTCCAATTTCACTTGCACCCGAATTTTGGA
GAGTGGTCAAAGGACCGCACACAGAGGACGTACATCCCAACTTGCAGTATTCATTGGCAA
CATCAGCTGAGTTTTCCAGACGATCCGCGGGAAATTCTGGCGGGCATGTATTATAAGGAA
GTATTATGCAATCAACGATTCGTATACAGAAGCTCACGGGGATACCTTGAGCAGTGCAAG
AATTAAACGTATTTCTAGCTCTAGTGTTACGGCAACAGATCTTTTCTGCTTCTACTTAAA
TTTGCGCCATGACAAGACCTATTATGAGAACACTTAATATCACAGTTTTGCCTTCCATCT
TTTGATTGATGTTACTTGTTTGATCACTAAATGTAGAGAAAACACTAAGCTTGTAT
TTATCCC

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3B171JQ 663 0 0
AACCAAACTTTAGTTCCATGATATTATTAAAACCTTCTACGATACACACGCAAACGAGAA
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C**TTTCTAAAGACCAAGACCAACACTCTCAAACTTAGACGTGGTATATCTTCGAGGGTA
CGATTGTTTAGGCAGTTTCAATTGCAAGCTTAGAAGAGCCATTAGTGCAAAAAGTAGAAC
ATACTTTGGCACAATCTTCAACGGCTCCATCTCCAATTTCACTTGCACCCGAATTTTGGA
GAGTGGTCAAAGGACCGCACACAGAGGACGTACATCCCAACTTGCAGTATTCATTGGCAA
CATCAGCTGAGTTTTCCAGACGATCCGCGGGAAATTCTGGCGGGCATGTATTATAAGGAA
GTATTATGCAATCAACGATTCGTATACAGAAGCTCACGGGGATACCTTGAGCAGTGCAAG
AATTAAACGTATTTCTAGCTCTAGTGTTACGGCAACAGATCTTTTCTGCTTCTACTTAAA
TTTGCGCCATGACAAGACCTATTATGAGAACACTTAATATCACAGTTTTGCCTTCCATCT
TTTGATTGATGTTACTTGTTTGATCACTAAATGTAGAGAAAACACTAAGCTTGTATTTAT
CCC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL4269Contig1 782 2 4 U
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GGGGTTTCATTAGGAGGGAGGAAGGATGTATCGTGACAAAAAGGGAGAAGCCTTTGTCTA
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GTGGAGCGAGAGCGGGAAGAGTTTCATCGTTTGGGATGACGTGGAGTTTAGAAAAGCTCT
TCTTCTTCCCGGAGGGTGCCTTGGATACTTGGGCTTTTCACAATCTCAATCTCAATCTCA
TGAGCAATGCGAATACGCATGCCCTTATTTTATGAGAGGCCAGCCTGACCTTAAACCGTC
ACAAGACGACCTCATTAGAAAGATTGAGACCGACAACAACAAGGGCTTGGACAGTAGCAA
TGATGATGGACTTATTCGCTTTAGCAGCCTTTCTTGCTACCAAGAGATGGCTAGGCTTGC
CAAGAAGGAGCGTCCCCCTTCCTCATCAATTCGATGCCCTCCCCCCCTTTTCATCAGAGA
CGTGTACGATATGTTGGATGATCCTACAGTTGATTCAGTTGTCTCGTGGAGTGAGAGCGG
CAAGAGTTTCGTCGTTTGGAATGAATCTAAGTTCCTCGGAGATGTTCTTCCTAGTCGCTT
ACCCTTCAATTACAAAGATATGACATCCCTCACCACCCAGTTTCATGCCATTGGCTATAA
TAAAGTTGAAGAATCTGAGCATTGGGAATACGCATCCGATTATTTGGTGAGAGGTCAGCC
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3AV58TF U 1
AF RR3A766TF U 17
BS 1 56 RR3AV58TF
BS 57 57 RR3A766TF
BS 58 729 RR3AV58TF
BS 730 782 RR3A766TF

RD RR3AV58TF 729 0 0
GGAGCTTAGGTTTGGTTTCAGAGGAAGGAAGGAAGGAACGAACGAAGATCAAATCGTAGA
GGGGTTTCATTAGGAGGGAGGAAGGATGTATCGTGACAAAAAGGGAGAAGCCTTTGTCTA
CGATCGCCGAAGTAAATTGTATGAGATGGTGGATGATCCTTCAACAGATTCAATAGTTTC
GTGGAGCGAGAGCGGGAAGAGTTTCATCGTTTGGGATGACGTGGAGTTTAGAAAAGCTCT
TCTTCTTCCCGGAGGGTGCCTTGGATACTTGGGCTTTTCACAATCTCAATCTCAATCTCA
TGAGCAATGCGAATACGCATGCCCTTATTTTATGAGAGGCCAGCCTGACCTTAAACCGTC
ACAAGACGACCTCATTAGAAAGATTGAGACCGACAACAACAAGGGCTTGGACAGTAGCAA
TGATGATGGACTTATTCGCTTTAGCAGCCTTTCTTGCTACCAAGAGATGGCTAGGCTTGC
CAAGAAGGAGCGTCCCCCTTCCTCATCAATTCGATGCCCTCCCCCCCTTTTCATCAGAGA
CGTGTACGATATGTTGGATGATCCTACAGTTGATTCAGTTGTCTCGTGGAGTGAGAGCGG
CAAGAGTTTCGTCGTTTGGAATGAATCTAAGTTCCTCGGAGATGTTCTTCCTAGTCGCTT
ACCCTTCAATTACAAAGATATGACATCCCTCACCACCCAGTTTCATGCCATTGGCTATAA
TAAAGTTGA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3A766TF 766 0 0
C
TCAGAGGAAGGAAGGAAGGAACGAACGAAGATCAAATCGAAGAGGGGTTTCATTAGGAGG
GAGGAAGGATGTATCGTGACAAAAAGGGAGAAGCCTTTGTCTATGATCGCCGAAGTAAAT
TGTATGAGATGGTGGATGATCCTTCAACAGATTCAATAGTTTCGTGGAGCGAGAGCGGGA
AGAGTTTCATCGTTTGGGATGACGTGGAGTTTAGAAAAGCTCTTCTTCTTCCCGGAGGGT
GCCTTGGATACTTGGGCTTTTCACAATCTCAATCTCAATCTCATGAGCAATGCGAATACG
CATGCCCTTATTTTATGAGAGGCCAGCCTGACCTTAAACCGTCACAAGACGACCTCATTA
GAAAGATTGAGACCGACAACAACAAGGGCTTGGACAGTAGCAATGATGATGGACTTATTC
GCTTT*GCAGCCTTTCTTGCTACCAAGAGATGGCTAGGCTTGCCAAGAAGGAGCGTCCCC
CTTCCTCATCAATTCGATGCCCTCCCCCCCTTTTCATCAGAGACGTGTACGATATGTTGG
ATGATCCTACAGTTGATTCAGTTGTCTCGTGGAGTGAGAGCGGCAAGAGTTTCGTCGTTT
GGAATGAATCTAAGTTCCTCGGAGATGTTCTTCCTAGTCGCTTACCCTTCAATTACAAAG
ATATGACATCCCTCACCACCCAGTTTCATGCCATTGGCTATAATAAAGTTGAAGAATCTG
AGCATTGGGAATACGCATCCGATTATTTGGTGAGAGGTCAGCCTC

QA 2 766 2 766
DS 



AS 1 3

CO CL4270Contig1 917 3 6 U
CAACGAAAGAAACAATTGACGGTTTTGATAGGATACTGTGACAAGAAAATAGTCTCAACA
TTGTAATAAACGATCACTGAAACCTCTGAGGTGGTCTATTTCAAGCTTTTAACGATCATG
AACGTTTCAAGAACTAAGAACAACCACAAGAAAGAGCGAGAGATCACATTGAGACGAAGC
GGGCTTTGTACATAATGATGTACGCCATATGCCAATCACCTCCTCCGGAGAGCTTGGTGA
TGTCTTCCTCGCGTTGCAGGCTTGGGTGGCTATCATCGTACTGAATCCATTTGCCACTCT
CTTGCTTGACCCATGCAACATAATGCCCAGAGTCCGCACTCCTTCCCTTGTGGGTTAGCA
CAGAGACCAGGTCATAGATTCCAGTCATGTGAAGAGTTCCCTTCTCAGATGAAGCACCTT
CTTGTTGAGTAACGGTGGATGATTCTCCACTTTCATTTGATGTCGCCTCTGCATCAGTCA
TTTTCACATCGGTCTCCTTTGAGCTACTCTTTGGTTGCAGACCAAGCTTTTTACCTTCCT
CATCTCTTAGTTTCTGGCGAGGAGCTTCCAGTTTCTTTCGGAGATCCTCAGAACAAAGGT
CAAAAATATCCAACTCCAGCGGATAATCCACTTTCCTGAGGATCTTTGCTTTCTGATTAG
TCTCCCTTTTCCAGAAGAATCGCACAAACTGAACGGTCAAGTAACTGGGCAAGGAATCTA
TAAGGGACTCCTTGAGGTAAAGCGCAGTACGTCCAAGAGCAGGAGATGTCTTTTCAAGTT
CTCCTTTCAGACCATGTTTTAATCCTTCATGCAAGTGGTTCACCTCGTGTGATATATGAC
ATTTCAGAGAATATACAGATTCCGTCTCTGAGCTTTCTTCGCCACTTTCTTGACAATGCA
CCCTGCTCCGAAGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H849JQ U 11
AF RR3EN29JQ U 1
AF RR3H849TF C 159
BS 1 407 RR3EN29JQ
BS 408 408 RR3H849JQ
BS 409 523 RR3EN29JQ
BS 524 524 RR3H849JQ
BS 525 720 RR3EN29JQ
BS 721 917 RR3H849TF

RD RR3H849JQ 568 0 0
AACAATTGACGGTTTTGATAGGATACTGTGACAAGAAAATAGTCTCAACATTGTAATAAA
CGATCACTGAAACCTCTGAGGTGGTCTATTTCAAGCTTTTAACGATCCTGAACGTTTCAA
GAACTAAGAACAACCACAAGAAAGAGCGAGAGATCACATTGAGACGAAGCGGGCTTTGTA
CATAATGATGTACGCCATATGCCAATCACCTCCTCCGGAGAGCTTGGTGATGTCTTCCTC
GCGTTGCAGGCTTGGGTGGCTATCATCGTACTGAATCCATTTGCCACTCTCTTGCTTGAC
CCATGCAACATAATGCCCAGAGTCCGCACTCCTTCCCTTGTGGGTTAGCACAGAGACCAG
GTCATAGATTCCAGTCATGTGAAGAGTTCCCTTCTCAGATGAAGCACCTTCTTGTTGAGT
AACGGTGGATGATTCTCCACTTTCATTTGATGTCGCCTCTGCATCAGTCATTTTCACATC
GGTCTCCTTTGAGCTACTCTTTGGTTGCAGACCAAGCTTTTTACCTTCCTCATCTCTTAG
TTTCTGGCGAGGAGCTTCCAGTTTCTTT

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3EN29JQ 720 0 0
CAACGAAAGAAACAATTGACGGTTTTGATAGGATACTGTGACAAGAAAATAGTCTCAACA
TTGTAATAAACGATCACTGAAACCTCTGAGGTGGTCTATTTCAAGCTTTTAACGATCATG
AACGTTTCAAGAACTAAGAACAACCACAAGAAAGAGCGAGAGATCACATTGAGACGAAGC
GGGCTTTGTACATAATGATGTACGCCATATGCCAATCACCTCCTCCGGAGAGCTTGGTGA
TGTCTTCCTCGCGTTGCAGGCTTGGGTGGCTATCATCGTACTGAATCCATTTGCCACTCT
CTTGCTTGACCCATGCAACATAATGCCCAGAGTCCGCACTCCTTCCCTTGTGGGTTAGCA
CAGAGACCAGGTCATAGATTCCAGTCATGTGAAGAGTTCCCTTCTCAAATGAAGCACCTT
CTTGTTGAGTAACGGTGGATGATTCTCCACTTTCATTTGATGTCGCCTCTGCATCAGTCA
TTTTCACATCGGTCTCCTTTGAGCTACTCTTTGGTTGCAGACCGAGCTTTTTACCTTCCT
CATCTCTTAGTTTCTGGCGAGGAGCTTCCAGTTTCTTTCGGAGATCCTCAGAACAAAGGT
CAAAAATATCCAACTCCAGCGGATAATCCACTTTCCTGAGGATCTTTGCTTTCTGATTAG
TCTCCCTTTTCCAGAAGAATCGCACAAACTGAACGGTCAAGTAACTGGGCAAGGAATCTA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3H849TF 759 0 0
AGAGATCACAT*GAGACGAAGCGGGCTTTGTACATAATGATGTACGCCATATGCCAATCA
C*TCCTCCGGAGAGCTTGGTGATGTCTTCCTCGCGTTGCAGGCTTGGGTGGCTATCATCG
TACTGAATCCATTTGCCACTCTCTTGCTTGACCCATGCAACATAATGCCCAGAGTCCGCA
CTCCTTCCCTTGTGGGTTAGCACAGAGACCAGGTCATAGATTCCAGTCATGTGAAGAGTT
CCCTTCTCAGATGAAGCACCTTCTTGTTGAGTAACGGTGGATGATTCTCCACTTTCATTT
GATGTCGCCTCTGCATCAGTCATTTTCACATCGGTCTCCTTTGAGCTACTCTTTGGTTGC
AGACCAAGCTTTTTACCTTCCTCATCTCTTAGTTTCTGGCGAGGAGCTTCCAGTTTCTTT
CGGAGGTCCTCGGAACAAAGGTCAAAAATATCCAACTCCAGCGGATAATCCACTTTCCTG
AGGATCTTTGCTTTCTGATTAGTCTCCCTTTTCCAGAAGAATCGCACAAACTGAACGGTC
AAGTAACTGGGCAAGGAATCTATAAGGGACTCCTTGAGGTAAAGCGCAGTACGTCCAAGA
GCAGGAGATGTCTTTTCAAGTTCTCCTTTCAGACCATGTTTTAATCCTTCATGCAAGTGG
TTCACCTCGTGTGATATATGACATTTCAGAGAATATACAGATTCCGTCTCTGAGCTTTCT
TCGCCACTTTCTTGACAATGCACCCTGCTCCGAAGATTC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 3

CO CL4271Contig1 411 3 3 U
GGACGGCTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACGACCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTA
ACGGTGATGGAACTATCTCTTCAACCGAGCTTGGAGATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCGG
TAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTGAGATTGACACCGATGGTGATGGATTCA
TATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGGCTAATCGTGGCCTTATGAAAGACGTCG
CCAAGATTTTCTAAGCGACATTTTCAGACTTATATTGATATGAAATTTTAATCATGTTTA
GTATTTTTTTGTAATGACAATCATTTGATTAAGAATGTTTCATTTTTCTTTATGTTTTCA
TTTCATGTAATGATATATTGAAGAATCCTCCATTCATTAGTGTTTATTTCG


BQ
10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM50JQ C 1
AF RR3DM50TF U 1
AF RR3B542TF U 2
BS 1 4 RR3DM50JQ
BS 5 404 RR3DM50TF
BS 405 411 RR3B542TF

RD RR3DM50JQ 405 0 0
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ACGGTGATGGAACTATCTCTTCAACCGAGCTTGGAGATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCGG
TAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTGAGATTGACACCGATGGTGATGGATTCA
TATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGGCTAATCGTGGCCTTATGAAAGACGTCG
CCAAGATTTTTTAAGCGACATTTTCAGACTTATATTGATATGAAATTTTAATCATGTTTA
GTATTTTTTTGTAATGACAATCATTTGATTAAGAATGTTTCATTTTTCTTTATGTTTTCA
TTTCATGTAATGATATATTGAAGAATCCTCCATTCATTAGTGTT
C

QA 1 404 1 404
DS 

RD RR3DM50TF 405 0 0
GGAC
GGCTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACGACCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGG
TGATGGAACTATCTCTTCAACCGAGCTTGGAGATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCGGTAAC
GCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTGAGATTGACACCGATGGTGATGGATTCATATC
GTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGGCTAATCGTGGCCTTATGAAAGACGTCGCCAA
GATTTTCTAAGCGACATTTTCAGACTTATATTGATATGAAATTTTAATCATGTTTAGTAT
TTTTTTGTAATGACAATCATTTGATTAAGAATGTTTCATTTTTCTTTATGTTTTCATTTC
ATGTAATGATATATTGAAGAATCCTCCATTCATTAGTGTT
C

QA 5 404 5 404
DS 

RD RR3B542TF 410 0 0
AAT
GGCTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACGACCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGG
TGATGGAACTATCTCTTCAACCGAGCTTGGAGGTGCTCTCAAGAACCTTGGCTCGGTAAC
GCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTGAGATTGACACCGATGGTGATGGATTCATATC
GTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGGCTAATCGTGGCCTTATGAAAGACGTCGCCAA
GATTTTCTAAGCGACATTTTCAGACTTATATTGATATGAAATTTTAATCATGTTTAGTAT
TTTTTTGTAATTACAATCATTTGATTAAGAATGTTTCATTTTTCTTTATGTTTTCATTTC
ATGTAATGATATATTGAAGAATCCTCCATTCATTAGTGTTTATTTCG

QA 4 410 4 410
DS 



AS 1 3

CO CL4272Contig1 690 3 10 U
CGGGTTATAGTTGATGGGTTTTTTCTAAATGAGAAATTCCATCTCTACTGCAGAACTGGA
CGTGAGAGTTTCTTCTCATCCAGCTCCTCGCGAATAAAAGGATTAATTAAGATATAGATG
TAGTTAATGATTAATCCTATTAATCATGGTATTTTTTTT*ATTTCATCTTATCTCTTCTA
AATTTGTGTATGTCTTTTTTTAAATAGAATCAAAGATCAAT**TATTTCGATTTATTTAA
AAATAACGTAATATCATCATTACAAATGTAATTTTTGTTAGAATTAGAATATTATAACAA
ATCCTTATTTTATTTTTTTCATTGTTTTTTTCATCTTTTATTACTTTTTTTATTTGAAAA
AAAAAACCAATTTTTCGCCGGCGAATATTTACTCTTTCAATATCTATTTAAGTTTGCTGT
TTATACCCCGAGGTCTCAGAATCAAAATCAGAAATCAGAATAGATAATAAAGTTTCTGGT
TTATTCCGCCATCCTGTCCAATGAATTACTAAGATTTCTTGTTCACTAGAATCCTATATA
TTCATGGGTTCCGTCGTTCCCATCGCTTCTTGATTAATCATTAGGCCTGAATTCTACGAT
GGAGCTTTTACATGAAATTTTGAATTTCATTTTTTTTTTTGAGGCAATTTTCTCAGTTTT
TATTGGCTCAAGGCTCTTAATTTTTTGTTT


BQ
10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AU20JQ U 1
AF RR3AU20TF C 1
AF RR3E661JQ U 2
BS 1 438 RR3AU20JQ
BS 439 439 RR3E661JQ
BS 440 457 RR3AU20JQ
BS 458 458 RR3E661JQ
BS 459 512 RR3AU20JQ
BS 513 513 RR3E661JQ
BS 514 528 RR3AU20JQ
BS 529 529 RR3E661JQ
BS 530 534 RR3AU20JQ
BS 535 690 RR3E661JQ

RD RR3AU20JQ 535 0 0
CGGGTTATAGTTGATGGGTTTTTTCTAAATGAGAAATTCCATCTCTACTGCAGAACTGGA
CGTGAGAGTTTCTTCTCATCCAGCTCCTCGCGAATAAAAGGATTAATTAAGATATAGATG
TAGTTAATGATTAATCCTATTAATCATGGTATTTTTTTT*ATTTCATCTTATCTCTTCTA
AATTTGTGTATGTCTTTTTTTAAATAGAATCAAAGATCAAT**TATTTCGATTTATTTAA
AAATAACGTAATATCATCATTACAAATGTAATTTTTGTTAGAATTAGAATATTATAACAA
ATCCTTATTTTATTTTTTTCATTGTTTTTTTCATCTTTTATTACTTTTTTTATTTGAAAA
AAAAAACCAATTTTTCGCCGGCGAATATTTACTCTTTCAATATCTATTTAAGTTTGCTGT
TTATACCCCGAGGTCTCAAAATCAAAATCAGAAATCAAAATAGATAATAAAGTTTCTGGT
TTATTCCGCCATCCTGTCCAATGAATTACTAAAATTTCTTGTTCACTAAAATCC
C

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR3AU20TF 535 0 0
C
GGGTTATAGTTGATGGGTTTTTTCTAAATGAGAAATTCCATCTCTACTGCAGAACTGGAC
GTGAGAGTTTCTTCTCATCCAGCTCCTCGCGAATAAAAGGATTAATTAAGATATAGATGT
AGTTAATGATTAATCCTATTAATCATGGTATTTTTTTT*ATTTCATCTTATCTCTTCTAA
ATTTGTGTATGTCTTTTTTTAAATAGAATCAAAGATCAAT**TATTTCGATTTATTTAAA
AATAACGTAATATCATCATTACAAATGTAATTTTTGTTAGAATTAGAATATTATAACAAA
TCCTTATTTTATTTTTTTCATTGTTTTTTTCATCTTTTATTACTTTTTTTATTTGAAAAA
AAAAACCAATTTTTCGCCGGCGAATATTTACTCTTTCAATATCTATTTAAGTTTGCTGTT
TATACCCCGAGGTCTCAGAATCAAAATCAGAAATCAGAATAGATAATAAAGTTTCTGGTT
TATTCCGCCATCCTGTCCAATGAATTACTAAGATTTCTTGTTCACTAGAATCC
C

QA 2 534 2 534
DS 

RD RR3E661JQ 689 0 0
GGGTTATAGTTGATGGGTTTTTTCTAAATGAGAAATTCCATCTCTACTGCAGAACTGGAC
GTGAGAGTTTCTTCTCATCCAGCTCCTCGCGAATAAAAGGATTAATTAAGATATAGATGT
AGTTAATGATTAATCCTATTAATCATGGTATTTTTTTTTATTTCATCTTATCTCTTCTAA
ATTTGTGTATGTCTTTTTTTAAATAGAATCAAAGATCAATTTTATTTCGATTTATTTAAA
AATAACGTAATATCATCATTACAAATGTAATTTTTGTTAGAGTTAGAATATTATAACAAA
TCCTTATTTTATTTTTTTCATTGTTTTTTTCATCTTTTATTACTTTTTTTATTTGAAAAA
AAAA*CCAATTTTTCGCCGGCGAATATTTACTCTTTCAATATCTATTTAAGTTTGCTGTT
TATACCCCGAGGTCTCAGAATCAAAATCAGAAATCAGAATAGATAATAAAGTTTCTGGTT
TATTCCGCCATCCTGTCCAATGAATTACTAAGATTTCTTGTTCACTAGAATCCTATATAT
TCATGGGTTCCGTCGTTCCCATCGCTTCTTGATTAATCATTAGGCCTGAATTCTACGATG
GAGCTTTTACATGAAATTTTGAATTTCATTTTTTTTTTTGAGGCAATTTTCTCAGTTTTT
ATTGGCTCAAGGCTCTTAATTTTTTGTTT

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 3

CO CL4273Contig1 683 3 2 U
GGTGGAGCAAAAGCACATATCAGAAGTATAAATTATTCTTCATCAGCTTACATCGTACAA
ATATGACTCGTTATATCTGGCAATCTTTATACACAACAAAACAAAATTTTGCATCTTGTT
GGCCCTAACTACAACATCAAAATGTGTTTACCAGCCCTATTCCTACCTCTTCTGCGAGTT
CGTCCCATACAGGCAGGAGTATCAAAACCACCAGAATAATTGCTGTCCCGACAAGTGCCT
TCCTCCATGTTCCAACCTCGGTCACATCGTTCAGGCATGCTTTTTCGGGTGTTCTCTGGC
AGATTAGCACGTAGAGACCCCAAGGAAGTGCCAAAGGGCCACCGAGCACTCTGAGTCCAA
GCATTACATAGGTTGACAAACCAAATGTAAACAGTACATTTTTCCCAAATGCGCCCTGTA
CAGCTCTTCCTCCATCCAAACACCCAACAGGAAGCATATTAAAAGCCGTTGTTGTTAAAC
CACACCATCCAGCAATAACAAGCGGGTGGATCGAAACTGTTGTAGCATGCATAGCTGCGT
ATCCCAGGGTTGCTCGGCTGATGAGTCCAAGAAGTAATGAACCTTGGAATAACATGCTGG
GGACCTGCACCAGATCGCTAGCTGCATCTGGGTTAGTAGATAGAAACAGACCAACAGCAA
ACATGGAAACTGAGAGTGCAGCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CN45JQ U 1
AF RR3CN45TF C 1
AF RR3EZ77JQ U 19
BS 1 672 RR3CN45JQ
BS 673 683 RR3EZ77JQ

RD RR3CN45JQ 673 0 0
GGTGGAGCAAAAGCACATATCAGAAGTATAAATTATTCTTCATCAGCTTACATCGTACAA
ATATGACTCGTTATATCTGGCAATCTTTATACACAACAAAACAAAATTTTGCATCTTGTT
GGCCCTAACTACAACATCAAAATGTGTTTACCAGCCCTATTCCTACCTCTTCTGCGAGTT
CGTCCCATACAGGCAGGAGTATCAAAACCACCAGAATAATTGCTGTCCCGACAAGTGCCT
TCCTCCATGTTCCAACCTCGGTCACATCGTTCAGGCATGCTTTTTCGGGTGTTCTCTGGC
AGATTAGCACGTAGAGACCCCAAGGAAGTGCCAAAGGGCCACCGAGCACTCTGAGTCCAA
GCATTACATAGGTTGACAAACCAAATGTAAACAGTACATTTTTCCCAAATGCGCCCTGTA
CAGCTCTTCCTCCATCCAAACACCCAACAGGAAGCATATTAAAAGCCGTTGTTGTTAAAC
CACACCATCCAGCAATAACAAGCGGGTGGATCGAAACTGTTGTAGCATGCATAGCTGCGT
ATCCCAGGGTTGCTCGGCTGATGAGTCCAAGAAGTAATGAACCTTGGAATAACATGCTGG
GGACCTGCACCAGATCGCTAGCTGCATCTGGGTTAGTAGATAGAAACAGACCAACAGCAA
ACATGGAAACTG
C

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3CN45TF 673 0 0
GGTGGAGCAAAAGCACATATCAGAAGTATAAATTATTCTTCATCAGCTTACATCGTACAA
ATATGACTCGTTATATCTGGCAATCTTTATACACAACAAAACAAAATTTTGCATCTTGTT
GGCCCTAACTACAACATCAAAATGTGTTTACCAGCCCTATTCCTACCTCTTCTGCGAGTT
CGTCCCATACAGGCAGGAGTATCAAAACCACCAGAATAATTGCTGTCCCGACAAGTGCCT
TCCTCCATGTTCCAACCTCGGTCACATCGTTCAGGCATGCTTTTTCGGGTGTTCTCTGGC
AGATTAGCACGTAGAGACCCCAAGGAAGTGCCAAAGGGCCACCGAGCACTCTGAGTCCAA
GCATTACATAGGTTGACAAACCAAATGTAAACAGTACATTTTTCCCAAATGCGCCCTGTA
CAGCTCTTCCTCCATCCAAACACCCAACAGGAAGCATATTAAAAGCCGTTGTTGTTAAAC
CACACCATCCAGCAATAACAAGCGGGTGGATCGAAACTGTTGTAGCATGCATAGCTGCGT
ATCCCAGGGTTGCTCGGCTGATGAGTCCAAGAAGTAATGAACCTTGGAATAACATGCTGG
GGACCTGCACCAGATCGCTAGCTGCATCTGGGTTAGTAGATAGAAACAGACCAACAGCAA
ACATGGAAACTG
C

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3EZ77JQ 665 0 0
G
TCAGAAGTATAAATTATTCTTCATCAGCTTACATAGTACAAATATGACTCGTTATATCTG
GCAATCTTTATACATAACAAAACAAAATTTTGCAGCTCGTTGGCCCTAACTACAACATCA
AAATGTGTTTACAAGCCCTATGCCTACCTCTTCGGCGAGTTCGTCCCATACAGGCAGGAG
TATCAAAACCACCAGAATAATTGCTGTCCCGACAAGTGCCTTCCTCCATGTTCCAACCTC
GGTCACATCGTTCAGGCATGCTTTTTCGGGTGTTCTCTGGCAGATTAGCACGTAAAGACC
CCAAGGAAGTGCCAAAGGGCCACCGAGCACTCTGAGTCCAAGCATTACATAAGTTGACAA
ACCAAATGTAAACAGTACATTTTTCCCAAATGCGCCCTGTACAGCTCTTCCTCCATCCAA
ACACCCAACAGGAAGCATATTAAAAGCCGTTGTCGTTAAACCACACCATCCAGCAATAAC
AAGCGGGTGGATCGAAACTGTTGTAGCATGCATAGCTGCGTATCCCAGGGTTGCTCGGCT
GATGAGTCCAAGAAGTAATGAACCTTGGAATAACATGCTGGGGACCTGCACCAGATCGCT
AGCTGCATCTGGGTTAGTAGATAGAAACAGACCAACAGCAAACATGGAAACTGAGAGTGC
AGCT

QA 2 665 2 665
DS 



AS 1 2

CO CL4274Contig1 707 2 2 U
GGACATGCTACAATAAAATATCTGAAACTTACAGAATAATAAAAGAAAGATGACGACCGA
AAAGAAAGAGATGGAAGTGGTGAAAAATCTCGACTTGGAGAGATACATGGGCCGCTGGTA
TGAGATTGCTTCTTTCCCTTCCTTTTTTCAGCCCAAGAACGGTGTGGACACTCGCGCCAC
CTACAGCCTCAACCCTGACGGCACGGTGCACGTCTTGAACGAGGTGTGGAACGGTGGCAA
GAGAGCTTTCATTGAAGGCTCGGCCTACAAGACTGATCCTAAGAGCGACGAGGCTAAGTT
CAAAGTTAAGTTTTATGTCCCTCCTTTCCTCCCTATCATTCCTGTCACTGGAGATTACTG
GGTGTTGTATATTGATCCTGAGTACCAGCACGCCGTCATCGGCCAGGCTACAAGGAGTTA
TCTCTGGATACTGAGCAGGACAGCGCATGTGGAGGAAGAGACATACAAGGCACTGGTAGA
GAAGGCAGTGGAGGAAGGGTACGATGTCAGCAAGCTTCACAAGACCCCTCAGAGTGACAC
ACCACCGGAGTCCGACGCTGCTACTGACGACACAAGGGTGTTTGGTGTTAAGTATTGAAA
AATGTTGACTTTAAGGTGTGAACACATATCTAGATCTGAATTCAAAATGTATCCTCTATA
TATCTTTATGAAAACTCGTTCTAATAAAATAATAGAGTTTTGAGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV42TF U 1
AF RR3EV42JQ C 62
BS 1 594 RR3EV42TF
BS 595 707 RR3EV42JQ

RD RR3EV42TF 602 0 0
GGACATGCTACAATAAAATATCTGAAACTTACAGAATAATAAAAGAAAGATGACGACCGA
AAAGAAAGAGATGGAAGTGGTGAAAAATCTCGACTTGGAGAGATACATGGGCCGCTGGTA
TGAGATTGCTTCTTTCCCTTCCTTTTTTCAGCCCAAGAACGGTGTGGACACTCGCGCCAC
CTACAGCCTCAACCCTGACGGCACGGTGCACGTCTTGAACGAGGTGTGGAACGGTGGCAA
GAGAGCTTTCATTGAAGGCTCGGCCTACAAGACTGATCCTAAGAGCGACGAGGCTAAGTT
CAAAGTTAAGTTTTATGTCCCTCCTTTCCTCCCTATCATTCCTGTCACTGGAGATTACTG
GGTGTTGTATATTGATCCTGAGTACCAGCACGCCGTCATCGGCCAGGCTACAAGGAGTTA
TCTCTGGATACTGAGCAGGACAGCGCATGTGGAGGAAGAGACATACAAGGCACTGGTAGA
GAAGGCAGTGGAGGAAGGGTACGATGTCAGCAAGCTTCACAAGACCCCTCAGAGTGACAC
ACCACCGGAGTCCGACGCTGCTACTGACGACACAAGGGTGTTTGGTGTTAAGTA
TTGAAAAA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3EV42JQ 646 0 0
AAGAAAGAGA
TGGAAGTGGTGAAAAATCTCGACTTGGAGAGATACATGGGCCGCTGGTATGAGATTGCTT
CTTTCCCTTCCTTTTTTCAGCCCAAGAACGGTGTGGACACTCGCGCCACCTACAGCCTCA
ACCCTGACGGCACGGTGCACGTCTTGAACGAGGTGTGGAACGGTGGCAAGAGAGCTTTCA
TTGAAGGCTCGGCCTACAAGACTGATCCTAAGAGCGACGAGGCTAAGTTCAAAGTTAAGT
TTTATGTCCCTCCTTTCCTCCCTATCATTCCTGTCACTGGAGATTACTGGGTGTTGTATA
TTGATCCTGAGTACCAGCACGCCGTCATCGGCCAGGCTACAAGGAGTTATCTCTGGATAC
TGAGCAGGACAGCGCATGTGGAGGAAGAGACATACAAGGCACTGGTAGAGAAGGCAGTGG
AGGAAGGGTACGATGTCAGCAAGCTTCACAAGACCCCTCAGAGTGACACACCACCGGAGT
CCGACGCTGCTACTGACGACACAAGGGTGTTTGGTGTTAAGTATTGAAAAATGTTGACTT
TAAGGTGTGAACACATATCTAGATCTGAATTCAAAATGTATCCTCTATATATCTTTATGA
AAACTCGTTCTAATAAAATAATAGAGTTTTGAGTCT

QA 11 646 11 646
DS 



AS 1 3

CO CL4275Contig1 1021 3 8 U
AAACGATTAATTTCAGTATTTATACAATATTGCTTATGTGGTACAAATCAACTACAAAAA
AAAAACAAATAAAACTATATGAAAACTTGTGGGAATAAAACAATTTGTTTCTTTTTTTCT
CTTCTGCTTTTCATTTGACCACTCAGTGTTCCTAAGGCTTTCACTAGTGAGCCACAGTTT
CTTCCTGACAATGAAAACAACATTGTTCTCACCATCTTCACTGTCTTGGTCAAGTTCTGA
ACCTGTAATTACCTTCTCCGACGCCACAACTTCCCAATGCAGAGCCTTCATATACCTCTT
GATCGATTCAACAATGCTCTCCTTATCTCTGATGATGATGAATCCTGTAGGTCTAAGAAT
CCTATCCATCTCAAGTAATAGATCCTCCGCACTGCATCCTTTGCTTTTAATGTCTGAAAA
GACAGTCCATGCGTGCAAGAGATCGTATGTTCGAGGGTACGTAGAGAAAGCCTCGTACCA
GTTATGATTTGTCCCGATTAAACCACGGTCGTAGACCAGTTTAAGAGTGTTGGGGCCGTA
GGGAGAGACAACGTTCATAACCCAAACATCTTTGTCTTTAAGAGCAGCTGCGAAAGAACC
CATGTGAGCTTTCATGTCCATTATGTTCCTCACAGTGTTTGCTTTGATTTTTGACGACAT
TAGGTTCCAGTAACTGTCCACTTGCTGTTTCCAAAGCTCCGTGTCTTTCTCAAACATATG
TGTTGAATAACCAAAGTCTGCAAGACGAGGAGGAGGTGAAGTCATCCTAGCTGGCCATGG
AGCTAACCCACTTCCCTTTGTTTTATGGTCATGCTTGGAGTAAGGAGTGATGCAAGCTTC
CATCGACACACCATAAACCGCATCAGGATCAGCATCCGAGCGACAAAGAGGAGGCTGCGT
CCCAGGCTCTCTCTCCAAGTAACAGTCATTACTCAACGGTTTCTGCCAAACAACAGTTTG
GTTTCTTTTAGCAGCGATTCTCCAACACATCCTCTCAACAATACCACTCATCTCCTTCCC
C


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3HB39JQ U 1
AF RR3E106JQ U 1
AF RR3E106TF C 263
BS 1 61 RR3E106JQ
BS 62 62 RR3HB39JQ
BS 63 198 RR3E106JQ
BS 199 199 RR3HB39JQ
BS 200 247 RR3E106JQ
BS 248 248 RR3HB39JQ
BS 249 784 RR3E106JQ
BS 785 1021 RR3E106TF

RD RR3HB39JQ 261 0 0
AAACGATTAATTTCAGTATTTATATAATATTGCTTATGTGGTACAAATCAACTACAAAAA
AAAAACAAATAAAACTATATGAAAACTTGTGGGAATAAAACAATTTGTTTCTTTTTTTCT
CTTCTGCTTTTCATTTGATCACTCAGTGTTCCTAAGGCTTTCACTAGTGAGCCACAGTTT
CTTCCTGACAATGAAAACAACATTGTTCTCACCATCTTCACTGTCTTGGTCAAGTTCTGA
ACCTGTAATTACCTTCTCCGA

QA 1 261 1 261
DS 

RD RR3E106JQ 784 0 0
AAACGATTAATTTCAGTATTTATACAATATTGCTTATGTGGTACAAATCAACTACAAAAA
AGAAACAAATAAAACTATATGAAAACTTGTGGGAATAAAACAATTTGTTTCTTTTTTTCT
CTTCTGCTTTTCATTTGACCACTCAGTGTTCCTAAGGCTTTCACTAGTGAGCCACAGTTT
CTTCCTGACAATGAAAACGACATTGTTCTCACCATCTTCACTGTCTTGGTCAAGTTCTGA
ACCTGTAGTTACCTTCTCCGACGCCACAACTTCCCAATGCAGAGCCTTCATATACCTCTT
GATCGATTCAACAATGCTCTCCTTATCTCTGATGATGATGAATCCTGTAGGTCTAAGAAT
CCTATCCATCTCAAGTAATAGATCCTCCGCACTGCATCCTTTGCTTTTAATGTCTGAAAA
GACAGTCCATGCGTGCAAGAGATCGTATGTTCGAGGGTACGTAGAGAAAGCCTCGTACCA
GTTATGATTTGTCCCGATTAAACCACGGTCGTAGACCAGTTTAAGAGTGTTGGGGCCGTA
GGGAGAGACAACGTTCATAACCCAAACATCTTTGTCTTTAAGAGCAGCTGCGAAAGAACC
CATGTGAGCTTTCATGTCCATTATGTTCCTCACAGTGTTTGCTTTGATTTTTGACGACAT
TAGGTTCCAGTAACTGTCCACTTGCTGTTTCCAAAGCTCCGTGTCTTTCTCAAACATATG
TGTTGAATAACCAAAGTCTGCAAGACGAGGAGGAGGTGAAGTCATCCTAGCTGGCCATGG
AGCT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3E106TF 759 0 0
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TTATCTCTGATGATGATGAATCCTGTAGGTCTAAGAATCCTATCCATCTCAAGTAATAGA
TCCTCCGCACTGCATC*TTTGCTTTTAATGTCTGAAAAGACAGTCCATGCGTGCAAGAGA
TCGTATGTTCGAGGGTACGTAGAGAAAGCCTCGTACCAGTTATGATTTGTCCCGATTAAA
CCACGGTCGTAGACCAGTTTAAGAGTGTTGGGGCCGTAGGGAGAGACAACGTTCATAACC
CAAACATCTTTGTCTTTAAGAGCAGCTGCGAAAGAACCCATGTGAGCTTTCATGTCCATT
ATGTTCCTCACAGTGTTTGCTTTGATTTTTGACGACATTAGGTTCCAGTAACTGTCCACT
TGCTGTTTCCAAAGCTCCGTGTCTTTCTCAAACATATGTGTTGAATAACCAAAGTCTGCA
AGACGAGGAGGAGGTGAAGTCATCCTAGCTGGCCATGGAGCTAACCCACTTCCCTTTGTT
TTATGGTCATGCTTGGAGTAAGGAGTGATGCAAGCTTCCATCGACACACCATAAACCGCA
TCAGGATCAGCATCCGAGCGACAAAGAGGAGGCTGCGTCCCAGGCTCTCTCTCCAAGTAA
CAGTCATTACTCAACGGTTTCTGCCAAACAACAGTTTGGTTTCTTTTAGCAGCGATTCTC
CAACACATCCTCTCAACAATACCACTCATCTCCTTCCCC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL4276Contig1 556 2 2 U
GGCAATTCTGCAATCGCGGCGAATCTCTCTCAGGACTTGATCGTAGGTTTTGATCTGATA
AAAAGGAAGATGTCTGCTACTCAGGAAGAAGACAAGAAGCCCGGTGAACAAGGAGGAGTT
CACATCAATCTCAAAGTCAAGGGCCAGGATGGAAATGAAGTCTTCTTTAAGATCAAGAGG
AGCACTCAGCTGAAGAAGCTGATGAACGCTTACTGCGACCGTCAATCTGTGGATCTCAAC
GCAATTGCTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTCCGTGCTGAGCAGACTCCAGATGAGCTT
GATATGGAAGATGGAGATGAGATCGATGCAATGCTCCATCAGACCGGCGGTGTCGCAAGT
GGAAGCATGTATCTGTTCTGATTTTAGTTGGTGTTTTATGGTTTTCGATAAGATGTTGTG
AAATATATTAATGGACAGTTTTCAATAAGACGATGGTGACATTATTATTAGATCCTACAA
TAACAATACCAATGGAATGGGCTTTGATTTGTGGATTTTCTATTATTGATTGAAGTAGTA
ACTTAAACTAAAAGCG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AA01JQ C 1
AF RR3AA01TF U 1
BS 1 2 RR3AA01JQ
BS 3 556 RR3AA01TF

RD RR3AA01JQ 556 0 0
GGCAATTCTGCAATCGCGGCGAATCTCTCTCAGGACTTGATCGTAGGTTTTGATCTGATA
AAAAGGAAGATGTCTGCTACTCAGGAAGAAGACAAGAAGCCCGGTGAACAAGGAGGAGTT
CACATCAATCTCAAAGTCAAGGGCCAGGATGGAAATGAAGTCTTCTTTAAGATCAAGAGG
AGCACTCAGCTGAAGAAGCTGATGAACGCTTACTGCGACCGTCAATCTGTGGATCTCAAC
GCAATTGCTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTCCGTGCTGAGCAGACTCCAGATGAGCTT
GATATGGAAGATGGAGATGAGATCGATGCAATGCTCCATCAGACCGGCGGTGTCGCAAGT
GGAAGCATGTATCTGTTCTGATTTTAGTTGGTGTTTTATGGTTTTCGATAAGATGTTGTG
AAATATATTAATGGACAGTTTTCAATAAGACGATGGTGACATTATTATTAGATCCTACAA
TAACAATACCAATGGAATGGGCTTTGATTTGTGGATTTTCTATTATTGATTGAAGTAGTA
ACTTAAACTAAAAGCG

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3AA01TF 556 0 0
GG
CAATTCTGCAATCGCGGCGAATCTCTCTCAGGACTTGATCGTAGGTTTTGATCTGATAAA
AAGGAAGATGTCTGCTACTCAGGAAGAAGACAAGAAGCCCGGTGAACAAGGAGGAGTTCA
CATCAATCTCAAAGTCAAGGGCCAGGATGGAAATGAAGTCTTCTTTAAGATCAAGAGGAG
CACTCAGCTGAAGAAGCTGATGAACGCTTACTGCGACCGTCAATCTGTGGATCTCAACGC
AATTGCTTTCTTGTTTGATGGGCGTCGTCTCCGTGCTGAGCAGACTCCAGATGAGCTTGA
TATGGAAGATGGAGATGAGATCGATGCAATGCTCCATCAGACCGGCGGTGTCGCAAGTGG
AAGCATGTATCTGTTCTGATTTTAGTTGGTGTTTTATGGTTTTCGATAAGATGTTGTGAA
ATATATTAATGGACAGTTTTCAATAAGACGATGGTGACATTATTATTAGATCCTACAATA
ACAATACCAATGGAATGGGCTTTGATTTGTGGATTTTCTATTATTGATTGAAGTAGTAAC
TTAAACTAAAAGCG

QA 3 556 3 556
DS 



AS 1 3

CO CL4277Contig1 587 3 7 U
GGTTTTCACTATCCTCACTAGACTCGTTGTCTTCTGTTTCGGATTTGGTTTGCTTATCAT
TCGAGTCAGGATTTTCTTCATCTGGGTGGTCTTTCAAATCTTTTTTCTCACCCAAATCAC
TTGCATCACCATTCTCTGACTTGGAATCATCGTTTTGATTTTCTTCATCTGGATCGTCTT
TCAAATCCTTTTTCTCGCCCAAATCACTTCCATCACCATTCTCTGACTTGGAGTCATCGT
TTTTACTTTCCCCACCTTCAGTCTCACTTTTTGTTTCACCAGATGAAGTGGGCTCTTCTT
TAGTCTTCTCTTCGTGATCCTCTTTTTTGGTCGAACTCTCATCGCTAGATGAAGTAGACT
CTTCTTTAGTGTTCTCTTCTTTCTTCTCTCCCTGGTCATCTTGTTTGCTCGAGCTTTCAT
CACCAGATGAAGTAAACTCTCCTTTAGTGTCTTCTTCTTTCTTCTCTTCCTGGTCCCCTT
GTTTGCTCGAGCTTTCATCACCAGATGAAGTAGACTCTCCTTTACTGTTCTCTTCTTTCT
TCTCTTCCTGTTCCTCTTGTTTGCTCGAGCTCTCGTCACCAGATGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK03JQ U 7
AF RR3GK03TF C 7
AF RR3AQ68JQ U 1
BS 1 273 RR3AQ68JQ
BS 274 274 RR3GK03JQ
BS 275 442 RR3AQ68JQ
BS 443 443 RR3GK03JQ
BS 444 446 RR3AQ68JQ
BS 447 447 RR3GK03JQ
BS 448 587 RR3AQ68JQ

RD RR3GK03JQ 461 0 0
CACTATCCTCACTAGACTCGTTGTCTTCTGTTTCGGATTTGGTTTGCTTATCATTCGAGT
CAGGATTTTCTTCATCTGGGTGGTCTTTCAAATCTTTTTTCTCACCCAAATCACTTGCAT
CACCATTCTCTGACTTGGAATCATCGTTTTGATTTTCTTCATCTGGATCGTCTTTCAAAT
CCTTTTTCTCGCCCAAATCACTTCCATCACCATTCTCTGACTTGGAGTCATCGTTTTTAC
TTTCCCCACCTTCAGTCTCACTTTTTGTTTCACCAGATGAAGTGGGCTCTTCTTTAGTCT
TCTCTTCGTGATCCTCTTTTTTGGTCGAACTCTCATCGCTAGATGAAGTAGACTCTTCTT
TAGTGTTCTCTTCTTTCTTCTCTCCCTGGTCATCTTGTTTGCTCGAGCTTTCATCACCAG
ATGAAGTAAACTCTCCTTTAGTGTCTTCTTCTTTCTTCTC
C

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR3GK03TF 461 0 0
CACTATCCTCACTAGACTCGTTGTCTTCTGTTTCGGATTTGGTTTGCTTATCATTCGAGT
CAGGATTTTCTTCATCTGGGTGGTCTTTCAAATCTTTTTTCTCACCCAAATCACTTGCAT
CACCATTCTCTGACTTGGAATCATCGTTTTGATTTTCTTCATCTGGATCGTCTTTCAAAT
CCTTTTTCTCGCCCAAATCACTTCCATCACCATTCTCTGACTTGGAGTCATCGTTTTTAC
TTTCCCCACCTTCAGTCTCACTTTTTGTTTCACCAGATGAAGTGGGCTCTTCTTTAGTCT
TCTCTTCGTGATCCTCTTTTTTGGTCGAACTCTCATCGCTAGATGAAGTAGACTCTTCTT
TAGTGTTCTCTTCTTTCTTCTCTCCCTGGTCATCTTGTTTGCTCGAGCTTTCATCACCAG
ATGAAGTAGACTCTCCTTTAGTGTCTTCTTCTTTCTTCTC
C

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR3AQ68JQ 587 0 0
GGTTTTCACTATCCTCACTAGACTCGTTGTCTTCTGTTTCGGATTTGGTTTGCTTATCAT
TCGAGTCAGGATTTTCTTCATCTGGGTGGTCTTTCAAATCTTTTTTCTCACCCAAATCAC
TTGCATCACCATTCTCTGACTTGGAATCATCGTTTTGATTTTCTTCATCTGGATCGTCTT
TCAAATCCTTTTTCTCGCCCAAATCACTTCCATCACCATTCTCTGACTTGGAGTCATCGT
TTTTACTTTCCCCACCTTCAGTCTCACTTTTTGCTTCACCAGATGAAGTGGGCTCTTCTT
TAGTCTTCTCTTCGTGATCCTCTTTTTTGGTCGAACTCTCATCGCTAGATGAAGTAGACT
CTTCTTTAGTGTTCTCTTCTTTCTTCTCTCCCTGGTCATCTTGTTTGCTCGAGCTTTCAT
CACCAGATGAAGTAAACTCTCCCTTAATGTCTTCTTCTTTCTTCTCTTCCTGGTCCCCTT
GTTTGCTCGAGCTTTCATCACCAGATGAAGTAGACTCTCCTTTACTGTTCTCTTCTTTCT
TCTCTTCCTGTTCCTCTTGTTTGCTCGAGCTCTCGTCACCAGATGAA

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

CO CL4278Contig1 401 2 2 U
GATTAGCTATATGGGCTTCTCAAGTTGTGCTAATGGGCTTAATCGAAGGGTACAGAATCG
GAGGTGGACCTCTTGGGGAAGGTCTTGACCCGCTTTACCCGGGTGGGGCATTTGACCCGT
TGAACTTAGCTGAGGATCCTGAGGCGTTCTCAGAACTGAAAGTGAAGGAGCTCAAGAACG
GTCGGCTTGCGATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTTGTCCAAGCAATTGTTACTGGTAAAG
GTCCGATTGAGAACCTGTTTGATCATGTTGCGGACCCTGTAGCTAACAATGCATGGGCTT
ACGCCACCAACTTTGTTCCCGGAAAATAGAGTTCGATCGGATTAATTCATGTAACTTCTT
TTTATCTGTCAACATTTAATGCATGGAAAATATTTAAGTCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AC20JQ C 1
AF RR3AC20TF U 1
BS 1 1 RR3AC20JQ
BS 2 401 RR3AC20TF

RD RR3AC20JQ 401 0 0
GATTAGCTATATGGGCTTCTCAAGTTGTGCTAATGGGCTTAATCGAAGGGTACAGAATCG
GAGGTGGACCTCTTGGGGAAGGTCTTGACCCGCTTTACCCGGGTGGGGCATTTGACCCGT
TGAACTTAGCTGAGGATCCTGAGGCGTTCTCAGAACTGAAAGTGAAGGAGCTCAAGAACG
GTCGGCTTGCGATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTTGTCCAAGCAATTGTTACTGGTAAAG
GTCCGATTGAGAACCTGTTTGATCATGTTGCGGACCCTGTAGCTAACAATGCATGGGCTT
ACGCCACCAACTTTGTTCCCGGAAAATAGAGTTCGATCGGATTAATTCATGTAACTTCTT
TTTATCTGTCAACATTTAATGCATGGAAAATATTTAAGTCC

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR3AC20TF 401 0 0
G
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TTATCTGTCAACATTTAATGCATGGAAAATATTTAAGTCC

QA 2 401 2 401
DS 



AS 1 3

CO CL4279Contig1 1301 3 14 U
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ATCCTCGACATGTTCTTCAACACCAACTTGGCTCTCAACTTGAAGATCCTCCGTTTCCGA
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ATTGTCTGTTTCGGACATGCCCTCACCATCGATAAACCCTAATTCGTTTCCGACACCAGC
ATCATCACCCGGTTGATAAACATCAAACTGATCGAAACCCAAACCCACCGGATTCGGATA
CTCCGACCCGTAATCGACCCGAAGACTCACCGGAACCTATGCTTTGATCGGCAGAGAAAT
GATCAGAGACAATCATACCGTCATCGATTACACTTGATTCCATCTCCGATGTGATCGAAT
CGGTGTCGGAGCCGTGAACGAGCTCCCAATCGAGTATCTCCTCTCCTTCCATGGGTGATT
GATTGATAATCGAAGAAAAGTTTAGATTCGAGTTTCCCTCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
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AF RR3D511JQ U 53
AF RR3FS61JQ U 1
AF RR3FS61TF C 610
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BS 478 796 RR3FS61JQ
BS 797 1301 RR3FS61TF

RD RR3D511JQ 533 0 0
G
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GGATCACCGGGACCCTTCTTACCTCTGTGAATGCTTCATTGAGTCGAGCTGCCTGACTCA
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AGACAGACCAAACAGGACCAATCCTAAGTGCATAGTACTTGACAAGAACAAACGGCATCT
TCCACCACACAGTCTCTCTACTTTTACTCTCATCACCAGACCTCACAGCCAC

QA 2 533 2 533
DS 

RD RR3FS61JQ 797 0 0
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ATGAAAGGGATCGCATTATATGGCGAACTACCACTATGCATAGGATAGGATGATAGGAAC
ATCACAAACACCATGAATCTCTATTCTTTTTAGTACATAACATGATGAGCCACTGTACAC
ACATGTACGTGTCTCTCTACTCTTGGTACATAACGTTATGAGACATAGTATAACCGGCTT
CTCTCACCTAAGGCTCAAAACCGGCCATGCACCAGGGGATGGCAGAGCAGGGCGGATCAC
TGGGACCCTTCTTACCTCTGTGAATGCTTCATTGAGTCGAGCTGCCTGACTCATCACCCT
CGAAACCTTCTTCTCGTCGATTGCAACTTTGAGATGGAACCTTTGAGCTTTCTTTTTCAT
ATGATAGAGTCTGCGTCCCAAGAGAACAAAACCCATCACAGCTGCAGCCATGGAGAGAGA
CCAAACAGGACCAATCCTAAGTGCATAGTACTTGACAAGAACAAACGGCATCTTCCACCA
CACAGTCTCTCTACTTTTACTCTCATCACCAGACCTCACAGCCACGACATCCCCTCCTCC
ACTTCCCTCAACTGCTTCCCTATCAGAAACAATCTCCTCTTCACCACTCACATTCCCAGA
ATCTCCATAAACTAGTTCGTCCCCCTCTGACTCAGACAAACACTTGCTCGCATCCTCAAT
ATGTTCTTCAACACCAGCTCGGCTCTCAACTTGGAGTTTGTCCGTTTTCGACAAACACTC
CTCGACATGTTCTTCA
C

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3FS61TF 692 0 0
CAACTGC
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TCGTCCCCCTCTGACTCAGACAAACACTTGCTCGCATCCTCAATATGTTCTTCAACACCA
GCTCGGCTCTCAACTTGGAGTTTGTCCGTTTTCGACAAACACTCCTCGACATGTTCTTCA
ACACCAGCTTGGCTCTCAACTTGGAGTTTGTCCGTTTCCGACAAATCCTCGACATGTTCT
TCAACACCAACTTGGCTCTCAACTTGAAGATCCTCCGTTTCCGACAAACACTTGCTTGCA
TCCTCGACATGTTCCTCAACACCAGCTTGGATCTCGACTTGGAGATTGTCTGTTTCGGAC
ATGCCCTCACCATCGATAAACCCTAATTCGTTTCCGACACCAGCATCATCACCCGGTTGA
TAAACATCAAACTGATCGAAACCCAAACCCACCGGATTCGGATACTCCGACCCGTAATCG
ACCCGAAGACTCACCGGAACCTATGCTTTGATCGGCAGAGAAATGATCAGAGACAATCAT
ACCGTCATCGATTACACTTGATTCCATCTCCGATGTGATCGAATCGGTGTCGGAGCCGTG
AACGAGCTCCCAATCGAGTATCTCCTCTCCTTCCATGGGTGATTGATTGATAATCGAAGA
AAAGTTTAGATTCGAGTTTCCCTCC

QA 8 692 8 692
DS 



AS 1 3

CO CL4280Contig1 754 3 17 U
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AGGTAAATTTTGTTGTTTACAAAATCGCAACGACTATACACAGTAACTTACATTACATGA
TACTTTACTTCTCCACTGGCAACAATGGCTCCTTCAACAAAGTGTTGTAGGATTGAAGAT
CAGTGTATGATGATGAACCGTTGTTGCTGCTCCCATTGTTCCCAAACCTTCTCAAGAAAC
TTGGTTTCTTGTCTCCCAAGCTAGAGCTCTGTACGCAGTTAAGACACACTTGCACCGCGT
CGTGCACCCTCACAAAGTACCATTCTTTTCCAACGAGCTCGACCATTCCTGATCTTGCTA
TCGTCATGTGAACGTCTTTGTTCGGATTTGAGATCGCTAGCTGAATGTCCCTTGCTTTGT
ACTCCTGATACAGTTCTTTTAAAGCTTCCACCGCGCTTGAGTCTATGTGAGTAACAGGTG
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TTACGTTTCTGTACACTGTGGTCCCTGGAAGACGCCCCAAGACAGCAATATGAGGGTTTG
CAGACTCGTGGATAACGAATGCTAATGAAAACCA


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU27TF C 2
AF RR3FU27JQ U 5
AF RR3CI15JQ U 1
BS 1 91 RR3CI15JQ
BS 92 92 RR3FU27JQ
BS 93 442 RR3CI15JQ
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BS 444 451 RR3CI15JQ
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BS 453 457 RR3CI15JQ
BS 458 458 RR3FU27JQ
BS 459 499 RR3CI15JQ
BS 500 500 RR3FU27JQ
BS 501 502 RR3CI15JQ
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BS 548 548 RR3FU27JQ
BS 549 623 RR3CI15JQ
BS 624 624 RR3FU27JQ
BS 625 754 RR3CI15JQ

RD RR3FU27TF 688 0 0
TTTC
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TACTTCTCCACTGGCAACAATGGCTCCTTCAACAAAGTGTTGTAGGATTGAAGATCAGTG
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ACCCTCACAAAGTACCATTCTTTTCCAACGAGCTCGACCATTCCTGATCTTGCTATCGTC
ATGTGAACGTCTTTGTTCGGATTTGAGATCGCTAGCTGAATGTCCCTTGCTTTGTACTCC
TGATACAGTTCTTTTAAAGCTTCCACCGCGCTTGAGTCTATGTGAGTAACAGGTGACAAT
TCTAGGATAACAAATGATATTCTCTCCACCTCTGGTCCCTTGGTTGTGTATTTGTCAACA
GCAACTTCATATTCTCGCAGTCTGTCTTTAATGTAGCTTATGTTGGCAAAGTAAATAGGA
GCATCTATTCTAACAATCGCAATCCCGTTGTACGTGTAAGCCTCTGGATACTGCTTTACG
TTTCTGTACACTGTGGTCCC
CCCT

QA 5 684 5 684
DS 

RD RR3FU27JQ 685 0 0
C
GGTCTTAGCCTCTAATTTTATTACTGTATTGAGGAAAATAATAACAGTATATATCAGGTA
AATTTTGTTGTTTACAAAATCGCAACGACTATACACAGTAACTTACATTACATGATACTT
TACTTCTCCACTGGCAACAATGGCTCCTTCAACAAAGTGTTGTAGGATTGAAGATCAGTG
TATGATGATGAACCGTTGTTGCTGCTCCCATTGTTCCCAAACCTTCTCAAGAAACTTGGT
TTCTTGTCTCCCAAGCTAGAGCTCTGTACGCAGTTAAGACACACTTGCACCGCGTCGTGC
ACCCTCACAAAGTACCATTCTTTTCCAACGAGCTCGACCATTCCTGATCTTGCTATCGTC
ATGTGAACGTCTTTGTTCGGATTTGAGATCGCTAGCTGAATGTCCCTTGCTTTGTACTCC
TGATACAGTTCTTTTAAAGCTTCCACCGCGCTTGAGTCTATGTGAGTAACAGGTGACAAT
TCTAGGATAACAAATGATATTCTCTCCACCTCTGGTCCCTTGGTTGTGTATTTGTCAACA
GCAACTTCATATTCTCGCAGTCTGTCTTTAATGTAGCTTATGTTGGCAAAGTAAATAGGA
GCATCTATTCTAACAATCGCAATCCCGTTGTACGTGTAAGCCTCTGGATACTGCTTTACG
TTTCTGTACACTGTGGTCCC
CCCT

QA 2 681 2 681
DS 

RD RR3CI15JQ 754 0 0
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AGGTAAATTTTGTTGTTTACAAAATCGCAACAACTATACACAGTAACTTACATTACATGA
TACTTTACTTCTCCACTGGCAACAATGGCTCCTTCAACAAAGTGTTGTAGGATTGAAGAT
CAGTGTATGATGATGAACCGTTGTTGCTGCTCCCATTGTTCCCAAACCTTCTCAAGAAAC
TTGGTTTCTTGTCTCCCAAGCTAGAGCTCTGTACGCAGTTAAGACACACTTGCACCGCGT
CGTGCACCCTCACAAAGTACCATTCTTTTCCAACGAGCTCGACCATTCCTGATCTTGCTA
TCGTCATGTGAACGTCTTTGTTCGGATTTGAGATCGCTAGCTGAATGTCCCTTGCTTTGT
ACTCCTGATACAGTTCTTTTAACGCTTCCACAGCGCTCGAGTCTATGTGAGTAACAGGTG
ACAATTCTAGGATAACAAAGGAGATTCTCTCCACCTCTGGTCCCTTGGTTGTGTATTTGT
CAACAGCCACTTCATATTCTCGCAGTCTGTCTTTAATGTAGCTTATGTTGGCAAAGTAAA
TAGGAGCATCTATTCTAACAATCACAATCCCGTTGTACGTGTAAGCCTCTGGATACTGCT
TTACGTTTCTGTACACTGTGGTCCCTGGAAGACGCCCCAAGACAGCAATATGAGGGTTTG
CAGACTCGTGGATAACGAATGCTAATGAAAACCA

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL4281Contig1 755 2 1 U
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GACAATGTCCCCGAAGACCAGCTCCGCTTCCAAGAGTTTAATGAGACGAGTTTCACGGTG
AATGGAGTCAAATACGAAGGTAGCTTGCTCTGTGTTGGGAACTTGCTTATGTCTTGGACC
CCTCGTAGCTTCTCCGACATCACTCCTGATAGTTTGTCTATCTTCCAGACAATTCGTCCC
ATTCCAGAGCTCCTAATTGTTGGTTGTGGAAGAAACATCCACCCGGTAACTCCCGAACTC
CGTCAGTTTGTCAAGTCCATCGGCATGAAGCTAGAAACAGTCGATTCTAGAAATGCTGCA
TCAACTTACAACATTCTGAATGAAGAAGGAAGGGTCGTTGCTGCTGCATTGCTTCCGTAT
GGTGTTACATCTTAAGGAAAAAAAAAAACTAGCAACTCGACCTCGATCTGTATAACTGTT
GATGAATGTCATGTCCAGACTTCATCTCTTGTGAACATAAACCGAAACCCCATCGGCTTT
TTATCTTTGCTTCTCGAGCTTAATAACAGACGCTGTAGCAAATATGAAACCTTGTCATTA
CATTTCTCACCTTTCAATATAATATCCATAATTTT


BQ
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AF RR3A886JQ C 1
AF RR3A886TF U 1
BS 1 755 RR3A886TF

RD RR3A886JQ 755 0 0
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AATGGAGTCAAATACGAAGGTAGCTTGCTCTGTGTTGGGAACTTGCTTATGTCTTGGACC
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GGTGTTACATCTTAAGGAAAAAAAAAAACTAGCAACTCGACCTCGATCTGTATAACTGTT
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CATTTCTCACCTTTCAATATAATATCCATAATTTT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3A886TF 755 0 0
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GCGATGGGGAGTTTGCCAAAACTGATACAAAGCATGAGGAAAGAAGCTCCAAAGCATTGC
AATCCAGTTTTGCCGTCTCTGAGACGAGCTTTCTCCCTCTACGACCAGATCAATCTCATT
GACAATGTCCCCGAAGACCAGCTCCGCTTCCAAGAGTTTAATGAGACGAGTTTCACGGTG
AATGGAGTCAAATACGAAGGTAGCTTGCTCTGTGTTGGGAACTTGCTTATGTCTTGGACC
CCTCGTAGCTTCTCCGACATCACTCCTGATAGTTTGTCTATCTTCCAGACAATTCGTCCC
ATTCCAGAGCTCCTAATTGTTGGTTGTGGAAGAAACATCCACCCGGTAACTCCCGAACTC
CGTCAGTTTGTCAAGTCCATCGGCATGAAGCTAGAAACAGTCGATTCTAGAAATGCTGCA
TCAACTTACAACATTCTGAATGAAGAAGGAAGGGTCGTTGCTGCTGCATTGCTTCCGTAT
GGTGTTACATCTTAAGGAAAAAAAAAAACTAGCAACTCGACCTCGATCTGTATAACTGTT
GATGAATGTCATGTCCAGACTTCATCTCTTGTGAACATAAACCGAAACCCCATCGGCTTT
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CATTTCTCACCTTTCAATATAATATCCATAATTTT

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 3

CO CL4282Contig1 710 3 6 U
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GTAGCCCTTTCTATCTGACTCAAAACACCCGCAGCCTGAGGGCCTCCCATGACGCCGATT
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TTTCCAGCACCAAAGCTTGCACCCGTTATAATTGTTATCTTTGGTACCTTAGCACAAGAT
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ACCATAAAGCCTGTGATGTTCTGGAGGAAAACAAGAGGAATTTTACGTTGAGAACACAGC
TCAATGAAGTGTGCTCCTTTTAATGCAGATTCATTGAACAGTATCCCATTGTTCCCAATG
ATTCCTACCGTCTGACCATAGATTCTAGCGAAACCAGTCACAAGCGTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EG24JQ U 1
AF RR3B066JQ U 30
AF RR3B066TF C 30
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BS 57 57 RR3B066JQ
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BS 396 525 RR3EG24JQ
BS 526 710 RR3B066JQ

RD RR3EG24JQ 525 0 0
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TTGAAAGTTGATTTTTACATTCTAAAGACACCAAAACGAGTATCTTCTAAAGGACGGTTA
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GTTTTCTTCTTGAACTCTTCTTCATCTTCCTCTGTCCACTTTATTCCTTGTCTCTTCTTG
GTAGCCCTTTCTATCTGACTCAAAACACCCGCAGCCTGAGGGCCTCCCATGACGCCGATT
CTTGCGTTTGGCCACATGAAGAGAAAATCTGGACCGTATGAACGCCCACACATGGCATAG
TTTCCAGCACCAAAGCTTGCACCCGTTATAATTGTTATCTTTGGTACCTTAGCACAAGAT
ACTGCCATCACCATTTTAGCTCCAGATTTTGCAATGCCATTGGCC

QA 1 525 1 525
DS 

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ACCAAAACGAGTATCTTCTAAAGGACGGTTAGAAGCAGCAGAAAGACAAAGTCCCAACAC
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AGGACTTGCCTCTCTCTCATAAGCATCCACCGTTTTCTTCTTGAACTCTTCTTCATCTTC
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CGCAGCCTGAGGGCCTCCCATGACGCCGATTCTTGCGTTTGGCCACATGAAGAGAAAATC
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AATTGTTATCTTTGGTACCTTAGCACAAGATACTGCCATCACCATTTTAGCTCCAGATTT
TGCAATGCCATTGGCCTCAGATCTTAAACCCACCATAAAGCCTGTGATGTTCTGGAGGAA
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QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3B066TF 681 0 0
ATTTAAAATAATTATTCGAAAGTAGAA*TGATTGAAAGTTGATTTTTACATTCTAAAGAC
ACCAAAACGAGTATCTTCTAAAGGACGGTTAGAAGCAGCAGAGAGACAAAGTCCCAACAC
CTTTCTAGTATCAGATGGATCAATCACTCCATCATCCCAAAGCCTCGCTGTGGAGAAGTA
AGGACTTGCCTCTCTCTCATAAGCATCCACCGTTTTCTTCTTGAACTCTTCTTCATCTTC
CTCTGTCCACTTTATTCCTTGTCTCTTCTTGGTAGCCCTTTCTATCTGACTCAAAACACC
CGCAGCCTGAGGGCCTCCCATGACGCCGATTCTTGCGTTTGGCCACATGAAGAGAAAATC
TGGACTGTATGAACGCCCACACATGGCATAGTTTCCAGCACCAAAGCTTGCACCCGTTAT
AATTGTTATCTTTGGTACCTTAGCACAAGATACTGCCATCACCATTTTAGCTCCAGATTT
TGCAATGCCATTGGCCTCAGATCTTAAACCCACCATAAAGCCTGTGATGTTCTGGAGGAA
AACAAGAGGAATTTTACGTTGAGAACACAGCTCAATGAAGTGTGCTCCTTTTAATGCAGA
TTCATTGAACAGTATCCCATTGTTCCCAATGATTCCTACCGTCTGACCATAGATTCTAGC
GAAACCAGTCACAAGCGTAGC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 3

CO CL4283Contig1 969 3 7 U
CACCAAATCCCGGTTTTAGTTTTATTCAACACCAACATCAAAGTTATTATTAAAAGTAGA
TCAAAACCTTATCATATATACAGACACACACACAAGTTTTTATATATTTTATTTATTTAT
TTATATATGGTATGATGTGAAATATATATAAAAAAGGTCCATAAGTGCATATGGATTTTC
AAATGTTTTTATATCCCATATTAAATATTATACTTGGGACGAATTGCAACACCTTTGAAG
AAGAGTCCCTTCTTCCAAACACCAGCCGCATGCTCATACATTGAGAAAGTGATCTCTCCG
ACGGAATCTCTCTCATGCTTGAACTCTCCGACTTTAATATCGACCCATTTATACCTCGGT
TGTTCCCTTAAACTCACTTTTTTCTCCTGTAAATTATTATTACCGTTAGGCAACACTAGC
TTCACGTTCACCGGCGTGTCCCATCCGTAGGCAGGATCTTCTAGCTTCATCTGAAAGACC
ACCTCGTACGTAATCCCAGGAGTAAGATTACTTGTGTCGAATTTTCCCGTGATGTCAAGC
CAACACACGTTTTTCAATTCCGCAGCTTCTAGACCTTTCTCGTTTGGTGAGTCGTTGGGA
AGCCATGTCCAATAGTTGGGGTCATCAGACCAAGTGATAGAGAGTTTCCTTGGAAAGATC
ATGAAGCAATTGCTGTTTCTGTCGTCCACCCAATATTTGATCAGTTTTTTCAAGAGAACA
CCAGAACGTAGCTGTTCGGTGGAAGGGGGGAGTGGAAGATAAGCGTCTCTGAGAATGGTC
TCATAGTTATGTGGTTTCTTCGTCTCATAGTTAAGTGGTTTCATCGCCTTATCTTCCACC
GGAGATTGAATCGGTACGCACCTTTCCTGAGTGGTAGACATCTTCTTTGTAAACTGTGTT
TGAGCAAATTATCTTTGCTGAAAAAGCTCTGACAAATTGTTTTTCTAGATGTTGTATCTG
GGTTTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN16JQ U 1
AF RR3F773JQ U 27
AF RR3DN16TF C 253
BS 1 238 RR3DN16JQ
BS 239 239 RR3F773JQ
BS 240 383 RR3DN16JQ
BS 384 384 RR3F773JQ
BS 385 554 RR3DN16JQ
BS 555 713 RR3F773JQ
BS 714 969 RR3DN16TF

RD RR3DN16JQ 554 0 0
CACCAAATCCCGGTTTTAGTTTTATTCAACACCAACATCAAAGTTATTATTAAAAGTAGA
TCAAAACCTTATCATATATACAGACACACACACAAGTTTTTATATATTTTATTTATTTAT
TTATATATGGTATGATGTGAAATATATATAAAAAAGGTCCATAAGTGCATATGGATTTTC
AAATGTTTTTATATCCCATATTAAATATTATACTTGGGACGAATTGCAACACCTTTGAGG
AAGAGTCCCTTCTTCCAAACACCAGCCGCATGCTCATACATTGAGAAAGTGATCTCTCCG
ACGGAATCTCTCTCATGCTTGAACTCTCCGACTTTAATATCGACCCATTTATACCTCGGT
TGTTCCCTTAAACTCACTTTTTTTTCCTGTAAATTATTATTACCGTTAGGCAACACTAGC
TTCACGTTCACCGGCGTGTCCCATCCGTAGGCAGGATCTTCTAGCTTCATCTGAAAGACC
ACCTCGTACGTAATCCCAGGAGTAAGATTACTTGTGTCGAATTTTCCCGTGATGTCAAGC
CAACACACGTTTTT

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3F773JQ 687 0 0
CAACACCAACATCAAAGTTATTATTAAAAGTAGATCAAAACCTTATCATATATACAGACA
CACACACAAGTTTTTATATATTTTATTTATTTATTTATATATGGTATGATGTGAAATATA
TATAGAAAAGGTCCATAAGTGCATATGGATTTTCAAATGTTTTTATATCCCATATTAAAT
ATTATACTTGGGACGAATTGCAACACCTTTGAAGAAGAGTCCCTTCTTCCAAACACCAGC
CGCATGCTCATACATTGAGAAAGTGATCTCTCCGACGGAATCTCTCTCATGCTTGAACTC
TCCGACTTTAATATCGACCCATTTATACCTCGGTTGTTCCCTTAAACTCACTTTTTTCTC
CTGTAAATTATTATTACCGTTAGGCAACACTAGCTTCACGTTCACCGGCGTGTCCCATCC
GTAGGCAGGATCTTCTAGCTTCATCTGAAAGACCACCTCGTACGTAATCCCAGGAGTAAG
ATTACTTGTGTCGAATTTTCCCGTGATGTCAAGCCAACACACGTTTTTCAATTCCGCAGC
TTCTAGACCTTTCTCGTTTGGTGAGTCGTTGGGAAGCCATGTCCAATAGTTGGGGTCATC
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CACCCAATATTTGATCAGTTTTTTCAA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3DN16TF 717 0 0
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TCATGCTTGAACTCTCCGACTTTAATATCGACCCATTTATAC*TCGGTTGTTCCCTTAAA
CTCACTTTTTT*TCCTGTAAATTATTATTACCGTTAGGCAACACTAGCTTCACGTTCACC
GGCGTGTCCCATCCGTAGGCAGGATCTTCTAGCTTCATCTGAAAGACCACCTCGTACGTA
ATCCCAGGAGTAAGATTACTTGTGTCGAATTTTCCCGTGATGTCAAGCCAACACACGTTT
TTCAATTCCGCAGCTTCTAGACCTTTCTCGTTTGGTGAGTCG**GGGAAGCCATGTCCAA
TAGTTGGGGTCATCAGACCAAGTGATAGAGAGTTTCCTTGGAAAGATCATGAAGCAATTG
CTGTTTCTGTCGTCCACCCAATATTTGATCAGTTTTTTCAAGAGAACACCAGAACGTAGC
TGTTCGGTGGAAGGGGGGAGTGGAAGATAAGCGTCTCTGAGAATGGTCTCATAGTTATGT
GGTTTCTTCGTCTCATAGTTAAGTGGTTTCATCGCCTTATCTTCCACCGGAGATTGAATC
GGTACGCACCTTTCCTGAGTGGTAGACATCTTCTTTGTAAACTGTGTTTGAGCAAATTAT
CTTTGCTGAAAAAGCTCTGACAAATTGTTTTTCTAGATGTTGTATCTGGGTTTACCC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL4284Contig1 1139 2 4 U
GGACGGTCTTTGCTTTTCAGTAAAGCTAATGCTTACGACTCTATCAAACCTCTCACTTTT
TTTTCTTCAGCTCAAAACCAATCTTCTTCTATCTTCCGGCAAGACAACCTTCTCGTACTC
AGATTCCAATCACAACCATTAGTTTAAATCCAACAATTATCCAACTCTCCGGTATACTAC
AGGAACAATGACAAGGGTAACACGAGATTTCAGGGATTCATTACACAAAGAAGTTGTGGT
TCCAGCAGCAGTATCAGCAGATGTGCGATTCGCTTCGAGTAGATTCCCAAATTATAGGAT
AGGGGCAAATGACCAGATCTTTGATGTGAAAGATGACCCTAAAGTGTTGACAATGAAAGA
GGTGGTTGCCCGTGAGACAGCGCAGCTCATGGACCAGCAGAAGCGTATGTCTGTTCGTGA
CCTCGCCAATAAATTCGAGAAAGGCTTGGCTGCTGCTGCTAAGCTCTCCGAGGAGGCAAA
ACTCAAAGAAGCAACATCGTTGGAGAAACATGTTCTTTTAAAGAAACTTCGAGATGCATT
GGAGTCTCTGAGAGGACGTGTTGCCGGTAGAAATAAGGATGATGTTGAGGAAGCCATTGC
CATGGTGGAAGCTCTAGCTGTTCAATTAACTCAGCGTGAAGGAGAGCTGTTCATAGAAAA
AGCCGAAGTCAAGAAGCTTGCGTCTTTTTTGAAGCAGGCCTCAGAGGATGCTAAGAAAAT
AGTGGACGAGGAAAGAGCTTTTGCGCGTGCTGAGATTGAAAGTGCAAGAGCAGCTGTTCA
AAGAGTTGAAGAAGCTCTTCGAGAACATGAACAGATGTCTCGAGCCTCTGGGAAGCAGGA
CATTGAAGATCTAATGAAAGAGGTTCAAGAAGCTAGGCGGATTAAAATGCTGCATCAGCC
AAGCAAGGTAATGGATATGGAATATGAGCTTCGAGCACTGAGGAATCAGCTTGCAGAGAA
ATCAAAACATTTTCTTCAACTAAAAGAAGCTTGCAATGTGCAGCAGAAAGAGCGAGGAAA
ATATATCACTTCTATACGAAATAGATGGCAACGAAGCTCTAGGTTCTTGTTTGCGTGTCA
GACCTTGCTCTAACGAAGCTCCTGATCTTTCAAAATGTACTATCCAGTGGTACCGTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EQ53TF U 1
AF RR3ET84TF U 473
BS 1 627 RR3EQ53TF
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AGCCGAAGTCAAGAAGCTTGCGTCTTTTT
GATCAGCCTC

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DS 

RD RR3ET84TF 667 0 0
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AAGCAGGACATTGAAGATCTAATGAAAGAGGTTCAAGAAGCTAGGCGGATTAAAATGCTG
CATCAGCCAAGCAAGGTAATGGATATGGAATATGAGCTTCGAGCACTGAGGAATCAGCTT
GCAGAGAAATCAAAACATTTTCTTCAACTAAAAGAAGCTTGCAATGTGCAGCAGAAAGAG
CGAGGAAAATATATCACTTCTATACGAAATAGATGGCAACGAAGCTCTAGGTTCTTGTTT
GCGTGTCAGACCTTGCTCTAACGAAGCTCCTGATCTTTCAAAATGTACTATCCAGTGGTA
CCGTTCG

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 3

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GACGTGATAGCGGGTCTAGCCAACATGAGGGCGAGGAACTACAGCATACCTGAAGTGGAC
AAGCTGAAAGCAAAGTTCATTGCAGGGAGAATCATCCCAGCCATTGCGACCTCAACAGCG
ATGGCCACCGGTCTAGTCTGCCTCGAGCTGTACAAGGTCCTTGACGGAGGACACAAAGTG
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GGAGAGGATGGACAAGAAGGTTGTAGATCTGGCTAGGGATATAGCTAAAGTGGAGTTGCC
TCCTTACCGCCACCATCTCGATGCAGTGGTGGCTTGTGAGGATGAAGATGACAATGACGT
CGATATTCCTCTCGTCTCCATCTACTTCAGGTGAGAATTTATCTAAAAGAGAAAAAAAAA
AGATGAAACTCTGTGTGGTTTGTGTCACTTTTCTGCTGACTGATGTTTACTTGGGGGTGA
TGTTTACTTGGGGGTAGAGAGATAGACCCATTCTACTTCTGTTTCGTTTTAAACAGTTAC
TTGTGTGGTTTTACCCACACGTCAACCATGTTTTTTTTA


BQ
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AF RR3DI06TF U 1
AF RR3FR06TF U 321
AF RR3FR06JQ C 631
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ATGGCCACCGGTCTAGTCTGCCTCGAGCTGTACAAGGTCCTTGACGGAGGACACAAAGTG
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GTTCCGGCAAAGGTGGTGAAGCACCGCGACATGGCTTGGAGCGTTTGGGACAGATGGGTT
CTAAAAG
AAAC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3FR06TF 683 0 0
G
CTCATTGCTAAGCTTGAGCAGTGTAGGCATCACTTGTCTCCAGATTTCAGGATGAAACCA
ATTCAGTTCGAAAAAGACGATGATACAAACTATCACATGGACGTGATAGCGGGTCTAGCC
AACATGAGGGCGAGGAACTACAGCATACCTGAAGTGGACAAGCTGAAAGCAAAGTTCATT
GCAGGGAGAATCATCCCAGCCATTGCGACCTCAACAGCGATGGCCACCGGTCTAGTCTGC
CTCGAGCTGTACAAGGTCCTTGACGGAGGACACAAAGTGGAAGCCTACAGAAACACATTT
GCCAACCTGGCGCTTCCCCTATTCTCAATGGCCGAACCTGTTCCGGCAAAGGTGGTGAAG
CACCGCGACATGGCTTGGAGCGTTTGGGACAGATGGGTTCTAAAAGGAAACCCGACACTG
CGCGAGGTGCTGCAGTGGCTGGAGAAGAAAGGGCTTAGCGCGTACAGCATATCTTGTGGA
AGCTGTCTTCTGTTCAACAGTATGTTCCCGAGGCACAAGGGAGAGGATGGACAAGAAGGT
TGTAGATCTGGCTAGGGATATAGCTAAAGTGGAGTTGCCTCCTTACCGCCACCATCTCGA
TGCAGTGGTGGCTTGTGAGGATGAAGATGACAATGACGTCGATATTCCTCTCGTCTCCAT
CTACTTCAGGTGAGAATTTATC

QA 2 683 2 683
DS 

RD RR3FR06JQ 549 0 0
GCGCTTCCCCTATTCTCAATGGCCGAACCTGTTCCGGCAAAGGTGGTGAAGCACCGCGAC
ATGGCTTGGAGCGTTTGGGACAGATGGGTTCTAAAAGGAAACCCGACACTGCGCGAGGTG
CTGCAGTGGCTGGAGAAGAAAGGGCTTAGCGCGTACAGCATATCTTGTGGAAGCTGTCTT
CTGTTCAACAGTATGTTCCCGAGGCACAAGG*AGAGGATGGACAAGAAGGTTGTAGATCT
GGCTAGGGATATAGCTAAAGTGGAGTTGCCTCCTTACCGCCACCATCTCGATGCAGTGGT
GGCTTGTGAGGATGAAGATGACAATGACGTCGATATTCCTCTCGTCTCCATCTACTTCAG
GTGAGAATTTATCTAAAAGAGAAAAAAAAAAGATGAAACTCTGTGTGGTTTGTGTCACTT
TTCTGCTGACTGATGTTTACTTGGGGGTGATGTTTACTTGGGGGTAGAGAGATAGACCCA
TTCTACTTCTGTTTCGTTTTAAACAGTTACTTGTGTGGTTTTACCCACACGTCAACCATG
TTTTTTTTA

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 2

CO CL4286Contig1 826 2 2 U
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AAAGGATCACAAGAAAAAGCGTAAGCATCGTAAGCAATCCAGACACCATTCTGATTCAGG
TGAAGATTCTGGTGAAGAGACTGGAAGAAGATCACGTTTTCACAGAGCATCAGGGGATCA
TGACAGATTCTACGAGAGGGAAAGTCGTGATAAGCACTATGAAAGACGAAGGTCTGACTT
AGAGGATGAGTCCAAAAGGAGAGGAGAAAGTCACGATAAGTACTACGAGAGACGGAGGTC
AGAGTTGGATGATGAGTCCAAAAAAAGAGAAAGTCAAGATAAGCACTATGAGAGACGGAG
GCCAGAGGTGGATGATGAGTCCAAAAGAAGAGAGAGTCGTAGAGAAGATCGATCCAGTGA
GAAGTATAGGACCCACTCTCCTTACCGCAGCAGCCGTTTGGAAAGGGAAAATCTCAAGAG
TTATGATCAAGAGGACAGGAAAAAAGACTTAGACAATGTCAAGCCCCCCTCGAGGGAGGA
AATGGATTCCAGAATAGACGCCGGAAGGGTGGCGGCTCTAAATTATCAGAGGAAGAGAGA
GCTGCTAGATTTAAGCAAATGCAAATGGACGCAGAGGTGCATGAGGAGCAGAGATGGAGT
AGGTTGAAGAAAGCTGATGAAACTGATGCAGTGGAAGCTAGTAAGAACAAGAACTCGTTA
GGGAAAAGCTTTTTGGATGACGCTAATAAAAGTGTGTATGGAGTTGAGAAAGGTGGAAGC
TTGACTATTGAAGAAAGTGTGCGTCGCAGAAGCTATTATTCACAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF52TF U 1
AF RR3FF52JQ C 509
BS 1 635 RR3FF52TF
BS 636 826 RR3FF52JQ

RD RR3FF52TF 640 0 0
GAAGATGGCTCTTATTCGAAAATCTGTGGAGGAGAAGGGAAAGGGTAAAGATGGTGATGC
AAAGGATCACAAGAAAAAGCGTAAGCATCGTAAGCAATCCAGACACCATTCTGATTCAGG
TGAAGATTCTGGTGAAGAGACTGGAAGAAGATCACGTTTTCACAGAGCATCAGGGGATCA
TGACAGATTCTACGAGAGGGAAAGTCGTGATAAGCACTATGAAAGACGAAGGTCTGACTT
AGAGGATGAGTCCAAAAGGAGAGGAGAAAGTCACGATAAGTACTACGAGAGACGGAGGTC
AGAGTTGGATGATGAGTCCAAAAAAAGAGAAAGTCAAGATAAGCACTATGAGAGACGGAG
GCCAGAGGTGGATGATGAGTCCAAAAGAAGAGAGAGTCGTAGAGAAGATCGATCCAGTGA
GAAGTATAGGACCCACTCTCCTTACCGCAGCAGCCGTTTGGAAAGGGAAAATCTCAAGAG
TTATGATCAAGAGGACAGGAAAAAAGACTTAGACAATGTCAAGCCCCCCTCGAGGGAGGA
AATGGATTCCAGAATAGACGCCGGAAGGGTGGCGGCTCTAAATTATCAGAGGAAGAGAGA
GCTGCTAGATTTAAGCAAATGCAAATGGACGCAGA
GTGCA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3FF52JQ 318 0 0
TTAGAC
AATGTCAAGCCCCCCTCGAGGGAGGAAATGGATTCCAGAATAGACGCCGGAAGGGTGGCG
GCTTTAAATTTTCAGAGGAAGAGAGAGCTGCTAGATTTAAGCAAATGCAAATGGACGCAG
AGGTGCATGAGGAGCAGAGATGGAGTAGGTTGAAGAAAGCTGATGAAACTGATGCAGTGG
AAGCTAGTAAGAACAAGAACTCGTTAGGGAAAAGCTTTTTGGATGACGCTAATAAAAGTG
TGTATGGAGTTGAGAAAGGTGGAAGCTTGACTATTGAAGAAAGTGTGCGTCGCAGAAGCT
ATTATTCACAGT

QA 7 318 7 318
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4288Contig1 975 3 9 U
ATGCAATCAGAACGATCCTTACTCAAAAAAAGATAATTATTTCTCATTTAAACAAAGCTA
CTCATTGAGTCATTTCCCCAAGAGAAGAAAATAACTTAAAAACATCGCAGATAGATAGAT
GGGGGACAAGAGATACACATGTGACATGTGCAACTTCATTACACCATGAGGCCCTCAGGG
GCAGCAGCAGCAGCAGCCTTAGGTTTAGGCTTATCAACAACGATAGCCTGAGTGGTCAGC
ACCATCCCTGCAACCGAAGCAGCGTTCTGAAGCGCACATCTGGTCACTTTAGCCGGATCA
ATCACTCCAGCTTCCAACAGATTCTCATAGGTATCAGTCATGGCGTTGTACCCTAGCTCC
CATTCACTGAACATAATCTTCTCCACCACAACTTCTCCTTCAATCCCAGCGTTCTGCGCA
ATAAGTGCTGCTGGTGCCACCAATGCCTTCTGTACTATATCAGCTCCAAGACGTTCATCA
GCGTCCTCAAACGTCTCCTTAATGGCAGGGATAACAGTGGAGAGATGCACCAGAGTCGCA
CCACCACCGGGGACTATCCCTTCCTCGATAGCAGCAAAGGTCGCGTTCTTTGCGTCCTCG
ATACGAAGCTTACGGTCCTCCAGCTCGGTTTCAGTCGCTGCTCCGACTTTAATGACGGCA
ACACCACCAGAGAGTTTGGCTATTCTCTCAGCGAGCTTCTCCGAGTCGTACACAGAGTCA
GTCTCGAACAGTTCCTTCTTCAGCTGAGAGATACGAGCTTGCAACTCGTCCTTGGAAGCC
GCATCTGCGATAAGCGTAGTCGAGTCTTTGCTTATGGTCACTTTACGTGCAATACCCAAC
TGATCTATGGTTGTGTTTTCCACCAGCAGGCCCATGTCAAGGGCTTGGTACTCAGCTCCT
GTCAAGATTGCGATATCTTGAAGCATAGCTTTCCTCCTTTCTCCAAACCCTGGAGCTTTC
ACGGCGACAACGTTC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX49JQ U 1
AF RR3BF09JQ U 3
AF RR3BQ41TF C 430
BS 1 107 RR3BX49JQ
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BS 109 130 RR3BX49JQ
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BS 403 740 RR3BX49JQ
BS 741 855 RR3BF09JQ
BS 856 975 RR3BQ41TF

RD RR3BX49JQ 740 0 0
ATGCAATCAGAACGATCCTTACTCAAAAAAAGATAATTATTTCTCATTTAAACAAAGCTA
CTCATTGAGTCATTTCCCCAAGAGAAGAAAATAACTTAAAAACATCGTAGATAGATAGAT
GGGGGACAAGGGATACACATGTGACATGTGCAACTTCATTACACCATGAGGCCCTCAGGG
GCAGCAGCAGCAGCAGCCTTAGGTTTAGGCTTATCAACAACGATAGCCTGAGTGGTCAGC
ACCATCCCTGCAACCGAAGCAGCGTTCTGAAGCGCACATCTGGTCACTTTAGCCGGATCA
ATCACTCCAGCTTCCAACAGATTCTCATAGGTATCAGTCATGGCGTTGTACCCTAGCTCC
CATTCACTGAACATAATCTTCTCCACCACAACTTCTCCTTCGATCCCAGCGTTCTGCGCA
ATAAGTGCTGCTGGTGCCACCAATGCCTTCTGTACTATATCAGCTCCAAGACGTTCATCA
GCGTCCTCAAACGTCTCCTTAATGGCAGGGATAACAGTGGAGAGATGCACCAGAGTCGCA
CCACCACCGGGGACTATCCCTTCCTCGATAGCAGCAAAGGTCGCGTTCTTTGCGTCCTCG
ATACGAAGCTTACGGTCCTCCAGCTCGGTTTCAGTCGCTGCTCCGACTTTAATGACGGCA
ACACCACCAGAGAGTTTGGCTATTCTCTCAGCGAGCTTCTCCGAGTCGTACACAGAGTCA
GTCTCGAACAGTTCCTTCTT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3BF09JQ 853 0 0
GCAATCAGAACGATCCTTACTCAAAAAAAGATAATTATTTCTCATTTAAACAAAGCTACT
CATTGAGTCATTTCCCCAAGAGAAGAAAATAACTTAAAAACATCGCAGATAGATAGATGG
GGGGCAAGAGATACACATGTGACATGTGCAACTTCATTACACCATGAGGCCCTCAGGTGC
AGCAGCAGCAGCAGCCTTAGGTTTAGGCTTATCAACAACGATAGCCTGAGTGGTCAGCAC
CATCCCTGCAACCGAAGCAGCGTTCTGAAGCGCACATCTGGTCACTTTAGCCGGATCAAT
CACTCCAGCTTCCAACAGATTCTCATAGGTATCAGTCATGGCGTTGTACCCTAGCTCCCA
TTCACTGAACATAATCTTCTCCACCACAACTTCTCCTTCAATCCCAGCGTTCTGCGCAAT
AAGTGCTGCTGGTGCCACCAATGCCTTCTGTACTATATCAGCTCCAAGACGTTCATCAGC
GTCCTCAAACGTCTCCTTAATGGCAGGGATAACAGTGGAGAGATGCACCAGAGTCGCACC
ACCACCGGGGACTATCCCTTCCTCGATGGCAGCAAAGGTCGCGTTCTTTGCGTCCTCGAT
ACGAAGCTTACGGTCCTCCAGCTCGGTTTCAGTCGCTGCTCCGACTTTAATGACGGCAAC
ACCACCAGAGAGTTTGGCTATTCTCTCAGCGAGCTTCTCCGAGTCGTACACAGAGTCAGT
CTCGAACAGTTCCTTCTTCAGCTGAGAGATACGAGCTTGCAACTCGTCCTTGGAAGCCGC
ATCTGCGATAAGCGTAGTCGAGTCTTTGCTTATGGTCACTTTACGTGCAATACCCAACTG
ATCTATGGTTGTG

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR3BQ41TF 546 0 0
GCTGGTGCCACCAATGCCTTCTGTACTATATCAGCTCCAAGACGTTCATCAGCGTCCTCA
AACGTCTCCTTAATGGCAGGGATAACAGTGGAGAGATGCACCAGAGTCGCACCACCACCG
GGGACTATCCCTTCCTCGATAGCAGCAAAGGTCGCGTTCTTTGCGTCCTCGATACGAAGC
TTACGGTCCTCCAGCTCGGTTTCAGTCGCTGCTCCGACTTTAATGACGGCAACACCACCA
GAGAGTTTGGCTATTCTCTCAGCGAGCTTCTCCGAGTCGTACACAGAGTCAGTCTCGAAC
AGTTCCTTCTTCAGCTGGGAGATACGAGCTTGCAACTCGTCTTTGGGAGCCGCATCTGCG
ATAAGCGTAGTCGAGTCTTTGCTTATGGTCACTTTACGTGCAATACCCAACTGATCTATG
GTTGTGTTTTCCACCAGCAGGCCCATGTCAAGGGCTTGGTACTCAGCTCCTGTCAAGATT
GCGATATCTTGAAGCATAGCTTTCCTCCTTTCTCCAAACCCTGGAGCTTTCACGGCGACA
ACGTTC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 3

CO CL4289Contig1 795 3 18 U
GGATACAATTGTCTTCTTCATCTTTCTTTCTTCCTCAGAAAACTAAAAACATGGGATCCG
TTAATGTAACCATCCTCCTCTTAGTAATGATGATCGGCGTTTCCTATGCCGTCGACATGT
CGATCATCTCATACGACGAGAAACACCACATCACCGCCGCCGCCGACAACGAGCGGAGCG
ACGCCGAGGTTGCGAAAATCTACGAGGCCTGGATGGAGAAACACGGCAAGAAGGCGCAGA
GCAACGGTCTTGTTGTCGGTGAGGAGAAGGACCAGAGGTTTGAGATCCTCAAAGACAATC
TCAGATTTATTGACGAACACAACAACAAAAACCTCAGTTACAAACTCGGTCTAACCCGGT
TCGCTGATCTAACCAACGAAGAGTACCGATCTATCTACCTTGGCGCCAAATCGAGGAAGA
GAGTCCTCAAAACCAGCGATCGTTATCAGCCGCGTGTTGGTGACGCGCTTCCTGATTCTG
TTGACTGGAGAAAAGAAGGTGCCGTCGCCGCCGTTAAAGATCAGGGAAGCTGCGGGAGTT
GTTGGGCATTTTCAACCATTGGAGCGGTGGAAGGAATAAACAAGATCGTGACAGGAGACT
TAATCTCTTTGTCTGAACAAGAACTTGTTGATTGTTACACATCTTACAACCAAGGTTGTA
ATGGGAGGTTTGATGGATTATGCGTTTGAGTTCATCATTAAAAACGGTGGCATTGACACC
GAGGAGGATTATCCATACAAAGCTGCTGATAATCATTGTGATCAGAGCAGAAAACGCAAA
GTTGTCACGATTGAT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E578TF U 2
AF RR3EG88TF U 1
AF RR3BB40TF U 2
BS 1 84 RR3EG88TF
BS 85 85 RR3BB40TF
BS 86 149 RR3EG88TF
BS 150 150 RR3BB40TF
BS 151 287 RR3EG88TF
BS 288 288 RR3BB40TF
BS 289 527 RR3EG88TF
BS 528 528 RR3BB40TF
BS 529 635 RR3EG88TF
BS 636 636 RR3BB40TF
BS 637 637 RR3EG88TF
BS 638 638 RR3BB40TF
BS 639 654 RR3EG88TF
BS 655 655 RR3BB40TF
BS 656 672 RR3EG88TF
BS 673 673 RR3BB40TF
BS 674 703 RR3EG88TF
BS 704 795 RR3BB40TF

RD RR3E578TF 648 0 0
GATACAATTGTCTTCTTCATCTTTCTTTCTTCCTCAGAAAACTAAAAACATGGGATCCGT
TAATGTAACCATCCTCCTCTTAGTAATGATGATCGGCGTTTCCTATGCCGTCGACATGTC
GATCATCTCATACGACGAGAAACACCACATCACCGCCGCCGCCGACAACGAGCGGAGCGA
CGCCGAGGTTGCGAAAATCTACGAGGCCTGGATGGAGAAACACGGCAAGAAGGCGCAGAG
CAACGGTCTTGTTGTCGGTGAGGAGAAGGACCAGAGGTTTGAGATCCTCAAAGACAATCT
CAGATTTATTGACGAACACAACAACAAAAACCTCAGTTACAAACTCGGTCTAACCCGGTT
CGCTGATCTAACCAACGAAGAGTACCGATCTATCTACCTTGGCGCCAAATCGAGGAAGAG
AGTCCTCAAAACCAGCGATCGTTATCAGCCGCGTGTTGGTGACGCGCTTCCTGATTCTGT
TGACTGGAGAAAAGAAGGTGCCGTCGCCGCCGTTAAAGATCAGGGAAGCTGCGGGAGTTG
TTGGGCATTTTCAACCATTGGAGCGGTGGAAGGAATAAACAAGATCGTGACAGGAGACTT
AATCTCTTTGTCTGAACAAGAACTTGTTGATTGTTACACATCTTACAA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3EG88TF 718 0 0
GGATACAATTGTCTTCTTCATCTTTCTTTCTTCCTCAGAAAACTAAAAACATGGGATCCG
TTAATGTAACCATCCTCCTCTTAGCAATGATGATCGGCGTTTCCTATGCCGTCGACATGT
CGATCATCTCATACGACGAGAAACACCACGTCACCGCCGCCGCCGACAACGAGCGGAGCG
ACGCCGAGGTTGCGAAAATCTACGAGGCCTGGATGGAGAAACACGGCAAGAAGGCGCAGA
GCAACGGTCTTGTTGTCGGTGAGGAGAAGGACCAGAGGTTTGAGATCTTCAAAGACAATC
TCAGATTTATTGACGAACACAACAACAAAAACCTCAGTTACAAACTCGGTCTAACCCGGT
TCGCTGATCTAACCAACGAAGAGTACCGATCTATCTACCTTGGCGCCAAATCGAGGAAGA
GAGTCCTCAAAACCAGCGATCGTTATCAGCCGCGTGTTGGTGACGCGCTTCCTGATTCTG
TTGACTGGAGAAAAGAAGGTGCCGTCGCCGCCGTTAAAGATCAGGGAGGCTGCGGGAGTT
GTTGGGCATTTTCAACCATTGGAGCGGTGGAAGGAATAAACAAGATCGTGACAGGAGACT
TAATCTCTTTGTCTGAACAAGAACTTGTTGATTGTGATACATCTTACAACCAAG*TTGTA
ATGGGAGGTTTGGTGGATTATGCGTTTGAGTTCATCATTAAAA
CGTGGCATTGACACC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3BB40TF 794 0 0
GATACAATTGTCTTCTTCATCTTTCTTTCTTCCTCAGAAAACTAAAAACATGGGATCCGT
TAATGTAACCATCCTCCTCTTAGTAATGATGATCGGCGTTTCCTATGCCGTCGACATGTC
GATCATCTCATACGACGAGAAACACCACATCACCGCCGCCGCCGACAACGAGCGGAGCGA
CGCCGAGGTTGCGAAAATCTACGAGGCCTGGATGGAGAAACACGGCAAGAAGGCGCAGAG
CAACGGTCTTGTTGTCGGTGAGGAGAAGGACCAGAGGTTTGAGATCCTCAAAGACAATCT
CAGATTTATTGACGAACACAACAACAAAAACCTCAGTTACAAACTCGGTCTAACCCGGTT
CGCTGATCTAACCAACGAAGAGTACCGATCTATCTACCTTGGCGCCAAATCGAGGAAGAG
AGTCCTCAAAACCAGCGATCGTTATCAGCCGCGTGTTGGTGACGCGCTTCCTGATTCTGT
TGACTGGAGAAAAGAAGGTGCCGTCGCCGCCGTTAAAGATCAGGGAAGCTGCGGGAGTTG
TTGGGCATTTTCAACCATTGGAGCGGTGGAAGGAATAAACAAGATCGTGACAGGAGACTT
AATCTCTTTGTCTGAACAAGAACTTGTTGATTGTTACACATCTTACAACCAAGGTTGTAA
TGG*AGGTTTGATGGATTATGCGTTTGAGTTCATCATTAAAAACGGTGGCATTGACACCG
AGGAGGATTATCCATACAAAGCTGCTGATAATCATTGTGATCAGAGCAGAAAACGCAAAG
TTGTCACGATTGAT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL4290Contig1 966 2 14 U
GGACTCTCTCACCTCTCAAATCCCTCACTTTCGTCGACCTCCTCGGTACTCATTTTTCTC
CGATTAAGGGTTTCCACAGTCGCCATGTATCGCACAGCAGCTTCACGAGCCAAGGCTCTA
AAGGGATCTCTTAGCAGAAGTTTGACACCGGCGCGTTACGCTAGCTCCAGTGCCGTTGCA
ACGACCTCTTCTTCAGGTTTCTTCGGATGGTTGACCGGTGGATCCTCTGGTTCGATTGCT
TCATTGGATATGCCACTACAGGGCGTATCTCTACCCCCGCCACTAGCTGACCACGTCGAG
CCTAGCAAACTCAAGATCACCACTCTTCCTAATGGTCTCAAAATCGCCTCAGAGATGTCT
CCCAATCCAGCAGCTTCTATTGGATTGTATGTTGATTGTGGTTCTATCTACGAGGCTCCT
TATTTCCACGGAGCAACTCATTTGCTTGAGAGGATGGCTTTCAAGAGCACGACCAACAGA
AGCCATCTACGTCTTGTGAGGGAGATTGAAGCTATTGGAGGCAACACCTCCGCGTCTGCG
TCTCGGGAGCAAATGAGTTACACTGTTGATGCTCTCAAAACCTATCTCCCTGCAATGGTT
GAAGTTCTTATAGACAGTGTGAGGAACCCTGCTTTCTTGGACTGGGAAGTTAATGAAGAG
CTACGTAAGATGAAGGTAGAGATAGCAGAGCTTGCAAAGAACCCTATGGGTCTCCTCATG
GAGGCCGTTCACTCTGCTGGTTATTCCGGTGCCTTGGCAAATCCTTTGTATGCTCATGAG
TCTGCTTTGGACAGATTGAATGGGGAACTCTTGGAGGAGTTTATGACTGAGAATTTCACT
GCTGCACGTTTGGTACTGGCGGCAAGTGGAGTTGACACGAGAACTTTTGCATGTTGTTGA
GCCATTGACTTCTGACCTCCCTAATGTACCGCGCCAAGGGGAGCCGAAATCTCAGTATAC
TGGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3BO61TF U 1
AF RR3D611TF U 205
BS 1 215 RR3BO61TF
BS 216 216 RR3D611TF
BS 217 434 RR3BO61TF
BS 435 435 RR3D611TF
BS 436 530 RR3BO61TF
BS 531 531 RR3D611TF
BS 532 611 RR3BO61TF
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BS 613 675 RR3BO61TF
BS 676 676 RR3D611TF
BS 677 723 RR3BO61TF
BS 724 724 RR3D611TF
BS 725 744 RR3BO61TF
BS 745 966 RR3D611TF

RD RR3BO61TF 744 0 0
GGACTCTCTCACCTCTCAAATCCCTCACTTTCGTCGACCTCCTCGGTACTCATTTTTCTC
CGATTAAGGGTTTCCACAGTCGCCATGTATCGCACAGCAGCTTCACGAGCCAAGGCTCTA
AAGGGATCTCTTAGCAGAAGTTTGACACCGGCGCGTTACGCTAGCTCCAGTGCCGTTGCA
ACGACCTCTTCTTCAGGTTTCTTCGGATGGTTGACTGGTGGATCCTCTGGTTCGATTGCT
TCATTGGATATGCCACTACAGGGCGTATCTCTACCCCCGCCACTAGCTGACCACGTCGAG
CCTAGCAAACTCAAGATCACCACTCTTCCTAATGGTCTCAAAATCGCCTCAGAGATGTCT
CCCAATCCAGCAGCTTCTATTGGATTGTATGTTGATTGTGGTTCTATCTACGAGGCTCCT
TATTTCCACGGAGCGACTCATTTGCTTGAGAGGATGGCTTTCAAGAGCACGACCAACAGA
AGCCATCTACGTCTTGTGAGGGAGATTGAAGCTATTGGAGGCAACACCTCGGCGTCTGCG
TCTCGGGAGCAAATGAGTTACACTGTTGATGCTCTCAAAACCTATCTCCCTGCAATGGTT
GAAGTTCTTATTGACAGTGTGAGGAACCCTGCTTTCTTGGACTGGGAAGTTAATGAAGAG
CTACGTAAGATGAAG*TAGAGATAGCAGAGCTTGCAAAGAACCCTATGGGTCTCCTCATG
GAG*CCGTTCACTCTGCTGGTTAT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3D611TF 762 0 0
GGG
TGGTTGACCGGTGGATCCTCTGGTTCGATTGCTTCATTGGATATGCCACTACAGGGCGTA
TCTCTACCCCCGCCACTAGCTGACCACGTCGAGCCTAGCAAACTCAAGATCACTACTCTT
CCTAATGGTCTCAAAATCGCCTCAGAGATGTCTCCCAATCCAGCGGCTTCTATTGGATTG
TATGTTGATTGTGGTTCTATCTACGAGGCTCCTTATTTCCACGGAGCAACTCATTTGCTT
GAGAGGATGGCTTTCAAGAGCACGACCAACAGAAGCCATCTACGTCTTGTGAGGGAGATT
GAAGCTATTGGTGGCAACACCTCCGCGTCTGCGTCTCGGGAGCAGATGAGTTACACTGTT
GATGCTCTCAAAACCTATCTCCCTGCAATGGTTGAAGTTCTTATAGACAGTGTGAGGAAC
CCTGCTTTCTTGGATTGGGAAGTTAATGAAGAGCTACGTAAGATGAAGGTAGAGATAGCA
GAGCTTGCAAAGAACCCTATGGGTCTCCTCATGGAGGCCGTTCACTCTGCTGGTTATTCC
GGTGCCTTGGCAAATCCTTTGTATGCTCATGAGTCTGCTTTGGACAGATTGAATGGGGAA
CTCTTGGAGGAGTTTATGACTGAGAATTTCACTGCTGCACGTTTGGTACTGGCGGCAAGT
GGAGTTGACACGAGAACTTTTGCATGTTGTTGAGCCATTGACTTCTGACCTCCCTAATGT
ACCGCGCCAAGGGGAGCCGAAATCTCAGTATACTGGTGG

QA 4 762 4 762
DS 



AS 1 3

CO CL4291Contig1 1228 3 5 U
GGGATTCACCACAAAAACTAAAACAAAAAAAGACATCTTCTCTCCTTGCAAATCCCCCCC
AAAAATGTTCAGATCTATGCTTGTCCGATCCTCCGCCTCGGCGAAGCAGTCGCTTCTCCG
CCGCAGCTTCTCATCCGGATCGGTCCCCGAGCGAAAAGTCGCAATCTTGGGAGCCGCCGG
TGGAATCGGTCAGCCTCTTGCTCTCCTCATGAAACTCAACCCTCTCGTCTCCAGCCTCTC
CCTCTTCGATATCGCCAACACACCTGGAGTCGCCGCTGATGTCGGTCACATCAACACCAG
ACCTCAGGTTGTTGGATACATGGGAGATGATGAGTTGGCGAAAGCTCTTGAAGGAGCTGA
CCTCGTTATCATCCCTGCTGGTGTCCCCAGGAAGCCTGGTATGACCCGTGATGATCTTTT
CAACATCAATGCTGGCATTGTCAAGAACCTTGCCTCTGCCATCGCCAAGTACTGCCCTCA
TGCACTTGTTAATATGATCAGCAACCCAGTGAACTCCACTGTTCCAATTGCAGCTGAGAT
ATTTAAGAAGGCTGGTATGTACGATGAAAAGAAGTTGTTTGGTGTTACCACTCTTGACGT
CGTTAGGGCCAAGACCTTCTATGCTGGAAAGGCTAATGTCCCTGTTGCAGAAGTGAATGT
TCCGGTGATTGGTGGTCATGCTGGTGTTACAATTCTCCCACTCTTCTCTCAGGCCACTCC
TCAAGCTAACCTGTCAGCTGATGTGCTTACCGCTCTCACCAAGCGTACCCAAGATGGAGG
TACAGAAGTCGTGGAGGCTAAAGCAGGAAAGGGTTCAGCTACATTGTCAATGGCCTATGC
TGGAGCACTACTCGCTGATGCATGCTTGAAGGGACTTAACGGTGTTCCAGATGTTGTTGA
ATGCTCATACGTGCAATCCACAATCACTGAGCTTCCTTTTTTTGCCTCAAAGGTGAGGTT
GGGAAAGAATGGCGTGGAGGAGGTTCTTGATTTGGGCCCACTTTCAGACTTTGAGAAGGA
AGGCTTGGAGGCATTGAAGCCTGAACTCAAGTTTTCCATTGAGAAGGGCGTTAAGTTTGC
CAACCAATGATCAAACCGGTTTGACTTGGTGGTTGTTTTTTCCAAATTTTCCGGCTAGAG
TTTGCCTTCCATAAGATACTACATGATTTGAGTCTGTCTTTTGTTTTCAAACAATCTGTT
TTGCGGGTAATAAATGTCACACACCATC


BQ
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BG35TF U 1
AF RR3BG35JQ C 704
AF RR3FJ76TF U 1060
BS 1 791 RR3BG35TF
BS 792 1060 RR3BG35JQ
BS 1061 1086 RR3FJ76TF
BS 1087 1087 RR3BG35JQ
BS 1088 1228 RR3FJ76TF

RD RR3BG35TF 791 0 0
GGGATTCACCACAAAAACTAAAACAAAAAAAGACATCTTCTCTCCTTGCAAATCCCCCCC
AAAAATGTTCAGATCTATGCTTGTCCGATCCTCCGCCTCGGCGAAGCAGTCGCTTCTCCG
CCGCAGCTTCTCATCCGGATCGGTCCCCGAGCGAAAAGTCGCAATCTTGGGAGCCGCCGG
TGGAATCGGTCAGCCTCTTGCTCTCCTCATGAAACTCAACCCTCTCGTCTCCAGCCTCTC
CCTCTTCGATATCGCCAACACACCTGGAGTCGCCGCTGATGTCGGTCACATCAACACCAG
ACCTCAGGTTGTTGGATACATGGGAGATGATGAGTTGGCGAAAGCTCTTGAAGGAGCTGA
CCTCGTTATCATCCCTGCTGGTGTCCCCAGGAAGCCTGGTATGACCCGTGATGATCTTTT
CAACATCAATGCTGGCATTGTCAAGAACCTTGCCTCTGCCATCGCCAAGTACTGCCCTCA
TGCACTTGTTAATATGATCAGCAACCCAGTGAACTCCACTGTTCCAATTGCAGCTGAGAT
ATTTAAGAAGGCTGGTATGTACGATGAAAAGAAGTTGTTTGGTGTTACCACTCTTGACGT
CGTTAGGGCCAAGACCTTCTATGCTGGAAAGGCTAATGTCCCTGTTGCAGAAGTGAATGT
TCCGGTGATTGGTGGTCATGCTGGTGTTACAATTCTCCCACTCTTCTCTCAGGCCACTCC
TCAAGCTAACCTGTCAGCTGATGTGCTTACCGCTCTCACCAAGCGTACCCAAGATGGAGG
TACAGAAGTCG

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3BG35JQ 519 0 0
TTCTCTCAGGCCACTCCTCAAGCTAACCTGTCAGCTGATGTGCTTACCGCTCTCACCAAG
CGTACCCAAGATGGAGGTACAGAAGTCGTGGAGGCTAAAGCAGGAAAGGGTTCAGCTACA
TTGTCAATGGCCTATGCTGGAGCACTACTCGCTGATGCATGCTTGAAGGGACTTAACGGT
GTTCCAGATGTTGTTGAATGCTCATACGTGCAATCCACAATCACTGAGCTTCCTTTTTTT
GCCTCAAAGGTGAGGTTGGGAAAGAATGGCGTGGAGGAGGTTCTTGATTTGGGCCCACTT
TCAGACTTTGAGAAGGAAGGCTTGGAGGCATTGAAGCCTGAACTCAAGTTTTCCATTGAG
AAGGGCGTTAAGTTTGCCAACCAATGATCAAACCGGTTTGACTTGGTGGTTGTTTTTTCC
AAATTTTCCGGCTAGAGTTTGCCTTCCATAAGATACTACATGATTTGAGTCTGTCTTTTG
TTTTCAAACAATTTGTTTTGCGGGTAATAAATGTCAC
CC

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR3FJ76TF 169 0 0
G
GAGAAGGGCGTTAAGTTTGCCAACCACTGATCAAACCGGTTTGACTTGGTGGTTGTTTTT
TCCAAATTTTCCGGCTAGAGTTTGCCTTCCATAAGATACTACATGATTTGAGTCTGTCTT
TTGTTTTCAAACAATCTGTTTTGCGGGTAATAAATGTCACACACCATC

QA 2 169 2 169
DS 



AS 1 3

CO CL4292Contig1 1132 3 18 U
GAAGTTGATGTATAGCGTGGCGTCCAAGACTGTTAACGTTAAGGTGAAGAAGGCTATTGA
TCCTGAAGTGGCGGCTTTGCTTGAGGACAGCGATGGGTCTGAGTTTGGTTCTGATGTTGA
GGATTTGGAGGAGGATTTTGTCGTTCAAGCTCAAGAGGGAGAGGGTGGTTCTGAGGTTGT
GGAGTTTGCTGATGAGAGACCTGTTGTGGCTGAGAGCAAGCCGAGAGTTATGCGTCAGAT
TGATGAGATGTTTGATCAGCTTGAGCTTAATGAGTATGGAAGTGAGAGTGAGGACAATGA
TGGTGGATATGGGGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAGTTCAATGCTCATAGCGTTGGTATAAT
CTTGTTTACGAGAAGCCGAAAGGTTACGAGCTTGATGATGAGAAGTATATGAACCCTGCG
GATCTGTTGAAGAACAGTGACTCTGTGAAAGACAAAGAGGAGCTAGAGCGAATCATCCGA
AGGTCTGTGCAGTACGGTGAGGATTTGGTTAACGGCAATGAAGATGAGTTTGTGGAGGTG
GTTGAAGAGAGCAGCGACGAGAGCGAGAAGTGGGATTGCGAGACCATAGTCACGACGTAC
TCGAATCTAGATAACCACCCTGGTAGAATCTGTGATCCGGAGATAGCTAGGAAGAAGCTG
AGCGAAGCGTTAACTAAGGCAAAGAGTGTGAATGGGAGTAGTAGTAGAATCATTACCCTC
CAAGGCAAAGAGAAGCTTCCGGTTGAGTTTTTACCCGGTAGGAGAGCTGAGCAAACAACC
AGTGTCAAACCGAAAGCTGAACCGGTCAAGAGGAAGACTCACGGGGAAGAGACGAAAGAG
GAGAAGAAAGAGAGGAAAGCTGCTGTGAAAACAGAGAAGAGGGAAGCGAGGAAGATGAAG
AAAGAGACGAAGGAGCTTTATAGGTTTGAAACGCAGCGTGCTCAGAAAGCTGTTGCTGTT
TCTGGTCCATCTTCTATTCCTCTTTAAGAGTAATACTAAACGTATCTCAGAGCCCCAGTA
TTTTTTTTTTTTTAATATCGTTTCATGTAATATTTTGTGTTTTGTTCAAGATTTTGAATC
TCTCTTATTTTTGTAAGGACGTCTTTACTTTTTTTACTAGTCAAGTTTCGAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU82TF U 1
AF RR3GU82JQ C 473
AF RR3AB11TF U 507
BS 1 671 RR3GU82TF
BS 672 672 RR3AB11TF
BS 673 673 RR3GU82JQ
BS 674 699 RR3AB11TF
BS 700 700 RR3GU82JQ
BS 701 766 RR3AB11TF
BS 767 767 RR3GU82JQ
BS 768 806 RR3AB11TF
BS 807 807 RR3GU82JQ
BS 808 816 RR3AB11TF
BS 817 817 RR3GU82JQ
BS 818 988 RR3AB11TF
BS 989 989 RR3GU82JQ
BS 990 1028 RR3AB11TF
BS 1029 1033 RR3GU82JQ
BS 1034 1042 RR3AB11TF
BS 1043 1043 RR3GU82JQ
BS 1044 1132 RR3AB11TF

RD RR3GU82TF 671 0 0
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TCCTGAAGTGGCGGCTTTGCTTGAGGACAGCGATGGGTCTGAGTTTGGTTCTGATGTTGA
GGATTTGGAGGAGGATTTTGTCGTTCAAGCTCAAGAGGGAGAGGGTGGTTCTGAGGTTGT
GGAGTTTGCTGATGAGAGACCTGTTGTGGCTGAGAGCAAGCCGAGAGTTATGCGTCAGAT
TGATGAGATGTTTGATCAGCTTGAGCTTAATGAGTATGGAAGTGAGAGTGAGGACAATGA
TGGTGGATATGGGGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAGTTCAATGCTCATAGCGTTGGTATAAT
CTTGTTTACGAGAAGCCGAAAGGTTACGAGCTTGATGATGAGAAGTATATGAACCCTGCG
GATCTGTTGAAGAACAGTGACTCTGTGAAAGACAAAGAGGAGCTAGAGCGAATCATCCGA
AGGTCTGTGCAGTACGGTGAGGATTTGGTTAACGGCAATGAAGATGAGTTTGTGGAGGTG
GTTGAAGAGAGCAGCGACGAGAGCGAGAAGTGGGATTGCGAGACCATAGTCACGACGTAC
TCGAATCTAGATAACCACCCTGGTAGAATCTGTGATCCGGAGATAGCTAGGAAGAAGCTG
AGCGAAGCGTT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3GU82JQ 610 0 0
TCATCCGAAGGTCTGTGCAGTACGGTGAGGATTTGGTTAACGGCAATGAAGATGAGTTTG
TGGAGGTGGTTGAAGAGAGCAGCGACGAGAGCGAGAAGTGGGATTGCGAGACCATAGTCA
CGACGTACTCGAATCTAGATAACCACCCTGGTAGAATCTGTGATCCGGAGATAGCTAGGA
AGAAGCTGAGCGAAGCGTTAACTAAGGCAAAGAGTGTGAATGGGAGTAGTAGTAGAATCA
TTACCCTCCAGGGCAAAGAGAAGCTTCCGGTTGAGTTTTTACCCGGTAGGAGAGCTGAGC
AAACAACCAGTGTCAAACCGAAAGCTGAACCGGTCAAGAGGAAGAGTCATGGGGAAGAGA
CGAAAGAGGAGAAGAAAGAGAGGAAAGCTGCTGTGAAAACAGAGAAGAGGGAAGCGAGGA
AGATGAAGAAAGAGACGAAGGAGCTTTATAGGTTTGAAACGCAGCGTGCTCAGAAAGCTG
TTGCTGTTTCTGGTCCATCTTCTATTCCTCTTTAAGAGTAATACTAAACGTATCTCAGAG
CCCCAGTATTTTTTTTTTTTTAATATCGTTTCATGTAATATTTTGTGTTTTGTTCAAGAT
TTTGAATCTC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3AB11TF 626 0 0
GGTTAACGGCAATGAAGATGAGTTTGTGGAGGTGGTTGAAGAGAGCAGCGACGAGAGCGA
GAAGTGGGATTGCGAGACCATAGTCACGACGTACTCGAATCTAGATAACCACCCTGGTAG
AATCTGTGATCCGGAGAGAGCTAGGAAGAAGCTGAGCGAAGCGTTAGCTAAGGCAAAGAG
TGTGAATGGGAGTGGTAGTAGAATCATTACCCTCCAAGGCAAAGAGAAGCTTCCGGTTGA
GTTTTTACCCGGTAGGAGAGTTGAGCAAACAACCAGTGTCAAACCGAAAGCTGAACCGGT
GAAGAGGAAGGCTCACGGGGAAGAGACGAAAGAGGAGAAGAAAGAGAGGAAAGCTGCTGT
GAAAACAGAGAAGAGGGAAGCGAGGAAGATGAAGAAAGAGACGAAGGAGCTTTATAGGTT
TGAAACGCAGCGTGCTCAGAAAGCTGTTGCTGTTTCTGGTCCATCTTCTATTCCTCTTTA
AGGGTAATACTAAACGTATCTCAGAGCCCCAGTATTTTTTTT*****AATATCGTT*CAT
GTAATATTTTGTGTTTTGTTCAAGATTTTGAATCTCTCTTATTTTTGTAAGGACGTCTTT
ACTTTTTTTACTAGTCAAGTTTCGAG

QA 1 626 1 626
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4294Contig1 656 2 9 U
GCCAAACGGCCCTCTCATGCTCTACGTTTCTAAGATGATTCCAGCCTCTGACAAAGGTAG
ATTCTTTGCTTTTGGTCGTGTCTTCTCTGGGAAGGTGTCCACTGGTATGAAAGTCAGGAT
CATGGGTCCCAACTTTGTTCCTGGAGAGAAGAAAGACCTGTACGTCAAGAGTGTCCAGAG
AACTGTCATCTGGATGAGGAAAGAGGCAAGAGACTGTTGAGGATGTTCCCTGTGGTAACA
CTGTTGCTATGGTTGGGTCTTGATCAGTTCATCACCAAGAATGCCACGCTCACTAATGAG
AAAGAAGTGGATGCCCACCCTATTCGTGCAATGAAGTTTTCTGTGTCCCCTGTTGTCCGT
GTTGCTGTTCAATGCAAGGTCGCTTCTGATCTTCCCAAGCTTGTTGAGGGACTTAAGAGA
CTGGCCAAGTCCGACCCTATGGTTGTGTGCACAATGGAGGAGTCAGGTGAGCACATTGTT
GCTGGTGCTGGAGAGCTTCATCTTGAGATTTGTCTGAAGGATCTTCAGGATGATTTCATG
GGTGGTGCTGAGATCGTCAAGTCAGACCCTGTTGTCTCATTCCGTGAGACTGTTTTGGAA
CGATCCGTCCGTACCGTGATGAGCAAATCCCCAAACAAGCATAACCGTCTCTACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FW76TF U 91
AF RR3D043TF U 1
BS 1 144 RR3D043TF
BS 145 145 RR3FW76TF
BS 146 196 RR3D043TF
BS 197 197 RR3FW76TF
BS 198 256 RR3D043TF
BS 257 257 RR3FW76TF
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BS 285 285 RR3FW76TF
BS 286 656 RR3D043TF

RD RR3FW76TF 435 0 0
T
AAGGTGTCCACTGGTATGAAAGTCAGGATTATGGGTCCCAACTTTGTTCCTGGAGAGAAG
AAAGACCTTTACGTCAAGAGTGTCCAGAGGACTGTCATCTGGATGAGGAAAGAGGCAAGA
GACTGTTGAGGATGTTCCCTGTGGTAACACTGTTGCTATGGTTGGGTCTTGATCAGTTCA
TCACCAAGAATGCCACGCTCACTAATGAGAAAGAAGTGGATGCCCACCCTATTCGTGCAA
TGAAGTTTTCTGTGTCCCCTGTTGTCCGTGTTGCTGTTCAATGCAAGGTCGCTTCTGATC
TTCCCAAGCTTGTTGAGGGACTTAAGAGGTTGGCCAAGTCCGACCCTATGGTTGTGTGCA
CAATGGAGGAGTCTGGTGAGCACATTGTTGCTGGTGCTGGAGAGCTTCATCTTGAGATTT
GTCTGAAGGATCTT

QA 2 435 2 435
DS 

RD RR3D043TF 656 0 0
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ATTCTTTGCTTTTGGTCGTGTCTTCTCTGGGAAGGTGTCCACTGGTATGAAAGTCAGGAT
CATGGGTCCCAACTTTGTTCCTGGGGAGAAGAAAGACCTGTACGTCAAGAGTGTCCAGAG
AACTGTCATCTGGATG*GGAAAGAGGCAAGAGACTGTTGAGGATGTTCCCTGTGGTAACA
CTGTTGCTATGGTTGG*TCTTGATCAGTTCATCACCAAGAATGCTACGCTCACTAATGAG
AAAGAAGTGGATGCCCACCCTATTCGTGCAATGAAGTTTTCTGTGTCCCCTGTTGTCCGT
GTTGCTGTTCAATGCAAGGTCGCTTCTGATCTTCCCAAGCTTGTTGAGGGACTTAAGAGA
CTGGCCAAGTCCGACCCTATGGTTGTGTGCACAATGGAGGAGTCAGGTGAGCACATTGTT
GCTGGTGCTGGAGAGCTTCATCTTGAGATTTGTCTGAAGGATCTTCAGGATGATTTCATG
GGTGGTGCTGAGATCGTCAAGTCAGACCCTGTTGTCTCATTCCGTGAGACTGTTTTGGAA
CGATCCGTCCGTACCGTGATGAGCAAATCCCCAAACAAGCATAACCGTCTCTACAT

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL4295Contig1 526 2 3 U
CAAGCTCTGCCACTAACGGTGATAGTTTCTCTAGGTGTAAAGACAAACACGTTGGTGGGA
CTACTGCAATGACCATGATCGAAACATTTAATGCAGGTCCTAGCAATATGATTCCTTCAG
TTCCACAAGCTCGTAAAGCATCGCTGGCTCGGTTTTTGGAGAAGCGCAAAGAGAGGATCA
TGAGTTCAATGCCATACAAGAAGATGCTTCTTGATTGTCGACTGCAGAATCTAGTGCTGC
TTTTCATACCTAAAACCTTTTTTTTCTCGGTGGTTTTTTAAACCTCTTTGAGGTTTTTCT
CACGATGGTAATTTGAAATATAATCAATAGATGATTATTGTTATAGCTACCATTTAGTAT
GTTACGAGCAGGAGAAGGCGTTAGGCGTATGTCTACTATTTGATCATTGTTGTAAGATTA
TTTTATTACCTCAAATTCTAACAGATGCATGTTTGTCATGTCTGTCAAGAAAATAAGACC
GAATAAAAATCACTATTATTAATGTTATTTTACTATTATTATCGGG


BQ
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AF RR3FS96JQ C 1
AF RR3C242TF U 300
BS 1 300 RR3FS96JQ
BS 301 513 RR3C242TF
BS 514 526 RR3FS96JQ

RD RR3FS96JQ 526 0 0
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CTACTGCAATGACCATGATCGAAACATTTAATGCAGGTCCTAGCAATATGATTCCTTCAG
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TGAGTTCAATGCCATACAAGAAGATGCTTCTTGATTGTCGACTGCAGAATCTAGTGCTGC
TTTTCATACCTAAAACCTTTTTTTTCTCGGTGGTTTTTTAAACCTCTTTGAGGTTTTTCT
CACGATGGTAATTTGAAATATAATCAATAGATGATTATTGTTATAGCTACCATTTAGTAT
GTTACGAGCAGGAGAAGGCGTTAGGCGTATGTTTACTATTTGATCATTGTTGTAAGATTA
TTTTATTACCTCAAATTTTAACAGATGCATGTTTGTCATGTCTGTCAAGAAAATAAGACC
GAATAAAAATCACTATTATTAATGTTATTTTACTATTATTATCGGG

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR3C242TF 215 0 0
G
CACGATGGTAATTTGAAATATAATCAATAGATGATTATTGTTATAGCTACCATTTAGTAT
GTTACGAGCAGGAGAAGGCGTTAGGCGTATGTCTACTATTTGATCATTGTTGTAAGATTA
TTTTATTACCTCAAATTCTAACAGATGCATGTTTGTCATGTCTGTCAAGAAAATAAGACC
GAATAAAAATCACTATTATTAATGTTATTTTAC
C

QA 2 214 2 214
DS 



AS 1 3

CO CL4296Contig1 805 3 3 U
GGTATCTTCCGGGGTGTCTTGAAAGTCAACCAGTTAATCGAGATCCGACCTGGAATTGTT
GTGAAAGACGAGCGTGGCAACCCAAAATGCACTCCAATCTACTCCCGCATTATTTCACTC
TACGCAGAACGAACGAGCTTCAGTATGCAGTTCCTGGAGGTCTTATTGGAGTTGGAACAA
CAATGGACCCAACACTCACTCGTGCTGATCGATTGGTTGGTCAAGTCCTTGGTGAAATCG
GTTCCCTTCCTGATGTCTTTGTTGAACTCGAGGTGAACTTCTTTCTACTACGGCGTCTGT
TGGGAGTGAGAACAAAGGGATCCGAGAAGCAAGGGAAAGTGTCGAAGCTAACAAAGGGAG
AGATTCTGATGCTCAACATCGGTTCCATGTCGACTGGTGCCAAAGTTGTTGGAGTTAAGA
ACGATCTGGCCAAGCTGCAACTCACCGCGCCGGTTTGCACCAGCAAAGGAGAGAAAGTGG
CACTGAGCCGACGTGTGGAAAAGCATTGGCGTTTGATTGGATGGGGTCAGATTCAAGCTG
GAACCACCATTGATGTTCCTCCTTCACCTTTCTAAAGGTGTTTGTCTTCTTTTCTTTTGG
TTTCTGAGAAGGTTTATTAACCCCTCTCTAGAGATGATAAAACTCTTTTCCGTTTCATGT
GGGGGTTCTTTTGGAAGAGTACTTACCTATTTGCGGATTAATTTGTTACTAGGAGCAGCT
TCCAAATAACATTTTTTATGCAAAATGAAAAACTTGCCAAACGGTTGAGCTCGAGAAGCA
TAATATCTATAACTAAAACCATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D405JQ C 336
AF RR3D405TF U 336
AF RR3AY39TF U 1
BS 1 389 RR3AY39TF
BS 390 390 RR3D405TF
BS 391 805 RR3AY39TF

RD RR3D405JQ 364 0 0
G
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GTGCCAAAGTTGTTGGAGTTAAGAACGATCTGGCCAAGCTGCAACTCACCGCGCCGGTTT
GCACCAGCAAAGGAGAGAAAGTGGCACTGAGCCGACGTGTGGAAAAGCATTGGCGTTTGA
TTGGATGGGGTCAGATTCAAGCTGGAACCACCATTGATGTTCCTCCTTCACCTTTTTAAA
GGTGTTTGTTTTCTTTTCTTTTGGTTTTTGAGAAGGTTTATTAACCCCTCTCTAGAGATG
ATAAAACTTTTTTCCGTTTCATGTGGGGGTTCTTTTGGAAGAGTACTTACCTATTTGCGG
ATT

QA 2 364 2 364
DS 

RD RR3D405TF 364 0 0
G
AAGTGTCGAAGCTAACAAAGGGAGAGATTCTGATGCTCAACATCGGTTCCATGTCGACTG
GTGCCAAAGTTGTTGGAGTTAAGAACGATCTGGCCAAGCTGCAACTCACCGCGCCGGTTT
GCACCAGCAAAGGAGAGAAAGTGGCACTGAGCCGACGTGTGGAAAAGCATTGGCGTTTGA
TTGGATGGGGTCAGATTCAAGCTGGAACCACCATTGATGTTCCTCCTTCACCTTTCTAAA
GGTGTTTGTCTTCTTTTCTTTTGGTTTCTGAGAAGGTTTATTAACCCCTCTCTAGAGATG
ATAAAACTCTTTTCCGTTTCATGTGGGGGTTCTTTTGGAAGAGTACTTACCTATTTGCGG
ATT

QA 2 364 2 364
DS 

RD RR3AY39TF 805 0 0
GGTATCTTCCGGGGTGTCTTGAAAGTCAACCAGTTAATCGAGATCCGACCTGGAATTGTT
GTGAAAGACGAGCGTGGCAACCCAAAATGCACTCCAATCTACTCCCGCATTATTTCACTC
TACGCAGAACGAACGAGCTTCAGTATGCAGTTCCTGGAGGTCTTATTGGAGTTGGAACAA
CAATGGACCCAACACTCACTCGTGCTGATCGATTGGTTGGTCAAGTCCTTGGTGAAATCG
GTTCCCTTCCTGATGTCTTTGTTGAACTCGAGGTGAACTTCTTTCTACTACGGCGTCTGT
TGGGAGTGAGAACAAAGGGATCCGAGAAGCAAGGGAAAGTGTCGAAGCTAACAAAGGGAG
AGATTCTGATGCTCAACATCGGTTCCATGCCGACTGGTGCCAAAGTTGTTGGAGTTAAGA
ACGATCTGGCCAAGCTGCAACTCACCGCGCCGGTTTGCACCAGCAAAGGAGAGAAAGTGG
CACTGAGCCGACGTGTGGAAAAGCATTGGCGTTTGATTGGATGGGGTCAGATTCAAGCTG
GAACCACCATTGATGTTCCTCCTTCACCTTTCTAAAGGTGTTTGTCTTCTTTTCTTTTGG
TTTCTGAGAAGGTTTATTAACCCCTCTCTAGAGATGATAAAACTCTTTTCCGTTTCATGT
GGGGGTTCTTTTGGAAGAGTACTTACCTATTTGCGGATTAATTTGTTACTAGGAGCAGCT
TCCAAATAACATTTTTTATGCAAAATGAAAAACTTGCCAAACGGTTGAGCTCGAGAAGCA
TAATATCTATAACTAAAACCATATT

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 3

CO CL4297Contig1 990 3 8 U
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GGCCCAACATAAAGGGCAAGTTAAAACCAATGAGCCTGAAACCCAGCCCACACACTTTTC
ACCGTCACGCATCTAAACCGATCACGTAGACGTCCACGTGTTGCAATTCCTACACCGACA
GAACACGCGTCACACAATCCGGACACAAACCGAGACCACTGCGACACGTCCTTCGCCGGG
AATTCTCGCCGGAGCTTGAACCTCCGCACTTTTCTTCGTCGCCGAAGCCCTTTTCTAATC
GGAGATCGTCGCTGAAGCCCTTTTCTAATCGGAGAGCTTCACCGAAACTGTCCCGAGATC
TCATCCGAGGCTACGGACAACCACCATACCCTTCTCTTGCTTCTTCAACGTTATAGTCGG
ATAGCTTCAAACGATACCATATCGAGATCTCATCTGCCAAATTAAAATTAGATCCCGAGC
AAGAGAACTGTTTCGAAACAAACTACAAACTAAACTAGAAATAAAAAACAAAACGAGACA
TCCAAATACCGGAGAGACTAGCGCGGGTACTGGAGTCAAAAGCCCGGCGATCAACGATGC
TGGATAAGCCACCGCCTCCCGGAGCCAAAAGCGGACGACCACCATGGAGGTGCAACTCCG
AAACCAAAACTGTACAAACCAAGCCGAAAAGAAAAAAAAAAGAAAACAGATCAGAGGGTC
CAACCGACGCCGTGGCGGAAGAAACCCACCAACGTCGGCCGGAGCGGAGGAAGACGATCG
GAGGCTCTTGTTCTTCTTTCTCTCTCTCTTCTTTCTCTTATAATAGTAGCTCCTCGTTTT
GTTGATATAAAAGGCATAAACTGATTAAACAGTACTTAAAAAATAGTTTATTGTTAAATA
AAGGTCGGAGGAAGGATAGGAAGAAGGTGTGGACGGTGTTGGGAGCGTGCGGCTTAACAA
GAGAATCTGAATTTTCCCGACCATACTCCC


BQ
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AF RR3EY05JQ U 1
AF RR3D546JQ U 2
AF RR3D546TF C 324
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BS 653 686 RR3EY05JQ
BS 687 990 RR3D546TF

RD RR3EY05JQ 692 0 0
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TGGATAAGCCACCGCCTCCCGGAGCCGAAAGCGGACGACCACCATGGAGGTACAACTCCG
AAACCAAAACTGTACAAACCAAGCCG
AAAAGA

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DS 

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GAGATCGTCGCTGAAGCCCTTTTCTAATCGGAGAGCTTCACCGAAACTGTCCCGAGATCT
CATCCGAGGCTACGGACAACCACCATACCCTTCTCTTGCTTCTTCAACGTTATAGTCGGA
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AACCAAAACTGTACAAACCAAGCCG

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DS 

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CCATACCCTTCTCTTGCTTCTTCAACGTTATAGTCGGATAGCTTCAAACGATACCATATC
GAGATCTCATCTGCCAAATTAAAATTAGATCCCGAGCAAGAGAACTGTTTCGAAACAAAC
TACAAACTAAACTAGAAATAAAAAACAAAACGAGACATCCAAATACCGGAGAGACTAGCG
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AAGGTGTGGACGGTGTTGGGAGCGTGCGGCTTAACAAGAGAATCTGAATTTTCCCGACCA
TACTCCC

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DS 



AS 1 3

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ACGAAAACATGTCTCATCTTCTCAACACGTCATTCCTTCCTTCTTCAACTTACAGAACCC
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CGAAGATCCGAGAGATCTTCATGCCAGCTCTCAGCTCCACCATGTATCCGAAGCACCTCA
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TGCCGTCGCTATTGATGGTGGTTTGATCACTCCTGTGCTTCAGAACGCCGATAAGGTTGA
CATTTATTCATTGTCTAGAAAATGGAAAGAATTGGTTGATAAGGCCCGAGCTAAGCAGCT
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TGATCGGTTTGATGCAATTCTTCCCCCTGGAACTGGAGCGATTATGGCTGTAGGAGCATC
GCAACCTACAGTGGTTGCTACTAAAGACGGCCGCATTGGCATGAAAAACCAGATGCAGGT
GAATGTGACGGCAGATCATCGTGTTATCTATGGTGCTGATCTCGCACAGTTCTTGCAAAC
ATTGGCCAGCATTATTGAGGACCCAAAGGACCTTACTTTCTAGGCCAAATTACTGCCTTT
TTTGCAACCCAATCTTCTCTGCTTTTTGATTCCCTTGGAGCTTTGTATTTCTGCCGTAAT
CAGTTTCGTTGATAGAATCGACTCTTTTCCTTTAAAAAAAAGTAATGTTGAACATACTCA
TTTGTTTGTTTGAGATATCTCCTGCAACATTTGGCACATTGAAAGGCCTTCT


BQ
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AF RR3BH16TF U 1
AF RR3FW59TF U 604
AF RR3FW59JQ C 604
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TGACAATGACGGCACTACTAGCAAAGGCAACTGCTCTTGCACTCGCGAAACATCCTGTTG
TTAA

QA 1 664 1 664
DS 

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G
AATGACGGCACTACTAGCAAAGGCAACTGCTCTTGCACTCGCGAAACATCCTGTTGTTAA
TTCTTCTGCAGAGATGGTAACAGTTTTGTGTATAACGCTAGCATCAACATTGCTGTTGCC
GTCGCTATTGATGGTGGTTTGATCACTCCTGTGCTTCAGAACGCCGATAAGGTTGACATT
TATTCATTGTCTAGAAAATGGAAAGAATTGGTTGATAAGGCCCGAGCTAAGCAGCTGCAG
CCTCAGGAGTACAACACTGGTACTTTCACTCTCTCTAACCTCGGAATGTTTGGTGTTGAT
CGGTTTGATGCAATTCTTCCCCCTGGAACTGGAGCGATTATGGCTGTAGGAGCATCGCAA
CCTACAGTGGTTGCTACTAAAGACGGCCGCATTGGCATGAAAAACCAGATGCAGGTGAAT
GTGACGGCAGATCATCGTGTTATCTATGGTGCTGATCTCGCACAGTTCTTGCAAACATTG
GCCAGCATTATTGAGGACCCAAAGGACCTTACTTTCTAGGCCAAATTACTGCCTTTTTTG
CAACCCAATCTTCTCTGCTTTTTGATTCCCTTGGAGCTTTGTATTTCTGCCGTAATCAGT
TTCGTTGATAGAATCG

QA 2 617 2 617
DS 

RD RR3FW59JQ 709 0 0
G
AATGACGGCACTACTAGCAAAGGCAACTGCTCTTGCACTCGCGAAACATCCTGTTGTTAA
TTCTTCTGCAGAGATGGTAACAGTTTTGTGTATAACGCTAGCATCAACATTGCTGTTGCC
GTCGCTATTGATGGTGGTTTGATCACTCCTGTGCTTCAGAACGCCGATAAGGTTGACATT
TATTCATTGTCTAGAAAATGGAAAGAATTGGTTGATAAGGCCCGAGCTAAGCAGCTGCAG
CCTCAGGAGTACAACACTGGTACTTTCACTCTCTCTAACCTCGGAATGTTTGGTGTTGAT
CGGTTTGATGCAATTCTTCCCCCTGGAACTGGAGCGATTATGGCTGTAGGAGCATCGCAA
CCTACAGTGGTTGCTACTAAAGACGGCCGCATTGGCATGAAAAACCAGATGCAGGTGAAT
GTGACGGCAGATCATCGTGTTATCTATGGTGCTGATCTCGCACAGTTCTTGCAAACATTG
GCCAGCATTATTGAGGACCCAAAGGACCTTACTTTTTAGGCCAAATTACTGCCTTTTTTG
CAACCCAATCTTTTCTGCTTTTTGATTCCCTTGGAGCTTTGTATTTCTGCCGTAATCAGT
TTCGTTGATAGAATCGACTCTTTTCCTTTAAAAAAAAGTAATGTTGAACATACTCATTTG
TTTGTTTGAGATATCTCCTGCAACATTTGGCACATTGAAAGGCCTTCT

QA 2 709 2 709
DS 



AS 1 3

CO CL4299Contig1 1068 3 3 U
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GATCTCACAATTGGTGTCGAGTTCTGTGATCGGATGGTCACCGTGGAGAGACGCCCCGTC
AAACTCCAAATTTGGGACACGGTACTGTTCTGTCTCTTTCTCTTGTAGTTAGGTCCATTA
TAACGTTTCGTGTTGCGATTCACATGATTAATTGTCATAATCAGTATGTATTTTTTTGGC
AGATGTGATTGTCTTTTGTCTTCAGGCAGACAGATTAGAGTTGTTGAAGTATTTTTTTTT
ATTGTGGCTTCTTGTTCAAGTTCTGTTTGGTTTTGTTTATGATTTCAAGCTTATGGTGTT
GCAGGCTGGACAAGAGTCTTCTTTAGATCCATTACCAGATCGTACCACAGAGGAGCAGCC
GGAGCTTTACTTGGTTTAGACATCACCAGGTTACTATTCTTTCAATGACAATGAGACTTC
AGCTCAGAGTCTGAGTTTCCAACAAGCTTTTGGAAACGTACCATTAGAGGTTTGCCCTTT
CATCTCTCTGCCCTTAAAGGTCTGTTCTTTTTGGTTGCAGGAGAGAAACGTTTAACCATC
TGGCGAGCTGGTTAGAGGATGCTCGGCAACATGCTAATCCAACATGAGTATTATGCTGAT
CGGTAACAAATGCGATCTTGCTTACAAGAGAGCTGTTAGCAAAAAGGAAGGAGAACAGTT
TGCCAAAAAGCATGGACTCCTTGTTCTTAGAAGCTTCTGCAAGAACTGGCCGAACTGCTC
AAAACGTTGAGGAGAGTTAACATGAACAGGCCTTCATAAAGACAGCAGCAAAGATCCTCC
AGAACATTCAGGACGGCGTCTTTGATGTAATCTAACGAGGCATCAAAGTTTGCTACGGGC
GTCCTCAAGGTGCAGCTCTAGTGAGAGATGGTGCTATGTCTGCTATCTCTCAGGGAGGTT
GGTGTTGTGGTTAAAGAGACCTCAAGATGTGTCAACAGTCAACAGACTCAACACACATAT
CTGATGTAATCTGGTGATACAGAAACTAGTCTTGCTTTTTTTTAATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C844TF U 1
AF RR3C843TF U 329
AF RR3C843JQ C 293
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BS 526 1068 RR3C843JQ

RD RR3C844TF 369 0 0
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GATCTCACAATTGGTGTCGAGTTCTGTGATCGGATGGTCACCGTGGAGAGACGCCCCGTC
AAACTCCAAATTTGGGACACGGTACTGTTCTGTCTCTTTCTCTTGTAGTTAGGTCCATTA
TAACGTTTCGTGTTGCGATTCACATGATTAATTGTCATAATCAGTATGTATTTTTTTGGC
AGATGTGATTGTCTTTTGTCTTCAGGCAGACAGATTAGAGTTGTTGAAGTATTTTTTTTT
ATTGTGGCTTCTTGTTCAAGTTCTGTTTGGTTTTGTTTATGATTTCAAGCTTATGGTGTT
GCAGGCTGG

QA 1 369 1 369
DS 

RD RR3C843TF 197 0 0
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CCATTACCAGATCGTACCACAGAGGAGCAGCCGGAGCTTTACTTGGTTTAGACATCACCA
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TTTGGAAACGTACCATT

QA 1 197 1 197
DS 

RD RR3C843JQ 776 0 0
TTTTTTTTATTGTGGCTTCTTGTTCAAGTTCTGTTTGGTTTTGTTTATGATTTCAAGCTT
ATGGTGTTGCAGGCTGGACAAGAGTCTTCTTTAGATCCATTACCAGATCGTACCACAGAG
GAGCAGCCGGAGCTTTACTTGGTTTAGACATCACCAGGTTACTATTCTTTCAATGACAAT
GAGACTTCAGCTCAGAGTCTGAGTTTCCAACAAGCTTTTGGAAACGTACCATTAGAGGTT
TGCCCTTTCATCTCTCTGCCCTTAAAGGTCTGTTCTTTTTGGTTGCAGGAGAGAAACGTT
TAACCATCTGGCGAGCTGGTTAGAGGATGCTCGGCAACATGCTAATCCAACATGAGTATT
ATGCTGATCGGTAACAAATGCGATCTTGCTTACAAGAGAGCTGTTAGCAAAAAGGAAGGA
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AACTGCTCAAAACGTTGAGGAGAGTTAACATGAACAGGCCTTCATAAAGACAGCAGCAAA
GATCCTCCAGAACATTCAGGACGGCGTCTTTGATGTAATCTAACGAGGCATCAAAGTTTG
CTACGGGCGTCCTCAAGGTGCAGCTCTAGTGAGAGATGGTGCTATGTCTGCTATCTCTCA
GGGAGGTTGGTGTTGTGGTTAAAGAGACCTCAAGATGTGTCAACAGTCAACAGACTCAAC
ACACATATCTGATGTAATCTGGTGATACAGAAACTAGTCTTGCTTTTTTTTAATCT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 3

CO CL4300Contig1 1247 3 13 U
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GCTCTAATCCTCTCTGTTCTAATGCTAATCTCTTACTGTGTATATCAAGTCTTCCAACCA
TGGATCCAAAGGAGAAGGCTTGCTTTTGCAAAGCACAAGCATGTTATATCAGGAATCTTA
AAGCACTTGAAACAACGTGCTTTGGGAAGGCTTCTTGATGATGAAGGGCAGCCTGATGAG
CATGTCATTCGAAAGTTGTTTGAGACGATTGATGCAAATAAGGACGGACACTTGTCAGCA
GCTGAACTTAAGGCGCTTATTATTGGGATCAGCTTTGAGGATATAGATTTTGACAAGGAT
GACGCTGTGGGGAAAGTTCTCCAAGATTTCGACAAGACTCTTGATGAGCAGGTTGATCAA
GAAGAGTTTGTCCGTGGAATTAAGCATTGGCTTATCCAGGCAATGGGAGCTGCTGGTCCA
TCTGGTCCTGACGCCGGTCCTCGCACAATGAAATTCCTTGACCATTTCCATGTGCAAACA
AAGAGAGAGCATGCTCTGTTGGGAGACAATGAGAATGGTGAGAATGATGAGGAGTCAGGG
GAGGTTGCAGACCCGAAATGGATCACCATCAAAGCAGCTTTACTGCTACTGTTGGGAGCA
GCCATTGCAGCTGCATTTGCTGATCCTTTGGTTGACACAGTTAACAACTTCTCTGCAGCC
ACAGGGATCCCATCTTTCTTCATTTCTTTCATCGCTTTGCCTTTAGCAACCAACTCAAGT
GAAGCCGTCTCTGCTATCATCTTTGCTTCCCGCAAAAAGATCAGAACAGCTTCCTTAACT
TTCTCCGAGCTATGTGGTGGAGTGACAATGAACAACATTCTATGTCTCTCGGTGTTCTTA
GCAATCGTTTACCTTAGAGGATTAACATGGAACTTCTCATCAGAAGTGTTGGTGATTCTC
ATAGTTTGTCTGGTTATGGGAGGTTTCGCTAGCTTCCGCACAACGTATCCTCTTTGGACA
TGTTTCATAGCGTACTTGCTTTACCCGTTCTCTTTGGGTTTGGTATATATTCTCGACTAC
TGGTTTGGCTGGTCGTAGGTCAAATGGTTTGTTCACATGAGTGAGCTTGCTCTTTGCGTG
TTTCCTTTTCTTTATGTTGTGTATGTAAGAGTGTATAAACTTGAAGTAAAAGTTCTGAGA
TTGTGAGTGATGATGTGTTTGAAACATTCTCGTTAAAGCTAATAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C484TF U 1
AF RR3C083TF U 367
AF RR3GG06JQ C 522
BS 1 437 RR3C484TF
BS 438 438 RR3C083TF
BS 439 479 RR3C484TF
BS 480 480 RR3C083TF
BS 481 599 RR3C484TF
BS 600 600 RR3C083TF
BS 601 629 RR3C484TF
BS 630 630 RR3C083TF
BS 631 674 RR3C484TF
BS 675 675 RR3C083TF
BS 676 763 RR3C484TF
BS 764 1053 RR3C083TF
BS 1054 1247 RR3GG06JQ

RD RR3C484TF 763 0 0
GATTGCCCAGCTTCCTCAGATGTTGGACTCAACTTCTGGAAGACATTTGGCTTTTTGGTT
GCTCTAATCCTCTCTGTTCTAATGCTAATCTCTTACTGTGTATATCAAGTCTTCCAACCA
TGGATCCAAAGGAGAAGGCTTGCTTTTGCAAAGCACAAGCATGTTATATCAGGAATCTTA
AAGCACTTGAAACAACGTGCTTTGGGAAGGCTTCTTGATGATGAAGGGCAGCCTGATGAG
CATGTCATTCGAAAGTTGTTTGAGACGATTGATGCAAATAAGGACGGACACTTGTCAGCA
GCTGAACTTAAGGCGCTTATTATTGGGATCAGCTTTGAGGATATAGATTTTGACAAGGAT
GACGCTGTGGGGAAAGTTCTCCAAGATTTCGACAAGACTCTTGATGAGCAGGTTGATCAA
GAAGAGTTTGTCCGTGGGATTAAGCATTGGCTTATCCAGGCAATGGGAGCTGCTGGTCCT
TCTGGTCCTGACGCCGGTCCTCGCACAATGAAATTCCTTGACCATTTCCATGTGCAAACA
AAGAGAGAGCATGCTCTGTTGGGAGACAATGAGAATGGTGAGAATGATGAGGAGTCAGGA
GAGGTTGCAGACCCGAAATGGATCACCATTAAAGCAGCTTTACTGCTACTGTTGGGAGCA
GCCATTGCAGCTGCGTTTGCTGATCCTTTGGTTGACACAGTTAACAACTTCTCTGCAGCC
ACAGGGATCCCATCTTTCTTCATTTCTTTCATCGCTTTGCCTT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3C083TF 687 0 0
GTGGGGAAAGTTCTCCAAGATTTCGACAAGACTCTTGATGAGCAGGTTGATCAAGAAGAG
TTTGTCCGTGGAATTAAGCATTGGCTTATCCAGGCAATGGGAGCTGCTGGTCCATCTGGT
CCTGACGCCGGTCCTCGCACAATGAAATTCCTTGACCATTTCCATGTGCAAACAAAGAGA
GAGCATGCTCTGTTGGGAGACAATGAGAATGGTGAGAATGATGAGGAGTCAGGGGAGGTT
GCAGACCCGAAATGGATCACCATCAAAGCAGCTTTACTGCTACTGTTGGGAGCAGCCATT
GCAGCTGCATTTGCTGATCCTTTGGTTGACACAGTTAACAACTTCTCTGCAGCCACAGGG
ATCCCATCTTTCTTCATTTCTTTCATCGCTTTGCCTTTAGCAACCAACTCAAGTGAAGCC
GTCTCTGCTATCATCTTTGCTTCCCGCAAAAAGATCAGAACAGCTTCCTTAACTTTCTCC
GAGCTATGTGGTGGAGTGACAATGAACAACATTCTATGTCTCTCGGTGTTCTTAGCAATC
GTTTACCTTAGAGGATTAACATGGAACTTCTCATCAGAAGTGTTGGTGATTCTCATAGTT
TGTCTGGTTATGGGAGGTTTCGCTAGCTTCCGCACAACGTATCCTCTTTGGACATGTTTC
ATAGCGTACTTGCTTTACCCGTTCTCT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3GG06JQ 726 0 0
CCATTTCCATGTGCAAACAAAGAGAGAGCATGCTCTGTTGGGAGACAATGAGAATGGTGA
GAATGATGAGGAGTCAGGGGAGGTTGCAGACCCGAAATGGATCACCATCAAAGCAGCTTT
ACTGCTACTGTCGGGAGCAGCCATTGCAGCTGCATTTGCTGATCCTTTGGTTGACACAGT
TAACAACTTCTCTGCAGCCACAGGGATCCCATCTTTCTTCATTTCTTTCATCGCTTTGCC
TTTAGCAACCAACTCAAGTGAAGCCGTTTCTGCTATCATCTTTGCTTCCCGCAAAAAGAT
CAGAACAGCTTCCTTAACTTTTTCCGAGCTATGTGGTGGAGTGACAATGAACAACATTCT
ATGTCTCTCGGTGTTCTTAGCAATCGTTTACCTTAGAGGATTAACATGGAACTTCTCATC
AGAAGTGTTGGTGATTCTCATAGTTTGTCTGGTTATGGGAGGTTTCGCTAGCTTCCGCAC
AACGTATCCTCTTTGGACATGTTTCATAGCGTACTTGCTTTACCCGTTCTCTTTGGGTTT
GGTATATATTCTCGACTACTGGTTTGGCTGGTCGTAGGTCAAATGGTTTGTTCACATGAG
TGAGCTTGCTCTTTGCGTGTTTCCTTTTCTTTATGTTGTGTATGTAAGAGTGTATAAACT
TGAAGTAAAAGTTCTGAGATTGTGAGTGATGATGTGTTTGAAACATTCTCGTTAAAGCTA
ATAAAT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 3

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TATTTTACTTAAGTCCCTATAAAACCCAAAAACCTGACAACCTACAAAGGAAACTAAACT
CCAGCTAACACTCTACCTCATCCCCAACGACACCATTGTTAATCCAAATAAGATTTAGCA
ATTTCTCCTTCAGCTCCTTTAGGGTAAAATCCACCAGGGGTACGTTCATCTCCATTTCCA
TACACAATCCGTAAAATTTCATCCGGAGTGCGATCAAACGCAAGCGACATCTCGTCACCC
GCCAATACATTTCCAGCCACTTGTCCCTCAGCACCCATGGCTTTATGCACAACCAACCCC
TCATCTTTCACACCCATTTTTCCCCAATTTGTTCCTCAAATCCGAGATCCTATCCGTAAA
AGCTGCAACAGAGACACCATAAGGATGGACTATGTGTTTGGCCTTTGCATATAACATTGT
TCTTATCACCGCGTCCTGGCCTGATTCTACTCCCAAAAGTCCGGCTACTAACTTCCTTGA
CGCGGGACATTTCAGTTTCGGGTTTGCGCCAACGTAGCCGGTGAGACCAACATAAGGGAC
CAAATATGAAGCAATGAGGTAATTGTAAGAGTTGGCA


BQ
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AF RR3G544JQ U 1
AF RR3G544TF C 1
AF RR3C629JQ U 1
BS 1 637 RR3C629JQ

RD RR3G544JQ 190 0 0
CTTACTTATTACATTGTTCAATGCGAAAGTTCATCCCTCACATCATTTATTACATAAAAT
TATTTTACTTAAGTCCCTATAAAACCCAAAAACCTGACAACCTACAAAGGAAACTAAACT
CCAGCTAACACTCTACCTCATCCCCAACGACACCATTGTTAATCCAAATAAAATTTAGCA
ATTTCTCCTT

QA 1 190 1 190
DS 

RD RR3G544TF 455 0 0
CTTACTTATTACATTGTTCAATGCGAAAGTTCATCCCTCACATCATTTATTACATAAAAT
TATTTTACTTAAGTCCCTATAAAACCCAAAAACCTGACAACCTACAAAGGAAACTAAACT
CCAGCTAACACTCTACCTCATCCCCAACGACACCATTGTTAATCCAAATAAGATTTAGCA
ATTTCTCCTTCAGCTCCTTTAGGGTAAAATCCACCAGGGGTACGTTCATCTCCATTTCCA
TACACAATCCGTAGAATTTCCTCCGGAGTGCGATCAAACGCAAGCGACATCTCGTCACCC
GCCAATACATTTCCAGCCACTTGTCCCTCAGCACCCATGGCTTTATGCACAACCAACCCC
TCATCTTTCACACCCATTTT*CCCCAATTTGTTCCTCAGATCCGAGATCCTATCCGTAAA
AGCTGCAACAGAGACACCATAAGGATGGACTAT
CC

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR3C629JQ 637 0 0
CTTACTTATTACATTGTTCAATGCGAAAGTTCATCCCTCACATCATTTATTACATAAAAT
TATTTTACTTAAGTCCCTATAAAACCCAAAAACCTGACAACCTACAAAGGAAACTAAACT
CCAGCTAACACTCTACCTCATCCCCAACGACACCATTGTTAATCCAAATAAGATTTAGCA
ATTTCTCCTTCAGCTCCTTTAGGGTAAAATCCACCAGGGGTACGTTCATCTCCATTTCCA
TACACAATCCGTAAAATTTCATCCGGAGTGCGATCAAACGCAAGCGACATCTCGTCACCC
GCCAATACATTTCCAGCCACTTGTCCCTCAGCACCCATGGCTTTATGCACAACCAACCCC
TCATCTTTCACACCCATTTTTCCCCAATTTGTTCCTCAAATCCGAGATCCTATCCGTAAA
AGCTGCAACAGAGACACCATAAGGATGGACTATGTGTTTGGCCTTTGCATATAACATTGT
TCTTATCACCGCGTCCTGGCCTGATTCTACTCCCAAAAGTCCGGCTACTAACTTCCTTGA
CGCGGGACATTTCAGTTTCGGGTTTGCGCCAACGTAGCCGGTGAGACCAACATAAGGGAC
CAAATATGAAGCAATGAGGTAATTGTAAGAGTTGGCA

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 3

CO CL4302Contig1 1441 3 14 U
GGGTCGTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTTTACTGAAAATTCGCATCTGAA
CTCAGAACCCTCGCAATTCGTTCGTAGCTCTTTATTCATTTCCGTCTGAGCAATGGCTTT
GGTTCTACACACTTACAAGGGAAACAAAGGTGCCTACAAGGCACTCATCGCTGCAGAGTA
TGCAGGTGTCAAGATCGAGGAGGCCTCCAACTTTCAGATGGGCGTCACCAACAAATCTCC
AGAGTTTCTCAAGATGAACCCCATTGGAAAGGTTCCCGTGCTTGAGACTCCACAAGGTCC
CATCTTTGAGAGCAATGCCATTACCCGTTACGTGAGCCGTGTCAATGGTGACAGCCCTTT
GAATGGATCATCCCTCATTGATTACGCTCACATTGAGCAATGGATTGATTTTGCCTCGTT
GGAGATTGATGCTAACATGCTGAGGTGGTTCGCTCCACGGATGGGCTATGCTCCTTTCTC
TGCTCCTGCTGAGGAAGCTGCTATTGCTGGATTGAAGAGAGGACTTGATGCTCTTAACAC
CCATCTCGCCTCCAACACTTACCTCGTTGGACACTCTGTTACCCTCGCGGATATTGTAAC
CATCTGCAACTTGAACTTGGGATTTGCCACCGTCATGACCAAGAGCTTCACCTCTGAGTT
CCCTCATGTCGAGAGATACTTCTGGACAATGGTCAACCAACCCAACTTCAAGAAGGTGAT
TGGTGATGCCAAGCAGACCCAAGCTGTCCCTCCTGTTCCTTCTAAGAAAGCTGCACAGCC
CAAGGAGGAGCCTAAGAAGCCTGCCCCTGCAGCAGAGGCACCCAAGTTTGCTGAGGAGGA
AGAAGCACCGAAGCCCAAGGCCAAGAATCCTCTTGATTTGCTACTACCTAGCCCAATGGT
TCTTGATGAGTGGAAGAGGCTTTACTCCAACACCAAGTCCAACTTCCGCGAGGTTGCAAT
CAAAGGATTCTGGGACATGTACGATCCAGCGAATGGACTTGGCACGTAAATACGCATTTG
GAAAGATGCTCATTTGCGGGTCAGAGGCTCCTTTCAAGGTGAAGGGTTTGTGGCTGTTCC
GTGGACCAGAAATCCCCAAATTCATTATGGATGAGGTCTACGACATGGAGCTCTACGAGT
GGACCAAAGTTGATATCTCTGACGAAGCACAGAAAGAGCGTGTTAGCCAGATGATTGAAG
ATGCCGAGCCTTTTGAAGGTGAGGCCCTTTTGGACGCCAAGTGCTTCAAGTAAGAGATGC
TCTTCTTCACTCCCACCTCTATCTCCACAGGGTGCTTACTCTGTTACTAGTGTTTTGATA
TCTTCTAGAGTCCTTGCAACCTCTTAATCGTAGAGTTTTTCTGGGATTTAACAACTGCTC
TTTTGTGACAGAATTGCTTAAAACTCTTTCTATGTTGTCATCTTTCTATTGGTTTACATC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3H135TF U 1
AF RR3GH37TF U 50
AF RR3GH37JQ C 670
BS 1 108 RR3H135TF
BS 109 109 RR3GH37TF
BS 110 143 RR3H135TF
BS 144 144 RR3GH37TF
BS 145 319 RR3H135TF
BS 320 320 RR3GH37TF
BS 321 714 RR3H135TF
BS 715 715 RR3GH37JQ
BS 716 764 RR3H135TF
BS 765 765 RR3GH37TF
BS 766 767 RR3H135TF
BS 768 768 RR3GH37TF
BS 769 780 RR3H135TF
BS 781 1441 RR3GH37JQ

RD RR3H135TF 780 0 0
GGGTCGTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTTTACTGAAAATTCGCATCTGAA
CTCAGAACCCTCGCAATTCGTTCGTAGCTCTTTATTCATTTCCGTCTGGGCAATGGCTTT
GGTTCTACACACTTACAAGGGAACCAAAGGTGCCTACAAGGCACTCATCGCTGCAGAGTA
TGCAGGTGTCAAGATCGAGGAGGCCTCCAACTTTCAGATGGGCGTCACCAACAAATCTCC
AGAGTTTCTCAAGATGAACCCCATTGGAAAGGTTCCCGTGCTTGAGACTCCACAAGGTCC
CATCTTTGAGAGCAATGCCGTTACCCGTTACGTGAGCCGTGTCAATGGTGACAGCCCTTT
GAATGGATCATCCCTCATTGATTACGCTCACATTGAGCAATGGATTGATTTTGCCTCGTT
GGAGATTGATGCTAACATGCTGAGGTGGTTCGCTCCACGGATGGGCTATGCTCCTTTCTC
TGCTCCTGCTGAGGAAGCTGCTATTGCTGGATTGAAGAGAGGACTTGATGCTCTTAACAC
CCATCTCGCCTCCAACACTTACCTCGTTGGACACTCTGTTACCCTCGCGGATATTGTAAC
CATCTGCAACTTGAACTTGGGATTTGCCACCGTCATGACCAAGAGCTTCACCTCTGAGTT
CCCTCATGTCGAGAGATACTTCTGGACAATGGTCAACCAACCCAACTTCAAGAA*GTGAT
TGGTGATGCCAAGCAGACCCAAGCTGTCCCTCCTGTTCCTTCTA*GAGAGCTGCACAGCC

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3GH37TF 731 0 0
G
CGCATCTGAACTCAGAACCCTCGCAATTCGTTCGTAGCTCTTTATTCATTTCCGTCTGAG
CAATGGCTTTGGTTCTACACACTTACAAGGGAAACAAAGGTGCCTACAAGGCACTCATCG
CTGCAGAGTATGCAGGTGTCAAGATCGAGGAGGCCTCCAACTTTCAGATGGGCGTCACCA
ACAAATCTCCAGAGTTTCTCAAGATGAACCCCATTGGAAAGGTTCCCGTGCTTGAGACTC
CACAAGGTCCCATCTTTGAGAGCAATGCCATTACCCGTTACGTGAGCCGTGTCAATGGTG
ACAGCCCTTTGAATGGATCATCCCTCATTGATTACGCTCACATTGAGCAATGGATTGATT
TTGCCTCGTTGGAGATTGATGCTAACATGCTGAGGTGGTTCGCTCCACGGATGGGCTATG
CTCCTTTCTCTGCTCCTGCTGAGGAAGCTGCTATTGCTGGATTGAAGAGAGGACTTGATG
CTCTTAACACCCATCTCGCCTCCAACACTTACCTCGTTGGACACTCTGTTACCCTCGCGG
ATATTGTAACCATCTGCAACTTGAACTTGGGATTTGCCACCGTCATGACCAAGAGCTTCA
CCTCTGAGTTCCCTCATGTTGAGAGATACTTCTGGACAATGGTCAACCAACCCAACTTCA
AGAATGTGATTGGTGATGCCAAGCAGACCCAAGCTGTCCCTCCTGTTCCTTCTAAGAAAG
CTGCACAGCC

QA 2 731 2 731
DS 

RD RR3GH37JQ 772 0 0
T
GAGAGATACTTCTGGACAATGGTCAACCAACCCAACTTCAAGAAGGTGATTGGTGATGCC
AAGCAGACCCAAGCTGTCCCTCCTGTTCCTTCTAAGAAAGCTGCACAGCCCAAGGAGGAG
CCTAAGAAGCCTGCCCCTGCAGCAGAGGCACCCAAGTTTGCTGAGGAGGAAGAAGCACCG
AAGCCCAAGGCCAAGAATCCTCTTGATTTGCTACTACCTAGCCCAATGGTTCTTGATGAG
TGGAAGAGGCTTTACTCCAACACCAAGTCCAACTTCCGCGAGGTTGCAATCAAAGGATTC
TGGGACATGTACGATCCAGCGAATGGACTTGGCACGTAAATACGCATTTGGAAAGATGCT
CATTTGCGGGTCAGAGGCTCCTTTCAAGGTGAAGGGTTTGTGGCTGTTCCGTGGACCAGA
AATCCCCAAATTCATTATGGATGAGGTCTACGACATGGAGCTCTACGAGTGGACCAAAGT
TGATATCTCTGACGAAGCACAGAAAGAGCGTGTTAGCCAGATGATTGAAGATGCCGAGCC
TTTTGAAGGTGAGGCCCTTTTGGACGCCAAGTGCTTCAAGTAAGAGATGCTCTTCTTCAC
TCCCACCTCTATCTCCACAGGGTGCTTACTCTGTTACTAGTGTTTTGATATCTTCTAGAG
TCCTTGCAACCTCTTAATCGTAGAGTTTTTCTGGGATTTAACAACTGCTCTTTTGTGACA
GAATTGCTTAAAACTCTTTCTATGTTGTCATCTTTCTATTGGTTTACATCC

QA 2 772 2 772
DS 



AS 1 2

CO CL4303Contig1 642 2 2 U
GGGAAAATCAATGGCTGCTTCCTTCTCATCCACCTCCGTTGTAGCTTCGACTTCGTCGCG
TTTGTGGCACCCTGCTTCCAACGCCGGGAAGATTAGCGTCCCTTCGGCTTCGCTTTCTCT
CCGCTCTGGTTCGAGACGGAGTCAGTTTTCTCTCGGCGGCTCTTCCGCCTCAGCTTCTTC
TCAGCTGCTCCATTGCTCCTTCCTCTCTTCATCTCTCTCCCTATCGTCTTCATTTTCTGG
TTTGTCCATAGCATTAGATGTCAGCCGTGGAACGAGTGGGTTGAACGGGCAGAAGAAACG
AAGAGGGCTTGTTGTGAGAGCTGGAAAAGCTGCTCTGTGTCAAACAAAGAGAAGCAGGTC
AAGAAAATCTCTGGCTAGGACTCATGGTTTCCGTCTGAGGATGAGAACCACTAGTGGTCG
AGCCACCATCAAGCGCAGACGTGCCAAGGGACGTTGGAATCTCTGTCCTAAGTCCAACCC
TAGCAGCGGCAAACGGGCTTGAAGACTCTTTCCTTTCCCTCCTCCTTCTCTCTCTCTCTC
TCTCTGTATTCTTGCTTTTTTTCCGCCAGATGATACAATGACACGAACAGATGAGCTATT
TTCTGTATTTTAACTCCTTATGTATTCTTGATTCGTTTACAG


BQ
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AF RR3DL43TF U 1
AF RR3DL43JQ C 1
BS 1 520 RR3DL43TF
BS 521 642 RR3DL43JQ

RD RR3DL43TF 520 0 0
GGGAAAATCAATGGCTGCTTCCTTCTCATCCACCTCCGTTGTAGCTTCGACTTCGTCGCG
TTTGTGGCACCCTGCTTCCAACGCCGGGAAGATTAGCGTCCCTTCGGCTTCGCTTTCTCT
CCGCTCTGGTTCGAGACGGAGTCAGTTTTCTCTCGGCGGCTCTTCCGCCTCAGCTTCTTC
TCAGCTGCTCCATTGCTCCTTCCTCTCTTCATCTCTCTCCCTATCGTCTTCATTTTCTGG
TTTGTCCATAGCATTAGATGTCAGCCGTGGAACGAGTGGGTTGAACGGGCAGAAGAAACG
AAGAGGGCTTGTTGTGAGAGCTGGAAAAGCTGCTCTGTGTCAAACAAAGAGAAGCAGGTC
AAGAAAATCTCTGGCTAGGACTCATGGTTTCCGTCTGAGGATGAGAACCACTAGTGGTCG
AGCCACCATCAAGCGCAGACGTGCCAAGGGACGTTGGAATCTCTGTCCTAAGTCCAACCC
TAGCAGCGGCAAACGGGCTTGAAGACTCTTTCCTTTCCCT

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3DL43JQ 642 0 0
GGGAAAATCAATGGCTGCTTCCTTCTCATCCACCTCCGTTGTAGCTTCGACTTCGTCGCG
TTTGTGGCACCCTGCTTCCAACGCCGGGAAGATTAGCGTCCCTTCGGCTTCGCTTTCTCT
CCGCTCTGGTTCGAGACGGAGTCAGTTTTCTCTCGGCGGCTCTTCCGCCTCAGCTTCTTT
TCAGCTGCTCCATTGCTCCTTCCTCTCTTCATCTCTCTCCCTATCGTCTTCATTTTCTGG
TTTGTCCATAGCATTAGATGTCAGCCGTGGAACGAGTGGGTTGAACGGGCAGAAGAAACG
AAGAGGGCTTGTTGTGAGAGCTGGAAAAGCTGCTCTGTGTCAAACAAAGAGAAGCAGGTC
AAGAAAATCTCTGGCTAGGACTCATGGTTTCCGTCTGAGGATGAGAACCACTAGTGGTCG
AGCCACCATCAAGCGCAGACGTGCCAAGGGACGTTGGAATCTCTGTCCTAAGTCCAACCC
TAGCAGCGGCAAACGGGCTTGAAGACTCTTTCCTTTCCCTCCTCCTTCTCTCTCTCTCTC
TCTCTGTATTCTTGCTTTTTTTCCGCCAGATGATACAATGACACGAACAGATGAGCTATT
TTCTGTATTTTAACTCCTTATGTATTCTTGATTCGTTTACAG

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 3

CO CL4304Contig1 816 3 20 U
CATAAAGTTTTGCTATTATTATTTTTGGATCTCAATCCTCAGAGAGTATATATTTCCATC
AAGTTTGCAAACTGATACATTTGTCTAAACCAAACGGAACCGTTTAGAAAATCAAGAACT
AGAAAAGACCTTGGCAAGACTGCTCTGAAGTAAAGCAACTGACTCAACAGCAGATTTAGC
AAACCAGCTGACACCTACTTTAAACCGGTGTTCATCAGTCGGTAGTCTAATCAAATACGC
CAGCTTCCTTGCTGCGTGACCAACTGGACCTTCAAGTGTAAGCCCTTCAATGAAACTCGG
CGTTATAGCTGCATCATATCTTCCAAGAGTCATCATCTCACCTAAGTTCTGAAACCTGAA
TGGTAACAAAGGACGGTTGTTAATGGCAGCCCATATATTCCAACCGGTAAAGTCTGCTTC
TTGAAAAGCAACCTGAGCTGTTGTGGGAAGAAGCTTCCCGTTTGAGTCTCTCAAGGAAGA
AGAGTCACCTAACGCGAATATCCGAGGATGTCCCTTGACACGGAGTGTCTCGTCTGTTTC
AGCTTGTCCTCTAACGTTCAGAGGAAGGACACTAGGACCTGAAGGCTCTAGCTCGGTGAG
CAAAGGCTTAGCACCTACTGTCCACAACACCATATCAGCTTCGATGACTTGACTCTCTAC
TCCTTTCTCTGTAGGCTGAAGCTCTAACACATACCCTCCTCCATCTTCTTCTTCTTCTTC
TTCTGAATCGCTTGCTTTCTTTATGCAACGAACAAGATAACCCAAGAGTAACTGGACTTT
TCTCGACGTAAGAACCTTCATAGCTGCCTCTCTGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3AE91JQ U 1
AF RR3F038JQ U 1
AF RR3H345JQ U 1
BS 1 41 RR3AE91JQ
BS 42 42 RR3F038JQ
BS 43 106 RR3AE91JQ
BS 107 107 RR3F038JQ
BS 108 115 RR3AE91JQ
BS 116 116 RR3F038JQ
BS 117 121 RR3AE91JQ
BS 122 122 RR3F038JQ
BS 123 172 RR3AE91JQ
BS 173 173 RR3F038JQ
BS 174 238 RR3AE91JQ
BS 239 239 RR3F038JQ
BS 240 481 RR3AE91JQ
BS 482 482 RR3F038JQ
BS 483 640 RR3AE91JQ
BS 641 738 RR3F038JQ
BS 739 739 RR3H345JQ
BS 740 793 RR3F038JQ
BS 794 794 RR3H345JQ
BS 795 816 RR3F038JQ

RD RR3AE91JQ 640 0 0
CATAAAGTTTTGCTATTATTATTTTTGGATCTCAATCCTCAAAGAGTATATATTTCCATC
AAGTTTGCAAACTGATACATTTGTCTAAACCAAACGGAACCGTTTAAAAAATCAAAAACT
AAAAAAGACCTTGGCAAGACTGCTCTGAAGTAAAGCAACTGACTCAACAGCAAATTTAGC
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CAGCTTCCTTGCTGCGTGACCAACTGGACCTTCAAGTGTAAGCCCTTCAATGAAACTCGG
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TGGTAACAAAGGACGGTTGTTAATGGCAGCCCATATATTCCAACCGGTAAAGTCTGCTTC
TTGAAAAGCAACCTGAGCTGTTGTGGGAAGAAGCTTCCCGTTTGAGTCTCTCAAGGAAGA
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CAAAGGCTTAGCACCTACTGTCCACAACACCATATCAGCT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3F038JQ 816 0 0
CATAAAGTTTTGCTATTATTATTTTTGGATCTCAATCCTCAGAGAGTATATATTTCCATC
AAGTTTGCAAACTGATACATTTGTCTAAACCAAACGGAACCGTTTAGAAAATCAAGAACT
AGAAAAGACCTTGGCAAGACTGCTCTGAAGTAAAGCAACTGACTCAACAGCAGATTTAGC
AAACCAGCTGACACCTACTTTAAACCGGTGTTCATCAGTCGGTAGTCTAATCAAATACGC
CAGCTTCCTTGCTGCGTGACCAACTGGACCTTCAAGTGTAAGCCCTTCAATGAAACTCGG
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TGGTAACAAAGGACGGTTGTTAATGGCAGCCCATATATTCCAACCGGTAAAGTCTGCTTC
TTGAAAAGCAACCTGAGCTGTTGTGGGAAGAAGCTTCCCGTTTGAGTCTCTCAAGGAAGA
AGAGTCACCTAACGCGAATATCCGAGGATGTCCCTTGACACGGAGTGTCTCGTCTGTTTC
AGCTTGTCCTCTAACGTTCAGAGGAAGGACACTAGGACCTGAAGGCTCTAGCTCGGTGAG
CAAAGGCTTAGCACCTACTGTCCACAACACCATATCAGCTTCGATGACTTGACTCTCTAC
TCCTTTCTCTGTAGGCTGAAGCTCTAACACATACCCTCCTCCATCTTCTTCTTCTTCTTC
TTCTGAATCGCTTGCTTT*TTTATGCAACGAACAAGATAACCCAAGAGTAACTGGACTTT
TCTCGACGTAAGA*CCTTCATAGCTGCCTCTCTGTT

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3H345JQ 816 0 0
CATAAAGTTTTGCTATTATTATTTTTGGATCTCAATCCTCAGAGAGTATATATTTCCATC
AAGTTTGCAAACTGATACATTTGTCTAAACCAAACGGAACCGTTTAGAAAATCAAGAACT
AGAAAAGACCTTGGCAAGACTGCTCTGAAGTAAAGCAACTGACTCAACAGCAGATTTAGC
AAACCAGCTGACACCTACTTTAAACCGGTGTTCATCAGTCGGTAGTCTAATCAAATACGC
CAGCTTCCTTGCTGCGTGACCAACTGGACCTTCAAGTGTAAGCCCTTCAATGAAACTCGG
CGTTATAGCTGCATCATATCTTCCAAGAGTCATCATCTCACCTAAGTTCTGAAACCTGAA
TGGTAACAAAGGACGGTTGTTAATGGCAGCCCATATATTCCAACCGGTAAAGTCTGCTTC
TTGAAAAGCAACCTGAGCTGTTGTGGGAAGAAGCTTCCCGTTTGAGTCTCTCAAGGAAGA
AGAGTCACCTAACGCGAATATCCGAGGATGTCCCTTGACACGGAGTGTCTCGTCTGTTTC
AGCTTGTCCTCTAACGTTCAGAGGAAGGACACTAGGACCTGAAGGCTCTAGCTCGGTGAG
CAAAGGCTTAGCACCTACTGTCCACAACACCATATCAGCTTCGATGACTTGACTCTCTAC
TCCTTTCTCTGTAGGCTGAAGCTCTAACACATACCCTCCTCCATCTTCTTCTTCTTCTTC
TTCTGAATCGCTTGCTTTCTTTATGCAACGAACAAGATAACCCAAGAGTAACTGGACTTT
TCTCGACGTAAGAACCTTCATAGCTGCCTCTCTGTT

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 3

CO CL4305Contig1 845 3 2 U
GGGTCTCTCTCGTTTCCTCGCTGACACTTCTCTCTAATCTCTCTTCTTCTTCTTCCTCTT
TCAAAAACAAAAGAAAAAAAGGAATCTAAAAGAAAAGAAAAAGGAACAATGGCGGATCAG
CTCACCGACGATCAGATCTCCGAGTTCAAGGAAGCCTTCAGCTTATTCGACAAGGATGGT
GACGGTTGCATTACCACCAAGGAGCTGGGAACTGTGATGCGTTCTCTAGGACAGAACCCA
ACCGAAGCAGAGCTTCAAGACATGATCAATGAAGTTGACGCTGATGGTAACGGCACCATT
GATTTCCCCGAGTTCTTGAACCTCATGGCTCGCAAGATGAAGGACACCGACTCCGAGGAA
GAGCTCAAGGAGGCGTTCCGGGTTTTTGACAAGGACCAGAACGGTTTCATCTCAGCTGCT
GAGCTTCGCCATGTGACGACAAACTTAGGTGAGAAGCTCACTGACGAAGAGGTTGATGAG
ATGATCAAGGAAGCTGATGTTGATGGTGATGGCCAGATTAACTATGAGGAGTTTGTCAAG
GTCATGATGGCTAAGTGATTAAGGTTTTGGACCCAAAAAATGAAAAGTTCCAAACTTGGT
TTGCTGCTGCCTCTATTCTTATATTACTGTTATGTTTTAAAATTCTTATTCATGGGACTC
ATGTCTGCTTCCCTGTGTGCTCTATTTTGAGTCTGGACATTTTCAAGTCTTTGCTTTGTT
TTCTTTTTTCAGTTGCTATTTTGTAAGTTGTAACTTGGTCTAGTTTCGGTGGTTTCTTAT
TGATGGTCTCTAGTAAAAGCATTGTATCATGGTTTTGTTAAATGCAGTTCTCCATTAAAG
TGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3GR36TF U 1
AF RR3GR36JQ C 258
AF RR3H343TF U 383
BS 1 628 RR3GR36TF
BS 629 845 RR3H343TF

RD RR3GR36TF 631 0 0
GGGTCTCTCTCGTTTCCTCGCTGACACTTCTCTCTAATCTCTCTTCTTCTTCTTCCTCTT
TCAAAAACAAAAGAAAAAAAGGAATCTAAAAGAAAAGAAAAAGGAACAATGGCGGATCAG
CTCACCGACGATCAGATCTCCGAGTTCAAGGAAGCCTTCAGCTTATTCGACAAGGATGGT
GACGGTTGCATTACCACCAAGGAGCTGGGAACTGTGATGCGTTCTCTAGGACAGAACCCA
ACCGAAGCAGAGCTTCAAGACATGATCAATGAAGTTGACGCTGATGGTAACGGCACCATT
GATTTCCCCGAGTTCTTGAACCTCATGGCTCGCAAGATGAAGGACACCGACTCCGAGGAA
GAGCTCAAGGAGGCGTTCCGGGTTTTTGACAAGGACCAGAACGGTTTCATCTCAGCTGCT
GAGCTTCGCCATGTGACGACAAACTTAGGTGAGAAGCTCACTGACGAAGAGGTTGATGAG
ATGATCAAGGAAGCTGATGTTGATGGTGATGGCCAGATTAACTATGAGGAGTTTGTCAAG
GTCATGATGGCTAAGTGATTAAGGTTTTGGACCCAAAAAATGAAAAGTTCCAAACTTGGT
TTGCTGCTGCCTCTATTCTTATATTACT
TTT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3GR36JQ 553 0 0
AGACATGATCAATGAAGTTGACGCTGATGGTAACGGCACCATTGATTTCCCCGAGTTCTT
GAACCTCATGGCTCGCAAGATGAAGGACACCGACTCCGAGGAAGAGCTCAAGGAGGCGTT
CCGGGTTTTTGACAAGGACCAGAACGGTTTCATCTCAGCTGCTGAGCTTCGCCATGTGAC
GACAAACTTAGGTGAGAAGCTCACTGACGAAGAGGTTGATGAGATGATCAAGGAAGCTGA
TGTTGATGGTGATGGCCAGATTAACTATGAGGAGTTTGTCAAGGTCATGATGGCTAAGTG
ATTAAGGTTTTGGACCCAAAAAATGAAAAGTTCCAAACTTGGTTTGCTGCTGCCTCTATT
CTTATATTACTTTTATGTTTTAAAATTCTTATTCATGGGACTCATGTCTGCTTCCCTGTG
TGCTCTATTTTGAGTCTGGACATTTTCAAGTCTTTGCTTTGTTTTCTTTTTTCAGTTGCT
ATTTTGTAAGTTGTAACTTGGTCTAGTTTCGGTGGTTTCTTATTGATGGTCTCTAGTAAA
AGCATTGTATCAT

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3H343TF 463 0 0
TTTTTGACAAGGACCAGAACGGTTTCATCTCAGCTGCTGAGCTTCGCCATGTGATGACAA
ACTTAGGTGAGAAGCTCACTGACGAAGAGGTTGATGAGATGATCAAGGAGGCTGATGTTG
ATGGTGATGGCCAGATTAACTATGAGGAGTTTGTCAAGGTCATGATGGCTAAGTGATTAA
GGTTTTGGACCCAAAAAATGAAAAGTTCCAAACTTGGTTTGCTGCTGCCTCTATTCTTAT
ATTACTGTTATGTTTTAAAATTCTTATTCATGGGACTCATGTCTGCTTCCCTGTGTGCTC
TATTTTGAGTCTGGACATTTTCAAGTCTTTGCTTTGTTTTCTTTTTTCAGTTGCTATTTT
GTAAGTTGTAACTTGGTCTAGTTTCGGTGGTTTCTTATTGATGGTCTCTAGTAAAAGCAT
TGTATCATGGTTTTGTTAAATGCAGTTCTCCATTAAAGTGGTC

QA 1 463 1 463
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 3

CO CL4308Contig1 1301 3 7 U
GGGAAACACAGATTGCGTGGAGACATTAATGTACTTCTACTAGGAGATCCGGGAACAGCA
AAATCACAATTTCTGAAATACGTAGAGAAAACTGGTCAGAGAGCCGTCTACACGACTGGA
AAGGGAGCTTCTGCTGTTGGGCTGACTGCAGCAGTACACAAGGATCCAGTTACAAGGGAG
TGGACGCTTGAAGGAGGAGCACTTGTGCTTGCGGACCGAGGAATCTGTCTTATCGATGAG
TTTGACAAGATGAATGACCAGGACAGGGTGAGTATCCATGAAGCCATGGAACAGCAGAGT
ATTAGTATATCAAAGGCAGGAATTGTTACTTCTCTTCAAGCCCGTTGCTCTGTTATTGCC
GCAGCTAATCCAGTTGGTGGAAGGTATGATTCATCCAAATCATTTGCACAAAATGTCGAG
TTGACAGATCCTATCCTTTCTCGTTTTGATATCCTTTGTGTTGTCAAGGATGTGGTTGAC
CCAGTGACAGATAAATGCTTGCTGAATTTGTTGTCAATAGTCACTTCAAATCACAACCAA
AAGGTGGTAAAATGGATGATAGTGAGCCTCAGGATGGCGTTCAGGGATCTAGCGGTTCTT
CTGATCCCGAGGTTCTTCCCCAGGACTTACTGAGGAAATACTTAACATACTCGAAGTTGT
ATATATTTCCAAAACTGAGTGAAATAGATGCAAAGAAGTTAGAAACGGTTTATGCTAATC
TAAGAAGAGAGTCAATGAATGGACGAGGAGTCTCTATTGCGACAAGGCATCTGGAGTCCA
TGATCCGAATGTCTGAAGCACATGCAAGGATGCACCTTAGACAGTATGTGACAGAGGAAG
ACGTTAACATGGCCATCAGAGTCCTGCTTGACTCTTTCATATCAACCCAGAAATTTGGAG
TCCAGAGAACTCTAAGAGAGAGTTTCAAACGATACATAACGTACAAAAAGGACTACAACT
CATTGCTGCTGGTTCTTCTGAAAGAGCTAGTAAAGAATGCTATGAAGTTTGAAGAAATCA
TTACGGGATCAAACTCGGGACCTCCTTCTATCGAGGTTAAGATAGTGGAGCTGCAGACCA
AGGCCAACGAATACGACATCGCAGATCTAAGGCCGTTCTTTTCAAGCGCAGACTTTGCTA
AAGCACATTTCGAGTTGGATCAGGTTCAAGGAGTGATCAAATGTCCTAGAAGGATAGTCA
CTTGGTAAAACGAGAAATCAAAGAAGCTTACAGCTACTTAAAAACCAATGTTTTATCATA
TTCTTGAGTTTTCATTATAACATTCGGTGGATTATTAGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW49TF U 1
AF RR3CM42TF U 100
AF RR3CM42JQ C 542
BS 1 184 RR3FW49TF
BS 185 766 RR3CM42TF
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RD RR3FW49TF 184 0 0
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TGGA

QA 1 184 1 184
DS 

RD RR3CM42TF 731 0 0
G
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AGGATCCAGTTACAAGGGAGTGGACGCTTGAAGGAGGAGCACTTGTGCTTGCGGACCGAG
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AAGCCATGGAACAGCAGAGTATTAGTATATCAAAGGCAGGAATTGTTACTTCTCTTCAAG
CCCGTTGCTCTGTTATTGCCGCAGCTAATCCAGTTGGTGGAAGGTATGATTCATCCAAAT
CATTTGCACAAAATGTCGAGTTGACAGATCCTATCCTTTCTCGTTTTGATATCCTTTGTG
TTGTCAAGGATGTGGTTGACCCAGTGACAGATAAATGCTTGCTGAATTTGTTGTCAATAG
TCACTTCAAATCACAACCAAAAGGTGGTAAAATGGATGATAGTGAGCCTCAGGATGGCGT
TCAGGGATCTAGCGGTTCTTCTGATCCCGAGGTTCTTCCCCAGGACTTACTGAGGAAATA
CTTAACATACTCGAAGTTGTATATATTTCCAAAACTGAGTGAAATAGATGCAAAGAAGTT
AGAAACGGTTTATGCTAATCTAAGAAGAGAGTCAATGAATGGACGAGGAGTCTCTATTGC
GACAAG*CATCTGGAGTC*ATGATCCGAATGTCTGAAGCACATGCAAGGATGCACCTTAG
ACAGTATGTG

QA 2 731 2 731
DS 

RD RR3CM42JQ 760 0 0
AGGTGGTAAAATGGATGATAGTGAGCCTCAGGATGGCGTTCAGGGATCTAGCGGTTCTTC
TGATCCCGAGGTTCTTCCCCAGGACTTACTGAGGAAATACTTAACATACTCGAAGTTGTA
TATATTTCCAAAACTGAGTGAAATAGATGCAAAGAAGTTAGAAACGGTTTATGCTAATCT
AAGAAGAGAGTCAATGAATGGACGAGGAGTCTCTATTGCGACAAGGCATCTGGAGTCCAT
GATCCGAATGTTTGAAGCACATGCAAGGATGCACCTTAGACAGTATGTGACAGAGGAAGA
CGTTAACATGGCCATCAGAGTCCTGCTTGACTCTTTCATATCAACCCAGAAATTTGGAGT
CCAGAGAACTCTAAGAGAGAGTTTCAAACGATACATAACGTACAAAAAGGACTACAACTC
ATTGCTGCTGGTTCTTCTGAAAGAGCTAGTAAAGAATGCTATGAAGTTTGAAGAAATCAT
TACGGGATCAAACTCGGGACCTCCTTCTATCGAGGTTAAGATAGTGGAGCTGCAGACCAA
GGCCAACGAATACGACATCGCAGATCTAAGGCCGTTCTTTTCAAGCGCAGACTTTGCTAA
AGCACATTTCGAGTTGGATCAGGTTCAAGGAGTGATCAAATGTCCTAGAAGGATAGTCAC
TTGGTAAAACGAGAAATCAAAGAAGCTTACAGCTACTTAAAAACCAATGTTTTATCATAT
TCTTGAGTTTTCATTATAACATTCGGTGGATTATTAGAAG

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 3

CO CL4309Contig1 863 3 32 U
TTTTTGTTTGTGTGTGCGAGAAGGAGATATGAACGACGCAGATGTGTCAAAGCAGATACA
ACAGATGGTCCGGTTCATCCGGCAAGAGGCTGACGAGAAAGCTAACGAGATCTCAATCTC
TGCTGAGGAGGAATTCAACATAGAGAAACTTCAGCTTCTTGAGAATGCCAAGCGTAAGCT
CCGTCAAGATTATGACCGCAAGCTCAAGCAGGTAGATATCCGCAAGCGCATCGACTACTC
GACGCAGCCGAATGCAAGTAGGATTAAGTACCTTCAAGCACAAGATGACGTTGTCACCTC
CATGAAAGACTCTGCGGCTAAGGATCTCCTTCGTGTCTCCAACGACAAGAACGCATACAA
GAAACTTCTCAAGGCTCTCATCGTTGAGAGTTTGCTGCGGCTGAAAGAGCCATCAGTGCT
GCTGAGATGCATAGAGATGGACAAGAGGGTTGTTGAATCCATCATTGAGGATGCTAAGAA
ACAGTATGCAGACAAAGCCAAAGTCGCGTCTCCTAAGATCACAATCGACGAAAAAGTGTT
CCTCCCTCCACCTCCTAACCCTAAGCTCCCTGACTCCCATGACCCCCACTGCTCGGGCGG
GGTGGTGCTGGCGTCTCAAGATGGAAAGATTGTCTGCGAGAACACTTTAGACGCACGTCT
AGACGTTGCCTTCAGACAGAAGCTTCCCCAGATCCGGACACGCCTCGTTGGAGCTCCTGA
AATCTCAAGAGCATGATACTACCAAACCAATCTTGCCTACTTTCTTGCTTAAACCCCTTA
ATAAGTGACATTCAAAAGGATCATCACATTTTTTTTTTAATATGTTTTAGTTATTTTCAT
CTTGACGAAGAGAATAAACTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP10TF U 1
AF RR3F839TF U 10
AF RR3F839JQ C 336
BS 1 60 RR3CP10TF
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BS 62 88 RR3CP10TF
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BS 90 248 RR3CP10TF
BS 249 249 RR3F839TF
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BS 365 419 RR3CP10TF
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BS 527 585 RR3CP10TF
BS 586 586 RR3F839TF
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BS 589 589 RR3F839TF
BS 590 684 RR3CP10TF
BS 685 863 RR3F839JQ

RD RR3CP10TF 684 0 0
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GCAGATGGTCCGGTTCATCCGGCAAGAGTCTGACGAGAAAGCTAACGAGATCTCAATCTC
TGCTGAGGAGGAATTCAACATAGAGAAACTTCAGCTTCTTGAGAATGCCAAGCGTAAGCT
CCGTCAAGATTATGACCGCAAGCTCAAGCAGGTAGATATCCGCAAGCGCATCGACTACTC
GACGCAGCTGAATGCAAGTAGGATTAAGTACCTTCAAGCACAAGATGACGTTGTCACCTC
CATGAAAGACTCTGCGGCTAAGGATCTCCTTCGTGTCTCCAACGACAAGAACGCGTACAA
GAAGCTTCTCAAGGCTCTCATCGTTGAGAGTTTGCTGCGGCTGAAAGAGCCATCAGTGCA
GCTGAGATGCAGAGAGATGGACAAGAAGGTTGTTGAATCCATCATTGAGGATGCTAAGAG
ACAGTATGCAGAAAAAGCCAAAGTCGGGTCTCCTAAGATTACAATTGACGAAAAAGTGTT
CCTCCCTCCACCTCCTAACCCTAAGCTCCCTGACTCCCATGACCCTCATTGCTCGGGCGG
GGTGGTGCTGGCGTCTCAAGATGGAAAGATTGTCTGCGAGAACACTTTAGACGCACGTCT
AGACGTTGCCTTCAGACAGAAGCT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3F839TF 676 0 0
GG
GTGTGCGAGAAGGAGATATGAACGACGCAGATGTGTCAAAGCAGATACAACAGATGGTCC
GGTTCATCCGGCAAGAGGCTGACGAGAAAGCTAACGAGATCTCAATCTCTGCTGAGGAGG
AATTCAACATAGAGAAACTTCAGCTTCTTGAGAATGCCAAGCGTAAGCTCCGTCAAGATT
ATGACCGCAAGCTCAAGCTGGTCGATATCCGCAAGCGCATCGACTACTCGACGCAGCCGA
ATGCAAGTAGGATTAAGTACCTTCAAGCACAAGATGACGTTGTCACCTCCATGAAAGACT
CTGCGGCTAAGGATCTCCTTCGTGTTTCCAACGACAAGAACGCATACAAGAAACTTCTCA
AGGCTCTCATCGTTGAGAGTTTGCTGCGGCTGAAAGAGCCATCAGTGCTGCTGAGATGCA
TAGAGATGGACAAGAGGGTTGTTGAATCCATCATTGAGGATGCTAAGAAACAGTATGCAG
ACAAAGCCAAAGTCGCGTCTCCTAAGATCACAATCGACGAAAAAGTGTTCCTCCCTCCAC
CTCCTAACCCTAAGCTCCCTGACTCCCATGACCCCCACTGCTCGGGCGGGGTGGTGCTGG
CGTCTCA*GATGGAAAGATTGTCTGCGAGAACACTTTAGACGCACGTCTAGACGTTGCCT
TCAGACAGAAGCT
T

QA 3 675 3 675
DS 

RD RR3F839JQ 528 0 0
TT
TCCAACGACAAGAACGCATACAAGAAACTTCTCAAGGCTCTCATCGTTGAGAGTTTGCTG
CGGCTGAAAGAGCCATCAGTGCTGCTGAGATGCATAGAGATGGACAAGAGGGTTGTTGAA
TCCATCATTGAGGATGCTAAGAAACAGTATGCAGACAAAGCCAAAGTCGCGTTTCCTAAG
ATCACAATCGACGAAAAAGTGTTCCTCCCTCCACCTCCTAACCCTAAGCTCCCTGACTCC
CATGACCCCCACTGCTCGGGCGGGGTGGTGCTGGCGTCTCAAGATGGAAAGATTGTTTGC
GAGAACACTTTAGACGCACGTCTAGACGTTGCCTTCAGACAGAAGCTTCCCCAGATCCGG
ACACGCCTCGTTGGAGCTCCTGAAATCTCAAGAGCATGATACTACCAAACCAATCTTGCC
TACTTTCTTGCTTAAACCCCTTAATAAGTGACATTCAAAAGGATCATCACATTTTTTTTT
TAATATGTTTTAGTTATTTTCATCTTGACGAAGAGAATAAACTTTT

QA 3 528 3 528
DS 



AS 1 3

CO CL4310Contig1 888 3 11 U
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AATCCTGTCGGATTCTGCCCTCTACATCTCTGAAAATGGCGGGTGCAAATGCCGAACCGG
CCGTTGGTTCTTCGGGATCTAATGAGAGCGTTACAAAGATTGAGCCGATCCGGATGCCAA
CCATCGAGGAGATCCGAGCACAAGATGTTTGGAACAACTGCGCCGTCAAAAGTGTAGCTA
GTGGAGTCATGGGAGGAGGGCTTGGGTTGATGATGGGTTTGTTCTTGGGAGCATTGGATA
ATCCTATAACGAATGATACCATGACTGGTAGGCAGCAGTTTGTGTTCACTGCTAAACAAA
TGGGACAAAGGAGTTGGAGTTCTTGCAAGACTTTTGCGGTTATGGGTTTGGTTTTCTCTG
CAGCTGAATGCATTATCGAGAAGGCAAGGGCGAAGCATGACACAACAAACACTGCTTTTG
CTGGATGTGTGACCGGTGGCTCCATGTCTGCCCGAGGTGGGCCAAAAGCTGCGTGTATAG
GCTGCGCTGGCTTTGCAACTTTCTCTGTACTGATAGAGAAGTTCTTCGACAGGCATACGT
AAACCAACGATATATCCAACAAACGCCATGGCTGTGAATTGTTTAGCTGTTTCTTATTAC
AGTTCATCACCTGAGCACAGGGAGAGAGGGAAAACTAGAATTACATTTTCCAACATAGAA
GAAGAAACCGAAGCTTGTTTCGATCGAATATTTGTTCAGTTATTGTCATTATTTATCGTA
GATTTTGGTTTACACTCATGCTCCCAATATTACAGTGTTCCTCAGAAAATAAGGGCCTGT
CCTGGCCTGGCTTGCACACAAAAGTTTCAGGTTTCAGAGTTTGAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C693TF U 1
AF RR3EC79TF U 112
AF RR3EC79JQ C 129
BS 1 175 RR3C693TF
BS 176 176 RR3EC79TF
BS 177 693 RR3C693TF
BS 694 694 RR3EC79TF
BS 695 722 RR3C693TF
BS 723 723 RR3EC79TF
BS 724 783 RR3C693TF
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BS 786 787 RR3EC79JQ
BS 788 806 RR3EC79TF
BS 807 888 RR3EC79JQ

RD RR3C693TF 783 0 0
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AATCCTGTCGGATTCTGCCCTCTACATCTCTGAAAATGGCGGGTGCAAATGCCGAACCGG
CCGTTGGTTCTTCGGGATCTAATGAGAGCGTTACAAAGATTGAGCCGATCCGGATTCCAA
CCATCGAGGAGATCCGAGCACAAGATGTTTGGAACAACTGCGCCGTCAAAAGTGTAGCTA
GTGGAGTCATGGGAGGAGGGCTTGGGTTGATGATGGGTTTGTTCTTGGGAGCATTGGATA
ATCCTATAACGAATGATACCATGACTGGTAGGCAGCAGTTTGTGTTCACTGCTAAACAAA
TGGGACAAAGGAGTTGGAGTTCTTGCAAGACTTTTGCGGTTATGGGTTTGGTTTTCTCTG
CAGCTGAATGCATTATCGAGAAGGCAAGGGCGAAGCATGACACAACAAACACTGCTTTTG
CTGGATGTGTGACCGGTGGCTCCATGTCTGCCCGAGGTGGGCCAAAAGCTGCGTGTATAG
GCTGCGCTGGCTTTGCAACTTTCTCTGTACTGATAGAGAAGTTCTTCGACAGGCATACGT
AAACCAACGATATATCCAACAAACGCCATGGCTGTGAATTGTTTAGCTGTTTCTTATTAC
AGTTCATCACCTGAGCACAGGGAGAGAGGGAAA*CTAGAATTACATTTTCCAACATAGAA
GA*GAAACCGAAGCTTGTTTCGATCGAATATTTGTTCAGTTATTGTCATTATTTATCGTA
GAT

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3EC79TF 698 0 0
GG
GAACCGGCCGTTGGTTCTTCGGGATCTAATGAGAGCGTTACAAAGATTGAGCCGATCCGG
ATGCCAACCATCGAGGAGATCCGAGCACAAGATGTTTGGAACAACTGCGCCGTCAAAAGT
GTAGCTAGTGGAGTCATGGGAGGAGGGCTTGGGTTGATGATGGGTTTGTTCTTGGGAGCA
TTGGATAATCCTATAACGAATGATACCATGACTGGTAGGCAGCAGTTTGTGTTCACTGCT
AAACAAATGGGACAAAGGAGTTGGAGTTCTTGCAAGACTTTTGCGGTTATGGGTTTGGTT
TTCTCTGCAGCTGAATGCATTATCGAGAAGGCAAGGGCGAAGCATGACACAACAAACACT
GCTTTTGCTGGATGTGTGACCGGTGGCTCCATGTCTGCCCGAGGTGGGCCAAAAGCTGCG
TGTATAGGCTGCGCTGGCTTTGCAACTTTCTCTGTACTGATAGAGAAGTTCTTCGACAGG
CATACGTAAACCAACGATATATCCAACAAACGCCATGGCTGTGAATTGTTTAGCTGTTTC
TTATTACAGTTCATCACCTGAGCACAGGGAGAGAGGGAAAACTAGAATTACATTTTCCAA
CATAGAAGAAGAAACCGAAGCTTGTTTCGATCGAATATTTGTTCAGTTATTGTCATTATT
TATCGTAGATTT**GTTTACACTCATGCTCCCA
TAT

QA 3 695 3 695
DS 

RD RR3EC79JQ 760 0 0
TCTTCGGGATCTAATGAGAGCGTTACAAAGATTGAGCCGATCCGGATGCCAACCATCGAG
GAGATCCGAGCACAAGATGTTTGGAACAACTGCGCCGTCAAAAGTGTAGCTAGTGGAGTC
ATGGGAGGAGGGCTTGGGTTGATGATGGGTTTGTTCTTGGGAGCATTGGATAATCCTATA
ACGAATGATACCATGACTGGTAGGCAGCAGTTTGTGTTCACTGCTAAACAAATGGGACAA
AGGAGTTGGAGTTCTTGCAAGACTTTTGCGGTTATGGGTTTGGTTTTTTCTGCAGCTGAA
TGCATTATCGAGAAGGCAAGGGCGAAGCATGACACAACAAACACTGCTTTTGCTGGATGT
GTGACCGGTGGCTCCATGTCTGCCCGAGGTGGGCCAAAAGCTGCGTGTATAGGCTGCGCT
GGCTTTGCAACTTTCTCTGTACTGATAGAGAAGTTTTTCGACAGGCATACGTAAACCAAC
GATATATCCAACAAACGCCATGGCTGTGAATTGTTTAGCTGTTTCTTATTACAGTTCATC
ACCTGAGCACAGGGAGAGAGGGAAAACTAGAATTACATTTTCCAACATAGAAGAAGAAAC
CGAAGCTTGTTTCGATCGAATATTTGTTCAGTTATTGTCATTATTTATCGTAGATTTTGT
TTTACACTCATGCTCCCAATATTACAGTGTTCCTCAGAAAATAAGGGCCTGTCCTGGCCT
GGCTTGCACACAAAAGTTTCAGGTTTCAGAGTTTGAATCC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL4311Contig1 1250 2 6 U
GGCCGTGATTACAGTCACATTACTAGTGTTAGACCGCTCGCTGTAGCTGCAACAGGAAAG
GCTCAGTTTACAGTAAAAGGCATCAATCTCCGCCGACCTGGCACAAGGTTACTTGTGCGG
TAGAAGGAAAATACTTGACTCAGGAGACGACTAAAGAGAATGATGATCTCAAGGAGAGTA
ATGATATTGTTGAGTGTGTCAACTTTTCTTGTGATTTGCCTATAACAAGCGGCCGAGGAT
TCATGGAGATTGAAGACCAAGGACTCAGCAGCAGTTTCTTCCCTTTCATAGTTGTTGAAG
AGGATGACGTTTGTTCTGAGATCCGTGTACTTGAAACCACACTAGGGTTCACTGGAACTG
ATTCTGCTAAGCAAGCTATGGAATTCATTCATGAACTCGGTTGGCTACTTCAGAGAAGTA
AGCTCGGTGTGTTCCCATTAACGCGTTTCAAGTGGCTCATCGAGTTCTCAATGGACAGAG
AGTGGTGCGCTGTGATCAGAAAGCTGTTGAACATGTTCTTTGAAGGAGCTGTTGGTGACT
ACTCTTCCTCCTCCCCCTCTGATGCCGCGCTATCAGAACTGTGCCTTCTTCACAGAGCCG
TCAGGAAAAACTCTAAGCCTATGGTGGAAATGCTCTTGAGATATGTTCCTAAGCAGCGAA
GAATACACAGCTTGTTTAGACCCGATGCTGCTGGTCCAGCAGGTTTAACACCTCTTCACA
TTGCAGCCGGTAAAGATGGTTCAGAAGATGTGCTGGACGCTCTTACAGAAGATCGAGCAA
TGGTGGGGATTGGAGCATGGAGAACATCTAGTGGCAGCACAGGCTTCACACCATAAGACT
ACGCACGCCTGCGCGGTCACTTCTCATACATCCACCTGATTCAACGCAAGATCAATAAAA
AGTCAGCAACCGAAGATCATGTTGTGGTCAACATCCCTGCTTCTATCTCAGACAGAGAGC
AGAAAGAAACAAAACCAGGTTCTTCAGCATTGGAGATCACACACGGCAACCACAAGCTTC
AGTGCAAGCTCTGTGACCATAAACTGGTGTATGGGACAGGAAGGCGGTCTGTAGCATACA
GACCAGCTATGTTGTCAATGGTGGCGATTGCTGCGGTTTGCGTCTGTGTGGCACTTCTCT
TCAAGAGTTGCCCAGAGGTGCTTTATGTGTTTCAACCTTTCAGTGGGAGTTGTTGGACTA
TGGGACAAGATGAGTGGAAGCAAGTCTTACGTTGAAGAATCTTCTTCCTA


BQ
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DS 

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AGTCTTACGTTGAAGAATCTTCTTCCTA

QA 1 748 1 748
DS 



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BQ
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AF RR3C494TF U 1
AF RR3AY25TF U 141
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AAG*TAAGAAACCCACATTCGTTTGGTGTTATATCTT

QA 1 577 1 577
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GG
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TTGGTGTTATATCTTTTAGGAAATAAAAAA*TTCTAAATAAAAAGGATATTAGTTTTTAA
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TTTTTAATTCATGTTTATTCACAACAATAGCAGACAACTAATCCTCCAGAGAAGAAGAAG
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TGATTTTTTTTAATTCATGTTTATTCACAACAATAGCAGACAACTAATCCTCCAGAGAAG
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QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 3

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AACTCTTCAAAACTCGAATCTTTCTTCTTTACTGTCCCATTGGCCTTCTTCGACCCTTTC
TTCTCAACCACATCTTTCTTGTCATCCTCATCTTCGCTGTACTCACTCTCATAATCATCA
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TCATCCGAAACCATTCCCCTTGTCCCAGCCCTGGTTCTTTTCAAGACTTTGACCTTCAGT
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GTACCCTCTGAGGGTGCCTGGAGTTTACCCATTACCAGTCTTGACCCACCTTTAACCTTC
TCAACAGCTTGTCTCACTGCATCGCTTGTTTCTTTCACCCCTGCTCCCGAACCTTCCATC
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TTCTGCGAGAACCACACGTTGTTCGACACTGCATCGGCCAGGAGAACCCAATAGTTTTCC
TCCTTGTGGAACGGGAAGTAGGGTGAGTGAGGAAGAGCGCCTATCAGCCCATTGGGTCGT
TTCAGAGTGACCCAAGCTTGAAGGGTAACAATGTCTCCCTCTTGGATACCCTCTTCGCCT
TCTGTTTCACACGTTATGTCTACTGTCAGCGACGGCATCATCTCTAGTACCTTCTCAATG
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AAGCTCATTTCTTGGAGCTCTTGGAATGATTTAACCTTCTTTCGTGCTATCTTTTTAACG
ACAGCGTCACTGAAATGAGGGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3H516JQ U 1
AF RR3FZ42JQ U 41
AF RR3H516TF C 287
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TGAAGTTTAAACTATTGTATTTGTATCAATGTTAAACTGTTTCACTCTTCCTCTGACCCA
AACTCTTCAAAACTCGAATCTTTCTTCTTTACTGTCCCATTGGCCTTCTTCGACCCTTTC
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TCGTAATCCTCCTCTTCAATCTCATCTTCCTCCTCCATACCTTCTTCTGCAATCGCACCC
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QA 1 581 1 581
DS 

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TGGCCTTCTTCGACCCTTTCTTCTCAACCACATCTTTCTTGTCATCCTCATCTTCGCTGT
ACTCACTCTCATAATCATCATCGTAATCCTCCTCTTCAATCTCATCTTCCCCCTCCATAC
CTTCTTCTGCAATCGCACCCTCATCCGAAACCATTCCCCTTGTCCCAGCCCTGGTTCTTT
TCAAGACTTTGACCTTCAGTGATGTCTTTTTGTCACACCCTATCCACGAGTCGCACATGC
AGTAGCAAGTCAAGTTGTACGTACCCTCTGAGGGTGCCTGGAGTTTACCCATTACCAGTC
TTGACCCACCTTTAACCTTCTCAACAGCTTGTCTCACTGCATCGCTTGTTTCTTTCACCC
CTGCTCCCGAACCTTCCATCGTGTCACTGATGGTTTTTGATGCAGCCGTTATGGCTCCAC
CTTCGTCCAAGAAGCTAACCTTCTGCGAGAACCACACGTTGTTCGACACTGCATCGGCCA
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TCTCTAGTACCTTCTCA*TGTCCTCAACAT

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DS 

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CCCAATAGTTTTCCTCCTTGTGGAACGGGAAGTAGGGTGAGTGAGGAAGAGCGCCTATCA
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CTATCTTTTTAACGACAGCGTCACTGAAATGAGGGAGCC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL4314Contig1 988 2 6 U
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TTCGCCTGAACCTTAGATCTTAGCGCGTGGCCTCCGTCGACCGGCGCGTGGTGGCTAGTT
CAGCACCACCGCCGGTCACAGTCTCTGTCTTTCTTCCTCTTTGCTTGATTTTAGTTCGGT
TCGTGACTGAGACTCAATTTTGAGAGATATGCTTCGGTCAAATCAATGAAACCCCAGATC
TATTGTAGATTTTTGACAAAAGCTCCGGATCTGATGATTCACGGTGTGGCCTAGCCACAA
AGCTTTTGTTTAGAAATCTATGGTTAGATTTGGTGAGTTTTGTTGGGTTGCATATCTCTG
GATTTGTGCGGTTCGCTCTTTTTCAGATTCATCTAAATGGGTGGAGTTTGTTGTGGATTC
CTCTAATCCGTCCTTATGCTGTTCGTGGCCTGTGTTTTTGGTGCTCCGGATTAGGTGGGC
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TTCTCCCTTACCGGTTTGTGAAGCTTCTGTTACTTGGTTCTTGAGGTGTTTCCTCGTTGT
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TGAGTACCAGCTCGAGGACCTTGAGATTGTCCCTGCTGACTACATGGTGAACGTCGGTGT
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TGGGCTTGGACAAGAGAGAGCTTGGCCGAGCAGTAAAGCTGTATTGATGTCTGGCATGCA
GTCTTGTGAGGGACGAGACAGTGCAGTA


BQ
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AF RR3EJ31TF U 1
AF RR3BP07TF U 203
BS 1 234 RR3EJ31TF
BS 235 235 RR3BP07TF
BS 236 368 RR3EJ31TF
BS 369 369 RR3BP07TF
BS 370 467 RR3EJ31TF
BS 468 988 RR3BP07TF

RD RR3EJ31TF 467 0 0
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TTCGCCTGAACCTTAGATCTTAGCGCGTGGCCTCCGTCGACCGGCGCGTGGTGGCTAGTT
CAGCACCACCGCCGGTCACAGTCTCTGTCTTTCTTCCTCTTTGCTTGATTTTAGTTCGGT
TCGTGACTGAGACTCAATTTTGAGAGATATGCTTCGGTCAAATCAATGAAACCCTAGATC
TATTGTAGATTTTTGACAAAAGCTCCGGATCTGATGATTCACGGTGTGGCCTAGCCACAA
AGCTTTTGTTTAGAAATCTATGGTTAGATTTGGTGAGTTTTGTTGGGTTGCATATCTCTG
GATTTGTGTGGTTCGCTCTTTTTCAGATTCATCTAAATGGGTGGAGTTTGTTGTGGATTC
CTCTAATCCGTCCTTATGCTGTTCGTGGCCTGTGTTTTTGGTGCTCC

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR3BP07TF 786 0 0
G
GAGATATGCTTCGGTCAAATCAATGAAACCCCAGATCTATTGTAGATTTTTGACAAAAGC
TCCGGATCTGATGATTCACGGTGTGGCCTAGCCACAAAGCTTTTGTTTAGAAATCTATGG
TTAGATTTGGTGAGTTTTGTTGGGTTGCATATCTCTGGATTTGTGCGGTTCGCTCTTTTT
CAGATTCATCTAAATGGGTGGAGTTTGTTGTGGATTCCTCTAATCCGTCCTTATGCTGTT
CGTGGCCTGTGTTTTTGGTGCTCCGGATTAGGTGGGCTTGGCTCCTAGTTGTTTGTTCAG
ATCTTGTGGAGATTTGATTTTGGTGTGGCTTCATTCCTTGGCGTTTCTCAGTCGTGTACG
ACTCATTCATTCCCGGAGGTTGATTGAATCTGAAGGATTCTCCCTTACCGGTTTGTGAAG
CTTCTGTTACTTGGTTCTTGAGGTGTTTCCTCGTTGTACTAGGAGGGAGTGGTTTTACGG
TGGTTTGGCCGGGGGGAAAGTTCTCAAACACATTGACTTTCGTTGTCAAGGAGGTTGACC
CAAACACAGGTGAAGCAGAGGACGACGGTGTGGAAGATGAGTACCAGCTCGAGGACCTTG
AGATTGTCCCTGCTGACTACATGGTGAACGTCGGTGTTTCAAATTTCACGAATGCATGGG
AGAACATGGACCCAGAGAACGAGCTTGAAGATGAGTATGGGCTTGGACAAGAGAGAGCTT
GGCCGAGCAGTAAAGCTGTATTGATGTCTGGCATGCAGTCTTGTGAGGGACGAGACAGTG
CAGTA

QA 2 786 2 786
DS 



AS 1 2

CO CL4315Contig1 728 2 3 U
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CATCGACTTCCGCCGCAACCAGATGCTTCTTCTTCTTCCCTCCTTGTCTCTCGACGGTCC
GTGGTTTGTTCCCGGCGGCAAAGAGTCTAAGTTTCAATGGTTTTGCCTCTGTCCCTCGTC
TCAACTGCACTCTCAATAACGATTAATCCGAGCAAGGCCCGCCTCAAGAAGCTGTTCTCA
AGGCCATTTCAGTGTCCAAGACTGATGGCAGAGTTGGGAAAACAACTAACATGATTATCG
GAGGCACTGTGGCTGACGATTCTGCTCGAGACTGGCTCCTACTTGACCAAAAGGTCAATA
CTTACCCAACAGATCGAGGGTTTACTGCGATCGGGACTGGTGGCGATGACTTTGTCCATG
CTATGGTTGTTGCTGTTGAGTCTGTTATTGAACGTCAAATCCCTCTGGATTGTGTAAAGC
AGACATTATCAAGCAAAGGCAAATATGTTTCGGTTAATATTGGCCCTATTCGAGTTGTCT
CTAGCGAACAGGTACAAGCGGTGTATAATGCAATGAGGAGAGACGAAAGGATGAAATATT
TCTTGTAGGTTTTAAGGTGTGGTAGAATCACAGGGTCTGCCCCTCCTCTCTCTTTTCCAC
TGCGACTATGTAAATTATATGCTGTGTAAGGCCACCATTTATATTTTATTATTTTTGCTT
ATCTACCG


BQ
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AF RR3BK30TF U 36
AF RR3BK30JQ C 1
BS 1 35 RR3BK30JQ
BS 36 591 RR3BK30TF
BS 592 728 RR3BK30JQ

RD RR3BK30TF 556 0 0
AAAACGATCCTGCGCTCTGTTTTCCCATCGACTTCCGCCGCAACCAGATGCTTCTTCTTC
TTCCCTCCTTGTCTCTCGACGGTCCGTGGTTTGTTCCCGGCGGCAAAGAGTCTAAGTTTC
AATGGTTTTGCCTCTGTCCCTCGTCTCAACTGCACTCTCAATAACGATTAATCCGAGCAA
GGCCCGCCTCAAGAAGCTGTTCTCAAGGCCATTTCAGTGTCCAAGACTGATGGCAGAGTT
GGGAAAACAACTAACATGATTATCGGAGGCACTGTGGCTGACGATTCTGCTCGAGACTGG
CTCCTACTTGACCAAAAGGTCAATACTTACCCAACAGATCGAGGGTTTACTGCGATCGGG
ACTGGTGGCGATGACTTTGTCCATGCTATGGTTGTTGCTGTTGAGTCTGTTATTGAACGT
CAAATCCCTCTGGATTGTGTAAAGCAGACATTATCAAGCAAAGGCAAATATGTTTCGGTT
AATATTGGCCCTATTCGAGTTGTCTCTAGCGAACAGGTACAAGCGGTGTATAATGCAATG
AGGAGAGACGAAAGGA

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3BK30JQ 728 0 0
GGCTTTGAATTAAAAAAAAAAAAGGAATGGCTTGCAAAACGATCCTGCGCTCTGTTTTCC
CATCGACTTCCGCCGCAACCAGATGCTTCTTCTTCTTCCCTCCTTGTCTCTCGACGGTCC
GTGGTTTGTTCCCGGCGGCAAAGAGTCTAAGTTTCAATGGTTTTGCCTCTGTCCCTCGTC
TCAACTGCACTCTCAATAACGATTAATCCGAGCAAGGCCCGCCTCAAGAAGCTGTTCTCA
AGGCCATTTCAGTGTCCAAGACTGATGGCAGAGTTGGGAAAACAACTAACATGATTATCG
GAGGCACTGTGGCTGACGATTCTGCTCGAGACTGGCTCCTACTTGACCAAAAGGTCAATA
CTTACCCAACAGATCGAGGGTTTACTGCGATCGGGACTGGTGGCGATGACTTTGTCCATG
CTATGGTTGTTGCTGTTGAGTCTGTTATTGAACGTCAAATCCCTCTGGATTGTGTAAAGC
AGACATTATCAAGCAAAGGCAAATATGTTTCGGTTAATATTGGCCCTATTCGAGTTGTCT
CTAGCGAACAGGTACAAGCGGTGTATAATGCAATGAGGAGAGACGAAAGGATGAAATATT
TCTTGTAGGTTTTAAGGTGTGGTAGAATCACAGGGTCTGCCCCTCCTCTCTCTTTTCCAC
TGCGACTATGTAAATTATATGCTGTGTAAGGCCACCATTTATATTTTATTATTTTTGCTT
ATCTACCG

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 3

CO CL4316Contig1 899 3 6 U
GGAAAACACTGATAGAAAAAAAATAAAAATTCAATCACTCCCAAAAATTTCTATCTGTAT
CGGAGGAAAACATTAAAATCGCAAAAAAGTTAATATTTTGCGATTTGTTTCTGGTTGGGT
TATTTAATTCCCCTCTTTTAAAAATCTATCTGTAAAAAAAAAAGAAGCTTTTGTCCTTGT
GAATCTGGAAACCAGAGTTGTGGTGTAATCTATCTTCGTCTCCTCGCTGTGTTGTTGAAT
CCATCATGGCGATGGCAGCAGCTGTGATTGTGCCTCTGGGCATTCTCTTCTTCATATCTG
GTCTCGTTGTCAATCTCCTTCAGGCGATTTGCTATGTTCTGATTCGACCTCTGTCTAAGA
ACACATACAGAAAAATCAACCGGATGGTTGCTGAAACCTTGTGGCTCGAGCTTGTCTGGA
TCGTTGACTGGTGGGCAGGTGTTAAGATCCAAGTGTTTGCTGATAATGAGACCTTCAAGC
GAATGGGCAAAGAACATGCTCTTGTCGTCTGTAATCACCGAAGTGATATTGATTGGCTTG
TGGGATGGATTCTGGCTCAGAGGTCAGGTTGCCTGGGAAGCGCATTGGCTGTAATGAAGA
AGTCTTCCAAATTTCTTCCAGTCATAGGCTGGTCAATGTGGTTCTCGGAGTACCTGTTTC
TGGAAAGAAATTGGGCAAAGGATGAAAGCACTTTAAAGTCAGGTCTTCAACGCTTGAACG
ACTTCCCTAGACCTTTCTTGTTAGCCCTTTTTGTGGAGGGAACCAGATTTACAGAGGCTA
AACTTAAAGCAGCACAAGAGTACGCTGCCTCCTCTGACCTGCCTGTCCCTCGAAATGTGT
TGATTCCTCGCACCAAAGTTTGTGTCAGCTGTTAGTATATGCGTTCGTTTGTCCCAGCC


BQ
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AF RR3FL88TF U 151
AF RR3CV35TF U 1
AF RR3CH95TF U 151
BS 1 487 RR3CV35TF
BS 488 488 RR3CH95TF
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BS 703 703 RR3CH95TF
BS 704 738 RR3CV35TF
BS 739 899 RR3CH95TF

RD RR3FL88TF 169 0 0
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QA 5 169 5 169
DS 

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DS 

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TTCGTCTCCTCGCTGTGTTGTTGAATCCATCATGGCGATGGCAGCAGCTGTGATTGTGCC
TCTGGGCATTCTCTTCTTCATATCTGGTCTCGTTGTCAATCTCCTTCAGGCGATTTGCTA
TGTTCTGATTCGACCTCTGTCTAAGAACACATACAGAAAAATCAACCGGATGGTTGCTGA
AACCTTGTGGCTCGAGCTTGTCTGGATCGTTGACTGGTGGGCAGGTGTTAAGATCCAAGT
GTTTGCTGATAATGAGACCTTCAAGCGAATGGGCAAAGAACATGCTCTTGTCGTCTGTAA
TCACCGAAGTGATATTGATTGGCTTGTGGGATGGATTCTGGCTCAGAGGTCAGGTTGCCT
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QA 5 749 5 749
DS 



AS 1 3

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CCTCCATGGTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU87JQ U 1
AF RR3EU87TF C 49
AF RR3AR93JQ U 59
BS 1 686 RR3EU87JQ
BS 687 731 RR3AR93JQ

RD RR3EU87JQ 686 0 0
AGTAGAAAAAAATACATAAATGAATCAAGTTCATCCTCATTTATGCCAGTTTTGGTTGTA
ACACATGAAACTTTATTTACTTTACACAAACACAAGTGAAAGACATGGTTTGTTTTTTGT
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ATTACTAATATACGTAGAATGAGATATGTAAAGATCTCTCTCTCTTTATGGATATGGTAA
AAGGGAACTTTTTAGTCTGTCTTCATGTTGTTGTTGTTGTTTTCTTTTAAATCCCAATTC
AAGGGTTTTGCTCATCAAAAATGTCCAAAAGAGAAAGAACCTCAGGGACGGTGAGTTCGA
GGCGGAACTTAGGGCCGTCGTAGTGATGGAGAATAGGACGGAAAGAATCTTATTCCAAAG
GCAAACAAACTTTCCTGGTGATGGCCCTGACCTGAGCAGGGAACCGAGATTCGCCAGGAC
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AAACACCGTGGAGCTGGTGAGTGGAGTAGTTGTAGAAGAAGAGAGGAAGACCGGGAGTGA
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DS 

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GTTTTGGTTGTAACACATGAAACTTTATTTACTTTACACAAACACAAGTGAAAGACATGG
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TTTCTTGAGACAATTACTAATATACGTAGAATGAGATATGTAAAGATCTCTCTCTCTTTA
TGGATATGGTAAAAGGGAACTTTTTAGTCTGTCTTCATGTTGTTGTTGTTGTTTTCTTTT
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CTTATTCCAAAGGCAAACAAACTTTCCTGGTGATGGCCCTGACCTGAGCAGGGAACCGAG
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GGAGGCC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3AR93JQ 673 0 0
GT
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TCATCTCACCCACGCAAATGTAGCCCCCATCTCATATATATTTAACACATCCTCTCTTGT
AAAAATACAAAAGAAATTAAACCCGAAAAGTGTATAAACTAGTACCATTTTCTTGAGACA
ATTACTAATATACGTAGAATGAGATATGTAAAGATCTCTCTCTCTTTATGGATATGGTAA
AAGGGAACTTTT*AGTCTGTCTTCATGTTGTTGTTGTTGTTTTCTTTTAAATCCCAATTC
AAGGGTTTTGCTAATCAAAAATGTCCAAAAGAGAAAGAACCTCAGGGACGGTGAGTTCGA
GGCGGAACTTAGGGCCGTCGTAGTGATGGAGAATAGGACGGAAAGAATCTTCTTCCAAAG
GCAAACAAACTTTCCTGGTGATGGCCCTGACCTGAGCAGGGAACCGAGATTCGCCAGGAC
ATTTCTTGTCTTCGAAAGCGTTGAGCTCAATGTTAGTCCCACCGAAGCTAGCGGCCTGGT
AAACACCGTGGAGCTGGTGAGTGGAGTAGTTGTAGAGGAAGAGAGGAAGACCGGGAGTGA
TGGCTCTAACCGAGTCCCTGTATCTCGGAGGCAAACCGAAAAGCTGGCGCTTCAGATTCT
CCTCCATGGTG

QA 3 673 3 673
DS 



AS 1 3

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ATCTCCACTCAACCTCAAGTGAATGTCCCGTTTGCAAAGCCGTGATCCAAGAAGACAGAT
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TGGCGAGTGCTCGGTTCGGTAACTTTACCGCGTTGCCTGCAGCGTTTGGAGGTTTGATAC
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CTGCTGCTTCTGGTGGTTTCCCTCACGGGTTCTCAAACCCTTTCCATGGAGGACACTCGC
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CATTGCTTTGCTTTGTTTTTATCGTCGTTGTGCTTTCCCTCATCTTAAGCTAGTGAGGAA
AATCGACTAGAGAGCTTTTGCCTCCACTTGTTTATTTGAGACCGGATTTGTATAAATAAA
CCGGGAAAATTGTGATATGATTTTGTTTGTATT


BQ
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AF RR3EE04TF U 4
AF RR3EY86TF U 1
AF RR3EY86JQ C 113
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GG
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ATTGTGACTCTCTGTGGTCACTTGTTCTGTTGGCCTTGCTTGTACAAATGGCTCCATCTC
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G

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DS 

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ATACAAACAGCGATGATTCGAGTAACTTCGAATGTAACATCTGCTTTGACTTGGCTCAAG
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ATCTCCACTCAACCTCAAGTGAATGTCCCGTTTGCAAAGCCGTGATCCAAGAAGACAGAT
TGGTTCCTCTGTACGGTAGAGGCAAATCATCTACCGACCCTAGGTCCAAGTCCATTCCTG
GAATCCAAGTGCCGAACCGTCCATCCGGACAGAGACCCGAAACAGCGCAACCTCCCGAGC
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TCCATCTCCACTCAACCTCAAGTGAATGTCCCGTTTGCAAAGCCGTGATCCAAGAAGACA
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CTGGAATCCAAGTGCCGAACCGTCCATCCGGACAGAGACCCGAAACAGCGCAACCTCCCG
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CCGTGGCGAGTGCTCGGTTCGGTAACTTTACCGCGTTGCCTGCAGCGTTTGGAGGTTTGA
TACCTTCGTTGTTCAACCTCCATTTCCATGGATTCCCTGATGCAGCCATGTATGGAGCGG
CTGCTGCTGCTTCTGGTGGTTTCCCTCACGGGTTCTCAAACCCTTTCCATGGAGGACACT
CGCATATGCATAGTTATCAACGGTACACGGGGAGACAGGGACAACAAGACTATCACTTGA
AAGCATTGCTTTGCTTTGTTTTTATCGTCGTTGTGCTTTCCCTCATCTTAAGCTAGTGAG
GAAAATCGACTAGAGAGCTTTTGCCTCCACTTGTTTATTTGAGACCGGATTTGTATAAAT
AAACCGGGAAAATTGTGATATGATTTTGTTTGTATT

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DS 



AS 1 3

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ACTAGCATTTGATAAGATACTTAGCTTAATGCTGTCTTACAAACAAGCGACTGTTCTGTG
TAAAATAGAGACTACAACTTTAAAGGATGGTACTGAAAAGATGTAATAAGAAGTCTGGTT
TGGGTCATTGAGGCTCAATATGCCACATACGAACCGAAGCATCTTCCCCGGAACTTGCTA
CGGTGCATTCATCAACAAAGGCGACTGCGTTAACTCCACCGAGATGAGCGTGTCTTACGG
TTATGCGACTCGAAGCTGGCTTGTCCACTTCATATACAATGACGTTAGTGTCTACAGACC
CAGTAGCCACCATCTTGTTGTTTGGTGACCATGCCAAACTGTTTATACGAGCAGTGTGGA
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TGGCGTCACCAGAAGCAAACATTGTTAAATCAGGAGAGTAGCGTATCACTGTCACAGCAC
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GTAACCATTTGACTATAAGACCATCATAGCTACAAGACAGAATCGTCTTCTGGTTATCCC
CAAGAACAGCCAAAGAAGTGACGTTCTTTAAATGTCCAGATAACAACAATGGAGC


BQ
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AF RR3CA30JQ U 1
AF RR3EN21JQ U 42
AF RR3EN21TF C 317
BS 1 494 RR3CA30JQ
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BS 820 1075 RR3EN21TF

RD RR3CA30JQ 819 0 0
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ACTAGCATTTGATAAGATACTTAGCTTAATGCTGTCTTACAAACAAGCGACTGTTCTGTG
TAAAATAGAGACTACAACTTTAAAGGATGGTACTGAAAAGATGTAATAAGAAGTCTGGTT
TGGGTCATTGAGGCTCAATATGCCACATACGAACCGAAGCATCTTCCCCGGAACTTGCTA
CGGTGCATTCATCAACAAAGGCGACTGCGTTAACTCCACCGAGATGAGCGTGTCTTACGG
TTATGCGACTCGAAGCTGGCTTGTCCACTTCATATACAATGACGTTAGTGTCTACAGACC
CAGTAGCCACCATCTTGTTGTTTGGTGACCATGCCAAACTGTTTATACGAGCAGTGTGGA
ACAACATGTTGTTTAGCTTCACCTGTTTGGTCTCGCGATCCCAGACAACAGCTTCGCGGT
TGGCGTCACCAGAAACAAACATTGTTAAATCAGGAGAGTAGCGTATCACTGTCACAGCAC
CTCTGTGTTTCTCCAACACAGTTTCTTCTTTGAGGCTATTGTCTTCTGAGACTGAGTACA
TGTGTAACTTACCGTCTTGTCCTCCTACAATAGCTTCTTTACCGTCAGGTGAGATCACAG
AAGCTGACATCACAAAACCAAGATCGATCTTGCTCAAAATGTTCAGACCATTGAGCAACA
CAACTCCAGACTCAAAAGAGACTAGTGTTGTGTAATCTGGTGAATCAATAGCTATGCTTA
TGTCCAAAGGT*GATGGCCAATATCAACGTGATCTGCAT

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR3EN21JQ 743 0 0
GGTACCCGAACGCATATAAACTAGCATTTGATAAGATACTTAGCTTAATGCTGTCTTACA
AACAAGCGACTGTTCTGTGTAAAATAGAGACTACAACTTTAAAGGATGGTACTGAAAAGA
TGTAATAAGAAGTCTGGTTTGGGTCATTGAGGCTCAATATGCCACATACGAACCGAAGCA
TCTTCCCCGGAACTTGCTACGGTGCATTCATCAACAAAGGCGACTGCGTTAACTCCACCG
AGATGAGCGTGTCTTACGGTTATGCGACTCGAAGCTGGCTTGTCCACTTCATATACAATG
ACGTTAGTGTCTACAGACCCAGTAGCCACCATCTTGTTGTTTGGTGACCATGCCAAACTG
TTTATACGAGCAGTGTGGAACAACATGTTGTTTAGCTTCACCTGTTTGGTCTCGCGATCC
CAGACAACAGCTTCGCGGTTGGCGTCACCAGAAGCAAACATTGTTAAATCAGGAGAGTAG
CGTATCACTGTCACAGCACCTCTGTGTTTCTCCAACACAGTTTCTTCTTTGAGGCTATTG
TCTTCTGAGACTGAGTACATGTGTAACTTACCGTCTTGTCCTCCTACAATAGCTTCTTTA
CCGTCAGGTGAGATCACAGAAGCTGACACCACAAAACCAAGATCGATCTTGCTCAAAATG
TTCAGACCATTGAGCAACACAACTCCAGACTCAAAAGAGACTAGTGTTGTGTAATCTGGT
GAATCAATAGCTATGCTTATGTC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3EN21TF 759 0 0
CTGGC
TGTCCACTTCATATACAATGACGTTAGTGTCTACAGACCCAGTAGCCACCATCTTGTTGT
TTGGTGACCATGCCAAACTGTTTATACGAGCAGTGTGGAACAACATGTTGTTTAGCTTCA
CCTGTTTGGTCTCGCGATCCCAGACAACAGCTTCGCGGTTGGCGTCACCAGAAGCAAACA
TTGTTAAATCAGGAGAGTAGCGTATCACTGTCACAGCACCTCTGTGTTTCTCCAACACAG
TTTCTTCTTTGAGGCTATTGTCTTCTGAGACTGAGTACATGTGTAACTTACCGTCTTGTC
CTCCTACAATAGCTTCTTTACCGTCAGGTGAGATCACAGAAGCTGACACCACAAAACCAA
GATCGATCTTGCTCAAAATGTTCAGACCATTGAGCAACACAACTCCAGACTCAAAAGAGA
CTAGTGTTGTGTAATCTGGTGAATCAATAGCTATGCTTATGTCCAAAGGTTGATGGCCAA
TATCAACGTGATCTGCATCTCCAAATCCGTTGTCAGTTAAAGGCATTCTCCAAACCTTGT
TATCAAAACCGGTTAAGAGAATGTTAGATCCAGTAGCTGCTAGTCTCTTTATCTTGGTGT
TATCTTTCATTTGTAACTTGCAACTGTAACCAACTCCTTGTAACCATTTGACTATAAGAC
CATCATAGCTACAAGACAGAATCGTCTTCTGGTTATCCCCAAGAACAGCCAAAGAAGTGA
CGTTCTTTAAATGTCCAGATAACAACAATGGAGC

QA 6 759 6 759
DS 



AS 1 3

CO CL4320Contig1 795 3 3 U
ATATTATTATTCTTACTTTTACTGAATAAACATACATCTGAATAAGTAGCCAAAGACACA
GGAGATTTCATCCATATGTAGACATTGTTTTGTTCTTTTTTATCATAATCTGTAAACATT
TACTAAGGAAGCTGAAGATGATGTTGTTGAGTTTGGATTGGGAAGGTAGCTTTCCGGTAC
TCAGCAAGTGCCCATAATGGGAAAGTGTTTCTGTAGGTAGCGTAGTGTATCAAGCAATTC
CTCATGAACACTCCTACTATCTCCTGTTGAGGGAAATCTCCATTCTCCATTTGGGAATTG
ATGATAAGTTTTGCCGCACGGTGAAGAGGCGTTGGATCTCTCTCAGCCTGTCCAGCGTGA
ATCAGACCCATTACTGCCCAAGCTGTTTGCACCAAGTTTGATGTTTTCCTTTCTGATGGT
ATGTATCTCTGTTCAGGGCATGACAGATAGCTTTCGCCCCAGCCTCCATCCTCTCTCTGT
GTCCTGAGTAAAAACCCAACACCTTTACGCATAGGCAGACTGTTTTTATATGTTTCACCA
GCGGCTGCTAAGCCGGCAAGAGCAAACCATGTTCCGTAAATGAAACAAACTCCCCAGTTC
CCATACCATGAACCATCTGGCGTCTGTTCATTTTCTATGAATTGCACAGCTTTCTCGATG
GAACTGCTTATCTCTTTTGTCCTGTGATCTGGATAGAGTTGCTTGAACAGAATCAAAGCT
TGTATAACAGATGAGGTGCATTCCACATACTCACGCTCGGCCACGAGATTAGCGAGAAAT
TCCGTGGGATTGAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G260JQ U 21
AF RR3G260TF C 96
AF RR3H988JQ U 1
BS 1 53 RR3H988JQ
BS 54 54 RR3G260JQ
BS 55 795 RR3H988JQ

RD RR3G260JQ 474 0 0
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GAAAGTGTTTCTGTAGGTAGCGTAGTGTATCAAGCAATTCCTCATGAACACTCCTACTAT
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TGACAGATAGCTTTCGCCCCAGCCTCCATCCTCTCTCTGTGTCCTGAGTAAAAA

QA 1 474 1 474
DS 

RD RR3G260TF 621 0 0
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GGTAGCGTAGTGTATCAAGCAATTCCTCATGAACACTCCTACTATCTCCTGTTGAGGGAA
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ATCTCTCTCAGCCTGTCCAGCGTGAATCAGACCCATTACTGCCCAAGCTGTTTGCACCAA
GTTTGATGTTTTCCTTTCTGATGGTATGTATCTCTGTTCAGGGCATGACAGATAGCTTTC
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GAGTTGCTTGAACAGAATCA
C

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3H988JQ 795 0 0
ATATTATTATTCTTACTTTTACTGAATAAACATACATCTGAATAAGTAGCCAA*GACACA
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TCAGCAAGTGCCCATAATGGGAAAGTGTTTCTGTAGGTAGCGTAGTGTATCAAGCAATTC
CTCATGAACACTCCTACTATCTCCTGTTGAGGGAAATCTCCATTCTCCATTTGGGAATTG
ATGATAAGTTTTGCCGCACGGTGAAGAGGCGTTGGATCTCTCTCAGCCTGTCCAGCGTGA
ATCAGACCCATTACTGCCCAAGCTGTTTGCACCAAGTTTGATGTTTTCCTTTCTGATGGT
ATGTATCTCTGTTCAGGGCATGACAGATAGCTTTCGCCCCAGCCTCCATCCTCTCTCTGT
GTCCTGAGTAAAAACCCAACACCTTTACGCATAGGCAGACTGTTTTTATATGTTTCACCA
GCGGCTGCTAAGCCGGCAAGAGCAAACCATGTTCCGTAAATGAAACAAACTCCCCAGTTC
CCATACCATGAACCATCTGGCGTCTGTTCATTTTCTATGAATTGCACAGCTTTCTCGATG
GAACTGCTTATCTCTTTTGTCCTGTGATCTGGATAGAGTTGCTTGAACAGAATCAAAGCT
TGTATAACAGATGAGGTGCATTCCACATACTCACGCTCGGCCACGAGATTAGCGAGAAAT
TCCGTGGGATTGAGA

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 3

CO CL4321Contig1 1099 3 7 U
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TACTTGACAGCATTATTTCCAAATCACTTAACGCTTACAAGGCTGCATTGGCTGCCGAGA
AGGCACGTGAGTTGGAAAGATCGAAAAGGGTCTTGAAGTCATTATCACTTCCTGGGAAAC
TCTCTGATTGCTCATCAACAAATCCTGAAGAATCTGAGATTTTTATCGTGGAAGGAGATT
CTGCTGGTGGCAGTGCAAAACAGGGACGTGACAGACGTTTTCAGGCAATTCTTCCGTTGA
GAGGTAAGATTCTGAACATTGAAAGAAAGGATGAAGCAGCCATGTATAAGAATGAAGAGA
TTCAAAATCTGATTCGTGCCCTTGGCCTTGGTGTAAAGGGAGAAGATTTCAAGTTGGAGA
AGTTGCGGTACCACAAGATTATCATCTTAACAGACGCAGATGTTGATGGTGCACATATCC
GGACGCTTCTGTTTACCTTTTTCTTCAGATACCAGAGAGCCTTGTTTGATGCTGGTTTCA
TATATGTTGGT**TCCACCTCTTTTCAAGGTTGAGAGGGGAAAGCAAGCACAATATTGCT
ATGACGATGCAGACCTTAAAAAGATTACAGCAGACTTCCCTGCAAATGCATCCTACACCA
TTCAAAGGTTCAAAGGGTTGGGAGAGATGATGCCAGAGCAGCTTTGGGAAACAACGATGA
ATCCAGAAACAAGGATCTTTAAGCAACTCGTTGTTGATGATATAGCAGAAGCCAGTATGA
CTTTCTCTTCTCTTATGGGTACTCGGGTTGATGTCCGGAAAGAACTTATAAAAAATGCAG
CCACTAGGATCAATCTGCAGCATCTCGACCTATAGCATGAAACCGCCTTTCCACCTGGTG
ACAGGACATTAGAAGTTAGTTATTGGAGCCAATATCATCTTTAGATTATTTTAGTCTTGA
GACATATTATTAGTTTCTTCTCGCGATGTTGCCTTTCTATGAACCTTCAATAGACGTCAG
TAGTAAAAATGCTTTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI49TF U 1
AF RR3GA63TF U 216
AF RR3GA63JQ C 352
BS 1 597 RR3GI49TF
BS 598 598 RR3GA63TF
BS 599 611 RR3GI49TF
BS 612 613 RR3GA63TF
BS 614 629 RR3GI49TF
BS 630 841 RR3GA63TF
BS 842 1099 RR3GA63JQ

RD RR3GI49TF 632 0 0
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AAATTGTAGACCAATCAGTTCAGGAGTATCTCACGGAGTATCTGGAATTGCATCCAGATG
TACTTGACAGCATTATTTCCAAATCACTTAACGCTTACAAGGCTGCATTGGCTGCCGAGA
AGGCACGTGAGTTGGAAAGATCGAAAAGGGTCTTGAAGTCATTATCACTTCCTGGGAAAC
TCTCTGATTGCTCATCAACAAATCCTGAAGAATCTGAGATTTTTATCGTGGAAGGAGATT
CTGCTGGTGGCAGTGCAAAACAGGGACGTGACAGACGTTTTCAGGCAATTCTTCCGTTGA
GAGGTAAGATTCTGAACATTGAAAGAAAGGATGAAGCAGCCATGTATAAGAATGAAGAGA
TTCAAAATCTGATTCGTGCCCTTGGCCTTGGTGTAAAGGGAGAAGATTTCAAGTTGGAGA
AGTTGCGGTACCACAAGATTATCATCTTAACAGACGCAGATGTTGATGGTGCACATATCC
GGACGCTTCTGTTTACCTTTTTCTTCAGATACCAGAGAGCCTTGTTTGATGCTGGTTGCA
TATATGTTGGTATTCCACCTCTTTTCAAG
TTG

QA 1 629 1 629
DS 

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GAGATTTTTATCGTGGAAGGAGATTCTGCTGGTGGCAGTGCAAAACAGGGACGTGACAGA
CGTTTTCAGGCAATTCTTCCGTTGAGAGGTAAGATTCTGAACATTGAAAGAAAGGATGAA
GCAGCCATGTATAAGAATGAAGAGATTCAAAATCTGATTCGTGCCCTTGGCCTTGGTGTA
AAGGGAGAAGATTTCAAGTTGGAGAAGTTGCGGTACCACAAGATTATCATCTTAACAGAC
GCAGATGTTGATGGTGCACATATCCGGACGCTTCTGTTTACCTTTTTCTTCAGATACCAG
AGAGCCTTGTTTGATGCTGGTTTCATATATGTTGGT**TCCACCTCTTTTCAAGGTTGAG
AGGGGAAAGCAAGCACAATATTGCTATGACGATGCAGACCTTAAAAAGATTACAGCAGAC
TTCCCTGCAAATGCATCCTACACCATTCAAAGGTTCAAAGGGTTGGGAGAGATGATGCCA
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QA 1 626 1 626
DS 

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ATGAAGAGATTCAAAATCTGATTCGTGCCCTTGGCCTTGGTGTAAAGGGAGAAGATTTCA
AGTTGGAGAAGTTGCGGTACCACAAGATTATCATCTTAACAGACGCAGATGTTGATGGTG
CACATATCCGGACGCTTCTGTTTACCTTTTTCTTCAGATACCAGAGAGCCTTGTTTGATG
CTGGTTTCATATATGTTGGT**TCCACCTCTTTTCAAGGTTGAGAGGGGAAAGCAAGCAC
AATATTGCTATGACGATGCAGACCTTAAAAAGATTACAGCAGACTTCCCTGCAAATGCAT
CCTACACCATTCAAAGGTTCAAAGGGTTGGGAGAGATGATGCCAGAGCAGCTTTGGGAAA
CAACGATGAATCCAGAAACAAGGATCTTTAAGCAACTCGTTGTTGATGATATAGCAGAAG
CCAGTATGACTTTCTCTTCTCTTATGGGTACTCGGGTTGATGTCCGGAAAGAACTTATAA
AAAATGCAGCCACTAGGATCAATCTGCAGCATCTCGACCTATAGCATGAAACCGCCTTTC
CACCTGGTGACAGGACATTAGAAGTTAGTTATTGGAGCCAATATCATCTTTAGATTATTT
TAGTCTTGAGACATATTATTAGTTTCTTCTCGCGATGTTGCCTTTCTATGAACCTTCAAT
AGACGTCAGTAGTAAAAATGCTTTTGAT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL4322Contig1 790 2 2 U
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GCGCCGGACGAGATCGAAGATGGCATGGTGGATGGTTCATATCATACACCAGAGTGGCAT
GCTGCTCGTTTGGCTGGTCTCCAGACTACCCACACTATTACTTGGGAAGAATATAAGAAG
AAGCAAAAGGAAGAAGAAATGAAAAAGGGGGAACTTGAAGCAGATACTGATAAGTTGATG
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AGAGATTCTAAGAGAAAGAAAAGCAAAAAGAGAAAGCGTTCGAGAAGGCATTCGTCTGAC
TCAAGCTCCTCCTCCTCCTCAAGCTCATCCTCCGAGTCATCAAGCAGCGATGAAGAGGAA
TCTAGAAGGTCAAGGTCAAGTTCTAAAAGATCTAAAAGGGAGAAGAAACACAAATTTAAA
GGTAGCAGACACTCGAGCAAAAGTAAAAAAGTTGAGGATGATGGTCCAGTGCCTTTGTCT
AAATTCTTTGGCAGTCTTAAGAAGAGTTAGACACCCATTTGCAAGATCTGTGTTTCATCA
TATACTCCATTCGTTACACTGGATTCAATAATTGCGTAATCTTCAGACATGAAAACTATT
TTTGAGATCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D693TF U 1
AF RR3D693JQ C 138
BS 1 582 RR3D693TF
BS 583 790 RR3D693JQ

RD RR3D693TF 582 0 0
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GCGCCGGACGAGATCGAAGATGGCATGGTGGATGGTTCATATCATACACCAGAGTGGCAT
GCTGCTCGTTTGGCTGGTCTCCAGACTACCCACACTATTACTTGGGAAGAATATAAGAAG
AAGCAAAAGGAAGAAGAAATGAAAAAGGGGGAACTTGAAGCAGATACTGATAAGTTGATG
CGTGAGTATACAGCTCAGCTGGATGCTGAAAGGGCAATGAAGCTCTCTAAGGGAAGGAAC
TTCTCCAGCGATAAATCCAGAAAAGATAGGAAGGAGAGAGATGTCACAGATAAAAAAGAC
AGAGATTCTAAGAGAAAGAAAAGCAAAAAGAGAAAGCGTTCGAGAAGGCATTCGTCTGAC
TCAAGCTCCTCCTCCTCCTCAAGCTCATCCTCCGAGTCATCAAGCAGCGATGAAGAGGAA
TCTAGAAGGTCAAGGTCAAGTTCTAAAAGATCTAAAAGGGAG

QA 1 582 1 582
DS 

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TCTCCAGACTACCCACACTATTACTTGGGAAGAATATAAGAAGAAGCAAAAGGAAGAAGA
AATGAAAAAGGGGGAACTTGAAGCAGATACTGATAAGTTGATGCGTGAGTATACAGCTCA
GCTGGATGCTGAAAGGGCAATGAAGCTCTTTAAGGGAAGGAACTTTTCCAGCGATAAATC
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GAAAAGCAAAAAGAGAAAGCGTTCGAGAAGGCATTCGTTTGACTCAAGCTCCTCCTCCTC
CTCAAGCTCATCCTCCGAGTCATCAAGCAGCGATGAAGAGGAATCTAGAAGGTCAAGGTC
AAGTTTTAAAAGATCTAAAAGGGAGAAGAAACACAAATTTAAAGGTAGCAGACACTCGAG
CAAAAGTAAAAAAGTTGAGGATGATGGTCCAGTGCCTTTGTCTAAATTCTTTGGCAGTCT
TAAGAAGAGTTAGACACCCATTTGCAAGATCTGTGTTTCATCATATACTCCATTCGTTAC
ACTGGATTCAATAATTGCGTAATCTTCAGACATGAAAACTATTTTTGAGATCG

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL4323Contig1 614 2 3 U
TTTTTTTTGTCTAGATAACCAAAACATTTGAACGTCGTTCAGATTGTCAGAAAATCAAAA
TACCATCTACCAAAATCCTCAAATTTGTTTGTGATATATTTCGAACTCGAACAAGATTCA
GAAAAACAATCAAACGCACGGCAACAAAGACCGACTAGCTATGATTGATCTTTTATTAAA
CAATGGCATTGGCAGCACTAGCAATTCTTGGCCAGAGATCAGCGCACTCTTTACCAATGG
GACCAGTGATTGCAGATCCTTTCATTTCTCCCTTGGGGTTCACGATGACTCCAGCATTAT
CTTCGAAGTACATGAAGACACCATCCTTTCGGCGCCAAGGCTTCCTCTGCCTAACGATGA
CAGCTGGAAGGACCTTCTTACGGAGATCGGGCTTTCCCTTCTTGACGGTGGCCATCACCA
TGTCTCCGACGCAAGCGGAAGGCAACCTGTTGAGACGACCCTTGATCCCTTTCACCGAAA
TGATGTAAAGGTTCTTGGCACCTATGTTATCAGCACAGTTCACCGTCGCCGCCACGGGTA
GACCCAGCGACATCCTGAACTTGTTACCCGACGTTCCTCCACGTCCTCGCTTCGACATTT
TGGATCTGTTGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DU84JQ U 9
AF RR3DU84TF C 1
BS 1 8 RR3DU84TF
BS 9 563 RR3DU84JQ
BS 564 614 RR3DU84TF

RD RR3DU84JQ 555 0 0
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ACCAAAATCCTCAAATTTGTTTGTGATATATTTCGAACTCGAACAAGATTCAGAAAAACA
ATCAAACGCACGGCAACAAAGACCGACTAGCTATGATTGATCTTTTATTAAACAATGGCA
TTGGCAGCACTAGCAATTCTTGGCCAGAGATCAGCGCACTCTTTACCAATGGGACCAGTG
ATTGCAGATCCTTTCATTTCTCCCTTGGGGTTCACGATGACTCCAGCATTATCTTCGAAG
TACATGAAGACACCATCCTTTCGGCGCCAAGGCTTCCTCTGCCTAACGATGACAGCTGGA
AGGACCTTCTTACGGAGATCGGGCTTTCCCTTCTTGACGGTGGCCATCACCATGTCTCCG
ACGCAAGCGGAAGGCAACCTGTTGAGACGACCCTTGATCCCTTTCACCGAAATGATGTAA
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GACATCCTGAACTTG

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3DU84TF 614 0 0
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TACCATCTACCAAAATCCTCAAATTTGTTTGTGATATATTTCGAACTCGAACAAGATTCA
GAAAAACAATCAAACGCACGGCAACAAAGACCGACTAGCTATGATTGATCTTTTATTAAA
CAATGGCATTGGCAGCACTAGCAATTCTTGGCCAGAGATCAGCGCACTCTTTACCAATGG
GACCAGTGATTGCAGATCCTTTCATTTCTCCCTTGGGGTTCACGATGACTCCAGCATTAT
CTTCGAAGTACATGAAGACACCATCCTTTCGGCGCCAAGGCTTCCTCTGCCTAACGATGA
CAGCTGGAAGGACCTTCTTACGGAGATCGGGCTTTCCCTTCTTGACGGTGGCCATCACCA
TGTCTCCGACGCAAGCGGAAGGCAACCTGTTGAGACGACCCTTGATCCCTTTCACCGAAA
TGATGTAAAGGTTCTTGGCACCTATGTTATCAGCACAGTTCACCGTCGCCGCCACGGGTA
GACCCAGCGACATCCTGAACTTGTTACCCGACGTTCCTCCACGTCCTCGCTTCGACATTT
TGGATCTGTTGTCC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL4324Contig1 1132 2 4 U
GCACTGCGTTGGGAACGATAAGCTCCGCGTGTCTGCGTCCTCCTCCTTGGACGCCGTCGT
CGCCGCCGAGAAAATATCTCCGGCGAGTCTTCTCGACAAGAGAGAAACCGGAGGAGTTCT
TCACTTCGTGAAGTATCATGGCCTCGGCAATGACTTCATCTTGGTTGATAACAGAGACTC
ATCGGAACCAAAGATCACTCAAGAGCAGGCGGCGAAGCTGTGCGATAGAAACTTCGGTGT
TGGTGCAGATGGAGTGATTTTCGCAATGCCAGGAGTCAACGGTACTGATTACACAATGAG
GATATTCAACTCAGATGGAAGCGAACCAGAGATGTGTGGCAATGGAGTTAGATGCTTTGC
AAGGTTCATTGCTAAGCTTGAGAACTTGCAGGGGAAACATAGTTTTACAATACATACTGG
AGCTGGCCTGATTGTTCCAGAAATTCAAGATGGACAGGTTAAGGTAGACATGGGCATACC
GATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACGAAGTTGCCAGGAAACAAAGGTGAAGCTGTTAT
TCAAGCAGAGCTAGTTGTTGATGGAGTAAGCTGGAATGTGACGTGTGTTAGTATGGGCAA
TCCTCATTGTATCACATTTGGTACTAAGGGTGGACCGAAACTGAAAGTTGACGATTTGAA
CTTGTCAGAGATTGGTCCAAAGTTCGAGCATCATGAAATGTTTCCAGCTAGAACCAACAC
AGAGTTTGTGGAAGTCTTATCACGTTCTCATTTGAAAATGCGTGTCTGGGAGCGTGGAGC
AGGAGCGGCTTTGGCATGCGGAACTGGAGCTTGCGCTCTGGTTGTTGCAGCAGTCCTTGA
AGGTCGAGCCAACAGGAAATGCACGGTGGATCTGCCGGGAGGACCATTGGAGATAGAGTG
GAAGCAAGAAGACAACCATATCTACATGACGGGTCCTGCAGAAGCTGTCTTCTACGGATC
AGCGCTGCTCTAAGATTTCCCTTCACCGTCCCTCGCCCTTGTTGTTAGTCTAAAGCTCTT
GCATGCCCTGATTCATGAATAGTCTTTGTCTACTTTTATTGTATTGAGCAACTGGTACAA
TCCCAACGAACCAAACTCCTTCAGTACTATGTGATGTTTCAGGAAACACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EP32TF U 1
AF RR3EP32JQ C 433
BS 1 712 RR3EP32TF
BS 713 713 RR3EP32JQ
BS 714 751 RR3EP32TF
BS 752 1132 RR3EP32JQ

RD RR3EP32TF 765 0 0
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TCACTTCGTGAAGTATCATGGCCTCGGCAATGACTTCATCTTGGTTGATAACAGAGACTC
ATCGGAACCAAAGATCACTCAAGAGCAGGCGGCGAAGCTGTGCGATAGAAACTTCGGTGT
TGGTGCAGATGGAGTGATTTTCGCAATGCCAGGAGTCAACGGTACTGATTACACAATGAG
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AAGGTTCATTGCTAAGCTTGAGAACTTGCAGGGGAAACATAGTTTTACAATACATACTGG
AGCTGGCCTGATTGTTCCAGAAATTCAAGATGGACAGGTTAAGGTAGACATGGGCATACC
GATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACGAAGTTGCCAGGAAACAAAGGTGAAGCTGTTAT
TCAAGCAGAGCTAGTTGTTGATGGAGTAAGCTGGAATGTGACGTGTGTTAGTATGGGCAA
TCCTCATTGTATCACATTTGGTACTAAGGGTGGACCGAAACTGAAAGTTGACGATTTGAA
CTTGTCAGAGATTGGTCCAAAGTTCGAGCATCATGAAATGTTTCCAGCTAGA*CCAACAC
AGAGTTTGTGGAAGTCTTATCACGTTCTCAT
TTGAAATGCGTGTC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3EP32JQ 700 0 0
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GATGGACAGGTTAAGGTAGACATGGGCATACCGATTCTTAAAGCACAAGATGTGCCCACG
AAGTTGCCAGGAAACAAAGGTGAAGCTGTTATTCAAGCAGAGCTAGTTGTTGATGGAGTA
AGCTGGAATGTGACGTGTGTTAGTATGGGCAATCCTCATTGTATCACATTTGGTACTAAG
GGTGGACCGAAACTGAAAGTTGACGATTTGAACTTGTCAGAGATTGGTCCAAAGTTCGAG
CATCATGAAATGTTTCCAGCTAGAACCAACACAGAGTTTGTGGAAGTCTTATCACGTTCT
CATTTGAAAATGCGTGTCTGGGAGCGTGGAGCAGGAGCGGCTTTGGCATGCGGAACTGGA
GCTTGCGCTCTGGTTGTTGCAGCAGTCCTTGAAGGTCGAGCCAACAGGAAATGCACGGTG
GATCTGCCGGGAGGACCATTGGAGATAGAGTGGAAGCAAGAAGACAACCATATCTACATG
ACGGGTCCTGCAGAAGCTGTCTTCTACGGATCAGCGCTGCTCTAAGATTTCCCTTCACCG
TCCCTCGCCCTTGTTGTTAGTCTAAAGCTCTTGCATGCCCTGATTCATGAATAGTCTTTG
TCTACTTTTATTGTATTGAGCAACTGGTACAATCCCAACGAACCAAACTCCTTCAGTACT
ATGTGATGTTTCAGGAAACACACC

QA 17 700 17 700
DS 



AS 1 3

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GGTCTCGATAACCACCGTGCGTCTCGACCTTTACCTTCCTTCTCTCTCTCTCTCAAAAAC
CCTAAATTCTTCTTTGAAGATCGATCGAATCCGTTAATAATGGCGAATAGCAATCTTCCG
CGAAGAATCATCAAGGAAACTCAGCGTCTACTTAGTGAACCTGCTCCGGGGATAAGTGCG
TCTCCGTCAGAGGAAAATATGCGTTATTTCAATGTCATGATCCTTGGTCCTACCCAGTCT
CCTTATGAAGGAGGTGTTTTCAAGCTGGAGCTCTTTTTGCCTGAAGAATACCCTATGGCA
GCTCCCAAGGTTAGGTTTCTCACCAAGATATACCATCCTAACATTGACAAGCTCGGAAGG
ATCTGCCTTGACATACTGAAAGACAAGTGGAGTCCTGCGCTTCAAATAAGAACTGTGCTC
TTGAGTATTCAAGCTCTCCTAAGTGCACCAAACCCAGATGATCCACTGTCTGAGAACGTA
GCTAAGCATTGGAAGAGTAATGAAGCAGAAGCCGTGGAGACAGCTAAGGAGTGGACTCGT
CTATATGCAAGTGGCGCTTGATGATGGGGTCGCAAAAGGAGAACGATCGTTGTCATTTAA
ATAACATTATATATGGTGAAACTCTTTAAGGTTATTTTATCTGAATCCTTTTTCTTAAAA
AAAA*CTGGGAAAA*GATTTGTACTCTCTGAATCTTCTTTGTATAACTAGAAGAATTGAA
GACTCGTTTATCCATGCAAACTAACGTTCTTCAAATAATGCTTTGGC


BQ
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25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3CP62TF U 1
AF RR3GM93TF U 5
AF RR3GM93JQ C 274
BS 1 308 RR3CP62TF
BS 309 309 RR3GM93TF
BS 310 477 RR3CP62TF
BS 478 478 RR3GM93TF
BS 479 567 RR3CP62TF
BS 568 568 RR3GM93TF
BS 569 663 RR3CP62TF
BS 664 664 RR3GM93TF
BS 665 752 RR3CP62TF
BS 753 767 RR3GM93JQ

RD RR3CP62TF 752 0 0
GGTCTCGATAACCACCGTGCGTCTCGACCTTTACCTTCCTTCTCTCTCTCTCTCAAAAAC
CCTAAATTCTTCTTTGAAGATCGATCGAATCCGTTAATAATGGCGAATAGCAATCTTCCG
CGAAGAATCATCAAGGAAACTCAGCGTCTACTTAGTGAACCTGCTCCGGGGATAAGTGCG
TCTCCGTCAGAGGAAAATATGCGTTATTTCAATGTCATGATCCTTGGTCCTACCCAGTCT
CCTTATGAAGGAGGTGTTTTCAAGCTGGAGCTCTTTTTGCCTGAAGAATACCCTATGGCA
GCTCCCAAAGTTAGGTTTCTCACCAAGATATACCATCCTAACATTGACAAGCTCGGAAGG
ATCTGCCTTGACATACTGAAAGACAAGTGGAGTCCTGCGCTTCAAATAAGAACTGTGCTC
TTGAGTATTCAAGCTCTCCTAAGTGCACCAAACCCAGATGATCCACTGTCTGAGAACATA
GCTAAGCATTGGAAGAGTAATGAAGCAGAAGCCGTGGAGACAGCTAAGGAGTGGACTCGT
CTATATGCAAGTGGCGCTTGATGATGGAGTCGCAAAAGGAGAACGATCGTTGTCATTTAA
ATAACATTATATATGGTGAAACTCTTTAAGGTTATTTTATCTGAATCCTTTTTCTTAAAA
AAA**CTGGGAAAA*GATTTGTACTCTCTGAATCTTCTTTGTATAACTAGAAGAATTGAA
GACTCGTTTATCCATGCAAACTAACGTTCTTC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3GM93TF 748 0 0
GG
GATAACCACCGTGCGTCTCGACCTTTACCTTCCTTCTCTCTCTCTC**AAAAACCCTAAA
TTCTTCTTTGAAGATCGATCGAATCCGTTAATAATGGCGAATAGCAATCTTCCGCGAAGA
ATCATCAAGGAAACTCAGCGTCTACTTAGTGAACCTGCTCCGGGGATAAGTGCGTCTCCG
TCAGAGGAAAATATGCGTTATTTCAATGTCATGATCCTTGGTCCTACCCAGTCTCCTTAT
GAAGGAGGTGTTTTCAAGCTGGAGCTCTTTTTGCCTGAAGAATACCCTATGGCAGCTCCC
AAGGTTAGGTTTCTCACCAAGATATACCATCCTAACATTGACAAGCTCGGAAGGATCTGC
CTTGACATACTGAAAGACAAGTGGAGTCCTGCGCTTCAAATAAGAACTGTGCTCTTGAGT
ATTCAAGCTCTCCTAAGTGCACCAAACCCAGATGATCCACTGTCTGAGAACGTAGCTAAG
CATTGGAAGAGTAATGAAGCAGAAGCCGTGGAGACAGCTAAGGAGTGGACTCGTCTATAT
GCAAGTGGCGCTTGATGATGGGGTCGCAAAAGGAGAACGATCGTTGTCATTTAAATAACA
TTATATATGGTGAAACTCTTTAAGGTTATTTTATCTGAATCCTTTTTCTTAAAAAAAA*C
TGGGAAAA*GATTTGTACTCTCTGAATCTTCTTTGTATA*CTAGAAGAATTGAAGACTCG
TTTATCCATGCAAACTAACGTTCTTC

QA 3 748 3 748
DS 

RD RR3GM93JQ 494 0 0
TTTTTGCCTGAAGAATACCCTATGGCAGCTCCCAAGGTTAGGTTTCTCACCAAGATATAC
CATCCTAACATTGACAAGCTCGGAAGGATCTGCCTTGACATACTGAAAGACAAGTGGAGT
CCTGCGCTTCAAATAAGAACTGTGCTCTTGAGTATTCAAGCTCTCCTAAGTGCACCAAAC
CCAGATGATCCACTGTCTGAGAACGTAGCTAAGCATTGGAAGAGTAATGAAGCAGAAGCC
GTGGAGACAGCTAAGGAGTGGACTCGTCTATATGCAAGTGGCGCTTGATGATGGGGTCGC
AAAAGGAGAACGATCGTTGTCATTTAAATAACATTATATATGGTGAAACTCTTTAAGGTT
ATTTTATCTGAATCCTTTTTCTTAAAAAAAAACTGGGAAAAAGATTTGTACTCTCTGAAT
CTTCTTTGTATAACTAGAAGAATTGAAGACTCGTTTATCCATGCAAACTAACGTTCTTCA
AATAATGCTTTGGC

QA 1 494 1 494
DS 



AS 1 3

CO CL4326Contig1 998 3 10 U
GGAACACGCTTTCTCTCTTTAAAAAGAAATATCATTTTTTTGTCAAAATCTATTTTCCTT
AATTGTCGGTATTTGTAACGGACTCTGTTCTTTTGAGCTTTTGACATACCGCGTTTACCG
GCGAATCGTCTCTTACTCTAGGCAAACGTTTGCTATTGGGAGCTGAAGGAGGATCTCTCC
GAATCTAGTGTCTTATTGTCGACGGAGATCTCCTTCATCTCCAGATCTCGAATCGGTTTG
TAATCTCTTCCCCTGTTTTGATCTGTTTTATTCGCGTCAACTTTTGAGCTGACTTCGGAT
TCAATCGTTTAGTATTGAAAGTTTTCGTGTTAGATGGATGGACTTAGATTGGTTAAACTC
GTCGTCACAGATCATTACATCATCTTTATCTCCCTAATTATTTTTGAGAGATTTGGCAAT
GGTAGAAGCTGTGATATTTTATGAGCTAAAGTCTCACACTTTTAATTTGAACTCAGACTT
GCATTTCAGGTTGGTGGCTTAAACTATGGTTCTTGATGGGATTGTAACATCACCATTACG
AAGGCCACATGCGCTGAAGAAGCAATGGGAGGACTTGGGTAGCTTCTCTACTGTTTTCCG
GAGGCATCGCTTTCTTTTAACCGCTATGCTCCTTTTGGCCTTCCTCTGCACCATCTATAT
CTACTTCGCCGTCACTTTAGGCGCTAGGCACTTGTCGTGTTCGGACATGACCGGGAAAGA
GAAGGCGATCTGTCAAATGGAACACGTCCATGCCAGTTTCTTTAAAGTGAGGAAACTGAA
ATTCTTTTAAAGAGTGTCAGCCAAAGCTTGATACTCATTATAATGCAATGTGTGTGTAAC
AACAACAGCCTAAAGAAATTGGTTATGTTTAAATCATAATGTAAACTTTTTGTATTGTTA
TTTGTATTACTTGATTATATGTCCCCAAGATGATGATTCCACAAACATTGTATAAATGAA
TCTTTGTAATGGAATTGTAATACTGAAAGGTTTTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H141TF U 1
AF RR3A141TF U 93
AF RR3A141JQ C 277
BS 1 452 RR3H141TF
BS 453 453 RR3A141TF
BS 454 651 RR3H141TF
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BS 689 717 RR3H141TF
BS 718 998 RR3A141JQ

RD RR3H141TF 727 0 0
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AATTGTCGGTATTTGTAACGGACTCTGTTCTTTTGAGCTTTTGACATACCGCGTTTACCG
GCGAATCGTCTCTTACTCTAGGCAAACGTTTGCTATTGGGAGCTGAAGGAGGATCTCTCC
GAATCTAGTGTCTTATTGTCGACGGAGATCTCCTTCATCTCCAGATCTCGAATCGGTTTG
TAATCTCTTCCCCTGTTTTGATCTGTTTTATTCGCGTCAACTTTTGAGCTGACTTCGGAT
TCAATCGTTTAGTATTGAAAGTTTTCGTGTTAGATGGATGGACTTAGATTGGTTAAACTC
GTCGTCACAGATCATTACATCATCTTTATCTCCCTAATTATTTTTGAGAGATTTGGCAAT
GGTAGAAGCTGTGATATTTTATGAGCTAAAGTTTCACACTTTTAATTTGAACTCAGACTT
GCATTTCAGGTTGGTGGCTTAAACTATGGTTCTTGATGGGATTGTAACATCACCATTACG
AAGGCCACATGCGCTGAAGAAGCAATGGGAGGACTTGGGTAGCTTCTCTACTGTTTTCCG
GAGGCATCGCTTTCTTTTAACCGCTATGCTCCTTTTGGCCTTCCTCTGCAC*ATCTATAT
CTACTTCGCCGTCACTTTAG*CGCTAG*CACTTGTCGTGTTCGGACATGACCGGGAA
GAGAAGCGAT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3A141TF 630 0 0
GG
GAGCTTTTGACATACCGCGTTTACCGGCGAATCGTCTCTTACTCTAGGCAAACGTTTGCT
ATTGGGAGCTGAAGGAGGATCTCTCCGAATCTAGTGTCTTATTGTCGACGGAGATCTCCT
TCATCTCCAGATCTCGAATCGGTTTGTAATCTCTTCCCCTGTTTTGATCTGTTTTATTCG
CGTCAACTTTTGAGCTGACTTCGGATTCAATCGTTTAGTATTGAAAGTTTTCGTGTTAGA
TGGATGGACTTAGATTGGTTAAACTCGTCGTCACAGATCATTACATCATCTTTATCTCCC
TAATTATTTTTGAGAGATTTGGCAATGGTAGAAGCTGTGATATTTTATGAGCTAAAGTCT
CACACTTTTAATTTGAACTCAGACTTGCATTTCAGGTTGGTGGCTTAAACTATGGTTCTT
GATGGGATTGTAACATCACCATTACGAAGGCCACATGCGCTGAAGAAGCAATGGGAGGAC
TTGGGTAGCTTCTCTACTGTTTTCCGGAGGCATCGCTTTCTTTTAACCGCTATGCTCCTT
TTGGCCTTCCTCTGCACCATCTATATCTACTTCGCCGTCACTTTAGGCGCTAGGCACTTG
TCGTGTTCGGACATGACCGGGAA
AGAGA

QA 3 625 3 625
DS 

RD RR3A141JQ 722 0 0
TCAACTTTTGAGCTGACTTCGGATTCAATCGTTTAGTATTGAAAGTTTTCGTGTTAGATG
GATGGACTTAGATTGGTTAAACTCGTCGTCACAGATCATTACATCATCTTTATCTCCCTA
ATTATTTTTGAGAGATTTGGCAATGGTAGAAGCTGTGATATTTTATGAGCTAAAGTCTCA
CACTTTTAATTTGAATTCAGACTTGCATTTCAGGTTGGTGGCTTAAACTATGGTTCTTGA
TGGGATTGTAACATCACCATTACGAAGGCCACATGCGCTGAAGAAGCAATGGGAGGACTT
GGGTAGCTTTTTTACTGTTTTCCGGAGGCATCGCTTTCTTTTAACCGTTATGCTCCTTTT
GGCCTTCCTCTGCACCATCTATATTTACTTCGCCGTCACTTTAGGCGCTAGGCACTTGTC
GTGTTCGGACATGACCGGGAAAGAGAAGGCGATCTGTCAAATGGAACACGTCCATGCCAG
TTTCTTTAAAGTGAGGAAACTGAAATTCTTTTAAAGAGTGTCAGCCAAAGCTTGATACTC
ATTATAATGCAATGTGTGTGTAACAACAACAGCCTAAAGAAATTGGTTATGTTTAAATCA
TAATGTAAACTTTTTGTATTGTTATTTGTATTACTTGATTATATGTCCCCAAGATGATGA
TTCCACAAACATTGTATAAATGAATCTTTGTAATGGAATTGTAATACTGAAAGGTTTTTG
GC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 3

CO CL4327Contig1 1174 3 21 U
GGAAGTTGTTTCATGATGAAGAGTTTCCAGCGATCTGCTCTCCTAGTGAGGACCTTGTCC
ATCATCTTCTTCTTCATCCCGGTTACAATCTCTGTTCCATTCATCCTTTTACACGGGATT
CGAGATCAATGCTCCAACGGTGGAATCAGTAGCTTCACACAGCTCCTTAGCAACCTCTCC
AACTCCCATGGCTCTTGCTTAGAAATAGGAAATGGGGGAACAAGATTCTGTGTCCATGCC
GCTTATGCAACAAGCGAGTATAGCGTGTGAGAAAGTGAAACAGATGAAAGAGTTGAGTCA
AGGTTACAACATTGTTGCACAGTCTCAAGGCAACTTAGTCGCTAGAGGCCTAATCCAGTT
CTGCGACAATGCTCCTCCTGTCTTCAACTATGTCTCCTTAGGAGGTCCTCACGCTGGCAT
AGCTGACATACCCAAGTGTACTTCTCCAGTGTGCCAGCTACTGAGAACAGATGTCTACCG
CGACTATGTTCAGGATCATATTGCTCCAAGTGGTTATATCAAGATCCCTAATGAGATGTC
AAAGTACTTGGAACACTCCAAGTATCTGCCAAAACTCAACAACGAGATACCTAACCAGAG
GAACTCCATTTATAAAGAACGTTTCACCAGCTTGCACAACTTGATCCTAGTCATGTTCCA
GGGGGATAGAGTAGTGATGCCTAAAGAAAGTTGTTGGTTCGGATATTACCCTGATGGAGC
TACAACACCACTTTTGCCTCCTCAACAGACGAAGCTCTATACTGAGGATTGGATTGGTCT
GAAAACATTGGATGCTGCTGGAAAAGTGAAGTTTGTCAGTGTCCATGGAGAGCACCTCCA
GACGGCGCATGATGACGTTGTGAAGCACGTCGTGCCTTACCTCCAGAACCATCCTACGTT
TCTTTCTTGATGCAGTCTCGACCGAGATTTAGCGGAAGACGTTATCTTACTAATTATCAA
GCTTCAATACATGAAATACAAAGCCGATAGAGGAGAAGGATCTTCGAGATCTGCCCAAAA
CTTCATTGCTGACTCAGCACAAATCATGAGATAGTACCCAATTATTCCTAATTTCGTGGC
CCATTTAAATATGTGCAATTAAAATTTTAAAGTACTTGCTTCCCACGTCCATGGAATTCT
GCGCACAATGTCTCTCTAAATCTTTTTTAAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FE15TF U 1
AF RR3BS06TF U 259
AF RR3BS06JQ C 401
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BS 1021 1053 RR3BS06TF
BS 1054 1174 RR3BS06JQ

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AACTCCCATGGCTCTTGCTTAGAAATAGGAAATGGGGGAACAAGATTCTGTGTCCATGCC
GCTTATGCAACAAGCGAGTATAGCGTGTGAGAAAGTGAAACAGATGAAAGAGTTGAGTCA
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GGGGGATAGAGTAGTGATGCCTAAAGAAAGTTGTTGGTTCGGATATTACCCTGATGGAGC
TACA
C

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3BS06TF 795 0 0
G
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ATTGCTCCAAGTGGTTATATCAAGATCCCTAATGAGATGTCAAAGTACTTGGAACACTCC
AAGTATCTGCCAAAACTCAACAACGAGATACCTAACCAGAGGAACTCCATTTATAAAGAA
CGTTTCACCAGCTTGCACAACTTGATCCTAGTCATGTTCCAGGGGGATAGAGTAGTGATG
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CCTCAACAGACGAAGCTCTATACTGAGGATTGGATTGGTCTGAAAACATTGGATGCTGCT
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GTGAAGCACGTCGTGCCTTACCTCCAGAACCATCCTACGTTTCTTTCTTGATGCAGTCTC
GACCGAGATTTAGCGGA*GACGTTATCTTACTAATTATCAAGCTTCAATACATGAAATAC
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CAAATCATGAGATA

QA 2 795 2 795
DS 

RD RR3BS06JQ 774 0 0
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CTGAGAACAGATGTCTACCGCGACTATGTTCAGGATCATATTGCTCCAAGTGGTTATATC
AAGATCCCTAATGAGATGTCAAAGTACTTGGAACACTCCAAGTATCTGCCAAAACTCAAC
AACGAGATACCTAACCAGAGGAACTCCATTTATAAAGAACGTTTCACCAGCTTGCACAAC
TTGATCCTAGTCATGTTCCAGGGGGATAGAGTAGTGATGCCTAAAGAAAGTTGTTGGTTC
GGATATTACCCTGATGGAGCTACAACACCACTTTTGCCTCCTCAACAGACGAAGCTCTAT
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GTTATCTTACTAATTATCAAGCTTCAATACATGAAATACAAAGCCGATAGAGGAGAAGGA
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ATTATTCCTAATTTCGTGGCCCATTTAAATATGTGCAATTAAAATTTTAAAGTACTTGCT
TCCCACGTCCATGGAATTCTGCGCACAATGTCTCTCTAAATCTTTTTTAAATCC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL4328Contig1 716 2 4 U
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TCAGTGGAAGTGGACCAGCATACATATTCTTAGCCATTGAAGCTTTAGCTGATGGGGGAG
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CTATTTACCTTGACTCTATGTTCAGATCTCAGACACTTTTTATTATTCTTAAATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AA95TF U 1
AF RR3A142TF U 147
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BS 363 363 RR3A142TF
BS 364 645 RR3AA95TF
BS 646 716 RR3A142TF

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TAGCTGCTGGTTTACCCCGAGAACTCGCACTTGGCTTAGCTTCACAAACGGTTCTTGGAG
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CACCAGGCGGGACTACAATAGCTGGAGTTCATGAACTGGAGAAGGGTTCTTTCCGTGCAA
CACTGATGAATGCCGTTGTTGCTGCAGCTAATCGAAGCCGCGAGCTCTCGCAGACCTGAA
TAATTATATAGAGAGATTGTTTCCACTATTATTTCACCTTGCTTG

QA 1 645 1 645
DS 

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G
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CACTTGGCTTAGCTTCACAAACGGTTCTTGGAGCTGCAGCAATGGTGAGCAAGACAGGGA
AGCATCCAGGTGTGTTGAAAGATGATGTTACTTCACCAGGCGGGACTACAATAGCTGGAG
TTCATGAACTGGAGAAGGGTTCTTTCCGTGCAACACTGATGAATGCCGTTGTTGCTGCAG
CTAATCGAAGCCGCGAGCTCTCGCAGACCTGAATAATTATATAGAGAGTTTGTTTCCACT
ATTATTTCACCTTGCTTGGGGTAGAGGTGAAGTCTATTTACCTTGACTCTATGTTCAGAT
CTCAGACACTTTTTATTATTCTTAAATCT

QA 2 570 2 570
DS 



AS 1 3

CO CL4329Contig1 723 3 13 U
CCATAGAATCCTCGCTGATTTTTTTTAAAATAAATTAAACTCTCAAGAACAGCCAATGTA
AGGACTGGTTTTCATGTGAAATGCCGATACACATTCGAGTCATTAGTCAACAACAAAACA
ACATTCATTTTTCGATTGAAAAATTAGTGATTTATCAATTGGAATGTGATACTCGGCCAC
AGATTTTGGGAAACAAAAAAAATTGATTTCAACTTGACCTCAAATTCCCAAAACCTTTTA
TACGAAAATTCTTGTTGTTTCTTTCTATTGCTTCAGAAGCCGTTCACGGCTCTCTTCCCA
CTGGTCCAATCGGCTCGAAGCTTTCTCCACCTCTTTATCCCAATCAGTTCTCAAGGTAAC
AACCACTAAGATTATGGTTTGCATTAATGTTCCACCAATCATCCCCGTCCA*ATACCCTT
TGCTCCCATATCATAGGTGAAACCAAGTACGAAACCGATCGGAATCCCCACCACGTAGTA
ACATCCAATGTTAACGTACGCCACAAATGCCTGCCAGCCACATCCAACAGCCACACCTGA
CAAAACAGGCTGGATTCCATTGAGGACAATAGTGATGGCTAAAAAGGGGGATAAATCCGC
AACGGCCTCGGCTACGATAGGACTATCAGTAAACATGTAGCTGAGGACATTACGCCAAGA
CATGACCACGATGGCTTCGAAAACCGCTAGTAAGAATGATACACTTGTTGTCACTACTGC
GGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3FV66JQ U 72
AF RR3FV66TF C 72
AF RR3A869JQ U 1
BS 1 211 RR3A869JQ
BS 212 212 RR3FV66JQ
BS 213 275 RR3A869JQ
BS 276 276 RR3FV66JQ
BS 277 369 RR3A869JQ
BS 370 370 RR3FV66JQ
BS 371 411 RR3A869JQ
BS 412 412 RR3FV66JQ
BS 413 472 RR3A869JQ
BS 473 473 RR3FV66JQ
BS 474 649 RR3A869JQ
BS 650 650 RR3FV66JQ
BS 651 723 RR3A869JQ

RD RR3FV66JQ 642 0 0
CG
ATGTGAAATGCCGATACACATTCGAGTCATTAGTCAACAACAAAACAACATTCATTTTTC
GATTGAAAAATTAGTGATTTATCAATTGGAATGTGATACTCGGCCACAGATTTTGGGAAA
CAAAAAAAATTGATTTCAACTTGACCTCAAATTCCCAAAACCTTTTATACGAAAATTCTT
GTTGTTTCTTTCTATTGCTTCAGAAGCCGTTCACGGCTCTCTTCCCACTGGTCCAATCGG
CTCGAAGCTTTCTCCACCTCTTTATCCCAATCAGTTCTCAAGGTAACAACCACTAAGATT
ATGGTTTGCATTAATGTTCCACCAATCATCCCCGTCCA*ATACCCTTTGCTCCCATATCA
TAGGTGAAACCAAGTACGAAACCGATCGGAATCCCCACCACGTAGTAACATCCAATGTTA
ACGTACGCCACAAATGCCTGCCAGCCACATCCAACAGCCACACCTGACAAAACAGGCTGG
ATTCCATTGAGGACAATAGTGATGGCTAAAAAGGGGGATAAATCCGCAACGGCCTCGGCT
ACGATAGGACTATCAGTAAACATGTAGCTGAGGACATTACGCCAAGACATGACCACGATG
GCTTCGAAAACCGCTAGTAAGAATGATACACTTGTTGTC
C

QA 3 641 3 641
DS 

RD RR3FV66TF 642 0 0
CG
ATGTGAAATGCCGATACACATTCGAGTCATTAGTCAACAACAAAACAACATTCATTTTTC
GATTGAAAAATTAGTGATTTATCAATTGGAATGTGATACTCGGCCACAGATTTTGGGAAA
CAAAAAAAATTGATTTCAACTTGACCTCAAATTCCCAAAACCTTTTATACGAAAATTCTT
GTTGTTTCTTTCTATTGCTTCAGAAGCCGTTCACGGCTCTCTTCCCACTGGTCCAATCGG
CTCGAAGCTTTCTCCACCTCTTTATCCCAATCAGTTCTCAAGGTAACAACCACTAAGATT
ATGGTTTGCATTAATGTTCCACCAATCATCCCCGTCCA*ATACCCTTTGCTCCCATATCA
TAGGTGAAACCAAGTACGAAACCGATCGGAATCCCCACCACGTAGTAACATCCAATGTTA
ACGTACGCCACAAATGCCTGCCAGCCACATCCAACAGCCACACCTGACAAAACAGGCTGG
ATTCCATTGAGGACAATAGTGATGGCTAAAAAGGGGGATAAATCCGCAACGGCCTCGGCT
ACGATAGGACTATCAGTAAACATGTAGCTGAGGACATTACGCCAAGACATGACCACGATG
GCTTCGAAAACCGCTAGTAAGAATGATACACTTGTTGTC
C

QA 3 641 3 641
DS 

RD RR3A869JQ 723 0 0
CCATAGAATCCTCGCTGATTTTTTTTAAAATAAATTAAACTCTCAAGAACAGCCAATGTA
AGGACTGGTTTTCATGTGAAATGCCGATACACATTCGAGTCATTAGTCAACAACAAAACA
ACATTCATTTTTCGATTGAAAAATTAGTGATTTATCAATTGGAATGTGATACTCGGCCAC
AGATTTTGGGAAACAAAAAAAATTGATTTCAGCTTGACCTCAAATTCCCAAAACCTTTTA
TACGAAAATTCTTGTTGTTTCTTTCTATTGCTTCAAAAGCCGTTCACGGCTCTCTTCCCA
CTGGTCCAATCGGCTCGAAGCTTTCTCCACCTCTTTATCCCAATCAGTTCTCAAGGTAAC
AACCACTAAAATTATGGTTTGCATTAATGTTCCACCAATCATCCCCGTCCATATACCCTT
TGCTCCCATATCATAGGTGAAACCAAGTACGAAACCGATCGGAATCCCCACCCCGTAGTA
ACATCCAATGTTAACGTACGCCACAAATGCCTGCCAGCCACATCCAACAGCCACACCTGA
CAAAACAGGCTGGATTCCATTGAGGACAATAGTGATGGCTAAAAAGGGGGATAAATCCGC
AACGGCCTCGGCTACGATAGGACTATCAGTAAACATGTAGCTGAGGACACTACGCCAAGA
CATGACCACGATGGCTTCGAAAACCGCTAGTAAGAATGATACACTTGTTGTCACTACTGC
GGA

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL4330Contig1 738 2 3 U
GAAGGTATGTCAAAGGAACTTCAGACTTTGGAGTATACTTTACAAGTGTGGAAGAACCAA
GACTTGTAGGCTACTCGGACAGCGACTGGGGTGGTTCTAAGGAAGATAAGAAAAGCACTT
CAGGTTATGTGTTTACTCTTGGTTCAGCCATGTTTTGTTGGCAGTCAAGTAAGCAACAAA
CAGTGGCACAATCAACGGCTGAGGCGGAGTACATAGCCGTGTGTGCAGCAGCAAATCAAG
CCGTGTGGTTACAAAGGTTACTTGAAGACTTTGGACATAAGTTTGAAGGAGGCATTCCGA
TCCTATGTGACAACAAATCAGCAATAGCAATTGGAAAGAATCCAGTGCAACACAGAAGGA
CGAAGCACATAGAGATCAAGTATCACTTCGTGAGGGAAGTTGAGCAGAAAGGAATCATTG
AACTCGAGTATTGCAAAGGGGATGATCAACTCGCAGACATTCTCACAAAGGCATTGGGCG
GTTCAAGGTTTGAAGATCTCAGGAAGCAGCTTGGAGTCAAGTCGAGATATGATTAAGGAG
GAGTGTTAAACTATATAATCTAATCTCTCCTTAATACATTTAAATAAGTTAGTTATTTGT
TAGTTATTACACAAAGAGTTGTAACTCTTCATGAAGAGGTGTGTCTCTTCTTATATTGAC
TCGATCTCTATATAAAGATCAATCATTTGTTGTAAACAAAATCACAGAATCTCAATAAAA
GACAAAGTATTTCCAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G416TF U 2
AF RR3G416JQ C 1
BS 1 6 RR3G416JQ
BS 7 234 RR3G416TF
BS 235 738 RR3G416JQ

RD RR3G416TF 238 0 0
GAAGG
ATGTCAAAGGAACTTCAGACTTTGGAGTATACTTTACAAGTGTGGAAGAACCAAGACTTG
TAGGCTACTCGGACAGCGACTGGGGTGGTTCTAAGGAAGATAAGAAAAGCACTTCAGGTT
ATGTGTTTACTCTTGGTTCAGCCATGTTTTGTTGGCAGTCAAGTAAGCAACAAACAGTGG
CACAATCAACGGCTGAGGCGGAGTACATAGCCGTGTGTGCAGCAGCAA
TCAAG

QA 6 233 6 233
DS 

RD RR3G416JQ 738 0 0
GAAGGTATGTCAAAGGAACTTCAGACTTTGGAGTATACTTTACAAGTGTGGAAGAACCAA
GACTTGTAGGCTACTCGGACAGCGACTGGGGTGGTTCTAAGGAAGATAAGAAAAGCACTT
CAGGTTATGTGTTTACTCTTGGTTCAGCCATGTTTTGTTGGCAGTCAAGTAAGCAACAAA
CAGTGGCACAATCAACGGCTGAGGCGGAGTACATAGCCGTGTGTGCAGCAGCAAATCAAG
CCGTGTGGTTACAAAGGTTACTTGAAGACTTTGGACATAAGTTTGAAGGAGGCATTCCGA
TCCTATGTGACAACAAATCAGCAATAGCAATTGGAAAGAATCCAGTGCAACACAGAAGGA
CGAAGCACATAGAGATCAAGTATCACTTCGTGAGGGAAGTTGAGCAGAAAGGAATCATTG
AACTCGAGTATTGCAAAGGGGATGATCAACTCGCAGACATTCTCACAAAGGCATTGGGCG
GTTCAAGGTTTGAAGATCTCAGGAAGCAGCTTGGAGTCAAGTCGAGATATGATTAAGGAG
GAGTGTTAAACTATATAATCTAATCTCTCCTTAATACATTTAAATAAGTTAGTTATTTGT
TAGTTATTACACAAAGAGTTGTAACTCTTCATGAAGAGGTGTGTCTCTTCTTATATTGAC
TCGATCTCTATATAAAGATCAATCATTTGTTGTAAACAAAATCACAGAATCTCAATAAAA
GACAAAGTATTTCCAGAC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 3

CO CL4331Contig1 619 3 13 U
GGAGTCCTCTCGTTACACAGTCTCGCCGTCTCCTGTCTCTCCACCGCTGTCGGCGTATCG
CTATTGTTTTTCTTGTCGGTGTGGTGTTAAAGGAAGATGGCTAGTGGTAGCTTGAAAAGG
CTTGTAACTTCAGCGGTCACTATTGGCGTGACAGTAGCAAGAGCAAGGATTTTCGGACAT
ATACTTAACCCAACAGGACAGAGATCTCCTCATAAGATTTTAAGGAAGAAGCTTTTTGGT
GATAAGGTTGCTGAATGGTATCCATACGACATCAAGAATGAGGATCCCAATGTCTTGGCT
AGAGAAGAAAAAGAGCGCTTATCGAAGCTTGAGATGTTGAAGCGTCGTGATAAAGGACCA
CCGAAAAAGGGTCATGGAAGACGTGCTGCCAAGCGTAACAAGTAGAAAAAAGTATATTTC
TAATAAAATCTCTGCACTTATAGAATCTTCAGATTTGTTCTGCTTAATGTCAGATTGAAC
TTATCAGTAGAGTCCTCTCTACATAAAATTTCTCGTGCTCAAAACTTCATTGGTTCTTCA
CAATGATATTACTATGCTGAGATCAAAGTTGAAAGCTATTTGCTTCCTGTTTGACTTCAT
ACCAAAGTTTAAAGATGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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AF RR3DV10TF U 1
AF RR3FY75JQ C 23
AF RR3FY75TF U 23
BS 1 134 RR3DV10TF
BS 135 135 RR3FY75TF
BS 136 154 RR3DV10TF
BS 155 155 RR3FY75TF
BS 156 182 RR3DV10TF
BS 183 183 RR3FY75TF
BS 184 410 RR3DV10TF
BS 411 411 RR3FY75TF
BS 412 444 RR3DV10TF
BS 445 445 RR3FY75TF
BS 446 532 RR3DV10TF
BS 533 533 RR3FY75TF
BS 534 619 RR3DV10TF

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ATGCTTAACCCAACAGGACAGAGATCTCCTCATAAGATTTTAAGGAAGAAGCTTTTTGGT
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CCGAAAAAGGGTCATGGAAGACGTGCTGCCAAGCGTAACAAGTAGAAAAA*GTATATTTC
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TTATCAGTAGAGTCCTCTCTACATAAAATTTCTCGTGCTCAAAACTTCATTGATTCTTCA
CAATGATATTACTATGCTGAGATCAAAGTTGAAAGCTATTTGCTTCCTGTTTGACTTCAT
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DS 

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GG
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DS 

RD RR3FY75TF 597 0 0
GG
GCCGTCTCCTGTCTCTCCACCGCTGTCGGCGTATCGCTATTGTTTTTCTTGTCGGTGTGG
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GGCGTGACAGTAGCAAGAGCAAGGATTTTCGGACATATACTTAACCCAACAGGACAGAGA
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AAGCTTGAGATGTTGAAGCGTCGTGATAAAGGACCACCGAAAAAGGGTCATGGAAGACGT
GCTGCCAAGCGTAACAAGTAGAAAAAAGTATATTTCTAATAAAATCTCTGCACTTATAGA
ATCTTCAGATTTGTTCTGCTTAATGTCAGATTGAACTTATCAGTAGAGTCCTCTCTACAT
AAAATTTCTCGTGCTCAAAACTTCATTGGTTCTTCACAATGATATTACTATGCTGAGATC
AAAGTTGAAAGCTATTTGCTTCCTGTTTGACTTCATACCAAAGTTTAAAGATGGC

QA 3 597 3 597
DS 



AS 1 3

CO CL4332Contig1 1444 3 31 U
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ATTCAAAACTGAGCTTGTGTAACTAAACTAATGATCCTAATACAAACTAGCAAGTGTAAT
CGAGTTTCTGTAATCTCCATGGTTCACAAGATTTACATCTCTCCATGCTTTTAAAGCCCT
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ATCCAAGGACGCCACATGATTGCTAACCGTCACAAGAGGCTTGTTCTTTGGTCTGTTGAG
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AACATGACAAGCGTTTCCGATAAGTGGAACAGCCACAGCTTGAAGCATCCGGAAGAGAGC
AGACTCTTCTTCTGCCGTCAAGTCTTTAGGAACTCTTCTGCGATAGAAAGCAGGGGCAGA
AGGGAGAGACTCGCGGCGGGAGTTCCGGAATCGAGCAGCCAAGCGGTGGAAGGAGGAGGA
GAAGTAACCGTCCGTATACAAAACCGCGGCTCTGCCACGGTGATCGTCGACGGCGATTCG
AAATCGATCACGGAGCTGGACCTTGAGTAACAGCAAGCTCTTCCATAGATCCGCCTTGTC
AAACAATTGGATTCCCATACTAAAAATATCCTCTGATTCAAATACACAGACGAGATTTTC
CGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3H328JQ U 1
AF RR3AD17JQ U 61
AF RR3AD17TF C 733
BS 1 199 RR3H328JQ
BS 200 200 RR3AD17JQ
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BS 352 354 RR3H328JQ
BS 355 355 RR3AD17JQ
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BS 386 386 RR3AD17JQ
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BS 563 563 RR3AD17JQ
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BS 631 631 RR3AD17JQ
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RD RR3H328JQ 785 0 0
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CGAGTTTCTGTAATCTCCATGGTTCACAAGATTTACATCTCTCCATGCTTTTAAAGCCCT
GATTTCACCAAATTTTGCAGATTCACCCCTACTCTTGTAATCCATGTTCAGAAACAACCC
TTTAGCTGCAAACCCCATGATCTCAGTGGAGTCCAGAAACCTCTTAACCTTCAGGCTGAT
GCTTCCTTCGGATGGCAGTCCCCTTTTAGGAACCTGGCAGTCCAAACCATTCGAGACGAC
CTCGGTTTGGGAAATTTGGGCTGGTGATTCTTCTGAAAATTGTGCTCCCAGAGATACTTT
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AGGATCTCCAATGATCACTGTCGCTGTTTTGCCAATCCGTGGAACACTGGCTCCTATAGG
CATTATATCTTGCATACCAGTATGCACAAATGGAACAACCATAGGGAGGGTATCTGCGTC
CAAAATCAACCTTCCAATACCTCTTTTTGCTGCACCCATAGTCTTACCACCATCTCGAGA
GCGACTACCTTCTGGAAATATGTGAACCCACCCTCCACTATTCAGCTTCGAGATCGCAAT
GTCCA

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3AD17JQ 796 0 0
C
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GAGTTTCTGTAATCTCCATGGTTCACAAGATTTACATCTCTCCATGCTTTTAAAGCCCTG
ATTTCACCAAATTTTGCAAATTCACCCCTACTCTTGTAATCCATGTTCAGAAACAACCCT
TTAGCTGCAAACCCCATGATCTCAGTAGAGTCCAGAAACCTCTTAACCTTCAGGCTGATG
CTTCCTTCGGATGGCAATCCCCTTTTAGGAACCCGACATTCCAAACCATCTGACACGACG
TCGGTTTGGGAAATTTGGGCTGGTAATTCTTCTGAAAAGTGTGCTCCCAGAGATACTTTA
TCAACCCGTTGCTTTAACTGGTGTAGTCTTTGTCCTATCCTGGAAGATACAGCGTCATAC
AACTGCTTCCTTGAAACGTTTTTGGCTCCTTCAGTGTCTGAAAGGTCGCTTAAGTGAATA
GGATCTCCAATGATCACTGTCACTGTTTTGCCAATCCGTGGAACACTGGCTCCTATAGGC
ATTATATCTTGCATACCAGTATGCACAAAGGGAACAACCATAGGGAGGGTATCTGCGTCC
AAAATCAACCTTCCAATACCTCTTTTTGCTGCACCCATAGTCTTACCACCATCTCGAGAG
CGACTACCTTCTGGAAATATGTGAACCCACCCTCCACTATTCAGCTTCGAAATCGCAATG
TCCATTCCCTGCTGATAAATTCCTTCACCGCGAGAAACTGGCTAAACCTTGACGGATCGA
AAGAAAGCTGAAGTT

QA 2 796 2 796
DS 

RD RR3AD17TF 712 0 0
TGGAAATATGTGAACCCACCCTCCACTATTCAGCTTCGAAATCGCAATGTCCATTCCCTG
CTGATAAATTCCTTCACCGCGAGAAACTGGCTAAACCTTGACGGATCGAAAGAAAGCTGA
AGTTACAGGGTTCTTAAAGCATCTATCTGTAGCACAAAGCGTCCACCTCAAATTACGCGC
ATCAAGTAGAATCTTAGGTGGGAGTAACGAAGCAATGACAAATGGATCATCCAAGGACGC
CACATGATTGCTAACCGTCACAAGAGGCTTGTTCTTTGGTCTGTTGAGCAAAGCATCATG
CAACTTCTCCAAACCATACACCTGAACACGGTTAAGGCCATTCATGAAAACATGACAAGC
GTTTCCGATAAGTGGAACAGCCACAGCTTGAAGCATCCGGAAGAGAGCAGACTCTTCTTC
TGCCGTCAAGTCTTTAGGAACTCTTCTGCGATAGAAAGCAGGGGCAGAAGGGAGAGACTC
GCGGCGGGAGTTCCGGAATCGAGCAGCCAAGCGGTGGAAGGAGGAGGAGAAGTAACCGTC
CGTATACAAAACCGCGGCTCTGCCACGGTGATCGTCGACGGCGATTCGAAATCGATCACG
GAGCTGGACCTTGAGTAACAGCAAGCTCTTCCATAGATCCGCCTTGTCAAACAATTGGAT
TCCCATACTAAAAATATCCTCTGATTCAAATACACAGACGAGATTTTCCGCC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 3

CO CL4333Contig1 1112 3 2 U
GGATTCACAGAAGAAGGCAATAAAGCAGCAAACAAAGAAAAAATAACTCCACACTGATTT
TGTTTTGTTTTCACTCATCAAAACTTTCTTCACCCATTTCTTGAAGCTGAACCCAATGGC
TGGAATCACTGGAATCCTAAAGCTCGAAGCTTGGAGTATATTGTGAAGCAAGAAGCAATA
AGATTTTCTTTTCTTGTTATTTTCTTTTGTTAACGAGAAAAAATGGCATGTGGGAGTATG
ATCGCTAGTAGCTTAGATCCTGAGAGGAAGCAAAGTGGAGGACTTAGAACAAAACAAGCT
GGACGAGGTTCTTGCCGTGGAAGTTAGTCTCTTTGTTCATCCGAATTTTGAAATTGCAAA
GTAAAAGATCAGTTCGTTTAAGTTGAGAAAGTGAGAGAGAGAAGGAAGGAAGCTATGGGT
GTTTTGCTAAGAGAAGCGTTGAGTTCTATTTGCGTTAATAATCAATGGTCCTATGCTGTT
TTCTGGAAAATCGGCTGCCAAAATTCAAGCTTGTTGATTTGGGAGGGATGCTACAACGAA
ACCGCCTCGAACGAGAATGTTCAGCTGCTCACAAACAGGATGATGTTGAACAACCGAATC
ATTTTGGTCGGAGAAGGCTTAGTCGGCCGAGCTGCGTTCACCGGACATCATCAATGGATC
CAGTTAGTGAATATTTTGGAGCAGACGATCAAGTGTGGAGGAATCTCTGAGACTATGTTG
GATGGTATTAAAGCTACAATGCCATTTACCAACACCTTACCGGTTACTGGTGGCTGTTCA
ATGTAACACAATCATTGTCCGTACCGGTGTTAAACCGGTTTGGCTAAAGCTGAATTCATA
TAGAGGTTTCGAGCGGACCGCTCCAGAATTTAGGCTCGCTATGACTAATTAAAGTCGGTC
TGAAAACAGAGCTGGTTATTTTTAAGTATTTTTTTAAAAAAATACTTTTTGTTTGTACAT
TTTTTCTATCTTTTGGGAATTTTGCAAATTTTATTTTGTACTGAACCTCATTTGTGTGGA
TTTTTCTTTTCTTTTTTTACTTTTAGTCCTCTGGAGTATGATGTAATGAATTAATCATGT
TGTGGGAAGTAAATTTTAGTTAATTTTCTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G643TF U 324
AF RR3GT88TF U 1
AF RR3GT88JQ C 325
BS 1 749 RR3GT88TF
BS 750 1112 RR3GT88JQ

RD RR3G643TF 230 0 0
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GCGTTAATAATCAATGGTCCTATGCTGTTTTCTGGAAAATCGGCTGCCAAAATCCAAGCT
TGTTGATTTGGGAGGAATGCTACAACGAAACCGCCTCGAACG

QA 9 230 9 230
DS 

RD RR3GT88TF 749 0 0
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TGTTTTGTTTTCACTCATCAAAACTTTCTTCACCCATTTCTTGAAGCTGAACCCAATGGC
TGGAATCACTGGAATCCTAAAGCTCGAAGCTTGGAGTATATTGTGAAGCAAGAAGCAATA
AGATTTTCTTTTCTTGTTATTTTCTTTTGTTAACGAGAAAAAATGGCATGTGGGAGTATG
ATCGCTAGTAGCTTAGATCCTGAGAGGAAGCAAAGTGGAGGACTTAGAACAAAACAAGCT
GGACGAGGTTCTTGCCGTGGAAGTTAGTCTCTTTGTTCATCCGAATTTTGAAATTGCAAA
GTAAAAGATCAGTTCGTTTAAGTTGAGAAAGTGAGAGAGAGAAGGAAGGAAGCTATGGGT
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TTCTGGAAAATCGGCTGCCAAAATTCAAGCTTGTTGATTTGGGAGGGATGCTACAACGAA
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GATGGTATTAAAGCTACAATGCCATTTAC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3GT88JQ 788 0 0
TAGTCTC
TTTGTTCATCCGAATTTTGAAATTGCAAAGTAAAAGATCAGTTCGTTTAAGTTGAGAAAG
TGAGAGAGAGAAGGAAGGAAGCTATGGGTGTTTTGCTAAGAGAAGCGTTGAGTTCTATTT
GCGTTAATAATCAATGGTCCTATGCTGTTTTCTGGAAAATCGGCTGCCAAAATTCAAGCT
TGTTGATTTGGGAGGGATGCTACAACGAAACCGCCTCGAACGAGAATGTTCAGCTGCTCA
CAAACAGGATGATGTTGAACAACCGAATCATTTTGGTCGGAGAAGGCTTAGTCGGCCGAG
CTGCGTTCACCGGACATCATCAATGGATCCAGTTAGTGAATATTTTGGAGCAGACGATCA
AGTGTGGAGGAATCTCTGAGACTATGTTGGATGGTATTAAAGCTACAATGCCATTTACCA
ACACCTTACCGGTTACTGGTGGCTGTTCAATGTAACACAATCATTGTCCGTACCGGTGTT
AAACCGGTTTGGCTAAAGCTGAATTCATATAGAGGTTTCGAGCGGACCGCTCCAGAATTT
AGGCTCGCTATGACTAATTAAAGTCGGTCTGAAAACAGAGCTGGTTATTTTTAAGTATTT
TTTTAAAAAAATACTTTTTGTTTGTACATTTTTTCTATCTTTTGGGAATTTTGCAAATTT
TATTTTGTACTGAACCTCATTTGTGTGGATTTTTCTTTTCTTTTTTTACTTTTAGTCCTC
TGGAGTATGATGTAATGAATTAATCATGTTGTGGGAAGTAAATTTTAGTTAATTTTCTAG
C

QA 8 788 8 788
DS 



AS 1 3

CO CL4334Contig1 1100 3 10 U
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GAACCCTCTCGGCTCCTGTGGTGGCTCAGCGTCTGCTCGACATCTCCGAGGAAGATATAG
AGAATCTTTGCATGACGCTTAACTTGGAGCAGCTGCAGAGTGTGTGTGATACGATGGGAA
ACAAAGAAGGGATGGAACTGGCTAAGGTGATCAAAGAAGGGTGCAGCAGCAGCAACAGTA
GTAGAGACCAAGAAGCAGCCAACTCTAAAGAAAAAGAAAGCGAGAAAACCAACGGTGAGC
GAGTCTCTGTGTTAGAGAGCGCTCAGAAGAAACAACCATGGAGCAAGGAAGAGATTGACA
TGCTGAGAAAAGGAATGATAAAATACCCAAAGGGGACATCTCGGAGATGGGAAGTTATAT
CAGAGTACATCGGTACAGGAAGATCCGTGGAAGAGATTCTGAAAGCAACCAAGACGGTTC
TTCTCCAACAACCAGATTCAGCCAAAGCATTCGACTCGTTCCTCGAGAAGAGGAAACCCA
CCGCTACAATCGCTTCTCCTCTCTCCACAAGAGAGGAGCTCGGAGAGTCTCTACCGGCCA
CAGCAAAGGTAAAACAACCACCCTCTAAGGAGCCTGTTGCTGGTCAAAGCTCAGACAGCA
ACGGTGAAGCAAGCGGAAGTAGTTCAGAGACAACAGATGGTTGGTCTGCTGTTCAAGAAA
GAGCTTTGGTTCAGGCTTTGAAGACATTCCCCAAGGAGACGAGCCAAAGATGGGAGAGAG
TAGCTGCTGCTGTTCCGGGGAGGACGGTGGTTCAGTGCAAGAAGAAGTTTGCAGAGCTTA
AAGAGATCATCAGAAGCAAGAAAACCGGTGGTGTCTAAAATCTTAAACCGGAGCTCCATG
AGAATTTTGGGTTGTAATCCTCTTGAGGGCCACACCATTACTTTGCCAGATCAAAGACCT
TGAAACTTTTTTATTATTATATGTAATGATTCATTTGCTTCTTGATATCATAAGATGTTA
AACCACTATCACAAACTTAATACTTTCACCTAATCTTATGTATTTGTTTTTGAGTTGTCA
ATTTTACAAACTAAACCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E054TF U 1
AF RR3E054JQ C 290
AF RR3GF07TF U 323
BS 1 715 RR3E054TF
BS 716 716 RR3GF07TF
BS 717 725 RR3E054TF
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BS 749 749 RR3E054JQ
BS 750 982 RR3GF07TF
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RD RR3E054TF 725 0 0
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ACAAAGAAGGGATGGAACTGGCTAAGGTGATCAAAGAAGGGTGCAGCAGCAGCAACAGTA
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GAGTCTCTGTGTTAGAGAGCGCTCAGAAGAAACAACCATGGAGCAAGGAAGAGATTGACA
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ACGGTGAAGCAAGCGGAAGTAGTTCAGAGACAACAGATGGTTGGTCTGCTGTTCA*GAAA
GAGCT

QA 1 725 1 725
DS 

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CTCAGACAGCAACGGTGAAGCAAGCGGAAGTAGTTCAGAGACAACAGATGGTTGGTTTGC
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TGCAGAGCTTAAAGAGATCATCAGAAGCAAGAAAACCGGTGGTGTCTAAAATCTTAAACC
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ATAAGATGTTAAACCACTATCACAAACTTAATACTTTCACCTAATCTTATGTATTTGTTT
T
CG

QA 1 781 1 781
DS 

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G
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AAAGCATTCGACTCGTTCCTCGAGAAGAGGAAACCTACCGCTACAATCGCTTCTCCTCTC
TCCACAAGAGAGGAGCTCGGAGAGTCTCTACCGGCCACAGCAAAGGTAAAACAACCACCC
TCTAAGGAGCCTGTTGCTGGTCAAAGCTCAGACAGCAACGGTGAAGCAAGCGGAAGT***
TCAGAGACAGCAGATGGTTGGTCTGCTGTTCAAGAAAGAGCTTTGGTTCAGGCTTTGAAG
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TAATGATTCATTTGCTTCTTGATATCATGAGATGTTAAACCACTATCACAAACTTAATAC
TTTCACCTAATCTTATGTATTTGTTTTTGAGTTGTCAATTTTACAAACTAAACCTGT

QA 2 778 2 778
DS 



AS 1 2

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CTGCTCTCGCAATTGTCCTCTTCTTGAGCCTTTTTTTCAGCCAGCTTATGTTCTTCACTT
TGGTTATGGAGGCGTAAGTTAAAATCGACGTCGGCGGGATAATTGCAAACTTGGCAAAAA
TGTTTAAGCTCACCGTTGCTGGAGTCTCTAGCCGCTATATCAAACAACTTTGTTCTGTGT
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TATCGCATATGTTGCAAACGTAAAGAGGTTTCCTCCCGTAAAGAGGTTTACTCCCGGTCG
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ACTTAGAGAATTCAAAAAGCCCAAGAAGAGGAGGATAAGCAATCCCATAATCATCGGTTA
TCACCATTGTGTAAGTGGTGTCCATGCTGTTGTCAGACCATTCTTCCAGAAACCCATTAA
AGTCCATCATATTGCGGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BL85JQ U 12
AF RR3BL85TF C 1
BS 1 20 RR3BL85TF
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BS 276 502 RR3BL85JQ
BS 503 738 RR3BL85TF

RD RR3BL85JQ 491 0 0
AAGACTTAA
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CTGAATTTGAAATGAGTGCTGAATTCTTCTTCGAAATAAGTATCGCATATGTTGCAAACG
TAAAGAGGTTTCCTCCCGTAAAGAGGTTTACTCCCGGTCGAATTCATCTCATTATCAAAC
AA

QA 10 491 10 491
DS 

RD RR3BL85TF 738 0 0
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CTCGTTCAAGAGAGATTGCTTCTTATCTCGCCAACCGGATCCAACTCTGGACCTCTGTTC
CTGCTCTCGCAATTGTCCTCTTCTTGAGCCTTTTTTTCAGCCAGCTTATGTTCTTCACTT
TGGTTATGGAGGCGTAAGTTAAAATCGACGTCGGCGGGATAATTGCAAACTTGGCAAAAA
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TATCGCATATGTTGCAGACGTAGAGAGGTTTCCTCCCGTAGAGAGGTTTACTCCCGGTCG
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GTCTGGGATTGCTTTGATTGGCAAGGGCAATGAGCCGACCATCTTTTGGATATGCACAAA
ACTTAGAGAATTCAAAAAGCCCAAGAAGAGGAGGATAAGCAATCCCATAATCATCGGTTA
TCACCATTGTGTAAGTGGTGTCCATGCTGTTGTCAGACCATTCTTCCAGAAACCCATTAA
AGTCCATCATATTGCGGA

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL4336Contig1 1120 2 2 U
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AGAACAACAACAGTAATGGGAATAGTAAAGGGTTTAAGACGAAGAAAGCTTATTTCTATT
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AGCTGGACGAGGAAAGAGTGATCGAGCTACACAACTATTGCACGAGTGTGTACGAGGAAG
GAGATGCTAGGGTTGCTCTTATTGCTATGCTTCAGTCGTTGCAACACGCTAATAACGGTG
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TGTACAAGAGGATCGCTGTTCAGCATCCCGACAAAAGAATCGGAGTCTTCTATTGTGGGG
CACCAGGACTGACAAAGGACCTGAAAAATCTAGCTTTGGATTTCTCTCGAAAGACGAGCA
CCAAGTTTGACTTCCACAAAGAGAACTTCTAATTCCAATTTATATCAATTGGGAGGAAGT
TGCGTAGAGAATAAAACAAGAAACTGCATATAGATATTTTTCTTTTATAAAAAATATTTG
AGTTGTATTCCTTCGTTTCTTCTTTCCTACTTTTTGTTCAGTTTTACGGAATTTATTCTA
ATGCCGAATTAAATATAAAATCGTAGAAGTATAGTTGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GV51TF U 1
AF RR3GV51JQ C 453
BS 1 652 RR3GV51TF
BS 653 1120 RR3GV51JQ

RD RR3GV51TF 652 0 0
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TACACATGACGAAGCCACAAGGATTCAAATACAAAAGTGGACAGTACATGTTCGTGAACT
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ATAACGTGAGCGTACACATTCGCACTCTTGGTGACTGGACACGTAAGCTCAAGACCGTGT
TCTCCGAGGTATGCAAACCTCCTACTGCCGGTAAAAGCGGTCTGCTCAGAGCGGATGGAG
GAGACTCTATCGCCTTCCCAAAGGTCCTTATCGACGGCCCTTACGGTGCTCCCGCGCAAG
ACTACAAAAAATACGACGTGGTATTCCTCGTAGGTCTTGGCATTGGAGCCACGCCTATGA
TCAGTATCCTCAAGGACATCATCAACAACATGAAGTCGCATGACCGTGATAGTGACATCG
AGAACAACAACAGTAATGGGAATAGTAAAGGGTTTAAGACGAAGAAAGCTTATTTCTATT
GGGTGACTAGAGAGCAAGGCTCGTTTGAGTGGTTTAAGGGGATAATGGACGAGGTTTCGG
AGCTGGACGAGGAAAGAGTGATCGAGCTACACAACTATTGCACGAGTGTGTA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3GV51JQ 668 0 0
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TTTAAGACGAAGAAAGCTTATTTCTATTGGGTGACTAGAGAGCAAGGCTCGTTTGAGTGG
TTTAAGGGGATAATGGACGAGGTTTCGGAGCTGGACGAGGAAGGAGTGATCGAGCTACAC
AACTATTGCACGAGTGTGTACGAGGAAGGAGATGCTAGGGTTGCTCTTATTGCTATGCTT
CAGTCGTTGCAACACGCTAATAACGGTGTTGATGTCGTCTCGGGGACACGGGTTAAGTCC
CACTTCGCTAAACCTAACTGGAGACAAGTGTACAAGAGGATCGCTGTTCAGCATCCCGAC
AAAAGAATCGGAGTCTTCTATTGTGGGGCACCAGGACTGACAAAGGACCTGAAAAATCTA
GCTTTGGATTTCTCTCGAAAGACGAGCACCAAGTTTGACTTCCACAAAGAGAACTTCTAA
TTCCAATTTATATCAATTGGGAGGAAGTTGCGTAGAGAATAAAACAAGAAACTGCATATA
GATATTTTTCTTTTATAAAAAATATTTGAGTTGTATTCCTTCGTTTCTTCTTTCCTACTT
TTTGTTCAGTTTTACGGAATTTATTCTAATGCCGAATTAAATATAAAATCGTAGAAGTAT
AGTTGCAC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 3

CO CL4339Contig1 696 3 2 U
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GCTCTGCCGTATAAGCGATCACCACCAAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGATGTTGAT
GAGTCCATCTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGTTTGACTCCATCACAGATTGGTGTCATCCTT
CGTGACTCTCACGGAATCCCACAAGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGAGAATC
TTGAAAGCTCATGGTCTTGCTCCTGAGATCCCAGAGGATCTCTATCACTTGATCAAGAAA
GCAGTTGCTATCCGTAAGCACCTTGAGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAGTTCAGG
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CTCCCACCCGTCTGGAAATATGAGTCTACCACCGCAAGCACTCTTGTGGCTTAAGTAAGC
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CAATGACTATGGACTTTGTATCTGTTTTCTCTAGTTGTTTTATCTGTTACAACTTACAAT
TCGATTTTTAATTTAATGAAAACTCTTGTTCTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AE70TF U 1
AF RR3ET73TF U 20
AF RR3ET73JQ C 66
BS 1 664 RR3AE70TF
BS 665 696 RR3ET73TF

RD RR3AE70TF 664 0 0
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CCGTGCGCAGCCGTCGACATGGGCCGACTCCACTCTAAAGGTAAGGGAATCTCAGCTTCT
GCTCTGCCGTATAAGCGATCACCACCAAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGATGTTGAT
GAGTCCATCTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGTTTGACTCCATCACAGATTGGTGTCATCCTT
CGTGACTCTCACGGAATCCCACAAGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGAGAATC
TTGAAAGCTCATGGTCTTGCTCCTGAGATCCCAGAGGATCTCTATCACTTGATCAAGAAA
GCAGTTGCTATCCGTAAGCACCTTGAGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAGTTCAGG
TTGATTCTTGTGGAGAGCAGAATCCATCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAG
CTCCCACCCGTCTGGAAATATGAGTCTACCACCGCAAGCACTCTTGTGGCTTAAGTAAGC
ATAGAGTAGATCAAAGTCCTCCATGAGCGACCATTTCGTTGCAACATTGCAACTCAAGTT
CAATGACTATGGACTTTGTATCTGTTTTCTCTAGTTGTTTTATCTGTTACAACTTACAAT
TCGA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3ET73TF 677 0 0
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TGGGCCGACTCCACTCTAAAGGTAAGGGAATCTCAGCTTCTGCTCTGCCGTATAAGCGAT
CACCACCAAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGATGTTGATGAGTCCATCTGCAAGTTTG
CGAAGAAGGGTTTGACTCCATCACAGATTGGTGTCATCCTTCGTGACTCTCACGGAATCC
CACAAGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGAGAATCTTGAAAGCTCATGGTCTTG
CTCCTGAGATCCCAGAGGATCTCTATCACTTGATCAAGAAAGCAGTTGCTATCCGTAAGC
ACCTTGAGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAGTTCAGGTTGATTCTTGTGGAGAGCA
GAATCCATCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTCCCACCCGTCTGGAAAT
ATGAGTCTACCACCGCAAGCACTCTTGTGGCTTAAGTAAGCATAGAGTAGATCAAAGTCC
TCCATGAGCGACCATTTCGTTGCAACATTGCAACTCAAGTTCAATGACTATGGACTTTGT
ATCTGTTTTCTCTAGTTGTTTTATCTGTTACAACTTACAATTCGATTTTTAATTTAATGA
AAACTCTTGTTCTTGTT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3ET73JQ 631 0 0
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GCCGTATAAGCGATCACCACCAAGCTGGCTCAAGACAACCTCCCAGGATGTTGATGAGTC
CATCTGCAAGTTTGCGAAGAAGGGTTTGACTCCATCACAGATTGGTGTCATCCTTCGTGA
CTCTCACGGAATCCCACAAGTGAAGAGTGTTACCGGAAACAAGATCTTGAGAATCTTGAA
AGCTCATGGTCTTGCTCCTGAGATCCCAGAGGATCTCTATCACTTGATCAAGAAAGCAGT
TGCTATCCGTAAGCACCTTGAGAGGAACAGGAAAGACAAGGATTCCAAGTTCAGGTTGAT
TCTTGTGGAGAGCAGAATCCATCGTCTTGCTCGTTACTACAAGAAGACCAAGAAGCTCCC
ACCCGTCTGGAAATATGAGTCTACCACCGCAAGCACTCTTGTGGCTTAAGTAAGCATAGA
GTAGATCAAAGTCCTCCATGAGCGACCATTTCGTTGCAACATTGCAACTCAAGTTCAATG
ACTATGGACTTTGTATCTGTTTTCTCTAGTTGTTTTATCTGTTACAACTTACAATTCGAT
TTTTAATTTAATGAAAACTCTTGTTCTTGTT

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 3

CO CL4340Contig1 514 3 3 U
ATTATTGTCTGCATGATGATGAAAGGCATGAGAGTTGGGTTAGCGATGGCACTGCTCACG
ACCCTAACGGTTCTTACCATAGTCACTGCACAGCTCGAGGACCAGCAACCACCGCCACCG
ATGTTACCCGAGGAAGAAGTGGGAGGATGCAGCAGGACATTCTTCTCAGCGATTGTACAA
CTGATACCTTGTAGAGCAGCAGTGGCTCCTTTCAGCCCAATCCCACCGACCGAGTCATGT
TGCTCTGCGGTTGTCACACTTGGTCGCCCTTGCCTTTGCCTCCTCGCCAACGGACCTCCG
CTCTCAGGCATTGACCGCACCATGGCTCTTCAGCTTCC*CAGAGATGCTCTGCTAATTTC
CCTCCTTGCGATATCATTAACTAGGAGTCTAGGAGGAAACCTATCATCTTTTCTTTTCTT
TTCGTTATTTTTCTCATTTACCTTCCACTCTAATAAATACGCTCTCTAGAATACTATTGT
ACCGGTCTTTAAAAACATTATAATAAAGAAACAA


BQ
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AF RR3BW45TF U 1
AF RR3CE17JQ C 1
AF RR3CE17TF U 1
BS 1 338 RR3BW45TF
BS 339 339 RR3CE17TF
BS 340 514 RR3BW45TF

RD RR3BW45TF 514 0 0
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QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3CE17JQ 514 0 0
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TTCGTTATTTTTCTCATTTACCTTCCACTCTAATAAATACGCTCTCTAGAATACTATTGT
ACCGGTCTTTAAAAACATTATAATAAAGAAACAA

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3CE17TF 514 0 0
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ACCCTAACGGTTCTTACCATAGTCACTGCACAGCTCGAGGACCAGCAACCACCGCCACCG
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CTGATACCTTGTAGAGCAGCAGTGGCTCCTTTCAGCCCAATCCCACCGACCGAGTCATGT
TGCTCTGCGGTTGTCACACTTGGTCGCCCTTGCCTTTGCCTCCTCGCCAACGGACCTCCG
CTCTCAGGCATTGACCGCACCATGGCTCTTCAGCTTCC*CAGAGATGCTCTGCTAATTTC
CCTCCTTGCGATATCATTAACTAGGAGTCTAGGAGGAAACCTATCATCTTTTCTTTTCTT
TTCGTTATTTTTCTCATTTACCTTCCACTCTAATAAATACGCTCTCTAGAATACTATTGT
ACCGGTCTTTAAAAACATTATAATAAAGAAACAA

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 3

CO CL4341Contig1 649 3 1 U
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AAATCAATCTCTTAATCACAGATGAAGATGAACAGAACCCTATCTCACTTTCTTCTCCTG
TCTCATTCCAGGGTTTGTTCAGAGAAAACTACCAAGCATCAGCAACACCGTATATGATAT
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GATGTTCTCAGCCAAGAAGGAAACAATATAACAATTCTCATCAGAAGAAGCAAGGGAGAT
TCGGTTCCCTCATCCCCAAGCAACAGTATCCTCATCATGTTTATGACAACAACAACAACT
CCACAACTTTCAACAACAACCAAGAAAGCATCACCCTTCATCATGCAGCTTCTACTAACC
AAAGAAGAACCTACAGAGATGCAGCATCTCTGTTCACTTAAGTCTCAATCAAGATTCAAG
ACATGGATTTGTGTCATTAATTTCATATTATATATTGATTATTGATATTTATAGATTTTG
TGTTTGTAAAATCAGCAAATAATAAGAATGAAGGAGGAACCATCAATCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH24JQ C 99
AF RR3BH24TF U 1
AF RR3D996TF U 2
BS 1 649 RR3BH24TF

RD RR3BH24JQ 486 0 0
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CATCAGAAGAAGCAAGGGAGATTCGGTTCCCTCATCCCCAAGCAACAGTATCCTCATCAT
GTTTATGACAACAACAACAACTCCACAACTTTCAACAACAACCAAGAAAGCATCACCCTT
CATCATGCAGCTTTTACTAACCAAAGAAGAACCTACAGAGATGCAGCATCTCTGTTCACT
TAAGTCTCAATCAAGATTCAAGACATGGATTTGTGTCATTAATTTCATATTATATATTGA
TTATTG

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR3BH24TF 649 0 0
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AAATCAATCTCTTAATCACAGATGAAGATGAACAGAACCCTATCTCACTTTCTTCTCCTG
TCTCATTCCAGGGTTTGTTCAGAGAAAACTACCAAGCATCAGCAACACCGTATATGATAT
ACCATGAGCAAAATTACAACCAAGTTAGAGAGAGCAAAGGGACAGGAGTGTTCATCCCAA
GATGTTCTCAGCCAAGAAGGAAACAATATAACAATTCTCATCAGAAGAAGCAAGGGAGAT
TCGGTTCCCTCATCCCCAAGCAACAGTATCCTCATCATGTTTATGACAACAACAACAACT
CCACAACTTTCAACAACAACCAAGAAAGCATCACCCTTCATCATGCAGCTTCTACTAACC
AAAGAAGAACCTACAGAGATGCAGCATCTCTGTTCACTTAAGTCTCAATCAAGATTCAAG
ACATGGATTTGTGTCATTAATTTCATATTATATATTGATTATTGATATTTATAGATTTTG
TGTTTGTAAAATCAGCAAATAATAAGAATGAAGGAGGAACCATCAATCC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3D996TF 619 0 0
GAACTCCACTTAAACCATATTTTCTTAAAACACTTCTTGAAAGGCTAGATATATGGCCAT
GGAAGTTGCTATGGACCTAGAGCTCGATGATGATGTCTTCTATGCAGACATAAGCAAACA
AATCAATCTCTTAATCACAGATGAAGATGAACAGAACCCTATCTCACTTTCTTCTCCTGT
CTCATTCCAGGGTTTGTTCAGAGAAAACTACCAAGCATCAGCAACACCGTATATGATATA
CCATGAGCAAAATTACAACCAAGTTAGAGAGAGCAAAGGGACAGGAGTGTTCATCCCAAG
ATGTTCTCAGCCAAGAAGGAATCAATATAACAATTCTCATCAGAAGAAGCAAGGGAGATT
CGGTTCCCTCATCCCCAAGCAACAGTATCCTCATCATGTTTATGACAACAACAACAACTC
CACAACTTTCAACAACAACCAAGAAAGCATCACCCTTCATCATGCAGCTTCTACTAACCA
AAGAAGAACCTACAGAGATGCAGCATCTCTGTTCACTTAAGTCTCAATCAAGATTCAAGG
CATGGATTTGTGTCATTAATTTCATATTATATATTGATTATTGATATTTATAGATTTTGT
GTTTGTAAA
TCAGCAATAT

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL4342Contig1 1337 2 10 U
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GAATCGTCTGGTGAAGAGAACATTGTGGAAGAGAGTCATAAGCTGGTTGACTCATTGGAC
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ATTGTTGTTGGAATGGCTGGCAGTGGAAAAACTAGTTTCCTTCATCGTTTGGTCTGCCAT
ACCTTTGATGCAAACAAGCGTGGGTATGTGTTGAACCTTGACCCTGCTGTTATGTCTCTT
CCTTTCGGTGCCAACATCGATATAAGGGACACTGTCAAGTACAAGGAAGTTATGAAGCAG
TATAATCTGGGCCCTAATGGTGCTATTATGACATCTCTCAACTTGTTTGCTACTAAATTC
GACGAGGTTGTCTCTGTGATTGAGAAACGTGCAGACCAGCTTGACTACGTCCTTGTGGAT
ACTCCTGGTCAGATTGAAATCTTCACATGGTCTGCTTCTGGGGCTATAATCACTGAAGCT
TTTGCTTCTACCTTCCCCAACTGTTGTCACCTATGTGGTTGATACTCCACGTTCCACAAG
CCCAATCACTTTCATGAGCAACATGCTCTACGCCTGTAGTATCCTCTACAAGACCCGGCT
GCCTCTTGTCTTGGCTTTCAACAAAACTGATGTGGCAGATCACAAGTTTGCTTTAGAGTG
GATGGAAGATTTCGAGGTGTTTCAAGCAGCGATACAGTCTGATAACTCGTACACATCGAC
CTTGGCTAACAGCCTCTCCCTCTCACTCTACGAGTTTTACCGGAATATAAGATCTGTTGG
TGTTTCTGCAATCACTGGTGCTGGAATGGATGACTTCTTCAAAGCCATTGAAGCAAGTGC
TGATGAATACATGCAAACTTACAAGGCTGATCTTGACAAGAGAAAGGCGGAGAAGGAGCA
GTTGGAAGAAGAGCGAAGGGAAAATGAAATGGAGAAACTGAGGAAGGATATGGAGAGTTC
TCAGGGAGGGACTGTGGTTCTAAACACTGGCTTGAAAGATAGAGACGCATCTGAGAAGAT
GATGGTTGAGGAAGAGGATGATGATGACTTTAAGATTGAAGAAGACAGTGATGATGCCAT
AGATGAGGATGAGGAAGATGAAGAGATGAATCGTTTCTACGTATAAATTAAACTCAAAAA
CTAAATCATTCAGACTTTATCAAGTTGCTTCAACTCGTTTTGTTTGTGCCCTTGCTTTGC
TTTCCCCGTTGTGTAGTTAAAACCATGGAGCCTGAATCTCTTTGTGAGACATGGTCTAAT
GATCTAATGATTATCAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B933TF U 1
AF RR3B933JQ C 517
BS 1 557 RR3B933TF
BS 558 558 RR3B933JQ
BS 559 764 RR3B933TF
BS 765 765 RR3B933JQ
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BS 789 789 RR3B933JQ
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BS 795 813 RR3B933TF
BS 814 1337 RR3B933JQ

RD RR3B933TF 813 0 0
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AAGCTTCGTGTTAGTGCTGGCAGCTCTTCCTCCAATTTCAAGAAGAAGCCTGTTATTATC
ATTGTTGTTGGAATGGCTGGCAGTGGAAAAACTAGTTTCCTTCATCGTTTGGTCTGCCAT
ACCTTTGATGCAAACAAGCGTGGGTATGTGTTGAACCTTGACCCTGCTGTTATGTCTCTT
CCTTTCGGTGCCAACATCGATATAAGGGACACTGTCAAGTACAAGGAAGTTATGAAGCAG
TATAATCTGGGCCCTAATGGTGCTATTATGACATCTCTCAACTTGTTTGCTACTAAATTC
GACGAGGTTGTCTCTGTGATTGAGAAACGTGCAGACCAGCTTGACTACGTCCTTGTGGAT
ACTCCTGGTCAGATTGAAATCTTCACATGGTCTGCTTCTGGGGCTATAATCACTGAAGCT
TTTGCTTCTACCTTCCC*AACTGTTGTCACCTATGTGGTTGATACTCCACGTTCCACAAG
CCCAATCACTTTCATGAGCAACATGCTCTACGCCTGTAGTATCCTCTACAAGACCCGGCT
GCCTCTTGTCTTGGCTTTCAACAAAACTGATGTGGCAGATCACAAGTTTGCTTTAGAGTG
GATGGAAGATTTCGAGGTGTTTCAAGCAGCGATACAGTCTGATA*CTCGTACACATCGAC
CTTGGCTA*CAGC*TCTCCCTCTCACTCTACGA

QA 1 813 1 813
DS 

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AGATCACAAGTTTGCTTTAGAGTGGATGGAAGATTTCGAGGTGTTTCAAGCAGCGATACA
GTCTGATAACTCGTACACATCGACCTTGGCTAACAGCCTCTCCCTCTCACTCTACGAGTT
TTACCGGAATATAAGATCTGTTGGTGTTTCTGCAATCACTGGTGCTGGAATGGATGACTT
CTTCAAAGCCATTGAAGCAAGTGCTGATGAATACATGCAAACTTACAAGGCTGATCTTGA
CAAGAGAAAGGCGGAGAAGGAGCAGTTGGAAGAAGAGCGAAGGGAAAATGAAATGGAGAA
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AGATAGAGACGCATCTGAGAAGATGATGGTTGAGGAAGAGGATGATGATGACTTTAAGAT
TGAAGAAGACAGTGATGATGCCATAGATGAGGATGAGGAAGATGAAGAGATGAATCGTTT
CTACGTATAAATTAAACTCAAAAACTAAATCATTCAGACTTTATCAAGTTGCTTCAACTC
GTTTTGTTTGTGCCCTTGCTTTGCTTTCCCCGTTGTGTAGTTAAAACCATGGAGCCTGAA
TCTCTTTGTGAGACATGGTCTAATGATCTAATGATTATCAC

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 2

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ATTCCAACTTTGTGTCTCTTTCGAACTTCCGAGTCATCTTTTAAACGTACAGCACCAGGG
TTATAAAAGAGACTTTTGAAACAATGTCAGGATTTCCAGGTTTGAGCTTTCTAGGCCCCA
AAAGCAAGAACGCGGTTGTAGCGGGAGGCTTGACAGCTTTTGTATTTGGGGTATATTTCT
ACACAATGAAGGCTGTTGGTGGCACGGACGAGCTTCAAATGGCTATAGACAAGTTCGAAG
ACCAGAAACATGTTGAGACCGACCCCAAGCTTCCATCAGAAGCATGAAGATCTTCACTTG
CTTGATATGTCAAAGGAAACTCATTGCCTATCTTTTATCTTTTCTTTTTTTTTTGTCTTT
TTTCAAAAGCGTCGATTGGCATCTGTGTTTCCAGTCCTTGATACAATGGTCCGAATAAGA
GAATTTCCTGATCAAGAAGACTTCGTTTTGATGTTATTGACATTGTGTTAAGTTGTCATC
ATAATCTCTCGTACCTATATGTATGTTACAATGTTTCGTTATCC


BQ
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AF RR3E587JQ C 1
AF RR3E587TF U 1
BS 1 3 RR3E587JQ
BS 4 644 RR3E587TF

RD RR3E587JQ 644 0 0
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ATTCCAACTTTGTGTCTCTTTCGAACTTCCGAGTCATCTTTTAAACGTACAGCACCAGGG
TTATAAAAGAGACTTTTGAAACAATGTCAGGATTTCCAGGTTTGAGCTTTCTAGGCCCCA
AAAGCAAGAACGCGGTTGTAGCGGGAGGCTTGACAGCTTTTGTATTTGGGGTATATTTCT
ACACAATGAAGGCTGTTGGTGGCACGGACGAGCTTCAAATGGCTATAGACAAGTTCGAAG
ACCAGAAACATGTTGAGACCGACCCCAAGCTTCCATCAGAAGCATGAAGATCTTCACTTG
CTTGATATGTCAAAGGAAACTCATTGCCTATCTTTTATCTTTTCTTTTTTTTTTGTCTTT
TTTCAAAAGCGTCGATTGGCATCTGTGTTTCCAGTCCTTGATACAATGGTCCGAATAAGA
GAATTTCCTGATCAAGAAGACTTCGTTTTGATGTTATTGACATTGTGTTAAGTTGTCATC
ATAATCTCTCGTACCTATATGTATGTTACAATGTTTCGTTATCC

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3E587TF 644 0 0
GGG
GGGTTTTAAGGGTTTCAATAGACAAGACCAGGCATCAACGAACCAGCTGTCTCGTCACCT
AAATAAGAAACCTTTAAGGCTTCTGCAGTATTGGGCACACTTCTCCGTGGGAAAAAGATT
CCAACTTTGTGTCTCTTTCGAACTTCCGAGTCATCTTTTAAACGTACAGCACCAGGGTTA
TAAAAGAGACTTTTGAAACAATGTCAGGATTTCCAGGTTTGAGCTTTCTAGGCCCCAAAA
GCAAGAACGCGGTTGTAGCGGGAGGCTTGACAGCTTTTGTATTTGGGGTATATTTCTACA
CAATGAAGGCTGTTGGTGGCACGGACGAGCTTCAAATGGCTATAGACAAGTTCGAAGACC
AGAAACATGTTGAGACCGACCCCAAGCTTCCATCAGAAGCATGAAGATCTTCACTTGCTT
GATATGTCAAAGGAAACTCATTGCCTATCTTTTATCTTTTCTTTTTTTTTTGTCTTTTTT
CAAAAGCGTCGATTGGCATCTGTGTTTCCAGTCCTTGATACAATGGTCCGAATAAGAGAA
TTTCCTGATCAAGAAGACTTCGTTTTGATGTTATTGACATTGTGTTAAGTTGTCATCATA
ATCTCTCGTACCTATATGTATGTTACAATGTTTCGTTATCC

QA 4 644 4 644
DS 



AS 1 3

CO CL4344Contig1 1126 3 4 U
GGGACCAAGGACCATACAACACAACACCATTTGCAAACAACTTCTGCTTTCTCTCACTGA
GTTTTTGAAATGAGAGGGATGAAGAGTCTAACTATTTGGGCTCTCTTTGCTGCTTTACTC
TCACAGCAGCTGTTTGCTTCCGTTACTTCCATAAGGTTCGAAGATGAGAAGACATACTAC
TCTCCTCCCTCTGGACACGGCGGTTACACTCCCACCCCTAACTGTGGAAGTCCACCTTAC
GACCCAACTCCTTCAACTCCATCTCACACTCCAACTCCTTCGACTCCATCTCACACTCCA
ACCCCACACACACCAACTCACCACACGCCTCCTTGTAACTGTGGGACTCCACCTCACGAC
CCTTCCACACCTTCTCACCCTTCTACACCATCACATCCTTCGACGCCTTCACACCCTTCA
ACGCCTCCCTCGGGTGGATATTACTCTCCACCAAGTACTCCAGTCGTTGTGACTCCACCA
ACACCCATTGTTGTAGGAAGCCCACCAACTCCTATTATTGACCCTGGCACTCCTGGAACT
CCTTTCGTTCCTGCTCCTTTTCCACCAATCACTGGAACATGCGATTACTGGAGAAACCAC
CCTACACTCATATGGGGTCTTCTTGGCTGGTGGGGAACCGTTGGTGGAGCGTTTGGTACA
GTCAGTACTTCCAGTAGCATTCCAGGCTTTGATCCTCACATGAACCTTTTTCAGGCACTT
TCCAATACCCGCACCGATGCTATTGGATCTTTTTACCGTGAAGGCACAGGGTTTTGGTTA
AACTCCATGGTCAGCAACAAGTTCCCTTTCACAACCTCTCAAGTCAGAGACCACTTTGTG
GCAGGACTTTCCTCAACCAAGGCAGCAACAAAGCAGGCTCATACCTTCAAGCTTGCTAAT
GAAGGTCGTTTAGAGCCTAGAAACTAGAAACAAGAGAGTTTTTCATTTATCACAGTCGTT
TGTTGGTTTGCATTAAAACAGTCTTGATTAATTATCCTATGCAGTGTGTGTGCTCATTAG
AGTTTTAGAGTGTCCTATAGCTTTTAGTAATATTTATGATGGATACTCCTTTTATATTTG
TTGTTTTAAAATTTTCTTGATTTTAATAATAGTAGTACTATTTATT


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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CAT

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CCCCACACACACCAACTCACCACACGCCTCCTTGTAACTGTGGGACTCCACCTCACGACC
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QA 1 504 1 504
DS 



AS 1 3

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TGTTT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3BQ55TF U 10
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GG
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TTCGTTGGGTTAGTGCGTTTGGTGAATCAATGTCAATCAAAACTAATTACAAGAATATTT
TTTCTATGTACAACCCAAATAATGTGAGAGGGGATGCGAAATTGTTTGCCAAGAGGGCGA
TGAATTTTTTGTCTGAGCTAACACTTAAAGTCAAGAAAAACACGGGGGCTAGTCTTGTCA
TCATATATTACGCGGCAGGA
AAAA

QA 3 622 3 622
DS 

RD RR3BD52TF 836 0 0
GGATCAAAATCATCTTCTATTGAAAAACAATAAAATTTAAACAATGAAATTTTCATATTC
TCTATCCAAACGATTTGTTTTTCTTAATTTGGCCATCCAATTCCTCATTACACATAGTGT
TTCCTCACTGAACATTACCAATGAGTATCTCAACCACAAATGCCTCCTTAATCAAGGGAT
ATATAATGTTGGA*GTGAATACGAGAACAACCTCAACATTCTCTTTCGTAAAGTTCGTAC
TGATGGTTATGCTCAGACGGGTTCCATGCACCTAAGTAAGGACCCGAATTTTGATCCTCT
CACCGTCATGTTCCAGTGTCGTGGTGACTCTTATGGATCTAAATGCCGTACATGCGCTGA
CACTGCAGTCGCTGGGTTTCGTAAAAGATGTCTGAGGAACAAAGGAGGTATAATATGGTA
CGACCAATGTTTTCTTTGGGTTAGTGCGTTTGGTGAATCAATGTCAATCAAAACTAATTA
CAAGAATATTTTTTCTATGTACAACCCAAATAATGTGAGAGGGGATGCGAAATTGTTTGC
CAAGAGGGCGATGGATTTTTTGTCTGAGCTAACACTTAAAGTCAAGAAAAACACGGGGGC
TAGTTATGTCATCATATATTACGCGGCAGGAGAAAAGAAGTTCGGGAAAATTACATTATA
TGCAATGGTGCAGTGTGTAAGCGAAACAATAGATTGTAAAAGTTGTTTGACATGGAGTAT
AACAAAGCTTTTCAAGAACGGCGACATTAAACAAGGAGCGAGAATTTTGGGTGTGAACTG
TGACGTAAGATATGAGCTATACC*TTTTCTTAG*AGTTAAGCATTTTTTT
ATAGTG

QA 1 830 1 830
DS 

RD RR3BQ55JQ 651 0 0
AGTGTCGTGGTGACTCTTATGGATCTAAATGCCGTACATGCGCTGACACTGCAGTCGCTG
GGTTTCGTAAAAGATGTCTGAGGAACAAAGGAGGTATAATATGGTACGACCAATGTTTTC
GTTGGGTTAGTGCGTTTGGTGAATCAATGTCAATCAAAACTAATTACAAGAATATTTTTT
CTATGTACAACCCAAATAATGTGAGAGGGGATGCGAAATTGTTTGCCAAGAGGGCGATGA
ATTTTTTGTTTGAGCTAACACTTAAAGTCAAGAAAAACACGGGGGCTAGTCTTGTCATCA
TATATTACGCGGCAGGA*AAAAGAAGTTCGGGAAAATTACATTATATGCAATGGTGCAGT
GTGTAAGCGAAACAATAGATTGTAAAAGTTGTTTGACATGGAGTATAACAAAGCTTTTCA
AGAACGGCGACATTAAACAAGGAGCGAGAATTTTGGGTGTGAACTGTGACGTAAGATATG
AGCTATACCCTTTTCTTAGGAGTTAAGCATTTTTTTTATAGTGGTGATGAATACATCCTC
TTCATAATTTCCAATTATATTTTAGTGTTGTTTACCTTTATTCTTTTTTTTCTGAAATGT
AAGATTCATATTTTAATAACTAGTGTTTATAAAAACAGATCAAAATTGTTT

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 3

CO CL4346Contig1 925 3 5 U
CCCTAATCAATCAATCAATCATGCCTTCCGGTGCTAAGAAAAGGAAAGCCGCCAAGAAAA
AGCAGCAACAAGAAGCCTCTTCTACTCTCAAATCAACCAACCATGGATCTACTGAGGAAG
AAGCTGTCAGAATCTTAAAGGAAACTGATGAGCGTATAGAGATCACTGATTCAAGCCATG
ATCATGACAAGAGCTCTAGCAGCAACAGCAGTAGCGGTAGTGGTAGTGGTGGTAGCAGCA
GCTCTGATGATGATGAATCCCATGAAGTCAAGGAGGAGACTGAAGTGATCATCACTGTGC
CAAGTCAACCTGTTCCTGTTGCTGGAGACGCTCCTTTTATTGGTTCTACTGCTAATGCGA
TTGTAGAGAATGTCGGTTTGATGGATTCAACTACACCTAGTGATCCAGAGACTGAGAACA
TTGTTGTGACCTCCTCTGTTGAAGCTTCTCTTGCATCTGATGAGAGTAAGCAGGCGTCTT
CAAGCACGACTGGCTCTGATAAAAAAGAACTAAAAAAATGTGTTCCTGAAGGGAGCAAAG
AGTCTCAAGTTGTCATTTCTCATGTGGAAGAGGATCCGGTGCGACCAACACATGGAGTTG
CGCAAAGAACCTCATGGTTAAGTTGTTGTGGCTTGTTTGATGTGATGACAGGATCCAGTA
GATAAGCTCAGAAACTTGAGCCGCCTATAAAGCCAGAAGCTGCAATAATGCTAAATGTAA
TGAATGTCTCTCTCTCTCTTTCACTTATACCTTTTCTCATATGAAATAGAACTCAGCTTC
TAGTAGTAGTCTCTTCATTAGCAGGCATGTCTGCATAGTCTTCCCTTTCGCTCTGTACCA
TTACTTGTCTATTGTTGTTTTTGTTCTCTCAGGTTCTGAGACTTTGAGACTGTTGTTGTT
GGCCAATTTATGTAACGATTAAATC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C411TF U 1
AF RR3FL57TF U 3
AF RR3C411JQ C 170
BS 1 570 RR3C411TF
BS 571 770 RR3FL57TF
BS 771 771 RR3C411JQ
BS 772 795 RR3FL57TF
BS 796 925 RR3C411JQ

RD RR3C411TF 570 0 0
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CAAGCACGACTGGCTCTGATAAAAAAGAACTAAAAAAATGTGTTCCTGAAGGGAGCAAAG
AGTCTCAAGTTGTCATTTCTCATGTGGAAG

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3FL57TF 793 0 0
GG
AATCAATCAATCAATCATGCCTTCCGGTGCTAAGAAAAGGAAAGCCGCCAAGAAAAAGCA
GCAACAAGAAGCCTCTTCTACTCTCAAATCAACCAACCATGGATCTACTGAGGAAGAAGC
TGTCAGAATCTTAAAGGAAACTGATGAGCGTATAGAGATCACTGATTCAAGCCATGATCA
TGACAAGAGCTCTAGCAGCAACAGCAGTAGCGGTAGTGGTAGTGGTGGTAGCAGCAGCTC
TGATGATGATGAATCCCATGAAGTCAAGGAGGAGACTGAAGTGATCATCACTGTGCCAAG
TCAACCTGTTCCTGTTGCTGGAGACGCTCCTTTTATTGGTTCTACTGCTAATGCGATTGT
AGAGAATGTCGGTTTGATGGATTCAACTACACCTAGTGATCCAGAGACTGAGAACATTGT
TGTGACCTCCTCTGTTGAAGCTTCTCTTGCATCTGATGAGAGTAAGCAGGCGTCTTCAAG
CACGACTGGCTCTGATAAAAAAGAACTAAAAAAATGTGTTCCTGAAGGGAGCAAAGAGTC
TCAAGTTGTCATTTCTCATGTGGAAGAGGATCCGGTGCGACCAACACATGGAGTTGCGCA
AAGAACCTCATGGTTAAGTTGTTGTGGCTTGTTTGATGTGATGACAGGATCCAGTAGATA
AGCTCAGAAACTTGAGCCGCCTATAAAGCCAGAAGCTGCAATAATGCTAAATGTAATGAA
TGTCTCTCTCTCTCTTTCACTTATACCTTTTCTCATATGAAATAGA*CTCAGCTTCTAGT
AGTAGTCTCTT

QA 3 793 3 793
DS 

RD RR3C411JQ 756 0 0
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TGGTAGCAGCAGCTCTGATGATGATGAATCCCATGAAGTCAAGGAGGAGACTGAAGTGAT
CATCACTGTGCCAAGTCAACCTGTTCCTGTTGCTGGAGACGCTCCTTTTATTGGTTCTAC
TGCTAATGCGATTGTAGAGAATGTCGGTTTGATGGATTCAACTACACCTAGTGATCCAGA
GACTGAGAACATTGTTGTGACCTCCTCTGTTGAAGCTTCTCTTGCATCTGATGAGAGTAA
GCAGGCGTCTTCAAGCACGACTGGCTCTGATAAAAAAGAACTAAAAAAATGTGTTCCTGA
AGGGAGCAAAGAGTCTCAAGTTGTCATTTCTCATGTGGAAGAGGATCCGGTGCGACCAAC
ACATGGAGTTGCGCAAAGAACCTCATGGTTAAGTTGTTGTGGCTTGTTTGATGTGATGAC
AGGATCCAGTAGATAAGCTCAGAAACTTGAGTCGCCTATAAAGTCAGAAGCTGCAATAAT
GCTAAATGTAATGAATGTCTCTCTCTCT**TTCACTTATACCTTTTCTCATATGAAATAG
AACTCAGCTTCTAGTAGTAGTCTCTTCATTAGCAGGCATGTCTGCATAGTCTTCCCTTTC
GCTCTGTACCATTACTTGTCTATTGTTGTTTTTGTTCTCTCAGGTTCTGAGACTTTGAGA
CTGTTGTTGTTGGCCAATTTATGTAACGATTAAATC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 3

CO CL4347Contig1 945 3 9 U
AAGAAGCTGGCTTTCTTTTATTATATTAAACAAAATAAGAAGGCTCACTAACAAGAGATA
CGAGTGGAAGAGAAAAGCTACGGATTTCTTCTTCTAGTCTTCCTAAAAACTTCAACTGAT
GAGATAAAAGACAGACCAAACTACTAACGTTGTACATACAAGGTAAAGCTGTTCTAGTCA
TTAAGCCAACCGCCAGATCTACCCATATAAGGGTAGTTCGGGCCAGGGGCAAACCCCATT
GGACTCATCCCAAAGTCTCCAGGTGGTGGTGGTGGTTGCTGCGGAAAGCCATGAGGATCA
TAGAAATTGTGTCCACCAGGTTGCATTGGAGCCTGAGGTGGGAAAGAGCCCATCCTCTGG
TAATTCATTTCATCAAAATGAGGTGCATAACGTTGTTGCAATGGATGAAATGCATTGTCC
ATCAGATTTGGAGGTGGAGGTGCTAACATGGGACCCAAGTGCCCACCGTACTGCTGCGGA
TACACTTCAGGACCAACCCCTCTACTGAAGTCAGAGTATCCTCGGTAGTCAAACATCTCG
TTAGGACCATTCCTCATAATAGATGGTGCCAATGGAAACTGATCCGGTATCAATGGAGGA
TCCGGCATTCTGTAGTCTCCCCTCATACCATATCTAGCAGCAAGACCATCGTCGAAATGG
GATAAACTTGGAACATAAGATTGTTCAAAAGCTTCATATGGTTTCTCACTCGTATTTGCT
GTTGATGGACGAACAGAGTAACTCTCCTCTCTAGAAGATCTTGAAGAGCTCGTCGGTCGA
TTTCGCATCTCTTCAGCTTTCCTAATGCCCTGCACTTTATTACTATCAGGTTCTCTAATA
TCCTTTCCCAAGTTACTTTTCTTCCTTCTTAATGCAGGCAGAGATGCTTCTACAGGCTCG
TGAGATCTTTGTGGTGACACGTTGGAAATTGATGTGCAGACCCCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC92JQ U 1
AF RR3FH31JQ U 1
AF RR3GP79TF C 247
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BS 56 56 RR3FH31JQ
BS 57 771 RR3FC92JQ
BS 772 800 RR3FH31JQ
BS 801 801 RR3GP79TF
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BS 805 805 RR3GP79TF
BS 806 819 RR3FH31JQ
BS 820 945 RR3GP79TF

RD RR3FC92JQ 771 0 0
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TTAAGCCAACCGCCAGATCTACCCATATAAGGGTAGTTCGGGCCAGGGGCAAACCCCATT
GGACTCATCCCAAAGTCTCCAGGTGGTGGTGGTGGTTGCTGCGGAAAGCCATGAGGATCA
TAGAAATTGTGTCCACCAGGTTGCATTGGAGCCTGAGGTGGGAAAGAGCCCATCCTCTGG
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GTTGATGGACGAACAGAGTAACTCTCCTCTCTAGAAGATCTTGAAGAGCTC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3FH31JQ 822 0 0
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CGAGTGGAAGAGAAAAGCTATGGATTTCTTCTTCTAGTCTTCCTAAAAACTTCAACTGAT
GAGATAAAAGACAGACCAAACTACTAACGTTGTACATACAAGGTAAAGCTGTTCTAGTCA
TTAAGCCAACCGCCAGATCTACCCATATAAGGGTAGTTCGGGCCAGGGGCAAACCCCATT
GGACTCATCCCAAAGTCTCCAGGTGGTGGTGGTGGTTACTGCGGAAAGCCATGAGGATCA
TAGAAATTGTGTCCACCAGGTTGCATTGGAGCCTGAGGTGGGAAAGAGCCCATCCTCTGG
TAATTCATTTCATCAAAATGAGGTGCATAACGTTGTTGCAATGGATGAAATGCATTGTCC
ATCAGATTTGGAGGTGGAGGTGCTAACATGGGACCCAAGTGCCCACCGTACTGCTGCGGA
TACACTTCAGGACCAACCCCTCTACTGAAGTCAGAGTATCCTCGGTAGTCAAACATCTCG
TTAGGACCATTCCTCATAATAGATGGTGCCAATGGAAACTGATCCGGTATCAATGGAGGA
TCCGGCATTCTGTAGTCTCCCCTCATACCATATCTAGCAGCAAGACCATCGTCGAAATGG
GATAAACTTGGAACATAAGATTGTTCAAAAGCTTCATATGGTTTCTCACTCGTATTTGCT
GTTGATGGACGAACAGAGTAACTCTCCTCTCTAGAAGATCTTGAAGAGCTCGTCGGTCGA
TTTCGCATCTCTTCAGCTTTTCTA*TGCCCTGCACTTTA
CTC

QA 1 819 1 819
DS 

RD RR3GP79TF 699 0 0
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TTGTGTCCACCAGGTTGCATTGGAGCGTGAGGTGGGAAAGAGCCCATCCTCTGGTAATTC
ATTTCATCAAAATGAGGTGCATAACGTTGTTGCAATGGATGAAATGCATTGTCCATCAGA
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TCAGGACCAACCCCTCGACTGAAGTCAGAGTATCCTCGGTAATCAAACATCTCGTTAGGA
CCATTCCTCATCATAGATGGTGCCAATGGAAACTGATCCGGTATCAATGGAGGATCCGGC
ATTCTGTAGTCCCCCCTCATACCATATCTAGCAGCAAGACCATCGTCGAAATGGGATAAA
CTTGGAACATAAGATTGTTCAAAAGCTTCAAATGGTTTCTCACTCGTATTTGCTGTTGAT
GGACGAACAGAGTAACTCTCCTCTCTAGAAGATCTTGAAGAGCTCGTCGGTCGATTTCGC
ATCTCTTCAGGTTTCCTAATGCCCTGCACTTTATTACTATCAGGTTCTCTAATATCCTTT
CCCAAGTTACTTTTCTTCCTTCTTAATGCAGGCAGAGATGCTTCTACAGGCTCGTGAGAT
CTTTGTGGTGACACGTTGGAAATTGATGTGCAGACCCCT

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 3

CO CL4348Contig1 970 3 6 U
GGGTAGTAGTTCTAACGCGACATCCCGTAAAATCCTCCGTTCGATCGGATCGAGTCGAAT
CGAGGATCTAGAAGGGGTTCGAAAAGATGTCGCAACAGTCGCTGATCTACAGCTTCGTGG
CACGCGGGACGGTGATCCTCGTGGAGTTCACAGATTTCAAAGGCAACTTCACAACCATCG
CCGCACAGTGCCTCCAGAAACTCCCCTCTTCCAACAACAAGTTCACCTACAACTGCGACG
GTCACACCTTCAACTACCTCGTCGAAGATGGCTTCACCTACTGTGTTGTTGCTGTTGAAT
CTGCTGGGAGGCAGATCCCGATGGCCTTTTTGGAAAGAGTAAAGGAGGATTTTAACAAGA
GATATGGTGGTGGAAAGGCTGCAACTGCTCAAGCTAACGGCTTGAATAAAGAGTTCGGCT
CTAAGCTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTG
CTAAGGTTAAGGCGCAAGTGTCTGAGGTTAAGGGTGTTATGATGGAGGACATCGAGAAGG
TTCTTGACCGTGGTGAGAAAATTGAGCTTCTTGTGGACAAAACTGAGAACCTTCGCTCAC
AGGCACAAGACTTCAGAACAACAGGAACTCAGATGAGAAGAAAGATGTGGCTTCAGAACA
TGAAGATAAAACTCATAGTTCTCGCCATCATCATCGCACTGATTCTCATAATCGTGCTCT
CAGTTTGCCATGGCTTCAAGTGCTAAAAGCCCAGGAAAAAAAATTCAAAACTCTCTTGAG
ATCTTTCTCACTCGGTACATCGTGTACTTGCCCCTTTTCCCTTTATTTCCCCTATCATCA
TCATTCTAATGTTTCTGCTCGAATTGGTTTTTGTATAGATATATATGTAAGCTTCACGTT
TGCTTATATTACTTGTTGCACCTGATGACGTTGATCCCCAAGAGATCTAAAACTATTAAA
TGATTTTGTC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BN77TF U 5
AF RR3AM04TF U 1
AF RR3BN77JQ C 144
BS 1 398 RR3AM04TF
BS 399 399 RR3BN77TF
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BS 528 528 RR3BN77TF
BS 529 858 RR3AM04TF
BS 859 970 RR3BN77JQ

RD RR3BN77TF 616 0 0
AGTAGTTCTAACGCGACATCCCGTAAAATCCTCCGTTCGATCGGATCGAGTCGAATCGAG
GATCTAGAAGGGGTTCGAAAAGATGTCGCAACAGTCGCTGATCTACAGCTTCGTGGCACG
CGGGACGGTGATCCTCGTGGAGTTCACAGATTTCAAAGGCAACTTCACAACCATCGCCGC
ACAGTGCCTCCAGAAACTCCCCTCTTCCAACAACAAGTTCACCTACAACTGCGACGGTCA
CACCTTCAACTACCTCGTCGAAGATGGCTTCACCTACTGTGTTGTTGCTGTTGAATCTGC
TGGGAGGCAGATCCCGATGGCCTTTTTGGAAAGAGTAAAGGAGGATTTTAACAAGAGATA
TGGTGGTGGAAAGGCTGCAACTGCTCAAGCTAACGGCTTGAATAAAGAGTTCGGCTCTAA
GCTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAA
GGTTAAGGCGCAAGTGTCTGAGGTTAAGGGTGTTATGATGGAGGACATCGAGAAGGTTCT
TGACCGTGGTGAGAAAATTGAGCTTCTTGTGGACAAAACTGAGAACCTTCGCTCACAGGC
ACAAGACTTCAGAACA

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3AM04TF 858 0 0
GGGTAGTAGTTCTAACGCGACATCCCGTAAAATCCTCCGTTCGATCGGATCGAGTCGAAT
CGAGGATCTAGAAGGGGTTCGAAAAGATGTCGCAACAGTCGCTGATCTACAGCTTCGTGG
CACGCGGGACGGTGATCCTCGTGGAGTTCACAGATTTCAAAGGCAACTTCACAACCATCG
CCGCACAGTGCCTCCAGAAACTCCCCTCTTCCAACAACAAGTTCACCTACAACTGCGACG
GTCACACCTTCAACTACCTCGTCGAAGATGGCTTCACCTACTGTGTTGTTGCTGTTGAAT
CTGCTGGGAGGCAGATCCCGATGGCCTTTTTGGAAAGAGTAAAGGAGGATTTTAACAAGA
GATATGGTGGTGGAAAGGCTGCAACTGCTCAAGCTAACAGCTTGAATAAAGAGTTCGGCT
CTAAGCTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGATCATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTG
CTAAGGTTAAGGCGCAAGTGTCTGAGGTTAAGGGTGTTATGATGGAGAACATCGAGAAGG
TTCTTGACCGTGGTGAGAAAATTGAGCTTCTTGTGGACAAAACTGAGAACCTTCGCTCAC
AGGCACAAGACTTCAGAACAACAGGAACTCAGATGAGAAGAAAGATGTGGCTTCAGAACA
TGAAGATAAAACTCATAGTTCTCGCCATCATCATCGCACTGATTCTCATAATCGTGCTCT
CAGTTTGCCATGGCTTCAAGTGCTAAAAGCCCAGGAAAAAAAATTCAAAACTCTCTTGAG
ATCTTTCTCACTCGGTACATCGTGTACTTGCCCCTTTTCCCTTTATTTCCCCTATCATCA
TCATTCTAATGTTTCTGC

QA 1 858 1 858
DS 

RD RR3BN77JQ 827 0 0
TGGAGTCACAGA
TTCAAAGGCA*CTTCACAACCATCGCCGCACAGTGCCTCCAGAAACTCCC*TCTTCCAAC
AACAAGTTCAC*TACAACTGCGACGGTCACACCT*CAACTACCTCGTCGAAGATGGCTTC
ACCTACTGTGTTGTTGCTGTTGAATCTGCTGGGAGGCAGATCCCGATGGCCTTTTTGGAA
AGAGTAAAGGAGGATTTTAACAAGAGATATGGTGGTGGAAAGGCTGCAACTGCTCAAGCT
AACGGCTTGAATAAAGAGTTCGGCTCTAAGCTGAAAGAGCACATGCAGTATTGTATGGAT
CATCCTGATGAGATTAGCAAGCTTGCTAAGGTTAAGGCGCAAGTGTCTGAGGTTAAGGGT
GTTATGATGGAGGACATCGAGAAGGTTCTTGACCGTGGTGAGAAAATTGAGCTTCTTGTG
GACAAAACTGAGAACCTTCGCTCACAGGCACAAGACTTCAGAACAACAGGAACTCAGATG
AGAAGAAAGATGTGGCTTCAGAACATGAAGATAAAACTCATAGTTCTCGCCATCATCATC
GCACTGATTCTCATAATCGTGCTCTCAGTTTGCCATGGCTTCAAGTGCTAAAAGCCCAGG
AAAAAAAATTCAAAACTCTCTTGAGATCTTTCTCACTCGGTACATCGTGTACTTGCCCCT
TTTCCCTTTATTTCCCCTATCATCATCATTCTAATGTTTCTGCTCGAATTGGTTTTTGTA
TAGATATATATGTAAGCTTCACGTTTGCTTATATTACTTGTTGCACCTGATGACGTTGAT
CCCCAAGAGATCTAAAACTATTAAATGATTTTGTC

QA 13 827 13 827
DS 



AS 1 3

CO CL4349Contig1 1272 3 20 U
AAACCAATCTTTATAAAAATCGTCATGAATGTAATGATTGACATGTAACCCCTCAACGGG
TAACTCTTCGATGTTTCCTTTAAAAGCAAAATATACTCTCAGACTGGTTGGCAGAACAAA
TAGAAAGAAAATTAGTTGTAAAACAGGCAAATCCTACTCAATGATTCCGGCGCCACCGTC
GATATCAACGTCCCCCATCCCTGTGTCCTCTTCTTCTTCTCCACTTCCTTCATCGCCGCT
AATTTCTTCATTATCCATTCGCAGCTTCGCCATGTGTTCTGTCAGCAACTTATCATCCCG
TTCACTCACAGCTCTAGATGCCTCTTTAACGACGAGCTTGCCTTTGTGTTTCTCAATTGT
CTCAGTGCAAGCTACTATAGCCTCGTCTAGAATTTTAATCCCTTGGTCCTTGTCAAGAGT
ATGAGTAGTAAGGACATACAGAGGTGGAGCAACCAGTTTAATCTTAACAGGACAAGCATC
GTTTCCAGCAGCTTCAGCCTTTCTCATGGCCTCCTTGATGTGAACAACTCCGTCAAACTG
AAAACATTTCAACTCGATATCAGCACGGATTTTCATTGGCTGTGGAGTCATTCTCCTCCT
AATGTCCTTCACAAGTGCTTCTTTCACTCCTTCCGTAACAGCAGGTACAACTTTAGTCAC
CTCCTGCCCATCAGGACCAACTTCTTTGATCTCACGGGTGAGTGAACCCAACACAGAATC
AGGATCAGTCACTAAACCTTGAAGGCCTCAAAAGCATGACCATACTTTCGGTACAAAGGC
CAACCAATGTTCACATACAAGTCCTCCAAATCGAGAGAAAGAGTCTCAGCAACGTGGCGC
ATGATAGAATGAACGAGCTTGCTCTTGTTATACCTCTCTTCACAAGTCTGGATATCCTCC
TCGCTAACCCTGCGTTTGCTCAGATCAATGTACCCCCTCTCCTTGTCCACACGCAGGACC
ATGACGGGCTCGATTTTCCCGACCTTGATCAGGCTGCTAACGCTCCGGATCCGACGGCGG
GAGAGCTCAGAGAAGAGGATCATCCCTTCGGTGTTGTTGTACTCGAGGAGCGACACGTAG
GCTCCCATGTCGGCGATGCTCTTGACCTGGATCATCACCGCCATGTCTACTTCCGGGTAC
TTGGCTTCGTACATCCGGCACTCTAGATTCGGTGTCGTCATGTTTGGGGAGATTGAGAGA
GAGAGCTCTAATTGGATATGATGTAACGCAGAAGCTGTGAGTGAGGCGGAGAGATTTTAG
GGTTTTAAAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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ACCAACTTCTTTGATCTCACGGGTGAGTGAACCCAACACAGAA

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AATTTCTTCATTGTCCATTCGTAGCTTCGCCATGTGTTCTGTCAGCAACTTATCATCCCG
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CTCAGTGCAAGCTACTATAGCCTCGTCTAGAATTTTAATCCCTTGGTCCTTGTCAAGAGT
ATGAGTAGTAAGGACATACAGAGGTGGAGCAACCAGTTTAATCTTAACAGGACAAGCATC
GTTTCCAGCAGCTTCAGCCTTTCTCATGGCCTCCTTGATGTGAACAACTCCGTCAAACTG
AAAACATTTCAACTCGATATCAGCACGGATTTTCATTGGCTGTGGAGTCATTCTCCTCCT
AATGTTCTTCACAAGTGCTTCCTTCACTCCTTCCGTAACAGCAGGTACAACTTTAGTCAC
CTCCTGCCCATCAGGACCAACTTCTTTGATCTCACGGGTGAGTGAACCCAACACAGAATC
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ACCCTGCGTTTGCTCAGATCAATGTACCCCCTCTCCTTGTCCACACGCAGGACCATGACG
GGCTCGATTTTCCCGACCTTGATCAGGCTGCTAACGCTCCGGATCCGACGGCGGGAGAGC
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ATGTCGGCGATGCTCTTGACCTGGATCATCACCGCCATGTCTACTTCCGGGTACTTGGCT
TCGTACATCCGGCACTCTAGATTCGGTGTCGTCATGTTTGGGGAGATTGAGAGAGAGAGC
TCTAATTGGATATGATGTAACGCAGAAGCTGTGAGTGAGGCGGAGAGATTTTAGGGTTTT
AAAGCG

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DS 



AS 1 3

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CCACGCCGCCGTTTCTGTTATCGCTACGGCCGACATTAAAGGAACAGCACCACTTACTTC
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CCATCGCAGGGTTGTGCTCAAAGGGAGAGCAATAAAGGCGCAATCGAAAGAAGAAGCAAG
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TGTCATTGATTGGAATCCTTATCTCTCTGAAGGCACCCGACAGGCTGCTGCTACAACAAC
TAGCTTGGCGAACAAGTATGGAGCTGATATCACAGTTGTAGTCATAGACGAAGAAAAGAG
AGAATCATCTTCGGAGCACGAGACTCAAGTCTCCAACATCCGGTGGCATCTAGCAGAAGG
TGGTTTCGAGGAGTTCAAGCTCTTGGAGAGGCTTGGGGAAGGGAAAAAGGCCACGGCTGT
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CCACTCCAAGTTCATCGACGCCAATTTGCTTGCTGAGTTCATCCCCTGCCCCGTCCTCCT
CTTGCCCTTATGAATTCAAATATTTGCTCGTCTTCTCCTTCCATGCTTCCTTGACTATTT
CCCAATCGTTTTCTTGTATGTATTGTCTGGGGAACGCATAGCAGAGACTAGAGAGAATTG
TGAGATGCATGTACCAGACATCTTCTGTATTTATTACGATGGTTCTGTCTGTGTGTCCTT
TGTGGTTGTTTTTCCTTAGTCCGTCACATATTAGTTACACTCTATTTATTAACGTGTTGG
GTCAAATTAGGAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF08TF U 1
AF RR3F625TF U 338
AF RR3EF08JQ C 144
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BS 874 913 RR3EF08JQ

RD RR3EF08TF 728 0 0
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CCACGCCGCCGTTTCTGTTATCGCTACGGCCGACATTAAAGGAACAGCACCACTTACTTC
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CCATCGCAGGGTTGTGCTCAAAGGGAGAGCAATAAAGGCGCAATCGAAAGAAGAAGCAAG
TATTCCTCCTCCGGTGGGAGATGCATTTACTAATAGTACTGTCAAGCATCTTCTCCTGCC
TGTCATTGATTGGAATCCTTATCTCTCTGAAGGCACCCGACAGGCTGCTGCTACAACAAC
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AGAATCATCTTCGGAGCACGAGACTCAAGTCTCCAACATCCGGTGGCATCTAGCAGAAGG
TGGTTTCGAGGAGTTCAAGCTCTTGGAGAGGCTTGGGGAAGGGAAAAAGGCCACGGCTGT
AATAGGAGAGGTGGCGGATGAACTGGGGACAGAGCTGGTTGTTATGAGCATGGAAGCCAT
CCACTCCAAGTTCATCGACGCCAATTTGCTTGCTGAGTTCATCCCCTGCCCCGTCCTCCT
CTTGCCCTTATGAATTCAAATATTTGCTCGTCTTCTCCTTCCATGCTTCCTTGACTATTT
CCCAATCG

QA 1 728 1 728
DS 

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G
GACAGGCTGCTGCTACAACAACTAGCTTGGCAAACAAGTATGGAGCTGATATCACAGTTG
TAGTCATAGACGAAGAAAAGAGAGAATCATCTTCGGAGCACGAGACTCAAGTCTCCAACA
TCCGGTGGCATCTAGCAGAAGGTGGTTTCGAGGAGTTCAAGCTCTTGGAGAGGCTTGGGG
AAGGGAAAAAGGCCACGGCTGTAATAGGAGAGGTGGCGGATGAACTGGGGACAGAGCTGG
TTGTTATGAGCATGGAAGCCATCCACTCCAAGTTCATCGACGCCAATTTGCTTGCTGAGT
TCATCCCCTGCCCCGTCCTCCTCTTTCCCTTATGAATTCAAATATTTGCTCGTCTTCTCC
TTCCATGCTTCCTTGACTATTTCCCAATCGTTTTCTTGTATGTATTGTCTGGGGAACGCA
TAGCAGAGACTAGAGAGAATTGTGAGATGCATGTACCAGACATCTTCTGTATTTATTACG
ATGGTTCTGTCTGTGTGTCCTTTGTGGTTGTTTTTCCTTAGTCCGTCACATATTA

QA 2 536 2 536
DS 

RD RR3EF08JQ 770 0 0
TGCGATTTAAACCCCGCGAGCTCTCTATATTCCCAATCCATCGCAGGGTTGTGCTCAAAG
GGAGAGCAATAAAGGCGCAATCGAAAGAAGAAGCAAGTATTCCTCCTCCGGTGGGAGATG
CATTTACTAATAGTACTGTCAAGCATCTTCTCCTGCCTGTCATTGATTGGAATCCTTATC
TCTCTGAAGGCACCCGACAGGCTGCTGCTACAACAACTAGCTTGGCGAACAAGTATGGAG
CTGATATCACAGTTGTAGTCATAGACGAAGAAAAGAGAGAATCATCTTCGGAGCACGAGA
CTCAAGTCTCCAACATCCGGTGGCATCTAGCAGAAGGTGGTTTCGAGGAGTTCAAGCTCT
TGGAGAGGCTTGGGGAAGGGAAAAAGGCCACGGCTGTAATAGGAGAGGTGGCGGATGAAC
TGGGGACAGAGCTGGTTGTTATGAGCATGGAAGCCATCCACTCCAAGTTCATCGACGCCA
ATTTGCTTGCTGAGTTCATCCCCTGCCCCGTCCTCCTCTTGCCCTTATGAATTCAAATAT
TTGCTCGTCTTCTCCTTCCATGCTTCCTTGACTATTTCCCAATCGTTTTCTTGTATGTAT
TGTCTGGGGAACGCATAGCAGAGACTAGAGAGAATTGTGAGATGCATGTACCAGACATCT
TCTGTATTTATTACGATGGTTCTGTCTGTGTGTCCTTTGTGGTTGTTTTTCCTTAGTCCG
TCACATATTAGTTACACTCTATTTATTAACGTGTTGGGTCAAATTAGGAT

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 3

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GGGCTTCTGCTTCGTCGTCGACCCCAACTTATACTCAGCAGCCATGACCGTCGGGAAGAA
CAAGCGAATCTCCAAAGGAAGAAAGGGAGGCAAGAAGAAGATTGTTGATCCTTTCTCCAA
GAAGGATTGGTATGACATCAAGGCTCCCTCTAACTTCACCCATAGAAATGTCGGGAAGAC
ACTTGTTTCCAGAACTCAGGGTACCAAGATTGCTTCAGAGGGTTTGAAACACAGAGTTTT
CGAGGTGTCTCTTGCTGATCTTCAAAATGATGAGGATAACGCTTACAGGAAGATCCGTCT
CAGAGCTGAAGATGTTCAGGGAAGGAATGTCTTGACTCAGTTCTGGGGAATGGACTTCAC
CACCGATAAACTCAGATCCTTGGTGAAAAAGTGGCAGACTTTGATTGAGTCTCATGTTGA
TGTTAAGACCACCGACAACTACACACTGAGACTGTTCTGCGTTGCTTTCACCAAGAGACG
TGCTAACCAAGTCAAGAGAACTTGCTATGCTCAGTCTAGCCAAATCCGTCAGATTCGCAG
CAAGATGAGGGAGATTATGATCAAGGAAGCTTCCTCTTCTGACCTCAAGGAGCTTGTTGC
CAAGTTTATTCCAGAATCTATTGGTAAGGAGATTGAGAAGGCAACTCAGGGCATCTACCC
TCTTCAGAATGTTTTCATCCGTAAAGTCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTCGG
AAAGCTCATGGAGGTTCATGGAGACTACACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAGGTTGACAG
GCCGGCCGATGAGACTGTGGTCGAAGAACCTACTGAGATTATTGGAGCTTAAGAGAGGTT
TTTCAAGAAATGTTAGAGTTGAGCAATCGTTTTGACTTCTAAGCTTTCGTTTCTTCAATG
CTTTGTGTCTTCTCACACTCGTTTGGTCCCTCAGCTTCTTGTTTTTGATATATTTGTACC
TTTTCTCAGTATAAACTTGTCAGTTTTGGATAATTTATGCAACGCTTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GG32TF U 1
AF RR3BB28TF U 2
AF RR3BB28JQ C 147
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CACCGATAAACTCAGATCCTTGGTGAAAAAGTGGCAGACTTTGATTGAGTCTCATGTTGA
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TGCTAACCAAGTCAAGAGAACTTGCTATGCTCA*TCTAGCCAA
TCCGTC

QA 1 523 1 523
DS 

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GGCC
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TTTCCAGAACTCAGGGTACCAAGATTGCTTCAGAGGGTTTGAAACACAGAGTTTTCGAGG
TGTCTCTTGCTGATCTTCAAAATGATGAGGATAACGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAG
CTGAAGATGTTCAGGGAAGGAATGTCTTGACTCAGTTCTGGGGAATGGACTTCACCACCG
ATAAACTCAGATCCTTGGTGAAAAAGTGGCAGACTTTGATTGAGTCTCATGTTGATGTTA
AGACCACCGACAACTACACACTGAGACTGTTCTGCGTTGCTTTCACCAAGAGACGTGCTA
ACCAAGTCAAGAGAACTTGCTATGCTCAGTCTAGCCAAATCCGTCAGATTCGCAGCAAGA
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TTATTCCAGAATCTATTGGTAAGGAGATTGAGAAGGCAACTCAGGGCATCTACCCTCTTC
AGAATGTTTTCATCCGTAAAGTCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTCGGAAAGC
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CCGATGAGACTGTGGTCGA**GACCTACTGAGATTATTGGAGCTTAAGAGAGGTTTT
C

QA 5 841 5 841
DS 

RD RR3BB28JQ 866 0 0
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ATGATGAGGATAACGCTTACAGGAAGATCCGTCTCAGAGCTGAAGATGTTCAGGGAAGGA
ATGTCTTGACTCAGTTCTGGGGAATGGACTTCACCACCGATAAACTCAGATCCTTGGTGA
AAAAGTGGCAGACTTTGATTGAGTCTCATGTTGATGTTAAGACCACCGACAACTACACAC
TGAGACTGTTCTGCGTTGCTTTCACCAAGAGACGTGCTAACCAAGTCAAGAGAACTTGCT
ATGCTCAGTCTAGCCAAATCCGTCAGATTCGCAGCAAGATGAGGGAGATTATGATCAAGG
AAGCTTCCTCTTCTGACCTCAAGGAGCTTGTTGCCAAGTTTATTCCAGAATCTATTGGTA
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TCAAGATCCTCAAGGCTCCCAAATTCGACCTCGGAAAGCTCATGGAGGTTCATGGAGACT
ACACAGCAGAGGATGTTGGTGTGAAGGTTGACAGGCCGGCCGATGAGACTGTGGTCGAAG
AACCTACTGAGATTATTGGAGCTTAAGAGAGGTTTTTCAAGAAATGTTAGAGTTGAGCAA
TCGTTTTGACTTCTAAGCTTTCGTTTCTTCAATGCTTTGTGTCTTCTCACACTCGTTTGG
TCCCTCAGCTTCTTGTTTTTGATATATTTGTACCTTTTCTCAGTATAAACTTGTCAGTTT
TGGATAATTTATGCAACGCTTCTTCC

QA 1 866 1 866
DS 



AS 1 3

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CTCGTTGTGTACACACTCATCACTAAAAAAGAATACAAACAAACACGAATAGTCGACACT
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ACAATTAGCTTTGGTTGTTTGTTTGTTTTTACCGTCGTGGTTCATTCATAAACTTTCCTT
CAAACAACTCACCCAACAATCTCTCAAGATCTTCAGCTGTGTACTTGATGTATCTCTGAA
AATTCTTCCCGCTCTCAACCAGAGGCCCAAAGCGTTTGAGGAATGATCTGTAAGCAGGCA
ATAAAACTTCAGCAACAGCAAGTCTTAGTGACTCTCTTAGCTCTGTGTCTGGAACTGTCC
ATTGCGATTGTCTCTGATGCAACTCATCAAATTGCATATTGAACATCTTGAACCTCTCTT
TCAATAACCCTCTTGAAACTCCACTGCTGTTTCCTCCCTCTACACTTCCTCCTCCTGATG
AGGTTAACCCTTGCGTCGACGAGGTTTGCAATATCTTAGTCCAAGCAGTCCTTTTGTATA
GGTTTGCATGTTGCTGAACAATACGTCTATGCCTTTGAACCCAATCATCGCCTAACAAAT
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AGTGTGTCAACGCAGGATCTTTGTATTGTTTCGATTTTCCCTCCAGGTTGTTTTGAAGCG
CCTGCATTATACGCATTGTTACGGATGCAAGCTGAGAGTTCGAGTCATCTCCATTTCCAA
ATTCCGCGAAAAGTTGCTTCAAAGTCGCTTGGTAGTCGAATAAGAACTTGACATAGTTGA
TGACATAGCTTGTTAGTGGGTGGACAGTCCCATCTAGAACAGCAGTCTTTGTAGCATCTT
TTTCAACAGCTTCTTCGAAGTCACCAAATGTC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3C482JQ U 1
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A
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AATTCTTCCCGCTCTCAACCAGAGGCCCAAAGCGTTTGAGGAATGATCTGTAAGCAGGCA
ATAATATTTCAGCAACAGCAAGTCTTAGTGACTCTCTTAGCTCTGTGTCTGGAACTGTCC
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TCAATAACCCTCTTGAAACTCCACTGCTGTTTCCTCCCTCTACACTTCCTCCTCCGGATG
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DS 

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AGTTGCTTCAAAGTCGCTTGGTAGTCGAATAAGAACTTGACATAGTTGATGACATAGCTT
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TCTTCGAAGTCACCAAATGTC

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 3

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CCTGGTTCAACTGCGGGTAAATCTGGGTCTCCTTTAAAGTCAAGACATGGGAATGGTAAG
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AAAGCTTTGGAGGATGGACAATTTGGAACTTCAAACCAGCCCATTCGAGAAACAGTGAAC
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CCCAATGCTGTTGGATGGAACGATGGCTGGTATATGACTCCTGAAACGCATCACTCTGCT
GCTGCTGCTGAGGAAATGGAAGCAAGTGCTCCTCGAACCAACACTGTTGGAAAAGATCAC
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TCCAGTAAAGCTCATATGCAGCAGTCTGGCCATGAGTCAGGTCAACAAGATCTGCATGTT
GGTTCGAATGAAATTCGTGGTCAGTCTGGTGGTGGTCGTCAATATTCGAGGGACAGAACT
TATGCATCTCAGAAAAGGGATGGTGGATACGAGCAGCAGGGGTTTACTCCAGAACAGAAA
ATGAACTCAGCTTATACACCAAACCATTCTCAAAACCGATCTGCCAGTCAGGAGGTCCAG
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CCTGTTGGGTCACATGCTTACGAAGGAGAACATAGTCGAGAACAATTGAAAGAGAGTTCA
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TGTTTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F493TF U 1
AF RR3BS27TF U 575
AF RR3F493JQ C 840
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GTAGAGAATGTTTTGCACAAAGAAAATTTTGGAGGTGAAGGTGCAGGAATTCTCCAACCT
CCTGGTTCAACTGCGGGTAAATCTGGGTCTCCTTTAAAGTCAAGACATGGGAATGGTAAG
CAGGGCAAGCATGGTAGAGATCATGGATCATGGAACCAGCGAGGTTCTGCAGTATCGACT
AAAGCTTTGGAGGATGGACAATTTGGAACTTCAAACCAGCCCATTCGAGAAACAGTGAAC
TATCATTCAAGTAATCAAACTGGAGAAACTGCTGTAGACTCTTCTAAGGATCGAACCGCA
CCCAATGCTGTTGGATGGAACGATGGCTGGTATATGACTCCTGAAACGCATCACTCTGCT
GCTGCTGCTGAGGAAATGGAAGCAAGTGCTCCTCGAACCAACACTGTTGGAAAAGATCAC
GGTAAGCAGCAGGGTTACAGAAGTAGCTATGGTGACTCTAAAAAGGCGAATACAAGAGAT
TCCAGTAAAGCTCATATGCAGCAGTCTGGCCATGAGTCAGGTCAACAAGATCTGCATGTT
GGTTCGAATGAAATTCGTGGTCAGTCTGGTGGTGGTCGTCAATATTCGAGGGACAGAACT
TATGCATCTCAGAAAAGGGATGGTGGATACGAGCAGCAGGGGTTTACTCC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3BS27TF 620 0 0
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AGCAGGGGTTTACTCCAGAACAGAAAATGAACTCAGCTTATACACCAAACCATTCTCAAA
ACCGATCTGCCAGTCAGGAGGTCCAGGGTGGGCATAATCCGAATAGTATGTTCCAAACGA
ACACAGGCCAGAATCGACGGTTTGGAAGAGGACAGGAGCCACACGGAGGTTGGGGTTCGT
CGATGCAAGAGAACATGCACCATCACCATCAGAGGCCACTTTCAAACAGAGGTAGACAGA
AGCCAAATCTGCATTACGAGTACAAGCCTGTTGGGTCACGTGCTTACGAAGGAGAACATA
GTCGAGAACAATTGAAAGAGAGTTCAGAAGGTCCAAGATACAGGGAGAAGGGGCAGGGAA
ACCAGAGGCGTGATGGACAAAAGTCGTACCAACAGCAAAGGGGTTAGTGCTGGGAGAAAC
ACTGGTCATGGATCATTAGATGAGAGAAACTAAGATTGTCTTGTTTGTGATTAGGTAGTT
GAGCTGTGTTGGCGAGGCTTTGCCAAAGGAGTAGCATCTGATGAGGACGTATTTGGCAAC
AAAGCCTT
GCTCTGGAAGGG

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3F493JQ 488 0 0
CCATCAGAGGCCACTTTCAAACAGAGGTAGACAGAAGCCAAATTTGCATTACGAGTACAA
GCCTGTTGGGTCACATGCTTACGAAGGAGAACATAGTCGAGAACAATTGAAAGAGAGTTC
AGAAGGTCCAAGATACAGGGAGAAGGGGCAGGGAAACCAGAGGCGTGATGGACAAAAGTT
GTACCAACAGCAAAGGGGTTAGTGCTGGGAGAAACACTGGTCATGGATCATTAGATGAGA
GAAACTAAGATTGTTTTGTTTGTGATTAGGTAGTTGAGCTGTGTTGGGGAGGCTTTGCCA
AAGGAGTAGCATTTGATGAGGACGTATTTGGCAACAAAGCCTTTGTTTTGGAAGGGTTTT
TATGTATTTCAGTGGATTATTTGATTATGGATTTTAACTTTAGCATTTTGTATTACATTT
GGGGGCAGGTTGGACTTTACCTGTTTTGTTAAGCCTTTGTTTTGTTGCTTGTTTTTTTTT
TTGTTTTC

QA 1 488 1 488
DS 



AS 1 2

CO CL4354Contig1 604 2 1 U
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GGGAATAACCCTTTTGTTCCGATGGGAAAGTTTTCTTCCATCGTACCAGTGGTTACACTC
GGATCCTTATCTAAGGGATGGAATGTACCAGGATGGCGAACTGGCTGGCTCGCGCTGCAC
GATCTAGACGGTGTCTTCAGAAACACTAAGATATTAGAAGCTGCCAACGAATTTCTCCAG
ATAAATGCCAAACCTCCGACTGTTATTCAGGCGGCTATGCCTGACATTTTGGAGAGAACT
CCAAAACATTTCTTCCTTGAGAGGCATTCTATCGACATGGAGACGCCAACAGTTGAGGAC
GCATTTGAAAGATTGAAGAGCTTCTGTGAACGCCATTCCACAAAAGGTGGAGCTTCACTC
AAAAACGCCAATGGCGTCAACTAAAGGGTCAAGATGATATGATCCTTGTCCAAGTCTATC
AATGATAATAAATGGGTGTTTTTGGTAATGTGAGATAAATCATGAACACTTTCGTAGTTG
TAATAAATAAAATTGGTGTACTTATCATCAATCGTAGAATGTTTTCTCATGATGTATCAT
CTAC


BQ
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AF RR3D881TF U 1
AF RR3D881JQ C 133
BS 1 604 RR3D881TF

RD RR3D881TF 604 0 0
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GGGAATAACCCTTTTGTTCCGATGGGAAAGTTTTCTTCCATCGTACCAGTGGTTACACTC
GGATCCTTATCTAAGGGATGGAATGTACCAGGATGGCGAACTGGCTGGCTCGCGCTGCAC
GATCTAGACGGTGTCTTCAGAAACACTAAGATATTAGAAGCTGCCAACGAATTTCTCCAG
ATAAATGCCAAACCTCCGACTGTTATTCAGGCGGCTATGCCTGACATTTTGGAGAGAACT
CCAAAACATTTCTTCCTTGAGAGGCATTCTATCGACATGGAGACGCCAACAGTTGAGGAC
GCATTTGAAAGATTGAAGAGCTTCTGTGAACGCCATTCCACAAAAGGTGGAGCTTCACTC
AAAAACGCCAATGGCGTCAACTAAAGGGTCAAGATGATATGATCCTTGTCCAAGTCTATC
AATGATAATAAATGGGTGTTTTTGGTAATGTGAGATAAATCATGAACACTTTCGTAGTTG
TAATAAATAAAATTGGTGTACTTATCATCAATCGTAGAATGTTTTCTCATGATGTATCAT
CTAC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3D881JQ 472 0 0
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GTCTTCAGAAACACTAAGATATTAGAAGCTGCCAACGAATTTCTCCAGATAAATGCCAAA
CCTCCGACTGTTATTCAGGCGGCTATGCCTGACATTTTGGAGAGAACTCCAAAACATTTC
TTCCTTGAGAGGCATTCTATCGACATGGAGACGCCAACAGTTGAGGACGCATTTGAAAGA
TTGAAGAGCTTCTGTGAACGCCATTCCACAAAAGGTGGAGCTTCACTCAAAAACGCCAAT
GGCGTCAACTAAAGGGTCAAGATGATATGATCCTTGTCCAAGTCTATCAATGATAATAAA
TGGGTGTTTTTGGTAATGTGAGATAAATCATGAACACTTTCGTAGTTGTAATAAATAAAA
TTGGTGTACTTATCATCAATCGTAGAATGTTTTCTCATGATGTATCATCTAC

QA 1 472 1 472
DS 



AS 1 2

CO CL4355Contig1 914 2 2 U
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ATGTTGCTACGGGTGAAGTCACTGGCCGTGCTACAAGCAAGTGGGTTATGATGAACCAAG
ACACAAGACGGCTTCAGAAAGTGTCTGACGATGTTCGGGACGAGTACTTGGTCTTCTGTC
CTAAAGATCTCAGATTAGCATTTCCTGAGGAGAATAACAGAAGCTTGAAGAAGATCCCAA
AACTCGAAGATCCAGCTCAGTATTCGATGATTGGGCTTAAGCCTAGACGAGCTGATCTCG
ACATGAACCAGCATGTCAATAATGTCACCTATATTGGATGGGTTCTTGAGAGCATACCTC
AAGAAATTGTAGACACGCACGAACTTCAGGTCATAACTCTGGATTACAGAAGAGAATGTC
AACAAGACGATGTGGTGGATTCACTCACTACCACCACCTCAGAGATTGGTGGGACCAATG
GCTCTGCGACATCAGCCCCGCAGGACCACAACGATAGCCAGTTCTTACATCTCCTAAGGT
TGTCTGGAGATGGTCAAGAGATCAACCGCGGGACAACCCTCTGGAGAAAGAAGCCCTCCA
ATCTCTAAGCCACTTCCTTCTCAAGTTTCTTTCAGTGTTGCTGATGGTTTTGTTTCACGA
GTCTAGTCAGGTCTCATTGTCCTTTTTTTTTAATATAAGTTTGGGGTAGACTAGAGAGAA
CTGGAATTATTGGAGTAGTCTTTGTGGAACCTTCTGAGTTTTCGCTCTTGTTTCTGTACA
AATCTTGAGGATTTAAGCCAAACCCATTTCATCTTACCGTCTTCCGGTCTTGTCTTTTGT
CTTTGCGTGTATCTCATAAAAACAGAAATATTGTTCGTTCAGATGTTTTTTAATATAAAT
GAAGTTACTTTGAC


BQ
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AF RR3A178TF U 1
AF RR3A178JQ C 486
BS 1 666 RR3A178TF
BS 667 914 RR3A178JQ

RD RR3A178TF 666 0 0
GAGAGACATGGTGTCGGAGTGAAGGAAGGATCGGGACTAGGCGTGATTGGATTCTTAAGG
ATGTTGCTACGGGTGAAGTCACTGGCCGTGCTACAAGCAAGTGGGTTATGATGAACCAAG
ACACAAGACGGCTTCAGAAAGTGTCTGACGATGTTCGGGACGAGTACTTGGTCTTCTGTC
CTAAAGATCTCAGATTAGCATTTCCTGAGGAGAATAACAGAAGCTTGAAGAAGATCCCAA
AACTCGAAGATCCAGCTCAGTATTCGATGATTGGGCTTAAGCCTAGACGAGCTGATCTCG
ACATGAACCAGCATGTCAATAATGTCACCTATATTGGATGGGTTCTTGAGAGCATACCTC
AAGAAATTGTAGACACGCACGAACTTCAGGTCATAACTCTGGATTACAGAAGAGAATGTC
AACAAGACGATGTGGTGGATTCACTCACTACCACCACCTCAGAGATTGGTGGGACCAATG
GCTCTGCGACATCAGCCCCGCAGGACCACAACGATAGCCAGTTCTTACATCTCCTAAGGT
TGTCTGGAGATGGTCAAGAGATCAACCGCGGGACAACCCTCTGGAGAAAGAAGCCCTCCA
ATCTCTAAGCCACTTCCTTCTCAAGTTTCTTTCAGTGTTGCTGATGGTTTTGTTTCACGA
GTCTAG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3A178JQ 429 0 0
GCGACATCAGCCCCGCAGGACCACAACGATAGCCAGTTCTTACATCTCCTAAGGTTGTCT
GGAGATGGTCAAGAGATCAACCGCGGGACAACCCTCTGGAGAAAGAAGCCCTCCAATCTT
TAAGCCACTTCCTTCTCAAGTTTCTTTCAGTGTTGCTGATGGTTTTGTTTCACGAGTCTA
GTCAGGTCTCATTGTCCTTTTTTTTTAATATAAGTTTGGGGTAGACTAGAGAGAACTGGA
ATTATTGGAGTAGTCTTTGTGGAACCTTCTGAGTTTTCGCTCTTGTTTCTGTACAAATCT
TGAGGATTTAAGCCAAACCCATTTCATCTTACCGTCTTCCGGTCTTGTCTTTTGTCTTTG
CGTGTATCTCATAAAAACAGAAATATTGTTCGTTCAGATGTTTTTTAATATAAATGAAGT
TACTTTGAC

QA 1 429 1 429
DS 



AS 1 2

CO CL4356Contig1 1017 2 8 U
CGGTGGCAAGAAGAAGAAGATGACCTCTGAGCAAGCAGATGCTATTAAATCGGTCAGCGA
TTGGCTCTTTATAGGTTCTTCTTCTTCTCCACCTCTCTCCTCTTCCTCTACTGACTTTGC
CGTCACAATCAATAACCGTTCTCTAAGATGCGGAGAGAAACTGATCTTCGAGCTTCACTC
TCACTCAAATCGCAGCGATGGCTTTCTTTCTCCTTCAAAGCTCGTCGAAAAGGCTCATAC
CAATGGGGTGAAAGTTCTTTCTCTAACGGACCACGACACAATGGCTGGCATTCCAGAAGC
GGTTGAAGCAGGACGTAGATTCGGTATCAAGATCATCCCCGGTATCGAGATCAGCACACT
ATTCCGTTCCAGAGAAGAGTCCGGTTCTGAAGAACCGGTGCATATACTTGCGTACTATGG
CACTTCATGGAGTCGAGGTTTATAGGAGTGACGGCAAGCTTCAAGTGTTTAGCGAGTTGG
CTGATACGTACAGTCTACTAAAGCTAGGAGGATCAGATTATCATGGTAAAGGCGGACGCA
ATGAATCAGAACTAGGGAGTGTTAACCTTCCTGTGAAGGCGCTGCAAGATTTCTTGAAGC
TTGGGCGTCCTATTTGGTGCGAGGCCATTAAAGCAACCATGAGAACATTCCTTGAACGAC
CGTCTGATTCAAACCTCGCCAATATCTTGAGGTTCGATAGGGCGAGGATTCTCAAAGGAA
GCTCGTCTTGGTCCTGCGGTAGAGAGTTGATGGACCGATGCTTAGGGATTTGGTTGACGA
ATGATGAGGGAGAAGATGACGAGTTTGAGGATCTTAGATTGAAGCTCTCTTGTGTGTTGA
TCAATTCGAAGGGATCATGTGTCACCGTTGGTGCTTAAATACTCTAGTGACATCTCTTTT
TACCCACTCATTTCCTATCAGTTTCTTCATAGAGTAACTCTACTATGGAGACGATCATTA
CGACATGTATGGCACCTTTTTTGACTAAGCGACGTCACTAAAACAAGGCTTTTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AX93TF U 1
AF RR3AX93JQ C 216
BS 1 681 RR3AX93TF
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BS 729 1017 RR3AX93JQ

RD RR3AX93TF 728 0 0
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TTGGCTCTTTATAGGTTCTTCTTCTTCTCCACCTCTCTCCTCTTCCTCTACTGACTTTGC
CGTCACAATCAATAACCGTTCTCTAAGATGCGGAGAGAAACTGATCTTCGAGCTTCACTC
TCACTCAAATCGCAGCGATGGCTTTCTTTCTCCTTCAAAGCTCGTCGAAAAGGCTCATAC
CAATGGGGTGAAAGTTCTTTCTCTAACGGACCACGACACAATGGCTGGCATTCCAGAAGC
GGTTGAAGCAGGACGTAGATTCGGTATCAAGATCATCCCCGGTATCGAGATCAGCACACT
ATTCCGTTCCAGAGAAGAGTCCGGTTCTGAAGAACCGGTGCATATACTTGCGTACTATGG
CACTTCATGGAGTCGAGGTTTATAGGAGTGACGGCAAGCTTCAAGTGTTTAGCGAGTTGG
CTGATACGTACAGTCTACTAAAGCTAGGAGGATCAGATTATCATGGTAAAGGCGGACGCA
ATGAATCAGAACTAGGGAGTGTTAACCTTCCTGTGAAGGCGCTGCAAGATTTCTTGAAGC
TTGGGCGTCCTATTTGGTGCGAGGCCATTAAAGCAACCATGAGAACATTCCTTGAACGAC
CGTCTGATTCAAACCTCGCCA*TATCTTGAGGT*CGATAGGGCGAGGATTCTCAAAG*AA
GCTCGTCT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3AX93JQ 802 0 0
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ACACAATGGCTGGCATTCCAGAAGCGGTTGAAGCAGGACGTAGATTCGGTATCAAGATCA
TCCCCGGTATCGAGATCAGCACACTATTCCGTTCCAGAGAAGAGTCCGGTTCTGAAGAAC
CGGTGCATATACTTGCGTACTATGGCACTTCATGGAGTCGAGGTTTATAGGAGTGACGGC
AAGCTTCAAGTGTTTAGCGAGTTGGCTGATACGTACAGTCTACTAAAGCTAGGAGGATCA
GATTATCATGGTAAAGGCGGACGCAATGAATCAGAACTAGGGAGTGTTAACCTTCCTGTG
AAGGCGCTGCAGGATTTCTTGAAGCTTGGGCGTCCTATTTGGTGCGAGGCCATTAAAGCA
ACCATGAGAACATTCCTTGAACGACCGTCTGATTCAAACCTCGCCAATATCTTGAGGTTC
GATAGGGCGAGGATTCTCAAAGGAAGCTCGTCTTGGTCCTGCGGTAGAGAGTTGATGGAC
CGATGCTTAGGGATTTGGTTGACGAATGATGAGGGAGAAGATGACGAGTTTGAGGATCTT
AGATTGAAGCTCTCTTGTGTGTTGATCAATTCGAAGGGATCATGTGTCACCGTTGGTGCT
TAAATACTCTAGTGACATCTCTTTTTACCCACTCATTTCCTATCAGTTTCTTCATAGAGT
AACTCTACTATGGAGACGATCATTACGACATGTATGGCACCTTTTTTGACTAAGCGACGT
CACTAAAACAAGGCTTTTGACC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 3

CO CL4357Contig1 904 3 7 U
AGAGTATACTACTAATCATTTAAAAAGATGAGGGGAAAATAGTAAATTGCATGTACATGA
AATTTAAATGAAATTCATTATCCAATGCATGTTCGACTAAAGTTTTTCCTCAAACAATTC
ATTAAAATGTAATCGCCAAAACCAGTGAGGCCTAACGTCATTCCCATGTAAAACAGTAAA
AAGCCGTAACTAGCTGGAGTATATCACTCCTTTGTCTTCTTGATAGACTCAACCTTCCCG
TCGTTGCCTCCAAGCAAAAGATACTTATCCTTCCTTGTAAGTTCAGTGCACTCGAACCCC
AATACTCCACCTATCACCTTCTGAACGTAATTAGCCACCTCAATTGGAGTTTTACCGCCG
CCGTTTACCGTCATTTCTTCAGGCAAACGGTCCAAGAAAGTGGCCTCATAGCTAGGTCTA
GGGTTCATGAAGAAGAAATAAGGATCCCAGAATTTCACACCTCTGACTGTT**CCCATTG
AACATCCCTTGCTTACAGTTCATGGCCACAGGTACGATCCGGTCGCTTAGCTCTGCAAAT
AGAGCACTAAATCGCAGCAGATACGGTTCTCTACAAGTCGTACCTTCAGGGCAGATCACC
AAATCACCTTTCTCGAGGAGTTTTCTCATGCGAGCAGCATCGGCGGCACGATCTCGGGTC
AGAGCGACGGCAGGGATGGGTGAGAGCATCCGGGAGAGGCGAGAGACACTATAAGTGACG
CATGAGATCTTACGGCCGAGAGCAATGGCGATGATAATGGGGTCAAGAGCAGTACGATGG
TTAAGGACGTAGAGATTTCCAGGTGTGCCGGGGGAAGGAGGAGGGGGACGGTGGCCACGG
ATAGTGAGGTGAATGCCGAGGATCTCGTAAGTGTAACGAACGAAGCGTTCGGGTAAAGGG
AGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3GO58JQ U 1
AF RR3EN14JQ U 108
AF RR3GO58TF C 222
BS 1 152 RR3GO58JQ
BS 153 153 RR3EN14JQ
BS 154 178 RR3GO58JQ
BS 179 179 RR3EN14JQ
BS 180 730 RR3GO58JQ
BS 731 875 RR3EN14JQ
BS 876 904 RR3GO58TF

RD RR3GO58JQ 730 0 0
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AATTTAAATGAAATTCATTATCCAATGCATGTTCGACTAAAGTTTTTCCTCAAACAATTC
ATTAAAATGTAATCGCCAAAACCAGTGAGGCC*AACGTCATTCCCATGTAAAACAGTAGA
AAGCCGTAACTAGCTGGAGTATATCACTCCTTTGTCTTCTTGATAGACTCAACCTTCCCG
TCGTTGCCTCCAAGCAAAAGATACTTATCCTTCCTTGTAAGTTCAGTGCACTCGAACCCC
AATACTCCACCTATCACCTTCTGAACGTAATTAGCCACCTCAATTGGAGTTTTACCGCCG
CCGTTTACCGTCATTTCTTCAGGCAAACGGTCCAAGAAAGTGGCCTCATAGCTAGGTCTA
GGGTTCATGAAGAAGAAATAAGGATCCCAGAATTTCACACCTCTGACTGTT**CCCATTG
AACATCCCTTGCTTACAGTTCATGGCCACAGGTACGATCCGGTCGCTTAGCTCTGCAAAT
AGAGCACTAAATCGCAGCAGATACGGTTCTCTACAAGTCGTACCTTCAGGGCAGATCACC
AAATCACCTTTCTCGAGGAGTTTTCTCATGCGAGCAGCATCGGCGGCACGATCTCGGGTC
AGAGCGACGGCAGGGATGGGTGAGAGCATCCGGGAGAGGCGAGAGACACTATAAGTGACG
CATGAGATCT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3EN14JQ 770 0 0
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GTAAAACAGTAAAAAGCCGTAACTAGCTGGAGTATATCACTCCTTTGTCTTCTTGATAGA
CTCAACCTTCCCGTCGTTGCCTCCAAGCAAAAGATACTTATCCTTCCTTGTAAGTTCAGT
GCACTCGAACCCCAATACTCCACCCATCACCTTCTGAACGTAATTAGCCACCTCAATTGG
AGTTTTGCCGCCGCCGTTTACCGTCATTTCTTCAGGCAAACGGTCCAAGAAAGTGGCCTC
ATAGCTAGGTCTAGGGTTCATGAAAAAAAAATAAGGATCCCAAAATTTCACACCTCTGAC
TGTTGTTCCATTGAACATCCCTTGCTTACAGTTCATGGCCACAGGTACGATCCGGTCGCT
TAGCTCTGCAAATAGAGCACTAAATCGCAGCAAATACGGTTCTCTACAAGTCGTACCTTC
AGGGCAAATCACCAAATCACCTTTCTCGAGGAGTTTTCTCATGCGAGCAGCATCGGCGGC
ACGATCTCGGGTCAAAGCGACGGCAGGGATGGGTGAGAGCATCCGGGAGAGGCGAGAGAC
ACTATAAGTGACGCATGAGATCTTACGGCCGAGAGCAATGGCGATGATAATGGGGTCAAG
AGCAGTACGATGGTTAAGGACGTAGAGATTTCCAGGTGTGCCGGGGGAAGGAGGAGGGGG
ACGGTGGCCACGGATAGTGAGGTGAATGCCGAGGATCTCGTAAGTGTA
CG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3GO58TF 683 0 0
GATAGACTCAACCTTCCCGTCGT*GCCTCCAAGCAAAAGATACTTATCCTTCCTTGTAAG
TTCAGTGCACTCGAACCCCAATACTCCACCTATCACCTTCTGAACGTAATTAGCCACCTC
AATTGGAGTTTTACCGCCGCCGTTTACCGTCATTTCTTCAGGCAAACGGTCCAAGAAAGT
GGCCTCATAGCTAGGTCTAGGGTTCATGAAGAAGAAATAAGGATCCCAGAATTTCACACC
TCTGACTGTT**CCCATTGAACATCCCTTGCTTACAGTTCATGGCCACAGGTACGATCCG
GTCGCTTAGCTCTGCAAATAGAGCACTAAATCGCAGCAGATACGGTTCTCTACAAGTCGT
ACCTTCAGGGCAGATCACCAAATCACCTTTCTCGAGGAGTTTTCTCATGCGAGCAGCATC
GGCGGCACGATCTCGGGTCAGAGCGACGGCAGGGATGGGTGAGAGCATCCGGGAGAGGCG
AGAGACACTATAAGTGACGCATGAGATCTTACGGCCGAGAGCAATGGCGATGATAATGGG
GTCAAGAGCAGTACGATGGTTAAGGACGTAGAGATTTCCAGGTGTGCCGGGGGAAGGAGG
AGGGGGACGGTGGCCACGGATAGTGAGGTGAATGCCGAGGATCTCGTAAGTGTAACGAAC
GAAGCGTTCGGGTAAAGGGAGCC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

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AGATCGTTTGATCTGATCCGAAGAGGAAGATGGGAATCCTGTTCACGCGGATGTTCTCTT
CAGTGTTCGGCAACAAAGAAGCTCGTATCCTCGTCCTCGGTCTCGACAATGCTGGCAAAA
CTACTATCCTCTATCGGCTTCAGATGGGGGAAGTTGTCTCCACGATTCCGACTATTGGGT
TTAACGTGGAGACTGTGCAGTACAACAATATCAAGTTTCAGGTCTGGGATTTAGGTGGAC
AAACGAGCATCAGGCCGTACTGGCGATGTTATTTCCCAAATACACAAGCAGTGATCTATG
TCGTTGACTCCAGCGATACAGATCGAATCGGGGTGGCAAAGGAGGAGTTTCATGCAATTT
TGGAGGAAGAGGAGCTGAAAGGTGCGGTTGTTCTCATATTTGCAAACAAGCAGGATCTTC
CTGGTGCACTCGATGATGCCGCTGTGACAGAAGCCTTGGAGTTGCATAAGATAAAGAGTC
GCCAGTGGGCAATCTTCAAGACTTGTGCTGTTAAAGGCGAGGGGCTTTTCGAGGGTTTGG
ACTGGTTGAGTAATACATTGAAGTCAGGAAGTGGGTAGAAAACTTTCTCGTCATCCGCTC
AACATTGTATCTTATCTTCTTTACGTATGTTTAGTGATTTGCTTAGTTCTTCATTTTAAA
GAGTTAATATCAATGACATGTTCACTTATTACTCTTTTTTGTTTCCTTTTGAGAGAAAAA
AAACTCTACACGGAACCCATGAGAGATATATCATGTTTTACTTTATTAACATGTTTTGTT
GGAGGATATATCCAAGAACATTTTCTGGAGATTTAAAGTACGCCCCGAAAGTTTTAATT


BQ
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AF RR3D071TF U 1
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BS 1 741 RR3D071TF
BS 742 899 RR3D071JQ

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AGATCGTTTGATCTGATCCGAAGAGGAAGATGGGAATCCTGTTCACGCGGATGTTCTCTT
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TCGTTGACTCCAGCGATACAGATCGAATCGGGGTGGCAAAGGAGGAGTTTCATGCAATTT
TGGAGGAAGAGGAGCTGAAAGGTGCGGTTGTTCTCATATTTGCAAACAAGCAGGATCTTC
CTGGTGCACTCGATGATGCCGCTGTGACAGAAGCCTTGGAGTTGCATAAGATAAAGAGTC
GCCAGTGGGCAATCTTCAAGACTTGTGCTGTTAAAGGCGAGGGGCTTTTCGAGGGTTTGG
ACTGGTTGAGTAATACATTGAAGTCAGGAAGTGGGTAGAAAACTTTCTCGTCATCCGCTC
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GAGTTAATATCAATGACATGT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3D071JQ 673 0 0
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TAAGATAAAGAGTCGCCAGTGGGCAATCTTCAAGACTTGTGCTGTTAAAGGCGAGGGGCT
TTTCGAGGGTTTGGACTGGTTGAGTAATACATTGAAGTCAGGAAGTGGGTAGAAAACTTT
CTCGTCATCCGCTCAACATTGTATCTTATCTTCTTTACGTATGTTTAGTGATTTGCTTAG
TTCTTCATTTTAAAGAGTTAATATCAATGACATGTTCACTTATTACTCTTTTTTGTTTCC
TTTTGAGAGAAAAAAAACTCTACACGGAACCCATGAGAGATATATCATGTTTTACTTTAT
TAACATGTTTTGTTGGAGGATATATCCAAGAACATTTTCTGGAGATTTAAAGTACGCCCC
GAAAGTTTTAATT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 3

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AACCCTACAACTACACCGCCTGCTACTACATTCCCTCCGGTGACCATAACGCCCACAAAT
CCAACTCCAGCACTTCCTCTTAACCCTCCAGTCACAGTAGTCCCTCCTACACTCACACCA
CCAGTGAGCAATACAGTGACTCAGTATCCTCCAACTCAACCCTCAGGGACGGTTCCTGTG
ATTCCACCGCCTGTTTCCTCAAATCCTCCATCGATTTCAGGACAAAGCTGGTGCGTGGCA
AAGCCTGGAGTCTCCCAAACCTCACTCCAGTTGGCTCTTGACTATGCCTGTGGGATCGGT
AAAGCGGATTGCTCTCAGATACAACAAGGAGGCAGCTGTTATTCGCCCATCAGTCTTCAG
AATCATGCCTCATTTGCCTTCAACAGCTATTACCAGAAGAACCCTTCTCCACAAAGCTGT
GATTTTGGCGGTGCAGCCTCAGTTGTTAGCACCAACCCAAGTACTGGTTCTTGCATTTAC
CAGACAGGTTCTGGTTCATCAACAACGTCAACTCCAGTAGGAACAACAACACCAACTCCA
TCCACACAAACAGTTAACCAGCCTCCTGTCACATCAACACCTATAACACCAACAGGAGGC
GTGACAATAGGGGTTGGAACTCCACCAGCTGTTTTTAACCCGGCGAATCCTTCATCAAAC
GCTCTACCCAATCCATCCTCGGGAGGTTCAGCGGTTTACGGGTTTGATGGTTCACCTAAT
GGGAACAATCCAACCCCATCAGACTCTACCAACTTGCAGATTCGCTTTGGTCACGCTATG
GTGGTAACATTGATTCTTCAAGCAATGCTATTTCATTAGAAATAGAATATATATAGGAGT
TGGATTAGTTTTATTACATAGTTATGCGCAAGTTCAAGCTCATTTAGAGCATCGTACTAA
GAAGAAACTAGGAATGTAAGACATTACAAATTTGTTTGGTTCAACGCTCATACACTGT


BQ
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD22TF U 64
AF RR3GN29TF U 1
AF RR3GN29JQ C 322
BS 1 252 RR3GN29TF
BS 253 253 RR3DD22TF
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BS 717 726 RR3GN29TF
BS 727 1078 RR3GN29JQ

RD RR3DD22TF 648 0 0
G
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CTACAACTACACCGCCTGCTACTACATTCCCTCCGGTGACCATAACGCCCACAAATCCAG
CTCCAGCACTTCCTCTTAACCCTCCAGTCACAGTAGTCCCTCCTACACTCACACCACCAG
TGAGCAATACAGTGACTCAGTATCCTCCAACTCAACCCTCAGGGACGGTTCCTGTGATTC
CACCGCCTGTTTCCTCAAATTCTCCATCGATTTCAGGACAAAGCTGGTGCGTGGCAAAGC
CTGGAGCCTCCCAAACCTCACTCCAGTTGGCTCTTGACTATGCCTGTGGGATCGGTAAAG
CGGATTGCTCTCAGATACAACAAGGAGGCAGCTGTTATTCGCCCATCAGTCTTCAGAATC
ATGCCTCATTTGCCTTCAACAGCTATTACCAGAAGAACCCTTCTCCACAAAGCTGTGATT
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CAGGTTCTGGTTCATCAACAACGTCAACTCCAGTAGGAACAACAACACCAACTCCATCCA
CACAAACAGTTAACCAGCCTCCTGTCACATCAACACCTATAACACCA

QA 2 648 2 648
DS 

RD RR3GN29TF 726 0 0
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GTCCCACTCTGTTCCTCAACAACTCATGATGTCATAAACCCACCAACTGTCTTCCCTACA
AACCCTACAACTACACCGCCTGCTACTACATTCCCTCCGGTGACCATAACGCCCACAAAT
CCAACTCCAGCACTTCCTCTTAACCCTCCAGTCACAGTAGTCCCTCCTACACTCACACCA
CCAGTGAGCAATCCAGTGACTCAGTATCCTCCAACTCAACCCTCAGGGACGGTTCCTGTG
ATTCCACCGCCTGTTTCCTCAAATCCTCCATCGATTTCAGGACAAAGCTGGTGCGTGGCA
AAGCCTGGAGTCTCCCAAACCTCACTCCAGTTGGCTCTTGACTATGCCTGTGGGATCGGT
AAAGCGGATTGCTCTCAGATACAACAAGGAGGCAGCTGTTATTCGCCCATCAGTCTTCAG
AATCATGCCTCATTTGCCTTCAACAGCTATTACCAGAAGAACCCTTCTCCACAAAGCTGT
GATTTTGGCGGTGCAGCCTCAGTTGTTAGCACCAACCCAAGTACTGGTTCTTGCATTTAC
CAGACAGGTTCTGGTTCATCAACAACGTCAACTCCAGTAGGAACAACAACACCAACTCCA
TCCACACAAACAGTTAACCAGCCTCCTGTCACATCAACACCTATAACACCAACAG*AGGC
GTGACA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3GN29JQ 757 0 0
AATC
CTCCATCGATTTCAGGACAAAGCTGGTGCGTGGCAAAGCCTGGAGTCTCCCAAACCTCAC
TCCAGTTGGCTCTTGACTATGCCTGTGGGATCGGTAAAGCGGATTGCTCTCAGATACAAC
AAGGAGGCAGCTGTTATTCGCCCATCAGTCTTCAGAATCATGCCTCATTTGCCTTCAACA
GCTATTACCAGAAGAACCCTTCTCCACAAAGCTGTGATTTTGGCGGTGCAGCCTCAGTTG
TTAGCACCAACCCAAGTACTGGTTCTTGCATTTACCAGACAGGTTCTGGTTCATCAACAA
CGTCAACTCCAGTAGGAACAACAACACCAACTCCATCCACACAAACAGTTAACCAGCCTC
CTGTCACATCAACACCTATAACACCAACAGGAGGCGTGACAATAGGGGTTGGAACTCCAC
CAGCTGTTTTTAACCCGGCGAATCCTTCATCAAACGCTCTACCCAATCCATCCTCGGGAG
GTTCAGCGGTTTACGGGTTTGATGGTTCACCTAATGGGAACAATCCAACCCCATCAGACT
CTACCAACTTGCAGATTCGCTTTGGTCACGCTATGGTGGTAACATTGATTCTTCAAGCAA
TGCTATTTCATTAGAAATAGAATATATATAGGAGTTGGATTAGTTTTATTACATAGTTAT
GCGCAAGTTCAAGCTCATTTAGAGCATCGTACTAAGAAGAAACTAGGAATGTAAGACATT
ACAAATTTGTTTGGTTCAACGCTCATACACTGT

QA 5 757 5 757
DS 



AS 1 3

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GGATGCAATTTAGTTTCTTTATTGATATGGCACCAAAGGTCTAATAATTACATAAAACAA
AGCAGATAAAAAGAAAGTGCAACAAGAGAGGAGCAGAACAACTCAAGAGCTACAATCATA
AGAAGAAAGTTAACGAGAGTTAGCAAGAGCCCAGTTAGCTTCACTTCCTCTCCTAGGAAT
ACCATTGACCTTAGAACAAGCATCCACTTTGAAATTAGCACCACACAACACACCTTCGCT
ATCAATCTTCGGCATCGCCTTCATCTCATTCCTCGGATGTTCAAAGCTCTTAAGCCCTGT
CTCACTGTGGAACATACACCCAGTAGGGAAAGGAGCAAACGATTTAGCACACCCTTGCTT
TATGATCTTCACATCATCAGACATCACAACAGACCCATCACCGGAGATCCCCCAGTAAAG
GCTCTCCCCTCCATCTGAGCTCAGAGCCGAGAAAACAGAGGAGCTCTGAGTATCGTACAC
CACGAAGGCGAAGCTTCCTTCCAAACCTCTGAGGACTTGATCAGCAGGGTAAGGACCACG
GTCACGCAACGTTCGGTACGCTTCGATCACGAACATCGCCTCGCTCGTGTTCTTCCCCGT
GAGTCCGTACTGCCGGTTCAACGTGCAGAGGTTGGTTAACGTGTCGAGGAAGGTACAGTA
GATCCCGTCTATACCGCAGAACAGCCTCTTGCGGAGAGAGTTGCCGTCGGGGCGTGAGTA
GGCTAAGACGGCGGAGGAGTCGCCGAAAGTCATGGAGAAAGCGGTGTCCTTGTGGAGTTT
GAGGAAGTCGGAGAGGGTTTCTCCGGGGAGTTTTGGGGATTTTCCGGTGGAATGAGACGC
CGGACTGTTGAGCTCTTCCGGTGGGTGAGCGAATGCTTTCTGAAATATTGCCAACATTTT
TTTTTGTTTCTGTTTGAATCTTTTGTTTCTTGTAATTGTGTTTTGTTGGT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV41JQ U 1
AF RR3G969JQ U 5
AF RR3G969TF C 254
BS 1 481 RR3GV41JQ
BS 482 482 RR3G969JQ
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RD RR3GV41JQ 780 0 0
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AGCAGATAAAAAGAAAGTGCAACAAGAGAGGAGCAGAACAACTCAAGAGCTACAATCATA
AGAAGAAAGTTAACGAGAGTTAGCAAGAGCCCAGTTAGCTTCACTTCCTCTCCTAGGAAT
ACCATTGACCTTAGAACAAGCATCCACTTTGAAATTAGCACCACACAACACACCTTCGCT
ATCAATCTTCGGCATCGCCTTCATCTCATTCCTCGGATGTTCAAAGCTCTTAAGCCCTGT
CTCACTGTGGAACATACACCCAGTAGGGAAAGGAGCAAACGATTTAGCACACCCTTGCTT
TATGATCTTCACATCATCAGACATCACAACAGACCCATCACCGGAGATCCCCCAGTAAAG
GCTCTCCCCTCCATCTGAGCTCAGAGCCGAGAAAACAGAGGAGCTCTGAGTATCGTACAC
CGCGAAGGCGAAGCTTCCTTCCAAACCTCTGAGAACTTGATCAGCAGGGTAAGGACCACG
GTCACGCAACGTTCGGTACGCTTCGATCACGAACATCGCCTCGCTCGTGTTCTTCCCCGT
GAGTCCGTACTGCCGGTTCAACGTGCAGAGGTTGGTTAACGTGCCGAGGAAGGTACAGTA
GATCCCGTCTATACCGCAGAACAGCCTCTTGCGGAGAGAGTTGCCGTCGGGGCGTGAGTA
GGCTAAGACGGCGGAGGAGTCGCCGAAAGTCATG*AGAAAGCGGTGTCCTTGTGGAGTTT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3G969JQ 722 0 0
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GAAAGTTAACGAGAGTTAGCAAGAGCCCAGTTAGCTTCACTTCCTCTCCTAGGAATACCA
TTGACCTTAGAACAAGCATCCACTTTGAAATTAGCACCACACAACACACCTTCGCTATCA
ATCTTCGGCATCGCCTTCATCTCATTCCTCGGATGTTCAAAGCTCTTAAGCCCTGTCTCA
CTGTGGAACATACACCCAGTAGGGAAAGGAGCAAACGATTTAGCACACCCTTGCTTTATG
ATCTTCACATCATCAGACATCACAACAGACCCATCACCGGAGATCCCCCAGTAAAGGCTC
TCCCCTCCATCTGAGCTCAGAGCCGAAAAAACAGAGGAGCTCTGAGTATCGTACACCACG
AAGGCGAAGCTTCCTTCCAAACCTCTGAGGACTTGATCAGCAGGGTAAGGACCACGGTCA
CGCAACGTTCGGTACGCTTCGATCACGAACATCGCCTCGCTCGTGTTCTTCCCCGTGAGT
CCGTACTGCCGGTTCAACGTGCAGAGGTTGGTTAACGTGTCGAGGAAGGTACAGTAGATC
CCGTCTATACCGCAGAACAGCCTCTTGCGGAGAGAGTTGCCGTCGGGGCGTGAGTAGGCT
AA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3G969TF 697 0 0
CATCG
CTTCATCTCATTC*TCGGATGTTCAAAGCTCTTAAGCC*TGTCTCACTGTGGAACATACA
CCCAGTAGGGAAAGGAGCAAACGATTTAGCACACCCTTGCTTTATGATCTTCACATCATC
AGACATCACAACAGACCCATCACCGGAGATCCCCCAGTAAAGGCTCTCCCCTCCATCTGA
GCTCAGAGCCGAGAAAACAGAGGAGCTCTGAGTATCGTACACCACGAAGGCGAAGCTTCC
TTCCAAACCTCTGAGGACTTGATCAGCAGGGTAAGGACCACGGTCACGCAACGTTCGGTA
CGCTTCGATCACGAACATCGCCTCGCTCGTGTTCTTCCCCGTGAGTCCGTACTGCCGGTT
CAACGTGCAGAGGTTGGTTAACGTGTCGAGGAAGGTACAGTAGATCCCGTCTATACCGCA
GAACAGCCTCTTGCGGAGAGAGTTGCCGTCGGGGCGTGAGTAGGCTAAGACGGCGGAGGA
GTCGCCGAAAGTCATGGAGAAAGCGGTGTCCTTGTGGAGTTTGAGGAAGTCGGAGAGGGT
TTCTCCGGGGAGTTTTGGGGATTTTCCGGTGGAATGAGACGCCGGACTGTTGAGCTCTTC
CGGTGGGTGAGCGAATGCTTTCTGAAATATTGCCAACATTTTTTTTTGTTTCTGTTTGAA
TCTTTTGTTTCTTGTAATTGTGTTTTGTTGGT

QA 6 697 6 697
DS 



AS 1 2

CO CL4361Contig1 923 2 10 U
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GTGAATATGGCTCGTGACGCTCTTCTTAATTATGGCGATTGGGAGTCTCAGATTGAAGAA
TGGCAAAACCCTATTCTTTTAGACACTTCACTCCCTGATTGGTATAGAGTCACTCTATTC
AACGAACTATACTATTTCAACTCTGGAGGAGCTATCTGGACAGATGGCTTGCCTCACAAG
CAAAATACAGAAACAAGCAAGATTTCAAACACAGAACAGAACAGCATCGATGCAGACATC
CTCCAGAAAATCAATGCGGTCTGTGATCAGGTTCACCATTACTCTCCTCAGTCTCAAAAC
GTTGAAGAGAACATTGGGCAATTCATCTACCTAGAAGGAATCGAGTATCTAATGTACAAC
ACTTACGACGTTCACTTCTACTCTTCCTTTGCACTTCTCATTCTCTTCCCTGAGCTCGAA
CTCAGCATCCAGAGAGACTTCGCAGCAGCGGTTATATTCCGAGATCCCACCAAGAAAGAG
ATCATGAGCTCCGGCGAGTGGGTTCCAAGAAAGCTGCTAGGATCGGTTCCTCACGACATC
GGTCTAAACAATCCTTGGCTTGAGCTAAACGCATATAACTTGTTCAACACGGATCGTTGG
AAAGACTTGAACGCCAAGTTTGTTCTTCAAGTCTACAGAGACGTGGTTGCAACCGGCGAC
CAGAGCTTCGCGAGAGCGGTTTGGCCATCGGTTTACGTATCGGTTGCTTATTTGGATCAG
TTCGACAAGGACGAGGACGGTATGATTGATAACGAAGGGTTTCCGGACCAGACATACGAC
ACTTGGAGTGTTAGAGCGTTAGTGCTTATTGCGGCGGTCTTTACGTCGCTGCTCTTCAAG
CTGCGTCTGCGTTTGCTACTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FK44TF U 1
AF RR3H701TF U 167
BS 1 349 RR3FK44TF
BS 350 350 RR3H701TF
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BS 517 643 RR3FK44TF
BS 644 923 RR3H701TF

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CAAAATACAGAAACAAGCAAGATTTCAAACACAGAACAGAACAGCATCGATGCAGACATC
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GTTGAAGAGAACATTGGGCAATTCATCTACCTCGAAGGAATCGGGTATCTAATGTACAAC
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GGTCTAAACAATCCTTGGCTTGAGCTAAACGCATATAACTTGT
CAA

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3H701TF 757 0 0
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ATCTAATGTACAACACTTACGACGTTCACTTCTACTCTTCCTTTGCACTTCTCATTCTCT
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ACCAGACATACGACACTTGGAGTGTTAGAGCGTTAGTGCTTATTGCGGCGGTCTTTACGT
CGCTGCTCTTCAAGCTGCGTCTGCGTTTGCTACTATT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4363Contig1 1145 3 7 U
GTAAAAGATCTGTTTTATTCAAACCTTATTAGGATGACAGGATTTTAACAATAAACATAA
TTAAACAGTTTGTTTAGTTTCAACCCAACGTAACATAAACACTCCAAACAAATGTTATAA
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AAATCATTTATGATCTTGCAATCCAAAAACTCACGCAGATTCCACAACGATTTCTTCTTC
TTTAGTCTTTTTTTTGGCCCCAACTGATTCTTTACTCTCTCTTGAAACATCATCAGACTC
ACCGTGTGACAATAGGCTTCAGACAAAAGCCTACTGGATGGGATGGTATTGAGCTGATAC
TCTCTTTGGAGGTAGCTTACGCAGAATGAAGAGGACTAGTGCCGATGGAAGTACTTCAAC
CACCATATAGTAGATTAAGTTCAGAACCGGATGATCAAGAACATCCAGTGTTAAATCCCT
GTCAAAAGCTGATACACCCACCACAATGCATCGAATGAGGAAGCAGGTGAAGCATATGGC
TGTCACAGATCCAACCTCATGGAGCTTCTTCCTTCTTCCTTTAGACTCAATAGGGAACCT
TCTTAGCATAATAAACAATCTTCCTCCGTACAGCAAGAAGCCTAGCGCAGCGATGAAAGA
CACAACTGACATAAATATCTTTCCAACTAACTCCACAGTACTGTTATCATTTACCCAGAT
GCACACCCATATAACAACCTGAGCCAAATATACAGCAACATTGACTGAAATGTAGGTTAT
CCTCAGCTTATCCGTTGGTAAGCTTCTTGCCTGGTGATATATCTCTGCCCAGAACAAGAC
AAGTAGTGTGTATGCAGAGAAAAAGAGGAGGCCTGGAAGATCCAATAATATCCAGCAAAG
AGCCTTGGGATGGACGAGAAACACTTGATGGTGAAATCCAAATAGAACAGCGCGAACTCC
ATCATCACGCTCGAATCCGTCATCCTCCTCCTTTGTTAATCTGTTATCTTCGTCTCTTTG
CTGGTGAGGTACGGTTTGAATCAAATCGAGAAATCCTAATGAGTTCTTTCGAATCCAGAC
AGACTCCACAGAGAGAGGCGAACGAAGGAAAGGGGATGAGTTGTTTGAATATCTGTCATC
CACCC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3EG58JQ U 1
AF RR3CZ88JQ U 49
AF RR3CZ88TF C 432
BS 1 54 RR3EG58JQ
BS 55 55 RR3CZ88JQ
BS 56 309 RR3EG58JQ
BS 310 310 RR3CZ88JQ
BS 311 386 RR3EG58JQ
BS 387 672 RR3CZ88JQ
BS 673 1145 RR3CZ88TF

RD RR3EG58JQ 386 0 0
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TTAAACAGTTTGTTTAGTTTCAACCCAACGTAACATAAACACTCCAAACAAATGTTATAA
ACCTCTTGTCCTGACCAGATTTTCCAAAGTAGCAGTAACATGAAAGTACTAAAGCTGTAA
AAATCATTTATGATCTTGCAATCCAAAAACTCACGCAGATTCCACAACGATTTCTTCTTC
TTTAGTCTTTTTTTTGGCCCCAACTGATTCTTTACTCTCTCTTGAAACATCATCAGACTC
ACCGTGTGATAATAGGCTTCAGACAAAAGCCTACTGGATGGGATGGTATTGAGCTGATAC
TCTCTTTGGAGGTAGCTTACGCAGAA

QA 1 386 1 386
DS 

RD RR3CZ88JQ 624 0 0
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CAAATGTTATAAACCTCTTGTCCTGACCAGATTTTCCAAAGTAGCAGTAACGTGAAAGTA
CTAAAGCTGTAAAAATCATTTATGATCTTGCAATCCAAAAACTCACGCAGATTCCACAAC
GATTTCTTCTTCTTTAGTCTTTTTTTTGGCCCCAACTGATTCTTTACTCTCTCTTGAAAC
ATCATCAGACTCACCGTGTGACAATAGGCTTCAGACAAAAGCCTACTGGATGGGATGGTA
TTGAGCTGATACTCTCTTTGGAGGTAGCTTACGCAGAATGAAGAGGACTAGTGCCGATGG
AAGTACTTCAACCACCATATAGTAGATTAAGTTCAGAACCGGATGATCAAGAACATCCAG
TGTTAAATCCCTGTCAAAAGCTGATACACCCACCACAATGCATCGAATGAGGAAGCAGGT
GAAGCATATGGCTGTCACAGATCCAACCTCATGGAGCTTCTTCCTTCTTCCTTTAGACTC
AATAGGGAACCTTCTTAGCATAATAAACAATCTTCCTCCGTACAGCAAGAAGCCTAGCGC
AGCGATGAAAGACACAACTGACAT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3CZ88TF 714 0 0
TAGA
TAAGTTCAGAACCGGATGATCAAGAACATCCAGTGTTAAATCCCTGTCAAAAGCTGATAC
ACCCACCACAATGCATCGAATGAGGAAGCAGGTGAAGCATATGGCTGTCACAGATCCAAC
CTCATGGAGCTTCTTCCTTCTTCCTTTAGACTCAATAGGGAACCTTCTTAGCATAATAAA
CAATCTTCCTCCGTACAGCAAGAAGCCTAGCGCAGCGATGAAAGACACAACTGACATAAA
TATCTTTCCAACTAACTCCACAGTACTGTTATCATTTACCCAGATGCACACCCATATAAC
AACCTGAGCCAAATATACAGCAACATTGACTGAAATGTAGGTTATCCTCAGCTTATCCGT
TGGTAAGCTTCTTGCCTGGTGATATATCTCTGCCCAGAACAAGACAAGTAGTGTGTATGC
AGAGAAAAAGAGGAGGCCTGGAAGATCCAATAATATCCAGCAAAGAGCCTTGGGATGGAC
GAGAAACACTTGATGGTGAAATCCAAATAGAACAGCGCGAACTCCATCATCACGCTCGAA
TCCGTCATCCTCCTCCTTTGTTAATCTGTTATCTTCGTCTCTTTGCTGGTGAGGTACGGT
TTGAATCAAATCGAGAAATCCTAATGAGTTCTTTCGAATCCAGACAGACTCCACAGAGAG
AGGCGAACGAAGGAAAGGGGATGAGTTGTTTGAATATCTGTCATCCACCC

QA 5 714 5 714
DS 



AS 1 3

CO CL4364Contig1 1007 3 7 U
GGATCGCTCACTTGAAAACCAAAAAGAACAAGACTTTTGCTTTCTCTTCTTTTTCAAAAA
AGACACAAACTTGACTTGAGTGAGTGCCGCTCTTTCATCGTGAGAGGAAGATGGAAGGAG
GAGGAGGTGCCCACTACAACCCTCGAACCGTCGAAGAAGTCTTCCGAGATTTCAAGGGCC
GTCGTGCTGGCATCCTCCGTGCTCTCACCACCGATGTGAAAGAGTTTTTCCAGCAATGCA
ATCCTGAGAAGGACAACCTTTGCTTGTATGGATTCCCGAATCAAGTGTGGGAAGTTAACT
TACCAGCTGAAGAAGTGCCTCCTGAGCTCCCTGAGCCTGCTCTCGGCATCAACTTTGCTA
GGGACGGAATGCAGGAAAAAGAATGGCTTTCTCCTTTTACTTCGGTTCAAGATTTGGTAT
TGATAAAGCTGACAGGAAACGCTTGTTCAACATGATAAACGAGGTTCCTACTGTATTTGA
AGTTGTAACTGGAAGTGCTAAAAAACAAACAGAGGAGCAGCCTTCTTCAGTAACTAAAAA
TGACAACAGATCCAAGTCTAATTCAAAAGTGAGAGATTTAGATGTCAAAAGCTCAAGGAA
GATACAGGTTAGTGAAGAGGATGAAGGAGCAGAGGAGGAAGGAGTAGAGGAAGAGGATGA
AGAAGAACACGGTGAAACCCTGTGTGGAGCTTGTGGAGATAACTATGCTTCTGATTTCTG
GATTTGCTACGACATGTGCGAGAAATGGTTCCATGGGAAGTGTGTGAAAATCACTCCAGC
TAGAGCTGAGCATATCAAGCAATACAAGTGCCCTTCTTGCAGCAACAAAAGATCTCGACC
CTAAAATGTTTTATTCCATTTGCCTTGGCTATCTATCAATCTATCCATCCCCCCAAATTG
TACAATGCACTTCGAAATCTGTTTGTTGTTCAGACCGTTTTGAAGCATGTCCAGATTTAT
AACTCTCTCCAACTTGTAGTCTTTGATAAGAATCGTTTGACAAAGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CU93TF U 1
AF RR3CW72TF U 1
AF RR3CW72JQ C 335
BS 1 640 RR3CU93TF
BS 641 641 RR3CW72TF
BS 642 649 RR3CU93TF
BS 650 769 RR3CW72TF
BS 770 770 RR3CW72JQ
BS 771 789 RR3CW72TF
BS 790 1007 RR3CW72JQ

RD RR3CU93TF 649 0 0
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ATCCTGAGAAGGACAACCTTTGCTTGTATGGATTCCCGAATCAAGTGTGGGAAGTTAACT
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QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3CW72TF 789 0 0
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AGACACAAACTTGACTTGAGTGAGTGCCGCTCTTTCATCGTGAGAGGAAGATGGAAGGAG
GAGGAGGTGCCCACTACAACCCTCGAACCGTCGAAGAAGTCTTCCGAGATTTCAAGGGCC
GTCGTGCTGGCATCCTCCGTGCTCTCACCACCGATGTGAAAGAGTTTTTCCAGCAATGCA
ATCCTGAGAAGGACAACCTTTGCTTGTATGGATTCCCGAATCAAGTGTGGGAAGTTAACT
TACCAGCTGAAGAAGTGCCTCCTGAGCTCCCTGAGCCTGCTCTCGGCATCAACTTTGCTA
GGGACGGAATGCAGGAAAAAGAATGGCTTTCTCCTTTTACTTCGGTTCAAGATTTGGTAT
TGATAAAGCTGACAGGAAACGCTTGTTCAACATGATAAACGAGGTTCCTACTGTATTTGA
AGTTGTAACTGGAAGTGCTAAAAAACAAACAGAGGAGCAGCCTTCTTCAGTAACTAAAAA
TGACAACAGATCCAAGTCTAATTCAAAAGTGAGAGATTTAGATGTCAAAAGCTCAAGGAA
GATACAGGTTAGTGAAGAGGATGAAGGAGCAGAGGAGGAAGGAGTAGAGGAAGAGGATGA
AGAAGAACACGGTGAAACCCTGTGTGGAGCTTGTGGAGATAACTATGCTTCTGATTTCTG
GATTTGCTACGACATGTGCGAGAAATGGTTCCATGGGAAGTGTGTGAAA*TCACTCCAGC
TAGAGCTGA

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3CW72JQ 673 0 0
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TTTTACTTCGGTTCAAGATTTGGTATTGATAAAGCTGACAGGAAACGCTTGTTCAACATG
ATAAACGAGGTTCCTACTGTATTTGAAGTTGTAACTGGAAGTGCTAAAAAACAAACAGAG
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GATTTAGATGTCAAAAGCTCAAGGAAGATACAGGTTAGTGAAGAGGATGAAGGAGCAGAG
GAGGAAGGAGTAGAGGAAGAGGATGAAGAAGAACACGGTGAAACCCTGTGTGGAGCTTGT
GGAGATAACTATGCTTCTGATTTCTGGATTTGTTACGACATGTGCGAGAAATGGTTCCAT
GGGAAGTGTGTGAAAATCACTCCAGCTAGAGCTGAGCATATCAAGCAATACAAGTGCCCT
TCTTGCAGCAACAAAAGATCTCGACCCTAAAATGTTTTATTCCATTTGCCTTGGCTATCT
ATCAATCTATCCATCCCCCCAAATTGTACAATGCACTTCGAAATCTGTTTGTTGTTCAGA
CCGTTTTGAAGCATGTCCAGATTTATAACTCTCTCCAACTTGTAGTCTTTGATAAGAATC
GTTTGACAAAGCC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 3

CO CL4367Contig1 835 3 4 U
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TTCTCTTTATCAGTTTCCGATCTAGGAATCGAGTACTATCGCTACGAATCGGCTGTGTTT
TTTTTTGTTCTGGTTAATTATTTGATCGGTGAAGTGTTCTGGAAGTATCTGTCTGTCTCA
CAGCTGGACAATAATACTTCAGATGAGTTTTATGGTAACGATGATGGTATAGTGCCAAAC
TCGGCGTACGAGGCCAGTACCAGGAAGAAACAAAGACATGAAGATAGGGGTAGCGGAAAA
CCCCACTTAAAGAGTAATACTTTTATCAAGAGGGAGGGCGATATGTTAGGAAGGAATCCC
TGGTCTGAGAAAAATAGTGTCGGCTCTCCGGTTTCTCGTGACGCCGGATCAGACAAAGAT
GTTCAGGATAGAGAACCAAGAGGAAACCCAAGAACTTAGAACCGAAGCTGTAGCAAGTGA
CAACAAGTAGTGATGTCAACTGGAAACCGGCTCTTTCAGTGCTGAACCAAACCGAGACAT
GGTTGTGCCAGTTAGTTACAAAACTCCTGAATGGGTCTTTCATTAGAGTCATGGATTTTG
TAACGCGGTCGGGAATGATTGTCTGGTTTGGATTCCATTTCGAATTTGATTCTACATTGT
ACACTTGGTTGCTCGGGTCTTTGAGACGTGTTTATTGCCCTTGTCGTATGTTCAAGTTGT
TAAGTAGAGAGGCACATAGCAATTCTGTAGATAAAGATGTTAGTATCTCTTTTTCTTTTC
TGTTGCAATGCTATAATCACTCTGCTGCTGTGTATATCTCTCAACATCAATTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EU71TF U 1
AF RR3DM04TF U 519
AF RR3EU71JQ C 134
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BS 759 759 RR3DM04TF
BS 760 769 RR3EU71TF
BS 770 835 RR3EU71JQ

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GTTAGTATCTC
TTTTT

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DS 

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TAATCACTCTGCTGCTGTGTATATCTCTCAACATCAATTACT

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 3

CO CL4368Contig1 1255 3 23 U
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TTGATATCTCAGTGTTGTCTCACAAAACACGTGTTCAAGATTAGCAAACAGTATCTGGCT
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GCTCATTACCATGTTCTTTGGGATGAGAACAATTTCACAGCGGATGGTATACAGTCTCTG
ACTAATAATCTCTGCTATACTTATGCCCGATGCACCCGATCGGTCTCCGTTGTTCCTCCG
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CAAGATAACGGATCGCCGGGGAAAAAGAGCACGAAGACAACTACTGTCGGAGATCATGGT
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TCGGCTACTGTTTGTAAATATGTTTGGTTCGGCTTAGGGCTGCTTTATTTCTAGAGTTGT
GTGTTTTAGCTCAGGTTTCGATGATAACGTTAATGCAATATGTTTTCTTAAGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E467TF U 1
AF RR3AI83TF U 98
AF RR3AI83JQ C 534
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BS 700 761 RR3E467TF
BS 762 767 RR3AI83TF
BS 768 1255 RR3AI83JQ

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ATAAGCTGTAGGATTCCACTGGTTAGCGATATACCAACAATTATATTTGGCGCAGACGTG
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ATCTTTTACCGTGA**GAGTAAGCGAAGGACAGTTCTACCAAGTTTTACTCTACGAGTTG
GATGCAATTCGCAAGGCTTGTGCGTCGCTTGAACCGAATTATCAGCCACCTGTGACATTC
ATAGTTGTACAGAAGAG*CACCACACCCGTTTGTTTGCTAATAATCACCGAGACAAAAGC
AGTACTGACCGTAGCGGGAACATCTTACCTGGTACGGTAGTTGACACTAAGATATGTCAT
CCAACTGAATTCGACTTCTACCTTTGTAGCCACGCTGGTAT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3AI83TF 675 0 0
G
GATTAGCAAACAGTATCTGGCTAATGTATCCCTTAAAATCAATGTCAAGATGGGAGGAAG
GAACACAGTTCTGTTAGATGCCATAAGCTGTAGGATTCCACTGGTTAGCGATATACCAAC
AATTATATTTGGCGCAGACGTGACTCACCCAGAGAACGGGGAAGAGTCCAGCCCTTCAAT
CGCTGCTGTTGTTGCTTCACAGGACTGGCCTGAAGTCACAA**TATGCTGGTTTGGTTTG
TGCACAAGC**ACAGGCAAGAACTTATACAAGATTTGTATAAAACATGGCAGGATCCTGT
ACGTGGCACTGTTAGTGGCGGTATGATCAGGGACCTTCTGATCTCATTCAGAAAAGCAAC
AGGGCAGAAACCGCTTCGGATCATCTTTTACCGTGATGGAGTAAGCGAAGGACAGTTCTA
CCAAGTTTTACTCTACGAGTTGGATGCAATTCGCAAGGCTTGTGCGTCGCTTGAACCTAA
TTATCAGCCACCTGTGACATTCATAGTAGTACAGAAGAGGCACCACACCCGTTTGTTTGC
TAATAATCACCGAGACAAAAGCAGCACTGACCGAAGCGGAAACATCTTACCAGGTACGGT
GGTTGACACTAAGATATGTCATCCAACTGAATTCGACTTCTACCTTTGTAGCCACGCTGG
TATACAGGG
GAACA

QA 2 670 2 670
DS 

RD RR3AI83JQ 722 0 0
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GACATTCATAGTAGTACAGAAGAGGCACCACACCCGTTTGTTTGCTAATAATCACCGAGA
CAAAAGCAGCACTGACCGAAGCGGAAACATCTTACCAGGTACGGTGGTTGACACTAAGAT
ATGTCATCCAACTGAATTCGACTTCTACCTTTGTAGCCACGCTGGTATACAGGGAACAAG
CAGGCCTGCTCATTACCATGTTCTTTGGGATGAGAACAATTTCACAGCGGATGGTATACA
GTCTCTGACTAATAATCTCTGCTATACTTATGCCCGATGCACCCGATCGGTCTCCGTTGT
TCCTCCGGCGTATTATGCGCATCTTGCAGCATTCCGAGCACGTTTCTACATGGAACCGGA
GATCATGCAAGATAACGGATCGCCGGGGAAAAAGAGCACGAAGACAACTACTGTCGGAGA
TCATGGTGTGGGTGGTGGTGTGAAGCCTTTACCGGCATTGAAGGAGAATGTGAAGAGAGT
CATGTTCTACTGCTAAAATGAAGAAACGTTTTCTAAGACAAGTAGTTTTGTTTGTTCTGT
TCTTAGTTCGGCTACTGTTTGTAAATATGTTTGGTTCGGCTTAGGGCTGCTTTATTTCTA
GAGTTGTGTGTTTTAGCTCAGGTTTCGATGATAACGTTAATGCAATATGTTTTCTTAAGG
TC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 3

CO CL4369Contig1 906 3 10 U
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CATCACGGTTAGTTTGTGACATATATAGCCCATGGCATACAGACACATCATAATATCCAC
ATATTTATGTATATATTCATTAGTTGGTATGGAACATTATTTAGATAGACTTGATGTTGG
ACAGTCCTGACTAGATGGTGTCTTCGTGAGACTCGTCGAGGGGGAAGCACGTCTCATCAC
CGCCGGTGTTCCACAAGAAATTAGCGTAACCAGCGGCGTAGAAAGAGTTGGTGGGATCGG
CATCGATTGCTTCCAAGAAAGTCTCCTCGGCTGCCCAAAGATCGTCTCGTGCTCTCCATA
AGAACGTGGCGTATTTACTCAGCGCCTCTGCGTCTTTGGGTTCCACTCCTACTGCTCTCT
TGAAGTACTCCTCTGCTCTATCATAATCATCGGAGACGATGTAGAGGAACTGAGCATAGT
TAGCGAGAAGCAGAGGATTATCAGGCTCTTGAGACAGTCCTGTTTGGTAGTGAAGCTCTG
TTCTGAAGTAATCAATATCCTCCCCTCCTTCCACTCGAGCATCCAAAGGTGACACGAACC
GCTTCCTCGTCTCGTGATCCAACACATTGTCTATCTTCGAATACTGCATTTGCTCTGCTT
CCTCCACAATCGAGTTCCACAGCCTAACTTCTCGCCCCGACACTGATGTCTCTGTCTCTG
TAGTAGCCGTTGACCCGAATGTTGACGATGACAGCTGCGACGGTCCTTCTGGTACACCGA
ATCCATCCCCATCTGTCCCGCTTAACACCGGACGGATATTTCCACCGCCGCCGTTGTTGT
TGTTACCGTCGACGGTGGGAGATGAGACAGAGAATGATTTATCGAACTTCTCGTTTGTTT
CACCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 

AF RR3BF57JQ U 1
AF RR3BH14JQ U 56
AF RR3BH14TF C 75
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BS 271 271 RR3BH14JQ
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BS 679 824 RR3BF57JQ
BS 825 906 RR3BH14JQ

RD RR3BF57JQ 824 0 0
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TGAAGTACTCCTCTGCTCTATCATAATCATCGGAGACGATGTAGAGGAACTGAGCATAGT
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ATCCATCCCCATCTGTCCCGCTTAACACCGGACGGATATTTCCA

QA 1 824 1 824
DS 

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ATCACCGCCGGTGTTCCACAAGAAATTAGCGTAACCAGCGGCGTAGAAAGAGTTGGTGGG
ATCGGCATCGATTGCTTCCAAGAAAGTCTCCTCGGCTGCCCAAAGATCGTCTCGTGCTCT
CCATAAGAACGTGGCGTATTTACTCAGCGCCTCTGCGTCTTTGGGTTCCACTCCTACTGC
TCTCTTGAAGTACTCCTCTGCTCTATCATAATCATCGGAGACGATGTAGAGGAACTGAGC
ATAGTTAGCGAGAAGCAGAGGATTATCAGGCTCTTGAGACAGTCCTGTTTGGTAGTGAAG
CTCTGTTCTGAAGTAATCAATATCCTCCCCTCCTTCCACTCGAGCATCCAAAGGTGACAC
GAACCGCTTCCTCGTCTCGTGATCCAACACATTGTCTATCTTCGAATACTGCATTTGCTC
TGCTTCCTCCACAATCGAGTTCCACAGCCTAACTTCTCGCCCCGACACTGATGTCTCTGT
CTCTGTAGTAGCCGTTGACCCGAATGTTGACGATGACAGCTGCGACGGTCCTTCTGGTAC
ACCGAATCCATCCCCATCTGTCCCGCTTAACACCGGACGGATATTTCCACCGCCGCCGTT
GTTGTTGTTACCGTCGACGGTGGGAGATGAGACAGAGAATGATTTATCGAACTTCTCGTT
TGTTTCACCGC

QA 1 851 1 851
DS 

RD RR3BH14TF 832 0 0
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ATGGTGTCTTCGTGAGACTCGTCGAGGGGGAAGCACGTCTCATCACCGCCGGTGTTCCAC
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AAGAAAGTCTCCTCGGCTGCCCAAAGATCGTCTCGTGCTCTCCATAAGAACGTGGCGTAT
TTACTCAGCGCCTCTGCGTCTTTGGGTTCCACTCCTACTGCTCTCTTGAAGTACTCCTCT
GCTCTATCATAATCATCGGAGACGATGTAGAGGAACTGAGCATAGTTAGCGAGAAGCAGA
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ATATCCTCCCCTCCTTCCACTCGAGCATCCAAAGGTGACACGAACCGCTTCCTCGTCTCG
TGATCCAACACATTGTCTATCTTCGAATACTGCATTTGCTCTGCTTCCTCCACAATCGAG
TTCCACAGCCTAACTTCTCGCCCCGACACTGATGTCTCTGTCTCTGTAGTAGCCGTTGAC
CCGAATGTTGACGATGACAGCTGCGACGGTCCTTCTGGTACACCGAATCCATCCCCATCT
GTCCCGCTTAACACCGGACGGATATTTCCACCGCCGCCGTTGTTGTTGTTACCGTCGACG
GTGGGAGATGAGACAGAGAATGATTTATCGAACTTCTCGTTTGTTTCACCGC

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 3

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AAGACTCACGGAGAAGGAGTGTGGAAAGAGCTGATCTTAAGACCGACACCTGCCGTGCGA
CGAGTTCTTTTGACTGCGTTGGGGATCCATTTCTTCCAGCACGCGACGGGTATAGAGGCA
GTGCTTTTATACGGTCCGAAGATCTTCAAGAAAGCGGGGATCACGACTAAAGACAAGCTT
TTCTTGGTTACGATCGGTGTCGGAATCATGAAAACGACGTTTATCTTCATAGCGACTTTC
TTGCTCGACAAGGTAGGTCGGAGGAAGCTTCTGTTGACCAGCGTTGGGGGAATGATTGGC
GCGTTGACGATGTTAGGGTTTGGGCTCACGATGGCTCAGAGCTCTGGCGGGAAACTGGTT
TGGGCTTTGATATTGAGCATAGTCTCGGCTTATAGCTTTGTAGCGTTTTTCTCTGTTGGG
CTTGGGCCGATAACTTGGGTGTACAGCTCTGAGGTGTTCCCGTTGAAGCTTAGGGCGCAA
GGGGCGAGTCTCGGCGTTGCGGTGAATAGAGTGATGAACGCTTCGGTGTCCATGTCGTTC
TTGTCGTTGAGTAGGGCGATAACCACGGGAGGAGCGTTCTTTATGTTTGCTGGAGTCGCG
GTGGCGGCGTGGAACTTCTTTTTCTTCCTTATGCCGGAGACGAAAGGTAAGTCGCTTGAA
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TTTGTGTGGCTTTTATCAAATTATAAGCCAACGGTCACGTTCGGCGCACAGTTTTAGTAT
TTGTTAACAGCTTACTATCAACAAGCTCGCAAATTCACCAATTACTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AE54TF U 1
AF RR3AD12JQ C 329
AF RR3AD12TF U 329
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BS 590 1009 RR3AD12TF

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TTCTTGGTTACGATCGGTGTCGGAATCATGAAAACGACGTTTATCTTCATAGCGACTTTC
TTGCTCGACAAGGTAGGTCGGAGGAAGCTTCTGTTGACCAGCGTTGGGGGAATGATTGGC
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G
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G
GAAAACGACGTTTATCTTCATAGCGACTTTCTTGCTCGACAAGGTAGGTCGGAGGAAGCT
TCTGTTGACCAGCGTTGGGGGAATGATTGGCGCGTTGACGATGTTAGGGTTTGGGCTCAC
GATGGCTCAGAGCTCTGGCGGGAAACTGGTTTGGGCTTTGATATTGAGCATAGTCTCGGC
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TGAGGTGTTCCCGTTGAAGCTTAGGGCGCAAGGGGCGAGTCTCGGCGTTGCGGTGAATAG
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TATGCCGGAGACGAAAGGTAAGTCGCTTGAAGAGATCGAAGCGCTTTTCCAAAGAGATGG
TGATAATAAGACAAAAGGCGAGAACGGCGCCGTTTAATGTGTTTGTTTTTTTCTTTTTGT
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AACGGTCACGTTCGGCGCACAGTTTTAGTATTTGTTAACAGCTTACTATCAACAAGCTCG
CAAATTCACCAATTACTAGC

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DS 



AS 1 3

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GGCTTCTTGAAGTTGTGAACTTTGAGCTTCGCAATCTCAGCTTCTTCCTCTGGAGTCGTC
TCTCTAACTACGACAGTTAAGCGACACTCCGGTCTTATCATCAACCCGCATTTTCCTTTT
CCATGGATAGATATCCTCTTCTTGAACAGTCCCTTCCCAACAAACGCTTCAGCAATGATG
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ACGCGCATACCACGTACTAGTACTGCAACTAGGTTGACCTTCTTAGGACTCTGCTTAATG
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TTGCCACTACCCAACAGAGTAGCTGGAGATGACAAAGGTGATGACAAAGGCTCTTCACTA
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AGAGAATCGGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ41JQ U 47
AF RR3CQ27JQ U 1
AF RR3CJ41TF C 355
BS 1 621 RR3CQ27JQ
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TAGTGCCTCTACGGTTCCAGATTGGAGTCGTCTCTATAAGCTTGTGCGGGAAAAGCCTAC
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QA 1 463 1 463
DS 

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QA 1 753 1 753
DS 

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C*TTTTCCATGGATAGATATCCTCTTCTTGAACAGTCCCTTCCCAACAAACGCTTCAGCA
ATGATGAGACGGTCAGGATCTAGTCCATGGTTATGAGAAGCATTTGCTCGAGCTGCGTGG
ATAACCCGGTACACGGTGTGGGAAGCTCGTTTAACAGTGACCTGGAGTTGCATCAGAGCA
TCTTCGACGCGCATACCACGTACTAGTACTGCAACTAGGTTGACCTTCTTAGGACTCTGC
TTAATGGCCTTGAGTACAGCCTGCACTTTTTTACGCTTGGGTATAATCTTCTGCTCTTCT
TCTTCTTTGCCACTACCCAACAGAGTAGCTGGAGATGACAAAGGTGATGACAAAGGCTCT
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CCAATCTGACGAATCAACTGTAGATTCCTCTGCCAACCCGCCATTGTTTAATTTAACCCT
CTTTCTGTAAACTGTCAAAGGATCAGAGTCAGAAATAAATATCAAAGCTTTGGCTCGTCT
CGCTAGAGAGAATCGGCC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

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AACATTAAATGAGAAACTGATCGAAAAGGTCATTTGATTTTAACTGATCAAGTCTACATG
TTCGTCATCTTCAAACTCTTCACCCATCAGTCTTTCTCTTGCCTTCCTCGCCTGATGTTT
CCAGTTGGTGAGGCTGACGATAAGACCAAGCAACACAGCTTGTAAACAAGACCCAACTGT
AATCCCAATCCAGAGCCCTCTTCCTCTCATTTTAAACCTAAAACCTAATACAATAGCAGT
TGGTATCCCAAAGAGATAGTATGCAGCTAGGTTTACATATGCTCCAATATCTTGCCTCCC
TGATCCTCTAGCCACACCTGAAAGAACTGCGTGAAGGGCATCGAATATGACTGATAAAGA
AACCAGGGGAGCCATTGTTCTTACATAATCCACAACTTCGGTTTCAGAGCTGAATAGGTA
ACCAAATACGTTTCTTGCAGCAAAGACTATTGCACTCACCATTAGTGATTCTACTCCTGT
TATAATCATCACCGTGTAAACCGCCATTCGAGCTTTTTTAGGGTTTCCAGCTCCTAATTC
GTTTGCAACTTTTGTACTTGCTGCTGCGCCTAGAC


BQ
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AF RR3HB23JQ U 1
AF RR3FO06JQ U 1
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DS 



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BQ
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5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EF82JQ U 1
AF RR3DC70JQ U 1
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DS 

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T

QA 1 781 1 781
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AAACG
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ATGGCCCTTAGCTTACTTCCGCCGTAAGTAAGCTGGATAAACTCTGGCAAAACTCCATGT
ATAGTCTTAACTCGCCCGGGGATTTTGATATTTCTATTACACAATTGGTTGGAGTCACCT
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QA 6 817 6 817
DS 



AS 1 3

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CCCCACACCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN62JQ U 1
AF RR3H382JQ U 2
AF RR3H382TF C 3
BS 1 48 RR3EN62JQ
BS 49 49 RR3H382JQ
BS 50 115 RR3EN62JQ
BS 116 116 RR3H382JQ
BS 117 459 RR3EN62JQ
BS 460 531 RR3H382JQ
BS 532 730 RR3H382TF

RD RR3EN62JQ 460 0 0
GGACAAAGAAGCATATATATATTACAAGAAATGTTTGTGGAGAACATGGTGGGTCTTCAC
ATCTTTATTACACAGACAATGTGTGCTAAACTTACTACCAACTAGAAGTTGACTTTCTTG
AAAAAAGATTCAAAGAATTTTAAAAAGCTACACGGTGTAGCCTGGCTACAAGACACAAAA
TGCTTTCTAGTGTTGAGGAGTGAGAGAAGGAAACGTTGGAATGGATTGCAGTATCAGTTT
CCTCCCACCACTTCTTCTCCCTGAGCTGGAAGAGTCAAGATGAGGAGGAGAGACCCTCTT
ACCGTTGGGAGAGACAGCTTTGGTGTTATCTATAGAGGTGTGGCTAAAAATCTCAGGCAT
CTCTTCAGCTCCATCCTCTGCCACTGTCTCCAGTGACTTCATTTCCGGTTTTCTTGTATA
TTGACTGTTAAACATCCCTGATGAAGAAGATCCACCTCC
C

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR3H382JQ 530 0 0
GACA
AAGAAGCATATATATATTACAAGAAATGTTTGTGGAGAACATGATGGGTCTTCACATCTT
TATTACACAGACAATGTGTGCTAAACTTACTACCAACTAGAAGTTGACTTCCTTGAAAAA
AGATTCAAAGAATTTTAAAAAGCTACACGGTGTAGCCTGGCTACAAGACACAAAATGCTT
TCTAGTGTTGAGGAGTGAGAGAAGGAAACGTTGGAATGGATTGCAGTATCAGTTTCCTCC
CACCACTTCTTCTCCCTGAGCTGGAAGAGTCAAGATGAGGAGGAGAGACCCTCTTACCGT
TGGGAGAGACAGCTTTGGTGTTATCTATAGAGGTGTGGCTAAAAATCTCAGGCATCTCTT
CAGCTCCATCCTCTGCCACTGTCTCCAGTGACTTCATTTCCGGTTTTCTTGTATATTGAC
TGTTAAACATCCCTGATGAAGAAAATCCACCTCCAAGTACAGACTGTGGAGGAGGCATCA
TGTTCTTTAGCTGAACCAGTTGTTGTCTGTAAATCGACATTGGTGT

QA 5 530 5 530
DS 

RD RR3H382TF 728 0 0
GAC
AAGAAGCATATATATAT*ACA*GAAATGTTTGTG*AGAACATGATGGGTCT*CACATCTT
TATTACACAGACAATGTGTGCTAAACTTACTACCAACTAGAAGTTGACTT*CTTGAAAAA
AGATTCAAAGAATTTTAAAAAGCTACACGGTGTAGCCTGGCTACAAGACACAAAATGCTT
TCTAGTGTTGAGGAGTGAGAGAAGGAAACGTTGGAATGGATTGCAGTATCAGTTTCCTCC
CACCACTTCTTCTCCCTGAGCTGGAAGAGTCAAGATGAGGAGGAGAGACCCTCTTACCGT
TGGGAGAGACAGCTTTGGTGTTATCTATAGAGGTGTGGCTAAGAATCTCAGGCATCTCTT
CAGCTCCATCCTCTGCCACTGTCTCCAGTGACTTCATTTCCGGTTTTCTTGTATATTGAC
TGTTAAACATCCCTGATGAAGAAGATCCACCTCCAAGTACAGACTGTGGAGGAGGCATCA
TGTTCTTTAGCTGAACCAGTTGTTGTCTGTAAATCGACATTGGTGTCGCAGGTAGAGCAG
AACTCTCTTCCTTTCTCATCAAATATACCTCAGTGTTCTCTTGGTTTTTGGTTCTTTTGG
TCTTCTTAGATGTTTCATTTTCCTCCTCTTGTTCAGCTTCCATGTCAACAATGGACGAAC
CATCTTTGCGGCCAAATGCATTCTTACACCCTTCACATCTACAGTTTATGGAACACCCCA
CACCC

QA 4 728 4 728
DS 



AS 1 2

CO CL4376Contig1 772 2 2 U
GGGGTCCTCTTCTCAAACATATCTCAATTTATTGTTTGAAGCTAAGCTATTATAAAGAGA
TATCCAAAAGAAGAGAAGACCACCAAACAAAAAAAAAACAAAAATGACGTCCAAAGCCTT
TTTCTTCTCTTTCTTTGTCGTCTCCTTCGTGTGTTTGTCCTCTCTGGCCGGATTTTCCAC
CGCCGATGTTGATGATTTTGACCGTTTCCAGATTCAGGGATCAGTTTATTGTGACACTTG
CCGTGTCCAATTTGTTACTCGTCTCAGCAAATTCCTTGAAGGAGCGAAAGTGAAGTTGGA
ATGCAGGAGCAGAACAAACGGAACCCTAACATTGACCAAAGAAGCCGTTACCGACAAAAC
GGGAAGCTACAAGATGGAAGTAACCGGCGACCACGAAGAAGAAGTTTGCGAGCTCGTGTT
GGTGCAATCCCCAGACAGTGGTTGCAGTGACGTCAGCAAAGATGCATACTTACGTAACGC
CGCTAAGATCAGTCTAACGGCGAATGACGGTATCGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTAA
CCCTCTCGGTTTCATGGTTAAGACACCGTCAGCTGACTGTCCCGCTGCTTTCAAGGAGCT
CGGTATTGTCCCTGACGTTACTTTCTAAGCGAAGATAGAAAATATTTATATATGAAATGG
GAGATTTGATTTTCTATTTGCTTCATTTTGAAGGGGTTTCCGTCAAGTTTACCAATTATT
ACCATTATGAGTTTTAACATCAACAGTAAAAACACTCAAAATTTTTATTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DZ02TF U 1
AF RR3DZ02JQ C 122
BS 1 691 RR3DZ02TF
BS 692 772 RR3DZ02JQ

RD RR3DZ02TF 691 0 0
GGGGTCCTCTTCTCAAACATATCTCAATTTATTGTTTGAAGCTAAGCTATTATAAAGAGA
TATCCAAAAGAAGAGAAGACCACCAAACAAAAAAAAAACAAAAATGACGTCCAAAGCCTT
TTTCTTCTCTTTCTTTGTCGTCTCCTTCGTGTGTTTGTCCTCTCTGGCCGGATTTTCCAC
CGCCGATGTTGATGATTTTGACCGTTTCCAGATTCAGGGATCAGTTTATTGTGACACTTG
CCGTGTCCAATTTGTTACTCGTCTCAGCAAATTCCTTGAAGGAGCGAAAGTGAAGTTGGA
ATGCAGGAGCAGAACAAACGGAACCCTAACATTGACCAAAGAAGCCGTTACCGACAAAAC
GGGAAGCTACAAGATGGAAGTAACCGGCGACCACGAAGAAGAAGTTTGCGAGCTCGTGTT
GGTGCAATCCCCAGACAGTGGTTGCAGTGACGTCAGCAAAGATGCATACTTACGTAACGC
CGCTAAGATCAGTCTAACGGCGAATGACGGTATCGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTAA
CCCTCTCGGTTTCATGGTTAAGACACCGTCAGCTGACTGTCCCGCTGCTTTCAAGGAGCT
CGGTATTGTCCCTGACGTTACTTTCTAAGCGAAGATAGAAAATATTTATATATGAAATGG
GAGATTTGATTTTCTATTTGCTTCATTTTGA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3DZ02JQ 651 0 0
TTCTTCTCTTTC
TTTGTCGTCTCCTTCGTGTGTTTGTCCTCTCTGGCCGGATTTTCCACCGCCGATGTTGAT
GATTTTGACCGTTTCCAGATTCAGGGATCAGTTTATTGTGACACTTGCCGTGTCCAATTT
GTTACTCGTCTCAGCAAATTCCTTGAAGGAGCGAAAGTGAAGTTGGAATGCAGGAGCAGA
ACAAACGGAACCCTAACATTGACCAAAGAAGCCGTTACCGACAAAACGGGAAGCTACAAG
ATGGAAGTAACCGGCGACCACGAAGAAGAAGTTTGCGAGCTCGTGTTGGTGCAATCCCCA
GACAGTGGTTGCAGTGACGTCAGCAAAGATGCATACTTACGTAACGCCGCTAAGATCAGT
CTAACGGCGAATGACGGTATCGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTAACCCTCTCGGTTTC
ATGGTTAAGACACCGTCAGCTGACTGTCCCGCTGCTTTCAAGGAGCTCGGTATTGTCCCT
GACGTTACTTTTTAAGCGAAGATAGAAAATATTTATATATGAAATGGGAGATTTGATTTT
CTATTTGCTTCATTTTGAAGGGGTTTCCGTCAAGTTTACCAATTATTACCATTATGAGTT
TTAACATCAACAGTAAAAACACTCAAAATTTTTATTTTC

QA 13 651 13 651
DS 



AS 1 3

CO CL4377Contig1 1297 3 10 U
GGGATAGTCAGGCAGTACCTGATCTACTTCATCGTTGCTATAACCATATTGTTCTACATG
ATCCCTATAGCGTTCGTCTCCGCCATCACCACTCTCGAGAATCTCCAGAAGACGCTTCCC
TTCTTGAAGCCGATCGTGGAGATAGGCTTCATTAAAACCATCTTGGAGTCTTACCTCCCT
CAGATTGCGCTCATCGTCTTCTTGGCTATGCTGCCTAAGTTCCTCATGTTCTTATCCAAG
TCTGAAGGGATCCCTTCGCAGAGCCACGCCGTTAGAGCTACCTCCGGGAAGTACTTTTAT
TTCTCGGTCTTGAACGTCTTCATCGGTGTTACCCTCGCAGGGTCTTTGTTCCAGAATTTG
AAGGCTCTTGAGAAGAAACCAAACTCAATTATCACCGTTTTGGCTACTAGTCTCCCTAAG
AACGCTACTTTCTTCTTGACCTACGTTGCTCTCAAGTTCTTTGTTGGTTATGGTCTCGAG
CTGTCTAGGATCATACCTTTGATAATATTCCATTTAAAAAAGAAGTATCTATGCAAAACC
GAAGCAGAGGTCAAAGAAGCTTGGTATCCAGGAGACTTAAGCTACGCGACTAGGGTTCCT
AGCGACATGCTCATCCTCACTATCACCTTCTGCTACTCCGTAATCGCTCCTCTTACCCTC
GTATTCGGCGTTATCTACTTCGGTCTAGGGTGGCTCATCCTTAGAAACCAGGCTTTGAAA
GTGTACGTTCCAGCATACGAGAGCTACGGGAGGATGTGGCCGCACATTCACACTCGCATT
CTAGCGGCATTGTTTCTGTTCCAACTGGTAATGTTTGGTTACTTGGGAGTCAAGCTATTC
GTTTGGGCGACTCTCTTGGTTCCTCTCATCTTCATCTCTCTCGTATTCGGTTACGTTTGT
CGCCAGAAATTCTACAAAGGGTTCGAACACACGGCTCTGGAGGTGGCTTGCCGTGAGCTG
AAGACGAGACCGGATCTCGAGGAGGTTTTCAGAGCGTACATCCCGCATAGCTTGAGCACT
CACAAAGGAGACGATCACAAGTTTAAAGGCGCTATGTCTCGTTATCAAGACTATGCTGCG
ATCTCAGCTGCTTAAACATTTGAATCCTCCTTATCTTTAATCATTATTATCTCACAGATT
TGTTTTTTTTCTTTTAGAAGCTTTTATTGTTGTTGTGTGTGATTTTAGGGGTTGTTTAGG
GTTTTTTCGTTTGTATGTGTTCTTTGGGGGTTGTATAACTTGTAACCATGTAAGCTACGC
TTTAATTATCAACTTCATCAGTCTTCGTTCAGATGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B077TF U 1
AF RR3GX46TF U 623
AF RR3GX46JQ C 1074
BS 1 641 RR3B077TF
BS 642 642 RR3GX46TF
BS 643 655 RR3B077TF
BS 656 656 RR3GX46TF
BS 657 809 RR3B077TF
BS 810 810 RR3GX46TF
BS 811 854 RR3B077TF
BS 855 1228 RR3GX46TF
BS 1229 1229 RR3GX46JQ
BS 1230 1297 RR3GX46TF

RD RR3B077TF 854 0 0
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ATCCCTATAGCGTTCGTCTCCGCCATCACCACTCTCGAGAATCTCCAGAAGACGCTTCCC
TTCTTGAAGCCGATCGTGGAGATAGGCTTCATTAAAACCATCTTGGAGTCTTACCTCCCT
CAGATTGCGCTCATCGTCTTCTTGGCTATGCTGCCTAAGTTCCTCATGTTCTTATCCAAG
TCTGAAGGGATCCCTTCGCAGAGCCACGCCGTTAGAGCTACCTCCGGGAAGTACTTTTAT
TTCTCGGTCTTGAACGTCTTCATCGGTGTTACCCTCGCAGGGTCTTTGTTCCAGAATTTG
AAGGCTCTTGAGAAGAAACCAAACTCAATTATCACCGTTTTGGCTACTAGTCTCCCTAAG
AACGCTACTTTCTTCTTGACCTACGTTGCTCTCAAGTTCTTTGTTGGTTATGGTCTCGAG
CTGTCTAGGATCATACCTTTGATAATATTCCATTTAAAAAAGAAGTATCTATGCAAAACC
GAAGCAGAGGTCAAAGAAGCTTGGTATCCAGGAGACTTAAGCTACGCGACTAGGGTTCCT
AGCGACATGCTCATCCTCACTATCACCTTCTGCTACTCCGTGATCGCTCCTCTTATCCTC
GTATTCGGCGTTATCTACTTCGGTCTAGGGTGGCTCATCCTTAGAAACCAGGCTTTGAAA
GTGTACGTTCCAGCATACGAGAGCTACGGGAGGATGTGGCCGCACATTCACACTCGCATT
CTAGCGGCATTGTTTCTGTTCCAACTGGTTATGTTTGGTTACTTGGGAGTCAAGCTATTC
GTTTGGGCGACTCT

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR3GX46TF 675 0 0
G
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TCTAGGGTGGCTCATCCTTAGGAACCAGGCTTTGAAAGTGTACGTTCCAGCATACGAGAG
CTACGGGAGGATGTGGCCGCATATTCACACTCGCATTCTAGCGGCATTGTTTCTGTTCCA
ACTGGTAATGTTTGGTTACTTGGGAGTCAAGCTATTCGTTTGGGCGACTCTCTTGGTTCC
TCTCATCTTCATCTCTCTCGTATTCGGTTACGTTTGTCGCCAGAAATTCTACAAAGGGTT
CGAACACACGGCTCTGGAGGTGGCTTGCCGTGAGCTGAAGACGAGACCGGATCTCGAGGA
GGTTTTCAGAGCGTACATCCCGCATAGCTTGAGCACTCACAAAGGAGACGATCACAAGTT
TAAAGGCGCTATGTCTCGTTATCAAGACTATGCTGCGATCTCAGCTGCTTAAACATTTGA
ATCCTCCTTATCTTTAATCATTATTATCTCACAGATTTGTTTTTTTTCTTTTAGAAGCTT
TTATTGTTGTTGTGTGTGATTTTAGGGGTTGTTTAGGGTTTTTTCGTTTGTATGTGTTCT
TTGGGTGTTGTATAACTTGTAACCATGTAAGCTACGCTTTAATTATCAACTTCATCAGTC
TTCGTTCAGATGTG

QA 2 675 2 675
DS 

RD RR3GX46JQ 224 0 0
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ACAGATTTGTTTTTTTTTTTTTAGAAGCTTTTATTGTTGTTGTGTGTGATTTTAGGGGTT
GTTTAGGGTTTTTTCGTTTGTATGTGTTCTTTGGGGGTTGTATAACTTGTAACCATGTAA
GCTACGCTTTAATTATCAACTTCATCAGTTTTCGTTCAGATGTG

QA 1 224 1 224
DS 



AS 1 3

CO CL4378Contig1 472 3 1 U
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TGTGGTTCAGCGTCAAAGATTTGCTGATCAACTGAAGGATAGGCAATCTGGAGACGATGA
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TGGGTGGGGATTGGGTATAGACAGGCTTACCATGCTCTTTACCGACTCTCAGAACATCAA
GGAGGTTATTCTCTTCCCGGCAATGAGACCACAAGACGATCCAGCATCTGTTAAAGCTTC
TTTGCAAGCAGAGAACAAAGGAGAGTAGAGCGCAGAGAACAAAGGAGAGTAGAGCACAGT
TTTCATCTCTTTTGCGTTTTGCCTCTAAAGTTTGGTAGTCAAATTGCTATTATGCACAAC
TTTAATTGCGATGTACGAACAACCATATTTTTACAAACAACTTGTTATTACC


BQ
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AF RR3EM73TF U 1
AF RR3EM74JQ C 1
AF RR3EM74TF U 1
BS 1 472 RR3EM73TF

RD RR3EM73TF 472 0 0
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TGTGGTTCAGCGTCAAAGATTTGCTGATCAACTGAAGGATAGGCAATCTGGAGACGATGA
AGCCATGGCATTGGATGAGACTTTCTGCAATGCGTTAGAATATGGATTGGCCCCCACAGG
TGGGTGGGGATTGGGTATAGACAGGCTTACCATGCTCTTTACCGACTCTCAGAACATCAA
GGAGGTTATTCTCTTCCCGGCAATGAGACCACAAGACGATCCAGCATCTGTTAAAGCTTC
TTTGCAAGCAGAGAACAAAGGAGAGTAGAGCGCAGAGAACAAAGGAGAGTAGAGCACAGT
TTTCATCTCTTTTGCGTTTTGCCTCTAAAGTTTGGTAGTCAAATTGCTATTATGCACAAC
TTTAATTGCGATGTACGAACAACCATATTTTTACAAACAACTTGTTATTACC

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3EM74JQ 472 0 0
GTTTGAGCTGTTTATCAACCAACATGAACTATGCAACGCCTACACGGAGTTGAACGATCC
TGTGGTTCAGCGTCAAAGATTTGCTGATCAACTGAAGGATAGGCAATCTGGAGACGATGA
AGCCATGGCATTGGATGAGACTTTCTGCAATGCGTTAGAATATGGATTGGCCCCCACAGG
TGGGTGGGGATTGGGTATAGACAGGCTTACCATGCTCTTTACCGACTCTCAGAACATCAA
GGAGGTTATTCTCTTCCCGGCAATGAGACCACAAGACGATCCAGCATCTGTTAAAGCTTC
TTTGCAAGCAGAGAACAAAGGAGAGTAGAGCGCAGAGAACAAAGGAGAGTAGAGCACAGT
TTTCATCTCTTTTGCGTTTTGCCTCTAAAGTTTGGTAGTCAAATTGCTATTATGCACAAC
TTTAATTGCGATGTACGAACAACCATATTTTTACAAACAACTTGTTATTACC

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3EM74TF 472 0 0
GTTTGAGCTGTTTATCAACCAACATGAACTATGCAACGCCTACACGGAGTTGAACGATCC
TGTGGTTCAGCGTCAAAGATTTGCTGATCAACTGAAGGATAGGCAATCTGGAGACGATGA
AGCCATGGCATTGGATGAGACTTTCTGCAATGCGTTAGAATATGGATTGGCCCCCACAGG
TGGGTGGGGATTGGGTATAGACAGGCTTACCATGCTCTTTACCGACTCTCAGAACATCAA
GGAGGTTATTCTCTTCCCGGCAATGAGACCACAAGACGATCCAGCATCTGTTAAAGCTTC
TTTGCAAGCAGAGAACAAAGGAGAGTAGAGCGCAGAGAACAAAGGAGAGTAGAGCACAGT
TTTCATCTCTTTTGCGTTTTGCCTCTAAAGTTTGGTAGTCAAATTGCTATTATGCACAAC
TTTAATTGCGATGTACGAACAACCATATTTTTACAAACAACTTGTTATTACC

QA 1 472 1 472
DS 



AS 1 3

CO CL4379Contig1 1309 3 9 U
GGCTCTCACAGAAACTCAACAATGTCTTCCACAAAACCCATCTCGCTCCTTGTCTCCATC
ACTTTCTTCTTCTCCCTCCTCCTCAGCTCATCCTCCGCTCAGTCCGTCGTCAAAGCTTCC
TACTGGTTCCCGGGAAGTGAGTTCCCCGTCACCGACATTGACTCGTCTCTCTTCACTCAC
CTCTTCTGCGCCTTCGCCGACCTCAACTCTCAAACCAACCAAGTCACCATCGCCTCCGCG
AACCAACAGAAGTTCTCCACCTTCACTCAAACCGTACAACGGCGAAACCCTTCGGTCAAA
ACCCTTTTGTCCATCGGCGGTGGAGCCGCTGATAAAACAGCGTTTGCGTCCATGGCAAGT
AACCCCACTTCTCGAAAATCTTTCATTGATTCTTCGATAAGACTTGCGAGGTCGAATGGT
TTCCACGGTCTTGACCTAGACTGGGAGTATCCGAGCAGTGCCGCGGAGATGAGCAACTTC
GGTACGCTGCTTCGAGAATGGCGATCAGCGGTTGTAGCAGAAGCTAGTAGCAGTGGTAGA
CAGCGTTTGCTTTTGGCGGCTGCGGTTTTCTACTCAAACAACTACTATTCGGTTCTGTAT
CCGGTTCAAGCCGTTGCCGACAGTCTGGATTGGGTTAATCTTATGGTCTATGATTTTTAT
GGACCGGGTTGGTCTAGAGTAACCGGTCCACCTGCCGCTTTGTATGACCCTTCAAACGCA
GGTCCAAGAGGAGACGCTGGAGTGAGATCATGGACACAAGCTGGACTTCCAGCGAAGAAA
GCAGTCTTGGGATTTCCATACTACGGCTACGCATGGACTCTCTCAAACGCAAACAGTCAC
AGCTACTACGCGCCTACAACCGGAGCGGCTATATCACCGGACGGTTCTATCGGATACGGT
CAGATAAGGAAGTTTATAGTGGACAACAGAGCGACAACGGTTTATAACGCCTCGGTGGTC
GGAGATTACTGTTACGCAGGGACGACTTGGATTGGATACGATGATAATCAGAGTATCGTG
ACCAAAGTGAGATACGCTAAGCAGAAAGGTTTGCTTGGTTACTTCTCGTGTCATGTCGGA
GCTGACGATAATTCTGGTCTATCTCGTGCAGCGACACGTGCATGGGATGCTGCGGCAACC
ACCAGAACTATACAGAAGTTTTAAGGTTCTCCACAGTACGGGACTATGGCAAGTGGAATA
GTTTTCTCAGTCACTATACAAAGAAATAAGCGTTACTATTTGCGTATATGTTGTCAAAGG
AAAAGGGAACAATAAGACATTACGATATTAAAAGCAAGAAGTACAAGTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FG80TF U 1
AF RR3GW19TF U 6
AF RR3GW19JQ C 502
BS 1 197 RR3FG80TF
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ACTTTCTTCTTCTCCCTCCTCCTCAGCTCATCCTCCGCTCAGTCCGTCGTCAAAGCTTCC
TACTGGTTCCCGGGAAGTGAGTTCCCCGTCACCGACATTGACTCGTCTCTCTTCACTCAC
CTCTTCTGCGCCTTCGCTGACCTCAACTCTCAAACCAACCAAGTCACCATCGCCTCCGCG
AACCAACAGAAGTTCTCCACCTTCACTCAAACCGTACAACGGCGAAACCCTTCGGTCAAA
ACCCTTTTGTCCATCGGCGGTGGAGCCGCTGATAAAACAGCGTTTGCGTCCATGGCAAGT
AACCCCACTTCTCGAAAATCTTTCATTGATTCTTCGATAAGACTTGCGAGGTCGAATGGT
TTCCACGGTCTTGACCTAGACTGGGAGTATCCGAGCAGTGCCGCGGAGATGAGCAACTTC
GGTACGCTGCTTCGAGAATGGCGATCAGCGGTTGTAGCAGAAGCTAGTAGCAGTGGTAGA
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CCGGTTCAAGCCGTTGCCGACAGTCTGGATTGGGTTAATCTTATGGCCTATGATTTT*AT
GGACCGGGTTGGTCTAGAG

QA 1 679 1 679
DS 

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GG
ACAGAAACTCAACAATGTCTTCCACAAAACCCATCTCGCTCCTTGTCTCCATCACTTTCT
TCTTCTCCCTCCTCCTCAGCTCATCCTCCGCTCAGTCCGTCGTCAAAGCTTCCTACTGGT
TCCCGGGAAGTGAGTTCCCCGTCACCGACATTGACTCGTCTCTCTTCACTCACCTCTTCT
GCGCCTTCGCCGACCTCAACTCTCAAACCAACCAAGTCACCATCGCCTCCGCGAACCAAC
AGAAGTTCTCCACCTTCACTCAAACCGTACAACGGCGAAACCCTTCGGTCAAAACCCTTT
TGTCCATCGGCGGTGGAGCCGCTGATAAAACAGCGTTTGCGTCCATGGCAAGTAACCCCA
CTTCTCGAAAATCTTTCATTGATTCTTCGATAAGACTTGCGAGGTCGAATGGTTTCCACG
GTCTTGACCTAGACTGGGAGTATCCGAGCAGTGCCGCGGAGATGAGCAACTTCGGTACGC
TGCTTCGAGAATGGCGATCAGCGGTTGTAGCAGAAGCTAGTAGCAGTGGTAGACAGCGTT
TGCTTTTGGCGGCTGCGGTTTTCTACTCAAACAACTACTATTCGGTTCTGTATCCGGTTC
AAGCCGTTGCCGACAGTCTGGATTGGGTTAATCTTATGGTCTATGATTTTTATGGACCGG
GTTGGTCTAGAGTAACCGGTCCACCTGCCGCTTTGTATGACCCTTCAA
CGCAGTCCA

QA 3 710 3 710
DS 

RD RR3GW19JQ 808 0 0
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GCGGTTTTCTACTCAAACAACTACTATTCGGTTCTGTATCCGGTTCAAGCCGTTGCCGAC
AGTCTGGATTGGGTTAATCTTATGGTCTATGATTTTTATGGACCGGGTTGGTCTAGAGTA
ACCGGTCCACCTGCCGCTTTGTATGACCCTTCAAACGCAGGTCCAAGAGGAGACGCTGGA
GTGAGATCATGGACACAAGCTGGACTTCCAGCGAAGAAAGCAGTCTTGGGATTTCCATAC
TACGGCTACGCATGGACTCTCTCAAACGCAAACAGTCACAGCTACTACGCGCCTACAACC
GGAGCGGCTATATCACCGGACGGTTCTATCGGATACGGTCAGATAAGGAAGTTTATAGTG
GACAACAGAGCGACAACGGTTTATAACGCCTCGGTGGTCGGAGATTACTGTTACGCAGGG
ACGACTTGGATTGGATACGATGATAATCAGAGTATCGTGACCAAAGTGAGATACGCTAAG
CAGAAAGGTTTGCTTGGTTACTTCTCGTGTCATGTCGGAGCTGACGATAATTCTGGTCTA
TCTCGTGCAGCGACACGTGCATGGGATGCTGCGGCAACCACCAGAACTATACAGAAGTTT
TAAGGTTCTCCACAGTACGGGACTATGGCAAGTGGAATAGTTTTCTCAGTCACTATACAA
AGAAATAAGCGTTACTATTTGCGTATATGTTGTCAAAGGAAAAGGGAACAATAAGACATT
ACGATATTAAAAGCAAGAAGTACAAGTT

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 3

CO CL4380Contig1 781 3 1 U
GGGATCAAGAAACCAAAGTCTAGCACTGGTACTAAGGATAATTGACATCATTTAACAACC
AAACAATCATCAAGATTCTGTAAATAAACCGGAAGAAAAAAGGAGAAACAAACTGAAGAA
ACTGGCTAAAACCATTCCCTCTTCCGGTTATGTTGCTCGTAAAGGTGTTGGCATTGTGTA
ACCAAGATCAATCAATTTTCTGATCAACATTTTCTCAGCTTTTGCCTCAAGCAAGGGATT
GTTTTTAGGGATGTTGCAAGCCATGATTATATTGAGACCAGTCTTCATCACTAATCTACG
GGCAATGCCAGACCCAGTGTTATCAGATGTTCCACCAAGTACGGAAGTAACACTTACTGT
ATTACTCGGTCGGGTTGAAGCGGCTGCGTATAGATTCCCAAATTTGGTGGAATTATAACC
GATCCATACATAAATCTGTTTTGCGAGACGGATGATCTGGAAGTGAAGAGTGACGTCATC
GAGGACTTCAGTGAAGCACGAAACCTTTACGCCGTCCTCGTCTTGGTTCACATCGGCGGA
ATCACAGGTTTTGTCGGCGATTTTAACATGAGCAACGGAGTTAAGAACTTGGTCGTATTC
AGTCTCCATTGTCTCTAACCGAGGAGAAGAAGACGAAAAGAAAGAAGTAAAGTAAGATGG
TTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTGTCTAAACTTGTGCCTATGATTCGTTTCTGTAAGTCAG
CCGGCGAGAAGGAGGAGAGTCCAAAATACGCATCACATTCACCCACCCACAAAACTTCTC
C


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 

AF RR3F230TF C 25
AF RR3F593JQ U 1
AF RR3F230JQ U 1
BS 1 781 RR3F230JQ

RD RR3F230TF 751 0 0
CACT
GTACTAAGGATAATTGACATCATTTAACAACCAAACAATCATCAAGAT*CTGTAAATAA*
CCGGAAGAAAAA*GGAGAAACAAACTGAAGAAACTGGCTAAAACCATTCCCTCTTCCGGT
TATGTTGCTCGTAAAGGTGTTGGCATTGTGTAACCAAGATCAATCAATTTTCTGATCAAC
ATTTTCTCAGCTTTTGCCTCAAGCAAGGGATTGTTTTTAGGGATGTTGCAAGCCATGATT
ATATTGAGACCAGTCTTCATCACTAATCTACGGGCAATGCCAGACCCAGTGTTATCAGAT
GTTCCACCAAGTACGGAAGTAACACTTACTGTATTACTCGGTCGGGTTGAAGCGGCTGCG
TATAGATTCCCAAATTTGGTGGAATTATAACCGATCCATACATAAATCTGTTTTGCGAGA
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A

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CTTCTCC

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AAACAATCATCAAGATTCTGTAAATAAACCGGAAGAAAAAAGGAGAAACAAACTGAAGAA
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ACCAAGATCAATCAATTTTCTGATCAACATTTTCTCAGCTTTTGCCTCAAGCAAGGGATT
GTTTTTAGGGATGTTGCAAGCCATGATTATATTGAGACCAGTCTTCATCACTAATCTACG
GGCAATGCCAGACCCAGTGTTATCAGATGTTCCACCAAGTACGGAAGTAACACTTACTGT
ATTACTCGGTCGGGTTGAAGCGGCTGCGTATAGATTCCCAAATTTGGTGGAATTATAACC
GATCCATACATAAATCTGTTTTGCGAGACGGATGATCTGGAAGTGAAGAGTGACGTCATC
GAGGACTTCAGTGAAGCACGAAACCTTTACGCCGTCCTCGTCTTGGTTCACATCGGCGGA
ATCACAGGTTTTGTCGGCGATTTTAACATGAGCAACGGAGTTAAGAACTTGGTCGTATTC
AGTCTCCATTGTCTCTAACCGAGGAGAAGAAGACGAAAAGAAAGAAGTAAAGTAAGATGG
TTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTGTCTAAACTTGTGCCTATGATTCGTTTCTGTAAGTCAG
CCGGCGAGAAGGAGGAGAGTCCAAAATACGCATCACATTCACCCACCCACAAAACTTCTC
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 3

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AAAAACGCTCACGTCACCGATCCTAAGGTGATTGATCTTCTTCTATTCAAGGGAATGGAA
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AAAAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM76JQ C 1
AF RR3D563TF U 45
AF RR3DM76TF U 1
BS 1 46 RR3DM76TF
BS 47 187 RR3D563TF
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GG
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QA 3 595 3 595
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AATCTACAAGACGTCGTCGCGCCTTCTCAGCTCCGCTTTGCAATCTCTGCTCAGATTCGT
AAAAACGCTCACGTCACCGATCCTAAGGTGATTGATCTTCTTCTATTCAAGGGAATGGAA
GAGCTTACTGACATAGTGGATCACGCAAAGCAGCGTCACCACATTATTGGTCAATACGTG
GTGGGTGAAGGGCTCGTCCAGAATACCGGAAGCAAGGATCAAGGAAAGTCTGATTTCCTC
AAGAACTTCTACACCAGCAACTACTTTTGAGGCTGGTGATTTGTTTTCTCTACTGGCTTT
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GAAGTCTTCTTCCCTGAGAGAATAATTTGTATGAATTTCGCCAAACCTCTCTATAAGTTG
TAGCTGTGACAGTCTTTGCTGTGCAAATATTGCTATGATTTCAAGATACGTAATCAGCCA
AAAAAAA

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 3

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B269TF U 1
AF RR3FI15JQ C 204
AF RR3FI15TF U 232
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CCGATGAATTTGCTCCAGAGAACGCAACTGCTGCTGATGCGACGGAGCATACATCGATCG
GGGTGGTTGATTCGGTGGAGGAAGCCATAGGAGGAGGAGCAGAGAAATGGGTGGATGGTT
TCCAGCGTACGGTGAAGGAATCGACGGACTCCGCCATTCGCTCCGCTCGTTCTCTCCGTG
AAAACTCCACCTCTCAGTTCCGCTCTATACAGGATTTTGTTCCACATGCTTTGACTCAGT
ATAAGACCTATGAGAATGCTTTCTTCAGCAAAGTAACTGAAGAATTGATAAACGCAAAGG
AGCATCCGGCTGCTGCTGTCGGGATTGGTCTAGCTGCTGGTCTTGTTCTTATGCGAGGCC
CTAGAAGATTCTTGTTTCGTCGTACACTCGGCCGGTTTCAGAGCGAAGAGGCACAGTTCT
TGAGAGCTGAGAAGCATGTCCAGGAGCTGAACATGTCTGTAGACTTGATGAAAAAGGAGA
GCAGTAAATTACTAGAGAGGTCGGCTTTAGCAGAGAAGGATATGAAGCGCGGTCTTTCTG
AACTCATGGACTCTGGAAACAATATACATCGTCTTGCTAAGTCCGTTCACAAAG*TCGAA
TGCCAAGCTGCAGATTTAATGGATGGACTGCGGCAAATTCCTGGGAG*GGAAGCTATCAA
GCTTAGAGCCGAAGTGGCTTCTATGACTTCGCTCTTGAGACTGAAGAGGATTGCATTGAA
CAAA**GATCATGGGG*ATGTCTGAGCTAGGAGTTCTCGTTTGATATACA*CACAAGTCT
TGATTT

QA 1 846 1 846
DS 

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TCTATACAGGATTTTGTTCCACATGCTTTGACTCAGTATAAGACCTATGAGAATGCTTTC
TTCAGCAAAGTAACTGAAGAATTGATAAACGCAAAGGAGCATCCGGCTGCTGCTGTCGGG
ATTGGTCTAGCTGCTGGTCTTGTTCTTATGCGAGGCCCTAGAAGATTCTTGTTTCGTCGT
ACACTCGGCCGGTTTCAGAGCGAAG*GGCACAGTTCTTGAGAGCTGAGAAGCATGTCCAG
GAGCTGAACATGTCTGTAGACTTGATGAAAAAGGAGAGCAGTAAATTACTAGAGAGGTCG
GCTTTAGCAGAGAAGGATATGAAGCGCGGTCTTTCTGAACTCATGGACTCTGGAAACAAT
ATACATCGTCTTGCTAAGTCCGTTCACAAGG*TCGAATGCCAAGCTGCAGATTTAATGGA
TGGACTGCGGCAAATTCCTGGGAG*GGAAGCTATCAAGCTTAGAGCCGAAGTGGCTTCTA
TGACTTCGCTCTTGAGACTGATGAGGATTGCATTGAACAAAAGAATCATGGGG*ATGTCT
GAGCTAGGAGTTCCCGTTTGATATACAACACAAGTCTTGATTTTTTTTCCCAAGGTATTT
CAAGCAAGATTTCTCGTCAATAAACATCTAACTCTGTCTAAATCCAAATCTTTATTTTGA
GATAGTGTTTCTTTTCC

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3FI15TF 672 0 0
CTCTCCGTGAAAACTCCACCTCTCAGTTCCGCTCTATACAGGATTTTGTTCCACATGCTT
TGACTCAGTATAAGACCTATGAGAATGCTTTCTTCAGCAAAGTAACTGAAGAATTGATAA
ACGCAAAGGAGCATCCGGCTGCTGCTGTCGGGATTGGTCTAGCTGCTGGTCTTGTTCTTA
TGCGAGGCCCTAGAAGATTCTTGTTTCGTCGTACACTCGGCCGGTTTCAGAGCGAAG*GG
CACAGTTCTTGAGAGCTGAGAAGCATGTCCAGGAGCTGAACATGTCTGTAGACTTGATGA
AAAAGGAGAGCAGTAAATTACTAGAGAGGTCGGCTTTAGCAGAGAAGGATATGAAGCGCG
GTCTTTCTGAACTCATGGACTCTGGAAACAATATACATCGTCTTGCTAAGTCCGTTCACA
AGGGTCGAATGCCAAGCTGCAGATTTAATGGATGGACTGCGGCAAATTCCTGGGAGAGGA
AGCTATCAAGCTTAGAGCCGAAGTGGCTTCTATGACTTCGCTCTTGAGACTGATGAGGAT
TGCATTGAACAAAAGAATCATGGGGGATGTCTGAGCTAGGAGTTCCCGTTTGATATACAA
CACAAGTCTTGATTTTTTT*CCCAAGGTATTTCAAGCAAGATTTCTCGTCAATAAACATC
TAACTCTGTCTA

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 3

CO CL4383Contig1 1078 3 9 U
AACAAGCTTGCTAATCATTTTTTTTATACAAACACACACACACAAAGTAGGTGATCTGAA
GATATTAAAACCCTAAAGGCAAAAGTCCACTAGACCAGACATAAAAGAAATATCTTACAA
CATCAAGCTTTCCATAAGCACATAAGCAATCCAAGTATACAAAAGATAAAACACCACTAA
CCAAAAGTAACATTTCAACCAAATTTCACTTTGATTGCTTCTCCTAAGCGTTAACTTCCG
GCGGCACAGGAAAGAGTCGTTTAAACAACCAATTTATTGGTCCCAAAACCTCAGCTTTCT
TCTTCCTCCAGAACCATATCGCTGCTCCGTACTGTTCATTGCGTATCTTCGTAGTTGCTG
CTCTCCAATCATACTTCTCCGTCTCTTCTCTTGCCGCCTTTCCAATGATTTCTCTTGCTT
CACTGTCGTGCAATAGAGTTCTCAGCTTCGTCACACAGTCTTCCACATCTCCAGGGCTGA
ACAAAAACCCTGTCTTTCCCTCCTGTTCTTCAGGGATGATATCAGGGATTCCACCAGCTC
GAGCAGCAACAACAGGAAGTCCTGAAGCCATTGCCTCAAGAACCACAAGACCAAGCGTCT
CTGACTCTGATGGCATCACAAACACATCACCGCTTGCGTAAACTTGCGAGAGTTCCTCCC
CTTGTAGCATTCCAGTGAAAACCGCTGGCATTCCGGCGAACAGCTTCTCAAGATCCTCTC
TGTATGGCCCATCTCCAATGAAAGCAATCCGAGCTTCAGGCAATTTGTCCATTACACTTT
TTAGAAGCTCCAAACTCTTTTCTACGCCAATACGGCCTACATGGATCACAAGAGGCTTTT
CTGGCTCACCATTACTTAGTCTTATACGCATTTCTTGAGAACGGAAACGGGGATTGAAGC
TTTCTGAATCCACACCCTTATTCCAGAGTCGAAGTTGATTGGCTGCAGTTGCACCAGCTG
CTATAAGATCTTTTCCAATGGCAGCGGAAGGAACTAATGTAAGATCAGCCGCTCGGTGAA
GAAATCTGATTATTGACCACATTGGTTGGACCAACCAACTAAAAGTGTATCTTAGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D228JQ U 1
AF RR3FG96JQ U 70
AF RR3D228TF C 479
BS 1 108 RR3D228JQ
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BS 756 804 RR3FG96JQ
BS 805 1078 RR3D228TF

RD RR3D228JQ 755 0 0
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CCAAA*GTAACATTTCAACCAAATTTCACTTTGATTGCTTCTCCTAAGCGTTAACTTCCG
GCGGCACAGGAAAGAGTCGTTTAAACAACCAATTTATTGGTCCCAAAACCTCGGCTTTCT
TCTTCCTCCAGAACCATATCGCTGCTCCGTACTGTTCATTGCGTATCTTCGTAGTTGCTG
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CACTGTCGTGCAATAGAGTTCTCAGCTTCGTCACACAGTCTTCCACATCTCCAGGGCTGA
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GAGCAGCAACAACAGGAAGTCCTGAAGCCATTGCCTCAAGAACCACAAGACCAAGCGTCT
CTGACTCTGATGGCATCACAAACACATCACCGCTTGCGTAAACTTGCGAGAGTTCCTCCC
CTTGTAGCATTCCAGTGAAAACCGCTGGCATTCCGGCGAACAGCTTCTCAAGATCCTCTC
TGTATGGCCCATCTCCAATGAAAGCAATCCGAGCT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3FG96JQ 735 0 0
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TTCCATAAGCACATAAGCAATCCAAGTATACAAAAGATAAAACACCATTAACCAAAAGTA
ACATTTCAACCAAATTTCACTTTGATTGCTTCTTCTAAGCGTTAACTTCCGGCGGCACAG
GAAAGAGTCGTTTAAACAACCAATTTATTGGTCCCAAAACCTCAGCTTTCTTCTTCCTCC
AGAACCATATCGCTGCTCCGTACTGTTCATTGCGTATCTTCGTCGTTGTTGCTCTCCAAT
CATACTTCTCCGTCTCTTCTCTTGCCGCCTTTCCAATGATTTCTCTTGTTTCACTGTCGT
GCAATAGAGTTCTCAGCTTCGTCACACAGTCTTCCACATCTCCGGGGCTGAACAAAAACC
CTGTCTTTCCCTCCTGTTCTTCAGGGATGATATCAGGGATTCCACCAGCTCGAGCAGCAA
CAACAGGAAGTCCTGAAGCCATTGCCTCAAGAACCACAAGACCAAGCGTCTCTGACTCTG
ATGGCATCACAAACACATCACCGCTTGCGTAAGCTTGCGAGAGTTCCTCCCCTTGTAGCA
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CATCTCCAATGAAAGCAATCCGAGCTTCAGGCAATTTGTCCATTACACTTTTTAGAAGCT
CCAAACTCTTTTCTA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3D228TF 600 0 0
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TCGAGCAGCAACAACAGGAAGTCCTGAAGCCATTGCCTCAAGAACCACAAGACCAAGCGT
CTCTGACTCTGATGGCATCACAAACACATCACCGCTTGCGTAAACTTGCGAGAGTTCCTC
CCCTTGTAGCATTCCAGTGAAAACCGCTGGCATTCCGGCGAACAGCTTCTCAAGATCCTC
TCTGTATGGCCCATCTCCAATGAAAGCAATCCGAGCTTCAGGCAATTTGTCCATTACACT
TTTTAGAAGCTCCAAACTCTTTTCTACGCCAATACGGCCTACATGGATCACAAGAGGCTT
TTCTGGCTCACCATTACTTAGTCTTATACGCATTTCTTGAGAACGGAAACGGGGATTGAA
GCTTTCTGAATCCACACCCTTATTCCAGAGTCGAAGTTGATTGGCTGCAGTTGCACCAGC
TGCTATAAGATCTTTTCCAATGGCAGCGGAAGGAACTAATGTAAGATCAGCCGCTCGGTG
AAGAAATCTGATTATTGACCACATTGGTTGGACCAACCAACTAAAAGTGTATCTTAGGAC

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

CO CL4384Contig1 749 2 3 U
TTTTTGCTTCGTCTCTTCACGTTGAGTCGTTTACGTCTCCTCCCACTGATTTTCCCGAGA
AAATTGAAAGAAAGTTGATTCGAGTCGATTCGATTCAATTCAATTCAATGGAGTCTCTAG
CATCTATTTCTACTTCCATGATACTACCTCCAACAACCACGACTACGATCTCCGTTTCAA
CTTCACGATCAGTATTGATCCCTCTTCCTTCCCACCGTTGTTGTTCCACCTTCTCCAGCG
CAGGGAGACGGATCTCGATTCCGAGAAGAAGACACTTCTCGAGCTGTAAATCCACTGCCA
GCGGCGGCGGCGGAGGATCAGATAAACAGGGGGGCGATGAAGAGGAAAGCGAGGAAGTGG
AGAAGGCGCTTAACTTGGACGGTACGATCCCTGGGACTTCCGACGAGTTTGTGAGGCAAG
TCTCGTCACGTGCTTACGACATGCGTCGGAAACTAGAGCAGACGTTTGATTCCACCAGCT
ACGACGTGCTGGAGTCTAACCCTTGGAGAGGAGACTCAAAGCCGGTTTATGTACTAACAC
AGAGAGAAAACCAGATCTGCACCATGAAAACTAGAACAACCCACAGTGAAGTAGAGAAAG
AGCTTGGACTGTTGTTCTCTAAAAGGATCAGCAACCAGAAAAACAATCTAGACCCGAACT
AAATTCGATATGCTCGTTGAGACATCGAGATGGAGTACTGGTTTTGAGATGTGAATGAGC
TGTCGATACTGTGATCTACTACAGTGGAG


BQ
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AF RR3GS01TF U 1
AF RR3E133TF U 1
BS 1 434 RR3E133TF
BS 435 435 RR3GS01TF
BS 436 749 RR3E133TF

RD RR3GS01TF 621 0 0
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AAATTGAAAGAAAGTTGATTCGAGTCGATTCGATTCAATTCAATTCAATGGAGTCTCTAG
CATCTATTTCTACTTCCATGATACTACCTCCAACAACCACGACTACGATCTCCGTTTCAA
CTTCACGATCAGTATTGATCCCTCTTCCTTCCCACCGTTGTTGTTCCACCTTCTCCAGCG
CAGGGAGACGGATCTCGATTCCGAGAAGAAGACACTTCTCGAGCTGTAAATCCACTGCCA
GCGGCGGCGGCGGAGGATCAGATAAACAGGGGGGCGATGAAGAGGAAAGCGAGGAAGTGG
AGAAGGCGCTTAACTTGGACGGTACGATCCCTGGGACTTCCGACGAGTTTGTGAGGCAAG
TCTCGTCACGTGCTTACGACATGCGTCGGAAACTAGAGCAGACGTTTGATTCCACCAGCT
ACGACGTTCTGGAGTCTAACCCTTGGAGAGGAGACTCAAAGCCGGTTTATGTACTAACAC
AGAGAGAAAACCAGATCTGCACCATGAAAACTAGAACAACCCACAGTGAAGTAGAGAAAG
AGCTTGGACTGTTGTTCTCTA

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3E133TF 749 0 0
TTTTTGCTTCGTCTCTTCACGTTGAGTCGTTTACGTCTCCTCCCACTGATTTTCCCGAGA
AAATTGAAAGAAAGTTGATTCGAGTCGATTCGATTCAATTCAATTCAATGGAGTCTCTAG
CATCTATTTCTACTTCCATGATACTACCTCCAACAACCACGACTACGATCTCCGTTTCAA
CTTCACGATCAGTATTGATCCCTCTTCCTTCCCACCGTTGTTGTTCCACCTTCTCCAGCG
CAGGGAGACGGATCTCGATTCCGAGAAGAAGACACTTCTCGAGCTGTAAATCCACTGCCA
GCGGCGGCGGCGGAGGATCAGATAAACAGGGGGGCGATGAAGAGGAAAGCGAGGAAGTGG
AGAAGGCGCTTAACTTGGACGGTACGATCCCTGGGACTTCCGACGAGTTTGTGAGGCAAG
TCTCGTCACGTGCT*ACGACATGCGTCGGAAACTAGAGCAGACGTTTGATTCCACCAGCT
ACGACGTGCTGGAGTCTAACCCTTGGAGAGGAGACTCAAAGCCGGTTTATGTACTAACAC
AGAGAGAAAACCAGATCTGCACCATGAAAACTAGAACAACCCACAGTGAAGTAGAGAAAG
AGCTTGGACTGTTGTTCTCTAAAAGGATCAGCAACCAGAAAAACAATCTAGACCCGAACT
AAATTCGATATGCTCGTTGAGACATCGAGATGGAGTACTGGTTTTGAGATGTGAATGAGC
TGTCGATACTGTGATCTACTACAGTGGAG

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL4385Contig1 922 2 6 U
AAAAAAATAGAATAAGTCACTTCAAACTAATGTATAGTAGTTGTACATTACATTCATAAC
TCGTCTGCAAAATATAATGAAAACTCTCAAACCATAAAAAATACACCAAGATATTATTTC
TTTCCGATTCTTCTAACAAATCATTGGCAACAAATATTCACACACCCTTTCAATTTATAA
ATGTAGTCACAGTAATTGTAGTTCTATATGGGTTTCTATACGGATTCATCGGAAAACGCA
AACGAACAATTAGATGAACCACGAGGAGTGACAAACTTCTCCGGCGACAACGGCTGCGGC
TGCCATTTTTCGCATTTTCCGCCTTTTAACATATCGTTTTCAGATCGTCCAACGTAAAGC
TGCCTAATCTCTTTAAGCATTGCCACAATATCCTTCATCATAGGCCTATCAACTGCCTTA
TTGCTGACGCAGAGGAATGCGACCGCTAACGTTTGGAGCATCTCATGCATTATTGGATCG
GCTCGTCCACGGAGCCTTGGGTCGAGGATTTCTGCTGGAGCCTTTTTCTTGGATAGATGA
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CCCGTTAACACCTCTAATAGTACCACTCCGAAACTATACACATCGCTCTTTTCAGTTATA
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CAAACGACATCGTATCGTGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3ER60JQ U 1
AF RR3DJ77JQ U 96
BS 1 286 RR3ER60JQ
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BS 288 392 RR3ER60JQ
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BS 394 427 RR3ER60JQ
BS 428 922 RR3DJ77JQ

RD RR3ER60JQ 427 0 0
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TCGTCTGCAAAATATAATGAAAACTCTCAAACCATAAAAAATACACCAAGATATTATTTC
TTTCCGATTCTTCTAACAAATCATTGGCAACAAATATTCACACACCCTTTCAATTTATAA
ATGTAGTCACAGTAATTGTAGTTCTATATGGGTTTCTATACGGATTCATCGGAAAACGCA
AACGAACAATTAGATGAACCACGAGGAGTGACAAACTTCTCCGGCGGCAACGGCTGCGGC
TGCCATTTTTCGCATTTTCCGCCTTTTAACATATCGTTTTCAGATCGTCCAACGTAAAGC
TGCCTAATCTCTTTAAGCATTGCCACAATATCTTTCATCATAGGCCTATCAACTGCCTTA
TTGCTGA

QA 1 427 1 427
DS 

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AAAAAATACACCAAGATATTATTTCTTTCCGATTCTTCTAACAAATCATTGGCAACAAAT
ATTCACACACCCTTTCAATTTATAAATGTAGTCACAGTAATTGTAGTTCTATATGGGTTT
CTATACGGATTCATCGGAAAACGCAAACGAACAATTAGATGAACCACGAGGAGTGACAAA
CTTCTCCGGCGACAACGGCTGCGGCTGCCATTTTTCGCATTTTCCGCCTTTTAACATATC
GTTTTCAGATCGTCCAACGTCAAGCTGCCTAATCTCTTTAAGCATTGCCACAATATCCTT
CATCATAGGCCTATCAGCTGCCTTATTGCTGACGCAGAGGAATGCGACCGCTAACGTTTG
GAGCATCTCATGCATTATTGGATCGGCTCGTCCACGGAGCCTTGGGTCGAGGATTTCTGC
TGGAGCCTTTTTCTTGGATAGATGATCTCTCACCCATTGAACCAAATGTGCACCTCCCGG
TAGATCCGGATCCAGTGGATGCCTTCCCGTTAACACCTCTAATAGTACCACTCCGAAACT
ATACACATCGCTCTTTTCAGTTATACGTTGCATTGATGCATGTTCTGGAGCCATGTAACC
GTACGAGCCAGCCAACGGAGGCCGGTTACTTGATTTTGATGAATCTACATCGTTATTTTC
TTCACATGAGACGGTTTTGGCTAAACCGAAATCGGCTAAGAACGGTTCGAACCGGGAACC
TAATAAAACATTCATAGCTTTAACGTCGCCGTGTAGAATCGGAGGGAGGCAATCATGGTG
GAGATAGCGAGCGCATGTGCACTCCCAAACGACATCGTATCGTGCCT

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 3

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AAGTTGTGGGATGGCCGCCTATTGGATCTCACAGGATGAACAGTTTAGCTGCAAAGTCGG
CTAGGGAAGAAGAGGAAGCTGGTAAGAAGAAAGTGGATGATGATGAGCCTAAAGACGTGG
CCAAGAAAGTGCAAGTCGGGTTTATTAAGGTGAACATGGATGGAGTTGCTATAGGAAGGA
AAGTGGACTTGAATGCTCATTCTTCTTACGAGAATCTGGCGCAGACTCTGGAAGATATGT
TCTTTCGCTCTAAACCGGGTACTATCGGGTTAACGGGTCAGTTCACCAAACCGTTGAGGC
TTTTAGATGGATCTTCTGAGTTTGTACTTACTTATGAAGACAAGGAAGGAGACTGGATGC
TTGTTGGTGATGTCCCATGGAGAATGTTTACCACCTCGGTGAAAAGGCTTAGATTGATGA
AAACCTCTGAAGCTAATGGACTCGCTGCAAGGCATCAAGAACTGAACGAGAGACAAAGAA
AGCAACCGGTTTAGTTCTCTTTTCGACATTACGTTGTTACAGGTTTTTATTTTGTGGGGT
TTTTGAAGCATGCATAAGGAAGAACACAGAAGCTAGATTGATCTTATCAAGTTTGTGTAT
GTTTCTTGGTTCTTCTAATGGTTTTTTCTTTAGTTTTTTCTTTCTTTTCTTTGGCTGCCG
TCTTTTTATTTTACTGTTTGTGATTTCATCATATACTATGGAAGAGAATGCTCTTTATTT
CTTTTACCACACTGTAAATATTTGAAGCTTATCTTTTTTTTTTGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C870TF U 113
AF RR3GH07TF U 1
AF RR3C870JQ C 236
BS 1 640 RR3GH07TF
BS 641 1066 RR3C870JQ

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AGGCGGTGGCGGCGCGTGGGGAGAGCGTGGGAGGCTCTTGACTGC

QA 1 105 1 105
DS 

RD RR3GH07TF 640 0 0
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TTGTGCTCTGCAAAATGATTACTGAGCTTGAGATGGGGAAAGCTGAAAGTGAGCTAGAAC
TGGGTCTAGGGCTCAGTCTTGGTGGTGGAACGGCGGCCAAGATTGGTAAACCAGGCGGTG
GCGGCGCGTGGGGAGAGCGTGGGAGGCTCTTGACTGCAAAAGATTTTCCTTCTGTTGGCT
CTAAACGAGCTGCTGACTCTGCTTCTCACGCTGGTGCATCTCCTCCTCGTTCAAGCAGTC
AAGTTGTGGGATGGCCGCCTATTGGATCTCACAGGATGAACAGTTTAGCTGCAAAGTCGG
CTAGGGAAGAAGAGGAAGCTGGTAAGAAGAAAGTGGATGATGATGAGCCTAAAGACGTGG
CCAAGAAAGTGCAAGTCGGGTTTATTAAGGTGAACATGGATGGAGTTGCTATAGGAAGGA
AAGTGGACTTGAATGCTCATTCTTCTTACGAGAATCTGGCGCAGACTCTGGAAGATATGT
TCTTTCGCTCTAAACCGGGTACTATCGGGTTAACGGGTCAGTTCACCAAACCGTTGAGGC
TTTTAGATGGATCTTCTGAGTTTGTACTTACTTATGAAGA

QA 1 640 1 640
DS 

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TGGCTCTAAACGAGCTGCTGACTCTGCTTCTCACGCTGGTGCATCTCCTCCTCGTTCAAG
CAGTCAAGTTGTGGGATGGCCGCCTATTGGATCTCACAGGATGAACAGTTTAGCTGCAAA
GTCGGCTAGGGAAGAAGAGGAAGCTGGTAAGAAGAAAGTGGATGATGATGAGCCTAAAGA
CGTGGCCAAGAAAGTGCAAGTCGGGTTTATTAAGGTGAACATGGATGGAGTTGCTATAGG
AAGGAAAGTGGACTTGAATGCTCATTCTTCTTACGAGAATCTGGCGCAGACTCTGGAAGA
TATGTTCTTTCGCTCTAAACCGGGTACTATCGGGTTAACGGGTCAGTTCACCAAACCGTT
GAGGCTTTTAGATGGATCTTCTGAGTTTGTACTTACTTATGAAGACAAGGAAGGAGACTG
GATGCTTGTTGGTGATGTCCCATGGAGAATGTTTACCACCTCGGTGAAAAGGCTTAGATT
GATGAAAACCTCTGAAGCTAATGGACTCGCTGCAAGGCATCAAGAACTGAACGAGAGACA
AAGAAAGCAACCGGTTTAGTTCTCTTTTCGACATTACGTTGTTACAGGTTTTTATTTTGT
GGGGTTTTTGAAGCATGCATAAGGAAGAACACAGAAGCTAGATTGATCTTATCAAGTTTG
TGTATGTTTCTTGGTTCTTCTAATGGTTTTTTCTTTAGTTTTTTCTTTCTTTTCTTTGGC
TGCCGTCTTTTTATTTTACTGTTTGTGATTTCATCATATACTATGGAAGAGAATGCTCTT
TATTTCTTTTACCACACTGTAAATATTTGAAGCTTATCTTTTTTTTTTGTC

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 3

CO CL4387Contig1 1139 3 7 U
GGGTGGGTTGAAAGATCACTTAAAGACCATTAGACGCAGCAGGCGTATAGTTTTCATTGG
GTGTGGGACAAGTTACAACGCCGCTCTTGCATCTAGACCTATCCTTGAAGAACTCTCTGG
TATACCAGCATGGAGATTGCTAGTGATCTCTGGGACAGGCAAGGTCCGATATACAGAGAG
GACACCGCGGTGTTTGTGAGTCAGTCTGGTGAAACCGCAGATACTTTACTTGCTTTGGAG
TATGCTCGGGAAAACGGGGCGTTATGTGTCGGCATCACTAACACCGTTGGGAGCTCCATA
GCTAGAAAAACACACTGTGGTGTCCATATTAACGCAGGAGCTGAGATAGGTGTAGCAAGT
ACAAAGGCGTACACAAGTCAGATTGTGGTGATGGTAATGCTAGCTCTAGCTATTGGAAGT
GACACAATCTCCAGCCAAACGAGACGGGAAGCTATAGTTGATGGCCTACTTGACTTACCG
AATAAGGTCAGGGAAGTACTAAAGCTAGACGAGGAAATGAAGGATCTAGCGCAGCTGTTG
ATAGACGAGCAGTCACTGCTTGTGTTTGGGAGAGGATACAACTACGCGACAGCTTTAGAA
GGAGCGTTGAAAGTAAAAGAAGTATCTCTTATGCACAGCGAAGGGATACTTGCAGGGGAG
ATGAAACACGGGCCTTTAGCTTTGGTTGATGAGAATCTACCCATCGCTGTGATAGCTACT
CGGGATGCTTGTTTCAGCAAACAACAGTCCGTGATTCAGCAGCTTCACGCACGTAAAGGG
AAGTTGATAGTGATGTGCTCAAAAGGAGATGCAGCGTCTGTGAGCTCGAGTGGATCTTGT
AGAGCTATAGAGGTTCCTCAAGTGGAAGATTGTTTACAGCCTGTTGTTAATATAGTGCCA
TTACAGTTATTGGCTTATCATCTGACTGTTTTGAGAGGTCACAATGTTGATCAGCCGAGG
AATCTAGCGAAGAGTGTGACCACTCAATAGAGAGCTTAGTTTGTATAGACGTATAGCGGT
ATAGGTATGCGTTTGGATGTTCATGTTAGTCTCGCTAAAGTCATCGTATTATCATTACTT
TAGAGTTCTTTTAATTTGAATACATTTCTCATTTTTGAAATAAGACAAGTATAAAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AH12TF U 1
AF RR3AH12JQ C 288
AF RR3BA09TF U 452
BS 1 642 RR3AH12TF
BS 643 643 RR3BA09TF
BS 644 725 RR3AH12TF
BS 726 1081 RR3BA09TF
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BS 1083 1135 RR3BA09TF
BS 1136 1139 RR3AH12JQ

RD RR3AH12TF 725 0 0
GGGTGGGTTGAAAGATCACTTAAAGACCATTAGACGCAGCAGGCGTATAGTTTTCATTGG
GTGTGGGACAAGTTACAACGCCGCTCTTGCATCTAGACCTATCCTTGAAGAACTCTCTGG
TATACCAGCATGGAGATTGCTAGTGATCTCTGGGACAGGCAAGGTCCGATATACAGAGAG
GACACCGCGGTGTTTGTGAGTCAGTCTGGTGAAACCGCAGATACTTTACTTGCTTTGGAG
TATGCTCGGGAAAACGGGGCGTTATGTGTCGGCATCACTAACACCGTTGGGAGCTCCATA
GCTAGAAAAACACACTGTGGTGTCCATATTAACGCAGGAGCTGAGATAGGTGTAGCAAGT
ACAAAGGCGTACACAAGTCAGATTGTGGTGATGGTAATGCTAGCTCTAGCTATTGGAAGT
GACACAATCTCCAGCCAAACGAGACGGGAAGCTATAGTTGATGGCCTACTTGACTTACCG
AATAAGGTCAGGGAAGTACTAAAGCTAGACGAGGAAATGAAGGATCTAGCGCAGCTGTTG
ATAGACGAGCAGTCACTGCTTGTGTTTGGGAGAGGATACAACTACGCGACAGCTTTAGAA
GGAGCGTTGAAAGTAAAAGAAGTATCTCTTATGCACAGCGAAAGGATACTTGCAGGGGAG
ATGAAACACGGGCCTTTAGCTTTGGTTGATGAGAATCTACCCATCGCTGTGATAGCTACT
CGGGA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3AH12JQ 852 0 0
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AGGTGTAGCAAGTACAAAGGCGTACACAAGTCAGATTGTGGTGATGGTAATGCTAGCTCT
AGCTATTGGAAGTGACACAATCTCCAGCCAAACGAGACGGGAAGCTATAGTTGATGGCCT
ACTTGACTTACCGAATAAGGTCAGGGAAGTACTAAAGCTAGACGAGGAAATGAAGGATCT
AGCGCAGCTGTTGATAGACGAGCAGTCACTGCTTGTGTTTGGGAGAGGATACAACTACGC
GACAGCTTTAGAAGGAGCGTTGAAAGTAAAAGAAGTATCTCTTATGCACAGCGAAGGGAT
ACTTGCAGGGGAGATGAAACACGGGCCTTTAGCTTTGGTTGATGAGAATCTACCCATCGC
TGTGATAGCTACTCGGGATGCTTGTTTCAGCAAACAACAGTCCGTGATTCAGCAGCTTCA
CGCACGTAAAGGGAAGTTGATAGTTATGTGCTCAAAAGGAGATGCAGCGTCTGTGAGCTC
GAGTGGATCTTGTAGAGCTATAGAGGTTCCTCAAGTGGAAGATTGTTTACAGCCTGTTGT
TAATATAGTGCCATTACAGTTATTGGCTTATCATCTGACTGTTTTGAGAGGTCACAATGT
TGATCAGCCGAGGAATCTAGCGAAGAGTGTGACCACTCAATAGAGAGCTTAGTTTGTATA
GACGTATAGCGGTATAGGTATGCGTTTGGATGTTCATGTTAGTCTCGCTAAAGTCATCGT
ATTATCATTACTTTAGAGTTCTTTTAATTTGAATACATTTCTCATTTTTGAAATAAGACA
AGTATAAAGTCC

QA 1 852 1 852
DS 

RD RR3BA09TF 684 0 0
G
TATAGTTGATGGCCTACTCGACTTACCGAATAAGGTCAGGGAAGTACTAAAGCTAGACGA
GGAAATGAAGGATCTAGCGCAGCTGTTGATAGACGAGCAGTCACTGCTTGTGTTTGGGAG
AGGATACAACTACGCGACAGCTTTAGAAGGAGCGTTGAAAGTAAAAGAAGTATCTCTTAT
GCACAGCGAAGGGATACTTGCAGGGGAGATGAAACACGGGCCTTTAGCTTTGGTTGATGA
GAATCTACCCATCGCTGTGATAGCTACTCGGGATGCTTGTTTCAGCAAACAACAGTCCGT
GATTCAGCAGCTTCACGCACGTAAAGGGAAGTTGATAGTGATGTGCTCAAAAGGAGATGC
AGCGTCTGTGAGCTCGAGTGGATCTTGTAGAGCTATAGAGGTTCCTCAAGTGGAAGATTG
TTTACAGCCTGTTGTTAATATAGTGCCATTACAGTTATTGGCTTATCATCTGACTGTTTT
GAGAGGTCACAATGTTGATCAGCCGAGGAATCTAGCGAAGAGTGTGACCACTCAATAGAG
AGCTTAGTTTGTATAGACGTATAGCGGTATAGGTATGCGTTTGGATGTTCATGTTAGTCT
CGCTAAAGTCATCGTATTATCATTACTTTTGAGTTCTTTTAATTTGAATACATTTCTCAT
TTTTGAAATAAGACAAGTATAAA

QA 2 684 2 684
DS 



AS 1 3

CO CL4388Contig1 862 3 27 U
AGTAATTACATAAAAAAATATTCCAACCTTCCTTGCAGAGGACGTGGCATATGAAATTTT
ATTTCTTGTTCTGAAAAGAAATTACAAAAACAACTTAGTTTCTCAACCCAAACTAAGTAG
AGAAGAATATGAACACAAGAAACTCTGTTGGTTTGTGCCTCCAACAAAATCATTTATTCA
AAACAAAGTCCAACAAAATTAAGCAAAGCAAAAATCATTTTCTAAATTATTCCATCCTTT
GTAGTAGGGTAAATAAGGGAT*ATCTTCTTTTAGCCCGAGAGAGCTGCGTTCATAGCACT
GTGAACTTCCACACCAATCTGTGCTTCTGTTTTCTCAAGATCTGTTGTTGCAGAAGCAAG
TTTCTGCGTGAACTCCGCTAAACCCTTTTGGACTTGGCTAGCGTCGATGTTCTCAAGCGG
CACGGCCTCAACAGCGATAATATCAGCGACGGAATTTGCGTGGAGAAACGCAAATCCACT
GCTCACAAAGTATTTCTTTATGTCAGTGCCTTCGTGAACGGACATGATACCGGGTTTCAG
CTCGGCGATCGTTGGAACGTGTCCAGGCAAAACACCCATTTGTCCTGTTGTTGCGGGAAT
GATGACCATGTCGACCTCTTTCCCGGAAAGTTCAGATGCGTAAGGGAGGACGAAATTAAC
GGTGAGCTTCGTCGGAATCGAGGAAGCAGTCGATGGACGAGGCTTCATGAAGGAGGAAGG
AGTCTGCGGCGGGTCCATGTTCGGTGCGACTTCTTCCATGACTCCACGAAAGTTGAATCG
ATAGTCGACGGAACTTCCGTTGAAAAGGCACGATTAGTCGTTGATCTAGAGGATGCGGCG
GCGGAGACAGATCGGGAGAGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB73JQ U 1
AF RR3FG63JQ U 46
AF RR3FG63TF C 162
BS 1 52 RR3EB73JQ
BS 53 53 RR3FG63JQ
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BS 630 669 RR3FG63JQ
BS 670 862 RR3FG63TF

RD RR3EB73JQ 629 0 0
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AAACAAAGTCCAACAAAATTAAGCAAAGCAAAAATCATTTTCTAAATTATTCCATCCTTT
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CTCGGCGATTGTTGGAACGTGTCCAGGCAGAACACCCATTTGTCCTGTTGTTGCGGGAAT
GATGACCATGTCGACCTCTTTCCCGGAAA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3FG63JQ 624 0 0
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AAAATCATTTATTCAAAACAAAGTCCAACAAAATTAAGCAAAGCAAAAATCATTTTCTAA
ATTATTCCATCCTTTGTAGTAGGGTAAATAAGGGAT*ATCTTCTTTTAGCCCGAGAGAGC
TGCGTTCATAGCACTGTGAACTTCCACACCAATCTGTGCTTCTGTTTTCTCAAGATCTGT
TGTTGCAGAAGCAAGTTTCTGCGTGAACTCCGCTAAACCCTTTTGGACTTGGCTAGCGTC
GATGTTCTCAAGCGGCACGGCCTCAACAGCGATAATATCAGCGACGGAATTTGCGTGGAG
AAACGCAAATCCACTGCTCACAAAGTATTTCTTTATGTCAGTGCCTTCGTGAACGGACAT
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TGTTGTTGCGGGAATGATGACCATGTCGACCTCTTTCCCGGAAAGTTCAGATGCGTAAGG
GAGGACGAAATTAACGGTGAGCTT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3FG63TF 701 0 0
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AAACAAAGTCCAACAAA*TTAAGCAAAGCAAAA*TCATTT*CTAAATTATTCCATC*TTT
GTAGTAGGGTAAATAAGGGAT*ATCTTCTTTTAGCCCGAGAGAGCTGCGTTCATAGCACT
GTGAACTTCCACACCCATCTGTGCTTCTGTTTTCTCAAGATCTGTTGTTGCAGAAGCAAG
TTTCTGCGTGAACTCCGCTAAACCCTTTTGGACTTGGCTAGCGTCGATGTTCTCAAGCGG
CACGGCCTCAACAGCGATAATATCAGCGACGGAATTTGCGTGGAGAAACGCAAATCCACT
GCTCACAAAGTATTTCTTTATGTCAGTGCCTTCGTGAACGGACATGATACCGGGTTTCAG
CTCGGCGATCGTTGGAACGTGTCCAGGCAAAACACCCATTTGTCCTGTTGTTGCGGGAAT
GATGACCATGTCGACCTCTTTCCCGGAAAGTTCAGATGCGTAAGGGAGGACGAAATTAAC
GGTGAGCTTCGTCGGAATCGAGGAAGCAGTCGATGGACGAGGCTTCATGAAGGAGGAAGG
AGTCTGCGGCGGGTCCATGTTCGGTGCGACTTCTTCCATGACTCCACGAAAGTTGAATCG
ATAGTCGACGGAACTTCCGTTGAAAAGGCACGATTAGTCGTTGATCTAGAGGATGCGGCG
GCGGAGACAGATCGGGAGAGGA

QA 20 701 20 701
DS 



AS 1 2

CO CL4389Contig1 515 2 1 U
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TCGTCAATGGGGGGAAGTTATGTGGAGCAAGCTCGTGAGAATCACGTCAAGAAGAAGGTT
GAAGAAGCGCTGCGTAGCAAGATGAAGGCAAAGGCATTAAACGAATGTGATCAGTACGTC
TCCAAGTATGCTGAATGCGCCACGGGACGAACCTTCTCTGTGGTGTGGACTTGTCGTAAG
CAAGCTAAAGACCTCAACACTTGCCTCCATCAGTTCACCAATGACAAAGTGTTGGAGGAA
ATGAAGAGAGAGTACATGATTCAGGAAGAGGGTAAGTCTCTGCTTCCACCACATAATTTT
TTTCGTTGGACAAAAGACTTGAGTTGGACCAATATAAGGTTGTCGCCTTGTTTCTTGTTG
ATCATTGACTAAAGAGATCCTTCTTGTAATGGATGCTTTTCTAAGATCCGAGTCTTGACT
ATGGCCTTTCTACAATAAAAGGGTTTATTCACTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GM47JQ C 1
AF RR3GM47TF U 1
BS 1 515 RR3GM47TF

RD RR3GM47JQ 515 0 0
GGGTCTTCGACTCGCTTTGATCGGAGTAAAAGCTCAGAAGAACTCAGAAGGTTCTGTCTG
TCGTCAATGGGGGGAAGTTATGTGGAGCAAGCTCGTGAGAATCACGTCAAGAAGAAGGTT
GAAGAAGCGCTGCGTAGCAAGATGAAGGCAAAGGCATTAAACGAATGTGATCAGTACGTC
TCCAAGTATGCTGAATGCGCCACGGGACGAACCTTCTCTGTGGTGTGGACTTGTCGTAAG
CAAGCTAAAGACCTCAACACTTGCCTCCATCAGTTCACCAATGACAAAGTGTTGGAGGAA
ATGAAGAGAGAGTACATGATTCAGGAAGAGGGTAAGTCTCTGCTTCCACCACATAATTTT
TTTCGTTGGACAAAAGACTTGAGTTGGACCAATATAAGGTTGTCGCCTTGTTTCTTGTTG
ATCATTGACTAAAGAGATCCTTCTTGTAATGGATGCTTTTCTAAGATCCGAGTCTTGACT
ATGGCCTTTCTACAATAAAAGGGTTTATTCACTAC

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3GM47TF 515 0 0
GGGTCTTCGACTCGCTTTGATCGGAGTAAAAGCTCAGAAGAACTCAGAAGGTTCTGTCTG
TCGTCAATGGGGGGAAGTTATGTGGAGCAAGCTCGTGAGAATCACGTCAAGAAGAAGGTT
GAAGAAGCGCTGCGTAGCAAGATGAAGGCAAAGGCATTAAACGAATGTGATCAGTACGTC
TCCAAGTATGCTGAATGCGCCACGGGACGAACCTTCTCTGTGGTGTGGACTTGTCGTAAG
CAAGCTAAAGACCTCAACACTTGCCTCCATCAGTTCACCAATGACAAAGTGTTGGAGGAA
ATGAAGAGAGAGTACATGATTCAGGAAGAGGGTAAGTCTCTGCTTCCACCACATAATTTT
TTTCGTTGGACAAAAGACTTGAGTTGGACCAATATAAGGTTGTCGCCTTGTTTCTTGTTG
ATCATTGACTAAAGAGATCCTTCTTGTAATGGATGCTTTTCTAAGATCCGAGTCTTGACT
ATGGCCTTTCTACAATAAAAGGGTTTATTCACTAC

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 3

CO CL4390Contig1 796 3 2 U
AGGGGACCAAAAGCCAAAATTTGTTTAAGCGAGAAAAGAAGATTGGCGACCTACTCTAAG
TAGAAAAACTTGTTTAATGAAATCCAATTTAGTCAATTTAAACAAAAACTGAAAGGAATA
TTTAAAACTTGCTAATCAGTTTCTGCCGAAAAGAATGCCTTATGTTAAGTCATAAGGTTA
TTAGCTAGACCCAATTCCCTAGGCGCCTCCGCTTGATGGCCCTCTTCCGATTCAGATCCG
GTGCTCAGCCATCCTCCTCCTGAAGAAACTCGCTCTCCCTTTCCATGGCCTCAAAGGGTA
AAGCTCCTCCTCCGTTGCGGTCAAGACCTCCACCAGATCCACCACCGTTCTCGATTCTTC
CGACGCCGTTGAAATCTCTCACTCTCACAGAGCCACCAGACCCGCCTGACCCTCCAGATG
CGACCTCCACCCTCGTTTTTATCCCGTTCGTCAGTGATTCCCACAGTCTCTCTCCTCAAA
CGGTTACTCAAGTCATAGATCTGGAGCCGGAACCCCCTGCCTCAGCCATGGCGTTTGTTT
CCAAGAGCGGTGTGGTTCCTGGTGTGTCCACGGGTAGAGAACTCTCTTCCACCGTACGTT
CAACTCTCCTTCCATGTACCTGCGTCTCCGAGCTCTCTCTCCAGTCGGCTTATGTAGAGG
TTTCAATCTTCCGAATCTTTGGACTTGTGAGTTTAGGTCATGTCTCATGCTCTGATTTGA
AAAATTTAGTGTTTGTCATGGCTCTACGAGTTGAAGAATTAAAATATCCACCAGAACGTT
ATTTGTTAAATTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET06TF U 155
AF RR3A802TF U 1
AF RR3E064TF U 176
BS 1 772 RR3A802TF
BS 773 796 RR3E064TF

RD RR3ET06TF 506 0 0
GG
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TGGCCCTCTTCCGATTCAGATCCGGTGCTCAGCCATCCTCCTCCTGAAGAAACTCGCTCT
CCCTTTCCATGGCCTCAAAGGGTAAAGCTCCTCCTCCGTTGCGGTCAAGACCTCCACCAG
ATCCACCACCGTTCTCGATTCTTCCGACGCCGTTGAAATCTCTCACTCTCACAGAGCCAC
CAGACCCGCCTGACCCTCCAGATGCGACCTCCACCCTCGTTTTTATCCCGTTCGTCAGTG
ATTCCCACAGTCTCTCTCCTCAAACGGTTACTCAAGTCATAGATCTGGAGCCGGAACCCC
CTGCCTCAGCCATGGCGTTTGTTTCCAAGAGCGGTGTGGTTCCTGGTGTGTCCACGGGTA
GAGAACTCTCTTCCACCGTACGTTCAACTCTCCTTCCATGTACCTGCGTCTCCGAGCTCT
CTCTCCAGTCGGCTTATGTAGAGG

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DS 

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TTAGCTAGACCCAATTCCCTAGGCGCCTCCGCTTGATGGCCCTCTTCCGATTCAGATCCG
GTGCTCAGCCATCCTCCTCCTGAAGAAACTCGCTCTCCCTTTCCATGGCCTCAAAGGGTA
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CGACGCCGTTGAAATCTCTCACTCTCACAGAGCCACCAGACCCGCCTGACCCTCCAGATG
CGACCTCCACCCTCGTTTTTATCCCGTTCGTCAGTGATTCCCACAGTCTCTCTCCTCAAA
CGGTTACTCAAGTCATAGATCTGGAGCCGGAACCCCCTGCCTCAGCCATGGCGTTTGTTT
CCAAGAGCGGTGTGGTTCCTGGTGTGTCCACGGGTAGAGAACTCTCTTCCACCGTACGTT
CAACTCTCCTTCCATGTACCTGCGTCTCCGAGCTCTCTCTCCAGTCGGCTTATGTAGAGG
TTTCAATCTTCCGAATCTTTGGACTTGTGAGTTTAGGTCATGTCTCATGCTCTGATTTGA
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QA 1 772 1 772
DS 

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TGTTTCCAAGAGCGGTGTGGTTCCTGGTGTGTCCACGGGTAGAGAACTCTCTTCCACCGT
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QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR3AC12JQ C 1
AF RR3AC12TF U 1
AF RR3EQ79TF U 439
BS 1 536 RR3AC12TF
BS 537 591 RR3EQ79TF

RD RR3AC12JQ 504 0 0
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TGCAGATGTTGAGCTCATTGTAAACGAACTCGAGCTGGAGAAGAATGTGGTGGAGAGAAC
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TCTTTGATCGATTCAGTACCTGCTTTACTTCTTGCAGTTTCTTTTGTGTGTGAGAGTAAG
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QA 1 504 1 504
DS 

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AGGAGAAGAGTTAGAAGGAATGGAGGGAGGAGAAGAAGCTGGAGCGGAGATAATGGTTGA
TTCAAAGGACTTACAGCAACAAAGCAAAGCTTTAGACAAGCTTACCGATCGCGTCGAGGA
TCGCCAGCTCGATTCTAATCGTGTTCAATCGGCTATGGCTTCGATTGGTGCTTCTAGGGA
GGCTGGTCTGAATGCTAAGAGATTGAGGGAGAAGGGACTGGCTTCTGTTAAGATCAATGC
TGCAGATGTTGAGCTCATTGTAAACGAACTCGAGCTGGAGAAGAATGTGGTGGAGAGAAC
ACTAAGGGAGCACAAAGGCGATGCAGTTGCTGCAACTAGGGAATTGCTTTCCCGATATCC
TCTTTGATCGATTCAGTACCTGCTTTACTTCTTGCAGTTTCTTTTGTGTGTGAGAGTAAG
GTGTCCGATCTCATGTTTGAAGTTTCAGTGTTAAACTTATGAGATATTATTGCAAC

QA 1 536 1 536
DS 

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G
CTGCTTTACTTCTTGCAGTTTCTTTTGTGTGTGAGAGTAAGGTGTCCGATCTCATGTTTG
AAGTTTCAGTGTTAAACTTATGAGATATTATTGCAACAGTGGCACATGCTAAAGCAAAAC
AAAAATATTAAGTTTTAACATTAATCCGATGT

QA 2 153 2 153
DS 



AS 1 2

CO CL4392Contig1 666 2 3 U
GGATTGTCATCACTAATCAAATAAGATATCAATGGCTGAAGCATTCACAAGTTTCACCTT
CACAAACCTTCATATTCCTTCTTCCTCAAGTTACTCGCCTAAGCAGATTTCAGGGCCAAA
TCATGGATGCTGGCTCTCTATGAAAAAGAATGAGAAGAGGCCGGAAATGAATCTGATGAG
AGGAAGCTTGGGTGTGAGAAGGGCTCTGCCACATGATATGCCACTAATGGCTGTGATGGT
TCAACAAATAGAGGGGATGCGTGATATCATTACAGAGAAACACGTGTGGCATCTAAGTGA
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CTTCGGTTCCGCAAAAGATCCATTCTATGATTCGGAGGAGTACCGTGGAGATGGAGGTGA
TGGAACTGGATATTGGGTCTATGAAACTCAAGAAGACATAGAAGAGAAGGCAAGAGCAGA
GCTATGGCGTGAAGAGCTTATCGAAGAAATTGAACAGAAAGTTGGTGGTTTAAGAGAGCT
CGAAGAAGCTGTTAATAAGTAGACAACTAACATGTGAATCATACAGAAATTATACATATG
TAAAATATTGTTTTCTGATAATGGTCATAAACCACTCTTCATTTATATAATACTATATGT
TATCCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3C858TF U 1
AF RR3C858JQ C 1
BS 1 5 RR3C858JQ
BS 6 643 RR3C858TF
BS 644 666 RR3C858JQ

RD RR3C858TF 643 0 0
GGATT
GTCATCACTAATCAAATAAGATATCAATGGCTGAAGCATTCACAAGTTTCACCTTCACAA
ACCTTCATATTCCTTCTTCCTCAAGTTACTCGCCTAAGCAGATTTCAGGGCCAAATCATG
GATGCTGGCTCTCTATGAAAAAGAATGAGAAGAGGCCGGAAATGAATCTGATGAGAGGAA
GCTTGGGTGTGAGAAGGGCTCTGCCACATGATATGCCACTAATGGCTGTGATGGTTCAAC
AAATAGAGGGGATGCGTGATATCATTACAGAGAAACACGTGTGGCATCTAAGTGATAAAG
CCATCAAGAATGTCTATTTGTTCTATATCATGTTCACTTGTTGGGGATGTCTGTACTTCG
GTTCCGCAAAAGATCCATTCTATGATTCGGAGGAGTACCGTGGAGATGGAGGTGATGGAA
CTGGATATTGGGTCTATGAAACTCAAGAAGACATAGAAGAGAAGGCAAGAGCAGAGCTAT
GGCGTGAAGAGCTTATCGAAGAAATTGAACAGAAAGTTGGTGGTTTAAGAGAGCTCGAAG
AAGCTGTTAATAAGTAGACAACTAACATGTGAATCATACAGAAATTATACATATGTAAAA
TATTGTTTTCTGATAATGGTCATAAACCACTCTTCATT

QA 6 643 6 643
DS 

RD RR3C858JQ 666 0 0
GGATTGTCATCACTAATCAAATAAGATATCAATGGCTGAAGCATTCACAAGTTTCACCTT
CACAAACCTTCATATTCCTTCTTCCTCAAGTTACTCGCCTAAGCAGATTTCAGGGCCAAA
TCATGGATGCTGGCTCTCTATGAAAAAGAATGAGAAGAGGCCGGAAATGAATCTGATGAG
AGGAAGCTTGGGTGTGAGAAGGGCTCTGCCACATGATATGCCACTAATGGCTGTGATGGT
TCAACAAATAGAGGGGATGCGTGATATCATTACAGAGAAACACGTGTGGCATCTAAGTGA
TAAAGCCATCAAGAATGTCTATTTGTTCTATATCATGTTCACTTGTTGGGGATGTCTGTA
CTTCGGTTCCGCAAAAGATCCATTCTATGATTCGGAGGAGTACCGTGGAGATGGAGGTGA
TGGAACTGGATATTGGGTCTATGAAACTCAAGAAGACATAGAAGAGAAGGCAAGAGCAGA
GCTATGGCGTGAAGAGCTTATCGAAGAAATTGAACAGAAAGTTGGTGGTTTAAGAGAGCT
CGAAGAAGCTGTTAATAAGTAGACAACTAACATGTGAATCATACAGAAATTATACATATG
TAAAATATTGTTTTCTGATAATGGTCATAAACCACTCTTCATTTATATAATACTATATGT
TATCCG

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL4393Contig1 1246 2 2 U
GCTGCACCGCCGTCCAAGACGTCGTCACGGGTGACTTCACGTTCCCGGTCTACTACTTCA
TCACCTCTGGAGCCGCCTGTCTCGCCTTCTTCTTGCACCTCCCCACTCTCGACGAAACAA
CCGCCGGAAAAAACCTCAAAGACGTCCACACGCTACTCAACATCCCCGGCGTTCCTCCCA
TCAAAGGCTCAGACATGCCTAAACGGTTACTCGACCGCAACGATGAGGTTTACGATGCAT
TTATATCGTTCTCTAAGCAGCTATCGAACTCTTCAGGGATCATTATCAACACCTTCGAGG
CGTTAGAAAACAGAGCCATCAAAGCCATAACAGAGGAGCTCTGTTTTCAAAATATTTATC
CGATAGGACCGCTCATTGTCAAGACAAGAACCGGAGACAATAAAAATGCAGACTCTTGTC
TGAACTGGCTAGATTCTCAGCCGGAACGGAGTGTTGTGTTCCTCTGTTTCGGTAGCTTGG
GTTTGTTCTCACAAGAACAGCTCAAGGAGATCGCTATTGGTTTAGAGAGAAGCGAGCAGA
GGTTCTTGTGGGTGGTCCGTAATCCACCAGAGCTACAAAACCAAACCGAACCGGACTTGA
CATCTCTCTTACCGGAAGGGTTTCTAAACCGAACCGGAAACAGAGGAATGGTGGTTAAAT
CGTGGGCTCCGCAAGTTCCCGTTCTGAACCATAGAGCAATCGGCGGGTTCGTTACTCACT
GCGGCTGGAACTCCATTCTTGAAGGTGTTTGCGCGGGTGTACCGATGGTGGCTTGGCCGT
TGTATGCTGAGCAGAGGTTTAACAGAGTGGTGATTGTGGATGAGATCAAGATTGCTATTT
CGATGAATGAATCGGAGACGGGCTTCGTGAGTTGGATGGAGGTGGAGAAACGAGTCCGGG
AGGTAGTGGAGGAGGGTCCGGTTAGGGAGAGAACCAAGGCCATGAAGAATGCGGCTGAAT
CAGCCTTGGTCGAAACCGGTTCGTCTAGTCACGCGTTGACTGCTTTACTCCAGTCGTGGA
GTTCAAAACAAGCTTAGACTCTGCGTCAGGTTAAGTTTTGTGATAAGAAAGCACTTGGTG
CGAATAAGGTGAAGTGTGTGTGACTGAAGAAGACTATGACCGATTGATATGCAATTGAAA
TCAATGGTTAAGATTGGAAAATAAAACGGCTATGTTTTTGTAACAAGCAAATGTTACTTA
CTTGGTCTGAGTTTGAATAAGTTCTCCTTCATTATTATAGGAGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G256TF U 1
AF RR3EA13JQ C 581
BS 1 685 RR3G256TF
BS 686 1246 RR3EA13JQ

RD RR3G256TF 685 0 0
GCTGCACCGCCGTCCAAGACGTCGTCACGGGTGACTTCACGTTCCCGGTCTACTACTTCA
TCACCTCTGGAGCCGCCTGTCTCGCCTTCTTCTTGCACCTCCCCACTCTCGACGAAACAA
CCGCCGGAAAAAACCTCAAAGACGTCCACACGCTACTCAACATCCCCGGCGTTCCTCCCA
TCAAAGGCTCAGACATGCCTAAACGGTTACTCGACCGCAACGATGAGGTTTACGATGCAT
TTATATCGTTCTCTAAGCAGCTATCGAACTCTTCAGGGATCATTATCAACACCTTCGAGG
CGTTAGAAAACAGAGCCATCAAAGCCATAACAGAGGAGCTCTGTTTTCAAAATATTTATC
CGATAGGACCGCTCATTGTCAAGACAAGAACCGGAGACAATAAAAATGCAGACTCTTGTC
TGAACTGGCTAGATTCTCAGCCGGAACGGAGTGTTGTGTTCCTCTGTTTCGGTAGCTTGG
GTTTGTTCTCACAAGAACAGCTCAAGGAGATCGCTATTGGTTTAGAGAGAAGCGAGCAGA
GGTTCTTGTGGGTGGTCCGTAATCCACCAGAGCTACAAAACCAAACCGAACCGGACTTGA
CATCTCTCTTACCGGAAGGGTTTCTAAACCGAACCGGAAACAGAGGAATGGTGGTTAAAT
CGTGGGCTCCGCAAGTTCCCGTTCT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3EA13JQ 666 0 0
CCAAACCGAACCGGACTTGACGTCTCTCTTACCGGAAGGGTTTCTAAACCGAACCGGAAA
CAGGGGAATGGTGGTTAAATCGTGGGCTCCGCAAGTTCCGGTTCTGAACCATAGAGCAAT
CGGCGGGTTCGTTACTCACTGCGGCTGGAACTCCATTCTTGAAGGTGTTTGCGCGGGTGT
ACCGATGGTGGCTTGGCCGTTGTATGCTGAGCAGAGGTTTAACAGAGTGGTGATTGTGGA
TGAGATCAAGATTGCTATTTCGATGAATGAATCGGAGACGGGCTTCGTGAGTTGGATGGA
GGTGGAGAAACGAGTCCGGGAGGTAGTGGAGGAGGGTCCGGTTAGGGAGAGAACCAAGGC
CATGAAGAATGCGGCTGAATCAGCCTTGGTCGAAACCGGTTCGTCTAGTCACGCGTTGAC
TGCTTTACTCCAGTCGTGGAGTTCAAAACAAGCTTAGACTCTGCGTCAGGTTAAGTTTTG
TGATAAGAAAGCACTTGGTGCGAATAAGGTGAAGTGTGTGTGACTGAAGAAGACTATGAC
CGATTGATATGCAATTGAAATCAATGGTTAAGATTGGAAAATAAAACGGCTATGTTTTTG
TAACAAGCAAATGTTACTTACTTGGTCTGAGTTTGAATAAGTTCTCCTTCATTATTATAG
GAGGTT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 3

CO CL4394Contig1 903 3 7 U
AGCCAAAGGGTAGAGTTTTTTTATTCAAAGATGATGCAGATAATTGATGACAAAGAAAGG
TCTACATCAAAAACTACAAATCATTTATTGGGGGCAAAGTATGAGGAAAACTCATGTTTC
TGTCTGACTCTCTGATCAAACTAAAGTGTTTTATACAAACTGTCTTTTTAAATTTTGGCG
GTTCATAAACTCCTCTTGGGTTGGGCTTTGCAGGCAATGCGTCTGGTCACAGTGCGCATT
GTCACGAATTCCTCTGCAGAAGACGGATGTATCCCAACCGTGCTGTCAAATTGTGCTTTG
GTTGCTCCACACTTGAGCGCAATTGCAATCCCCTGCATGATCTCAGCTGCATCTGGACCG
CACATGGACGCTCCAATAACCTTATCAGTCTGCTTATCAACTATTAGCTTCATCAATGAC
CTTTCCTGGCGTCCAGAAATGGTGTTCTTCATAGGATTAAAGCCTGAGGTGAAAACCAGA
ATATCTCCAGTCGCTTTTTCTACTGCCTCTTCTTCACTGAGACCCACCACAGCTAGTGGA
GGTATGCAAAACACAGCACAGGCTACATTGCTGTAGTCTGCTTTAGTAGGTTTCTCACCA
AAAACAGTGTTCGCAAAGCAGGTGGCCTCCATTAACGCAACAGGTGTAAGGTTAATCCGG
TTTGTAGCATCTCCCACAGCCCATATGCTAGGTATATTAGTGCGTGAGTACTCATCAACC
TTCACAGCCCCAGCCTGATCAAGTTCAACACCAACAGCTTCTAAGTTCAATCGCTTGGTG
TTAGGATTCCTGCCAGTAGCAAATAGTACAACATCCGCCATGAATTCTTCTCCGTGAGAC
GAGATTACTTTGATCCCCTCGTCTGTTTTTGTCAACTGAGTAAAACTTGTTTGGGGATGC
AGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3GL10JQ U 1
AF RR3F452JQ U 43
AF RR3F452TF C 173
BS 1 50 RR3GL10JQ
BS 51 51 RR3F452JQ
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BS 585 903 RR3F452TF

RD RR3GL10JQ 553 0 0
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TGTCTGACTCTCTGATCAAACTAAAGTGTTTTATGCAAACTGTCTTTTTAAATTTTGGCG
GTTCATAAACTCCTCTTGGGTTGGGCTTTGCAGGCAATGCGTCTGGTCACAGTGCGCATT
GTCACGAATTCCTCTGCAGAAGACGGATGTATCCCAACCGTGCTGTCAAATTGTGCTTTG
GTTGCTCCACACTTGAGCGCAATTGCAATCCCCTGCATGATCTCAGCTGCATCTGGACCG
CACATGGACGCTCCAATAACCTTATCAGTCTGCTTATCAACTATTAGCTTCATCAATGAC
CTTTCCTGGCGTCCAGAAATGGTGTTCTTCATAGGATTAAAGCCTGAGGTGAAAACCAGA
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GGTATGCAAAACA

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3F452JQ 542 0 0
ATTGATGACAAAGAAAGGTCTACATCAAAAACTACAAATCATTTATTGGGGGCAAAGTAT
GAGGAAAACTCATGTTTCTGTCTGACTCTCTGATCAAACTAAAGTGTTTTATACAAACTG
TCTTTTTAAATTTTGGCGGTTCATAAACTCCTCTTGGGTTGGGCTTTGCAGGCAATGCGT
CTGGTCACAGTGCGCATTGTCACGAATTCCTCTGCAGAAAACGGATGTATCCCAACCGTG
CTGTCAAATTGTGCTTTGGTTGCTCCACACTTGAGCGCAATTGCAATCCCCTGCATGATC
TCAGCTGCATCTGGACCGCACATGGACGCTCCAATAACCTTATCAGTCTGCTTATCAACT
ATTAACTTCATCAATGACCTTTCCTGGCGTCCAGAAATGGTGTTCTTCATAGGATTAAAG
CCTGAGGTGAAAACCAAAATATCTCCAGTCGCTTTTTCTACTGCCTCTTCTTCACTGAGA
CCCACCACAGCTAGTGGAGGTATGCAAAACACAGCACAGGCTACATTGCTGTAGTCTGCT
TT

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR3F452TF 731 0 0
A
TTTGGCGGTTCATAAACTCCTCTTGGGTTGGGCTT*GCAGGCAATGCGTCTGGTCACAGT
GCGCATTGTCACGAATTCCTCTGCAGAAGACGGATGTATCCCAACCGTGCTGTCAAATTG
TGCTTTGGTTGCTCCACACTTGAGCGCAATTGCAATCCCCTGCATGATCTCAGCTGCATC
TGGACCGCACATGGACGCTCCAATAACCTTATCAGTCTGCTTATCAACTATTAGCTTCAT
CAATGACCTTTCCTGGCGTCCAGAAATGGTGTTCTTCATAGGATTAAAGCCTGAGGTGAA
AACCAGAATATCTCCAGTCGCTTTTTCTACTGCCTCTTCTTCACTGAGACCCACCACAGC
TAGTGGAGGTATGCAAAACACAGCACAGGCTACATTGCTGTAGTCTGCTTTAGTAGGTTT
CTCACCAAAAACAGTGTTCGCAAAGCAGGTGGCCTCCATTAACGCAACAGGTGTAAGGTT
AATCCGGTTTGTAGCATCTCCCACAGCCCATATGCTAGGTATATTAGTGCGTGAGTACTC
ATCAACCTTCACAGCCCCAGCCTGATCAAGTTCAACACCAACAGCTTCTAAGTTCAATCG
CTTGGTGTTAGGATTCCTGCCAGTAGCAAATAGTACAACATCCGCCATGAATTCTTCTCC
GTGAGACGAGATTACTTTGATCCCCTCGTCTGTTTTTGTCAACTGAGTAAAACTTGTTTG
GGGATGCAGC

QA 2 731 2 731
DS 



AS 1 3

CO CL4395Contig1 988 3 6 U
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CCGTCACGATCCGTAACGACGTTAATCTAAAAAAGGAGTCTTTGAAACTCGAACCCGACC
CGGATCAACCGGGTCGGTTCCTCGTCTCCTTCACGTTTGATGCAACTGTCTCCGGCAGGA
TTACAGTCATTTTCTTCGCTAAAGAATCAGAAGAATGCGTTCTCACAGCGACTAAGGAAG
ACGTTCTGCCACCAATCACCACGGACTTCGAGGTAGGACTTGGCCAGAAGTTCAAGCAGC
CTTCTGGTACGGGCATAGATCTCTCTGTCTTTGAAGACTCCGAGCTGTTCAAGACGGCGG
AATCAGATGTTTATCCCTTGGCGGTTAAGGCAGAAGCAGTTGCAACTCCTCCTCCTTCAG
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GGTATGAGCTGCAGGAGATTTATGGGATTGGGAATAGCGTTGATGGGGATGACGATTCGG
CTGATGATGCTAATGATCCGGGGAAAGAGTGCGTTATATGTTTGTCTGAGCCACGTGACA
CGACTGTTCTTCCTTGTCGACACATGTGTATGTGTAGCGGATGCGCTAAGGTGTTGAGGT
TCCAGACAAATCGATGCCCGATTTGCAGGCAACCTGTAGAAAGGCTTTTGGAGATAAAAG
TTCATGGTAATAGCGGGGGAAGCGGGAACAATGCTGAACAAGGAGCAACAGGTGAACAAG
AGCAGTCACAACACGTCTGAGTATGGATCGATTGTTTACGACTTCCTTCGACCATCGATG
ATATATACCATACATATATGCATGTTTGATCCATGTGTTAACAATAATAATGTGTGTGAT
TGCTAATTATATAAATACAGAGATTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GD80TF U 1
AF RR3E889JQ C 448
AF RR3E889TF U 448
BS 1 710 RR3GD80TF
BS 711 711 RR3E889TF
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BS 722 748 RR3GD80TF
BS 749 988 RR3E889TF

RD RR3GD80TF 757 0 0
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TTACAGTCATTTTCTTCGCTAAAGAATCAGAAGAATGCGTTCTCACAGCGACTAAGGAAG
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CTTCTGGTACGGGCATAGATCTCTCTGTCTTTGAAGACTCCGAGCTGTTCAAGACGGCGG
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*CCAGACAAATCGATGCCCGATTTGCAG
CACCTGTAG

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DS 

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G
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QA 2 541 2 541
DS 

RD RR3E889TF 541 0 0
G
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GGTGAAGCAGATACTATGGGTTAACGAGACGAGGTATGAGCTGCAGGAGATTTATGGGAT
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GTGCGTTATATGTTTGTCTGAGCCACGTGACACGACTGTTCTTCCTTGTCGACACATGTG
TATGTGTAGCGGATGCGCTAAGGTGTTGAGGTTCCAGACAAATCGATGCCCGATTTGCAG
GCAACCTGTAGAAAGGCTTTTGGAGATAAAAGTTCATGGTAATAGCGGGGGAAGCGGGAA
CAATGCTGAACAAGGAGCAACAGGTGAACAAGAGCAGTCACAACACGTCTGAGTATGGAT
CGATTGTTTACGACTTCCTTCGACCATCGATGATATATACCATACATATATGCATGTTTG
ATCCATGTGTTAACAATAATAATGTGTGTGATTGCTAATTATATAAATACAGAGATTTCG

QA 2 541 2 541
DS 



AS 1 3

CO CL4396Contig1 817 3 2 U
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TAAACACGAAACATATTACAAGAACCATAAAGTCATCCTCACTACATAATACTACAGCAT
TTAAATAGCTTACAGGTTACGCTTGGGGTTTATAAGATGTTCGGTTCCTCTTGTATTTCC
AAAACTCGTCCTTCTTCCCTCTAGGCTTAGCTTCAACACGACCGAACTTGCTATTAATAA
TACCAAGTATAGCATTTTTATCTTTTCTATTCTTTGTCTTTGCCTTGTCTTCAAGAATCG
CCCTAAGTTTCTCATATGACCTCGGGTCTGATATTTGCCCGGTTTTAACCATCATCTTGT
GGTAAAAGAATGCTCTTTTGAAGTCTCGGACACGGACAAAAGCGTAGATCATGGTTGAAT
ATGTGATGGAATCGGGTTTCAAGTTAAGAGCAGCCATTTCTTTCAACAGCTGCGGCAGTT
TCGAATCTTGTCCTCCCCTTGCGTAACCATTCATCAGCATATTGTAAGTCATAACAGTCG
GCTCCAAACCCATTTTACCAAACTCTGAAACAACATCCCTCGCTTCAATGTAGCGGCCTT
GTTTCGCAAACCCATCAAGAAGAGTGTTATACGTCACTCGTGTCCCTTGTATTTTCTCTC
TCAGCATTAGCTTCCAAATCTCCATCAGCTTTCCAACATCACCCGACCTTCTGAACGCAT
CTAGAAGCGATGTGTACATCTCAACCGACGGTTTAATCCCTTCTTTACACATCTCTTCAA
AGGAAGCATAAGCTTTCTCGTGCCACCCGCTAACAGA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B114JQ U 1
AF RR3B114TF C 1
AF RR3DJ91JQ U 44
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BS 566 817 RR3DJ91JQ

RD RR3B114JQ 565 0 0
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TTAAATAGCTTACAGGTTACGCTTGGGGTTTATAAGATGTTCGGTTCCTCTTGTATTTCC
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CCCTAAGTTTCTCATATGACCTCGGGTCTGATATTTGCCCGGTTTTAACCATCATCTTGT
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GCTCCAAACCCATTTTACCAAACTC

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DS 

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TAAACACGAAACATATTACAAGAACCATAAAGTCATCCTCACTACATAATACTACAGCAT
TTAAATAGCTTACAGGTTACGCTTGGGGTTTATAAGATGTTCGGTTCCTCTTGTATTTCC
AAAACTCGTCCTTCTTCCCTCTAGGCTTAGCTTCAACACGACCGAACTTGCTATTAATAA
TACCAAGTATAGCATTTTTATCTTTTCTATTCTTTGTCTTTGCCTTGTCTTCAAGAATCG
CCCTAAGTTTCTCATATGACCTCGGGTCTGATATTTGCCCGGTTTTAACCATCATCTTGT
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GCTCCAAACCCATTTTACCAAACTC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3DJ91JQ 774 0 0
GC
TCAAGGTATCTCTTATAAACACGAAACATATTACAAGAACCATAAAGTCATCCTCACTAC
ATAATACTACAGCATTTAAATAGCTTACAGGTTACGCTTGGGGTTTATAAGATGTTCGGT
TCCTCTTGTATTTCCAAAACTCGTCCTTCTTCCCTCTAGGCTTAGCTTCAACACGACCGA
ACTTGCTATTAATAATACCAAGTATAGCATTTTTATCTTTTCTATTCTTTGTCTTTGCCT
TGTCTTCAAGAATCGCCCTAAGTTTCTCATATGACCTCGGGTCTGATACTTGCCCGGTTT
TAACCATCATCTTGTGGTAAAAGAATGCTCTTTTGAAGTCTCGGACACGGACAAAAGCGT
AGATCATGGTTGAATATGTGATGGAATCGGGTTTCAAGTTATGAGCAGCCATTTCTTTCA
ACAGCTGCGGCAGTTTCGAATCTTGTCCTCCCCTTGCGTAACCATTCATCAGCATATTGT
AAGTCATAACAGTCGGCTCCAAACCCATTTTACCAAACTCTGAAACAACATCCCTCGCTT
CAATGTAGCGGCCTTGTTTCGCAAACCCATCAAGAAGAGTGTTATACGTCACTCGTGTCC
CTTGTATTTTCTCTCTCAGCATTAGCTTCCAAATCTCCATCAGCTTTCCAACATCACCCG
ACCTTCTGAACGCATCTAGAAGCGATGTGTACATCTCAACCGACGGTTTAATCCCTTCTT
TACACATCTCTTCAAAGGAAGCATAAGCTTTCTCGTGCCACCCGCTAACAGA

QA 3 774 3 774
DS 



AS 1 3

CO CL4397Contig1 907 3 11 U
GATTTCAGAAAGCAAACTTCTTTACAAATAAATGTATTTAACTTCCTCAGGACAATACAA
GAATACAAAAACATACCAAGCTCCATCAGAGCTCTCTTTATTACAGAACAAAATAATAAA
AAAAATCCCTACATCGGAGAGCAACCACCGAGAGAGAGAAATAGGAGAGCTTCCGAAACA
AAGTTCCCAAGTGTCCAATAATTTTTTTTTCCAGTTCCCGATGATACATATGCTAAAGAA
CGATAGAACAACAAAACACACACAGAAAACAAAAGTACCTTCGGGGAAAAATCTTATGGT
GGGTTACACTCTCATTCAGCTCTAGACTGGCCAGCACGCGAGGAGAGGATGATTCCCACA
ATAAGGCCGTAAAGAGCAAGCGCCTCTGCGAAGATAAGGATAAGAATCATCCCGACAAAG
AGCTTAGGCTGCTGAGCATTTGCCCTGACACCGGCATCTCCGACAATACCAATGGCCATA
CCAGCAGAAAGACCAGCGAGACCACAAGCAAGACCGGAGGAGAGATGAGCGTATCCATCG
AAGAGGTAGTAAGACTTAGCCTTGGGGTTAATACCGGTACTGATGATAACAGCAATAATC
AAACCGTAAATACCCAAGACACCAGCCATGACAACGGGGACAATGGACTTCATGACCAAC
TCTGGCCTCATGACTCCCATTGAAGCCACACCAACTCCACTCTTTGCTGTTCCATAAGCA
GCTCCCATACAGGAGAAGACGAGTGCGGCGGCAGCGCCGAGGAAGCCGAAGAAAGGAGCT
GTTTCATCGCCGCTGAAGGTAGACATGTCGAAGGCTTGTGATTTGGATCTGAGATCAGGT
CGATGATTCAAATCTGGCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGAGAGAGAGGTG
TGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F822JQ U 1
AF RR3E705JQ U 211
AF RR3E705TF C 267
BS 1 271 RR3F822JQ
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BS 536 869 RR3E705JQ
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RD RR3F822JQ 535 0 0
GATTTCAGAAAGCAAACTTCTTTACAAATAAATGTATTTAACTTCCTCAGGACAATACAA
GAATACAAAAACATACCAAGCTCCATCAGAGCTCTCTTTATTACAGAACAAAATAATAAA
AAAAATCCCTACATCGGAGAGCAACCACCGAGAGAGAGAAATAGGAGAGCTTCCGAAACA
AAGTTCCCAAGTGTCCAATAATTTTTTTTTCCAGTTCCCGATGATACATATGCTAAAGAA
CGATAGAACAACAAAACACACACAGAAAACAGAAGTACCTTCGGGGAAAAATCTTATGGT
GGGTCACACTCTCATTCAGCTCTAGACTGGCCAGCACGCGAGGAGAGGATGATTCCCACA
ATGAGGCCGTAAAGAGCAAGCGCCTCTGCGAAGATAAGGATAAAAATCATCCCGACAAAG
AGCTTAGGCTGCTGAGCATTTGCCCTGACACCGGCATCTCCGACAATACCAATGGCCATA
CCAGCAGAAAGACCAGCGAGACCACAAGCAAGACCGGAGGAGAGATGAGCGTATC

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3E705JQ 659 0 0
CCAGTTCCCGATGATACATATGCTAAAGAACGATAGAACAACAAAACACACACAGAAAAC
AAAAGTACCTTCGGGGAAAAATCTTATGGTGGGTTACACTCTCATTCAGCTCTAGACTGG
CCAGCACGCGAGGAGAGGATGATTCCCACAATAAGGCCGTAAAGAGCAAGCGCCTCTGCG
AAGATAAGGATAAGAATCATCCCGACAAAGAGCTTAGGCTGCTGAGCATTTGCCCTGACA
CCGGCATCTCCGACAATACCAATGGCCATACCAGCAGAAAGACCAGCGAGACCACAAGCA
AGACCGGAGGAGAGATGAGCGTATCCATCGAAGAGGTAGTAAGACTTAGCCTTGGGGTTA
ATACCGGTACTGATGATAACAGCAATAATCAAACCGTAAATACCCAAGACACCAGCCATG
ACAACGGGGACAATGGACTTCATGACCAACTCTGGCCTCATGACTCCCATTGAAGCCACA
CCAACTCCACTCTTTGCTGTTCCATAAGCAGCTCCCATACAGGAGAAGACGAGTGCGGCG
GCAGCGCCGAGGAAGCCGAAGAAAGGAGCTGTTTCATCGCCGCTGAAGGTAGACATGTCG
AAGGCTTGTGATTTGGATCTGAGATCAGGTCGATGATTCAAATCTGGCGAGAGAGAGAG

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3E705TF 641 0 0
AAACAAAAGTACTTTCGGGGAAAAATCTTATGGTGGGTTACACTCTCATTCAGCTCTAGA
CTGGCCAGCACGCGAGGAGAGGATGATTCCCACAATAAGGCCGTAAAGAGCAAGCGCCTC
TGCGAAGATAAGGATAAGAATCATCCCGACAAAGAGCTTAGGCTGCTGAGCATTTGCCCT
GACACCGGCATCTCCGACAATACCAATGGCCATACCAGCAGAAAGACCAGCGAGACCACA
AGCAAGACCGGAGGAGAGATGAGCGTATCCATCGAAGAGGTAGTAAGACTTAGCCTTGGG
GTTAATACCGGTACTGATGATAACAGCAATAATCAAACCGTAAATACCCAAGACACCAGC
CATGACAACGGGGACAATGGACTTCATGACCAACTCTGGCCTCATGACTCCCATTGAAGC
CACACCAACTCCACTCTTTGCTGTTCCATAAGCAGCTCCCATACAGGAGAAGACGAGTGC
GGCGGCAGCGCCGAGGAAGCCGAAGAAAGGAGCTGTTTCATCGCCGCTGAAGGTAGACAT
GTCGAAGGCTTGTGATTTGGATCTGAGATCAGGTCGATGATTCAAATCTGGCGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGGAGAGAGAGGTGTGGATCC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL4398Contig1 999 2 4 U
CAGTAAAGATTCTATATATTTATATATAAGTTGCATAAATATTCAACAGAAGCTGAAGAC
ACACACACATACAACACAGGCTTTCTGACTATAAAAATCTGCAGTAGTCTAAAATAACAA
GAATAAAAATCAGAAAACTCTTTTCTTTTCTAACGCATTTCATATATATATCCTCATTCA
TCTCTAGAAGTGGAATTTGGTTTGGTTGTTGTCATAGCAAAAACACTATCAATGGAAGCC
ATGAGAAGCACAAGACAAGAATGGTGTTTGGTGAATAGGCGACAGCAGCTAAGGATCTCG
AGAACTGAACTGAACCTGAGTAGGTCCCAGCCGTTGATTCCATGTCTGGTGTTCTCGTCT
GAAGAGTAACATTTTTGCAAGAACCAAAAGCTGCTTCTGGCTGGCAGGCAGCAAGGGTTT
CACAACCGCAAATAACAGGTCCATTCATTCTGTCTAGAACTTCGAAAACGCCTCCTCCAT
CACTTCTCATGTAGAAGTTAACGGCGAGAAAGTTTGGCATTCTATTCCCAGCTGACTTGA
GACAAGTCCCAACCATCTCAGCAAGCGGAGCTGAGTGCTCCTTGCAAGCATCTTTCTCTA
CCGGAAACGTAGGGAAGTAATTCATCAAGAAAAGAGATGAACCTTTTGAATTCAAAGGTT
GTGATTCTTTACTGTTCGGACAAGAACCTCGCTTCACCCCTGGATCTCCAGATTCATTTT
CAACAATGTATCTCCACTGATAAGCAACGCCTTCTTCCTCTTCTTTAGCAGCAACAGAAG
TGAAAACCAAGAGCCTGTGATTCTCTTGCACCATGTCAGTCACAGTAGGCCAGTCTTCTC
CCCTTTTAGGCATTTTGGAAACGGGAAACCAGTACTTGTCCAGACCAGCGTTAGCAAACA
GAGTTGATAAGCCTTTAGGTCTGTGCACATAGTCCTCAATAACGATGGTAACAATCTCCG
TTGGGTTCTGAGTCAAGAATGCCTCAACTTCCCTCAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI94JQ U 1
AF RR3AT36TF C 320
BS 1 670 RR3CI94JQ
BS 671 671 RR3AT36TF
BS 672 768 RR3CI94JQ
BS 769 999 RR3AT36TF

RD RR3CI94JQ 768 0 0
CAGTAAAGATTCTATATATTTATATATAAGTTGCATAAATATTCAACAGAAGCTGAAGAC
ACACACACATACAACACAGGCTTTCTGACTATAAAAATCTGCAGTAGTCTAAAATAACAA
GAATAAAAATCAGAAAACTCTTTTCTTTTCTAACGCATTTCATATATATATCCTCATTCA
TCTCTAGAAGTGGAATTTGGTTTGGTTGTTGTCATAGCAAAAACACTATCAATGGAAGCC
ATGAGAAGCACAAGACAAGAATGGTGTTTGGTGAATAGGCGACAGCAGCTAAGGATCTCG
AGAACTGAACTGAACCTGAGTAGGTCCCAGCCGTTGATTCCATGTCTGGTGTTCTCGTCT
GAAGAGTAACATTTTTGCAAGAACCAAAAGCTGCTTCTGGCTGGCAGGCAGCAAGGGTTT
CACAACCGCAAATAACAGGTCCATTCATTCTGTCTAGAACTTCGAAAACGCCTCCTCCAT
CACTTCTCATGTAGAAGTTAACGGCGAGAAAGTTTGGCATTCTATTCCCAGCTGACTTGA
GACAAGTCCCAACCATCTCAGCAAGCGGAGCTGAGTGCTCCTTGCAAGCATCTTTCTCTA
CCGGAAACGTAGGGAAGTAATTCATCAAGAAAAGAGATGAACCTTTTGAATTCAAAGGTT
GTGATTCTTTTCTGTTCGGACAAGAACCTCGCTTCACCCCTGGATCTCCAGATTCATTTT
CAACAATGTATCTCCACTGATAAGCAACGCCTTCTTCCTCTTCTTTAG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3AT36TF 680 0 0
GTAGGTCCCAGCCGTTGATTCCATGTCTGGTGTTCTCGTCTGAAGAGTAACATTTTTGCA
AGAACCAAAAGCTGCTTCTGGCTGGCAGGCAGCAAGGGTTTCACAACCGCAAATAACAGG
TCCATTCATTCTGTCTAGAACTTCGAAAACGCCTCCTCCATCACTTCTCATGTAGAAGTT
AACGGCGAGAAAGTTTGGCATT*TATTTCCAGCTGACTTGAGACAAGTCCCAACCATCTC
AGCAAGCGGAGCTGAGTGCTCCTTGCAAGCATCTTTCTCTACCGGAAACGTAGGGAAGTA
ATTCATCAAGAAAAGAGATGAACCTTTTGAATTCAAAGGTTGTGATTCTTTACTGTTCGG
ACAAGAACCTCGCTTCACCCCTGGATCTCCAGATTCATTTTCAACAATGTATCTCCACTG
ATAAGCAACGCCTTCTTCCTCTTCTTTAGCAGCAACAGAAGTGAAAACCAAGAGCCTGTG
ATTCTCTTGCACCATGTCAGTCACAGTAGGCCAGTCTTCTCCCCTTTTAGGCATTTTGGA
AACGGGAAACCAGTACTTGTCCAGACCAGCGTTAGCAAACAGAGTTGATAAGCCTTTAGG
TCTGTGCACATAGTCCTCAATAACGATGGTAACAATCTCCGTTGGGTTCTGAGTCAAGAA
TGCCTCAACTTCCCTCAATC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 3

CO CL4399Contig1 949 3 20 U
GGGATAAAGAGAGGTTGGAGCATTTGGTGAAAGCTGGGGCTAATGTTGCGGTGTTGGATA
GCTCGCAGGGGAACTCTATTTACCAGATTGAGATGATTAAATATGTGAAGAATATGTATC
CGGAGTTGGATGTGGTCGGTGGGAACGTGGTGACGATGTACCAGGCAGAGAACTTGATCA
AAGCTGGAGTTGATGGGCTGAGAGTTGGTATGGGGTCTGGGTCTATATGCACTACTCAAG
AGGTTTGTGCTGTTGGACGCGGACAGGCTACTGCTGTGTACGAAGTCTCAACGCTTGCTG
CTCAGCACGGTGTACCTGTTATTGCGGATGGTGGTATCTCAAACTCAGGTCACATTGTGA
AGGCTCTAGTCCTTGGAGCGTCGACTGTGATGATGGGAAGTTTCTTAGCTGGAAGCACTG
AGGCTCCTGGAACTTACGAATATCGAAACGGTAGGAGGGTGAGGAAATACAGAGGCATGG
GTTCATTAGAAGCGATGACAAAAGGAAGCGACCAAAGATACTTAGGGGACACCGCGAAGC
TAAAGATTGCACAAGGAGTGGTGGGAGCGGTGGCGGATAAAGGCTCGGTGTTGAAGTTCA
TACCTTACACAATGCATGCCGTGAAGCAAGGTTTCCAAGATCTGGGTGCTTCCTCTTTGC
AATCCGCTCACGAGCTATTGAGAGAAAAAGTCCTTAGACTAGAGGCTCGTACAGGTGCAG
CACAGATTGAAGGAGGAGTCCATGGACTGGTTTCTTACGAAAAGAAATCATTTTATTTTT
TTCATGAGTGTACTATCTTATGCCACGCTGCACTAGCAGTGTCTGTTTACTACAAGTAAG
GACTTGTCTCGCTTAATATTTGGTGTAATCTTATTATCGGGTATCGTCATGTTCGTGGTT
TCAGTTTTGTATTAAACACACAAAAATAAGAAAGCTGTTTGATGGTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BH67TF U 1
AF RR3BY40JQ C 236
AF RR3BY40TF U 236
BS 1 274 RR3BH67TF
BS 275 275 RR3BY40TF
BS 276 281 RR3BH67TF
BS 282 282 RR3BY40TF
BS 283 322 RR3BH67TF
BS 323 323 RR3BY40TF
BS 324 326 RR3BH67TF
BS 327 327 RR3BY40TF
BS 328 462 RR3BH67TF
BS 463 463 RR3BY40TF
BS 464 734 RR3BH67TF
BS 735 735 RR3BY40TF
BS 736 775 RR3BH67TF
BS 776 776 RR3BY40TF
BS 777 835 RR3BH67TF
BS 836 925 RR3BY40TF
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BS 927 932 RR3BY40TF
BS 933 933 RR3BY40JQ
BS 934 949 RR3BY40TF

RD RR3BH67TF 835 0 0
GGGATAAAGAGAGGTTGGAGCATTTGGTGAAAGCTGGGGCTAATGTTGCGGTGTTGGATA
GCTCGCAGGGGAACTCTATTTACCAGATTGAGATGATTAAATATGTGAAGAATATGTATC
CGGAGTTGGATGTGGTCGGTGGGAACGTGGTGACGATGTACCAGGCAGAGAACTTGATCA
AAGCTGGAGTTGATGGGCTGAGAGTTGGTATGGGGTCTGGGTCTATATGCACTACTCAAG
AGGTTTGTGCTGTTGGACGCGGACAGGCTACTGCAGTGTACAAAGTCTCAACGCTTGCTG
CTCAGCACGGTGTACCTGTTATCGCGTATGGTGGTATCTCAAACTCAGGTCACATTGTGA
AGGCTCTAGTCCTTGGAGCGTCGACTGTGATGATGGGAAGTTTCTTAGCTGGAAGCACTG
AGGCTCCTGGAACTTACGAATATCGAAACGGTAGGAGGGTGAAGAAATACAGAGGCATGG
GTTCATTAGAAGCGATGACAAAAGGAAGCGACCAAAGATACTTAGGGGACACCGCGAAGC
TAAAGATTGCACAAGGAGTGGTGGGAGCGGTGGCGGATAAAGGCTCGGTGTTGAAGTTCA
TACCTTACACAATGCATGCCGTGAAGCAAGGTTTCCAAGATCTGGGTGCTTCCTCTTTGC
AATCCGCTCACGAGCTATTGAGAGAAAAAGTCCTTAGACTAGAGGCTCGTACAGGTGCAG
CACAGATTGAAGGAAGAGTCCATGGACTGGTTTCTTACGAAAAGAAATCATTTTAGTTTT
TTCATGAGTGTACTATCTTATGCCACGCTGCACTAGCAGTGTCTGTTTACTACAA

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR3BY40JQ 714 0 0
G
CAAGAGGTTTGTGCTGTTGGACGCGGACAGGCTACTGCTGTGTACGAAGTCTCAACGCTT
GCTGCTCAGCACGGTGTACCTGTTATTGCGGATGGTGGTATCTCAAACTCAGGTCACATT
GTGAAGGCTCTAGTCCTTGGAGCGTCGACTGTGATGATGGGAAGTTTCTTAGCTGGAAGC
ACTGAGGCTCCTGGAACTTACGAATATCGAAACGGTAGGAGGGTGAGGAAATACAGAGGC
ATGGGTTCATTAGAAGCGATGACAAAAGGAAGCGACCAAAGATACTTAGGGGACACCGCG
AAGCTAAAGATTGCACAAGGAGTGGTGGGAGCGGTGGCGGATAAAGGCTCGGTGTTGAAG
TTCATACCTTACACAATGCATGCCGTGAAGCAAGGTTTCCAAGATCTGGGTGCTTCCTCT
TTGCAATCCGCTCACGAGCTATTGAGAGAAAAAGTCCTTAGACTAGAGGCTCGTACAGGT
GCAGCACAGATTGAAGGAGGAGTCCATGGACTGGTTTCTTACGAAAAGAAATCATTTTAT
TTTTTTCATGAGTGTACTATCTTATGCCACGCTGCACTAGCAGTGTCTGTTTACTACAAG
TAAGGACTTGTCTCGCTTAATATTTGGTGTAATCTTATTATCGGGTATCGTCATGTTCGT
GGTTTCAGTTTTGTATTAAACACACAAAAATAAGAAAGCTGTTTGATGGTTCT

QA 2 714 2 714
DS 

RD RR3BY40TF 714 0 0
G
CAAGAGGTTTGTGCTGTTGGACGCGGACAGGCTACTGCTGTGTACGAAGTCTCAACGCTT
GCTGCTCAGCACGGTGTACCTGTTATTGCGGATGGTGGTATCTCAAACTCAGGTCACATT
GTGAAGGCTCTAGTCCTTGGAGCGTCGACTGTGATGATGGGAAGTTTCTTAGCTGGAAGC
ACTGAGGCTCCTGGAACTTACGAATATCGAAACGGTAGGAGGGTGAGGAAATACAGAGGC
ATGGGTTCATTAGAAGCGATGACAAAAGGAAGCGACCAAAGATACTTAGGGGACACCGCG
AAGCTAAAGATTGCACAAGGAGTGGTGGGAGCGGTGGCGGATAAAGGCTCGGTGTTGAAG
TTCATACCTTACACAATGCATGCCGTGAAGCAAGGTTTCCAAGATCTGGGTGCTTCCTCT
TTGCAATCCGCTCACGAGCTATTGAGAGAAAAAGTCCTTAGACTAGAGGCTCGTACAGGT
GCAGCACAGATTGAAGGAGGAGTCCATGGACTGGTTTCTTACGAAAAGAAATCATTTTAT
TTTTTTCATGAGTGTACTATCTTATGCCACGCTGCACTAGCAGTGTCTGTTTACTACAAG
TAAGGACTTGTCTCGCTTAATATTTGGTGTAATCTTATTATCGGGTATCGTCATGTTCGT
GGTTTCAGTTTTGTATTAAACACACAAAA*TAAGAA*GCTGTTTGATGGTTCT

QA 2 714 2 714
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4401Contig1 734 3 3 U
GGGCATACAACTTCAACGTCATTATTAAAAAAACTAAGATTACAACAGTTTCCAATTAGG
TCACAGATCATACAACAGCAACATTGTTTAAACATCTTGAGAAAGACTTATCTTGAGATG
GAAGATGAAAACTGTCTACAAAGTTTATCCTTAAAAGAAGAATAACACCTAAGAAACATA
AACGAACATGTCCTCTTCCCTCACTTCCACAGCTTCACAAGCTTGTCGTGACTAGCCGAT
GCAACCAATCCCGTTGCAGTTGAGACAGCCAGTGACGCAATTATCCCATCGTGAGCAGTC
AAAGTCATCGTCTTGTTCTGTGACATGTTCCACAGTTCTAAAGACTGATAACAACCGACT
ACGAGTAGAGAAGGGTAAGTAGGATGGAAAACACAAGACTGGAACTTGCTGCCATTGCAG
CTTAGCTCGTGAACACATTCTCCTTCATTACCTGTCCCGAACGTCCAAACTTTCACCTTA
TCTTCACTAACCGTTGCCAAGAAGTCACCAGAAGAATCCCAGCACACCGAGTTTATCGGA
CTAGTATGGCCCTGCAGAGAGTGTCGACAAGCTTGTGTTTCAACATCTAGTACAGATGCA
ACATTAGCTGAAGAAGCAGCGAGATACTTTCCAACACGTGGTTGGAACCTCGTCTGAGTG
CTACCACCCTTGTACACTCTTGAGCAAGTTCCATTGTTGATGCTCCAGTACCTAATCTCG
CCGTCATTGTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3H987JQ U 1
AF RR3F776JQ U 7
AF RR3H987TF C 34
BS 1 701 RR3H987JQ
BS 702 732 RR3F776JQ
BS 733 734 RR3H987TF

RD RR3H987JQ 701 0 0
GGGCATACAACTTCAACGTCATTATTAAAAAAACTAAGATTACAACAGTTTCCAATTAGG
TCACAGATCATACAACAGCAACATTGTTTAAACATCTTGAGAAAGACTTATCTTGAGATG
GAAGATGAAAACTGTCTACAAAGTTTATCCTTAAAAGAAGAATAACACCTAAGAAACATA
AACGAACATGTCCTCTTCCCTCACTTCCACAGCTTCACAAGCTTGTCGTGACTAGCCGAT
GCAACCAATCCCGTTGCAGTTGAGACAGCCAGTGACGCAATTATCCCATCGTGAGCAGTC
AAAGTCATCGTCTTGTTCTGTGACATGTTCCACAGTTCTAAAGACTGATAACAACCGACT
ACGAGTAGAGAAGGGTAAGTAGGATGGAAAACACAAGACTGGAACTTGCTGCCATTGCAG
CTTAGCTCGTGAACACATTCTCCTTCATTACCTGTCCCGAACGTCCAAACTTTCACCTTA
TCTTCACTAACCGTTGCCAAGAAGTCACCAGAAGAATCCCAGCACACCGAGTTTATCGGA
CTAGTATGGCCCTGCAGAGAGTGTCGACAAGCTTGTGTTTCAACATCTAGTACAGATGCA
ACATTAGCTGAAGAAGCAGCGAGATACTTTCCAACACGTGGTTGGAACCTCGTCTGAGTG
CTACCACCCTTGTACACTCTTGAGCAAGTTCCATTGTTGAT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3F776JQ 726 0 0
ACAACTTCAACGTCATTATTAAAAAAACTAAGATTACAACAGTTTCCAATTAGGTCACAG
ATCATACAACAGCAACATTGTTTAAACATCTTGAGAAAGACTTATCTTGAGATGGAAGAT
GAAAACTGTCTACAAAGTTTATCCTTAAAAGAAGAATAACACCTAAGAAACATAAACGAA
CATGTCCTCTTCCCTCACTTCCACAGCTTCACAAGCTTGTCGTGACTAGCCGATGCAACC
AATCCCGTTGCAGTTGAGACAGCCAGTGACGCAATTATCCCATCGTGAGCAGTCAAAGTC
ATCGTCTTGTTCTGTGACATGTTCCACAGTTCTAAAGACTGATAACAACCGACTACGAGT
AGAGAAGGGTAAGTAGGATGGAAAACACAAGACTGGAACTTGCTGCCATTGCAGCTTAGC
TCGTGAACACATTCTCCTTCATTACCTGTCCCGAACGTCCAAACTTTCACCTTATCTTCA
CTAACCGTTGCCAAGAAGTCACCAGAAGAATCCCAGCACACCGAGTTTATCGGACTAGTA
TGGCCCTGCAGAGAGTGTCGACAAGCTTGTGTTTCAACATCTAGTACAGATGCAACATTA
GCTGAAGAAGCAGCGAGATACTTTCCAACACGTGGTTGGAACCTCGTCTGAGTGCTACCA
CCCTTGTACACTCTTGAGCAAGTTCCATTGTTGATGCTCCAGTACCTAATCTCGCCGTCA
TTGTCA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3H987TF 701 0 0
CTAAGATTACAACAGTTTCCAATTAGGTCACAGATCATACAACAGCAACATTGTTTAAAC
ATCTTGAGAAAGACTTATCTTGAGATGGAAGATGAAAACTGTCTACAAAGTTTATCCTTA
AAAGAAGAATAACACCTAAGAAACATAAACGAACATGTCCTCTTCCCTCACTTCCACAGC
TTCACAAGCTTGTCGTGACTAGCCGATGCAACCAATCCCGTTGCAGTTGAGACAGCCAGT
GACGCAATTATCCCATCGTGAGCAGTCAAAGTCATCGTCTTGTTCTGTGACATGTTCCAC
AGTTCTAAAGACTGATAACAACCGACTACGAGTAGAGAAGGGTAAGTAGGATGGAAAACA
CAAGACTGGAACTTGCTGCCATTGCAGCTTAGCTCGTGAACACATTCTCCTTCATTACCT
GTCCCGAACGTCCAAACTTTCACCTTATCTTCACTAACCGTTGCCAAGAAGTCACCAGAA
GAATCCCAGCACACCGAGTTTATCGGACTAGTATGGCCCTGCAGAGAGTGTCGACAAGCT
TGTGTTTCAACATCTAGTACAGATGCAACATTAGCTGAAGAAGCAGCGAGATACTTTCCA
ACACGTGGTTGGAACCTCGTCTGAGTGCTACCACCCTTGTACACTCTTGAGCAAGTTCCA
TTGTTGATGCTCCAGTACCTAATCTCGCCGTCATTGTCACC

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

CO CL4402Contig1 850 2 2 U
GGCCTGGAAAAGTTTTCCATGAGAAAAGAGACAATGTCTGGAGAAGAAACAGATAGGAAA
AATATATCTGCAGCTACTGCAAGATCTCACACAAGAAACACTCAAGGAGGATCTTCTTTT
GACTACTTGAAGACGATTCTCCTGGTGTTGTTCGTCGGAGCTTCGGCATGGGTTTATCAA
TCAATCCAACCACCACCGCCAAAAACCGTCGGCTCTCCCGGAGGGGCCGCCGTGACAGCA
CCGAGGATTAAATTGAGAGACGGAAGACATTTGGCTTACAAGGAGCACGGAGTTCATAGA
GACGAAGCCAAGTTCAAAATCATATACATCCACGGCTTCGATTCTAGTATGCTCGACTCG
CCTTTCCCCTTTTTCTTATCGCCGGCTCTTGTGGAGGAGTTGAGGATATACACTGTGTCT
TTCGACCGTCCTGGTTACGGAGAGAGTGATCATGACCCGAACCGATCACCGAGAAGCATA
GCATTGGATATAGAAGAGCTGGCTGATGGGTTAGGACTAGGACCTAACTTCTATGTCTTT
GGTCTCTCCATGGGTGGTGAAATCACTTGGGCATGTCTTAAGTACATTCCTCACAGGTTA
GCAGGAGCAGCGCTTGTAGCACCAGCGATTAACTACTGGTGGAGAAACTTACCAGGAGAC
ATAACAAGAGAAGCTTTCTCTCTTATGTACCCTGCAGATCAATGGTCACTTCGCGTAGCT
CACTGTGCTCCTTGGCTTACGTATTGGTGGAACACTCAGAAATGGTTCCCAATCTTCAAT
GTGATCGCTGGAAACCCCATCATTTTCTCCCGTCAGACATGGAGTCCTGTCTAAGCTCGG
ATTCATCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D646TF U 1
AF RR3DY68TF U 153
BS 1 600 RR3D646TF
BS 601 850 RR3DY68TF

RD RR3D646TF 600 0 0
GGCCTGGAAAAGTTTTCCATGAGAAAAGAGACAATGTCTGGAGAAGAAACAGATAGGAAA
AATATATCTGCAGCTACTGCAAGATCTCACACAAGAAACACTCAAGGAGGATCTTCTTTT
GACTACTTGAAGACGATTCTCCTGGTGTTGTTCGTCGGAGCTTCGGCATGGGTTTATCAA
TCAATCCAACCACCACCGCCAAAAACCGTCGGCTCTCCCGGAGGGGCCGCCGTGACAGCA
CCGAGGATTAAATTGAGAGACGGAAGACATTTGGCTTACAAGGAGCACGGAGTTCATAGA
GACGAAGCCAAGTTCAAAATCATATACATCCACGGCTTCGATTCTAGTATGCTCGACTCG
CCTTTCCCCTTTTTCTTATCGCCGGCTCTTGTGGAGGAGTTGAGGATATACACTGTGTCT
TTCGACCGTCCTGGTTACGGAGAGAGTGATCATGACCCGAACCGATCACCGAGAAGCATA
GCATTGGATATAGAAGAGCTGGCTGATGGGTTAGGACTAGGACCTAACTTCTATGTCTTT
GGTCTCTCCATGGGTGGTGAAATCACTTGGGCATGTCTTAAGTACATTCCTCACAGGTTA

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3DY68TF 698 0 0
G
GTCGGAGCTTCGGCATGGGTTTATCAATCAATCCAACCACCACCGCCAAAAACCGTCGGC
TCTCCCGGAGGGGCCGCCGTGACAGCACCGAGGATTAAATTGAGAGACGGAAGACATTTG
GCTTACAAGGAGCACGGAGTTCATAGAGACGAAGCCAAGTTCAAAATCATATACATCCAC
GGCTTCGATTCTAGTATGCTCGACTCGCCTTTCCCCTTTTTCTTATCGCCGGCTCTTGTG
GAGGAGTTGAGGATATACACTGTGTCTTTCGACCGTCCTGGTTACGGAGAGAGTGATCAT
GACCCGAACCGATCACCGAGAAGCATAGCATTGGATATAGAAGAGCTGGCTGATGGGTTA
GGACTAGGACCTAACTTCTATGTCTTTGGTCTCTCCATGGGTGGTGAAATCACTTGGGCA
TGTCTTAAGTACATTCCTCACAGGTTAGCAGGAGCAGCGCTTGTAGCACCAGCGATTAAC
TACTGGTGGAGAAACTTACCAGGAGACATAACAAGAGAAGCTTTCTCTCTTATGTACCCT
GCAGATCAATGGTCACTTCGCGTAGCTCACTGTGCTCCTTGGCTTACGTATTGGTGGAAC
ACTCAGAAATGGTTCCCAATCTTCAATGTGATCGCTGGAAACCCCATCATTTTCTCCCGT
CAGACATGGAGTCCTGTCTAAGCTCGGATTCATCAGT

QA 2 698 2 698
DS 



AS 1 3

CO CL4403Contig1 789 3 3 U
CGGAACAAAGGATATATAGGCTCCTATATTGGTGTTATCAGATTTGTATGTATGGGCAAA
CCTATACTTAGACACACGATAGAAAAGAAACAATACATAGTTGGAAATCACTATATTAAT
AACACACATTTCAGTGATCATCTTATGTTTTATTTAATCCTCTGATCTCTGTCCAAAAGA
ACCTTAACAACCTTCTCAAAATTCACAACCGAGGAACCACGGTCATGCTCAGTGGCTGCC
TCCGCCAAGCGCCGCCATTAGTTGGCCTTCTCTCTCATTTTCTTTCCCTTTTCACCATCC
ATCAACTCTGTAATCACCCTCTCAATCTCCTCTCTCCTCACATCTCCCCCAATCTGCATC
CCCACCTCCCACTCATCACAACAGTACTTACAATTCGTTTGCTGGTCGGCAAAGAACGGC
CAACATATCATCGGTACACCGCCACATAGACTCTCTACCATCGAATTCCACCCGCAATGC
GTCAAGAAACCTCCTATTGCCGGGTGGTTAATAACTTTCTCCTGAGGACACCAACCCGCC
AACATCCTCCGGGGTGCCGTCTCCGTCAAAAACTCTGGCGGAACCATGGCCTCCTCTCCA
GCTACTAAGTCTGGACGGATCACCCATAAATACTCCTTCCCACTTCCCGCCAACCCCCAT
GCAAACTCAGCAAGCTGCTTGGCAGTTATAACCGTTATGCTCCCAAAGTTAACATAAACA
ACGCTTTTTGGAGCCTTAGTATCGAGCCAGTCCAAACATTCTATCTCTCTTTCCATAGTC
GATCCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN75JQ U 419
AF RR3GD35JQ U 54
AF RR3D358JQ U 1
BS 1 259 RR3D358JQ
BS 260 260 RR3GD35JQ
BS 261 789 RR3D358JQ

RD RR3FN75JQ 139 0 0
GCCAACATATCATCGGTACACCGCCACATAGACTCTCTACCATCGAGTTCCACCCACAAT
GCGTCAAGAAACCTCCTATTGCCGGGTGGTTAATAACTTTCTCCTGAGGACACCAACCCG
CCAACATCCTCCGGG
ATGC

QA 1 135 1 135
DS 

RD RR3GD35JQ 503 0 0
GGGCAAACCTATACTTAGACACACGATAGAAAAGAAACAATACATAGTTGGAAATCACTA
TATTAATAACACACATTTCAGTGATCATCTTATGTTTTATTTAATCCTCTGATCTCTGTC
CAAAAGAACCTTAACAACCTTCTCAAAATTCACAACCGAGGAACCACGGTCATGCTCAGT
GGCTGCCTCCGCCGAGCGCCGCCATTAGTTGGCCTTCTCTCTCATTTTCTTTCCCTTTTC
ACCATCCATCAACTCTGTAATCACCCTCTCAATCTCCTCTCTCCTCACATCTCCCCCAAT
CTGCATCCCCACCTCCCACTCATCACAACAGTACTTACAATTCGTTTGCTGGTCGGCAAA
GAACGGCCAACATATCATCGGTACACCGCCACATAGACTCTCTACCATCGAATTCCACCC
GCAATGCGTCAAGAAACCTCCTATTGCCGGGGGGTTAATAACTTTCTCCTGAGGACACCA
ACCCGCCAACATCCTCCGGG
GTG

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR3D358JQ 789 0 0
CGGAACAAAGGATATATAGGCTCCTATATTGGTGTTATCAGATTTGTATGTATGGGCAAA
CCTATACTTAGACACACGATAGAAAAGAAACAATACATAGTTGGAAATCACTATATTAAT
AACACACATTTCAGTGATCATCTTATGTTTTATTTAATCCTCTGATCTCTGTCCAAAAGA
ACCTTAACAACCTTCTCAAAATTCACAACCGAGGAACCACGGTCATGCTCAGTGGCTGCC
TCCGCCAAGCGCCGCCATTCGTTGGCCTTCTCTCTCATTTTCTTTCCCTTTTCACCATCC
ATCAACTCTGTAATCACCCTCTCAATCTCCTCTCTCCTCACATCTCCCCCAATCTGCATC
CCCACCTCCCACTCATCACAACAGTACTTACAATTCGTTTGCTGGTCGGCAAAGAACGGC
CAACATATCATCGGTACACCGCCACATAGACTCTCTACCATCGAATTCCACCCGCAATGC
GTCAAGAAACCTCCTATTGCCGGGTGGTTAATAACTTTCTCCTGAGGACACCAACCCGCC
AACATCCTCCGGGGTGCCGTCTCCGTCAAAAACTCTGGCGGAACCATGGCCTCCTCTCCA
GCTACTAAGTCTGGACGGATCACCCATAAATACTCCTTCCCACTTCCCGCCAACCCCCAT
GCAAACTCAGCAAGCTGCTTGGCAGTTATAACCGTTATGCTCCCAAAGTTAACATAAACA
ACGCTTTTTGGAGCCTTAGTATCGAGCCAGTCCAAACATTCTATCTCTCTTTCCATAGTC
GATCCCATC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 3

CO CL4404Contig1 1102 3 12 U
AGGAAAAAGCTTGAATATCATTTAAACCAAAATCAATGTGTTTGGTTGTGGCCAAAAGGC
AACATCAAAAATGATTGTCTTGTGTGTAAACCTTATTAAATGAAAAGCAATATAACATAG
TTTTCAAAGTTCCAGCCGTCTCTTCAAAAGCTAAAAAGGCTCTCAGTTCTTCTCCACAAC
TTCAATGAGGGGGGGCTCGTAATCAGCGGGAGCCACAAATCCATGGAGGTTCATCACGGT
AGCAGCTACATTCCCAAGTCCTGGCGTCTCCAAATCCTTACGGAATCTCACTCCTTCAAA
CAATCCTGGACCTCCAATGGCAATAGGCACTGGCTTGAGGGTGTGGGAGGTTAGAATCTG
AAGGTTCCCTT*CTTTGTCCAAAGCAGGCTTCCCAGCCTTGTCCCTCTTAACCATGTCCT
CTGCGTTTCCGTGATCAGCAGTTACAACGTAAATACCTTTCACTTGTTCAATTGCATCTA
GGATCATCTTGACAGCAACATCAGCAGCCCCGCAAGCAACAACCGTGGCTTCAATGTCAC
CTGTATGTCCAACCATATCACTGTTTGGCAAGTTAACTCGCACCTGATCAAACTTGCCAC
TTAGAATTGCGTCCCTTGCCTTCTCAGCAATCTCCAAAGCCTTCATCTTTGGCTTGACAT
TGAACGAGATTCCACTGTCACTTGGGATTTCAACATACTGCTCCAGTTTCTCGTTAAAAT
ATCCAGATCGGTTTCCATTCCAGAAGAATGTCACATGCCCAAACTTGACGGTCTCACTGC
AAGCAAAAGTACTGACGCCATTGTGAGTCAAATATTCACCAGAGGTTCTATCAATCTCCG
GGGGAGAAACAAGGTAACGGCTCGGAAGCTTTAGCTCTCCATCATACTCAAGCATACCAG
CGTAACGGATCTTAGGGAACCTCACACGGTCAAACTTGTCAAAGTCCCCATACTCAAGCG
CCTTGGCGTGCATCACCATACGGTCAGCCCTGAAGTTGAAGGTGACAACCGCATCACCAT
CCAAGATCGGACCAACAGCTTTCCCTGCCTCATCGACAATCACAAACGGAGGCAAGTACT
GGTCGTTAGCGCCAGGCTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AN29JQ U 168
AF RR3CA54JQ U 1
AF RR3AN29TF C 344
BS 1 191 RR3CA54JQ
BS 192 192 RR3AN29JQ
BS 193 201 RR3CA54JQ
BS 202 202 RR3AN29JQ
BS 203 210 RR3CA54JQ
BS 211 211 RR3AN29JQ
BS 212 253 RR3CA54JQ
BS 254 254 RR3AN29JQ
BS 255 272 RR3CA54JQ
BS 273 273 RR3AN29JQ
BS 274 601 RR3CA54JQ
BS 602 1102 RR3AN29TF

RD RR3AN29JQ 267 0 0
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GGTTCATCACGGTAGCAGCTACATTCCCAAGTCCTGGTGTCTCCAAATCCTTACGGAATC
TCACTCCTTCAAACAATCCTGGACCTCCAATGGCAATAGGCACTGGCTTGAGGGTGTGGG
AGGTTAAAATCTGAAGGTTCCCTT*CTTTGTCCAAAGCAGGCTTCCCAGCCTTGTCCCTC
TTAACCATGTCCTCTGCGTTTCCGTGA

QA 1 267 1 267
DS 

RD RR3CA54JQ 601 0 0
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AACATCAAAAATGATTGTCTTGTGTGTAAACCTTATTAAATGAAAAGCAATATAACATAG
TTTTCAAAGTTCCAGCCGTCTCTTCAAAAGCTAAAAAGGCTCTCAGTTCTTCTCCACAAC
TTCAATGAGGGTGGGCTCGTAGTCAGCGGGGGCCACAAATCCATGGAGGTTCATCACGGT
AGCAGCTACATTCGCAAGTCCTGGCGTCTCCAGATCCTTACGGAATCTCACTCCTTCAAA
CAATCCTGGACCTCCAATGGCAATAGGCACTGGCTTGAGGGTGTGGGAGGTTAGAATCTG
AAGGTTCCCTT*CTTTGTCCAAAGCAGGCTTCCCAGCCTTGTCCCTCTTAACCATGTCCT
CTGCGTTTCCGTGATCAGCAGTTACAACGTAAATACCTTTCACTTGTTCAATTGCATCTA
GGATCATCTTGACAGCAACATCAGCAGCCCCGCAAGCAACAACCGTGGCTTCAATGTCAC
CTGTATGTCCAACCATATCACTGTTTGGCAAGTTAACTCGCACCTGATCAAACTTGCCAC
T

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3AN29TF 759 0 0
TGGGAGGTTAGAATCTGAAGGTTTCCTTTCTTTGTCCAAAGCAGGCTTCCCAGCCTTGTC
CCTCTTAACCATGTCCTCTGCGTTTCCGTGATCAGCAGTTACAACGTAAATACCTTTCAC
TTGTTCAATTGCATCTAGGATCATCTTGACAGCAACATCAGCAGCCTCGCAAGCAACAAC
CGTGGCTTCAATGTCACCTGTATGTCCAACCATATCACTGTTTGGCAAGTTAACTCGCAC
CTGATCAAACTTGCCACTTAGAATTGCGTCCCTTGCCTTCTCAGCAATCTCCAAAGCCTT
CATCTTTGGCTTGACATTGAACGAGATTCCACTGTCACTTGGGATTTCAACATACTGCTC
CAGTTTCTCGTTAAAATATCCAGATCGGTTTCCATTCCAGAAGAATGTCACATGCCCAAA
CTTGACGGTCTCACTGCAAGCAAAAGTACTGACGCCATTGTGAGTCAAATATTCACCAGA
GGTTCTATCAATCTCCGGGGGAGAAACAAGGTAACGGCTCGGAAGCTTTAGCTCTCCATC
ATACTCAAGCATACCAGCGTAACGGATCTTAGGGAACCTCACACGGTCAAACTTGTCAAA
GTCCCCATACTCAAGCGCCTTGGCGTGCATCACCATACGGTCAGCCCTGAAGTTGAAGGT
GACAACCGCATCACCATCCAAGATCGGACCAACAGCTTTCCCTGCCTCATCGACAATCAC
AAACGGAGGCAAGTACTGGTCGTTAGCGCCAGGCTCCCC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL4405Contig1 968 2 6 U
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AAAATTTGAAGAACCTCTCAGGTGAAGTTATCCAATATATGCGGAAGCTACTTGTTTTGG
ATCTATCAAGTAATAGCAGCATCAAGGGGCTTCCAGAGCAGATATCGGAGCTGACCTCAT
TGCAGTATCTTGACTTGTCCTACACAAGTATAGAGCAACTGCCTGTTGGTTTTCAAGAGT
TGAAAAAGCTAACTCACCTGAATTTGACTCATACCCGGAGACTTTTTAGTGTCAGTGGGA
TATCGAAGTTGTCCAGTTTAAGAAGTTTGAAACTATATGGTTCTAACGTTCGAGTGGATG
TTAACTTAGTGAAGGAGCTGCAGCTTTTGGAGCATCTACAAGTTCTAACCATAGATGTAT
CTACAAAGTTGGGTTTGAAGCAAATATCAGGAGATCGAAGGTTGGTGAACTGCATCTATC
GTCTGAGTACTCTCAATTTTCAAGAAAAGCCATTCAATCTGTCGTTGCCGGTGAGCATGA
AGAATCTTCGAGAGTTCTGTTTAGCTAATATTCACGTCTCTGATATGAAGTGGGATGGTA
GTGAGATAGACTCGTCTGATTTACTCAATCCAACACTTCCATGCTTTACCAACCTCTCCA
AGGTATATATATATGACTGCAAAAGCATCAAGGATCTGACTTGGCTATTGTTTGCTCCAA
AACTTGTCAGTCTAAGCATTGGTTCTTTAGGTAAACTAGAAGAGATTATAAACAAAGAGA
AAGCAACGAAGCTTACAGGTGATTCAGTACCCTTTAAGAAACTAGAAGAGTTAAATTTGG
GCAAGTTGCCTAGACTGGAGAGTATCTACTGGAGTCCACTTCCCTTTCCACTTTTGAGGC
GAATAGAGATAAGAAACTTGTCCTAATTCAATTTCTTTTACTTTCAGAATAAACTTTTTC
TAGTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D572TF U 1
AF RR3HB40TF U 283
BS 1 662 RR3D572TF
BS 663 663 RR3HB40TF
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BS 684 684 RR3HB40TF
BS 685 717 RR3D572TF
BS 718 968 RR3HB40TF

RD RR3D572TF 717 0 0
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AAAATTTGAAGAACCTCTCAGGTGAAGTTATCCAATATATGCGGAAGCTACTTGTTTTGG
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TGCAGTATCTTGACTTGTCCTACACAAGTATAGAGCAACTGCCTGTTGGTTTTCAAGAGT
TGAAAAAGCTAACTCACCTGAATTTGACTCATACCCGGAGACTTTTTAGTGTCAGTGGGA
TATCGAAGTTGTCCAGTTTAAGAAGTTTGAAACTATATGGTTCTAACGTTCGAGTGGATG
TTAACTTAGTGAAGGAGCTGCAGCTTTTGGAGCATCTACAAGTTCTAACCATAGATGTAT
CTACAAAGTTGGGTTTGAAGCAAATATCAGGAGATCGAAGGTTGGTGAACTGCATCTATC
GTCTGAGTACTCTCAATTTTCAAGAAAAGCCATTCAATCTGTCGTTGCCGGTGAGCATGA
AGAATCTTCGAGAGTTCTGTTTAGCTAATATTCACGTCTCTGATATGAAGTGGGATGGTA
GTGAGATAGACTCGTCTGATTTACTCAATCCAACACTTCCATGCTTTACCAACCTCTCCA
AG*TATATATATATGACTGCAAA*GCATCAAGGATCTGACTTGGCTATTGTTTGCTC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3HB40TF 686 0 0
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GCTTTACCAACCTCTCCAAGGTATATATATATGACTGCAAAAGCATCAAGGATCTGACTT
GGCTATTGTTTGCTCCAAAACTTGTCAGTCTAAGCATTGGTTCTTTAGGTAAACTAGAAG
AGATTATAAACAAAGAGAAAGCAACGAAGCTTACAGGTGATTCAGTACCCTTTAAGAAAC
TAGAAGAGTTAAATTTGGGCAAGTTGCCTAGACTGGAGAGTATCTACTGGAGTCCACTTC
CCTTTCCACTTTTGAGGCGAATAGAGATAAGAAACTTGTCCTAATTCAATTTCTTTTACT
TTCAGAATAAACTTTTTCTAGTTCTT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 3

CO CL4406Contig1 1405 3 9 U
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GAGTAAAAAAAATCTCCTACTTACTAACTTGGATGATTTCTTGAAGCTTCTGAAGAAAAA
ATACCCTTTTATCCGTATCATCATCCATATCATCGCTGTAACGTCCTTGCTCTTACTCTT
CATCAGCGTCTTGGCGTTTCTTCTGCATCTTTTTGCGGTTCACGTGTTGATTGCTTCTGC
TTCTGGGTCTATCCTTGTTCGTTTAACAGTTTTAAGGTTGTCCCGGCTTTGAGGTTTTCT
CTGATAAACAAAACACAAAGCAAGAAACAGAGTCTTTCTTTGTCTTCTTCTTGCGCATAC
GAATATATTCGAGAAAGTTAATCTTGAAAGAAGTTAAGTTTGAGAGGAAGAACTAAACCC
CATTCACACCACATAAGACCGAGGACTAAAAGACAATCATGGACGTCAAGTCTTACCAGA
ATCAGGCAGAGGGTTTTGTTAAGCGCTATCTGTTAGCAGATCCATGTCTTCCTTATACTT
CTGTTCTTTCTGGAATCTTTCTCTGCAAAATGGTCTATGATCTTACGGATTCATTCAGCT
CAGTTCACATCAAATCATACTCAGCTCTCACAAAAATGAAGAGAATTGAATGGAACAACA
GGGGAATTTCTACAGTTCATGCGGTATTTATATCATTCATGGCACTCTACTTTGTTTTCT
TCTCTGATTTGTTTTCTGACCAAACAAGTCTTCAAGGCCTTATGGTGTTTCGTAGCTCGC
CTCTATCTAACTTTGGTTTAGGAGTATCAGTTGGTTACTTTCTTGCTGATCTTGGAATGA
TCATTTGGCTTTACCCTTCTTTAGGGGGATTAGAATATATTTTCCATCACAGCTTATCTG
GTGTAGCAGTAGCGTATTCTCTGTTCTCAGGAGAGGCTCAGATTTACACATACATGGTTC
TAATCTCTGAAGTGACTACACCATCTATCAATCTTAGATGGTTCCTTGACACTGCTGGTT
TGAAGCGGTCTAAAGCTTATCTTATTAATGGAGTTGCTATTTTATTGGCTTGGATGACGG
CAAGAATACTTCTGTTCATCTACATGTTTTACCATGTCTACATACACTATGATCAGGTGG
TAGAGATGCATACTTTCGGTTATCTGCTGGTATTTGTAGTACCGATTGCGTTGAGTGTAA
TGAACTTGATGTGGTTTGGTAAGATAGTGAAGGGACTGAAGAAAACTCTTGGGAAAAGAC
AGTGAAGACTCTTTTGTTGAATGTAAATATAAAGAAGCTCTTATGAAGAAAATGTTTAGC
TTCATAAGCAAAGGGTTTTTTATTATGTAATTTGCCCATACAAACAAACTAAACTTCTGG
TATAAGATTATCACTAGACCAAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H877TF U 1
AF RR3H220TF U 320
AF RR3H220JQ C 596
BS 1 613 RR3H877TF
BS 614 614 RR3H220TF
BS 615 635 RR3H877TF
BS 636 636 RR3H220TF
BS 637 649 RR3H877TF
BS 650 1023 RR3H220TF
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BS 1025 1043 RR3H220TF
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RD RR3H877TF 656 0 0
TTTTTAAGATAACTACTTGTGAATTTTTCGGTTACAGCACCTCTTGCGATTCAAGTAATT
GAGTAAAAAAAATCTCCTACTTACTAACTTGGATGATTTCTTGAAGCTTCTGAAGAAAAA
ATACCCTTTTATCCGTATCATCATCCATATCATCGCTGTAACGTCCTTGCTCTTACTCTT
CATCAGCGTCTTGGCGTTTCTTCTGCATCTTTTTGCGGTTCACGTGTTGATTGCTTCTGC
TTCTGGGTCTATCCTTGTTCGTTTAACAGTTTTAAGGTTGTCCCGGCTTTGAGGTTTTCT
CTGATAAACAAAACACAAAGCAAGAAACAGAGTCTTTCTTTGTCTTCTTCTTGCGCATAC
GAATATATTCGAGAAAGTTAATCTTGAAAGAAGTTAAGTTTGAGAGGAAGAACTAAACCC
CATTCACACCACATAAGACCGAGGACTAAAAGACAATCATGGACGTCAAGTCTTACCAGA
ATCAGGCAGAGGGTTTTGTTAAGCGCTATCTGTTAGCAGATCCATGTCTTCCTTATACTT
CTGTTCTTTCTGGAATCTTTCTCTGCAAAATGGTCTATGATCTTACGGATTCATTCAGCT
CAGTTCACATCAAGTCATACTCAGCTCTCACAAAA*TGAAGAGAATTGA
TGGAACA

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3H220TF 724 0 0
GCAAGAAACAGAGTCTTTCTTTGTCTTCTTCTTGCGCATACGAATATATTCGAGAAAGTT
AATCTTGAAAGAAGTTAAGTTTGAGAGGAAGAACTAAACCCCATTCACACCACATAAGAC
CGAGGACTAAAAGACAATCATGGACGTCAAGTCTTACCAGAATCAGGCAGAGGGTTTTGT
TAAGCGCTATCTGTTAGCAGATCCATGTCTTCCTTATACTTCTGTTCTTTCTGGAATCTT
TCTCTGCAAAATGGTCTATGATCTTACGGATTCATTCAGCTCAGTTCACATCAAATCATA
CTCAGCTCTCACAAAAATGAAGAGAATTGAATGGAACAACAGGGGAATTTCTACAGTTCA
TGCGGTATTTATATCATTCATGGCACTCTACTTTGTTTTCTTCTCTGATTTGTTTTCTGA
CCAAACAAGTCTTCAAGGCCTTATGGTGTTTCGTAGCTCGCCTCTATCTAACTTTGGTTT
AGGAGTATCAGTTGGTTACTTTCTTGCTGATCTTGGAATGATCATTTGGCTTTACCCTTC
TTTAGGGGGATTAGAATATATTTTCCATCACAGCTTATCTGGTGTAGCAGTAGCGTATTC
TCTGTTCTCAGGAGAGGCTCAGATTTACACATACATGGTTCTAATCTCTGAAGTGACTAC
ACCATCTATCAATCTTAGATGGTTCCTTGACACTGCTGGTTTGA*GCGGTCTAAAGCTTA
TCTT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3H220JQ 810 0 0
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CAACAGGGGAATTTCTACAGTTCATGCGGTATTTATATCATTCATGGCACTCTACTTTGT
TTTCTTCTCTGATTTGTTTTCTGACCAAACAAGTCTTCAAGGCCTTATGGTGTTTCGTAG
CTCGCCTCTATCTAACTTTGGTTTAGGAGTATCAGTTGGTTACTTTCTTGCTGATCTTGG
AATGATCATTTGGCTTTACCCTTCTTTAGGGGGATTAGAATATATTTTCCATCACAGCTT
ATCTGGTGTAGCAGTAGCGTATTCTCTGTTCTCAGGAGAGGCTCAGATTTACACATACAT
GGTTCTAATCTCTGAAGTGACTACACCATCTATCAATCTTAGATGGTTCCTTGACACTGC
TGGTTTGAAGCGGTCTAAAGCTTATCTTATTAATGGAGTTGCTATTTTATTGGCTTGGAT
GACGGCAAGAATACTTCTGTTCATCTACATGTTTTACCATGTCTACATACACTATGATCA
GGTGGTAGAGATGCATACTTTCGGTTATCTGCTGGTATTTGTAGTACCGATTGCGTTGAG
TGTAATGAACTTGATGTGGTTTGGTAAGATAGTGAAGGGACTGAAGAAAACTCTTGGGAA
AAGACAGTGAAGACTCTTTTGTTGAATGTAAATATAAAGAAGCTCTTATGAAGAAAATGT
TTAGCTTCATAAGCAAAGGGTTTTTTATTATGTAATTTGCCCATACAAACAAACTAAACT
TCTGGTATAAGATTATCACTAGACCAAGCG

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 3

CO CL4407Contig1 764 3 26 U
GGGAGGCTTCGCGGAGAGAATCGATCTATGCATCGATGTAGCGAGCGGGATCGATTACCT
TCATTCTGGATTCGGATTCCCGATCGTTCATTGCGATCTGAAGCCGGCGAATATACTCCT
CGACGAAGATCGAGTTGCGCACGTCAGCGATTTCGGGACTGCGAGGATTCTAGGGTTACG
TGAAGATGGAAGCGTCACTGCTTCTACATCAGCTTTCGAAGGGACGATCGGGTACTTAGC
TCCAGAGTTTGCTTATATGAGGAGAGTGACGATGAAGGTTGACGTGTTCAGCTTCGGGAT
TGTGATGATGGAGCTGATGACGAAACGGAGACCGACTTCGGTGGTCGATGGAGAATCACA
AGGTGTGAGTAGTCTGCGTGAATTGGTGGAGGAAGCGATTGGAGATGGATTGGAAGGGAT
GGTTAATGCTCTTGATTCAGAGATTTGGTCTTCTATCATTTCTCGGAAGCAGGAAGAGGC
TGTTGAAGATTTGTTGAAGCTTTGTTTGTACTGTACAAGCTCTAGACCTGAGGATAGGCC
CGATATGAATGAGGTTCTTACGCACTTGATGAAACTCAGAGGAAAGACGATAGCAGTTGT
TCCAGAAGTGTAGCTGCAAGCAAGCTAAAGAATATCAAACTGTTTCTTTTTTTTTCCTCT
GTCAATTGTAAAAAAGCTAATGGACTACGGGCCCATATGTTTTAGGCCCAATAAGTGAAT
GTGTTCAGTAGGCCCAAATTTATATATCTCGTAAGGTTTCTGAG


BQ
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AF RR3G994TF U 161
AF RR3B877JQ C 1
AF RR3B877TF U 1
BS 1 160 RR3B877TF
BS 161 198 RR3G994TF
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RD RR3G994TF 304 0 0
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GTGGTCGATGAAGAATCAAAAGGGGTGAGTAGTCTGCGTGAATTGGTGGAGGAAGCGATT
GGAGATGGATTGGAAGGGATGGTTAATGCTCTTGATTCAGAGATTTGGTCTTCTATCGTT
TCTC

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR3B877JQ 764 0 0
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TGAAGATGGAAGCGTCACTGCTTCTACATCAGCTTTCGAAGGGACGATCGGGTACTTAGC
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AGGTGTGAGTAGTCTGCGTGAATTGGTGGAGGAAGCGATTGGAGATGGATTGGAAGGGAT
GGTTAATGCTCTTGATTCAGAGATTTGGTCTTCTATCATTTCTCGGAAGCAGGAAGAGGC
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GTCAATTGTAAAAAAGCTAATGGACTACGGGCCCATATGTTTTAGGCCCAATAAGTGAAT
GTGTTCAGTAGGCCCAAATTTATATATCTCGTAAGGTTTCTGAG

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3B877TF 750 0 0
GGGAGGCTTCGCGGAGAGAATCGATCTATGCATCGATGTAGCGAGCGGGATCGATTACCT
TCATTCTGGATTCGGATTCCCGATCGTTCATTGCGATCTGAAGCCGGCGAATATACTCCT
CGACGAAGATCGAGTTGCGCACGTCAGCGATTTCGGGACTGCGAGGATTCTAGGGTTACG
TGAAGATGGAAGCGTCACTGCTTCTACATCAGCTTTCGAAGGGACGATCGGGTACTTAGC
TCCAGAGTTTGCTTATATGAGGAGAGTGACGATGAAGGTTGACGTGTTCAGCTTCGGGAT
TGTGATGATGGAGCTGATGACGAAACGGAGACCGACTTCGGTGGTCGATGGAGAATCACA
AGGTGTGAGTAGTCTGCGTGAATTGGTGGAGGAAGCGATTGGAGATGGATTGGAAGGGAT
GGTTAATGCTCTTGATTCAGAGATTTGGTCTTCTATCATTTCTCGGAAGCAGGAAGAGGC
TGTTGAAGATTTGTTGAAGCTTTGTTTGTACTGTACAAGCTCTAGACCTGAGGATAGGCC
CGATATGAATGAGGTTCTTACGCACTTGATGAAACTCAGAGGAAAGACGATAGCAGTTGT
TCCAGAAGTGTAGCTGCAAGCAAGCTAAAGAATATCAAACTGTTTCTTTTTTTTTCCTCT
GTCAATTGTAAAAAAGCTAATGGACTACGGGCCCATATGTTTTAG*CCCAATAAGTGAAT
GTGTTCAGTAG*CCCAAATTTATATATCTC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 3

CO CL4408Contig1 785 3 4 U
GGATATACATATATAGAGAGAGAGAAAAGATCAAAAACATCGAACCATGGAGAAATCAAC
GAGAACCCTAATGATCATAACCATCGTGATAACATCCATGTTGGTAGGGTTTGGAAGCTC
AGATCTGGATCAAGACAGAGGAGAGTGTACGGACCAGTTGATAGCACTCTCACCGTGTCT
CCCATACGTGGGAGGAAACGCAAAGGCTCCAACAAAAGATTGTTGTGGAGGTTTTGATCA
GGTGATAACAAAGAGTGAGAAGTGTGTTTGCATTTTGGTCAAAGACAAAGATGATCCTAA
TCTTGGCCTAAAGTTTAACGCAACACTAGCCGCTCATATTCCCACCCTTTGTCATATTAC
GGCTCCTAACATCACCAAGTGTATTTCGCTTCTGCATTTATCTCCAAACTCGACATTGGC
TAAAGAGTTCGAGAGTTTGGGAATGATTGAATATGAAGGAAAGACCAACTCCACATCTCC
TTCCCCACATGTTAAAGATGGGACAGGAGGAGGAAAAGCTGAACAAGTAAAGAGTACTGG
AGAGAAGAAGAGTTGGTTGGCTGTTGAGCTTTTAATGTTGGCTCTGTTCTCTCATCTTCT
TTTCATTATCTCTTCTCCAGTATCTTC***CTTTATTTAATGTTCTTTTGCTTTGAATAT
GCTATATTAGTTTTATAATGTTCTCAGTTACATCTAAATTTATATATGCATGTGCATGCA
TATGATTATGTATGCATGAGAGTGCAAACTTGTAATATTTAATCGGTATTGTAATTTTAA
TAACG


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3DB51TF U 1
AF RR3CS05TF U 3
AF RR3DB51JQ C 72
BS 1 15 RR3DB51TF
BS 16 16 RR3CS05TF
BS 17 754 RR3DB51TF
BS 755 785 RR3DB51JQ

RD RR3DB51TF 761 0 0
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GAGAACCCTAATGATCATAACCATCGTGATAACATCCATGTTGGTAGGGTTTGGAAGCTC
AGATCTGGATCAAGACAGAGGAGAGTGTACGGACCAGTTGATAGCACTCTCACCGTGTCT
CCCATACGTGGGAGGAAACGCAAAGGCTCCAACAAAAGATTGTTGTGGAGGTTTTGATCA
GGTGATAACAAAGAGTGAGAAGTGTGTTTGCATTTTGGTCAAAGACAAAGATGATCCTAA
TCTTGGCCTAAAGTTTAACGCAACACTAGCCGCTCATATTCCCACCCTTTGTCATATTAC
GGCTCCTAACATCACCAAGTGTATTTCGCTTCTGCATTTATCTCCAAACTCGACATTGGC
TAAAGAGTTCGAGAGTTTGGGAATGATTGAATATGAAGGAAAGACCAACTCCACATCTCC
TTCCCCACATGTTAAAGATGGGACAGGAGGAGGAAAAGCTGAACAAGTAAAGAGTACTGG
AGAGAAGAAGAGTTGGTTGGCTGTTGAGCTTTTAATGTTGGCTCTGTTCTCTCATCTTCT
TTTCATTATCTCTTCTCCAGTATCTTC***CTTTATTTAATGTTCTTTTGCTTTGAATAT
GCTATATTAGTTTTATAATGTTCTCAGTTACATCTAAATTTATATATGCATGTGCATGCA
TATGATTATGTATGCATGAGAGTGCAAACTTGTA
TATTTAA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3CS05TF 750 0 0
GG
ATACATATATAGAGAGAGAGAAAAGATCAAAAACATCGAACCATGGAGAAATCAACGAGA
ACCCTAATGATCATAACCATCGTGATAACATCCATGTTGGTAGGGTTTGGAAGCTCAGAT
CTGGATCAAGACAGGGAAGAGTGTACGGACCAGTTGATAGCACTCTCACCGTGTCTCCCA
TACGTGGGAGGAAACGCAAAGGCTCCAACAAAAGATTGTTGTGGAGGATTTGATCAGGTG
ATAACAAAGAGTGAGAAGTGTGTTTGCATTTTGGTCAAAGACAAAGATGATCC**ATCTT
GGCCTAAAGTTTAACGCAACACTAGCCGTTCATATTCCCACCCTTTGTCATATTACGGCT
CCTAACATCACCAAGTGTATTTCGCTTCTACATTTATCTCCAAACTCAACATTGGCTAAA
GAGTTCGAGAGTTTGGGAAGGATTGAATATGAAGGAAAGACCAACTCCACATCTCCTTCC
CCACATGTTAAAGATGGGACAGGAGGAGGAAAAGCTGAACAAGTAAAGAGTACTGGAGAG
AAGAAGAGTTGGTTGGCTGTTGAGCTTTTAATATTGGCTCTGTTCTCTCATCTTCTTTTC
ATTATCTCTTCCCCAGTATCTTCCTCCTTTATTTAATGTTCTTTTGCTTTGAATATGCTA
TAT*AGTTTTATAATGTTCTCAGTTACATCTAAATTTATATATGCATGTGCATGCAAATG
ATTATGTATGCATGAGAGTGCAAACTTG

QA 3 750 3 750
DS 

RD RR3DB51JQ 714 0 0
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AAGACAGAGGAGAGTGTACGGACCAGTTGATAGCACTCTCACCGTGTCTCCCATACGTGG
GAGGAAACGCAAAGGCTCCAACAAAAGATTGTTGTGGAGGTTTTGATCAGGTGATAACAA
AGAGTGAGAAGTGTGTTTGCATTTTGGTCAAAGACAAAGATGATCCTAATCTTGGCCTAA
AGTTTAACGCAACACTAGCCGCTCATATTCCCACCCTTTGTCATATTACGGCTCCTAACA
TCACCAAGTGTATTTCGCTTCTGCATTTATCTCCAAACTCGACATTGGCTAAAGAGTTCG
AGAGTTTGGGAATGATTGAATATGAAGGAAAGACCAACTCCACATCTCCTTCCCCACATG
TTAAAGATGGGACAGGAGGAGGAAAAGCTGAACAAGTAAAGAGTACTGGAGAGAAGAAGA
GTTGGTTGGCTGTTGAGCTTTTAATGTTGGCTCTGTTCTCTCATCTTCTTTTCATTATCT
CTTCTCCAGTATCTTC***CTTTATTTAATGTTCTTTTGCTTTGAATATGCTATATTAGT
TTTATAATGTTCTCAGTTACATCTAAATTTATATATGCATGTGCATGCATATGATTATGT
ATGCATGAGAGTGCAAACTTGTAATATTTAATCGGTATTGTAATTTTAATAACG

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 3

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GGACCATTCACCAACATAGTCATCAACTATCTCGAGTTCGAATCCTTCTCTCTCTCACAC
AAACACTTGAAAATGTCGATCTCAAAAATCATAGGGTCGTTTCTGATTCTCACGTTTCTA
CTAATCGCTTCAGCGATGGCACAGTCTCCTTCTCCAGCTCCGCTCATCAGCGGAGGAAGG
CGGATCATCTCTCCTTCTCCGTCTAAAACACCGACTCCAGAAGCCTCCGTCGCGTCTCCT
CCTCCATCATTACCTCAAGCGGATTCTCCTTTCATCGATTCCGCAGCAGAAACTCCGTCT
TCCTCTTCCATATCAGACTCGCCATCAGAAGCTCCTGGTCCATCACAGCAGAGCAGCGCC
GTTTCCAACCAATACACTGTTTTCGTTGGATCCATGGCCATTATTCTATACGCTGCCGTT
TTTGCTTTCTAATCTCCATGGACGGGTCGCGGACAAACAAAGAAGCTTCTCTTATTGGAT
CCACCAGACTCATTTGTTTATTTCATTATTTAGAAAGCTACTATGTAGGAAAATGATTCT
TTTATTTTTATTATTGTTTTGTTTCTCTCTTTTAATTTGGAGCATCTTTAATTTGCCTCA
CCAGGATTTGAACTGAATATTGATGATGTTCACTCTTATCAATATAGCTTGATTTATTTT
TAAAAAAAAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C364TF U 1
AF RR3CC15JQ C 49
AF RR3CC15TF U 1
BS 1 548 RR3C364TF
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BS 550 660 RR3C364TF
BS 661 670 RR3CC15TF

RD RR3C364TF 660 0 0
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CTAATCGCTTCAGCGATGGCACAGTCTCCTTCTCCAGCTCCGCTCATCAGCGGAGGAAGG
CGGATCATCTCTCCTTCTCCGTCTAAAACACCGACTCCAGAAGCCTCCGTCGCGTCTCCT
CCTCCATCATTACCTCAAGCGGATTCTCCTTTCATCGATTCCGCAGCAGAAACTCCGTCT
TCCTCTTCCATATCAGACTCGCCATCAGAAGCTCCTGGTCCATCACAGCAGAGCAGCGCC
GTTTCCAACCAATACACTGTTTTCGTTGGATCCATGGCCATTATTCTATACGCTGCCGTT
TTTGCTTTCTAATCTCCATGGACGGGTCGCGGACAAACAAAGAAGCTTCTCTTATTGGAT
CCACCAGACTCATTTGTTTATTTCATTATTTAGAAAGCTACTATGTAGGAAAATGATTCT
TTTATTTT*ATTATTGTTTTGTTTCTCTCTTTTAATTTGGAGCATCTTTAATTTGCCTCA
CCAGGATTTGAACTGAATATTGATGATGTTCACTCTTATCAATATAGCTTGATTTATTTT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3CC15JQ 613 0 0
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CTCACGTTTCTACTAATCGCTTCAGCGATGGCACAGTCTCCTTCTCCAGCTCCGCTCATC
AGCGGAGGAAGGCGGATCATCTCTCCTTCTCCGTCTAAAACACCGACTCCAGAAGCCTCC
GTCGCGTCTCCTCCTCCATCATTACCTCAAGCGGATTCTCCTTTCATCGATTCCGCAGCA
GAAACTCCGTCTTCCTCTTCCATATCAGACTCGCCATCAGAAGCTCCTGGTCCATCACAG
CAGAGCAGCGCCGTTTCCAACCAATACACTGTTTTCGTTGGATCCATGGCCATTATTCTA
TACGCTGCCGTTTTTGCTTTCTAATCTCCATGGACGGGTCGCGGACAAACAAAGAAGCTT
CTCTTATTGGATCCACCAGACTCATTTGTTTATTTCATTATTTAGAAAGCTACTATGTAG
GAAAATGATTCTTTTATTTTTATTATTGTTTTGTTTCTCTCTTTTAATTTGGAGCATCTT
TAATTTGCCTCACCAGGATTTGAACTGAATATTGATGATGTTCACTCTTATCAATATAGC
TTGATTTATTTT
T

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3CC15TF 670 0 0
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AAACACTTGAAAATGTCGATCTCAAAAATCATAGGGTCGTTTCTGATTCTCACGTTTCTA
CTAATCGCTTCAGCGATGGCACAGTCTCCTTCTCCAGCTCCGCTCATCAGCGGAGGAAGG
CGGATCATCTCTCCTTCTCCGTCTAAAACACCGACTCCAGAAGCCTCCGTCGCGTCTCCT
CCTCCATCATTACCTCAAGCGGATTCTCCTTTCATCGATTCCGCAGCAGAAACTCCGTCT
TCCTCTTCCATATCAGACTCGCCATCAGAAGCTCCTGGTCCATCACAGCAGAGCAGCGCC
GTTTCCAACCAATACACTGTTTTCGTTGGATCCATGGCCATTATTCTATACGCTGCCGTT
TTTGCTTTCTAATCTCCATGGACGGGTCGCGGACAAACAAAGAAGCTTCTCTTATTGGAT
CCACCAGACTCATTTGTTTATTTCATTATTTAGAAAGCTACTATGTAGGAAAATGATTCT
TTTATTTTTATTATTGTTTTGTTTCTCTCTTTTAATTTGGAGCATCTTTAATTTGCCTCA
CCAGGATTTGAACTGAATATTGATGATGTTCACTCTTATCAATATAGCTTGATTTATTTT
TAAAAAAAAA

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 3

CO CL4410Contig1 802 3 28 U
ACTCTTAAAAGATCCATCACTTCGTTTTCTTTGCTGTGCACATACACAAACCAGGCAAGA
CCTGCTATGATTCTCTTCTTATAGATTCATCCAATGCTCAAAATGAAAGGAAAAGAAAGA
AACGCATCTGCAAACGACAGTTTTGGGATACATAGTAACATGTAACAACAAAAGATTATG
GACACTTCTCTTTGAACCTCGATATGTTAAATATCGGACGTGGACGAGCTTCTACAACAG
ACTCTTCTTCATCAGCTTCGTCATCAGATGATACTTCTTTTCTAGGTTGCTCTCCTTGTT
CTTCAGTGTTTGGTTTTCTCTTCTTCTCTTGCTTTCTCTGCTTCTTCTTCTGACGTTTCA
AACGCTTATTTGATGTTTTTTCCTCTGCAGCTTTCAGTTTCTCTTCTCTTCTTATAGTAA
ATTCCGCCATTTTCAAACGCTTGTTGTAGTCAATATCCATCCTTGTCAGTCGGTCTTGCT
CTCTTCGCCTCATTTGCCGGTACTGGTGAAAATCACCGGATCCAGAACCAGCGGAACTAC
CAGAGGTGTTGCTAACGCGAACGGGGACGTTCTCGAGGATTCTTCTAAGCTTTATCTCTA
GATCTTCTTCGTCTTCCAGCATCACCGGAGGTTTATACTCCACGATAGATGTAGATCCTC
CGTTTTCAGCTTTCTTTGCCTCCATTAATGCCGACGCCGTCGTGGCAGCAACCACCAATC
TCGTGTCGCCTTGCTTAGGTTTCCCGGTCGACATTGTTTTTGTGCTCCTGAAAACCCTAA
TTCGATCACAATTGGGGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CV58JQB U 1
AF RR3GK31JQ U 33
AF RR3GK31TF C 80
BS 1 130 RR3CV58JQB
BS 131 132 RR3GK31JQ
BS 133 163 RR3CV58JQB
BS 164 164 RR3GK31JQ
BS 165 232 RR3CV58JQB
BS 233 233 RR3GK31JQ
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BS 255 255 RR3GK31JQ
BS 256 316 RR3CV58JQB
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BS 350 350 RR3GK31JQ
BS 351 367 RR3CV58JQB
BS 368 368 RR3GK31JQ
BS 369 390 RR3CV58JQB
BS 391 391 RR3GK31JQ
BS 392 496 RR3CV58JQB
BS 497 497 RR3GK31JQ
BS 498 508 RR3CV58JQB
BS 509 509 RR3GK31JQ
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BS 653 653 RR3GK31JQ
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BS 666 729 RR3CV58JQB
BS 730 802 RR3GK31TF

RD RR3CV58JQB 736 0 0
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CCTGCTATGATTCTCTTCTTATAGATTCATCCAATGCTCAAAATGAAAGGAAAAGAAAGA
AACGCATCTGGCAACGACAGTTTTGGGATACATAGTAACATGTCACAACAAAAGATTATG
GACACTTCTCTTTGAACCTCGATATGTTAAATATCGGACGTGGACGAGCTTCCACAACAG
ACTCTTCTTCATCACCTTCGTCATCAGATGATACTTCTTTTCTAGGTTGCTCTCCTTGTT
CTTCAGTGTTTGGTTTGCTCTTCTTCTCTTGCTTTCTCTGCTTCTTCTTTTGACGTTTCA
AACGCTTCTTTGATGTTTTTTCCTCTGCAGTTTTCAGTTTCTCTTCTCTTCTTATAGTAA
ATTCCGCCATTTTCAAACGCTTGTTGTAGTCAATATCCATCCTTGTCAGTCGGTCTTGCT
CTCTTCGCCTCATTTGACGGTACTGGTGGAAATCACCGGATCCAGAACCAGCGGAACTAC
CAGAGGTGTTGCTAACGCGAACCGGGACGTTCTCGAGGATTCTTCTAAGCTTTATCTCTA
GATCTTCTTCGTCTTCCAGCATCACCGGAGGTTTATACTCCACGATAGATGTCGATCCTC
CGTTATCAGCTTTCTTTGCCTCCATTAATGCCGACGCCGTCGTGGCAGCAACCACCAATC
TCGTGTCGC
CTTGCTT

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3GK31JQ 701 0 0
GCTGTGGACATACACAA*CCAGGCAAGACCTGCTATGATTCTCTTCTTATAGATTCATCC
AATGCTCAAAATGAAAGGAAAAGAAAGAAACGCATCTGCAAACGACAGTTTTGGGATACA
TAGTAACATGTAACAACAAAAGATTATGGACACTTCTCTTTGAACCTCGATATGTTAAAT
ATCGGACGTGGACGAGCTTCTACAACAGACTCTTCTTCATCAGCTTCGTCATCAGATGAT
ACTTCTTTTCTAGGTTGCTCTCCTTGTTCTTCAGTGTTTGGTTTTCTCTTCTTCTCTTGC
TTTCTCTGCTTCTTCTTCTGACGTTTCAAACGCTTATTTGATGTTTTTTCCTCTGCAGCT
TTCAGTTTCTCTTCTCTTCTTATAGTAAATTCCGCCATTTTCAAACGCTTGTTGTAGTCA
ATATCCATCCTTGTCAGTCGGTCTTGCTCTCTTCGCCTCATTTGCCGGTACTGGTGAAAA
TCACCGGATCCAGAACCAGCGGAACTACCAGAGGTGTTGCTAACGCGAACGGGGACGTTC
TCGAGGATTCTTCTAAGCTTTATCTCTAGATCTTCTTCGTCTTCCAGCATCACCGGAGGT
TTATACTCCACGATAGATGTAGATCCTCCGTTTTCAGCTTTCTTTGCCTCCATTAATGCC
GACGCCGTCGTGGCAGCAAC*ACCAATCTCGTGTCGC
TTGC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3GK31TF 723 0 0
TTATAGA
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GATACATAGTAACATGTAACAACAAAAGATTATGGACACTTCTCTTTGAACCTCGATATG
TTAAATATCGGACGTGGACGAGCTTCTACAACAGACTCTTCTTCATCAGCTTCGTCATCA
GATGATACTTCTTTTCTAGGTTGCTCTCCTTGTTCTTCAGTGTTTGGTTTTCTCTTCTTC
TCTTGCTTTCTCTGCTTCTTCTTCTGACGTTTCAAACGCTTATTTGATGTTTTTTCCTCT
GCAGCTTTCAGTTTCTCTTCTCTTCTTATAGTAAATTCCGCCATTTTCAAACGCTTGTTG
TAGTCAATATCCATCCTTGTCAGTCGGTCTTGCTCTCTTCGCCTCATTTGCCGGTACTGG
TGAAAATCACCGGATCCAGAACCAGCGGAACTACCAGAGGTGTTGCTAACGCGAACGGGG
ACGTTCTCGAGGATTCTTCTAAGCTTTATCTCTAGATCTTCTTCGTCTTCCAGCATCACC
GGAGGTTTATACTCCACGATAGATGTAGATCCTCCGTTTTCAGCTTTCTTTGCCTCCATT
AATGCCGACGCCGTCGTGGCAGCAACCACCAATCTCGTGTCGCCTTGCTTAGGTTTCCCG
GTCGACATTGTTTTTGTGCTCCTGAAAACCCTAATTCGATCACAATTGGGGGATCC

QA 8 723 8 723
DS 



AS 1 3

CO CL4411Contig1 780 3 6 U
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ATGTCGTGATCGGAGGCGGGGCGTCTCGATACGCGCTGAAGCCAACGCGTATAAACAGCG
AGGACATACTGATCTGCGTCGACGTGGATGCGGAATCGATGGTGGAGATGAAGACGACGG
GAACTAACGGGAGGCCTTTGACGAGGATGGAGTGCGTCAAGCAAGCCGTCATTCTCTTCA
TCCACAATAAGCTCTCCATCAACCCGGATCATCGATTTGCTTTCGCTACCCTCTCCAAAT
CAGCCGCTTGGCTTAAAAAGGATTTCACAAGCGATGCCGCATCTGCTGTTGCTTCTCTAA
GAGGACTGTCAGCTACTAAATCCTCTGGTCGAGCTGATCTCACACAACTGTTCCGTGTTG
CGGCTCAGGAAGCCAAAAACTCCAGAGCTCAAAACCGAATCTTGAGGGTGATTCTCATAT
ACTGCAGGTCATCCGTGAGGCCAACTCACGAGTGGCCGACAAAGCAGAAGCTCTTCACTC
TAGATGTTATGTACCTTCACGACAAACCGAGTCCTGACAACTGTCCTCAAGATGTGTACG
ACTCTCTTGTTGATGCTGTAGAACATATTTCAGAGTATGAAGGTTACATCTTTGAGAGCG
GCCAAGGGCTTGCAAGGTCGGTTTTCAAGCCCATGTCAATACTGTTATCCCATCCTCAAC
AAGATGTGCTCAGAGATCTCGACATCCCCAGTCTCTGCAAGAGTGCCTGTGGTGAGGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CD04TF U 1
AF RR3H389JQ C 564
AF RR3H389TF U 11
BS 1 642 RR3CD04TF
BS 643 643 RR3H389TF
BS 644 672 RR3CD04TF
BS 673 676 RR3H389TF
BS 677 677 RR3H389JQ
BS 678 780 RR3H389TF

RD RR3CD04TF 672 0 0
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ATGTCGTGATCGGAGGCGGGGCGTCTCGATACGCGCTGAAGCCAACGCGTATAAACAGCG
AGGACATACTGATCTGCGTCGACGTGGATGCGGAATCGATGGTGGAGATGAAGACGACGG
GAACTAACGGGAGGCCTTTGACGAGGATGGAGTGCGTCAAGCAAGCCGTCATTCTCTTCA
TCCACAATAAGCTCTCCATCAACCCGGATCATCGATTTGCTTTCGCTACCCTCTCCAAAT
CAGCCGCTTGGCTTAAAAAGGATTTCACAAGCGATGCCGCATCTGCTGTTGCTTCTCTAA
GAGGACTGTCAGCTACTAAATCCTCTGGTCGAGCTGATCTCACACAACTGTTCCGTGTTG
CGGCTCAGGAAGCCAAAAACTCCAGAGCTCAAAACCGAATCTTGAGGGTGATTCTCATAT
ACTGCAGGTCATCCGTGAGGCCAACTCACGAGTGGCCGACAAAGCAGAAGCTCTTCACTC
TAGATGTTATGTACCTTCACGACAAACCGAGTCCTGACAACTGTCCTCAAGATGTGTACG
ACTCTCTTGTTGATGCTGTAGAACATATTTCAGAGTATGAAG*TTACATCTTTGAGAGCG
GCCAAGGGCTTG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3H389JQ 147 0 0
AAACCGAGTCCTGACAACTGTCCTCAAGATGTGTACGACTCTCTTGTTGATGCTGTAGAA
CATATTTCAGAGTATGAAGGTTACATCTTTGAGAGCGGCCAAGGGCTTGCAAGGTCGGTT
TTCAAGCCCATGTCAATACTGTTATCC

QA 1 147 1 147
DS 

RD RR3H389TF 770 0 0
GGAGAGTTCTGTCGGAACCACCATCGAACGGCGAATGGAGGCAGACAGAGATGTCGTGAT
CGGAGGCGGGGCGTCTCGATACGCGCTGAAGCCAACGCGTATAAACAGCGAGGACATACT
GATCTGCGTCGACGTGGATGCGGAATCGATGGTGGAGATGAAGACGACGGGAACTAACGG
GAGGCCTTTGACGAGGATGGAGTGCGTCAAGCAAGCCGTCATTCTCTTCATCCACAATAA
GCTCTCCATCAACCCGGATCATCGATTTGCTTTCGCTACCCTCTCCAAATCAGCCGCTTG
GCTTAAAAAGGATTTCACAAGCGATGCCGCATCTGCTGTTGCTTCTCTAAGAGGACTGTC
AGCTACTAAATCCTCTGGTCGAGCTGATCTCACACAACTGTTCCGTGTTGCGGCTCAGGA
AGCCAAAAACTCCAGAGCTCAAAACCGAATCTTGAGGGTGATTCTCATATACTGCAGGTC
ATCCGTGAGGCCAACTCACGAGTGGCCGACAAAGCAGAAGCTCTTCACTCTAGATGTTAT
GTACCTTCACGACAAACCGAGTCCTGACAACTGTCCTCAAGATGTGTACGACTCTCTTGT
TGATGCTGTAGAACATATTTCAGAGTATGAAGGTTACATCTTTGAGAGCGGCCAAGGGCT
TGCAAG*TCGGTTTTCAAGCCCATGTCAATACTGTTATCCCATCCTCAACAAGATGTGCT
CAGAGATCTCGACATCCCCAGTCTCTGCAAGAGTGCCTGTGGTGAGGCAG

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 3

CO CL4412Contig1 605 3 7 U
TTTTTCTCTGTAATTCGCTCGCCGGCATAAAAAGTGGAGGCAAGGAGGAGGAAGAAGACA
TAGTAGCATCAGGATTGAAAATGAAGGGACGCCAAGGAGAGAGAGTTAGATTGTATGTTC
GCGGAACAGTCCTCGGCTACAAGAGGTCGAAGTCAAACCAATACCCCAACACTTCTCTGA
TCCAGATTGAAGGTGTCAACACTACGGAGGAGGTGACGTGGTACAAGGGAAAGAGGATGG
CTTACATCTACAAGGCGAAGACAAAGAAGAACGGTTCCCACTACCGTTGCATCTGGGGCA
AAGTCGCTAGGCCTCATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCAAGTTCACTTCAAACCTAC
CACCAAAGTCAATGGGAGCTAGAGTCATAGTGTTCATGTACCCCAGCAACATATGAGGAG
GGTAGATTCGGGACCTGGGATTCATTTCCCAAGTATCAGAAGGAAGCTCCCATCATCATT
TCTCATATAGTTTATCCTTTAATTCACATTTTGTCTTAAACTCTCTTGTCGGTTTTGTTC
ATCTCTAGACGAATTAAAACATTATTTTTGATGGAATTCGAGCTGAAAAAGAATTATCCT
AATAC


BQ
10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
10 10 10 10 10 

AF RR3AX64TF U 6
AF RR3DV48TF U 1
AF RR3DV48JQ C 1
BS 1 5 RR3DV48JQ
BS 6 387 RR3AX64TF
BS 388 388 RR3DV48TF
BS 389 568 RR3AX64TF
BS 569 569 RR3DV48TF
BS 570 600 RR3AX64TF
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RD RR3AX64TF 595 0 0
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QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3DV48TF 605 0 0
TTTTT
CTCTGTAATTCGCTCGCCGGCATAAAAAGTGGAGGCAAGGAGGAGGAAGAAGACATAGTA
GCATCAGGATTGAAAATGAAGGGACGCCAAGGAGAGAGAGTTAGATTGTATGTTCGCGGA
ACAGTCCTCGGCTACAAGAGGTCGAAGTCAAACCAATACCCCAACACTTCTCTGATCCAG
ATTGAAGGTGTCAACACTACGGAGGAGGTGACGTGGTACAAGGGAAAGAGGATGGCTTAC
ATCTACAAGGCGAAGACAAAGAAGAACGGTTCCCACTACCGTTGCATCTGGGGCAAAGTC
GCTAGGCCTCATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCAAGTTCACTTCAAACCTACCACCA
AAGTCAATGGGAGCTAGAGTCATAGTGTTCATGTACCCCAGCAACATATGAGGAGGGTAG
ATTCGGGACCTGGGATTCATTTCCCAAGTATCAGAAGGAAGCTCCCATCATCATTTCTCA
TATAGTTTATCCTTTAATTCACATTTTGTCTTAAACTCTCTTGTCGGTTTTGTTCATCTC
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AATAC

QA 6 600 6 600
DS 

RD RR3DV48JQ 605 0 0
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AAGTCGCTAGGCCTCATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCAAGTTCACTTCAAACCTAC
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GGTAGATTCGGGACCTGGGATTCATTTCCCAAGTATCAGAAGGAAGCTCCCATCATCATT
TCTCATATAGTTTATCCTTTAATTCACATTTTGTCTTAAACTCTCTTGTCGGTTTTGTTC
ATCTCTAGACGAATTAAAACATTATTTTTGATGGAATTCGAGCTGAAAAAGAATTATCCT
AATAC

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

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TTACTTATTGGGCGAGATTGATGCTGCTTCTTAGTTCAAATCTAGCTTGCAGCTTATAAT
CTTTCCTCTCTTAGTGTTGCTTCTATCTGGGTGATTGTTGTTAGCATATATATGACTTGT
GGGATAACTATAATAATAATGGAGATGCATTAGAGTTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C320TF U 1
AF RR3C320JQ C 115
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BS 365 365 RR3C320JQ
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RD RR3C320TF 778 0 0
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TATACGGAGGAAAAGAGGAGTGGTTGCGACGGTTTGAGATATACAAGACTAATCTCCAGC
ATATGGACTACCACAACTCCCTCAACTTGTCCTCTAAGCTAAGCGACAACAAGTTTGCGG
ACTTGACCGAGGCTGAGTTTAGGGCACGTTATTGTGGGGCGAGGGTGAAGACGCCTGAGG
TTGTGTCTGAGTACGAGAAACATGATGAATCTGACTTTGATTCAGAACATGGCCCTGTGA
CAGCTATTCTGGAGCCAGAGTCAGAGCTGCAGTTAGACTCACACCAAGAAGAAGAGGAGG
AGGAGGAGAATGTTACGTTAGATGTTTTATCAGATGATGAAGAGGTTGGTGATGAAGCTG
TGGAGAGTGAGAATTCAAGTCTCGAAAG*CCAGCCAAATGAAATGAACGAGTGTGGGGCG
TTACTTATTGGGCGAGATTGATGCTGCTTCTTAGTTCAAATCTAGCTTGCAGCTTATA

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3C320JQ 768 0 0
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GTCTGACGTGTGCCCCCAATACTCGTCGTCCCTTTGTTTGCCGAGCGAGTTCTGGTGAAA
GAGACAGTGAAAGAGAAACCGCCTTGAGGGAACGGTTCGAGAAGTGGTGTCAAACCCACG
GCGTCGTATACGGAGGAAAAGAGGAGTGGTTGCGACGGTTTGAGATATACAAGACTAATC
TCCAGCATATAGACTACCACAACTCCCTCAACTTGTCCTCTAAGCTAAGCGACAACAAGT
TTGCGGACTTGACCGAGGCTGAGTTTAGGGCACGTTATTGTGGGGCGAGGGTGAAGACGC
CTGAGGTTGTGTCTGAGTACGAGAAACATGATGAATCTGACTTTGATTCAGAACATGGCC
CTGTGACAGCTATTCTGGAGCCAGAGTCAGAGCTGCAGTTAGACTCACACCAAGAAGAAG
AGGAGGAGGAGGAGAATGTTACGTTAGATGTTTTATCAGATGATGAAGAGGTTGGTGATG
AAGCTGTGGAGAGTGAGAATTCAAGTCTCGAAAGGCCAGCCAAATGAAATGAACGAGTGT
GGGGCGTTACTTATTGGGCGAGATTGATGCTGCTTCTTAGTTCAAATCTAGCTTGCAGCT
TATAATCTTTCCTCTCTTAGTGTTGCTTCTATCTGGGTGATTGTTGTTAGCATATATATG
ACTTGTGGGATAACTATAATAATAATGGAGATGCATTAGAGTTGATCC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL4414Contig1 851 2 5 U
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AAGGGGATGCACCATTTTACCAGTAACATAAAATACAAACAAACAGACAATAGATATCAT
AGTACAACTCCACATATCAGTGTTACTACTTTGTCCGGGTTCGATACATTCGTCCCATAT
CACAAGTCGCTACAACAAATCACCAGATAAATGAAGTCGAGGTGTCTGATCTTCGAACTA
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GATGACCTGCTCTTGCTGAAACGCCAGGCCCTTAATAAGAGATCTAATGAACCAGTGGGT
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AGAGTTGGAATCCTTGATGTTTAGGGAAAGACTCGAGAACTGAGAGTCAAGATCTTTGCT
ACTGGCACGTTTGTGAGTTGCTGATGGTTGTTGAGTTTGTTGTTGTTGTTGCTGATACAG
AGCTCGTAGTCTTCCAATCTCCTTTTCCAACAGCTCCTGTTCCAATTGTTTGATCAGCTT
CTCCTGAGCAATACTTTCTAGACGCTGCTTAAGAGCTTTATTTTCCATACTCAGAATAAG
ATTCCTCTGATTGAGAAAATCAAGATCAGCTGAAACCTTTGAGCCTTCTGCCTGCAATGC
TTGCACAGTCCTTTCTAGTTCAGATATGTACTGAAGTTTACGGACCCGCGATCGTTGTGC
AAATTGCTGTTTAGCACGTCTTGTATTGTCAGCATCACTAGTCCCAGGCTGAGTATTGGA
GTTTTTTAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF19JQ U 69
AF RR3B892JQ U 1
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GCG
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AGTACAACTCCACATATCAGTGTTACTACTTTGTCCGGGTTCGATACATTCGTCCCATAT
CACAAGTCGCTACAACAAATCACCAGATAAATGAAGTCGAGGTGTCTGATCTTCGAACTA
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GATGACCTGCTCTTGCTGAAACGCCAGGCCCTTAATAAGAGATCTAATGAACCAGTGGGT
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AAATTGCTGTTTAGCACGTCTTGTATTGTCAGCATCACTAGTCCCAGGCTGAGTATTGGA
GTTTTTTAGCT

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 3

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GGCTCGGCTTGTTAGTCTTTTGCGGCTCATTAGCAGATGCAGAAACAGGTTGTTGGTATT
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TGCACCCAAGGTTAAGAGCAGCTTCAACACAAGGAGGTAAAAAGAGGGCCAGTCTCAGTG
CTTTCATCTCTTCTAATAATTGTGTCAATAGCATCATTGACTCTATTCCACATAGTATCA
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CTATGCCAAGCTCGTTTCACACACTCGTAAGGTCTTGGACCTGGCCTAGGCATCTTTTTT
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CTCCTCTAAAACCGAACCTCC


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BT62JQ U 1
AF RR3FD04JQ U 1
AF RR3FD04TF C 588
BS 1 45 RR3BT62JQ
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RD RR3BT62JQ 535 0 0
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ACCTGAGACTTTTACAAGTTTTG**CAAAAAAAATCCCTAGAGGAAGTCTCCACAAAATG
TTTTGTGCTTTTTAACCCTCGAATCCGAATGTTGACCTTGGTAATTTGAAAACGA*TCAT
GTTTCTTCTTAACCTCAAAGAATAAACATAACTCTTGTTGGTCTCTTCCTTTGTAAGCCC
GGCTAGACCCAACATCAATTGTTGTGGAGGGTGGATGATCTGAAGATACACCAAGCCTCA
AAGACAAATCACAGAACCTCTCTGTTCTTTCTTCCGGAGCCTTTATACTAATAGGCATGC
CAATGATTATAGGCGTCTCAGGGACTCTTGAAGACATGTCCACTTGCTGAATCTGATTAA
TACCTCCGTAATACAAAGGATACACCGAACCCAAGTTGATTGGCGCTGGTGCTGCTGTAC
CTGGAGCAGCAGTGACAGTCCCTAGTTTTCTAGCCAATGGCTTTTCATGTAGAAA

QA 1 535 1 535
DS 

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GG
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CTGAGACTTTTACAAGTTTTGAGCAAAAAAAATCCCTAGAGGAAGTCTCCACAAAATGTT
TTGTGCTTTTTAACCCTCGAATCCGAATGTTGACCTTGGTAATTTGAAAACGAATCATGT
TTCTTCTTAACCTCAGAGAATAAACATAACTCTTGTTGGTCTCTTCCTTTGTAAGCCCGG
CTAGACCCAACATCAATTGTTGTGGAGGGTGGATGATCTGAAGATACACCAAGCCTCAAG
GACAAATCACAGAACCTCTCTGTTCTTTCTTCCGGAGCCTTTATACTAATAGGCATGCCA
ATGATTATAGGCGTCTCAGGGACTCTTGAAGACATGTCCACTTGCCGAGTCTGATTAATA
CCTCCGTAATACAAAGGATACACCGAACCCAAGTTGATTGGCGCTGGTGCTGCTGTACCT
GGAGCAGCAGTGACAGTCCCTAGTTTTCTAGCCAATGGCTTTTCATGTAGAAACGCTGCT
CCTCGGTTGTTGCTGTCCTCAAGAACCTCCACTGGGATGATTGCAGGTTGAGCGGTATGG
CTCGGCTTGTTAGTCTTTTGCGGCTCATTAGCAGATGCAGAAACAGGTTGTTGGTATTTT
GGAGAGAGGTAAGTCCTGACGTTACTATGTCGTTGGCTTCT

QA 3 703 3 703
DS 

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AGG
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CTTACAGCAATGCACCCAAGGTTAAGAGCAGCTTCAACACAAGGAGGTAAAAAGAGGGCC
AGTCTCAGTGCTTTCATCTCTTCTAATAATTGTGTCAATAGCATCATTGACTCTATTCCA
CATAGTATCAACATCTGTATACTCTTCCTCGGAGTTGGATTTAGAGTACATGATTTCCTC
GGCTTTCAAGACAACAACAGGAAGCTTCTCCTGCCATTCTTTGTTCTTCTTCGTAGCCGC
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GTGACGATCGCTATGCCAAGCTCGTTTCACACACTCGTAAGGTCTTGGACCTGGCCTAGG
CATCTTTTTTGGGAGCTTAGAATGGGTTTAAGCGATCAAAAGGGGATTAGGAAGAGGGAG
AAGGTGAAACAGATCTGAAGCTTGTTGAAAACTTATAAAGGCATCTCCATGTTGGTGGGA
ATCTCTCAGTTGTTACTGCGTCTCCATCTTCACCGTCGCTGAGCTGCTCCTTTTATGATT
TTGGGACCAGCTCCTCTAAAACCGAACCTCC

QA 4 694 4 694
DS 



AS 1 2

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AAAGGATAAACAAATAAAAAAATCTCACCAATGGTGTTAAGCCTCAACTCAAAGGTCATG
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AGTATGTGTGAAACAGATTAAAAAAAGTAAGAGGATGAGTCAAATTACATTGAAAAAGGA
ATGGTTTAGCGCCTGATCAGCAGTTGGTCGTTTCAGTGGATCCCATGAGCAAAGTCTCTC
TTGAGTCAAAAAGATATAACATCAGATCGATCATATAAGAAACCAAGATACTTTTTTATT
CACAGGAAAAAAGAGTAAAACACAAGGACTCACAGTGATCAAATCAATAGCTTCAGGAGA
AGCATTGGGGAGTAGATCAGCAATCCTTGTCTGTGGAAACTGTTCACAAATAAATTCAAA
GAACAAATTAAATACAAATATTCTCTTAAAAAAGAACCTTATATCTTTTCACTAAGATTT
GTTACTTCTGTGTGACTAATACTCATGATCCAAGATATGCTTTTTGCTTCAGGAAACGTG
GTCCAGTCAGGCTTGCCAAGAACACAGCAAATCTTGTATAGTTGATCCATCTCACTGTTC
ACAAGAAAATTCATTATATAAGTGTAAACAGTATACACAAACTTCACCCAAAGAAGCTAA
ACTGCACTATCAGATTTCACTGTTCAGAGACTCAGGTTAGGCATTTGGTAAAATAACAAA
TAATTCACCTTTCACCAGGAAATAGGGGGATTAAAAGCGAAAATTTAAGCTAATATTGAC
CCCACTGCCCACATGTCTGCAGTTCTTTTACATGTTAGTCTCTCTCTAAACTATATTCTA
ATGTGATGAAGCAGAATTTTTTTTTTTTTTGAGAAAGTACCAACTGCAGGAGTGTATAAT
GAAGACTGTAGCAGAACTACCGGAGCTAGATACCTGTTGCATATAAGAGAGTCAGTTATA
AGCTAGTAAAGTTTATATACCACCCTGCCAAAAAAAAATATAAAATGAATCAATCACTTA
CCAACGCGTAGACACATATTCGGTGTAAGGAGGCATAGATGCAACTTCTCTAGCCAGTCC
AAAGTCAGCATTTTCAGGATGTTGTTTATCACCAGCAAATTCTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC80TF U 1
AF RR3DC80JQ C 450
BS 1 606 RR3DC80TF
BS 607 1187 RR3DC80JQ

RD RR3DC80TF 606 0 0
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TTGAGTCAAAAAGATATAACATCAGATCGATCATATAAGAAACCAAGATACTTTTTTATT
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GTTACTTCTGTGTGACTAATACTCATGATCCAAGATATGCTTTTTGCTTCAGGAAACGTG
GTCCAG

QA 1 606 1 606
DS 

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AATCTTGTATAGTTGATCCATCTCACTGTTCACAAGAAAATTCATTATATAAGTGTAAAC
AGTATACACAAACTTCACCCAAAGAAGCTAAACTGCACTATCAGATTTCACTGTTCAGAG
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ATTAAAAGCGAAAATTTAAGCTAATATTGACCCCACTGCCCACATGTCTGCAGTTCTTTT
ACATGTTAGTCTCTCTCTAAACTATATTCTAATGTGATGAAGCAGAATTTTTTTTTTTTT
TGAGAAAGTACCAACTGCAGGAGTGTATAATGAAGACTGTAGCAGAACTACCGGAGCTAG
ATACCTGTTGCATATAAGAGAGTCAGTTATAAGCTAGTAAAGTTTATATACCACCCTGCC
AAAAAAAAATATAAAATGAATCAATCACTTACCAACGCGTAGACACATATTCGGTGTAAG
GAGGCATAGATGCAACTTCTCTAGCCAGTCCAAAGTCAGCATTTTCAGGATGTTGTTTAT
CACCAGCAAATTCTCTTC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 3

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AAGACTGACTCTTCAAGTCATAATCTTTATCAAATTTTGAATCATGAAGGGTACTACTTT
GGTTATGGTATCTTGTGTTTTCATATGTTTCATTCTGAGTCATGGGAAAGACGGAGACTG
TTGGGATGAAATCCCATTCCCTGGAAAATGCAGCAAACATGGAAAAAAAGAATGCTTCAA
AGAAATGCTTTCGAAGAACGTAACACGATCCTTTGTTCGCTGCAACTGTATAAACTGGGA
ACATGACAAATCAAGTGAGGAAGGACATGTTGTAAAACATAGTCATGAGCATACAGAGCA
TGAACATATCTGCCAATGTCTGAGAGTTGTTGCCGGTGATTGCGTGCCAGGAAAAGCGTA
ACAGAGTTTTTGGTGGTCACATAGATAAACAATGGTGGTAATCTGATGTTATTTTTTTGG
TGGTGACACATAGATAAACAATGGTGGTAATAAAATTATACGTTATCAGTTATAATGAAC
TACTACATTTTGACCGGTGCTTCGAAAGCACTGATATTATTAATATTCATTTTTATGAAA
TATATTATTTGTTTGTAGCTATTGAATGTATTTATCTTAGTGAAACTTTTTTTATAATAA
ATTCGACACATTCTAGAGTGTCTCTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3DL19TF U 8
AF RR3CE37TF U 1
AF RR3DL19JQ C 8
BS 1 401 RR3CE37TF
BS 402 402 RR3DL19TF
BS 403 686 RR3CE37TF
BS 687 688 RR3DL19JQ

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GG
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TCTTCAAGTCATAATCTTTATCAAATTTTGAATCATGAAGGGTACTACTTTGGTTATGGT
ATCTTGTGTTTTCATATGTTTCATTCTGAGTCATGGGAAAGACGGAGACTGTTGGGATGA
AATCCCATTCCCTGGAAAATGCAGCAAACATGGAAAAAAAGAATGCTTCAAAGAAATGCT
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ATCAAGTGAGGAAGGACATGTTGTAAAACATAGTCATGAGCATACAGAGCATGAACATAT
CTGCCAATGTCTGAGAGTTGTTGCCGGTGATTGCGTGCCAGGAAAAGCGTAACAGAGTTT
TTGGTGGTCACATAGATAAACAATGGTGGTAATCTGATGTTATTTTTTTGGTGGTGACAC
ATAGATAAACAATGGTGGTAATAAAATTATACGTTATCAGTTATAATGAACTACTACATT
TTGACCGGTGCTTCGAAAGCAC

QA 3 564 3 564
DS 

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AAGACTGACTCTTCAAGTCATAATCTTTATCAAATTTTGAATCATGAAGGGTACTACTTT
GGTTATGGTATCTTGTGTTTTCATATGTTTCATTCTGAGTCATGGGAAAGACGGAGACTG
TTGGGATGAAATCCCATTCCCTGGAAAATGCAGCAAACATGGAAAAAAAGAATGCTTCAA
AGAAATGCTTTCGAAGAACGTAACACGATCCTTTGTTCGCTGCAACTGTATAAACTGGGA
ACATGACAAATCAAGTGAGGAAGGACATGTTGTAAAACATAGTCATGAGCATACAGAGCA
TGAACATATCTGCCAATGTCTGAGAGTTGTTGCCGGTGATTACGTGCCAGGAAAAGCGTA
ACAGAGTTTTTGGTGGTCACATAGATAAACAATGGTGGTAATCTGATGTTATTTTTTTGG
TGGTGACACATAGATAAACAATGGTGGTAATAAAATTATACGTTATCAGTTATAATGAAC
TACTACATTTTGACCGGTGCTTCGAAAGCACTGATATTATTAATATTCATTTTTATGAAA
TATATTATTTGTTTGTAGCTATTGAATGTATTTATCTTAGTGAAACTTTTTTTATAATAA
ATTCGACACATTCTAGAGTGTCTCTG

QA 1 686 1 686
DS 

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GG
GAATATATCACGAGTATTGACAACAAAAAGTTCTACACTTATTAATTGAGCAAGACTGAC
TCTTCAAGTCATAATCTTTATCAAATTTTGAATCATGAAGGGTACTACTTTGGTTATGGT
ATCTTGTGTTTTCATATGTTTCATTCTGAGTCATGGGAAAGACGGAGACTGTTGGGATGA
AATCCCATTCCCTGGAAAATGCAGCAAACATGGAAAAAAAGAATGCTTCAAAGAAATGCT
TTCGAAGAACGTAACACGATCCTTTGTTCGCTGCAACTGTATAAACTGGGAACATGACAA
ATCAAGTGAGGAAGGACATGTTGTAAAACATAGTCATGAGCATACAGAGCATGAACATAT
CTGCCAATGTCTGAGAGTTGTTGCCGGTGATTGCGTGCCAGGAAAAGCGTAACAGAGTTT
TTGGTGGTCACATAGATAAACAATGGTGGTAATCTGATGTTATTTTTTTGGTGGTGACAC
ATAGATAAACAATGGTGGTAATAAAATTATACGTTATCAGTTATAATGAACTACTACATT
TTGACCGGTGCTTCGAAAGCACTGATATTATTAATATTCATTTTTATGAAATATATTATT
TGTTTGTAGCTATTGAATGTATTTATCTTAGTGAAACTTTTTTTATAATAAATTCGACAC
ATTCTAGAGTGTCTCTGGT

QA 3 681 3 681
DS 



AS 1 3

CO CL4418Contig1 1451 3 3 U
AAACAAGTTGTAGTTATATAAATCATTGTAGGGTGAGCAAAATTCCCAAGAAAAGAAAAA
TTACAGAAAGACAAAAATTTAAGTCCAAGATGATGGGTAAAATGCTCCAAGAGAAAGAGA
AAAGAATAAATACATTATTATGCTTTTCATCTGCTAAGATAAGTGCAATGCAGAAGAAAT
GGCAACAATGTTCTCCACGGGAAGGAAAAGACGCAGAATATAAAAAAATATATATAAACG
AGAAGCGAAACTCAAAAACAATGTTTGATTGTACGATACAAGATACTAGTGCATATTTTT
GGTTATTTATTATATAGATATTCATAGGAGGAATTGTTTATGCAACTGTCCACCGCCGTC
AGCCTCCGCTCTCTATGCCGTCTTACCTTGCCGTTTCTCTTCTTCGATCTTGGCCTTAAT
GACAGAGTAGAGTGCAACTCCAGCAATGGCTATTCCAGTTCCGATGCCTGTCTGCGTCGA
TATCTTGTTTCCGAAGATAACGATGGAGAACCCAATCACAAAGACACGTTTCAAAACGTT
TCCAACAGCGTGAGTCAATGGTGCTACCCTCTCCAATGTATTAGTAGCCAACTGGTTGTA
GAGATGGTAAAACATTCCAACCCAGAAGAGATCAGAGATGAACTTAGTCATTCCCACTTT
AGCAATCGCGTCGTTGAAACCATGTTTCAATAGCTGAGGCCCTTCGACGATGATGGCAGG
AGGAAGGCAAACGAAGAGAGCGATAATGGAAATGTAAGCGTAGACATTTGTACTGTCCAT
ATCAGTCATGGCTTTCTTGGAGAAGATGCTTCGGTAAGTGAAAGAGATGTTTGATATCAT
CGCGCTGATGAAACCAAGCCAGTTGAACGACAACTCAGTGAGCGAAGCCATCGCAACTCC
GAGTACAACAGGAGCTAGAGACAACCATAGTGTTATGGGGATCGGTTGTCCAAGAAGGAA
CTGAGAAGCAGACGCATTGAAGAATGGCTCCAGCGCTTTGATGGTGTGAGTGAAGGAGAC
AGCGACAGCGGCGAAGGAAACGTTGCTAGTGACATGGCCTATGGCGTGACAGACTGCAAC
TGGTATCAATACCTTGAGGATGTTCGAGTTAATTGGTGCCCGTTTAGGAAGTCCCACGGA
CCAGCTCAGCAAGCAGTAGACAACTCCAACGAACAAGTGAATAACCGATACAAAATAGGG
GTAAGGGAAGTAATTGTAGATCTTCTTGTTAAGGATGTTGAAAATCACGTTCAAGAAGTA
CCACATGAAGAAGAAGAATCCGGTGACGAGCCATGGTAGGCCACTATCCTACCATCGAAA
GTTGATAGGGCAGAAATTTGAATGATGCGTCGCCAGCACAAAGGCCATGCGATCCGTCGA
GTTATCATGAATCATCAGAGCAACGGGCAGAGCCCGCGTCGACCTTTTATCTAATAAATG
CATCCCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C367JQ U 1
AF RR3D486JQ U 241
AF RR3C367TF C 707
BS 1 420 RR3C367JQ
BS 421 949 RR3D486JQ
BS 950 1451 RR3C367TF

RD RR3C367JQ 420 0 0
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AAAGAATAAATACATTATTATGCTTTTCATCTGCTAAGATAAGTGCAATGCAGAAGAAAT
GGCAACAATGTTCTCCACGGGAAGGAAAAGACGCAGAATATAAAAAAATATATATAAACG
AGAAGCGAAACTCAAAAACAATGTTTGATTGTACGATACAAGATACTAGTGCATATTTTT
GGTTATTTATTATATAGATATTCATAGGAGGAATTGTTTATGCAACTGTCCACCGCCGTC
AGCCTCCGCTCTCTATGCCGTCTTACCTTGCCGTTTCTCTTCTTCGATCTTGGCCTTAAT

QA 1 420 1 420
DS 

RD RR3D486JQ 709 0 0
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GGTTATTTATTATATAGATATTCATAGGAGGAATTGTTTATGCAACTGTCCACCGCCGTC
AGCCTCCGCTCTCTATGCCGTCTTACCTTGCCGTTTCTCTTCTTCGATCTTGGCCTTAAT
GACAGAGTAGAGTGCAACTCCAGCAATGGCTATTCCAGTTCCGATGCCTGTCTGCGTCGA
TATCTTGTTTCCGAAGATAACGATGGAGAACCCAATCACAAAGACACGTTTCAAAACGTT
TCCAACAGCGTGAGTCAATGGTGCTACCCTCTCCAATGTATTAGTAGCCAACTGGTTGTA
GAGATGGTAAAACATTCCAACCCAGAAGAGATCAGAGATGAACTTAGTCATTCCCACTTT
AGCAATCGCGTCGTTGAAACCATGTTTCAATAGCTGAGGCCCTTCGACGATGATGGCAGG
AGGAAGGCAAACGAAGAGAGCGATAATGGAAATGTAAGCGTAGACATTTGTACTGTCCAT
ATCAGTCATGGCTTTCTTGGAGAAGATGCTTCGGTAAGTGAAAGAGATGTTTGATATCAT
CGCGCTGATGAAACCAAGCCAGTTGAACGACAACTCAGTGAGCGAAGCCATCGCAACTCC
GAGTACAACAGGAGCTAGAGACAACCATAGTGTTATGGGGATCGGTTGT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3C367TF 745 0 0
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TTTGTACTGTCCATATCAGTCATGGCTTTCTTGGAGAAGATGCTTCGGTAAGTGAAAGAG
ATGTTTGATATCATCGCGCTGATGAAACCAAGCCAGTTGAACGACAACTCAGTGAGCGAA
GCCATCGCAACTCCGAGTACAACAGGAGCTAGAGACGACCATAGTGTTATGGGGATCGGT
TGTCCAAGAAGGAACTGAGAAGCAGACGCATTGAAGAATGGCTCCAGCGCTTTGATGGTG
TGAGTGAAGGAGACAGCGACAGCGGCGAAGGAAACGTTGCTAGTGACATGGCCTATGGCG
TGACAGACTGCAACTGGTATCAATACCTTGAGGATGTTCGAGTTAATTGGTGCCCGTTTA
GGAAGTCCCACGGACCAGCTCAGCAAGCAGTAGACAACTCCAACGAACAAGTGAATAACC
GATACAAAATAGGGGTAAGGGAAGTAATTGTAGATCTTCTTGTTAAGGATGTTGAAAATC
ACGTTCAAGAAGTACCACATGAAGAAGAAGAATCCGGTGACGAGCCATGGTAGGCCACTA
TCCTACCATCGAAAGTTGATAGGGCAGAAATTTGAATGATGCGTCGCCAGCACAAAGGCC
ATGCGATCCGTCGAGTTATCATGAATCATCAGAGCAACGGGCAGAGCCCGCGTCGACCTT
TTATCTAATAAATGCATCCCTTCCC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 3

CO CL4419Contig1 545 3 7 U
GGAACCCAAGAGCTTAAAAACACCAAGCAACAATGTCAAAAAAATCAAAGGCTTCTTCTC
CATGTCAACTCCTCCTCCTCCTCTTCTTGTCTCTCAATTCTCAACCAGCACTCTCCTCTC
GTGCCCCAAAACCGCAATCACAACCAACATCAGCTCAAACCATAATCGATGATGATTCGT
CTTCAATGGCCAAGATCGACCATGCAAAATCCATGATTGCTGGATTCTTCAACCACAAGT
TTCCAATAAAGGGCTGGCCTATCCCCTACTACCCACCTTTCACAATGGTTAACCCTAATA
TTCCAACAAACCCATCTGGAGCTCAAGAGGAATCAGAGAAGTTACCTTCTCCCCCAAGCA
AAGCCAAAAAAGATGGAGGAAACGCCTGAATTTAGCATTTTACTTGTGTGTTTTAAAAAT
ATATTTTTCATCGAACACTTAAAAATTTGTGTGCCATTAAGCGTTGATACTGATGGAAAA
GTGAGGTTAAAACCGCAGACTGTTGCATTATTAGTAGAACACCTACTCTCAGTCTAGTTA
AATAT


BQ
10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 10 10 10 10 

AF RR3E954JQ C 2
AF RR3E954TF U 2
AF RR3C525TF U 1
BS 1 43 RR3C525TF
BS 44 44 RR3E954TF
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GG
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QA 3 487 3 487
DS 

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GG
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GTCAACTCCTCCTCCTCCTCTTCTTGTCTCTCAATTCTCAACCAGCACTCTCCTCTCGTG
CCCCAAAACCGCAATCACAACCAACATCAGCTCAAACCATAATCGATGATGATTCGTCTT
CAATGGCCAAGATCGACCATGCAAAATCCATGATTGCTGGATTCTTCAACCACAAGTTTC
CAATAAAGGGCTGGCCTATCCCCTACTACCCACCTTTCACAATGGTTAACCCTAATATTC
CAACAAACCCATCTGGAGCTCAAGAGGAATCAGAGAAGTTACCTTCTCCCCCAAGCAAAG
CCAAAAAAGATGGAGGAAACGCCTGAATTTAGCATTTTACTTGTGTGTTTTAAAAATATA
TTTTTCATCGAACACTTAAAAATTTGTGTGCCATTAAGCGTTGATACTGATGGAAAAGTG
AGGTT

QA 3 487 3 487
DS 

RD RR3C525TF 545 0 0
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TATGTCAACTCCTCCTCCTCCTCTTCTTGTCTCTCAATTCTCAACCAGCACTCTCCTCTC
GTGCCCCAAAACCGCAATCACAACCAACATCAGCTCAAACCATAATCGATGATGATTCGT
CTTCAATGGCCAAGATCGACCATGCAAAATCCATGATTGCTGGATTCTTCAACCACAAGT
TTCCAATAAAGGGCTGGCCTATCCCCTACTACCCACCTTTCACAATGGTTAACCCTAATA
TTCCAACAAACCCATCTGGAGCTCAAGAGGAATCAGAGAAGTTACCTTCTCCCCCAAGCA
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ATATTTTTCATCGAACACTTAAAAATTTGTGTTCCATTAAGCGTTGATACTGATGGAAAA
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AATAT

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 3

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BQ
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AF RR3B163TF U 1
AF RR3A812JQ C 2
AF RR3A812TF U 2
BS 1 151 RR3B163TF
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BS 153 164 RR3B163TF
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BS 167 691 RR3B163TF

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GGAGGAAGATGGAGGTTAGGGATAGAGTCCAGAAAAAGCTTGGACTAGCCGAGGAAGCTA
CAAGGAGATTAGCCGAGATTCGGGAAGAGCTGGAAGCTCTTACCGATCCAATGCGTAAGG
AGGTTTCCGCGATAAGGAAAAGAGTCGATGCTATTAATCGAGAACTCAAGCCATTAGGAC
AAAGCTGTCAAAGGAAGGAGAGGGAATTCAAAGAAGCACTTGAAGCATACAACGAAAAGA
ACAAAGAGAAAGCTATGTACATTAGCAAGCTAGTTGAGCTTGTTACTGAAAGCGAAAAAC
TGCGAATGACAAAGCTTGATGAACTCAGCAAAGGCATTGACGTTTCCTTACGCTAACACA
AGATGATCATCAGCCAGCTTTGCTTATTTCATTTGCACCTCTTTTTTAATTGTTTGATTT
CGATATTGCTTGTCTTTGTGATCAAATCTGATTTCCTGATTTAGTTGAAATGTGTTAAAG
CTTCGGTATGAGTTTACATTCTTATGTTTTC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3A812JQ 682 0 0
GG
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QA 3 682 3 682
DS 

RD RR3A812TF 682 0 0
GG
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GGAAGATGGAGGTTAGGGATAGAGTCCAGAAAAAGCTTGGACTAGCCGAGGAAGCTACAA
GGAGATTAGCCGAGATTCGGGAAGAGCTGGAAGCTCTTACCGATCCAATGCGTAAGGAGG
TTTCCGCGATAAGGAAAAGAGTCGATGCTATTAATCGAGAACTCAAGCCATTAGGACAAA
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AAGAGAAAGCTATGTACATTAGCAAGCTAGTTGAGCTTGTTACTGAAAGCGAAAAACTGC
GAATGACAAAGCTTGATGAACTCAGCAAAGGCATTGACGTTTCCTTACGCTAACACAAGA
TGATCATCAGCCAGCTTTGCTTATTTCATTTGCACCTCTTTTTTAATTGTTTGATTTCGA
TATTGCTTGTCTTTGTGATCAAATCTGATTTCCTGATTTAGTTGAAATGTGTTAAAGCTT
CGGTATGAGTTTACATTCTT

QA 3 682 3 682
DS 



AS 1 2

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CTTGATTGTTTCTGAAGATGTGGAGAGTGAAGCTCTTGCAACCCTTATCCTTAACAAGTT
GCGTGCCGGAATCAAAGTTTGTGCCATCAAGGCCCCAGGGTTTGGAGAGAACAGGAAGGC
CAATTTGCAAGACCTTGCTGCCCTTACTGGTGGAGAGGTTATCACGGATGAGCTTGGCAT
GAACCTAGAGAAGGTGGATTTAAGCATGCTAGGGACCTGCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DE95TF U 1
AF RR3DE77TF U 40
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BS 68 68 RR3DE77TF
BS 69 567 RR3DE95TF
BS 568 702 RR3DE77TF

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TGGGACCATTTCTGCAAATGGAGAGAGGGAGATTGGTGAATTGATTGCAAAAGCTATGGA
GAAGGTTGGGAAAGAAGGTGTAATCACAATCCAAGATGGAAAGACATTGATCAACGAGTT
GGAAGTTGTAGAAGGGATGAAGTTGGACAGAGGTTACACATCCCCTTACTTTATCACCAA
TCAGAAAACGCAAAAATGTGAACTGGAAGAGCCTCTCATTCTTATCCATGAGAAGAAGAT
CTCCTCCATCAACTCTATTGTGAAAGTGTTGGAGTTGGCTATGAAGAGACAAAGACCACT
CTTGATTGTTTCTGAAGATGTGGAGAGTGAAGCTCTTGCAACCCTTATCCTTAACAAGTT
GCGTGCCGGAATCAAAGTTTGTGCCAT

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DS 

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G
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TCTATGGCGGTTGATGCTGTGGTGACAAACCTTAAAAGCAGAGCTAGGATGATCAGCACA
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AAGACATTGATCAACGAGTTGGAAGTTGTAGAAGGGATGAAGTTGGACAGAGGTTACACA
TCCCCTTACTTTATCACCAATCAGAAAACGCAAAAATGTGAACTGGAAGAGCCTCTCATT
CTTATCCATGAGAAGAAGATCTCCTCCATCAACTCTATTGTGAAAGTGTTGGAGTTGGCT
ATGAAGAGACAAAGACCACTCTTGATTGTTTCTGAAGATGTGGAGAGTGAAGCTCTTGCA
ACCCTTATCCTTAACAAGTTGCGTGCCGGAATCAAGGTTTGTGCCATCAAGGCCCCAGGG
TTTGGAGAGAACAGGAAGGCCAATTTGCAAGACCTTGCTGCCCTTACTGGTGGAGAGGTT
ATCACGGATGAGCTTGGCATGAACCTAGAGAAGGTGGATTTAAGCATGCTAGGGACCTGC
AA

QA 2 663 2 663
DS 



AS 1 3

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GGAAAACAGTAGACGAAGAGAGAAAGCAGAGGCACTCTTTACCTCTTCTTCTCTTTCGTC
TACTCTCCGCAATCAAACAAAATCAAACTAAAAAAAGGAAACCCCAGATCTCTCCTTCCT
CTTACATTTAAAGACTTTAAAAAGTCGAGTTATTATGTACAAGGAGGGTCGGAGTGGAAG
CATAATAATGGGCGGTGGCGGATCATCGAGATCGGAGCTTCTCGGCGGAGCTACTGATCG
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AGACAGAGATTCGTTCCCTTCGACCTCAACAACTACTAAATCTCAACTTGGAGAAGGAGT
TGAATCTGAAACGGATAGTGAAGGATCGGATGTTAGTGGGTCAGAAGGTGAAACGTCGTG
GATCTCGTGGTTTTGTAACTTGAGAGGGAATGAGTTTTTCTGTGAAGTGGATGAGGATTA
TGTACAGGATGATTTCAATCTATGTGGGTTGAGTGGTCAAGTTCCTTATTATGATTATGC
ACTTGATCTCATCTTAGATGTTGAATCCTCAAACAGTGATATGTCTACTGAAGAACAGAA
TGAGTTAGTGGAATCGGCTGCGGAAATGTTATATGGACTTATTCATGTTCGTTACATTCT
CACTACTAAAGGACTAACTGCTATGTTGGAGAAGTACAAGAACTATGATTTTGGAAGATG
TCCGAGAGTTTTCTGCTGCGGTCAGTCTTGTCTTCCTGTTGGACAATCCGATATCCTTAG
GTCGAGCACGGTGAAGATATACTGCCCTAAATGCGAGGATCTTTACTACCCTCGATCTAA
ATACCAAGGCAGTATCCTTTTTTTCCACTTTGTTTAAAAAGGCTTTGGGAGATGTTAAAA
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GCAGACATTGATGGAGCTTATTTTGGGACTACTTTCCCACATTTGTTTTTCATGGCCCAT
GGGAACATGAAACCGCAGAAGCCGAGTCAAAGCTATGTTCCTAAAATCTTTGGTTTTAAG
GTACACAAGAAGCAATGAGTTATAACACAATCTCGGTGGCTGAGCCCTTCTTCTTGAAGG
TGGTTGGAGGATGAGAAGAGCTCTTATGAGAAAAACTTTGAGCTTTCTGTATGTAATCTT
GGAAGAAACTGATCTGATGTAGGACAGCAGGGTCTTTGGCCTGTGTTGGGACTTGGGAGA
GAAACGAAAACATGAGAGGTTCTGGAAATTCATTTACCTGTTGGGATTCAAGTTAAATCA
TTCACTGATATGGTTTTGATTTTGCATTAACTGTTAATTGTGTGTTGTTTACCTGTTCTT
ATTTGTTACTTGTGTTGTACGCAACTAACATGTCTCACCAATATTAAACTCTGTTTATTT
TG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3A970TF U 1
AF RR3FW81TF U 122
AF RR3A970JQ C 612
BS 1 780 RR3A970TF
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BS 861 1442 RR3A970JQ

RD RR3A970TF 812 0 0
GGAAAACAGTAGACGAAGAGAGAAAGCAGAGGCACTCTTTACCTCTTCTTCTCTTTCGTC
TACTCTCCGCAATCAAACAAAATCAAACTAAAAAAAGGAAACCCCAGATCTCTCCTTCCT
CTTACATTTAAAGACTTTAAAAAGTCGAGTTATTATGTACAAGGAGGGTCGGAGTGGAAG
CATAATAATGGGCGGTGGCGGATCATCGAGATCGGAGCTTCTCGGCGGAGCTACTGATCG
GAAACGAATCAACGAAGCTTTAGACAAACATCTCAAAAAGTCTTCACCTTCCACTTCTAA
AGACAGAGATTCGTTCCCTTCGACCTCAACAACTACTAAATCTCAACTTGGAGAAGGAGT
TGAATCTGAAACGGATAGTGAAGGATCGGATGTTAGTGGGTCAGAAGGTGAAACGTCGTG
GATCTCGTGGTTTTGTAACTTGAGAGGGAATGAGTTTTTCTGTGAAGTGGATGAGGATTA
TGTACAGGATGATTTCAATCTATGTGGGTTGAGTGGTCAAGTTCCTTATTATGATTATGC
ACTTGATCTCATCTTAGATGTTGAATCCTCAAACAGTGATATGTCTACTGAAGAACAGAA
TGAGTTAGTGGAATCGGCTGCGGAAATGTTATATGGACTTATTCATGTTCGTTACATTCT
CACTACTAAAGGACTAACTGCTATGTTGGAGAAGTACAAGAACTATGATTTTGGAAGATG
TCCGAGAGTTTTCTGCTGCGGTCAGTCTTGTCTTCCTGTTGGACAATCCGATATCCTTAG
*TCGAGCACGGTGAAGATATACTGCCCTAAAT

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3FW81TF 739 0 0
GG
ACATTTAAAGACTTTAAAAAGTCGAGTTATTATGTACAAGGAGGGTCGGAGTGGAAGCAT
AATAATGGGCGGTGGCGGATCATCGAGATCGGAGCTTCTCGGCGGAGCTACTGATCGGAA
ACGAATCAACGAAGCTTTAGACAAACATCTCAAAAAGTCTTCACCTTCCACTTCTAAAGA
CAGAGATTCGTTCCCTTCGACCTCAACAACTACTAAATCTCAACTTGGAGAAGGAGTTGA
ATCTGAAACGGATAGTGAAGGATCGGATGTTAGTGGGTCAGAAGGTGAAACGTCGTGGAT
CTCGTGGTTTTGTAACTTGAGAGGGAATGAGTTTTTCTGTGAAGTGGATGAGGATTATGT
ACAGGATGATTTCAATCTATGTGGGTTGAGTGGTCAAGTTCCTTATTATGATTATGCACT
TGATCTCATCTTAGATGTTGAATCCTCAAACAGTGATATGTTTACTGAAGAACAGAATGA
GTTAGTGGAATCGGCTGCGGAAATGTTATATGGACTTATTCATGTTCGTTACATTCTCAC
TACTAAAGGACTAACTGCTATGTTGGAGAAGTACAAGAACTATGATTTTGGAAGATGTCC
GAGAGTTTTCTGCTGCGGTCAGTCTTGTCTTCCTGTTGGACAATCCGATATCCCTAGGTC
GAGCACGGTGAAGATATACTGCCCTAAATGCGAGGATCTTTACTACCCTCGATCTAA*TA
CCA*GGCAGTATCCTTT

QA 3 739 3 739
DS 

RD RR3A970JQ 831 0 0
AATCGGCTGCGGAAATGTTATATGGACTTATTCATGTTCGTTACATTCTCACTACTAAAG
GACTAACTGCTATGTTGGAGAAGTACAAGAACTATGATTTTGGAAGATGTCCGAGAGTTT
TCTGCTGCGGTCAGTCTTGTCTTCCTGTTGGACAATCCGATATCCTTAGGTCGAGCACGG
TGAAGATATACTGCCCTAAATGCGAGGATCTTTACTACCCTCGATCTAAATACCAAGGCA
GTATCCTTTTTTTCCACTTTGTTTAAAAAGGCTTTGGGAGATGTTAAAAGTGTGTGTTTG
TTGTCTACTTTGTCTTGGTGTTTATTTTTTTTCCTTAATGGTTATTTTTGCAGACATTGA
TGGAGCTTATTTTGGGACTACTTTCCCACATTTGTTTTTCATGGCCCATGGGAACATGAA
ACCGCAGAAGCCGAGTCAAAGCTATGTTCCTAAAATCTTTGGTTTTAAGGTACACAAGAA
GCAATGAGTTATAACACAATCTCGGTGGCTGAGCCCTTCTTCTTGAAGGTGGTTGGAGGA
TGAGAAGAGCTCTTATGAGAAAAACTTTGAGCTTTCTGTATGTAATCTTGGAAGAAACTG
ATCTGATGTAGGACAGCAGGGTCTTTGGCCTGTGTTGGGACTTGGGAGAGAAACGAAAAC
ATGAGAGGTTCTGGAAATTCATTTACCTGTTGGGATTCAAGTTAAATCATTCACTGATAT
GGTTTTGATTTTGCATTAACTGTTAATTGTGTGTTGTTTACCTGTTCTTATTTGTTACTT
GTGTTGTACGCAACTAACATGTCTCACCAATATTAAACTCTGTTTATTTTG

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 3

CO CL4423Contig1 716 3 27 U
GGAATGGTTGTGCTAGTAGAAAGGAGTTCTAGAGATGGTGAGAAGCATTTGTTCTTTCTT
TGGTAGAAAGAAGAAGATGGCGGCGAGAAGCATCTCTTACATCACCTCTACTCAGCTCCT
TCCTCTCCATCGTCGTCCCAACATCGCCATCATAGATGTCAGGGATGAAGAGAGGAACTA
TGATGGACATATAGCTGGTTCTCTACACTATGCGAGTGGCTCTTTTGATGATAGGATCTC
TCATCTTGTTCAACATGTCAAGGATAAAGACACACTTGTCTTCCATTGTGCTCTCAGCCA
GGTTCGTGGCCCAACATGTGCAAGAAGACTCGTGAATTATCTTGACGAGAAGAAACAAGA
AACTGGAATAAAAAACATAATGATCTTGGAACGCGGCTTCAATGGCTGGGAAGCTGCTGG
AAAACCGGTTTGCCGCTGCGCAGACGTTCCCTGCAAAGGCGACTGCACCTAAGAAGGCCC
TACTGAACCATTCGAAACCTTAAATTGATCTCCACATTATTGTCATGTGTATCAAGAGAT
ATGATGATTAC*TACTATTCATAAATAATTTCCTAGGCCAATATGACTGGTTACCTCTCT
CTGTTGACAAATCACAATATTAAAGAGCCCTTTCGATATGTATTGGGAGTCGTCAAAGTC
ACGTTTATTGTCTTTATAATAACTCTCTCAACACTTACAATGGTAGCTCTATTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 
20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 5 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G671TF U 1
AF RR3FT47TF U 29
AF RR3AE64TF U 35
BS 1 41 RR3G671TF
BS 42 42 RR3FT47TF
BS 43 108 RR3G671TF
BS 109 109 RR3FT47TF
BS 110 126 RR3G671TF
BS 127 127 RR3FT47TF
BS 128 177 RR3G671TF
BS 178 178 RR3FT47TF
BS 179 186 RR3G671TF
BS 187 187 RR3FT47TF
BS 188 222 RR3G671TF
BS 223 223 RR3FT47TF
BS 224 264 RR3G671TF
BS 265 265 RR3FT47TF
BS 266 294 RR3G671TF
BS 295 295 RR3FT47TF
BS 296 304 RR3G671TF
BS 305 305 RR3FT47TF
BS 306 330 RR3G671TF
BS 331 331 RR3FT47TF
BS 332 517 RR3G671TF
BS 518 520 RR3FT47TF
BS 521 551 RR3G671TF
BS 552 552 RR3FT47TF
BS 553 569 RR3G671TF
BS 570 634 RR3FT47TF
BS 635 716 RR3AE64TF

RD RR3G671TF 573 0 0
GGAATGGTTGTGCTAGTAGAAAGGAGTTCTAGAGATGGTGATAAGCATTTGTTCTTTCTT
TGGTAGAAAGAAGAAGATGGCGGCGAGAAGCATCTCTTACATCACCTCAACTCAGCTCCT
TCCTCTTCATCGTCGTCCCAACATCGCCATCATAGATGTCAGGGATGAAGAGAGGAATTA
TGATGGGCATATAGCTGGTTCTCTACACTATGCGAGTGGCTCCTTTGATGATAGGATCTC
TCATCTTGTTCAACATGTCAAGGACAAAGACACACTTGTCTTCCATTGTGCTCTTAGCCA
GGTT*GTGGCCCAACATGTGCAAGAAGACTAGTGAATTATCTTGACGAGAAGAAACAAGA
AACTGGAATAAAAAACATAATGATCTTGGAACGCGGCTTCAATGGCTGGGAAGCTGCTGG
AAAACCGGTTTGCCGCTGCGCAGACGTTCCCTGCAAAGGCGACTGCACCTAAGAAGGCCC
TACTGAACCATTCGAAACCTTAAATTGATCTCCACAT***TGTCATGTGTATCAAGAGAT
ATGATGATTACATACTATTCATAAATAAT
CTCT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3FT47TF 606 0 0
GGAGAGAT
GGTGAGAAGCATTTGTTCTTTCTTTGGTAGAAAGAAGAAGATGGCGGCGAGAAGCATCTC
TTACATCACCTCTACTCAGCTCCTCCCTCTCCATCGTCGTCCCAACATCGCCATCATAGA
TGTCAGGGATGAAGAGAGGAACTATGATGGACATATAGCTGGTTCTCTACACTATGCGAG
TGGCTCTTTTGATGATAGGATCTCTCATCTTGTTCAACATGTCAAGGATAAAGACACACT
TGTCTTCCATTGTGCTCTCAGCCAGGTTCGTGGCCCAACATGTGCAAGAAGACTCGTGAA
TTATCTTGACGAGAAGAAACAAGAAACTGGAATAAAAAACATCATGATCTTGGAACGCGG
CTTCAATGGCTGGGAAGCTGCTGGAAAACCGGTTTGCCGCTGCGCAAACGTTCCCTGCAA
AGGCGACTGCACCTAAGAAGGCCCTACTGAACCATTCGAAACCTTAAATTGATCTCCACA
TTATTGTCATGTGTATCAAGGGATATGATGATTAC*TACTATTCATAAATAATTTCCTAG
GCCAATATGACTGGTTACCTCTCTCTGTTGACAAATCACAATATTAAAGAGCCCTTTC

QA 9 606 9 606
DS 

RD RR3AE64TF 682 0 0
GG
GGTGAGAAGCATTTGTTCTTTCTTTGGTAGAAAGAAGAAGATGGCGGCGAGAAGCATCTC
TTACATCACCTCTACTCAGCTCCTTCCTCTCCATCGTCGTCCCAACATCGCCATCATAGA
TGTCAGGGATGAAGAGAGGAACTATGATGGACATATAGCTGGTTCTCTACACTATGCGAG
TGGCTCTTTTGATGATAGGATCTCTCATCTTGTTCAACATGTCAAGGATAAAGACACACT
TGTCTTCCATTGTGCTCTCAGCCAGGTTCGTGGCCCAACATGTGCAAGAAGACTCGTGAA
TTATCTTGACGAGAAGAAACAAGAAACTGGAATAAAAAACATAATGATCTTGGAACGCGG
CTTCAATGGCTGGGAAGCTGCTGGAAAACCGGTTTGCCGCTGCGCAGACGTTCCCTGCAA
AGGCGACTGCACCTAAGAAGGCCCTACTGAACCATTCGAAACCTTAAATTGATCTCCACA
TTATTGTCATGTGTATCAAGAGATATGATGATTAC*TACTATTCATAAATAATTTCCTAG
GCCAATATGACTGGTTACCTCTCTCTGTTGACAAATCACAATATTAAAGAGCCCTTTCGA
TATGTATTGGGAGTCGTCAAAGTCACGTTTATTGTCTTTATAATAACTCTCTCAACACTT
ACAATGGTAGCTCTATTGCT

QA 3 682 3 682
DS 



AS 1 3

CO CL4424Contig1 904 3 4 U
AGTCTTAACATAGCAATAGCATTAGAGTAGTGATTCTGAATAACCAAATAGTTCTACTAA
AACAGCAACAAACAATGATGAATGGGAAAATCCATAGACCTTGGAAGAAACGCAAATGGT
CATCGAATGTCTCTGCATGCCTGATCTTAGTGATCGAACCATCATCTTCAACCCAGTATT
CCGGAGGACGCATCTTGAGATTGTAAGTGGAAGCCATGCTCATACAGTATGCACCAGCAT
CATGAACCACCAGACCAGCTCCCTTTGGAGGAGTGGGAAGCTCTCTGTCTTTGCCCAAGA
AATCAGCAGATTCACAAACAGGACCAACTACGTCAAACTTAGAAACCTCTGCTTCAGGTG
CTGGAGGAGAGACCAACTCAATGTGCTGATAGGCATCATAAAGACTGGGACGGATTAGCT
CAGCCATACTTCCATCGATCACAATAAAGTTTTTAGTTCCATTCGTCTTCACACCTGTCA
CATGGTTGACGAAACAGCACGTGTTTGCAATCAACGACCTCCCTGGCTCTATTATTAGAT
TCAAGTCTCGTGACAAAACTAGCTCTCTCACGGTGTTGATGAGATCCATAGGTGTAGGAA
GGACAGCACCGGCATGGTAATAATCAATCCCTAAACCACCACCGATGTTCAAGTAACTAA
CTTCAAAGCCTTGACGCCTGATTTCATCAATGTATTCCACCATCAGTACCGCAGCATCTC
TGAATATATCCACCTTTGTAATGGTAGAGCCTAGATGACAATGCGCTCCAACAAACTTAA
GCTCATTAGGATGCGCCTTCACCTCGTCGAGAAACCACTGAAGCTTCTCGTTCCTGATCC
CAAACTTTGAGTTCTTGTTCCCGGTGGCTACATATGGATGCACCTGAGGATCCACATCAG
GATC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3D226JQ U 1
AF RR3CO30JQ U 1
AF RR3D226TF C 126
BS 1 92 RR3CO30JQ
BS 93 93 RR3D226JQ
BS 94 766 RR3CO30JQ
BS 767 904 RR3D226TF

RD RR3D226JQ 594 0 0
G
GTCTTAACATAGCAATAGCATTAGAGTAGTGATTCTGAATAACCAAATAGTTCTACTAAA
ACAGCAACAAACAATGATGAATGGGAAAATCCATAGACCTTGGAAGAAACGCAAATGGTC
ATCGAATGTCTCTGCATGCCTGATCTTAGTGATCGAACCATCATCTTCAACCCAGTATTC
CGGAGGACGCATCTTGAGATTGTAAGTGGAAGCCATGCTCATACAGTATGCACCAGCATC
ATGAACCACCAGACCAGCTCCCTTTGGAGGAGTGGGAAGCTCTCTGTCTTTGCCCAAGAA
ATCAGCAGATTCACAAACAGGACCAACTACGTCAAACTTAGAAACCTCTGCTTCAGGTGC
TGGAGGAGAGACCAACTCAATGTGCTGATAGGCATCATAAAGACTGGGACGGATTAGCTC
AGCCATACTTCCATCGATCACAATAAAGTTTTTAGTTCCATTCGTCTTCACACCTGTCAC
ATGGTTGACGAAACAGCACGTGTTTGCAATCAACGACCTCCCTGGCTCTATTATTAGATT
CAAGTCTCGTGACAAAACTAGCTCTCTCACGGTGTTGATGAGATCCATAGGTG

QA 2 594 2 594
DS 

RD RR3CO30JQ 766 0 0
AGTCTTAACATAGCAATAGCATTAGAGTAGTGATTCTGAATAACCAAATAGTTCTACTAA
AACAGCAACAAACAATGATGAATGGGAAAATCTATAGACCTTGGAAGAAACGCAAATGGT
CATCGAATGTCTCTGCATGCCTGATCTTAGTGATCGAACCATCATCTTCAACCCAGTATT
CCGGAGGACGCATCTTGAGATTGTAAGTGGAAGCCATGCTCATACAGTATGCACCAGCAT
CATGAACCACCAGACCAGCTCCCTTTGGAGGAGTGGGAAGCTCTCTGTCTTTGCCCAAGA
AATCAGCAGATTCACAAACAGGACCAACTACGTCAAACTTAGAAACCTCTGCTTCAGGTG
CTGGAGGAGAGACCAACTCAATGTGCTGATAGGCATCATAAAGACTGGGACGGATTAGCT
CAGCCATACTTCCATCGATCACAATAAAGTTTTTAGTTCCATTCGTCTTCACACCTGTCA
CATGGTTGACGAAACAGCACGTGTTTGCAATCAACGACCTCCCTGGCTCTATTATTAGAT
TCAAGTCTCGTGACAAAACTAGCTCTCTCACGGTGTTGATGAGATCCATAGGTGTAGGAA
GGACAGCACCGGCATGGTAATAATCAATCCCTAAACCACCACCGATGTTCAAGTAACTAA
CTTCAAAGCCTTGACGCCTGATTTCATCAATGTATTCCACCATCAGTACCGCAGCATCTC
TGAATATATCCACCTTTGTAATGGTAGAGCCTAGATGACAATGCGC

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3D226TF 779 0 0
AATGTCTCTGCATGC*TGATCTTAGTGATCGAACCATCATCTTCAACCCAGTATTCCGGA
GGACGCATCTTGAGATTGTAAGTGGAAGCCATGCTCATACAGTATGCACCAGCATCATGA
ACCACCAGACCAGCTCCCTTTGGAGGAGTGGGAAGCTCTCTGTCTTTGCCCAAGAAATCA
GCAGATTCACAAACAGGACCAACTACGTCAAACTTAGAAACCTCTGCTTCAGGTGCTGGA
GGAGAGACCAACTCAATGTGCTGATAGGCATCATAAAGACTGGGACGGATTAGCTCAGCC
ATACTTCCATCGATCACAATAAAGTTTTTAGTTCCATTCGTCTTCACACCTGTCACATGG
TTGACGAAACAGCACGTGTTTGCAATCAACGACCTCCCTGGCTCTATTATTAGATTCAAG
TCTCGTGACAAAACTAGCTCTCTCACGGTGTTGATGAGATCCATAGGTGTAGGAAGGACA
GCACCGGTATGGTAATAATCAATCCCTAAACCACCACCGATGTTCAAGTAACTAACTTCA
AAGCCTTGACGCCTGATTTCATCAATGTATTCCACCATCAGTACCGCAGCATCTCTGAAT
ATATCCACCTTTGTAATGGTAGAGCCTAGATGACAATGCGCTCCAACAAACTTAAGCTCA
TTAGGATGCGCCTTCACCTCGTCGAGAAACCACTGAAGCTTCTCGTTCCTGATCCCAAAC
TTTGAGTTCTTGTTCCCGGTGGCTACATATGGATGCACCTGAGGATCCACATCAGGATC

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

CO CL4425Contig1 409 2 3 U
GGACACTTTGAAGCTTTAATAATTTCTGACAAGCATCAAAAAGAGCTAAAAAGAAGATGG
GAACAGCTACTTTCATATTCTTCTTGCTATCCTCTTGCCTCCACTTGGAGTCTTTCTCAG
ATATGGTTGCGGGGTAGAGTTTTGGATATGTTTGGTTTTGACGCTGCTTGGATACATCCC
TGGGATCATATACGCCCTTTATGTGCTCACCAAATGATTTACCATCTATCATCTCTTCTT
GTATCTTCATCTCCTTGAACAGCTGTCTGGTCGTGTTCTACTCTTTGTGTGCGACTGATT
CAACGTTTATTTCATCAAATGGTTTTTATGTTTCGAGCAATTTAATTCATCGTTGTTGTG
TTTGCAGTGTTATATAATTTTCTGTTGATATAAAGAAGAGATCTTTTGT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM43TF U 1
AF RR3DM43JQ C 1
BS 1 2 RR3DM43JQ
BS 3 142 RR3DM43TF
BS 143 409 RR3DM43JQ

RD RR3DM43TF 143 0 0
GG
ACACTTTGAAGCTTTAATAATTTCTGACAAGCATCAAAAAGAGCTAAAAAGAAGATGGGA
ACAGCTACTTTCATATTCTTCTTGCTATCCTCTTGCCTCCACTTGGAGTCTTTCTCAGAT
ATGGTTGCGGGGTAGAGTTT
G

QA 3 142 3 142
DS 

RD RR3DM43JQ 409 0 0
GGACACTTTGAAGCTTTAATAATTTCTGACAAGCATCAAAAAGAGCTAAAAAGAAGATGG
GAACAGCTACTTTCATATTCTTCTTGCTATCCTCTTGCCTCCACTTGGAGTCTTTCTCAG
ATATGGTTGCGGGGTAGAGTTTTGGATATGTTTGGTTTTGACGCTGCTTGGATACATCCC
TGGGATCATATACGCCCTTTATGTGCTCACCAAATGATTTACCATCTATCATCTCTTCTT
GTATCTTCATCTCCTTGAACAGCTGTCTGGTCGTGTTCTACTCTTTGTGTGCGACTGATT
CAACGTTTATTTCATCAAATGGTTTTTATGTTTCGAGCAATTTAATTCATCGTTGTTGTG
TTTGCAGTGTTATATAATTTTCTGTTGATATAAAGAAGAGATCTTTTGT

QA 1 409 1 409
DS 



AS 0 0

AS 1 3

CO CL4427Contig1 815 3 9 U
AAATCTGATCTCTTAACTTGGAAAGAGAAAACAACCAACAAGAAGCATAAATAAACAAAA
GCCAATGTATGGAAACAATTTTTTTGGTTCATGAGTAAAGCAAATAACAGAAAAAAAAAA
GAGAAATATAACAAGAATATGATTGTCTGATGCAAAGAGACTCAGAGAGACCAGTTGTGA
TGGTGTGAAGAAGAGTCATAAGCCCTTGAGTTCTCACCTTCCATGTACTGCCTCCTATTC
TGATGTTGATGGTCAGATAACTCGAACTCACCCATTGTCGTTCCACCGCCCATCTCTGTC
TCGGTGAATCGCCCCAAATTCAAAACAGGAGACATATCATTCTGACAGTTATTGTCATCG
TCCTTAAACACCCAAGGCGGGTTCAGATACTGATGCTGGCTAGGTGCAGGTGGTGGCTGA
GCCATTGTAACCGTCATCGGACCAAAACCTGAAGAAGTTCTCCATGTGTTGTTGTCGTTG
GTGTTGTCATGTGGCTGGTGTGGGTTTGACAGAAGAAAGAGAGCACAGTTTGAGTCGCTG
CCAATCCCCTTGTAGCTCTCTGGTTTAGTGTCCATAACCTCTGGAGATGAGAAGCTTATC
CCTCCTCCTCCTCCTCCACTGACTGATCCTTGACTAAACACGTTCATCGGATTGATCTGC
CACGACGGTCGTCTCATCACTCTTGTATCCAACGTTCTAGTATTTGTCCAACCCATTTCT
TGGGAACCAAGAAAGCTCCCATTCATTGTAGTTTCAGCATTTCCGTAAAGCGAAGGTGCT
ATCCTCCCGTAACGAGAAGACAACACAGAGAGAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AF26TF C 1
AF RR3AG09JQ U 169
AF RR3FC20JQ U 169
BS 1 168 RR3AF26TF
BS 169 365 RR3AG09JQ
BS 366 366 RR3FC20JQ
BS 367 451 RR3AG09JQ
BS 452 452 RR3FC20JQ
BS 453 698 RR3AG09JQ
BS 699 699 RR3FC20JQ
BS 700 769 RR3AG09JQ
BS 770 815 RR3FC20JQ

RD RR3AF26TF 560 0 0
AAATCTGATCTCTTAACTTGGAAAGAGAAAACAACCAACAAGAAGCATAAATAAACAAAA
GCCAATGTATGGAAACAATTTTTTTGGTTCATGAGTAAAGCAAATAACAGAAAAAAAAAA
GAGAAATATAACAAGAATATGATTGTCTGATGCAAAGAGACTCAGAGAGACCAGTTGTGA
TGGTGTGAAGAAGAGTCATAAGCCCTTGAGTTCTCACCTTCCATGTACTGCCTCCTATTC
TGATGTTGATGGTCAGATAACTCGAACTCACCCATTGTCGTTCCACCGCCCATCTCTGTC
TCGGTGAATCGCCCCAAATTCAAAACAGGAGACATATCATTCTGACAGTTATTGTCATCG
TCCTTAAACACCCAAGGCGGGTTCAGATACTGATGCTGGCTAGGTGCAGGTGGTGGCTGA
GCCATTGTAACCGTCATCGGACCAAAACCTGAAGAAGTTCTCCATGTGTTGTTGTCGTTG
GTGTTGTCATGTGGCTGGTGTGGGTTTGACAGAAGAGAGAGAGCACAGTTTGAGTCGCTG
CCAATCCCCTTGTAGCTCTC

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3AG09JQ 601 0 0
GACCAGTTGTGATGGTGTGAAGAAGAGTCATAAGCCCTTGAGTTCTCACCTTCCATGTAC
TGCCTCCTATTCTGATGTTGATGGTCAGATAACTCGAACTCACCCATTGTCGTTCCACCG
CCCATCTCTGTCTCGGTGAATCGCCCCAAATTCAAAACAGGAGACATATCATTCTGACAG
TTATTGTCATCGTCCTTGAACACCCAAGGCGGGTTCAGATACTGATGCTGGCTAGGTGCA
GGTGGTGGCTGAGCCATTGTAACCGTCATCGGACCAAAACCTGGAGAAGTTCTCCATGTG
TTGTTGTCGTTGGTGTTGTCATGTGGCTGGTGTGGGTTTGACAGAAGAAAGAGAGCACAG
TTTGAGTCGCTGCCAATCCCCTTGTAGCTCTCTGGTTTAGTGTCCATAACCTCTGGAGAT
GAGAAGCTTATCCCTCCTCCTCCTCCTCCACTGACTGATCCTTGACTAAACACGTTCATC
GGATTGATCTGCCACGACGGTCGTCTCATCACTCTTGTATCCAACGTTCTTGTATTTGTC
CAACCCATTTCTTGGGAACCAAGAAAGCTCCCATTCATTGTAGTTTCAGCATTTCCGTAA
A

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3FC20JQ 647 0 0
GACCAGTTGTGATGGTGTGAAGAAAAGTCATAAGCCCTCGAGTTCTCACCTTCCACGTAC
TGCCTCCTATTCTGATGTTGATGGTCAGATAACTCGAACTCACCCATTGCCGTTCCACCG
CCCATCTCTGTCTCGGTGAATCGCCCCAAATTCAAAACAGGAGACATATCATCCTGACAG
TTATTGTCATCGTCCTTAAACACCCAAGGGGGGTTCAGATACTGATGCTGGCTAGGTGCA
GGTGGCGGCTGAACCATTGTAACCGTCATCGGACCAAAACCTGAAGAAGTTCTCCATGTG
TTGTT*TCGTTGGTGTTGTCATGTGGCTGGTGTGGGTTTGACAGAAGAAAGAGAGCACAG
TTTGAGTCGCTGCCAATCCCCTTGTAGCTCTCTGGTTTAGTGTCCATAACCTCTGGAGAT
GAGAAGCTTATCCCTCCTCCTCCTCCTCCACTGACTGATCCTTGACTAAACACGTTCATC
GGATTGATCTGCCACGACGGTCGTCTCATCACTCTTGTATCCAACGTTCTAGTATTTGTC
CAACCCATTTCTTGGGAACCAAGAAAGCTCCCATTCATTGTAGTTTCAGCATTTCCGTAA
AGCGAAGGTGCTATCCTCCCGTAACGAGAAGACAACACAGAGAGAGA

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 3

CO CL4428Contig1 893 3 5 U
GGAGTGGAGGAGAAAGGGATACTCTGAATCAAAATGGCGAAGAAGGTGTTGATGACATCT
AACGGCGACGAGGTTTCCCGGAACATCGCAATCCAGCTAGCCAAACATGGTTGTCGGCTG
GTTTTGATGGGAGATGAGGCTTCTCTAAGGAGCACTGTAGACCACATACGAGTCTCCATA
GAGGGAGCCTTCCCAGTGGAGGTCATTGGAGCCGACATGGAAGCTGACAGTGAGGAAGCT
TTCCATGTTGCTGTCCAAAAGGCATGGAATCGTTTGGGATCTTTGGATGCTTTTGTCAAC
TGCTGTACCTACCAAGGGAAGATGCAGGACATTCTCCAAGTCTCTGAAGATGAGTTCAAG
AAAATCACAAAGATCAATCTCACGGCTCCATGGTTTATATTGAAGGCTGTGGCGAGTATG
ATGAAGGAGCATGGAACAGGAGGTTCCGTTGTCTTTATGGCTACAATCGCTAGTGGGGAG
AGAGGGCTTTACCCTGGAGCTGATGCCTATGCTACAGCCGCTGCTGGGATTCACCAGCTC
GTTCGGGCATCAGCCATGAGTCTAGGGAAGCACAAGATAAGGGTCAACATGATCTCTAGA
GGACTGCATCTTGGAGATGAATATCCAGTTGCAGTGGGGATAGATAGAGCGGAGAAGCTG
GTGAAGGACGCTGCTCCTCTGGGACAGTGGCTTAACCCGGAGAAAGATATCTACTCGACT
GTGATTTATTTGATCAGTGACGGTTCATGCTTCATGACAGGTACAAATGTGATGGTCGAT
GGAGCACAGTTTCTTATGAGACCACGTCTCAAATCCTACATGTGGTTTGGTTTTTATAAA
AATGCTTGTAACGGTATTATTACTTTCTTGAAAATTGAATTTGATCAAGCTTG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EQ77TF U 1
AF RR3C131TF U 4
AF RR3EQ77JQ C 349
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BS 111 653 RR3EQ77TF
BS 654 661 RR3C131TF
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AACGGCGACGAGGTTTCCCGGAACATCGCAATCCAGCTAGCCAAACATGTTTGTCGGCTG
GTTTTGATGGGAGATGAGGCTTCTCTAAGGAGCACTGTAGACCACATACGAGTCTCCATA
GAGGGAGCCTTCCCAGTGGAGGTCATTGGAGCCGACATGGAAGCTGACAGTGAGGAAGCT
TTCCATGTTGCTGTCCAAAAGGCATGGAATCGTTTGGGATCTTTGGATGCTTTTGTCAAC
TGCTGTACCTACCAAGGGAAGATGCAGGACATTCTCCAAGTCTCTGAAGATGAGTTCAAG
AAAATCACAAAGATCAATCTCACGGCTCCATGGTTTATATTGAAGGCTGTGGCGAGTATG
ATGAAGGAGCATGGAACAGGAGGTTCCGTTGTCTTTATGGCTACAATCGCTAGTGGGGAG
AGAGGGCTTTACCCTGGAGCTGATGCCTATGCTACAGCCGCTGCTGGGATTCACCAGCTC
GTTCGGGCATCAGCCATGAGTCTAGGGAAGCACAAGATAAGGGTCAACATGATCTCTAGA
GGACTGCATCTTGGAGATGAATATCCAGTTGCAGTGGGGATAGATAGAGCGGA

QA 1 653 1 653
DS 

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GG
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CGACGAGGTTTCCCGGAACATCGCTATCCAGCTAGCCAAACATGGTTGTCGGCTGGTTTT
GATGGGAGATGAGGCTTCTCTAAGGAGCACTGTAGACCACATACGAGTCTCCATAGAGGG
AGCCTTCCCAGTGGAGGTCATTGGAGCCGACATGGAAGCTGACAGTGAGGAAGCTTTCCA
TGTTGCTGTCCAAAAGGCATGGAATCGTTTGGGATCTTTGGATGCTTTTGTCAACTGCTG
TACCTACCAAGGGAAGATGCAGGACATTCTCCAAGTGTCTGAAGATGAATTCAAGAAGAT
CACAAAGATCAATCTCACGGCTCCATGGTTTATCTTGAAGGCTGTGGCGAGTATGATGAA
GGGGCATGGAACAGGAGGTTCCGTTGTCTTTATGGCTACGATCGCTAGTGGGGAGAGAGG
GCTTTACCCTGGAGCTGATGCCTATGCTACAGCCGCTGCTGGGATTCACCAGCTGGTTCG
GGCATCAGCCATGAGTCTAGGGAAACACAAGATAAGGGTCAACATGATCTCTAGAGGACT
GCACCTTGGAGATGAATATCCAGTTGCAGTGGGGATAGATAGAGCGGAGAAGCTGG

QA 3 658 3 658
DS 

RD RR3EQ77JQ 545 0 0
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GTGGCGAGTATGATGAAGGAGCATGGAACAGGAGGTTCCGTTGTCTTTATGGCTACAATC
GCTAGTGGGGAGAGAGGGCTTTACCCTGGAGCTGATGCCTATGCTACAGCCGCTGCTGGG
ATTCACCAGCTCGTTCGGGCATCAGCCATGAGTCTAGGGAAGCACAAGATAAGGGTCAAC
ATGATCTCTAGAGGACTGCATCTTGGAGATGAATATCCAGTTGCAGTGGGGATAGATAGA
GCGGAGAAGCTGGTGAAGGACGCTGCTCCTCTGGGACAGTGGCTTAACCCGGAGAAAGAT
ATCTACTCGACTGTGATTTATTTGATCAGTGACGGTTCATGCTTCATGACAGGTACAAAT
GTGATGGTCGATGGAGCACAGTTTCTTATGAGACCACGTCTCAAATCCTACATGTGGTTT
GGTTTTTATAAAAATGCTTGTAACGGTATTATTACTTTCTTGAAAATTGAATTTGATCAA
GCTTG

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 3

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GCTTAAAACAGAATGGGAACAGCTACTTTT*TAGATATTCTTCTTGCTATCCTCTTGCCT
CCTCTTGGCGTCTTTCTCAGATATGGTTGCGGGGTTGAGTTTTGGATATGTTTGGTTTTG
ACGCTGCTTGGGTATCTTCCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTCACCAAATGATCA
TTCACCTCCATCTACCCTCTCTTCTTGTATCTTCATCTCTTTGAACTGCTGGTTCGTCGT
GTTTTCATCTCGTTGTGTGACTGATTCATCTCTTCTTTCATCAGGGATTTATCGCTGTTG
TGTTTGCATTGTTATATAATTTCTCTTAATCCTTCTTTTGCGTGAAGAGCTTGTTTATTC
GATTCTTTAATTAGTATTTACTAGAAAACTACGTTTGCCTTGGTGGGTCTCGTAGGACCA
CCATGAAATATTTGAACCT


BQ
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AF RR3AJ82TF U 56
AF RR3CR11JQ C 1
AF RR3CR11TF U 1
BS 1 499 RR3CR11TF

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TGCCTCCTCTTGGCGTCTTTCTCAGATATGGTTGCGGGGTTGAGTTTTGGATATGTTTGG
TTTTGACGCTGCTTGGGTATCTTCCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTCACCAAAT
GATCATTCACCTCCATCTACCCTCTCTTCTTGTATCTTCATCTCTTTGAACTGCTGGTTC
GTCGTGTTTTCATCTCGTTGTGTGACTGATTCATCTTTTCTTTCATCAGGGATTTATCGC
TGTTGTGTTTGCATTGTTATATAATTCCTCTTAA

QA 1 334 1 334
DS 

RD RR3CR11JQ 499 0 0
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GCTTAAAACAGAATGGGAACAGCTACTTTT*TAGATATTCTTCTTGCTATCCTCTTGCCT
CCTCTTGGCGTCTTTTTCAGATATGGTTGCGGGGTTGAGTTTTGGATATGTTTGGTTTTG
ACGCTGCTTGGGTATCTTCCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTCACCAAATGATCA
TTCACCTCCATCTACCCTCTCTTCTTGTATCTTCATCTCTTTGAACTGCTGGTTCGTCGT
GTTTTCATCTCGTTGTGTGACTGATTCATCTCTTCTTTCATCAGGGATTTATCGCTGTTG
TGTTTGCATTGTTATATAATTTCTCTTAATCCTTCTTTTGCGTGAAGAGCTTGTTTATTC
GATTCTTTAATTAGTATTTACTAGAAAACTACGTTTGCCTTGGTGGGTCTCGTAGGACCA
CCATGAAATATTTGAACCT

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR3CR11TF 499 0 0
GGAGAGAAGAAAACACACAACACATACCATATTGAAGCTTTTCACAGAAACTTCAGAAGA
GCTTAAAACAGAATGGGAACAGCTACTTTT*TAGATATTCTTCTTGCTATCCTCTTGCCT
CCTCTTGGCGTCTTTCTCAGATATGGTTGCGGGGTTGAGTTTTGGATATGTTTGGTTTTG
ACGCTGCTTGGGTATCTTCCTGGGATCCTCTACGCCCTTTATGTCCTCACCAAATGATCA
TTCACCTCCATCTACCCTCTCTTCTTGTATCTTCATCTCTTTGAACTGCTGGTTCGTCGT
GTTTTCATCTCGTTGTGTGACTGATTCATCTCTTCTTTCATCAGGGATTTATCGCTGTTG
TGTTTGCATTGTTATATAATTTCTCTTAATCCTTCTTTTGCGTGAAGAGCTTGTTTATTC
GATTCTTTAATTAGTATTTACTAGAAAACTACGTTTGCCTTGGTGGGTCTCGTAGGACCA
CCATGAAATATTTGAACCT

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 3

CO CL4430Contig1 892 3 10 U
GAAGACTGTTGATGTTTGCTTGTCCGAAACAGCCATAGATAATACTTTCACATGTTTATT
TTGTAACACCACTCTTTATGTTTGTACCGTAACTAATACAAAGTCCATTTCTTGGACACA
CCAAATTGGGAAAGATATCTGGTCCTGCGTGTAGGTAAGGAGTATATACTCTTTTTACTC
GGTCC*ATGAAGCATTCACCATCTTTGCCATGAAGGAATACCGATCCGCCGCTTCATCAA
TAATCTTTTGGGTTGGTCGACCAGCTCCATGACCGGCCTTAACTTCTATGCGACCAATTA
TGGGGTTTGTCTGTGGACTATTTTCTAAGCTTGTGCACAGCACGTGCTGCATCGTCGCAA
GCAACTTCAAAGAGTGAAGTGGCACAACTCTGTCATCGTGATCAGCTGTCAGTAACATGG
TTGATGGGTACTGAACTAAACTATGAGATTGCTCGTCCCATGGTCTCTTTACATTGTGCA
GAGGCGAGTACTTTATCAGCCAATGAAACTCCTCTTCATTCTCGGAGCAACCATAGTCAG
AAGTCCATGCATGGCCTATGGTGAACTTGTGAAACCGTAGCATATCCATAACACCCACGT
GAGCCAAAGCACAACCAAAAAGGTCTGGTCTCTGGTTTATAAAAGCACCGATCAAGAGTC
CACCATTACTCCCACCTTCGATACAAAGCTTGCTCGGTTGCGTATAACCAGCGGACACGA
GATACTCTGCTCCAGATATGAAGTCATCGAAGCAGTTCTGCTTCTTGGCAAGCGAACCGG
CTTTGTGCCATTCCTCACCGTACTCCCCACCACCTCGAATGTTCGCAAAGCAGAAAACAA
CACCTAGATGTTTGCTGAGGACGATGCGACTCGCGCTGAAAGATGGTGTTAC


BQ
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AF RR3AB71JQ U 1
AF RR3BI08JQ U 87
AF RR3BI08TF C 74
BS 1 322 RR3AB71JQ
BS 323 323 RR3BI08JQ
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BS 455 455 RR3BI08JQ
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BS 470 471 RR3BI08JQ
BS 472 641 RR3AB71JQ
BS 642 642 RR3BI08JQ
BS 643 832 RR3AB71JQ
BS 833 892 RR3BI08TF

RD RR3AB71JQ 834 0 0
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TTGTAACACCACTCTTTATGTTTGTACCGTAACTAATACAAAGTCCATTTCTTGGACACA
CCAAATTGGGAAAGATATCTGGTCCTGCGTGTAGGTAAGGAGTATATACTCTTTTTACTC
GGTCC*ATGAAGCATTCACCATCTTTGCCATGAAGGAATACCGATCCGCCGCTTCATCAA
TAATCTTTTGGGTTGGTCGACCAGCTCCATGACCGGCCTTAACTTCTATGCGACCAATTA
TGGGGTTTGTCTGTGGACTATTCTCTAAGCTTGTGCACAGCACGTGCTGCATCGTCGCAA
GCAACTTCAAAGAGTGAAGTGGCACAACTCTGTCATCGTGATCAGCTGTCAGTAACATGG
TTGATGGGTACTGAACTAAACTATGAGATTGCTCCTCCCATGGTCTCTTCGCATTGTGCA
GAGGCGAGTACTTTATCAGCCAATGAAACTCCTCTTCATTCTCGGAGCAACCATAGTCAG
AAGTCCATGCATGGCCTATGGTGAACTTGTGAAACCGTAGCATATCCATAACACCCACGT
GAGCCAAAGCACAACCAAAAAGGTCTGGTCTCTGGTTTATACAAGCACCGATCAAGAGTC
CACCATTACTCCCACCTTCGATACAAAGCTTGCTCGGTTGCGTATAACCAGCGGACACGA
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CTTTGTGCCATTCCTCACCGTACTCCCCACCACCTCGAATGTTCGCAAAGCA
GA

QA 1 832 1 832
DS 

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T
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CGTGTAGGTAAGGAGTATATACTCTTTTTACTCGGTCC*ATGAAGCATTCACCATCTTTG
CCATGAAGGAATACCGATCCGCCGCTTCATCAATAATCTTTTGGGTTGGTCGACCAGCTC
CATGACCGGCCTTAACTTCTATGCGACCAATTATGGGGTTTGTCTGTGGACTATTTTCTA
AGCTTGTGCACAGCACGTGCTGCATCGTCGCAAGCAACTTCAAAGAGTGAAGTGGCACAA
CTCTGTCATCGTGATCAGCTGTCAGTAACATGGTTGATGGGTACTGAACTAAACTATGAG
ATTGCTCGTCCCATGGTCTCTTTACATTGTGCAGAGGCGAGTACTTTATCAGCCAATGAA
ACTCCTCTTCATTCTCGGAGCAACCATAGTCAGAAGTCCATGCATGGCCTATGGTGAACT
TGTGAAACCGTAGCATATCCATAACACCCACGTGAGCCAAAGCACAACCAAAAAGGTCTG
GTCTCTGGTTTATAAAAGCACCGATCAAGAGTCCACCATTACTCCCACCTTCGATACAAA
GCTTGCTCGGTTGCGTATAACCAGCGGACACGAGATACTCTGCTCCAGATATGAAGTCAT
CGAAGCAGTTCTGCTTCTTGGCAAGCGAACCGGCTTTGTGCCATTCCTCACCGTACTCCC
CACCACCTCGAATGTTCGCAAAGCA

QA 2 746 2 746
DS 

RD RR3BI08TF 819 0 0
TCTTTATG
TTGTATCGTAACTAATACAAAGTCCATT*CTGGGACACACCAAATTGGGAAAGATATCTG
GTC*TGCGTGTAGGTAAGGAGTATATACTCTTTTTACTCGGTCCCATGAAGCATTCACCA
TCTTTGCCATGAAGGAATACCGATCCGCCGCTTCATCAATAATCTTTTGGGTTGGTCGAC
CAGCTCCATGACCGGCCTTAACTTCTATGCGACCAATTATGGGGTTTGTCTGTGGACTAT
TTTCTAAGCTTGTGCACAGCACGTGCTGCATCGTCGCAAGCAACTTCAAAGAGTGAAGTG
GCACAACTCTGTCATCGTGATCAGCTGTCAGTAACATGGTTGATGGGTACTGAACTAAAC
TATGAGATTGCTCGTCCCATGGTCTCTTTACATTGTGCAGAGGCGAGTACTTTATCAGCC
AATGAAACTCCTCTTCATTCTCGGAGCAACCATAGTCAGAAGTCCATGCATGGCCTATGG
TGAACTTGTGAAACCGTAGCATATCCATAACACCCACGTGAGCCAAAGCACAACCAAAAA
GGTCTGGTCTCTGGTTTATAAAAGCACCGATCAAGAGTCCACCATTACTCCCACCTTCGA
TACAAAGCTTGCTCGGTTGCGTATAACCAGCGGACACGAGATACTCTGCTCCAGATATGA
AGTCATCGAAGCAGTTCTGCTTCTTGGCAAGCGAACCGGCTTTGTGCCATTCCTCACCGT
ACTCCCCACCACCTCGAATGTTCGCAAAGCAGAAAACAACACCTAGATGTTTGCTGAGGA
CGATGCGACTCGCGCTGAAAGATGGTGTTAC

QA 9 819 9 819
DS 



AS 1 2

CO CL4431Contig1 1238 2 2 U
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ATTGCGGCAACGTTTGTGTGTCCACTTGACGTTATAAAAACGAGATTTCAGGTTCATGGA
TTGCCTAAGCTTTCTCATCCCAACAACATCAAATGTAGTGTTATAGTTGGGAGTCTTGAG
CAGATCTTCAAGCAAGAAGGGATGCGTGGCTTATACCGTGGTCTTTCCCCTACCGTCATG
GCTCTTCTCTCCAATTGGGCGATTTATTTTACTATGTATGACCAGCTCAAGAGCTTTTTA
ATTTCTAATGACAAGGATCACAAATTCAGCGTTGGTGCTAACGTAATGGCTGCCTCTGGT
GCTGGAGCTGCTACTACTATTGCCACTAATCCTCTTTGGGTTGTCAAGACTCGTCTTCAG
ACCCAAGGAATGAGAGAGGGTATAGTGCCATACAAGAGTACACTCTCTGCTTTAAGAAGA
ATAGCTTACGAGGAAGGGATCCGCGGCTTATACAGTGGACTTGTGCCTGCATTAGCTGGT
ATCAGTCACGTTGCCATTCAGTTTCCTACTTATGAGATTGTCAAAACCTATTTGGCCACC
AAAGGTGATAAGTCAATCGATGATCTGAATGCTCGTGATGTAGCAGTTGCCTCTTCAATC
GCTAAGATATTTGCTTCCACATTAACCTACCCGCACGAGGTTGTGCGAGCAAGGCTGCAA
GAGCAAGGAGGACACCACAGTGAGAAACGTTACTCCGGGGTTAGAGACTGCATTAAGAAA
GTGTTTGAGAAAGATGGTATTCGTGGTTTTTACAGAGGTTGTGCCACTAATCTCCTGAGA
ACAACTCCTGCTGCAGCCATCACCTTCACTAGCTTCGAAATGGTTCACCGTTTCCTTGTC
ACTCACTTACCTTCATAGCAAAGCTCTATTACTTTAGACTTTCTTTTTTTGATGATGACG
ACGACTAGATGTGTGGTTTAGTGAGAGGTAAACATGTTACATTCTACAGAATTAAAGACG
TTTATTTACTCCCTTTTTTCGGGGGGAGAATAGATCAAAATAGGACTCTTCGTTTCTGGA
CAAAGCCTTAGATTCATGCTCACATGCTTTTTTATGTTTCTGTTGGAGAAATCAACAGAA
GATTTGTGTTTTGGTTTCTTAAGAAGAGAAACTTGGAGAGATCCAATCAAATAATATGTC
ATCTTCTTGGCTTTGTTGTGAAACACTGATTATTTTGT


BQ
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AF RR3CZ01TF U 1
AF RR3CZ01JQ C 402
BS 1 574 RR3CZ01TF
BS 575 1238 RR3CZ01JQ

RD RR3CZ01TF 574 0 0
GATCATCCCAATTCCCAAAATGTCCTCTGTAATGCAGCAGCCGTTGCCGCCGCAGGGATA
ATTGCGGCAACGTTTGTGTGTCCACTTGACGTTATAAAAACGAGATTTCAGGTTCATGGA
TTGCCTAAGCTTTCTCATCCCAACAACATCAAATGTAGTGTTATAGTTGGGAGTCTTGAG
CAGATCTTCAAGCAAGAAGGGATGCGTGGCTTATACCGTGGTCTTTCCCCTACCGTCATG
GCTCTTCTCTCCAATTGGGCGATTTATTTTACTATGTATGACCAGCTCAAGAGCTTTTTA
ATTTCTAATGACAAGGATCACAAATTCAGCGTTGGTGCTAACGTAATGGCTGCCTCTGGT
GCTGGAGCTGCTACTACTATTGCCACTAATCCTCTTTGGGTTGTCAAGACTCGTCTTCAG
ACCCAAGGAATGAGAGAGGGTATAGTGCCATACAAGAGTACACTCTCTGCTTTAAGAAGA
ATAGCTTACGAGGAAGGGATCCGCGGCTTATACAGTGGACTTGTGCCTGCATTAGCTGGT
ATCAGTCACGTTGCCATTCAGTTTCCTACTTATG

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3CZ01JQ 837 0 0
TGTCAAGACTCGTCTTCAGACCCAAGGAATGAGAGAGG*TATAGTGCCATACAAGAGTAC
ACTCTCTGCTTTAAGAAGAATAGCTTACGAGGAAGGGATCCGCGGCTTATACAGTGGACT
TGTGCCTGCATTAGCTGGTATCAGTCACGTTGCCATTCAGTTTCCTACTTATGAGATTGT
CAAAACCTATTTGGCCACCAAAGGTGATAAGTCAATCGATGATCTGAATGCTCGTGATGT
AGCAGTTGCCTCTTCAATCGCTAAGATATTTGCTTCCACATTAACCTACCCGCACGAGGT
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TAGAGACTGCATTAAGAAAGTGTTTGAGAAAGATGGTATTCGTGGTTTTTACAGAGGTTG
TGCCACTAATCTCCTGAGAACAACTCCTGCTGCAGCCATCACCTTCACTAGCTTCGAAAT
GGTTCACCGTTTCCTTGTCACTCACTTACCTTCATAGCAAAGCTCTATTACTTTAGACTT
TCTTTTTTTGATGATGACGACGACTAGATGTGTGGTTTAGTGAGAGGTAAACATGTTACA
TTCTACAGAATTAAAGACGTTTATTTACTCCCTTTTTTCGGGGGGAGAATAGATCAAAAT
AGGACTCTTCGTTTCTGGACAAAGCCTTAGATTCATGCTCACATGCTTTTTTATGTTTCT
GTTGGAGAAATCAACAGAAGATTTGTGTTTTGGTTTCTTAAGAAGAGAAACTTGGAGAGA
TCCAATCAAATAATATGTCATCTTCTTGGCTTTGTTGTGAAACACTGATTATTTTGT

QA 1 837 1 837
DS 



AS 1 3

CO CL4432Contig1 1190 3 17 U
GGACGGCGAACCGAAAAACCAAAACTTCACCGCAAAAATGGCGACCGCGAAATCTCTGCA
ACCAAGAATCATCTCTTCCTTTCTCGGAAACAACAACTCTATTCGATCAACGCAGCCTCT
TCCCCATCTCTTCCGCTTCCATTCAGGAAGAAGGCATGTTTCGATGCAATTATCAAGGAC
CTTTTCGGGATTAACCAATCTTCTGTTTAACACAAGAAACGTAGATGAAGTTGTTGACGG
GAAGAGAAAACGTCTGAAACCAGGAAACGTGTCTCCACGTCGCCCTGTCCCTCCCCATAT
AACCAAACCTCCTTACGTTGAGTCTTTTAAAGTCCCTGGAATCTCAAGTGGGCTCGAGAT
TCACGACAAGGAAGGTATAGAGAGGATGAGAGCTTCTGGGAGGCTCGCTGCTAGAGTTCG
TGAATACGCTGGGACTTTGGTTAAGCCAGGTGTGACCACAGATGAGATTGATGAAGCGGT
TCACAACATGATTATAGAGAACGGAGCTTATCCTTCGCCTCTTGGCTACGGAGGTTTCCC
TAAAAGTGTTTGCACGTCTGTGAATGAGTGCATTTGCCATGGCATCCCTGATTCACGACC
GCTTGAGGATGGAGATATAATCAACATTGATGTCACTGTTTATTTGAACGGCTATCACGG
TGATACTTCAGCTACTTTCTTCTGTGGTGGTGTCGACGAGAAAGCTAAAAAGCTAGTTCA
GGTGACTAAAGAGTCTCTTGACAAAGCCATATCGATATGTGGTCCTGGTGTTGAGTACAA
GAAAATTGGCAAAATCATTCATGAGCATGCAGATAAGCATAAGTATGGAGTGGTTAGAGA
ATTTGTAGGCCACGGTATTGGACGTGTCTTCCATGCTGATCCTGTTGTTCTTCACTTTCG
GAACAATGAAGCTGGACGTATGGTCTTGAATCAAACCTTCACTATTGAACCAATGCTTAC
CATAGGAAGCAGAAAACCGGTTATGTGGGATGATAATTGGACCGTGGTAACAGAAGATGC
TAGCCTCTCTGCGCAATTCGAGCATACCATTCTTATTACCAAAGATGGAGCTGAGATTCT
AACCGACTGTTAAGAAAAAATTTGATTCTCAAATTGATCTTTTATTGGAATGTAACGCAA
AAAAGCCAACTTGGTATGTATGAAAACCATATTCATATATTCTGATATTC


BQ
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G
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AATGTA
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DS 

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TATTCTGATATTC

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DS 



AS 1 3

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TGAATGAGAGGATAACTACGCTAGAGCGGCTTAACCCGACTCCTAGACCCACCACGTCTC
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ACAACTTACTATA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DP36TF U 1
AF RR3AJ74TF U 44
AF RR3DP36JQ C 590
BS 1 216 RR3DP36TF
BS 217 217 RR3AJ74TF
BS 218 368 RR3DP36TF
BS 369 369 RR3AJ74TF
BS 370 561 RR3DP36TF
BS 562 743 RR3AJ74TF
BS 744 744 RR3DP36JQ
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BS 780 780 RR3DP36JQ
BS 781 869 RR3AJ74TF
BS 870 1033 RR3DP36JQ

RD RR3DP36TF 561 0 0
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TGACACAACACTGTTCCGTCTCCGCCACCTCCGCGGTTCGATTGAGCTTCTCCTCCTCCG
CATCACCCCCGTTGCCGCCGACAAGGGTTTCTCTCAATCTTCACCCGAAGGTTCACACTC
ATTCCCGGAGAATGATAAGCAGAGCTATGGTACAAGGGGCAGCTCAAGGCATCCCTTCAG
TTTACGCCAGAGAAATGGAGCGTCTCTCCGCTAAAGAATCGCTCATTCTCGCCTTCAATG
ATGCTGGAGGCTTTGAGGCTTTAGTTACAGGGAAGATCACTGATTTTCAAAAGATTGATG
TGAATGAGGGGATAACTACGCTAGAGCGGCTTAACCCGACTCCTAGACCCACCACGTCTC
CTTACCTAGAAGGGAGATGGAGTTTTGAGTGGTTTGGATCCAACACTCCTGGTTCACTTG
CCGCTCGGCTTATATTCGAGAGGTTTCCTTCTTCATTTGTGAGTCTATCAAGTATGGACA
TTGTCATCAAAGATGCTAGCA

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3AJ74TF 826 0 0
CTTTCTCCAAATGGCGCTGACACAACACTGTTCCGTCTCCGCCACCTCCGCGGTTCGATT
GAGCTTCTCCTCCTCCGCATCACCCCCGTTGCCGCCGACAAGGGTTTCTCTCAATCTTCA
CCCGAAGGTTCACACTCATTCCCGGAGAATGATAAGCAGAGCTATGGTACAAGAGGCAGC
TCAAGGCATCCCTTCAGTTTACGCCAGAGAAATGGAGCGTCTCTCCGCTAAAGAATCGCT
CATTCTCGCCTTCAATGATGCTGGAGGCTTTGAGGCTTTAGTTACAGGGAAGATCACTGA
TTTTCAAAAGATTGATGTGAATGAGAGGATAACTACGCTAGAGCGGCTTAACCCGACTCC
TAGACCCACCACGTCTCCTTACCTAGAAGGGAGATGGAGTTTTGAGTGGTTTGGATCCAA
CACTCCTGGTTCACTTGCCGCTCGGCTTATATTCGAGAGGTTTCCTTCTTCATTTGTGAG
TCTATCAAGTATGGACATTGTCATCAAAGATGCTAGCACAAGGGCCACCGCCAACGTTAA
GCTGCTAAACATGATAGAAAACAAAGTCATCTTGACGTCGAAATTGACAGTAGAAGGGCC
TTTAAGGATGAAGGAAGAGTATCTGGAGGGAATGCTAGAGTCGCCAACTGTTATTGAAGA
AGCAGTACCGGAGCAGCTAAGAGGTTTGCTTGGTCAAGCTGCCACTACGTTGCAGCAGCT
TCCTGAACCTGTTAAG*ATACTCTAGCCAATGGTCTAAGAATTCCACTTGGTGGATCTTA
CCAGAGATTCTTCATGATATCTTATCTAGACGACGAGATTCTTATT

QA 1 826 1 826
DS 

RD RR3DP36JQ 444 0 0
AAACATGATAGAAAACAAAGTCATCTTGACGTCGAAATTGACAGTAGAAGGGCCTTTAAG
GATGAAGGAAGAGTATCTGGAGGGAATGCTAGAGTCGCCAACTGTTATTGAAGAAGCAGT
ACCGGAGCAGCTAAGAGGTTTGCTTGGTCAAGCTACCATTACGTTGCAGCAGCTTCCTGA
ACCTGTTAAGGATACTCTAGCCAATGGTCTAAGAATTCCACTTGGTGGATCTTACCAGAG
ATTCTTCATGATATCTTATCTAGACGACGAGATTCTTATTGTAAGAGATACTTTGGGTGT
GCCTGAAGTTCTAACGAGAGTTGAAACATCGTCTTCACCGAACGTTGTAGAGAATCTTGA
ATACAACAGTTAAAAAGAACAGCTCCTTATGTTCCCTCTGTTTATGTCTGTAAATGTCAA
ACAAACTGAATACAACTTACTATA

QA 1 444 1 444
DS 



AS 1 3

CO CL4434Contig1 938 3 10 U
GCCGAAAGCTTACTACTTGTGGGATCCTGTGACCAAGAAGCAGCTTAAGATCCCGCGTCA
TAGGGTTCATTTCGAGGAGGTGGTTATGTCTTTGATCACTGAGGATTGTCCTGTTCAGGG
TTTTAGCTACAAGGTGGTGCGCGGGGAGTGTGTTTCTTATGCGGCGCATAGTACGAAGGT
GAGAGTAGAGACTTATTCGTCTAAAACCACCACGTGGAGCTACTCTGAGCTGACTTGCGG
TGAGGCTATCTCTCTCACTCCGTGGACTGCAGGGAGAGTGATAGGAGGCGTGGTGTATTG
GTATGCCACAGGAGGTAAAGTTGCTATCTACGACACAAACGATGAGGAGAAGAGGATTGA
TGTGATAAAGCTTCCCAAGACGTTTAACTATGATGAGCAGGTGCTGGGAGAATCCTCTGA
TGGGTGTCTGCAATACGGATGGAGTAATAAGTCTGTGATGGAGATATGGAAGCTGGAGAA
GGTGGGCGATGTGCTTGAGTGGACCATTCAGTTTAAGCTGAATTTCAAGGCGATGTGGAG
GATGAACCCTGTGGAGTCTGCGAGGTTCAGCACTAGGACTAAAGAAACGCAGCTGCTTGC
GTTCTTCAACCAGAACTCGGAGTCGGTTTTCATCAGATGCGACTCACACATCTTTGTATG
CGACACAATGACTCAAAGGGTTGAAGAGGTTCAGTACCAAGGGCGAGGGTCTTCGTTCGT
TTGGGATTACTGCAAGGTCTTGCCTTACTTTCAGCTATCTTGGCCTTCTTCTTCTTCTTT
GTTAGAAGAAGGAAACATGTGAAGATCGAAACTGTGATGTCTCTTTCCACAGTAAGTAGC
TTATGATAATAATCAGTTAGTGTGTAAGCCTCTAATATCATTTTGGTTGTTATGGCCATT
GGATTATGGTTTGTTTACATTAAGGGGCTTTAATGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 5 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 0 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3E365TF U 1
AF RR3A039JQ C 283
AF RR3A039TF U 365
BS 1 484 RR3E365TF
BS 485 485 RR3A039TF
BS 486 690 RR3E365TF
BS 691 691 RR3A039TF
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BS 738 767 RR3E365TF
BS 768 938 RR3A039TF

RD RR3E365TF 768 0 0
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TAGGGTTCATTTCGAGGAGGTGGTTATGTCTTTGATCACTGAGGATTGTCCTGTTCAGGG
TTTTAGCTACAAGGTGGTGCGCGGGGAGTGTGTTTCTTATGCGGCGCATAGTACGAAGGT
GAGAGTAGAGACTTATTCGTCTAAAACCACCACGTGGAGCTACTCTGAGCTGACTTGCGG
TGAGGCTATCTCTCTCACTCCGTGGACTGCAGGGAGAGTGATAGGAGGCGTGGTGTATTG
GTATGCCACAGGAGGTAAAGTTGCTATCTACGACACAAACGATGAGGAGAAGAGGATTGA
TGTGATAAAGCTTCCCAAGACGTTTAACTATGATGAGCAGGTGCTGGGAGAATCCTCTGA
TGGGTGTCTGCAATACGGATGGAGTAATAAGTCTGTGATGGAGATATGGAAGCTGGAGAA
GGTGAGCGATGTGCTTGAGTGGACCATTCAGTTTAAGCTGAATTTCAAGGCGATGTGGAG
GATGAACCCTGTGGAGTCTGCGAGGTTCAGCACTAGGACTAAAGAAACGCAGCTGCTTGC
GTTCTTCAACCAGAACTCGGAGTCGGTTTTCATCAGATGCGACTCACACATCTTTGTATG
CGACACAATGACTCAAAGGGTTGAAGAGGT*CAGTACCAAGG*CGAGGGTCTTCGTTCGT
TTGGGATTACTGCAAG*TCTTGCCTTACTTTCAGCTATCTTGGCCTT
C

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3A039JQ 655 0 0
G
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GAGGAGAAGAGGATTGATGTGATAAAGCTTCCCAAGACGTTTAACTATGATGAGCAGGTG
CTGGGAGAATCCTCTGATGGGTGTCTGCAATACGGATGGAGTAATAAGTCTGTGATGGAG
ATATGGAAGCTGGAGAAGGTGGGCGATGTGCTTGAGTGGACCATTCAGTTTAAGCTGAAT
TTCAAGGCGATGTGGAGGATGAACCCTGTGGAGTTTGCGAGGTTCAGCACTAGGACTAAA
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TCACACATCTTTGTATGCGACACAATGACTCAAAGGGTTGAAGAGGTTCAGTACCAAGGG
CGAGGGTCTTCGTTCGTTTGGGATTACTGCAAGGTCTTGCCTTACTTTCAGCTATCTTGG
CCTTTTTTTTTTTCTTTGTTAGAAGAAGGAAACATGTGAAGATCGAAACTGTGATGTCTC
TTTCCACAGTAAGTAGCTTATGATAATAATCAGTTAGTGTGTAAGCCTCTAATATCATTT
TGGTTGTTATGGCCATTGGATTATGGTTTGTTTACATTAAGGGGCTTTAATGTT

QA 2 655 2 655
DS 

RD RR3A039TF 574 0 0
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TGTCTGCAATACGGATGGAGTAATAAGTCTGTGATGGAGATATGGAAGCTGGAGAAGGTG
GGCGATGTGCTTGAGTGGACCATTCAGTTTAAGCTGAATTTCAAGGCGATGTGGAGGATG
AACCCTGTGGAGTCTGCGAGGTTCAGCACTAGGACTAAAGAAACGCAGCTGCTTGCGTTC
TTCAACCAGAACTCGGAGTCGGTTTTCATCAGATGCGACTCACACATCTTTGTATGCGAC
ACAATGACTCAAAGGGTTGAAGAGGTTCAGTACCAAGGGCGAGGGTCTTCGTTCGTTTGG
GATTACTGCAAGGTCTTGCCTTACTTTCAGCTATCTTGGCCTTCTTCTTCTTCTTTGTTA
GAAGAAGGAAACATGTGAAGATCGAAACTGTGATGTCTCTTTCCACAGTAAGTAGCTTAT
GATAATAATCAGTTAGTGTGTAAGCCTCTAATATCATTTTGGTTGTTATGGCCATTGGAT
TATGGTTTGTTTACATTAAGGGGCTTTAATGTTT

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

CO CL4435Contig1 855 2 13 U
AGGAACATCGAAAACCTAAAAGAGCCTGATGCAGGGTTTGGCGGCGACCACCAACACCGC
CACCAACCGTGGCTCTGTTACTTTTCTCGCTTCCAGATATAGCAGGAAGCAGCATCATAG
TCCAATCCTAAACAAGTATGTGAATCAAAAGGTGTCTTTCCCCAAGTTCGATTCTTCCCC
GAACCTAAAACTCTCAGCAGACTCAAGATGTCCCCGTCAGATTACTCCTCTCTCAGCAAC
CGCACCTGTGGACTTTGCATCAGCAGCATCATCTAACCATCTCTTTGCTCACGGCCTGCC
ACCGTTGACTACCGGTTTTGGGAGACGCCAGAGACCATTAGAGCCTGCGAGAGCGTTCAA
AGACGACTTCTTCAAGATCAAACTGCCTAAAATCGCTGAGAGACCTGAATGGTGGTGGAG
GACACTGGCTTGTATCCCTTACTTGATATCCCTCCAGATATCTGATGTTGGTTTCTACGT
CCAACCTTTCCTAGAAAAGTACGACGCCATCGGAGACATGATCTACTTCATCCCCGGAGC
GATTAACAGATGGCCGAGCTGGTTCTTCATGCTGTACTGCTACCTGGGTTACATGTTCGT
GGTCAAGAACAAGGAGCCGCCTCATTACTTTAGGTTTCACATGATGATGGGTATGCTTCT
CGAAACGGCTCTTCAGATCATTTGGTGCACCAGCAACTTCTTCCCGTTGATTCATTTCAA
AGAAGCTTGGGATGTATTACTGGATGGCGATTGGTTTACGTATATCTGTCTGCTCTGAAT
GTATACGTGCGCTCTCGCTGGGATTACGCTCAGATCCGTCGTGACTGACGCTGCTTCATC
ACACTCTCTTCACTG


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B125TF U 4
AF RR3CL63TF U 1
BS 1 63 RR3CL63TF
BS 64 64 RR3B125TF
BS 65 111 RR3CL63TF
BS 112 112 RR3B125TF
BS 113 124 RR3CL63TF
BS 125 125 RR3B125TF
BS 126 223 RR3CL63TF
BS 224 224 RR3B125TF
BS 225 263 RR3CL63TF
BS 264 266 RR3B125TF
BS 267 295 RR3CL63TF
BS 296 296 RR3B125TF
BS 297 855 RR3CL63TF

RD RR3B125TF 626 0 0
AACATCGAAAACCTAAAAGAGCCTGATGCAGGGTTTGGCGGCGACCACCAACACCGCCAC
CAACCGTGGCTCTGTTACTTTTCTCGCTTCCAGATATAGCAGGAAGCAGCATCATAGTCC
AATCCTAAACAAGTATGTGAATCAAAAGGTGTTTTTCCCCAAGTTCGATTCTTCCCCGAA
CCTAAAACTCTCAGCAGACTCAAGATGTCCCCGTCAGATTACTCCTCTTTCAGCAACCGC
ACCTGTGGACTTTGCATCAGCAGCATCATCTAACCATCTCTTTGCTCACGGCCTGCCACC
GTTGACTACCGGTTTTGGGAGACGCCAGAGACCATTAGAGCCTGCGAGAGCGTTCAAAGA
CGACTTCTTCAGGATCAAACTGCCTAAAATCGCTGAGAGACCTGAATGGTGGTGGAGGAC
ACTGGCTTGTATCCCTTACTTGATATCCCTCCAGATATCTGATGTTGGTTTCTACGTCCA
ACCTTTCCTAGAAAAGTACGACGCCATCGGAGACATGATCTACTTCATCCCCGGAGCGAT
TAACAGATGGCCGAGCTGGTTCTTCATGCTGTACTGCTACCTGGGTTACATGTTCGTGGT
CAAGAACAAGGAGCTGCCTCATTACT

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3CL63TF 855 0 0
AGGAACATCGAAAACCTAAAAGAGCCTGATGCAGGGTTTGGCGGCGACCACCAACACCGC
CACTAACCGTGGCTCTGTTACTTTTCTCGCTTCCAGATATAGCAGGAAGCATCATCATAG
TCCAGTCCTAAACAAGTATGTGAATCAAAAGGTGTCTTTCCCCAAGTTCGATTCTTCCCC
GAACCTAAAACTCTCAGCAGACTCAAGATGTCCCCGTCAGATTGCTCCTCTCTCAGCAAC
CGCACCTGTGGACTTTGCATCAG***CATCATCTAACCATCTCTTTGCTCACGGCTTGCC
ACCGTTGACTACCGGTTTTGGGAGACGCCAGAGACCATTAGAGCCTGCGAGAGCGTTCAA
AGACGACTTCTTCAAGATCAAACTGCCTAAAATCGCTGAGAGACCTGAATGGTGGTGGAG
GACACTGGCTTGTATCCCTTACTTGATATCCCTCCAGATATCTGATGTTGGTTTCTACGT
CCAACCTTTCCTAGAAAAGTACGACGCCATCGGAGACATGATCTACTTCATCCCCGGAGC
GATTAACAGATGGCCGAGCTGGTTCTTCATGCTGTACTGCTACCTGGGTTACATGTTCGT
GGTCAAGAACAAGGAGCCGCCTCATTACTTTAGGTTTCACATGATGATGGGTATGCTTCT
CGAAACGGCTCTTCAGATCATTTGGTGCACCAGCAACTTCTTCCCGTTGATTCATTTCAA
AGAAGCTTGGGATGTATTACTGGATGGCGATTGGTTTACGTATATCTGTCTGCTCTGAAT
GTATACGTGCGCTCTCGCTGGGATTACGCTCAGATCCGTCGTGACTGACGCTGCTTCATC
ACACTCTCTTCACTG

QA 1 855 1 855
DS 



AS 1 2

CO CL4436Contig1 866 2 15 U
AAGAAGATTCTAAACCACATGATCTTAACCGGTAATACAATACATTTACCTTATTATTTC
CTCCAAAGTCAAATTTGAGGAAATTACTTTTATTCACCTGATTCGCCAAATGAATATTAC
AACAATGGCGATCAGATCAGATATTAGTTGTATAATTCCCCTCCTCTATACATTATTAAT
ATAAATGCTTCAGATTAAACGAGAAAAGAGTGAAAATTTACAGATTTCTCTCTGAAAAAT
CAAAGCTTTTTAAAGCTCTTTTCTTCACTCACTGCTGTGTATCAGTTGGTAGTGTCTTCA
CCAAAGGTAGTAGTTGTTGCTTGTCTTGTTTCAAACACTGAGACTCTTCTGGAATGTCCA
CTTGATGTTTCCACAACCTCATCTGTCTCCGAAGCTGTGTTGTCGTATGCGAATACTTCC
ATTGGGTGATGAAATTTACAGCTTGGACCAAACTTGCAGATCCCATAGCGACTATAGAAC
ACACACAACGGTTCTCCAGGGCGTAAAGGGAGGCCAATGGGACTTAAGAGACAATCAGGA
GGAGGAGCTTGTCTATCTCTAGGATGATGAAACTTGCAAACTGTGCCAAATTTGCAGTCT
CCTGTCTTCATGTAGAATTGGCATTCTGGTTGCCCTGGTCTCTCCGGGAAAACGTTTTCA
CTCGGCAATGCATAGAACCCTCCTACTGGAACAGAGGATCCCGTATTGAGACCCGAGAAT
GAACCTTGAGTCCGAGACCCTCCTGACTCTTTGATCTCGCTCTGCTGCAAGTTTCTGTAG
TTGTTGTGCTCATTTCCAGTACCTGAAAGAGAAACTGCGCCGAGCTGACCGCTGTAAGGG
TCCATCCCTGAACTGGTACAACTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FV58JQ U 178
AF RR3CS85JQB U 1
BS 1 199 RR3CS85JQB
BS 200 200 RR3FV58JQ
BS 201 243 RR3CS85JQB
BS 244 244 RR3FV58JQ
BS 245 250 RR3CS85JQB
BS 251 251 RR3FV58JQ
BS 252 300 RR3CS85JQB
BS 301 301 RR3FV58JQ
BS 302 311 RR3CS85JQB
BS 312 312 RR3FV58JQ
BS 313 333 RR3CS85JQB
BS 334 334 RR3FV58JQ
BS 335 461 RR3CS85JQB
BS 462 462 RR3FV58JQ
BS 463 866 RR3CS85JQB

RD RR3FV58JQ 432 0 0
AATATAAATGCTTCAGATTAAACGAGAAAAGAGTGAAAATTTACAGATTTCTCTCTGAAA
AATCAAAGCTTTTTAAAGCTCTTTTCTTCACTCACTGCTGTGTATCAGTTGGTAGTGTCT
TCACCAAAGGTAGTAGTTGTTGCTTGTCTTGTTTCAAACACTGAGACTCTTCTGGAATGT
CCACTTGATGTTTCCACAACCTCATCTGTCTCCGAAGCTGTGTTGTCGTATGCGAATACT
TCCATTGGGTGATGAAATTTACAGCTTGGACCAAACTTGCAGATCCCATAGCGACTATAG
AACACACACAACGGTTCTCCAGGGCGTAAAGGGAGGCCAATGGGACTTAAGGGACAATCA
GGAGGAGGAGCTTGTCTATCTCTAGGATGATGAA*CTTGCAAACTGTGCCAAATTTGCA*
TCTCCTGTCTTC

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR3CS85JQB 866 0 0
AAGAAGATTCTAAACCACATGATCTTAACCGGTAATACAATACATTTACCTTATTATTTC
CTCCAAAGTCAAATTTGAGGAAATTACTTTTATTCACCTGATTCGCCAAATGAATATTAC
AACAATGGCGATCAGATCAGATATTAGTTGTATAATTCCCCTCCTCTATACATTATTAAT
ATAAATGCTTCAGATTAAATGAGAAAAGAGTGAAAATTTACAGATTTCTCTCTGAAAAAT
CAAGGCTTTT*AAAGCTCTTTTCTTCACTCACTGCTGTGTATCAGTTGGTAGTGTCTTCA
GCAAAGGTAGTTGTTGTTGCTTGTCTTGTTTCAGACACTGAGACTCTTCTGGAATGTCCA
CTTGATGTTTCCACAACCTCATCTGTCTCCGAAGCTGTGTTGTCGTATGCGAATACTTCC
ATTGGGTGATGAAATTTACAGCTTGGACCAAACTTGCAGATTCCATAGCGACTATAGAAC
ACACACAACGGTTCTCCAGGGCGTAAAGGGAGGCCAATGGGACTTAAGAGACAATCAGGA
GGAGGAGCTTGTCTATCTCTAGGATGATGAAACTTGCAAACTGTGCCAAATTTGCAGTCT
CCTGTCTTCATGTAGAATTGGCATTCTGGTTGCCCTGGTCTCTCCGGGAAAACGTTTTCA
CTCGGCAATGCATAGAACCCTCCTACTGGAACAGAGGATCCCGTATTGAGACCCGAGAAT
GAACCTTGAGTCCGAGACCCTCCTGACTCTTTGATCTCGCTCTGCTGCAAGTTTCTGTAG
TTGTTGTGCTCATTTCCAGTACCTGAAAGAGAAACTGCGCCGAGCTGACCGCTGTAAGGG
TCCATCCCTGAACTGGTACAACTCCT

QA 1 866 1 866
DS 



AS 1 2

CO CL4437Contig1 1094 2 6 U
AGGGATTGAGGTGGTGAACCTTAACACTACTACTACTTCTCGAACCCTCTCGACAACTCC
TTAGTTGTTATCTCCGACAAGTAGAGCAAAAAACCCTAGAACCCACCCTTATGGCGATCA
TCTCCGAGGTCGAAGAGGAAACCAGCAGCAGCAGCCGACCCTCGATCTTGCCCTTCAGGG
CGACCTTCGATTCCTCGAACCCATTAGGTTTCTTGGAGAAAGTGTTCGACTTTCTTTCTC
AACAGAGCGATTTCCTCACGAAACCCTCCGCGGAGGCTGAGATCTCCGCCGCTGTTAGGG
CGGTGAATGAGAAGGTGACGAAAGCTGAGAAGAAGCCTGTGGAGAAGGAGAGCGTGAATC
CGACTACTATGGCTGCTTCTTCAAGCTCAGAGCCAATTGAAGTTGAGGAGAAGAAACAGG
AACCTGGTCCCATTGCTCCTAACAAAGGTAATGGTTATGATCTTGAGAAGTACTCGTGGG
TCCAGACTCTCGGGGAGGTCACAGTTAACATTCCTGTGCCTAGTGGCACTAAAGCACGGT
CTGTTGTATGCGAGATCAAGAAGAACCGTCTTAAGCTTGGTCTCAAAGGCCAGGATCCTA
TCATCGATGGAGAGCTGTACCGATCTGTGAAGCCTGATGACTGCTACTGGAACATTGAGG
ATCAAAAGATGATATCGATTCTGTTGACAAAGCAAGATCAGATGAAGTGGTGGAAATGCT
GTGTGAAAGACGAACCTGAGATCGATACGCAGAAAGTTGAGCCAGAGAACAGTAAATTAG
CTGACCTTGACCCTGAAACTCGCTCCACTGTTGAGAAGATGATGTTTGGTCAAAGACAAA
AGCAGATGGGACTTCCAACAAGCGACGAGCTACAGAAGCGAGACATCCTCAAGAAATTCA
TGTCTCAGCATCCAGAGATGGACTTCTCAAACGCAAAGATTAACTGATGCTCGTGTTGTC
TGTCAGCTTTGCATCTTCACCCAGCTTGTTTTGTAGCTGCATCCTTAAATACATGTTCTT
GTTTTTTTTTGGTTTTGTCTACTTGAAGTCTTGAAGGAAATAGTTTCATAATCCGGTTTA
TGGAATGAAGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H106TF U 1
AF RR3H106JQ C 387
BS 1 757 RR3H106TF
BS 758 758 RR3H106JQ
BS 759 762 RR3H106TF
BS 763 763 RR3H106JQ
BS 764 777 RR3H106TF
BS 778 1094 RR3H106JQ

RD RR3H106TF 784 0 0
AGGGATTGAGGTGGTGAACCTTAACACTACTACTACTTCTCGAACCCTCTCGACAACTCC
TTAGTTGTTATCTCCGACAAGTAGAGCAAAAAACCCTAGAACCCACCCTTATGGCGATCA
TCTCCGAGGTCGAAGAGGAAACCAGCAGCAGCAGCCGACCCTCGATCTTGCCCTTCAGGG
CGACCTTCGATTCCTCGAACCCATTAGGTTTCTTGGAGAAAGTGTTCGACTTTCTTTCTC
AACAGAGCGATTTCCTCACGAAACCCTCCGCGGAGGCTGAGATCTCCGCCGCTGTTAGGG
CGGTGAATGAGAAGGTGACGAAAGCTGAGAAGAAGCCTGTGGAGAAGGAGAGCGTGAATC
CGACTACTATGGCTGCTTCTTCAAGCTCAGAGCCAATTGAAGTTGAGGAGAAGAAACAGG
AACCTGGTCCCATTGCTCCTAACAAAGGTAATGGTTATGATCTTGAGAAGTACTCGTGGG
TCCAGACTCTCGGGGAGGTCACAGTTAACATTCCTGTGCCTAGTGGCACTAAAGCACGGT
CTGTTGTATGCGAGATCAAGAAGAACCGTCTTAAGCTTGGTCTCAAAGGCCAGGATCCTA
TCATCGATGGAGAGCTGTACCGATCTGTGAAGCCTGATGACTGCTACTGGAACATTGAGG
ATCAAAAGATGATATCGATTCTGTTGACAAAGCAAGATCAGATGAAGTGGTGGAAATGCT
GTGTGAAAGACGAACCTGAGATCGATACGCAGAAAGT*GAGC*AGAGAACAGTAAAT
AGCTGAC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3H106JQ 708 0 0
TCAGAGCCAATTGAAGTTGAGGAGAAGAAACAGGAACCTGGTCCCATTGCTCCTAACAAA
GGTAATGGTTATGATCTTGAGAAGTACTCGTGGGTCCAGACTCTCGGGGAGGTCACAGTT
AACATTCCTGTGCCTAGTGGCACTAAAGCACGGTCTGTTGTATGCGAGATCAAGAAGAAC
CGTCTTAAGCTTGGTCTCAAAGGCCAGGATCCTATCATCGATGGAGAGCTGTACCGATCT
GTGAAGCCTGATGACTGCTACTGGAACATTGAGGATCAAAAGATGATATCGATTCTGTTG
ACAAAGCAAGATCAGATGAAGTGGTGGAAATGCTGTGTGAAAGACGAACCTGAGATCGAT
ACGCAGAAAGTTGAGCCAGAGAACAGTAAATTAGCTGACCTTGACCCTGAAACTCGCTCC
ACTGTTGAGAAGATGATGTTTGGTCAAAGACAAAAGCAGATGGGACTTCCAACAAGCGAC
GAGCTACAGAAGCGAGACATCCTCAAGAAATTCATGTCTCAGCATCCAGAGATGGACTTC
TCAAACGCAAAGATTAACTGATGCTCGTGTTGTCTGTCAGCTTTGCATCTTCACCCAGCT
TGTTTTGTAGCTGCATCCTTAAATACATGTTCTTGTTTTTTTTTGGTTTTGTCTACTTGA
AGTCTTGAAGGAAATAGTTTCATAATCCGGTTTATGGAATGAAGTCCC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 3

CO CL4438Contig1 834 3 2 U
GGTATTTGGCGAATCAAATATCATGGTATAAGAAAGAATCATTCTGATTAGTTGATAATT
TTGTGAAAGATTCCTGTGAAAAAGGTTAATTAAATCTATTCCTAATTTATGTCGAGTAGA
CCTTGTTGTTTTGTTTTATTGCAAGAATTCTAAATTCATGACTTGTAGGGAGGAAAGGAA
AAAAAAGAGAATCTGGTGGTGAGAGAGAAGATAGGCGACGATTGATTGATTGAATATTAT
CAAATGGCGACATCGAGGCTTCAAGCTCTGTGGAATCACCCTGCCGGTCCTAAAACCATT
CATTTCTGGGCGCCAACGTTCAAGTGGGGAATAAGCATTGCTAACATTGCAGACTTTGCT
AAACCTACTGACAAAATTTCATACCCTCAACAGATTGCTGTTACATGCACTGGAGTTATC
TGGTCTCGTTACAGCATGGTTATCACTCCCAAAAACTGGAATCTCTTTAGCGTCAATGTT
GCTATGGCTGGGACTTGCATGTACCAGCTTGCTCGTAAAATCAAAAACGATTTTGCATCT
GATGTGGAGCCTGTTGTTGCCAAAGAATGATTACGACGAAAAAAACAAGAAGATGAAAAC
ATCAAAGGAAAGATGGAATATCATCTCCATATTGCTTGTGTTTGAAAATCTAGTTTCATG
ATATTTGATTTTTCCTTTTCATTCTCAGATCTCAAAGGGTCGATTTACTATGAAATAAGT
TCATCTTTTTAATACCCATAAACGCTTCTCTCTGTCTTTGATGCGGTATCTATGGGAACT
TTGTTTCAGTGAGCTTCTCCTGCGGCTGTGATAAGTACCTTATAAGCTCTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BT11TF U 1
AF RR3BT11JQ C 115
AF RR3DC31TF U 194
BS 1 700 RR3BT11TF
BS 701 834 RR3DC31TF

RD RR3BT11TF 700 0 0
GGTATTTGGCGAATCAAATATCATGGTATAAGAAAGAATCATTCTGATTAGTTGATAATT
TTGTGAAAGATTCCTGTGAAAAAGGTTAATTAAATCTATTCCTAATTTATGTCGAGTAGA
CCTTGTTGTTTTGTTTTATTGCAAGAATTCTAAATTCATGACTTGTAGGGAGGAAAGGAA
AAAAAAGAGAATCTGGTGGTGAGAGAGAAGATAGGCGACGATTGATTGATTGAATATTAT
CAAATGGCGACATCGAGGCTTCAAGCTCTGTGGAATCACCCTGCCGGTCCTAAAACCATT
CATTTCTGGGCGCCAACGTTCAAGTGGGGAATAAGCATTGCTAACATTGCAGACTTTGCT
AAACCTACTGACAAAATTTCATACCCTCAACAGATTGCTGTTACATGCACTGGAGTTATC
TGGTCTCGTTACAGCATGGTTATCACTCCCAAAAACTGGAATCTCTTTAGCGTCAATGTT
GCTATGGCTGGGACTTGCATGTACCAGCTTGCTCGTAAAATCAAAAACGATTTTGCATCT
GATGTGGAGCCTGTTGTTGCCAAAGAATGATTACGACGAAAAAAACAAGAAGATGAAAAC
ATCAAAGGAAAGATGGAATATCATCTCCATATTGCTTGTGTTTGAAAATCTAGTTTCATG
ATATTTGATTTTTCCTTTTCATTCTCAGATCTCAAAGGGT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3BT11JQ 676 0 0
AGTAGACCTTGTTGTTTTGTTTTATTGCAAGAATTCTAAATTCATGACTTGTAGGGAGGA
AAGGAAAAAAAAGAGAATCTGGTGGTGAGAGAGAAGATAGGCGACGATTGATTGATTGAA
TATTATCAAATGGCGACATCGAGGCTTCAAGCTCTGTGGAATCACCCTGCCGGTCCTAAA
ACCATTCATTTCTGGGCGCCAACGTTCAAGTGGGGAATAAGCATTGCTAACATTGCAGAC
TTTGCTAAACCTACTGACAAAATTTCATACCCTCAACAGATTGCTGTTACATGCACTGGA
GTTATCTGGTCTCGTTACAGCATGGTTATCACTCCCAAAAACTGGAATCTCTTTAGCGTC
AATGTTGCTATGGCTGGGACTTGCATGTACCAGCTTGCTCGTAAAATCAAAAACGATTTT
GCATCTGATGTGGAGCCTGTTGTTGCCAAAGAATGATTACGACGAAAAAAACAAGAAGAT
GAAAACATCAAAGGAAAGATGGAATATCATCTCCATATTGCTTGTGTTTGAAAATCTAGT
TTCATGATATTTGATTTTTCCTTTTCATTCTCAGATCTCAAAGGGTCGATTTACTATGAA
ATAAGTTCATCTTTTTAATACCCATAAACGCTTCTCTCTGTCTTTGATGCGGTATCTATG
GGAACTTTGTTTCAG
C

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3DC31TF 641 0 0
G
GGTGGGGAGAGAGAAGATAGGCGACGATTGATTGATTGAATATTATCAAATGGCGACATC
GAGGCTTCAAGCTCTGTGGAATCACCCTGCCGGTCCTAAAACCATTCATTTCTGGGCGCC
AACGTTCAAGTGGGGAATAAGCATTGCTAACATTGCAGACTTTGCTAAACCTACTGACAA
AATTTCATACCCTCAACAGATTGCTGTTACATGCACTGGAGTTATCTGGTCTCGTTACAG
CATGGTTATCACTCCCAAAAACTGGAATCTCTTTAGCGTCAATGTTGCTATGGCTGGGAC
TGGCATGTACCAGCTTGCTCGTAAAATCAAAAACGATTTTGCATCTGATGTGGAGCCTGT
TGTTGCCAAAGAATGATTACGACGAAAAAAACAAGAAGATGAAAACATCAAAGGAAAGAT
GGAATATCATCTCCATATTGCTTGTGTTTGAAAATCTAGTTTCATGATATTTGATTTTTC
CTTTTCATTCTCAGATCTCAAAGGGTCGATTTACTATGAAATAAGTTCATCTTTTTAATA
CCCATAAACGCTTCTCTCTGTCTTTGATGCGGTATCTATGGGAACTTTGTTTCAGTGAGC
TTCTCCTGCGGCTGTGATAAGTACCTTATAAGCTCTTCTT

QA 2 641 2 641
DS 



AS 1 3

CO CL4439Contig1 829 3 19 U
TTGCATCTCCTCACTTGATAGGAGATGATGCGAGAGACGATCTTTACAGCATGCTACCGG
CGAGCGTGAGAACGTCGCTGAGAGAAAGGCTAAAGCCTTACTCAAAAAACCTGAGTTCTT
CCACGGTTTATGATCCAGGACTAGCGAAAGAATGGACAGACGCAATGGCGGGTATCTTGG
AATGGTTGGGTCCGTTAGCTCATAACATGATAAAAGGGCAATCCGAGAGGAGTTACGAGC
ACCAAAGCTTGGTTTCGAGGACGCACATAGTTCTTGCACAAACCCTTTTCTTT*GCAAAC
CAGCAGAAGACAGAAGCCATCATCACAGAGCTTCTTGTTGGGCTCAACTATGTCTGGAGA
TTTGGCAGAGAACTTAACGCCAAGGCTCTTCAAGAGTGTACCCGTGATATAACCCTTGAG
AAATGCTTGGACACAGATAACTAGCGAAGCTCTCAAAGACTACATGTTTACTACCTCTTT
GACCCAAACCGGCACTGGAACTCACCCCCGGGGAAACCAAACCGTGGGCAAGCCCCAGTT
GTCCAATGCAGCTTGAACCAAACCAGAGGACAAAAAGCTGTTACATTGCTCGATTACCAC
GAGAGAGGTATTATGATCTGCACACGTCTCTTTATTATCTTATCCCCTTTAGTACTCTGA
TTCGTAGATTGCAAATTGTGACTTGTTTGTAGTAGGATGATGATGCATTTGTATATTGTT
CAATGATTTTATTGTGGTTGAGATACATTCTACTGCATATATGTATGTGCCATTGTTGTT
TATGTAGGTGATACAGAAGAATTCTTGATTTCAAATTTTATGTTTGGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW92TF U 1
AF RR3EE13TF U 148
AF RR3CW92JQ C 62
BS 1 293 RR3CW92TF
BS 294 294 RR3EE13TF
BS 295 305 RR3CW92TF
BS 306 444 RR3EE13TF
BS 445 445 RR3CW92JQ
BS 446 525 RR3EE13TF
BS 526 526 RR3CW92JQ
BS 527 556 RR3EE13TF
BS 557 557 RR3CW92JQ
BS 558 666 RR3EE13TF
BS 667 667 RR3CW92JQ
BS 668 694 RR3EE13TF
BS 695 695 RR3CW92JQ
BS 696 701 RR3EE13TF
BS 702 702 RR3CW92JQ
BS 703 720 RR3EE13TF
BS 721 721 RR3CW92JQ
BS 722 746 RR3EE13TF
BS 747 829 RR3CW92JQ

RD RR3CW92TF 305 0 0
TTGCATCTCCTCACTTGATAGGAGATGATGCGAGAGACGATCTTTACAGCATGCTACCGG
CGAGCGTGAGAACGTCGCTGAGAGAAAGGCTAAAGCCTTACTCAAAAAACCTGAGTTCTT
CCACGGTTTATGATCCAGGACTAGCGAAAGAATGGACAGACGCAATGGCGGGTATCTTGG
AATGGTTGGGTCCGTTAGCTCATAACATGATAAAAGGGCAATCCGAGAGGAGTTACGAGC
ACCAAAGCTTGGTTTCGAGGACGCACATAGTTCTTGCACAAACCCTTTTCTTTTGCAAAC
CAGCA

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR3EE13TF 599 0 0
G
AGAATGGACAGACGCAATGGCGGGTATCTTAGAATGGTTGGGTCCGTTAGCTCACAACAT
GATAAAATGGCAATCCGAGAGGAGTTACGAGCACCAAAGCTTGGTTTCGAGGACGCACAT
AGTTCTTGCACAAACCCTTTTCTTT*GCAAACCAGCAGAAGACAGAAGCCATCATCACAG
AGCTTCTTGTTGGGCTCAACTATGTCTGGAGATTTGGCAGAGAACTTAACGCCAAGGCTC
TTCAAGAGTGTACCCGTGATATAACCCTTGAGAAATGCTTGGACACAGATAACTAGTGAA
GCTCTCAAAGACTACATGTTTACTACCTCTTTGACCCAAACCGGCACTGGAACTCACCCC
CGGGGAAACCAAACCGTTGGCAAGCCCCAGTTGTCCAATGCAGCTTGAGCCAAACCAGAG
GACAAAAAGCTGTTACATTGCTCGATTACCACGAGAGAGGTATTATGATCTGCACACGTC
TCTTTATTATCTTATCCCCTTTAGTACTCTGATTCGTATATTGCAAATTGTGACTTGTTT
GTAGTATGATGATTATGCATTTGTATATTGTTTAATGATTTTATTGTGGTTGAGATAC

QA 2 599 2 599
DS 

RD RR3CW92JQ 768 0 0
GAGCGTGAGAACGTCGCTGAGAGAAAGGCTAAAGCCTTACTCAAAAAACCTGAGTTCTTC
CACGGTTTATGATCCAGGACTAGCGAAAGAATGGACAGACGCAATGGCGGGTATCTTGGA
ATGGTTGGGTCCGTTAGCTCATAACATGATAAAAGGGCAATCCGAGAGGAGTTACGAGCA
CCAAAGCTTGGTTTCGAGGACGCACATAGTTCTTGCACAAACCCTTTTCTTT*GCAAACC
AGCAGAAGACAGAAGCCATCATCACGGAGCTTCTTGTTGGGCTCAACTATGTCTGGAGAT
TTGGCAGAGAACTTAACGCCAAGGCTCTTCAAGAGTGTACCCGTGATATAACCCTTGAGA
AATGCTTGGACACAGATAACTAGCGAAGCTCTCCAAGACTACATGTTTACTACCTCTTTG
ACCCAAACCGGCATTGGAACTCACCCCCGGGGAAACCAAACCGTGGGCAAGCCC*AGTTG
TCCAATGCAGCTTGAACCAAACCAGAGGACAAAAAGCTGTTACATTGCTCGATTACCACG
AGAGAGGTATTATGATCTGCACACGTCTCTTTATTATCTTATCCCCTTTAGTACTCTGCT
TCGTGGATTGCAAATTGTGACTTGTTTGTAGTAGGATGATGATGCATTTGTATATTGTTC
AATGATTTTATTGTGGTTGAGATACATTCTACTGCATATATGTATGTGCCATTGTTGTTT
ATGTAGGTGATACAGAAGAATTCTTGATTTCAAATTTTATGTTTGGTG

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 3

CO CL4440Contig1 392 3 15 U
GGAAGCGAGGCGAAACAAGCAAGAGAGGGAGAGTGGGTTTCAAACGCAGACGTTGTGGTA
AAGCTCCAAGGTTGGGACCCAACGCATACCAAGAGCGTGGCTCAGGCGTCGTTAAGTGCA
CTCAAGCAACTGATCATCTCAGACAAGGGACTTCCAGGTAAGAAGAGTCTGTACATAAGG
CTGGGTTGCCGTGGTTACTGGCCCAATATAAAACCGCCGGGATGGGATCCGTCGTCTGAC
ACAGGAGCTCATCCAAGTTTCTCATAAAGTATTCTTTAAACAGTGCTCTTT*GTTCTCTC
TCTCCCATAAAACCAAGCAACGAGCGTTGTTACTCTTGAAGAGTTAATCACTTTCATAGC
CGTTGATAATTTGTGTAGAAGTGTATTTGATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 10 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 
25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EO89JQ C 1
AF RR3DW46TF U 36
AF RR3EO89TF U 1
BS 1 38 RR3EO89TF
BS 39 87 RR3DW46TF
BS 88 88 RR3EO89TF
BS 89 142 RR3DW46TF
BS 143 143 RR3EO89TF
BS 144 187 RR3DW46TF
BS 188 188 RR3EO89TF
BS 189 195 RR3DW46TF
BS 196 196 RR3EO89TF
BS 197 291 RR3DW46TF
BS 292 292 RR3EO89TF
BS 293 321 RR3DW46TF
BS 322 322 RR3EO89TF
BS 323 367 RR3DW46TF
BS 368 392 RR3EO89TF

RD RR3EO89JQ 392 0 0
GGAAGCGAGGCGAAACAAGCAAGAGAGGGAGAGTGGGTTTCAAACGCAGACGTTGTGGTA
AAGCTCCAAGGTTGGGACCCAACGCATACCAAGAGCGTGGCTCAGGCGTCGTTAAGTGCA
CTCAAGCAACTGATCATCTCAGACAAGGGACTTCCAGGTAAGAAGAGTCTGTACATAAGG
CTGGGTTGCCGTGGTTACTGGCCCAATATAAAACCGCCGGGATGGGATCCGTCGTCTGAC
ACAGGAGCTCATCCAAGTTTCTCATAAAGTATTCTTTAAACAGTGCTCTTT*GTTCTCTC
TCTCCCATAAAACCAAGCAACGAGCGTTGTTACTCTTGAAGAGTTAATCACTTTCATAGC
CGTTGATAATTTGTGTAGAAGTGTATTTGATG

QA 1 392 1 392
DS 

RD RR3DW46TF 332 0 0
GTA
TTCAAACGCAGACGTTGTGGTAAAGCTCCAAGGTTGGGACCCAACGCATGCCAAGAGCGT
GGCTCAGGCGTCGTTAAGTGCACTCAAGCAACTGATCATCTCAGGCAAGGGACTTCCAGG
TAAGAAGAGTCTGTACATAAGGCTGGGTTTCCGTGGTGACTGGCCCAATATAAAACCGCC
GGGATGGGATCCGTCGTCTGACACAGGAGCTCATCCAAGTTTCTCATAAAGTATTCTTTA
AACAGTGCTCTTTTGTTCTCTCTCTCCCATAAAACCAAGCAACAAGCGTTGTTACTCTTG
AAGAGTTAATCACTTTCATAGCCGTTGAT

QA 4 332 4 332
DS 

RD RR3EO89TF 392 0 0
GGAAGCGAGGCGAAACAAGCAAGAGAGGGAGAGTGGGTTTCAAACGCAGACGTTGTGGTA
AAGCTCCAAGGTTGGGACCCAACGCATACCAAGAGCGTGGCTCAGGCGTCGTTAAGTGCA
CTCAAGCAACTGATCATCTCAGACAAGGGACTTCCAGGTAAGAAGAGTCTGTACATAAGG
CTGGGTTGCCGTGGTTACTGGCCCAATATAAAACCGCCGGGATGGGATCCGTCGTCTGAC
ACAGGAGCTCATCCAAGTTTCTCATAAAGTATTCTTTAAACAGTGCTCTTT*GTTCTCTC
TCTCCCATAAAACCAAGCAACGAGCGTTGTTACTCTTGAAGAGTTAATCACTTTCATAGC
CGTTGATAATTTGTGTAGAAGTGTATTTGATG

QA 1 392 1 392
DS 



AS 1 3

CO CL4441Contig1 1127 3 3 U
GGAAAAGAGTTGCTGACTATATAATACAAACCATGGCAAATTCTAATCTCAGTCTCATGC
CAACAAATGCTTCAAGGACCACCACCATCATTTTTCTTTCTTACAGCAGAGCTTTTAAAA
AAAAACATAAACTAAACACTCTCGCCTTGCCTTTTGGCCCAGATACATAGATAGATGTTA
AAGAAGACAAAGGCAAAGAGTAGTGTGTAGTTTTTAAAAAGATCACCTGGTGAAAACTCT
GGGAGATGAGAGCAAATAAACAAAGCGATGATGATGATGATGGTCTTGTGTTTATCTGAA
AGTTTTATAAGCCATGCCTGTGAAAAACCGAAACTGTTTGGAAGTATCTACACGAATGAT
TGTAAAACAGAGGGGTCAGATTTTTTTTTTCCTAAAAAACTGTCCTTTGTGGCGTGCTGT
CTGCTTTTATCTTCAGAGTACAGCCTTAGTGCAACGGCCTACAAAGAAATTCACAGGTTT
GTTATTTGCCATAAGGATTACTTGTATCCTCCTCCATCCCACCCACCATCTGGTTCCTTC
CTCTTAAGAGTACCACCTGACATTTGATACATTCTTGCTTCATCTCTCAAAGGTAAAGAA
CTAGAGGAAGATAGTTGTCTTTGTACAAGTGCTGCTGCTTCATCAGTTTCATGCCCTCCT
GGTCCAGAGTTTAAGTCAAGACCAGATCTAAACCATTTTGCATTGTTGCTGTCCGAAACT
CCACCATTGCTACTACCGTTTGGGAGGTTAACAACATAAGGCCTTGGGTAGTTAGAAGGG
ATGGTAACTCCTGGACCCAACATTTGGGAGTTGACAGGAGGGAAGCATAGCCTGCCACTT
GATGAAGAGTCCATGTATGCTGTTGAAGCACCTGAAAAGTTTGCTGAGGAAAGAGGATAG
GTGGTTCCAAAAGGAAACCCAGGATACTGAAATGCTGTGGGTGGGAATGAAACTGCTGGA
GAAGACAGTAAAACAGGGCCTCTGTACATATCAGGTGTATATGATGAAACTTCAGATGTT
TGACCAACCATTCTCTGCGGTCCATTGCCTCGTTCAGGCAAGACTTGAGGAATATTCATT
GCTGAATAGTTGTTAACAGCAGGAAACCAAGATGAGAAGCCAGGCCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DH60JQ U 1
AF RR3GJ94JQ U 1
AF RR3GJ94TF C 520
BS 1 610 RR3DH60JQ
BS 611 743 RR3GJ94JQ
BS 744 1127 RR3GJ94TF

RD RR3DH60JQ 610 0 0
GGAAAAGAGTTGCTGACTATATAATACAAACCATGGCAAATTCTAATCTCAGTCTCATGC
CAACAAATGCTTCAAGGACCACCACCATCATTTTTCTTTCTTACAGCAGAGCTTTTAAAA
AAAAACATAAACTAAACACTCTCGCCTTGCCTTTTGGCCCAGATACATAGATAGATGTTA
AAGAAGACAAAGGCAAAGAGTAGTGTGTAGTTTTTAAAAAGATCACCTGGTGAAAACTCT
GGGAGATGAGAGCAAATAAACAAAGCGATGATGATGATGATGGTCTTGTGTTTATCTGAA
AGTTTTATAAGCCATGCCTGTGAAAAACCGAAACTGTTTGGAAGTATCTACACGAATGAT
TGTAAAACAGAGGGGTCAGATTTTTTTTTTCCTAAAAAACTGTCCTTTGTGGCGTGCTGT
CTGCTTTTATCTTCAGAGTACAGCCTTAGTGCAACGGCCTACAAAGAAATTCACAGGTTT
GTTATTTGCCATAAGGATTACTTGTATCCTCCTCCATCCCACCCACCATCTGGTTCCTTC
CTCTTAAGAGTACCACCTGACATTTGATACATTCTTGCTTCATCTCTCAAAGGTAAAGAA
CTAGAGGAAG

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3GJ94JQ 743 0 0
C
GAAAAGAGTTGCTGACTATATAATACAAACCATGGCAAATTCTAATCTCAGTCTCATGCC
AACAAATGCTTCAAGGACCATCACCATCATTTTTCTTTCTTACAGCAGAGCTTTTAAAAA
AAAACATAAACTAAACACTCTCGCCTTGCCTTTTGGCCCAGATACATAGATAGATGTTAA
AGAAGACAAAGGCAAAGAGTAGTGTGTAGTTTTTAAAAAGATCACCTGGTGAAAACTCTG
GGAGATGAGAGCAAATAAACAAAGCGATGATGATGATGATGGTCTTGTGTTTATCTGAAA
GTTTTATAAGCCATGCCTGTGAAAAACCGAAACTGTTTGGAAGTATCTACACGAATGATT
GTAAAACAGAGGGGTCAGATTTTTTTTTTCCTAAAAAACTGTCCTTTGTGGCGTGCTGTC
TGCTTTTATCTTCAGAGTACAGCCTTAGTGCAACGGCCTACAAAGAAATTCACAGGTTTG
TTATTTGCCATAAGGATTACTTGTATCCTCCTCCATCCCACCCACCATCTGGTTCCTTCC
TCTTAAGAGTACCACCTGACATTTGATACATTCTTGCTTCATCTCTCAAAGGTAAAGAAC
TAGAGGAAGATAGTTGTCTTTGTACAAGTGCTGCTGCTTCATCAGTTTCATGCCCTCCTG
GTCCAGAGTTTAAGTCAAGACCAGATCTAAACCATTTTGCATTGTTGCTGTCCGAAACTC
CACCATTGCTACTACCGTTTGG

QA 2 743 2 743
DS 

RD RR3GJ94TF 608 0 0
CACCCACCATCTGGTTCCTTCCTCTTAAGAGTACCACCTGACATTTGATACATTCTTGCT
TCATCTCTCAAAGGTAAAGAACTAGAGGAAGATAGTTGTCTTTGTACAAGTGCTGCTGCT
TCATCAGTTTCATGCCCTCCTGGTCCAGAGTTTAAGTCAAGACCAGATCTAAACCATTTT
GCATTGTTGCTGTCCGAAACTCCACCATTGCTACTACCGTTTGGGAGGTTAACAACATAA
GGCCTTGGGTAGTTAGAAGGGATGGTAACTCCTGGACCCAACATTTGGGAGTTGACAGGA
GGGAAGCATAGCCTGCCACTTGATGAAGAGTCCATGTATGCTGTTGAAGCACCTGAAAAG
TTTGCTGAGGAAAGAGGATAGGTGGTTCCAAAAGGAAACCCAGGATACTGAAATGCTGTG
GGTGGGAATGAAACTGCTGGAGAAGACAGTAAAACAGGGCCTCTGTACATATCAGGTGTA
TATGATGAAACTTCAGATGTTTGACCAACCATTCTCTGCGGTCCATTGCCTCGTTCAGGC
AAGACTTGAGGAATATTCATTGCTGAATAGTTGTTAACAGCAGGAAACCAAGATGAGAAG
CCAGGCCC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 3

CO CL4442Contig1 631 3 1 U
GAATTACAACTTTTTTTACTCGATGTAAACTCATGATAGTATAAAATAAACAGATGTATT
CAGTTCGCATAAATCTCCACCATCAAATATCCGAGGGATGACCCATTGAATCGAGAAAGT
AACAAGACTGCATAAATAAAAAAAGACAGAACAACACTGAGTTTAACAATAAGAAACATG
CTCTGCAAGAAAGATTTACGAGCTGTTGTTCTTGTCCTTATCGGTAGTAGCATCCTTATC
CTTACCATCATCTTCATCACCGATTGAGGCAGTGAAGTTGAGCCTCTCTTGGGTGTTGGC
AGTGATAACAGGCATCCAAACATCAGCAGTACCACTAAGGAGGGTCTGAACTTGAGGATC
AGAAGCAATAGCAGAGGAGATCATCTCATCAACATCGTCAAGCTTGGCTGATAACTTATC
CAATTCATTAGCAATCTCCACCTCAGTGAGGGGTTGAGAAGACTTTGATGGCACTTTGGT
GACTTCTAAGCCGAGTGCTTCGATCTTCGAACGTAATTCTACTTCCTCTGTATTCGTCAA
CGATTCAACCTGTTGGAGAAGACCCGAAAGAAGCTGGAAGAGCTGCTCGTCCGGTTTACC
ATCCGCCATTGATAGGATAGATCAAAGCTCC


BQ
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25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 25 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CD26JQ U 1
AF RR3CD26TF C 1
AF RR3BS36JQ U 8
BS 1 631 RR3CD26JQ

RD RR3CD26JQ 631 0 0
GAATTACAACTTTTTTTACTCGATGTAAACTCATGATAGTATAAAATAAACAGATGTATT
CAGTTCGCATAAATCTCCACCATCAAATATCCGAGGGATGACCCATTGAATCGAGAAAGT
AACAAGACTGCATAAATAAAAAAAGACAGAACAACACTGAGTTTAACAATAAGAAACATG
CTCTGCAAGAAAGATTTACGAGCTGTTGTTCTTGTCCTTATCGGTAGTAGCATCCTTATC
CTTACCATCATCTTCATCACCGATTGAGGCAGTGAAGTTGAGCCTCTCTTGGGTGTTGGC
AGTGATAACAGGCATCCAAACATCAGCAGTACCACTAAGGAGGGTCTGAACTTGAGGATC
AGAAGCAATAGCAGAGGAGATCATCTCATCAACATCGTCAAGCTTGGCTGATAACTTATC
CAATTCATTAGCAATCTCCACCTCAGTGAGGGGTTGAGAAGACTTTGATGGCACTTTGGT
GACTTCTAAGCCGAGTGCTTCGATCTTCGAACGTAATTCTACTTCCTCTGTATTCGTCAA
CGATTCAACCTGTTGGAGAAGACCCGAAAGAAGCTGGAAGAGCTGCTCGTCCGGTTTACC
ATCCGCCATTGATAGGATAGATCAAAGCTCC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3CD26TF 631 0 0
GAATTACAACT
TTTTTTACTCGATGTAAACTCATGATAGTATAAAATAAACAGATGTATTCAGTTCGCATA
AATCTCCACCATCAAATATCCGAGGGATGACCCATTGAATCGAGAAAGTAACAAGACTGC
ATAAATAAAAAAAGACAGAACAACACTGAGTTTAACAATAAGAAACATGCTCTGCAAGAA
AGATTTACGAGCTGTTGTTCTTGTCCTTATCGGTAGTAGCATCCTTATCCTTACCATCAT
CTTCATCACCGATTGAGGCAGTGAAGTTGAGCCTCTCTTGGGTGTTGGCAGTGATAACAG
GCATCCAAACATCAGCAGTACCACTAAGGAGGGTCTGAACTTGAGGATCAGAAGCAATAG
CAGAGGAGATCATCTCATCAACATCGTCAAGCTTGGCTGATAACTTATCCAATTCATTAG
CAATCTCCACCTCAGTGAGGGGTTGAGAAGACTTTGATGGCACTTTGGTGACTTCTAAGC
CGAGTGCTTCGATCTTCGAACGTAATTCTACTTCCTCTGTATTCGTCAACGATTCAACCT
GTTGGAGAAGACCCGAAAGAAGCTGGAAGAGCTGCTCGTCCGGTTTACCATCCGCCATTG
ATAGGATAGATCAAAGCTCC

QA 12 631 12 631
DS 

RD RR3BS36JQ 613 0 0
CAAC
TTTTTTACTCGATGTAAACTCATGATAGTATAAAATAAACAGATGTATTCAGTTCGCATA
AATCTCCACCATCAAATATCTGAGGGATGACCCATTGAATCGAGAAAGTAACAAGACTGC
ATAAATAAAAAAAGACAGAACAACACTGAGTTTAACAATAAGAAACATGCTCTGCAAGAA
AGATTTACGAGCTGTTGTTCTTGTCCTTATCGGTAGTAGCATCCTTATCCTTACCATCAT
CTTCATCACCGATTGAGGCAGTGAAGTTGAGCCTCTCTTGGGTGTTGGCAGTGATAACAG
GCATCCAAACATCAGCAGTACCACTAAGGAGGGTCTGAACTTGAGGATCAGAAGCAATAG
CAGAGGAGATCATCTCATCAACATCGTCAAGCTTGGCTGATAACTTATCCAATTCATTAG
CAATCTCCACCTCAGTGAGGGGTTGAGAAGACTTTGATGGCACTTTGGTGACTTCTAAGC
CGAGTGCTTCGATCTTCGAACGTAATTCTACTTCCTCTGTATTCGTCAACGATTCAACCT
GTTGGAGAAGACCCGAAAGAAGCTGGAAGAGCTGCTCGTCCGGTTTACCATCCGCCATTG
ATAGGAT
CC

QA 5 611 5 611
DS 



AS 1 3

CO CL4443Contig1 1004 3 6 U
GGTTTTGAAAGCTCTTCACGCACCAATGACTGTCACTTTAGTTCAGTTTGCTGTTGGTAG
TGTGCTCATTACCACCATGTGGGCTCTTAACCTTTACAAGAGGCCCAAGATCACTGGTGC
TCAGCTAGCGGCAATCTTGCCACTTGCAGTTGTGCACACGCTTGGTAATCTCTTCACTAA
CATGAGCCTGGGGAAAGTCTCTGTTTCCTTTACTCACACCATTAAAGCCATGGAGCCTTT
CTTCTCCGTTGTCTTGTCTGCTATGTTTCTCGGAGAGGTGCCTACTCCATGGGTAATCGG
TTCCATTATACCAATCGTTGGTGGAGTTGCACTTGCTTCAATTACAGAGGTCTCATTCAA
CTGGGCTGGCTTTTTGAGTGCAATGGCTTCAAACTTGACTAACCAATCCCGTAACGTGCT
TAGCAAAAAAAGTCATGGTCAAGAAAGATGATTCTTTGGACAACATCACCCTCTTCTCTA
TAATAACGTTGATGTCTCTCTTTTTGATGGCTCCTGTGACTTTCTTCTCCGAAGGAATCA
AGTTCACTCCGTCATACATCCAGTCAGTTGGTGTGAATGTTCAACAAATCTACACCAAGT
CTCTTATTGCTGCACTCTGCTTCCACGCATACCAGCAGGTGTCGTACATGATACTGGCGA
GAGTATCGCCGGTTACACATTCTGTAGGAAACTGTGTGAAGCGTGTGGTGGTCATCGTGA
GCTCTGTCATCTTCTTCAAGACACCCGTCTCGCCTGTTAATGCTTTTGGAACCGGAATTG
CCCTAGCGGGAGTCTTCTTGTACTCGAGAGTGAAGCGTATTAAGCCAAAGCCTAAGACTG
CCTAAGCAAACTATCTGCTACTGCTTTTATATGTATTACAATTTTCTTGAGCCGAAGTTT
TATTTCATATAGATGGTTTTATTCTTCTGCGGATTCTTGATACGTTTCTTCTCTTTATCA
TGTGTTATTTGCTGACTACTCTTTGAAATATTTTACAGTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
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AF RR3DH01TF U 60
AF RR3G914TF U 1
AF RR3G914JQ C 241
BS 1 187 RR3G914TF
BS 188 188 RR3DH01TF
BS 189 638 RR3G914TF
BS 639 639 RR3G914JQ
BS 640 666 RR3G914TF
BS 667 1004 RR3G914JQ

RD RR3DH01TF 548 0 0
GTGTGCTCATTACCATCATGTGGGCTCTTAACCTTTACAAGAGGCCCAAGATCACTGGTG
CTCAGCTAGCGGCAATCTTGCCACTTGCAGTTGTGCACACGCTTGGTAATCTCTTCACTA
ACATGAGCCTGGGGAAAGTTTCTGTTTCTTTTACTCACACCATTAAAGCCATGGAGCCTT
TCTTCTCCGTTGTCTTGTCTGCTATGTTTCTCGGAGAGGTGCCTACTCCATGGGTAATCG
GTTCCATTATTCCAATCGTTGGTGGAGTTGCACTTGCTTCAGTTACAGAGGTCTCATTCA
ACTGGGCTGGCTTTTTGAGTGCAATGGCTTCAAACTTGACTAACCAATCCCGTAACGTGC
TTAGCAAAAAA*GTCATGGTCAAGAAAGATGATTCTTTGGACAACATCACCCTCTTCTCT
ATAATAACCTTGATGTCTCTCTTTTTGATGGCTCCTGTGACTTTCTTCTCCGAAGGAATC
AAGTTCACTCCGTCATACATCCAGTCAGTTGGTGTGAATGTTCAACAAATCTACACCAAG
TCTCTTAT

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3G914TF 666 0 0
GGTTTTGAAAGCTCTTCACGCACCAATGACTGTCACTTTAGTTCAGTTTGCTGTTGGTAG
TGTGCTCATTACCACCATGTGGGCTCTTAACCTTTACAAGAGGCCCAAGATCACTGGTGC
TCAGCTAGCGGCAATCTTGCCACTTGCAGTTGTGCACACGCTTGGTAATCTCTTCACTAA
CATGAGCTTGGGGAAAGTCTCTGTTTCCTTTACTCACACCATTAAAGCCATGGAGCCTTT
CTTCTCCGTTGTCTTGTCTGCTATGTTTCTCGGAGAGGTGCCTACTCCATGGGTAATCGG
TTCCATTATACCAATCGTTGGTGGAGTTGCACTTGCTTCAATTACAGAGGTCTCATTCAA
CTGGGCTGGCTTTTTGAGTGCAATGGCTTCAAACTTGACTAACCAATCCCGTAACGTGCT
TAGCAAAAAAAGTCATGGTCAAGAAAGATGATTCTTTGGACAACATCACCCTCTTCTCTA
TAATAACGTTGATGTCTCTCTTTTTGATGGCTCCTGTGACTTTCTTCTCCGAAGGAATCA
AGTTCACTCCGTCATACATCCAGTCAGTTGGTGTGAATGTTCAACAAATCTACACCAAGT
CTCTTATTGCTGCACTCTGCTTCCACGCATACCAGCAG*TGTCGTACATGATACTGGCGA
GAGTAT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3G914JQ 764 0 0
CTTCTCCGTTGTCTTGTCTGCTATGTTTCTCGGAGAGGTGCCTACTCCATGGGTAATCGG
TTCCATTATACCAATCGTTGGTGGAGTTGCACTTGCTTCAATTACAGAGGTCTCATTCAA
CTGGGCTGGCTTTTTGAGTGCAATGGCTTCAAACTTGACTAACCAATCCCGTAACGTGCT
TAGCAAAAAAAGTCATGGTCAAGAAAGATGATTCTTTGGACAACATCACCCTCTTCTCTA
TAATAACGTTGATGTCTCTCTTTTTGATGGCTCCTGTGACTTTCTTCTCCGAAGGAATCA
AGTTCACTCCGTCATACATCCAGTCAGTTGGTGTGAATGTTCAACAAATCTACACCAAGT
CTCTTATTGCTGCACTCTGCTTCCACGCATACCAGCAGGTGTCGTACATGATACTGGCGA
GAGTATCGCCGGTTACACATTCTGTAGGAAACTGTGTGAAGCGTGTGGTGGTCATCGTGA
GCTCTGTCATCTTCTTCAAGACACCCGTCTCGCCTGTTAATGCTTTTGGAACCGGAATTG
CCCTAGCGGGAGTCTTCTTGTACTCGAGAGTGAAGCGTATTAAGCCAAAGCCTAAGACTG
CCTAAGCAAACTATCTGCTACTGCTTTTATATGTATTACAATTTTCTTGAGCCGAAGTTT
TATTTCATATAGATGGTTTTATTCTTCTGCGGATTCTTGATACGTTTCTTCTCTTTATCA
TGTGTTATTTGCTGACTACTCTTTGAAATATTTTACAGTTTTCC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL4444Contig1 880 2 2 U
GGAATCTTCTGAGAGACTACAGCGTCGATTTCTAAATCTGATTCCCCCTTTCGATCTCTC
TTTCTCTCGCGAGTCTCCAAGGGTTTTTGTTTACCGCCGCTTTTCTCCTGTGCATCAAGG
TTTCTCCGATCATAGGAGACAGTCCTGAGTTGCCTTGGCCCTTGTTTTGTTCTCTTCTTA
TCAGGGGCATAAAGATTCATCAAAAGGCCAAGATAAATACCTAATCTTGGTGCAAGTCTT
AAGTAGAAGAACATCATTTCTAAGAGGCACCTTTTAACATGGCAAATCCATTACGGCTAT
ATCTAGCCTGCATAAAGAATACCCTCGAGGCAGCTATGTGCTTACAGAACTTCCCGTGTC
AAGAAGTTGAAAGGCATAATAAACCAGAGGTTGAACTAAAGACGAGCCCGGAACTCTTGC
TAAATCCTGTTTTGATATGCCGTAATGAGGCTGAAAAGTGTTTGATAGAAACATCTATAA
ATTCACTCCGGATAAGCCTCAAGGTCAAACAAGCGGATGAACTTGAAAACATACTTACCA
AAAAGTTCCTTAGATTCTTGTCCATGAGGGCAGAAGCTTTTCAAGTACTGAGGAGGAAGC
CAGTGCAGGGATATGCCGTTAGCTTTCTTATAACAAACTATCACTGCGAAGAGATGCAGA
AACAGAAGCTAATCGATTTCATTATTCAGTTTATGGAGGATATAGAGAAAGAAATAGCGA
GTTGAAGATATCAGTGAACGCCAGAGGAAGACTCGTGGCTACAGAGTTTCTGAAACAGTT
CATGTAAAGCAACTGCGTTGTTATAATGTAAGCACTCATTGTATTAATCACTCATTATTT
GGTCAAATTCATCTACACATATAATAAGTTTTTTCTTCTC


BQ
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AF RR3DY14TF U 1
AF RR3DY14JQ C 165
BS 1 499 RR3DY14TF
BS 500 880 RR3DY14JQ

RD RR3DY14TF 499 0 0
GGAATCTTCTGAGAGACTACAGCGTCGATTTCTAAATCTGATTCCCCCTTTCGATCTCTC
TTTCTCTCGCGAGTCTCCAAGGGTTTTTGTTTACCGCCGCTTTTCTCCTGTGCATCAAGG
TTTCTCCGATCATAGGAGACAGTCCTGAGTTGCCTTGGCCCTTGTTTTGTTCTCTTCTTA
TCAGGGGCATAAAGATTCATCAAAAGGCCAAGATAAATACCTAATCTTGGTGCAAGTCTT
AAGTAGAAGAACATCATTTCTAAGAGGCACCTTTTAACATGGCAAATCCATTACGGCTAT
ATCTAGCCTGCATAAAGAATACCCTCGAGGCAGCTATGTGCTTACAGAACTTCCCGTGTC
AAGAAGTTGAAAGGCATAATAAACCAGAGGTTGAACTAAAGACGAGCCCGGAACTCTTGC
TAAATCCTGTTTTGATATGCCGTAATGAGGCTGAAAAGTGTTTGATAGAAACATCTATAA
ATTCACTCCGGATAAGCCT

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR3DY14JQ 716 0 0
TTTTGTTCTCTTCTTATCAGGGGCATAAAGATTCATCAAAAGGCCAAGATAAATACCTAA
TCTTGGTGCAAGTCTTAAGTAGAAGAACATCATTTCTAAGAGGCACCTTTTAACATGGCA
AATCCATTACGGCTATATCTAGCCTGCATAAAGAATACCCTCGAGGCAGCTATGTGCTTA
CAGAACTTCCCGTGTCAAGAAGTTGAAAGGCATAATAAACCAGAGGTTGAACTAAAGACG
AGCCCGGAACTCTTGCTAAATCCTGTTTTGATATGCCGTAATGAGGCTGAAAAGTGTTTG
ATAGAAACATCTATAAATTCACTCCGGATAAGCCTCAAGGTCAAACAAGCGGATGAACTT
GAAAACATACTTACCAAAAAGTTCCTTAGATTCTTGTCCATGAGGGCAGAAGCTTTTCAA
GTACTGAGGAGGAAGCCAGTGCAGGGATATGCCGTTAGCTTTCTTATAACAAACTATCAC
TGCGAAGAGATGCAGAAACAGAAGCTAATCGATTTCATTATTCAGTTTATGGAGGATATA
GAGAAAGAAATAGCGAGTTGAAGATATCAGTGAACGCCAGAGGAAGACTCGTGGCTACAG
AGTTTCTGAAACAGTTCATGTAAAGCAACTGCGTTGTTATAATGTAAGCACTCATTGTAT
TAATCACTCATTATTTGGTCAAATTCATCTACACATATAATAAGTTTTTTCTTCTC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 3

CO CL4445Contig1 707 3 6 U
GGGGAGAGTACCAAACCACAGAGAGAGTAAACAGCTAAATACAAAGAGAACCCCAAAGAA
GCTAATATTTAATTATTTACCGTTTCGCCGCAAAGTTTGTATTTCCGTAACATTTAACAC
CCTCAAAGAAGTTAAACGCCGCCATGTGTGGAGGAGCTATAATCTCCGATTTCATCCCTC
CGCCGAAGTCCCGCCGCGTCACCAGTGAGTTTATCTGGCCGGATCCGAAGAAGAAGTCGA
AGAAGCGATCCAGTTTCTTCGATCTGGACGACGAATTCGAGGCTGATTTCAAAGGGTTCA
AGGATGATGATGATTATTCTTCTTTTGACTGCGAAGATGTGAAGAAGCCCTTTGTCTTCA
CCGCACCTACCAAACTCGTAGCTTCCCGTCCCACCACCCTCGCCACCACTGGTTCAGTTT
CTTGCAAGAAGACCATAGAGTCCGGCGATAAATCTGGCAAGAGGAAGAGAAAGAATCAGT
ACAGGGGGATTAGGCTGCGCCCCTGGGGAAAATG*GGCTGCTGAGATCCGTGATCCTAAG
AAAGGCTCTCGAGAATGGCTTGGAACGTTCGACACCGCTGAGGAAGCAGCAAGAGCTTAT
GATGCAGCTGCACGCAGATCCGTGGCGATAAAGCTAAAGTGAATTTCCCTGAAGAGGAGA
TGGTTCCTACTGCTAAGACCAGTAATCTTAAGAAACCAGTGGCTAAA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
5 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE12TF U 1
AF RR3FE41TF U 6
AF RR3EC73TF U 5
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GG
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DS 

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ATCCAGTTTCTTCGATCTGGACGACGAATTCGAGGCTGATTTCAAAGGGTTCAAGGATGA
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TACCAAACTCGTAGCTTCCCGTCCCACCACCCTCGCCACCACTGGTTCAGTTTCTTGCAA
GAAGACCATAGAGTCCGGCGATAAATCTGGCAAGAGGAAGAGAAAGAATCAGTACAGGGG
GATTAGGCTGCGCCCCTGGGGAAAATG*GGCTGCTGAGATC*GTGATCCTAAGAGAGGCT
CTCGAGAATGGCTTGGAACGTTCGACACCGCTGAGGAAGCAGCAAGAGCTTATGATGCAG
CTGCACGCAGATCCGTGGCGATAAAGCTAAAGTGAATTTCCCTGAAGAGGAGATGGTTCC
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DS 



AS 1 2

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CTTCCTCCGGCGAGGCGTTTAAAATGGCGACAGCCTTGCCTTTATCTCCGGTTAACCATC
AGTTATGTCGGAGAAGCAACAGGTTCTGGTACAAAGCTATGTCTCCCCGGTTCTGTCCGC
CCAGTTTCTTGGTTTCTTCGCCCTGTTGCCTCGGCGTGAAAGGAATCGGCTTGTCAAGTC
AGTTACGGGCTCGCCACCCTCTGATCTCTTCAGCGGCTTCGACTGATTATCTATTGCATG
ACGTTGGAGCCACCGTGGCAGTTCTTGGTGGAGCCTTCGCGCTCGTCTTACTCTTCGATA
GTCTCACGAAGCGAGACGTGATTCCACAGAGATTGAGCAGAAAGCTTGTGCATATACTCT
CAGGTCTGCTTTTCGTGCTCTCGTGGCCAATCTTCAGCGCATCGACGGAGGCTAGATACT
TTGCTGCTTTCGTTCCGTTAGTGAATGGCCTAAGGCTTGTGGTCAACGGACTATCTGTCT
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AAGGTCCATTGTTCTACGTTCTAGCCCTTCTCGTTGCTGCGGTTTTCTTCTGGAGAGATT
CTCCTACCGGTATGATCTCGTTGGCAATGATGTGTGGTGGCGACGGAATAGCTGATATCA
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GCATCTCAATGTTCATATTCGGCTTTTTCATTTCTATCGGATTACTTTACTATTACTCGA
GCCTTGGGTACCTTCACATGAACTGGGAAACGACCTTTACTAGAGTCGCCATAGTCTCAC
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AAACTGTATAAGCTGTATTTGTATGTAGCTGTAAACTGGGCGAGTCCACGTCCATTAGCC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
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AF RR3D192TF U 1
AF RR3AL36TF U 383
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AGTTACGGGCTCGCCACCCTCTGATCTCTTCAGCGGCTTCGACTGATTATCTATTGCATG
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DS 

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G
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GCAATGATGTGTGGTGGCGACGGAATAGCTGATATCATGGGACGTAAGTATGGATCATAC
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TTTTTCATTTCTATCGGATTACTTTACTATTACTCGAGCCTTGGGTACCTTCACATGAAC
TGGGAAACGACCTTTACTAGAGTCGCCATAGTCTCACTGGTTGCTACGTTGGTGGAGTCA
CTACCCATCACCGATCAAATAGACGACAACATTTCGGTTCCTCTGGCTACTATTTTGGCT
GCTTACCTAAGTTTTGGATATTACATTCATCCCTCCTAAACTGTATAAGCTGTATTTGTA
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TTTGTGGACAAAGAGTGACCATGTCCAT

QA 2 749 2 749
DS 



AS 1 2

CO CL4447Contig1 764 2 2 U
GGGCATTGAAAAAACAAGAGTACACAAAAATGGTAGAAAAGGTTTGGTCTTTGCTTAAGC
TTTTAATGTTCCAAGGTCTTTTCACTTCACCTCCTCAAGATCCAGGCTTTGATTTTTTCT
ACCTTGCTCTTCAGTGGCCAGGTGCCTATTGTGATACAAAGCGTGCTTGTTGCTATCCAA
CAACAGGTAAACCTGAGGCAGATTTTGGCATCCACGGTTTGTGGCCTAATTACAACAACG
GTTCGTATCCATCAAACTGCGATCCCAGCAATGAATTTGATCCATCTGAGATATCGGATC
TGGTAAGTACTTTGCAAACGAAGTGGCCAACGCTATCTTGTCCGAGCAACGAAGGTTACA
AGTTTTGGGAACACGAGTGGGAAAAACATGGTACGTGTTCCGAATCCGTAATGGACCAAC
ATGGCTACTTTGAGCAAACTCTTGCACTCAGAGAAAGAATCAATCTTCTTCAAATCCTCA
CAGACGCAGGAATCGAACCAAATGACGAATTCTATAAACTTGAAGACATTAAAAACGCGA
TAGAAAAAGGGTTTGGGTTTACCCCAGTAATCAATTGTAACAAAGATCCGGAGAAAAACC
GTCAACTTCACGAGATCTTGTTTTGCGTCGATAAATCAGGAACTGAGTTTATGGACTGTC
CAATGCCTACAGATAGATGTCCTTATTCTAATATCCAGTTTGCTAAGTTTTAATTATATC
TTTCTTTTGAGTGAACTTTTATAATTAAACTTTAAATTTCATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BQ87TF U 1
AF RR3BQ87JQ C 197
BS 1 635 RR3BQ87TF
BS 636 764 RR3BQ87JQ

RD RR3BQ87TF 635 0 0
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GTTCGTATCCATCAAACTGCGATCCCAGCAATGAATTTGATCCATCTGAGATATCGGATC
TGGTAAGTACTTTGCAAACGAAGTGGCCAACGCTATCTTGTCCGAGCAACGAAGGTTACA
AGTTTTGGGAACACGAGTGGGAAAAACATGGTACGTGTTCCGAATCCGTAATGGACCAAC
ATGGCTACTTTGAGCAAACTCTTGCACTCAGAGAAAGAATCAATCTTCTTCAAATCCTCA
CAGACGCAGGAATCGAACCAAATGACGAATTCTATAAACTTGAAGACATTAAAAACGCGA
TAGAAAAAGGGTTTGGGTTTACCCCAGTAATCAATTGTAACAAAGATCCGGAGAAAAACC
GTCAACTTCACGAGATCTTGTTTTGCGTCGATAAA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3BQ87JQ 568 0 0
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AACGAAGTGGCCAACGCTATCTTGTCCGAGCAACGAAGGTTACAAGTTTTGGGAACACGA
GTGGGAAAAACATGGTACGTGTTCCGAATCCGTAATGGACCAACATGGCTACTTTGAGCA
AACTCTTGCACTCAGAGAAAGAATCAATCTTCTTCAAATCCTCACAGACGCAGGAATCGA
ACCAAATGACGAATTCTATAAACTTGAAGACATTAAAAACGCGATAGAAAAAGGGTTTGG
GTTTACCCCAGTAATCAATTGTAACAAAGATCCGGAGAAAAACCGTCAACTTCACGAGAT
CTTGTTTTGCGTCGATAAATCAGGAACTGAGTTTATGGACTGTCCAATGCCTACAGATAG
ATGTCCTTATTCTAATATCCAGTTTGCTAAGTTTTAATTATATCTTTCTTTTGAGTGAAC
TTTTATAATTAAACTTTAAATTTCATGT

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL4448Contig1 1024 2 2 U
GGACAAGAGAGAAAAACTTGAAGAAAATAGTTCAATCCTTATCAGCATTTCTGAACCAAA
AATTTCTGCAGAATGAATCCATTGAATCTAGCCACCACAAGCTCACCACCTCCTGTTGCT
AACGATGTCTTGGCGAAGCGAAAGAGAGGTCGTCCGCGCAAAGATGAAACCACAACACAG
CCTCAACAAGGAAACGTTAACCTGGTTGGTAAGACGGTTTCAGGTGTGGTCACAGGATCT
TTCGACGCGGGGTACATACTCAGTGTCGAGGTGAAAGACAGTGACGCGAAACTGAGAGGT
ATCGTGTTCGCCCCGGGGAAAGTCACTCGGGTAACTCATGAAAACGACGTGGCTCCTCGT
GTTAAAATGTTCGCAAAAGAAGAAATCAAGAACCAAACTGACGTGATCCCTCCTAATGAT
CAACCAACGAAAGATGTGGAGATCTCTGAGTCTGCTCGACCGTTGTCTCTAGTGCCGTAT
CAGAGCGATGACGAAGAACCCAAGGAAGCTGTGGTGGAGGAGGAGGAAGATGGAGAAGCT
GCGACTCCTCTGCTGGAGTTTTTCCCAACTCCGGAGACAACGATGGTGACACCTCAACAG
ACTCTCGTCTTGGCGCAGAAAGAGTCTACAGAGCAACAGAAACCTCCTGGTGAGGCTTGT
GGGTTTGGTGTTAAGGAGCCTGTTGGTCCGTAGAGAAAGTGCCGCAGGAGCTTAGGCTAG
AGCTTGGTAACAAGATGATAATGAGTGGAGACAGCAACAACAACAAAAGTGGGACAGATC
CTATAAGCTCTGTGTCCAAGAGTGGCTTGATCATAGCGAACCTTTTTGAAGGAGAAGGCA
AGAAGGTTGACAATGCCATGAAAGAAGAAGCAGATCCATCAGTTCAGTAGTTAACAAAAT
GAACACCGTTCGGTTATTTTATACTTTTCAGACTCTCCATTGCATTTTTATGTCTTCTCT
TGTTTCCAGTTGTTTGCTTAAAACACTTTGTGTCCAGTGTTTGTTGTAAAACTATTTCTT
CTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3E988TF U 1
AF RR3E988JQ C 216
BS 1 671 RR3E988TF
BS 672 1024 RR3E988JQ

RD RR3E988TF 671 0 0
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AATTTCTGCAGAATGAATCCATTGAATCTAGCCACCACAAGCTCACCACCTCCTGTTGCT
AACGATGTCTTGGCGAAGCGAAAGAGAGGTCGTCCGCGCAAAGATGAAACCACAACACAG
CCTCAACAAGGAAACGTTAACCTGGTTGGTAAGACGGTTTCAGGTGTGGTCACAGGATCT
TTCGACGCGGGGTACATACTCAGTGTCGAGGTGAAAGACAGTGACGCGAAACTGAGAGGT
ATCGTGTTCGCCCCGGGGAAAGTCACTCGGGTAACTCATGAAAACGACGTGGCTCCTCGT
GTTAAAATGTTCGCAAAAGAAGAAATCAAGAACCAAACTGACGTGATCCCTCCTAATGAT
CAACCAACGAAAGATGTGGAGATCTCTGAGTCTGCTCGACCGTTGTCTCTAGTGCCGTAT
CAGAGCGATGACGAAGAACCCAAGGAAGCTGTGGTGGAGGAGGAGGAAGATGGAGAAGCT
GCGACTCCTCTGCTGGAGTTTTTCCCAACTCCGGAGACAACGATGGTGACACCTCAACAG
ACTCTCGTCTTGGCGCAGAAAGAGTCTACAGAGCAACAGAAACCTCCTGGTGAGGCTTGT
GGGTTTGGTGT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3E988JQ 809 0 0
GGTTTCAGGTGTGGTCACAGGATCTTTCGACGCGGGGTACATACTCAGTGTCGAGGTGAA
AGACAGTGACGCGAAACTGAGAGGTATCGTGTTCGCCCCGGGGAAAGTCACTCGGGTAAC
TCATGAAAACGACGTGGCTCCTCGTGTTAAAATGTTCGCAAAAGAAGAAATCAAGAACCA
AACTGACGTGATCCCTCCTAATGATCAACCAACGAAAGATGTGGAGATCTCTGAGTCTGC
TCGACCGTTGTCTCTAGTGCCGTATCAGAGCGATGACGAAGAACCCAAGGAAGCTGTGGT
GGAGGAGGAGGAAGATGGAGAAGCTGCGACTCCTCTGCTGGAGTTTTTCCCAACTCCGGA
GACAACGATGGTGACACCTCAACAGACTCTCGTCTTGGCGCAGAAAGAGTCTACAGAGCA
ACAGAAACCTCCTGGTGAGGCTTGTGGGTTTGGTGTTAAGGAGCCTGTTGGTCCGTAGAG
AAAGTGCCGCAGGAGCTTAGGCTAGAGCTTGGTAACAAGATGATAATGAGTGGAGACAGC
AACAACAACAAAAGTGGGACAGATCCTATAAGCTCTGTGTCCAAGAGTGGCTTGATCATA
GCGAACCTTTTTGAAGGAGAAGGCAAGAAGGTTGACAATGCCATGAAAGAAGAAGCAGAT
CCATCAGTTCAGTAGTTAACAAAATGAACACCGTTCGGTTATTTTATACTTTTCAGACTC
TCCATTGCATTTTTATGTCTTCTCTTGTTTCCAGTTGTTTGCTTAAAACACTTTGTGTCC
AGTGTTTGTTGTAAAACTATTTCTTCTTC

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 2

CO CL4449Contig1 960 2 8 U
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GATGGAAGGAGGAGGAGGTGCCCACTACAACCCTCGAACCGTCGAAGAAGTCTTCCGAGA
TTTCAAGGGCCGTCGTGCTGGCATCCTCCGTGCGCTCACCACCGATGTGAAAGAGTTTTT
CCAGCAATGCAATCCTGAGAAGGACAACCTTTGCTTGTATGGATTCCCGAATCAAGTGTG
GGAAGTTAACTTACCAGCTGAAGAAGTGCCTCCTGAGCTCCCTGAGCCTGCTCTCGGCAT
CAACTTTGCTAGGGACGGAATGCAGGAAAAAGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTGTCCACAG
TGATGCCTGGTTGCTTTCTGTCTCCTTTTACTTCGGTTCAAGATTTGGTATAGATAAAGC
TGACAGGAAACGCTTGTTCAACATGATAAACGAGGTTCCTACTGTATTTGAAGTTGTAAC
TGGAAGTGCTAAAAAACAAACAGAGGAGCAGCCTTCTTCAGTAACTAAAAATGGCAACAG
ATCCAAGTCTAATTCAAAAGTGAGAGATTTAGATGTCAAAAGCTCAAGGAAGATACAGGT
TAGTGAAGAGGATGAAGGAGCAGAGGAGGAAGGAGTAGAGGAAGAGGATGAAGAAGAACA
CGTTGAAACCCTGTGTGGAGCTTGTGGAGATAACTATGCTTCTGATTTCTGGATTTGCTG
CGACATGTGCGAGAAATGGTTCCATGGGAAGTGTGTGAAAATCACTCCAGCTAAAGCTGA
GCATATCAAGCAATACAAGTGCCCTTCTTGCAGCAACAAAAGATCTCGACCCTAAAATGT
TTTATTCCATTTGCCTTGGCTATCTATCAATCTATCCATCCCCCCAAATTGTACAATGCA
CTTCGAAATCTGTTTGTTGTTCAGACCGTTAGTTTGAAGCATGTCCAGATTTATAACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GE29TF U 1
AF RR3GE29JQ C 277
BS 1 617 RR3GE29TF
BS 618 618 RR3GE29JQ
BS 619 651 RR3GE29TF
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BS 659 724 RR3GE29TF
BS 725 960 RR3GE29JQ

RD RR3GE29TF 724 0 0
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GATGGAAGGAGGAGGAGGTGCCCACTACAACCCTCGAACCGTCGAAGAAGTCTTCCGAGA
TTTCAAGGGCCGTCGTGCTGGCATCCTCCGTGCGCTCACCACCGATGTGAAAGAGTTTTT
CCAGCAATGCAATCCTGAGAAGGACAACCTTTGCTTGTATGGATTCCCGAATCAAGTGTG
GGAAGTTAACTTACCAGCTGAAGAAGTGCCTCCTGAGCTCCCTGAGCCTGCTCTCGGCAT
CAACTTTGCTAGGGACGGAATGCAGGAAAAAGAATGGCTTTCTCTTGTTGCTGTCCACAG
TGATGCCTGGTTGCTTTCTGTCTCCTTTTACTTCGGTTCAAGATTTGGTATAGATAAAGC
TGACAGGAAACGCTTGTTCAACATGATAAACGAGGTTCCTACTGTATTTGAAGTTGTAAC
TGGAAGTGCTAAAAAACAAACAGAGGAGCAGCCTTCTTCAGTAACTAAAAATGGCAACAG
ATCCAAGTCTAATTCAAAAGTGAGAGATTTAGATGTCAAAAGCTCAAGGAAGATACAGGT
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CGTTGAAACCCTGTGTGGAGCTTGTGGAGATAACTATGCTTCTGATTTCTGGATTTGCTG
CGAC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3GE29JQ 684 0 0
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GCTTTCTCTTGTTGCTGTCCACAGTGATGCCTGGTTGCTTTCTGTCTCCTTTTACTTCGG
TTCAAGATTTGGTATAGATAAAGCTGACAGGAAACGCTTGTTCAACATGATAAACGAGGT
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TTCAGTAACTAAAAATGGCAACAGATCCAAGTCTAATTCAAAAGTGAGAGATTTAGATGT
CAAAAGCTCAAGGAAGATACAGGTTAGTGAAGAGGATGAAGGAGCAGAGGAGGAAGGAGT
AGAGGAAGAGGATGAAGAAGAACACGTTGAAACCCTGTGTGGAGCTTGTGGAGATAACTA
TGCTTCTGATTTCTGGATTTGCTGCGACATGTGCGAGAAATGGTTCCATGGGAAGTGTGT
GAAAATCACTCCAGCTAAAGCTGAGCATATCAAGCAATACAAGTGCCCTTCTTGCAGCAA
CAAAAGATCTCGACCCTAAAATGTTTTATTCCATTTGCCTTGGCTATCTATCAATCTATC
CATCCCCCCAAATTGTACAATGCACTTCGAAATCTGTTTGTTGTTCAGACCGTTAGTTTG
AAGCATGTCCAGATTTATAACTCC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL4450Contig1 767 2 2 U
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TGTGCATTGGCCTTGTTATGTCTTCTAACTCCAACATCTTCTCTACAACTCCATCCTCGC
TATGCATCTCCTAGCCAAGGTGTAAGTGACAAGATTGTTATTAAAATGGCGCCACGGAAA
CTCATGATCATCTCTAGAGAACATGTAAATGCGATGAGGTTAGGTGCTCATGAAGGTTCA
AGCGAACAACTTCAAGTCACTTCTTCTGGAAAATCTAAGAGTGAAGAGAAGAAATTAGGT
GAAAAGGAAGAGGAGTATGCTCTTTCGAAATATCTATCAATGGATTATCCAAAATTTAGA
AGAAGACGGCCAGTTCACAACCTCTAAGTCCATGCAACATGAATTTTTTTTTTCAATACA
GCTATTAATTTTAGCTAGATTAGCATTTAATCAATATAAGTTAGGAATTGGTTAAATGGT
TGGTATAACGTAGTTAGTTTCTTTGGAATGTTAAGGAAAAAGTTTTGGCGATATTGTTGT
GAAAGTTGGATATGTTCGTGTTTATTATTTTTGTAATATAGTTGGTTTTATAAGTTACTG
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TTATTTTGCAAGAGAAACGATTTGAATTTTATTTTTTTTATTGAGAC


BQ
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AF RR3GR92TF U 1
AF RR3GR92JQ C 1
BS 1 458 RR3GR92TF
BS 459 767 RR3GR92JQ

RD RR3GR92TF 458 0 0
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TGTGCATTGGCCTTGTTATGTCTTCTAACTCCAACATCTTCTCTACAACTCCATCCTCGC
TATGCATCTCCTAGCCAAGGTGTAAGTGACAAGATTGTTATTAAAATGGCGCCACGGAAA
CTCATGATCATCTCTAGAGAACATGTAAATGCGATGAGGTTAGGTGCTCATGAAGGTTCA
AGCGAACAACTTCAAGTCACTTCTTCTGGAAAATCTAAGAGTGAAGAGAAGAAATTAGGT
GAAAAGGAAGAGGAGTATGCTCTTTCGAAATATCTATCAATGGATTATCCAAAATTTAGA
AGAAGACGGCCAGTTCACAACCTCTAAGTCCATGCAACATGAATTTTTTTTTTCAATACA
GCTATTAATTTTAGCTAGATTAGCATTTAATCAATATA

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR3GR92JQ 767 0 0
TCTTATCATAGCTAAAAACACTTCGAGACAATGAAGCTAATTAGAATCACCATCTTGCTT
TGTGCATTGGCCTTGTTATGTCTTCTAACTCCAACATCTTCTCTACAACTCCATCCTCGC
TATGCATCTCCTAGCCAAGGTGTAAGTGACAAGATTGTTATTAAAATGGCGCCACGGAAA
CTCATGATCATCTCTAGAGAACATGTAAATGCGATGAGGTTAGGTGCTCATGAAGGTTCA
AGCGAACAACTTCAAGTCACTTCTTCTGGAAAATCTAAGAGTGAAGAGAAGAAATTAGGT
GAAAAGGAAGAGGAGTATGCTCTTTCGAAATATCTATCAATGGATTATCCAAAATTTAGA
AGAAGACGGCCAGTTCACAACCTCTAAGTCCATGCAACATGAATTTTTTTTTTCAATACA
GCTATTAATTTTAGCTAGATTAGCATTTAATCAATATAAGTTAGGAATTGGTTAAATGGT
TGGTATAACGTAGTTAGTTTCTTTGGAATGTTAAGGAAAAAGTTTTGGCGATATTGTTGT
GAAAGTTGGATATGTTCGTGTTTATTATTTTTGTAATATAGTTGGTTTTATAAGTTACTG
ATAATGGCCGACACGACACAAATGAGCAAGACCCTAAAGCTCTGGTTTGGGGTTTGAGCT
AATTAATTGCTCGTCCTTTCATGCACTGTAACATGGTGACTAATCTGGTTGTATTCCATT
TTATTTTGCAAGAGAAACGATTTGAATTTTATTTTTTTTATTGAGAC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL4451Contig1 466 2 1 U
GGCTACCACTCCACGCGAATCTGAGATTTTCGGGAGATTCGATCGAATTTGGGGGTTAGG
GTTTTTTCGCTGCCGACGAACTGCTTGATATTCTGATTCAATGACGCCGCCTCCTGGACT
TTACTCCGGTAGCAGCACTCTTGCCCTGGTGGCTCGTGCTTCCGCTTTCGGGCTGGGTCT
CGTCTACGGCAACATCAAGCTCAAGGCCTTGAAGATAAAGAAGAACTCACAGATTAAGGC
TGAAGCCAAGGCTCATCACTAAATCAAACTTTCTTTCTCTCCCAAATAAGATGACGAAGA
AGCCCAGTGAACGTTCTCCACAAATGTAGCTGTTTCTTCTTGAGCTATATATCTCTCTTG
GTGACATCTTTCTGTTTTTCTATTTTCTTTTTGGCTTATCGTTGACGAAAAAGAACAAAA
ACTTTTGTCTGAAAAAGCAATCATAATACCATTATGATTTAAACCC


BQ
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AF RR3AB93JQ C 1
AF RR3AB93TF U 1
BS 1 466 RR3AB93TF

RD RR3AB93JQ 466 0 0
GGCTACCACTCCACGCGAATCTGAGATTTTCGGGAGATTCGATCGAATTTGGGGGTTAGG
GTTTTTTCGCTGCCGACGAACTGCTTGATATTCTGATTCAATGACGCCGCCTCCTGGACT
TTACTCCGGTAGCAGCACTCTTGCCCTGGTGGCTCGTGCTTCCGCTTTCGGGCTGGGTTT
CGTTTACGGCAACATCAAGCTCAAGGCCTTGAAGATAAAGAAGAACTCACAGATTAAGGC
TGAAGCCAAGGCTCATCACTAAATCAAACTTTCTTTCTCTCCCAAATAAGATGACGAAGA
AGCCCAGTGAACGTTCTCCACAAATGTAGCTGTTTCTTCTTGAGCTATATATCTCTCTTG
GTGACATCTTTCTGTTTTTCTATTTTCTTTTTGGCTTATCGTTGACGAAAAAGAACAAAA
ACTTTTGTCTGAAAAAGCAATCATAATACCATTATGATTTAAACCC

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR3AB93TF 466 0 0
GGCTACCACTCCACGCGAATCTGAGATTTTCGGGAGATTCGATCGAATTTGGGGGTTAGG
GTTTTTTCGCTGCCGACGAACTGCTTGATATTCTGATTCAATGACGCCGCCTCCTGGACT
TTACTCCGGTAGCAGCACTCTTGCCCTGGTGGCTCGTGCTTCCGCTTTCGGGCTGGGTCT
CGTCTACGGCAACATCAAGCTCAAGGCCTTGAAGATAAAGAAGAACTCACAGATTAAGGC
TGAAGCCAAGGCTCATCACTAAATCAAACTTTCTTTCTCTCCCAAATAAGATGACGAAGA
AGCCCAGTGAACGTTCTCCACAAATGTAGCTGTTTCTTCTTGAGCTATATATCTCTCTTG
GTGACATCTTTCTGTTTTTCTATTTTCTTTTTGGCTTATCGTTGACGAAAAAGAACAAAA
ACTTTTGTCTGAAAAAGCAATCATAATACCATTATGATTTAAACCC

QA 1 466 1 466
DS 



AS 1 2

CO CL4452Contig1 959 2 2 U
ATTCTGGTGTTACTACAATAGCTGGAGGGAAATCGAATGTAGCTGGTTTTAGAGATGGAC
CAAGCGAGGATGCTAGTTCTCCAACGATTTCGATCTTGTTTACGTTCGTCCTACTTGCTC
CTTGCTGGTTATTGACAGAGGCAACGCTGCTCTTCGCCAGATCTCTCTTGCTGAAGAGGA
CTGCGAGTATCACTCTACCTCTATCTCTTCTACTGATATCCTCTTGGTTATTGGTGCTGT
TGTCATTGGTTACGCTACTTGTTTGCTCCAGCAAGGTTTCGGACATTCTTTTGTCTCTAA
GACGTCAGAAGCCAGCTTTGAGGAGGAGCAACCAGGCAAAGAGAAACTCTCTCGACCTGT
CCTTGAGACAACAACAACAACAACAACAACCAAGGAAGAACCTGGCTGGCCATCATTTGG
GCAACTCCTTATCGATCTCTGCAAGCTCGCACTCGAGTTTCTGACCAGCAACCTACTCCC
AGCCCGGTTCAAAACCAGCTCCAATCTAAGGCCACTAAAAGATAGACTCAAAATGCCTGA
AGACGAACAGGAACAGGTACCACCTTTAGTCCAAAGGCATACTGCACCAGTACCAGTCTC
TGAATCCCGACATGCCCACTTGCCTAAATCCAGTGATAGTTACCCGGAACATAAGACATC
GAAGACGAGGTCAAGTAGCGCAACAAAAGATCCATCATCCAAACACCATCGGTCATCATC
GAAACGGCAGGAGTATGCCCAGTTTTACGCCTCGGGAGAGGTTGCACCACTACCAAAGGT
TCATAAAGAGCGATCGAGGCGTCGCCATAGAGATAAAACAACAACCGAGACAGCTGAACC
AAAGACAACAACAGCAGCATCAGATACGGTGAAGCCAGTAGAGTACAGTAATAGTTCAAA
TTTTGATCATTTCAACATGAGGAACAACAAGTACGGACCTGAAACTCCATTCCGCTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH22TF U 1
AF RR3FH22JQ C 203
BS 1 665 RR3FH22TF
BS 666 959 RR3FH22JQ

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ATTCTGGTGTTACTACAATAGCTGGAGGGAAATCGAATGTAGCTGGTTTTAGAGATGGAC
CAAGCGAGGATGCTAGTTCTCCAACGATTTCGATCTTGTTTACGTTCGTCCTACTTGCTC
CTTGCTGGTTATTGACAGAGGCAACGCTGCTCTTCGCCAGATCTCTCTTGCTGAAGAGGA
CTGCGAGTATCACTCTACCTCTATCTCTTCTACTGATATCCTCTTGGTTATTGGTGCTGT
TGTCATTGGTTACGCTACTTGTTTGCTCCAGCAAGGTTTCGGACATTCTTTTGTCTCTAA
GACGTCAGAAGCCAGCTTTGAGGAGGAGCAACCAGGCAAAGAGAAACTCTCTCGACCTGT
CCTTGAGACAACAACAACAACAACAACAACCAAGGAAGAACCTGGCTGGCCATCATTTGG
GCAACTCCTTATCGATCTCTGCAAGCTCGCACTCGAGTTTCTGACCAGCAACCTACTCCC
AGCCCGGTTCAAAACCAGCTCCAATCTAAGGCCACTAAAAGATAGACTCAAAATGCCTGA
AGACGAACAGGAACAGGTACCACCTTTAGTCCAAAGGCATACTGCACCAGTACCAGTCTC
TGAATCCCGACATGCCCACTTGCCTAAATCCAGTGATAGTTACCCGGAACATAAGACATC
GAAGA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3FH22JQ 757 0 0
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TTGCTCCAGCAAGGTTTCGGACATTCTTTTGTCTCTAAGACGTCAGAAGCCAGCTTTGAG
GAGGAGCAACCAGGCAAAGAGAAACTCTCTCGACCTGTCCTTGAGACAACAACAACAACA
ACAACAACCAAGGAAGAACCTGGCTGGCCATCATTTGGGCAACTCCTTATCGATCTCTGC
AAGCTCGCACTCGAGTTTCTGACCAGCAACCTACTCCCAGCCCGGTTCAAAACCAGCTCC
AATCTAAGGCCACTAAAAGATAGACTCAAAATGCCTGAAGACGAACAGGAACAGGTACCA
CCTTTAGTCCAAAGGCATACTGCACCAGTACCAGTCTCTGAATCCCGACATGCCCACTTG
CCTAAATCCAGTGATAGTTACCCGGAACATAAGACATCGAAGACGAGGTCAAGTAGCGCA
ACAAAAGATCCATCATCCAAACACCATCGGTCATCATCGAAACGGCAGGAGTATGCCCAG
TTTTACGCCTCGGGAGAGGTTGCACCACTACCAAAGGTTCATAAAGAGCGATCGAGGCGT
CGCCATAGAGATAAAACAACAACCGAGACAGCTGAACCAAAGACAACAACAGCAGCATCA
GATACGGTGAAGCCAGTAGAGTACAGTAATAGTTCAAATTTTGATCATTTCAACATGAGG
AACAACAAGTACGGACCTGAAACTCCATTCCGCTTCT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL4453Contig1 215 2 1 U
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GGTGCATTCCCGGCGGCCCTTGAAAATCCGGAGGACCGAGTGCCGCTCACGCCCGGTCGT
ACTCATAACCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGTCGATGGAACAATGTAGGC
AAGGGAAGTCGGCAAAATGGATCCGTAACTTCGGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EE26JQ C 1
AF RR3EE26TF U 1
BS 1 215 RR3EE26TF

RD RR3EE26JQ 215 0 0
GGGGCTCAGCCGGAGGTAGGGTCCAGCGGCTGGAAGAGCACCGCACGTCGCGTGGTGTCC
GGTGCATTCCCGGCGGCCCTTGAAAATCCGGAGGACCGAGTGCCGCTCACGCCCGGTCGT
ACTCATAACCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGTCGATGGAACAATGTAGGC
AAGGGAAGTCGGCAAAATGGATCCGTAACTTCGGG

QA 1 215 1 215
DS 

RD RR3EE26TF 215 0 0
GGGGCTCAGCCGGAGGTAGGGTCCAGCGGCTGGAAGAGCACCGCACGTCGCGTGGTGTCC
GGTGCATTCCCGGCGGCCCTTGAAAATCCGGAGGACCGAGTGCCGCTCACGCCCGGTCGT
ACTCATAACCGCATCAGGTCTCCAAGGTGAACAGCCTCTGGTCGATGGAACAATGTAGGC
AAGGGAAGTCGGCAAAATGGATCCGTAACTTCGGG

QA 1 215 1 215
DS 



AS 1 2

CO CL4454Contig1 876 2 2 U
GCAACTCAAGCTACACAGCCAGTCTCACTTCGATCCTCACCGTTCAACAGCTAACATCTC
GGATAGAAGGAATGGACAGTCTAATAATAAGCAACGAACCAATTGGAGTCCAGGACGGTA
CCTTTGCATACAAGTATCTGGTCAATGAACTTAACATAGCTCCATCAAGAATCATTCCGC
TTAAAAACGAAGAAGAATACCTCTCTGCTCTTCAACTTGGTCCCAGAGGTGGTGGTGTAG
CAGCTATAGTCGACGAGCTTCCTTACATCAAAGCTTTATTGTCAAACAGCAACTGCCAGT
TCCGTACTGTTGGACAGGAGTTCACCCGGACAGGCTGAGGATTTGCTTTCCAGAGAGATT
CTCCTTTAGCTGTGGACATGTCAACGGCGATCCTGCAGCTGTCTGAAGAAGGAAAACTTG
AGAAAATCCGCAAGAAATGGCTTACGTACAGCCACGAATGCTCAGTGCAGATTGCAGACA
CAGAGAACTATCAACTCTCGGTACAGAGTTTCTGGGGACTGTTCTTAATATGTGGTATCG
TTTGGTTTATTGCGCTCACCCTCTTCTGCTGGAAAGTTTTCTGGCAATGCCAACGGTTAA
GACCAGAGGAAGAGAGTGATGAAGTCAGGGCGAGCGAAGTAGCTAGTTCGTCTAGATCAG
GGAGAAGTTTGAGGGCAGGAAGTTTCAAGGACTTGATCAAGGTTGTGGATCAGAGAGAAG
TAGAGATCAAGGAGATGCTTAAGCATAAGAGCAGTAAGAAACTCAAAGCTAGCCAAAGCT
CAGCTGAAACTCCATAGAAACGAGTTAGAATGTAGATGAAAAAAGAGTCACACAATTTGT
TTAAAATAGTTTAAATAAAGATTTAACGTTACTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F976TF U 1
AF RR3F976JQ C 194
BS 1 604 RR3F976TF
BS 605 876 RR3F976JQ

RD RR3F976TF 604 0 0
GCAACTCAAGCTACACAGCCAGTCTCACTTCGATCCTCACCGTTCAACAGCTAACATCTC
GGATAGAAGGAATGGACAGTCTAATAATAAGCAACGAACCAATTGGAGTCCAGGACGGTA
CCTTTGCATACAAGTATCTGGTCAATGAACTTAACATAGCTCCATCAAGAATCATTCCGC
TTAAAAACGAAGAAGAATACCTCTCTGCTCTTCAACTTGGTCCCAGAGGTGGTGGTGTAG
CAGCTATAGTCGACGAGCTTCCTTACATCAAAGCTTTATTGTCAAACAGCAACTGCCAGT
TCCGTACTGTTGGACAGGAGTTCACCCGGACAGGCTGAGGATTTGCTTTCCAGAGAGATT
CTCCTTTAGCTGTGGACATGTCAACGGCGATCCTGCAGCTGTCTGAAGAAGGAAAACTTG
AGAAAATCCGCAAGAAATGGCTTACGTACAGCCACGAATGCTCAGTGCAGATTGCAGACA
CAGAGAACTATCAACTCTCGGTACAGAGTTTCTGGGGACTGTTCTTAATATGTGGTATCG
TTTGGTTTATTGCGCTCACCCTCTTCTGCTGGAAAGTTTTCTGGCAATGCCAACGGTTAA
GACC

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3F976JQ 683 0 0
AGAATACCTCTCTGCTCTTCAACTTGGTCCCAGAGGTGGTGGTGTAGCAGCTATAGTCGA
CGAGCTTCCTTACATCAAAGCTTTATTGTCAAACAGCAACTGCCAGTTCCGTACTGTTGG
ACAGGAGTTCACCCGGACAGGCTGAGGATTTGCTTTCCAGAGAGATTCTCCTTTAGCTGT
GGACATGTCAACGGCGATCCTGCAGCTGTCTGAAGAAGGAAAACTTGAGAAAATCCGCAA
GAAATGGCTTACGTACAGCCACGAATGCTCAGTGCAGATTGCAGACACAGAGAACTATCA
ACTCTCGGTACAGAGTTTCTGGGGACTGTTCTTAATATGTGGTATCGTTTGGTTTATTGC
GCTCACCCTCTTCTGCTGGAAAGTTTTCTGGCAATGCCAACGGTTAAGACCAGAGGAAGA
GAGTGATGAAGTCAGGGCGAGCGAAGTAGCTAGTTCGTCTAGATCAGGGAGAAGTTTGAG
GGCAGGAAGTTTCAAGGACTTGATCAAGGTTGTGGATCAGAGAGAAGTAGAGATCAAGGA
GATGCTTAAGCATAAGAGCAGTAAGAAACTCAAAGCTAGCCAAAGCTCAGCTGAAACTCC
ATAGAAACGAGTTAGAATGTAGATGAAAAAAGAGTCACACAATTTGTTTAAAATAGTTTA
AATAAAGATTTAACGTTACTTAC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

CO CL4455Contig1 1036 2 4 U
GACAGCCTATTTCGATCTGTAGGAAGTAGACAAGTATTTTGATCTGTTTAGCATTGGAGA
AAGCTGGTTACTCTGGTTCCTACAAGAAGGACTACAAAATATAAGCTTTGCAATGGCAGC
GACGAACTGGAGATAACATCGATGGATGCGCAATGTTTTGGAAGACCGACAGGTTTTGGG
TTTTGGAGAGGGGAAACATTGAGTTTAGCCAGTTTGGGATGCGTGATAATGTTGCACAAC
TTTCTGTTCTCGAGCTGCGGAAGTCCAAGTCAAGAAAGCTGCTGGTGGGTAACATTCACG
TGCTTCATAATCCAAGTAAAGGAGAAGTGAAGCTTGGTCAGGTCCGTTCGCTATGCTCAA
AGGCTCACTTGCTCTCTAAGAAATGGGGTGATATTCCTATTGTTCTAGGCGGTGACTACA
ATAGTTTACCCCAGAGTCCATTGTACAACTTCTTGGCGTCCTCTGAGGGAGCTGTCTGGC
CAGAGAAATCGTCTTCCAAACCAAGTTCTTGAGACAAGAAGCAAACCTAGCAATACAATA
ACATCCATAAGCAGCTCTTGGACCAACGAAGAGATCCGTCTTGCGACCGGACAAGAGAAC
TCGTACTGGGCTGTGCATCCGTTGAAACTCCATAGCTCATACGCCTCAGTTAGGGGTTCA
ACAAACACCAGGGACTCTGCTGGTGAACCTCTAGCAACCTCATACCACTCGAAATTTCTT
GGAACGGTTGATTACCTCTGGTACACGGATGGTGTTGCACCTGTAAGAGTTCTTGATATA
CTTCCCATTGATGTTTTCTGCAAAACCAGAGGCCTTCCTTGTCAAGAGCTGGGTAGCGAT
CACTTGGCACTGGTTTCAGAATTTTTCTTTGAACCGAATGGTTGATTGCATCATCTCAAA
CCAGCTTAGTTTTGCTTACGGTTTACATATATTTGTCTATTTATAAGTACAGGCGTGCCG
AAATGACGGGTTCACGGTACGAAATCAAAACCGCGGTCAATAATGTAAAATAAACCAGGA
TAATTTTTTTCTTCGC


BQ
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AF RR3E607TF U 1
AF RR3E607JQ C 326
BS 1 655 RR3E607TF
BS 656 656 RR3E607JQ
BS 657 765 RR3E607TF
BS 766 1036 RR3E607JQ

RD RR3E607TF 771 0 0
GACAGCCTATTTCGATCTGTAGGAAGTAGACAAGTATTTTGATCTGTTTAGCATTGGAGA
AAGCTGGTTACTCTGGTTCCTACAAGAAGGACTACAAAATATAAGCTTTGCAATGGCAGC
GACGAACTGGAGATAACATCGATGGATGCGCAATGTTTTGGAAGACCGACAGGTTTTGGG
TTTTGGAGAGGGGAAACATTGAGTTTAGCCAGTTTGGGATGCGTGATAATGTTGCACAAC
TTTCTGTTCTCGAGCTGCGGAAGTCCAAGTCAAGAAAGCTGCTGGTGGGTAACATTCACG
TGCTTCATAATCCAAGTAAAGGAGAAGTGAAGCTTGGTCAGGTCCGTTCGCTATGCTCAA
AGGCTCACTTGCTCTCTAAGAAATGGGGTGATATTCCTATTGTTCTAGGCGGTGACTACA
ATAGTTTACCCCAGAGTCCATTGTACAACTTCTTGGCGTCCTCTGAGGGAGCTGTCTGGC
CAGAGAAATCGTCTTCCAAACCAAGTTCTTGAGACAAGAAGCAAACCTAGCAATACAATA
ACATCCATAAGCAGCTCTTGGACCAACGAAGAGATCCGTCTTGCGACCGGACAAGAGAAC
TCGTACTGGGCTGTGCATCCGTTGAAACTCCATAGCTCATACGCCTCAGTTAGGG*TTCA
ACAAACACCAGGGACTCTGCTGGTGAACCTCTAGCAACCTCATACCACTCGAAATTTCTT
GGAACGGTTGATTACCTCTGGTACACGGATGGTGTTGCACCTGTA
GAGTCT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3E607JQ 711 0 0
AGTGAAGCTTGGTCAGGTCCGTTCGCTATGCTCAAAGGCTCACTTGCTCTCTAAGAAATG
GGGTGATATTCCTATTGTTCTAGGCGGTGACTACAATAGTTTACCCCAGAGTCCATTGTA
CAACTTCTTGGCGTCCTCTGAGGGAGCTGTCTGGCCAGAGAAATCGTCTTCCAAACCAAG
TTCTTGAGACAAGAAGCAAACCTAGCAATACAATAACATCCATAAGCAGCTCTTGGACCA
ACGAAGAGATCCGTCTTGCGACCGGACAAGAGAACTCGTACTGGGCTGTGCATCCGTTGA
AACTCCATAGCTCATACGCCTCAGTTAGGGGTTCAACAAACACCAGGGACTCTGCTGGTG
AACCTCTAGCAACCTCATACCACTCGAAATTTCTTGGAACGGTTGATTACCTCTGGTACA
CGGATGGTGTTGCACCTGTAAGAGTTCTTGATATACTTCCCATTGATGTTTTCTGCAAAA
CCAGAGGCCTTCCTTGTCAAGAGCTGGGTAGCGATCACTTGGCACTGGTTTCAGAATTTT
TCTTTGAACCGAATGGTTGATTGCATCATCTCAAACCAGCTTAGTTTTGCTTACGGTTTA
CATATATTTGTCTATTTATAAGTACAGGCGTGCCGAAATGACGGGTTCACGGTACGAAAT
CAAAACCGCGGTCAATAATGTAAAATAAACCAGGATAATTTTTTTCTTCGC

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL4456Contig1 1211 2 2 U
GGAAGAAAACTCAAATATGGAAGAAAGCTGTGATCCATTTCTCTCTATGTTTTGTAATGG
GTTTCTTCACTGGCTTTGCTCCTGCCGGTAAAGCCTCACTTTTCTCTAATTTCGGAACCA
CCCCCTCTACTACCTCCAAATCTCAAATTCCTCCCCAACCTTTTGAGAACTCTACCTATA
CACCCAATTCCCTCGTTGATAAACCCTTGGTCACTTCCCAAGGCAAAGCCCCTGCTCCTT
CAGAGTCACGAGAAGCTGAACCAGAAAACAGATTGCTCTCCGAGACAGAAGAGGAAGTTA
CACCAAGAGGTCTAGTGATTGTTGTAACTCCAATAATGACCAAAGATCGCTACAAAAACG
TTCTTCTAAGGAGAATGGCCAACACTCTGAGGCTAGTTCCGCCTCCTTTACTGTGGATAG
TCGTGGAGAAACACTCGGAAGCTGACGTGAACTCTTCATCTACGATGTTAAGAAAGACTG
GTTTAATGTATAGACGTATAGTCTTCAAGGAGAACTTCACGAGCTTGGAATCAGAGCTTG
ATCATCAGAGAAACCTAGCGTTGAGATACATTGAGCATCACAAATTAAGCGGAATAGTTC
ATTTCTCGGGACTCAACAACATCTATGATCTTGAATTTTTCGACGAGATTAGAGATATCG
AGGTATTCGGTACGTGGCCAATGGCGTTGCTATCAGCTAATAGGAAACGAGTGATAGTAG
AGGGGCCGGTTTGTGAATCTTCACAAGTATTGGGGTGGCATTTGAGAAAAATTAATAACG
AGACAGAGACAAAGCCTCCGGTTCATATATCAAGCTTTGCTTTCAATAGTTCCATACTTT
GGGACCCTGAAAGATGGGGTCGTCCTTCTTCTGTTGAAGGGACCAAACAGGATTCGATTA
AATATGTGAAGCAAGTGGTTTTGGAGGACGATACAAAGTTGAAGGGACTTCCGGCGCAAG
GCTGTTCCAAGGTTATGCTTTGGCGTCTCAATTTTCCCACAAGAACACGTTTTAGCACCT
GATTTGCTTTATTCTATTCTAATATCCTCCAAATTAGTCCCTTTCCTTTTTCAATTTAAA
GTAGATAAATACAGTTCGGATTTTGAATGTGAATGAGTCGGAACATGATCGGTGATAAAC
ATGCATGCATGCCACCACTGGTGATTTCATCACGGAATACATGAAAATACAACCGCAGAG
CGTATCTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ45TF U 1
AF RR3FZ45JQ C 489
BS 1 701 RR3FZ45TF
BS 702 1211 RR3FZ45JQ

RD RR3FZ45TF 701 0 0
GGAAGAAAACTCAAATATGGAAGAAAGCTGTGATCCATTTCTCTCTATGTTTTGTAATGG
GTTTCTTCACTGGCTTTGCTCCTGCCGGTAAAGCCTCACTTTTCTCTAATTTCGGAACCA
CCCCCTCTACTACCTCCAAATCTCAAATTCCTCCCCAACCTTTTGAGAACTCTACCTATA
CACCCAATTCCCTCGTTGATAAACCCTTGGTCACTTCCCAAGGCAAAGCCCCTGCTCCTT
CAGAGTCACGAGAAGCTGAACCAGAAAACAGATTGCTCTCCGAGACAGAAGAGGAAGTTA
CACCAAGAGGTCTAGTGATTGTTGTAACTCCAATAATGACCAAAGATCGCTACAAAAACG
TTCTTCTAAGGAGAATGGCCAACACTCTGAGGCTAGTTCCGCCTCCTTTACTGTGGATAG
TCGTGGAGAAACACTCGGAAGCTGACGTGAACTCTTCATCTACGATGTTAAGAAAGACTG
GTTTAATGTATAGACGTATAGTCTTCAAGGAGAACTTCACGAGCTTGGAATCAGAGCTTG
ATCATCAGAGAAACCTAGCGTTGAGATACATTGAGCATCACAAATTAAGCGGAATAGTTC
ATTTCTCGGGACTCAACAACATCTATGATCTTGAATTTTTCGACGAGATTAGAGATATCG
AGGTATTCGGTACGTGGCCAATGGCGTTGCTATCAGCTAAT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3FZ45JQ 723 0 0
TATAGACGTATAGTCTTCAAGGAGAACTTCACGAGCTTGGAATCAGAGCTTGATCATCAG
AGAAACCTAGCGTTGAGATACATTGAGCATCACAAATTAAGCGGAATAGTTCATTTCTCG
GGACTCAACAACATCTATGATCTTGAATTTTTCGACGAGATTAGAGATATCGAGGTATTC
GGTACGTGGCCAATGGCGTTGCTATCAGCTAATAGGAAACGAGTGATAGTAGAGGGGCCG
GTTTGTGAATCTTCACAAGTATTGGGGTGGCATTTGAGAAAAATTAATAACGAGACAGAG
ACAAAGCCTCCGGTTCATATATCAAGCTTTGCTTTCAATAGTTCCATACTTTGGGACCCT
GAAAGATGGGGTCGTCCTTCTTCTGTTGAAGGGACCAAACAGGATTCGATTAAATATGTG
AAGCAAGTGGTTTTGGAGGACGATACAAAGTTGAAGGGACTTCCGGCGCAAGGCTGTTCC
AAGGTTATGCTTTGGCGTCTCAATTTTCCCACAAGAACACGTTTTAGCACCTGATTTGCT
TTATTCTATTCTAATATCCTCCAAATTAGTCCCTTTCCTTTTTCAATTTAAAGTAGATAA
ATACAGTTCGGATTTTGAATGTGAATGAGTCGGAACATGATCGGTGATAAACATGCATGC
ATGCCACCACTGGTGATTTCATCACGGAATACATGAAAATACAACCGCAGAGCGTATCTT
ACC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL4457Contig1 663 2 4 U
GGACACACCCAATCAACCAACCTTGATCTCTCTCTCTCTCAAAACACAAATCCTTGGCAA
AGAAAATGGCCGATCAACTCACCGATGATCAGATCTCCGAGTTCAAGGAAGCTTTCAGCC
TTTTCGACAAGGACGGAGATGGTTGCATCACAACCAAAGAGCTTGGCACAGTGATGAGGT
CTCTCGGACAGAACCCGACAGAAGCAGAGCTTCAAGACATGATCAACGAAGTCGATGCTG
ACGGGAACGGAACCATAGACTTCCCCGAGTTCCTCAACCTGATGGCTCGTAAGATGAAGG
ACACGGATTCTGAGGAAGAGCTCAAAGAGGCTTTCAGGGTGTTCGACAAGGACCAGAACG
GTTTCATCTCCGCTGCGGAGCTGAGACATGTGATGACCAACTTGGGGGAGAAGTTGACTG
ATGAAGAGGTGGATGAGATGATCAGGGAAGCTGATGTTGACGGAGGTGGTCAGATCAATT
ATGAAGAGTTTGTCAAAGTTATGATGGCAAAGTGAGGATAAACATTTTCTCAATCTCTCT
CTCTCTCTTTTTTTGTTCTTTGATCCTCAAAAGAAAAGGTCTTTATGCTACTTTTTAATT
GAATTTGAACAAGTGTGATTCTGTTTTTAATTCACCATCATACATCCGTTTTTGTGTCCA
AAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3EW20TF U 1
AF RR3EW20JQ C 189
BS 1 627 RR3EW20TF
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BS 629 652 RR3EW20TF
BS 653 663 RR3EW20JQ

RD RR3EW20TF 658 0 0
GGACACACCCAATCAACCAACCTTGATCTCTCTCTCTCTCAAAACACAAATCCTTGGCAA
AGAAAATGGCCGATCAACTCACCGATGATCAGATCTCCGAGTTCAAGGAAGCTTTCAGCC
TTTTCGACAAGGACGGAGATGGTTGCATCACAACCAAAGAGCTTGGCACAGTGATGAGGT
CTCTCGGACAGAACCCGACAGAAGCAGAGCTTCAAGACATGATCAACGAAGTCGATGCTG
ACGGGAACGGAACCATAGACTTCCCCGAGTTCCTCAACCTGATGGCTCGTAAGATGAAGG
ACACGGATTCTGAGGAAGAGCTCAAAGAGGCTTTCAGGGTGTTCGACAAGGACCAGAACG
GTTTCATCTCCGCTGCGGAGCTGAGACATGTGATGACCAACTTGGGGGAGAAGTTGACTG
ATGAAGAGGTGGATGAGATGATCAGGGAAGCTGATGTTGACGGAGGTGGTCAGATCAATT
ATGAAGAGTTTGTCAAAGTTATGATGGCAAAGTGAGGATAAACATTTTCTCAATCTCTCT
CTCTCTCTTTTTTTGTTCTTTGATCCTCAAAAGAAAAGGTCTTTATGCTACTTTTTAATT
GAATTTGAACAAGTGTGATTCTGTTTT*AATTCACCATCATACATCCGTTTT
GTGTCC

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3EW20JQ 475 0 0
CAGAACCCGACAGAAGCAGAGCTTCAAGACATGATCAACGAAGTCGATGCTGACGGGAAC
GGAACCATAGACTTCCCCGAGTTCCTCAACCTGATGGCTCGTAAGATGAAGGACACGGAT
TCTGAGGAAGAGCTCAAAGAGGCTTTCAGGGTGTTCGACAAGGACCAGAACGGTTTCATT
TCCGCTGCGGAGCTGAGACATGTGATGACCAACTTGGGGGAGAAGTTGACTGATGAAGAG
GTGGATGAGATGATCAGGGAAGCTGATGTTGACGGAGGTGGTCAGATCAATTATGAAGAG
TTTGTCAAAGTTATGATGGCAAAGTGAGGATAAACATTTTCTCAATCTCTCTCTCTCTCT
TTTTTTGTTCTTTGATCCTCAAAAGAAAAGGTCTTTATGCTACTTTTTAATTGAATTTGA
ACAAGTGTGATTCTGTTTTTAATTCACCATCATACATCCGTTTTTGTGTCCAAAA

QA 1 475 1 475
DS 



AS 1 2

CO CL4458Contig1 1081 2 2 U
GGACACATCATCCATTTACCGTTGCTCAACAGATATAAGCCATCATGTCTGAGTGGTTCA
CCCAACTCGAAGAGGTCGCGTACTCCGTAGTGGAATATATCCCACTAGTCGGCACCGTGT
ACTCTCTAAAACGAGCCAGTATCGCATATACCGCGAGGGATTGGACGCGACATTGGCAGT
CCGTCGGCAACTCCCTTGAGAGCTCCGTCCGCGATGTCGTTCTCTTGAGCGAGCTCGCAG
AACCCGTCGAAGTCGCCCTTATACACACCATGGCCGAGTCGTTCACCGACAAAATGATTG
AGCTCTACCATCACGAGCCCAAAAAGCCTGAGGTCCAAATCACCCAAAAGCTGGAAAAAC
AAAGCGGACATGTACTCATCGCCGAGTCCTCAAAGGGCAAGTTCGTGAGTCAAGTCTTCG
GAGGCAAAGCCAAGGGTGTGCACCACTTCCACGGCGCTGTGTTCACTGGAACGCTCACTA
ACTACGATTATGCTCCAGTCGGCGAGAAGATCCGGCTTGATATTCCGCACGGATTGTACG
ACGGGGCACGAGTCACCTTCACGTGGAAATGGACTAGAAACTACCAAGGAAAACCGAATG
TACCTGAAGCCACGTATGGTCGTATTAAATTGAACGCCGGCACACCCACACGGTTCGGAT
TGTCCAGCCGCAAGGGTCCTGCCGGATGGGAAGGTTATGACTTTTGGGGTCATGTAAACT
CCAAGGACCAAATCATAGCTACAACCAGAATCGATGGTACAGAATCTCAGATTGTCTTCA
ACAGATTGGCCGGAACTTGATTTCGGCATTCCAAGTATACAAGCACCTGAACATGGTTCT
TTCAACAGCAGCGAGACCTTTTACTAAATAATTTCTCGTTGTTTTTTTCATATTCAATAC
TTAAACAATGATAATAGATAGACAACGGATTTTTCCGTTGTTTATTTGGATTTAATATCA
TTATACTAATAAAAGTCTAGTCGGTCTGGATCCTCTTGTGAAGGTATGATCCAACTCAGC
CGAAACTTTATCCCTATGTAATTTAGCCCATGTTGTATTCTCTATGTAATTTGCTTCTCT
T


BQ
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10 

AF RR3A213TF U 1
AF RR3A213JQ C 332
BS 1 789 RR3A213TF
BS 790 1081 RR3A213JQ

RD RR3A213TF 789 0 0
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CCCAACTCGAAGAGGTCGCGTACTCCGTAGTGGAATATATCCCACTAGTCGGCACCGTGT
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CCGTCGGCAACTCCCTTGAGAGCTCCGTCCGCGATGTCGTTCTCTTGAGCGAGCTCGCAG
AACCCGTCGAAGTCGCCCTTATACACACCATGGCCGAGTCGTTCACCGACAAAATGATTG
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AAAGCGGACATGTACTCATCGCCGAGTCCTCAAAGGGCAAGTTCGTGAGTCAAGTCTTCG
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ACTACGATTATGCTCCAGTCGGCGAGAAGATCCGGCTTGATATTCCGCACGGATTGTACG
ACGGGGCACGAGTCACCTTCACGTGGAAATGGACTAGAAACTACCAAGGAAAACCGAATG
TACCTGAAGCCACGTATGGTCGTATTAAATTGAACGCCGGCACACCCACACGGTTCGGAT
TGTCCAGCCGCAAGGGTCCTGCCGGATGGGAAGGTTATGACTTTTGGGGTCATGTAAACT
CCAAGGACCAAATCATAGCTACAACCAGAATCGATGGTACAGAATCTCAGATTGTCTTCA
ACAGATTGG

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3A213JQ 750 0 0
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AAAGGGCAAGTTCGTGAGTCAAGTCTTCGGAGGCAAAGCCAAGGGTGTGCACCACTTCCA
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CCGGCTTGATATTCCGCACGGATTGTACGACGGGGCACGAGTCACCTTCACGTGGAAATG
GACTAGAAACTACCAAGGAAAACCGAATGTACCTGAAGCCACGTATGGTCGTATTAAATT
GAACGCCGGCACACCCACACGGTTCGGATTGTCCAGCCGCAAGGGTCCTGCCGGATGGGA
AGGTTATGACTTTTGGGGTCATGTAAACTCCAAGGACCAAATCATAGCTACAACCAGAAT
CGATGGTACAGAATCTCAGATTGTCTTCAACAGATTGGCCGGAACTTGATTTCGGCATTC
CAAGTATACAAGCACCTGAACATGGTTCTTTCAACAGCAGCGAGACCTTTTACTAAATAA
TTTCTCGTTGTTTTTTTCATATTCAATACTTAAACAATGATAATAGATAGACAACGGATT
TTTCCGTTGTTTATTTGGATTTAATATCATTATACTAATAAAAGTCTAGTCGGTCTGGAT
CCTCTTGTGAAGGTATGATCCAACTCAGCCGAAACTTTATCCCTATGTAATTTAGCCCAT
GTTGTATTCTCTATGTAATTTGCTTCTCTT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL4459Contig1 573 2 2 U
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AAGCTGCCTCGAACACCATCTAGGCTCTCCCCGAGCGAAGACTTGTACATACAATATTTG
TATTCTTGGCTCCTAATCAAATCTTTTTCACCTTCTTCAAGGGGATCACTCTCATAAATG
AGCTCATAGCAAACGGGAGAAAGGCAACGCAGCGCACAATTCTCTTTTGCTATGGAAGAA
GCTTTGCATTGCCAACCCCATAGCCCACTCTCAATATCAGCATAGCATTGGTTCTTCTTC
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AAGCTCAGCGAGAGCAACAGAAGAATACAAACAGTGCTTGAGCGAGCTCCGGAGATTCCC
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AF RR3DI42TF C 1
AF RR3DI42JQ U 115
BS 1 114 RR3DI42TF
BS 115 573 RR3DI42JQ

RD RR3DI42TF 572 0 0
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ACATGGAAGAACAGAATGCTACACAACTAAAGAGAGTCTTGTTGGCTTTGGTTCTATAGA
AAGCTGCCTCGAACACCATCTAGGCTCTCCCCGAGCGAAGACTTGTACATACAATATTTG
TATTCTTGGCTCCTAATCAAATCTTTTTCACCTTCTTCAAGGGGATCACTCTCATAAATG
AGCTCATAGCAAACGGGAGAAAGGCAACGCAGCGCACAATTCTCTTTTGCTATGGAAGAA
GCTTTGCATTGCCAACCCCATAGCCCACTCTCAATATCAGCATAGCATTGGTTCTTCTTC
TCCCTGATCTCCGCATCGGATATAGGACGAGGAGATTTAGAGAAAGCACAGGAAAATAAT
AAGCTCAGCGAGAGCAACAGAAGAATACAAACAGTGCTTGAGCGAGCTCCGGAGATTCCC
ATGGCCTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCCGAACGGCGATCGCAGT
CGCTAATTCGCTCCACAAGTAGCCCAGCTTCC

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3DI42JQ 459 0 0
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TATTTGTATTCTTGGCTCCTAATCAAATCTTTTTCACCTTCTTCAAGGGGATCACTCTCA
TAAATGAGCTCATAGCAAACGGGAGAAAGGCAACGCAGCGCACAATTCTCTTTTGCTATG
GAAGAAGCTTTGCATTGCCAACCCCATAGCCCACTCTCAATATCAGCATAGCATTGGTTC
TTCTTCTCCCTGATCTCCGCATCGGATATAGGACGAGGAGATTTAGAGAAAGCACAGGAA
AATAATAAGCTCAGCGAGAGCAACAGAAGAATACAAACAGTGCTTGAGCGAGCTCCGGAG
ATTCCCATGGCCTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCCGAACGGCGAT
CGCAGTCGCTAATTCGCTCCACAAGTAGCCCAGCTTCCC

QA 1 459 1 459
DS 



AS 1 2

CO CL4460Contig1 925 2 4 U
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AGAGAAGTGAGGGAGCTGAGCTTGGGAACCGAAACCGACCGCCTCGATTCTCCTCCCTCT
CCGCTCCACTTCCTCCGAGACTACGTCTCTCAGAGCAAGCCCTGCGTGATCTCCAACGCG
ATCCCTCACTGGCCGGCTCTAAACCTCTGGTCCGATCCCTTCTCCTTCCTCCTACCGATG
CGCACCGCCTCTACGTGGAGCGATATCCAGCTGCCAATTATTATTATAATCAAGATACTG
AAGCGTTCAAGCTTGAGATTGAGGAGCCAGTGAGGCATGTGCCATGGTGCAGTGTTGATC
CATACCCTTCACCAGAGAGGGAAGCGAGTGAGAGATTGAAATATCCATTGTTCTTTAATG
GCCCAAAGCCCTTTCATTGTACTGTCAAGGCTGGGGAGGTTCTTTACCTGCCAAGCGTGT
GGTTTCACCATGTTAGTCAAACCCCAGGAGATGGTGGCTATACCATTGCGGTGAACTATT
GGTATGACATGCAGTTCGACGTCAAATATGCTTATTTCAACTTCTTGCAATCTTTATCAT
ACGAGTCATCTTCACTTAATCCAGTTCTGCCTTGGAGAGAAGATGAAGATACGGAATCTG
GTGATTCAGATGTATGAAGAGTCGAAACAACATTTTGCTTGGCGAGGTCAAGTTTTATCA
GTCATGGTTGAAAGCTCGGGAAGATCGTAACTTAGCATTTGGAAAATCTTAAGATCGTAA
AGGAGAATTGTCTGAACGTTGTTTGTTTGATCCTTGCAATGTACTTTGGTACTTTCTGAA
CTATTTCCTGAATTTTGTCTCCCAGAAATTCTTTAGAACCATGAAATCAGATGAAAGCTC
TTAAATTCTATGATTTGTTTAACTT


BQ
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AF RR3BJ53TF U 1
AF RR3BJ53JQ C 104
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BS 766 766 RR3BJ53JQ
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BS 867 925 RR3BJ53JQ

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DS 

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TTACCTGCCAAGCGTGTGGTTTCACCATGTTAGTCAAACCCCAGGAGATGGTGGCTATAC
CATTGCGGTGAACTATTGGTATGACATGCAGTTCGACGTCAAATATGCTTATTTCAACTT
CTTGCAATCTTTATCATACGAGTCATCTTCACTTAATCCAGTTCTGCCTTGGAGAGAAGA
TGAAGATACGGAATCTGGTGATTCAGATGTATGAAGAGTCGAAACAACATTTTGCTTGGC
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QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3FP03JQ C 1
AF RR3FP03TF U 1
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QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 2

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TACCGGTGGGTGAAGCGGTTGGGGGTTTGGAAATGAAGGAAGGAAAGTTTGGGGCTGATT
TGGAAATACAAGAAAGTAGTGAGGAGGAGATTGTGAAGATGAAACAGAGATTAGTGTCTC
AAGTGCTTGAGATAGGGATTATATTTCATTCAGTGATAATTGGTGTGACCATGGGAATGT
CACAGAATCAGTGTACCATTAGACCTTTAATCGCTGCTCTTTCGTTTCATCAGATTTTCG
AAGGCTTGGGCCTTGGCGGTTGCATCGCTCAGGCGGGGTTTAAGGCAGGGACAGTGGTCT
ATATGTGCTTGATGTTCGCAGTAACTACACCTCTCGGGATAGTACTTGGGATGATGATTT
TCGCAGCGACCGGTTACGATGACCAGAACCCAAACGCATTGATAATGGAAGGTTTATTAG
GATCACTATCCTCAGGGATTCTAATATACATGGCCTTAGTTGACCTAATTGCACTTGATT
TCTTCCATAACAAGATGTTGACAACGGCCGGTGAATCACGTTCTAAGCTGAAGAAACTTT
GTTTTGTGGCATTGGTCTTGGGTTCTGCTTCTATGTCACTTCTTGCTCTCTGGGCTTAAA
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TTTTAACTTTATAATATAATCTATTCCACAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FR20TF U 1
AF RR3FR20JQ C 137
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ATTTTCCGTTCGCCGGTTTGGTGACGTTGATCGGAGTAGTCACGGCGTTGTTGGTTGATT
TAACGGCGAGTGAACATATGGGACACGGTGGTGGTGGTAGTGGTGGAGGGATGGGGTATG
TACCGGTGGGTGAAGCGGTTGGGGGTTTGGAAATGAAGGAAGGAAAGTTTGGGGCTGATT
TGGAAATACAAGAAAGTAGTGAGGAGGAGATTGTGAAGATGAAACAGAGATTAGTGTCTC
AAGTGCTTGAGATAGGGATTATATTTCATTCAGTGATAATTGGTGTGACCATGGGAATGT
CACAGAATCAGTGTACCATTAGACCTTTAATCGCTGCTCTTTCGTTTCATCAGATTTTCG
AAGGCTTGGGCCTTGGCGGTTGCATCGCTCAGGCGGGGTTTAAGGCAGGGACAGTGGTCT
ATATGTGCTTGATGTTCGCAGTAACTACACCTCTCGGGATAGTACTTGGGATGATGATTT
TCGCAGCGACCGGTTACGATGACCAGAACCCAAACGCATTGATAATGGAAGGTTTATTAG
GATCACTATCCTCAGGGATTCTAATATACATGGCCTTAGTTGACCTAATTGCACTTGATT
TCTTCCATAACAAGATGTTGACAACGGCCGGTGAATCACGTTCTAAGCTGAAGAAACTTT
GTTT*GTGGCATTGGTCTTGG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3FR20JQ 735 0 0
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GGTTGGGGGTTTGGAAATGAAGGAAGGAAAGTTTGGGGCTGATTTGGAAATACAAGAAAG
TAGTGAGGAGGAGATTGTGAAGATGAAACAGAGATTAGTGTCTCAAGTGCTTGAGATAGG
GATTATATTTCATTCAGTGATAATTGGTGTGACCATGGGAATGTCACAGAATCAGTGTAC
CATTAGACCTTTAATCGCTGCTCTTTCGTTTCATCAGATTTTCGAAGGCTTGGGCCTTGG
CGGTTGCATCGCTCAGGCGGGGTTTAAGGCAGGGACAGTGGTCTATATGTGCTTGATGTT
CGCAGTAACTACACCTCTCGGGATAGTACTTGGGATGATGATTTTCGCAGCGACCGGTTA
CGATGACCAGAACCCAAACGCATTGATAATGGAAGGTTTATTAGGATCACTATCCTCAGG
GATTTTAATATACATGGCCTTAGTTGACCTAATTGCACTTGATTTCTTCCATAACAAGAT
GTTGACAACGGCCGGTGAATCAGGTTTTAAGCTGAAGAAACTTTGTTTTGTGGCATTGGT
CTTGGGTTCTGCTTCTATGTCACTTCTTGCTCTCTGGGCTTAAAAGAGGCAAAACTATAC
AAAAGTTACCATAGCAAAAATGTTATGTTTCTATATGAATATGGTTTTAACTTTATAATA
TAATCTATTCCACAC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL4463Contig1 609 2 16 U
ATGGGAAGATCAATATTTTAGTAATTTGAGGAATGGTAACAAACATTGACCAAAGAGGTT
CTTGTGTTTTGTATTAATATCGAGATTAGCAAAGTTAAACAAGTAATTACTTTCAGTTAA
CAACTGAATCAAAGATGTAGTAGAATCAAAGCTCCAAGCAGACATAAAGACTTAAAACAT
TTCAGGTTAGCTTATGTTCTTCTTCTTGTTCAATTCCTAGGTTCCATGCTTTATGTACAC
AGAGATGTCACTGTAACATCATATCAACCGCGCATTAAATCAATATCAGCATGAGCATGG
CGCATATCCATCTGCCTTGAACCTGTTGACCAAATCAGGTTTTGGCCTTGTGTGTGTTGA
GGAACAGGGTCCAGAGCTTGATGATGATGATCATTAGTGTCTTGAACATTTTCAGAACCT
TCTTCTTCTCGTTTCTTGTTCTTGATCTTAAGAGCTGCCCATATAAAGCTCCCTACGATA
ACCTGAACAGGACTAGCTGCTATTAAAGGCCCTCCAATAGCACCACCAATCACACGCCCA
TCAGGGCTAGCAAGCGAAACTGATAAGTTTCCAGTTCTATTCCGGAAACTTCCATCAGTT
GGGACAAGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E667JQ U 1
AF RR3CI31JQ U 31
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BS 178 262 RR3E667JQ
BS 263 264 RR3CI31JQ
BS 265 386 RR3E667JQ
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BS 417 450 RR3E667JQ
BS 451 451 RR3CI31JQ
BS 452 518 RR3E667JQ
BS 519 519 RR3CI31JQ
BS 520 540 RR3E667JQ
BS 541 609 RR3CI31JQ

RD RR3E667JQ 540 0 0
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CTTGTGTTTTGTATTAATATCGAGATTAGCAAAGTTAAACAAGTAATTACTTTCAGTTAA
CAACTGAATCAAAGATGTAGTAGAATCAAAGCTCCAAGCAGACATAAAGACTTAAA*CAT
TTCAGGTTAGCTTATGTTCTTCTTCTTGTTCAATTCCTAGGTTCCATGCTTTATGTACAC
AGAGATGTCACTGTAACATCAT**CAACCGCGCATTAAATCAATATCAGCATGAGCATGG
CGCATATCCATCTGCCTTGAACCTGTTGACCAAATCAGGTTTTGGCCTTGTGTGTGTTGA
GGAACAGGGTCCAGAGCTTGATGATGGTGATCATTAGTGTCTTGAACATTTTCAGCACCT
TCTTCTTCTCGTTTCTTGTTCTTGATCTTAGGAGCTGCCCATATAAAGCTCCCTACGATA
ACCTGAACAGGACTAGCTGCTATTAAAGGCCCTCCAATGGCACCACCAATCACACGCCCA

QA 1 540 1 540
DS 

RD RR3CI31JQ 579 0 0
GG
ATGGTAACAAACATTGACCAAAGAGGTTCTTGTGTTT*GTATTAATATCGAGATTAGTAA
AGTTAAACAAGTAATTACTTTCAGTTAACAACTGAATCAAAGATGTAGTAGAATCAAAGC
TCCAAGCAGACATAAAGACTTAAAACATTTCAGGTTAGCTTATGTTCTTCTTCTTGTTCA
ATTCCTAGGTTCCATGCTTTATGTACACAGAGATGTCACTGTAACATCATATCAACCGCG
CATTAGATCAATATCAGCATGAGCATGGCGCATATCCATTTGCCTTGAACCTGTTGACCA
GATCAGGTTTTGGCCTTGTGTGTGTTGAGGAACAGGGTCCATAGCTTGATGATGATGATC
ATTTGTGTCTTGAACATTTTCAGAACCTTCTTCTTCTCTTTTCTTGTTCTTGATCTTAAG
AGCTGCCCATATAAAGCTCCCTACGATAACCTGAACAGGACTTGCTGCTATTAAAGGCCC
TCCAATAGCACCACCAATCACACGCCCATCAGGGCTAGCAAGCGAAACTGATAAGTTTCC
AGTTCTATTCCGGAAACTTCCATCAGTTGGGACAAGA

QA 3 579 3 579
DS 



AS 1 2

CO CL4464Contig1 988 2 4 U
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CCCTCTCATATTGCTTTGTTTCCGGTCTCTGGTCAGGCGAATCTCTGTTTTCAAGGAGCC
GTGCGCGAGATCTTCGGTGAAGGTGGAGACCCGGCTTGCTCTGGAGTCGAGGCGCGGTGT
GTTGCAGGAGTTATGGTTGGTGGAGTCGGCTTTTTATGGCCGAGAGATAGGTCGTGTTCC
CTCTTAGATCTTCTCTCGAGGCCTCCTTGTTCGTGGTGTGCGTTGATTTTAGTTTGGTTT
ATGGTGTTGTTGGTTTAGCTGTATGTTGTGCTTGGTTTGACTAGAGTGGTAAGGTTCGGG
ATTGGTATCAGCGTGTGTGGTGGCCATATTTCCTTTTTGGCCGTTCGTTTGTTTTGCTAT
ACGTGGAGCTTAGCATTTGATTTATCTGACTTTAGTTTAGAGTTATGGATGCAGTGATTG
CTTGTCGTATGGTTCTTCTGCCGGGAGTGTATTCGGAGAGTTTCTGTCGGCAAAACTTCG
ACTTTGTGGGGTTTTAGTTAAGCTTCTATCTAGGATTAAGTGGACGTATGGGCGTCGGAT
CCGTATCCGAAGGTTGGGTTGATCGAATTGGCGGTCCCTCTTGTCGGGTTATGAAGTCTC
AGGTTCTTGGAGTTTGGACGTTACCGTTTGGCGGGCATAAGCAGCAGCGGTAAGTTATGG
TGTGGTTGTAAGAAGTGGATGTTATCGTGGAGCGGGTTAGAGGCAGCAACGATATTTCCC
TGATCATTGGCTTGTGCTTGTGTCTAAAGTCTGTTGAATTATTTTGTTTAATGCTCTTAT
GTAGTGATTAGTCGTATATCTAAGTTACCCTTGTGTGGGTTCTAATTGCCGCCTTCATGT
GGGCTTTTGTTTCTGGGGCTTTCTTATTTTGCCGCCAGCTTGTGTATCACAACTGCTATT
TCATTTTGAATGAATTTCACTAGACGGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GP67TF U 1
AF RR3GP67JQ C 245
BS 1 662 RR3GP67TF
BS 663 663 RR3GP67JQ
BS 664 711 RR3GP67TF
BS 712 988 RR3GP67JQ

RD RR3GP67TF 711 0 0
GGGCCGTCGGGAGCTCCGTTCTCCTTTAAATAGTCTTCGTCTTTGCTTCACGATCAAAAC
CCCTCTCATATTGCTTTGTTTCCGGTCTCTGGTCAGGCGAATCTCTGTTTTCAAGGAGCC
GTGCGCGAGATCTTCGGTGAAGGTGGAGACCCGGCTTGCTCTGGAGTCGAGGCGCGGTGT
GTTGCAGGAGTTATGGTTGGTGGAGTCGGCTTTTTATGGCCGAGAGATAGGTCGTGTTCC
CTCTTAGATCTTCTCTCGAGGCCTCCTTGTTCGTGGTGTGCGTTGATTTTAGTTTGGTTT
ATGGTGTTGTTGGTTTAGCTGTATGTTGTGCTTGGTTTGACTAGAGTGGTAAGGTTCGGG
ATTGGTATCAGCGTGTGTGGTGGCCATATTTCCTTTTTGGCCGTTCGTTTGTTTTGCTAT
ACGTGGAGCTTAGCATTTGATTTATCTGACTTTAGTTTAGAGTTATGGATGCAGTGATTG
CTTGTCGTATGGTTCTTCTGCCGGGAGTGTATTCGGAGAGTTTCTGTCGGCAAAACTTCG
ACTTTGTGGGGTTTTAGTTAAGCTTCTATCTAGGATTAAGTGGACGTATGGGCGTCGGAT
CCGTATCCGAAGGTTGGGTTGATCGAATTGGCGGTCCCTCTTGTCGGGTTATGAAGTCTC
AG*TTCTTGGAGTTTGGACGTTACCGTTTGGCGGGCATAAGCAGCAGCGGT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3GP67JQ 744 0 0
TAGATCTTCTCTCGAGGCCTC*TTGTTCGTGGTGTGCGTTGATTTTAGTTTGGTTTATGG
TGTTGTTGGTTTAGCTGTATGTTGTGCTTGGTTTGACTAGAGTGGTAAGGTTCGGGATTG
GTATCAGCGTGTGTGGTGGCCATATTTCCTTTTTGGCCGTTCGTTTGTTTTGCTATACGT
GGAGCTTAGCATTTGATTTATCTGACTTTAGTTTAGAGTTATGGATGCAGTGATTGCTTG
TCGTATGGTTCTTCTGCCGGGAGTGTATTCGGAGAGTTTCTGTCGGCAAAACTTCGACTT
TGTGGGGTTTTAGTTAAGCTTCTATCTAGGATTAAGTGGACGTATGGGCGTCGGATCCGT
ATCCGAAGGTTGGGTTGATCGAATTGGCGGTCCCTCTTGTCGGGTTATGAAGTCTCAGGT
TCTTGGAGTTTGGACGTTACCGTTTGGCGGGCATAAGCAGCAGCGGTAAGTTATGGTGTG
GTTGTAAGAAGTGGATGTTATCGTGGAGCGGGTTAGAGGCAGCAACGATATTTCCCTGAT
CATTGGCTTGTGCTTGTGTCTAAAGTCTGTTGAATTATTTTGTTTAATGCTCTTATGTAG
TGATTAGTCGTATATCTAAGTTACCCTTGTGTGGGTTCTAATTGCCGCCTTCATGTGGGC
TTTTGTTTCTGGGGCTTTCTTATTTTGCCGCCAGCTTGTGTATCACAACTGCTATTTCAT
TTTGAATGAATTTCACTAGACGGG

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL4465Contig1 1042 2 2 U
GGGAGAAGACAGACAATCTGGATAGCTAAAACATAGCTGGACGATTATTGTTGTTGCTCA
AAAAAAAAAAGCAGGACGATTATTATTATTATTTTTAATTTATAAGAAAATCAAAATTCA
TATAATACCTTGAAATTATCATTACGAAGATCGGAGTATTATCGTGAACAAAGGGATGGG
GCGTGTGGATTATCTGGCGATGAAGACAGACGTGGATACGGCTGCTTTAGTCAATTCCGA
CGTGGAGGAGCTCATATCGCTGCCAAGAAACTCCTCACCGACGTTTCGAACCTCGGTGGT
TTAGCCTTTGGCGTGTCTTTCGTCAAATGGATCGCTTCTTTCTCCGCCATTTACTTGTTG
ATATTGGATCGTACCAACTGGAGAACCAAGATGCTTACTTCACTCTTGATTCCATACATC
TTCCTCACCCTTCCTGGTGTCATCTTTAACTTCCTCAGTGGAGACGTTGGGAAATGGATA
GCTTTCGTTGCTGTTGTACTCAGACTTTTCTTCCCTAAGCATTTCCCAGACTGGCTTGAG
ATGCCTGGTTCTCTGATCCTTCTGCTGGTAGTTTCTCCAAACTTCCTTGTTCACCATATA
CGCGGAGGGTGGATCGGCTCTGTCATCAGCCTTTTCATTGGTTGTTACCTTCTTCAAGAA
CATATCCGAGTGTCAGATGGGTTTAGGAACTCGTTCACGCAGCCCCGTGGAGTTTCAAAC
ACTTTGGGGATCATCCTTCTTCTTGTCTACCCTGTTTGGGCTCTAATCATCCGTGTCTCG
TAATAATTACACCGTTCCTCTTCCTGTCTCCAAAGTTATGTGTTACTTACTCTCGGCATG
TCAAATAAGCGTTAGCAAGAACCTCGGAGATCTTTGGTGTTTTCCTTTGTTCTTGCTTCT
GTTACATACCCAAATATTCGTGCGTGAAGCTCAATCAATGTTATATTGTTTTACATAAAT
AAAAGAATCTCATTTTTTTCAACTATTTGTTTGTCGCGTTGTAATAAGACGGAATTTTTA
TGTGTAAAAATTGCTTGTAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EU23TF U 1
AF RR3EU23JQ C 351
BS 1 785 RR3EU23TF
BS 786 1042 RR3EU23JQ

RD RR3EU23TF 785 0 0
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AAAAAAAAAAGCAGGACGATTATTATTATTATTTTTAATTTATAAGAAAATCAAAATTCA
TATAATACCTTGAAATTATCATTACGAAGATCGGAGTATTATCGTGAACAAAGGGATGGG
GCGTGTGGATTATCTGGCGATGAAGACAGACGTGGATACGGCTGCTTTAGTCAATTCCGA
CGTGGAGGAGCTCATATCGCTGCCAAGAAACTCCTCACCGACGTTTCGAACCTCGGTGGT
TTAGCCTTTGGCGTGTCTTTCGTCAAATGGATCGCTTCTTTCTCCGCCATTTACTTGTTG
ATATTGGATCGTACCAACTGGAGAACCAAGATGCTTACTTCACTCTTGATTCCATACATC
TTCCTCACCCTTCCTGGTGTCATCTTTAACTTCCTCAGTGGAGACGTTGGGAAATGGATA
GCTTTCGTTGCTGTTGTACTCAGACTTTTCTTCCCTAAGCATTTCCCAGACTGGCTTGAG
ATGCCTGGTTCTCTGATCCTTCTGCTGGTAGTTTCTCCAAACTTCCTTGTTCACCATATA
CGCGGAGGGTGGATCGGCTCTGTCATCAGCCTTTTCATTGGTTGTTACCTTCTTCAAGAA
CATATCCGAGTGTCAGATGGGTTTAGGAACTCGTTCACGCAGCCCCGTGGAGTTTCAAAC
ACTTTGGGGATCATCCTTCTTCTTGTCTACCCTGTTTGGGCTCTAATCATCCGTGTCTCG
TAATA

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3EU23JQ 692 0 0
TTACTTGTTGATATTGGATCGTACCAACTGGAGAACCAAGATGCTTACTTCACTCTTGAT
TCCATACATCTTCCTCACCCTTCCTGGTGTCATCTTTAACTTCCTCAGTGGAGACGTTGG
GAAATGGATAGCTTTCGTTGCTGTTGTACTCAGACTTTTCTTCCCTAAGCATTTCCCAGA
CTGGCTTGAGATGCCTGGTTCTCTGATCCTTCTGCTGGTAGTTTCTCCAAACTTCCTTGT
TCACCATATACGCGGAGGGTGGATCGGCTCTGTCATCAGCCTTTTCATTGGTTGTTACCT
TCTTCAAGAACATATCCGAGTGTCAGATGGGTTTAGGAACTCGTTCACGCAGCCCCGTGG
AGTTTCAAACACTTTGGGGATCATCCTTCTTCTTGTCTACCCTGTTTGGGCTCTAATCAT
CCGTGTCTCGTAATAATTACACCGTTCCTCTTCCTGTCTCCAAAGTTATGTGTTACTTAC
TCTCGGCATGTCAAATAAGCGTTAGCAAGAACCTCGGAGATCTTTGGTGTTTTCCTTTGT
TCTTGCTTCTGTTACATACCCAAATATTCGTGCGTGAAGCTCAATCAATGTTATATTGTT
TTACATAAATAAAAGAATCTCATTTTTTTCAACTATTTGTTTGTCGCGTTGTAATAAGAC
GGAATTTTTATGTGTAAAAATTGCTTGTAAGG

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL4466Contig1 1210 2 4 U
GGAGAATGCTGCTGGCAACTGGCCAATACGTCCCCGAGCTTTAAATTATTTCGAAGAAGC
GGTCCATGCTCAGGCTAGAGAGCATGTAACAAAACGTCCTGCGGTCGTACAAGAGGAGGC
AGCAAAGCCAAGAGATGGGAACTGCAGGCTTTTTGGCATTCCTCTGGTGAATAACGTGAA
CGGGACAGATACAGCTACGGCTCAGAGAAACAATTTGAATGACACTACGGGGCTTACGCA
GATAGCATCACCCAAGGTTCAGGATCTTTCTGACCAGTCGAAAGGGTCAAAATCGACAAA
TGATCATCGTGAGCAAGGACGACCGTTCCCGGTTAGTAAACCCCATCCGAAGGACGTTCA
GACCAAAACAAACTCAAGTAGGAGCTGCACGAAGGTTCACAAGCAGGGCATTGCACTTGG
CCGGTCAGTAGATCTCTCAAAGTTCCAGAACTACGAGGAGTTGGTTACTGAATTGGATAG
GCTGTTTGAGTTTAATGGAGAGTTAATGGCACCTAAGAAGGATTGGCTGATAGTTTACAC
AGATGATGAGAATGATATGATGCTTGTTGGAGACGATCCTTGGCAAGAGTTTTGTTGCAT
GGTTCGTAAAATCTTCATATACACGAAAGAGGAGGTCAGGAAGATGAACCCGAGAACTCT
TAGCTGTAGGAACGAGGAAGACGCAGTTGCTGCGGAAAGATCAGATGCAAAAGACGCCAA
GTCTGCATCAAATCCTTCATTGTCCAGCGCCCGAAACTCTTAAACAGAAAAATCAAAACA
CCCTTTTGCTACTAGCCAAGGGGAAGAGTGGTAGGATTACAGACCAAGAGGAGAGTTGGA
TGGTGGAGCGTGGAGAGCAATATGGGGTTATGTTTTTTTTTTCTTCTAAGATATGATAAA
ATGCAATTTTTGAAATATTTTGTCGGCCAGTTAGATTATTAGCATCTCCCACCATCCTAT
TATCTAATGATAATAATATTTAATAAGCAATATATATTATAAAGTAAACAAAAATAGGTT
GCAGGTAATTTTATATGGTAGAAAATGGGAAGGGCTCTTTTATAAAGTAGAAATGATGGT
GTGGAGTTGTAGATGGAGGCTGGTTTCTCGGTTCTTTGCTTTTATGTATTTCTTTTCCTT
CTTCCAAAGATCTCTCCTTAAAGTCTTTTATTGTTTATATATCAATGCTAATGTACATAA
GTTTTAAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB85TF U 1
AF RR3AB85JQ C 354
BS 1 753 RR3AB85TF
BS 754 754 RR3AB85JQ
BS 755 767 RR3AB85TF
BS 768 1210 RR3AB85JQ

RD RR3AB85TF 767 0 0
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GGTCCATGCTCAGGCTAGAGAGCATGTAACAAAACGTCCTGCGGTCGTACAAGAGGAGGC
AGCAAAGCCAAGAGATGGGAACTGCAGGCTTTTTGGCATTCCTCTGGTGAATAACGTGAA
CGGGACAGATACAGCTACGGCTCAGAGAAACAATTTGAATGACACTACGGGGCTTACGCA
GATAGCATCACCCAAGGTTCAGGATCTTTCTGACCAGTCGAAAGGGTCAAAATCGACAAA
TGATCATCGTGAGCAAGGACGACCGTTCCCGGTTAGTAAACCCCATCCGAAGGACGTTCA
GACCAAAACAAACTCAAGTAGGAGCTGCACGAAGGTTCACAAGCAGGGCATTGCACTTGG
CCGGTCAGTAGATCTCTCAAAGTTCCAGAACTACGAGGAGTTGGTTACTGAATTGGATAG
GCTGTTTGAGTTTAATGGAGAGTTAATGGCACCTAAGAAGGATTGGCTGATAGTTTACAC
AGATGATGAGAATGATATGATGCTTGTTGGAGACGATCCTTGGCAAGAGTTTTGTTGCAT
GGTTCGTAAAATCTTCATATACACGAAAGAGGAGGTCAGGAAGATGAACCCGAGAACTCT
TAGCTGTAGGAACGAGGAAGACGCAGTTGCTGCGGAAAGATCAGATGCAAAAGACGCCAA
GTCTGCATCAAATCCTTCATTGTCCAGCGCCCGGAACTCTTAAACAG

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3AB85JQ 857 0 0
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CACTTGGCCGGTCAGTAGATCTCTCAAAGTTCCAGAACTACGAGGAGTTGGTTACTGAAT
TGGATAGGCTGTTTGAGTTTAATGGAGAGTTAATGGCACCTAAGAAGGATTGGCTGATAG
TTTACACAGATGATGAGAATGATATGATGCTTGTTGGAGACGATCCTTGGCAAGAGTTTT
GTTGCATGGTTCGTAAAATCTTCATATACACGAAAGAGGAGGTCAGGAAGATGAACCCGA
GAACTCTTAGCTGTAGGAACGAGGAAGACGCAGTTGCTGCGGAAAGATCAGATGCAAAAG
ACGCCAAGTCTGCATCAAATCCTTCATTGTCCAGCGCCGGAAACTCTTAAACAGAAAAAT
CAAAACACCCTTTTGCTACTAGCCAAGGGGAAGAGTGGTAGGATTACAGACCAAGAGGAG
AGTTGGATGGTGGAGCGTGGAGAGCAATATGGGGTTATGTTTTTTTTTTCTTCTAAGATA
TGATAAAATGCAATTTTTGAAATATTTTGTCGGCCAGTTAGATTATTAGCATCTCCCACC
ATCCTATTATCTAATGATAATAATATTTAATAAGCAATATATATTATAAAGTAAACAAAA
ATAGGTTGCAGGTAATTTTATATGGTAGAAAATGGGAAGGGCTCTTTTATAAAGTAGAAA
TGATGGTGTGGAGTTGTAGATGGAGGCTGGTTTCTCGGTTCTTTGCTTTTATGTATTTCT
TTTCCTTCTTCCAAAGATCTCTCCTTAAAGTCTTTTATTGTTTATATATCAATGCTAATG
TACATAAGTTTTAAGAC

QA 1 857 1 857
DS 



AS 1 2

CO CL4467Contig1 936 2 2 U
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AAGCAAACCACAAACAAAAATGGGAAGCTGCTTTCTCTTCTTCGTCGTTTTACTATTATC
GTCTTCCGTTGACGCCTGCGACCGATGTCTCCAACGCTCTAAGGCTGCTTATTTCTCCTC
TGCCTCTGCTCTCTCCTCGGGAGCTTGCTCCTATGGTTCTATGGCTACGAGTTTCTTCGC
CGGTCACATAGCCGCTGCCGTGCCTTCAATATACAAAGACGGCGCCGGCTGCGGAGCTTG
CTTCCAGGTCAGATGCAACAACCCTTCTCTTTGCAGCACCAGAGGAACCACGGTGATGGT
CACCGACCTGAACATGAGCAACCAAACAGATCTTATCCTCAGCAGCAGAGCCTTCAGGGC
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TCAATACCAGAGAGTCCCTTGCGACTACGGAAACAAGAAGATGATGAATGTGAGAGTTGA
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AAGCCACGGAGCCGTCTGGGTCACTGACAAAGTACCAACCGGACCTCTTCAGTTCAGATT
CGTGGTGACTGCTGGCTTGGACGGCAAAATGCTCTGGTCCCAGCGAGTTCTTCCGGCCAA
CTGGGAAGCTGGCAAGATTTACGACGCCGGCGTTCAGATCACCGACATTGCTCAGGAAGG
TTGTGATCCATGCGACGATCACATCTGGAACTTATTTTTTTTTTTTACATAGCCTCATGT
GTAATCAGCTATTCACTATTATTTGATTTTAACTGC


BQ
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AF RR3FD83TF U 1
AF RR3FD83JQ C 456
BS 1 732 RR3FD83TF
BS 733 936 RR3FD83JQ

RD RR3FD83TF 732 0 0
GGGTCTATCTATCATTCATATTACTACTAAGTTTTGTTGCATCTTTCTCTCTTTAGTATA
AAGCAAACCACAAACAAAAATGGGAAGCTGCTTTCTCTTCTTCGTCGTTTTACTATTATC
GTCTTCCGTTGACGCCTGCGACCGATGTCTCCAACGCTCTAAGGCTGCTTATTTCTCCTC
TGCCTCTGCTCTCTCCTCGGGAGCTTGCTCCTATGGTTCTATGGCTACGAGTTTCTTCGC
CGGTCACATAGCCGCTGCCGTGCCTTCAATATACAAAGACGGCGCCGGCTGCGGAGCTTG
CTTCCAGGTCAGATGCAACAACCCTTCTCTTTGCAGCACCAGAGGAACCACGGTGATGGT
CACCGACCTGAACATGAGCAACCAAACAGATCTTATCCTCAGCAGCAGAGCCTTCAGGGC
CATGGCTAAGCCGGTTATTGGCGCCGACAGAGATCTTCTTAGACAAGGCGTTGTGGACAT
TCAATACCAGAGAGTCCCTTGCGACTACGGAAACAAGAAGATGATGAATGTGAGAGTTGA
AGAATCAAGCAAGAAGCCGAACTACTTGGCGATAAAGCTCTTGTACCAAGGAGGCCAAAC
CGAAGTCGTAGCCATCGACATTGCTCACGTTGGTTCTTCCCATTGGAGTTACATGACCAG
AAGCCACGGAGCCGTCTGGGTCACTGACAAAGTACCAACCGGACCTCTTCAGTTCAGATT
CGTGGTGACTGC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3FD83JQ 481 0 0
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AGAAGATGATGAATGTGAGAGTTGAAGAATCAAGCAAGAAGCCGAACTACTTGGCGATAA
AGCTCTTGTACCAAGGAGGCCAAACCGAAGTCGTAGCCATCGACATTGCTCAGGTTGGTT
CTTCCCATTGGAGTTACATGACCAGAAGCCACGGAGCCGTCTGGGTCACTGACAAAGTAC
CAACCGGACCTCTTCAGTTCAGATTCGTGGTGACTGCTGGCTTGGACGGCAAAATGCTCT
GGTCCCAGCGAGTTCTTCCGGCCAACTGGGAAGCTGGCAAGATTTACGACGCCGGCGTTC
AGATCACCGACATTGCTCAGGAAGGTTGTGATCCATGCGACGATCACATCTGGAACTTAT
TTTTTTTTTTTACATAGCCTCATGTGTAATCAGCTATTCACTATTATTTGATTTTAACTG
C

QA 1 481 1 481
DS 



AS 1 2

CO CL4468Contig1 863 2 2 U
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GCAGTGAAACATATAGCTGAAGACATGAACAACACACCATCTCCAATGACTGTGCCAGCA
CAGAAGCAGCTCAAGTTTACACCAGGGATTGCTAGCGGAAAAGTGAGAGACTCGGCTGCA
TTTATCAATGCAAACAAGAAGATGGTACCAATGGGACAAGTATCGATGAGGAAACTATCA
GCAGTTGGACAACAGAGTGGGAAGCTTTGGAGGTGGAAGAGAAGCCATCACCAGTGGATC
GTTCAGTTCAAATGGAAGTGGCAGAAGCCATGGAGGCTCTCTGAGTGGATTAGGCACAGT
GACGAAACACTTCTCAAAGCAAAACCAAGACATAAGGCTCTCCCTAATAAGATCACTAAT
AGGATCATGTGATCAAGTGTAACAACTCTATCTACCTATGGAGTATGAGACTTTTATGGA
AAGGTTCATACGACTGGGTGCAGAGAGACTGGAGCTGCTGTGCCGTGTGTGTGAAGAAAA
CTGTTTAACGTTGTGTGATATTTGCGTGTGTGTACCGTATTAAGGAGAAGCACCAGGACG
AGCTTGCTTGATGTTAGGTAACAGATAGAAGACGGCTTTTTTTAATTAGGAGTTTTTATT
TTCATGTTCATAGAATTGACATCTTATACCATCATTAAAGAAGCTTATTGGAGGAAGTAA
AACCTCATCTTTCAAGTTTGCAGATATTATTTGTATGGAAGAACTTTTTACCAGTTTATT
TTGTTCTTTTGTTTTGTTGTAAATGATAAAATATATATTGTTCAGTGTTTGTTCTTGTTC
ATCATATATATTAAGATTGAGGC


BQ
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AF RR3FW13TF U 1
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AAGGTTCATACGACTGGGTGCAGAGAGACTGGAGCTGCTGTGCCGTGTGTGTGAAGAAAA
CTGTTTAACGTTGTGTGATATTTGCGTGTGTGTACCGTATTAAGGAGAAGCACCAGGACG
AGCTTGCTTGATG

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DS 

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CTATCAGCAGTTGGACAACAGAGTGGGAAGCTTTGGAGGTGGAAGAGAAGCCATCACCAG
TGGATCGTTCAGTTCAAATGGAAGTGGCAGAAGCCATGGAGGCTTTCTGAGTGGATTAGG
CACAGTGACGAAACACTTCTCAAAGCAAAACCAAGACATAAGGCTCTCCCTAATAAGATC
ACTAATAGGATCATGTGATCAAGTGTAACAACTCTATCTACCTATGGAGTATGAGACTTT
TATGGAAAGGTTCATACGACTGGGTGCAGAGAGACTGGAGCTGCTGTGCCGTGTGTGTGA
AGAAAACTGTTTAACGTTGTGTGATATTTGCGTGTGTGTACCGTATTAAGGAGAAGCACC
AGGACGAGCTTGCTTGATGTTAGGTAACAGATAGAAGACGGCTTTTTTTAATTAGGAGTT
TTTATTTTCATGTTCATAGAATTGACATCTTATACCATCATTAAAGAAGCTTATTGGAGG
AAGTAAAACCTCATCTTTCAAGTTTGCAGATATTATTTGTATGGAAGAACTTTTTACCAG
TTTATTTTGTTCTTTTGTTTTGTTGTAAATGATAAAATATATATTGTTCAGTGTTTGTTC
TTGTTCATCATATATATTAAGATTGAGGC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

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TTGCTGCGAGATCTTGATCGCGATCCTTCTTCCTCCCGTCGGAGTTTGTCTCAGGCATGG
CTGTTGCACTGTTGAGTTCTTCATTTGTTTGGTTCTCACTTGTTTGGGATACCTCCAGGG
AATAATCTACGCGATCTACGCCATCTTGTTCTTGAACCGTGATGACTACTTTGATGAATG
CAGACGCCCAATCTACTACGTTGCTTGACCATTGTTCTTGAATGGAAACATATAATATAT
TCTTGTTCCATGTGATCACTGTTTCTTATAAACATTTGTGGCTATATGTTATGTTTTTAT
AAATATACATTG


BQ
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TTGCTGCGAGATCTTGATCGCGATCCTTCTTCCTCCCGTCGGAGTTTGTCTCAGGCATGG
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AATAATCTACGCGATTTACGCCATCTTGTTCTTGAACCGTGATGACTACTTTGATGAATG
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TCTTGTTCCATGTGATCACTGTTTCTTATAAACATTTGTGGCTATATGTTATGTTTTTAT
AAATATACATTG

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR3GD14TF 432 0 0
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AGTCTTCAAGCTAATCTCATCTTTTTTTAAGAAAAAATTAATGGTGAGTAGTTGCGAGCT
TTGCTGCGAGATCTTGATCGCGATCCTTCTTCCTCCCGTCGGAGTTTGTCTCAGGCATGG
CTGTTGCACTGTTGAGTTCTTCATTTGTTTGGTTCTCACTTGTTTGGGATACCTCCAGGG
AATAATCTACGCGATCTACGCCATCTTGTTCTTGAACCGTGATGACTACTTTGATGAATG
CAGACGCCCAATCTACTACGTTGCTTGACCATTGTTCTTGAATGGAAACATATAATATAT
TCTTGTTCCATGTGATCACTGTTTCTTATAAACATTTGTGGCTATATGTTATGTTTTTAT
AAATATACATTG

QA 1 432 1 432
DS 



AS 1 2

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CTTGATGCTTCCACTTATGTGGGTTTCTGGATTCTCAAGAAATTGCTCAACAGAGGCTAC
TCTGTTCGTGCAGCCATCCGTAAAAACGGGGAGAGTATGCTTGAGGAGAAAATCAGGAAC
ATGCAAGCCACAGAGGAGAGATTAGTGGTTTACGATGTGGATGTGTTGGATTACCAGAGC
ATCCTTGTTTCTCTCAACAACTGTAACGCTGTGTTCTGTTGCTGGACAATCCTGAAGGGT
ACGATGAAATGGAAGTTGATTTGGAGGTGAGAGGAGCGATTAATGTGGTGGAAGCATGTG
CAAGAACAGAGAGTATAGACAAGATTATCTTCTCTTCTTCACTAACTGCTGCAATATGGA
GAGATAACATTGGAACTCAAAAAGATGTTGATGAGAAGTCTTGGAGTGATCTAAACTTTT
GTCTCGAAAAGAAGCTATGGCATGCTCTGGCCAAGACACAATCTGAGAAGGCGGCTTGGG
CATTAGCCATGGACCGTATGGTCAACATGGTCTCAGTTAACCCAGGGCTCATTGTTGGAC
CCTCGGTGACTTAACACAACCCTAGACCCACCATGTCTTTCCTCAAAGGAGCTGCACAGA
TGTATGAGAACGGTGTGTTAGCCTACGCAGACGTGGAATTTGTAGCAGATGTTCACATTC
GAGTTTTCGAAGATATTTCGGCTTGTGGTAGATACTTTTGCTTCAACCAAATTGTGAATA
CCGAAGAAGAAGCTCTCAAACTTGTGGAGATTCTGTCTCCTTTAATTCCTATACCACCAA
GGTATGAGAAAGAGATGCACGGAAGTGAAGTTCATGCAGAGAGGTTGAGAAACAATAAAC
TCAACAAGCTGGTAGAAGCTGGCTCTGCTTGTTAATTAGGTGGAGAATTGGAGATAGTAC
AATGTTATATATAAAACTAAAGAGAAAACAAAAAGATACATAATATGTTATCATAAGAAT
ATTTTCTTTACTCTCTTTTGTTTGTTGCTTGCAATTCGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F255TF U 1
AF RR3F255JQ C 297
BS 1 648 RR3F255TF
BS 649 649 RR3F255JQ
BS 650 672 RR3F255TF
BS 673 673 RR3F255JQ
BS 674 708 RR3F255TF
BS 709 1059 RR3F255JQ

RD RR3F255TF 708 0 0
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CTTGATGCTTCCACTTATGTGGGTTTCTGGATTCTCAAGAAATTGCTCAACAGAGGCTAC
TCTGTTCGTGCAGCCATCCGTAAAAACGGGGAGAGTATGCTTGAGGAGAAAATCAGGAAC
ATGCAAGCCACAGAGGAGAGATTAGTGGTTTACGATGTGGATGTGTTGGATTACCAGAGC
ATCCTTGTTTCTCTCAACAACTGTAACGCTGTGTTCTGTTGCTGGACAATCCTGAAGGGT
ACGATGAAATGGAAGTTGATTTGGAGGTGAGAGGAGCGATTAATGTGGTGGAAGCATGTG
CAAGAACAGAGAGTATAGACAAGATTATCTTCTCTTCTTCACTAACTGCTGCAATATGGA
GAGATAACATTGGAACTCAAAAAGATGTTGATGAGAAGTCTTGGAGTGATCTAAACTTTT
GTCTCGAAAAGAAGCTATGGCATGCTCTGGCCAAGACACAATCTGAGAAGGCGGCTTGGG
CATTAGCCATGGACCGTATGGTCAACATGGTCTCAGTTAACCCAGGGCTCATTGTTGGAC
CCTCGGTGACTTAACACAACCCTAGACCCACCATGTCTTTCCTCAAAG*AGCTGCACAGA
TGTATGAGAACG*TGTGTTAGCCTACGCAGACGTGGAATTTGTAGCAG

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3F255JQ 763 0 0
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TGTGCAAGAACAGAGAGTATAGACAAGATTATCTTCTCTTCTTCACTAACTGCTGCAATA
TGGAGAGATAACATTGGAACTCAAAAAGATGTTGATGAGAAGTCTTGGAGTGATCTAAAC
TTTTGTCTCGAAAAGAAGCTATGGCATGCTCTGGCCAAGACACAATCTGAGAAGGCGGCT
TGGGCATTAGCCATGGACCGTATGGTCAACATGGTCTCAGTTAACCCAGGGCTCATTGTT
GGACCCTCGGTGACTTAACACAACCCTAGACCCACCATGTCTTTCCTCAAAGGAGCTGCA
CAGATGTATGAGAACGGTGTGTTAGCCTACGCAGACGTGGAATTTGTAGCAGATGTTCAC
ATTCGAGTTTTCGAAGATATTTCGGCTTGTGGTAGATACTTTTGCTTCAACCAAATTGTG
AATACCGAAGAAGAAGCTCTCAAACTTGTGGAGATTCTGTCTCCTTTAATTCCTATACCA
CCAAGGTATGAGAAAGAGATGCACGGAAGTGAAGTTCATGCAGAGAGGTTGAGAAACAAT
AAACTCAACAAGCTGGTAGAAGCTGGCTCTGCTTGTTAATTAGGTGGAGAATTGGAGATA
GTACAATGTTATATATAAAACTAAAGAGAAAACAAAAAGATACATAATATGTTATCATAA
GAATATTTTCTTTACTCTCTTTTGTTTGTTGCTTGCAATTCGA

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL4471Contig1 465 2 1 U
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TAGAAGATAGCTATGGCATACGCACCACCAATGAAGCAAGGAAAGGCAGGATTTGAGGAG
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GAGAAGGTGTGCACTGACTTGGTCCGTGGAGCAAAAGACAAGAGGTTGAGCTCCGTGTGC
ACAAGCGTGTGATTGATCTGTTCAGCTCTCCTGATGTGGTGAAGCAGATCACTTCCATCA
CCATTGAGCCTGGTGTTGAGGTCGAGGTCACCATTGCTGATTCTTAGATTCATGCTTTTT
TTTAATCTACAAAACTTGTCTTTGAATTCCAGCGACTTCTCAGCTTTTTGTTTGTTTCAG
ACTTTTGTTTTGTTCCTATATATGTTATCCTTTTGAGTTTATTTT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AB49TF U 1
AF RR3AB49JQ C 2
BS 1 465 RR3AB49TF

RD RR3AB49TF 465 0 0
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TAGAAGATAGCTATGGCATACGCACCACCAATGAAGCAAGGAAAGGCAGGATTTGAGGAG
GCACAAGAGCATATTCACAAGATCAGAATCACTCTCTCCTCCAAGAATGTCAAAAACCTT
GAGAAGGTGTGCACTGACTTGGTCCGTGGAGCAAAAGACAAGAGGTTGAGCTCCGTGTGC
ACAAGCGTGTGATTGATCTGTTCAGCTCTCCTGATGTGGTGAAGCAGATCACTTCCATCA
CCATTGAGCCTGGTGTTGAGGTCGAGGTCACCATTGCTGATTCTTAGATTCATGCTTTTT
TTTAATCTACAAAACTTGTCTTTGAATTCCAGCGACTTCTCAGCTTTTTGTTTGTTTCAG
ACTTTTGTTTTGTTCCTATATATGTTATCCTTTTGAGTTTATTTT

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR3AB49JQ 464 0 0
CATCAACTCAGCGGCTCCTATTTTCTGTCTTCTCTGCTTAAGGAACTTGAAAAGAAAAGT
AGAAGATAGCTATGGCATACGCACCACCAATGAAGCAAGGAAAGGCAGGATTTGAGGAGG
CACAAGAGCATATTCACAAGATCAGAATCACTCTCTCCTCCAAGAATGTCAAAAACCTTG
AGAAGGTGTGCACTGACTTGGTCCGTGGAGCAAAAGACAAGAGGTTGAGCTCCGTGTGCA
CAAGCGTGTGATTGATCTGTTCAGCTCTCCTGATGTGGTGAAGCAGATCACTTCCATCAC
CATTGAGCCTGGTGTTGAGGTCGAGGTCACCATTGCTGATTCTTAGATTCATGCTTTTTT
TTAATCTACAAAACTTGTCTTTGAATTCCAGCGACTTTTCAGCTTTTTGTTTGTTTCAGA
CTTTTGTTTTGTTCCTATATATGTTATCCTTTTGAGTTTATTTT

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 2

CO CL4472Contig1 860 2 2 U
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CACCCGGATCAGGCTGATCTCGACTTGTCCGACCACTTTGATGATTTTATGATGATCGAT
GCATCCAACTTCTCCAAAGGGATGATACTTAGGCTCTCTGAAGATTTGGGTCGAGCTATC
TCTTCATCCGTTCATGGATCATCATCGATCAACCATGCGGGCAGCCTTACGTCCGTCCTA
CTTCTGTCCGCGGATGACCCGATCATCACTGGATGAATCTAGCATTTCTATGAACCAAGA
CCAGTCAACCAGTCAACATGAGGATCCGCACCATTGACTAGTCTTAGTCAAAATTCAGAA
ATCTATGTCTTGTTTTCATTGATTTACATTTTCTATGTTGTCTTTCCCAACATTTTTCTT
TATGTTTCTTTGACTCACAAACACTATAAAATGTGATGTCTCTCAATGAATAAAACACAA
TCGACTTCCTTCTTATATTTTGAGTCTTCTCTCATTGTTCTTTGTCTCAAGAACATTCAT
AGTTTGCTTGGTGAGGTTATCTCCGAGTGAAACACCTCGTTGTGTTGGACCGGTGCGTCA
CATCCGGCAACCTTCGAACATCTGGTAGTATCTTTGGGCTTCCGCAGCCCTTAGTGTCAC
CCTTCGATCCACCAGTTCTCAATCCACTCGGATCTGAGTTCGTATCATTCGTACCGGCAG
AGTGATCCTTACTTAGGTTCTATCAAGTGGTATCAGAGCCACTCTTCCGGTAACTCATTT
TCTATCCATCTTCTCATCTCTCCATTTCTTCTAAACACTTCTTATCTATCTATCTTGAAC
CCGGGCCCCTCATTACCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DR02TF U 1
AF RR3DR02JQ C 230
BS 1 665 RR3DR02TF
BS 666 860 RR3DR02JQ

RD RR3DR02TF 665 0 0
GGAGATGAACCTGATTCCGGACTTAGCCATTCTTTTCTGGCCCATTTGGGACGTACCGCA
CACCCGGATCAGGCTGATCTCGACTTGTCCGACCACTTTGATGATTTTATGATGATCGAT
GCATCCAACTTCTCCAAAGGGATGATACTTAGGCTCTCTGAAGATTTGGGTCGAGCTATC
TCTTCATCCGTTCATGGATCATCATCGATCAACCATGCGGGCAGCCTTACGTCCGTCCTA
CTTCTGTCCGCGGATGACCCGATCATCACTGGATGAATCTAGCATTTCTATGAACCAAGA
CCAGTCAACCAGTCAACATGAGGATCCGCACCATTGACTAGTCTTAGTCAAAATTCAGAA
ATCTATGTCTTGTTTTCATTGATTTACATTTTCTATGTTGTCTTTCCCAACATTTTTCTT
TATGTTTCTTTGACTCACAAACACTATAAAATGTGATGTCTCTCAATGAATAAAACACAA
TCGACTTCCTTCTTATATTTTGAGTCTTCTCTCATTGTTCTTTGTCTCAAGAACATTCAT
AGTTTGCTTGGTGAGGTTATCTCCGAGTGAAACACCTCGTTGTGTTGGACCGGTGCGTCA
CATCCGGCAACCTTCGAACATCTGGTAGTATCTTTGGGCTTCCGCAGCCCTTAGTGTCAC
CCTTC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3DR02JQ 631 0 0
CGTCCGTCCTACTTCTGTCCGCGGATGACCCGATCATCACTGGATGAATCTAGCATTTCT
ATGAACCAAGACCAGTCAACCAGTCAACATGAGGATCCGCACCATTGACTAGTCTTAGTC
AAAATTCAGAAATCTATGTCTTGTTTTCATTGATTTACATTTTCTATGTTGTCTTTCCCA
ACATTTTTCTTTATGTTTCTTTGACTCACAAACACTATAAAATGTGATGTCTCTCAATGA
ATAAAACACAATCGACTTCCTTCTTATATTTTGAGTCTTCTCTCATTGTTCTTTGTCTCA
AGAACATTCATAGTTTGCTTGGTGAGGTTATCTCCGAGTGAAACACCTCGTTGTGTTGGA
CCGGTGCGTCACATCCGGCAACCTTCGAACATCTGGTAGTATCTTTGGGCTTCCGCAGCC
CTTAGTGTCACCCTTCGATCCACCAGTTCTCAATCCACTCGGATCTGAGTTCGTATCATT
CGTACCGGCAGAGTGATCCTTACTTAGGTTCTATCAAGTGGTATCAGAGCCACTCTTCCG
GTAACTCATTTTCTATCCATCTTCTCATCTCTCCATTTCTTCTAAACACTTCTTATCTAT
CTATCTTGAACCCGGGCCCCTCATTACCCCC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

CO CL4473Contig1 1024 2 10 U
GGTAGTTACTCCAGAACAGGACAGTCACCAGGATAGATATTGTGGTCTACAAGATATTGG
TGGTCACATTTTAAAAATCCCCGTCATTGTATTTCAAGTTGTCCTTTGCATGCATTTAGA
GGGGACTCCTGAAAGAGCTAAGGATATATCTGTCCCAGTCCTGTTTTCTCCAATATTCCT
GTTGCAAGGCCTTGGTGTTCTCTTTGCTGCATCTAAACTAATAGAGAAGATCGTCGTCTT
ACTACGTGGGGAAGCTGGTCCAGGATTGTATTTTAGATTCTCATCAAGAGCTCATGATTG
CTTGGGTTTCTTGCACCATGGTTCCAGGCTATTAGGTTGGTGGTCTATTGATGAAGGAAG
CCGAGAGGAACAAGCTCGACTATACCTTGATCAAGAATCTGGTTACAATACCTTCAGTGG
TCATCGGCCTGAGATAGTCAAGAAAATGCCAAAGGAAGATCTTGCTGAAGAGGTGTGGAG
ACTTCAAGCCGCTCTTGGTGAACAAACCGAAATCACAAAATTCAGCCAACAAGAGTATGA
AAGACTGCAAAATGAAAAAGTGCTGTGTAGGGTTTGCTTTGAAAAAGAAATCAGTTTGGT
ACTGCTTCCATGTAGACATCGTGTTCTCTGCAGAATCTGTTCAGCCAAGTGTATAAAGTG
TCCGATATGTCGTGTAGCCATTGAAGAACGACTACCTGTATACGACGTTTGACTGTGTCC
AACTTTGGCACCATGTTCGAGATTAGGATTTGAGGTTTATGTGCCAAACAATCATTCCTT
TTCTTACCGTACCGTGTTCCCAAGCTTTTGGATGTGTTTTTGCTGAATCTTTTTATTTGT
CTGAGTCAGCATTGAGTGTAAAAAGTACAGGTGTATATACATATGTCATTTTGTAGAAAA
CATTAATACATATAATCACTTAAGTACCTTAGTTGTAAGTTGTGACATGCGAAGTTTGTA
TAACACCCGTCTCGCCCTTTTTGTACCCTATTTCTACTTTTTTGGGTGAAAACAACTTCA
CTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3GP38TF U 1
AF RR3GP38JQ C 310
BS 1 687 RR3GP38TF
BS 688 688 RR3GP38JQ
BS 689 695 RR3GP38TF
BS 696 696 RR3GP38JQ
BS 697 721 RR3GP38TF
BS 722 722 RR3GP38JQ
BS 723 743 RR3GP38TF
BS 744 744 RR3GP38JQ
BS 745 763 RR3GP38TF
BS 764 1024 RR3GP38JQ

RD RR3GP38TF 763 0 0
GGTAGTTACTCCAGAACAGGACAGTCACCAGGATAGATATTGTGGTCTACAAGATATTGG
TGGTCACATTTTAAAAATCCCCGTCATTGTATTTCAAGTTGTCCTTTGCATGCATTTAGA
GGGGACTCCTGAAAGAGCTAAGGATATATCTGTCCCAGTCCTGTTTTCTCCAATATTCCT
GTTGCAAGGCCTTGGTGTTCTCTTTGCTGCATCTAAACTAATAGAGAAGATCGTCGTCTT
ACTACGTGGGGAAGCTGGTCCAGGATTGTATTTTAGATTCTCATCAAGAGCTCATGATTG
CTTGGGTTTCTTGCACCATGGTTCCAGGCTATTAGGTTGGTGGTCTATTGATGAAGGAAG
CCGAGAGGAACAAGCTCGACTATACCTTGATCAAGAATCTGGTTACAATACCTTCAGTGG
TCATCGGCCTGAGATAGTCAAGAAAATGCCAAAGGAAGATCTTGCTGAAGAGGTGTGGAG
ACTTCAAGCCGCTCTTGGTGAACAAACCGAAATCACAAAATTCAGCCAACAAGAGTATGA
AAGACTGCAAAATGAAAAAGTGCTGTGTAGGGTTTGCTTTGAAAAAGAAATCAGTTTGGT
ACTGCTTCCATGTAGACATCGTGTTCTCTGCAGAATCTGTTCAGCCAAGTGTATAAAGTG
TCCGATATGTCGTGTAGCCATTGAAGA*CGACTAC*TGTATACGACGTTTGACTGTGTCC
A*CTTTGGCACCATGTTCGAGAT*AGGATTTGAGGTTTATGTG

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3GP38JQ 715 0 0
CTTGCACCATGGTTCCAGGCTATTAGGTTGGTGGTCTATTGATGAAGGAAGCCGAGAGGA
ACAAGCTCGACTATACCTTGATCAAGAATCTGGTTACAATACCTTCAGTGGTCATCGGCC
TGAGATAGTCAAGAAAATGCCAAAGGAAGATCTTGCTGAAGAGGTGTGGAGACTTCAAGC
CGCTCTTGGTGAACAAACCGAAATCACAAAATTCAGCCAACAAGAGTATGAAAGACTGCA
AAATGAAAAAGTGCTGTGTAGGGTTTGCTTTGAAAAAGAAATCAGTTTGGTACTGCTTCC
ATGTAGACATCGTGTTCTCTGCAGAATCTGTTCAGCCAAGTGTATAAAGTGTCCGATATG
TCGTGTAGCCATTGAAGAACGACTACCTGTATACGACGTTTGACTGTGTCCAACTTTGGC
ACCATGTTCGAGATTAGGATTTGAGGTTTATGTGCCAAACAATCATTCCTTTTCTTACCG
TACCGTGTTCCCAAGCTTTTGGATGTGTTTTTGCTGAATCTTTTTATTTGTCTGAGTCAG
CATTGAGTGTAAAAAGTACAGGTGTATATACATATGTCATTTTGTAGAAAACATTAATAC
ATATAATCACTTAAGTACCTTAGTTGTAAGTTGTGACATGCGAAGTTTGTATAACACCCG
TCTCGCCCTTTTTGTACCCTATTTCTACTTTTTTGGGTGAAAACAACTTCACTCC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL4474Contig1 818 2 2 U
GGTGTGAAAGGGGCTGAAAGCTGGGAAGCATGGTGGGAAGAAGAAATATCTCACATTCGG
ACCTTGAGCGGGAGGATAGTGGAGACTATTTTAAGTCTACGATTCTTGGTCTTCCAGTAC
GGTATTGTCTACAAACTGAACCTGCAAGGAAATGATACATCAGCTGCGTGGTATGGCTGG
TCGTGGGCTGCATTTGCGTTGATTATTGTTCTTTTTAAGGTCTTTACCTTCAGTCAGAAG
ATCTCTGTCAACTTCCAGCTCGTGCTTAGGTTTGTACAAGGCGTTGCCTTATTGTTGGCT
CTAGCTGGCATAATTGTAGCGGTCGTGCTCACGAACTTATCAGCGACAGACATATTCGCC
AGTATATTGGCCTTTATACCGACAGGATGGGCAATCCTTTCTATTGCGTGTGCTTGGAAG
CCAGTGATTAAGAAAATGGGGCTGTGGAAATCAGTGCGGTCCCTAGCGAGGCTGTATGAT
GCAGGAATGGGAATGCTCATATTCCTTCCCGTTGCGTTCTGCTCGTGGTTCCCGTTCGTC
TCGACCTTCCAGACCCGTATAATGTTCAACCAAGCGTTTAGTCGTGGTCTGGAGATCTCT
CTCATCCTCGCTGGAGACAATCCTAACTCAGGCTTTTGAAGCTCCTGATTCTATCTATTT
GTTATCTGTGTGTTTTATTTCAGTAGAGTTTTGAGTTACTGAGTTTGTAGTAGAAAATGA
TGAGAGCCTGTTTGTAGTAACTTTTAAAGGCATTTTAAGACTTCTGTAATGTTTTGTTTC
TAGATTCAGTACAGGTTTTAAGTCGATACTATTATGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D059TF U 1
AF RR3D059JQ C 171
BS 1 579 RR3D059TF
BS 580 818 RR3D059JQ

RD RR3D059TF 579 0 0
GGTGTGAAAGGGGCTGAAAGCTGGGAAGCATGGTGGGAAGAAGAAATATCTCACATTCGG
ACCTTGAGCGGGAGGATAGTGGAGACTATTTTAAGTCTACGATTCTTGGTCTTCCAGTAC
GGTATTGTCTACAAACTGAACCTGCAAGGAAATGATACATCAGCTGCGTGGTATGGCTGG
TCGTGGGCTGCATTTGCGTTGATTATTGTTCTTTTTAAGGTCTTTACCTTCAGTCAGAAG
ATCTCTGTCAACTTCCAGCTCGTGCTTAGGTTTGTACAAGGCGTTGCCTTATTGTTGGCT
CTAGCTGGCATAATTGTAGCGGTCGTGCTCACGAACTTATCAGCGACAGACATATTCGCC
AGTATATTGGCCTTTATACCGACAGGATGGGCAATCCTTTCTATTGCGTGTGCTTGGAAG
CCAGTGATTAAGAAAATGGGGCTGTGGAAATCAGTGCGGTCCCTAGCGAGGCTGTATGAT
GCAGGAATGGGAATGCTCATATTCCTTCCCGTTGCGTTCTGCTCGTGGTTCCCGTTCGTC
TCGACCTTCCAGACCCGTATAATGTTCAACCAAGCGTTT

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3D059JQ 648 0 0
GTATGGCTGGTCGTGGGCTGCATTTGCGTTGATTATTGTTCTTTTTAAGGTCTTTACCTT
CAGTCAGAAGATCTCTGTCAACTTCCAGCTCGTGCTTAGGTTTGTACAAGGCGTTGCCTT
ATTGTTGGCTCTAGCTGGCATAATTGTAGCGGTCGTGCTCACGAACTTATCAGCGACAGA
CATATTCGCCAGTATATTGGCCTTTATACCGACAGGATGGGCAATCCTTTCTATTGCGTG
TGCTTGGAAGCCAGTGATTAAGAAAATGGGGCTGTGGAAATCAGTGCGGTCCCTAGCGAG
GCTGTATGATGCAGGAATGGGAATGCTCATATTCCTTCCCGTTGCGTTCTGCTCGTGGTT
CCCGTTCGTCTCGACCTTCCAGACCCGTATAATGTTCAACCAAGCGTTTAGTCGTGGTCT
GGAGATCTCTCTCATCCTCGCTGGAGACAATCCTAACTCAGGCTTTTGAAGCTCCTGATT
CTATCTATTTGTTATCTGTGTGTTTTATTTCAGTAGAGTTTTGAGTTACTGAGTTTGTAG
TAGAAAATGATGAGAGCCTGTTTGTAGTAACTTTTAAAGGCATTTTAAGACTTCTGTAAT
GTTTTGTTTCTAGATTCAGTACAGGTTTTAAGTCGATACTATTATGTT

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

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ATAAAGTGTCGGTTAAGTATTTGCCTTTGTTTGAGGATTTTGATCGGGCTGGGAGGTACG
CTTGGGGTGCTGCGGCTTTGGCTTGTCTTTACAGAGCGCTTGGTAACGCGTCGCTTAAGT
CTCAGAGTAATATCTGTGGCTGCTTGACTCTGCTTCAGTGTTGGAGTTACTTTCATTTAG
ATATAGGTAGACCGGAGAGATCTGAAGCGAGTTTCCCGCTCGCTCTTTTGTGGAAAGGTA
AAGGGAATAGATCCAAGACTGATCTCTCTGAGTACCGGAGAGAGTTTGATGATCTAGATC
CAAGCAAGATCAGTTGGTGTCCGTATGAAAGATACGAGAACATGATCCCTCCACATGTTA
AAGCCAAGCTGAGTCTAGGAAGATCGAAGACGACTCTCGTATGCTTCGAGAAGATCGAGT
TGCATTTTCCAGACAGGTGTTTGAGGCAGTTTGGGAAGCGCCAGCCGATACCTCAGAAAG
TGAAACGCCGTGACAGGAAAAACCGGCGGCTCGATGACTTGGACACGTCGATGAGTGCGG
CGTGCGAGGAATGGGGTGAACGCGGGGACCATATCGTGGACAGTCCTAATGTGGTGGATG
ATGGAGCTTACATGGAGTGGTATGCTCGGATAAGTATCACTAAACTATACAGAGAAGCGT
TTCTTGAGAACCAAGTCATGAATATGATTGCTTGTATGAGGGAGTTTGAGGAAGCGGCAT
CAGGGATATCGATGGAGAGATTGTTTCCGGTAGAGAGGGAAGTGATGGAGAGTGTGAAGG
ATACGTTTTCTAGTAATTTGACGTTTGGAGGATGGCAAGAGGTGGCGGTTAACAGTAGTT
ATGGGAAGAGGCGGCGTCGGAATGAACAAACTCCGACGATGAATAATGGTGGTGGTGGTG
GTAGTGATCTTTCATCTATACTGCTTCAAAAGGACCCATGAAACTCTTTTGTGTTAGTTT
ACGTTCTCAACTTGTTGCAGTGTTTATGCATATATTTAAATACAATGACATGGTTTGACC
TAAATTCAGACTGATATTTATCCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A678TF U 1
AF RR3A678JQ C 340
BS 1 784 RR3A678TF
BS 785 785 RR3A678JQ
BS 786 803 RR3A678TF
BS 804 1106 RR3A678JQ

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CTCAGAGTAATATCTGTGGCTGCTTGACTCTGCTTCAGTGTTGGAGTTACTTTCATTTAG
ATATAGGTAGACCGGAGAGATCTGAAGCGAGTTTCCCGCTCGCTCTTTTGTGGAAAGGTA
AAGGGAATAGATCCAAGACTGATCTCTCTGAGTACCGGAGAGAGTTTGATGATCTAGATC
CAAGCAAGATCAGTTGGTGTCCGTATGAAAGATACGAGAACATGATCCCTCCACATGTTA
AAGCCAAGCTGAGTCTAGGAAGATCGAAGACGACTCTCGTATGCTTCGAGAAGATCGAGT
TGCATTTTCCAGACAGGTGTTTGAGGCAGTTTGGGAAGCGCCAGCCGATACCTCAGAAAG
TGAAACGCCGTGACAGGAAAAACCGGCGGCTCGATGACTTGGACACGTCGATGAGTGCGG
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CAGG*ATATCGATGGAGAGATTG

QA 1 803 1 803
DS 

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TATGCTTCGAGAAGATCGAGTTGCATTTTCCAGACAGGTGTTTGAGGCAGTTTGGGAAGC
GCCAGCCGATACCTCAGAAAGTGAAACGCCGTGACAGGAAAAACCGGCGGCTCGATGACT
TGGACACGTCGATGAGTGCGGCGTGCGAGGAATGGGGTGAACGCGGGGACCATATCGTGG
ACAGTCCTAATGTGGTGGATGATGGAGCTTACATGGAGTGGTATGCTCGGATAAGTATCA
CTAAACTATACAGAGAAGCGTTTCTTGAGAACCAAGTCATGAATATGATTGCTTGTATGA
GGGAGTTTGAGGAAGCGGCATCAGGGATATCGATGGAGAGATTGTTTCCGGTAGAGAGGG
AAGTGATGGAGAGTGTGAAGGATACGTTTTCTAGTAATTTGACGTTTGGAGGATGGCAAG
AGGTGGCGGTTAACAGTAGTTATGGGAAGAGGCGGCGTCGGAATGAACAAACTCCGACGA
TGAATAATGGTGGTGGTGGTGGTAGTGATCTTTCATCTATACTGCTTCAAAAGGACCCAT
GAAACTCTTTTGTGTTAGTTTACGTTCTCAACTTGTTGCAGTGTTTATGCATATATTTAA
ATACAATGACATGGTTTGACCTAAATTCAGACTGATATTTATCCCCT

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

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ATGGATCCAACTTGACAGAAGAAGAGCTTGAGACGCACACAGTAGCAGCCTGGAAAGAGG
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TGGCAGCCGTTCCTGTCATTTACTCTTCTCTGCAGGATGGGTCATATCCGCAGTTACTGC
ATCTTGCTTCGCTATCAGGCATATTAAAATGTATATGCAGATACTTTAGACATTCGTCTA
GCTCTTTGCCAATCCTTCAGCAGCCCATTTGTTCAATTCCCCTGGGTACTTGGATCCCTA
GAATCGGAGAATCAAGTAGCAAACCTCTCGCTACATTGAGACCACACGCCTCTTTGGGTT
CTGCACTCTCGTTATTAGTTCAAGCTGGAGTTAGTTCAATTCCTGTAGTGGATGACAATG
ACTCGCTTATTGACATATACTCTCGAAGTGACATAACAGCCCTGGCTAAAGACAAGGCAT
ACGCACAGATTCATCTTGATGACATGACGGTTCACCAGGCGCTGCAGCTGGGACAAGATG
CAAGTCCGCCTTACGGAATCTTAACGGGCAGAGATGTCACATGTGCTTGCGCTCAGACTC
TCTTGTGAAAGTGATGGAGCGGTTAGCGAATCCAGGAGTAAGGAGGCTGGTGATAGTGGA
AGCAGGGAGCAAACGTGTAGAAGGTATCATATCTTTGAGTGATGTTTTCCGGTTCCTGCT
TGGTCTTTAACTACTCCCCACCACAAAAGACAAAACAAAACAACCTTCTCAAAACTTTCT
TTTCTCAATTCGTCAAAATGAAACTACCCAACAATTTGCTTATTGTTTCCCTTCTTATTG
TGTTTTTTGGGCAAGGAATCATGTAAATTTGCTACGAATTTATTTTTGTTGTTTTTAGTT
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3G834TF U 1
AF RR3BT83JQ C 232
BS 1 241 RR3G834TF
BS 242 242 RR3BT83JQ
BS 243 256 RR3G834TF
BS 257 257 RR3BT83JQ
BS 258 262 RR3G834TF
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BS 500 500 RR3BT83JQ
BS 501 626 RR3G834TF
BS 627 627 RR3BT83JQ
BS 628 675 RR3G834TF
BS 676 676 RR3BT83JQ
BS 677 682 RR3G834TF
BS 683 683 RR3BT83JQ
BS 684 739 RR3G834TF
BS 740 1021 RR3BT83JQ

RD RR3G834TF 739 0 0
AATTTGTTGGAGTTCTTGGCCCATTGGACTTCATTCTAATACTGAGAGAGCTTGGAACGC
ATGGATCCAACTTGACAGAAGAAGAGCTTGAGACGCACACAGTAGCAGCCTGGAAAGAGG
GGAAGGCTCATATTAGCAGACAATATGATGGAATTGGGAGACCGTATCCTAGGCCACTTG
TTCAGGTTGGGCCCTATGATAATCTGAAAGACGTTGCCCTGAAAATTTTGCAAAACAAGG
TTGCAGCCGTTCCTGTTATTTATTCTTCTCTGCAGGATGGGTCATATCCGCAGTTACTGC
ATCTTGCTTCGCTATCAGGCATATTAAAATGTATATGCAGATACTTTAGACATTCGTCTA
GCTCTTTGCCAATCCTTCAGCAGCCCATTTGTTCAATTCCCCTGGGTACTTGGATCCCTA
GAATCGGAGAATCAAGTAGCAAACCTCTCGCTACATTGAGACCACACGCCTCTTTGGGTT
CTGCACTCTCGTTATTAGT*CAAGCTGGAGTTAGTTCAATTCCTGTAGTGGATGACAATG
ACTCGCTTATTGACATATACTCTCGAAGTGACATAACAGCCCTGGCTAAAGACAAGGCAT
ACGCACAGATTCATCTTGATGACATGGCGGTTCACCAGGCGCTGCAGCTGGGACAAGATG
CAAGTCCGCCTTACG*AATCTTCACGGGCAGAGATGTCACATGTGCTTGCGCTCAGACTC
TCTTGTGAAAGTGATGGAG

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3BT83JQ 790 0 0
AAAACAAGGTGGCAGCCGTTCCTGTCATTTACTCTTCTCTGCAGGATGGGTCATATCCGC
AGTTACTGCATCTTGCTTCGCTATCTGGCATATTAAAATGTATATGCAGATACTTTAGAC
ATTCGTCTAGCTCTTTGCCAATCCTTCAGCAGCCCATTTGTTCAATTCCCCTGGGTACTT
GGGTCCCTAGAATCGGAGAATCAAGTAGCAAACCTCTCGCTACATTGAGACCACACGCCT
CTTTGGGTTCTGCACTCTCGTTATTAGTTCAAGCTGGAGTTAGTTCAATTCCTGTAGTGG
ATGACAATGACTCGCTTATTGACATATACTCTCGAAGTGACATAACAGCCCTGGCTAAAG
ACAAGGCATACGCACAGATTCATCTTGATGACATGACGGTTCACCAGGCGCTGCAGCTGG
GACAAGATGCAAGTCCGCCTTACGGAATCTTAACGGGCAGAGATGTCACATGTGCTTGCG
CTCAGACTCTCTTGTGAAAGTGATGGAGCGGTTAGCGAATCCAGGAGTAAGGAGGCTGGT
GATAGTGGAAGCAGGGAGCAAACGTGTAGAAGGTATCATATCTTTGAGTGATGTTTTCCG
GTTCCTGCTTGGTCTTTAACTACTCCCCACCACAAAAGACAAAACAAAACAACCTTCTCA
AAACTTTCTTTTCTCAATTCGTCAAAATGAAACTACCCAACAATTTGCTTATTGTTTCCC
TTCTTATTGTGTTTTTTGGGCAAGGAATCATGTAAATTTGCTACGAATTTATTTTTGTTG
TTTTTAGTTG

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

CO CL4477Contig1 1098 2 2 U
GGGAATCACAAAACTATCAAAAAATAGCTAATCACTCACCAGCTAAAACCAAACATGTAT
GTTACAAGGCGTTTGTCGGAATATCAAAGAAACAGATCGGAGTTAAAGCAATCATTGCCG
GAAGGTCCGAACTCCGGTGTACTTATAATTCAAGATGAAGAGTCAAAGCCAACTTGTTGC
TTCGGATCTTGCTACGAGTCTAGACTTAAAGGCTTACCGTTCCCACAGAACGCAAAGCTG
ACTGTGAACTACACCACCGCAACTAATAACACGGCCATCGTTTATCGTGATCCTGTCGTT
TTCATTCCGGTTCTTGATCAGCCGTTGTCCTCTAACCGTTACTACGCCATTAAAAGAAGC
GCGAAACACTCAGGAGAAGCTTCGGCTAATGCGAAAGAGGAAGACAGAGTCCCCTGCTGC
TTTTGCTTCACCCATGTTCCTGAAGCTAAACCACAACAAGCAGATCCTTATGACATTTAC
CAACAATTCGAGATCCATCAACGAAAATCTTTGTCTCGATATTACTTTGCAACATCCGTT
GCTCCTGACGGTGTACCACCAGAGTTCCTTAAGAGAAAAAGGATCAGCTTAAGAGCTCAA
CTTATTACAGAATGAGTCTTTACCAAAAATGGGAGGAGGTGTATTCTTGTGAAAACGTCG
ACAAAGAAAACAAGGCTGTAGTCAATGTGGAAGTTGAGCCAGAAGTTGTGAGGCTTGAGG
GGCAAGTTATTGGAAAAGAGACAATAAGGGTGGATGAAAATGGGGTTGTTTGGTTTGGGT
TTGCAAACAAGAGTGTTGGTTTGAGGTCTGTTGTCACTGATAGAATGAAATGGGAAGAGG
AGAGGTTGGGGTGGAAGAGCAGAGCCGTGGTTGAAAGAACAGACAGATTCGATGGAGGCG
GTTCGAGTTGGAAGAGCTATAAATGTTATGTGTTGGTGGAGAGCTTTGTCTTGAGAAGGA
TGGATGAAAGTGTGGTCTTGACATTTGAGTTTAAACACGCTGATAGGTTGAAGACCAAGT
GGGAATCATAACTTTCTTGTTTAAAACTTTCTTGTGTTGGTACATGTTTTCATTTGTAAT
AAATTAGTAAAGGTTTGC


BQ
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AF RR3GE12TF U 1
AF RR3GE12JQ C 572
BS 1 629 RR3GE12TF
BS 630 1098 RR3GE12JQ

RD RR3GE12TF 629 0 0
GGGAATCACAAAACTATCAAAAAATAGCTAATCACTCACCAGCTAAAACCAAACATGTAT
GTTACAAGGCGTTTGTCGGAATATCAAAGAAACAGATCGGAGTTAAAGCAATCATTGCCG
GAAGGTCCGAACTCCGGTGTACTTATAATTCAAGATGAAGAGTCAAAGCCAACTTGTTGC
TTCGGATCTTGCTACGAGTCTAGACTTAAAGGCTTACCGTTCCCACAGAACGCAAAGCTG
ACTGTGAACTACACCACCGCAACTAATAACACGGCCATCGTTTATCGTGATCCTGTCGTT
TTCATTCCGGTTCTTGATCAGCCGTTGTCCTCTAACCGTTACTACGCCATTAAAAGAAGC
GCGAAACACTCAGGAGAAGCTTCGGCTAATGCGAAAGAGGAAGACAGAGTCCCCTGCTGC
TTTTGCTTCACCCATGTTCCTGAAGCTAAACCACAACAAGCAGATCCTTATGACATTTAC
CAACAATTCGAGATCCATCAACGAAAATCTTTGTCTCGATATTACTTTGCAACATCCGTT
GCTCCTGACGGTGTACCACCAGAGTTCCTTAAGAGAAAAAGGATCAGCTTAAGAGCTCAA
CTTATTACAGAATGAGTCTTTACCAAAAA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3GE12JQ 527 0 0
AGAGAAAAAGGATCAGCTTAAGAGCTCAACTTATTACAGAATGAGTCTTTACCAAAAATG
GGAGGAGGTGTATTCTTGTGAAAACGTCGACAAAGAAAACAAGGCTGTAGTCAATGTGGA
AGTTGAGCCAGAAGTTGTGAGGCTTGAGGGGCAAGTTATTGGAAAAGAGACAATAAGGGT
GGATGAAAATGGGGTTGTTTGGTTTGGGTTTGCAAACAAGAGTGTTGGTTTGAGGTCTGT
TGTCACTGATAGAATGAAATGGGAAGAGGAGAGGTTGGGGTGGAAGAGCAGAGCCGTGGT
TGAAAGAACAGACAGATTCGATGGAGGCGGTTCGAGTTGGAAGAGCTATAAATGTTATGT
GTTGGTGGAGAGCTTTGTCTTGAGAAGGATGGATGAAAGTGTGGTCTTGACATTTGAGTT
TAAACACGCTGATAGGTTGAAGACCAAGTGGGAATCATAACTTTCTTGTTTAAAACTTTC
TTGTGTTGGTACATGTTTTCATTTGTAATAAATTAGTAAAGGTTTGC

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 2

CO CL4478Contig1 1113 2 2 U
GGGAGTTTAACTTCCATGAGATGCCTGTCGGAGGAGCAGCTTTGGATTTGGTCGGAGTGC
CCTTGCCGGAGGAATCCTTTGAAGCTGCTAAACAATCTGACGCCATACTTCTTGGAGCTA
TCGGAGGGTACAAATGGGACAACAATGAGAAACACCTGAGACCAGAGATGGCTCTGTTTT
ACCTTAGAAGAGATCTCAAAGTCTTTGCAAACCTCAGACCTGCTTCAGTTTTGCCTCAGC
TAGTCGATGCTTCCACATTGAAGAGAGAAGTGGCAGAAGGTGTTGATATGATGATTGTAA
GGGAGCTTACAGGAGGTATCTACTTTGGAGAGCCAAGGGGAATCAAGACCAACGAAAACG
GCGAAGAAGTCGGGTTTAATACAGAGTTCTACGCTGCTCATGAGATCGATAGAATTGCTC
GTGTTGCGTTCGAGACTGCTAGGAAACGGCGTGGCAAGCTGTGTTCCGTCGACAAAGCCA
ATGTGTTGGACGCATCAATATTGTGGAGGAAAAGAGTAACAGCGTTAGCCTCTGAGTATC
CAGATGTTGAACTAACACATATGTATGTCGACAATGCTGCAATGCAGCTTATTCGTGACC
CCAAACAGTTTGACACAATATTCACCAATAACATTTTTGGTGATATATTATCTGATGAGG
CTTCAATGATCACTGGAAGCATTGGGATGCTTCCATCTGCTAGTCTCGGTGTATCGGGAC
CTGGACTGTTTGAGCCTATACATGGTTCAGCACCAGATATTGCTGGTCAGGACAAGGCAA
ACTCATTGGCGACCATTTTCAGCGCTGCAATGCTTTTGAAATATGGACTTGGAGAAGAAA
AGGCTGCAAAGAGGATTGAAGACGCGGTCTTGGCTGCTCTGAACAAAGGTTTTAGAACCG
GTGACATCTACTCTCCTGGAAATAAACTGGTGGGATGCAAGGAGATGGGTGAGGAGGTGC
TAAAATCAGTGGACGCCAAAGTTGCAGCTACTGTTTAAGTTTAACGATGATTTAAAGCAG
TCGATAAAGTGTGTAGCTCTTTCGTTTTACGGTTACTTATATGCTAATCCATGTACTAGA
AACGTAATATGCAAGCTTCTTGATAATAAATTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AK02TF U 1
AF RR3AK02JQ C 294
BS 1 752 RR3AK02TF
BS 753 1113 RR3AK02JQ

RD RR3AK02TF 752 0 0
GGGAGTTTAACTTCCATGAGATGCCTGTCGGAGGAGCAGCTTTGGATTTGGTCGGAGTGC
CCTTGCCGGAGGAATCCTTTGAAGCTGCTAAACAATCTGACGCCATACTTCTTGGAGCTA
TCGGAGGGTACAAATGGGACAACAATGAGAAACACCTGAGACCAGAGATGGCTCTGTTTT
ACCTTAGAAGAGATCTCAAAGTCTTTGCAAACCTCAGACCTGCTTCAGTTTTGCCTCAGC
TAGTCGATGCTTCCACATTGAAGAGAGAAGTGGCAGAAGGTGTTGATATGATGATTGTAA
GGGAGCTTACAGGAGGTATCTACTTTGGAGAGCCAAGGGGAATCAAGACCAACGAAAACG
GCGAAGAAGTCGGGTTTAATACAGAGTTCTACGCTGCTCATGAGATCGATAGAATTGCTC
GTGTTGCGTTCGAGACTGCTAGGAAACGGCGTGGCAAGCTGTGTTCCGTCGACAAAGCCA
ATGTGTTGGACGCATCAATATTGTGGAGGAAAAGAGTAACAGCGTTAGCCTCTGAGTATC
CAGATGTTGAACTAACACATATGTATGTCGACAATGCTGCAATGCAGCTTATTCGTGACC
CCAAACAGTTTGACACAATATTCACCAATAACATTTTTGGTGATATATTATCTGATGAGG
CTTCAATGATCACTGGAAGCATTGGGATGCTTCCATCTGCTAGTCTCGGTGTATCGGGAC
CTGGACTGTTTGAGCCTATACATGGTTCAGCA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3AK02JQ 820 0 0
ATTGTAAGGGAGCTTACAGGAGGTATCTACTTTGGAGAGCCAAGGGGAATCAAGACCAAC
GAAAACGGCGAAGAAGTCGGGTTTAATACAGAGTTCTACGCTGCTCATGAGATCGATAGA
ATTGCTCGTGTTGCGTTCGAGACTGCTAGGAAACGGCGTGGCAAGCTGTGTTCCGTCGAC
AAAGCCAATGTGTTGGACGCATCAATATTGTGGAGGAAAAGAGTAACAGCGTTAGCCTCT
GAGTATCCAGATGTTGAACTAACACATATGTATGTCGACAATGCTGCAATGCAGCTTATT
CGTGACCCCAAACAGTTTGACACAATATTCACCAATAACATTTTTGGTGATATATTATCT
GATGAGGCTTCAATGATCACTGGAAGCATTGGGATGCTTCCATCTGCTAGTCTCGGTGTA
TCGGGACCTGGACTGTTTGAGCCTATACATGGTTCAGCACCAGATATTGCTGGTCAGGAC
AAGGCAAACTCATTGGCGACCATTTTCAGCGCTGCAATGCTTTTGAAATATGGACTTGGA
GAAGAAAAGGCTGCAAAGAGGATTGAAGACGCGGTCTTGGCTGCTCTGAACAAAGGTTTT
AGAACCGGTGACATCTACTCTCCTGGAAATAAACTGGTGGGATGCAAGGAGATGGGTGAG
GAGGTGCTAAAATCAGTGGACGCCAAAGTTGCAGCTACTGTTTAAGTTTAACGATGATTT
AAAGCAGTCGATAAAGTGTGTAGCTCTTTCGTTTTACGGTTACTTATATGCTAATCCATG
TACTAGAAACGTAATATGCAAGCTTCTTGATAATAAATTT

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

CO CL4479Contig1 951 2 2 U
GGATGGCTCCTGATCGCTGCGACGGTGGCGATAATCGCCGTAATCTCAAGGCAAGGCGGC
ACCGGATGGAGTAAGGAAGCAGCGTTAGAAGCTTTAAAAGAATGGTCGGATCGGCTCGGG
ATTTGGGCGATTCCGACGTACGTAGCGGTTCACACGGTAACACTAGCTCTATGCCTCCCT
CACGCCGTCTTCTTTGAAGCTGGTGCCTCTATCCTCTTCGGTTTCCTCCCTGCTCTTCTC
TGCGTCTTCTCCGCTAAAGTTCTCGCCGCTTCCTTCTCCTTCTGGATCGGCAGGTTTGTT
TTCAAGAGTTCAAGCAAAGCAACAGCGTGGGCGCATAACAACAAGTACTTCAATATTCTC
TCAAGAGGAGTGGAGCGAGATGGTTGGAAGTTTGTTCTGCTTGCTAGGTTCTCGCCCATC
CCTTCTTACGTCATCAACTACGCCTTAGCAGCAACCCAAGTCCGGTTCCTTGCTGATTTT
CTCTTCCCCACTGTTATTGGCTGCCTCCCGATGATCTTGCAGAATGCATCTGTGGGTAGC
CTCGCTGGCATGGCTGTGGCTTCAGTTGCTGGAAAACCCAAAACTCAACTCTGGGGGTTA
TGTCTTCCCTGTACTTGGGGTACTCTCAAGTGTTCTCATTACAATGAGGGTCAAAAGGTA
CTCTGCTGGAATTACAGATACTTCTCCGTCTGCTGACACCTCTAGTTTAGCTTCTTCCAA
GAAAAGCGAGTGATGATACAGAACATGATGGTTGTTCATGGTTTGCCCATACACCTTTCT
GTCTGGCAGCAATCAGATTCTGAACTTCATTGCTTAATTTAGGCAAAGTAGGCAGTATCT
TCAAAAGGAACAGGATGTTATAGCTTTTTTGTTGTTCTTTATGTGTAAGCTTTGAACAAA
ACGCTACACTTTCTTGAGTTGAATTTTAAAATTTGACAAAACATAAAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BV15TF U 1
AF RR3BV15JQ C 190
BS 1 653 RR3BV15TF
BS 654 951 RR3BV15JQ

RD RR3BV15TF 653 0 0
GGATGGCTCCTGATCGCTGCGACGGTGGCGATAATCGCCGTAATCTCAAGGCAAGGCGGC
ACCGGATGGAGTAAGGAAGCAGCGTTAGAAGCTTTAAAAGAATGGTCGGATCGGCTCGGG
ATTTGGGCGATTCCGACGTACGTAGCGGTTCACACGGTAACACTAGCTCTATGCCTCCCT
CACGCCGTCTTCTTTGAAGCTGGTGCCTCTATCCTCTTCGGTTTCCTCCCTGCTCTTCTC
TGCGTCTTCTCCGCTAAAGTTCTCGCCGCTTCCTTCTCCTTCTGGATCGGCAGGTTTGTT
TTCAAGAGTTCAAGCAAAGCAACAGCGTGGGCGCATAACAACAAGTACTTCAATATTCTC
TCAAGAGGAGTGGAGCGAGATGGTTGGAAGTTTGTTCTGCTTGCTAGGTTCTCGCCCATC
CCTTCTTACGTCATCAACTACGCCTTAGCAGCAACCCAAGTCCGGTTCCTTGCTGATTTT
CTCTTCCCCACTGTTATTGGCTGCCTCCCGATGATCTTGCAGAATGCATCTGTGGGTAGC
CTCGCTGGCATGGCTGTGGCTTCAGTTGCTGGAAAACCCAAAACTCAACTCTGGGGGTTA
TGTCTTCCCTGTACTTGGGGTACTCTCAAGTGTTCTCATTACAATGAGGGTCA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3BV15JQ 762 0 0
TTCTTTGAAGCTGGTGCCTCTATCCTCTTCGGTTTCCTCCCTGCTCTTCTCTGCGTCTTC
TCCGCTAAAGTTCTCGCCGCTTCCTTCTCCTTCTGGATCGGCAGGTTTGTTTTCAAGAGT
TCAAGCAAAGCAACAGCGTGGGCGCATAACAACAAGTACTTCAATATTCTCTCAAGAGGA
GTGGAGCGAGATGGTTGGAAGTTTGTTCTGCTTGCTAGGTTCTCGCCCATCCCTTCTTAC
GTCATCAACTACGCCTTAGCAGCAACCCAAGTCCGGTTCCTTGCTGATTTTCTCTTCCCC
ACTGTTATTGGCTGCCTCCCGATGATCTTGCAGAATGCATCTGTGGGTAGCCTCGCTGGC
ATGGCTGTGGCTTCAGTTGCTGGAAAACCCAAAACTCAACTCTGGGG*TTATGTCTTCCC
TGTACTTGGGGTACTCTCAAGTGTTCTCATTACAATGAGGGTCAAAAGGTACTCTGCTGG
AATTACAGATACTTCTCCGTCTGCTGACACCTCTAGTTTAGCTTCTTCCAAGAAAAGCGA
GTGATGATACAGAACATGATGGTTGTTCATGGTTTGCCCATACACCTTTCTGTCTGGCAG
CAATCAGATTCTGAACTTCATTGCTTAATTTAGGCAAAGTAGGCAGTATCTTCAAAAGGA
ACAGGATGTTATAGCTTTTTTGTTGTTCTTTATGTGTAAGCTTTGAACAAAACGCTACAC
TTTCTTGAGTTGAATTTTAAAATTTGACAAAACATAAAACCC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4481Contig1 501 2 1 U
GGAAAGCTACGAAAAAAAAACTCTTCCGTCTCTCGTTATCGTTCTCGACGACATCATCAG
AACTCTAATCAGTTAGTTAAAGAAGGGAAGGATGGTGGGAAGTGGAGCACCACAGAGAGG
AAGTGCAGCTGCAGCAGCAAGCATGCGTAGGAGGAAGCCTAGTGGAAGTGGTGGAGGAGC
CTCTGGTGGTGGAGCAGCAGGATCGATGCTTCAGTTCTACACGGATGACGCACCGGGTCT
CAAGATCTCCCCTAATGTTGTCCTTGTCATGAGCATCGGTTTCATTGCTTTCGTCGCCGT
CCTTCATGTCATGGGCAAGCTCTACTTTGTCAAGTGATGATCAAATACTAGTAGAATGTG
ACTGCTAGTGACCATAGAGCTTTTAGAGAATGGTTTCAACTCTTGTTTTTTAATTTTTGT
GGAATATAAACTACAGTATCTTGTTTCTTTGACATTCAAAGCTTTCCATCTATCTTCATA
TAAATTTAACTATTTAAGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AP48TF U 1
AF RR3AP48JQ C 37
BS 1 501 RR3AP48TF

RD RR3AP48TF 501 0 0
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AACTCTAATCAGTTAGTTAAAGAAGGGAAGGATGGTGGGAAGTGGAGCACCACAGAGAGG
AAGTGCAGCTGCAGCAGCAAGCATGCGTAGGAGGAAGCCTAGTGGAAGTGGTGGAGGAGC
CTCTGGTGGTGGAGCAGCAGGATCGATGCTTCAGTTCTACACGGATGACGCACCGGGTCT
CAAGATCTCCCCTAATGTTGTCCTTGTCATGAGCATCGGTTTCATTGCTTTCGTCGCCGT
CCTTCATGTCATGGGCAAGCTCTACTTTGTCAAGTGATGATCAAATACTAGTAGAATGTG
ACTGCTAGTGACCATAGAGCTTTTAGAGAATGGTTTCAACTCTTGTTTTTTAATTTTTGT
GGAATATAAACTACAGTATCTTGTTTCTTTGACATTCAAAGCTTTCCATCTATCTTCATA
TAAATTTAACTATTTAAGGAT

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR3AP48JQ 465 0 0
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GGGAAGTGGAGCACCACAGAGAGGAAGTGCAGCTGCAGCAGCAAGCATGCGTAGGAGGAA
GCCTAGTGGAAGTGGTGGAGGAGCCTTTGGTGGTGGAGCAGCAGGATCGATGCTTCAGTT
CTACACGGATGACGCACCGGGTCTCAAGATCTCCCCTAATGTTGTCCTTGTCATGAGCAT
CGGTTTCATTGCTTTTGTCGCCGTCCTTCATGTCATGGGCAAGCTCTACTTTGTCAAGTG
ATGATCAAATACTAGTAGAATGTGACTGCTAGTGACCATAGAGCTTTTAGAGAATGGTTT
CAACTCTTGTTTTTTAATTTTTGTGGAATATAAACTACAGTATCTTGTTTCTTTGACATT
CAAAGCTTTCCATCTATCTTCATATAAATTTAACTATTTAAGGAT

QA 1 465 1 465
DS 



AS 1 2

CO CL4482Contig1 438 2 1 U
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ACAAGAGTCATACTCTCTGTGTGAGATGCGGTCGTCGTAGCTTTCACATCCAGAAGAGTC
GCTGCTCCGCCTGCGCTTACCCTGCCGCTCGCAAGAGGACATACAACTGGAGTGTGAAGG
CGATCAGGAGGAAGACTACCGGTACCGGTAGGATGAGATATCTCAAAAATGTTCCTCGCC
GGTTCAAGACTGGTTTCAGAGAAGGTACTGAAGCCAAGCCAAGGAACAAGGTGGCTTCAT
CAGCCTAAGAAGTAAAACTTAGCATTGCTGGTCCTTGGATAAATCTGAATACAATCATCA
TGTTTTATGGGGTTTGATTCCATTTGCTTATAAAAGTTTTGAACCTGGTTGAAATATCAT
CTTGTATTTTTAACAAGC


BQ
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AF RR3EK30JQ C 1
AF RR3EK30TF U 1
BS 1 438 RR3EK30TF

RD RR3EK30JQ 438 0 0
GGAATCCTAGGGTTTCTGCAACAATGACGAAGGGAACAGGGAGTTTCGGAAAGAGGAGGA
ACAAGAGTCATACTCTCTGTGTGAGATGCGGTCGTCGTAGCTTTCACATCCAGAAGAGTC
GCTGCTCCGCCTGCGCTTACCCTGCCGCTCGCAAGAGGACATACAACTGGAGTGTGAAGG
CGATCAGGAGGAAGACTACCGGTACCGGTAGGATGAGATATCTCAAAAATGTTCCTCGCC
GGTTCAAGACTGGTTTCAGAGAAGGTACTGAAGCCAAGCCAAGGAACAAGGTGGCTTCAT
CAGCCTAAGAAGTAAAACTTAGCATTGCTGGTCCTTGGATAAATCTGAATACAATCATCA
TGTTTTATGGGGTTTGATTCCATTTGCTTATAAAAGTTTTGAACCTGGTTGAAATATCAT
CTTGTATTTTTAACAAGC

QA 1 438 1 438
DS 

RD RR3EK30TF 438 0 0
GGAATCCTAGGGTTTCTGCAACAATGACGAAGGGAACAGGGAGTTTCGGAAAGAGGAGGA
ACAAGAGTCATACTCTCTGTGTGAGATGCGGTCGTCGTAGCTTTCACATCCAGAAGAGTC
GCTGCTCCGCCTGCGCTTACCCTGCCGCTCGCAAGAGGACATACAACTGGAGTGTGAAGG
CGATCAGGAGGAAGACTACCGGTACCGGTAGGATGAGATATCTCAAAAATGTTCCTCGCC
GGTTCAAGACTGGTTTCAGAGAAGGTACTGAAGCCAAGCCAAGGAACAAGGTGGCTTCAT
CAGCCTAAGAAGTAAAACTTAGCATTGCTGGTCCTTGGATAAATCTGAATACAATCATCA
TGTTTTATGGGGTTTGATTCCATTTGCTTATAAAAGTTTTGAACCTGGTTGAAATATCAT
CTTGTATTTTTAACAAGC

QA 1 438 1 438
DS 



AS 1 2

CO CL4483Contig1 952 2 8 U
GGAGGGAGTAAAAATATTGTTGGCATGGCTGCATCGTCGTCAGTTTCTTCGCCGGCGCTT
TGCCTCGCCGGCCGAGTAGCTATAGTCACAGGATCGTCCCGAGGAATAGGCCGTGGCATA
GCCATCCACCTTGCGGAGCTTGGAGCTAGGATCGTTATTAATTACTCCACTAACTCTGCT
GAGGCCGACAAGGTTGCGAAGGCTATTACCACAAACTTTCCAGATAACGATGCAGCAGAA
CAAGTTACCGGAAAACGTCCACGTGTCATCGTCGTCAAAGCCGATATCTCGGAGCCTAAC
CAGGTGAAGTCGCTTTTCGATGAGGCGGAAATAGCGTTTGGGTCACCAGTTCATATCCTG
GTTAACTCTGCCGCTATTGCTGATCCCAATCACTCGAGTATTTCAAACACATCAGAAGAA
CTCTTTGATCGCATTTTCAGTGTGAACACAAGAGGTGCGTTTTTATGCGCTAGAGAAGCA
GCCAACAGGCTAAAGCGTGGAGGGGGTGGACGGATCATCCTCCTCTCATCTTCCCTTGTT
CAATCCTTGAAACCATCCTATGGCTCATACACTGCTTCAAAGGCAGCCATAGAAGCCATG
TCAAAGATTCTTGCCAAAGAGCTCAAAGGAACGCAAATCACTGTAAACTGTGTTTCTCCA
GGACCAGTCGCCACAGAGATGTTTTTTGCGGGATTGACCAATGAGATAGTGGAGAAAGTA
AAGGCACAAAACCTATTTGGTAGGCTTGGTGAGACCAAAGACATTGCAAATGTTGTTGGA
TTCTTAGCCAGCGACGCTGGCGAGTGGATCAACGGACAAGCCATCATTGCTAATGGTGGC
TCAATCTTGTAAAGAAAGAAAGGTTAGTATTTGCATAAAATAATTACCCACTCAAATGAG
TAATGGAAGTTGTACCATGAGAAACACCAAGAACCCGACCAAACGATTGAGC


BQ
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AF RR3BR13TF U 1
AF RR3BR13JQ C 269
BS 1 686 RR3BR13TF
BS 687 687 RR3BR13JQ
BS 688 694 RR3BR13TF
BS 695 695 RR3BR13JQ
BS 696 698 RR3BR13TF
BS 699 699 RR3BR13JQ
BS 700 720 RR3BR13TF
BS 721 952 RR3BR13JQ

RD RR3BR13TF 720 0 0
GGAGGGAGTAAAAATATTGTTGGCATGGCTGCATCGTCGTCAGTTTCTTCGCCGGCGCTT
TGCCTCGCCGGCCGAGTAGCTATAGTCACAGGATCGTCCCGAGGAATAGGCCGTGGCATA
GCCATCCACCTTGCGGAGCTTGGAGCTAGGATCGTTATTAATTACTCCACTAACTCTGCT
GAGGCCGACAAGGTTGCGAAGGCTATTACCACAAACTTTCCAGATAACGATGCAGCAGAA
CAAGTTACCGGAAAACGTCCACGTGTCATCGTCGTCAAAGCCGATATCTCGGAGCCTAAC
CAGGTGAAGTCGCTTTTCGATGAGGCGGAAATAGCGTTTGGGTCACCAGTTCATATCCTG
GTTAACTCTGCCGCTATTGCTGATCCCAATCACTCGAGTATTTCAAACACATCAGAAGAA
CTCTTTGATCGCATTTTCAGTGTGAACACAAGAGGTGCGTTTTTATGCGCTAGAGAAGCA
GCCAACAGGCTAAAGCGTGGAGGGGGTGGACGGATCATCCTCCTCTCATCTTCCCTTGTT
CAATCCTTGAAACCATCCTATGGCTCATACACTGCTTCAAAGGCAGCCATAGAAGCCATG
TCAAAGATTCTTGCCAAAGAGCTCAAAGGAACGCAAATCACTGTAAACTGTGTTTCTCCA
GGACCAGTCGCCACAGAGATGTTTTT*GCGGGAT*GAC*AATGAGATAGTGGAGAAAGTA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3BR13JQ 684 0 0
TCGTCGTCAAAGCCGATATCTCGGAGCCTAACCAGGTGAAGTCGCTTTTCGATGAGGCGG
AAATAGCGTTTGGGTCACCAGTTCATATCCTGGTTAACTCTGCCGCTATTGCTGATCCCA
ATCACTCGAGTATTTCAAACACATCAGAAGAACTCTTTGATCGCATTTTCAGTGTGAACA
CAAGAGGTGCGTTTTTATGCGCTAGAGAAGCAGCCAACAGGCTAAAGCGTGGAGGGGGTG
GACGGATCATCCTCCTCTCATCTTCCCTTGTTCAATCCTTGAAACCATCCTATGGCTCAT
ACACTGCTTCAAAGGCAGCCATAGAAGCCATGTCAAAGATTCTTGCCAAAGAGCTCAAAG
GAACGCAAATCACTGTAAACTGTGTTTCTCCAGGACCAGTCGCCACAGAGATGTTTTTTG
CGGGATTGACCAATGAGATAGTGGAGAAAGTAAAGGCACAAAACCTATTTGGTAGGCTTG
GTGAGACCAAAGACATTGCAAATGTTGTTGGATTCTTAGCCAGCGACGCTGGCGAGTGGA
TCAACGGACAAGCCATCATTGCTAATGGTGGCTCAATCTTGTAAAGAAAGAAAGGTTAGT
ATTTGCATAAAATAATTACCCACTCAAATGAGTAATGGAAGTTGTACCATGAGAAACACC
AAGAACCCGACCAAACGATTGAGC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4485Contig1 891 2 2 U
TTTTTCCTCTCTCCTTCTCTCTTCTGTTCTTGGTTTTTCCTTGGTGTTCTTGAGCGTTTG
CTCCGGCGTTGGTCTCTCCAGCGTCGGAAGCTAGTTTTTTTCCCAAAATTAGTTTTATCT
TTGTTCTCTTGTTCTATCAAGATCCATCTTCGATATGTTTTGGAGCTCTGGAATTTTCTT
CGTCGGTGTGTGTTTCCTTGCCGATTGTTTGAACATTCTGGTGTTCCGACGAGTTGGTGT
AAGCTTGGTTGAGCACGGGATTCGTTTTTTTTATCTCCGATAACTGTATTTTGCGTACTG
TTTTGGATCTTGTTTCTTTGGATTCGTGGGTCTGGTTCGGTTTGAGCCATGGTAGTAAGT
GTGTTGATGGTTGTGGCTTAGCAGTCTCTTGATTAGGGTATTTTGTCATTTGGTTGCTTG
TCATGTGGCAAGGCTTCTTTTAGGTGAGATTCTCTCTTAGATTGTAGCGTGTGGACCGAG
TTGTGTGTTCTCCTACTTGAGGTTTGAAGTCTCTGGTTCTTGGACTTATCGTTTAGCGGG
CGAGGCAGCAACGATAAGGGTGGTTTCAGTGCAGAAGTGGAAGATTCCGGGTGTCGGGCT
ATAGGCAGCAGCGGTATCTCTCAATCAATGATGTTTTCTCCTCTGCAAAGACTGCTAGTT
TTATAATGTGGCTCTTGCGCATATATTATTCGTTTCTGGTAATTTTGACTCCGATGTGGG
TTATAGTTGTCCTATATGGGTTTAAGTGGTCGCTTCTTATGGACCTTTTTGTTTGTTTTT
TTAAGTCGCTCTTGTGTGAGCTCTAATTGCCTTTCCTATAGGCTCTTGGTTCTGGGGCAA
TTCTGTTTGGCCGCCAGCTTTGTATGATTACTAGTATTTGCAATAAAATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DR62TF U 1
AF RR3DR62JQ C 163
BS 1 600 RR3DR62TF
BS 601 891 RR3DR62JQ

RD RR3DR62TF 600 0 0
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TTGTTCTCTTGTTCTATCAAGATCCATCTTCGATATGTTTTGGAGCTCTGGAATTTTCTT
CGTCGGTGTGTGTTTCCTTGCCGATTGTTTGAACATTCTGGTGTTCCGACGAGTTGGTGT
AAGCTTGGTTGAGCACGGGATTCGTTTTTTTTATCTCCGATAACTGTATTTTGCGTACTG
TTTTGGATCTTGTTTCTTTGGATTCGTGGGTCTGGTTCGGTTTGAGCCATGGTAGTAAGT
GTGTTGATGGTTGTGGCTTAGCAGTCTCTTGATTAGGGTATTTTGTCATTTGGTTGCTTG
TCATGTGGCAAGGCTTCTTTTAGGTGAGATTCTCTCTTAGATTGTAGCGTGTGGACCGAG
TTGTGTGTTCTCCTACTTGAGGTTTGAAGTCTCTGGTTCTTGGACTTATCGTTTAGCGGG
CGAGGCAGCAACGATAAGGGTGGTTTCAGTGCAGAAGTGGAAGATTCCGGGTGTCGGGCT

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3DR62JQ 729 0 0
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GTTCCGACGAGTTGGTGTAAGCTTGGTTGAGCACGGGATTCGTTTTTTTTATCTCCGATA
ACTGTATTTTGCGTACTGTTTTGGATCTTGTTTCTTTGGATTCGTGGGTCTGGTTCGGTT
TGAGCCATGGTAGTAAGTGTGTTGATGGTTGTGGCTTAGCAGTCTCTTGATTAGGGTATT
TTGTCATTTGGTTGCTTGTCATGTGGCAAGGCTTCTTTTAGGTGAGATTCTCTCTTAGAT
TGTAGCGTGTGGACCGAGTTGTGTGTTCTCCTACTTGAGGTTTGAAGTCTCTGGTTCTTG
GACTTATCGTTTAGCGGGCGAGGCAGCAACGATAAGGGTGGTTTCAGTGCAGAAGTGGAA
GATTCCGGGTGTCGGGCTATAGGCAGCAGCGGTATCTCTCAATCAATGATGTTTTCTCCT
CTGCAAAGACTGCTAGTTTTATAATGTGGCTCTTGCGCATATATTATTCGTTTCTGGTAA
TTTTGACTCCGATGTGGGTTATAGTTGTCCTATATGGGTTTAAGTGGTCGCTTCTTATGG
ACCTTTTTGTTTGTTTTTTTAAGTCGCTCTTGTGTGAGCTCTAATTGCCTTTCCTATAGG
CTCTTGGTTCTGGGGCAATTCTGTTTGGCCGCCAGCTTTGTATGATTACTAGTATTTGCA
ATAAAATAA

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL4486Contig1 1033 2 6 U
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TAAAATCCATGTGTGTTGGAACATGTCTGAATGTCCTATTCCCGACGGTTACGATGCTCG
TCGGGTCTGTCCCAGTTTGGAAGGAGCGTTCAAGGAACTAGGCTATTCTGGTCCTGTCTC
CATCACTGCCTATGGTGACCATAAAAAAACCCCCAAAGGCCACCTTGAAGCCCTCTCTTC
CACTGGAATCGATGTTGCACATGTCATTCAGGAAGTCATATTCTCGCGCATGTCTAGAGA
TTTGAGGAATTGGGGATATGACAATCCCGCTCCGGCTACAATGATGATCATATCGGATGG
CGCTGAGTATGTCTTTGGAGATACTATTGCCCGGGAACAACAATTTAATAAGTACAACCT
GTTTTGGGCTTATTCTTTTAGGCCTCTGAAAATGTCAATCCTGCTCACTTCTGCCGAGTG
GCTCTGGGATAGCTTACTTGCAGTTTCAGAGACAAGAAGACATGATTTCCTTCGGAAGTG
CAGTGGAAGTAGTATTGAAAGGGTTGGTGAATCTGCCGGAATGTTTTATTGCAAAGTGTG
CTACTCTGATTTCAAAATCCTGGATGAATTCATCAGACATCTCTGGACTTTAAATCATCT
CTGTGATGAGGAGGATATTCGTGATCGTCTTCGACATAACAACAACCAGAGGCTGCTATC
GCTTGCGAAAGCTCTTTTCCCAGAGAGCAAGCTGGTTGAAGCAAGCTGCCCAGAAGAGGT
TGCGACTGAAGAAGTGATCAGAGTTTTCCTATGAACCTATCTTTATTTTTCTTGTTCTGG
TCTTATGTTTCTCTGCTTGAAGTACTTTATTTACTTTTCGGACTTACTTTTTTCTCGCTT
GTTTAATTCACCAAACAATATAAGTTTAATCGTGTTACTGTATGTGTATTTGCAATGGGC
CTAACGGTTATTATTTTAGTGTTTCCTTACGATGCTACATTGAATCTTTTTGTGTATTAA
ACCTTCTTTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX05TF U 1
AF RR3FX05JQ C 328
BS 1 711 RR3FX05TF
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BS 739 759 RR3FX05TF
BS 760 1033 RR3FX05JQ

RD RR3FX05TF 771 0 0
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TAAAATCCATGTGTGTTGGAACATGTCTGAATGTCCTATTCCCGACGGTTACGATGCTCG
TCGGGTCTGTCCCAGTTTGGAAGGAGCGTTCAAGGAACTAGGCTATTCTGGTCCTGTCTC
CATCACTGCCTATGGTGACCATAAAAAAACCCCCAAAGGCCACCTTGAAGCCCTCTCTTC
CACTGGAATCGATGTTGCACATGTCATTCAGGAAGTCATATTCTCGCGCATGTCTAGAGA
TTTGAGGAATTGGGGATATGACAATCCCGCTCCGGCTACAATGATGATCATATCGGATGG
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DS 

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TCTTCGACATAACAACAACCAGAGGCTGCTATCGCTTGCGAAAGCTCTTTTCCCAGAGAG
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CCTATGAACCTATCTTTATTTTTCTTGTTCTGGTCTTATGTTTCTCTGCTTGAAGTACTT
TATTTACTTTTCGGACTTACTTTTTTCTCGCTTGTTTAATTCACCAAACAATATAAGTTT
AATCGTGTTACTGTATGTGTATTTGCAATGGGCCTAACGGTTATTATTTTAGTGTTTCCT
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QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

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GGGTCTTGTCCGCCGCAGATATCCGTCGTGCGTTTTCTCTTTCCTCTCTTTCTCTCTCTA
TCAAATGGATTCCCTCGTCGAATCCGGTTGGCAGTACCTTGTTACTAATTTCAGCGACTT
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CCCTTTCATCTTCCTTGAAAGAACAGGTTTCCTAAACAGTTACAAAATTCAGGCAAAACA
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AAACTTTCCCCTTATGCTGTTCTCTTACCGTGTCTTCAAATTCATGGGCATGCGGAGCTG
TTTTCCTCTCCCCTCCTGGAAAGTGGTGTCTGCCCAGATCTTGTTCTTCTTCATCATTGA
GGATTTTGTATTTTATTGGGGTCATAGGATCTTGCATACAAAATGGCTTTACAAGAACGT
GCACAGTGTGCACCATGAATACGCCACACCGTTTGGTTTGACGTCAGAATATGCTCATCC
CGCTGAGATTCTGTTCCTGGGCTTTGCTACCTTTATTGGTCCGGCTCTCACAGGGCCTCA
CCTAATCACCCTTTGGTCGTGGTTGGTGCTTAGAGTCATTGAGACAGTTGAAGCACATTG
TGGCTATCATTTCCCTTGGAGTCCCTCTAATTTTCTTCCTCTGTATGGCGGTGCTGACTT
CCATGACTACCATCAGCGTTTACTCTACACAAAGTCTGGGAACTACTCATCTACTTTTGT
CTACATGGACCGGATCTTTGGTACGGACAAGGGCTACAGAAAACTGAAGGCTCTAAAAGA
AACCTGACAACTAGTGAAACTTGGTTTATCAAGACCTGAGGTTTCGCTCTGGCAAACTCT
CCTTTTAGTCATAAGAGCATCACTATTCGCAGCTCCTTGACTTGCACAGTCAAAGCTATT
GGTCTGATCATCTAAGCCAATTTGGATGTTTGAATCTTTCTTACTGTTTGTCTTAATCTT
TAGTTACAGCTACTGCTTCTAGTTACATTTAGTCCAAAAGATCCAATCTTATGTATGTGC
CTTGCGGCACAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3AQ57JQ C 392
BS 1 848 RR3AQ57TF
BS 849 1154 RR3AQ57JQ

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GCACAGTGTGCACCATGAATACGCCACACCGTTTGGTTTGACGTCAGAATATGCTCATCC
CGCTGAGATTCTGTTCCTGGGCTTTGCTACCTTTATTGGTCCGGCTCTCACAGGGCCTCA
CCTAATCACCCTTTGGTCGTGGTTGGTGCTTAGAGTCATTGAGACAGTTGAAGCACATTG
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CTACATGG

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DS 

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GCCCAGATCTTGTTCTTCTTCATCATTGAGGATTTTGTATTTTATTGGGGTCATAGGATC
TTGCATACAAAATGGCTTTACAAGAACGTGCACAGTGTGCACCATGAATACGCCACACCG
TTTGGTTTGACGTCAGAATATGCTCATCCCGCTGAGATTCTGTTCCTGGGCTTTGCTACC
TTTATTGGTCCGGCTCTCACAGGGCCTCACCTAATCACCCTTTGGTCGTGGTTGGTGCTT
AGAGTCATTGAGACAGTTGAAGCACATTGTGGCTATCATTTCCCTTGGAGTCCCTCTAAT
TTTCTTCCTCTGTATGGCGGTGCTGACTTCCATGACTACCATCAGCGTTTACTCTACACA
AAGTCTGGGAACTACTCATCTACTTTTGTCTACATGGACCGGATCTTTGGTACGGACAAG
GGCTACAGAAAACTGAAGGCTCTAAAAGAAACCTGACAACTAGTGAAACTTGGTTTATCA
AGACCTGAGGTTTCGCTCTGGCAAACTCTCCTTTTAGTCATAAGAGCATCACTATTCGCA
GCTCCTTGACTTGCACAGTCAAAGCTATTGGTCTGATCATCTAAGCCAATTTGGATGTTT
GAATCTTTCTTACTGTTTGTCTTAATCTTTAGTTACAGCTACTGCTTCTAGTTACATTTA
GTCCAAAAGATCCAATCTTATGTATGTGCCTTGCGGCACAAAC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

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GAACCCTCCTAAGCTGGATCCAAACAGCGGGTCGGGTCATGTCGAGAAAGTAGGCGGCCT
CGACAGTTACGTCACTGGCTCACCTCAATCAAAGCTCGGCGTTGTTCTTGTCTCTCATGT
TTTCGGATATGAAACTCCACAACTGAGGAAACTTGCTGACAAAGTTGCAGAAGCTGGATT
CTATGCGGTGGTTCCAGACTTCTTCCATGGAGATCCCTACAATCCTGCGAATGAGGATCG
TCCACTTCCTATCTGGATTAAAGATCACACACAAGATAAGGCTTTTGAGGAGTCGAAGCC
AGTTGTTGATGCCTTGAAGAACAAAGGCATGGCTACAGTTGGAGCAGTAGGGTTTTGTTG
GGGAGCAAAAGTTGCAGTGGAACTGGCGAAGCAAGAGCTTGTTAAAGCGGTTGTTTTGTT
ACATCCTTCTCGTGTCACGGTGGATGACATCAAGGGTGTCAAGGTTCCAATTTCTGTTTT
AGGAGCTGAATACGATCAAGTGACTCCTCCAGAACTCGTCAAGCAGTTCCAAGACGTTTT
AGCTACAAAACCTGAGGTGAAAAGTTTTGTGAAGATATTCCCAAGAGTTAAACATGGTTG
GACTGTTAGGTACGACCCGAATGATCCATCAGAAGTTGAAGCTGCTGATGAAGCTCACAA
AGACATGCTTGTTTGGCTCATCGACCATGTGAAGTGAGAAGCTTTGGTTTACACAGAATA
ATAAAGTAATGAGAGACTTGAGAAGCTGTAAGAAAAATGTTTTAAATAAATGATGTAATA
TATTCAAGCTTCCTTGAGTGTATTTTTATAAACAAGTGTACTTGCAAAGAAATAATTGAA
TCATCAAATGTTTGCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B503TF U 1
AF RR3B503JQ C 315
BS 1 756 RR3B503TF
BS 757 918 RR3B503JQ

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CGACAGTTACGTCACTGGCTCACCTCAATCAAAGCTCGGCGTTGTTCTTGTCTCTCATGT
TTTCGGATATGAAACTCCACAACTGAGGAAACTTGCTGACAAAGTTGCAGAAGCTGGATT
CTATGCGGTGGTTCCAGACTTCTTCCATGGAGATCCCTACAATCCTGCGAATGAGGATCG
TCCACTTCCTATCTGGATTAAAGATCACACACAAGATAAGGCTTTTGAGGAGTCGAAGCC
AGTTGTTGATGCCTTGAAGAACAAAGGCATGGCTACAGTTGGAGCAGTAGGGTTTTGTTG
GGGAGCAAAAGTTGCAGTGGAACTGGCGAAGCAAGAGCTTGTTAAAGCGGTTGTTTTGTT
ACATCCTTCTCGTGTCACGGTGGATGACATCAAGGGTGTCAAGGTTCCAATTTCTGTTTT
AGGAGCTGAATACGATCAAGTGACTCCTCCAGAACTCGTCAAGCAGTTCCAAGACGTTTT
AGCTACAAAACCTGAGGTGAAAAGTTTTGTGAAGATATTCCCAAGAGTTAAACATGGTTG
GACTGTTAGGTACGACCCGAATGATCCATCAGAAGTTGAAGCTGCTGATGAAGCTCACAA
AGACATGCTTGTTTGGCTCATCGACCATGTGAAGTG

QA 1 756 1 756
DS 

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TCACGGTGGATGACATCAAGGGTGTCAAGGTTCCAATTTCTGTTTTAGGAGCTGAATACG
ATCAAGTGACTCCTCCAGAACTCGTCAAGCAGTTCCAAGACGTTTTAGCTACAAAACCTG
AGGTGAAAAGTTTTGTGAAGATATTCCCAAGAGTTAAACATGGTTGGACTGTTAGGTACG
ACCCGAATGATCCATCAGAAGTTGAAGCTGCTGATGAAGCTCACAAGGACATGCTTGTTT
GGCTCATCGACCATGTGAAGTGAGAAGCTTTGGTTTACACAGAATAATAAAGTAATGAGA
GACTTGAGAAGCTGTAAGAAAAATGTTTTAAATAAATGATGTAATATATTCAAGCTTCCT
TGAGTGTATTTTTATAAACAAGTGTACTTGCAAAGAAATAATTGAATCATCAAATGTTTG
CAAC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

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CGGATTTATTGTATAAGAAGAAAACAATGTTTGACGCTTTTCTTATTTCTCACTAAGAAT
CATATTTCAAATAATCAAAAATCATGAATGCATTCGTGTACTACAAAACATCCATTTTCA
CAATGTTCCAATATATATAAAAAAAGTTGTTTCTCG


BQ
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AF RR3DR30JQ C 1
AF RR3DR30TF U 1
BS 1 456 RR3DR30TF

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TAAGAAAATGGTGCTTTCTGACTTCACTGGAGTCGGTGTTGGATTCGGGTTCGGCGTCGG
CTGTGGATTTGGCGTTGGGTGGGGTTTTGGGACTGCCTTTGGTAGTCACTACCGATCATC
TAGGCTTACTTTTCAAGGCGTCGAGCTAGAGAAGGAGGGTAAAGTGGAAAACATGTCCAA
AAACGCTTAGCAGCCTGTTAACTTTCCATCCAAAATCACTGAGTAAAAACAAACTCTGCT
CGGATTTATTGTATAAGAAGAAAACAATGTTTGACGCTTTTCTTATTTCTCACTAAGAAT
CATATTTCAAATAATCAAAAATCATGAATGCATTCGTGTACTACAAAACATCCATTTTCA
CAATGTTCCAATATATATAAAAAAAGTTGTTTCTCG

QA 1 456 1 456
DS 

RD RR3DR30TF 456 0 0
GGGCGGGGAGGTAGAGGAAGAGCAATCTATAGAAGATTTCACAAACAAAACAAAAGAATA
TAAGAAAATGGTGCTTTCTGACTTCACTGGAGTCGGTGTTGGATTCGGGTTCGGCGTCGG
CTGTGGATTTGGCGTTGGGTGGGGTTTTGGGACTGCCTTTGGTAGTCACTACCGATCATC
TAGGCTTACTTTTCAAGGCGTCGAGCTAGAGAAGGAGGGTAAAGTGGAAAACATGTCCAA
AAACGCTTAGCAGCCTGTTAACTTTCCATCCAAAATCACTGAGTAAAAACAAACTCTGCT
CGGATTTATTGTATAAGAAGAAAACAATGTTTGACGCTTTTCTTATTTCTCACTAAGAAT
CATATTTCAAATAATCAAAAATCATGAATGCATTCGTGTACTACAAAACATCCATTTTCA
CAATGTTCCAATATATATAAAAAAAGTTGTTTCTCG

QA 1 456 1 456
DS 



AS 1 2

CO CL4490Contig1 941 2 4 U
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ACAGGAACCGGAGAAGCTTACTTGGAACGATGGCTACAAGATTATCACCGGTCTTTGTTT
GCGTGTCGTTGGTTCTCATTTCTGGACTCGGCCAGCTTGTGATCTGTAGTCAAGGAAAAG
GAACGTACAACGACGTCGTAAGGATGAAGCTTAGTGCGTTTAGCGATTCTTCCAATAATC
AGAACGGTGGAGGAGATCAGATCGAGGATATAGCACTCTTTGCTGTTCAAGAACACAATA
AGCGAGAGAATGGTGTACTTGAGCTTGGTAGAGTATTGAAGGCAACAGAGCAGGTGGTTG
CTGGCAAACTATACAGTCTAACTCTTGAAGTGTTAGAAGCTGGTGAGAAGAAGATTTATG
AAGCTCAAGTTTGGGTGAAGCCGTGGATGAGGAACTTCAAGCAGCTTCAGGAGTTCAAGA
GTGTTGTCCCTTCCTTCACTGTTTCCGACCTTGGCTTGAAATCAGATGGGAATGGGTTTG
AGTGGAGATCAGTATCAACAAATGACCCTGAGGTCAAAGAGGCAGCAAAACACGCCGTTA
AGTCGATTCAACAGAGATCAAACTCGCTGTTTCCTTATAAACTCATAGACATAATCCTAG
CTAGAGCAAAGGTGGTTGAAGACCGTGTGAAATTCGAGCTCCTTTTGAAGCTAGAGAAGG
GGGAAACAAAGCAGAGAAGCTCATGGTTGAAGTTATGAAGTACCAAAACGGCAAGTTTCA
CTAGAGTTGTTGTTTGGACAGGTTGTGTCTCAGTCTGACTGAATAAAAAGACTGAATGTT
GTGATAAAAAAAAAACTATTTTGCCCTGTAAAAAATGGTTTGCTTGTAAGTAAATAAAAA
AAAAAACACTAAACATTGGAAAGAAAAAAGATGTTAATGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FO30TF U 1
AF RR3FO30JQ C 265
BS 1 671 RR3FO30TF
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BS 673 707 RR3FO30TF
BS 708 941 RR3FO30JQ

RD RR3FO30TF 707 0 0
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AGAACGGTGGAGGAGATCAGATCGAGGATATAGCACTCTTTGCTGTTCAAGAACACAATA
AGCGAGAGAATGGTGTACTTGAGCTTGGTAGAGTATTGAAGGCAACAGAGCAGGTGGTTG
CTGGCAAACTATACAGTCTAACTCTTGAAGTGTTAGAAGCTGGTGAGAAGAAGATTTATG
AAGCTCAAGTTTGGGTGAAGCCGTGGATGAGGAACTTCAAGCAGCTTCAGGAGTTCAAGA
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AGTCGATTCAACAGAGATCAAACTCGCTGTTTCCTTATAAACTCATAGACATAATCCTAG
CTAGAGCAAAG*TGGTTGAAGACCGTGTGAAATTCGAGCTCCTTTTG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3FO30JQ 677 0 0
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TTGGTAGAGTATTGAAGGCAACAGAGCAGGTGGTTGCTGGCAAACTATACAGTCTAACTC
TTGAAGTGTTAGAAGCTGGTGAGAAGAAGATTTATGAAGCTCAAGTTTGGGTGAAGCCGT
GGATGAGGAACTTCAAGCAGCTTCAGGAGTTCAAGAGTGTTGTCCCTTCCTTCACTGTTT
CCGACCTTGGCTTGAAATCAGATGGGAATGGGTTTGAGTGGAGATCAGTATCAACAAATG
ACCCTGAGGTCAAAGAGGCAGCAAAACACGCCGTTAAGTCGATTCAACAGAGATCAAACT
CGCTGTTTCCTTATAAACTCATAGACATAATCCTAGCTAGAGCAAAGGTGGTTGAAGACC
GTGTGAAATTCGAGCTCCTTTTGAAGCTAGAGAAGGGGGAAACAAAGCAGAGAAGCTCAT
GGTTGAAGTTATGAAGTACCAAAACGGCAAGTTTCACTAGAGTTGTTGTTTGGACAGGTT
GTGTCTCAGTCTGACTGAATAAAAAGACTGAATGTTGTGATAAAAAAAAAACTATTTTGC
CCTGTAAAAAATGGTTTGCTTGTAAGTAAATAAAAAAAAAAACACTAAACATTGGAAAGA
AAAAAGATGTTAATGTC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL4491Contig1 907 2 8 U
GGAGAAGAAGGAAAGATGGCCTCTTCTCTTTTCTCCCCAGTGAGCACCGGCTCATTTCTC
AAATGCCGTTTCTCCCCTCCTACACAGCTTTCATCATCCCAGAAAAACAACAGCATGAGA
TGCAGCTTTTCTCCCGACGACTACTACATTCCTGCTGTTGATTTTGTTGGCCACTCTCTC
TCTGCATTGAATGATACACAGAAGTGGGCATCCTTTGCATCCGCCGGACTCGTGTGGTTT
TACCTGACGGCGAGGCCTGGTGTTCTAGTCGGCGCCATTGACGCATATCCCCTGGCTCCA
CTCCAGCTTGGCATTGACACTCTGATTGGGACGAGGAGGTTTAAGAGGTCTGATTTCTTG
GTGGCAGAGAAGCTTGGAGAAGGCTCATTCGGAGTGGTGTATTCAGGGGTCCTTCTCCCC
GAGGAGACTCCAACTCCTCCTCCCGAGCCTATTGCCGCTTTGCTTTCCCCCATTCTCTGG
CAGTTGAACAGTCCGGATCTGTTTGATATGTATTCTGCTGGGATAGTGCTTCTGCAAATG
GCGGTTCCTACCATAAGATCTTCTGCGGGTCTGAAGAATTTCAATCTTGAGATCAAGTCT
GTTCAATATGACCTTAATAGATGGCGTGACAGGACTCGGACTAGGCCTGACTTGAGCATC
CTTGATCTGGACTCTGGCAGAGGCTGGGACCTCGTCACTAAACTTATATCCGAGCGAGGT
TCTCTGAGACGCGGACGCCTTTCTGCCGCTGCTGCTCTCAGACACCCTTATTTTTTATTG
GGTGGTGATCAAGCTGCCGCTGTTCTTTCTAAGCTTAGTTTCACCAAGTAATTTCTTCTT
TTCATGTAAATATTATTATGTACACAACTCTCTTCCTTGAATATAAATACTACTCCCTTT
TTTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT92TF U 1
AF RR3GT92JQ C 272
BS 1 632 RR3GT92TF
BS 633 633 RR3GT92JQ
BS 634 644 RR3GT92TF
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BS 742 907 RR3GT92JQ

RD RR3GT92TF 741 0 0
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AAATGCCGTTTCTCCCCTCCTACACAGCTTTCATCATCCCAGAAAAACAACAGCATGAGA
TGCAGCTTTTCTCCCGACGACTACTACATTCCTGCTGTTGATTTTGTTGGCCACTCTCTC
TCTGCATTGAATGATACACAGAAGTGGGCATCCTTTGCATCCGCCGGACTCGTGTGGTTT
TACCTGACGGCGAGGCCTGGTGTTCTAGTCGGCGCCATTGACGCATATCCCCTGGCTCCA
CTCCAGCTTGGCATTGACACTCTGATTGGGACGAGGAGGTTTAAGAGGTCTGATTTCTTG
GTGGCAGAGAAGCTTGGAGAAGGCTCATTCGGAGTGGTGTATTCAGGGGTCCTTCTCCCC
GAGGAGACTCCAACTCCTCCTCCCGAGCCTATTGCCGCTTTGCTTTCCCCCATTCTCTGG
CAGTTGAACAGTCCGGATCTGTTTGATATGTATTCTGCTGGGATAGTGCTTCTGCAAATG
GCGGTTCCTACCATAAGATCTTCTGCGGGTCTGAAGAATTTCAATCTTGAGATCAAGTCT
GTTCAATATGACCTTAATAGATGGCGTGACAG*ACTCGGACTAG*CCTGACTTGAGCATC
CTTGATCTGGACTCTGGCAGAG*CTGGGACCTCGTCACTAAACTTATATCCGAGCGAGGT
TCTCTGAGACGCGGACGCCTT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3GT92JQ 636 0 0
GCGCCATTGACGCATATCCCCTGGCTCCACTCCAGCTTGGCATTGACACTCTGATTGGGA
CGAGGAGGTTTAAGAGGTCTGATTTCTTGGTGGCAGAGAAGCTTGGAGAAGGCTCATTCG
GAGTGGTGTATTCAGGGGTCCTTCTCCCCGAGGAGACTCCAACTCCTCCTCCCGAGCCTA
TTGCCGCTTTGCTTTCCCCCATTCTCTGGCAGTTGAACAGTCCGGATCTGTTTGATATGT
ATTCTGCTGGGATAGTGCTTCTGCAAATGGCGGTTCCTACCATAAGATCTTCTGCGGGTC
TGAAGAATTTCAATCTTGAGATCAAGTCTGTTCAATATGACCTTAATAGATGGCGTGACA
GGACTCGGACTAGGCCTGACTTGAGCATCCTTGATCTGGACTCTGGCAGAGGCTGGGACC
TCGTCACTAAACTTATATCCGAGCGAGGTTCTCTGAGACGCGGACGCCTTTCTGCCGCTG
CTGCTCTCAGACACCCTTATTTTTTATTGGGTGGTGATCAAGCTGCCGCTGTTCTTTCTA
AGCTTAGTTTCACCAAGTAATTTCTTCTTTTCATGTAAATATTATTATGTACACAACTCT
CTTCCTTGAATATAAATACTACTCCCTTTTTTCTTT

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

CO CL4492Contig1 580 2 3 U
GGAAAAATTCCACATTCGCATTCTTTAATTAGTTCCCCAAACATAATAAGCCAAGCCCTT
GAGACTAGAGAGCTAACATGAACCAAATATTAGTGAATGTGGCTTCCACTTTAATATGCC
ACCGGCAAAAAAAAAAAACATGTGTATTACAGCTACTTGGAGCTATACATCAATCTTGAA
CGGTTAAAACAATAACCAAATACGTATATATTTCTATTCACAAGGCGTGTGCTAAACGTC
CTGTATCTTATTTCTCTTGCTCATATCAAACACCCATTATGGGAGACAATAGGCTTACTC
AATCATCCTTAAGAGTTTGTGATACTTCGGAAGAAGGTTTTGATGCAGTAGGAATGTAAG
ACCATGCCAACGCCGCGCTTCCAAGAATAATGGTTGCTGCGATTGATCCCCATATCCATC
TCTGCCTCTTCTTTCTCTTCTGCCTCTTACGTTGTGCCACCTCTATGGCCTCTTGGTTTC
GTTGGGACATTTCTCGGTTCACGGCTTCCTAGTAGTGTACACGGTCAGACAATCTTGTAA
TCTCAAAGTTCTTAGTTTCGAGCCTAGATTCCATCACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP15JQ U 41
AF RR3AP15TF C 1
BS 1 40 RR3AP15TF
BS 41 513 RR3AP15JQ
BS 514 580 RR3AP15TF

RD RR3AP15JQ 473 0 0
ACATAATAAGCCAAGCCCTTGAGACTAGAGAGCTAACATGAACCAAATATTAGTGAATGT
GGCTTCCACTTTAATATGCCACCGGCAAAAAAAAAAAACATGTGTATTACAGCTACTTGG
AGCTATACATCAATCTTGAACGGTTAAAACAATAACCAAATACGTATATATTTCTATTCA
CAAGGCGTGTGCTAAACGTCCTGTATCTTATTTCTCTTGCTCATATCAAACACCCATTAT
GGGAGACAATAGGCTTACTCAATCATCCTTAAGAGTTTGTGATACTTCGGAAGAAGGTTT
TGATGCAGTAGGAATGTAAGACCATGCCAACGCCGCGCTTCCAAGAATAATGGTTGCTGC
GATTGATCCCCATATCCATCTCTGCCTCTTCTTTCTCTTCTGCCTCTTACGTTGTGCCAC
CTCTATGGCCTCTTGGTTTCGTTGGGACATTTCTCGGTTCACGGCTTCCTAGT

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR3AP15TF 580 0 0
GGAAAAATTCCACATTCGCATTCTTTAATTAGTTCCCCAAACATAATAAGCCAAGCCCTT
GAGACTAGAGAGCTAACATGAACCAAATATTAGTGAATGTGGCTTCCACTTTAGTATGCC
ACCGGCAAAAAAAAGAAACATGTGTATTACAGCTACTTGGAGCTATACATCAATCTTGAA
CGGTTAAAACAATAACCAAATACGTATATATTTCTATTCACAAGGCGTGTGCTAAACGTC
CTGTATCTTATTTCTCTTGCTCATATCAAACACCCATTATGGGAGACAATAGGCTTACTC
AATCATCCTTAAGAGTTTGTGATACTTCGGAAGAAGGTTTTGATGCAGTAGGAATGTAAG
ACCATGCCAACGCCGCGCTTCCAAGAGTAATGGTTGCTGCGATTGATCCCCATATCCATC
TCTGCCTCTTCTTTCTCTTCTGCCTCTTACGTTGTGCCACCTCTATGGCCTCTTGGTTTC
GTTGGGACATTTCTCGGTTCACGGCTTCGTAGTAGTGTACACGGTCAGACAATCTTGTAA
TCTCAAAGTTCTTAGTTTCGAGCCTAGATTCCATCACCCC

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 2

CO CL4493Contig1 1335 2 2 U
GATTGTCCCAACAGCAGATGACTATTCGATGAGCCTCGGTGCAGCAGCTACGGTCTGTGG
TGTTGTGATTGGTGCTATGGCTGTTGCTCAGCTCTTCTCTTCTGTTTACTTCAGCGCTTG
GTCTAATAGATCTTACTTCAAACCGCTTATATTCAGTAGCATTGTCCTCTTCATCGGTAA
CTTGTTGTATGCGTTAGCTTTTGACTTCAACTCAATAGCTGTTCTCTTGATTGGCCGGCT
TTTCTGTGGGTTGGGATCGGCGAGAGCAGTGAACAGGAGGTATATTAGTGACTGTGTACC
GTTAAAGATAAGGATGCAGGCTTCAGCTGGTTTTGTAAGTGCAAGTGCACTAGGAATGGC
GTGTGGTCCTGCTCTTGCTGGTCTATTGCAGATCATATTCAAGATCTATAAGCTTACGTT
TAACCAAAATACATTGCCTGGTTGGGTTATGGCCATTGCTTGGCTTATGTACTTAGTCTG
GTTAGCTATTTCGTTCCGAGAGCCTGTGCTTGAGCCTGAGGAGAGTCATAGTACTTCAAA
GGATTCTAATAGCTCTGAAGCTGTTCAAGATGGGAATCTGGAGGCAGGCATTAAACAGCC
ATTGCTGATTACATCAGAAGAAATAGAAGAACAGGTTGAAGATGAAGATGACAGTGAAGA
AGCTTCTGAGGAATCTCGTGCACCTGTTAACTCCATTGGAGCTGCTTATAGGTTACTTAC
ACCTTCAGTAAAGGTTCAACTGTTGATATACTTCATGCTCAAGTATGCAATGGAGATTCT
TCTCTCTGAATCTAGTGTCATCACCACTTACTACTTCGGTTGGTCCACTAGCTCGGTTGC
TATCTTCTTGGCTTGTCTCGGTTTCACGGTTCTTCCTGTAAACATCATTATTGGAAGCTA
TATCAGCAACATGTTTGAAGACCAGCAAATTCTGTTGATGTCGGAGATTATGGTTTGTGT
CGGAATACTATTCAGCTTCAATGTCATTGTTCCATACACTGTGCCACAGTACGTTTGCTC
CGGACTAATCATGTTTGTCTCTGCAGAAGTTCTTGAAGGTGTTAACTTGTCGTTGCTCTC
GAGGGTTATGTCGTCGAGGCTATCGAGAGGGACTTACAACGGAGGTTTGCTTTCGACGGA
GGCAGGCACGATCGCACGTGTGATTGCTGACGTGACCATTACCGTGGCCGGTTACTTTGG
ACGGGATATGCTTTTGAATGTCACTTTGCTTCCGTCTCTGGTCACTTGTGTTGTGTCCAT
CGTCGCTACTTGTTTTACTTACAATTCCTTGTACTAGTACTCTCTTTTTTTACAAATTTA
CCTATCTTTTTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GS18TF U 1
AF RR3GS18JQ C 564
BS 1 627 RR3GS18TF
BS 628 1335 RR3GS18JQ

RD RR3GS18TF 627 0 0
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TGTTGTGATTGGTGCTATGGCTGTTGCTCAGCTCTTCTCTTCTGTTTACTTCAGCGCTTG
GTCTAATAGATCTTACTTCAAACCGCTTATATTCAGTAGCATTGTCCTCTTCATCGGTAA
CTTGTTGTATGCGTTAGCTTTTGACTTCAACTCAATAGCTGTTCTCTTGATTGGCCGGCT
TTTCTGTGGGTTGGGATCGGCGAGAGCAGTGAACAGGAGGTATATTAGTGACTGTGTACC
GTTAAAGATAAGGATGCAGGCTTCAGCTGGTTTTGTAAGTGCAAGTGCACTAGGAATGGC
GTGTGGTCCTGCTCTTGCTGGTCTATTGCAGATCATATTCAAGATCTATAAGCTTACGTT
TAACCAAAATACATTGCCTGGTTGGGTTATGGCCATTGCTTGGCTTATGTACTTAGTCTG
GTTAGCTATTTCGTTCCGAGAGCCTGTGCTTGAGCCTGAGGAGAGTCATAGTACTTCAAA
GGATTCTAATAGCTCTGAAGCTGTTCAAGATGGGAATCTGGAGGCAGGCATTAAACAGCC
ATTGCTGATTACATCAGAAGAAATAGA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3GS18JQ 772 0 0
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TAGAAGAACAGGTTGAAGATGAAGATGACAGTGAAGAAGCTTCTGAGGAATCTCGTGCAC
CTGTTAACTCCATTGGAGCTGCTTATAGGTTACTTACACCTTCAGTAAAGGTTCAACTGT
TGATATACTTCATGCTCAAGTATGCAATGGAGATTCTTCTCTCTGAATCTAGTGTCATCA
CCACTTACTACTTCGGTTGGTCCACTAGCTCGGTTGCTATCTTCTTGGCTTGTCTCGGTT
TCACGGTTCTTCCTGTAAACATCATTATTGGAAGCTATATCAGCAACATGTTTGAAGACC
AGCAAATTCTGTTGATGTCGGAGATTATGGTTTGTGTCGGAATACTATTCAGCTTCAATG
TCATTGTTCCATACACTGTGCCACAGTACGTTTGCTCCGGACTAATCATGTTTGTCTCTG
CAGAAGTTCTTGAAGGTGTTAACTTGTCGTTGCTCTCGAGGGTTATGTCGTCGAGGCTAT
CGAGAGGGACTTACAACGGAGGTTTGCTTTCGACGGAGGCAGGCACGATCGCACGTGTGA
TTGCTGACGTGACCATTACCGTGGCCGGTTACTTTGGACGGGATATGCTTTTGAATGTCA
CTTTGCTTCCGTCTCTGGTCACTTGTGTTGTGTCCATCGTCGCTACTTGTTTTACTTACA
ATTCCTTGTACTAGTACTCTCTTTTTTTACAAATTTACCTATCTTTTTTTTG

QA 1 772 1 772
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGAGGAGAAGTCTATCTTCTCTCCGTCGTTCCCAACACCAATCGCATAATCAATCAATTG
AACTTCAACAAAGAGAGAGAGAGAGCGAAACCCTAATTTCTCTGATCGTAAAAAAAAAGA
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TCGGTGGGAGCTCCTCGCGGCTTCTCTAGCCCTAACTTTAGCTCTGATTCACCACCTGGT
GGATGCGAACTCGGAAGGAGATGCTCTTTACGCGCTTCGCCGTAGCTTATCGGATCCAGA
CCACGTGCTCCAGAGCTGGGATCCAACTCTTGTTAACCCTTGTACCTGGTTCCATGTCAC
CTGTAACCAAGACAGCCGCGTCACCCGTGTGGATTTGGGTAATTCAAACCTTTCAGGACA
TCTTGCAAGCTACGACACCAACTGCAACTGAAACAACTGGCAAAAGACCTGAAAAAAAAA
CAAGAAATGAGGGGGGTGACCTTAGAAGAACACTTCACCACTTTATCAAAATATCACATC
TATTATGTAACAAGTATATATATGTATGTTCGTTGTGTGACACACTGAGATGTAACATTT
GTTGTATTGGTAGCAAGTTCTTTACCTTTGTCTGCATTAACATTTGTGTGTATGATCTGT
CATATTAATACGAAAACTATGGATTTGTGTGCTT


BQ
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AF RR3FZ79TF U 1
AF RR3FZ79JQ C 228
BS 1 665 RR3FZ79TF
BS 666 694 RR3FZ79JQ

RD RR3FZ79TF 665 0 0
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AACTTCAACAAAGAGAGAGAGAGAGCGAAACCCTAATTTCTCTGATCGTAAAAAAAAAGA
GAGAAACTAACTTTACTCAATTCCCTTTTTTCGATTAGCTCACATGGCGTCCGGAAACTG
TCGGTGGGAGCTCCTCGCGGCTTCTCTAGCCCTAACTTTAGCTCTGATTCACCACCTGGT
GGATGCGAACTCGGAAGGAGATGCTCTTTACGCGCTTCGCCGTAGCTTATCGGATCCAGA
CCACGTGCTCCAGAGCTGGGATCCAACTCTTGTTAACCCTTGTACCTGGTTCCATGTCAC
CTGTAACCAAGACAGCCGCGTCACCCGTGTGGATTTGGGTAATTCAAACCTTTCAGGACA
TCTTGCAAGCTACGACACCAACTGCAACTGAAACAACTGGCAAAAGACCTGAAAAAAAAA
CAAGAAATGAGGGGGGTGACCTTAGAAGAACACTTCACCACTTTATCAAAATATCACATC
TATTATGTAACAAGTATATATATGTATGTTCGTTGTGTGACACACTGAGATGTAACATTT
GTTGTATTGGTAGCAAGTTCTTTACCTTTGTCTGCATTAACATTTGTGTGTATGATCTGT
CATAT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3FZ79JQ 467 0 0
TTCACCACCTGGTGGATGCGAACTCGGAAGGAGATGCTCTTTACGCGCTTCGCCGTAGCT
TATCGGATCCAGACCACGTGCTCCAGAGCTGGGATCCAACTCTTGTTAACCCTTGTACCT
GGTTCCATGTCACCTGTAACCAAGACAGCCGCGTCACCCGTGTGGATTTGGGTAATTCAA
ACCTTTCAGGACATCTTGCAAGCTACGACACCAACTGCAACTGAAACAACTGGCAAAAGA
CCTGAAAAAAAAACAAGAAATGAGGGGGGTGACCTTAGAAGAACACTTCACCACTTTATC
AAAATATCACATCTATTATGTAACAAGTATATATATGTATGTTCGTTGTGTGACACACTG
AGATGTAACATTTGTTGTATTGGTAGCAAGTTCTTTACCTTTGTCTGCATTAACATTTGT
GTGTATGATCTGTCATATTAATACGAAAACTATGGATTTGTGTGCTT

QA 1 467 1 467
DS 



AS 1 2

CO CL4496Contig1 791 2 2 U
GATTAGTACATAATTCATAATCAAGAAGTTGTTCATCGCCGGAATCTCATGAACAATTCT
GGATGGAGAGATTGTGTAAAAAGGCTCTGATGTTTTTTTTCTTCATTGATATGTTCATTT
TATTATGTTTATGTTTTATTGTTACGTAAATTATGTATATGTTACACCCAAAAAAATGAT
GTGCATGTGTGCCGTTTGTGGGTTATAAGAGTGAACGGGGTGATACTTTTTCCTTTTGTA
ATTCTCACGAGCCACCAACCTCTTCCATTTTGATTTTGGTGATAATTACTTTCACATTAT
TTTGAAGGATATTTATGGTTTTATTGATAAATCGGACAATAAAATGTTGAAGACGGACTC
AATGAATCGAAGTGGACAATTTATCAAAAAGTGGAAAAGAAGAAGAGATAGAGATAGGGA
ATCCAACTGACGTAAAGCATGTTGCCCATATTGGTTGGGATGGACCATCCGCTACTCCTG
CCTCCGCACCAAGCTGGATGAACGAGTTCAAAACTGGAGGCGGGTTTGAATCTGGACAAG
GAGGCGGAGAAGATGATTCCTCCGTGAAATGTATGTCGGAATGTGGCAGTCGGACCAGAG
ATTTACCAAAACTACCAAAATCTACGAAAGCGGCATCTGAGAAAGGTTCCCCGACAAAGG
AAATATCATCGGATAAAACTAAACGGCGTTCTTCGAAAAAAGGAAAAACATCATCGTCAA
GAAGACCGAAGGAAGTGCCCGAACTAAACGATCTTTCTTCGTTACAGGAAGTTTCGAAGA
AGTCGAGGAGG


BQ
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AF RR3F476TF U 1
AF RR3F476JQ C 101
BS 1 537 RR3F476TF
BS 538 791 RR3F476JQ

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TATTATGTTTATGTTTTATTGTTACGTAAATTATGTATATGTTACACCCAAAAAAATGAT
GTGCATGTGTGCCGTTTGTGGGTTATAAGAGTGAACGGGGTGATACTTTTTCCTTTTGTA
ATTCTCACGAGCCACCAACCTCTTCCATTTTGATTTTGGTGATAATTACTTTCACATTAT
TTTGAAGGATATTTATGGTTTTATTGATAAATCGGACAATAAAATGTTGAAGACGGACTC
AATGAATCGAAGTGGACAATTTATCAAAAAGTGGAAAAGAAGAAGAGATAGAGATAGGGA
ATCCAACTGACGTAAAGCATGTTGCCCATATTGGTTGGGATGGACCATCCGCTACTCCTG
CCTCCGCACCAAGCTGGATGAACGAGTTCAAAACTGGAGGCGGGTTTGAATCTGGAC

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR3F476JQ 691 0 0
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GTTACACCCAAAAAAATGATGTGCATGTGTGCCGTTTGTGGGTTATAAGAGTGAACGGGG
TGATACTTTTTCCTTTTGTAATTCTCACGAGCCACCAACCTCTTCCATTTTGATTTTGGT
GATAATTACTTTCACATTATTTTGAAGGATATTTATGGTTTTATTGATAAATCGGACAAT
AAAATGTTGAAGACGGACTCAATGAATCGAAGTGGACAATTTATCAAAAAGTGGAAAAGA
AGAAGAGATAGAGATAGGGAATCCAACTGACGTAAAGCATGTTGCCCATATTGGTTGGGA
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CGGGTTTGAATCTGGACAAGGAGGCGGAGAAGATGATTCCTCCGTGAAATGTATGTCGGA
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GAAAGGTTCCCCGACAAAGGAAATATCATCGGATAAAACTAAACGGCGTTCTTCGAAAAA
AGGAAAAACATCATCGTCAAGAAGACCGAAGGAAGTGCCCGAACTAAACGATCTTTCTTC
GTTACAGGAAGTTTCGAAGAAGTCGAGGAGG

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

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GCTTAGTTTCCAGAAGCACTTGTTGCTTGCTGGCCTAGTTTCCAGAAGTACTCGTTACTT
GCTGGCTTTGTATCTTACAACCGCATTCCACCTTGTATCTCGTCTTGTTAAATATAATTT
CAGTGTTT


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AF RR3DV85JQ C 1
AF RR3DV85TF U 1
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GCTGGCTTTGTATCTTACAACCGCATTCCACCTTGTATCTCGTCTTGTTAAATATAATTT
CAGTGTTT

QA 1 428 1 428
DS 

RD RR3DV85TF 428 0 0
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TTCCGGTTTGGAAGCCATGCTTGATTATTCTACGCTTATTCACTATAGGTGGGTTACGTT
ATCAACACAGTTTTGGTAACTCTTGTCAAAGGCCGGGAGGATTAAGGTTGATTTCTGCGA
TTGGGTTTGAACTTCATCATTTGGACTGCAGCTGCTCGTTTATCTTTGTTATGTCGTTTC
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GCTGGCTTTGTATCTTACAACCGCATTCCACCTTGTATCTCGTCTTGTTAAATATAATTT
CAGTGTTT

QA 1 428 1 428
DS 



AS 1 2

CO CL4498Contig1 1114 2 8 U
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CTGCTGGTTCCTTGTCCCTTTGCGCATTGCTCCTTCCTCCGCCTCCCGAACCGCCGCCGC
TCGTGTTTCTCATAGAGCTCCCAGTTGAGTGCTCTCCTCACGTCCTTTCCGTTCCTCCCC
ACCCACCGGATCTGTCTCTGTTCCTGTGCGGCTTCTTTGACTCTGCAGTGACTATACTGT
CTGTCCGTTTAGTAACTCTATCAGTTTCGGTGATGTTCGTTCTTGTGGTTTTCTGTGATT
CCTCTACTGCAGTATGCGGTCTCAATTCCGGGTTCTATCCGGCTTGTTATAACTTTGTCA
GGTTCGATTTTGGTTTCTTAATCTACTGGCCTCAGGTTACTCAGATCTGTGTTTATACAG
TGGTTTTTGATATAAAAAGTGATATGGTTTCTGGTTGGAATTGTGAATCTGTGTCTTGTG
CTTTTTGCTTCCGTCTCTTGGTTGCTCATTGTCCTAGATTTCATAGTTCACTTGTCAAGA
TGTTTGGAGAGTTGGCAAAGTCTCATTGAGAATGAAGTCATAGCCTTGTTTGGTTTGGGA
TTTCTTTTCTCTGTTCTCAGGTTCTTCAGTAGCAATTATTTTGCCTTGGCTCATTCCTAT
TCTGCAGTATGCAGGGTTTTATATGACTGTGTTTTAACTGTGGAGGTGTATGTTTTGCTT
TCTAACCATTGGTGGCAATTTGGAAAGAAAAGCAACAGTATTTGCTTCCTTACAGTGCAT
CACATTTGTTCGGTCTCACGAAGACTTGGTTGCTCATTGTCCTGGTATCATGACCTCGCT
ACCTTAGTTGCAGAGTGTCTAGCCCTTTTGGGCGTTTTTAAGCTGGTTTGCAAGTCAGAC
TGCCATGAACTCAGTTGCCTCCTTTCAGAGAGTTGGTCTTTTGATGCTCATTGGATCTTA
TTGGCTATTCGATCCCTTATCTTATCTTTTGAGGATTCACATGTATCTTTTGTGTTTTCT
GATGGTTGTAATATGGCAAGTTATGCCTTTCTACTTTGTATTTCCTCCTCTAATGGAGGT
TGAAACTTTAAGTTAATGGAATTGTTGTTTGACC


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BA81TF U 1
AF RR3BA81JQ C 236
BS 1 620 RR3BA81TF
BS 621 621 RR3BA81JQ
BS 622 675 RR3BA81TF
BS 676 677 RR3BA81JQ
BS 678 696 RR3BA81TF
BS 697 697 RR3BA81JQ
BS 698 715 RR3BA81TF
BS 716 1114 RR3BA81JQ

RD RR3BA81TF 715 0 0
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CTGCTGGTTCCTTGTCCCTTTGCGCATTGCTCCTTCCTCCGCCTCCCGAACCGCCGCCGC
TCGTGTTTCTCATAGAGCTCCCAGTTGAGTGCTCTCCTCACGTCCTTTCCGTTCCTCCCC
ACCCACCGGATCTGTCTCTGTTCCTGTGCGGCTTCTTTGACTCTGCAGTGACTATACTGT
CTGTCCGTTTAGTAACTCTATCAGTTTCGGTGATGTTCGTTCTTGTGGTTTTCTGTGATT
CCTCTACTGCAGTATGCGGTCTCAATTCCGGGTTCTATCCGGCTTGTTATAACTTTGTCA
GGTTCGATTTTGGTTTCTTAATCTACTGGCCTCAGGTTACTCAGATCTGTGTTTATACAG
TGGTTTTTGATATAAAAAGTGATATGGTTTCTGGTTGGAATTGTGAATCTGTGTCTTGTG
CTTTTTGCTTCCGTCTCTTGGTTGCTCATTGTCCTAGATTTCATAGTTCACTTGTCAAGA
TGTTTGGAGAGTTGGCAAAGTCTCATTGAGAATGAAGTCATAGCCTTGTTTGGTTTGGGA
TTTCTTTTCTCTGTTCTCAG*TTCTTCAGTAGCAATTATTTTGCCTTGGCTCATTCCTAT
TCTGCAGTATGCAGG**TTTATATGACTGTGTTTTA*CTGTGGAGGTGTATGTTT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3BA81JQ 879 0 0
ACTGTCTGTCCGTTTAGTAACTCTATCAGTTTCGGTGATGTTCGTTCTTGTGGTTTTCTG
TGATTCCTCTACTGCAGTATGCGGTCTCAATTCCGGGTTCTATCCGGCTTGTTATAACTT
TGTCAGGTTCGATTTTGGTTTCTTAATCTACTGGCCTCAGGTTACTCAGATCTGTGTTTA
TACAGTGGTTTTTGATATAAAAAGTGATATGGTTTCTGGTTGGAATTGTGAATCTGTGTC
TTGTGCTTTT*GCTTCCGTCTCTTGGTTGCTCATTGTCCTAGATTTCATAGTTCACTTGT
CAAGATGTTTGGAGAGTTGGCAAAGTCTCATTGAGAATGAAGTCATAGCCTTGTTTGGTT
TGGGATTTCTTTTCTCTGTTCTCAGGTTCTTCAGTAGCAATTATTTTGCCTTGGCTCATT
CCTATTCTGCAGTATGCAGGGTTTTATATGACTGTGTTTTAACTGTGGAGGTGTATGTTT
TGCTTTCTAACCATTGGTGGCAATTTGGAAAGAAAAGCAACAGTATTTGCTTCCTTACAG
TGCATCACATTTGTTCGGTCTCACGAAGACTTGGTTGCTCATTGTCCTGGTATCATGACC
TCGCTACCTTAGTTGCAGAGTGTCTAGCCCTTTTGGGCGTTTTTAAGCTGGTTTGCAAGT
CAGACTGCCATGAACTCAGTTGCCTCCTTTCAGAGAGTTGGTCTTTTGATGCTCATTGGA
TCTTATTGGCTATTCGATCCCTTATCTTATCTTTTGAGGATTCACATGTATCTTTTGTGT
TTTCTGATGGTTGTAATATGGCAAGTTATGCCTTTCTACTTTGTATTTCCTCCTCTAATG
GAGGTTGAAACTTTAAGTTAATGGAATTGTTGTTTGACC

QA 1 879 1 879
DS 



AS 1 2

CO CL4499Contig1 860 2 2 U
GCGATTTTCGTTAAGGACAGAGTTGTGGAGATGCTGTCTGAAGACCCCGCTCTGCTTCAA
GATCCAGAGAAGGCTTACAAGTCTGCTTTCTTGAGGGTTAACGAGGAGTTGCACGAGAGC
GAGATCGATGATTCGATGAGTGGGACCACTGCCATTACGGTTCTTGTCGTTGGGGACAAG
ATCTATGTCGCTAATGTAGGTGACTCGAGAGCTGTGTTGGCTGTTAAAGACAGGAACAGA
GTTCTAGCAGAGGATTTGTCTTATGATCAAACGCCTTTCAGGGAAGATGAATGCGAGAGG
GTGAAAGCTTGTGGAGCAAGAGTGTTGACTGTTGATCAAGTTGAAGGGTTAAAGATCCGA
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AGAACGGGATGTATCCAGGAACAGCGTTCACGAGAAGCGTTGGTGACTGTACATCTGAGG
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TCTTTGTTGTTGCAAGTGATGGGATCTTTGAGTTTCTTCCAAGCCAAGCTGTCGTTGATA
TGGTGGGGAGATACGCTGATCCGAGAGATGGATGTGCAGCAGCTGCGGCGGAATCATACA
AACTGTGGTTGGAGCATGAGAATAGGACTGATGATATCACGATTATCATTGTACAGATCA
AAAACCTGTCTAGTGAATGATAATGATCATAATGATGGCATGGTTCAAAGTTCCTATTTG
CCCCCTTTGTTTGTTGTGTACTCTTTACTATATGTCACATATTCATCATATATAGCAAGT
AAAAAGTAATGCTCTCCTTT


BQ
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AF RR3B512TF U 1
AF RR3B512JQ C 93
BS 1 844 RR3B512TF
BS 845 860 RR3B512JQ

RD RR3B512TF 844 0 0
GCGATTTTCGTTAAGGACAGAGTTGTGGAGATGCTGTCTGAAGACCCCGCTCTGCTTCAA
GATCCAGAGAAGGCTTACAAGTCTGCTTTCTTGAGGGTTAACGAGGAGTTGCACGAGAGC
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ATCTATGTCGCTAATGTAGGTGACTCGAGAGCTGTGTTGGCTGTTAAAGACAGGAACAGA
GTTCTAGCAGAGGATTTGTCTTATGATCAAACGCCTTTCAGGGAAGATGAATGCGAGAGG
GTGAAAGCTTGTGGAGCAAGAGTGTTGACTGTTGATCAAGTTGAAGGGTTAAAGATCCGA
ATATACAAACATGGGCTAGCGAAGAGAACGAAGGAGGTGACCCGCCTAGGCTTTGGGTAC
AGAACGGGATGTATCCAGGAACAGCGTTCACGAGAAGCGTTGGTGACTGTACATCTGAGG
GGATTGGTGTTACCGCAGAGCCTGAAGTGTCTATGGTTCATCTCTCGCCGAATCATTTGT
TCTTTGTTGTTGCAAGTGATGGGATCTTTGAGTTTCTTCCAAGCCAAGCTGTCGTTGATA
TGGTGGGGAGATACGCTGATCCGAGAGATGGATGTGCAGCAGCTGCGGCGGAATCATACA
AACTGTGGTTGGAGCATGAGAATAGGACTGATGATATCACGATTATCATTGTACAGATCA
AAAACCTGTCTAGTGAATGATAATGATCATAATGATGGCATGGTTCAAAGTTCCTATTTG
CCCCCTTTGTTTGTTGTGTACTCTTTACTATATGTCACATATTCATCATATATAGCAAGT
AAAA

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR3B512JQ 768 0 0
GAGGGTTAACGAGGAGTTGCACGAGAGCGAGATCGATGATTCGATGAGTGGGACCACTGC
CATTACGGTTCTTGTCGTTGGGGACAAGATCTATGTCGCTAATGTAGGTGACTCGAGAGC
TGTGTTGGCTGTTAAAGACAGGAACAGAGTTCTAGCAGAGGATTTGTCTTATGATCAAAC
GCCTTTCAGGGAAGATGAATGCGAGAGGGTGAAAGCTTGTGGAGCAAGAGTGTTGACTGT
TGATCAAGTTGAAGGGTTAAAGATCCGAATATACAAACATGGGCTAGCGAAGAGAACGAA
GGAGGTGACCCGCCTAGGCTTTGGGTACAGAACGGGATGTATCCAGGAACAGCGTTCACG
AGAAGCGTTGGTGACTGTACATCTGAGGGGATTGGTGTTACCGCAGAGCCTGAAGTGTCT
ATGGTTCATCTCTCGCCGAATCATTTGTTCTTTGTTGTTGCAAGTGATGGGATCTTTGAG
TTTCTTCCAAGCCAAGCTGTCGTTGATATGGTGGGGAGATACGCTGATCCGAGAGATGGA
TGTGCAGCAGCTGCGGCGGAATCATACAAACTGTGGTTGGAGCATGAGAATAGGACTGAT
GATATCACGATTATCATTGTACAGATCAAAAACCTGTCTAGTGAATGATAATGATCATAA
TGATGGCATGGTTCAAAGTTCCTATTTGCCCCCTTTGTTTGTTGTGTACTCTTTACTATA
TGTCACATATTCATCATATATAGCAAGTAAAAAGTAATGCTCTCCTTT

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL4500Contig1 1143 2 2 U
GGGATACACTGTCATCGTTGGCTTATTTCCACTCTTCTGCGAATTGCAACTTGTGGTAAA
AAATACTTGCGTAGCTCGAAGGTCCTCCTGAATGGGTTCTCTCAACTTGCCTCACGCTTC
ATCGTTCAAGGGAGGAAGTGAAACGTTTCTCCGGAATGTTCTTGAAAGTATACTGAAAAC
GTATTTGATGAAGAATCCGACAGTGAAGACGATATGGGAACTAGTTCAGTCGATGGACAA
CGAAAAGATATGCTACGATCACTTCACTTTCAGGACATTTAAGGTAGATGGTTATGGAAT
AGATTCCTTGTCGAGTTTTTTCATGGATTATGGATACAAAATTGGAGGCGAGCTTGAATT
TTCAAAGAACAAATCAAAAGTTAAATGGTTTTCTCCTCCGGATGTTCACGTCCCTCATGA
CGGTCACGGTCTAACCAACGGCCCCTTGCCACGAATCGTTATAGCTGAGGTTCTTCTGGA
CCAACTAAGCCCTGAATCACAGGGGATAATAAGAAAGTACTTGAAACCAGAAGGTGGTAA
GCAAGCGGTTCTGTCAAGTACTTTGGGGTCCTTAATATGGGAGAAGCCTACATGGACCGA
CTTCAAGCAACTCGCAAAAGAAAACGAATTTGCGGCATGGACGCTTATCAACGGCTACAC
AATGAACCATCTTGCATTTTCGGTTCATCGATTCAAACACAAGTTCAGTGACATTAAGTT
CATCAAACAGTATCTTGAAGAAAAGGAATTCAAACTTAACACTGACGGGGGAGTTATCAA
AGTGAGTCAAGATGGTCTACTGTTACAAGTCTCGTCGATGTCGGACAAACTTGCGGTTGA
ATTTGCTGAGGGAGTAACTGAAACAATCCCGGCTTCTTACATTGAGTTTACTCAACGTCT
AGTTCTTCCACAGTTCAAAGATGTGCCGTTTGATGAGATTAAAGAGTTTCATAGACGTGA
AGCCTTTGAGCTTGATAACGCCAGCAACATAATGGAAAGTACCCGTTTCACAGCACCAGT
GTAAAACAAGACTTGTCTTGCTGGGCTCAGTAGTATGCCAAATGTGTGCATGTATTTGTG
TGTTTATGTATGAGTGAGCTTGTGACCTTGATTCCGATCGGTAACAATAATGTATAATCG
TGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3BB24TF U 1
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CCAACTAAGCCCTGAATCACAGGGGATAATAAGAAAGTACTTGAAACCAGAAGGTGGTAA
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GGTCCTTAATATGGGAGAAGCCTACATGGACCGACTTCAAGCAACTCGCAAAAGAAAACG
AATTTGCGGCATGGACGCTTATCAACGGCTACACAATGAACCATCTTGCATTTTCGGTTC
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AATTCAAACTTAACACTGACGGGGGAGTTATCAAAGTGAGTCAAGATGGTCTACTGTTAC
AAGTCTCGTCGATGTCGGACAAACTTGCGGTTGAATTTGCTGAGGGAGTAACTGAAACAA
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CGTTTGATGAGATTAAAGAGTTTCATAGACGTGAAGCCTTTGAGCTTGATAACGCCAGCA
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CTTGATTCCGATCGGTAACAATAATGTATAATCGTGG

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3DU44JQ C 1
AF RR3DU44TF U 5
BS 1 4 RR3DU44JQ
BS 5 461 RR3DU44TF

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GTGCCGTCGTTGAGACCTCTTTAGCCACCGCCGGTAGGAATTCTAACAAAGTCTACCCTT
CTCGCTCGTCTTCTTATAATGAACAAAGCATAAAATCGTAAGAGTAAAACTTAAGGTTAA
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CATGTATGTGGGATGTGTCTAAAACATTATCTTTGGTCGTGTTTATAAGTTTTCGTGACT
TGGGTTTTCCCTTGTCCGTGTATTAAAAGGTTGTTCTATGC

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DS 

RD RR3DU44TF 457 0 0
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CGTCGTTGAGACCTCTTTAGCCACCGCCGGTAGGAATTCTAACAAAGTCTACCCTTCTCG
CTCGTCTTCTTATAATGAACAAAGCATAAAATCGTAAGAGTAAAACTTAAGGTTAAGGAA
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TTTTCCCTTGTCCGTGTATTAAAAGGTTGTTCTATGC

QA 1 457 1 457
DS 



AS 1 2

CO CL4502Contig1 1273 2 2 U
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GATGAGGGATCACATATAAAAATTACACAAGCAAAACGCATGCCAGCTACTTTAAGCAGA
AAAAAGGGAGTGATTGTGTTGGGAGATGCATTCAACATGCGTCATCCAGTAATTGCATCA
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ACTCCTCTTCGTGTTTGGCATAGCCTCAGACTTTTTGGTTTGTATTTGGAATTGTTGGTT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL16TF U 1
AF RR3AL16JQ C 473
BS 1 769 RR3AL16TF
BS 770 1273 RR3AL16JQ

RD RR3AL16TF 769 0 0
CAAAATGGCCGTTTTGTCCAGAGACTGCGCCAAAAGGCCTCTTCTCTTCCAAATGTGCGG
CTGGAAGAAGGGACCGTGAGATCTTTGATAGAAGAAAAAGGAGTGGTCAAAGGAGTGACA
TACAAGAACAGTTCAGGGGAAGAAACCACAGCATTTGCACCTCTCACTGTGGTATGCGAT
GGTTGCCACTCGAACCTTCGTCGCTCTCTAAATGACAACAATGCGGAGGTTACGGCGTAC
GAAATTGGTTACATCTCGAGGAATTGTCGCCTTGAACAGCCCGACAAGTTACACTTGATA
ATGGCTAAACCGTCCTTCGCCATGTTGTATCAAGTCAGCAGCACCGACGTTCGTTGTAAT
TTTGAGCTTCTCTCAAATAATCTTCCGTCTGTTTCTAATGGTGAAATGGCGTCCTTCGTG
AAGAACTCTATTGCTCCCCAGGTACCTCTAAAATTCCGCAAAACATTTTTGAAAGGGCTC
GATGAGGGATCACATATAAAAATTACACAAGCAAAACGCATGCCAGCTACTTTAAGCAGA
AAAAAGGGAGTGATTGTGTTGGGAGATGCATTCAACATGCGTCATCCAGTAATTGCATCA
GGGATGATGGTTTTATTATCTGACATTCTCATTCTAAGCCGTCTTCTCAAGCCTTTGGAC
AGCCTCGGTGATGAAAACAAAGTCTCAGAAGTTATGAAGTCCTTCTATGTTCTACGCAAG
CCAATGTCAGCAACAGTAAGCACATTAGGGAATTCATTTTGGCAAGTGC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3AL16JQ 801 0 0
AAGGGCTCGATGAGGGATCACATATAAAAATTACACAAGCAAAACGCATGCCAGCTACTT
TAAGCAGAAAAAAGGGAGTGATTGTGTTGGGAGATGCATTCAACATGCGTCATCCAGTAA
TTGCATCAGGGATGATGGTTTTATTATCTGACATTCTCATTCTAAGCCGTCTTCTCAAGC
CTTTGGACAGCCTCGGTGATGAAAACAAAGTCTCAGAAGTTATGAAGTCCTTCTATGTTC
TACGCAAGCCAATGTCAGCAACAGTAAGCACATTAGGGAATTCATTTTGGCAAGTGCTAA
TTGCATCAACGGACGAAGCAAAAGAAGCGATGCGACAAGGCTGCTTTGATTACCTATCTA
GTGGTGGGTTTCGCACGTCAGGCTTGATGGCTGTGTTTGGTGGCATGAACCCTAGGCCAC
TTTCTCTCATCTATCATCTATCCGTTATTACTTTATCCTCCATCGGCCAACTGCTCTCTC
CGTTCCCAACTCCTCTTCGTGTTTGGCATAGCCTCAGACTTTTTGGTTTGTATTTGGAAT
TGTTGGTTCCTCATCTCAAGGCTGAAGGAATAGGTCAAATGTTGTCTCCAACAAATGCAG
CGGCATATCGCAAAAGCTATATGGCTACAACCGTTGTCTAAACATTGATGAAAACCACGA
TATATAGATGGTGCACAAATCTTTGCGATTGTGGATTTGTTAAATAGTATTGCAATATGT
TACTGAAGAAACCTTTCCGTATCTACTTGTAAACGGAAATAGGAAGAATATGCATGGGGT
GACAATTATTTTGAATAAAAC

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 2

CO CL4503Contig1 1064 2 2 U
GGGATTGGTGAAGGGGACAGAGAAGAAGAGTATTTTAGCCTTTTCTTGTGATATTTTCCT
AGATTTTGAGCGGTCTTATCTTTACTTCTCCAACTCAGATTACCATGTCTACGGTTCCGG
TGAAGTCACTACCACCGGTTGGCTTATATCCTATTCGCCGGAACCTCGCTAGTACGACGA
CTTTGAAGTCCCAGGCAATGCCCACCTCCGTTTCAAGCAAGCATATTATCGGGTTGTCTA
CTTATAATAGATGCTTTGAATTTAAATCTTGGAGCCAAATGAGGAATCCAGCGTTTTTAA
GCCACCGTCGGCGAGTTAGTACGGTGGTGGCTTCAGCCGGAAACATGACTGCACCGTCGT
CTTGGGAGTCTTGGATGCCAGATAAGAAGGCGGCGGCGACGAGTCTATTGCTGAGTGACG
TCATTTGGCCCGCAGCTGGAGGGTTTGCGGCGATGGCAATAATGGGAAGAATGGATCAAA
TGTTATCTCCAAAAGGGATTACAATGTCTGTTGCACCACTTGGTGCCGTCTGCGCCATTC
TTTTCACTAGTCCATCTGCTCCTGCTGCTCGGAAATACAATATGTTTTTATCTCAAATAG
CTTGTGCTGCGATTGGAGTGGTAGCGCTCTCCGTATTCGGGTCCAGGTTGGCTCGCCCGG
AGCGTTGCCCTCGCCGCTTCTATCGGTTTTATGGTCATTGCTCGTGCCAATCACCCTCCT
GCGGCGAGCCTACCACTAATGTTCATAGATGGAGCAAAGTTCCATCACTTGAATTTCTGG
TACGCATTGTTCCCAGGTGCAGCCGCACGTGTCATTCTATGCCTTATCCAATCAGTCGTG
TGCTACTTGAAGGAAAACATAAAATTTTGATGAATCATCAAGCGACACATATAATCGAAT
GATATATATTAATAAGTGTACAAATATACACATATTGATGGAACCATTGTGAATGTATTT
TGTTTATCTATGTATATTCATTCCCTTGTACGTTAAATACGTTCTTTCTTTTTTAGTTAT
CATCTGTGACATTTAACGTATCACAAAACGAGACGGATTTTTTC


BQ
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AF RR3GS38TF U 1
AF RR3GS38JQ C 311
BS 1 753 RR3GS38TF
BS 754 1064 RR3GS38JQ

RD RR3GS38TF 753 0 0
GGGATTGGTGAAGGGGACAGAGAAGAAGAGTATTTTAGCCTTTTCTTGTGATATTTTCCT
AGATTTTGAGCGGTCTTATCTTTACTTCTCCAACTCAGATTACCATGTCTACGGTTCCGG
TGAAGTCACTACCACCGGTTGGCTTATATCCTATTCGCCGGAACCTCGCTAGTACGACGA
CTTTGAAGTCCCAGGCAATGCCCACCTCCGTTTCAAGCAAGCATATTATCGGGTTGTCTA
CTTATAATAGATGCTTTGAATTTAAATCTTGGAGCCAAATGAGGAATCCAGCGTTTTTAA
GCCACCGTCGGCGAGTTAGTACGGTGGTGGCTTCAGCCGGAAACATGACTGCACCGTCGT
CTTGGGAGTCTTGGATGCCAGATAAGAAGGCGGCGGCGACGAGTCTATTGCTGAGTGACG
TCATTTGGCCCGCAGCTGGAGGGTTTGCGGCGATGGCAATAATGGGAAGAATGGATCAAA
TGTTATCTCCAAAAGGGATTACAATGTCTGTTGCACCACTTGGTGCCGTCTGCGCCATTC
TTTTCACTAGTCCATCTGCTCCTGCTGCTCGGAAATACAATATGTTTTTATCTCAAATAG
CTTGTGCTGCGATTGGAGTGGTAGCGCTCTCCGTATTCGGGTCCAGGTTGGCTCGCCCGG
AGCGTTGCCCTCGCCGCTTCTATCGGTTTTATGGTCATTGCTCGTGCCAATCACCCTCCT
GCGGCGAGCCTACCACTAATGTTCATAGATGGA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3GS38JQ 754 0 0
GCGAGTTAGTACGGTGGTGGCTTCAGCCGGAAACATGACTGCACCGTCGTCTTGGGAGTC
TTGGATGCCAGATAAGAAGGCGGCGGCGACGAGTCTATTGCTGAGTGACGTCATTTGGCC
CGCAGCTGGAGGGTTTGCGGCGATGGCAATAATGGGAAGAATGGATCAAATGTTATCTCC
AAAAGGGATTACAATGTCTGTTGCACCACTTGGTGCCGTCTGCGCCATTCTTTTCACTAG
TCCATCTGCTCCTGCTGCTCGGAAATACAATATGTTTTTATCTCAAATAGCTTGTGCTGC
GATTGGAGTGGTAGCGCTCTCCGTATTCGG*TCCAGGTTGGCTCGCCCGGAGCGTTGCCC
TCGCCGCTTCTATCGGTTTTATGGTCATTGCTCGTGCCAATCACCCTCCTGCGGCGAGCC
TACCACTAATGTTCATAGATGGAGCAAAGTTCCATCACTTGAATTTCTGGTACGCATTGT
TCCCAGGTGCAGCCGCACGTGTCATTCTATGCCTTATCCAATCAGTCGTGTGCTACTTGA
AGGAAAACATAAAATTTTGATGAATCATCAAGCGACACATATAATCGAATGATATATATT
AATAAGTGTACAAATATACACATATTGATGGAACCATTGTGAATGTATTTTGTTTATCTA
TGTATATTCATTCCCTTGTACGTTAAATACGTTCTTTCTTTTTTAGTTATCATCTGTGAC
ATTTAACGTATCACAAAACGAGACGGATTTTTTC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL4504Contig1 1093 2 4 U
GGCTCACTACATTGGATTCAAAAACTTCTAACTAAACGTCTTTTAATCGGAACCCTTGAA
ATGGCCGGCTCATTCGAGTTCGTTGTGACCATGCATGAGCCACAACATGTTCGACGGAGT
GGCGGCCGCAGAATTCTTAAATTCGTGGTGTGAGATGGCAAAGGGCCTCCCTTTATCTCT
GCAACCTTTCTTGGATCGTACGATTCTCCAACCAAGAAAGCCACCAAAAATCGAGTTCCC
ACACAACGAGTTCGATGAGATCGAAGACATTTCTGGCACTGGAAGACTCTACGACGAAGA
GAAACTCGTCTACAAATCGTTCCTGTTCCAACCGCAAAAACTAGATAAGCTCAAGACCAT
GGCAAATGAGGAATATATTAATAGTAACAATAAGGTTACAACATTTCAAGCTTTAACTGG
GTTTCTTTGGAAATCACGGTGTGAGGCGCTACAGTTTAAACCCGACCAACGAGTTAAACT
TCTTTTCGCGGCTGATGGACGACCGAGATTCATCCCTCCTCTCCCCAAAGGGTATTTCGG
GAATGGGATTGTACTGACCGGTTTGGTGTCTTCATCGGGAGAATTGGTTGGAAACCCTCT
TTCTCGTTCGGTTAGTCTGGTTAAGAATGTGGTCGAGTTGGTTACCGACAGTTTCATTAG
ATCAGCTATTGATTACTTGGAGGTGAATCGGACAAGACCGAGTATGACGGCAACACTTCT
GATTACGTCGTGGTCAAGATTGTCACTACATAAACTGGATTTTGGCTGGGGAGAACCAAT
TTTCTCTGGACCAGTTGGGTTACCAGGGAGGGAAGTGATCCTGTTTCTACCTGGTCTCGA
CGATACGAAGAGTATCAATGTGTTCCTTGGACTTCCTGCCTCGGCTATGAAGGTTTTTGA
AGAGCTTATGAAGATCTGAAAAGAATTATATAATCACAATGAAATTGTGATTTATTTATA
TGAATTAATTATATACAATCACAAGAAGAAAATATGATGCCTAAGTATTATTTATACATG
TTTCTATATCAATTTAAAATTTATGTAATTTCAGAAATGATAGGTCAATATAAGAAATCA
TTTGTAATGAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G981TF U 1
AF RR3G981JQ C 329
BS 1 712 RR3G981TF
BS 713 713 RR3G981JQ
BS 714 771 RR3G981TF
BS 772 1093 RR3G981JQ

RD RR3G981TF 771 0 0
GGCTCACTACATTGGATTCAAAAACTTCTAACTAAACGTCTTTTAATCGGAACCCTTGAA
ATGGCCGGCTCATTCGAGTTCGTTGTGACCATGCATGAGCCACAACATGTTCGACGGAGT
GGCGGCCGCAGAATTCTTAAATTCGTGGTGTGAGATGGCAAAGGGCCTCCCTTTATCTCT
GCAACCTTTCTTGGATCGTACGATTCTCCAACCAAGAAAGCCACCAAAAATCGAGTTCCC
ACACAACGAGTTCGATGAGATCGAAGACATTTCTGGCACTGGAAGACTCTACGACGAAGA
GAAACTCGTCTACAAATCGTTCCTGTTCCAACCGCAAAAACTAGATAAGCTCAAGACCAT
GGCAAATGAGGAATATATTAATAGTAACAATAAGGTTACAACATTTCAAGCTTTAACTGG
GTTTCTTTGGAAATCACGGTGTGAGGCGCTACAGTTTAAACCCGACCAACGAGTTAAACT
TCTTTTCGCGGCTGATGGACGACCGAGATTCATCCCTCCTCTCCCCAAAGGGTATTTCGG
GAATGGGATTGTACTGACCGGTTTGGTGTCTTCATCGGGAGAATTGGTTGGAAACCCTCT
TTCTCGTTCGGTTAGTCTGGTTAAGAATGTGGTCGAGTTGGTTACCGACAGTTTCATTAG
ATCAGCTATTGATTACTTGGAGGTGAATCGGACAAGACCGAGTATGACGGCA*CACTTCT
GATTACGTCGTGGTCAAGATTGTCACTACATAAACTGGATTTTGGCTGGGG

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3G981JQ 765 0 0
CAACCGCAAAAACTAGATAAGCTCAAGACCATGGCAAATGAGGAATATATTAATAGTAAC
AATAAGGTTACAACATTTCAAGCTTTAACTGGGTTTCTTTGGAAATCACGGTGTGAGGCG
CTACAGTTTAAACCCGACCAACGAGTTAAACTTCTTTTCGCGGCTGATGGACGACCGAGA
TTCATCCCTCCTCTCCCCAAAGGGTATTTCGGGAATGGGATTGTACTGACCGGTTTGGTG
TCTTCATCGGGAGAATTGGTTGGAAACCCTCTTTCTCGTTCGGTTAGTCTGGTTAAGAAT
GTGGTCGAGTTGGTTACCGACAGTTTCATTAGATCAGCTATTGATTACTTGGAGGTGAAT
CGGACAAGACCGAGTATGACGGCAACACTTCTGATTACGTCGTGGTCAAGATTGTCACTA
CATAAACTGGATTTTGGCTGGGGAGAACCAATTTTCTCTGGACCAGTTGGGTTACCAGGG
AGGGAAGTGATCCTGTTTCTACCTGGTCTCGACGATACGAAGAGTATCAATGTGTTCCTT
GGACTTCCTGCCTCGGCTATGAAGGTTTTTGAAGAGCTTATGAAGATCTGAAAAGAATTA
TATAATCACAATGAAATTGTGATTTATTTATATGAATTAATTATATACAATCACAAGAAG
AAAATATGATGCCTAAGTATTATTTATACATGTTTCTATATCAATTTAAAATTTATGTAA
TTTCAGAAATGATAGGTCAATATAAGAAATCATTTGTAATGAACT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL4505Contig1 751 2 2 U
GGATCTCCAATTCATTTTAAAACACACACTTAACAGTTTTGTGGTGCTAAATTCAGTAGA
GAAGTATTTGTAACCTATGGCTTCTTCTTCTCCTCTAGTCACCATCTTCCTCTTCATCTC
CTTATTCTCCTTCTTGTCTGTAAATGCAAATGAGGTAACCGTCGGTGGAAAATCCGGTGT
CTGGAAGATCCCTCCTTCCTCTTTCGACGAATGGGCTCAAAAGGCTCGCTTCAAAGTCGG
AGACTTTCTAGTTTTCAGCTATGAAGCGGGTAAAGACTCGGTTCTGCAAGTGACAAGAGA
GGCTTACGAGAAATGCAACACCACGAGCCCGACAGCCAGCTACACCGATGGGAACACCAA
GGTGAAGCTAGAACAACACGGTCCGGTCTACTTCATAAGCGGAACAGAGGGTCACTGTCA
AAAGGGTCAGAAGCTACGCGTTGTGGTAGTCACTCCTCGTAGCTCTGCTTTCTCTCCGGC
TCCTTCTCCATCTGACGGTCCCGCCGTTGCTCCTGCTCCTACTAGTGGCGCTGCTAAGCT
CACGGGCATCTTCAGTGTTGTGGGCCTTGTTCTTGGATTCTGGGCCTTGGGCTGAGAAGC
TTTTTTTTTACTTTTATTTAGTCCTGAATTCTATTCTTTTTTTTTTTTGGAACATGTAAC
AGAGATCTGTGTTCTGTTCTCCCTAGTCCCTAGTCTTGTTGTTACCAATTCAGTACTCAA
GATTTTATTAAATTATTATTTAGCAGTCACT


BQ
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AF RR3DP81TF U 1
AF RR3DP81JQ C 1
BS 1 457 RR3DP81TF
BS 458 751 RR3DP81JQ

RD RR3DP81TF 457 0 0
GGATCTCCAATTCATTTTAAAACACACACTTAACAGTTTTGTGGTGCTAAATTCAGTAGA
GAAGTATTTGTAACCTATGGCTTCTTCTTCTCCTCTAGTCACCATCTTCCTCTTCATCTC
CTTATTCTCCTTCTTGTCTGTAAATGCAAATGAGGTAACCGTCGGTGGAAAATCCGGTGT
CTGGAAGATCCCTCCTTCCTCTTTCGACGAATGGGCTCAAAAGGCTCGCTTCAAAGTCGG
AGACTTTCTAGTTTTCAGCTATGAAGCGGGTAAAGACTCGGTTCTGCAAGTGACAAGAGA
GGCTTACGAGAAATGCAACACCACGAGCCCGACAGCCAGCTACACCGATGGGAACACCAA
GGTGAAGCTAGAACAACACGGTCCGGTCTACTTCATAAGCGGAACAGAGGGTCACTGTCA
AAAGGGTCAGAAGCTACGCGTTGTGGTAGTCACTCCT

QA 1 457 1 457
DS 

RD RR3DP81JQ 751 0 0
GGATCTCCAATTCATTTTAAAACACACACTTAACAGTTTTGTGGTGCTAAATTCAGTAGA
GAAGTATTTGTAACCTATGGCTTCTTCTTCTCCTCTAGTCACCATCTTCCTCTTCATCTC
CTTATTCTCCTTCTTGTCTGTAAATGCAAATGAGGTAACCGTCGGTGGAAAATCCGGTGT
CTGGAAGATCCCTCCTTCCTCTTTCGACGAATGGGCTCAAAAGGCTCGCTTCAAAGTCGG
AGACTTTCTAGTTTTCAGCTATGAAGCGGGTAAAGACTCGGTTCTGCAAGTGACAAGAGA
GGCTTACGAGAAATGCAACACCACGAGCCCGACAGCCAGCTACACCGATGGGAACACCAA
GGTGAAGCTAGAACAACACGGTCCGGTCTACTTCATAAGCGGAACAGAGGGTCACTGTCA
AAAGGGTCAGAAGCTACGCGTTGTGGTAGTCACTCCTCGTAGCTCTGCTTTCTCTCCGGC
TCCTTCTCCATCTGACGGTCCCGCCGTTGCTCCTGCTCCTACTAGTGGCGCTGCTAAGCT
CACGGGCATCTTCAGTGTTGTGGGCCTTGTTCTTGGATTCTGGGCCTTGGGCTGAGAAGC
TTTTTTTTTACTTTTATTTAGTCCTGAATTCTATTCTTTTTTTTTTTTGGAACATGTAAC
AGAGATCTGTGTTCTGTTCTCCCTAGTCCCTAGTCTTGTTGTTACCAATTCAGTACTCAA
GATTTTATTAAATTATTATTTAGCAGTCACT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL4506Contig1 1031 2 2 U
GGATGGCCTTAGAGGCTATTGTTTACCCAAAAGATCCATTCTCCTACATCTCTTACAAAG
ATTTTCAGTCTCACGACTTATATTTTCAACAAGAAGAAGATCGAGATCCCCTAGAAACCA
AGAACAACATTAAGCTAGGGCAAGAACAAAGACAAGGGTTTGCGAGTAAAAGCGGAGATA
ACAATGATGATTATAACTACAACGATCAGGAGGATCCTCAATGGCCACGAGACGACCTTC
CTTATGGATCTATCGTCGACACCGAGAACCAGCCTCCACCGTTGGTTTTAGCGACGGTAG
AAGGGAGGAGAAAGAGGAGGAGGACGAAGAGTAGCAAGAACAAGGAAGAGATCGAGAACC
AGAGGATGACTCACATCGCCGTCGAGAGAAACCGTCGGAAACAAATGAATGAGTACCTCG
CCGTTCTCCGTTCTCTCATGCCACCTTCTTATGCTCAAAGGGGAGATCAAGCGTCAGTAG
TAGGCGGGGCCATTAACTACTTAAAGGAGCTTGAGCATCATTTACAATCAATGGAACCTC
CGTTAAGCACCCCCGCCATAGGAGAAGCCGGAGGCAGCCCCGGCGACCATAAACCATTGC
TGCCAGCTCATCTGGACCATTCTCAGATTTTTTCGCTTTTCCTCAATACTCGAGAAGGCC
TTCCTCGTCGTTGGTGGCTGAAGGAACCGCGGAGATAGAGGTGACGATGGTGGAGAGCCA
TGCAAGTGTGAAGATACTTGCGCAGAAGAGACCAAAACAACTTCTTAAACTGGTGGCATC
GATACAGAGCTTAAGGCTTACTGTTATTCATCTCAATGTTACCACTCGTGACGACTCCGT
CCTTTATTCCATCAGTCTAAAGGTTGAAGAAGGGAGCCAATTGAATACAGTGGAGGATAT
TGCAGCAGCTGTGAATCAAATCCTAAGGAGGATCGAAGAAGACTCATCCTTTAGCTAATA
TAGTTGAATTTTAGTATGCCACATTTAGAGGAACTCTAAGTTTTCATGTGTTATTTTTTA
CTCTTTACATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ95TF U 1
AF RR3AJ95JQ C 307
BS 1 744 RR3AJ95TF
BS 745 1031 RR3AJ95JQ

RD RR3AJ95TF 744 0 0
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ATTTTCAGTCTCACGACTTATATTTTCAACAAGAAGAAGATCGAGATCCCCTAGAAACCA
AGAACAACATTAAGCTAGGGCAAGAACAAAGACAAGGGTTTGCGAGTAAAAGCGGAGATA
ACAATGATGATTATAACTACAACGATCAGGAGGATCCTCAATGGCCACGAGACGACCTTC
CTTATGGATCTATCGTCGACACCGAGAACCAGCCTCCACCGTTGGTTTTAGCGACGGTAG
AAGGGAGGAGAAAGAGGAGGAGGACGAAGAGTAGCAAGAACAAGGAAGAGATCGAGAACC
AGAGGATGACTCACATCGCCGTCGAGAGAAACCGTCGGAAACAAATGAATGAGTACCTCG
CCGTTCTCCGTTCTCTCATGCCACCTTCTTATGCTCAAAGGGGAGATCAAGCGTCAGTAG
TAGGCGGGGCCATTAACTACTTAAAGGAGCTTGAGCATCATTTACAATCAATGGAACCTC
CGTTAAGCACCCCCGCCATAGGAGAAGCCGGAGGCAGCCCCGGCGACCATAAACCATTGC
TGCCAGCTCATCTGGACCATTCTCAGATTTTTTCGCTTTTCCTCAATACTCGAGAAGGCC
TTCCTCGTCGTTGGTGGCTGAAGGAACCGCGGAGATAGAGGTGACGATGGTGGAGAGCCA
TGCAAGTGTGAAGATACTTGCGCA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3AJ95JQ 725 0 0
GGAGAAAGAGGAGGAGGACGAAGAGTAGCAAGAACAAGGAAGAGATCGAGAACCAGAGGA
TGACTCACATCGCCGTCGAGAGAAACCGTCGGAAACAAATGAATGAGTACCTCGCCGTTC
TCCGTTCTCTCATGCCACCTTCTTATGCTCAAAGGGGAGATCAAGCGTCAGTAGTAGGCG
GGGCCATTAACTACTTAAAGGAGCTTGAGCATCATTTACAATCAATGGAACCTCCGTTAA
GCACCCCCGCCATAGGAGAAGCCGGAGGCAGCCCCGGCGACCATAAACCATTGCTGCCAG
CTCATCTGGACCATTCTCAGATTTTTTCGCTTTTCCTCAATACTCGAGAAGGCCTTCCTC
GTCGTTGGTGGCTGAAGGAACCGCGGAGATAGAGGTGACGATGGTGGAGAGCCATGCAAG
TGTGAAGATACTTGCGCAGAAGAGACCAAAACAACTTCTTAAACTGGTGGCATCGATACA
GAGCTTAAGGCTTACTGTTATTCATCTCAATGTTACCACTCGTGACGACTCCGTCCTTTA
TTCCATCAGTCTAAAGGTTGAAGAAGGGAGCCAATTGAATACAGTGGAGGATATTGCAGC
AGCTGTGAATCAAATCCTAAGGAGGATCGAAGAAGACTCATCCTTTAGCTAATATAGTTG
AATTTTAGTATGCCACATTTAGAGGAACTCTAAGTTTTCATGTGTTATTTTTTACTCTTT
ACATA

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL4507Contig1 628 2 5 U
GCACCCAACCCAACAGGTCAGGGTCGGGCCGGCCATAGGTCCGAATCCTGCCACCTTTCT
TTGGATCATCCTGTGGTTACCGGATGATGGGAATAACAAAGCAGAAATCTTGAAATGAGC
ACGAAATGTCAATATATGAATTCTTTCATTATTCGTTATTTCTGGGTCTTTTCGTTGCAT
TCACTTACAACAAGAAACAACCACCAGCGTTTGGTGCAGCACTTGCATTTTGGTGCATTC
TTCTTTCTTTCCTTGGTCTTTTGTTCTGTCATATTTCTAATAACTTATCCAATTACAACG
TATTAACCGCTAATGCACCTTTCTTTTATCAAATCTCAGGAACATGGTCTAATCATGAGG
GTAGTATTTTATTATGGTGTTGGATCCTAAATTTTTATGGATTTTTTTTTTGTTACCGGG
GTCGACCCCAAAGCCATAATGTCTTAAAACAAGGAGGCCATAGGGAAAGTCTTTCTTTTT
TTTTTTTCTCGAACTTTGTGAAGAACTCAATTTTATCTCTCCCTCGTTACGAACAAGAAA
GTGGTTTGAAAAATCAGTTGTACACTCCCTTCGTTCTACGAACCCTTGTTGATTCTGAAC
TTCGTTTGCGAAGGAATCGGACTTTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DZ19TF U 107
AF RR3E915TF U 1
BS 1 242 RR3E915TF
BS 243 243 RR3DZ19TF
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BS 475 475 RR3DZ19TF
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RD RR3DZ19TF 483 0 0
G
TCTTGAAATGAGCACGAAATGTCAATATATGAATTCTTTCATTATTCGTTATTTCTGGGT
CTTTTCGTTGCATTCACTTACAACAAGAAACAACCACCAGCGTTTGGTGCAGCACTTGCA
TTTTGGTGCATTCTTCTTTCTTTCCTTGGTCTTTTGTTCTGTCATATTTCTAATAACTTA
TCCAATTACAACGTATTAACCGCTAATGCACCTTTCTTTTATCAAATCTCAGGAACATGG
TCTAATCATGAGGGTAGTATTTTATTATGGTGTTGGATCCTAAATTTTTATGGATTTTTT
TTTTGTTACCGGGGTCGACCCCAAAGCCATAATGTCTTAAAACAAGGAGGCCATAGGTAA
AGTCTTTCTTTTTTTTTT**CTCGAACTTTGTGAAGAACTCAATTTTATCTCTCCCTCGT
TACGAACAAGAAAGTGGTTTGAGAAATCAGTTGTACACTCCCTTCGTTCTACGAACCCTT
GT

QA 2 483 2 483
DS 

RD RR3E915TF 628 0 0
GCACCCAACCCAACAGGTCAGGGTCGGGCCGGCCATAGGTCCGAATCCTGCCACCTTTCT
TTGGATCATCCTGTGGTTACCGGATGATGGGAATAACAAAGCAGAAATCTTGAAATGAGC
ACGAAATGTCAATATATGAATTCTTTCATTATTCGTTATTTCTGGGTCTTTTCGTTGCAT
TCACTTACAACAAGAAACAACCACCAGCGTTTGGTGCAGCACTTGCATTTTGGTGCATTC
TTTTTTCTTTCCTTGGTCTTTTGTTCTGTCATATTTCTAATAACTTATCCAATTACAACG
TATTAACCGCTAATGCACCTTTCTTTTATCAAATCTCAGGAACATGGTCTAATCATGAGG
GTAGTATTTTATTATGGTGTTGGATCCTAAATTTTTATGGATTTTTTTTTTGTTACCGGG
GTCGACCCCAAAGCCATAATGTCTTAAAACAAGGAGGCCATAGGGAAAGTCTTTTTTTTT
TTTTTTTCTCGAACTTTGTGAAGAACTCAATTTTATCTCTCCCTCGTTACGAACAAGAAA
GTGGTTTGAAAAATCAGTTGTACACTCCCTTCGTTCTACGAACCCTTGTTGATTCTGAAC
TTCGTTTGCGAAGGAATCGGACTTTTGA

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL4508Contig1 1176 2 2 U
GCAGATGAAGAACTCATCCTCCATTACTTGAGGAAGAAGGTTTCTTCTTCACCAGTCCCG
CTTTCAATCATCGCAGATGTCGATATCTATAAGTCTGATCCATGGGATTTACCAGCTAAG
GCTCCGTTTGGAGAGAAAGAATGGTACTTTTTCAGTCCAAGGGACCGGAAGTATCCTAAT
GGAGCAAGACCAAACAGAGCGGCTGCGTCTGGATATTGGAAAGCCACTGGAACTGATAAA
TTAATCGCGGTACCAAACCGTGAAGGGTTTAATGAAAACATTGGTATAAAAAAGGCTCTT
GTGTTTTACACTGGAAAGCCACCCAAAGGTGTTAAAACCAATTGGATCATGCATGAGTAT
CGACTTGCCGAATCCATCACGCCCAAAAGAGTGACCCATGCTAGGAACGGTGGCCAAGTC
AATAATTTGGGAGATCTGAATTTGAAGTCTAAAGAATACTTAATGAGGCTGGATGATTGG
GTGCTTTGCCGGATTTACAAGAAATCACACGCTTCACTATCATCAGCAGAGGTTGCTTCA
GCTACAAGCGATGATCAAGAACATGAGGAAAATGGCAATGAACCATTTGTAGTCAGCGAA
CCCCTTTTGCCAAACGATCAAACCCTTAAACGCCAGAAGTCTTCTTTCTCCAACTTACTA
GACGCTACAGATTTCACGTTCTTGACAAACTTTCTAAACGAGACTCCGGACAATCGTACT
GAATCAGACTTTTCTTTCATGGTTGGAGATTTCTCAAACCCTGACATCTACGGAAACCGT
TACTTGGATCACAAGTTACCGAAGTTGAGCTCTCCAACTTCAGAGACCAGAGTTATCGGA
AACAAAAGAGAACGATTGGACTATTCTGAAGAAATGATCAACACTTCGAAGAAGATGATC
AACAACTTTAGTTACAATAATAGCATGGATCATTTGGATCATAGTATGGTTCAACAATCT
AGTTTTCTGAATCAGGAATTCTTGATGAGTCCTCCTCACCTTCACTATCAAGGCTAGAGA
TGTTCAAAACCCAATTATGCGAATTAGGTCCCATTTGATGATTGAAAAGTAGGAGTCGTT
ACTATTATATAAAATTACAAAAGTATTGTGGGGAGGGGGGAAATATATAAAATAGTGGTA
GTCGATATTTGATCGTATCAATACAACCATATTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CR51TF U 1
AF RR3CR51JQ C 324
BS 1 770 RR3CR51TF
BS 771 1176 RR3CR51JQ

RD RR3CR51TF 770 0 0
GCAGATGAAGAACTCATCCTCCATTACTTGAGGAAGAAGGTTTCTTCTTCACCAGTCCCG
CTTTCAATCATCGCAGATGTCGATATCTATAAGTCTGATCCATGGGATTTACCAGCTAAG
GCTCCGTTTGGAGAGAAAGAATGGTACTTTTTCAGTCCAAGGGACCGGAAGTATCCTAAT
GGAGCAAGACCAAACAGAGCGGCTGCGTCTGGATATTGGAAAGCCACTGGAACTGATAAA
TTAATCGCGGTACCAAACCGTGAAGGGTTTAATGAAAACATTGGTATAAAAAAGGCTCTT
GTGTTTTACACTGGAAAGCCACCCAAAGGTGTTAAAACCAATTGGATCATGCATGAGTAT
CGACTTGCCGAATCCATCACGCCCAAAAGAGTGACCCATGCTAGGAACGGTGGCCAAGTC
AATAATTTGGGAGATCTGAATTTGAAGTCTAAAGAATACTTAATGAGGCTGGATGATTGG
GTGCTTTGCCGGATTTACAAGAAATCACACGCTTCACTATCATCAGCAGAGGTTGCTTCA
GCTACAAGCGATGATCAAGAACATGAGGAAAATGGCAATGAACCATTTGTAGTCAGCGAA
CCCCTTTTGCCAAACGATCAAACCCTTAAACGCCAGAAGTCTTCTTTCTCCAACTTACTA
GACGCTACAGATTTCACGTTCTTGACAAACTTTCTAAACGAGACTCCGGACAATCGTACT
GAATCAGACTTTTCTTTCATGGTTGGAGATTTCTCAAACCCTGACATCTA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3CR51JQ 853 0 0
CAAAGGTGTTAAA*CCAATTGGATCATGCATGAGTATCGACTTGC*GAATCCATCACGCC
CAAAAGAGTGACCCATGCTAGGAACGGTGGCCAAGTCAATAATTTGGGAGATCTGAATTT
GAAGTCTAAAGAATACTTAATGAGGCTGGATGATTGGGTGCTTTGCCGGATTTACAAGAA
ATCACACGCTTCACTATCATCAGCAGAGGTTGCTTCAGCTACAAGCGATGATCAAGAACA
TGAGGAAAATGGCAATGAACCATTTGTAGTCAGCGAACCCCTTTTGCCAAACGATCAAAC
CCTTAAACGCCAGAAGTCTTCTTTCTCCAACTTACTAGACGCTACAGATTTCACGTTCTT
GACAAACTTTCTAAACGAGACTCCGGACAATCGTACTGAATCAGACTTTTCTTTCATGGT
TGGAGATTTCTCAAACCCTGACATCTACGGAAACCGTTACTTGGATCACAAGTTACCGAA
GTTGAGCTCTCCAACTTCAGAGACCAGAGTTATCGGAAACAAAAGAGAACGATTGGACTA
TTCTGAAGAAATGATCAACACTTCGAAGAAGATGATCAACAACTTTAGTTACAATAATAG
CATGGATCATTTGGATCATAGTATGGTTCAACAATCTAGTTTTCTGAATCAGGAATTCTT
GATGAGTCCTCCTCACCTTCACTATCAAGGCTAGAGATGTTCAAAACCCAATTATGCGAA
TTAGGTCCCATTTGATGATTGAAAAGTAGGAGTCGTTACTATTATATAAAATTACAAAAG
TATTGTGGGGAGGGGGGAAATATATAAAATAGTGGTAGTCGATATTTGATCGTATCAATA
CAACCATATTTTG

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 2

CO CL4509Contig1 797 2 3 U
CTTATGAAGGAGCATGAAACAGTACAATGAGCATTTAACCATACATATATATCTGTATCG
ATGATATTTCCATAAGATAGTAAATCTCTTTGAAAGCACATGGAAACATATCAGACCGCT
TGATCGGCGCTGCTGCTATGCCAACCTTTGGTGCAAGGAGGTATCTCCATGAACTCGTCG
AACTCTTTCACGTGAACATCGCAACACTTCCACCCTCTCAGTCTGTCGTGGAAGACCGCA
GGACCTGGATGATAGCTACAAGTCGTCTCGTGATTGTCTCTCTCCTTGAATGTTTTGCCA
CATCCCTTGTTTTTGCACACTTGGGGTTGATTAATGTCTATAACAACCTTTTGAACTGGA
GCTGGGGCTACTAAGGACTCAGTCTTTTCTTCTTCCGCTTGTACTGGTGTGCTCAGGGCC
TGCTGCCTGGTCTGTTCTTTGGGCTGGGAGCCATGGTCTGAGCAGAAGAAGCCTTGCGTG
TTTACCTGTCTTACATCCGGGAATTTCCAAGAACAAAGTGAAATCGTGACTTCTTTGCTT
GCAGCAGCTCCATTCTTTCATTCCGTCGTGAAAAAATGGTCCAGAGGCATGAAATCGACA
AGAACCGTCTGGATTGTCGTCATCGGTGAACATGGCGTTGCAGCCAATACGTTGGCACTG
AAGCTTCGTTGCAGATCTTACTTCCATTATATAGAGCGTCGAAGAGTACCTTGAGTGAGT
GAAAACTCTCAAGAATCTTGAGCAGCGTGAAACTGATTCTATGGCTATCGGCTTCAGATC
GTCTCTGACCCTAACCC


BQ
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AF RR3DI66JQ U 119
AF RR3DI66TF C 1
BS 1 118 RR3DI66TF
BS 119 558 RR3DI66JQ
BS 559 797 RR3DI66TF

RD RR3DI66JQ 440 0 0
CTTGATCGGCGCTGCTGCTATGCCAACCTTTGGTGCAAGGAGGTATCTCCATGAACTCGT
CGAACTCTTTCACGTGAACATCGCAACACTTCCACCCTCTCAGTCTGTCGTGGAAGACCG
CAGGACCTGGATGATAGCTACAAGTCGTCTCGTGATTGTCTCTCTCCTTGAATGTTTTGC
CACATCCCTTGTTTTTGCACACTTGGGGTTGATTAATGTCTATAACAACCTTTTGAACTG
GAGCTGGGGCTACTAAGGACTCAGTCTTTTCTTCTTCCGCTTGTACTGGTGTGCTCAGGG
CCTGCTGCCTGGTCTGTTCTTTGGGCTGGGAGCCATGGTCTGAGCAGAAGAAGCCTTGCG
TGTTTACCTGTCTTACATCCGGGAATTTCCAAGAACAAAGTGAAATCGTGACTTCTTTGC
TTGCAGCAGCTCCATTCTTT

QA 1 440 1 440
DS 

RD RR3DI66TF 797 0 0
CTTATGAAGGAGCATGAAACAGTACAATGAGCATTTAACCATACATATATATCTGTATCG
ATGATATTTCCATAAGATAGTAAATCTCTTTGAAAGCACATGGAAACATATCAGACCGCT
TGATCGGCGCTGCTGCTATGCCAAC*TTTGGTGCAAGGAGGTATCTCCATGAACTCGTCG
AACTCTTTCACGTGAACATCGCAACACTTCCACCCTCTCAGTCTGTCGTGGAAGACCGCA
GGACCTGGATGATAGCTACAAGTCGTCTCGTGATTGTCTCTCTCCTTGAATGTTTTGCCA
CATCCCTTGTTTTTGCACACTTGGGGTTGATTAATGTCTATAACAACCTTTTGAACTGGA
GCTGGGGCTACTAAGGACTCAGTCTTTTCTTCTTCCGCTTGTACTGGTGTGCTCAGGGCC
TGCTGCCTGGTCTGTTCTTTGGGCTGGGAGCCATGGTCTGAGCAGAAGAAGCCTTGCGTG
TTTACCTGTCTTACATCCGGGAATTTCCAAGAACAAAGTGAAATCGTGACTTCTTTGCTT
GCAGCAGCTCCATTCTTTCATTCCGTCGTGAAAAAATGGTCCAGAGGCATGAAATCGACA
AGAACCGTCTGGATTGTCGTCATCGGTGAACATGGCGTTGCAGCCAATACGTTGGCACTG
AAGCTTCGTTGCAGATCTTACTTCCATTATATAGAGCGTCGAAGAGTACCTTGAGTGAGT
GAAAACTCTCAAGAATCTTGAGCAGCGTGAAACTGATTCTATGGCTATCGGCTTCAGATC
GTCTCTGACCCTAACCC

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL4510Contig1 1099 2 2 U
GGAGACATACAACTCAACTCTCCATTTCTCTCTTTAGCTTTAAGCCCCCTAAAGAAAAGA
TAAGAGCTTTAAGTTTTTTCTTACCTTCTCTACATGGACTTGACTGGATTTAAATGGCTG
CTACAACAACAACAACAAATGGTTTCACCTGAGTTTCTGCAGATACTTGGCTCAGATGGG
AGAGAAGAGCTCAGAAGGGTTGAGACTTATTTGGGAACAATATTTATGATACTATTGATG
GCTGCATCTGCAGGACAAGTAGCTTCCAAATGGAACCAGTGAAGAACAATGAAGAAAACA
GAGGCGTTGCCTTGCTGAACAAGAGAAAATATGAGGGTAAGACAGAAACAAGAGAAAAGA
AGAAGAAGAAGATCAAAGCAGAGGATGAAACAGAGTCAAGCATGAAAGGAAAATCAAACA
TGAGCAACACAGAGACATCCTCAGACATTCACAAACACGATTACATCCATGTGAGAGCTA
GAAGAGGTGAAGCCACTGACAGACATAGCTTAGCAGAAAGGGCAAGGAGAGAAAAGATAA
GCAAGAAGATGAAATGTCTTCAAGACATTGTTCCTGGATGCAACAAAGTTACTGGTAAAG
CCGGTATGCTTGATGAGATCATCAACTATGTCCAGTCTCTGCAACAACAAGTCGAGTTCT
TGTCCATGAAACTCTCTGTCTTAAATCCACAGCTTGAGTTTCATATCAATGAATTGTCCA
TGATGGCGGATCTAAAGTCTTTTTCATTACACCAGCAAGGATCTCTAGATTACTCAGTCA
TAAACTCAAACCAAACCACATCTCTCGGCGCTAAAAATGATACATCTTCAAGCTGGGATA
TTCACTCACAGTGTCCTTACAACAACTTGCGAACCGATCCTGTTTCAAATTTCTTCAGCC
TCAAGTAAAGAAGTTAGGGATAAGGGTCACTGAAAAGTCTGCAGTTTTTATTTGTCTCAT
CATACTCTTTGTTATTAGAAATATGAACCAGAAAGACAGAGGAAACCATTTTTAATTATT
TAATTTTACAAAATTTTGCAAACTATCGTCCTATCAAATTACAATTACGCTTACATTAGT
GGACTCCATTTGGATTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AJ79TF U 1
AF RR3AJ79JQ C 316
BS 1 754 RR3AJ79TF
BS 755 1099 RR3AJ79JQ

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TAAGAGCTTTAAGTTTTTTCTTACCTTCTCTACATGGACTTGACTGGATTTAAATGGCTG
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AGAGAAGAGCTCAGAAGGGTTGAGACTTATTTGGGAACAATATTTATGATACTATTGATG
GCTGCATCTGCAGGACAAGTAGCTTCCAAATGGAACCAGTGAAGAACAATGAAGAAAACA
GAGGCGTTGCCTTGCTGAACAAGAGAAAATATGAGGGTAAGACAGAAACAAGAGAAAAGA
AGAAGAAGAAGATCAAAGCAGAGGATGAAACAGAGTCAAGCATGAAAGGAAAATCAAACA
TGAGCAACACAGAGACATCCTCAGACATTCACAAACACGATTACATCCATGTGAGAGCTA
GAAGAGGTGAAGCCACTGACAGACATAGCTTAGCAGAAAGGGCAAGGAGAGAAAAGATAA
GCAAGAAGATGAAATGTCTTCAAGACATTGTTCCTGGATGCAACAAAGTTACTGGTAAAG
CCGGTATGCTTGATGAGATCATCAACTATGTCCAGTCTCTGCAACAACAAGTCGAGTTCT
TGTCCATGAAACTCTCTGTCTTAAATCCACAGCTTGAGTTTCATATCAATGAATTGTCCA
TGATGGCGGATCTAAAGTCTTTTTCATTACACCA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3AJ79JQ 784 0 0
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AAGCAGAGGATGAAACAGAGTCAAGCATGAAAGGAAAATCAAACATGAGCAACACAGAGA
CATCCTCAGACATTCACAAACACGATTACATCCATGTGAGAGCTAGAAGAGGTGAAGCCA
CTGACAGACATAGCTTAGCAGAAAGGGCAAGGAGAGAAAAGATAAGCAAGAAGATGAAAT
GTCTTCAAGACATTGTTCCTGGATGCAACAAAGTTACTGGTAAAGCCGGTATGCTTGATG
AGATCATCAACTATGTCCAGTCTCTGCAACAACAAGTCGAGTTCTTGTCCATGAAACTCT
CTGTCTTAAATCCACAGCTTGAGTTTCATATCAATGAATTGTCCATGATGGCGGATCTAA
GGTCTTTTTCATTACACCAGCAAGGATCTCTAGATTACTCAGTCATAAACTCAAACCAAA
CCACATCTCTCGGCGCTAAAAATGATACATCTTCAAGCTGGGATATTCACTCACAGTGTC
CTTACAACAACTTGCGAACCGATCCTGTTTCAAATTTCTTCAGCCTCAAGTAAAGAAGTT
AGGGATAAGGGTCACTGAAAAGTCTGCAGTTTTTATTTGTCTCATCATACTCTTTGTTAT
TAGAAATATGAACCAGAAAGACAGAGGAAACCATTTTTAATTATTTAATTTTACAAAATT
TTGCAAACTATCGTCCTATCAAATTACAATTACGCTTACATTAGTGGACTCCATTTGGAT
TGGT

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL4511Contig1 986 2 2 U
AGAATTAAGGATTGCATGTCGGAAGATGACGTCAAATCTCTGAAATTTACAGAGAAGCAG
CTTATCAATAAGATCTACACTGATTCCGCTGAAGCCAAAATCCCAGCAGTGATTGATTAT
CTGGGAACTGTGCTTGAGGCTGGCTGCAAATTTTTAGTATTTGCACATCATCAGTCCATG
CTTGAAGCAATACACCAGTTTCTAAAAAAAAAGAAAGTGGGCTGCATCCGGATTGATGGA
AGTACCCCTGCCTCCTCTAGACAAGCCTTGGTTTCAGACTTTCAGGGAAACAATGAGATA
AAAGCAGCAGTGCTGTCAATACGAGCTGCTGGTGTGGGGATAACTTTGACAGCAGCAAGC
ACTGTTATCTTTGCGGAGTTGGCATGGACCCCAGGTGACCTGATACAGGCAGAAGATCGT
GCACATAGAATTGGTCAAGTCTCTTCAGTTAACATACACTACCTTCTAGCAAATGACACT
GTTGACGACATCATCTGGGATGTTGTTCAGAGCAAGCTGGGGAATCTGGGACAGATGCTT
GATGGACAAGAGAATGCTCTGGAGGTTTCATCTAGTCATGTGATGAACAGTCCAATAAAA
CCAAGAAACAGCCCCTCGAAGCAGCAAACTCTAGACCCGTTCTTGAAGCGCTGTAAGAGA
TCATTATATGATGACACTGAAGAACATCCGATGCCTAAAGTTCCCAAAAACTGAAAGTAA
AAAACATTTAAGATCCCATCAGTATTTGTGAAACACATGGTCGCTAGGGTGAAATGACCA
TCTGTAATATTTTAGTGCAAACTAATAGTCTTTAGTAGTTTTAACAAAAGATACTTTTTG
CCAAAGATGATCTTTACAGGTCTTATTGCAACAGATTTTCTTTCAAGGCCAAATCAATAG
TCACTGCAACTTGATTCAGAAGAAGAAGATTATTGAGAGTTCTATTCAGTCATCATTTTC
ATGGCAATACCTTTTGCCTTTTTCTC


BQ
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AF RR3EM53JQ C 259
BS 1 680 RR3EM53TF
BS 681 986 RR3EM53JQ

RD RR3EM53TF 680 0 0
AGAATTAAGGATTGCATGTCGGAAGATGACGTCAAATCTCTGAAATTTACAGAGAAGCAG
CTTATCAATAAGATCTACACTGATTCCGCTGAAGCCAAAATCCCAGCAGTGATTGATTAT
CTGGGAACTGTGCTTGAGGCTGGCTGCAAATTTTTAGTATTTGCACATCATCAGTCCATG
CTTGAAGCAATACACCAGTTTCTAAAAAAAAAGAAAGTGGGCTGCATCCGGATTGATGGA
AGTACCCCTGCCTCCTCTAGACAAGCCTTGGTTTCAGACTTTCAGGGAAACAATGAGATA
AAAGCAGCAGTGCTGTCAATACGAGCTGCTGGTGTGGGGATAACTTTGACAGCAGCAAGC
ACTGTTATCTTTGCGGAGTTGGCATGGACCCCAGGTGACCTGATACAGGCAGAAGATCGT
GCACATAGAATTGGTCAAGTCTCTTCAGTTAACATACACTACCTTCTAGCAAATGACACT
GTTGACGACATCATCTGGGATGTTGTTCAGAGCAAGCTGGGGAATCTGGGACAGATGCTT
GATGGACAAGAGAATGCTCTGGAGGTTTCATCTAGTCATGTGATGAACAGTCCAATAAAA
CCAAGAAACAGCCCCTCGAAGCAGCAAACTCTAGACCCGTTCTTGAAGCGCTGTAAGAGA
TCATTATATGATGACACTGA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3EM53JQ 728 0 0
AGACAAGCCTTGGTTTCAGACTTTCAGGGAAACAATGAGATAAAAGCAGCAGTGCTGTCA
ATACGAGCTGCTGGTGTGGGGATAACTTTGACAGCAGCAAGCACTGTTATCTTTGCGGAG
TTGGCATGGACCCCAGGTGACCTGATACAGGCAGAAGATCGTGCACATAGAATTGGTCAA
GTCTCTTCAGTTAACATACACTACCTTCTAGCAAATGACACTGTTGACGACATCATCTGG
GATGTTGTTCAGAGCAAGCTGGGGAATCTGGGACAGATGCTTGATGGACAAGAGAATGCT
CTGGAGGTTTCATCTAGTCATGTGATGAACAGTCCAATAAAACCAAGAAACAGCCCCTCG
AAGCAGCAAACTCTAGACCCGTTCTTGAAGCGCTGTAAGAGATCATTATATGATGACACT
GAAGAACATCCGATGCCTAAAGTTCCCAAAAACTGAAAGTAAAAAACATTTAAGATCCCA
TCAGTATTTGTGAAACACATGGTCGCTAGGGTGAAATGACCATCTGTAATATTTTAGTGC
AAACTAATAGTCTTTAGTAGTTTTAACAAAAGATACTTTTTGCCAAAGATGATCTTTACA
GGTCTTATTGCAACAGATTTTCTTTCAAGGCCAAATCAATAGTCACTGCAACTTGATTCA
GAAGAAGAAGATTATTGAGAGTTCTATTCAGTCATCATTTTCATGGCAATACCTTTTGCC
TTTTTCTC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL4512Contig1 908 2 2 U
GCTTAGAATGAACTATATCCAGTTTTGTGACTTAGTTTTTGTTCGGTTTTGTGAATGATA
GGAGATATAGAAAAGTTGTAATTTGGCTTAGTTTGATGCAATTTAATTTGGCTCAGTTTG
GCTTTTTTCTGAGTTACGTCGTTTCACCTTTTTTATCGGGAACCCAAGCAGTGCCGTGCG
AAGGTCTGTATAGGCTTAAGGCAGCTTTAGAAATTGGGGCCTTTTTAATATATGACATTG
AAGAAAATCGATAAATTTGGAGACAGAGAAATTGATTTTCTTAGTAGCCTCTCCATTCTC
TGGAACCATGCTTGCCTTCATCTCCACAAATATTTTATCATTTATGGAAAGAAAATTAGG
TTTGATTGACTATAATTTAGTGATTACACCTTTAGCTGGAACCACTCTTCTCTTCATCTC
CACAAATCTAGTGATTACACTCTTTCAGTGTTTTTAAATGCTTTTTAACACACTTTTAAA
TCCTTAGTCACAAATTTAAGTTGGTTGGACACATAAACCGGAAATTCAAACTCTGAGCTA
ACTCGTTAGACCACCGTATAAATATTAACTTACTGAGTTCAAAAGCGTTATTCAGATTTT
CCTTTATATAAAACAATACACATGCAAAACTACCTTAACTCCAAAACCACTTTGATACAC
CATATTTTCTAGAATTTGGGGGCCTTAAATATGCATATTTTTTGGGGGTCTGTGGCGAGT
GCCTTTTTCAATACACATAAGGCACGGCTCTGAACCCAAGCATTATAAATAGTTTTTCCT
ACCGTGAATTGAATTCGGGTAGAGAAAGTTACAGCCGTAATCCCTTTACCACTAGATCAA
TTCAACTTTGGTGAAACTACATTTTTGTCTGAGTTATGTCAAAAAAAACCAGATCTTGAC
AGTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A845TF U 1
AF RR3A845JQ C 406
BS 1 840 RR3A845TF
BS 841 908 RR3A845JQ

RD RR3A845TF 840 0 0
GCTTAGAATGAACTATATCCAGTTTTGTGACTTAGTTTTTGTTCGGTTTTGTGAATGATA
GGAGATATAGAAAAGTTGTAATTTGGCTTAGTTTGATGCAATTTAATTTGGCTCAGTTTG
GCTTTTTTCTGAGTTACGTCGTTTCACCTTTTTTATCGGGAACCCAAGCAGTGCCGTGCG
AAGGTCTGTATAGGCTTAAGGCAGCTTTAGAAATTGGGGCCTTTTTAATATATGACATTG
AAGAAAATCGATAAATTTGGAGACAGAGAAATTGATTTTCTTAGTAGCCTCTCCATTCTC
TGGAACCATGCTTGCCTTCATCTCCACAAATATTTTATCATTTATGGAAAGAAAATTAGG
TTTGATTGACTATAATTTAGTGATTACACCTTTAGCTGGAACCACTCTTCTCTTCATCTC
CACAAATCTAGTGATTACACTCTTTCAGTGTTTTTAAATGCTTTTTAACACACTTTTAAA
TCCTTAGTCACAAATTTAAGTTGGTTGGACACATAAACCGGAAATTCAAACTCTGAGCTA
ACTCGTTAGACCACCGTATAAATATTAACTTACTGAGTTCAAAAGCGTTATTCAGATTTT
CCTTTATATAAAACAATACACATGCAAAACTACCTTAACTCCAAAACCACTTTGATACAC
CATATTTTCTAGAATTTGGGGGCCTTAAATATGCATATTTTTTGGGGGTCTGTGGCGAGT
GCCTTTTTCAATACACATAAGGCACGGCTCTGAACCCAAGCATTATAAATAGTTTTTCCT
ACCGTGAATTGAATTCGGGTAGAGAAAGTTACAGCCGTAATCCCTTTACCACTAGATCAA

QA 1 840 1 840
DS 

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TCTTCTCTTCATCTCCACAAATCTAGTGATTACACTCTTTCAGTGTTTTTAAATGCTTTT
TAACACACTTTTAAATCCTTAGTCACAAATTTAAGTTGGTTGGACACATAAACCGGAAAT
TCAAACTTTGAGCTAACTCGTTAGACCACCGTATAAATATTAACTTACTGAGTTCAAAAG
CGTTATTCAGATTTTCCTTTATATAAAACAATACACATGCAAAACTACCTTAACTCCAAA
ACCACTTTGATACACCATATTTTCTAGAATTTGGGGGCCTTAAATATGCATATTTTTTGG
GGGTCTGTGGCGAGTGCCTTTTTCAATACACATAAGGCACGGCTCTGAACCCAAGCATTA
TAAATAGTTTTTCCTACCGTGAATTGAATTCGGGTAGAGAAAGTTACAGCCGTAATCCCT
TTACCACTAGATCAATTCAACTTTGGTGAAACTACATTTTTGTCTGAGTTATGTCAAAAA
AAACCAGATCTTGACAGTTTACC

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 2

CO CL4513Contig1 1008 2 4 U
GGACTAGTGATCTCCCCTTCTTTGTGAATTCGAATGAATGGCATTTGGATACTTCTGCTG
GAGCTAGTGGACGGTCCAAAATCCTGCAGTTTGTGGTATATATTCCATCTGCAAAAGAAT
GCCCTCTTCACTTGCAGTTGCCAAATGGGGAGATATCTAAAACAAATGGCTTCATATCTC
CGATGTGGGGCGGTGTGATTGTATGGAACGGAAATTGTGATAAACACTCTAACAGCCCAA
GAAGGAACATGATCTCGCCTCAGGATCTAGAGCAAATAGTTGAAGTATTCTTGGGGCAAT
TCCTACAACTTTTTGGTTTTAAGTCGGAAACTACTTATACCAGTGGATTCGGCAGTTACA
AGATTTTACCTAGTGAAAGAGGCTTTACAGAGTGGGAATTGGATGTCTTGTCACGGAAAC
ACACGTGTTTCAATCTCCAATCTTGTGCAACAACCCTCGGCTCTCTTTCTAGGCTTGTTC
AGTCACTCCCCAGGATGATAATCAAGGATGAGATTGGAGAACAAGTGAAATACTCTCTGA
AAGCAGCAAAGTTGGCTCAGTCCAATGCCTCTCTTGGTGGATACAGTTCTTCAGCCAGTT
CATCAAGAGAAGCAAGATCCCTAGCCGAGAATGCCTTCTTCCATCCATCTATCATGTCCG
TCAGCTACTTCTCTTACGAACATTGCTTTGCTGTGTACTCGCCGTTTTTCCTGCCTGTTG
CTGGACACGTTGTCCTTGCAGCACTACGGGAATGGAAAAGATACAGACAAGAGAAGGCAA
AGTACTTGACATGGCTAACCACAAAGAATACGGCTTAGGACCCTGAACACTCATGTAAAC
CCTTTGGCACTTTTGCAGATCCTATGTAACTTGTAAGCTTTTGGTTGTTTGAATTCAATA
TTACGCAACAGCATTGTATCAGAGAAGAGACTAATAGATTTTTGACTGATTAACTTTCTG
AGTTTTCCTACGCTTTTGAATTGTGTTTTAAATTCATAGCTTTTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS11TF U 1
AF RR3DS11JQ C 315
BS 1 758 RR3DS11TF
BS 759 759 RR3DS11JQ
BS 760 773 RR3DS11TF
BS 774 1008 RR3DS11JQ

RD RR3DS11TF 773 0 0
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GCCCTCTTCACTTGCAGTTGCCAAATGGGGAGATATCTAAAACAAATGGCTTCATATCTC
CGATGTGGGGCGGTGTGATTGTATGGAACGGAAATTGTGATAAACACTCTAACAGCCCAA
GAAGGAACATGATCTCGCCTCAGGATCTAGAGCAAATAGTTGAAGTATTCTTGGGGCAAT
TCCTACAACTTTTTGGTTTTAAGTCGGAAACTACTTATACCAGTGGATTCGGCAGTTACA
AGATTTTACCTAGTGAAAGAGGCTTTACAGAGTGGGAATTGGATGTCTTGTCACGGAAAC
ACACGTGTTTCAATCTCCAATCTTGTGCAACAACCCTCGGCTCTCTTTCTAGGCTTGTTC
AGTCACTCCCCAGGATGATAATCAAGGATGAGATTGGAGAACAAGTGAAATACTCTCTGA
AAGCAGCAAAGTTGGCTCAGTCCAATGCCTCTCTTGGTGGATACAGTTCTTCAGCCAGTT
CATCAAGAGAAGCAAGATCCCTAGCCGAGAATGCCTTCTTCCATCCATCTATCATGTCCG
TCAGCTACTTCTCTTACGAACATTGCTTTGCTGTGTACTCGCCGTTTTTCCTGCCTGTTG
CTGGACACGTTGTCCTTGCAGCACTACGGGAATGGAAA*GATACAGACAAGAG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3DS11JQ 694 0 0
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GAAAGAGGCTTTACAGAGTGGGAATTGGATGTCTTGTCACGGAAACACACGTGTTTCAAT
CTCCAATCTTGTGCAACAACCCTCGGCTCTCTTTCTAGGCTTGTTCAGTCACTCCCCAGG
ATGATAATCAAGGATGAGATTGGAGAACAAGTGAAATACTCTCTGAAAGCAGCAAAGTTG
GCTCAGTCCAATGCCTCTCTTGGTGGATACAGTTCTTCAGCCAGTTCATCAAGAGAAGCA
AGATCCCTAGCCGAGAATGCCTTCTTCCATCCATCTATCATGTCCGTCAGCTACTTTTCT
TACGAACATTGCTTTGCTGTGTACTCGCCGTTTTTCCTGCCTGTTGCTGGACACGTTGTC
CTTGCAGCACTACGGGAATGGAAAAGATACAGACAAGAGAAGGCAAAGTACTTGACATGG
CTAACCACAAAGAATACGGCTTAGGACCCTGAACACTCATGTAAACCCTTTGGCACTTTT
GCAGATCCTATGTAACTTGTAAGCTTTTGGTTGTTTGAATTCAATATTACGCAACAGCAT
TGTATCAGAGAAGAGACTAATAGATTTTTGACTGATTAACTTTCTGAGTTTTCCTACGCT
TTTGAATTGTGTTTTAAATTCATAGCTTTTACAC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL4514Contig1 722 2 2 U
GGACTTGTCTTTCTACCTTTTCTTGTTCTTCACAACAAAAACAAAAATCTTCTCTTTTTC
TCTAAACACAAATTTATTCAAAGAATCTCAAAGATTCAACGAGATGTACAACAAATGCAG
CTCTCCTTCTTCCGCAAGATCGATAAGAAGTCACAGAATGAGATCTCCGATCTGCTGTTT
AGGAGCCAACGCTGTGGTCGAGCCTGAAGCCATGATCGGATCATCAAAGACTCCCAAATC
TCCTTACGAGTGGCTCAAATCAACAGCGCAGGAGCTCGAGATCAGAGATCGCTGCCGCCG
CGTCAAGACCCGCATCAAGGTCACGTGCCGCAACAACAACTGCGTTCATCCACATCACCA
TCATCATCATCATCATCACCAGAGCGGCCCGAGCTATCCTGTGGATTTCAGCTACGATCC
TTTGAGCTACGCGCTCAATTTCGAGGACGACGTGCGGGCGTACGAGGATGTTTCTTTCCC
GAATTTCACGGCGAGGTTGCCTGCGTCTCCGGTGGCGAAAAGATCGGCGACGGTTGATCT
TATCTCGTTCTAACTGTTGATCAGTCCCCTTTGCTTTTATCATGTGACGCGCGGCGGAAT
ATATAAATGTTCCTCTGTTGTGTGCTTGGCGTACATATACGACGTCGTTAATATAATTGT
AAATGCTCTTTCGCATATAGATTGATGTGTGCAAAAAATAATAAAGAAACATTTTCTATA
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3G311TF U 1
AF RR3G311JQ C 164
BS 1 609 RR3G311TF
BS 610 722 RR3G311JQ

RD RR3G311TF 609 0 0
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TCATCATCATCATCATCACCAGAGCGGCCCGAGCTATCCTGTGGATTTCAGCTACGATCC
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TATCTCGTTCTAACTGTTGATCAGTCCCCTTTGCTTTTATCATGTGACGCGCGGCGGAAT
ATATAAATG

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3G311JQ 559 0 0
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GAGGATGTTTCTTTCCCGAATTTCACGGCGAGGTTGCCTGCGTCTCCGGTGGCGAAAAGA
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GTGACGCGCGGCGGAATATATAAATGTTCCTCTGTTGTGTGCTTGGCGTACATATACGAC
GTCGTTAATATAATTGTAAATGCTCTTTCGCATATAGATTGATGTGTGCAAAAAATAATA
AAGAAACATTTTCTATATC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

CO CL4515Contig1 446 2 1 U
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TTTCTACCAAAAGCCTGTATGTTATGTTATATGCTGGATTCAATCATCGAATATGTTTGA
AATTAAGAACTCTCTCGTTTGCAGCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FO92JQ C 1
AF RR3FO92TF U 1
BS 1 446 RR3FO92TF

RD RR3FO92JQ 446 0 0
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ACTAATCACTCTGTTTTAACACTTGACTACTGTACTTGTCATTATCTCTCTCTCTCTTAA
GTCTTAACTGATCAGATCCGTACAGAGAAGGATGATGAGGCAGTTGGTGAAGAGAGTGGT
CAATAGAGCTTCAGCTTCCTCCAGCCCTGCCATCTCCATCCTCCGCTCTGATTTCTCCAC
CTCTTCTTCATCTACGCCGCAGATTCCGCCGTTCGATTACGAGGCGCGGCCGTATAATGG
TCCCTCCGCCGAAGAAGTTTTCGAGAAACGGAAGAAGTTTCTGGGACCTTCTCTTTTCCA
TTTCTACCAAAAGCCTGTATGTTATGTTATATGCTGGATTCAATCATCGAATATGTTTGA
AATTAAGAACTCTCTCGTTTGCAGCT

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3FO92TF 446 0 0
TTTTTGAGAATCCTATATGACACGTCATCATTTCCCAAAACCTTTGATCCAAAAACTACT
ACTAATCACTCTGTTTTAACACTTGACTACTGTACTTGTCATTATCTCTCTCTCTCTTAA
GTCTTAACTGATCAGATCCGTACAGAGAAGGATGATGAGGCAGTTGGTGAAGAGAGTGGT
CAATAGAGCTTCAGCTTCCTCCAGCCCTGCCATCTCCATCCTCCGCTCTGATTTCTCCAC
CTCTTCTTCATCTACGCCGCAGATTCCGCCGTTCGATTACGAGGCGCGGCCGTATAATGG
TCCCTCCGCCGAAGAAGTTTTCGAGAAACGGAAGAAGTTTCTGGGACCTTCTCTTTTCCA
TTTCTACCAAAAGCCTGTATGTTATGTTATATGCTGGATTCAATCATCGAATATGTTTGA
AATTAAGAACTCTCTCGTTTGCAGCT

QA 1 446 1 446
DS 



AS 1 2

CO CL4516Contig1 475 2 1 U
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TCGGCATCTCCATCTACGGGGAGAAGATCAAGAAGAGCAGGAGATCAACACCAAAATGGA
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TTCATTCATTTAATGGCTCTTATCAAGGTTTTGTTTGGTATTATTAAATTATGCGTTGGC
AAAAGTGAAGAATCAAATATAGGAAGTTAAGACACTGGTTTTGGAGTCTGCATTGGTTTT
GACTGTTTAAGGGAGTGAAGAAAGTGATATACTAGTTTCCCTGCAACAATAATAATGGGA
AGCAAAACCCCTTTTCACATTTTTTTTTTTCTTCTTGGGTTTGGTCACATTAATTAATGT
GATACATTATTTCACTCCTTTATATTATATTTGTGCAATACATTTTCATTTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CW74TF U 1
AF RR3CW74JQ C 46
BS 1 475 RR3CW74TF

RD RR3CW74TF 475 0 0
GCAAAACACCTGGACTTGCCAGCATCTTCTTCGATGAATTCCACGAGCAGTTCATCATAC
TCGGCATCTCCATCTACGGGGAGAAGATCAAGAAGAGCAGGAGATCAACACCAAAATGGA
TATGGATTCTGACATGATGATCCGAATATATATCGGACTTGTGAGAAGTGATGAACGCAC
TTCATTCATTTAATGGCTCTTATCAAGGTTTTGTTTGGTATTATTAAATTATGCGTTGGC
AAAAGTGAAGAATCAAATATAGGAAGTTAAGACACTGGTTTTGGAGTCTGCATTGGTTTT
GACTGTTTAAGGGAGTGAAGAAAGTGATATACTAGTTTCCCTGCAACAATAATAATGGGA
AGCAAAACCCCTTTTCACATTTTTTTTTTTCTTCTTGGGTTTGGTCACATTAATTAATGT
GATACATTATTTCACTCCTTTATATTATATTTGTGCAATACATTTTCATTTTGGC

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR3CW74JQ 430 0 0
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CAACACCAAAATGGATATGGATTCTGACATGATGATCCGAATATATATCGGACTTGTGAG
AAGTGATGAACGCACTTCATTCATTTAATGGCTCTTATCAAGGTTTTGTTTGGTATTATT
AAATTATGCGTTGGCAAAAGTGAAGAATCAAATATAGGAAGTTAAGACACTGGTTTTGGA
GTCTGCATTGGTTTTGACTGTTTAAGGGAGTGAAGAAAGTGATATACTAGTTTCCCTGCA
ACAATAATAATGGGAAGCAAAACCCCTTTTCACATTTTTTTTTTTCTTCTTGGGTTTGGT
CACATTAATTAATGTGATACATTATTTCACTCCTTTATATTATATTTGTGCAATACATTT
TCATTTTGGC

QA 1 430 1 430
DS 



AS 1 2

CO CL4517Contig1 451 2 1 U
GGAAGAAAATTCAAGAAATAACGAATAAGTTAAAAATAAAAGAAAACATGTCTAAGAGTG
AAAATACTGTTTGTTTCATTATCGTCTTAGTGATATTTTTGGTAATTTCAACAGAGAAAA
TAGCTGCGCAAGACCGTCGTTGTCAAGGACTTCCACTCCTTGTTGCACCGCCAAAGATTT
GTGATAAACAGATTGATTGTGACCGTCATTGCAAGACTCTTAAATTTGTAAGAGGAACAT
GTAAAATTCCCAAGAGGGCGAGTACAAAAGTTTGCATTTGCTATCGGGACAGCCTGAATG
ATTGCAAGGAACAACCACGTTGAAGAGAGCTACGGATTTGACCCTCAAGCATATAATTTA
TTTTTGGCCCCTTGACTATAAGTTTTAAGAAAAATTCTAAAATATGTACATATAGAACCT
CCATAAATTAATACTTAATAAATTAATAATT


BQ
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AF RR3AT92JQ C 1
AF RR3AT92TF U 1
BS 1 451 RR3AT92TF

RD RR3AT92JQ 451 0 0
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AAAATACTGTTTGTTTCATTATCGTCTTAGTGATATTTTTGGTAATTTCAACAGAGAAAA
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GTGATAAACAGATTGATTGTGACCGTCATTGCAAGACTCTTAAATTTGTAAGAGGAACAT
GTAAAATTCCCAAGAGGGCGAGTACAAAAGTTTGCATTTGCTATCGGGACAGCCTGAATG
ATTGCAAGGAACAACCACGTTGAAGAGAGCTACGGATTTGACCCTCAAGCATATAATTTA
TTTTTGGCCCCTTGACTATAAGTTTTAAGAAAAATTCTAAAATATGTACATATAGAACCT
CCATAAATTAATACTTAATAAATTAATAATT

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR3AT92TF 451 0 0
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AAAATACTGTTTGTTTCATTATCGTCTTAGTGATATTTTTGGTAATTTCAACAGAGAAAA
TAGCTGCGCAAGACCGTCGTTGTCAAGGACTTCCACTCCTTGTTGCACCGCCAAAGATTT
GTGATAAACAGATTGATTGTGACCGTCATTGCAAGACTCTTAAATTTGTAAGAGGAACAT
GTAAAATTCCCAAGAGGGCGAGTACAAAAGTTTGCATTTGCTATCGGGACAGCCTGAATG
ATTGCAAGGAACAACCACGTTGAAGAGAGCTACGGATTTGACCCTCAAGCATATAATTTA
TTTTTGGCCCCTTGACTATAAGTTTTAAGAAAAATTCTAAAATATGTACATATAGAACCT
CCATAAATTAATACTTAATAAATTAATAATT

QA 1 451 1 451
DS 



AS 1 2

CO CL4518Contig1 732 2 3 U
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GCCCCAGCCCCCGCCGTGAAAGAAGCTCCGGTGGGTTTCACGCCGCCTCAGCTAGATCCA
AACACACCGTCACCGATCTTCGCGGGAAGCACCGGTGGGCTTCTCCGCAAAGCCCAGGTG
GAAGAGTTCTACGTTATTACATGGAACTCGCCGAAAGAGCAGATCTTTGAGATGCCGACG
GGAGGTGCGGCGATCATGAGGGAAGGTCCGAACTTGCTGAAGCTGGCGAGGAAAGAACAG
TGCTTGGCTTTGGGGACAAGGCTTAGGTCCAAGTACAAGATTAACTACCAGTTTTACAGG
GTGTTCCCTAATGGTGAGGTTCAGTATCCTCATCCTAAAGATGGAGTTTATCCCGAGAAG
GCGAATCCGGGAAGAGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGATCTATTGGGAAAAATGTTAGT
CCCATTGAAGTTAAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATTTGTAAGTTGTGAAAATTTAA
AACAAAAAATCATGTGGATGTGACTATGTTTGGTTTTAATTTTTAATGGGGTTCATCTGA
ATAATTATTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AI03TF U 232
AF RR3AY84TF U 1
BS 1 465 RR3AY84TF
BS 466 468 RR3AI03TF
BS 469 732 RR3AY84TF

RD RR3AI03TF 453 0 0
GG
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CCAGGTGGAAGAGTTCTACGTTATTACATGGAACTCGCCGAAAGAGCAGATCTTTGAGAT
GCCGACGGGAGGTGCGGCGATCATGAGGGAAGGTCCGAACTTGCTGAAGCTGGCGAGGAA
AGAACAGTGCTTGGCTTTGGGGACAAGGCTTAGGTCCAAGTACAAGATTAACTACCAGTT
TTACAGGGTGTTCCCTAATGGTGAGGTTCAGTATCTTCATCCTAAAGATGGAGTTTATCC
CGAGAAGGCGAATCCGGGAAGAGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGATCTATTGGGAAAAA
TGTTAGTCCCATTGAAGTTAAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATTTGTAAGTTGTGAA
AATTTAAAACAAAAAATCATGTGGATGTGAC

QA 3 453 3 453
DS 

RD RR3AY84TF 732 0 0
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ACAACCACAGCAACCTCCGGTGTGAAAAAACTCCACTTTTTCACAACAACCCACCGTCCA
AGATCCCTCTCCTTCACCAAAACCGCAATCCGCGCCGAGAAAACAGATTCCGCCGCCGCC
GCCCCAGCCCCCGCCGTGAAAGAAGCTCCGGTGGGTTTCACGCCGCCTCAGCTAGATCCA
AACACACCGTCACCGATCTTCGCGGGAAGCACCGGTGGGCTTCTCCGCAAAGCCCAGGTG
GAAGAGTTCTACGTTATTACATGGAACTCGCCGAAAGAGCAGATCTTTGAGATGCCGACG
GGAGGTGCGGCGATCATGAGGGAAGGTCCGAACTTGCTGAAGCTGGCGAGGAAAGAACAG
TGCTTGGCTTTGGGGACAAGGCTTAGGTCCAAGTACAAGATTAAC***CAGTTTTACAGG
GTGTTCCCTAATGGTGAGGTTCAGTATCCTCATCCTAAAGATGGAGTTTATCCCGAGAAG
GCGAATCCGGGAAGAGAAGGTGTTGGTCAGAATATGAGATCTATTGGGAAAAATGTTAGT
CCCATTGAAGTTAAGTTTACTGGGAAACAAAGTTATGATTTGTAAGTTGTGAAAATTTAA
AACAAAAAATCATGTGGATGTGACTATGTTTGGTTTTAATTTTTAATGGGGTTCATCTGA
ATAATTATTCTC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL4519Contig1 496 2 3 U
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AAAAAAAATGCTCCTCTGTTTTCAGATGCATATGTTTCGGCGTTGCAATAGATTAAAATT
ATTATGTACAAAAAAAAAACCGAAACTCAGGGCCATGCATTTACGTCTCCACAAGCTCTT
CAGTGACATCTGATTCATCATCTTCTTCCACAATGGCTAGGACCTTAGATGAACTAATCC
TCAAAGAAGCGCTTCTAATCTTCATAGGAAGCTTCTCGTTGTTCGCAGCTAACCCACACT
GCACTTCCTCCTCTTCTTCTTCTTCATCATCCTTCTGAGATCAGAAGGTGGTAAGAAACA
ATCCATAGACAAACCCTTGATGTTAAAATCCATTTCCTCAATCTCCCAGCTCTCTTCCAT
CCTAGTCCTCGAGTGATTATCCGAGTTCTCACCAAACCGGAACAGAGAAACAGAGCTTTT
GCCAGCGTGTGCCACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F055JQ U 21
AF RR3F055TF C 1
BS 1 20 RR3F055TF
BS 21 466 RR3F055JQ
BS 467 496 RR3F055TF

RD RR3F055JQ 450 0 0
TTTTTACAAAGGAATCAAGAAACCAAATATATAAAATACAAAAAAAAATGCTCCTCTGTT
TTCAGATGCATATGTTTCGGCGTTGCAATAGATTAAAATTATTATGTACAAAAAAAAAAC
CGAAACTCAGGGCCATGCATTTACGTCTCCACAAGCTCTTCAGTGACATCTGATTCATCA
TCTTCTTCCACAATGGCTAGGACCTTAGATGAACTAATCCTCAAAGAAGCGCTTCTAATC
TTCATAGGAAGCTTCTCGTTGTTCGCAGCTAACCCACACTGCACTTCCTCCTCTTCTTCT
TCTTCATCATCCTTCTGAGATCAGAAGGTGGTAAGAAACAATCCATAGACAAACCCTTGA
TGTTAAAATCCATTTCCTCAATCTCCCAGCTCTCTTCCATCCTAGTCCTCGAGTGATTAT
CCGAGTTCTCACCAAACCGGAACAGA
AAAA

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3F055TF 496 0 0
GCATCCCAAGAGTTCATTGGTTTTTACAAAGGAATCAAGAAACCAAATATATAAAATACA
AAAAAAAATGCTCCTCTGTTTTCAGATGCATATGTTTCGGCGTTGCAATAGATTAAAATT
ATTATGTACAAAAAAAAAACCGAAACTCAGGGCCATGCATTTACGTCTCCACAAGCTCTT
CAGTGACATCTGATTCATCATCTTCTTCCACAATGGCTAGGACCTTAGATGAACTAATCC
TCAAAGAAGCGCTTCTAATCTTCATAGGAAGCTTCTCGTTGTTCGCAGCTAACCCACACT
GCACTTCCTCCTCTTCTTCTTCTTCATCATCCTTCTGAGATCAGAAGGTGGTAAGAAACA
ATCCATAGACAAACCCTTGATGTTAAAATCCATTTCCTCAATCTCCCAGCTCTCTTCCAT
CCTAGTCCTCGAGTGATTATCCGAGTTCTCACCAAACCGGAACAGAGAAACAGAGCTTTT
GCCAGCGTGTGCCACC

QA 1 496 1 496
DS 



AS 1 2

CO CL4520Contig1 598 2 2 U
GGATTTCAACAAAGCAACACAAATCAGAAGAAGGGTGTCATCATCTTTCTTTCAGACAAT
GGCTTCCACTGCTCTCTCCAGCGCCATCGTAAGCACATCATTCCTCCGCCGCAAGCAGAC
ACCAACCAGCCTCAGATCTCTCCCGGCGGGCAACACACAATCCCTCTTCGGCCTCAAATC
CTCCTCCTTCACCGCTCGCGTCACAGCCATGGCTGCCTACAAGGTCAAGTTCATCACACC
TGATGGAGATAAGGAAGTGGAGTGCGACGAAAGCGAATACGTCCTCGACGCGGCGGAGGA
GTCAGGAATCGATTTGCCGTACTCGTGCCGTGCGGGAGCCTGCTCGAGCTGCGCCGGGAA
AGTAGTCTCCGGCTCGGTTGACCAGTCGGACCAGAGCTTCTTAGACGATGACCAGGTCGC
CGATGGGTTTGTTCTCACGTGCATCGCTCGTCCAACTTCTGATGTCGTTATTCGAACCCA
CCAAGAAGAAGCCATGGCTTAAATAACTCAAAAAGTATTTCACTTTCTATCGTATCATCA
CACTAGAGAGAATATGTTGATGATGTAATAAGAAAGAATAAGACTCATGTCAATTCTT


BQ
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AF RR3BQ11TF U 1
AF RR3BQ11JQ C 1
BS 1 433 RR3BQ11TF
BS 434 598 RR3BQ11JQ

RD RR3BQ11TF 433 0 0
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GGCTTCCACTGCTCTCTCCAGCGCCATCGTAAGCACATCATTCCTCCGCCGCAAGCAGAC
ACCAACCAGCCTCAGATCTCTCCCGGCGGGCAACACACAATCCCTCTTCGGCCTCAAATC
CTCCTCCTTCACCGCTCGCGTCACAGCCATGGCTGCCTACAAGGTCAAGTTCATCACACC
TGATGGAGATAAGGAAGTGGAGTGCGACGAAAGCGAATACGTCCTCGACGCGGCGGAGGA
GTCAGGAATCGATTTGCCGTACTCGTGCCGTGCGGGAGCCTGCTCGAGCTGCGCCGGGAA
AGTAGTCTCCGGCTCGGTTGACCAGTCGGACCAGAGCTTCTTAGACGATGACCAGGTCGC
CGATGGGTTTGTT

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR3BQ11JQ 598 0 0
GGATTTCAACAAAGCAACACAAATCAGAAGAAGGGTGTCATCATCTTTCTTTCAGACAAT
GGCTTCCACTGCTCTCTCCAGCGCCATCGTAAGCACATCATTCCTCCGCCGCAAGCAGAC
ACCAACCAGCCTCAGATCTCTCCCGGCGGGCAACACACAATCCCTCTTCGGCCTCAAATC
CTCCTCCTTCACCGCTCGCGTCACAGCCATGGCTGCCTACAAGGTCAAGTTCATCACACC
TGATGGAGATAAGGAAGTGGAGTGCGACGAAAGCGAATACGTCCTCGACGCGGCGGAGGA
GTCAGGAATCGATTTGCCGTACTCGTGCCGTGCGGGAGCCTGCTCGAGCTGCGCCGGGAA
AGTAGTCTCCGGCTCGGTTGACCAGTCGGACCAGAGCTTCTTAGACGATGACCAGGTCGC
CGATGGGTTTGTTCTCACGTGCATCGCTCGTCCAACTTCTGATGTCGTTATTCGAACCCA
CCAAGAAGAAGCCATGGCTTAAATAACTCAAAAAGTATTTCACTTTCTATCGTATCATCA
CACTAGAGAGAATATGTTGATGATGTAATAAGAAAGAATAAGACTCATGTCAATTCTT

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

CO CL4521Contig1 805 2 2 U
GCGCTTCCGGAGCTAAGCACTTGAACATCACCTTGACCAGGTCCAAGTTTGAAGCTTTGG
TCGGCAAGTTGATTGAGAGAACAAGATCCCCGTGCCAGAACTGTTTAAAGGACGCTGGCG
TCTCGGTTAAGGAAGTCGATGAGGTTCTCCTCGTCGGTGGAATGACACGTGTTCCCAAAG
TGCAGGAGATAGTCGCTGAGATCTTTGGAAAGAGCCCTTGCAAAGGTGTGAACCCTGATG
AAGCTGAGCTCAACTCACACAAGGATCAAGAGAAGAAGCAGCTTATCGACATTAGGAACA
CGGCTGATACAACAATCTACAGCGTTGAGAAGAGTTTGAGTGAGTACAGAGAGAAGATTC
CTGCTGAGATTGCCTCTGAGATTGAGACTGCTGTGTCTGATCTCAGGACGGCAATGGCTG
GTGAAGAGGTAGAGGACATCAAGGCTAAGCTTGAAGCTGCCAACAAGGCAGTGTCGAAGA
TTGGAGAACACATGTCCAAGGGATCAGGTTCGTCTGGGACCTCTGGTGGTGAAGGTTCAA
GCGGGACTGACCAGCAGACCCCTGAAGCTGAGTTTGAAGAGGCGAGCGGTTCAAAGAAAT
GAGTTAGGTAAACCGGTTTAACTCGGTTTTGTTTCCAAATAAGTTGACATGCATTTATCC
TTCACAAAATTGATTAAAGTTTTCTTTTTGTACGTTAAAACGTCCTTTGTGGGGGTAATT
CTTGAGATATTTGATACTCGGATGCAGTTCTTGGTTTCTTTGTTTGGTCTTTTCTTGGAA
CCTATGGTTATTATCTTGACCGGTT


BQ
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AF RR3FV16TF U 1
AF RR3FV16JQ C 154
BS 1 603 RR3FV16TF
BS 604 805 RR3FV16JQ

RD RR3FV16TF 603 0 0
GCGCTTCCGGAGCTAAGCACTTGAACATCACCTTGACCAGGTCCAAGTTTGAAGCTTTGG
TCGGCAAGTTGATTGAGAGAACAAGATCCCCGTGCCAGAACTGTTTAAAGGACGCTGGCG
TCTCGGTTAAGGAAGTCGATGAGGTTCTCCTCGTCGGTGGAATGACACGTGTTCCCAAAG
TGCAGGAGATAGTCGCTGAGATCTTTGGAAAGAGCCCTTGCAAAGGTGTGAACCCTGATG
AAGCTGAGCTCAACTCACACAAGGATCAAGAGAAGAAGCAGCTTATCGACATTAGGAACA
CGGCTGATACAACAATCTACAGCGTTGAGAAGAGTTTGAGTGAGTACAGAGAGAAGATTC
CTGCTGAGATTGCCTCTGAGATTGAGACTGCTGTGTCTGATCTCAGGACGGCAATGGCTG
GTGAAGAGGTAGAGGACATCAAGGCTAAGCTTGAAGCTGCCAACAAGGCAGTGTCGAAGA
TTGGAGAACACATGTCCAAGGGATCAGGTTCGTCTGGGACCTCTGGTGGTGAAGGTTCAA
GCGGGACTGACCAGCAGACCCCTGAAGCTGAGTTTGAAGAGGCGAGCGGTTCAAAGAAAT
GAG

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3FV16JQ 652 0 0
TCGGTGGAATGACACGTGTTCCCAAAGTGCAGGAGATAGTCGCTGAGATCTTTGGAAAGA
GCCCTTGCAAAGGTGTGAACCCTGATGAAGCTGAGCTCAACTCACACAAGGATCAAGAGA
AGAAGCAGCTTATCGACATTAGGAACACGGCTGATACAACAATTTACAGCGTTGAGAAGA
GTTTGAGTGAGTACAGAGAGAAGATTCCTGCTGAGATTGCCTTTGAGATTGAGACTGCTG
TGTTTGATTTCAGGACGGCAATGGCTGGTGAAGAGGTAGAGGACATCAAGGCTAAGCTTG
AAGCTGCCAACAAGGCAGTGTCGAAGATTGGAGAACACATGTCCAAGGGATCAGGTTCGT
TTGGGACCTCTGGTGGTGAAGGTTCAAGCGGGACTGACCAGCAGACCCCTGAAGCTGAGT
TTGAAGAGGCGAGCGGTTCAAAGAAATGAGTTAGGTAAACCGGTTTAACTCGGTTTTGTT
TCCAAATAAGTTGACATGCATTTATCCTTCACAAAATTGATTAAAGTTTTCTTTTTGTAC
GTTAAAACGTCCTTTGTGGGGGTAATTCTTGAGATATTTGATACTCGGATGCAGTTCTTG
GTTTCTTTGTTTGGTCTTTTCTTGGAACCTATGGTTATTATCTTGACCGGTT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL4522Contig1 748 2 1 U
GGTCCGCGAGCGATTTCGAGAAGCAAAAGAAAAGAAAATGGTGTCAACACGTCTCTTCAC
TCATCTCATCTCCGTCTTGTCAATCTCCCTCTCAGTTACCGAATCCAAACTCTTGGAGAC
TCCTCACGCCGCCGAGTCTTTCAATGTCAGCCTCATCCAGAAACTGAGGACTAGTTGTTC
GTACACAGTGATCATCTCGACGAGCTGTTCGTCGTCGAGGTACACGCGCGATCAAATCAG
CGTCGCTTTCGGAGATGCATACGGCAACCAGATATACGCACCAAGGCTTGACGATCCAGC
TACAAAGACATTCGAGCAGTGTTCATCCGACACGTTCGAGATAAAAGGACCATGCACATA
CCAGATATGCTACGTCTATCTCTACAGGTCTGGTCCCGATGGCTGGATCCCTGATAGCGT
TAAGATATCTACCCATGGCTCCAAAGTCGTCACCTTCCCGTATAACACGCTTGTCCCTGA
GAATATATGGTATGGTTTCAATTACTGCAACAGCGCCTCCGGTTCTAGTGTCCTCGCCAC
TGGTCTCGGAAGGTTCGTGGTCGTGCTCATGGGGTTTGTTGTCGTCGGTTTGACATTGCT
TTTGTAAGCTGGTTTGTGTGAATATATTAGGACTTATGCTGAATAAATGTGTGTACTGTT
GTTGAAAAAATTTGGGTCAAGAGATGTCCTGTGTAATCTTATGATGAAGTTACTACTTGC
TAATTTACAAAGTGTGTAGATTATTATC


BQ
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AF RR3AZ16JQ C 1
AF RR3AZ16TF U 1
BS 1 748 RR3AZ16TF

RD RR3AZ16JQ 748 0 0
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QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3AZ16TF 748 0 0
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GAATATATGGTATGGTTTCAATTACTGCAACAGCGCCTCCGGTTCTAGTGTCCTCGCCAC
TGGTCTCGGAAGGTTCGTGGTCGTGCTCATGGGGTTTGTTGTCGTCGGTTTGACATTGCT
TTTGTAAGCTGGTTTGTGTGAATATATTAGGACTTATGCTGAATAAATGTGTGTACTGTT
GTTGAAAAAATTTGGGTCAAGAGATGTCCTGTGTAATCTTATGATGAAGTTACTACTTGC
TAATTTACAAAGTGTGTAGATTATTATC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL4523Contig1 1176 2 4 U
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GGCTCCTGAGAAGCTGGGGTGGAGGAACGGGGTGGGCGGTGGAAGATGCTAAAGACAGAT
CTGGAAACTTCTGGAAGAGTACGAGACAGGAGGAGTCATATCCGAAGCTTGTCAGTGCAT
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CATGGAGAAGAAGAACGATGGGATGCTAAATCTTTTGGAGGAGTGTTTTGCTGAAGGGAT
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CATACAGGAAGTATCTTACCGAGTTTGAGATTCAGG


BQ
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AF RR3BF27TF U 1
AF RR3BF27JQ C 344
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CATGGAGAAGA
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QA 1 791 1 791
DS 

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CTTACCTCCAAGGTCAACAGGAAGCGAAACGATCCGCTCAGCTCGGTCTCTGATATCCGC
TAGACACGCAGGAGAGAGGCTCCTGAGAAGCTGGGGTGGAGGAACGGGGTGGGCGGTGGA
AGATGCTAAAGACAGATCTGGAAACTTCTGGAAGAGTACGAGACAGGAGGAGTCATATCC
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AAAGCTTTGGTGATGGCCATGGAGAAGAAGAACGATGGGATGCTAAATCTTTTGGAGGAG
TGTTTTGCTGAAGGGATCATTACAACTAACCAGATGACAAAAGGGTTTGGTCGTGTCAAA
GAGAGTCTTGATGACTTGTCTTTGGACATTCCTAATGCTAAAGAGAAATTTAACTCGTAT
GTAACTCAAGCTGCCGAGAAGTGTTGGCTACACAGCGGTTTCGGCTGTCCTGCCGAAGAT
TCCTGACCTGATTTTGAATTTCTCTATGTGTATTATCGTATACGTGGAGATGAAGTTTGG
TTGGTTCTGGAAGATCAAGAATGGGATGTTTGTGTTTTTAAGGTGTTCTTTTTTACTGAT
TTTACTTGTAGACATTGCATACAGGAAGTATCTTACCGAGTTTGAGATTCAGG

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

CO CL4524Contig1 1175 2 2 U
GGAAGCATCTTTCCATAACAGGTCAAAGTTCGAGACTTTCTTCAATCAACATGGAAGCTT
TGCTTTTGATGTAACGACCAGAGGCTCGAGATTCTCATAGAGCTTGCCGTCTCGTCCCTT
CGCTGATAAAGAGTCTGTGGTGTTACTTCAGTCTCGATCCGCCGTAGAAGCTTCCGGACT
CCGCCGGTGAGGTTGGCGGCATCTCGCCTTCTTCTGCGCAAAGGTGCCGATCGAGAGCTC
CTCACCTCCAGACCAGAGAACTTCAAAGGTACAAGCTTTATATCCAAGAAGAACTCGTCG
GGGAAGAGCATCGAGCTTGAGCTCTCCGTTCAGACAACTCGCTTGTTGCTTCCTGCAACT
CTGCAAAACACAGCAAATTCTTGGACTGCTTCTGTTTTAGAATTGGTAGATCTTGCTCTA
TGCTACGAAAGCTTGCGTCTTTAGTAGAGGAGGTGAGAGCATGGAGGTTTATCTGTTCTT
CATTGGCCAAGGACGGCCAATCATCTCGTCACAAACGTATTTGAAGATGAGCACTTGAGA
TTTTCTTTCAGTCAACTCATCAGTTTGACCTGAGAACACTAAGCTCTTCACGAAGAAGCT
ATTTTGCGGCGGAGAAGTACGGTGCTGGGGTTGTGATAGGGAAATCTGAAGAGGTGAGAG
CGGACTCAGGGCGAGTTGACTCAGTTGTGATTTCTATTCAGAGGCTTCTCTTCATCTTGC
CACACCGATCTCGATCCGTGACCAGCACTCGGACCTGATTGGATAACGTCATCAGCTTTG
AGCTCACCACCATCTCAGCTCAGATAAGAGCGTTCCACGAGACCACGAGCTTCAGCATCT
TCCAAAGAAGAGACAGCGGCGGAGAGTAGAGAGGAGCTACAAAAACAGTCTATCAACACA
GTGAACGGGTAGAGATCATTTCCAAACCATAAAGTTCTGGTCTTGTCTTGTACTCCTCTT
GGTGATGCGTGAAAACAGTCTCTGAATCAGACAAAATATGCTTCTTCCAGCTCTGTTCCT
GTCTCTTCCGACAACCAAGTTAAGACCAGTTCAGGGTTGCTGCTGAAAGTTATCAGTTTT
CCTTTCCCTGGCTCTTCCATTAGCTCCCGGGGAAGATAACGAGTTCAAGCTCAGTCATAA
TCTCGAAGAGCAGCTCCAAACTCTGTACAAGCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AP71TF U 1
AF RR3AP71JQ C 381
BS 1 785 RR3AP71TF
BS 786 1175 RR3AP71JQ

RD RR3AP71TF 785 0 0
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TGCTTTTGATGTAACGACCAGAGGCTCGAGATTCTCATAGAGCTTGCCGTCTCGTCCCTT
CGCTGATAAAGAGTCTGTGGTGTTACTTCAGTCTCGATCCGCCGTAGAAGCTTCCGGACT
CCGCCGGTGAGGTTGGCGGCATCTCGCCTTCTTCTGCGCAAAGGTGCCGATCGAGAGCTC
CTCACCTCCAGACCAGAGAACTTCAAAGGTACAAGCTTTATATCCAAGAAGAACTCGTCG
GGGAAGAGCATCGAGCTTGAGCTCTCCGTTCAGACAACTCGCTTGTTGCTTCCTGCAACT
CTGCAAAACACAGCAAATTCTTGGACTGCTTCTGTTTTAGAATTGGTAGATCTTGCTCTA
TGCTACGAAAGCTTGCGTCTTTAGTAGAGGAGGTGAGAGCATGGAGGTTTATCTGTTCTT
CATTGGCCAAGGACGGCCAATCATCTCGTCACAAACGTATTTGAAGATGAGCACTTGAGA
TTTTCTTTCAGTCAACTCATCAGTTTGACCTGAGAACACTAAGCTCTTCACGAAGAAGCT
ATTTTGCGGCGGAGAAGTACGGTGCTGGGGTTGTGATAGGGAAATCTGAAGAGGTGAGAG
CGGACTCAGGGCGAGTTGACTCAGTTGTGATTTCTATTCAGAGGCTTCTCTTCATCTTGC
CACACCGATCTCGATCCGTGACCAGCACTCGGACCTGATTGGATAACGTCATCAGCTTTG
AGCTC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3AP71JQ 795 0 0
TTGGACTGCTTCTGTTTTAGAATTGGTAGATCTTGCTCTATGCTACGAAAGCTTGCGTCT
TTAGTAGAGGAGGTGAGAGCATGGAGGTTTATCTGTTCTTCATTGGCCAAGGACGGCCAA
TCATCTCGTCACAAACGTATTTGAAGATGAGCACTTGAGATTTTCTTTCAGTCAACTCAT
CAGTTTGACCTGAGAACACTAAGCTCTTCACGAAGAAGCTATTTTGCGGCGGAGAAGTAC
GGTGCTGGGGTTGTGATAGGGAAATCTGAAGAGGTGAGAGCGGACTCAGGGCGAGTTGAC
TCAGTTGTGATTTCTATTCAGAGGCTTCTCTTCATCTTGCCACACCGATCTCGATCCGTG
ACCAGCACTCGGACCTGATTGGATAACGTCATCAGCTTTGAGCTCACCACCATCTCAGCT
CAGATAAGAGCGTTCCACGAGACCACGAGCTTCAGCATCTTCCAAAGAAGAGACAGCGGC
GGAGAGTAGAGAGGAGCTACAAAAACAGTCTATCAACACAGTGAACGGGTAGAGATCATT
TCCAAACCATAAAGTTCTGGTCTTGTCTTGTACTCCTCTTGGTGATGCGTGAAAACAGTC
TCTGAATCAGACAAAATATGCTTCTTCCAGCTCTGTTCCTGTCTCTTCCGACAACCAAGT
TAAGACCAGTTCAGGGTTGCTGCTGAAAGTTATCAGTTTTCCTTTCCCTGGCTCTTCCAT
TAGCTCCCGGGGAAGATAACGAGTTCAAGCTCAGTCATAATCTCGAAGAGCAGCTCCAAA
CTCTGTACAAGCTCC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL4525Contig1 451 2 1 U
GGATGACCGATGAGGAGCTTTTCTCGAAGGGTGATCGAGAGAACGATCAAGACCCGTTTG
CAATTCCTAGGGGATACAATTGGATCACATCTGAAGAGAAGAAAAAGAAGGTACAAGAGA
AGAACAAAGCTAAGAAGGGGAAGTCATCTCAGAACAGCTGAAAGAAACACCAAGTAAGAA
AGGTATCTTTCTGAAAACATTGATATAGGAAAAAAATCTGGCAGATTATAATATAGTTGG
GGGGATGGGGGGAAAATAGAGGAATGATGTGGATGATTATTAATGTTGTTGTTGTTGTGA
CTTTATATTTGCTTATGATGATTCTTTCTTTTGTATTTTGGTTTTTAATCATTGGAGATG
ATGATTATTGTTAACTCTGTATCATCATCTTGAAATAAGCTGAAGTTGTTGGTATAAGAT
CAAGTTGATGGGAGACTCACCATTGTTTCTT


BQ
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AF RR3GL01JQ C 1
AF RR3GL01TF U 1
BS 1 451 RR3GL01TF

RD RR3GL01JQ 451 0 0
GGATGACCGATGAGGAGCTTTTCTCGAAGGGTGATCGAGAGAACGATCAAGACCCGTTTG
CAATTCCTAGGGGATACAATTGGATCACATCTGAAGAGAAGAAAAAGAAGGTACAAGAGA
AGAACAAAGCTAAGAAGGGGAAGTCATCTCAGAACAGCTGAAAGAAACACCAAGTAAGAA
AGGTATCTTTCTGAAAACATTGATATAGGAAAAAAATCTGGCAGATTATAATATAGTTGG
GGGGATGGGGGGAAAATAGAGGAATGATGTGGATGATTATTAATGTTGTTGTTGTTGTGA
CTTTATATTTGCTTATGATGATTCTTTCTTTTGTATTTTGGTTTTTAATCATTGGAGATG
ATGATTATTGTTAACTCTGTATCATCATCTTGAAATAAGCTGAAGTTGTTGGTATAAGAT
CAAGTTGATGGGAGACTCAGCATTGTTTCTT

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR3GL01TF 451 0 0
GGATGACCGATGAGGAGCTTTTCTCGAAGGGTGATCGAGAGAACGATCAAGACCCGTTTG
CAATTCCTAGGGGATACAATTGGATCACATCTGAAGAGAAGAAAAAGAAGGTACAAGAGA
AGAACAAAGCTAAGAAGGGGAAGTCATCTCAGAACAGCTGAAAGAAACACCAAGTAAGAA
AGGTATCTTTCTGAAAACATTGATATAGGAAAAAAATCTGGCAGATTATAATATAGTTGG
GGGGATGGGGGGAAAATAGAGGAATGATGTGGATGATTATTAATGTTGTTGTTGTTGTGA
CTTTATATTTGCTTATGATGATTCTTTCTTTTGTATTTTGGTTTTTAATCATTGGAGATG
ATGATTATTGTTAACTCTGTATCATCATCTTGAAATAAGCTGAAGTTGTTGGTATAAGAT
CAAGTTGATGGGAGACTCACCATTGTTTCTT

QA 1 451 1 451
DS 



AS 1 2

CO CL4526Contig1 737 2 2 U
TACAGGACCTTGAGCGCTCAACGTTACCTCCTTCTAGCTTGCATTGCACAAAGGTTTTCA
AGCATTCATATGCAACTCTTCCTTTTTTTGCTTTCAACTTCCCACAAAACACAGCTGTCA
AATCCTAAACAATGAACATCAAATAAATCCCTCAAAAAATGGCGAAATTCAGAACGAATG
TGAATTGCATAATCAAAAATTCTACAATATATAGTGTAAACACACGAAACCCTGATTTCG
AGATCCAAACTAATCAACCCTAAATTTTGATTTTCACCAGATCGAATAGAAACGCCCAAT
TTCGAAACCCTAATTAGCTCAATCGACGTATTTACATTCAAATCTCGCAAGCAAAAAAAA
AACTGAAAATTGAAGAACTAGGGTTACTAAATACAAATTCAATTTCGAACTTTTAATAGA
AAATAGAAAATCAAAAGAGAAACATGTTTGACCTCAACCAAAAAAAGAGGAATAATACCT
GAGAGAGATGTAAAGATTGAGAGACTGTGATCTGCGAATAATATAGTCGAGAATTTAGAG
AAAATTTAACGAAACTGAAGCGGAAGATTTTTCAGACGAACATTTACGGTTGAACACGGA
GAGACAGAGAGAGAGAGGGGAGAGACCAAAAAAAAAAGGAATTTTTATTTTTCTTGTTTA
CATTCACATAAAATTAAAAGGAAAAATAAAATGAGAACGTAATAAATTATATTAATTACT
TTATGTAAATACTTTTT


BQ
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AF RR3FI39TF U 1
AF RR3FI39JQ C 92
BS 1 508 RR3FI39TF
BS 509 737 RR3FI39JQ

RD RR3FI39TF 508 0 0
TACAGGACCTTGAGCGCTCAACGTTACCTCCTTCTAGCTTGCATTGCACAAAGGTTTTCA
AGCATTCATATGCAACTCTTCCTTTTTTTGCTTTCAACTTCCCACAAAACACAGCTGTCA
AATCCTAAACAATGAACATCAAATAAATCCCTCAAAAAATGGCGAAATTCAGAACGAATG
TGAATTGCATAATCAAAAATTCTACAATATATAGTGTAAACACACGAAACCCTGATTTCG
AGATCCAAACTAATCAACCCTAAATTTTGATTTTCACCAGATCGAATAGAAACGCCCAAT
TTCGAAACCCTAATTAGCTCAATCGACGTATTTACATTCAAATCTCGCAAGCAAAAAAAA
AACTGAAAATTGAAGAACTAGGGTTACTAAATACAAATTCAATTTCGAACTTTTAATAGA
AAATAGAAAATCAAAAGAGAAACATGTTTGACCTCAACCAAAAAAAGAGGAATAATACCT
GAGAGAGATGTAAAGATTGAGAGACTGT

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR3FI39JQ 646 0 0
TTTCAACTTCCCACAAAACACAGCTGTCAAATCCTAAACAATGAACATCAAATAAATCCC
TCAAAAAATGGCGAAATTCAGAACGAATGTGAATTGCATAATCAAAAATTTTACAATATA
TAGTGTAAACACACGAAACCCTGATTTCGAGATCCAAACTAATCAACCCTAAATTTTGAT
TTTCACCAGATCGAATAGAAACGCCCAATTTCGAAACCCTAATTAGCTCAATCGACGTAT
TTACATTCAAATCTCGCAAGCAAAAAAAAAACTGAAAATTGAAGAACTAGGGTTACTAAA
TACAAATTCAATTTCGAACTTTTAATAGAAAATAGAAAATCAAAAGAGAAACATGTTTGA
CCTCAACCAAAAAAAGAGGAATAATACCTGAGAGAGATGTAAAGATTGAGAGACTGTGAT
CTGCGAATAATATAGTCGAGAATTTAGAGAAAATTTAACGAAACTGAAGCGGAAGATTTT
TCAGACGAACATTTACGGTTGAACACGGAGAGACAGAGAGAGAGAGGGGAGAGACCAAAA
AAAAAAGGAATTTTTATTTTTCTTGTTTACATTCACATAAAATTAAAAGGAAAAATAAAA
TGAGAACGTAATAAATTATATTAATTACTTTATGTAAATACTTTTT

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL4527Contig1 955 2 2 U
GTGCATTTACAATTCATGTGACGGTATTGATACTGTTGAAAGGTGTTTTATTTGCTCGTA
GCTCGCGGTTAATACCAGATAAAGCAAATCTTGGTTTTCGTTTCCCTTGTGATGGGCCTG
GAAGAGGAGGAACATGTCAAGTATCTGCTTGGGATCATGTCTTCTTAGGACTATTCTGGA
TGTACAATTCTATTTCAGTAGTAATATTCCATTTCAGTTGGAAAATGCAGTCAGATGTTT
GGGGTAGTATAAGCGATCAAGGGGCAATACTCAGATCTGGAGGACTAGCAGAGAAAGAGA
AAGAGAAAGAGAAAGAGGAGAGGTATTACACTACGAGAGGTGTAGTTGATACAATTGGGA
AAGCTTGCTTATTAGATGGAGAAGACAGCAATAGCAAGGGAGAGGAGAGTGATATGTGGC
CGAAGCTGTTTGTGACTCTGTCGAGCAAAGAGAAGGAAGAAGATTTCATGGCTATGAAAG
GTTGCAAACCTTCGCACAGGCCTAAGAAGAGAGCCAAACTCATCCAGAAAAGCTTACTTT
TGGTGAGTCCTGGAACATGGTTGGCTGATATGTGTCCTGATAGATATGATGTCCGGGTCA
AGAAGAGCTCCAAGAAGAGGCGAGCAAGAGGATTAAAAGCAATGGGGAATGTTGAGAGCG
ATTCAGATTAAGGAGGAGCTTGAAACATTATCTAGAAAATCTTTGCATATTGACTTTTTA
GATTAACTCTTGCTTTGTGGTGTTCACTTAAGCAATCTTATAAAAGTAGTTTCTTTCAGT
TGATCATTTTGAACTACAAAGGAAACATTTATTTCTTTGTGGGCAATGTATGCGCTTGTG
GTTGTTGTAACTTGCACACAATCTTGTTGCAACTTACTGTTTCAAATAATGGATTTTTGG
TCCCATCTTCTGACATAATTTTTCTTTATTTTACGTGGGAACATTGACATTAAGC


BQ
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AF RR3A386TF U 1
AF RR3A386JQ C 174
BS 1 620 RR3A386TF
BS 621 955 RR3A386JQ

RD RR3A386TF 620 0 0
GTGCATTTACAATTCATGTGACGGTATTGATACTGTTGAAAGGTGTTTTATTTGCTCGTA
GCTCGCGGTTAATACCAGATAAAGCAAATCTTGGTTTTCGTTTCCCTTGTGATGGGCCTG
GAAGAGGAGGAACATGTCAAGTATCTGCTTGGGATCATGTCTTCTTAGGACTATTCTGGA
TGTACAATTCTATTTCAGTAGTAATATTCCATTTCAGTTGGAAAATGCAGTCAGATGTTT
GGGGTAGTATAAGCGATCAAGGGGCAATACTCAGATCTGGAGGACTAGCAGAGAAAGAGA
AAGAGAAAGAGAAAGAGGAGAGGTATTACACTACGAGAGGTGTAGTTGATACAATTGGGA
AAGCTTGCTTATTAGATGGAGAAGACAGCAATAGCAAGGGAGAGGAGAGTGATATGTGGC
CGAAGCTGTTTGTGACTCTGTCGAGCAAAGAGAAGGAAGAAGATTTCATGGCTATGAAAG
GTTGCAAACCTTCGCACAGGCCTAAGAAGAGAGCCAAACTCATCCAGAAAAGCTTACTTT
TGGTGAGTCCTGGAACATGGTTGGCTGATATGTGTCCTGATAGATATGATGTCCGGGTCA
AGAAGAGCTCCAAGAAGAGG

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3A386JQ 782 0 0
TTCTGGATGTACAATTCTATTTCAGTAGTAATATTCCATTTCAGTTGGAAAATGCAGTCA
GATGTTTGGGGTAGTATAAGCGATCAAGGGGCAATACTCAGATCTGGAGGACTAGCAGAG
AAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGGAGAGGTATTACACTACGAGAGGTGTAGTTGATACA
ATTGGGAAAGCTTGCTTATTAGATGGAGAAGACAGCAATAGCAAGGGAGAGGAGAGTGAT
ATGTGGCCGAAGCTGTTTGTGACTCTGTCGAGCAAAGAGAAGGAAGAAGATTTCATGGCT
ATGAAAGGTTGCAAACCTTCGCACAGGCCTAAGAAGAGAGCCAAACTCATCCAGAAAAGC
TTACTTTTGGTGAGTCCTGGAACATGGTTGGCTGATATGTGTCCTGATAGATATGATGTC
CGGGTCAAGAAGAGCTCCAAGAAGAGGCGAGCAAGAGGATTAAAAGCAATGGGGAATGTT
GAGAGCGATTCAGATTAAGGAGGAGCTTGAAACATTATCTAGAAAATCTTTGCATATTGA
CTTTTTAGATTAACTCTTGCTTTGTGGTGTTCACTTAAGCAATCTTATAAAAGTAGTTTC
TTTCAGTTGATCATTTTGAACTACAAAGGAAACATTTATTTCTTTGTGGGCAATGTATGC
GCTTGTGGTTGTTGTAACTTGCACACAATCTTGTTGCAACTTACTGTTTCAAATAATGGA
TTTTTGGTCCCATCTTCTGACATAATTTTTCTTTATTTTACGTGGGAACATTGACATTAA
GC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL4528Contig1 958 2 4 U
GGAACACAACACACACTCCATCTCCTGTTCAGTGTTCTTCACTATAGTACAACAACAATG
TCGACGTTTTCACTCAAATCCTTCACCGGACTTCGCCAGTTCCCAACGGACCAGATAACT
CTCGTCTCCCATGTCCCGTCCTCACTCTCTCTCTCCAGCGACGGACCTCCCTCAAAGTAA
CCGCGTCAAGAGCCAGCCCCAAGCTCGCCAACCGCACCCTCCGCGTCGCCGTCATCGGCG
GAGGCCCTGCGGGAGGAGCCGCCGCCGAGACTCTCGCCCAGGGAGACGTCGAGACGATCC
TCATCGAGCGGAAGATGGACAACTGCAAGCCCTGCGGCGGCGCGATCCCTCTCTGCATGG
TCGGAGAGTTCAACCTGCCGCTGGACATCATCGACAGGAGGGTAACGAAGATGAAGATGA
TCTCTCCGTCTAACATCGCCGTCGACATCGGCCGCACGCTCAAGGAGCACGAGTACATTG
GGATGGTGAGGAGGGAGGTTCTTGACCAGTACCTGAGGGAGAGAGCGGAGAAGAGTGGAG
GGATGTGTGCTGAAGCCATCGTTGAAAGTTCACAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAAA
GTGATTTGAGAAAGTACTTGGAGAAATGGGACAAGACGTACTTGCCTACGTACAGGGTGC
TTGATGTGTTGCAGAAAGTGTTTTACAGATCGAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAGA
TGTGTGGAGATGAGTACGTTCAGAAGATGATGTTTGATAGCTATCTGTACAAGAGGGTCG
CACCGGGTAGTCCTTTGGAGGATTTGAAGTTGGCTGTCAACACCATTGGGAGTGTGTTTA
GAGCTAATGCTCTAAGGAGAGAGATTGAGAAGCTAAATGTTTAAGCTTAATGTCTACCCC
TTAAAAATAATCAGTTTCTTATTTATGTTTCGGTTTATTGAATGATCAGTGGCTTTTT


BQ
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AF RR3FD51TF U 1
AF RR3FD51JQ C 250
BS 1 698 RR3FD51TF
BS 699 699 RR3FD51JQ
BS 700 708 RR3FD51TF
BS 709 958 RR3FD51JQ

RD RR3FD51TF 708 0 0
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GAGGCCCTGCGGGAGGAGCCGCCGCCGAGACTCTCGCCCAGGGAGACGTCGAGACGATCC
TCATCGAGCGGAAGATGGACAACTGCAAGCCCTGCGGCGGCGCGATCCCTCTCTGCATGG
TCGGAGAGTTCAACCTGCCGCTGGACATCATCGACAGGAGGGTAACGAAGATGAAGATGA
TCTCTCCGTCTAACATCGCCGTCGACATCGGCCGCACGCTCAAGGAGCACGAGTACATTG
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QA 1 708 1 708
DS 

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TCAACCTGCCGCTGGACATCATCGACAGGAGGGTAACGAAGATGAAGATGATCTCTCCGT
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CTCTAAGGAGAGAGATTGAGAAGCTAAATGTTTAAGCTTAATGTCTACCCCTTAAAAATA
ATCAGTTTCTTATTTATGTTTCGGTTTATTGAATGATCAGTGGCTTTTT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

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TATATTATTCTTTGAAAAAAGATATACAAATTTCAAATATTTTTCTAGGACATAAACACG
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BQ
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AF RR3CL05JQ C 1
AF RR3CL05TF U 1
BS 1 742 RR3CL05TF
BS 743 743 RR3CL05JQ
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CTCATCTTCTGATTGTTTCTTCGCGTTATATTATGCAGACAAGTAGAATGTAAAGAAAAT
TATATTATTCTTTGAAAAAAGATATACAAATTTCAAATATTTTTCTAGGACATAAACACG
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QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3CL05TF 753 0 0
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ATGAGGATATCTTCATTTCTGTTTGGAATCTACATCGAAGTCCTCTTCATTGGGATGACG
CAGAAGAGTTTAATCCAGAGAGATGGCCTCTTGATGGACCAAACCCAAATGAGACAAACC
AAAACTTCAGTTACTTACCGTTTGGTGGAGGACCAAGGAAATGCATAGGCGACATGTTTG
CTTCTTTTGAGGTAGAGAAACAATTGACATCAATCAGTACTTGTTACATGTTCTTATAGT
AACTGGGATATATGTATGTTTTTTTTTTTGTAGAATGTGGTAGCAATCGCAATGCTTATT
CGAAGATTTAACTTTCAGACTGCACCAGGAGCTCCTCCGGTGAAAATGACTACAGGAGCT
ACAATACATACTACAGAAGGACTGAAATTGACTGTAACAAAGAGAACACCACCTCTCTCT
GTTCCTATCCTTCCAATGGAAGCTCCTCGAGATGAAGTTTCCTCTGCTCTGTCTTGAGTC
CTCATCTTCTGATTGTTTCTTCGCGTTATATTATGCAGACAAGTAGAATGTAAAGAAAAT
TATATTATTCTTTGAAAAAAGATATACAAATTTCAAATATTTTTCTAGGACATAAACACG
AAGCTTTGATTTTACGTCAATGAAGTGATAATCATCGAGAGTGTATACTTCCATCATCGA
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QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL4530Contig1 882 2 2 U
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AAGAGACAAAGGAGCTCCAGAAAAAACTCGGAAAGTGCATCAATCTTTGATTGAGATTAT
ATCCAAGCTTCTTTCATAAGGGCTTCATTTATTCAAAATATATTGTGGTTTTATTATCAT
CAAAAGACAAAAAGGTGTTTTATAAGTCTAAATAATGACGGATGCACGTGAATATTATTT
TTTCTCTCTTCTGAATTTGATGCTGGACGATTTTTTGTGTCG


BQ
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AF RR3CQ79TF U 1
AF RR3CQ79JQ C 79
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BS 529 882 RR3CQ79JQ

RD RR3CQ79TF 528 0 0
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CTGTTCTCTATCACTTGCAGACGCTTTTCGGCAGTAAGATCTCTGACTATATGATCATTG
TCTTTACCGGTGGGGATGATTTGGAAGACAACGATGAGACCTTGGAGGACTACTTGGGTC
AGGAGTGCCCTGAGTTTCTGAAAGAGATTCTTGAACTATGTGACAATAGAATGGTACTGT
TTGATAACAAGACTACCAATAAGCGGAAGAAAGCAGAGCAAGTTCAGAAGCTTCTCTCAC
TTGTTGATTCAGTTGCTAGAAAGAACAATGGAAAACCGTTTACAGATGAGTTGTTCCATG
AACTACAGGAGGAGGCTATCAAGCTACGTGACCAGAAAAAGGAGGTTGAATCGCTCAAGG
GTTATTCAAAGAGTGAGATATCTGAGTTCAAGAAGCAGATAGAGATATCCTATGACAGAC
AGCTTAGCCGTATCACTGAGATGGTTGAGACAAAGCTTAAAGAAACGG

QA 1 528 1 528
DS 

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CAGACGC
TTTCGGCAGTAAGATCTCTGACTATATGATCATTGTCTTTACCGGTGGGGATGATTTGGA
AGACAACGATGAGACCTTGGAGGACTACTTGGGTCAGGAGTGCCCTGAGTTTCTGAAAGA
GATTCTTGAACTATGTGACAATAGAATGGTACTGTTTGATAACAAGACTACCAATAAGCG
GAAGAAAGCAGAGCAAGTTCAGAAGCTTCTCTCACTTGTTGATTCAGTTGCTAGAAAGAA
CAATGGAAAACCGTTTACAGATGAGTTGTTCCATGAACTACAGGAGGAGGCTATCAAGCT
ACGTGACCAGAAAAAGGAGGTTGAATCGCTCAAGGGTTATTCAAAGAGTGAGATATCTGA
GTTCAAGAAGCAGATAGAGATATCCTATGACAGACAGCTTAGCCGTATCACTGAGATGGT
TGAGACAAAGCTTAAAGAAACGGCAAAGAGGCTGGAGAAGCAGCTAGGTGAAGAGCAAGC
GGCAAGACTTGAAGCTGAAGAGAGGGCAAATGAAGTTCAGAAACGGTCAAGTGGTGAGAT
TAAGAAGCTGAGAGAGAATCTGGAGAGGGCGGAGAAAGAGACAAAGGAGCTCCAGAAAAA
ACTCGGAAAGTGCATCAATCTTTGATTGAGATTATATCCAAGCTTCTTTCATAAGGGCTT
CATTTATTCAAAATATATTGTGGTTTTATTATCATCAAAAGACAAAAAGGTGTTTTATAA
GTCTAAATAATGACGGATGCACGTGAATATTATTTTTTCTCTCTTCTGAATTTGATGCTG
GACGATTTTTTGTGTCG

QA 8 804 8 804
DS 



AS 1 2

CO CL4531Contig1 534 2 1 U
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AGATATCTAAACACAACAAGAAGAGGTTATTCATGATGATGTTTTACCTGAAAACGTCAT
CCATTAACCAGCGCAAGGTCTTCTTCGGATCATCCTCCCATGTTGGTGTCCCTGTAGCTA
ACCCTTTCTCTATCTCTTTACATGCTGATGAAGACGAGGATGTTCATGAGTCTGAGCACC
TCGAATGGCTAGAAGAGGAGGTTGATGATGATAATATTGTTGGTGATGTTGATATAGATC
GTTTGGCAGATATGTTCATCGCGAGCTGCCACGAGAAGTTCTTGCTGGAGAAGGTTGAGT
CTTATAGGAGATACCAAGAAATGTTGGAGAGGAGTTTATGAGAATTGAGAACTTGAGATA
ACCAACAGATTTGTTTGTTTTGTTCTAAAGTTAATTCTTGTTTGATGGATGTTTTAATCA
ATAAAATGGCGGTGAAATATTTACAAACATTATTGAGAAACTTTCTCACTAATC


BQ
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AF RR3C163TF U 1
AF RR3C163JQ C 68
BS 1 534 RR3C163TF

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AGATATCTAAACACAACAAGAAGAGGTTATTCATGATGATGTTTTACCTGAAAACGTCAT
CCATTAACCAGCGCAAGGTCTTCTTCGGATCATCCTCCCATGTTGGTGTCCCTGTAGCTA
ACCCTTTCTCTATCTCTTTACATGCTGATGAAGACGAGGATGTTCATGAGTCTGAGCACC
TCGAATGGCTAGAAGAGGAGGTTGATGATGATAATATTGTTGGTGATGTTGATATAGATC
GTTTGGCAGATATGTTCATCGCGAGCTGCCACGAGAAGTTCTTGCTGGAGAAGGTTGAGT
CTTATAGGAGATACCAAGAAATGTTGGAGAGGAGTTTATGAGAATTGAGAACTTGAGATA
ACCAACAGATTTGTTTGTTTTGTTCTAAAGTTAATTCTTGTTTGATGGATGTTTTAATCA
ATAAAATGGCGGTGAAATATTTACAAACATTATTGAGAAACTTTCTCACTAATC

QA 1 534 1 534
DS 

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GCTAGAAGAGGAGGTTGATGATGATAATATTGTTGGTGATGTTGATATAGATCGTTTGGC
AGATATGTTCATCGCGAGCTGCCACGAGAAGTTCTTGCTGGAGAAGGTTGAGTTTTATAG
GAGATACCAAGAAATGTTGGAGAGGAGTTTATGAGAATTGAGAACTTGAGATAACCAACA
GATTTGTTTGTTTTGTTTTAAAGTTAATTCTTGTTTGATGGATGTTTTAATCAATAAAAT
GGCGGTGAAATATTTACAAACATTATTGAGAAACTTTCTCACTAATC

QA 1 467 1 467
DS 



AS 1 2

CO CL4532Contig1 892 2 8 U
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TCCCTTGTCTACGATTTCGCGGTCGGTCGATCGATTACTTATATTTTTTGAGGTCTACAA
AGTGTTTTTTGCCTTTCTTAACGAACTAGGAAATGGTTAAAAGTCATGGAGAGTTTTGAT
TTACTAGAGATATCATGACGCAGTGCATAGACGGATTCAAGCATGTATGCAACTCTCTGT
TTCGGTGTTTTGATATCGAGATATATAAACAGTCTGGAGGCCTTGGAGATCCTGAACTAC
TTGCCAGAGAGACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGGTGTTTGATTTGTTCG
ACACAAAGCATAATGGAATACTGGGTTTTGAGGAGTTTGCCCGTGCTCTCTCCGTCTTTC
ATCCAAATGCTCCTATAGACGACAAGATTGATTTTTCGTTTCAGTTATATGATCTTAAAC
AGCAAGGTTTCATCGAGAGGCAGGAGGTGAAGCAGATGGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGT
CAGGCATGAACCTATCAGACGAAGTCATAGAGAGTATAATCGACAAGACATTTGAAGAAG
CTGACACAAAGCATGACGGGAGGATCGATAAGGAAGAGTGGAGGATCCTTGTTCTTAGGC
ATCCTTCGCTTCTGAAGAACATGACACTTCAGTATCTCAAGGATATCACGACTACGTTTC
CGAGCTTTGTGTTTCATTCTCAGGTGGAAGATACCTGAGAAGAGCATAGCAGATCAAACA
GTTTGGCAAGTGTGTTTGTTTTCAGTCATGTATCATGTTTATTTGTTTTTTTTTTTTTAA
ATCTCTCTGAACTCCAGTTTCCAAGATTTTGTTGTTTCTTCTGTGAAAATGG


BQ
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AF RR3FU24TF U 1
AF RR3FU24JQ C 158
BS 1 634 RR3FU24TF
BS 635 635 RR3FU24JQ
BS 636 658 RR3FU24TF
BS 659 659 RR3FU24JQ
BS 660 744 RR3FU24TF
BS 745 745 RR3FU24JQ
BS 746 773 RR3FU24TF
BS 774 892 RR3FU24JQ

RD RR3FU24TF 773 0 0
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TCCCTTGTCTACGATTTCGCGGTCGGTCGATCGATTACTTATATTTTTTGAGGTCTACAA
AGTGTTTTTTGCCTTTCTTAACGAACTAGGAAATGGTTAAAAGTCATGGAGAGTTTTGAT
TTACTAGAGATATCATGACGCAGTGCATAGACGGATTCAAGCATGTATGCAACTCTCTGT
TTCGGTGTTTTGATATCGAGATATATAAACAGTCTGGAGGCCTTGGAGATCCTGAACTAC
TTGCCAGAGAGACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGGTGTTTGATTTGTTCG
ACACAAAGCATAATGGAATACTGGGTTTTGAGGAGTTTGCCCGTGCTCTCTCCGTCTTTC
ATCCAAATGCTCCTATAGACGACAAGATTGATTTTTCGTTTCAGTTATATGATCTTAAAC
AGCAAGGTTTCATCGAGAGGCAGGAGGTGAAGCAGATGGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGT
CAGGCATGAACCTATCAGACGAAGTCATAGAGAGTATAATCGACAAGACATTTGAAGAAG
CTGACACAAAGCATGACGGGAGGATCGATAAGGA*GAGTGGAGGATCCTTGTTCTTAG*C
ATCCTTCGCTTCTGAAGAACATGACACTTCAGTATCTCAAGGATATCACGACTACGTTTC
CGAGCTTTGTGTTTCATTCTCAGG*GGAAGATACCTGAGAAGAGCATAGCAGA

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3FU24JQ 735 0 0
TAAAAGTCATGGAGAGTTTTGATTTACTAGAGATATCATGACGCAGTGCATAGACGGATT
CAAGCATGTATGCAACTCTCTGTTTCGGTGTTTTGATATCGAGATATATAAACAGTCTGG
AGGCCTTGGAGATCCTGAACTACTTGCCAGAGAGACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGC
AGACCGGGTGTTTGATTTGTTCGACACAAAGCATAATGGAATACTGGGTTTTGAGGAGTT
TGCCCGTGCTCTCTCCGTCTTTCATCCAAATGCTCCTATAGACGACAAGATTGATTTTTC
GTTTCAGTTATATGATCTTAAACAGCAAGGTTTCATCGAGAGGCAGGAGGTGAAGCAGAT
GGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGTCAGGCATGAACCTATCAGACGAAGTCATAGAGAGTAT
AATCGACAAGACATTTGAAGAAGCTGACACAAAGCATGACGGGAGGATCGATAAGGAAGA
GTGGAGGATCCTTGTTTTTAGGCATCCTTCGCTTTTGAAGAACATGACACTTCAGTATCT
CAAGGATATCACGACTACGTTTCCGAGCTTTGTGTTTCATTCTCAGGTGGAAGATACCTG
AGAAGAGCATAGCAGATCAAACAGTTTGGCAAGTGTGTTTGTTTTCAGTCATGTATCATG
TTTATTTGTTTTTTTTTTTTTAAATCTCTCTGAACTCCAGTTTCCAAGATTTTGTTGTTT
CTTCTGTGAAAATGG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL4533Contig1 1050 2 4 U
GACAAAAAAGTGAGAGGGAGGGACCATATATTAAGCGACACTCTTTCGTTACACGATCGG
ATCGGTCCTCCACACTCGTTTAATATTATTCCGCCATTATCATCATCATCATCTTTGAAA
TCTTTCATCTTTCAATGGCGGCCAGAAAGCCAGGAGTGATCGCTTTGTTCGATGTCGACG
GTACTCTCACTGCTCCAAGGAAGGAAGCTACCCCTGAATTGCTCCATTTTATCAGAGAAT
TGCGCAAGGTGGTTACTGTTGGAGTCGTTGGTGGATCTGATCTAAGCAAGATATCTGAGC
AGCTTGGCAAAACAGTCACTACCGACTATGATTATTGCTTCTCTGAGAATGGTCTTGTTG
CCCATAAAGATGGGAAGCCCATTGGAATCCAGAGCCTGAAGCTGCACCTTGGAGAAGATA
AGCTCAAGGAGTTGATTAATTTTGCGCTGCACTACATTGCAGACTTGGATATTCCAATCA
AAAGGGGAACATTTATAGAATTCCGAAATGGAATGCTCAATGTGTCACCGATTGGTCGCA
ACTGCAGCCAAGAAGAAAGAGATGAGTTCGAGAGATATGATAAGGTTCAAAACATTCGAC
CAAAGATGGTGGCTGAACTTCGTGAGCGGTTTGCGCATCTTAACCTTACTTTCTCTATTG
GAGGACAGATTAGCTTCGATGTCTTCCCTAAAGGTTGGGATAAGACTTACTGCTTGCAGT
ACCTTGAAGACTTCAGTGAAATCCATTTCTTCGGTGACAAAACCTATGAGGGTGGAAACG
ATTATGAAATCTATGAATCACCAAAAACAATTGGCCATTCAGTTACGAGTCCAGATGATA
CAATGGCAAAATGCAAAGCTCTGTTCATGTCTTGAACCACTATCCATCTCAAGAACACAA
TATCGGAGTTTGGCTATTCTTGGCAAAGTTTCGCAACTTTTGATTATTTACATTACAAGA
AATGGAGATAAGTATGTGTTTACATGCAGATTCCGTATGTTTTGAATTTATAAAATATAC
AATATTTGGTTATAATTTTGGTTTCAGAGC


BQ
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AF RR3GP35TF U 1
AF RR3GP35JQ C 280
BS 1 693 RR3GP35TF
BS 694 694 RR3GP35JQ
BS 695 734 RR3GP35TF
BS 735 1050 RR3GP35JQ

RD RR3GP35TF 734 0 0
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ATCGGTCCTCCACACTCGTTTAATATTATTCCGCCATTATCATCATCATCATCTTTGAAA
TCTTTCATCTTTCAATGGCGGCCAGAAAGCCAGGAGTGATCGCTTTGTTCGATGTCGACG
GTACTCTCACTGCTCCAAGGAAGGAAGCTACCCCTGAATTGCTCCATTTTATCAGAGAAT
TGCGCAAGGTGGTTACTGTTGGAGTCGTTGGTGGATCTGATCTAAGCAAGATATCTGAGC
AGCTTGGCAAAACAGTCACTACCGACTATGATTATTGCTTCTCTGAGAATGGTCTTGTTG
CCCATAAAGATGGGAAGCCCATTGGAATCCAGAGCCTGAAGCTGCACCTTGGAGAAGATA
AGCTCAAGGAGTTGATTAATTTTGCGCTGCACTACATTGCAGACTTGGATATTCCAATCA
AAAGGGGAACATTTATAGAATTCCGAAATGGAATGCTCAATGTGTCACCGATTGGTCGCA
ACTGCAGCCAAGAAGAAAGAGATGAGTTCGAGAGATATGATAAGGTTCAAAACATTCGAC
CAAAGATGGTGGCTGAACTTCGTGAGCGGTTTGCGCATCTTAACCTTACTTTCTCTATTG
GAGGACAGATTAGCTTCGATGTCTTCCCTAAAG*TTGGGATAAGACTTACTGCTTGCAGT
ACCTTGAAGACTTC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3GP35JQ 771 0 0
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TCTCTGAGAATGGTCTTGTTGCCCATAAAGATGGGAAGCCCATTGGAATCCAGAGCCTGA
AGCTGCACCTTGGAGAAGATAAGCTCAAGGAGTTGATTAATTTTGCGCTGCACTACATTG
CAGACTTGGATATTCCAATCAAAAGGGGAACATTTATAGAATTCCGAAATGGAATGCTCA
ATGTGTCACCGATTGGTCGCAACTGCAGCCAAGAAGAAAGAGATGAGTTCGAGAGATATG
ATAAGGTTCAAAACATTCGACCAAAGATGGTGGCTGAACTTCGTGAGCGGTTTGCGCATC
TTAACCTTACTTTCTCTATTGGAGGACAGATTAGCTTCGATTTCTTCCCTAAAGGTTGGG
ATAAGACTTACTGCTTGCAGTACCTTGAAGACTTCAGTGAAATCCATTTCTTCGGTGACA
AAACCTATGAGGGTGGAAACGATTATGAAATCTATGAATCACCAAAAACAATTGGCCATT
CAGTTACGAGTCCAGATGATACAATGGCAAAATGCAAAGCTCTGTTCATGTCTTGAACCA
CTATCCATCTCAAGAACACAATATCGGAGTTTGGCTATTCTTGGCAAAGTTTCGCAACTT
TTGATTATTTACATTACAAGAAATGGAGATAAGTATGTGTTTACATGCAGATTCCGTATG
TTTTGAATTTATAAAATATACAATATTTGGTTATAATTTTGGTTTCAGAGC

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL4534Contig1 1052 2 2 U
GAACCCTAGATTCGTTCCCGTTGAAGAGGAGAAGATGCTGCGAGTTGCAGGGAGGAGGCT
TTTGTCTGTTCAGCAGAGATCTTCGACTGCGACCACCTTCGTCCTTTCCCGAGATCACAC
CATCGACTCATCTTCCTCCCCCGCCCCCAGATCTGTTCCCTCCGCTGATCTTTCCTCTTT
CAATTCTTACCACAGGAGCCTTATAAGAGGTTACGCTTCTCAAGTCCTCACCCAAGGGAA
TGATGTAGGTTTTGCTTCGGAACCGGCCACCGTGGAGGCTGTCAAAACACCTAACTCAAA
GATTGTCTATGATGACCACAACCATGAGCGTTACCCGCCTGGCGACCCTAGCAAGCGTGC
ATTCGCCTATTTCGTCTTGTCTGGTGGGAGGTTTGTCTACGCCTCTGTTCTCCGCCTTCT
TGTTCTGAAGCTCATTGTCAGCATGTCCGCGAGTAAAGATGTTCTTGCACTTGCATCCCT
CGAGGTCGACCTCGGGAGCATCGAACCTGGAACTACTGTCACGGTGAAGTGGCGTGGAAA
GCCCGTGTTCATCAGGCGAAGAACAGAGGATGACATCAAGCTGGCCAACAGTGTGGATCT
TGGAACTCTGAGAGACCCACAGGAAGATGCGGTGAGGGTGAAGAATCCGGAATGGTTAGT
GGTGGTTGGAGTCTGCACTCACTTGGGATGCATCCCTTTGCCTAACGCTGGTGATTATGG
GAGGTTGGTTCTGCCCCTGCCACGGATCGCACTACGATATATCTGGAAGGATCAGGAAAG
GACCGGCACCGTACAACCTGGAAGTACCAACATACAGCTTTTTGGAAGAGAATAAGTTAC
TCATTGGTTGATCAATTAAAAAAAAAGCACAACAAGTCACACATTGTCTGTGTCTTAAAG
ATCTTCATATGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTCTTAATATATTTTCCGGCTAAAATTTTTTA
GCTCGCTAGTTGTCACTTCCCTCAACACTTTGGTATCCCTGGGGGGAAAGGAAGATTGTC
TTTGTTTGGCTGAATAATACAAAACTTTGTCT


BQ
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AF RR3B863TF U 1
AF RR3B863JQ C 296
BS 1 734 RR3B863TF
BS 735 1052 RR3B863JQ

RD RR3B863TF 734 0 0
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TTTGTCTGTTCAGCAGAGATCTTCGACTGCGACCACCTTCGTCCTTTCCCGAGATCACAC
CATCGACTCATCTTCCTCCCCCGCCCCCAGATCTGTTCCCTCCGCTGATCTTTCCTCTTT
CAATTCTTACCACAGGAGCCTTATAAGAGGTTACGCTTCTCAAGTCCTCACCCAAGGGAA
TGATGTAGGTTTTGCTTCGGAACCGGCCACCGTGGAGGCTGTCAAAACACCTAACTCAAA
GATTGTCTATGATGACCACAACCATGAGCGTTACCCGCCTGGCGACCCTAGCAAGCGTGC
ATTCGCCTATTTCGTCTTGTCTGGTGGGAGGTTTGTCTACGCCTCTGTTCTCCGCCTTCT
TGTTCTGAAGCTCATTGTCAGCATGTCCGCGAGTAAAGATGTTCTTGCACTTGCATCCCT
CGAGGTCGACCTCGGGAGCATCGAACCTGGAACTACTGTCACGGTGAAGTGGCGTGGAAA
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GAGGTTGGTTCTGC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3B863JQ 757 0 0
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CGTGCATTCGCCTATTTCGTCTTGTCTGGTGGGAGGTTTGTCTACGCCTCTGTTCTCCGC
CTTCTTGTTCTGAAGCTCATTGTCAGCATGTCCGCGAGTAAAGATGTTCTTGCACTTGCA
TCCCTCGAGGTCGACCTCGGGAGCATCGAACCTGGAACTACTGTCACGGTGAAGTGGCGT
GGAAAGCCCGTGTTCATCAGGCGAAGAACAGAGGATGACATCAAGCTGGCCAACAGTGTG
GATCTTGGAACTTTGAGAGACCCACAGGAAGATGCGGTGAGGGTGAAGAATCCGGAATGG
TTAGTGGTGGTTGGAGTCTGCACTCACTTGGGATGCATCCCTTTGCCTAACGCTGGTGAT
TATGG*AGGTTGGTTCTGCCCCTGCCACGGATCGCACTACGATATATCTGGAAGGATCAG
GAAAGGACCGGCACCGTACAACCTGGAAGTACCAACATACAGCTTTTTGGAAGAGAATAA
GTTACTCATTGGTTGATCAATTAAAAAAAAAGCACAACAAGTCACACATTGTCTGTGTCT
TAAAGATCTTCATATGTTTTTGTTTTTGTTTTTTTCTTAATATATTTTCCGGCTAAAATT
TTTTAGCTCGCTAGTTGTCACTTCCCTCAACACTTTGGTATCCCTGGGGGGAAAGGAAGA
TTGTCTTTGTTTGGCTGAATAATACAAAACTTTGTCT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL4535Contig1 748 2 2 U
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TTCTCGTATCTGGCCGTTACTTTCCTGTCCATCTCTTCATCGTCCTTGGGTGATTCGGAG
GCGACATGTTCTGGAATAGTCCCGTTACCGAACCGGAACGATAAGATCGATATAACAGAG
TTTGGCGGCGTGGGAGACGGCACGACGGTGAACACGAAAGCCTTTAGGGAAGCGATTTAT
AGAATACAGCACCTTAAGAGGAGTGGAGGCACGCTCCTGTACATACCTCCGGGAGTGTTT
CTCACGGAGAGCTTCAATCTCACTAGCCATATGCCTCTCTTCTTGGCTAAAGGCGCTGTC
CTTAAAGCTGTTCAGGATACAGGGAACTGGCCATTGATTGATCCTTTGCCATCTTATGGA
AGAGGGAGGGAGTTACCAGGAGCACGGTATATGAGTTTTATTCATGGCGATGGCCTTCGT
GATGTAGTCATCACTGGAGAAAACGGGACAATAGACGGTCAAGGAGAAGTGTGGTGGAAC
ATGTGGCGCAGTAGAACTCTAAAGTTCACTAGACCGAATCTAATCGAGCTCAAAAACTCT
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GTGTATTGCAGGTATATATTGTGAAGTTTGGAGGAAACCAAAGTAGTGTAATAGTTTCTC
TCATTTTATTAACTTAGCCAATAGACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FY81TF U 1
AF RR3FY81JQ C 23
BS 1 217 RR3FY81TF
BS 218 748 RR3FY81JQ

RD RR3FY81TF 217 0 0
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TTCTCGTATCTGGCCGTTACTTTCCTGTCCATCTCTTCATCGTCCTTGGGTGATTCGGAG
GCGACATGTTCTGGAATAGTCCCGTTACCGAACCGGAACGATAAGATCGATATAACAGAG
TTTGGCGGCGTGGGAGACGGCACGACGGTGAACACGA

QA 1 217 1 217
DS 

RD RR3FY81JQ 726 0 0
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CTAGCCATATGCCTCTCTTCTTGGCTAAAGGCGCTGTCCTTAAAGCTGTTCAGGATACAG
GGAACTGGCCATTGATTGATCCTTTGCCATCTTATGGAAGAGGGAGGGAGTTACCAGGAG
CACGGTATATGAGTTTTATTCATGGCGATGGCCTTCGTGATGTAGTCATCACTGGAGAAA
ACGGGACAATAGACGGTCAAGGAGAAGTGTGGTGGAACATGTGGCGCAGTAGAACTCTAA
AGTTCACTAGACCGAATCTAATCGAGCTCAAAAACTCTAAGGAGATCATAATTTCCAATG
TTGTTTTCCAGGATTCACCCTTCTGGAACATTCATCCTGTGTATTGCAGGTATATATTGT
GAAGTTTGGAGGAAACCAAAGTAGTGTAATAGTTTCTCTCATTTTATTAACTTAGCCAAT
AGACTT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL4536Contig1 970 2 2 U
GGAATTGTTTCAGAAAATGGAGTTCGAAAACCGGTACGGGCTTTCAGCGACGCAGAAGTA
CGACTGTCTTTTGTTCGGTTTGGACGACACTCTTTATCCTCTTAGCACCGGACTCGCCAG
AGAATGTGGGAAGAACATCAAAGATTATATGGTCGAGAAACTAGGTATACCGAAGGACAA
AATCGTTGAATTGTCTAATCTTCTCTACAAGAACTATGGAACAACAATGGCCGGTCTTAG
AGCGATCGGATATGACTTTGACTACGACGAATATCACGCTTTCGTCCACGGTCGTTTACC
GTACGATAACATAAAACCTGACCCTGTTCTCCGAAGCATCTTGCTTAGCCTTCCTCTCCG
CAAAGTCATATTTACCAACGCGGATAGAGTTCACGCGGCCAAGGCGTTGAAGAAGTTGGG
ATTAGAGGATTGTTTCGAAGGGATCATATGTTTCGAAACGCTTAACCCGACTCACACAAA
CGCTGCTTCTGAAAATTCTGAGATTTTTGATATCGTCGGATATTTCGACCGGTATGAACC
GGTCGGTTCACTCCCTAAAACGCCTATTGTGTGTAAACCGTCTGAATCCGCTATTGAGAA
GGCCCTCGAAATCGCCAATATTGATCCTAACCGAACGCTGTTCTTTGAGGACAGTGTTCG
AAATGTACAAGCTGGAAAGCGCGTAGGTCTTCACACGGTTCTGGTTGGTTCACCAAACAA
AGTCAAAGGAGCAGATTACGCCTTGGAAAACATTCACAACATGAAGGAGGCATTACCAGA
GTTGTGGGAGTCCGACAGAAAATCATCGGATGTTGGATATTCCGGCAAGGTCGCCGTTGA
GACGTCTGTTAGAGCTTAGAATTGTTTTACCGTTGTACCTACTTTTCCTCCATTGTCTTT
TCAACTTTTTCAGATGACCTATGTCATTTTGTTTTCCGAGTTGCGTTTATAAGTTCAAAT
AAAAATCCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CD59TF U 1
AF RR3CD59JQ C 244
BS 1 686 RR3CD59TF
BS 687 970 RR3CD59JQ

RD RR3CD59TF 692 0 0
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CGACTGTCTTTTGTTCGGTTTGGACGACACTCTTTATCCTCTTAGCACCGGACTCGCCAG
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AATCGTTGAATTGTCTAATCTTCTCTACAAGAACTATGGAACAACAATGGCCGGTCTTAG
AGCGATCGGATATGACTTTGACTACGACGAATATCACGCTTTCGTCCACGGTCGTTTACC
GTACGATAACATAAAACCTGACCCTGTTCTCCGAAGCATCTTGCTTAGCCTTCCTCTCCG
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ATTAGAGGATTGTTTCGAAGGGATCATATGTTTCGAAACGCTTAACCCGACTCACACAAA
CGCTGCTTCTGAAAATTCTGAGATTTTTGATATCGTCGGATATTTCGACCGGTATGAACC
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GGCCCTCGAAATCGCCAATATTGATCCTAACCGAACGCTGTTCTTTGAGGACAGTGTTCG
AAATGTACAAGCTGGAAAGCGCGTAG
TCTTCA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3CD59JQ 727 0 0
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CGATAACATAAAACCTGACCCTGTTCTCCGAAGCATCTTGCTTAGCCTTCCTCTCCGCAA
AGTCATATTTACCAACGCGGATAGAGTTCACGCGGCCAAGGCGTTGAAGAAGTTGGGATT
AGAGGATTGTTTCGAAGGGATCATATGTTTCGAAACGCTTAACCCGACTCACACAAACGC
TGCTTCTGAAAATTCTGAGATTTTTGATATCGTCGGATATTTCGACCGGTATGAACCGGT
CGGTTCACTCCCTAAAACGCCTATTGTGTGTAAACCGTCTGAATCCGCTATTGAGAAGGC
CCTCGAAATCGCCAATATTGATCCTAACCGAACGCTGTTCTTTGAGGACAGTGTTCGAAA
TGTACAAGCTGGAAAGCGCGTAGGTCTTCACACGGTTCTGGTTGGTTCACCAAACAAAGT
CAAAGGAGCAGATTACGCCTTGGAAAACATTCACAACATGAAGGAGGCATTACCAGAGTT
GTGGGAGTCCGACAGAAAATCATCGGATGTTGGATATTCCGGCAAGGTCGCCGTTGAGAC
GTCTGTTAGAGCTTAGAATTGTTTTACCGTTGTACCTACTTTTCCTCCATTGTCTTTTCA
ACTTTTTCAGATGACCTATGTCATTTTGTTTTCCGAGTTGCGTTTATAAGTTCAAATAAA
AATCCCT

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL4537Contig1 1125 2 2 U
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GTTTTCTTATGCAACTGAATATACTTTGCAAAAATGTAAACCCTAACTTGTTTAATTTAG
ATTCTAAAGCTGTAGACTTTTCTATTTCTTAATTTAAGGGTGTTGAAGCATCTGTTGATG
GAGTATTAGGAGGATATGGGCATGTTAATGATGCTGATATTACAGGGAGTGAGGTTTTTC
TCAAGACTCTTATGCAAGAAAGATTATTAGTCAATGGAGGAACAAATCAGCATCTAGTGG
CTCTTGATTGTGGTTCTGGTATTGGAAGGATCACTAAGAATCTTCTGATACGGTATTTCA
ATGAGGTTGATCTTCTTGAGCCCGTAGCGCAGTTTCTTGATGCCGCACGTGAGAATTTGG
CATCTATTGGCTCAGAAACCCACAAAGCAACTAACTTTTTCTGTGTACCTCTTCAGGAGT
TTACTCCAGCTGCTCAAAGGTACGATGTCATATGGGTTCAATGGTGCATTGGTCATCTCA
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TTTTTGTTGTGAAAGAGAATCTCGCTAAGAAAGGATTTGTTTTGGACAAAGAGGATCGTA
GCATCACCAGATCCAATCCGTACTTTAAAGAGCTCTTTCGTCGATGTGGGTTACATGTCT
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TAACAGTTGATACACCACCAAAAGTCCACAGAACCAGATCCAATACTCGCAGTAACCGAC
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ATTTAAAGAGAGAAGCTATCAAAGTTATTGTAAGATATGTGAATCAAGGCTTAGCTGGTT
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TGGTTTTATGCACCTTCTTGTTCATTGTCTGATAATTTGCTCGAACCTGACGATATATGT
ACTATTCAAATGGTGATTTGTAATCAGAATCGAAGTTGCTTCTTA


BQ
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AF RR3AX21TF U 1
AF RR3AX21JQ C 190
BS 1 646 RR3AX21TF
BS 647 1125 RR3AX21JQ

RD RR3AX21TF 646 0 0
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GTTTTCTTATGCAACTGAATATACTTTGCAAAAATGTAAACCCTAACTTGTTTAATTTAG
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GAGTATTAGGAGGATATGGGCATGTTAATGATGCTGATATTACAGGGAGTGAGGTTTTTC
TCAAGACTCTTATGCAAGAAAGATTATTAGTCAATGGAGGAACAAATCAGCATCTAGTGG
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ATGAGGTTGATCTTCTTGAGCCCGTAGCGCAGTTTCTTGATGCCGCACGTGAGAATTTGG
CATCTATTGGCTCAGAAACCCACAAAGCAACTAACTTTTTCTGTGTACCTCTTCAGGAGT
TTACTCCAGCTGCTCAAAGGTACGATGTCATATGGGTTCAATGGTGCATTGGTCATCTCA
CTGATGATGATTTTGTTTCTTTCTTCAACCGGGCAAAGGGATGCCTTAAACCCGGTGGGT
TTTTTGTTGTGAAAGAGAATCTCGCTAAGAAAGGATTTGTTTTGGA

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3AX21JQ 936 0 0
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GTGGTTCTGGTATTGGAAGGATCACTAAGAATCTTCTGATACGGTATTTCAATGAGGTTG
ATCTTCTTGAGCCCGTAGCGCAGTTTCTTGATGCCGCACGTGAGAATTTGGCATCTATTG
GCTCAGAAACCCACAAAGCAACTAACTTTTTCTGTGTACCTCTTCAGGAGTTTACTCCAG
CTGCTCAAAGGTACGATGTCATATGGGTTCAATGGTGCATTGGTCATCTCACTGATGATG
ATTTTGTTTCTTTCTTCAACCGGGCAAAGGGATGCCTTAAACCCGGTGGGTTTTTTGTTG
TGAAAGAGAATCTCGCTAAGAAAGGATTTGTTTTGGACAAAGAGGATCGTAGCATCACCA
GATCCAATCCGTACTTTAAAGAGCTCTTTCGTCGATGTGGGTTACATGTCTATCAAACAA
AGGATCAGAAGGGTCTTCCTCAGGAGTTATTTGCTGTGAAAATGTATGCTTTAACAGTTG
ATACACCACCAAAAGTCCACAGAACCAGATCCAATACTCGCAGTAACCGACCACAAATCA
TCAAATGATGACAGGCTTCTGGTTTGTGTGTTTACGAGTTTTTCACCTTTGATTTAAAGA
GAGAAGCTATCAAAGTTATTGTAAGATATGTGAATCAAGGCTTAGCTGGTTCAGGAACGG
TTCAGAGTTACGTTGTTTGGTTTTGGCCGGTTCGAATCTCCTGTCCTCGCTTGGTTTTAT
GCACCTTCTTGTTCATTGTCTGATAATTTGCTCGAACCTGACGATATATGTACTATTCAA
ATGGTGATTTGTAATCAGAATCGAAGTTGCTTCTTA

QA 1 936 1 936
DS 



AS 1 2

CO CL4538Contig1 778 2 3 U
CTCTAAACCTTTCACTACAGTTCTTATCTATTTTCCTTCAATGGCTACAGTCGCAGAGGC
TGCTCCAGCTAAGAAATCGAGGAACAGCAGAAAAGCATTGAAGCAGAAGAATGAGATCGC
GGAGTCACCGTTGTTGTTATCATCGCCAGCAAAGGGGAAAGAAACGAAGAAGTCATACGA
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GGAGGATCTGCTGAAGGAGAAGGACGAGATCCTGAGGAAGAAGGAGGAGGAACTCGAGAC
GAGGGACGTGGAACAGGAGAAGCTTAAGGTGGAGCTAAAGAAGCTTCAAAAGATGAAAGA
GTTCAAGCCTACCATGACTTTTGCTTTCGGTCAATCTTTGGCACAAACTGAAGACGACAA
GAAGGGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGCGTCCTGAGACGAAGAGACCTTCCACGCCGTA
CATCTTGTGGTGCAAGGATAACTGGAACGAAGTGAAGAAGGAGAACCCAGACTCTGACTT
CAAGGAGACTTCGAACATTCTCGGTGCTAAGTGGAAGACTCTGAGTGCAGAAGAGAAGAA
GCCTTACGAGGAGAAGTACAAGGCTGATAAGGAAGCTTACCTCCAGGTTATTACAAAGGA
GAAGCGAGAGAGGGAAGCCATGAAGCTACTTGAAGATGAGCAGAAGCAGAAGACTGCTAT
GGAGCTGCTTGATCAGTATCTCCACTTTGTTCAAGAAGCTGAACAAGACAACAAGAAG


BQ
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AF RR3GB39TF U 274
AF RR3BE84TF U 1
BS 1 347 RR3BE84TF
BS 348 348 RR3GB39TF
BS 349 778 RR3BE84TF

RD RR3GB39TF 331 0 0
GAGGAAGAAGGAGGAGGAACTCGAGACGAGGGACGTGGAACAGGAGAAGCTTAAGGTGGA
GCTAAAGAAGCTTCAAAAGATGAAAGAGTTCAAGCCTACCATGACTTTTGCTTTCGGTCA
ATCTTTGGCACAAACTGAAGACGACAAGAAGGGGAAGAA*****AGAAGAAGGAGTGTCC
TGAGACGAAGAGACCTTCCACGCCGTACATCTTGTGGTGCAAGGATAACTGGAACGAAGT
GAAGAAGGAGAACCCAGACTCTGACTTCAAGGAGACTTCGAACATTCTCGGTGCTAAGTG
GAAGACTCTGAGTGCAGAAGAGAAGAAGCCT

QA 1 331 1 331
DS 

RD RR3BE84TF 778 0 0
CTCTAAACCTTTCACTACAGTTCTTATCTATTTTCCTTCAATGGCTACAGTCGCAGAGGC
TGCTCCAGCTAAGAAATCGAGGAACAGCAGAAAAGCATTGAAGCAGAAGAATGAGATCGC
GGAGTCACCGTTGTTGTTATCATCGCCAGCAAAGGGGAAAGAAACGAAGAAGTCATACGA
GAAAGACCTGATGGAGATGCAGGCGATGTTGGAGAAAATGAAGATCGAGAAGGAGAAGAC
GGAGGATCTGCTGAAGGAGAAGGACGAGATCCTGAGGAAGAAGGAGGAGGAACTCGAGAC
GAGGGACGTGGAACAGGAGAAGCTTAAGGTGGAGCTAAAGAAGCTTCGAAAGATGAAAGA
GTTCAAGCCTACCATGACTTTTGCTTTCGGTCAATCTTTGGCACAAACTGAAGACGACAA
GAAGGGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGCGTCCTGAGACGAAGAGACCTTCCACGCCGTA
CATCTTGTGGTGCAAGGATAACTGGAACGAAGTGAAGAAGGAGAACCCAGACTCTGACTT
CAAGGAGACTTCGAACATTCTCGGTGCTAAGTGGAAGACTCTGAGTGCAGAAGAGAAGAA
GCCTTACGAGGAGAAGTACAAGGCTGATAAGGAAGCTTACCTCCAGGTTATTACAAAGGA
GAAGCGAGAGAGGGAAGCCATGAAGCTACTTGAAGATGAGCAGAAGCAGAAGACTGCTAT
GGAGCTGCTTGATCAGTATCTCCACTTTGTTCAAGAAGCTGAACAAGACAACAAGAAG

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL4539Contig1 977 2 4 U
GGATTTTACAAGGTCCTTTCATCAGTTTCTTCCGATCTCAACTCACCACCGCCTCTTCGC
CGCTGACCGGCGATTATCTTAAAGCCACGATCTTCCTCCTCATCGCGTCCCTCTCATGGG
CGGCGTTCTTCATTCTTCAGGCATCGACTTTGAAGAAATACTCAGCCCATCTCTCCTTAT
CAACCATCGTCTGTTTTATGGGAACAATGCAATCCTTAGCCCTGACCTTCATAATGGAAC
ATAATCCTTCTGCTCTGAGCATCGGTTTTGATATGAACCTTTTGGCTTCTGCATATGCGG
GAATAATGTCGTCGGGCATAGCTTACTGCATTCAAGGACTTATGATGCAGCGAAAGGGGC
CTGTCTTCGTCACTGCTTTTAACCCTCTTATCGTCGTCATTGTCTCGATAATGAGCTTCT
TTGTTCTCGGCCAAGGAATCTATCTCGGAGGGGTCATTGGAGTGATTGTCTTGACGGTGG
GAGTCTATGTTGTATTATGGGGCAAGCACGTAGACGATGACGGTGAAGCAAGATGCAGTC
AAGATAGCACAATTTTAGAAGCCGTTAAGTGTTGTAGTGGAAATAATGGTGTCTCGATAA
TGCCGAAAGTCAACGAAACTAATGAGGATGTTGAAACCGGGAAACTTAAGCCGGAAGAGA
ATGAATCACCGGTGGTGGTTGTGGTTTTTGGTTGTGAAAATGTGGACAACATTTCACGGT
GCAAGTAGATGGCTTTTTTTTTGTTCGAGGCAAAGTTGGGAGAAGTGTGACATCTTTTTG
ATACTTGTTTTAAAACCTTCCTCGGCTTCCAAGGTTTTATTTATCATTTTTAACCTCTTA
GAGTAAGGAAGGATTCCATATATCATCCATTTTGATCTCTAACTAGCTATAAACTTATGT
AAATCACTACTTTTGGTATTAATACGCAACTACTGCGTACCATTATGTTGTGGATTTAGT
GAAGACTGAAGATACAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G489TF U 1
AF RR3G489JQ C 252
BS 1 660 RR3G489TF
BS 661 661 RR3G489JQ
BS 662 708 RR3G489TF
BS 709 977 RR3G489JQ

RD RR3G489TF 708 0 0
GGATTTTACAAGGTCCTTTCATCAGTTTCTTCCGATCTCAACTCACCACCGCCTCTTCGC
CGCTGACCGGCGATTATCTTAAAGCCACGATCTTCCTCCTCATCGCGTCCCTCTCATGGG
CGGCGTTCTTCATTCTTCAGGCATCGACTTTGAAGAAATACTCAGCCCATCTCTCCTTAT
CAACCATCGTCTGTTTTATGGGAACAATGCAATCCTTAGCCCTGACCTTCATAATGGAAC
ATAATCCTTCTGCTCTGAGCATCGGTTTTGATATGAACCTTTTGGCTTCTGCATATGCGG
GAATAATGTCGTCGGGCATAGCTTACTGCATTCAAGGACTTATGATGCAGCGAAAGGGGC
CTGTCTTCGTCACTGCTTTTAACCCTCTTATCGTCGTCATTGTCTCGATAATGAGCTTCT
TTGTTCTCGGCCAAGGAATCTATCTCGGAGGGGTCATTGGAGTGATTGTCTTGACGGTGG
GAGTCTATGTTGTATTATGGGGCAAGCACGTAGACGATGACGGTGAAGCAAGATGCAGTC
AAGATAGCACAATTTTAGAAGCCGTTAAGTGTTGTAGTGGAAATAATGGTGTCTCGATAA
TGCCGAAAGTCAACGAAACTAATGAGGATGTTGAAACCGGGAAACTTAAGCCGGAAGAGA
*TGAATCACCGGTGGTGGTTGTGGTTTTTGGTTGTGAAAATGTGGACA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3G489JQ 726 0 0
GCTCTGAGCATCGGTTTTGATATGAACCTTTTGGCTTCTGCATATGCGGGAATAATGTCG
TCGGGCATAGCTTACTGCATTCAAGGACTTATGATGCAGCGAAAGGGGCCTGTCTTCGTC
ACTGCTTTTAACCCTCTTATCGTCGTCATTGTCTCGATAATGAGCTTCTTTGTTCTCGGC
CAAGGAATCTATCTCGGAGGGGTCATTGGAGTGATTGTCTTGACGGTGGGAGTCTATGTT
GTATTATGGGGCAAGCACGTAGACGATGACGGTGAAGCAAGATGCAGTCAAGATAGCACA
ATTTTAGAAGCCGTTAAGTGTTGTAGTGGAAATAATGGTGTCTCGATAATGCCGAAAGTC
AACGAAACTAATGAGGATGTTGAAACCGGGAAACTTAAGCCGGAAGAGAATGAATCACCG
GTGGTGGTTGTGGTTTTTGGTTGTGAAAATGTGGACAACATTTCACGGTGCAAGTAGATG
GCTTTTTTTTTGTTCGAGGCAAAGTTGGGAGAAGTGTGACATCTTTTTGATACTTGTTTT
AAAACCTTCCTCGGCTTCCAAGGTTTTATTTATCATTTTTAACCTCTTAGAGTAAGGAAG
GATTCCATATATCATCCATTTTGATCTCTAACTAGCTATAAACTTATGTAAATCACTACT
TTTGGTATTAATACGCAACTACTGCGTACCATTATGTTGTGGATTTAGTGAAGACTGAAG
ATACAT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL4540Contig1 430 2 1 U
GGTCACATGCACAATCCAAGAAACACAACTTCCCATGAAAGGCTTGACCTCAGCTCCTCG
TTACAAGAGAGCTCTCCTGGATAATGGTTCTACTATTCAAGTACCATCTTATCTGGAGGC
AGGCGAAAAGATTGTGATAAACACTGAGGATGATTCTTTTGTCAAGAGGGACAACAAATG
AAATAATCAAATGCTACCTTCTATGGAGGAGGAAGCTAAATTGGATTATGTTGAGAGAAG
CGTTTCAAAGAAAGATTAGGATGCTATTATAAATGTTATTCAAGTTCTCATAATCTGTGA
ACACCTCCATTGATTAAGGTGTTACAAATTCTATATAGAGATTTACGAAGTGAGGGATAA
GTTTTACAGCTTCTCTTAAAACATGTGTGTCTTACTGTCTTTCAATAAAAGCGAGGGCTT
TGATCAAACG


BQ
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AF RR3AI07JQ C 1
AF RR3AI07TF U 1
BS 1 430 RR3AI07TF

RD RR3AI07JQ 430 0 0
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TGATCAAACG

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR3AI07TF 430 0 0
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AGGCGAAAAGATTGTGATAAACACTGAGGATGATTCTTTTGTCAAGAGGGACAACAAATG
AAATAATCAAATGCTACCTTCTATGGAGGAGGAAGCTAAATTGGATTATGTTGAGAGAAG
CGTTTCAAAGAAAGATTAGGATGCTATTATAAATGTTATTCAAGTTCTCATAATCTGTGA
ACACCTCCATTGATTAAGGTGTTACAAATTCTATATAGAGATTTACGAAGTGAGGGATAA
GTTTTACAGCTTCTCTTAAAACATGTGTGTCTTACTGTCTTTCAATAAAAGCGAGGGCTT
TGATCAAACG

QA 1 430 1 430
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4542Contig1 885 2 2 U
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TTCTTCGGTTTATCCGATTTTGTTGTGTTTTCGATCCAAGATTGAGCTGTTTCTCATGAT
TTCTTTTATCTCAAGTCTTGGGTTTAGTCTCAACTCTCTTTCTGTTGTTTAATTTCTCTA
TCCCGACTGATTGATGGAGGTTTTTTCTACTTTCTAGCTAGCTATGCTTGAATTATTATT
TGGATAGGAATCAATCTTCGCTTCTTAGAGTTGTTGAGCGGAGTCTCCTTGAAAGGTGAG
GATTCAGATTTGTTGATGAAGCCATGGTGAATTGAAGCGGAGTCAGATTAGTCGGAGCTT
CCTTTTGGATAGTGTTCTGACGAAGCGCTGCAACTATTCCCGTTAAAGCTTCTCACTGGG
TTTCAATGCTACGGATTGAAGACAATCACCATCAATCAACGGCGGTTACAGAAAGGAGGA
TCTTGCAAGCAGATTCAAACGCCAAGGGAAAGGGTTCTGAACGGTCCGGTGGTTCTCCGG
CTAAACTGTCGACCTGTTTCCTTGTGCCCAATTTCGAGGCCACGTGTCCCACATCGTGTC
ACGCATGCATATAATGTTTATCTTTAATTTTGGGCTTCATTTTGGACTTTGTAATATATT
GTAATAGTTAGAGTTTGTTCTGCTTGTAATCATGTGCCCATTGGGCTTTTCCAAGTAATG
GAAAAAGTTGACAAAAAAAAAGAAGATATTATTGATTTCATCGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DX63TF U 1
AF RR3DX63JQ C 162
BS 1 594 RR3DX63TF
BS 595 885 RR3DX63JQ

RD RR3DX63TF 594 0 0
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TTCTTCGGTTTATCCGATTTTGTTGTGTTTTCGATCCAAGATTGAGCTGTTTCTCATGAT
TTCTTTTATCTCAAGTCTTGGGTTTAGTCTCAACTCTCTTTCTGTTGTTTAATTTCTCTA
TCCCGACTGATTGATGGAGGTTTTTTCTACTTTCTAGCTAGCTATGCTTGAATTATTATT
TGGATAGGAATCAATCTTCGCTTCTTAGAGTTGTTGAGCGGAGTCTCCTTGAAAGGTGAG
GATTCAGATTTGTTGATGAAGCCATGGTGAATTGAAGCGGAGTCAGATTAGTCGGAGCTT
CCTTTTGGATAGTGTTCTGACGAAGCGCTGCAACTATTCCCGTTAAAGCTTCTCACTGGG
TTTCAATGCTACGGATTGAAGACAATCACCATCAATCAACGGCGGTTACAGAAA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3DX63JQ 724 0 0
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TTGAGCTGTTTCTCATGATTTCTTTTATCTCAAGTCTTGGGTTTAGTCTCAACTCTCTTT
CTGTTGTTTAATTTCTCTATCCCGACTGATTGATGGAGGTTTTTTCTACTTTCTAGCTAG
CTATGCTTGAATTATTATTTGGATAGGAATCAATCTTCGCTTCTTAGAGTTGTTGAGCGG
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GTCAGATTAGTCGGAGCTTCCTTTTGGATAGTGTTCTGACGAAGCGCTGCAACTATTCCC
GTTAAAGCTTCTCACTGGGTTTCAATGCTACGGATTGAAGACAATCACCATCAATCAACG
GCGGTTACAGAAAGGAGGATCTTGCAAGCAGATTCAAACGCCAAGGGAAAGGGTTCTGAA
CGGTCCGGTGGTTCTCCGGCTAAACTGTCGACCTGTTTCCTTGTGCCCAATTTCGAGGCC
ACGTGTCCCACATCGTGTCACGCATGCATATAATGTTTATCTTTAATTTTGGGCTTCATT
TTGGACTTTGTAATATATTGTAATAGTTAGAGTTTGTTCTGCTTGTAATCATGTGCCCAT
TGGGCTTTTCCAAGTAATGGAAAAAGTTGACAAAAAAAAAGAAGATATTATTGATTTCAT
CGGT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL4543Contig1 452 2 1 U
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CTACGCTCACAGTTCTTTGTTCGGAGTAGTGACGATTGCTCAGAATGGAAAACCACTGCC
TTGTATTGAGTTATTTGGAGAGGAACAATGCGACATTTCTTATTGTAAAACTGAATGTGC
CGAAAAACACAAAGGAGGGGTCGGTATTTGCATAGGTGGCGGTCTAGGACCTAGCATTGG
TGACGAAAAGCCAAAAAACAGATTTTTTGCAGATGCACTTATCCCAGGGGTAAAAGGAAG
ACTTGTTACCCTTGATTTTTTATCTACATTGATATTCAAATAATATTTATAATAATACAC
ACTTTTATTAAAGAAAATAAAATGATATTATTATTAACTGTTGGTGTTGTTTGTGGCATA
ATAAAATGTATTAGGTTACCCAATATAAATAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EX29JQ C 1
AF RR3EX29TF U 1
BS 1 452 RR3EX29TF

RD RR3EX29JQ 452 0 0
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CTACGCTCACAGTTCTTTGTTCGGAGTAGTGACGATTGCTCAGAATGGAAAACCACTGCC
TTGTATTGAGTTATTTGGAGAGGAACAATGCGACATTTCTTATTGTAAAACTGAATGTGC
CGAAAAACACAAAGGAGGGGTCGGTATTTGCATAGGTGGCGGTCTAGGACCTAGCATTGG
TGACGAAAAGCCAAAAAACAGATTTTTTGCAGATGCACTTATCCCAGGGGTAAAAGGAAG
ACTTGTTACCCTTGATTTTTTATCTACATTGATATTCAAATAATATTTATAATAATACAC
ACTTTTATTAAAGAAAATAAAATGATATTATTATTAACTGTTGGTGTTGTTTGTGGCATA
ATAAAATGTATTAGGTTACCCAATATAAATAA

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR3EX29TF 452 0 0
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CTACGCTCACAGTTCTTTGTTCGGAGTAGTGACGATTGCTCAGAATGGAAAACCACTGCC
TTGTATTGAGTTATTTGGAGAGGAACAATGCGACATTTCTTATTGTAAAACTGAATGTGC
CGAAAAACACAAAGGAGGGGTCGGTATTTGCATAGGTGGCGGTCTAGGACCTAGCATTGG
TGACGAAAAGCCAAAAAACAGATTTTTTGCAGATGCACTTATCCCAGGGGTAAAAGGAAG
ACTTGTTACCCTTGATTTTTTATCTACATTGATATTCAAATAATATTTATAATAATACAC
ACTTTTATTAAAGAAAATAAAATGATATTATTATTAACTGTTGGTGTTGTTTGTGGCATA
ATAAAATGTATTAGGTTACCCAATATAAATAA

QA 1 452 1 452
DS 



AS 1 2

CO CL4544Contig1 1116 2 12 U
GGATTGAACAAATACGAGAACATGGAGAGGCAACAGCAAGGGAAGGAGAAAGCTTGGGTG
ATATGGAATATCAGCATGTGCCCGATTCCGGATGGTGTTGATCCTCGTGTGATGGGTACG
ACAATACAAAAGGCGTTGGAAAGTGCAGGCCACGTCCGCCGCTATGATCAGATCTCCATC
ACCGCCTTTGGCAACAACCTGATACAAAAGCAAGAAGTCACGAGGAAGCTCTATTCTACT
GGAAAAATCTCTCTTATGCATGGCAGCGAATATCAAACGCAACTGTTAATTTGGTCCCAA
AGAACTCGTCCTCCAGCTACTATGATGATCATAGACAGTCATGAGCGACTGGGAGTGGGA
TGGTTAGCTTCTACACTTTCGAACCTTAAAGATGAGGGATACACAATTCTTCTTGCATAT
CCTCAATGTGACGGCATTGCCAAACCCTCGCCACGTTCCTATTCTAAACAGTGGTATTGG
CAAGACTTAGTGTCTGATGAACAAAAGACAATAACAAGCCTTGATCTTAAGGAAGATTGT
TATGAAATGAATATTGTATTTTGCTCATTATGCTATTTTGAATCCCAAACCTTTGAAGAT
TTACCCACCCATCTCAAGACTGAAGGACATGCATATTCTGAGTGGAACCACTCTTGTGAT
GATAGTGTGGACTGGCTGAACCTTGCTAACTTGCACCTTGGTCGATCAGAGGAGTGGGAC
TTTAGGGCGGCTGAAGATTTCTTTACCCGTTTATTGTTCAAGTACGGGGACCACCCCGAC
CCTGTTGATCTGATTAATCAGAATAAGGAGTTGGACATTCTGACGGCTCGAAAATTGCTT
ACCCATTTAAGGGAAAAGTACGGCGTCAATCCCGGCTACCTTGTGACCTGCTGGTTTGAA
GACTTATCTGAATCTGAAGAAGAATAAGCTTGGCGAAGAAGCGGCGAGGAGGGTGTTGCA
GTTTTCATATGGTTTATTTACTGGTTTTATGTAATTAATCAAATTTAATTACTACTGTGT
TATCTTTTGGGGGGTGGGGGTAATGTGCTTCTTTAAGGTGAAAAAATTAGAATGTCTAAA
ATCGTTTTTACTTTAAAATATATAACTAAGTTTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GX31TF U 1
AF RR3GX31JQ C 389
BS 1 679 RR3GX31TF
BS 680 680 RR3GX31JQ
BS 681 726 RR3GX31TF
BS 727 727 RR3GX31JQ
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BS 774 792 RR3GX31TF
BS 793 1116 RR3GX31JQ

RD RR3GX31TF 792 0 0
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ATATGGAATATCAGCATGTGCCCGATTCCGGATGGTGTTGATCCTCGTGTGATGGGTACG
ACAATACAAAAGGCGTTGGAAAGTGCAGGCCACGTCCGCCGCTATGATCAGATCTCCATC
ACCGCCTTTGGCAACAACCTGATACAAAAGCAAGAAGTCACGAGGAAGCTCTATTCTACT
GGAAAAATCTCTCTTATGCATGGCAGCGAATATCAAACGCAACTGTTAATTTGGTCCCAA
AGAACTCGTCCTCCAGCTACTATGATGATCATAGACAGTCATGAGCGACTGGGAGTGGGA
TGGTTAGCTTCTACACTTTCGAACCTTAAAGATGAGGGATACACAATTCTTCTTGCATAT
CCTCAATGTGACGGCATTGCCAAACCCTCGCCACGTTCCTATTCTAAACAGTGGTATTGG
CAAGACTTAGTGTCTGATGAACAAAAGACAATAACAAGCCTTGATCTTAAGGAAGATTGT
TATGAAATGAATATTGTATTTTGCTCATTATGCTATTTTGAATCCCAAACCTTTGAAGAT
TTACCCACCCATCTCAAGACTGAAGGACATGCATATTCTGAGTGGAACCACTCTTGTGAT
GATAGTGTGGACTGGCTGA*CCTTGCTAACTTGCACCTTGGTCGATCAGAGGAGTGGGAC
TTTAGG*CGGCTGA*GATTTCTTTACCCGTTTATTGTTCAAGTACGGG*ACC*CCCCGAC
CCTGTTGATCTG

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3GX31JQ 728 0 0
AAGATGAGGGATACACAATTCTTCTTGCATATCCTCAATGTGACGGCATTGCCAAACCCT
CGCCACGTTCCTATTCTAAACAGTGGTATTGGCAAGACTTAGTGTCTGATGAACAAAAGA
CAATAACAAGCCTTGATCTTAAGGAAGATTGTTATGAAATGAATATTGTATTTTGCTCAT
TATGCTATTTTGAATCCCAAACCTTTGAAGATTTACCCACCCATCTCAAGACTGAAGGAC
ATGCATATTCTGAGTGGAACCACTCTTGTGATGATAGTGTGGACTGGCTGAACCTTGCTA
ACTTGCACCTTGGTCGATCAGAGGAGTGGGACTTTAGGGCGGCTGAAGATTTCTTTACCC
GTTTATTGTTCAAGTACGGGGACCACCCCGACCCTGTTGATCTGATTAATCAGAATAAGG
AGTTGGACATTCTGACGGCTCGAAAATTGCTTACCCATTTAAGGGAAAAGTACGGCGTCA
ATCCCGGCTACCTTGTGACCTGCTGGTTTGAAGACTTATCTGAATCTGAAGAAGAATAAG
CTTGGCGAAGAAGCGGCGAGGAGGGTGTTGCAGTTTTCATATGGTTTATTTACTGGTTTT
ATGTAATTAATCAAATTTAATTACTACTGTGTTATCTTTTGGGGGGTGGGGGTAATGTGC
TTCTTTAAGGTGAAAAAATTAGAATGTCTAAAATCGTTTTTACTTTAAAATATATAACTA
AGTTTACT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL4545Contig1 808 2 4 U
TTCAAGTCGTTCCTCTGTAAGCACGACGAAGGGTTGGTCCTTGTCGAGCGCGGCGACTCA
GTCGATCTCAGGGAGTACTAGCGATGAAGGATGTGTTTTTATCACTTGAATATCCTCTCA
CGTCTGGCCTTTCTAGTTTTGACAAGAGACTGATAAAGCGGCTTTATCTAGTGAGGCAGT
ACTTCTTGAGTAACCTGCGCATGATCGGTTAAGTACTAGGCCTTTCCTCAGTCTTGTGGA
GAAGAAACGGTTGGCGTTTCAGGCCTTCTTCTCGGTCTTGTCCTTAGGGGCTGTGTTGCT
GACCTTGTTTAAGAAGAAGCCTTCATGTCTGCTCGAATTTTGATGTAGTGCCGGATCTTG
AGACTATGAACTTCAGAGTTCTAAGCAGGACAGATAGATAGATACAAGATCAGAGAAGTC
GAGCCTTATTTAGCAACAAACACCAACCGGAGACGGCTACAAGACATGGTGTCGACGAGA
AGAAACGGTTTCTCAGACCTTGACGAAGACGGAGGTGGTAGAAAAAGCTTGACGAAAGCG
TGGCCGTTCGGTTGAGATGCAGGAAGCATGGTCGTGGTGTGGTGTGGTGTATGCGGCGGA
GACTGAAGAACACGGTTTACTGGTGGAAGATCGGAGATTGATGGAGTTGGTTCAGAATCA
AGTTGACCGCAGCGAAGGTGATAGGGTTAATTTTGTGTTTTAGGTTTAGATTTCTAAACC
GGTTTGTCTGTAAACTAGGTTTAATAACTAAACCGGTATCATTTGTAAACAATTTTTTTT
AATAATATACTAATTAGGTGTTTAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CP04TF U 1
AF RR3CP04JQ C 63
BS 1 455 RR3CP04TF
BS 456 456 RR3CP04JQ
BS 457 483 RR3CP04TF
BS 484 808 RR3CP04JQ

RD RR3CP04TF 483 0 0
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GTCGATCTCAGGGAGTACTAGCGATGAAGGATGTGTTTTTATCACTTGAATATCCTCTCA
CGTCTGGCCTTTCTAGTTTTGACAAGAGACTGATAAAGCGGCTTTATCTAGTGAGGCAGT
ACTTCTTGAGTAACCTGCGCATGATCGGTTAAGTACTAGGCCTTTCCTCAGTCTTGTGGA
GAAGAAACGGTTGGCGTTTCAGGCCTTCTTCTCGGTCTTGTCCTTAGGGGCTGTGTTGCT
GACCTTGTTTAAGAAGAAGCCTTCATGTCTGCTCGAATTTTGATGTAGTGCCGGATCTTG
AGACTATGAACTTCAGAGTTCTAAGCAGGACAGATAGATAGATACAAGATCAGAGAAGTC
GAGCCTTATTTAGCAACAAACACCAACCGGAGACG*CTACAAGACATGGTGTCGACGAGA
AGA

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR3CP04JQ 746 0 0
CGATCTCAGGGAGTACTAGCGATGAAGGATGTGTTTTTATCACTTGAATATCCTCTCACG
TCTGGCCTTTCTAGTTTTGACAAGAGACTGATAAAGCGGCTTTATCTAGTGAGGCAGTAC
TTCTTGAGTAACCTGCGCATGATCGGTTAAGTACTAGGCCTTTCCTCAGTCTTGTGGAGA
AGAAACGGTTGGCGTTTCAGGCCTTCTTCTCGGTCTTGTCCTTAGGGGCTGTGTTGCTGA
CCTTGTTTAAGAAGAAGCCTTCATGTCTGCTCGAATTTTGATGTAGTGCCGGATCTTGAG
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GCCTTATTTAGCAACAAACACCAACCGGAGACGGCTACAAGACATGGTGTCGACGAGAAG
AAACGGTTTCTCAGACCTTGACGAAGACGGAGGTGGTAGAAAAAGCTTGACGAAAGCGTG
GCCGTTCGGTTGAGATGCAGGAAGCATGGTCGTGGTGTGGTGTGGTGTATGCGGCGGAGA
CTGAAGAACACGGTTTACTGGTGGAAGATCGGAGATTGATGGAGTTGGTTCAGAATCAAG
TTGACCGCAGCGAAGGTGATAGGGTTAATTTTGTGTTTTAGGTTTAGATTTCTAAACCGG
TTTGTCTGTAAACTAGGTTTAATAACTAAACCGGTATCATTTGTAAACAATTTTTTTTAA
TAATATACTAATTAGGTGTTTAGCCC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL4546Contig1 790 2 2 U
GGGTTCTCCGCCACACTAATCTCCCAGGAAGAGGAGCGAGCAGCCAAAAAAAAAAAAAAA
GAGGAGGAAATGGTAGCGCTGAAGCATAGAAGCGGCTCGCCGCATCGGTGATGAAGTGCG
GGAAGGGCAAAGTTTGGCTCGATCCAAATGAAACCGCCGATATCTCCATGGCCAACTCCC
GCCAAAACATCAGGAAGTTGGTGAATGGTGGTTTCATCATCAAGAAGCCAACCAAGATCC
ACTCTCGCTCCAGGGCTCGCCGCATGAAGATTGCCAAGATGAAGGGTCGTCACTCTGGAT
ATGGTAAGAGGAAGGGTACGCGTGAAGCTAGGTTGCCAACAAAGGTACTGTGGATGCGCA
GGATGCGTGTGCTAAGGCGTCTCCTGAAGAAGTACAGAGAAGACTTTGTCTGATCGGTTT
GAGGCTAAGAGGGCTAAGAACAAGGCTAGCCGAGAAAGGAAACATGCTAGGAGAGAAGAG
CGTCTTGCTAAGGGTCCTGGTGGAGATGTCGAGCCTGCGACTGCACCACCAGCTGCTGCT
GCTGCTACTACTGCTCAAACCGCAGAGGTACCGAAGAAGAAGTCTAAGAAGTGAAGAGGA
TAGTCATCAAGCCTCAGTTCATTTTACTTGACTTGGGAGAAGTTTTTTGAATGTTTTATG
AAGTTGCTTTTGTTGAAATACTTTCTTGGCGCAGAAAAACATAATTGTTATGCTTTTAAG
GATTTTTTAGCTTATCAGTTTACTTTCTTTTTCGAGACATTTTGTTCTCCATTCCTTTCT
GAATGGTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H687TF U 1
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BS 1 690 RR3H687TF
BS 691 790 RR3H687JQ

RD RR3H687TF 690 0 0
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GGAAGGGCAAAGTTTGGCTCGATCCAAATGAAACCGCCGATATCTCCATGGCCAACTCCC
GCCAAAACATCAGGAAGTTGGTGAATGGTGGTTTCATCATCAAGAAGCCAACCAAGATCC
ACTCTCGCTCCAGGGCTCGCCGCATGAAGATTGCCAAGATGAAGGGTCGTCACTCTGGAT
ATGGTAAGAGGAAGGGTACGCGTGAAGCTAGGTTGCCAACAAAGGTACTGTGGATGCGCA
GGATGCGTGTGCTAAGGCGTCTCCTGAAGAAGTACAGAGAAGACTTTGTCTGATCGGTTT
GAGGCTAAGAGGGCTAAGAACAAGGCTAGCCGAGAAAGGAAACATGCTAGGAGAGAAGAG
CGTCTTGCTAAGGGTCCTGGTGGAGATGTCGAGCCTGCGACTGCACCACCAGCTGCTGCT
GCTGCTACTACTGCTCAAACCGCAGAGGTACCGAAGAAGAAGTCTAAGAAGTGAAGAGGA
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AAGTTGCTTTTGTTGAAATACTTTCTTGGC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3H687JQ 551 0 0
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TATGGTAAGAGGAAGGGTACGCGTGAAGCTAGGTTGCCAACAAAGGTACTGTGGATGCGC
AGGATGCGTGTGCTAAGGCGTCTCCTGAAGAAGTACAGAGAAGACTTTGTCTGATCGGTT
TGAGGCTAAGAGGGCTAAGAACAAGGCTAGCCGAGAAAGGAAACATGCTAGGAGAGAAGA
GCGTCTTGCTAAGGGTCCTGGTGGAGATGTCGAGCCTGCGACTGCACCACCAGCTGCTGC
TGCTGCTACTACTGCTCAAACCGCAGAGGTACCGAAGAAGAAGTCTAAGAAGTGAAGAGG
ATAGTCATCAAGCCTCAGTTCATTTTACTTGACTTGGGAGAAGTTTTTTGAATGTTTTAT
GAAGTTGCTTTTGTTGAAATACTTTCTTGGCGCAGAAAAACATAATTGTTATGCTTTTAA
GGATTTTTTAGCTTATCAGTTTACTTTCTTTTTCGAGACATTTTGTTCTCCATTCCTTTC
TGAATGGTTTT

QA 1 551 1 551
DS 



AS 1 2

CO CL4547Contig1 1068 2 6 U
GGGAGCAAAACCCTAGAAACGAAAAAAAACCCCAACAATGGCGATCATCTCCGAGGTTGA
AGAAGAAATCAGCACCCGACCCTCGATCTCCCCGTTTAGGGCGACACTCGATTCTTCAAA
CCCATCAGCTTTTTTAGAGAAAGTCTTCAACTTTCTCGGCGAACAGAGCGATTTTCTCAA
GAAACCCTCCGCTGAGGAGGAGATCGCCGCCGCGGTTAGGGCGGCGAAGGAGAAGCTGAG
AAAGCCGGAGAAGAAAGAGAGTGTTGAGAACAAGAAGCCTGTGGTGAAGGAGAAGCCAAC
CATGGCTGCTTCAACCTCAGAGCCAATTAAAGTGGAGGAGAAGAAACAAGAAGCTAGTCC
CATTGCTCCTAACAAGGGTAATGGTTATGATCTTGAGAGCTACTCATGGGTCCAGACTCT
CCAGGAGGTCACTGTCAACATTCCAGTTCCTACTGGTACTAAAGCACGGTCTGTTGTATA
CGAGATTAAGAAGAACCGTCTCAAGCTTGGTCTTAAAGGCCAGGATCCAATCATCGATGG
AGAGCTATACCGACCTGTGAAGCCTGATGACTGCTACTGGAATATCGAGGATCAAAAGAT
GATTTCGATTCTGTTGACTAAGCAAGATCAGATGGAGTGGTGGAAATGCTGTGTGAAAGG
TGAACCTGAGATCGATACACAGAAAGTTGAACCGGAGAACAGTAAATTAGCTGACCTTGA
CCCTGAAACTCGCTCCACTGTTGAGAAGATGATGTTTGATCAAAGGCAAAAGCAAATGGG
TCTTCCAACAAGCGACGAGCTTCAAAAGCAAGACATTCTCAAGAAATTCATGTCTCAGCA
TCCAGAGATGGACCTCACAAACGCAAAGATAAACTGATGTTCCTGTTGTCTGGTCTCTTT
CCCAGAAGCAGAAGAAAAAAATACAGTTTTGTATGACCAGCTTGTTTTCTTTCCGTTGCA
TCCTTAAAAAACTTGTTCCTGCTTTAGTTTTGTGACTTTTGTCTTAGTGGAAGACACAGT
TTCATCTCCAAGGATATGTTCGGTTTGATATTTGGTTGGTTGAAACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GW41TF U 1
AF RR3GW41JQ C 255
BS 1 626 RR3GW41TF
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RD RR3GW41TF 717 0 0
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AGAAGAAATCAGCACCCGACCCTCGATCTCCCCGTTTAGGGCGACACTCGATTCTTCAAA
CCCATCAGCTTTTTTAGAGAAAGTCTTCAACTTTCTCGGCGAACAGAGCGATTTTCTCAA
GAAACCCTCCGCTGAGGAGGAGATCGCCGCCGCGGTTAGGGCGGCGAAGGAGAAGCTGAG
AAAGCCGGAGAAGAAAGAGAGTGTTGAGAACAAGAAGCCTGTGGTGAAGGAGAAGCCAAC
CATGGCTGCTTCAACCTCAGAGCCAATTAAAGTGGAGGAGAAGAAACAAGAAGCTAGTCC
CATTGCTCCTAACAAGGGTAATGGTTATGATCTTGAGAGCTACTCATGGGTCCAGACTCT
CCAGGAGGTCACTGTCAACATTCCAGTTCCTACTGGTACTAAAGCACGGTCTGTTGTATA
CGAGATTAAGAAGAACCGTCTCAAGCTTGGTCTTAAAGGCCAGGATCCAATCATCGATGG
AGAGCTATACCGACCTGTGAAGCCTGATGACTGCTACTGGAATATCGAGGATCAAAAGAT
GATTTCGATTCTGTTGACTAAGCAAG*TCAGATGGAGTGGTGGAAATGCTGTGTGAAAG*
TGAACCTGAGATCGATACACAGAAAGTTGAACCGGAGAACAGTAAATTAGCTGACCT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3GW41JQ 814 0 0
AAGAGAGTGTTGAGAACAAGAAGCCTGTGGTGAAGGAGAAGCCAACCATGGCTGCTTCAA
CCTCAGAGCCAATTAAAGTGGAGGAGAAGAAACAAGAAGCTAGTCCCATTGCTCCTAACA
AGGGTAATGGTTATGATCTTGAGAGCTACTCATGGGTCCAGACTCTCCAGGAGGTCACTG
TCAACATTCCAGTTCCTACTGGTACTAAAGCACGGTCTGTTGTATACGAGATTAAGAAGA
ACCGTCTCAAGCTTGGTTTTAAAGGCCAGGATCCAATCATCGATGGAGAGCTATACCGAC
CTGTGAAGCCTGATGACTGCTACTGGAATATCGAGGATCAAAAGATGATTTCGATTCTGT
TGACTAAGCAAGATCAGATGGAGTGGTGGAAATGCTGTGTGAAAGGTGAACCTGAGATCG
ATACACAGAAGGTTGAACCGGAGAACAGTAAATTAGCTGACCTTGACCCTGAAACTCGCT
CCACTGTTGAGAAGATGATGTTTGATCAAAGGCAAAAGCAAATGGGTCTTCCAACAAGCG
ACGAGCTTCAAAAGCAAGACATTCTCAAGAAATTCATGTCTCAGCATCCAGAGATGGACC
TCACAAACGCAAAGATAAACTGATGTTCCTGTTGTCTGGTCTCTTTCCCAGAAGCAGAAG
AAAAAAATACAGTTTTGTATGACCAGCTTGTTTTCTTTCCGTTGCATCCTTAAAAAACTT
GTTCCTGCTTTAGTTTTGTGACTTTTGTCTTAGTGGAAGACACAGTTTCATCTCCAAGGA
TATGTTCGGTTTGATATTTGGTTGGTTGAAACTT

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 2

CO CL4548Contig1 823 2 2 U
GGAAAAAAATACAGTTTTGGATAAAGTTAAATCCAAGATTAAAAATAAATTAAAAGGTAA
GAGAGGATCTTCTAGTGGTGGAAATGCACCTAGTGGTGGAAGCTCACCAATTAGTGGAGG
TTCACCAAGCGGTGGAAGTTTACCTAGTAGTGGAAATTCATCTAGCAGTGCAAGTTCACC
TAAGACTGGAAATAAACACAAAGATAAAAATAAATTAAAAGACAAGAGTGGATCTTCTAA
TGGTGAAAGATCATCAGTTAGTACAAGTTTACCAAGCGGTGAAAATTCATATGGCAGTAA
AAAATTATCTAGTGATACAAATTTACCTAGAGGTACAAATAAAAACATGGATAAAAGTAG
AGATTTATTTGATGGTGAAAGTTCAGCGATGAGTACGAGCTCGCCAAGGAGAGAAAATTC
ATCTAGTGGTGGAACTTCAACTAAAAGTGAAAGTAAACACATGCGTAAAAGAAAATTCAG
GGTCGAAAGCAAATCTAAGATTAAAAATGAGTTTGGGGATCAAAATGGTTCATCAATGAG
TAAAACCTCATCAAAAAACGAAACAAGATCGGAAAGAGAATCATCTATGCGTTCATTTAG
TGGCGAAAATTCACATGTAAGTAGAAGTTCATCAAGCGAAAGAAGTTCATCAAGCGAAAG
AAGTTCATTTAGACATGAAAATAAACATAATGGATAAAAGTAAACTAATAGTCTAAGATT
AGAAGTAAACTTCGTTGTCATTGTGATTCGTCAATGGATAGAGATATACTAAATGGTGAA
AGTTAACACAATGCAAAAATTCAATTAATGATCAAATTTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G435TF U 1
AF RR3G435JQ C 148
BS 1 598 RR3G435TF
BS 599 823 RR3G435JQ

RD RR3G435TF 598 0 0
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GAGAGGATCTTCTAGTGGTGGAAATGCACCTAGTGGTGGAAGCTCACCAATTAGTGGAGG
TTCACCAAGCGGTGGAAGTTTACCTAGTAGTGGAAATTCATCTAGCAGTGCAAGTTCACC
TAAGACTGGAAATAAACACAAAGATAAAAATAAATTAAAAGACAAGAGTGGATCTTCTAA
TGGTGAAAGATCATCAGTTAGTACAAGTTTACCAAGCGGTGAAAATTCATATGGCAGTAA
AAAATTATCTAGTGATACAAATTTACCTAGAGGTACAAATAAAAACATGGATAAAAGTAG
AGATTTATTTGATGGTGAAAGTTCAGCGATGAGTACGAGCTCGCCAAGGAGAGAAAATTC
ATCTAGTGGTGGAACTTCAACTAAAAGTGAAAGTAAACACATGCGTAAAAGAAAATTCAG
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TAAAACCTCATCAAAAAACGAAACAAGATCGGAAAGAGAATCATCTATGCGTTCATTT

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3G435JQ 676 0 0
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TTTACCAAGCGGTGAAAATTCATATGGCAGTAAAAAATTATCTAGTGATACAAATTTACC
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GATGAGTACGAGCTCGCCAAGGAGAGAAAATTCATCTAGTGGTGGAACTTCAACTAAAAG
TGAAAGTAAACACATGCGTAAAAGAAAATTCAGGGTCGAAAGCAAATCTAAGATTAAAAA
TGAGTTTGGGGATCAAAATGGTTCATCAATGAGTAAAACCTCATCAAAAAACGAAACAAG
ATCGGAAAGAGAATCATCTATGCGTTCATTTAGTGGCGAAAATTCACATGTAAGTAGAAG
TTCATCAAGCGAAAGAAGTTCATCAAGCGAAAGAAGTTCATTTAGACATGAAAATAAACA
TAATGGATAAAAGTAAACTAATAGTCTAAGATTAGAAGTAAACTTCGTTGTCATTGTGAT
TCGTCAATGGATAGAGATATACTAAATGGTGAAAGTTAACACAATGCAAAAATTCAATTA
ATGATCAAATTTACCC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

CO CL4549Contig1 916 2 2 U
GACACCTTTTGACTTTTGTTCTCCTTTTCTCCCCAGCTAAAGGAGAAATGAGTGGCGTTG
GAGAGAATCAGCTTATCTCCATTCAACCTGATGAACTCAAATTCCTTTTTGAACTCGAAA
AGCAAAGCTACTGTGATCTTAAAGTTTCCAATAAAACCGAGAACTATGTCGCTTTCAAGG
TGAAAACAACATCTCCAAAAAAGTATTTTGTAAGGCCCAACACTGGTGTCATTCAGCCAT
GGGACTCCTGCATCATTAGAGTTACACTACAAGCTCAAAGGGAGTATCCTCTAGATATGC
AGTGCAAAGACAAGTTTCTCCTTCAAAGTACCATTGTGCCTCCTCACACTGATGTTGATG
ACCTTCCTCCAGACACTTTTACCAAGGACAGTAGCAAAACATTAACAGAGTGTAAGCTCA
AGGTCTCGTATATCGCCACATCTACACCGCAAAAACCCTCTGAATCTGGAGCAACCAGTG
GCGATGGAAATGGCTCCGAATCCATCTCAGTGTCTACTATACAGCGGCTGAAGGAAGAGC
GAGATGCAGCTGTTAAGCAAACACAACAGCTGCAACATGAATTGGAGACGTTGAAGAAAC
GAAAAAGGAATAGCGAAAATGGGTTATCCTTAAAGTTGGCAGCTATGGTTGGACTCATTG
GACTCATCATTGGTTTCATCCTAAAACTCGCCTTAGCTTCTCCCACATAACAGCTATCAG
CAGCTTCTCCGCATCATCTACCATTTCAACTTACGAGGGATAGCTGTTAACTCTCTATTG
ATCTTGTTCTACTTTGTTTTTGTCCATTAAAATTTGTTTCTTTGTCAATTATATTGGATG
TACATCATTGACCCAATAGAACCTATCATTATTATGTTTACTTCTCCACTACATTTAGTG
GAAGTGACTTATTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CH26TF U 1
AF RR3CH26JQ C 117
BS 1 767 RR3CH26TF
BS 768 916 RR3CH26JQ

RD RR3CH26TF 780 0 0
GACACCTTTTGACTTTTGTTCTCCTTTTCTCCCCAGCTAAAGGAGAAATGAGTGGCGTTG
GAGAGAATCAGCTTATCTCCATTCAACCTGATGAACTCAAATTCCTTTTTGAACTCGAAA
AGCAAAGCTACTGTGATCTTAAAGTTTCCAATAAAACCGAGAACTATGTCGCTTTCAAGG
TGAAAACAACATCTCCAAAAAAGTATTTTGTAAGGCCCAACACTGGTGTCATTCAGCCAT
GGGACTCCTGCATCATTAGAGTTACACTACAAGCTCAAAGGGAGTATCCTCTAGATATGC
AGTGCAAAGACAAGTTTCTCCTTCAAAGTACCATTGTGCCTCCTCACACTGATGTTGATG
ACCTTCCTCCAGACACTTTTACCAAGGACAGTAGCAAAACATTAACAGAGTGTAAGCTCA
AGGTCTCGTATATCGCCACATCTACACCGCAAAAACCCTCTGAATCTGGAGCAACCAGTG
GCGATGGAAATGGCTCCGAATCCATCTCAGTGTCTACTATACAGCGGCTGAAGGAAGAGC
GAGATGCAGCTGTTAAGCAAACACAACAGCTGCAACATGAATTGGAGACGTTGAAGAAAC
GAAAAAGGAATAGCGAAAATGGGTTATCCTTAAAGTTGGCAGCTATGGTTGGACTCATTG
GACTCATCATTGGTTTCATCCTAAAACTCGCCTTAGCTTCTCCCACATAACAGCTATCAG
CAGCTTCTCCGCATCATCTACCATTTCAACTTACGAGGGATAGCTGT
ACTCTCTATGATC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3CH26JQ 800 0 0
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AAGGTGAAAACAACATCTCCAAAAAAGTATTTTGTAAGGCCCAACACTGGTGTCATTCAG
CCATGGGACTCCTGCATCATTAGAGTTACACTACAAGCTCAAAGGGAGTATCCTCTAGAT
ATGCAGTGCAAAGACAAGTTTCTCCTTCAAAGTACCATTGTGCCTCCTCACACTGATGTT
GATGACCTTCCTCCAGACACTTTTACCAAGGACAGTAGCAAAACATTAACAGAGTGTAAG
CTCAAGGTCTCGTATATCGCCACATCTACACCGCAAAAACCCTCTGAATCTGGAGCAACC
AGTGGCGATGGAAATGGCTCCGAATCCATCTCAGTGTCTACTATACAGCGGCTGAAGGAA
GAGCGAGATGCAGCTGTTAAGCAAACACAACAGCTGCAACATGAATTGGAGACGTTGAAG
AAACGAAAAAGGAATAGCGAAAATGGGTTATCCTTAAAGTTGGCAGCTATGGTTGGACTC
ATTGGACTCATCATTGGTTTCATCCTAAAACTCGCCTTAGCTTCTCCCACATAACAGCTA
TCAGCAGCTTCTCCGCATCATCTACCATTTCAACTTACGAGGGATAGCTGTTAACTCTCT
ATTGATCTTGTTCTACTTTGTTTTTGTCCATTAAAATTTGTTTCTTTGTCAATTATATTG
GATGTACATCATTGACCCAATAGAACCTATCATTATTATGTTTACTTCTCCACTACATTT
AGTGGAAGTGACTTATTCCC

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL4550Contig1 787 2 2 U
GCAAAAAAACATTGAGGAGTGTGATTTCCCACGAGCAGGAACAAAACCATCTGCACGAGA
GCTCTGTTTTCAGGGATTTAGGAGAGCAGGATGATGAAATAGTGTCTTCCACTGGCTGTG
GTCTATTGATTACAGAGACAAAAGAGATTCAAAGTCTTCATCATGATGTGAAGATTGGTT
CTTCAGAAGGTAGTAAGGGAGTTCCTATGCCTATAAAGAGATCGGTGAGTATGAAGTCAC
CAATCACTCAAGCTAGTAACTCCATTGGTTTTACCAGATCGTATGATGGCTTTTCTTATT
TGAGGGATCATAAGAGTATGAGTCTTAGAAGCTCAACGGAAACTACTTCTGCATCTTCGT
CGTGGGATTATGGTTCCTCTATAAGAAAAGGAAGTCATGTGCGACATCAGAGCGGGAGTA
CACTTGACATGGAGACTCATAGGTATGATACTACCACCAACTCCAAGTTCCTGAGCAGCA
TGTCATCTACATCTGGCGTGTCAAGCCACTCCTGCCAGGCTCTAAATGTTATGTGATAGA
GTAGCGGAAGCTTAGTAACAAGATCCAACAAGAACTCAGAAGAGAACTCGAAGAATCAGT
GGTTCCTTGGTGATGTTGATACTCTCAACAAGACAAGGAGGTCTTTGAAGATGACGATGC
TCTCGACAGATTCAAAGAAAGATTAGAGTACTCCTCTAGTGCTAAGATAGCTCTGTTGCA
ATTGCAAATATGTATTCAATAAGACGTGTTCTGAATACAAGACCTTGAGGCCAAATAAAT
ACATCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM68TF U 1
AF RR3DM68JQ C 298
BS 1 774 RR3DM68TF
BS 775 787 RR3DM68JQ

RD RR3DM68TF 782 0 0
GCAAAAAAACATTGAGGAGTGTGATTTCCCACGAGCAGGAACAAAACCATCTGCACGAGA
GCTCTGTTTTCAGGGATTTAGGAGAGCAGGATGATGAAATAGTGTCTTCCACTGGCTGTG
GTCTATTGATTACAGAGACAAAAGAGATTCAAAGTCTTCATCATGATGTGAAGATTGGTT
CTTCAGAAGGTAGTAAGGGAGTTCCTATGCCTATAAAGAGATCGGTGAGTATGAAGTCAC
CAATCACTCAAGCTAGTAACTCCATTGGTTTTACCAGATCGTATGATGGCTTTTCTTATT
TGAGGGATCATAAGAGTATGAGTCTTAGAAGCTCAACGGAAACTACTTCTGCATCTTCGT
CGTGGGATTATGGTTCCTCTATAAGAAAAGGAAGTCATGTGCGACATCAGAGCGGGAGTA
CACTTGACATGGAGACTCATAGGTATGATACTACCACCAACTCCAAGTTCCTGAGCAGCA
TGTCATCTACATCTGGCGTGTCAAGCCACTCCTGCCAGGCTCTAAATGTTATGTGATAGA
GTAGCGGAAGCTTAGTAACAAGATCCAACAAGAACTCAGAAGAGAACTCGAAGAATCAGT
GGTTCCTTGGTGATGTTGATACTCTCAACAAGACAAGGAGGTCTTTGAAGATGACGATGC
TCTCGACAGATTCAAAGAAAGATTAGAGTACTCCTCTAGTGCTAAGATAGCTCTGTTGCA
ATTGCAAATATGTATTCAATAAGACGTGTTCTGAATACAAGACCTTGAGGCCAA
TAATACAT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3DM68JQ 490 0 0
ATTTGAGGGATCATAAGAGTATGAGTTTTAGAAGCTCAACGGAAACTACTTTTGCATTTT
TGTCGTGGGATTATGGTTCCTTTATAAGAAAAGGAAGTCATGTGGGACATCAGAGCGGGA
GTACACTTGACATGGAGACTCATAGGTATGATACTACCACCAACTCCAAGTTCCTGAGCA
GCATGTCATTTACATTTGGGGTGTCAAGCCACTCCTGCCAGGCTTTAAATGTTATGTGAT
AGAGTAGCGGAAGCTTAGTAACAAGATCCAACAAGAACTCAGAAGAGAACTCGAAGAATC
AGTGGTTCCTTGGTGATGTTGATACTCTCAACAAGACAAGGAGGTCTTTGAAGATGACGA
TGCTCTCGACAGATTCAAAGAAAGATTAGAGTACTCCTCTAGTGCTAAGATAGCTTTGTT
GCAATTGCAAATATGTATTCAATAAGACGTGTTTTGAATACAAGACCTTGAGGCCAAATA
AATACATCGT

QA 1 490 1 490
DS 



AS 1 2

CO CL4551Contig1 942 2 6 U
GAACTGGAGCAGGAATCACCGGTCCTGTGTCACTTAAAAGCGCAAAAACTGGTAGCTCAA
CCGATTTGTCATCACAGCAATGGACTTATCAGGTTGGACTCAAAGGGGAAGACAAAGGTT
TAGGAAGTGGAGATTCTTCTGAATGGGTTTCAAACTCTCCTTTGCCCACTAGCCAGCCAC
TGATTTGGTACAAGACAACATTTGATGCTCCTTCCGGGAGTGCTCCAGTAGCAATAGACT
TCACAGGTACAGGAAAAGGCATTGCGTGGGTGAATGGACAGAGCATAGGTCGGTACTGGC
CAACCAGTATTGCACGAACCGATGGTTGCGTAGGGTCATGCGACTACAGAGGATCTTACC
GCAATTACAAATGTCTCAAGAATTGTGGAAAACCTTCTCAGACATTGTATCACGTGCCTC
GCTCGTGGATAAAACCTAGCGGGAACACTCTTGTTCTGCTGGAAGTAATGGGTGGAGATC
CGACAAAGATATCATTCGCCACGAGACAAACAGGAAGCAACTTGTGTTTGACGGTGTCAC
AGTCTCATCCAGCTCCTGTGAACACGTGGACTTCCGACTTCAAGCTCTCAAACAGAACCA
GGCCGGTTCTTTCCTTAAAATGCCCTGTCTCCACTCAGGTGATATCTTCTATAAACTTTG
CAAGCTTCGGTACGCCCACGGGTACTTGCGGTAGTTTCAGCTACGGCCGTTGCAGTAGCG
CCCGATCTCTCTCCGTGGTCCAAAAGGCGTGTGTTGGATCAAGGAGTTGCAAAGTTGAAG
TCTCGACCAGAGTCTTCGGAGAGCCTTGTCGTGGCGTCGTTAAGAGCTTAGCTGTGGAAG
CTTCTTGTGCATGAGTGACATGTTCCCTTTGCCTCCGCAGATTTGATATGAAATGGAAGT
ATATGTAATTGTTTTAAAATAAAGCAAATGAAATGGAAGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F241TF U 1
AF RR3F241JQ C 215
BS 1 619 RR3F241TF
BS 620 620 RR3F241JQ
BS 621 638 RR3F241TF
BS 639 639 RR3F241JQ
BS 640 672 RR3F241TF
BS 673 942 RR3F241JQ

RD RR3F241TF 672 0 0
GAACTGGAGCAGGAATCACCGGTCCTGTGTCACTTAAAAGCGCAAAAACTGGTAGCTCAA
CCGATTTGTCATCACAGCAATGGACTTATCAGGTTGGACTCAAAGGGGAAGACAAAGGTT
TAGGAAGTGGAGATTCTTCTGAATGGGTTTCAAACTCTCCTTTGCCCACTAGCCAGCCAC
TGATTTGGTACAAGACAACATTTGATGCTCCTTCCGGGAGTGCTCCAGTAGCAATAGACT
TCACAGGTACAGGAAAAGGCATTGCGTGGGTGAATGGACAGAGCATAGGTCGGTACTGGC
CAACCAGTATTGCACGAACCGATGGTTGCGTAGGGTCATGCGACTACAGAGGATCTTACC
GCAATTACAAATGTCTCAAGAATTGTGGAAAACCTTCTCAGACATTGTATCACGTGCCTC
GCTCGTGGATAAAACCTAGCGGGAACACTCTTGTTCTGCTGGAAGTAATGGGTGGAGATC
CGACAAAGATATCATTCGCCACGAGACAAACAGGAAGCAACTTGTGTTTGACGGTGTCAC
AGTCTCATCCAGCTCCTGTGAACACGTGGACTTCCGACTTCAAGCTCTCAAACAGAACCA
GGCCGGTTCTTTCCTTAAA*TGCCCTGTCTCCACTCAG*TGATATCTTCTATAAACTTTG
CAAGCTTCGGTA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3F241JQ 728 0 0
CGGGAGTGCTCCAGTAGCAATAGACTTCACAGGTACAGGAAAAGGCATTGCGTGGGTGAA
TGGACAGAGCATAGGTCGGTACTGGCCAACCAGTATTGCACGAACCGATGGTTGCGTAGG
GTCATGCGACTACAGAGGATCTTACCGCAATTACAAATGTCTCAAGAATTGTGGAAAACC
TTTTCAGACATTGTATCACGTGCCTCGCTCGTGGATAAAACCTAGCGGGAACACTCTTGT
TCTGCTGGAAGTAATGGGTGGAGATCCGACAAAGATATCATTCGCCACGAGACAAACAGG
AAGCAACTTGTGTTTGACGGTGTCACAGTCTCATCCAGCTCCTGTGAACACGTGGACTTC
CGACTTCAAGCTCTCAAACAGAACCAGGCCGGTTCTTTCCTTAAAATGCCCTGTCTCCAC
TCAGGTGATATCTTCTATAAACTTTGCAAGCTTCGGTACGCCCACGGGTACTTGCGGTAG
TTTCAGCTACGGCCGTTGCAGTAGCGCCCGATCTCTCTCCGTGGTCCAAAAGGCGTGTGT
TGGATCAAGGAGTTGCAAAGTTGAAGTCTCGACCAGAGTCTTCGGAGAGCCTTGTCGTGG
CGTCGTTAAGAGCTTAGCTGTGGAAGCTTCTTGTGCATGAGTGACATGTTCCCTTTGCCT
CCGCAGATTTGATATGAAATGGAAGTATATGTAATTGTTTTAAAATAAAGCAAATGAAAT
GGAAGTTC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL4552Contig1 882 2 2 U
GCATGCCACTTTCTACGGCGACGAAACCGGTAGTGAAACCATGGGTGGTGCATGTGGGTA
CGGAAACCTGTTTAACAGCGGCTACGGCTTAGACACGGCGGCGCTAAGCACGACGTTGTT
CAAAGACGGTTACGGGTGCGGCCAATGTTTCCAAATAGTCTGTGTAAACTCGAAACATTG
TAACTATGGACGCCCATCGACAGTGGTCACAGCCACCAATCTTTGCCCTCCTAATTGGTA
CCAAGACTCCAACAATGGTGGCTGGTGCAATCCTCCTAGAACTCATTTCGATATGGCTAA
ACCGGCTTTCATGAAACTCGCTTATTGGAGGGCCGGTATCATCCCTGTTGCATACCGCAG
AGTCCCATGCAAAAGGAGTGGAGGCATGAGGTTTCAATTCCAAGGCAATTCTTATTGGCT
TCTCGTCTTCGTCATGAATGTTGGCGGTGCCGGAGACATAAAAAGCATGGCCGTGAAAGG
TAGCCGGACGAATTGGATAAGCATGAGCCACAACTGGGGAGCGTCTTACCAAGCTTTTTC
CCCTCTCTACGGACAGTCCCTCTCTTTCCGGGTCACATCTTACACCACCGGTGAAACCGT
CTACGCCTGGAACGTTGCTCCGGCTAACTGGAATGCCGGTATGACTTACACAAGTGGTGC
CAATTTCCGCTGAAAAAACAATCATGATATCGACTTTTATGATTTCTATCTTCTTTTGTT
TTGTTTTGGGTATGTTTACAAGTTTCGGTGGCCTTCTGTTGTTATTGGCCCGGCTTTATG
TTATACATGAATGTTTAAAGTATGTATGCAATTGTGATATAACTCTTCACAATAGGAGAT
CATGATAATGAAGTTAACACTACTTCTTGATCAAGAGAAAAC


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A832TF U 1
AF RR3A832JQ C 346
BS 1 794 RR3A832TF
BS 795 882 RR3A832JQ

RD RR3A832TF 794 0 0
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CGGAAACCTGTTTAACAGCGGCTACGGCTTAGACACGGCGGCGCTAAGCACGACGTTGTT
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TAACTATGGACGCCCATCGACAGTGGTCACAGCCACCAATCTTTGCCCTCCTAATTGGTA
CCAAGACTCCAACAATGGTGGCTGGTGCAATCCTCCTAGAACTCATTTCGATATGGCTAA
ACCGGCTTTCATGAAACTCGCTTATTGGAGGGCCGGTATCATCCCTGTTGCATACCGCAG
AGTCCCATGCAAAAGGAGTGGAGGCATGAGGTTTCAATTCCAAGGCAATTCTTATTGGCT
TCTCGTCTTCGTCATGAATGTTGGCGGTGCCGGAGACATAAAAAGCATGGCCGTGAAAGG
TAGCCGGACGAATTGGATAAGCATGAGCCACAACTGGGGAGCGTCTTACCAAGCTTTTTC
CCCTCTCTACGGACAGTCCCTCTCTTTCCGGGTCACATCTTACACCACCGGTGAAACCGT
CTACGCCTGGAACGTTGCTCCGGCTAACTGGAATGCCGGTATGACTTACACAAGTGGTGC
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TTATACATGAATGT

QA 1 794 1 794
DS 

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CATGGCCGTGAAAGGTAGCCGGACGAATTGGATAAGCATGAGCCACAACTGGGGAGCGTC
TTACCAAGCTTTTTCCCCTCTCTACGGACAGTCCCTCTCTTTCCGGGTCACATCTTACAC
CACCGGTGAAACCGTTTACGCCTGGAACGTTGCTCCGGCTAACTGGAATGCCGGTATGAC
TTACACAAGTGGTGCCAATTTCCGCTGAAAAAACAATCATGATATCGACTTTTATGATTT
CTATCTTCTTTTGTTTTGTTTTGGGTATGTTTACAAGTTTCGGTGGCCTTCTGTTGTTAT
TGGCCCGGCTTTATGTTATACATGAATGTTTAAAGTATGTATGCAATTGTGATATAACTC
TTCACAATAGGAGATCATGATAATGAAGTTAACACTACTTCTTGATCAAGAGAAAAC

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 2

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CACTGCTATTTCAAATGGTCTCACTGGGGATTTTCTCGACAGGATCCCAAAGGTCCGAAT
CACAGACAGCTCAGGGGAGATGGTCTCTTGCTCTGTCTGCCTTCAGGACTTTCAGGTGGG
AGAGACTGTTAGAATTTTGCCGCAGTGCCATCATATGTTCCACCTACCATGCATCGACAA
GTGGCTTTGCAGGCATGCTTCTTGTCCCTTGTGCAGAAGACATCTTTGAATTCCAGACCT
CGCTTTCTCTTTCTCTTCTTTGTAAATGAGGTATATAAAGGCTCATACACACACACACAC
ACACACAGAGACTACTAGTGTTCCTTGATTACTTAGGTTACACGTTACAGGTTATGATGC
ATCAATCATTGTCACTTGACTGATATCTTTGATTAATTTATGTTACCTCTTCTTTGCC


BQ
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AF RR3FD89TF U 1
AF RR3FD89JQ C 217
BS 1 625 RR3FD89TF
BS 626 626 RR3FD89JQ
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BS 642 686 RR3FD89TF
BS 687 778 RR3FD89JQ

RD RR3FD89TF 686 0 0
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GCTAGGAGCCTTTACAGGGGCTTTGATCGGCCAAGAAACAGAGAGTGGTTTCATCAGAGG
AGCCGCCGTTGGTGCTATTTCTGGTGCTGTCTTCTCCATCGATGTCCTTGAATCTTCTCT
CCTCCTCTGGCAATCCGATCAGTCTGGAATTGCTTGCCTTCTCTACTTGATTGATGTCAT
TGCTAGCCTTTTGAGCGGGAGGCTAGTTCGTGAGCGTATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGC
GGTTCAGAACCAGATGGGAGCTGTGGAATCACAGTTCCCCGACCAAACTGACATCTTCGA
CACTGCTATTTCAAATGGTCTCACTGGGGATTTTCTCGACAGGATCCCAAAGGTCCGAAT
CACAGACAGCTCAGGGGAGATGGTCTCTTGCTCTGTCTGCCTTCAGGACTTTCAGGTGGG
AGAGACTGTTAGAATTTTGCCGCAGTGCCATCATATGTTCCACCTACCATGCATCGACAA
GTGGCTTTGCAGGCATGCTTCTTGTCCCTTGTGCAGAAGACATCTTTGAATTCCAGACCT
CGCTTTCTCTTTCTCTTCTTTGTAA*TGAG*TATATAAAG*CTCATACACACACACACAC
ACACACAGAGACTACTAGTGTTCCTT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3FD89JQ 562 0 0
CCTTCTCTACTTGATTGATGTCATTGCTAGCCTTTTGAGCGGGAGGCTAGTTCGTGAGCG
TATTGGTCCTGCAATGCTAAGTGCGGTTCAGAACCAGATGGGAGCTGTGGAATCACAGTT
CCCCGACCAAACTGACATTTTCGACACTGCTATTTCAAATGGTCTCACTGGGGATTTTCT
CGACAGGATCCCAAAGGTCCGAATCACAGACAGCTCAGGGGAGATGGTCTCTTGCTCTGT
CTGCCTTCAGGACTTTCAGGTGGGAGAGACTGTTAGAATTTTGCCGCAGTGCCATCATAT
GTTCCACCTACCATGCATCGACAAGTGGCTTTGCAGGCATGCTTCTTGTCCCTTGTGCAG
AAGACATCTTTGAATTCCAGACCTCGCTTTCTCTTTCTCTTCTTTGTAAATGAGGTATAT
AAAGGCTCATACACACACACACACACACACAGAGACTACTAGTGTTCCTTGATTACTTAG
GTTACACGTTACAGGTTATGATGCATCAATCATTGTCACTTGACTGATATCTTTGATTAA
TTTATGTTACCTCTTCTTTGCC

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

CO CL4554Contig1 866 2 2 U
GAGATTCCTATGGACTGGGCTACGAGGTTTAACATTTGCTGTGGGGTTGCAAAAGGTCTC
GCGTTTCTCCATGAGGAATCACCGTTGAAGTTTGTACACAGAGACATCAAGGCCACTAAT
ATTTTATTGGACAAGGATTTAACTCCAAAGATATCTGACTTCGGATTGGCTAGGCTAGAT
GAAGAGGGAATACACACGTCAGCACCAAAGTCGCTGGAACTATAGGATACATGGCACCAG
AATACGCACTTTGGGGTTACTTATCTTTCAAGGCAGATGTGTACAGCTATGGTGTTTTGG
TTCTAGAGATTGTCGCTGGCATAAACAACAGTAGTTTCATGGCGGCAGGAGATGAAGTCT
GCCTCTTGGAATGGGCTACTCAGTGTGAAGAGTCAGGACACTTGATGCAAGTTGTGGATG
AGAGATTGAGACCTGAAGTCAACAAAAAAGAAGCAGAGGCTGTAATAAAAGTGGCTCTTG
TGTGCACGAACGCATCTCCGTCAGATCGTCCTATAATGTCAGAGGTTGTTGCAATGCTGG
AAGGTTTTTATCCAGTGCCTGATTCAACCCCTGTAACAAGCAAGAAATCAGGGGATATAC
GGTTTAAGGCGTTCAAAGATGTTAGGAAAGGCATGGATAACGACAGTAAGACGCAGTGTT
CTGTAAACAGTTATCCTTCTTCTTCTTTTTCTTCTACTACTAATGTGGATACTAATGTGG
CTGGACAAGAAACAAAGCAAGAAGAGCCACGGAGCTGATCAAGAGGTTTATAGTTCCTGT
TCTTTCTCCTTTTTTGTTCATTTATCTGACTGTTAATTTGTAATATGTTTTGGAAGTCTA
TTACATAACTAGAATCCATTTACTGT


BQ
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ15TF U 1
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TT

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GTCTATTACATAACTAGAATCCATTTACTGT

QA 1 811 1 811
DS 



AS 1 2

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TTTTATGAATAGAAACACTGTTAG


BQ
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DS 

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DS 



AS 1 2

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GCAAGAAACAACATATCATCTAGGGGAATTCCTTCTTCTTCTGCTGCTAACTTTTCTCAA
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AGACCGGAGATTGCTTCCTCAGCTCTGGATTGGATCCAAGAGTGTACATTTGATACCAAA
TGGTGGATTCAGCTCCAAAGCCTTTCAGATGAAACCAAAACCACTCCTCACTCCAATGCC
CCTACATCAGAAGATCTAGTTCTCGAATGTGCACTTCTTTACCGAAACCGTAACATCTCT
GAAAAACTCGTTCTTCTTACCAATGATGTAACTCTCAAGATCAAAGCTATGGCAGAGGAT
GTGATTTGCGAGACACCGCATGAGTTCTACGAGAGTCTGAAAAATCCCTTGTCTGAGAGG
TTTATGTGGCCAGAGAGCTTGCCGAGAGGAAGGTCTTGGAGTCCTGTTCACGACAGCGCG
GTGAGAGAAAGCTACACAAACCCAGGCAAGCAGAAGCCAACGTTCAATGGAGAGAGTGGT
GCGGCAACAACAGCAAAAGGCCTGAAGCTCATTATTGCTCCATAACTCTCACGATGGCCA
CGTTCATTCATTATGCATCATCAGTACATATGGGGGGTTAAATGGAATGCTTTTTTAGAA
TAATGACATTTTTCATATTATGACCGACTTTTTTTGAATTGTGGAATTGCATTTGTTTTC
CAATTATTATAACACCGATCATTGCACTGCGAGAGTTGCATGTGAAATGTTGAAATGTTG
ACAAGCACGGTAACTACGGCTTGTTTGGCTCTTGATTTTTGTCCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GA34TF U 1
AF RR3GA34JQ C 256
BS 1 707 RR3GA34TF
BS 708 1007 RR3GA34JQ

RD RR3GA34TF 707 0 0
GATGATATGTATAGGGACCTTCCACCTTCAAGTGCTTTGACAGTACCCAGAGATTCTGTA
GCAAGAAACAACATATCATCTAGGGGAATTCCTTCTTCTTCTGCTGCTAACTTTTCTCAA
GGAGAGAACAAGATGAAATGGACCATTGTGTTGGACACTTCTTCTCTCCTCGACAAGGAG
TCTAGACACCCACTGCACTTGCTGCGAGGTCTCAAAGGGACACATCTGGTCATACCTCGA
ACAGTGTTAAGGTAACTTAATGAGACTAAGCGCACTACTTGGAGTCTTTTCTTTAGGCAA
AGACCGGAGATTGCTTCCTCAGCTCTGGATTGGATCCAAGAGTGTACATTTGATACCAAA
TGGTGGATTCAGCTCCAAAGCCTTTCAGATGAAACCAAAACCACTCCTCACTCCAATGCC
CCTACATCAGAAGATCTAGTTCTCGAATGTGCACTTCTTTACCGAAACCGTAACATCTCT
GAAAAACTCGTTCTTCTTACCAATGATGTAACTCTCAAGATCAAAGCTATGGCAGAGGAT
GTGATTTGCGAGACACCGCATGAGTTCTACGAGAGTCTGAAAAATCCCTTGTCTGAGAGG
TTTATGTGGCCAGAGAGCTTGCCGAGAGGAAGGTCTTGGAGTCCTGTTCACGACAGCGCG
GTGAGAGAAAGCTACACAAACCCAGGCAAGCAGAAGCCAACGTTCAA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3GA34JQ 752 0 0
CTTAATGAGACTAAGCGCACTACTTGGAGTCTTTTCTTTAGGCAAAGACCGGAGATTGCT
TCCTCAGCTCTGGATTGGATCCAAGAGTGTACATTTGATACCAAATGGTGGATTCAGCTC
CAAAGCCTTTCAGATGAAACCAAAACCACTCCTCACTCCAATGCCCCTACATCAGAAGAT
CTAGTTCTCGAATGTGCACTTCTTTACCGAAACCGTAACATTTCTGAAAAACTCGTTCTT
CTTACCAATGATGTAACTCTCAAGATCAAAGCTATGGCAGAGGATGTGATTTGCGAGACA
CCGCATGAGTTCTACGAGAGTCTGAAAAATCCCTTGTCTGAGAGGTTTATGTGGCCAGAG
AGCTTGCCGAGAGGAAGGTCTTGGAGTCCTGTTCACGACAGCGCGGTGAGAGAAAGCTAC
ACAAACCCAGGCAAGCAGAAGCCAACGTTCAATGGAGAGAGTGGTGCGGCAACAACAGCA
AAAGGCCTGAAGCTCATTATTGCTCCATAACTCTCACGATGGCCACGTTCATTCATTATG
CATCATCAGTACATATGGGGGGTTAAATGGAATGCTTTTTTAGAATAATGACATTTTTCA
TATTATGACCGACTTTTTTTGAATTGTGGAATTGCATTTGTTTTCCAATTATTATAACAC
CGATCATTGCACTGCGAGAGTTGCATGTGAAATGTTGAAATGTTGACAAGCACGGTAACT
ACGGCTTGTTTGGCTCTTGATTTTTGTCCAAA

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL4557Contig1 1031 2 2 U
GGGAGGTTGAAATGTCGGCAAAGTTGCCTCTGTCTCCTATTAGCCATCAGTTATGTCGGA
GCAGCTCCAGGTTCTTGAACACCGCCACGACACCCCGGTTCTGTTCTCCGGTTTCTTATC
CTTACCTCATCGGCTCGTCCAGTCAGTTACGGGCTCACCACCCTCTGATCTCTTTCGCGG
TTACAAAGGGTTCTCTATTGCATGACCTCGGAGCCACCGGGGCAGTTCTTGGTGGAGCCT
ACGCGCTCGTCTTGACCTTCGAGAGTCTCACGAAGCGAAACGTGGTTTCACAGAGATTGA
GTAGAAAGCTTGTGCACATACTCTCAGGTCTGCTTTTTGTACTCTCGTGCCAATCTTCAG
CGCATCGAAGGAGGCTAGATACTTTGCTGCTTTAGTTCCACTAGTGAATTGCGTAAAGCT
TGTTGTCAATGGATTATCCGTCTCTCCCAATTCCACGCTAATCAAATCCGTCACTAGAGA
AGGAAGACCAGAAGAGTTGCTTAGAGGACCATTGTTCTACGTTCTAGCGCTTCTCGTCTC
TGCAGTTTTCTTCTGGAGAGATTCTCCTATCGGTATGATCTCGTTGGCAATGATGTGTGG
TGGCGACGGAATAGCTGATGTCATGGGACGTAAATTTGGATCACAGAAGATACCTTACAA
CCCAAGGAAGAGCATAGCGGGAAGCATCTCCATGTTCATATTCGGCTTCTTCGTCTCCAT
CGGGTTACTTTACTTTTACTCAAGCATTGGGTACCTTCACATGAACTGGGAAACAACCTT
TACCAAAGTCGCGATAGTCTCAATGGTCGCTACGTTGGTCGAGTCATTACCCATCACCGA
TCAATTAGACGACAATGTTTCGGTTCCTCTGGCTACTATTTTTGCTGCTTATGTAAGTTT
TGGATATTAGATTACATCAACATCCCTCATAAACCGAACAAAATGCATCTGTATCACTTT
GTGCATCTGACCTAGGAGTTTAGGCATGTAGCCAACACATATGCTAGTAGTTGTATTACT
TGTATTCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ58TF U 1
AF RR3GZ58JQ C 247
BS 1 700 RR3GZ58TF
BS 701 1031 RR3GZ58JQ

RD RR3GZ58TF 700 0 0
GGGAGGTTGAAATGTCGGCAAAGTTGCCTCTGTCTCCTATTAGCCATCAGTTATGTCGGA
GCAGCTCCAGGTTCTTGAACACCGCCACGACACCCCGGTTCTGTTCTCCGGTTTCTTATC
CTTACCTCATCGGCTCGTCCAGTCAGTTACGGGCTCACCACCCTCTGATCTCTTTCGCGG
TTACAAAGGGTTCTCTATTGCATGACCTCGGAGCCACCGGGGCAGTTCTTGGTGGAGCCT
ACGCGCTCGTCTTGACCTTCGAGAGTCTCACGAAGCGAAACGTGGTTTCACAGAGATTGA
GTAGAAAGCTTGTGCACATACTCTCAGGTCTGCTTTTTGTACTCTCGTGCCAATCTTCAG
CGCATCGAAGGAGGCTAGATACTTTGCTGCTTTAGTTCCACTAGTGAATTGCGTAAAGCT
TGTTGTCAATGGATTATCCGTCTCTCCCAATTCCACGCTAATCAAATCCGTCACTAGAGA
AGGAAGACCAGAAGAGTTGCTTAGAGGACCATTGTTCTACGTTCTAGCGCTTCTCGTCTC
TGCAGTTTTCTTCTGGAGAGATTCTCCTATCGGTATGATCTCGTTGGCAATGATGTGTGG
TGGCGACGGAATAGCTGATGTCATGGGACGTAAATTTGGATCACAGAAGATACCTTACAA
CCCAAGGAAGAGCATAGCGGGAAGCATCTCCATGTTCATA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3GZ58JQ 785 0 0
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AGCTTGTGCACATACTCTCAGGTCTGCTTTTTGTACTCTCGTGCCAATCTTCAGCGCATC
GAAGGAGGCTAGATACTTTGCTGCTTTAGTTCCACTAGTGAATTGCGTAAAGCTTGTTGT
CAATGGATTATCCGTCTCTCCCAATTCCACGCTAATCAAATCCGTCACTAGAGAAGGAAG
ACCAGAAGAGTTGCTTAGAGGACCATTGTTCTACGTTCTAGCGCTTCTCGTCTCTGCAGT
TTTCTTCTGGAGAGATTCTCCTATCGGTATGATCTCGTTGGCAATGATGTGTGGTGGCGA
CGGAATAGCTGATGTCATGGGACGTAAATTTGGATCACAGAAGATACCTTACAACCCAAG
GAAGAGCATAGCGGGAAGCATCTCCATGTTCATATTCGGCTTCTTCGTCTCCATCGGGTT
ACTTTACTTTTACTCAAGCATTGGGTACCTTCACATGAACTGGGAAACAACCTTTACCAA
AGTCGCGATAGTCTCAATGGTCGCTACGTTGGTCGAGTCATTACCCATCACCGATCAATT
AGACGACAATGTTTCGGTTCCTCTGGCTACTATTTTTGCTGCTTATGTAAGTTTTGGATA
TTAGATTACATCAACATCCCTCATAAACCGAACAAAATGCATCTGTATCACTTTGTGCAT
CTGACCTAGGAGTTTAGGCATGTAGCCAACACATATGCTAGTAGTTGTATTACTTGTATT
CTTTT

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL4558Contig1 513 2 1 U
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CGACGCCTCTGTGATGAATCGACCATGATCTCTCCTCGTCTCTTTCGCTCTCCTCGACGC
CTCCGTATCTTTCCTCGTCTCTCTCTCCTCGACGACTCCGCGATGAATCTCTCTGTCTTT
GTTTCTTTCAGATGGACGGAGCAAGAGACGACGGTTCGTCAAACAAGACGTCTACAATGA
ACCATCCGTGATTCTTGTCTGTAAATTGCAGACTGCAATACAGGTAACGACTGAAAGAGA
GAAGGAGTGAAAGAGTGGAAGCATTGGAGCATTGGAGCATTGGAGTATCGAAGCTTCTCT
CTTTCTTCGTATTCAACCTTCTCCTTCTCTTTTTCTTTGTAGTCATTTTCACGATTGCTC
AAACAAGATCACAAATCATTTCTTTGTTCGACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EG19JQ C 1
AF RR3EG19TF U 1
BS 1 513 RR3EG19TF

RD RR3EG19JQ 513 0 0
TTTCTTGTGTTTCTCTCTCGACGACTCCGCCATCAACCTTCTCCTTCTCTCGTGGAAATC
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CGACGCCTCTGTGATGAATCGACCATGATCTCTCCTCGTCTCTTTCGCTCTCCTCGACGC
CTCCGTATCTTTCCTCGTCTCTCTCTCCTCGACGACTCCGCGATGAATCTCTCTGTCTTT
GTTTCTTTCAGATGGACGGAGCAAGAGACGACGGTTCGTCAAACAAGACGTCTACAATGA
ACCATCCGTGATTCTTGTCTGTAAATTGCAGACTGCAATACAGGTAACGACTGAAAGAGA
GAAGGAGTGAAAGAGTGGAAGCATTGGAGCATTGGAGCATTGGAGTATCGAAGCTTCTCT
CTTTCTTCGTATTCAACCTTCTCCTTCTCTTTTTCTTTGTAGTCATTTTCACGATTGCTC
AAACAAGATCACAAATCATTTCTTTGTTCGACC

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3EG19TF 513 0 0
TTTCTTGTGTTTCTCTCTCGACGACTCCGCCATCAACCTTCTCCTTCTCTCGTGGAAATC
AATCTCTCCTCGACGATCCTCGATGCCTCCGTAATCTCTCGTTGTCTCTCTCTCTCTCCT
CGACGCCTCTGTGATGAATCGACCATGATCTCTCCTCGTCTCTTTCGCTCTCCTCGACGC
CTCCGTATCTTTCCTCGTCTCTCTCTCCTCGACGACTCCGCGATGAATCTCTCTGTCTTT
GTTTCTTTCAGATGGACGGAGCAAGAGACGACGGTTCGTCAAACAAGACGTCTACAATGA
ACCATCCGTGATTCTTGTCTGTAAATTGCAGACTGCAATACAGGTAACGACTGAAAGAGA
GAAGGAGTGAAAGAGTGGAAGCATTGGAGCATTGGAGCATTGGAGTATCGAAGCTTCTCT
CTTTCTTCGTATTCAACCTTCTCCTTCTCTTTTTCTTTGTAGTCATTTTCACGATTGCTC
AAACAAGATCACAAATCATTTCTTTGTTCGACC

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 2

CO CL4559Contig1 363 2 1 U
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AAGGGAAATGTAGGGGAAAGAGATTGGAATGTCCTCAACATTGTGGAGGTTTTTGTTTTT
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CCATCTATATTGCTTGTTTCCTACTATCTTCTTTTGGGTTCTTTGTTTTTCTCTGTTTGT
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TTCAAGCTCCTTGAGACTTTGAGAGCTGACAATGAAAAAAATAGCTGCCACTATATTAGG
ACC


BQ
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20 20 20 

AF RR3AW67JQ C 1
AF RR3AW67TF U 1
BS 1 363 RR3AW67TF

RD RR3AW67JQ 363 0 0
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AAGGGAAATGTAGGGGAAAGAGATTGGAATGTCCTCAACATTGTGGAGGTTTTTGTTTTT
ACGATTGTCTCTTTCTCTGCAAACCGCATTGCCGTCGCTAGAGACTATAGAGATATCTAT
CCATCTATATTGCTTGTTTCCTACTATCTTCTTTTGGGTTCTTTGTTTTTCTCTGTTTGT
AGTCGTACCTTTATTTCTTAGAGTTTCTTCTTTACAAATCCTTTTTTACTTGTAAGTCTT
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ACC

QA 1 363 1 363
DS 

RD RR3AW67TF 363 0 0
GAGGTGGAAGAGAAGGAAGAGGAGAGTTTGTGAAAAGAGAATATGCAGAGTGCAAGGGAA
AAGGGAAATGTAGGGGAAAGAGATTGGAATGTCCTCAACATTGTGGAGGTTTTTGTTTTT
ACGATTGTCTCTTTCTCTGCAAACCGCATTGCCGTCGCTAGAGACTATAGAGATATCTAT
CCATCTATATTGCTTGTTTCCTACTATCTTCTTTTGGGTTCTTTGTTTTTCTCTGTTTGT
AGTCGTACCTTTATTTCTTAGAGTTTCTTCTTTACAAATCCTTTTTTACTTGTAAGTCTT
TTCAAGCTCCTTGAGACTTTGAGAGCTGACAATGAAAAAAATAGCTGCCACTATATTAGG
ACC

QA 1 363 1 363
DS 



AS 1 2

CO CL4560Contig1 1067 2 4 U
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GGGAAGAGAATAATAGACAAGGAGGAAGGATTGAAGAAGACAAAGAACGAGAGAGGAGGA
TGGACAGAGTAGCTTGAGTTAGCTTTACAGGGAGCTTACCTGACTGCGAAGCCAAGTCCT
CACTTCTGGAAAAACGTTTCTAAGTTGGTCCCCGGAAAATCTGCTCAGGAGTGTTTCGAC
AGAGTCAACGCAGATCTCATCACTCCTCGGCAGACTCAGCCTCGGTCAAGAGCCAAGAAG
TCTAACCTATCACCAATCCCTCGTTTCTCGCTGTCCGCAAGCAAACTACTGAAACCCATT
TCACCGACAAAGACTAAGACACGTCAGAGAAAAGGCAATCTCTCCAAGAAAGCGATCAGG
CATCTAGTGGAGAAGCAGAATCATATGGATCAAGGTCTTGGTTTTGATCTCTTCTCAGTT
CTCGAGCCTGGAGCCGCAAGCAGCTTTCTCACCACTCCAACGGAGAAAGGGAAAAGTCTT
CCGAGGATCATTGAAAGTCCAGTAATGCCTGGCTCAAGTAAGGATCAAGCAAATCTCGTT
AGCCCTCCGGTGCTGAAACAGGTGAAGAACAAGGCGTTGCATGAGAAGTATATTGATCAT
CTGCATGTGAGGGAAGCTAAAAGAAATGCAGAGTATAATCGACTGGTTGGGAAAGAGAAC
GTTAGACCTTTGGATAATCAGACGAACGTGAGAGCAGCTAAAGATGCTCTTTACTTTGAT
GTACAAGATGCAGTTCAGAAGCTTAAGGGGTTAGAGACTGAGGAAAACTCATCCAGTTCT
TCAGAGTTCTGCGATGGTCTTGGTGAAACTGACGAAGAAGATGAATCAATCTAATCTCTA
ATCAGGTAGCTTGATTGTATAAGAGCATAGAGATTAAAAGTAAGTCATTACTGTGAATCT
TAGTCTTGTAACCATGAGTGTAACTGCTTGTTTGAGTTTAGTTGAGTCAGATGTTGTACA
GACAACGAAAGTTGATTCTCTTTTAATATGAAGTTCAGATTCTGATC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H961TF U 1
AF RR3H961JQ C 311
BS 1 681 RR3H961TF
BS 682 682 RR3H961JQ
BS 683 761 RR3H961TF
BS 762 1067 RR3H961JQ

RD RR3H961TF 766 0 0
GTTAGTCTCTGCCTTAATGAGGTGAAAATGATGAAACTCTCAAACGAAAACGATAATGAA
GGGAAGAGAATAATAGACAAGGAGGAAGGATTGAAGAAGACAAAGAACGAGAGAGGAGGA
TGGACAGAGTAGCTTGAGTTAGCTTTACAGGGAGCTTACCTGACTGCGAAGCCAAGTCCT
CACTTCTGGAAAAACGTTTCTAAGTTGGTCCCCGGAAAATCTGCTCAGGAGTGTTTCGAC
AGAGTCAACGCAGATCTCATCACTCCTCGGCAGACTCAGCCTCGGTCAAGAGCCAAGAAG
TCTAACCTATCACCAATCCCTCGTTTCTCGCTGTCCGCAAGCAAACTACTGAAACCCATT
TCACCGACAAAGACTAAGACACGTCAGAGAAAAGGCAATCTCTCCAAGAAAGCGATCAGG
CATCTAGTGGAGAAGCAGAATCATATGGATCAAGGTCTTGGTTTTGATCTCTTCTCAGTT
CTCGAGCCTGGAGCCGCAAGCAGCTTTCTCACCACTCCAACGGAGAAAGGGAAAAGTCTT
CCGAGGATCATTGAAAGTCCAGTAATGCCTGGCTCAAGTAAGGATCAAGCAAATCTCGTT
AGCCCTCCGGTGCTGAAACAGGTGAAGAACAAGGCGTTGCATGAGAAGTATATTGATCAT
CTGCATGTGAGGGAAGCTAAA*GAAATGCAGAGTATAATCGACTGGTTGGGAAAGAGAAC
GTTAGACCTTTGGATAATCAGACGAACGTGAGAGCAGCTAA
GATGC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3H961JQ 757 0 0
CACCAATCCCTCGTTTCTCGCTGTCCGCAAGCAAACTACTGAAACCCATTTCACCGACAA
AGACTAAGACACGTCAGAGAAAAGGCAATCTCTCCAAGAAAGCGATCAGGCATCTAGTGG
AGAAGCAGAATCATATGGATCAAGGTCTTGGTTTTGATCTCTTCTCAGTTCTCGAGCCTG
GAGCCGCAAGCAGCTTTCTCACCACTCCAACGGAGAAAGGGAAAAGTCTTCCGAGGATCA
TTGAAAGTCCAGTAATGCCTGGCTCAAGTAAGGATCAAGCAAATCTCGTTAGCCCTCCGG
TGCTGAAACAGGTGAAGAACAAGGCGTTGCATGAGAAGTATATTGATCATCTGCATGTGA
GGGAAGCTAAAAGAAATGCAGAGTATAATCGACTGGTTGGGAAAGAGAACGTTAGACCTT
TGGATAATCAGACGAACGTGAGAGCAGCTAAAGATGCTCTTTACTTTGATGTACAAGATG
CAGTTCAGAAGCTTAAGGGGTTAGAGACTGAGGAAAACTCATCCAGTTCTTCAGAGTTCT
GCGATGGTCTTGGTGAAACTGACGAAGAAGATGAATCAATCTAATCTCTAATCAGGTAGC
TTGATTGTATAAGAGCATAGAGATTAAAAGTAAGTCATTACTGTGAATCTTAGTCTTGTA
ACCATGAGTGTAACTGCTTGTTTGAGTTTAGTTGAGTCAGATGTTGTACAGACAACGAAA
GTTGATTCTCTTTTAATATGAAGTTCAGATTCTGATC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL4561Contig1 1331 2 4 U
GGCAGCTATTTGGAATAGATCTACATCAGCCTGCAGAACCATTACCAGCTGCTGAAGCAA
TACAAGATCCACCACAAGCACAAGCTGTGGAACCTCAACCACAAGAGACCATCAAGGGAC
AGTACGCATCTCTGAGTAATTTCAGGGACAAGTGTGCCTTGTTTGGTTGTGAAATAGCTC
CTCAAGAAGGGTTCTACTGCTGTGAAAACCATCTTCAGTTCGCTGAACTATGGTCTTCCT
CTGCAACTAAGGCCTACCAAGTTTACGATGGCTTGGAAAAGGCTAGAATAGAGCCTTTGT
CGTTTGCTTGCCTCCTTCTCAAACTCGATAGACTTGATTCTGGGATTCCATCCCTGGATA
CAGGCCTTGTTTTCTCCAAGGTTCCTTGGGAGAACGGAGACGTCTTCGGGCAAAGCCACG
TACCAACTTACACAAGCCGGGACTGGTTGTTCTTCGCTCATCCTCCTCCAGTTCACAGGA
GACTGACCTCTGAATCCGGTATGGTCTGCCAGTGGCATGCACAGCATCACAATCCGAAAC
CCTTTGACCAACGGTATATCAGATCTACTACTCATAACCTCCGTATGGATCCGAATCCGG
AGAAAGAAAGACGTGGGGAGTGGAGGTTATATCAGTTCGTGTACGAAGGCCTTTCCTTGT
ACTGTCTTTCACACTTAGTCACTCCCAGTGAAACAAAACGTGCTCAACCATCTTCAAAAG
CGACAAAGACAAAGGCTCCCGACTCTAACGGTGATGCTCAGGGGAAGAAGGTGAAGGCAG
TGGAAAAAGAGATAAGAATCAGTCCACCACCTCTACAACTACCACATCAAATCTTGGAAA
CCACAGTCTCGGTTCTCATCTCCTGTTAAACTTCAAAACTTTCACACCAGATGGTGTAGT
GCTGATTCCTACCAAGCTCTTTTACCTTGAGCTGATGAAATCAAGATCCATGGCTGCTAG
CTCTACTTCCCTCAATGCTTGTCCTCGCCAAATGGCAACTGCGCTTAAATGTTTTAGCCA
GCGAAGCAGAAGCAATCTTTCTTTTACGCTTCGCCCGCTTACTAACCGCTTGAGCGTTTC
TTGCGCTGCAAAACCGGAGACAGTGTACAAAGTGTGTGAAGTCGTCAAAAAGCAACTCTC
ACTTAAAGACAGCGACGAATTTGCTGCACTTGGTTCTGATTCTCTTGATACGGTGGAGAT
TGTGATGGGCCTGGAGGAAGCTTTTGAGATTGAGATGGCTGAGAGAGAGCACAGTCGATT
GAGACTGTCGTTTATGTCTAAGAAGATCATCACGTCGATTCTCAACCAGAAGCATAAACC
CACCGTATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS22TF U 1
AF RR3BR93TF U 560
BS 1 598 RR3FS22TF
BS 599 599 RR3BR93TF
BS 600 635 RR3FS22TF
BS 636 1331 RR3BR93TF

RD RR3FS22TF 635 0 0
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TACAAGATCCACCACAAGCACAAGCTGTGGAACCTCAACCACAAGAGACCATCAAGGGAC
AGTACGCATCTCTGAGTAATTTCAGGGACAAGTGTGCCTTGTTTGGTTGTGAAATAGCTC
CTCAAGAAGGGTTCTACTGCTGTGAAAACCATCTTCAGTTCGCTGAACTATGGTCTTCCT
CTGCAACTAAGGCCTACCAAGTTTACGATGGCTTGGAAAAGGCTAGAATAGAGCCTTTGT
CGTTTGCTTGCCTCCTTCTCAAACTCGATAGACTTGATTCTGGGATTCCATCCCTGGATA
CAGGCCTTGTTTTCTCCAAGGTTCCTTGGGAGAACGGAGACGTCTTCGGGCAAAGCCACG
TACCAACTTACACAAGCCGGGACTGGTTGTTCTTCGCTCATCCTCCTCCAGTTCACAGGA
GACTGACCTCTGAATCCGGTATGGTCTGCCAGTGGCATGCACAGCATCACAATCCGAAAC
CCTTTGACCAACGGTATATCAGATCTACTACTCATAACCTCCGTATGGATCCGAATCCTG
AGAAAGAAAGACGTGGGGAGTGGAGGTTATATCAG

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3BR93TF 772 0 0
G
AGATCTACTACTCATAACCTCCGTATGGATCCGAATCCGGAGAAAGAAAGACGTGGGGAG
TGGAGGTTATATCAGTTCGTGTACGAAGGCCTTTCCTTGTACTGTCTTTCACACTTAGTC
ACTCCCAGTGAAACAAAACGTGCTCAACCATCTTCAAAAGCGACAAAGACAAAGGCTCCC
GACTCTAACGGTGATGCTCAGGGGAAGAAGGTGAAGGCAGTGGAAAAAGAGATAAGAATC
AGTCCACCACCTCTACAACTACCACATCAAATCTTGGAAACCACAGTCTCGGTTCTCATC
TCCTGTTAAACTTCAAAACTTTCACACCAGATGGTGTAGTGCTGATTCCTACCAAGCTCT
TTTACCTTGAGCTGATGAAATCAAGATCCATGGCTGCTAGCTCTACTTCCCTCAATGCTT
GTCCTCGCCAAATGGCAACTGCGCTTAAATGTTTTAGCCAGCGAAGCAGAAGCAATCTTT
CTTTTACGCTTCGCCCGCTTACTAACCGCTTGAGCGTTTCTTGCGCTGCAAAACCGGAGA
CAGTGTACAAAGTGTGTGAAGTCGTCAAAAAGCAACTCTCACTTAAAGACAGCGACGAAT
TTGCTGCACTTGGTTCTGATTCTCTTGATACGGTGGAGATTGTGATGGGCCTGGAGGAAG
CTTTTGAGATTGAGATGGCTGAGAGAGAGCACAGTCGATTGAGACTGTCGTTTATGTCTA
AGAAGATCATCACGTCGATTCTCAACCAGAAGCATAAACCCACCGTATTTC

QA 2 772 2 772
DS 



AS 1 2

CO CL4562Contig1 1078 2 2 U
GGGAGGCAAAGCTGCTTCTATGCCATATTGTAGAAAAATGGGCGAGTCTAAGGGGTGCAG
TAAAGGAGGAGGACGAGTGATTACAAATGTTATGTCTGCAAATTCTTACAACGTCTCCCT
TAAGTTGTCTCCAGTTGTTTCTTTTTGGGATTGTATTGTCCGCACCATGAGGTATTCCTA
TATACCTGAGTGGGTGTAGTACTAGTTCTTCACATCCTTCCACCACAGCAGCAGCGAGTT
TTTTAGTTCAGTTTATTTTTTAGTTACAATTATAGATATATATAGAGAGAGAGTGAAAGC
TAGTAATGGATTGCAAGCAAGTTCAGCCATCAGCTAGGAAAGGGAAGAAGAAACACAATG
GTAAAGATGAATTTGATCGTGTCAAACAAGCTGAGAAGAAGAAGAGACGTCTCGAGAAAG
CTCTTGCTACTTCTGCAGCCATCAGGGCTGAGCTTGAAAAGAAGAAGCAGAGGAAACTTG
AAGAACAACAGAGGTTAGATGACGAAGGTGCTGCTATTGCAGAAGCTGTTGCTCTCCACG
TCCTACTGGGCGAAGATTCTGATGATTCATCATCATCTAGAGTCATGCTTGGCCAAGATA
ACGGTTGTTTCAAGATGGATCATCTGTTTAGAGGTGAAAACTACGTTCCTCGTCAGAGCT
GCGCTAGCTATGCAGTTCAAGGGATTGGGTTTGTCTCCAACGGTTATGGACTAGGAGACA
GTAGTAGCTGGTCACCTTTCATGAGGGAATCTTGGGATAGCAACATGGGAGTTTCAGCTG
ATCTCATCGCTGCTCAGGCGGTCTCATCACTAAGGATATCTGAAAACACTGACAGGAATC
TCTTTGTGCTTAAGGGGATGTTCCGGGGATGAAAAACTGCCATGATTTCCAGATTTCATT
GCTAAAGTCAGCTTTTGTTATGATATAAGTTGCGAATAATGTTGTTTTATTTCGGTGTGA
GTTTGATTTGTTGTTTTTTTTTTCACTAGACGCTAGATTTATACTCTGTTTTCTTTCCTT
CCTTCCCTGCAATATATTATGGACGCATTGCGAGTTGTATTCATTGTACGTGTTGAAA


BQ
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AF RR3AY81TF U 1
AF RR3AY81JQ C 262
BS 1 710 RR3AY81TF
BS 711 1078 RR3AY81JQ

RD RR3AY81TF 710 0 0
GGGAGGCAAAGCTGCTTCTATGCCATATTGTAGAAAAATGGGCGAGTCTAAGGGGTGCAG
TAAAGGAGGAGGACGAGTGATTACAAATGTTATGTCTGCAAATTCTTACAACGTCTCCCT
TAAGTTGTCTCCAGTTGTTTCTTTTTGGGATTGTATTGTCCGCACCATGAGGTATTCCTA
TATACCTGAGTGGGTGTAGTACTAGTTCTTCACATCCTTCCACCACAGCAGCAGCGAGTT
TTTTAGTTCAGTTTATTTTTTAGTTACAATTATAGATATATATAGAGAGAGAGTGAAAGC
TAGTAATGGATTGCAAGCAAGTTCAGCCATCAGCTAGGAAAGGGAAGAAGAAACACAATG
GTAAAGATGAATTTGATCGTGTCAAACAAGCTGAGAAGAAGAAGAGACGTCTCGAGAAAG
CTCTTGCTACTTCTGCAGCCATCAGGGCTGAGCTTGAAAAGAAGAAGCAGAGGAAACTTG
AAGAACAACAGAGGTTAGATGACGAAGGTGCTGCTATTGCAGAAGCTGTTGCTCTCCACG
TCCTACTGGGCGAAGATTCTGATGATTCATCATCATCTAGAGTCATGCTTGGCCAAGATA
ACGGTTGTTTCAAGATGGATCATCTGTTTAGAGGTGAAAACTACGTTCCTCGTCAGAGCT
GCGCTAGCTATGCAGTTCAAGGGATTGGGTTTGTCTCCAACGGTTATGGA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3AY81JQ 817 0 0
AGTTACAATTATAGATATATATAGAGAGAGAGTGAAAGCTAGTAATGGATTGCAAGCAAG
TTCAGCCATCAGCTAGGAAAGGGAAGAAGAAACACAATGGTAAAGATGAATTTGATCGTG
TCAAACAAGCTGAGAAGAAGAAGAGACGTCTCGAGAAAGCTCTTGCTACTTCTGCAGCCA
TCAGGGCTGAGCTTGAAAAGAAGAAGCAGAGGAAACTTGAAGAACAACAGAGGTTAGATG
ACGAAGGTGCTGCTATTGCAGAAGCTGTTGCTCTCCACGTCCTACTGGGCGAAGATTCTG
ATGATTCATCATCATCTAGAGTCATGCTTGGCCAAGATAACGGTTGTTTCAAGATGGATC
ATCTGTTTAGAGGTGAAAACTACGTTCCTCGTCAGAGCTGCGCTAGCTATGCAGTTCAAG
GGATTGGGTTTGTCTCCAACGGTTATGGACTAGGAGACAGTAGTAGCTGGTCACCTTTCA
TGAGGGAATCTTGGGATAGCAACATGGGAGTTTCAGCTGATCTCATCGCTGCTCAGGCGG
TCTCATCACTAAGGATATCTGAAAACACTGACAGGAATCTCTTTGTGCTTAAGGGGATGT
TCCGGGGATGAAAAACTGCCATGATTTCCAGATTTCATTGCTAAAGTCAGCTTTTGTTAT
GATATAAGTTGCGAATAATGTTGTTTTATTTCGGTGTGAGTTTGATTTGTTGTTTTTTTT
TTCACTAGACGCTAGATTTATACTCTGTTTTCTTTCCTTCCTTCCCTGCAATATATTATG
GACGCATTGCGAGTTGTATTCATTGTACGTGTTGAAA

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

CO CL4563Contig1 621 2 3 U
GTGGAAGCATTTATATAATAATATATGCTTTGTTCAAATAATTTTAAAGAGCTCTGTCAA
ATCTTGTTTTATAGATCTTCATGAATCAGCACACAAATCTTAAACAAGCAAGCAGCAAGA
CTAAAGAAACAAAAGAAAATAAACCAGCATAAACATGAATCAATCAGGATGATTATTGAA
TGTGATCCCATCTCAATTCAGATAAATGCTGTCCAGTACAGCATAACCAGCCGCAACACC
ACCTTCATCTGATGAAGAGACCTTTGTGCGCATCAGATAACCACTCTGCTCGTTTATTAT
AACTCTCTCCTTGTTCCTGAGGTAAGCCCCATAGACTCCAAGTTCTGATATAGCTTGATC
TTTATGGTAAACACCGTCTCGCAGCAAGAACACGTTTGACACTTCTGGGAATATCCTCTG
CATCAGGATATACGCAGCGTTTTCTTCCTCTCCTTCTCTCTGCAATCTCAGAAGATTTTC
CCTCACATCATCTCCATAGATGTTATTACCTCCTCCTTCTCTCTGAGGCTTCATGACAAA
CAACTCCGGTTTTTCAATTGCTCTCTTGATGATTTCTTGATCGTCCAAGCTCCAAAGCCC
AGCAAAGCATTTCCTCAGCTT


BQ
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AF RR3EA14JQ U 1
AF RR3GL79JQ U 282
BS 1 404 RR3EA14JQ
BS 405 405 RR3GL79JQ
BS 406 621 RR3EA14JQ

RD RR3EA14JQ 621 0 0
GTGGAAGCATTTATATAATAATATATGCTTTGTTCAAATAATTTTAAAGAGCTCTGTCAA
ATCTTGTTTTATAGATCTTCATGAATCAGCACACAAATCTTAAACAAGCAAGCAGCAAGA
CTAAAGAAACAAAAGAAAATAAACCAGCATAAACATGAATCAATCAGGATGATTATTGAA
TGTGATCCCATCTCAATTCAGATAAATGCTGTCCAGTACAGCATAACCAGCCGCAACACC
ACCTTCATCTGATGAAGAGACCTTTGTGCGCATCAGATAACCACTCTGCTCGTTTATTAT
AACTCTCTCCTTGTTCCTGAGGTAAGCCCCATAGACTCCAAGTTCTGATATAGCTTGATC
TTTATGGTAAACACCGTCTCGCAGCAAGAACACGTTTGACACTTTTGGGAATATCCTCTG
CATCAGGATATACGCAGCGTTTTCTTCCTCTCCTTCTCTCTGCAATCTCAGAAGATTTTC
CCTCACATCATCTCCATAGATGTTATTACCTCCTCCTTCTCTCTGAGGCTTCATGACAAA
CAACTCCGGTTTTTCAATTGCTCTCTTGATGATTTCTTGATCGTCCAAGCTCCAAAGCCC
AGCAAAGCATTTCCTCAGCTT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3GL79JQ 328 0 0
CACTCTGCTCGTTTATTATAACTCTCTCCTTGTTCCTGAGGTAAGCCCCATAGACTCCAA
GTTCTGATATAGCTTGATCTTTATGGTAAACACCGTCTCGCAGCAAGAACACGTTTGACA
CTTCTGGGAATATCCTCTGCATCAGGATATACGCAGCGTTTTCTTCCTCTCCTTCTCTCT
GCAATCTCAGAAGATTTTCCCTCACATCATCTCCATAGATGTTATTACCTCCTCCTTCTC
TCTGAGGCTTCATGACAAACAACTCCGGTTTTTCAATTGCTCTCTTGATGATTTCTTGAT
CGTCCAAGCTCCAAAGCCCAGCAAAGCA

QA 1 328 1 328
DS 



AS 1 2

CO CL4564Contig1 713 2 4 U
GGGAAGGGTAAAGGCTCTGCAACAAAAATCCGCAAGCACCATTGGTTACTGGAACAAAAG
CTCCTCAATTTTGTGGATGCTTTTCATCAATACGTAATGGACAGGGTATATCACACGGCA
TGGCGCGAACTGTGCGAAGCAATGGTAAAAGCAGGGTCTCTGGACGAGGTCATATATGTA
CATGAGACCTACTTGTTATCGATTCAGAGGCAATGCTTTGTGGTTCAAGAAAAGCTGTGG
GCAATCATAGCAAGTCGGATCAACATGATTCTGGGATTAGCTCTAGAGTTCTACTCGATA
CAACAGACACTAAGCAGCGGTGGAGTAGTTTCAGCAGTGATCAAGGCTAGATGCGAAATG
GAAATAGACCGCATTGAGAAACAATTTGAAGACTGCATAGCTTTCCTCCTTAGAGTACTG
TCTTCGAAGCTGAATGTGGGACACTTTCCTCATTTGGCTGATTTAGTAACCAGGATCAAT
TACAATTATCACTACATGTCCGACACTGGAAGCTTGATGACTGTTTCTGGAGCAGAGACC
AGCTCATCCAGAACCTGAATCGAACAATCTGAGACCGGGGGATGGTCTCAGGCTTTTCTT
GAGTTCTCTCATAGTAATAGCTTTCAAAGTTTTAAAAATAGATATGATTGTAGTAAGATG
TGGGTGGATGCATTATTAAGCTCAAAGACATTTCCAGTTTGTATATGTTTTAT


BQ
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AF RR3EW16TF U 1
AF RR3EW16JQ C 273
BS 1 637 RR3EW16TF
BS 638 638 RR3EW16JQ
BS 639 684 RR3EW16TF
BS 685 713 RR3EW16JQ

RD RR3EW16TF 684 0 0
GGGAAGGGTAAAGGCTCTGCAACAAAAATCCGCAAGCACCATTGGTTACTGGAACAAAAG
CTCCTCAATTTTGTGGATGCTTTTCATCAATACGTAATGGACAGGGTATATCACACGGCA
TGGCGCGAACTGTGCGAAGCAATGGTAAAAGCAGGGTCTCTGGACGAGGTCATATATGTA
CATGAGACCTACTTGTTATCGATTCAGAGGCAATGCTTTGTGGTTCAAGAAAAGCTGTGG
GCAATCATAGCAAGTCGGATCAACATGATTCTGGGATTAGCTCTAGAGTTCTACTCGATA
CAACAGACACTAAGCAGCGGTGGAGTAGTTTCAGCAGTGATCAAGGCTAGATGCGAAATG
GAAATAGACCGCATTGAGAAACAATTTGAAGACTGCATAGCTTTCCTCCTTAGAGTACTG
TCTTCGAAGCTGAATGTGGGACACTTTCCTCATTTGGCTGATTTAGTAACCAGGATCAAT
TACAATTATCACTACATGTCCGACACTGGAAGCTTGATGACTGTTTCTGGAGCAGAGACC
AGCTCATCCAGAACCTGAATCGAACAATCTGAGACCGGGGGATGGTCTCAGGCTTTTCTT
GAGTTCTCTCATAGTAATAGCTTTCAAAGTTTTAAAA*TAGATATGATTGTAGTAAGATG
TGGGTGGATGCATTATTAAGCTCA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3EW16JQ 441 0 0
GGGATTAGCTCTAGAGTTCTACTCGATACAACAGACACTAAGCAGCGGTGGAGTAGTTTC
AGCAGTGATCAAGGCTAGATGCGAAATGGAAATAGACCGCATTGAGAAACAATTTGAAGA
CTGCATAGCTTTCCTCCTTAGAGTACTGTCTTCGAAGCTGAATGTGGGACACTTTCCTCA
TTTGGCTGATTTAGTAACCAGGATCAATTACAATTATCACTACATGTCCGACACTGGAAG
CTTGATGACTGTTTCTGGAGCAGAGACCAGCTCATCCAGAACCTGAATCGAACAATCTGA
GACCGGGGGATGGTCTCAGGCTTTTCTTGAGTTCTCTCATAGTAATAGCTTTCAAAGTTT
TAAAAATAGATATGATTGTAGTAAGATGTGGGTGGATGCATTATTAAGCTCAAAGACATT
TCCAGTTTGTATATGTTTTAT

QA 1 441 1 441
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4566Contig1 1130 2 8 U
GTGGTTTGCTGCCGATGCTGACACCATCTCTGCAAAGTGTTGGGACCAGGAGGAGTTGCT
TCCTGGTGGACATGGTCTCATGGTTAGAGGGTATCGTCCTGTCATCAATACCTTAGCCAA
AGGGATCGATATTCGTCTAGGCCATAGGGTTACTAAGATCGTAAGGCGGTATAATGGAGT
CAAGGTAACAACAGAAAATGGACAAACATTTGTTGCGGACGCTGCAGTGATCGCTGTCCC
TCTCGGTGTCTTAAAATCCGGAACCATAACATTCGAACCGAAACTACCAGAGTGGAAACA
AGAAGCCATCAGCGACCTCGGAGTAGGAACAGAAAACAAGATCATACTCCACTTCGAAAA
AGTCTTCTGGCCAAAAGTAGAGTTTCTAGGAGTAGTCGCCGAAACCTCTTACGGCTGCAG
CTATTTCTTGAACCTCCACAAGGCCACAGGACATCCAGTTCTGGTCTACATGCCGGCCGG
TCAGCTCGCCAAAGACATCGAGAAGATGTCTGATGAAGCAGCTGCGAATTTCGCCGTCTT
GCAGCTCCAGAGGATTCTTCCTGACGCTCTGCCTCCGGTGCAGTATCTAGTATCGAGGTG
GGGGTCTGATGTGAACTCGTTGGGATCTTATAGCTATGATATCGTGGGGAAACCTCATGA
TCTCTACGAGAGGCTTAGGGTTCCGGTGGATAACTTATTCTTTGCCGGTGAAGCGACGAG
CTCTAGCTTCCCTGGCTCGGTGCACGGGGCGTATTCGACTGGTTTGATGGCGGGTGAGGA
TTGTAGGATGCGTGTGTTGGAGAGGTATGGTGAGTTGGATCTGTTTCAGCCTGTGATGGG
TGAAGAAGGACCTGCCTCCGTTCCTCTTCTTATATCTCGTCTCTAAAACTCATCCACCAT
TATCAATTAGTCTTTGCAATCTGTTGTGCTATATATATTTCTATCAAGCTGTCGGCTACT
AGAAAGAACCTAAAGTGGTTTGTCTCTGTCTTGTTGGGAAAACTTTTAAGTATTACTATT
CTCTAGTGTTGGATCGTATTAAAACTCTGGTCAGTGTTTTGTTCAATAATGTGAACATTA
ATTATATCCTTGTGATATGTTTATATATGACAATCATCTTTGAGGACACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CM30TF U 1
AF RR3CM30JQ C 334
BS 1 679 RR3CM30TF
BS 680 680 RR3CM30JQ
BS 681 685 RR3CM30TF
BS 686 686 RR3CM30JQ
BS 687 707 RR3CM30TF
BS 708 708 RR3CM30JQ
BS 709 726 RR3CM30TF
BS 727 1130 RR3CM30JQ

RD RR3CM30TF 726 0 0
GTGGTTTGCTGCCGATGCTGACACCATCTCTGCAAAGTGTTGGGACCAGGAGGAGTTGCT
TCCTGGTGGACATGGTCTCATGGTTAGAGGGTATCGTCCTGTCATCAATACCTTAGCCAA
AGGGATCGATATTCGTCTAGGCCATAGGGTTACTAAGATCGTAAGGCGGTATAATGGAGT
CAAGGTAACAACAGAAAATGGACAAACATTTGTTGCGGACGCTGCAGTGATCGCTGTCCC
TCTCGGTGTCTTAAAATCCGGAACCATAACATTCGAACCGAAACTACCAGAGTGGAAACA
AGAAGCCATCAGCGACCTCGGAGTAGGAACAGAAAACAAGATCATACTCCACTTCGAAAA
AGTCTTCTGGCCAAAAGTAGAGTTTCTAGGAGTAGTCGCCGAAACCTCTTACGGCTGCAG
CTATTTCTTGAACCTCCACAAGGCCACAGGACATCCAGTTCTGGTCTACATGCCGGCCGG
TCAGCTCGCCAAAGACATCGAGAAGATGTCTGATGAAGCAGCTGCGAATTTCGCCGTCTT
GCAGCTCCAGAGGATTCTTCCTGACGCTCTGCCTCCGGTGCAGTATCTAGTATCGAGGTG
GGGGTCTGATGTGAACTCGTTGGGATCTTATAGCTATGATATCGTGGGGAAACCTCATGA
TCTCTACGAGAGGCTTAGG*TTCCG*TGGATAACTTATTCTTTGCCG*TGAAGCGACGAG
CTCTAG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3CM30JQ 797 0 0
AAACAAGATCATACTCCACTTCGAAAAAGTCTTCTGGCCAAAAGTAGAGTTTCTAGGAGT
AGTCGCCGAAACCTCTTACGGCTGCAGCTATTTCTTGAACCTCCACAAGGCCACAGGACA
TCCAGTTCTGGTCTACATGCCGGCCGGTCAGCTCGCCAAAGACATCGAGAAGATGTCTGA
TGAAGCAGCTGCGAATTTCGCCGTCTTGCAGCTCCAGAGGATTCTTCCTGACGCTCTGCC
TCCGGTGCAGTATCTAGTATCGAGGTGGGGGTCTGATGTGAACTCGTTGGGATCTTATAG
CTATGATATCGTGGGGAAACCTCATGATCTCTACGAGAGGCTTAGGGTTCCGGTGGATAA
CTTATTCTTTGCCGGTGAAGCGACGAGCTCTAGCTTCCCTGGCTCGGTGCACGGGGCGTA
TTCGACTGGTTTGATGGCGGGTGAGGATTGTAGGATGCGTGTGTTGGAGAGGTATGGTGA
GTTGGATCTGTTTCAGCCTGTGATGGGTGAAGAAGGACCTGCCTCCGTTCCTCTTCTTAT
ATCTCGTCTCTAAAACTCATCCACCATTATCAATTAGTCTTTGCAATCTGTTGTGCTATA
TATATTTCTATCAAGCTGTCGGCTACTAGAAAGAACCTAAAGTGGTTTGTCTCTGTCTTG
TTGGGAAAACTTTTAAGTATTACTATTCTCTAGTGTTGGATCGTATTAAAACTCTGGTCA
GTGTTTTGTTCAATAATGTGAACATTAATTATATCCTTGTGATATGTTTATATATGACAA
TCATCTTTGAGGACACT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL4567Contig1 1011 2 4 U
GCACCGCTCTTCTTGGCTTTCTTCTTCTTCTTCCCTTTACTACCACCACCGCCTCCACTA
GCTTCTTCTTCTCCTTCTTCTTCCTCCTCATCCTCTTCTTGTTCCTCAAAGCTTATAAAG
CCTCTTCTCTTCCTCAAGGTAACAGCCTTTTCATTCTTCTCGACAACTATTATATATTGC
ACATACAGATAACTAATTAGAAAACATGAAAAGCTTTATTTTCGCCACAACGATCAAGAT
TTCACGTGTACCTTGTGTTGAAGAGTCAGATTCTCCTGCGGGATTAACGTTCTTGCTGCG
ACTGTTTGAAACAAAGGAAAAAAAAACTTAATATAAAGAGATGAAAGCGATCTATATACG
AGTGCAAGGAATAAATGATAATAATAGAGTGCACACATAGAGTGCACACAATAAAAATAA
AAAATAGAGTGCACACAATAAAAATAGGGTCGATATGGGGACCATTCGTATAAGAGCATC
CCATGCTAATGTGCACCGTCATCGCTAACTACTACTCTTTTGTATTCCCAAATGTTTTAG
GTGTGAGAATAATGACGATAATATAAAACTAAGCGACAAGAAAATGAATTTAGATCCAAC
TTCGGGGGATTAGATTAGATCCAACTTTGATCACTCGTCTCCAAAACGTATTCACATATA
ACAAAACTTTGTGGTTCTGAAATGGTGAAAAACTATATAGTATCTGTTTAGTAGTTACAC
CCCCAAAAAAGTAATTACACCCACAAGTAATAGAGATGAGAAGGGGCTGTAGAAGAAAGA
TTCTTGATAATTATCGAATTCACTTACCTGCCCGATGCATCAGTACTACTCTTCACGTCT
ACTTCACCACCATCATCCTTTTTTAGAAAAACAAAAGAAAACGAAGATGAGCAATTGGGA
ACTTAAAAAAAAAACTTAAAAAAACTATTTATTTCTTATAAGAAGCAGATCTGCTAATGA
AGAAGAACAATTATTCCCCAGTGTAAAATAAACCCCAATTATTATTTCCGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CL08TF U 1
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ATATAAAACTAAGCGACAAGAAAATGAATTTAGATCCAACTTCGGGGGATTAGATTAGAT
CCAACTTTGATCACTCGTCTCCAAAACGTATTCACATATAACAAAACTTTGTGGTTCTGA
AATGGTGAAAAACTATATAGTATCTGTTTAGTAGTTACACCCCCAAAAAAGTAATTACAC
CCACAAGTAATAGAGATGAGAAGGGGCTGTAGAAGAAAGATTCTTGATAATTATCGAATT
CACTTACCTGCCCGATGCATCAGTACTACTCTTCACGTCTACTTCACCACCATCATCCTT
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AAAACTATTTATTTCTTATAAGAAGCAGATCTGCTAATGAAGAAGAACAATTATTCCCCA
GTGTAAAATAAACCCCAATTATTATTTCCGC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAACTATCAACTTCACACTGGCTCCTACTCTAAGGTTCCTCAATACTTGGGGTCAGTTTC
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BQ
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AF RR3G050TF U 1
AF RR3G050JQ C 304
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AGTTGTCGTCTGTTTTGTAGCTGTGTTGACATCGATTGGAGTTTCCTTTATGATTGTGCC
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TTTTGGCTCTTGCTGCCATTTCTTTGCCCTACA

QA 1 753 1 753
DS 

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TGTCGTCTGTTTTGTAGCTGTGTTGACATCGATTGGAGTTTCCTTTATGATTGTGCCGAG
GCAAATCATGCCATGGACTGGCTTGATTTTGATGTATGAGCGGACATTTACAATCTTCTT
CCTATTATACGGTGGCTTCCTACTTATTGTGTTCCAGTATGGG*AAGAAAGTAGCAGTTC
AATCAGGATCTCCTTCATCGCCAACAGAATCATCGTTGGATGATTCAGGAAAAGGTCATC
AGCGGGCAGATGCGTCGTGTGACTTCACTACATGTTATTATGGATTAGGAATGGTGTTTT
TGGCTCTTGCTGCCATTTCTTTGCCCTACATGTTAGGGGTTACCGCTTTATTTTTGAGGT
TGGGTCTGATGATAGCAGTAGCAATGGTTCTAGTTTCGTTCATGACTTATGCTTCAGAGC
ACCTCGCAGTCAGATGGTTCCTCAAAGGTCTAGAAGACCGTGACATGACGAGAACAAAGT
CAATCTGTTTCCTCTGCTGACATCACAAAAATGTGTCGCAATGTAACTCACAACACAGCT
TATGTATGATCTTTTTATTCTGTTAGGACAGCTCTTGAAATTTTGTACTTTCTTTTGTTA
TTATATCATTCTTCTTTACAAATTATCTCTAAGCATTGTCTTCAT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL4570Contig1 802 2 2 U
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GATGAGGAGTTGTCCGTGGATGATTTGAGGAAGCTCGTTGCTGAGAAGGCAGATCTGCTT
TCTGAAAAGGAGGAAGAGATTAAGCAAATGAAAGATAAAGTTCTTCGCACTTACGCAGAG
ATGGAGAATGTTATGGACAGAACAAGACGTGATGCTGAAAACACCAAGAAGTATGCCATA
CAGAATTTTGCAAAGAGCCTTTTGGATGTGGCGGATAATCTTGGAAGAGCTTCTTCGGTT
GTCAAGGAAAGCTTCTCAAAGCTTGACACTACTGAAGATTCAGCTGGAGCTACTCCGCTC
TTAAAGACCCTTTTAGAAGGTGTGGAGATGACTGAGAAACAGCTTGCTGAGGTGTTTAAG
AAATTTGGTATGGAGAAGTACGATCCTATCAACGAGCCGTTTGATCCAAACAGACATAAC
GCAGTGTTTCAAGTCCCAGATGCTTCTAAGCCAGAAGGCACAGTTGCTCATGTCCTGAAG
TCTGGTTACACGTTGTTTGATCGAGTTATAAGACCGGCTGAGGTTGGTGTTACTCAAGGA
GGAGAGGCTGAAGGAAACAAGAAAGAGTCTGATGCTTAACAAGGAGTCAGCTGGTTTTCA
TAAGTTTTTGCTACTGTTCTTTGTTTCGAGCTACTCAGTTAACAGAAGTCATAGTTTTTC
TCTTGTCGTTTGGTTATTCATTGGATGAACATGATCTTCCCATAAGTTGCTGGACATGGC
AGCTTGCTTTTGTATCTGTTGC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H438TF U 1
AF RR3H438JQ C 2
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BS 756 802 RR3H438JQ

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QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3H438JQ 801 0 0
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TGGAGAATGTTATGGACAGAACAAGACGTGATGCTGAAAACACCAAGAAGTATGCCATAC
AGAATTTTGCAAAGAGCCTTTTGGATGTGGCGGATAATCTTGGAAGAGCTTCTTCGGTTG
TCAAGGAAAGCTTCTCAAAGCTTGACACTACTGAAGATTCAGCTGGAGCTACTCCGCTCT
TAAAGACCCTTTTAGAAGGTGTGGAGATGACTGAGAAACAGCTTGCTGAGGTGTTTAAGA
AATTTGGTATGGAGAAGTACGATCCTATCAACGAGCCGTTTGATCCAAACAGACATAACG
CAGTGTTTCAAGTCCCAGATGCTTCTAAGCCAGAAGGCACAGTTGCTCATGTCCTGAAGT
CTGGTTACACGTTGTTTGATCGAGTTATAAGACCGGCTGAGGTTGGTGTTACTCAAGGAG
GAGAGGCTGAAGGAAACAAGAAAGAGTCTGATGCTTAACAAGGAGTCAGCTGGTTTTCAT
AAGTTTTTGCTACTGTTCTTTGTTTCGAGCTACTCAGTTAACAGAAGTCATAGTTTTTCT
CTTGTCGTTTGGTTATTCATTGGATGAACATGATCTTCCCATAAGTTGCTGGACATGGCA
GCTTGCTTTTGTATCTGTTGC

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 2

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ATGTGGACTTGCT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AY05JQ C 1
AF RR3AY05TF U 1
BS 1 493 RR3AY05TF

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ATGTGGACTTGCT

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DS 

RD RR3AY05TF 493 0 0
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GACTCAAGGCTGAGAAGATGAGAGCCACACGTCACGTGTTGAGTGAGTATGGAAACATGT
CTAGCGCGTGCGTTCTCTTTATCTTGGATGAGATGAGGAGGAAGTCTGCGGAAGATGGTG
TGGCCACGACAGGTGAAGGGTTGGAGTGGGGTGTCTTGTTTGGTTTCGGACCGGGTCTCA
CCGTGGAGACAGTTGTCCTACACAGCGTTCCTGTTTAAACAGAAAGCTCTCTTCCTATAA
ATGCCTACCTACCCTCACATACTTACCATCATCATCTTGTCTTTGTGTTTTTTTTTTCCT
ATCAATTTAAGATAATATTTGTAATGCAATAATTAAGGAAGCATTCATTTAATGTGAAAC
ATGTGGACTTGCT

QA 1 493 1 493
DS 



AS 1 2

CO CL4572Contig1 1075 2 2 U
GGGGGAAAAGAAATTGGATGGATTTATGGATCAATCACAGAAGACATTTTGACGGGTTTC
AAGATGCATTGCCGTGGATGGAGGTCGATTTACTGTATGCCACTAAGACCAGCTTTTAAA
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TCGGTTGAGATCTTCCTTAGCAGGCATTGTCCTCTCTGGTATGGTTGCAGTGGAGGCCGC
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GAGTTCGGTGAGCTGTATATTGTCAAATGGACAACACTCTTGATTCCTCCAACATCGCTT
CTCATAATTAACTTGGTTGGAGTCGTTGCTGGCTTTTCTGATGCTTTAAACAAAGGTTAT
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TATCCTTTCCCTAAAGGTCTTATGGGAAGACAGAACAGGACACCCACCATTGTTATTCTC
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TCTAAGACTGATACGACTTCCCTTTCGCAGAACTGCCTTTTGATCGATTGTTAAGAGATG
ATGCTATGTAATCCTTCCAAGGATTTATGATCTGTTCTTTTTGTTGTTTTTTTGTAAAAC
TTTCCTTTCTTGTGACAGAAGTTTTCTCATATGGTTGCTTGTTCCAAAATTAAGT


BQ
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AF RR3FM66TF U 1
AF RR3FM66JQ C 496
BS 1 692 RR3FM66TF
BS 693 1075 RR3FM66JQ

RD RR3FM66TF 692 0 0
GGGGGAAAAGAAATTGGATGGATTTATGGATCAATCACAGAAGACATTTTGACGGGTTTC
AAGATGCATTGCCGTGGATGGAGGTCGATTTACTGTATGCCACTAAGACCAGCTTTTAAA
GGGTCTGCTCCTATCAATCTATCAGATAGGCTTCACCAGGTTCTGCGTTGGGCTCTTGGC
TCGGTTGAGATCTTCCTTAGCAGGCATTGTCCTCTCTGGTATGGTTGCAGTGGAGGCCGC
CTCAAGTGGCTCCAGAGAATGGCTTATATAAACACCATTGTCTATCCCTTCACGTCCTTG
CCCCTTGTGGCTTACTGTACTCTTCCCGCCATTTGTCTTCTCACAGGAAAGTTCATCATC
CCAACGCTATCAAACCTAGCAAGCATGTTGTTTCTTGGTCTCTTCATATCAATCATCTTA
ACAAGCGTCCTTGAGCTTAGATGGAGTGGAGTGAGCATTGAGGACTTATGGAGAAACGAG
CAGTTTTGGGTGGTTGGTGGTGTCTCAGCTCATCTGTTTGCTGTCTTCCAAGGCTTCCTC
AAAATGCTCGCTGGTCTCGACACAAACTTCACAGTCACATCGAAAACCGCAGAAGATTTG
GAGTTCGGTGAGCTGTATATTGTCAAATGGACAACACTCTTGATTCCTCCAACATCGCTT
CTCATAATTAACTTGGTTGGAGTCGTTGCTGG

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3FM66JQ 580 0 0
GGTGGTGTCTCAGCTCATCTGTTTGCTGTCTTCCAAGGCTTCCTCAAAATGCTCGCTGGT
CTCGACACAAACTTCACAGTCACATCGAAAACCGCAGAAGATTTGGAGTTCGGTGAGCTG
TATATTGTCAAATGGACAACACTCTTGATTCCTCCAACATCGCTTCTCATAATTAACTTG
GTTGGAGTCGTTGCTGGCTTTTCTGATGCTTTAAACAAAGGTTATGAAGCTTGGGGACCT
TTGTTTGGGAAGATTTTTTTCGCCTTTTGGGTCGTTCTTCATCTTTATCCTTTCCCTAAA
GGTCTTATGGGAAGACAGAACAGGACACCCACCATTGTTATTCTCTGGTCTATCTTGCTT
GCTTCTGTGTTTTCTCTTGTTTGGGTTCGTATCAATCCTTTTGTCTCTAAGACTGATACG
ACTTCCCTTTCGCAGAACTGCCTTTTGATCGATTGTTAAGAGATGATGCTATGTAATCCT
TCCAAGGATTTATGATCTGTTCTTTTTGTTGTTTTTTTGTAAAACTTTCCTTTCTTGTGA
CAGAAGTTTTCTCATATGGTTGCTTGTTCCAAAATTAAGT

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 2

CO CL4573Contig1 887 2 4 U
GGACCACTGTTAACACACAACGCAGACAATAAGCAAGAAAAAGAAACAGCGATAATTTTC
TGACATGGCTGAAATCTCGGCGACTTCGTTTCCTTCTTCTTCCTCATCTGCTCTTGCGCT
TCGCAGCTCACGAAATGGTAACTTAAGAGGTCAGAATGTAGCTTGTCTAAGAACCACTTC
TCTGTTTCAAGAGTTATCTGTGAAAAGAAGCCAGCTTTCTGGAAATGCTGTTGCTACTGG
CGGCCATGTCACCGGAACACGTGCCTGTAAGAGTCAAGCTATTCGAGCTGTTCTCTCCGG
TGATGGACAAACCGTCGTGTCTTCTGCTGATTCCAAGAGTGCCGGACTTCGTGGCAAACT
GAAAAAGGTCGTTCTTGCTTACAGTGGAGGCTTAGACACCTCCGTCATCGTCCCATGGCT
TAAGGAGAACTATGGCTGTGAAGTTGTGTGTTTCACCGCAGATGTTGGTCAGGGAATAAA
AGAGTTGGATGGTTTGGAACAAAAGGCTAAGGCTAGTGGTGCTTCTCAGCTGGTTGTTAA
GGACCTCACAGAGGAGTTTGTCAAAGATTACATATTCCCTTGTCTAAGAGCTGGTGCCAT
CTATGAACGAAAATACTTGCTTGGTACCTCCATGGCTCGACCTGTCATTGCTAAGGCAAT
GGTAGATGTAGCAGCAGAGGTTGGAGCTGATGCCGTTGCACATGGGTGTACTGGCAAAGG
AAATGACCAGGTTCGGTTTGAGCTCACCTTCTTCTCGTTAAACCCTGAACTTAAAGTTGT
GGCACCGTGGAGAGAATGGGAAATCCAAGCAGAGAATACGCTATTGAGTATGCGAAGAAG
CATAACGTTCCTGTCCCCGTGACAAAGAAATCTATTTACAGCCGAGA


BQ
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AF RR3AM83TF U 1
AF RR3EJ71TF U 199
BS 1 223 RR3AM83TF
BS 224 224 RR3EJ71TF
BS 225 652 RR3AM83TF
BS 653 887 RR3EJ71TF

RD RR3AM83TF 652 0 0
GGACCACTGTTAACACACAACGCAGACAATAAGCAAGAAAAAGAAACAGCGATAATTTTC
TGACATGGCTGAAATCTCGGCGACTTCGTTTCCTTCTTCTTCCTCATCTGCTCTTGCGCT
TCGCAGCTCACGAAATGGTAACTTAAGAGGTCAGAATGTAGCTTGTCTAAGAACCACTTC
TCTGTTTCAAGAGTTATCTGTGAAAAGAAGCCAGCTTTCTGGAGATGCTGTTGCTACTGG
CGGCCATGTCACCGGAACACGTGCCTGTAAGAGTCAAGCTATTCGAGCTGTTCTCTCCGG
TGATGGACAAACCGTCGTGTCTTCTGCTGATTCCAAGAGTGCCGGACTTCGTGGCAAACT
GAAAAAGGTCGTTCTTGCTTACAGTGGAGGCTTAGACACCTCCGTCATCGTCCCATGGCT
TAAGGAGAACTATGGCTGTGAAGTTGTGTGTTTCACCGCAGATGTTGGTCAGGGAATAAA
AGAGTTGGATGGTTTGGAACAAAAGGCTAAGGCTAGTGGTGCTTCTCAGCTGGTTGTTAA
GGACCTCACAGAGGAGTTTGTCAAAGATTACATATTCCCTTGTCTAAGAGCTGGTGCCAT
CTATGAACGAAAATACTTGCTTGGTACCTCCATGGCTCGACCTGTCATTGCT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3EJ71TF 689 0 0
G
GTGAAAAGAAGCCAGCTTTCTGGAAATGCTGTTGCTACTGGCGGCCATGTCACCGGAACA
CGTGCCTGTAAGAGTCAAGCTATTCGAGCTGTTCTCTCCGGTGATGGACAAACCGTCGTG
TCTTCTGCTGATTCCAAGAGTGCCGGACTTCGTGGCAAACTGAAAAAGGTCGTTCTTGCT
TACAGTGGAGGCTTAGACACCTCCGTCATCGTCCCATGGCTTAAGGAGAACTATGGCTGT
GAAGTTGTGTGTTTCACCGCAGATGTTGGTCAGGGAATAAAAGAGTTGGATGGTTTGGAA
CAAAAGGCTAAGGCTAGTGGTGCTTCTCAGCTGGTTGTTAAGGACCTCACAGAGGAGTTT
GTCAAAGATTACATATTCCCTTGTCTAAGAGCTGGTGCCATCTATGAACGAAAATACTTG
CTTGGTACCTCCATGGCTCGACCTGTCATTGCTAAGGCAATGGTAGATGTAGCAGCAGAG
GTTGGAGCTGATGCCGTTGCACATGGGTGTACTGGCAAAGGAAATGACCAGGTTCGGTTT
GAGCTCACCTTCTTCTCGTTAAACCCTGAACTTAAAGTTGTGGCACCGTGGAGAGAATGG
GAAATCCAAGCAGAGAATACGCTATTGAGTATGCGAAGAAGCATAACGTTCCTGTCCCCG
TGACAAAGAAATCTATTTACAGCCGAGA

QA 2 689 2 689
DS 



AS 1 2

CO CL4574Contig1 1311 2 6 U
GGAGCCCATCAGAGAATATCTAAAATATAACGAAATGAAAATTAAGGAAACTGAAAATAT
CTATAGACAGGACCGTTTATCTCTCTCTCTCTAGGAGTGCCATGAATTTGAGCGTGAACA
GATGCATCGCCGGTGGATCTTTGAGTTGCAGAATCAATCATGGTGCTGAAAAAAGGTTGG
TCCGTGTTGCCAAGCACTGTGAGCTTCAGAGAGGGAGAAGTTCAGGGTCTGATGCTCTCT
CTTTAGAGAAGAAAGAGAGCACAAGTGCTAAACTTGCCATGTTTGGTAGTGGTTTAGTAG
GAGTGGCAAACTTGGTAACTCTTAGCTCAGCAAAGGCCGCAGACTTGAAATTGGTTGTCT
TGGATCAAGCCACTTCCGTTTACATCTTGGCTGAAGGGACGCTGGGAGACTCGCTTGGAA
ACTTCTTGTATTCGGCTAACCAACAAGCTAATGAAGCTGTTCAGGATCAGCTCTCAGCTC
TCAGTGTAACAAGTTTGGCAGTCATATTTGGGGCTGGACTTGTGACAAGTCTTTCTCCAT
GTACACTCAGTGTTCTGCCTTTGACCCTTGGTTATATTGGTGCGTTTGGATCTGGCAAAA
GCAGAGGTCAGGTTATTGGAGATGCAATTGCTTTCTCACTGGGACTAGCAACTACCTTAG
CACTTCTTGGGATAGTAGCCTCTTTTGCCGGAAAAGCATATGGACAAATAGGACAGGGAC
TACCAGTAGCTGCATCAGGTCTGGCTATTGTAATGGGTCTCAATCTCCTTGAGGTGATCC
AACTCCAGCTTCCATCTTTCTTTGACAACTTTGATCCTCGCGCAGCAGCAGCAAACTTCC
CATCTAGTGTACAAGCGTATCTAGCGGGTGTCACCTTCGCATTAGCTGCCTCACCTTGTA
GTACTCCAGTTCTAGCCACCCTTCTTGGCTATGTGGCTACTTCCAAGGATCCAGTAATAG
GTGGAAGCTTACTATTGACGTATACAACAGGTTACGTTGCTCCACTCATCCTCGCTGCTT
CTTTCGCAGGAGCTTTACAGAGCTTACTCTCGTTTCGAAAAGTCTCTGCATGGATCAATC
CCATAAGTGGTGCTCTTCTACTTGGAGGAGGTTTGTATACTTTCTTGGATAGGCTTTTCC
CTGCTGCCACTATGGTCATGTAAATATTTGTTACTAAGAAGAATCACATACTCATTTCTA
CCCAAAAGAAAACAACAAAGGGTGTGTGTATAGTATTATAAAACATTCATATTGATTAAT
AATGTAAAATCTTAAAAACAAGCAAACAATAGAATCGATCACTACTCACCG


BQ
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AF RR3DF52TF U 1
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TGGATCAAGCCACTTCCGTTTACATCTTGGCTGAAGGGACGCTGGGAGACTCGCTTGGAA
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TCGCGCAGCAGCAGCAAACTTCCCATCTAGTGTACAAGCGTATCTAGCGGGTGTCACCTT
CGCATTAGCTGCCTCACCTTGTAGTACTCCAGTTCTAGCCACCCTTCTTGGCTATGTGGC
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TACTTTCTTGGATAGGCTTTTCCCTGCTGCCACTATGGTCATGTAAATATTTGTTACTAA
GAAGAATCACATACTCATTTCTACCCAAAAGAAAACAACAAAGGGTGTGTGTATAGTATT
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ATCACTACTCACCG

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DS 



AS 1 2

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CTCTCTCTGTGTTTG


BQ
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CAGTTTTACTATCATATTTTTCGCAAAGGAAGAAGAAAACTGCACAATCGTCCCTCATTA
TCCAGAAGCTTTCAGACCAACCAAAGTCCCTTTCCAAAAAGGCACAGCACAGAAGTTTAT
ACAACCTTCAGGGACAGGAACAGACCTAGGTTTCTTTTCGCTAGACGATCTATCGAGCCC
GTTAGCAGAAGAGGTGTACCCACTTGTGATATCAGCAGAGACAGTGATCTCACCGAGCTC
GGGCTCAGAGGAACCGTTAGTTCACAAGCAAGTCACGCAGGCGTGTATGGAAAAGGCTGA
TGGCGATGGATCTTTCAAAGTGAAAGTCGTGAAACAGATCCTATGGATCGAAGGAGCTAG
GTATGAGCTGCGTGAGCTGTATGGTATCGATAACTCGACGGCTCAAGATGATGTTGCGTC
AGGGTTAGAGGATAGTGGTGACAAAGAATGCGTCATTTGCTTGACTGAACCTAAGGACAC
CGCCGTGATGCCTTGTAGACATTTGTGTTTGTGCAGTGACTGCGCTAAAGAGCTGAGGTT
TCAGTCAAACAAGTGTCCTATTTGTCGACAACCTATCGAGGAGCTTTTAATGATTAAAGT
GGAAAGTAGCAATGAACAACACTGAGAAAAGAGGTT*CTTCTTTGCCT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3H691JQ 726 0 0
AGGGACAGGAACAGACCTAGGTTTCTTTTCGCTAGACGATCTATCGAGCCCGTTAGCAGA
AGAGGTGTACCCACTTGTGATATCAGCAGAGACAGTGATCTCACCGAGCTCGGGCTCAGA
GGAACCGTTAGTTCACAAGCAAGTCACGCAGGCGTGTATGGAAAAGGCTGATGGCGATGG
ATCTTTCAAAGTGAAAGTCGTGAAACAGATCCTATGGATCGAAGGAGCTAGGTATGAGCT
GCGTGAGCTGTATGGTATCGATAACTCGACGGCTCAAGATGATGTTGCGTCAGGGTTAGA
GGATAGTGGTGACAAAGAATGCGTCATTTGCTTGACTGAACCTAAGGACACCGCCGTGAT
GCCTTGTAGACATTTGTGTTTGTGCAGTGACTGCGCTAAAGAGCTGAGGTTTCAGTCAAA
CAAGTGTCCTATTTGTCGACAACCTATCGAGGAGCTTTTAATGATTAAAGTGGAAAGTAG
CAATGAACAACACTGAGAAAAGAGGTTTCTTCTTTGCCTCACTCTTAAGTTTGTTTCTCT
TTATCTTCAAAGTCTCTAATCAAATTCTTTTGCTTTTTTTCTTGTCCCTTATACAAACCT
TGTCTTTGTTTTCTCATTTCACACTCTGCACAGATTTGTTGGTCTTAGTTTGAAAATTTG
AAAAGAAAAACATCAGTATTGTATATATATCTCTAATGTCTTTTAGAGAAACTCTCTCTG
TGTTTG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL4576Contig1 854 2 2 U
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TATGCAAGGAGGCACTCAGACAAGGTTTCTCTGTCTCCAGTCTTAGCAGGTCAGGGAGAT
CTTCTCTGCATGATTCATGGGTCGATGATGTAACCTAGCATCAAGGTGATTTGCTTTCAC
CCGAATCTTTGAAGCCTGCACTAGAAGGAATAACATCTGTGATTTCGCGCGTTGGTGGTT
TCGGTTCCAACTCACAAATGGTCCGAATCAACGGAACTGCAAACATTAATGCTGTTCAAG
CTACCGCACAAGGAGGTGTGAAGAGATTTGTGTATATATCAGCTGCGGATTTTGGTGTCA
TAAATAACTTGATTCGAGGCTATTTCCAAGGGAAGAGAGCAACTGAAGCTGAGATTTTTG
ATAAATTCGGAAACAGAGGAACGGTTCTAAGGCCAGGATTCATACACGGGACTCGTCAGG
TCGGTAGCATAAAGCTGCCACTTAGTCTCATTGGAGCTCCTCTCGAAATGGTATTGAAGG
TGTTCCCAAAAGAAGTGACGAAAATTCCTGTGATAGGACCGCTTTTAATACCTCCGGTTA
ATGTCAAGTCCGTGGCGGGAACGGCGGTAAAAGCTGCAGTTGATCCCGAGTTTGCTTCTG
GAGTCGTCGATGTTTACCAGATTCTTCAACACGAGACGACTCCATCCTAAAACAATGTCT
TGTCATAGTTTATGTTCCTACGGATTGGTTTAACTGTTCGAGAATTTGAACAAACCACGG
TCTCTGGTTCTTCAACCAATAAACTATGTACTCCCTCCGTTTCATATTATTTGTCGTTCT
AAGTCTTTGCACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B894TF U 1
AF RR3B894JQ C 77
BS 1 525 RR3B894TF
BS 526 854 RR3B894JQ

RD RR3B894TF 525 0 0
GTTCACATTCTAGAGATAAGATATTGGTTTTGGGAGGGAATGGTTATGTAGGTTCACATA
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CTTCTCTGCATGATTCATGGGTCGATGATGTAACCTAGCATCAAGGTGATTTGCTTTCAC
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TCGGTTCCAACTCACAAATGGTCCGAATCAACGGAACTGCAAACATTAATGCTGTTCAAG
CTACCGCACAAGGAGGTGTGAAGAGATTTGTGTATATATCAGCTGCGGATTTTGGTGTCA
TAAATAACTTGATTCGAGGCTATTTCCAAGGGAAGAGAGCAACTGAAGCTGAGATTTTTG
ATAAATTCGGAAACAGAGGAACGGTTCTAAGGCCAGGATTCATACACGGGACTCGTCAGG
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QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3B894JQ 778 0 0
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ATGGGTCGATGATGTAACCTAGCATCAAGGTGATTTGCTTTCACCCGAATCTTTGAAGCC
TGCACTAGAAGGAATAACATCTGTGATTTCGCGCGTTGGTGGTTTCGGTTCCAACTCACA
AATGGTCCGAATCAACGGAACTGCAAACATTAATGCTGTTCAAGCTACCGCACAAGGAGG
TGTGAAGAGATTTGTGTATATATCAGCTGCGGATTTTGGTGTCATAAATAACTTGATTCG
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AGGAACGGTTCTAAGGCCAGGATTCATACACGGGACTCGTCAGGTCGGTAGCATAAAGCT
GCCACTTAGTCTCATTGGAGCTCCTCTCGAAATGGTATTGAAGGTGTTCCCAAAAGAAGT
GACGAAAATTCCTGTGATAGGACCGCTTTTAATACCTCCGGTTAATGTCAAGTCCGTGGC
GGGAACGGCGGTAAAAGCTGCAGTTGATCCCGAGTTTGCTTCTGGAGTCGTCGATGTTTA
CCAGATTCTTCAACACGAGACGACTCCATCCTAAAACAATGTCTTGTCATAGTTTATGTT
CCTACGGATTGGTTTAACTGTTCGAGAATTTGAACAAACCACGGTCTCTGGTTCTTCAAC
CAATAAACTATGTACTCCCTCCGTTTCATATTATTTGTCGTTCTAAGTCTTTGCACAC

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL4577Contig1 1154 2 2 U
AGGATCTCTCCATTCACTGCCAAGAACCAAGCAAAACCCTGCCTTGATCACTCAACCCAG
TTTCATTTCGGTGAAAAGTCTCTTCCTTTCGAGCAATACCCATGTGGCAAAACGGGGGAG
TTTCGCTTTGAAAGCGTCGGAGACAGATTCCACAGCCAAACCTGAAGCAGGAAAAGAGAA
AGATGGTGGAGAAGGAAAAGAAGAAGAAGAAGAGAAGTACGAAACGTATGAGATAGAAGT
GGAGCAGCCTTATGGTTTGAAATTCAGGAAAGGAAGAGATGGTGGGACTTACATTGATGC
TATTTTGCCCGGTGGTTTCGCCGATAAAACCGGCAAATTCACTGTCGGCGACAGAGTTAT
TGCCACTAGTGCAGTGTTTGGGACAGAGATTTGGCCTGCAGCTGAGTACGGTAGGACTAT
GTACACCATCCGTCAGAGAATTGGTCCTTTGCTTATGCAAATGGAGAAACGATATGGTAA
GGTGGATGATTCTGGTGAGCTAACCGAGAAAGAGATAATCAGAGCAGAGAGAAATGCCGG
ATTCATTAGCAGTAGGTTGAGGGAAATTCAGATGCAAAACTATCTGAGGAAGAAAGAACT
GAAAGCTCAACGGGAGAAGGATCTTCGTGAAGGGCTTCAGTTTTCCAAGAATGGTAAATA
TGAGGAAGCACTGGAGAGGTTTGAGTCTGTGTTAGGCTCCAAACCAACACCAGATGAAGC
ATCAATTTCAAGTTACAATGTCGCTTGTTGCTACTCTAAGCTTAATCAGGTTCAAGCTGG
TCTCTCGGCTCTGGAAGAAGCATTGAAGTCAGGATATGAAGATTTCAAGAGAATCCGAAG
CGATCCAGATCTGGAAAACATCAGGAAGTCAGAAGCTTTTGATCCACTCATGAAGCAGTT
TGATGAATCTTTCATCAACGAGAGTGCCATTAACGCCACCAAATCCTTGTTTGGCTTTAA
CAAGAAATAGTTCACCACCCCAAGTTCATAGCTTCTCTTTTCTTCTCTTCTTGGCTATAT
ATATACTGGTGAGGAATTGTATTCAATCGTATAAGGTGTTCTTTTTTTTACATGTGAATC
TCTCTTTACCATTACAGTCAATTTGTATTTTCTCATACGAAATGAAAGTAAAACTCAAGC
CTCTTTTTATGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B574TF U 1
AF RR3B574JQ C 319
BS 1 767 RR3B574TF
BS 768 1154 RR3B574JQ

RD RR3B574TF 767 0 0
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TTTCATTTCGGTGAAAAGTCTCTTCCTTTCGAGCAATACCCATGTGGCAAAACGGGGGAG
TTTCGCTTTGAAAGCGTCGGAGACAGATTCCACAGCCAAACCTGAAGCAGGAAAAGAGAA
AGATGGTGGAGAAGGAAAAGAAGAAGAAGAAGAGAAGTACGAAACGTATGAGATAGAAGT
GGAGCAGCCTTATGGTTTGAAATTCAGGAAAGGAAGAGATGGTGGGACTTACATTGATGC
TATTTTGCCCGGTGGTTTCGCCGATAAAACCGGCAAATTCACTGTCGGCGACAGAGTTAT
TGCCACTAGTGCAGTGTTTGGGACAGAGATTTGGCCTGCAGCTGAGTACGGTAGGACTAT
GTACACCATCCGTCAGAGAATTGGTCCTTTGCTTATGCAAATGGAGAAACGATATGGTAA
GGTGGATGATTCTGGTGAGCTAACCGAGAAAGAGATAATCAGAGCAGAGAGAAATGCCGG
ATTCATTAGCAGTAGGTTGAGGGAAATTCAGATGCAAAACTATCTGAGGAAGAAAGAACT
GAAAGCTCAACGGGAGAAGGATCTTCGTGAAGGGCTTCAGTTTTCCAAGAATGGTAAATA
TGAGGAAGCACTGGAGAGGTTTGAGTCTGTGTTAGGCTCCAAACCAACACCAGATGAAGC
ATCAATTTCAAGTTACAATGTCGCTTGTTGCTACTCTAAGCTTAATC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3B574JQ 836 0 0
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TGGGACAGAGATTTGGCCTGCAGCTGAGTACGGTAGGACTATGTACACCATCCGTCAGAG
AATTGGTCCTTTGCTTATGCAAATGGAGAAACGATATGGTAAGGTGGATGATTCTGGTGA
GCTAACCGAGAAAGAGATAATCAGAGCAGAGAGAAATGCCGGATTCATTAGCAGTAGGTT
GAGGGAAATTCAGATGCAAAACTATCTGAGGAAGAAAGAACTGAAAGCTCAACGGGAGAA
GGATCTTCGTGAAGGGCTTCAGTTTTCCAAGAATGGTAAATATGAGGAAGCACTGGAGAG
GTTTGAGTCTGTGTTAGGCTCCAAACCAACACCAGATGAAGCATCAATTTCAAGTTACAA
TGTCGCTTGTTGCTACTCTAAGCTTAATCAGGTTCAAGCTGGTCTCTCGGCTCTGGAAGA
AGCATTGAAGTCAGGATATGAAGATTTCAAGAGAATCCGAAGCGATCCAGATCTGGAAAA
CATCAGGAAGTCAGAAGCTTTTGATCCACTCATGAAGCAGTTTGATGAATCTTTCATCAA
CGAGAGTGCCATTAACGCCACCAAATCCTTGTTTGGCTTTAACAAGAAATAGTTCACCAC
CCCAAGTTCATAGCTTCTCTTTTCTTCTCTTCTTGGCTATATATATACTGGTGAGGAATT
GTATTCAATCGTATAAGGTGTTCTTTTTTTTACATGTGAATCTCTCTTTACCATTACAGT
CAATTTGTATTTTCTCATACGAAATGAAAGTAAAACTCAAGCCTCTTTTTATGACC

QA 1 836 1 836
DS 



AS 1 2

CO CL4578Contig1 628 2 3 U
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GGTCGTTTATCGGCGTTGAGCTTTCTGACTTGATACCTTATCTTCTTAGAGAAGAGCCTA
CTTTGTCTATTCTCTTTGTATCTCAACACACTCGCTTCTCTTCTCGTGTTTCTCTCTTCA
TCCATCACCGGCACTTCTCCACTATAAACGGCACTGGTCGGAGCCATTAACTTTGCGTTA
TCCGTCCACAGAGGTTGCTGGCGGCGATCAGACCAAGCATTAATAACTTCTTGATGGTTC
AAGTTCAGCTTCAGACCCAACTCTTTGTCTTCATAATCCGCTGACATATTATCCCAAACC
CCAGAACTTGAGCCTTCTTGATCAGTACTCAATCTTTTTTCTTCTTCATCTTCGCCATCT
TCTTTAAAGAAATCCCAGATCAGTTGTTGAGAGCATTTTGAACCGTCAATGTTGAGGTCC
AAAATGCTGTCAAAATCATCCATAGAGTAGTTGTGTTGGTCTTGAGAGAAAGCATTCATG
GAGTCGATTGTTGAGGAAGGTTGGTCTTGAGAGAAAGCATTCATGGACTCGATTGCTGAG
GAAAGTTGACAATCATCTTCTTCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EW25JQ U 113
AF RR3EW25TF C 1
BS 1 112 RR3EW25TF
BS 113 503 RR3EW25JQ
BS 504 628 RR3EW25TF

RD RR3EW25JQ 391 0 0
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TCTCTTCATCCATCACCGGCACTTCTCCACTATAAACGGCACTGGTCGGAGCCATTAACT
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CGCCATCTTCTTTAAAGAAATCCCAGATCAGTTGTTGAGAGCATTTTGAACCGTCAATGT
TGAGGTCCAAAATGCTGTCAAAATCATCCAT

QA 1 391 1 391
DS 

RD RR3EW25TF 628 0 0
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GGTCGTTTATCGGCGTTGAGCTTTCTGACTTGATACCTTATCTTCTTAGAGAAGAGCCTA
CTTTGTCTATTCTCTTTGTATCTCAACACACTCGCTTCTCTTCTCGTGTTTCTCTCTTCA
TCCATCACCGGCACTTCTCCACTATAAACGGCACTGGTCGGAGCCATTAACTTTGCGTTA
TCCGTCCACAGAGGTTGCTGGCGGCGATCAGACCAAGCATTAATAACTTCTTGATGGTTC
AAGTTCAGCTTCAGACCCAACTCTTTGTCTTCATAATCCGCTGACATATTATCCCAAACC
CCAGAACTTGAGCCTTCTTGATCAGTACTCAATCTTTTTTCTTCTTCATCTTCGCCATCT
TCTTTAAAGAAATCCCAGATCAGTTGTTGAGAGCATTTTGAACCGTCAATGTTGAGGTCC
AAAATGCTGTCAAAATCATCCATAGAGTAGTTGTGTTGGTCTTGAGAGAAAGCATTCATG
GAGTCGATTGTTGAGGAAGGTTGGTCTTGAGAGAAAGCATTCATGGACTCGATTGCTGAG
GAAAGTTGACAATCATCTTCTTCTTTCC

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL4579Contig1 431 2 1 U
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TCTGCTGACGATGGATTGACTCCGGAGCAACGCCGTGAAAGAGATGGAAAAGCATTGCAA
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GGAGGCAAAGGAACTGCTAAGAAGTGATCTCATTTGGTTTGTTCTTGGGGAAATAATGTA
GACTTTTACGGTTCTTTTATAAACATCTCGCAAAATATTTCAAATTTGGGTTAACTTCGA
CTTGAGTTGTACTCTTGTCTGAATCCCGGTATGCTGTCTCTGTTGAAAAATTGATATCTT
ATGCTTGTGGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BV02JQ C 1
AF RR3BV02TF U 1
BS 1 431 RR3BV02TF

RD RR3BV02JQ 431 0 0
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GGAAGTCAGAGAGAGTGTGGCCGTGAAAGAGCCGCGGCTCGTGCTGGAGGAAAAGGAAAG
TCTGCTGACGATGGATTGACTCCGGAGCAACGCCGTGAAAGAGATGGAAAAGCATTGCAA
GAGAAAGCCGCAAAGAAGGCTGCTCAAGCTGCAGCTGCTGCAGGTTCTGGTGGAGGAGCA
GGAGGCAAAGGAACTGCTAAGAAGTGATCTCATTTGGTTTGTTCTTGGGGAAATAATGTA
GACTTTTACGGTTCTTTTATAAACATCTCGCAAAATATTTCAAATTTGGGTTAACTTCGA
CTTGAGTTGTACTCTTGTCTGAATCCCGGTATGCTGTCTCTGTTGAAAAATTGATATCTT
ATGCTTGTGGC

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR3BV02TF 431 0 0
GGGCATTGACCGGATCGCTTCCTTCTTACGCGGATTCATCCTCAATTCACCATGACTCGT
GGAAGTCAGAGAGAGTGTGGCCGTGAAAGAGCCGCGGCTCGTGCTGGAGGAAAAGGAAAG
TCTGCTGACGATGGATTGACTCCGGAGCAACGCCGTGAAAGAGATGGAAAAGCATTGCAA
GAGAAAGCCGCAAAGAAGGCTGCTCAAGCTGCAGCTGCTGCAGGTTCTGGTGGAGGAGCA
GGAGGCAAAGGAACTGCTAAGAAGTGATCTCATTTGGTTTGTTCTTGGGGAAATAATGTA
GACTTTTACGGTTCTTTTATAAACATCTCGCAAAATATTTCAAATTTGGGTTAACTTCGA
CTTGAGTTGTACTCTTGTCTGAATCCCGGTATGCTGTCTCTGTTGAAAAATTGATATCTT
ATGCTTGTGGC

QA 1 431 1 431
DS 



AS 1 2

CO CL4580Contig1 1126 2 2 U
GGATTTGTGGAGCGTTGGCTGTGTTTTCGCCGAACTTCTTCTCAAGAAACCTGTTCTGCA
AGGAAGAACTGAGGTGGAACAGTTGCACAAGATATTCAAACTATGTGGATCTCCACCTGC
TGATTACTGGAAAAAGTCCAAACTTCCTCATGCTATGCTTTTCAAACCACAGCAACATTA
TGATGGTTGTCTCCGAGAGACCTTGAAAGATCTGTCTGAAGCTGACATCACTCTTATAGA
AACGCTTCTTTCTGTAGAGCCCCACAAACGTGGGACTTCGTCTACTGCCCTTGTTTCTCA
GTATTTCACTTCAGAGCCTTTGGCTTGTGACCCCTCAAGCTTACCTGTTTACTCTCCTAG
CAAAGAGATTGATGCAAAGCATCGTGAACATGCAACAAGGAAAAAGATTAGTGGTAATGG
GAGACATGGTACAGAACTGAGGAAGCCAACAAGAAAGCCACCTGCGTTTGCTAAACTTCC
ACCAGCTAACTGCGTGCAGGACGCACGACGCCCTTCACAGACGTTTCAGAAACGTTATGG
TCATTCAGTTCACAACTCAATCGATAGCGACGCCAGTTTATATGGAAAACTCCAAAACCC
ATCAGAACATGAGAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGCTTGTCATGTGAAGCACGCATCACA
AGGAGATGTACCTTTCTCAGGGCCTTTGCAAGTCTCTGTATCAAGCGGTTTTGCATGGGC
AAAACGTAGAAGATCACATAATAGATCTCTCTCAAGAGTTCACATTCCTAACCTGTTGGG
ACCTTCTCCTGCTTTTAGTGAGAGCACTGACGTTGAGTCTAAGATCAATGAGAATGAAAA
GGAAGAAAATGATTCCCAAGACCGTGAGGCATATGAGATGTTGAAGCTTTCGATGCTGAA
GAAGTGGAGACAACTTGAACGTCCTGATTCTTTTGATGCTTCAGATGAGTATCATTCGCA
GGAACTATCGTTGGCACTTTATCAGAGAGAAGAGAAGGCAACAAAACTGAATCACTTGGT
ATGTCAGTAGATTACAGAAAGCTAGCAATAGCATCTACTTGTTTTGTCCATAGTATCCAA
ATTCTAGTTGATATAGTACACACCAAGTGGCTTATGCCAACCTCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AU53TF U 1
AF RR3AU53JQ C 348
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ACCTTCTCCTGCTT

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DS 

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3D670JQ C 1
AF RR3D670TF U 1
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DS 

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AAAA*TCTCATGAGTTGATACTGTCGACTTCG
TTCC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

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TATATAATTCTTTGCATGTGGAAGACATGTGCCTAATCAGTCTTGTGTGTTGGAAATAAA
AGAAAAACCTTAGATTGTTTTTTTTTATTGCCTCAGTTCAGAATAATCATCATCATACAC
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CACTTTTTACT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GA43JQ C 1
AF RR3GA43TF U 1
BS 1 431 RR3GA43TF

RD RR3GA43JQ 431 0 0
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GACTTACCTGGAGGCATCCCTGAGTCATGGCCAAGGCTGTTAGAAGCCTTGAGGCTTGAT
GATTACGAGGAGAAACAATCTGCCGCGGCATAAGTTCACACTTCACCACCGGTATTTATT
TATATAATTCTTTGCATGTGGAAGACATGTGCCTAATCAGTCTTGTGTGTTGGAAATAAA
AGAAAAACCTTAGATTGTTTTTTTTTATTGCCTCAGTTCAGAATAATCATCATCATACAC
ACTTTTGCAAACTATAATGATGTATCATGATTGAATTTGTTAGTTACAGGAATGTATAAA
CACTTTTTACT

QA 1 431 1 431
DS 

RD RR3GA43TF 431 0 0
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AATGAAACCAGCCAGCCTCTTGAAGAGTACTACCGTAGCAAGGGAAAGCTGATGGAGTTT
GACTTACCTGGAGGCATCCCTGAGTCATGGCCAAGGCTGTTAGAAGCCTTGAGGCTTGAT
GATTACGAGGAGAAACAATCTGCCGCGGCATAAGTTCACACTTCACCACCGGTATTTATT
TATATAATTCTTTGCATGTGGAAGACATGTGCCTAATCAGTCTTGTGTGTTGGAAATAAA
AGAAAAACCTTAGATTGTTTTTTTTTATTGCCTCAGTTCAGAATAATCATCATCATACAC
ACTTTTGCAAACTATAATGATGTATCATGATTGAATTTGTTAGTTACAGGAATGTATAAA
CACTTTTTACT

QA 1 431 1 431
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CCCTTTTCTCCATACTTCTCCCCACATGAGCCTCATAAGTTCGCATCTGTCCACAAAGTG
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GCCGCGAATAGTCTCGTGTATGAAGCAAACGTGAGGCTAAGAGATCCTGTATACGGATGC
ATGGGAGCAATCTCAGCTCTACAACACCAAGTTCAAGGTTTACAAGCCGAGCTCACGGCC
GTACGATCCGAGATTCTCAAGTACAAGCAACGAGAAGCTGTCGCAACTTTGATGGTAGCT
TCCAACTCTCAAGTCGCCGGATTTCACAATTCTGGCGGCGTCTCCGTCATTACACCACAA
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AACAACTCCTACTTCGGTTAAAATTTATTTCAATCATTCTACAGACGTATACACATACAT
ATTATTTATTTCGATGATTTGTGGCCGGCTATTAATTATAATTAATAAATACAAGGGAGG
AAGGTTGACGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK90TF U 1
AF RR3DK90JQ C 181
BS 1 630 RR3DK90TF
BS 631 852 RR3DK90JQ

RD RR3DK90TF 630 0 0
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GCCGCGAATAGTCTCGTGTATGAAGCAAACGTGAGGCTAAGAGATCCTGTATACGGATGC
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QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3DK90JQ 672 0 0
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CCCTTTTCTCCATACTTCTCCCCACATGAGCCTCATAAGTTCGCATCTGTCCACAAAGTG
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GCCGCGAATAGTCTCGTGTATGAAGCAAACGTGAGGCTAAGAGATCCTGTATACGGATGC
ATGGGAGCAATCTCAGCTCTACAACACCAAGTTCAAGGTTTACAAGCCGAGCTCACGGCC
GTACGATCCGAGATTCTCAAGTACAAGCAACGAGAAGCTGTCGCAACTTTGATGGTAGCT
TCCAACTCTCAAGTCGCCGGATTTCACAATTCTGGCGGCGTCTCCGTCATTACACCACAA
CCACAAACACCGTCAACTCCACCCCAACCTACGGCGGCTGATCATCCACCTCCTCCCTTT
TCTTGTGTTTTCTCCCAACCAACCACAAGACCATTAGAATACGGCGACATTGAAAGTGAG
AACAACTCCTACTTCGGTTAAAATTTATTTCAATCATTCTACAGACGTATACACATACAT
ATTATTTATTTCGATGATTTGTGGCCGGCTATTAATTATAATTAATAAATACAAGGGAGG
AAGGTTGACGTT

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL4585Contig1 370 2 1 U
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CGCCTGCAAAAATAACTCTGTAGAAGCTGGATTGTTACTCTTGCAAAGGTGGTTGAAAGA
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GGAGACCAAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BE32JQ C 1
AF RR3BE32TF U 1
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GGAGACCAAG

QA 1 370 1 370
DS 

RD RR3BE32TF 370 0 0
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TTGGAATGCGTAAGAACAGGAACGGCACCGTCTCATCCGTATCAAAAATTTGAAGTGTTT
CGCCTGCAAAAATAACTCTGTAGAAGCTGGATTGTTACTCTTGCAAAGGTGGTTGAAAGA
AGTTGCTTCAGCAGACATAGCAACAACGCATACGTACAAGTGAATCATTTTCTTCGACAA
GGAGACCAAG

QA 1 370 1 370
DS 



AS 1 2

CO CL4586Contig1 921 2 2 U
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TAGCAACTTGTTTCATGGTTTGGGACATGATTTGGTAAATATGCTGAAGAAGGTAAACTT
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AGGAAGATGTGCAGTAGGAGACTACATGAGGATTGGTTCAGGAGATTTTATTTTGTTTAA
TAAATGCTTGCTGCTTGAAGTTCAGGACGTTTGCTATTATACTTCATTCTCAGAAATGCT
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AGTTTACCGAAACTTTTACACCGAAGAGAAGGAAAGAATGAACGGTGTTGTCGCAATTCG
TGTTGTGAAACCAGTTGAGCAGCCGTATGCAGCTTTGGCAGGATTATTGTCTGAACTCAA
GTCCACTGGGATCAAAGGTTTGTTGGATGACTATACAGGACGAGTTACATCTGAACATCT
TTGAGAGCAGATAATTTACTAAGTGCTAAGTAAAATGAGTTGTGTTTCTAAGATCAATCT
TTTTTTTAACTCTGATAGTGTCAAATAATTTTCGATGTTATGTTGCTCAAAGCAGAGTAA
TGAAGAACTCTTTTACCACTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BF67TF U 1
AF RR3BF67JQ C 99
BS 1 846 RR3BF67TF
BS 847 921 RR3BF67JQ

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TGAGCTTCATGTCCAGGAGCCTTATTTCACACAGTTGAAAGATGGTCTGAAAACTACTGA
AGGAAGATGTGCAGTAGGAGACTACATGAGGATTGGTTCAGGAGATTTTATTTTGTTTAA
TAAATGCTTGCTGCTTGAAGTTCAGGACGTTTGCTATTATACTTCATTCTCAGAAATGCT
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AGTTTACCGAAACTTTTACACCGAAGAGAAGGAAAGAATGAACGGTGTTGTCGCAATTCG
TGTTGTGAAACCAGTTGAGCAGCCGTATGCAGCTTTGGCAGGATTATTGTCTGAACTCAA
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TTGAGAGCAGATAATTTACTAAGTGCTAAGTAAAATGAGTTGTGTTTCTAAGATCAATCT
TTTTTT
AACTCTGA

QA 1 846 1 846
DS 

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TTCTAGCGAGGGCTTTGTCTGAATGTCTTACTTCCGAGGAGCAGAGTTTCTCTGTTGATA
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ATATGCTGAAGAAGGTAAACTTTGAGCTTCATGTCCAGGAGCCTTATTTCACACAGTTGA
AAGATGGTCTGAAAACTACTGAAGGAAGATGTGCAGTAGGAGACTACATGAGGATTGGTT
CAGGAGATTTTATTTTGTTTAATAAATGCTTGCTGCTTGAAGTTCAGGACGTTTGCTATT
ATACTTCATTTTCAGAAATGCTGGGAGTAGAGGGTCTTGCAAAAGTTCTTCCCGGAGTTG
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TATGTTGCTCAAAGCAGAGTAATGAAGAACTCTTTTACCACTG

QA 1 823 1 823
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3DZ83TF U 1
AF RR3DZ83JQ C 216
BS 1 646 RR3DZ83TF
BS 647 839 RR3DZ83JQ

RD RR3DZ83TF 646 0 0
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GCTCGATCTTCGTCTCCGTCACTTTCTCTCTCTAGGTGCCGATTCGCCGCGATCTCGCTC
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GGCGAGCTAATTGAGATCGATATCGCCGCGTCGCAGTCGCAATCGGATCCTCTTTCCCAG
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AATTGAACCACCAAGAGCAGATGTGAAGACGTGACATGGTTTAAGA

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DS 

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ATTTTAGGAACACGGATCAAAGAAGAATTGAACCACCAAGAGCAGATGTGAAGACGTGAC
ATGGTTTAAGACTTTAAGATAGGGTTTAGAGTAAGCAAGCCTTTTACAGAGACTTGAGAT
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TGTTTTCAATGTAATCTTCCTCATAATTATTGAATTGTGTATATATAAAGATATTTGCAT
AAGCTCGCAGGTTCAGTTTCCATT

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL4589Contig1 841 2 2 U
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TATAGATGGGTTCCGATGAAATCAAATCGACGTTGGACACGGAGAAATCAACCGTGCCAG
GAGGAAGCTGCACCACGTCAAAGAGTTGTTGGATGATTCAAGTTGTGCTAAGGTTATTTC
TGTTTGCAGCCACTTTGACATCAATTGTGGTGATGGTTACGAGTAAACAGACCAAGACTA
TTCCTGGAATTCCCATTCCTAGGGAAGCAAAGTTCACACACTCACCGGCTTTTATATACT
TTGTGGTAGCATTATCGGTGGCTTGCTTTTACAGCATTCTATCTACACTTGCCACCGTAT
CTGCTTTCAAGAAGCCTTCCTCTTGCTCTGCGATTCTCTTGCTTAATCTTGCCATTATGG
ATGCGGTGATGGTAGGTATAGTGGCTTCAGCGACCGGAGCATCAGGTGGAGTAGCGTACA
TTGGTCTGAAGGGCATCAAATACGTACGGTGGAGAGAAATCTGTGATATCTACGACACGT
TTTGCCGTCACGTCGGAGGCGCAGTCGCAGTCTCACTGGTTGCTTCTATCCTTCTCCTCC
TCCTCTCCATCATCTCTGTCCTCTCCCTCTACAAGAGAATACGCTGATTCATTCTCTCTG
TCTTTGAATCTTTCCTAGTCAACTCATATTGATCTCATTCTTGGTTTTGCTTTGGTGATC
TGTCGAAGTTAATCTTTGTGTTTTTTTAATTCTAGTAGTGTTGTCTTGTTTTCTTTGATT
TTGTATAATTGCGTGTTTACTTTATTTGTAAACCGATTTTTTAGTTAATATTTAAATGTT
G


BQ
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10 

AF RR3A017TF U 1
AF RR3A017JQ C 24
BS 1 820 RR3A017TF
BS 821 841 RR3A017JQ

RD RR3A017TF 820 0 0
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TGTTTGCAGCCACTTTGACATCAATTGTGGTGATGGTTACGAGTAAACAGACCAAGACTA
TTCCTGGAATTCCCATTCCTAGGGAAGCAAAGTTCACACACTCACCGGCTTTTATATACT
TTGTGGTAGCATTATCGGTGGCTTGCTTTTACAGCATTCTATCTACACTTGCCACCGTAT
CTGCTTTCAAGAAGCCTTCCTCTTGCTCTGCGATTCTCTTGCTTAATCTTGCCATTATGG
ATGCGGTGATGGTAGGTATAGTGGCTTCAGCGACCGGAGCATCAGGTGGAGTAGCGTACA
TTGGTCTGAAGGGCATCAAATACGTACGGTGGAGAGAAATCTGTGATATCTACGACACGT
TTTGCCGTCACGTCGGAGGCGCAGTCGCAGTCTCACTGGTTGCTTCTATCCTTCTCCTCC
TCCTCTCCATCATCTCTGTCCTCTCCCTCTACAAGAGAATACGCTGATTCATTCTCTCTG
TCTTTGAATCTTTCCTAGTCAACTCATATTGATCTCATTCTTGGTTTTGCTTTGGTGATC
TGTCGAAGTTAATCTTTGTGTTTTTTTAATTCTAGTAGTGTTGTCTTGTTTTCTTTGATT
TTGTATAATTGCGTGTTTACTTTATTTGTAAACCGATTTT

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3A017JQ 818 0 0
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ATTGTGGTGATGGTTACGAGTAAACAGACCAAGACTATTCCTGGAATTCCCATTCCTAGG
GAAGCAAAGTTCACACACTCACCGGCTTTTATATACTTTGTGGTAGCATTATCGGTGGCT
TGCTTTTACAGCATTCTATCTACACTTGCCACCGTATCTGCTTTCAAGAAGCCTTCCTCT
TGCTTTGCGATTCTCTTGCTTAATCTTGCCATTATGGATGCGGTGATGGTAGGTATAGTG
GCTTCAGCGACCGGAGCATCAGGTGGAGTAGCGTACATTGGTTTGAAGGGCATCAAATAC
GTACGGTGGAGAGAAATCTGTGATATTTACGACACGTTTTGCCGTCACGTCGGAGGCGCA
GTCGCAGTCTCACTGGTTGCTTCTATCCTTCTCCTCCTCCTCTCCATCATCTCTGTCCTC
TCCCTCTACAAGAGAATACGCTGATTCATTCTCTCTGTCTTTGAATCTTTCCTAGTCAAC
TCATATTGATCTCATTCTTGGTTTTGCTTTGGTGATCTGTCGAAGTTAATCTTTGTGTTT
TTTTAATTCTAGTAGTGTTGTCTTGTTTTCTTTGATTTTGTATAATTGCGTGTTTACTTT
ATTTGTAAACCGATTTTTTAGTTAATATTTAAATGTTG

QA 1 818 1 818
DS 



AS 1 2

CO CL4590Contig1 514 2 2 U
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BQ
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AF RR3EH11TF U 1
AF RR3EH11JQ C 1
BS 1 449 RR3EH11TF
BS 450 514 RR3EH11JQ

RD RR3EH11TF 449 0 0
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ATTTACCTATTTTACGAACATATTTTCTTATGACAGAACATATTCGACTATTTTACAAAT
CTATAATCATGAGTCTGTTATACATAACTGAAGATTTTATATATTGTTTGTCTTAAAGTT
GAACTTCAAGGTTAGTGATTACTGTAGAAAAGGGAGATGGAGAAGAATAACAAAATACAA
GTTTATCCAAAAAAATCCCAAAGTGTGTTTTCTTTTATATTTTTTTTCGAGAAATGATTA
TTTTCTTTTATATTTAGTTAGGCATTTAT

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR3EH11JQ 514 0 0
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AAGCTTTCTTCAACGAAAACAGGAAAACAAGAGTTTTCACCAATTGAGGTAACAATACGT
ACATCTGCAAATCTGAATCTTCAATATACATATTGCGTTTTTACGAACTGATTTCTTATG
ATTTACCTATTTTACGAACATATTTTCTTATGACAGAACATATTCGACTATTTTACAAAT
CTATAATCATGAGTCTGTTATACATAACTGAAGATTTTATATATTGTTTGTCTTAAAGTT
GAACTTCAAGGTTAGTGATTACTGTAGAAAAGGGAGATGGAGAAGAATAACAAAATACAA
GTTTATCCAAAAAAATCCCAAAGTGTGTTTTCTTTTATATTTTTTTTCGAGAAATGATTA
TTTTCTTTTATATTTAGTTAGGCATTTATCTTTGTATGAGGCTTCAGATTTCAAAACCTT
TGAAAGAATAGTTTCAATAAAAGTTTAATGTTTC

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 2

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GGCTCTGCAATGTCAGATCAATGCCATTAAAGTTCTTACTTCGTTTCTTGAGAGTTGTGA
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AAATCGTTTATAAGAAGAAGAAAAAACAGTCT


BQ
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AF RR3CY14JQ C 1
AF RR3CY14TF U 1
BS 1 452 RR3CY14TF

RD RR3CY14JQ 452 0 0
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AAATCGTTTATAAGAAGAAGAAAAAACAGTCT

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR3CY14TF 452 0 0
GGCAACACAACCTCTCTCTCTCTTTGTCCCTCCGTCAATGGAGAAAACCCTAGCTACTTC
CAATACCAAACGCTCTTCTCCGTCGCCTTCCACCGCCGTGAACGCACGTCCCGCTGGTTT
CAAGCGCAGAACCAGACAAAGATTGTCAGATTCAAGGGAGAGTGTAAGAGAGAGCAGCGT
AGAAGATGATGATGAAGAAGAAGGAGTGGAGGAGAAGATTGAAGCTCTTCAGACAATAGT
TCCAGGAGGAACGGCGCTTGGAGTGGACGCGCTGTTTGAAGAGACGGCGAGTTACATATT
GGCTCTGCAATGTCAGATCAATGCCATTAAAGTTCTTACTTCGTTTCTTGAGAGTTGTGA
GAAGGATGATGATATGAAGTTTGGTGGTTGAATGTTTAACAAACAAGTTGTAATTCTCTC
AAATCGTTTATAAGAAGAAGAAAAAACAGTCT

QA 1 452 1 452
DS 



AS 1 2

CO CL4592Contig1 495 2 6 U
AGGCAAAAGAAATTTCATCCAAGTTCAAATCTTTTTATAAAAAAGTAAACAACACACCGA
GAGATATTACTAATCAAATGATCAATAATAGTTGTAGTACTGCGAACAAACTCAAAAGCC
AAAAACTAAGTTTTAACTCTTTTCCCTGCGAATACTCAAACAACAGTTTAAGCTGATGAA
GCCGCTCCCTTGTTCCTTGGCTCGGCTTCGGTACCTTCTCTGAAACCGGTCTTGAACCTG
CGAGGCACATTGCGGAAATACCTCATCCTTCCTGTTCCTGTAGTCTTTCTACGGATGGCC
TTCACACTCCAGTTGTAGGTCCTCTTGCGAGCGGCGGGGTAAGCACAGGCGGAGCAACGG
CTCTTCTGGATGTGGAAACTGAGGCGGCCACATCTCACACAGAGAGTGTGACTCTTGTTC
CTCCTCTTTCCGAAACTCCCCGTTACCTTCGTCATTGCAGAGGATGCGAAATAACTTTAG
GTCTCTGAAAAGTGC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 10 10 

AF RR3CS62JQB U 1
AF RR3CV36JQB U 16
BS 1 30 RR3CS62JQB
BS 31 31 RR3CV36JQB
BS 32 202 RR3CS62JQB
BS 203 203 RR3CV36JQB
BS 204 493 RR3CS62JQB
BS 494 495 RR3CV36JQB

RD RR3CS62JQB 494 0 0
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GAGATATTACTAATCAAATGATCAATAATAGTTGTAGTACTGCGAACAAACTCAAAAGCC
AAAAACTAAGTTTTAACTCTTTTCCCTGCGAATACTCAAACAACAGTTTAAGCTGATGAA
GCCGCTCCCTTGTTCCTTGGCTTGGCTTCGGTACCTTCTCTGAAACCGGTCTTGAACCTG
CGAGGCACATTGCGGAAATACCTCATCCTTCCTGTTCCTGTAGTCTTTCTACGGATGGCC
TTCACACTCCAGTTGTAGGTCCTCTTGCGAGCGGCGGGGTAAGCACAGGCGGAGCAACGG
CTCTTCTGGATGTGGAAACTGAGGCGGCCACATCTCACACAGAGAGTGTGACTCTTGTTC
CTCCTCTTTCCGAAACTCCCCGTTACCTTCGTCATTGCAGAGGATGCGAAATAACTTTAG
GTCTCTGAAAAGT
C

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR3CV36JQB 480 0 0
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AAATGATCAATAATAGTTGTAGTACTGCGAACAAACTCAGAAGCCAAAAACTAAGTTTTA
ACTCTTTTCCCTGCGAATACTCAAACAACAGTTTAAGCTGATGAAGCCGCTCCCTTGTTC
CTTGGCTCGGCTTCGGTACCTTCTCTGAAACCGGTCTTGAACCTGCGAGGCACATTGCGG
AGATACCTCATCCTTCCTGTTCCTGTAGTCTTTCTACGGATGGCCTTCACACTCCAGTTG
TAGGTCCTCTTGCGAGCGGCGGGGTAAGCACAGGCGGAGCAACGGCTCTTCTGGATGTGG
AAACTGCGGCGGCCACATCTCACACAGAGAGTGTGACTCTTGTTCCTCCTCTTTCCGAAA
CTCCCCGTTCCCTTCGTCATTGCAGAGGATGCGAAATAACTTTAGGTCTCTGAGAAGTGC

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 2

CO CL4593Contig1 857 2 4 U
GAAGGAGACTCTGGAGGAGCTTGTAATGTCGAAGCCCTGCGCGGGGTTGAAGTGTACTAA
TGATCCGGTGAAGCCGGATATGGATCTAAGTCAGCTCGAAGGAAGAACGCCGTTGGCTTT
GCATTGTATATGGACCATGGTGATGTTGCAGTTCAATTTAGAAGGCAAGTCTTTGCATTA
CAAGGACGAGGCTTTGTCGCATATATTCATCATGAACAACGTGCATTACATAGTTCAGAA
GGTGAAAAGCTCGCCGGAGCTGAGGGAGATTATAGGAGATCTTTATTTAAGAAGGCTTAC
GGGGATATTCAGACACGCAGCGACTAAGTATCAGAGAGCCACGTGGGTCAGAGTGTTGAA
TAGCTTGAGAGATGAAGGGTTGCATGTGAGCGGGAGTTTCTCTTCCGGCGTGTCGAAAAG
TGCGCTGAGAGAGAGGTTTAAAGCTTTTAATACAATGTTTGAAGAGGTTCATAGGGTTCA
GTCGACGTGGTCGGTTCCAGATGCTCAGCTTAGAGAAGAGTTGAGGATATCTTTGTCGGA
GCATTTGATTCCGGCTTATAGATCGTTTCTTGGAAGATTCAGGGGACATATAGAGAGCGG
GAGACATCCAGAGAACTACTTGAAGTACTCTGTTGAGAATCTTGAGACAGCAGTGTTGGA
TTTCTTTGAAGGATATACCACGGCTCCACATTTGAGACGGTCTCAGTGAAGTGAAGACGG
TATCCACTTTCATGTAATGGGGGTGTTCAGATAAATCTACAGCTTCTGGTGAATGATATA
TATTTCCACTCGCTTGTGCTTGTAACCATAATTTGTTGAGTGTGTTGTTTGTTTGTTACC
AAAATTTTCAATACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AX67TF U 1
AF RR3AX67JQ C 78
BS 1 719 RR3AX67TF
BS 720 720 RR3AX67JQ
BS 721 837 RR3AX67TF
BS 838 857 RR3AX67JQ

RD RR3AX67TF 837 0 0
GAAGGAGACTCTGGAGGAGCTTGTAATGTCGAAGCCCTGCGCGGGGTTGAAGTGTACTAA
TGATCCGGTGAAGCCGGATATGGATCTAAGTCAGCTCGAAGGAAGAACGCCGTTGGCTTT
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CAAGGACGAGGCTTTGTCGCATATATTCATCATGAACAACGTGCATTACATAGTTCAGAA
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TGCGCTGAGAGAGAGGTTTAAAGCTTTTAATACAATGTTTGAAGAGGTTCATAGGGTTCA
GTCGACGTGGTCGGTTCCAGATGCTCAGCTTAGAGAAGAGTTGAGGATATCTTTGTCGGA
GCATTTGATTCCGGCTTATAGATCGTTTCTTGGAAGATTCAGGGGACATATAGAGAGCGG
GAGACATCCAGAGAACTACTTGAAGTACTCTGTTGAGAATCTTGAGACAGCAGTGTTGGA
TTTCTTTGAAGGATATACCACGGCTCCACATTTGAGACGGTCTCAGTGAAGTGAAGACG*
TATCCACTTTCATGTAATGGGGGTGTTCAGATAAATCTACAGCTTCTGGTGAATGATATA
TATTTCCACTCGCTTGTGCTTGTAACCATAATTTGTTGAGTGTGTTGTTTGTTTGTT

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR3AX67JQ 780 0 0
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TGGTGATGTTGCAGTTCAATTTAGAAGGCAAGTCTTTGCATTACAAGGACGAGGCTTTGT
CGCATATATTCATCATGAACAACGTGCATTACATAGTTCAGAAGGTGAAAAGCTCGCCGG
AGCTGAGGGAGATTATAGGAGATCTTTATTTAAGAAGGCTTACGGGGATATTCAGACACG
CAGCGACTAAGTATCAGAGAGCCACGTGGGTCAGAGTGTTGAATAGCTTGAGAGATGAAG
GGTTGCATGTGAGCGGGAGTTTCTCTTCCGGCGTGTCGAAAAGTGCGCTGAGAGAGAGGT
TTAAAGCTTTTAATACAATGTTTGAAGAGGTTCATAGGGTTCAGTCGACGTGGTCGGTTC
CAGATGCTCAGCTTAGAGAAGAGTTGAGGATATCTTTGTCGGAGCATTTGATTCCGGCTT
ATAGATCGTTTCTTGGAAGATTCAGGGGACATATAGAGAGCGGGAGACATCCAGAGAACT
ACTTGAAGTACTCTGTTGAGAATCTTGAGACAGCAGTGTTGGATTTCTTTGAAGGATATA
CCACGGCTCCACATTTGAGACGGTCTCAGTGAAGTGAAGACGGTATCCACTTTCATGTAA
TGGGGGTGTTCAGATAAATCTACAGCTTCTGGTGAATGATATATATTTCCACTCGCTTGT
GCTTGTAACCATAATTTGTTGAGTGTGTTGTTTGTTTGTTACCAAAATTTTCAATACTCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL4594Contig1 612 2 6 U
AATTAGATACATCTCGTGAAAAGTGTATGTATACACATGTAACGCTCTCTTTTGGCTTTC
ACATTCACCTCTTCTATACTAATAACAAGGGAGATTGCGGTTGCAGTTTAAAGGGCCAGC
GTCTGCCGTTAGAAAAGGAACCATGTTCCCTGGAGCCACTGTGAATCGCTGAACGGAACT
GTATGGCAACTCAACGCTGCCGTACCCGGAAGGTACAAAGTAAGCTCCGTTCTTGAAAAC
GTCCTTTGAAGTTCTCCATCTCCAATTGTTCCACCCTCCTTTCACTTCTCTCTTTGTCAC
CTCTTTACTGTTAGATTTATCAGAAGCAATGAAATAGTTTCCCTCACTGAAAATGGTTGG
ATCGGCGCTACCACCAATTGCATACATTATCCATTTATCGTATCTATTGTTTGCCACATG
AGCGTAACCTCGTCTTACCCTTGGCATTCTCTCCACAAGCCCTGGTCCAAAATGATTGAA
TGCCACGGTCACTTTCATGTTCACATCTTGCACGAAGTTATCGTTGTGTCCGAACAACAT
CACTTTAACATGCTGAGTAAAATAGTTATTGGAAATGGTGATTCCCGTGGAAGCATGTAT
CACATCGATCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH37JQ U 1
AF RR3F960JQ U 16
BS 1 172 RR3FH37JQ
BS 173 173 RR3F960JQ
BS 174 398 RR3FH37JQ
BS 399 399 RR3F960JQ
BS 400 487 RR3FH37JQ
BS 488 612 RR3F960JQ

RD RR3FH37JQ 487 0 0
AATTAGATACATCTCGTGAAAAGTGTATGTATACACATGTAACGCTCTCTTTTGGCTTTC
ACATTCACCTCTTCTATACTAATAACAAGGGAGATTGCGGTTGCAGTTTAAAGGGCCAGC
GTCTGCCGTTAGAAAAGGAACCATGTTCCCTGGAGCCACTGTGAATCGCTGAGCGGAACT
GTATGGCAACTCAACGCTGCCGTACCCGGAAGGTACAAAGTAAGCTCCGTTCTTGAAAAC
GTCCTTTGAAGTTCTCCATCTCCAATTGTTCCACCCTCCTTTCACTTCTCTCTTTGTCAC
CTCTTTACTGTTAGATTTATCAGAAGCAATGAAATAGTTTCCCTCACTGAAAATGGTTGG
ATCGGCGCTACCACCAATTGCATACATTATCCATTTATTGTATCTATTGTTTGCCACATG
AGCGTAACCTCGTCTTACCCTTGGCATTCTCTCCACAAGCCCTGGTCCAAAATGATTGAA
TGCCACG

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR3F960JQ 597 0 0
GTGAAAAGTGTATGTATACACATGTGACGCTCTCTTTTGGCTTTCACATTCACCTCTTCT
ATACTAATAACAAGGGAGATTGCGGTTGCAGTTTAAAGGGCCAGCGTCTGCCGTTAGAGA
AGGAACCATGTTCCCTGGAGCCACTGTGAATCGCTGAACGGAACTGTATGGCAACTCAAC
GCTGCCGTACCCGGAAGGTACGAAGTAAGCTCCGTTCTTGAAAACGTCCTTTGAAGTTCT
CCATCTCCAATTGTTCCACCCTCCTTTCACTTCTCTCTTTGTCACCTCTTTACTGTTAGA
TTTATCAGAAGCAATGAAATAGTTTCCCTCACTGAAAATGGTTGGATCGGCGCTACCACC
AATTGCATACATTATCCATTTATCGTATCTATTGTTTGCCGCATGAGCGTAACCTCGTCT
TACCCTTGGCATTCTCTCCACAAGCCCTGGTCCAAAATGATTGAATGCCACGGTCACTTT
CATGTTCACATCTTGCACGAAGTTATCGTTGTGTCCGAACAACATCACTTTAACATGCTG
AGTAAAATAGTTATTGGAAATGGTGATTCCCGTGGAAGCATGTATCACATCGATCAG

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 2

CO CL4595Contig1 634 2 3 U
GGAAGATTGCCTTCGAGTTTGAGCTTCTTATAAGTGCTTCTTCTTCTTCTCCCTCTTTGC
CTTTCCTCTTTCTCTTGATCATTTCAAAAAAAAATTCTTTTGGTAAACTCTTAAAAACAA
CCAAAAACAATGGAAATGAAATGGCTATTAACCTCGACTTTCACTCAAATGTTTGGTTAC
TCAAACCAAATCAATCAAACCAGCAACAGCCTAAGCACCCGCAACAAAATAAAGATGATG
AAGAAAGAGGAATACCCAAGCGGGTTTCAAGTTCCTCTTCACTATCCTAAATACTCCAAG
TCTGATTATGAAGCCATGGATAATCTCAGCCTTGACTTACTCCTGAAACAATATGGAATA
TCCTTCGAAGGATCTCTTGAAGACAAGAGGGTCTTTGCCATGGAGTCATTTCTCTGGCCT
GATCAGCTTTAGGGTTTGCTTATGTTTGGTGTTTGAATATCCAAATCTCTCTTCCCACAA
ACGTCCGATCCTATCAATGAGTCTAAGATAATTAAATGTTTTAGAATTATATAAAGTCAC
CATATACATATCAACCACTTAGTAATCAAGTTTATGTGTTTATGTTTATGTGTGGTATGG
AGAAGTTTTGGAGCATGTAATGTACACATATGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BH70TF U 25
AF RR3BH70JQ C 1
BS 1 24 RR3BH70JQ
BS 25 369 RR3BH70TF
BS 370 634 RR3BH70JQ

RD RR3BH70TF 345 0 0
TTCTTATAAGTGCTTCTTCTTCTTCTCCCTCTTTGCCTTTCCTCTTTCTCTTGATCATTT
CAAAAAAAAATTCTTTTGGTAAACTCTTAAAAACAACCAAAAACAATGGAAATGAAATGG
CTATTAACCTCGACTTTCACTCAAATGTTTGGTTACTCAAACCAAATCAATCAAACCAGC
AACAGCCTAAGCACCCGCAACAAAATAAAGATGATGAAGAAAGAGGAATACCCAAGCGGG
TTTCAAGTTCCTCTTCACTATCCTAAATACTCCAAGTCTGATTATGAAGCCATGGATAAT
CTCAGCCTTGACTTACTCCTGAAACAATATGGAATATCCTTCGAA

QA 1 345 1 345
DS 

RD RR3BH70JQ 634 0 0
GGAAGATTGCCTTCGAGTTTGAGCTTCTTATAAGTGCTTCTTCTTCTTCTCCCTCTTTGC
CTTTCCTCTTTCTCTTGATCATTTCAAAAAAAAATTCTTTTGGTAAACTCTTAAAAACAA
CCAAAAACAATGGAAATGAAATGGCTATTAACCTCGACTTTCACTCAAATGTTTGGTTAC
TCAAACCAAATCAATCAAACCAGCAACAGCCTAAGCACCCGCAACAAAATAAAGATGATG
AAGAAAGAGGAATACCCAAGCGGGTTTCAAGTTCCTCTTCACTATCCTAAATACTCCAAG
TCTGATTATGAAGCCATGGATAATTTCAGCCTTGACTTACTCCTGAAACAATATGGAATA
TCCTTCGAAGGATCTCTTGAAGACAAGAGGGTCTTTGCCATGGAGTCATTTCTCTGGCCT
GATCAGCTTTAGGGTTTGCTTATGTTTGGTGTTTGAATATCCAAATCTCTCTTCCCACAA
ACGTCCGATCCTATCAATGAGTCTAAGATAATTAAATGTTTTAGAATTATATAAAGTCAC
CATATACATATCAACCACTTAGTAATCAAGTTTATGTGTTTATGTTTATGTGTGGTATGG
AGAAGTTTTGGAGCATGTAATGTACACATATGTA

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL4596Contig1 1265 2 12 U
GGATCTTTATTGTTTCTTTTGTTCTTATTCGATGGTTCAGACAGATACAGATAAGATGGG
TCTTAATTTGAATCTGTCCATGTACTCCTTAGCAAAACCCTTGTCTCAATTTCTCGATGA
AGTGTCGAGGATCAAAGACCACGACTCGAAACTGTCTGAAATCGATGGGTATGTCGGAAA
ATTAGAGGAGGAGAGGAGAAAGATCGATGTTTTTAAACGGGAGCTACCTCTATGCATGCT
CCTATTGAACGAAGCGATTGAGAGGTTAAAGGAAGAGGCTTCATCAGTGATGATGATGGC
ATCAAATGGTAAATTAGATGTGGGTGAAGGGGTAAGATTGGAAAGTGATAATAATAAGAA
GAACTGGATGAGCTCTGCCCAGTTATGGATCTCCAATCCTAGCTCTCAATTGCAATCGAC
AAACGAAGAAAAAGAAGATGGGTGTGTGACTTTGAAGCCTATTCAGACATGTAATAATCA
GGGAGGAGCATTTCCACCACCATATAACCCTCCACCACCACCGCCTCCTCCGACTCCTCT
TACTCTCAGAACTCCGACATCAGAAGTACTGATGGATTATAGGAGAATTGAGCAGAATCA
TCCTCAGTTCAGCAAACCTATTATACAGAGCCATCACGTTCCGAAGAAAGATCAGAGAAG
GAGATGGTCACAGGAACTTCACCGTAAATTCGTTGATGCTCTTCACAGCCTTGGAGGGCC
ACAAGTGGCAACACCAAAGCAGATTAGAGAAATGATGAGAGTTGATGGTTTAACCAATGA
TGAAGTCAAGAGCCATTTACAAAAATATAGAATGCATATCCGAAAGCATCCGCTGCATCC
AGCAAAGACTCTGCCATCCTCGGATCAGGCTGTTTTGTTAGATAGGGAAACACAGAGCTT
AATAAGTTTGACGAGGTCGGATTCACCACAGAGCCCGCTTGTTGTTGATAGAGGTTGTTT
GTTCAGTAATAATGGTCATAGCTCAGAGGATGAAGTGAAATCTGATGGACGTAGCAGCTG
GAAAAGTGTGTCAAATAAAAATAGACCAGCGTTGGATCTTGAGCTTTGAAGACATGCATA
GATAAAAGTTACCAACATATGTTTGTTATATGCTCAAAAACTTCGAAGTTTTGCTCTGGA
GTTTTGGTAGATGTATAAGATGAGAGAGGGAATATAGATAGAGAGAAAGAGGGAGAGATC
AAACTCCTCAGGCTTGTGTTTTAGTTTTTTTGTTACTTCATAAGAAAGTGAAACTGATAA
ATCAA


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3C204TF U 1
AF RR3C204JQ C 534
BS 1 659 RR3C204TF
BS 660 660 RR3C204JQ
BS 661 719 RR3C204TF
BS 720 720 RR3C204JQ
BS 721 751 RR3C204TF
BS 752 752 RR3C204JQ
BS 753 772 RR3C204TF
BS 773 773 RR3C204JQ
BS 774 788 RR3C204TF
BS 789 789 RR3C204JQ
BS 790 798 RR3C204TF
BS 799 1265 RR3C204JQ

RD RR3C204TF 798 0 0
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TCTTAATTTGAATCTGTCCATGTACTCCTTAGCAAAACCCTTGTCTCAATTTCTCGATGA
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ATTAGAGGAGGAGAGGAGAAAGATCGATGTTTTTAAACGGGAGCTACCTCTATGCATGCT
CCTATTGAACGAAGCGATTGAGAGGTTAAAGGAAGAGGCTTCATCAGTGATGATGATGGC
ATCAAATGGTAAATTAGATGTGGGTGAAGGGGTAAGATTGGAAAGTGATAATAATAAGAA
GAACTGGATGAGCTCTGCCCAGTTATGGATCTCCAATCCTAGCTCTCAATTGCAATCGAC
AAACGAAGAAAAAGAAGATGGGTGTGTGACTTTGAAGCCTATTCAGACATGTAATAATCA
GGGAGGAGCATTTCCACCACCATATAACCCTCCACCACCACCGCCTCCTCCGACTCCTCT
TACTCTCAGAACTCCGACATCAGAAGTACTGATGGATTATAGGAGAATTGAGCAGAATCA
TCCTCAGTTCAGCAAACCTATTATACAGAGCCATCACGTTCCGAAGAAAGATCAGAGAAT
GAGATGGTCACAGGAACTTCACCGTAAATTCGTTGATGCTCTTCACAGCCTTGGAGGGC*
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TGAAGTCA*GAGCCATTT

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3C204JQ 732 0 0
ACTCCTC
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GAGATGGTCACAGGAACTTCACCGTAAATTCGTTGATGCTCTTCACAGCCTTGGAGGGCC
ACAAGTGGCAACACCAAAGCAGATTAGAGAAATGATGAGAGTTGATGGTTTAACCAATGA
TGAAGTCAAGAGCCATTTACAAAAATATAGAATGCATATCCGAAAGCATCCGCTGCATCC
AGCAAAGACTCTGCCATCCTCGGATCAGGCTGTTTTGTTAGATAGGGAAACACAGAGCTT
AATAAGTTTGACGAGGTCGGATTCACCACAGAGCCCGCTTGTTGTTGATAGAGGTTGTTT
GTTCAGTAATAATGGTCATAGCTCAGAGGATGAAGTGAAATCTGATGGACGTAGCAGCTG
GAAAAGTGTGTCAAATAAAAATAGACCAGCGTTGGATCTTGAGCTTTGAAGACATGCATA
GATAAAAGTTACCAACATATGTTTGTTATATGCTCAAAAACTTCGAAGTTTTGCTCTGGA
GTTTTGGTAGATGTATAAGATGAGAGAGGGAATATAGATAGAGAGAAAGAGGGAGAGATC
AAACTCCTCAGGCTTGTGTTTTAGTTTTTTTGTTACTTCATAAGAAAGTGAAACTGATAA
ATCAA

QA 8 732 8 732
DS 



AS 1 2

CO CL4597Contig1 469 2 1 U
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CTCATTTCTTTTCTTTGTTTTTTGGTTCCGCTAAATCCATCTAAACATTTAACGTCGCTC
GCTCTTCGATTGAGCATATACTTGGTTTAATCTTCCAAGTTTTTGTTCTGCCATTGGCAA
TGTCAGCAAATTTGTTTGGGATGTTTCTCAGCTCAATGAGTCTGTGATTTATGCAATTTT
GATTTCCATGTTTCTGTACCAACATTCACCTGAATGGAGTTTTAATTGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H231JQ C 1
AF RR3H231TF U 1
BS 1 469 RR3H231TF

RD RR3H231JQ 469 0 0
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GAAAGATGATATACCAACTGGACCTGAAACTGAAGCACCATGCCCAAGATGCGGACACGA
TAAGGCATACTTCAAAACAATGCAGATTCGTTCAGCGGACGAGCCAGAATTTAGATTTTA
CAGATGCGTCAAGTGTGAGCAAACTTGGCGCGAAGAATGATCACCACCCCCCTTGTGTCT
CTCATTTCTTTTCTTTGTTTTTTGGTTCCGCTAAATCCATCTAAACATTTAACGTCGCTC
GCTTTTCGATTGAGCATATACTTGGTTTAATTTTCCAAGTTTTTGTTTTGCCATTGGCAA
TGTCAGCAAATTTGTTTGGGATGTTTTTCAGCTCAATGAGTCTGTGATTTATGCAATTTT
GATTTCCATGTTTCTGTACCAACATTCACCTGAATGGAGTTTTAATTGG

QA 1 469 1 469
DS 

RD RR3H231TF 469 0 0
GGAGGTTGAGATAAAGAAGAAGCAATTGCTGGTTAAGAAATCAATTGACCCTGTTTTGAA
GAAAGATGATATACCAACTGGACCTGAAACTGAAGCACCATGCCCAAGATGCGGACACGA
TAAGGCATACTTCAAAACAATGCAGATTCGTTCAGCGGACGAGCCAGAATCTAGATTTTA
CAGATGCGTCAAGTGTGAGCAAACTTGGCGCGAAGAATGATCACCACCCCCCTTGTGTCT
CTCATTTCTTTTCTTTGTTTTTTGGTTCCGCTAAATCCATCTAAACATTTAACGTCGCTC
GCTCTTCGATTGAGCATATACTTGGTTTAATCTTCCAAGTTTTTGTTCTGCCATTGGCAA
TGTCAGCAAATTTGTTTGGGATGTTTCTCAGCTCAATGAGTCTGTGATTTATGCAATTTT
GATTTCCATGTTTCTGTACCAACATTCACCTGAATGGAGTTTTAATTGG

QA 1 469 1 469
DS 



AS 1 2

CO CL4598Contig1 911 2 4 U
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AAAAATTCTGTATTGAATCCCTTCAGTCACTCATCCACTACGTGGCCTTCAATTCTCTTA
TTTGATCTTAGGACGGTGGTGTCACAGTATAAATAGGTGTGCGATTTCTTCTTTCCAACT
CATCCTCTCATCGATTCTCACTCATTCATGGCGGCGAGTGAATGAGTGACGAGGGTTCAT
CGGAGACGACGGCGGATGGCAGATGGCGGCGAGGGTTCATCGGCGATGACGAAAGCGGAG
CTCCCAGAGAAATTGGCGAAAAGCGTTGTGATATTGACGTGCGAGTCCACAAGGGAAAAG
CGGGTCTTGGCGGATCTTGTGATGTGTGTTTGATCGGGACTGTTCATGCTTCAAAGGAAT
CATGTCGAGAAGTTCAAGCAGTAATCAGCATCTTGAAACCAGAGGCTGTCTTCGTGGAGT
TGTGTTCAAGCCCTTTGTCTATTCTCAAACCTCAGACTTTGAAGTGGTCCTTATGATGAA
GGGAAATTGAAATTGGAGCCTGATGTTTGAATGATAAGTGTCTGCATTGAGCTTGGTTTT
TAGGAACAATCAGACACTCTCACACTTCTGTGCAAGGTCTTCATCAAGATATCAGTAGGA
GATGAATCACAAAGGAGGCCAACGAATCTGAGGTTTGGCAGTATAATCTAGGATTCTGCA
AAGGATCTTTCTGTTGCTGTTCTGTTTATTTTCACTTAACATGTTAGTAGGATAGTTTCA
TGTCTATGATGGAGTATAGTATGATGATAAGTACTAACATTTACTTGGGAAAGCGATTTT
TTCCCTTAGCCGCTTTAAGCTTTTTGTAAGACATTCAGTTCTACCAAGTGTAGACTTTGT
TTCCATGTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB96TF U 1
AF RR3BB96JQ C 219
BS 1 635 RR3BB96TF
BS 636 636 RR3BB96JQ
BS 637 654 RR3BB96TF
BS 655 911 RR3BB96JQ

RD RR3BB96TF 654 0 0
GGGTCGCGCAACTCTCATCTCCGATGACAATTCAGATTTCGACACCATAACGCTCTAAGT
AAAAATTCTGTATTGAATCCCTTCAGTCACTCATCCACTACGTGGCCTTCAATTCTCTTA
TTTGATCTTAGGACGGTGGTGTCACAGTATAAATAGGTGTGCGATTTCTTCTTTCCAACT
CATCCTCTCATCGATTCTCACTCATTCATGGCGGCGAGTGAATGAGTGACGAGGGTTCAT
CGGAGACGACGGCGGATGGCAGATGGCGGCGAGGGTTCATCGGCGATGACGAAAGCGGAG
CTCCCAGAGAAATTGGCGAAAAGCGTTGTGATATTGACGTGCGAGTCCACAAGGGAAAAG
CGGGTCTTGGCGGATCTTGTGATGTGTGTTTGATCGGGACTGTTCATGCTTCAAAGGAAT
CATGTCGAGAAGTTCAAGCAGTAATCAGCATCTTGAAACCAGAGGCTGTCTTCGTGGAGT
TGTGTTCAAGCCCTTTGTCTATTCTCAAACCTCAGACTTTGAAGTGGTCCTTATGATGAA
GGGAAATTGAAATTGGAGCCTGATGTTTGAATGATAAGTGTCTGCATTGAGCTTGGTTTT
TAGGAACAATCAGACACTCTCACACTTCTGTGCAATGTCTTCATCAAGATATCA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3BB96JQ 693 0 0
TGAATGAGTGACGAGGGTTCATCGGAGACGACGGCGGATGGCAGATGGCGGCGAGGGTTC
ATCGGCGATGACGAAAGCGGAGCTCCCAGAGAAATTGGCGAAAAGCGTTGTGATATTGAC
GTGCGAGTCCACAAGGGAAAAGCGGGTCTTGGCGGATCTTGTGATGTGTGTTTGATCGGG
ACTGTTCATGCTTCAAAGGAATCATGTCGAGAAGTTCAAGCAGTAATCAGCATCTTGAAA
CCAGAGGCTGTCTTCGTGGAGTTGTGTTCAAGCCCTTTGTCTATTCTCAAACCTCAGACT
TTGAAGTGGTCCTTATGATGAAGGGAAATTGAAATTGGAGCCTGATGTTTGAATGATAAG
TGTCTGCATTGAGCTTGGTTTTTAGGAACAATCAGACACTCTCACACTTCTGTGCAAGGT
CTTCATCAAGATATCAGTAGGAGATGAATCACAAAGGAGGCCAACGAATCTGAGGTTTGG
CAGTATAATCTAGGATTCTGCAAAGGATCTTTCTGTTGCTGTTCTGTTTATTTTCACTTA
ACATGTTAGTAGGATAGTTTCATGTCTATGATGGAGTATAGTATGATGATAAGTACTAAC
ATTTACTTGGGAAAGCGATTTTTTCCCTTAGCCGCTTTAAGCTTTTTGTAAGACATTCAG
TTCTACCAAGTGTAGACTTTGTTTCCATGTCTT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL4599Contig1 955 2 4 U
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TCCTCACCTCCGTTCTCAAGGTCTCTTTACCATCTTCCGAGATACCCATTGAGGCGTCTA
CAGCTAATCTCCCGTTCAAAACCAGAAAGAGATTCGTTAAGTTCTAGGGAAGATTGTTGC
TCCGGCAGAGAATCGAATACGTGGAAGGGGTTTTTGTCAGGAGCATTAGCAGCTGCTGTG
ATAGTCTCGAGCTCAGGGTTTCCAGCAATGGCAGATCTCAACAAGTTCGAGGCGGATATA
CGTGGCGAGTTTGGTATAGGATCAGCTGCTCAGTTTGGTTCTGCTGATCTCAGCAAAACA
GTTCACTCCAACGAAAATTTCAGAAGAGCCAACTTCACTTCTGCAGATATGAGAGAGTCT
GATTTTAGTGGTTCGACCTTCAACGGCGCCTATCTTGAGAAAGCAGTTGCATACAAAGCT
AACTTCTCAGGTGCTGATTTGAGTGATACATTGATGGATCGGATGGTGCTAAACGAGGCA
AATCTGACAAATGCAATTCTTGTACGTTCGGTTCTAACCCGTAGTGACCTCGGTGGTGCC
AAGATCGAAAGCGCTGACTTTAGTGACGCTGTGATTGATCTTCCTCAAAAACAGGCTCTG
TGTAAATACACAAACGGGACAAACCCATTGACTGGAGTGAGCACAAGGAAGTCTCTTGGC
TGTGGAAATAGCAGGAGAAATGCATATGGCTCACCTTCGTCTCCTTTACTCAGTGCACCA
CCTCAACGTCTTTTCGGTCGTGATGGATTCTGCGATGAGAAGACCGGTCTTTGTGACGCC
TCGTAGTTTCAGTCCGTTAAGATCATGTGTGTGGTTACAATGCAGATGTAATAACATTTG
TTTCATAATATGTTGTGTTACATTAGTCGTGTATTGTATGTTTTATAGTAGTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EH89TF U 1
AF RR3EH89JQ C 211
BS 1 541 RR3EH89TF
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BS 543 650 RR3EH89TF
BS 651 955 RR3EH89JQ

RD RR3EH89TF 650 0 0
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ATAGTCTCGAGCTCAGGGTTTCCAGCAATGGCAGATCTCAACAAGTTCGAGGCGGATATA
CGTGGCGAGTTTGGTATAGGATCAGCTGCTCAGTTTGGTTCTGCTGATCTCAGCAAAACA
GTTCACTCCAACGAAAATTTCAGAAGAGCCAACTTCACTTCTGCAGATATGAGAGAGTCT
GATTTTAGTGGTTCGACCTTCAACGGCGCCTATCTTGAGAAAGCAGTTGCATACAAAGCT
AACTTCTCAGGTGCTGATTTGAGTGATACATTGATGGATCGGATGGTGCTAAACGAGGCA
A*TCTGACAAATGCAATTCTTGTACGTTCGGTTCTAACCCGTAGTGACCTCGGTGGTGCC
AAGATCGAAAGCGCTGACTTTAGTGACGCTGTGATTGATCTTCCTCAAAA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3EH89JQ 745 0 0
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GCAGATCTCAACAAGTTCGAGGCGGATATACGTGGCGAGTTTGGTATAGGATCAGCTGCT
CAGTTTGGTTCTGCTGATCTCAGCAAAACAGTTCACTCCAACGAAAATTTCAGAAGAGCC
AACTTCACTTCTGCAGATATGAGAGAGTCTGATTTTAGTGGTTCGACCTTCAACGGCGCC
TATCTTGAGAAAGCAGTTGCATACAAAGCTAACTTCTCAGGTGCTGATTTGAGTGATACA
TTGATGGATCGGATGGTGCTAAACGAGGCAAATCTGACAAATGCAATTCTTGTACGTTCG
GTTCTAACCCGTAGTGACCTCGGTGGTGCCAAGATCGAAGGCGCTGACTTTAGTGACGCT
GTGATTGATCTTCCTCAAAAACAGGCTCTGTGTAAATACACAAACGGGACAAACCCATTG
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TCACCTTCGTCTCCTTTACTCAGTGCACCACCTCAACGTCTTTTCGGTCGTGATGGATTC
TGCGATGAGAAGACCGGTCTTTGTGACGCCTCGTAGTTTCAGTCCGTTAAGATCATGTGT
GTGGTTACAATGCAGATGTAATAACATTTGTTTCATAATATGTTGTGTTACATTAGTCGT
GTATTGTATGTTTTATAGTAGTGAC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL4600Contig1 1138 2 2 U
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TCCCTTCTTTTATTTATCTTCTTACCGCCATAGCTCTAGCTTGCTTGCAACAGAGGCTCT
AAAGTTAACCTTAAGGTTTTATTAGGTTTTTTGTTTGTTGGAAAAGAAAGAAACGATGAA
TCAGTGGGCGGTCCAGCCAAACGATCAGATTGTTGTTGTTTGCCCAAAACCACGTCGTAT
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CCATCAACAAGTGGAGGTCTGTGAATCCGAGGCAGAGAATGATATCTTAGATATCATACT
CACAAAGGATGGTTATGGTGCGGAACAAGTTCATCACACGAAGATACTAGGCTCGCCGTC
CCCGTTTTTATGTGGGTCGCCGCCGAGCAGAGTCGCTAACCCTTTAACACAGGATGCTCG
TTTCAGAGATGAGCTCTCACTGGTCTCCTCACCGATGCCGACTCCGCTGGGCCAACCTCA
GTCCTCCTCAGGGAGGAATGGAGGATGTGTTAGAGGCAATTTTGGTAACAGCCCAGCGGT
TAGGATAGAAGGGTTCGATTGTCTCGACAGGGACAGTAGAAACTGCAGCATCCCTGCCTT
GGCATGAGAACCCAACCTTAAAAACCACCACCATACTCTGTTGTTTAGCTCAAAAAACCC
ATTAGTGTCTCGTGTGTATATATAACGAGTTAAGGGTCTGGAAAATTGAATTCGTTGAAA
ATCTTTGAGGGAAGCTGAGAGAGTAAACGAGAGATCGATCCTTTTGGAGTTCTTAAAGAG
TGTAAATTAGGTGCAATTTTCTGGGCTGAGTTTGTAGTAATAATGGTCATTTTGTAAAAA
TAGTATTAAGGCAGAAAAACAGTTGTTGAGGAGAGAATAAAAAGATTATTAGGTTTTTGG
AGAAATATTAATATTAGGTTATTTTGTAAATAGAGAGATGGAGACAGAAAAGAAGTCTTC
TTTTGTTTTTCTTTTGGTTGAGTTTGTTTAGGAAGAATATGAGAAAAAAAAATTTGTACA
AAAGGAAAGAAATTCAAATGATACTGTATTTTACCTTGAAATCGAATCTTATTACTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH91TF U 1
AF RR3BH91JQ C 300
BS 1 748 RR3BH91TF
BS 749 1138 RR3BH91JQ

RD RR3BH91TF 748 0 0
GGGTCTCTCTTCTCTCGCCTAACAACACTACCCACACGCCTTTCATCATCCTTTCTCTAC
TCCCTTCTTTTATTTATCTTCTTACCGCCATAGCTCTAGCTTGCTTGCAACAGAGGCTCT
AAAGTTAACCTTAAGGTTTTATTAGGTTTTTTGTTTGTTGGAAAAGAAAGAAACGATGAA
TCAGTGGGCGGTCCAGCCAAACGATCAGATTGTTGTTGTTTGCCCAAAACCACGTCGTAT
TGCTATCCGTAACCCTTCCCTTTACCACCATCCCGCTCGTTCTCTCCGTTGTTACTTCAG
CCATCAACAAGTGGAGGTCTGTGAATCCGAGGCAGAGAATGATATCTTAGATATCATACT
CACAAAGGATGGTTATGGTGCGGAACAAGTTCATCACACGAAGATACTAGGCTCGCCGTC
CCCGTTTTTATGTGGGTCGCCGCCGAGCAGAGTCGCTAACCCTTTAACACAGGATGCTCG
TTTCAGAGATGAGCTCTCACTGGTCTCCTCACCGATGCCGACTCCGCTGGGCCAACCTCA
GTCCTCCTCAGGGAGGAATGGAGGATGTGTTAGAGGCAATTTTGGTAACAGCCCAGCGGT
TAGGATAGAAGGGTTCGATTGTCTCGACAGGGACAGTAGAAACTGCAGCATCCCTGCCTT
GGCATGAGAACCCAACCTTAAAAACCACCACCATACTCTGTTGTTTAGCTCAAAAAACCC
ATTAGTGTCTCGTGTGTATATATAACGA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3BH91JQ 839 0 0
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TCACAAAGGATGGTTATGGTGCGGAACAAGTTCATCACACGAAGATACTAGGCTCGCCGT
CCCCGTTTTTATGTGGGTCGCCGCCGAGCAGAGTCGCTAACCCTTTAACACAGGATGCTC
GTTTCAGAGATGAGCTCTCACTGGTCTCCTCACCGATGCCGACTCCGCTGGGCCAACCTC
AGTCCTCCTCAGGGAGGAATGGAGGATGTGTTAGAGGCAATTTTGGTAACAGCCCAGCGG
TTAGGATAGAAGGGTTCGATTGTCTCGACAGGGACAGTAGAAACTGCAGCATCCCTGCCT
TGGCATGAGAACCCAACCTTAAAAACCACCACCATACTCTGTTGTTTAGCTCAAAAAACC
CATTAGTGTCTCGTGTGTATATATAACGAGTTAAGGGTCTGGAAAATTGAATTCGTTGAA
AATCTTTGAGGGAAGCTGAGAGAGTAAACGAGAGATCGATCCTTTTGGAGTTCTTAAAGA
GTGTAAATTAGGTGCAATTTTCTGGGCTGAGTTTGTAGTAATAATGGTCATTTTGTAAAA
ATAGTATTAAGGCAGAAAAACAGTTGTTGAGGAGAGAATAAAAAGATTATTAGGTTTTTG
GAGAAATATTAATATTAGGTTATTTTGTAAATAGAGAGATGGAGACAGAAAAGAAGTCTT
CTTTTGTTTTTCTTTTGGTTGAGTTTGTTTAGGAAGAATATGAGAAAAAAAAATTTGTAC
AAAAGGAAAGAAATTCAAATGATACTGTATTTTACCTTGAAATCGAATCTTATTACTGT

QA 1 839 1 839
DS 



AS 1 2

CO CL4601Contig1 488 2 2 U
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TTCTAGATAAAAGGTTCATGTCGACGACAAGAGCTCTGAGTTGTGATGTCATGTGGTTGT
CATGTCGGGAATTTATTCCGAGGAAACGTTTCGGTGAACCTCAACAGCTTTCGGTTTGTG
CGATGGATGCTCTCCACGGAGGACCACCGATGATGAAGGCGGATGTTGCGCTTGCATCCG
TTCTGTGGTTGCTCGGATTCCGTCAATTCAAGCAAAGGGATGCGGTGGGTTTCAGTTGGG
CCGTAGGCCCAGTTTTGTTTTGATTGTATTATGTGTATTACGGTTGTCCTGGGCTTGTGT
TTGTTGGGTTTGGGCATTTGGAATATGTTGGTTATTAATATTAAATAATTTTTCTCCGAA
TTTGACTATGTCCTTGTTATAAAAACAGAGTTGTAATGATTCGGTCACCTATTATGAAAT
GATTCCGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CN14TF U 1
AF RR3CN14JQ C 1
BS 1 444 RR3CN14TF
BS 445 488 RR3CN14JQ

RD RR3CN14TF 444 0 0
GGGCACTACAGATATTTATTCATAAATGTCTATTTTTAATATAACCGAAAAGAAATTATA
TTCTAGATAAAAGGTTCATGTCGACGACAAGAGCTCTGAGTTGTGATGTCATGTGGTTGT
CATGTCGGGAATTTATTCCGAGGAAACGTTTCGGTGAACCTCAACAGCTTTCGGTTTGTG
CGATGGATGCTCTCCACGGAGGACCACCGATGATGAAGGCGGATGTTGCGCTTGCATCCG
TTCTGTGGTTGCTCGGATTCCGTCAATTCAAGCAAAGGGATGCGGTGGGTTTCAGTTGGG
CCGTAGGCCCAGTTTTGTTTTGATTGTATTATGTGTATTACGGTTGTCCTGGGCTTGTGT
TTGTTGGGTTTGGGCATTTGGAATATGTTGGTTATTAATATTAAATAATTTTTCTCCGAA
TTTGACTATGTCCTTGTTATAAAA

QA 1 444 1 444
DS 

RD RR3CN14JQ 488 0 0
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TTCTAGATAAAAGGTTCATGTCGACGACAAGAGCTCTGAGTTGTGATGTCATGTGGTTGT
CATGTCGGGAATTTATTCCGAGGAAACGTTTCGGTGAACCTCAACAGCTTTCGGTTTGTG
CGATGGATGCTCTCCACGGAGGACCACCGATGATGAAGGCGGATGTTGCGCTTGCATCCG
TTCTGTGGTTGCTCGGATTCCGTCGATTCGAGCAAAGGGATGCGGTGGGTTTCAGTTGGG
CCGTAGGCCCAGTTTTGTTTTGATTGTATTATGTGTATTACGGTTGTCCTGGGCTTGTGT
TTGTTGGGTTTGGGCATTTGGAATATGTTGGTTATTAATATTAAATAATTTTTCTCCGAA
TTTGACTATGTCCTTGTTATAAAAACAGAGTTGTAATGATTCGGTCACCTATTATGAAAT
GATTCCGG

QA 1 488 1 488
DS 



AS 1 2

CO CL4602Contig1 852 2 10 U
GCATATCGTTCAGGAGGAGAAGCTGCTCGCTAAGAAGGACGAGCGTGAGAGTCTAGATTC
CGCCGTTGAGGAGCTCATGCAGATCGGAATGCAAAGAGAAACGGCTGCAGAGTCAATCTA
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AGGGTCATCAGAAGATGAGCATGATATTATCACATTACAGTATACGGAAGATGGTTTGTT
GTCTGTAGATGAGAACAGGCAAGGACATGCGGCTGCCTTTGGGGATGACATTGCTATTGA
ATGTCTCGCCACAGAATTCAAACGAGAAATCTATGTGGTGCAAGCGCATGGAGCAGATGG
GATGGTGGAGGAAGAGAACTGTGTGTTCTTCCTTCCTCACAAGCCGAGAAGTGAGATAAT
CAAATCTCCACTCTTTCTATTCATGAAAGGCACAGGTTGGTGCGGTGGTGGAGCAGATCA
TTATGAGCCTTTAATAGCAAACGCATCTCCAATGATATCTCATGAGAAAGTCGCCCTCGT
TCTGTGAAATTTTGAGCTTCTTGAAGAGACCACAGTTTTGTTGGAGGGTTTTTGATAGTT
TTGTTGTTGTTGTTGTTGGTAGAGAGAGAATTCATGTTAGGGAGATTTGAATTTTGTTTT
ATGTGCAGGCTATTGGCCTGCCAGTTGAAGCTGCTTCTAACCACATTTGTAGTTGTGTTT
TTTGGTAGAGAAGAGTATTGTTTGTTCGTTATTGAGGGAAGAAAACGAGAAGTCTTGTCT
GTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAAGAGTTGAAGAAGCTGTAAGAGTGTAATACACAA
GTTTTCCTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES28TF U 1
AF RR3ES28JQ C 241
BS 1 668 RR3ES28TF
BS 669 669 RR3ES28JQ
BS 670 699 RR3ES28TF
BS 700 701 RR3ES28JQ
BS 702 722 RR3ES28TF
BS 723 723 RR3ES28JQ
BS 724 731 RR3ES28TF
BS 732 732 RR3ES28JQ
BS 733 745 RR3ES28TF
BS 746 852 RR3ES28JQ

RD RR3ES28TF 746 0 0
GCATATCGTTCAGGAGGAGAAGCTGCTCGCTAAGAAGGACGAGCGTGAGAGTCTAGATTC
CGCCGTTGAGGAGCTCATGCAGATCGGAATGCAAAGAGAAACGGCTGCAGAGTCAATCTA
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AGGGTCATCAGAAGATGAGCATGATATTATCACATTACAGTATACGGAAGATGGTTTGTT
GTCTGTAGATGAGAACAGGCAAGGACATGCGGCTGCCTTTGGGGATGACATTGCTATTGA
ATGTCTCGCCACAGAATTCAAACGAGAAATCTATGTGGTGCAAGCGCATGGAGCAGATGG
GATGGTGGAGGAAGAGAACTGTGTGTTCTTCCTTCCTCACAAGCCGAGAAGTGAGATAAT
CAAATCTCCACTCTTTCTATTCATGAAAGGCACAGGTTGGTGCGGTGGTGGAGCAGATCA
TTATGAGCCTTTAATAGCAAACGCATCTCCAATGATATCTCATGAGAAAGTCGCCCTCGT
TCTGTGAAATTTTGAGCTTCTTGAAGAGACCACAGTTTTGTTGGAGGGTTTTTGATAGTT
TTGTTGTTGTTGTTGTTGGTAGAGAGAGAATTCATGTTAGGGAGATTTGAATTTTGTTTT
ATGTGCAG*CTATTGGCCTGCCAGTTGAAGCTGCTTCTA**CACATTTGTAGTTGTGTTT
TT*GGTAGAGA*GAGTATTGTTTGT
C

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3ES28JQ 612 0 0
GTCTGTAGATGAGAACAGGCAAGGACATGCGGCTGCCTTTGGGGATGACATTGCTATTGA
ATGTCTCGCCACAGAATTCAAACGAGAAATTTATGTGGTGCAAGCGCATGGAGCAGATGG
GATGGTGGAGGAAGAGAACTGTGTGTTTTTCCTTCCTCACAAGCCGAGAAGTGAGATAAT
CAAATTTCCACTCTTTTTATTCATGAAAGGCACAGGTTGGTGCGGTGGTGGAGCAGATCA
TTATGAGCCTTTAATAGCAAACGCATTTCCAATGATATTTCATGAGAAAGTCGCCCTCGT
TTTGTGAAATTTTGAGCTTCTTGAAGAGACCACAGTTTTGTTGGAGGGTTTTTGATAGTT
TTGTTGTTGTTGTTGTTGGTAGAGAGAGAATTCATGTTAGGGAGATTTGAATTTTGTTTT
ATGTGCAGGCTATTGGCCTGCCAGTTGAAGCTGCTTCTTACCACATTTGTAGTTGTGTTT
TTTGGTAGAGAAGAGTATTGTTTGTTCGTTATTGAGGGAAGAAAACGAGAAGTCTTGTCT
GTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAAGAGTTGAAGAAGCTGTAAGAGTGTAATACACAA
GTTTTCCTGATT

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 2

CO CL4603Contig1 787 2 6 U
GTTCCTAATTAGAATACAAACATACTCTAATAATACAACTAAAAAAACATACTCTAATAA
TACAACTAAAAAGCATATGCATTAATAATTAAAAATTACATATTGGTCCACCAGTAGTTC
AACTGGTAACCGGTTTTGAGTTATACCGAATTATTAAATAATATTTTTTTCCTAAAACAC
AACCAAATTACAAACCGGATTGTTGGGTTTATCAGTTTAACTGCAGGTCCGAATCCGATT
TAAACAAAAATTGGGTATAAGTGTATAGTTATGCAACGTCACAAATTCAATACAATTATC
AAAACTTCTTACTAATACTTTTTAAAAATAGTATACAAAAATATGATTACAAAAAACACA
AATATAATTACAAATATAAAAATTAAATTGCTGAAGGGCGGATCAGAATCTAGTAACATC
TTAATAGACATGAAGCTTGAAAAACACAAGAACTTGAACAAGGAATCTTTACTTTACTGT
AGAGAGATTCAGAACGGGACACTCGAGTTCAACCGTAGAGATGCAGAGGTACCATATGAA
CATACTTTTTCCATCTTTCAATCAGAGAAAATGGCTCTAAAACATGGAGTCAGCTATCCC
AAACTCTTTGACACGAAACAAAGACATGAATCTTTACTCATCTGGTTGTAAAGAACACAG
TTGAATCCATGAGTCTTCTTCTATCGTTTAGTTTTAATACAGAACAAGACATGTACCATT
ACAGAACATGCAAGATACAAAATGTATCACGTAACCTCATGAGAACAGTTGTCTCAATCA
ATAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F392TF U 1
AF RR3F392JQ C 14
BS 1 753 RR3F392TF
BS 754 754 RR3F392JQ
BS 755 764 RR3F392TF
BS 765 765 RR3F392JQ
BS 766 776 RR3F392TF
BS 777 787 RR3F392JQ

RD RR3F392TF 785 0 0
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TACAACTAAAAAGCATATGCATTAATAATTAAAAATTACATATTGGTCCACCAGTAGTTC
AACTGGTAACCGGTTTTGAGTTATACCGAATTATTAAATAATATTTTTTTCCTAAAACAC
AACCAAATTACAAACCGGATTGTTGGGTTTATCAGTTTAACTGCAGGTCCGAATCCGATT
TAAACAAAAATTGGGTATAAGTGTATAGTTATGCAACGTCACAAATTCAATACAATTATC
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AATATAATTACAAATATAAAAATTAAATTGCTGAAGGGCGGATCAGAATCTAGTAACATC
TTAATAGACATGAAGCTTGAAAAACACAAGAACTTGAACAAGGAATCTTTACTTTACTGT
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AAACTCTTTGACACGAAACAAAGACATGAATCTTTACTCATCTGGTTGTAAAGAACACAG
TTGAATCCATGAGTCTTCTTCTATCGTTTAGTTTTAATACAGAACAAGACATGTACCATT
ACAGAACATGCAAGATACAAAATGTATCACGTA*CCTCATGAGA*CAGTTGTCTCA
TCATAAAGC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3F392JQ 774 0 0
ATACAAACATACTCTAATAATACAACTAAAAAAACATACTCTAATAATACAACTAAAAAG
CATATGCATTAATAATTAAAAATTACATATTGGTCCACCAGTAGTTCAACTGGTAACCGG
TTTTGAGTTATACCGAATTATTAAATAATATTTTTTTCCTAAAACACAACCAAATTACAA
ACCGGATTGTTGGGTTTATCAGTTTAACTGCAGGTCCGAATCCGATTTAAACAAAAATTG
GGTATAAGTGTATAGTTATGCAACGTCACAAATTCAATACAATTATCAAAACTTCTTACT
AATACTTTTTAAAAATAGTATACAAAAATATGATTACAAAAAACACAAATATAATTACAA
ATATAAAAATTAAATTGCTGAAGGGCGGATCAGAATCTAGTAACATCTTAATAGACATGA
AGCTTGAAAAACACAAGAACTTGAACAAGGAATCTTTACTTTACTGTAGAGAGATTCAGA
ACGGGACACTCGAGTTCAACCGTAGAGATGCAGAGGTACCATATGAACATACTTTTTCCA
TCTTTCAATCAGAGAAAATGGCTCTAAAACATGGAGTCAGCTATCCCAAACTCTTTGACA
CGAAACAAAGACATGAATCTTTACTCATCTGGTTGTAAAGAACACAGTTGAATCCATGAG
TCTTCTTCTATCGTTTAGTTTTAATACAGAACAAGACATGTACCATTACAGAACATGCAA
GATACAAAATGTATCACGTAACCTCATGAGAACAGTTGTCTCAATCAATAAAGC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL4604Contig1 798 2 16 U
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TCCTGCCACCTTGAAGAAGTCAGCTAAGCCTATTGGTCGTCCTTTTGGTGGTGGCCCACC
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GGAGTTCTTTATTGTCTTATCTGAGTTTAGTTCGTTTTAGCAGACACCAGAAACCTTTAA
AATTATGTATCCTTCCTCAGTATAGCTCCTGGTTTGACAAAGACTAAATATTCTGCAATG
GAGCAAACCAAATCTTCC


BQ
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AF RR3FV34JQ C 1
AF RR3FV34TF U 1
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BS 779 788 RR3FV34TF
BS 789 798 RR3FV34JQ

RD RR3FV34JQ 798 0 0
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GGAGTTCTTTATTGTCTTATCTGAGTTTAGTTCGTTTTAGCAGACACCAGAAACCTTTAA
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QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3FV34TF 796 0 0
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CCTCGCGAAGCACCCGTTGATCGAGTCAGTACCAAACCTGCAAGTGATCAAGCTGATGCA
GTCTTTCAAATCCAAGGAGTATGTAAGGGAGACATTCGCTTGGATGCATTACTACTGGTT
TCTAACCAACGAAGGGATTGAGTTTCTGAGGACTTACCTTAACCTCCCGTCTGATGTTGT
TCCTGCCACCTTGAAGAAGTCAGCTAAGCCTATTGGTCGTCCTTTTGGTGGTGGCCCACC
TGGTGATCGCCCAAGAGGACCTAGGTTTGAAGGAGGAGAGCGTCCCAGGTATGGTGGGGA
CCGTGATGGGTACCGTGGAGCTCCTCGTGGTGGTGAAGGAGAAAAGGGTGGTGCTCCAGC
TGATTACCAGCCATCTTTCCAAGGAAGTGGTGGTAGGCCTGGTTTTGGCCGTGGTGCTGG
AGGTTACAGCTCGGCTGCACCATCTGGTTCAGGTCTCCCTTGATAAAGAAATGGTTTCTT
AGTTACACATGGAGGAGTTCATTTCAGCCTTAAATTTTGCTTTCTGTTTATTCAACTTCT
GGAGTTCTTTATTGTCTTATCTGAGTTTAGTTCGTTTTAGCAGACAC*AGAA*CCTTTAA
A*TTATGTATCCTTCCTCAGTATAGCTC*TGGTTTGACAA*GACTAA*TATTCTGCA*TG
GAGCAAAC
AATCTCAA

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL4605Contig1 1074 2 2 U
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AAATCGTCTTAACCTTCTTCGTGGCAGTGAGAATTCTCACCTATAAAAAGGTACAGCTTC
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GCTATTTGAATAATGCCAAGGCACCATTTTTGTTTCCTTCTGCAGTTTGCTATGTTTTTC
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BQ
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AF RR3H588TF U 1
AF RR3H588JQ C 275
BS 1 702 RR3H588TF
BS 703 1074 RR3H588JQ

RD RR3H588TF 702 0 0
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CGTAGATAGTTTCAGTTCCCTTTGTTGATTTCAGAAACTGGGTTTATTTACAGTTCTTAT
AAATATTACCGGCAGACTGAAACTGATTTTAATATGGCATTGAATCCTTCACGTGTTTTG
AATGACATGGACGGCGATGATGAGCAGTTCCTTGCAAGAATTCCTGGGTATTTCGAAGCT
GAGAATAGTGCTTCTTATTAGATCACTGAGGACATGTTTGAGAAGGCTTCGTATGTAAAA
CAACTTGATCACTTTACCTTAGTCGAAATTCAAGAACTGATG

QA 1 702 1 702
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TGGCATTGAATCCTTCACGTGTTTTGAATGACATGGACGGCGATGATGAGCAGTTCCTTG
CAAGAATTCCTGGGTATTTCGAAGCTGAGAATAGTGCTTCTTATTAGATCACTGAGGACA
TGTTTGAGAAGGCTTCGTATGTAAAACAACTTGATCACTTTACCTTAGTCGAAATTCAAG
AACTGATGGTCGGAGTTAGATCCTTGGAACCAATTTGGAGAACCAAGAGGCAGAGCAAGA
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TCCTTCTGCAGTTTGCTATGTTTTTCCAGACAGTCTTCAAAAGTTCTGATTCAGTTTGAA
CTAATATAAAGATATTTATC

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL4606Contig1 905 2 2 U
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ATGGCTAAGCTCACAACGGATAAGCTAGCCAGGTGCTCCTGAGCAGATTGTTTATTACCA
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CGGTCGGATATCAGTTCAGGGTATTGATGGTGTCTTGTTTCCGATGAAGGAGACTCCGGC
AACGGAGATGAAACCAGCTGCTCCGGTTGTTAAGAAAGTTGCTAAATCAAGAAGAGGTAA
ATTGATGGAGGTAGCTTGTAGAATGATGGGATCACGGTTCATCCCGTGTCAATGATTTTA
CACGTTATTATCAAAATAAAACCAGAACTTCCAAATTCTTGGTTCTGTAAACATCTGGAA
AAGAAAAAGAGAAAAAATTGAATATGTAAATGATGTGATTTTTGGTTCGTTTCGGTTTGC
ATTCTCTATTGTAATTTTTTATATTCAAAAATATATATGAATACGTGGACAGTAGATTCT
GATGAAGTTTGTTATTTGGGGTGCGTGAAATGATGGTAGGAGTTAGAGAATTCAATGTAA
TACAAATCATACAATTATATGAATAGCTATATGGAATAATAAAGGAATGATCGGTTTGTG
TGCTT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3B757TF U 1
AF RR3B757JQ C 111
BS 1 867 RR3B757TF
BS 868 905 RR3B757JQ

RD RR3B757TF 867 0 0
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ATGGCTAAGCTCACAACGGATAAGCTAGCCAGGTGCTCCTGAGCAGATTGTTTATTACCA
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ATTCTCTATTGTAATTTTTTATATTCAAAAATATATATGAATACGTGGACAGTAGATTCT
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TACAAATCATACAATTATATGAATAGC

QA 1 867 1 867
DS 

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TTTATTACCATATCATACCAGAGTATCAGACAGAAGAGAGTATGTACAATGCCGTACGCA
GATTCGGGAAGGCGAAGTACGATTCTTTGAGATTCCCACACAAAGTCTTGGCTCAAGAAG
CTGATGGTTCTGTTAAGTTCGGACACGGTGAAGGCTCAGCTTATTTGTTCGACCCTGATA
TCTACACCGACGGTCGGATATCAGTTCAGGGTATTGATGGTGTCTTGTTTCCGATGAAGG
AGACTCCGGCAACGGAGATGAAACCAGCTGCTCCGGTTGTTAAGAAAGTTGCTAAATCAA
GAAGAGGTAAATTGATGGAGGTAGCTTGTAGAATGATGGGATCACGGTTCATCCCGTGTC
AATGATTTTACACGTTATTATCAAAATAAAACCAGAACTTCCAAATTCTTGGTTCTGTAA
ACATCTGGAAAAGAAAAAGAGAAAAAATTGAATATGTAAATGATGTGATTTTTGGTTCGT
TTCGGTTTGCATTCTCTATTGTAATTTTTTATATTCAAAAATATATATGAATACGTGGAC
AGTAGATTCTGATGAAGTTTGTTATTTGGGGTGCGTGAAATGATGGTAGGAGTTAGAGAA
TTCAATGTAATACAAATCATACAATTATATGAATAGCTATATGGAATAATAAAGGAATGA
TCGGTTTGTGTGCTT

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL4607Contig1 441 2 1 U
GGGATCTCAGCTCTCCGTTCCAAGCCATGGCCGAGAAGGGGAAGGAGAAGGTAGCTTTCT
TCTCTCTCTCATTCTTGTTTTGTTTTACTTTCAGTAGACAGAGAAAGTTGTGGTTTATGT
ACGTGGGTGGGTCTTAAGAATTAACTATCTTGTGGAGCTTTTGATTCTCTCCTTTTCTGC
TCATTTCTTGTTTATAAAATATATTTTTTGTATTTGTGAGATATGTTGGTTTGGTATGGA
CTAAAATAATGCGATCAAACCATTTTATAAAGGTAAAACTCGTGCAAGTGATAAGAGGAT
CTCTCTTTCTTTCTTACTTTGTGTCAGACAGAGAACGAATCAGTTCTGTCTCAGTAATTA
GATGCTTAGAAACGTGGAGTGTGTTGTTTCCACTTTTACCACTAATAAGAGAATCTGAGG
ATTTTAATGATGTCAATATCC


BQ
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AF RR3CM79JQ C 1
AF RR3CM79TF U 1
BS 1 441 RR3CM79TF

RD RR3CM79JQ 441 0 0
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TCTCTCTCTCATTCTTGTTTTGTTTTACTTTCAGTAGACAGAGAAAGTTGTGGTTTATGT
ACGTGGGTGGGTCTTAAGAATTAACTATCTTGTGGAGCTTTTGATTCTCTCCTTTTCTGC
TCATTTCTTGTTTATAAAATATATTTTTTGTATTTGTGAGATATGTTGGTTTGGTATGGA
CTAAAATAATGCGATCAAACCATTTTATAAAGGTAAAACTCGTGCAAGTGATAAGAGGAT
CTCTCTTTCTTTCTTACTTTGTGTCAGACAGAGAACGAATCAGTTCTGTCTCAGTAATTA
GATGCTTAGAAACGTGGAGTGTGTTGTTTCCACTTTTACCACTAATAAGAGAATCTGAGG
ATTTTAATGATGTCAATATCC

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR3CM79TF 441 0 0
GGGATCTCAGCTCTCCGTTCCAAGCCATGGCCGAGAAGGGGAAGGAGAAGGTAGCTTTCT
TCTCTCTCTCATTCTTGTTTTGTTTTACTTTCAGTAGACAGAGAAAGTTGTGGTTTATGT
ACGTGGGTGGGTCTTAAGAATTAACTATCTTGTGGAGCTTTTGATTCTCTCCTTTTCTGC
TCATTTCTTGTTTATAAAATATATTTTTTGTATTTGTGAGATATGTTGGTTTGGTATGGA
CTAAAATAATGCGATCAAACCATTTTATAAAGGTAAAACTCGTGCAAGTGATAAGAGGAT
CTCTCTTTCTTTCTTACTTTGTGTCAGACAGAGAACGAATCAGTTCTGTCTCAGTAATTA
GATGCTTAGAAACGTGGAGTGTGTTGTTTCCACTTTTACCACTAATAAGAGAATCTGAGG
ATTTTAATGATGTCAATATCC

QA 1 441 1 441
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4609Contig1 1347 2 2 U
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GTATAACCCTCGAAAGGAATGTTTTTGGTTGAGAGGAGAGAGAGAAGACGAAGAAGGAGA
AATTGTTAATTTAAAGACCTATCTGAAGCTGCTAAATCCAATAGAGAAACTCTTAAAGCG
TCAATTGATTCTCATTTAATTATGGAGGGGCTAATGAGATTTGGAGGATTTGAAGAACAT
TTTAGTCAATTTTCAGAAAATGCAATTGACGAGAAGACCCCGTTTCTGCAAATGCTTCAA
TGCATAGAACCCACTTATAGTACCACAGAACCACATCAGATACTCCAGTCACTTCTCCAG
AGCCAAACACTAGAACCAGAGAGCTGTCTCACCCATGAAACCATCAAAAGAGATCCGGGT
CAAGAAGAAGACCCTGTTAAGGATCCGAAAACCGAAGATGGAGCAACGGTCAAAGAAAAA
CGAAAACGAAAAAGGACAAGAGCTCCAAAGAACAAAGATGAAGTTGAGAATCAAAGGATG
ACTCACATTGCCGTCGAACGTAACCGGAGACGACAAATGAATGAACACTTAAACTCACTT
CGGTCTCTTATGCCTCCACCGTTTCTTCAAAGGGGTGATCAAGCTTCTATCGTGGGAGGA
GCTATAGATTATATCAAGGAACTCGAGCAGCTTTTGCAATCACTAGAAGCTGAGAAACAG
AGAGAAAGGAGCTAGTGAAAACCCTAAAACGGCGTCGTCTTCTTCATCTTCCTCTCGTGC
ATGCACTAACTCTTCTGTTTCGAGCGTATCTCCGACGTCGGAAGATGGGTTTACGGCGAG
ATTTGGCGGCGGAGAGACGGCGGAAGTGGAAGCTACGGTGATACAGAACCATGCGAGCTT
GAAGGTCCGTTGTAAGAGAGGAAGAGGACAGATCTTGAGAGCAATCATCTCCATTGAAAA
CCTAAAGCTATCGATTCTGCATCTCACTATCTCTTCTTCCTTCGACTCTGTCTTCTACTC
TTTCAATCTCAAGATAGAAGATGGGTGTAAGGTACGATCAGCTGATGAGATAACAACAGC
CGTTCATCAGATCTTCGAGCAGATCAATGGTGTAATGATGTGGTCAAATCTTAGTCGAAC
CTTGTTGACTTCTGACTCTTTTTCTCCCTTGTAGTGTGTGTAGCTTTAGGTTACAAAAAG
GAACGTAAAATAAATAATGCCCAAGATTTTTTTTGAGGGTCTTAACCCATGGGTCTTAAC
CAGTTTTTAAATTCCTTTAGCGTTTAAATCAATTTCAGGGTTGTACAATTGAATTTATGG
CCACTTAAAATGTTATTTGCCTGTCAT


BQ
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AF RR3BC57TF U 1
AF RR3BC57JQ C 489
BS 1 830 RR3BC57TF
BS 831 1347 RR3BC57JQ

RD RR3BC57TF 830 0 0
GGATTGTTTTCTCTCCTTTTATATATGTGAAAGCTGCATTTATTAACAACACAATAGAAA
GTATAACCCTCGAAAGGAATGTTTTTGGTTGAGAGGAGAGAGAGAAGACGAAGAAGGAGA
AATTGTTAATTTAAAGACCTATCTGAAGCTGCTAAATCCAATAGAGAAACTCTTAAAGCG
TCAATTGATTCTCATTTAATTATGGAGGGGCTAATGAGATTTGGAGGATTTGAAGAACAT
TTTAGTCAATTTTCAGAAAATGCAATTGACGAGAAGACCCCGTTTCTGCAAATGCTTCAA
TGCATAGAACCCACTTATAGTACCACAGAACCACATCAGATACTCCAGTCACTTCTCCAG
AGCCAAACACTAGAACCAGAGAGCTGTCTCACCCATGAAACCATCAAAAGAGATCCGGGT
CAAGAAGAAGACCCTGTTAAGGATCCGAAAACCGAAGATGGAGCAACGGTCAAAGAAAAA
CGAAAACGAAAAAGGACAAGAGCTCCAAAGAACAAAGATGAAGTTGAGAATCAAAGGATG
ACTCACATTGCCGTCGAACGTAACCGGAGACGACAAATGAATGAACACTTAAACTCACTT
CGGTCTCTTATGCCTCCACCGTTTCTTCAAAGGGGTGATCAAGCTTCTATCGTGGGAGGA
GCTATAGATTATATCAAGGAACTCGAGCAGCTTTTGCAATCACTAGAAGCTGAGAAACAG
AGAGAAAGGAGCTAGTGAAAACCCTAAAACGGCGTCGTCTTCTTCATCTTCCTCTCGTGC
ATGCACTAACTCTTCTGTTTCGAGCGTATCTCCGACGTCGGAAGATGGGT

QA 1 830 1 830
DS 

RD RR3BC57JQ 859 0 0
AAAAAGGACAAGAGCTCCAAAGAACAAAGATGAAGTTGAGAATCAAAGGATGACTCACAT
TGCCGTCGAACGTAACCGGAGACGACAAATGAATGAACACTTAAACTCACTTCGGTCTCT
TATGCCTCCACCGTTTCTTCAAAGGGGTGATCAAGCTTCTATCGTGGGAGGAGCTATAGA
TTATATCAAGGAACTCGAGCAGCTTTTGCAATCACTAGAAGCTGAGAAACAGAGAGAA*G
GAGCTAGTGAAAACCCTAAAACGGCGTCGTCTTCTTCATCTTCCTCTCGTGCATGCACTA
ACTCTTCTGTTTCGAGCGTATCTCCGACGTCGGAAGATGGGTTTACGGCGAGATTTGGCG
GCGGAGAGACGGCGGAAGTGGAAGCTACGGTGATACAGAACCATGCGAGCTTGAAGGTCC
GTTGTAAGAGAGGAAGAGGACAGATCTTGAGAGCAATCATCTCCATTGAAAACCTAAAGC
TATCGATTCTGCATCTCACTATCTCTTCTTCCTTCGACTCTGTCTTCTACTCTTTCAATC
TCAAGATAGAAGATGGGTGTAAGGTACGATCAGCTGATGAGATAACAACAGCCGTTCATC
AGATCTTCGAGCAGATCAATGGTGTAATGATGTGGTCAAATCTTAGTCGAACCTTGTTGA
CTTCTGACTCTTTTTCTCCCTTGTAGTGTGTGTAGCTTTAGGTTACAAAAAGGAACGTAA
AATAAATAATGCCCAAGATTTTTTTTGAGGGTCTTAACCCATGGGTCTTAACCAGTTTTT
AAATTCCTTTAGCGTTTAAATCAATTTCAGGGTTGTACAATTGAATTTATGGCCACTTAA
AATGTTATTTGCCTGTCAT

QA 1 859 1 859
DS 



AS 1 2

CO CL4610Contig1 704 2 2 U
GGACGGTGGTTCTTTGGTATATCGGAGAAAAATTAGGGTTTACCATCGGCGTGGGTTTAC
CAACGGCGAAGCATGGGTACTTCGGTGCAGGTCTCTCCACTGTGCGGAGTGTACAACGAG
AATCCACTCTCCTACTTGGTCTCTATTGATGGCTTCAACTTACTCCTCGACTGTGGTTGG
AACGACCTCTTTGACCCTTCTCTCCTCGAACCTCTCTCCAGGGTTGCTTCTACCATAGAT
GCGGTTTTGCTTTCTCATCCAGATACGCTTCACCTCGGTGCTCTTCCTTATGCTATGAAG
CAGCTGCTCCTCACAAACCAGTACTAGTGGGTGATCTGAAAATGCAAGACTTCAAGCAGT
TTCTGTCAAGCAAAGGAGTTCAGGTAGAGTTTGCAGGTGGAGGAGCTTTACGATGCGGTG
AAAATGTTACTCTAAGGAAGGTCGGTCCAACTGGTCAGAAGGGGGGAGCATCGGGGCCAC
AGCAAATCCTGATAGAAGGACCGTTGTGTGAAGATTATTATAAAATAAGGGACTATCTCT
ATTCTCAGTTTTACCTCCTCTGATGGTGTAACTAGGAGAGAAGATGCAGCTTTTCTTCAT
CTTCTTCTGTTGTTTCCAACACTTGCAACTACTTCAGTGTAATCTTTTTTGTTTTGAATG
ACTCAAGTGTAATCTTTACATAGTCGAGAGCCTTGTCCTTTGAC


BQ
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AF RR3FE65TF U 1
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GCGGTTTTGCTTTCTCATCCAGATACGCTTCACCTCGGTGCTCTTCCTTATGCTATGAAG
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AAAATGTTACTCTAAGGAAGGTCGGTCCAACTGGT

QA 1 455 1 455
DS 

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CAACGGCGAAGCATGGGTACTTCGGTGCAGGTCTCTCCACTGTGCGGAGTGTACAACGAG
AATCCACTCTCCTACTTGGTCTCTATTGATGGCTTCAACTTACTCCTCGACTGTGGTTGG
AACGACCTCTTTGACCCTTCTCTCCTCGAACCTCTCTCCAGGGTTGCTTCTACCATAGAT
GCGGTTTTGCTTTCTCATCCAGATACGCTTCACCTCGGTGCTCTTCCTTATGCTATGAAG
CAGCTGCTCCTCACAAACCAGTACTAGTGGGTGATCTGAAAATGCAAGACTTCAAGCAGT
TTCTGTCAAGCAAAGGAGTTCAGGTAGAGTTTGCAGGTGGAGGAGCTTTACGATGCGGTG
AAAATGTTACTCTAAGGAAGGTCGGTCCAACTGGTCAGAAGGGGGGAGCATCGGGGCCAC
AGCAAATCCTGATAGAAGGACCGTTGTGTGAAGATTATTATAAAATAAGGGACTATCTCT
ATTCTCAGTTTTACCTCCTCTGATGGTGTAACTAGGAGAGAAGATGCAGCTTTTCTTCAT
CTTCTTCTGTTGTTTCCAACACTTGCAACTACTTCAGTGTAATCTTTTTTGTTTTGAATG
ACTCAAGTGTAATCTTTACATAGTCGAGAGCCTTGTCCTTTGAC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL4611Contig1 841 2 4 U
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TCTCTTCAAACACTCAAGTTTTGAAACAACATGACACGCTCCTCTAGATTCCTTGGAACT
GCGACGACGCCGCCGCCGCCACAGCCGGAAGATGTTCTAGCCGCCGAAACCGACATGGTT
GTGATCCTCTCAGCTCTTCTATGCGCTCTCATATGCGTAGCCGGCTTAGGTGTAGCAGCT
CGATGCGCCTGGATCCGCCGTCTCGCCGGCGTTGAATCCTCCGCCGTAGGAGAAACTCCG
CCGCCTAACAAAGGTCTCAAGAAAAAAGCGCTCCAGTCCCTCCCTAAGTCAACCTTCATG
ACCGCGGCAGACTCGCCGAGCTCCTCCTCTGGAGAGGGAGAATCATCCACCGAGTGCGCC
ATATGCTTGACGGAGTTTTCAGATGGAGAAGAGATCAGGATCTTGCCGCTCTGTAGCCGC
TTTCCACGTGGCGTGCATAGACAAATGGTTGGCTTCTCGGTCGTCGTGCCCTTCTTGTCG
TAGAATTTTGGTTCCGGTGAAGTGTGATCGGTGTGGACACCGCGCTTCCACGGCGGAGAC
TCAAGTCAAAGATCAGCCTCCTCCTCATCAACATCCTTCACAGTTCAGTTCCACCATTAT
TCCTGCTTTTCTTCCGTAAAAAAAGTTTTTTTCTTACTTTCTTTATTTTATAATTTGTGA
AAAATAATCGGTCAATAATTAAAGAGCAGTAAAGTAGAGAGGTCTTTTAGTTACTTCGAT
TTTTATCCACTGTAAGACTGTAACGCTATTCTGAATCTGAACCAGTCAGATTCATATTTA
C


BQ
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10 

AF RR3D154TF U 1
AF RR3D154JQ C 139
BS 1 556 RR3D154TF
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BS 589 841 RR3D154JQ

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TCTCTTCAAACACTCAAGTTTTGAAACAACATGACACGCTCCTCTAGATTCCTTGGAACT
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GTGATCCTCTCAGCTCTTCTATGCGCTCTCATATGCGTAGCCGGCTTAGGTGTAGCAGCT
CGATGCGCCTGGATCCGCCGTCTCGCCGGCGTTGAATCCTCCGCCGTAGGAGAAACTCCG
CCGCCTAACAAAGGTCTCAAGAAAAAAGCGCTCCAGTCCCTCCCTAAGTCAACCTTCATG
ACCGCGGCAGACTCGCCGAGCTCCTCCTCTGGAGAGGGAGAATCATCCACCGAGTGCGCC
ATATGCTTGACGGAGTTTTCAGATGGAGAAGAGATCAGGATCTTGCCGCTCTGTAGCCGC
TTTCCACGTGGCGTGCATAGACAAATGGTTGGCTTCTCGGTCGTCGTGCCCTTCTTGTCG
TAGAATTTTGGTTCCG*TGAAGTGTGATCGGTGTGGACACCGCGCTTC

QA 1 588 1 588
DS 

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CTATGCGCTCTCATATGCGTAGCCGGCTTAGGTGTAGCAGCTCGATGCGCCTGGATCCGC
CGTCTCGCCGGCGTTGAATCTTCCGCCGTAGGAGAAACTCCGCCGCCTAACAAAGGTCTC
AAGAAAAAAGCGCTCCAGTCCCTCCCTAAGTCAACCTTCATGACCGCGGCAGACTCGCCG
AGCTCCTCCTCTGGAGAGGGAGAATCATCCACCGAGTGCGCCATATGCTTGACGGAGTTT
TCAGATGGAGAAGAGATCAGGATCTTGCCGCTCTGTAGCCGCTTTCCACGTGGCGTGCAT
AGACAAATGGTTGGCTTCTCGGTCGTCGTGCCCTTCTTGTCGTAGAATTTTGGTTCCGGT
GAAGTGTGATCGGTGTGGACACCGCGCTTCCACGGCGGAGACTCAAGTCAAAGATCAGCC
TCCTCCTCATCAACATCCTTCACAGTTCAGTTCCACCATTATTCCTGCTTTTCTTCCGTA
AAAAAAGTTTTTTTCTTACTTTCTTTATTTTATAATTTGTGAAAAATAATCGGTCAATAA
TTAAAGAGCAGTAAAGTAGAGAGGTCTTTTAGTTACTTCGATTTTTATCCACTGTAAGAC
TGTAACGCTATTCTGAATCTGAACCAGTCAGATTCATATTTAC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL4612Contig1 756 2 4 U
TTTTTACAAGCTTTCTTCTCCACACTACCCTACGTCTTCCCCTCAGGGTAAAAACCAGAT
TGGGGATGTCGTCTAACCTAAGCGTCCACGAGGTTTTCAACAGCTTCAACACTCTCTCGG
AGATTCTCCTCCTCTTACCACCCGAGGAGACATACAAGCTGATCCTCGTCTCGAAGCGTT
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GAGACGAGGTGGAGACCTCTGGTGTACTCAAGAAGCTCGGTTACTACATTGACTCTTCCA
ACGGTGTGCTTCTCTGTGGACGCCATCCGAAAGCTTACTACTTGTGGGATCCTGTGACCA
AGAAGCAGCTTAAGATCCCGCGTCATAGGGTTCATTTCGAGGAGGTGGTTATGTCTTTCC
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CCTTTTATAATGACCAAGTTTCTGCGTTTGCGCTTT


BQ
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AF RR3EY74TF U 1
AF RR3EY74JQ C 191
BS 1 638 RR3EY74TF
BS 639 639 RR3EY74JQ
BS 640 649 RR3EY74TF
BS 650 756 RR3EY74JQ

RD RR3EY74TF 649 0 0
TTTTTACAAGCTTTCTTCTCCACACTACCCTACGTCTTCCCCTCAGGGTAAAAACCAGAT
TGGGGATGTCGTCTAACCTAAGCGTCCACGAGGTTTTCAACAGCTTCAACACTCTCTCGG
AGATTCTCCTCCTCTTACCACCCGAGGAGACATACAAGCTGATCCTCGTCTCGAAGCGTT
GGCTCCAGATCATCTCCAGCCCTTTCTTCCGTCACGCCTACCTCGCCAGATGGAAACCAA
ACTTCCACCTCATCGGCTTCTTCATCTGCAACATCTCCTACGTCGGCAAACAGCACTTGG
AGCGTGTCCGCCGCCCTCGCTCCGAGTCCTCCATGCCTCTGCTCTCCACCAGCAGTTTGG
GAGACGAGGTGGAGACCTCTGGTGTACTCAAGAAGCTCGGTTACTACATTGACTCTTCCA
ACGGTGTGCTTCTCTGTGGACGCCATCCGAAAGCTTACTACTTGTGGGATCCTGTGACCA
AGAAGCAGCTTAAGATCCCGCGTCATAGGGTTCATTTCGAGGAGGTGGTTATGTCTTTCC
GCAGTAAGTAGCTTATGATAATAATCAGTTAGTGTGTAAGCCTCTAATATCATTTTGGTT
GTTATGGCCATTGGATTATGGTTTGTTTACATTAAGGG*CTTTAATGTT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3EY74JQ 566 0 0
CATCTCCAGCCCTTTCTTCCGTCACGCCTACCTCGCCAGATGGAAACCAAACTTCCACCT
CATCGGCTTCTTCATCTGCAACATCTCCTACGTCGGCAAACAGCACTTGGAGCGTGTCCG
CCGCCCTCGCTCCGAGTCCTCCATGCCTCTGCTCTCCACCAGCAGTTTGGGAGACGAGGT
GGAGACCTCTGGTGTACTCAAGAAGCTCGGTTACTACATTGACTCTTCCAACGGTGTGCT
TCTCTGTGGACGCCATCCGAAAGCTTACTACTTGTGGGATCCTGTGACCAAGAAGCAGCT
TAAGATCCCGCGTCATAGGGTTCATTTCGAGGAGGTGGTTATGTCTTTCCGCAGTAAGTA
GCTTATGATAATAATCAGTTAGTGTGTAAGCCTCTAATATCATTTTGGTTGTTATGGCCA
TTGGATTATGGTTTGTTTACATTAAGGGGCTTTAATGTTTTTTTTTTGCTTGACCAATTG
ATGAACCTCTCATGGCCATTGAATTACGGTTTAGCTATTGAAAGATTGTGCCTTTTATAA
TGACCAAGTTTCTGCGTTTGCGCTTT

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 2

CO CL4613Contig1 545 2 2 U
GGAAGCCTTCGGAGAAGAAGAAGGGGTATGTGCTTCCGAGGGCGAAGATGGTGAATGCTG
ATTTGGCGAGGATTATTAACTCTGATGAGGTGCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGG
ATGCCAAGAGGGCTGTGATGAAGAAGAACCCGTTGAAGAATTTGAACGTGATGTTGAAGT
TGAACCCGTATGCTAAGACCGCGAAGAGGATGTCGTTGTTGGCGGAGGAGCAGAGGGTTA
AGGCCAAGAAGGAGAAGCTCGCCAAGAAGAGGAAGACTGTCACCAAGGAGGAGTCTTTGA
AAATCAAGGCAGTAGGGAAGGCCTGGTACCAGACTATGATCTCCGACAGCGACTACACCG
AGTTTGATAACTTCACTAAATGGCTCGGTGCTAGCCAGTAATAATATCTTGTGCTTGAAA
CACCTCCGATGTTTAGAGAAAGATTTTGGTTTTACATTTGTTTCGTCTTTTGTTGTTGGA
ATATTATGCTCAGCTATGAACTCTTTTCTTCATTTGGACCTTGTTTTTATTCAAGTTACT
TTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 10 10 

AF RR3DZ77TF U 1
AF RR3DZ77JQ C 86
BS 1 543 RR3DZ77TF
BS 544 545 RR3DZ77JQ

RD RR3DZ77TF 545 0 0
GGAAGCCTTCGGAGAAGAAGAAGGGGTATGTGCTTCCGAGGGCGAAGATGGTGAATGCTG
ATTTGGCGAGGATTATTAACTCTGATGAGGTGCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGG
ATGCCAAGAGGGCTGTGATGAAGAAGAACCCGTTGAAGAATTTGAACGTGATGTTGAAGT
TGAACCCGTATGCTAAGACCGCGAAGAGGATGTCGTTGTTGGCGGAGGAGCAGAGGGTTA
AGGCCAAGAAGGAGAAGCTCGCCAAGAAGAGGAAGACTGTCACCAAGGAGGAGTCTTTGA
AAATCAAGGCAGTAGGGAAGGCCTGGTACCAGACTATGATCTCCGACAGCGACTACACCG
AGTTTGATAACTTCACTAAATGGCTCGGTGCTAGCCAGTAATAATATCTTGTGCTTGAAA
CACCTCCGATGTTTAGAGAAAGATTTTGGTTTTACATTTGTTTCGTCTTTTGTTGTTGGA
ATATTATGCTCAGCTATGAACTCTTTTCTTCATTTGGACCTTGTTTTTATTCAAGTTACT
TTT
AT

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR3DZ77JQ 460 0 0
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GAACCCGTTGAAGAATTTGAACGTGATGTTGAAGTTGAACCCGTATGCTAAGACCGCGAA
GAGGATGTCGTTGTTGGCGGAGGAGCAGAGGGTTAAGGCCAAGAAGGAGAAGCTCGCCAA
GAAGAGGAAGACTGTCACCAAGGAGGAGTTTTTGAAAATCAAGGCAGTAGGGAAGGCCTG
GTACCAGACTATGATTTCCGACAGGGACTACACCGAGTTTGATAACTTCACTAAATGGCT
CGGTGCTAGCCAGTAATAATATTTTGTGCTTGAAACACCTCCGATGTTTAGAGAAAGATT
TTGGTTTTACATTTGTTTCGTCTTTTGTTGTTGGAATATTATGCTCAGCTATGAACTTTT
TTTTTCATTTGGACCTTGTTTTTATTCAAGTTACTTTTTT

QA 1 460 1 460
DS 



AS 1 2

CO CL4614Contig1 1312 2 2 U
GGGAGTCTTTTGTGTTCTTCTCATCTTCTTCTTTTCTTCTCCTTCACATTTCACATTGAT
TAAAGCTAAAGCTTGGCTGCTTTCTTTCTCTCTCACTCTCTCTCTCTCTCTCACTTTTCT
CGCCGCCGATCCTCTCTTCCTTTGCGTCCATTTTCTCCGAGATTTTCCCCCTACACGAGA
TTATTAGCGTCTCGAGATTGATTGGCGAATGATGAGATGAGGAATCGGTAAATCAAAAAT
CAAATAAAATAAATAATAATCTGCAATGTCGTCGACTTCTTTGCAAACGATTGGTGCGAT
AAAGGCATATCATCATCAAGCGCAGCATTTGGTTAACAACTATCTCTTGGCTGATCCTTT
TATTCCTTACACTTCTATTCTCACCGGCATGTTCCTCTGCAAAGTGGTCTATGATCTTTG
TCACTTCATCAGCAACTCCCATTCCAAGACCTATATCATCCTCACCAAGATTCAACGTAT
CGAATGGAACAACCGTGGTATCTCGACGGTTCATGCTATCTTTATCTCCGCAATGTCGCT
CTACTCTGTCTTCTGGTCCGATCTCTTTTCTGATAGGTGGCACAATGACCTTGTTGTCTT
CCGGAGCTCACGTCTTTCCTCTCTTGGTTTAGGGTTATCCATTGGTTACTTCATTGCTGA
TCTTGGGATGATCTTCTGGAAATACCCTTCTTTGGGTGGACTTGAGTATATTGTGCATCA
CTCGCTCTCGGGGGTAGCTGTTGCCTACTCCTTGTTTTCTGGGGAAGGACAGTTGTATAC
ATACATGGTCCTCATCTCCGAGATTACAACCCCAGAGATCAACTTGAGATGGTACCTGGA
CACAGCTGGTATGAAGAAGTCAATGGCTTATGTTGTCAATGGCGTTTTCATCTTCTTGGC
TTGGCTGGTTGCTAGAATCCTTCTATTCATATACATGTTTTATCATGTCTATCTGCACTA
CAACCAGGTCATGAGGATGCACATCTTCGGATACGTTCTGGTATTTGGGGTACCAGCTGC
GCTTGGTGTCATGAACTTGATATGGTTCGGTAAGATTGTGAGAGGAGTAAAGAAAACATT
AGCAAAGAGATGTGAATGCTGAGAGATTGGTGAGTCTACCTCACAATGTTTCATCACATA
TCATCTTTACTGCTTCTTTCTTCCCTCTGACATGTACGTCTGTCTCTCTAGTGTAAGTAG
TTTTTGTCTGATGGAGGAGAAACGAGAAGAAACAAAAACAAAAACAAAAATGATACTATC
CTCTGACGTCTCTGTAAATGATCAAAAATTATGTCAATTTACGTTTTTCATT


BQ
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AF RR3GJ22TF U 1
AF RR3GJ22JQ C 526
BS 1 760 RR3GJ22TF
BS 761 1312 RR3GJ22JQ

RD RR3GJ22TF 760 0 0
GGGAGTCTTTTGTGTTCTTCTCATCTTCTTCTTTTCTTCTCCTTCACATTTCACATTGAT
TAAAGCTAAAGCTTGGCTGCTTTCTTTCTCTCTCACTCTCTCTCTCTCTCTCACTTTTCT
CGCCGCCGATCCTCTCTTCCTTTGCGTCCATTTTCTCCGAGATTTTCCCCCTACACGAGA
TTATTAGCGTCTCGAGATTGATTGGCGAATGATGAGATGAGGAATCGGTAAATCAAAAAT
CAAATAAAATAAATAATAATCTGCAATGTCGTCGACTTCTTTGCAAACGATTGGTGCGAT
AAAGGCATATCATCATCAAGCGCAGCATTTGGTTAACAACTATCTCTTGGCTGATCCTTT
TATTCCTTACACTTCTATTCTCACCGGCATGTTCCTCTGCAAAGTGGTCTATGATCTTTG
TCACTTCATCAGCAACTCCCATTCCAAGACCTATATCATCCTCACCAAGATTCAACGTAT
CGAATGGAACAACCGTGGTATCTCGACGGTTCATGCTATCTTTATCTCCGCAATGTCGCT
CTACTCTGTCTTCTGGTCCGATCTCTTTTCTGATAGGTGGCACAATGACCTTGTTGTCTT
CCGGAGCTCACGTCTTTCCTCTCTTGGTTTAGGGTTATCCATTGGTTACTTCATTGCTGA
TCTTGGGATGATCTTCTGGAAATACCCTTCTTTGGGTGGACTTGAGTATATTGTGCATCA
CTCGCTCTCGGGGGTAGCTGTTGCCTACTCCTTGTTTTCT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3GJ22JQ 787 0 0
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TGACCTTGTTGTCTTCCGGAGCTCACGTCTTTCCTCTCTTGGTTTAGGGTTATCCATTGG
TTACTTCATTGCTGATCTTGGGATGATCTTCTGGAAATACCCTTCTTTGGGTGGACTTGA
GTATATTGTGCATCACTCGCTCTCGGGGGTAGCTGTTGCCTACTCCTTGTTTTCTGGGGA
AGGACAGTTGTATACATACATGGTCCTCATCTCCGAGATTACAACCCCAGAGATCAACTT
GAGATGGTACCTGGACACAGCTGGTATGAAGAAGTCAATGGCTTATGTTGTCAATGGCGT
TTTCATCTTCTTGGCTTGGCTGGTTGCTAGAATCCTTCTATTCATATACATGTTTTATCA
TGTCTATCTGCACTACAACCAGGTCATGAGGATGCACATCTTCGGATACGTTCTGGTATT
TGGGGTACCAGCTGCGCTTGGTGTCATGAACTTGATATGGTTCGGTAAGATTGTGAGAGG
AGTAAAGAAAACATTAGCAAAGAGATGTGAATGCTGAGAGATTGGTGAGTCTACCTCACA
ATGTTTCATCACATATCATCTTTACTGCTTCTTTCTTCCCTCTGACATGTACGTCTGTCT
CTCTAGTGTAAGTAGTTTTTGTCTGATGGAGGAGAAACGAGAAGAAACAAAAACAAAAAC
AAAAATGATACTATCCTCTGACGTCTCTGTAAATGATCAAAAATTATGTCAATTTACGTT
TTTCATT

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL4615Contig1 809 2 2 U
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ATGGCCCCCCTCTGTACTGTCGCTGCGAATGCTCAGACACAAGGAATAGGGTTTGGATAT
GGAGGTAGGAATGGACCAAACCAATGGGGACACTTAAACCCTCACTACACTGAATGCTCG
GTCGGTAAATTGCAATCTCCAATTGATATCCAAAGGGGACAAACCTTTTACAACAGCACA
TTAGAACCGCTTCACCGCGATTACTACACCACAAATGCAACACTCGTGAACCACGTCTGC
AATGTCGCCATGTTCTTCGCGGAAGGAGCAGGAGATGTGGTAATAAACAATAAGAACTAT
ACCTTATTGCAAATGCATTGGCACACTCCTTCGGAACATCATCTCCATGGTGTCCAATAT
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CTCTTCAAAATCGGCAGTGAAGAGCCTTTCCTCTCTCAGATGAAGGATAAATTAATGAAG
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GAACAAGTAGAACTACTACGTTCTCCATT


BQ
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AF RR3BG48TF U 1
AF RR3BG48JQ C 305
BS 1 744 RR3BG48TF
BS 745 809 RR3BG48JQ

RD RR3BG48TF 744 0 0
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TAAACACACAAGATCAAGAAGAAGATGGTGATGCTGATTGTTAAGCTCTGCCTCTTCGCC
ATGGCCCCCCTCTGTACTGTCGCTGCGAATGCTCAGACACAAGGAATAGGGTTTGGATAT
GGAGGTAGGAATGGACCAAACCAATGGGGACACTTAAACCCTCACTACACTGAATGCTCG
GTCGGTAAATTGCAATCTCCAATTGATATCCAAAGGGGACAAACCTTTTACAACAGCACA
TTAGAACCGCTTCACCGCGATTACTACACCACAAATGCAACACTCGTGAACCACGTCTGC
AATGTCGCCATGTTCTTCGCGGAAGGAGCAGGAGATGTGGTAATAAACAATAAGAACTAT
ACCTTATTGCAAATGCATTGGCACACTCCTTCGGAACATCATCTCCATGGTGTCCAATAT
GCAGCTGAACTACACATGGTACACCAAGCAAAAGATGGAAGCTTTGCTGTGGTAGCAAGC
CTCTTCAAAATCGGCAGTGAAGAGCCTTTCCTCTCTCAGATGAAGGATAAATTAATGAAG
CTAAAGGATGAGAGGCTCAAAGGGAACCAAACAGCACAAGTGGAAGTTGGAAAAATAAAC
ACAAGACACATCGAACGTAAGACTCGAAAGTACTTCAGATACTATGGCTCACTCACCACA
CCTCCTTGTTCCGAAAACGTATCT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3BG48JQ 505 0 0
AACCGCTTCACCGCGATTACTACACCACAAATGCAACACTCGTGAACCACGTCTGCAATG
TCGCCATGTTCTTCGCGGAAGGAGCAGGAGATGTGGTAATAAACAATAAGAACTATACCT
TATTGCAAATGCATTGGCACACTCCTTCGGAACATCATCTCCATGGTGTCCAATATGCAG
CTGAACTACACATGGTACACCAAGCAAAAGATGGAAGCTTTGCTGTGGTAGCAAGCCTCT
TCAAAATCGGCAGTGAAGAGCCTTTCCTCTCTCAGATGAAGGATAAATTAATGAAGCTAA
AGGATGAGAGGCTCAAAGGGAACCAAACAGCACAAGTGGAAGTTGGAAAAATAAACACAA
GACACATCGAACGTAAGACTCGAAAGTACTTCAGATACTATGGCTCACTCACCACACCTC
CTTGTTCCGAAAACGTATCTTGGACCATTCTTGGCAAGGTGAGGTCAATGTCAAAGGAAC
AAGTAGAACTACTACGTTCTCCATT

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 2

CO CL4616Contig1 791 2 7 U
GGTATCTTTGCACTTCGTATCTATCTCCAAAACCCTTCTCTCTCTTCGCTCCGTTTCCTC
TCTCTTCCCCCGCGTGTGAAACCTAAGAGAAAAACCATGACTAAGAATAACAACCACAAC
GAGGAAGAGGAGTTCATCAGCTTCGGACACAACCTGAACACGAAGATACGTTTTGAAGAT
GCTGATGAAGACGAAGTCGCAGAAGGCTCTGGTCTGGAAGCCGGCCAAGATGAATCCATG
TGCGACGCAGGAGAGAGCAACGATGCAGCTGAAGTCACTGATGATACCACCAGCGCCGAT
TACTACTTCGATTCCTACTCTCACTTCGGAATTCATGAAGAGATGTTGAAGGATGTAGTG
AGAACAAAGACTTACCAGAATGTAATTTACCAAAACAAGTTTCTCATCAAGGACAAAATT
GTTCTTGATGTTGGAGCTGGGACAGGAATCTTGTCTCTCTTCGGTGCCAAGGCTGGAGCT
AAACATGTCTATGCTGTTGAGTGTTCTCAAATGGCTGACATGGCAAAGGAGATTGTTAAA
GCCAATGGCTTTTCTGATGTGATAACGGTTTTGAAAGGGAAGATTGAGGAGATAGAGCTT
CCCACTCCTAAAGTGGATGTGATTATATCTGAATGGATGGGTTACTTTTTGTTGTTTGAA
AACATGTTGGACAGTGTCCTCTACGCTCGTAATAAATGGCTTGTTGATGGCGGGATTGTG
CTGCCAGACAAAGCCTCTCTGTTTCTTACAGCAATTGAGGATCAGAGTATAAGAGACAAA
TTGATTTTGGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E344TF U 1
AF RR3DB23TF U 1
BS 1 69 RR3DB23TF
BS 70 70 RR3E344TF
BS 71 462 RR3DB23TF
BS 463 463 RR3E344TF
BS 464 759 RR3DB23TF
BS 760 760 RR3E344TF
BS 761 791 RR3DB23TF

RD RR3E344TF 777 0 0
GGA
ATCTTTGCACTTCGTATCTATCTCCAAAACCCTTCTCTCTCTTCGCTCCGTTTCCTCTCT
CTTCCCCCGCGTGTGAAACCTAAGAGAAAAACCATGACTAAGAGTAACAACCACAACGAG
GAAGAGGAGTTCATCAGCTTCGGACACAACCTGAACACGAAGATACGTTTTGAAGATGCT
GATGAAGACGAAGTCGCAGAAGGCTCTGGTCTGGAAGCCGGCCAAGATGAATCCATGTGC
GACGCAGGAGAGAGCAACGATGCAGCTGAAGTCACTGATGATACCACCAGCGCCGATTAC
TACTTCGATTCCTACTCTCACTTCGGAATTCATGAAGAGATGTTGAAGGATGTAGTGAGA
ACAAAGACTTACCAGAATGTAATTTACCAAAACAAGTTTCTCATCAAGGACAAAATTGTT
CTTGATGTTGGAGCTGGGACAGGAATCTTGTCTCTCTTCGGTGCCAAGGCTGGAGCTAAA
CATGTCTATGCTGTTGAGTGTTCTCAAATGGCTGACATGGCAAAGGAGATTGTTAAAGCC
AATGGCTTTTCTGATGTGATAACGGTTTTGAAAGGGAAGATTGAGGAGATAGAGCTTCCC
ACTCCTAAAGTGGATGTGATTATATCTGAATGGATGGGTTACTTTTTGTTGTTTGAAAAC
ATGTTGGACAGTGTCCTCTACGCTCGTAATAAATGGCTTGTTGATGGCGGGATTGTGCTG
CCAGACAAAGCCTCTCTGTTTCTTACAGCAATTGAGGATCAGAGTATAA
AGAAG

QA 4 772 4 772
DS 

RD RR3DB23TF 791 0 0
GGTATCTTTGCACTTCGTATCTATCTCCAAAACCCTTCTCTCTCTTCGCTCCGTTTCCTC
TCTCTTCCCTCGCGTGTGAAACCTAAGAGAAAAACCATGACTAAGAATAACAACCACAAC
GAGGAAGAGGAGTTCATCAGCTTCGGACACAACCTGAACACGAAGATACGTTTTGAAGAT
GCTGATGAAGACGAAGTCGCAGAAGGCTCTGGTCTGGAAGCCGGCCAAGATGAATCCATG
TGCGACGCAGGAGAGAGCAACGATGCAGCTGAAGTCACTGATGATACCACCAGCGCCGAT
TACTACTTCGATTCCTACTCTCACTTCGGAATTCATGAAGAGATGTTGAAGGATGTAGTG
AGAACAAAGACTTACCAGAATGTAATTTACCAAAACAAGTTTCTCATCAAGGACAAAATT
GTTCTTGATGTTGGAGCTGGGACAGGAATCTTGTCTCTCTTCTGTGCCAAGGCTGGAGCT
AAACATGTCTATGCTGTTGAGTGTTCTCAAATGGCTGACATGGCAAAGGAGATTGTTAAA
GCCAATGGCTTTTCTGATGTGATAACGGTTTTGAAAGGGAAGATTGAGGAGATAGAGCTT
CCCACTCCTAAAGTGGATGTGATTATATCTGAATGGATGGGTTACTTTTTGTTGTTTGAA
AACATGTTGGACAGTGTCCTCTACGCTCGTAATAAATGGCTTGTTGATGGCGGGATTGTG
CTGCCAGACAAAGCCTCTCTGTTTCTTACAGCAATTGAG*ATCAGAGTATAAGAGACAAA
TTGATTTTGGA

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL4617Contig1 1043 2 2 U
GCACCACAAAGCAGCTCATTAAAGATCTAAAGAAGACGGATGCAGTTTTCCACATTGGAG
ACATCTGCTATGCAAACGGATACCTCTCACAGTGGGATCAGTTCACAGCTCAGATTGAGC
CTATCGCTTCCACTGTTCCGTACATGATTGCAAGTGGAAACCACGAGCGTGACTGGCCTG
ACTCTGGATCTTTTTACCAGGGTTTAGACTCTGGAGGAGAATGCGGTGTGCCAGCTGAGA
CGATGTTCTATGTTCCCGCTGAGAACAGAGCTAAGTTCTGGTACTCTAGTGACTATGGGA
TGTTTAGGTTCTGTGTGGCTGACACAGAACATGACTGGAGAGAAGGGACTTAGCAATACA
AGTTTATCGAGCAGTGCTTAGCGTCAGTAGATAGAAAAACACAGCCGTGGCTGATATTCT
TAGTCCACCGCGTGCTCGGTTACTCCCCCACGTCTTTCTATGCGGAAGAAGGCTCTTTTG
GAGAACCGATGGGGAGAGATAGTCTTCAGAAGTTATGGCAGAAGTATAAAGTCGACATTG
CAATCTATGGACATGCACATAACTATGAGAGAACATGCCCTGTTTATCAGAGCGTATGCA
GGAGTAGTGAGAAAGCTGATTACAAGGGTACATTTAATGGGACGATTCATATTGTTGCTG
GAGGTGCAGGAGCTGGTCTTGCTGAGTTCTCCGATCTCCAACCGAACTGGAGTCTGGTCA
GAGACTACGACTATGGATTCCTTAAACTTACAGCGGTTGATTACTCTAGTCTTCTGTTCG
ATACGAAGAGCAGTGACGGAAGAGTCCATGGTTCGTTCAAGATATCAAGAGATTACAGAG
ACGTCTTGGCTTGTGCTGTTGATAGTTGCCCTGCCACTACACTTGCTTCTTAAAGAAAGA
AGAGAGCATCTATCTTGCAACTTCATGATTACACATCAATTATAGTTACTGGCAAATGCT
AAAAAGCAAGAATCATTTAATAATTTGATGATTCTATGATTGTTTCTCAAGTATTACACA
TGAGAATCTTGATGAGATTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GE75TF U 1
AF RR3GE75JQ C 299
BS 1 740 RR3GE75TF
BS 741 1043 RR3GE75JQ

RD RR3GE75TF 742 0 0
GCACCACAAAGCAGCTCATTAAAGATCTAAAGAAGACGGATGCAGTTTTCCACATTGGAG
ACATCTGCTATGCAAACGGATACCTCTCACAGTGGGATCAGTTCACAGCTCAGATTGAGC
CTATCGCTTCCACTGTTCCGTACATGATTGCAAGTGGAAACCACGAGCGTGACTGGCCTG
ACTCTGGATCTTTTTACCAGGGTTTAGACTCTGGAGGAGAATGCGGTGTGCCAGCTGAGA
CGATGTTCTATGTTCCCGCTGAGAACAGAGCTAAGTTCTGGTACTCTAGTGACTATGGGA
TGTTTAGGTTCTGTGTGGCTGACACAGAACATGACTGGAGAGAAGGGACTTAGCAATACA
AGTTTATCGAGCAGTGCTTAGCGTCAGTAGATAGAAAAACACAGCCGTGGCTGATATTCT
TAGTCCACCGCGTGCTCGGTTACTCCCCCACGTCTTTCTATGCGGAAGAAGGCTCTTTTG
GAGAACCGATGGGGAGAGATAGTCTTCAGAAGTTATGGCAGAAGTATAAAGTCGACATTG
CAATCTATGGACATGCACATAACTATGAGAGAACATGCCCTGTTTATCAGAGCGTATGCA
GGAGTAGTGAGAAAGCTGATTACAAGGGTACATTTAATGGGACGATTCATATTGTTGCTG
GAGGTGCAGGAGCTGGTCTTGCTGAGTTCTCCGATCTCCAACCGAACTGGAGTCTGGTCA
GAGACTACGACTATGGATTC
TT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3GE75JQ 745 0 0
GATGTTTAGGTTCTGTGTGGCTGACACAGAACATGACTGGAGAGAAGGGACTTAGCAATA
CAAGTTTATCGAGCAGTGCTTAGCGTCAGTAGATAGAAAAACACAGCCGTGGCTGATATT
CTTAGTCCACCGCGTGCTCGGTTACTCCCCCACGTCTTTCTATGCGGAAGAAGGCTCTTT
TGGAGAACCGATGGGGAGAGATAGTCTTCAGAAGTTATGGCAGAAGTATAAAGTCGACAT
TGCAATCTATGGACATGCACATAACTATGAGAGAACATGCCCTGTTTATCAGAGCGTATG
CAGGAGTAGTGAGAAAGCTGATTACAAGGGTACATTTAATGGGACGATTCATATTGTTGC
TGGAGGTGCAGGAGCTGGTCTTGCTGAGTTCTCCGATCTCCAACCGAACTGGAGTCTGGT
CAGAGACTACGACTATGGATTCCTTAAACTTACAGCGGTTGATTACTCTAGTCTTCTGTT
CGATACGAAGAGCAGTGACGGAAGAGTCCATGGTTCGTTCAAGATATCAAGAGATTACAG
AGACGTCTTGGCTTGTGCTGTTGATAGTTGCCCTGCCACTACACTTGCTTCTTAAAGAAA
GAAGAGAGCATCTATCTTGCAACTTCATGATTACACATCAATTATAGTTACTGGCAAATG
CTAAAAAGCAAGAATCATTTAATAATTTGATGATTCTATGATTGTTTCTCAAGTATTACA
CATGAGAATCTTGATGAGATTTTGG

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL4618Contig1 1081 2 2 U
GGGGGAGAGAAGAAATCCATCTTCTTGATCTGATTTGATTGCACATGTTAATCACTGAGT
GTCTGAGAGGATAGGATGAAGGGTGGTGGTGATGATGTCGGAGATTCGTCAGGGCCTTTG
GATTGGAGATTCTCTCAGGTTTTCGGTGAACGCAGCTTGGTGAAGAAGTTCAAGAAGTTG
ATATAATATCAGCGATTGAGTTTGATAAATCGGGTGACCATCTTGCTACTGGGGACCGTG
AGGGCGTGTTGTTCTGTTCGAGAGGACAGATTCCAAAAATGCTAGTGGAGGTAGAAAGGA
TCTCGAAGGAACAGACTATCCAGTGAGACACCCGGAGTTTCGTTATAAAACTGATTTTCA
AAGTCATGAACCTGAGTTTGATTACCTCAAGAGTTTGGAGATAGAGGAGAAGATCAACAA
AATTAGATGGTCACAAGCAGCGAACGGTGCTCTCTTTCTCCTTTCAACGAATGATAAAAC
CATCAAGTTTTGGAAGGTTCAAGAGAAGAAGATGAAGAAAATTTGTGACATTAATACGGA
TTCTTCAACAACTCTAGGAAATGGAAGTGTCCCAAGCTCAACTAATTCAAAAGTTACAGA
TTCATGCCTCACTAACGGAGGATTGCATGACAACTATTTAAGTAATGACTACTCGTTTCC
GCCAGGAGGCATCCCTTCGCTGCAGTTACCTGCGGTGACTACTAGCCATGAGACTAGCCC
TGTGTCTAGATGTAGAAGAGTGTTGTCTTAGTGGGGACGGGTTGCGAGTAGCTACCGGTT
CTTATAGCAATCTCTTCCGTGTATTTGGTGTTTCCCCGGGAAGTACTGAAACTACAACCT
TGGAAGCAAGCAGAAACCCAATGAGGAGACAAGTCACAACACCCGCGAGGCCATCAAGAC
CATCGTTAAGCAGTATAACACGCGTGGTTAGAAGAGGAGCAGAGAGTCCTGTAAATGGCG
ATGGGAATGGTAATAATTCTTTTGACCATACAACCAAGTTGCTGCATCTCGCATGGCATC
CAACAGAGAACTCCATAGCTTGCGCTGCGGCCAACAGTTTGTACATGTACTATGCTTGAG
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3G481TF U 1
AF RR3G481JQ C 288
BS 1 716 RR3G481TF
BS 717 1081 RR3G481JQ

RD RR3G481TF 716 0 0
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GTCTGAGAGGATAGGATGAAGGGTGGTGGTGATGATGTCGGAGATTCGTCAGGGCCTTTG
GATTGGAGATTCTCTCAGGTTTTCGGTGAACGCAGCTTGGTGAAGAAGTTCAAGAAGTTG
ATATAATATCAGCGATTGAGTTTGATAAATCGGGTGACCATCTTGCTACTGGGGACCGTG
AGGGCGTGTTGTTCTGTTCGAGAGGACAGATTCCAAAAATGCTAGTGGAGGTAGAAAGGA
TCTCGAAGGAACAGACTATCCAGTGAGACACCCGGAGTTTCGTTATAAAACTGATTTTCA
AAGTCATGAACCTGAGTTTGATTACCTCAAGAGTTTGGAGATAGAGGAGAAGATCAACAA
AATTAGATGGTCACAAGCAGCGAACGGTGCTCTCTTTCTCCTTTCAACGAATGATAAAAC
CATCAAGTTTTGGAAGGTTCAAGAGAAGAAGATGAAGAAAATTTGTGACATTAATACGGA
TTCTTCAACAACTCTAGGAAATGGAAGTGTCCCAAGCTCAACTAATTCAAAAGTTACAGA
TTCATGCCTCACTAACGGAGGATTGCATGACAACTATTTAAGTAATGACTACTCGTTTCC
GCCAGGAGGCATCCCTTCGCTGCAGTTACCTGCGGTGACTACTAGCCATGAGACTA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3G481JQ 794 0 0
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AAACTGATTTTCAAAGTCATGAACCTGAGTTTGATTACCTCAAGAGTTTGGAGATAGAGG
AGAAGATCAACAAAATTAGATGGTCACAAGCAGCGAACGGTGCTCTCTTTCTCCTTTCAA
CGAATGATAAAACCATCAAGTTTTGGAAGGTTCAAGAGAAGAAGATGAAGAAAATTTGTG
ACATTAATACGGATTCTTCAACAACTCTAGGAAATGGAAGTGTCCCAAGCTCAACTAATT
CAAAAGTTACAGATTCATGCCTCACTAACGGAGGATTGCATGACAACTATTTAAGTAATG
ACTACTCGTTTCCGCCAGGAGGCATCCCTTCGCTGCAGTTACCTGCGGTGACTACTAGCC
ATGAGACTAGCCCTGTGTCTAGATGTAGAAGAGTGTTGTCTTAGTGGGGACGGGTTGCGA
GTAGCTACCGGTTCTTATAGCAATCTCTTCCGTGTATTTGGTGTTTCCCCGGGAAGTACT
GAAACTACAACCTTGGAAGCAAGCAGAAACCCAATGAGGAGACAAGTCACAACACCCGCG
AGGCCATCAAGACCATCGTTAAGCAGTATAACACGCGTGGTTAGAAGAGGAGCAGAGAGT
CCTGTAAATGGCGATGGGAATGGTAATAATTCTTTTGACCATACAACCAAGTTGCTGCAT
CTCGCATGGCATCCAACAGAGAACTCCATAGCTTGCGCTGCGGCCAACAGTTTGTACATG
TACTATGCTTGAGG

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

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ACAGTCCTTATGCTGGTGGTGTTTTCCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCGGATTACCCTT
TCAAGCCTCCTAAGGTTGCCTTTAGGACGAAGGTGTTCCATCCCAACATCAACAGCAATA
GAAGCATCTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAATGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGG
TGCTCTTGTCGATCTGTTCTTTGTTAACCGATCCAAACCCGGATGATCCTTTGGTGCCTG
AGATAGCTCATATGTACAAGACTGACAAGAACAAGTATGAGTCCACTGCACGGAGCTGGA
CTCAGAAGTATGCCATGGGCTGAAAAGGATAAGGGATCCCAAATCCACTAAACGATCTCT
TTTTATGCG


BQ
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AF RR3GZ43JQ C 1
AF RR3GZ43TF U 1
BS 1 429 RR3GZ43TF

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ACAGTCCTTATGCTGGTGGTGTTTTCCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCGGATTACCCTT
TCAAGCCTCCTAAGGTTGCCTTTAGGACGAAGGTGTTCCATCCCAACATCAACAGCAATA
GAAGCATCTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAATGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGG
TGCTCTTGTCGATCTGTTCTTTGTTAACCGATCCAAACCCGGATGATCCTTTGGTGCCTG
AGATAGCTCATATGTACAAGACTGACAAGAACAAGTATGAGTCCACTGCACGGAGCTGGA
CTCAGAAGTATGCCATGGGCTGAAAAGGATAAGGGATCCCAAATCCACTAAACGATCTCT
TTTTATGCG

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR3GZ43TF 429 0 0
GCGCAGGACCTGTTGCTGAAGACATATTTCATTGGCAGGCAACGATAATGGGTCCTTCCG
ACAGTCCTTATGCTGGTGGTGTTTTCCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCGGATTACCCTT
TCAAGCCTCCTAAGGTTGCCTTTAGGACGAAGGTGTTCCATCCCAACATCAACAGCAATA
GAAGCATCTGCCTCGACATCTTGAAGGAGCAATGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGG
TGCTCTTGTCGATCTGTTCTTTGTTAACCGATCCAAACCCGGATGATCCTTTGGTGCCTG
AGATAGCTCATATGTACAAGACTGACAAGAACAAGTATGAGTCCACTGCACGGAGCTGGA
CTCAGAAGTATGCCATGGGCTGAAAAGGATAAGGGATCCCAAATCCACTAAACGATCTCT
TTTTATGCG

QA 1 429 1 429
DS 



AS 1 2

CO CL4620Contig1 1046 2 10 U
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TAAATTGAATATCGGCGAAGTCACTCTTTTGAAGGGTCGTGTGAACACTAAAGAGGTCTT
TGGATTGCCTAATTCGGATTTGGTTCCTGGAGTATATGAAGGTGGGCTTAAGCTTTGGGA
AGGATCTATAGATCTTGTCAAAGCTCTTGAAAAGGAGTCACAAACTGGGAACATATCATT
CCCTGGAAAACGGGTCCTCGAGCTTGGATGTGGTCATACACTTCCAGGAATCTATGCGCG
TCTCAAGGGTGCGGATCCAGTTCATTTCCAAGACTTCAATGCTGAGGTCCTTCGATGTCT
CACCATTCCCAATCTGAATGCTAATCTCTCCCAGAAGCCTCCGTCTGATTCAGTAGGTGA
TAGAGAAGTACGCTTCTTTGCTGGTGAGTGGAGTGAAGTTCATCAGCTTCTTCCACTTGT
TAATGATGGTGAGACTGAGAAGAAGGGTGGTTATGACATCATTCTAATGGCTGAGACTAT
TTATTCCATCTCTGCTCAGAAAAGTCTCTATGAACTGATCAAAAGGTGCTTGGCCTATCC
TGATGGAGCAGTGTACATGGCTGCAAAGAAGTACTATTTCGGGGTTGGTGGAGGGACAAG
GCAGTTCCTGTCTATGATTGAGAAAGACGGCGTTCTTGCTTCAACCTTGGTGTCTGAAGT
CACAGATGGCTCCTCAAATGTCAGAGAGGTATGGAAGCTTTCGTACAAGTCCTAGTTCAT
CCGGGATTCAACATCGCTCTCTAGTTCAACGATTCATCAAGTTTTGTGGTTTTTCGTTTG
TGGTGCTCATCAAAATTAAGAAAACTCAAAATCTCCTCTATGTTAAACTTACAGATTATG
TTATTATTATCAACTTGGCATCCCAC


BQ
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AF RR3BV25TF U 1
AF RR3BV25JQ C 299
BS 1 626 RR3BV25TF
BS 627 627 RR3BV25JQ
BS 628 693 RR3BV25TF
BS 694 694 RR3BV25JQ
BS 695 705 RR3BV25TF
BS 706 706 RR3BV25JQ
BS 707 746 RR3BV25TF
BS 747 747 RR3BV25JQ
BS 748 763 RR3BV25TF
BS 764 1046 RR3BV25JQ

RD RR3BV25TF 767 0 0
GGAGCTGCTGCCGAAGGTTTCATCGATGGCGACGTTTCAGCTTTTCTCTTCTTCGAACGA
TAAGTCATCATCCCAAGGTTTAGGGTTCTTCGATTCACCAGAACCACCTCGTCCTCCACC
GCCTCCTCCTGTTGAAGTATTCTCCTCCGAAGTGTCTTCCTCCGTTGCTTTCACAGTTGA
TAAATTGAATATCGGCGAAGTCACTCTTTTGAAGGGTCGTGTGAACACTAAAGAGGTCTT
TGGATTGCCTAATTCGGATTTGGTTCCTGGAGTATATGAAGGTGGGCTTAAGCTTTGGGA
AGGATCTATAGATCTTGTCAAAGCTCTTGAAAAGGAGTCACAAACTGGGAACATATCATT
CCCTGGAAAACGGGTCCTCGAGCTTGGATGTGGTCATACACTTCCAGGAATCTATGCGCG
TCTCAAGGGTGCGGATCCAGTTCATTTCCAAGACTTCAATGCTGAGGTCCTTCGATGTCT
CACCATTCCCAATCTGAATGCTAATCTCTCCCAGAAGCCTCCGTCTGATTCAGTAGGTGA
TAGAGAAGTACGCTTCTTTGCTGGTGAGTGGAGTGAAGTTCATCAGCTTCTTCCACTTGT
TAATGATGGTGAGACTGAGAAGAAGG*TGGTTATGACATCATTCTAATGGCTGAGACTAT
TTATTCCATCTCTGCTCAGAAAAGTCTCTATGA*CTGATCAAAAG*TGCTTGGCCTATCC
TGATGGAGCAGTGTACATGGCTGCAA*GAAGTACTATTTCGGG
TGGT

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3BV25JQ 748 0 0
GAAGGATCTATAGATCT*GTCAAAGCTCTTGAAAAGGAGTCACAAACTGGGAACATATCA
TTCCCTGGAAAACGGGTCCTCGAGCTTGGATGTGGTCATACACTTCCAGGAATCTATGCG
CGTCTCAAGGGTGCGGATCCAGTTCATTTCCAAGACTTCAATGCTGAGGTCCTTCGATGT
CTCACCATTCCCAATCTGAATGCTAATCTCTCCCAGAAGCCTCCGTCTGATTCAGTAGGT
GATAGAGAAGTACGCTTCTTTGCTGGTGAGTGGAGTGAAGTTCATCAGCTTCTTCCACTT
GTTAATGATGGTGAGACTGAGAAGAAGGGTGGTTATGACATCATTCTAATGGCTGAGACT
ATTTATTCCATCTCTGCTCAGAAAAGTCTCTATGAACTGATCAAAAGGTGCTTGGCCTAT
CCTGATGGAGCAGTGTACATGGCTGCAAAGAAGTACTATTTCGGGGTTGGTGGAGGGACA
AGGCAGTTCCTGTCTATGATTGAGAAAGACGGCGTTCTTGCTTCAACCTTGGTGTCTGAA
GTCACAGATGGCTCCTCAAATGTCAGAGAGGTATGGAAGCTTTCGTACAAGTCCTAGTTC
ATCCGGGATTCAACATCGCTCTCTAGTTCAACGATTCATCAAGTTTTGTGGTTTTTCGTT
TGTGGTGCTCATCAAAATTAAGAAAACTCAAAATCTCCTCTATGTTAAACTTACAGATTA
TGTTATTATTATCAACTTGGCATCCCAC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL4621Contig1 642 2 3 U
GAGCCTATTTTCGCATTTGTCGAAAAACAAGCGCAGCTAGGTTTCCTGACAGTGACTTGG
TAACCAAGGAATTCGAAATCAGGTTCCCTGGAATTAGGTCACCGTACAAAGTCAACGTTT
TCAGAACAGTTTTCCGGTCTTGTTTTGTGGTTTTGACCACTGTGATATCTATGCTTATGC
CGTTTTTTAACGACGTCGTGGGAATATTGGGAGCATTAGCGTTTTGGCCTTTGACGGTTT
ATTTTCCCGTGGAGATGTATATAAAACAGAGGAAAGTTGAGAGGGGGAGTATGAAGTGGG
TTTGTCTGCAAATGCTGAGCTGTGGTTGTTTGGTGGTTACAGTGGTTGCCGGAGTTGGCT
CAGCCGTCGGGGTAATGCTTGATCTTAAGGTTTACAAGCCATTCAAGACTACTTATTAAA
CAAAAGGGTACCATGACCGATGATCATGAAGAAAAGGGAGGAAAGAAACAAACGATCATA
TACAATATTTGATCGTCGAAACTGATACATATTTCATTTTGATGAAATGTGAATAATGTT
AAAGCTTCTTTGTTTTTTTTTAATCTTTACGTAATTCATTTTACATATCATATGTTATGA
ATTTATAATCGACGTGAAGTTTGTTAATTTTGATTTGTTGCC


BQ
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AF RR3FL22TF U 1
AF RR3FL22JQ C 197
BS 1 202 RR3FL22TF
BS 203 203 RR3FL22JQ
BS 204 642 RR3FL22TF

RD RR3FL22TF 642 0 0
GAGCCTATTTTCGCATTTGTCGAAAAACAAGCGCAGCTAGGTTTCCTGACAGTGACTTGG
TAACCAAGGAATTCGAAATCAGGTTCCCTGGAATTAGGTCACCGTACAAAGTCAACGTTT
TCAGAACAGTTTTCCGGTCTTGTTTTGTGGTTTTGACCACTGTGATATCTATGCTTATGC
CGTTTTTTAACGACGTCGTGGGGATATTGGGAGCATTAGCGTTTTGGCCTTTGACGGTTT
ATTTTCCCGTGGAGATGTATATAAAACAGAGGAAAGTTGAGAGGGGGAGTATGAAGTGGG
TTTGTCTGCAAATGCTGAGCTGTGGTTGTTTGGTGGTTACAGTGGTTGCCGGAGTTGGCT
CAGCCGTCGGGGTAATGCTTGATCTTAAGGTTTACAAGCCATTCAAGACTACTTATTAAA
CAAAAGGGTACCATGACCGATGATCATGAAGAAAAGGGAGGAAAGAAACAAACGATCATA
TACAATATTTGATCGTCGAAACTGATACATATTTCATTTTGATGAAATGTGAATAATGTT
AAAGCTTCTTTGTTTTTTTTTAATCTTTACGTAATTCATTTTACATATCATATGTTATGA
ATTTATAATCGACGTGAAGTTTGTTAATTTTGATTTGTTGCC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3FL22JQ 446 0 0
CGTGGGAATATTGGGAGCATTAGCGTTTTGGCCTTTGACGGTTTATTTTCCCGTGGAGAT
GTATATAAAACAGAGGAAAGTTGAGAGGGGGAGTATGAAGTGGGTTTGTCTGCAAATGCT
GAGCTGTGGTTGTTTGGTGGTTACAGTGGTTGCCGGAGTTGGCTCAGCCGTCGGGGTAAT
GCTTGATCTTAAGGTTTACAAGCCATTCAAGACTACTTATTAAACAAAAGGGTACCATGA
CCGATGATCATGAAGAAAAGGGAGGAAAGAAACAAACGATCATATACAATATTTGATCGT
CGAAACTGATACATATTTCATTTTGATGAAATGTGAATAATGTTAAAGCTTCTTTGTTTT
TTTTTAATCTTTACGTAATTCATTTTACATATCATATGTTATGAATTTATAATCGACGTG
AAGTTTGTTAATTTTGATTTGTTGCC

QA 1 446 1 446
DS 



AS 1 2

CO CL4622Contig1 798 2 6 U
GAGCATCAGGAACAGGAACTATTGTCACAGTACCTACACTCTTGGTTATTACCACCATCA
GTACTCTGTTTCGTCTCCGAGATCTGTCGTTTCCCGAAGATTCCATGACTTCAGATTAGA
TAATCAACAGCCTCATTACTTGGATTCGTGTTTCCTCTGCAAGAAACCGCTTCTTAACAG
AGATATCTACATGTACAGAGGAGACACACTGTTTTGTAGTGAAGACTGTAGACAAGAACA
GATAGAGAGAGATGAAGCAGAAGAGAAGAGAAAGAATCTGTCTTATTCGGTGAAATCAGC
AATGAGGAGAAAAGAGCAACGAAGCTCCTCTTCTTCTCCGACCAGATCTGGTAGTTATGC
TTTTCACAACGGACCTGTTGCTGCTGCTTGAAGTTCCGAATCTGATGTTGAGTTTGAAAA
CTATATAATAATAATGATTAGGTTTAAAGGGAAGAAGAAAAAACAAGAGATTGTCTCTGA
ACGTTTGGAAGTCTCTTGAGATCTTTTTTTAAATCTAAAAGATCAGTTTACTTTCTCATT
AAGTTTTCAGGGAAAGGAGAAAGCTAAAGATCCTTTTTTTAAACTCCTTGAAAATGCATC
AACTTTAAAAAAAAGTTTTGGGAGTTTGAGAAGAGACAAACTGTAAATGCATGTATGAAA
TTAATGTCCATGCCATGCTTTGAGTAAATGTTTTGATTTCTTTTGGGTAAGAAAAAGTAG
ATACTGTATGTGACATAAAATGACATGTTCATTGTTCAATTCAACCATGAGAAGTATGAG
AACTTGTGTAAGTTGATG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG14TF U 1
AF RR3FG14JQ C 574
BS 1 687 RR3FG14TF
BS 688 688 RR3FG14JQ
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BS 716 716 RR3FG14JQ
BS 717 758 RR3FG14TF
BS 759 798 RR3FG14JQ

RD RR3FG14TF 774 0 0
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GTACTCTGTTTCGTCTCCGAGATCTGTCGTTTCCCGAAGATTCCATGACTTCAGATTAGA
TAATCAACAGCCTCATTACTTGGATTCGTGTTTCCTCTGCAAGAAACCGCTTCTTAACAG
AGATATCTACATGTACAGAGGAGACACACTGTTTTGTAGTGAAGACTGTAGACAAGAACA
GATAGAGAGAGATGAAGCAGAAGAGAAGAGAAAGAATCTGTCTTATTCGGTGAAATCAGC
AATGAGGAGAAAAGAGCAACGAAGCTCCTCTTCTTCTCCGACCAGATCTGGTAGTTATGC
TTTTCACAACGGACCTGTTGCTGCTGCTTGAAGTTCCGAATCTGATGTTGAGTTTGAAAA
CTATATAATAATAATGATTAGGTTTAAAGGGAAGAAGAAAAAACAAGAGATTGTCTCTGA
ACGTTTGGAAGTCTCTTGAGATCTTTTTTTAAATCTAAAAGATCAGTTTACTTTCTCATT
AAGTTTTCAGGGAAAGGAGAAAGCTAAAGATCCTTTTTTTAAACTCCTTGAAAATGCATC
AACTTTAAAAAAAAGTTTTGGGAGTTTGAGAAGAGACAAACTGTAAATGCATGTATGAAA
TTAATGTCCATGCCATGCTTTGAGTAA*TGTTTTGATTTCTTTTGGGTAAGAAAA*GTAG
ATACTGTATGTGACATAAAATGACATGTTCATTGTTCA
TTCACCATGAGAAGTA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3FG14JQ 225 0 0
TTTTTTTAAACTCCTTGAAAATGCATCAACTTTAAAAAAAAGTTTTGGGAGTTTGGGAAG
GGACAAACTGTAAATGCATGTATGAAATTAATGTCCATGCCATGCTTTGAGTAAATGTTT
TGATTTTTTTTGGGTAAGAAAAAGTAGATACTGTATGTGACATAAAATGACATGTTCATT
GTTCAATTCAACCATGAGAAGTATGAGAACTTGTGTAAGTTGATG

QA 1 225 1 225
DS 



AS 1 2

CO CL4623Contig1 907 2 4 U
GTTCTCTGGCGTATTGCAAGGAAAGCCATTCCAGTTAGTGCTAATCTAGCTACTCGGGGC
TTTCCTACATTCCCATGTAAACTCTGCGGTGGTATAGAAGACGACCTCCACACCTTCCTC
CTATGTCCTGTGGCCCAGGAGGTGTGGACGTTGGCTCCTCTCACTCCGCAACCTCAGGTG
TTAATACCTTCCATTTATCACATCATCAAGGCGGGAGCTCAGTTTATTCCTCTACCTCCT
ATTGGTCTTACTTACCCTTTATGGCCTTGGATACTTTGGCGACTTTGGAAGGCTAGAAAC
GGATTGGTTTTTGAAAACAGAACCACGACCGCGCAGGAGATCCTATCTATGGCGATCAAG
GACGCAAAAGAATGGCAAGATGCTCAAGGGATTAGTGCACAAAAGACAACCACGAGTAGC
AATAGGCTTCCTGTCTTACCCTCTTTTGAAAATGAGAGCCTGGTTTGTTTTGTTGATGCT
GCTTGGGATCCTGCTACTGGATGTTGTGGAATTGCAGGTTTTTTCAAAGGACAGACGCAA
GAGAAACACCCTGACTTCAAGGAGGCACGAAGGCACGTCGACTCGGCTCTTACGGCGGAA
GCCTTAGCGGTGCGGAAGGCAGTGATGGAAGCCTACATTTCTAACGCTGCGTCGCTCCTG
GTGTTATCGGACTCTCAAGTCCTGGTTAAGATCATTCAGACTAGGAGCTCAAGAAAGGAG
CTAAACAACATTCTCTCGGATATTTGGCATTTTAGCAGTCGTCTTACTGCTTGCTCGTTT
TTACACATTCCTCGCTTATGTAATGTAGAGGCTGATTCAGTGGCAAAGTCAGTTCTCGTT
TCTGTAAACTCAACCTCCCCACGAGGAGGCTAAACCTTTTATTTTGCAATGCAATCGTAG
TTTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H263TF U 1
AF RR3H263JQ C 258
BS 1 704 RR3H263TF
BS 705 705 RR3H263JQ
BS 706 717 RR3H263TF
BS 718 907 RR3H263JQ

RD RR3H263TF 726 0 0
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TTTCCTACATTCCCATGTAAACTCTGCGGTGGTATAGAAGACGACCTCCACACCTTCCTC
CTATGTCCTGTGGCCCAGGAGGTGTGGACGTTGGCTCCTCTCACTCCGCAACCTCAGGTG
TTAATACCTTCCATTTATCACATCATCAAGGCGGGAGCTCAGTTTATTCCTCTACCTCCT
ATTGGTCTTACTTACCCTTTATGGCCTTGGATACTTTGGCGACTTTGGAAGGCTAGAAAC
GGATTGGTTTTTGAAAACAGAACCACGACCGCGCAGGAGATCCTATCTATGGCGATCAAG
GACGCAAAAGAATGGCAAGATGCTCAAGGGATTAGTGCACAAAAGACAACCACGAGTAGC
AATAGGCTTCCTGTCTTACCCTCTTTTGAAAATGAGAGCCTGGTTTGTTTTGTTGATGCT
GCTTGGGATCCTGCTACTGGATGTTGTGGAATTGCAGGTTTTTTCAAAGGACAGACGCAA
GAGAAACACCCTGACTTCAAGGAGGCACGAAGGCACGTCGACTCGGCTCTTACGGCGGAA
GCCTTAGCGGTGCGGAAGGCAGTGATGGAAGCCTACATTTCTAACGCTGCGTCGCTCCTG
GTGTTATCGGACTCTCAAGTCCTGGTTAAGATCATTCAGACTAG*AGCTCAAGAAAG
AGCTAAAAA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3H263JQ 650 0 0
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CAGAACCACGACCGCGCAGGAGATCCTATTTATGGCGATCAAGGACGCAAAAGAATGGCA
AGATGCTCAAGGGATTAGTGCACAAAAGACAACCACGAGTAGCAATAGGCTTCCTGTCTT
ACCCTCTTTTGAAAATGAGAGCCTGGTTTGTTTTGTTGATGCTGCTTGGGATCCTGCTAC
TGGATGTTGTGGAATTGCAGGTTTTTTCAAAGGACAGACGCAAGAGAAACACCCTGACTT
CAAGGAGGCACGAAGGCACGTCGACTCGGCTCTTACGGCGGAAGCCTTAGCGGTGCGGAA
GGCAGTGATGGAAGCCTACATTTCTAACGCTGCGTCGCTCCTGGTGTTATCGGACTCTCA
AGTCCTGGTTAAGATCATTCAGACTAGGAGCTCAAGAAAGGAGCTAAACAACATTCTCTC
GGATATTTGGCATTTTAGCAGTCGTCTTACTGCTTGCTCGTTTTTACACATTCCTCGCTT
ATGTAATGTAGAGGCTGATTCAGTGGCAAAGTCAGTTCTCGTTTCTGTAAACTCAACCTC
CCCACGAGGAGGCTAAACCTTTTATTTTGCAATGCAATCGTAGTTTGACC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL4624Contig1 847 2 1 U
GGATTGGAGGTGCTTTATAACTTTTATAATTTAAGAGAAAAAAAAACTGAAAGTAAACAA
ACAAAAAATTTAAAAATCTTACAAAAGACTAATTAATCTTATCTAAACATAATGACACCA
AAAACATTTTCTTAAACTTAACACTCAAAAATCACATTTTGTACTTTATTAAAAAAAATC
ACATTTTGTAATGCTTGAGAAGCCTATTGGCTTCCCTTAAACCACTATAGTAAGCACCAT
GAGTTGTGGAGTAATGTGTTCTATGTGTTGCTTCTCCTGCAAACAAGACTTGAAGCTCAC
GAACCTCGGCTTGATCATGACACTTGACCTGACCACCCTTCTTGTTAACCCTTGGCAATG
GCTCAGCCATGGCATCTAGGTCATCACCACTTGACCCCACCGCCACATAAGAATACGACC
CTCGGAACAGAGGATCTCCTCCCCATTCGCTCTTCAAGACCTTTGTGATTCTCAAGACTT
CTTCATCATTACCATTCACATAGCCATTTACCAAGGGCTTAGCATCAGTGTCCTTTTTCA
CTTCCTTGCCTGTCAAGCAAGAGATAGTTGTCAAGACACCATCTATAATCTCCTCATCGG
CTAGTTTCTCAAGCTCGAGCGCTTCTTTGCCTGCGAACCAAGAAAGCAAGACCTTTGAAT
TGCTATGGATTGGCGCTATAGTCGCCGTTCTCCTCATCCACCAAGGGATTCTCACGAACC
TAAACTCGGAATCCTCCGGTTCAAACACAAGCTGCAGAGATGGGAAGTTTCTTTCAGACA
CTTCCACAAAGAGCTTGTTGACAACACCATAACCTAACCTCTTGATAGCGTCTGATTTGA
ACTCAGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BU13JQ U 1
AF RR3AH51JQ U 1
BS 1 847 RR3AH51JQ

RD RR3BU13JQ 443 0 0
GGATTGGAGGTGCTTTATAACTTTTATAATTTAAGAGAAAAAAAAACTGAAAGTAAACAA
ACAAAAAATTTAAAAATCTTACAAAAGACTAATTAATCTTATCTAAACATAATGACACCA
AAAACATTTTCTTAAACTTAACACTCAAAAATCACATTTTGTACTTTATTAAAAAAAATC
ACATTTTGTAATGCTTGAGAAGCCTATTGGCTTCCCTTAAACCACTATAGTAAGCACCAT
GAGTTGTGGAGTAATGTGTTCTATGTGTTGCTTCTCCTGCAAACAAGACTTGAAGCTCAC
GAACCTCGGCTTGATCATGACACTTGACCTGACCACCCTTCTTGTTAACCCTTGGCAATG
GGTCAGCCATGGCATCTAGGTCATCACCACTTGACCCCACCGCCACATAAGAATACGACC
CTCGGAACAGAGGATCTCCTCCC

QA 1 443 1 443
DS 

RD RR3AH51JQ 847 0 0
GGATTGGAGGTGCTTTATAACTTTTATAATTTAAGAGAAAAAAAAACTGAAAGTAAACAA
ACAAAAAATTTAAAAATCTTACAAAAGACTAATTAATCTTATCTAAACATAATGACACCA
AAAACATTTTCTTAAACTTAACACTCAAAAATCACATTTTGTACTTTATTAAAAAAAATC
ACATTTTGTAATGCTTGAGAAGCCTATTGGCTTCCCTTAAACCACTATAGTAAGCACCAT
GAGTTGTGGAGTAATGTGTTCTATGTGTTGCTTCTCCTGCAAACAAGACTTGAAGCTCAC
GAACCTCGGCTTGATCATGACACTTGACCTGACCACCCTTCTTGTTAACCCTTGGCAATG
GCTCAGCCATGGCATCTAGGTCATCACCACTTGACCCCACCGCCACATAAGAATACGACC
CTCGGAACAGAGGATCTCCTCCCCATTCGCTCTTCAAGACCTTTGTGATTCTCAAGACTT
CTTCATCATTACCATTCACATAGCCATTTACCAAGGGCTTAGCATCAGTGTCCTTTTTCA
CTTCCTTGCCTGTCAAGCAAGAGATAGTTGTCAAGACACCATCTATAATCTCCTCATCGG
CTAGTTTCTCAAGCTCGAGCGCTTCTTTGCCTGCGAACCAAGAAAGCAAGACCTTTGAAT
TGCTATGGATTGGCGCTATAGTCGCCGTTCTCCTCATCCACCAAGGGATTCTCACGAACC
TAAACTCGGAATCCTCCGGTTCAAACACAAGCTGCAGAGATGGGAAGTTTCTTTCAGACA
CTTCCACAAAGAGCTTGTTGACAACACCATAACCTAACCTCTTGATAGCGTCTGATTTGA
ACTCAGG

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 2

CO CL4625Contig1 905 2 4 U
GCCGCAGTCAAAGTCTACAGAGAAAAGTACCAGGCGATTCAGAAAGGTAAAATCGGTATA
GCCTTAAACACGGTATGGCACTACCCTTACTCAGATTCACAAGCTGACAAATTAGCTGCG
GCGCGGGCCACGGCGTTCACCTTCGACTACTTCTTGGAGCCAATCGTCTATGGTAGATAC
CCGGCCGACATGGTCAATTATGTGAAAGGCGGTCGTCTTCCTACATTCACACCAGAAGAG
TCCTCCATGCTCAAAGGATCGTATGATTTCGTTGGCGTTAACTATTACTCATCTTTTTAC
GTCAGAGATGTGCCGTGCGCAACTGAAAACATCACTATGAACACTGATTCTTGCGTCAGC
ATCGCAGGTGAGCGAAATGGAGTGCCTATCGGTCCAACGGCTGGGTCGGATTGGCTTTTG
ATATACCCTGAGGGTATTCGTGATCTTCTACTACATGCCAAACTCAAATTCAATGATCCC
GCCTTGTACATAACAGAAAACGGAGTGGATGAAGCTAGCATTGGAGAAATCTTTCTTAAT
GATGACTTGAGAATTGACTACTACGCTAATCACCTAAAGATGGCTAGCGATGCAATCTTG
ATGGGGGTGAATGTGAAAGGATATTTTGCATGGTCGTTGATGGACAATTTCGAATGGTCG
GAAGGATACACCGTTCGGTTTGGACTAGTGTTTGTGGACTTTGAAGATGGACGTAAGAGG
TATCTGAAGAAATCAGCTAAGTGGTTTAGGAGATTGTTGAAGGGAGAGTAAATGGGACGA
GCCAGAAGGTGGCTGCTATTTAATAATTCATGAGCTATTTATCAAATATTGATGTATTCT
ACTATTTTTACAAGTACCGTTCCTTGTCGATACGCAGAAAATAAAGTTGGAGGGGGATTT
GTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3EP19TF U 1
AF RR3EP19JQ C 224
BS 1 619 RR3EP19TF
BS 620 620 RR3EP19JQ
BS 621 656 RR3EP19TF
BS 657 905 RR3EP19JQ

RD RR3EP19TF 656 0 0
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GCCTTAAACACGGTATGGCACTACCCTTACTCAGATTCACAAGCTGACAAATTAGCTGCG
GCGCGGGCCACGGCGTTCACCTTCGACTACTTCTTGGAGCCAATCGTCTATGGTAGATAC
CCGGCCGACATGGTCAATTATGTGAAAGGCGGTCGTCTTCCTACATTCACACCAGAAGAG
TCCTCCATGCTCAAAGGATCGTATGATTTCGTTGGCGTTAACTATTACTCATCTTTTTAC
GTCAGAGATGTGCCGTGCGCAACTGAAAACATCACTATGAACACTGATTCTTGCGTCAGC
ATCGCAGGTGAGCGAAATGGAGTGCCTATCGGTCCAACGGCTGGGTCGGATTGGCTTTTG
ATATACCCTGAGGGTATTCGTGATCTTCTACTACATGCCAAACTCAAATTCAATGATCCC
GCCTTGTACATAACAGAAAACGGAGTGGATGAAGCTAGCATTGGAGAAATCTTTCTTAAT
GATGACTTGAGAATTGACTACTACGCTAATCACCTAAAGATGGCTAGCGATGCAATCTTG
ATGGGGGTGAATGTGAAAG*ATATTTTGCATGGTCGTTGATGGACAATTTCGAATG

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3EP19JQ 682 0 0
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ATTACTCATCTTTTTACGTCAGAGATGTGCCGTGCGCAACTGAAAACATCACTATGAACA
CTGATTCTTGCGTCAGCATCGCAGGTGAGCGAAATGGAGTGCCTATCGGTCCAACGGCTG
GGTCGGATTGGCTTTTGATATACCCTGAGGGTATTCGTGATCTTCTACTACATGCCAAAC
TCAAATTCAATGATCCCGCCTTGTACATAACAGAAAACGGAGTGGATGAAGCTAGCATTG
GAGAAATCTTTCTTAATGATGACTTGAGAATTGACTACTACGCTAATCACCTAAAGATGG
CTAGCGATGCAATCTTGATGGGGGTGAATGTGAAAGGATATTTTGCATGGTCGTTGATGG
ACAATTTCGAATGGTCGGAAGGATACACCGTTCGGTTTGGACTAGTGTTTGTGGACTTTG
AAGATGGACGTAAGAGGTATCTGAAGAAATCAGCTAAGTGGTTTAGGAGATTGTTGAAGG
GAGAGTAAATGGGACGAGCCAGAAGGTGGCTGCTATTTAATAATTCATGAGCTATTTATC
AAATATTGATGTATTCTACTATTTTTACAAGTACCGTTCCTTGTCGATACGCAGAAAATA
AAGTTGGAGGGGGATTTGTTCG

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL4626Contig1 1045 2 2 U
GCTATGAGCCTAGGATAGTTCCAATGTCTCAAAGGTCAGTAGGTGAGGAGCCTATTACCT
TGGGTCCTCAAGGTGGTCTTGGTCAAGGAATGTCGTTTAGAAAGCCTGCAGTAGGGTCAA
ATTCTGATCCTAGGCGACCAGCTGGAGGTTTGAATGGTGTTGGCTCACAAAGACCTGCAA
GTCCTGTTACTCACGGACGGTCAAGTCCTCAAGAGCGGGGATCAGCTTATGTTCACAGGG
AGTTTGCAAGTCTGTCTCGTGCTTCTGAACCGTCATCAGAAGTGCCATCTGCTAGGCAAG
TACCGCAAGGACCATCGGCAGCAGTGAACATCCCTCAGGAACGGTTACAAGATATGTCCT
TATCTGCCATTAAGGAATATTACAGTGCCCGAGATGAGAAGGAGATTGGTTTATGCATAA
AAGACATGAATTCACCAGCTTTCCACCCAACAATGATTTCTCTGTGGGTTACTGATTCTT
TTGAGAGAAAAGACAAAGAAAGAGATCTCTTAGCAAAGCTCCTTGTTAACCTTGTGAAAT
CTGCTGACAACGACTTAACCGGAGCCGAACTAGTGAAAGGGTTTGAAACCGTTTTGACGA
CACTGGAGGATGCTGTGAATGATGCTCCAAAAGCAGCAGAGTTTCTAGGCAAAATCTTCG
GTAAAAGTGTGACTGAGAATGTAGTGACATTGGCACAGATTGGTCGGTTAATACTTGAAG
GAGGAGAAGAACCAGGAAGTCTGATGGAGTTTGGGTTAGGAGGTGATGTTCTTGGGAGTG
TTTTGGAGACAATAAAGTCAGAAGCAGGAGAAGAAGCTTTTGTTGAGATTCAAAGGAGCT
CAGGTCTGAGGATTGAAGATTTCAAACCTCCTGCACCTAACAGGTTTAAGATATTAGATA
AATTACTTAGGAATCCAAAAATGTACGGAGCCATCTTTTGACCGTTCTGTTGCTCTGTCT
CTCTTTTTTTTTCAAGTGCTTCAACAAACTAATCTGTTAAAAAAGGAGATTCTCTATTTT
ATTTATTATAATATCAAAACCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B356TF U 1
AF RR3B356JQ C 292
BS 1 751 RR3B356TF
BS 752 1045 RR3B356JQ

RD RR3B356TF 751 0 0
GCTATGAGCCTAGGATAGTTCCAATGTCTCAAAGGTCAGTAGGTGAGGAGCCTATTACCT
TGGGTCCTCAAGGTGGTCTTGGTCAAGGAATGTCGTTTAGAAAGCCTGCAGTAGGGTCAA
ATTCTGATCCTAGGCGACCAGCTGGAGGTTTGAATGGTGTTGGCTCACAAAGACCTGCAA
GTCCTGTTACTCACGGACGGTCAAGTCCTCAAGAGCGGGGATCAGCTTATGTTCACAGGG
AGTTTGCAAGTCTGTCTCGTGCTTCTGAACCGTCATCAGAAGTGCCATCTGCTAGGCAAG
TACCGCAAGGACCATCGGCAGCAGTGAACATCCCTCAGGAACGGTTACAAGATATGTCCT
TATCTGCCATTAAGGAATATTACAGTGCCCGAGATGAGAAGGAGATTGGTTTATGCATAA
AAGACATGAATTCACCAGCTTTCCACCCAACAATGATTTCTCTGTGGGTTACTGATTCTT
TTGAGAGAAAAGACAAAGAAAGAGATCTCTTAGCAAAGCTCCTTGTTAACCTTGTGAAAT
CTGCTGACAACGACTTAACCGGAGCCGAACTAGTGAAAGGGTTTGAAACCGTTTTGACGA
CACTGGAGGATGCTGTGAATGATGCTCCAAAAGCAGCAGAGTTTCTAGGCAAAATCTTCG
GTAAAAGTGTGACTGAGAATGTAGTGACATTGGCACAGATTGGTCGGTTAATACTTGAAG
GAGGAGAAGAACCAGGAAGTCTGATGGAGTT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3B356JQ 754 0 0
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ATATGTCCTTATCTGCCATTAAGGAATATTACAGTGCCCGAGATGAGAAGGAGATTGGTT
TATGCATAAAAGACATGAATTCACCAGCTTTCCACCCAACAATGATTTCTCTGTGGGTTA
CTGATTCTTTTGAGAGAAAAGACAAAGAAAGAGATCTCTTAGCAAAGCTCCTTGTTAACC
TTGTGAAATCTGCTGACAACGACTTAACCGGAGCCGAACTAGTGAAAGGGTTTGAAACCG
TTTTGACGACACTGGAGGATGCTGTGAATGATGCTCCAAAAGCAGCAGAGTTTCTAGGCA
AAATTTTCGGTAAAAGTGTGACTGAGAATGTAGTGACATTGGCACAGATTGGTCGGTTAA
TACTTGAAGGAGGAGAAGAACCAGGAAGTCTGATGGAGTTTGGGTTAGGAGGTGATGTTC
TTGGGAGTGTTTTGGAGACAATAAAGTCAGAAGCAGGAGAAGAAGCTTTTGTTGAGATTC
AAAGGAGCTCAGGTCTGAGGATTGAAGATTTCAAACCTCCTGCACCTAACAGGTTTAAGA
TATTAGATAAATTACTTAGGAATCCAAAAATGTACGGAGCCATCTTTTGACCGTTCTGTT
GCTCTGTCTCTCTTTTTTTTTCAAGTGCTTCAACAAACTAATCTGTTAAAAAAGGAGATT
CTCTATTTTATTTATTATAATATCAAAACCTTCC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL4627Contig1 766 2 1 U
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ATCCCGCTTAGCATCGTTCATCAATGTGGTTCACCCTGTAAAGAAGACCCGAATAGCTGG
TCTGTTGCTCCTGGGATACCGTTCTCTCCTTTTCCACCTCTACCACCTGTTCCTCACGGT
GAGTTTTTCGCTAAGAGAAATGGAACAGTCTGTCCCTCCTCCATGGGAAACCCGGGTTGC
TCCAGTGAGATCAAGCACTCCGGTTGGAACATCTCAGGTGTTACAGGGACTGTCTCAGCC
TCTCCAAACCGGAAGAGAGAGTTTTCATCTGATATAGGAACAAGTTACTTTCGGCAACAG
AAACAGAGCGTTCCTCCATGGATGCGGAACAACAACGGTTGGGAGAAAACAGCAAACATC
CCTATACCTGAGGCATCTAACTTTAGAGAAGAAGATCAACAATCAAGAAAATCTTGACTT
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ATTGGTTGGTTAATTTGGCTCAGAGAAAAGAAAGTCCCCTTTGAGGGGAATCATATGCTT
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BQ
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AF RR3B840JQ C 1
AF RR3B840TF U 1
BS 1 766 RR3B840TF

RD RR3B840JQ 766 0 0
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TCTGTTGCTCCTGGGATACCGTTCTCTCCTTTTCCACCTCTACCACCTGTTCCTCACGGT
GAGTTTTTCGCTAAGAGAAATGGAACAGTCTGTCCCTCCTCCATGGGAAACCCGGGTTGC
TCCAGTGAGATCAAGCACTCCGGTTGGAACATCTCAGGTGTTACAGGGACTGTTTCAGCC
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TAGAGAAGTGTACACATTCCATGAAAGCTCAGCTCTTGAGGAGAATTACAGTGATGATTG
ATTGGTTGGTTAATTTGGCTCAGAGAAAAGAAAGTCCCCTTTGAGGGGAATCATATGCTT
TTT*CTACCCTTTTTAAGTATATTCTAAATTCTTTTGTTTTATGACCAAAAAAAAGCCAA
AAAGTAAAAACCTTCATCTATAAATTAAAATTCACATTTCAATGTAAGATCAAATCACAT
TCTTTATTCACATTACAAACTTCTTTAAATAATATTGCTTGGTAGC

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3B840TF 766 0 0
GGCGCAGTCACCGGACAGCCACAAGCAAAGTTTCTTTCTCGACTAACAGTCTCCTATGGG
ATCCCGCTTAGCATCGTTCATCAATGTGGTTCACCCTGTAAAGAAGACCCGAATAGCTGG
TCTGTTGCTCCTGGGATACCGTTCTCTCCTTTTCCACCTCTACCACCTGTTCCTCACGGT
GAGTTTTTCGCTAAGAGAAATGGAACAGTCTGTCCCTCCTCCATGGGAAACCCGGGTTGC
TCCAGTGAGATCAAGCACTCCGGTTGGAACATCTCAGGTGTTACAGGGACTGTCTCAGCC
TCTCCAAACCGGAAGAGAGAGTTTTCATCTGATATAGGAACAAGTTACTTTCGGCAACAG
AAACAGAGCGTTCCTCCATGGATGCGGAACAACAACGGTTGGGAGAAAACAGCAAACATC
CCTATACCTGAGGCATCTAACTTTAGAGAAGAAGATCAACAATCAAGAAAATCTTGACTT
TAGAGAAGTGTACACATTCCATGAAAGCTCAGCTCTTGAGGAGAATTACAGTGATGATTG
ATTGGTTGGTTAATTTGGCTCAGAGAAAAGAAAGTCCCCTTTGAGGGGAATCATATGCTT
TTTTCTACCCTTTTTAAGTATATTCTAAATTCTTTTGTTTTATGACCAAAAAAAAGCCAA
AAAGTAAAAACCTTCATCTATAAATTAAAATTCACATTTCAATGTAAGATCAAATCACAT
TCTTTATTCACATTACAAACTTCTTTAAATAATATTGCTTGGTAGC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL4628Contig1 805 2 3 U
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AAAGACATGTCTCTTCTCGTTTTCTTCCTCTTCACCATCCTTGTCTTTTCAAGTTCATCT
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TTGCCAAGCAAGATTGGCATCAACTACGGTAGACAAGGAAACAACCTTCCATCTCCATAC
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CCAGAGAGTCTAACACTCCTCTCTCAAACCAATCTTTACGTCACCATAACCGTTCCAAAC
CACCTAATCACTTCCATCAGCACCAACCAAACCACAGCTGAAGATTGGGTCCAAACCAAC
ATCATCCCTTACTACCCACAAACCCATATCCGGTTTGTCCTTGTCGGAAACGAAATCCTC
TCCGTCGAAGAGAGGAGGAACATAACAGCAAACGTCGTACCGGCCATGCGCAAAATAGTG
ACTTCTCTAAGAGCACATGGCATTCACAACATCAAAGTCGGGACAGCTTTAGATATGGAT
TCTCTCCGATCAACGTTTCCGCCGTCGAACTCAACTTTCCGGGAGGATATCGCCGAATCG
TTGATGTTTCCGTTGCTGAAGTTTCTCAACGGAACGAACTCTTACTTCTTTATCAACCTT
CATCCTTACTTGCGTTGGTCAGAAACCTATGAACACGAGTTTGGATATGCTCTGTTTCAG
AACTCACTTATACGATCCTCAAACG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB30TF U 32
AF RR3BM90TF U 1
BS 1 202 RR3BM90TF
BS 203 203 RR3HB30TF
BS 204 805 RR3BM90TF

RD RR3HB30TF 443 0 0
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TCACCATCCTTGTCTTTTCAAGTTCATCTTGCTCCGCGACTCGGTTCCAGCATCAGCATA
GGTACATGCAGAGGAAAATAACGCTAGACTTGCCAAGCAAGATTGGCATCAACTACGGTA
GACAAGGAAACAACCTTCCATCTCCATACCAATCCATCAACTTCATCAAATCTATCAAAG
CTGGTCATGTCAAGCTCTACGACGCGGATCCAGAGAGTCTAACACTCCTCTCTCAAACCA
ATCTTTACGTCACCATAACCGTTCCAAACCACCTAATCACTTCCATCAGCACCAACCAAA
CCACATCTGAAGATTGGGTCCAAACCAACATCATCCCTTACTACCCACAAACCCATATCC
GGTTTGTCCTTGTCGGAAAC
AAA

QA 1 440 1 440
DS 

RD RR3BM90TF 805 0 0
GGACCATTCCCACTCAAATCACAATTTGATCACCACCAACACACTGCCAACCAAACACAA
AAAGACATGTCTCTTCTCGTTTTCTTCCTCTTCACCATCCTTGTCTTTTCAAGTTCATCT
TGCTCCGCGACTCGGTTCCAGCATCAGCATAGGTACATGCAGAGGAAAATAACGCTAGAC
TTGCCAAGCAAGATTGGCATCATCTACGGTAGACAAGGAAACAACCTTCCATCTCCATAC
CAATCCATCAACTTCATCAAATCTATCAAAGCTGGTCATGTCAAGCTCTACGACGCGGAT
CCAGAGAGTCTAACACTCCTCTCTCAAACCAATCTTTACGTCACCATAACCGTTCCAAAC
CACCTAATCACTTCCATCAGCACCAACCAAACCACAGCTGAAGATTGGGTCCAAACCAAC
ATCATCCCTTACTACCCACAAACCCATATCCGGTTTGTCCTTGTCGGAAACGAAATCCTC
TCCGTCGAAGAGAGGAGGAACATAACAGCAAACGTCGTACCGGCCATGCGCAAAATAGTG
ACTTCTCTAAGAGCACATGGCATTCACAACATCAAAGTCGGGACAGCTTTAGATATGGAT
TCTCTCCGATCAACGTTTCCGCCGTCGAACTCAACTTTCCGGGAGGATATCGCCGAATCG
TTGATGTTTCCGTTGCTGAAGTTTCTCAACGGAACGAACTCTTACTTCTTTATCAACCTT
CATCCTTACTTGCGTTGGTCAGAAACCTATGAACACGAGTTTGGATATGCTCTGTTTCAG
AACTCACTTATACGATCCTCAAACG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL4629Contig1 446 2 1 U
GGGAAAAGAAGATCGGAGATGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGG
ATGACTTACATTACCTACTCAAACATTTGTGCGAATCTCGTGAGGAACTGTCTCAAGGAG
CCTTTCAAAGCTGAAGCCCTTAATCGCGAGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCT
TGCGGAAAGCCTGAGAAACCAATTCTGCGTCCTGACACACCTGGAGTTTGAGATTTTTTT
AGTGTTTCGATATCAAGTTTGAGGTTAATAATGGTGAGGAATGCAAGATATTATGTACTC
TGCAACATTTTCCTTCTTTTGACTTTAAGATTGTTAACAATGGAGTTCGAGTGAGAGAGA
GTGACCTCATTCCTATCTTGAAACTTTTTTTTTTTGAAAATGGCTTCCAAATTAAAGAGC
AAAAATAAAAAAAGTTTACTATCTTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AC64JQ C 1
AF RR3AC64TF U 1
BS 1 446 RR3AC64TF

RD RR3AC64JQ 446 0 0
GGGAAAAGAAGATCGGAGATGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTTTGGAGAGCGGCGGGG
ATGACTTACATTACCTACTCAAACATTTGTGCGAATCTCGTGAGGAACTGTCTCAAGGAG
CCTTTCAAAGCTGAAGCCCTTAATCGCGAGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCT
TGCGGAAAGCCTGAGAAACCAATTTTGCGTCCTGACACACCTGGAGTTTGAGATTTTTTT
AGTGTTTCGATATCAAGTTTGAGGTTAATAATGGTGAGGAATGCAAGATATTATGTACTT
TGCAACATTTTCCTTCTTTTGACTTTAAGATTGTTAACAATGGAGTTCGAGTGAGAGAGA
GTGACCTCATTCCTATCTTGAAACTTTTTTTTTTTGAAAATGGCTTCCAAATTAAAGAGC
AAAAATAAAAAAAGTTTACTATCTTG

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3AC64TF 446 0 0
GGGAAAAGAAGATCGGAGATGGCATCGACGGCGGCGGTTCCGTTCTGGAGAGCGGCGGGG
ATGACTTACATTACCTACTCAAACATTTGTGCGAATCTCGTGAGGAACTGTCTCAAGGAG
CCTTTCAAAGCTGAAGCCCTTAATCGCGAGAAGGTTCATTTCTCGCTCTCCAAATGGGCT
TGCGGAAAGCCTGAGAAACCAATTCTGCGTCCTGACACACCTGGAGTTTGAGATTTTTTT
AGTGTTTCGATATCAAGTTTGAGGTTAATAATGGTGAGGAATGCAAGATATTATGTACTC
TGCAACATTTTCCTTCTTTTGACTTTAAGATTGTTAACAATGGAGTTCGAGTGAGAGAGA
GTGACCTCATTCCTATCTTGAAACTTTTTTTTTTTGAAAATGGCTTCCAAATTAAAGAGC
AAAAATAAAAAAAGTTTACTATCTTG

QA 1 446 1 446
DS 



AS 1 2

CO CL4630Contig1 949 2 2 U
GGGGTTTCGGAACGCAAAAAAAGTTGTGGATTGGTAGAGAGGAGAATGGAGACGGAGAAG
GAGAAGCTAGAGAGAGTCGGACCATTGGAGGAGCCGTTGATGAAAAACATCGTACCAGAG
GAGGAGTCGCTATCATTGTCAGATACTGATAGCGAGATACCAGATTCTCCCGTTCCCATC
AACGCTCCGATCTACCGTATCTTTGGAAGAGAACGTCCGATCCACATGGTTCTCGGCGGA
GGTGAACCTGCTGATGTGTTGCTATGGAGGGACAAGAAGGTAACCGCGGGATTAGTGGGT
GCAGTGACTGTGATCTGGCTCTTGTTTGGGTTCGGTCATTGTCGTCTTCTTACATTTGTT
TGTCGTGGATCCATCCTCTTTCTGCTTCTTTCGTTCGTCTGGTCCAATGCCCTCAACAGA
TCTTCTGAGAAGATAATGGAGATTTACATACCTGAGAAGCCATTACTCCAAGCTGCTTCT
GCATTGACCTTTGAGATTAACTGTGCTTTTGCAACCTTGAGGAGCATTGCCTTAGAGAGA
GACATCAAGAACTTTGCACTGGTAGTCATAGGACTTTGGCTCGTATCTATCATCGGAAAG
CTGGTTCAGCTTCTTGTCATTGCTCTACATCTGTTTCTTATTGATTCACACGGTGCCGAA
GCTGTATGAGAAGTATGAAGATGAGATTGATCCAATTGCTGAGAAGGCTGTGATTGAGAT
GAAGAAGCATTTCCAAGTATTCGAAGCCAAGGTTTTAAGTAAGATAAATCATTAGCAATT
CTACTCAAAATAATCGAAATTGAGTTAGTTTCGGTTACCTTAGTTTAGTTCATTTATTTA
TTTATTCCTTCCTCTGTTCATGTGCTTTTGGTTACTTCCTACTCAAGATAAAGTTCTGCA
AACGTTGGCCCTTACATAGCTATAGACATTTAATGGGAATATTCAAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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AF RR3GF44TF U 1
AF RR3GF44JQ C 200
BS 1 638 RR3GF44TF
BS 639 949 RR3GF44JQ

RD RR3GF44TF 638 0 0
GGGGTTTCGGAACGCAAAAAAAGTTGTGGATTGGTAGAGAGGAGAATGGAGACGGAGAAG
GAGAAGCTAGAGAGAGTCGGACCATTGGAGGAGCCGTTGATGAAAAACATCGTACCAGAG
GAGGAGTCGCTATCATTGTCAGATACTGATAGCGAGATACCAGATTCTCCCGTTCCCATC
AACGCTCCGATCTACCGTATCTTTGGAAGAGAACGTCCGATCCACATGGTTCTCGGCGGA
GGTGAACCTGCTGATGTGTTGCTATGGAGGGACAAGAAGGTAACCGCGGGATTAGTGGGT
GCAGTGACTGTGATCTGGCTCTTGTTTGGGTTCGGTCATTGTCGTCTTCTTACATTTGTT
TGTCGTGGATCCATCCTCTTTCTGCTTCTTTCGTTCGTCTGGTCCAATGCCCTCAACAGA
TCTTCTGAGAAGATAATGGAGATTTACATACCTGAGAAGCCATTACTCCAAGCTGCTTCT
GCATTGACCTTTGAGATTAACTGTGCTTTTGCAACCTTGAGGAGCATTGCCTTAGAGAGA
GACATCAAGAACTTTGCACTGGTAGTCATAGGACTTTGGCTCGTATCTATCATCGGAAAG
CTGGTTCAGCTTCTTGTCATTGCTCTACATCTGTTTCT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3GF44JQ 750 0 0
TCTTTGGAAGAGAACGTCCGATCCACATGGTTCTCGGCGGAGGTGAACCTGCTGATGTGT
TGCTATGGAGGGACAAGAAGGTAACCGCGGGATTAGTGGGTGCAGTGACTGTGATCTGGC
TCTTGTTTGGGTTCGGTCATTGTCGTCTTCTTACATTTGTTTGTCGTGGATCCATCCTCT
TTCTGCTTCTTTCGTTCGTCTGGTCCAATGCCCTCAACAGATCTTCTGAGAAGATAATGG
AGATTTACATACCTGAGAAGCCATTACTCCAAGCTGCTTCTGCATTGACCTTTGAGATTA
ACTGTGCTTTTGCAACCTTGAGGAGCATTGCCTTAGAGAGAGACATCAAGAACTTTGCAC
TGGTAGTCATAGGACTTTGGCTCGTATCTATCATCGGAA*GCTGGTTCAGCTTCTTGTCA
TTGCTCTACATCTGTTTCTTATTGATTCACACGGTGCCGAAGCTGTATGAGAAGTATGAA
GATGAGATTGATCCAATTGCTGAGAAGGCTGTGATTGAGATGAAGAAGCATTTCCAAGTA
TTCGAAGCCAAGGTTTTAAGTAAGATAAATCATTAGCAATTCTACTCAAAATAATCGAAA
TTGAGTTAGTTTCGGTTACCTTAGTTTAGTTCATTTATTTATTTATTCCTTCCTCTGTTC
ATGTGCTTTTGGTTACTTCCTACTCAAGATAAAGTTCTGCAAACGTTGGCCCTTACATAG
CTATAGACATTTAATGGGAATATTCAAGAC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL4631Contig1 1077 2 2 U
GCTGATTGCTGTAGAAAGAAATTTGAGAAAATTTCAGATCAGAGAGATTGTCAGGACAGG
AAAGATAGCACTGAGAAGGGAAAAGATGGGTGCTACTGCTCCATTTTGGCGATTTTCGGC
AGCATCCTATCCAGATCTCAAAGAGCAGGCACCTGCTAGTGTTCTTCGAGGTAGCAAAAA
AGGAGCTGTGGTCCCTCCAACCGAGAAAACAACAGGGGGAGATGTGTATCCCGTTGAGTC
AGCTTCTGACCTAATGGTACACCGTGTTCTTGACGCCCACTGGGGACTTCTCACGGAAGA
AGATACGAGTGGACTACGGTCACATACTCTATCTTTGCTTGTAAACGATGTTCCAGGAGT
TCTTAATCTTATTACTGGCGTTTTCTCTCGAAGGGGATACAACATTCAGAGCTTGGCCGT
AGGACATGCTGAAACAGAGGGAATTTCACGCATTACAACAGTTGTTCCTGCGACAGATGA
ATCACTCAGCAAATTGGTGCAACAACTTTATAAACTCGTAGATGTGCATGAGGTCCATGA
TCTTACTCATATGCCATTTTCTGAAAGAGAACTGATGCTGATTAAGATTGCTGTGAACGC
TGCTGCAAGAAGAGATGTCCTGGACATTGCTAGTATTTTCAGGGCAAAAGCTGTTGACGT
ATCTGATCATACCATTACATTGCAGCTTACTGGGGATCTTGACAAGATGGTTGCACTGCA
AAGGTTGTTGGAGCCCTGCGGTATATGCGAGGCTGCAAGAACAGGGCGTGTGGCACTGGC
TCGTGAATCAGGAGTGGACTCTAAGTATCTTCGTGGATACTCTTTTCCCTTAACAGGTTA
ACAACCCAGTGGCAGAGTATGATACAAAAACTGTATCCGTGGAACAGCAAAAAAAGGACT
TTTGAAGATAAAAGTTTCATTAAATATTTTATGAGCCAACCCAAAGGTCTATAGCCAGAC
AGAGACTGTAGATCGACATATTTGGCAACTTTGTTTATTTTTTTGAATTTTGTGATTTCG
TTTCAGTTGTTTTATTTTGAGAGTAAACTGTTGTTGTTGGATTAATATTTTGATAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F657TF U 1
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BS 718 1077 RR3F657JQ

RD RR3F657TF 717 0 0
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AGGAGCTGTGGTCCCTCCAACCGAGAAAACAACAGGGGGAGATGTGTATCCCGTTGAGTC
AGCTTCTGACCTAATGGTACACCGTGTTCTTGACGCCCACTGGGGACTTCTCACGGAAGA
AGATACGAGTGGACTACGGTCACATACTCTATCTTTGCTTGTAAACGATGTTCCAGGAGT
TCTTAATCTTATTACTGGCGTTTTCTCTCGAAGGGGATACAACATTCAGAGCTTGGCCGT
AGGACATGCTGAAACAGAGGGAATTTCACGCATTACAACAGTTGTTCCTGCGACAGATGA
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QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3F657JQ 799 0 0
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TGATTAAGATTGCTGTGAACGCTGCTGCAAGAAGAGATGTCCTGGACATTGCTAGTATTT
TCAGGGCAAAAGCTGTTGACGTATCTGATCATACCATTACATTGCAGCTTACTGGGGATC
TTGACAAGATGGTTGCACTGCAAAGGTTGTTGGAGCCCTGCGGTATATGCGAGGCTGCAA
GAACAGGGCGTGTGGCACTGGCTCGTGAATCAGGAGTGGACTCTAAGTATCTTCGTGGAT
ACTCTTTTCCCTTAACAGGTTAACAACCCAGTGGCAGAGTATGATACAAAAACTGTATCC
GTGGAACAGCAAAAAAAGGACTTTTGAAGATAAAAGTTTCATTAAATATTTTATGAGCCA
ACCCAAAGGTCTATAGCCAGACAGAGACTGTAGATCGACATATTTGGCAACTTTGTTTAT
TTTTTTGAATTTTGTGATTTCGTTTCAGTTGTTTTATTTTGAGAGTAAACTGTTGTTGTT
GGATTAATATTTTGATAGC

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

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AAGTAAGGGGTCAAAATAAGAGTTTTACAATGACTGGAATTGGCTATGTAGTGGATACAA
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CAGATCTTCGTTTCCTACAAATCACTCTGTTTCTCCTCCTACCATTCTTGCGTTGCTGAA
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GGATAAAGGCTTATAACTTTCATTGAATTTCACACCTTTTTATGTTTGTTTTCGTAACAT
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T


BQ
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10 

AF RR3AR03TF U 1
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GGATAAAGGCTTATAACTTTCATTGAATTTCACACCTTTTTATGTTTGTTTTCGTAACAT
TTTTCTTCCTTTGCTTGTGACATGAGTTCTGTATGATAGA*GCCACCCATTTTGTTTG

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3AR03JQ 479 0 0
GATT
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AAGCCAAAGGATTGAACCCGGGACTGATCGTGCTGCTTGTTATCGGAGGTCCGCTTGTTG
TGTTCCTTGTCGCCAACTACGTGATGTACGTGTATGCTCAAAAGAACCTACCCCCAAGGA
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AGGCTTATAACTTTCATTGAATTTCACACCTTTTTATGTTTGTTTTCGTAACATTTTTTT
TCCTTTGCTTGTGACATGAGTTTTGTATGATAGAAGCCACCCATTTTGTTTGGTT

QA 5 479 5 479
DS 



AS 1 2

CO CL4633Contig1 995 2 2 U
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ACTCCTTCGCCACCGCAGTTTCAGATCTGGTGATGCATAGTTTGGAGTTTGGTTGAAGCA
TGGAGACGGGTTTGATGAGTGGTTATTTTGGTTGAGTTGGACAACGGCGGTCTAGGTTTG
GTGTCAGATCTGGCCGTTCGAATTGAATTGTTCTCATTTCTCGCCGCCTTGCTCCTCCTT
CTCATGGTGGGTGAGCTAGCTCGCTTGCTTGCACCGGTGTTGGGTCGTGTTCAACGGTGG
AGGTTCGGTGTTCTTCCGCTTGTTTTTCTTAGATCCCAATGGTGTGTGTTTTGAGGCTGG
TCAGTCAAGCTCTCGAAGGTGCTCCGGGGGTGCTATGGTCCCAAGATAGGAGGTTCCAAT
GCGGGCTCTCTGTGGTGGGTGCAAGAGTGGCGGTTTGTTGCTGGTCCTGTCAACCGTTAC
TCTCCGTTTTGGTGGCGTCTCGTGCTGAGCCAGTTATATTTCAGGAGCATGATCTAGGGC
TGTCTACTGTCCACTTCTCTGATGTAGTGCTAGTTTTCTCTGTCTCTTGGTGTAGGTCCA
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TCGAGCTGTTCTTGAGGATCTAATCATTATTAACTGATCATCGGGTACTGACAAATCTAA
CGGGTTTTTTCGAATTAATTGTGGTTCCAATTTTGTGGCAAGAGTATGTGTTGAGTTTGG
TGTAGCCTATGGTCTTCATGTTCCTTTGCTTGTAGTTATTGCTGACCTTGTTTAGCTTAG
ATTGTGTTGTAGTTTAGCTCAACTTCTTTTATTTTCTGCTTTTTGTATCTTGTGTATTTC
TGTCTAAAATGATAATAAAGTTTTAACATTGTTAC


BQ
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AF RR3FO03JQ C 255
BS 1 688 RR3FO03TF
BS 689 995 RR3FO03JQ

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GCGGGCTCTCTGTGGTGGGTGCAAGAGTGGCGGTTTGTTGCTGGTCCTGTCAACCGTTAC
TCTCCGTTTTGGTGGCGTCTCGTGCTGAGCCAGTTATATTTCAGGAGCATGATCTAGGGC
TGTCTACTGTCCACTTCTCTGATGTAGTGCTAGTTTTCTCTGTCTCTTGGTGTAGGTCCA
TGGCGTGTGGCGATCTCGAGCGGTCTTTCTCTCCAAATAAAGCTCATCTTTGTGTACACG
GGTGAGCTTGCTCGGGTGTTTGCTCACT

QA 1 688 1 688
DS 

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TCCGCTTGTTTTTCTTAGATCCCAATGGTGTGTGTTTTGAGGCTGGTCAGTCAAGCTCTC
GAAGGTGCTCCGGGGGTGCTATGGTCCCAAGATAGGAGGTTCCAATGCGGGCTCTCTGTG
GTGGGTGCAAGAGTGGCGGTTTGTTGCTGGTCCTGTCAACCGTTACTCTCCGTTTTGGTG
GCGTCTCGTGCTGAGCCAGTTATATTTCAGGAGCATGATCTAGGGCTGTCTACTGTCCAC
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GGTGTTTGCTCACTGTACATAGTTGCTGCCGATAAGGAGGTCGATCTCGAGCTGTTCTTG
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TAGCTCAACTTCTTTTATTTTCTGCTTTTTGTATCTTGTGTATTTCTGTCTAAAATGATA
ATAAAGTTTTAACATTGTTAC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL4634Contig1 1406 2 4 U
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AAGTTTCACAAAATCTTCAGACATCCCCAAAGTTCATTAACGACGATGGTGTTAGCCAAG
AATGTGAGAATCTGACCTCTTCTTTACCTTCAGAGAAAGATTTCACGGGGAAAAAGCTCT
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CCTGGCTCAAGGCTCTTGCATTCGCCGTCGTCCATAGAAACAAGTACGTTCCCAATCTTT
TATCTCATCCTCTCCTCTCCGACAATCCCCACAACCTAGTCCGGTTTCTTGAACTTGACT
TATATGTTAAGAACCAACGTCCTGACCTCGAAGAGCTTCCTTCGCCTAGGCTATTTTCAA
CCCACATGCCGTTTCAAACGCTTCATGAGTCTCTAGGAGATTCTTCTTGCAAGGTGGTTT
ACGTGTGTAGGAACATAGAAGATATGTTGGTCTCTCGTTGGCATTTCAGGAACAAGCTTG
TTAGTAACTACTCACTTGAAGATACGGTTGACGAGTATATTAAAGGGGTTTACCCGTTCG
GACCGTTTCAGGATCAAGTCTTAAGTTACTGGAAAGGGAGCTTGGTGAATTCGAATCCGG
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ATCATCTCACTGATGATATGGCAAGGAAACTTGATGAGATGGTAGAAAAGAAACTAGAAG
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GCAAGTGAAAAATCAGTTTCTCCACC


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AF RR3G252TF U 1
AF RR3G252JQ C 630
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BS 673 702 RR3G252TF
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AAGTTTCACAAAATCTTCAGACATCCCCAAAGTTCATTAACGACGATGGTGTTAGCCAAG
AATGTGAGAATCTGACCTCTTCTTTACCTTCAGAGAAAGATTTCACGGGGAAAAAGCTCT
ACAACTACCAAGGATCTTGGTACTATCCGAACACAGTCCAAGCAATCCTAAACTTCCAAA
AACATTTCCGAGCACGAGACAGCGATATCATCCTAGCTTCTTTACCCAAATCAGGAACCA
CCTGGCTCAAGGCTCTTGCATTCGCCGTCGTCCATAGAAACAAGTACGTTCCCAATCTTT
TATCTCATCCTCTCCTCTCCGACAATCCCCACAACCTAGTCCGGTTTCTTGAACTTGACT
TATATGTTAAGAACCAACGTCCTGACCTCGAAGAGCTTCCTTCGCCTAGGCTATTTTCAA
CCCACATGCCGTTTCAAACGCTTCATGAGTCTCTAGGAGATTCTTCTTGCAAGGTGGTTT
ACGTGTGTAGGAACATAGAAGATATGTTGGTCTCTCGTTGGCATTTCAGGAACAAGCTTG
TTAGTAACTACTCACTTGAAGATACGGTTGACGAGTATATTAAAGGGGTTTACCCGTTCG
GACCGTTTCAG*ATCAAGTCTTAAGTTACTGGAAAGGGAGCT

QA 1 702 1 702
DS 

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TGGAAAGGGAGCTTGGTGAATTCGAATCCGGTGCTCTTCATGAGGTATGAAGAAATGATA
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GAAGAGAAGGAAAGTGGAATGGTGGAAAAGATCTTGGAACTGTGTAGTCTTGGTAACTTG
AGTAACTTGGAGGCCAACAAGACGGGGACATCTACTTGTGGAATTGCTAACCATGCGTTT
TTTCGTAAAGGAGGAGTTGGTGATTGGAAAAATCATCTCACTGATGATATGGCAAGGAAA
CTTGATGAGATGGTAGAAAAGAAACTAGAAGGTTCAGGGTTGAAGTTTGAGTGATCCAAG
TTGACAGGGATCTTGATGTTTGATATTCAATAAAAGTTGATGAAGACTATGAAAGCTAAG
CTATGTTGAATAATGCCTATTTGCTCTCAAACCACAAAACATTAAAACGTGGGAAATGAA
GAGTAACAAGTCAAGCTGTCCTTTTGGTGTGCTAAAGTCTTTGTAAAAGTCTTTGAGTTT
TCTTGTTGCAGCAGTCTACTATAAGTCAAAACGTATGGGCTATGTATGGAGAGTACTCCC
AAGTCTAAGTTAATAATAAGGCTATATAGAGAAAGATCGAGAGTGTTCTGTTCTCTGTAT
AAATATGTAATAGCCAATATGTGTAATGTAAGCAAGTGAAAAATCAGTTTCTCCACC

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

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GGCAGCCACCATAGGCTCGTTCTGAACAAGACGGGTCCTTATTTCAAACTCATCAGCCTT
CATCAGCAACAACATCCTTAAATACTATATAGATAATTGTTTTAAACTTTTAATTTGTTA
TTGTGGAAAATATTCATACCTATATATTTACCCGATGTGATTATATTAATCATCTTGATT
TACAAATTAGTAAAAAAATTCTAAACCAGCAATATGTATTTCTTTTCAAATGAAATATTT
TGGAATATTTTGTTTTTTTTCTTTATTTATTTGTTCAAAAGGAGTCATCTCAGCTTTTCT
TATAAACTCTCTCTTTATC


BQ
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AF RR3D637JQ C 1
AF RR3D637TF U 1
BS 1 439 RR3D637TF

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GGCAGCCACCATAGGCTCGTTCTGAACAAGACGGGTCCTTATTTCAAACTCATCAGCCTT
CATCAGCAACAACATCCTTAAATACTATATAGATAATTGTTTTAAACTTTTAATTTGTTA
TTGTGGAAAATATTCATACCTATATATTTACCCGATGTGATTATATTAATCATCTTGATT
TACAAATTAGTAAAAAAATTCTAAACCAGCAATATGTATTTCTTTTCAAATGAAATATTT
TGGAATATTTTGTTTTTTTTCTTTATTTATTTGTTCAAAAGGAGTCATCTCAGCTTTTCT
TATAAACTCTCTCTTTATC

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DS 

RD RR3D637TF 439 0 0
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TCGACGATCCAGAACGCGGACACGATAAGTGTGCTACATGGAGGCAAGATCGTAGAGCAA
GGCAGCCACCATAGGCTCGTTCTGAACAAGACGGGTCCTTATTTCAAACTCATCAGCCTT
CATCAGCAACAACATCCTTAAATACTATATAGATAATTGTTTTAAACTTTTAATTTGTTA
TTGTGGAAAATATTCATACCTATATATTTACCCGATGTGATTATATTAATCATCTTGATT
TACAAATTAGTAAAAAAATTCTAAACCAGCAATATGTATTTCTTTTCAAATGAAATATTT
TGGAATATTTTGTTTTTTTTCTTTATTTATTTGTTCAAAAGGAGTCATCTCAGCTTTTCT
TATAAACTCTCTCTTTATC

QA 1 439 1 439
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4637Contig1 1034 2 8 U
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CATTAGAGCTGCGATTGGCAGACCACAGAGCTTAGCTTCTCACCTGAAAACAGCGCTTTT
TCGCTCTACACCCGTCTTGGAACGCAAACGCCGCTCTTCCTGGGAATCGAGATCATATGT
TCACAAGAAGAGGAACAGAAGAATGAGGGAGAAGCAAGAGTTATTGCGCAATGTGAATGC
TTTTGCAGCTAACATGTTTACGAGTTGGCATGATGATGACGATGAGTATGATGAGCCCTC
CTCACGGAAGAAAAACAACTCGTGGTACAAAAAGAAGTATGCCAAAGAAGAGCCCAAAGG
AAAATGGAATGGCAAACATGGCTCCCAGAGTTGGGGTCCAAATAGGGGGCACTTTGATTT
TTGCGGAGTTGATGATGACTTTGACATTGACTATGTCTTCCGAACTGCTTTTGGTGGATC
CCGAGGTTTCTCTTTTTCATTCACCTTTGATGAGGAGGATGAACCTCCTCGATGGCATCA
TTCTTCAAGGTTCTCCAATAACTCTAAAAGGTCTGGGAGATCAAAACATCGAATATACGA
GGATGAAGAAGAAGATGGGTATACTTCAACAGAATCCAGCGACTCTGAGTCTGAGCCAAA
CCAAGCTTCTCATAGACAAGCACTTGGCCTGGTCCTTTAGGTCCTTTAAACCTCAAAGAC
GTCAAAAATGCATATCGAACTTGCGCTTTGAAATGGCATCCAGATCGTCATCAAGGCTCA
ACCAAGGAGGCAGCTGAAGCAAAGTTTAAGGTCTGCAGTGTGGCCTATCAATCTTTATGC
GAAAAGCTAGCTGTGAACTGAAAGAGTTTTAGATAGTGTGTTTGATTACTTAGAGATGAT
ATTCAAAGTGTTCATTTAAAAGCTTATCCTAAATCATAACACTACTACAGGATCCAAAGC
TATTTCTTTCTTCTGTCATCTTTTATTACTAAACTTTCAAAAAAATCTACCAAAGTGATA
AGTATTTGTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ78TF U 1
AF RR3CJ78JQ C 214
BS 1 570 RR3CJ78TF
BS 571 571 RR3CJ78JQ
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RD RR3CJ78TF 696 0 0
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CATTAGAGCTGCGATTGGCAGACCACAGAGCTTAGCTTCTCACCTGAAAACAGCGCTTTT
TCGCTCTACACCCGTCTTGGAACGCAAACGCCGCTCTTCCTGGGAATCGAGATCATATGT
TCACAAGAAGAGGAACAGAAGAATGAGGGAGAAGCAAGAGTTATTGCGCAATGTGAATGC
TTTTGCAGCTAACATGTTTACGAGTTGGCATGATGATGACGATGAGTATGATGAGCCCTC
CTCACGGAAGAAAAACAACTCGTGGTACAAAAAGAAGTATGCCAAAGAAGAGCCCAAAGG
AAAATGGAATGGCAAACATGGCTCCCAGAGTTGGGGTCCAAATAGGGGGCACTTTGATTT
TTGCGGAGTTGATGATGACTTTGACATTGACTATGTCTTCCGAACTGCTTTTGGTGGATC
CCGAGGTTTCTCTTTTTCATTCACCTTTGATGAGGAGGATGAACCTCCTCGATGGCATCA
TTCTTCAAGGTTCTCCAATAACTCTAAAAG*TCTGGGAGATCAAAACATCGAATATACGA
G*ATGAAGAAGAAGATGGGTATACTTCAACAGAATCCAGCGACTCTGAGTCTGAGCCAAA
CCAAGCTTCTCATAGACA*GCACTTGGCCTGGTCCT

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3CJ78JQ 821 0 0
GCAAGAGTTAT*GCGCAATGTGAATGCTTT*GCAGCTAACATGTTTACGAGTTGGCATGA
TGATGACGATGAGTATGATGAGCCCTCCTCACGGAAGAAAAACAACTCGTGGTACAAAAA
GAAGTATGCCAAAGAAGAGCCCAAAGGAAAATGGAATGGCAAACATGGCTCCCAGAGTTG
GGGTCCAAATAGGGGGCACTTTGATTTTTGCGGAGTTGATGATGACTTTGACATTGACTA
TGTCTTCCGAACTGCTTTTGGTGGATCCCGAGGTTTCTCTTTTTCATTCACCTTTGATGA
GGAGGATGAACCTCCTCGATGGCATCATTCTTCAAGGTTCTCCAATAACTCTAAAAGGTC
TGGGAGATCAAAACATCGAATATACGAGGATGAAGAAGAAGATGGGTATACTTCAACAGA
ATCCAGCGACTCTGAGTTTGAGCCAAACCAAGCTTCTCATAGACAAGCACTTGGCCTGGT
CCTTTAGGTCCTTTAAACCTCAAAGACGTCAAAAATGCATATCGAACTTGCGCTTTGAAA
TGGCATCCAGATCGTCATCAAGGCTCAACCAAGGAGGCAGCTGAAGCAAAGTTTAAGGTC
TGCAGTGTGGCCTATCAATCTTTATGCGAAAAGCTAGCTGTGAACTGAAAGAGTTTTAGA
TAGTGTGTTTGATTACTTAGAGATGATATTCAAAGTGTTCATTTAAAAGCTTATCCTAAA
TCATAACACTACTACAGGATCCAAAGCTATTTCTTTCTTCTGTCATCTTTTATTACTAAA
CTTTCAAAAAAATCTACCAAAGTGATAAGTATTTGTTTCTC

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 2

CO CL4638Contig1 735 2 2 U
GGGTACCCAATAAATTAATCTATGGTGAAGGAAGAGTGAAGCGAAACAGAGATCTAAAGA
GTTCGAATGGTTCCTAAGATCACATCAATGGCTCCGGTGGCTAGACCTCTCTGCTCAATC
TCTTGCGTATTCCTCTCCTTCTCCCTCGTCCCGCTTCTCTTCTTCTACTTCTTCTTCTCA
AACTCCTTACTATCCAACCCAAACCTAAGAATCTCACAGTCACAGGATACCTTCCAAACC
GGGATCAATGTCTTCGTAGCCGAGCTTCCGAGATCCCTAAACTACGGTCTCCTCGACAAG
TACTGGTCCTCCTCTTCTCCAGATTCACGCATACCCAGCGACCCGGATCACCCGACCCGG
AAACCCAATCAACCCAAACCCGGTAAATACCCGCCGTACCCTGAGAACCCTCTGATCAAG
CAGTACAGCGCGGAGTACTGGATCATGGGAGACCTCGAGACTCCACCGGAGAAACGAATC
GGATCTTTCGCGAAACGGGTCTTCAGCGAATCCGAAGCTGATGTAGTCTTCGTGCCCTTC
TTCGCCACCCTAACGCGGAGATGGAGCTTGGTAATGGCAAAGGTTCCTCCTTTAGGAAGA
GATCTGGAAACGAAGATTATCAGAGTCAGAGACAAGTTCTTGACTTTTTGAACAACACTC
GAGCTTGGAAGCGATCCGGTGGTCGTGATCACGTTTTTGTTCTTACCGGTACCAAACAAA
TCTTGATCTCATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CF25TF U 1
AF RR3CF25JQ C 77
BS 1 515 RR3CF25TF
BS 516 735 RR3CF25JQ

RD RR3CF25TF 515 0 0
GGGTACCCAATAAATTAATCTATGGTGAAGGAAGAGTGAAGCGAAACAGAGATCTAAAGA
GTTCGAATGGTTCCTAAGATCACATCAATGGCTCCGGTGGCTAGACCTCTCTGCTCAATC
TCTTGCGTATTCCTCTCCTTCTCCCTCGTCCCGCTTCTCTTCTTCTACTTCTTCTTCTCA
AACTCCTTACTATCCAACCCAAACCTAAGAATCTCACAGTCACAGGATACCTTCCAAACC
GGGATCAATGTCTTCGTAGCCGAGCTTCCGAGATCCCTAAACTACGGTCTCCTCGACAAG
TACTGGTCCTCCTCTTCTCCAGATTCACGCATACCCAGCGACCCGGATCACCCGACCCGG
AAACCCAATCAACCCAAACCCGGTAAATACCCGCCGTACCCTGAGAACCCTCTGATCAAG
CAGTACAGCGCGGAGTACTGGATCATGGGAGACCTCGAGACTCCACCGGAGAAACGAATC
GGATCTTTCGCGAAACGGGTCTTCAGCGAATCCGA

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3CF25JQ 659 0 0
AGATCACATCAATGGCTCCGGTGGCTAGACCTCTCTGCTCAATCTCTTGCGTATTCCTCT
CCTTCTCCCTCGTCCCGCTTCTCTTCTTCTACTTCTTCTTCTCAAACTCCTTACTATCCA
ACCCAAACCTAAGAATCTCACAGTCACAGGATACCTTCCAAACCGGGATCAATGTCTTCG
TAGCCGAGCTTCCGAGATCCCTAAACTACGGTCTCCTCGACAAGTACTGGTCCTCCTCTT
CTCCAGATTCACGCATACCCAGCGACCCGGATCACCCGACCCGGAAACCCAATCAACCCA
AACCCGGTAAATACCCGCCGTACCCTGAGAACCCTCTGATCAAGCAGTACAGCGCGGAGT
ACTGGATCATGGGAGACCTCGAGACTCCACCGGAGAAACGAATCGGATCTTTCGCGAAAC
GGGTCTTCAGCGAATCCGAAGCTGATGTAGTCTTCGTGCCCTTCTTCGCCACCCTAACGC
GGAGATGGAGCTTGGTAATGGCAAAGGTTCCTCCTTTAGGAAGAGATCTGGAAACGAAGA
TTATCAGAGTCAGAGACAAGTTCTTGACTTTTTGAACAACACTCGAGCTTGGAAGCGATC
CGGTGGTCGTGATCACGTTTTTGTTCTTACCGGTACCAAACAAATCTTGATCTCATTTC

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL4639Contig1 1037 2 6 U
GGATTCATGATAAATCTAGGGTTTCTGAGAGAAGTTCCCAGAAATCTGTATCACACACCC
TCTTCCCAAAATCTCTCTTCTTCTCTTTATCTATTTCGACGGATAGATAAGATACAAATA
TATATATATATACACACACAAATAGAAAAACACATCAATCCAAGCGCATACACATACAAA
TCAAGAGGATTAAATAAGGATGGTGAGGGGAAAGACTGAGATGAAGAGGATAGAGAACGC
AACGAGCAGGCAAGTGACCTTCTCCAAGAGAAGAAATGGACTTTTGAAGAAAGCTTTCGA
GTTATCAGTCCTTGTGATGCCGAAGTTGCTTTGATCATCTTCTCTCCAAGTTCCAAACTC
TATGAGTTCTCTAGCTCTGGTATGGCAAAAACAATAGAACGATACCAGAGACGAGTCAAA
GAAATTGGAATTAACCACAAGAGAGATGATAATTCTCAGCAATCAAGAGGCGAAACATAT
GGTTTGACAAAAAAGATTGAGCAGCTAGAGATATCTAAACGAATTTGCTTGGAGAAGGTA
TTGATGCATGTTCTATTGAGGAGCTGCAACAACTAGAGAATCAGTTGGAACGGGGGCTTG
ACCAGGATAAGAGCCAAGAAGTACCAATTACTCCGTGAAGAAATTGAGAAGTTGAAGGAA
GAGGAGAGGAATCTCATCAATGAAAATAAAGAACTGAAGGAGAAGTTGCATGGGATGGGG
AGCAATAGTAGTAGCATCATCATCATCAACCTTATCATCATCAGAAGTGAACATGGATGA
AAATGACAACATGGAAGTGGAGACTGGCTTGTTCATTGGACCTCCTGAGACAAGACAATC
CAAGAAAACCCCTCCTCAAAACTAATTATCAAGAATGTGTGTTGATCTTTGTTTTTATAT
ATTTTCTTCCGAAAACTCTGAGATGTCAACAAGTTATATACCTGCTACCTAGCGTATTTA
ACTTGTTCTAAGTCAAGCTGTCAAGGAGTTAAACTTATAAAAATATTACCTTCAAAATAA
ATACGTTTCTGCTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G177TF U 1
AF RR3G177JQ C 325
BS 1 657 RR3G177TF
BS 658 658 RR3G177JQ
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BS 700 700 RR3G177JQ
BS 701 770 RR3G177TF
BS 771 1037 RR3G177JQ

RD RR3G177TF 788 0 0
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TCTTCCCAAAATCTCTCTTCTTCTCTTTATCTATTTCGACGGATAGATAAGATACAAATA
TATATATATATACACACACAAATAGAAAAACACATCAATCCAAGCGCATACACATACAAA
TCAAGAGGATTAAATAAGGATGGTGAGGGGAAAGACTGAGATGAAGAGGATAGAGAACGC
AACGAGCAGGCAAGTGACCTTCTCCAAGAGAAGAAATGGACTTTTGAAGAAAGCTTTCGA
GTTATCAGTCCTTGTGATGCCGAAGTTGCTTTGATCATCTTCTCTCCAAGTTCCAAACTC
TATGAGTTCTCTAGCTCTGGTATGGCAAAAACAATAGAACGATACCAGAGACGAGTCAAA
GAAATTGGAATTAACCACAAGAGAGATGATAATTCTCAGCAATCAAGAGGCGAAACATAT
GGTTTGACAAAAAAGATTGAGCAGCTAGAGATATCTAAACGAATTTGCTTGGAGAAGGTA
TTGATGCATGTTCTATTGAGGAGCTGCAACAACTAGAGAATCAGTTGGAACGGGGGCTTG
ACCAGGATAAGAGCCAAGAAGTACCAATTACTCCGTGAAGAAATTGAGAAGTTGAAG*AA
GAGGAGAGGAATCTCATCAATGAAAATAAAGAACTGAAG*AGAAGTTGCATGGGATGGGG
AGCAATAGTAGTAGCATCATCATCATCAACCTTATCATCATCAGAAGTGA
CATGGGATGAAATGACAA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3G177JQ 713 0 0
GTTGCTTTGATCATCTTCTCTCCAAGTTCCAAACTCTATGAGTTCTCTAGCTCTGGTATG
GCAAAAACAATAGAACGATACCAGAGACGAGTCAAAGAAATTGGAATTAACCACAAGAGA
GATGATAATTCTCAGCAATCAAGAGGCGAAACATATGGTTTGACAAAAAAGATTGAGCAG
CTAGAGATATCTAAACGAATTTGCTTGGAGAAGGTATTGATGCATGTTCTATTGAGGAGC
TGCAACAACTAGAGAATCAGTTGGAACGGGG*CTTGACCAGGATAAGAGCCAAGAAGTAC
CAATTACTCCGTGAAGAAATTGAGAAGTTGAAGGAAGAGGAGAGGAATCTCATCAATGAA
AATAAAGAACTGAAGGAGAAGTTGCATGGGATGGG*AGCAATAGTAGTAGCATCATCATC
ATCAACCTTATCATCATCAGAAGTGAACATGGATGAAAATGACAACATGGAAGTGGAGAC
TGGCTTGTTCATTGGACCTCCTGAGACAAGACAATCCAAGAAAACCCCTCCTCAAAACTA
ATTATCAAGAATGTGTGTTGATCTTTGTTTTTATATATTTTCTTCCGAAAACTCTGAGAT
GTCAACAAGTTATATACCTGCTACCTAGCGTATTTAACTTGTTCTAAGTCAAGCTGTCAA
GGAGTTAAACTTATAAAAATATTACCTTCAAAATAAATACGTTTCTGCTTTGC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL4640Contig1 644 2 9 U
CTGCACCCAATGCAACGTGTAGCGGGTAAAAATGCTCAGGCCATGGATGCGCCATTTTCG
CATTTGGAGCTTTCTCTTCCCAATCATTTACATCTCCATATCTTCCTTGAAGCAGAGAAT
CTCTGAACCAGTGATCAAAAGCCAAAGCCCAAGGAACAGCTGAACCATTAGCAATATTAA
AGTCAAGCTTCCTCAAGTTGTGAGTAGCACTTCCTGATCCAATGATGAGAACACCTTCGT
CTTTCAATGGAGCAAATGCTTTGCCCATGTCGTAATGGTAAGTCCCACTTTTGAGATGAC
TGAACAGAGAGTTGGCAAATAGGTATATCCGCCCCCTGGATACATCAACATAAGAGGAAC
CCAAGCTCCATGATCAAGTCCTCTGTTCTTATCTTCATCAACACGTGTCATTCCTCCTTC
TCCCATTAACAATTCTTTTACTCTCTTCCCTAATTCAATAGCTCCTGGTGCTTCATATTT
CAGCTTGTACATGGGATCAGGGAAGCCATAGAAGTCGTGGATTGTGAATTGCGGAGAACG
GTGTTGACGGTTGGAATTTTTGTGTCCCAATGTGCGGAGATGATCAGGATCGATTTGGGT
TTCTGTGGCAAAACTTTGTCCTTCCATGACTTGAAGAACTGTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CS41JQB U 4
AF RR3GG11TF C 1
BS 1 3 RR3GG11TF
BS 4 112 RR3CS41JQB
BS 113 113 RR3GG11TF
BS 114 253 RR3CS41JQB
BS 254 254 RR3GG11TF
BS 255 287 RR3CS41JQB
BS 288 288 RR3GG11TF
BS 289 496 RR3CS41JQB
BS 497 644 RR3GG11TF

RD RR3CS41JQB 493 0 0
CACCCAATGCAACGTGTAGCGGGTAAAAATGCTCAGGCCATGGATGCGCCATTTTCGCAT
TTGGAGCTTTCTCTTCCCAATCATTTACATCTCCATATCTTCCTTGAAGGAGAGAATCTC
TGAACCAGTGATCAAAAGCCAAAGCCCAAGGAACAGCTGAACCATTAGCAATATTAAAGT
CAAGCTTCCTCAAGTTGTGAGTAGCACTTCCTGATCCAATGATGAGAACACCTTCGTCTT
TCAATGGAGCCAATGCTTTGCCCATGTCGTAATGGTAAGTCCCATTTTTGAGATGACTGA
ACAGAGAGTTGGCAAATAGGTATATCCGCCCCCTGGATACATCAACATAAGAGGAACCCA
AGCTCCATGATCAAGTCCTCTGTTCTTATCTTCATCAACACGTGTCATTCCTCCTTCTCC
CATTAACAATTCTTTTACTCTCTTCCCTAATTCAATAGCTCCTGGTGCTTCATATTTCAG
CTTGTACATGGGA

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR3GG11TF 644 0 0
CTGCACCCAATGCAACGTGTAGCGGGTAAAAATGCTCAGGCCATGGATGCGCCATTTTCG
TATTTGGAGCTTTCTCTTCCCAATCATTTACATCTCCATATCTTCCTTGAAGCAGAGAAT
CTCTGAGCCAGTGATCAAAAGCCAAAGCCCAAGGAACAGCTGAGCCATTAGCAATATTAA
AGTCAAGCTTCCTCAAGTTGTGAGTAGCACTTCCTGATCCAATGATGAGAACACCTTCGT
CTTTCAATGGAGCAAATGCTTTGCCCATGTTGTAATGGTAAGTCCCACTTT*GAGATGAC
TGAACAGAGAGTTGGCAAATAGGTATATCCGCCCC*TGGATACATCAACATAAGAGGAAC
CCAAGCTCCATGATCAAGTCCTCTGTTCTTATCTTCATCAACACGTGTCATTCCTCCTTC
TCCCATTAACAATTCTTTTACTCTCTTCCCTAATTCAATAGCTCCTGGTGCTTCATATTT
CAGCTTGTACATGGGATCAGGGAAGCCATAGAAGTCGTGGATTGTGAATTGCGGAGAACG
GTGTTGACGGTTGGAATTTTTGTGTCCCAATGTGCGGAGATGATCAGGATCGATTTGGGT
TTCTGTGGCAAAACTTTGTCCTTCCATGACTTGAAGAACTGTCC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL4641Contig1 975 2 2 U
GGGAGTCACTCCCCTCTCTTCTCTCGCGGCGCTCTCCTTCGATTTACCTTGTTAGGGTTT
TCGCCTCGCCTGCACAGCACACGATGCATAAGTTGAGTAGAAGCAACCGCGATAAACTTC
AGCAGTTCGTGGCTATCACTGGAGCTAGTGAGAAGAATGCTCTTCAGGCTCTCAAAGCCT
GCGATTGGCAGCTCGAAGCAGCTTTTGATGTCTTTTACAGCCAGCCTCAGCCAAGAAGCA
ATGGCGATATGAGACGCTTGGAGGAGCTCTACAATAGATATAAAGACCCCTATTCTGATA
TGATTCTGGCCGAAGGTATCTCGGTTCTGTGTAGTGATCTTCAGGTGGAACCCCAAGACA
TTGTCACGTTGATTCTTTCGTGGCATATGAATGCTGCCACAGCGTGTGAATTTTCCAAGG
AAGAATTTTTTGGTGGATTACAGGCATTAGGAGTAGATTCCATTGGAAAGTTGCAGGAAA
AGCTGTCCTTTATGCGTTCAGAGCTTAAAGATGAACAAAAGTTCCATGACATATACAACT
TTGCTTTTGGGTGGGCGAAAGAGAAGGGGCAGAAGTCTCTTGCTTTAGATACAGCGATTT
GGATGTGGCAGTTGCTCTTTGCAGAAAGAGAGTGGCCATTGGTGAATCACTGGTGTGATT
TCTTGCAGGATGTCACAACAAGGCCATATCTAAAGACACATGGGCACAGCTCCTGGAGTT
TGCAAGGACTGTGGACCCAGCGCTGTCAAATTACGATGCAGAAGGAGCATGGCCTTACCT
CATCGATGAGTTCGTTGAGTACCTGTATGACAAGAGCGTTGTTGAGAAGTATCTGGCCAA
TTGGGAGAAGTACTCAGCTCTATTTTCACAGTGGTCCTTGCTCATTATTTATTAATAGAC
TTTTGTGTGTTCTTGTCCGAATCTTCATCGTCATATTTTGATGATCAAATAACTAAGATG
TCCAACTTTCAGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX17TF U 1
AF RR3EX17JQ C 227
BS 1 660 RR3EX17TF
BS 661 975 RR3EX17JQ

RD RR3EX17TF 663 0 0
GGGAGTCACTCCCCTCTCTTCTCTCGCGGCGCTCTCCTTCGATTTACCTTGTTAGGGTTT
TCGCCTCGCCTGCACAGCACACGATGCATAAGTTGAGTAGAAGCAACCGCGATAAACTTC
AGCAGTTCGTGGCTATCACTGGAGCTAGTGAGAAGAATGCTCTTCAGGCTCTCAAAGCCT
GCGATTGGCAGCTCGAAGCAGCTTTTGATGTCTTTTACAGCCAGCCTCAGCCAAGAAGCA
ATGGCGATATGAGACGCTTGGAGGAGCTCTACAATAGATATAAAGACCCCTATTCTGATA
TGATTCTGGCCGAAGGTATCTCGGTTCTGTGTAGTGATCTTCAGGTGGAACCCCAAGACA
TTGTCACGTTGATTCTTTCGTGGCATATGAATGCTGCCACAGCGTGTGAATTTTCCAAGG
AAGAATTTTTTGGTGGATTACAGGCATTAGGAGTAGATTCCATTGGAAAGTTGCAGGAAA
AGCTGTCCTTTATGCGTTCAGAGCTTAAAGATGAACAAAAGTTCCATGACATATACAACT
TTGCTTTTGGGTGGGCGAAAGAGAAGGGGCAGAAGTCTCTTGCTTTAGATACAGCGATTT
GGATGTGGCAGTTGCTCTTTGCAGAAAGAGAGTGGCCATTGGTGAATCACTGGTGTGATT
CTT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3EX17JQ 749 0 0
TCAGCCAAGAAGCAATGGCGATATGAGACGCTTGGAGGAGCTCTACAATAGATATAAAGA
CCCCTATTCTGATATGATTCTGGCCGAAGGTATCTCGGTTCTGTGTAGTGATCTTCAGGT
GGAACCCCAAGACATTGTCACGTTGATTCTTTCGTGGCATATGAATGCTGCCACAGCGTG
TGAATTTTCCAAGGAAGAATTTTTTGGTGGATTACAGGCATTAGGAGTAGATTCCATTGG
AAAGTTGCAGGAAAAGCTGTCCTTTATGCGTTCAGAGCTTAAAGATGAACAAAAGTTCCA
TGACATATACAACTTTGCTTTTGGGTGGGCGAAAGAGAAGGGGCAGAAGTCTCTTGCTTT
AGATACAGCGATTTGGATGTGGCAGTTGCTCTTTGCAGAAAGAGAGTGGCCATTGGTGAA
TCACTGGTGTGATTTCTTGCAGGATGTCACAACAAGGCCATATCTAAAGACACATGGGCA
CAGCTCCTGGAGTTTGCAAGGACTGTGGACCCAGCGCTGTCAAATTACGATGCAGAAGGA
GCATGGCCTTACCTCATCGATGAGTTCGTTGAGTACCTGTATGACAAGAGCGTTGTTGAG
AAGTATCTGGCCAATTGGGAGAAGTACTCAGCTCTATTTTCACAGTGGTCCTTGCTCATT
ATTTATTAATAGACTTTTGTGTGTTCTTGTCCGAATCTTCATCGTCATATTTTGATGATC
AAATAACTAAGATGTCCAACTTTCAGACT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL4642Contig1 979 2 2 U
GAAGAGAGAAGATATCTTTCAGAAACTAAGATCAAGGGGAAGTTTGCAGGTGCTGTTGGG
AACTACAACGCTCATATCTCAGCGTATCCTAATATCGACTGGCCTCATGTTGCAGAGGAG
TTTGTTACTTCTCTCGGATTAACCTTTAACCCATACGTCACTCAGATTGAGCCTCATGAC
TATATGGCTAGACTTTTCAACACAATCAGCCAGTTCAACAATATCTTGATTGATTTCGAC
AGAGATATGTGGAGCTACATATCTCTAGGTTACTTTAAGCAGATAACTAAAGCTGGTGAG
ATCGGATCATCCACAATGCCTCACAAAGTGAATCCTATTGACTTTGAGAACAGTGAAGGG
AATCTTGGTAAAGCTAACGCGGAGCTTGCTTTCCTCAGCATGAAGCTTCCCATTTCACGA
ATGCAGCGTGACTTAACTGATTCGACTGTCTTGAGGAACATGGGTGGAGCTTTAGGACAC
TCTCTTCTTGCTTACAAGAGTGCCATACAGGGAATCAGGAAGCTTCAGGTTAATGAAGCT
CGGTTAAAAGAAGATTTGGATCAAACCTGGGAAGTCCTTGCTGAACCAATACAAACTGTG
ATGAGGAGGTATGGTGTTCCAGAGCCGTATGAGAAGCTGAAGGAGCTGACAAGAGGAAGA
GCTGTGAATGAAGAAAGTATAAGAGAGTTTATCAAAGGTTTGGATTTGCCTGAAGAAGCA
AAATCTCAACTTTTAAAGTTAACACCACACACATATGTTGGTGCTGCTGCTGCTTTGGCT
TTGGCCGTCGATGAAGCTCTGCACTTGGGACGTTGATGATGATCAAATCGGTGATAAGGT
TTGGTGTTGTATTATTAATGCCTCTCTTCCAAATGAAATGGCAAGAAAGAAACTGTGATA
CAACATTGTCGTTTTGTATGATGGGGATTATTTTTGTACTGTTGTGTTATGTTCTTTCCT
TCTTACCTGATTTTGACAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AF96TF U 1
AF RR3AF96JQ C 239
BS 1 694 RR3AF96TF
BS 695 979 RR3AF96JQ

RD RR3AF96TF 694 0 0
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AACTACAACGCTCATATCTCAGCGTATCCTAATATCGACTGGCCTCATGTTGCAGAGGAG
TTTGTTACTTCTCTCGGATTAACCTTTAACCCATACGTCACTCAGATTGAGCCTCATGAC
TATATGGCTAGACTTTTCAACACAATCAGCCAGTTCAACAATATCTTGATTGATTTCGAC
AGAGATATGTGGAGCTACATATCTCTAGGTTACTTTAAGCAGATAACTAAAGCTGGTGAG
ATCGGATCATCCACAATGCCTCACAAAGTGAATCCTATTGACTTTGAGAACAGTGAAGGG
AATCTTGGTAAAGCTAACGCGGAGCTTGCTTTCCTCAGCATGAAGCTTCCCATTTCACGA
ATGCAGCGTGACTTAACTGATTCGACTGTCTTGAGGAACATGGGTGGAGCTTTAGGACAC
TCTCTTCTTGCTTACAAGAGTGCCATACAGGGAATCAGGAAGCTTCAGGTTAATGAAGCT
CGGTTAAAAGAAGATTTGGATCAAACCTGGGAAGTCCTTGCTGAACCAATACAAACTGTG
ATGAGGAGGTATGGTGTTCCAGAGCCGTATGAGAAGCTGAAGGAGCTGACAAGAGGAAGA
GCTGTGAATGAAGAAAGTATAAGAGAGTTTATCA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3AF96JQ 741 0 0
ACAGAGATATGTGGAGCTACATATCTCTAGGTTACTTTAAGCAGATAACTAAAGCTGGTG
AGATCGGATCATCCACAATGCCTCACAAAGTGAATCCTATTGACTTTGAGAACAGTGAAG
GGAATCTTGGTAAAGCTAACGCGGAGCTTGCTTTCCTCAGCATGAAGCTTCCCATTTCAC
GAATGCAGCGTGACTTAACTGATTCGACTGTCTTGAGGAACATGGGTGGAGCTTTAGGAC
ACTCTCTTCTTGCTTACAAGAGTGCCATACAGGGAATCAGGAAGCTTCAGGTTAATGAAG
CTCGGTTAAAAGAAGATTTGGATCAAACCTGGGAAGTCCTTGCTGAACCAATACAAACTG
TGATGAGGAGGTATGGTGTTCCAGAGCCGTATGAGAAGCTGAAGGAGCTGACAAGAGGAA
GAGCTGTGAATGAAGAAAGTATAAGAGAGTTTATCAAAGGTTTGGATTTGCCTGAAGAAG
CAAAATCTCAACTTTTAAAGTTAACACCACACACATATGTTGGTGCTGCTGCTGCTTTGG
CTTTGGCCGTCGATGAAGCTCTGCACTTGGGACGTTGATGATGATCAAATCGGTGATAAG
GTTTGGTGTTGTATTATTAATGCCTCTCTTCCAAATGAAATGGCAAGAAAGAAACTGTGA
TACAACATTGTCGTTTTGTATGATGGGGATTATTTTTGTACTGTTGTGTTATGTTCTTTC
CTTCTTACCTGATTTTGACAT

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL4643Contig1 931 2 2 U
GTGATGAACACATGGAAGAGATATGATCTGTTGAAGAAGTCTGTTTCGCACTACGCATCG
TGTTCTAGGCTCGACTCCATCCACATTGTGTGGAGCGAGCCTAACCCTCCTTCAGAGTCT
CTCAAGAAGTATCTTGAGAAGGTTGTGAAGAAGAAAGCTAGAGATGGGCACGAAGTCGAG
CTTAGGTTTGATGTTAACAGAGAAGACAGTTTGAACAATAGGTTTAAAGAGATTCAAGAC
TTGAAAACAGACGCTGTGTTCTCGATTGATGATGATATTATATTCCCTTGTCACACGGTG
GATTTCGCTTTCAATGTTTGGGAGAGTGCTCCAGAGACTATGGTTGGGTTCGTGCCTCGT
GTCCATTGGCCTGAACAATCGAATGGTAAAGCTGATTACTACACCTACAGTGGATGGTGG
TCTGTTTGGTGGAGTGGTACATATAGCATGGTACTCTCAAAGGCAGCTTTCTTCCACAAA
AAGTTCCTAACCCTTTACACCAACGACATGCCGGCATCTATTAGAGAATTCACAACCAAG
AACAGGAACTGTGAAGATATCGCAATGTCATTCCTCATCGCAAATGCTACAAACGCTCCT
CCTATATGGGTTAAAGGTAAGATATATGAAATAGGTTCAACAGGAATCAGTAGCATAGGA
GGGCACACAGAGAAAAGAACGCACTGCGTAAACCGGTTTGTAGCAGAGTTCGGAAGAATG
CCACTTGTATATACTTCGATGAAAGCCGTGGATAGTCGCAGTTTATGGTTTTGGTGATTG
CTCTTTTTTTTCCACTCTGGTTACTACTGCTTCTTCACGTTCTAGCTTTAGTGTATGATG
TACCCTATTGTAACTTTTGTAACATTACTGTGAGAAAAGAAACTCTTTTTTTTTAATGCT
AAAAATGAGTTATATATATACTCATACACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C708TF U 1
AF RR3C708JQ C 191
BS 1 654 RR3C708TF
BS 655 931 RR3C708JQ

RD RR3C708TF 654 0 0
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TGTTCTAGGCTCGACTCCATCCACATTGTGTGGAGCGAGCCTAACCCTCCTTCAGAGTCT
CTCAAGAAGTATCTTGAGAAGGTTGTGAAGAAGAAAGCTAGAGATGGGCACGAAGTCGAG
CTTAGGTTTGATGTTAACAGAGAAGACAGTTTGAACAATAGGTTTAAAGAGATTCAAGAC
TTGAAAACAGACGCTGTGTTCTCGATTGATGATGATATTATATTCCCTTGTCACACGGTG
GATTTCGCTTTCAATGTTTGGGAGAGTGCTCCAGAGACTATGGTTGGGTTCGTGCCTCGT
GTCCATTGGCCTGAACAATCGAATGGTAAAGCTGATTACTACACCTACAGTGGATGGTGG
TCTGTTTGGTGGAGTGGTACATATAGCATGGTACTCTCAAAGGCAGCTTTCTTCCACAAA
AAGTTCCTAACCCTTTACACCAACGACATGCCGGCATCTATTAGAGAATTCACAACCAAG
AACAGGAACTGTGAAGATATCGCAATGTCATTCCTCATCGCAAATGCTACAAACGCTCCT
CCTATATGGGTTAAAGGTAAGATATATGAAATAGGTTCAACAGGAATCAGTAGC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3C708JQ 741 0 0
ATGTTAACAGAGAAGACAGTTTGAACAATAGGTTTAAAGAGATTCAAGACTTGAAAACAG
ACGCTGTGTTCTCGATTGATGATGATATTATATTCCCTTGTCACACGGTGGATTTCGCTT
TCAATGTTTGGGAGAGTGCTCCAGAGACTATGGTTGGGTTCGTGCCTCGTGTCCATTGGC
CTGAACAATCGAATGGTAAAGCTGATTACTACACCTACAGTGGATGGTGGTCTGTTTGGT
GGAGTGGTACATATAGCATGGTACTCTCAAAGGCAGCTTTTTTCCACAAAAAGTTCCTAA
CCCTTTACACCAACGACATGCCGGCATTTATTAGAGAATTCACAACCAAGAACAGGAACT
GTGAAGATATCGCAATGTCATTCCTCATCGCAAATGCTACAAACGCTCCTCCTATATGGG
TTAAAGGTAAGATATATGAAATAGGTTCAACAGGAATCAGTAGCATAGGAGGGCACACAG
AGAAAAGAACGCACTGCGTAAACCGGTTTGTAGCAGAGTTCGGAAGAATGCCACTTGTAT
ATACTTCGATGAAAGCCGTGGATAGTCGCAGTTTATGGTTTTGGTGATTGCTCTTTTTTT
TCCACTCTGGTTACTACTGCTTCTTCACGTTCTAGCTTTAGTGTATGATGTACCCTATTG
TAACTTTTGTAACATTACTGTGAGAAAAGAAACTCTTTTTTTTTAATGCTAAAAATGAGT
TATATATATACTCATACACTG

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL4644Contig1 841 2 2 U
TTTTTCCACCTCTCCCTTCTATATAAATGCATACAAATGAGTTACTCTTATCATCCACTC
ATCAGTAAATTAAGAAAGAGAGATGGCATCTTCTAAAGTATCTTGCATGCTTGTCTCTCT
CCTTCTTCTCGTTCTTGTACTTTCCGGTATGGATAAAGCCCTGGGTGAACCATTTCAGCT
CCGCAACCGCAAACTTAAAGTGACTGATCATCATGATCAAGTGACGACAGACCGACGTCT
CGCTGTTACTACTAAGCGTGTTTTGTTCCGTAAACCGAATGGGTTGGTAGGGGTGATGCC
GAAGGTGCCGGATTTGATGGCAAACCCGAAGGTGTTGGAATTCATGAAAAAAAACCCGAC
GGTGTCAAACCCGAAGCTGTTGGAATGGGTGAAAAAAAACCCGAAAAAGACGTCGGAAAT
TTTGTCGGAATGGGTGAAACAAAACCCGAAAAAGACGTCGGAATGGATGAAAAAAACCCG
AATGTGTTGGAATGGGTGAAAAAAAATCCGAAGAAGGCATCAGAATGGGTGAAAAAGATC
CAGGACTTGATGGGCGCTATACCTCCGCCCCCTCCATCGTCGGAATGCGAGAAAAATGAC
GACGAATGTAAAAGGCTTGTGAAAGAGGCGAAGGCAAAATCCCCTCTACCGCCTTAAAGG
TTTTCCAAAGGCGAAAGCATATGATTCCACAAATTTCTTGATGAAAAAATATTTTCACAA
GTTGTCACCATAAATGTAATTCTGAAATTTTTTTGCAAAATAAAAGATATTATGCCACTT
GTGATGATGGTATGATGATATGTTGTTACAAGTTTTTAAGCTATTGTAGAACTGTTTTAT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3CR36TF U 1
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CCTTCTTCTCGTTCTTGTACTTTCCGGTATGGATAAAGCCCTGGGTGAACCATTTCAGCT
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CGCTGTTACTACTAAGCGTGTTTTGTTCCGTAAACCGAATGGGTTGGTAGGGGTGATGCC
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QA 1 596 1 596
DS 

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GACGACAGACCGACGTCTCGCTGTTACTACTAAGCGTGTTTTGTTCCGTAAACCGAATGG
GTTGGTAGGGGTGATGCCGAAGGTGCCGGATTTGATGGCAAACCCGAAGGTGTTGGAATT
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GAAAAAGACGTCGGAAATTTTGTCGGAATGGGTGAAACAAAACCCGAAAAAGACGTCGGA
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GAATGGGTGAAAAAGATCCAGGACTTGATGGGCGCTATACCTCCGCCCCCTCCATCGTCG
GAATGCGAGAAAAATGACGACGAATGTAAAAGGCTTGTGAAAGAGGCGAAGGCAAAATCC
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GAAAAAATATTTTCACAAGTTGTCACCATAAATGTAATTCTGAAATTTTTTTGCAAAATA
AAAGATATTATGCCACTTGTGATGATGGTATGATGATATGTTGTTACAAGTTTTTAAGCT
ATTGTAGAACTGTTTTATT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

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CATGGACAACGTTTGCTCC


BQ
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AF RR3A179JQ C 1
AF RR3A179TF U 1
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GGTGGTATACGCGCTTTCGCCGTTTCAGCAGAAGATAATGACCGGACTCTGGAAGGATCT
CCCCGAGAAGATCCACCACAAGGTCTCCGAGAACTGGATCAGCGCCACTCTCCTCCTCAC
TCCTGTCCTCGGAACCTACTGGTATGCTCAGCACTTCCAGGAACAGGAGAAACTCGAGCA
CAGGTTCTGAAACATGAAGCCCACTCCCTCTACTACTACAACTATTTGACTTTGGTCGGA
AGCCAAATTCTCTTCATAGAATTTTTGATTCAGTTATTTACTGAAACTGGCTAATTTCCA
AATAAATGTTTTGGCTCATGACAATCACTGTTGATATGTATCTTTCTTGATATAATATCA
CATGGACAACGTTTGCTCC

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DS 

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GGTGGTATACGCGCTTTCGCCGTTTCAGCAGAAGATAATGACCGGACTCTGGAAGGATCT
CCCCGAGAAGATCCACCACAAGGTCTCCGAGAACTGGATCAGCGCCACTCTCCTCCTCAC
TCCTGTCCTCGGAACCTACTGGTATGCTCAGCACTTCCAGGAACAGGAGAAACTCGAGCA
CAGGTTCTGAAACATGAAGCCCACTCCCTCTACTACTACAACTATTTGACTTTGGTCGGA
AGCCAAATTCTCTTCATAGAATTTTTGATTCAGTTATTTACTGAAACTGGCTAATTTCCA
AATAAATGTTTTGGCTCATGACAATCACTGTTGATATGTATCTTTCTTGATATAATATCA
CATGGACAACGTTTGCTCC

QA 1 439 1 439
DS 



AS 1 2

CO CL4646Contig1 595 2 11 U
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TGGGCGAGGTCAAATGCAGAAACCGTTTGAGGAAGCAACATACGCACTGAAGGTGGGAGA
TATAAGCGAGATTGTGGACACAGACAGTGGAGTCCATATCATAAAGAGAACAGCTTGATG
ATCTGTTTATCTCCTTCAAAGCCTCCTCATATCATGTACCAAAAGCTACCAGCTTTTTTG
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TCTGCATCTTTATATGGATTTGATACAACCAAACATATGATAAAGACAAGAAACTGTATC
TTAGTTACTTCTCATAATTTCATAATAACGAATTTCTGTTGTGACGGTGACTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C729JQ C 1
AF RR3GQ23TF U 105
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RD RR3C729JQ 595 0 0
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TATAAGCGAGATTGTGGACACAGACAGTGGAGTCCATATCATAAAGAGAACAGCTTG***
ATCTGTTTATCTCCTTCAAAGCCTCCTCATATCATGTACCAAAAGTTACCAGCTTTTT*G
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TTAGTTACTTCTCATAATTTCATAATAACGAATTTCTGTTGTGACGGTGACTTGT

QA 1 595 1 595
DS 

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G
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CTGCCAGCTTTTTTGATTTACCTTCTCTTCTTTGACCAAAGATAGAAGGTGGATAATAAG
ATAAAAAGCTTTGGTTCTGCATCTTTATATGGATTTGATACAATGAAACATATGATAAAG
ACAAGAAACTGTATCTTAGTTACTTCTCATAATTTCATAATAACGAATTTCTGTTGTGAC

QA 2 481 2 481
DS 



AS 1 2

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CTGGACCTAACATCACTTCCGGAGCTGCAATGTTTAACATGGAATATGGGAGATGGCTAG
AGGATGATAACCGGCATATATCGGAGATTCGGACCGGTCTGCAGGCTCACTTATCTGACA
ATGATTTAAGGTTGATAGTTGACAGTTACATCGCTCACTTCGATGAGGTATTTAGATTGA
AAGCCGTGGGCGCGAAAGCCGATGTTTTCCACCTCATCATCGGAACATGGATGTCCCCTG
CCGAACGCTGTTTTTTTTGGATGGCCGGTTTCCGTCCGTCTGACTTTATCAAGATATTGG
TGTCACAAATGGATCTATTGACGGAGCAGCAGCTGATGGGAATATATGGCCTACAACACT
CATCGCAACAAGCAGAGGAGGCTCTCTCACAAGGCCTCGAACAACTTCAGCAATCTCTCA
TGGATACCCTTGCTGCCTCTCAAGTCATCGACGGTATGCAACAAATAGCCGTCGCTCTCG
GCAAAGTTTTTAACCTCGAAGGCTTTATTCGCCAGGCTGATAACTTGAGGCAGCAAACCG
TTCACCAGCTGCGGCGGATCTTGACTGTTCAGCAAGCAGCTCGGTGTTTTCTAGTCGTCG
GAGAGTATTATGGACGGCTCAGAGCTCTTAGCTCTCTTTGGCTATCTAGACCACGAGAGA
CATTGATAAGTGATGAAACATCTTGCCAAACGACTATGGATCTGCAGATGGTTCAGTCAT
CCCGCAACCATTTCTCCAATTTCTGAATCGAAATTGGAATCTCTATGACTAAATGGCCAA
GTTCCTTTGTCTTGCTTTCACTTGTCGATCACTCTATTTCCTTTATGTTGTACTAGTAAT
ATAGATCTTTCTTTCACGTCGTTTTTAATTATATGAAATTTACGTACCACGT


BQ
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AF RR3F064TF U 1
AF RR3F064JQ C 367
BS 1 680 RR3F064TF
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BS 782 1192 RR3F064JQ

RD RR3F064TF 781 0 0
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G

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3F064JQ 826 0 0
GA
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AGGT*GATAGTTGACAGTTACATCGCTCACTTCGATGAGGTATTTAGATTGAAAGCCGTG
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TGTTTTTTTTGGATGGCCGGTTTCCGTCCGTCTGACTTTATCAAGATATTGGTGTCACAA
ATGGATCTATTGACGGAGCAGCAGCTGATGGGAATATATGGCCTACAACACTCATCGCAA
CAAGCAGAGGAGGCTCTCTCACAAGGCCTCGAACAACTTCAGCAATCTCTCATGGATACC
CTTGCTGCCTCTCAAGTCATCGACGGTATGCAACAAATAGCCGTCGCTCTCGGCAAAGTT
TTTAACCTCGAAGGCTTTATTCGCCAGGCTGATAACTTGAGGCAGCAAACCGTTCACCAG
CTGCGGCGGATCTTGACTGTTCAGCAAGCAGCTCGGTGTTTTCTAGTCGTCGGAGAGTAT
TATGGACGGCTCAGAGCTCTTAGCTCTCTTTGGCTATCTAGACCACGAGAGACATTGATA
AGTGATGAAACATCTTGCCAAACGACTATGGATCTGCAGATGGTTCAGTCATCCCGCAAC
CATTTCTCCAATTTCTGAATCGAAATTGGAATCTCTATGACTAAATGGCCAAGTTCCTTT
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TTCTTTCACGTCGTTTTTAATTATATGAAATTTACGTACCACGT

QA 3 826 3 826
DS 



AS 1 2

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AACATGGACCCGCCTCAGACTCCTTCTTCCTTCATGAAGCCTCGTCCGTCGACCGCCTCT
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AAAGAGGTCGACATGGTCATCATCCCCGCGACAACAGGACAAATGGGTGTGTTGCCTGGA
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ATCAAAAAATACTTCGTGAGCAGTGGTTTCGCTTTTCTCCACGCAAACTCCGTCGCTGAC
ATCATAGCGGTTGAGGCCGTACCGCTTGAGAACATTGACGCAAGTCAAGTCCAAAAGGGT
TTAGCTGAGTTCACACAGAAACTTGCTTCTGCCACAACGGACCTTGAGAAAGCTGAAGCA
CAGATTGGTGTCGAAGTTCACAGTGCTATGAACGCAGCTCTCTCAGGCTAATAGAAGTTT
CTCTTTTTCTCTCTCATTAAAACAAAATCATTTGGGTTTACAAAATGAAAGTTCCCTTTT
TTTACTACAGCAAAGGATGATTTTTCCTTGTTTTAACCGTGTTGGAGTTTGTTTGAATAA
TAAAAGAATTTGTGGAAGGCACAAACCG


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H268TF U 1
AF RR3H268JQ C 241
BS 1 646 RR3H268TF
BS 647 647 RR3H268JQ
BS 648 681 RR3H268TF
BS 682 684 RR3H268JQ
BS 685 704 RR3H268TF
BS 705 808 RR3H268JQ

RD RR3H268TF 710 0 0
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AAAGAGGTCGACATGGTCATCATCCCCGCGACAACAGGACAAATGGGTGTGTTGCCTGGA
CACGTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAACCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACCGAC
ATCAAAAAATACTTCGTGAGCAGTGGTTTCGCTTTTCTCCACGCAAACTCCGTCGCTGAC
ATCATAGCGGTTGAGGCCGTACCGCTTGAGAACATTGACGCAAGTCAAGTCCAAAAGGGT
TTAGCTGAGTTCACACAGAAACTTGCTTCTGCCACAACGGACCTTGAGAAAGCTGAAGCA
CAGATTGGTGTCGAAGTTCACAGTGCTATGAACGCAGCTCTCTCAG*CTAATAGAAGTTT
CTCTTTTTCTCTCTCATTAAA**CAAATCATTTGGGTTTACAAA
TGAAAG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3H268JQ 568 0 0
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AAAGAGGTCGACATGGTCATCATCCCCGCGACAACAGGACAAATGGGTGTGTTGCCTGGA
CACGTTCCAACAATCGCTGAGCTGAAACCCGGTATCATGTCCGTTCACGAAGGCACCGAC
ATCAAAAAATACTTCGTGAGCAGTGGTTTCGCTTTTTTCCACGCAAACTCCGTCGCTGAC
ATCATAGCGGTTGAGGCCGTACCGCTTGAGAACATTGACGCAAGTCAAGTCCAAAAGGGT
TTAGCTGAGTTCACACAGAAACTTGCTTTTGCCACAACGGACCTTGAGAAAGCTGAAGCA
CAGATTGGTGTCGAAGTTCACAGTGCTATGAACGCAGCTCTTTCAGGCTAATAGAAGTTT
TTCTTTTTCTCTCTCATTAAAACAAAATCATTTGGGTTTACAAAATGAAAGTTCCCTTTT
TTTACTACAGCAAAGGATGATTTTTCCTTGTTTTAACCGTGTTGGAGTTTGTTTGAATAA
TAAAAGAATTTGTGGAAGGCACAAACCG

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL4649Contig1 445 2 1 U
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AAGAGGGAAATGGCGGGACCTGACCAAGCAGCGAAACAGTCAAGTGAAGTGTTGTGCCAA
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GGACTTGGCTACATGGTCTTGTACAGTAAAAAGAAGCCAGAAGCTTCAGCAGGCGACGTC
GCTAAAGTTATATCAGGTGTTGCTGGTACTCCTGAGAATACTCGTCCTCGTAATTAACCC
TTTTTGTTACATTTTCTTTTGAATCGGTAAGACTTAATATTATCTTCATATAGTGAATCT
TATAAATATTTCAAACATTTTTATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AX47JQ C 1
AF RR3AX47TF U 1
BS 1 445 RR3AX47TF

RD RR3AX47JQ 445 0 0
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AAGAGGGAAATGGCGGGACCTGACCAAGCAGCGAAACAGTCAAGTGAAGTGTTGTGCCAA
CGGCGATCATTAGGGATATGTCCTGTAAGAGCAGCGGCGGTTGGATTTGTGATAATTGGT
GGACTTGGCTACATGGTCTTGTACAGTAAAAAGAAGCCAGAAGCTTCAGCAGGCGACGTC
GCTAAAGTTATATCAGGTGTTGCTGGTACTCCTGAGAATACTCGTCCTCGTAATTAACCC
TTTTTGTTACATTTTCTTTTGAATCGGTAAGACTTAATATTATCTTCATATAGTGAATCT
TATAAATATTTCAAACATTTTTATC

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR3AX47TF 445 0 0
GGAAACTCTACAAAACAGTTTATAGAAGAAACTTCTTTGGGAGATAAAAGTAACTTATAG
AGAAAGGCATTATATAAATTCTCAGAAAAGAAAGACGCTATATACATAAAGAGATAATAA
AAGAGGGAAATGGCGGGACCTGACCAAGCAGCGAAACAGTCAAGTGAAGTGTTGTGCCAA
CGGCGATCATTAGGGATATGTCCTGTAAGAGCAGCGGCGGTTGGATTTGTGATAATTGGT
GGACTTGGCTACATGGTCTTGTACAGTAAAAAGAAGCCAGAAGCTTCAGCAGGCGACGTC
GCTAAAGTTATATCAGGTGTTGCTGGTACTCCTGAGAATACTCGTCCTCGTAATTAACCC
TTTTTGTTACATTTTCTTTTGAATCGGTAAGACTTAATATTATCTTCATATAGTGAATCT
TATAAATATTTCAAACATTTTTATC

QA 1 445 1 445
DS 



AS 1 2

CO CL4650Contig1 725 2 2 U
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TTTCTAGAACTTTTGCCTATTGTTCTCCAAACACAAATTATCCTTCGCCTAGCAAAGGAC
TCTTTAGACTCAGTCCGCAACATCCTCTACGCATTCCCTGCGTTGTCAGAAGCTGCTGCG
AGTCCCATAGTTTTGAGAAACTTAAATCTCCATCAGCTTACCTCTCAATCACTTTCATTG
CTACACGGATCTCGGGTTCTGATCGACACATGCATTTTTGCTGGTAACTTGGAAGCCCAT
TACCTCCGAGGCATGGAAGAATATTTTCATAAAGAAAACATTACTGAGGGTTTGGCACAT
CTACAAAGGGCAGCGGAAGGTTTGTATGATAAAGCTATTTATCTGTATGCTATAATAATG
ATTGCTAGAGGGCATCCGGCAATCGGTGAACCCCTGCTGGATTCACTTGGATGGCAAGAG
AACAAGGGGCGAGCCGACGCGTGCTGGGATAGCATCAAGACATCACTCCATGGAGTTGAA
GTCAGGAGGTTTGAAATTTACATGGTAACATACAGAGGTATTAGAGCAACAATAACGTGC
CACAGAAACAGTTTAGGTACCAGATGTGAAACATGTTATTATTTCAAGCAGTTGAAAAAA
TTTGTATTCATTATCTAGATAAATTGTGTAACTCCAAGATATCCAATCTCTATTACCATA
ATATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3CZ08TF U 1
AF RR3CZ08JQ C 175
BS 1 616 RR3CZ08TF
BS 617 725 RR3CZ08JQ

RD RR3CZ08TF 624 0 0
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TCTTTAGACTCAGTCCGCAACATCCTCTACGCATTCCCTGCGTTGTCAGAAGCTGCTGCG
AGTCCCATAGTTTTGAGAAACTTAAATCTCCATCAGCTTACCTCTCAATCACTTTCATTG
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TACCTCCGAGGCATGGAAGAATATTTTCATAAAGAAAACATTACTGAGGGTTTGGCACAT
CTACAAAGGGCAGCGGAAGGTTTGTATGATAAAGCTATTTATCTGTATGCTATAATAATG
ATTGCTAGAGGGCATCCGGCAATCGGTGAACCCCTGCTGGATTCACTTGGATGGCAAGAG
AACAAGGGGCGAGCCGACGCGTGCTGGGATAGCATCAAGACATCACTCCATGGAGTTGAA
GTCAGGAGGTTTGAAATTTACATGGTAACATACAGAGGTATTAGAGCAACAATAACGTGC
CACAGAAACAGTTTAG
TACCAGAT

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3CZ08JQ 551 0 0
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TCATTGCTACACGGATTTCGGGTTCTGATCGACACATGCATTTTTGCTGGTAACTTGGAA
GCCCATTACCTCCGAGGCATGGAAGAATATTTTCATAAAGAAAACATTACTGAGGGTTTG
GCACATCTACAAAGGGCAGCGGAAGGTTTGTATGATAAAGCTATTTATCTGTATGCTATA
ATAATGATTGCTAGAGGGCATCCGGCAATCGGTGAACCCCTGCTGGATTCACTTGGATGG
CAAGAGAACAAGGGGGGAGCCGACGCGTGCTGGGATAGCATCAAGACATCACTCCATGGA
GTTGAAGTCAGGAGGTTTGAAATTTACATGGTAACATACAGAGGTATTAGAGCAACAATA
ACGTGCCACAGAAACAGTTTAGGTACCAGATGTGAAACATGTTATTATTTCAAGCAGTTG
AAAAAATTTGTATTCATTATCTAGATAAATTGTGTAACTCCAAGATATCCAATCTCTATT
ACCATAATATA

QA 1 551 1 551
DS 



AS 1 2

CO CL4651Contig1 1058 2 2 U
TTTTTATCTAAACATTCTCCTAAAATCTTCCACAACATCGAGGGATTTGTCGTTGGGCCC
AAACCATGATGAGACTTGTACGAGGACCAAAGTACAACGGGAAATACCTTCACGAAGTAA
TCCAAGGTTACTTGGGAGACACGCGACTGACTCAAACTATGACAAACGTTGTCATACCTT
GCTTCGACATCAAGAAACTTCAGCCAGTTATCTTCTCTTCTTACCAGGCGGCGAGTCATC
AAGTTATCGACGCAAAACTATCAGATGTATGCATAAGCACATCAGCGGCACCAACTTATT
TCCCGGCTCATCGATTCACTAACGAAGACAATGAAGGAAACAAACATGAGTTTAACCTCA
TTGACGGTGGTATATCTGCCAATAACCCGACGCTATGTGCGATTGCGGAAGTGACAAAGC
AGATAGTGAAGAAGAATCCAGCAATGGGAGAGATTAGCCCATTGGATTATACAAGATTCA
TGGTGATATCACTTGGGACAGGTTTGATTAGGAACCAAGAGAAGTATGATGCAAAAATGG
CGTCAAAATGGGGGGATGTTAAGTTGGATCTATGGAAATGGTTCGACTCCAATTCTTGAT
TGTTACAGTGAAGCCATTCACGATATGGTTGATTACCAAAGCTCTGTTGTCTTTCAAGCT
CTTCTTTCCGAGAACAATTATTTGCGTATCGATGACGATACGTTGAATGGTGACTTAAGT
TCAGTGGACTTATCGACAGAAGAGAACATGAAAGGTCTTGTTCAAGTTGGTGAAGCTTTA
TTGAAGAAAAATGTTTCTCGTGTCAATCTCGAAACCGGCCATTACGAACCCATCTCTGAT
CACGTAACTAACGAAGAAGCTCTCAAAAGGTTTGCGAAGGTTCTGTCAGAAGAAAGGAAA
CTCAGAGAATCAAGATCTCCTAAACTCAAGATTTGATTTTATAAATGTACCCAAAAATAA
TCTGTAAAACTCATTGTTTGTATCTATCTGTGTGAATACATAGTTTCACTTTACTTTGTG
AACAAAAGAATATATGAATATGAATATGATTTCATGCC


BQ
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AF RR3GL26TF U 1
AF RR3GL26JQ C 289
BS 1 737 RR3GL26TF
BS 738 1058 RR3GL26JQ

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GCTTCGACATCAAGAAACTTCAGCCAGTTATCTTCTCTTCTTACCAGGCGGCGAGTCATC
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TCAGTGGACTTATCGAC

QA 1 737 1 737
DS 

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GGTGACTTAAGTTCAGTGGACTTATCGACAGAAGAGAACATGAAAGGTCTTGTTCAAGTT
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CCCATCTCTGATCACGTAACTAACGAAGAAGCTCTCAAAAGGTTTGCGAAGGTTCTGTCA
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ACCCAAAAATAATCTGTAAAACTCATTGTTTGTATCTATCTGTGTGAATACATAGTTTCA
CTTTACTTTGTGAACAAAAGAATATATGAATATGAATATGATTTCATGCC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

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TGTGTTACGTGATACAGCAAGCGAAGACAGGAGGACAAGCTTTGAAGGATCTTGGTGTCC
AAGAAGATAAAATTATTCAGCTTCCAAATTCTTGTCAGCTCCACAACGCTAGCATCTCCG
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BQ
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AF RR3E013JQ C 1
AF RR3E013TF U 1
BS 1 311 RR3E013TF
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ATATATTTGTATGGTTTACGTTTAAATCCAAGAAATGCATGTTGTTGATTAATGGATTTG
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DS 

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GCAGCCAAGATTTTCAAAAGGTGACATTATGTTTGGATTTCGCGACCGGGAAGGCACCAA
ATCCGTCCAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGATACAAAAGAGAGGGATCCAAAGTGTT
TGTGTTACGTGATACAGCAAGCGAAGACAGGAGGACAAGCTTTGAAGGATCTTGGTGTCC
AAGAAGATAAACTTATTCAGCTTCCAACTTCTTGTCAGCTCCACAACGCTAGCATCTCCG
ACTGTCCAAGTACGTTTTGGGTCCTTTTCATACTATTACTTTTAATTATTTTTAGTTCAT
ATATATTTGTATGGTTTACGTTTAAATCCAAGAAATGCATGTTGTTGATTAATGGATTTG
GTATCTCAGCATTGCATTTTTGAGG

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 2

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ATCCTGAAAAGTTTCATGGAAGAGCAGATGGATGTTCAAGGTCTCAGTGCGGCTTTGTGA
ACCATGGTTTCCTTGTGAATTTGGTGGCAACTCTTTTCAACAAGATCTAAGAGCTTCTCC
AGATTCACTGCCCACGAGTTTAGAATCTCGTTGCTGTCCTTTGAGACCTGGAAGCACACA
ATCCCTGATGGTCTGTCGATTTTTGCAATCAGTGCTTTCGACACGACCATCTCCGAGAGA
TGCTTCTCCGCCTCCTCAATGCTCAGACATAAAAGCTCTGCAAGTCTCTTTAAGGTTATC
CTTGAGTAGTACTTTGAGACAACGAGAATATTATGTTCAATGATCCTCAGTTTCAGATCT
TCACCAGCTTTGTCACCCAAAGAACCTCCAACCATGGTTCTTTCTTTCTCAAACTCATCC
TTGTATTTGTTCCAGAGAGAGGTCCATTGAATAACCTCCATTGTCACTACCTGTTTTAGA
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CTTGATTGCATTGGATCATGAGGTGCCAAGACCAAGAACCAGCAGATCTTCCTCAGGACT
GGAATCCACTGCTCTGGGTTTTCTTTTACAGGAGGGATGTCATATATCGCCTTGTAGC


BQ
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AF RR3CZ82JQ U 1
AF RR3CI33JQ U 58
BS 1 299 RR3CZ82JQ
BS 300 300 RR3CI33JQ
BS 301 472 RR3CZ82JQ
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BS 502 838 RR3CI33JQ

RD RR3CZ82JQ 518 0 0
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AAACAAATTGCTGATAAAACCAACTAGTGTACAAAACCATACTACATATCTGAAGTCTTG
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ATCCTGAAAAGTTTCATGGAAGAGCAGATGGATGTTCAAGGTCTCAGTGCGGCTTTGTGA
ACCATGGTTTCCTTGTGAATTTGGTGGCAACTCTTTTCAACAAGATCTAAGAGCTTCTCT
AGATTCACTGCCCACGAGTTTAGAATCTCGTTGCTGTCCTTTGAGACCTGGAAGCACACA
ATCCCTGATGGTCTGTCGATTTTTGCAATCAGTGCTTTCGACACGACCATCTCCGAGAGA
TGCTTCTCCGCCTCCTCAATGCTCAGACATAAAAGCTCTGCAAGTCTCTTTA*GGTTATC
CTTGAGTAGTACTTTGAGACA
CGAGATATTATTTCATG

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR3CI33JQ 781 0 0
GC
AAAACAAATTGCTGATAAAACCAACTAGTGTACAAAACCATACTACATATCTGAAGTCTT
GACAAGGAAACAAGTGTTTGGAGTCTTTTTCCACCCAAACATGCTAATAAACTCAACGAA
GATCCTGAAAAGTTTCATGGAAGAGCAGATGGATGTTCAAGGTCTCAGTGCGGCTTTGTG
AACCATGGTTTCCTTGTGAATTTGGTGGCAACTCTTTTCAACAAGATCTAAGAGCTTCTC
CAGATTCACTGCCCACGAGTTTAGAATCTCGTTGCTGTCCTTTGAGACCTGGAAGCACAC
AATCCCTGATGGTCTGTCGATTTTTGCAATCAGTGCTTTCGACACGACCATCTCCGAGAG
ATGCTTCTCCGTCTCCTCAATGCTCAGACATAAAAGCTCTGCAAGTCTCTTTAAGGTTAT
CCTTGAGTAGTGCTTTGAGACAACGAGAATATTATGTTCAATGATCCTCAGTTTCAGATC
TTCACCAGCTTTGTCACCCAAAGAACCTCCAACCATGGTTCTTTCTTTCTCAAACTCATC
CTTGTATTTGTTCCAGAGAGAGGTCCATTGAATAACCTCCATTGTCACTACCTGTTTTAG
AAGCATCTTGAAATCAGGAATCTCTGATAAGTTCTTATCTTCCAAAGTTGCGTTTAGCAA
GCTTGATTGCATTGGATCATGAGGTGCCAAGACCAAGAACCAGCAGATCTTCCTCAGGAC
TGGAATCCACTGCTCTGGGTTTTCTTTTACAGGAGGGATGTCATATATCGCCTTGTAGC

QA 3 781 3 781
DS 



AS 1 2

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CGGCGCCGTTAACGTGAAGGTAGACGATGACGAAGAAGAAACGTGTGAGCTTGTTAACAG
AACAGAAGTGTTAATTGACAGCGTCGAAGCTCACCTGTTAACGGCGGTAAAGAATAACAA
CGGAACTGGATTGATTCTACTCTCTGATGTCTTCGGCTTCCAAGATTCCTCCACCCGCGA
CTTCGCTTATCGCGTCGCTTGCAATGGCTACAATGTTCTTGTCCCGGATCTGTTCCGTGG
AGATCCATGGTCGAAAAACGAACAGAGTCTGAATACGAGGAATGGAGAAGAGGACATGAC
CTGAACCGGATCCGAAACGACATGAGGACCTTGACCGAATGGATGGTTGATGAGTTTGCA
GCGGCTGGGATATCCAAGAAGCTGGGAGTGATAGGATTCTGTTTTGGGGGTGGACGCGTG
GTGGACATTTTAGCCGCCTACAAGAACGGTTACTTCAGCACCGGAATTTCTTATGGCACG
AGAATAGACTCTGTGGTGGCCGGAGACGTGAACGTCCCGGTCTTGTTCATCGCCGGGGAC
ACAGACCCGCTTTGCCAACTGGAGGGTTTGAAGGAAATTAAGGAGAAGACTGCTGATGGG
TCAAAGGTTGTGGTGTTTGAAGGAAGAGGCCACGGCTTCGTTCACCGGCCGGAAACACCG
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TTGCTGCGTGGGCACTAATGCTTTCTCTGCTTTATGTACATCCCATTAAAATGAACTTCG
GATTCTTGTAGACTCTGTGTGTCCGGATTAAAAAAAAAACTTAACTAATAACATAAATAA
ATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX80TF U 1
AF RR3FX80JQ C 229
BS 1 681 RR3FX80TF
BS 682 907 RR3FX80JQ

RD RR3FX80TF 684 0 0
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AACAGAAGTGTTAATTGACAGCGTCGAAGCTCACCTGTTAACGGCGGTAAAGAATAACAA
CGGAACTGGATTGATTCTACTCTCTGATGTCTTCGGCTTCCAAGATTCCTCCACCCGCGA
CTTCGCTTATCGCGTCGCTTGCAATGGCTACAATGTTCTTGTCCCGGATCTGTTCCGTGG
AGATCCATGGTCGAAAAACGAACAGAGTCTGAATACGAGGAATGGAGAAGAGGACATGAC
CTGAACCGGATCCGAAACGACATGAGGACCTTGACCGAATGGATGGTTGATGAGTTTGCA
GCGGCTGGGATATCCAAGAAGCTGGGAGTGATAGGATTCTGTTTTGGGGGTGGACGCGTG
GTGGACATTTTAGCCGCCTACAAGAACGGTTACTTCAGCACCGGAATTTCTTATGGCACG
AGAATAGACTCTGTGGTGGCCGGAGACGTGAACGTCCCGGTCTTGTTCATCGCCGGGGAC
ACAGACCCGCTTTGCCAACTGGAGGGTTTGAAGGAAATTAAGGAGAAGACTGCTGATGGG
TCAAAGGTTGTGGTGTTTGAA
CGA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3FX80JQ 679 0 0
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TCTGTTCCGTGGAGATCCATGGTCGAAAAACGAACAGAGTCTGAATACGAGGAATGGAGA
AGAGGACATGACCTGAACCGGATCCGAAACGACATGAGGACCTTGACCGAATGGATGGTT
GATGAGTTTGCAGCGGCTGGGATATCCAAGAAGCTGGGAGTGATAGGATTCTGTTTTGGG
GGTGGACGCGTGGTGGACATTTTAGCCGCCTACAAGAACGGTTACTTCAGCACCGGAATT
TCTTATGGCACGAGAATAGACTCTGTGGTGGCCGGAGACGTGAACGTCCCGGTCTTGTTC
ATCGCCGGGGACACAGACCCGCTTTGCCAACTGGAGGGTTTGAAGGAAATTAAGGAGAAG
ACTGCTGATGGGTCAAAGGTTGTGGTGTTTGAAGGAAGAGGCCACGGCTTCGTTCACCGG
CCGGAAACACCGGAAGATGATAGAGACGCGGAGGAAGCTTTTTCTGTCATGAGGAATTGG
TTACATCAACATTTGCTGCGTGGGCACTAATGCTTTCTCTGCTTTATGTACATCCCATTA
AAATGAACTTCGGATTCTTGTAGACTCTGTGTGTCCGGATTAAAAAAAAAACTTAACTAA
TAACATAAATAAATTTTCC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL4655Contig1 921 2 2 U
GGCTTACTTGTATACAAAGTAAAAAACCCATATGATAGCCAGAAAAAGTATATAAATATC
CTTCCTTTTTGAGGTTTACACAGCAGATATTCGAAGACCCTGATCCAAAGTCCTCCGAGT
TCTTCCCCCGTCCCGGGTCGGAAAGATGGCCGGAAGCCGCTAATATTCGCCTTTATACTC
CGGAATACCTGCAACCATGGTATCTTAGAGCTCCAAACCTTTCGCAGGGAACCAAAGTTC
TAAAATGGTAATCTCTATCTGGTCATAATAGAGAAGAAATTTTTCAAAACTCTAAAGTTT
TGGATAAGTTTTGAGAGTTTTGGTTTTTCAAACGGGAATCCGTTATCAACAATACCAACA
ACATCGATTATTTCAGGAAACTACATACATCAACTACATCGTTCGCCTCTAAACAAAATA
ATGTCGAAAGGAATATTTTCTGAGGAACAGAACAGCTCGAACCAAAGCTCAAGCTCCAGA
TGACTCTGAGCGCCTGCAACAACACTTTCTAACCCTTATAGGACGAGTTACAAACTAGTC
TCTCATCCCTTTCTTCACTGAACTCTGGACAACAGAGCATAGACCGGTTGGTTCTGACCT
TGGAAATGGAATGTTCCAGTTCCATTTGCAAAAGAAGAAGACCTTCTCGAAGTCCTAGGG
AGGAGACCCTATCACTTTGCCAAATAGATGATAATTTTCAAACGATAGAACCTCTTATTT
TAAGAAAAACTCAACAAACAAAGACCACTCAGTCTTGACCTCTGATCAATCTTCTGCCGA
ACTCTACGGCATTGTTCCAATCAAGTCTCGTGAGAGTAATAAGGAAGCAGATGAAATGGC
TAAGAAGATGTTATCTGCTGAACTTGTATAAAAGGCCTCAAGAAACTTTGCCGAAGTTAT
TAAATGCAATGAATGTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DW75TF U 1
AF RR3DW75JQ C 186
BS 1 632 RR3DW75TF
BS 633 921 RR3DW75JQ

RD RR3DW75TF 633 0 0
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TCTTCCCCCGTCCCGGGTCGGAAAGATGGCCGGAAGCCGCTAATATTCGCCTTTATACTC
CGGAATACCTGCAACCATGGTATCTTAGAGCTCCAAACCTTTCGCAGGGAACCAAAGTTC
TAAAATGGTAATCTCTATCTGGTCATAATAGAGAAGAAATTTTTCAAAACTCTAAAGTTT
TGGATAAGTTTTGAGAGTTTTGGTTTTTCAAACGGGAATCCGTTATCAACAATACCAACA
ACATCGATTATTTCAGGAAACTACATACATCAACTACATCGTTCGCCTCTAAACAAAATA
ATGTCGAAAGGAATATTTTCTGAGGAACAGAACAGCTCGAACCAAAGCTCAAGCTCCAGA
TGACTCTGAGCGCCTGCAACAACACTTTCTAACCCTTATAGGACGAGTTACAAACTAGTC
TCTCATCCCTTTCTTCACTGAACTCTGGACAACAGAGCATAGACCGGTTGGTTCTGACCT
TGGAAATGGAATGTTCCAGTTCCATTTGCAAA
G

QA 1 632 1 632
DS 

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ATA
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TAATCTCTATCTGGTCATAATAGAGAAGAAATTTTTCAAAACTCTAAAGTTTTGGATAAG
TTTTGAGAGTTTTGGTTTTTCAAACGGGAATCCGTTATCAACAATACCAACAACATCGAT
TATTTCAGGAAACTACATACATCAACTACATCGTTCGCCTCTAAACAAAATAATGTCGAA
AGGAATATTTTCTGAGGAACAGAACAGCTCGAACCAAAGCTCAAGCTCCAGATGACTCTG
AGCGCCTGCAACAACACTTTCTAACCCTTATAGGACGAGTTACAAACTAGTCTCTCATCC
CTTTCTTCACTGAACTCTGGACAACAGAGCATAGACCGGTTGGTTCTGACCTTGGAAATG
GAATGTTCCAGTTCCATTTGCAAAAGAAGAAGACCTTCTCGAAGTCCTAGGGAGGAGACC
CTATCACTTTGCCAAATAGATGATAATTTTCAAACGATAGAACCTCTTATTTTAAGAAAA
ACTCAACAAACAAAGACCACTCAGTCTTGACCTCTGATCAATCTTCTGCCGAACTCTACG
GCATTGTTCCAATCAAGTCTCGTGAGAGTAATAAGGAAGCAGATGAAATGGCTAAGAAGA
TGTTATCTGCTGAACTTGTATAAAAGGCCTCAAGAAACTTTGCCGAAGTTATTAAATGCA
ATGAATGTGTTTC

QA 4 736 4 736
DS 



AS 1 2

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TGCAGATTTTCGTCAAGACCCTTACCGGGAAGACAATCACACTGGAGGTGGAGAGTTCAG
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ATGGCATTATAAGCCTCTCTTGAATAATCGTTG


BQ
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AF RR3B307TF U 1
AF RR3B307JQ C 58
BS 1 813 RR3B307TF

RD RR3B307TF 813 0 0
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TGGAAAGCTCAGACACCATCGACAACGTTAAAGCCAAGATTCAGGACAAAGAGGGTATCC
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CTGACTACAACATCCAAAAGGAGTCAACTTTGCATCTCGTTCTCAGGCTCCGTGGTGGTA
TGCAGATTTTCGTCAAGACCCTTACCGGGAAGACAATCACACTGGAGGTGGAGAGTTCAG
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AGCGTTTGATCTTTGCCGGAAAGCAGCTCGAGGATGGGAGAACCCTCGCTGACTACAACA
TCCAGAAGGAGTCTACTCTGCATCTCGTTCTCAGGCTCCGTGGTGGTATGCAGATCTTTG
TGAAGACCTTGACTGGTAAGACCATCACCCTCGAAGTTGAGAGCTCGGACACCATTGATA
ACGTGAAAGCCAAGATCCAAGACAAGGAAGGGATCCCTCCGGATCAGCAGCGTCTCATCT
TCGCTGGAAAGCAGCTTGAGGATGGTCGCACCCTTGCCGACTACAACATCCAGAAGGAGT
CGACCCTTCACTTGGTGTTGCGTCTCCGTGGTGGTTTTTAAGTCTCTCGTCCTTTGTCTT
ATCAAAAATCAACAATGTCTGCGTTTTTAGTCTCGTTTTCTTTAAACTCGTTGTCTTATC
ATGGCATTATAAGCCTCTCTTGAATAATCGTTG

QA 1 813 1 813
DS 

RD RR3B307JQ 756 0 0
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TCGCTGACTACAACATCCAAAAGGAGTCAACTTTGCATCTCGTTCTCAGGCTCCGTGGTG
GTATGCAGATTTTCGTCAAGACCCTTACCGGGAAGACAATCACACTGGAGGTGGAGAGTT
CAGACACCATTGATAATGTCCAGGCCAAGATCCAAGACAAGGAGGGTATTCCTCCTGATC
AGCAGCGTTTGATCTTTGCCGGAAAGCAGCTCGAGGATGGGAGAACCCTCGCTGACTACA
ACATCCAGAAGGAGTCTACTCTGCATCTCGTTCTCAGGCTCCGTGGTGGTATGCAGATCT
TTGTGAAGACCTTGACTGGTAAGACCATCACCCTCGAAGTTGAGAGCTCGGACACCATTG
ATAACGTGAAAGCCAAGATCCAAGACAAGGAAGGGATCCCTCCGGATCAGCAGCGTCTCA
TCTTCGCTGGAAAGCAGCTTGAGGATGGTCGCACCCTTGCCGACTACAACATCCAGAAGG
AGTCGACCCTTCACTTGGTGTTGCGTCTCCGTGGTGGTTTTTAAGTCTCTCGTCCTTTGT
CTTATCAAAAATCAACAATGTCTGCGTTTTTAGTCTCGTTTTCTTTAAACTCGTTGTCTT
ATCATGGCATTATAAGCCTCTCTTGAATAATCGTTG

QA 1 756 1 756
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4658Contig1 741 2 5 U
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CTTCGATCAGATGAGAGCGCGCGGGTTCAAACCAGACGATAAGTGCATTGCGAACATGAT
CCGAGCGTATAAGAGAGAGAACTCGTTGGATAAAGCGCTGAGGCTTTTGTTGCAGCTCGA
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GTTTAAGCATATGGAAGCTCGGAAGTTTCTGCCTTCGGATAGACTGAAGATCGATATGGG
CGCATCACCATCGTTTGGGTCCGGGTTTAGTAGCAAAATGAGACGATAGATGTGTCTCTA
TGTGAAAGGGACTTTTGAAGCTTTCATCATTCCAGAGCGTTTAATGTTGTGAGTGAACTC
ACATTTCAGAGAGTTTATGTTTCCTCTATTGATTTAAAACTGTAGTAGCTGTGATTCTGT
AATACTAATAATCTTTGTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3G978JQ C 1
AF RR3G978TF U 280
BS 1 282 RR3G978JQ
BS 283 721 RR3G978TF
BS 722 722 RR3G978JQ
BS 723 739 RR3G978TF
BS 740 741 RR3G978JQ

RD RR3G978JQ 741 0 0
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CTTCGATCAGATGAGAGCGCGCGGGTTCAAACCAGACGATAAGTGCATTGCGAACATGAT
CCGAGCGTATAAGAGAGAGAACTCGTTGGATAAAGCGCTGAGGCTTTTGTTGCAGCTCGA
GAAAGACGGGATCGAACTCGGTGTGATCACTTACACGGTCCTTGTTGATTGGATGGCTAA
CCTCGGGCTTATAGAGGAAGCAGAGCAGCTTCTGGTCAAGATCTCTCAGCTAGGGGAAGC
TCCACCGTTTGAGCTCCAGGTGAGCTTGTGCTATATGTACTCTACTGCCAGGAACGAGAA
GAAGACGCTTCAAGCTCTTGGGGTTTTGGAAGCTAAGAAGGATCAGATGGGACCTAACGA
GTTTGAGAGAGTGATAACTGGGTTGAAGATGGACGGGTTCGAGAAAGATGCGAGGAGGAT
GTTTAAGCATATGGAAGCTCGGAAGTTTCTGCCTTCGGATAGACTGAAGATCGATATGGG
CGCATCACCATCGTTTGGGTCCGGGTTTAGTAGCAAAATGAGACGATAGATGTGTCTCTA
TGTGAAAGGGACTTTTGAAGCTTTCATCATTCCAGAGCGTTTAATGTTGTGAGTGAACTC
ACATTTCAGAGAGTTTATGTTTCCTCTATTGATTTAAAACTGTAGTAGCTGTGATTCTGT
AATACTAATAATCTTTGTTCC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3G978TF 460 0 0
GAC
CTCTCAGCTAGGGGAAGCTCCACCGTTTGAGCTCCAGGTGAGCTTGTGCTATATGTACTC
TACTGCCAGGAACGAGAAGAAGACGCTTCAAGCTCTTGGGGTTTTGGAAGCTAAGAAGGA
TCAGATGGGACCTAACGAGTTTGAGAGAGTGATAACTGGGTTGAAGATGGACGGGTTCGA
GAAAGATGCGAGGAGGATGTTTAAGCATATGGAAGCTCGGAAGTTTCTGCCTTCGGATAG
ACTGAAGATCGATATGGGCGCATCACCATCGTTTGGGTCCGGGTTTAGTAGCAAAATGAG
ACGATAGATGTGTCTCTATGTGAAAGGGACTTTTGAAGCTTTCATCATTCCAGAGCGTTT
AATGTTGTGAGTGAACTCACATTTCAGAGAGTTTATGTTTCCTCTATTGATTTAAAACTG
TAGTAGCTGTGATTCTGTA*TACTAATAATCTTTGTT

QA 4 460 4 460
DS 



AS 1 2

CO CL4659Contig1 896 2 2 U
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AGTCTAGAACAGAGTCGTTAGAGAAGTCAGTAGACGACCTAAATGCTAAACCTTTTGTGA
CGAGAGATGAGTTAGACAAGATCTACGAGGAACTAAAGAAAGGGAATGTAGATTATTCTG
AGTTTAGCATCGATGAGTTGAGAGCTTATGCTCGTGAGATGATTGAGAAAGAGATTGAAA
AACATGCCGGTGATGGACTTGGGAGAGTAGACTACGCGTTGGCGTCTGGTGGTGGGTTTG
TGATGCATCATTCGGATCCGTTACTTGTTGGGAAAGGGAGTAGTTGGTTGGGGACAAGTA
GCCGGCGTGCTCATGTCGATGCGGTTAAGATGTTGTCTCCGAGTTTCGGGGAGCCTGGTC
AGTGTTTTGCTATGAAAGGTAGTAATGGATATGTTCAAATCAGGCTGAGAAGACCTGTTG
TTCCAGAGGCTTTCACCTTAGAGCATGTAGCTAAGAACGTGGCGTACGATAGATCGAGTG
CTCCGAAAGATTGTCTCGTATCAGGATGGCTGCAAGGAAAAGGGCGGGAAGCCTCAGAGG
AGACAGAGAAGATGCAACTTCTAGCAGAGTTCACTTACGACTTAGACAGGTCGAACGCAC
AGACATTCAGAGTCCTGGACTCATCAGGCTCTGGTCTGATCGATACTGTCAGGCTAGACT
TTACATCCAACCATGGAAGCAACTCCCACACTTGCATCTACCGGTTTAGAGTTCATGGGC
GTGCACCAGACCCAGTATCTGTTGTGGGAATCCAGTCTTTATCAGGACAATTCACCTGGA
ACTGGACAAACTGTTGTGTTTTCATTCATCCAAATCTCTAAGAAAGCATGTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E270TF U 1
AF RR3E270JQ C 116
BS 1 560 RR3E270TF
BS 561 896 RR3E270JQ

RD RR3E270TF 560 0 0
TGCTGAGGGAAGAGCTCGAGAGGAAAGCTTCTTCGCTCCAGAGGGAGTTGAAGAAGATAG
AGTCTAGAACAGAGTCGTTAGAGAAGTCAGTAGACGACCTAAATGCTAAACCTTTTGTGA
CGAGAGATGAGTTAGACAAGATCTACGAGGAACTAAAGAAAGGGAATGTAGATTATTCTG
AGTTTAGCATCGATGAGTTGAGAGCTTATGCTCGTGAGATGATTGAGAAAGAGATTGAAA
AACATGCCGGTGATGGACTTGGGAGAGTAGACTACGCGTTGGCGTCTGGTGGTGGGTTTG
TGATGCATCATTCGGATCCGTTACTTGTTGGGAAAGGGAGTAGTTGGTTGGGGACAAGTA
GCCGGCGTGCTCATGTCGATGCGGTTAAGATGTTGTCTCCGAGTTTCGGGGAGCCTGGTC
AGTGTTTTGCTATGAAAGGTAGTAATGGATATGTTCAAATCAGGCTGAGAAGACCTGTTG
TTCCAGAGGCTTTCACCTTAGAGCATGTAGCTAAGAACGTGGCGTACGATAGATCGAGTG
CTCCGAAAGATTGTCTCGTA

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3E270JQ 781 0 0
TGTGACGAGAGATGAGTTAGACAAGATCTACGAGGAACTAAAGAAAGGGAATGTAGATTA
TTCTGAGTTTAGCATCGATGAGTTGAGAGCTTATGCTCGTGAGATGATTGAGAAAGAGAT
TGAAAAACATGCCGGTGATGGACTTGGGAGAGTAGACTACGCGTTGGCGTCTGGTGGTGG
GTTTGTGATGCATCATTCGGATCCGTTACTTGTTGGGAAAGGGAGTAGTTGGTTGGGGAC
AAGTAGCCGGCGTGCTCATGTCGATGCGGTTAAGATGTTGTCTCCGAGTTTCGGGGAGCC
TGGTCAGTGTTTTGCTATGAAAGGTAGTAATGGATATGTTCAAATCAGGCTGAGAAGACC
TGTTGTTCCAGAGGCTTTCACCTTAGAGCATGTAGCTAAGAACGTGGCGTACGATAGATC
GAGTGCTCCGAAAGATTGTCTCGTATCAGGATGGCTGCAAGGAAAAGGGCGGGAAGCCTC
AGAGGAGACAGAGAAGATGCAACTTCTAGCAGAGTTCACTTACGACTTAGACAGGTCGAA
CGCACAGACATTCAGAGTCCTGGACTCATCAGGCTCTGGTCTGATCGATACTGTCAGGCT
AGACTTTACATCCAACCATGGAAGCAACTCCCACACTTGCATCTACCGGTTTAGAGTTCA
TGGGCGTGCACCAGACCCAGTATCTGTTGTGGGAATCCAGTCTTTATCAGGACAATTCAC
CTGGAACTGGACAAACTGTTGTGTTTTCATTCATCCAAATCTCTAAGAAAGCATGTGTTC
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL4660Contig1 544 2 7 U
GGCTCGAATTCACAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAA
GGAAGGATGGGTGGAGGAATGGAGACGAACAAGAACAAGTTCATAGAGGATTGGGGATCC
GCGAGGGAGAATCTGGAGCATAACTTCCGATGGACACGTCGCAACTTCGCTCTCATCGGC
ATCTTCGGCATCGCCCTCCCCATCCTCGTCTACAAGGGCATCGTCAAAGACTTCCAGATG
CAAGACGAAGATGCTGGCAGACCACATAGAAAGTTCCTCTGAGGTTTCTTTGCAAGCAAC
TACACTCTCTTCTTCATAAAGTCTCAGCAGTGTGAAATTTTCAAGAAGCTGATTGCTACA
ACTCTCCTCTCCTTTTTTTTTTTTGCATTGTATTCAGAATAAAAGAATAACATCTCAATG
ATTATAACTTCTGTTTTGTAAAAGTTTGTTTTTAGTTTTGACATATTACTTTTGAGCTCA
AGTTTAGCATCTTGCAGGATTTTAACATTTTGTAAGTGGGTGACAACTTTTGAGCCACAC
CAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3EV65TF U 13
AF RR3EL23TF U 1
BS 1 64 RR3EL23TF
BS 65 65 RR3EV65TF
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RD RR3EV65TF 469 0 0
GG
GGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGGAAGGATGGGTGG
AGGAATGGAGACGAACAAGAACAAGTTCATAGAGGATTGGGGATCCGCGAGGGAGAATCT
GGAGCATAACTTCCGATGGACACGTCGCAACTTCGCTCTCATCGGCATCTTCGGCATCGC
CCTCCCCATCCTCGTCTACAAGGGCATCGTCAAAGACTTCCAGATGCAAGACGAAGATGC
TGGCAGACCACATAGAAAGTTCCTCTGAGGTTTCTTTGCAAGCAACTACACTCTCTTCTT
CATAAAGTCTCAGCAGTGTGAAATTTTCAAGAAGCTGATTGCTACAACTCTCCTCTCCTT
TTTTTTTTTTGCATTGTATTCAGAATAAAAGAATAACATCTCAATGATTATAACTTCTGT
TTTGTAAAAGTTTGTTTTTAGTTTTGACATATTACTTTTGAGCTC
CC

QA 3 467 3 467
DS 

RD RR3EL23TF 544 0 0
GGCTCGAATTCACAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAA
GGAATGATGGGTGGAGGAATGGAGACGAACAAGAACAAGTTCATAGAGGATTGGGGATCC
GCGAGGGAGAATCTGGAGCATAACTTCCGATGGACACGTCGCAACTTCGCTCTCATCGGC
ATCTTCGGCATCGCCCTCCCCATCCTCGTCTACAAGGGCATCGTCAAAGACTTCCATATG
CAAGACGAAGATGCTGGCAGACCACATAGAAAGTTCCTCTGAGGTTTCTTTGCAAGCAAC
TACACTCTCTTCTTCATAAAGTCTCAGCAGTGTGAAATTTTCAAGAAGCTGATTGCTACA
ACTCTCCTCTCCTTTTTTTTTTT*GCATTGTATTCAGAATAAAAGAATAACATCTCAATG
ATTATAACTTCTGTTTTGTAAAAGTTTGTTTTTAGTTTTGACATATTACTTTTGAGCTCA
AGTTTAGCATCTTGCAGGATTTTAACATTTTGTAAGTGGGTGACAACTTTTGAGCCACAC
CAAA

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

CO CL4661Contig1 726 2 2 U
TGGTGATGGGGAGTTGGTTGATAAGATTTTGGATAAGACTGGGATGAAAGGGACCGGGAA
ATGGACTGTTCAGCAGGCGGCTGAGCTCTCCGTTGCGGCGCCGACTATCGCTGCGTCGTT
GGATTGTAGGTACTTGAGTGGGCTGAAGGAGGAGAGGGAGAATGCGGCGAAAGTCTTGGA
GGAAGCTGGTTTGAAGGAGGATGTTGGGTCTGCATCGAGAGGAGTTGATAAGAAAAAGGT
TGATTGATGATGTGAGGCAAGCTTTGTACGCTTCGAAGATATGTAGTTATGCTCAGGGGA
TGAATCTGCTTAGGGCGAAGAGCGTGGAGAAGGAGTGGGGCTTGAATCTTGGTGAGATGG
CTCGGATCTGGAAAGGTGGGTGTATTATCAGGGCGGTGTTCTTGGACAGGATCAAGAAAG
CTTACCAGAGGAACCCGAATCTGGCGAGCTTGGTGGTTGATCCTGATTTCGCTAAGGAGA
TGGTTCAGAGGCAGGCTGCGTGGAGGAGAGTGGTGGGTTTGGCCATTTCTGCTGGGATAA
GCACGCCTGGGATGTGTGCGAGTCTTGCCTACTTTGATACTTACAGGCGTGCGAGGTTGC
CTGCGAATCTGGTTCAGGCGCAGAGGGATCTCTTTGGAGCTCATACGTATGAGAGGACCG
ATCGTTCTGGTGCATACCCCACGGAATGGACTAAGCTTGCAAGGAAGGGGAATTAGATTG
TTGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3AW07TF U 1
AF RR3AW07JQ C 67
BS 1 265 RR3AW07TF
BS 266 726 RR3AW07JQ

RD RR3AW07TF 274 0 0
TGGTGATGGGGAGTTGGTTGATAAGATTTTGGATAAGACTGGGATGAAAGGGACCGGGAA
ATGGACTGTTCAGCAGGCGGCTGAGCTCTCCGTTGCGGCGCCGACTATCGCTGCGTCGTT
GGATTGTAGGTACTTGAGTGGGCTGAAGGAGGAGAGGGAGAATGCGGCGAAAGTCTTGGA
GGAAGCTGGTTTGAAGGAGGATGTTGGGTCTGCATCGAGAGGAGTTGATAAGAAAAAGGT
TGATTGATGATGTGAGGCAAGCTTT
TGTACGCTT

QA 1 265 1 265
DS 

RD RR3AW07JQ 660 0 0
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TAGGTACTTGAGTGGGCTGAAGGAGGAGAGGGAGAATGCGGCGAAAGTCTTGGAGGAAGC
TGGTTTGAAGGAGGATGTTGGGTCTGCATCGAGAGGAGTTGATAAGAAGA*GGTTGATTG
ATGATGTGAGGCAAGCTTTGTACGCTTCGAAGATATGTAGTTATGCTCAGGGGATGAATC
TGCTTAGGGCGAAGAGCGTGGAGAAGGAGTGGGGCTTGAATCTTGGTGAGATGGCTCGGA
TCTGGAAAGGTGGGTGTATTATCAGGGCGGTGTTCTTGGACAGGATCAAGAAAGCTTACC
AGAGGAACCCGAATCTGGCGAGCTTGGTGGTTGATCCTGATTTCGCTAAGGAGATGGTTC
AGAGGCAGGCTGCGTGGAGGAGAGTGGTGGGTTTGGCCATTTCTGCTGGGATAAGCACGC
CTGGGATGTGTGCGAGTCTTGCCTACTTTGATACTTACAGGCGTGCGAGGTTGCCTGCGA
ATCTGGTTCAGGCGCAGAGGGATCTCTTTGGAGCTCATACGTATGAGAGGACCGATCGTT
CTGGTGCATACCCCACGGAATGGACTAAGCTTGCAAGGAAGGGGAATTAGATTGTTGAGG

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL4662Contig1 698 2 4 U
GTAAAAGTACAATAATTGATTACTTTGCACCAATCTAATATTTCACAAGAAATCTTGGAT
TTAAAAATCATAAGAACAAAACTAATAACACTTCAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAACAA
GAAAAAGACTGAAATCTCTCACAATGAATGAGTCACAAAACCAAAGAGGCTATATATTAA
AAAAGGAAGAAAAATGCAAATCAAAGAACACTTCGAGCCTCTCTCCTCCTAAGTTTCTCT
TGTCTTCTTAAATCATCTCCCTATCAACTTTCCTTGTAATTTTCCATAAAAATTTGTGTT
TTTTTTATTTTTGCAAAAAACCAGTAACAACCCTCTCTTTCCCTTCCCCTGAAACATAAA
AAACATGACTCTACTAACTCGGGACATAAGTCCCGATCCAGCCAAGCCCACTGATGAAAA
ATGACATGGTCTGAAAAAACAAGTAGATGAAGTAATTGTTCTTCACGTGCATATAGTCAT
AGCATCCACACACGAATAAGAACGCCGCGAATCCTAGCTCCAATGTGTTCAATCGATCAG
GCAGTTTGAAGATTCTTGGGAACCTTTTAAGCCCTTTTGTATTCCCTTTAGCGCTCTGGC
CACTTCCAAGCTTAGCAGTCACTACCCATTCGTTAGCTCTACCTGCCTCAAACAGACCAA
TCAGAGTGGCCTTTGTCCGGTGCAGCGACATCACATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B219JQ U 1
AF RR3DE61JQ U 57
BS 1 464 RR3B219JQ
BS 465 465 RR3DE61JQ
BS 466 537 RR3B219JQ
BS 538 698 RR3DE61JQ

RD RR3B219JQ 537 0 0
GTAAAAGTACAATAATTGATTACTTTGCACCAATCTAATATTTCACAAGAAATCTTGGAT
TTAAAAATCATAAGAACAAAACTAATAACACTTCAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAACAA
GAAAAAGACTGAAATCTCTCACAATGAATGAGTCACAAAACCAAAGAGGCTATATATTAA
AAAAGGAAGAAAAATGCAAATCAAAGAACACTTCGAGCCTCTCTCCTCCTAAGTTTCTCT
TGTCTTCTTAAATCATCTCCCTATCAACTTTCCTTGTAATTTTCCATAAAAATTTGTGTT
TTTTTTATTTTTGCAAAAAACCAGTAACAACCCTCTCTTTCCCTTCCCCTGAAACATAAA
AAACATGACTCTACTAACTCGGGACATAAGTCCCGATCCAGCCAAGCCCACTGATGAAAA
ATGACATGGTCTGAAAAAACAAGTAGATGAAGTAATTGTTCTTCCCGTGCATATAGTCAT
AGCATCCACACACGAATAAGAACGCCGCGAATCCTAGCTCCAATGTGTTCAATCGAT

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR3DE61JQ 642 0 0
GGATTTAAAAATCATAAGAACAAAACTAATAACACTTCAAAAAGAAAAAAAAA*******
*CAAGAAAAAGACTGAAATCTCTCACAATGAATGAGTCACAAAACCAAGGAGGCTATATA
TTAAAAAAGGAAGAAAAATGCAAATCAAAGAACACTTCGAGCCTCTCTCCTCCTAAGTTT
CTCTTGTCTTCTTAAATCATCTCCCTATCAACTTTCCTTGTAATTTTCCATAAAAATTTG
TGTTTTTTTTATTTTTGCAGAAAACCAGTAACAACCCTCTCTTTCCCTTCCCCTGAAACA
TAAAAAACATGACTCTACTAACTCGGGACATAAGTCCCGATCCAGCCAAGCCCACTGATG
AAAAATGACATGGTCTGAAGAAACAAGTAGATGAAGTAATTGTTCTTCACGTGCATATAG
TCATAGCATCCACACACGAATAAGAACGCCGCGAATCCTAGCTCCAATGTGTTCAATCGA
TCAGGCAGTTTGAAGATTCTTGGGAACCTTTTAAGCCCTTTTGTATTCCCTTTAGCGCTC
TGGCCACTTCCAAGCTTAGCAGTCACTACCCATTCGTTAGCTCTACCTGCCTCAAACAGA
CCAATCAGAGTGGCCTTTGTCCGGTGCAGCGACATCACATTC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

CO CL4663Contig1 922 2 2 U
GAGGAGAGGAAGTCGAGCCGCGAGGCAGAAGTTGCTAGCGGATGTTGATCGGAAATGCAA
GTTGGTTGATTTTGGGAATGCTTGTTGGACTTACAAGCAGTTTACGAGTGATATTCATAC
AAGGCAGTACCGATGTCCTGAGGTTATTCTTGGCTCAAAGTACTCGACCTCGGCGGATAT
GTGGTCGTTTGCCTGCATCTGTTTCGAGCTTGCTACTGGAGATGTTCTCTTTGATCCTCA
CAGTGGTGAAAACTATGATAGGGATGAGGATCACTTGGCATTGATGATGGAGCTTCTAGG
AATGATGCCACGAAAGATTGCGTTAGGAGGACGCTACTCGCGGGACTACTTCAACAGACA
AGGTGAACTAAGGCACATTAGGAGGTTGCGGTTTTGGCCGCTGAGCAAGGTTTTGATGGA
GAAATACGAGTTCAGCGAGGAAGACGCGGTTGCTATGCAAGATTTCATCACTCCCATTCT
TGAATTTGCACCTGACAAGAGACCAACAGCTGCTAAGTGCCTAACGCACCCGTGGTTGAA
TCCTGTCCCTAGATCACTTAAACCAGCATCGTCTAGTCCGCAAAAGTCTAAAGAAGAAGA
AGATTCTAAAGATGAGAATGGAAGCAAGGAGAAGGATGAGAGGGAGGCCGAGGCCATGGA
GGTTGGTGTTGGGAATATGGCCATTGATGGCTCAGAGGCAAAGACCTCAGGAAGAGCAGG
TCGTCAATCTGCTCGTGATCTTCGCACTTGAGGAAACAGTGTCCCTCAAAAAGTTTTGTA
TTTGTCTTTTGAATCACTTCTGGAGATCAAGGATTTAGAGTGTGTTTTTTTTTTCTCCCT
CGGCTTTGTATTGGTACCAAAAGATTTGAACACTTTCATTCGCTTTCGAACCGATTGAGA
AGATTCATTTATTCAAAACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E801TF U 1
AF RR3E801JQ C 291
BS 1 401 RR3E801TF
BS 402 922 RR3E801JQ

RD RR3E801TF 401 0 0
GAGGAGAGGAAGTCGAGCCGCGAGGCAGAAGTTGCTAGCGGATGTTGATCGGAAATGCAA
GTTGGTTGATTTTGGGAATGCTTGTTGGACTTACAAGCAGTTTACGAGTGATATTCATAC
AAGGCAGTACCGATGTCCTGAGGTTATTCTTGGCTCAAAGTACTCGACCTCGGCGGATAT
GTGGTCGTTTGCCTGCATCTGTTTCGAGCTTGCTACTGGAGATGTTCTCTTTGATCCTCA
CAGTGGTGAAAACTATGATAGGGATGAGGATCACTTGGCATTGATGATGGAGCTTCTAGG
AATGATGCCACGAAAGATTGCGTTAGGAGGACGCTACTCGCGGGACTACTTCAACAGACA
AGGTGAACTAAGGCACATTAGGAGGTTGCGGTTTTGGCCGC

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR3E801JQ 632 0 0
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TCAACAGACAAGGTGAACTAAGGCACATTAGGAGGTTGCGGTTTTGGCCGCTGAGCAAGG
TTTTGATGGAGAAATACGAGTTCAGCGAGGAAGACGCGGTTGCTATGCAAGATTTCATCA
CTCCCATTCTTGAATTTGCACCTGACAAGAGACCAACAGCTGCTAAGTGCCTAACGCACC
CGTGGTTGAATCCTGTCCCTAGATCACTTAAACCAGCATCGTCTAGTCCGCAAAAGTCTA
AAGAAGAAGAAGATTCTAAAGATGAGAATGGAAGCAAGGAGAAGGATGAGAGGGAGGCCG
AGGCCATGGAGGTTGGTGTTGGGAATATGGCCATTGATGGCTCAGAGGCAAAGACCTCAG
GAAGAGCAGGTCGTCAATCTGCTCGTGATCTTCGCACTTGAGGAAACAGTGTCCCTCAAA
AAGTTTTGTATTTGTCTTTTGAATCACTTCTGGAGATCAAGGATTTAGAGTGTGTTTTTT
TTTTCTCCCTCGGCTTTGTATTGGTACCAAAAGATTTGAACACTTTCATTCGCTTTCGAA
CCGATTGAGAAGATTCATTTATTCAAAACACC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL4664Contig1 753 2 1 U
GGACAAAATTAATTGTACATTAATAATAATTCCATAACATTAAACAGTTCTTATGAATCT
CTAGTTTCACGTTCTTCATTGTTTCTCTTTCAGGGTAACCAAAAATAAATGACTAACCTA
ATCTAGTACACACATCTCTTCTTAGGCCTCTCCAACATACTCCAATTCACTTACCTCAGC
CGAAATTAACTTTAAAACAACAAGGCAGATATGACTGAATGCAGAAACAGCCAATGAAGT
ATCTCTTATCGTTTTAACTTTCCTCTGGAAGGTGTTTATGCCAGAAATAACCGGAGAGAG
AGGCCTTTGTCTATTAATTGTCTGTCTTATCGTCATCCTTCAACACTGTACTAGGACCAT
CATCAAAACCGGACACAGGAGCAAGTTCGTTTAGGTCAAGGTAATGCCTTTTGCCTAATA
CACCCTCACCTTCTTCTTGGTCTGTGCCATTTGACTTGTTCAGTTGATTATTATTCTCTG
TACCATTTGCTGTCCCGGCATTATCATTGACCTCTCTGGGCTCTTCTTCTTCTTCCTCTA
CTTCTTCAGCAGAATTTGTTTCTGGCCCATCTGCATTTTCTTCAGAGTCCTCACTTCCCA
TCGTGAAATCCCCATTCCCTGATTCATCAGTCTCTTCATCTGGATCTGGCTCTACCAATC
GCTTACGTTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTTCATTGTCTGATTCCGAGAGCTCATATTGTT
GGTAATCGATTCTTGTGGCTCTTTTACTACGCC


BQ
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AF RR3AG94JQ U 1
AF RR3DH33JQ U 1
BS 1 753 RR3AG94JQ

RD RR3AG94JQ 753 0 0
GGACAAAATTAATTGTACATTAATAATAATTCCATAACATTAAACAGTTCTTATGAATCT
CTAGTTTCACGTTCTTCATTGTTTCTCTTTCAGGGTAACCAAAAATAAATGACTAACCTA
ATCTAGTACACACATCTCTTCTTAGGCCTCTCCAACATACTCCAATTCACTTACCTCAGC
CGAAATTAACTTTAAAACAACAAGGCAGATATGACTGAATGCAGAAACAGCCAATGAAGT
ATCTCTTATCGTTTTAACTTTCCTCTGGAAGGTGTTTATGCCAGAAATAACCGGAGAGAG
AGGCCTTTGTCTATTAATTGTCTGTCTTATCGTCATCCTTCAACACTGTACTAGGACCAT
CATCAAAACCGGACACAGGAGCAAGTTCGTTTAGGTCAAGGTAATGCCTTTTGCCTAATA
CACCCTCACCTTCTTCTTGGTCTGTGCCATTTGACTTGTTCAGTTGATTATTATTCTCTG
TACCATTTGCTGTCCCGGCATTATCATTGACCTCTCTGGGCTCTTCTTCTTCTTCCTCTA
CTTCTTCAGCAGAATTTGTTTCTGGCCCATCTGCATTTTCTTCAGAGTCCTCACTTCCCA
TCGTGAAATCCCCATTCCCTGATTCATCAGTCTCTTCATCTGGATCTGGCTCTACCAATC
GCTTACGTTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTTCATTGTCTGATTCCGAGAGCTCATATTGTT
GGTAATCGATTCTTGTGGCTCTTTTACTACGCC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3DH33JQ 753 0 0
GGACAAAATTAATTGTACATTAATAATAATTCCATAACATTAAACAGTTCTTATGAATCT
CTAGTTTCACGTTCTTCATTGTTTCTCTTTCAGGGTAACCAAAAATAAATGACTAACCTA
ATCTAGTACACACATCTCTTCTTAGGCCTCTCCAACATACTCCAATTCACTTACCTCAGC
CGAAATTAACTTTAAAACAACAAGGCAGATATGACTGAATGCAGAAACAGCCAATGAAGT
ATCTCTTATCGTTTTAACTTTCCTCTGGAAGGTGTTTATGCCAGAAATAACCGGAGAGAG
AGGCCTTTGTCTATTAATTGTCTGTCTTATCGTCATCCTTCAACACTGTACTAGGACCAT
CATCAAAACCGGACACAGGAGCAAGTTCGTTTAGGTCAAGGTAATGCCTTTTGCCTAATA
CACCCTCACCTTCTTCTTGGTCTGTGCCATTTGACTTGTTCAGTTGATTATTATTCTCTG
TACCATTTGCTGTCCCGGCATTATCATTGACCTCTCTGGGCTCTTCTTCTTCTTCCTCTA
CTTCTTCAGCAGAATTTGTTTCTGGCCCATCTGCATTTTCTTCAGAGTCCTCACTTCCCA
TCGTGAAATCCCCATTCCCTGATTCATCAGTCTCTTCATCTGGATCTGGCTCTACCAATC
GCTTACGTTTTGCTGCTCCTGCTGCTGCTTCATTGTCTGATTCCGAGAGCTCATATTGTT
GGTAATCGATTCTTGTGGCTCTTTTACTACGCC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL4665Contig1 727 2 1 U
GGGTTAGGATCGGGACGGATGAGAGAAGAGCGTCTAGGTGTGATAGTTTTCTCGATATTT
TTGCACGTGAGGGATGTTCTATGGTTGAGACGTCGTGTGCCGAGCATGATTGGCATGCGG
CTGGATCGCAGTTTATCACACACACGGTGGGAAGGGTTCTGGAGAAGCTGGGATTGGAAT
CTGCTCCTGTCGATACCAAGGGTTATGAGACATTGTTGAAACTGGTGGAGAATACTGCTG
GTGACAGCTTTGATCTTTACTACGGACTCTTTTTATACAATCCTAATCCCATGGAGCAGC
TTGAGAGGTTCGGTTTTGCTTTCGAATCGTTGAAGAAACAGCTTTTTGGACGACTACACA
GTCTTCCGCATAAGCAGCTGTTTGGAAATGATAAGGAGACTCGAATAATGTTGGACACAA
CTGGTTTGTCGACTTTCAGATGAGCTAATTTTCCTAAAACCATCTTCGGTAAACTATAAA
ATTACTTTTAAGTTAATGTTCTCTCAGTCTGGGCTCCTTGGACTTTAACTCCATCTTGAT
GCCTTAAAGTTCGAAACTGGTGTTTTTACTTGGGAGTGTTTCAAAAGGCTTTGGTGACTA
TAAGTCTATAAGCTTTTCTTGTAGCTTTGTTTGACCCTGTATTGGTCTGTTGTATCTTTT
GTCATTGGAGTGGCTTCGCGGTTCCAACCAGTTTCAACTTTCAAGTTTCTAAACAGATAT
TACATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B567TF U 1
AF RR3B567JQ C 275
BS 1 727 RR3B567TF

RD RR3B567TF 727 0 0
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TTGCACGTGAGGGATGTTCTATGGTTGAGACGTCGTGTGCCGAGCATGATTGGCATGCGG
CTGGATCGCAGTTTATCACACACACGGTGGGAAGGGTTCTGGAGAAGCTGGGATTGGAAT
CTGCTCCTGTCGATACCAAGGGTTATGAGACATTGTTGAAACTGGTGGAGAATACTGCTG
GTGACAGCTTTGATCTTTACTACGGACTCTTTTTATACAATCCTAATCCCATGGAGCAGC
TTGAGAGGTTCGGTTTTGCTTTCGAATCGTTGAAGAAACAGCTTTTTGGACGACTACACA
GTCTTCCGCATAAGCAGCTGTTTGGAAATGATAAGGAGACTCGAATAATGTTGGACACAA
CTGGTTTGTCGACTTTCAGATGAGCTAATTTTCCTAAAACCATCTTCGGTAAACTATAAA
ATTACTTTTAAGTTAATGTTCTCTCAGTCTGGGCTCCTTGGACTTTAACTCCATCTTGAT
GCCTTAAAGTTCGAAACTGGTGTTTTTACTTGGGAGTGTTTCAAAAGGCTTTGGTGACTA
TAAGTCTATAAGCTTTTCTTGTAGCTTTGTTTGACCCTGTATTGGTCTGTTGTATCTTTT
GTCATTGGAGTGGCTTCGCGGTTCCAACCAGTTTCAACTTTCAAGTTTCTAAACAGATAT
TACATGC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3B567JQ 453 0 0
ATACAATCCTAATCCCATGGAGCAGCTTGAGAGGTTCGGTTTTGCTTTCGAATCGTTGAA
GAAACAGCTTTTTGGACGACTACACAGTCTTCCGCATAAGCAGCTGTTTGGAAATGATAA
GGAGACTCGAATAATGTTGGACACAACTGGTTTGTCGACTTTCAGATGAGCTAATTTTCC
TAAAACCATCTTCGGTAAACTATAAAATTACTTTTAAGTTAATGTTCTCTCAGTCTGGGC
TCCTTGGACTTTAACTCCATCTTGATGCCTTAAAGTTCGAAACTGGTGTTTTTACTTGGG
AGTGTTTCAAAAGGCTTTGGTGACTATAAGTCTATAAGCTTTTCTTGTAGCTTTGTTTGA
CCCTGTATTGGTCTGTTGTATCTTTTGTCATTGGAGTGGCTTCGCGGTTCCAACCAGTTT
CAACTTTCAAGTTTCTAAACAGATATTACATGC

QA 1 453 1 453
DS 



AS 1 2

CO CL4666Contig1 728 2 3 U
TTTTGGACAACTTAACCTCCCATGAGATAGTCTTTATATTTGTATCATCACGTAGCTCGT
TGCACTTTAGTTAATATGAGCAAATGAATGATATGATACAAAGCAAACAAGCAACATTTG
TTGTGATACTGAGCTATTTATTCTCCATTGATCCAAAGCCATGACAATCAAAAACCTAAT
CTCACAACTCAACTCAAGAATCTCCTTCACCGGAAATAGAAACCGAAGAAAGCCTTTCCT
CTTCCGGCAAGACGGACCAGTTAGGCGACTGAACAGCTCTGAGCCACAAGAAATCATCAA
CATTGGCCCAGCTCTCAGTCTCCCCCTCCAAACCCGCCGTCTTCAAATCTTGCTCGATCC
CTCCGTAGTCCAAACAGTAAGGCCCGAACCTGACCCCGTTGCTGTCTTCTATAATGGGAC
GACTCCTCACTCTCAAATAGAAATCACTCCTCTTGGCGCGATGGATCCTAATCTGATGCG
AGGCCACCACAAGAACGCAGTCCTCCACGTCGTCTATCAGAATCGAACCAATCACAGGAC
CTGTGTACACGTGGCAGTTCCTCAACCGGTGGATGAAGAGAGCGTTGACGGTTCCGGTCA
AACGCACTCGGCACGAATCGAGATCTGACAACGTGAACTCTCCGGATCTAAAGATTTTCG
TGAGAGTCTCCCCCTGTTTGTTTCTGAATCCCGGAGAATCGCGTACGGGGACGACGACGT
TCGGAGCC


BQ
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AF RR3EX40JQ U 51
AF RR3EX40TF C 1
BS 1 50 RR3EX40TF
BS 51 483 RR3EX40JQ
BS 484 728 RR3EX40TF

RD RR3EX40JQ 433 0 0
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AAATCATCAACATTGGCCCAGCTCTCAGTCTCCCCCTCCAAACCCGCCGTCTTCAAATCT
TGCTCGATCCCTCCGTAGTCCAAACAGTAAGGCCCGAACCTGACCCCGTTGCTGTCTTCT
ATAATGGGACGACTCCTCACTCTCAAATAGAAATCACTCCTCTTGGCGCGATGGATCCTA
ATCTGATGCGAGG

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR3EX40TF 728 0 0
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TGCACTTTAGTTAATATGAGCAAATGAATGATATGATACAAAGCAAACAAGCAACATTTG
TTGTGATACTGAGCTATTTATTCTCCATTGATCCAAAGCCATGACAATCAAAAACCTAAT
CTCACAACTCAACTCAAGAATCTCCTTCACCGGAAATAGAAACCGAAGAAAGCCTTTCCT
CTTCCGGCAAGACGGACCAGTTAGGCGACTGAACAGCTCTGAGCCACAAGAAATCATCAA
CATTGGCCCAGCTCTCAGTCTCCCCCTCCAAACCCGCCGTCTTCAAATCTTGCTCGATCC
CTCCGTAGTCCAAACAGTAAGGCCCGAACCTGACCCCGTTGCTGTCTTCTATAATGGGAC
GACTCCTCACTCTCAAATAGAAATCACTCCTCTTGGCGCGATGGATCCTAATCTGATGCG
AGGCCACCACAAGAACGCAGTCCTCCACGTCGTCTATCAGAATCGAACCAATCACAGGAC
CTGTGTACACGTGGCAGTTCCTCAACCGGTGGATGAAGAGAGCGTTGACGGTTCCGGTCA
AACGCACTCGGCACGAATCGAGATCTGACAACGTGAACTCTCCGGATCTAAAGATTTTCG
TGAGAGTCTCCCCCTGTTTGTTTCTGAATCCCGGAGAATCGCGTACGGGGACGACGACGT
TCGGAGCC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL4667Contig1 1123 2 4 U
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ATAAAAAGCGGAATCTGGAGAAGAATATCTCCAAAAAACGAGATGCGAGTTTTCAGAATT
TCATGCGTCGGAGCTCGTCATCTTTCACCTCCCTCCTCCTCCGCTGCTCATTCTGACGTC
TCTGCCGGGCTGAATAGCGCAGATCCAGAGGATGCGAGTTGTGGTGGCACTGGCACGCCG
AGTTTGAAAATCAAGAAGAGGCTAACATGCGTGTGCTTCCACCGCAAGAGAGCTTACGAA
CGCATCTGCTCTAACTTGACACCATTGCAGGAAGAAAGACTAAAGAGGCTGACGAAGAGA
ATGAATAATTGCTTCGATGCGTCGCGGCCTGACCATCAGGATGCACTGAGAGCATTGTGG
TCAGCAACGTATCCAGGTGAGAAGCTTGAGGCTTTAATCTCAGATCAGTGGAAAGATATG
GGATGGCAAGGAAGAGATCCATCCACTGATTTCAGAGGAGGCGGATTTATATCGCTGGAG
AATCTTCTCTTCTTTGCCAAGACATTCCCGACTTCGTTTCAGCGTCTTTTAAAGAAACAA
GGAGGTGAAAGAGCGGCTTGGGAATATCCATTCGCTGTTGCTGGTGTCAACATTACCTTC
ATGATCATGCAAATGCTCGACCTAGAAGCCTCAAAGCCTAGGACTTTTGTACGGTCGGTA
TTCTTACAAATGCTATCAGAAAACGAATGGGCCTTTGATTTGCTTTACTGCGTTGCCTTT
GCGGTAATGGATAAACAGTGGCTAGACAGGAACGCCACCTATATGGAATTCAACGATGTG
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AGATATGCCTTCCTTCTCTCTTCTCTCTTAGTCTTATACCTATCAAGTTCTTGATCTGTC
ACTTAATAGGAGTAGACTATTTCAAGGAAGGAAACACAAAGAGGTCTGTTTTCTTAGGAA
TATCCGACCTGAGAGATGAGTGAACAAGTTTGATATAAATTGTTGTAGTCTGATATACTT
ATCATGTACAAGCATTGGAAATTAATTAAATATTGTAAAAGCC


BQ
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AF RR3D958TF U 1
AF RR3D958JQ C 393
BS 1 701 RR3D958TF
BS 702 702 RR3D958JQ
BS 703 713 RR3D958TF
BS 714 1123 RR3D958JQ

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ATAAAAAGCGGAATCTGGAGAAGAATATCTCCAAAAAACGAGATGCGAGTTTTCAGAATT
TCATGCGTCGGAGCTCGTCATCTTTCACCTCCCTCCTCCTCCGCTGCTCATTCTGACGTC
TCTGCCGGGCTGAATAGCGCAGATCCAGAGGATGCGAGTTGTGGTGGCACTGGCACGCCG
AGTTTGAAAATCAAGAAGAGGCTAACATGCGTGTGCTTCCACCGCAAGAGAGCTTACGAA
CGCATCTGCTCTAACTTGACACCATTGCAGGAAGAAAGACTAAAGAGGCTGACGAAGAGA
ATGAATAATTGCTTCGATGCGTCGCGGCCTGACCATCAGGATGCACTGAGAGCATTGTGG
TCAGCAACGTATCCAGGTGAGAAGCTTGAGGCTTTAATCTCAGATCAGTGGAAAGATATG
GGATGGCAAGGAAGAGATCCATCCACTGATTTCAGAGGAGGCGGATTTATATCGCTGGAG
AATCTTCTCTTCTTTGCCAAGACATTCCCGACTTCGTTTCAGCGTCTTTTAAAGAAACAA
GGAGGTGAAAGAGCGGCTTGGGAATATCCATTCGCTGTTGCTGGTGTCAACATTACCTTC
ATGATCATGCAAATGCTCGACCTAGAAGCCTCAAAGCCTAG*ACTTTTGTACG

QA 1 713 1 713
DS 

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TTTAATCTCAGATCAGTGGAAAGATATGGGATGGCAAGGAAGAGATCCATCCACTGATTT
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TTCGTTTCAGCGTCTTTTAAAGAAACAAGGAGGTGAAAGAGCGGCTTGGGAATATCCATT
CGCTGTTGCTGGTGTCAACATTACCTTCATGATCATGCAAATGCTCGACCTAGAAGCCTC
AAAGCCTAGGACTTTTGTACGGTCGGTATTCTTACAAATGCTATCAGAAAACGAATGGGC
CTTTGATTTGCTTTACTGCGTTGCCTTTGCGGTAATGGATAAACAGTGGCTAGACAGGAA
CGCCACCTATATGGAATTCAACGATGTGTTGAGATGTACGAGCGCAGCTGGAGAGAGAGC
TGATGATGGATGATGTTTTCAGGATCGAAGATATGCCTTCCTTCTCTCTTCTCTCTTAGT
CTTATACCTATCAAGTTCTTGATCTGTCACTTAATAGGAGTAGACTATTTCAAGGAAGGA
AACACAAAGAGGTCTGTTTTCTTAGGAATATCCGACCTGAGAGATGAGTGAACAAGTTTG
ATATAAATTGTTGTAGTCTGATATACTTATCATGTACAAGCATTGGAAATTAATTAAATA
TTGTAAAAGCC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL4668Contig1 1255 2 2 U
GAACTCAGACAAGTAGTCCATCCTTGTATCAGCTGGAGATGAGCCATAGTCCAAATGCAC
AGCATATATGGCGTTCCTTTTCGCATTTGCAAGCAAGAGGAGGCCTGCTTCAGATAATGC
TATGACTTGGTTGAAAAACGCCTCCTCCACTCGTGGCTCAATTGAACTTTTCAAATCCAG
TATCTGAGTGCAATTCCATGACTCAGAATCAGCTGGTAGGAGCCACCCTTCTTCTCCAGA
TGGGATCCAAATCTTCATCTCTCGATTAAGAGGACCCTGCAAACATAGACAGAGTTAGCA
ACTAAGCAGAAAGATACACTACGGTATACAATGTAAAGTCAACACAGCACAGGTAAGGCT
CAGAAAAAGCCGGAAATACTGATTCAAAAGAATACCCCAGTAATGAGTATGACGTGATCA
GATCTCTCAGGGGATGTCACAAATGTTGCCGAATTGACCGGATGGCCATCATGAGGTTTC
AGAACTGCAACGGGTTGTGCCTTGAAATCTTGCCAAATCTTAACCTGTTGGTATTATGAG
GAAAGAAAAGAGTAAGAAACGCAGACTAAAACACTAGCTACTGCACTAGCATAAAAAGGC
TAAAAAGGCCGACGGGTTCCAAATTAAGCTCACCATTCCAATATTATGTGTAATCACTTT
AAACTTTTAGATAAAGTCATCTTTAAGAACAAAAACGATAGAAATAGCAAACTCTAGTGA
AGTAGAATGAAAAAGAAAAACAAATACAAACCGTGCCATCAACGGAAGAGGAAACGAGGC
GTGTGATCATCCATTGGCACATGGATAAATCTGTAACCTCTCCATCGTGCTTGCCAACAA
TCTTTACACCGTCAATCAATTTATCAAGGTGGCTCTGAATAGGAGCCTCAGCCGAGAAGA
CTTCACCTCTGCCAACTTTAGTAGTATCAATCAGGAGAACGTGTTTACCAATTGAAACCA
CCAAAATTTCCTGAAAAAAATTATTTTAAGCAATCAGAAGTATATACAACAATTTGTCAA
AGGAAGAAAATGTTATTCCATACCTGTTTATGAGAATGCCAACAAACACGTGGATGCTTG
GTGTCTTCATGACCAAGTATCTGAAGAGCAAGAGCAATCTTTCCAGTAATCTGGGGATCA
TCTTCTCCCTCAGACCCTTCAGATATCTTCCACACGAAAACCTTCCCATCCAAGCTTACG
CTGTTTTGGAGAAACAGGAATGAAACGGTAAATGCCTAAGGAGAATACAAGGCGT


BQ
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AF RR3BK48TF U 1
AF RR3BK48JQ C 469
BS 1 688 RR3BK48TF
BS 689 1255 RR3BK48JQ

RD RR3BK48TF 688 0 0
GAACTCAGACAAGTAGTCCATCCTTGTATCAGCTGGAGATGAGCCATAGTCCAAATGCAC
AGCATATATGGCGTTCCTTTTCGCATTTGCAAGCAAGAGGAGGCCTGCTTCAGATAATGC
TATGACTTGGTTGAAAAACGCCTCCTCCACTCGTGGCTCAATTGAACTTTTCAAATCCAG
TATCTGAGTGCAATTCCATGACTCAGAATCAGCTGGTAGGAGCCACCCTTCTTCTCCAGA
TGGGATCCAAATCTTCATCTCTCGATTAAGAGGACCCTGCAAACATAGACAGAGTTAGCA
ACTAAGCAGAAAGATACACTACGGTATACAATGTAAAGTCAACACAGCACAGGTAAGGCT
CAGAAAAAGCCGGAAATACTGATTCAAAAGAATACCCCAGTAATGAGTATGACGTGATCA
GATCTCTCAGGGGATGTCACAAATGTTGCCGAATTGACCGGATGGCCATCATGAGGTTTC
AGAACTGCAACGGGTTGTGCCTTGAAATCTTGCCAAATCTTAACCTGTTGGTATTATGAG
GAAAGAAAAGAGTAAGAAACGCAGACTAAAACACTAGCTACTGCACTAGCATAAAAAGGC
TAAAAAGGCCGACGGGTTCCAAATTAAGCTCACCATTCCAATATTATGTGTAATCACTTT
AAACTTTTAGATAAAGTCATCTTTAAGA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3BK48JQ 787 0 0
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TGGTATTATGAGGAAAGAAAAGAGTAAGAAACGCAGACTAAAACACTAGCTACTGCACTA
GCATAAAAAGGCTAAAAAGGCCGACGGGTTCCAAATTAAGCTCACCATTCCAATATTATG
TGTAATCACTTTAAACTTTTAGATAAAGTCATCTTTAAGAACAAAAACGATAGAAATAGC
AAACTCTAGTGAAGTAGAATGAAAAAGAAAAACAAATACAAACCGTGCCATCAACGGAAG
AGGAAACGAGGCGTGTGATCATCCATTGGCACATGGATAAATCTGTAACCTCTCCATCGT
GCTTGCCAACAATCTTTACACCGTCAATCAATTTATCAAGGTGGCTCTGAATAGGAGCCT
CAGCCGAGAAGACTTCACCTCTGCCAACTTTAGTAGTATCAATCAGGAGAACGTGTTTAC
CAATTGAAACCACCAAAATTTCCTGAAAAAAATTATTTTAAGCAATCAGAAGTATATACA
ACAATTTGTCAAAGGAAGAAAATGTTATTCCATACCTGTTTATGAGAATGCCAACAAACA
CGTGGATGCTTGGTGTCTTCATGACCAAGTATCTGAAGAGCAAGAGCAATCTTTCCAGTA
ATCTGGGGATCATCTTCTCCCTCAGACCCTTCAGATATCTTCCACACGAAAACCTTCCCA
TCCAAGCTTACGCTGTTTTGGAGAAACAGGAATGAAACGGTAAATGCCTAAGGAGAATAC
AAGGCGT

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL4669Contig1 577 2 2 U
GGAGACAAAAGAAAATATGTCAGGAGTAGGAGTAGCATGCAAAAGAGTAAGCTTTAGTCC
TGACCAAGAAGCCACAGAGGAACCCATGTTTCAAAAACATCACGACCGGAGAAAGGTGGT
TCTCATTGGATTTCTCAGTTTCGGTCTCAAGACCTCGCCGGCTGGAAGAAAGTTCATCCG
ACGTATCCGAGCTAGAGTTGCCAAAACGCTGCGTTCTATGTCCTTCAGGAGGAATACGAC
CGAGAAAACGTCATCGTTGTTGCTGTCTTCCACTTCCTCTTCTTCTTCATCGTCTATTTA
TATGAAAAGGTCCAAGTCTCTGGCTGAATCGGAGTCTCATCGAGCAGAAGCTATTGAAGA
CTGCATTGAGTTTTTGAACTCTTCTTTTTCTCTGTCCAGATCAAACTCTGTCTCAACATG
GTCTTCTTGATTTGACCGGTTAGGATTCGGATCAAATGGAACTCCTACTCTCTTTTTCTT
GTGGTGAAATGTTAAAAGAGTCGAGAATTGTGAATTAAGCATTGTATAGGAGTGTTTTAA
ATTACTTTTCAGTTCATAAAGAAAATTTTACGAGTTG


BQ
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AF RR3C676JQ C 1
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TCTCATTGGATTTCTCAGTTTCGGTCTCAAGACCTCGCCGGCTGGAAGAAAGTTCATCCG
ACGTATCCGAGCTAGAGTTGCCAAAACGCTGCGTTCTATGTCCTTCAGGAGGAATACGAC
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TATGAAAAGGTCCAAGTCTCTGGCTGAATCGGAGTCTCATCGAGCAGAAGCTATTGAAGA
CTGCATTGAGTTTTTGAACTCTTCTTTTTCTCTGTCCAGATCAAACTCTGTCTCAACATG
GTCTTCTTGATTTGACCGGTTAGGATTCGGATCAAATGGAACTCCTACTCTCTTTTTCTT
GTGGTGAAATGTTAAAAGAGTCGAGAATTGTGAATTAAGCATTGTATAGGAGTGTTTTAA
ATTACTTTTCAGTTCATAAAGAAAATTTTACGAGTTG

QA 1 577 1 577
DS 

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TATCCGAGCTAGAGTTGCCAAAACGCTGCGTTCTATGTCCTTCAGGAGGAATACGACCGA
GAAAACGTCATCGTTGTTGCTGTCTTCCACTTCCTCTTCTTCTTCATCGTCTATTTATAT
GAAAAGGTCCAAGTCTCTGGCTGAATCGGAGTCTCATCGAGCAGAAGCTATTGAAGACTG
CATTGAGTTTTTGAACTCTTCTTTTTCTCTGTCCAGATCAAACTCTGTCTCAACATGGTC
TTCTTGATTTGACCGGTTAGGATTCGGATCAAATGGAACTCCTACTCTCTTTTTCTTGTG
GTGAAATGTTAAAAGAGTCGAGAATTGTGAATTAAGCATTGTATAGGAGTGTTTTAAATT
ACTTTTCAGTTCATAAAGAAAATTTTACGAGTTG

QA 1 454 1 454
DS 



AS 1 2

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TTTCTGCTTTTGCACCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAAACATGCAAGGGGCGGCCTCATA
CAGGGAAATATTGTATGAAGGATAGTGAATGTCGGCAGATTTGCAGAGACACCCCGAATT
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GTTAATCAAACGAGCCGTTCCAAGATATTTTCATGCCCTATGCTAAAAAAAATATTACTA
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TATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATG


BQ
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AF RR3EC80JQ C 1
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TATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATG

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DS 

RD RR3EC80TF 451 0 0
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TTTCTGCTTTTGCACCAACAATTGTGGAAGGGCAGAAAACATGCAAGGGGCGGCCTCATA
CAGGGAAATATTGTATGAAGGATAGTGAATGTCGGCAGATTTGCAGAGACACCCCGAATT
CAATTCGTGCAACTTGCGATTATAAATTCCCAAGGCGCCGGTGTTTCTGCCACTTTCCAT
GTTAATCAAACGAGCCGTTCCAAGATATTTTCATGCCCTATGCTAAAAAAAATATTACTA
GATAACTTCCTGCGATATCGCGGAATAAAGTTCATTTCAATATTATTATAATAAGTTTTC
TATATAATTGAAATTTATAACAATTTCGATG

QA 1 451 1 451
DS 



AS 1 2

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G


BQ
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20 

AF RR3DE53TF U 1
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CAAATGGAGCTAGCGGATCGTGCAGTCGGGCTTCTATCATCTTCAATCAGCTTATCCATA
TTCACCTACTATACTTTCTGGGTCATCATCCTGCCATTTGTAGATAGTGATCACTTCATC
CACAAGTACTTCTTGCCTCAAGACTATGCGATTCTCGTACCTGTCTTCGCTGGCGTAACT
CTCCTCTCTCTTCTTTGCGTATTCATTGGGATGGTCATGCTCAAATCCAAAAAGAAGAAG
GCTTGATTTGGTTTTTCATTTCTTCAGCTGTTCTGCACACTTTGTTTTAGACTTTTTGGT
CTTTTGAGAGGTTTAGGCCTGCCTGAACTTTAATTGGTGTAGTTGAACCGTACGAGACTA
TTGTCTTAAAGTTGAATACGTAAGGACATATTATTAACTAAATAAAGTGTTTTGTTTGGG
G

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR3DE53JQ 438 0 0
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TCTTCGCTGGCGTAACTCTCCTCTCTCTTCTTTGCGTATTCATTGGGATGGTCATGCTCA
AATCCAAAAAGAAGAAGGCTTGATTTGGTTTTTCATTTCTTCAGCTGTTCTGCACACTTT
GTTTTAGACTTTTTGGTCTTTTGAGAGGTTTAGGCCTGCCTGAACTTTAATTGGTGTAGT
TGAACCGTACGAGACTATTGTCTTAAAGTTGAATACGTAAGGACATATTATTAACTAAAT
AAAGTGTTTTGTTTGGGG

QA 1 438 1 438
DS 



AS 1 2

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TTTTGTTTCGTCTTGGCTTTGGCCTTGTTTCAACCTTGTTTTGGTTGAGACTAATGGACC
TTGTTGTAATATCTAGACTTATTGAGCTGGGCCTATTTATAAA


BQ
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AF RR3BJ28JQ C 1
AF RR3BJ28TF U 1
BS 1 763 RR3BJ28TF

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QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3BJ28TF 763 0 0
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TCCCACCGTGAGCAGCGTTTTTCGGCCGGCGGAGTGGGCTCCGTTAGCCACCGTCGGTCC
GGAGCTTTCTAGTTTTTTGTCTTTTTTTTGTTGTCTCTTCATGAATGTGGTTTATGAGAG
GATTTCTGTGGCCTCTCATGTTTTTATTTTCAGATCTGGTATTATCTTTCCGGGAGATAG
AAGCTTCTGTAGCTCTGTCACCGCCGGTCTTGTTCCCGGGGAGTGGAGGTGTTCTTAACC
TCACGACCACCGGCTTTCGGGTGTCGACCTCTCTTTTGGGTGCGACCTTTAGGTGATGAA
GTTCTAAAGCTCTCGGTTTCGTTTATTGGTGATGAGATCCCGATCTGTTCGGTTTGTAAC
TCTCGGTCCAAGCGAAACCGATGGAGTCAAAAAGATGGAGTTTGGAGTTTGGATGGCTTG
GTGGCTCTGGAGAAGATTTCGATGGTGATCGATGAAGCTCTCCTGGATCGAGCAGCCGTG
AATGGTGAAGGAGATAGGTATGACGGTGGTCCGTTGATGCGGCGCATGCTATCTCCGTTG
GTGGGGGAAGAGTGAAATTAGGGCGACTCTTTTCTTCATTGGGCTTTAATGGGCTTATGT
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TTGTTGTAATATCTAGACTTATTGAGCTGGGCCTATTTATAAA

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL4673Contig1 1124 2 4 U
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TTGCGGATTGGCCCGAAGAGGATTTCATTGCCACACATACCAGTCTTAGGAGCACTGGCG
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ACCAAGGCCTATGCGGAGGTTGTTGGGCGTTCTCAGCTGTTGCCGCTGTGGAAGGTGTGA
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GAGGGTATAATAATGGTTGTGGAGGTGGGATAATGACAGAAGCTTTCGACTACATAGTCC
AAAACCAAAGCATTGCCTCAGAGGAAGCTTACCCTTTCTCAGAGCAAGCCTACCCTTTCC
TATGGACATACGAGATGTGCCGGTACAATGCGAGACCCGCCGCATCAATCAGAGGTTTCC
AGACTGTTCCAAGCAACAACGAGCGTGCGTTGCTCGAGGCTGTGTCGAGACAGCCTGTCT
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CATTAGGATTCGTAGAGATGTGGACTGGCCTGAGGGCATGTGTGGTGTGGCTCAGAATGC
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BQ
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AF RR3AZ21TF U 1
AF RR3AZ21JQ C 410
BS 1 777 RR3AZ21TF
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AGGTCGCCCCTCATGAGACCAAAGATTGGAGAAACGAAGGAGCTGTAACACCGGTTAGAT
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CAAAGATTGCCGGAGGCAAACTTATACCATTATCTTAACAACAGCTTATAGATTGCGACA
GAGGGTATAATAATGGTTGTGGAGGTGGGATAATGACAGAAGCTTTCGACTACATAGTCC
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CGGCAT

QA 1 846 1 846
DS 

RD RR3AZ21JQ 715 0 0
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CTACATAGTCCAAAACCAAGGCATTGCCTCAGAGGAAGCTTACCCTTTTTCAGAGCAAGC
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TATGATGAGCCGTACTGTGGGACTAGAGTGAATCATGCGGTGACGTTCGTTGGGTACGGG
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GCTCAGAATGCTTATTATCCAATTGCTTAATTAAGTGGCAAATGGCTTATTGTCT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL4674Contig1 902 2 2 U
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GACAATACGTTCTTTCCAAATTTACTCTTTGTCCCTCTATTAGAGGTGTTCCAGAAATGT
CTGCAATCGAGTAAATAGCTCTACGAACTAATGGATCGGATCGAATTGGAAAATGGAAAG
ATTTGTACAAGTTATACCTTTCGTCACCACTTTGTGGAAAATTGTTAGATATGAATATGT
TAGATACCTGTGACTCGATTGACGAAGGTGAAATAGTATCTCTCTCCAAAAAAGCATGTT
TTTTTTTACCACCACACGAAGAAAATATTTTGTTGTGAATGAACAAGATAGTGAGGAATT
GTCCATACGTAAAATCAGAATTATTGAGACGGGCCTTTTCCACATAAAAAGGGAATCTTT
TGTTACAATAGAAGCAGAAGTGATGTGGATTATTCAAGAATCGAAGTCGATTTGCTTTAG
AAAAAGAAGATATCAATGAACTTCTCTGAAATGGTTTCACGGGATTCAGCCAATTGTCTT
GATCGTGGGATACGATTGAGAAATAGGAATCCGTGTTATCAAAAGATTTCCTGCGATTCT
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AGGGTTTCAATTTTTTAAAATGAACGATTTGAAGACCTATTGATTCTAACAACTGATTGC
AGAGTTGATCGTTCGGACCTTTCGATTCATAGATGTGGATTTCAGACCTATGAATGGGGA
TATTCTCGAAACTCACAAAGAAAAAAGGAAGTGAGTTAGACAAAAAGAGAAGTAACTTGG
AC


BQ
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10 10 

AF RR3E839TF U 1
AF RR3E839JQ C 206
BS 1 638 RR3E839TF
BS 639 902 RR3E839JQ

RD RR3E839TF 638 0 0
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GACAATACGTTCTTTCCAAATTTACTCTTTGTCCCTCTATTAGAGGTGTTCCAGAAATGT
CTGCAATCGAGTAAATAGCTCTACGAACTAATGGATCGGATCGAATTGGAAAATGGAAAG
ATTTGTACAAGTTATACCTTTCGTCACCACTTTGTGGAAAATTGTTAGATATGAATATGT
TAGATACCTGTGACTCGATTGACGAAGGTGAAATAGTATCTCTCTCCAAAAAAGCATGTT
TTTTTTTACCACCACACGAAGAAAATATTTTGTTGTGAATGAACAAGATAGTGAGGAATT
GTCCATACGTAAAATCAGAATTATTGAGACGGGCCTTTTCCACATAAAAAGGGAATCTTT
TGTTACAATAGAAGCAGAAGTGATGTGGATTATTCAAGAATCGAAGTCGATTTGCTTTAG
AAAAAGAAGATATCAATGAACTTCTCTGAAATGGTTTCACGGGATTCAGCCAATTGTCTT
GATCGTGGGATACGATTGAGAAATAGGAATCCGTGTTATCAAAAGATTTCCTGCGATTCT
TTCTAGTATGGAATGAGTCAATCATCCACTTTGGTATC

QA 1 638 1 638
DS 

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AGGTGAAATAGTATCTCTCTCCAAAAAAGCATGTTTTTTTTTACCACCACACGAAGAAAA
TATTTTGTTGTGAATGAACAAGATAGTGAGGAATTGTCCATACGTAAAATCAGAATTATT
GAGACGGGCCTTTTCCACATAAAAAGGGAATCTTTTGTTACAATAGAAGCAGAAGTGATG
TGGATTATTCAAGAATCGAAGTCGATTTGCTTTAGAAAAAGAAGATATCAATGAACTTTT
CTGAAATGGTTTCACGGGATTCAGCCAATTGTCTTGATCGTGGGATACGATTGAGAAATA
GGAATCCGTGTTATCAAAAGATTTCCTGCGATTCTTTCTAGTATGGAATGAGTCAATCAT
CCACTTTGGTATCTTATTGAACAAAAATGGTGATATTGTTCCTCCGTTGATCAAGAATTT
CGATTTTTGAGAAGTATTATGATCATCCAATAAAAAGGGTTTCAATTTTTTAAAATGAAC
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TTCATAGATGTGGATTTCAGACCTATGAATGGGGATATTCTCGAAACTCACAAAGAAAAA
AGGAAGTGAGTTAGACAAAAAGAGAAGTAACTTGGAC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTTCTTATTTAGTCGCCGGAAATTTGCTACACACATTGAAGACGTAAATAAGAGAATCTC
TAAGCTGATTGCGCAAATGTGTGATTTTGGAATACACCGGATCATCGGTGGTGACAGTTC
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GATCTATGTTTCGCAAGAGTTCACTCAAAAGGATATATGG


BQ
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AF RR3FW88TF U 1
AF RR3FW88JQ C 2
BS 1 714 RR3FW88TF
BS 715 715 RR3FW88JQ
BS 716 758 RR3FW88TF
BS 759 760 RR3FW88JQ

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CTTTTGAAAGAACGTAGTGGAGAAGAAAAAGGGATCATGACGTGTGAAAAGACACTCTTG
CTTCTTATTTAGTCGCCGGAAATTTGCTACACACATTGAAGACGTAAATAAGAGAATCTC
TAAGCTGATTGCGCAAATGTGTGATTTTGGAATACACCGGATCATCGGTGGTGACAGTTC
AGTGTCTTCGCAAGAGAGACAAAGGGTGCAACGGGAGATCCAACGAACATTTCCTCGAAG
TTATGAAAACAAACTTGTGGCAGTGGAACAAAGTGTTAAAGAACTGGTTGGTCAATTGGT
GGATAATGATAACATCCAAGTGGTTTCCATATCCGGAATGGGGGGTATTGGTAAAACAAC
ACTAGCCAAACAAGTTTTTCAGCATCATAATGTCCGACGTCATTTTCAAGGATT*GCATG
GATCTATGTTTCGCAAGAGTTCACTCAAAAGGATATAT

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3FW88JQ 759 0 0
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TTTTGAAAGAACGTAGTGGAGAAGAAAAAGGGATCATGACGTGTGAAAAGACACTCTTGC
TTCTTATTTAGTCGCCGGAAATTTGCTACACACATTGAAGACGTAAATAAGAGAATCTCT
AAGCTGATTGCGCAAATGTGTGATTTTGGAATACACCGGATCATCGGTGGTGACAGTTCA
GTGTCTTCGCAAGAGAGACAAAGGGTGCAACGGGAGATCCAACGAACATTTCCTCGAAGT
TATGAAAACAAACTTGTGGCAGTGGAACAAAGTGTTAAAGAACTGGTTGGTCAATTGGTG
GATAATGATAACATCCAAGTGGTTTCCATATCCGGAATGGGGGGTATTGGTAAAACAACA
CTAGCCAAACAAGTTTTTCAGCATCATAATGTCCGACGTCATTTTCAAGGATTTGCATGG
ATCTATGTTTCGCAAGAGTTCACTCAAAAGGATATATGG

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL4677Contig1 1004 2 2 U
GGGTCTCCCTCCAAAACTATGGCGTCGGCGTCCTCTTCAAACGCAGTCGCCGGAAGGCTT
CGAAACGCATCGTTGGTTCTCGTATCCGATAACGATTCCACAATCTCTGATATACGTAAA
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GAAAATCATAATTTGATGCGACAGTTCAGGGAAGCAGTTTGGAACGTTCATCATGCAGGT
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AGTATGGATTGCAAGCACGTCTACGACAAAGCCTCAATCATGCATTACATAGCCACCAAT
CCAAATGCGAAATGTCCTATAGCTGGCTGCCGAGGTAAACTGAAGAGCAACAAAGTGGTT
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AGGGATGAAGTGATTGAAGACTTCACAAATGCAGACGATGAAGATTAGAGATCAAAACAT
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CTTATTTCATTTCAGTTTATGTGGCCATTAATCGGTTTGGTTTG


BQ
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AF RR3AM16TF U 1
AF RR3AM16JQ C 250
BS 1 707 RR3AM16TF
BS 708 1004 RR3AM16JQ

RD RR3AM16TF 707 0 0
GGGTCTCCCTCCAAAACTATGGCGTCGGCGTCCTCTTCAAACGCAGTCGCCGGAAGGCTT
CGAAACGCATCGTTGGTTCTCGTATCCGATAACGATTCCACAATCTCTGATATACGTAAA
GCCGTGATTCTGATGAAGAACATTGCTGTTCAGTTGGAGAAAGATAACCAAACTGAGAAG
GTTAAAGACCTTGAAAGCTCTGTGGCTGAGCTGTTGGAATTGTATGGTGATTGTGCTCAT
CGTTCCTCAGCTATTCATTCTGTTGCTAATGGGTACCAGCCTGGGGAACAGTTAACTGAC
TTCAAAAAGTTGCTTGACGATGAGTTTATAAAGCTCAAGACTACAACTCCTTCAGTGACA
GAAAATCATAATTTGATGCGACAGTTCAGGGAAGCAGTTTGGAACGTTCATCATGCAGGT
CAACCAATGCCTGGAGACGACGAAGAGGACATTGTCATGACCAGTACTCAGTGCCCTTTC
CTAAACGTGAAATGCCCTGTAAGCGGGAAGCCTCTCACTGAACTAGCCGATCCAGTTCGC
AGTATGGATTGCAAGCACGTCTACGACAAAGCCTCAATCATGCATTACATAGCCACCAAT
CCAAATGCGAAATGTCCTATAGCTGGCTGCCGAGGTAAACTGAAGAGCAACAAAGTGGTT
TGTGATCCAATGCTCAAGTTTGAAATCGAGGAGCTGCGCACGATGAA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3AM16JQ 755 0 0
GCTATTCATTCTGTTGCTAATGGGTACCAGCCTGGGGAACAGTTAACTGACTTCAAAAAG
TTGCTTGACGATGAGTTTATAAAGCTCAAGACTACAACTCCTTCAGTGACAGAAAATCAT
AATTTGATGCGACAGTTCAGGGAAGCAGTTTGGAACGTTCATCATGCAGGTCAACCAATG
CCTGGAGACGACGAAGAGGACATTGTCATGACCAGTACTCAGTGCCCTTTCCTAAACGTG
AAATGCCCTGTAAGCGGGAAGCCTCTCACTGAACTAGCCGATCCAGTTCGCAGTATGGAT
TGCAAGCACGTTTACGACAAAGCCTCAATCATGCATTACATAGCCACCAATCCAAATGCG
AAATGTCCTATAGCTGGCTGCCGAGGTAAACTGAAGAGCAACAAAGTGGTTTGTGATCCA
ATGCTCAAGTTTGAAATCGAGGAGCTGCGCACGATGAACAAACAATCTAATAGGGATGAA
GTGATTGAAGACTTCACAAATGCAGACGATGAAGATTAGAGATCAAAACATCTCCTAAGC
AAAGTTGAAAGCCCTGTGTTTCTTAAAGCTCGCAGCTTTCTAACTATATTTTAATCTAAT
GTTTCAAGTCTGCTACCAATATGTTCTCCACTTTTGGATGTAAATAGGCAGTGTTGCTCT
TTGGTTCAACTGCTTTGTGTTGGCTAAGTTTGAGTTCGTTCTTTGAGGGAGCTTATTTCA
TTTCAGTTTATGTGGCCATTAATCGGTTTGGTTTG

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL4678Contig1 931 2 2 U
TCCGGAAATGAACTTAGCTTCCGTTTCCTCGACGCCGCCAGTGGCTTCCCCTTGTTTCCG
TTGCCGAGCTTTCATCTTCTCCTTCTCTCCTTCCCCTCTCTCTTTATACTTCCCGCGTGA
CTCAGCACGGCCTCGAGTTCGAGTTCGCTCCTTGCGAACGGAATCGGACGGCGCTAGGGT
CGATGAAACGGAGTCGTACGGATCGGAATTGCTTCGCCGGCCGCGTGTTACGTCTTCTGA
GGAAGAGGAAGAAGAGGAAAGCTCCGGAGAAGGAGATGCGTTTGTGGATTGGGAAGATAA
AATTCTGGAGGTTACGGCTCCTCTCGTTGGCTTCGTCAGGATGATTCTTCACTCCGGAAA
ATACGCAAACCAGGATAGGCTAAGCCCTGAGCACGAAAAAACAATTGTTGAGATGCTCCT
TCCTTATCACCCTGAAGTTGACAAGAAGATCGGATGTGGAATAGACTATATCATGGTTGG
GAATCACCCAGAATTCGAGAGATCTCGATGTCTGTTTATAGTTCGAAAAGATGGAGAAGT
AGTTGACTTTTCGTATTGGAAATGCATAAAAGGTCTAATAAAGAGGAAGTATCCTCTCTA
TGCAGACAGTTTCATCCTCAGACATTTTCGCAAACGTAGGCAGAACAGGTGAAGAAATAG
CTTATTCTAGAGATTCTTAAACTCAACAACGCTCTTGGATACATCCTACAAGGTTTTGAA
GTTAGAACTCAAGACACTTTTCTCTTTTGAGTTGGAATTATGGATGGAACTTTCTACAAG
ACATGGTCTTCGCAGGAGATCAGCAATTACAGCATCAGAATATTACTATTTTCACTGTTT
ACAGTCCCTAGCATTTGTATGATACGAAAATTTTACACTAAACTTATGTGAAGAGGTAGT
GAAACGATACACACTTTGTGTGCAGGGTTCG


BQ
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AF RR3EF31TF U 1
AF RR3EF31JQ C 96
BS 1 555 RR3EF31TF
BS 556 931 RR3EF31JQ

RD RR3EF31TF 555 0 0
TCCGGAAATGAACTTAGCTTCCGTTTCCTCGACGCCGCCAGTGGCTTCCCCTTGTTTCCG
TTGCCGAGCTTTCATCTTCTCCTTCTCTCCTTCCCCTCTCTCTTTATACTTCCCGCGTGA
CTCAGCACGGCCTCGAGTTCGAGTTCGCTCCTTGCGAACGGAATCGGACGGCGCTAGGGT
CGATGAAACGGAGTCGTACGGATCGGAATTGCTTCGCCGGCCGCGTGTTACGTCTTCTGA
GGAAGAGGAAGAAGAGGAAAGCTCCGGAGAAGGAGATGCGTTTGTGGATTGGGAAGATAA
AATTCTGGAGGTTACGGCTCCTCTCGTTGGCTTCGTCAGGATGATTCTTCACTCCGGAAA
ATACGCAAACCAGGATAGGCTAAGCCCTGAGCACGAAAAAACAATTGTTGAGATGCTCCT
TCCTTATCACCCTGAAGTTGACAAGAAGATCGGATGTGGAATAGACTATATCATGGTTGG
GAATCACCCAGAATTCGAGAGATCTCGATGTCTGTTTATAGTTCGAAAAGATGGAGAAGT
AGTTGACTTTTCGTA

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3EF31JQ 836 0 0
CCTCTCTC
TTATACTTCCCGCGTGACTCAGCACGGC*TCGAGTTCGAGT*CGCTCCTTGCGAACGGAA
TCGGACGGCGCTAGG*TCGATGAAACGGAGTCGTACGGATCGGAATTGCTTCGCCGGCCG
CGTGTTACGTCTTCTGAGGAAGAGGAAGAAGAGGAAAGCTCCGGAGAAGGAGATGCGTTT
GTGGATTGGGAAGATAAAATTCTGGAGGTTACGGCTCCTCTCGTTGGCTTCGTCAGGATG
ATTCTTCACTCCGGAAAATACGCAAACCAGGATAGGCTAAGCCCTGAGCACGAAAAAACA
ATTGTTGAGATGCTCCTTCCTTATCACCCTGAAGTTGACAAGAAGATCGGATGTGGAATA
GACTATATCATGGTTGGGAATCACCCAGAATTCGAGAGATCTCGATGTCTGTTTATAGTT
CGAAAAGATGGAGAAGTAGTTGACTTTTCGTATTGGAAATGCATAAAAGGTCTAATAAAG
AGGAAGTATCCTCTCTATGCAGACAGTTTCATCCTCAGACATTTTCGCAAACGTAGGCAG
AACAGGTGAAGAAATAGCTTATTCTAGAGATTCTTAAACTCAACAACGCTCTTGGATACA
TCCTACAAGGTTTTGAAGTTAGAACTCAAGACACTTTTCTCTTTTGAGTTGGAATTATGG
ATGGAACTTTCTACAAGACATGGTCTTCGCAGGAGATCAGCAATTACAGCATCAGAATAT
TACTATTTTCACTGTTTACAGTCCCTAGCATTTGTATGATACGAAAATTTTACACTAAAC
TTATGTGAAGAGGTAGTGAAACGATACACACTTTGTGTGCAGGGTTCG

QA 9 836 9 836
DS 



AS 1 2

CO CL4679Contig1 982 2 2 U
GGAAGCAGCCTGTGATGTCAGTTAAGGGAATGCTTAAGCATTTTGGGTTGAGTCAGGATG
AAGTGGATGCTCTTTCTCTGAAACACCCTTACGTTTTCGGTAGAAATAAAATGAAGAATC
TGCCTCATGTGGTTAGAGCGTTAGGTTTACATGAAAGGATTTTCGATAGGTTGAAGAATG
GGACTTATCATTTACTCAGTAGCTATTCGTTGTTGGGTCCCGAAGAAGATATAGACAGAG
AATATCAACAAGGCCTGGAGGAGATTCAACACTTGAGGTGCAAAACACACAGTTTTCAAA
AACTTGATTTCCTTCATCAAATAGGTTTTGGCGAAAACGGTTTGACCATGAAGATACTAC
AGCACGTCCATGGCACCGCCGTGGAAATACAGGAAAGATTCCAAATCCTACTAGACAACG
GCATCGATTTCTCGAAGGCGTGCATGTTGATAAGATCATCACCGAAGAGCTTGAACCAGA
AACCGCATAGCATACAAGAGAAGATAAGGTTCCTTTGTGACGAAATGGGAGATTCTTTGG
AGTATCTCGAGGTTTATCCAGCGTATCTCTGTTTCGACCTGGAGAACAGAATCAGTCCAA
GGTTCAGGTTCCATAAATGGCTCGTGGAGAGAGGGTTAAGCGAGAAAAACTATTCGATCG
CAAGCATTGTAGCCACCAGCGAAAAGGCTTTCATAGCTCGTTTATATGGGATTCATCCAG
CAATTCCTAAACACTATTTCGAACGTTTCTCCTACAGAAAAGACAGATCAACTGTTTCCT
AACTTGACAAAAGACTCATCTGGATATTGCAGCAGATCGAGCAATCTGAACACCTGAACC
TTATTACCTGAGTTCTATATCTGTGAGTGGAGATTGCTAATTAATTGTTTATTGGCATAA
GTGATGGGCTTTGACTTATGTGTACCACTCGGAAACAGGAAGTGAAAGATTGTACAATGT
TGTGGTTACCTTTGTACATTTT


BQ
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AF RR3E563TF U 1
AF RR3E563JQ C 427
BS 1 601 RR3E563TF
BS 602 982 RR3E563JQ

RD RR3E563TF 604 0 0
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AAGTGGATGCTCTTTCTCTGAAACACCCTTACGTTTTCGGTAGAAATAAAATGAAGAATC
TGCCTCATGTGGTTAGAGCGTTAGGTTTACATGAAAGGATTTTCGATAGGTTGAAGAATG
GGACTTATCATTTACTCAGTAGCTATTCGTTGTTGGGTCCCGAAGAAGATATAGACAGAG
AATATCAACAAGGCCTGGAGGAGATTCAACACTTGAGGTGCAAAACACACAGTTTTCAAA
AACTTGATTTCCTTCATCAAATAGGTTTTGGCGAAAACGGTTTGACCATGAAGATACTAC
AGCACGTCCATGGCACCGCCGTGGAAATACAGGAAAGATTCCAAATCCTACTAGACAACG
GCATCGATTTCTCGAAGGCGTGCATGTTGATAAGATCATCACCGAAGAGCTTGAACCAGA
AACCGCATAGCATACAAGAGAAGATAAGGTTCCTTTGTGACGAAATGGGAGATTCTTTGG
AGTATCTCGAGGTTTATCCAGCGTATCTCTGTTTCGACCTGGAGAACAGAATCAGTCCAA
G
TTC

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3E563JQ 556 0 0
ATTTCTCGAAGGCGTGCATGTTGATAAGATCATCACCGAAGAGCTTGAACCAGAAACCGC
ATAGCATACAAGAGAAGATAAGGTTCCTTTGTGACGAAATGGGAGATTCTTTGGAGTATC
TCGAGGTTTATCCAGCGTATCTCTGTTTCGACCTGGAGAACAGAATCAGTCCAAGGTTCA
GGTTCCATAAATGGCTCGTGGAGAGAGGGTTAAGCGAGAAAAACTATTCGATCGCAAGCA
TTGTAGCCACCAGCGAAAAGGCTTTCATAGCTCGTTTATATGGGATTCATCCAGCAATTC
CTAAACACTATTTCGAACGTTTCTCCTACAGAAAAGACAGATCAACTGTTTCCTAACTTG
ACAAAAGACTCATCTGGATATTGCAGCAGATCGAGCAATCTGAACACCTGAACCTTATTA
CCTGAGTTCTATATCTGTGAGTGGAGATTGCTAATTAATTGTTTATTGGCATAAGTGATG
GGCTTTGACTTATGTGTACCACTCGGAAACAGGAAGTGAAAGATTGTACAATGTTGTGGT
TACCTTTGTACATTTT

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

CO CL4680Contig1 967 2 6 U
GGGGAGGGAGAAGAAGAAGTTTTAGAAGTTAAACTCTCTGACAGAATGGCTAGATTCCTC
CTCCTCTGTTTCCTCTTCGCAGCGGCGCTGACTTCATCCCTGACATCTGCCGGCGACGAC
AACCACGTCTACTCTCCTTGCTCAGATTCCACCGTCGCGGTCGGAGACGGATTCACCTTC
GGAATTGCCTTCGCGGCGAATGATTCCTTCTTTGGCCCCAACCGTTCCGTTCAGTACTCT
CCCTGCGATCATCGCCTCTCTCTCAACGGCAACTCTGAGCTCGCCGTGTTCAGACCCAAA
GTCGATGAGATCACGCTCCTCACCGTCAACACCTCTTCTAGCTCCTCCAGTTACCGTCCG
GATTCATCAAAGGGATATATGGTAGCATTCGCTGGTGCAAAATACGCTGCGAGATCAGTT
CCAATTATGGTTGCAGACAACGATAACGTCGTAACAAGCTTCACCCTTGTTCTTAAGTTC
CAAAAGGGCAGGCTTGAGAACTTGTTCTGGAAGAAAGACGGATGCTCCAAATGCAATGGA
GACGCGAAATTCGTGTGCCTCAACAATGAACAATGCGCGATCAAAAGACAGAGCTGCAAG
AACCAAGGAGGGCAAGTAGATTGTAGCTTGGGGATCCAACTGGCGTTTCAAGGCACGGAT
AAGCATTACACCGCGTTGAACTCGTGGTACGATGTTGCAAATCTGAAGCAGTACTCGCTT
TATGGCCTCTACTCTAATCTAAAGGATTCACTAAGCAGCCAATTCAGTAGCATCTTCTGA
TGAGAGTTTATTTCTCCTTTTTTTTGTGTGTAGCTTGCTACTTTTGTATTATACTATTAT
TTCTGGCCTGCTTTTGTGTGTGTTTAATTCTTGGTCTCTTGCTCGCATGATTTTATGCTA
TATATATATTCTGTATTTTATTACTTGGATTGTAACTTTTGATGAAGTTAATAGAGATAT
ACTTTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D214TF U 1
AF RR3D214JQ C 336
BS 1 747 RR3D214TF
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BS 765 788 RR3D214TF
BS 789 967 RR3D214JQ

RD RR3D214TF 789 0 0
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CTCCTCTGTTTCCTCTTCGCAGCGGCGCTGACTTCATCCCTGACATCTGCCGGCGACGAC
AACCACGTCTACTCTCCTTGCTCAGATTCCACCGTCGCGGTCGGAGACGGATTCACCTTC
GGAATTGCCTTCGCGGCGAATGATTCCTTCTTTGGCCCCAACCGTTCCGTTCAGTACTCT
CCCTGCGATCATCGCCTCTCTCTCAACGGCAACTCTGAGCTCGCCGTGTTCAGACCCAAA
GTCGATGAGATCACGCTCCTCACCGTCAACACCTCTTCTAGCTCCTCCAGTTACCGTCCG
GATTCATCAAAGGGATATATGGTAGCATTCGCTGGTGCAAAATACGCTGCGAGATCAGTT
CCAATTATGGTTGCAGACAACGATAACGTCGTAACAAGCTTCACCCTTGTTCTTAAGTTC
CAAAAGGGCAGGCTTGAGAACTTGTTCTGGAAGAAAGACGGATGCTCCAAATGCAATGGA
GACGCGAAATTCGTGTGCCTCAACAATGAACAATGCGCGATCAAAAGACAGAGCTGCAAG
AACCAAGGAGGGCAAGTAGATTGTAGCTTGGGGATCCAACTGGCGTTTCAAGGCACGGAT
AAGCATTACACCGCGTTGAACTCGTGGTACGATGTTGCAAATCTGAAGCAGTACTCGCTT
TATGGCCTCTACTCTAATCTAAAGGAT*CACTAAGCAGCCAAT*CAGTAGCATCTTCTGA
TGAGAGTT
A

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3D214JQ 632 0 0
TTCTAGCTCCTCCAGTTACCGTCCGGATTCATCAAAGGGATATATGGTAGCATTCGCTGG
TGCAAAATACGCTGCGAGATCAGTTCCAATTATGGTTGCAGACAACGATAACGTCGTAAC
AAGCTTCACCCTTGTTCTTAAGTTCCAAAAGGGCAGGCTTGAGAACTTGTTCTGGAAGAA
AGACGGATGCTCCAAATGCAATGGAGACGCGAAATTCGTGTGCCTCAACAATGAACAATG
CGCGATCAAAAGACAGAGCTGCAAGAACCAAGGAGGGCAAGTAGATTGTAGCTTGGGGAT
CCAACTGGCGTTTCAAGGCACGGATAAGCATTACACCGCGTTGAACTCGTGGTACGATGT
TGCAAATCTGAAGCAGTACTCGCTTTATGGCCTCTACTCTAATCTAAAGGATTCACTAAG
CAGCCAATTCAGTAGCATCTTCTGATGAGAGTTTATTTCTCCTTTTTTTTGTGTGTAGCT
TGCTACTTTTGTATTATACTATTATTTCTGGCCTGCTTTTGTGTGTGTTTAATTCTTGGT
CTCTTGCTCGCATGATTTTATGCTATATATATATTCTGTATTTTATTACTTGGATTGTAA
CTTTTGATGAAGTTAATAGAGATATACTTTGC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL4681Contig1 1058 2 4 U
GGAAACACACACAAGCTCTTCTCTATCTAGTGGTGTTTATTATCTGACACTCTCTCTCTC
TCTCCCTCATCACCCGCCGCAATGACCGTGGGAGTTTTAGCTTTGCAAGGCTCTTTCAAT
GAGCACATCGCGGCTCTGCGTCGGCTCGGCGTCCAAGGAATCGAGATTAGGAAGGCGGAG
CAGCTTCTCACCGTCTCATCTCTCATAATCCCTGGCGGCGAGAGCACCACCATGGCCAAA
CTCGCCGAGTACCATAACCTGTTCCCGGCTCTACGTGAGTTTGTAAAGACGGGGAAACCT
GTTTGGGGGACATGCGCTGGTCATATCTTCCTGGCAGACAGAGCCGTTGGGCAAAAAGAG
GGAGGTCAAGAACTAGTTGGTGGTCTTGATTGCACCGTGCATAGGAACTCTTTGGCAGCC
AGATTCAAAGTTTTGAAGCTGATATCTCAGTACCTCTACTAGCATCTAAAGAAGGTGGGC
CGGAGACGTACCGAGGAGTCTTCATACGTGCTCCAGCTGTTCTCGACGTTGGCCCTGATG
TCGAAGTCTTGGCGCATTATCCCGTCCCATCAAACAAGGTCTTGTATTCAAGCTCCACTG
TCCAAATCCAAGAGGAAGATGCTGTTCCAGAAACGAACGTCATTGTTGCTGTGAAGCAAA
GAAACTTGTTAGCGACTGCGTTTCATCCCGAGTTAACCGCAGACACACGATGGCACAGTT
ATTTCATGAAGATGGCGAAAGAGGTCGAAGAAGGAGCTTCTTCAAGCAGTAGTGGAACGA
TTGCTTCTATTGGAGAAACCAGCGTTGGTACCAAGCAACCTAAGCCTGATATTCCTATAT
ATCAGTAACTAAAATGAGAGAGAAGAGACTAATTTCTCTTGAAATAAATGAAAAAAAGAA
AACTATAGAAAAAGTGTCAGATTCTTTTTGATGTTTTGGAAAGAAAATGTCAATCTAGTT
TGCATTTTTGAGCACACAAGCAAATTTCACAGTGAGCCATGTACTTGTTTTCTTGACACA
ACTTTGTATACCGTTGAATCAACCAGTTTATTTGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DA47TF U 1
AF RR3DA47JQ C 335
BS 1 751 RR3DA47TF
BS 752 753 RR3DA47JQ
BS 754 776 RR3DA47TF
BS 777 1058 RR3DA47JQ

RD RR3DA47TF 781 0 0
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TCTCCCTCATCACCCGCCGCAATGACCGTGGGAGTTTTAGCTTTGCAAGGCTCTTTCAAT
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CTCGCCGAGTACCATAACCTGTTCCCGGCTCTACGTGAGTTTGTAAAGACGGGGAAACCT
GTTTGGGGGACATGCGCTGGTCATATCTTCCTGGCAGACAGAGCCGTTGGGCAAAAAGAG
GGAGGTCAAGAACTAGTTGGTGGTCTTGATTGCACCGTGCATAGGAACTCTTTGGCAGCC
AGATTCAAAGTTTTGAAGCTGATATCTCAGTACCTCTACTAGCATCTAAAGAAGGTGGGC
CGGAGACGTACCGAGGAGTCTTCATACGTGCTCCAGCTGTTCTCGACGTTGGCCCTGATG
TCGAAGTCTTGGCGCATTATCCCGTCCCATCAAACAAGGTCTTGTATTCAAGCTCCACTG
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GAAACTTGTTAGCGACTGCGTTTCATCCCGAGTTAACCGCAGACACACGATGGCACAGTT
ATTTCATGAAGATGGCGAAAGAGGTCGAAGA**GAGCTTCTTCAAGCAGTAGTGGA
CGATG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3DA47JQ 724 0 0
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CCGTGCATAGGAACTCTTTGGCAGCCAGATTCAAAGTTTTGAAGCTGATATCTCAGTACC
TCTACTAGCATCTAAAGAAGGTGGGCCGGAGACGTACCGAGGAGTCTTCATACGTGCTCC
AGCTGTTCTCGACGTTGGCCCTGATGTCGAAGTCTTGGCGCATTATCCCGTCCCATCAAA
CAAGGTCTTGTATTCAAGCTCCACTGTCCAAATCCAAGAGGAAGATGCTGTTCCAGAAAC
GAACGTCATTGTTGCTGTGAAGCAAAGAAACTTGTTAGCGACTGCGTTTCATCCCGAGTT
AACCGCAGACACACGATGGCACAGTTATTTCATGAAGATGGCGAAAGAGGTCGAAGAAGG
AGCTTCTTCAAGCAGTAGTGGAACGATTGCTTCTATTGGAGAAACCAGCGTTGGTACCAA
GCAACCTAAGCCTGATATTCCTATATATCAGTAACTAAAATGAGAGAGAAGAGACTAATT
TCTCTTGAAATAAATGAAAAAAAGAAAACTATAGAAAAAGTGTCAGATTCTTTTTGATGT
TTTGGAAAGAAAATGTCAATCTAGTTTGCATTTTTGAGCACACAAGCAAATTTCACAGTG
AGCCATGTACTTGTTTTCTTGACACAACTTTGTATACCGTTGAATCAACCAGTTTATTTG
GCCC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL4682Contig1 378 2 2 U
GGGTTCTTGCTCTCTCTCTCTGTGAAAGGCGGCCAAAGCTAAAACAACAGTTCCGACAAT
GCCTAAGCAAATTCACGAGATAAAGGACTTCCTTCTGACAGCAAGAAGGAAAGATGCTCG
ATCAGTGAAGATCAAGAGAAGCAAAGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGATGCTCCAAGTA
CCTCTACACTCTCTGCGTCTTTGACCAAGAGAAAGCCGACAAGCTTAAGCAGTCTCTTCC
TCCAGGTTTGAGTGTGCAAGATCTTTGAAGATAAGATGATGAAGCCCCTTGTTATGATGA
ATTCAGATGATGAGAATATGTTTTTTGTTTAGCTAAACTATGTTCGAACTTTTTCTATGA
GTATGTTTTTGGATTTCT


BQ
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AF RR3CE48JQ C 1
AF RR3CE48TF U 10
BS 1 9 RR3CE48JQ
BS 10 378 RR3CE48TF

RD RR3CE48JQ 378 0 0
GGGTTCTTGCTCTCTCTCTCTGTGAAAGGCGGCCAAAGCTAAAACAACAGTTCCGACAAT
GCCTAAGCAAATTCACGAGATAAAGGACTTCCTTCTGACAGCAAGAAGGAAAGATGCTCG
ATCAGTGAAGATCAAGAGAAGCAAAGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGATGCTCCAAGTA
CCTCTACACTCTCTGCGTCTTTGACCAAGAGAAAGCCGACAAGCTTAAGCAGTCTCTTCC
TCCAGGTTTGAGTGTGCAAGATCTTTGAAGATAAGATGATGAAGCCCCTTGTTATGATGA
ATTCAGATGATGAGAATATGTTTTTTGTTTAGCTAAACTATGTTCGAACTTTTTCTATGA
GTATGTTTTTGGATTTCT

QA 1 378 1 378
DS 

RD RR3CE48TF 369 0 0
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AATTCACGAGATAAAGGACTTCCTTCTGACAGCAAGAAGGAAAGATGCTCGATCAGTGAA
GATCAAGAGAAGCAAAGACATTGTCAAGTTCAAGGTCAGATGCTCCAAGTACCTCTACAC
TCTCTGCGTCTTTGACCAAGAGAAAGCCGACAAGCTTAAGCAGTCTCTTCCTCCAGGTTT
GAGTGTGCAAGATCTTTGAAGATAAGATGATGAAGCCCCTTGTTATGATGAATTCAGATG
ATGAGAATATGTTTTTTGTTTAGCTAAACTATGTTCGAACTTTTTCTATGAGTATGTTTT
TGGATTTCT

QA 1 369 1 369
DS 



AS 1 2

CO CL4683Contig1 706 2 4 U
GGATCCAAACGACGGCTTTAGGTTTCTCCGCTTTTTGTAGTGAATAGCTTTATCTCTCTT
TCTCACCATTAAATCATTCCTCGAATCTGTCCCACTACGATGAATTCAATTGCTCCCTTC
CCAAAAGTTCATATGAAAACCCTAAAAACTTTTTATATAACCGTCTAAGAAATCTACAAA
TCAAGTTTCTTCATCATCCTTTGTGTGCGTTGCGATCTTGGACACTCAGAGATATCGTCA
GTCTTCTATGAGAAGGTCCTCCTTCTCACTTGGGATACAACAATGTGTTGATCCTAATCG
TTGGGATCATTGTTTTCATATTCGCTACGGTTGGATTGCTGCTGATGATAGAGACACTGA
GCGCTTTCCTTCATGCACTGCATCTCCACTGGGTGGAGTTTCGGAACAAATTCTACGTAG
GAGATTGTTCCAAGTTCGCTCCTTTTTCTTTCATTCTCACCGGAAATGAAGACGAGGGGT
AGGGATGGATGATTGTTACAGACCAACTTTTATTTATTTTTTCCCCTCTCCAGTCTCCAC
ATTTGGGGTGGGTGGATTAAATAGTTTTATTTTGTTTGCCCGTATGGAGATTAGATCTTT
TTAAACAAAAGTGGGAAAGTGTATAGTGGAATTTGTATGAGGCAAAACTCATTTCTTGCT
GTGATTGTTTGGAATTAAATACGTGAGGATTTGATTCCACTTATAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3FZ63TF U 1
AF RR3FZ63JQ C 242
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BS 642 642 RR3FZ63JQ
BS 643 703 RR3FZ63TF
BS 704 706 RR3FZ63JQ

RD RR3FZ63TF 703 0 0
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TCTCACCATTAAATCATTCCTCGAATCTGTCCCACTACGATGAATTCAATTGCTCCCTTC
CCAAAAGTTCATATGAAAACCCTAAAAACTTTTTATATAACCGTCTAAGAAATCTACAAA
TCAAGTTTCTTCATCATCCTTTGTGTGCGTTGCGATCTTGGACACTCAGAGATATCGTCA
GTCTTCTATGAGAAGGTCCTCCTTCTCACTTGGGATACAACAATGTGTTGATCCTAATCG
TTGGGATCATTGTTTTCATATTCGCTACGGTTGGATTGCTGCTGATGATAGAGACACTGA
GCGCTTTCCTTCATGCACTGCATCTCCACTGGGTGGAGTTTCGGAACAAATTCTACGTAG
GAGATTGTTCCAAGTTCGCTCCTTTTTCTTTCATTCTCACCGGAAATGAAGACGAGGGGT
AGGGATGGATGATTGTTACAGACCAACTTTTATTTATTTTTTCCCCTCTCCAGTCTCCAC
ATTTGGGGTGGGTGGATTAAATAGTTTTATTTTGTTTGCCCGTATGGAGATTAGATCTTT
TTAAACAAAAGTGGGAAAGTGTATAGTGGAATTTGTATGAG*CAAAACTCATTTCTTGCT
GTGATTGTTTGGAATTAAATACGTGAGGATTTGATTCCACTTA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3FZ63JQ 465 0 0
TCTTCTATGAGAAGGTCCTCCTTCTCACTTGGGATACAACAATGTGTTGATCCTAATCGT
TGGGATCATTGTTTTCATATTCGCTACGGTTGGATTGCTGCTGATGATAGAGACACTGAG
CGCTTTCCTTCATGCACTGCATCTCCACTGGGTGGAGTTTCGGAACAAATTTTACGTAGG
AGATTGTTCCAAGTTCGCTCCTTTTTCTTTCATTCTCACCGGAAATGAAGACGAGGGGTA
GGGATGGATGATTGTTACAGACCAACTTTTATTTATTTTTTCCCCTCTCCAGTCTCCACA
TTTGGGGTGGGTGGATTAAATAGTTTTATTTTGTTTGCCCGTATGGAGATTAGATCTTTT
TAAACAAAAGTGGGAAAGTGTATAGTGGAATTTGTATGAGGCAAAACTCATTTCTTGCTG
TGATTGTTTGGAATTAAATACGTGAGGATTTGATTCCACTTATAC

QA 1 465 1 465
DS 



AS 1 2

CO CL4684Contig1 572 2 11 U
TTTTTCTCGCCGGAAGAGAGAGAAGCAGCCATGGTTAAGTTCCTGAAGCAGAACAAAGCG
GTGATCCTCCTCCAAGGCCGTTACGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGATCCTTCGAC
GACGGAAACCGCGAGCGTCCTTACGGACACTGCCTCGTCGCGGGACTCAAGAAGTATCCG
AGCAAGGTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAATCTAGAGTCAAGTGC
TTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCACCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGAT
CTGAAGGAGGTTGCGACTCTGGAAGCTCTGGCGTCGAAAGACAAGAAGGTGGCCGCTCTC
AAGGAGGCGAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGGAAGAACAGGTGGTTCTTT
ACCAAGCTCAGGTTTTGAAGAAGCCATTTTGTCGTTTCTGTTTTTTATTATTAATCATTT
TGTAATGGAATTTACAGTATGCTTATGTAGTTTCGAGAATGAATGTGGAACATGTTTTGG
ATGGTTTATGAACTTTGGTTTGAAGTTTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX96TF U 1
AF RR3DD26TF U 1
BS 1 22 RR3DD26TF
BS 23 23 RR3GX96TF
BS 24 110 RR3DD26TF
BS 111 111 RR3GX96TF
BS 112 224 RR3DD26TF
BS 225 225 RR3GX96TF
BS 226 353 RR3DD26TF
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BS 355 476 RR3DD26TF
BS 477 477 RR3GX96TF
BS 478 572 RR3DD26TF

RD RR3GX96TF 505 0 0
TTTTTTC
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TCCTCCAAGGCCGTTACGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGATCCTTCGACGACGGAA
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TCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAATCTAGAGTCAAGTGCTTCATCA
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AGGTTGCGACTCTGGAAGCTCTGGCGTCGAAGGACAAGAAGGTGGCCGCTCTTAAGGAGG
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TCAGGTTTTGAAGAAGCCATTTTGTCGTTTCTGTTTTTT*TTATTAATCATTTTGTAATG
GAATTTACATTATGCTTA

QA 8 505 8 505
DS 

RD RR3DD26TF 572 0 0
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GTGATCCTCCTCCAAGGCCGTTACGCCGGCAAGAAGGCAGTGATCATCCGCTCCTTCGAC
GACGGAAACCGCGAGCGTCCTTACGGACACTGCCTCGTCGCGGGACTCAAGAAGTATCCG
AGCAAGGTCATCCGCAAGGACTCGGCCAAGAAGACGGCGAAGAAGTCTAGAGTCAAGTGC
TTCATCAAGGTCGTGAACTACCAGCACCTGATGCCTACTCGTTACACGTTGGACGTGGAT
CTGAAGGAGGTTGCGACTCTGGAAGCTCTGGCGTCGAAAGACAAGAAGGTGGCGGCTCTC
AAGGAGGCGAAGGCTAAGCTCGAGGAGAGGTTCAAGACCGGGAAGAACAGGTGGTTCTTT
ACCAAGCTCAGGTTTTGAAGAAGCCATTTTGTCGTTTCTGTTTTTTATTATTAATCGTTT
TGTAATGGAATTTACAGTATGCTTATGTAGTTTCGAGAATGAATGTGGAACATGTTTTGG
ATGGTTTATGAACTTTGGTTTGAAGTTTAATT

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL4685Contig1 444 2 1 U
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GAGGACGACGATGAGTTCGAGGAGTTTGAAATTAACGAAGATTGGGTTGAGAAAGAGGAA
GTGAAGGAAGTTGGACAGCAGTGGGAAGATGATTGGGACGATGATGATGTCAATGACGAC
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AGCTGCTCTCAAGATTAAAAGATTGTATTTGAATTTGCATCCCTCTGTTTTTTATTATTG
TTGCTTCTACTTTTACCCTTCTGCACATTTTACTCTTGGATGCATATTCCCCATCTTTTA
AGATGATAAAATCTTTAGCCTCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A791JQ C 1
AF RR3A791TF U 1
BS 1 444 RR3A791TF

RD RR3A791JQ 444 0 0
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GAGGACGACGATGAGTTCGAGGAGTTTGAAATTAACGAAGATTGGGTTGAGAAAGAGGAA
GTGAAGGAAGTTGGACAGCAGTGGGAAGATGATTGGGACGATGATGATGTCAATGACGAC
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AGCTGCTCTCAAGATTAAAAGATTGTATTTGAATTTGCATCCCTCTGTTTTTTATTATTG
TTGCTTCTACTTTTACCCTTCTGCACATTTTACTCTTGGATGCATATTCCCCATCTTTTA
AGATGATAAAATCTTTAGCCTCTT

QA 1 444 1 444
DS 

RD RR3A791TF 444 0 0
GGAAATTCGGCTTCGTTAATCTAAAGCCTAAACCACTACAGAGAGTCTCAGGCTTGATAC
GATCTGTGACTGGCGGCAGAGCAGAAGGCGGCGACGGAAGAAGTAAAGATGGATCTGTTC
GAGGACGACGATGAGTTCGAGGAGTTTGAAATTAACGAAGATTGGGTTGAGAAAGAGGAA
GTGAAGGAAGTTGGACAGCAGTGGGAAGATGATTGGGACGATGATGATGTCAATGACGAC
TTCTCGCTTCAGTTAAGGAAAGAACTTGAGACTAGTTCTGCTGATAAGAAATGAATGAGC
AGCTGCTCTCAAGATTAAAAGATTGTATTTGAATTTGCATCCCTCTGTTTTTTATTATTG
TTGCTTCTACTTTTACCCTTCTGCACATTTTACTCTTGGATGCATATTCCCCATCTTTTA
AGATGATAAAATCTTTAGCCTCTT

QA 1 444 1 444
DS 



AS 1 2

CO CL4686Contig1 760 2 11 U
TCATCTTTTCTCAGTATCTCTCCATTCAGATTATGCAATCCTCTCAACCGCAGGGTGATG
ATCCAGCCATGAAGAGCTCACAAGCGGTGACGAAGTTTCTCCCGCTGATGATTGGCTATT
TTGCACTATCAGTACCTTCTGGTTTAAGTCTTTACTGGTTGACCAACAACGTTTTGAGCA
CAGCACAACAAGTATGGCTTCAAAAATACGGTGGTGCCAAAAATCCAATGGAGAAGCTCA
CTAATTTGGTCACGAAGGAAGACAAAACTCAAAAAGTTGACAAGTCTATCTCACAACCGC
CAGTTCAGAAGCCTGTTTCAGAATTGAAAATACCAAGAGACAAGGGTGGTGAGAAAGTGA
CCTCAGAAGGACCTAAACCTGGTGAAAGGTTTAGACTGCTCAAAGAGCAAGAAGCAAAGA
GACGTCGAGAGAAAGAAGAGGAGAGGCAGAAAGCTGAAGCAGCTCTGTCAAATCAAAATA
CAGACAGCGCACAGGAACACGAGGGAAAATCTGATACAGGTGTGGAAGAAACAGCTGATG
TTGGCTCTGTCGCTGTGAATGGGAAGTCATCCGTTCAAAAGGACGAGACTACTAATGGGA
AACTCGGCGTTGGCCATGATACGGAGCAACACCATTCTCATGAAACATAGAAGAGGTCTT
TAAGGTTTTAGTATTTGTGAAGAAAAAAAATGGCCAAATGGGTTTTTTGTAAGTCACGTT
TCTTATATATTTTTATGTATAAACAGAAGGTTTTGCTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EQ91TF U 260
AF RR3HB93JQ C 1
BS 1 260 RR3HB93JQ
BS 261 394 RR3EQ91TF
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BS 662 662 RR3HB93JQ
BS 663 689 RR3EQ91TF
BS 690 760 RR3HB93JQ

RD RR3EQ91TF 430 0 0
G
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GAATTGAAAATACCAAGAGACAAGGGTGGTGAGAAAGTGACCTCAGAAGGACCTAAACCT
GGTGAAAGGTTTAGGCTGCTCAAAGAGCAAGAAGCAAAGAGACGTCGAGAGAAAGAAGAG
GAGAGGCAGAAAGCTGAAGCAGCTCTGTCAAATCAAAATACAGACAGCGCACAGGAACAC
GAGGGAAAATCTGATACAGGTGTGGAAGAAACAGCTGATGTTGGCTCTGTCGCTGTGAAT
GGGAAGTTATCCGTTCAAAAGGACGAGACTACTAATGGGAAACTCGGCGTTGGCCATGAT
ACGGAGCAACACCATTCTCATGAAACATAGAAGAGGTTTTTCAGGTTTTAGTATTTGTGA
AGAAAAAAA

QA 2 430 2 430
DS 

RD RR3HB93JQ 760 0 0
TCATCTTTTCTCAGTATCTCTCCATTCAGATTATGCAATCCTCTCAACCGCAGGGTGATG
ATCCAGCCATGAAGAGCTCACAAGCGGTGACGAAGTTTCTCCCGCTGATGATTGGCTATT
TTGCACTATCAGTACCTTCTGGTTTAAGTCTTTACTGGTTGACCAACAACGTTTTGAGCA
CAGCACAACAAGTATGGCTTCAAAAATACGGTGGTGCCAAAAATCCAATGGAGAAGCTCA
CTAATTTGGTCACGAAGGAAGACAAAACTCAAAAAGTTGACAAGTCTATCTCACAACCTC
TAGTTCAGAAGCCTGTTTCAGAATTGAAAGTACCAAGAGACAAGGGTGGTGAGAAAGTGA
CCTCAGAAGGGCCTAAGCCTGGTGAAAGGTTTAGACTGCTCAAAGAGCAAGAAGCAAAGA
GACGTCGAGAGAAAGAAGAGGAGAGGCAGAAAGCTGAAGCAGCTCTGTCAAATCAAAATA
CAGACAGCGCACATGAACACGAGGGAAAATCTGATACAGGTGTGGAAGAAACAGCTGATG
TTGGCTCTGTCGCTGTGAATGGGAAGTCATCCGTTCAAAAGGACGAGACTACTAATGGGA
AACTCGGGGTTGGCCATGATACGGAGCAACACCATTCTCATGAAACATAGAAGAGGTCTT
TAAGGTTTTAGTATTTGTGAAGAAAAAAAATGGCCAAATGGGTTTTTTGTAAGTCACGTT
TCTTATATATTTTTATGTATAAACAGAAGGTTTTGCTCTC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL4687Contig1 1066 2 4 U
CTAGGGCAGTTTCTAGTCCTTCTCGTGTGAGGAATGGAGTTTCTGAGCAGATGAACGCTT
ATAACCGCAGCTTGCCTTCGATTCTTTGTTTCTCTGCTGATATTAGGAGAGGGAAAATTG
GGGAGGATCGGGTTGTGGATGCCCACTTGTTGAGGCTTTTGTATAACCGTCATCTTCAGT
GGCGGTTTGCCAATGCCAGGGCTGACTCCACTTTCATGGTGCAGAGACTCAGTGCAGAGA
AAAACCTGTGGAATGCTTGGGTATCAATCTCGGACTTGCGCCATTCTGTCACTCTGAAAC
GGATCAGGTTACTCTTGTTGAGGCAGAAACTGAAACTAGCTTCCATCTTGAAGGAGCAGA
TGAGTTACTTAGAAGAATGGTCTCTTCTAGACAGAGATCATTCAGATTCTTTGTTAGGAG
CAACTGAAGCCTTGAAAGCCAGCACGCTTCGTCTTCCAATAATCGGAAAAGCTGTGGTAG
ATGTTCTAGAGCTTAAGCATGCTATTAGTTCAGCTGTTGATGTCATGCACGCTATGGCGT
CTTCCATATTCTCGCTCACATCAAAGGTGGATGAAATGAATTCAATAATGGCGGAGATGG
TGAATATCACTGCACAAGAAAAGGTCTTGCTTGAACAGTGTCAAGGATTCTTATCAATAG
TAGCAGCTATGCAGGTTAAAGACTGTAGCATGAAGACGCACATAATACAACTAAGCCGGA
AACTGACTTCAGAACTGTAGAAATTGATGGGTTTATGACTCTACTCTCACACCACTGCCG
ACATGATTTCTAACCATGCTTACGTTCCCACGACCTTTATCATTTTCAACCGGATTAAGT
ACAATCAAGAGCCATTTGCATGGAAATTCTAAAAAGACAGAGAAATTTGCAGCAGTGGAA
AAAAAGGAAGGCCCAACCCTGAAACCCAAGTCTTGAGGAGAGTAAATGACCAAGAAGACC
CTATTCTCTATTTCAAATACGTGAGAAGCTGAAAGGTTTGTGTAAGAATTACATGCATGT
AATCATTAGAAAATCTATACACACACAATTAAACTTATATTTGTGC


BQ
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AF RR3DI08TF U 1
AF RR3DI08JQ C 264
BS 1 674 RR3DI08TF
BS 675 675 RR3DI08JQ
BS 676 709 RR3DI08TF
BS 710 1066 RR3DI08JQ

RD RR3DI08TF 709 0 0
CTAGGGCAGTTTCTAGTCCTTCTCGTGTGAGGAATGGAGTTTCTGAGCAGATGAACGCTT
ATAACCGCAGCTTGCCTTCGATTCTTTGTTTCTCTGCTGATATTAGGAGAGGGAAAATTG
GGGAGGATCGGGTTGTGGATGCCCACTTGTTGAGGCTTTTGTATAACCGTCATCTTCAGT
GGCGGTTTGCCAATGCCAGGGCTGACTCCACTTTCATGGTGCAGAGACTCAGTGCAGAGA
AAAACCTGTGGAATGCTTGGGTATCAATCTCGGACTTGCGCCATTCTGTCACTCTGAAAC
GGATCAGGTTACTCTTGTTGAGGCAGAAACTGAAACTAGCTTCCATCTTGAAGGAGCAGA
TGAGTTACTTAGAAGAATGGTCTCTTCTAGACAGAGATCATTCAGATTCTTTGTTAGGAG
CAACTGAAGCCTTGAAAGCCAGCACGCTTCGTCTTCCAATAATCGGAAAAGCTGTGGTAG
ATGTTCTAGAGCTTAAGCATGCTATTAGTTCAGCTGTTGATGTCATGCACGCTATGGCGT
CTTCCATATTCTCGCTCACATCAAAGGTGGATGAAATGAATTCAATAATGGCGGAGATGG
TGAATATCACTGCACAAGAAAAGGTCTTGCTTGAACAGTGTCAAGGATTCTTATCAATAG
TAGCAGCTATGCAG*TTAAAGACTGTAGCATGAAGACGCACATAATACA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3DI08JQ 803 0 0
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CTTCTAGACAGAGATCATTCAGATTCTTTGTTAGGAGCAACTGAAGCCTTGAAAGCCAGC
ACGCTTCGTCTTCCAATAATCGGAAAAGCTGTGGTAGATGTTCTAGAGCTTAAGCATGCT
ATTAGTTCAGCTGTTGATGTCATGCACGCTATGGCGTCTTCCATATTCTCGCTCACATCA
AAGGTGGATGAAATGAATTCAATAATGGCGGAGATGGTGAATATCACTGCACAAGAAAAG
GTCTTGCTTGAACAGTGTCAAGGATTCTTATCAATAGTAGCAGCTATGCAGGTTAAAGAC
TGTAGCATGAAGACGCACATAATACAACTAAGCCGGAAACTGACTTCAGAACTGTAGAAA
TTGATGGGTTTATGACTCTACTCTCACACCACTGCCGACATGATTTCTAACCATGCTTAC
GTTCCCACGACCTTTATCATTTTCAACCGGATTAAGTACAATCAAGAGCCATTTGCATGG
AAATTCTAAAAAGACAGAGAAATTTGCAGCAGTGGAAAAAAAGGAAGGCCCAACCCTGAA
ACCCAAGTCTTGAGGAGAGTAAATGACCAAGAAGACCCTATTCTCTATTTCAAATACGTG
AGAAGCTGAAAGGTTTGTGTAAGAATTACATGCATGTAATCATTAGAAAATCTATACACA
CACAATTAAACTTATATTTGTGC

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

CO CL4688Contig1 959 2 2 U
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TTACTGGGTTTCCAGGAAAAACTAAGAGAGGAGAGTTAAGTATTTTTCCTAAATCATTTG
TTCTTCTGTCACATTGTCTTCACATGATGCCAAGAAAGGCTGAGAATGTTAGCGCAAAGA
AACCGGAACACTGGGTTCCAGGTGAACCGAGGAATCCTGAAGCATATGTTCTGAAAGATC
AGGAATCTCGATACCGCCAGCGTTATCTTGATCTAATGCTGAACGTGGAGGTTCGCCAGA
TATTCAAAACCAGAGCTAATATCATTTCCTACGTCCGGAGATTCCTCGACAAACAAAGAT
TCCTGGAGGTTGAGACACCTATGATGAACATGATTGCTGGTGGAGCAGCTGCCAGACCCT
TTGTTACACATCACAATGATCTAGACATGAGGCTGTACATGCGCATCGCACCTGAACTCT
TTCTCAAGCAACTTATCGTCGGTGGCTTGGAACGTGTTTACGAGATTGGGAAGCAGTTCA
GAAACGAGGGTATTGACCTGACGCACAATCCGGAGTTCACCACTTGCGAGTTCTATATGG
CTTTCGCAGACTACAATGACCTGATGAAAATGACTGAGGATATGTTGAGTGGCATGGTCA
AGGAGTTAACAGGTGGTTACAAAATCAAGTATCATGCTAATGGGTATGATAAGGAGCCAA
TCGAAATCGACTTCACTCCTCCATTCAGGAGGATTGAGATGATAGGAGAGTTAGAGAAGG
TGGCTAACCTCAATATTCCAAAAGCTTCTTTGCAAGCAGAGAACAAAGGAGAATAGAGCA
CAGTTTTCATCTCTTTTGCCAGTCAAATTGCTACTACGTATGTAACAAGCTGTTCTCAGA
TTACTCTTAATCGCCATGTACGAACAACCATCTTCTTACAAACAAAACTTTTTATTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DU41TF U 1
AF RR3DU41JQ C 221
BS 1 662 RR3DU41TF
BS 663 959 RR3DU41JQ

RD RR3DU41TF 667 0 0
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TTACTGGGTTTCCAGGAAAAACTAAGAGAGGAGAGTTAAGTATTTTTCCTAAATCATTTG
TTCTTCTGTCACATTGTCTTCACATGATGCCAAGAAAGGCTGAGAATGTTAGCGCAAAGA
AACCGGAACACTGGGTTCCAGGTGAACCGAGGAATCCTGAAGCATATGTTCTGAAAGATC
AGGAATCTCGATACCGCCAGCGTTATCTTGATCTAATGCTGAACGTGGAGGTTCGCCAGA
TATTCAAAACCAGAGCTAATATCATTTCCTACGTCCGGAGATTCCTCGACAAACAAAGAT
TCCTGGAGGTTGAGACACCTATGATGAACATGATTGCTGGTGGAGCAGCTGCCAGACCCT
TTGTTACACATCACAATGATCTAGACATGAGGCTGTACATGCGCATCGCACCTGAACTCT
TTCTCAAGCAACTTATCGTCGGTGGCTTGGAACGTGTTTACGAGATTGGGAAGCAGTTCA
GAAACGAGGGTATTGACCTGACGCACAATCCGGAGTTCACCACTTGCGAGTTCTATATGG
CTTTCGCAGACTACAATGACCTGATGAAAATGACTGAGGATATGTTGAGTGGCATGGTCA
AG
AGTTA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3DU41JQ 739 0 0
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GAACGTGGAGGTTCGCCAGATATTCAAAACCAGAGCTAATATCATTTCCTACGTCCGGAG
ATTCCTCGACAAACAAAGATTCCTGGAGGTTGAGACACCTATGATGAACATGATTGCTGG
TGGAGCAGCTGCCAGACCCTTTGTTACACATCACAATGATCTAGACATGAGGCTGTACAT
GCGCATCGCACCTGAACTCTTTCTCAAGCAACTTATCGTCGGTGGCTTGGAACGTGTTTA
CGAGATTGGGAAGCAGTTCAGAAACGAGGGTATTGACCTGACGCACAATCCGGAGTTCAC
CACTTGCGAGTTCTATATGGCTTTCGCAGACTACAATGACCTGATGAAAATGACTGAGGA
TATGTTGAGTGGCATGGTCAAGGAGTTAACAGGTGGTTACAAAATCAAGTATCATGCTAA
TGGGTATGATAAGGAGCCAATCGAAATCGACTTCACTCCTCCATTCAGGAGGATTGAGAT
GATAGGAGAGTTAGAGAAGGTGGCTAACCTCAATATTCCAAAAGCTTCTTTGCAAGCAGA
GAACAAAGGAGAATAGAGCACAGTTTTCATCTCTTTTGCCAGTCAAATTGCTACTACGTA
TGTAACAAGCTGTTCTCAGATTACTCTTAATCGCCATGTACGAACAACCATCTTCTTACA
AACAAAACTTTTTATTATC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL4689Contig1 758 2 2 U
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AGAAAGCAAAAAAAAAACTCTAACAATGGTGACAACGAAGAGGAGCGAAAGCAGTAATCT
CAAGTTTCTCTGTAGTTACGGCGGTAGAATACTTCCTCGCTCTATCGACGGGAAGCTCCG
TTACGTCGGCGGTTACACCAGAGTCCTCTCCGTCGTTGATTCCATCTCTTTCTCAGAGCT
AATGGTGAAACTGGAGGAGTTCTGTGGATACTCCGTTGATCTAAAGTGCCAGTTACCAGA
CGGAGATCTCGAGACGCTGATCTCCGTCAAGTCAGACGAGGATCTCACCAACATAGTTGA
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GCAAGTATCGCCACGATCGAGCGGCGGCGGCGATGCGTCGCCGAAATCTTTTTCTCCGTC
GTGGCTTCTCCTCCGCCGGCGTATGGAAGGTTTCCACGACCTCGGTATCAGATGGAGAAT
CTTCAGAGCGGAATATTCCGTAAGCGAGCGGAGGAATATTCGCGTTGCTGTAAATGCCGT
GTGCAGAACAGAGACTCCTCCAAGCTCATCTGGCATTGACGCTGACTTGACGGTCGTCAA
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GAAATTAAGGAAATTACCAAAGTTCGTTTGTAGTCGGC


BQ
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AF RR3H821TF U 1
AF RR3H821JQ C 170
BS 1 602 RR3H821TF
BS 603 758 RR3H821JQ

RD RR3H821TF 602 0 0
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TTACGTCGGCGGTTACACCAGAGTCCTCTCCGTCGTTGATTCCATCTCTTTCTCAGAGCT
AATGGTGAAACTGGAGGAGTTCTGTGGATACTCCGTTGATCTAAAGTGCCAGTTACCAGA
CGGAGATCTCGAGACGCTGATCTCCGTCAAGTCAGACGAGGATCTCACCAACATAGTTGA
GGAATACAGTCGCGTCTCCTCTGGAGGAGGCAAGATTCGAGCGGTTTTATCTACTTCTAA
GCAAGTATCGCCACGATCGAGCGGCGGCGGCGATGCGTCGCCGAAATCTTTTTCTCCGTC
GTGGCTTCTCCTCCGCCGGCGTATGGAAGGTTTCCACGACCTCGGTATCAGATGGAGAAT
CTTCAGAGCGGAATATTCCGTAAGCGAGCGGAGGAATATTCGCGTTGCTGTAAATGCCGT
GT

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3H821JQ 589 0 0
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AACATAGTTGAGGAATACAGTCGCGTCTCCTCTGGAGGAGGCAAGATTCGAGCGGTTTTA
TCTACTTCTAAGCAAGTATCGCCACGATCGAGCGGCGGCGGCGATGCGTCGCCGAAATCT
TTTTCTCCGTCGTGGCTTCTCCTCCGCCGGCGTATGGAAGGTTTCCACGACCTCGGTATC
AGATGGAGAATCTTCAGAGCGGAATATTCCGTAAGCGAGCGGAGGAATATTCGCGTTGCT
GTAAATGCCGTGTGCAGAACAGAGACTCCTCCAAGCTCATCTGGCATTGACGCTGACTTG
ACGGTCGTCAAATCTAAACGCCTTTTAATAAATAATTTTGAAAGTTTATATGGTCGTTCA
TGTTATGATGAGAAATTAAGGAAATTACCAAAGTTCGTTTGTAGTCGGC

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 2

CO CL4690Contig1 1111 2 6 U
ATTCTCGAGCATGGAGAAGAATGAACGTGATGATGATCGAACGGCCCTTATCTTTCTCGG
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CCATGTCTGTTCTCAGTCCCTTACTTTACCGCCACACCTCAACCCTAATTACAGATGCAA
TACATCTCTCTTGATCGATTATTGCTGCGAGGAGGAATATGGTAGACATAATTACATGAT
TATTGATGTCGGGGAGAGTTTTAGAGAACAAGTCCTTCGTTGGTTTACCTTCTATAAGAT
TCCTCGAATTGATTCCATCATTCTAACTCATGAACACGCAGACGCAATTCATGGCCTAGA
TGATATTCGATCTCTTCAACCCCGTGGTTCAGCCATTGACACCAACCCACTTCCCGTCTT
TCTATCTCAATTTACAATGGATAGCATTTCTACGAGGTTTCCTTATTTGGTTGAAAAGAA
GGTTAAAGAAGTACCTATACGGGTTTCACAGCTTGACTGGAGAATCATCGAAGAGAATTG
TGACAAACCATTCACTACCTCTGGCTTATCTTTCACGCCTCTTCCAGTGATGCATGGTGA
AGATTACGTTGCTTTAGGTTTCCTCTTCGGCAACAAAAGTAAAGTGGCTTATATATCAGA
TGTATCACGCATCCCACCGAGTACTGAGCATGCTCTTTCTAAAGCTGGGACTGGACAGCT
AGATCTTCTTATCCTGGATGCAAATGTACCATCTATGGATATGAGAGGACGACAACCTAC
ACATCTCTGTTTGCCTGAGACTCTTGAGATCATAAAGAGGCTCTGTCCAAAGAGAGCGCT
TTTAACGGGTATGCAACACTATTTTGATCACCGTGAATACAATGAGATACTCGCGGAATG
GTCTCTAAGGGAAGGAATCCATGTACAGCTTGCTCACGACGGTCTAAGGCTACCAATAAA
CCTCTGAGAAGATTGCCTAATTCAAAGTTAAGAAAGTGAGACAAATTGGATCACGACGGT
ATCAGGATCCTTGTTACCATTTCTAGTGACAAATTGTTGTATGATTGTATATTTGAAGTT
TGATATAGAAACAAAATCTCTGTTTTATTTC


BQ
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AF RR3CM45TF U 1
AF RR3CM45JQ C 360
BS 1 774 RR3CM45TF
BS 775 775 RR3CM45JQ
BS 776 791 RR3CM45TF
BS 792 794 RR3CM45JQ
BS 795 817 RR3CM45TF
BS 818 1111 RR3CM45JQ

RD RR3CM45TF 817 0 0
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AACTGGCTCCGCGCAAATTCCCCATTTCCGATGCTTACTCCAGCCGTCAGATCCTCCTTG
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TACATCTCTCTTGATCGATTATTGCTGCGAGGAGGAATATGGTAGACATAATTACATGAT
TATTGATGTCGGGGAGAGTTTTAGAGAACAAGTCCTTCGTTGGTTTACCTTCTATAAGAT
TCCTCGAATTGATTCCATCATTCTAACTCATGAACACGCAGACGCAATTCATGGCCTAGA
TGATATTCGATCTCTTCAACCCCGTGGTTCAGCCATTGACACCAACCCACTTCCCGTCTT
TCTATCTCAATTTACAATGGATAGCATTTCTACGAGGTTTCCTTATTTGGTTGAAAAGAA
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TGACAAACCATTCACTACCTCTGGCTTATCTTTCACGCCTCTTCCAGTGATGCATGGTGA
AGATTACGTTGCTTTAGGTTTCCTCTTCGGCAACAAAAGTAAAGTGGCTTATATATCAGA
TGTATCACGCATCCCACCGAGTACTGAGCATGCTCTTTCTAAAGCTGGGACTGGACAGCT
AGATCTTCTTATCCTGGATGCAAATGTACCATCTATGGATATGAGAGGACGACA*CCTAC
ACATCTCTGTT**GCTGAGACTCTTGAGATCATAAAG

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3CM45JQ 752 0 0
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GTGACAAACCATTCACTACCTCTGGCTTATCTTTCACGCCTCTTCCAGTGATGCATGGTG
AAGATTACGTTGCTTTAGGTTTCCTCTTCGGCAACAAAAGTAAAGTGGCTTATATATCAG
ATGTATCACGCATCCCACCGAGTACTGAGCATGCTCTTTCTAAAGCTGGGACTGGACAGC
TAGATCTTCTTATCCTGGATGCAAATGTACCATCTATGGATATGAGAGGACGACAACCTA
CACATCTCTGTTTGCCTGAGACTCTTGAGATCATAAAGAGGCTCTGTCCAAAGAGAGCGC
TTTTAACGGGTATGCAACACTATTTTGATCACCGTGAATACAATGAGATACTCGCGGAAT
GGTCTCTAAGGGAAGGAATCCATGTACAGCTTGCTCACGACGGTCTAAGGCTACCAATAA
ACCTCTGAGAAGATTGCCTAATTCAAAGTTAAGAAAGTGAGACAAATTGGATCACGACGG
TATCAGGATCCTTGTTACCATTTCTAGTGACAAATTGTTGTATGATTGTATATTTGAAGT
TTGATATAGAAACAAAATCTCTGTTTTATTTC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL4691Contig1 755 2 2 U
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ACCGATACAAAGAACCGCAAGAGGGGGACTTAAGAGAAAGTGTGCTGATGAAGTAAACGT
TGCAGCTCAGCTTTTCAATACCAAACTCTCCAGAAGTTTGCATTCAGTGGCTGAGACCTT
GAAAAATGGCACTTTGGTGTATATTGATGTCTACGCTCTCTTCGCTCAAATGATCCAAAA
CCCAAAAGAATATGGATTTGATGAGATTGATAGAGGATGTTGCGGGACGGGGCTGGTCGA
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AGAGACTGACATGAGCCCTTTCTATGACAAATAGATTCAAGATGTGTCTGTTGTGATAAA
TTTGGCTAAATAAAAGCTGTAACTCATTTGGTTTA


BQ
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AF RR3AS69JQ C 1
AF RR3AS69TF U 1
BS 1 737 RR3AS69TF
BS 738 755 RR3AS69JQ

RD RR3AS69JQ 755 0 0
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GAAAAATGGCACTTTGGTGTATATTGATGTCTACGCTCTCTTCGCTCAAATGATCCAAAA
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GTTTTGGGACAGTTACCATCCAACGGAAAGAGCTTATAGAATTTTAACCAAAAAGTTTAT
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TTTGGCTAAATAAAAGCTGTAACTCATTTGGTTTA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3AS69TF 737 0 0
GGTAAGCGCGATACCGATGTCAAACCAGTTGACATATTTTCAGGAATACATTGAGAAAGT
GAAAGGCTTTGTGGGAAAAGAGAAAGCGGAGCATATAATATCCAAAAGTCTAGCCATTGT
GGTTGCGGGCAGCGATGATCTAGCTAATACATACTATGGTACACATGCAGAAGAATTATT
ATATGACATCGATGCATATACCTCCTATATGGCTAGCTCTGCTGCAAGTTTCGCTATGCA
ACTATATGAATCTGGAGCAAGAAAGATAGGATTCATTGGTATATCACCAATAGGGTGTAT
ACCGATACAAAGAACCGCAAGAGGGGGACTTAAGAGAAAGTGTGCTGATGAAGTAAACGT
TGCAGCTCAGCTTTTCAATACCAAACTCTCCAGAAGTTTGCATTCAGTGGCTGAGACCTT
GAAAAATGGCACTTTGGTGTATATTGATGTCTACGCTCTCTTCGCTCAAATGATCCAAAA
CCCAAAAGAATATGGATTTGATGAGATTGATAGAGGATGTTGCGGGACGGGGCTGGTCGA
ATTAGGCCCGCTTTGCAACCAATTTACATCACTTCTTTGCAGCAATGTATCTTCTTATAT
GTTTTGGGACAGTTACCATCCAACGGAAAGAGCTTATAGAATTTTAACCAAAAAGTTTAT
AGAGACTGACATGAGCCCTTTCTATGACAAATAGATTCAAGATGTGTCTGTTGTGATAAA
TTTGGCTAAATAAAAGC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL4692Contig1 737 2 1 U
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GAAGAACCCTTATCTACCAAAGCACATTCTGTACAGGCAGAAATAACAGTTCAGTGATGG
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GCTGGTGATTGTGAACGTTGCTTTTCTTCTCTGTTTGATGAATTGTTCAACTGCGTTCAA
TCTAGATTTGTTTCATT


BQ
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AF RR3AA67JQ C 1
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RD RR3AA67TF 737 0 0
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TCTAGATTTGTTTCATT

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3D819JQ U 2
AF RR3D819TF C 1
BS 1 1 RR3D819TF
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BS 505 636 RR3D819TF

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DS 

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QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3A904TF U 1
AF RR3A904JQ C 232
BS 1 737 RR3A904TF
BS 738 1068 RR3A904JQ

RD RR3A904TF 737 0 0
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GCCCGTCGATGAATCCACCGGCTATGATGAGTGGCGCGGTTCCTGGTGGGTCCAGTAATC
TAAAGCAGGTGAAGCTGGATAGAGAAAGCGAGCTAAGGATCGAAGTCTCTGACGAGCCTC
TCAGACTCCGTGTTTTTAACGGGACGGCTGAGATCTTCGGCTCTGAGCTCCCTCCTGAGT
CTCGAGCTGCTGGAATGGTGATCAACACAATGGGATGGATCGATGGTATCGGTTATGAGC
TGCTTCTCCACGCAATAGAAACATTCAACGCCTCGGTTGTACTAGTCTTGGGTCAAGAAA
AGCTCTTCAGCATGCTTAAAGATGTGCTGAAGAGTAAGAGTAATGTGGATGTGGTGAAGC
TTCACAAATCAGGTGGAGTCGTGGCTAGGAACCGTGACTACCGTAAAACAGCAAGGAGCT
CTAGGATTCAGGAATATTTCTACGGTCTGTCTAAAGAACTCTCTCCTTACGCCAACACAT
CTAGCTTCGGTGATGTGCAAGTGTTCCGCATTGGCGGTGGACCACAAGCTCCAAGATCAG
CTCTTCCAATAGGGTCTGACCCTGTTTCTAACCCGTTGAGAGTAACGCCTGTAAATATCG
AGGAGAGGGATCTGCTGCATTCTATCCTCGCTATCTCGTATGCAGAAGAACCAGACCAGA
TTGTTTCGAGCAATGTT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3A904JQ 837 0 0
CCT
CTGAGTCTCGAGCTGCTGGAATGGTGATCAACACAATGGGATGGATCGATGGTATCGGTT
ATGAGCTGCTTCTCCACGCAATAGAAACATTCAACGCCTCGGTTGTACTAGTCTTGGGTC
AAGAAAAGCTCTTCAGCATGCTTAAAGATGTGCTGAAGAGTAAGAGTAATGTGGATGTGG
TGAAGCTTCACAAATCAGGTGGAGTCGTGGCTAGGAACCGTGACTACCGTAAAACAGCAA
GGAGCTCTAGGATTCAGGAATATTTCTACGGTCTGTCTAAAGAACTCTCTCCTTACGCCA
ACACATCTAGCTTCGGTGATGTGCAAGTGTTCCGCATTGGCGGTGGACCACAAGCTCCAA
GATCAGCTCTTCCAATAGGGTCTGACCCTGTTTCTAACCCGTTGAGAGTAACGCCTGTAA
ATATCGAGGAGAGGGATCTGCTGCATTCTATCCTCGCTATCTCGTATGCAGAAGAACCAG
ACCAGATTGTTTCGAGCAATGTTTCAGGGTTTGTGTATGTGACGGAGGTTGATGTGCTGA
GGAAGAAGATAACGTATTTAGCACCATCTCCAGGGGCATTGCCTAGCGAGTTCTTGGTCG
CTGGATCTTTGACATGGCTTGAAAGTCATTAGAAGCAAGATGATGATTAGATTAGAGAAG
AGAGATGCGGCAGCTCAAGTTGTCTATGTAACTTTAGTTACAGATAGTCCTTTTCCATAT
AAAATGCTCAAGTTCTCAAAACTCAATGTTCTAAGATTTGAAATTTTTTGTTGTTGTGGA
TTTTAGATGGATGTTTATTTTGTAATTTGATAATAGAGTGGTGAATTTTCTCTG

QA 4 837 4 837
DS 



AS 1 2

CO CL4695Contig1 679 2 2 U
GGATCACGAGCAACGGAAACTACGTTTAATTGACTGGGGTTTGGCGAAATTCTACCATCC
TGGGAAAGAATACAATGTCCGTGTTGCTTCAAGATACTTCAAAGGTCCAGAGCTACTGGT
TGATTTGCAGGACTATGACTATTCTTTAGACTTGTGGAGTCTCGGGTGCATGTTTGCTGG
AATGATATTCCGCAAGGAGCCCTTCTTTTATGGTCATGACAACTATGATCAATTGGTCAA
AATTGCAAAGGTACTTGGCACAGATGAACTCAACACCTACCTGAACAGATACCGCATAGA
GTTGGACCCTAATCTTGCGTCCCTCGTTGGGAGACATAGCCGGAAGCCGTGGTCGAAGTT
CATCAACTCTGAAAACCAGCACTTAGCAGTTCCTGAGGCTGTTGATTTTGTGGACAAATT
GCTGAAATATGATCACCAAGAAAGGCCAACTGCTAAAGAAGCAATGGCACATCCGTACTT
CCACCCGATTAGAAATGCTGAAAGTAGTCGCACCCTTCGTGGCTAAATGATCCTGAAACA
TTTGCTGGTTCACTATTTGATTTTCACGTCTTTACGGATTCTATTGGTTTAAAATCGATT
GGCCATGTTTCTTTCTCTCAATTGTGTATTGTTGTGGGGTTTTTCTCAGTGTCTCTTTTA
AATATTTTATAATATAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EA56TF U 1
AF RR3EA56JQ C 70
BS 1 572 RR3EA56TF
BS 573 679 RR3EA56JQ

RD RR3EA56TF 572 0 0
GGATCACGAGCAACGGAAACTACGTTTAATTGACTGGGGTTTGGCGAAATTCTACCATCC
TGGGAAAGAATACAATGTCCGTGTTGCTTCAAGATACTTCAAAGGTCCAGAGCTACTGGT
TGATTTGCAGGACTATGACTATTCTTTAGACTTGTGGAGTCTCGGGTGCATGTTTGCTGG
AATGATATTCCGCAAGGAGCCCTTCTTTTATGGTCATGACAACTATGATCAATTGGTCAA
AATTGCAAAGGTACTTGGCACAGATGAACTCAACACCTACCTGAACAGATACCGCATAGA
GTTGGACCCTAATCTTGCGTCCCTCGTTGGGAGACATAGCCGGAAGCCGTGGTCGAAGTT
CATCAACTCTGAAAACCAGCACTTAGCAGTTCCTGAGGCTGTTGATTTTGTGGACAAATT
GCTGAAATATGATCACCAAGAAAGGCCAACTGCTAAAGAAGCAATGGCACATCCGTACTT
CCACCCGATTAGAAATGCTGAAAGTAGTCGCACCCTTCGTGGCTAAATGATCCTGAAACA
TTTGCTGGTTCACTATTTGATTTTCACGTCTT

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3EA56JQ 610 0 0
ATACAATGTCCGTGTTGCTTCAAGATACTTCAAAGGTCCAGAGCTACTGGTTGATTTGCA
GGACTATGACTATTCTTTAGACTTGTGGAGTCTCGGGTGCATGTTTGCTGGAATGATATT
CCGCAAGGAGCCCTTCTTTTATGGTCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAATTGCAAA
GGTACTTGGCACAGATGAACTCAACACCTACCTGAACAGATACCGCATAGAGTTGGACCC
TAATCTTGCGTCCCTCGTTGGGAGACATAGCCGGAAGCCGTGGTCGAAGTTCATCAACTC
TGAAAACCAGCACTTAGCAGTTCCTGAGGCTGTTGATTTTGTGGACAAATTGCTGAAATA
TGATCACCAAGAAAGGCCAACTGCTAAAGAAGCAATGGCACATCCGTACTTCCACCCGAT
TAGAAATGCTGAAAGTAGTCGCACCCTTCGTGGCTAAATGATCCTGAAACATTTGCTGGT
TCACTATTTGATTTTCACGTCTTTACGGATTCTATTGGTTTAAAATCGATTGGCCATGTT
TCTTTCTCTCAATTGTGTATTGTTGTGGGGTTTTTCTCAGTGTCTCTTTTAAATATTTTA
TAATATAAAA

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL4696Contig1 1023 2 10 U
GGACTTCTCCTCTTTTGATTTTCTCGTGAATAGTTTCTTTTTCTGTTATTCATACTCCTT
GTTCCATGGATCTACATCGATGGTATAAGGAAAGCTTTGAGGGATTTTAGTCATGTCAAG
AAGGCAAGTAGGAGGTTCCACGAGGCGTGGAGGGGATAGTGGAAGCTTTCCATTTGTAGG
AGCTTTGCACTCCAAGTCACGTTCCTCTCCTCTGCTTTCTATTTGCCTTGTTCTCATGGG
AGCATGCCTTCTCATTGGTTATGCTTTCAGTGGTCCAGGTTTGTTTAAAACTATCAGAGA
AGTCAGCAAGATCACAGGTGACTATTCATGCACATCAGAAGTTCAAAGAGCCATTCCTGT
TCTCAAGAATGCTTACGGTGACAGCATGCGGAAAGTCTTGCACGTGGGTCCTGAAACATG
CTCAGTGGTCTCTACTCTGTTGAAGGAAGAAGAGACTGAAGCATGGGGTGTTGAACCGTA
TGATGTAGAGGATGCAGACTCCAACTGCAAAAGTCTTTTGCGTAAAGGCCTTGTGCGTGT
GGCTGACATCAAGTTCCCTCTGCCTTACCGGTCCAAGTCATTTTCTGTTGTGATCGTCTC
GGATGCTCTGAATTACCTCTCACCAAAGTATCTGAACAAAACCGTTCCTGAACTTGCGCG
GGTTGCTTCAGATGGTGTCGTTCTCTTCGCAGGTAATCCTGGTAAGCAAAAGGCTAAAGC
TGCAGAGTTGTCAAAAGTGGGACGACCGGCTAAAATGCGTAGCTCGTCCTGGTGGACCCG
TTTCTTCTCACAGACGAACTTAGAGGAAAATGAAGCAGGGAGCAAGAAATTCGAAAAAGC
AGCGTCCAAGATGTCATACAAACCAGCTTGTCAAGTCTTCCACCTCAAGCCATTACATTA
GAACGTTATTAGTATTATTATTACTTGTCTGCGAACCAAATATATCTTCCACTCTCTGTT
ATATGCCTTATTTGCTCTATAGAAAGAAACAGATGTTCAAAAAAGAAATTGTATTCCATT
CGC


BQ
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10 10 10 

AF RR3F886TF U 1
AF RR3F886JQ C 253
BS 1 692 RR3F886TF
BS 693 693 RR3F886JQ
BS 694 712 RR3F886TF
BS 713 713 RR3F886JQ
BS 714 735 RR3F886TF
BS 736 736 RR3F886JQ
BS 737 754 RR3F886TF
BS 755 755 RR3F886JQ
BS 756 773 RR3F886TF
BS 774 1023 RR3F886JQ

RD RR3F886TF 773 0 0
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GTTCCATGGATCTACATCGATGGTATAAGGAAAGCTTTGAGGGATTTTAGTCATGTCAAG
AAGGCAAGTAGGAGGTTCCACGAGGCGTGGAGGGGATAGTGGAAGCTTTCCATTTGTAGG
AGCTTTGCACTCCAAGTCACGTTCCTCTCCTCTGCTTTCTATTTGCCTTGTTCTCATGGG
AGCATGCCTTCTCATTGGTTATGCTTTCAGTGGTCCAGGTTTGTTTAAAACTATCAGAGA
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TCTCAAGAATGCTTACGGTGACAGCATGCGGAAAGTCTTGCACGTGGGTCCTGAAACATG
CTCAGTGGTCTCTACTCTGTTGAAGGAAGAAGAGACTGAAGCATGGGGTGTTGAACCGTA
TGATGTAGAGGATGCAGACTCCAACTGCAAAAGTCTTTTGCGTAAAGGCCTTGTGCGTGT
GGCTGACATCAAGTTCCCTCTGCCTTACCGGTCCAAGTCATTTTCTGTTGTGATCGTCTC
GGATGCTCTGAATTACCTCTCACCAAAGTATCTGAACAAAACCGTTCCTGAACTTGCGCG
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QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3F886JQ 771 0 0
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TTACGGTGACAGCATGCGGAAAGTCTTGCACGTGGGTCCTGAAACATGCTCAGTGGTCTC
TACTCTGTTGAAGGAAGAAGAGACTGAAGCATGGGGTGTTGAACCGTATGATGTAGAGGA
TGCAGACTCCAACTGCAAAAGTCTTTTGCGTAAAGGCCTTGTGCGTGTGGCTGACATCAA
GTTCCCTCTGCCTTACCGGTCCAAGTCATTTTCTGTTGTGATCGTCTCGGATGCTCTGAA
TTACCTCTCACCAAAGTATCTGAACAAAACCGTTCCTGAACTTGCGCGGGTTGCTTCAGA
TGGTGTCGTTCTCTTCGCAGGTAATCCTGGTAAGCAAAAGGCTAAAGCTGCAGAGTTGTC
AAAAGTGGGACGACCGGCTAAAATGCGTAGCTCGTCCTGGTGGACCCGTTTCTTCTCACA
GACGAACTTAGAGGAAAATGAAGCAGGGAGCAAGAAATTCGAAAAAGCAGCGTCCAAGAT
GTCATACAAACCAGCTTGTCAAGTCTTCCACCTCAAGCCATTACATTAGAACGTTATTAG
TATTATTATTACTTGTCTGCGAACCAAATATATCTTCCACTCTCTGTTATATGCCTTATT
TGCTCTATAGAAAGAAACAGATGTTCAAAAAAGAAATTGTATTCCATTCGC

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL4697Contig1 655 2 1 U
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TAGAACAGATCTTCTTGGATCGTTTCCTCACTTCTTGAATCTTCTTGGAAGAGCTTCATG
ATGAAAGGAAGAACAACCAACAATGTCCAGTCAAAGCGATCTACTAAGAACGGAAGAAAA
GATCAGAAGCTACAGAAGAAGAACAGCCAGAAAAGATTGTCAGAGCAAGAGAAACACAAT
GACTTAAACGCTAACGAAGATTCTAACGATACCCCTACACTGGTAAGTGATTCAACCACA
CACTCAGATCCATCTGAGGCTTACGAGACTGTAGATGTTCGTTACTTGGACGACGATGTA
ACTGAAAGAAAGGAGAAAGAGGAGAGTGTAAATGGATCCAAAGATGATGATGAACAAGAA
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BQ
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AF RR3H204TF U 1
AF RR3H204JQ C 149
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GCAAATCTCAGTCTGACCCGTCTCGAAGAGAGTCGTAACTTGATTTTAGTGACTGGGTAG
TAGAACAGATCTTCTTGGATCGTTTCCTCACTTCTTGAATCTTCTTGGAAGAGCTTCATG
ATGAAAGGAAGAACAACCAACAATGTCCAGTCAAAGCGATCTACTAAGAACGGAAGAAAA
GATCAGAAGCTACAGAAGAAGAACAGCCAGAAAAGATTGTCAGAGCAAGAGAAACACAAT
GACTTAAACGCTAACGAAGATTCTAACGATACCCCTACACTGGTAAGTGATTCAACCACA
CACTCAGATCCATCTGAGGCTTACGAGACTGTAGATGTTCGTTACTTGGACGACGATGTA
ACTGAAAGAAAGGAGAAAGAGGAGAGTGTAAATGGATCCAAAGATGATGATGAACAAGAA
GTTAAAGAAGCTCGTGAAGGTAATAACAATGCTGATGTCTGGGAAGATGCTTCAAATGGT
GGTCTTAGTAGTGCTGGAAGCGAGAACGAGTCCCCTGGTGTAACAACAGAGAACGGTGAT
GATGAACAGTTTGATCTTCTTGATCTCCCAATACATCCTCCTTCAGTCCCCTGAC

QA 1 655 1 655
DS 

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AGAAAAGATTGTCAGAGCAAGAGAAACACAATGACTTAAACGCTAACGAAGATTCTAACG
ATACCCCTACACTGGTAAGTGATTCAACCACACACTCAGATCCATCTGAGGCTTACGAGA
CTGTAGATGTTCGTTACTTGGACGACGATGTAACTGAAAGAAAGGAGAAAGAGGAGAGTG
TAAATGGATCCAAAGATGATGATGAACAAGAAGTTAAAGAAGCTCGTGAAGGTAATAACA
ATGCTGATGTCTGGGAAGATGCTTCAAATGGTGGTCTTAGTAGTGCTGGAAGCGAGAACG
AGTCCCCTGGTGTAACAACAGAGAACGGTGATGATGAACAGTTTGATCTTCTTGATCTCC
CAATACATCCTCCTTCAGTCCCCTGAC

QA 1 507 1 507
DS 



AS 1 2

CO CL4698Contig1 833 2 6 U
GGGAGTTTCAGGTCTCTCGCATTCTCTGGATCGCTGAGACTCGGCCCCACCTCCCAGCCC
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TTTAATCCCACCACCGGCGCTGGAACCATCTTTGATTCCGGGACTGTCTACACGCGGCTG
TCTAAGCCGGTTTACGAGGCGGTGAGGAACGAGTTCAGGAAGCGCGTGAAGCCACGTACC
GCAGTAGTGACGTCACTGGGAGGTTTCGACACGTGTTACTCAGGGAAAATCACGGTGCCG
ACAATAACATTCATGTTCAAGGGAGTGAACATGACGATGCCAGCGGATAACCTGATGTTA
CACAGCAGCGCCGGGAGCCTGTCGTGTCTCGCCATTGCGTCATCGCCGGAAAACGTGAAC
TCTGTCGTCAACGTGATCGCGAGCATGCAGCAGCAGAACCATCGTGTCCTGATCGACGTT
CCCAATGGACGCTTAGGGTTGGCACGTGAACGATGCTCTTAATTAAAAATGAATGAGACA
ATAACTAATTAAGAGCGTACTAGTAGTGTTTTGAGCAGAGACTTGTTTGTTTGTGTGTTT
TTGTGTGTTTTCGTTTTTGTCTTTCCTCTTTCTGTCTGCTTCACCACCTTCATGTGTTTG
TTAGAGGGCGGTGGTGTGTAGCACTTGTCTTATCAAGTCATTTGTATGTGGTTTTAACCT
TTGTTAAATTCTCTGGAGACTCGGGTCAAAATTAATAGAATAAACTATTACCC


BQ
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AF RR3DI82TF U 1
AF RR3DI82JQ C 206
BS 1 677 RR3DI82TF
BS 678 678 RR3DI82JQ
BS 679 700 RR3DI82TF
BS 701 701 RR3DI82JQ
BS 702 721 RR3DI82TF
BS 722 833 RR3DI82JQ

RD RR3DI82TF 724 0 0
GGGAGTTTCAGGTCTCTCGCATTCTCTGGATCGCTGAGACTCGGCCCCACCTCCCAGCCC
GTGCGCGTGAAGTACACGCAGCTCCTGAGAAACCCGAGGAGGTCTTCTTTGTATTACGTC
AACCTCGTTGCGATCCGCGTCGCTAAGAAAGTCGTCGATATACCGCCGGCAGCTATTGCT
TTTAATCCCACCACCGGCGCTGGAACCATCTTTGATTCCGGGACTGTCTACACGCGGCTG
TCTAAGCCGGTTTACGAGGCGGTGAGGAACGAGTTCAGGAAGCGCGTGAAGCCACGTACC
GCAGTAGTGACGTCACTGGGAGGTTTCGACACGTGTTACTCAGGGAAAATCACGGTGCCG
ACAATAACATTCATGTTCAAGGGAGTGAACATGACGATGCCAGCGGATAACCTGATGTTA
CACAGCAGCGCCGGGAGCCTGTCGTGTCTCGCCATTGCGTCATCGCCGGAAAACGTGAAC
TCTGTCGTCAACGTGATCGCGAGCATGCAGCAGCAGAACCATCGTGTCCTGATCGACGTT
CCCAATGGACGCTTAGGGTTGGCACGTGAACGATGCTCTTAATTAAAAATGAATGAGACA
ATAACTAATTAAGAGCGTACTAGTAGTGTTTTGAGCAGAGACTTGTTTGTTTGTGTGTTT
TTGTGTGTTTTCGTTTT*GTCTTTCCTCTTTCTGTCTGCT*CACCACCTTCATGTGTTTG
T
AGA

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3DI82JQ 628 0 0
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GGAACGAGTTCAGGAAGCGCGTGAAGCCACGTACCGCAGTAGTGACGTCACTGGGAGGTT
TCGACACGTGTTACTCAGGGAAAATCACGGTGCCGACAATAACATTCATGTTCAAGGGAG
TGAACATGACGATGCCAGCGGATAACCTGATGTTACACAGCAGCGCCGGGAGCCTGTCGT
GTCTCGCCATTGCGTCATCGCCGGAAAACGTGAACTCTGTCGTCAACGTGATCGCGAGCA
TGCAGCAGCAGAACCATCGTGTCCTGATCGACGTTCCCAATGGACGCTTAGGGTTGGCAC
GTGAACGATGCTCTTAATTAAAAATGAATGAGACAATAACTAATTAAGAGCGTACTAGTA
GTGTTTTGAGCAGAGACTTGTTTGTTTGTGTGTTTTTGTGTGTTTTCGTTTTTGTCTTTC
CTCTTTCTGTCTGCTTCACCACCTTCATGTGTTTGTTAGAGGGCGGTGGTGTGTAGCACT
TGTCTTATCAAGTCATTTGTATGTGGTTTTAACCTTTGTTAAATTCTCTGGAGACTCGGG
TCAAAATTAATAGAATAAACTATTACCC

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL4699Contig1 712 2 2 U
GGAAAATAGCCAAGAATCTGAAGTCGTATGTGGAGGAGAAACGAGGGTTGCCTTCTGGGT
TGAGTCTTGGCAGCTGCACTGTTCTCGAGGCTGCAGGGGAAGGTGCAAAGTCTCAGCTTT
ATGAGGTCTTGGAGTCTAGTGTTGTCTCTGGAGATAAGACCAGCAATGGAACTGTTGTTT
GGCTTCATCTTGGATTAAACAGCGGAGCGACAAAGTTCGCTATTGAAAGGCAAGCAGTGA
ACGAAGCTCATTTCCGTTGTCCTGACCAATTAGGCTGGCAACCACAGCGGATTCCTATTG
TTATTGAAGATGGAAGCATTACAAAGGCAAAAGAGACTTCGTGTTCGACAGAGTCGATTC
TCAAGTTACTGAAGAACAAAGGTTTCGATGTGGTTGAATCCGACGACGCTGGAAGGTTTG
TGTGCAACTATGTGTACTATCATTCCCTGAGGTTCGCAGAGCAGAGGGGACACAAGTCCC
TGTTTGTTCACGTTCCTCTGTTCTCAAAAATCAATGAAGACACTCAGATGCAGTTCGTGG
TCTCTCTCTTGGAGGCAATTGCAACTACTTTCTAAGTTGTTTAATATCTACTACGATGGT
ATATAAGTATATCATGTATATCCGTCTACGGAAGCATTGTCTTCTTTTGTTGGGAAGGGG
TTGGGGGTGTTGTAGCTTTGTGATATAAAGACGATTTGCTTTTTTGGCTTTG


BQ
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AF RR3H594TF U 1
AF RR3H594JQ C 178
BS 1 650 RR3H594TF
BS 651 712 RR3H594JQ

RD RR3H594TF 657 0 0
GGAAAATAGCCAAGAATCTGAAGTCGTATGTGGAGGAGAAACGAGGGTTGCCTTCTGGGT
TGAGTCTTGGCAGCTGCACTGTTCTCGAGGCTGCAGGGGAAGGTGCAAAGTCTCAGCTTT
ATGAGGTCTTGGAGTCTAGTGTTGTCTCTGGAGATAAGACCAGCAATGGAACTGTTGTTT
GGCTTCATCTTGGATTAAACAGCGGAGCGACAAAGTTCGCTATTGAAAGGCAAGCAGTGA
ACGAAGCTCATTTCCGTTGTCCTGACCAATTAGGCTGGCAACCACAGCGGATTCCTATTG
TTATTGAAGATGGAAGCATTACAAAGGCAAAAGAGACTTCGTGTTCGACAGAGTCGATTC
TCAAGTTACTGAAGAACAAAGGTTTCGATGTGGTTGAATCCGACGACGCTGGAAGGTTTG
TGTGCAACTATGTGTACTATCATTCCCTGAGGTTCGCAGAGCAGAGGGGACACAAGTCCC
TGTTTGTTCACGTTCCTCTGTTCTCAAAAATCAATGAAGACACTCAGATGCAGTTCGTGG
TCTCTCTCTTGGAGGCAATTGCAACTACTTTCTAAGTTGTTTAATATCTACTACGATGGT
ATATAAGTATATCATGTATATCCGTCTACGGAAGCATTGTCTTCTTTTGT
GGGAGGG

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3H594JQ 535 0 0
TTTGGCTTCATCTTGGATTAAACAGCGGAGCGACAAAGTTCGCTATTGAAAGGCAAGCAG
TGAACGAAGCTCATTTCCGTTGTCCTGACCAATTAGGCTGGCAACCACAGCGGATTCCTA
TTGTTATTGAAGATGGAAGCATTACAAAGGCAAAAGAGACTTCGTGTTCGACAGAGTCGA
TTCTCAAGTTACTGAAGAACAAAGGTTTCGATGTGGTTGAATCCGACGACGCTGGAAGGT
TTGTGTGCAACTATGTGTACTATCATTCCCTGAGGTTCGCAGAGCAGAGGGGACACAAGT
CCCTGTTTGTTCACGTTCCTCTGTTCTCAAAAATCAATGAAGACACTCAGATGCAGTTCG
TGGTCTCTTTCTTGGAGGCAATTGCAACTACTTTTTAAGTTGTTTAATATCTACTACGAT
GGTATATAAGTATATCATGTATATCCGTCTACGGAAGCATTGTTTTTTTTTGTTGGGAAG
GGGTTGGGGGTGTTGTAGCTTTGTGATATAAAGACGATTTGCTTTTTTGGCTTTG

QA 1 535 1 535
DS 



AS 1 2

CO CL4700Contig1 1138 2 6 U
GGAAACACATTTTGCATTTGAGAAAAAATTGGAAGAGAATACAAAAATGGCAACGCGAGG
AGCTGCTGCTGCGTTCGTAATATGGAAGCACGGAAGCAACCCTTCTCTTCGATCTCTATC
ATCACACCATTTCTATCCCGTTTTCAAACCTCAAATCATCCCAAAAGGTAACAAATTAGG
GTTCGCCACCGAAAATTTAAAGAAGTGAAATTGGCATATATATATATATATGATTATCTT
TGTAGGGTTTAGATATCAAATTAGGGCGATACAAGGAGCAAGTGTTGATCCCGTTACACA
ATTGAAGAACAACGACGAGCCAAAACCTGAGAATTGGAAAATCAAAATGCTTTACGATGG
GGATTGCCCTCTCTGTATGCGTGAGGTCTTCATAATAATACGCACCTCTCTCTCCCAACT
GTACATAGCGAAGCTTGAAACTACTTTGCTCAAACTGAATTGTTCTGTTTCCGTTTTCTT
TTTTAAAAAAAAAGGTTAATATGCTTAAGGAAAGGAATGAGGAAAATGGAACGATAAAGT
TCGTTGACATCAGTTCCAATGATTATTCCCCGCAAGAGAATCAAGGGCTTGATTACAAAA
CAGTAAATTGATTTATTTAACCTCCTCTAGTTTGTACCATCCTCTGCTTTTTAATGTTCT
GGTTCGGATTTGATCGCGTTTTGTGTTAGGTTATGGGGCAAATCCACGCGATTCAGTCCG
ATGGAAATGTGGTAACGGGTGTGGAGGCATTTAGGAAACTATATGAGGAGGTTGGGCTTG
GGTGGGTTTACACTATCACTAAATTTGAACCAATAGGGAAGGTAGCTGATGCAGTGTATG
ATTTCTGGGCTAAGTATCGACTTCAGGTCACAGGGCGGCCACCTATAGAAGCTATTCTTG
AAGCGAGAAAGAAAAATAGGGTAGAGACATGTGGTGACAGTAAGGCGTGCAAGACGTGAT
TTTTCTTACAAATTTACATATACCACAGCCAGTTTGGACTTACTTATTCTCTCTTGCCCA
CATTTTGTAAACTTGAGTGTTTCTATGTATTAGAAAAAACCTCGTTACATATATTTCAGA
CCAGATCTTCCTTTGGAAATATGAATATTGGAAATCAAAATCAACATAGTTTGATGAC


BQ
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AF RR3EH67TF U 1
AF RR3EH67JQ C 484
BS 1 689 RR3EH67TF
BS 690 690 RR3EH67JQ
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BS 727 727 RR3EH67JQ
BS 728 746 RR3EH67TF
BS 747 1138 RR3EH67JQ

RD RR3EH67TF 761 0 0
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AGCTGCTGCTGCGTTCGTAATATGGAAGCACGGAAGCAACCCTTCTCTTCGATCTCTATC
ATCACACCATTTCTATCCCGTTTTCAAACCTCAAATCATCCCAAAAGGTAACAAATTAGG
GTTCGCCACCGAAAATTTAAAGAAGTGAAATTGGCATATATATATATATATGATTATCTT
TGTAGGGTTTAGATATCAAATTAGGGCGATACAAGGAGCAAGTGTTGATCCCGTTACACA
ATTGAAGAACAACGACGAGCCAAAACCTGAGAATTGGAAAATCAAAATGCTTTACGATGG
GGATTGCCCTCTCTGTATGCGTGAGGTCTTCATAATAATACGCACCTCTCTCTCCCAACT
GTACATAGCGAAGCTTGAAACTACTTTGCTCAAACTGAATTGTTCTGTTTCCGTTTTCTT
TTTTAAAAAAAAAGGTTAATATGCTTAAGGAAAGGAATGAGGAAAATGGAACGATAAAGT
TCGTTGACATCAGTTCCAATGATTATTCCCCGCAAGAGAATCAAGGGCTTGATTACAAAA
CAGTAAATTGATTTATTTAACCTCCTCTAGTTTGTACCATCCTCTGCTTTTTAATGTTCT
GGTTCGGATTTGATCGCGTTTTGTGTTAG*TTATGGGGCAAATCCACGCGATTCAGTCCG
ATGGAA*TGTGGTAACGGGTGTGGAG
CATTTAGAAACTATA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3EH67JQ 655 0 0
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TTGACATCAGTTCCAATGATTATTCCCCGCAAGAGAATCAAGGGCTTGATTACAAAACAG
TAAATTGATTTATTTAACCTCCTCTAGTTTGTACCATCCTCTGCTTTTTAATGTTCTGGT
TCGGATTTGATCGCGTTTTGTGTTAGGTTATGGGGCAAATCCACGCGATTCAGTCCGATG
GAAATGTGGTAACGGGTGTGGAGGCATTTAGGAAACTATATGAGGAGGTTGGGCTTGGGT
GGGTTTACACTATCACTAAATTTGAACCAATAGGGAAGGTAGCTGATGCAGTGTATGATT
TCTGGGCTAAGTATCGACTTCAGGTCACAGGGCGGCCACCTATAGAAGCTATTCTTGAAG
CGAGAAAGAAAAATAGGGTAGAGACATGTGGTGACAGTAAGGCGTGCAAGACGTGATTTT
TCTTACAAATTTACATATACCACAGCCAGTTTGGACTTACTTATTCTCTCTTGCCCACAT
TTTGTAAACTTGAGTGTTTCTATGTATTAGAAAAAACCTCGTTACATATATTTCAGACCA
GATCTTCCTTTGGAAATATGAATATTGGAAATCAAAATCAACATAGTTTGATGAC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4702Contig1 1311 2 6 U
GGAGAACAAAGACGAAGACTCTTATCATCTCTTGTCTTTTCTTTTATCCTCTCTATCTCT
AGCTTGGTGATGATCTTGAAGCAAGAATCATGACCGTCCTTCACAGATCTCTGTCGGATG
ATATGACAAACAACACGTCCTGTGAATCGTTGACGGATTGCATCGAAGAGTTGAGAGAAT
CAGGATCTTGTTCATCCACTTGTCTTAACTACTGCCTTTCCATCTGCAAGATCGACTCTG
CTCCGCCTCCAGTGATTCACCGCGACCTGGACCATAAAATAAAGAAGATCATAATCATCA
CCGCTTGCTCTGTCATCACAACTCTGTTTCTCCTCACTTTAGTCGCTCTCTGTTTCAAGT
GGTGCAACAGGAGGAGAAGATCAATATCGTTATCAAGAAGCATAGAGGAGGCTAGGAATT
GGGATTTTGATGGACCATCATCACCTGTTATTGTAGATCATCCGATTTGGCATATCAGGA
CCGTTGGTTTGAATCCAACGGTTATAAGTTCGATCAAAGTGTGTAAGTATAGTAAAAGAG
ATGGTGTTGTGGAAGGAACTGATTGTTCGGTTTGTTTAAGTGAGTTTGAAGAGGAAGAGA
TGCTTAGATTGTTACCAAAGTGTAGACATGCTTTTCATCTTTCTTGTATTGATACTTGGC
TTAGATCACACACCAACTGTCCTCTTTGTCGTGCTCCTATTGTGTTGGTCAATGATGACG
ATGGAGACGATATAGAGGAGACCCTTGTGAGTATGAATGGAGATATCGATGAGGGAACCG
AGAGAGATGATGGGGAAGAAGCTGATGGTTTTGTTGGTATAGATATTAGAGATGGGGAAG
CAGATAAGTCGCAGGAGCGAGTGAGACGATCTGTGTCGTTGGATTCAGTGTCGGGTTTAA
GGGTAAGTGGAGTTGGTGTTGTTGCTGGTAGAGAGAAGGTGAAGAGAGGCAATGGTGTTG
GACCTTCTATTGTTGAGAGGTCAAGTTTCTTGAAGAGATCTATCTCTGACATTGGTAAGT
AGTAGGAGCTCTCTACACATGGACAAAAGAAGAAAGTTTCTTGGAGCCAATGAAGAAAAC
CAAATCAAAGCTTGCTACTCTTGTACTAAAGTGAATAGAGTTGTTACATTTTGTTGTGTT
ATCAAAGCTTCTACTCTTGTACTCAAGTGAATAGAGTTGTTACAGCTTTTATTTGGCCTT
ACCTCGTATTCAAATGTGTTTTCTGATAATGGATTTACACCTTTTTTTTTTGAAGCTTTA
GCGTTTTTGTAAGAGAGTGAAGAATTTATTATATGAACATTTGTATTACCT


BQ
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AF RR3GA86TF U 1
AF RR3GA86JQ C 528
BS 1 711 RR3GA86TF
BS 712 712 RR3GA86JQ
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BS 779 796 RR3GA86TF
BS 797 1311 RR3GA86JQ

RD RR3GA86TF 796 0 0
GGAGAACAAAGACGAAGACTCTTATCATCTCTTGTCTTTTCTTTTATCCTCTCTATCTCT
AGCTTGGTGATGATCTTGAAGCAAGAATCATGACCGTCCTTCACAGATCTCTGTCGGATG
ATATGACAAACAACACGTCCTGTGAATCGTTGACGGATTGCATCGAAGAGTTGAGAGAAT
CAGGATCTTGTTCATCCACTTGTCTTAACTACTGCCTTTCCATCTGCAAGATCGACTCTG
CTCCGCCTCCAGTGATTCACCGCGACCTGGACCATAAAATAAAGAAGATCATAATCATCA
CCGCTTGCTCTGTCATCACAACTCTGTTTCTCCTCACTTTAGTCGCTCTCTGTTTCAAGT
GGTGCAACAGGAGGAGAAGATCAATATCGTTATCAAGAAGCATAGAGGAGGCTAGGAATT
GGGATTTTGATGGACCATCATCACCTGTTATTGTAGATCATCCGATTTGGCATATCAGGA
CCGTTGGTTTGAATCCAACGGTTATAAGTTCGATCAAAGTGTGTAAGTATAGTAAAAGAG
ATGGTGTTGTGGAAGGAACTGATTGTTCGGTTTGTTTAAGTGAGTTTGAAGAGGAAGAGA
TGCTTAGATTGTTACCAAAGTGTAGACATGCTTTTCATCTTTCTTGTATTGATACTTGGC
TTAGATCACACACCAACTGTCCTCTTTGTCGTGCTCCTATTGTGTTGGTCA*TGATGACG
ATGGAGACGATATAGAGGAGACCCTTGTGAGTATGAATGGAGATATCGATGAGGGA**CG
AGAGAGATGATGGGGA

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3GA86JQ 784 0 0
TATAGTAAAAGAGATGGTGTTGTGGAAGGAACTGATTGTTCGGTTTGTTTAAGTGAGTTT
GAAGAGGAAGAGATGCTTAGATTGTTACCAAAGTGTAGACATGCTTTTCATCTTTCTTGT
ATTGATACTTGGCTTAGATCACACACCAACTGTCCTCTTTGTCGTGCTCCTATTGTGTTG
GTCAATGATGACGATGGAGACGATATAGAGGAGACCCTTGTGAGTATGAATGGAGATATC
GATGAGGGGACCGAGAGAGATGATGGGGAAGAAGCTGATGGTTTTGTTGGTATAGATATT
AGAGATGGGGAAGCAGATAAGTCGCAGGAGCGAGTGAGACGATCTGTGTCGTTGGATTCA
GTGTCGGGTTTAAGGGTAAGTGGAGTTGGTGTTGTTGCTGGTAGAGAGAAGGTGAAGAGA
GGCAATGGTGTTGGACCTTCTATTGTTGAGAGGTCAAGTTTCTTGAAGAGATCTATCTCT
GACATTGGTAAGTAGTAGGAGCTCTCTACACATGGACAAAAGAAGAAAGTTTCTTGGAGC
CAATGAAGAAAACCAAATCAAAGCTTGCTACTCTTGTACTAAAGTGAATAGAGTTGTTAC
ATTTTGTTGTGTTATCAAAGCTTCTACTCTTGTACTCAAGTGAATAGAGTTGTTACAGCT
TTTATTTGGCCTTACCTCGTATTCAAATGTGTTTTCTGATAATGGATTTACACCTTTTTT
TTTTGAAGCTTTAGCGTTTTTGTAAGAGAGTGAAGAATTTATTATATGAACATTTGTATT
ACCT

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL4703Contig1 751 2 2 U
GTACCTTCTTTTGATCCTAGTTCATCTCTGGAACTAGATGATCCTGCCAAATTTGCCGCT
GCTGTTGATAATCCATCAGAATTCTCGGTTCTTTATCGGCTTCAAGATGTTGTAGCAAAG
TTAGATATGGGAACAAGACTTGTATAAGGGATAGCTTATTCCGGTTGGCTGATAGCGCAG
GTCAGAGGCATCACGCTGGTGATACATCCCACAGTATTAAGACTAGCCAGGATGACAGTG
AGGTTGTTCCTAAAGAAAAATCCAGATATAGATATGCTGGGATGCTAGACACAGAAACAG
TGACCAATCCCACAGACAGAACTGTGGCTCATTTGCTCTTTCATAGGCCTTTTGATATGT
CTGCGTCAAAGCATACGGAAGGACTAGAATCACCATCTTCTTCGAAGATGGGAGCTGAAG
TAAAAGGGAGTTTCCCTAGCACAAGAGATAGTCGCATGGATAAGCAGAAAGCAAAAGAGG
AAGACATACCTGCAGGTTCAGTTGCTTTAGGGTATGGATCTAACTCGGGATCCAGTAGCA
CTGTTGGTGAGAAGGTTGCTGAAGCATCCCATGGAAACAAAAGAAAGTTGTGAAGCATAG
AAGGCTTAGGTTGCGGTGTTAGAGAGGAGCTTGAGGAAATCTGCAGAGTTGACAACATCT
CTCTGCATTGCTAGAAACAATCTCCTCTTTACTCCTTTCATGTGAAGCTCTTATTCTTGT
AATTAGTTGTTTTGTTTTGTGACTTGCTGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB54TF U 1
AF RR3FB54JQ C 90
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BS 600 751 RR3FB54JQ

RD RR3FB54TF 599 0 0
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TTAGATATGGGAACAAGACTTGTATAAGGGATAGCTTATTCCGGTTGGCTGATAGCGCAG
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AGGTTGTTCCTAAAGAAAAATCCAGATATAGATATGCTGGGATGCTAGACACAGAAACAG
TGACCAATCCCACAGACAGAACTGTGGCTCATTTGCTCTTTCATAGGCCTTTTGATATGT
CTGCGTCAAAGCATACGGAAGGACTAGAATCACCATCTTCTTCGAAGATGGGAGCTGAAG
TAAAAGGGAGTTTCCCTAGCACAAGAGATAGTCGCATGGATAAGCAGAAAGCAAAAGAGG
AAGACATACCTGCAGGTTCAGTTGCTTTAGGGTATGGATCTAACTCGGGATCCAGTAGCA
CTGTTGGTGAGAAGGTTGCTGAAGCATCCCATGGAAACAAAAGAAAGTTGTGAAGCATA

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DS 

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TT
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TAGCTTATTCCGGTTGGCTGATAGCGCAGGTCAGAGGCATCACGCTGGTGATACATCCCA
CAGTATTAAGACTAGCCAGGATGACAGTGAGGTTGTTCCTAAAGAAAAATCCAGATATAG
ATATGCTGGGATGCTAGACACAGAAACAGTGACCAATCCCACAGACAGAACTGTGGCTCA
TTTGCTCTTTCATAGGCCTTTTGATATGTCTGCGTCAAAGCATACGGAAGGACTAGAATC
ACCATCTTCTTCGAAGATGGGAGCTGAAGTAAAAGGGAGTTTCCCTAGCACAAGAGATAG
TCGCATGGATAAGCAGAAAGCAAAAGAGGAAGACATACCTGCAGGTTCAGTTGCTTTAGG
GTATGGATCTAACTCGGGATCCAGTAGCACTGTTGGTGAGAAGGTTGCTGAAGCATCCCA
TGGAAACAAAAGAAAGTTGTGAAGCATAGAAGGCTTAGGTTGCGGTGTTAGAGAGGAGCT
TGAGGAAATCTGCAGAGTTGACAACATCTCTCTGCATTGCTAGAAACAATCTCCTCTTTA
CTCCTTTCATGTGAAGCTCTTATTCTTGTAATTAGTTGTTTTGTTTTGTGACTTGCTGAA

QA 3 662 3 662
DS 



AS 1 2

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TCTGCGCCTCTTTCCGTCTACAAATCTCTTGCTGGTAACGCTCAACCTTCATCGGGTTGT
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TTTGGGACTGGTTTTGGAACTACTAACATAAGCAATGCCTTAAGAGAGGAGAGAGAGCAC
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AGACGCGTGTTGTCCACAGTCGCTGAGGGTATAAAGATTACAGAGGAAGAACTCCATGTT
GTCCATTTTCAACAGAATCTCGGGGATTTACTTGACCGGAGTCTTTTATGGCGGATACCT
TCTCTACCTGAAGATGGGTATGATCTGCCTCACTTACCCAAGCTTCTACCAGGTTCATTA
CCTTGTACAGCAGCACCTCCCTGTCATCACCTCGGTTACTGCTTTAGCCGCGCTTTACCA
TACTATCAAGAGTATTCACTCGCTCTTGACCCATTGAAAACAACCTCCTCCTCCCAAAGC
TCTTTCGTTGTTTGGTTAAAAGCCGCCAAAGTCTCCAGTAAGAGTTTCCTTGAGATGCAC
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TTTCTTTGTTATAAGACCTAATTGAAGGGGTTGGAATGTAATAAAATGTTTACCAGTTCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BE69TF U 1
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BS 679 900 RR3BE69JQ

RD RR3BE69TF 678 0 0
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AGACGCGTGTTGTCCACAGTCGCTGAGGGTATAAAGATTACAGAGGAAGAACTCCATGTT
GTCCATTTTCAACAGAATCTCGGGGATTTACTTGACCGGAGTCTTTTATGGCGGATACCT
TCTCTACCTGAAGATGGGTATGATCTGCCTCACTTACCCAAGCTTCTACCAGGTTCATTA
CCTTGTACAGCAGCACCTCCCTGTCATCACCTCGGTTACTGCTTTAGCCGCGCTTTACCA
TACTATCAAGAGTATTCACTCGCTCTTGACCCATTGAAAACAACCTCCTCCTCCCAAAGC
TCTTTCGTTGTTTGGTTA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3BE69JQ 730 0 0
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GAACGACAATTTTGGGACTGGTTTTGGAACTACTAACATAAGCAATGCCTTAAGAGAGGA
GAGAGAGCACTCAAGAGCTACTGTGAATGCTATGGGAGCTCATTTGAGAGCTCTTGGTGT
GGGAACACCGAGACGCGTGTTGTCCACAGTCGCTGAGGGTATAAAGATTACAGAGGAAGA
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GCGGATACCTTCTCTACCTGAAGATGGGTATGATCTGCCTCACTTACCCAAGCTTTTACC
AGGTTCATTACCTTGTACAGCAGCACCTCCCTGTCATCACCTCGGTTACTGCTTTAGCCG
CGCTTTACCATACTATCAAGAGTATTCACTCGCTCTTGACCCATTGAAAACAACCTCCTC
CTCCCAAAGCTCTTTCGTTGTTTGGTTAAAAGCCGCCAAAGTCTCCAGTAAGAGTTTCCT
TGAGATGCACAAGATTTAATAAAAGAGAGTAGAAACGTTTTGTCAAACTCTCATCGTCTT
TTTGACAAAGCAAGTGTCTTAGCTTTTGTTTTGGGATTTCAGGCTTTGAAAGCTTTATGT
TTGTTTGCTTTTTCTTTGTTATAAGACCTAATTGAAGGGGTTGGAATGTAATAAAATGTT
TACCAGTTCT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL4705Contig1 715 2 2 U
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GGAATCTGCGTGTCCTCTAACCAGAGAGAGTCCAATTCTCCACCGACGGTGAAGATCGTC
ACGGTTAACGGCGATCTCCGGGAATACAACGCTCCAGTGCTAGCATCTCAAGTCCTGGAA
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GATTCTCTCTGCTACGACGATTTCATACCGGCGATTGAACCGGAGCAACCGCTTCAGGCC
GAGCAGATCTACTTCGTCCTCCCCATCTCTAAGCGTCAGAGCCGTCTAACGGCTTCGGAC
ATGGCGGCTCTCGCCGTGAAAGCAAGCGTCGCCATACAGAACTCCGCGGGGAGAGAATCT
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GTCTCCGCTGTTAACGGAAAAGTGAGTGAATCGACGGTTCCGTTAAAGGCATCGAGCGGT
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GCGGTTCGATCTTTTAGGTTGAAACTATCAACCATCTATGAAGGCGCCGTCGTTTAAATT
CGTTATATAACTTTTGTTTGTTTGTATAGAAATCACCAAACAAAGTATTCATACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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AF RR3HA12TF U 1
AF RR3HA12JQ C 60
BS 1 562 RR3HA12TF
BS 563 715 RR3HA12JQ

RD RR3HA12TF 562 0 0
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GATTCTCTCTGCTACGACGATTTCATACCGGCGATTGAACCGGAGCAACCGCTTCAGGCC
GAGCAGATCTACTTCGTCCTCCCCATCTCTAAGCGTCAGAGCCGTCTAACGGCTTCGGAC
ATGGCGGCTCTCGCCGTGAAAGCAAGCGTCGCCATACAGAACTCCGCGGGGAGAGAATCT
CGTCGGCGTAAAAAGGGGAGGATCTCGCCGATGATGATGCTTACTCAGCCTAACGATTCC
GTCTCCGCTGTTAACGGAAAAGTGAGTGAATCGACGGTTCCGTTAAAGGCATCGAGCGGT
TATAACCGGTCCGGTTCGGTGC

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3HA12JQ 656 0 0
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CACGGTTAACGGCGATCTCCGGGAATACAACGCTCCAGTGCTAGCATCTCAAGTCCTGGA
AGCCGAATCAGCCGCCGCTGCTTCTTGCTCTAGACCTTCATCGTACTTCATCTGCGATTC
AGATTCTCTCTGCTACGACGATTTCATACCGGCGATTGAACCGGAGCAACCGCTTCAGGC
CGAGCAGATCTACTTCGTCCTCCCCATCTCTAAGCGTCAGAGCCGTCTAACGGCTTCGGA
CATGGCGGCTCTCGCCGTGAAAGCAAGCGTCGCCATACAGAACTCCGCGGGGAGAGAATC
TCGTCGGCGTAAAAAGGGGAGGATCTCGCCGATGATGATGCTTACTCAGCCTAACGATTC
CGTCTCCGCTGTTAACGGAAAAGTGAGTGAATCGACGGTTCCGTTAAAGGCATCGAGCGG
TTATAACCGGTCCGGTTCGGTGCGTAATTTGAGAAGATATACTTCTAAGCGAGCAAAGTG
GGCGGTTCGATCTTTTAGGTTGAAACTATCAACCATCTATGAAGGCGCCGTCGTTTAAAT
TCGTTATATAACTTTTGTTTGTTTGTATAGAAATCACCAAACAAAGTATTCATACG

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

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TTCCTCAAATCCATCCGTGGGAGACCTGTTGTTGTCAAGCTCAACTCTGGTGTCGATTAT
CTTGGCATCCTTGCTTGTCTTGATGGGTACATGAACATAGCAGTGGAGCAGACAGAAGAG
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CTTTACATCAGTACGGTGAACACACCTTTAGCTGACGGAGCTTAGACCCTTCCTCATGCA
TCATCATCAGCAGCCATGGCCATCTTATAGATGTTTCCTGCTTTGACCTCTTTCTAAAAC
AACTCTTGCACTTGACGATTGACATGTATCAAAGATGTTTGTTTTTCTTAAATGAATTTT
TGTTATAAGCATGGTAATAGCAGACTC


BQ
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AF RR3EU27JQ C 1
AF RR3EU27TF U 1
BS 1 507 RR3EU27TF

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AAAATGAGTGGGAGTGGAGATAATAAAGTCTCTGGAGGTACTACAAAGACCCCTGCTGAT
TTCCTCAAATCCATCCGTGGGAGACCTGTTGTTGTCAAGCTCAACTCTGGTGTCGATTAT
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TATGTTAACGGGCAGCTTAAGAACAAATACGGTGATGCCTTTATCCGTGGAAACAATGTT
CTTTACATCAGTACGGTGAACACACCTTTAGCTGACGGAGCTTAGACCCTTCCTCATGCA
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TGTTATAAGCATGGTAATAGCAGACTC

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR3EU27TF 507 0 0
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AAAATGAGTGGGAGTGGAGATAATAAAGTCTCTGGAGGTACTACAAAGACACCTGCTGAT
TTCCTCAAATCCATCCGTGGGAGACCTGTTGTTGTCAAGCTCAACTCTGGTGTCGATTAT
CTTGGCATCCTTGCTTGTCTTGATGGGTACATGAACATAGCAGTGGAGCAGACAGAAGAG
TATGTTAACGGGCAGCTTAAGAACAAATACGGTGATGCCTTTATCCGTGGAAACAATGTT
CTTTACATCAGTACGGTGAACACACCTTTAGCTGACGGAGCTTAGACCCTTCCTCATGCA
TCATCATCAGCAGCCATGGCCATCTTATAGATGTTTCCTGCTTTGACCTCTTTCTAAAAC
AACTCTTGCACTTGACGATTGACATGTATCAAAGATGTTTGTTTTTCTTAAATGAATTTT
TGTTATAAGCATGGTAATAGCAGACTC

QA 1 507 1 507
DS 



AS 1 2

CO CL4707Contig1 889 2 2 U
GACTGGAACCTAAGGTCTGTGTTATATACATATTATAGACTTTTGAATTTGCTAATACTA
GAATCTTTACGCTAATGGTTTTTAATGACTTTTTTTGTGTCCAGGTGTCTCGAGTTAACT
CCTACAGAAGATCTAAGCTCACCGTTCCAAAGGAACCGAATCTGAGAACTGCAGAAAGAT
CTGAAAGACACAGGTAAACCAGATAATATCTGTTCCTTGTCAACAAGACTGTGTTTTGGC
TTTCTTACAAACATGTTTTGATGTTTTTTTGTGTTATCCTCACATGCTTTTTCTCTGCGT
GATTTTCAGGTCTAAGGTCAACTCAGAGACCGAGTCGCATGCGAAACCAAGAATTAGTCC
ATCTAAAGCAAACACTACAAACAAAAATGTATACTTGTTTTTTAAGCTTAGTTTCTTTGT
TACCACATTCTCAGAAGCTGTAGTTAAGAAACAAAACTAATTTTCTCTGTTCCTTTGCAG
ATTAATTTTGAAACTACTTCAACACCTATGCCTAAACGCACTAGAACTCCAGGGTCTCAA
GATCAACAGGTATGACTAGTCTGCCATATTACAAGTCATAAGTTTTTTACCCACCCACAT
GAACTAAAATAAATCTTGTTTAGGTATTTGGCTTAAGAACATTACTGAGAGCAAAGGAAC
GCTCTTCGAATGTAAGTCTCAAATCCAACATATAATTACATCTTTCAAATGTTCTCTTTG
CCTCTATGTGTTCACACATCACTTAAATGATAATTTCACATTGCAGGCCAAGATTGATGC
CATACAAGGGAATAATGCTACTAACTCCAGAACGTTAGTGCACTACCATTCTTGCATAGC
CTTCTTAATCTAGTTTAGCTGCTACAAAACGTTCTCATGTACCGTTGAC


BQ
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AF RR3EZ56TF U 1
AF RR3EZ56JQ C 180
BS 1 545 RR3EZ56TF
BS 546 889 RR3EZ56JQ

RD RR3EZ56TF 545 0 0
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TACCACATTCTCAGAAGCTGTAGTTAAGAAACAAAACTAATTTTCTCTGTTCCTTTGCAG
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GATCA

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3EZ56JQ 710 0 0
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CATCTAAAGCAAACACTACAAACAAAAATGTATACTTGTTTTTTAAGCTTAGTTTCTTTG
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GATTAATTTTGAAACTACTTCAACACCTATGCCTAAACGCACTAGAACTCCAGGGTCTCA
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TGAACTAAAATAAATCTTGTTTAGGTATTTGGCTTAAGAACATTACTGAGAGCAAAGGAA
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CCTTCTTAATCTAGTTTAGCTGCTACAAAACGTTCTCATGTACCGTTGAC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL4708Contig1 769 2 13 U
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TGAATGTGGTTCCGACTATTACGAAGAAGACGTTGAGTGTTGTCTATGAGAGAGGTCTCA
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TTCACGCTAATGGTCTCTTCAGCATGTATCAGCACAGCTGCAAGATTGAGGATATTCTTC
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TTTTGAACGACGTGAGGAAGATTGCTGATGGAATGAGATGGGACACTAAGTTGATGGATC
ATGAAGATGGTCCTCTAGTGCCTGAGAAGATTCTTTACGCTGTTAAACAGTACTGGGTCG
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GAAACACTCAGGTGAAGGTTTTAAGCTTGAAGTGTGGAGCTATTTTATGACACATGGAAA
ATTCTTCTTATCAAAGGAATCAGAACTTTCATGAAAGAAAGGGGTCGAAAGTTGAAATAC
ATTATAGATGATTAAGATGAATATGTGCATTTATGTTTTTATTTTGTACTTTGGAGGAAC
AAAAAAATAGTTCCATGTGTTTCTTTTTTGCAAGATAGTTGAATCCTTGAACGTTTGTTA
TGTTATGTATGATGTGAACTTACAAAAATAAATCAATAATTAGTTCTTC


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BS14JQ C 1
AF RR3BS14TF U 1
BS 1 658 RR3BS14TF
BS 659 661 RR3BS14JQ
BS 662 688 RR3BS14TF
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BS 748 748 RR3BS14JQ
BS 749 769 RR3BS14TF

RD RR3BS14JQ 769 0 0
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ATTCTTCTTATCAAAGGAATCAGAACTTTCATGAAAGAAAGGGGTCGAAAGTTGAAATAC
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AAAAAAATAGTTCCATGTGTTTCTTTTTTGCAAGATAGTTGAATCCTTGAACGTTTGTTA
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QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3BS14TF 769 0 0
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TTGAAATGGATCGGATCTTAAGGCCGGAAGGGATTGTGATCATCAGGGATGAGGTTGATG
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CCGGCGGCGGCGATGCAAACAGTCAGGCATCGTCTGCTGATAGTAGTGAAGAAGAGTAAA
GAAACACTCAGGTGAAGGTTTTAAGCTTGAAGTGTGGAGCTATTTTATGACACATGGAAA
ATTCTTCTTATCAAAGGAATCAGAACTTTCATGAAAGAAAGGGGTCGAAAGTTGAAATAC
ATTATAGATGATTAAGATGAATATGTGCATTTATGTTTTTATTTTGTACTTTGGAGGAC*
*AAAAAATAGTTCCATGTGTTTCTTTTT*GCA*GATAGTTGA*TCCTTGAACGTTTGTTA
TGTTATGTATGATGTGA*CTTACAAAA*TAAATCAATAATTAGTTCTTC

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3FL66JQ C 1
AF RR3FL66TF U 1
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QA 1 503 1 503
DS 

RD RR3FL66TF 503 0 0
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TCGAGCTGGGGAAGGAAAAGTGGGAGCTGGGATATGTCGCCAGAAGTTATGGCCTTAGCA
GCTAGAGTGGGAGGAGAACAAAACCAGAACGGTGGTGGAAGCAGCAGCGGAGCTGGTCTA
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ACAGAGCTGAGTATTTATTCAGCTTAAAATCAGTTTATGCAGAGGCTTGTGGTTTGTTTG
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TGTGGATTGTTCAGACTGTTCTT

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 2

CO CL4710Contig1 959 2 12 U
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GCTAGCATACTTGCGAGTTGTTGAAGTAGTCACTGTAATAATAAAATGTTGCTTACGTC


BQ
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AF RR3G728TF U 1
AF RR3G728JQ C 257
BS 1 699 RR3G728TF
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RD RR3G728TF 793 0 0
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AATACTAAAAAATTCTGCAGATTTTGTCGGAATGAATTATTATACCTCACAGTTTGCAGC
TCATATGAAGACCGAAGATACCAAGAACATAAGTTGGACGTCAGATTCTCTTGTTCACTG
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GGAGATTATGATCACCGAGAATGGATATGGAGAAGACCTTAAAGACCTTCATAATGACGT
GAAAACTGGGACAAATGATCACAACAGGAAATATTATCTCCAGAGGCATCTCTTGAGTTT
GCACGAAGCAATTTGCGAGGACAAGGTGAACGTAACGGGATACTACGTGTGGTCTTTGAT
GGACAACTTTGAGTGGCAAGATGGATACAAAGCGAGGTTCGGGCTTTACTACATCGATTT
CCTTAACAATTTGACACGTCACCAGAAAGTTTCTGGCAA*TGGTATTCCGATTTCCTTAA
GCCTGGAT**CCCACTTCCA*GATCGTGAGGGA*GAACTCTAAGATCATGAATCCAA
TCATGATCCTCCGAAA

QA 1 777 1 777
DS 

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GATCAATACCAGATTGGTAGCCAGCCTGCTGGGGGTAAACTGCCTGTGTATTCAAGAGGA
ATGAGAAAACTTTTGAAGTATATCAAGGACAACTATGGAGACCCGGAGATTATGATCACC
GAGAATGGATATGGAGAAGACCTTAAAGACCTTCATAATGACGTGAAAACTGGGACAAAT
GATCACAACAGGAAATATTATCTCCAGAGGCATCTCTTGAGTTTGCACGAAGCAATTTGC
GAGGACAAGGTGAACGTAACGGGATACTACGTGTGGTCTTTGATGGACAACTTTGAGTGG
CAAGATGGATACAAGGCGAGGTTCGGGCTTTACTACATCGATTTCCTTAACAATTTGACA
CGTCACCAGAAAGTTTCTGGCAAATGGTATTCCGATTTCCTTAAGCCTGGATTCCCAACT
TCCAAGATCGTGAGGGAAGAACTCTAAGATCATGAATCCAAATCATGAATCCTCCGAAAA
AAATAAAATATTGCAAGAGATCTTGTTCTTGAGGATTAATATCAGTCTGTGTGTTCTATC
TATAGATCATGTTTATCCTTTTTATTAATGTGGTTTCTTTTGATGCTAGCATACTTGCGA
GTTGTTGAAGTAGTCACTGTAATAATAAAATGTTGCTTACGTC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

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CTATCTCTCACTTGTGGTTTGCAAAAACAAAAGTCACAGAACATATCTTCGATGGAGTTC
CGAGAGAAGCTCGTAACGTTCAAGTTCCACATCGTCTTCGCCTTGGTTTTGTCTCTCCTC
ACCGTCGCTCTCGTCACTTATTCTCCCCGTTTCCTCACCGTTTTATCTTACTTCTGGCCT
CTATTTCTCTCCACCGCCCTCTTTCTCGCCGCCGTTTTCTTCTTCGCCCGGAACTCAGAC
CTTCCGACGTCATCTGCTATCTCCAGCGATGGCTCCGGCATAAAAGTGGCGGCAGAAGGG
ATCCTTGACTATGTCGTTGGCGGACAACATGAAGACACTCTCCTTGATAGCTTCACTAAA
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AATAATAGAGAGTACTTATAAGC


BQ
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AF RR3G410JQ C 1
AF RR3G410TF U 1
BS 1 503 RR3G410TF

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ACCGTCGCTCTCGTCACTTATTCTCCCCGTTTCCTCACCGTTTTATCTTACTTCTGGCCT
CTATTTCTCTCCACCGCCCTCTTTCTCGCCGCCGTTTTCTTCTTCGCCCGGAACTCAGAC
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ATCCTTGACTATGTCGTTGGCGGACAACATGAAGACACTCTCCTTGATAGCTTCACTAAA
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AATAATAGAGAGTACTTATAAGC

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR3G410TF 503 0 0
GGATATATCATATGAATATTGCTTACGACCTCTCTCACTCTCTCTCTCTCTCTTTCATAT
CTATCTCTCACTTGTGGTTTGCAAAAACAAAAGTCACAGAACATATCTTCGATGGAGTTC
CGAGAGAAGCTCGTAACGTTCAAGTTCCACATCGTCTTCGCCTTGGTTTTGTCTCTCCTC
ACCGTCGCTCTCGTCACTTATTCTCCCCGTTTCCTCACCGTTTTATCTTACTTCTGGCCT
CTATTTCTCTCCACCGCCCTCTTTCTCGCCGCCGTTTTCTTCTTCGCCCGGAACTCAGAC
CTTCCGACGTCATCTGCTATCTCCAGCGATGGCTCCGGCATAAAAGTGGCGGCAGAAGGG
ATCCTTGACTATGTCGTTGGCGGACAACATGAAGACACTCTCCTTGATAGCTTCACTAAA
CTCGACTAGTATGAGATGTATCTCTCGGTCTTTAAGTATTTTCGTTAGTTTATGATTAAT
AATAATAGAGAGTACTTATAAGC

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 2

CO CL4712Contig1 939 2 2 U
GTTAAGTAGTAGTAGATATAGACATAAGATCTTTCTGATGAGAAGTTGCAATGATAAGTT
GGTGAAATTTAACCTATTGTACCAATTTAGTCGTCATAGCCATATGTGCAGTCCATGTGG
CTAACCGAATTCCCTTATATTTGTGTTTTGGTGCTTACCATGTGCTAATATTTGGCCATC
ATCTAACGTTTGTCTGTATATGTACATACTTTTGGGGGCAAGGTTTAAACCAACAAACTT
AATCAATTCAATTCTAAAAATAAAAATGTAATGTTTTAACTTCTTGACGTGGTTTTATTT
TTATTTACAAAGAGAATGAAATTGAAAAAAAATGCATAATTGTTTCGGAACTAGTCAAAA
CAAAAATTCAGCATGTTCAAAATATACCAGCCGTGGAAATTAGAATTCTAAGAGGTGACC
GTTACAAACAAGTAAAATCCTTTAATTTGCGGGTCAGTGATCCTTTAGTTTGTCCTACAA
ATCAAAAGGGTTTAATACTAGACCAATAGCAATTAGACTATCAGAAACAACTCATAAATT
ATAGCTGAGATGTTTGTAGTTGCAAGAGTTTTCTGTTTCTGATTTAAATGATACTTACCA
TGAAGATGTTAGAAAGTCATGTGTTGCAAATTGTTAAAAGATGTGTTCTGTCTATCTAAG
CTCGTATAACATGAAATATTTTGGAACCTAGCTAAAAGTATATGCTATCACAATACAGCC
GCCAAAGTAACTAGTTTTTGATCCAATAAGATTTACCAGAGTAATTACAAGGTCTAGATT
GCTGAGTTGCGTGAGCAAAAAAAAGATTGCTGAGTTGCAGATATAAAGCGCGATATAAAG
TAATATTCAATCATCAATGCCATGGAGGATCAGTGGATCAGAGACAATGGTGAACCTAAC
GAATTCTACAAGACATCCACTATGAATAACGTAAACCTC


BQ
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AF RR3DL48TF U 1
AF RR3DL48JQ C 195
BS 1 696 RR3DL48TF
BS 697 939 RR3DL48JQ

RD RR3DL48TF 696 0 0
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GGTGAAATTTAACCTATTGTACCAATTTAGTCGTCATAGCCATATGTGCAGTCCATGTGG
CTAACCGAATTCCCTTATATTTGTGTTTTGGTGCTTACCATGTGCTAATATTTGGCCATC
ATCTAACGTTTGTCTGTATATGTACATACTTTTGGGGGCAAGGTTTAAACCAACAAACTT
AATCAATTCAATTCTAAAAATAAAAATGTAATGTTTTAACTTCTTGACGTGGTTTTATTT
TTATTTACAAAGAGAATGAAATTGAAAAAAAATGCATAATTGTTTCGGAACTAGTCAAAA
CAAAAATTCAGCATGTTCAAAATATACCAGCCGTGGAAATTAGAATTCTAAGAGGTGACC
GTTACAAACAAGTAAAATCCTTTAATTTGCGGGTCAGTGATCCTTTAGTTTGTCCTACAA
ATCAAAAGGGTTTAATACTAGACCAATAGCAATTAGACTATCAGAAACAACTCATAAATT
ATAGCTGAGATGTTTGTAGTTGCAAGAGTTTTCTGTTTCTGATTTAAATGATACTTACCA
TGAAGATGTTAGAAAGTCATGTGTTGCAAATTGTTAAAAGATGTGTTCTGTCTATCTAAG
CTCGTATAACATGAAATATTTTGGAACCTAGCTAAA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3DL48JQ 745 0 0
TGTATATGTACATACTTTTGGGGGCAAGGTTTAAACCAACAAACTTAATCAATTCAATTC
TAAAAATAAAAATGTAATGTTTTAACTTCTTGACGTGGTTTTATTTTTATTTACAAAGAG
AATGAAATTGAAAAAAAATGCATAATTGTTTCGGAACTAGTCAAAACAAAAATTCAGCAT
GTTCAAAATATACCAGCCGTGGAAATTAGAATTCTAAGAGGTGACCGTTACAAACAAGTA
AAATCCTTTAATTTGCGGGTCAGTGATCCTTTAGTTTGTCCTACAAATCAAAAGGGTTTA
ATACTAGACCAATAGCAATTAGACTATCAGAAACAACTCATAAATTATAGCTGAGATGTT
TGTAGTTGCAAGAGTTTTCTGTTTCTGATTTAAATGATACTTACCATGAAGATGTTAGAA
AGTCATGTGTTGCAAATTGTTAAAAGATGTGTTCTGTCTATCTAAGCTCGTATAACATGA
AATATTTTGGAACCTAGCTAAAAGTATATGCTATCACAATACAGCCGCCAAAGTAACTAG
TTTTTGATCCAATAAGATTTACCAGAGTAATTACAAGGTCTAGATTGCTGAGTTGCGTGA
GCAAAAAAAAGATTGCTGAGTTGCAGATATAAAGCGCGATATAAAGTAATATTCAATCAT
CAATGCCATGGAGGATCAGTGGATCAGAGACAATGGTGAACCTAACGAATTCTACAAGAC
ATCCACTATGAATAACGTAAACCTC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL4713Contig1 968 2 2 U
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CCTAAGTGTGAGCCGTATTATGAACCAATGATGCAGCTGCTTTTGAACACTTCTTGTACT
CACAAGGACATTACTGTGCGAAGGCATGCGTGCAGATATTTATTAGACTAATTGAAGATT
GGTGTCCCAAGCCATACACAGAGGAGAAGGTCCCAGGTTTTGATCTCAAGATCAAAACTT
TTGCAACAAACTGCTGCTTTTACAGTGTACTTGATAAGTCTTTTGACTTCAGTGATGCGA
ATACTCAGGGCTTGTTCAGTGAAATCATCAAGGCTCAGAAAGTGATGTATGACAAATTTG
GTGATGCATTTCTCATGCATCTTTTGTCTGGAGCTTTTCCATCTTCAGATCGTCCACAAG
ATTTGGCCGAGCAGTATCGCCAAAAGTTGCAGGGTAATGATACTGGGGGACTCAAGTTAT
ACTACCAGTCCCTTATAAAAAATCTTAGGCTTCAACAGAACGGAAATCATGTTTTCAGAT
AGCATTCGAAATAAAGGTTTCTCATAATCGATTCTGCCGCGAGCTCTACCACTGTGAACT
CTAAAAGGTTTCTCCAGATGTAAATATTGTTGCCATTGTGTTACTCGAGAGAGGCAACAA
GTTGTACCTTTACCAAAAGAAACATGTTATTGATTCACTCCCCCCGAAGTAGTTTACTCG
AACCAAGGGCATTGCAAGTTCTTCCAGTGCAACACTCCAAATTTTTCTCTTTTGTTTTTT
TTTCTGGCCTTTTTGTCGTGGGATTGTATCTATAAAGCTTCTTCTCCTCTTTTGCCCTAT
CTCCAAATTTTGATTATGCCATGACTCTTGAACTTGTGCTTTAGGTGTTACGTGCTTCTT
CTTGTCCATGAAAATACTTGGAAAGAAAAAACAAAAGAAACAGAAAGTTTTGGCTGATTC
TTTATTTT


BQ
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AF RR3E806TF U 1
AF RR3E806JQ C 409
BS 1 502 RR3E806TF
BS 503 968 RR3E806JQ

RD RR3E806TF 502 0 0
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CCTAAGTGTGAGCCGTATTATGAACCAATGATGCAGCTGCTTTTGAACACTTCTTGTACT
CACAAGGACATTACTGTGCGAAGGCATGCGTGCAGATATTTATTAGACTAATTGAAGATT
GGTGTCCCAAGCCATACACAGAGGAGAAGGTCCCAGGTTTTGATCTCAAGATCAAAACTT
TTGCAACAAACTGCTGCTTTTACAGTGTACTTGATAAGTCTTTTGACTTCAGTGATGCGA
ATACTCAGGGCTTGTTCAGTGAAATCATCAAGGCTCAGAAAGTGATGTATGACAAATTTG
GTGATGCATTTCTCATGCATCTTTTGTCTGGAGCTTTTCCATCTTCAGATCGTCCACAAG
ATTTGGCCGAGCAGTATCGCCAAAAGTTGCAGGGTAATGATACTGGGGGACTCAAGTTAT
ACTACCAGTCCCTTATAAAAAA

QA 1 502 1 502
DS 

RD RR3E806JQ 560 0 0
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GACTCAAGTTATACTACCAGTCCCTTATAAAAAATCTTAGGCTTCAACAGAACGGAAATC
ATGTTTTCAGATAGCATTCGAAATAAAGGTTTCTCATAATCGATTCTGCCGCGAGCTCTA
CCACTGTGAACTCTAAAAGGTTTCTCCAGATGTAAATATTGTTGCCATTGTGTTACTCGA
GAGAGGCAACAAGTTGTACCTTTACCAAAAGAAACATGTTATTGATTCACTCCCCCCGAA
GTAGTTTACTCGAACCAAGGGCATTGCAAGTTCTTCCAGTGCAACACTCCAAATTTTTCT
CTTTTGTTTTTTTTTCTGGCCTTTTTGTCGTGGGATTGTATCTATAAAGCTTCTTCTCCT
CTTTTGCCCTATCTCCAAATTTTGATTATGCCATGACTCTTGAACTTGTGCTTTAGGTGT
TACGTGCTTCTTCTTGTCCATGAAAATACTTGGAAAGAAAAAACAAAAGAAACAGAAAGT
TTTGGCTGATTCTTTATTTT

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 2

CO CL4714Contig1 724 2 2 U
GGAATCAATTGGCGCCGTAGTAAATCTAGAATTTCGAGCGATTTATTCATCTTCGCCCTA
CTGATCCAATCCAGAATCAATCGGTTACGGATTCATTAATATTAAATTTCTTCTCAAAAC
CATCGTATAAGATCCGATTTTGCTCTTCAAAGGCGGTGGAGGTTCCACTATAAAAAGATA
CAATACACGTATTATGGACATAAAAACCAATTCGCAGAGGGGCGGTGTCTGGGTACATCT
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GAGGTCATTTTGATTTCATTTTCTCTGCTAGCCTAGGTTCAAGAAAGAGAGCTCAAGGGT
CAGGAGGTTGCTGTTAAGGTCACCCCTAAATCAAATGTCTACTTTACAGTTCCCCCATTT
TTTAATTTTAAGCTCGGAGATGCTCTAGATGTTTGGTGTTTTCTCGAAGTACCTTCAAAT
CAAAAGGAAGAACCAAAGATTTAGAAAATTTAGAAAAAGGAATGCTCTTCAATGGTGCTA
GAAATGAAACCTGTAAACAATCAAATCTGTTTTTGATTCTGTTTTTTCTGGCCTATTGGG
ATGATCTTTGTTTTCCTTTTTGGTATGTATAGTTAGCCTATTCACATTAGCTTAAAGAAG
AAAAAGAAACTAAAAAACAAAGTAATGTATATTTTCAGAAGATTCGTCAAAACCAAGATT
TTTT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3H121TF U 1
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BS 617 724 RR3H121JQ

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CAATACACGTATTATGGACATAAAAACCAATTCGCAGAGGGGCGGTGTCTGGGTACATCT
TCATCTTTAAGAAGTTATGCAGTTTCAGAGTGGGATGGGAGTCAGCAGGAGAGATCGGGA
GAGGTCATTTTGATTTCATTTTCTCTGCTAGCCTAGGTTCAAGAAAGAGAGCTCAAGGGT
CAGGAGGTTGCTGTTAAGGTCACCCCTAAATCAAATGTCTACTTTACAGTTCCCCCATTT
TTTAATTTTAAGCTCGGAGATGCTCTAGATGTTTGGTGTTTTCTCGAAGTACCTTCAAAT
CAAAAGGAAGAACCAAAGATTTAGAAAATTTAGAAAAAGGAATGCTCTTCAATGGTGCTA
GAAATGAAACCTGTAAACAATCAAATCTGTTTTTGATTCTGTTTTTTCTGGCCTATTGGG
ATGATCTTTGTTTTCC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3H121JQ 614 0 0
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TAAAAAGATACAATACACGTATTATGGACATAAAAACCAATTCGCAGAGGGGCGGTGTCT
GGGTACATCTTCATCTTTAAGAAGTTATGCAGTTTCAGAGTGGGATGGGAGTCAGCAGGA
GAGATCGGGAGAGGTCATTTTGATTTCATTTTTTCTGCTAGCCTAGGTTCAAGAAAGAGA
GCTCAAGGGTCAGGAGGTTGCTGTTAAGGTCACCCCTAAATCAAATGTCTACTTTACAGT
TCCCCCATTTTTTAATTTTAAGCTCGGAGATGCTCTAGATGTTTGGTGTTTTCTCGAAGT
ACCTTCAAATCAAAAGGAAGAACCAAAGATTTAGAAAATTTAGAAAAAGGAATGCTCTTC
AATGGTGCTAGAAATGAAACCTGTAAACAATCAAATCTGTTTTTGATTCTGTTTTTTCTG
GCCTATTGGGATGATCTTTGTTTTCCTTTTTGGTATGTATAGTTAGCCTATTCACATTAG
CTTAAAGAAGAAAAAGAAACTAAAAAACAAAGTAATGTATATTTTCAGAAGATTCGTCAA
AACCAAGATTTTTT

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

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TGTATCAAATGATTAATCACATCTTAGTTCACCGTGCAACTTCAAACCAATCGAGTCTTA
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TATAAGTAAATCCCTATCACTTCCCTCCCAAGGGTCACGTTTCTGCTGCAGATCAATCCC
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AAAGAATGTGAGGCACATAATCATCAAAATACAATTAAATGAATGAAAAAAAAAGAAACT
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AATAAACTGTCAAGGCCATCATTAGCTGCAGCCTGCAGGAAAGAAGATAAACAAAGCAAC
TGATGAAAAGAAACAAATATGTTTAGCAGCGCATAGATTCTTCTTGAGCTATCACGTAAT
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AAATCATGATTTGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC29TF U 1
AF RR3FC29JQ C 279
BS 1 735 RR3FC29TF
BS 736 795 RR3FC29JQ

RD RR3FC29TF 735 0 0
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TATAAGTAAATCCCTATCACTTCCCTCCCAAGGGTCACGTTTCTGCTGCAGATCAATCCC
TCCAACTCTTCCTCCTCATTAGGATACTCTGCAATATAACCTCTGCAAGGTTCAGATTGA
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GGAGCATCAACATTTTCTTCATTCAATGGGCTTGATTCAACCTAACAACCATCAAAACAA
AAAGAATGTGAGGCACATAATCATCAAAATACAATTAAATGAATGAAAAAAAAAGAAACT
CAGAAAGCACATAAACGTCAATCACTAACTGGCTTCATTTTTTTCTTCTTGTCTCCAATA
AATAAACTGTCAAGGCCATCATTAGCTGCAGCCTGCAGGAAAGAAGATAAACAAAGCAAC
TGATGAAAAGAAACAAATATGTTTAGCAGCGCATAGATTCTTCTTGAGCTATCACGTAAT
GGATCAGATGCCTACCCATGTGACTCAGTTGAGTCCTCGATAGGATCATAGACCAACTTT
CTTCTTCTTAGCTGG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3FC29JQ 517 0 0
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AAAAGTACCCTCCAAATTTTCTGGAGCATCAACATTTTCTTCATTCAATGGGCTTGATTC
AACCTAACAACCATCAAAACAAAAAGAATGTGAGGCACATAATCATCAAAATACAATTAA
ATGAATGAAAAAAAAAGAAACTCAGAAAGCACATAAACGTCAATCACTAACTGGCTTCAT
TTTTTTCTTCTTGTCTCCAATAAATAAACTGTCAAGGCCATCATTAGCTGCAGCCTGCAG
GAAAGAAGATAAACAAAGCAACTGATGAAAAGAAACAAATATGTTTAGCAGCGCATAGAT
TCTTCTTGAGCTATCAGGTAATGGATCAGATGCCTACCCATGTGACTCAGTTGAGTCCTC
GATAGGATCATAGACCAACTTTCTTCTTTTTAGCTGGATCAAAGGGTGCGAGCTAAGGAT
GAGCAAAGAATATAAAAACCACAAATCATGATTTGTC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 2

CO CL4716Contig1 846 2 17 U
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CCTAAGGGAACAATGGGACATCCCGAAGACTTTACAAACCTTGAAGAGATCCTTCCGGAG
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CGGGCCGATATTATGGCGGAGGAGTCGGAGTTAATGACGGCGGAGGAGATAGAGAGGGGG
ATCCGGTGTTTAATGGAGCGGGATAAGGTGAGGGATAGAGTGAAGGAGATGAGTGAGAAG
AGCCACGTGGCTTTAATGGAAGGTGGGTCTTCACACGCTTCTCTTCTGAAGTTCATTGAA
GACGTCACTACGAATATCTCTTGATTGTTCGCAAGTGTTAGGGAATCTTTCATGATTCTG
TGGCTATCATTAGTTTACCCATTTCGTTGGTTAAGGTCTTATGTGACCATGGTTTGTCCT
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GATTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI46TF U 233
AF RR3BI46JQ C 1
BS 1 232 RR3BI46JQ
BS 233 525 RR3BI46TF
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BS 675 690 RR3BI46TF
BS 691 846 RR3BI46JQ

RD RR3BI46TF 458 0 0
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TCAACACTTGAGAGTCTCTGGTTTGGTGTCCCGATGGCCACGTGGCCTCTTTTACGCAGA
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AGAGGGGGATCCGGTGTTTAATGGAGCGGGATAAG*TGAGGGATAGAGTGAAGGAGATGA
GTGAGA*GAGCCACGTGGCTTTAATGGAAG*TGGGTCTTCACACGCTTCTCTTCTGAG**
TCATTGA*GACGTCACTACGA*TATCTCTTGATTGTTC

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR3BI46JQ 846 0 0
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TCAGTTGTGTTCCTCTGTTTTGGAAGCATGGGAGGGTTCCGTGAGGACCAAGCAAAGGAA
ATAGCAATAGCCCTTGAGCAAAGTGGTCATCGCTACCTTTGGTCTCTTCGCCGTGCTCGG
CCTAAGGGAACAATGGGACATCCCGAAGACTTTACAAACCTTGAAGAGATCCTTCCGGAG
GGGTTCTTAGACCGGACGGCGAAGATAGGAAAGATTATCGGTT*GGGCTCCACAGAACGC
CGTACTAGCAAACCCTGCGGTCAGAGGATTTGTGTCGCACTGTGGATGGAACTCAACACT
TGAGAGTCTCTGGTTTGGTGTCCCGATGGCCACGTGGCCTCTTT*ACGCAGAGCAACAGC
TTAACGCGTTT*GAGTTTGTGGAGGAGCTAGGGTTAGCAGTGGAAGTCCGGAACTCTTTC
CGGGCCGATATTATGGCGGAGGAGTCGGAGTTAATGACGGCGGAGGAGATAGAGAGGGGG
ATCCGGTGTTTAATGGAGCGGGATAAGGTGAGGGATAGAGTGAAGGAGATGAGTGAGAAG
AGCCACGTGGCTTTAATGGAAGGTGGGTCTTCACACGCTTCTCTTCTGAAGTTCATTGAA
GACGTCACTACGAATATCTCTTGATTGTTCGCAAGTGTTAGGGAATCTTTCATGATTCTG
TGGCTATCATTAGTTTACCCATTTCGTTGGTTAAGGTCTTATGTGACCATGGTTTGTCCT
TTGTTTTATCTCTCATTATTATTTTTATTTTGAGTTTTTACTATTAAAACAAATAAAAGA
GATTTG

QA 1 846 1 846
DS 



AS 1 2

CO CL4717Contig1 750 2 3 U
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AAGTAGAAGTTTAACAACAATGACTACGATGAAAAGAGTTATTTGGGAAGAGTTATGGCA
ATACACAGAGAGTTCTCTTCCCTCTACTACGATCTTAAAAAAAAAAGACTTGTGAAGAAA
TTTAAAAAAAAAAGCGGAGTCATGATGGGGTTGGTTTTGGTACAGTCTGTGTGTTGTTCA
ACTTGTAACTACACGGTGTAGTGATGTCCTGCGGTATCAATGTCCAAGCCCTTAAGCTTT
GCAACTGATTCAACATGTCCCTTCAGTGTGTGAAGCTCCCTAAGCCTAGCTATCTCGGCC
CTTCTCTTGGCTTGCTCGGCAATCTCAGACAGCTCTCTGTAACCTCCTTTCTCTGGGAAG
ATGTTGACCTCTTCTTTTGGCTGGAGACCGTGCAGTGTCCTCTGAGCTTGTGCCCATTGA
GCTTCTCTTTCTCCAATACCGTAATCTTTCTTGGTCGTGAAAGCAGTCCTGTTGTCAAAC
ATGCTGGTCCAAGCCTTTCCACTCAAGATGTATCGAATGGCAAACTTCAAAAGGTCTTGT
GGGAAGTATGTTACAATACTGTAGATCCAAATAACACCAGCCCATCCCCAACCGATACCC
TTCACCTTTGCAAATGTCCAGTCCGCATACACTGCAATCAAAGTCGCAACAAGTCGTGCA
ATAACGAGTGCAATCATCAGAAGCGCCCCC


BQ
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AF RR3E532JQ U 5
AF RR3E532TF C 1
BS 1 4 RR3E532TF
BS 5 514 RR3E532JQ
BS 515 750 RR3E532TF

RD RR3E532JQ 510 0 0
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AGAAGTTTAACAACAATGACTACGATGAAAAGAGTTATTTGGGAAGAGTTATGGCAATAC
ACAGAGAGTTCTCTTCCCTCTACTACGATCTTAAAAAAAAAAGACTTGTGAAGAAATTTA
AAAAAAAAAGCGGAGTCATGATGGGGTTGGTTTTGGTACAGTCTGTGTGTTGTTCAACTT
GTAACTACACGGTGTAGTGATGTCCTGCGGTATCAATGTCCAAGCCCTTAAGCTTTGCAA
CTGATTCAACATGTCCCTTCAGTGTGTGAAGCTCCCTAAGCCTAGCTATCTCGGCCCTTC
TCTTGGCTTGCTCGGCAATCTCAGACAGCTCTCTGTAACCTCCTTTCTCTGGGAAGATGT
TGACCTCTTCTTTTGGCTGGAGACCGTGCAGTGTCCTCTGAGCTTGTGCCCATTGAGCTT
CTCTTTCTCCAATACCGTAATCTTTCTTGG

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR3E532TF 750 0 0
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AAGTAGAAGTTTAACAACAATGACTACGATGAAAAGAGTTATTTGGGAAGAGTTATGGCA
ATACACAGAGAGTTCTCTTCCCTCTACTACGATCTTAAAAAAAAAAGACTTGTGAAGAAA
TTTAAAAAAAAAAGCGGAGTCATGATGGGGTTGGTTTTGGTACAGTCTGTGTGTTGTTCA
ACTTGTAACTACACGGTGTAGTGATGTCCTGCGGTATCAATGTCCAAGCCCTTAAGCTTT
GCAACTGATTCAACATGTCCCTTCAGTGTGTGAAGCTCCCTAAGCCTAGCTATCTCGGCC
CTTCTCTTGGCTTGCTCGGCAATCTCAGACAGCTCTCTGTAACCTCCTTTCTCTGGGAAG
ATGTTGACCTCTTCTTTTGGCTGGAGACCGTGCAGTGTCCTCTGAGCTTGTGCCCATTGA
GCTTCTCTTTCTCCAATACCGTAATCTTTCTTGGTCGTGAAAGCAGTCCTGTTGTCAAAC
ATGCTGGTCCAAGCCTTTCCACTCAAGATGTATCGAATGGCAAACTTCAAAAGGTCTTGT
GGGAAGTATGTTACAATACTGTAGATCCAAATAACACCAGCCCATCCCCAACCGATACCC
TTCACCTTTGCAAATGTCCAGTCCGCATACACTGCAATCAAAGTCGCAACAAGTCGTGCA
ATAACGAGTGCAATCATCAGAAGCGCCCCC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL4720Contig1 1540 2 2 U
GGGAATCTCTCATAACATACTAAACCTTCTATTTACTTCCTTCATTTCAAGATTTGTTAT
AACTTATAAGAGTGGAAACATGAGAACGCTTTGTCCTAACTTCGACAGAGAAGACGGTTT
AGAGACGGTGTTGGAAGTTCCGATGCCGGAGGAGTTGTTTTGTTCCGAGAACAGCAAGAC
CGGCGCTTGGCGAAGTGTCAAGTCTAGTTTGCTCCGGTCACCGCCGGATAACAATAGTAG
CCTCGCCACTCTATTCGGTGGCCGTGACGCTCAGATTCAGATGCTTCTTGGAATCGTTGG
AGCTCCGTTGATCCCTCTTCCTGTCTCCTCCGATCACGACGTCCTTGATTCTCCTATCTC
CAAACTCATCAAGAACCAATCTATTGAAGCAGCCATGGCAAAGTACATAGTGAAGCAATA
CACTGCAGCAGCTGGAGGGGAGACGGCATTAGCTGGAATAGGAAGCATGTACGCGATGGG
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GAAGAAAATGATAAAGATCAGGAACGTAAACAACGGAAACGGAGGAGAGATGGGTGGTTT
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AGTCAGTGCTGGTTGTGATGGTAACGTGGCTTGGAAGCAAAGTCCTTGGTTAGAGCATTC
TCAAGCTTCTAATGAACCTTCTGGTCCACTTAGAAAGTTTCTCCAAGGGCTTGATCCAAA
AACGACAGCAAATATGTTTGCTGGATCCGTTTGCGTGGGGGAGAAAACGGTTAACGACGA
AGAATGCTTCGTGCTTAAGCTTGAAACACAGCCTTCAGGGCTTAAATCAGGAAGCAAGAG
AGGCATGGAGACGGTGAAGCATACCGTGTGGGGTTGTTTTAGTCAAAGAACAGGACTCTT
GGTTCAACTAGAAGACACTTATCTTGTAAGGATCAAGACTGGTCCTGAAGAAGAAGATGT
AGTCTTGTGGGAAACCACCTCCGAGACAATGATCCAAGATTACAAGAGCGTTGATGGGAT
TCAGATAGCTCATAAAGGAAGAACATGTGTCTCATTGCTGAGGCTTGATGAGAGCTTAGA
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GAAGGGTTTGTCTTCTGATTTCTTCTTACCTCCAGGTGACTTGTGTCTCAAGGAAACTGA
AGAAAGTGAGTTTAGCTTTGGAGACTATACTAGTCCTATGATGATTCCACTGAAGGTTAG
CACAGCTTCATGGAATCTCAAGTCCTCTAAAGTCACAGCTATTGAAGATTTTGGAGAATC
TGAATGATTAAAAGATGAAGACGTTTCAAGAATATTTTTTAAAAAATTGTAAATTGATCT
TCATACTCTGTTTTGTAAATACTTATATGTAAAAAAAAAAGTAAGGAGAAAAGTGCTTGT
AAATGACATTATCAAGAATATATAGCAAGCCTTCTTCCTT


BQ
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AF RR3AQ08TF U 1
AF RR3AQ08JQ C 744
BS 1 829 RR3AQ08TF
BS 830 1540 RR3AQ08JQ

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CACTGCAGCAGCTGGAGGGGAGACGGCATTAGCTGGAATAGGAAGCATGTACGCGATGGG
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AGTCAGTGCTGGTTGTGATGGTAACGTGGCTTGGAAGCAAAGTCCTTGGTTAGAGCATTC
TCAAGCTTCTAATGAACCTTCTGGTCCACTTAGAAAGTTTCTCCAAGGGCTTGATCCAAA
AACGACAGCAAATATGTTTGCTGGATCCGTTTGCGTGGGGGAGAAAACG
TAACGACGAGAA

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AAGAGAGTTGGGAGATTGAAGAAGTGGGTTTTAATGTGAAGGGTTTGTCTTCTGATTTCT
TCTTACCTCCAGGTGACTTGTGTCTCAAGGAAACTGAAGAAAGTGAGTTTAGCTTTGGAG
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AGCAAGCCTTCTTCCTT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B565TF U 1
AF RR3B565JQ C 93
BS 1 829 RR3B565TF
BS 830 878 RR3B565JQ

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TGGTGTGGGGTTTTTTATTTGTATCGGTTGGGTTTTATCCCACTTGGAC

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DS 

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GGAGAGGCTATCAAAGCTCTTCGTTGCCGGCTTAAGTTCCCGGAGAGAAGAGGCTATCAA
AGCTCCTCGCTGCCGGCTAAAGTTCCCATTGTGTGATGGGATTTGGTTCCGATTTCAACT
GGTGATGTGATGTGATGGGGTTATCTGTTGTCTTCAGCTTCAGTTCGGTTAGATAGGATG
AGATCTCGTTTGATGACGATGCTCCGACGACGGTGATACGCGAGGAAGGCGCAGATGTTT
CGAGCTCTAGTTCCGGATGAGATTTCGGCTTGGGCCGATGGATGCTCTCCGTGTAAGGAT
TTTTTGGCGGTGAAACCTTGTGCTCAGTGTATGGTTCCGGTGAGTTCTCAGGCGTCGTTT
GGATTCCGGTATGATGTGAACCGGTGAAACGACGATGGCGTTTGAAGATGTGGCAGCCGT
GTATCTTGAGGATACTTGATGGAAGCCTAGGGTTTTTAGTGTGATGGGCTGGTGGGCCAA
GTGTGTTTTAGCTTTGTTTTGGCCTTGTTGGTGTGGGGTTTTTTATTTGTATCGGTTGGG
TTTTATCCCACTTGGACTTTGTCCCTTTAATGAAATTCCAGATGGCAAAAAAAAAGAGAT
AATAGG

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

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TTTTTAAATTATGATTTTGTTTTTTGAAACTTTAAGCTTTTTACTTTTATGTATTAACCT
ATATGGGTTTACGTAGTTTTATGTATAATGGTCTTATATATATTTGTTATTCGACATACT
AATCAAAGCGAGTTGTTTGGCATGAGCGACTAGCGACACGATATGTAGTTTGTTTGATTG
TTAATGCTAGATACCACCTACTAGCAACAACAATCAAAGTATGTTTGTTTTGTTGTTCCG
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 

AF RR3C481JQ C 1
AF RR3C481TF U 39
BS 1 38 RR3C481JQ
BS 39 541 RR3C481TF

RD RR3C481JQ 541 0 0
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CTCCGAGAAGCTTCAGGCGCTTAAGAGTCTTCTTCCTCCGTCAGAGACGAACAAAACGGA
CCACAATCATCACGTGGAGAAGAAACCAAATAGTGGAGATACGGAACAGCTGTTTCAAGA
AACGGCGGATTACATCGTCAGGCTTAGGAACCAAGTCGTCGTGTTGCAAAAGCTAATCGA
GATATATGGATCATCACCAGCCTCTGATCAGACGGAAGACTTTGTTTTATAATGCTCATA
TTTTTAAATTATGATTTTGTTTTTTGAAACTTTAAGCTTTTTACTTTTATGTATTAACCT
ATATGGGTTTACGTAGTTTTATGTATAATGGTCTTATATATATTTGTTATTCGACATACT
AATCAAAGCGAGTTGTTTGGCATGAGCGACTAGCGACACGATATGTAGTTTGTTTGATTG
TTAATGCTAGATACCACCTACTAGCAACAACAATCAAAGTATGTTTGTTTTGTTGTTCCG
G

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3C481TF 503 0 0
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ATACGGAACAGCTGTTTCAAGAAACGGCGGATTACATCGTCAGGCTTAGGAACCAAGTCG
TCGTGTTGCAAAAGCTAATCGAGATATATGGATCATCACCAGCCTCTGATCAGACGGAAG
ACTTTGTTTTATAATGCTCATATTTTTAAATTATGATTTTGTTTTTTGAAACTTTAAGCT
TTTTACTTTTATGTATTAACCTATATGGGTTTACGTAGTTTTATGTATAATGGTCTTATA
TATATTTGTTATTCGACATACTAATCAAAGCGAGTTGTTTGGCATGAGCGACTAGCGACA
CGATATGTAGTTTGTTTGATTGTTAATGCTAGATACCACCTACTAGCAACAACAATCAAA
GTATGTTTGTTTTGTTGTTCCGG

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 2

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GAACCAGTGATAATAGAGGAGAAGAAAGAAGAAGTTGGTGATTTGCTGGATCTTGTGGAT
ATAAGCAGCGGTGAAGCTGCAGAAGCTGGAGATAGCTTAGCACTGGCTTTATTCGATGGC
CCATACGCGAGCGGTACAGGTTCAGAGTCTGGTCCTGGATGGGAAGCGTTTAAGGATGAT
GGAGCAGATTGGGAGACAGCTTTGGTGCAATCAGCTACAAACTTATCAGGACAAAAGACT
GAACTCGGAGGAGGCTTTGATATGTTGCTTCTTAACGGAATGTATCAGCACGGCACTGTA
AACGCTTCTGTGCAAAACTCCACGGCTTATGGAGCCAGCGGAAGTGCAAGCAGTATGGCA
TTTGGTTCTGCAGGAAGACCAGCAGCAACTATGTTGGCACTACCTGCACCAGCAGCGGCC
AATGGAAACAGCAATGGACCGGTACCGATGGATCCATTTGCAGCTTCATTGGTAGTTGCG
GCGCCACCATATGTGCAGATGAATGAAATGGAGAAGAAACAGAGAATGTTGATGGAAGAA
CAGATGATGTGGGAGCAATTCTCAAGAGAAGGAAGACAAGGACACATGAATATAAGACAA
AACCAAAACCAACCTAATTACTCTTACACACCTCAATATTGATTCTGCAGCTCTTCTTCA
GTTGTGCAGCTTTTTTTTTGTCTACAACTTATCTTGGTCTTATAGATTTACTAATTGTCT
TATTCTTTTTTGCAAACTCAAACAATTTTGATGTTCTTGGGTCAATATCATAGGGCATAT
GTGAGGTTTGCTTCTATAAGTAATTGTAATCTCCGATTTATCTTTACAAGATAAACTTAA
ATACTATACTTTTTTTGAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ41TF U 1
AF RR3EQ41JQ C 265
BS 1 667 RR3EQ41TF
BS 668 668 RR3EQ41JQ
BS 669 738 RR3EQ41TF
BS 739 919 RR3EQ41JQ

RD RR3EQ41TF 743 0 0
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GAACCAGTGATAATAGAGGAGAAGAAAGAAGAAGTTGGTGATTTGCTGGATCTTGTGGAT
ATAAGCAGCGGTGAAGCTGCAGAAGCTGGAGATAGCTTAGCACTGGCTTTATTCGATGGC
CCATACGCGAGCGGTACAGGTTCAGAGTCTGGTCCTGGATGGGAAGCGTTTAAGGATGAT
GGAGCAGATTGGGAGACAGCTTTGGTGCAATCAGCTACAAACTTATCAGGACAAAAGACT
GAACTCGGAGGAGGCTTTGATATGTTGCTTCTTAACGGAATGTATCAGCACGGCACTGTA
AACGCTTCTGTGCAAAACTCCACGGCTTATGGAGCCAGCGGAAGTGCAAGCAGTATGGCA
TTTGGTTCTGCAGGAAGACCAGCAGCAACTATGTTGGCACTACCTGCACCAGCAGCGGCC
AATGGAAACAGCAATGGACCGGTACCGATGGATCCATTTGCAGCTTCATTGGTAGTTGCG
GCGCCACCATATGTGCAGATGAATGAAATGGAGAAGAAACAGAGAATGTTGATGGAAGAA
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GTTGTGCAGCTTTTTTTT
GTCTA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3EQ41JQ 655 0 0
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TTGCTTCTTAACGGAATGTATCAGCACGGCACTGTAAACGCTTCTGTGCAAAACTCCACG
GCTTATGGAGCCAGCGGAAGTGCAAGCAGTATGGCATTTGGTTCTGCAGGAAGACCAGCA
GCAACTATGTTGGCACTACCTGCACCAGCAGCGGCCAATGGAAACAGCAATGGACCGGTA
CCGATGGATCCATTTGCAGCTTCATTGGTAGTTGCGGCGCCACCATATGTGCAGATGAAT
GAAATGGAGAAGAAACAGAGAATGTTGATGGAAGAACAGATGATGTGGGAGCAATTCTCA
AGAGAAGGAAGACAAGGACACATGAATATAAGACAAAACCAAAACCAACCTAATTACTCT
TACACACCTCAATATTGATTCTGCAGCTCTTCTTCAGTTGTGCAGCTTTTTTTTTGTCTA
CAACTTATCTTGGTCTTATAGATTTACTAATTGTCTTATTCTTTTTTGCAAACTCAAACA
ATTTTGATGTTCTTGGGTCAATATCATAGGGCATATGTGAGGTTTGCTTCTATAAGTAAT
TGTAATCTCCGATTTATCTTTACAAGATAAACTTAAATACTATACTTTTTTTGAT

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL4724Contig1 1051 2 2 U
GGGTCGATCCTCACAAAACTCAAACCATGGCGGCAACAAACGATCTCACCGTCTTGCAAT
TCGTGAATCCATCATCGACGGCCTCCACAACCACAACCCCAGTGCTCACAGCGCGAATCC
ACCCTCTCGTTATCTTCAACGTCTGCGACTGCTTCGTGAGACGTCCCGACTCAGCTGAAC
GAGTCATCGGCACTCTCCTCGGATCCATCCTACCTGACGGCACCGTCGATATCCGCAACT
CATACGCCGTCCCTCACAATGAATCCTCCGACCAGGTTGCTGTGGATATTGATTACCACC
ACAACATGTTAGCTTCACACCTTAAGGTGAATCCAAAGGAAGTAATTGTTGGCTGGTATT
CTACGGGTGCTGGGGTCAATGGCGGTAGTGCACTGATTCATGACTTCTTTGCTAGGGAAG
TCACCAACCCTATTCACCTTACAGTGGACACTGGATTCACTAACGGTGAAGGTACCATAA
AAGCTTACGTCTCTTCTAACCTTTCACTTGGTGACCGACAACTCGCTGCACAGTTTCAAG
AGATTCCTGTTGATCTCCGTATGGTTGATGCCGAGAGAGTCGGATACGATGTCCTGAAGG
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CTCCAGACAACAACATAGGACGATTTATTGCAGAGGCAGTAGCATCCCTTCCCAAGTTAC
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ACTTATCAAGCATAATAAGGACACAGTTGAGTCTAGCGGAGAAGCTCAACACAGCTGCTC
AGATGCTGTAATCAGCTTTTGATTCTTAATGGTTTTACTGAAAAATGTGGAATGTTACTT
TTGGGTTCATTTTTTTTTTGACGAAGTTTGTATAAGATTTCGACTCGTGTTGTAGTTTTC
CGAAATTGCAATTTAGAAACAGACAAAAGTT


BQ
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AF RR3B505TF U 1
AF RR3B505JQ C 324
BS 1 734 RR3B505TF
BS 735 1051 RR3B505JQ

RD RR3B505TF 734 0 0
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TCGTGAATCCATCATCGACGGCCTCCACAACCACAACCCCAGTGCTCACAGCGCGAATCC
ACCCTCTCGTTATCTTCAACGTCTGCGACTGCTTCGTGAGACGTCCCGACTCAGCTGAAC
GAGTCATCGGCACTCTCCTCGGATCCATCCTACCTGACGGCACCGTCGATATCCGCAACT
CATACGCCGTCCCTCACAATGAATCCTCCGACCAGGTTGCTGTGGATATTGATTACCACC
ACAACATGTTAGCTTCACACCTTAAGGTGAATCCAAAGGAAGTAATTGTTGGCTGGTATT
CTACGGGTGCTGGGGTCAATGGCGGTAGTGCACTGATTCATGACTTCTTTGCTAGGGAAG
TCACCAACCCTATTCACCTTACAGTGGACACTGGATTCACTAACGGTGAAGGTACCATAA
AAGCTTACGTCTCTTCTAACCTTTCACTTGGTGACCGACAACTCGCTGCACAGTTTCAAG
AGATTCCTGTTGATCTCCGTATGGTTGATGCCGAGAGAGTCGGATACGATGTCCTGAAGG
CAACAGCTGTTGACAAACTTCCGAATGACATGGAAGGAATGGAGCTGACAATGGAGAGGC
TGTTGACTCTAATTAACGATGTCTACAAATATGTTGACAGTGTCGTGGAAAGTCAAACAT
CTCCAGACAACAAC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3B505JQ 728 0 0
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GGTAGTGCACTGATTCATGACTTCTTTGCTAGGGAAGTCACCAACCCTATTCACCTTACA
GTGGACACTGGATTCACTAACGGTGAAGGTACCATAAAAGCTTACGTCTCTTCTAACCTT
TCACTTGGTGACCGACAACTCGCTGCACAGTTTCAAGAGATTCCTGTTGATCTCCGTATG
GTTGATGCCGAGAGAGTCGGATACGATGTCCTGAAGGCAACAGCTGTTGACAAACTTCCG
AATGACATGGAAGGAATGGAGCTGACAATGGAGAGGCTGTTGACTCTAATTAACGATGTC
TACAAATATGTTGACAGTGTCGTGGAAGGTCAAACATCTCCAGACAACAACATAGGACGA
TTTATTGCAGAGGCAGTAGCATCCCTTCCCAAGTTACCCCCACAAGTCTTCGATAATGTC
GTGAATGATAGTCTCCAGGATCAATTGCTTCTGTTGTACTTATCAAGCATAATAAGGACA
CAGTTGAGTCTAGCGGAGAAGCTCAACACAGCTGCTCAGATGCTGTAATCAGCTTTTGAT
TCTTAATGGTTTTACTGAAAAATGTGGAATGTTACTTTTGGGTTCATTTTTTTTTTGACG
AAGTTTGTATAAGATTTCGACTCGTGTTGTAGTTTTCCGAAATTGCAATTTAGAAACAGA
CAAAAGTT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

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ACATAGCTCTCTTCCTCACCATCAACCTCGTCTTCTTCGGCTTTACCATGGCCCAAGATC
CTGGACCTCAAGCTCCTACGTGTCCCAGAAGCTCAGCCGAGATTGAAGACTGTGCCGTCC
GGATCTTCGTGATCTTCAACCTTCGTTTAACGGCGGGGCGATGCTGCAATCTAGTGGCTG
GCCTAGACGCCTCTGTGGCCTCTGTTTGCATCTGCGATGCCGCCAAACTCGTAGGTCCTG
AAGTGGGGTCGATGAGTTTGTCTCTTGGGGTTCTTAATGCCTGCGGTATTTCTCCCCCAG
TTGGTTTCAGTTGCGCTTAATCTCACTTACAAGACACCAGTTCCGTATTATATATCGGAT
AATAATGGTGCAAGTATGCATCTCTAATAATTAAATGCGTATTATCAATATCTATATGTT
GTTGAAAATAAAGTGAAACATTTGTACTGTTTTCACATGTTATGGATGCTAACCATGTAA
GCAATATCTATATGTTTTAACTTGTATCTATTTTGGTTCAGATGGAAAAATAAAAGTAT


BQ
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AF RR3A811TF U 1
AF RR3A811JQ C 93
BS 1 599 RR3A811TF

RD RR3A811TF 599 0 0
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ACATAGCTCTCTTCCTCACCATCAACCTCGTCTTCTTCGGCTTTACCATGGCCCAAGATC
CTGGACCTCAAGCTCCTACGTGTCCCAGAAGCTCAGCCGAGATTGAAGACTGTGCCGTCC
GGATCTTCGTGATCTTCAACCTTCGTTTAACGGCGGGGCGATGCTGCAATCTAGTGGCTG
GCCTAGACGCCTCTGTGGCCTCTGTTTGCATCTGCGATGCCGCCAAACTCGTAGGTCCTG
AAGTGGGGTCGATGAGTTTGTCTCTTGGGGTTCTTAATGCCTGCGGTATTTCTCCCCCAG
TTGGTTTCAGTTGCGCTTAATCTCACTTACAAGACACCAGTTCCGTATTATATATCGGAT
AATAATGGTGCAAGTATGCATCTCTAATAATTAAATGCGTATTATCAATATCTATATGTT
GTTGAAAATAAAGTGAAACATTTGTACTGTTTTCACATGTTATGGATGCTAACCATGTAA
GCAATATCTATATGTTTTAACTTGTATCTATTTTGGTTCAGATGGAAAAATAAAAGTAT

QA 1 599 1 599
DS 

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TCAGCCGAGATTGAAGACTGTGCCGTCCGGATCTTCGTGATCTTCAACCTTCGTTTAACG
GCGGGGCGATGCTGCAATCTAGTGGCTGGCCTAGACGCCTCTGTGGCCTCTGTTTGCATC
TGCGATGCCGCCAAACTCGTAGGTCCTGAAGTGGGGTCGATGAGTTTGTCTCTTGGGGTT
CTTAATGCCTGCGGTATTTCTCCCCCAGTTGGTTTCAGTTGCGCTTAATCTCACTTACAA
GACACCAGTTCCGTATTATATATCGGATAATAATGGTGCAAGTATGCATCTCTAATAATT
AAATGCGTATTATCAATATCTATATGTTGTTGAAAATAAAGTGAAACATTTGTACTGTTT
TCACATGTTATGGATGCTAACCATGTAAGCAATATCTATATGTTTTAACTTGTATCTATT
TTGGTTCAGATGGAAAAATAAAAGTAT

QA 1 507 1 507
DS 



AS 1 2

CO CL4726Contig1 914 2 6 U
GCAGGCCTCTGATCTCAGGGGTAGATCTGTGAAGGTTGTCAATTGCCATGATTCTGTTAT
TTATCTTTTAGCGCCATTGAGGTATGCAACTGTGTATGGATGTTCTGATACGACTATAGT
TCTTGGAGCTGTTGGCAAGGCATTAAGAGTTTAGCACTGTGAGAGAGTTCATGTGATTGC
AGCTTCCAAACGAGTGTGTATCGCCAATTGCCGTGAATGTGTATTCTTCTTGGGAGTCAA
TCAGCGACCACTTATTGTTGGCGATAACCACAAACTGCAGGTTGCGCCATACAATACATA
TTACTCTCATTTGGAGGAGCAAATGAGTGAGGTAGGTGTTGAGCCAACAATCAACAAATG
TGACAAACCATTGGCACTGGGAGCAGTGGATCCACATGACTCACTGTCCCATCCTGCCGG
TGTTGCTGATGCACAGGCTGAATCAGCTGCTTGTGTAGACCCTGACCAGTTCATTAACTT
TTTGATCCCAAACTGGTTTAGCGGCGAGGAGATAGGTTCCACTAAAGACAATCCATTCCA
TTGCCAGATGCTTATATGGCAGCTCAGCAGAGAAACCTAAGGAACTTGGAAGAAACAAGA
CAATCGCTAAGAGAAACGCCGCTGGAAGAAAACCGGAAAAAGGAGCTATCAAGCGCACTC
CATGTGTATTTCAAAGACTGGCTCTATGCAAGTGGGAATATAAGGCAACTCTACTGCCTA
CAAGGTGACTAAAAATAATGAACCAACCAAGGGGAAGATGTCTCGTTCCTGTAGAGCTTT
GTCGATCATTTTGGCATATTGCTAGTGAAGAGAAGTGAGAAAAACCGTTTTGATTTGTAG
TTTGGAATTTATACGCACCACGTAACTTATATCTTGCACAGAACACTCTGCTAAAGCTTT
TTTACTTTTAGAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F834TF U 1
AF RR3F834JQ C 216
BS 1 704 RR3F834TF
BS 705 705 RR3F834JQ
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BS 726 735 RR3F834TF
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TTATCTTTTAGCGCCATTGAGGTATGCAACTGTGTATGGATGTTCTGATACGACTATAGT
TCTTGGAGCTGTTGGCAAGGCATTAAGAGTTTAGCACTGTGAGAGAGTTCATGTGATTGC
AGCTTCCAAACGAGTGTGTATCGCCAATTGCCGTGAATGTGTATTCTTCTTGGGAGTCAA
TCAGCGACCACTTATTGTTGGCGATAACCACAAACTGCAGGTTGCGCCATACAATACATA
TTACTCTCATTTGGAGGAGCAAATGAGTGAGGTAGGTGTTGAGCCAACAATCAACAAATG
TGACAAACCATTGGCACTGGGAGCAGTGGATCCACATGACTCACTGTCCCATCCTGCCGG
TGTTGCTGATGCACAGGCTGAATCAGCTGCTTGTGTAGACCCTGACCAGTTCATTAACTT
TTTGATCCCAAACTGGTTTAGCGGCGAGGAGATAGGTTCCACTAAAGACAATCCATTCCA
TTGCCAGATGCTTATATGGCAGCTCAGCAGAGAAACCTAAGGAACTTGGAAGAAACAAGA
CAATCGCTAAGAGAAACGCCGCTGGAAGAAAACCGGAAAAAGGAGCTATCAAGCGCACTC
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CAAG*TGACTAAAAA

QA 1 735 1 735
DS 

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TGCAGGTTGCGCCATACAATACATATTACTCTCATTTGGAGGAGCAAATGAGTGAGGTAG
GTGTTGAGCCAACAATCAACAAATGTGACAAACCATTGGCACTGGGAGCAGTGGATCCAC
ATGACTCACTGTCCCATCCTGCCGGTGTTGCTGATGCACAGGCTGAATCAGCTGCTTGTG
TAGACCCTGACCAGTTCATTAACTTTTTGATCCCAAACTGGTTTAGCGGGGAGGAGATAG
GTTCCACTAAAGACAATCCATTCCATTGCCAGATGCTTATATGGCAGCTCAGCAGAGAAA
CCTAAGGAACTTGGAAGAAACAAGACAATCGCTAAGAGAAACGCCGCTGGAAGAAAACCG
GAAAAAGGAGCTATCAAGCGCACTCCATGTGTATTTCAAAGACTGGCTCTATGCAAGTGG
GAATATAAGGCAACTTTACTGCCTACAAGGTGACTAAAAATAATGAACCAACCAAGGGGA
AGATGTCTCGTTCCTGTAGAGCTTTGTCGATCATTTTGGCATATTGCTAGTGAAGAGAAG
TGAGAAAAACCGTTTTGATTTGTAGTTTGGAATTTATACGCACCACGTAACTTATATCTT
GCACAGAACACTCTGCTAAAGCTTTTTTACTTTTAGAGC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TCCGAGTACGAGTACCCGCGTCTACTGCTGAAAGAAGCTGAGGGAGATAAAGACTGGCTA
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AGTGCCCTCATTCGCCGCGAGCTCGACCAATTAGGAATCTCGTACCTATACCCGGTCGCG
AAAACAGGAATCGTCGCTCAGATCGGGTCCGGTTCTCCTCCGGTTGTTGCTCTCCGTGCC
GACATGGACGCTCTCCCCTTGCAGGAACTGGTCGAGTGGGATCATAAGAGCAAAGTCAAC
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TTGCTTACCAAACGCAAACATTTTCCC


BQ
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AF RR3EE50TF U 1
AF RR3EE50JQ C 126
BS 1 627 RR3EE50TF

RD RR3EE50TF 627 0 0
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GCTATATGCTCAATTGCACACTCAACGCTTCTTCTTCTACCATTGCTGGTTATCGCTTCT
TCCGAGTACGAGTACCCGCGTCTACTGCTGAAAGAAGCTGAGGGAGATAAAGACTGGCTA
ATCTCCGTGAGAAGGCAAATCCACGAAAACCCAGAACTCCTTTACGAGTTGCACCAAACC
AGTGCCCTCATTCGCCGCGAGCTCGACCAATTAGGAATCTCGTACCTATACCCGGTCGCG
AAAACAGGAATCGTCGCTCAGATCGGGTCCGGTTCTCCTCCGGTTGTTGCTCTCCGTGCC
GACATGGACGCTCTCCCCTTGCAGGAACTGGTCGAGTGGGATCATAAGAGCAAAGTCAAC
AGCAAGATGCATGCTTGTGTCCATGATTCTCACACCACTATGCTCCTTGGTGCTGCCAAG
TTGCTTACCAAACGCAAACATTTTCCC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3EE50JQ 502 0 0
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ATGCTCAATTGCACACTCAACGCTTCTTCTTCTACCATTGCTGGTTATCGCTTCTTCCGA
GTACGAGTACCCGCGTCTACTGCTGAAAGAAGCTGAGGGAGATAAAGACTGGCTAATCTC
CGTGAGAAGGCAAATCCACGAAAACCCAGAACTCCTTTACGAGTTGCACCAAACCAGTGC
CCTCATTCGCCGCGAGCTCGACCAATTAGGAATCTCGTACCTATACCCGGTCGCGAAAAC
AGGAATCGTCGCTCAGATCGGGTCCGGTTCTCCTCCGGTTGTTGCTCTCCGTGCCGACAT
GGACGCTCTCCCCTTGCAGGAACTGGTCGAGTGGGATCATAAGAGCAAAGTCAACAGCAA
GATGCATGCTTGTGTCCATGATTCTCACACCACTATGCTCCTTGGTGCTGCCAAGTTGCT
TACCAAACGCAAACATTTTCCC

QA 1 502 1 502
DS 



AS 1 2

CO CL4729Contig1 1217 2 4 U
TTTTTGTCTTTTTCTTTTCTTTAGATGATGTCGCCTCAACTTGATCCGGTGGCTGAGCTT
GAAACCTTAAAAACACATGTTGATCATTCAGGAACTGGTGAAGCTTCAAAGTTGTCACCT
ACTGGCTCAACGAGAAAGGAAAATGAGCATCATGAAGAACACTCTCACCATAAGAAATCT
TTGTTATCCAAAATGAAGGATAAGGCTAAAAAACTGCAGCACAGTCTCAGCGGCAAGAGG
AGACATGATGAAGAAGGTGGTGATGCAACCATGTCGCCGCCGTTTTGCAGATCAGAAGAC
CACCAAGTTAGAGAAGCAGGAGGTTATGCGACACTTTCACCACGTGACAAGTCCAAATAT
CTTAAAGAGAGAGAAGAAGGAGAAGTAGATCCTGAATATCTTGGAGCCCCAATGTATGAA
TCAAAGAAGGCACCTGAATAGTTAAAGGAGGCTGCGAGGCAGCATCCCCGGGAAACTCCT
GTGATCACTGAGACGAACGTCTTGTCTATTCTCCCACCCAGTTACAACGCTGAACAAGAA
CACAAAGATTGCACTGGTTCAAAAGCTATTAGTCCAAGCAAGACAGTAACAGAAACCGTA
ACAGAGACGCTAGCACCTGCTTATGCTAAAGTCTCCGAGGCTACTCACGCTATAACTAAA
AAGATTCAAGACATGGCTTTTCCGGAATCAACAGAAGCAGAACGGAAGACAAATGATGTT
TCAGAAATCAACACTACTGCAGGAACTAACCAACCGGCTGGCTTCAACACTAAGGTATGG
GACAAAGGCGTGTCAATGAAAGAATACATAAGCCAGAAGTTTGAGCCTGGGAAGATGATA
GAGCACTTTCTCAAGTGATAACTAAAGCTATCAGTCCTCGCAAAGCTTCCTTTGATGCTT
CTACATTTGGTGGAGCCACAAACAAAGGTCTCCTTTTAGCCAACAACACGAATGAAATTG
TTGAGGTAGAGAATCATGGGAAGATGCTTCAACCAAACTGAAGAACAAAGAGGGTTTCTT
CAATCTGTGTTGTCATCCACGAAGCCTCTCTGTAAAAAAAGAAACTTTCTATTTCAATCA
TCTCTTTTCTCTATTATTTATTATTACCAAAACTCAGATTCATAGTCTAAAATCTGTTGT
ATACAAATGAGACTGAAGATTCTAACACAAGTTCTTTTGTTTTTTTTTCCATTCATTTAG
CTTACTTCTGTAATAAA


BQ
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AF RR3DW44TF U 1
AF RR3DW44JQ C 452
BS 1 661 RR3DW44TF
BS 662 662 RR3DW44JQ
BS 663 678 RR3DW44TF
BS 679 1217 RR3DW44JQ

RD RR3DW44TF 678 0 0
TTTTTGTCTTTTTCTTTTCTTTAGATGATGTCGCCTCAACTTGATCCGGTGGCTGAGCTT
GAAACCTTAAAAACACATGTTGATCATTCAGGAACTGGTGAAGCTTCAAAGTTGTCACCT
ACTGGCTCAACGAGAAAGGAAAATGAGCATCATGAAGAACACTCTCACCATAAGAAATCT
TTGTTATCCAAAATGAAGGATAAGGCTAAAAAACTGCAGCACAGTCTCAGCGGCAAGAGG
AGACATGATGAAGAAGGTGGTGATGCAACCATGTCGCCGCCGTTTTGCAGATCAGAAGAC
CACCAAGTTAGAGAAGCAGGAGGTTATGCGACACTTTCACCACGTGACAAGTCCAAATAT
CTTAAAGAGAGAGAAGAAGGAGAAGTAGATCCTGAATATCTTGGAGCCCCAATGTATGAA
TCAAAGAAGGCACCTGAATAGTTAAAGGAGGCTGCGAGGCAGCATCCCCGGGAAACTCCT
GTGATCACTGAGACGAACGTCTTGTCTATTCTCCCACCCAGTTACAACGCTGAACAAGAA
CACAAAGATTGCACTGGTTCAAAAGCTATTAGTCCAAGCAAGACAGTAACAGAAACCGTA
ACAGAGACGCTAGCACCTGCTTATGCTAAAGTCTCCGAGGCTACTCACGCTATAACTAAA
A*GATTCAAGACATGGCT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3DW44JQ 766 0 0
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TCCCACCCAGTTACAACGCTGAACAAGAACACAAGGATTGCACTGGTTCAAAAGCTATTA
GTCCAAGCAAGACAGTAACAGAAACCGTAACAGAGACGCTAGCACCTGCTTATGCTAAAG
TCTCCGAGGCTACTCACGCTATAACTAAAAAGATTCAAGACATGGCTTTTCCGGAATCAA
CAGAAGCAGAACGGAAGACAAATGATGTTTCAGAAATCAACACTACTGCAGGAACTAACC
AACCGGCTGGCTTCAACACTAAGGTATGGGACAAAGGCGTGTCAATGAAAGAATACATAA
GCCAGAAGTTTGAGCCTGGGAAGATGATAGAGCACTTTCTCAAGTGATAACTAAAGCTAT
CAGTCCTCGCAAAGCTTCCTTTGATGCTTCTACATTTGGTGGAGCCACAAACAAAGGTCT
CCTTTTAGCCAACAACACGAATGAAATTGTTGAGGTAGAGAATCATGGGAAGATGCTTCA
ACCAAACTGAAGAACAAAGAGGGTTTCTTCAATCTGTGTTGTCATCCACGAAGCCTCTCT
GTAAAAAAAGAAACTTTCTATTTCAATCATCTCTTTTCTCTATTATTTATTATTACCAAA
ACTCAGATTCATAGTCTAAAATCTGTTGTATACAAATGAGACTGAAGATTCTAACACAAG
TTCTTTTGTTTTTTTTTCCATTCATTTAGCTTACTTCTGTAATAAA

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL4730Contig1 1245 2 2 U
TAGCACTCACGTCTTTTCCTCCCTGCCGTCTTCGTCTTTGTCCTCTTTTCTTTCACCTTT
TTGTAACCGACGAAATAAGACACCACTCTCCGGCGATTAGTTTTTTTTTTATGTTTATGA
TGGCATTCAATCGTAGTATTCAACGACTTTGAAATCCTTTCACCTCCCCTGGTTTCGTCA
ATCATTTCAAACCCTATACGTATGGTGGTGGCTCATATTTTTTGATCGATCTCTAATGTT
ATTATACAAAAGCATCTCTAAGCAGTCTACACTGATCCAGTGATCCATTAGCGTCCACCG
CTTCATTTAAATGAATTTAAATGATCCAGGGAGCAGCCTGGAGTTTGCGCTGGAGAAGTT
GTTAGTATTGGCACAACTTATGGGTGGTGGTGCTACACTTCCTGCTCAAAATATTATAGA
ATTTTTCAGCGTGGATGCTCATCCTTTACATGAACATCAACAACGAAAAGACAGTTGCTG
TTCTCAGGTACCGTGTCCAGCTCTATGTATCTGATGAGACATATACGGTTGGGTTTGTCG
CATTTGATGGACAGATGACTAAACTAACCAACCAACGCACGTTCAGCAGAAGTCGCTCAA
CTTATAGTAAACCAGCGTGCAACTTATGGTAATACCACTACAGAAAACCTCACCTAAATT
TTCTACAAGACCCAGGTTTGGAGGACCCCGAACAAAGACCCATGCCACAATGCTTAAAGG
ACTTGGTTGGTAGAACTTTCACTTTTCAGTTGAAGCTTTCACTTTCACTTCTTGTCAAAG
CATCAGTCCTTTCACCATATCGAGAATATTTGACCGTAATCAACGTCTACCCATCCCAAA
CTTTGCTGGAAAAACTTAAAACTAAGACCTCGATTGATGTTGCCAAGGTGGTACTTGCCA
ACCACACTGGACTGCAAGCTTGTGGAGGGATAGAGGAAGGATCAGGCGTGAGCAGTGGAA
GCCATGATCTGCTTCATCATGGTGGAGTCAAAGCTTACAGTGCAGAACTTCAGGTTGATG
GGCACCATCAAGAAGTCCCGCAATGGTTAGCTTCGCATCATAGGAGTGTCCAAGCCCAAG
GCTCATTACCCTTTTTAATTTCTTTTTAAGTTTGAATAAATAATTTAGGAAATACTTTCC
GGTAAGAATCTTTTACGAGTCTTTATAAAAAAAATTACATTTTGTTTTGCTTGGTCATTG
AGAACCCTATTCGGCCCTATCAAAATCTATGAAAACGTTTTAATG


BQ
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AF RR3GQ77TF U 1
AF RR3GQ77JQ C 390
BS 1 668 RR3GQ77TF
BS 669 1245 RR3GQ77JQ

RD RR3GQ77TF 668 0 0
TAGCACTCACGTCTTTTCCTCCCTGCCGTCTTCGTCTTTGTCCTCTTTTCTTTCACCTTT
TTGTAACCGACGAAATAAGACACCACTCTCCGGCGATTAGTTTTTTTTTTATGTTTATGA
TGGCATTCAATCGTAGTATTCAACGACTTTGAAATCCTTTCACCTCCCCTGGTTTCGTCA
ATCATTTCAAACCCTATACGTATGGTGGTGGCTCATATTTTTTGATCGATCTCTAATGTT
ATTATACAAAAGCATCTCTAAGCAGTCTACACTGATCCAGTGATCCATTAGCGTCCACCG
CTTCATTTAAATGAATTTAAATGATCCAGGGAGCAGCCTGGAGTTTGCGCTGGAGAAGTT
GTTAGTATTGGCACAACTTATGGGTGGTGGTGCTACACTTCCTGCTCAAAATATTATAGA
ATTTTTCAGCGTGGATGCTCATCCTTTACATGAACATCAACAACGAAAAGACAGTTGCTG
TTCTCAGGTACCGTGTCCAGCTCTATGTATCTGATGAGACATATACGGTTGGGTTTGTCG
CATTTGATGGACAGATGACTAAACTAACCAACCAACGCACGTTCAGCAGAAGTCGCTCAA
CTTATAGTAAACCAGCGTGCAACTTATGGTAATACCACTACAGAAAACCTCACCTAAATT
TTCTACAA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3GQ77JQ 856 0 0
GTGCTACACT*CCTGCTCAAA*TATTATAGAATTTT*CAGCGTGGATGCTCATCCTTTAC
ATGAACATCAACAACGAAAAGACAGTTGCTGTTCTCAGGTACCGTGTCCAGCTCTATGTA
TCTGATGAGACATATACGGTTGGGTTTGTCGCATTTGATGGACAGATGACTAAACTAACC
AACCAACGCACGTTCAGCAGAAGTCGCTCAACTTATAGTAAACCAGCGTGCAACTTATGG
TAATACCACTACAGAAAACCTCACCTAAATTTTCTACAAGACCCAGGTTTGGAGGACCCC
GAACAAAGACCCATGCCACAATGCTTAAAGGACTTGGTTGGTAGAACTTTCACTTTTCAG
TTGAAGCTTTCACTTTCACTTCTTGTCAAAGCATCAGTCCTTTCACCATATCGAGAATAT
TTGACCGTAATCAACGTCTACCCATCCCAAACTTTGCTGGAAAAACTTAAAACTAAGACC
TCGATTGATGTTGCCAAGGTGGTACTTGCCAACCACACTGGACTGCAAGCTTGTGGAGGG
ATAGAGGAAGGATCAGGCGTGAGCAGTGGAAGCCATGATCTGCTTCATCATGGTGGAGTC
AAAGCTTACAGTGCAGAACTTCAGGTTGATGGGCACCATCAAGAAGTCCCGCAATGGTTA
GCTTCGCATCATAGGAGTGTCCAAGCCCAAGGCTCATTACCCTTTTTAATTTCTTTTTAA
GTTTGAATAAATAATTTAGGAAATACTTTCCGGTAAGAATCTTTTACGAGTCTTTATAAA
AAAAATTACATTTTGTTTTGCTTGGTCATTGAGAACCCTATTCGGCCCTATCAAAATCTA
TGAAAACGTTTTAATG

QA 1 856 1 856
DS 



AS 1 2

CO CL4731Contig1 329 2 2 U
GATGGAAGGATCTACCTGAGAAGATCCACCACAAGGTCTCGGAGAATTGGATCAGCACTA
TTCTCCTCCTCGCTCCGGTCATCGGAACCTACTCGTATGCTCAACACTACATAGAAAAGG
AGAAGCTGGAGCACAGGTTCTAATCATGGAGATGTTGACCACACAAGAATACCATTTCTT
TCTTTATTTTTCAGTTTCCAAAAACACTTTTGAATGCTTCCTTGCGTTTCTTGTTGAATA
AATATGTTTATTTGTAACAATGCCCTGAAGGTTTGATCTCCAGAATGCAATTGCCGAAGA
GCAATTTAGTTTGATGAATAAAGTTTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CQ03JQ C 1
AF RR3CQ03TF U 206
BS 1 205 RR3CQ03JQ
BS 206 329 RR3CQ03TF

RD RR3CQ03JQ 329 0 0
GATGGAAGGATCTACCTGAGAAGATCCACCACAAGGTCTCGGAGAATTGGATCAGCACTA
TTCTCCTCCTCGCTCCGGTCATCGGAACCTACTCGTATGCTCAACACTACATAGAAAAGG
AGAAGCTGGAGCACAGGTTCTAATCATGGAGATGTTGACCACACAAGAATACCATTTCTT
TCTTTATTTTTCAGTTTCCAAAAACACTTTTGAATGCTTCCTTGCGTTTCTTGTTGAATA
AATATGTTTATTTGTAACAATGCCCTGAAGGTTTGATCTCCAGAATGCAATTGCCGAAGA
GCAATTTAGTTTGATGAATAAAGTTTCTG

QA 1 329 1 329
DS 

RD RR3CQ03TF 124 0 0
ACTTTTGAATGCTTCCTTGCGTTTCTTGTTGAATAAATATGTTTATTTGTAACAATGCCC
TGAAGGTTTGATCTCCAGAATGCAATTGCCGAAGAGCAATTTAGTTTGATGAATAAAGTT
TCTG

QA 1 124 1 124
DS 



AS 1 2

CO CL4732Contig1 625 2 1 U
TTCGAGAACCACGAGAAGAGTGTTCAGTCTTGGCACTTGGACGGTTATTCTTTCTTCTCC
GTTGCTGTTGAGCCAGGGACTTGGACCCCAGAGAAGAGGAAGAACTACAACCTCTTGGAT
GCAGTGAGCAGACACACAGTTCAAGTCTACCCAAAGTGCTGGGCAGCAATCTTGCTCACA
TTTGATAACTGTGGAATGTGGAACGTTCGTTCTGAGAACACAGAGAGACGTTACTTAGGA
CAGCAGCTTTACGTCAGCGTCTTGTCTCCAGAGAAATCACTTAGAGATGAATACAACATG
CCCGAGACAAGCCTCCAATGTGGTCTCGTCAAAAACACACCTAAACCTGCTAACCCTTAC
GCTGGTGCCTAAGTTTAAAACTATTAAAAATGCAACGAAAGAGTTTTGACTCTTCTGTTG
ATTTTCCGAAATTAATTTTTAAAATTATATGGTTTACTCGTATATACATGGAATTGACAT
GTATTTTATGTCTACCTTAAGTAACTTTTTTTCTTTTCAAGAAGCATTAGTCTTCTCTTT
GTTTTTTTGTTTCTTCACTTTTTGTAACAAATATGTAATGTATCCATAATCTTGATGAAA
TAAGCAAAAGAGATCTTATTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FE50TF U 1
AF RR3FE50JQ C 116
BS 1 625 RR3FE50TF

RD RR3FE50TF 625 0 0
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GTTGCTGTTGAGCCAGGGACTTGGACCCCAGAGAAGAGGAAGAACTACAACCTCTTGGAT
GCAGTGAGCAGACACACAGTTCAAGTCTACCCAAAGTGCTGGGCAGCAATCTTGCTCACA
TTTGATAACTGTGGAATGTGGAACGTTCGTTCTGAGAACACAGAGAGACGTTACTTAGGA
CAGCAGCTTTACGTCAGCGTCTTGTCTCCAGAGAAATCACTTAGAGATGAATACAACATG
CCCGAGACAAGCCTCCAATGTGGTCTCGTCAAAAACACACCTAAACCTGCTAACCCTTAC
GCTGGTGCCTAAGTTTAAAACTATTAAAAATGCAACGAAAGAGTTTTGACTCTTCTGTTG
ATTTTCCGAAATTAATTTTTAAAATTATATGGTTTACTCGTATATACATGGAATTGACAT
GTATTTTATGTCTACCTTAAGTAACTTTTTTTCTTTTCAAGAAGCATTAGTCTTCTCTTT
GTTTTTTTGTTTCTTCACTTTTTGTAACAAATATGTAATGTATCCATAATCTTGATGAAA
TAAGCAAAAGAGATCTTATTTGTCC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3FE50JQ 510 0 0
TGGATGCAGTGAGCAGACACACAGTTCAAGTCTACCCAAAGTGCTGGGCAGCAATCTTGC
TCACATTTGATAACTGTGGAATGTGGAACGTTCGTTCTGAGAACACAGAGAGACGTTACT
TAGGACAGCAGCTTTACGTCAGCGTCTTGTCTCCAGAGAAATCACTTAGAGATGAATACA
ACATGCCCGAGACAAGCCTCCAATGTGGTTTCGTCAAAAACACACCTAAACCTGCTAACC
CTTACGCTGGTGCCTAAGTTTAAAACTATTAAAAATGCAACGAAAGAGTTTTGACTCTTC
TGTTGATTTTCCGAAATTAATTTTTAAAATTATATGGTTTACTCGTATATACATGGAATT
GACATGTATTTTATGTCTACCTTAAGTAACTTTTTTTCTTTTCAAGAAGCATTAGTCTTC
TCTTTGTTTTTTTGTTTCTTCACTTTTTGTAACAAATATGTAATGTATCCATAATCTTGA
TGAAATAAGCAAAAGAGATCTTATTTGTCC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 2

CO CL4733Contig1 930 2 6 U
GGCACGCCGAGAGGAAAAGAAAAAAAACAATCAAAAATGGCCATGATTACGCGCAACACC
GCCACGCGCCTCCCTCCCCTCCTCCAATCTCACCGCGCCGCGGTCTCTCACCTCCACACG
TCCCTTCCCTCTCTCTCCCCCGCGACAACACCGACTTCCTACACCAGACCGGGTCCTCCT
TCGACCACCGCTCCTCCGCCGGGACTCTCGAAGACGGCGGAGTTCGTGATCTCGAAGGTA
GATGATCTGATGAACTGGGCTCGCAGAGGATCGATCTGGCCCATGACCTTCGGCCTAGCC
TGCTGCGCCGTGGAGATGATGCACACCGGTGCAGCTCGCTACGATCTGGACCGGTTCGGT
ATCATATTCAGGCCGAGTCCTCGCCAATCTGACTGTATGATTGTCGCCGGCACGCTTACT
AACAAGATGGCTCCCGCTCTTCGCAAGGTTTATGACCAGATGCCGGAGCCGAGGTGGGTG
ATATCGATGGGAAGCTGTGCCAACGGAGGTGGATACTATCACTACTCCTACTCCGTGGTT
CGAGGTTGTGACAGAATCGTGCCTGTCGACATTTACGTCCCTGGGTGCCCTCCTACCGCT
GAGGCTCTGCTCTATGGACTCCTCCAGCTTCAGAAGAAAATCAACAGGCGCAGGGATTTC
TTGCACTGGTGGAACAAGTGAACATGTTTCAAAAAAAAGAAAAAGTGAAATCCTTCTTCC
TATGTTGAAGAAGTTTTGTCAGACAATTCTTTTAACCAAAGTTTGGGGGCTAATAAAAAC
GTGGACGTTTCAAAGCATGTCTGATTGTGGTGGAGATGCCATGTAAAGGATTGCGTTTGT
TTTTGTGGAAACTTAAAAATAAACATAAAGTTCTGTGTTGTCTGCGTGAGTTCTTTTTGT
TATATTTACCAGTTATGAACTTATAAGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT87TF U 1
AF RR3FT87JQ C 174
BS 1 647 RR3FT87TF
BS 648 648 RR3FT87JQ
BS 649 654 RR3FT87TF
BS 655 655 RR3FT87JQ
BS 656 692 RR3FT87TF
BS 693 930 RR3FT87JQ

RD RR3FT87TF 692 0 0
GGCACGCCGAGAGGAAAAGAAAAAAAACAATCAAAAATGGCCATGATTACGCGCAACACC
GCCACGCGCCTCCCTCCCCTCCTCCAATCTCACCGCGCCGCGGTCTCTCACCTCCACACG
TCCCTTCCCTCTCTCTCCCCCGCGACAACACCGACTTCCTACACCAGACCGGGTCCTCCT
TCGACCACCGCTCCTCCGCCGGGACTCTCGAAGACGGCGGAGTTCGTGATCTCGAAGGTA
GATGATCTGATGAACTGGGCTCGCAGAGGATCGATCTGGCCCATGACCTTCGGCCTAGCC
TGCTGCGCCGTGGAGATGATGCACACCGGTGCAGCTCGCTACGATCTGGACCGGTTCGGT
ATCATATTCAGGCCGAGTCCTCGCCAATCTGACTGTATGATTGTCGCCGGCACGCTTACT
AACAAGATGGCTCCCGCTCTTCGCAAGGTTTATGACCAGATGCCGGAGCCGAGGTGGGTG
ATATCGATGGGAAGCTGTGCCAACGGAGGTGGATACTATCACTACTCCTACTCCGTGGTT
CGAGGTTGTGACAGAATCGTGCCTGTCGACATTTACGTCCCTGGGTGCCCTCCTACCGCT
GAGGCTCTGCTCTATGGACTCCTCCAGCTTCAGAAGAAAATCAACAG*CGCAGG*ATTTC
TTGCACTGGTGGAACAAGTGAACATGTTTCAA

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3FT87JQ 757 0 0
GTCCT
CTTCGACCACCGCTCCTCCGCCGGGACTCTCGAAGACGGCGGAGTTCGTGATCTCGAAGG
TAGATGATCTGATGAACTGGGCTCGCAGAGGATCGATCTGGCCCATGACCTTCGGCCTAG
CCTGCTGCGCCGTGGAGATGATGCACACCGGTGCAGCTCGCTACGATCTGGACCGGTTCG
GTATCATATTCAGGCCGAGTCCTCGCCAATCTGACTGTATGATTGTCGCCGGCACGCTTA
CTAACAAGATGGCTCCCGCTCTTCGCAAGGTTTATGACCAGATGCCGGAGCCGAGGTGGG
TGATATCGATGGGAAGCTGTGCCAACGGAGGTGGATACTATCACTACTCCTACTCCGTGG
TTCGAGGTTGTGACAGAATCGTGCCTGTCGACATTTACGTCCCTGGGTGCCCTCCTACCG
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TCTTGCACTGGTGGAACAAGTGAACATGTTTCAAAAAAAAGAAAAAGTGAAATCCTTCTT
CCTATGTTGAAGAAGTTTTGTCAGACAATTCTTTTAACCAAAGTTTGGGGGCTAATAAAA
ACGTGGACGTTTCAAAGCATGTCTGATTGTGGTGGAGATGCCATGTAAAGGATTGCGTTT
GTTTTTGTGGAAACTTAAAAATAAACATAAAGTTCTGTGTTGTCTGCGTGAGTTCTTTTT
GTTATATTTACCAGTTATGAACTTATAAGTCG

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DS 



AS 1 2

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CAACATACCTTAGGAGAGTTTTATATAGCAAATGAAGGCAATGCAATATCCCTACTTGCT
TGTTTGCCAATATCAAAAGAGGCGCACCTTGCAAATCCTCATGCCGCAGGGCTTTTTCTG
CTTTAAAGGAAAATTTATAGTTTAGTTTGATAAATGCTGTTTGAAGTCAACTTGAATGCG
CAAAGTTACCTAGAGCTGATTTTGAGTCCTCGAAGCGGGAAGGGCAAGCTGCATCGATCA
AGTATATCAATGCGTGTGCTTCTTCATAATATTTCTCCCATATCGAACGCAAACCAGGCT
GCCAAAGGCATAGTTATTTGATTAGAAAGGGGAAGACTAATTGCCTTTCAAATATATAGA
AACTGATCGTTTTCAACAGGAAGAAACAAACAGTCTATGGTTTTTATTGTAGCGCTTCTT
CAAAAGATCCCTTACAGTCTTAAAAACTATATTGTTTTGATCAAATAATTAGCAAACAAT
ATGTTATTGCTGCTGCTTTCTATGGGCTTAACGAACCAAGAGAGGGAGAGAGATTAAGAG
ATGTTACTTAATTAGAAAGATTAATCCGTCTTGACTGACAATAATCAGGATTTGTAAAAC
AAACTATAGTTTTCAAGTGTAAGAAAACAATTTAAATTTTAGGGAGTGGGAAGAGAGATG
CTTTTTTGACTTATTACCTGACCGCCGAGATCCCAAAACACAATTTTAGCATTAGAGACT
TCAATACGACCAATGTTTAGGCCAACAGTGGGAACAATACGATCATGCGGAAGACCTTCG
GAGATTGAGTAGATCGTTTTCAGCTTCTCCAAGAAGGTCTAAAAACCACATAAATAAAAG
TAAATGCACAACAGAGATGAATTTACAACAATGATTCAGAAGATTTTAAGAGTGAAAAAA
GAAGAGAGTACCGTCTTGCCAGCTTTGTCGATACCGAGAATGAGGACGTGGAACTCAGTC
TTGCTGAACATGTAAGTCCACAGTCCATGCATCAGCGAAAACATCACTTCCTCCCTCCTA
CTCCTTCCCTTTCACCCT


BQ
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CTTTAAAGGAAAATTTATAGTTTAGTTTGATAAATGCTGTTTGAAGTCAACTTGAATGCG
CAAAGTTACCTAGAGCTGATTTTGAGTCCTCGAAGCGGGAAGGGCAAGCTGCATCGATCA
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GCCAAAGGCATAGTTATTTGATTAGAAAGGGGAAGACTAATTGCCTTTCAAATATATAGA
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ATGTTACTTAATTAGAAAGATTAATCCGTCTTGACTGACAATAAT

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DS 

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QA 1 714 1 714
DS 



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AS 0 0

AS 1 2

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TTACATGAATTCAAACAATGTATATGTGGTTCTTAGGTTCTGGTCAATCAAGAAGTTGAA
CTTTCGGAAAACTTCTGGTCGAGAGGATATTTTTGGTGTTTGTATTTGTGTAATTTTTTT
TTGCATTAATATTCGTTGCCCCTGTGTTTGTTGCTGTAGTTTTTGTAAGTCAAATTGTTC
TTTTTTCTTTGTGGGCAAAGTTTGTTTGGTGGTGGGATTTAATGGGAATAAAGGGCATCA
CAGAAATGAATTTGATATTTTACTTTTGGAGGGTGGGATTGTACAGAACGAATGTTTAAT
GTTGTTGGTGTGATAGTATTATTCGTCTTCACTATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS34TF U 1
AF RR3DS34JQ C 183
BS 1 692 RR3DS34TF
BS 693 996 RR3DS34JQ

RD RR3DS34TF 692 0 0
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CCAGAAACTGAGGGTAACCGAACAGATGTTAACAGAGAAAGAGGAAGCTTTCAGGAGAGA
AAAAGCTAAGCACATAGAGGAACAAGCATTGCTTGAGAAAAGCCTCACGGTGACTCATGA
GACATATCGAGGTATGATAAAAGCGATAGCTGAGAAAGTGAACACAACACTTGATGGGTT
TCAATCGGTGTCGGAAAAAATCACGGAGAAGCAAGGGAAGTACGAGAAGACGGTAATGGA
GGCATCAAAATTACTGTGGACGGCAACGAATTGGGCGATTGAGAGGAATCACGAGAAGGA
GAAGATGAAGGAAGAGATGGAGAGGAAAGAGGAGGAGATGAAGAAACTTGGAGAAAAGGT
ACGAGAAGATGAAAAGGAGAAGGAGACGATGAAGGAGACTTTGATGGGACTTGGAGAAGA
GAAAAGAGAAGCTATAAGGCAATTATGTGTGTGGATCGACCACCATAGAGGTCGCTGTGA
ATATCTTGAAGAGATTTTGTCTAAGACTGTTGTGGCTCGAGGACAAAGACAGTCGCAGCG
AGCCTAAGAGCTCGTGTCATCATCGGAGACCGTACGGTACGTTGCATTTCTTTCCCCACC
TTACATGAATTCAAACAATGTATATGTGGTTC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3DS34JQ 814 0 0
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AATCGGTGTCGGAAAAAATCACGGAGAAGCAAGGGAAGTACGAGAAGACGGTAATGGAGG
CATCAAAATTACTGTGGACGGCAACGAATTGGGCGATTGAGAGGAATCACGAGAAGGAGA
AGATGAAGGAAGAGATGGAGAGGAAAGAGGAGGAGATGAAGAAACTTGGAGAAAAGGTAC
GAGAAGATGAAAAGGAGAAGGAGACGATGAAGGAGACTTTGATGGGACTTGGAGAAGAGA
AAAGAGAAGCTATAAGGCAATTATGTGTGTGGATCGACCACCATAGAGGTCGCTGTGAAT
ATCTTGAAGAGATTTTGTCTAAGACTGTTGTGGCTCGAGGACAAAGACAGTCGCAGCGAG
CCTAAGAGCTCGTGTCATCATCGGAGACCGTACGGTACGTTGCATTTCTTTCCCCCCCTT
ACATGAATTCAAACAATGTATATGTGGTTCTTAGGTTCTGGTCAATCAAGAAGTTGAACT
TTCGGAAAACTTCTGGTCGAGAGGATATTTTTGGTGTTTGTATTTGTGTAATTTTTTTTT
GCATTAATATTCGTTGCCCCTGTGTTTGTTGCTGTAGTTTTTGTAAGTCAAATTGTTCTT
TTTTCTTTGTGGGCAAAGTTTGTTTGGTGGTGGGATTTAATGGGAATAAAGGGCATCACA
GAAATGAATTTGATATTTTACTTTTGGAGGGTGGGATTGTACAGAACGAATGTTTAATGT
TGTTGGTGTGATAGTATTATTCGTCTTCACTATC

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 2

CO CL4738Contig1 689 2 1 U
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ATACGCTGGTGGGTATTCCGGCATCGGAGACAATGGTTTACCTTTTGGTGGCGTCGGTGG
AGGTGTTTCTGGTCCCGGTGGTAATCTTGGTTTTGGTGGACTTGGTGGTGCTGGTGGAGG
ATTAGGTGGTGGCTTGGGAAATGGAATAGGCGGTGGTTTAGGAAACGGGATAGGCAGTGG
TATTGGTGGAGGAAGTACCGGAGTTCATTTCCCTTGAGTTGTTACTTTGGATCAAGGTTT
CGCTCGGTCTTTGAGACAAGACAAAGTTAAGATGGTTTCAAAGCAATAATAATAATCATG
TCTTGTTAAGGTTTGAGTTTGGAAATTTCATTAGCTGTTTAGCGTGCGTCTTAAGTTACC
TGGTGTCCTTAGAATTAGATTCGTGTAATGTGTTGGTCCATTTTGACATTCTGTTTGACT
ATTTTCTAGTGTTTCACTTAATGAGTTAATGTCAACATCATGATTACTTTTGATTATAAA
CTCTATCTATAGACTTTATAGTTTAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A374TF U 1
AF RR3A374JQ C 180
BS 1 689 RR3A374TF

RD RR3A374TF 689 0 0
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AGGTGTTTCTGGTCCCGGTGGTAATCTTGGTTTTGGTGGACTTGGTGGTGCTGGTGGAGG
ATTAGGTGGTGGCTTGGGAAATGGAATAGGCGGTGGTTTAGGAAACGGGATAGGCAGTGG
TATTGGTGGAGGAAGTACCGGAGTTCATTTCCCTTGAGTTGTTACTTTGGATCAAGGTTT
CGCTCGGTCTTTGAGACAAGACAAAGTTAAGATGGTTTCAAAGCAATAATAATAATCATG
TCTTGTTAAGGTTTGAGTTTGGAAATTTCATTAGCTGTTTAGCGTGCGTCTTAAGTTACC
TGGTGTCCTTAGAATTAGATTCGTGTAATGTGTTGGTCCATTTTGACATTCTGTTTGACT
ATTTTCTAGTGTTTCACTTAATGAGTTAATGTCAACATCATGATTACTTTTGATTATAAA
CTCTATCTATAGACTTTATAGTTTAAGCC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3A374JQ 510 0 0
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GTATTGGTGGAGGAAGTACCGGAGTTCATTTCCCTTGAGTTGTTACTTTGGATCAAGGTT
TCGCTCGGTCTTTGAGACAAGACAAAGTTAAGATGGTTTCAAAGCAATAATAATAATCAT
GTCTTGTTAAGGTTTGAGTTTGGAAATTTCATTAGCTGTTTAGCGTGCGTCTTAAGTTAC
CTGGTGTCCTTAGAATTAGATTCGTGTAATGTGTTGGTCCATTTTGACATTCTGTTTGAC
TATTTTTTAGTGTTTCACTTAATGAGTTAATGTCAACATCATGATTACTTTTGATTATAA
ACTCTATCTATAGACTTTATAGTTTAAGCC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 2

CO CL4739Contig1 821 2 4 U
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ACATCCTTAATCATGGTGAAGGTCTTTGGAACTCCGTAGCCAAAGCCTCTGGTCTAAAAC
GTACGGGAAAAAAGTTGTCGGCTCCGGTGGCTGAACTATCTCAGGCCAGATGTGCGGCGA
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AGGTGGTCGAAGATTGCGAAACATCTACCGGGGAGAACGGACAACGAGATAAAGAATTTC
TGGAGGACAAAGATTCAGAGACACATGAAACTGTCGTCTTCATCGGAAAATGTGAAAAAT
ATTCGTGACTGTTGGGGAAATTCACAGAGCTCGGTGATGACAACGACAGACCAAGGCAGC
TCCAGCAAAGCCTTGGAGAGTTTAAAATCTCCGGATAGGACGACGACATCGTATAATTTG
ATGGAAGAGGCTAACGACAGTTACTGGAGCGTTGAAGATCTATGGCCCGTCCAGTTGTTT
AATGTTGACCACCACCAACACCAATTGCTTTAATATACTGAATTAAAAATATGAGTTTGT
GAAATTTAAATTGAAGGTATAACACATACATAAAATTATTATAATCATGAGTTGGAATGT
TGAAGGCCACTGATCTGTATAAGAATAGTATACCATTTTGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG01TF U 1
AF RR3GG01JQ C 1
BS 1 708 RR3GG01TF
BS 709 709 RR3GG01JQ
BS 710 736 RR3GG01TF
BS 737 821 RR3GG01JQ

RD RR3GG01TF 753 0 0
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AGAAAAGAATGAAGAAGACAAGGAGAGGGGAAGAGAGAATAACATCAACGAAGGAAGAAG
AAGAAGGAAGAGTGAGGAAAGGGCCGTGGACTATGGAAGAAGATTTGATCCTCTTTAACT
ACATCCTTAATCATGGTGAAGGTCTTTGGAACTCCGTAGCCAAAGCCTCTGGTCTAAAAC
GTACGGGAAAAAAGTTGTCGGCTCCGGTGGCTGAACTATCTCAGGCCAGATGTGCGGCGA
GGGAACATAACCGCAGAAGAACAGCATTTGATCATTCAACTTCATGCTAAGCTGGGAAAC
AGGTGGTCGAAGATTGCGAAACATCTACCGGGGAGAACGGACAACGAGATAAAGAATTTC
TGGAGGACAAAGATTCAGAGACACATGAAACTGTCGTCTTCATCGGAAAATGTGAAAAAT
ATTCGTGACTGTTGGGGAAATTCACAGAGCTCGGTGATGACAACGACAGACCAAGGCAGC
TCCAGCAAAGCCTTGGAGAGTTTAAAATCTCCGGATAGGACGACGACATCGTATAATTTG
ATGGAAGAGGCTAACGACAGTTACTGGAGCGTTGAAGATCTATGGCCCGTCCAGTTGTTT
AATGTTGACCACCACCAACACCAATTGCTTTAATATACTGAATTAAAA*TATGAGTTTGT
GAAATTTAAATTGAAG
TATACACATACATAAAT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3GG01JQ 821 0 0
GGAGAAATAAACACACAAGCATAACTACAAAGAGAAGAAAAATAAAAAGAATTGATCAGA
AGAAAAGAATGAAGAAGACAAGGAGAGGGGAAGAGAGAATAACATCAACGAAGGAAGAAG
AAGAAGGAAGAGTGAGGAAAGGGCCGTGGACTATGGAAGAAGATTTGATCCTCTTTAACT
ACATCCTTAATCATGGTGAAGGTCTTTGGAACTCCGTAGCCAAAGCCTCTGGTCTAAAAC
GTACGGGAAAAAAGTTGTCGGCTCCGGTGGCTGAACTATCTCAGGCCAGATGTGCGGCGA
GGGAACATAACCGCAGAAGAACAGCATTTGATCATTCAACTTCATGCTAAGCTGGGAAAC
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TGGAGGACAAAGATTCAGAGACACATGAAACTGTCGTCTTCATCGGAAAATGTGAAAAAT
ATTCGTGACTGTTGGGGAAATTCACAGAGCTCGGTGATGACAACGACAGACCAAGGCAGC
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AATGTTGACCACCACCAACACCAATTGCTTTAATATACTGAATTAAAAATATGAGTTTGT
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TGAAGGCCACTGATCTGTATAAGAATAGTATACCATTTTGG

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 2

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ATCACCGGAGCAGCATCTGGCATAGGCGAGGCTTTAGCATACGAGTACGGGAAGAAAGGT
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GAGCTCTATGGGTCCCCTGAAGTCATCCCCATTGTCGCCGATGTTTCTAAACTCCACGAC
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CTAGCTATGGACATAAACTTTTGGGGATCTGTGTATTGCACCTTCTTTGCTTCTTCATAC
TTAAAGAAATCTAGAGGAAAGATTGTGGTGATTGCTTCTGGATGTGGATACATTGCTTCA
CCCAGATTAAGCTTTTATTGTGCAAGTAAAGCTGCTGTGATCGCGTTTTACGAAACTCTA
AGATCTGAGTTTGGATCAAAGGTCGGGGTTACCATAGTAGCACCTGGGGTAGTTGACTCA
GAAATGACCCAAGGCAAGTTCATGACAAAGAACGGACAACTCATAGTGGACAAAGAGCTC
AGAGATATGCAAATAAGCTTATTGCCAGTGGAATCAGCAGAGAGGTGCGCTAAAGCGATA
CTAAGGAGCGTGTGCAGAGGAGATAGGTACTTGTTGGAGCCTGCATGGATCAGTTGTGTA
ATACTTTGGAAAGTTTTCTGTTCAGAGGTAACAGATTCGTTGGGACGTTGGCTAGTGATG
GGTTGACAATGACGCAAGCAGCTCCAGACGAGAAGATCTGTTGATCCAATCAACAACAAA
TTACATTGAGGGACATTTGTGAATGGCCATGTATAATCTACCAAATATATAAAAAGTATC
ACCTATGAGTAACTAGTTCTGTATAGTTTGTTTAACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AGATCTGAGTTTGGATC

QA 1 677 1 677
DS 

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CG

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3F280JQ C 1
AF RR3F280TF U 1
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GTACCAGCCAATCCTTATAGAAGAGGTTGTGAGGCTAGCCAACGTTGCCGTGATAACGCT
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CTATTATTTATGATAATCAATAAAATAATTATATTTATGTTG

QA 1 522 1 522
DS 

RD RR3F280TF 522 0 0
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AATAATTATAATAGTATGGGGATGGCTAAAACTATTAAAGTTATTTTCTCTCTAGCTTTT
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GTACCAGCCAATCCTTATAGAAGAGGTTGTGAGGCTAGCCAACGTTGCCGTGATAACGCT
CAAAAGTAGACCACCACTCTTGCTTAATTTTTAAATGCCATCCCCGTATTAATATCAAAT
GATTAATTCCATGTGTTTGTTATTTATATTCTTTTATTGCTCATGTAACTGATTGTTACC
CTATTATTTATGATAATCAATAAAATAATTATATTTATGTTG

QA 1 522 1 522
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CGTGTACTGAAACTTGTCATTCTTGGGAACATCAGCCACATGCCACACCTCTTTAAGCTC
AGTGCCAGGAAGGGGTTCACCCTCAGTATCA


BQ
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AF RR3GD17JQ U 1
AF RR3DD93JQ U 12
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ATTGCCAAGGATTAAACTCGATCGATTTGAGGTCCACTTCACTGCTCGAGCTCGGTGCTG
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TAAATGTGATCTCATCCGTTAGATCGAACCACCTTGGCGTGAACTTCTGTCCCTTTGTCT
CTCGTGTCCTCTTTTCTGCCCTTTGTCTCTCCTCAAGGCTGTGCTTCTCGGAACCAGCTT
TAGAAAGGTCACCCTGCTCAAGGGCATATCTATCGGGACGGAGACGTGAGTCTGAAGCCA
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QA 1 680 1 680
DS 



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BQ
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AF RR3DY65JQ C 1
AF RR3DY65TF U 1
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QA 1 508 1 508
DS 

RD RR3DY65TF 508 0 0
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GAAGGTTGTGGCATTGACCGGAGCTGTCACGCCTCCTGGTTTCAGATTCGTTGTGACATC
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GGTTGACCCCAAAGGACCTTTCCCATTTTCGGCGTGGCTGATGCTTTCTCATACCTAGAA
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GTTGTGAACTCATATAAATATGGAAGTT

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 2

CO CL4745Contig1 959 2 2 U
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CACTCCTGTACTCTTTAATCCCATTAATGAATTCTTTTCGTTTTCTCCCTCTGAGATTCT
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ATTGGAACATTTCCATGGCGATATCTATGACCATTTGAATGGTTTCCAGAGATTGGAATT
ACTATACAACAATGAGCGAAAAAAGTTCACTGGTGGGGCAGAAGCGAAGACTAACTGCCA
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AAAAAGACATCCAAATTATTTTTGAACAGTGGGGAATCTTTAGCTTATTTCAAATGGCGG
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ATTTTGTGATTAACATGATTTTTTGTTAGGATCATCTATATCATGTAACACACATGTTTA
TGACTAAGTTTGCAACGTCTTAGGAATAATGAAATAGCCGGTGAGGAGATTCGTTTGCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FK28TF U 1
AF RR3FK28JQ C 193
BS 1 704 RR3FK28TF
BS 705 959 RR3FK28JQ

RD RR3FK28TF 704 0 0
GCCTCTTCTTCGTCTCCTCAGTTTACGGATCTTTTCCCCAAGAACAATCAATTCCCTCTC
CACTCCTGTACTCTTTAATCCCATTAATGAATTCTTTTCGTTTTCTCCCTCTGAGATTCT
ATATAAATCTGTTTCTCGGTATTTTATTTTCATTAGAAGATTTGCGCTGTTTTCCAATTT
AGATTTTGTGGCTTAAACTTTCTTCGGCATTAAGGCTTCCAATCTCCCGATGAGCCCTCG
ATTGGAACATTTCCATGGCGATATCTATGACCATTTGAATGGTTTCCAGAGATTGGAATT
ACTATACAACAATGAGCGAAAAAAGTTCACTGGTGGGGCAGAAGCGAAGACTAACTGCCA
GTGTAGCCACTGTCTTGAGAGGAGTGACAGCATTGAAAGTGAGGGCTAACAGAGGAAGTT
TTGAATTGATTCCACCTGGATAATTGAGTCATTACTTCTGAAGGATAGTAGTCATAGTGG
CAAATTTATACAATAGGAGAACTTTTTGGGAACTGGTAGCAGAGAAAGGCTCGCAAGAGG
ATGTGAACTTCTCAAAAATACTCGCCAAGGTAAATGATTGTTGACCTGATAATAAAAGAT
AAAAAGACATCCAAATTATTTTTGAACAGTGGGGAATCTTTAGCTTATTTCAAATGGCGG
GATTAAAAGTGAAACTAGAAACAGAACTAAAGCTGATAAAAAAA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3FK28JQ 767 0 0
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TGAGCGAAAAAAGTTCACTGGTGGGGCAGAAGCGAAGACTAACTGCCAGTGTAGCCACTG
TCTTGAGAGGAGTGACAGCATTGAAAGTGAGGGCTAACAGAGGAAGTTTTGAATTGATTC
CACCTGGATAATTGAGTCATTACTTCTGAAGGATAGTAGTCATAGTGGCAAATTTATACA
ATAGGAGAACTTTTTGGGAACTGGTAGCAGAGAAAGGCTCGCAAGAGGATGTGAACTTTT
CAAAAATACTCGCCAAGGTAAATGATTGTTGACCTGATAATAAAAGATAAAAAGACATCC
AAATTATTTTTGAACAGTGGGGAATCTTTAGCTTATTTCAAATGGCGGGATTAAAAGTGA
AACTAGAAACAGAACTAAAGCTGATAAAAAAAACATTCGTTGTCAACGGTGATGACAATG
AAGCTATGGGATCCACATTTGTTTTTTGCTCAAGCATTGTATGCCAGATGAAAGACTGTA
AAAGGAATGTCTTGGCATTGTTTTCTAGGCATTTTAGTGTTATAGTTCATTTTGTGATTA
ACATGATTTTTTGTTAGGATCATCTATATCATGTAACACACATGTTTATGACTAAGTTTG
CAACGTCTTAGGAATAATGAAATAGCCGGTGAGGAGATTCGTTTGCG

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL4746Contig1 508 2 1 U
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AATCAAAAAGACAGGACAGTCAATGGTGTTTGGTCTGTACGAAGAACCAGTGACTCCAGG
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CAAAGTTTAAAAGAATGTGAAACCTTCCTCTTTTGCATGGTTTCCTGATTAATTTTGTGT
GTTTTGGTTTAATTTTATCTTAACATGT


BQ
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AF RR3DJ07JQ C 1
AF RR3DJ07TF U 1
BS 1 508 RR3DJ07TF

RD RR3DJ07JQ 508 0 0
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AATCAAAAAGACAGGACAGTCAATGGTGTTTGGTCTGTACGAAGAACCAGTGACTCCAGG
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CCTTATAGAATGCTATATTGATGTTGTTCCAATCCTTTGAACCATTGTTTCACTTTTACT
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CAAAGTTTAAAAGAATGTGAAACCTTCCTCTTTTGCATGGTTTCCTGATTAATTTTGTGT
GTTTTGGTTTAATTTTATCTTAACATGT

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR3DJ07TF 508 0 0
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GGTTATCCAAGGCGAGCCTGGTGCAGTCATTCGTGGCAAAAAGGGGGCTGGAGTAATCAC
AATCAAAAAGACAGGACAGTCAATGGTGTTTGGTCTGTACGAAGAACCAGTGACTCCAGG
ACAATGTAACATGGTCGTCGAGAGGCTGGGTGATTACTTGGTCGAACAGGATCTCTGAAA
CCTTATAGAATGCTATATTGATGTTGTTCCAATCCTTTGAACCATTGTTTCACTTTTACT
TTTGGCTGGGTGCATGGGTTTTATGTTTTCCTAATTTAATTTTTGGCGTTTCTACTTTAG
CAAAGTTTAAAAGAATGTGAAACCTTCCTCTTTTGCATGGTTTCCTGATTAATTTTGTGT
GTTTTGGTTTAATTTTATCTTAACATGT

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 2

CO CL4747Contig1 584 2 1 U
GGAGATTCGGGTTCGGTATTGTGTTGGCCGACGCTGACTAAACAATACATCTCGTGTTTG
GTTTCTCGCCGCCGGATATCGTGACTCTGCCTCCGTTGTTGAATCCGCCGGCTACCGATT
CTCACGGTTCCGCTTAATCAGACTCCTGGGTGCTTTGGTCTCTTCTTCCTCCTTTTAGCC
ATGGAAGCCGTAGAGATTGGAAGTGATGATGTTTCACTAGTAGAGATCAAAGTTTTGTTA
TTTGCTAGAGCCCGCGAGCTCACGGGCGTGCCTGATCTGACACTTAAGATGCCATCAGGT
AGTACAACGAAGTCATGTGTGGACGAGTTGGTGATCAAGTTTCCGAGGTTAGAAGAGGTG
CGTGGCTGTGTGGTACTTGCTTTGAACGAGTAATATACAACGGATTCAGCCATTGTTAAG
CACCGAGATGAGTTAGCCATCATACCTCCAATAAGTGGTGGCTAATGCATTTTGTAAATG
GAAAATCAACTTAACTTGGGTCTTTGTGGTTTCATTGGCAATAAGCGTAAATGTAATAAT
TAAGATTTTGCGCTAAATAATAGAACATCAGTTCCAGTTTGCTC


BQ
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AF RR3FO37TF U 1
AF RR3FO37JQ C 79
BS 1 584 RR3FO37TF

RD RR3FO37TF 584 0 0
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GTTTCTCGCCGCCGGATATCGTGACTCTGCCTCCGTTGTTGAATCCGCCGGCTACCGATT
CTCACGGTTCCGCTTAATCAGACTCCTGGGTGCTTTGGTCTCTTCTTCCTCCTTTTAGCC
ATGGAAGCCGTAGAGATTGGAAGTGATGATGTTTCACTAGTAGAGATCAAAGTTTTGTTA
TTTGCTAGAGCCCGCGAGCTCACGGGCGTGCCTGATCTGACACTTAAGATGCCATCAGGT
AGTACAACGAAGTCATGTGTGGACGAGTTGGTGATCAAGTTTCCGAGGTTAGAAGAGGTG
CGTGGCTGTGTGGTACTTGCTTTGAACGAGTAATATACAACGGATTCAGCCATTGTTAAG
CACCGAGATGAGTTAGCCATCATACCTCCAATAAGTGGTGGCTAATGCATTTTGTAAATG
GAAAATCAACTTAACTTGGGTCTTTGTGGTTTCATTGGCAATAAGCGTAAATGTAATAAT
TAAGATTTTGCGCTAAATAATAGAACATCAGTTCCAGTTTGCTC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3FO37JQ 506 0 0
TCGTGACTCTGCCTCCGTTGTTGAATCCGCCGGCTACCGATTCTCACGGTTCCGCTTAAT
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GGAAGTGATGATGTTTCACTAGTAGAGATCAAAGTTTTGTTATTTGCTAGAGCCCGCGAG
CTCACGGGCGTGCCTGATCTGACACTTAAGATGCCATCAGGTAGTACAACGAAGTCATGT
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GCTTTGAACGAGTAATATACAACGGATTCAGCCATTGTTAAGCACCGAGATGAGTTAGCC
ATCATACCTCCAATAAGTGGTGGCTAATGCATTTTGTAAATGGAAAATCAACTTAACTTG
GGTCTTTGTGGTTTCATTGGCAATAAGCGTAAATGTAATAATTAAGATTTTGCGCTAAAT
AATAGAACATCAGTTCCAGTTTGCTC

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 2

CO CL4748Contig1 510 2 1 U
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ATCGTATAGAGTGCTTAAAAATGGGAATAGAAAAGAGTCCTGGCTTGAAGATCCTCTGGG
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AATGAACAACAGTCATGGTTCTATGTTTTTTTTTTTGTTTTGTTTCTTCTCTTCCTTTTT
CAGTGGCTTGTGCTCTGTGAAGATGATGTTTTAATGGTTTTGGTACGTCTAGTTTGCAAC
TATAACTAGAAGATATAATAGATGTTACAAAGAGAACCATTTGAAAAAAAAAAGTATCAC
AAAGAAGCTTTGATTAGGAGTGCTTTTAGC


BQ
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AF RR3G352JQ C 1
AF RR3G352TF U 1
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AAAGAAGCTTTGATTAGGAGTGCTTTTAGC

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DS 

RD RR3G352TF 510 0 0
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ATCGTATAGAGTGCTTAAAAATGGGAATAGAAAAGAGTCCTGGCTTGAAGATCCTCTGGG
TCTGGACTCTCGGCACTGCTGCTATATTGGTGGCTAGTGTTGTCCGCACAAGGATGCATG
ACATGGAGTCTATGATGAACCAAGAACAAGCACCACCCAAACCAAACCAGCACATAAATG
CAGCTGATTCGGATGTAACAGTTTTGCCTGAGTCGGATCGAGAAATTGCCAGAGAACTCA
AATGAACAACAGTCATGGTTCTATGTTTTTTTTTTTGTTTTGTTTCTTCTCTTCCTTTTT
CAGTGGCTTGTGCTCTGTGAAGATGATGTTTTAATGGTTTTGGTACGTCTAGTTTGCAAC
TATAACTAGAAGATATAATAGATGTTACAAAGAGAACCATTTGAAAAAAAAAAGTATCAC
AAAGAAGCTTTGATTAGGAGTGCTTTTAGC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 2

CO CL4749Contig1 982 2 2 U
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CAGCACTCAACATCGTCCAAGACGTTCTCGACGAAGCGTTCCACTTCTATACCCTTGAAG
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GGGAACATTACTGTCTTCGATACACTTTTGCTGTTCCTGAAGATTTTGTGCTGCTTCCGC
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AATTTCTGGCCGAGCTAAGAAAGATGTGAAAGTGTTTTAACAATTGCCTTTCAACTCTCT
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GTTTGTTTTGTTAAGTTGTTAACATACAAAAAGATCTACGCATATCTAGATATAAAGCTT
CGAAGCGGAGCTCGTTTATGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A871TF U 1
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BS 1 749 RR3A871TF
BS 750 982 RR3A871JQ

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GGGAACATTACTGTCTTCGATACACTTTTGCTGTTCCTGAAGATTTTGTGCTGCTTCCGC
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TGGATTCCCTAAGGCGTAAGCTTCATTTGGTAGGAAACAGGTCTGTTGAGCTTAACTCGG
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AGCTTTATGATCAATCATCAGTGGACATGTTCGAAGAAATGACAGAAGTGGCATTAGAAC
TTCGCACAGGGATCATCAATAGGCTGAAAGCAAGAAAAATGAATGCTGCTGCTGCTGAAA
GCGCCAAAATGAATGATTTCTCGGCAACG

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TGTGGGAACATTACTGTCTTCGATACACTTTTGCTGTTCCTGAAGATTTTGTGCTGCTTC
CGCCAAAGAGTGATGACCAAAATATCCAACCTTTGATTAACGACCAAGAGTTGGACGCAG
AGTTGGATTCCCTAAGGCGTAAGCTTCATTTGGTAGGAAACAGGTCTGTTGAGCTTAACT
CGGAGCTCCAGGCTTTGGAAAGAAAATCTGCTTCAAATGCAAGACTCGTTAATGAAGTTT
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AACTTCGCACAGGGATCATCAATAGGCTGAAAGCAAGAAAAATGAATGCTGCTGCTGCTG
AAAGCGCCAAAATGAATGATTTCTCGGCAACGCCTCCGGATGGAAAGATTGAATACCTCG
ACAAATTTCTGGCCGAGCTAAGAAAGATGTGAAAGTGTTTTAACAATTGCCTTTCAACTC
TCTGCCGTTTCGTAGATATGTTGTTTTTAGCTTACCTAATGGCCACTTCTCCGCGTTTCA
AATGTTTGTTTTGTTAAGTTGTTAACATACAAAAAGATCTACGCATATCTAGATATAAAG
CTTCGAAGCGGAGCTCGTTTATGCC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

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TCACGTTTTCAAGTCTCATCTTATAGTTTTTCTTCTGAATATCAAAACCAAGAGGCTTAA
AAGCTTCTTCAATCTTCTGGACTAATTCATTAGCAGCCCCCGTAGCTGCAAATCTTGTTT
CTCTTTTGTATCCCTCTTCTTCTTCAAACAAGTTCCCAAGATCCAAAGCTCTCGACATTG
ATATCAACTCAAAGGCATTCATAGAAGTCGGCTGCTCCTCTTTCTTTTCTGTCACATGAT
GCTCTTCTGAGTCTTTGAAAACAGCTTCTACATCATCCAAGTTTGCTTCTTCTTTCTCCT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ72JQ U 1
AF RR3EH07JQ U 4
BS 1 184 RR3FQ72JQ
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BS 186 229 RR3FQ72JQ
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BS 405 457 RR3FQ72JQ
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BS 534 592 RR3FQ72JQ
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BS 594 664 RR3FQ72JQ
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BS 666 673 RR3FQ72JQ
BS 674 674 RR3EH07JQ
BS 675 768 RR3FQ72JQ
BS 769 787 RR3EH07JQ

RD RR3FQ72JQ 768 0 0
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AGAGTCAAGGTCTCTAAAATTGTTCAAAAGAATCGAGTCCAATAAAAAGAAACAAGAAAC
AAAAGATAATACAGAATAAGACCAAAGAGAGTTGAATCCAGTTTTGTTCTTATTTGTTGT
TTAGTCCAGAGCTCTCGCCGGATTTCCAAACCACATCGTTAAGTGTGGTGGAGAGCTTCT
TGTAGAACTTATGGAACTCTAATGTATCTCCTTTAGTTTTCCGGACTTCCACCATATGAA
GAGACGGTGATACTTGAAATATCTCAGTCGCCACTTTTAGGTTTCCTTTCCTTCCTGCAT
TCACGTTTTCAAGTCTCATCTTATAGTTTTTCTTCTGAATATCGAAACCAAGAGGCTTAA
AAGCTTCTTCAATCTTCTGGACTAATTCATTAGCAGCGCCCGTAGCTGCAAATCTTGTTT
CTCTTTTGTATCCCTCTTCTTCTTCAAACAAGTTCCCAAGATCCAAAGCTCTTGACATTG
ATATCAACTCAAAGGCATTCATAGAAGTCGGCTGCTCCTCTTTCTTTTCTGTGACATGAT
GCTCTTCTGAGTCTTTGAAAACAGCTTCTACATCATCCAAGTTTGCTTCTTCTTTCTCCT
CGAAGACAGCTGGTTTGTAGTTTTTCTTGAACCACCCATCTTCCAGAATCTCTTGAACTG
TGATACGAGTCACCGGGCTTGGATCCAAGATGCGGTGGATCAAGTTCT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3EH07JQ 784 0 0
GCAATCGAAGTATGT
TATATAACAA*ACACTTCACTGCATATCCTTGGATATTGTACAGAGTCAAGGTCTCTAAA
ATTGTTCAAAAGAATCGAGTCCAATAAAAAGAAACAAGAACCAAAAGATAATACAGAATA
AGACCAAAGAGAGTTGAATCCAGTTTTGTTCTTATTTGTTGTTTAGCCCAGAGCTCTCGC
CGGATTTCCAAACCACATCGTTAAGTGTGGTCGAGAGCTTCTTATAGAACTTATGGAACT
CTAATGTATCTCCTTTAGTTTTCCGGACTTCCACCATATGAAGAGACGGTGATACTTGAA
ATATCTCAGTCGCCACTTTTAGGTTTCCTTTCCTTACTGCATTCACGTTTTCAAGTCTCA
TCTTATAGTTTTTCTTTTGAATATCAAAACCAAGAGGCTTAGAAGCTTCTTCAATCTTCT
GGACTAATTCATTAGCAGCCCCCGTAGCTGCAAATCTTGTTTCTCTTTTGTATCCCTCTT
CTTCTTCAAACAAGTTCCCGAGATCCAGAGCTCTCGACATTGATATCAACTCAAAGGCAT
TCATTGAAGTCGGCTGCTCCTCTTTCTTTTCTGTCACATGATGCTCTTCTGAGTCTTTGA
AAACAGCTTCTACATCATCCAAGTTTGCTTCTTCTTTCTCCTCGAAAACAGTTGGCTTGT
AGTTTTTCTTGAACCACCCATCTTCCAGAATCTCTTGAACTGTGATACGAGTCACCGGGC
TTGGATCCAAGATGCGGTGGATCAAGTTCTTGGCACCAGGAGAGAGCCA

QA 16 784 16 784
DS 



AS 1 2

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CCGTCGGAAAGTCTAATAATCTGCAGTATATGTGGCTAACATTTGTAGTGGTAACCTCTG
TACCAAGAGTTAACAAACAATTTAAAGTTAAAAAGTAATACATTGATGTCAAGCTGCAAC
AGTGACGATCATACAACAGGGATTATCATGATGAAGATCATCATCCTAGACTAAGAGCGG
GCTCATAGAGCGCTGCGTCATCATAACAAAGATGATGACACCATTACAACGAGAATCATC
ACCGCTATGCTGAGGTTAACCACGGTATCCACATTTTCAATCTTCTTCAGTTTCTCGTGG
AGGTCTGCCCGCATGTTTGAATATGGACATTTTTGCTTCTCAGTTTTCAACTCATCGTTT
CGGCTGTTTGTATTCTGAAAATCTTCTTTAACATCTTGCTCCGACGAAACCGGAATGAAT
GGCGTATCGGATTTGATCTTGCTATTGGAGATTCTACTCGAGAAGGCATGGTAAGCTGAA
TCAGTATGAATCGTCTCCATAACTGAACCGAAGAAATTTGTGACCGGTACCTCCGACAGA
TGTGGCTGGTAAAGATCAGTCCGGTAGTAAGCAGTAGACATTAGCTGTCTTGGATCATAG
GACCTAAACAAACTGTTGAGTGATGCATTGTCATAGATATTGAGCCTCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FN10JQ U 10
AF RR3EA90JQ U 1
BS 1 178 RR3EA90JQ
BS 179 179 RR3FN10JQ
BS 180 263 RR3EA90JQ
BS 264 264 RR3FN10JQ
BS 265 379 RR3EA90JQ
BS 380 380 RR3FN10JQ
BS 381 651 RR3EA90JQ

RD RR3FN10JQ 552 0 0
GGTCAAC
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ACAATTTGAAGTTAAAAAGTAATACATTGATGTCAAGCTGCAACAGTGACGATCATACAA
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GTCATCATAACAAAGATGATGACACCATTACAACGAGAATCATCACCGCTATGCTGAGGT
TAACCACGGTATCCACATTTTCAATCTTCTTCAGTTTCTCGTGGAGGTCTGCCCGCATGT
TTGAATATGGACATTTTTGCTTCTCAGTTTTCAACTCCTCGTTTTGGCTGTTTGTATTCT
GAAAATCTTCTTTGACATCTTGCTCCGACGAAACCGGAATGAATGGCGTATCGGATTTGA
TCTTGCTATTGGAGATTCTACTCGAGAAGGCATGGTAAGCTGAATCAGTATGAATCGTCT
CCATAACTGAACCGAAGAAGTTTGTGACCGGTACCTCCGACAGATGTGGCTGGTAAAGAT
CAGT
G

QA 8 551 8 551
DS 

RD RR3EA90JQ 651 0 0
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TACCAAGAGTTAACAAACAATTTAAAGTTAAAAAGTAATACATTGATGTCAAGCTGCAAC
AGTGACGATCATACAACAGGGATTATCATGATGAAGATCATCATCCTAGACTAAGAGCTG
GCTCATAGAGCGCTGCGTCATCATAACAAAGATGATGACACCATTACAACGAGAATCATC
ACCGCTATGCTGAGGTTAACCACTGTATCCACATTTTCAATCTTCTTCAGTTTCTCGTGG
AGGTCTGCCCGCATGTTTGAATATGGACATTTTTGCTTCTCAGTTTTCAACTCATCGTTT
CGGCTGTTTGTATTCTGAAGATCTTCTTTAACATCTTGCTCCGACGAAACCGGAATGAAT
GGCGTATCGGATTTGATCTTGCTATTGGAGATTCTACTCGAGAAGGCATGGTAAGCTGAA
TCAGTATGAATCGTCTCCATAACTGAACCGAAGAAATTTGTGACCGGTACCTCCGACAGA
TGTGGCTGGTAAAGATCAGTCCGGTAGTAAGCAGTAGACATTAGCTGTCTTGGATCATAG
GACCTAAACAAACTGTTGAGTGATGCATTGTCATAGATATTGAGCCTCTCG

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL4752Contig1 1044 2 2 U
GGGGAGCCGCCTAGTTCGTTCGTGCAAAGATGAGTTCTGCTGATCTGAAGAGAAAGCCGA
AGAAGAAAAACCCTAAACCCGTTCAGATAAACCCTAACTGGTCACTCCTCCAACAAAAGC
TGAAATCTGATTCGAATAACTCGGGAAATCGAAAATATTCAAACAATGACGACTCAGATG
ATCCCAGGTCCATATTAGGGAAGCGGAAAGAGAGACCTGATTCGGAGGTGGATGTTCTTA
AGGTTAATCCCTTAGCTCCGGTTAATGACGATTGCAGTTTGACAGATGAAGTGGCTATGG
ACTGTGAAATGGTTGGTGTCAGTCAAGGAACCAAAAGCGCCCTTGGACGTGTTACCCTGG
TAAACAAATGGGGAAATGTTCTATACGATGAGTTTGTCCGTCCAGTGGGACGTGTTGTTG
ACTTCCGGACGCATATTAGTGGGATTCGACCTAAAGACTTAAGAAAGGCCAAAGATTTCC
GAGTGGCTCAGACCAAAGTGGCGGAGTTGATCAAGGGAAAGATTCTCGTGGGACATGCCT
TGCATAACGATCTCAAGGTTTTACTGTTAACTCACCCGAAAAAAGATATAAGGGACACAG
CAGTGTATCAGCCCTTTCTCAAGGACAAAACAAGAAAGTCTCTGAAACATCTAGCATCTG
AGTTTCTAGGGGCCGACATTCAAAACGGAGAGCACTGTCCTATTGATGACGCACGAGCTG
CAATGCTGCTTTACCAGAAGAACAGAAGAGAGTGGGAGAGAAACGTGAAGGACCAGACAC
GGATGAGGCTGAAACAAAAGAAGCGTAAGCCTAAGAAGAAAGTAAAAGTAGACCAGGCTT
CCCCAATTGTTTGAATCAATCAGTCAATCTTAAAGCAAAAAAAACACTGATCAAAACAGC
TGAAAAAGTTTTGTTCGCCTACTTCCATTTTTGATGTGGGATTTGTATCACTCTTTACTT
CTTAGCATCAGGTTCCCACAATGTACCACCTTGTTGTATACAAGTTTCATCACGCTGTTA
TACCATAATAGCTCATGTATTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS31TF U 1
AF RR3GS31JQ C 250
BS 1 765 RR3GS31TF
BS 766 1044 RR3GS31JQ

RD RR3GS31TF 765 0 0
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AGAAGAAAAACCCTAAACCCGTTCAGATAAACCCTAACTGGTCACTCCTCCAACAAAAGC
TGAAATCTGATTCGAATAACTCGGGAAATCGAAAATATTCAAACAATGACGACTCAGATG
ATCCCAGGTCCATATTAGGGAAGCGGAAAGAGAGACCTGATTCGGAGGTGGATGTTCTTA
AGGTTAATCCCTTAGCTCCGGTTAATGACGATTGCAGTTTGACAGATGAAGTGGCTATGG
ACTGTGAAATGGTTGGTGTCAGTCAAGGAACCAAAAGCGCCCTTGGACGTGTTACCCTGG
TAAACAAATGGGGAAATGTTCTATACGATGAGTTTGTCCGTCCAGTGGGACGTGTTGTTG
ACTTCCGGACGCATATTAGTGGGATTCGACCTAAAGACTTAAGAAAGGCCAAAGATTTCC
GAGTGGCTCAGACCAAAGTGGCGGAGTTGATCAAGGGAAAGATTCTCGTGGGACATGCCT
TGCATAACGATCTCAAGGTTTTACTGTTAACTCACCCGAAAAAAGATATAAGGGACACAG
CAGTGTATCAGCCCTTTCTCAAGGACAAAACAAGAAAGTCTCTGAAACATCTAGCATCTG
AGTTTCTAGGGGCCGACATTCAAAACGGAGAGCACTGTCCTATTGATGACGCACGAGCTG
CAATGCTGCTTTACCAGAAGAACAGAAGAGAGTGGGAGAGAAACG

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3GS31JQ 795 0 0
CT
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GTTGGTGTCAGTCAAGGAACCAAAAGCGCCCTTGGACGTGTTACCCTGGTAAACAAATGG
GGAAATGTTCTATACGATGAGTTTGTCCGTCCAGTGGGACGTGTTGTTGACTTCCGGACG
CATATTAGTGGGATTCGACCTAAAGACTTAAGAAAGGCCAAAGATTTCCGAGTGGCTCAG
ACCAAAGTGGCGGAGTTGATCAAGGGAAAGATTCTCGTGGGACATGCCTTGCATAACGAT
CTCAAGGTTTTACTGTTAACTCACCCGAAAAAAGATATAAGGGACACAGCAGTGTATCAG
CCCTTTCTCAAGGACAAAACAAGAAAGTTTCTGAAACATCTAGCATCTGAGTTTCTAGGG
GCCGACATTCAAAACGGAGAGCACTGTCCTATTGATGACGCACGAGCTGCAATGCTGCTT
TACCAGAAGAACAGAAGAGAGTGGGAGAGAAACGTGAAGGACCAGACACGGATGAGGCTG
AAACAAAAGAAGCGTAAGCCTAAGAAGAAAGTAAAAGTAGACCAGGCTTCCCCAATTGTT
TGAATCAATCAGTCAATCTTAAAGCAAAAAAAACACTGATCAAAACAGCTGAAAAAGTTT
TGTTCGCCTACTTCCATTTTTGATGTGGGATTTGTATCACTCTTTACTTCTTAGCATCAG
GTTCCCACAATGTACCACCTTGTTGTATACAAGTTTCATCACGCTGTTATACCATAATAG
CTCATGTATTACC

QA 3 795 3 795
DS 



AS 1 2

CO CL4753Contig1 833 2 3 U
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AAGATGCTCCACTCTCTCTTATGTTGCTACACACCCGCTTTGCATGCGTACAGTTAAACA
CAACTCCGTTTGCACGTACTCCACGCAACGCAGTCACCGTTGTTGGTCGCAAACGCCGTC
TCGTTTTAGCCGGCGGTATCCAAAACGTCGCGTTTCTGAACGTAAAGTTGCAATCTGACG
GTGGTTTGCAACAACCCGACTGGATTGGAGATAAGTTCTTGTGATAAAACGCATCAGCAA
TCTGACTAACACGACCATCACTCAAGTCATCACAAACGCTAGCCTCGGCCAAGCAAGACC
CTATACCAACCCATCTCTTCCCACCAACAAAACTGTTAAGCCAAGTAGAGAAATCAACCG
TCCGGTACTCTCTATACCCTCGACCAGAGATCACATGACCGGCTCCTTTGTTGGTCACAA
AGAAGAGAAACACCGAGAAAACCATTAACGCAACAATGCCCGCAAACAATATGATCAAGT
AGGAGACCATGGCGAGATTCTCCTTGAAACAAGATCCTATCACTCCTATTAAAGACACCA
CGAAGAGGACGATCCCGGTCGTGAGAAGTGGTGCACGTATCGCTGACTCACAGTCGGTCA
CGTCTTGGTGAACGAACATGTAAATCGAGTAACCAATGGCTGATGCGCCCACTAACATCA
CCAACGTGTTGGCTAGTCCCACGACGAAATTGCTTACTCTAAACATTTTTTGTTTTTTTT
TGTTTGTTTCTCTTAGAGGTTTGCGTTTCGAGTTTGATAGTTATGTTCTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BO54JQ U 247
AF RR3BO54TF C 1
BS 1 246 RR3BO54TF
BS 247 528 RR3BO54JQ
BS 529 833 RR3BO54TF

RD RR3BO54JQ 290 0 0
TGCAACAACCCGACTGGATTGGAGATAAGTTCTTGTGATAAAACGCATCAGCAATCTGAC
TAACACGACCATCACTCAAGTCATCACAAACGCTAGCCTCGGCCAAGCAAGACCCTATAC
CAACCCATCTCTTCCCACCAACAAAACTGTTAAGCCAAGTAGAGAAATCAACCGTCCGGT
ACTCTCTATACCCTCGACCAGAGATCACATGACCGGCTCCTTTGTTGGTCACAAAGAAGA
GAAACACCGAGAAAACCATTAACGCAACAATGCCCGCAAACA
TATGATCA

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR3BO54TF 833 0 0
CGACGAGCACAGCACGCAAGATAGACGATGATGAGAGATGAGAGACAGATGTTGAAACAG
AAGATGCTCCACTCTCTCTTATGTTGCTACACACCCGCTTTGCATGCGTACAGTTAAACA
CAACTCCGTTTGCACGTACTCCACGCAACGCAGTCACCGTTGTTGGTCGCAAACGCCGTC
TCGTTTTAGCCGGCGGTATCCAAAACGTCGCGTTTCTGAACGTAAAGTTGCAATCTGACG
GTGGTTTGCAACAACCCGACTGGATTGGAGATAAGTTCTTGTGATAAAACGCATCAGCAA
TCTGACTAACACGACCATCACTCAAGTCATCACAAACGCTAGCCTCGGCCAAGCAAGACC
CTATACCAACCCATCTCTTCCCACCAACAAAACTGTTAAGCCAAGTAGAGAAATCAACCG
TCCGGTACTCTCTATACCCTCGACCAGAGATCACATGACCGGCTCCTTTGTTGGTCACAA
AGAAGAGAAACACCGAGAAAACCATTAACGCAACAATGCCCGCAAACAATATGATCAAGT
AGGAGACCATGGCGAGATTCTCCTTGAAACAAGATCCTATCACTCCTATTAAAGACACCA
CGAAGAGGACGATCCCGGTCGTGAGAAGTGGTGCACGTATCGCTGACTCACAGTCGGTCA
CGTCTTGGTGAACGAACATGTAAATCGAGTAACCAATGGCTGATGCGCCCACTAACATCA
CCAACGTGTTGGCTAGTCCCACGACGAAATTGCTTACTCTAAACATTTTTTGTTTTTTTT
TGTTTGTTTCTCTTAGAGGTTTGCGTTTCGAGTTTGATAGTTATGTTCTGTCC

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

CO CL4754Contig1 847 2 2 U
TTTTTTTGTTTGACCATCTTCTTCTTCGCTTCTTTTCCGTTTTGTCGAAACATAACCGAC
GAGGAAAACAAGCTGAAGAAGAGATTAGTGTTCTTCTTCTTTTCGTTGCTGAGGTCAATC
AAATAAACAACACACGAAGATGCTGAGGTTTTTCATTCTTTTCTCCCTTTTCCTACACTC
TTGTGTCGCTGTTCCCAAGACTCCAGCTGCTGCGGCGGCTGTTCCTACCAAGAAATGGCT
CACCCTTAACGGACAAGAGCCTGCGGTTGTGGCTAGAGGCGGCTTCTCTGGTCTTTTCCC
AGAGTCAAGCGCCTCTGCAAACGCCTTGGCTATTAGCACCAGCTCCCCTGGCCTTACCAT
GTTGTGCAACCTTCAGATGACAAATGACGGTGTCGGCCTCTGCTTGCCTGATATCAGGCT
TGACAATTCAACCACCATCTCCACTCTCTTCCCCAAAGGCCAGAAGACATACAAAGTCAA
CGGTCAGGACCTCAAAGGCTGGTTTGCACTTGACTACTCTGCCGACACCCTTTTCTCCAA
TGTCTCTTTGGTCCAAAACATCTTCTCTCGGCCTAGCATCTTCGATGGCCAGATGCCAAT
CTCTGCCGTGGAGGACGTCTTAGGAACCAAGCCTCCCAAGTTCTGGTTAAGTGTTCAGTA
TGACTCCTTCTACATGGAACACAAGCTGAGCGCAGCAGAGTACCTAAAAACCTTACGATT
CCGTCGCATTAATTTCATCTCATCTCCAGAGATAGCCTTCTTGAAAACCATCGGGATGGA
CGTAGGAAGCGCCAACACAAAGCTCATATTCGAGTTCAAAGACCCTGAGGCAATTGAGCC
AACCACC


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP02TF U 1
AF RR3FP02JQ C 450
BS 1 619 RR3FP02TF
BS 620 847 RR3FP02JQ

RD RR3FP02TF 619 0 0
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GAGGAAAACAAGCTGAAGAAGAGATTAGTGTTCTTCTTCTTTTCGTTGCTGAGGTCAATC
AAATAAACAACACACGAAGATGCTGAGGTTTTTCATTCTTTTCTCCCTTTTCCTACACTC
TTGTGTCGCTGTTCCCAAGACTCCAGCTGCTGCGGCGGCTGTTCCTACCAAGAAATGGCT
CACCCTTAACGGACAAGAGCCTGCGGTTGTGGCTAGAGGCGGCTTCTCTGGTCTTTTCCC
AGAGTCAAGCGCCTCTGCAAACGCCTTGGCTATTAGCACCAGCTCCCCTGGCCTTACCAT
GTTGTGCAACCTTCAGATGACAAATGACGGTGTCGGCCTCTGCTTGCCTGATATCAGGCT
TGACAATTCAACCACCATCTCCACTCTCTTCCCCAAAGGCCAGAAGACATACAAAGTCAA
CGGTCAGGACCTCAAAGGCTGGTTTGCACTTGACTACTCTGCCGACACCCTTTTCTCCAA
TGTCTCTTTGGTCCAAAACATCTTCTCTCGGCCTAGCATCTTCGATGGCCAGATGCCAAT
CTCTGCCGTGGAGGACGTC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3FP02JQ 398 0 0
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TTGACTACTCTGCCGACACCCTTTTCTCCAATGTCTCTTTGGTCCAAAACATCTTCTCTC
GGCCTAGCATCTTCGATGGCCAGATGCCAATTTCTGCCGTGGAGGACGTCTTAGGAACCA
AGCCTCCCAAGTTCTGGTTAAGTGTTCAGTATGACTCCTTCTACATGGAACACAAGCTGA
GCGCAGCAGAGTACCTAAAAACCTTACGATTCCGTCGCATTAATTTCATCTCATCTCCAG
AGATAGCCTTCTTGAAAACCATCGGGATGGACGTAGGAAGCGCCAACACAAAGCTCATAT
TCGAGTTCAAAGACCCTGAGGCAATTGAGCCAACCACC

QA 1 398 1 398
DS 



AS 1 2

CO CL4755Contig1 711 2 4 U
GTAGTGCTAAGGCCTGAGATAGTTTGTGGTTTTTTCTTCTCCTTTTTGAGCTTTCTGTAA
TATGAATCTCTTCTTTCCTTAGAAATGAATGAAGAGGTGATAAGCGGTCGTGAAACAGAT
GCTTCTCCTACAAGCTATAACAGTAATGGAGGAAGAGTGTCTTTTAGGTCTGTGCACTCT
ACTCTTATATTCCTTTTGGTTCTCTACAAATGAAGTCATTATTGATAGCAAGCAATTGAT
TCTGTCACCCTATCATTTGTTTGATTTCTGTCTCCTTACAGTTTTATGCATACTCTTTCA
GTGAACCTAAGATTGAGCCAAGCCGGGAAACAAGTGGTGACTTGAAAAGGAAACAGTCTG
AGGGAGTCTCTGAGGAACAAAACCAACCTATCAAGTCTCCAAGGAGCAGTGACAAACCAT
CACCGAGCAACAAGAAATGCGGCGATGGTTTCAAGAAACCCAAGAGCAGGAAGGCGGCCT
GGAGCGTTTTGAAGCCGTCAAAAACTCAAACCAACAAGGGTTCAAATTAGCTTACTGCAG
CAACCTATTTGCAATTAGTTCACATCGTTTCATATGTGATAGTAGATCATTCCTTCCCCT
TGTCTGTATCCGTTTGATAAGTTATAGCCAAAAGTTTTGAAATTTCTATTTTGGTTGTCT
TACACTTTGTGTTAGCTCCAGATATATACGAGGAAACAATATTTTCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C993TF U 1
AF RR3C993JQ C 155
BS 1 632 RR3C993TF
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BS 634 671 RR3C993TF
BS 672 711 RR3C993JQ

RD RR3C993TF 671 0 0
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TATGAATCTCTTCTTTCCTTAGAAATGAATGAAGAGGTGATAAGCGGTCGTGAAACAGAT
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ACTCTTATATTCCTTTTGGTTCTCTACAAATGAAGTCATTATTGATAGCAAGCAATTGAT
TCTGTCACCCTATCATTTGTTTGATTTCTGTCTCCTTACAGTTTTATGCATACTCTTTCA
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CACCGAGCAACAAGAAATGCGGCGATGGTTTCAAGAAACCCAAGAGCAGGAAGGCGGCCT
GGAGCGTTTTGAAGCCGTCAAAAACTCAAACCAACAAGGGTTCAAATTAGCTTACTGCAG
CAACCTATTTGCAATTAGTTCACATCGTTTCATATGTGATAGTAGATCATTCCTTCCCCT
TGTCTGTATCCGTTTGATAAGTTATAGCCAAA*GTTTTGAAATTTCTATTTTGGTTGTCT
TACACTTTGTG

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3C993JQ 557 0 0
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CAAGGGTTCAAATTAGCTTACTGCAGCAACCTATTTGCAATTAGTTCACATCGTTTCATA
TGTGATAGTAGATCATTCCTTCCCCTTGTCTGTATCCGTTTGATAAGTTATAGCCAAAAG
TTTTGAAATTTCTATTTTGGTTGTCTTACACTTTGTGTTAGCTCCAGATATATACGAGGA
AACAATATTTTCTTTCC

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 2

CO CL4756Contig1 504 2 1 U
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TCCATGATCCCACATTTTATTTCATGTTCCTTCTTCTATTTAAGTCAATGAAAAAGCCAA
AAAGAGGCAATGATTAATTGCCCG


BQ
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AF RR3B516JQ C 1
AF RR3B516TF U 1
BS 1 504 RR3B516TF

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GTGGGGGCTTAAACTAATGATTTGCAAGTTTGTTACAGTTGCTCGATGATGAGTCTACGA
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AAAGAGGCAATGATTAATTGCCCG

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR3B516TF 504 0 0
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CATACATCAAGGGTATCCAACAGAGACCTTGTTGCGCTTTCTTAAAGCCAGAGATTTTAA
TGTCCACAAATCTCACAAAATGGTTGGTTTCCTTTGGTTATAGAAGCCTTCTTTTGTCTC
GTGGGGGCTTAAACTAATGATTTGCAAGTTTGTTACAGTTGCTCGATGATGAGTCTACGA
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TCCATGATCCCACATTTTATTTCATGTTCCTTCTTCTATTTAAGTCAATGAAAAAGCCAA
AAAGAGGCAATGATTAATTGCCCG

QA 1 504 1 504
DS 



AS 1 2

CO CL4757Contig1 514 2 4 U
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GCTCCTCCTGCTTCATGCCGTTTCAACATCAGGGAACAAGATGTATAGTTGGCAAAATCT
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CATAACCCATGTAGCCCTTCAACCTGGGAAGACATGTGGTACATGTACCGGAACTGCTAA
TGGTATAAAATTTAACGATTGTTCATTATACCATAGATGCAAACGCATGGTAATGTAACT
CCAGTTTCCTCTATGCTCCAAATGGTTACGCTATGCGGGACACAGAAGAGGAGCATACCC
AAAGTCGACTATGCATATTTACAACTTTCTTTCGTTCTGTCTCCGTACGCTCTATGAGTA
CCAGTCGATATATATGTACTGTGCATCTATTAGAAAACCCATGTATCCTCTACTGTGTCC
CTTCAGGATTTTTATATGTGAAACAAGTTTCATT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3B382TF U 1
AF RR3FU61TF U 1
BS 1 365 RR3B382TF
BS 366 366 RR3FU61TF
BS 367 513 RR3B382TF
BS 514 514 RR3FU61TF

RD RR3B382TF 513 0 0
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GCTCCTCCTGCTTCATGCCGTTTCAACATCAGGGAACAAGATGTATAGTTGGCAAAATCT
CACCGGCGTCCATGAAGATGAAGGGATTTGGGATTCTCTTGCGCCGAATAAGGACCCTTA
CATAACCCATGTAGCCCTTCAACCTGGGAAGACATGTGGTACATGTACCGGAACTGCTAA
TGGTATAAAATTTAACGATTGTTCATTATACCATAGATGCAAACGCATGGTAATGTAACT
CCAGTTTCCTCTATGCTCCAAATGGTTACGCTATGCGGGACACAGAAGAGGAGCATACCC
AAAGT*GACTATGCATATTTACAACTTTCTTTCGTTCTGTCTCCGTACGCTCTATGAGTA
CCAGTCGATATATATGTACTGTGCATCTATTAGAAAACCCATGTATCCTCTACTGTGTCC
CTTCAGGATTTTTATATGTGAAACAAGTTTCAT

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3FU61TF 514 0 0
GGACACCACAAAAACATAAAAAGAAAAAGAAATAGTTGACGAAATGAAGACAATAGTCTT
GCTCCTCCTGCTTCATGCCGTTTCAACATCAGGGAACAAGATGTATAGTTGGCAAAATCT
CACTGGCGTCCATGAAGATGAAGGGATTTGGGATTCTCTTGCGCCGAATAAGGACCCTTA
CATAACCCATGTAGCCCTTCAACCTGGGAAGACATGTGGTACATGTACCGGAACTGCTAA
TGGTATAAAATTTAACGATTGTTCATTATACCATAGATGCAAACGCATGGTAATGTAACT
CCAGTTTCCTCTATGCTCCAAATGGTTACGCTATGCGGGACACAGAAGAGGAGCATACCC
AAAGTCGACTATGCATATTTACAACTTTCTTTCGTTCTGTCTCCGTACGCTCTATGAGTA
CCAGTCGATATATATGTACTGTGCATCTATTAGAAAACCCATGTATCCTCTACTGTGTCC
CTTCAGGATTTTTATATGTGAAACAAGTTTCATT

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 2

CO CL4758Contig1 761 2 29 U
AAAACAGTGATCTATTTTGTAGCTCTTCCTCTCGTATCTTCGCCCAGACAAGAAGCTACC
TTTATCCGAAGAGTTTTTAGGGTTTCCATTTCTTTCCCTTGTCGTACAACCAAAACTTCT
TCGAAACCCTAATATTAAGACCAGGCTTCAGCAAATCCTTGTCTGTTTGTTCCCTCAGGT
TCATGTCTGATCTTGAAGTTCAAGTCCCCACTGCCTTTGATCCGTTTGCTGAGGCAAATG
CTGAGGACACCGGAGCTGGAACAAAGGAATACGTGCACATACGTGTTCAGCAGCGTAATG
GTAGAAAAAGCCTGACCACTGTCCAGGGCCTTAAGAAAGAGTACAGCTATACCAAGATCC
TTAAAGACCTCAAGAAAGAATTCTGCTGCAATGGCACTGTCGTCCAGGACTCTGAACTAG
GACAGGTTATTCAGCTACAAGGTGATCAGAGGAAGAACGTCTCTACCTTCCTTATTCAGG
CTGGTCTGGTAAAGAAGGATAACATCAAGATCCATGGTTTTTGAGCAAATTCTACATACT
TGGTTGTTAGTTCATCCTTGTGCAACCAACTTGAATTTGCGTAATCAATCAATCAGCCCT
TCTCAAAGGCAGTATAAACAATCACTTATATATGATTAATAATGTTTTATATATATTGTC
AGAAAACAAAAATTAATGGTTTGTTTATGAGCGAATGTAACACAAATGTATGAACTTTTG
ATTTGCTATTGTACCGTGAGATTATCAATAAAACTTTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A788TF U 40
AF RR3GH82JQ C 1
BS 1 41 RR3GH82JQ
BS 42 57 RR3A788TF
BS 58 58 RR3GH82JQ
BS 59 107 RR3A788TF
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BS 109 109 RR3A788TF
BS 110 110 RR3GH82JQ
BS 111 115 RR3A788TF
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BS 118 154 RR3A788TF
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BS 156 310 RR3A788TF
BS 311 311 RR3GH82JQ
BS 312 379 RR3A788TF
BS 380 380 RR3GH82JQ
BS 381 473 RR3A788TF
BS 474 474 RR3GH82JQ
BS 475 480 RR3A788TF
BS 481 481 RR3GH82JQ
BS 482 549 RR3A788TF
BS 550 550 RR3GH82JQ
BS 551 582 RR3A788TF
BS 583 583 RR3GH82JQ
BS 584 629 RR3A788TF
BS 630 630 RR3GH82JQ
BS 631 641 RR3A788TF
BS 642 642 RR3GH82JQ
BS 643 656 RR3A788TF
BS 657 761 RR3GH82JQ

RD RR3A788TF 625 0 0
GG
GCCCAGACAAGAAGCTGCCTTTATCCGAAGAGTTTTTAGGGTTTCCATTTCTTTCCCTTG
TCGTACGATCAAAA**TCTTCGAAACCCTAATATTAAGACCAGGCTTCAGCAA*TCCTTG
TCTGTTTGTTCCCTCAGGTTCATGTCTGATCTTGAAGTTCAAGTCCCCACTGCCTTTGAT
CCGTTTGCTGAGGCAAATGCTGAGGACACCGGAGCTGGAACAAAGGAATACGTGCACATA
CGTGTTCAGCAGCGTAATGGTAGAAAAAGTCTGACCACTGTCCAGGGCCTTAAGAAAGAG
TACAGCTATACCAAGATCCTTAAAGACCTCAAGAAAGAGTTCTGCTGCAATGGCACTGTC
GTCCAGGACTCTGAACTAGGACAGGTTATTCAGCTACAAGGTGATCAGAGGAAGAACGTC
TCTACCTTCCTTGTTCAGGTTGGTCTGGTAAAGAAGGATAACATCAAGATCCATGGTTTT
TGAGCAAATTCTACATACTTGGTTGTTATTTCATCCTTGTGCAACCAACTTGAATTTGCG
TCATCAATCAATCAGCCCTTCTCAAAGGCAGTATAAACAATCACTTATGTATGATTAATA
GTGTTTTATATATAT
ATTGTCAG

QA 3 617 3 617
DS 

RD RR3GH82JQ 761 0 0
AAAACAGTGATCTATTTTGTAGCTCTTCCTCTCGTATCTTCGCCCAGACAAGAAGCTACC
TTTATCC*AGGAGTTTTTAGGGTTTCTATTTCTTTCCCTTTTCGTACAACCAAATCTTCT
TCGAAACCCTAATATTAAGACCAGGCTTCAGCAAATCCTTGTCTGTTTGTTCCCTCAGGT
TCATGTCTGATCTTGAAGTTCAAGTCCCCACTGCCTTTGATC*GTTTGCTGATGCAAATG
CTGAGGACGCTGGAGCTGGAACAAAGGAATACGTGCACATACGTGTTCAGCAGCGTAATG
GTA*AAAAAGCCTGACCACTGTCCAGGGCCTTAAGAAAGAGTACAGCTATACCAAGATCC
TTAAAGACCTCAAGAAAGAATTTTGCTGCAATGGCACTGTCGTCCAGGACTTTGAACTAG
GACAGGTTATTCAGCTACAAGGTGATCAGAGGAAGAACGTCTCTACCTTCCTTATTCAGG
CTGGTCTGGTAAAGAAGGATAACATCAAGATCCATGGTTTTTGAGCAAATTCTACATACT
TGGTTGTTAGTTCATCCTTGTGCAACCAACTTGAATTTGCGTAATTAATCAATCAGCCCT
TCTCAAAGGCAGTATAAACAATCACTTATATATGATTAATAATGTTTTATATATATTGTC
AGAAAACAAAAATTAATGGTTTGTTTATGAGCGAATGTAACACAAATGTATGAACTTTTG
ATTTGCTATTGTACCGTGAGATTATCAATAAAACTTTTACG

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL4759Contig1 989 2 2 U
GTACCGAGGCAAGTTGGAGAAGAGTGCTGTACTGAAAGCCCTATGTTCTGGTTTTGAGGA
GACGACTGAACCGTCTATATGCCTGAGCACAGAGATGGAGTCAAACGAATGCTTAGATAA
CAATGGCGGATGTTGGCAAGATAAATCAGCCAACATAACTGCTTGCAGGGATACTTTCCG
GGGAAGAGTATGTGAGTGTCCTCTAGTTGATGGTGTGAAATTCAAAGGGGATGGATACAG
CCACTGTGAACCAAGCGGGCCAGGAAGATGCACGATCAACAATGGAGGTTGTTGGCATGA
AGAAAGAGATGGACATGCGTTCTCTGCTTGTGTGGACAAGGATAGCGTTAAGTGCGAGTG
TCCTCCAGGATTCAAAGGAGACGGTGTTAAGAAGTGTGAAGACATTAATGAGTGCAAGGA
GAAGAAAGCTTGTCAGTGCCCTGAATGTAGCTGCAAGAATACCTGGGGAAGCTATGAGTG
CTCTTGTAGCGGTGACCTTCTCTACATCAGAGATCATGACACTTGCATCAGCAAGACTGG
TTCACAAGTGAAGTCAGCGTGGACGGCCGTTTGGCTTATAATGTTATCATTGGGACTTGC
AGCTGGTGGGGCGTACCTCGTTTACAAACATAGGTTAAGGCAATACATGGACTCAGAGAT
AAGAGCCATAATGGCACAGTACATGCCACTGGAGAGCCAACCCGAGGTCCCAAACCACGT
GAATGATGAACGCGCCTGAGAGAGTGAATGGTCCATCTATTTATTCCTCGTTGTGGCCAC
TTTGTTGCCTTTGTATCTTCTCTGTAACTCTACCAAATAGTGTATTTGCTGAAACAGGTT
TCGAAATTTTCAATGGTTTTATACTCTTTTGTAACGCATACTCGTGTGTGTGTTACTTTT
TTCACTTAGTCCCATGGGACTCGTGTAATAGGGAAACTTTTATTTACCTTCGTGGGATTA
GAAAAGAAAGAATATAACTTCAAAGTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BE83TF U 1
AF RR3BE83JQ C 206
BS 1 709 RR3BE83TF
BS 710 989 RR3BE83JQ

RD RR3BE83TF 709 0 0
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GACGACTGAACCGTCTATATGCCTGAGCACAGAGATGGAGTCAAACGAATGCTTAGATAA
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GGGAAGAGTATGTGAGTGTCCTCTAGTTGATGGTGTGAAATTCAAAGGGGATGGATACAG
CCACTGTGAACCAAGCGGGCCAGGAAGATGCACGATCAACAATGGAGGTTGTTGGCATGA
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TCCTCCAGGATTCAAAGGAGACGGTGTTAAGAAGTGTGAAGACATTAATGAGTGCAAGGA
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CTCTTGTAGCGGTGACCTTCTCTACATCAGAGATCATGACACTTGCATCAGCAAGACTGG
TTCACAAGTGAAGTCAGCGTGGACGGCCGTTTGGCTTATAATGTTATCATTGGGACTTGC
AGCTGGTGGGGCGTACCTCGTTTACAAACATAGGTTAAGGCAATACATGGACTCAGAGAT
AAGAGCCATAATGGCACAGTACATGCCACTGGAGAGCCAACCCGAGGTC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3BE83JQ 784 0 0
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AGATGCACGATCAACAATGGAGGTTGTTGGCATGAAGAAAGAGATGGACATGCGTTCTCT
GCTTGTGTGGACAAGGATAGCGTTAAGTGCGAGTGTCCTCCAGGATTCAAAGGAGACGGT
GTTAAGAAGTGTGAAGACATTAATGAGTGCAAGGAGAAGAAAGCTTGTCAGTGCCCTGAA
TGTAGCTGCAAGAATACCTGGGGAAGCTATGAGTGCTCTTGTAGCGGTGACCTTCTCTAC
ATCAGAGATCATGACACTTGCATCAGCAAGACTGGTTCACAAGTGAAGTCAGCGTGGACG
GCCGTTTGGCTTATAATGTTATCATTGGGACTTGCAGCTGGTGGGGCGTACCTCGTTTAC
AAACATAGGTTAAGGCAATACATGGACTCAGAGATAAGAGCCATAATGGCACAGTACATG
CCACTGGAGAGCCAACCCGAGGTCCCAAACCACGTGAATGATGAACGCGCCTGAGAGAGT
GAATGGTCCATCTATTTATTCCTCGTTGTGGCCACTTTGTTGCCTTTGTATCTTCTCTGT
AACTCTACCAAATAGTGTATTTGCTGAAACAGGTTTCGAAATTTTCAATGGTTTTATACT
CTTTTGTAACGCATACTCGTGTGTGTGTTACTTTTTTCACTTAGTCCCATGGGACTCGTG
TAATAGGGAAACTTTTATTTACCTTCGTGGGATTAGAAAAGAAAGAATATAACTTCAAAG
TTCG

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL4760Contig1 934 2 2 U
GCTGTTCTACGAGGGAAGGGTATACCAAAAGTTGTGAGCCTTGAACTACATGGGGAACTA
GTTGAGGGAAATATTCTCACCAACTTGTACGCTCTTCAAGGCAATTATTTTGGTGGTAAA
GAGGGAAAGAGTAAAATCCAGTGGCTTAGATCAATGGTTGGAAGCCCTGATCTCATCTCA
ATTCCAGGTGAGACAGGAAGGATGTATGAAGCTAATGTGGATGATGTCGGATACAGACTG
GTCGTTGTATATACACCCATACGTGAAGATGGTGTTGAAGGTCACCCAGTTTCTGCATCT
ACGGAACCTGTTTCTGTCGAACCTGATCTTTATAAGGAAGTGAAGCTGAAACTAGAAACT
GGTTTAGTTAAGTTTGAGGTGCTGTGTGACAAGGACCCTTATCCAAAAAAAGATTGCGGG
TGAGGGAAATCTGGAGAGACGGATGCTAGAAATGAACAGGAAGAGACTGAAGGTTGTGAA
ACCAGGTTCAAAGACGTCTTTCTCAAGTACTGAAGTTCGTGGAAGTTATGTTCCTCCTTT
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TGCAGTAGACATGGTGGTGCATTCACGCCATCTCCGCGATGTGATAGTGCTTGTAATCCG
TGGCTTTGCTCAGAAGTTTAACAGCACTTCACTCAACTCGCTACTTAAGATCGATGCTTG
AAATCTAAAAGAGTGGATTGCGTCTATTGCAAGTTTTTTCTGTGTGCCATTCATTATGTT
ATGGTGATGGAAACTAAGAGTGATTGCTCAATGAACCGAACTTCACCTGAGTTTCATATA
CTAGTTTTTAGGTTTGTTTTGGTTTATTCTGGTTGAAGAATCCATAACAATGTAAAAACC
CCCCATGAGAATGCTCAATGAACCGTTGTGGTTT


BQ
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AF RR3AW56TF U 1
AF RR3AW56JQ C 82
BS 1 811 RR3AW56TF
BS 812 934 RR3AW56JQ

RD RR3AW56TF 811 0 0
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GTTGAGGGAAATATTCTCACCAACTTGTACGCTCTTCAAGGCAATTATTTTGGTGGTAAA
GAGGGAAAGAGTAAAATCCAGTGGCTTAGATCAATGGTTGGAAGCCCTGATCTCATCTCA
ATTCCAGGTGAGACAGGAAGGATGTATGAAGCTAATGTGGATGATGTCGGATACAGACTG
GTCGTTGTATATACACCCATACGTGAAGATGGTGTTGAAGGTCACCCAGTTTCTGCATCT
ACGGAACCTGTTTCTGTCGAACCTGATCTTTATAAGGAAGTGAAGCTGAAACTAGAAACT
GGTTTAGTTAAGTTTGAGGTGCTGTGTGACAAGGACCCTTATCCAAAAAAAGATTGCGGG
TGAGGGAAATCTGGAGAGACGGATGCTAGAAATGAACAGGAAGAGACTGAAGGTTGTGAA
ACCAGGTTCAAAGACGTCTTTCTCAAGTACTGAAGTTCGTGGAAGTTATGTTCCTCCTTT
CCATGTGGAGACATTTCGTAATGATCAGAGAAGGCTGAGGGTTGTTGTAGACAGTGAGCA
TGCAGTAGACATGGTGGTGCATTCACGCCATCTCCGCGATGTGATAGTGCTTGTAATCCG
TGGCTTTGCTCAGAAGTTTAACAGCACTTCACTCAACTCGCTACTTAAGATCGATGCTTG
AAATCTAAAAGAGTGGATTGCGTCTATTGCAAGTTTTTTCTGTGTGCCATTCATTATGTT
ATGGTGATGGAAACTAAGAGTGATTGCTCAA

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3AW56JQ 853 0 0
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TGGCTTAGATCAATGGTTGGAAGCCCTGATCTCATCTCAATTCCAGGTGAGACAGGAAGG
ATGTATGAAGCTAATGTGGATGATGTCGGATACAGACTGGTCGTTGTATATACACCCATA
CGTGAAGATGGTGTTGAAGGTCACCCAGTTTCTGCATCTACGGAACCTGTTTCTGTCGAA
CCTGATCTTTATAAGGAAGTGAAGCTGAAACTAGAAACTGGTTTAGTTAAGTTTGAGGTG
CTGTGTGACAAGGACCCTTATCCAAAAAAAGATTGCGGGTGAGGGAAATCTGGAGAGACG
GATGCTAGAAATGAACAGGAAGAGACTGAAGGTTGTGAAACCAGGTTCAAAGACGTCTTT
CTCAAGTACTGAAGTTCGTGGAAGTTATGTTCCTCCTTTCCATGTGGAGACATTTCGTAA
TGATCAGAGAAGGCTGAGGGTTGTTGTAGACAGTGAGCATGCAGTAGACATGGTGGTGCA
TTCACGCCATCTCCGCGATGTGATAGTGCTTGTAATCCGTGGCTTTGCTCAGAAGTTTAA
CAGCACTTCACTCAACTCGCTACTTAAGATCGATGCTTGAAATCTAAAAGAGTGGATTGC
GTCTATTGCAAGTTTTTTCTGTGTGCCATTCATTATGTTATGGTGATGGAAACTAAGAGT
GATTGCTCAATGAACCGAACTTCACCTGAGTTTCATATACTAGTTTTTAGGTTTGTTTTG
GTTTATTCTGGTTGAAGAATCCATAACAATGTAAAAACCCCCCATGAGAATGCTCAATGA
ACCGTTGTGGTTT

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 2

CO CL4761Contig1 823 2 4 U
GGGTAATCAATCGAGAAGAGAGAGAGATGGGAAAAGAGATGGAGTCCCCGAAGGAGCAGA
GCTCTTACACCGTTGAGCAGCTCGTCGCCGTCAATCCCTTCAACCCTGAAATCTTACCTG
ATCTCGAAAACTACGTCAACGAGCAGGTTACATCGCAAACGTATAGCCTGGATGCAAATC
TATGCTTGCTTCGTCTCTATCAGTTTGAGCCTGAGCGCATGAATGCTCATATCGTGGCTC
AAATCCTGGTCAAGGCTCTTATGGCTATGCCAGCTCCAGACTTCAGCCTCTGCCTCTTCT
TGATTCCTGAAAGAGTGCAAATGGAGGAGCAGTTCAAGTCACTCATTGTTCTCTCACACT
ACCTTGAGACTGGTAGGTTCCAACAGTTCTGGGATGAAGCTGCCAAGAACCGTCACATTC
TTGAGTCTGTTCCAGGTTTTGAACAAGCTATCCAAGCGTATGCAAGTCACCTTATTAGCT
TAAGCTACCAAAAAGTTCCAAGATCTGTGCTTGCCGAGGCTGTCAACATGGATGGTGCAT
CTCTAGACAAGTTCATTGAGCACCAAGTGACTAACATGGGATGGATCGTAGAGAAAGGAG
ATGGAAGTATCGTCTTACCGCAGAATGAATTTAACCATCCGGAGCTTAAGAAAAATAATA
CAGGTGAGAATGTTCCCTTGGAACACGTCGCCCGCATCTTCCCCATCCTTGGTTAAACCA
GTTTGTCAGTACTCTTCAAATTTTCCTTTTTGTCTCCCTGGCCTTTAAACTAATGCAACA
CTTTAAGACACACTGTAATGTGATTTTTGCATTAACCATTATA


BQ
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AF RR3B133TF U 1
AF RR3B133JQ C 298
BS 1 785 RR3B133TF
BS 786 786 RR3B133JQ
BS 787 807 RR3B133TF
BS 808 823 RR3B133JQ

RD RR3B133TF 823 0 0
GGGTAATCAATCGAGAAGAGAGAGAGATGGGAAAAGAGATGGAGTCCCCGAAGGAGCAGA
GCTCTTACACCGTTGAGCAGCTCGTCGCCGTCAATCCCTTCAACCCTGAAATCTTACCTG
ATCTCGAAAACTACGTCAACGAGCAGGTTACATCGCAAACGTATAGCCTGGATGCAAATC
TATGCTTGCTTCGTCTCTATCAGTTTGAGCCTGAGCGCATGAATGCTCATATCGTGGCTC
AAATCCTGGTCAAGGCTCTTATGGCTATGCCAGCTCCAGACTTCAGCCTCTGCCTCTTCT
TGATTCCTGAAAGAGTGCAAATGGAGGAGCAGTTCAAGTCACTCATTGTTCTCTCACACT
ACCTTGAGACTGGTAGGTTCCAACAGTTCTGGGATGAAGCTGCCAAGAACCGTCACATTC
TTGAGTCTGTTCCAGGTTTTGAACAAGCTATCCAAGCGTATGCAAGTCACCTTATTAGCT
TAAGCTACCAAAAAGTTCCAAGATCTGTGCTTGCCGAGGCTGTCAACATGGATGGTGCAT
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ATGGAAGTATCGTCTTACCGCAGAATGAATTTAACCATCCGGAGCTTAAGAAAAATAATA
CAGGTGAGAATGTTCCCTTGGAACACGTCGCCCGCATCTTCCCCATCCTTGGTTAAACCA
GTTTGTCAGTACTCTTCAAATTTTCCTTTTTGTCTCCCTGGCCTTTAAACTAATGCAACA
CTTTA*GACACACTGTAATGTGATTTT
GCATTACCATTATAGT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3B133JQ 526 0 0
TCTTGATTCCTGAAAGAGTGCAAATGGAGGAGCAGTTCAAGTCACTCATTGTTCTCTCAC
ACTACCTTGAGACTGGTAGGTTCCAACAGTTCTGGGATGAAGCTGCCAAGAACCGTCACA
TTCTTGAGTCTGTTCCAGGTTTTGAACAAGCTATCCAAGCGTATGCAAGTCACCTTATTA
GCTTAAGCTACCAAAAAGTTCCAAGATCTGTGCTTGCCGAGGCTGTCAACATGGATGGTG
CATCTCTAGACAAGTTCATTGAGCACCAAGTGACTAACATGGGATGGATCGTAGAGAAAG
GAGATGGAAGTATCGTCTTACCGCAGAATGAATTTAACCATCCGGAGCTTAAGAAAAATA
ATACAGGTGAGAATGTTCCCTTGGAACACGTCGCCCGCTTCTTCCCCATCCTTGGTTAAA
CCAGTTTGTCAGTACTCTTCAAATTTTCCTTTTTGTCTCCCTGGCCTTTAAACTAATGCA
ACACTTTAAGACCCACTGTAATGTGATTTTTGCATTAACCATTATA

QA 1 526 1 526
DS 



AS 1 2

CO CL4762Contig1 1046 2 2 U
GCATATTAGCGTTGCTCGATGACTTGGATGAGTCCGTGCAACTAACTGCTGTGTCATGCT
TATTGATGGTCACAGAGTCAGCATCTAATGATGCTGTTGAACCTATCTTGTTGAATTTAT
CTGTTCGACTTCGTAACCTTCAGATTAGCATGGACCCGAAGATGAGAGCCAACTCATTTT
CAGCTTTTGGAGCATTAAGTAAATATGCTACTGGAGGGCAACGGGAGGGATTTGTTGAGC
AGATTCATTCCACTCTTCCCCGCTTGGTAGTACACCTCCATGACGACGATCCTAGCATAA
GACAGGCTTGTCGGGCAACCCTCAAGCAGTTTTCTCCACTCATGGACATACAAAATGATT
CTACTCTGTTTGATTCACGAGCTTTTGGTTCTGACCATAGAAATGACTATGAGAACTTCG
TAAGGGAATTCTCTAGACACTTGGTTCATGAGTCAGAAAGAGTTGATACTTACATGGCCT
CAACCATCCAGGCTTTTGATGCACCATGGCCGGTAATTCAAGCCAACGCAATACACTTCT
CCACCACCATGTTATCACTATCAGAGGATCAACATATGTTCTCTCACTACTATCCACAGG
TGTTTGAAACGCTGGTTAACAAGATGACCCGGTCACAAGATTCAGTAGTGAGAGCGGCAT
GCTCATCAGCCTTTGGGTTGCTGCTAAGATCAACCAAGTCAACATTGTGGAGAGGAGCTC
GACTTGATCGGACTGACTCAGGTAGAAAATCCAATGATCCCGACTCTGCTAAGAAATAAC
ATTTATATTGCAGTCTGTGAAAATCAACCGGTTGCTGCCAACAAAAAATCTGGCGGTTTG
CGATATAAGATCAATTGGTACAGTGTGCAACGTGATGTCGTAGTGTGTTTGTTGTAAAGT
GTTTTATGTTTTCATCTTGTAAAAAAAAGCGACTAAGTGTGGTCATCTCCTTTGACCGAA
TTCATGAAAGAAACATTCACACGAAGTGTTGTAGGCTCTGGACCTCTGTTCCTCTCTTGT
TTATTGTGATTTTGTGAGGCTTCTGG


BQ
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AF RR3A990TF U 1
AF RR3A990JQ C 218
BS 1 726 RR3A990TF
BS 727 1046 RR3A990JQ

RD RR3A990TF 726 0 0
GCATATTAGCGTTGCTCGATGACTTGGATGAGTCCGTGCAACTAACTGCTGTGTCATGCT
TATTGATGGTCACAGAGTCAGCATCTAATGATGCTGTTGAACCTATCTTGTTGAATTTAT
CTGTTCGACTTCGTAACCTTCAGATTAGCATGGACCCGAAGATGAGAGCCAACTCATTTT
CAGCTTTTGGAGCATTAAGTAAATATGCTACTGGAGGGCAACGGGAGGGATTTGTTGAGC
AGATTCATTCCACTCTTCCCCGCTTGGTAGTACACCTCCATGACGACGATCCTAGCATAA
GACAGGCTTGTCGGGCAACCCTCAAGCAGTTTTCTCCACTCATGGACATACAAAATGATT
CTACTCTGTTTGATTCACGAGCTTTTGGTTCTGACCATAGAAATGACTATGAGAACTTCG
TAAGGGAATTCTCTAGACACTTGGTTCATGAGTCAGAAAGAGTTGATACTTACATGGCCT
CAACCATCCAGGCTTTTGATGCACCATGGCCGGTAATTCAAGCCAACGCAATACACTTCT
CCACCACCATGTTATCACTATCAGAGGATCAACATATGTTCTCTCACTACTATCCACAGG
TGTTTGAAACGCTGGTTAACAAGATGACCCGGTCACAAGATTCAGTAGTGAGAGCGGCAT
GCTCATCAGCCTTTGGGTTGCTGCTAAGATCAACCAAGTCAACATTGTGGAGAGGAGCTC
GACTTG

QA 1 726 1 726
DS 

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GCAACGGGAGGGATTTGTTGAGCAGATTCATTCCACTCTTCCCCGCTTGGTAGTACAC*T
CCATGACGACGATCCTAGCATAAGACAGGCTTGTCGGGCAACCCTCAAGCAGTTTTCTCC
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TAGAAATGACTATGAGAACTTCGTAAGGGAATTCTCTAGACACTTGGTTCATGAGTCAGA
AAGAGTTGATACTTACATGGCCTCAACCATCCAGGCTTTTGATGCACCATGGCCGGTAAT
TCAAGCCAACGCAATACACTTCTCCACCACCATGTTATCACTATCAGAGGATCAACATAT
GTTCTCTCACTACTATCCACAGGTGTTTGAAACGCTGGTTAACAAGATGACCCGGTCACA
AGATTCAGTAGTGAGAGCGGCATGCTCATCAGCCTTTGGGTTGCTGCTAAGATCAACCAA
GTCAACATTGTGGAGAGGAGCTCGACTTGATCGGACTGACTCAGGTAGAAAATCCAATGA
TCCCGACTCTGCTAAGAAATAACATTTATATTGCAGTCTGTGAAAATCAACCGGTTGCTG
CCAACAAAAAATCTGGCGGTTTGCGATATAAGATCAATTGGTACAGTGTGCAACGTGATG
TCGTAGTGTGTTTGTTGTAAAGTGTTTTATGTTTTCATCTTGTAAAAAAAAGCGACTAAG
TGTGGTCATCTCCTTTGACCGAATTCATGAAAGAAACATTCACACGAAGTGTTGTAGGCT
CTGGACCTCTGTTCCTCTCTTGTTTATTGTGATTTTGTGAGGCTTCTGG

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 2

CO CL4763Contig1 1058 2 2 U
GGAGATTTTCCTCGTTTGGGGATAGATACGATTAGAAGGATGCCTACTACTGTCTTTAAC
GGTGTTTGTGAAGAAGCTTCTACTTCTATCTCTTGTGTTATTTGTATTGAAGACTACCGT
ATTGGTGACAAGCTTAGGATCTTACCTTGCAATCACAAGTTTCATGCTAAATGTGTTGAT
TTGTGGCTTGGCCAAAGGAGATCCTTTTGTCCGGTTTGTAAACGGGATGCAAGAACCATC
AACATTAATATGCCTGCATCACCATCAGAACGCACACCTCTGCTTTCTCCTAGCGTGACT
CCGACCTCGTCTTTTCTTTTATCATCATCACCTTCCACAAGCTCAGTTCAGTCATCTTAT
GATATTCCTTCATCTTCTTCAACAATGCAGCTACATACAGGCCCTATGTATCTCTCCCAC
TCTCGCTCCCATACAAGCTTCCAAAACGGTTCATTCAGTGGTTCACTGCCTATTTCGGTT
AGCCGAAGCTCAGTAGATCTCAGGGATGCCGTTTCCCGAGGATCTTACAACTCACCTCGC
TCTGTCCACTCAAGATATACGCATATACTTAGTCCGGGAAATGCATCAACGAGCTGGGTT
GTTGGGTCGGTATCAAGCCAGCGCGAGCATTCATTTACTATTAATGACTCGCAAAGGTCT
CTCTCTCACTTTGCCTCTGCTAGTTCTCTACCAGACTGCCAAACCGGTAAAAGGTAACTA
CGGACTAACTCAGGAGTTCAGTGTCAGGGGGCTCATTGTTTTGAAGACGCAGTTAACTAC
TCATTCGAGGAGGATGTCCCTTGGCTATGTTCTAAACCTAATGGCTGACCCATATGGCTG
CTTTTAGCAAACGATAGAGGTGAAATGAGTGTTCAGTGTGACTGTGAGTGATATTCTTCA
GATGTCCAGTTGTGGAGAATGATTGTGAGATGAGTGAGTTTGAAGAGTAAAGCGTCTTTT
GGTGAATCATTAAGGTAACCATTGAGTTTGGATATTATAATTTATCAGTAGCTTATTCCT
CTGATTCCTTCTGTATATACATGCATACTTGCTCCTTC


BQ
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AF RR3GR37TF U 1
AF RR3GR37JQ C 317
BS 1 701 RR3GR37TF
BS 702 1058 RR3GR37JQ

RD RR3GR37TF 701 0 0
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GGTGTTTGTGAAGAAGCTTCTACTTCTATCTCTTGTGTTATTTGTATTGAAGACTACCGT
ATTGGTGACAAGCTTAGGATCTTACCTTGCAATCACAAGTTTCATGCTAAATGTGTTGAT
TTGTGGCTTGGCCAAAGGAGATCCTTTTGTCCGGTTTGTAAACGGGATGCAAGAACCATC
AACATTAATATGCCTGCATCACCATCAGAACGCACACCTCTGCTTTCTCCTAGCGTGACT
CCGACCTCGTCTTTTCTTTTATCATCATCACCTTCCACAAGCTCAGTTCAGTCATCTTAT
GATATTCCTTCATCTTCTTCAACAATGCAGCTACATACAGGCCCTATGTATCTCTCCCAC
TCTCGCTCCCATACAAGCTTCCAAAACGGTTCATTCAGTGGTTCACTGCCTATTTCGGTT
AGCCGAAGCTCAGTAGATCTCAGGGATGCCGTTTCCCGAGGATCTTACAACTCACCTCGC
TCTGTCCACTCAAGATATACGCATATACTTAGTCCGGGAAATGCATCAACGAGCTGGGTT
GTTGGGTCGGTATCAAGCCAGCGCGAGCATTCATTTACTATTAATGACTCGCAAAGGTCT
CTCTCTCACTTTGCCTCTGCTAGTTCTCTACCAGACTGCCA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3GR37JQ 742 0 0
C
TTTATCATCATCACCT*CCACAAGCTCAGTTCAGTCATCTTATGATATTCCTTCATCTTC
TTCAACAATGCAGCTACATACAGGCCCTATGTATCTCTCCCACTCTCGCTCCCATACAAG
CTTCCAAAACGGTTCATTCAGTGGTTCACTGCCTATTTCGGTTAGCCGAAGCTCAGTAGA
TCTCAGGGATGCCGTTTCCCGAGGATCTTACAACTCACCTCGCTCTGTCCACTCAAGATA
TACGCATATACTTAGTCCGGGAAATGCATCAACGAGCTGGGTTGTTGGGTCGGTATCAAG
CCAGCGCGAGCATTCATTTACTATTAATGACTCGCAAAGGTCTCTCTCTCACTTTGCCTC
TGCTAGTTCTCTACCAGACTGCCAAACCGGTAAAAGGTAACTACGGACTAACTCAGGAGT
TCAGTGTCAGGGGGCTCATTGTTTTGAAGACGCAGTTAACTACTCATTCGAGGAGGATGT
CCCTTGGCTATGTTCTAAACCTAATGGCTGACCCATATGGCTGCTTTTAGCAAACGATAG
AGGTGAAATGAGTGTTCAGTGTGACTGTGAGTGATATTCTTCAGATGTCCAGTTGTGGAG
AATGATTGTGAGATGAGTGAGTTTGAAGAGTAAAGCGTCTTTTGGTGAATCATTAAGGTA
ACCATTGAGTTTGGATATTATAATTTATCAGTAGCTTATTCCTCTGATTCCTTCTGTATA
TACATGCATACTTGCTCCTTC

QA 2 742 2 742
DS 



AS 1 2

CO CL4764Contig1 611 2 2 U
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ATCTAGGATCGTTAACCTTCTAAAAGCATACACAAACCAGAAACAACTTATTAAAATACT
AGCAGTCCAGAGTAGGCACTTTAGCACATTTCATACATACCAACAAACGCTTAGATGTGA
TACTTTCGTAGATATGCTTCTTTAGGCAGTTTCAGCTTCAGGCTTAACAGAGCCCTTGTT
GCAGAACGTAGCACATGCTTTGGCACACTGTTCAAACGCTTCATTCACAACTTCACTTGC
ACCCGAGTTATGGACAGTGGTCATGGCACCACACACCGAGGATGTACACCCCAACTTGCA
GTATTCGTTGACATTATTACCAGAGTTCTCGAGGATGTCGTTGGGATATCCTGAAGGGCA
GACATTTGCGGAAACTTCTATGCATCCGCTAACGGGTAGACAAATTGACTTGGGTATCTG
AAGACGGCATATGTTAAAGGCATTTCTACTCGATTGGGATGGGCAGCAGACTCTTGCTTC
TACTTGAATTTGCACCATGACCAGACTCATTATGAGCACACACTTACACTTATGAGCTTG
TATTTTGGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX66TF C 1
AF RR3CX66JQ U 14
BS 1 13 RR3CX66TF
BS 14 611 RR3CX66JQ

RD RR3CX66TF 518 0 0
GGTAAAAAAGGCCCCCTTTAATTCATTTATTTAGATGATAGCAAGTAGAAGGCGTATACA
ATCTAGGATCGTTAACCTTCTAAAAGCATACACAAACCAGAAACAACTTATTAAAATACT
AGCAGTCCAGAGTAGGCACTTTAGCACATTTCATACATACCAACAAACGCTTAGATGTGA
TACTTTCGTAGATATGCTTCTTTAGGCAGTTTCAGCTTCAGGCTTAACAGAGCCCTTGTT
GCAGAACGTAGCACATGCTTTGGCACACTGTTCAAACGCTTCATTCACAACTTCACTTGC
ACCCGAGTTATGGACAGTGGTCATGGCACCACACACCGAGGATGTACACCCCAACTTGCA
GTATTCGTTGACATTATTACCAGAGTTCTCGAGGATGTCGTTGGGATATCCTGAAGGGCA
GACATTTGCGGAAACTTCTATGCATCCGCTAACGGGTAGACAAATTGACTTGGGTATCTG
AAGACGGCATATGTTAAAGGCATTTCTACTCGATTGGG

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR3CX66JQ 598 0 0
CCCTTTAATTCATTTATTTAGATGATAGCAAGTAGAAGGCGTATACAATCTAGGATCGTT
AACCTTCTAAAAGCATACACAAACCAGAAACAACTTATTAAAATACTAGCAGTCCAGAGT
AGGCACTTTAGCACATTTCATACATACCAACAAACGCTTAGATGTGATACTTTCGTAGAT
ATGCTTCTTTAGGCAGTTTCAGCTTCAGGCTTAACAGAGCCCTTGTTGCAGAACGTAGCA
CATGCTTTGGCACACTGTTCAAACGCTTCATTCACAACTTCACTTGCACCCGAGTTATGG
ACAGTGGTCATGGCACCACACACCGAGGATGTACACCCCAACTTGCAGTATTCGTTGACA
TTATTACCAGAGTTCTCGAGGATGTCGTTGGGATATCCTGAAGGGCAGACATTTGCGGAA
ACTTCTATGCATCCGCTAACGGGTAGACAAATTGACTTGGGTATCTGAAGACGGCATATG
TTAAAGGCATTTCTACTCGATTGGGATGGGCAGCAGACTCTTGCTTCTACTTGAATTTGC
ACCATGACCAGACTCATTATGAGCACACACTTACACTTATGAGCTTGTATTTTGGTCC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

CO CL4765Contig1 369 2 2 U
GAGAGAAGTCATGGATGGAAGCTGTGTGTGTGCTGGGCAGAAGCTGTTGATGTGAAGGGC
AAAATGGAAAGAAGCGACATCAGTTTTGAATGGTTTCATTATCCTAGACCACCTGAGGTA
TCATTGATGATGCAAGCATATCCTACAAGATGATAGAAGTACTCATCATTCATCCTTGAG
GACAAGGATGCTCTGAAGAAGGGAGTATTGTGACAGCTTAAAGCTATACCACTCTGGTTT
AGCTATTTATTATTTCCTTTTGGTTAAGCTGGTATGTTTCATTAACCGGTTTGTCGGTTC
ACTCAAACTATATGTACTGGTCTTACTACCATTTTAGAGAATCAATCAAACAATCAAATA
ATTATCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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AF RR3HB28JQ C 1
AF RR3HB28TF U 56
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BS 56 369 RR3HB28TF

RD RR3HB28JQ 369 0 0
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AAAATGGAAAGAAGCGACATCAGTTTTGAATGGTTTCATTATCCTAGACCACCTGAGGTA
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GACAAGGATGCTCTGAAGAAGGGAGTATTGTGACAGCTTAAAGCTATACCACTCTGGTTT
AGCTATTTATTATTTCCTTTTGGTTAAGCTGGTATGTTTCATTAACCGGTTTGTCGGTTC
ACTCAAACTATATGTACTGGTCTTACTACCATTTTAGAGAATCAATCAAACAATCAAATA
ATTATCTTT

QA 1 369 1 369
DS 

RD RR3HB28TF 314 0 0
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AGGTATCATTGATGATGCAAGCATATCCTACAAGATGATAGAAGTACTCATCATTCATCC
TTGAGGACAAGGATGCTCTGAAGAAGGGAGTATTGTGACAGCTTAAAGCTATACCACTCT
GGTTTAGCTATTTATTATTTCCTTTTGGTTAAGCTGGTATGTTTCATTAACCGGTTTGTC
GGTTCACTCAAACTATATGTACTGGTCTTACTACCATTTTAGAGAATCAATCAAACAATC
AAATAATTATCTTT

QA 1 314 1 314
DS 



AS 1 2

CO CL4766Contig1 1210 2 2 U
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TCTTGAATTTGGTTCTGAAACTTTGAGATAAGTCCATCTCTTAGAATAGATTGTTAGTAT
AAGTTTTGTTATAATATAATGTTACATGTCATTGTTGTTTTTAGTACTATCAATTAGTAC
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AGTAGGCATGGTAGTGATTTGACTTTCAACGTTATTTTTATTTTTGAACATATAGTTGAT
ATAAACAATAATCCGTTTGTGGATTCACAATAGTGTAGATAAAATATGATAATGCATATA
CATATATATTGTGTGAAGTGAGTGGTTTAGTATGTTAAATTATTAATCCTTAGAATGTAC
AAATGGAATCAGATCCACAACTACCATCAAAGCTTTGACTAATATATTGCCCAAAGTTTC
TTCAAATACAAAATGGCTCAATTCAACCTACCTTTCAAAGATGGTCAAACTGTTGAAGTA
AGATCCTTTGAACATGGATATCGCGGAGCTTGGTTTCGATGCAAGATAATAAGGATATAC
ATAGTGGCGGGGACATTGTACCACAGCTTGAAGTACTTGATTACGAGAACGAAGAGATAC
ATGAGCAACAAGTCTTTCAACGGTTTGAAGATGAGGAGAAAGAGTGGATAATGGTTCGAC
CCGCATACCCATCAGTACATAAAATCGAGGCTAACCCGGTACCTCTCGTGGGCCCTCATG
GTTCCTGGAAAGTCGGAGACTTAGTCGATTGGCATAAAGATGGTTGTTACTGGTCTGGAA
AGGTTTTTGCAATCAAGAACAATCATGCACTATAGGTTGAGCTGTATCCTCCACCACGTG
GTGAAGGAGAGACTTGCAACGCTTTGAGCAAGTACTTGCGTCGATCATTGGAATGGTCAC
TTGAAGATGGCTGGACATTGCCTTTTACGGTTAGTTTGTATTTTGATATGTGATTTCGAT
GTCTTTTTTTTTTCCTTAGATTTGTCAATCATGATCTTTGTTGATTCAGTAAGGAGTTAA
GGCAACTTAAGATCTTATGTAGTCTATATGGTCAGTTCAGGTTAGGGTATTTGCACATGA
TTGGTTAAGTTTATTATGATTGTGTTTCTTGTTCTTTTGATATACAATAAAAACTGCATG
TTGGTTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT45TF U 1
AF RR3FT45JQ C 430
BS 1 679 RR3FT45TF
BS 680 1210 RR3FT45JQ

RD RR3FT45TF 679 0 0
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AAGTTTTGTTATAATATAATGTTACATGTCATTGTTGTTTTTAGTACTATCAATTAGTAC
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AGTAGGCATGGTAGTGATTTGACTTTCAACGTTATTTTTATTTTTGAACATATAGTTGAT
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CATATATATTGTGTGAAGTGAGTGGTTTAGTATGTTAAATTATTAATCCTTAGAATGTAC
AAATGGAATCAGATCCACAACTACCATCAAAGCTTTGACTAATATATTGCCCAAAGTTTC
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AGATCCTTTGAACATGGATATCGCGGAGCTTGGTTTCGATGCAAGATAATAAGGATATAC
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ATGAGCAACAAGTCTTTCA

QA 1 679 1 679
DS 

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GAACATGGATATCGCGGAGCTTGGTTTCGATGCAAGATAATAAGGATATACATAGTGGCG
GGGACATTGTACCACAGCTTGAAGTACTTGATTACGAGAACGAAGAGATACATGAGCAAC
AAGTCTTTCAACGGTTTGAAGATGAGGAGAAAGAGTGGATAATGGTTCGACCCGCATACC
CATCAGTACATAAAATCGAGGCTAACCCGGTACCTCTCGTGGGCCCTCATGGTTCCTGGA
AAGTCGGAGACTTAGTCGATTGGCATAAAGATGGTTGTTACTGGTCTGGAAAGGTTTTTG
CAATCAAGAACAATCATGCACTATAGGTTGAGCTGTATCCTCCACCACGTGGTGAAGGAG
AGACTTGCAACGCTTTGAGCAAGTACTTGCGTCGATCATTGGAATGGTCACTTGAAGATG
GCTGGACATTGCCTTTTACGGTTAGTTTGTATTTTGATATGTGATTTCGATGTCTTTTTT
TTTTCCTTAGATTTGTCAATCATGATCTTTGTTGATTCAGTAAGGAGTTAAGGCAACTTA
AGATCTTATGTAGTCTATATGGTCAGTTCAGGTTAGGGTATTTGCACATGATTGGTTAAG
TTTATTATGATTGTGTTTCTTGTTCTTTTGATATACAATAAAAACTGCATGTTGGTTCTT
G

QA 1 781 1 781
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATGTGGTAGAGAAGATGACTATATAAAGCTTTATATTTCTTGTGTGGATGCTATTGTTCA
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CCACTCACTGTCGGATCATTCTTCTCCTTAGGTGGTGGTGGAGGTGGCCGTCTTGCTGCC
GCCATTACCTCCTCCTTACCGTTCAGAGCATTCCAACTCCATAGCCCACTGCCTATCCCT
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BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DZ42TF C 1
AF RR3DZ42JQ U 7
BS 1 6 RR3DZ42TF
BS 7 515 RR3DZ42JQ

RD RR3DZ42TF 515 0 0
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ATGTGGTAGAGAAGATGACTATATAAAGCTTTATATTTCTTGTGTGGATGCTATTGTTCA
GAAGAAGAAGAAGAAGATGGTTCTTCTTCAACAACTGGTTTGCCTCTCTCTCTAAGTTTA
GCCATGGACGCCTTCATTGCTTCTTTACGCTTCTTGCTCGCCAATACCTTAGCCTGAACT
CCACTCACTGTCGGATCATTCTTCTCCTTAGGTGGTGGTGGAGGTGGCCGTCTTGCTGCC
GCCATTACCTCCTCCTTACCGTTCAGAGCATTCCAACTCCATAGCCCACTGCCTATCCCT
ACCACAATCGCCCTGCGGTTAATTTGAGGAACTTGAAGGACGATGGGAGGAGTTGGCGGC
CGTGACCCGGGTGATGTAGAGGAGAGGCTGCCGGCGTGAGCAGCCGGTAAGAGAGGAGAG
AGTGAATGTGTCATGGCTGATCCAAGAATGAGTCC

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3DZ42JQ 509 0 0
GGTCTAGCCATAAGAATAAGTTGAAATAGAGTAGCGTGACATGATAGGTGATGAATGTGG
TAGAGAAGATGACTATATAAAGCTTTATATTTCTTGTGTGGATGCTATTGTTCAGAAGAA
GAAGAAGAAGATGGTTCTTCTTCAACAACTGGTTTGCCTCTCTCTCTAAGTTTAGCCATG
GACGCCTTCATTGCTTCTTTACGCTTCTTGCTCGCCAATACCTTAGCCTGAACTCCACTC
ACTGTCGGATCATTCTTCTCCTTAGGTGGTGGTGGAGGTGGCCGTCTTGCTGCCGCCATT
ACCTCCTCCTTACCGTTCAGAGCATTCCAACTCCATAGCCCACTGCCTATCCCTACCACA
ATCGCCCTGCGGTTAATTTGAGGAACTTGAAGGACGATGGGAGGAGTTGGCGGCCGTGAC
CCGGGTGATGTAGAGGAGAGGCTGCCGGCGTGAGCAGCCGGTAAGAGAGGAGAGAGTGAA
TGTGTCATGGCTGATCCAAGAATGAGTCC

QA 1 509 1 509
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4770Contig1 714 2 2 U
GAACCCGCTTAACCAAAAAAAACAAAAATGTTTACAACAATACGGATCCTTTTAGCTTCA
CTTCTCCTCATCATCTTCGTCTCTGCAACTCACTCAGCTCGTCAGAAGAGCGGTAACAAT
GGTTTAGGATTCGCCGGTGTGCCCGGATCCGGATATGCCGGGATACCCGGGTTTGGAAAC
GGGTTTCCGGGCACCGGAGTCGGCGGCGGATACGGCGGAGGGTACGGTGGTCCGAGCGGC
GGGTACGGGAAAGGAGGAGTGGTGAGGCCGACGGTGACTTGCAAAGAGAAAGGACCTTGT
AACGGCAAGAAGCTGAGGTGTCCTGCAAGGTGTTTCAGCTCTTTTAGCCGCTCCGGGAAA
GGATACGGCTGTGGAGGCGGAGGTGGTGGATGTACCATGGATTGTAAGAAGAAGTGTGTC
GCTTATTGCTAATAAAAAAAATAATTAAAGTCCGATCTTTATAATATATAGTCATTACAA
TGATTATATATTCGCTATGTTATTGTAGTTGATGGTCATGAAGTTTCTTTTGTCTTGATT
TGATTGTAGTAGTTTTTATATGCATTATATATGGTTGTGAACTTTTGTGATTGAATAAAT
GAGAAAACCTTACAGTTTTTCTCAATTTGTGTGTTTGTTGTATGTGAGAGTGAGATTATG
AGTTTTTTTTTTAATGTAATCTTTATTATCATGATTTTGATTGGATGCATGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DZ72TF U 1
AF RR3DZ72JQ C 197
BS 1 708 RR3DZ72TF
BS 709 714 RR3DZ72JQ

RD RR3DZ72TF 708 0 0
GAACCCGCTTAACCAAAAAAAACAAAAATGTTTACAACAATACGGATCCTTTTAGCTTCA
CTTCTCCTCATCATCTTCGTCTCTGCAACTCACTCAGCTCGTCAGAAGAGCGGTAACAAT
GGTTTAGGATTCGCCGGTGTGCCCGGATCCGGATATGCCGGGATACCCGGGTTTGGAAAC
GGGTTTCCGGGCACCGGAGTCGGCGGCGGATACGGCGGAGGGTACGGTGGTCCGAGCGGC
GGGTACGGGAAAGGAGGAGTGGTGAGGCCGACGGTGACTTGCAAAGAGAAAGGACCTTGT
AACGGCAAGAAGCTGAGGTGTCCTGCAAGGTGTTTCAGCTCTTTTAGCCGCTCCGGGAAA
GGATACGGCTGTGGAGGCGGAGGTGGTGGATGTACCATGGATTGTAAGAAGAAGTGTGTC
GCTTATTGCTAATAAAAAAAATAATTAAAGTCCGATCTTTATAATATATAGTCATTACAA
TGATTATATATTCGCTATGTTATTGTAGTTGATGGTCATGAAGTTTCTTTTGTCTTGATT
TGATTGTAGTAGTTTTTATATGCATTATATATGGTTGTGAACTTTTGTGATTGAATAAAT
GAGAAAACCTTACAGTTTTTCTCAATTTGTGTGTTTGTTGTATGTGAGAGTGAGATTATG
AGTTTTTTTTTTAATGTAATCTTTATTATCATGATTTTGATTGGATGC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3DZ72JQ 518 0 0
GAGTCGGCGGCGGATACGGCGGAGGGTACGGTGGTCCGAGCGGCGGGTACGGGAAAGGAG
GAGTGGTGAGGCCGACGGTGACTTGCAAAGAGAAAGGACCTTGTAACGGCAAGAAGCTGA
GGTGTCCTGCAAGGTGTTTCAGCTTTTTTAGCCGCTCCGGGAAAGGATACGGCTGTGGAG
GCGGAGGTGGTGGATGTACCATGGATTGTAAGAAGAAGTGTGTCGCTTATTGCTAATAAA
AAAAATAATTAAAGTCCGATCTTTATAATATATAGTCATTACAATGATTATATATTCGCT
ATGTTATTGTAGTTGATGGTCATGAAGTTTTTTTTGTCTTGATTTGATTGTAGTAGTTTT
TATATGCATTATATATGGTTGTGAACTTTTGTGATTGAATAAATGAGAAAACCTTACAGT
TTTTCTCAATTTGTGTGTTTGTTGTATGTGAGAGTGAGATTATGAGTTTTTTTTTTAATG
TAATCTTTATTATCATGATTTTGATTGGATGCATGAGC

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 2

CO CL4771Contig1 852 2 2 U
CACAACAACAGAGGATCGAGATTCCGAACAGCCACAACGAGAAACTGGTTGGTCTGCTTC
ACGAAACTGGTTCGAGAGAAGTTGTGGTCTTATGCCACGGATTTCGATCAAACAAGAATG
ACACAATCATGAAGAATGTGGCTGCTGCTATAGAGAAAGAAGGGATCAGCGCTTTCCGTT
TTGATTTCTCTGGAAATGGAGAAAGTGAAGGCAGTTTCTACTTTGGTAACTACAACCATG
AGGCTGATGATCTACATTCTGTCATCCAACACTTCTCTAACACGAACCGTGTGGTTCCTG
TTATCCTCGGACACAGTAAAGGAGGTGATGTGGTCCTCCTCTATGCCTCCAAGTATCATG
ATATCAGTAATGTAATCAATCTCTCGGGACGTTATCATCTCAAAAAAGGGATAGGAGAGC
GTATTGGGGAAGACTTTTTGGAAAAGTTTAAGCAACAAGGTTTCTTCCATGTTAACGATG
GAAAATCCAGCTACTGTGTTACTGAGGAGAGCATAATGGAGAGGCTGAACACTGATATGC
ATGAAGCTTGCCTCAAGATTGACAAAGATTGCAGAGTCTTGACGGTTCACGGATCAGAGG
ATGAGATTATACCTGTGGAAGATGCCAGGGAGTTTGCTAAGATCATACCCAACCACAAGC
TGGGAGATTGTGGAAAGAGCTGGTCATTGTTATACAAAACATCAAAGTCAGTTGGTTTCA
ACAGTTGTGGAGTTCATAAAGACGGTCACTGTGAAGAACAACTAATTCACAGACATGACC
CTGGATGCGCTGAATTGTTGAGCCTTCCAAAGAGGGTCAAGGTAGGTACTTGAGGGACTA
TGAATTTCATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A266TF U 1
AF RR3A266JQ C 348
BS 1 805 RR3A266TF
BS 806 852 RR3A266JQ

RD RR3A266TF 805 0 0
CACAACAACAGAGGATCGAGATTCCGAACAGCCACAACGAGAAACTGGTTGGTCTGCTTC
ACGAAACTGGTTCGAGAGAAGTTGTGGTCTTATGCCACGGATTTCGATCAAACAAGAATG
ACACAATCATGAAGAATGTGGCTGCTGCTATAGAGAAAGAAGGGATCAGCGCTTTCCGTT
TTGATTTCTCTGGAAATGGAGAAAGTGAAGGCAGTTTCTACTTTGGTAACTACAACCATG
AGGCTGATGATCTACATTCTGTCATCCAACACTTCTCTAACACGAACCGTGTGGTTCCTG
TTATCCTCGGACACAGTAAAGGAGGTGATGTGGTCCTCCTCTATGCCTCCAAGTATCATG
ATATCAGTAATGTAATCAATCTCTCGGGACGTTATCATCTCAAAAAAGGGATAGGAGAGC
GTATTGGGGAAGACTTTTTGGAAAAGTTTAAGCAACAAGGTTTCTTCCATGTTAACGATG
GAAAATCCAGCTACTGTGTTACTGAGGAGAGCATAATGGAGAGGCTGAACACTGATATGC
ATGAAGCTTGCCTCAAGATTGACAAAGATTGCAGAGTCTTGACGGTTCACGGATCAGAGG
ATGAGATTATACCTGTGGAAGATGCCAGGGAGTTTGCTAAGATCATACCCAACCACAAGC
TGGGAGATTGTGGAAAGAGCTGGTCATTGTTATACAAAACATCAAAGTCAGTTGGTTTCA
ACAGTTGTGGAGTTCATAAAGACGGTCACTGTGAAGAACAACTAATTCACAGACATGACC
CTGGATGCGCTGAATTGTTGAGCCT

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR3A266JQ 505 0 0
TCCAAGTATCATGATATCAGTAATGTAATCAATCTCTCGGGACGTTATCATCTCAAAAAA
GGGATAGGAGAGCGTATTGGGGAAGACTTTTTGGAAAAGTTTAAGCAACAAGGTTTCTTC
CATGTTAACGATGGAAAATCCAGCTACTGTGTTACTGAGGAGAGCATAATGGAGAGGCTG
AACACTGATATGCATGAAGCTTGCCTCAAGATTGACAAAGATTGCAGAGTCTTGACGGTT
CACGGATCAGAGGATGAGATTATACCTGTGGAAGATGCCAGGGAGTTTGCTAAGATCATA
CCCAACCACAAGCTGG*AGATTGTGGAAGGAGCTGGTCATTGTTATACAAAACATCAAAG
TCAGTTGGTTTCAACAGTTGTGGAGTTCATAAAGACGGTCACTGTGAAGAACAACTAATT
CACAGACATGACCCTGGATGCGCTGAATTGTTGAGCCTTCCAAAGAGGGTCAAGGTAGGT
ACTTGAGGGACTATGAATTTCATCT

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 2

CO CL4772Contig1 936 2 2 U
AAGAATGAAATGGTACGACATCCTCAGCCGCGATAGAACCTATGCACTAAGTGTGATGAT
GAACCCAGAAACGGCAAGTACCTTGAGCGTATGGGGAATAACGGCAGAGAAGAGGCTAAA
ACAAAGCATAGAGAAGGATCTTGAGCTAGTTTATGTTGCTCAATCATGTTTATCATGGGA
AGCTCTCCAGCATCAGTACATAAAAGTGGGAGATAGATTGAAAGCCTCTGATTCAGAAGG
TGGGTCATATGACGATGATATCTCTAAAGAATTTCAGAAGTTTCAGGTTTTGTTAGAGAG
ATTCTTGGAAGATGAGAGGTGTGAAGGGAAAAGAGTATTGAGCTTTGTTCAAAGAAGGTT
TGAGCTCACGAGCTTCTTTCAAGTCCCAAGACTTTCAGGATATAAAAGAAAGGGACCACA
TGAAGGTGAAGGAAGAGAAAGAAATGAGAAACAAGTGCTGAAAGCAATAGAGAGATGTAT
TACAGTCTTCTATGACTTTGTGAGAGCAGACATCAAGAGACCGTTTGTTTGGGAAAGACT
TAAAACTTCACTCGTCAACTCTCCTCTTATGGATGTGGAAGATCCTAGAGACATTAAGCT
TTTTCTTAGCCTAAAAAATTTACTCCAAAAGAAGGAACAATCGTTGAAGGAGGTGCAAGG
GAAGAAAAAGAAGAAGACTTGGTTTAAGAAGAAGAAATCTCATTACATGGAAGAAGATGA
AACTGAGAATGATGAAAACTCTATGTTGCTAACATTTATAAAGATAGAGTTAAAGCTTGT
GTCTAGAGTTTTACAAATGTCTTTGGTCTCATCTTCTCACCTCAAATGGTGTCAACACAA
GCTCAACAACATTGATTTCAATGGTGGCAAAATCTCTAGAAATTCCTCACCTGTTTTATT
CCCATCTTGATATTATAAAGTACTGTTTTCACTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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AF RR3GP14TF U 1
AF RR3GP14JQ C 103
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BS 614 936 RR3GP14JQ

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TGAAGGTGAAGGAAGAGAAAGAAATGAGAAACAAGTGCTGAAAGCAATAGAGAGATGTAT
TACAGTCTTCTATGACTTTGTGAGAGCAGACATCAAGAGACCGTTTGTTTGGGAAAGACT
TAAAACTTCACTCGTCAACTCTCCTCTTATGGATGTGGAAGATCCTAGAGACATTAAGCT
TTTTCTTAGCCTA

QA 1 613 1 613
DS 

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CTTTTTCTTAGCCTAAAAAATTTACTCCAAAAGAAGGAACAATCGTTGAAGGAGGTGCAA
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GAAACTGAGAATGATGAAAACTCTATGTTGCTAACATTTATAAAGATAGAGTTAAAGCTT
GTGTCTAGAGTTTTACAAATGTCTTTGGTCTCATCTTCTCACCTCAAATGGTGTCAACAC
AAGCTCAACAACATTGATTTCAATGGTGGCAAAATCTCTAGAAATTCCTCACCTGTTTTA
TTCCCATCTTGATATTATAAAGTACTGTTTTCACTTGT

QA 17 834 17 834
DS 



AS 1 2

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TAAAAGCTTTTATGGT


BQ
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AF RR3AG12JQ C 1
AF RR3AG12TF U 1
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TAAAAGCTTTTATGGT

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3AG12TF 496 0 0
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GAACAAGAGCAACATGAGAGGGGATCAGCTGGTGAGAGTGCAAGTGGAGATACCGAAGAG
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TGCTAATAGCAGCAGCAGTAGATGAATGAATGATTAGAAAAGAATGAAAGTTTTGACATT
TGGAAATGTGAATCTGATATATGAATATGAATTTACACATTATTGTTCTTTCTTGTTCTG
TAAAAGCTTTTATGGT

QA 1 496 1 496
DS 



AS 1 2

CO CL4774Contig1 496 2 1 U
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TGACGGCGATGGATGTTGTCTACGCGCTGAAGAGGCAGGGACGGACTTTGTATGGATTCG
GCGGTTGAAGGGAGGATGAGATTGGCGTTTGTAAATCGCGTTTGGTCTTTAGGGCTTTGA
TTTCTTATAAGCTGGTTCTAGGTTTCGTTTTAGAATTTTTCACCGGTTTGAATTTAATGA
AACGCTTCTTTTATCC


BQ
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AF RR3DQ40JQ C 1
AF RR3DQ40TF U 1
BS 1 496 RR3DQ40TF

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AACGCTTCTTTTATCC

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3DQ40TF 496 0 0
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CTGGGCGAGGAAAGGGAGGAAAGGGTTTGGGAAAGGGAGGAGCCAAGAGGCACAGGAAGG
TTCTCCGCGACAACATCCAGGGAATCACGAAGCCTGCGATTCGCCGTTTAGCGAGAAGAG
GTGGCGTGAAGCGTATCAGCGGCTTGATCTACGAGGAGACTCGCGGTGTTCTCAAGATCT
TTCTCGAGAATGTGATCCGTGACGCTGTTACTTACACTGAGCACGCTCGTAGGAAGACGG
TGACGGCGATGGATGTTGTCTACGCGCTGAAGAGGCAGGGACGGACTTTGTATGGATTCG
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TTTCTTATAAGCTGGTTCTAGGTTTCGTTTTAGAATTTTTCACCGGTTTGAATTTAATGA
AACGCTTCTTTTATCC

QA 1 496 1 496
DS 



AS 1 2

CO CL4775Contig1 817 2 4 U
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TCGGCTCATTCGAGATCCCTCCAGCTACTCTCGGCATGTTCGACACTGCAAGCGTCCTCA
TAACCGTCCCTATCTACGATAAACTCATCGTTCCCTTTGCGAGAAAATTCACAGGCTTAG
CAAAAGGCTTCACTGATCTACAACGTATGGGGATTGGACTGTTCATATCTGTCTTGAGCT
TGGCAGTTGCAGCTATCGTTGAGACGGTTCGGTTACGTTTAGTTCAAGAAAGTGGAGACG
TGGCAATCTTCTGGCAAGTCCCTCAGTACTTTCTTATGGGCACTGCTGGTGTGTTCTTCT
TCGTTGGTCGGATTCAGTTTTTCTATGAGCAGTCTCCAGATACAATGAGAAGTTTGTGTA
ACGCTTGGGCTCTTCTGACTACTACGCTTGGAAACTACTTGAGCTCGATGATTGTTACGG
TTGTGGCGTGTTTGAGCGGGAAAGATGATGGTTGGATTCCTTCGGACAACCTTAACAAGG
GACATCTTGATTACTTCTTCTGGCTTTTGGTCTGTCTTGGCTCTGTGAACATTCCTGTTT
TTGTCTTCTTCTCTCTTAAATACACGCATAAGAAGATTTAGTTGTAGAATCCGAAACACA
AAGACAATATCTCCAAGAACTCCCCTTCTTATTAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H375TF U 1
AF RR3H375JQ C 224
BS 1 708 RR3H375TF
BS 709 709 RR3H375JQ
BS 710 724 RR3H375TF
BS 725 817 RR3H375JQ

RD RR3H375TF 724 0 0
GCATCTCAGGAGAAGACACTATTCACGACCCATGGAAGCTATGTACCGTGACTCAAGTAG
AAGAAGTTAAGGTTCTGTTACGTTTGTTCCCTATTTGGGCCTCAGGGATCATCTTCTCAG
TCCTCCATTCACAGATCTACACTCTTTACGTCCAACAAGGACGGTCCATGACAAGAACCA
TCGGCTCATTCGAGATCCCTCCAGCTACTCTCGGCATGTTCGACACTGCAAGCGTCCTCA
TAACCGTCCCTATCTACGATAAACTCATCGTTCCCTTTGCGAGAAAATTCACAGGCTTAG
CAAAAGGCTTCACTGATCTACAACGTATGGGGATTGGACTGTTCATATCTGTCTTGAGCT
TGGCAGTTGCAGCTATCGTTGAGACGGTTCGGTTACGTTTAGTTCAAGAAAGTGGAGACG
TGGCAATCTTCTGGCAAGTCCCTCAGTACTTTCTTATGGGCACTGCTGGTGTGTTCTTCT
TCGTTGGTCGGATTCAGTTTTTCTATGAGCAGTCTCCAGATACAATGAGAAGTTTGTGTA
ACGCTTGGGCTCTTCTGACTACTACGCTTGGAAACTACTTGAGCTCGATGATTGTTACGG
TTGTGGCGTGTTTGAGCGGGAAAGATGATGGTTGGATTCCTTCGGACAACCTTAACAAGG
GACATCTTGATTACTTCTTCTGGCTTTTGGTCTGTCTTGGCTCTGTGA*CATTCCTGTTT
TTGT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3H375JQ 594 0 0
CACTGCAAGCGTCCTCATAACCGTCCCTATCTACGATAAACTCATCGTTCCCTTTGCGAG
AAAATTCACAGGCTTAGCAAAAGGCTTCACTGATCTACAACGTATGGGGATTGGACTGTT
CATATCTGTCTTGAGCTTGGCAGTTGCAGCTATCGTTGAGACGGTTCGGTTACGTTTAGT
TCAAGAAAGTGGAGACGTGGCAATCTTCTGGCAAGTCCCTCAGTACTTTCTTATGGGCAC
TGCTGGTGTGTTCTTCTTCGTTGGTCGGATTCAGTTTTTCTATGAGCAGTCTCCAGATAC
AATGAGAAGTTTGTGTAACGCTTGGGCTCTTCTGACTACTACGCTTGGAAACTACTTGAG
CTCGATGATTGTTACGGTTGTGGCGTGTTTGAGCGGGAAAGATGATGGTTGGATTCCTTC
GGACAACCTTAACAAGGGACATCTTGATTACTTCTTCTGGCTTTTGGTCTGTCTTGGCTC
TGTGAACATTCCTGTTTTTGTCTTCTTCTCTCTTAAATACACGCATAAGAAGATTTAGTT
GTAGAATCCGAAACACAAAGACAATATCTCCAAGAACTCCCCTTCTTATTAATC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 2

CO CL4776Contig1 1152 2 2 U
GGGGTCGAACGGTAGCATGTTTAATTTCTCGATTACTGTTCCGAATCTAGCTCAAAGTTC
GACCCTTTTTTACAATTCTCCTACACTAATCGATCAGATTTTGACGATTCGTTTTTAGTT
CATGTTGGTTTTTGAGTTTGAATCGAATCTAAGCTTAAAGTTCAATCCTTTTTTCAATTT
CTCTAAGACCACCAATCTGCTTTTTCTTTTATATTGTTTCTAATGTTTGACTTTGATTCA
TAAGATCTCATTGGTCTGAATTTCATATTATTGTCTGAATTTCATATTTGTTTCATAACA
AGATCATGGAGGAACATCATTGCCGCTTTTACTCCAAGATGCTCTCAAGATTCAGCATCG
GTCCATTCATGCTTGGTTTGGTGATTGTTCTAGTTGTCCGTGTGCTATATGTTTTGTACC
GCTGTGGCAAACCCTTTCCCAAAGGAGCTTCACGCTCGTTTACTACTCTGATTGTTCTTG
GTTCTGGGGGACACACGGCAGAGATGTTGAGCCTCCTTTCTGTTTTGCGCATGGACAGAT
TCACACCAAGGTTTTACATTGCTGCAGCTACTGATAACATGAGTCTCCACAAAGCTCGTT
CCTTTGAAGATTCTCTACTACCTCACAAGCCTGCTGTTAAGGAAGACGTCTCCTTACAGT
TCACGCAAATTTACCGGAGTCGAGAAGTTGGTCAGTCTTATGTTACTTCTGTTTGGACTA
CCATTCTTGCCACTCTTCACGCTCTCTGCCTAATGATCCGGATCAGACCCCAAGTGATTC
TTTGTAATGGTCCTGGGACATGTGTTCCTCTCTGTGTGATCGCTTTCTTGTTCAAGGTGG
TGGGAATCAGATGGTCATCGATCTTTTATGTTGAGAGTGTAGCAAGAGTTAAGAAGCTCT
CGTTAAGTGGATTGCTGCTTTACAAGTTAAGGATAGCTGATCAGTTCTTTGTTCAATGGC
CACAACTCCAAAAGAAGTATCCTCGGGCTCACTATGTTGGTTGCCTGATGTAAGCTGATA
TTTTCGGAACTATCCTCATACATAGATTTGCATTACAATAACTTAGAATAGCTACAAACT
CTTTTTATACAGTGTTGAAATACATCTTTTGGTTGCTCTGAACGCAAGTACAATCAGTGA
AGTTTTGTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AC59TF U 1
AF RR3AC59JQ C 436
BS 1 828 RR3AC59TF
BS 829 1152 RR3AC59JQ

RD RR3AC59TF 830 0 0
GGGGTCGAACGGTAGCATGTTTAATTTCTCGATTACTGTTCCGAATCTAGCTCAAAGTTC
GACCCTTTTTTACAATTCTCCTACACTAATCGATCAGATTTTGACGATTCGTTTTTAGTT
CATGTTGGTTTTTGAGTTTGAATCGAATCTAAGCTTAAAGTTCAATCCTTTTTTCAATTT
CTCTAAGACCACCAATCTGCTTTTTCTTTTATATTGTTTCTAATGTTTGACTTTGATTCA
TAAGATCTCATTGGTCTGAATTTCATATTATTGTCTGAATTTCATATTTGTTTCATAACA
AGATCATGGAGGAACATCATTGCCGCTTTTACTCCAAGATGCTCTCAAGATTCAGCATCG
GTCCATTCATGCTTGGTTTGGTGATTGTTCTAGTTGTCCGTGTGCTATATGTTTTGTACC
GCTGTGGCAAACCCTTTCCCAAAGGAGCTTCACGCTCGTTTACTACTCTGATTGTTCTTG
GTTCTGGGGGACACACGGCAGAGATGTTGAGCCTCCTTTCTGTTTTGCGCATGGACAGAT
TCACACCAAGGTTTTACATTGCTGCAGCTACTGATAACATGAGTCTCCACAAAGCTCGTT
CCTTTGAAGATTCTCTACTACCTCACAAGCCTGCTGTTAAGGAAGACGTCTCCTTACAGT
TCACGCAAATTTACCGGAGTCGAGAAGTTGGTCAGTCTTATGTTACTTCTGTTTGGACTA
CCATTCTTGCCACTCTTCACGCTCTCTGCCTAATGATCCGGATCAGACCCCAAGTGATTC
TTTGTAATGGTCCTGGGACATGTGTTCCTCTCTGTGTGATCGCTTTCT
GT

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR3AC59JQ 717 0 0
TTCCCAAAGGAGCTTCACGCTCGTTTACTACTCTGATTGTTCTTGGTTCTGGGGGACACA
CGGCAGAGATGTTGAGCCTCCTTTCTGTTTTGCGCATGGACAGATTCACACCAAGGTTTT
ACATTGCTGCAGCTACTGATAACATGAGTCTCCACAAAGCTCGTTCCTTTGAAGATTCTC
TACTACCTCACAAGCCTGCTGTTAAGGAAGACGTCTCCTTACAGTTCACGCAAATTTACC
GGAGTCGAGAAGTTGGTCAGTCTTATGTTACTTCTGTTTGGACTACCATTCTTGCCACTC
TTCACGCTTTCTGCCTAATGATCCGGATCAGACCCCAAGTGATTCTTTGTAATGGTCCTG
GGACATGTGTTCCTCTCTGTGTGATCGCTTTCTTGTTCAAGGTGGTGGGAATCAGATGGT
CATCGATCTTTTATGTTGAGAGTGTAGCAAGAGTTAAGAAGCTCTCGTTAAGTGGATTGC
TGCTTTACAAGTTAAGGATAGCTGATCAGTTCTTTGTTCAATGGCCACAACTCCAAAAGA
AGTATCCTCGGGCTCACTATGTTGGTTGCCTGATGTAAGCTGATATTTTCGGAACTATCC
TCATACATAGATTTGCATTACAATAACTTAGAATAGCTACAAACTCTTTTTATACAGTGT
TGAAATACATCTTTTGGTTGCTCTGAACGCAAGTACAATCAGTGAAGTTTTGTAACC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL4777Contig1 863 2 10 U
GCCATATGGAGAATTCATAAGAAATCAACAAAATCCAAACATGGTAACATTACCAAACAG
AGAAGTCATGCTGGTCATAATACAGACAAAGCTCGTCTTTTATGTCTCAAGACCAAATTT
TTTCTTAATTTTTCATGACTGTTTAATGTCCTCATCGATCTCATCTTCATCTCGATAGAT
GCTTTCCGCCATTTGCCAGACCTGTAGACTGTTGTCTTCTGCTACACTTGCAATGACCCA
AGGCTCGTTTTTGTTCCAAGCAAAATCTGATATCTTAGCCTTGTGGCCACCGTGAGAAAA
GAGCAACTCTGGTGGACCATCTTCTGCATCCAACTCTATCTCAAGCTGCTCTTCTCCAAC
CCTGTTCAGGTCCCAGACCATCAGCCGCCTGTCTTCACCGGAAGATGCAAGCACTGTTTC
ATGGTTAGGATCCCACTCCACTTGGAAAACCTCTCCCTCGTGGCTGCTCAAGACGTGCAA
TGGCACATTCAGCTTCCGGAGGTCAAACAAGGCAACAGTTGAGTCTGACGAAGCTGTTGC
TAAAACCCATTCGTTGAACGGATTGAAAGACAAATAGTTCACCTCTTTCTCGTGAACTTT
CACTTGGTGTTGCATTTGGTTTGCCCGTGTGTCCCATATCACCAATCGACCATCACCACC
AGCAGAACCAAAAAGGTTCTCGTTCTTCATGTGCCACGCTACATCTTCCACAGCGCATTC
ATGTCCCTCATACACAAACATTGCATTCAGAACCTTATCTTGCGGCGTAGCTGAAACATC
CCAAAGGCAGATCTTCTTATCCTGCGAACCACTCAGAAGATAACCTTCCTTGAAGGGACT
CCAGGACAATCCATACCCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GO65JQ U 1
AF RR3GF52TF C 283
BS 1 357 RR3GO65JQ
BS 358 358 RR3GF52TF
BS 359 387 RR3GO65JQ
BS 388 388 RR3GF52TF
BS 389 495 RR3GO65JQ
BS 496 496 RR3GF52TF
BS 497 765 RR3GO65JQ
BS 766 766 RR3GF52TF
BS 767 786 RR3GO65JQ
BS 787 863 RR3GF52TF

RD RR3GO65JQ 798 0 0
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AGAAGTCATGCTGGTCATAATACAGACAAAGCTCGTCTTTTATGTCTCAAGACCAAATTT
TTTCTTAATTTTTCATGACTGTTTAATGTCCTCATCGATCTCATCTTCATCTCGATAGAT
GCTTTCCGCCATTTGCCAGACCTGTAGACTGTTGTCTTCTGCTACACTTGCAATGACCCA
AGGCTCGTTTTTGTTCCAAGCAAAATCTGATATCTTAGCCTTGTGGCCACCGTGAGAAAA
GAGCAACTCTGGTGGACCATCTTCTGCATCCAACTCTATCTCAAGCTGCTCTTCTCCCAC
CCTGTTCAGGTCCCAGACCATCAGCCGTCTGTCTTCACCGGAAGATGCAAGCACTGTTTC
ATGGTTAGGATCCCACTCCACTTGGAAAACCTCTCCCTCGTGGCTGCTCAAGACGTGCAA
TGGCACATTCAGCTTGCGGAGGTCAAACAAGGCAACAGTTGAGTCTGACGAAGCTGTTGC
TAAAACCCATTCGTTGAACGGATTGAAAGACAAATAGTTCACCTCTTTCTCGTGAACTTT
CACTTGGTGTTGCATTTGGTTTGCCCGTGTGTCCCATATCACCAATCGACCATCACCACC
AGCAGAACCAAAAAGGTTCTCGTTCTTCATGTGCCACGCTACATCTTCCACAGCGCATTC
ATGTCCCTCATACACAAACATTGCATTCAGAACCTTATCTTGCGGTGTAGCTGAAACATC
CCAAAG
CATATCTTCTTA

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3GF52TF 581 0 0
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AAGCTGCTCTTCTCCAACCCTGTTCAGGTCCCAGACCATCAGCCGCCTGTCTTCACCGGA
AGATGCAAGCACTGTTTCATGGTTAGGATCCCACTCCACTTGGAAAACCTCTCCCTCGTG
GCTGCTCAAGACGTGCAATGGCACATTCAGCTTCCGGAGGTCAAACAAGGCAACGGTTGA
GTCTGACGAAGCTGTTGCTAAAACCCATTCGTTGAACGGATTGAAAGACAAATAGTTCAC
CTCTTTCTCGTGAACTTTCACTTGGTGTTGCATTTGGTTTGTCCGTGTGTCCCATATCAC
CAATCGACCATCATCACCAGCAGAGCCAAAAAGGTTCTCGTTCTTCATGTGCCACGCTAC
ATCTTCCACAGCGCATTCATGTCCCTCATACACAAACATTGCATTCAGAATCTTATCTTG
CGGCGTAGCTGAAACATCCCAAAGGCAGATCTTCTTATCCTGCGAACCACTCAGAAGATA
ACCTTCCTTGAAGGGACTCCAGGACAATCCATACCCTTCCC

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 2

CO CL4778Contig1 933 2 3 U
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TTTCATATTCCGTGAGGAGCATAGAGCGGAGTTGGACTGGCCAAAAAGGATGGGCATAAT
CCGAGGGATTGCTCGGGGAATCTTGTATCTTCATCAAGATTCAAGACTGAGGATCATCCA
CAGGGACCTCAAGGCCAGCAATGTGCTTCTTGACAACGAGATGATCCCCAAGATTGCTGA
CTTTGGCATGGCAAGAATCTTTGGGGGTAACCAAATCGAAGGAAGCACTAACCGAGTTGT
TGGAACATATGGATATATGTCACCAGAGTATGCAATGGATGGTCAGTTCTCAATAAAATC
CGACGTCTACAGCTTCGGAATATTGATCTTAGAGATCATAACCGGAAAGAAAAATAGTGT
CATCTACGACGAGAATTCAAATCTAGTCGGACATATTTGGGGTCTATGGGAAAAAGGCGA
AGCAAGAGTGATTATAGACACGCTGATGGACGCAGAGAGTTATGAAGAGAGCGAAGTGAT
GAAGTGCGTACACATTGGGTTGCTTCGCGTGCAAGAAAGCGCTTCGGACAGACCAGACAT
GTCTTCCGTCGTGTTCGTGTTGGGACATAACGCCATTGATCTTCCATCTCCGAATCATCC
TGCGTTTACGGTGGGAAGGAACAGAAACGTCAAAACCGGCGGCAGCTCTGGTAATTGGCC
CAGTGGAGAGACTGGTATTTCTCTTAATGATGTTACCCTCACCGACGTCCAAGGTCGTTG
AAAAGGAATATAGCTAGTGTGTTCCTTACCCTATGTTATTACAATGGTGTTTACTCAATA
GGTATATAGTTAAATTATAATTGTTTATGGATCTTTATAGAAAGTGTATTTTATGAATGT
AATGTAGAATTAATGTTATAAAGGTATAACTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AX66TF U 26
AF RR3AX66JQ C 1
BS 1 25 RR3AX66JQ
BS 26 769 RR3AX66TF
BS 770 933 RR3AX66JQ

RD RR3AX66TF 744 0 0
GTATACGAATATTTACCAAACAAGAGCTTAGACTGTTTCATATTCCGTGAGGAGCATAGA
GCGGAGTTGGACTGGCCAAAAAGGATGGGCATAATCCGAGGGATTGCTCGGGGAATCTTG
TATCTTCATCAAGATTCAAGACTGAGGATCATCCACAGGGACCTCAAGGCCAGCAATGTG
CTTCTTGACAACGAGATGATCCCCAAGATTGCTGACTTTGGCATGGCAAGAATCTTTGGG
GGTAACCAAATCGAAGGAAGCACTAACCGAGTTGTTGGAACATATGGATATATGTCACCA
GAGTATGCAATGGATGGTCAGTTCTCAATAAAATCCGACGTCTACAGCTTCGGAATATTG
ATCTTAGAGATCATAACCGGAAAGAAAAATAGTGTCATCTACGACGAGAATTCAAATCTA
GTCGGACATATTTGGGGTCTATGGGAAAAAGGCGAAGCAAGAGTGATTATAGACACGCTG
ATGGACGCAGAGAGTTATGAAGAGAGCGAAGTGATGAAGTGCGTACACATTGGGTTGCTT
CGCGTGCAAGAAAGCGCTTCGGACAGACCAGACATGTCTTCCGTCGTGTTCGTGTTGGGA
CATAACGCCATTGATCTTCCATCTCCGAATCATCCTGCGTTTACGGTGGGAAGGAACAGA
AACGTCAAAACCGGCGGCAGCTCTGGTAATTGGCCCAGTGGAGAGACTGGTATTTCTCTT
AATGATGTTACCCTCACCGACGTC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3AX66JQ 933 0 0
CGTTGAATCGGAAGAGAAGATGTTGGTATACGAATATTTACCAAACAAGAGCTTAGACTG
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CCGAGGGATTGCTCGGGGAATCTTGTATCTTCATCAAGATTCAAGACTGAGGATCATCCA
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DS 



AS 1 2

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TCTCAGGATAAATGAGCTTTTTCTGGAGTTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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DS 

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A
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TGGCTGCGTTGGAGGAAAGTAACGCTGGGATTAACCGGTACGATCCGGTTTGTTTCTCCG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ70TF U 1
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BS 748 1037 RR3AJ70JQ

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QA 1 747 1 747
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TTTGAGTTCTCCTTATGCCGCCGGCGAACAGACTTTCGCCGCCGGGATATTCGTATTTTA
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AAGAAAAATATAAGGAAAGAAAACAAAATGAATTGATAAAAAAAAATGAAAATTTTGGTT
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GATTCAACAG

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3DQ09TF U 1
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QA 1 531 1 531
DS 

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TTACCTTATACATGGATGAGGAAGAGAAACGCAACTTTTACTTGGAGAATCCCAAAAAAT
AAAACATTTTATTATGATAAATAAATTATATTTCCGGTTGCTTTTGATATGTTTCTGTTT
TCACTCTTATCAGGTTGCTTTCTATGCCATTACTAAAAAAATTATGTTGACAATTATGAA
AAGAAGTAAAATTCGTTTTGTGATGCAATGGTTATAATTTGTAATTGAAATCGATAAAGA
AAAATAATTTCAGTTTC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL4782Contig1 496 2 1 U
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ATTCTAAAGTTGGATC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B375JQ C 1
AF RR3B375TF U 1
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ATTCTAAAGTTGGATC

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3B375TF 496 0 0
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CACTCAACACCAGTTCTCCTTGCTGCTGGGGAGAGAGCTGAGCTCGCAACTGACAAGTAC
ATTCCGTTGTCTCCCATACTGGAAGGTTTCATCATATTGAAAGAAAATCCAGACTATAGA
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TAATGGTTGTTATGTGCACAACGAATCCTTTTATTTGCTTAGTTTTATTGGTTTTATGTT
CCCATTAAATGGTTTAGTTAACATTTTATTTTTGTTGAAACGCTTATTATGCACTAAATC
ATTCTAAAGTTGGATC

QA 1 496 1 496
DS 



AS 1 2

CO CL4783Contig1 723 2 2 U
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AAGGAACCGCTAATACCTTCACGGGTTTCACATCTACTGTTAATAACAACAACAACGACA
TCGCTCCTACACCAAACCAAGTTCCTCATTTCATGAAAACCGTAACACAAGGGCCAATCC
AATCCTCCTCAGTTGCAATGGCATGCGAACTTCCAATTGCTAGAAGAGCTTCACTTCATC
GGTTCTTGGCAAAGAGAAAGGATAGGGTTACATCAAAGGCACCATACCAGTTAAACGATC
CAGCCAAAGCGTCTACAAAGCCTCAAACCGGAAACAACACCACCTCTTGGCTTGGTTTAT
CAGCTGAAATGTGACGTGATACCGCTAAACCACAATAAACCGTACCGGGCTATTCTTTTG
ACGTTGCATCAATAAAACAAGAACAAAACTCCTGCGTCCATGGTTCTTAATTATATTCTT
TTCACAGCTATTTAATTAGTAGGAAATTTCATATATTTGTATGTATGTGATTAGTATATG
ATTAGCGATCAATTCTTGTTAGCGTCTGTCGTTTCTAGGTACTTGTATGATTGTATCATG
TCTGTCTAAATCCCTATCTCTGGGTTATGTCAAGATTAGTCTCGTATGTTACTGATTTTG
TAAGGACAACAAATTTTGTTGACCACTACTAAACTTTGTTTCGTTTAAATTCTTTCTTTG
TCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3E924TF U 1
AF RR3E924JQ C 96
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AATCCTCCTCAGTTGCAATGGCATGCGAACTTCCAATTGCTAGAAGAGCTTCACTTCATC
GGTTCTTGGCAAAGAGAAAGGATAGGGTTACATCAAAGGCACCATACCAGTTAAACGATC
CAGCCAAAGCGTCTACAAAGCCTCAAACCGGAAACAACACCACCTCTTGGCTTGGTTTAT
CAGCTGAAATGTGACGTGATACCGCTAAACCACAATAAACCGTACCGGGCTATTCTTTTG
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TTCACAGCTATTTAATTAGTAGGAAATTTCATATATTTGTATGTATGTGATTAGTATATG
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QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3E924JQ 628 0 0
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ATTGCTAGAAGAGCTTCACTTCATCGGTTCTTGGCAAAGAGAAAGGATAGGGTTACATCA
AAGGCACCATACCAGTTAAACGATCCAGCCAAAGCGTCTACAAAGCCTCAAACCGGAAAC
AACACCACCTCTTGGCTTGGTTTATCAGCTGAAATGTGACGTGATACCGCTAAACCACAA
TAAACCGTACCGGGCTATTCTTTTGACGTTGCATCAATAAAACAAGAACAAAACTCCTGC
GTCCATGGTTCTTAATTATATTCTTTTCACAGCTATTTAATTAGTAGGAAATTTCATATA
TTTGTATGTATGTGATTAGTATATGATTAGCGATCAATTCTTGTTAGCGTCTGTCGTTTC
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TTAGTCTCGTATGTTACTGATTTTGTAAGGACAACAAATTTTGTTGACCACTACTAAACT
TTGTTTCGTTTAAATTCTTTCTTTGTCT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3BN30JQ U 1
AF RR3E647JQ U 15
BS 1 137 RR3BN30JQ

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TGATAATTAAAAAAAGGAAATAGGAGTGGTTAAAGGAAATCAAGGGGTTGAGGGGATTTG
GGAATCCCAAATGTCCC

QA 1 137 1 137
DS 

RD RR3E647JQ 123 0 0
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AGGAAATAGGAGTGGTTAAAGGAAATCAAGGGGTTGAGGGGATTTGGGAATCCCAAATGT
CCC

QA 1 123 1 123
DS 



AS 1 2

CO CL4785Contig1 574 2 4 U
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CCAAAGTTCAGAGGATTATGACCCAACCTATCAACTTGATTTTTAGGTTTCTTCAAAGTA
AAGCTAGGATCCAGATTTGGCTTTTTGAGCAGAAGGATCTGAGGATTGAAGGAAGGATTA
CTGGTTTTGACGAGTACATGAACCTAGTGTTGGATGAAGCTGAAGAAGTAAGCATCAAGA
AGAACACCAGGAAACCACTTGGAAGGATTCTGCTTAAAGGAGACAACATCACTCTGATGA
TGAACACGGGAAAGTAATGTCTGTTCTCAACACTCTCTCGAGGATTAGTGGATCTGCGTT
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GATAATACCTTCTCTCCATGATCGTGTAATATTGCAATGTAGTGACAAGTTTGAGAAATT
ATGGAACTTGGTGGTTGAATCTTATTAGTAACACTGTTTTTCTTTTGTTTGGAGTATTGT
ATTACAAAAGAGTCGAATTGTTTCACAATTTATT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CU03TF U 1
AF RR3AT35TF U 3
BS 1 435 RR3CU03TF
BS 436 436 RR3AT35TF
BS 437 503 RR3CU03TF
BS 504 574 RR3AT35TF

RD RR3CU03TF 503 0 0
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CCAAAGTTCAGAGGATTATGACCCAACCTATCAACTTGATTTTTAGGTTTCTTCAAAGTA
AAGCTAGGATCCAGATTTGGCTTTTTGAGCAGAAGGATCTGAGGATTGAAGGAAGGATTA
CTGGTTTTGACGAGTACATGAACCTAGTGTTGGATGAAGCTGAAGAAGTAAGCATCAAGA
AGAACACCAGGAAACCACTTGGAAGGATTCTGCTTAAAGGAGACAACATCACTCTGATGA
TGAACACGGGAAAGTAATGTCTGTTCTCAACACTCTCTCGAGGATTAGTGGATCTGCGTT
TCGACTATCTCCAAAGCTTTTGCTAAATATATGTTGAGTTAAGTTCTTCTTCAGTTGACT
GATAATACCTTCTCTTCATGATCGTGTAATATTGCAATGTAGTGACAAGTTTGAGAAATT
ATGGAACTTGGTGGTTGAATCTT

QA 1 503 1 503
DS 

RD RR3AT35TF 572 0 0
CTCCCCGAAGCGTTGAGAGAGAGAGAGAGAATTCAAACGTCGGCAGCGATGGCGAGCACC
AAAGTTCAGAGGATTATGACCCAACCTATCAACTTGATTTTTAGGTTTCTTCAAAGTAAA
GCTAGGATCCAGATTTGGCTTTTTGAGCAGAAGGATCTGAGGATTGAAGGAAGGATTACT
GGTTTTGACGAGTACATGAACCTAGTGTTGGATGAAGCTGAAGAAGTAAGCATCAAGAAG
AACACCAGGAAACCACTTGGAAGGATTCTGCTTAAAGGAGACAACATCACTCTGATGATG
AACACGGGAAAGTAATGTCTGTTCTCAACACTCTCTCGAGGATTAGTGGATCTGCGTTTC
GACTATCTCCAAAGCTTTTGCTAAATATATGTTGAGTTAAGTTCTTCTTCAGTTGACTGA
TAATACCTTCTCTCCATGATCGTGTAATATTGCAATGTAGTGACAAGTTTGAGAAATTAT
GGAACTTGGTGGTTGAATCTTATTAGTAACACTGTTTTTCTTTTGTTTGGAGTATTGTAT
TACAAAAGAGTCGAATTGTTTCACAATTTATT

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL4786Contig1 501 2 1 U
GGAAAAGATACATAGTGCAAAAAAAATATGAGTCTCAAGTTCATTCTATTAATAGCTTCA
CTTTTACTTTTATGCATCCCATCTTCTGATTCGGCAATCCTTCCATTTCTCAGAAACCAG
AAACTTCGTAAGTCTTTTGCTTCATCTAATATACAGTTATGTGTAATATGTATGTGGAGT
TTTAATTAGTTTTGAGTGTGGTACAAGTCAATGAAGAAGGAAGAAAGATCCACATTCACA
AGGAAAACAAGATCAGCGTAAGAGTCAGCCGTTCACCTCCTGCCAAAGGAAGAAATTGCT
GCAATGATTAAAAGAAGCTCTGCACAACATGGTCAGAGCTTAAATACGTAAAGAGTATTT
GCTAATTTGTATAAGTTTCGGTGGTAAAACGTAGTTGTTAAAACTCAAAAGGCATGTTTT
CAACCTTCCAATTTTTGTTTGTTTCTCCTCCTGTAACACACTCTTATTCCTCCGCCTTGT
TATATCATCTCCGCGAAATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CK84JQ C 1
AF RR3CK84TF U 1
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QA 1 501 1 501
DS 

RD RR3CK84TF 501 0 0
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CTTTTACTTTTATGCATCCCATCTTCTGATTCGGCAATCCTTCCATTTCTCAGAAACCAG
AAACTTCGTAAGTCTTTTGCTTCATCTAATATACAGTTATGTGTAATATGTATGTGGAGT
TTTAATTAGTTTTGAGTGTGGTACAAGTCAATGAAGAAGGAAGAAAGATCCACATTCACA
AGGAAAACAAGATCAGCGTAAGAGTCAGCCGTTCACCTCCTGCCAAAGGAAGAAATTGCT
GCAATGATTAAAAGAAGCTCTGCACAACATGGTCAGAGCTTAAATACGTAAAGAGTATTT
GCTAATTTGTATAAGTTTCGGTGGTAAAACGTAGTTGTTAAAACTCAAAAGGCATGTTTT
CAACCTTCCAATTTTTGTTTGTTTCTCCTCCTGTAACACACTCTTATTCCTCCGCCTTGT
TATATCATCTCCGCGAAATCC

QA 1 501 1 501
DS 



AS 1 2

CO CL4787Contig1 885 2 2 U
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ATATGTTGTATGTTTTGTCTAAAATAAAAATCTCATATATTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DX94TF U 1
AF RR3DX94JQ C 145
BS 1 645 RR3DX94TF
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QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3DX94JQ 741 0 0
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AATTGGACTGGAAGTGATCTCAGAGGAGAAGTTTCCAGAGTACAAGAGATGGGTGAAGAA
TCTTGAGAAGGTTGAGTTTGTCAAGGATTGTATTCCTCCAAGAGACGAACATGTTGAACA
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TTAGTGATTTGTTCCAACGTTTAAGTTTGTAATGCTTGTAAGCTTGTTATATGTTATTTC
TAAAATAAAAAAATGGCATCTTATATGTTTTTCAATATATGTTGTATGTTTTGTCTAAAA
TAAAAATCTCATATATTTGTC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL4788Contig1 639 2 2 U
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CCATGTAGGGATCTTAGAGAAAAAAGGAATAATTTTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EA01TF U 1
AF RR3EA01JQ C 77
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BS 573 639 RR3EA01JQ

RD RR3EA01TF 572 0 0
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ACCTAAATACAAAATTAACGGAACAGAATACCCAGGAAAAAAACAGATTTATTGCAGATG
CATGTATCACAAGAATAAAAGGAATGTTTGTGATCCTTGATTTTTTATCTACATAGATAT
TCAAGTAATATTTATAATAATACACACCTTTATCAAAGGAGATAAAATAATATTATTAAT
TGTTATTAGTGTTTGTAGTATAATAAAATGTATTAGGTTACCCAATATAAATAAAAATAA
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TTGTAATTATTATTTAATTTCATATAAATTTG

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3EA01JQ 563 0 0
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TTATTCGGAGAGGGAAGTGGAAAATGTGATCATGCCAATTGTGCATCTGTATGTACCAGA
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AACGGAACAGAATACCCAGGAAAAAAACAGATTTATTGCAGATGCATGTATCACAAGAAT
AAAAGGAATGTTTGTGATCCTTGATTTTTTATCTACATAGATATTCAAGTAATATTTATA
ATAATACACACCTTTATCAAAGGAGATAAAATAATATTATTAATTGTTATTAGTGTTTGT
AGTATAATAAAATGTATTAGGTTACCCAATATAAATAAAAATAACAAATATTGATATGTC
GACTTTTTCTTCATTAGAGACTAGAGTGAATCAAAAATATTATATTGTAATTATTATTTA
ATTTCATATAAATTTGAAAGAAAGAACAAAAAAAATATTTTTTTCCATGTAGGGATCTTA
GAGAAAAAAGGAATAATTTTGGT

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 2

CO CL4789Contig1 903 2 2 U
GGACACACACACACACAAAAGAACACAAAAACTCAGAAATAAACATACACAAATATGACA
GCATCGCGATTGATCATGATCTGTTTCTTGGTCGTTGTCATAACAACATCATCTGGTGTT
AGTTGCAAAAAAGAAAAAAAACATCATCCTAGACAAGTGAGTGGCGTCCCTGAGCCAAGC
ATGGCCCCTGGTATTCAAGGACCGCCTGGTGTTGTTGGACAAGTGAGTGGCGTTCCTGAG
CCAAGCATGGCCCCGCCCCCTGATATTCAAGGACCGCCCCGACCGCCTGTGGTGACGGAC
GTAGTGTTTTCTGTCGACGGAGGGCAAGTCTTGCCCAACGTTCCCTATTACATCAGCTTC
ATGTCGGCCGACTACAACATGTGGATTTGCCGAATGAATCCAAGTTCCTCAGATCCCAAG
ACATGCCCACACCAACCGGTAATGTTCACTAGACCAACTATAGCACCCGAGCCCGTTATG
TTTATATTACCACCATCAACACCAGATACTGTCATACGTGAATCAACTAAACTTAGCATT
AAGTTCGTAAACCCAAGTCAATGCGGCGAATCAGGGGTTTGGAGAGTTGCAAATGGTGAA
GTAGTCCTGGGCGGAGTTGAGGGAAAGGGAAGATAGTTTGTTCCGGATCCACATGACTGA
CTCGTATTACATGTTTACTATAGGTGAAAGTGTCTATCCAGACGTTTATGAAACGAGTAT
CAGTTTATCTAACAGTGCAAATGGTAAAGATAGGTTGATGGCGAATTCTGGAGAGTTGGA
GGTTCTTTTCTTCCAGCATTATCCTCCTGAATATAATTATTATTAAGTCGCATGTTTCGT
TTTTACCCGGGCTTTATTATTATGTAATCTGTTTTCATTTCAAAATTAAATAAAACTTGA
CGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3EN51TF U 1
AF RR3EN51JQ C 264
BS 1 679 RR3EN51TF
BS 680 903 RR3EN51JQ

RD RR3EN51TF 679 0 0
GGACACACACACACACAAAAGAACACAAAAACTCAGAAATAAACATACACAAATATGACA
GCATCGCGATTGATCATGATCTGTTTCTTGGTCGTTGTCATAACAACATCATCTGGTGTT
AGTTGCAAAAAAGAAAAAAAACATCATCCTAGACAAGTGAGTGGCGTCCCTGAGCCAAGC
ATGGCCCCTGGTATTCAAGGACCGCCTGGTGTTGTTGGACAAGTGAGTGGCGTTCCTGAG
CCAAGCATGGCCCCGCCCCCTGATATTCAAGGACCGCCCCGACCGCCTGTGGTGACGGAC
GTAGTGTTTTCTGTCGACGGAGGGCAAGTCTTGCCCAACGTTCCCTATTACATCAGCTTC
ATGTCGGCCGACTACAACATGTGGATTTGCCGAATGAATCCAAGTTCCTCAGATCCCAAG
ACATGCCCACACCAACCGGTAATGTTCACTAGACCAACTATAGCACCCGAGCCCGTTATG
TTTATATTACCACCATCAACACCAGATACTGTCATACGTGAATCAACTAAACTTAGCATT
AAGTTCGTAAACCCAAGTCAATGCGGCGAATCAGGGGTTTGGAGAGTTGCAAATGGTGAA
GTAGTCCTGGGCGGAGTTGAGGGAAAGGGAAGATAGTTTGTTCCGGATCCACATGACTGA
CTCGTATTACATGTTTACT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3EN51JQ 640 0 0
TATTCAAGGACCGCCCCGACCGCCTGTGGTGACGGACGTAGTGTTTTCTGTCGACGGAGG
GCAAGTCTTGCCCAACGTTCCCTATTACATCAGCTTCATGTCGGCCGACTACAACATGTG
GATTTGCCGAATGAATCCAAGTTCCTCAGATCCCAAGACATGCCCACACCAACCGGTAAT
GTTCACTAGACCAACTATAGCACCCGAGCCCGTTATGTTTATATTACCACCATCAACACC
AGATACTGTCATACGTGAATCAACTAAACTTAGCATTAAGTTCGTAAACCCAAGTCAATG
CGGCGAATCAGGGGTTTGGAGAGTTGCAAATGGTGAAGTAGTCCTGGGCGGAGTTGAGGG
AA*GGGAAGATAGTTTGTTCCGGATCCACATGACTGACTCGTATTACATGTTTACTATAG
GTGAAAGTGTCTATCCAGACGTTTATGAAACGAGTATCAGTTTATCTAACAGTGCAAATG
GTAAAGATAGGTTGATGGCGAATTCTGGAGAGTTGGAGGTTCTTTTCTTCCAGCATTATC
CTCCTGAATATAATTATTATTAAGTCGCATGTTTCGTTTTTACCCGGGCTTTATTATTAT
GTAATCTGTTTTCATTTCAAAATTAAATAAAACTTGACGT

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL4790Contig1 890 2 2 U
GGGCCCCACTCTTCTCTTCTTTTGACCTCCATCGAAATATCTGCACTATCTAGCTCGATA
GCCGGAAACAAAGAAGAGAAGATGGCGGCGCCGGAAGCTCCAGTCAAGTACGTCGGTATC
ATAAAGGAATCCGCCGCTTTCCGGCTAATGAAATCGATGGGATGGGAAGAAGGAGAAGGA
CTTGGTAAAGACAAGCAAGGTATCAAAGGCTATGTCCGAGTCAAGAACAAGCAAGACACA
ACCGGTGTTGGTGTTGACAAGCCGAATCCATGGGCATTTGATACTACTCAATTTGATAAC
ATTCTCAAGAAGTTGAAAGTGCAAGCAGCACCTATCAAGAAAGATAATGCTTCGGAGAAG
GAAGATGAAAGTGATGATGAAGCTGCCAAACCTGAGCCTGTCAAGCCCAATGTTGCTAAG
GTTACTCGTCCACAAGGAAGGTATAAACGTAGAGAGAAGGGGAAGCTTGTCAATTCTTAC
TCTTCTAAAGATCTTGAAGGAATACTTGTTAAGCGAACTGAGGAGCCTTCTCCTGCGGTT
TGTGACATAGCCGATGCTATGGAGATTGAAATCATATCTGAGGACCAACATCCTGATGTT
AAAGAACAGAAAATCGAAGAACCTTCTTCAGACTGGTGGGGATTTAAATCCCGGTTTGTC
TCGGGCGGTCTTCTTGGAGCTAAGCCCGGCAAAAAGAAATCATCCAAGTCTAAGGAGAGA
AAAATGTTTTGTGAGGACGATCAAGAGAATCTTTACAACATGGTTCAGGATAAAGCCACG
GCTGGAAAACAAGGACTGGGTATCAAGGACCGGCCTAAGAAAATAGCTGGTGTTCGTTAC
CAAGGAAAGAAAACTTCTTTTGATAACAGTGATGATGATGACGATACTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E494TF U 1
AF RR3E494JQ C 157
BS 1 656 RR3E494TF
BS 657 890 RR3E494JQ

RD RR3E494TF 656 0 0
GGGCCCCACTCTTCTCTTCTTTTGACCTCCATCGAAATATCTGCACTATCTAGCTCGATA
GCCGGAAACAAAGAAGAGAAGATGGCGGCGCCGGAAGCTCCAGTCAAGTACGTCGGTATC
ATAAAGGAATCCGCCGCTTTCCGGCTAATGAAATCGATGGGATGGGAAGAAGGAGAAGGA
CTTGGTAAAGACAAGCAAGGTATCAAAGGCTATGTCCGAGTCAAGAACAAGCAAGACACA
ACCGGTGTTGGTGTTGACAAGCCGAATCCATGGGCATTTGATACTACTCAATTTGATAAC
ATTCTCAAGAAGTTGAAAGTGCAAGCAGCACCTATCAAGAAAGATAATGCTTCGGAGAAG
GAAGATGAAAGTGATGATGAAGCTGCCAAACCTGAGCCTGTCAAGCCCAATGTTGCTAAG
GTTACTCGTCCACAAGGAAGGTATAAACGTAGAGAGAAGGGGAAGCTTGTCAATTCTTAC
TCTTCTAAAGATCTTGAAGGAATACTTGTTAAGCGAACTGAGGAGCCTTCTCCTGCGGTT
TGTGACATAGCCGATGCTATGGAGATTGAAATCATATCTGAGGACCAACATCCTGATGTT
AAAGAACAGAAAATCGAAGAACCTTCTTCAGACTGGTGGGGATTTAAATCCCGGTT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3E494JQ 734 0 0
ATGGGATGGGAAGAAGGAGAAGGACTTGGTAAAGACAAGCAAGGTATCAAAGGCTATGTC
CGAGTCAAGAACAAGCAAGACACAACCGGTGTTGGTGTTGACAAGCCGAATCCATGGGCA
TTTGATACTACTCAATTTGATAACATTCTCAAGAAGTTGAAAGTGCAAGCAGCACCTATC
AAGAAAGATAATGCTTCGGAGAAGGAAGATGAAAGTGATGATGAAGCTGCCAAACCTGAG
CCTGTCAAGCCCAATGTTGCTAAGGTTACTCGTCCACAAGGAAGGTATAAACGTAGAGAG
AAGGGGAAGCTTGTCAATTCTTACTCTTCTAAAGATCTTGAAGGAATACTTGTTAAGCGA
ACTGAGGAGCCTTCTCCTGCGGTTTGTGACATAGCCGATGCTATGGAGATTGAAATCATA
TCTGAGGACCAACATCCTGATGTTAAAGAACAGAAAATCGAAGAACCTTCTTCAGACTGG
TGGGGATTTAAATCCGGGTTTGTCTCGGGCGGTCTTCTTGGAGCTAAGCCCGGCAAAAAG
AAATCATCCAAGTCTAAGGAGAGAAAAATGTTTTGTGAGGACGATCAAGAGAATCTTTAC
AACATGGTTCAGGATAAAGCCACGGCTGGAAAACAAGGACTGGGTATCAAGGACCGGCCT
AAGAAAATAGCTGGTGTTCGTTACCAAGGAAAGAAAACTTCTTTTGATAACAGTGATGAT
GATGACGATACTGA

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL4791Contig1 753 2 5 U
ACCGTGATAGTGTTCTCACTGTCAAAGCGGCTACGGTGGCGTCTCAGTGGTTGGAACTGC
TTCATCAAGACATCAAATGTCGTGTTTCCGCTCTTCGCCGTAGCAAGAAAAGGGTTCGAG
CAGTTGTGACGACAGAGCTACCTTTCTTAATAAGTAAAGAGTTCTCAGCTGATCAGGAGA
ATGATCCAAGTGTACTCTTCACTGGAGCTTCGAGGGCTTCAACGGTGGATAACCACAAGA
ACAGATGGATGGCGCTTTTTAAACAACTCGAGCAAACTCTATCTGAAGAAGAGAAACAAT
TGGAGAGCTGGTTAAGCAAAGTGAGAGAGCTGCAATCACATTGCGACCAAGGTCTGCAAC
ACTTGAGCTTGAGTTCTGGTCAGAACTTCTTACAGTTAGGAATGCCATTGTACTCTAGAG
CTGCGGATGCACTGATATCAGACAAAGATTTAGCCGTTAGAGCAGCCGCAGCCTCCATAT
ATTCCACCTGCAATTTTCTTGCATCAGAGGAGAACATAGCCTGTACCTGAACTCCTCTAA
AACTTCTGACCAGTTTCTGATTCAATTTTTTTAGTTGACAAACCTTTTCTCAGTTACTTT
AGTGTGTAAGCTTTTCATAGCAAAGTTTCTTTGTATGTGCATCTGTAACACTAGGAGCAT
TGCTCACCATCCTTGTCTTTTCTTCTTTTATATATTTATTTTCTCTGCAATAAGAACCCT
TGTACGCTGAGTTCGTTAACACCTGAAAGTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GQ32TF U 58
AF RR3GQ32JQ C 1
BS 1 57 RR3GQ32JQ
BS 58 541 RR3GQ32TF
BS 542 542 RR3GQ32JQ
BS 543 562 RR3GQ32TF
BS 563 753 RR3GQ32JQ

RD RR3GQ32TF 505 0 0
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GAGCAGTTGTGACGACAGAGCTACCTTTCTTAATAAGTAAAGAGTTCTCAGCTGATCAGG
AGAATGATCCAAGTGTACTCTTCACTGGAGCTTCGAGGGCTTCAACGGTGGATAACCACA
AGAACAGATGGATGGCGCTTTTTAAACAACTCGAGCAAACTCTATCTGAAGAAGAGAAAC
AATTGGAGAGCTGGTTAAGCAAAGTGAGAGAGCTGCAATCACATTGCGACCAAGGTCTGC
AACACTTGAGCTTGAGTTCTGGTCAGAACTTCTTACAGTTAGGAATGCCATTGTACTCTA
GAGCTGCGGATGCACTGATATCAGACAAAGATTTAGCCGTTAGAGCAGCCGCAGCCTCCA
TATATTCCACCTGCAATTTTCTTGCATCAGAGGAGAACATAGCCTGTACCTGAACTCCTC
TAAA*CTTCTGACCAGTTTCTGATT

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR3GQ32JQ 753 0 0
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ATGATCCAAGTGTACTCTTCACTGGAGCTTCGAGGGCTTCAACGGTGGATAACCACAAGA
ACAGATGGATGGCGCTTTTTAAACAACTCGAGCAAACTCTATCTGAAGAAGAGAAACAAT
TGGAGAGCTGGTTAAGCAAAGTGAGAGAGCTGCAATCACATTGCGACCAAGGTCTGCAAC
ACTTGAGCTTGAGTTCTGGTCAGAACTTCTTACAGTTAGGAATGCCATTGTACTCTAGAG
CTGCGGATGCACTGATATCAGACAAAGATTTAGCCGTTAGAGCAGCCGCAGCCTCCATAT
TTTCCACCTGCAATTTTCTTGCATCAGAGGAGAACATAGCCTGTACCTGAACTCCTCTAA
AACTTCTGACCAGTTTCTGATTCAATTTTTTTAGTTGACAAACCTTTTCTCAGTTACTTT
AGTGTGTAAGCTTTTCATAGCAAAGTTTCTTTGTATGTGCATCTGTAACACTAGGAGCAT
TGCTCACCATCCTTGTCTTTTCTTCTTTTATATATTTATTTTCTCTGCAATAAGAACCCT
TGTACGCTGAGTTCGTTAACACCTGAAAGTTAT

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL4792Contig1 933 2 2 U
GGGTTCATCGTTGCCCCGTACCCAAAATATGGTCACGAATAGAGGAAAAATTTAAAAATC
GCATTTTCCTCTTAAACCCAACTTTCTTATCGTCTGAACTAACTCGCTGAAACATAACCC
TAAATCTCAGAAACCGACTTCTCCTTCTGATGGCATGTCAAATTCAAGCTTCACGCATCT
TAACATCATCATCCTCGTCATCAATCATCGAAATCGATAAAGCTCGATCCTTTATGATAA
ATGTCTTCCACACAAAGATCAATCCCATGAAAAGTCTTCAGATTCGAAGAAGACAGAATC
AGAGAATAATAGCGTTTGCGTTAGACACAGGAGGAGGCTCTTCAGTTCCTCCTCCTCCTC
CTGGTCCTGGAGATAACGACGGAGGAGGAGACAGAACAGGTCTAGGTAGCACTAGATTAG
GCAGAATCGCGGTTGCGTTAGGCAAACAGCTGCTTGTGAAGGTAAACTCTGCGAGACAAA
ACTTCCCCATGAAGATATTTCTACTGCTTCTTGGTTTCTACACTGCTAATGCATTGGCCA
CCATTCTTGGCCAAACCGGTGACTGGGACGTGCTTGTCGCGGGTATCGTCGTGGCTGCCA
TCGAAGGAATCGGTATGCTTATGTATAAGAAGAAGAAGATGGCTCCACCTTCTTCTTCTT
CTGGGAAGTTGCAGTCTTTTGTTGTCTTTGTGAATTTCTGGAAAGCTGGTGTTTGTTTGG
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CTACTGTATTGCGTATAGATAGAGAGAGCCTTTGATTAGAGTTACACAAGTTGTATCAGT
TCATAACTAAAGTTTCAGTTTTGTCTGAGAATGCAAGTCCTCATGTCTTCATTAAACACT
TGTAAGAATCTTTAGAGGAGGCGTATGTTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DP64TF U 1
AF RR3DP64JQ C 202
BS 1 676 RR3DP64TF
BS 677 933 RR3DP64JQ

RD RR3DP64TF 676 0 0
GGGTTCATCGTTGCCCCGTACCCAAAATATGGTCACGAATAGAGGAAAAATTTAAAAATC
GCATTTTCCTCTTAAACCCAACTTTCTTATCGTCTGAACTAACTCGCTGAAACATAACCC
TAAATCTCAGAAACCGACTTCTCCTTCTGATGGCATGTCAAATTCAAGCTTCACGCATCT
TAACATCATCATCCTCGTCATCAATCATCGAAATCGATAAAGCTCGATCCTTTATGATAA
ATGTCTTCCACACAAAGATCAATCCCATGAAAAGTCTTCAGATTCGAAGAAGACAGAATC
AGAGAATAATAGCGTTTGCGTTAGACACAGGAGGAGGCTCTTCAGTTCCTCCTCCTCCTC
CTGGTCCTGGAGATAACGACGGAGGAGGAGACAGAACAGGTCTAGGTAGCACTAGATTAG
GCAGAATCGCGGTTGCGTTAGGCAAACAGCTGCTTGTGAAGGTAAACTCTGCGAGACAAA
ACTTCCCCATGAAGATATTTCTACTGCTTCTTGGTTTCTACACTGCTAATGCATTGGCCA
CCATTCTTGGCCAAACCGGTGACTGGGACGTGCTTGTCGCGGGTATCGTCGTGGCTGCCA
TCGAAGGAATCGGTATGCTTATGTATAAGAAGAAGAAGATGGCTCCACCTTCTTCTTCTT
CTGGGAAGTTGCAGTC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3DP64JQ 732 0 0
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ATCCCATGAAAAGTCTTCAGATTCGAAGAAGACAGAATCAGAGAATAATAGCGTTTGCGT
TAGACACAGGAGGAGGCTCTTCAGTTCCTCCTCCTCCTCCTGGTCCTGGAGATAACGACG
GAGGAGGAGACAGAACAGGTCTAGGTAGCACTAGATTAGGCAGAATCGCGGTTGCGTTAG
GCAAACAGCTGCTTGTGAAGGTAAACTCTGCGAGACAAAACTTCCCCATGAAGATATTTC
TACTGCTTCTTGGTTTCTACACTGCTAATGCATTGGCCACCATTCTTGGCCAAACCGGTG
ACTGGGACGTGCTTGTCGCGGGTATCGTCGTGGCTGCCATCGAAGGAATCGGTATGCTTA
TGTATAAGAAGAAGAAGATGGCTCCACCTTCTTCTTCTTCTGGGAAGTTGCAGTCTTTTG
TTGTCTTTGTGAATTTCTGGAAAGCTGGTGTTTGTTTGGGTCTCTTCGTTGATGCTTTCA
AGTTGGGTAGTTGAAACATAAATAGTCCTTTCTTTTCTTCTACTGTATTGCGTATAGATA
GAGAGAGCCTTTGATTAGAGTTACACAAGTTGTATCAGTTCATAACTAAAGTTTCAGTTT
TGTCTGAGAATGCAAGTCCTCATGTCTTCATTAAACACTTGTAAGAATCTTTAGAGGAGG
CGTATGTTTGCC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL4793Contig1 488 2 2 U
GGGGGTGTTTAAACATTTTGGTTCTTGCTCTCTACGTGGACGGCGGCTAGGTTCAAACAA
CAGATCCGACAATGCCTAAGCAAATCCACGAGATCAAGGACTTTCTTCTGACAGCTAGAA
GAAAGGATGCTCGGTCTGTGAAGATCAAAAGAAGCAAAGACATTGTCAAGTTCAAGGTCA
GATGCTCAAAGTACCTCTACACGCTCTGCGTCTTTGACCAAGAGAAAGCCGACAAGCTTA
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GAATATGTTTTGTTTACTTCAGCTATTGTTCAAACTTTTTCGAGTATGACTATGTTTTCT
AAATTTTTCTCTCTCTATTGATTCTGTTTTTTTTCTATTACGTATCGATTTAATGCCTCT
ACGGTTAATTACAATCCTTAGATGTTAATTACAATCTCAACATCTCTCTGAACTTTACCA
TCGTGTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3ER07JQ C 1
AF RR3ER07TF U 1
BS 1 487 RR3ER07TF
BS 488 488 RR3ER07JQ

RD RR3ER07JQ 488 0 0
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TCGTGTCC

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR3ER07TF 487 0 0
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ACGGTTAATTACAATCCTTAGATGTTAATTACAATCTCAACATCTCTCTGAACTTTACCA
TCGTGTC

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 2

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ATTGAACTCAATCCGGATATAAAAATAACGATTGTTTTTCCTGGACTAATCTCCACGGAT
ATGACAACTCCTGAGATAATAAAAAGACACGGTTCAGATTTTATAATATCGGAGTCAGTT
AATAGATGCGCGAAAGCAATTTTCCAAGATGTTTGTCGAGGAGAAGAATACATAGAAACA
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ATCTTCAACTATTCTTTCCTCCATTTTATCAAACCTTATTTCAAACTTGAATGAGAAAAA
GGTACAAATACATAGTTCTTTTGGGCATAGAAGTTGCAACCTCAATGCAAATCTTGGACT
CATCATCATTGGAGTTTCGCATTATCGTTTGGGACAGTCATTTTCATAAACTTGGAGATT
TTACATTTATCTAATTTAAATAGTGGTAGTTTTGTTTTGAAAACATTGTTTGTATTCGTG
TCAAACAAACAAGAGATTCTTTTGCATTGAATAGTAACAATCATACTTTGAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3ED64TF U 1
AF RR3ED64JQ C 104
BS 1 597 RR3ED64TF
BS 598 834 RR3ED64JQ

RD RR3ED64TF 597 0 0
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QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3ED64JQ 731 0 0
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CTGAAGTAATCGACTCCATCTTCAACTATTCTTTCCTCCATTTTATCAAACCTTATTTCA
AACTTGAATGAGAAAAAGGTACAAATACATAGTTCTTTTGGGCATAGAAGTTGCAACCTC
AATGCAAATCTTGGACTCATCATCATTGGAGTTTCGCATTATCGTTTGGGACAGTCATTT
TCATAAACTTGGAGATTTTACATTTATCTAATTTAAATAGTGGTAGTTTTGTTTTGAAAA
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TACTTTGAGCG

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

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C


BQ
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20 

AF RR3G488JQ C 1
AF RR3G488TF U 1
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C

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR3G488TF 481 0 0
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CTTTAAATCTCTATCATACCATGGGTGATCATAACAGCTCACAAGCATCTTACATCCATT
TGGTGCATCATTTGATAGAAGAATGTATAGTATTCAACATGGGCAAAGAAGAATGTATGG
ATGCCCTGCTCAAGCATGCTAATATCAAGCCTATCATCACTTCCACAGTGTGGAAGGAGC
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GCGAGAAAGAGACAGCTCGAAGAATCCAAGATTTGCTTTCACGAACTTCAATCTAAGACT
ACGACACCTACTTACATATATGCATGTGTGTGCATGTGTGTGCATGAATAAACCGATTCT
ATATACGCTTTTAAAATATGTACTGTAATCTTCAGCAGGGAATGAATAATTATTTTTCGC
C

QA 1 481 1 481
DS 



AS 1 2

CO CL4796Contig1 1073 2 2 U
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GGAGCTTGATGGTGAAACTCGGATGGCTGAATTGTTTCAGAGACGATATGCATATCCTTT
ACTTATCGGAATCGGTTTAATGTTTTTGCAACAATTGAGTGGTAGCTCAGGTGTAACCTA
TTATGCCAGTAGCCTCTTCCAAAAAGGAGGATTTCCAAGTGCTATCGGCACATCAGTAAT
AGCCACGATCATGGTTCCGAAAGCAATGCTGGGAACAATCATAGTCGATAAATTGGGGAG
GAGAACACTCCTAATGTCTTCTTGTGCTGCGATGGGCTTAAGTGCTTTGCTGTTAAGTGT
TTCCTACGGTTTCCAGTCATTTGGAATTCCCCCGGATCTCACTCCCATCCTCACTTGCAT
CGGCGTATTGGGTCACATTGTGTCATTTGCGATGGGAATGGGAGGACTACCGTGGATTAT
AATGGCTGAGATATTTCCCATGAATGCGAAAGTGTCAGCTGGAACCTTAGTTACCGTAAC
TAATTGGTTATTTGGGTTGGGTTATCACATATACTTTTAACTTCATGCTACAATGGAATG
CATCAGGAATGTTCTTCATCTTTTCAATGGTTTCCACATTTTCGATTGTATTTATATACT
TTTTAGTACCAGAGACGAAAGGCCGATCACTTGAAGAAATACAAGCACTGCTCTCCAACT
TTGTACAATGATTTCTTTTTGGTTAAAATGATCATACAAATCGATTATTGTAGCTGAAAA
ATCGATTAGAAAAGTCGATAATTATGATTGGTGTAGGTTTGCATGAGATTTGTTGTATGG
ATCGGATTTTGCATGGGAAAATGGCAACAATAAATTCGTATAGGTCCTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BC71TF U 1
AF RR3BC71JQ C 274
BS 1 772 RR3BC71TF
BS 773 1073 RR3BC71JQ

RD RR3BC71TF 774 0 0
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CATTGCACTCTTCTTCATCATTGGCAATTTCATTCCATGGAGATGGCTAGCAATAGTCGG
TTTTGTGCCATGCGTGCTCCACGTTTTTTGTTTATTTTTCATTCCCGAGTCTCCAAGATG
GTTGGCGAAAAAAGGTCGCGATAAAGAAGCAAACACAATTAGGGATACCGTAGAATTATC
GGAGCTTGATGGTGAAACTCGGATGGCTGAATTGTTTCAGAGACGATATGCATATCCTTT
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TTATGCCAGTAGCCTCTTCCAAAAAGGAGGATTTCCAAGTGCTATCGGCACATCAGTAAT
AGCCACGATCATGGTTCCGAAAGCAATGCTGGGAACAATCATAGTCGATAAATTGGGGAG
GAGAACACTCCTAATGTCTTCTTGTGCTGCGATGGGCTTAAGTGCTTTGCTGTTAAGTGT
TTCCTACGGTTTCCAGTCATTTGGAATTCCCCCGGATCTCACTCCCATCCTCACTTGCAT
CGGCGTATTGGGTCACATTGTGTCATTTGCGATGGGAATGGGAGGACTACCGTGGATTAT
AATGGCTGAGATATTTCCCATGAATGCGAAAGTGTCAGCTGGAACCTTAGTTACCGTAAC
TAATTGGTTATTTGGGTTGGGTTATCACATATACTTTTAACTTCATGCTACA
TG

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3BC71JQ 800 0 0
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ATTGAGTGGTAGCTCAGGTGTAACCTATTATGCCAGTAGCCTCTTCCAAAAAGGAGGATT
TCCAAGTGCTATCGGCACATCAGTAATAGCCACGATCATGGTTCCGAAAGCAATGCTGGG
AACAATCATAGTCGATAAATTGGGGAGGAGAACACTCCTAATGTCTTCTTGTGCTGCGAT
GGGCTTAAGTGCTTTGCTGTTAAGTGTTTCCTACGGTTTCCAGTCATTTGGAATTCCCCC
GGATCTCACTCCCATCCTCACTTGCATCGGCGTATTGGGTCACATTGTGTCATTTGCGAT
GGGAATGGGAGGACTACCGTGGATTATAATGGCTGAGATATTTCCCATGAATGCGAAAGT
GTCAGCTGGAACCTTAGTTACCGTAACTAATTGGTTATTTGG*TTGGGTTATCACATATA
CTTTTAACTTCATGCTACAATGGAATGCATCAGGAATGTTCTTCATCTTTTCAATGGTTT
CCACATTTTCGATTGTATTTATATACTTTTTAGTACCAGAGACGAAAGGCCGATCACTTG
AAGAAATACAAGCACTGCTCTCCAACTTTGTACAATGATTTCTTTTTGGTTAAAATGATC
ATACAAATCGATTATTGTAGCTGAAAAATCGATTAGAAAAGTCGATAATTATGATTGGTG
TAGGTTTGCATGAGATTTGTTGTATGGATCGGATTTTGCATGGGAAAATGGCAACAATAA
ATTCGTATAGGTCCTGTTCC

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL4797Contig1 821 2 6 U
GGACTTTAAACTGCTTCGTTGTTTCTTAATTTCAGTTTTCGAACATCAACTCACACATTT
TCAGATCAAACGAGAGGAAGAAGAATGCACGAAGAAAAAAAAAACTATAAATTTTCACAA
GGCTTGTTATCATTTTGTTCGTCAGTCACAGGTTGCGTGGCCGTGTAGTGAGCGAAGATC
GCATATCGACAATGGCAGATTTATCGGCACCAAGCTTCGTTGCTTCTTTGCTAGCTCTAA
TGAACCGAGAAGTAGCTCCTTTGACATACTCGTGAGCTTGTTTCACAGTCATCTTCTTCC
CAACTTCATCCGGGAAGCTACTGAGGAAGTGATCGCCATTGAGAACCGCTGCAAGCTGAA
CCACTTCACTCTGAAACTCAGATAGGGCTGCGTCTTCTTTAGGCTCAGTGGCTCTCATGA
GTGCAACGGCAGGTAGAGTCATGGGACAATCGGTTCGAGGAGAGGTTAAGTGAGCAACCA
CGTCTTCAAAAGTAGCAGCCCAAGCATCTCTATGTGTTAAGTAATTGGAAGAGAGATTGA
AGAGTTTCTTGACGGTCGCTGGTATTGATGAATGCTCGAACTCTGAGCTCTCTGTTGGCC
CTTTTGCCTCACTCACCACAGTCCCTTTCTGAATCCACGGTGACACCATAATTGTGGGAA
CCCGAACACCTAACCGGTCAAATTTAAAGAAACCTGGGGCCGGTCCGGTGTTCCCATCCG
GGTTCGGTATACCGACATAAGGAGTCTTCACATGATCATAAAACCCACCATGCTCATCAT
AGGTTATTACTAGGAGCGTCTCGTTCCACTGTGGACTCGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3H870JQ U 1
AF RR3CI36JQ U 91
BS 1 172 RR3H870JQ
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RD RR3H870JQ 633 0 0
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TCAGATCAAACGAGAGGAAGAAGAATGCACGAAGAAAAAAAAAACTATAAATTTTCACAA
GGCTTGTTATCATTTTGTTCGTCAGTCACAGGTTGCGTGGCCGTGTAGTGAGGGAAGATC
GCATATCGACAATGGCAGATTTATCGGCACCAAGCTTCGTTGCTTCTTTGCTAGCTCTAA
TGAACCGAGAAGTAGCTCCTTTGACATACTCGTGAGCTTGTTTCACAGTCATCTTCTTCC
CAACTTCATCCGGGAAGCTACTGAGGAAGTGATCGCCATTGAGAACCGCTGCAAGCTGAA
CCACTTCACTCTGAAACTCAGATAGGGCTGCGTCTTCTTTAGGCTCAGTGGCTCTCATGA
GTGCAACGGCAGGTAGAGTCATGGGACAATCGGTTCGAGGAGAGGTTAAGTGGGCAACCA
CGTCTTCAAAAGTAGCAGCCCAAGCATCTCTATGTGTTAAGTAATTGGAAGAGAGATTGA
AGAGTTTCTTGACGGTCGCTGGTATTGATGAATGCTCGAACTCTGAGCTCTCTGTTGGCC
CTTTTGCCTCACTCACCACAGTCCCTTTCTGAA

QA 1 633 1 633
DS 

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ACAAAAAC
AAAAAACTATAAATTTTCACAAGGTTTGTTATCATTTTGTTCGTCAGTCACGGGTTGTGT
GGCCGTGTAGTGAGCGAAGATCGCATATCGACAATGGCAGATTTATCGGCACCAAGCTTC
GTTGCTTCTTTGCTAGCTCTAATGAACCGAGAAGTAGCTCCTTTGACATACTCGTGAGCT
TGTTTCACAGTCATCTTCTTCCCAACTTCATCCGGGAAGCTACTGAGGAAGTGATCGCCA
TTGAGAACCGCTGCAAGCTGAACCACTTCACTCTGAAACTCAGATAGGGCTGCGTCTTCT
TTAGGCTCAGTGGCTCTCATGGGTGCAACGGCAGGTAGAGTCATGGGACAATCGGTTCGA
GGAGTGGTTAAGTGAGCAACCACGTCTTCAAAAGTAGCAGCCCAAGCATCTCTATGTGTT
AAGTAATTGGATGAGAGATTGAAGAGTTTCTTGATGGTCGCTGGTATTGATGAATGCTCG
AACTCTGAGCTCTCTGTTGGCCCTTTTGCCTCACTCACCACAGTTCCTTTCTGAATCCAC
GGTGACACCATAATTGTGGGAACCCGAACACCTAACCGGTCAAATTTAAAGAAACCTGGG
GCCGGTCCGGTGTTCCCATCCGGGTTCGGTATACCGACATAAGGAGTCTTCACATGATCA
TAAAACCCACCATGCTCATCATAGGTTATTACTAGGAGCGTCTCGTTCCACTGTGGACTC
GAC

QA 9 731 9 731
DS 



AS 1 2

CO CL4798Contig1 934 2 4 U
GACTCTTCTTGCTGAGGTCTTAGCTCTGTGTGTATTATTATTCATTGATCTTCCTTTGAA
CCTTTGTTAGATAAAAGAATTGAAACGGAGAAACGGGTTGAAGATCAAAAAGAAACATCT
TTAGCTTCTTCTTATAACTCACAAGGCGATAAAAGATGCCAGTGATTTCAATATGGTTGC
AGATGATGGAAATCAAGCTGATTGTTCTAAAGGAAAACCACTATCTCCAGCAACTTTGGA
TTTGATGTGTGATGAACGAGACACTATCTTCATGGTAGCAGCTGCTGAACCTAATGGCTC
AAGGGACACTGGTGGCTGCGGAACAAACTCACAGGAGCCGTCAGAGATTTGCGCAGAACA
GGAGAGAATGGTGTTGACCAAATTCAGAGATTGCCTTGCTCGACTTATCTCTTACGCAGA
ATTCAAAGAATCTAAGTGTTCATATTTAGCTAGAAGGCATATACATTCACCCTCAACAGT
TCCAACGGTGACTGTGAAAACGGAGAATGGGATTCAGCAAACACCACCAGTTGTGAATGG
AGCTTCACTAACCACTACTCAACCTGCACTCAACAAACCGCAGCCGTTGCAGGAGACGAC
CACAACAAATACCTCAAGCAATCATCATAAACCTCCAGCTTTACAGGAGAAGAAAGACCT
CTGAGTCAGATATACTCTACGTAGGACAACAATAAGTTACTAGCCTCACCACCGCCACAT
TGCCATGTGGTAATTAGAGAGTAATATATAGACACTAGTTTTCTTCCTTTCTTTTCTTCT
AAAAGTCAACTCACCAAAGCCCTTGGCTGGTGTAGATTTTGCAGAGCTTCGTTTCTTTAC
TACACGGAGTTATATTTTACGAGTTAGTAATGATGTCTTCTTTGTTGCATTCATTTGTGG
AACATCTTTGTTTGTTTATGATGTTCTTCTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL50TF U 1
AF RR3AL50JQ C 110
BS 1 153 RR3AL50TF
BS 154 154 RR3AL50JQ
BS 155 853 RR3AL50TF
BS 854 934 RR3AL50JQ

RD RR3AL50TF 853 0 0
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AAGGGACACTGGTGGCTGCGGAACAAACTCACAGGAGCCGTCAGAGATTTGCGCAGAACA
GGAGAGAATGGTGTTGACCAAATTCAGAGATTGCCTTGCTCGACTTATCTCTTACGCAGA
ATTCAAAGAATCTAAGTGTTCATATTTAGCTAGAAGGCATATACATTCACCCTCAACAGT
TCCAACGGTGACTGTGAAAACGGAGAATGGGATTCAGCAAACACCACCAGTTGTGAATGG
AGCTTCACTAACCACTACTCAACCTGCACTCAACAAACCGCAGCCGTTGCAGGAGACGAC
CACAACAAATACCTCAAGCAATCATCATAAACCTCCAGCTTTACAGGAGAAGAAAGACCT
CTGAGTCAGATATACTCTACGTAGGACAACAATAAGTTACTAGCCTCACCACCGCCACAT
TGCCATGTGGTAATTAGAGAGTAATATATAGACACTAGTTTTCTTCCTTTCTTTTCTTCT
AAAAGTCAACTCACCAAAGCCCTTGGCTGGTGTAGATTTTGCAGAGCTTCGTTTCTTTAC
TACACGGAGTTAT

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR3AL50JQ 825 0 0
AAGAAACATCTTTAGCTTCTTCTTATAACTCACAAGGCGATAAAAGATGCCAGTGATTTC
AATATGGTTGCAGATGATGGAAATCAAGCTGATTGTTCTAAAGGAAAACCACTATCTCCA
GCAACTTTGGATTTGATGTGTGATGAACGAGACACTATCTTCATGGTAGCAGCTGCTGAA
CCTAATGGCTCAAGGGACACTGGTGGCTGCGGAACAAACTCACAGGAGCCGTCAGAGATT
TGCGCAGAACAGGAGAGAATGGTGTTGACCAAATTCAGAGATTGCCTTGCTCGACTTATC
TCTTACGCAGAATTCAAAGAATCTAAGTGTTCATATTTAGCTAGAAGGCATATACATTCA
CCCTCAACAGTTCCAACGGTGACTGTGAAAACGGAGAATGGGATTCAGCAAACACCACCA
GTTGTGAATGGAGCTTCACTAACCACTACTCAACCTGCACTCAACAAACCGCAGCCGTTG
CAGGAGACGACCACAACAAATACCTCAAGCAATCATCATAAACCTCCAGCTTTACAGGAG
AAGAAAGACCTCTGAGTCAGATATACTCTACGTAGGACAACAATAAGTTACTAGCCTCAC
CACCGCCACATTGCCATGTGGTAATTAGAGAGTAATATATAGACACTAGTTTTCTTCCTT
TCTTTTCTTCTAAAAGTCAACTCACCAAAGCCCTTGGCTGGTGTAGATTTTGCAGAGCTT
CGTTTCTTTACTACACGGAGTTATATTTTACGAGTTAGTAATGATGTCTTCTTTGTTGCA
TTCATTTGTGGAACATCTTTGTTTGTTTATGATGTTCTTCTTTCC

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 2

CO CL4799Contig1 1223 2 2 U
TTTTTGACTAACCAACAACCTACTTAAATTCTACATAGATATTATATAACCAACCGCCGC
AGTATTATTCCACGACTTACCAATTATTTTTGTTCAAACAACACATCTCACAAAGAAAAA
AACATCTGATCAGAGAATCAATGGAGGTTACTCAATATCATCAAGGTTTTAATAAAGGTT
CAAGTTCTAGGGTTTCCATGAACAAGAATTCACAAGTAATATCCAAGATCAAGCCCAAGA
TTCGCATCATCCATATATTTGCACCGGAGGTCATCAAGACCGACGTCAAGAACTTCCGTT
CACTAGTCCAAAGTTTAACCGGGAAACCAGCAGCTGGAGAGGTCAAAACCGGTAAAAGGA
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ACAGGCGTACGAGTTTCACCGGTTTATTAGCAAACGGTGGAAACCATGAGGTGAAAGAAG
AATGGGGACCCGGTGATCAGCGTACTACCACGAACACAAACACTTACTTTGACCTAGAAG
GTTTGATTCAAGGCGTAGGAGAAGATTACTTCTCTTCGTTTCCCATGAGATCTTCTCCTT
CTTCACAAGTAGAAGGGCTCATCTTCAACAACAACAACTTCCATACAAAGGGTCACGATT
CGTCCTGAGTAACCAAAGGTTTCATCTGATTCTTCAATCACATTGGTTGATGAGATCTAA
ACGTTTGAGGCATGAAATCAAACGAAGAAGGTCATCTTTTTGGGGACAAAGGCATGTATA
TAGATGTCTGAATTTTGAATTTGATGGGTATGATGAGAAACTGAAACTTTTGGTAGACTG
ATTTTGCCAAAAGGTTGAGGGTTGTAATGAAGAGTTTAATTTATGTGCAGTCCTTATTGG
AGAAGTGACTGTATCTAATCGTCGTGGGTAAAAAACCCTAGTTATTTTGATTTGTAACTT
TATTGATGTGCTACTATTTTTTTTTTTTGACAAAAAGATGTGCTACTATTGTTACTGGAT
GAAGTGTAATATTCTTTGGTGTGTGTGTATGTGTTTGATTAACTTTTGTATTATTTGGAG
AAAAGTTTGTGGTACTTTATTTCTAGCTAGTGTTTGGTTGATATATAGATAATAGAATGT
GTGTTACATGTCAATGGTTAGACTACATGCATTTAAAAATGTGATGAATTTAACTTGTAG
TTCTAAATAATTTGAAGATATTC


BQ
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AF RR3FV01TF U 1
AF RR3FV01JQ C 478
BS 1 529 RR3FV01TF
BS 530 1223 RR3FV01JQ

RD RR3FV01TF 529 0 0
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AGTATTATTCCACGACTTACCAATTATTTTTGTTCAAACAACACATCTCACAAAGAAAAA
AACATCTGATCAGAGAATCAATGGAGGTTACTCAATATCATCAAGGTTTTAATAAAGGTT
CAAGTTCTAGGGTTTCCATGAACAAGAATTCACAAGTAATATCCAAGATCAAGCCCAAGA
TTCGCATCATCCATATATTTGCACCGGAGGTCATCAAGACCGACGTCAAGAACTTCCGTT
CACTAGTCCAAAGTTTAACCGGGAAACCAGCAGCTGGAGAGGTCAAAACCGGTAAAAGGA
GTGCCAGACCGAGAATTCCCAAGTCTCAAGAACCGGTTTGCGAAGATCATCAGCCGGTTA
ACAGGCGTACGAGTTTCACCGGTTTATTAGCAAACGGTGGAAACCATGAGGTGAAAGAAG
AATGGGGACCCGGTGATCAGCGTACTACCACGAACACAAACACTTACTT

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR3FV01JQ 746 0 0
AAGAATGGGGACCCGGTGATCAGCGTACTACCACGAACACAAACACTTACTTTGACCTAG
AAGGTTTGATTCAAGGCGTAGGAGAAGATTACTTCTCTTCGTTTCCCATGAGATCTTCTC
CTTCTTCACAAGTAGAAGGGCTCATCTTCAACAACAACAACTTCCATACAAAGGGTCACG
ATTCGTCCTGAGTAACCAAAGGTTTCATCTGATTCTTCAATCACATTGGTTGATGAGATC
TAAACGTTTGAGGCATGAAATCAAACGAAGAAGGTCATCTTTTTGGGGACAAAGGCATGT
ATATAGATGTCTGAATTTTGAATTTGATGGGTATGATGAGAAACTGAAACTTTTGGTAGA
CTGATTTTGCCAAAAGGTTGAGGGTTGTAATGAAGAGTTTAATTTATGTGCAGTCCTTAT
TGGAGAAGTGACTGTATCTAATCGTCGTGGGTAAAAAACCCTAGTTATTTTGATTTGTAA
CTTTATTGATGTGCTACTATTTTTTTTTTTTGACAAAAAGATGTGCTACTATTGTTACTG
GATGAAGTGTAATATTCTTTGGTGTGTGTGTATGTGTTTGATTAACTTTTGTATTATTTG
GAGAAAAGTTTGTGGTACTTTATTTCTAGCTAGTGTTTGGTTGATATATAGATAATAGAA
TGTGTGTTACATGTCAATGGTTAGACTACATGCATTTAAAAATGTGATGAATTTAACTTG
TAGTTCTAAATAATTTGAAGATATTC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL4800Contig1 994 2 2 U
GGATGATGCGTTGCAGATGTTCGAGGAGATGACGACGAAGGTAGGGATGAGACCTAACGA
GGAGACGTTCGTTGCTGTCTTCTTGGCTTGTGCTGCTGTGGGTGGGATAAAGGAAGCGTT
TTTGCATTTCGATTCGATGAAGAACGAGTTTGGGATTAGCCCCGGGACTGAGCATTACTT
GGGGGTTTTGGATGTTCTTGGGAAATGTGGGCATCTCGTCGAGGCGGAGCAGTACATCCG
TGGCCTTCCTTTTGAAGCCACGGCTGAGTTCTGGGAAGCTATGAGGAACTATGGTAAGAT
TCATGGAGATATTGAGTTAGAGGATTACGCGGAGGAGTTGATGGTTGGTCTCGACCCTTC
GAAGGCTGTGGTGACCAACAAGATTCCTACCCCTCCGCCAAAATCATACAGGGAGACGAG
TATGCTTGCTAGTAGGAGTAGGATTCTCGAGTTTCGGAATCTGACTTTGTACAAGGATGA
AGCTAAGGAGTTGGATGCGAAGAAAGGAGCGGTTTATGTTCCAGACACTAAATGTGTTCT
GCACGACATTGACGAGGAGGCTAAGCAACAGGCGCTTCTCTACCACAGTGAGAGGCTAGC
GATTGCTTATGGTATTATATGCACCCCGCCTCGGAAGTCCCTCACGATCATCAAGAATCT
CCGCGTGTGTAATGACTGTCACAACTTCATCAAGATCATGTCCAAAATCATTGGAAGAAC
GTTGATCGTGAGAGACAACAAACGTTTCCATCACTTCAGTGACGGCAAATGTTCTTGTGG
CGATTACTGGTAGAGCTCGCGGGTTCTTGCGTGGCAGTGTTCCCATCATGTATAGCGCTC
CAAAATTCTCCAGAAACTCTGCTTGATGTTGGGAATCGAAATAGTATTTTCTATGCTGTA
ACGAATTTCTTTTGCTTTAGACCTTTTACTTGAGGTATTAAGTTTGTGTTTCTCGTATTA
TGGCAGAACATTGGAGATGTCGGTTTAAAGTTGC


BQ
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AF RR3AC65TF U 1
AF RR3AC65JQ C 191
BS 1 684 RR3AC65TF
BS 685 994 RR3AC65JQ

RD RR3AC65TF 684 0 0
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GGAGACGTTCGTTGCTGTCTTCTTGGCTTGTGCTGCTGTGGGTGGGATAAAGGAAGCGTT
TTTGCATTTCGATTCGATGAAGAACGAGTTTGGGATTAGCCCCGGGACTGAGCATTACTT
GGGGGTTTTGGATGTTCTTGGGAAATGTGGGCATCTCGTCGAGGCGGAGCAGTACATCCG
TGGCCTTCCTTTTGAAGCCACGGCTGAGTTCTGGGAAGCTATGAGGAACTATGGTAAGAT
TCATGGAGATATTGAGTTAGAGGATTACGCGGAGGAGTTGATGGTTGGTCTCGACCCTTC
GAAGGCTGTGGTGACCAACAAGATTCCTACCCCTCCGCCAAAATCATACAGGGAGACGAG
TATGCTTGCTAGTAGGAGTAGGATTCTCGAGTTTCGGAATCTGACTTTGTACAAGGATGA
AGCTAAGGAGTTGGATGCGAAGAAAGGAGCGGTTTATGTTCCAGACACTAAATGTGTTCT
GCACGACATTGACGAGGAGGCTAAGCAACAGGCGCTTCTCTACCACAGTGAGAGGCTAGC
GATTGCTTATGGTATTATATGCACCCCGCCTCGGAAGTCCCTCACGATCATCAAGAATCT
CCGCGTGTGTAATGACTGTCACAA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3AC65JQ 804 0 0
GATGTTCTTGGGAAATGTGGGCATCTCGTCGAGGCGGAGCAGTACATCCGTGGCCTTCCT
TTTGAAGCCACGGCTGAGTTCTGGGAAGCTATGAGGAACTATGGTAAGATTCATGGAGAT
ATTGAGTTAGAGGATTACGCGGAGGAGTTGATGGTTGGTCTCGACCCTTCGAAGGCTGTG
GTGACCAACAAGATTCCTACCCCTCCGCCAAAATCATACAGGGAGACGAGTATGCTTGCT
AGTAGGAGTAGGATTCTCGAGTTTCGGAATCTGACTTTGTACAAGGATGAAGCTAAGGAG
TTGGATGCGAAGAAAGGAGCGGTTTATGTTCCAGACACTAAATGTGTTCTGCACGACATT
GACGAGGAGGCTAAGCAACAGGCGCTTCTCTACCACAGTGAGAGGCTAGCGATTGCTTAT
GGTATTATATGCACCCCGCCTCGGAAGTCCCTCACGATCATCAAGAATCTCCGCGTGTGT
AATGACTGTCACAACTTCATCAAGATCATGTCCAAAATCATTGGAAGAACGTTGATCGTG
AGAGACAACAAACGTTTCCATCACTTCAGTGACGGCAAATGTTCTTGTGGCGATTACTGG
TAGAGCTCGCGGGTTCTTGCGTGGCAGTGTTCCCATCATGTATAGCGCTCCAAAATTCTC
CAGAAACTCTGCTTGATGTTGGGAATCGAAATAGTATTTTCTATGCTGTAACGAATTTCT
TTTGCTTTAGACCTTTTACTTGAGGTATTAAGTTTGTGTTTCTCGTATTATGGCAGAACA
TTGGAGATGTCGGTTTAAAGTTGC

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

CO CL4801Contig1 710 2 4 U
TAATTTCAGCGAGACGACGGAGACGCGGAGGAGTAACTTCAGCGAATCGGAGCCGCCGAG
GAGGAGCTTTTTCGAGGCGAGGAAGAGTAACTTTAGTGAAACAGAGTATCCACGGAGGAG
TAACTTCAGCGAAACAGAGCATAAACAGAGTATAAATAATAATCATCCGCGGAGGAGCAA
CTACGAAGCGGCGGCGCCGAGGAAGAGCAACGTCAACGAGGAGCAGCATCGGAAAAGTGA
CTCGTCGGCGGCGATGGGTTTCACGAGGAGGGTTTTGTCGATGAAAGAGAGTTACTTTAC
AGGAGGAGAAGAGACTGGTTTCATTGATCTCAAGTTCGATTCCTCTGGAGGAGTAGGAGG
AGAAGTGGTGTTAAACGACAGCGTTTTGCAGCATGGAGGAGGAGGGTCTTGCCGGTTAAC
GACCAAGGGTAGGGAGGTGAGTAAGAGTCGAAGGAGCTTCAAAGGATGGAAATGGATTTT
CGGACCTCATCATCATCTTCATAATCATCAAAGGGAATCATGATTCATGATGATAATGAT
AGAGATGATTTTTTTATGGGATCCAGTAAGGAGCAAGCAATGGAGTTACGGTGTTGTGTG
ATCCAGATCCGATGTCAATCTTAGTCAAAAAGCTTTTATTTTCTTTCTCTTTTTTCTCTA
GTGATTTATCATTTTGTTTTGTTGAATATATATGTCGACGCATCGGACTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3FE59JQ C 1
AF RR3FE59TF U 1
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RD RR3FE59JQ 710 0 0
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CTCGTCGGCGGCGATGGGTTTCACGAGGAGGGTTTTGTCGATGAAAGAGAGTTACTTTAC
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AGAAGTGGTGTTAAACGACAGCGTTTTGCAGCATGGAGGAGGAGGGTCTTGCCGGTTAAC
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CGGACCTCATCATCATCTTCATAATCATCAAAGGGAATCATGATTCATGATGATAATGAT
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ATCCAGATCCGATGTCAATCTTAGTCAAAAAGCTTTTATTTTCTTTCTCTTTTTTCTCTA
GTGATTTATCATTTTGTTTTGTTGAATATATATGTCGACGCATCGGACTG

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3FE59TF 707 0 0
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GAGGAGCTTTTTCGAGGCGAGGAAGAGTAACTTTAGTGAAACAGAGTATCCACGGAGGAG
TAACTTCAGCGAAACAGAGCATAAACAGAGTATAAATAATAATCATCCGCGGAGGAGCAA
CTACGAAGCGGCGGCGCCGAGGAAGAGCAACGTCAACGAGGAGCAGCATCGGAAAAGTGA
CTCGTCGGCGGCGATGGGTTTCACGAGGAGGGTTTTGTCGATGAAAGAGAGTTACTTTAC
AGGAGGAGAAGAGACTGGTTTCATTGATCTCAAGTTCGATTCCTCTGGAGGAGTAGGAGG
AGAAGTGGTGTTAAACGACAGCGTTTTGCAGCATGGAGGAGGAGGGTCTTGCCGGTTAAC
GACCAAGGGTAGGGAGGTGAGTAAGAGTCGAAGGAGCTTCAAAGGATGGAAATGGATTTT
CGGACCTCATCATCATCTTCATAATCATCAAAGGGAATCATGATTCATGATGATAATGAT
AGAGATGATTTTTTTATGGGATCCAGTAAGGAGCAAGCAATGGAGTTACGGTGTTGTGTG
ATCCAGATCCGATGTCAATCTTAGTCAAAAAGCTTTTATTTTCTTTCTCTTTTT*CTCTA
GTGATTTATCATTTTGTTTTGTTGAATATATATGTCGACGCATCGGA

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL4802Contig1 532 2 4 U
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TTGGTAACTCTAGCAAGGATCTCTTGAATGATAACATATAAACAAGAGTACAAGACCAAG
TGCAGGTATGGTTGTGTTAGTTCTTTAACTTAAGAGACCTGTGAAACCAATGACTTTCCC
TTGTCTCAACTCAAAGAGAGCAACAATTCTATATAGTATATATACCATGCCTTGTGTCAT
CCGCAGGAACTTGATGAGTGTCCAAAGTAAGTTATTGAGACAGTTCTGTCTTCCGGATCA
ATTGTCGCAAGTCCATTTTTAATCCGATTTTTCCACCTCTCGGAAACGTCTGTCCCATTC
CTCTGCCTCGTAGTTTTGTTCAATCATGTCTTTATCTGTAGTGTACACGATCCTCTCCTT
CCCTATCACTGTATTTTGAGCCATATCCCTTGCACTTAGTAGCTTACGCCTTAGAGCGAT
ATCAGGAGATTCAAGTGCTCGTGCAAATTGTAGCCGAGCTTTGTTTCTATTC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H726JQ U 1
AF RR3E012JQ U 2
BS 1 38 RR3H726JQ
BS 39 39 RR3E012JQ
BS 40 516 RR3H726JQ
BS 517 532 RR3E012JQ

RD RR3H726JQ 516 0 0
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TGCAGGTATGGTTGTGTTAGTTCTTTAACTTAAGAGACCTGTGAAACCAATGACTTTCCC
TTGTCTCAACTCAAAGAGAGCAACAATTCTATATAGTATATATACCATGCCTTGTGTCAT
CCGCAGGAACTTGATGAGTGTCCAAAGTAAGTTATTGAGACAGTTCTGTCTTCCGGATCA
ATTGTCGCAAGTCCATTTTTAATCCGATTTTTCCACCTCTCGGAAACGTCTGTCCCATTC
CTCTGCCTCGTAGTTTTGTTCAATCATGTCTTTATCTGTAGTGTACACGATCCTCTCCTT
CCCTATCACTGTATTTTGAGCCATATCCCTTGCACTTAGTAGCTTACGCCTTAGAGCGAT
ATCAGGAGATTCAAGTGCTCGTGCAAATTGTAGCCG

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR3E012JQ 531 0 0
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TGGTAACTCTAGCAAGGATCTCTTGAATGATAACATATAAACAAGAGTACAAGACCAAGT
GCAGGTATGGTTGTGTTAGTTCTTTAACTTAAGAGACCTGTGAAACCAATGACTTTCTCT
TGTCTCTACTCAAAGAGAGCAACAATTCTATATAGTATATATACCATGCCTTGTGTCATC
CGCAGGAACTTGATGAGTGTCCAAAGTAAGTTATTGAGACAGTTCTGTCTTCCGGATCAA
TTGTCGCAAGTCCATTTTTAATCCGATTTTTCCACCTCTCGGAAACGTCTGTCCCATTCC
TCTGCCTC**AGTTTTGTTCAATCATGTCTTTATCTGTAGTGTACACGATCCTCTCCTTC
CCTATCACTGTATTTTGAGCCATATCCCTTGCACTTAGTAGCTTACGCCTTAGAGCGATA
TCAGGAGATTCAAGTGCTCGTGCAAATTGTAGCCGAGCTTTGTTTCTATTC

QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 2

CO CL4803Contig1 727 2 2 U
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TATCTGTCTCCTCATTCTCTACCTCCGCCAACAAATCTGTCTCAGCCACCATCACCATAA
CCTCCATCGCTGCCACCATCATCTTAATCTCCACCTCCTTGTTATCTATCTCTGCTAATG
AACTCTGTTTCAACCATCACCACCAAATCTGTCTCAACCTTTCTTATCTATTCTCTTATC
AAAGCTTCTTCTTTTTCAGATGCAGATTCATGAAGAAGATGGAGTTTTCTCAAGGACCAC
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CACAGTGGAGAAGAAGAAGAAGTGGTGGTCGTGGTGGAGAGCGACAGAGATTGGTGGTGG
TCATTAGCGGCGGAGACATTAGGTTTAGAATATTTTTTTTGGGTTTACTTTTTAACTTTG
GTCTATTGTAAACCGATTCATATTTGTAAACCATATTTAACTTTAATGAATAAATAAATT
TTATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY84TF U 1
AF RR3GY84JQ C 125
BS 1 618 RR3GY84TF
BS 619 727 RR3GY84JQ

RD RR3GY84TF 618 0 0
GGATCTTTAAAAAAATTATCCCATAAACAAAATCTCTCACAGCCACCACCATCATCATCA
TATCTGTCTCCTCATTCTCTACCTCCGCCAACAAATCTGTCTCAGCCACCATCACCATAA
CCTCCATCGCTGCCACCATCATCTTAATCTCCACCTCCTTGTTATCTATCTCTGCTAATG
AACTCTGTTTCAACCATCACCACCAAATCTGTCTCAACCTTTCTTATCTATTCTCTTATC
AAAGCTTCTTCTTTTTCAGATGCAGATTCATGAAGAAGATGGAGTTTTCTCAAGGACCAC
CATCAATTCAAGATCTGATGCGAGGAATGAGAGATTGGCTGGAAGAGGAGAAGTCGGAAT
CATAGAGAGTGGTGACAAGGTGAAGCCAGAAGTGGAGACAGCGCTGAGGCTACGGTGGAG
GTGGTGGAGATAGCGATGAGGCTACGGTGGAGGCGGTGAAGCCGAAGGTGTAGTAACGGA
AGCTGGGCTTGGAGAAGAAGAAGACGACGAAATTTATGGTTGGATACGGCAGATGACAAG
CACAGTGGAGAAGAAGAAGAAGTGGTGGTCGTGGTGGAGAGCGACAGAGATTGGTGGTGG
TCATTAGCGGCGGAGACA

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3GY84JQ 603 0 0
CATCGCTGCCACCATCATCTTAATCTCCACCTCCTTGTTATCTATCTCTGCTAATGAACT
CTGTTTCAACCATCACCACCAAATCTGTCTCAACCTTTCTTATCTATTCTCTTATCAAAG
CTTCTTCTTTTTCAGATGCAGATTCATGAAGAAGATGGAGTTTTCTCAAGGACCACCATC
AATTCAAGATCTGATGCGAGGAATGAGAGATTGGCTGGAAGAGGAGAAGTCGGAATCATA
GAGAGTGGTGACAAGGTGAAGCCAGAAGTGGAGACAGCGCTGAGGCTACGGTGGAGGTGG
TGGAGATAGCGATGAGGCTACGGTGGAGGCGGTGAAGCCGAAGGTGTAGTAACGGAAGCT
GGGCTTGGAGAAGAAGAAGACGACGAAATTTATGGTTGGATACGGCAGATGACAAGCACA
GTGGAGAAGAAGAAGAAGTGGTGGTCGTGGTGGAGAGCGACAGAGATTGGTGGTGGTCAT
TAGCGGCGGAGACATTAGGTTTAGAATATTTTTTTTGGGTTTACTTTTTAACTTTGGTCT
ATTGTAAACCGATTCATATTTGTAAACCATATTTAACTTTAATGAATAAATAAATTTTAT
TTT

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 2

CO CL4804Contig1 955 2 4 U
ACATTCCAAACCAGTCCAAACAATATTTAACTAAAAGTTGAAACGATTACAGTATTACAG
TATTTGTCTGTCATGTCCCATTTTCAATTCACAAATCGCCCCATTACAGTGTTTTGGCCA
CGAACTAATGTCGCCTGTGGTGGGGGGATATGGACCTTCTTGAACGCTTTGACTCTTTTT
TGGAGCTTGTTGGATTCCTTGAGCTTCTTGAATCTTCAGAATATTCATGAGATGAATAAT
AGCTTCTGTTTGACGATTCATCACGTTTTCTCGACGGCTTTGACCCTTTTTTGGACCTTC
TTGAATCTTCACGAGATTCATCAGGTGAAGAAGGATTTCTGAAGCAAGCAGGCACACTGA
AAAAAGAAGAACGATGGTGCTTCTCCTTTGAGTGAGAATCTCCCCTTCCAGTCATATCAC
CCAATAAATTTCTACTCGATCCCAATGTATCTGAGTATGTGTCCACCCCAAGTTGAAGAG
TATTATAGTCGCTTGGCTGCTGTATCGACCCCAAGCCAGCATCAGTATCAGCGCTACCTA
ATGAGGCCAAAATCTTTGCCAAACCCTTGCAATCAGCTCCATCTTCAGCAATGATTTTGC
CTGTAAATTCATCGATTATTTGGTCCGCAACCTTAAAAAGAATTTGACTCATGATAATCT
TTATATCAGCGTCTGTGTCTCTAGCTGCATCCATCTGATCCCCATAGCTGCATCCATCTG
ATCCCCAATCCTTAGGTTCTGTTTTAGCTGGTGCAAAGATTCAGAAAGCTAAAACCTAAT
CCACACTCAATAAGATTGAGTGAGATCAGGAAAGCAAACCTTCTGATTGGTAAGGCGGAG
GAGGAGGCGTCGGAGGAAAACTGACCGGCGGCGTTAGAAGGATAAGCACTAGGCTGCTGT
GGTAGCCATGGAGGATGAGGCGGAGGTTCAGAGGGAAACTGACCGGCGGCGTTAC


BQ
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AF RR3EY84JQ U 1
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DS 

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QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3ET44JQ U 5
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CGAGCCAGACTAGAGTGAACAAGGGTCTATCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTGTTT
CCTTCTGGTGACGACCAATGTGGTAGACACGACTATGAACATGTTTGTCCCTTGCTACGT
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TCCGTGTCATTTGAATGTCATGAGATACATGGGTTCTCTTCTTGGCATAAGGAGCTCCTC
TTGCTGCAATATGCTGTGCTCTAAGAATGTTTTGTCGTCTCTTCCACCATATCATTGCAC
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AAGTAAGATGAGGCCCGCAAGATGGAAGCCCCGGGATCCCGCAAAGACCTGCGTTATCTG
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QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CZ93TF U 1
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GCTTGGAGAATGACTCTTTGTACAGTGACTCGGCGTGGCTTTCTCTGCCTGCAAAGGCGG
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AACCAAACTGAGGAATTGCAGCGTAGAGAAGTGTGAAACACATTCCATGGAGAGATCAGA
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CTTTTCTAATTTGGGGT

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DS 

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AAACTGAGGAATTGCAGCGTAGAGAAGTGTGAAACACATTCCATGGAGAGATCAGATGAT
GATATGACTATTTGCAGAAGAGAGTTTTTTTAGAAGATGAGAAAAAATTGTTAAAAGAAA
AAGTTTATTTACTTTCTTACTATTTTGATTGTTGTTATAGTTTTTATTTTTCACCCCTTT
TCTAATTTGGGGTTTTGTTTCTTTTATCTTGAAGAAGGAAGAAAAATGTAAACAGAGTTA
TATAAAGAGACAAAGAAACAATGAAGTTGTATTATGTTCTTGCC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

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AGAATGATGCTAAAGTTTCCAAAGGTTACTCTGCTGAGCCTCCTCTCTTCTTTTTTTTTC
TGAAAATTATTAACCCATTTTTTTTTATTTATCAGCTTCAGTAGTTTTTTTTTTATAAAT
CAAAAGCAAAAATGTTATCCTAAGCTGTGGAAAATCTCGTTTGGTTTCTCAGGTTCCTTC
ATGTGGGTTTTGTCCCTTGTTGTTGATATCGTCATTGATTCTTTTCTAGGTCGATTGATA
TTCCACTATTCATCTTTAAGTGTTAGCATTTATGAATAATTGAAACAGATAGTCTAATGG
CTATCTTAATGGTGTTACTTGTGTTAAATCAAATGTATGTGATTTCGAGATTTTTATAGT
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GGTTTGTAACGTAAATTTCAGAAACTTTTACTTGTGTTGTGTTTCCCTTTTTTGGCTTGG
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ATGTGCCTAATTTGGACCATTTTGGGTCATGATGATTTTGTGTGCCCATCTTCTTGCTTG
AGAAACCCTTTGCTAGAGGTGTTACAGTCTTGTTTTTAAGTAACTATGGTAATCGTTGGT
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TCTATCTGTTAGTTTCCTTTTAATCTGTGTAAAC


BQ
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AF RR3BG21TF U 1
AF RR3BG21JQ C 326
BS 1 821 RR3BG21TF
BS 822 1174 RR3BG21JQ

RD RR3BG21TF 821 0 0
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TGAAAATTATTAACCCATTTTTTTTTATTTATCAGCTTCAGTAGTTTTTTTTTTATAAAT
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CTATCTTAATGGTGTTACTTGTGTTAAATCAAATGTATGTGATTTCGAGATTTTTATAGT
TTTAGAACCTTAATTTCTGATAAAATCCTTTTACTAACACTGAGTTGTTGTTAGTTATCA
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DS 

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TTTTACTTGTGTTGTGTTTCCCTTTTTTGGCTTGGCTCAGAGCGGGCCCCTCCTGTTATA
GCCCATTGCTCCAATAGTCTGTGAGAGGTAAACTGATGTGCCTAATTTGGACCATTTTGG
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CGTTGGTTTGGCTGTGACTATGCAGTTTCTAGCTTTTATAAAGCCAAAACCTCTAGGCTT
TAATTTATTTATTTGTTCATGTCAGGGTTTATTGGATGTACTGAGTGAATCAGTGTTGGA
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TGTCTCTGACAGTGACGTGAAATCTTCAACGACGTGTCGTATATTCTGCTTATCGTCTCT
GCATGAGATGCATCTGTTGTTTTACATGCTAGTGATCTATCTGTTAGTTTCCTTTTAATC
TGTGTAAAC

QA 1 849 1 849
DS 



AS 1 2

CO CL4808Contig1 777 2 5 U
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GCGTGTTGTCTGGCGTGGTTCCTCCGCTCCTGCTCTGCTTCAACTTCTAGGGTTCTGTCG
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GGTTTCTTCAGTCGCTTCTAGTGGTGGTTCTGATGAGGTTAGGTGGTTATACTCTTCCTT
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CTTGCGGCTCTTGGTGTGCTTCCAGAGCAGTAGACTAAGGTGTGGGTGCTGATCCTCCCC
GAATAATGTTCGGCCTTTGAAGTCTTCATCTTCACTCCTCCAGCTTCGTTGGTTTCTGTT
ACTTGGTCGGCTGTTCTTTTTGATCTTCTCTAAGCTCTCTAATTGTTATTAGTCTTAGGT
TTTATGGTCTGTATTTTGTTTCAGAGATTATCTTAACTCTGATTCCTTTTGACTCTAGAA
GAATCGGTTGGTTCTTGCTGGCTTTAGACTCTGAAAGTACCTGTTACTTGTCAGCTTAGC
ATTTCACAAATGTATTCTTGTTGTATCCTTTCAAAGTTCAATGAAATTTCCAGTGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FO25TF U 22
AF RR3FO25JQ C 1
BS 1 21 RR3FO25JQ
BS 22 505 RR3FO25TF
BS 506 506 RR3FO25JQ
BS 507 517 RR3FO25TF
BS 518 777 RR3FO25JQ

RD RR3FO25TF 513 0 0
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CTCCGCTCCTGCTCTGCTTCAACTTCTAGGGTTCTGTCGGTGGGTCTCTGGAGTCTCGTC
TCCGATCTGCTGCTGGACCTCTATCTCTGTTCTGTAAGTGGTTTCTTCAGTCGCTTCTAG
TGGTGGTTCTGATGAGGTTAGGTGGTTATACTCTTCCTTGATTTCCTTAGCAACGGAATA
GATTCTGTTGTTGGTTGTGTTATCCTGTGGCTCGAGTTGGGTTCTCCGGCTTGTTGTCAA
GGAAGAGGGGTTACGACCCGTTCTAGTTCTTGGCCGTGGGTGTTTGAAGATTAATGGTGT
GTCTCTTCTTCTCCCTGGGGTAGGTTCGTCTCTGGTTACCTTGCGGCTCTTGGTGTGCTT
CCAGAGCAGTAGACTAAGGTGTGGGTGCTGATCCTCCCCGAATAATGTTCGGCCTTTGAA
GTCT*CATCTTCACTC
TCAGCTCGTTGGTTCTG

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3FO25JQ 777 0 0
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GCGTGTTGTCTGGCGTGGTTCCTCCGCTCCTGCTCTGCTTCAACTTCTAGGGTTCTGTCG
GTGGGTCTCTGGAGTCTCGTCTCCGATCTGCTGCTGGACCTCTATCTCTGTTCTGTAAGT
GGTTTCTTCAGTCGCTTCTAGTGGTGGTTCTGATGAGGTTAGGTGGTTATACTCTTCCTT
GATTTCCTTAGCAACGGAATAGATTCTGTTGTTGGTTGTGTTATCCTGTGGCTCGAGTTG
GGTTCTCCGGCTTGTTGTCAAGGAAGAGGGGTTACGACCCGTTCTAGTTCTTGGCCGTGG
GTGTTTGAAGATTAATGGTGTGTCTCTTCTTCTCCCTGGGGTAGGTTCGTCTCTGGTTAC
CTTGCGGCTCTTGGTGTGCTTCCAGAGCAGTAGACTAAGGTGTGGGTGCTGATCCTCCCC
GAATAATGTTCGGCCTTTGAAGTCTTCATCTTCACTCCTCCAGCTTCGTTGGTTTCTGTT
ACTTGGTCGGCTGTTCTTTTTGATCTTCTCTAAGCTCTCTAATTGTTATTAGTCTTAGGT
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GAATCGGTTGGTTCTTGCTGGCTTTAGACTCTGAAAGTACCTGTTACTTGTCAGCTTAGC
ATTTCACAAATGTATTCTTGTTGTATCCTTTCAAAGTTCAATGAAATTTCCAGTGCG

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL4809Contig1 1138 2 2 U
GGGACAAACACAGACACACACACGCATACAGACACACCAAAGAAAAATTCCATAATTTTA
GACTACTGTAAAAGAGAGAAGAGAAATGAACAGAACGAGCAATACTGTGATAGGCTTCGT
GAACATCCTAACACTAATCTCCTCCATAGTTATAATAGGCTCAGCTTTATGGATGGGTAG
GAGCAAGACAACATGCGAGCATTTCCTTCAGAAGCCACTTCTGGTCTTAGGCCTAGCAAT
CCTGATCTTGTCACTAGCTGGTCTGATAGGTGCATGCTGTGACGTGGCTTGGGTCTTGTG
GGTGTACCTCTTCTTCATGGTCTTCATCATAGTTGCGCTCATGGGGTTGACCCTTTTTGG
GTTTATTGTTACTAGCCATGGTGGTGGTGTGGGTGTGACTGGTAGAGTTTATAGAGAGTT
TAAACTTGAAGAGTATCATCCATGGCTTAAAACAAGGGTTATGGATGCTAATTATTGGTT
GACTATAAAGATTTGTCTCTTGGGCTCACTCACTTGTTCTAAGCTCTCTTTTTGGACTCC
TATTGATTATCTCCAAAAGGACTTGACTCCTCTTCAGGTACTCCTTTTATCTATGTTGTA
ATTAACATATACTTATTTTCAATTTCATATTAATCATAGTTTTATATAAAGTCTGGATGC
TGCAAACCACCGACGTCGTGCGTGTACAACACGGAGACGCCAAAACGGCAAGATTCCGAT
TGTTACCGGTGGAACAACGCTGCGACGGTGCTCTGCTACGACTGTGACTCTTGTAGAGCT
GGCGTTTTAGAGACGGTGCGGCGCGATTGGCATAAACTATCTATTGTTAACGTCGTCATT
GTTCTCTTCCTCATCGCTATTTACTGTGTTGGTTGCTGCGCGTTTAAAAACGCCAAACGC
CCTCAACATTACGGTTTTCCTTACGGACGTTACGGCATGTCCAAGTCCCGACCCGGATGG
GATCAGTCCTGGTCGAGGTGGTGGCATGGTAGAGATCGCTATTAGTGAAAATTTATGTAA
TGTATTTTCGAGTTAGTGACTCAACTCAAGTCGATCTTGGCCTCTTAATTATAAAATACA
TATTGTACAAAGAGAGCCTAATTTTCATTTATGATCATATCCCAACTTTGTGTTGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AT71TF U 1
AF RR3AT71JQ C 248
BS 1 743 RR3AT71TF
BS 744 1138 RR3AT71JQ

RD RR3AT71TF 743 0 0
GGGACAAACACAGACACACACACGCATACAGACACACCAAAGAAAAATTCCATAATTTTA
GACTACTGTAAAAGAGAGAAGAGAAATGAACAGAACGAGCAATACTGTGATAGGCTTCGT
GAACATCCTAACACTAATCTCCTCCATAGTTATAATAGGCTCAGCTTTATGGATGGGTAG
GAGCAAGACAACATGCGAGCATTTCCTTCAGAAGCCACTTCTGGTCTTAGGCCTAGCAAT
CCTGATCTTGTCACTAGCTGGTCTGATAGGTGCATGCTGTGACGTGGCTTGGGTCTTGTG
GGTGTACCTCTTCTTCATGGTCTTCATCATAGTTGCGCTCATGGGGTTGACCCTTTTTGG
GTTTATTGTTACTAGCCATGGTGGTGGTGTGGGTGTGACTGGTAGAGTTTATAGAGAGTT
TAAACTTGAAGAGTATCATCCATGGCTTAAAACAAGGGTTATGGATGCTAATTATTGGTT
GACTATAAAGATTTGTCTCTTGGGCTCACTCACTTGTTCTAAGCTCTCTTTTTGGACTCC
TATTGATTATCTCCAAAAGGACTTGACTCCTCTTCAGGTACTCCTTTTATCTATGTTGTA
ATTAACATATACTTATTTTCAATTTCATATTAATCATAGTTTTATATAAAGTCTGGATGC
TGCAAACCACCGACGTCGTGCGTGTACAACACGGAGACGCCAAAACGGCAAGATTCCGAT
TGTTACCGGTGGAACAACGCTGC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3AT71JQ 891 0 0
C
TGTCACTAGCTGGTCTGATAGGTGCATGCTGTGACGTGGCTTGGGTCTTGTGGGTGTACC
TCTTCTTCATGGTCTTCATCATAGTTGCGCTCATGGGGTTGACCCTTTTTGGGTTTATTG
TTACTAGCCATGGTGGTGGTGTGGGTGTGACTGGTAGAGTTTATAGAGAGTTTAAACTTG
AAGAGTATCATCCATGGCTTAAAACAAGGGTTATGGATGCTAATTATTGGTTGACTATAA
AGATTTGTCTCTTGGGCTCACTCACTTGTTCTAAGCTCTCTTTTTGGACTCCTATTGATT
ATCTCCAAAAGGACTTGACTCCTCTTCAGGTACTCCTTTTATCTATGTTGTAATTAACAT
ATACTTATTTTCAATTTCATATTAATCATAGTTTTATATAAAGTCTGGATGCTGCAAACC
ACCGACGTCGTGCGTGTACAACACGGAGACGCCAAAACGGCAAGATTCCGATTGTTACCG
GTGGAACAACGCTGCGACGGTGCTCTGCTACGACTGTGACTCTTGTAGAGCTGGCGTTTT
AGAGACGGTGCGGCGCGATTGGCATAAACTATCTATTGTTAACGTCGTCATTGTTCTCTT
CCTCATCGCTATTTACTGTGTTGGTTGCTGCGCGTTTAAAAACGCCAAACGCCCTCAACA
TTACGGTTTTCCTTACGGACGTTACGGCATGTCCAAGTCCCGACCCGGATGGGATCAGTC
CTGGTCGAGGTGGTGGCATGGTAGAGATCGCTATTAGTGAAAATTTATGTAATGTATTTT
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AAAGAGAGCCTAATTTTCATTTATGATCATATCCCAACTTTGTGTTGAAG

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DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B203JQ C 1
AF RR3B203TF U 1
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DS 

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TTCGTTCGATATATC

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

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ATCACTCTCTTGCATTAACCGAGGAAGGCAAAGTGCTCTCGTGGGGACACGGTGGTCACG
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CGCACAAGGTTATCTCAGTTTCCATCGGTGCTTCTCATGCTCTCTGTTTGGTCTCAAGAT
CACATTAAATAAACCACATTCTGATATTTAACTATGCTTTTGAGAGTAATGATTATAC


BQ
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AF RR3EI49TF U 1
AF RR3EI49JQ C 73
BS 1 571 RR3EI49TF
BS 572 658 RR3EI49JQ

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QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3EI49JQ 586 0 0
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ACCACATTCTGATATTTAACTATGCTTTTGAGAGTAATGATTATAC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL4812Contig1 767 2 3 U
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GGAAGAGACGTATGCGTTTGTGATACGCCCGGCTTTCGCTGGTGGCATTGGACCGTTGTA
GCTGGCTCTGGTTCTCTTGTTCGCCGGTACAGCTGCTGGTTTCCTCTTCTCGGTTTTGGT
CTTCTCTAGCTGTTCCAACCGCTTCTTGAGGTTCTCTGGAGGGAACTCTTCCTCGAGTTT
GTACTCTTCAATGCATTTCAGGACTGCCTTAAGAGCTGATTGCTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF43JQ U 24
AF RR3AO16TF C 1
BS 1 23 RR3AO16TF
BS 24 531 RR3GF43JQ
BS 532 767 RR3AO16TF

RD RR3GF43JQ 508 0 0
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AAGATAGCTAACTTACTAAAACAGAGTTAGGCTTCGAAAATATTACAACAGACAAAACGA
CAACGTAGAGAGAGACAAAGATGCAGATACAGAGTAGTTGTCACAGTATCAGTAGTGGTT
GTTGGTTATTACCATTCTTTCCTTCTTGATTTGTCATCACACACACTGTCTAAGTTCAGT
AGTAAGCTTGCTGATGGTGGGCGTGTTGGTGGTGCTGCTGAGGGTAGTGCGGGTGGTAAA
CCGGAGGAGCTGGAGCTGGAACAGGGACAGGGCCGTTGCAATAACCGTTGTACGCTGGGT
AACCCATAGGTGAGGCTTGGTATGAGGCGGGGATAAGCTCAGGGGAGTATGGATAAGGTG
GGCTCCTGTTGCTGTAGACAGTGGTAGGTGGTGATGGGTAAGATGCGGCAGGTGAAGCGT
ACTGAGGGGAGTGAGAAGGTGATCTGAT

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR3AO16TF 767 0 0
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**ATGTTTTTAACACACAACAGGAAGATAGCTAACTTACTAAAACAGAGTTAGGCTTCGA
AAATATTACAACAGACAAAACGACAACGTAGAGAGAGACAAAGATGCAGATACAGAGTAG
TTGTCACAGTATCAGTAGTGGTTGTTGGTTATTACCATTCTTTCCTTCTTGATTTGTCAT
CACACACACTGTCTAAGTTCAGTAGTAAGCTTGCTGATGGTGGGCGTGTTGGTGGTGCTG
CTGAGGGTAGTGCGGGTGGTAAACCGGAGGAGCTGGAGCTGGAACAGGGACAGGGCCGTT
GCAATAACCGTTGTACGCTGGGTAACCCATAGGTGAGGCTTGGTATGAGGCGGGGATAAG
CTCAGGGGAGTATGGATAAGGTGGGCTCCTGTTGCTGTAGACAGTGGTAGGTGGTGATGG
GTAAGATGCTGCAGGTGAAGCGTACTGAGGGGAGTGAGAGGGTGATCTGATGAACGGGAA
GGAAGAGACGTATGCGTTTGTGATACGCCCGGCTTTCGCTGGTGGCATTGGACCGTTGTA
GCTGGCTCTGGTTCTCTTGTTCGCCGGTACAGCTGCTGGTTTCCTCTTCTCGGTTTTGGT
CTTCTCTAGCTGTTCCAACCGCTTCTTGAGGTTCTCTGGAGGGAACTCTTCCTCGAGTTT
GTACTCTTCAATGCATTTCAGGACTGCCTTAAGAGCTGATTGCTCCC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

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TCGTTGTCTCTTTCTTCGGTGGGTTATCAACAAGAGTGGTGGTTGGTAACTCCGTCGGAG
GAGTCGATTTGCCTGTTATAGTGATTCTGGTTTGTATTCTCTTGTTAGTCTCAACAATAA
TCAAATAATGTTATTAAAGCGTAGAATTTGCTTACTGGTTGTTCAATTTTGGATATAATT
TGTTACTTGTTATCAGAGGATTGTTGTTTGGTATATTCTGATGTTAGCTAGAGAATTGTA
TTGCATTGCAGGTGACCTTTCTATTGTGATATTGCGTGCCAGTCCTGGTCTAGCAGATGC
TGGGATTACGACCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D133JQ C 1
AF RR3D133TF U 1
BS 1 495 RR3D133TF

RD RR3D133JQ 495 0 0
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TCGTTGTCTCTTTCTTCGGTGGGTTATCAACAAGAGTGGTGGTTGGTAACTCCGTCGGAG
GAGTCGATTTGCCTGTTATAGTGATTCTGGTTTGTATTCTCTTGTTAGTCTCAACAATAA
TCAAATAATGTTATTAAAGCGTAGAATTTGCTTACTGGTTGTTCAATTTTGGATATAATT
TGTTACTTGTTATCAGAGGATTGTTGTTTGGTATATTCTGATGTTAGCTAGAGAATTGTA
TTGCATTGCAGGTGACCTTTCTATTGTGATATTGCGTGCCAGTCCTGGTCTAGCAGATGC
TGGGATTACGACCTT

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3D133TF 495 0 0
TTTTTTCACCCCATTCCAGATCTCGTCCTCCGTCTTCTATTCCTCCTTTTCCTCAACTGT
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TCAAAATCACCATTGAGTTTTTTAGGCGGCGACGGAAGAGAATCCCCTCGAATTCCATCT
TCGTTGTCTCTTTCTTCGGTGGGTTATCAACAAGAGTGGTGGTTGGTAACTCCGTCGGAG
GAGTCGATTTGCCTGTTATAGTGATTCTGGTTTGTATTCTCTTGTTAGTCTCAACAATAA
TCAAATAATGTTATTAAAGCGTAGAATTTGCTTACTGGTTGTTCAATTTTGGATATAATT
TGTTACTTGTTATCAGAGGATTGTTGTTTGGTATATTCTGATGTTAGCTAGAGAATTGTA
TTGCATTGCAGGTGACCTTTCTATTGTGATATTGCGTGCCAGTCCTGGTCTAGCAGATGC
TGGGATTACGACCTT

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

CO CL4814Contig1 989 2 4 U
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GCTGATGGAAGAGTAGGTGGGAAGCTGAAAGTGTTGTGCATAATGGCTTGATTTGGGATG
AAGGAGCTAACACTATGACTGAGGCTGAGCCAGAAGTTGGGAGTTTGCTAGATGATCTTG
GGCTTCGTGAGAAACAGCAATTTCCAATTTCACAGAAGAAACGGTACATTGTGCGGAATG
GGTTGCCTGTGATGATACCCACTAATCCCATAGCGCTGGTCACAAGTAGTGTGCTCTCTA
CCCAATCGAAGTTTCAAATCTTGTTGGAACCATTTTTATGGAAGAAAAACGACTCGTCCT
CAAAAGTATCAGACGCATCCGTAGTGGAAAGTGTAAGCGGGTTCTTTCAACGCCATTTTG
GACGAGAGGTTGTGGACTATCTCATTGACCCTTTTGTGGCTGGAACAAGTGCTGCGGACC
CTGAATCCCTCTCAATGAAGCATTCTTTTCCAGATCTGTGGAATATGAGAAAAGTTTTGG
CTCTATTTTAGTCGGTGCAATCAGAACAAAGTTTGCTGCTGGAAAATCAATAGCATCAGG
TTGCAAAGCAGCTGATCTCGTAATCTCATACTTGGAGTCTTGCTCGAATGACAATAAACC
AGAGGACAGCTTATAAACATTGTCGAGGTTCGTCAGTTTTAGTCCCTTTTAAGTTTTTAA
ACTTGTAAAATGCAATAAGCCGTGGGATTAACCAACAAACTCAGCAAAATCCAGATTCTC
ATAGGCTAACTACGATCAATATCCGTTTCCTAGTTGCATCACTTGTCTTGAACATTATAT
ACTGAGGATGTTTAGGATTGAAGAATCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH96TF U 1
AF RR3FH96JQ C 208
BS 1 705 RR3FH96TF
BS 706 706 RR3FH96JQ
BS 707 715 RR3FH96TF
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RD RR3FH96TF 715 0 0
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AGTGGGCTTGCGGCGGCGTACAAGTTGAAATCGAAGGGTTTGAATGTGACTGTGTTTGAA
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AAGGAGCTAACACTATGACTGAGGCTGAGCCAGAAGTTGGGAGTTTGCTAGATGATCTTG
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GGTTGCCTGTGATGATACCCACTAATCCCATAGCGCTGGTCACAAGTAGTGTGCTCTCTA
CCCAATCGAAGTTTCAAATCTTGTTGGAACCATTTTTATGGAAGAAAAACGACTCGTCCT
CAAAAGTATCAGACGCATCCGTAGTGGAAAGTGTAAGCGGGTTCTTTCAACGCCATTTTG
GACGAGAGGTTGTGGACTATCTCATTGACCCTTTTGTGGCTGGAACAAGTGCTGCGGACC
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QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3FH96JQ 782 0 0
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AACCATTTTTATGGAAGAAAAACGACTCGTCCTCAAAAGTATCAGACGCATCCGTAGTGG
AAAGTGTAAGCGGGTTCTTTCAACGCCATTTTGGACGAGAGGTTGTGGACTATTTCATTG
ACCCTTTTGTGGCTGGAACAAGTGCTGCGGACCCTGAATCCCTCTCAATGAAGCATTCTT
TTCCAGATCTGTGGAATATGAGAAAAGTTTTGGCTCTATTTTAGTCGGTGCAATCAGAAC
AAAGTTTGCTGCTGGAAAATCAATAGCATCAGGTTGCAAAGCAGCTGATCTCGTAATCTC
ATACTTGGAGTCTTGCTCGAATGACAATAAACCAGAGGACAGCTTATAAACATTGTCGAG
GTTCGTCAGTTTTAGTCCCTTTTAAGTTTTTAAACTTGTAAAATGCAATAAGCCGTGGGA
TTAACCAACAAACTCAGCAAAATCCAGATTCTCATAGGCTAACTACGATCAATATCCGTT
TCCTAGTTGCATCACTTGTCTTGAACATTATATACTGAGGATGTTTAGGATTGAAGAATC
CT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL4815Contig1 684 2 5 U
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AAATATTTCAGGTTCCACAGTGAAAATGATAGATGTAGTCAACATTATTACATATTTTGC
ATATCACTTTTATTCTTTTAACGTAAAGAAAATTCATCTGCAATGGAACTAAAGTTTGTT
CATAGCATCCATATTTGACTTGAACTTAACCATTGCATCTCTTGGTAACGTCATGACCAC
TTTAACTCCACCTTCCATTGATGGATATAACTTAAAAGGTCTCAAGATCATTCCTATATG
CATTGCACTCTCCCTCTGAGTCAACGGCCTCAGATTCACAGGCTCATTCCAACCGAAATC
CATCGATCCAAACCAACCAATATTCCTCCAGTCCGTCAAGAAAAACACACCGTCACTCAC
ACCTTCGAACTTGGCATCACCCCTCATCAGTCTCTCTCCGTTGCTCAGCTCCTCCTCTAT
ATACCCTTTGTCGTAGGCTGTTTTCTTGGCTTTCTTGACGCGCTTTGCAATGTCAGAGAT
CGATGATTCTTCGAGTTCTTTGACGGTTAACTCGACATACACGTCTATGTAGGCGTTACC
GTAGTATCCTTGAGGAAGGGGAGGATCTAAAACATGTCTGATTCCAACGGCTACGGCAAG
GACAGTGATCCCGTCCGGGTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FZ03JQ U 13
AF RR3G765JQ U 1
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CATCGATCCAAACCAACCAATATTCCTCCAGTCCGTCAAGAAAAACACACCGTCACTCAC
ACCTTCGAACTTGGCATCACCCCTCATCAGTCTCTCTCCGTTGCTCAGCTCCTCCTCTAT
ATACCCTTTGTCGTAGGCTGTTTTCTTGGCTTTCTTGACGCGCTTTGCAATGTCAGAGAT
CGATGATTCTTCGAGTTCTTTGACGGTTAACTCGACATACACGTCTATGTAGGCGTTACC
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GACAGTGATCCCGTCCGGGTTTAG

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

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TATATGTTCTTACTTTCTCAATTTTAAGTTTCCTTTTTTGTTTGATCCGTTGTTGTTTTC
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AAGTATGTTCAGGACCGCG


BQ
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AF RR3EE34JQ C 1
AF RR3EE34TF U 1
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TATATGTTCTTACTTTCTCAATTTTAAGTTTCCTTTTTTGTTTGATCCGTTGTTGTTTTC
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DS 

RD RR3EE34TF 499 0 0
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GTTGGGTGTTCACTTGTTTGTCTATCGCCGACGAGATCGCTGGTTCTCTTAGAAACGGAG
ATATTGGTCCTTTCCATGTCGGATGAATCCATATCTTTAACTCTCCTTCTGTTAGATGCG
TATATGTTCTTACTTTCTCAATTTTAAGTTTCCTTTTTTGTTTGATCCGTTGTTGTTTTC
GATCAGAGTCTCTTTTGAGACTGATAATTTGATAATAGTTAATGTTAATAGATGGTTAAG
ATTTAGATCAAGTTTGTGGATGTGTTATATGTCTCAGCCGCTATCTGTGTCTAGGTGTGA
CCAGTAGTTTGCTTCCTATACGAGACTTGATGATGCTTTTTTGTGTTCTTGTGTTTATAG
AAGTATGTTCAGGACCGCG

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 2

CO CL4817Contig1 733 2 2 U
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CCACCTGGGCTGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CE15TF C 1
AF RR3CE15JQ U 8
BS 1 7 RR3CE15TF
BS 8 733 RR3CE15JQ

RD RR3CE15TF 733 0 0
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TCCGCGTTGCATAGTATCCGCTTGCAATTCGAGCTAAATTCCATAGGGATGTTAAATCCA
TCGACAAGTGAGATGTCATAGAAGTCTAAGTTGTTGTATTGGTTCAAGGCATACTCAGCC
AACGTGTTCGGTGGCTGGCCCCAACCCGTGCATTGAAGTCCACCAGAACAATCACCAGTT
TGGCATCGCCCACGGCCTGAAGAATCAAAATTACAGTTTGTCCGACCCCATATCCGTGCC
ATACGCGTGCCAGCCGCAACATCCAATGGCCACGATTGGCCAGGATCTAGACGCCTGCCA
CCACCTGGGCTGC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3CE15JQ 726 0 0
AGTCCAAATACGTCATTATTATTACATTTTCCACATTATTATCCATTGAGCGTTGATAGT
CGCGTATCAAACGTATACTCACGGATCAAACCCACAATACAGATCCCATCTCTTATTTAT
TTTATAGAAACACGTACGCGTGTACCAACGTACAAACAGGTGTTGAGAGAGTCTATCACC
TAGGACAAAACACGACTCTGTAATTAGTGTTACTGCAAGTGAAAGTGCTGGTTGGGTCGT
CTTGTGGATAGCTGTAGGCGTCCGGACATCTCTGCTTGAAGAACCTTGAGAACCCAGTGG
CGCCACAGGATCCCTGCCCGTTTGTACAGCAGTACTCGTTTGTCTTGAACACCGTGCACG
GGTTGTTGCAACCTCCTGGCGCTCTCAACTGGTTCGGACACTGTCCGTTTATGTCCGCGT
TGCATAGTATCCGCTTGCAATTCGAGCTAAATTCCATAGGGATGTTAAATCCATCGACAA
GTGAGATGTCATAGAAGTCTAAGTTGTTGTATTGGTTCAAGGCATACTCAGCCAACGTGT
TCGGTGGCTGGCCCCAACCCGTGCATTGAAGTCCACCAGAACAATCACCAGTTTGGCATC
GCCCACGGCCTGAAGAATCAAAATTACAGTTTGTCCGACCCCATATCCGTGCCATACGCG
TGCCAGCCGCAACATCCAATGGCCACGATTGGCCAGGATCTAGACGCCTGCCACCACCTG
GGCTGC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4819Contig1 432 2 1 U
GTCGATTCTCAATCCTCTTTTCCTCTAGCCGCTCGTGGCCACGGACATTGCCACCGTGGT
CAAGCCGCTGCTAAAGACGGAGTCGTGGTCAACATGCGGTCAATGGTAAACAGGGACCGA
GGCATCAAGGTGTCTAGGACCGGTTTATACGTTGACGTGGACAGCGCGTGGCTATGGATC
GAGGTGTTGAATAAAACTTTGGAGTTAGGGCTGACGCCGGTTTCTTGGACGGATTATTTG
TATTTAACGGTCGGTGGAACGTTATCTAACGGCGGTATAAGCGGACAAACGTTTCGGTAT
GGTCCACAAATCAGTAATGTTTTAGAGATGGATGTTATTACTGGTATGTACATCTTTTTA
CATGCATTCTAAATATGTGAAAACAGTAATGATTTTTACTTCGTACATTTGCCAATAAAA
ATAAACTTTCGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GO26JQ C 1
AF RR3GO26TF U 1
BS 1 432 RR3GO26TF

RD RR3GO26JQ 432 0 0
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CAAGCCGCTGCTAAAGACGGAGTCGTGGTCAACATGCGGTCAATGGTAAACAGGGACCGA
GGCATCAAGGTGTCTAGGACCGGTTTATACGTTGACGTGGACAGCGCGTGGCTATGGATC
GAGGTGTTGAATAAAACTTTGGAGTTAGGGCTGACGCCGGTTTCTTGGACGGATTATTTG
TATTTAACGGTCGGTGGAACGTTATCTAACGGCGGTATAAGCGGACAAACGTTTCGGTAT
GGTCCACAAATCAGTAATGTTTTAGAGATGGATGTTATTACTGGTATGTACATCTTTTTA
CATGCATTCTAAATATGTGAAAACAGTAATGATTTTTACTTCGTACATTTGCCAATAAAA
ATAAACTTTCGC

QA 1 432 1 432
DS 

RD RR3GO26TF 432 0 0
GTCGATTCTCAATCCTCTTTTCCTCTAGCCGCTCGTGGCCACGGACATTGCCACCGTGGT
CAAGCCGCTGCTAAAGACGGAGTCGTGGTCAACATGCGGTCAATGGTAAACAGGGACCGA
GGCATCAAGGTGTCTAGGACCGGTTTATACGTTGACGTGGACAGCGCGTGGCTATGGATC
GAGGTGTTGAATAAAACTTTGGAGTTAGGGCTGACGCCGGTTTCTTGGACGGATTATTTG
TATTTAACGGTCGGTGGAACGTTATCTAACGGCGGTATAAGCGGACAAACGTTTCGGTAT
GGTCCACAAATCAGTAATGTTTTAGAGATGGATGTTATTACTGGTATGTACATCTTTTTA
CATGCATTCTAAATATGTGAAAACAGTAATGATTTTTACTTCGTACATTTGCCAATAAAA
ATAAACTTTCGC

QA 1 432 1 432
DS 



AS 1 2

CO CL4820Contig1 1265 2 2 U
GATCTCTCAACCAAAGGCATCTTCTTTCCTGTCAAGATCCTGAATCATCGGATCTGAGAG
GAAACTAGGGTTTGTTAAATCTGATGAGAAACTTCTGAAAAAGGCTTAATACTTCTTCTG
TTAGTACTCTAATTCAACCGAGAAAGTCAAATACCTTAACTGCCTGTATAATTTTATCGA
AGAAGTAGAAGAAGATGTCAATGAGAAACAATGGAAACACTCTACCACCGGTTTTCATGA
ATGAGAACCAGCTGCAATACCAGACAAACACACAATCCAATCAGCTTCACCTCCTCGGAA
CCATGGGAGGTGGGTGCACTACTGTTGATCAAGTAAACTATTTTGCTAACGAGAATCTCC
TCCCAATGATTCGGGGTAACAAAAGAGGAAGGGAAGTTGAAAGCATTACTAGACAACAGA
AGCTTCAGATGTCTTTAAACTATAATCATATTAACAATATTAGTGTTCAAGAAGAAGCCC
CCAAGGAGAGTCTAGTCTCCACTGGTCTTAGACTGTCTTATGATGATGATGAACGCAACT
CATCAGTGACTTCTGCTAGTGGTGGCATTGTAGCTGCTTCTCCAATCTTACAATCACTCG
ATGATAGTCTTCGGATCGATCTCCACAGACAAAAGGATGAGCTTGACCAGTTTTTAAAAG
TTCAGGCAGCTCAAATGGCGAAAGAAGTGAAGGATATGAAACAGAGACAGATTGCTTCTT
TTCTCAACACAGTAGAGAGAGGAGTGAGCAAGAAGCTTCAAGAGAAAGACAACGAGATTG
ATATCATGAACAAGAAGAATAAAGAGCTCGTGGAGAGGATAAAGCAAATAGCAATGGAGG
CTCAGAATTGGCATTACAGAGCAAAGTACAATGAGTCTGTGGTTAACGTTTTAAAGACAA
ATTTACAACAAGCAATGTCCCACAACAACAACAACAATGGGGTTGCTGGTGCAGATCATG
GTATAGAAGGGTTTGGAGACAGTGAAATAGATGATGCAGCTTCTTCACACATTGATCCAA
ACAAGAACATGGGGAGTCAGAGGATGAGATGCAAGATGTGTCATGGGAAAGAAGTATCGG
TGTTGCTTGTGCCGTGTAGGCACTTGTGTTTGTGTAAGGAATGTGATGTATTCACTGGGT
TTTGTCCTGTATGCAAGTCTTTGAAAACTTCTAGCGTTCAGGTCTTCTTTTCCTGAAACG
AAACAGAAAGAATTGGGATACATTATATGAATCTTCCAACTTTCTAAAAGCTTATTATTA
ATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3GM36TF U 1
AF RR3GM36JQ C 536
BS 1 632 RR3GM36TF
BS 633 1265 RR3GM36JQ

RD RR3GM36TF 632 0 0
GATCTCTCAACCAAAGGCATCTTCTTTCCTGTCAAGATCCTGAATCATCGGATCTGAGAG
GAAACTAGGGTTTGTTAAATCTGATGAGAAACTTCTGAAAAAGGCTTAATACTTCTTCTG
TTAGTACTCTAATTCAACCGAGAAAGTCAAATACCTTAACTGCCTGTATAATTTTATCGA
AGAAGTAGAAGAAGATGTCAATGAGAAACAATGGAAACACTCTACCACCGGTTTTCATGA
ATGAGAACCAGCTGCAATACCAGACAAACACACAATCCAATCAGCTTCACCTCCTCGGAA
CCATGGGAGGTGGGTGCACTACTGTTGATCAAGTAAACTATTTTGCTAACGAGAATCTCC
TCCCAATGATTCGGGGTAACAAAAGAGGAAGGGAAGTTGAAAGCATTACTAGACAACAGA
AGCTTCAGATGTCTTTAAACTATAATCATATTAACAATATTAGTGTTCAAGAAGAAGCCC
CCAAGGAGAGTCTAGTCTCCACTGGTCTTAGACTGTCTTATGATGATGATGAACGCAACT
CATCAGTGACTTCTGCTAGTGGTGGCATTGTAGCTGCTTCTCCAATCTTACAATCACTCG
ATGATAGTCTTCGGATCGATCTCCACAGACAA

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3GM36JQ 730 0 0
CAACTCATCAGTGACTTCTGCTAGTGGTGGCATTGTAGCTGCTTCTCCAATCTTACAATC
ACTCGATGATAGTCTTCGGATCGATCTCCACAGACAAAAGGATGAGCTTGACCAGTTTTT
AAAAGTTCAGGCAGCTCAAATGGCGAAAGAAGTGAAGGATATGAAACAGAGACAGATTGC
TTCTTTTCTCAACACAGTAGAGAGAGGAGTGAGCAAGAAGCTTCAAGAGAAAGACAACGA
GATTGATATCATGAACAAGAAGAATAAAGAGCTCGTGGAGAGGATAAAGCAAATAGCAAT
GGAGGCTCAGAATTGGCATTACAGAGCAAAGTACAATGAGTCTGTGGTTAACGTTTTAAA
GACAAATTTACAACAAGCAATGTCCCACAACAACAACAACAATGGGGTTGCTGGTGCAGA
TCATGGTATAGAAGGGTTTGGAGACAGTGAAATAGATGATGCAGCTTCTTCACACATTGA
TCCAAACAAGAACATGGGGAGTCAGAGGATGAGATGCAAGATGTGTCATGGGAAAGAAGT
ATCGGTGTTGCTTGTGCCGTGTAGGCACTTGTGTTTGTGTAAGGAATGTGATGTATTCAC
TGGGTTTTGTCCTGTATGCAAGTCTTTGAAAACTTCTAGCGTTCAGGTCTTCTTTTCCTG
AAACGAAACAGAAAGAATTGGGATACATTATATGAATCTTCCAACTTTCTAAAAGCTTAT
TATTAATATT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL4821Contig1 837 2 2 U
GAAAACCAGACCTCGAGATCAAATTAGGGCACAAAGCCCTGTCGGAGACAGAAACTATGG
GGAGGAAGAAACTTGAAATCAAGCGAATTGAGAACAAAAGTAGCCGACAAGTTACCTTCT
CCAAACGACGCAACGGTCTCATCGAGAAAGCTCGCCAGCTTTCCGTTCTCTGTGACGCAT
CCGTCGCTCTCCTTGTCGTCTCCGCCTCCGGAAAACTCTACAGCTTCTCCTCCGGTGATA
ACCTGGTCAAGATCCTTGATCGCTATGGAAAGCAACATGATGATGATCTTAAAGCCTTGG
AGCGTCAGTCAAATCCTCTGAACTGTGGTTCACACCATGAGCTACTGGAACTTGTGGAAA
GCAAGCTTGAGGGATCAAATGTCGATAATGTAAGTGTCGGTTCCCTCGTTCAGCTGGAGG
AACAACTTGAGAACGCCCTCTCCGTAACAAGAGCAGGAAGACAGAACTAATGTTGAAGCT
TGTCGAGAACCTTAAAGAAAAGGAGAAATTGCTGGAAGAGGAGAACCATGTTTTGGCTAG
CCAGATGGAGAAGAATAATCTTGTGAGAGCTGAAGCTGATAATATGGAGGTGTCACCTGG
ACAAATCTCCGACATCAATCTTCCGGTAACTCTCCCACTGCTTAATTAGTCACCTTTATT
AATTGGTGGATAAATAAAATCCAAAACATATAATTTAAAAAAAGAAGATGTGTAGTTATC
CCCTTGTAAAGGGTGTACGTTGTATAATCTCAATACTCTCTCCGGCTGAGAGACTTTGGA
TGTAAAATTACTTGAGATTTAACTCTGTAAAATAAAAAATCTATGTAAGACACTTTG


BQ
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AF RR3D906TF U 1
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BS 1 697 RR3D906TF
BS 698 837 RR3D906JQ

RD RR3D906TF 697 0 0
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GGAGGAAGAAACTTGAAATCAAGCGAATTGAGAACAAAAGTAGCCGACAAGTTACCTTCT
CCAAACGACGCAACGGTCTCATCGAGAAAGCTCGCCAGCTTTCCGTTCTCTGTGACGCAT
CCGTCGCTCTCCTTGTCGTCTCCGCCTCCGGAAAACTCTACAGCTTCTCCTCCGGTGATA
ACCTGGTCAAGATCCTTGATCGCTATGGAAAGCAACATGATGATGATCTTAAAGCCTTGG
AGCGTCAGTCAAATCCTCTGAACTGTGGTTCACACCATGAGCTACTGGAACTTGTGGAAA
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CCAGATGGAGAAGAATAATCTTGTGAGAGCTGAAGCTGATAATATGGAGGTGTCACCTGG
ACAAATCTCCGACATCAATCTTCCGGTAACTCTCCCACTGCTTAATTAGTCACCTTTATT
AATTGGTGGATAAATAAAATCCAAAACATATAATTTA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3D906JQ 639 0 0
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ATCGCTATGGAAAGCAACATGATGATGATCTTAAAGCCTTGGAGCGTCAGTCAAATCCTC
TGAACTGTGGTTCACACCATGAGCTACTGGAACTTGTGGAAAGCAAGCTTGAGGGATCAA
ATGTCGATAATGTAAGTGTCGGTTCCCTCGTTCAGCTGGAGGAACAACTTGAGAACGCCC
TCTCCGTAACAAGAGCAGGAAGACAGAACTAATGTTGAAGCTTGTCGAGAACCTTAAAGA
AAAGGAGAAATTGCTGGAAGAGGAGAACCATGTTTTGGCTAGCCAGATGGAGAAGAATAA
TCTTGTGAGAGCTGAAGCTGATAATATGGAGGTGTCACCTGGACAAATCTCCGACATCAA
TCTTCCGGTAACTCTCCCACTGCTTAATTAGTCACCTTTATTAATTGGTGGATAAATAAA
ATCCAAAACATATAATTTAAAAAAAGAAGATGTGTAGTTATCCCCTTGTAAAGGGTGTAC
GTTGTATAATCTCAATACTCTCTCCGGCTGAGAGACTTTGGATGTAAAATTACTTGAGAT
TTAACTCTGTAAAATAAAAAATCTATGTAAGACACTTTG

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

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AAGCTCCTCTGCATCTCCCCTTCTTCCCCGCCAAAATGCATCTTTTAATTCGCGAAAACT
AGGGTTTTTTTGTCCCTCTTTGATTTTATCGCAATTTTTCTGGGTGGGGTTTGTAACATT
TTGGGGGAGATGAAGAAGATCTTCGGAGGTCCAGGAACTGTGTGTGGTCTGTTACTGAGA
ATCGGACAATGTGCTTCTTCTGCTGCTTCTATCGTCTTTATGGTCTCTGCCACCGACTTC
TCTGGTCGCACTGCTTTCTGCTACTTGATTGCTTCGATGGGTCTTCAATTGCTGTGGAGC
TTTGCCCTCGCGTGTCTTGATGTTTATGCTCTAAGGACCAAGAAAGATCTCCAAAACCCA
ATCTTGGTTAGCTTATTCGTCGTTGGTGATTGGGTGACTGCAATGTTATCTCTTGCAGCT
GCGTGTTCATCGGCTGGAGTTGTGGTCTTATATGCCAAAGATCTCAAGTATTGTGATATC
CACGCCCAGCTTTCATGTCTTAGGTATGAAGTCGCCGTGGCGCTTTCTTTCGTCACTTGG
GTTCAGATTGTCCTTTCTTCTCATGTCACGTTTTGGATTTTAGCCTCGGTTTAGTTTCTT
TAAATGTTGCAATTGACTTTGTTAACACAATGACATTTTGCTTCAAATCAAATTCATCAA
TTTTTCTTAAGCTTATTTATATATCACTTTAACC


BQ
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AF RR3EA17TF U 1
AF RR3EA17JQ C 125
BS 1 227 RR3EA17TF
BS 228 754 RR3EA17JQ

RD RR3EA17TF 229 0 0
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AAGCTCCTCTGCATCTCCCCTTCTTCCCCGCCAAAATGCATCTTTTAATTCGCGAAAACT
AGGGTTTTTTTGTCCCTCTTTGATTTTATCGCAATTTTTCTGGGTGGGGTTTGTAACATT
TTGGGGGAGATGAAGAAGATCTTCGGAGGTCCAGGAACTGTGTGTGG
CT

QA 1 227 1 227
DS 

RD RR3EA17JQ 630 0 0
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GGGAGATGAAGAAGATCTTCGGAGGTCCAGGAACTGTGTGTGGTCTGTTACTGAGAATCG
GACAATGTGCTTCTTCTGCTGCTTCTATCGTCTTTATGGTCTCTGCCACCGACTTCTCTG
GTCGCACTGCTTTCTGCTACTTGATTGCTTCGATGGGTCTTCAATTGCTGTGGAGCTTTG
CCCTCGCGTGTCTTGATGTTTATGCTCTAAGGACCAAGAAAGATCTCCAAAACCCAATCT
TGGTTAGCTTATTCGTCGTTGGTGATTGGGTGACTGCAATGTTATCTCTTGCAGCTGCGT
GTTCATCGGCTGGAGTTGTGGTCTTATATGCCAAAGATCTCAAGTATTGTGATATCCACG
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AGATTGTCCTTTCTTCTCATGTCACGTTTTGGATTTTAGCCTCGGTTTAGTTTCTTTAAA
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TCTTAAGCTTATTTATATATCACTTTAACC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

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GGATACTCCTCTCTCTCTCTCTTTCTCTGAGCTTCAGATCTAGAAGAGAAAGAGTGTAAG
ACCCAGATCAGATAAACCGTAGCACCCAATAACGATCTCGAAAACCTTTAGATTTCACCA
AGAATGGCAGTGACAGAAGCAGAGAACCCTCTTCTTGGAGAAGTCACTTGTGGCACCTTA
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GCCAAACCTCGCGCTGAGCTTCTTCAGACCTTGTCAGATGCCAATGTTGAACTGTCCAAT
CTCACAACCGCTCTTGGGGACAAAAGCTACATCGGCATTCCAGATAAGACTTCAGGAACG
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TTGGATGACTACAAGAGCAAACTCCAAGAGCTCCAGAAAGAGAAGAGTGATAGGTTGAGC
AAGGTGCTTGAGTTTGTGAGCACAGTCCATGATCTGTGTTCCGTCCTTGGTTTAGATTTC
TTGAGCACCGTCACTGAAGTTCATCCGAGCTTGGATTAGGCAAATGGTGTTCATGCCAAG
AGTATTAGCAACGAGACTCTTTCAAAGTTGGCTACGACTGTGTTGACTCTTAAAGAGGAT
AAGAAGCAAAGACTTGAAAAGCTTCAAGAGCTAGCAACTCAGCTAACTGAACTATGGAAT
CTGATGGATACTCCTGATGAGGAAAGGGAACTTTTTGACCATGTTACCTGTAACATTTCT
GCTTCAGTTCATGAGTGACCGTCTCTGGTGCTCTCGCACTTGATCTGATCGA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AT82TF U 1
AF RR3DD56TF U 286
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BS 354 354 RR3DD56TF
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GCCAAACCTCGCGCTGAGCTTCTTCAGACCTTGTCAGATGCCAATGTTGAACTTTCCAAT
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DS 

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G
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TCTGTGAAGAGATAGCTGGAGGTTTGAGCAACGGGACTCATGTGGTCGACGTGACTGACT
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GTGATAGGTTGAGCAAGGTGCTTGAGTTTGTGAGCACAGTCCATGATCTGTGTTCCGTCC
TTGGTTTAGATTTCTTGAGCACCGTCACTGAAGTTCATCCGAGCTTGGATTAGGCAAATG
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CTCTTAAAGAGGATAAGAAGCAAAGACTTGAAAAGCTTCAAGAGCTAGCAACTCAGCTAA
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AS 0 0

AS 1 2

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GTGAACCGTGTATTACATTTTTTCTACTTTATTTTAATTTTCCATTTTTTGGTGTAATTG
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AAGTATATTCGTGATTTGTT


BQ
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AF RR3G633JQ C 1
AF RR3G633TF U 1
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DS 

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TGTACCTATGGGATACCACCACCAACCTCAGACTCATCAGATTCATGGTCCTGGTATGGG
TCAAGTATATGGTGGAACTGTTAGGCCTGTTATGATGGCAGTTGATGGAGTTAACCTGAC
AACTTATTATGATATGAAAACGCCCGGTTCGGTTCAGATGTATCACCATCACCCTGGCAT
GGTTGTTCCTGGTGTGGAAGGACAATACAGAACCGAAACGGATTCTGATCCGGGTCGGGC
TTCTTAACGTGTTGAGGAGAAATGAGAAAATAATCATCGTCCTTGGAGGCGTGTCTATGT
GTGAACCGTGTATTACATTTTTTCTACTTTATTTTAATTTTCCATTTTTTGGTGTAATTG
TGAAACTTTTATTACAACTTCAATGAAACCCAATATAAACCATATAGTTTATAAATAATG
AAGTATATTCGTGATTTGTT

QA 1 500 1 500
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTTCGCTAGAGGGTTACGCTAGACTTAAGAAGCGCTGCAAGGAGAATGATACTGTCGACG
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GTGGTGCCTCGTCTTTGGTTTCGTCAGGGAGAGGTTTGAAGAGGAAGATTGGGTGCATTG
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ATATTGGGAAAGGTAAATTCGGGTCGGTCAGGATCTGTAGGTCGAAGAATAATGGGATTG
ACTTTGCTTGTAAAACTCTCAAGAAAGGGGAGGAGACTGTTCATAGGGAGGTTGAGATAA
TGCAACATTTGTCTGGTCATCCTCGGGTTGTCACGTTGCATGCTGTATATGAAGAGTCGG
ATTGTTTTCATCTTGTCATGGAGCTGTGTTCGGGGGGACGTTTGATTGATCAGATGGTCA
AGGAGGGAAAGTACTCTGAGCAAGAGCAGCTAATATATTCAAGGACCTCATGCTGGTTAT
CAAATATTGCCACGAGATGGGAGTTGTGCATAGAGATATAAAACCTGAGAATATTCTCCT
AACAGCTGCTGGGAAGATACAGCGCTGATTTTGGACTTGCCATGAGAATTGCAAAAGTCA
AACATTGTCTGGATTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A124TF U 24
AF RR3AT78TF U 1
BS 1 224 RR3AT78TF
BS 225 225 RR3A124TF
BS 226 271 RR3AT78TF
BS 272 272 RR3A124TF
BS 273 430 RR3AT78TF
BS 431 431 RR3A124TF
BS 432 736 RR3AT78TF

RD RR3A124TF 514 0 0
G
CTTGTGCAACACGATCGTCCAACTTCAGGTCTCATTTTTCGCTAGAGGGTTACGCTAGAC
TTAAGAAGCGCTGCAAGGAGAATGATACTGTCGACGAGGAGGAATCTGTTGGTTCCTTTA
AGAGACGGCTCGCCGGCGTTGCTACCGCACCTCCTTGTGGTGCCTCGTCTTTGGTTTCGT
CAGGGAGAGGTTTGAAGAGGAAGATTGGGTGCATTGACGTTTCCACGCAGACTGGCAGGA
AGAATAAGATTGGCGATGACTATGTTTTTGGTCCTAATATTGGGAAAGGTAAATTCGGGT
CGGTCAGGATCTGTAGGTCGAAGAATAATGGGATTGACTTTGCTTGTAAAACTCTCAAGA
AAGGGGAGGAGACTGTTCATAGGGAGGTTGAGATAATGCAACATTTGTCTGGTCATCCTC
GGGTTGTCACGTTGCATGCTGTATATGAAGAGTCGGATTGTTTTCATCTTGTCATGGAGC
TGTGTTCGGGGGGACGTTTGATTGATCAGATGG

QA 2 514 2 514
DS 

RD RR3AT78TF 736 0 0
GGAATCTACAAGAGGATTTGTCATCTTGTGCAACACGATCGTCCAACTTCAGGTCTCATT
TTTCGCTAGAGGGTTACGCTAGACTTAAGAAGCGCTGCAAGGAGAATGATACTGTCGACG
AGGAGGAATCTGTTGGTTCCTTTAAGAGACGGCTCGCCGGCGTTGCTACCGCACCTCCTT
GTGGTGCCTCGTCTTTGGTTTCGTCAGGGAGAGGTTTGAAGAGGGAGATTGGGTGCATTG
ACGTTTCCACGCAGACTGGCAGGAAGAATAATATTGGCGATGACTATGTTTTTGGTCCTA
ATATTGGGAAAGGTAAATTCGGGTCGGTCAGGATCTGTAGGTCGAAGAATAATGGGATTG
ACTTTGCTTGTAAAACTCTCAAGAAAGGGGAGGAGACTGTTCATAGGGAGGTTGAGATAA
TGCAACATTTTTCTGGTCATCCTCGGGTTGTCACGTTGCATGCTGTATATGAAGAGTCGG
ATTGTTTTCATCTTGTCATGGAGCTGTGTTCGGGGGGACGTTTGATTGATCAGATGGTCA
AGGAGGGAAAGTACTCTGAGCAAGAGCAGCTAATATATTCAAGGACCTCATGCTGGTTAT
CAAATATTGCCACGAGATGGGAGTTGTGCATAGAGATATAAAACCTGAGAATATTCTCCT
AACAGCTGCTGGGAAGATACAGCGCTGATTTTGGACTTGCCATGAGAATTGCAAAAGTCA
AACATTGTCTGGATTG

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL4828Contig1 460 2 4 U
GGGGGACAGAAGAAGAAGAAGAAGATGATGAGGTTCCTGGGAAGCACGTTGGCTAAGTCT
TGTGGCAAGGGGAGGCTGCAGTGTCGTGATTTTTCATCCGTCGGTGAGAAAGTTGTGACT
AAGCGCGGCTCGAAAGTTGTTGGATACGCCTATAAAGGGGCGTTTTGTGGTATTGGATAC
GTGATTGGTGGCTTAACAACAAACTCTGTCTCGGCGCAAGTTCAGGGAGTTGAGGAGAGA
CTGCTGGAAGTATCGAAAAGCTGTGATGAAACCGAAGCAGCGTTGGAGGCACGAATGAAG
AACTGGAAGACGAAGAATATCTAATTTTACTTTTGTGTGTCTCTGTAATACCGAATTATC
GAAGACTTGGTATGGGATGTGGGACAAGTTGTTATCTAATTTCACCTTTTTATTATTGTA
ATAATCAACAGCGCAGCAGTACTTATAATATGTTGCTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3CR58TF U 1
AF RR3CG65TF U 10
BS 1 351 RR3CR58TF
BS 352 352 RR3CG65TF
BS 353 458 RR3CR58TF
BS 459 460 RR3CG65TF

RD RR3CR58TF 459 0 0
GGGGGACAGAAGAAGAAGAAGAAGATGATGAGGTTCCTGGGAAGCACGTTGGCTAAGTCT
TGTGGCAAGGGGAGGCTGCAGTGTCGTGATTTTTCATCCGTCGGTGAGAAAGTTGTGACT
AAGCGCGGCTCGAAAGTTGTTGGATACGCCTATAAAGGGGCGTTTTGTGGTATTGGATAC
GTGATTGGTGGCTTAACAACAAACTCTGTCTCGGCGCAAGTTCAGGGAGTTGAGGAGAGA
CTGCTGGAAGTATCGAAAAGCTGTGATGAAACCGAAGCAGCGTTGGAGGCACGAATGAAG
AACTGGAAGACGAAGAATATCTAATTTTACTTTTGTGTGTCTCTGTAATACTGAATTATC
GAAGACTTGGTATGGGATGTGGGACAAGTTGTTATCTAATTTCACCTTTTTATTATTGTA
ATAATCAACAGCGCAGCAGTACTTATAATATGTTGCTT
T

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR3CG65TF 451 0 0
GG
GAAGAAGAAGAAGATGATGAGGTTCCTGGGAAGCACGTTGGCTAAGTCTTGTGGCAAGGG
GAGGCTGCAGTGTCGTGATTTTTCATCCGTCGGTGAGAAAGTTGTGACTAAGCGCGGCTC
GAAAGTTGTTGGATACGCCTATAAAGGGGCGTTTTGTGGTATTGGATACGTGATTGGTGG
CTTAACAACAAACTCTGTCTCGGCGCAAGTTCAGGGAGTTGAGGAGAGACTGCTGGAAGT
ATCGAAAAGCTGTGATGAAACCGAAGCAGCGTTGGAGGCACGAATGAAGAACTGGAAGAC
TAATAATATCTAATTTTACTTTTGTGTGTCTCTGTAATACCGAATTATCGAAGACTTGGT
ATGGGATGTGGGACAAGTTGTTATCTAATTTCACCTTTTTATTATTGTAATAATCAACAG
CGCAGCAGTACTTATAATATGTTGCTTCT

QA 3 451 3 451
DS 



AS 1 2

CO CL4829Contig1 577 2 1 U
GGGCTCTCAGAGTTTAAACCCTAGAAGAATCCAGCCACAATGATGTCGTTATTTTGTGGA
GCATCGTCTACAATGGCCACTCTTTCCTTCCGTGCGGTTAGATCTCCGATGAGTCTCCAA
ACTGGTGCCCATAGAGTGACTCTTGGTGGTGGTAGCCATCAGTTCAGCAGCGCATCGTTG
ATTTCATTCTCGAGGGTTTCCACGCTCAGTGCTATCACCACCAAAACAGCCGACGACGAG
AATCTAATTAGCGTCCTCGATTCTGAAATCGAATACGCCGATTTCGAAGAGGCTCCCGAC
TTGCCAGAAGGGTTTCCTTTCCGAATCATTGATACTCCAGGGAAACAAACTCTGTATCTG
ACCAGGAAGTTTGAGGATGAAACTATCCTTGTCCAAGTTTACCCTATCGATTATGAAGAA
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACCAAGCGATTCTGATGAAGATGAAGAACAT
ATCGGGACTCCTAGGGTTATCAATTTGTTGAAAGATAATCATGTGTCTCTTAAGTACGCC
GATAAGTTTGAGATTAATATATTCATCCAACAACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EH76TF U 1
AF RR3EH76JQ C 70
BS 1 577 RR3EH76TF

RD RR3EH76TF 577 0 0
GGGCTCTCAGAGTTTAAACCCTAGAAGAATCCAGCCACAATGATGTCGTTATTTTGTGGA
GCATCGTCTACAATGGCCACTCTTTCCTTCCGTGCGGTTAGATCTCCGATGAGTCTCCAA
ACTGGTGCCCATAGAGTGACTCTTGGTGGTGGTAGCCATCAGTTCAGCAGCGCATCGTTG
ATTTCATTCTCGAGGGTTTCCACGCTCAGTGCTATCACCACCAAAACAGCCGACGACGAG
AATCTAATTAGCGTCCTCGATTCTGAAATCGAATACGCCGATTTCGAAGAGGCTCCCGAC
TTGCCAGAAGGGTTTCCTTTCCGAATCATTGATACTCCAGGGAAACAAACTCTGTATCTG
ACCAGGAAGTTTGAGGATGAAACTATCCTTGTCCAAGTTTACCCTATCGATTATGAAGAA
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACCAAGCGATTCTGATGAAGATGAAGAACAT
ATCGGGACTCCTAGGGTTATCAATTTGTTGAAAGATAATCATGTGTCTCTTAAGTACGCC
GATAAGTTTGAGATTAATATATTCATCCAACAACCCC

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3EH76JQ 508 0 0
ACAATGGCCACTCTTTCCTTCCGTGCGGTTAGATTTCCGATGAGTTTCCAAACTGGTGCC
CATAGAGTGACTCTTGGTGGTGGTAGCCATCAGTTCAGCAGCGCATCGTTGATTTCATTC
TCGAGGGTTTCCACGCTCAGTGCTATCACCACCAAAACAGCCGACGACGAGAATCTAATT
AGCGTCCTCGATTCTGAAATCGAATACGCCGATTTCGAAGAGGCTCCCGACTTGCCAGAA
GGGTTTCCTTTCCGAATCATTGATACTCCAGGGAAACAAACTCTGTATCTGACCAGGAAG
TTTGAGGATGAAACTATCCTTGTCCAAGTTTACCCTATCGATTATGAAGAAGAAGAAGAA
GAAGAAGAAGAAGAAGAAGAACCAAGCGATTCTGATGAAGATGAAGAACATATCGGGACT
CCTAGGGTTATCAATTTGTTGAAAGATAATCATGTGTCTCTTAAGTACGCCGATAAGTTT
GAGATTAATATATTCATCCAACAACCCC

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 2

CO CL4830Contig1 800 2 2 U
GGCTGATATTATTGTCTTTAATACCGGACATTGGTGGACTCACGAGAAAACATCCAAAGG
GGAGGATTATTATCAAGAAGGGAGCAATGTGTATCACGAACTCGCGGTACTCGAAGCTTT
CCGTAAAGCTTTGACCACGTGGGGTCGATGGGTTGAGAAGAATGTGAACCCTGACAAGTC
CCTTGTTTTCTTCCGTGGCTACTCGGCCTCGCATTTCAGCGGTGGGCAATGGAACTCGGG
AGGAGCGTGCGATAGCGAAACGGAACCGATCAGGAACGAGACGTACCTAACACCGTACCC
GGATAAAATGAAGGTGCTGGAGAGAGTGTTGAGGGGTATGAGAACGCCTGTAACGTATCT
TAACATCACCAGATTAACGGACTACAGAAAGGATGGCCACCCTTCGGTGTATCGGAAACA
GAGCTTGTCGGATAAAGAGAAGAAAACGCCGTTGTTGTACCAAGACTGTAGTCACTGGTG
CCTCCCTGGAGTTCCTGACTCTTGGAATGAGATCCTCTACGCTGAGCTGCTCGTCAAACT
CAATCAGCTTGGCCAGACACAACGGAAACCTTAAAAGGTTTTTTTCCATCTCCATTCTCC
AATACTTGTTTGATCTCTGGATACTTCGATTTCTTCTGTTTGATTGTTTTTAGTTGGTTA
TAGAATGTGTAGAGTAAAAAAAAAAGATGAAAAGTATGATTTACTCTCTTATATCTTTGC
TACTATTTATTGTAAATGTTTTTGTTACCACGGTTACTATACTTAGCTCCAAAGGAATAT
TTTATAATGGAATTGACTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AA38TF U 1
AF RR3AA38JQ C 28
BS 1 769 RR3AA38TF
BS 770 800 RR3AA38JQ

RD RR3AA38TF 769 0 0
GGCTGATATTATTGTCTTTAATACCGGACATTGGTGGACTCACGAGAAAACATCCAAAGG
GGAGGATTATTATCAAGAAGGGAGCAATGTGTATCACGAACTCGCGGTACTCGAAGCTTT
CCGTAAAGCTTTGACCACGTGGGGTCGATGGGTTGAGAAGAATGTGAACCCTGACAAGTC
CCTTGTTTTCTTCCGTGGCTACTCGGCCTCGCATTTCAGCGGTGGGCAATGGAACTCGGG
AGGAGCGTGCGATAGCGAAACGGAACCGATCAGGAACGAGACGTACCTAACACCGTACCC
GGATAAAATGAAGGTGCTGGAGAGAGTGTTGAGGGGTATGAGAACGCCTGTAACGTATCT
TAACATCACCAGATTAACGGACTACAGAAAGGATGGCCACCCTTCGGTGTATCGGAAACA
GAGCTTGTCGGATAAAGAGAAGAAAACGCCGTTGTTGTACCAAGACTGTAGTCACTGGTG
CCTCCCTGGAGTTCCTGACTCTTGGAATGAGATCCTCTACGCTGAGCTGCTCGTCAAACT
CAATCAGCTTGGCCAGACACAACGGAAACCTTAAAAGGTTTTTTTCCATCTCCATTCTCC
AATACTTGTTTGATCTCTGGATACTTCGATTTCTTCTGTTTGATTGTTTTTAGTTGGTTA
TAGAATGTGTAGAGTAAAAAAAAAAGATGAAAAGTATGATTTACTCTCTTATATCTTTGC
TACTATTTATTGTAAATGTTTTTGTTACCACGGTTACTATACTTAGCTC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3AA38JQ 773 0 0
ACATTGGTGGACTCACGAGAAAACATCCAAAGGGGAGGATTATTATCAAGAAGGGAGCAA
TGTGTATCACGAACTCGCGGTACTCGAAGCTTTCCGTAAAGCTTTGACCACGTGGGGTCG
ATGGGTTGAGAAGAATGTGAACCCTGACAAGTCCCTTGTTTTCTTCCGTGGCTACTCGGC
CTCGCATTTCAGCGGTGGGCAATGGAACTCGGGAGGAGCGTGCGATAGCGAAACGGAACC
GATCAGGAACGAGACGTACCTAACACCGTACCCGGATAAAATGAAGGTGCTGGAGAGAGT
GTTGAGGGGTATGAGAACGCCTGTAACGTATCTTAACATCACCAGATTAACGGACTACAG
AAAGGATGGCCACCCTTCGGTGTATCGGAAACAGAGCTTGTCGGATAAAGAGAAGAAAAC
GCCGTTGTTGTACCAAGACTGTAGTCACTGGTGCCTCCCTGGAGTTCCTGACTCTTGGAA
TGAGATCCTTTACGCTGAGCTGCTCGTCAAACTCAATCAGCTTGGCCAGACACAACGGAA
ACCTTAAAAGGTTTTTTTCCATCTCCATTCTCCAATACTTGTTTGATCTCTGGATACTTC
GATTTCTTCTGTTTGATTGTTTTTAGTTGGTTATAGAATGTGTAGAGTAAAAAAAAAAGA
TGAAAAGTATGATTTACTCTCTTATATCTTTGCTACTATTTATTGTAAATGTTTTTGTTA
CCACGGTTACTATACTTAGCTCCAAAGGAATATTTTATAATGGAATTGACTAC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL4831Contig1 1053 2 2 U
GGATACACCAGACGTGATCATAGTATAAGCTTGCGACATAGTGAAACTGGAATGGTTGAT
CAGGTATTGTTAACCACCAATGCAGATGGTTTGAGGTTTGTGAAAGTGAGGGTTAGATCC
GTTCGTATCCCTCAAATTGGAGACAAATTCAGTAGTAGACACGGTCAGAAGGGAACTGTT
GGCATGACGTACACACAGGAGGACATGCCTTGGACGATTGAAGGCGTTACTCCTGACATT
ATAGTGAATCCACATGCTATTCCCTCTCGGATGACAATTGGACAGCTGATTGAATGCATC
ATGGGGAAAGTGGCAGCTCACATGGGGAAAGAAGGAGACGCTACCCCTTTTACAGATGTC
ACGGTGGATAATATAAGCAAAGCTCTCCATAAATGTGGGTACCAGATGCGTGGATTTGAG
AGAATGTACAATGGTCACACGGGCAGACCACTCACAGCTATGATATTCCTTGGACCAACG
TATTACCAAAGGTTGAAGCATATGGTTGATGACAAGATTCACTCGCGTGGACGAGGTCCG
GTGCAAATCTTAACAAGACAGCCGGCTGAAGGACGATCCCGTGATGGTGGTCTCCGTTTT
GGAGAAATGGAACGCGACTGCATGATTGCACATGGAGCTGCCAACTTTCTGAAAGAGAGG
CTGTTTGATCAGAGCGATGCGTATAGGGTACATGTGTGTGAAACCTGTGGGCTCATCGCC
ATTGCAAACCTGAAGAAGAATTCTTTCGAATGCAGAGGTTGCAAGAACAAAATAGACATT
GTTCAGGTTCACGTTCCATATGCTTGCAAGTTACTCTTCCAAGAGCTTATGTCAATGGCG
ATTGCACCACGGATGCTCACTAAAGGCTTGAAAAATGCTAAAGGCAGAAAGTGAGTTGCT
TTGTACTCTCGCTGAGGTTTCAAACATTTGAGCTCTCTTGTTCTCTTTGCTCGCATCTTT
GTGACAATTCAAACTTGAATGTGTAATGTTTATTTAGTATTTCTTATGACCCAAACTAAA
ACTACGGAAGTATATGATAATATTTCAAACTTC


BQ
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AF RR3FS48TF U 1
AF RR3FS48JQ C 235
BS 1 734 RR3FS48TF
BS 735 1053 RR3FS48JQ

RD RR3FS48TF 734 0 0
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CAGGTATTGTTAACCACCAATGCAGATGGTTTGAGGTTTGTGAAAGTGAGGGTTAGATCC
GTTCGTATCCCTCAAATTGGAGACAAATTCAGTAGTAGACACGGTCAGAAGGGAACTGTT
GGCATGACGTACACACAGGAGGACATGCCTTGGACGATTGAAGGCGTTACTCCTGACATT
ATAGTGAATCCACATGCTATTCCCTCTCGGATGACAATTGGACAGCTGATTGAATGCATC
ATGGGGAAAGTGGCAGCTCACATGGGGAAAGAAGGAGACGCTACCCCTTTTACAGATGTC
ACGGTGGATAATATAAGCAAAGCTCTCCATAAATGTGGGTACCAGATGCGTGGATTTGAG
AGAATGTACAATGGTCACACGGGCAGACCACTCACAGCTATGATATTCCTTGGACCAACG
TATTACCAAAGGTTGAAGCATATGGTTGATGACAAGATTCACTCGCGTGGACGAGGTCCG
GTGCAAATCTTAACAAGACAGCCGGCTGAAGGACGATCCCGTGATGGTGGTCTCCGTTTT
GGAGAAATGGAACGCGACTGCATGATTGCACATGGAGCTGCCAACTTTCTGAAAGAGAGG
CTGTTTGATCAGAGCGATGCGTATAGGGTACATGTGTGTGAAACCTGTGGGCTCATCGCC
ATTGCAAACCTGAA

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3FS48JQ 819 0 0
GACATTATAGTGAATCCACATGCTATTCCCTCTCGGATGACAATTGGACAGCTGATTGAA
TGCATCATGGGGAAAGTGGCAGCTCACATGGGGAAAGAAGGAGACGCTACCCCTTTTACA
GATGTCACGGTGGATAATATAAGCAAAGCTCTCCATAAATGTGGGTACCAGATGCGTGGA
TTTGAGAGAATGTACAATGGTCACACGGGCAGACCACTCACAGCTATGATATTCCTTGGA
CCAACGTATTACCAAAGGTTGAAGCATATGGTTGATGACAAGATTCACTCGCGTGGACGA
GGTCCGGTGCAAATCTTAACAAGACAGCCGGCTGAAGGACGATCCCGTGATGGTGGTCTC
CGTTTTGGAGAAATGGAACGCGACTGCATGATTGCACATGGAGCTGCCAACTTTCTGAAA
GAGAGGCTGTTTGATCAGAGCGATGCGTATAGGGTACATGTGTGTGAAACCTGTGGGCTC
ATCGCCATTGCAAACCTGAAGAAGAATTCTTTCGAATGCAGAGGTTGCAAGAACAAAATA
GACATTGTTCAGGTTCACGTTCCATATGCTTGCAAGTTACTCTTCCAAGAGCTTATGTCA
ATGGCGATTGCACCACGGATGCTCACTAAAGGCTTGAAAAATGCTAAAGGCAGAAAGTGA
GTTGCTTTGTACTCTCGCTGAGGTTTCAAACATTTGAGCTCTCTTGTTCTCTTTGCTCGC
ATCTTTGTGACAATTCAAACTTGAATGTGTAATGTTTATTTAGTATTTCTTATGACCCAA
ACTAAAACTACGGAAGTATATGATAATATTTCAAACTTC

QA 1 819 1 819
DS 



AS 1 2

CO CL4832Contig1 633 2 1 U
GGGCGGAAAAACAGCAGTAAACGATTCTGTAAGAGAGGACGAAAGAGAGAACATATCAAA
GACGGGGAGACTTGCAGGTTTCGTGTGGAACAAACCCTTCCTCTCTCTCTATCTCTCTCT
CTCGGACTTGATTGAATGAGAAACCCTCCTCCTCCGTCACTGCTCTCCCTCACCGTCAAG
GCCGCCGTGTTAAACATCTCACGCATCAACGATCTATCGCACCTTCCTGATCACATCGTC
CTTGATCTCTTCGAGGGGATATTGAAAGCTGGGAAATTGAATGAGAGAGTTTTGAGAGTC
TTTATGGCATCTGGAAACGAAGATGTTCTTGCTGCCATCGACGCTCTTAAGATTAAAATC
GACCTTACTCCCATTGTTCCTACTCGATGTGATGAGAAATTTATAATGGACTGGACTAGA
CGCTAGTTGATTTATGATGATGGCGATGACCGGTGTTTGGAAGCTCTTGATCCTATGTGT
TAGAAAAGGTCGGTTCCTAATTGTATATTTCGGATCAACAATCTTAGAGAACTGAAGATA
ACATTTACAGATTGAAAGTCTGCTTCTTCTTCTTTTTTCTTATTGTGTGTAAATATTAAC
GGAAATGGTCAAATTTATGTTAAGAGTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B024TF U 1
AF RR3B024JQ C 122
BS 1 633 RR3B024TF

RD RR3B024TF 633 0 0
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GACGGGGAGACTTGCAGGTTTCGTGTGGAACAAACCCTTCCTCTCTCTCTATCTCTCTCT
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GCCGCCGTGTTAAACATCTCACGCATCAACGATCTATCGCACCTTCCTGATCACATCGTC
CTTGATCTCTTCGAGGGGATATTGAAAGCTGGGAAATTGAATGAGAGAGTTTTGAGAGTC
TTTATGGCATCTGGAAACGAAGATGTTCTTGCTGCCATCGACGCTCTTAAGATTAAAATC
GACCTTACTCCCATTGTTCCTACTCGATGTGATGAGAAATTTATAATGGACTGGACTAGA
CGCTAGTTGATTTATGATGATGGCGATGACCGGTGTTTGGAAGCTCTTGATCCTATGTGT
TAGAAAAGGTCGGTTCCTAATTGTATATTTCGGATCAACAATCTTAGAGAACTGAAGATA
ACATTTACAGATTGAAAGTCTGCTTCTTCTTCTTTTTTCTTATTGTGTGTAAATATTAAC
GGAAATGGTCAAATTTATGTTAAGAGTTTTTTT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3B024JQ 512 0 0
TCGGACTTGATTGAATGAGAAACCCTCCTCCTCCGTCACTGCTCTCCCTCACCGTCAAGG
CCGCCGTGTTAAACATCTCACGCATCAACGATCTATCGCCCCTTCCTGATCACATCGTCC
TTGATTTTTTCGAGGGGATATTGAAAGCTGGGAAATTGAATGAGAGAGTTTTGAGAGTCT
TTATGGCATCTGGAAACGAAGATGTTCTTGCTGCCATCGACGCTCTTAAGATTAAAATCG
ACCTTACTCCCATTGTTCCTACTCGATGTGATGAGAAATTTATAATGGACTGGACTAGAC
GCTAGTTGATTTATGATGATGGCGATGACCGGTGTTTGGAAGCTCTTGATCCTATGTGTT
AGAAAAGGTCGGTTCCTAATTGTATATTTCGGATCAACAATCTTAGAGAACTGAAGATAA
CATTTACAGATTGAAAGTCTGCTTCTTCTTCTTTTTTCTTATTGTGTGTAAATATTAACG
GAAATGGTCAAATTTATGTTAAGAGTTTTTTT

QA 1 512 1 512
DS 



AS 1 2

CO CL4833Contig1 1075 2 4 U
GAAGCGAGCATTGATAACTACACTTGGATCAACTGGCCGAGGGTCGTTTTTTATCTTGAG
CCTTACTGAGGAACCGTACATAGTCACTCCAAGAAGCCTCCAAGGGAATGTTTCCTCTGA
GTGTACCATATGGACTGCTTGCAGTGTGAGTGGGAGTCTTGCAGCTATTGGTACCAACCT
AGGAGCTGCTTTGGTTGATTTGGAAACAGGAGCTGGTTCATACTTTCTCAGAAGCGAAAG
CGATGTTTTGGCCCTACAGTTTCATCAATCGAAGGGGAACATTGTTCAATGCGGGCTAAG
GAATGGAGCCATTGTGTCGGTTGATATACGTGAGAGACCAGGCAGGCTCACTAGACACCA
GATAAGATCTCAATCATCGAGTAGTAGAACCAGTCAAGCTACTAGAAAAAAAGAATGGTT
TAAGCTCAGAGGAAACATAAATCCATCTCATGTATTATATATGCCTTCATCTCTTACGTG
CATGAAGACACTGAAAACTTATGATCAGTACTTAAGGGCAAGCTCAATGGATGGAACGAT
CAAGCTATACGATCAACGCATGGTCAAGAGAGGGGTCGCTGTGCAGACATATGAAGGACA
TGTAAATTCTCATACTCGCATCGAATTTGGCATCGACCCATCAGAAAGATTCCTCATGTC
AGGAGGAGAGGACTGCTACACTCGCATTTGGAGTATCAAATCTGGTCAACTTCTTTTTGA
AAATAAATTTTCCAACAGTGTCCCTTCAGTTGTGTGTTGGTCTGCTGTTGAAGGGCAAAG
TGAGTGGAAAGATAGCATTGTTCACGGGGCATGGCTTGGATCGCGTGAAGCAATATACAA
CATGTTTTAAGATAACACGAAGGTTTTTTTAAGACGATGGAAGCTGTTGAGGATACAAAG
TTCTTTTTGTTTAGTCTTGTAACGGTTTTAGGATCAGTTACCTGAACCTGTAAAGAAGTA
AAAAATGCTTCTGTGGATATGGTTTTGCTCTTCCACCACCCATGCCTAGTGATTTTTTTG
GGGGGGGGGGGGGAGGGGGAACTGAGGCAACCAATCAATTATTGTCCGTTGACAC


BQ
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AF RR3FU09TF U 1
AF RR3FU09JQ C 332
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BS 662 1075 RR3FU09JQ

RD RR3FU09TF 661 0 0
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CGATGTTTTGGCCCTACAGTTTCATCAATCGAAGGGGAACATTGTTCAATGCGGGCTAAG
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GATAAGATCTCAATCATCGAGTAGTAGAACCAGTCAAGCTACTAGAAAAAAAGAATGGTT
TAAGCTCAGAGGAAACATAAATCCATCTCATGTATTATATATGCCTTCATCTCTTACGTG
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CAAGCTATACGATCAACGCATGGTCAAGAGAGGGGTCGCTGTGCAGACATATGAAG*ACA
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A

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3FU09JQ 744 0 0
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TTAAGGGCAAGCTCAATGGATGGAACGATCAAGCTATACGATCAACGCATGGTCAAGAGA
GGGGTCGCTGTGCAGACATATGAAGGACATGTAAATTTTCATACTCGCATCGAATTTGGC
ATCGACCCATCAGAAAGATTCCTCATGTCAGGAGGAGAGGACTGCTACACTCGCATTTGG
AGTATCAAATCTGGTCAACTTCTTTTTGAAAATAAATTTTCCAACAGTGTCCCTTCAGTT
GTGTGTTGGTCTGCTGTTGAAGGGCAAAGTGAGTGGAAAGATAGCATTGTTCACGGGGCA
TGGCTTGGATCGCGTGAAGCAATATACAACATGTTTTAAGATAACACGAAGGTTTTTTTA
AGACGATGGAAGCTGTTGAGGATACAAAGTTCTTTTTGTTTAGTCTTGTAACGGTTTTAG
GATCAGTTACCTGAACCTGTAAAGAAGTAAAAAATGCTTCTGTGGATATGGTTTTGCTCT
TCCACCACCCATGCCTAGTGATTTTTTTGGGGGGGGGGGGGGAGGGGGAACTGAGGCAAC
CAATCAATTATTGTCCGTTGACAC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

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TTGCTGCTTCAAGAATAGGAGAGTTTCCTGAGCTTCAAGAGATTCGTAATGTTCTGATCT
CGCGTTTTGGCAAAGATCTCGCTGCTCGGTCCATTGAGCTGCGCCATAATTGTGGAGTTA
ATCCCAAAATAATTCAGAAGTTGTCTACAAGACATCCACCGAGAGAGGTTAGAATGAAAG
TCTTGAAGGAGATAGCTGCAGAGAACAACATCGTTCTGAAACTAGAAGAAGCTTCTTCTA
CTTCCACTGAGAAAACATCATCAGATGTTTCTAAAGCTAAGTTAACAAGTGAGGTTAAAG
AAGATGAGATGGGAGAAAGTTATGAGTTATCTGATTCGGTTAAGAGAGGAAAGAAGAAGT
ACAAAGATGTAGCTGATGCTGCACAAGCAGCGTTTGAGTCAGCGGCTCAAGCAGCAGATG
CTGCACGAGCAGCTGTGGAGCTTTCTCATTTCTCTCCTCGTGGTGGGGGAAATTCATTTA
GTGGTTCTGAAAACAAGAAAACAGAACAAGAACAAGAACGTAATGATGATGATCTCATTG
AAGGTGAAGTGGATGTGAGGTCAGAATCTAAGGGGTCTATGTCGGATTCAGATGAAATTA
TTGAGGATGTCCCAGTGATGTCTTTTAGAGAAGACCCTGTGAAGTTGTTGGAGAAGGATG
TTGTTATATACGATAGTGAAGAAGAAACCCAATATACTTCTAAGACCAATACTACTACAA
GTACTACTATGGTTAAAGATGAGGAACATCTTGTGAATGTTTCATATAGAGTGGATACAG
GACATGTGAACAACATGGTTCATTCTGTTGAAGATCCTATTATGCGTAAAGTGGGCTACA
AGGGTCCGATTTCAGTCAGGACCAGACAGGTTCGTGGATACTAAGAAGTTTTAAGTTTTG
TTATTCAGGTGCATCTTTGATGACTGAGTTTTTGTATAATATTTTTCTGTGTTCGTTTTT
TCTTGGTCAGGTGTGTAAGATTATTGTTTTTTTATGAATAGAAGCTTCCAATAACGTTG


BQ
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AF RR3DA13TF U 1
AF RR3DA13JQ C 344
BS 1 691 RR3DA13TF
BS 692 692 RR3DA13JQ
BS 693 716 RR3DA13TF
BS 717 717 RR3DA13JQ
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BS 780 780 RR3DA13JQ
BS 781 796 RR3DA13TF
BS 797 797 RR3DA13JQ
BS 798 805 RR3DA13TF
BS 806 806 RR3DA13JQ
BS 807 815 RR3DA13TF
BS 816 1079 RR3DA13JQ

RD RR3DA13TF 815 0 0
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CTGCACGAGCAGCTGTGGAGCTTTCTCATTTCTCTCCTCGTGGTGGGGGAAATTCATTTA
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AAGGTGAAGTGGATGTGAGGTCAGAATCTAAGGGGTCTATGTCGGATTCAGATGAAATTA
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GTACTACTATGGTTAA*GATGAGGA*CATCTTGTG

QA 1 815 1 815
DS 

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TGGGGGAAATTCATTTAGTGGTTCTGAAAACAAGAAAACAGAACAAGAACAAGAACGTAA
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GGATTCAGATGAAATTATTGAGGATGTCCCAGTGATGTCTTTTAGAGAAGACCCTGTGAA
GTTGTTGGAGAAGGATGTTGTTATATACGATAGTGAAGAAGAAACCCAATATACTTCTAA
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GCGTAAAGTGGGCTACAAGGGTCCGATTTCAGTCAGGACCAGACAGGTTCGTGGATACTA
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TTTCTGTGTTCGTTTTTTCTTGGTCAGGTGTGTAAGATTATTGTTTTTTTATGAATAGAA
GCTTCCAATAACGTTG

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

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CTCTTATCTATATATCATACTGTTATATTCATATATATATGCATTCACCATGTTGCTGGT
TGTAATGACTCTCGTTCTATATATAATAATATATACGTGACCAACGTTTCTGTTCT


BQ
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AF RR3DP14JQ C 1
AF RR3DP14TF U 1
BS 1 476 RR3DP14TF

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AGTGCTCGTCGGCTAGGGCTTCACAAGCATCACCACAAGGTTGCTTCTCTCGTACATGGT
GGAGGAAAGAGGAGGGTGCTTGGAGGAATCGAGACAGGGGAAGTAGTGGTCATGGATTAT
CCTCAACCTCATCGTAAGCCTCCCATCCACAACGAGAAGGCTTAACTATCCGATCCAATC
CTCTTATCTATATATCATACTGTTATATTCATATATATATGCATTCACCATGTTGCTGGT
TGTAATGACTCTCGTTCTATATATAATAATATATACGTGACCAACGTTTCTGTTCT

QA 1 476 1 476
DS 

RD RR3DP14TF 476 0 0
GGGAAAAACACACATTTCAAACTAGATTTTATTCCTGCTCTCATCTCTCTTTACTAAAGA
ACATACATATAAGTATTTGACGAAAAAAAAAAGAGAGGTCATGTCTTTCTCTGGAGAAGT
AGACTCGCGATGGTGTTTTGTATCATTATTTTGCTTTTGTCATCTAATGTTGGATATGCC
AGTGCTCGTCGGCTAGGGCTTCACAAGCATCACCACAAGGTTGCTTCTCTCGTACATGGT
GGAGGAAAGAGGAGGGTGCTTGGAGGAATCGAGACAGGGGAAGTAGTGGTCATGGATTAT
CCTCAACCTCATCGTAAGCCTCCCATCCACAACGAGAAGGCTTAACTATCCGATCCAATC
CTCTTATCTATATATCATACTGTTATATTCATATATATATGCATTCACCATGTTGCTGGT
TGTAATGACTCTCGTTCTATATATAATAATATATACGTGACCAACGTTTCTGTTCT

QA 1 476 1 476
DS 



AS 1 2

CO CL4836Contig1 862 2 2 U
GGATTCTTCAAACGAAGAAGAAGGAGAAGGAGAAGAAACAGCGAAAATGGCTTCCCTGAG
GTCTCCACTGCATCTGATCATTCTCTTCGTCTACGCTGTTACTATCTCATCATCGTTTCT
CGCCGTCAGATCACACGAACAGAACAACGGAGATGAAGAGATGAGAAGAAGCGGCGGCGG
GGGGCGAAGGCTCCTTCTAGGTTTCAAAGAGACTCCAAAAGGAAGCAACGTCACCTTCGA
GTGCTCTCCTTCAGGTCCTTGCGTCTCCTGCAATTCCTCCGAAAAGAGAAAAGAGAAGTA
TCGTTGCAGCGAAACTGGTTATCGGATTCCTTTCAAATGTAGAGAGGTGATGAGAGGAGA
GGAAGCTTCTTCACACAAGAAAGACGCTGAAGAGACGCAACAAAATGATCAATCTAATGC
CAGTAATGATGACGAAGAAGTTGTTGTTGATGCATCATCTGTGAAACAGAGGAACTTGCG
TGATGACACTTCACCAGCGTCGAAAGCTAAGAAGTCTCAGTCTTACAAAACTTACAGAAG
CTGTGTCCCTTCTGCGGATGAGGAGAGAGTTTCGGTTCTTGGTTTCGAGGCGGTTATGCT
AGGACTGTTACTCGTGAGTGGATCCGCTGTGTATTACAGAAAGAAACAGACAGTACCGAT
GGCCGGAGTATCCAGTGGAAGATCACAGAGCAATTCCCGGTTTTAAGAGAAACACCTTTT
TTCGATTTATGTAAAAGCTTTCAACGTTTTTTTTTCATTGTTGCGAGAAACAGAGATATT
ACTACGAGTGTATAGAATATGAACTTTTAGGGGCTTTGATATAACTGGATACTTACTTGT
TTATGAGATCAATTCCCATTTG


BQ
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AF RR3FZ51TF U 1
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GGGGCGAAGGCTCCTTCTAGGTTTCAAAGAGACTCCAAAAGGAAGCAACGTCACCTTCGA
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GGCCGGAGTATCCAGTGGAAGATCACAGAGCAATT

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DS 

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ACAAGAAAGACGCTGAAGAGACGCAACAAAATGATCAATTTAATGCCAGTAATGATGACG
AAGAAGTTGTTGTTGATGCATCATCTGTGAAACAGAGGAACTTGCGTGATGACACTTCAC
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CGGATGAGGAGAGAGTTTCGGTTCTTGGTTTCGAGGCGGTTATGCTAGGACTGTTACTCG
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AAGCTTTCAACGTTTTTTTTTCATTGTTGCGAGAAACAGAGATATTACTACGAGTGTATA
GAATATGAACTTTTAGGGGCTTTGATATAACTGGATACTTACTTGTTTATGAGATCAATT
CCCATTTG

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL4837Contig1 748 2 4 U
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TGAGCGCTCTGATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTGGTTGTGTCTGTCATGT
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BQ
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AF RR3GM07JQ C 1
AF RR3GM07TF U 1
BS 1 727 RR3GM07TF
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BS 729 743 RR3GM07TF
BS 744 748 RR3GM07JQ

RD RR3GM07JQ 748 0 0
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GTGTGTTTCTTGTTGCGAGACGACCATATCTATTGGTTTTGGATTGTTGAAATATTTGGT
GTTTTAAATCAGTGAAAGTTTCCTACCC

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DS 

RD RR3GM07TF 743 0 0
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TTGAGGTTTCGACTTCGAAGACTGGCAAGCACGGTCACGCGAAGTGTCACTTCGTTGCTA
TTGATATCTTCACTGCTAAGAAGCTCGAGGATATTGTTCCCTCTTCCCACAATTGTGATG
TTCCTCATGTGAACCGTATTGATTACCAGTTGATTGATATCTCTGAGGATGGCTTTGTTA
GCCTTTTGACCGTCAGTGGTGGCACTAAGGACGACCTCAAGCTTCCCACCGATGATAATC
TGAGCGCTCTGATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTGGTTGTGTCTGTCATGT
CTTCGATTGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTAAAACC
AACAAGTGTTATCACTCTCTCTTTACACAGAGGATAATCTTATTTACCTTACCCCAGTTG
TTATAAGAACAAAAAACATGTTTTTTTTCTTCCTTTTTTTCTCTGATTTAGACCATTAAT
GTGTGTTTCTTGTTGCGAGACGACCATATCTATTGGTTTTGGATTGTTGAAATATTTGGT
GTTTTAA*TCAGTGAAAGTTTCC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL4838Contig1 761 2 2 U
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TTCTTGACGTGGGAGAGTCTTCAGTCCGTGCTTGACAACAAGGTTGGCTTGAAAGGACCT
ATGGCTACTCCCATTGGGAAGGGTCACCGTTCCTTGAACCTTACGCTTAGGAAAGAGCTG
AATCTCTATGCTAATGTTAGGCCTTGCTACAGCCTCCCTGGGTATAATACACGTTATGAT
GACGTTGATCTTATTACTATTCGTGAGAACACTGAAGGAGAGTACAGTGGGCTTGAGCAC
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BQ
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AF RR3EC27TF U 1
AF RR3EC75TF U 1
BS 1 747 RR3EC27TF
BS 748 761 RR3EC75TF

RD RR3EC27TF 750 0 0
GCATCATTTCTCGCGAGACGCCTTCTCCGTACTTCAACGTCTTCCTCCAGCGCGCTCATT
TCCGCTTCTAGACCCTTCTCCTCCTCCTTCACCACTCCGATCAAAGCAACCCTCTTCCCC
GGCGACGGGATCGGTCCCGAGATAGCCGAATCCGTCAAACAGGTGTTTACTGCCGCTGAC
GTGGCAATTGAATGGGACGAGCACTATGTTAGCACCGAAGTGGATCCGAGAACCAATAGT
TTCTTGACGTGGGAGAGTCTTCAGTCCGTGCTTGACAACAAGGTTGGCTTGAAAGGACCT
ATGGCTACTCCCATTGGGAAGGGTCACCGTTCCTTGAACCTTACGCTTAGGAAAGAGCTG
AATCTCTATGCTAATGTTAGGCCTTGCTACAGCCTCCCTGGGTATAATACACGTTATGAT
GACGTTGATCTTATTACTATTCGTGAGAACACTGAAGGAGAGTACAGTGGGCTTGAGCAC
CAGGTGGTTAAGGGTGTGGTGGAGAGTATTAAGATTATTACACGTAAGGCGAGTATGAGA
GTTGCGGAGTATGCGTTTCTATATGCTAAGACTCATGGAAGGAAGAAAGTTTCTGCTATT
CATAAAGCCAACATTATGCAGAAAACTGATGGTCTTTTCCTTCAGTGCTGTGATGAGGTA
GCTGAGAAGTATCCTGAGATAGAATATGAGAAGTTGTTATTGACATTGCTGTATGATGCT
TGTGAGACCCAGCACTTTTGATGTCTG
TGA

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3EC75TF 761 0 0
GCATCATTTCTCGCGAGACGCCTTCTCCGTACTTCAACGTCTTCCTCCAGCGCGCTCATT
TCCGCTTCTAGACCCTTCTCCTCCTCCTTCACCACTCCGATCAAAGCAACCCTCTTCCCC
GGCGACGGGATCGGTCCCGAGATAGCCGAATCCGTCAAACAGGTGTTTACTGCCGCTGAC
GTGGCAATTGAATGGGACGAGCACTATGTTAGCACCGAAGTGGATCCGAGAACCAATAGT
TTCTTGACGTGGGAGAGTCTTCAGTCCGTGCTTGACAACAAGGTTGGCTTGAAAGGACCT
ATGGCTACTCCCATTGGGAAGGGTCACCGTTCCTTGAACCTTACGCTTAGGAAAGAGCTG
AATCTCTATGCTAATGTTAGGCCTTGCTACAGCCTCCCTGGGTATAATACACGTTATGAT
GACGTTGATCTTATTACTATTCGTGAGAACACTGAAGGAGAGTACAGTGGGCTTGAGCAC
CAGGTGGTTAAGGGTGTGGTGGAGAGTATTAAGATTATTACACGTAAGGCGAGTATGAGA
GTTGCGGAGTATGCGTTTCTATATGCTAAGACTCATGGAAGGAAGAAAGTTTCTGCTATT
CATAAAGCCAACATTATGCAGAAAACTGATGGTCTTTTCCTTCAGTGCTGTGATGAG*TA
GCTGAGAAGTATCCTGAGATAGA*TATGAGAAGTTGTTATTGACATTGCTGTATGATGCT
TGTGAGACCCAGCACTTTTGATGTCTGGTGATGCAAATCTC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL4839Contig1 984 2 2 U
GGGAAATAGAGACTATAGAGTGAAAGATTTCTTTTAGAAATTTTAGAGAGTGAAAGTTCG
AAGAGGAAGAAAAACTCAAAAGATGAGGCCTAAGATCGTTCTTTTTGGTGATTCCATCAC
TGAAGAATCATTTGGCGACGGTGGCTGGGGAGCTTCTCTCGCCGATCTTCTCCGCCGCAA
GGCTGACATGGTGCTACGAGGATACAGTGGATATAACACGAGATGGGCGTTAAAAGTGAT
GGAGAGAGTTTTTCCGGGAGCGGTAGGAGACGGCGGAGAATATCCATCGGCAGTGACTGT
ATTTTTTGGAGCCAACGATGCGTGTCTGCCGGAGAGATGCTCGGGGTTTCAGCATGTGCC
ACTTCTCGAATACAAAGAGAATCTTCGCTCGATTGTTTCGTTTCTCAAGAATCGTTGGCC
ACGAACGGTCATTATTCTCATAACTCCACCTCCAATCGACGAAGAGGCTCGGCTCCGATA
TCCTTATATCGAAAACACGATGGGCTTGCCAGAAAGAACAAACGAAGCAGCAGGCTCATA
CGCAAAAGCGTGTGTAGCCGTAGCTAATGAATGCCAAATCTCAGCCATCGATCTTTGGTC
CAAGATGCAGAAAATTCCGAACTGGCAGACTGAATGTCTATGGGACGGTTTACATTTGAG
TCGGGTCGGGAACAAAGTGGTGTTTGAAGAAGTTACAAAAACGCTTAAAGGAGAAGGAAT
TGGAGCTGAGGACTTAGTTGTGGATCTCCCCCTCATTGAAGATGTTGACCCAAAGCAACC
TCTCAGAGCATTTGATGAGTTTTGATGCTTTTCAAAATCATATTGTATCGTTAATTCTTC
GATTAAATAATGAGCTATTGTTCACAAACACACAAAATCAGCTCTCACTCTATTTAAGTG
TTGTTTAAGTTTGATTTTTTGGGGTCACATAACTAAATTATCATATCTAAATTTATGTTA
ATTAAAGAGACATAATTTAAGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ12TF U 1
AF RR3CZ12JQ C 309
BS 1 695 RR3CZ12TF
BS 696 984 RR3CZ12JQ

RD RR3CZ12TF 695 0 0
GGGAAATAGAGACTATAGAGTGAAAGATTTCTTTTAGAAATTTTAGAGAGTGAAAGTTCG
AAGAGGAAGAAAAACTCAAAAGATGAGGCCTAAGATCGTTCTTTTTGGTGATTCCATCAC
TGAAGAATCATTTGGCGACGGTGGCTGGGGAGCTTCTCTCGCCGATCTTCTCCGCCGCAA
GGCTGACATGGTGCTACGAGGATACAGTGGATATAACACGAGATGGGCGTTAAAAGTGAT
GGAGAGAGTTTTTCCGGGAGCGGTAGGAGACGGCGGAGAATATCCATCGGCAGTGACTGT
ATTTTTTGGAGCCAACGATGCGTGTCTGCCGGAGAGATGCTCGGGGTTTCAGCATGTGCC
ACTTCTCGAATACAAAGAGAATCTTCGCTCGATTGTTTCGTTTCTCAAGAATCGTTGGCC
ACGAACGGTCATTATTCTCATAACTCCACCTCCAATCGACGAAGAGGCTCGGCTCCGATA
TCCTTATATCGAAAACACGATGGGCTTGCCAGAAAGAACAAACGAAGCAGCAGGCTCATA
CGCAAAAGCGTGTGTAGCCGTAGCTAATGAATGCCAAATCTCAGCCATCGATCTTTGGTC
CAAGATGCAGAAAATTCCGAACTGGCAGACTGAATGTCTATGGGACGGTTTACATTTGAG
TCGGGTCGGGAACAAAGTGGTGTTTGAAGAAGTTA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3CZ12JQ 676 0 0
GAGCCAACGATGCGTGTCTGCCGGAGAGATGCTCGGGGTTTCAGCATGTGCCACTTCTCG
AATACAAAGAGAATCTTCGCTCGATTGTTTCGTTTCTCAAGAATCGTTGGCCACGAACGG
TCATTATTCTCATAACTCCACCTCCAATCGACGAAGAGGCTCGGCTCCGATATCCTTATA
TCGAAAACACGATGGGCTTGCCAGAAAGAACAAACGAAGCAGCAGGCTCATACGCAAAAG
CGTGTGTAGCCGTAGCTAATGAATGCCAAATCTCAGCCATCGATCTTTGGTCCAAGATGC
AGAAAATTCCGAACTGGCAGACTGAATGTCTATGGGACGGTTTACATTTGAGTCGGGTCG
GGAACAAAGTGGTGTTTGAAGAAGTTACAAAAACGCTTAAAGGAGAAGGAATTGGAGCTG
AGGACTTAGTTGTGGATCTCCCCCTCATTGAAGATGTTGACCCAAAGCAACCTCTCAGAG
CATTTGATGAGTTTTGATGCTTTTCAAAATCATATTGTATCGTTAATTCTTCGATTAAAT
AATGAGCTATTGTTCACAAACACACAAAATCAGCTCTCACTCTATTTAAGTGTTGTTTAA
GTTTGATTTTTTGGGGTCACATAACTAAATTATCATATCTAAATTTATGTTAATTAAAGA
GACATAATTTAAGGGC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

CO CL4840Contig1 749 2 2 U
AATGAGCAAGAGAATCACGATGGCAACCAGATCTATACTCCTGCCGCATCGGATCTCAAA
CTTCTCACTCCTCTGACCACGCTCATTACCCCAAGCCTAACGATGCCACTCCTCCTCCGC
CTGCTCCCATCTTTGGTGGTGCCGCCACCACCATGCTGCGGGAGTTCAATCCTTACGTTT
CTCCTTCCCCTTCCCCTAAGAAAGAGTTATTTTTCACTATATCCTTTTAAATTCAGAAAT
GATAATAACTGAGAGTTTTGAACCGATGAATTTCAGAGAGCTAGTCTTGATAAGCACATT
GAAGTACTTTCTTCAACTTAATTTTCTTCTGTAACGTTTCTGGATTTCATTCGACGGGAT
GCCAAAAACGGTTTAATAAGATTTCAGTGTTGGGTTTCAACAGGTTGTGGTCGGAAAACA
ATAACATAACACCAAGTGGGATTCCATGGCGGTCATATGAACACGATAAGCTTGTTGCCG
GCGGCTACAGAAAGTTAGATCGGAGTCTCCAAGACGATACTATTAAATTCAGTCCCAGAA
ACAGAAAGCCCGGAAACGGGTTAGAGTTACACATAAACAAAACGAACCGTATAACTAATG
GGACACGTGTCATGCTCACAATCAATGAATTAGTAACGTGGATGCTGATGTGGAGGCCCT
AGAGAGAAGGAACTTTACTTTATATAAATAGATAGATAGATACATCTTCTCAATTTTGTG
TTCTAGTTATTTGGAGAGTTTTAAACATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EI03TF U 1
AF RR3EI03JQ C 152
BS 1 652 RR3EI03TF
BS 653 749 RR3EI03JQ

RD RR3EI03TF 652 0 0
AATGAGCAAGAGAATCACGATGGCAACCAGATCTATACTCCTGCCGCATCGGATCTCAAA
CTTCTCACTCCTCTGACCACGCTCATTACCCCAAGCCTAACGATGCCACTCCTCCTCCGC
CTGCTCCCATCTTTGGTGGTGCCGCCACCACCATGCTGCGGGAGTTCAATCCTTACGTTT
CTCCTTCCCCTTCCCCTAAGAAAGAGTTATTTTTCACTATATCCTTTTAAATTCAGAAAT
GATAATAACTGAGAGTTTTGAACCGATGAATTTCAGAGAGCTAGTCTTGATAAGCACATT
GAAGTACTTTCTTCAACTTAATTTTCTTCTGTAACGTTTCTGGATTTCATTCGACGGGAT
GCCAAAAACGGTTTAATAAGATTTCAGTGTTGGGTTTCAACAGGTTGTGGTCGGAAAACA
ATAACATAACACCAAGTGGGATTCCATGGCGGTCATATGAACACGATAAGCTTGTTGCCG
GCGGCTACAGAAAGTTAGATCGGAGTCTCCAAGACGATACTATTAAATTCAGTCCCAGAA
ACAGAAAGCCCGGAAACGGGTTAGAGTTACACATAAACAAAACGAACCGTATAACTAATG
GGACACGTGTCATGCTCACAATCAATGAATTAGTAACGTGGATGCTGATGTG

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3EI03JQ 598 0 0
CATGCTGCGGGAGTTCAATCCTTACGTTTCTCCTTCCCCTTCCCCTAAGAAAGAGTTATT
TTTCACTATATCCTTTTAAATTCAGAAATGATAATAACTGAGAGTTTTGAACCGATGAAT
TTCAGAGAGCTAGTCTTGATAAGCACATTGAAGTACTTTCTTCAACTTAATTTTCTTCTG
TAACGTTTCTGGATTTCATTCGACGGGATGCCAAAAACGGTTTAATAAGATTTCAGTGTT
GGGTTTCAACAGGTTGTGGTCGGAAAACAATAACATAACACCAAGTGGGATTCCATGGCG
GTCATATGAACACGATAAGCTTGTTGCCGGCGGCTACAGAAAGTTAGATCGGAGTTTCCA
AGACGATACTATTAAATTCAGTCCCAGAAACAGAAAGCCCGGAAACGGGTTAGAGTTACA
CATAAACAAAACGAACCGTATAACTAATGGGACACGTGTCATGCTCACAATCAATGAATT
AGTAACGTGGATGCTGATGTGGAGGCCCTAGAGAGAAGGAACTTTACTTTATATAAATAG
ATAGATAGATACATCTTCTCAATTTTGTGTTCTAGTTATTTGGAGAGTTTTAAACATC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

CO CL4841Contig1 965 2 2 U
GGAAATTGGAAAATAAAGAACATACTATGGAGAAGCCACATGGTACGAAATATAGAAAGT
AATTACTTTCGAGACTTTTCACCTTCTTTAGGATTTATCGTTGTCTCGATCCTTTAAAGC
ATGATATACAAAGAACAATTAGACCATCTTCATCGGTTGTAAAATACACGGTTCTTAGCA
TTAAAAGGACGAAAAATAAATCAAAAAGACAGGAAAAATAGAAGGACGTTAACTAAATAA
GAACTTTTCTTAACGCGTCCTTGGAAGCACGCGTCATCCTTTGCTGTCTCTCTTTTGTTT
TCATCGTCTCCGTCTCCCTATCTCTCTCTCTTCTTCTTCTTCCACGCAGGTTTGTAATCT
GCTGATCTCTTCTGAAAATTCACCTTTCAATGGTTTCTTCGTCTTCTTCGTCTTCTTCAC
AATCGTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCACTGATGAAATCCCCCACAAAGTCGGGTCTTTCCA
CAAGAACGATCCCAGCATCGGTACGGGACTCGTCGGAGCTCCGGCCTGCGGTGATGTGAT
GAAGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCTATCGTCTCTTCATCTGTTGCTGCT
TGCTTAATGATTTGGTGGGAGCTGTTAGGCAATCAGGTGAAGCAAGTGCCTCTAAGAAGC
AGAAGAAGAAGAAGAAGAATAAGAATAACAAGGAGAGAAAGGGGATCGTGGATGCCATTG
GAATACTCCTCTCATTCGTATCAGTAGCCTCTTCGACGCTACTGGCTGTGAGGTTTTTTA
TTTTCTCCATTTTCTTAACTACAATGGTGTTCTTTGGATCTTATTAACTATTTGATCCCT
TATCTTTCTTGTGTTTTGCTGTACTTGTAATATGGCTACTCCCTTGGCTAGTAATGCCTT
TCTATCTTGTATGTCTTCCTTGAATGGAGTTTGAACTTTTATAATTAATAAAGTTTGGTT
TGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3BV09TF U 1
AF RR3BV09JQ C 404
BS 1 632 RR3BV09TF
BS 633 965 RR3BV09JQ

RD RR3BV09TF 632 0 0
GGAAATTGGAAAATAAAGAACATACTATGGAGAAGCCACATGGTACGAAATATAGAAAGT
AATTACTTTCGAGACTTTTCACCTTCTTTAGGATTTATCGTTGTCTCGATCCTTTAAAGC
ATGATATACAAAGAACAATTAGACCATCTTCATCGGTTGTAAAATACACGGTTCTTAGCA
TTAAAAGGACGAAAAATAAATCAAAAAGACAGGAAAAATAGAAGGACGTTAACTAAATAA
GAACTTTTCTTAACGCGTCCTTGGAAGCACGCGTCATCCTTTGCTGTCTCTCTTTTGTTT
TCATCGTCTCCGTCTCCCTATCTCTCTCTCTTCTTCTTCTTCCACGCAGGTTTGTAATCT
GCTGATCTCTTCTGAAAATTCACCTTTCAATGGTTTCTTCGTCTTCTTCGTCTTCTTCAC
AATCGTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCACTGATGAAATCCCCCACAAAGTCGGGTCTTTCCA
CAAGAACGATCCCAGCATCGGTACGGGACTCGTCGGAGCTCCGGCCTGCGGTGATGTGAT
GAAGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCTATCGTCTCTTCATCTGTTGCTGCT
TGCTTAATGATTTGGTGGGAGCTGTTAGGCAA

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3BV09JQ 562 0 0
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AAAGTCGGGTCTTTCCACAAGAACGATCCCAGCATCGGTACGGGACTCGTCGGAGCTCCG
GCCTGCGGTGATGTGATGAAGCTCGCTTCAAGACCTTTGGTTGTGGCTCCGCTATCGTCT
CTTCATCTGTTGCTGCTTGCTTAATGATTTGGTGGGAGCTGTTAGGCAATCAGGTGAAGC
AAGTGCCTCTAAGAAGCAGAAGAAGAAGAAGAAGAATAAGAATAACAAGGAGAGAAAGGG
GATCGTGGATGCCATTGGAATACTCCTCTCATTCGTATCAGTAGCCTCTTCGACGCTACT
GGCTGTGAGGTTTTTTATTTTCTCCATTTTCTTAACTACAATGGTGTTCTTTGGATCTTA
TTAACTATTTGATCCCTTATCTTTCTTGTGTTTTGCTGTACTTGTAATATGGCTACTCCC
TTGGCTAGTAATGCCTTTCTATCTTGTATGTCTTCCTTGAATGGAGTTTGAACTTTTATA
ATTAATAAAGTTTGGTTTGATC

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

CO CL4842Contig1 672 2 24 U
GGGCAAACGGCGTAGATACGTGTCCGAACGCGCGCAGAATCCAAATCATCAGGCGAGAGA
GGGAGATCGAAGAAGAAGATGGCATTGCAATGGCTGATTCTGTCGTATGTGGTTGCTGCG
GAGGTCGTAATCGCCGTCATCTTGACACTCCCTTACCCGATGCTCGTGAAGAAACGAATC
GTATCACTTGTCTCGCTCATACTCCAGCCTGCCGCCTCCATCGTCGCCTTCGCTGGATTT
CAACTCCTCGATCTTTACTGGAAGAATGAGCATAGACTAATGTGCTCCTCTGAGGTCTGC
ACTGCTACAGAACGTGATCGCTACGAGAAATCTATCTACAAGGCTCAGCGGAATGTGGTT
CTCTGTGCGACTGGCATCCTTCTCTACTGGTGTATTTATCGCATCTACAAGTACAACAAA
GACCTTGAGCATTTGGAGGAACTAGAGAAGAGATGCAAAGCAGAGTAGTAGTCTCCTCAT
AACTCTGGTTCTTCTGTTATAGATATTACTTCGGCTTGTGAGTAGTCCCAAAAACTGAAA
CAAGACCAGGATGTATCTAGATAAATCTTTGCACAAACCTTGTTTTGTGTTTATTCCTCT
TCAAACTTTGTGTTACTTTTCTAGAAACAACTCTATCTTATTTCATGTCCCTAATTGACA
TTTACAGATTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH86JQ C 1
AF RR3AW49TF U 18
BS 1 19 RR3FH86JQ
BS 20 284 RR3AW49TF
BS 285 285 RR3FH86JQ
BS 286 287 RR3AW49TF
BS 288 288 RR3FH86JQ
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BS 293 311 RR3AW49TF
BS 312 312 RR3FH86JQ
BS 313 374 RR3AW49TF
BS 375 375 RR3FH86JQ
BS 376 406 RR3AW49TF
BS 407 407 RR3FH86JQ
BS 408 469 RR3AW49TF
BS 470 470 RR3FH86JQ
BS 471 498 RR3AW49TF
BS 499 499 RR3FH86JQ
BS 500 558 RR3AW49TF
BS 559 568 RR3FH86JQ
BS 569 572 RR3AW49TF
BS 573 573 RR3FH86JQ
BS 574 575 RR3AW49TF
BS 576 576 RR3FH86JQ
BS 577 672 RR3AW49TF

RD RR3FH86JQ 624 0 0
GGGCAAACGGCGTAGATACGTGTCCGAACGCGCGCAGAATCCAAATCATCAGGCGAGAGA
GGGAGATCGAAGAAGAAGATGGCATTGCAATGGCTGATTCTGTCGTATGTGGTTGCTGCG
GAGGTCGTAATCGCCGTCATCTTGACACTCCCTTACCCGATGCTCGTGAAGAAACGAATC
GTATCACTTGTCTCGCTCATACTCCAGCCTGCCGCCTCCATCGTCGCCTTCGCTGGATTT
CAACTCCTCGATCTTTACTGGAAGAATGAGCATAGACTAATGTGCTCCTCTGAGGTTTGC
ACTGCTACAGAACGTGATCGCTACGAGAAATCTATCTACAAGGCTCAGCGGAATGTGGTT
CTCTGTGCGGCTGGCATCCTTCTTTACTGGTGTATTTATCGCATCTACAAGTACAACAAA
GACCTTGAGCATTTGGAGGAACTAGAGAAGAGATGCAAGGCAGAGTAGTAGTCTCCTCAT
AA*TCTGGTTCTTCTGTTATAGATATTACTTCGGCTTGTGAGTAGTCCCAAAAACTGAAA
CAAGACCAGGATGTATCTAGATAAATCTTTGCACAAACCTTGTTTTGTGTTTATTCCTCT
TCAAACTTTGTGTTACTTTTCT
GG

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3AW49TF 655 0 0
GG
GTGTCCGAACGCGCGCAGAATCCAAATCATCAGGCGAGAGAGGGAGATCGAAGAAGAAGA
TGGCATTGCAATGGCTGATTCTGTCGTATGTGGTTGCTGCGGAGGTCGTAATCGCCGTCA
TCTTGACACTCCCTTACCCGATGCTCGTGAAGAAACGAATCGTATCACTTGTCTCGCTCA
TACTCCAGCCTGCCGCCTCCATCGTCGCCTTCGCTGGATTTCAACTCCTCGATCTTTACT
GGAAGAATGAGCATAGACTAATGTGTTCGTCTTAGGTCTGCACTGCTACAGAGCGTGATC
GCTACGAGAAATCTATCTACAAGGCTCAGCGGAATGTGGTTCTCTGTGCGACTGGGATCC
TTCTCTACTGGTGTATTTATCGCATCTGCAAGTACAACAAAGACCTTGAGCATTTGGAGG
AACTAGAGAAGAGATGCAAAGCAGAGTAGTTGTCTCCTCATAACTCTGGTTCTTCTGTTT
TAGATATTACTTCGGCTTGTGAGTAGTCCCAAAAACTGAAACAAGACCAGGATGTATCT*
*********TTGCGCAGACCTTGTTTTGTGTTTATTCCTCTTCAAACTTTGTGTTACTTT
TCTAGAAACAACTCTATCTTATTTCATGTCCCTAATTGACATTTACAGATTAA

QA 3 655 3 655
DS 



AS 1 2

CO CL4843Contig1 982 2 6 U
GGACTCGAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGACATGGCAACCACAGAGGTAAAACCCTCCGCC
GCTAAAAACCCTAAAAAGACTCGGAACCCATCCCTGGGTCCGAAGAAAGATCTGAAGAAG
AAGAAGAATAAGACTAAGAAGTCAAAAGCCCTCGCCTTTGACAACACGGTCGAAAGAAAC
GACCAGAGCGACGGCGAGGAACAACAACCTGTATCGGCTTCTGAACAGCTAAGCTTCTTC
TTAAAGCAGCTTGATTCCGCCATTGGTGTCCGTGTCTCTCCTTTAGAGCTTGATCCCATA
AAGACAAGTGTGTAGTTGAGTTATCTCAAAAGTTGGATCAGAATGTAAGCAACTTGGGAG
AGCATATTAAGATGTCTTGTGGATCTTCCTGTAGAGAGACTCTTTGTGAAGGGGAGGCAA
TCGAAGGGAAAGTCGATCCCGGAAACCCAGCTGTTCTCGTTGTTAGCTCCTCTGCTCTGA
GATCTTTGGAACTTATAAGGGGTTTGCATTCACTGACCAAGCAGTGTCCAGCTTTGAAGT
TGTTCTCAAAGCATTTGAAGGTTGAGGAACAGGTGTCTCTGTTGAAAAAACGAGTTAATA
TTGGGAGCGGCACACCGAGCAGAATAAAAAAGCTGATCGACATAGAGGCATTAGGGCTTT
CACGTTTAGATATGATTGTGCTCGACATGGACACAGATGTCAAGGGATTTTCCTTATTCA
CTTTGCCCCAAGTCAGAGATGAGTTTTGGGATTTGTATAAGACATTCTTCCACCAGAGAG
TGCTAGAAGGAAGTCTACGTATCTGTCTGTATGGTCCAAAGCCATCAGCTCCAAAGGTTA
AGAACAATAAGAAACAGAGACAAAACGAGCATTGAGCAATGGCAGATTTTACTCCAATTT
TGATATATTTAACTCGTTTTGCTATGTGATTCGTCTTTCTACCATACGAAGTGAATTTAT
TGTTAATTAGTGTTCTTGTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FV32TF U 1
AF RR3FV32JQ C 242
BS 1 710 RR3FV32TF
BS 711 711 RR3FV32JQ
BS 712 728 RR3FV32TF
BS 729 729 RR3FV32JQ
BS 730 747 RR3FV32TF
BS 748 982 RR3FV32JQ

RD RR3FV32TF 747 0 0
GGACTCGAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGACATGGCAACCACAGAGGTAAAACCCTCCGCC
GCTAAAAACCCTAAAAAGACTCGGAACCCATCCCTGGGTCCGAAGAAAGATCTGAAGAAG
AAGAAGAATAAGACTAAGAAGTCAAAAGCCCTCGCCTTTGACAACACGGTCGAAAGAAAC
GACCAGAGCGACGGCGAGGAACAACAACCTGTATCGGCTTCTGAACAGCTAAGCTTCTTC
TTAAAGCAGCTTGATTCCGCCATTGGTGTCCGTGTCTCTCCTTTAGAGCTTGATCCCATA
AAGACAAGTGTGTAGTTGAGTTATCTCAAAAGTTGGATCAGAATGTAAGCAACTTGGGAG
AGCATATTAAGATGTCTTGTGGATCTTCCTGTAGAGAGACTCTTTGTGAAGGGGAGGCAA
TCGAAGGGAAAGTCGATCCCGGAAACCCAGCTGTTCTCGTTGTTAGCTCCTCTGCTCTGA
GATCTTTGGAACTTATAAGGGGTTTGCATTCACTGACCAAGCAGTGTCCAGCTTTGAAGT
TGTTCTCAAAGCATTTGAAGGTTGAGGAACAGGTGTCTCTGTTGAAAAAACGAGTTAATA
TTGGGAGCGGCACACCGAGCAGAATAAAAAAGCTGATCGACATAGAGGCATTAGGGCTTT
CACGTTTAGATATGATTGTGCTCGACATGGACACAGATGTCAAGGGATTT*CCTTATTCA
CTTTGCCC*AAGTCAGAGATGAGTTTT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3FV32JQ 741 0 0
TAAAGCAGCTTGATTCCGCCATTGGTGTCCGTGTCTCTCCTTTAGAGCTTGATCCCATAA
AGACAAGTGTGTAGTTGAGTTATCTCAAAAGTTGGATCAGAATGTAAGCAACTTGGGAGA
GCATATTAAGATGTCTTGTGGATCTTCCTGTAGAGAGACTCTTTGTGAAGGGGAGGCAAT
CGAAGGGAAAGTCGATCCCGGAAACCCAGCTGTTCTCGTTGTTAGCTCCTCTGCTCTGAG
ATCTTTGGAACTTATAAGGGGTTTGCATTCACTGACCAAGCAGTGTCCAGCTTTGAAGTT
GTTCTCAAAGCATTTGAAGGTTGAGGAACAGGTGTCTCTGTTGAAAAAACGAGTTAATAT
TGGGAGCGGCACACCGAGCAGAATAAAAAAGCTGATCGACATAGAGGCATTAGGGCTTTC
ACGTTTAGATATGATTGTGCTCGACATGGACACAGATGTCAAGGGATTTTCCTTATTCAC
TTTGCCCCAAGTCAGAGATGAGTTTTGGGATTTGTATAAGACATTCTTCCACCAGAGAGT
GCTAGAAGGAAGTCTACGTATCTGTCTGTATGGTCCAAAGCCATCAGCTCCAAAGGTTAA
GAACAATAAGAAACAGAGACAAAACGAGCATTGAGCAATGGCAGATTTTACTCCAATTTT
GATATATTTAACTCGTTTTGCTATGTGATTCGTCTTTCTACCATACGAAGTGAATTTATT
GTTAATTAGTGTTCTTGTGAG

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL4844Contig1 850 2 2 U
GGTGCTTGAGGACGGTGTTCTTGATCCGGAGACGACTGTGGTTTCAATATTTCCGTCTCC
GATGCTTTACGCTGGTCCTACTGAAGTGCAGTGGCACGCGAAGGCTAGGATCAATGCTGG
TGCTAACTTCTACATTGTGGGGAGAGATCCAGCTGGAATGGGTCACCCTGTGGAGAAACG
TGATCTGTATGATGCTGATCACGGGAAGAAAGTACTGAGCATGGCTCCTGGACTCGAACG
GCTCAACATTCTTCCTTTCAGGGTAAACAAATCTGCATACTCAAACCTCGGTATCTCCTT
CAAAGATTTTAGGCTTTTTGAGTTCTGATATTTTTGTTTGGTTTCAATCTATTTAGGTTG
CTGCGTATGATAAGACGCAAGGCAAGATGGCCTTCTTTGATCCATCGAGGGCTCAAGACT
TCTTGTTCATCTCTGGCACTAAGGTAACTACAAACTTCTCAGACTAATTGAGACATGATA
TACTCAAGTACAGAGTGTTCTGTTTCTGATTAAAGCTTGAATTTGGTTTGGTTTTATAGA
TGAGAGGACTAGCAAAGAACAAAGAAAGCCCACCAGATAGGTTTATGTGCCCTGGAGGCT
GGAAAGTGCTTGTTGATTACTACGACAGTTTGAGTCTTACCGGAAATACCAGACTTCCGG
AAAAGGTTCCCGTTTAAGACAGACTAAACCCATTTCTCTGTTTTGTTTTACTTTGTTGTA
AATTAATGACGTGGTAGTTTCTTAAAGATCAACATTATGATCGAACTATCTTATTCGAAG
GTTTGGGAAAAACTTGTATGAAAAAACGGTGTTGAAATTTTTGAAATGTGCAAGAACTGG
CACTTTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX82TF U 1
AF RR3GX82JQ C 167
BS 1 663 RR3GX82TF
BS 664 850 RR3GX82JQ

RD RR3GX82TF 663 0 0
GGTGCTTGAGGACGGTGTTCTTGATCCGGAGACGACTGTGGTTTCAATATTTCCGTCTCC
GATGCTTTACGCTGGTCCTACTGAAGTGCAGTGGCACGCGAAGGCTAGGATCAATGCTGG
TGCTAACTTCTACATTGTGGGGAGAGATCCAGCTGGAATGGGTCACCCTGTGGAGAAACG
TGATCTGTATGATGCTGATCACGGGAAGAAAGTACTGAGCATGGCTCCTGGACTCGAACG
GCTCAACATTCTTCCTTTCAGGGTAAACAAATCTGCATACTCAAACCTCGGTATCTCCTT
CAAAGATTTTAGGCTTTTTGAGTTCTGATATTTTTGTTTGGTTTCAATCTATTTAGGTTG
CTGCGTATGATAAGACGCAAGGCAAGATGGCCTTCTTTGATCCATCGAGGGCTCAAGACT
TCTTGTTCATCTCTGGCACTAAGGTAACTACAAACTTCTCAGACTAATTGAGACATGATA
TACTCAAGTACAGAGTGTTCTGTTTCTGATTAAAGCTTGAATTTGGTTTGGTTTTATAGA
TGAGAGGACTAGCAAAGAACAAAGAAAGCCCACCAGATAGGTTTATGTGCCCTGGAGGCT
GGAAAGTGCTTGTTGATTACTACGACAGTTTGAGTCTTACCGGAAATACCAGACTTCCGG
AAA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3GX82JQ 684 0 0
CCTGTGGAGAAACGTGATCTGTATGATGCTGATCACGGGAAGAAAGTACTGAGCATGGCT
CCTGGACTCGAACGGCTCAACATTCTTCCTTTCAGGGTAAACAAATCTGCATACTCAAAC
CTCGGTATCTCCTTCAAAGATTTTAGGCTTTTTGAGTTCTGATATTTTTGTTTGGTTTCA
ATCTATTTAGGTTGCTGCGTATGATAAGACGCAAGGCAAGATGGCCTTCTTTGATCCATC
GAGGGCTCAAGACTTCTTGTTCATCTCTGGCACTAAGGTAACTACAAACTTCTCAGACTA
ATTGAGACATGATATACTCAAGTACAGAGTGTTCTGTTTCTGATTAAAGCTTGAATTTGG
TTTGGTTTTATAGATGAGAGGACTAGCAAAGAACAAAGAAAGCCCACCAGATAGGTTTAT
GTGCCCTGGAGGCTGGAAAGTGCTTGTTGATTACTACGACAGTTTGAGTCTTACCGGAAA
TACCAGACTTCCGGAAAAGGTTCCCGTTTAAGACAGACTAAACCCATTTCTCTGTTTTGT
TTTACTTTGTTGTAAATTAATGACGTGGTAGTTTCTTAAAGATCAACATTATGATCGAAC
TATCTTATTCGAAGGTTTGGGAAAAACTTGTATGAAAAAACGGTGTTGAAATTTTTGAAA
TGTGCAAGAACTGGCACTTTTTGG

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL4845Contig1 814 2 2 U
GGGATCTGCTCTGTCTGCACTTCAGGGCACAAACGACGAAATAGGAAGGCAAGCTATATT
GAAGCTAATGGATGCTGTTGATGAATACATTCCCGACCCTGTTCGTGTGCTCGACAAACC
TTTCTTGATGCCAATCGAAGATGTTTTCTCGATTCAAGGACGTGGAACTGTTGCGACGGG
TCGTATTGAACAAGGAGTCATCAAAGTGGGTGAAGAAGTTGAGATATTGGGTTTAAAAGA
CGGACCTCCGATGAAATCAACTGTAACTGGGGTTGAGATGTTCAAGAAGATTTTGGATAA
TGGACAGGCTGGTGATAATGTAGGACTTCTTCTGCGTGGGCTAAAGAGAGAAGACATCCA
GCGTGGAATGGTGATAGCTAAGCCTGGTTCATGCAAGACATACAAGAAGTTTGAAGCAGA
GATTTATGTGCTCACAAAGGACGAAGGTGGGCGTCACACTGCTTTTTTATCAAACTACAG
GCCTCAGTTTTACTTGAGGACTGCAGATATCACTGGAAGGGTAGAGTTACCGGAAGACGT
GAAGATGGTTATGCCTGGTGACAATGTCACTGCGGTTTTCGAGCTTATCATGCCTGTCCC
ACTCGAAATAGGTCAAAGATTTGCCCTGAGGGAAGGAGGTAGAACAGTTGGAGCTGGTGT
TGTACCTAAAGTGATGACTTGAGAGTTCTCAAAAGGCACATTCTTACGTTTTCTCTAGGA
ACCCATCAGTGATGTGTTTTGTTTCCTTTTGGTTTCACTTCTTTGAAATAAAACAGAAAC
ATATTTTAAGTTACCAACAATCGATTCAGACGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D235TF U 1
AF RR3D235JQ C 193
BS 1 691 RR3D235TF
BS 692 814 RR3D235JQ

RD RR3D235TF 691 0 0
GGGATCTGCTCTGTCTGCACTTCAGGGCACAAACGACGAAATAGGAAGGCAAGCTATATT
GAAGCTAATGGATGCTGTTGATGAATACATTCCCGACCCTGTTCGTGTGCTCGACAAACC
TTTCTTGATGCCAATCGAAGATGTTTTCTCGATTCAAGGACGTGGAACTGTTGCGACGGG
TCGTATTGAACAAGGAGTCATCAAAGTGGGTGAAGAAGTTGAGATATTGGGTTTAAAAGA
CGGACCTCCGATGAAATCAACTGTAACTGGGGTTGAGATGTTCAAGAAGATTTTGGATAA
TGGACAGGCTGGTGATAATGTAGGACTTCTTCTGCGTGGGCTAAAGAGAGAAGACATCCA
GCGTGGAATGGTGATAGCTAAGCCTGGTTCATGCAAGACATACAAGAAGTTTGAAGCAGA
GATTTATGTGCTCACAAAGGACGAAGGTGGGCGTCACACTGCTTTTTTATCAAACTACAG
GCCTCAGTTTTACTTGAGGACTGCAGATATCACTGGAAGGGTAGAGTTACCGGAAGACGT
GAAGATGGTTATGCCTGGTGACAATGTCACTGCGGTTTTCGAGCTTATCATGCCTGTCCC
ACTCGAAATAGGTCAAAGATTTGCCCTGAGGGAAGGAGGTAGAACAGTTGGAGCTGGTGT
TGTACCTAAAGTGATGACTTGAGAGTTCTCA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3D235JQ 622 0 0
AGGAGTCATCAAAGTGGGTGAAGAAGTTGAGATATTGGGTTTAAAAGACGGACCTCCGAT
GAAATCAACTGTAACTGGGGTTGAGATGTTCAAGAAGATTTTGGATAATGGACAGGCTGG
TGATAATGTAGGACTTCTTCTGCGTGGGCTAAAGAGAGAAGACATCCAGCGTGGAATGGT
GATAGCTAAGCCTGGTTCATGCAAGACATACAAGAAGTTTGAAGCAGAGATTTATGTGCT
CACAAAGGACGAAGGTGGGCGTCACACTGCTTTTTTATCAAACTACAGGCCTCAGTTTTA
CTTGAGGACTGCAGATATCACTGGAAGGGTAGAGTTACCGGAAGACGTGAAGATGGTTAT
GCCTGGTGACAATGTCACTGCGGTTTTCGAGCTTATCATGCCTGTCCCACTCGAAATAGG
TCAAAGATTTGCCCTGAGGGAAGGAGGTAGAACAGTTGGAGCTGGTGTTGTACCTAAAGT
GATGACTTGAGAGTTCTCAAAAGGCACATTCTTACGTTTTCTCTAGGAACCCATCAGTGA
TGTGTTTTGTTTCCTTTTGGTTTCACTTCTTTGAAATAAAACAGAAACATATTTTAAGTT
ACCAACAATCGATTCAGACGTT

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

CO CL4846Contig1 888 2 2 U
GGAGATCCTCTTCCTCTTTCCTTTTATGCTACCGCCTTCTGCACCCATTCATAAATTAAA
GAAAAAAAAAGAAAAAGGAGAGAAAGACGCAATCTTTTCTGTCACAAATCTTACAGGTTT
CCTTCTCCCCACTTTGTAATTAATTTGTATCATTCATTCGCAAAGATTCGATCTTTCAAT
GAAATTAAACAAAGATTCTTTCTGGTCATAAAAACCGAACCTTTAATTCATCTTTCATCA
TCTCTTCTTCTTCTTTTATGGTTTTGATTCCTTCGATAATCTCATACTTTCTATTCCTGA
GTTTGATTCATCCGCTTCTTTCCGAGAAACCCGACCCGGAGGAAGCCATGAGAGTCCATC
GCCATAACCCGGCCCGAGAACCCGGAAAGAATCTCCGTCGTCTACCGCACATCTTCAACC
GCGTTCTCGAGCTTCCGTTGAGGTCCGAAGCGGATGTTACCGTGGAAGAGAGACCCGACT
GTTTCAGATTCGTGGCGGAGACGGAGGGCGTCTGCGGAGAGATGAGGGCGTACGTGGTGG
ATATCCATCCGGGTATAACCAAGATCGTTGTGAGGACGAATGGGTTGTCTTTGGGTTTGT
CGTTGGACGAGTTGGAGCTTGATGTCTGGCGTTTTAGGCTTCCGGAGACGACGAGGGCCG
AGCTTGTTACGGTGGTTTTGGACAAGGTATTGGAAGTGGGAGGCTTGTTCTTGTTCAGTA
ATACAGTTTGGTTTATGTAATGATGTCTTAAAATCATTTGCTTTTTTTGAATGTTTGATT
TCAAGAAACAAAACCTCGTTTCTTTCATATATTGTTGTTAGCCTTCTTTTTTTTTGTTGG
CAATGTAGTGAAATAAGAAGAAAGGTTGAGAGACTTTTGATTGATCAC


BQ
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AF RR3HA87TF U 1
AF RR3HA87JQ C 138
BS 1 635 RR3HA87TF
BS 636 888 RR3HA87JQ

RD RR3HA87TF 635 0 0
GGAGATCCTCTTCCTCTTTCCTTTTATGCTACCGCCTTCTGCACCCATTCATAAATTAAA
GAAAAAAAAAGAAAAAGGAGAGAAAGACGCAATCTTTTCTGTCACAAATCTTACAGGTTT
CCTTCTCCCCACTTTGTAATTAATTTGTATCATTCATTCGCAAAGATTCGATCTTTCAAT
GAAATTAAACAAAGATTCTTTCTGGTCATAAAAACCGAACCTTTAATTCATCTTTCATCA
TCTCTTCTTCTTCTTTTATGGTTTTGATTCCTTCGATAATCTCATACTTTCTATTCCTGA
GTTTGATTCATCCGCTTCTTTCCGAGAAACCCGACCCGGAGGAAGCCATGAGAGTCCATC
GCCATAACCCGGCCCGAGAACCCGGAAAGAATCTCCGTCGTCTACCGCACATCTTCAACC
GCGTTCTCGAGCTTCCGTTGAGGTCCGAAGCGGATGTTACCGTGGAAGAGAGACCCGACT
GTTTCAGATTCGTGGCGGAGACGGAGGGCGTCTGCGGAGAGATGAGGGCGTACGTGGTGG
ATATCCATCCGGGTATAACCAAGATCGTTGTGAGGACGAATGGGTTGTCTTTGGGTTTGT
CGTTGGACGAGTTGGAGCTTGATGTCTGGCGTTTT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3HA87JQ 751 0 0
AATTAATTTGTATCATTCATTCGCAAAGATTCGATCTTTCAATGAAATTAAACAAAGATT
CTTTCTGGTCATAAAAACCGAACCTTTAATTCATCTTTCATCATCTCTTCTTCTTCTTTT
ATGGTTTTGATTCCTTCGATAATCTCATACTTTCTATTCCTGAGTTTGATTCATCCGCTT
CTTTCCGAGAAACCCGACCCGGAGGAAGCCATGAGAGTCCATCGCCATAACCCGGCCCGA
GAACCCGGAAAGAATCTCCGTCGTCTACCGCACATCTTCAACCGCGTTCTCGAGCTTCCG
TTGAGGTCCGAAGCGGATGTTACCGTGGAAGAGAGACCCGACTGTTTCAGATTCGTGGCG
GAGACGGAGGGCGTCTGCGGAGAGATGAGGGCGTACGTGGTGGATATCCATCCGGGTATA
ACCAAGATCGTTGTGAGGACGAATGGGTTGTCTTTGGGTTTGTCGTTGGACGAGTTGGAG
CTTGATGTCTGGCGTTTTAGGCTTCCGGAGACGACGAGGGCCGAGCTTGTTACGGTGGTT
TTGGACAAGGTATTGGAAGTGGGAGGCTTGTTCTTGTTCAGTAATACAGTTTGGTTTATG
TAATGATGTCTTAAAATCATTTGCTTTTTTTGAATGTTTGATTTCAAGAAACAAAACCTC
GTTTCTTTCATATATTGTTGTTAGCCTTCTTTTTTTTTGTTGGCAATGTAGTGAAATAAG
AAGAAAGGTTGAGAGACTTTTGATTGATCAC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL4847Contig1 507 2 2 U
GGTATAGTGACACTACCGTCACTGAGTACACGAGGCATTACATGGCCAGAGGACTTGATG
GGAACTCTGTGTTGCATCAATTCAAGATCTGATCAAAGCTTTGGACTTACGTATCCAAAG
TCTTCTAGGCTATTTCAGATCAGTATGTAGCATGCCGAAAAAAATACACCTGCCTCGGCC
AGGACTTCCAATTGAAACGACCGAGAAGCTTGGACAGGTAGCTATGATTATTCCATCTCC
CATATGGCCATATAGCCATGCAAGAAATTGTTGCGTGTATAACATACATATCCGTTTTCT
CGGTACTATTTTGATTGTTTCTAGATCATTTGTCGAACGGGAGATTGTATAATATTTTAA
AGACGAGATTATGAGTGAATCTGTAATGCCTTACCATGAAATCACAGATGATAATGTCTG
CACAGATTTACAAGATGAGGAGACTAAAGTGGAGACTGTAGATCAATTATGTTAAAAGTT
AAATGAGAAAATATTGTCTAGTCAAAA


BQ
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AF RR3C357JQ C 1
AF RR3C357TF U 1
BS 1 503 RR3C357TF
BS 504 507 RR3C357JQ

RD RR3C357JQ 507 0 0
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GGAACTCTGTGTTGCATCAATTCAAGATCTGATCAAAGCTTTGGACTTACGTATCCAAAG
TCTTTTAGGCTATTTCAGATCAGTATGTAGCATGCCGAAAAAAATACACCTGCCTCGGCC
AGGACTTCCAATTGAAACGACCGAGAAGCTTGGACAGGTAGCTATGATTATTCCATCTCC
CATATGGCCATATAGCCATGCAAGAAATTGTTGCGTGTATAACATACATATCCGTTTTCT
CGGTACTATTTTGATTGTTTCTAGATCATTTGTCGAACGGGAGATTGTATAATATTTTAA
AGACGAGATTATGAGTGAATCTGTAATGCCTTACCATGAAATCACAGATGATAATGTCTG
CACAGATTTACAAGATGAGGAGACTAAAGTGGAGACTGTAGATCAATTATGTTAAAAGTT
AAATGAGAAAATATTGTCTAGTCAAAA

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR3C357TF 503 0 0
GGTATAGTGACACTACCGTCACTGAGTACACGAGGCATTACATGGCCAGAGGACTTGATG
GGAACTCTGTGTTGCATCAATTCAAGATCTGATCAAAGCTTTGGACTTACGTATCCAAAG
TCTTCTAGGCTATTTCAGATCAGTATGTAGCATGCCGAAAAAAATACACCTGCCTCGGCC
AGGACTTCCAATTGAAACGACCGAGAAGCTTGGACAGGTAGCTATGATTATTCCATCTCC
CATATGGCCATATAGCCATGCAAGAAATTGTTGCGTGTATAACATACATATCCGTTTTCT
CGGTACTATTTTGATTGTTTCTAGATCATTTGTCGAACGGGAGATTGTATAATATTTTAA
AGACGAGATTATGAGTGAATCTGTAATGCCTTACCATGAAATCACAGATGATAATGTCTG
CACAGATTTACAAGATGAGGAGACTAAAGTGGAGACTGTAGATCAATTATGTTAAAAGTT
AAATGAGAAAATATTGTCTAGTC

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 2

CO CL4848Contig1 886 2 4 U
GGAGGTAATCTATGACAAAGTTACTGGTAGAAGCAGAGGGTTTGGATTTGTGACAATGTC
CACTGCAGCTGAAGTTGAGGCAGCTGCTCAGCAGTTTAATGGCTATGAACTTGAAGGCAG
AGCTTTGAGGGTTAACGCTGGGCCTCCTCCACCTAAGAGAGAGGAATCCTTCTCCAGAGG
ACCAAGAAGCGGTGGTTACGGTTCAGAACGTGGTGGTGGTTACGGTTCTGAACGTTCCGG
TGGCTACGGGTCTCAGCGTTCAGGACGTTCTGGTTACGGGTCTGAGCGTTCCAGCTACGG
GTCCGAGCGTTCTAGCTATGGTTCTGGGTCAGGTTCAGGCTCAGGTTCATCAGACCGTGT
TTATGTGGGTAACCTTTCGTGGGGTGTGGATGACACGGCTCTTGAGAGCTTGTTCAGCGA
GCAAGGAAAAGTTGTTGAGGCTAGGGTCATTTACGACAGGGACACTGGTCGATCAAAGGG
TTTTGGGTTTGTGACACTCGGCTCTCCTCAAGAGGTCACAAGAGCCATCAGCTCTTTGAA
TGGCGCAGATTTGGATGGAAGACAGATTAGAGTCTGGAGGCTGAGGCTAGGCCACCAAGG
CGCCAGTTTTGAGCAACCATGTCACTTAAGTACTCGTAAGAGAAATGGAGGTGTAGGTCA
TCTTGACTGACGAATAAGCTATTTGAGTTTTGGGCTTTGTTTCTTTATTTTACTTTTAAG
CCGTTTTGGGCTTTGTTTCTTTATTTTACTTTTAAGCCGTTTTGGGCTTTGCTTTTATCT
TTGCAGACTACTTGGGGTTTTGGACTTCTACTTTCTTTCTTTCTTCATTGTGCTGCTGTG
CATGCTCTCGTTAACTACTTGTCCACCAAATGTATGTGGACCGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BK47TF U 1
AF RR3BK47JQ C 148
BS 1 649 RR3BK47TF
BS 650 650 RR3BK47JQ
BS 651 654 RR3BK47TF
BS 655 886 RR3BK47JQ

RD RR3BK47TF 654 0 0
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CACTGCAGCTGAAGTTGAGGCAGCTGCTCAGCAGTTTAATGGCTATGAACTTGAAGGCAG
AGCTTTGAGGGTTAACGCTGGGCCTCCTCCACCTAAGAGAGAGGAATCCTTCTCCAGAGG
ACCAAGAAGCGGTGGTTACGGTTCAGAACGTGGTGGTGGTTACGGTTCTGAACGTTCCGG
TGGCTACGGGTCTCAGCGTTCAGGACGTTCTGGTTACGGGTCTGAGCGTTCCAGCTACGG
GTCCGAGCGTTCTAGCTATGGTTCTGGGTCAGGTTCAGGCTCAGGTTCATCAGACCGTGT
TTATGTGGGTAACCTTTCGTGGGGTGTGGATGACACGGCTCTTGAGAGCTTGTTCAGCGA
GCAAGGAAAAGTTGTTGAGGCTAGGGTCATTTACGACAGGGACACTGGTCGATCAAAGGG
TTTTGGGTTTGTGACACTCGGCTCTCCTCAAGAGGTCACAAGAGCCATCAGCTCTTTGAA
TGGCGCAGATTTGGATGGAAGACAGATTAGAGTCTGGAGGCTGAGGCTAGGCCACCAAGG
CGCCAGTTTTGAGCAACCATGTCACTTAAGTACTCGTAAGAGAAATGGATGTGT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3BK47JQ 739 0 0
CTCCA
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GTTCAGGCTCAGGTTCATCAGACCGTGTTTATGTGGGTAACCTTTCGTGGGGTGTGGATG
ACACGGCTCTTGAGAGCTTGTTCAGCGAGCAAGGAAAAGTTGTTGAGGCTAGGGTCATTT
ACGACAGGGACACTGGTCGATCAAAGGGTTTTGGGTTTGTGACACTCGGCTCTCCTCAAG
AGGTCACAAGAGCCATCAGCTCTTTGAATGGCGCAGATTTGGATGGAAGACAGATTAGAG
TCTGGAGGCTGAGGCTAGGCCACCAAGGCGCCAGTTTTGAGCAACCATGTCACTTAAGTA
CTCGTAAGAGAAATGGAGGTGTAGGTCATCTTGACTGACGAATAAGCTATTTGAGTTTTG
GGCTTTGTTTCTTTATTTTACTTTTAAGCCGTTTTGGGCTTTGTTTCTTTATTTTACTTT
TAAGCCGTTTTGGGCTTTGCTTTTATCTTTGCAGACTACTTGGGGTTTTGGACTTCTACT
TTCTTTCTTTCTTCATTGTGCTGCTGTGCATGCTCTCGTTAACTACTTGTCCACCAAATG
TATGTGGACCGTTT

QA 6 739 6 739
DS 



AS 1 2

CO CL4849Contig1 1001 2 8 U
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TTCCCATCGCAACCACATTCCGCTCCTCCTCTTATCTCGCTCACTCTTCTCCCCATGGCT
TCCCTTCACGACACAACACCATCCTCATCATCCGCTCACCTTCCTCCACACTGACCCACC
GCGCAACCCACCTCCATCCCATCTCCGCCGTCGAAGCTCCGGAGAAGATCGAGAAGATCG
GGTCCGAGATCTCTTCTCTGACCCTCGAAGAAGCCCGTGTCCTCGTGGACTACCTCCAGG
ACAAGTTCGGTGTGTCGCCGCTCTCTCTAGCTCCCGCTGCAGCTGCGGCTGCTCCGGGAG
ACGTTGGAGGTGCTGCGGCGGCTGTGGTGGAGGAGCAGACGGAGTTCGACGTGGTGATCA
ATGAAGTGCCGAGCAATGCGCGTATCGCGGTGATTAAAGCGGTTAGGGCTTTGACTAGCT
TGGCGTTGAAGGAAGCGAAGGAGCTTATCGAAGGGTTGCCGAAGAAGTTTAAGGAAGGTG
TGACCAAGGGCGAAGCTGAAGAAGCTAAGAAGCAGCTTGAAGAAGCTGGCGCCAAGGTTT
CCATTGCTTAACTTTAAAAAATAATAATAATTTGTTTTAAAAGTGTTTTTCGTTTCTGGA
ATTAATGATTTAGCTCTGAGAAAATATTGTAATGTGAATCAGTTTGCGTTTAGCTGGATC
GAACTTTGAAATGAGGCTTAGGTTAGGTCAGAGAAAGCCTTTGCTTGATCGTTGGGGACA
GGACACACCCATAAGCAACTTTTGTTTCCACCAGTGGAAATAGTAGTAACTTCTCAATGG
GCTTCTGTTGTGTTGACTGACTCGATAAGCTTAACTCGTTCGCACTGGCCTGGGCCAGCC
CATCTTGTTGTTTCAGCTTTTGCCGCCAAACTTTCTTCATTGCTTTTTTTTTTCTTTTTG
TCAAACACTTTCTTCATTGCTTAATGAAAACTATTATAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AP51TF U 1
AF RR3AP51JQ C 295
BS 1 735 RR3AP51TF
BS 736 736 RR3AP51JQ
BS 737 741 RR3AP51TF
BS 742 742 RR3AP51JQ
BS 743 746 RR3AP51TF
BS 747 747 RR3AP51JQ
BS 748 807 RR3AP51TF
BS 808 1001 RR3AP51JQ

RD RR3AP51TF 807 0 0
GGGATACAGAGAGACACGAACCAAAGCCAAAAGAGTGAAAAAAAATGGCAGCCACGACTC
TTCCCATCGCAACCACATTCCGCTCCTCCTCTTATCTCGCTCACTCTTCTCCCCATGGCT
TCCCTTCACGACACAACACCATCCTCATCATCCGCTCACCTTCCTCCACACTGACCCACC
GCGCAACCCACCTCCATCCCATCTCCGCCGTCGAAGCTCCGGAGAAGATCGAGAAGATCG
GGTCCGAGATCTCTTCTCTGACCCTCGAAGAAGCCCGTGTCCTCGTGGACTACCTCCAGG
ACAAGTTCGGTGTGTCGCCGCTCTCTCTAGCTCCCGCTGCAGCTGCGGCTGCTCCGGGAG
ACGTTGGAGGTGCTGCGGCGGCTGTGGTGGAGGAGCAGACGGAGTTCGACGTGGTGATCA
ATGAAGTGCCGAGCAATGCGCGTATCGCGGTGATTAAAGCGGTTAGGGCTTTGACTAGCT
TGGCGTTGAAGGAAGCGAAGGAGCTTATCGAAGGGTTGCCGAAGAAGTTTAAGGAAGGTG
TGACCAAGGGCGAAGCTGAAGAAGCTAAGAAGCAGCTTGAAGAAGCTGGCGCCAAGGTTT
CCATTGCTTAACTTTAAAAAATAATAATAATTTGTTTTAAAAGTGTTTTTCGTTTCTGGA
ATTAATGATTTAGCTCTGAGAAAATATTGTAATGTGAATCAGTTTGCGTTTAGCTGGATC
GAACTTTGAAATGAG*CTTAG*TTAG*TCAGAGAAAGCCTTTGCTTGATCGTTGGGGACA
GGACACACCCATAAGCAACTTTTGTTT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3AP51JQ 707 0 0
TCCAGGACAAGTTCGGTGTGTCGCCGCTCTCTCTAGCTCCCGCTGCAGCTGCGGCTGCTC
CGGGAGACGTTGGAGGTGCTGCGGCGGCTGTGGTGGAGGAGCAGACGGAGTTCGACGTGG
TGATCAATGAAGTGCCGAGCAATGCGCGTATCGCGGTGATTAAAGCGGTTAGGGCTTTGA
CTAGCTTGGCGTTGAAGGAAGCGAAGGAGCTTATCGAAGGGTTGCCGAAGAAGTTTAAGG
AAGGTGTGACCAAGGGCGAAGCTGAAGAAGCTAAGAAGCAGCTTGAAGAAGCTGGCGCCA
AGGTTTCCATTGCTTAACTTTAAAAAATAATAATAATTTGTTTTAAAAGTGTTTTTCGTT
TCTGGAATTAATGATTTAGCTCTGAGAAAATATTGTAATGTGAATCAGTTTGCGTTTAGC
TGGATCGAACTTTGAAATGAGGCTTAGGTTAGGTCAGAGAAAGCCTTTGCTTGATCGTTG
GGGACAGGACACACCCATAAGCAACTTTTGTTTCCACCAGTGGAAATAGTAGTAACTTCT
CAATGGGCTTCTGTTGTGTTGACTGACTCGATAAGCTTAACTCGTTCGCACTGGCCTGGG
CCAGCCCATCTTGTTGTTTCAGCTTTTGCCGCCAAACTTTCTTCATTGCTTTTTTTTTTC
TTTTTGTCAAACACTTTCTTCATTGCTTAATGAAAACTATTATAACT

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL4850Contig1 948 2 2 U
GAAGGACTTTCGGTACTACTTTGATTTTGAGCATCTTAAAGAGTCTGCTTCTATTGTTGA
GGAAGGCGAGTTCGTGAGGGACTGGAAGAAATGGAACCGGTCGCATAAACGGAAAGTTCC
GGTTAGGAAAGTTAAGACGCATAAAGTGTCGCCGTTGCAGCTGAGTAAAGATAAGAGCAC
GATTATATGGAGGCAGTTTGATGCGCCTGAGCCTGAAAACTATTGGTACAGAGTGTGCGA
AGGGCAAGCTTCGAAATACGTGGAGAGACCGTGGCATACGCTGTGGAAATCGAAGAGGCT
GATGAACATTGTCTCTGAGATTAGTGGGAAAATGGATTGGGATTTTGATGCGGTTCATGT
TGTTAGAGGCGAGAAAGCCAAGGACAAGAAGCTGTGGCCACATTTGGATGCAGATACATG
GCCTGACGCGATTTTGAATAAGCTTAAGGGGTTGGTTCAACCGTGGAGGAATTTGTATGT
GGCGACTAATGAACCGTTTTATAATTACTTTGATAAGTTGAGATCTCAGTACAAGGTTCA
CTTGCTTGATGATTATAGCTACTTGTGGGGGAATAGCAGTGAGTGGTACAATGAGACAAG
TCTATTGAACAATGGGAAACCAGTTGAGTTTGATGGGTACGCGAGAGCGGCTGTTGATAC
GGAGGTGTTTATTAGGGGGAAGACACGTGTTGAGACGTTCAATAACCTTACCATGGATTG
CAAAGATGGGATCAATACATGCTGATATTGATCAATCTGGCTGTGATATGTTTCTCTTTA
CAACTTTTGTACCATGCCATTTCATTCTTATATTAGTTTTGTTTATTGTATTCAAAGCAG
TTATATGCTTTTGTTGTTGTGGCCTTCTGTTCTTCTAGCGATTGATGTTATTGGTGGGGG
CAAGAGTGTATGTAACGTTTACATTTTGTTATACAAATTTCTTAAATC


BQ
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AF RR3D303TF U 1
AF RR3D303JQ C 293
BS 1 657 RR3D303TF
BS 658 948 RR3D303JQ

RD RR3D303TF 657 0 0
GAAGGACTTTCGGTACTACTTTGATTTTGAGCATCTTAAAGAGTCTGCTTCTATTGTTGA
GGAAGGCGAGTTCGTGAGGGACTGGAAGAAATGGAACCGGTCGCATAAACGGAAAGTTCC
GGTTAGGAAAGTTAAGACGCATAAAGTGTCGCCGTTGCAGCTGAGTAAAGATAAGAGCAC
GATTATATGGAGGCAGTTTGATGCGCCTGAGCCTGAAAACTATTGGTACAGAGTGTGCGA
AGGGCAAGCTTCGAAATACGTGGAGAGACCGTGGCATACGCTGTGGAAATCGAAGAGGCT
GATGAACATTGTCTCTGAGATTAGTGGGAAAATGGATTGGGATTTTGATGCGGTTCATGT
TGTTAGAGGCGAGAAAGCCAAGGACAAGAAGCTGTGGCCACATTTGGATGCAGATACATG
GCCTGACGCGATTTTGAATAAGCTTAAGGGGTTGGTTCAACCGTGGAGGAATTTGTATGT
GGCGACTAATGAACCGTTTTATAATTACTTTGATAAGTTGAGATCTCAGTACAAGGTTCA
CTTGCTTGATGATTATAGCTACTTGTGGGGGAATAGCAGTGAGTGGTACAATGAGACAAG
TCTATTGAACAATGGGAAACCAGTTGAGTTTGATGGGTACGCGAGAGCGGCTGTTGA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3D303JQ 656 0 0
AAGAGGCTGATGAACATTGTCTCTGAGATTAGTGGGAAAATGGATTGGGATTTTGATGCG
GTTCATGTTGTTAGAGGCGAGAAAGCCAAGGACAAGAAGCTGTGGCCACATTTGGATGCA
GATACATGGCCTGACGCGATTTTGAATAAGCTTAAGGGGTTGGTTCAACCGTGGAGGAAT
TTGTATGTGGCGACTAATGAACCGTTTTATAATTACTTTGATAAGTTGAGATCTCAGTAC
AAGGTTCACTTGCTTGATGATTATAGCTACTTGTGGGGGAATAGCAGTGAGTGGTACAAT
GAGACAAGTCTATTGAACAATGGGAAACCAGTTGAGTTTGATGGGTACGCGAGAGCGGCT
GTTGATACGGAGGTGTTTATTAGGGGGAAGACACGTGTTGAGACGTTCAATAACCTTACC
ATGGATTGCAAAGATGGGATCAATACATGCTGATATTGATCAATCTGGCTGTGATATGTT
TCTCTTTACAACTTTTGTACCATGCCATTTCATTCTTATATTAGTTTTGTTTATTGTATT
CAAAGCAGTTATATGCTTTTGTTGTTGTGGCCTTCTGTTCTTCTAGCGATTGATGTTATT
GGTGGGGGCAAGAGTGTATGTAACGTTTACATTTTGTTATACAAATTTCTTAAATC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL4851Contig1 745 2 6 U
GCACTGAACTTGAGTGAGACAGAGGAGAGTGGAATTTCGTGTGGAGGGGTGAAATCTACG
GATCTACGAAGGAACGCCAAAAGCGAAGGCAGCTCTCTGGGTCTCTACCGACGCTGGTGT
GCGAAAGCATGGGGAGCGAACGGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGA
GTGTTCGCCCTTGGTCTATTCTGATCTGGGGCTCAGCTAACGCGTTAAACACTCCGCCTG
GGGAGTACGGTCGCAAGACCGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCTGCACAAGCGGTGG
AGCATGTGGTTTAATTCGATACTACGCGCAGAACCTTACCAGCCCTTGACATATGAACGA
GAAACCCTATCCTTAACGGGATGGTACTGACTTTCATACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTC
AGCTCGTGTCGTGAGATGTTTGGTTAAGTCCTATAACGAGCGAAACCCTCGCCTTGTGTT
GCTCAGACATGCGCCTAAGGAGAAAGGTTGTGCAAACCGAAGTAAGCCAAGTAGCCGAGT
GATGTGCCAGACCTAGGAATTGAGTGACAGCAACTAGCTCTGCTCTCAGTAACAAGGGGT
TCCTCCTTTAGGGGAGAAGCTGGGTTCCTCCGGCGCCTTTCCAAGCCCTAACTAGTCGGC
GGAGAAAGACTCGGCATTCAGGTGAGCCGAACGGTGGTGTGGGACGAAGGAAGTGGGTTT
AGTACGCCCTGACAAAACCGCTCCG


BQ
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AF RR3EQ57TF U 1
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ACGCCCTGACAAAACCGCTCCG

QA 1 622 1 622
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3FL73JQ C 1
AF RR3FL73TF U 1
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CTCCTTCCTTGCTTGTGGTTCTTGTGATGGTTTTGGCCGCCCCAAAGACGTTTTTAATCA
GCGGTGTAATCATTGTTGTTGGGTTCTGCTTGTACCCGTTCTTAGAACTCGTGAAGGGAA
AACGATGGGCGAGATTCATCCCAGAGGAAGGAAGACCAGTTTCAGGAGAACATGGAGACG
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CTCT

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AS 1 2

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TGATGATTTGGGAGAGTTCGAAATCGATCTCCCTTCCCAACTCCACGCAATCCCCGACAT
GGAAAACACGTGCGTCGTTAAGCCAGTACATGTGCCTAAGCTATATAGATGCAATCACAG
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BQ
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AF RR3B643JQ C 1
AF RR3B643TF U 1
BS 1 738 RR3B643TF

RD RR3B643JQ 738 0 0
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GTTCTTGTTCTTGTTTGAAGGAGCGTTTGCAGCTGCAGGGAAGATATGGAGCAGAACAGA
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TCTTGTCTGCGACAACACTTCACGTCCTCACCTTCCCTCTATAGCTATTCCAGGTGCAAC
TGTTGCCATCAAGTGCCAAACTGGATACAAAAGGAGATCCAAATGGATTAAAGCCGTTAC
TGATGATTTGGGAGAGTTCGAAATCGATCTCCCTTCCCAACTCCACGCAATCCCCGACAT
GGAAAACACGTGCGTCGTTAAGCCAGTACATGTGCCTAAGCTATATAGATGCAATCACAG
ATCAACCAATGCACAAAAACGTATCAAGCTTGTATCCTCTACCAACGGCTTCCGAGTCTA
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TCAACATCTTAAACATTTAAACAGTAAAATTTAATGTTTAGCTGGCGCTTCAGTCACAGA
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ACAAACAGTAGTGCGGCC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3B643TF 738 0 0
GGAAAACAGAAAGTAAACATTTAAAATGGGAAGCTTATTCATCCTACGTTGCTTCTTCTT
GTTCTTGTTCTTGTTTGAAGGAGCGTTTGCAGCTGCAGGGAAGATATGGAGCAGAACAGA
GATGGTGGAGATGGCTGGTTACGGTGAACAGAAACTCTCTTCCGTAATCATCACTGGATC
TCTTGTCTGCGACAACACTTCACGTCCTCACCTTCCCTCTATAGCTATTCCAGGTGCAAC
TGTTGCCATCAAGTGCCAAACTGGATACAAAAGGAGATCCAAATGGATTAAAGCCGTTAC
TGATGATTTGGGAGAGTTCGAAATCGATCTCCCTTCCCAACTCCACGCAATCCCCGACAT
GGAAAACACGTGCGTCGTTAAGCCAGTACATGTGCCTAAGCTATATAGATGCAATCACAG
ATCAACCAATGCACAAAAACGTATCAAGCTTGTATCCTCTACCAACGGCTTCCGAGTCTA
CACCTCAGGGAAGATCAAGTTACAGGGTCACAGTTCAAGATCATAGTAAGCTGCATGGTG
TCAACATCTTAAACATTTAAACAGTAAAATTTAATGTTTAGCTGGCGCTTCAGTCACAGA
ACCGAGTCAGAGTCTCTCTACATTGATATCATGTTTCTACATTGTTTTTGATGTTTCCCA
CTATGTAATTAAGAAGGATGGTTGCATCATATGTGTAAAAAAGGTTCTCATGATTTTTAT
ACAAACAGTAGTGCGGCC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL4855Contig1 1038 2 2 U
GGGGATCTGCTCGAAAAAGGTAACGATGAAGCGAAGCTTCGTAGGTTAGAGAAAGACTTC
GAAGAGATTAGGATGAACGAAGGAGAAACGATCGATTCTTACTTGGATAGAGTTATGGAT
ATCGTCGAACAGTTCCGTGATTTGAAAAACGAGAAAGCCGATTATGAGGTTATCACGAAG
GTCTTAGGCTCGCTCTCGGTGTCGTATGAGTGTGTAGCTTCGCTGATGAAGAAGCGCATC
AATCTGAAGAAGACGAGTCTTATTGATTTTCTTGAGTTTCTTTACCGGTTTGGATCGTTA
CCAGGGAGAACCGTCGGTTTGATGATGAAGGATCAGTTTGATTCACAATCTAAACCGAGA
AAAGGTGTTGTTAATCAGAAAGAAGGAGTCGTAGCTGAGTACGAATTGTTAGCGCTGACC
GTTGGAGATTTCAGATATGATGAGGATATGTGGATGATATACACGGGTACCACGAATCAC
ATGACTCCGTATCTGAAGTTCTTCACCACTCTCGACAGAACTCACAGTGCTCGGGTGAAG
CTGGCTGACGGATCGTTCATCATGGCGGAAGGGAGAGGAGATGTGAAGATCATGACCGAG
GAAGGAGGGGAAGAGAAGACGATCAAGAACGTGCTTTTTGTTCCGGAGATCAACAGAAAC
GTGCTGAGTGTTCCTCAGTTCACATCGATTGGCTATTCAGCGATCATGGAGGGAGGAAAC
GGGGTTTTGAAGTTTACTATTTAGGATCCGAGTAGGAAACTGTTTGGTGAAGCCACGTTG
GAAGAGAGAGGTTTCTTTCTGCGTTTCCAAGTGATTGAAGGTGGTCTTACTACTCCCCCT
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TGTTTTTAGGTGGTTTGTGTTTGTCCCGTGTAAGAAAAAGCTTATGAATAACCTGCTGTT
GCAGATGGATTACTCTGGTCTAACTAGTAGTAATGTTTTCAAAAACTATTATGTAATTGA
CGATGCAATGCTTGTAGC


BQ
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AF RR3GS92TF U 1
AF RR3GS92JQ C 342
BS 1 642 RR3GS92TF
BS 643 1038 RR3GS92JQ

RD RR3GS92TF 642 0 0
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GAAGAGATTAGGATGAACGAAGGAGAAACGATCGATTCTTACTTGGATAGAGTTATGGAT
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GTCTTAGGCTCGCTCTCGGTGTCGTATGAGTGTGTAGCTTCGCTGATGAAGAAGCGCATC
AATCTGAAGAAGACGAGTCTTATTGATTTTCTTGAGTTTCTTTACCGGTTTGGATCGTTA
CCAGGGAGAACCGTCGGTTTGATGATGAAGGATCAGTTTGATTCACAATCTAAACCGAGA
AAAGGTGTTGTTAATCAGAAAGAAGGAGTCGTAGCTGAGTACGAATTGTTAGCGCTGACC
GTTGGAGATTTCAGATATGATGAGGATATGTGGATGATATACACGGGTACCACGAATCAC
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CTGGCTGACGGATCGTTCATCATGGCGGAAGGGAGAGGAGATGTGAAGATCATGACCGAG
GAAGGAGGGGAAGAGAAGACGATCAAGAACGTGCTTTTTGTT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3GS92JQ 697 0 0
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TCACAGTGCTCGGGTGAAGCTGGCTGACGGATCGTTCATCATGGCGGAAGGGAGAGGAGA
TGTGAAGATCATGACCGAGGAAGGAGGGGAAGAGAAGACGATCAAGAACGTGCTTTTTGT
TCCGGAGATCAACAGAAACGTGCTGAGTGTTCCTCAGTTCACATCGATTGGCTATTCAGC
GATCATGGAGGGAGGAAACGGGGTTTTGAAGTTTACTATTTAGGATCCGAGTAGGAAACT
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TGGTCTTACTACTCCCCCTTAAGGTCTTTTGAATAAATCTGGTACTAGGACTTTTAACTC
GTAAGATGAAGATATCAAGTGTTTTTAGGTGGTTTGTGTTTGTCCCGTGTAAGAAAAAGC
TTATGAATAACCTGCTGTTGCAGATGGATTACTCTGGTCTAACTAGTAGTAATGTTTTCA
AAAACTATTATGTAATTGACGATGCAATGCTTGTAGC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL4856Contig1 1005 2 4 U
GGAGGATGAAACCAAATATGGATATCCGTCTGAGTGATCTGAAACTTGGGGACCAGAGTT
GAGGATAGTGTATCCTTTAATCCTTAATTTTGCTATTAGTGGTGAGCTTGAGCTTGATGG
CATGGCTCATCCCAAATATCTAAAACCAAAGGGTTTCCTCACATTCGAGAATGGAGATGT
CAATCTTGTGGCTACTCAGGTACGCCTGAAAAGAGAGCACCTCAATGTTGCAAAGTTTGA
GACTGAACATGGACTAGATCCTCTGTTAGATTTAGCTTTAGTTGGTTCAGAATGGCAATT
CAGGATCCAGAGTCGCGCCAGCAATTGGCAGGACAAACTTGTGGTGACTTCAACTCGTTC
TGTGGAACAGGATGCTCTCTCACCTTCCGAGGCTGCAAAGGTGTTTGAGAGCCAATTAGC
AGAATCCATATTGGAAGGAGATGGGCAACTTGCTTTCAAGAAACTTGCAACCGCAACGCT
TGATGCCTTGATGCCAAGGATAGAAGGGAAAGGAGAGTTTGGTCAGGCGAGGTGGAGGTT
GGTGTATGCCCCACAGATCCCAAGTTTACTCTCTGTTGATCCAACTGTCGATCCTCTCAA
GTCACTGGCCAGCAACATCTCCTTTGGAACGGAAGTCGAACTGCAGCTCGGAAAACGTCT
TCAGGCCTCTGTTGTAAGACGGATGAAAGATTCTGAGATGGCGATGCAATGGACATTGAT
TTATAAGCTCACGAGCCGCTTGCGTGTCCTCCTTCAATCTGCGCCTTCGAAACGGTTGCT
TTTTGAATACTCTGCAACGTCACAAGACTAAAAAGCTTGTGATCTTCCTCTGTTTATGGA
TGATGGATGAAGCCGTTTGTTGCAAAGGAAGGGAGTTGTAGTGACTTTTGGTTATTAGCA
TTTTATTATTGACAAGAAAATTATTTTATTATTTGGTCAGGTTGTTTCATTGTTTGTAGA
AAATTACGTTGTAAATGTTAAATCATTAGGGCATACAAAATTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EM41TF U 1
AF RR3EM41JQ C 138
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BS 665 665 RR3EM41JQ
BS 666 685 RR3EM41TF
BS 686 1005 RR3EM41JQ

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CATGGCTCATCCCAAATATCTAAAACCAAAGGGTTTCCTCACATTCGAGAATGGAGATGT
CAATCTTGTGGCTACTCAGGTACGCCTGAAAAGAGAGCACCTCAATGTTGCAAAGTTTGA
GACTGAACATGGACTAGATCCTCTGTTAGATTTAGCTTTAGTTGGTTCAGAATGGCAATT
CAGGATCCAGAGTCGCGCCAGCAATTGGCAGGACAAACTTGTGGTGACTTCAACTCGTTC
TGTGGAACAGGATGCTCTCTCACCTTCCGAGGCTGCAAAGGTGTTTGAGAGCCAATTAGC
AGAATCCATATTGGAAGGAGATGGGCAACTTGCTTTCAAGAAACTTGCAACCGCAACGCT
TGATGCCTTGATGCCAAGGATAGAAGGGAAAGGAGAGTTTGGTCAGGCGAGGTGGAGGTT
GGTGTATGCCCCACAGATCCCAAGTTTACTCTCTGTTGATCCAACTGTCGATCCTCTCAA
GTCACTGGCCAGCAACATCTCCTTTGGAACGGAAGTCGAACTGCAGCTCGGAAAACGTCT
TCAG*CCTCTGTTGTAAGACGGATG

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3EM41JQ 868 0 0
TATCT
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CGC*TGAAAAGAGAGCACCTCAATGTTGCAAAGTTTGAGACTGAACATGGACTAGATCCT
CTGTTAGATTTAGCTTTAGTTGGTTCAGAATGGCAATTCAGGATCCAGAGTCGCGCCAGC
AATTGGCAGGACAAACTTGTGGTGACTTCAACTCGTTCTGTGGAACAGGATGCTCTCTCA
CCTTCCGAGGCTGCAAAGGTGTTTGAGAGCCAATTAGCAGAATCCATATTGGAAGGAGAT
GGGCAACTTGCTTTCAAGAAACTTGCAACCGCAACGCTTGATGCCTTGATGCCAAGGATA
GAAGGGAAAGGAGAGTTTGGTCAGGCGAGGTGGAGGTTGGTGTATGCCCCACAGATCCCA
AGTTTACTCTCTGTTGATCCAACTGTCGATCCTCTCAAGTCACTGGCCAGCAACATCTCC
TTTGGAACGGAAGTCGAACTGCAGCTCGGAAAACGTCTTCAGGCCTCTGTTGTAAGACGG
ATGAAAGATTCTGAGATGGCGATGCAATGGACATTGATTTATAAGCTCACGAGCCGCTTG
CGTGTCCTCCTTCAATCTGCGCCTTCGAAACGGTTGCTTTTTGAATACTCTGCAACGTCA
CAAGACTAAAAAGCTTGTGATCTTCCTCTGTTTATGGATGATGGATGAAGCCGTTTGTTG
CAAAGGAAGGGAGTTGTAGTGACTTTTGGTTATTAGCATTTTATTATTGACAAGAAAATT
ATTTTATTATTTGGTCAGGTTGTTTCATTGTTTGTAGAAAATTACGTTGTAAATGTTAAA
TCATTAGGGCATACAAAATTATG

QA 6 868 6 868
DS 



AS 1 2

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TCTGAGTATGGAAAATAAAGCTCTTAAGCAGCGTCTAGAAAGTATTGCTCAGGAGAAGCT
GATCAAACAATTGGAACAGGAGCTGTTGGAAAAGGAGATTGGAAGACTACGAGCTCTGTA
TCAGCAACAACAACAACAAACTCAACAACCATCAGCAACTCACAAACGTGCCAGTAGCAA
AGATCTTGACTCTCAGTTCTCGAGTCTTTCCCTAAACAGCAAGGATTCCAACTCTAGCCG
CGACTCTGTATCAGTGACGACATATGGCTTTTGCTTGAGGTGGGTTTAGTTCGAAGATCA
GACACCTCGACTTCATTTATCTGGTGATTTGTTGTAGCGACTTGTGATATGGGACGAATG
TATCGAACCCGGACAAAGTAGTAACACTGATATGTGGAGTTGTACTATGATATCTATTGT
CTGTTTGTTTGTATTTTATGTTACTGGTAAAATGGTGCATCCCCTTCGAGTGAATGCTTC
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TTC


BQ
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20 20 20 

AF RR3CC46JQ C 1
AF RR3CC46TF U 87
BS 1 86 RR3CC46JQ
BS 87 603 RR3CC46TF

RD RR3CC46JQ 603 0 0
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TCTGAGTATGGAAAATAAAGCTCTTAAGCAGCGTCTAGAAAGTATTGCTCAGGAGAAGCT
GATCAAACAATTGGAACAGGAGCTGTTGGAAAAGGAGATTGGAAGACTACGAGCTCTGTA
TCAGCAACAACAACAACAAACTCAACAACCATCAGCAACTCACAAACGTGCCAGTAGCAA
AGATCTTGACTCTCAGTTCTCGAGTCTTTCCCTAAACAGCAAGGATTCCAACTCTAGCCG
CGACTCTGTATCAGTGACGACATATGGCTTTTGCTTGAGGTGGGTTTAGTTCGAAGATCA
GACACCTCGACTTCATTTATCTGGTGATTTGTTGTAGCGACTTGTGATATGGGACGAATG
TATCGAACCCGGACAAAGTAGTAACACTGATATGTGGAGTTGTACTATGATATCTATTGT
CTGTTTGTTTGTATTTTATGTTACTGGTAAAATGGTGCATCCCCTTCGAGTGAATGCTTC
ATGTAAAGTTGATGACATTCTTTGTTGTAAGGTCTTTTAAGTGTCGAGATATTTTACTGC
TTC

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3CC46TF 517 0 0
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TGGAAAAGGAGATTGGAAGACTACGAGCTCTGTATCAGCAACAACAACAACAAACTCAAC
AACCATCAGCAACTCACAAACGTGCCAGTAGCAAAGATCTTGACTCTCAGTTCTCGAGTC
TTTCCCTAAACAGCAAGGATTCCAACTCTAGCCGCGACTCTGTATCAGTGACGACATATG
GCTTTTGCTTGAGGTGGGTTTAGTTCGAAGATCAGACACCTCGACTTCATTTATCTGGTG
ATTTGTTGTAGCGACTTGTGATATGGGACGAATGTATCGAACCCGGACAAAGTAGTAACA
CTGATATGTGGAGTTGTACTATGATATCTATTGTCTGTTTGTTTGTATTTTATGTTACTG
GTAAAATGGTGCATCCCCTTCGAGTGAATGCTTCATGTAAAGTTGATGACATTCTTTGTT
GTAAGGTCTTTTAAGTGTCGAGATATTTTACTGCTTC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 2

CO CL4858Contig1 830 2 6 U
GAAAGTATCATTGGATACCAAAAACATAGCAAACCAGTACATTCTCACCAGATAGATTAT
CTGACAACCGTGAAACTAAACTCCAAAGCAAACCTATACTTATACTCAGAATCTTAAATT
ATCGTAAAGAGGCCACAAAAGCGATTCGGTAGAGAAAACTTATAACATAGAAGAAAAATA
GAAAGCACTTAAACACCACTGTGTCTCACTCACACGCTCATCTTCTTTCAACACTTTGAA
ATGTTTGCTCTCACAAATTTATTTCTTGAGCTTAAAGAAGGTCCCTGACTCTGAAAAGTA
AGTGCTTTGAGTCCCACTGCCTAATCCTAAAGCCTGTTGAGGATTGCACAGCTCTATTCC
CTGCACAGGAGTAAAAGCCAGACTCGAAGTCAATCCAGAAGTAGTGGCACCACTTGCATA
GTTTCTTTCTTTCAGCTTTTTGGCAATGGTGGGATTAATCTTCAGCTTGCTGGGAACACT
GGATATACGCAGCCTGTTGCTCCCAGCCTGGCCAAGCATTCCATATCCTTCACCTAATCC
ATCACCAAGAGAGCTCTCTTCGGGTGTACCAAACGCCATCCTGTTTGCAAGCTTCCTCAT
GTCTGTCACTGCATACCTTTCTTTCATTTTCCTTAGACGGCGACCACCTCTTCTTTTTTT
AGGCTCGGAGTCAGGAACAGGAAGTGGCTTAGGCTGCCTAGCGGGAGGAGGTTCTTGCCA
CTTCTCAATCTTCTTACGGATCTCTTCCCTCAAAGCTTTCCCATTTGTCCCCGATGGATC
TCCTCTGGTAGCATCAACTCTCGCTGCCAGAGTAGACTTTGCAGCCAAGA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER50JQ U 1
AF RR3GA71JQ U 102
BS 1 141 RR3ER50JQ
BS 142 142 RR3GA71JQ
BS 143 549 RR3ER50JQ
BS 550 550 RR3GA71JQ
BS 551 640 RR3ER50JQ
BS 641 830 RR3GA71JQ

RD RR3ER50JQ 640 0 0
GAAAGTATCATTGGATACCAAAAACATAGCAAACCAGTACATTCTCACCAGATAGATTAT
CTGACAACCGTGAAACTAAACTCCAAAGCAAACCTATACTTATACTCAGAATCTTAAATT
ATCGTAAAGAGGCCACAAAAGTGATTCGGTAGAGAAAACTTATAACATAGAAGAAAAATA
GAAAGCACTTAAACACCACTGTGTCTCACTCACACGCTCATCTTCTTTCAACACTTTGAA
ATGTTTGCTCTCACAAATTTATTTCTTGAGCTTAAAGAAGGTCCCTGACTCTGAAAAGTA
AGTGCTTTGAGTCCCACTGCCTAATCCTAAAGCCTGTTGAGGATTGCACAGCTCTATTCC
CTGCACAGGAGTAAAAGCCAGACTCGAAGTCAATCCAGAAGTAGTGGCACCACTTGCATA
GTTTCTTTCTTTCAGCTTTTTGGCAATGGTGGGATTAATCTTCAGCTTGCTGGGAACACT
GGATATACGCAGCCTGTTGCTCCCAGCCTGGCCAAGCATTCCATATCCTTCACCTAATCC
ATCACCAAGGGAGCTCTCTTCGGGTGTACCAAACGCCATCCTGTTTGCAAGCTTCCTCAT
GTCTGTCACTGCATACCTTTCTTTCATTTTCCTTAGACGG

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3GA71JQ 729 0 0
G
TACTCAGAATCTTAAATTATCGTAAAGAGGCCACAAAAGCGATTCGGTAGAGAAAACTTA
TAACATAGAAGAGAAATAGAAAGCACTTAAACACCACTGTGTCTCACTCACACGCTCATC
TTCTTTCAACACTTTGAAATGTTTGCTCTCACAAATTTATTTCTTGAGCTTAGAGAAGGT
CCCTGACTCTGAAAAGTAAGTGCTTTGAGTCCCACTGCCTAATCCTAAAGCCTGTTGAGG
ATTGCACAGCTCTATTCCCTGCACAGGAGTAAAAGCCAGACTCGAAGTCAATCCAGAAGT
AGTGGCACCACTTGCATAGTTTCTTTCTTTCAGCTTTTTGGCAATGGTGGGATTAATCTT
CAGCTTGCTGGGAACACTGGATATACGCAGCCTGTTGCTCCCAGCCTGGCCAAGCATTCC
ATATCCTTCACCTAATCCATCACCAAGAGAGCTCTCTTCGGGTGTACCAAACGCCATCCT
GTTTGCAAGCTTCCTCATGTCTGTCACTGCATACCTT*CTTTCATTTTCCTTAGACGGCG
ACCACCTCTTCTTTTTTTAGGCTCGGAGTCAGGAACAGGAAGTGGCTTAGGCTGCCTAGC
GGGAGGAGGTTCTTGCCACTTCTCAATCTTCTTACGGATCTCTTCCCTCAAAGCTTTCCC
ATTTGTCCCCGATGGATCTCCTCTGGTAGCATCAACTCTCGCTGCCAGAGTAGACTTTGC
AGCCAAGA

QA 2 729 2 729
DS 



AS 1 2

CO CL4859Contig1 518 2 1 U
GAAGATATACCAAAATATTGTCAGGATATTAATGATCGGTCGGAGTGAATCGAGTATACA
GAACTACTAAATATATGAATAGTTTTTCATATTGAATATCCATAAATCCAATATACAAAA
ACTTTATATGTATAATACAAAATGTATGAATGTTCGAAGGGAATAACTACTTTTTTTTTA
TCTTAGGTCAAGTCTAATAAGTTTTCTTACACACCGCAAGTAGGTTTAAGATATTCACAT
GAAAAGTAGTTTGATATGTAAGAGAATCAAATAATTAACTAGAGAATTCGTTTACCTGTT
TTCGTTAATTCTAAGTTTGGAGTTGGAGCACTGAAAGATATTAGTGGGGAACCAAAGAAC
CTAAAGTTAAGTGGGATATAAATGATGACCAACTTCTAATAATATTAGTAGAAACAAATG
AATATGAACATTGCTTTTCATCATTGTCTGCCTTGTATTCGCGTGTGTACTTTTACATTA
TTGAGTTATCTCCAAATATTATAACACTCGCTGATGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BD24JQ C 1
AF RR3BD24TF U 1
BS 1 518 RR3BD24TF

RD RR3BD24JQ 518 0 0
GAAGATATACCAAAATATTGTCAGGATATTAATGATCGGTCGGAGTGAATCGAGTATACA
GAACTACTAAATATATGAATAGTTTTTCATATTGAATATCCATAAATCCAATATACAAAA
ACTTTATATGTATAATACAAAATGTATGAATGTTCGAAGGGAATAACTACTTTTTTTTTA
TCTTAGGTCAAGTCTAATAAGTTTTCTTACACACCGCAAGTAGGTTTAAGATATTCACAT
GAAAAGTAGTTTGATATGTAAGAGAATCAAATAATTAACTAGAGAATTCGTTTACCTGTT
TTCGTTAATTCTAAGTTTGGAGTTGGAGCACTGAAAGATATTAGTGGGGAACCAAAGAAC
CTAAAGTTAAGTGGGATATAAATGATGACCAACTTCTAATAATATTAGTAGAAACAAATG
AATATGAACATTGCTTTTCATCATTGTCTGCCTTGTATTCGCGTGTGTACTTTTACATTA
TTGAGTTATCTCCAAATATTATAACACTCGCTGATGCC

QA 1 518 1 518
DS 

RD RR3BD24TF 518 0 0
GAAGATATACCAAAATATTGTCAGGATATTAATGATCGGTCGGAGTGAATCGAGTATACA
GAACTACTAAATATATGAATAGTTTTTCATATTGAATATCCATAAATCCAATATACAAAA
ACTTTATATGTATAATACAAAATGTATGAATGTTCGAAGGGAATAACTACTTTTTTTTTA
TCTTAGGTCAAGTCTAATAAGTTTTCTTACACACCGCAAGTAGGTTTAAGATATTCACAT
GAAAAGTAGTTTGATATGTAAGAGAATCAAATAATTAACTAGAGAATTCGTTTACCTGTT
TTCGTTAATTCTAAGTTTGGAGTTGGAGCACTGAAAGATATTAGTGGGGAACCAAAGAAC
CTAAAGTTAAGTGGGATATAAATGATGACCAACTTCTAATAATATTAGTAGAAACAAATG
AATATGAACATTGCTTTTCATCATTGTCTGCCTTGTATTCGCGTGTGTACTTTTACATTA
TTGAGTTATCTCCAAATATTATAACACTCGCTGATGCC

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 2

CO CL4860Contig1 525 2 1 U
GCCACAAGCCGTGGTGGAAGAAGTGCAGCCAGAGGAGGTAGCACCACAGACTGATGAAGC
TGAAGAACCACAAGGAGAGGGAGAGGGACATGGACAGGAAAGAGGAGGAGAAGGAGGAGA
AGAAGAACAAGCTCCGACCAGCCAGACCCAGGTCCAGACAGATGCAGAGGCCATGCAAGA
AGCTCTGTTCTGAAGAATAATATGATCTCACAAAAAAACAGCCTAGACATTTAAGCCTTG
GCGTTTGTGGCGGTTAGGAGGAGTTTTCTTTTTAGTATTTAGGTGTTGGATCCTATCTTT
AATTAAAAAAAACCTATAAGGAATTTTAGTTTGTGGGAAGAAGAAAAACAAAGACTCTTT
TGATGGGTGTTGTGTCAGTGTCACTAACTAAAACATTAAGAGGTTGATGTAAATTAGGGG
ATATTTCCAGTGCTGGATGTTTTCTCTGTTATGAATCTTTGTTTCTTCCTGTTCTGCTTT
CGTTTTTTTTTGATATGTCACCACGAATAATTTCTTATTATGAAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G162JQ C 1
AF RR3G162TF U 1
BS 1 525 RR3G162TF

RD RR3G162JQ 525 0 0
GCCACAAGCCGTGGTGGAAGAAGTGCAGCCAGAGGAGGTAGCACCACAGACTGATGAAGC
TGAAGAACCACAAGGAGAGGGAGAGGGACATGGACAGGAAAGAGGAGGTGAAGGAGGAGA
AGAAGAACAAGCTCCGACCAGCCAGACCCAGGTCCAGACAGATGCAGAGGCCATGCAAGA
AGCTCTGTTTTGAAGAATAATATGATCTCACAAAAAAACAGCCTAGACATTTAAGCCTTG
GCGTTTGTGGCGGTTAGGAGGAGTTTTCTTTTTAGTATTTAGGTGTTGGATCCTATCTTT
AATTAAAAAAAACCTATAAGGAATTTTAGTTTGTGGGAAGAAGAAAAACAAAGACTCTTT
TGATGGGTGTTGTGTCAGTGTCACTAACTAAAACATTAAGAGGTTGATGTAAATTAGGGG
ATATTTCCAGTGCTGGATGTTTTCTCTGTTATGAATCTTTGTTTCTTCCTGTTCTGCTTT
CGTTTTTTTTTGATATGTCACCACGAATAATTTCTTATTATGAAG

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3G162TF 525 0 0
GCCACAAGCCGTGGTGGAAGAAGTGCAGCCAGAGGAGGTAGCACCACAGACTGATGAAGC
TGAAGAACCACAAGGAGAGGGAGAGGGACATGGACAGGAAAGAGGAGGAGAAGGAGGAGA
AGAAGAACAAGCTCCGACCAGCCAGACCCAGGTCCAGACAGATGCAGAGGCCATGCAAGA
AGCTCTGTTCTGAAGAATAATATGATCTCACAAAAAAACAGCCTAGACATTTAAGCCTTG
GCGTTTGTGGCGGTTAGGAGGAGTTTTCTTTTTAGTATTTAGGTGTTGGATCCTATCTTT
AATTAAAAAAAACCTATAAGGAATTTTAGTTTGTGGGAAGAAGAAAAACAAAGACTCTTT
TGATGGGTGTTGTGTCAGTGTCACTAACTAAAACATTAAGAGGTTGATGTAAATTAGGGG
ATATTTCCAGTGCTGGATGTTTTCTCTGTTATGAATCTTTGTTTCTTCCTGTTCTGCTTT
CGTTTTTTTTTGATATGTCACCACGAATAATTTCTTATTATGAAG

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

CO CL4861Contig1 854 2 2 U
GGAGATGATAGAAAGTACGTGGCTAAGGTTCTAGTAAGAGGTGTGGACTGCGACATAGCT
TTGCTCTCAGTCGAAAGCGAGGATTTCTGGAAAGGAGCTGAACCTCTTCGCCTTGGCCAT
TTACCCCGCCTTCAGGATTCAGTAACTGTCGTTGGGTATCCTCTAGGAGGAGATACTATC
TCTGTTACAAAAGGGGTTGTATCTCGTATAGAGGTAACATCATATGCTCATGGATCATCT
GACCTGCTTGGAATTCAAATCGACGCAGCAATAAATCCAGGGAATAGTGGTGGCACTGCT
TTCAACGCAGGGGGAATGTATTGGAGTAGCATTCCGGGTTTACAGATCTGAAGAGACCGA
AAATATTGGATACGTTATTCCAACAACAGTTGTTTCTCACTTCTTGACCGATTATGAGAG
GAACGGAAAGTACACTGGTTACCCTTGCCTTGGAGTATTGCTGCAGAAATTGGAAAATCC
AGCTCTGCGGGAGTGCCTAAAAGTGCCTACAAATGAGGGTGTGTTGGTGCGAAGAGTTGA
ACCTACATCTGATGCAAGTAAAGTCCTCAAGGAGGGAGATGTGATTGTAAGTTTTGATGA
TCTACGTGTGGGATGTGAAGGAACTGTACCCTTCCGATCAAGTGAACGCATTGCATTCCG
TTACCTCATCAGTCAGAAATTTGCAGGTGATATCGTAGAGCTTGGTATCATTAGAGCAGG
AGAACCCAAGAAAGTTCAAGTTGTTCTGAGGCCAAGAGTGCACCTGGTATGCATCCACCA
TGTTAACCTTCCCGTGCTTCATGCCTAGTGAGCTGCTAATGACTAAAGCTCCATCGCCTT
TCATGCTTAAACAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG34TF U 1
AF RR3GG34JQ C 172
BS 1 668 RR3GG34TF
BS 669 854 RR3GG34JQ

RD RR3GG34TF 668 0 0
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TTGCTCTCAGTCGAAAGCGAGGATTTCTGGAAAGGAGCTGAACCTCTTCGCCTTGGCCAT
TTACCCCGCCTTCAGGATTCAGTAACTGTCGTTGGGTATCCTCTAGGAGGAGATACTATC
TCTGTTACAAAAGGGGTTGTATCTCGTATAGAGGTAACATCATATGCTCATGGATCATCT
GACCTGCTTGGAATTCAAATCGACGCAGCAATAAATCCAGGGAATAGTGGTGGCACTGCT
TTCAACGCAGGGGGAATGTATTGGAGTAGCATTCCGGGTTTACAGATCTGAAGAGACCGA
AAATATTGGATACGTTATTCCAACAACAGTTGTTTCTCACTTCTTGACCGATTATGAGAG
GAACGGAAAGTACACTGGTTACCCTTGCCTTGGAGTATTGCTGCAGAAATTGGAAAATCC
AGCTCTGCGGGAGTGCCTAAAAGTGCCTACAAATGAGGGTGTGTTGGTGCGAAGAGTTGA
ACCTACATCTGATGCAAGTAAAGTCCTCAAGGAGGGAGATGTGATTGTAAGTTTTGATGA
TCTACGTGTGGGATGTGAAGGAACTGTACCCTTCCGATCAAGTGAACGCATTGCATTCCG
TTACCTCA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3GG34JQ 683 0 0
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GGATCATCTGACCTGCTTGGAATTCAAATCGACGCAGCAATAAATCCAGGGAATAGTGGT
GGCACTGCTTTCAACGCAGGGGGAATGTATTGGAGTAGCATTCCGGGTTTACAGATCTGA
AGAGACCGAAAATATTGGATACGTTATTCCAACAACAGTTGTTTCTCACTTCTTGACCGA
TTATGAGAGGAACGGAAAGTACACTGGTTACCCTTGCCTTGGAGTATTGCTGCAGAAATT
GGAAAATCCAGCTTTGCGGGAGTGCCTAAAAGTGCCTACAAATGAGGGTGTGTTGGTGCG
AAGAGTTGAACCTACATCTGATGCAAGTAAAGTCCTCAAGGAGGGAGATGTGATTGTAAG
TTTTGATGATCTACGTGTGGGATGTGAAGGAACTGTACCCTTCCGATCAAGTGAACGCAT
TGCATTCCGTTACCTCATCAGTCAGAAATTTGCAGGTGATATCGTAGAGCTTGGTATCAT
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CATCCACCATGTTAACCTTCCCGTGCTTCATGCCTAGTGAGCTGCTAATGACTAAAGCTC
CATCGCCTTTCATGCTTAAACAG

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

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TCTTCTACTTCATTCGATCTTCTACACTGCCTTTTGCTTCAAAGATGGTAAGTCCCTCGT
TATGCAAATCTCTCATTTTCTTATTTAAACTAAAGCAAGCATAAGAAAAACATCGTTAGG
TATGAAAAATAATTTTACAGTTTTCATTCACATCATGTTTACACCTTGTATGTCAAAATA
GTTTCATTTGTATTGCACCACAAGTCATGAATACTACTATTTGATAACTAGTAGATTCAT
GACATCAATACGTCTAGCTCTCCTTCAAGATGTTAATTTTCTTTCTTTGTGTATCATTAG
ATGCTTCTTAACCAATAGACAAGAACAGAATAGCTTTGTGAATTTAAATACCAAACATAA
TTACTTGAAGAGAATATTGGATGGAAGTATTTAACTGTTACAGTGAGACAGATCTGTATA
CATGCACATGGTATTTGTCAATGGTTTACAATAAATGCATCAGTAAATACTCATACCTTC
CAATCTGCAACATTTTATTATTCTTTTAGTAATTTGAAAATTTTGCACTTCAACTTTTCT
TCAATTATTATATCATATCATAGATCTAAAACAGCAAAACCATTATTGAGTAAACATTCC
CATGTTAAACAAAAGTGAAAATGTGCTTTACTAGAATCATTGTCACCAACTATATACGTA
CACTAGTTCCATGTGGCTTGAGAAATTTTGTTTTTACATTTTGCTATTAACTATAACCTT
TTG


BQ
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10 10 10 

AF RR3F466TF U 1
AF RR3F466JQ C 202
BS 1 690 RR3F466TF
BS 691 691 RR3F466JQ
BS 692 714 RR3F466TF
BS 715 843 RR3F466JQ

RD RR3F466TF 714 0 0
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TATGCAAATCTCTCATTTTCTTATTTAAACTAAAGCAAGCATAAGAAAAACATCGTTAGG
TATGAAAAATAATTTTACAGTTTTCATTCACATCATGTTTACACCTTGTATGTCAAAATA
GTTTCATTTGTATTGCACCACAAGTCATGAATACTACTATTTGATAACTAGTAGATTCAT
GACATCAATACGTCTAGCTCTCCTTCAAGATGTTAATTTTCTTTCTTTGTGTATCATTAG
ATGCTTCTTAACCAATAGACAAGAACAGAATAGCTTTGTGAATTTAAATACCAAACATAA
TTACTTGAAGAGAATATTGGATGGAAGTATTTAACTGTTACAGTGAGACAGATCTGTATA
CATGCACATGGTATTTGTCAATGGTTTACAATAAATGCATCAGTAAATACTCATACCTTC
CAATCTGCAACATTTTATTATTCTTTTAGTAATTTGAAAATTTTGCACTTCAACTTTTCT
TCAATTATTATATCATATCATAGATCTAAA*CAGCAAAACCATTATTGAGTAAA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3F466JQ 642 0 0
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TTTCATTCACATCATGTTTACACCTTGTATGTCAAAATAGTTTCATTTGTATTGCACCAC
AAGTCATGAATACTACTATTTGATAACTAGTAGATTCATGACATCAATACGTCTAGCTTT
CCTTCAAGATGTTAATTTTCTTTCTTTGTGTATCATTAGATGCTTTTTAACCAATAGACA
AGAACAGAATAGCTTTGTGAATTTAAATACCAAACATAATTACTTGAAGAGAATATTGGA
TGGAAGTATTTAACTGTTACAGTGAGACAGATCTGTATACATGCACATGGTATTTGTCAA
TGGTTTACAATAAATGCATCAGTAAATACTCATACCTTCCAATCTGCAACATTTTATTAT
TCTTTTAGTAATTTGAAAATTTTGCACTTCAACTTTTCTTCAATTATTATATCATATCAT
AGATCTAAAACAGCAAAACCATTATTGAGTAAACATTCCCATGTTAAACAAAAGTGAAAA
TGTGCTTTACTAGAATCATTGTCACCAACTATATACGTACACTAGTTCCATGTGGCTTGA
GAAATTTTGTTTTTACATTTTGCTATTAACTATAACCTTTTG

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

CO CL4863Contig1 724 2 14 U
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ATTAACCATGGTGAAGAGCATCATTGTCATCGTAGCTATCCTATGCCTCATCTCTCTGCC
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CAATGGAAAGTTTGGTGACTCTAAGATTTCTTGGGCTTGCTCCGAGGTCTCCGATCCAAA
TGCTCCTCCTTCACCTCCTGGCTCATTCCCCACTATCCCAAACATTCCAGGGATACCAAA
CATCCCACAGATTCCAGCGATACCAAACATCCCTCAAATCCCACAGATCCCAGGAATACC
AAACATCCCTATCCCACAGATCCCAGAAATACCGAACATCCCTATCCCACAGATTCCAGG
GATACCAAACATTCCTATCCCACAGATCCCAAGTATACCGAACATCCCTAACCTTCCTGG
TCTTGGAGGATCATTTAGCCCGTTCCAGTCTGTTCTCGTGTCGCAGTCCGGTGAGTTAAA
GAAGTGTTTGACTGGGGATAAGTCGAAAGTGTCAGAGAAATGTTTCTCGCAGGTGTTTTC
CAGTTGGGCAGAGAACGACTTGGCTTTGGACAAGGAGTGTTGTGAGATCGTTTTGAATAT
GGACAAGAAGTGCTATGGCCATCTCCACATGATGTTCAAGAGCCATTTCTTTACTCCTCT
CCTT


BQ
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 

AF RR3DR19TF U 1
AF RR3DH75TF U 31
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RD RR3DR19TF 588 0 0
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ATTAACCATGGTGAAGAGCATCATTGTCATCTTAGCTATCCTATGCCTCATCTCTCTGCC
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CAATGGAAAGTTTGGTGACTCTAAGATTTCTTGGGCTTGCTCCGAGGTCTCCGATCCAAA
TGCTCCTCCTTCACCTCCTGGCTCATTCCCCACTATCCCAAACATTCCAGGGATACCAAA
CATCCCACAGATTCCAGCGATACCAAACATCCCTCAAATTCCACAGATCCCAGGAATACC
GAACATTCCTATCCCACAGATCCCAGGAATACCGAACATCCCTATCCCACAGATTCCAGG
GATACCAAACATTCCTATCCCACAGATCCCAAGTATACCGAACATCCCTAACCTTCCTGG
TCTTGGAGGATCATTTAGCCCGTTCCAGTCTGTTCTCGTGTCGCAGTCCGGTGAGTTAAA
GAAGTGTTTGACTGGGGATAAGTCGAAAGTGTCAGAGAAATGTTTCTC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3DH75TF 694 0 0
G
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GTAGCTATCCTATGCCTCATCTCTCTGCCAAATCCAACCGTGGGATCACAAAAGAAACCG
TGGCCTATGCCGTCTGACCTAGCCAACCACAATGGAAAGTTTGGTGACTCTAAGATTTCT
TGGGCTTGCTCCGAGGTCTCCGATCCAAATGCTCCTCCTTCACCTCCTGGCTCATTCCCC
ACTATCCCAAACATTCCAGGGATACCAAACATCCCACAGATTCCAGCGATACCAAACATC
CCTCAAATCCCACAGATTCCAGGGATACCAAACATCCCTATCCCACAGATCCCAGAAATA
CCGAACATCCCTATCCCACAGATTCCAGGGATACCGAACATTCCTATCCCACAGATCCCA
AGTATACCGAACATCCCTAACCTTCCTGGTCTTGGAGGATCATTTAGCCCGTTCCAGTCT
GTTCTCGTGTCGCAGTCCGGTGAGTTAAAGAAGTGTTTGACTGGGGATAAGTCGAAGGTG
TCAGAGAAATGTTTCTCGCAGGTGTTTTCCAGTTGGGCAGAGAACGACTTGGCTTTGGAC
AAGGAGTGTTGTGAGATCGTTTTGAATATGGACAAGAAGTGCTATGGCCATCTCCACATG
ATGTTCAAGAGCCATTTCTTTACTCCTCTCCTT

QA 2 694 2 694
DS 



AS 1 2

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TATAAAACTGGTTAACTAATTAACCCTAACTAAACCTAATACAGCCACCAAACTGTATTC
TTCTTCAATCTCAGCTGACCATGATGTCGTCGTCTCCTCGCCGTATTCCAGTCGCACGGC
TTCTGCTACCTCCTCCACCATCAGCTTCAGCCACCAAATTAACCCTAATCCTAATCTCTC
TACTGCCGCCTCCTTCGTGCTTTGCCTCTTTCTTCTCGACGTCTTCCTCTACTCCGTCTC
CATCACTATCTCTACCACCATCTGCTGTCCTCCTAACCACAGCCTGCCTCTTGAAGTTCC
TTCAATGCTGCTGGAACCCCATAAAATCCTTTCCACGTATACTTGTTTGTGTTGAAACCT
AGATCAATGTGAAGAGGGATCTCCAACAGAGGTTATGACGAGAATGGCGGTGGTGGTGGC
GACTCCGGTGAAGAGGGGTCTGAGAAACGATGGTGGTGATGACGAGTGATGGCGGATGGG
AGAGATGGCGATGGTGGTGGTGAAGACGAGCGATGGTGGTGGTGACGAAGAGCAATGGTT
CAAAAGGAGATCTGTTCAGATCTTAGAAACTATATCTCTTCTCTTTCTCTACCATCTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCC


BQ
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AF RR3DX93JQ U 9
AF RR3DX93TF C 1
BS 1 8 RR3DX93TF
BS 9 503 RR3DX93JQ
BS 504 681 RR3DX93TF

RD RR3DX93JQ 499 0 0
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TCTCAGCTGACCATGATGTCGTCGTCTCCTCGCCGTATTCCAGTCGCACGGCTTCTGCTA
CCTCCTCCACCATCAGCTTCAGCCACCAAATTAACCCTAATCCTAATCTCTCTACTGCCG
CCTCCTTCGTGCTTTGCCTCTTTCTTCTCGACGTCTTCCTCTACTCCGTCTCCATCACTA
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TGCTGGAACCCCATAAAATCCTTTCCACGTATACTTGTTTGTGTTGAAACCTAGATCAAT
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TGAAGAGGGGTCTGA
AAAA

QA 1 495 1 495
DS 

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TATAAAACTGGTTAACTAATTAACCCTAACTAAACCTAATACAGCCACCAAACTGTATTC
TTCTTCAATCTCAGCTGACCATGATGTCGTCGTCTCCTCGCCGTATTCCAGTCGCACGGC
TTCTGCTACCTCCTCCACCATCAGCTTCAGCCACCAAATTAACCCTAATCCTAATCTCTC
TACTGCCGCCTCCTTCGTGCTTTGCCTCTTTCTTCTCGACGTCTTCCTCTACTCCGTCTC
CATCACTATCTCTACCACCATCTGCTGTCCTCCTAACCACAGCCTGCCTCTTGAAGTTCC
TTCAATGCTGCTGGAACCCCATAAAATCCTTTCCACGTATACTTGTTTGTGTTGAAACCT
AGATCAATGTGAAGAGGGATCTCCAACAGAGGTTATGACGAGAATGGCGGTGGTGGTGGC
GACTCCGGTGAAGAGGGGTCTGAGAAACGATGGTGGTGATGACGAGTGATGGCGGATGGG
AGAGATGGCGATGGTGGTGGTGAAGACGAGCGATGGTGGTGGTGACGAAGAGCAATGGTT
CAAAAGGAGATCTGTTCAGATCTTAGAAACTATATCTCTTCTCTTTCTCTACCATCTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL4865Contig1 872 2 2 U
GGGATCAAAGCTAAGTAAAAGAAAAAAAGTTTAATCTTTGCGTCACTTCTCTAGGGTTCT
TCTTCTCCAAGCTTCATCTACTAAACATGAGTCGTCATCCTGAAGTGAAGTGGGCTGAGA
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AACTTAAACTCGAGCTTCACGGTAAAGTCAATGTAGAGGAAAGCAAGATTAACATTGGAG
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ACGAAGGCAACGCTGGTGCTGGAGATATGGATATGGGAGGAATGGGTGGAATGGATTTCT
CGAACTTTGGTGGAATGGGTGGTATGGAAGGACTTGGCGGTATGGGTGGCATGGGTGGAC
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GCATGGGTGGAATGGAAGACTTTGAAGATAGTGATGATGAAGGTAAGGGTTTATAAAGAT
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AGGTAGTGAAATGGTTTTTGTGACTGCTACAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GM03TF U 1
AF RR3GM03JQ C 107
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BS 611 872 RR3GM03JQ

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AACTTAAACTCGAGCTTCACGGTAAAGTCAATGTAGAGGAAAGCAAGATTAACATTGGAG
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GTGGAGGGAAAGCGCCTCACTACGTCAAGATTGATTGGGACAAGTGGGTTGATGAAGACG
ACGAAGGCAACGCTGGTGCTGGAGATATGGATATGGGAGGAATGGGTGGAATGGATTTCT
CGAACTTTGGTGGAATGGGTGGTATGGAAGGACTTGGCGGTATGGGTGGCATGGGTGGAC
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GCATGGGTGG
GAATGGAAG

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DS 

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GAATAAGCTAGTCCGTGGAGGGAAAGCGCCTCACTACGTCAAGATTGATTGGGACAAGTG
GGTTGATGAAGACGACGAAGGCAACGCTGGTGCTGGAGATATGGATATGGGAGGAATGGG
TGGAATGGATTTCTCGAACTTTGGTGGAATGGGTGGTATGGAAGGACTTGGCGGTATGGG
TGGCATGGGTGGACTTGGTGGTATGGCCGGACTTGAAGGACTTGGTGGCATGGGTGGTAT
GGGTGGCATGGGAGGCATGGGTGGAATGGAAGACTTTGAAGATAGTGATGATGAAGGTAA
GGGTTTATAAAGATCTTCTTAGTCTCTATGTCTGTGTCACACATCTTCTTGATGAACTGA
GAGGCACTTTACCGAGTTAAATGTCTTTGTTAGTCAATTAGCTCATACTCCATTTGAGAT
GATGTTAACTAGTCTTAAGGAAACATTTTGTTCAGACTTTGGTGTTTCTCTGGTTTGTGT
CATTAGTTGTAATAAGGTAGTGAAATGGTTTTTGTGACTGCTACAG

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

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CTTAGATGCAAAAGGGTCTATGAGTCTTACCTTCTGGTTTACTAGCCGTTACCTTATGAG
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AATATCAAAATCCTTTTAAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP79JQ C 1
AF RR3AP79TF U 1
BS 1 727 RR3AP79TF
BS 728 741 RR3AP79JQ

RD RR3AP79JQ 741 0 0
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QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3AP79TF 727 0 0
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AATATCA

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL4867Contig1 822 2 2 U
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ACACTTGATCGATTGAGCAATAATACACTTGTTTCTCTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BE22TF U 1
AF RR3BE22JQ C 29
BS 1 765 RR3BE22TF
BS 766 822 RR3BE22JQ

RD RR3BE22TF 765 0 0
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AGATCGAGGCTTTGGCATCACCAGACTATGTTGCATTTTGCGTGGTATAGATTTAAAGTC
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CAAGATCTCATACTTCTTGAGACCATTATGGGAATCACTACCAAAACCATTCCACGAGAT
TCCTCACTACCACCACGAGAACGCTTCTGATACGTACGAGTCTCGTGGGCCTCCTATCCT
ATATCAGTACTACAGAAAGAATAAGGGAAGGAATGGGCCTACTGGGGCACCAGCATGATT
GATTGATGAGTGACGGATCCTAGGAGGTGAGGTGGCATCCTTCTAGAAACAGAATCTTCA
AATAACCACCTGAGGCAACTTGTCACGTGCAGTGGATAACGGCTCGAGAGTGACGTGCTG
AGTCATTTACTTTTCATGCTATTTAGATGCGTTGTAGAGAGAGAGAGAGGCTATCGAGTG
TTTGAGTCGATCATTGTGTAGGAGCTGAGAAATCTCCTGTGAAAC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3BE22JQ 794 0 0
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TATCATCTCTTGTTAAAATTTATTTATATCTCCGGAGGTCGAGTTCTTGATCGGTGTTAA
AAGAAAGTCCAAGAAGATGTGGTGGATGATGGGTGAAACCGGTGGTCCCTATTGTTCTAA
AAAATCGATGATCTATGCGGCACACAGGAATCAGATCGAGGCTTTGGCATCACCAGACTA
TGTTGCATTTTGCGTGGTATAGATTTAAAGTCGATCATATTCCTATTAGTAATCGTCCCA
CTATGTTTTATCGGTGTATACATTCACGGCCTCAAGATCTCATACTTCTTGAGACCATTA
TGGGAATCACTACCAAAACCATTCCACGAGATTCCTCACTACCACCACGAGAACGCTTTT
GATACGTACGAGTCTCGTGGGCCTCCTATCCTATATCAGTACTACAGAAAGAATAAGGGA
AGGAATGGGCCTACTGGGGCACCAGCATGATTGATTGATGAGTGACGGATCCTAGGAGGT
GAGGTGGCATCCTTCTAGAAACAGAATCTTCAAATAACCACCTGAGGCAACTTGTCACGT
GCAGTGGATAACGGCTCGAGAGTGACGTGCTGAGTCATTTACTTTTCATGCTATTTAGAT
GCGTTGTAGAGAGAGAGAGAGGCTATCGAGTGTTTGAGTCGATCATTGTGTAGGAGCTGA
GAAATCTCCTGTGAAACTTTCTCTTTGCTGTAACACTTGATCGATTGAGCAATAATACAC
TTGTTTCTCTTTTG

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL4868Contig1 530 2 1 U
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AGAAGATTGTCTTGAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAACACTTTTCTCAGCACTCGATCA
AGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGGAAGGGAACATCTCTTTTCT
AAGCTTGTCCTTAACTTTTTGCAAGTTTTGTTACTTGTGTCGGATCATGATTCCTTCTGT
TTTAAAATCTTCCATTGCCCAAATTAAAATTTCAAATTATGCATGTAAAAGTGAGAGACT
TTTTCGGATGTTCTTTGCTCAATGATGTCATTATTTAAACATTTTGCTAC


BQ
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AF RR3G563JQ C 1
AF RR3G563TF U 1
BS 1 530 RR3G563TF

RD RR3G563JQ 530 0 0
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AAGCTTGTCCTTAACTTTTTGCAAGTTTTGTTACTTGTGTCGGATCATGATTCCTTCTGT
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TTTTCGGATGTTCTTTGCTCAATGATGTCATTATTTAAACATTTTGCTAC

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR3G563TF 530 0 0
GGGACGACGGCACGCAAGCTTCCCTCAAGGTCAGACGAGCGAAAATGGTGAACATTCCAA
AGACAAAGAAGACATACTGCAAGAACAAGGAATGCAAGAAGCATACATTGCACAAGGTGA
CCCAATACAAGAAAGGTAAAGACAGTCTCGCTGCTCAGGGAAAGCGTCGTTATGACCGTA
AGCAATCTGGTTACGGTGGTCAGACTAAGCCTGTCTTCCACAAGAAGGCTAAGACCACAA
AGAAGATTGTCTTGAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAACACTTTTCTCAGCACTCGATCA
AGAGGTGCAAGCATTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGGAAGGGAACATCTCTTTTCT
AAGCTTGTCCTTAACTTTTTGCAAGTTTTGTTACTTGTGTCGGATCATGATTCCTTCTGT
TTTAAAATCTTCCATTGCCCAAATTAAAATTTCAAATTATGCATGTAAAAGTGAGAGACT
TTTTCGGATGTTCTTTGCTCAATGATGTCATTATTTAAACATTTTGCTAC

QA 1 530 1 530
DS 



AS 1 2

CO CL4869Contig1 658 2 5 U
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TGGAATCTTAAAAGTAAAATAAAAAAAAATTCTTTGAAACTCAGCAACCAAAAGGCTCTT
ATAACATCAAAATCATTTTCAAAAGCACTGTTTAAAATCTTGGCTTCTCCTTCTTCTCCT
TGAAAAGGGCCAAAAGTGAAACACCAAAAACCTTGACGACCTTGAACCTAACTCCGGGAA
TATCTCCCACAGCATGACCTTTACCCCCAAATCCAGCAATCAACACCTCGTCATTTTCCT
CGATGTAGTTCAAGCAACCATCGTTGGGGACAAAAGCGGCAATCTTCTTTCCGTTCTTGA
TAAGCTGCACTCTAGCACACTTACGGATAGCAAAATTAGGCTGCTTACCCTCAATACCAA
TTTTCTCAAAAACGATTCCTTTGGCGTGAAAAAAACCGGCAAAAGGCTTCTTCCATTCAT
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GAGCTTCCCCCCTGCTCCCATACCCCTTGTCTTACCCATGTTTCTAGATGGAGGTGATGA
TGATCAACAGCAAAATCAAAGAGGTGATATGTTTTTTAAAGCGGCTGTGAAAACCCTC


BQ
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AF RR3GO16TF C 1
AF RR3GO16JQ U 3
BS 1 2 RR3GO16TF
BS 3 307 RR3GO16JQ
BS 308 308 RR3GO16TF
BS 309 605 RR3GO16JQ
BS 606 658 RR3GO16TF

RD RR3GO16TF 658 0 0
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TGGAATCTTAAAAGTAGAATAGAAAAGAATTCTTTGAAACTCAGCAACCAAAAGGCTCTT
ATAACATCAAAATCATTTTCAAAAGCACTGTTTAAGATCTTGGCTTCTCCTTCTTCTCCT
TGAAGAGGGCCAAGAGTGAGACACCAGAAACCTTGACGACCTTGAACCTAACTCCGGGAA
TATCTCCCACAGCATGACCTTTACGCCCAAATCCAGCAATCAACACCTCGTCATTTTCCT
CGATGTAGTTCAAGCAACCATCGTTGGGGACAAAAGCGGCAATCTTCTTTCCGTTCTTGA
TAAGCTGCACTCTAGCACACTTACGGATAGCAGAGTTAGGCTGCTTAGCCTCAATACCAA
TTTTCTCAAGAACGATTCCTTTGGCGTGAGAAGAACCGGCAAAAGGCTTCTTCCATTCAT
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GAGCTTCCGCCCTGCTCCCATACCCCTTGTCTTACCCATGTTTCTAGATGGAGGTGATGA
TGATCAACAGCAAAATCAAAGAGGTGATATGTTTTTTAAAGCGGCTGTGAAAACCCTC

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3GO16JQ 603 0 0
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AACATCAAAATCATTTTCAAAAGCACTGTTTAAAATCTTGGCTTCTCCTTCTTCTCCTTG
AAAAGGGCCAAAAGTGAAACACCAAAAACCTTGACGACCTTGAACCTAACTCCGGGAATA
TCTCCCACAGCATGACCTTTACCCCCAAATCCAGCAATCAACACCTCGTCATTTTCCTCG
ATGTATTTCAAGCAACCATCGTTGGGGACAAAAGCGGCAATCTTCTTTCCGTTCTTGATA
AGCTGCACTCTAGCACACTTACGGATAGCAAAATTAGGCTGCTTACCCTCAATACCAATT
TTCTCAAAAACGATTCCTTTGGCGTGAAAAAAACCGGCAAAAGGCTTCTTCCATTCATTG
CCCTGATGTGACTTCTTGTATGCTTGTCAGCCCACCTCTGATTGATCCGGAATCTTTTGA
GCTTCCCCCCTGCTCCCATACCCCTTGTCTTACCCATGTTTCTAGATGGAGGTGATGATG
ATC

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 2

CO CL4870Contig1 961 2 2 U
GACCTTCGAGGGGAAAAAAAAAATCTGCATCGCCAGCTCTTAACATGGTAAATATTCTCT
GATACGCACTGTTTACCGTACCACGTAGATTCGAGAACTGTTAATCACTGTGTTTTTACT
TTTTAGTAGAATATGAAATTGTATTACGGTATTACGCTCGTCAAATCCGTAATTATAAAC
TACAAAACATATAATGTCCATTAGAACACGAGTAACATAAATTACCTATCGTTAAAAACT
TAATTGTAGCCGTTATACAAAGATTTTTGCTTACACCGGTCGGTCTAAAAAATAAAAAAA
TGCAAACGGAGTGTAATAAAAGAAATTATTCAATTTTTTATCCTTAATCTTTTTTTTTTT
GTCAAAATCCTTAATTCTTAATATCGGAGAACTTCATCGAAAATCTCTTCAAGAGGTGCT
CTAAGAAACGTGAAAAAGACTTTATCCCATTTCATAAAATATAAAAGCTAGTTAATTGCC
AAAGAATTTTAGAAATCGTGACACTCTTTTTTTCTTTCTTTTGTAAGCATTATATATTGA
CTGAAACATCTCCACATTTAAATACTTTTAAAGACTCTCAAACAAAAAAAAATCGATATT
TAAAAGTTTTTTTAAAAAAATCCATGAACAACAAGTGGTTTATGGGTTCTCATAATACTT
CAAAAGTTTTAAGAATTTCATCTCTCTTTTTTTCATTTATTTTATTATATATATTTACAT
GAAAAAAAAACTTCTAGAGATGCTCTCGGAAGAAAAATGGGAATGTCCTTTCACTTATAT
TATAAATGTTGTTACTGAGTAAAAACGGTGATCATAAGTACAAAAAAGAAGAAGAAGAAA
ATCTAGACCAGCAATACATGAAGTATCAAATCATTGTAGCCTCTATGTTTGTTTTAACTT
TTTCAAAAAAAGGAAGTTTAATATTATTGAACGTTGACAAAAATGTCTAGTTGGAAAAAA
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3CL31TF U 1
AF RR3CL31JQ C 177
BS 1 692 RR3CL31TF
BS 693 961 RR3CL31JQ

RD RR3CL31TF 698 0 0
GACCTTCGAGGGGAAAAAAAAAATCTGCATCGCCAGCTCTTAACATGGTAAATATTCTCT
GATACGCACTGTTTACCGTACCACGTAGATTCGAGAACTGTTAATCACTGTGTTTTTACT
TTTTAGTAGAATATGAAATTGTATTACGGTATTACGCTCGTCAAATCCGTAATTATAAAC
TACAAAACATATAATGTCCATTAGAACACGAGTAACATAAATTACCTATCGTTAAAAACT
TAATTGTAGCCGTTATACAAAGATTTTTGCTTACACCGGTCGGTCTAAAAAATAAAAAAA
TGCAAACGGAGTGTAATAAAAGAAATTATTCAATTTTTTATCCTTAATCTTTTTTTTTTT
GTCAAAATCCTTAATTCTTAATATCGGAGAACTTCATCGAAAATCTCTTCAAGAGGTGCT
CTAAGAAACGTGAAAAAGACTTTATCCCATTTCATAAAATATAAAAGCTAGTTAATTGCC
AAAGAATTTTAGAAATCGTGACACTCTTTTTTTCTTTCTTTTGTAAGCATTATATATTGA
CTGAAACATCTCCACATTTAAATACTTTTAAAGACTCTCAAACAAAAAAAAATCGATATT
TAAAAGTTTTTTTAAAAAAATCCATGAACAACAAGTGGTTTATGGGTTCTCATAATACTT
CAAAAGTTTTAAGAATTTCATCTCTCTTTTTT
CATTTA

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3CL31JQ 785 0 0
AAACTACAAAACATATAATGTCCATTAGAACACGAGTAACATAAATTACCTATCGTTAAA
AACTTAATTGTAGCCGTTATACAAAGATTTTTGCTTACACCGGTCGGTCTAAAAAATAAA
AAAATGCAAACGGAGTGTAATAAAAGAAATTATTCAATTTTTTATCCTTAATCTTTTTTT
TTTTGTCAAAATCCTTAATTCTTAATATCGGAGAACTTCATCGAAAATCTCTTCAAGAGG
TGCTCTAAGAAACGTGAAAAAGACTTTATCCCATTTCATAAAATATAAAAGCTAGTTAAT
TGCCAAAGAATTTTAGAAATCGTGACACTCTTTTTTTCTTTCTTTTGTAAGCATTATATA
TTGACTGAAACATCTCCACATTTAAATACTTTTAAAGACTCTCAAACAAAAAAAAATCGA
TATTTAAAAGTTTTTTTAAAAAAATCCATGAACAACAAGTGGTTTATGGGTTCTCATAAT
ACTTCAAAAGTTTTAAGAATTTCATCTCTCTTTTTTTCATTTATTTTATTATATATATTT
ACATGAAAAAAAAACTTCTAGAGATGCTCTCGGAAGAAAAATGGGAATGTCCTTTCACTT
ATATTATAAATGTTGTTACTGAGTAAAAACGGTGATCATAAGTACAAAAAAGAAGAAGAA
GAAAATCTAGACCAGCAATACATGAAGTATCAAATCATTGTAGCCTCTATGTTTGTTTTA
ACTTTTTCAAAAAAAGGAAGTTTAATATTATTGAACGTTGACAAAAATGTCTAGTTGGAA
AAAAA

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL4871Contig1 1011 2 2 U
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GTTCAGGATGACCAAAAGGAGCAAGACATAAAAATATTGGAGGCAGAGGTTGAAGGCTTA
GAAGAGCTATCAAAACAGTTATTTTTGGAAATATACGAGCTTCGCCAAGCAAAGGATGCT
GCTGCCTTTTCTAGAACGTGGAGGGGTCATGTGCAGAACTTACTTGGTTATGCATGTTCC
ATTTATTGTGTGTATAAGATGCTGAAGTCTCTACAAAGTTTGTCTTCAAGGAGGCTGGTA
CCAAAGATCCTGTTACAATGATGATCAGCATATTCTTGCGGTGGTTTGATATAGGAGTAG
ATGCTGCATTGCTCTCACAGTATATTTCCCTGTTGTTTATCGGGATGTTGATTGTGATTT
CCGTAAGGGGGTTCTTGACGAATTTGATGAAGTTTTTCTTTGCAGTGTCGAGAGTGGGAA
GTGGGTCTTCAAGCAATGTGGTGCTTTTCCTATCTGAAATCATGGGGATGTACTTTTTGT
CTTCCATTCTTCTTATCAGAAAAAGCTTGAGAAATGAGTACAGGTCGTCTTTGGCTCGTC
TCCTTCCGCGATAATTTTAAGTGTATTGAAGCTAATATATGTGTCAGTTCATACTGGAAT
CTTAAGCATTGTTGGTGTAACTTTGCAGGGGAATCATAACGGATGTATTGGGTGGAGATA
TCCAGTTTGATTTCTATCATCGATGGTTCGATGCAATTTTTGTGGCCAGTGCCTTTCTTT
CTCTCCTCCTGCTTTCTGCACACTACACTTCTAGGCAATCTGATAAGCACGCCATTGAGT
GAGTTTGGCCTACACAAAGCTTAAAATCAAGTTACTATATTAAAGGTTGCATAATGTGTA
GCTTACGCTTAGCTATTTGTTTATTGTTGACGCTTCTGAGAGAGATTTAGCTAATCAGTT
CGAAACTCCAAACATACACTCGTGTACCATCAGTAATATGTTATCATTGAC


BQ
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AF RR3AN32TF U 1
AF RR3AN32JQ C 251
BS 1 508 RR3AN32TF
BS 509 1011 RR3AN32JQ

RD RR3AN32TF 516 0 0
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GTTCAGGATGACCAAAAGGAGCAAGACATAAAAATATTGGAGGCAGAGGTTGAAGGCTTA
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GCTGCCTTTTCTAGAACGTGGAGGGGTCATGTGCAGAACTTACTTGGTTATGCATGTTCC
ATTTATTGTGTGTATAAGATGCTGAAGTCTCTACAAAGTTTGTCTTCAAGGAGGCTGGTA
CCAAAGATCCTGTTACAATGATGATCAGCATATTCTTGCGGTGGTTTGATATAGGAGTAG
ATGCTGCATTGCTCTCACAGTATATTTCCCTGTTGTTTATCGGGATGTTGATTGTGATTT
CCGTAAGGGGGTTCTTGACGAATTTGATGAAGTTTTTCTTTGCAGTGTCGAGAGTGGGAA
GTGGGTCTTCAAGCAATGTGGTGCTTTT
TCCTATCT

QA 1 508 1 508
DS 

RD RR3AN32JQ 761 0 0
TGTATAAGATGCTGAAGTCTCTACAAAGTTTGTCTTCAAGGAGGCTGGTACCAAAGATCC
TGTTACAATGATGATCAGCATATTCTTGCGGTGGTTTGATATAGGAGTAGATGCTGCATT
GCTCTCACAGTATATTTCCCTGTTGTTTATCGGGATGTTGATTGTGATTTCCGTAAGGGG
GTTCTTGACGAATTTGATGAAGTTTTTCTTTGCAGTGTCGAGAGTGGGAAGTGGGTCTTC
AAGCAATGTGGTGCTTTTCCTATCTGAAATCATGGGGATGTACTTTTTGTCTTCCATTCT
TCTTATCAGAAAAAGCTTGAGAAATGAGTACAGGTCGTCTTTGGCTCGTCTCCTTCCGCG
ATAATTTTAAGTGTATTGAAGCTAATATATGTGTCAGTTCATACTGGAATCTTAAGCATT
GTTGGTGTAACTTTGCAGGGGAATCATAACGGATGTATTGGGTGGAGATATCCAGTTTGA
TTTCTATCATCGATGGTTCGATGCAATTTTTGTGGCCAGTGCCTTTCTTTCTCTCCTCCT
GCTTTCTGCACACTACACTTCTAGGCAATCTGATAAGCACGCCATTGAGTGAGTTTGGCC
TACACAAAGCTTAAAATCAAGTTACTATATTAAAGGTTGCATAATGTGTAGCTTACGCTT
AGCTATTTGTTTATTGTTGACGCTTCTGAGAGAGATTTAGCTAATCAGTTCGAAACTCCA
AACATACACTCGTGTACCATCAGTAATATGTTATCATTGAC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL4872Contig1 1107 2 4 U
TTTTTTCTGAATTATATCTGCGTTGGAGACAGAAGAGAAGAGAAGTTCAAACAGTGATTG
GTAGAGATAGATAGATGAGTTCGTCTCTACCTATGAGGCTCCTTCTTCTACCTCTTACAC
CTTCTTTGATTTCTCCTCCTCCGGATTCTTCTCATAAGCCGCTCCGATCGCAAAACCCTA
ATTTCATTCTCCGGTCCTCTTCTTCTACTACTCCTTCATCGCCGCAGCTTTTCCCCCGGC
GATCCAGATCCTCTTCTCCCTGTGTTCCCATGTGTGTTCCCCAACACAAGGAAGATCAAG
CCAACACAGACACTTGGAGAAATGAAGACGATGATCACATTACATGTGGGCTTGAATCAG
ATTAAGATTCCGGCGGCCTCCGGATTCCTACTCAGGCTCAGGCCATTGTTGAAGGATCTG
GTTCTGTTGCTGTCTGAGCTCAAACCTTCCCCTGATGTTGATTACATTCAAGAGCTGTTG
GCGATACAGCAACAAGGGCCTAGAACAATTGGCTTCTTTGGGACCAGGAACATGGGTTTC
ATGCATCAAGAGCTCATCGAGATACTTAGCTACGCCACGAAAAATCATATATACTTCAGG
TGCATCTGGAACTAACGCAGCTGTTATCAGAGGTGCGTTGAGAGCAGAGAGACCAGAGCT
TCTTACAGTCATTTTGCCTCAAAGTTTGAAAAAGCAACCTCCCGAGAGCCAAGAACTCTT
GTCCAAAGTACAAAACGTGGTAGAAAAGCCACACAATGACCATTTGCCATTACTAGAAGC
CAGCAGACTATGCAATATGGACATCATATCACAAGTACAGCAAGTAATCTGCTTTGCGTT
TCATGACAGTAAGCTTCTCATGGAGACATGTCAAGAAGCTAAAAATCTCCGCAAGATCGT
CACTCTCTTCTACCTCGATTGATTCCCCCACTTTATCTTATCTTCTCCCGGGAACACAAG
AGGATGGATACAAGTCTCTTTTGTAAATTGTGAATCTCTCCCCCATCCACAACATATTCT
TTTGTCTAAATTTTTGAAAAACCCCATCGTTGTGATTTTACTAGGATGAATTTTCAGCCA
TCTTGTAACGTTACATTTGTTATAAAA


BQ
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AF RR3CI47TF U 1
AF RR3CI47JQ C 392
BS 1 598 RR3CI47TF
BS 599 599 RR3CI47JQ
BS 600 682 RR3CI47TF
BS 683 1107 RR3CI47JQ

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GTAGAGATAGATAGATGAGTTCGTCTCTACCTATGAGGCTCCTTCTTCTACCTCTTACAC
CTTCTTTGATTTCTCCTCCTCCGGATTCTTCTCATAAGCCGCTCCGATCGCAAAACCCTA
ATTTCATTCTCCGGTCCTCTTCTTCTACTACTCCTTCATCGCCGCAGCTTTTCCCCCGGC
GATCCAGATCCTCTTCTCCCTGTGTTCCCATGTGTGTTCCCCAACACAAGGAAGATCAAG
CCAACACAGACACTTGGAGAAATGAAGACGATGATCACATTACATGTGGGCTTGAATCAG
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GTTCTGTTGCTGTCTGAGCTCAAACCTTCCCCTGATGTTGATTACATTCAAGAGCTGTTG
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TCTTACAGTCATTTTGCCTCAA
GTTT

QA 1 682 1 682
DS 

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CACAATGACCATTTGCCATTACTAGAAGCCAGCAGACTATGCAATATGGACATCATATCA
CAAGTACAGCAAGTAATCTGCTTTGCGTTTCATGACAGTAAGCTTCTCATGGAGACATGT
CAAGAAGCTAAAAATCTCCGCAAGATCGTCACTCTCTTCTACCTCGATTGATTCCCCCAC
TTTATCTTATCTTCTCCCGGGAACACAAGAGGATGGATACAAGTCTCTTTTGTAAATTGT
GAATCTCTCCCCCATCCACAACATATTCTTTTGTCTAAATTTTTGAAAAACCCCATCGTT
GTGATTTTACTAGGATGAATTTTCAGCCATCTTGTAACGTTACATTTGTTATAAAA

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL4873Contig1 1084 2 2 U
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GGTTAGATGAAGGTTTGATAACTTGTCACTTTTACCACATATGATGCAGGATGCAGATAT
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AACTTTTGGTAGTGTTCTCAACAATTATTTTGTAAAATCCGAAGGTAGCTCAGGCAAATC
TCTCTTTCTTTTAACATAAGATTAAAAATTATGTAATCATTTTATGATAAGTTACAAACT
ATTA


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3GF73TF U 1
AF RR3GF73JQ C 277
BS 1 713 RR3GF73TF
BS 714 1084 RR3GF73JQ

RD RR3GF73TF 718 0 0
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AAGGTTATGTGAGAGAGTTGAACAAATGGCTCATGAAGTGTCTTCTCTATGAACCCGAGG
AGACGCCTGATGGTATCGCTCCTTTCTCACCTGGTCGTATAGGAGCTCCACCGATCTTTG
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CGATGCGTAGTTTCACCACAAGCGTGCTTCAGCTTTGGGAGCAAGATCGGTTAGAGACGA
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GGACTAATAGTCTTTCTTTATCTGGGAACGTAGTCTACCAGAGCGATACTAGCAACGAGA
GTTTACAAGGTAGTTTGCAGCGGATTTTTGAAGCTATGGAGAGATTTACTGCTGAATCTG
TGCGAGCTTATGATGATCTCTCAGTGCGTGCTGAAGAAGAAACTGCTCCACGAGAACTTG
AGGAAGATGATGATGAGGAATAATAAAAGCATAACAGAGAGAGGAAGATCTTTGCTTTGT
TTCTGATCTTGCCTATGCGGTTTTGGTATACTAGAAAATCATCTGAGACTCAG
CAAGA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3GF73JQ 808 0 0
GGGAGCAAGATCGGTTAGAGACGACTACGATGGGGCATGGTGATTCTGAGAAGAGAGTTA
GGAACATGGACAGGGAAGAACAGAAGATACATAGAGAGATTCAGGCGCTGGAGAAGAAGA
TGGTTCAGGTTGCACCTGGTGATGGGACTAATAGTCTTTCTTTATCTGGGAACGTAGTCT
ACCAGAGCGATACTAGCAACGAGAGTTTACAAGGTAGTTTGCAGCGGATTTTTGAAGCTA
TGGAGAGATTTACTGCTGAATCTGTGCGAGCTTATGATGATCTCTCAGTGCGTGCTGAAG
AAGAAACTGCTCCACGAGAACTTGAGGAAGATGATGATGAGGAATAATAAAAGCATAACA
GAGAGAGGAAGATCTTTGCTTTGTTTCTGATCTTGCCTATGCGGTTTTGGTATACTAGAA
AATCATCTGAGACTCAGGCAAGAAGAGCCCCCATCATGATGATCATCTAAGAGGAGGCAG
AAAGGGGACTACAGCCAAATGTTCGGTTTATATAGATGCGGTTTACTGTAAATTGGCTTT
GAACCGGGTGGTTTACGTTGCTGTGGTTAGATGAAGGTTTGATAACTTGTCACTTTTACC
ACATATGATGCAGGATGCAGATATTAGTTTGAGTCTTAATAATTTTAAAATTAGGGCCGT
GTATACATAAGACGTTTAGGATGAAACTTTTGGTAGTGTTCTCAACAATTATTTTGTAAA
ATCCGAAGGTAGCTCAGGCAAATCTCTCTTTCTTTTAACATAAGATTAAAAATTATGTAA
TCATTTTATGATAAGTTACAAACTATTA

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL4874Contig1 664 2 2 U
GTCACTGAGGTGCTCGAAGCTATATCTTTCCCAGTTCCGGTTGACTTCTCCGCAAGTGCT
GGCTAGTAGTGGTGATGGAACAAAGAGTGCAATAGTGATTGGTGATGTTTACATACATCC
TTCTGCAAAAATACACCCAACTGCAAAGATTGGTCCCAACGTATCGATCTCTGCAAATGC
TCGTGTTGGGCCTGGTGTCAGGCTCATCAGCTGTATCATCCTTGACAACGTTGAGATCAT
GGAGAATGCAGTGGTGACTAACGCAATTGTTGGGTGGAAATCTTCTATTGGGGATGGTCT
CGTGTCCAGGCTGAGGGAGTCTACAACTCCAAACTAGGAGTTACTATTCTCGGAGACTCG
GTTGCAGTTGAAGACGAGGTTGTGGTGACCAGCAGTATTGTTCTTCCAAACAAGACACTC
AACGTCAGTGTTCAAGACGAGATCATCTTATAACTCAAGAAAGGAAACCAACCTTAAGGG
ATCCATACCATGTCCCTGTGATTCAATCTTCACTGGAGAATCACAAAAGCAAGTATTTGA
GAAGTATTTCACATGAATCTTTTGTTTCAATTTGTACCAGATTCCATCATCTATAACTAA
GTCACACCTACTGTAAATGTACTACATTTTGGCTCATGATATATAATAATAAAGCACTCG
TGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3F727TF U 1
AF RR3F727JQ C 126
BS 1 622 RR3F727TF
BS 623 664 RR3F727JQ

RD RR3F727TF 622 0 0
GTCACTGAGGTGCTCGAAGCTATATCTTTCCCAGTTCCGGTTGACTTCTCCGCAAGTGCT
GGCTAGTAGTGGTGATGGAACAAAGAGTGCAATAGTGATTGGTGATGTTTACATACATCC
TTCTGCAAAAATACACCCAACTGCAAAGATTGGTCCCAACGTATCGATCTCTGCAAATGC
TCGTGTTGGGCCTGGTGTCAGGCTCATCAGCTGTATCATCCTTGACAACGTTGAGATCAT
GGAGAATGCAGTGGTGACTAACGCAATTGTTGGGTGGAAATCTTCTATTGGGGATGGTCT
CGTGTCCAGGCTGAGGGAGTCTACAACTCCAAACTAGGAGTTACTATTCTCGGAGACTCG
GTTGCAGTTGAAGACGAGGTTGTGGTGACCAGCAGTATTGTTCTTCCAAACAAGACACTC
AACGTCAGTGTTCAAGACGAGATCATCTTATAACTCAAGAAAGGAAACCAACCTTAAGGG
ATCCATACCATGTCCCTGTGATTCAATCTTCACTGGAGAATCACAAAAGCAAGTATTTGA
GAAGTATTTCACATGAATCTTTTGTTTCAATTTGTACCAGATTCCATCATCTATAACTAA
GTCACACCTACTGTAAATGTAC

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3F727JQ 539 0 0
CAAAAATACACCCAACTGCAAAGATTGGTCCCAACGTATCGATCTCTGCAAATGCTCGTG
TTGGGCCTGGTGTCAGGCTCATCAGCTGTATCATCCTTGACAACGTTGAGATCATGGAGA
ATGCAGTGGTGACTAACGCAATTGTTGGGTGGAAATCTTCTATTGGGGATGGTCTCGTGT
CCAGGCTGAGGGAGTCTACAACTCCAAACTAGGAGTTACTATTCTCGGAGACTCGGTTGC
AGTTGAAGACGAGGTTGTGGTGACCAGCAGTATTGTTCTTCCAAACAAGACACTCAACGT
CAGTGTTCAAGACGAGATCATCTTATAACTCAAGAAAGGAAACCAACCTTAAGGGATCCA
TACCATGTCCCTGTGATTCAATCTTCACTGGAGAATCACAAAAGCAAGTATTTGAGAAGT
ATTTCACATGAATCTTTTGTTTCAATTTGTACCAGATTCCATCATCTATAACTAAGTCAC
ACCTACTGTAAATGTACTACATTTTGGCTCATGATATATAATAATAAAGCACTCGTGAC

QA 1 539 1 539
DS 



AS 1 2

CO CL4875Contig1 845 2 5 U
GGATTTTGAGTCAGCACTCACCAGCAAACTCAAATCCCCACAAAAGGGAAGAAAATCATC
CAAAAAAAAAGAAAACTCAAAATCAAAATCAGACGATGCTTCTCCGAACTACTCTCCAGC
AAGGGAAAAACAACCTCAGGCCTCGTTTTCTCCGTTGTTTGCTATCAACTATGTCATCAT
CTACTCACCCTCCTAGAGTACCAAATCTTATTGGAGGATCTTTCGTTGACTCTCAAGCAT
CTTCACATATCGATGTCATAAACCCTGCAACCCAAGAAGTTGTTTCTCAAGTACCATTGA
CAACTAAGGATGAGTTCAAGGCCGCTGTGTCCGCTGCGAAGCAAGCTTTTCCTTCTTGGA
GAAACACCCCCATCACCACTCGTCAGCGTGTTATGCTCAAGTTTCAAGAACTTATTCGCA
AAAACATGGATAAACTTGCTTTGAGCATTACAACCGAGCAAGGGAAGACCTTAAAGGATG
CACATGGTGATATCTTCCGTGGGCTAGAGGTTGTGGAGCATGCTTGTGGAATGGCAACTC
TACAGATGGGCGAATATGTCCCCAATGTGTCAAACGGAGTCGATACGTATAGTCTTAGGG
AGCCATTAGGTGTATGTGCTGGCATTTGTCCTTTCAACTTTCCTGCTATGATTCCTTTAT
GGATGTTTCCCATTGCGGTGACATGTGGCAATACCTTTGTCTTAAAGCCATCAGAAAAGG
ATCCTGGTGCTTCTGTAATGCTTGCGGAGCTCGCAATGGAAGCTGGATTACCTGACGGGT
TCTCAATATCGTTCACGGAACCAATGATACTGTGATGCTATCTGTGATGATGATGATATC
AGGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3BM04TF U 40
AF RR3AE06TF U 1
BS 1 422 RR3AE06TF
BS 423 423 RR3BM04TF
BS 424 798 RR3AE06TF
BS 799 799 RR3BM04TF
BS 800 845 RR3AE06TF

RD RR3BM04TF 784 0 0
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TTCTCCGAACTACTCTCCAGCAAGGGAAAAACAACCTCAGGCCTCGTTTTCTCCGTTGTT
TGCTATCAACTATGTCATCATCTACTCACCCTCCTAGAGTACCAAATCTTATTGGAGGAT
CTTTCGTTGACTCTCAAGCATCTTCACATATCGATGTCATAAACCCTGCAACCCAAGAAG
TTGTTTCTCAAGTACCATTGACAACTAAGGATGAGTTCAAGGCCGCTGTGTCCGCTGCGA
AGCAAGCTTTTCCTTCTTGGAGAAACACCCCCATCACCACTCGTCAGCGTGTTATGCTCA
AGTTTCAAGGACTTATTCGCAAAAACATGGATAAACTTGCTTTGAGCATTACAACTGAGC
AAGGGAAGACCTTAAAGGATGCACATGGTGATATCTTTCGTGGGCTAGAGGTTGTGGAGC
ATGCTTGTGGAATGGCAACTCTACA*ATGGGCGAATATGTTCCCAATGTGTCAAACGGAG
TCGATACGTATAGTCTTAGGGAGCCATTAGGTGTATGTGCTGGCATTTGTCCTTTCAGCT
TTCCTGCTATGATTCCTTTATGGATGTTTCCCATTGCGGTGACATGTGGCAATACCTTTG
TCTTAAAGCCATCAGAAAAGGATCCTGGTGCTTCTGTAATGCTTGCGGAGCTCGCAATGG
AAGCTGGAT*ACCTGACGGGTTCTCA*TATCGTTCACGGATC**ATGATACTGTGATGCT
ATCT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3AE06TF 845 0 0
GGATTTTGAGTCAGCACTCACCAGCAAACTCAAATCCCCACAAAAGGGAAGAAAATCATC
CAAAAAAAAAGAAAACTCAAAATCAAAATCAGACGATGCTTCTCCGAACTACTCTCCAGC
AAGGGAAAAACAACCTCAGGCCTCGTTTTCTCCGTTGTTTGCTATCAACTATGTCATCAT
CTACTCACCCTCCTAGAGTACCAAATCTTATTGGAGGATCTTTCGTTGACTCTCAAGCAT
CTTCACATATCGATGTCATAAACCCTGCAACCCAAGAAGTTGTTTCTCAAGTACCATTGA
CAACTAAGGATGAGTTCAAGGCCGCTGTGTCCGCTGCGAAGCAAGCTTTTCCTTCTTGGA
GAAACACCCCCATCACCACTCGTCAGCGTGTTATGCTCAAGTTTCAAGAACTTATTCGCA
AAGACATGGATAAACTTGCTTTGAGCATTACAACCGAGCAAGGGAAGACCTTAAAGGATG
CACATGGTGATATCTTCCGTGGGCTAGAGGTTGTGGAGCATGCTTGTGGAATGGCAACTC
TACAGATGGGCGAATATGTCCCCAATGTGTCAAACGGAGTCGATACGTATAGTCTTAGGG
AGCCATTAGGTGTATGTGCTGGCATTTGTCCTTTCAACTTTCCTGCTATGATTCCTTTAT
GGATGTTTCCCATTGCGGTGACATGTGGCAATACCTTTGTCTTAAAGCCATCAGAAAAGG
ATCCTGGTGCTTCTGTAATGCTTGCGGAGCTCGCAATGGAAGCTGGATTACCTGACGGGT
TCTCAATATCGTTCACGGTACCAATGATACTGTGATGCTATCTGTGATGATGATGATATC
AGGCT

QA 1 845 1 845
DS 



AS 1 2

CO CL4876Contig1 1428 2 6 U
GGGACGACGACGACGACGACAATGGCGGGAAAGCAAATGGGCGGAGACGGCGTCTTACCA
GCGAATCTCGCCGGAATGACAAAAAGTCAGCTCTACGGTATCATGTCTCAAATGAAGGCG
CTGATTGATCAAAACCATGAACAAGCGAGAGAGATTCTGATTCAGAATCCTGTTTTGACC
AAGGCTCTTTTCCAGGCACAAATCATGCTCGGAATGGTTCAGCCTCCTCAAGTGGTGGTT
CCCAAAGTTGAGCCTCAAGTCGCTCCACAACCACCAAAGCCAAGCGTTCAAGCTCATATG
TCTTCTCTTCAAGGCGGTATGGGGTTGCAAGAGCCAGCTGCTCAGCCAAAAGCCCCGATT
AGGAAACACACACTGCAACAGCCAATGCCTATGCCCCCTCCTCCTCCTCCTCTACCTTCT
GTTTCTGCAACCAATAATGCTCCGTCGCAGCAGCCTCGTTTCTCACATCCCCAGCGTCCG
AATCCTGCTGGCACTTCTCTGTCTCATCCACAGTCTTCTCAAGTCCAAAACGCGCCTCCC
CCGGTTCCTCATCATCATCCAACATCCCAACCACAGTCTTTTCATCATCTTGATATACCA
GCCTCCTCGACTCAGTTGCAGCAACCACAACAGCAACCAATGCACTCGGTTGGGAGTCCT
CGTTTACCTCAGCATCAGCCTAGACCATATCATCATCAGTTTGGACCATCCCAGACTGGT
CCCAACGCTGGGTTTCAGCACCATGGCGCACCTCCTCAGCATCATTCTCAACCCAATTTT
CATTCTGGCAACAGACTCCCAGCTTCTGGTGGACCTCAATTCCCTCAGGGACAGTCACAT
CTCGTTAGCCAGCCACCATATCAGGGTGGAGGTCAATTTCGTGGAGACTACAATAATAAC
CAATTAGGAGGTCCGACGGCTGCAGATAGAGGTCCTTCTTGGATGGCTGGCCAATCAGAG
AGCTCAAGCATTACTTATTTCCCAGGATTAGGACCGGTGCCTCCACCAAGCCAAGCTGGA
GCTGGAGGTGGCCCATCACCTCGCCCTGCTCCGATATCTGCAGAGATGGAGAAGGCATTG
CTTCAACAAGTGATGAGCCTGACCCCAGAGCAGATCAATTTGCTGCCACCAGAACAGAGA
AACCAAGTCCTTCAGCTCCAACAGATTTTCCGACAGTGAAGCTCATCGACACAATCGCTT
GGTCTCCATGTTATAGCTTAGAAGAGACATGCTTGGGGTTTGAATGTAAGGTCCGAGTCG
AGTTTGCGATCATTTGTAGAAAAGGAAAAGAAGTAGCTAATATATTTTCTATGTATCACT
GAATGCTTTTGGTCAATAGACCGTGGAGAAAACTATGTGTTCTTCACTTTGATGTTTTAT
GTTCGGTGACAACTTTTTTCTGACTTTCAAAGTTTCCAAGTCTTGTTT


BQ
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AF RR3C115TF U 1
AF RR3C115JQ C 684
BS 1 770 RR3C115TF
BS 771 771 RR3C115JQ
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BS 791 791 RR3C115JQ
BS 792 809 RR3C115TF
BS 810 1428 RR3C115JQ

RD RR3C115TF 822 0 0
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GCGAATCTCGCCGGAATGACAAAAAGTCAGCTCTACGGTATCATGTCTCAAATGAAGGCG
CTGATTGATCAAAACCATGAACAAGCGAGAGAGATTCTGATTCAGAATCCTGTTTTGACC
AAGGCTCTTTTCCAGGCACAAATCATGCTCGGAATGGTTCAGCCTCCTCAAGTGGTGGTT
CCCAAAGTTGAGCCTCAAGTCGCTCCACAACCACCAAAGCCAAGCGTTCAAGCTCATATG
TCTTCTCTTCAAGGCGGTATGGGGTTGCAAGAGCCAGCTGCTCAGCCAAAAGCCCCGATT
AGGAAACACACACTGCAACAGCCAATGCCTATGCCCCCTCCTCCTCCTCCTCTACCTTCT
GTTTCTGCAACCAATAATGCTCCGTCGCAGCAGCCTCGTTTCTCACATCCCCAGCGTCCG
AATCCTGCTGGCACTTCTCTGTCTCATCCACAGTCTTCTCAAGTCCAAAACGCGCCTCCC
CCGGTTCCTCATCATCATCCAACATCCCAACCACAGTCTTTTCATCATCTTGATATACCA
GCCTCCTCGACTCAGTTGCAGCAACCACAACAGCAACCAATGCACTCGGTTGGGAGTCCT
CGTTTACCTCAGCATCAGCCTAGACCATATCATCATCAGTTTGGACCATCCCAGACTGGT
CCCAACGCTGGGTTTCAGCACCATGGCGCACCTCCTCAGCATCATTCTCA*CCCAATTTT
CATTCTGGCA*CAGACTCCCAGCTTCTGG
GGACCTCATTCCC

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR3C115JQ 745 0 0
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TTCTGGTGGACCTCAATTCCCTCAGGGACAGTCACATCTCGTTAGCCAGCCACCATATCA
GGGTGGAGGTCAATTTCGTGGAGACTACAATAATAACCAATTAGGAGGTCCGACGGCTGC
AGATAGAGGTCCTTCTTGGATGGCTGGCCAATCAGAGAGCTCAAGCATTACTTATTTCCC
AGGATTAGGACCGGTGCCTCCACCAAGCCAAGCTGGAGCTGGAGGTGGCCCATCACCTCG
CCCTGCTCCGATATCTGCAGAGATGGAGAAGGCATTGCTTCAACAAGTGATGAGCCTGAC
CCCAGAGCAGATCAATTTGCTGCCACCAGAACAGAGAAACCAAGTCCTTCAGCTCCAACA
GATTTTCCGACAGTGAAGCTCATCGACACAATCGCTTGGTCTCCATGTTATAGCTTAGAA
GAGACATGCTTGGGGTTTGAATGTAAGGTCCGAGTCGAGTTTGCGATCATTTGTAGAAAA
GGAAAAGAAGTAGCTAATATATTTTCTATGTATCACTGAATGCTTTTGGTCAATAGACCG
TGGAGAAAACTATGTGTTCTTCACTTTGATGTTTTATGTTCGGTGACAACTTTTTTCTGA
CTTTCAAAGTTTCCAAGTCTTGTTT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

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TCTTCTAGAAAGAAATTGAACTGACCGCGATTGAGAGGATCGTTCTTCGGCTATCAGAAC
TGAAGACAGAGGATAGTTGAGGATTATAGTAAACTGATTTGATTTAACTCTATGAGTGAG
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BQ
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AF RR3AZ78JQ C 1
AF RR3AZ78TF U 1
BS 1 515 RR3AZ78TF

RD RR3AZ78JQ 515 0 0
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CTGCTATTCTGTTCATCGTCCCGTCACATTGTTCAGCGAGCGTAGCAGAAGCTATAACAA
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TCTTCTAGAAAGAAATTGAACTGACCGCGATTGAGAGGATCGTTCTTCGGCTATCAGAAC
TGAAGACAGAGGATAGTTGAGGATTATAGTAAACTGATTTGATTTAACTCTATGAGTGAG
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AGGCGTGAAGCGAGGTGTCCAGGATACAAATAACAAACTGATGGCGGATGAGATAAAGGT
CTCTTTTTTTTTTTTCCTTTTTTTTGTACTGTTAAATTTTAGGGACAAGTTACTGTTGAG
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DS 

RD RR3AZ78TF 515 0 0
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CTGCTATTCTGTTCATCGTCCCGTCACATTGTTCAGCGAGCGTAGCAGAAGCTATAACAA
CCGGCGATTGGATCAACGGAACCCTAAAGCAACTCTCCTTGGATCAATAAGTGGCCTCCG
TCTTCTAGAAAGAAATTGAACTGACCGCGATTGAGAGGATCGTTCTTCGGCTATCAGAAC
TGAAGACAGAGGATAGTTGAGGATTATAGTAAACTGATTTGATTTAACTCTATGAGTGAG
CAGCGTCGAACTGGTGGCACGGTGATATAGAGAGCAGGAAGTGTGATGCTGGTTTATCAT
AGGCGTGAAGCGAGGTGTCCAGGATACAAATAACAAACTGATGGCGGATGAGATAAAGGT
CTCTTTTTTTTTTTTCCTTTTTTTTGTACTGTTAAATTTTAGGGACAAGTTACTGTTGAG
ATAAGTTGTTAAATTACAAATTGGAATCACATTAC

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 2

CO CL4878Contig1 534 2 1 U
GGACCTCCGTTTTGTTATCCTCTGATGGGAAAACACTCGAGTCAGAGGCTGCTCATGGAA
CCGTAACTCGGCATTTCCGACTGCACCAAAAGGGACAAGAGACCAGTACTAATAGCATCG
CCTCTATATTTGCATGGACACGCGGCTTAGAACACAGGGCAAAACTTGATAAGAACGAGA
AATTGATGGATTTTGTCAAGAAGCTCGAGTCGTCGTGTGTAAACACTGTGGAGACAGGGA
AAATGACCAAGGATCTTGCCCTTCTAGTCCATGGTCCCAAGGTGAGTAGGGATGTGTACT
TGAACACAGAAGAGTTCATTGATGCAGTAGCCTCCAATCTCCAGTCACAGCTCAATTGAG
TTCATTGATGCAGTAGCCTCCAACAATACAAAAAAAAAAATAAAGTTCGCCACCACATAA
TGAACACACAAAAAAACTAGTATTGGCGGGTCCAGAGAATTTTCGTTTTGCTTCTGTTTG
TGTAAACTTTCTTACCAACCAACACACATGAATTTCAATTTTATACGTTGATAC


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AF RR3B990TF U 1
AF RR3B990JQ C 24
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ACACATGAATTTCAATTTTATACGTTGATAC

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CG77JQ U 1
AF RR3AH15TF C 302
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QA 1 788 1 788
DS 

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TCTCTCAAAGATAGTCCTGCTTCTTGTATTCTTCTTCTCTCCGTCAAGCTAGTCACTCGA
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AGATTGGCGCATTGTGCGAATAAGTGTTCTTCACTATTTTTCCAAACCAAGAGAACTGTA
GCTGTACAACCCTCATATAGGTGATCATCCAAGCGAGCTTCTGTTTTCACAAGCACGTCC
CTCAGGACATCCGAAGCATCTCCTTGTGATAACACTTTCTCCTTCTTCAGAGAGTCTGAT
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DS 



AS 1 2

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AF RR3GX20JQ C 1
AF RR3GX20TF U 1
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QA 1 523 1 523
DS 

RD RR3GX20TF 523 0 0
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AGGAGCATTAACTAGTGGAAATTGGGAGTTTATATTTATTGTACTTTAGTAAATGTCACG
CAAATATCACTAGATTCTTTCTTACACATTCTAAGAAAGCATAAGGATGTGATATTTACA
TATAGTAAAAATGTCTCTTTTTGTTACATATATAACTCATTATTTCCATCTCCCCAATAT
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TTTTTGTATATGACAAGTAAATAAATGGGTAACATTTTACCGT

QA 1 523 1 523
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BK45TF U 1
AF RR3BK45JQ C 138
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QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3BK45JQ 724 0 0
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QA 1 724 1 724
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3B255JQ C 1
AF RR3B255TF U 1
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RD RR3B255JQ 675 0 0
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CTTTGTGGAAACTCAATGTTGCTGATATCGAAAACTCTCTCCCGTGTTTGTGAGCTGGTT
CTTCAAGATCCCACTGCCAAGAGAGAAGAGCTTCGTGCAAGGGCAAAAGGATTAAAAACT
TTGGGGAAGATCTTCCAGAAGAACAAGTTGACCAGTGAGAGTGATCCTTTAGTAAGAGCC
GAGCTTGACAAAATAAACGGAAATGGTCAAGACCGTGATGCATCCACCTCACCAAAATTT
GATGAAGCATCTCATTCTACATTTGGGCCTCAGGAACCGCAAAGCCCTTATGTGGAAGCA
CCGAAGGTTGGAGATGAGCAATTCGACTATTACTTCCCAAGGCCAGCGCCGCCTCCAGGA
GCACAGAGACACTCTTAAAACTTGCAAATGAATGATTCAGATAAGAGATTACGAGAGAGG
TAATCTCCCTTTTGTGCTATATATAAAATATTTACAAAAATTTCAAATATTATGCATTTT
GATATACTTGCAAGTCGGTGGTGTAACGTTATGTAATTTTGTTATTTATTCTTAGAAGAA
ATGATTGGATGTTTG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3B255TF 675 0 0
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ACTATACTGAGAAGGAACTTGAAGAGTACATGAAGTCACATAAGAAAGTTATGATTGATT
CTTTGTGGAAACTCAATGTTGCTGATATCGAAAACTCTCTCCCGTGTTTGTGAGCTGGTT
CTTCAAGATCCCACTGCCAAGAGAGAAGAGCTTCGTGCAAGGGCAAAAGGATTAAAAACT
TTGGGGAAGATCTTCCAGAAGAACAAGTTGACCAGTGAGAGTGATCCTTTAGTAAGAGCC
GAGCTTGACAAAATAAACGGAAATGGTCAAGACCGTGATGCATCCACCTCACCAAAATCT
GATGAAGCATCTCATTCTACATTTGGGCCTCAGGAACCGCAAAGCCCTTATGTGGAAGCA
CCGAAGGTTGGAGATGAGCAATTCGACTATTACTTCCCAAGGCCAGCGCCGCCTCCAGGA
GCACAGAGACACTCTTAAAACTTGCAAATGAATGATTCAGATAAGAGATTACGAGAGAGG
TAATCTCCCTTTTGTGCTATATATAAAATATTTACAAAAATTTCAAATATTATGCATTTT
GATATACTTGCAAGTCGGTGGTGTAACGTTATGTAATTTTGTTATTTATTCTTAGAAGAA
ATGATTGGATGTTTG

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL4884Contig1 766 2 4 U
CCGACAAAAAAATCTGATCAAACATTTTGGAATATTTCTATATTTACATGATCTGTACAA
CATAGTCAGGAATGAAGAAGGGAAAATCAAAATCTTTTTTTTTGAATCAGGACAATCAAA
ATAAGATCAAATCAAATCCAACTATTAAAGAGCTATTATGATTTATGACATAATACAGTC
ACTAAGATCATATGCGTGACTTTGAGACTTGGACGAAGCCCATGTGTGTGTGTGAAGCTG
GTTTTGTCAAAAGGCTCGACAGAGTGTATTAGTCGTGGTCAAGTTAGAAAAGTGTTGCGG
TTCAATGGGGCTGCTTGTGGGACTACAGATTCTGCTTCTCTTTGCTTCTGAAATCCTCAC
GTTGGAGATTGCAACCACAAGCACATCTACCACACCGCTCTCATCTTCTTCCTCCTCCTC
TGTGTTGGAGAATGAATCAATCGGTGAATCAAATGTTGTCTTCTTCTCTCTGTTAGCCCT
GTTTAGGTCAATTTTCTCTATTTGGCTGCAAATCTGAAGGCATGGAGGAGTCTGATTCTT
GTGCTTGGACTTGATACACATCGTCTTGAGTGTCCGGTCTGTGTAAAAGAGTATCCATGG
ATGCCTTAGCACTTCATCCGCTGTGATTCTGGAAGATTCTTCCCTAGTTAGCATCCTCGC
CAATAGATCACGGGCTGGTTTGGGCACGGACTCCCACACTCCTGAGTTGAAATCAAGCTT
CACTTTCTTGATTGCTTCGAAAATTGCATCCAAAGAGTCTCCCTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A124JQ U 1
AF RR3AT78JQ U 16
BS 1 298 RR3A124JQ
BS 299 299 RR3AT78JQ
BS 300 573 RR3A124JQ
BS 574 766 RR3AT78JQ

RD RR3A124JQ 573 0 0
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ATAAGATCAAATCAAATCCAACTATTAAAGAGCTATTATGATTTATGACATAATACAGTC
ACTAAGATCATATGCGTGACTTTGAGACTTGGACGAAGCCCATGTGTGTGTGTGAAGCTG
GTTTTGTCAAAAGGCTCGACAGAGTGTATTAGTCGTGGTCAAGTTAGAAAAGTGTTGCTG
TTCAATGGGGCTGCTTGTGGGACTACAGATTCTGCTTCTCTTTGCTTCTGAAATCCTCAC
GTTGGAGATTGCAACCACAAGCACATCTACCACACCGCTCTCATCTTCTTCCTCCTCCTC
TGTGTTGGAGAATGAATCAATCGGTGAATCAAATGTTGTCTTCTTCTCTCTGTTAGCCCT
GTTTAGGTCAATTTTCTCTATTTGGCTGCAAATCTGAAGGCATGGAGGAGTCTGATTCTT
GTGCTTGGACTTGATACACATCGTCTTGAGTGT

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3AT78JQ 751 0 0
GG
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GACTTTGAGACTTGGACGAAGCCCATGTGTGTGTGTGAAGCTGGTTTTGTCAGAAGGCTC
GACAGAGTGTATTAGTCGTGGTCAAGTTAGAAGAGTGTTGCGGTTCAATGGGGCTGCTTG
TGGGACTACAGATTCTGCTTCT**TTGCTTCTGAAATCCTCACGTTGGAGATTGCAACCA
CAAGCACATCTACCACACCGCTCTCATCTTCTTCCTCCTCCTCTGTGTTGGAGAATGAAT
CAGTCGGTGAATCAGATGTTGTCTTCTTCTCTCTGTTAGCCCTGTTTAGGTCAATTTTCT
CTATTTGGCTGCAAATCTGAAGGCATGGAGGAGTCTGATTCTTGTGCTTGGACTTGATAC
ACATCGTCTTGAGTGTCCGGTCTGTGTAAAAGAGTATCCATGGATGCCTTAGCACTTCAT
CCGCTGTGATTCTGGAAGATTCTTCCCTAGTTAGCATCCTCGCCAATAGATCACGGGCTG
GTTTGGGCACGGACTCCCACACTCCTGAGTTGAAATCAAGCTTCACTTTCTTGATTGCTT
CGAAAATTGCATCCAAAGAGTCTCCCTTA

QA 3 751 3 751
DS 



AS 1 2

CO CL4885Contig1 519 2 1 U
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GCTCGTCACCGGCGAAAGGCGAAATCCTCTTCTCCGACGTTATCATGCCGTTTACGACGG
TGGTAGAAGTGGAGGCTCCGAGTCTGTTACGTTACTTGATCGGATCGGCGGTGATGATGA
TAGGCGTCGTATTGCCAGTCGGTTACATGATGTTCCGCAACAAGCGCGTCCCTTCCTCCT
CTTCCTACTCTAAACAGACGAACAAAGTTTTGATTTAGAAAGGCAGAGACTTGGGGTTGA
ATTCAATTGGATCGACAAAGATATGGACGCTTGTAAATTTTGTGGGGGTATTTCTTGTTT
TGATATGGGTTGCAAGAGATACTACGATAAGGGATTAATAAACCTAGAAACATGAGTAAC
TTTTCGTTATTCTTCTTGGTTAAGGTTATGCAAGGTCTGTTATGTAACACAACCTCTTCT
CTTATGTTGAAACATTAATATAAGACTAAGTTTTGGTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A968JQ C 1
AF RR3A968TF U 1
BS 1 519 RR3A968TF

RD RR3A968JQ 519 0 0
GGGAGAGAGAGAGAGAAGTCGAGATCTCTTCTCTTATTACAACCAACTGAACCAAGGTTG
GCTCGTCACCGGCGAAAGGCGAAATCCTCTTTTCCGACGTTATCATGCCGTTTACGACGG
TGGTAGAAGTGGAGGCTCCGAGTCTGTTACGTTACTTGATCGGATCGGCGGTGATGATGA
TAGGCGTCGTATTGCCAGTCGGTTACATGATGTTCCGCAACAAGCGCGTCCCTTCCTCCT
CTTCCTACTCTAAACAGACGAACAAAGTTTTGATTTAGAAAGGCAGAGACTTGGGGTTGA
ATTCAATTGGATCGACAAAGATATGGACGCTTGTAAATTTTGTGGGGGTATTTCTTGTTT
TGATATGGGTTGCAAGAGATACTACGATAAGGGATTAATAAACCTAGAAACATGAGTAAC
TTTTCGTTATTCTTCTTGGTTAAGGTTATGCAAGGTCTGTTATGTAACACAACCTCTTCT
CTTATGTTGAAACATTAATATAAGACTAAGTTTTGGTTC

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR3A968TF 519 0 0
GGGAGAGAGAGAGAGAAGTCGAGATCTCTTCTCTTATTACAACCAACTGAACCAAGGTTG
GCTCGTCACCGGCGAAAGGCGAAATCCTCTTCTCCGACGTTATCATGCCGTTTACGACGG
TGGTAGAAGTGGAGGCTCCGAGTCTGTTACGTTACTTGATCGGATCGGCGGTGATGATGA
TAGGCGTCGTATTGCCAGTCGGTTACATGATGTTCCGCAACAAGCGCGTCCCTTCCTCCT
CTTCCTACTCTAAACAGACGAACAAAGTTTTGATTTAGAAAGGCAGAGACTTGGGGTTGA
ATTCAATTGGATCGACAAAGATATGGACGCTTGTAAATTTTGTGGGGGTATTTCTTGTTT
TGATATGGGTTGCAAGAGATACTACGATAAGGGATTAATAAACCTAGAAACATGAGTAAC
TTTTCGTTATTCTTCTTGGTTAAGGTTATGCAAGGTCTGTTATGTAACACAACCTCTTCT
CTTATGTTGAAACATTAATATAAGACTAAGTTTTGGTTC

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

CO CL4886Contig1 857 2 2 U
GAGGGTAGATAGAACGACGGACCAAAATGCCCTCGACATGGTCCATAAGTGGCAGTTTGT
GGCTCCGAGAACCGACCCGGGTCTGTTCATAAGAGTTTTGCTAGCCTCTCCGACCAAGAA
CAAGACACGAACGGTGAACGCTAAGGTAGGGGCTTTGTATTTGGGAAACGCCAGCGACGT
CGTTTCGATGATGGCGAAGGAGTTTCCCGAGTTGGGTCTGAAGATAGATGATTGTAAGGA
GATGACGTGGATCCAGTCAGTCCTGTGGTGGATGAACTACAAAGACGTGGAGAAAGTCAA
ACCGGAAGTTTTACTTGAAAGAAAACCGGACTCGGCTAAGTTTGTCAAGAGGAAATCGGA
TTACGTGGAGAAGGAGATAACCAAACCCGAACTGAACCGGTTGATTCAGCAACTGGCGAC
GTTAGACAGAACCGGTTTGGTTTTGAATCCGTACGGAGGGAATCTGAACGCGACCGCAAC
TAACGAAACGGCTTTTCCACATAGGCACAAACTATACAAAATCCAACATTCGTCGACATG
GTCAGATGCTAGACCAGAAGCGGACAGGCTTTACGTTGGTAGTTTAAGAACGACATATAG
AATCATGACTCCGTTTGTGTCGAAAAACCCTAGGAGCTCGTATTTAAACTATAGGGATGT
CGATATCGGGGTTAATGACCATGGAAAGGATAGTTATCGAAAGGGGAGAAATCTACGGGA
GGAAGTATTTTGGCGAGAATTTTGATCGGTTGGTTCGGGTTAAAATCGCTGTAGATCCGG
AGAATTTCTTTAGGAATGAACAGAGTATACCAACCTTACCTCATAAGAGACGCTAGGAAA
ACTTTAGTTCATGTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT80TF U 1
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BS 1 627 RR3GT80TF
BS 628 857 RR3GT80JQ

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CGTTTCGATGATGGCGAAGGAGTTTCCCGAGTTGGGTCTGAAGATAGATGATTGTAAGGA
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TTACGTGGAGAAGGAGATAACCAAACCCGAACTGAACCGGTTGATTCAGCAACTGGCGAC
GTTAGACAGAACCGGTTTGGTTTTGAATCCGTACGGAGGGAATCTGAACGCGACCGCAAC
TAACGAAACGGCTTTTCCACATAGGCACAAACTATACAAAATCCAACATTCGTCGACATG
GTCAGATGCTAGACCAGAAGCGGACAGGCTTTACGTTGGTAGTTTAAGAACGACATATAG
AATCATGACTCCGTTTGTGTCGAAAAA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3GT80JQ 745 0 0
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AGCGACGTCGTTTCGATGATGGCGAAGGAGTTTCCCGAGTTGGGTCTGAAGATAGATGAT
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AAATCGGATTACGTGGAGAAGGAGATAACCAAACCCGAACTGAACCGGTTGATTCAGCAA
CTGGCGACGTTAGACAGAACCGGTTTGGTTTTGAATCCGTACGGAGGGAATCTGAACGCG
ACCGCAACTAACGAAACGGCTTTTCCACATAGGCACAAACTATACAAAATCCAACATTCG
TCGACATGGTCAGATGCTAGACCAGAAGCGGACAGGCTTTACGTTGGTAGTTTAAGAACG
ACATATAGAATCATGACTCCGTTTGTGTCGAAAAACCCTAGGAGCTCGTATTTAAACTAT
AGGGATGTCGATATCGGGGTTAATGACCATGGAAAGGATAGTTATCGAAAGGGGAGAAAT
CTACGGGAGGAAGTATTTTGGCGAGAATTTTGATCGGTTGGTTCGGGTTAAAATCGCTGT
AGATCCGGAGAATTTCTTTAGGAATGAACAGAGTATACCAACCTTACCTCATAAGAGACG
CTAGGAAAACTTTAGTTCATGTGAC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL4887Contig1 1076 2 14 U
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GTCGGAAAAGGATACTTACAGAGATGATGGCTCCACAGCATCTGCTGCTGTGTTGGTGGG
GAACCATTTGTATGTTGCAAATGTTGGAGACTCACGGACAATAGTTTCTAAAGCTGGGAA
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AAGCTCTGGCGTTGTTATCATGTGGGCAGGAACTTGGAGGGTAGGTGGAGTACTGGCAAT
GTCCAGGGCCTTTGGAAACAGAATGCTGAAGCAATTCGTTATTGCTGAACCCGAGATTCA
AGATCTAGAGATTGATCACGAGGACGAGTTTCTTGTTCTCGCAAGTGACGGTTTATGGGA
TGTAGTACCAAATGAGGATGCTGTATCCCTTGCTCGTGGCAGCGCAGACAACATCACTTG
CATTGTTGTTAAATTCCGTCATGATAAGACCGAATCCCAACCAAACCCCGAGGCTGAACC
AGAAGATGATATCCAAACCGAATCATCGAACCCCAATGATGAAACGGAAACCGAATCAAG
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GAGATGTTTTTGGGGTCGAAATTGAGGCATGTGCAGACAGACAGATAAAATATTAAAATT
GATTTAGTAGTTTGTGTGCTTTGTGGCTACCTGTAACGTGTGAGAATTTTAATTATTTTT
GGTTTTGTGTTGCATATGGCACACGCCTGCCTGTCTGCCATAAGGACGGCGCCGCTTTGA
ACCTGTCCTCGATTTTTGTCTATTCATTTCGCTCTATTCTGTTTGGTTGGTGCTTTCTCA
CACCAAAAAAAAAAGAGCACACCATTTGTTGTGTTCCTCTCACTTTATTTATATCTTATC
ATTCAATAAACAATGTTTTGTATTTCCTTCCAAATCATTTGCCTTACCTCGTTCCC


BQ
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AF RR3BA61TF U 1
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RD RR3BA61TF 862 0 0
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AAGCTCTGGCGTTGTTATCATGTGGGCAGGAACTTGGAGGGTAGGTGGAGTACTGGCAAT
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GGTTTTGTGT*GCATATGGCAC

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR3BA61JQ 762 0 0
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AGGATGCTGTATCCCTTGCTCGTGGCAGCGCAGACAACATCACTTGCATTGTTGTTAAAT
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GTCGAAATTGAGGCATGTGCAGACAGACAGATAAAATATTAAAATTGATTTAGTAGTTTG
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TATGGCACACGCCTGCCTGTCTGCCATAAGGACGGCGCCGCTTTGAACCTGTCCTCGATT
TTTGTCTATTCATTTCGCTCTATTCTGTTTGGTTGGTGCTTTCTCACACCAAAAAAAAAA
GAGCACACCATTTGTTGTGTTCCTCTCACTTTATTTATATCTTATCATTCAATAAACAAT
GTTTTGTATTTCCTTCCAAATCATTTGCCTTACCTCGTTCCC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL4888Contig1 516 2 1 U
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GATCATACACATTGCAGTGGCCTTTGTCTGCCATGGACCTCTTCTACCATCTTGCATTTA
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TAGAGTAATGTGAAAGCTCCATTGCTTTGCGATTAC


BQ
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AF RR3FL80JQ C 1
AF RR3FL80TF U 1
BS 1 516 RR3FL80TF

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DS 

RD RR3FL80TF 516 0 0
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GATCATACACATTGCAGTGGCCTTTGTCTGCCATGGACCTCTTCTACCATCTTGCATTTA
AGTAAGTTGCATCTATCTCTTATAAGGAACCTTTGCCGTTGTTTTCTCTGCTCTTGTGAT
TTCAAAAAAAAAGAAGCTTGTCTTACACTCACCTATATAATGGAAGTATTCTTATTTTTA
TAGAGTAATGTGAAAGCTCCATTGCTTTGCGATTAC

QA 1 516 1 516
DS 



AS 1 2

CO CL4889Contig1 1160 2 2 U
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CCCGGCGGCTACGGATCGTCGCCCGGTGGTTACGGTGGCTACGGAGCTCCTCCTCCGTCG
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GCGTCTCTGCTACCGTCGGCGTTTCCTCCGGGAACGGATCCGAACGTCGTGACTTGCTTC
CAGGCGGCGGATCGGGACAACAGCGGCTTCATCGACGATAAGGAGCTTCAGGGGGCGCTC
TCTTCGTATAATCAGAGCTTCAGCATGAGAACTGTTCATCTCCTCATGTATCTCTTCACC
AACAGCAACGTCAGGAAGATCGGACCGAAAGAGTTTACTTCACTTTTCTACAGTCTTCAG
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CTCGTTTCTAAGTTTGATAAAAGTGGAGGCAGGAACAGGGCTATTGAATATGACAACTTC
ATCGAGTGTTGTTTGACTGTAAAGGGGCTGACTGAGAAGTTTAAGGAGAAGGATACGGCG
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CTGGAGTTTTCCTCTTTTACCTCTCTTATCGTCTTATCGACTTTGCTTTTGTAAGACTTG
GAAGTGGCTCTCTCTGTATGAGCATTTAAACAAGTGTTGTGGGATAAATTTGACTCTTAA
AAATGGACTAGAATCATTCC


BQ
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AF RR3HB78TF U 1
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BS 665 1160 RR3HB78JQ

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GCGCCGTACGCGGGAGATCACAAGCCCCACAAAGAAAAACCTCAGGCCGCCTACGGATCT
CCCGGCGGCTACGGATCGTCGCCCGGTGGTTACGGTGGCTACGGAGCTCCTCCTCCGTCG
GGACATGGAGGATACGGAGCTCCTCCTCCTCCTCAGCAGGGTGCGTACGGGAGTCCGTTC
GCGTCTCTGCTACCGTCGGCGTTTCCTCCGGGAACGGATCCGAACGTCGTGACTTGCTTC
CAGGCGGCGGATCGGGACAACAGCGGCTTCATCGACGATAAGGAGCTTCAGGGGGCGCTC
TCTTCGTATAATCAGAGCTTCAGCATGAGAACTGTTCATCTCCTCATGTATCTCTTCACC
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AGTT

QA 1 664 1 664
DS 

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GCCTTCATGCTCACTGTTCTACCATTCCTCGTCGCTTAAGTTCGTTGCCCTTATGGAGCT
TTTGGAATAATTTGTTTGTAGTTGAATTCTCTGGAGTTTTCCTCTTTTACCTCTCTTATC
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QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

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AGACCGATTGTTAATAAAGAAACCAAAGTTTTTTCTTAGGGTAGAAGTATCCAAATAAGA
TTTTCATATACAAGCAGAGAAGAGCAGAGAGATGCTTCGTTCTTTCATGAGCCCGCAAAC
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CCTTGTCCCTCTCCAAATAATCCCTCGTAATTAGATCCTCCATACGCTTCTTGATCGCTT
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TGTCTTTGTCCACATCTTCCACAACCTTCTTCCTTTCATCAACAGGAGGGAGAGGGATAT
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CAATGGGCTTGTGATCAAACTTTCCGTTGAGGTGACAAGTTCCTAGTGAGTAGATCCATG
TAAGTTTCCTATGTTTCGTTTTCGTCTCATAAAACCCCC


BQ
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AF RR3H837JQ U 1
AF RR3E055TF C 260
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CCTTGTCCCTCTCCAAATAATCCCTCGTAATTAGATCCTCCATACGCTTCTTGATCGCTT
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TGATTCTGCGCATTCTGTCGGTGAATTTGGCATTGAATTCAAATGAATCAGTCTGCGTAA
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ATTTGTCTGTGGTGTT

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DS 

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QA 1 620 1 620
DS 



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BQ
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AF RR3GT70JQ U 8
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BS 528 646 RR3GT70TF

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DS 

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CATCATGATACGTCACTTAGCCATCATAATCTTGACAAACTCTTCATAATTTATCTGACC
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ACCAAGATTAGTCATCACATGGCGAAGCTCAGCAGCGGAGATGAAACCGTTCTGGTCTTC
GTCGAAAACCCTGAATGCCTCTTTCAGCTCTTCCTCAGAGTCAGTGTCCTTCATCTTCTT
AGCCATCAGGTTCAGGAACTCCGGAAAGTCGATGGTACCGTTCCCATCTGCGTCCACCTC
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TTTCTTCCTCCTTCGCTTACTTATTGCTTCTTCTCAGCCGTCTCCC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

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TTCATGGAAGCTTACTGCTTGACTCTACGGGAGCTGAAGGAAGCAATGGAGAAGCCTCTT
ATCGAAACCCACCGTTTTATGGATGCGGTGTACAATCAGCTAAACGACATTGTTCTTTCA
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW47TF U 1
AF RR3CT43TF U 6
BS 1 43 RR3CW47TF
BS 44 44 RR3CT43TF
BS 45 89 RR3CW47TF
BS 90 90 RR3CT43TF
BS 91 118 RR3CW47TF
BS 119 119 RR3CT43TF
BS 120 203 RR3CW47TF
BS 204 204 RR3CT43TF
BS 205 220 RR3CW47TF
BS 221 221 RR3CT43TF
BS 222 231 RR3CW47TF
BS 232 232 RR3CT43TF
BS 233 269 RR3CW47TF
BS 270 270 RR3CT43TF
BS 271 285 RR3CW47TF
BS 286 288 RR3CT43TF
BS 289 324 RR3CW47TF
BS 325 325 RR3CT43TF
BS 326 365 RR3CW47TF
BS 366 366 RR3CT43TF
BS 367 408 RR3CW47TF
BS 409 409 RR3CT43TF
BS 410 418 RR3CW47TF
BS 419 419 RR3CT43TF
BS 420 592 RR3CW47TF
BS 593 593 RR3CT43TF
BS 594 609 RR3CW47TF
BS 610 622 RR3CT43TF

RD RR3CW47TF 609 0 0
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CACGAGATCAATCAGAAAACAAAAGAAGATGAAGAAGAAAGCGAGATTCTAAAAAAGAGA
ATCTCAACCCATCCTCTTTATGGGCTTCTTCTTCACTCACATCTCAGTTGTTTAAAGGTG
TGTTCCGGCGACTTTGACTCACCGGAGAAAATGAACACGGTGGATGATCTCGCCCTAACA
AAACTCTCTCTCCACTCTGATTCTTCACTTGAAAGTACCTCTTCA***GAGCTTGATCAA
TTCATGGAAGCTTACTGCTTGACTTTACGGGAGCTGAAGGAAGCAATGGAGAAGCCTCTT
ATCGAGACCCACCGTTTTATGGATGCGGTGTACAATCAGCTAAACGACCTTGTTCTTTTA
TCATCACCCCATTAAATAAGGGTGAAACGTGACAACTATTCGGTGCTATTAATTATGTTA
AACGCATTTCGCCAAGTTTGTGAAATTACCAGTGTATTCGTGTTTTAAAATGCTGCGTTT
TGTGGAGCTCTTTGTAGAATCATGTAACGGCAATCGTAATTTGAGAATTAAA*GTTCTAA
AGGGCGCGA

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3CT43TF 617 0 0
GG
AGTGAAACATGGAAGTGAAGAAAGACGAGAACAGTTCCTTACAAAACATGAAACACGAGA
TCAATCAGAAAACAAAAGAAGAGGAAGAAGAAAGCGAGATTCTAAAAAAGAAAATCTCAA
CCCATCCTCTTTATGGGCTTCTTCTTCACTCACATCTCAGTTGTTTAAAGGTGTGTTCCG
GCGACTTTGACTCACCAGAGATAATGAACACGGCGGATGATCTTACCCTAACAAAACTCT
CTCTCCACTCTGATTCTTCACTCGAAAGTACCTCTTCACCAGAGCTTGATCAATTCATGG
AAGCTTACTGCTTGACTCTACGGGAGCTGAAGGAAGCAATGGAGAAGCCTCTTATCGAAA
CTCACCGTTTTATGGATGCGGTGTACAATCAGCTAAACGACATTGTTCTTTCATCATCAC
CCCATTAAATAAGGGTGAAACGTGACTACTATTCGGTGGTATTAATTATGTTAAACGCAT
TTCGCCAAGTTTGTGAAATTGCCAGTGTATTCGTGTTTTAAAATGCTGCGTTTTGTGGAG
CTCTTTGTAGAATCATGTAACGGCAATCGTAATTTGAGAATTAAAAGTTCTAAAGGGCGC
GAATGCCCTCCTGCT

QA 3 617 3 617
DS 



AS 1 2

CO CL4893Contig1 346 2 1 U
GGGCATATCTCAGCTCAGACAACCTCCGTTGAACAGGAGAGTGAGGAAAGAAGAGATGGT
TGGGCACAAGATTGCACACGCAACCTTGAAAGGTCCGAGTGTCGTGAAGGAGTTAGTTAT
AGGTCTTGCACTAGGGCTAGCAGCTGGTGGGCTATGGAAAATGCACCACTGGAACGAGCA
GAGGAAGACGAGAACATTCTATGATTTGCTTGAGAAGGACGAGATTAGCGTCGTTGTTGC
AGAGTAGTAGTATTTGTAGAGAGAGAGAGAGATCTTCTCCTCCAACACTAAATATTTTGA
TGATGATGATGATCACTTCTAAATTTTAGCGTTTGTTATTAGTTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E181JQ C 1
AF RR3E181TF U 1
BS 1 346 RR3E181TF

RD RR3E181JQ 346 0 0
GGGCATATCTCAGCTCAGACAACCTCCGTTGAACAGGAGAGTGAGGAAAGAAGAGATGGT
TGGGCACAAGATTGCACACGCAACCTTGAAAGGTCCGAGTGTCGTGAAGGAGTTAGTTAT
AGGTCTTGCACTAGGGCTAGCAGCTGGTGGGCTATGGAAAATGCACCACTGGAACGAGCA
GAGGAAGACGAGAACATTCTATGATTTGCTTGAGAAGGACGAGATTAGCGTCGTTGTTGC
AGAGTAGTAGTATTTGTAGAGAGAGAGAGAGATCTTCTCCTCCAACACTAAATATTTTGA
TGATGATGATGATCACTTCTAAATTTTAGCGTTTGTTATTAGTTTC

QA 1 346 1 346
DS 

RD RR3E181TF 346 0 0
GGGCATATCTCAGCTCAGACAACCTCCGTTGAACAGGAGAGTGAGGAAAGAAGAGATGGT
TGGGCACAAGATTGCACACGCAACCTTGAAAGGTCCGAGTGTCGTGAAGGAGTTAGTTAT
AGGTCTTGCACTAGGGCTAGCAGCTGGTGGGCTATGGAAAATGCACCACTGGAACGAGCA
GAGGAAGACGAGAACATTCTATGATTTGCTTGAGAAGGACGAGATTAGCGTCGTTGTTGC
AGAGTAGTAGTATTTGTAGAGAGAGAGAGAGATCTTCTCCTCCAACACTAAATATTTTGA
TGATGATGATGATCACTTCTAAATTTTAGCGTTTGTTATTAGTTTC

QA 1 346 1 346
DS 



AS 1 2

CO CL4894Contig1 918 2 6 U
GGATCGACGTCTTCACCCTACAGTTAAGACTCCGATCGACACTCTGTAACGTCCAACCAC
TTATACCACCCTCCCAGCTTTTAATCGAGCTTATCATCTTTCCAGGATAACCGTCAGAAA
CTCCATCTATAAATGTGTTTGCTCCTTGCACAAAAAAATGTGTTTGCTCCCAGGCTCCAG
CGATGAACATCATGGCATCTGCGAAAACTAAAGCACGATCCCTGCAAATCATCAACTCAA
CAATGGCGCAAACCTCCATCCTGCTCCCTACGATGAACATCATTGCATCTGCGAAAACTG
AAGCACAATCCCTGCAAATAATCAACTCAACAATGGCGCAATCCTTCATCCTGCTCGCCG
ATTTGAAAGCTGGCCGGTTCTGTCAGTGGAGATTCAACAGCGGCAGATTCCTCACACCAC
CGCGACAAGACCAAATCATAACCTCCATCAAGTATTTGGTGGAAGCTGCAGCAGAAGATC
GTTCCAAACAGAAGCTGATCTCACCATAGATTCTTCAGGTTGCAAAGTTTTAGGAGCCCA
TCACCAGGACTACTCAACTTATAATGTCAATGATTCGTGTTGCCAATGTTATTGGTAGAG
ACGCTCTCAATCCTTCATGAGAAAATGGAACCCAAGGTCATCGTGGCCACTAGCATAAAC
CCAGAACTTCTCTCCTATTTTTAAAAGCTACGTCTGGGGCCACTTTAAAGTTTAACTGTT
CGATGAGTAAGTTTCTTCTGAATATATTAACCACTGCAGCTAACATGGCTTGACTGAAGT
GACGCCTCAAGTGGTTCCAAGTATGGAGGTGTTCAGACAACCGAGAGCGTGACTGTGGCG
TAGCTTAGTACAACATTTGTTATTGGTATTAATATGCCACTCTTTCAGTCTACACTACTG
CATTGTAACAAAAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX15TF U 1
AF RR3CX15JQ C 265
BS 1 636 RR3CX15TF
BS 637 637 RR3CX15JQ
BS 638 747 RR3CX15TF
BS 748 748 RR3CX15JQ
BS 749 789 RR3CX15TF
BS 790 918 RR3CX15JQ

RD RR3CX15TF 790 0 0
GGATCGACGTCTTCACCCTACAGTTAAGACTCCGATCGACACTCTGTAACGTCCAACCAC
TTATACCACCCTCCCAGCTTTTAATCGAGCTTATCATCTTTCCAGGATAACCGTCAGAAA
CTCCATCTATAAATGTGTTTGCTCCTTGCACAAAAAAATGTGTTTGCTCCCAGGCTCCAG
CGATGAACATCATGGCATCTGCGAAAACTAAAGCACGATCCCTGCAAATCATCAACTCAA
CAATGGCGCAAACCTCCATCCTGCTCCCTACGATGAACATCATTGCATCTGCGAAAACTG
AAGCACAATCCCTGCAAATAATCAACTCAACAATGGCGCAATCCTTCATCCTGCTCGCCG
ATTTGAAAGCTGGCCGGTTCTGTCAGTGGAGATTCAACAGCGGCAGATTCCTCACACCAC
CGCGACAAGACCAAATCATAACCTCCATCAAGTATTTGGTGGAAGCTGCAGCAGAAGATC
GTTCCAAACAGAAGCTGATCTCACCATAGATTCTTCAGGTTGCAAAGTTTTAGGAGCCCA
TCACCAGGACTACTCAACTTATAATGTCAATGATTCGTGTTGCCAATGTTATTGGTAGAG
ACGCTCTCAATCCTTCATGAGAAAATGGAACCCAAG*TCATCGTGGCCACTAGCATAAAC
CCAGAACTTCTCTCCTATTTTTAAAAGCTACGTCTGGGGCCACTTTAAAGTTTAACTGTT
CGATGAGTAAGTTTCTTCTGAATATAT*AACCACTGCAGCTAACATGGCTTGACTGAAGT
GACGCCTCA
G

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3CX15JQ 654 0 0
TCCCTACGATGAACATCATTGCATCTGCGAAAACTGAAGCACAATCCCTGCAAATAATCA
ACTCAACAATGGCGCAATCCTTCATCCTGCTCGCCGATTTGAAAGCTGGCCGGTTCTGTC
AGTGGAGATTCAACAGCGGCAGATTCCTCACACCACCGCGACAAGACCAAATCATAACCT
CCATCAAGTATTTGGTGGAAGCTGCAGCAGAAGATCGTTCCAAACAGAAGCTGATCTCAC
CATAGATTCTTCAGGTTGCAAAGTTTTAGGAGCCCATCACCAGGACTACTCAACTTATAA
TGTCAATGATTCGTGTTGCCAATGTTATTGGTAGAGACGCTCTCAATCCTTCATGAGAAA
ATGGAACCCAAGGTCATCGTGGCCACTAGCATAAACCCAGAACTTCTCTCCTATTTTTAA
AAGCTACGTCTGGGGCCACTTTAAAGTTTAACTGTTCGATGAGTAAGTTTCTTCTGAATA
TATTAACCACTGCAGCTAACATGGCTTGACTGAAGTGACGCCTCAAGTGGTTCCAAGTAT
GGAGGTGTTCAGACAACCGAGAGCGTGACTGTGGCGTAGCTTAGTACAACATTTGTTATT
GGTATTAATATGCCACTCTTTCAGTCTACACTACTGCATTGTAACAAAAAAAAA

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL4895Contig1 842 2 2 U
GATTCAAACCTGACACTAAACATCCATGCATCATATTCATGCCTGAGGGTTCAAGAACTC
ATATGGGAGGCACTATGCGCCTAGGATCAAGAAAATCCATCTTCAGTGTCAAAGACAGCA
AATCCGCCAAACTCTATGGCAACATGACCTTTGTTGATGAGAGGCATCGCCATAGATACG
AGGTAAATCCTGATATGGTTGAACGGCTAGAGAAGGCTGGTCTCTCTTTTGCTGCCAAAG
ATGAAACTGGCAAACGCATGGAGATTGTTGAACTGCCAAGTCATCCTTTCTTCATTGGTG
ATCAGTTCCACCCAGAGTACAAATCCAGACCCGGGAAAGCATCTCCTCTCTTCTTAGGAC
TCATTGCAGCATCGTGTGGTGAGCTAGAGTCTGTCATGAATCCAGCCTATGCTCAACAGC
ATCTGATTAGTAACGGTCCAAAAAACGTTTTAGTCAATGGAAACTCAAAGAAAGCTCCCA
ATGGCTTGGCTGATGTAAGACACAACAACGGATACTGCAGAGACTCACTTTTCTCTATCC
CTTAGAATTGCTTCATTTTCCGATTTTGGTTTGCTTTTTCTTTTAATGCTAAATTTAGGA
TCTTTCCTGTGTACATATGATTCAAGCTTTTTTCAGGTTTTTAGACTCTTTTTAACAGAA
TTTATGTTCTGGAAAGACTCTAGAAACGTCTGAAAATCGCGGTTGATTATCCTTGGTTTG
TTTTTTATCAATCAAAAGGGGATGATATGATCATATGTACCTTTGCAATATTCTGTATTT
TGATTTGCTTTTGAGTGTGAAAGAAGCATTGGATAAATAAAACTCCAAACAAAGACTTAA
GC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3GA53TF U 1
AF RR3GA53JQ C 351
BS 1 633 RR3GA53TF
BS 634 842 RR3GA53JQ

RD RR3GA53TF 634 0 0
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AATCCGCCAAACTCTATGGCAACATGACCTTTGTTGATGAGAGGCATCGCCATAGATACG
AGGTAAATCCTGATATGGTTGAACGGCTAGAGAAGGCTGGTCTCTCTTTTGCTGCCAAAG
ATGAAACTGGCAAACGCATGGAGATTGTTGAACTGCCAAGTCATCCTTTCTTCATTGGTG
ATCAGTTCCACCCAGAGTACAAATCCAGACCCGGGAAAGCATCTCCTCTCTTCTTAGGAC
TCATTGCAGCATCGTGTGGTGAGCTAGAGTCTGTCATGAATCCAGCCTATGCTCAACAGC
ATCTGATTAGTAACGGTCCAAAAAACGTTTTAGTCAATGGAAACTCAAAGAAAGCTCCCA
ATGGCTTGGCTGATGTAAGACACAACAACGGATACTGCAGAGACTCACTTTTCTCTATCC
CTTAGAATTGCTTCATTTTCCGATTTTGGTTTGCTTTTTCTTTTAATGCTAAATTTAGGA
TCTTTCCTGTGTACATATGATTCAAGCTTTTTT
T

QA 1 633 1 633
DS 

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TTT
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CAACAGCATCTGATTAGTAACGGTCCAAAAAACGTTTTAGTCAATGGAAACTCAAAGAAA
GCTCCCAATGGCTTGGCTGATGTAAGACACAACAACGGATACTGCAGAGACTCACTTTTC
TCTATCCCTTAGAATTGCTTCATTTTCCGATTTTGGTTTGCTTTTTCTTTTAATGCTAAA
TTTAGGATCTTTCCTGTGTACATATGATTCAAGCTTTTTTCAGGTTTTTAGACTCTTTTT
AACAGAATTTATGTTCTGGAAAGACTCTAGAAACGTCTGAAAATCGCGGTTGATTATCCT
TGGTTTGTTTTTTATCAATCAAAAGGGGATGATATGATCATATGTACCTTTGCAATATTC
TGTATTTTGATTTGCTTTTGAGTGTGAAAGAAGCATTGGATAAATAAAACTCCAAACAAA
GACTTAAGC

QA 4 492 4 492
DS 



AS 1 2

CO CL4896Contig1 755 2 2 U
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TTCAAGCGTCTCGTAAGTCACAAATCGCCCTTCCGAGGAAAAACAAGTCTCTCTGAGGCT
TGTGTTGTAAATCCAAAAGCTTACTAATAAACCAAAACTAGCAACTCAAATTACGCATGT
AAATCGTAAAAGTGCTTTGTGGAGGACATGAAAGTTATTCGGCACCGGCTCTTTAGTGGC
TCTTTCTAGTTCTGCTCACGTGAGAGCTCTGATCGGTAAGGAACTTGATGACATCGACTA
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ATTCAAATGCGTTTTCTGCTACCGGGTACTGAATAGGTTTTGGAATCTTGGTTTTGATGA
GCGGCCAAAATCTATCCTCGACCACGGATTTCACTAGACAGCAAGCTCTTAAACCTTCTA
TGCCAGCAAAGCGCCCAAACCCGCTATCTTTTACACCTCCAAACGGGAGCGACTGGCACA
TGTAGTTCGATGCGAAGTCATTGATTGCAGCAACGCCGCACTGAATTTGAGAAGCAATTT
GTTTTGCTCGGCGCTGGCTTCCTGAAAAAACAGCACAACCGAGCGCATAGCGTGAATCGT
TCGCTAGCTTGATGACCTCTTCATCGGTGTTGAATTGCATGATCGGCATTATTGGTCCAA
ATGCCTCTTCTTTCATTATCTTCATGGTGTGGTTC


BQ
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AF RR3CW62TF C 1
AF RR3CW62JQ U 9
BS 1 8 RR3CW62TF
BS 9 755 RR3CW62JQ

RD RR3CW62TF 755 0 0
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TTCAAGCGTCTCGTAAGTCACAAATCGCCCTTCCGAGGAAAAACAAGTCTCTCTGAGGCT
TGTGTTGTAAATCCAAAAGCTTACTAATAAACCAAAACTAGCAACTCAGATTACGCATGT
AAATCGTAAAAGTGCTTTGTGGAGGACATGAAAGTTATTCGGCACCGGCTCTTTAGTGGC
TCTTTCTAGTTCTGCTCACGTGAGAGCTCTGATCGGTAAGGAACTTGATGACATCGACTA
GGGATCTCAGTCGGTCCCAGACGTTGAGTACATAAAGGGTTTCAACTAGTGCCTCCTGGA
ATTCAAATGCGTTTTCTGCTACCGGGTACTGAATAGGTTTTGGAATCTTGGTTTTGATGA
GCGGCCAAAATCTATCCTCGACCACGGATTTCACTAGACAGCAAGCTCTTAAACCTTCTA
TGCCAGCAAAGCGCCCAAACCCGCTATCTTTTACACCTCCAAACGGGAGCGACTGGCACA
TGTAGTTCGATGCGAAGTCATTGATTGCAGCAACGCCGCACTGAATTTGAGAAGCAATTT
GTTTTGCTCGGCGCTGGCTTCCTGAAAAAACAGCACAACCGAGCGCATAGCGTGAATCGT
TCGCTAGCTTGATGACCTCTTCATCGGTGTTGAATTGCATGATCGGCATTATTGGTCCAA
ATGCCTCTTCTTTCATTATCTTCATGGTGTGGTTC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3CW62JQ 747 0 0
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TCTCGTAAGTCACAAATCGCCCTTCCGAGGAAAAACAAGTCTCTCTGAGGCTTGTGTTGT
AAATCCAAAAGCTTACTAATAAACCAAAACTAGCAACTCAAATTACGCATGTAAATCGTA
AAAGTGCTTTGTGGAGGACATGAAAGTTATTCGGCACCGGCTCTTTAGTGGCTCTTTCTA
GTTCTGCTCACGTGAGAGCTCTGATCGGTAAGGAACTTGATGACATCGACTAGGGATCTC
AGTCGGTCCCAGACGTTGAGTACATAAAGGGTTTCAACTAGTGCCTCCTGGAATTCAAAT
GCGTTTTCTGCTACCGGGTACTGAATAGGTTTTGGAATCTTGGTTTTGATGAGCGGCCAA
AATCTATCCTCGACCACGGATTTCACTAGACAGCAAGCTCTTAAACCTTCTATGCCAGCA
AAGCGCCCAAACCCGCTATCTTTTACACCTCCAAACGGGAGCGACTGGCACATGTAGTTC
GATGCGAAGTCATTGATTGCAGCAACGCCGCACTGAATTTGAGAAGCAATTTGTTTTGCT
CGGCGCTGGCTTCCTGAAAAAACAGCACAACCGAGCGCATAGCGTGAATCGTTCGCTAGC
TTGATGACCTCTTCATCGGTGTTGAATTGCATGATCGGCATTATTGGTCCAAATGCCTCT
TCTTTCATTATCTTCATGGTGTGGTTC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL4897Contig1 710 2 2 U
GGAAGATTATAAACTGACAAGGAAACAACAAGAAGAGGAAAAGAAACGTTACAGGGATCA
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TCCAAGAAGAAGCAACAGCATAAAAAAGGTCAATGGTGGTTACAGCAGTGGGAATGTATC
TATGCCTCCTACACCACGCAGAAACTCAGCAGGAGCAGCAAATAGCGACGTTATGATGAC
ACCAAGATCTTACTCAGGTCATCATCATGGCCAAAACGGATACTTCAAGGAAGTGAGGAA
ACTCTCAACAGCTCCTTTGAACTTTGTGGCTATACCGAAGGAAGATTCAGTCTCTACGTA
CACTTACTCTGAACCAGATTCACCGTTACATAACTGAAGTGTCTGTTGCACTGGTTAATG
GAGTAGGAGTTGGGATGTTAGAGATGAATGTGATCAAAAGGAGGAGTAATTTGTTGACAA
ATTAATGACTGTTATGTGTGTGTGTGTGTGACACTTTGAGTTGACTTTTTGTGACTGACT
TTAGGATATTAATAGTAGAAGAGTAGAAACTGATGGATGTTATGTTCTTATAGTCTTTCT
TTAATGTCTCTTTCTCTTTTGGTGTGTTGGTGAATTTGTGTGAATGTGTGTGTATATGGT
GCTCCTTGTTTGCTCACCTTATGCAGATATTGAGAGATGTTCTTCTGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EQ12TF U 1
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BS 1 608 RR3EQ12TF
BS 609 710 RR3EQ12JQ

RD RR3EQ12TF 608 0 0
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GAAGAAGATGCAGGATCTGTTATTAAACAGGAGGGAATCCATCTATGGATCAAAACCGAG
TCCAAGAAGAAGCAACAGCATAAAAAAGGTCAATGGTGGTTACAGCAGTGGGAATGTATC
TATGCCTCCTACACCACGCAGAAACTCAGCAGGAGCAGCAAATAGCGACGTTATGATGAC
ACCAAGATCTTACTCAGGTCATCATCATGGCCAAAACGGATACTTCAAGGAAGTGAGGAA
ACTCTCAACAGCTCCTTTGAACTTTGTGGCTATACCGAAGGAAGATTCAGTCTCTACGTA
CACTTACTCTGAACCAGATTCACCGTTACATAACTGAAGTGTCTGTTGCACTGGTTAATG
GAGTAGGAGTTGGGATGTTAGAGATGAATGTGATCAAAAGGAGGAGTAATTTGTTGACAA
ATTAATGACTGTTATGTGTGTGTGTGTGTGACACTTTGAGTTGACTTTTTGTGACTGACT
TTAGGATATTAATAGTAGAAGAGTAGAAACTGATGGATGTTATGTTCTTATAGTCTTTCT
TTAATGTC

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3EQ12JQ 622 0 0
AGGAGGGAATCCATCTATGGATCAAAACCGAGTCCAAGAAGAAGCAACAGCATAAAAAAG
GTCAATGGTGGTTACAGCAGTGGGAATGTATCTATGCCTCCTACACCACGCAGAAACTCA
GCAGGAGCAGCAAATAGCGACGTTATGATGACACCAAGATCTTACTCAGGTCATCATCAT
GGCCAAAACGGATACTTCAAGGAAGTGAGGAAACTCTCAACAGCTCCTTTGAACTTTGTG
GCTATACCGAAGGAAGATTCAGTCTCTACGTACACTTACTCTGAACCAGATTCACCGTTA
CATAACTGAAGTGTCTGTTGCACTGGTTAATGGAGTAGGAGTTGGGATGTTAGAGATGAA
TGTGATCAAAAGGAGGAGTAATTTGTTGACAAATTAATGACTGTTATGTGTGTGTGTGTG
TGACACTTTGAGTTGACTTTTTGTGACTGACTTTAGGATATTAATAGTAGAAGAGTAGAA
ACTGATGGATGTTATGTTCTTATAGTCTTTCTTTAATGTCTCTTTCTCTTTTGGTGTGTT
GGTGAATTTGTGTGAATGTGTGTGTATATGGTGCTCCTTGTTTGCTCACCTTATGCAGAT
ATTGAGAGATGTTCTTCTGCTT

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

CO CL4898Contig1 851 2 2 U
TAAGAGCCAACAAAGCTACCTCTGCTTTTGGTCTAGAGGCGCGTGTCCCTTTTCTAGACA
AAGAGTTTATCAACACCGCTATGTCTCTCGACCCTGAAGCCAAGATGATCAAACCAGAGG
AAGGAAGGATCGAGAAGTGGGTTTTAAGGAGAGCCTTTGACGATGAAGAACGTCCTTATT
TGCCAAAACACATTCTCTACAGACAGAAAGATCAGTTTAGTGATGGTGTTGGGTACAGCT
GGATCGATGGCCTCAAAGCCCATGCTGCTGAAAATGTCAATGACAAGATGATGTCCAACG
CTGCATATATCTTCCCTCACAACACCCCACTCACCAAAGAAGCTTACTATTACAGAATGA
TCTTTGAGAGGTTCTTCCCACAGAACTCGGCAAGGCTAACTGTTCCAGGAGGTGCGACCG
TGGCCTGCTCGACCGCAAAAGCCGTGGAGTGGGATGCAAGCTGGTCCAACAATATGGATC
CATCGGGAAGAGCTACGATTGGAGTCCACCTCTCCGCCTACGACGGCAGCAAAGTGGCAT
TGCCCTTGCCGCCACATAAGGCAATTGACGACATGCCAATGATGAGGGGACAAGAAGTTG
TGATTCAGACATGAGTCGAAGGATATATGGGGGAATTGGAGTTCTTTAAAGTTGTCCTAA
TGGGTTTAAGTGTTTTTGTATGATTTCAAAATAAAATTGGTTTCCTGTTCCTAGGGAAGA
TATGGATGTATAAATTAATTTTCTTGTACTTTTAGCAAAGATTCGAATGTACTGTTTCTT
CAAAATCGATGTACACCAATCTTACTTAAATGATATGTATTGTAGTATGAAATGAAAAAA
TTTGATTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CC90TF U 1
AF RR3CC90JQ C 30
BS 1 558 RR3CC90TF
BS 559 851 RR3CC90JQ

RD RR3CC90TF 558 0 0
TAAGAGCCAACAAAGCTACCTCTGCTTTTGGTCTAGAGGCGCGTGTCCCTTTTCTAGACA
AAGAGTTTATCAACACCGCTATGTCTCTCGACCCTGAAGCCAAGATGATCAAACCAGAGG
AAGGAAGGATCGAGAAGTGGGTTTTAAGGAGAGCCTTTGACGATGAAGAACGTCCTTATT
TGCCAAAACACATTCTCTACAGACAGAAAGATCAGTTTAGTGATGGTGTTGGGTACAGCT
GGATCGATGGCCTCAAAGCCCATGCTGCTGAAAATGTCAATGACAAGATGATGTCCAACG
CTGCATATATCTTCCCTCACAACACCCCACTCACCAAAGAAGCTTACTATTACAGAATGA
TCTTTGAGAGGTTCTTCCCACAGAACTCGGCAAGGCTAACTGTTCCAGGAGGTGCGACCG
TGGCCTGCTCGACCGCAAAAGCCGTGGAGTGGGATGCAAGCTGGTCCAACAATATGGATC
CATCGGGAAGAGCTACGATTGGAGTCCACCTCTCCGCCTACGACGGCAGCAAAGTGGCAT
TGCCCTTGCCGCCACATA

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR3CC90JQ 822 0 0
GGTCTAGAGGCGCGTGTCC*TTTTCTAGACAAAGAGTTTATCAACACCGCTATGTCTCTC
GACC*TGAAGCCAAGATGATCAAACCAGAGGAAGGAAGGATCGAGAAGTGGGTTTTAAGG
AGAGCCTTTGACGATGAAGAACGTCCTTATTTGCCAAAACACATTCTCTACAGACAGAAA
GATCAGTTTAGTGATGGTGTTGGGTACAGCTGGATCGATGGCCTCAAAGCCCATGCTGCT
GAAAATGTCAATGACAAGATGATGTCCAACGCTGCATATATCTTCCCTCACAACACCCCA
CTCACCAAAGAAGCTTACTATTACAGAATGATCTTTGAGAGGTTCTTCCCACAGAACTCG
GCAAGGCTAACTGTTCCAGGAGGTGCGACCGTGGCCTGCTCGACCGCAAAAGCCGTGGAG
TGGGATGCAAGCTGGTCCAACAATATGGATCCATCGGGAAGAGCTACGATTGGAGTCCAC
CTCTCCGCCTACGACGGCAGCAAAGTGGCATTGCCCTTGCCGCCACATAAGGCAATTGAC
GACATGCCAATGATGAGGGGACAAGAAGTTGTGATTCAGACATGAGTCGAAGGATATATG
GGGGAATTGGAGTTCTTTAAAGTTGTCCTAATGGGTTTAAGTGTTTTTGTATGATTTCAA
AATAAAATTGGTTTCCTGTTCCTAGGGAAGATATGGATGTATAAATTAATTTTCTTGTAC
TTTTAGCAAAGATTCGAATGTACTGTTTCTTCAAAATCGATGTACACCAATCTTACTTAA
ATGATATGTATTGTAGTATGAAATGAAAAAATTTGATTGTGC

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

CO CL4899Contig1 1472 2 4 U
GGGCCTCATCTCCTCTCTTTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTAGATTTTGCTCATGAACTTGT
CTTAAAATTCTCATTCTCATCAAACTAAACAAACAAAACAAAACACAACATGGGTCTCAC
TTCTCTTCAAGTTTGCATGGATTCTGACTGGCTCCAGGAAGCTGAGTCATCAGGAGGAAG
CATGTTAGATTCTACAACAACTTCTCCAACAGCAGCCGAGATACTAGCTGCTTGCAGCAC
TAGACCACAAGCCTCGGCCATGGCTGTAGCCGCGGCTGCTCTGATGGACGGTGGAAGGAG
GCTGCGTCCACCTCACGACCATCCACAGAAGTGTCCTCGTTGCGAGTCAGCGCATACTAA
GTTTTGTTACTACAATAACTACAGCCTCTCTCAGCCTCGTTACTTCTTTAAAACATGTCG
CCGTTACTGGACGAAAGGCGGCACTCTAAGGAATATTCCTGTCGGTGGTGGCTGCCGGAA
AAACAAGAAACCCTCTTCCTCTAATTCCTCATCCTCCACTTCTTCCGGGAAAAAGCCGTC
CAACATTGTTACCACTAATACCAATGACCTTATGGCTTTAGCACAATCTCATCAGAATTA
CCAAAATGCCTCTCTGGGGTTCTCACATTTTGGTGGGAATGGGATGATGGGGTCTTACAC
AGCTCTCGGTCATAGTAGCGTTGGTTTCTTGGAGAGCAAGTATGGCGGTTTGCTTTCACC
AAGCCCTAGACCTATTGAATTTTTGGACAGTAAGTTTGATCTCATGGGAGTGAACAATGA
CAATCCGGTCATGGTTGATCATGGAATTAACGGTGATCATCATCATCATCATCATCACAT
GGGTATGAATCACGGATTAGGTCTTAACAACAATAACCATGATGGGTTTCAGGGGATTTC
TCCGGCAAACAACGGAAATGGTGGTGGTGGTCTCATGGATATATCTATAAGCCAGAGACT
TATGCTAGCTAATTATGAACATCATCATTATAATCATCATGAAGATAATCAAAGAGTAAC
ATCAATAATGGATGTGAAACCAAGTCCAAAGCTGTTATCTCTTGATTGGCAACAAGGTCA
AGGCTACTCAGATGGTAGCGGCAACGGAGGCGGTGGAAGATCTGACGGAGGTAGCGGTTA
TATCAACGGCTTAGGTTCGACGTGGAATGGTTTGATGAATGGCTATGGATCCTCTACTAA
AACTAACTCCATGGTTTAATAAATTAATATCAGAACTTTATTTCTTGTCGTTATCGACTG
GTATTACAGAAGCAATTATATTAGTATATGGGTTTGTTTAATTAGCCAGTTTTATTTTCG
TAGTTGATTTCTGATTACGGAAGTAATCTTAATTAGTAATCTTGTTTACAATTAAGATAT
ATTCTTCCGTTTTGTGTGTGTTCGTATGGTTGAGAACCAATACCATGATGTGTAATGTTT
CTTGATATAATTAGCATCCAGTCTATATTTGG


BQ
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AF RR3CO07TF U 1
AF RR3CO07JQ C 644
BS 1 743 RR3CO07TF
BS 744 744 RR3CO07JQ
BS 745 756 RR3CO07TF
BS 757 1472 RR3CO07JQ

RD RR3CO07TF 756 0 0
GGGCCTCATCTCCTCTCTTTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTAGATTTTGCTCATGAACTTGT
CTTAAAATTCTCATTCTCATCAAACTAAACAAACAAAACAAAACACAACATGGGTCTCAC
TTCTCTTCAAGTTTGCATGGATTCTGACTGGCTCCAGGAAGCTGAGTCATCAGGAGGAAG
CATGTTAGATTCTACAACAACTTCTCCAACAGCAGCCGAGATACTAGCTGCTTGCAGCAC
TAGACCACAAGCCTCGGCCATGGCTGTAGCCGCGGCTGCTCTGATGGACGGTGGAAGGAG
GCTGCGTCCACCTCACGACCATCCACAGAAGTGTCCTCGTTGCGAGTCAGCGCATACTAA
GTTTTGTTACTACAATAACTACAGCCTCTCTCAGCCTCGTTACTTCTTTAAAACATGTCG
CCGTTACTGGACGAAAGGCGGCACTCTAAGGAATATTCCTGTCGGTGGTGGCTGCCGGAA
AAACAAGAAACCCTCTTCCTCTAATTCCTCATCCTCCACTTCTTCCGGGAAAAAGCCGTC
CAACATTGTTACCACTAATACCAATGACCTTATGGCTTTAGCACAATCTCATCAGAATTA
CCAAAATGCCTCTCTGGGGTTCTCACATTTTGGTGGGAATGGGATGATGGGGTCTTACAC
AGCTCTCGGTCATAGTAGCGTTGGTTTCTTGGAGAGCAAGTATGGCGGTTTGCTTTCACC
AAGCCCTAGACCTATTGAATTTT*GGACAGTAAGTT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3CO07JQ 829 0 0
GATGAT
GGGTCTTACACAGCTCTCGGTCATAGTAGCGTTGGTT*CTTGGAGAGCAAGTATGGCGGT
TTGCTTTCACCAAGCCCTAGACCTATTGAATTTTTGGACAGTAAGTTTGATCTCATGGGA
GTGAACAATGACAATCCGGTCATGGTTGATCATGGAATTAACGGTGATCATCATCATCAT
CATCATCACATGGGTATGAATCACGGATTAGGTCTTAACAACAATAACCATGATGGGTTT
CAGGGGATTTCTCCGGCAAACAACGGAAATGGTGGTGGTGGTCTCATGGATATATCTATA
AGCCAGAGACTTATGCTAGCTAATTATGAACATCATCATTATAATCATCATGAAGATAAT
CAAAGAGTAACATCAATAATGGATGTGAAACCAAGTCCAAAGCTGTTATCTCTTGATTGG
CAACAAGGTCAAGGCTACTCAGATGGTAGCGGCAACGGAGGCGGTGGAAGATCTGACGGA
GGTAGCGGTTATATCAACGGCTTAGGTTCGACGTGGAATGGTTTGATGAATGGCTATGGA
TCCTCTACTAAAACTAACTCCATGGTTTAATAAATTAATATCAGAACTTTATTTCTTGTC
GTTATCGACTGGTATTACAGAAGCAATTATATTAGTATATGGGTTTGTTTAATTAGCCAG
TTTTATTTTCGTAGTTGATTTCTGATTACGGAAGTAATCTTAATTAGTAATCTTGTTTAC
AATTAAGATATATTCTTCCGTTTTGTGTGTGTTCGTATGGTTGAGAACCAATACCATGAT
GTGTAATGTTTCTTGATATAATTAGCATCCAGTCTATATTTGG

QA 7 829 7 829
DS 



AS 1 2

CO CL4900Contig1 822 2 2 U
GGACTCCGGAGTTTATAGGTGTAGAAGATATGGTTTTAGAGGCGGTTTCAAAGACTGAAT
CACCACCGTTGATCGGACCTCGTATCTCTTTCTCAGACGGTGGAGATTTCTTCTGTATCA
GCCCTGTAACATGTAAAGAGCTAGAGAAAGAAGTCGTCAAAGGGTCAGTGAAAGTCTCCG
ACTTTGAGTTCTTTTCGGAGAATGCGAGTCCACAGAGGATGCACACCGCCGACGAGCTCT
TCTCTGAAGGAAAGTTGATTCCTTTCTGGCAGGAGAAGCACTCGGAGAAGCTTAAAAACA
TTAACTTGAAGACCAACGAAGAAGAAGAGAATCGTAAAGTGGAAGTTATGAAGAAGAATC
AAGAACATGAAGATAACAGTAATAAGAACAGAGTAAGTTGGTTAATAGATGAAGATCCAT
CTCCTCGTCCACCGAAATGCACAGTTCTTTGGAAAGAGCTTCTGCGTTTGAAAACAGAGG
AGCTCTAGGTCGTCTCTGTCTCCGTCGTCGTCCACGTCATCATCGAGCTCGCTGGAGGAA
GCGGCGGCGAAGAGAAAGGAGAAAGAAGGTAAGAGAGGTAAGAAAGGGTTAGAGAGGACG
AGATCGACGAGTATGAGTATAAGGCCGATGATGCATGTCCCTGTTTGCACTCCTTCTAAA
TCCTCTGTTCCGTTGCGTCCTCTGTTTCCGCTTGCTCTTAAGAAGAACAGAGTAGAGAAA
AGCACTTGAAAAGTTGGAATCTTTTGATTTGACACATCTTATTATTGGTTGATTAGTTCG
GATTATCATGTGATATTTAAACTCTAATGCATGTGATTAAGC


BQ
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AF RR3GX75TF U 1
AF RR3GX75JQ C 202
BS 1 720 RR3GX75TF
BS 721 822 RR3GX75JQ

RD RR3GX75TF 725 0 0
GGACTCCGGAGTTTATAGGTGTAGAAGATATGGTTTTAGAGGCGGTTTCAAAGACTGAAT
CACCACCGTTGATCGGACCTCGTATCTCTTTCTCAGACGGTGGAGATTTCTTCTGTATCA
GCCCTGTAACATGTAAAGAGCTAGAGAAAGAAGTCGTCAAAGGGTCAGTGAAAGTCTCCG
ACTTTGAGTTCTTTTCGGAGAATGCGAGTCCACAGAGGATGCACACCGCCGACGAGCTCT
TCTCTGAAGGAAAGTTGATTCCTTTCTGGCAGGAGAAGCACTCGGAGAAGCTTAAAAACA
TTAACTTGAAGACCAACGAAGAAGAAGAGAATCGTAAAGTGGAAGTTATGAAGAAGAATC
AAGAACATGAAGATAACAGTAATAAGAACAGAGTAAGTTGGTTAATAGATGAAGATCCAT
CTCCTCGTCCACCGAAATGCACAGTTCTTTGGAAAGAGCTTCTGCGTTTGAAAACAGAGG
AGCTCTAGGTCGTCTCTGTCTCCGTCGTCGTCCACGTCATCATCGAGCTCGCTGGAGGAA
GCGGCGGCGAAGAGAAAGGAGAAAGAAGGTAAGAGAGGTAAGAAAGGGTTAGAGAGGACG
AGATCGACGAGTATGAGTATAAGGCCGATGATGCATGTCCCTGTTTGCACTCCTTCTAAA
TCCTCTGTTCCGTTGCGTCCTCTGTTTCCGCTTGCTCTTAAGAAGAACAGAGTAGAGAAA
GCACT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3GX75JQ 621 0 0
ATGCGAGTCCACAGAGGATGCACACCGCCGACGAGCTCTTCTCTGAAGGAAAGTTGATTC
CTTTCTGGCAGGAGAAGCACTCGGAGAAGCTTAAAAACATTAACTTGAAGACCAACGAAG
AAGAAGAGAATCGTAAAGTGGAAGTTATGAAGAAGAATCAAGAACATGAAGATAACAGTA
ATAAGAACAGAGTAAGTTGGTTAATAGATGAAGATCCATCTCCTCGTCCACCGAAATGCA
CAGTTCTTTGGAAAGAGCTTCTGCGTTTGAAAACAGAGGAGCTCTAGGTCGTCTCTGTCT
CCGTCGTCGTCCACGTCATCATCGAGCTCGCTGGAGGAAGCGGCGGCGAAGAGAAAGGAG
AAAGAAGGTAAGAGAGGTAAGAAAGGGTTAGAGAGGACGAGATCGACGAGTATGAGTATA
AGGCCGATGATGCATGTCCCTGTTTGCACTCCTTCTAAATCCTCTGTTCCGTTGCGTCCT
CTGTTTCCGCTTGCTCTTAAGAAGAACAGAGTAGAGAAAAGCACTTGAAAAGTTGGAATC
TTTTGATTTGACACATCTTATTATTGGTTGATTAGTTCGGATTATCATGTGATATTTAAA
CTCTAATGCATGTGATTAAGC

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

CO CL4901Contig1 731 2 1 U
GATCTCCAAGAAAGACTTATACACATCTTCACTGTGCTGGAACCGTCTCTGCAGTGATAA
ACAACGACACTGATACAATGAGACACTTGAAAAGAAAAACATTGTACGAGAAACATTTTT
GCGTACCTTAATTTTATTTACAAAAGAGATGGCTTCTCCAAATTCAACAGTTTTTTTTAG
GTGGGGCTTCTTCTTCTTCTTCTTCAACTACTTCATCAAGAGTTATTTCACAACCCTTAG
GCAGAAAAGTGTTAAACCCGAAAATCAAATTGTTATGCCCCTTAAACAGCTCCTTGACTC
GTGCAATCACACCAGATGTATCGGTCCTGTAAATTGCAACAAGAAAGAAGAAGAATGTTT
CCAGATGCTAAAAAGAAAAGAATCAGTGTGATAATAGGAAAGCAAAAAGGTAATATTATT
ACCTATGAGCCTTGAAGTCTTTCATAACCGAAAGGAACATATCATATTTGTCCATCTGAT
CTTGAAACATCTGTTTAACATCCTTCAAGTAGGACAAAGCATCATGGGTTGTCAGCTTCT
GAGAGTTGATTTCCCCATCACCAACGTTCCCTCCCTCCTCCTCCTCCTCCGGTGCCACCA
CTTGCAGGGATTGGAGATTGCACATATCTGCACCCAAAATAAAACTCATTTTATTAACAC
ATAAGTGTACAACCACCTAACCCAAAGGGACAATAAGTAGTTCCTAAATCCTCAAAGAAG
AGTCTTGCATC


BQ
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AF RR3BC70JQ C 1
AF RR3BC70TF U 1
BS 1 731 RR3BC70TF

RD RR3BC70JQ 731 0 0
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DS 

RD RR3BC70TF 731 0 0
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CCAGATGCTAAAAAGAAAAGAATCAGTGTGATAATAGGAAAGCAAAAAGGTAATATTATT
ACCTATGAGCCTTGAAGTCTTTCATAACCGAAAGGAACATATCATATTTGTCCATCTGAT
CTTGAAACATCTGTTTAACATCCTTCAAGTAGGACAAAGCATCATGGGTTGTCAGCTTCT
GAGAGTTGATTTCCCCATCACCAACGTTCCCTCCCTCCTCCTCCTCCTCCGGTGCCACCA
CTTGCAGGGATTGGAGATTGCACATATCTGCACCCAAAATAAAACTCATTTTATTAACAC
ATAAGTGTACAACCACCTAACCCAAAGGGACAATAAGTAGTTCCTAAATCCTCAAAGAAG
AGTCTTGCATC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3E928JQ U 1
AF RR3AS58JQ U 24
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RD RR3E928JQ 583 0 0
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QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3AS58JQ 568 0 0
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QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EW69TF U 1
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AATCAAATAAAAATTTACAGATATTTTTCCAGCCATACATACATGTGAAAATTCACGTGA
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TATTCTTCTTAAAATGTTTCCACACCGTCAACCATAATGTGGGATGAGAAGAGAAGATGA
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AGTAACTAAT

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TAACTAAATATGCACTACAATTGAGGATTTTAATCTTCTTGGAAGCTGAAATATTTTTCT
TAAAATGTTTCCACACCGTCAACCATAATGTGGGATGAGAAGAGAAGATGATGGGGGCGA
TGAATTTCTGAAGAAACTTATGAGCTTTGTATGCAGAATGTGTAGTTTTGATGTGGGTTA
TAGAATGCATAAAGACTCTTGATTATTCAGACGCATTTTTTACAATAGACTGTTCTCAAT
TGGTAAAAATGGTGTCTTCACCTGACGAATTGTCAGTTTTTACTATACACTTTAAACAGT
CTCGACGCAGTAAGACTTTTTTTCTATCTTCAAGATTTGACATATACCAAGAGTAACTAA
TTTAGTGGCAGAAAAATTTGTATGAGGTGTTCAGAGTTCTCATTCAGCTGTGTTCTATAT
TGATTTCATTCCACC

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

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CTTTGGTCGTGTAATATGAATCCAAACTCGAAGTTTAACTTT


BQ
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AF RR3DX74JQ C 1
AF RR3DX74TF U 1
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DS 

RD RR3DX74TF 520 0 0
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CTTTGGTCGTGTAATATGAATCCAAACTCGAAGTTTAACT

QA 1 520 1 520
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GTTTGTAGTAATTTGATATAATATACCACTTTCAGATTTATCC


BQ
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AF RR3CX65TF U 1
AF RR3CX65JQ C 216
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TCGAGTCGGTCGCTGCTGATGCAACAACAGAGTCTGATGAGAGTAGTAGTGTCCACCAAG
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TGAAAGAA*TCAG*AGCAAA*GCTCCACTGTGAGCGTC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3CX65JQ 788 0 0
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AACAACTTCTTCGTTGAGAAGGAGGAAGAGTACATCATCAGACTCAAGGAATTGAGAGAT
AGGATTGGCAAGTCCAAGGACTCAAAGGAGAAGATGATGAGCATAAGGAAAGAGATCGTT
GATCTCCATGGAGAGATGGTTCTTCTCGAGAACTACAGTGCTCTGAACTACACAGGATTG
GTTAAGATACTGAAGAAGTACGACAAACGAACCGGTGACCTCATGCGCTTGCCTTACATC
CAAAAAGTTCTTCAGCAACCCTTTTACACTACCGACTTGCTGTACAAGCTGATCAAGGAA
TCCGAGGCGATGCTCGATTGCTTCTTCGAGTCGGTCGCTGCTGATGCAACAACAGAGTCT
GATGAGAGTAGTAGTGTCCACCAAGCAGAGCACAAGTTCATGGAGAGCCTCCACATGAAA
AGTACAATAGCTGCTTTGCGTGTGCTGAAAGAAATCAGGAGCAAAAGCTCCACTGTGAGC
GTCTTCTCCCTGCCGCCGCTCCAGTTAAACGGGTTAGACAAGATTCCCTTGTTGGAGCAA
GAAGCCAAATAGAGAGGAAAGAAGGCACTGCTCTTTCCACTTCTATTACAGTAGAAAGCT
AACATATTATAAAAACCATACATTATATCAATGTCTTTGGTCCTTTTAAAAGTCCTTAGG
AGTTGTAACTTTGTTACTGTGTTTGGTTTGTAGTAATTTGATATAATATACCACTTTCAG
ATTTATCC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL4907Contig1 705 2 2 U
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CGCGTCGATCAGTACGATAAGAAGGAGGCCCCAAAATGTCCGGTCTGCAAATCTGATGTC
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AACGTACCGAACAGACCATCCGGTCCGCTTTATGACTCAAGAGGAATTGGTCAACGTTTA
GGAGAAAGTGAGAGTCAACGGTACATGTATAGAATGCCTGATCCAGTGATGGGTGTGGTA
TGCGAAATGGTATATCGGAGACTGTTTGGAGAGTCTTCTAGGAACGTAACACCGTACCGT
AGCGACCGTGACACAAGTCTACGTTCAAGGCGGCGGACAATGCAGGTGGATGAGTCGCTA
AGCAGAGTCTACTTGTTCCTGCTTTGCTTCATGGTTATGTGTCTACTTCTCTTCTAGTTA
TAATGTCATTTCGCATAATAACGAGTATGCATATATCTATACACATGGAGTGTATATATG
TGTGTAAGAGTGTTGAATCCTGAAACGGCATGATGAGAATTGAGA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F264TF U 1
AF RR3F264JQ C 1
BS 1 521 RR3F264TF
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RD RR3F264TF 521 0 0
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QA 1 521 1 521
DS 

RD RR3F264JQ 705 0 0
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CGCGTCGATCAGTACGATAAGAAGGAGGCCCCAAAATGTCCGGTCTGCAAATCTGATGTC
TCGGATGCTACGCTTGTACCTATCTACGGCCGGGGGCAGAAAATACCCCAGTCCGGTTCA
AACGTACCGAACAGACCATCCGGTCCGCTTTATGACTCAAGAGGAATTGGTCAACGTTTA
GGAGAAAGTGAGAGTCAACGGTACATGTATAGAATGCCTGATCCAGTGATGGGTGTGGTA
TGCGAAATGGTATATCGGAGACTGTTTGGAGAGTCTTCTAGGAACGTAACACCGTACCGT
AGCGACCGTGACACAAGTCTACGTTCAAGGCGGCGGACAATGCAGGTGGATGAGTCGCTA
AGCAGAGTCTACTTGTTCCTGCTTTGCTTCATGGTTATGTGTCTACTTCTCTTCTAGTTA
TAATGTCATTTCGCATAATAACGAGTATGCATATATCTATACACATGGAGTGTATATATG
TGTGTAAGAGTGTTGAATCCTGAAACGGCATGATGAGAATTGAGA

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL4908Contig1 529 2 2 U
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CGTCCCTTGCTTGTTTTAGTTTTGAAATATTCGTCTTTATCAAATAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C162JQ C 1
AF RR3C162TF U 1
BS 1 521 RR3C162TF
BS 522 529 RR3C162JQ

RD RR3C162JQ 529 0 0
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ATGGTGGCGAGTCCAAAGATGTTTGGGTCTGTGACGGAAACGTGTGCACTAAGGCCTAAT
ATATTGGTTCAGGCCCAGTTATATGTATGCTGAGCTTATTTTTCTGTCCCTTGTATAACA
AATAAGAGTGAGAAAGTGTGGTGTCAAATACTCGTTTATGTCCTGTCTTATATCCATTGA
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QA 1 529 1 529
DS 

RD RR3C162TF 521 0 0
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AGTGTGCTTTGAAAGAGGAGGATGCCAACGTAAATGGCGATGATGCTGTGAAAGAAGGTG
ATGGTGGCGAGTCCAAAGATGTTTGGGTCTGTGACGGAAACGTGTGCACTAAGGCCTAAT
ATATTGGTTCAGGCCCAGTTATATGTATGCTGAGCTTATTTTTCTGTCCCTTGTATAACA
AATAAGAGTGAGAAAGTGTGGTGTCAAATACTCGTTTATGTCCTGTCTTATATCCATTGA
CGTCCCTTGCTTGTTTTAGTTTTGAAATATTCGTCTTTATC

QA 1 521 1 521
DS 



AS 1 2

CO CL4909Contig1 750 2 11 U
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CTTCTTCTACCTCGTCGATCGAAGAGGTTAGGGCAAAATTATGGACAAAGGCAAAGCAGT
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AGCACAGTCTCCGTTTAAGAATCTGATGATGATGGGGTTCATGATGTGGATGACTGGCAA
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CAACACTTTGGGGCTTCTTCCAACACATGCATCAGACTGGGTTTCATCTCTACCCTCTCC
TCACGAGGTTGAACACTCTGGTGGAGGATTTGTTTTCCACTGATAAGCAAGTCTCTGTCT
TGTATTTTAAATAATCCGCCTAAACTGGGAAGATGATGAAGACATTTTGTGAGATAACCG
CCAGAGCAACTTAAATTGATTTGTTTAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FV17TF U 16
AF RR3GK21TF U 1
BS 1 65 RR3GK21TF
BS 66 68 RR3FV17TF
BS 69 178 RR3GK21TF
BS 179 179 RR3FV17TF
BS 180 192 RR3GK21TF
BS 193 193 RR3FV17TF
BS 194 352 RR3GK21TF
BS 353 353 RR3FV17TF
BS 354 357 RR3GK21TF
BS 358 358 RR3FV17TF
BS 359 750 RR3GK21TF

RD RR3FV17TF 593 0 0
TATGAGATTGAGAAGATAAA*GGGATCGGATCTAGCTCTCTTCTTCTTCTTCTACCTCGT
CGATCGAAGAGGTTATGGCAAAATTATGGACAAAGGCAAAGCAGTGATGGGTACTGGTCG
GAGATGGGCCGTGGATTTCTCCGACCAATCTACTGTTCCATCTACCCGCGACATTCTCGA
CCCACCTGGCTTCTCTCGTGCTTCTCCCGAACAGGATGATTCAGCAACGAGCCGCCAAAA
GAAAGACGCTGAAGCTAATTGGAAACTTCAGAAAGCATGGGAAGTAGCGCAGTCTCCGTT
TAAGAATCTGATGATGATGGGGTTCATGATGTGGATGACTGGCAACACTGTTCATCTCTT
TAGCATTGGTATTACTTTCTCTGCTCTTTGGCAGCCTCTTAGCGCCCTCCAGAGTGTTGG
CAAGATTTTTGAGCCATTCAAGGATAACAAGGTGGAACTACTTATGCCCAAACTAGTGTT
TCTTGCCCTTAACCTTGGAGGCTTAGCTTTGGGTATCTGGAAGCTCAACACTTTGGGGCT
TCTTCCAACACATGCATCAGACTGGGTTTCATCTCTACCC
CTCCTCAGAGTTG

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3GK21TF 750 0 0
GGGAAGTAAGGTGTATATGAGATTGAGAAGATAAAAGGGATCGGATCTAGCTCTCTTCTT
CTTCT***ACCTCGTCGATCGAAGAGGTTAGGGCAAAATTATGGACAAAGGCAAAGCAGT
GATGGGTACTGGTCGGAGATGGGCCGTGGATTTCTCCGACCAATCTACTGTTCCATCTTC
CCGCGACATCCTTGACCCACCTGGCTTCTCTCGTGCTTCTCCCGAACAGGATGATTCAGC
AACGAGCCGCCAAAAGAAAGACGCTGAAGCTAATTGGAAACTTCAGAAAGCATGGGAAGT
AGCACAGTCTCCGTTTAAGAATCTGATGATGATGGGGTTCATGATGTGGATGGCTGGGAA
CACTGTTCATCTCTTTAGCATTGGTATTACTTTCTCTGCTCTCTGGCAGCCACTCAGCGC
CCTACAGAGTGTTGGCAAGATTTTTGAGCCATTCAAGGATAACAAGGTGGAACTACTTAT
GCCCAAACTAGTGTTTCTTGCCCTTAACCTTGGAGGCTTAGCTTTGGGTATCTGGAAGCT
CAACACTTTGGGGCTTCTTCCAACACATGCATCAGACTGGGTTTCATCTCTACCCTCTCC
TCACGAGGTTGAACACTCTGGTGGAGGATTTGTTTTCCACTGATAAGCAAGTCTCTGTCT
TGTATTTTAAATAATCCGCCTAAACTGGGAAGATGATGAAGACATTTTGTGAGATAACCG
CCAGAGCAACTTAAATTGATTTGTTTAAAC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL4910Contig1 996 2 4 U
GGACAGCTCTGTTTATGGAAGATGGCTATGACGCTTACGTTAAACTTGCCATCTTGTTTA
ACAAGGCCAATGGAATCCTAGTGAATAGCTCTGTTGATATTGAGCCTTACTCCGTGAATC
GTTTTAGTAGTGAAAGGAGTTATTACCCTTCAGTTTATGCTGTTGGTCCCATATTAAACC
CCAAGGCTCATCCTCATCCAGACAGGACCTTGGGGTTCGTGACGAGCTGATGAAATGGCT
TGATGATCAGCCCGAGGCGTCTGTTGTGTTCCTTTGCTTTGGGAGTATGGGGAGGTTAAA
GGGTCCTCTGGTGAAGGAAATAGCACATGGACTCGAGCTTTGTCAGCACAGATTTATCTG
GTCACTCCGGGCAGAGGATGATGATTCTTTGCCCGAAGGGTTCATTGACCGTGTCAGAGG
ACGAGGAATGGTATGTGGCTGGTCTCCTCAGGTGGAAATATTGGACCATAAGGCAGTGGG
AGGTTTTGTTTCTCACTGTGGATGGAACTCTATAGTAGAGAGTTTATGGTTCGGTGTGCC
GATTGTGACGTGGCCGATGTATGCGGAGCAACAGCTCAATGCGTTTCTGTTGGTGAAGGA
ACTGAAACCCGCGGTGGAGCTGAGGCTTGATTACAGGGCGCGTAGGGATGAGCTCGTGAG
TGCAAGCGAGATAGAGGCAGCTATTCGTTGTGTGATGATGAGCAAGGATGATTGTTTGGT
GAGGAAGAGAGTGATGGATGCCTCTCAGATGGCGCGGAGAGCTATCTTGAATGGTGGGTC
CTCGTATTTGGCTACTGAGAAATTCATACAGGACGTGATAGGAGTCAAGCCATAGACTTC
TTTTCTTGTCAATAAGCTATGTAATCTTGTTTATGTTACGATACATTAGTCATCGGTTTC
TCATGTGGATCACTCACTGGAATTACATCTTCTGGCTCTTCACGCTTGTGAGACTCTTTG
TAAGCCTAACGATGGCATTAAATTTATTCACCTGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G462TF U 1
AF RR3G462JQ C 256
BS 1 676 RR3G462TF
BS 677 677 RR3G462JQ
BS 678 738 RR3G462TF
BS 739 996 RR3G462JQ

RD RR3G462TF 738 0 0
GGACAGCTCTGTTTATGGAAGATGGCTATGACGCTTACGTTAAACTTGCCATCTTGTTTA
ACAAGGCCAATGGAATCCTAGTGAATAGCTCTGTTGATATTGAGCCTTACTCCGTGAATC
GTTTTAGTAGTGAAAGGAGTTATTACCCTTCAGTTTATGCTGTTGGTCCCATATTAAACC
CCAAGGCTCATCCTCATCCAGACAGGACCTTGGGGTTCGTGACGAGCTGATGAAATGGCT
TGATGATCAGCCCGAGGCGTCTGTTGTGTTCCTTTGCTTTGGGAGTATGGGGAGGTTAAA
GGGTCCTCTGGTGAAGGAAATAGCACATGGACTCGAGCTTTGTCAGCACAGATTTATCTG
GTCACTCCGGGCAGAGGATGATGATTCTTTGCCCGAAGGGTTCATTGACCGTGTCAGAGG
ACGAGGAATGGTATGTGGCTGGTCTCCTCAGGTGGAAATATTGGACCATAAGGCAGTGGG
AGGTTTTGTTTCTCACTGTGGATGGAACTCTATAGTAGAGAGTTTATGGTTCGGTGTGCC
GATTGTGACGTGGCCGATGTATGCGGAGCAACAGCTCAATGCGTTTCTGTTGGTGAAGGA
ACTGAAACCCGCGGTGGAGCTGAGGCTTGATTACAGGGCGCGTAGGGATGAGCTCGTGAG
TGCAAGCGAGATAGAG*CAGCTATTCGTTGTGTGATGATGAGCAAGGATGATTGTTTGGT
GAGGAAGAGAGTGATGGA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3G462JQ 741 0 0
GGCGTCTGTTGTGTTCCTTTGCTTTGGGAGTATGGGGAGGTTAAAGGGTCCTCTGGTGAA
GGAAATAGCACATGGACTCGAGCTTTGTCAGCACAGATTTATCTGGTCACTCCGGGCAGA
GGATGATGATTCTTTGCCCGAAGGGTTCATTGACCGTGTCAGAGGACGAGGAATGGTATG
TGGCTGGTCTCCTCAGGTGGAAATATTGGACCATAAGGCAGTGGGAGGTTTTGTTTCTCA
CTGTGGATGGAACTCTATAGTAGAGAGTTTATGGTTCGGTGTGCCGATTGTGACGTGGCC
GATGTATGCGGAGCAACAGCTCAATGCGTTTCTGTTGGTGAAGGAACTGAAACCCGCGGT
GGAGCTGAGGCTTGATTACAGGGCGCGTAGGGATGAGCTCGTGAGTGCAAGCGAGATAGA
GGCAGCTATTCGTTGTGTGATGATGAGCAAGGATGATTGTTTGGTGAGGAAGAGAGTGAT
GGATGCCTCTCAGATGGCGCGGAGAGCTATCTTGAATGGTGGGTCCTCGTATTTGGCTAC
TGAGAAATTCATACAGGACGTGATAGGAGTCAAGCCATAGACTTCTTTTCTTGTCAATAA
GCTATGTAATCTTGTTTATGTTACGATACATTAGTCATCGGTTTCTCATGTGGATCACTC
ACTGGAATTACATCTTCTGGCTCTTCACGCTTGTGAGACTCTTTGTAAGCCTAACGATGG
CATTAAATTTATTCACCTGAA

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL4911Contig1 804 2 2 U
GGCTTTCTCTCTCTCTATTATCTTTCAGAGAGAAAATCGTGTTCTTTCCCATGCTTGATC
AATCCGGTGAGGTTTTCACCCCGTACATCGGATTTGTCTCCGACAAGGGGTTGCTCTCAT
AGAACCATCTTGGTCGGCCTTTATCTCCCGCGACTCTGGCTTCTCTTCCGGTGAACGACG
GCTTTTCTGCTCGCGTTTTTTGGAGTCAATGGGCTTCCAATGATTTTGTCTAGGTGTAGT
GTCAACTGCTAACGGACTAGGCATATTACACAAGAGGAAGCACCCAATTTTTTGGGATGT
TTGGATGAGGGGAGCGGTTCCCTCAAACATGAGTGTGGGGTAGTTCGTGGTGGTTCGGAC
TTTGAGACAGAGGTGTCTTGAGCAGTGGCGGCAGCGAGGGTTTGGAGAGGGTTGGAGTCG
GATCTTCTTCGGAAGCCGGCATCTGTGGCCATGGTGCTCTCCGGAGTAGGCTTGGTCTTG
ACGGCTGCCGAGTGAAGGAACAAGCTTGGACAACTCTGTTCCGTTCAGCTGTGGTTATAA
TTCCCTTCTTTTAACATTTAATACCCCTTTCTGTTGAAATAAAAACGAAGAAGAGTGGTA
TTTGGGAACTTAATATTCTAATTTTAGGAGTGGACGGATACAAATATTATTAGCTACACT
AATTATATTAATGGCTGACAATAAAAATATGTAGCCTGTTAAGCTTTTCATTAGCATGTT
AAATATATATTAAAAGTTGTTTTAGCATTTTTTTATATGCTCTGTTTGTACCATAATTCA
GTTTGAAATAAAATCTCATCTTCG


BQ
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AF RR3G426TF U 1
AF RR3G426JQ C 25
BS 1 746 RR3G426TF
BS 747 804 RR3G426JQ

RD RR3G426TF 746 0 0
GGCTTTCTCTCTCTCTATTATCTTTCAGAGAGAAAATCGTGTTCTTTCCCATGCTTGATC
AATCCGGTGAGGTTTTCACCCCGTACATCGGATTTGTCTCCGACAAGGGGTTGCTCTCAT
AGAACCATCTTGGTCGGCCTTTATCTCCCGCGACTCTGGCTTCTCTTCCGGTGAACGACG
GCTTTTCTGCTCGCGTTTTTTGGAGTCAATGGGCTTCCAATGATTTTGTCTAGGTGTAGT
GTCAACTGCTAACGGACTAGGCATATTACACAAGAGGAAGCACCCAATTTTTTGGGATGT
TTGGATGAGGGGAGCGGTTCCCTCAAACATGAGTGTGGGGTAGTTCGTGGTGGTTCGGAC
TTTGAGACAGAGGTGTCTTGAGCAGTGGCGGCAGCGAGGGTTTGGAGAGGGTTGGAGTCG
GATCTTCTTCGGAAGCCGGCATCTGTGGCCATGGTGCTCTCCGGAGTAGGCTTGGTCTTG
ACGGCTGCCGAGTGAAGGAACAAGCTTGGACAACTCTGTTCCGTTCAGCTGTGGTTATAA
TTCCCTTCTTTTAACATTTAATACCCCTTTCTGTTGAAATAAAAACGAAGAAGAGTGGTA
TTTGGGAACTTAATATTCTAATTTTAGGAGTGGACGGATACAAATATTATTAGCTACACT
AATTATATTAATGGCTGACAATAAAAATATGTAGCCTGTTAAGCTTTTCATTAGCATGTT
AAATATATATTAAAAGTTGTTTTAGC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3G426JQ 780 0 0
TCAGAGAGAAAATCGTGTTCTTTCCCATGCTTGATCAATCCGGTGAGGTTTTCACCCCGT
ACATCGGATTTGTCTCCGACAAGGGGTTGCTCTCATAGAACCATCTTGGTCGGCCTTTAT
CTCCCGCGACTCTGGCTTCTCTTCCGGTGAACGACGGCTTTTCTGCTCGCGTTTTTTGGA
GTCAATGGGCTTCCAATGATTTTGTCTAGGTGTAGTGTCAACTGCTAACGGACTAGGCAT
ATTACACAAGAGGAAGCACCCAATTTTTTGGGATGTTTGGATGAGGGGAGCGGTTCCCTC
AAACATGAGTGTGGGGTAGTTCGTGGTGGTTCGGACTTTGAGACAGAGGTGTCTTGAGCA
GTGGCGGCAGCGAGGGTTTGGAGAGGGTTGGAGTCGGATCTTCTTCGGAAGCCGGCATCT
GTGGCCATGGTGCTCTCCGGAGTAGGCTTGGTCTTGACGGCTGCCGAGTGAAGGAACAAG
CTTGGACAACTCTGTTCCGTTCAGCTGTGGTTATAATTCCCTTCTTTTAACATTTAATAC
CCCTTTCTGTTGAAATAAAAACGAAGAAGAGTGGTATTTGGGAACTTAATATTCTAATTT
TAGGAGTGGACGGATACAAATATTATTAGCTACACTAATTATATTAATGGCTGACAATAA
AAATATGTAGCCTGTTAAGCTTTTCATTAGCATGTTAAATATATATTAAAAGTTGTTTTA
GCATTTTTTTATATGCTCTGTTTGTACCATAATTCAGTTTGAAATAAAATCTCATCTTCG

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL4912Contig1 1067 2 4 U
TTTTTTTGTGAGCCGTTACAGAGATGGAATCAATCGGAGTCCTTATGATGTGCCCCATGA
ACGCCTACCTCGAGAACGAGCTTCAGAAGCGCTACAACCTCCACCGCTTCTTGACTTGTC
CGGAAAACCCGCGTTTCTGGAAACTCATCGGAACTCAATCCGCGCCATCGTTGGAAACGC
TTCTGCAGGCGCCGACGCCCAGCTCATCGATGATCTCCCCAAGCTCGAGATCATCTCCAG
CTTCAGCGTCGGCTTCGACAAGATCGATTTGGGGAAATGCAAGGAAAAAGGGATCCGAGT
CACCAACACTCCCGACGTCTTGACGGAAGACGTGGCGGATCTGGCGATTGGGCTTATCCT
GGCTCTACTCCGACGCTTGTGTCAGTGCGATCGCTATGTGAAGAGCGGCAAGTGGAAGTA
CGGTGATTTCAAACTCACTACTAAGTTTAGTGGAAAGTCTGTGGGCATCATCGGTCTCGG
TAGAATTGGGACTGCCATCGCAAAGAGGGCACAAGGCTTCAGCTGTCCGATTAACTACTA
CTCAAGAACAGAGAAGCCTGATGTAGGCTACAAGTATTACCCAACCGTGGTTGAGCTTGC
TCAAAACTCTGACATCCTCGTGGTGGCATGCCCGTTGACTGACGAGACCAGACACATCGT
GAACCGGCAGGTGATGGATGCGTTGGGTCCGAAGGGTGTGGTGATAAACATAGGGCGTGG
ACCACATGTTGATGAGAAAGAGCTAGTGAAAGCTTTAACAGAAGGTCGCCTAGGTGGGGC
TGGGCTGGATGCGTTCGAGGAGGAGCCGCATGTGCCTGAGGAGCTCTTTGGACTTGAAAA
TGTGGTTTTGCTTCCTCACGTTGGGAGTGGCACTGTGGAGACACGGAATGCAATGGCAGA
TCTTGTGGTTGGTAACTTGGAAGCGCATTTTGCTGGGAAACCACTTCTGACTCAGGTGGT
CTGAGTGATTTCTTGTCCTTTTTTTTTTACTTTTGTTATGATGTTGATAAACTAATACTG
GAAGGTTCATTTCTCTTCCAAATAAAAGTTGCACTTGTCGTATTGTG


BQ
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AF RR3E173TF U 1
AF RR3E173JQ C 372
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BS 672 690 RR3E173TF
BS 691 1067 RR3E173JQ

RD RR3E173TF 690 0 0
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CGGAAAACCCGCGTTTCTGGAAACTCATCGGAACTCAATCCGCGCCATCGTTGGAAACGC
TTCTGCAGGCGCCGACGCCCAGCTCATCGATGATCTCCCCAAGCTCGAGATCATCTCCAG
CTTCAGCGTCGGCTTCGACAAGATCGATTTGGGGAAATGCAAGGAAAAAGGGATCCGAGT
CACCAACACTCCCGACGTCTTGACGGAAGACGTGGCGGATCTGGCGATTGGGCTTATCCT
GGCTCTACTCCGACGCTTGTGTCAGTGCGATCGCTATGTGAAGAGCGGCAAGTGGAAGTA
CGGTGATTTCAAACTCACTACTAAGTTTAGTGGAAAGTCTGTGGGCATCATCGGTCTCGG
TAGAATTGGGACTGCCATCGCAAAGAGGGCACAAGGCTTCAGCTGTCCGATTAACTACTA
CTCAAGAACAGAGAAGCCTGATGTAGGCTACAAGTATTACCCAACCGTGGTTGAGCTTGC
TCAAAACTCTGACATCCTCGTGGTGGCATGCCCGTTGACTGACGAGACCAGACACATCGT
GAACCGGCAG*TGATGGATGCGTTGGGTCC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3E173JQ 696 0 0
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AACTCACTACTAAGTTTAGTGGAAAGTCTGTGGGCATCATCGGTCTCGGTAGAATTGGGA
CTGCCATCGCAAAGAGGGCACAAGGCTTCAGCTGTCCGATTAACTACTACTCAAGAACAG
AGAAGCCTGATGTAGGCTACAAGTATTACCCAACCGTGGTTGAGCTTGCTCAAAACTCTG
ACATCCTCGTGGTGGCATGCCCGTTGACTGACGAGACCAGACACATCGTGAACCGGCAGG
TGATGGATGCGTTGGGTCCGAAGGGTGTGGTGATAAACATAGGGCGTGGACCACATGTTG
ATGAGAAAGAGCTAGTGAAAGCTTTAACAGAAGGTCGCCTAGGTGGGGCTGGGCTGGATG
CGTTCGAGGAGGAGCCGCATGTGCCTGAGGAGCTCTTTGGACTTGAAAATGTGGTTTTGC
TTCCTCACGTTGGGAGTGGCACTGTGGAGACACGGAATGCAATGGCAGATCTTGTGGTTG
GTAACTTGGAAGCGCATTTTGCTGGGAAACCACTTCTGACTCAGGTGGTCTGAGTGATTT
CTTGTCCTTTTTTTTTTACTTTTGTTATGATGTTGATAAACTAATACTGGAAGGTTCATT
TCTCTTCCAAATAAAAGTTGCACTTGTCGTATTGTG

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL4913Contig1 521 2 1 U
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CAAACGATTTTCGGCAAGTACTGGCGTAGAGGTTTTTCATCCGTCGCTTCTTCCCCTCTG
ACCTCGAGGGTCAAGCAGGAGTTGGCGGAGCAGAATGGCTTGGGTCTCTTTGGAGCATTT
ATTGGTGGATGGTGTATCAAAGCTTCCATAAATGTTTACAAGAAAAGAGAGCATTGGTAC
AGAGTGGACAGATTGTCTAAAGAGAACGACGAGCGTTTTGTTGATCTGTTGACTAGATCT
TCCCAGCTCACAATGGCAAGGACTGAAGCCAGTCGCAAACGTTTGATGGATATGAAAGAC
ACAGTCGATTCTGACTAGTCTCTTCCCCGATGTAATAATTATTATCGTGCCTTGTATCTG
CACACTCTGGAACATGCTTTTGGAGTTGATTGGAGATAGTTTATCTTGTGCTTTGTTGTT
GGTATTTGTAACTAATCTGTGTCAAATGATCTTAGAACAGC


BQ
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AF RR3CK42JQ C 1
AF RR3CK42TF U 1
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QA 1 521 1 521
DS 

RD RR3CK42TF 521 0 0
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CAAACGATTTTCGGCAAGTACTGGCGTAGAGGTTTTTCATCCGTCGCTTCTTCCCCTCTG
ACCTCGAGGGTCAAGCAGGAGTTGGCGGAGCAGAATGGCTTGGGTCTCTTTGGAGCATTT
ATTGGTGGATGGTGTATCAAAGCTTCCATAAATGTTTACAAGAAAAGAGAGCATTGGTAC
AGAGTGGACAGATTGTCTAAAGAGAACGACGAGCGTTTTGTTGATCTGTTGACTAGATCT
TCCCAGCTCACAATGGCAAGGACTGAAGCCAGTCGCAAACGTTTGATGGATATGAAAGAC
ACAGTCGATTCTGACTAGTCTCTTCCCCGATGTAATAATTATTATCGTGCCTTGTATCTG
CACACTCTGGAACATGCTTTTGGAGTTGATTGGAGATAGTTTATCTTGTGCTTTGTTGTT
GGTATTTGTAACTAATCTGTGTCAAATGATCTTAGAACAGC

QA 1 521 1 521
DS 



AS 1 2

CO CL4914Contig1 724 2 2 U
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CTCATCTCAAGATCTGCTTTTGTATTCTTGACAAAGAAAATAAAAATATATGACTAATAT
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CCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3F101TF U 1
AF RR3F101JQ C 185
BS 1 589 RR3F101TF
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QA 1 589 1 589
DS 

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QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 2

CO CL4915Contig1 768 2 8 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3C443TF U 1
AF RR3C443JQ C 27
BS 1 661 RR3C443TF
BS 662 662 RR3C443JQ
BS 663 674 RR3C443TF
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RD RR3C443TF 765 0 0
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CGGAGGGGCTAGCATTAGAAAGCCTCGAACCTTGGTTGTTGCATCGTCAAGGATTCAACG
TGGATTCTTGGTTGCTTCACGATGCCTTCTCTCACGATAGCGATGTGCTCGCCAAAGCTC
TCCATAACACCGTCTCACCACCAACACCACATACTCAAACTCTCTCTCCCTCCTCTGTTT
CCTTCCATTCCCCTCACCCTTCCTCAACTCACACCCTTTCCTCTAACATCTCCGGTGGAT
CCAATCAAGAAGTCGTCGGGTGCGGAGGAGCTAAAAGGAAGCGTGACTGCATCCTCACCG
GCTCATCAGAAGGTAAAGCCAAGTACAACAACGACGATACTTCCTCGATGCCTTTCAAGC
CGGAGGCGCAGAGACTTTCTAGCGTGACCTCCTTGGAGAGATCCACGGCGGTTCCAACGC
TAGATACATCAGCATTTTTATCTAACCATCACCATGAGAATCTCCTTGCCGGAAGTATCT
TTTCCAGTAGCGACGACGCCTCCGTAGTAGGATTATCGTCGGAGAAAGGTAATGCAAAGA
GTGGTGGTGGTTCAGCAGCGGAGTTTGATCCTTACCCAACGTTTCCAACGCTCGAGTCGT
G*AAAGTTATGTGA*CTCCTTTTAGATCTTTATTT*AACTACTGTGCATCTCATTATGAA
TTATCTTGTTCATAGATTTTGGTTCTTAATCCGATATGTAGCTAA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3C443JQ 742 0 0
CTTC
TTTGTTTGTGTTTAGTTATTATGGTGACTTCGGAGGGGCTAGCATTAGAAAGCCTCGAAC
CTTGGTTGTTGCATCGTCAAGGATTCAACGTGGATTCTTGGTTGCTTCACGATGCCTTCT
CTCACGATAGCGATGTGCTCGCCAAAGCTCTCCATAACACCGTCTCACCACCAACACCAC
ATACTCAAACTCTCTCTCCCTCCTCTGTTTCCTTCCATTCCCCTCACCCTTCCTCAACTC
ACACCCTTTCCTCTAACATCTCCGGTGGATCCAATCAAGAAGTCGTCGGGTGCGGAGGAG
CTAAAAGGAAGCGTGACTGCATCCTCACCGGCTCATCAGAAGGTAAAGCCAAGTACAACA
ACGACGATACTTCCTCGATGCCTTTCAAGCCGGAGGCGCAGAGACTTTCTAGCGTGACCT
CCTTGGAGAGATCCACGGCGGTTCCAACGCTAGATACATCAGCATTTTTATCTAACCATC
ACCATGAGAATCTCCTTGCCGGAAGTATCTTTTCCAGTAGCGACGACGCCTCCGTAGTAG
GATTATCGTCGGAGAAAGGTAATGCAAAGAGTGGTGGTGGTTCAGCAGCGGAGTTTGATC
CTTACCCAACGTTTCCAACGCTCGAGTCGTGGAAAGTTATGTGAACTCCTTTTAGATCTT
TATTTTAACTACTGTGCATCTCATTATGAATTATCTTGTTCATAGATTTTGGTTCTTAAT
CCGATATGTAGCTAAGCT

QA 5 742 5 742
DS 



AS 1 2

CO CL4916Contig1 966 2 2 U
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TAACCTCCCCTGTCGTTCAATGTATCTTAATTTCGACCTCTTCGGATCCTTCATGTCAAA
TCTCTAAATTAAAGAGGGTTGAGACTAGGATGAATCTTCAGAACCACTTTCAGTTATTCA
TTTTTATCAAGGGTAGTAAGATGGCTTCCTCCGATGTTGTTGCGCACTCCGCCTTTGATG
CTCTTCGTCTCGGTAAATCTACCCAGTCATTGTTGCTCGGCTGCTTCGTTTTTTGGACTC
AAAAACCATCAAGAAGCAAGCTAAATTCATGGAAATCATTCTACTTCTCCGTGATGAGAA
GATGACATTCATCATGCGGAGAGTGGCGCTAATGGATGAGAGGTCATTATGAGTGGAAAG
CTCCATGCTCAAAAGGTGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGTCGGTTACATGGTTTCCTCCG
GTCAACTAACCAAGTAGTACATCGAATCTGTAGTTAAACATGTTCTGTTTATACATGTGA
CTAGGGTCTGCTCGGAATCAAGGTTAAGGTCCTGCTTGACTGGGACCCTATTACGAAGCT
AGGACCAATGACACCATTACACGATCTTGTGATCATTCATGCTCCCAAGGGAAAAGATGT
TAACTCCGCAGCTGCTCAGGTTGTTACTTTGGCTGCTCTTCTACTGAAAGCTCCACTCAC
AGCCGTAGAGTACACTGACCAAGTAACTTTCCGATCCTGATTTTGGAGACGCAATTGGAA
GTGTGAGCTCCATTGATTCTTTGATTCTGGTGAGAGACGCTTAAATATGTTTTATCATAT
AAGTTATAACCATATGCGTTAAAAGATATACAGATTTGTTATTGTATTATTTTAACTTAA
TTCACATTTGTTTTGGAATTGTGGGGTTATAGTTGATTACAAAACTGAAATACAATAGAA
ACGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL12TF U 1
AF RR3GL12JQ C 289
BS 1 643 RR3GL12TF
BS 644 966 RR3GL12JQ

RD RR3GL12TF 643 0 0
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TAACCTCCCCTGTCGTTCAATGTATCTTAATTTCGACCTCTTCGGATCCTTCATGTCAAA
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TTTTTATCAAGGGTAGTAAGATGGCTTCCTCCGATGTTGTTGCGCACTCCGCCTTTGATG
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GATGACATTCATCATGCGGAGAGTGGCGCTAATGGATGAGAGGTCATTATGAGTGGAAAG
CTCCATGCTCAAAAGGTGCCAAGTCCATGAAATTCAAGGTCGGTTACATGGTTTCCTCCG
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CTAGGGTCTGCTCGGAATCAAGGTTAAGGTCCTGCTTGACTGGGACCCTATTACGAAGCT
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QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3GL12JQ 678 0 0
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TTATACATGTGACTAGGGTCTGCTCGGAATCAAGGTTAAGGTCCTGCTTGACTGGGACCC
TATTACGAAGCTAGGACCAATGACACCATTACACGATCTTGTGATCATTCATGCTCCCAA
GGGAAAAGATGTTAACTCCGCAGCTGCTCAGGTTGTTACTTTGGCTGCTCTTCTACTGAA
AGCTCCACTCACAGCCGTAGAGTACACTGACCAAGTAACTTTCCGATCCTGATTTTGGAG
ACGCAATTGGAAGTGTGAGCTCCATTGATTCTTTGATTCTGGTGAGAGACGCTTAAATAT
GTTTTATCATATAAGTTATAACCATATGCGTTAAAAGATATACAGATTTGTTATTGTATT
ATTTTAACTTAATTCACATTTGTTTTGGAATTGTGGGGTTATAGTTGATTACAAAACTGA
AATACAATAGAAACGTGT

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

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GTAGCGTTTCGTTACATGTAATGTAATTACACATTTTACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AN30JQ C 1
AF RR3AN30TF U 1
BS 1 520 RR3AN30TF

RD RR3AN30JQ 520 0 0
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CGTCATCCGTGACGCCGTGACCTACACCGAGCACGCCAGGAGGAAGACTGTGACGGCCAT
GGATGTCGTCTATGCGTTGAAGAGGCAAGGGAGGACGCTTTACGGATTTGGCGGTTGAGG
GCCTTTTGAGATTCGCGTTTGCGTTTCTGGGTTTCTTTTAGGTGTTGTTCTGGAAATTTC
TAATCAAATCGTGTTATTTGCGTTTTTAATTCTGTTTGGTTACGGTCTTTGTGTGTTGCG
GTAGCGTTTCGTTACATGTAATGTAATTACACATTTTACC

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3AN30TF 520 0 0
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AAAGGGAGGAAAGGGTTTGGGCAAAGGAGTAGCCAAGCGTCACAGGAAGGTTCTGAGAGA
CAACATCCAGGGAATCACCAAGCCTGCTATTCGGAGGTTGGCTCGCAGGGGTGGAGTCAA
GCGTATCAGTGGTCTGATCTACGAGGAGACACGTGGAGTCCTCAAGATCTTTTTGGAGAA
CGTCATCCGTGACGCCGTGACCTACACCGAGCACGCCAGGAGGAAGACTGTGACGGCCAT
GGATGTCGTCTATGCGTTGAAGAGGCAAGGGAGGACGCTTTACGGATTTGGCGGTTGAGG
GCCTTTTGAGATTCGCGTTTGCGTTTCTGGGTTTCTTTTAGGTGTTGTTCTGGAAATTTC
TAATCAAATCGTGTTATTTGCGTTTTTAATTCTGTTTGGTTACGGTCTTTGTGTGTTGCG
GTAGCGTTTCGTTACATGTAATGTAATTACACATTTTACC

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 2

CO CL4918Contig1 820 2 7 U
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CAGGAAAGATACTAATAGCATCAAGAGTTGAGAAGGAATATTTCAAGCCTACATACTCAG
CAAGCATCGGTGTAGAACTTGAAGATGGACTTTTTGATGATTTCTTGGAGCTAGCTTTGC
AATTTGGAATGATCATGATGTTTGCTTGTGCCTTCCCTCTTGCTTTTACCCTTGCGGCGG
TGAGCAACATAATGGAGATGAGAACAAATGCTTTGAAGCTATTGGTTACACTGCGAAGAC
CTCTTCCTCGTGCTGCTGCAACAATTGGAGCTTGGTTAAACATATGGCAGTTTCTAGTGG
TAATGTCCATATGCACAAACTCAGCGCTCTTGGTATGCTTATACGATCAAGAAGGAAAAT
GGAAGATCGAGCCAGGGGCTGGCTGCAATTCTCATCATGGAGCATATACTCTTGCTTCTC
AAATTTGGACTCTCTCGTCTTGTCCCTGAGGAGCCTGCTTGGGTTAGAGCCAATCGTATG
AAGAATGTGACACAAGCGCAGGACATGTACTGTAAGCAGCTCTTGAGAAGCATTTCTGGT
GAATTTTCCTCCATGGCAAAAACTCAACAAGACTCGGAGTAATCTTGTCATGAAAATATA
GAAAGAATCATAGTAAAATACCAAAAGGCATTTTTTGTGCGTGTGTGTGGGTAACAGTTA
GATCTTTTGCGTCCTTTTTGTCCATAAAATATTATGTGATATCTTGAAGTCTTGTATATA
CAGAATTATCTCTTATTTTTGTCTGTAATAGGTTTAACTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B934TF U 211
AF RR3B934JQ C 1
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CTTTGAAGCTATTGGTTACACTGCGAAGACCTCTTCCTCGTGCTGCTGCAACAATTGGAG
CTTGGTTAAACATATGGCAGTTTCTAGTGGTAATGTCCATATGCACAAACTCAGCGCTCT
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CTCATCATGGAGCATATACTCTTGCTTCTCAAATTTGGACTCTCTCGTCTTGTCCCTGAG
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QA 1 537 1 537
DS 

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CTCTTCCTCGTGCTGCTGCAACAATTGGAGCTTGGTTAAACATATGGCAGTTTCTAGTGG
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GGAAGATCGAGCCAGGG*CTGGCTGCAATTCTCATCATGGAGCATATACTCTTGCTTCTC
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AAGAATGTGACACAAGCGCAGGACATGTACTGTAAGCAGCTCTTGAGAAGCATTTCTGGT
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GATCTTTTGCGTCCTTTTTGTCCATAAAATATTATGTGATATCTTGAAGTCTTGTATATA
CAGAATTATCTCTTATTTTTGTCTGTAATAGGTTTAACTA

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

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AATTCATTCTTAAATTATCACTAAACCCTCCTTGCATCCAAATCAGACCGAAACAAATAG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E969JQ U 12
AF RR3E969TF C 1
BS 1 13 RR3E969TF
BS 14 536 RR3E969JQ
BS 537 623 RR3E969TF

RD RR3E969JQ 525 0 0
AA
AAACTGTAAACTTTTTTTGTAAAATATATTATATACATGTTTTCCATAATTAAAGTTCAC
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ATTATCACTAAACCCTCCTTGCATCCAAATCAGACCGAAACAAATAGAAGTTTCATCAAA
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GGCTCGCAGCATCTGGAGCAATGTAGCAAACGAAAGAATCTCTCCAGTTCATAGGAGAAG
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ACTTATCCTTCACCTCAGGATCTTCTTCGTGAAATCTTCGAACTCCTTGTTTGATATCTT
CAAGAACACTTAATGGAACACCGTGGTTGATCACCTGGAAAAA

QA 3 525 3 525
DS 

RD RR3E969TF 623 0 0
TTTTTTTTCTTAGAAACTGTAAACTTTTTTTGTAAAATATATTATATACATGTTTTCCAT
AATTAAAGTTCACACAACTTGATCACTGAATTAATTATAAAAGTATTAAACTTGTAAAAC
AATTCATTCTTAAATTATCACTAAACCCTCCTTGCATCCAAATCAGACCGAAACAAATAG
AAGTTTCATCAAAGGTTCAAACTTCAAAACCTTTGATTCAAAACACACGATTAAAACTTC
AATATTAAACGGTAAACGGATTTGCCAATAAACTTTTTTTTTCTTTACCTGCAAGCTACT
GGGATTTCATCTGGGCTCGCAGCATCTGGAGCAATGTAGCAAACGAAAGAATCTCTCCAG
TTCATAGGAGAAGATCGTAGGAGATCGATGTTATTGTTGTAAACAAATCTCTTGTTGACA
TCTGTAGAACAATACTTATCCTTCACCTCAGGATCTTCTTCGTGAAATCTTCGAACTCCT
TGTTTGATATCTTCAAGAACACTTAATGGAACACCGTGGTTGATCACCTGGAAAAACCCC
CAGTTCTCAGCTGCGTCTTTGATCTTCGAAACGATGATATTTCTTTCATTGTTTATTTCT
CCGAAATCAATGATTGGGACGGC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAGTCAAGTTTGCAGTACCTCTTGTGATGGATATGAGCGTAAACAAACTTGTTGTTGGGT
GCCCCTGGAAGAATGAGCAGAAAATTTATCTTCAGGTGGTATACCCGATTCTTCGAAAGT
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TTTTCTCTGTTGAGGATGTTAAACTTCCTCCATGGATGGATGGGATGTGCTTAGCTGAAT
ATCTTCCCCATCTCGAAGAAACCCTTGAGAGACAAATCCTGGAAGCTGTTTCAGCAATTG
CTTTAAGGAGGAGTTTTGTTGAGGCATTGACTCTTTTTCTTGGAAGACCTCTTGAAGCGG
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GCCAGCATTTAAACCATTTGAGCGAGCCGGTAAAATTAAACCTCCTCACCGACTACCCAT
GGAGTCCTAGGTGGGAAGTGGGGCGCATGGCTGAACGATTGTGTGACTTCCTAACCGATG
AAGCTGTCAACTTCAAAAAATACTGTAGCGAAGCTCTGCTCCAACACTAGAGTCCCTAAA
CTTTGCTCTTTTTTTCTCTCTTAAAATGTTATGTAATATTTCTCCTGTTATGTTTAGTGG
AATCCTTTTTGTACTTTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX17TF U 1
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QA 1 714 1 714
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AAGCGGATCCTACCTTTTGCCGTAAGGCATCGTTCCTTGCTGCCTCGGGACCATTTCCAT
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AAAGTTGCCAGCATTTAAACCATTTGAGCGAGCCGGTAAAATTAAACCTCCTCACCGACT
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TAGTGGAATCCTTTTTGTACTTTCAG

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

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AAACACTGCTCCAAAAATTACTAATGGAATGTTTATATAATAC


BQ
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AF RR3E236JQ C 1
AF RR3E236TF U 1
BS 1 523 RR3E236TF

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DS 

RD RR3E236TF 523 0 0
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ACGTTTTACTCAAAGGCGGTACCTTCTGCACCTCTTCCTGACGAGGTTAAGACTCAGATT
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QA 1 523 1 523
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4924Contig1 978 2 2 U
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TGTTTGTTCCATACACCGTGCCTCAATACGTAATCTCTGGTCTAGTAATGTTTGTCGCTG
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CAAAAGGAACATACAACGGAGGATTGCTGTCGACGGAAGCTGGAACGTTGGCTAGGGTTG
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BQ
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AF RR3AQ55TF U 1
AF RR3AQ55JQ C 200
BS 1 722 RR3AQ55TF
BS 723 978 RR3AQ55JQ

RD RR3AQ55TF 722 0 0
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TCACGGTGCTACCAATCAACATTCTTGTGGGAAGTTACATCAGTAACATGTTTTAAGACA
GGCAAATCCTTTTGACATCTGAGATCATAGTCTTTATTGGGATTCTCTTCAGTTTTAATC
TGTTTGTTCCATACACCGTGCCTCAATACGTAATCTCTGGTCTAGTAATGTTTGTCGCTG
CTGAAGTACTCGAAAGTGTGAACCTATCGTTGTTATCGAGGGTAATGTCATCGAGGCTCT
CA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3AQ55JQ 779 0 0
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TTGCGATGAAAGTGAAGAGTCTGCAGAAGATTCTCGCAGACCTGCAAATTCTTTCGGTGA
TGCATACCGACTTCTTACTCCATCTGTTAAGGTTCAACTGTTGATCTACTTCATGCTCAA
ATACGCCATGGAGATATTACTGTCGGAGTCTAGTGTGGTTACTTCATACTATTTTGGCTG
GACAACAAGCTCCGTTGCTATCTTTCTGGCCTGCCTTGGCCTCACGGTGCTACCAATCAA
CATTCTTGTGGGAAGTTACATCAGTAACATGTTTTAAGACAGGCAAATCCTTTTGACATC
TGAGATCATAGTCTTTATTGGGATTCTCTTCAGTTTTAATCTGTTTGTTCCATACACCGT
GCCTCAATACGTAATCTCTGGTCTAGTAATGTTTGTCGCTGCTGAAGTACTCGAAGGTGT
GAACCTATCGTTGTTATCGAGGGTAATGTCATCGAGGCTCTCAAAAGGAACATACAACGG
AGGATTGCTGTCGACGGAAGCTGGAACGTTGGCTAGGGTTGTGGCGGATGCAACCATAAC
ATTGGGAGGATACTTGGGAAGAAACCATCTCTTGAATGCAACTCTTCTACCATCACTTGT
CATTTGCATTGGCTCCATCGTTGCTACTTGCTGTACTTATAACTCTCTCTATTGATATGT
TTTTAAGAGATTTTGCTACCAAATTTTACAAAATAGAATAAAAAAGGGACAGTGTGTGT

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

CO CL4925Contig1 882 2 2 U
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ACGAGGATAAATTGTGGTTTGTTGAGAGTGAGATGTATGATCTTTGCTCTGATTCTTGGC
GGGTTCTTGATTCCCGCGCTCTTGACTACGGAATGTACTGCAGTGGCGTGTCTTTGAGAG
GAGATACGTACCTCGTTGCTGGTGATGAAGACTCCGGTTTCTTCCTGATGAAGTTTGATT
TCACGGAAGAGAGGTTCGTGCGTCTCCCTCTCCCGTTTCAGAGCTTTAATCCTGAGGACA
CTGCGGTTCTGTCTGTTGTTAGGGATGAGAAGCTCTCTGTGTGTCATCAGGAAATTCTTG
CTTGGTCGATATGGGTGACTGATAAGGTTGATGAAGAGGGCAAGGAGATATCGTGGAGGA
AAGACTTTGTCTTGCAAGTTGATTTTGATAAGTTTCATCTCCCATGTGTAGCGAATGTGG
CGAGCTTTTTGTTGGACGAGGAGAAGAAAGTTGCAGTGTGTTGTGAGATTTGTGACGAGG
ACATTAGTAGACCTAATGGTGAAGAGAGGACCACCATCTACATTGTTGGACAAGATATGT
ACAAAAGCGTTTATAACGCTACTGCAAAGGGATCTTTTCTCAGCTGTCCACTTGTCCTCA
CCTATGTTCCAAGCTTGGTTCACATTCACTAAGAGACACATGTTCTTCTCGGTTTGGTCC
GGTTTAGGCGATAACATGATTATTGTTTTCATGCGTCTTTTCTTCTTATTCTTTTGTGTA
TTGGATCGTTTGCTAAGTTACATTGTTCTGCTTGCAGCCACTTTTAACTACAAAATGTTT
GATCTTGGTGAGAATATAATCACGTAACCAGAATCTTATTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B949TF U 1
AF RR3B949JQ C 1
BS 1 723 RR3B949TF
BS 724 882 RR3B949JQ

RD RR3B949TF 723 0 0
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GGT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3B949JQ 882 0 0
GCAGCAGCAGCGTCACGTCGTCTTGTAGCTACAGGATCTTTAGGCGTTGCTATGATCAAG
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GGGTTCTTGATTCCCGCGCTCTTGACTACGGAATGTACTGCAGTGGCGTGTCTTTGAGAG
GAGATACGTACCTCGTTGCTGGTGATGAAGACTCCGGTTTCTTCCTGATGAAGTTTGATT
TCACGGAAGAGAGGTTCGTGCGTCTCCCTCTCCCGTTTCAGAGCTTTAATCCTGAGGACA
CTGCGGTTCTGTCTGTTGTTAGGGATGAGAAGCTCTCTGTGTGTCATCAGGAAATTCTTG
CTTGGTCGATATGGGTGACTGATAAGGTTGATGAAGAGGGCAAGGAGATATCGTGGAGGA
AAGACTTTGTCTTGCAAGTTGATTTTGATAAGTTTCATCTCCCATGTGTAGCGAATGTGG
CGAGCTTTTTGTTGGACGAGGAGAAGAAAGTTGCAGTGTGTTGTGAGATTTGTGACGAGG
ACATTAGTAGACCTAATGGTGAAGAGAGGACCACCATCTACATTGTTGGACAAGATATGT
ACAAAAGCGTTTATAACGCTACTGCAAAGGGATCTTTTCTCAGCTGTCCACTTGTCCTCA
CCTATGTTCCAAGCTTGGTTCACATTCACTAAGAGACACATGTTCTTCTCGGTTTGGTCC
GGTTTAGGCGATAACATGATTATTGTTTTCATGCGTCTTTTCTTCTTATTCTTTTGTGTA
TTGGATCGTTTGCTAAGTTACATTGTTCTGCTTGCAGCCACTTTTAACTACAAAATGTTT
GATCTTGGTGAGAATATAATCACGTAACCAGAATCTTATTCG

QA 1 882 1 882
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4927Contig1 865 2 4 U
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AAGTCGAGCATCACTTGATGGAATCGAAGATTACGACCGCGTCTACTCCCCCTCCAACTC
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CGATCGCTCTCACCTCCTTCAACTCCTCGTTCGGGCTCGGTAGTGTACCAAAAAAGAAGC
CTTTAAGCGCTTCCGAGCAAGGGGAAGCAGAGCAGAGAGCTTTCGCAGCTGCGTTAGCCA
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TGCTCGGCTTCGTTCTGGAGGTTGAGAAAAGGAACTCGAATTGGCTCAGTGTTACCATGG
CTGACGCGGAGAACGAGAAATGGTTCCCCGAGCTTCTTCACTATGATATAAAGTATGTAC
CTTGCTTTGTTTTGTTGGACAAAAATGGACGAGCTTTGGCCAAGACAGGTGTTCCTAGTA
GCCGGGCTCATGTTATCGCCGGTATCTCTCATCTTCTCAAGATGAAGCGCCCACCTACTG
TCTGAGGCCTTGGTTGTGTGGATGGTTTGTAACCGGTGCACTATATATCCTTACTTTACT
AATGTTGTGGGAGTTAATGGTGATAATAGATGTCTTTGTTGTACGGATGGGTTTACACTA
TTGTTTCTCTCTTTTGTCTCATATTTCACTTTTGAATGATGAGTGTTTGTGAGAATAAGA
TATTAACGGTTTGGAGGATCGAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL93TF U 1
AF RR3AL93JQ C 116
BS 1 666 RR3AL93TF
BS 667 667 RR3AL93JQ
BS 668 728 RR3AL93TF
BS 729 865 RR3AL93JQ

RD RR3AL93TF 728 0 0
GGATTCTTCTAACAAGTTTCCGGCGAGTAAAGACTCCTTCCTGTCCTTCTTCTCCGCCGC
AAGTCGAGCATCACTTGATGGAATCGAAGATTACGACCGCGTCTACTCCCCCTCCAACTC
CAACAAACCCTTTCTTCTGCCTGAAATGGCCATGGGACTCTTCAAACAAACAACCGAAAT
CTCAAGGCGTCTGCGACTTCCGAGGACCGTGGCTTTTCAGATCTATGCACAGCGTCGGTT
CGATCGCTCTCACCTCCTTCAACTCCTCGTTCGGGCTCGGTAGTGTACCAAAAAAGAAGC
CTTTAAGCGCTTCCGAGCAAGGGGAAGCAGAGCAGAGAGCTTTCGCAGCTGCGTTAGCCA
GCGAGAAAGACGCGACCGTGCTCGAGTTTTACTCTCCTAAGTGCAGGCTCTGCAACTCTC
TGCTCGGCTTCGTTCTGGAGGTTGAGAAAAGGAACTCGAATTGGCTCAGTGTTACCATGG
CTGACGCGGAGAACGAGAAATGGTTCCCCGAGCTTCTTCACTATGATATAAAGTATGTAC
CTTGCTTTGTTTTGTTGGACAAAAATGGACGAGCTTTGGCCAAGACAGGTGTTCCTAGTA
GCCGGGCTCATGTTATCGCCGGTATCTCTCATCTTCTCAAGATGAAGCGCCCACCTACTG
TCTGAG*CCTTGGTTGTGTGGATGGTTTGTAACCGGTGCACTATATATCCTTACTTTACT
AATGTTGT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3AL93JQ 750 0 0
AACTCCAACAAACCCTTTCTTCTGC*TGAAATGGCCATGGGACTCTTCAAACAAACAACC
GAAATCTCAAGGCGTCTGCGACTTCCGAGGACCGTGGCTTTTCAGATCTATGCACAGCGT
CGGTTCGATCGCTCTCACCTCCTTCAACTCCTCGTTCGGGCTCGGTAGTGTACCAAAAAA
GAAGCCTTTAAGCGCTTCCGAGCAAGGGGAAGCAGAGCAGAGAGCTTTCGCAGCTGCGTT
AGCCAGCGAGAAAGACGCGACCGTGCTCGAGTTTTACTCTCCTAAGTGCAGGCTCTGCAA
CTCTCTGCTCGGCTTCGTTCTGGAGGTTGAGAAAAGGAACTCGAATTGGCTCAGTGTTAC
CATGGCTGACGCGGAGAACGAGAAATGGTTCCCCGAGCTTCTTCACTATGATATAAAGTA
TGTACCTTGCTTTGTTTTGTTGGACAAAAATGGACGAGCTTTGGCCAAGACAGGTGTTCC
TAGTAGCCGGGCTCATGTTATCGCCGGTATCTCTCATCTTCTCAAGATGAAGCGCCCACC
TACTGTCTGAGGCCTTGGTTGTGTGGATGGTTTGTAACCGGTGCACTATATATCCTTACT
TTACTAATGTTGTGGGAGTTAATGGTGATAATAGATGTCTTTGTTGTACGGATGGGTTTA
CACTATTGTTTCTCTCTTTTGTCTCATATTTCACTTTTGAATGATGAGTGTTTGTGAGAA
TAAGATATTAACGGTTTGGAGGATCGAGTT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL4928Contig1 559 2 4 U
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ATGAAGGTGAGATCATCTGTGAAGAAGAGATGTGAGTCTTGTCAGATAGTGAAACGCCGT
GGAATTATCTATGTCATATGTTCAGCCAATCCTAAGCACAAGCAAAGCCAGGGGTACTGC
TCCATGTCTCATGAAGGAACAATACCAACAACTCCCTGGTTTGATGACTCGGTTTCTAAT
CAGGAGGTGGTGAAGCTGCCTAGTCTGAGAGTATCTACCAGTCTGGCGCCTCTTTTACAC
AAGAGGCCTGAGCCAACAACTATTTTCGGGTGGAGGCTAGGTTTTGCATCCATTCTCTTC
AAACAAGGGACTTGTTGTAGGCTTTTCTAGGCCAGATAGCGGCTTGAATGACCTGAACAA
CGAGATATGTGTCATGCTTGAGTTGAGTATTCAGCCTTTTCTTTAGAATTTTTCTTTGAA
ACATATGTTGCCTCAACATCTAAAAAAGTATTGCAGTTTCTATTAACCTTTTTTATTAAT
AAAATCACTTTCTTTGCTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C582JQ C 1
AF RR3C582TF U 1
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BS 168 168 RR3C582JQ
BS 169 548 RR3C582TF
BS 549 559 RR3C582JQ

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AAAATCACTTTCTTTGCTT

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3C582TF 548 0 0
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GGAATTATCTATGTCATATGTTCAGCCAATCCTAAGCACAAGCAAAGGCAGGGGTACTGC
TCCATGTCTCATGAAGGAACAATACCAACAACTCCCTGGTTTGATGACTCGGTTTCTAAT
CAGGAGGTGGTGAAGCTGCCTAGTCTGAGAGTATCTACCAGTCTGGCGCCTCTTTTACAC
AAGAGGCCTGAGCCAACAACTATTTTCGGGTGGAGGCTAGGTTTTGCATCCATTCTCTTC
AAACAAGGGACTTGTTGTAGGCTTTTCTAGGCCAGATAGCGGCTTGAATGACCTGAACAA
CGAGATATGTGTCATGCTTGAGTTGAGTATTCAGCCTTTTCTTTAGAATTTTTCTTTGAA
ACATATGTTGCCTCAACATCTAAAAAAGTATTGCAGTTTCTATTAACCTTTTTTATTAAT
AAAATCAC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

CO CL4929Contig1 724 2 2 U
GGGTAGAGAGATCTCAATCTCAAACGAAGAAGCTCCTGAAAACAATCCTCAATACACCAC
TGTGTATGTAGGAAACCTCGCTCCTGAAGTAACTCAGCTTGATCTTCACCGCCTGTTCCA
TACACTTGGCGCTGGAGTGATTGAAGAGGTCCGTGTCCAGCGAGACAAAGGCTTTGGTTT
TGTGAGATACAACACTCATGATGAGGCTGCTCTTGCTATTCAAATGGGCAACTCTCAGCC
TTTCCTCTTCAACAGACAGATAAAGTGTTCATGGGGAAACAAGCCAACTCCAATAGGCAC
AGCTTCAAACCCGCTTCCACCACCAGTGCCAGTGGCAGTCCCTGGTCTGTCCCCAATGGA
CCTTTTAGCCTATGAGAGGCAACTGGCTTTAGCCAAGATGCATCCTCAGGCTCAGCATTC
TCTAAGGCATGTCAATGCAGCTGGAGCAAGTGCAGCGGCTATGTACGATGGTGGTTTTCA
GAATGTAGCTGCGGCGCATCAGCAGCTCATGTACTATCAGTAATAAACTCTTGGTGTCTT
GGCGCTAAGATACCTTTTCTCCTTTTTTTTCCTTCTTAATTTTATCACTTTCTTGTTTCC
TTTTTCTAGACCTTGTTCAGAGTCTCTTATGTATGTGTGTCTCTCATTTGAAGTCGTTGA
TTCTATATGTATGCTTCTTGGTTTGTAACCTATGAGTCTTACTTGGCTTGTATGCCAAGC
AATA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 

AF RR3BR09JQ C 1
AF RR3BR09TF U 1
BS 1 723 RR3BR09TF
BS 724 724 RR3BR09JQ

RD RR3BR09JQ 724 0 0
GGGTAGAGAGATCTCAATCTCAAACGAAGAAGCTCCTGAAAACAATCCTCAATACACCAC
TGTGTATGTAGGAAACCTCGCTCCTGAAGTAACTCAGCTTGATCTTCACCGCCTGTTCCA
TACACTTGGCGCTGGAGTGATTGAAGAGGTCCGTGTCCAGCGAGACAAAGGCTTTGGTTT
TGTGAGATACAACACTCATGATGAGGCTGCTCTTGCTATTCAAATGGGCAACTCTCAGCC
TTTCCTCTTCAACAGACAGATAAAGTGTTCATGGGGAAACAAGCCAACTCCAATAGGCAC
AGCTTCAAACCCGCTTCCACCACCAGTGCCAGTGGCAGTCCCTGGTCTGTCCCCAATGGA
CCTTTTAGCCTATGAGAGGCAACTGGCTTTAGCCAAGATGCATCCTCAGGCTCAGCATTC
TCTAAGGCATGTCAATGCAGCTGGAGCAAGTGCAGCGGCTATGTACGATGGTGGTTTTCA
GAATGTAGCTGCGGCGCATCAGCAGCTCATGTACTATCAGTAATAAACTCTTGGTGTCTT
GGCGCTAAGATACCTTTTCTCCTTTTTTTTCCTTCTTAATTTTATCACTTTCTTGTTTCC
TTTTTCTAGACCTTGTTCAGAGTCTCTTATGTATGTGTGTCTCTCATTTGAAGTCGTTGA
TTCTATATGTATGCTTCTTGGTTTGTAACCTATGAGTCTTACTTGGCTTGTATGCCAAGC
AATA

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3BR09TF 723 0 0
GGGTAGAGAGATCTCAATCTCAAACGAAGAAGCTCCTGAAAACAATCCTCAATACACCAC
TGTGTATGTAGGAAACCTCGCTCCTGAAGTAACTCAGCTTGATCTTCACCGCCTGTTCCA
TACACTTGGCGCTGGAGTGATTGAAGAGGTCCGTGTCCAGCGAGACAAAGGCTTTGGTTT
TGTGAGATACAACACTCATGATGAGGCTGCTCTTGCTATTCAAATGGGCAACTCTCAGCC
TTTCCTCTTCAACAGACAGATAAAGTGTTCATGGGGAAACAAGCCAACTCCAATAGGCAC
AGCTTCAAACCCGCTTCCACCACCAGTGCCAGTGGCAGTCCCTGGTCTGTCCCCAATGGA
CCTTTTAGCCTATGAGAGGCAACTGGCTTTAGCCAAGATGCATCCTCAGGCTCAGCATTC
TCTAAGGCATGTCAATGCAGCTGGAGCAAGTGCAGCGGCTATGTACGATGGTGGTTTTCA
GAATGTAGCTGCGGCGCATCAGCAGCTCATGTACTATCAGTAATAAACTCTTGGTGTCTT
GGCGCTAAGATACCTTTTCTCCTTTTTTTTCCTTCTTAATTTTATCACTTTCTTGTTTCC
TTTTTCTAGACCTTGTTCAGAGTCTCTTATGTATGTGTGTCTCTCATTTGAAGTCGTTGA
TTCTATATGTATGCTTCTTGGTTTGTAACCTATGAGTCTTACTTGGCTTGTATGCCAAGC
AAT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL4930Contig1 824 2 8 U
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ATCTGCGTAACGGTTACGCCCTCGACTCTAATATGAAGAGTCCCTATCTTGATATACCTC
CCAATACTGCTTTTGTCATGCTCCAATGCCGTGGTGACTCCTACGGGCCCAAGTGTCACT
CTTGCCTCGCCGAAGCCCTCTCTGGGCTTCGCAAGAAATGTCCTGGAAACAAAGGAGCAA
CAATATGGTATGACCAATGTCTTTTGGATATTTCTACACACAATTCTGTTAAAGAGGACC
AACCGAACAGAATCCACTATGATAATTATTTATGTATAAGCAATCAAAAATCCTTGAGCG
GCGATAAGAAGGTATTCCAAAAGAAGAGGCAGGTTTTCACCGATAAGCTTATCTGTAATC
AACAAGACTAGCAGCGACGACGTCAGGGGGCGGGGACCACTGTTCGCAACGGGGGAGACG
ATGATTGGAACAAAGAAGTTTTATGGAATGCCGCAGTGTACGAACGAGTTATTTTCGAGT
GCTTGCTATGTGTGTCTAGAGTGGCTTGTCTTGGAACATCCATTCTGCGGCTATGAAAAA
CAAGGAGCTAGATATTTGTGTAGAAGCTGTAATGCAAGGTTTTAGCTTTACCCTTTTCTT
AGAACTTAAGACTGTTTGATGGGAGCTCTTAATTTACTTTATGTTTGATTAAGTGCTATA
TCATGGAATAAAAATTGTTAACCTCTTTGTGGTTTATTTTATGTAACACAACAGTACGTA
TGGAGAGCTTCTAACTTCTTCTTTTTTATGTTTCCTAATCCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DE44TF U 1
AF RR3DE44JQ C 206
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AACCGAACAGAATCCACTATGATAATTATTTATGTATAAGCAATCAAAAATCCTTGAGCG
GCGATAAGAAGGTATTCCAAAAGAAGAGGCAGGTTTTCACCGATAAGCTTATCTGTAATC
AACAAGACTAGCAGCGACGACGTCAGGGGGCGGGGACCACTGTTCGCAACGGGGGAGACG
ATGATTGGAACAAAGAAGTTTTATGGAATGCCGCAGTGTACGAACGAGTTATTTTCGAGT
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ATTTATGT

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DS 

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GGGGGCGGGGACCACTGTTCGCAACGGGGGAGACGATGATTGGAACAAAGAAGTTTTATG
GAATGCCGCAGTGTACGAACGAGTTATTTTCGAGTGCTTGCTATGTGTGTCTAGAGTGGC
TTGTCTTGGAACATCCATTTTGCGGCTATGAAAAACAAGGAGCTAGATATTTGTGTAGAA
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TTTGTGGTTTATTTTATGTAACACAACAGTACGTATGGAGAGCTTCTAACTTCTTCTTTT
TTATGTTTCCTAATCCGTT

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DS 



AS 1 2

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GTGGCAACAACAACTATTTAGTGACGACTGCACGTGCGGATTCTCCACCATATGGAATTG
ATTTTCCTAATCGGAGACCAACCGGACGGTTTTCCAACGGTCTTAACATACCAGATCTTA
TCAGTGAGGCAATCGGCAACGAAGAGTCGCCGCTACCGTACCTTAGTCCGGAGCTAAGGG
GGCGTAGACTGCTTAACGGTGCCAACTTCGCCTCCGCCGGTATTGGAATTCTCAACGATA
CCGGATTTCAATTCATAAACATTATAAGAATGTACCAACAACTTGCCTACTTCCAACAAT
GCCAACAACGAGTGAGCCGCTGATTGGGATACCACGTACACAACGGCTCGTGAGGCAATC
GCTTGTACTAATCACGGTCGGCGGCAACGACTTCGTGAACAACTCTTTCTTGGTGCCACA
TTCCGCTAGATCGCGCCAATATTCTCTTCCTGACTACGTCCGGTTACTAATCTCCGAGTA
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CGGACCACTTGGATGTGCACCGGCGGAGCTAGCGAGATCAAGCTCGTCCAGTGGGAGATG
CTCGGCTGAGCTACAACGAGCGGCGTCTCTATACGATCCTCAGCTAACCCGAATGATAAA
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AATAGATTTTCTAACCACTCCGCGAAGATTCGGATTTATAACGTCGAAGGTTGCTTGTTG
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CCGTGAGTTATACGTGTTTTGGGACGCGTTTCATCCGTCCGAGAAAGCGAACCGCATGAT
AGTCCGTCATATCTTGACCGGTACCACCATGTATATGAACCCTATGAACCTTAGCACTGC
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TATAGTATATTATTCAATTTCAAGATGTATGTTTCGAATACATGAGCCTGAAATAACTCA
AGTTAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH26TF U 1
AF RR3DH26JQ C 444
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BS 824 1269 RR3DH26JQ

RD RR3DH26TF 823 0 0
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GGCGTAGACTGCTTAACGGTGCCAACTTCGCCTCCGCCGGTATTGGAATTCTCAACGATA
CCGGATTTCAATTCATAAACATTATAAGAATGTACCAACAACTTGCCTACTTCCAACAAT
GCCAACAACGAGTGAGCCGCTGATTGGGATACCACGTACACAACGGCTCGTGAGGCAATC
GCTTGTACTAATCACGGTCGGCGGCAACGACTTCGTGAACAACTCTTTCTTGGTGCCACA
TTCCGCTAGATCGCGCCAATATTCTCTTCCTGACTACGTCCGGTTACTAATCTCCGAGTA
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QA 1 823 1 823
DS 

RD RR3DH26JQ 826 0 0
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GCAACGACTTCGTGAACAACTCTTTCTTGGTGCCACATTCCGCTAGATCGCGCCAATATT
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CCACCATGTATATGAACCCTATGAACCTTAGCACTGCTCTTGCCCTGTGAGGCGCCACAC
AAGATGTAGTGGGAAACTCAGTTTCATTTTATTTGAGTATAGTATATTATTCAATTTCAA
GATGTATGTTTCGAATACATGAGCCTGAAATAACTCAAGTTAGTCC

QA 1 826 1 826
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL4933Contig1 920 2 12 U
GCCATAAAAGGATAACTTTTAGTGGTTGGGAACAACATGTACAAAATTCAAGTATATCGT
TTTGTTTTGTGGTCTATGATAATAACATACACCAGTTGTTTTGTGTCTTTTATTTGTAGC
AATCAAAGGTGATAGAAATTTCAGGGGAGGGGACTGATGTCCCTCTAGTTGTCTTGACTT
CTTTCCTTCTAAATGATTGTCAATGAACCTTCTGCTGCCTTGGTAGCTTAAGCCTCAGCT
GTACTAAACTACTAATGTATATCTGAAACCTTCATTTTAATGATAGGGTCATGCCTTCAA
ATATCGTAATGCATGTGTATCTACCAATATGTACGTACATGTCCTGTTATTTTTGTTGTT
ACTACGGTTGAATTTTGATTACTTTTTTTTGTAACACAATCCTACGGTTGATTACTTAAA
ATTGTTTTTTGACATGAAAAGCCAGGATAGGACTTAGCTCATCAAGACTTTGGCCCATAT
ATATACTTTAGGCCCAGCATTTAACTCTTTGTCCGGACTGCACAAAATCCAAACATATCT
AAAATCCACCTGTATTTTGGACTTCAGTTTTTTACATGTAGAAAAGAAGAAGAAGCCGAG
CGTTGGTTTACATTTGTGTTTATATTCTACGGTTGGGTTTCAACTCTCAACACCTGCTAT
GTATCGTTCTTTCTGCTGTAACCTAATAAAGGTTGGGTTTCAACATTTGCGTTTAAACTA
TATATCTTTACATGTACATACACTTACACTGATGATATATACAGTTAATATATAGTCCGA
AGCTATACATAATCAAATAATTGTACGGACATCTATATATACAGTAGCATTAACAAATAA
ATAAATTGCAAGTATAACTAGTAAATAGTTTTCTCAAACAAAAGAAAAACTAATAAATAG
TAACTACCAAACGTTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BV42TF U 1
AF RR3BV42JQ C 213
BS 1 642 RR3BV42TF
BS 643 643 RR3BV42JQ
BS 644 649 RR3BV42TF
BS 650 650 RR3BV42JQ
BS 651 680 RR3BV42TF
BS 681 681 RR3BV42JQ
BS 682 693 RR3BV42TF
BS 694 694 RR3BV42JQ
BS 695 716 RR3BV42TF
BS 717 717 RR3BV42JQ
BS 718 754 RR3BV42TF
BS 755 920 RR3BV42JQ

RD RR3BV42TF 754 0 0
GCCATAAAAGGATAACTTTTAGTGGTTGGGAACAACATGTACAAAATTCAAGTATATCGT
TTTGTTTTGTGGTCTATGATAATAACATACACCAGTTGTTTTGTGTCTTTTATTTGTAGC
AATCAAAGGTGATAGAAATTTCAGGGGAGGGGACTGATGTCCCTCTAGTTGTCTTGACTT
CTTTCCTTCTAAATGATTGTCAATGAACCTTCTGCTGCCTTGGTAGCTTAAGCCTCAGCT
GTACTAAACTACTAATGTATATCTGAAACCTTCATTTTAATGATAGGGTCATGCCTTCAA
ATATCGTAATGCATGTGTATCTACCAATATGTACGTACATGTCCTGTTATTTTTGTTGTT
ACTACGGTTGAATTTTGATTACTTTTTTTTGTAACACAATCCTACGGTTGATTACTTAAA
ATTGTTTTTTGACATGAAAAGCCAGGATAGGACTTAGCTCATCAAGACTTTGGCCCATAT
ATATACTTTAGGCCCAGCATTTAACTCTTTGTCCGGACTGCACAAAATCCAAACATATCT
AAAATCCACCTGTATTTTGGACTTCAGTTTTTTACATGTAGAAAAGAAGAAGAAGCCGAG
CGTTGGTTTACATTTGTGTTTATATTCTACGGTTGGGTTTCA*CTCTCA*CACCTGCTAT
GTATCGTTCTTTCTGCTGTA*CCTAATAAAGGT*GGGTTTCAACATTTGCGTTTAA*CTA
TATATCTTTACATGTACATACACTTACACTGATG

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3BV42JQ 708 0 0
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CATTTTAATGATAGGGTCATGCCTTCAAATATCGTAATGCATGTGTATCTACCAATATGT
ACGTACATGTCCTGTTATTTTTGTTGTTACTACGGTTGAATTTTGATTACTTTTTTTTGT
AACACAATCCTACGGTTGATTACTTAAAATTGTTTTTTGACATGAAAAGCCAGGATAGGA
CTTAGCTCATCAAGACTTTGGCCCATATATATACTTTAGGCCCAGCATTTAACTCTTTGT
CCGGACTGCACAAAATCCAAACATATCTAAAATCCACCTGTATTTTGGACTTCAGTTTTT
TACATGTAGAAAAGAAGAAGAAGCCGAGCGTTGGTTTACATTTGTGTTTATATTCTACGG
TTGGGTTTCAACTCTCAACACCTGCTATGTATCGTTCTTTCTGCTGTAACCTAATAAAGG
TTGGGTTTCAACATTTGCGTTTAAACTATATATCTTTACATGTACATACACTTACACTGA
TGATATATACAGTTAATATATAGTCCGAAGCTATACATAATCAAATAATTGTACGGACAT
CTATATATACAGTAGCATTAACAAATAAATAAATTGCAAGTATAACTAGTAAATAGTTTT
CTCAAACAAAAGAAAAACTAATAAATAGTAACTACCAAACGTTTTCTC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL4934Contig1 519 2 1 U
TTTTTTTCTTCTCCTCGTCTCCCGATTTGCACTTCTCTTCGTCAGTATTAGGGTTTGGAA
GTTGCTCAGGATGGGACAGATCGAGTACTCTGACAAATACTTCGATGATACTTACGAGTA
CAGGCACGTGGTACTTCCTCCGGAGATAGCTAAGCTTCTACCTAAGAATCGTATTCTCTC
CGAAAGTGAATGGAGGGGTATAGGAGTGCAGCAAAGCCGTGGATGGGTCCATTACGCTAT
TCATCGCCCTGAGCCACACATCATGCTCTTCAAGCGGACTCTCAACTACCAACCTCCTAC
AACTATTCCCATTCCCAAGCACTAGATCTCTCTAAAACTACTGTTTGGTTTATGTCTCTC
TCGTAAACTAACAAACATACAAACACTCTCTGTTACCTTGGAACCCCTTGTTGGCTGGCT
CTTTTTTATTTTTATTATTATTTGTGTTCTTGAATTCTCTTTCTTCACTGGAGAATTTGT
TTGCCTTCACTTTATTATATTTGGCATCTTTTAGTTTCG


BQ
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AF RR3FV24JQ C 1
AF RR3FV24TF U 1
BS 1 519 RR3FV24TF

RD RR3FV24JQ 519 0 0
TTTTTTTCTTCTCCTCGTCTCCCGATTTGCACTTCTCTTCGTCAGTATTAGGGTTTGGAA
GTTGCTCAGGATGGGACAGATCGAGTACTCTGACAAATACTTCGATGATACTTACGAGTA
CAGGCACGTGGTACTTCCTCCGGAGATAGCTAAGCTTCTACCTAAGAATCGTATTCTCTC
CGAAAGTGAATGGAGGGGTATAGGAGTGCAGCAAAGCCGTGGATGGGTCCATTACGCTAT
TCATCGCCCTGAGCCACACATCATGCTCTTCAAGCGGACTCTCAACTACCAACCTCCTAC
AACTATTCCCATTCCCAAGCACTAGATCTCTCTAAAACTACTGTTTGGTTTATGTCTCTC
TCGTAAACTAACAAACATACAAACACTCTCTGTTACCTTGGAACCCCTTGTTGGCTGGCT
CTTTTTTATTTTTATTATTATTTGTGTTCTTGAATTCTCTTTCTTCACTGGAGAATTTGT
TTGCCTTCACTTTATTATATTTGGCATCTTTTAGTTTCG

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR3FV24TF 519 0 0
TTTTTTTCTTCTCCTCGTCTCCCGATTTGCACTTCTCTTCGTCAGTATTAGGGTTTGGAA
GTTGCTCAGGATGGGACAGATCGAGTACTCTGACAAATACTTCGATGATACTTACGAGTA
CAGGCACGTGGTACTTCCTCCGGAGATAGCTAAGCTTCTACCTAAGAATCGTATTCTCTC
CGAAAGTGAATGGAGGGGTATAGGAGTGCAGCAAAGCCGTGGATGGGTCCATTACGCTAT
TCATCGCCCTGAGCCACACATCATGCTCTTCAAGCGGACTCTCAACTACCAACCTCCTAC
AACTATTCCCATTCCCAAGCACTAGATCTCTCTAAAACTACTGTTTGGTTTATGTCTCTC
TCGTAAACTAACAAACATACAAACACTCTCTGTTACCTTGGAACCCCTTGTTGGCTGGCT
CTTTTTTATTTTTATTATTATTTGTGTTCTTGAATTCTCTTTCTTCACTGGAGAATTTGT
TTGCCTTCACTTTATTATATTTGGCATCTTTTAGTTTCG

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

CO CL4935Contig1 519 2 1 U
ACAAGCTTCATTCAAGGTCAGACGAGCGAAAATGGTGAACATTCCAAAGACAAAGAAGAC
ATACTGCAAGAACAAGGAATGCAAGAAGCATACATTGCACAAGGTGACCCAATACAAGAA
AGGTAAAGACAGTCTCGCTGCTCAGGGAAAGCGTCGTTATGACCGTAAGCAATCTGGTTA
CGGTGGTCAGACTAAGCCTGTCTTCCACAAGAAGGCTAAGACCACGAAGAAGATTGTCTT
GAGGCTTCAGTGCCAAACCTGCAAACACTTTTCTCAGCACTCGATCAGGAGGTGCAAGCA
TTTTGAGATCGGTGGAGACAAGAAGGGGAAGGGAACATCTCTTTTCTAAGCTTGTCTTCT
CTTAACTTTTTGCAAGTTTTGTTACTTGTGTCGGATCATGATTCCTTCTGTTTTAAAATC
TTCCATTGCCCAAATTAAAATTTCAAATTATGCATGTAAAATGGAAGTACTTCTTCAGAT
GTTCTTTCTTTGCTCTATGGTAACATTTTTTTTTGCTGC


BQ
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GTTCTTTCTTTGCTCTATGGTAACATTTTTTTTTGCTGC

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

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GTTGCATTAATAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TCTGATTGTCCCGCTCCTTGCATACTCAGGACTTCAACAAGCATTTGTTTGGGCTGAGTT
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QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3G770JQ C 1
AF RR3G770TF U 1
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TAATTTATTATTGTTTTGAACAAATATACCAAATTACAC

QA 1 519 1 519
DS 

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GAGATATGGAGGAAGAACGGCTCGCAGCATGTCTTCTTCATCGTTGAGGAAAAAATCAGA
CCTCCGAGTGATCCAGAAGGTTCCTTACAAAGGTCTTAAAGATTTTCTCTCTAATCTTCA
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TGGCACCTATTGCGGCTTCAGTCAGGTGAGATTTGTTTCATTTTCTTATAACTTTTCTCG
TAAACTTAACATTAAGAATATTATCAAACAGAATATAGCATTCAAACTCCTTCAGTTTTT
TAATTTATTATTGTTTTGAACAAATATACCAAATTACAC

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

CO CL4938Contig1 878 2 10 U
AACAACCAAAAACAAAAAAAAACAGTTTCGTTACACAACCCCAGAAGTCAAAAAGACAAA
ACCTTTCGAGAGATTCAGAGATGGGTTCTGAAGGGCCAAAAGCTATTACGATTCACGTGA
CTGGTTTCAAGAAGTTTCTTGGTGTTTCGGAAAACCCTACAGAGAAAATAGCCAAGAATC
TGAAGTCGTATGTGGAGGAGAAACGAGGGTTGCCTTCCGGGTTGAGTCTTGGTAGCTGCA
CTGTTCTTGAGGCTGCAGGGGAAGGTGCAAAGTCTCAGCTTTTTGAGGTTTTGGAGTCCT
CCACTGTTGTCTCTGGAGATAAGACCAGCAATGCAACTGTTGTTTGGCTTCATCTTGGAT
TAAACAGCGGAGCGACAAAGTTCGCCATTGAAAGACAAGCAGTGAACGAAGCTCATTTCC
GTTGTCCTGATCAATTAGGTTGGCAACCACAGCGGATCCCTATTGTTATTGAAGATGGAA
GCATTACAAAGACAAAAGAGACTTCGTGTTCGACAGAGTCGATTCACAAGTTACTGAAGC
AAAAAGGTTTCGATGTGGTTGAATCAGACGACGCTGGAAGGTTTGTGTGCAACTATGTGT
ACTATCATTCCCTGAGGTTCGCGGAGCAGAAGGGACACAAGTCTCTGTTTGTTCACGTTC
CTCTGTTCAACAAAATCAATGAAGACACTCAGATGCAGTTCGTGGTCTCTCTCTTGGAGG
CTATTGCAACTACTTGCTAAGTTGTTTAAATCTACTACGATGATGGTATGTAAGTATATC
ATGTATATCCTTGCACGGAAGCATTGTCTTCTTTTGTTGGGAAGGGGTGGGTGGGGGTGT
TGTAGCTTTGTGATGTAAAGAAGATTTGCTTTTTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GQ18TF U 1
AF RR3GQ18JQ C 218
BS 1 457 RR3GQ18TF
BS 458 458 RR3GQ18JQ
BS 459 633 RR3GQ18TF
BS 634 634 RR3GQ18JQ
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BS 746 878 RR3GQ18JQ

RD RR3GQ18TF 745 0 0
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TGAAGTCGTATGTGGAGGAGAAACGAGGGTTGCCTTCCGGGTTGAGTCTTGGTAGCTGCA
CTGTTCTTGAGGCTGCAGGGGAAGGTGCAAAGTCTCAGCTTTTTGAGGTTTTGGAGTCCT
CCACTGTTGTCTCTGGAGATAAGACCAGCAATGCAACTGTTGTTTGGCTTCATCTTGGAT
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CTCTGTTCAACAAAATCAATGAAGACACTCAGATGCAGTTCGTGGTCTCTCTCTTGGAG*
CTATTGCA*CTACTTGCTAAGTTGT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3GQ18JQ 661 0 0
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GCTTTTTGAGGTTTTGGAGTCCTCCACTGTTGTCTCTGGAGATAAGACCAGCAATGCAAC
TGTTGTTTGGCTTCATCTTGGATTAAACAGCGGAGCGACAAAGTTCGCCATTGAAAGACA
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CCCTATTGTTATTGAAGATGGAAGCATTACAAAGACAAAAGAGACTTCGTGTTCGACAGA
GTCGATTCACAAGTTACTGAAGCAAAAAGGTTTCGATGTGGTTGAATCAGACGACGCTGG
AAGGTTTGTGTGCAACTATGTGTACTATCATTCCCTGAGGTTCGCGGAGCAGAAGGGACA
CAAGTCTCTGTTTGTTCACGTTCCTCTGTTCAACAAAATCAATGAAGACACTCAGATGCA
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CGATGATGGTATGTAAGTATATCATGTATATCCTTGCACGGAAGCATTGTCTTCTTTTGT
TGGGAAGGGGTGGGTGGGGGTGTTGTAGCTTTGTGATGTAAAGAAGATTTGCTTTTTTTT
G

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL4939Contig1 972 2 2 U
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AGTGTTTTTGTCTCGTTCCTAAAGTTTTTTTTTGTTTCATCATCGTTACTGATTCTCTAA
AATAACAAACTAAAGGACTGGAGAGATATTGTCATGGTGAAGCAAGAACTGGGTCCGGAC
AAGACACCGGAGGAGACGATGAAGCTTCCTCTTTCGAGACAGCTACTAGTTTCGAAGGAG
AAGTCAGCTTGTTGAGACTGTCTCTTTTGGACTTGCTTCCGTTCTGGTTTGAGTTCATGG
ACAAACGCCTAGGCGTTTCGTTACTCCCTCCTCCTCCGTTAGCTCGCGCTCCCACCGGTT
TCTTGGCACTCACGGGTCTTGAAGGGCTAGGTCTAGACCCAAAGGCTGAGTCTTGATCTG
TGTGCGGCTGTTCTTGCTGCTTCTTCTGTTCCTTCAGCCTCCGCTTCTCCTCTTCTCGTT
CCTGTCTAAGCATTGTGTACTCATCTAACATGGCGAGCAGAGGAACACCATCGTACTCAA
AAGACATACTGTTATCCTCTTCCCATGCCCGGGTTTTAGTAACCAAAGTGTCAACCATTG
CTGTAATCTTGCTGACAAGAATCCTAGCTTTCTCAGCTCTCTTGAGATTCAAATGTGCTC
CTCTGCTTGCACTATACCTGTTCTGATCCCGGTTATAGTCTTCAAGCCAGCTCTCTTCCT
CACAAGCTGACATCCATTTCTCCACTCGGTCCAATATCTCTTTCCTACTAAACGCTTCTT
CCTTGGCCTTTGCTATCTGGCTATCCATCTCAGCTAGTAGCTCCGCGGTTCAGTGTTTCC
AGCATCGATCAACGACATGATCCTCTCACGAACGACCTCAGCTTTATCTCTATGTGAGCG
TGAGCGTATATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD56JQ U 1
AF RR3AT82JQ U 58
BS 1 792 RR3DD56JQ
BS 793 972 RR3AT82JQ

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GAAAAAAACGAGTCAGTCAATGATACAAAGACATAAAAATCTAAGTAACATTCTACTCTC
AGTGTTTTTGTCTCGTTCCTAAAGTTTTTTTTTGTTTCATCATCGTTACTGATTCTCTAA
AATAACAAACTAAAGGACTGGAGAGATATTGTCATGGTGAAGCAAGAACTGGGTCCGGAC
AAGACACCGGAGGAGACGATGAAGCTTCCTCTTTCGAGACAGCTACTAGTTTCGAAGGAG
AAGTCAGCTTGTTGAGACTGTCTCTTTTGGACTTGCTTCCGTTCTGGTTTGAGTTCATGG
ACAAACGCCTAGGCGTTTCGTTACTCCCTCCTCCTCCGTTAGCTCGCGCTCCCACCGGTT
TCTTGGCACTCACGGGTCTTGAAGGGCTAGGTCTAGACCCAAAGGCTGAGTCTTGATCTG
TGTGCGGCTGTTCTTGCTGCTTCTTCTGTTCCTTCAGCCTCCGCTTCTCCTCTTCTCGTT
CCTGTCTAAGCATTGTGTACTCATCTAACATGGCGAGCAGAGGAACACCATCGTACTCAA
AAGACATACTGTTATCCTCTTCCCATGCCCGGGTTTTAGTAACCAAAGTGTCAACCATTG
CTGTAATCTTGCTGACAAGAATCCTAGCTTTCTCAGCTCTCTTGAGATTCAAATGTGCTC
CTCTGCTTGCACTATACCTGTTCTGATCCCGGTTATAGTCTTCAAGCCAGCTCTCTTCCT
CACAAGCTGACA

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3AT82JQ 915 0 0
GAAGAAAAAAACGAGTCAGTCAATGATACAAAGACATAAAAATCTAAGTAACATTCTACT
CTCAGTGTTTTTGTCTCGTTCCTAAAGTTTTTTTTTGTTTCATCATCGTTACTGATTCTC
TAAAATAACAAACTAAAGGACTGGAGAGATATTGTCATGGTGAAGCAAGAACTGGGTCCG
GACAAGACACCGGAGGAGACGATGAAGCTTCCTCTTTCGAGACAGCTACTAGTTTCGAAG
GAGAAGTCAGCTTGTTGAGACTGTCTCTTTTGGACTTGCTTCCGTTCTGGTTTGAGTTCA
TGGACAAACGCCTAGGCGTTTCGTTACTCCCTCCTCCTCCGTTAGCTCGCGCTCCCACCG
GTTTCTTGGCACTCACGGGTCTTGAAGGGCTAGGTCTAGACCCAAAGGCTGAGTCTTGAT
CTGTGTGCGGCTGTTCTTGCTGCTTCTTCTGTTCCTTCAGCCTCCGCTTCTCCTCTTCTC
GTTCCTGTCTAAGCATTGTGTACTCATCTAACATGGCGAGCAGAGGAACACCATCGTACT
CAAAAGACATACTGTTATCCTCTTCCCATGCCCGGGTTTTAGTAACCAAAGTGTCAACCA
TTGCTGTAATCTTGCTGACAAGAATCCTAGCTTTCTCAGCTCTCTTGAGATTCAAATGTG
CTCCTCTGCTTGCACTATACCTGTTCTGATCCCGGTTATAGTCTTCAAGCCAGCTCTCTT
CCTCACAAGCTGACATCCATTTCTCCACTCGGTCCAATATCTCTTTCCTACTAAACGCTT
CTTCCTTGGCCTTTGCTATCTGGCTATCCATCTCAGCTAGTAGCTCCGCGGTTCAGTGTT
TCCAGCATCGATCAACGACATGATCCTCTCACGAACGACCTCAGCTTTATCTCTATGTGA
GCGTGAGCGTATATC

QA 1 915 1 915
DS 



AS 1 2

CO CL4940Contig1 809 2 2 U
GGGAACATTTCCTTCCCGGCGGCGTCTCTTTCAGCGACGTTTCGCCGCCGCAGACTCCGC
CGGAAATCGAGACCAGCGTAGTAAGGTATATAAAAAGCAGAAGCCAAAGAAGAGTTTCTC
GTCAAGCACTCGTATCTCTTCATCTTCTCGTGGAATATCACTTCAAGCATGAACTGATTA
GTCGCGTACCAGCTCGAAGAGTCACCGACGATATGTGGTCCGAATCCAGAGTTGTCGAGG
TAGTTACACATGCTGATCTTGTCCTTTGGTCTTGAAATCGACTCGCAGTCTTGGAGGATG
TCGGTGTTGAATCGAGAAGGTAGATTGTGGATATATATGTACCGGCCGAGGCATGGATTG
CTTCCTAGTCCGGAGGATTTGTGACGGTGGTGGTGATCGGAGTCGGAGGTAGTAGTGGTG
GTGATGAGGATGATTTTGTTTTGGGAGAGACGAAGGAGAAGGAGAGAGGTTGTGAGGAGA
GAGAGGAGAAGTAAGAGAGTGGTTTGTTTCTTCTTACATGGATGATTCTTGATGGCACTT
GATGAATCGTTGTTCTTCATCGTTGTTGTTGTGAATGTTGTTGCGTGGTGTTTTTGATTT
GACGATCCATGTCGAGTTGAGAACGACAAAAGTCAGAGATTACACGCAATAACTAATAAT
CATATATTAGTCAAATTAAAATTAAAATTATAACAATCATATATCAGTGAGATGATTTCA
GATATCAAATAGAAATATTTCTTGATTTTTATAATCATATACATACGTAGGTAGGTGTAT
AGAAACTTCTTGTGTTTCCAAAAATCAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA86TF U 1
AF RR3EA86JQ C 176
BS 1 448 RR3EA86TF
BS 449 809 RR3EA86JQ

RD RR3EA86TF 448 0 0
GGGAACATTTCCTTCCCGGCGGCGTCTCTTTCAGCGACGTTTCGCCGCCGCAGACTCCGC
CGGAAATCGAGACCAGCGTAGTAAGGTATATAAAAAGCAGAAGCCAAAGAAGAGTTTCTC
GTCAAGCACTCGTATCTCTTCATCTTCTCGTGGAATATCACTTCAAGCATGAACTGATTA
GTCGCGTACCAGCTCGAAGAGTCACCGACGATATGTGGTCCGAATCCAGAGTTGTCGAGG
TAGTTACACATGCTGATCTTGTCCTTTGGTCTTGAAATCGACTCGCAGTCTTGGAGGATG
TCGGTGTTGAATCGAGAAGGTAGATTGTGGATATATATGTACCGGCCGAGGCATGGATTG
CTTCCTAGTCCGGAGGATTTGTGACGGTGGTGGTGATCGGAGTCGGAGGTAGTAGTGGTG
GTGATGAGGATGATTTTGTTTTGGGAGA

QA 1 448 1 448
DS 

RD RR3EA86JQ 634 0 0
GATTAGTCGCGTACCAGCTCGAAGAGTCACCGACGATATGTGGTCCGAATCCAGAGTTGT
CGAGGTAGTTACACATGCTGATCTTGTCCTTTGGTCTTGAAATCGACTCGCAGTCTTGGA
GGATGTCGGTGTTGAATCGAGAAGGTAGATTGTGGATATATATGTACCGGCCGAGGCATG
GATTGCTTCCTAGTCCGGAGGATTTGTGACGGTGGTGGTGATCGGAGTCGGAGGTAGTAG
TGGTGGTGATGAGGATGATTTTGTTTTGGGAGAGACGAAGGAGAAGGAGAGAGGTTGTGA
GGAGAGAGAGGAGAAGTAAGAGAGTGGTTTGTTTCTTCTTACATGGATGATTCTTGATGG
CACTTGATGAATCGTTGTTCTTCATCGTTGTTGTTGTGAATGTTGTTGCGTGGTGTTTTT
GATTTGACGATCCATGTCGAGTTGAGAACGACAAAAGTCAGAGATTACACGCAATAACTA
ATAATCATATATTAGTCAAATTAAAATTAAAATTATAACAATCATATATCAGTGAGATGA
TTTCAGATATCAAATAGAAATATTTCTTGATTTTTATAATCATATACATACGTAGGTAGG
TGTATAGAAACTTCTTGTGTTTCCAAAAATCAGT

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL4941Contig1 742 2 4 U
GGAACCTTTATTAACCAGAGCTCACTCACTCTCTCTCTATTCTCCCTCTAGCTCCGATGG
GCTTTCCCGTAGGCTACACAGAGGTCTTCATCCCGAAGCTCTTCGTACAAACACTCTCCC
TACTCAGTTTCATCAGAACCGTCCTCTTTTCTCTCTTCCGCTTCTTGGGCCTCTCCGACT
TCCTCGAAATGGACCAAACCTGGCCCGACCACACATCTCACCCGACCCGAACACCCACCG
AACCCCGCTCCCCCTTCTCCGCCCTCCTAATCCGCGAGATCTTACCCGTCATCAAGTTCG
AAGACGTCTCCGGCGAGGATCTGCCGGAAAGCTGCGCCGTCTGTCTCTACGAGTTCGAAG
GAGAGCAAGAGATCCGGTGGCTGAGAAACTGCAGGCACATATTCCACCGGAGCTGTCTCG
ACCGTTGGATGGATCACGATCAGAAGACGTGTCCTCTCTGTAGAACACCGTTTGTTCCGG
ATGAGATGCAAGAAGAGTTTAATCAACGGCTGTGGGCTGCTTCGGGTGTTCATGACTTCC
ACAGCGAGTACTGTCCCGTGCCGGAACTATAGAGAGAGACGGCTTCTTTTCCCTCCTCCT
TGTGTCTTTTTTTCTTTTTGACTTTTCACCCCTGTACTTTTAAATTTGCTCTTTTTCACC
CTTGCTAACATTAGATTTGCCACGCTTTCATGTGTTTGTAGATATACATATGAATGATAT
GAGCAATAAACATTACCAAATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3BU87JQ C 1
AF RR3BU87TF U 1
BS 1 725 RR3BU87TF
BS 726 726 RR3BU87JQ
BS 727 740 RR3BU87TF
BS 741 742 RR3BU87JQ

RD RR3BU87JQ 742 0 0
GGAACCTTTATTAACCAGAGCTCACTCACTCTCTCTCTATTCTCCCTCTAGCTCCGATGG
GCTTTCCCGTAGGCTACACAGAGGTCTTCATCCCGAAGCTCTTCGTACAAACACTCTCCC
TACTCAGTTTCATCAGAACCGTCCTCTTTTCTCTCTTCCGCTTCTTGGGCCTCTCCGACT
TCCTCGAAATGGACCAAACCTGGCCCGACCACACATCTCACCCGACCCGAACACCCACCG
AACCCCGCTCCCCCTTCTCCGCCCTCCTAATCCGCGAGATCTTACCCGTCATCAAGTTCG
AAGACGTCTCCGGCGAGGATCTGCCGGAAAGCTGCGCCGTCTGTCTCTACGAGTTCGAAG
GAGAGCAAGAGATCCGGTGGCTGAGAAACTGCAGGCACATATTCCACCGGAGCTGTCTCG
ACCGTTGGATGGATCACGATCAGAAGACGTGTCCTCTCTGTAGAACACCGTTTGTTCCGG
ATGAGATGCAAGAAGAGTTTAATCAACGGCTGTGGGCTGCTTCGGGTGTTCATGACTTCC
ACAGCGAGTACTGTCCCGTGCCGGAACTATAGAGAGAGACGGCTTCTTTTCCCTCCTCCT
TGTGTCTTTTTTTCTTTTTGACTTTTCACCCCTGTACTTTTAAATTTGCTCTTTTTCACC
CTTGCTAACATTAGATTTGCCACGCTTTCATGTGTTTGTAGATATACATATGAATGATAT
GAGCAATAAACATTACCAAATC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3BU87TF 740 0 0
GGAACCTTTATTAACCAGAGCTCACTCACTCTCTCTCTATTCTCCCTCTAGCTCCGATGG
GCTTTCCCGTAGGCTACACAGAGGTCTTCATCCCGAAGCTCTTCGTACAAACACTCTCCC
TACTCAGTTTCATCAGAACCGTCCTCTTTTCTCTCTTCCGCTTCTTGGGCCTCTCCGACT
TCCTCGAAATGGACCAAACCTGGCCCGACCACACATCTCACCCGACCCGAACACCCACCG
AACCCCGCTCCCCCTTCTCCGCCCTCCTAATCCGCGAGATCTTACCCGTCATCAAGTTCG
AAGACGTCTCCGGCGAGGATCTGCCGGAAAGCTGCGCCGTCTGTCTCTACGAGTTCGAAG
GAGAGCAAGAGATCCGGTGGCTGAGAAACTGCAGGCACATATTCCACCGGAGCTGTCTCG
ACCGTTGGATGGATCACGATCAGAAGACGTGTCCTCTCTGTAGAACACCGTTTGTTCCGG
ATGAGATGCAAGAAGAGTTTAATCAACGGCTGTGGGCTGCTTCGGGTGTTCATGACTTCC
ACAGCGAGTACTGTCCCGTGCCGGAACTATAGAGAGAGACGGCTTCTTTTCCCTCCTCCT
TGTGTCTTTTTTTCTTTTTGACTTTTCACCCCTGTACTTTTAAATTTGCTCTTTTTCACC
CTTGCTAACATTAGATTTGCCACGCTTTCATGTGTTTGTAGATATACATATGAATGATAT
GAGCA*TAAACATTACCAAA

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL4942Contig1 1007 2 2 U
GGGGATCATCGCCGTAAAGTGTGGGATGACTGCTCTCTGGGACAAATGGGGAGCTAGGGT
TCCGGTATCGATCCTCTGGGTCGACGACAACATCGTCTCTCAGGTCAAAACCGTTGAGAA
AGAAGGCATCTTTGCGCTGCAGATTGGATGTGGGCATAAGAAACCGAAGCATTTGACTAT
GCCTGAGTTGGGTCATTTCAGAGCTCAAGGTGTGCCGTTGAAGAGGAAGCTGAGAGAGTT
TCCTGTGACGGAAGACGCTCTGCTTCCTGTTGGGACTGAGCTCGGTGTGCGTCATTTTGT
TCCTGGGCAGTATGTTGATGTCACTGGGATCACTCGTGGGAAAGGTTTTCAGGGAGTAAT
GAAAATATTTAAGTTCAAAGGAGGGCCGAAATCACATGGTTGTTCAAAGGCACATCGGAA
AGGTGGTTCCACTGGTCAAAGAGATGATCCGGGAAAGGTGTTCAAGGGAAGAAAGATGCC
TGGGAGAATGGGTGCAGAGCAGAGGACTGTAAAGAACGTTTGGGTTTACAAGATTGATCC
CGCCAGGAACCTCATCTGGGTTAGAGGACAAGTTCCTGGTGCGGAAGGAAACTTTGTGTT
CATAAGAGATGCTCACTACAAGAAACCGGACATCTCAAAGCTTCCATTTCCAACCTACTT
AGCCCCAGAAGACGAGGACCCATCAGAGTTAGAACCGTTGGTCGCAGATCTAGGAGAAGT
CGACCCATTTATGCTAGCAGAGTGATGTTAAAGACATGATCCTCATCTTGATTTTGACTT
TTTTCATTTTTTACGTTCGTGGAAGACGAGAAGCTGATGAAGTGGAGGCACAGAGCTCTA
AAGCTTTTGCTGAAGAAAGATTGTCTTTTCCTATTTATTAGTTGTATGAAACTGAAAACG
ATGGTTAGAGAGGAATCTAGTCTTTGCATTTGTTGAATCTGCAATAAGCAATGAAGTAAC
AGTATTCTTGTCTTATCTTCTAAATATATGGCTACTTTTGTATGTTT


BQ
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AF RR3GT08TF U 1
AF RR3GT08JQ C 201
BS 1 710 RR3GT08TF
BS 711 1007 RR3GT08JQ

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TCCTGGGCAGTATGTTGATGTCACTGGGATCACTCGTGGGAAAGGTTTTCAGGGAGTAAT
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TGGGAGAATGGGTGCAGAGCAGAGGACTGTAAAGAACGTTTGGGTTTACAAGATTGATCC
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CATAAGAGATGCTCACTACAAGAAACCGGACATCTCAAAGCTTCCATTTCCAACCTACTT
AGCCCCAGAAGACGAGGACCCATCAGAGTTAGAACCGTTGGTCGCAGATC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3GT08JQ 807 0 0
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TCACTGGGATCACTCGTGGGAAAGGTTTTCAGGGAGTAATGAAAATATTTAAGTTCAAAG
GAGGGCCGAAATCACATGGTTGTTCAAAGGCACATCGGAAAGGTGGTTCCACTGGTCAAA
GAGATGATCCGGGAAAGGTGTTCAAGGGAAGAAAGATGCCTGGGAGAATGGGTGCAGAGC
AGAGGACTGTAAAGAACGTTTGGGTTTACAAGATTGATCCCGCCAGGAACCTCATCTGGG
TTAGAGGACAAGTTCCTGGTGCGGAAGGAAACTTTGTGTTCATAAGAGATGCTCACTACA
AGAAACCGGACATCTCAAAGCTTCCATTTCCAACCTACTTAGCCCCAGAAGACGAGGACC
CATCAGAGTTAGAACCGTTGGTCGCAGATCTAGGAGAAGTCGACCCATTTATGCTAGCAG
AGTGATGTTAAAGACATGATCCTCATCTTGATTTTGACTTTTTTCATTTTTTACGTTCGT
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TTGTCTTTTCCTATTTATTAGTTGTATGAAACTGAAAACGATGGTTAGAGAGGAATCTAG
TCTTTGCATTTGTTGAATCTGCAATAAGCAATGAAGTAACAGTATTCTTGTCTTATCTTC
TAAATATATGGCTACTTTTGTATGTTT

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

CO CL4943Contig1 506 2 1 U
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GAAGCTTCAGGTTCCAAGAAAGATGAGAATGTTACACCTTCTGTTGGTAGACCCAAGAAG
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AF RR3GK36JQ C 1
AF RR3GK36TF U 1
BS 1 506 RR3GK36TF

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GAAGCTTCAGGTTCCAAGAAAGATGAGAATGTTACACCTTCTGTTGGTAGACCCAAGAAG
GTTGCTTAGTCAGAGGCTTGCAGCAACCAACATTGAACTCGTCAAAAAGAAAACACACAC
CATTGATCTTTTGTTATCTACTCCTTGGAAGAACACTTACACATCCATACATTTTGCTGA
GCCTAAAGAAAAGTTTTTCTCGTCGGATTTTCAGTTCCTTTTCTTTCAATTTATGACATG
ATGCTTCAGTTTAATTTTTATTTTGACAGAAGTGTTGTACATTTCTGGATTATCATTGCA
TTCTAATGAGAATTAATTTGAGAGTT

QA 1 506 1 506
DS 

RD RR3GK36TF 506 0 0
GGGAGACAAACTGAAATTTGCCAATCATTCCCCTGAACCTAATTGTTACGCAAAGGTCAT
TATGGTTGCTGGAGATCATAGAGTGGGTATTTTTGCAAAGGAGAGGATATGGCTGGAGAA
GAACTGTTTTATGATTACAGGTATGAGCCAGATCGAGCTCCTGCTTGGGCCAGAAAACCT
GAAGCTTCAGGTTCCAAGAAAGATGAGAATGTTACACCTTCTGTTGGTAGACCCAAGAAG
GTTGCTTAGTCAGAGGCTTGCAGCAACCAACATTGAACTCGTCAAAAAGAAAACACACAC
CATTGATCTTTTGTTATCTACTCCTTGGAAGAACACTTACACATCCATACATTTTGCTGA
GCCTAAAGAAAAGTTTTTCTCGTCGGATTTTCAGTTCCTTTTCTTTCAATTTATGACATG
ATGCTTCAGTTTAATTTTTATTTTGACAGAAGTGTTGTACATTTCTGGATTATCATTGCA
TTCTAATGAGAATTAATTTGAGAGTT

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 2

CO CL4944Contig1 838 2 2 U
GGACCACCCAACACCCCGTCGTTCGTAGTCATACCACAAAAGATGGCGACCGGTTCATCC
ACGACCCAAGTCATTGTCTTCACAATTTCCCTTCTCATGGTCGCTTTCCAAGCAGTCCAT
GCAGACTATTACCGTCCAAGACCACCGGTTACCCCGACCCCTTACGTCCCTAAGCCATGG
GTCCCACTTCCAACCCCTAGCCCCAAGCCTGTTTATCGGCCTCCGTATACCCCGCGCCTA
CCAGCTGGCTCCATCGCTAGACAGTTCCTTGACCCACATAACGCTATTCGGTCTAGACTA
GGTTTGCCTCCATTGGTTTGGGACGGCAAGCTAGCGAGCTACGCGACATGGTGGGCAAAT
CAGAGGCGTTACGACTGCTCAATGACCCATTCGACCGGGCCATATGGAGAGAACCTGTTC
TGGGGGAGTGGATCGAGCTGGGCACCAGGATTCGTAGTGCATTCATGGGTCGTTGAAGGC
AGCTCATACAACTACAACACCAACTCGTGTGACGGAAGTGGGATGTGTGGTCACTACACT
CAGATCGTGTGGCGTGACACCAAAAGGCTCGGATGCGCAAGTGTGGTATGTGAGAATGGT
GCAGGAGTTTTCATCACTTGTAACTACGACCCTCCGGGTAACTACGTTGGTGAGAGGCCT
TACTAAGAGGAAAAAAAACACTTTAAACGTTTTGTTTTGTTTGGTTCTTGATTTTATTTT
ATTTCGCTATATTTTCTGTTTCATTATCTTCGTAAAATTAAAATTTGCGAGACATCTAAT
TTGCATGATACATCGTTCTGTTGTTTATGTGTGTAATGTTATTTGACGTCATGTCCTG


BQ
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AF RR3BZ31TF U 1
AF RR3BZ31JQ C 91
BS 1 600 RR3BZ31TF
BS 601 838 RR3BZ31JQ

RD RR3BZ31TF 600 0 0
GGACCACCCAACACCCCGTCGTTCGTAGTCATACCACAAAAGATGGCGACCGGTTCATCC
ACGACCCAAGTCATTGTCTTCACAATTTCCCTTCTCATGGTCGCTTTCCAAGCAGTCCAT
GCAGACTATTACCGTCCAAGACCACCGGTTACCCCGACCCCTTACGTCCCTAAGCCATGG
GTCCCACTTCCAACCCCTAGCCCCAAGCCTGTTTATCGGCCTCCGTATACCCCGCGCCTA
CCAGCTGGCTCCATCGCTAGACAGTTCCTTGACCCACATAACGCTATTCGGTCTAGACTA
GGTTTGCCTCCATTGGTTTGGGACGGCAAGCTAGCGAGCTACGCGACATGGTGGGCAAAT
CAGAGGCGTTACGACTGCTCAATGACCCATTCGACCGGGCCATATGGAGAGAACCTGTTC
TGGGGGAGTGGATCGAGCTGGGCACCAGGATTCGTAGTGCATTCATGGGTCGTTGAAGGC
AGCTCATACAACTACAACACCAACTCGTGTGACGGAAGTGGGATGTGTGGTCACTACACT
CAGATCGTGTGGCGTGACACCAAAAGGCTCGGATGCGCAAGTGTGGTATGTGAGAATGGT

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3BZ31JQ 748 0 0
CTTCTCATGGTCGCTTTCCAAGCAGTCCATGCAGACTATTACCGTCCAAGACCACCGGTT
ACCCCGACCCCTTACGTCCCTAAGCCATGGGTCCCACTTCCAACCCCTAGCCCCAAGCCT
GTTTATCGGCCTCCGTATACCCCGCGCCTACCAGCTGGCTCCATCGCTAGACAGTTCCTT
GACCCACATAACGCTATTCGGTCTAGACTAGGTTTGCCTCCATTGGTTTGGGACGGCAAG
CTAGCGAGCTACGCGACATGGTGGGCAAATCAGAGGCGTTACGACTGCTCAATGACCCAT
TCGACCGGGCCATATGGAGAGAACCTGTTCTGGGGGAGTGGATCGAGCTGGGCACCAGGA
TTCGTAGTGCATTCATGGGTCGTTGAAGGCAGCTCATACAACTACAACACCAACTCGTGT
GACGGAAGTGGGATGTGTGGTCACTACACTCAGATCGTGTGGCGTGACACCAAAAGGCTC
GGATGCGCAAGTGTGGTATGTGAGAATGGTGCAGGAGTTTTCATCACTTGTAACTACGAC
CCTCCGGGTAACTACGTTGGTGAGAGGCCTTACTAAGAGGAAAAAAAACACTTTAAACGT
TTTGTTTTGTTTGGTTCTTGATTTTATTTTATTTCGCTATATTTTCTGTTTCATTATCTT
CGTAAAATTAAAATTTGCGAGACATCTAATTTGCATGATACATCGTTCTGTTGTTTATGT
GTGTAATGTTATTTGACGTCATGTCCTG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL4945Contig1 1010 2 2 U
GCACGCTGTCACATTCTCTGCTGGTCTTTCTTCTGGAGGTCTCAAGCCCTTTTGCATTAT
TCCATCTGCTTTTCTACAAAGAGCCTATGACCAGGTGGTCCATGATGTAGATAGGCAGAG
AAAGGCGGTGAGGTTTGTTATAACAAGCGCAGGGCTTGTTGGATCCGATGGTGCTGTACA
GTGTGGAGCATTTGACATAGCTTTCATGTCATGCTTACCAAACATGATAGCCATGGCTCC
AGCCAATGAGGATGAGCTTGTGAATATGGTCGCAACTGCAGCTAAGATCACTGACCGCCC
GGTTTGTTTCCGGTTCCCTAGAGGCGCCATCGTCAACAAGAACTATCTCGTCCCCTTTGG
ATTACCAATTGAAAGTAGATCGGAAGAGGAAGAGTTCTGTTAGAAGGTCAAGAAGTGGCT
TTGCTCGGGTATGGAGCCATGGTTCAGAACTGTCTTAATGCTCACTCGCTTCTCTCGAAG
CTCGGTTTGAACGTGACAGTAGCTGATTCAAGATTCTGCAAACCCCTGGACATTAAGCTC
GTGCGTGATCTTTGTCAGAACCACAAGTTCCTTATCACTGTAGAAGAAGGCTGCGTTGGA
GGGTTTGGGTCTCATGTGGCGCAGTTCATAGCCCTTGATGGCCAGCTCGATGGGAAAATC
AAGTGGAGACCGATTGTGTTACCGGATGGGTACATAGAAGAAGCGTCGCCTAACGAGCAG
CTTGCACTTGCGGGGCTAACGGGACATCACATAGCAGCAACAGCTCTGAGTCTTTTGGGT
CGAACTCGTGAAGCACTGCTCCTCATGAGCTAACCTTGGCAGCCAGAAAATTAGGGACTT
ATTAATGGAGGCATCACACACTATATGATTTTCTTTTTAACTCATGAGCAGTGAATGATA
AGTGTAATTATTAAGTTTCTAAAGTAAAAAGATGTAAATATGTATACATTCTGAATTCAG
CAACCTTTTTGGAAGAGCTTAAAATAAGAATCTAATGTTTATTATGTTGT


BQ
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AF RR3C159TF U 1
AF RR3C159JQ C 170
BS 1 679 RR3C159TF
BS 680 1010 RR3C159JQ

RD RR3C159TF 679 0 0
GCACGCTGTCACATTCTCTGCTGGTCTTTCTTCTGGAGGTCTCAAGCCCTTTTGCATTAT
TCCATCTGCTTTTCTACAAAGAGCCTATGACCAGGTGGTCCATGATGTAGATAGGCAGAG
AAAGGCGGTGAGGTTTGTTATAACAAGCGCAGGGCTTGTTGGATCCGATGGTGCTGTACA
GTGTGGAGCATTTGACATAGCTTTCATGTCATGCTTACCAAACATGATAGCCATGGCTCC
AGCCAATGAGGATGAGCTTGTGAATATGGTCGCAACTGCAGCTAAGATCACTGACCGCCC
GGTTTGTTTCCGGTTCCCTAGAGGCGCCATCGTCAACAAGAACTATCTCGTCCCCTTTGG
ATTACCAATTGAAAGTAGATCGGAAGAGGAAGAGTTCTGTTAGAAGGTCAAGAAGTGGCT
TTGCTCGGGTATGGAGCCATGGTTCAGAACTGTCTTAATGCTCACTCGCTTCTCTCGAAG
CTCGGTTTGAACGTGACAGTAGCTGATTCAAGATTCTGCAAACCCCTGGACATTAAGCTC
GTGCGTGATCTTTGTCAGAACCACAAGTTCCTTATCACTGTAGAAGAAGGCTGCGTTGGA
GGGTTTGGGTCTCATGTGGCGCAGTTCATAGCCCTTGATGGCCAGCTCGATGGGAAAATC
AAGTGGAGACCGATTGTGT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3C159JQ 841 0 0
GGTGCTGTACAGTGTGGAGCATTTGACATAGCTTTCATGTCATGCTTACCAAACATGATA
GCCATGGCTCCAGCCAATGAGGATGAGCTTGTGAATATGGTCGCAACTGCAGCTAAGATC
ACTGACCGCCCGGTTTGTTTCCGGTTCCCTAGAGGCGCCATCGTCAACAAGAACTATCTC
GTCCCCTTTGGATTACCAATTGAAAGTAGATCGGAAGAGGAAGAGTTCTGTTAGAAGGTC
AAGAAGTGGCTTTGCTCGGGTATGGAGCCATGGTTCAGAACTGTCTTAATGCTCACTCGC
TTCTCTCGAAGCTCGGTTTGAACGTGACAGTAGCTGATTCAAGATTCTGCAAACCCCTGG
ACATTAAGCTCGTGCGTGATCTTTGTCAGAACCACAAGTTCCTTATCACTGTAGAAGAAG
GCTGCGTTGGAGGGTTTGGGTCTCATGTGGCGCAGTTCATAGCCCTTGATGGCCAGCTCG
ATGGGAAAATCAAGTGGAGACCGATTGTGTTACCGGATGGGTACATAGAAGAAGCGTCGC
CTAACGAGCAGCTTGCACTTGCGGGGCTAACGGGACATCACATAGCAGCAACAGCTCTGA
GTCTTTTGGGTCGAACTCGTGAAGCACTGCTCCTCATGAGCTAACCTTGGCAGCCAGAAA
ATTAGGGACTTATTAATGGAGGCATCACACACTATATGATTTTCTTTTTAACTCATGAGC
AGTGAATGATAAGTGTAATTATTAAGTTTCTAAAGTAAAAAGATGTAAATATGTATACAT
TCTGAATTCAGCAACCTTTTTGGAAGAGCTTAAAATAAGAATCTAATGTTTATTATGTTG
T

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 2

CO CL4946Contig1 938 2 4 U
GGATCCTCAGCACGTCTAGTTTCTCCTTTGAATAGTTTCCAAATTCAACTTCCAAGGTGA
ACCCTAATTTTTAGTCTTCTTCTGAGTCTTAGTTATCTCCTATGGATATGGAAAAGGCAG
GGAGCAGAAAAGAAGAAGAAGAACCCATTGTCCAAAAGCCAAAGCTAGACAAAGGAAGAG
GCAAAGCTCATGTGTTTGCTCCCCCCATGAACTACAGTCGAATTATGGAAAAACATAAGC
AAGAAAAGGTGAGCATGCCTGGGTGGAAAAGAGGCGTGGCTATCTTCGATTTTGTTCTTA
GACTCATTGCAGCCATCACGGCCATGGCCGCTGCAGCAAAGATGGCAACCACGGAAGAGA
CTCTCCCTTTCTTTACTCAGTTTTTGCAGTTCAGTGCTGACTACACCGATCTACCAACGC
TCTCATCTTTTGTTGTAGTAAACTCAATCGTGGGAGGCTACCTAACCCTATCATTGCCTT
TTTCCATTGTCTGTATCCTCCGGCCTCTCGCAGTGCCACCTAGGCTCTTCCTCATCTTAT
GTGACACGGCGATGATGGGCCTCACTATGATAGCGGCATCTGCTTCTGCAGCCATTGTTT
ATTTGGCGCACAACGGGAATTCAAGCTCGAACTGGCTTCCAGTTTGTCAGCAGTTCGGTG
ACTTTTGCCAAGAAACCAGCGGCGCCGTGGTGGCTTCCTTCATTGTGGCGGCTCTTCTCA
TGGTACTCGTCATTCTTTCTGCGTTTGCTCTCAAGAGATCGACTTGAAAATTTGTATTTG
TGTCTACAAAATTCCTATGTGCTCTGATATTCATTTGTGTGAATTTGAAAAGAGTAAGAT
GTATGATTTGGTTTTTGTTAAGCTGTGTAACTCGGGTTTGTATTGTGAATTGTGTTGTAG
ATGAATCAACTCCCATAAGAATGATAATCGTTAATCCC


BQ
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AF RR3GP51TF U 1
AF RR3GP51JQ C 188
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BS 675 676 RR3GP51JQ
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TTTCCATTGTCTGTATCCTCCGGCCTCTCGCAGTGCCACCTAGGCTCTTCCTCATCTTAT
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ATTTGGCGCACAACGGGAATTCAAGCTCGAACTGGCTTCCAGTTTGTCAGCAGTTCGGTG
ACTTTTGCCAAGAA**CAGCGGCGCCGTGGTGGCTTCCTTCATTGT

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DS 

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TGCAGCCATCACGGCCATGGCCGCTGCAGCAAAGATGGCAACCACGGAAGAGACTCTCCC
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TTTTGTTGTAGTAAACTCAATCGTGGGAGGCTACCTAACCCTATCATTGCCTTTTTCCAT
TGTCTGTATCCTCCGGCCTCTCGCAGTGCCACCTAGGCTCTTCCTCATCTTATGTGACAC
GGCGATGATGGGCCTCACTATGATAGCGGCATCTGCTTCTGCAGCCATTGTTTATTTGGC
GCACAACGGGAATTCAAGCTCGAACTGGCTTCCAGTTTGTCAGCAGTTCGGTGACTTTTG
CCAAGGAACCAGCGGCGCCGTGGTGGCTTCCTTCATTGTGGCGGCTCTTCTCATGGTACT
CGTCATTCTTTCTGCGTTTGCTCTCAAGAGATCGACTTGAAAATTTGTATTTGTGTCTAC
AAAATTCCTATGTGCTCTGATATTCATTTGTGTGAATTTGAAAAGAGTAAGATGTATGAT
TTGGTTTTTGTTAAGCTGTGTAACTCGGGTTTGTATTGTGAATTGTGTTGTAGATGAATC
AACTCCCATAAGAATGATAATCGTTAATCCC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CQ47JQ C 1
AF RR3CQ47TF U 1
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QA 1 510 1 510
DS 

RD RR3CQ47TF 510 0 0
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CCAACCCAACTTGTGTGCAACGGAGAGTAGACGTGTTCATTTCGAGCAGCCTTTAAGAAA
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ACCATCTGCATCTTATGAGAATGGCAAGAACCTCAAAGAAGCTTATTTCAGAAGCACAGT
ATCATCTCCTCACTGTTATTTCAAATCAAACACCATGATGAGCACACCAGATAAAGCTTC
TTCTCACCCCAAACCGCAATACAATCACACCGTGCCGCAACCACCTGCTAGGACTAACCA
ACCAAACGTCGATACTATTATGAACCGCCC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 2

CO CL4948Contig1 852 2 2 U
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TGAAGATGGTCTTTTGTTGTTGACTTTTACTACCACTCCCATGTGGAGTATCGCTGGGGT
GGTGAAGGGCTGAGGAAGACATTGATCCGTTGGGCGTCTTCGGTTAACGAGAAAAGAGCT
GAGAATGATGAGCAGATAGTCACTCTTGCTGAGCATCTTTCAACTGACTACTGCTACACC
TTTGCTGTCAAGAAGCCTGCAGCGGTACCTCCAGTGAGAGAGCTCCGGAAGCTGCTTAGG
ATCCAGGCGTTGCGTTGTCATGTCGTTTATAGTCAAAATGGCACCAGAATAAACGTGATA
CCAGTGCTGGCTTCTCGTGTACAAGCCCTAAGGTACTTGTTTGTTCGGTGGGGGATTGAC
TTGGCGAAGATGGTGGTGTTCGTGGGAGAGTCAGGTGACACTGATTACGAAGGATTGCTC
GGAGGGCTTCACAAGAGCGTTGTGCTAGAAGGGGTGTCTTGCAGCGCAAGCAACGCTTTG
CACACTAACAGGAGCTATCCCCTCACTGACGTGATCTCCTTAGAGAGCAACAACGTGGTT
CACGCACCCTTGGATTCGGATATTCGTGATGCCCTGAAGAAACTAGAGCTTCTCAACGAC
TGAAACCATCACCAATCATCAATGATGGTTGGTACCAAATGTAAACTACTATCTTTTTCA
TAAACCACATGGTTTGGTTTTGTTTGATTTCTTTATTACTTAGTCATACATAAGCTACCG
GAAATACCGAACGTTTCGTATGGGTTGTCTTTTTGACACCCCCCATATCTACTTAATATG
TGCAATTACTCT


BQ
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AF RR3FZ23TF U 1
AF RR3FZ23JQ C 211
BS 1 720 RR3FZ23TF
BS 721 852 RR3FZ23JQ

RD RR3FZ23TF 720 0 0
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TGAAGATGGTCTTTTGTTGTTGACTTTTACTACCACTCCCATGTGGAGTATCGCTGGGGT
GGTGAAGGGCTGAGGAAGACATTGATCCGTTGGGCGTCTTCGGTTAACGAGAAAAGAGCT
GAGAATGATGAGCAGATAGTCACTCTTGCTGAGCATCTTTCAACTGACTACTGCTACACC
TTTGCTGTCAAGAAGCCTGCAGCGGTACCTCCAGTGAGAGAGCTCCGGAAGCTGCTTAGG
ATCCAGGCGTTGCGTTGTCATGTCGTTTATAGTCAAAATGGCACCAGAATAAACGTGATA
CCAGTGCTGGCTTCTCGTGTACAAGCCCTAAGGTACTTGTTTGTTCGGTGGGGGATTGAC
TTGGCGAAGATGGTGGTGTTCGTGGGAGAGTCAGGTGACACTGATTACGAAGGATTGCTC
GGAGGGCTTCACAAGAGCGTTGTGCTAGAAGGGGTGTCTTGCAGCGCAAGCAACGCTTTG
CACACTAACAGGAGCTATCCCCTCACTGACGTGATCTCCTTAGAGAGCAACAACGTGGTT
CACGCACCCTTGGATTCGGATATTCGTGATGCCCTGAAGAAACTAGAGCTTCTCAACGAC
TGAAACCATCACCAATCATCAATGATGGTTGGTACCAAATGTAAACTACTATCTTTTTCA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3FZ23JQ 642 0 0
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CCAGTGAGAGAGCTCCGGAAGCTGCTTAGGATCCAGGCGTTGCGTTGTCATGTCGTTTAT
AGTCAAAATGGCACCAGAATAAACGTGATACCAGTGCTGGCTTCTCGTGTACAAGCCCTA
AGGTACTTGTTTGTTCGGTGGGGGATTGACTTGGCGAAGATGGTGGTGTTCGTGGGAGAG
TCAGGTGACACTGATTACGAAGGATTGCTCGGAGGGCTTCACAAGAGCGTTGTGCTAGAA
GGGGTGTCTTGCAGCGCAAGCAACGCTTTGCACACTAACAGGAGCTATCCCCTCACTGAC
GTGATCTCCTTAGAGAGCAACAACGTGGTTCACGCACCCTTGGATTCGGATATTCGTGAT
GCCCTGAAGAAACTAGAGCTTCTCAACGACTGAAACCATCACCAATCATCAATGATGGTT
GGTACCAAATGTAAACTACTATCTTTTTCATAAACCACATGGTTTGGTTTTGTTTGATTT
CTTTATTACTTAGTCATACATAAGCTACCGGAAATACCGAACGTTTCGTATGGGTTGTCT
TTTTGACACCCCCCATATCTACTTAATATGTGCAATTACTCT

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

CO CL4949Contig1 832 2 2 U
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ATAACGAAACAGAGATGAAGGAAACCTTAAAACTAACCACAAAACAACAAAAAGAAATAA
AAGATGGGATCTTAGAATGGCTTAATGTAATTAATCGAATCGCAAAGAAAGCAGATGAAA
TTAGCATGAAATCTTCATCTATATCTGAAACAAAGAAAGAGAGCAAGGAAGAAAAATCTG
TAGGACCACGAATATTGGCTGAAACAAAATCTTCCACCAAAAGTAATAAAAATTCTGATA
AGGGGAGCGATAATAAGAAAAACAAAAAAGGAGAATCAAAGAAGAAGAAGAAGAATGGTG
GTAAAGAAGGGCGTGATGGCTCTGCTAAATCTAAAAGAGGAAGTGATGATAATAAAAACA
GCAAAAACAAAAGAAAAAGTAGTGATAATGCTAACAAGAATCAGCAGACCAAGTATGGTA
AGGTAGAGAAAAAGAAAGGAGGTGTTGAGCAATCTCGTAATAAAACAGCAGAAAGAATTA
GGGCTGAGGAGGCCGATGAGTTGGACTAGAAGAAAGGACTCTGTGGTCTCTCTATCTTTT
TTCCAAAATTTTGTCGTTAAATAATACTGAAGATGGAAGACTTAGTTTAAAGATATATCA
TATATGTGTTTACTTTTTTTCTTAAATTTCTTTTGTATATAATGACCATAGCAATATAAG
CTCCTAGATGGTGACTAAGATAAGGTCATAGATCCGATCGACATGAGATCGTGATCTTTA
TTTTTTTTGTAATTGATTTTTTCTTATCAATAAAGTATTTCTCATTCTCGTT


BQ
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AF RR3DZ95TF U 1
AF RR3DZ95JQ C 224
BS 1 733 RR3DZ95TF
BS 734 832 RR3DZ95JQ

RD RR3DZ95TF 733 0 0
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GGGCTGAGGAGGCCGATGAGTTGGACTAGAAGAAAGGACTCTGTGGTCTCTCTATCTTTT
TTCCAAAATTTTGTCGTTAAATAATACTGAAGATGGAAGACTTAGTTTAAAGATATATCA
TATATGTGTTTACTTTTTTTCTTAAATTTCTTTTGTATATAATGACCATAGCAATATAAG
CTCCTAGATGGTG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3DZ95JQ 609 0 0
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AACAGCAGAAAGAATTAGGGCTGAGGAGGCCGATGAGTTGGACTAGAAGAAAGGACTCTG
TGGTCTCTCTATCTTTTTTCCAAAATTTTGTCGTTAAATAATACTGAAGATGGAAGACTT
AGTTTAAAGATATATCATATATGTGTTTACTTTTTTTCTTAAATTTCTTTTGTATATAAT
GACCATAGCAATATAAGCTCCTAGATGGTGACTAAGATAAGGTCATAGATCCGATCGACA
TGAGATCGTGATCTTTATTTTTTTTGTAATTGATTTTTTCTTATCAATAAAGTATTTCTC
ATTCTCGTT

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL4950Contig1 1059 2 2 U
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CTTGTTTGTCCTTAGCTGCTAAAGTTGAAGAGATCCGTGTTCCGCTGCTCTTAGATCTCC
AAGTGGGGGAGGCGAGATACGTCTTTGAAGCTAAGACTATACAGAGAATGGAGCTTTTGA
TTCTCTCTACTCTTCAATGGAGGATGCATCCTGTCACTCCTATCTCGTTTTTCGATCATA
TCATCCGTCGATACAGCTCTAGGCCTCACCAGCATTTGGAGTTCTTGAGTAGATGTGAAT
CTCTCTTGCTCTCCATTGTTTCAGATTCGAGGTTTCTAAGTTATAGCCCTTCTGTGTTAG
CCACCGCGATAATGGTCTCTGTTGTAAGAGATTTCAAGGCGTGTGATGTAGCTCAATACG
AATCTCAGCTCATGGCTCTACTCAAAGTCGATCCGGAGAAAGTAAATAAATGCTATGAGT
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TGTTTGATGCATCGTTCAGCTCTGATGGATCTAACGAGTCATGGGTTGTGTCTTCAGAGC
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TGTTTCTGAATGTGTTCACTAGTAGTAGTCCTCGCTAATAAATATCAAGAATGTGTGTTT
TCTTCTGTTTTTACATATTAGCGGCTATGGTAAGGCAGAAACAATTATGCGTTTTACTTG
GCTCTCTTGTGTTGAAGGACGGTTTCACATGGTTTTACTTTTATCAGTATTTGATAATTG
GAAGAAAACAAAAGAAAAAACAGAGATCTTTTTCTTGTG


BQ
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AF RR3BC14TF U 1
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QA 1 794 1 794
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CTTGAGTAGATGTGAATCTCTCTTGCTCTCCATTGTTTCAGATTCGAGGTTTCTAAGTTA
TAGCCCTTCTGTGTTAGCCACCGCGATAATGGTCTCTGTTGTAAGAGATTTCAAGGCGTG
TGATGTAGCTCAATACGAATCTCAGCTCATGGCTCTACTCAAAGTCGATCCGGAGAAAGT
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TCAGTATTTGATAATTGGAAGAAAACAAAAGAAAAAACAGAGATCTTTTTCTTGTG

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3A930TF U 1
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DS 

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GCCGCGGCTCGTGCTGGAGGAAAAGGAAAGTCTGCTGACGATGGATTGACTCCGGAGCAA
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CATTTGGTTTGTCTCTTGGGGAATAATGTAGACTTCTACGGTTCTTTTTATAAACATCTC
GCAAAATATTTCAAATTTGGGTTAACTTCGACTTGAGTTGTACTCTTGTCTGAATCCCGG
TATACTGTCTCTGTTGAAAAATTGATATCTTATGCTTGTGGTAACTTATTTTGTCTTTAT
ATGATCTCTTATGATTATTCTTGG

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

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ATGT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3AG58TF U 1
AF RR3AG58JQ C 35
BS 1 545 RR3AG58TF
BS 546 784 RR3AG58JQ

RD RR3AG58TF 545 0 0
TTCTGGTCATGATGGGCCTAGCAATTGGGTTTTCTTCAAAAAGCTCGAGGCTTTGATCGG
TGGCAATAAGGCTCCTCCTGCTCAGGCTCCGACAATGGGACGACGCCAGGGGAAAGGAAC
TGGTTTGAAGAGAAGCTCTGGTGATTCGATGAGGTGGCATTTTAGGAAACGGAGTGCTTC
CGAGACTGAGTCGGAGTCTGATCCTGAGCCTGATGACTCGGCTGAGAGTCTCCCACCGCT
TGTGGTGTCGAAGCGGTTGAAGATGGATGAGGAGAGTGGGGTTGGAGATGTGGCCAAGGC
GATTATTGGATTCACTGAGGCGTACGAGAAGGCGGAGACTGCTAAGCTGAAGCTGATGAT
GGAGTTGGAGAAGGAGAGGATGAAGTTCGTTAAAGAGATGGAGTTGCAGAGGATGCAGTT
CTTGAAGACTCAGATGGAATGACTCAGAACGATCAAGAGGAGGAGAGGAGCAAGCCAAGG
AGGATCAATGATGATGACGATGATGTCAAGAATAATGGCGATGTAAGTAGCTGACAATTT
GAACA

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3AG58JQ 750 0 0
TTCAAAAAGCTCGAGGCTTTGATCGGTGGCAATAAGGCTCCTCCTGCTCAGGCTCCGACA
ATGGGACGACGCCAGGGGAAAGGAACTGGTTTGAAGAGAAGCTCTGGTGATTCGATGAGG
TGGCATTTTAGGAAACGGAGTGCTTCCGAGACTGAGTCGGAGTCTGATCCTGAGCCTGAT
GACTCGGCTGAGAGTCTCCCACCGCTTGTGGTGTCGAAGCGGTTGAAGATGGATGAGGAG
AGTGGGGTTGGAGATGTGGCCAAGGCGATTATTGGATTCACTGAGGCGTACGAGAAGGCG
GAGACTGCTAAGCTGAAGCTGATGATGGAGTTGGAGAAGGAGAGGATGAAGTTCGTTAAA
GAGATGGAGTTGCAGAGGATGCAGTTCTTGAAGACTCAGATGGAATGACTCAGAACGATC
AAGAGGAGGAGAGGAGCAAGCCAAGGAGGATCAATGATGATGACGATGATGTCAAGAATA
ATGGCGATGTAAGTAGCTGACAATTTGAACACAAAACAAAAAAAAAATGTTTTTATTGTG
ATACTGCAATGATTTGAAAGCGTCTTTAGATTGCTGGATTAGGATTTGATGTTGCTGTTG
TTGTTGTGCTTTGTGGAATGTGTAAATGTTGAAGTTTATGGCAGGGTTTAGGGAACTATG
ATCATGATCATCATATCATGCTGTTGTTGTTGTGTTGTCTTGTCTGAAACATGGGCACAT
TAAAATAAACAGAGCTTTGAACTTGAATGT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL4953Contig1 909 2 2 U
GGAGGTTTTGCAAGTTGTAACGATTTCCCTCGATTCACTGCTCTCTCGCTCTGCTCTTAT
CTCCGCCGTCTTCAGCTCACCGGCGCATTGGTTGAAATGACTGGTCCAAGTGGAAAGAAA
GAGAAGGTAGACAAGGCTGGTCCAAGTGGAGGCGGCAAGAAGAAGAAGGACGTCAAGAAG
GAAACAGGTCTCGGTTTCAGCGTTAAGAAAGATGAGAACTTCGGTGAGTGGTACTCTGAG
GTTTGTAAGCACGAGATGATTGAATACTACGATATCTCTGGCTGTTACATCCTTAGGCCA
TGGTCTATGGCCATTTGGGAGATTATGCAAACTTTCTTTGATGCGGAAATCAAGAAGATG
AAGGTGAAGAATTGCTACTTCCCTCTCTTTGTATCTCCTGGTGTCCTCGAGAAGGAGAAG
GACCACATTGAGGGTTTCGCTCCTGAGGTTGCTTGGGTTACAAAATCTGGCAAATCTGAC
TTGGAAGTCCCGATTGCTATTCGTCCTACCAGTGAGACCGTGATGTACCCTTACTACAGC
AAGTGGATTAGGGGCCACCGTGACTTGCCTTTGAAGCTTAACCAGTGGAGAGAGATGTCA
AGGCACGTACTAAAGGTGAAACTGGAGCAGCGAAAACCCTCTGTTCTCCATTTGAACAGC
CAGAGCTCCCTGAAGGTACTCTCTGCTTTGCATCTGGAAAGCCTGCCAAGAAATGGACCT
ATTGGGGCAGGAGTTACTAAGTGTTCACCATGTTTTCGTTCAGTTCATGAAATTTACTTT
GTAAAGACTCTCAAGTTCGTTGTGTTTTGATTTGATATTTTGACTGAAAGCTATTTCAAT
TTTATAACTGTGTGTGATTGAACTATGATCAACTACAGAATGATGTTTTTGTTTCAAAAG
AACTTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G646TF U 1
AF RR3G646JQ C 73
BS 1 598 RR3G646TF
BS 599 909 RR3G646JQ

RD RR3G646TF 598 0 0
GGAGGTTTTGCAAGTTGTAACGATTTCCCTCGATTCACTGCTCTCTCGCTCTGCTCTTAT
CTCCGCCGTCTTCAGCTCACCGGCGCATTGGTTGAAATGACTGGTCCAAGTGGAAAGAAA
GAGAAGGTAGACAAGGCTGGTCCAAGTGGAGGCGGCAAGAAGAAGAAGGACGTCAAGAAG
GAAACAGGTCTCGGTTTCAGCGTTAAGAAAGATGAGAACTTCGGTGAGTGGTACTCTGAG
GTTTGTAAGCACGAGATGATTGAATACTACGATATCTCTGGCTGTTACATCCTTAGGCCA
TGGTCTATGGCCATTTGGGAGATTATGCAAACTTTCTTTGATGCGGAAATCAAGAAGATG
AAGGTGAAGAATTGCTACTTCCCTCTCTTTGTATCTCCTGGTGTCCTCGAGAAGGAGAAG
GACCACATTGAGGGTTTCGCTCCTGAGGTTGCTTGGGTTACAAAATCTGGCAAATCTGAC
TTGGAAGTCCCGATTGCTATTCGTCCTACCAGTGAGACCGTGATGTACCCTTACTACAGC
AAGTGGATTAGGGGCCACCGTGACTTGCCTTTGAAGCTTAACCAGTGGAGAGAGATGT

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3G646JQ 837 0 0
TTCAGCTCAC
GCGCATTGGT*GAAATGACTGGTCCA*GTGGAAAGAAAGAGAAGGTAGACAAGGCTGGTC
CAAGTGGAGGCGGCAAGAAGAAGAAGGACGTCAAGAAGGAAACAGGTCTCGGTTTCAGCG
TTAAGAAAGATGAGAACTTCGGTGAGTGGTACTCTGAGGTTTGTAAGCACGAGATGATTG
AATACTACGATATCTCTGGCTGTTACATCCTTAGGCCATGGTCTATGGCCATTTGGGAGA
TTATGCAAACTTTCTTTGATGCGGAAATCAAGAAGATGAAGGTGAAGAATTGCTACTTCC
CTCTCTTTGTATCTCCTGGTGTCCTCGAGAAGGAGAAGGACCACATTGAGGGTTTCGCTC
CTGAGGTTGCTTGGGTTACAAAATCTGGCAAATCTGACTTGGAAGTCCCGATTGCTATTC
GTCCTACCAGTGAGACCGTGATGTACCCTTACTACAGCAAGTGGATTAGGGGCCACCGTG
ACTTGCCTTTGAAGCTTAACCAGTGGAGAGAGATGTCAAGGCACGTACTAAAGGTGAAAC
TGGAGCAGCGAAAACCCTCTGTTCTCCATTTGAACAGCCAGAGCTCCCTGAAGGTACTCT
CTGCTTTGCATCTGGAAAGCCTGCCAAGAAATGGACCTATTGGGGCAGGAGTTACTAAGT
GTTCACCATGTTTTCGTTCAGTTCATGAAATTTACTTTGTAAAGACTCTCAAGTTCGTTG
TGTTTTGATTTGATATTTTGACTGAAAGCTATTTCAATTTTATAACTGTGTGTGATTGAA
CTATGATCAACTACAGAATGATGTTTTTGTTTCAAAAGAACTTTTAG

QA 11 837 11 837
DS 



AS 1 2

CO CL4954Contig1 735 2 1 U
GCTTCAGTTTACAAACTCTATCTCTCTAGATCTGTTCTTGTTTTCAAAGACTACATCAAT
CTTTCTCTCTATCAAACTTTCACAATGATGAGCCCAGAGCTAAGGAGAAATGCATTACCC
GATGATCAAGTAGAGTAACGACTGATCGATCTTCTTCTTCTTCTAGCTCGTCTGCGTTTT
CTTTCTCCGGCTCCGACGAAACTAACCGTCGACGGAAATAACAAAAGAAAAAAAAATCTG
GTAGAGAGAAGAATTAGTGGAGACTTTGACTAACTTTTTATTTCTCAATATATACTCAAC
AGTCAGCACCGTTTGTTTATTATGGGTCCCACAATGCTAACCATAAGGTTCGTATGATTG
CTTTTGCGTAAAAAAGTAATTGCAATTAAAAATACATATTTGTAATGATTTTTTAATTGG
TAAATCAAAGAACGTATTCTTCAAGTTTGTAAAAAAAGTAGATTATATGAGTGGAAATCC
TCTTAATTTAATTTAGTGGTTTTACCAAGGTTTATTGATACGTTTAACACCAAAAACCTA
AATTTTAAAAATTTCAAAGAAAATATTTTTTAAAGATTAGTTAAAAAAACTTACCGAAGA
TCTTCGTTATGGTGAAAATAGAAATAAAGTTCAATGTGGTATCGATATATAGTGAAATTG
TCAATTGTAAAACAGCATATATTATGATTTTCATAATTTGTAATTAACATATAAGTAACT
ATTGGATTTTTTAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AY38JQ C 1
AF RR3AY38TF U 1
BS 1 735 RR3AY38TF

RD RR3AY38JQ 735 0 0
GCTTCAGTTTACAAACTCTATCTCTCTAGATCTGTTCTTGTTTTCAAAGACTACATCAAT
CTTTCTCTCTATCAAACTTTCACAATGATGAGCCCAGAGCTAAGGAGAAATGCATTACCC
GATGATCAAGTAGAGTAACGACTGATCGATCTTCTTCTTCTTCTAGCTCGTCTGCGTTTT
CTTTCTCCGGCTCCGACGAAACTAACCGTCGACGGAAATAACAAAAGAAAAAAAAATCTG
GTAGAGAGAAGAATTAGTGGAGACTTTGACTAACTTTTTATTTCTCAATATATACTCAAC
AGTCAGCACCGTTTGTTTATTATGGGTCCCACAATGCTAACCATAAGGTTCGTATGATTG
CTTTTGCGTAAAAAAGTAATTGCAATTAAAAATACATATTTGTAATGATTTTTTAATTGG
TAAATCAAAGAACGTATTCTTCAAGTTTGTAAAAAAAGTAGATTATATGAGTGGAAATCC
TCTTAATTTAATTTAGTGGTTTTACCAAGGTTTATTGATACGTTTAACACCAAAAACCTA
AATTTTAAAAATTTCAAAGAAAATATTTTTTAAAGATTAGTTAAAAAAACTTACCGAAGA
TCTTCGTTATGGTGAAAATAGAAATAAAGTTCAATGTGGTATCGATATATAGTGAAATTG
TCAATTGTAAAACAGCATATATTATGATTTTCATAATTTGTAATTAACATATAAGTAACT
ATTGGATTTTTTAAC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3AY38TF 735 0 0
GCTTCAGTTTACAAACTCTATCTCTCTAGATCTGTTCTTGTTTTCAAAGACTACATCAAT
CTTTCTCTCTATCAAACTTTCACAATGATGAGCCCAGAGCTAAGGAGAAATGCATTACCC
GATGATCAAGTAGAGTAACGACTGATCGATCTTCTTCTTCTTCTAGCTCGTCTGCGTTTT
CTTTCTCCGGCTCCGACGAAACTAACCGTCGACGGAAATAACAAAAGAAAAAAAAATCTG
GTAGAGAGAAGAATTAGTGGAGACTTTGACTAACTTTTTATTTCTCAATATATACTCAAC
AGTCAGCACCGTTTGTTTATTATGGGTCCCACAATGCTAACCATAAGGTTCGTATGATTG
CTTTTGCGTAAAAAAGTAATTGCAATTAAAAATACATATTTGTAATGATTTTTTAATTGG
TAAATCAAAGAACGTATTCTTCAAGTTTGTAAAAAAAGTAGATTATATGAGTGGAAATCC
TCTTAATTTAATTTAGTGGTTTTACCAAGGTTTATTGATACGTTTAACACCAAAAACCTA
AATTTTAAAAATTTCAAAGAAAATATTTTTTAAAGATTAGTTAAAAAAACTTACCGAAGA
TCTTCGTTATGGTGAAAATAGAAATAAAGTTCAATGTGGTATCGATATATAGTGAAATTG
TCAATTGTAAAACAGCATATATTATGATTTTCATAATTTGTAATTAACATATAAGTAACT
ATTGGATTTTTTAAC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL4955Contig1 510 2 1 U
GTATCTAGAAAAATATATACCTTTGTGCGAAAGTCAACTTGGTTGAAGGCAGCTCTATAC
GAAGTCTCCAAGAGATTCTTGAAAGATTGCTCGACAGGGAGAGACTTGTCGATCCATACA
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GGGTTACTAATCCCTATATATACATGTACC


BQ
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AF RR3FA51JQ C 1
AF RR3FA51TF U 1
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QA 1 510 1 510
DS 

RD RR3FA51TF 510 0 0
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ACTATCTGGGAGGACACGGCGTTAAGCTCATCGGTGGAAGAAGCTTGTAGTAAGGAGAGA
ATCTTTTCTTGGGTGGCTCCGGGAGATTTGGCTGCGATGAAGCTGAGGATAACATTGATC
AACGCCGGAGAAAACACGAGGTTCGAGGTTTTACCGGCGGTGGTGGCGATCACGTGCTTA
GACAGCCTCCACAGGTTGTCGTTTTGACAACTTACTGATTCTCGAAGGTCTCGCACGTTC
ATCTTTTACGGGCGGATGAGACTGGTAACTTCGAAAGCCTAGATATGAGTAGGTCAAGTA
GGGTTACTAATCCCTATATATACATGTACC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 2

CO CL4956Contig1 871 2 2 U
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ATTGGCTGACACAGCCACGTGGGTTTTCATGGTTGGCTCGTGAGCAGGGATCGGATCCCG
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TCATCAAGTATCCTTTGTTCTTCTTTTTCAATCTCTTTAGTTTTGAAGCATGAGGATTAA
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ATTCTGAATCTTGAAGCTTTATGGTTAGGTTAATGGGGGTGTGTTGAGAAATTTCAGGGT
TTATGCTGCTTCTATATTGGTGATGATGGGATTTAGTGTTACAGGTTAGTTCCTTCTACT
GAATCTCTGAGTTTTACATTTGGGCATCTGAATTTAATTTTCAGGTTTTTGTTTTGTTCG
GAACCATCGAAACTGAATCTCGTTGGGTAAGATTCAGCTTCATGATGGTGTGTGATTCGA
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TAATATAGAAACAAAGCATGGACAGAAGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DG79TF U 1
AF RR3DG79JQ C 52
BS 1 568 RR3DG79TF
BS 569 871 RR3DG79JQ

RD RR3DG79TF 568 0 0
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ATTCTGAATCTTGAAGCTTTATGGTTAGGTTAATGGGGGTGTGTTGAGAAATTTCAGGGT
TTATGCTGCTTCTATATTGGTGATGATGGGATTTAGTGTTACAGGTTAGTTCCTTCTACT
GAATCTCTGAGTTTTACATTTGGGCATC

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3DG79JQ 820 0 0
AG
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TATTTGAATTCTTCATAGGTCATTGAGTTAGATTTTGGTGATGCCCACTCGATTTATGGA
TGTGTTGATTCTGAATCTTGAAGCTTTATGGTTAGGTTAATGGGGGTGTGTTGAGAAATT
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TTGTTCGGAACCATCGAAACTGAATCTCGTTGGGTAAGATTCAGCTTCATGATGGTGTGT
GATTCGAGTTTTTTTGTTTTATGGTTCCAAATAGGTTTTTTAGTAAGTTTTGAAGGATTT
TCTAATATAAATTGAAGCCGATTTCCATTTTATCAGTTTTTCTATTTTTGGTTTCGATAG
TGGTTTATTCGAATAATATTTAATGATTTCCTTTTTGGATATTTGTGTCATTTTTGTTCG
GTGTAAATAATATAGAAACAAAGCATGGACAGAAGCAC

QA 3 820 3 820
DS 



AS 1 2

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TGGGAGACTATGTCGACCGTGGATATTATTCTGTCGAAACTGTTACGCTGTTAGTTGGCT
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TATTCTGCCTTCACGGTGGATTGTCACCGTCTATTGAGACCCTTGACAACATTAGGAACT
TTGACCGAGTTCAAGAAGTTCCACATGAAGGACCCATGTGTGACTTACTATGGTCTGATC
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AGGACACCTGACTACTTCCTTTAAACAAAGGTCACCTCCTCCTCAGCTGCAAAATCCGGT
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GCATCTCCTTAAAATCGCTTTAGCCTTCTCCCTTGGAATAGTGTAATATAGGCAATGAGG
TCAATGAACTATTAAAAAAAAAAAAACCTTATGAATATTTGTGTTTTGGCTGAAATTATT
CAGTATCTTCTGCATCCGAATCTATTTCCTGTGAGA


BQ
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AF RR3GV87TF U 1
AF RR3G212JQ C 516
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GGAAGATATTTACTGATCTCTTCGACTATTTTCCACTGACAGCCTTGGTGGAGTCGGAAA
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TTGACCGAGTTCAAGAAGTTCCACATGAAGGACCGATGTGTGACTTACTATGGTCTGATC
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GACATCTCC

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DS 

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TATTTGTGTTTTGGCTGAAATTATTCAGTATCTTCTGCATCCGAATCTATTTCCTGTGAG
A

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

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TCGGGACTCCACAACTAACGGATTCAATTGAAATCCCGGAGTTCGTCGAGGTTCTTGGTC
AAAAAATCGATCTCAACCCCATCAGAGGGTTACTTACATCTGTCCAAGACACGGCTTCTT
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AGTCATGGCTGCTCACGACTTATCTCGACAAAGACCTTCGGATCTCTAGAGGCGATGGTG
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ATTCAGATGTGGTCAAGTTGGAAATTGAAATGGTCGGTTTGCATTATCTGTCACTCGGTT
AGACTTTGTATGGTTTCTGAGATGTCAACACAAATT


BQ
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AF RR3G741TF U 1
AF RR3G741JQ C 447
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BS 726 1236 RR3G741JQ

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GCCATCGAATCTGCGGAGGTTTAAACGCATCGAGTGAGACGAGAGCGGAGATAAGTGAGC
TGATAACGCAGCTCGAGGGGAAGAACCCTAACCCAGCTCCTAACGAAGCTCTGTTTCTCC
TCAACGGCAAATGGATTCTCGCCTATACATCGTTTGTTGGTCTGTTCCCGTTGCTCTCAC
GCAGAATTTCACCGTTGGTTAAAGTGGATGAGATCTCACAAACCATTGATTCCGACAGCT
TCACCGTACACAACTCTGTCCGGTTCGCTGGTCCACTTGCCACAACATCGCTTAGCACCA
ACGCTAAATTCGAAGTCCGAAGTCCTAAACGCGTCCAGGTCAAGTTTGAGCAAG*CATTA
TCGGGACTCCACAACTAACGGATTCAATTGAAATCCCGGAGTTCGTCGAGGTTCTTGGTC
AAAAA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3G741JQ 790 0 0
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GATGAGATCTCACAAACCATTGATTCCGACAGCTTCACCGTACACAACTCTGTCCGGTTC
GCTGGTCCACTTGCCACAACATCGCTTAGCACCAACGCTAAATTCGAAGTCCGAAGTCCT
AAACGCGTCCAGGTCAAGTTTGAGCAAGGCATTATCGGGACTCCACAACTAACGGATTCA
ATTGAAATCCCGGAGTTCGTCGAGGTTCTTGGTCAAAAAATCGATCTCAACCCCATCAGA
GGGTTACTTACATCTGTCCAAGACACGGCTTCTTCAGTTGCAAGAACCATTTCAAGCCAG
CCGTTGAAATTCTCTTTGCCTGGAGACAGTGCACAGTCATGGCTGCTCACGACTTATCTC
GACAAAGACCTTCGGATCTCTAGAGGCGATGGTGGAAGCGTCTTTGTGCTCATCAGAGAG
GGAAGCTCTCTCTTAAACCCTTAAGTCATCTTTACTCACATCACATTCGTACAGTAACAT
ATATAGAACAATAAGTCTGTGTTCAAGTGTTGTAACTGTTATGTAATATGTACTTTACTA
CATAGTTGGGAGTTATGATGGATGTTGCTCCCGGATATACATCCGTAACTGAACCGTCCG
GTTAAGGGTTTTGCTATACCGACAGTAAGCATTGATTCAGATGTGGTCAAGTTGGAAATT
GAAATGGTCGGTTTGCATTATCTGTCACTCGGTTAGACTTTGTATGGTTTCTGAGATGTC
AACACAAATT

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

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CATTTTCCGAACACTTTCGATCTTGTACCCTCAGCATACACACTTATTCGTTAAATGGCT
TCTTCTAACGCTTCTTGGACACGTCAGGAGAACAAACTATTTGAAAGGGCTTTGGCGATA
TATGACCAGGACACACCCGACCGTTGGCAAAACGTTGCTAGAGCAGTTGGTGGGAAATCA
GCTGAAGAAGTAAGGCGACATTACGAGCTACTGATTAGGGATGTCAACGATATTGAGTCA
GGGCGTTATCCGCTTCCTACCAACCGTTCAAATGGAAAATGAAAGTACTTAAGCTACTCA
AAAAGGTTCCTCTGAAACCAACATGGCTCCAAAACCAGAAACAAAATAGAGCATCTTTTT
TTTTGAACCACCAAAATAGAGCATCTAAATAAAGATATATCAATGTATTTACTTACTTTG
TGTAATATATACGAATATGTAAGAATTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FZ88JQ C 1
AF RR3FZ88TF U 1
BS 1 509 RR3FZ88TF

RD RR3FZ88JQ 509 0 0
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CATTTTCCGAACACTTTCGATCTTGTACCCTCAGCATACACACTTATTCGTTAAATGGCT
TCTTCTAACGCTTCTTGGACACGTCAGGAGAACAAACTATTTGAAAGGGCTTTGGCGATA
TATGACCAGGACACACCCGACCGTTGGCAAAACGTTGCTAGAGCAGTTGGTGGGAAATCA
GCTGAAGAAGTAAGGCGACATTACGAGCTACTGATTAGGGATGTCAACGATATTGAGTCA
GGGCGTTATCCGCTTCCTACCAACCGTTCAAATGGAAAATGAAAGTACTTAAGCTACTCA
AAAAGGTTCCTCTGAAACCAACATGGCTCCAAAACCAGAAACAAAATAGAGCATCTTTTT
TTTTGAACCACCAAAATAGAGCATCTAAATAAAGATATATCAATGTATTTACTTACTTTG
TGTAATATATACGAATATGTAAGAATTCT

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR3FZ88TF 509 0 0
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CATTTTCCGAACACTTTCGATCTTGTACCCTCAGCATACACACTTATTCGTTAAATGGCT
TCTTCTAACGCTTCTTGGACACGTCAGGAGAACAAACTATTTGAAAGGGCTTTGGCGATA
TATGACCAGGACACACCCGACCGTTGGCAAAACGTTGCTAGAGCAGTTGGTGGGAAATCA
GCTGAAGAAGTAAGGCGACATTACGAGCTACTGATTAGGGATGTCAACGATATTGAGTCA
GGGCGTTATCCGCTTCCTACCAACCGTTCAAATGGAAAATGAAAGTACTTAAGCTACTCA
AAAAGGTTCCTCTGAAACCAACATGGCTCCAAAACCAGAAACAAAATAGAGCATCTTTTT
TTTTGAACCACCAAAATAGAGCATCTAAATAAAGATATATCAATGTATTTACTTACTTTG
TGTAATATATACGAATATGTAAGAATTCT

QA 1 509 1 509
DS 



AS 1 2

CO CL4960Contig1 760 2 11 U
AGAAACCACGAGATCCAACCTTTTTGTCTTTACGAAAGAAACAGACACAGTTATAACCGG
GAACATGATGAGATCAATCTGATTTCGAGTTTAAACAGACAACATGAGAACGTTTAAGAT
GGGATAAAGACAACCAGTACATCAAGTTGTTTTTGACTAGAGAGGAAGAGAGCTTTTGAA
TTATTCTCCATCATTCCTCTGCAGCACTAGCTGCGTTAAGGTCCACACTTAGATCCAGTT
CCTTTCCCGTGATCAATTTATACATGTTCAACACATCAACAACAGTTGTATCAAAGTGTG
TTGTAGCATCATAACTCGTTGATATGAAGCAGTTGTCCAGAGTGGGTTCGTTGACAGGCT
CGTATCTATCATAAATGTCGAAAAACAGCTCATCAACTTGACCAAGAAGGTCGATTCCAG
GCTTCAGCTCGGTTTGAGGGTTATCAGTCTATGCGTCGGTCGACACAAATGCTATGAATT
TCCCCTTGGGAGCAACGTTGTGGGAATACGAACAACAGAAGACATACATGTCTGATTTGC
GACCCAATTGCTTTTGAGGTAGGATGACTTGCACCGACTGAGAATCATTGGTGTTTGGAA
TAGGGTGGCTCATAATGGCAATCGCCCTAGCAACCCTACCAATCTTCCTCACCTTGTTGG
GAAGGAATGAAGGATCGCAGACAACTTTCTTGCATTTGGCAGTCTCTCCCTCAGACGTAA
CACCCATAACCTTACCTTCCTCATCGAACTCTACCTTGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN01JQ U 15
AF RR3CK77JQ U 1
BS 1 92 RR3CK77JQ
BS 93 93 RR3FN01JQ
BS 94 385 RR3CK77JQ
BS 386 386 RR3FN01JQ
BS 387 577 RR3CK77JQ
BS 578 578 RR3FN01JQ
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BS 638 638 RR3FN01JQ
BS 639 760 RR3CK77JQ

RD RR3FN01JQ 662 0 0
CCAACCTTTTTGTCTTTACGAAAGAAACAGACACAGTTATAACCGGGAACATGATGAGAT
CAATCTGATTTCGAGTTTAAACAGACAACATGAGAACGTTTAAGATGGGATAAAGACAAC
CAGTACATCAAGTTGTTTTTGACTAGAGAGGAAGAGAGCTTTTGAATTATTCTCCATCAT
TCCTCTGCAGCACTAGCTGCGTTAAGGTCCACACTTAGATCCAGTTCCTTTCCCGTGATC
AATTTATACATGTTCAACACATCAACAACCGTTGTATCAAAGTGTGTTGTAGCATCATAA
CTCGTTGATATGAAGCAGTTGTCCAGAGTGGGTTCGTTGACAGGCTCGTATCTATCATAG
ATGTCGAAGAACAGCTCATCAACTTGACCAAGAAGGTCGATTCCAGGCTTCAGCTCGGTT
TGAGGGTTATCAGTCTCTGCGTCTGTCGACACAAATGCTATGAATTTCCCCTTGGGAGCA
ACGTTGTGGGAATACGAACAACAGAAGACATACATGTCTGATTTGCGGCCCAATTGCTTT
TGAGGTAGGATGACTTGCACCGACTGAGAATCATTGGTGTTTGGTATAGGGTGGCTCATG
ATGGCAATCGCCCTAGCAACCCTACCAATCTTCCTCACCTTGTTGGGCAGGTATGAAGGA
TC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3CK77JQ 760 0 0
AGAAACCACGAGATCCAACCTTTTTGTCTTTACGAAAGAAACAGACACAGTTATAACCGG
GAACATGATGAGATCAATCTGATTTCGAGTTTGAACAGACAACATGAGAACGTTTAAGAT
GGGATAAAGACAACCAGTACATCAAGTTGTTTTTGACTAGAGAGGAAGAGAGCTTTTGAA
TTATTCTCCATCATTCCTCTGCAGCACTAGCTGCGTTAAGGTCCACACTTAGATCCAGTT
CCTTTCCCGTGATCAATTTATACATGTTCAACACATCAACAACAGTTGTATCAAAGTGTG
TTGTAGCATCATAACTCGTTGATATGAAGCAGTTGTCCAGAGTGGGTTCGTTGACAGGCT
CGTATCTATCATAAATGTCGAAAAATAGCTCATCAACTTGACCAAGAAGGTCGATTCCAG
GCTTCAGCTCGGTTTGAGGGTTATCAGTCTATGCGTCGGTCGACACAAATGCTATGAATT
TCCCCTTGGGAGCAACGTTGTGGGAATACGAACAACAGAAGACATACATGTCTGATTTGC
GACCCAATTGCTTTTGAGGTAGGATGACTTGCACCGAGTGAGAATCATTGGTGTTTGGAA
TAGGGTGGCTCATAATGGCAATCGCCCTAGCAACCTTGCCAATCTTCCTCACCTTGTTGG
GAAGGAATGAAGGATCGCAGACAACTTTCTTGCATTTGGCAGTCTCTCCCTCAGACGTAA
CACCCATAACCTTACCTTCCTCATCGAACTCTACCTTGCA

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL4961Contig1 741 2 2 U
GCTATTCCAGGGCACATAAAAGTCAGAGACAGCAGCAGCAAGATAAAACATTGAACATGG
ACCGACGTCTTTCAATGCCGTTGCAATCAACCGCAACATCTGCAACCGCAAACATTCAAA
ACACCAAAGTAATTTCAACTGCAACTCTGTCGAAGAATCTACGTCACAAAATTTTATCGG
ATACTTGTACCTGAAGATACTCATATATGGTTGTGAATGGGAGCTTCAGTAAGCGAGATT
CAGCTACTGCCTGCAATGTTTAAAAACACACAAACATAAAGTGATCATTTTTTTTTGGTT
GGGTAAAAAAAACTCAGTAAAAAGGAAACAAGTGGTAGGTATAATACGTACAGCTTGCTG
GTCCATAACAGCCATTCTCACAGCTTCCACATGTGACGGATGAACTGAAAAAAAAAAAAG
AATGAACCAAGACCGTACTACAAAACACTTGATAAAAGATAAATCAATGTATATAGAGTA
GATGAAGAAAGAAAATACAAAAAAACCTTGAATGTTGGTCTTATCTGGAAACTCAAAACA
TTCAAGGAATGGATCATCAGGAAGAGACCGGCAATACGGCTGGCAAGTTCCACTAAAGAT
CGATATTAAGAAAGCACCACCAGTATCACTTAATTGTTCAACTAGACACAAACCAGAAAG
ACAGAACAAAAGCAATGTACCTCCTATACAGAAACACTACAGCATATCCAGCCTTGACGA
AATTCCTTTGCAACATAATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G152TF U 1
AF RR3G152JQ C 155
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BS 672 741 RR3G152JQ

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ACCGACGTCTTTCAATGCCGTTGCAATCAACCGCAACATCTGCAACCGCAAACATTCAAA
ACACCAAAGTAATTTCAACTGCAACTCTGTCGAAGAATCTACGTCACAAAATTTTATCGG
ATACTTGTACCTGAAGATACTCATATATGGTTGTGAATGGGAGCTTCAGTAAGCGAGATT
CAGCTACTGCCTGCAATGTTTAAAAACACACAAACATAAAGTGATCATTTTTTTTTGGTT
GGGTAAAAAAAACTCAGTAAAAAGGAAACAAGTGGTAGGTATAATACGTACAGCTTGCTG
GTCCATAACAGCCATTCTCACAGCTTCCACATGTGACGGATGAACTGAAAAAAAAAAAAG
AATGAACCAAGACCGTACTACAAAACACTTGATAAAAGATAAATCAATGTATATAGAGTA
GATGAAGAAAGAAAATACAAAAAAACCTTGAATGTTGGTCTTATCTGGAAACTCAAAACA
TTCAAGGAATGGATCATCAGGAAGAGACCGGCAATACGGCTGGCAAGTTCCACTAAAGAT
CGATATTAAGAAAGCACCACCAGTATCACTTAATTGTTCAACTAGACACAAACCAGAAAG
ACAGAACAAAA

QA 1 671 1 671
DS 

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GAATTTACGTCACAAAATTTTATCGGATACTTGTACCTGAAGATACTCATATATGGTTGT
GAATGGGAGCTTCAGTAAGCGAGATTCAGCTACTGCCTGCAATGTTTAAAAACACACAAA
CATAAAGTGATCATTTTTTTTTGGTTGGGTAAAAAAAACTCAGTAAAAAGGAAACAAGTG
GTAGGTATAATACGTACAGCTTGCTGGTCCATAACAGCCATTTTCACAGCTTCCACATGT
GACGGATGAACTGAAAAAAAAAAAAGAATGAACCAAGACCGTACTACAAAACACTTGATA
AAAGATAAATCAATGTATATAGAGTAGATGAAGAAAGAAAATACAAAAAAACCTTGAATG
TTGGTCTTATCTGGAAACTCAAAACATTCAAGGAATGGATCATCAGGAAGAGACCGGCAA
TACGGCTGGCAAGTTCCACTAAAGATCGATATTAAGAAAGCACCACCAGTATCACTTAAT
TGTTCAACTAGACACAAACCAGAAAGACAGAACAAAAGCAATGTACCTCCTATACAGAAA
CACTACAGCATATCCAGCCTTGACGAAATTCCTTTGCAACATAATTT

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

CO CL4962Contig1 795 2 2 U
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CGTAAGTCTTTAAGCTTGAAAGATCCAGAGAAGTACGAGTTCCGTCCAAAACAGTTGCTT
AAACAGATTGTTCGTATATATGTTAATCTGGCAAGAGGAGACTCGGAAAACATATTCCCC
GGTGCCATATCCAGTGATGGACGATCATATAACGAACAGCTATTCGACGCAGAAGCAGAT
GTTCTTAGGAAAATAAACGAAGATGGAAGAATCATTCAAGAGTTTATGGAGTTGGGCACA
AAGGCCAAAGCTGCTGCCTCCGAAGCTATGGATGCTGAAGCTGCACTTGGTGAAATACCA
GACGAGTTCCTCGACCCAATTCAGTGCACGCTAATGAGAGATCCGGTGATACTCCCAAGC
TCAAAAACCACAGTTGATCGAGCCATCATTCAACGTCATCTTCTTAGTGACAATCACGAC
CCGTTTAACCGGGCACATTTGACATCGGATATGTTAATACCTGACATCGAGTTGAAGGCG
AGAATCGACGAGTTTGTGAGGTCCCATCAGTCTAAGAAGCGATCAAGTGGAGAAGATAGC
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TTTAGAGACGAACAAGAATAATAACAGCTACGCTCTGTTTCTTTTACTTTCTTAGGCTTT
TCTTTCTAATCAGATTTGACTTATTTTGCTGTCTTAAGTGTGTTCAGTTTAATATTATTC
ACAAAATTTATTTTG


BQ
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AF RR3AD37TF U 1
AF RR3AD37JQ C 9
BS 1 521 RR3AD37TF
BS 522 795 RR3AD37JQ

RD RR3AD37TF 521 0 0
GGAGATGGTTGAGAGGGTTGCCAATATGCTTACTTCTTGTTACAACTCGTGGGTCCACAG
CGTAAGTCTTTAAGCTTGAAAGATCCAGAGAAGTACGAGTTCCGTCCAAAACAGTTGCTT
AAACAGATTGTTCGTATATATGTTAATCTGGCAAGAGGAGACTCGGAAAACATATTCCCC
GGTGCCATATCCAGTGATGGACGATCATATAACGAACAGCTATTCGACGCAGAAGCAGAT
GTTCTTAGGAAAATAAACGAAGATGGAAGAATCATTCAAGAGTTTATGGAGTTGGGCACA
AAGGCCAAAGCTGCTGCCTCCGAAGCTATGGATGCTGAAGCTGCACTTGGTGAAATACCA
GACGAGTTCCTCGACCCAATTCAGTGCACGCTAATGAGAGATCCGGTGATACTCCCAAGC
TCAAAAACCACAGTTGATCGAGCCATCATTCAACGTCATCTTCTTAGTGACAATCACGAC
CCGTTTAACCGGGCACATTTGACATCGGATATGTTAATACC

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR3AD37JQ 787 0 0
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TTTAAGCTTGAAAGATCCAGAGAAGTACGAGTTCCGTCCAAAACAGTTGCTTAAACAGAT
TGTTCGTATATATGTTAATCTGGCAAGAGGAGACTCGGAAAACATATTCCCCGGTGCCAT
ATCCAGTGATGGACGATCATATAACGAACAGCTATTCGACGCAGAAGCAGATGTTCTTAG
GAAAATAAACGAAGATGGAAGAATCATTCAAGAGTTTATGGAGTTGGGCACAAAGGCCAA
AGCTGCTGCCTCCGAAGCTATGGATGCTGAAGCTGCACTTGGTGAAATACCAGACGAGTT
CCTCGACCCAATTCAGTGCACGCTAATGAGAGATCCGGTGATACTCCCAAGCTCAAAAAC
CACAGTTGATCGAGCCATCATTCAACGTCATCTTTTTAGTGACAATCACGACCCGTTTAA
CCGGGCACATTTGACATCGGATATGTTAATACCTGACATCGAGTTGAAGGCGAGAATCGA
CGAGTTTGTGAGGTCCCATCAGTCTAAGAAGCGATCAAGTGGAGAAGATAGCAGCAACAA
GGAAAGGATACAGACTACAAACAGTGATATGTTAATCGATTAGTTGTGTATTTTTAGAGA
CGAACAAGAATAATAACAGCTACGCTCTGTTTCTTTTACTTTCTTAGGCTTTTCTTTCTA
ATCAGATTTGACTTATTTTGCTGTCTTAAGTGTGTTCAGTTTAATATTATTCACAAAATT
TATTTTG

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL4963Contig1 897 2 4 U
GAACCTCAACAGGTTGATATCTCAGATCATATCATCCCTGACGACATCGTTGAGGTTTGA
TGGAGCCATCAATGTGGATATCACTGAGTTCCAGACCAACCTTGTTCCCTATCCTCGCAT
CCATTTCATGCTGTCGTCTTATGCTCCAGTCATCTCAGCTGCGAAGGCTTACCATGAGCA
GCTATCGATCCCTGAGATCACTAATGCAGTGTTTGAGCCAGCTAGCATGATGGCTAAGTG
TGACCCGAGGCATGGGAAGTATATGGCGTGTTGTTTGATGTACCGTGGAGATGTTGTTCC
TAAAGATGTTAATGCTGCTGTTGGTACCATCAAGACTAAAAGGACCGTTCAGTTTGTTGA
CTGGTGCCCAACAGGGTTCAAATGTGGAATCAACTACCAACCTCCAACAGTTGTTCCGGG
AGGTGACCTCGCTAAGGTTCAGAGAGCTGTATGCATGATCAGCAACAACACAGCAGTTGC
AGAGGTGTTCTCAAGGATCGACCACAAGTTTGATCTGATGTACGCGAAGAGGGCGTTTGT
GCACTGGTATGTAGGTGAAGGAATGGAGGAAGGTGAATTCTCAGAGGCACGTGAGGACTT
GGCGGCATTGGAGAAAGATTATGAAGAAGTGGGTGCTGAAGGTGGAGACGATGAAGAAGA
TGAAGGTGAAGACTACTGACACCTTCTTCTATCAAGTGATGTGTTTTTATCTTTTTGGCT
TTGCTTAAGATTCTTGTTGATTACTTGTGTTTGTTTTAATCCTCGTTGAACTTTCTCCGC
CTTTTGTGTTTCTTTATCGCTGGTTTAATTCATTGGTAGAGTGAGCATTGTGAGTTCCAG
AGTTTTAAGCTTTTGTTGTACCAAACCTTCTTTATCATCTAAGTGTAATATTCAATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G687TF U 1
AF RR3E431JQ C 205
BS 1 454 RR3G687TF
BS 455 455 RR3E431JQ
BS 456 725 RR3G687TF
BS 726 897 RR3E431JQ

RD RR3G687TF 725 0 0
GAACCTCAACAGGTTGATATCTCAGATCATATCATCCCTGACGACATCGTTGAGGTTTGA
TGGAGCCATCAATGTGGATATCACTGAGTTCCAGACCAACCTTGTTCCCTATCCTCGCAT
CCATTTCATGCTGTCGTCTTATGCTCCAGTCATCTCAGCTGCGAAGGCTTACCATGAGCA
GCTATCGATCCCTGAGATCACTAATGCAGTGTTTGAGCCAGCTAGCATGATGGCTAAGTG
TGACCCGAGGCATGGGAAGTATATGGCGTGTTGTTTGATGTACCGTGGAGATGTTGTTCC
TAAAGATGTTAATGCTGCTGTTGGTACCATCAAGACTAAAAGGACCGTTCAGTTTGTTGA
CTGGTGCCCAACAGGGTTCAAATGTGGAATCAACTACCAACCTCCAACAGTTGTTCCGGG
AGGTGACCTCGCTAAGGTTCAGAGAGCTGTATGCGTGATCAGCAACAACACAGCAGTTGC
AGAGGTGTTCTCAAGGATCGACCACAAGTTTGATCTGATGTACGCGAAGAGGGCGTTTGT
GCACTGGTATGTAGGTGAAGGAATGGAGGAAGGTGAATTCTCAGAGGCACGTGAGGACTT
GGCGGCATTGGAGAAAGATTATGAAGAAGTGGGTGCTGAAGGTGGAGACGATGAAGAAGA
TGAAGGTGAAGACTACTGACACCTTCTTCTATCAAGTGATGTGTTTTTATCTTTTTGGCT
TTGCT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3E431JQ 693 0 0
TGCATTGTTTGAGCCAGCTAGCATGATGGCTAAGTGTGACCCGAGGCATGGGAAGTATAT
GGCGTGTTGTTTGATGTACCGTGGAGATGTTGTTCCTAAAGATGTTAATGCTGCTGTTGG
TACCATCAAGACTAAAAGGACCGTTCAGTTTGTTGACTGGTGCCCAACAGGGTTCAAATG
TGGAATCAACTACCAACCTCCAACAGTTGTTCCGGGAGGTGACCTCGCTAAGGTTCAGAG
AGCTGTATGCATGATCAGCAACAACACAGCAGTTGCAGAGGTGTTCTCAAGGATCGACCA
CAAGTTTGATCTGATGTACGCGAAGAGGGCGTTTGTGCACTGGTATGTAGGTGAAGGAAT
GGAGGAAGGTGAATTTTCAGAGGCACGTGAGGACTTGGCGGCATTGGAGAAAGATTATGA
AGAAGTGGGTGCTGAAGGTGGAGACGATGAAGAAGATGAAGGTGAAGACTACTGACACCT
TCTTCTATCAAGTGATGTGTTTTTATCTTTTTGGCTTTGCTTAAGATTCTTGTTGATTAC
TTGTGTTTGTTTTAATCCTCGTTGAACTTTCTCCGCCTTTTGTGTTTCTTTATCGCTGGT
TTAATTCATTGGTAGAGTGAGCATTGTGAGTTCCAGAGTTTTAAGCTTTTGTTGTACCAA
ACCTTCTTTATCATCTAAGTGTAATATTCAATT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL4964Contig1 861 2 2 U
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TTTTCTCATATGCTTCTGAAGATCGGAACCGTTACACAACTCCACTGCATTCAGTTACTG
TCATTAAAGTTCTAATTAACTCTATATCTCCCACTCCTTCCATAAGGATAAAGTGATGTA
ACAATCAAATAAGTTCTTCCCTCCTTAGGTTTTGGGAAGCGGTGGCGATCTCAGTGGTCT
CGACAAGCTAAGTCATTCACAGCGTATAATTACATAGATATCATTTTCTTATTTCAATTT
AGAGTAACAAGCAGATAGATATCTCCTTCTTTTCATTTCGAGTCATGTTTTGAGTTTTTC
CAATCATAGAATGCTCTGGTGAATTTGTGTGGATGGGAAAGGCGAAAGATAAAATTGTAG
CAGCAACGATGCATCTTCTGTCCCTGGAGATCAATGAGGCTGGGAAGAAGGAGCTTTACG
AAGCAAAGTTTTTGGTGAAGCCATGGTTGAACTACAAGGAGTTGCAGGACTCAGCTTGCT
GTTGATGATGCCGCTACCATTAGTCCCTCTGATCTTGGGCTGCAAAAAGATAACAATGCA
TATGGATGTAGGGAAGTTTCAAGAGATGATCTACAAGTGCAACACGTTTCCGGATCATGC
CGTCAAGACCATCCAAGAGATATATGGCACAGTAAGTTTACAAGCAAGTCTAGGAATCTA
TATCTAAAGACGATGCTTCTGCAACACACAAAAGATGTAATCAAACTGATCGTGCCATAT
ACGGAACTTTCGCTGAGAATCTGACCAGCTAGGTAACATGCTATTGAAGAAGTTATGATC
AAATCTGAAAGTTTCAAGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CJ24TF U 1
AF RR3CJ24JQ C 80
BS 1 588 RR3CJ24TF
BS 589 861 RR3CJ24JQ

RD RR3CJ24TF 588 0 0
GGGAATCCTTCGAACGGCAATCTTTGGTGCAAGTCGTCATCTGCGTCGATTCGTTTACAG
TTTTCTCATATGCTTCTGAAGATCGGAACCGTTACACAACTCCACTGCATTCAGTTACTG
TCATTAAAGTTCTAATTAACTCTATATCTCCCACTCCTTCCATAAGGATAAAGTGATGTA
ACAATCAAATAAGTTCTTCCCTCCTTAGGTTTTGGGAAGCGGTGGCGATCTCAGTGGTCT
CGACAAGCTAAGTCATTCACAGCGTATAATTACATAGATATCATTTTCTTATTTCAATTT
AGAGTAACAAGCAGATAGATATCTCCTTCTTTTCATTTCGAGTCATGTTTTGAGTTTTTC
CAATCATAGAATGCTCTGGTGAATTTGTGTGGATGGGAAAGGCGAAAGATAAAATTGTAG
CAGCAACGATGCATCTTCTGTCCCTGGAGATCAATGAGGCTGGGAAGAAGGAGCTTTACG
AAGCAAAGTTTTTGGTGAAGCCATGGTTGAACTACAAGGAGTTGCAGGACTCAGCTTGCT
GTTGATGATGCCGCTACCATTAGTCCCTCTGATCTTGGGCTGCAAAAA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3CJ24JQ 782 0 0
AGATCGGAACCGTTACACAACTCCACTGCATTCAGTTACTGTCATTAAAGTTCTAATTAA
CTCTATATCTCCCACTCCTTCCATAAGGATAAAGTGATGTAACAATCAAATAAGTTCTTC
CCTCCTTAGGTTTTGGGAAGCGGTGGCGATCTCAGTGGTCTCGACAAGCTAAGTCATTCA
CAGCGTATAATTACATAGATATCATTTTCTTATTTCAATTTAGAGTAACAAGCAGATAGA
TATCTCCTTCTTTTCATTTCGAGTCATGTTTTGAGTTTTTCCAATCATAGAATGCTCTGG
TGAATTTGTGTGGATGGGAAAGGCGAAAGATAAAATTGTAGCAGCAACGATGCATCTTCT
GTCCCTGGAGATCAATGAGGCTGGGAAGAAGGAGCTTTACGAAGCAAAGTTTTTGGTGAA
GCCATGGTTGAACTACAAGGAGTTGCAGGACTCAGCTTGCTGTTGATGATGCCGCTACCA
TTAGTCCCTCTGATCTTGGGCTGCAAAAAGATAACAATGCATATGGATGTAGGGAAGTTT
CAAGAGATGATCTACAAGTGCAACACGTTTCCGGATCATGCCGTCAAGACCATCCAAGAG
ATATATGGCACAGTAAGTTTACAAGCAAGTCTAGGAATCTATATCTAAAGACGATGCTTC
TGCAACACACAAAAGATGTAATCAAACTGATCGTGCCATATACGGAACTTTCGCTGAGAA
TCTGACCAGCTAGGTAACATGCTATTGAAGAAGTTATGATCAAATCTGAAAGTTTCAAGC
CT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL4965Contig1 907 2 4 U
GGCCGTACGTTAAGGTTTGATTCTAAGGATTTTCACAAAAATCGATCCTTTCGTTCACTG
CCTGATCAATATGACGACGCATTGTTGTTAATTTAGGATGTCGTCGTCGACGACACGTCA
TCACCACCACCCAGAGTGGACATCCTTGTCAACAAAGCTACTCGCGAACCTAATACTCGA
CCAGGTCCGCAAAGGAAACACGGTGAACAACAAGAGCTCCTCCTTATCCAACAAAGCTTG
GAACTTTATAACCCACGAGTTCCACACGAGAAGTGGCGGCGGCGTCAGACGCGACAAAGA
ACATCTCAAGAACAGGTTCGCTCTCCTCGCACGCCAATTCTCCCTCGTCAAGCTCATCCT
ATCTCGAGACGACTTCGTTTTCGACGAATCCACCGGTTGTATCATCGCCGCTGATGAATC
TTGGGACCAATTCGTAAAGAAGTGTCCTGACGCCGAGGCTGTGAGAAGAGACGGCTGTCC
AGTTTACACTCAGCTCTCTCAGATATTCGGAGTTGTTCATCTCGAGGAGGAGGAAACTAT
GTTGCCTCCTCCATGCTCGCCAAAGAGAAGGCCTAGCAGAGGCGTGGAGGCAGCTATTGC
CAATGCTATAGGTGAAATGGCGGCTGCTTCGAGGCTAAGGACGAGTTCCTTGACGCAGAG
CAGGTTCACTCTCGCTGAGTGTATCAGAGAGCTGGATGGGATTCACGGCGTGGCAGAGAA
TGTTTATTTCGCTGCACTCGAGATCTTTAACAACCCAAGTGCAAGAGAGACGTTCTTGTC
TTTGAAATGTGACATTCGTTTGGCTTGGCTTCAGTGGAAATGTGCTACTTGTTTCTCCTA
CTAGCTAAGAGAGGTTAAAAGTATACTTAAAACATCTCTAATAATCAATGAAAAGTTCAG
TTTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AI96TF U 1
AF RR3AI96JQ C 206
BS 1 439 RR3AI96TF
BS 440 440 RR3AI96JQ
BS 441 722 RR3AI96TF
BS 723 907 RR3AI96JQ

RD RR3AI96TF 722 0 0
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ATCTCGAGACGACTTCGTTTTCGACGAATCCACCGGTTGTATCATCGCCGCTGATGAATC
TTGGGACCAATTCGTAAAGGAGTGTCCTGACGCCGAGGCTGTGAGAAGAGACGGCTGTCC
AGTTTACACTCAGCTCTCTCAGATATTCGGAGTTGTTCATCTCGAGGAGGAGGAAACTAT
GTTGCCTCCTCCATGCTCGCCAAAGAGAAGGCCTAGCAGAGGCGTGGAGGCAGCTATTGC
CAATGCTATAGGTGAAATGGCGGCTGCTTCGAGGCTAAGGACGAGTTCCTTGACGCAGAG
CAGGTTCACTCTCGCTGAGTGTATCAGAGAGCTGGATGGGATTCACGGCGTGGCAGAGAA
TG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3AI96JQ 702 0 0
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ACGAGAAGTGGCGGCGGCGTCAGACGCGACAAAGAACATCTCAAGAACAGGTTCGCTCTC
CTCGCACGCCAATTCTCCCTCGTCAAGCTCATCCTATCTCGAGACGACTTCGTTTTCGAC
GAATCCACCGGTTGTATCATCGCCGCTGATGAATCTTGGGACCAATTCGTAAAGAAGTGT
CCTGACGCCGAGGCTGTGAGAAGAGACGGCTGTCCAGTTTACACTCAGCTCTTTCAGATA
TTCGGAGTTGTTCATCTCGAGGAGGAGGAAACTATGTTGCCTCCTCCATGCTCGCCAAAG
AGAAGGCCTAGCAGAGGCGTGGAGGCAGCTATTGCCAATGCTATAGGTGAAATGGCGGCT
GCTTCGAGGCTAAGGACGAGTTCCTTGACGCAGAGCAGGTTCACTCTCGCTGAGTGTATC
AGAGAGCTGGATGGGATTCACGGCGTGGCAGAGAATGTTTATTTCGCTGCACTCGAGATC
TTTAACAACCCAAGTGCAAGAGAGACGTTCTTGTCTTTGAAATGTGACATTCGTTTGGCT
TGGCTTCAGTGGAAATGTGCTACTTGTTTCTCCTACTAGCTAAGAGAGGTTAAAAGTATA
CTTAAAACATCTCTAATAATCAATGAAAAGTTCAGTTTTTCT

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

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TCATCGCTACCGCGTTGGTCGGAGCCTTGTCTTTCGTCTTCTAAGATGTGTTTCCATTCT
TACTACTGTTTTCTCTTTTGAGTTTATATTTTCCTATAATTTGTGTTGTTCCATGTGCTT
CCTTGTTTCTTGTTTCTTGGTGAGAGATCATGATGTTCTGTTGCTATAATAATAATTCCT
ATCGTAAAATATTTCCCTTGG


BQ
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AF RR3DX79JQ C 1
AF RR3DX79TF U 1
BS 1 441 RR3DX79TF

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TGTCAGCCGAGTCGCACGCCGGACACGAACATCACCATGCTCCTGCCCCGGCTCCGATGC
CACATCACGATGCTCCGACCCCAGCTCCAAGTGCTGCCACATTCTCCGCCTATCCTCAGC
TCATCGCTACCGCGTTGGTCGGAGCCTTGTCTTTCGTCTTTTAAGATGTGTTTCCATTCT
TACTACTGTTTTCTCTTTTGAGTTTATATTTTCCTATAATTTGTGTTGTTCCATGTGCTT
CCTTGTTTCTTGTTTCTTGGTGAGAGATCATGATGTTCTGTTGCTATAATAATAATTCCT
ATCGTAAAATATTTCCCTTGG

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR3DX79TF 441 0 0
GGGTAGAGAACAACAAAGAAAGAAACTAAATAAGAAGACGAAGGAGAAGAAGTATTCAAA
TGGCAGCAAGTTCTTCTATCCGCTTTGCCTTCGTCTGCATTGTCTTGGCCGTGTTGGTCA
TGTCAGCCGAGTCGCACGCCGGACACGAACATCACCATGCTCCTGCCCCGGCTCCGATGC
CACATCACGATGCTCCGACCCCAGCTCCAAGTGCTGCCACATTCTCCGCCTATCCTCAGC
TCATCGCTACCGCGTTGGTCGGAGCCTTGTCTTTCGTCTTCTAAGATGTGTTTCCATTCT
TACTACTGTTTTCTCTTTTGAGTTTATATTTTCCTATAATTTGTGTTGTTCCATGTGCTT
CCTTGTTTCTTGTTTCTTGGTGAGAGATCATGATGTTCTGTTGCTATAATAATAATTCCT
ATCGTAAAATATTTCCCTTGG

QA 1 441 1 441
DS 



AS 1 2

CO CL4967Contig1 723 2 2 U
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ATCATTTTGGGGTCGAGACGATGAAGAGCGACTGGTTTAACTTGCATCAGATAGCGAGAA
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AGAAGGAGTTTAACAATGCACTGAGCAAAGCTCGAGATGGATCGTTGCCGTCGGTTTTCT
ACTTCACTGCTGCGTGGTGTGGACCTTGCAGGCTTATCGCTCCTGTTATCTTGGAGCTCA
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ATGCTCTTGGGAAGTTAAATGTCTCTGCTGTGCCAACAATGCAATTCTTCAAAGGGGGCG
TGAAGAAAGCAGAGCTTGTAGGTGCAAATGTCATTAAGCTGAGGAGTATCATGGAACATC
TCTACAAGTGAGAGACACTGTTACTTGTGTTACATTTTTATTTTTTGTTTTCTTGCGCTG
CGTCCAAGTAATGCACCAAGTGATTACGAACAAGGAAAAAAAAAAACTTTGCTACGATCG
TTATGGATACTCACTGTCTCGAGCATTTATTTATCAATGTACATAATTTATGTGATTTTT
TTC


BQ
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10 10 10 

AF RR3DZ21TF U 1
AF RR3DZ21JQ C 115
BS 1 627 RR3DZ21TF
BS 628 723 RR3DZ21JQ

RD RR3DZ21TF 627 0 0
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ATCGAAGAACCTTCTGCTTCTACGCACGAGACAGATCTGGCTTTGTCGTGTTGAAATCGG
AGAAGGAGTTTAACAATGCACTGAGCAAAGCTCGAGATGGATCGTTGCCGTCGGTTTTCT
ACTTCACTGCTGCGTGGTGTGGACCTTGCAGGCTTATCGCTCCTGTTATCTTGGAGCTCA
GTAATAAATATCCTCATGTTACTACATACAAGGTCGACATTGATGAGGGCGGTCTTTCAA
ATGCTCTTGGGAAGTTAAATGTCTCTGCTGTGCCAACAATGCAATTCTTCAAAGGGGGCG
TGAAGAAAGCAGAGCTTGTAGGTGCAAATGTCATTAAGCTGAGGAGTATCATGGAACATC
TCTACAAGTGAGAGACACTGTTACTTGTGTTACATTTTTATTTTTTGTTTTCTTGCGCTG
CGTCCAAGTAATGCACCAAGTGATTAC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3DZ21JQ 609 0 0
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TTTTCTACTTCACTGCTGCGTGGTGTGGACCTTGCAGGCTTATCGCTCCTGTTATCTTGG
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TTTCAAATGCTCTTGGGAAGTTAAATGTTTCTGCTGTGCCAACAATGCAATTCTTCAAAG
GGGGCGTGAAGAAAGCAGAGCTTGTAGGTGCAAATGTCATTAAGCTGAGGAGTATCATGG
AACATCTCTACAAGTGAGAGACACTGTTACTTGTGTTACATTTTTATTTTTTGTTTTCTT
GCGCTGCGTCCAAGTAATGCACCAAGTGATTACGAACAAGGAAAAAAAAAAACTTTGCTA
CGATCGTTATGGATACTCACTGTCTCGAGCATTTATTTATCAATGTACATAATTTATGTG
ATTTTTTTC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL4968Contig1 885 2 2 U
GGCCTCTCTTTTCCCACCAAATTATCTTCTACTTGTGTGTTCACATAGAAAAAAGAAAGA
AAAATGGATGGTCACACTGGTAAAGACATTGGTATGAAGAGAAGTGCTTCCGAGTTGGCT
CTACAAGAGTTGCTAACTAAGTTTTTGTCCAGACAAGAATCTATTCTTGACACAAGCCCT
CTAGACCCTTCTTTTGATCTCATGAACTGGGATTACACATGTGGTGAGTTAAGAGATAGT
CTTTTGAAGTCTGAGAGCTTGACTCCAGCTAGACTTTTTCTTGATGCACAGTCCTCCATT
TGCGAGAATCTGTCAGCTGATAGTCCAGTGTCAGCCAATAAACCTGAGGCAAAAAGAGCG
GCTCGCGGAACCGTGAGTGTATATACTGATGATCACTCTGATGAAGAAGATGCGGAGACA
GAAGCTGGCCAGTCTGAAATGACTAATGATCCCAGTGATGTAAAACGTATTAGAAGGATG
TACTCAAAACTCTGAGAGTCAAGGTGAAACTAGCTGAAGATTTGATAGCTAGAGGGTCCT
TCACTAGCAGCTTGAATCAGCTTCTGCAAACTCATTTAAGTCCACCACCATCACATTCCA
TCAACAGTCTGCACTACACAGGAAATAATACCTCACCGGGCATTACAGTCCACAGTGACC
AATCTCTGTTCCCTGGAATCACCATATCTGGACAGAACTCAAGCCCTGGACTTGGTAATG
TATCCAGCGAAGCTGTTAGCTGCGTCTCAGATATCTGGCCATAATTGTCTCTTTATTCAC
AATATGTAATTGATTTTTGCGAGTTTCATGTATGTGTTTCACTATAGAACTAGAAACATA
TAAATGAAATCTACGTTTGGTTAATTAAACTCAAGTTTCGTTTAC


BQ
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AF RR3DV38TF U 1
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GCTGTTAGCTGCGTCTCAGATATCTGGCCATAATTGTCTCTTTATTCACAATATGTAATT
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TACGTTTGGTTAATTAAACTCAAGTTTCGTTTAC

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AS 0 0

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BQ
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AF RR3D305JQ C 1
AF RR3D305TF U 1
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GCCAGTGGATAAACCATTCGTATCCGCTGTATTGCTTCGTTTGTCTGCAAGAGGCAGAGG
AAGGAGATAAGATGAGGAGGCTGACGATTTGTGGCCACTGCTTCCACGCGGATTGTATCG
ATCCATGGCTTGGTGAAATATCTTCGAAGTGTCCATTGTGTAGAGCTGAGGTTCCGCCTT
CACCGCCGGTGAATCCTCTGCTCTTACTGTTTGTTTCCGCCAACAAAGAACTCTAACCAA
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ATCTTTGATAGTTGATAGTATTTTGCACT

QA 1 509 1 509
DS 



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TAGAAAACGTGTCAACACGACATCATTTTGTCTGATTGTCTATAACACTTTGTGGCCAAG
TCTCTCTCACCTTTACCTTTGCACATTTGCATTTTAATCATCACATCAACCAAGAACCAT
AGCTTATGAAACGACATTATCAAAGAAGAAGTTTTTTTTCTAACTTAATATGGCACACAA
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ACCTTGTCTTGGTTCATAAGACAAAGAGCAGCTATCGAGACACCATCTTCGTTCTTGGTC
AAGTACTTGCAAACTGGACCAAGCCCGTAAATCCTCTCGACGCCGTCTCCGCCGGGAGTA
GTACGGTTGGAGCAGGTGAGGATGTAGTAAGACGTGAGAAGCCGGAGGATTCGGTCGAGC
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TGGC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3B377TF U 1
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TGGC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CJ19JQ C 1
AF RR3CJ19TF U 1
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QA 1 522 1 522
DS 

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GCTCCGATTGAGGCAGTCAGGAAAAAGAGAGGTCGTCCCAGGAAGTACGACAAGCCGGCG
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ATGTAAAGTATTGAACTTTGTAATGAAAAGGTTTGATCCTGG

QA 1 522 1 522
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BX39TF C 1
AF RR3BX39JQ U 75
BS 1 74 RR3BX39TF
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QA 1 596 1 596
DS 

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ACAGAAGAACGATATCGAGAGGTTGATGAGATTATTTTTTTC

QA 1 522 1 522
DS 



AS 1 2

CO CL4974Contig1 900 2 2 U
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GCTTTGGTATCTGGGAGACATCATTTACCCATTCCTCCCTCAGCCCCAACCAGAGACTTG
CTTCCTTCCAGTGGAAGCCGACGGGTCAGAAAATCTGGTTCTAAGCGGGCTAGAGAGTAA
CAAACTGTCTAATAATTATGCAGGGAAGAGTCGGAGATGTAAGGGTTCAAGGCCTCGGAT
GAAACACCAAGTATGTATACTTGTGGCGTGACACCTTGCGCCTCTTATTCTCTTAAGCTT
TTAAATGTTGTTTTCTCGCGTTTGAGTTGTAGATGAGTGTCTTAGTAGTCCTCTCTCGTT
TTGTATTTTCGCTGTCTGTCAGTTAACAGTCAATGTGGGTTTCTCATGGTTTTTGGATGG
TTTTTACTTTCTATTCAACTCATGAAATTTACCTAATAATTTACCTGCGTTTAAGACCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A518TF U 1
AF RR3A518JQ C 121
BS 1 629 RR3A518TF
BS 630 900 RR3A518JQ

RD RR3A518TF 629 0 0
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TGATGATGATGTACCAACCGAAGGATTTGTCAACGGAAAGGGACCAGAAGGCTCCGGGAA
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TGAGAAGAAAAGTAAGTATCTCGAAAGAGAATGCATGAGACTGGGAAGGATGCTTGATTG
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GCTTTGGTATCTGGGAGACATCATTTACCCATTCCTCCCTCAGCCCCAACCAGAGACTTG
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QA 1 629 1 629
DS 

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AAGAAACAGAGATGCGGCTGTGAGATCTAGAGAGAGGAAGAAGGAATATGTGACGGATCT
TGAGAAGAAAAGTAAGTATCTCGAAAGAGAATGCATGAGACTGGGAAGGATGCTTGATTG
CTTTGTTGCGGAAAACCATTCTCTTCGTCTATGTTTTCAAAAGGGTGGTGGAAATGCTTC
CATGATGACAAGGCAGGAGTCTGCTGTGCCCTTGTTGGAATCCCTGCTGTTGGGTTCCCT
GCTTTGGTATCTGGGAGACATCATTTACCCATTCCTCCCTCAGCCCCAACCAGAGACTTG
CTTCCTTCCAGTGGAAGCCGACGGGTCAGAAAATCTGGTTCTAAGCGGGCTAGAGAGTAA
CAAACTGTCTAATAATTATGCAGGGAAGAGTCGGAGATGTAAGGGTTCAAGGCCTCGGAT
GAAACACCAAGTATGTATACTTGTGGCGTGACACCTTGCGCCTCTTATTCTCTTAAGCTT
TTAAATGTTGTTTTCTCGCGTTTGAGTTGTAGATGAGTGTCTTAGTAGTCCTCTCTCGTT
TTGTATTTTCGCTGTCTGTCAGTTAACAGTCAATGTGGGTTTCTCATGGTTTTTGGATGG
TTTTTACTTTCTATTCAACTCATGAAATTTACCTAATAATTTACCTGCGTTTAAGACCCT

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL4975Contig1 891 2 4 U
GGAGAGATTCACCTTCTCCTCTCTTCTCCTTTTATCTTTCCCTCTCAGACACACAGGAGA
TTCGAACACAACAAAAGAGAAAGAAAAAAGTCAAACGAAACGATGGCGTTTCATCAGAAT
CATCATCTCTCTCAAGACCTCTCTTTCAATCACTTCACCGACCAACACCAACCCCCTCCT
CCTCAACCTCCTCCGCAACAACAACAACATTTCCACGACGCGACGCCGCCTCCTAACTGG
CTCAACACGGCTCTTCTCCGCTCCGACAACAACCTCTGTTCTCAAAGCATGGTGGCAATC
TCATTCCAAATGGCCTTACCCTACTGAGGAAGATAAGGCGAGGTTGGTGCAGGAGACAGG
TTTGCAGCTAAAGCAGATAAACAATTGGTTCATCAATCAGAGAAAAAGGAACTGGCACAG
CAATCCATCTTCTTCCACTGTCTTGAAGAACAAACGCAAAAGCAATGCAGGTGACAATAG
TGGAAGAGAGCGTTTCACGTAGGAAACAACATATATATATTATCAAGTGAATTGTAGCTG
GATTGGTTGGGATTTGAAGCAAAGGGTTTTTAGGGGTTAAATGAAGGAGAAGAAGTTGGG
GCTTATATAGATGAAGAGAGGGGACAGTATTAGAAAGTAACTTTTTGTGCAATTACAACA
TAGTTCGCAGTTTGGTTATGTTATCCCAATATGTTTATTAGTAGTAAGTACACAAATCCC
AAAAGTAAAAAAAAAGGTTGTCATTGTCTATGATTTCCATTCAATTTTTGTCTGATTTGT
TCTACACTATTATATGACTAGTCTAGTGTACTCGAACCACACTAGCTATATAGTCTCCAT
GCATTTGTTGTAGTTCTGAAATGTTGTACAACAAAAAATCTAGTAGAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G202TF U 1
AF RR3G202JQ C 253
BS 1 736 RR3G202TF
BS 737 737 RR3G202JQ
BS 738 766 RR3G202TF
BS 767 891 RR3G202JQ

RD RR3G202TF 766 0 0
GGAGAGATTCACCTTCTCCTCTCTTCTCCTTTTATCTTTCCCTCTCAGACACACAGGAGA
TTCGAACACAACAAAAGAGAAAGAAAAAAGTCAAACGAAACGATGGCGTTTCATCAGAAT
CATCATCTCTCTCAAGACCTCTCTTTCAATCACTTCACCGACCAACACCAACCCCCTCCT
CCTCAACCTCCTCCGCAACAACAACAACATTTCCACGACGCGACGCCGCCTCCTAACTGG
CTCAACACGGCTCTTCTCCGCTCCGACAACAACCTCTGTTCTCAAAGCATGGTGGCAATC
TCATTCCAAATGGCCTTACCCTACTGAGGAAGATAAGGCGAGGTTGGTGCAGGAGACAGG
TTTGCAGCTAAAGCAGATAAACAATTGGTTCATCAATCAGAGAAAAAGGAACTGGCACAG
CAATCCATCTTCTTCCACTGTCTTGAAGAACAAACGCAAAAGCAATGCAGGTGACAATAG
TGGAAGAGAGCGTTTCACGTAGGAAACAACATATATATATTATCAAGTGAATTGTAGCTG
GATTGGTTGGGATTTGAAGCAAAGGGTTTTTAGGGGTTAAATGAAGGAGAAGAAGTTGGG
GCTTATATAGATGAAGAGAGGGGACAGTATTAGAAAGTAACTTTTTGTGCAATTACAACA
TAGTTCGCAGTTTGGTTATGTTATCCCAATATGTTTATTAGTAGTAAGTACACAAATCCC
AAAAGTAAAAAAAAAG*TTGTCATTGTCTATGATTTCCATTCAATT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3G202JQ 639 0 0
CTTCTCCGCTCCGACAACAACCTCTGTTCTCAAAGCATGGTGGCAATCTCATTCCAAATG
GCCTTACCCTACTGAGGAAGATAAGGCGAGGTTGGTGCAGGAGACAGGTTTGCAGCTAAA
GCAGATAAACAATTGGTTCATCAATCAGAGAAAAAGGAACTGGCACAGCAATCCATCTTC
TTCCACTGTCTTGAAGAACAAACGCAAAAGCAATGCAGGTGACAATAGTGGAAGAGAGCG
TTTCACGTAGGAAACAACATATATATATTATCAAGTGAATTGTAGCTGGATTGGTTGGGA
TTTGAAGCAAAGGGTTTTTAGGGGTTAAATGAAGGAGAAGAAGTTGGGGCTTATATAGAT
GAAGAGAGGGGACAGTATTAGAAAGTAACTTTTTGTGCAATTACAACATAGTTCGCAGTT
TGGTTATGTTATCCCAATATGTTTATTAGTAGTAAGTACACAAATCCCAAAAGTAAAAAA
AAAGGTTGTCATTGTCTATGATTTCCATTCAATTTTTGTCTGATTTGTTCTACACTATTA
TATGACTAGTCTAGTGTACTCGAACCACACTAGCTATATAGTCTCCATGCATTTGTTGTA
GTTCTGAAATGTTGTACAACAAAAAATCTAGTAGAGACC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL4976Contig1 692 2 2 U
GGACACGCCGGCGATCAGCGTTATTTATTTATTACAAGAAAAGAAAAGTTTATTACACGG
CGGTGGAGAGAGAGGGGTTGACTACAGACAATGGCGGTTCCAAGGGGAGACAATGGTTTG
ATGGAAGAAGACGATGTTGACGCTGTTATCGAGGAAAACGGTGTTGTTGACTACGAAAGC
GATCCCGAGCTTTCCTCAAACCTCCGTGACTTAGCCGCCGCATCTCAGTCCGGTGACGTC
GTAGCCTTGCTCACCGCCATTGACAAGTTGAATGGGAGAGTTGATGAGCCCCTTGAGGAT
AACGACTCTGCACTTCACCTGGCGTGTCTCTATGGTCACCTCCCTTGTGTTCAGCTTCTC
CTGGAAAGAGGTGATTAATTTTTTACTGGGTTCAGGGGCTTCACCAACAGTCAAAAACTC
GTATGGGAAGACACCAGGTGAGTTAGCTGATGTAAACACCGATGCCAGGAGGATCCTCGA
AGCTGCCACTGGCGACTCAACTTAGCTCCCAATGTTTCTGCAAAATTCTTGAGCCAGTTT
TTGCGTGTCAGTGAAGTCAGGGGACATTTTTCAAAATGTTCTCGGTTATCTTTGACTGTT
CTTATACAAAGGATTATAACCTAAGAGTTTTACAATGTTGTGTCGGTTTCGAATATCAAA
TTTGTTATCAGATTTAATAGATTTGAAGGGCT


BQ
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AF RR3BZ47TF U 1
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BS 594 692 RR3BZ47JQ

RD RR3BZ47TF 593 0 0
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CTGGAAAGAGGTGATTAATTTTTTACTGGGTTCAGGGGCTTCACCAACAGTCAAAAACTC
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TTGCGTGTCAGTGAAGTCAGGGGACATTTTTCAAAATGTTCTCGGTTATCTTT

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DS 

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AGGGGTTGACTACAGACAATGGCGGTTCCAAGGGGAGACAATGGTTTGATGGAAGAAGAC
GATGTTGACGCTGTTATCGAGGAAAACGGTGTTGTTGACTACGAAAGCGATCCCGAGCTT
TCCTCAAACCTCCGTGACTTAGCCGCCGCATCTCAGTCCGGTGACGTCGTAGCCTTGCTC
ACCGCCATTGACAAGTTGAATGGGAGAGTTGATGAGCCCCTTGAGGATAACGACTCTGCA
CTTCACCTGGCGTGTCTCTATGGTCACCTCCCTTGTGTTCAGCTTCTCCTGGAAAGAGGT
GATTAATTTTTTACTGGGTTCAGGGGCTTCACCAACAGTCAAAAACTCGTATGGGAAGAC
ACCAGGTGAGTTAGCTGATGTAAACACCGATGCCAGGAGGATCCTCGAAGCTGCCACTGG
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QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B678TF U 1
AF RR3B678JQ C 66
BS 1 736 RR3B678TF
BS 737 737 RR3B678JQ
BS 738 806 RR3B678TF

RD RR3B678TF 806 0 0
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ATACTCAAGAAGATGAGGGATATTATGACTTCGTTGAGGAGATGGTTTCTCTTATGGCTC
AGACGAGGAGAGAGGAAAAGCAATATAGCTTGCAGGAGTTGCAGACAATGGTCGATGATA
TGGTCTATGAGTTCCAATCAGAACCATTATTCCAGAACCAACCAGCGGGAATGAAATTCG
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TCTGTCCTCAGAGCAGCTACTGTAACTAGATCAACATACTCAATAGTCTGGATTTTGAAC
TTTGATCTTACGGAATAACGATTGAAGAACCACGGTCCTTGGCCTCAGAGTCTCATGACA
GTCTACAGTTATCTTTTTACTTGTGGGGCAAGAATCTCGTGCTCTGGGAGTTTTCACGTT
TTGCTGTTGTTGACAAGTAGCCCTCGAAATTGCCAGGGTTGTGTGAATAGTGTTTGTAAT
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DS 

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CAAGAAGATGAGGGATATTATGACTTCGTTGAGGAGATGGTTTCTCTTATGGCTCAGACG
AGGAGAGAGGAAAAGCAATATAGCTTGCAGGAGTTGCAGACAATGGTCGATGATATGGTC
TATGAGTTCCAATCAGAACCATTATTCCAGAACCAACCAGCGGGAATGAAATTCGACCTG
AACCAACCGGCAGATTGGTCCTCGCACATGTCTCTACCGGTTTCAAGCTTTGAGTTCTGT
CCTCAGAGCAGCTACTGTAACTAGATCAACATACTCAATAGTCTGGATTTTGAACTTTGA
TCTTACGGAATAACGATTGAAGAACCACGGTCCTTGGCCTCAGAGTCTCATGACAGTCTA
CAGTTATCTTTTTACTTGTGGGGCAAGAATCTCGTGCTCTGGGAGTTTTCACGTTTTGCT
GTTGTTGACAAGTAGCCCTCGAAATTGCCAGGGTTGTGTGAATAGTGTTTGTAATGTTTC
AGAAAGCGTAGGTCTGTAATTGCGTTTTTTTCTAGTGCTTTTGTACTGTTGAACTATCAC
CGAACAGAGAAGTTGAAAACC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

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TCTTCTGTGAAATGGCACTAGCGATCAACGTTTCTTCATCATCTTCTTCTGCGATCTCAA
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AAG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3AO22TF U 1
AF RR3FH23TF U 25
BS 1 57 RR3AO22TF
BS 58 58 RR3FH23TF
BS 59 64 RR3AO22TF
BS 65 65 RR3FH23TF
BS 66 142 RR3AO22TF
BS 143 143 RR3FH23TF
BS 144 187 RR3AO22TF
BS 188 188 RR3FH23TF
BS 189 205 RR3AO22TF
BS 206 206 RR3FH23TF
BS 207 216 RR3AO22TF
BS 217 217 RR3FH23TF
BS 218 280 RR3AO22TF
BS 281 281 RR3FH23TF
BS 282 302 RR3AO22TF
BS 303 305 RR3FH23TF
BS 306 402 RR3AO22TF
BS 403 403 RR3FH23TF
BS 404 613 RR3AO22TF
BS 614 614 RR3FH23TF
BS 615 626 RR3AO22TF
BS 627 627 RR3FH23TF
BS 628 640 RR3AO22TF
BS 641 663 RR3FH23TF

RD RR3AO22TF 645 0 0
GGGTACAATTACAAACAAAGAAACAAACAGAACACACTTCGATCATTACAAACCCTGTTT
TCTTTTGTGAAATGGCACTAGCGATCAACGTTTCTTCATCATCTTCTTCTGCGATCTCAA
CCTCTAGCTTCCCTTCTTCAGAGCTCAAAGTTTCAGCTCCACGGATCGGTTCGTTGAGGT
TATCGGATCGTGTCAATGTCTCATCGGCGTCTCTGATTCTATCCGGGAAACGATCATCAT
CGGTGAAGCCTCTGAATGTTCAGTCATTCACAAAGGAGTCGTTTGTTCCTTCTCAAGCAG
CA***TCCACGCTGGCTTCTGAGAAACTAGATGTGGTGGAAGTTGAAGACTTTGAGGAGC
TAGCAAAGAGTCTAGAGACTGCTTCTCCTCTCGAGATCATGGGCAAGGCTCTTGAGACAT
TCGGAAACGACATCGCAATCGCCTTTAGTGGAGCAGAAGACGTTGCTCTCATCGAGTACG
CTCATTTAACCGGAAGACCCTTCAGGGTCTTCAGTTTGGACACAGGGAGGTTGAACCCCG
AAACGTACAGACTCTTCGACACCGTGGAGAAGCACTACGGTATTAGGATCGAGTACATGC
TTCCCGATGCTGTTGAGGTCCAAGCGTTGGTTAGGAACAA
AGGGT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3FH23TF 639 0 0
G
AACAGAACACACTTCGATCAT*ACAAACCTTTCTTT*TTCTGTGAAATGGCACTAGCGAT
CAACGTTTCTTCATCATCTTCTTCTGCGATCTCAACCTCTAGCTTCCCTTCTTCAGACCT
CAAAGTTTCAGCTCCACGGATCGGTTCGTTGAGGTTATCGGAACGTGTCAATGTCTCATC
AGCGTCTCTGAGTCTATCCGGGAAACGATCATCATCGGTGAAGCCTCTGAATGTTCAGTC
ATTCACAAAGGAGTCCTTTGTTCCTTCTCAAGCAGCATCATCCATGCTGGCTTCTGAGAA
ACTAGATGTGGTGGAAGTTGAAGACTTTGAGGAGCTAGCAAAGAGTCTAGAGACTGCTTC
TCCTCTTGAGATCATGGACAAGGCTCTTGAGACATTCGGAAACGACATCGCAATCGCCTT
TAGTGGAGCTGAAGACGTTGCTCTCATCGAGTACGCTCATTTAACTGGAAGACCCTTCAG
GGTCTTCAGTTTGGACACAGGGAGGTTGAACTCCGAAACGTACAGACTCTTCGACACCGT
GGAGAAGCACTACGGTATTAGGATCGAGTACATGTTTCCCTATGCTGTCGAGGTCCAAGC
TCTTGTTAGGAACAAGGGTTTGTTCTCTTTCTACGAAG

QA 2 639 2 639
DS 



AS 1 2

CO CL4979Contig1 833 2 2 U
GCTATGTGAAGGCTCCATCATTTCTTTCAATCCACATGGGTGTTAAAGCAGAGGTTCTTC
CTCCGGATACAGATTGCCATCATTTCGTACTTGAGGATGATTGGAAGAATCTGGAGAAGC
CTTATGGCAGTATCTTCCTCAGCATTCCAACCATTCTTGATCCATCTTTGGCTCCAGATA
GTCGACATATACTCCACATATTTACAACCTCTTCCATCGAGGATTGGGAGGGACTCACTC
CAAAAGAGTATGAGGCGAAAAAAGAAGAGGTGGCAGCTGGAATCATACAGAGGCTAGAGA
GAAAACTGTTTCCTGGCCTCAGTTCATCTATTACTTTTAAGGAGGTGGGCACACCAAGAA
CACACAGGCGATATCTTGCTCGGGATAAAGGAACTTACGGGCCAATGCCAAGAGGAACAC
CAAAAGGTTTACTAGGCATGCCGTTTAACACAACTGCTATAGATGGTTTGTACTGCGTTG
GGGATAGTTGTTTTCCTGGTCAAGGAGTTATAGCTGTGGCTTTCTCAGGAGTGATGTGTG
CTCATCGTGTAGCTGCTGACATTGGGCTTGAGAGAAAATCAAAGGTACTTGATGCTGGTC
TTCTTGGTTTACTTGGTTGGCTAAGGACACTCGCATAGGTCTAAGGGTAGAAGGGACAAA
GCTAGTGACGATCAGTGGAAGTGTTCCTCAAGTCCATGAGAAGGGCTTTACTATGAACAA
TGTTTTTATTTTTGTGGTTTAGGACCAAGAAAAGTTGCACATAGATAAGAAAAATATATA
TATATGTTTTGTCTTTCACTGCATAACACTGATATAAATCAAATTTAAGGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DY40TF U 1
AF RR3DY40JQ C 68
BS 1 580 RR3DY40TF
BS 581 833 RR3DY40JQ

RD RR3DY40TF 580 0 0
GCTATGTGAAGGCTCCATCATTTCTTTCAATCCACATGGGTGTTAAAGCAGAGGTTCTTC
CTCCGGATACAGATTGCCATCATTTCGTACTTGAGGATGATTGGAAGAATCTGGAGAAGC
CTTATGGCAGTATCTTCCTCAGCATTCCAACCATTCTTGATCCATCTTTGGCTCCAGATA
GTCGACATATACTCCACATATTTACAACCTCTTCCATCGAGGATTGGGAGGGACTCACTC
CAAAAGAGTATGAGGCGAAAAAAGAAGAGGTGGCAGCTGGAATCATACAGAGGCTAGAGA
GAAAACTGTTTCCTGGCCTCAGTTCATCTATTACTTTTAAGGAGGTGGGCACACCAAGAA
CACACAGGCGATATCTTGCTCGGGATAAAGGAACTTACGGGCCAATGCCAAGAGGAACAC
CAAAAGGTTTACTAGGCATGCCGTTTAACACAACTGCTATAGATGGTTTGTACTGCGTTG
GGGATAGTTGTTTTCCTGGTCAAGGAGTTATAGCTGTGGCTTTCTCAGGAGTGATGTGTG
CTCATCGTGTAGCTGCTGACATTGGGCTTGAGAGAAAATC

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3DY40JQ 766 0 0
TACAGATTGCCATCATTTCGTACTTGAGGATGATTGGAAGAATCTGGAGAAGCCTTATGG
CAGTATCTTCCTCAGCATTCCAACCATTCTTGATCCATCTTTGGCTCCAGATAGTCGACA
TATACTCCACATATTTACAACCTCTTCCATCGAGGATTGGGAGGGACTCACTCCAAAAGA
GTATGAGGCGAAAAAAGAAGAGGTGGCAGCTGGAATCATACAGAGGCTAGAGAGAAAACT
GTTTCCTGGCCTCAGTTCATCTATTACTTTTAAGGAGGTGGGCACACCAAGAACACACAG
GCGATATCTTGCTCGGGATAAAGGAACTTACGGGCCAATGCCAAGAGGAACACCAAAAGG
TTTACTAGGCATGCCGTTTAACACAACTGCTATAGATGGTTTGTACTGCGTTGGGGATAG
TTGTTTTCCTGGTCAAGGAGTTATAGCTGTGGCTTTCTCAGGAGTGATGTGTGCTCATCG
TGTAGCTGCTGACATTGGGCTTGAGAGAAAATCAAAGGTACTTGATGCTGGTCTTCTTGG
TTTACTTGGTTGGCTAAGGACACTCGCATAGGTCTAAGGGTAGAAGGGACAAAGCTAGTG
ACGATCAGTGGAAGTGTTCCTCAAGTCCATGAGAAGGGCTTTACTATGAACAATGTTTTT
ATTTTTGTGGTTTAGGACCAAGAAAAGTTGCACATAGATAAGAAAAATATATATATATGT
TTTGTCTTTCACTGCATAACACTGATATAAATCAAATTTAAGGAGT

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL4980Contig1 1097 2 6 U
GGAAAGAATTTTCCCCAGAGAAAGAAAGATGGATTCAAACGTTTCCTCATCATCCAACGC
CAAAAGCACCCGACTTTGCAACAATCCTTCTCCAACATACAAACCCAATGCTCCGATTTA
CTCAACAACCTTTCGAAAACCCTAAACCCTCTCTTCAACCCCAACTCTTATCCTCACCAC
CATCCCAACAACAACATCTTCTCCGCTCTCGATTCCTTGCGAGCCAAGGCCAAGCAAGCT
CTCGATTCCGTTTCCAACAACACACCACAACCCGTCTGGGCGAGAATCTCCGACGACTGC
GGGAAGAAGACTCATGTCGCTGCGGTGGCTCCAGTTCGTCGAAGCAGTGGTCCGGGGTTA
TCAGATGATGATATGGAGGAGAGGTTGGCGGGTGTTCCTGTTTACGCGCTGAGCAATTCG
AATGAGGAGTTTGTGTTGGTGTCGGGGACTTCCACGGGGAAGTCACTGGGTTTGTTGTTC
TGTAAGGAGGAAGACGCGGAGGCGTTGCTTAACCAGATGAAGATTATGGACCCTCGGATG
AAGAAAGAAGGATCCAAAGTTGTTGCTCTTGCTCTTAGTAAGGTGTTCCAGTTAAAAGTT
AATGGTGTGGCGTTTAGGTTGATTCCTGAGTCTACTCAAGTTAAAAATGCTCTCAAGGAA
AGGAAAACAGCTGGTTTCGCTGATGAAGACTTCAATGGTGTTCCGGTTTTCCAGTCAAAG
AGCTTGATTCTGCGAAGTGATAACAAGAGTTATCGCCCTGTTTTCTTCAGAAAGGGGGAC
TTGGAAAAATCCCTGACACGAGCTTCCCGCCAACAGAACCGGCTCAACCCTGCTCTGAAA
CCGGGAGATATTCAGGTTGCAGTTTTTGAAGAAATTGTCAAGGGGATGAAGGAAAGCGCA
ACATCAAACTGGGACGACATTGTGTTTATACCCCCTGGTTTCGAGGTTTCAACAGAAGAA
GAAACCAAGGAGTAGATATCCTTGGGAGCATCGTAAAAACCCTAAACCAGCTTTGAGTCT
CCATTTTGTTATTTTCGATCACATATGCTTTATGATTTCATGTATGTCAACAGTAATAAA
GCCTTGTAGACTTATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI68TF U 1
AF RR3BI68JQ C 277
BS 1 772 RR3BI68TF
BS 773 774 RR3BI68JQ
BS 775 788 RR3BI68TF
BS 789 789 RR3BI68JQ
BS 790 803 RR3BI68TF
BS 804 1097 RR3BI68JQ

RD RR3BI68TF 803 0 0
GGAAAGAATTTTCCCCAGAGAAAGAAAGATGGATTCAAACGTTTCCTCATCATCCAACGC
CAAAAGCACCCGACTTTGCAACAATCCTTCTCCAACATACAAACCCAATGCTCCGATTTA
CTCAACAACCTTTCGAAAACCCTAAACCCTCTCTTCAACCCCAACTCTTATCCTCACCAC
CATCCCAACAACAACATCTTCTCCGCTCTCGATTCCTTGCGAGCCAAGGCCAAGCAAGCT
CTCGATTCCGTTTCCAACAACACACCACAACCCGTCTGGGCGAGAATCTCCGACGACTGC
GGGAAGAAGACTCATGTCGCTGCGGTGGCTCCAGTTCGTCGAAGCAGTGGTCCGGGGTTA
TCAGATGATGATATGGAGGAGAGGTTGGCGGGTGTTCCTGTTTACGCGCTGAGCAATTCG
AATGAGGAGTTTGTGTTGGTGTCGGGGACTTCCACGGGGAAGTCACTGGGTTTGTTGTTC
TGTAAGGAGGAAGACGCGGAGGCGTTGCTTAACCAGATGAAGATTATGGACCCTCGGATG
AAGAAAGAAGGATCCAAAGTTGTTGCTCTTGCTCTTAGTAAGGTGTTCCAGTTAAAAGTT
AATGGTGTGGCGTTTAGGTTGATTCCTGAGTCTACTCAAGTTAAAAATGCTCTCAAGGAA
AGGAAAACAGCTGGTTTCGCTGATGAAGACTTCAATGGTGTTCCGGTTTTCCAGTCAAAG
AGCTTGATTCTGCGAAGTGATAACAAGAGTTATCGCCCTGTTTTCTTCAGAA**GGGGAC
TTGGAAAA*TCCCTGACACGAGC

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3BI68JQ 821 0 0
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CGTCGAAGCAGTGGTCCGGGGTTATCAGATGATGATATGGAGGAGAGGTTGGCGGGTGTT
CCTGTTTACGCGCTGAGCAATTCGAATGAGGAGTTTGTGTTGGTGTCGGGGACTTCCACG
GGGAAGTCACTGGGTTTGTTGTTCTGTAAGGAGGAAGACGCGGAGGCGTTGCTTAACCAG
ATGAAGATTATGGACCCTCGGATGAAGAAAGAAGGATCCAAAGTTGTTGCTCTTGCTCTT
AGTAAGGTGTTCCAGTTAAAAGTTAATGGTGTGGCGTTTAGGTTGATTCCTGAGTCTACT
CAAGTTAAAAATGCTCTCAAGGAAAGGAAAACAGCTGGTTTCGCTGATGAAGACTTCAAT
GGTGTTCCGGTTTTCCAGTCAAAGAGCTTGATTCTGCGAAGTGATAACAAGAGTTATCGC
CCTGTTTTCTTCAGAAAGGGGGACTTGGAAAAATCCCTGACACGAGCTTCCCGCCAACAG
AACCGGCTCAACCCTGCTCTGAAACCGGGAGATATTCAGGTTGCAGTTTTTGAAGAAATT
GTCAAGGGGATGAAGGAAAGCGCAACATCAAACTGGGACGACATTGTGTTTATACCCCCT
GGTTTCGAGGTTTCAACAGAAGAAGAAACCAAGGAGTAGATATCCTTGGGAGCATCGTAA
AAACCCTAAACCAGCTTTGAGTCTCCATTTTGTTATTTTCGATCACATATGCTTTATGAT
TTCATGTATGTCAACAGTAATAAAGCCTTGTAGACTTATGT

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 2

CO CL4981Contig1 738 2 2 U
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ACACTTACCAGAAGAGGAAAGCAAAGCACTGGTGTGGAACTCACGAGTCAAGGTTGCTCT
TGGGACTGCACGCGGATTAGAGTACCTGCATGAAGTTTGTTCACCATCTATAGTTGACAA
GAACATCAAATCATCCAATATTTTACTTGATTCAGAGCTGAACCCTCACTTATCAGATTC
AGGTCTCGCAAGCTTTCTCCCCACAGCAAACGAGTTACTAAACCAAACCGATGAAGGTTA
TAGCGCACCTGAAGTATCAATGTCAGGTCAATACTCTTTGAAGAGTGATGTGTACAGTTT
TGGAGTAGTGATGCTTGAACTTTTAACCGGGAGAAAACCATTTGACAGTACAAGGTCAAG
ATCTGAGCAGTCATTGGTTAGATGGGCGACACCACAGCTTCATGACATTGATTCTCTAGG
CAAGATGGTTGATCCAGCTCTTGAAGGGCTTTACCCGGTTAAATCTCTTTCTCGGTTTGC
AGATGTTATTGCTCTCTGCGTCCAGCCCGAGCCGGAGTTTGGACCACCAATGTCCGAAGT
TGTGCAGGCATTGGTTGTGTTAGTGCAGAGAGCTAACATGAGCAAGAGAACTTCCAAACG
GTCTGGAAGTGCCGACCCAACCAATGATTACATGTAAACTCATGTTCGAAGAGAAGAAAG
AAGACTTTGTTCTGTTGG


BQ
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AF RR3BP46TF U 1
AF RR3BP46JQ C 82
BS 1 603 RR3BP46TF
BS 604 738 RR3BP46JQ

RD RR3BP46TF 603 0 0
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ACACTTACCAGAAGAGGAAAGCAAAGCACTGGTGTGGAACTCACGAGTCAAGGTTGCTCT
TGGGACTGCACGCGGATTAGAGTACCTGCATGAAGTTTGTTCACCATCTATAGTTGACAA
GAACATCAAATCATCCAATATTTTACTTGATTCAGAGCTGAACCCTCACTTATCAGATTC
AGGTCTCGCAAGCTTTCTCCCCACAGCAAACGAGTTACTAAACCAAACCGATGAAGGTTA
TAGCGCACCTGAAGTATCAATGTCAGGTCAATACTCTTTGAAGAGTGATGTGTACAGTTT
TGGAGTAGTGATGCTTGAACTTTTAACCGGGAGAAAACCATTTGACAGTACAAGGTCAAG
ATCTGAGCAGTCATTGGTTAGATGGGCGACACCACAGCTTCATGACATTGATTCTCTAGG
CAAGATGGTTGATCCAGCTCTTGAAGGGCTTTACCCGGTTAAATCTCTTTCTCGGTTTGC
AGATGTTATTGCTCTCTGCGTCCAGCCCGAGCCGGAGTTTGGACCACCAATGTCCGAAGT
TGT

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3BP46JQ 657 0 0
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GTACCTGCATGAAGTTTGTTCACCATCTATAGTTGACAAGAACATCAAATCATCCAATAT
TTTACTTGATTCAGAGCTGAACCCTCACTTATCAGATTCAGGTCTCGCAAGCTTTCTCCC
CACAGCAAACGAGTTACTAAACCAAACCGATGAAGGTTATAGCGCACCTGAAGTATCAAT
GTCAGGTCAATACTCTTTGAAGAGTGATGTGTACAGTTTTGGAGTAGTGATGCTTGAACT
TTTAACCGGGAGAAAACCATTTGACAGTACAAGGTCAAGATTTGAGCAGTCATTGGTTAG
ATGGGCGACACCACAGCTTCATGACATTGATTCTCTAGGCAAGATGGTTGATCCAGCTCT
TGAAGGGCTTTACCCGGTTAAATCTCTTTCTCGGTTTGCAGATGTTATTGCTCTCTGCGT
CCAGCCCGAGCCGGAGTTTGGACCACCAATGTCCGAAGTTGTGCAGGCATTGGTTGTGTT
AGTGCAGAGAGCTAACATGAGCAAGAGAACTTCCAAACGGTCTGGAAGTGCCGACCCAAC
CAATGATTACATGTAAACTCATGTTCGAAGAGAAGAAAGAAGACTTTGTTCTGTTGG

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

CO CL4982Contig1 674 2 7 U
GGACACAATTGAAGAAGAAGATGATAAAACGTAAAAAAAAAACCTCATAATAAGAACTTC
TGATCGTCTCTCTCTCTTCTATACAATTTGAATATTTTTAAGAGATCCTCACATCTTCAT
CTTCCTGCCCCCAAGTGTTAGATCAAATTCAAAGGGATTCTTAAAATATTCCTTTTAAAA
ACTTTCCTTTCTCCTGTTGGAACCACTTTTTCGTCGTCGTCTGTCAATGGTGGAGATGGA
GGACAACAACGAGGAGAGTTGCGGGAGTAGAGTGATCAGCGATATCTTGCCGACGTCTCA
GGCAGCCATAGACCGTCGAGAGCGGATGAAAATGGAGGTTTTCGATGAGGTTATCAGCCG
TCTCCGTCAATCTGACGACATAGACGCCGATCTCCCTGGTTTCGTTGACGACCTCTGGGC
TCACTTCAATCGCCTCCCCGCTCGGTATGCTTTGGATGTGAATGTAGAGAGGGCTGAAGA
CGTTCTCATGCACCAGAGATTGCTTCATTCTGCTCTAGATCCACACAACCGGCCTGTTAT
CCAAGTTCGTCTCGTCCAGGTTCAACCTCCGGGGATCTCAGCTGACTCCACTACCTTGGA
CTCTCTTTCCAACGCTGAGACCAGACTTCTCAGAGATAATAGATCAGCTACAAGAGATAT
CCAAGGAAGTAGAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E613TF U 3
AF RR3BX13TF U 1
BS 1 127 RR3BX13TF
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BS 129 261 RR3BX13TF
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BS 263 316 RR3BX13TF
BS 317 317 RR3E613TF
BS 318 674 RR3BX13TF

RD RR3E613TF 537 0 0
GG
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CGTCTCTCTCTCTTCTATACAATTTGAATATTTTTAAGAGATCCTCACATCTTCATCTTC
CTGCCCCCAAGTGTTAGATCAAATTCAAAGGGATTCTTAAAATATTCCTTTTAAAAACTT
TCCTTTCTCCTGTTGGAACCACTTTTTCGTCGTCGTCTGTCAATGGTGGAGATGTAGGAC
AACAACGAGGAGAGTTGCGGGAGTAGAGTGATCAGCGATATCTTGCCGACGTCTCAGGCA
GCCATAGACCGTCGAGAGCGGATGAAAATGGAGGTTTTCGATGAGGTTATCAGCCGTCTC
CGTCAATCTGACGACATAGACGCCGATCTCCCTGGTTTCGTTGACGACCTCTGGGCTCAC
TTCAATCGTCTCCCCGCTCGGTATGCTTTGGATGTGAATGTAGAGAGGGCTGAAGACGTT
CTCATGCACCAGAGATTGCTTCATTCTGCTCTAGATCCACACAACCGGCCTGTTA

QA 3 537 3 537
DS 

RD RR3BX13TF 674 0 0
GGACACAATTGAAGAAGAAGATGATAAAACGTAAAAAAAAAACCTCATAATAAGAACTTC
TGATCGTCTCTCTCTCTTCTATACAATTTGAATATTTTTAAGAGATCCTCACATCTTCAT
CTTCCTGTCCCCAAGTGTTAGATCAAATTCAAAGGGATTCTTAAAATATTCCTTTTAAAA
ACTTTCCTTTCTCCTGTTGGAACCACTTTTTCGTCGTCGTCTGTCAATGGTGGAGATGGA
GGACAACAACGAGGAGAGTTGTGGGAGTAGAGTGATCAGCGATATCTTGCCGACGTCTCA
GGCAGCCATAGACCGT*GAGAGCGGATGAAAATGGAGGTTTTCGATGAGGTTATCAGCCG
TCTCCGTCAATCTGACGACATAGACGCCGATCTCCCTGGTTTCGTTGACGACCTCTGGGC
TCACTTCAATCGCCTCCCCGCTCGGTATGCTTTGGATGTGAATGTAGAGAGGGCTGAAGA
CGTTCTCATGCACCAGAGATTGCTTCATTCTGCTCTAGATCCACACAACCGGCCTGTTAT
CCAAGTTCGTCTCGTCCAGGTTCAACCTCCGGGGATCTCAGCTGACTCCACTACCTTGGA
CTCTCTTTCCAACGCTGAGACCAGACTTCTCAGAGATAATAGATCAGCTACAAGAGATAT
CCAAGGAAGTAGAA

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL4983Contig1 517 2 1 U
TTTTTACTCATTCTTGGATCAGCCATGACACATTCACTCTCTCCTCTCTTACCGGCTGCT
CACGCCGGCAGCCTCTCGTCTCCATCACCACGGTCACGGCCGCAGACTCCTCCCATCATT
CTTCAAGTTCCTAAAATTAATCGCAGGGCGATTGTGGTGGGGTTAGGCAGTGCGCTATGG
AGTTGGAACGCTCTGAATGGTAAGGAGGAGGAGGCAATGGCGGTAGCAAGACGGCCACCT
CCACCACCACCTAAGGAGAAGAATGATCCGACAGTGAGTGGAGTTCAGGCGAAGGTATTG
GCGAGCAAGAAGCGTAAAGAAGCAATGAAGGCCTCCATGGCTAAACTTAGAGAGAGAGGC
AAACCAGTTGTTGAAGAAGAACCATCTTCTTCATCTTCTGAACAATAGCATCCACACAAG
AAATATAAAGCTTTATATAGTCATCTTCTCTACCACATTCATCACCTATCATGTTAATTC
ACGCTACTGTATTTCAACTTATTCTTATGGCTAGACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F994JQ C 1
AF RR3F994TF U 1
BS 1 517 RR3F994TF

RD RR3F994JQ 517 0 0
TTTTTACTCATTCTTGGATCAGCCATGACACATTCACTCTCTCCTCTCTTACCGGCTGCT
CACGCCGGCAGCCTTTCGTCTCCATCACCACGGTCACGGCCGCAGACTCCTCCCATCATT
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AGTTGGAACGCTCTGAATGGTAAGGAGGAGGAGGCAATGGCGGTAGCAAGACGGCCACCT
CCACCACCACCTAAGGAGAAGAATGATCCGACAGTGAGTGGAGTTCAGGCGAAGGTATTG
GCGAGCAAGAAGCGTAAAGAAGCAATGAAGGCCTCCATGGCTAAACTTAGAGAGAGAGGC
AAACCAGTTGTTGAAGAAGAACCATCTTCTTCATCTTCTGAACAATAGCATCCACACAAG
AAATATAAAGCTTTATATAGTCATCTTCTCTACCACATTCATCACCTATCATGTTAATTC
ACGCTACTGTATTTCAACTTATTCTTATGGCTAGACC

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR3F994TF 517 0 0
TTTTTACTCATTCTTGGATCAGCCATGACACATTCACTCTCTCCTCTCTTACCGGCTGCT
CACGCCGGCAGCCTCTCGTCTCCATCACCACGGTCACGGCCGCAGACTCCTCCCATCATT
CTTCAAGTTCCTAAAATTAATCGCAGGGCGATTGTGGTGGGGTTAGGCAGTGCGCTATGG
AGTTGGAACGCTCTGAATGGTAAGGAGGAGGAGGCAATGGCGGTAGCAAGACGGCCACCT
CCACCACCACCTAAGGAGAAGAATGATCCGACAGTGAGTGGAGTTCAGGCGAAGGTATTG
GCGAGCAAGAAGCGTAAAGAAGCAATGAAGGCCTCCATGGCTAAACTTAGAGAGAGAGGC
AAACCAGTTGTTGAAGAAGAACCATCTTCTTCATCTTCTGAACAATAGCATCCACACAAG
AAATATAAAGCTTTATATAGTCATCTTCTCTACCACATTCATCACCTATCATGTTAATTC
ACGCTACTGTATTTCAACTTATTCTTATGGCTAGACC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 2

CO CL4984Contig1 513 2 1 U
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TCAGGAAGATCGAGGCGGCAAGAGAGATTGCTCAGACCATAGCTCACTCGGCCAACAAGG
TGTACCTGAGCTCTGACGATCTTTTGCTTAACCTACAGAAGACGAATTTGGATGTGGATC
CAAAGAAGTAGAGAGAGGCTTCTTAAGTAAACAAATGTGTGGTGGTTTGTGTCAGTTTTT
TTCAATTCTCTTGCAACAAAAGCTGAGATCTTTGGATTGTTAAATACGTTTTAAGTTGTT
CTTTTGATCTCATGTTATAAGCCTTCTTCCATC


BQ
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AF RR3EA81JQ C 1
AF RR3EA81TF U 1
BS 1 513 RR3EA81TF

RD RR3EA81JQ 513 0 0
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AAGCCAAGAGTGCTCAGCTCATAGGTCAAGCAATCGCAAACAACCAAGCGTTCATAACGC
TCAGGAAGATCGAGGCGGCAAGAGAGATTGCTCAGACCATAGCTCACTCGGCCAACAAGG
TGTACCTGAGCTCTGACGATCTTTTGCTTAACCTACAGAAGACGAATTTGGATGTGGATC
CAAAGAAGTAGAGAGAGGCTTCTTAAGTAAACAAATGTGTGGTGGTTTGTGTCAGTTTTT
TTCAATTCTCTTGCAACAAAAGCTGAGATCTTTGGATTGTTAAATACGTTTTAAGTTGTT
CTTTTGATCTCATGTTATAAGCCTTCTTCCATC

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3EA81TF 513 0 0
GTGCAACAAACTTCAACATCGCGCTTGACGATGTCTCCATCACTACCTTGACTTTTGGGA
AGGAGTTCACAGCTGCCATTGAGGCCAAGCAGGTGGCTGCTCAAGAGGCTGAGCGAGCTA
AGTTCATTGTTGAGAAGGCCGAACAAGACAAAAGGGGTGCAGTTATCCGCGCTCAGGGAG
AAGCCAAGAGTGCTCAGCTCATAGGTCAAGCAATCGCAAACAACCAAGCGTTCATAACGC
TCAGGAAGATCGAGGCGGCAAGAGAGATTGCTCAGACCATAGCTCACTCGGCCAACAAGG
TGTACCTGAGCTCTGACGATCTTTTGCTTAACCTACAGAAGACGAATTTGGATGTGGATC
CAAAGAAGTAGAGAGAGGCTTCTTAAGTAAACAAATGTGTGGTGGTTTGTGTCAGTTTTT
TTCAATTCTCTTGCAACAAAAGCTGAGATCTTTGGATTGTTAAATACGTTTTAAGTTGTT
CTTTTGATCTCATGTTATAAGCCTTCTTCCATC

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 2

CO CL4985Contig1 901 2 2 U
GGGTTCCATTCCATGCTAATTAAGCAACATCTTCTTATACATTATTATACAAACACTTTA
TTGATTAAAGCTTATAGCTCTTTCAAAGATTAAAAAAAAATGAAGAAAGCTACGGCACTG
ATGAAACGTGTCGTTGCGTTGTTGAGCTCCGTTGCAAAGGCTAAATCTATAGCGGTAAAG
AACAAAACAAGTGCCTTCAAAACAAGACTCGTGGTGTTGTCTCTCGTGAAACACAAGAAG
CTCGGGTTCCGTTCCATTTCCAACAAAATCCACAACCTCCTAGGCCATTCTGATGATCAA
GACCATGATCAAGACAGAGACGAGAGCAAGGCTATAGTGCTTTACAACACTGGGGCATCC
ACAAAGGCTCATCATGAGAGTTACGACGTATTAGAGGAGGAAAACGACAAGTATCCAGAT
CTTAGGCACACGTTGTTCAAAGGAGATGATGATTTTGGGGAGTTGGAGGAAGGTTCGGTG
ATAGATATGGTGAAGAACTCGAAGGAAGTGGAAGGAGAGAGTTTCAAGCTAGAAGACGAG
ATCGACCATGTAGCAGATCTCTTCATTTCAAGGTTTCATAAGCAGATGAAGCTTCAAAAA
CTCTTGTCCTTCAAAAGGTATCAAGATATGCTAGCCCGAGGCACAAAACCCATATCCATG
TGTACACATGTTGGCATAGATATGAATAATAGATTCATATTACGATCTTTGCTAACATTT
ATATTTTGTGTTGTCGATCATTAAGCCTTTGATCATCTTATTTTCTAGGATCAAAAGTAC
TATGATCTTTTTAATGTATTTCAATTACTGTATCAAGTTGGGTTGAAGGAAGGATCAGCT
TTCCTATATTGTGTGTTTCCAATTTGTTATTTTCCAATAATAATTGAGAAATCATGACTT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3AV67TF U 1
AF RR3AV67JQ C 312
BS 1 824 RR3AV67TF
BS 825 901 RR3AV67JQ

RD RR3AV67TF 824 0 0
GGGTTCCATTCCATGCTAATTAAGCAACATCTTCTTATACATTATTATACAAACACTTTA
TTGATTAAAGCTTATAGCTCTTTCAAAGATTAAAAAAAAATGAAGAAAGCTACGGCACTG
ATGAAACGTGTCGTTGCGTTGTTGAGCTCCGTTGCAAAGGCTAAATCTATAGCGGTAAAG
AACAAAACAAGTGCCTTCAAAACAAGACTCGTGGTGTTGTCTCTCGTGAAACACAAGAAG
CTCGGGTTCCGTTCCATTTCCAACAAAATCCACAACCTCCTAGGCCATTCTGATGATCAA
GACCATGATCAAGACAGAGACGAGAGCAAGGCTATAGTGCTTTACAACACTGGGGCATCC
ACAAAGGCTCATCATGAGAGTTACGACGTATTAGAGGAGGAAAACGACAAGTATCCAGAT
CTTAGGCACACGTTGTTCAAAGGAGATGATGATTTTGGGGAGTTGGAGGAAGGTTCGGTG
ATAGATATGGTGAAGAACTCGAAGGAAGTGGAAGGAGAGAGTTTCAAGCTAGAAGACGAG
ATCGACCATGTAGCAGATCTCTTCATTTCAAGGTTTCATAAGCAGATGAAGCTTCAAAAA
CTCTTGTCCTTCAAAAGGTATCAAGATATGCTAGCCCGAGGCACAAAACCCATATCCATG
TGTACACATGTTGGCATAGATATGAATAATAGATTCATATTACGATCTTTGCTAACATTT
ATATTTTGTGTTGTCGATCATTAAGCCTTTGATCATCTTATTTTCTAGGATCAAAAGTAC
TATGATCTTTTTAATGTATTTCAATTACTGTATCAAGTTGGGTT

QA 1 824 1 824
DS 

RD RR3AV67JQ 590 0 0
AGACAGAGACGAGAGCAAGGCTATAGTGCTTTACAACACTGGGGCATCCACAAAGGCTCA
TCATGAGAGTTACGACGTATTAGAGGAGGAAAACGACAAGTATCCAGATCTTAGGCACAC
GTTGTTCAAAGGAGATGATGATTTTGGGGAGTTGGAGGAAGGTTCGGTGATAGATATGGT
GAAGAACTCGAAGGAAGTGGAAGGAGAGAGTTTCAAGCTAGAAGACGAGATCGACCATGT
AGCAGATCTCTTCATTTCAAGGTTTCATAAGCAGATGAAGCTTCAAAAACTCTTGTCCTT
CAAAAGGTATCAAGATATGCTAGCCCGAGGCACAAAACCCATATCCATGTGTACACATGT
TGGCATAGATATGAATAATAGATTCATATTACGATCTTTGCTAACATTTATATTTTGTGT
TGTCGATCATTAAGCCTTTGATCATCTTATTTTCTAGGATCAAAAGTACTATGATCTTTT
TAATGTATTTCAATTACTGTATCAAGTTGGGTTGAAGGAAGGATCAGCTTTCCTATATTG
TGTGTTTCCAATTTGTTATTTTCCAATAATAATTGAGAAATCATGACTTC

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

CO CL4986Contig1 866 2 2 U
TTTTTGTAGGTTGGTCTGGTCTATTGCTCTTTCCTTGTGCCTATTTCGCTTTGGGGGGTT
GGTTCACAGGTACAACCTTTGTAACTTCATGGTATACTCATGGATTGGCTAGTTCCTATT
TAGAAGGTTGCAATTTTTTAACCGCTGCAGTTTCTACTCCTGCTAATAGTTTAGCGCATT
CTTTGTTGTTACTGTGGGGTCCTGAAGCACAAGGAGATTTTACTCGTTGGTGTCAATTAG
GCGGTCTGTGGGCTTTTGTTGCTCTCCACGGTGCTTTCGCATTAATAGGTTTTATGTTAC
GTCAATTTGAACTTGCTCGATCTGTTCAATTGCGACCTTATAATGCAATCGCATTCTCTG
GTCCAATTGCTGTTTTTGTTTCTGTCTTTCTAATTTATCCACTAGGTCAATCGGGTTGGT
TCTTTGCGCCTAGTTTTGGTGTAGCGGCTATATTTCGATTCATCCTCTTTTTCCAAGGGT
TTCATAATTGGACATTGAACCCATTTCATATGATGGGAGTCGCTGGTGTACTGGGCGCGG
CTCTGTTATGCGCTATTCATGGTGCTACTGTAGAAAATACTTTATTTGAAGATGGTGATG
GTGCAAATACATTCCGTGCTTTTAACCCAACTCAAGCCGAAGAAACTTATTCAATGGTCA
CCGCTAACCGCTTTTGGTCACAAATCTTTGGGGTTGCTTTTTCCAATAAACGTTGGTTAC
ATTTCTTTATGTTATTTGTACCAGTAACTGGTTTATGGATGAGTGCTCTTGGAGTAGTCG
GTCTAGCTTTGAACCTACGTGCCTATGACTTCGTTTCCCAGGAAATCCGTGCAGCGGAAG
ATCCGGAATTTGAGACTTTCTATACC


BQ
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AF RR3GR11TF U 1
AF RR3GR11JQ C 206
BS 1 718 RR3GR11TF
BS 719 866 RR3GR11JQ

RD RR3GR11TF 718 0 0
TTTTTGTAGGTTGGTCTGGTCTATTGCTCTTTCCTTGTGCCTATTTCGCTTTGGGGGGTT
GGTTCACAGGTACAACCTTTGTAACTTCATGGTATACTCATGGATTGGCTAGTTCCTATT
TAGAAGGTTGCAATTTTTTAACCGCTGCAGTTTCTACTCCTGCTAATAGTTTAGCGCATT
CTTTGTTGTTACTGTGGGGTCCTGAAGCACAAGGAGATTTTACTCGTTGGTGTCAATTAG
GCGGTCTGTGGGCTTTTGTTGCTCTCCACGGTGCTTTCGCATTAATAGGTTTTATGTTAC
GTCAATTTGAACTTGCTCGATCTGTTCAATTGCGACCTTATAATGCAATCGCATTCTCTG
GTCCAATTGCTGTTTTTGTTTCTGTCTTTCTAATTTATCCACTAGGTCAATCGGGTTGGT
TCTTTGCGCCTAGTTTTGGTGTAGCGGCTATATTTCGATTCATCCTCTTTTTCCAAGGGT
TTCATAATTGGACATTGAACCCATTTCATATGATGGGAGTCGCTGGTGTACTGGGCGCGG
CTCTGTTATGCGCTATTCATGGTGCTACTGTAGAAAATACTTTATTTGAAGATGGTGATG
GTGCAAATACATTCCGTGCTTTTAACCCAACTCAAGCCGAAGAAACTTATTCAATGGTCA
CCGCTAACCGCTTTTGGTCACAAATCTTTGGGGTTGCTTTTTCCAATAAACGTTGGTT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3GR11JQ 661 0 0
AGCACAAGGAGATTTTACTCGTTGGTGTCAATTAGGCGGTCTGTGGGCTTTTGTTGCTCT
CCACGGTGCTTTCGCATTAATAGGTTTTATGTTACGTCAATTTGAACTTGCTCGATCTGT
TCAATTGCGACCTTATAATGCAATCGCATTCTCTGGTCCAATTGCTGTTTTTGTTTCTGT
CTTTCTAATTTATCCACTAGGTCAATCGGGTTGGTTCTTTGCGCCTAGTTTTGGTGTAGC
GGCTATATTTCGATTCATCCTCTTTTTCCAAGGGTTTCATAATTGGACATTGAACCCATT
TCATATGATGGGAGTCGCTGGTGTACTGGGCGCGGCTCTGTTATGCGCTATTCATGGTGC
TACTGTAGAAAATACTTTATTTGAAGATGGTGATGGTGCAAATACATTCCGTGCTTTTAA
CCCAACTCAAGCCGAAGAAACTTATTCAATGGTCACCGCTAACCGCTTTTGGTCACAAAT
CTTTGGGGTTGCTTTTTCCAATAAACGTTGGTTACATTTCTTTATGTTATTTGTACCAGT
AACTGGTTTATGGATGAGTGCTCTTGGAGTAGTCGGTCTAGCTTTGAACCTACGTGCCTA
TGACTTCGTTTCCCAGGAAATCCGTGCAGCGGAAGATCCGGAATTTGAGACTTTCTATAC
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL4987Contig1 981 2 4 U
GGGTCCCTCGATCTGCTCTTTAATGGCAGTTTGCTGGAAAATAAAATGTCCACCAAAGTT
GAAACACTTCCTATGGCAATTAGTTTCAGGATGTATAGCGGTTAAAAAGAATTTAAAGGC
AAGAGGGATGAAGGGAGATATTCTCTGTGACAGGTGTGGGGCACCCGAAGAATCGATCAA
TCATGTGTTCTTTGAGTGTCCACCGGCAGTTCAGATATGGGCGCTATTGAAAATTCCAAC
TAACCCGGCAATATTCCCGACTCAGGCACTGTTTACAAATATGGACCATTTATTTTGGAG
TGTTCAACCGGCAATGGAAGATCATCATTTTGTGTGGATTCTTTGGTACATATGGAAAGC
ACGAAATAATAAAGTGTTTAGTAATTTGGATATTGATCCAATAGACACGCTTAAATTGGC
GGAAATGGAGGCTTCTTTATGGGCTGAGGCACAAGTTATTCCGTCTCAGGATGAGGATCA
GCACAGGTCACGATCACAGGCGATAATCTCACTTATACCGAGTAGATGGTGTTTTACGGA
TGGTTCATGGAAAGAACATGATAATTTCTCGGGTCAAGGATGGTATAGTACCTTGGAAGG
ATTTGATGGACTTATGGGAGCGAGGAATACAAGAGCGGCTAGTTCGCCATTACAATCAGA
AATGGAGGCTCTTATCTGGGCGATAGAATGTATGAGGAATTTAAGACAGTTCTCAGTTAC
TTTTGCAACGGATTGTTCTCAGTTGGTGAAGATGGTTTCGGAACCAGAGGAGTGGCCAGC
CTTTACAAGTTACTTAGAAGATATTATCCACTTGAAGAGAAGTTTCACTAGTTCAGAGCT
CGTGCATATACCACGAACACAAAATAAAAAGGCGGACAGCTTAGCACGTTGTGCAAGGAA
GCAATCGTCTTTTGTCGTTCACATGGATGCGGAGCTCCCAGTTTGGTTTACAGAGTCTAT
ATGAGTCTGTATCTTGTTGAC


BQ
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AF RR3B296TF U 1
AF RR3B296JQ C 265
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BS 668 668 RR3B296JQ
BS 669 756 RR3B296TF
BS 757 981 RR3B296JQ

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TCATGTGTTCTTTGAGTGTCCACCGGCAGTTCAGATATGGGCGCTATTGAAAATTCCAAC
TAACCCGGCAATATTCCCGACTCAGGCACTGTTTACAAATATGGACCATTTATTTTGGAG
TGTTCAACCGGCAATGGAAGATCATCATTTTGTGTGGATTCTTTGGTACATATGGAAAGC
ACGAAATAATAAAGTGTTTAGTAATTTGGATATTGATCCAATAGACACGCTTAAATTGGC
GGAAATGGAGGCTTCTTTATGGGCTGAGGCACAAGTTATTCCGTCTCAGGATGAGGATCA
GCACAGGTCACGATCACAGGCGATAATCTCACTTATACCGAGTAGATGGTGTTTTACGGA
TGGTTCATGGAAAGAACATGATAATTTCTCGGGTCAAGGATGGTATAGTACCTTGGAAGG
ATTTGATGGACTTATGGGAGCGAGGAATACAAGAGCGGCTAGTTCGCCATTACAATCAGA
AATGGAG*CTCTTATCTGGGCGATAGAATGTATGAGGAATTTAAGACAGTTCTCAGTTAC
TTTTGCAACGGATTGTTCTCAGTTGGTGAAGATGGT

QA 1 756 1 756
DS 

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TCATTTTGTGTGGATTCTTTGGTACATATGGAAAGCACGAAATAATAAAGTGTTTAGTAA
TTTGGATATTGATCCAATAGACACGCTTAAATTGGCGGAAATGGAGGCTTCTTTATGGGC
TGAGGCACAAGTTATTCCGTCTCAGGATGAGGATCAGCACAGGTCACGATCACAGGCGAT
AATCTCACTTATACCGAGTAGATGGTGTTTTACGGATGGTTCATGGAAAGAACATGATAA
TTTCTCGGGTCAAGGATGGTATAGTACCTTGGAAGGATTTGATGGACTTATGGGAGCGAG
GAATACAAGAGCGGCTAGTTCGCCATTACAATCAGAAATGGAGGCTTTTATCTGGGCGAT
AGAATGTATGAGGAATTTAAGACAGTTTTCAGTTACTTTTGCAACGGATTGTTTTCAGTT
GGTGAAGATGGTTTCGGAACCAGAGGAGTGGCCAGCCTTTACAAGTTACTTAGAAGATAT
TATCCACTTGAAGAGAAGTTTCACTAGTTCAGAGCTCGTGCATATACCACGAACACAAAA
TAAAAAGGCGGACAGCTTAGCACGTTGTGCAAGGAAGCAATCGTCTTTTGTCGTTCACAT
GGATGCGGAGCTCCCAGTTTGGTTTACAGAGTCTATATGAGTCTGTATCTTGTTGAC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

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CAACTTAGTCTGCAGATGGAGTCCTAATGACTTTGAGCCTTACCGAGAAGGTTTGGATCT
CTCGGACGTCGAAACCTCTTAAAAAGGCCCAAGCCTTTTTTTATCAAACTCTTCAGAGTT
TTTATATCGGTTCACTTGGATGATGCTTGCTCTCTGTGGTTGTGTTTGCAGTTTTGTTGC
TTTAGTGTTTGTAGAATATCAGATTATTTTCTTGAGTTCCCTTCTCCTAGTATTCTTGAC
TTAC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3GF85TF U 31
AF RR3GF85JQ C 1
BS 1 30 RR3GF85JQ
BS 31 543 RR3GF85TF
BS 544 604 RR3GF85JQ

RD RR3GF85TF 513 0 0
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CTTTGTAGTTTGTGAAGAAGGCAAACCTCTTTCTCCCGAATCTTCTCGCATTTTGCGACT
GTTGGGAATAAAGTTGGCTACTTTCAAACTCAACTTAGTCTGCAGATGGAGTCCTAATGA
CTTTGAGCCTTACCGAGAAGGTTTGGATCTCTCGGACGTCGAAACCTCTTAAAAAGGCCC
AAGCCTTTTTTTATCAAACTCTTCAGAGTTTTTATATCGGTTCACTTGGATGATGCTTGC
TCTCTGTGGTTGTGTTTGCAGTTTTGTTGCTTT

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3GF85JQ 604 0 0
GGATGAAATCCATCCTGGCATCTTTAAAGCCTCCAAGATGCTTCATGGTGATGCTGGACT
TCTTGTAACAGATATGCCAAAGGAAGAGGTGGAAAGCTTGTTTAACGCTTATGAGGATTC
AGACTTTTCAAGGACCGGAAGCACTACAGTAGAAACGGTTGAGCTGAAGGAAGGTCCTCT
AGAACAGTTCACTCATGAGATGGAACCGTTTCTAAGGAAGCAGGGTACGCCTGTTCGGCT
CAACAAAGGTACGGTAGAGTTACTCTCAGACTTTGTAGTTTGTGAAGAAGGCAAACCTCT
TTCTCCCGAATCTTCTCGCATTTTGCGACTGTTGGGAATAAAGTTGGCTACTTTCAAACT
CAACTTAGTCTGCAGATGGAGTCCTAATGACTTTGAGCCTTACCGAGAAGGTTTGGATCT
CTCGGACGTCGAAACCTCTTAAAAAGGCCCAAGCCTTTTTTTATCAAACTCTTCAGAGTT
TTTATATCGGTTCACTTGGATGATGCTTGCTCTCTGTGGTTGTGTTTGCAGTTTTGTTGC
TTTAGTGTTTGTAGAATATCAGATTATTTTCTTGAGTTCCCTTCTCCTAGTATTCTTGAC
TTAC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL4989Contig1 823 2 2 U
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CGTGAGACCATGCAAAGTCCAGCGACGATGAACCCACGAGCATCAGATGATTCCAGTTCT
TCCGAAGTCGAAGCTGAGATCAGCGAAGAAGATGAAGCTTCGTTGGTGATGAGAGCAGAG
ATGTATCAAGGCTACATGAAGGAGCTTCCTATTCCGACGAACCGCGGTTCGGTGATTCCC
TTCACCAGTTGGGTCGGTTTAGGCTTCTCGATCAAACAGCTTTATGGTCAGCCTTTGCAT
TACCTCACGAACGTTCTGTTACGACGTTGGGACCAATCAAGACTCGGGTCTGATTCGGAG
TTCCAGAGTTTGGATCTCATCGTGCATCCTTGTAAAGCTGAAGCTACCGTCTGGCTCGTT
GAAGAAATACATCGTCTCACTTCTTCCCATCTTCACATCGTTCAGCTTTGGGGATCTGAT
CCTACGTATCACTCTTTGATTGATCCGATCGTTCCTGAGCTACCACGATCATGAAACTAG
AGTTCTTGAACACCCTTTTCAAGAATCTTACTTTCAAAGTTTAGATAGTGAAATGTGAAT
GCGTTTTTTATCCTCTTTTTACTTGTGTTTCGTTCCAAGAATCATCCTTTCAAGGATTGA
AGTAATTCTCTATGTTAACTTTAGAAAATGAAATGTAATTCTCAAAGTTACAAAAAGAGA
CGATTTGCTCAATCACCTTTTTTTTCAACTTGTGGTTATGTAATTACCAGGAGTGATTGC
AAATAACATTTCCCTTTAGTAATGAAATGAAACTTGTTATTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C755TF U 1
AF RR3C755JQ C 56
BS 1 569 RR3C755TF
BS 570 823 RR3C755JQ

RD RR3C755TF 569 0 0
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TCCGAAGTCGAAGCTGAGATCAGCGAAGAAGATGAAGCTTCGTTGGTGATGAGAGCAGAG
ATGTATCAAGGCTACATGAAGGAGCTTCCTATTCCGACGAACCGCGGTTCGGTGATTCCC
TTCACCAGTTGGGTCGGTTTAGGCTTCTCGATCAAACAGCTTTATGGTCAGCCTTTGCAT
TACCTCACGAACGTTCTGTTACGACGTTGGGACCAATCAAGACTCGGGTCTGATTCGGAG
TTCCAGAGTTTGGATCTCATCGTGCATCCTTGTAAAGCTGAAGCTACCGTCTGGCTCGTT
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CCTACGTATCACTCTTTGATTGATCCGATCGTTCCTGAGCTACCACGATCATGAAACTAG
AGTTCTTGAACACCCTTTTCAAGAATCTT

QA 1 569 1 569
DS 

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CAGAGATGTATCAAGGCTACATGAAGGAGCTTCCTATTCCGACGAACCGCGGTTCGGTGA
TTCCCTTCACCAGTTGGGTCGGTTTAGGCTTCTCGATCAAACAGCTTTATGGTCAGCCTT
TGCATTACCTCACGAACGTTCTGTTACGACGTTGGGACCAATCAAGACTCGGGTCTGATT
CGGAGTTCCAGAGTTTGGATCTCATCGTGCATCCTTGTAAAGCTGAAGCTACCGTCTGGC
TCGTTGAAGAAATACATCGTCTCACTTCTTCCCATCTTCACATCGTTCAGCTTTGGGGAT
CTGATCCTACGTATCACTCTTTGATTGATCCGATCGTTCCTGAGCTACCACGATCATGAA
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TGAATGCGTTTTTTATCCTCTTTTTACTTGTGTTTCGTTCCAAGAATCATCCTTTCAAGG
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AGAGACGATTTGCTCAATCACCTTTTTTTTCAACTTGTGGTTATGTAATTACCAGGAGTG
ATTGCAAATAACATTTCCCTTTAGTAATGAAATGAAACTTGTTATTGG

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL4990Contig1 771 2 9 U
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CTGTTTTGGTTCAGAGAGAGCCGAGGACGAGGCTTGATGCAGGGACTTGGGGGACAATGG
GTGTTGGTTTGGGTTATTGTATTGCTGCCGCCGTTGCTTCTCCTGATCGGCTTGTTGTCG
CTGTTGAAGGTGACTCTGGTTTTGGATTCAGCGCCATGGAAGTTGAGACATTGGTTCGAT
ACAATCTTGCTGTGGTGGTGATAGTTTTCAACAATGGTGGTGTCTATGGAGGTGACAGGA
GGAGTCCTGAAGAGATCTCGGGTCCTCATAAAGAAGATCCAGCACCAACATCGTTTGTTC
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CGCCCGATGAGCTTAAGTCCGCTCTCTCTGAGTCCTTCGCTGCAAGAAAGCCTGCGGTGG
TCAATGTTATTATCGACCCTTTTGCCGGTGCTGAGAGTGGGAGGTTGCAGCACAAGAACT
AGAAGCTCTTATGGTGTGTAAATGTTGAAGTTGTATTGTTGGAACAAAAACGTTTAAGCA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BR05TF U 1
AF RR3BR05JQ C 16
BS 1 709 RR3BR05TF
BS 710 710 RR3BR05JQ
BS 711 714 RR3BR05TF
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RD RR3BR05TF 771 0 0
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CTGTTTTGGTTCAGAGAGAGCCGAGGACGAGGCTTGATGCAGGGACTTGGGGGACAATGG
GTGTTGGTTTGGGTTATTGTATTGCTGCCGCCGTTGCTTCTCCTGATCGGCTTGTTGTCG
CTGTTGAAGGTGACTCTGGTTTTGGATTCAGCGCCATGGAAGTTGAGACATTGGTTCGAT
ACAATCTTGCTGTGGTGGTGATAGTTTTCAACAATGGTGGTGTCTATGGAGGTGACAGGA
GGAGTCCTGAAGAGATCTCGGGTCCTCATAAAGAAGATCCAGCACCAACATCGTTTGTTC
CAAATGCAGGGTATCACAAGCTTATTGAAGCTTTTGGAGGCAAAGGGTATATAGTGGAAA
CGCCCGATGAGCTTAAGTCCGCTCTCTCTGAGTCCTTCGCTGCAAGAAAGCCTGCGGTGG
TCAATGTTATTATCGACCCTTTTGCCGGTGCTGAGAGTGGGAGGTTGCAGCACAAGAACT
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TTTTCGTTTT*CACTATTACCAAATTTGAATAAAAA*CACCGTTTCTAGTC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3BR05JQ 756 0 0
AGAA
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GCCGAGGACGAGGCTTGATGCAGGGACTTGGGGGACAATGGGTGTTGGTTTGGGTTATTG
TATTGCTGCCGCCGTTGCTTCTCCTGATCGGCTTGTTGTCGCTGTTGAAGGTGACTCTGG
TTTTGGATTCAGCGCCATGGAAGTTGAGACATTGGTTCGATACAATCTTGCTGTGGTGGT
GATAGTTTTCAACAATGGTGGTGTCTATGGAGGTGACAGGAGGAGTCCTGAAGAGATCTC
GGGTCCTCATAAAGAAGATCCAGCACCAACATCGTTTGTTCCAAATGCAGGGTATCACAA
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CGCTCTCTCTGAGTCCTTCGCTGCAAGAAAGCCTGCGGTGGTCAATGTTATTATCGACCC
TTTTGCCGGTGCTGAGAGTGGGAGGTTGCAGCACAAGAACTAGAAGCTCTTATGGTGTGT
AAATGTTGAAGTTGTATTGTTGGAACAAAAACGTTTAAGCATTTTCGTTTTTCACTATTA
CCAAATTTGAATAAAAAACACCGTTTCTAGTC

QA 5 756 5 756
DS 



AS 1 2

CO CL4991Contig1 519 2 2 U
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AAGAAATCGGTTGAAATTCCCGCAGCTGCGGAAGAGAAAGATGTCAAGCCGGCGGCAGAA
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CTTTGTTTAATATAAAGATATTATGGGTTTTCTTTTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO15JQ C 1
AF RR3EO15TF U 1
BS 1 511 RR3EO15TF
BS 512 519 RR3EO15JQ

RD RR3EO15JQ 519 0 0
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TTCTTGTCTTTCTTTTCTCTTTGTTTTTGGTAAATCCTATTGTCTTACGAGATATAAGGT
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CTTTGTTTAATATAAAGATATTATGGGTTTTCTTTTTTT

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR3EO15TF 519 0 0
GGACCCACAACTTTCATCATTCCCTAAATACATTACACACTTTTTCTCTCCATATTGTTC
ATATTTTTTTTTTCAGTCCCGCAGATGGCTGGTGTTGAGGTTGAGAAAACAGTACCAAAC
AGAGAAGAGAAGACGATGACCGAGATGCCTAAGGAAACCGTTCATACAACGACAGATGAC
TCGGTCACTGCAGTTGAAGTAGAAATAAAAGAAGACGAAGAAGTACCACCGGTTAAAGAC
AAGAAATCGGTTGAAATTCCCGCAGCTGCGGAAGAGAAAGATGTCAAGCCGGCGGCAGAA
GAGGAGAACTGTTGAAGTCAAGACAGCGTAATAAGCTTCCTGTTGAACCCAAGGGAACAT
TTCTTGTCTTTCTTTTCTCTTTGTTTTTGGTAAATCCTATTGTCTTACGAGATATAAGGT
GATGATGATTATACATAATAGTAATAAGACAATTCAGGTACTAGTATGATTTACTGTACT
CTTTGTTTAATATAAAGATATTATGGGTTTT
TCTTTTTT

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 2

CO CL4992Contig1 813 2 3 U
TTGGCTTATGCCCTATGGTATTAGGATAAATTGAATAATTGATAGGCTCACCAAATCAGA
AAGATAAAACATCAAATCACAATTCACCCACAAGACCAAACACCAGTTTCTAGTTTCACA
AAGATGATGTTTTCTTTTAAACAAGACCCACATCATTTGGTCCAGTTTTAAGAAACTTTA
AAAAGGACACGAGAGATTTGTCTACTGAATCATACATAGAACTTAGGGAAATACTTTTTT
TTTCTTCATAAAGAGATAGTTTTGTAGATTGGGGGTTTCCATTTCAGCCCATAGCATACT
TCTGAGTCCAGCTCCGTGCAGTGGACTCATACTTGTTCTTGTCGGTCTTGTACATATGAG
CTATCTCAGGCACCAAAGGATCATCAGGGTTTGGATCGGTTAACAAAGAACAGATCGATA
ACAACACCTTGGAGATGGTGAGTGCAGGACTCCATTGCTCCTTCAAGATGTCGAGGCAAA
TACTTCCATTGCTGTTGATGTTGGGATGGAACACCTTCGTCCTAAAGGCAACCTTAGGAG
GTTTGAAAGGGTAATCTGGAGGGAAATGAATGGTAACAAGAAAAACACCACCAGCGTAGG
GACTGTCTGAAGGACCCATTATCGTCGCCTGCCAATGAAACATGTCTTCAGCAACAGGTC
CTGCGCTACATGAGGTGGGTGGATCCTTCTGCAGATCCTTGAGTTCCTTCAAGATCCGCT
TCGACGCCATATCCAAAACCTACGATACGATCCCTTTTGGTTTTGCGTGTATCAGACTTG
GCGAGGTTTTCGCCTTCTTCTTCGCGTAATTCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AE40JQ U 3
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BS 689 813 RR3AE40TF

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QA 1 686 1 686
DS 

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TCTGAGTCCAGCTCCGTGCAGTGGACTCATACTTGTTCTTGTCGGTCTTGTACATATGAG
CTATCTCAGGCACCAAAGGATCATCAGGGTTTGGATCGGTTAACAAAGAACAGATCGATA
ACAACACCTTGGAGATGGTGAGTGCAGGACTCCATTGCTCCTTCAAGATGTCGAGGCAAA
TACTTCCATTGCTGTTGATGTTGGGATGGAACACCTTCGTCCTAAAGGCAACCTTAGGAG
GTTTGAAAGGGTAATCTGGAGGGAAATGAATGGTAACAAGAAAAACACCACCAGCGTAGG
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TCGACGCCATATCCAAAACCTACGATACGATCCCTTTTGGTTTTGCGTGTATCAGACTTG
GCGAGGTTTTCGCCTTCTTCTTCGCGTAATTCC

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3G232JQ C 1
AF RR3G232TF U 1
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QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3G232TF 514 0 0
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GAAACTGTTACGTGTATGATGGGTTGTACTTGGTTCAGGATTACTGGAGAGAGAGGGGAC
GTGGAGGTAGTGTTGTGTTTAAGTTCAAGCTATGTAGAGTTGCTGGTCAGGTTTCCACTA
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ATCAGAGTAAAGGAACTTTGCTTGCTAATCATAACATAACAGTAGGGTTTGGAATCTTTT
GCTTTCTTGTCAGATATGCTTTACCGTTTCTTTTGTATTGATGCTTTTGTTTCTGTTTCT
GTACAAAGTTATTAATAATGCTATCTTTAGTGCC

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 2

CO CL4994Contig1 338 2 1 U
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BQ
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AF RR3DR49JQ C 1
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QA 1 338 1 338
DS 

RD RR3DR49TF 338 0 0
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CTTCTACGTTAATTATCTTTTAATTTGTTTCACGGCTTTAGCATTTAAATAATGTTGTTT
TTCGCTTCTATTTTTTTTGGAACGATTACAAGTTTATC

QA 1 338 1 338
DS 



AS 1 2

CO CL4995Contig1 398 2 1 U
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GTTCATGAGTTTTTGTGTGATTTGATTCTATTTTGTATAGAGCGTTGTATTATTCTTAAT
GTAACCATCTGTTTCTATATTATATCCTCATTCATCAG


BQ
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AF RR3CK44JQ C 1
AF RR3CK44TF U 1
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AS 0 0

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BQ
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CTTATTTTTTTTTTTCTCCCAGGAAGTGAAGGCTCTGGTGGCTCCACCACTAACTTGTAT
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GCTATTCGGAGCATGGCTTGCCTTCTAATAGTCTCCAACATAGGTACAACTGACTTAGCT
CGAGCTTTGGTAATAGTGGCGTTAAACGATTCAGTGGCATTATTGTCGACATCCTCACAG
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ATGAGCCACTTCCCAAACGTACATCAAATACCCCATGAGTACAAGGAGTCGTTATACACT
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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GTGGGCACACTTGCAAGTACGGGTACAAACACACAGAGTTTGGGACCTCGGTTACATGGG
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TAATTGCTACTTACTGTTTTAAGAACATAATGGGTTAGAACCAGTAGAAAAAAAAACTCA
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TATATATATTACTTCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A201TF U 1
AF RR3A201JQ C 349
BS 1 764 RR3A201TF
BS 765 1097 RR3A201JQ

RD RR3A201TF 764 0 0
GGATTGCACCTTGCAGAAGTAGAAGAAACGTCTAATTTACAAAATCTCCTCTCTTTTACA
CTACAAATACACCCCTCTTTCTTCGACCTGTCGGTGATTTTGTTTCTCTTCGCCGCGGAT
CCATTTGACAGGCAGGAAGCTGCAAAGAATCTAAATGTCCCGGGGAAGAGTTCCTTGCAT
GGATCTGAAACGTGCTTATGATACTGAACAAGCATGCTCTATTATTCCAAACACATTCCA
AGATGATGATGATGATGGTGATGATCTATGGCCGCTTGGCGAGATTGATCCCAAAAAGCT
GAAATTCCCTTGCTGTATAGTCTGGACTCCTCTCCCTGTTGTCTCTTGGTTGGCTCCTTT
CATTAGCCATGTTGGTCTTTGCAGAGAAGACGGAGTCATCTTGGACTTTGCTGGTTCTAA
CTTCATCAGTGTTGATGATTTCTCTTTTGGTCCTCCTGCTCGCTATCTCCAACTCGATCG
AAAACAGGTACTTAAACTCTATTCTTAGCTCAAACTTTGTGTCTGTTCTGATTGTCATTG
TCGGAACAACTGTGTGTGTGTGTTTGATTTGGTTGCAGTGTTGCATGCCACCGAACTTGG
GTGGGCACACTTGCAAGTACGGGTACAAACACACAGAGTTTGGGACCTCGGTTACATGGG
ATGATGCACTGAGCGCGAGCGCGCGTAGCTGTGAACATAAAACTTACAACCTCTTCACCT
GTAACTGCCATTCGTTCGTTGCTAACTGTCTCAACCGTCTTTGC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3A201JQ 749 0 0
GTTGGCTCCTTTCATTAGCCATGTTGGTCTTTGCAGAGAAGACGGAGTCATCTTGGACTT
TGCTGGTTCTAACTTCATCAGTGTTGATGATTTCTCTTTTGGTCCTCCTGCTCGCTATCT
CCAACTCGATCGAAAACAGGTACTTAAACTCTATTCTTAGCTCAAACTTTGTGTCTGTTC
TGATTGTCATTGTCGGAACAACTGTGTGTGTGTGTTTGATTTGGTTGCAGTGTTGCATGC
CACCGAACTTGGGTGGGCACACTTGCAAGTACGGGTACAAACACACAGAGTTTGGGACCT
CGGTTACATGGGATGATGCACTGAGCGCGAGCGCGCGTAGCTGTGAACATAAAACTTACA
ACCTCTTCACCTGTAACTGCCATTCGTTCGTTGCTAACTGTCTCAACCGTCTTTGCTACG
GCGGTTCGATGGAGTGGAAGATGGTGAATGTTGCTGTTCTGATTCTCACGAGAGGGAAAT
GGGTCAGCGCGTCATCGGTAGTCCGGTCGTTTCTGCCCTGTGCTGTGGTTACGTGTCTTG
GTGTGTTCCTTGTGGGGTGGCCCTTCTTGATCGGCCTCTTCTCTTTCTCGATGTTACTCG
TTGCCTGGTTCATAATTGCTACTTACTGTTTTAAGAACATAATGGGTTAGAACCAGTAGA
AAAAAAAACTCATTTATATTATCTTTGAGTTGTTCTCTTTTCGTTTCGACATTTTGTAGC
TTTCAACTCCATTATATATATTACTTCTC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL5000Contig1 969 2 2 U
GGGGGTCTTCGTCATTGGAGGTTAAGGACGAGAAGCCTAGAGTTAGTCTCAGAAAGGCTA
CACTTTCCAATGGGCTAGAGAAACCTACTCGCAAATCTGCTGAGAAGAAGAAAGAGATTG
CAGATACAGTACCTGGTGACAAGGTTTCAGCTCCTGTTGTTGATACTCCTGAAGAAGAGA
AGGTTAAAGATAGCCCTGAAACTGTTTCTAAAGAGGTAGATCTCGATAAAGATGAGCAAG
ATGAACTCAAAACCGCAGAGGGAAATGACAAAGCTGAAGAAGAGATCCAAGAGCCAGACG
TGTAGATCATTAGCTCTGAGAATGGGAATGCTGGTTCTGAAAACACAAAGCCGAGCGATA
GAAGAGCTTCGCTGCCTTCAAAGATTGAAACTAATCATCAAGAAGAAGGGCTTACTACAC
ACAGCGGGAGAAAGATCCCAAGCTACATGGCTCCAACCGCATCAGCGAAGGCAATAGTAA
GAGGAGGAGGACAAGGGTCTCCGAGGATTATTGGTCAAGACAAGCCAGAGAAAAACGGGA
TAACTAGGCGCCACTCTCTTCCTACTGGAGCCAATGGTAAGCTGAGTACAATGCCTCCAA
GAGCTCACAGACTTCTCATAGCTTCAGCTAAAGGATCAATGAACAGTGACAGATCTTTTT
CGTCTTCCAAAGACATTGGTGGTGGTGATAAATCGACGAAAGCTGAGTGGAAACGGTGAA
TTTCTTTCGAGGCAATGGAGAAGAAAGCAAATCCAAAGAGTCATCCTGATCATCTTACAC
TCTTGGAGAAAAAAGCTCTGAAACCTTTTTAATTTGTTTTTAACTGTTTTGTTTCTATGT
TTTCTGTGTGTGCTTTACTTTGGTTTGGTGTGGTGAGTCTTTGACTTATTATTGTCCTTT
AGATTTTCTCTCAGATGCTTTGTCTTCACAAACAAAAAAAGGTTTTTAGTAAATAGTTCT
TATAATGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G208TF U 1
AF RR3G208JQ C 201
BS 1 711 RR3G208TF
BS 712 969 RR3G208JQ

RD RR3G208TF 711 0 0
GGGGGTCTTCGTCATTGGAGGTTAAGGACGAGAAGCCTAGAGTTAGTCTCAGAAAGGCTA
CACTTTCCAATGGGCTAGAGAAACCTACTCGCAAATCTGCTGAGAAGAAGAAAGAGATTG
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AGGTTAAAGATAGCCCTGAAACTGTTTCTAAAGAGGTAGATCTCGATAAAGATGAGCAAG
ATGAACTCAAAACCGCAGAGGGAAATGACAAAGCTGAAGAAGAGATCCAAGAGCCAGACG
TGTAGATCATTAGCTCTGAGAATGGGAATGCTGGTTCTGAAAACACAAAGCCGAGCGATA
GAAGAGCTTCGCTGCCTTCAAAGATTGAAACTAATCATCAAGAAGAAGGGCTTACTACAC
ACAGCGGGAGAAAGATCCCAAGCTACATGGCTCCAACCGCATCAGCGAAGGCAATAGTAA
GAGGAGGAGGACAAGGGTCTCCGAGGATTATTGGTCAAGACAAGCCAGAGAAAAACGGGA
TAACTAGGCGCCACTCTCTTCCTACTGGAGCCAATGGTAAGCTGAGTACAATGCCTCCAA
GAGCTCACAGACTTCTCATAGCTTCAGCTAAAGGATCAATGAACAGTGACAGATCTTTTT
CGTCTTCCAAAGACATTGGTGGTGGTGATAAATCGACGAAAGCTGAGTGGA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3G208JQ 769 0 0
ACTGTTTCTAAAGAGGTAGATCTCGATAAAGATGAGCAAGATGAACTCAAAACCGCAGAG
GGAAATGACAAAGCTGAAGAAGAGATCCAAGAGCCAGACGTGTAGATCATTAGCTCTGAG
AATGGGAATGCTGGTTCTGAAAACACAAAGCCGAGCGATAGAAGAGCTTCGCTGCCTTCA
AAGATTGAAACTAATCATCAAGAAGAAGGGCTTACTACACACAGCGGGAGAAAGATCCCA
AGCTACATGGCTCCAACCGCATCAGCGAAGGCAATAGTAAGAGGAGGAGGACAAGGGTCT
CCGAGGATTATTGGTCAAGACAAGCCAGAGAAAAACGGGATAACTAGGCGCCACTCTCTT
CCTACTGGAGCCAATGGTAAGCTGAGTACAATGCCTCCAAGAGCTCACAGACTTCTCATA
GCTTCAGCTAAAGGATCAATGAACAGTGACAGATCTTTTTCGTCTTCCAAAGACATTGGT
GGTGGTGATAAATCGACGAAAGCTGAGTGGAAACGGTGAATTTCTTTCGAGGCAATGGAG
AAGAAAGCAAATCCAAAGAGTCATCCTGATCATCTTACACTCTTGGAGAAAAAAGCTCTG
AAACCTTTTTAATTTGTTTTTAACTGTTTTGTTTCTATGTTTTCTGTGTGTGCTTTACTT
TGGTTTGGTGTGGTGAGTCTTTGACTTATTATTGTCCTTTAGATTTTCTCTCAGATGCTT
TGTCTTCACAAACAAAAAAAGGTTTTTAGTAAATAGTTCTTATAATGCT

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL5001Contig1 1187 2 2 U
GTGTCGTGCTTATCAAGAAATGGGCTTATGGAGGATCAATTTTCTCTGAAAAGATATACC
GCGATTTAGCGGTTTTATCAATGGTTAGTGGTCACAAAAACTTCCTGAAGCTGTTAGGAT
GCTGCCTAGAATTTTTTTACCCGGTTCTAGTTTGTGAATACGCAGAAGTAACAACTCGTA
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TCCACAAAGATATACAGCCTTGTCAGATTTTCTTGAGTGAGAATGGAACAGCTAAGTTGG
GTGAGTTTTGCAACTGTGTTTTCATTCCAGAAGGCGAAACATATGTTCAAGATGATGTAG
TGGAAGGGACATATGGGTTTCTTGACCCTAACTATGTGTCAAATGGTTTGGTCACTGAGA
AGACTGATGTGTATAGCTTTGGAGCGTTTATGTTTGTTCTTTTAACTGGAAGAATACCGC
AACCGATCTTTTGGACAAGAGAAGATCATTTGGTGGAAGATCCAGAATGTTTGTCTAGAT
TGGTCAAGGATGGGAGATTTGATAAGGTTGTGGATAAGAATATGTTGGTTGTTGAGGGCA
GAGACATAGAACAAGAGAGACTGCAAATCAAAGCGTTTCTTGATCTCTCGCTGAGATGCA
TTGGTCGTCAAGGGGATGTCCCAAGCATGACTGATGTGGCTAAAGAGCTTAAAAGGATTG
AGAGATCGAAAAGTGTCCCTTGGGGCTCTTCTGTTTCATATGTTTAGTCAAAGAAACAGT
TCAAACCTTTTTGTTATTAAGAAAACAATTCGTTGGCACTTCTCACCTGGTAATGATGCG
GTTTGCTTATTGCTTAGCTACCACTGCTCATGAAAGCTTAGCTTAGTTGACACAAATGAT
AGTTTATTTAGTATTTGATTGTTGAGGTTGGTTCTGGCTCAGAGAACCAACAAGGGTACA
TCCTTACATGAGTATATATCCTCTAGTGAGTTTGGTAAGTTCTGGCCATTGGACACAGAA
ACAGAGTAAATGAGAATAAGCAGTACTGCAATATAATCCAATACAGGGATATCCTAAAAA
AATCCAGAAATTATTTTAAGGCAACACAGCATAGACAAGCCTCCAAG


BQ
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AF RR3GS66TF U 1
AF RR3GS66JQ C 397
BS 1 759 RR3GS66TF
BS 760 1187 RR3GS66JQ

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GCTGCCTAGAATTTTTTTACCCGGTTCTAGTTTGTGAATACGCAGAAGTAACAACTCGTA
GCTTAAGAGGAGCTAGATGTCCTATTGATCCTTCACTAACATGGAGTATGAGAATCGTTA
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QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3GS66JQ 791 0 0
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AGAATATGTTGGTTGTTGAGGGCAGAGACATAGAACAAGAGAGACTGCAAATCAAAGCGT
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CATATGTTTAGTCAAAGAAACAGTTCAAACCTTTTTGTTATTAAGAAAACAATTCGTTGG
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AAGTTCTGGCCATTGGACACAGAAACAGAGTAAATGAGAATAAGCAGTACTGCAATATAA
TCCAATACAGGGATATCCTAAAAAAATCCAGAAATTATTTTAAGGCAACACAGCATAGAC
AAGCCTCCAAG

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL5002Contig1 1001 2 2 U
GGAAAACAGCTGGTGCCTTCCCTTCCTCGTAGCGTCTCTGTAAATTTTCCTGCTCAGATG
AACTTTGGGTTACCGAGTATCTCCTGGTTTAACAGCAACAGCTCGAAGAAAGATGTAGCC
ATGGTAGAAACCGTGACATCCACGACTTCTTCTCTCCTTGAACAGCAAGACCAAGACCAA
GGACAAAGCTTGTTTGGTATAAAGATATGGACTTTCTCCCTAGGTTCTGTTTTTCCTTGG
GGCGGTGATGGGAAGCAGCAGAAACCCACTACTATAAACAGAGGGTTAAAAAGGCATGCC
GTGTCTCGCAGGTCATCGAGAGTGAATACTGTGACTACTAGTGTTTATCGGTTTAGACCC
TATGTGTCAAAGGTTCCGTGGCACACGGGACCGAGGGCGTTTCTTTCGCAGCTTTTCCCG
AGATACGGGCATTACTGTGGACCCAACTGGTCAAGTGGGAAAGATGGGGGTTCACCGATT
TGGGATCAGAGACCTATTGATTGGTTAGACCATTGCTGTTATTGCCATGATATTGGTTAT
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TGCATTACGGGTCTCAAGAACATACTGATACCTTACATAAGCTACCTCGTGAAGATACAA
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TTAAACCCTTTGTACATGTTAGTAATAGTATGATCCGTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B424TF U 1
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ATGGTAGAAACCGTGACATCCACGACTTCTTCTCTCCTTGAACAGCAAGACCAAGACCAA
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GGCGGTGATGGGAAGCAGCAGAAACCCACTACTATAAACAGAGGGTTAAAAAGGCATGCC
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TATGTGTCAAAGGTTCCGTGGCACACGGGACCGAGGGCGTTTCTTTCGCAGCTTTTCCCG
AGATACGGGCATTACTGTGGACCCAACTGGTCAAGTGGGAAAGATGGGGGTTCACCGATT
TGGGATCAGAGACCTATTGATTGGTTAGACCATTGCTGTTATTGCCATGATATTGGTTAT
GATACTCATGACCAGGCTGAGTTGCTGAAAGCCGACATGGCGTTTCTTGAGTGTTTGGAA
TCGAACAAGCGCCTTGTTACCAGGGGTGATGCTCAAGTTGCTCACTTTTATAAGACAATG
TGCATTACGGGTCTCAAGAACATACTGATACCTTACATAAGCTACCTCGTGAAGATACAA
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AACTTCCAGAAGAATTGAG

QA 1 799 1 799
DS 

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GGTTCACCGATTTGGGATCAGAGACCTATTGATTGGTTAGACCATTGCTGTTATTGCCAT
GATATTGGTTATGATACTCATGACCAGGCTGAGTTGCTGAAAGCCGACATGGCGTTTCTT
GAGTGTTTGGAATCGAACAAGCGCCTTGTTACCAGGGGTGATGCTCAAGTTGCTCACTTT
TATAAGACAATGTGCATTACGGGTCTCAAGAACATACTGATACCTTACATAAGCTACCTC
GTGAAGATACAATACGGGCAAAATCTACTCGATTTTGGCTGGTTGCTGAACAGCATTAGC
AAGAGAAGCTGGAACTTCCAGAAGAATTGAGAAACATAAGGAAGCAAAATCGTGAGTGTT
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TGCGTGCGTGTTTTAAACCCTTTGTACATGTTAGTAATAGTATGATCCGTACC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

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ATATCCACAAGCAATTCAACTCAAACTCTATCAAGCCTTCATATTCTCCATTCCCATCTT
GTTCTCCATCATTCTCTTCCTTCTGTTCTACCTTTTTTACCTTAAGAGAAGAGCCTCTGC
TCTCTCCTCTTCTCCTCCAATGATTCTTCCTGTTTCCTCGACCCACCAGCCTTCTTCTCA
TCTCACCTCGGTTTGTTTGTTAGATGTGAAAGTAGAGCTCAAAGACAAGCTTCATATCAT
TTTTTTCAACGAAGAGCTTGAAACAAGAGATTCTCTATGTTGCGTATGTTTGGGAGAATT
CGAGTTAAAGGAAGAGTTGGTGGAAATGCCTTCATGCAAACACATATTTCATCTTGATTG
TATTCACCTTTGGCTCTATTCTCACACCACTTGCCCTCTCTGTCGCTCCTCTGTCTTCAT
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BQ
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AF RR3B483TF U 1
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BS 768 818 RR3B483JQ

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CGAGTTAAAGGAAGAGTTGGTGGAAATGCCTTCATGCAAACACATATTTCATCTTGATTG
TATTCACCTTTGGCTCTATTCTCACACCACTTGCCCTCTCTGTCGCTCCTCTGTCTTCAT
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QA 1 767 1 767
DS 

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TATTCTCACACCACTTGCCCTCTCTGTCGCTCCTCTGTCTTCATCACTTCGACCAAAACC
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CCGAAAGAAATAAGCAAATACAAATTTTGTTAGTGAGTACTGAGTAGATCATCAATACAA
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ATCACATTTACAAAAGTGGTTACATATTTTTGTGTCTTCTGCTTGAGGACTTATTGGTTT
AAATGAAAACGTTAAACGGATG

QA 1 562 1 562
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTTTTGATGGGTTCATTGAGTCTTGATGGAGTGAAGACAACAGTAACAAGGACACACAAC
TGGCGGACAGAAAGAAAGCAAATCGGCACATCAAAACGAACCAGATGTAGTCGGTTTGAA
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TGTCTCTTTTTTGCATTTTCCATCGTATTAGTTGTGTTTTATTCTTAAAAGTGTCTTCCT
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AATTAATCTGTGCCCATTAAAACAATAATATTTGTGTTTT


BQ
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AF RR3AK42TF U 1
AF RR3AK42JQ C 22
BS 1 760 RR3AK42TF

RD RR3AK42TF 760 0 0
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GCAGGAGAAGAGATATGGAGCAATACTTATGCCATAAATTTAGCTGGTGTACCGGCGTCC
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GATCGCAAGAGTTTGCTTAAATATTATCCTGAGACATGTGAGCTTCGTTGTCTCTCCTCA
GATAGTTGCGTTCATGTTCTATCTCCTTACCTAGAGAATTTGGCTCCACTTCGGTCAAAA
TCAGGTCATCATCCTGGTTATAGCACCAGGACATCTAGATGCAGATTGTTTTCGAAAAGG
GTTAAATTTGGGATCTTAGATATTATGATTATCGCTCTAGTTATTGGTATAGTTGGTTAT
TTTTTGATGGGTTCATTGAGTCTTGATGGAGTGAAGACAACAGTAACAAGGACACACAAC
TGGCGGACAGAAAGAAAGCAAATCGGCACATCAAAACGAACCAGATGTAGTCGGTTTGAA
CTGGTTATTTTTATGTTCTGTTATTGTGTTATTTTCTGTTCTTCTTCAATAAGTGAATTC
TGTCTCTTTTTTGCATTTTCCATCGTATTAGTTGTGTTTTATTCTTAAAAGTGTCTTCCT
TGTTTGTAGGAACTCTGTTATTTATAGGAATTGAGATGATTACAATTGTATTGAAAATCC
AATTAATCTGTGCCCATTAAAACAATAATATTTGTGTTTT

QA 1 760 1 760
DS 

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AATACTTATGCCATAAATTTAGCTGGTGTACCGGCGTCCAAGTGGTCCGTGTTCACGCCT
GTGGCTGTTTCTGACCAAGGGAATCTTGTCCTTTATAATGATCGCAAGAGTTTGCTTAAA
TATTATCCTGAGACATGTGAGCTTCGTTGTCTCTCCTCAGATAGTTGCGTTCATGTTCTA
TCTCCTTACCTAGAGAATTTGGCTCCACTTCGGTCAAAATCAGGTCATCATCCTGGTTAT
AGCACCAGGACATCTAGATGCAGATTGTTTTCGAAAAGGGTTAAATTTGGGATTTTAGAT
ATTATGATTATCGCTCTAGTTATTGGTATAGTTGGTTATTTTTTGATGGGTTCATTGAGT
CTTGATGGAGTGAAGACAACAGTAACAAGGACACACAACTGGCGGACAGAAAGAAAGCAA
ATCGGCACATCAAAACGAACCAGATGTAGTCGGTTTGAACTGGTTATTTTTATGTTCTGT
TATTGTGTTATTTTCTGTTCTTCTTCAATAAGTGAATTCTGTCTCTTTTTTGCATTTTCC
ATCGTATTAGTTGTGTTTTATTCTTAAAAGTGTCTTCCTTGTTTGTAGGAACTCTGTTAT
TTATAGGAATTGAGATGATTACAATTGTATTGAAAATCCAATTAATCTGTGCCCATTAAA
ACAATAATATTTGTGTTTT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

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AATGCCTACGGCAAAGATCTGCCGCTACTGATTCAACCGTCCCACCTTTCATGTGCCTCT
CTCTCTCTCTATCTCTTTCTTTTGTTCAATAAATTTTCTCAAATTTGGTATGTAATCATA
TATTTGGATCAAAATCTTATAATCTTCGACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AH89JQ C 1
AF RR3AH89TF U 1
BS 1 511 RR3AH89TF

RD RR3AH89JQ 511 0 0
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AATGCCTACGGCAAAGATCTGCCGCTACTGATTCAACCGTCCCACCTTTCATGTGCCTCT
CTCTCTCTCTATCTCTTTCTTTTGTTCAATAAATTTTCTCAAATTTGGTATGTAATCATA
TATTTGGATCAAAATCTTATAATCTTCGACT

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR3AH89TF 511 0 0
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TCCGTCACCCACCGCAGGAAGAAGGATGTCCATGGTCAGAGCCTCAACGAGCGAGAACAC
AACCAGCTTAGAAGTCAAGCCCAAGGAAGAACAGAGAAGCACTACAATGAGGAGAGATCT
CATGTTCACGGCTGCAGCTTCTGCCGTTTGTGCCTTGGCTAAGGTAGCCATGGCGGACGA
GGAGGAGCCCTAGCGAGGGACAGAGGCGGCTAAGAAGAAATACGCTCAAGTTTGTGTCAC
AATGCCTACGGCAAAGATCTGCCGCTACTGATTCAACCGTCCCACCTTTCATGTGCCTCT
CTCTCTCTCTATCTCTTTCTTTTGTTCAATAAATTTTCTCAAATTTGGTATGTAATCATA
TATTTGGATCAAAATCTTATAATCTTCGACT

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 2

CO CL5007Contig1 1015 2 2 U
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CGGACGAGGCTTGGTTCTGCATCTTGATACGATAAGGTTGACGAAAGAGACGATAGTTAT
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TAAGCTGGTTAGGTTTTACAAAAGAATTGGGTTCAAAGAAGTGAAAGAAGTGAGTGGTGG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BL55TF U 1
AF RR3BL55JQ C 218
BS 1 728 RR3BL55TF
BS 729 1015 RR3BL55JQ

RD RR3BL55TF 728 0 0
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AAAAGCTCGAAATCTTGACTTAAAGATCCAGACTTTAGGACCGTTTTTCAGAGTGACGGG
TAAGAAAGCAGACACGGGGGCTGAGGTTGGACGAGCAGAGGGAGTAGTTAGGCCATGGTT
CGGACGAGGCTTGGTTCTGCATCTTGATACGATAAGGTTGACGAAAGAGACGATAGTTAT
GGATAAGTCTCTCCTTGGAGTTGGTTTGTACGTCGGAGCTGTAGCTATCCGCCATGGCTA
CGATTGTGGTTGTCGCACTGCTCAGCTTCTAGCCATCTGCGACTCTGATCTCTACCATTC
TAAGCTGG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3BL55JQ 798 0 0
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AAAGAGCAATCAAAACTCGAACGACGACGAAACCCAGAAGAAATGAAGATGGCTCTGCCC
CCACCGAAGCTCAATCTCTTACCGTCCTGTTCCCTCAGCGAACCAAGATCCTTACCGTCC
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GGACCGTTTTTCAGAGTGACGGGTAAGAAAGCAGACACGGGGGCTGAGGTTGGACGAGCA
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TGCGACTCTGATCTCTACCATTCTAAGCTGGTTAGGTTTTACAAAAGAATTGGGTTCAAA
GAAGTGAAAGAAGTGAGTGGTGGGACGATAGGAGACATGGCTGACATGTTGGTGTGGGGT
GGAGTTGGCACTCGTATGGATGCTAATATCTATCATCTCCTTGTTAAATGGTCCAAAGTT
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AGACCATACTATTTTTTTACTAAGATCATATGTATACAGTATACTTCATCACTATTGTTG
TAGTCTATTTGACTTAGG

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

CO CL5008Contig1 525 2 2 U
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TATTCATAACTGTATCATGTTTATCATAAAATTTAAAACTCAAAGTTGCTCTCTTCCATG
ATTCCAAGTCGTTACTCTACAGTCTCCACTCCAAGACTCCAACAATTGCACCCACAAAGC
GATGCTGGAACTTCTACTCTGCAATCAAACAACAGTCTACCAGTAGTTCTCTTCCAAGCT
TTATTAAAATTCATGACTCCACTCTGCAAAATCCTGTTCCAAAAGCTCGCAGCATCCGTT
CAACAGAACTTCCAAAGACTCTTAGCAAGCATTCCAACTTAGCAGCAGCTTGAGTGTTAG
ATGGAATCAGGGATCTCGCACGATAGATGACTGACTACACGAGCAGTGTAGCATTCCGAT
TCGCCAATGAGTGGACAGAGAGCGAGAGAACACGGAGAGATCGAACAATCCGATCAACGT
TTTGAGTCTAATCCAATCACATCTCCATTTTTGTGGCCGGAGTCC


BQ
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AF RR3EI44TF C 1
AF RR3EI44JQ U 11
BS 1 10 RR3EI44TF
BS 11 525 RR3EI44JQ

RD RR3EI44TF 525 0 0
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TATTCATAACTGTATCATGTTTATCATAAAATTTAAAACTCAAAGTTGCTCTCTTCCATG
ATTCCAAGTCGTTACTCTACAGTCTCCACTCCAAGACTCCAACAATTGCACCCACAAAGC
GATGCTGGAACTTCTACTCTGCAATCAAACAACAGTCTACCAGTAGTTCTCTTCCAAGCT
TTATTAAGATTCATGACTCCACTCTGCAAAATCCTGTTCCAAAAGCTCGCAGCATCCGTT
CAACAGAACTTCCAAAGACTCTTAGCAAGCATTCCAACTTAGCAGCAGCTTGAGTGTTAG
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TCGCCAATGAGTGGACAGAGAGCGAGAGAACACGGAGAGATCGAACAATCCGATCAACGT
TTTGAGTCTAATCCAATCACATCTCCATTTTTGTGGCCGGAGTCC

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3EI44JQ 515 0 0
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GTTACTCTACAGTCTCCACTCCAAGACTCCAACAATTGCACCCACAAAGCGATGCTGGAA
CTTCTACTCTGCAATCAAACAACAGTCTACCAGTAGTTCTCTTCCAAGCTTTATTAAAAT
TCATGACTCCACTCTGCAAAATCCTGTTCCAAAAGCTCGCAGCATCCGTTCAACAGAACT
TCCAAAGACTCTTAGCAAGCATTCCAACTTAGCAGCAGCTTGAGTGTTAGATGGAATCAG
GGATCTCGCACGATAGATGACTGACTACACGAGCAGTGTAGCATTCCGATTCGCCAATGA
GTGGACAGAGAGCGAGAGAACACGGAGAGATCGAACAATCCGATCAACGTTTTGAGTCTA
ATCCAATCACATCTCCATTTTTGTGGCCGGAGTCC

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 2

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ACACCTCACGCCGTCTCTCACTCATGCACCCTCTGCGCCCTTCAAGCCCTTCTGTGTCTC
CTTCGCCGGAGGAAGGAGAACTAGCTTCTCACTCTCTCGCCGAGCTTCTCTGCGTTCCGT
CTCTGGTGGCTGTCCTCTCCGTTTACTTAACTTCGTACCCTTTGCTTCTGGAGAAGCCGA
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TGGATAATTTCGAGAGAGCTAAGTCCCAGATCAAGGTGGAGACCGAGGGAGAAGAGAAAG
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GGGAGGATTCTGCGGAATACGAAGAGGGTATAGTACTTGAAGAATACAGGAAAGGTTTCT
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AAAAGGCAGGTGAAACTGAAAGAGAAGTAGCCGTTGCACAAGGAAGCGCAGAAGGAGCAG
AAGCAGAAGCGTCTTCTTCATCTTGAATGAACAGACAATCAAGACTAAGCAGTTTTGTGG
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TATCAAGATTGTTTTTTATTTCTTTTTAATTTAATACTGGAAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FT74TF U 1
AF RR3FT74JQ C 131
BS 1 642 RR3FT74TF
BS 643 885 RR3FT74JQ

RD RR3FT74TF 649 0 0
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ACACCTCACGCCGTCTCTCACTCATGCACCCTCTGCGCCCTTCAAGCCCTTCTGTGTCTC
CTTCGCCGGAGGAAGGAGAACTAGCTTCTCACTCTCTCGCCGAGCTTCTCTGCGTTCCGT
CTCTGGTGGCTGTCCTCTCCGTTTACTTAACTTCGTACCCTTTGCTTCTGGAGAAGCCGA
AACGACTGAACCTTGTTTCAAATGCTCAAGGGGAGGTTGTTGAGAATCTGTTGGCGGTTT
TGGATAATTTCGAGAGAGCTAAGTCCCAGATCAAGGTGGAGACCGAGGGAGAAGAGAAAG
TTACAAACAGCTACCAGAGCATATACAAACAGTTTGTTGAGATTCTAGGTTCGCTTGGTG
TTGTCACTGTGGAGACTGTCGGCAAGCAGTTTGATCCGATGCTACACGAGGCAATAATGA
GGGAGGATTCTGCGGAATACGAAGAGGGTATAGTACTTGAAGAATACAGGAAAGGTTTCT
TGCTAGGGGAAAGACTTTTACGTCCTTCAATGGTGAAAGTATCAGCTGGACCCGGACCAG
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AAGCGCA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3FT74JQ 755 0 0
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TGTCCTCTCCGTTTACTTAACTTCGTACCCTTTGCTTCTGGAGAAGCCGAAACGACTGAA
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GGAGACTGTCGGCAAGCAGTTTGATCCGATGCTACACGAGGCAATAATGAGGGAGGATTC
TGCGGAATACGAAGAGGGTATAGTACTTGAAGAATACAGGAAAGGTTTCTTGCTAGGGGA
AAGACTTTTACGTCCTTCAATGGTGAAAGTATCAGCTGGACCCGGACCAGAAAAGGCAGG
TGAAACTGAAGGAGAAGTAGCCGTTGCACAAGGAAGCGCAGAAGGAGCAGAAGCAGAAGC
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AGAGAGAGAGAGTGAGAGAAGGGTCTGGTTAAGATTTAATTATTGGCATTGTTGTTGTTG
TTACACTAAATTATTTCTACAGAGTTTAGCGAAAATAGAATGAGATTTTCTATCAAGATT
GTTTTTTATTTCTTTTTAATTTAATACTGGAAGAT

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL5010Contig1 896 2 6 U
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ATATTTAATTCTCATGTTTCTTTATTTCCCTTAGATCTCTTCTTTGAGCTTACTCTCACA
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AACTCATTGATTGTTGAAACTTCTCATCTTTGAAGCCAACTCCAATCTTATATGAACTGA
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GAGTTGTCCCTCCTATTTTGCCAATCTTTTTGACAAACTCAAGTGGTAGTCCATTCCCTA
AAACCCTTCCCTCCTTTCAAGCCATCATTGATTGTTGAGTGAGGTCTTTTTTGAAAGCTT
TACATTTGCATAATGTTGAGAGTATTGGGATCGACAATGCTTAGTCTCCATTATTTGCTA
GCTTCAAGACTCATGTTGTCTAGCTTTTAGGATGGGAGTGTTATAAAGTTTGATCTTGGG
TGTATGAAAAGTGATGAAAGGAAGGGTAGACTCTAAGAGCTCAAAAGAGTTTAAGTCACT
AGGGATAAGTAAAAGAAAAGTTCTAGCTCAAATTTGTAAAGAAAGTCTTGGCCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DN03TF U 1
AF RR3DN03JQ C 171
BS 1 651 RR3DN03TF
BS 652 652 RR3DN03JQ
BS 653 666 RR3DN03TF
BS 667 667 RR3DN03JQ
BS 668 695 RR3DN03TF
BS 696 896 RR3DN03JQ

RD RR3DN03TF 695 0 0
GGGTCCTCTACCACCCAATTCAGCCAATAACTCCAAGTATGTGCCACTCCAACCTTGTAC
ATATTTAATTCTCATGTTTCTTTATTTCCCTTAGATCTCTTCTTTGAGCTTACTCTCACA
CAAGGGACTGTGTGAAGTAAGTTTGGGGGAGAGTCTACTATCTCACATTGTTTTTTGTTT
TGTTTACTTGTCATGAGTCTCATGCATTGCATACTTATTTGCTTTAAAAAAAAAATTAGT
TGCATCATTTGCATCTTTAGGATTGAGTTTAGAAGCATATAGGTTGCATTCATGCATTGG
GAGTCGACCTTGTAAAGAGCTCATGCTAAGTACTCAATTTGATACCCTTTGTAATCATGA
CAAGTAGCTTGAGCACTCTTTTGAAAACTTGTAGACTTCGAGCCTTGAAACTCCTCTTGA
AACTCATTGATTGTTGAAACTTCTCATCTTTGAAGCCAACTCCAATCTTATATGAACTGA
ATGAACTTAATGTTTCTTGCTTATGGTCTTTTGTGTACTAAGTCATGGCTATACACACTT
GAGTTGTCCCTCCTATTTTGCCAATCTTTTTGACAAACTCAAGTGGTAGTCCATTCCCTA
AAACCCTTCCCTCCTTTCAAGCCATCATTGATTGTTGAGTGAGGTCTTTTT*GAAAGCTT
TACATT*GCATAATGTTGAGAGTATTGGGATCGAC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3DN03JQ 726 0 0
TTTTTTGTTTTGTTTACTTGTCATGAGTCTCATGCATTGCATACTTATTTGCTTTAAAAA
AAAAATTAGTTGCATCATTTGCATCTTTAGGATTGAGTTTAGAAGCATATAGGTTGCATT
CATGCATTGGGAGTCGACCTTGTAAAGAGCTCATGCTAAGTACTCAATTTGATACCCTTT
GTAATCATGACAAGTAGCTTGAGCACTCTTTTGAAAACTTGTAGACTTCGAGCCTTGAAA
CTCCTCTTGAAACTCATTGATTGTTGAAACTTTTCATCTTTGAAGCCAACTCCAATCTTA
TATGAACTGAATGAACTTAATGTTTCTTGCTTATGGTCTTTTGTGTACTAAGTCATGGCT
ATACACACTTGAGTTGTCCCTCCTATTTTGCCAATCTTTTTGACAAACTCAAGTGGTAGT
CCATTCCCTAAAACCCTTCCCTCCTTTCAAGCCATCATTGATTGTTGAGTGAGGTCTTTT
TTGAAAGCTTTACATTTGCATAATGTTGAGAGTATTGGGATCGACAATGCTTAGTCTCCA
TTATTTGCTAGCTTCAAGACTCATGTTGTCTAGCTTTTAGGATGGGAGTGTTATAAAGTT
TGATCTTGGGTGTATGAAAAGTGATGAAAGGAAGGGTAGACTCTAAGAGCTCAAAAGAGT
TTAAGTCACTAGGGATAAGTAAAAGAAAAGTTCTAGCTCAAATTTGTAAAGAAAGTCTTG
GCCCCT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL5011Contig1 742 2 4 U
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CGATGCTGACTCAATACGACATTGAAGAAGTCCAGAGCCATTGCCAGGATCTATTTGAGC
AGCAGGAGATACTCTCTCTGTATCAAAGGTTCTGCCAGTTAGATCGAAACGCAAAGGGAT
TTATATCATCTGATGAGTTTCTCTCTGTCCCTGAGTTCGCCATGAACCCACTCTCACAGA
GGCTGCTTAAGATGGTTGACGGTTTGAACTTTAAAGACTTCGTGGCCTTCTTGTCTGCTT
TCAGTGCCAAGGCTAGTCTTAAACAAAAGGTTAAACTGATCTTCCAAGTCTATGACTCGG
ACGGCAACGGGAAGGTCTCGTTTAAAGACATCATGGAAGTGTTGCGGGACTTATCTGGGA
CATTCATGTCTGATGAGCAAAGGGAGCAAGTACTGAGCCAGGTTTTGAAGGAAGCAGGCT
ACACGAATGACTCTTTCTTAACACTGGAGGATTTCATTAAGGTCTTTGGGAGTGGTAAAC
CGGAGATGGACGTTGAAATTCCTGTGGATTAAGGGGATTTAAAGCTGAAAATCTCAATCA
TGTATTTGTCCACTTTGTTAGTAGAATAATCCAACCTTGTTGATTTGATCAAAATACCAT
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ATCTTAAAAGCATTTTTTTTCC


BQ
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AF RR3G465JQ C 1
AF RR3G465TF U 1
BS 1 711 RR3G465TF
BS 712 712 RR3G465JQ
BS 713 739 RR3G465TF
BS 740 742 RR3G465JQ

RD RR3G465JQ 742 0 0
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CGATGCTGACTCAATACGACATTGAAGAAGTCCAGAGCCATTGCCAGGATCTATTTGAGC
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TTATATCATCTGATGAGTTTCTCTCTGTCCCTGAGTTCGCCATGAACCCACTCTCACAGA
GGCTGCTTAAGATGGTTGACGGTTTGAACTTTAAAGACTTCGTGGCCTTCTTGTCTGCTT
TCAGTGCCAAGGCTAGTCTTAAACAAAAGGTTAAACTGATCTTCCAAGTCTATGACTCGG
ACGGCAACGGGAAGGTCTCGTTTAAAGACATCATGGAAGTGTTGCGGGACTTATCTGGGA
CATTCATGTCTGATGAGCAAAGGGAGCAAGTACTGAGCCAGGTTTTGAAGGAAGCAGGCT
ACACGAATGACTCTTTCTTAACACTGGAGGATTTCATTAAGGTCTTTGGGAGTGGTAAAC
CGGAGATGGACGTTGAAATTCCTGTGGATTAAGGGGATTTAAAGCTGAAAATCTCAATCA
TGTATTTGTCCACTTTGTTAGTAGAATAATCCAACCTTGTTGATTTGATCAAAATACCAT
CTCAAGCATGTTTTTGTCAGTCCCAAAACTGACTTCAGCTTACATGTACGAATAACTTTC
ATCTTAAAAGCATTTTTTTTCC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3G465TF 741 0 0
GGAAGAGCGGGCAGAAGAAAGAGACGAGACATAAAAGTTTGAAGATGGGCAACACTTCCT
CGATGCTGACTCAATACGACATTGAAGAAGTCCAGAGCCATTGCCAGGATCTATTTGAGC
AGCAGGAGATACTCTCTCTGTATCAAAGGTTCTGCCAGTTAGATCGAAACGCAAAGGGAT
TTATATCATCTGATGAGTTTCTCTCTGTCCCTGAGTTCGCCATGAACCCACTCTCACAGA
GGCTGCTTAAGATGGTTGACGGTTTGAACTTTAAAGACTTCGTGGCCTTCTTGTCTGCTT
TCAGTGCCAAGGCTAGTCTTAAACAAAAGGTTAAACTGATCTTCCAAGTCTATGACTCGG
ACGGCAACGGGAAGGTCTCGTTTAAAGACATCATGGAAGTGTTGCGGGACTTATCTGGGA
CATTCATGTCTGATGAGCAAAGGGAGCAAGTACTGAGCCAGGTTTTGAAGGAAGCAGGCT
ACACGAATGACTCTTTCTTAACACTGGAGGATTTCATTAAGGTCTTTGGGAGTGGTAAAC
CGGAGATGGACGTTGAAATTCCTGTGGATTAAGGGGATTTAAAGCTGAAAATCTCAATCA
TGTATTTGTCCACTTTGTTAGTAGAATAATCCAACCTTGTTGATTTGATCAAAATACCAT
CTCAAGCATGTTTTTGTCAGTCCCAAAACTGACTTCAGCTTACATGTACGA*TAACTTTC
ATCTTAAAAGCATTTTTTT
CC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL5012Contig1 988 2 2 U
GGAACCAACTCTTATTAAATAATAGACCCACAACAAACAAACGGATGCCAAGTTTGGTCG
CCATTTTTTTTGTCTAAACCACATTGAAGAACCAATAATGTTGGGACCTCAGTGCTGCGA
AAACCCGCCGGTTCTTAACCCTCTCTCCGGTTCGGGTCATGTGGAGAAGCTAGGTGGCCT
CGATGCCTACGTCTCTGGCTCTCCAGATTCCAAGAAGTGCGTCCTCCTCGTCTCCGATAT
TTATGGGTATGAAGCTCCAAACTTGAGGGCGCTTGCTGACAAGGTTGCAGCTTCAGGATT
CTATGTTGTGGTTCCTGACTACTTCTATGGAGATCCTTATGACCCCTCTCATCAGGAGAG
ACCAGTCCCTGTCTGGATCAAAGACCATGGCCCTGATAAGGGGTTTGAAGACACAAAGCC
AGTACTTGAAGACATAAAGAACAAAGGCATCACTGCCATTGGAGCTGCTGGGATGTGCTG
GGGTGGAAAAGTGGTTGTGGAATTGTCAAAACAAGAGCTGATCCAAGCAGCTGTTTTGCT
ACATCCTACTTATGTCACTGTCGATGATATCAAGGGTGTGAAGGTTCCAATAGCTATACT
AGGAGCTGAGGATGATTTTTTGACCCCACCAGCACTCGTGAAGCAATTTGAGGAGATTCT
TGCTTCCAAGCCCGAGGTGAGTAGTTATGTGAAGATTTTCCTGAATGTCTCACACGGTTG
GACAACTCGGTACGACATCAATGACCTAGAGGCTGTTAAAGCTGCAGAAGAAGCTCACAA
GGAGATGCTTGATTGGTTTGTGACTTACGTCAAATGATTGATTGAGAGAAGGCTCTATCT
TACTTAAGTGATCACATTTGCTACTGTTTGTTGAATGAAAATAAGGAGAGAACTAATAAG
TACAATAAAACTCTTGGGTTGTGTGTGTCTCTCTACTCTCTGTCATTTTCTAATAGACTT
TTGAAGTATATATGTTGCTATTGATCCG


BQ
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AF RR3H424TF U 1
AF RR3H424JQ C 237
BS 1 748 RR3H424TF
BS 749 988 RR3H424JQ

RD RR3H424TF 748 0 0
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CCATTTTTTTTGTCTAAACCACATTGAAGAACCAATAATGTTGGGACCTCAGTGCTGCGA
AAACCCGCCGGTTCTTAACCCTCTCTCCGGTTCGGGTCATGTGGAGAAGCTAGGTGGCCT
CGATGCCTACGTCTCTGGCTCTCCAGATTCCAAGAAGTGCGTCCTCCTCGTCTCCGATAT
TTATGGGTATGAAGCTCCAAACTTGAGGGCGCTTGCTGACAAGGTTGCAGCTTCAGGATT
CTATGTTGTGGTTCCTGACTACTTCTATGGAGATCCTTATGACCCCTCTCATCAGGAGAG
ACCAGTCCCTGTCTGGATCAAAGACCATGGCCCTGATAAGGGGTTTGAAGACACAAAGCC
AGTACTTGAAGACATAAAGAACAAAGGCATCACTGCCATTGGAGCTGCTGGGATGTGCTG
GGGTGGAAAAGTGGTTGTGGAATTGTCAAAACAAGAGCTGATCCAAGCAGCTGTTTTGCT
ACATCCTACTTATGTCACTGTCGATGATATCAAGGGTGTGAAGGTTCCAATAGCTATACT
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GACAACTCGGTACGACATCAATGACCTA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3H424JQ 752 0 0
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AGCCAGTACTTGAAGACATAAAGAACAAAGGCATCACTGCCATTGGAGCTGCTGGGATGT
GCTGGGGTGGAAAAGTGGTTGTGGAATTGTCAAAACAAGAGCTGATCCAAGCAGCTGTTT
TGCTACATCCTACTTATGTCACTGTCGATGATATCAAGGGTGTGAAGGTTCCAATAGCTA
TACTAGGAGCTGAGGATGATTTTTTGACCCCACCAGCACTCGTGAAGCAATTTGAGGAGA
TTCTTGCTTCCAAGCCCGAGGTGAGTAGTTATGTGAAGATTTTCCTGAATGTCTCACACG
GTTGGACAACTCGGTACGACATCAATGACCTAGAGGCTGTTAAAGCTGCAGAAGAAGCTC
ACAAGGAGATGCTTGATTGGTTTGTGACTTACGTCAAATGATTGATTGAGAGAAGGCTCT
ATCTTACTTAAGTGATCACATTTGCTACTGTTTGTTGAATGAAAATAAGGAGAGAACTAA
TAAGTACAATAAAACTCTTGGGTTGTGTGTGTCTCTCTACTCTCTGTCATTTTCTAATAG
ACTTTTGAAGTATATATGTTGCTATTGATCCG

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GG72JQ C 1
AF RR3GG72TF U 1
BS 1 512 RR3GG72TF

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GGAGTACGTGGGGTACTTAAACTTATGTATAACTTTGTATTTTAAGTTGCTTCGCTTTAC
GCCTCAACTATCGGTTGGAAACTTTACCTTTC

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR3GG72TF 512 0 0
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GGATCATGAAGATTGAGATTCCTGGCGATGGCAGTTCCGCACCCGAAGTGGGCTCCGGTG
GGCTAACCCGTCAAACGAGCATCACCAAGACAAACTGCCTTTGCTCACCAACCACTCACC
CCGGTTCTTTTCGATGTCGAATGCACCGGTCTCTTTCGCTACAACGTACCAAGAGTATTG
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AGATTCATGGATGAACATCATTCCATGGCATTCCCCTTTGTTGTTGTAATGTAATCAATG
GGAGTACGTGGGGTACTTAAACTTATGTATAACTTTGTATTTTAAGTTGCTTCGCTTTAC
GCCTCAACTATCGGTTGGAAACTTTACCTTTC

QA 1 512 1 512
DS 



AS 1 2

CO CL5014Contig1 990 2 6 U
GGAAACTTGTGAGGCCCAGAAATGACTATCCTTCTTCTCCATGTTCCTCCTCCGACAACG
ACCATCCTCTTCTCCAACTCATCTTCTCCACGCTCCACCACCACAAGAACTCTCAATCTC
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GGAGCTCTCGACGATTTCTTCATGCAATCTTTCCGAAGCAAACTGATCGAGGAAGTCGGG
TCGGATTCAGACAAACCCGGTTACGTTGGTCTCATTGAGTTGGTCAAGCTTCTCTTGTTG
CAAGGTCGTACTAGGTCCGAGACCAATGACGCAGCGGTGCGGATACTGAAGTCGTTGTTT
CCACCGCTCATATTAGAGCTTTACAAGCTTCTTATTGCTCCTTTAGCACAAGGGAAGATA
GCTGCATTGATGGTTGCGAGAGTTACTGTAGTTACATGTCAATGGCTCATGGGACCTTGC
AAAGTAAATACCATAGATCTTCCTAATGGAGAATCTTGGGAGAGTGGGGTTTTTGTGGAG
AAATGTCAGTATCTAGAAGAGAGCAAATGTGTGGGAGTATGCATCAATACTTGTAAACTA
CCAACTCAGACATTCTTTAAAGACTACATGGGAGTTCCTCTGTTGATGGAGCCAGACTTC
AAAGATTATAGTTGCCAGGTACTTCTTGCTTTTCTTAGTAACCAACCATAACATGCCTAA
CTCCAAAACTATTAGAAAAAGTTTAAATTTGGGGTAGCTCCACCGAAGGATGATGGCAAT
GTTAACGAACCGTGTCTTGAGACATGCTCCATCGCCAGCCGCAGGAAATTAAATGCCGGG
GAGTGTCCTATGGCGTAAACCTTCGTCTTATATGAAAAGTAGTATGTTAATGCACCGACT
TTATATTGTTGTGGTATAAATGTCCAACAACCATCTCGATTTGATCACAGATATTTACGA
AATAACAAAAAATAAAAATGATTTCGAATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA26TF U 1
AF RR3GA26JQ C 249
BS 1 727 RR3GA26TF
BS 728 728 RR3GA26JQ
BS 729 739 RR3GA26TF
BS 740 740 RR3GA26JQ
BS 741 761 RR3GA26TF
BS 762 990 RR3GA26JQ

RD RR3GA26TF 780 0 0
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ACCATCCTCTTCTCCAACTCATCTTCTCCACGCTCCACCACCACAAGAACTCTCAATCTC
ACGCAGCGCCTTCGTTGCCGTGCCTCTAATTCCTCAGAGGTTAAATCGGAGTACAAGCCT
GGAGCTCTCGACGATTTCTTCATGCAATCTTTCCGAAGCAAACTGATCGAGGAAGTCGGG
TCGGATTCAGACAAACCCGGTTACGTTGGTCTCATTGAGTTGGTCAAGCTTCTCTTGTTG
CAAGGTCGTACTAGGTCCGAGACCAATGACGCAGCGGTGCGGATACTGAAGTCGTTGTTT
CCACCGCTCATATTAGAGCTTTACAAGCTTCTTATTGCTCCTTTAGCACAAGGGAAGATA
GCTGCATTGATGGTTGCGAGAGTTACTGTAGTTACATGTCAATGGCTCATGGGACCTTGC
AAAGTAAATACCATAGATCTTCCTAATGGAGAATCTTGGGAGAGTGGGGTTTTTGTGGAG
AAATGTCAGTATCTAGAAGAGAGCAAATGTGTGGGAGTATGCATCAATACTTGTAAACTA
CCAACTCAGACATTCTTTAAAGACTACATGGGAGTTCCTCTGTTGATGGAGCCAGACTTC
AAAGATTATAGTTGCCAGGTACTTCTTGCTTTTCTTAGTAACCAACCATAACATGCCTAA
CTCCAAA*CTATTAGAAAA*GTTTAAATTTGGGGTAGCTCC
CCGAAGATGATGGCATGTT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3GA26JQ 742 0 0
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TACTAGGTCCGAGACCAATGACGCAGCGGTGCGGATACTGAAGTCGTTGTTTCCACCGCT
CATATTAGAGCTTTACAAGCTTCTTATTGCTCCTTTAGCACAAGGGAAGATAGCTGCATT
GATGGTTGCGAGAGTTACTGTAGTTACATGTCAATGGCTCATGGGACCTTGCAAAGTAAA
TACCATAGATCTTCCTAATGGAGAATCTTGGGAGAGTGGGGTTTTTGTGGAGAAATGTCA
GTATCTAGAAGAGAGCAAATGTGTGGGAGTATGCATCAATACTTGTAAACTACCAACTCA
GACATTCTTTAAAGACTACATGGGAGTTCCTCTGTTGATGGAGCCAGACTTCAAAGATTA
TAGTTGCCAGGTACTTCTTGCTTTTCTTAGTAACCAACCATAACATGCCTAACTCCAAAA
CTATTAGAAAAAGTTTAAATTTGGGGTAGCTCCACCGAAGGATGATGGCAATGTTAACGA
ACCGTGTCTTGAGACATGCTCCATCGCCAGCCGCAGGAAATTAAATGCCGGGGAGTGTCC
TATGGCGTAAACCTTCGTCTTATATGAAAAGTAGTATGTTAATGCACCGACTTTATATTG
TTGTGGTATAAATGTCCAACAACCATCTCGATTTGATCACAGATATTTACGAAATAACAA
AAAATAAAAATGATTTCGAATC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL5015Contig1 802 2 4 U
GGAAGGCGAAGAAGCAAAAGGTCAGGTGAAGCAACAATGTCGTGGATGAAAGGAGATTTA
CTTTCCAAAACCAGGAGGCTTGTTGGTGGGCTCGCTACAAGAGAGCCTGTTTGGCTTAAA
GCCATGGAAGCATCACCACCTCCTGTCTTCCCTCGCTCTAATGGGAACCTCAAGAAGATT
GTTCTCCCTGAAGATCCCTACGTTCGCAGATTCGCTCGTAAGCATCCTGAAGCTAAACTC
GTCGACCCCAACAACTTCACCATCTTCAATCCCTATAGGGTTTCGGCGTTTATTCCAGAT
CCAGCACGCTTTTATGGTTGCCGGGTTCTTGAACTGACCAAAAATGGCATCAGCGAGGAT
GACGCCATGTCTGTAGCTAATATGGAGTATCTTGCGGAGAGAAAGGAAAAGAAGAAAGCA
TACAAGCGCCTAAAGGAGCTTGCTCTTCTGCAAGACAAGGCTCCGCCTCCTAAACCCTAT
CTTAGTACCAAAAAGTAGATGCAAACTCAAGAGAAGAAAGCACCTGCGGATCCTCCTAGC
GTCCGCAGGCTAGTTAACCAGTTGAAACAGCAGAAAGATGTGTTGCTTCAGGACAAACCT
GGAGGTAGTACTAATCAGGATCATTGGATAGACGAATAGATTCTCCATCACCCTTTTCTT
TTTATGCAAGTTCCAGTCTTTTTATACATGATGACAATTGTTGTTATTCCCATTTGATTG
TTTACAGATCATTTTCAACAAACAAGTGTTACTCCCATTTGATTGTAGTTGTAATAACAC
ATATCTTTGGATGATTCCTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DL33TF U 1
AF RR3DL33JQ C 72
BS 1 548 RR3DL33TF
BS 549 549 RR3DL33JQ
BS 550 591 RR3DL33TF
BS 592 802 RR3DL33JQ

RD RR3DL33TF 595 0 0
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CCAGCACGCTTTTATGGTTGCCGGGTTCTTGAACTGACCAAAAATGGCATCAGCGAGGAT
GACGCCATGTCTGTAGCTAATATGGAGTATCTTGCGGAGAGAAAGGAAAAGAAGAAAGCA
TACAAGCGCCTAAAGGAGCTTGCTCTTCTGCAAGACAAGGCTCCGCCTCCTAAACCCTAT
CTTAGTACCAAAAAGTAGATGCAAACTCAAGAGAAGAAAGCACCTGCGGATCCTCCTAGC
GTCCGCAG*CTAGTTAACCAGTTGAAACAGCAGAAAGATGTGTTGCTTCAG
ACAA

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3DL33JQ 731 0 0
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TTATGGTTGCCGGGTTCTTGAACTGACCAAAAATGGCATCAGCGAGGATGACGCCATGTC
TGTAGCTAATATGGAGTATCTTGCGGAGAGAAAGGAAAAGAAGAAAGCATACAAGCGCCT
AAAGGAGCTTGCTCTTTTGCAAGACAAGGCTCCGCCTCCTAAACCCTATCTTAGTACCAA
AAAGTAGATGCAAACTCAAGAGAAGAAAGCACCTGCGGATCCTCCTAGCGTCCGCAGGCT
AGTTAACCAGTTGAAACAGCAGAAAGATGTGTTGCTTCAGGACAAACCTGGAGGTAGTAC
TAATCAGGATCATTGGATAGACGAATAGATTCTCCATCACCCTTTTCTTTTTATGCAAGT
TCCAGTCTTTTTATACATGATGACAATTGTTGTTATTCCCATTTGATTGTTTACAGATCA
TTTTCAACAAACAAGTGTTACTCCCATTTGATTGTAGTTGTAATAACACATATCTTTGGA
TGATTCCTACG

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL5016Contig1 509 2 1 U
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TTTGCTTATGAAAGAAGATTTGTTAAGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GS86JQ C 1
AF RR3GS86TF U 1
BS 1 509 RR3GS86TF

RD RR3GS86JQ 509 0 0
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TCTCCTAACTCCTTCTTCATGGACGTCAAGTGCCAGGGGTGCTTCAACATAACCACTGTG
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GAAGCTTCCACCCAAAAGTTATCGTTTTTTCACTAATGTTGATGATGTGAGAGAACAGAG
ATCAGATCTTTTGTTCAGTTTTGTTTTTTTTCTTGCTCAGTTGTTCTTATGAACCTATGT
TTTGCTTATGAAAGAAGATTTGTTAAGGC

QA 1 509 1 509
DS 

RD RR3GS86TF 509 0 0
GGCAGCCGCATTTGGAGAGTGAATTAGTCAGTTGCATCCTCCTCCGTCCGTCTAGGGTTT
CACCGAATCGTCTTCGTTGCATTCTCGCAAACAATCATGGTTCTCCAAAACGACATCGAT
CTGCTGAATCCACCAGCTGAGCTGGAGAAGAGAAAGCACAAGCTCAAGCGTCTCGTTCAA
TCTCCTAACTCCTTCTTCATGGACGTCAAGTGCCAGGGGTGCTTCAACATAACCACTGTG
TTCAGTCACTCTCAGACCGTTGTAGTGTGTGGAAACTGTCAGACTGTTCTGTGTCAGCCC
ACCGGTGGTAAAGCTAGGCTCACTGAGGGATGTTCTTTCAGGAAAAAGTGAAGAGTATGA
GAAGCTTCCACCCAAAAGTTATCGTTTTTTCACTAATGTTGATGATGTGAGAGAACAGAG
ATCAGATCTTTTGTTCAGTTTTGTTTTTTTTCTTGCTCAGTTGTTCTTATGAACCTATGT
TTTGCTTATGAAAGAAGATTTGTTAAGGC

QA 1 509 1 509
DS 



AS 1 2

CO CL5017Contig1 880 2 2 U
AGGGGAACAAAAGAAACTACAAATGACGATTATGAATACGTTGATCTGGAGAAATCTTCT
TTTCTGGTCCATCGCACACACGTTGATTCCAGAATCTGTTAGATCACAATCTATCACACT
GGACTCCATAGAGATATTCACGAAGCATGACTGGTTTAAACTAAAACACACGGTCTACTT
TCAATGCAAAGGAGAGAACAAGACAGTTCTTCCTGACGTTACCAAATCCGGTATCGTGTA
TACTTTTCGCGGTCAAGAATCATGGCAGCCAATGACAGAGATCAGTGGGGAAAAGTGTAA
GCGATGCGGAATCTATGAGCAAGGCAGTCTGATATCAGACAAAGAGTTTGATGAATGGGA
GCTTTGTCCTTCAGATTTCTCTGCTAGCCAAATCTATATGCACTTTAAAGAAAAAGAGAT
CAATGCTACTTTTGTCTGCCACGGTTGTGCCAAGCTCGACTCCGTATCTGCTGGAGCAGC
GACGGGTTCAAGTTCAAAAGACGAAGGAGATAATGGGTCAAAGGTTGTGATAGCGATTGT
AGCAGGGGTCTTGTGTGCAACTATTGTAGTGGTTGGAGGGGTTTTCATGTTTAGGCACTC
TAAGAGGATGAAGCTGCAGCGAGATCAAGCCAGGTTTATGAAGCTTTTTGAGGAAAATGA
TGATGAACCTGAAGATGAACTTGGACTTGAGCCTGTGCTATGACATGGCCTTGAGCCGAT
TTTTTTTTTTTGTTTTTGCACAGGGACTTTTTTGTGTTTAACGATTTTTTTGCAGCTTAT
ATTAGGGAAGAGGATTGACAGTAGGTCTCAGTTTTTTTGGCCATCTAGTTTCTCTTCCCC
CGCAATTTTAAAGCCAGTCACAATAATCACCAAAAATTTC


BQ
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AF RR3GS29TF U 1
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BS 1 670 RR3GS29TF
BS 671 880 RR3GS29JQ

RD RR3GS29TF 670 0 0
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GCGATGCGGAATCTATGAGCAAGGCAGTCTGATATCAGACAAAGAGTTTGATGAATGGGA
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AGCAGGGGTCTTGTGTGCAACTATTGTAGTGGTTGGAGGGGTTTTCATGTTTAGGCACTC
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TGATGAACCT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3GS29JQ 722 0 0
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TTACCAAATCCGGTATCGTGTATACTTTTCGCGGTCAAGAATCATGGCAGCCAATGACAG
AGATCAGTGGGGAAAAGTGTAAGCGATGCGGAATCTATGAGCAAGGCAGTCTGATATCAG
ACAAAGAGTTTGATGAATGGGAGCTTTGTCCTTCAGATTTCTCTGCTAGCCAAATCTATA
TGCACTTTAAAGAAAAAGAGATCAATGCTACTTTTGTCTGCCACGGTTGTGCCAAGCTCG
ACTCCGTATCTGCTGGAGCAGCGACGGGTTCAAGTTCAAAAGACGAAGGAGATAATGGGT
CAAAGGTTGTGATAGCGATTGTAGCAGGGGTCTTGTGTGCAACTATTGTAGTGGTTGGAG
GGGTTTTCATGTTTAGGCACTCTAAGAGGATGAAGCTGCAGCGAGATCAAGCCAGGTTTA
TGAAGCTTTTTGAGGAAAATGATGATGAACCTGAAGATGAACTTGGACTTGAGCCTGTGC
TATGACATGGCCTTGAGCCGATTTTTTTTTTTTGTTTTTGCACAGGGACTTTTTTGTGTT
TAACGATTTTTTTGCAGCTTATATTAGGGAAGAGGATTGACAGTAGGTCTCAGTTTTTTT
GGCCATCTAGTTTCTCTTCCCCCGCAATTTTAAAGCCAGTCACAATAATCACCAAAAATT
TC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL5018Contig1 728 2 2 U
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CGACTCACCCTTCCACTGGTTTAACCTCCTTCTGAATGACAACGAGTATCCTATTCCTCT
CTTACTTCCAAATCCAACTCCCTTCCCTCCTCATAATAAGTACGGTTCTTCAACCGTCGT
AGTGGGGCCAAACATCTTCTTCATCGGCGGATGTACATATACTTCCTCCGATCTATGGAT
CTCAAGGAGGGCGGTTGGTTCATATGGTAAGCGAGTGTCTCGGTGAAACTAAGGATAAGT
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TGTGTGGGATAATGTGGTTTAATACAAAGCTCAATGTGTGGGTAAGATTGGTGGGTCGTG
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GGTGTACTTTGGTCTCACTGGACAGAGCTGGAGATGTGATTTGTGGGACGATCGATTGGT
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ATTGATCGATCGTAGTATGTGTTCTTGAAAGCATGTTTGTAAAACTTATGAGTGGTTACT
GATGTTCC


BQ
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AF RR3F639TF U 1
AF RR3F639JQ C 197
BS 1 607 RR3F639TF
BS 608 728 RR3F639JQ

RD RR3F639TF 607 0 0
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CGACTCACCCTTCCACTGGTTTAACCTCCTTCTGAATGACAACGAGTATCCTATTCCTCT
CTTACTTCCAAATCCAACTCCCTTCCCTCCTCATAATAAGTACGGTTCTTCAACCGTCGT
AGTGGGGCCAAACATCTTCTTCATCGGCGGATGTACATATACTTCCTCCGATCTATGGAT
CTCAAGGAGGGCGGTTGGTTCATATGGTAAGCGAGTGTCTCGGTGAAACTAAGGATAAGT
TAATTGATTATGTGTTTTGTGTGTGCGTGGTTGAGGGTGTTCTCTTTGCGCTCTTTGAGC
TGTGTGGGATAATGTGGTTTAATACAAAGCTCAATGTGTGGGTAAGATTGGTGGGTCGTG
ATGGGAAGGAACTACCTTCCTTCGTGGTATGTGATAGTGCCATGGCGGAGCACGACGGGA
AGCTAGCGGTTCTGTATTGGGATCAAAGTGGTGGTTTTAATACAATTACAAAGAGTGTTT
GGTGTACTTTGGTCTCACTGGACAGAGCTGGAGATGTGATTTGTGGGACGATCGATTGGT
CTGGTTC

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3F639JQ 532 0 0
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TTGTGTGTGCGTGGTTGAGGGTGTTCTCTTTGCGCTCTTTGAGCTGTGTGGGATAATGTG
GTTTAATACAAAGCTCAATGTGTGGGTAAGATTGGTGGGTCGTGATGGGAAGGAACTACC
TTCCTTCGTGGTATGTGATAGTGCCATGGCGGAGCACGACGGGAAGCTAGCGGTTCTGTA
TTGGGATCAAAGTGGTGGTTTTAATACAATTACAAAGAGTGTTTGGTGTACTTTGGTCTC
ACTGGACAGAGCTGGAGATGTGATTTGTGGGACGATCGATTGGTCTGGTTCTGTGGGTAC
AGTCCCACATTCTTTTGATTTTCTGCATTGTTTAGCTGTTTCCGATTGATCGATCGTAGT
ATGTGTTCTTGAAAGCATGTTTGTAAAACTTATGAGTGGTTACTGATGTTCC

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 2

CO CL5019Contig1 839 2 2 U
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AGGGAGTGATTACAACAAGGGGCATGTACACATCAAAGATAAAACCGTGAAAAAACAAAA
AACCGCACATGTTTTCCAATGCAAAGGTTGCAAGAAAGTGTTTGCGTCGCATCAGGCATT
GGGTGGACACAGGGCAAGTCACAAGAAAGTGAAAGGTTGTTTTGCCTCTCAAGATAAAAA
AGCGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAATACAAAGTAGAAGACGACGATGAGGAGGAGGAGGA
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CTGCCATCGCGTATTCTCATCAGGACAAGCCTTGGGAGGTCACAAGAGATGTCATTGGTT
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TCATTCTCAGCCGCTAGATCAGCCATCTCTAGATCTCAACTTAGCTTGCGTTGATCCAAC
GGTCATGAGCGTAGGGAGAGATGGTGGTGGCAACAATCTCAATGCTACTTCATCTAATTC
ATGGTTAAAACTCGCTAGTGGTGACTGGTCGTGATGACTGACTAATAAATTGAGTTGATG
ATTTTATATTCATTCGCTTATATACACATAAATATACTCACATACAATTAAAGTACATTA
ATCAATTTATAAATTTGTAATGGATTTTATTATATTAATATACGCTTCACGTTTCAGAG


BQ
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AF RR3H331TF U 1
AF RR3H331JQ C 97
BS 1 612 RR3H331TF
BS 613 839 RR3H331JQ

RD RR3H331TF 612 0 0
TTTTTCCATGTTCAACAGTCAAGGACAACACGATGAGGACAACATGTCACGTCTTCCATG
GAAGAGGGTCAGAGACCAAGACGAAGAGCTTGCCAACTGTCTTGTGTTGCTGTCCAATTC
AGGGAGTGATTACAACAAGGGGCATGTACACATCAAAGATAAAACCGTGAAAAAACAAAA
AACCGCACATGTTTTCCAATGCAAAGGTTGCAAGAAAGTGTTTGCGTCGCATCAGGCATT
GGGTGGACACAGGGCAAGTCACAAGAAAGTGAAAGGTTGTTTTGCCTCTCAAGATAAAAA
AGCGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAATACAAAGTAGAAGACGACGATGAGGAGGAGGAGGA
GGAAGAGGACAAGCCTCACATCATCGCCAGAAAGAAAACTAACGCTCACGAATGCACGAT
CTGCCATCGCGTATTCTCATCAGGACAAGCCTTGGGAGGTCACAAGAGATGTCATTGGTT
AACACCTTCCACTAATTATCTTCGTATGACGCCACTAAATGATTCTTCTACTCATCACCA
TCATTCTCAGCCGCTAGATCAGCCATCTCTAGATCTCAACTTAGCTTGCGTTGATCCAAC
GGTCATGAGCGT

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3H331JQ 743 0 0
CTGTCTTGTGTTGCTGTCCAATTCAGGGAGTGATTACAACAAGGGGCATGTACACATCAA
AGATAAAACCGTGAAAAAACAAAAAACCGCACATGTTTTCCAATGCAAAGGTTGCAAGAA
AGTGTTTGCGTCGCATCAGGCATTGGGTGGACACAGGGCAAGTCACAAGAAAGTGAAAGG
TTGTTTTGCCTCTCAAGATAAAAAAGCGGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAATACAAAGTAGA
AGACGACGATGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGACAAGCCTCACATCATCGCCAGAAAGAA
AACTAACGCTCACGAATGCACGATCTGCCATCGCGTATTCTCATCAGGACAAGCCTTGGG
AGGTCACAAGAGATGTCATTGGTTAACACCTTCCACTAATTATCTTCGTATGACGCCACT
AAATGATTCTTCTACTCATCACCATCATTTTCAGCCGCTAGATCAGCCATCTCTAGATCT
CAACTTAGCTTGCGTTGATCCAACGGTCATGAGCGTAGGGAGAGATGGTGGTGGCAACAA
TCTCAATGCTACTTCATCTAATTCATGGTTAAAACTCGCTAGTGGTGACTGGTCGTGATG
ACTGACTAATAAATTGAGTTGATGATTTTATATTCATTCGCTTATATACACATAAATATA
CTCACATACAATTAAAGTACATTAATCAATTTATAAATTTGTAATGGATTTTATTATATT
AATATACGCTTCACGTTTCAGAG

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL5020Contig1 860 2 2 U
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ACCGGAATCACCTGAACCTCCTGTTAAAGCAGAAGCAGAAGTAGAGAAGCCTGCCCCTGT
TGAGAAACAACCTGATTTGCTGTCTATGGATGATCCAGCTCCAGTGGTCTCTCAACTTGA
AGAGAAGAATGCTTTGGCTTTGGCTATTGTCCCTGTTAGCGTTGAGCAACCAGTTTCCAC
TACTGATTTCACAAATGGGAATTCTTCTGGCTGGGAATTGGCACTTGTGACTGCCCCAAG
CTCAAATGAAGTTGCTGCTGCTAATAGCAAATTGGCGGGTGGATTGGACAAGCTGACACT
TGACAGCCTATACGAGGATGCAATCAGAGTGAATCAATAGCAGAACAGAAGCCACAATCC
ATGGGAGCAACAGCATCATCCAGTCCATAACGGTCCCATGATGCACCAGCCTTTCTTTGC
GTCTAATGGAGTCTCAGCTCCTCCTCCTTTTCAAATGGCAAATCAATATCATCAGCCATA
TGGTGGGTTTCAGCATCAGAACTCAGGGATGATGATGGGACCTGTGCAGCCTTATCAGCA
GCAGCAGCAGCAGCAGCAACACCAACAACAACAGAACATGAATCCCTTCGGAAACCCGTT
TGTCGCGAATGGTAATCAACACCAACCGTATGGCTCAGTTCAAGGAGGTTACAATCCATA
TTCTAGCCTTATGTGAGATTTGATACTAATGTATGTTTGTGTACAATTTTATATATACAA
ATATATGTTGTGAGGTGATTGTAGCTAGAGAGATTTTTTTTTATTTTTTGTTGTTGTTGA
GTAAATACATACATTACGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW57TF U 1
AF RR3BW57JQ C 195
BS 1 700 RR3BW57TF
BS 701 860 RR3BW57JQ

RD RR3BW57TF 700 0 0
GGCTCCCAAAGAAATCTTGGCCATAGAGTACCAAAAGCCACCAAAAGAAGTTGAAGAGAA
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TGAGAAACAACCTGATTTGCTGTCTATGGATGATCCAGCTCCAGTGGTCTCTCAACTTGA
AGAGAAGAATGCTTTGGCTTTGGCTATTGTCCCTGTTAGCGTTGAGCAACCAGTTTCCAC
TACTGATTTCACAAATGGGAATTCTTCTGGCTGGGAATTGGCACTTGTGACTGCCCCAAG
CTCAAATGAAGTTGCTGCTGCTAATAGCAAATTGGCGGGTGGATTGGACAAGCTGACACT
TGACAGCCTATACGAGGATGCAATCAGAGTGAATCAATAGCAGAACAGAAGCCACAATCC
ATGGGAGCAACAGCATCATCCAGTCCATAACGGTCCCATGATGCACCAGCCTTTCTTTGC
GTCTAATGGAGTCTCAGCTCCTCCTCCTTTTCAAATGGCAAATCAATATCATCAGCCATA
TGGTGGGTTTCAGCATCAGAACTCAGGGATGATGATGGGACCTGTGCAGCCTTATCAGCA
GCAGCAGCAGCAGCAGCAACACCAACAACAACAGAACATGAATCCCTTCGGAAACCCGTT
TGTCGCGAATGGTAATCAACACCAACCGTATGGCTCAGTT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3BW57JQ 666 0 0
TGGCTTTGGCTATTGTCCCTGTTAGCGTTGAGCAACCAGTTTCCACTACTGATTTCACAA
ATGGGAATTCTTCTGGCTGGGAATTGGCACTTGTGACTGCCCCAAGCTCAAATGAAGTTG
CTGCTGCTAATAGCAAATTGGCGGGTGGATTGGACAAGCTGACACTTGACAGCCTATACG
AGGATGCAATCAGAGTGAATCAATAGCAGAACAGAAGCCACAATCCATGGGAGCAACAGC
ATCATCCAGTCCATAACGGTCCCATGATGCACCAGCCTTTTTTTGCGTTTAATGGAGTTT
CAGCTCCTCCTCCTTTTCAAATGGCAAATCAATATCATCAGCCATATGGTGGGTTTCAGC
ATCAGAACTCAGGGATGATGATGGGACCTGTGCAGCCTTATCAGCAGCAGCAGCAGCAGC
AGCAACACCAACAACAACAGAACATGAATCCCTTCGGAAACCCGTTTGTCGCGAATGGTA
ATCAACACCAACCGTATGGCTCAGTTCAAGGAGGTTACAATCCATATTCTAGCCTTATGT
GAGATTTGATACTAATGTATGTTTGTGTACAATTTTATATATACAAATATATGTTGTGAG
GTGATTGTAGCTAGAGAGATTTTTTTTTATTTTTTGTTGTTGTTGAGTAAATACATACAT
TACGTC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL5021Contig1 789 2 2 U
GGGAAAACTTCTTCAGCGGATCTGAATCATTTTGACTCAAAATTTGAAGGGAAGGGAAGG
GGGAAATAAGAATCAATCATGGGTTGGATCGGAGAAACAATGGATTCCATCAAATCAATC
AAGATCCGTCAGCTTCTCACTCAGGCCGTCACCCTCGGTATGATAGTGACGTCGGCATTG
ATAATATGGAAGGGGTTGATGTGTGTGACTGGCACTGAATCTCCAGTTGTTGTTGTTCTC
TCTGGAAGCATGGAACCTGGCTTTCAGCGAGGGGATATATTGTTCTTGACCATGACCAAA
GATCCCATTAGAACAGGCGAGATTGTTGTTTTCAAAATTGATGGTCGTGATATACCCATC
GTCCATCGTGCAATCGAAGTTCATGAGAGGAAAACTACTGGAGCAGTTGATGTTCTAACA
AAAGGTGACAACAACGAGGTGGATGACATCGGCCTCTATGCTGATGGACAAATGTGGCTT
CATCGTCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGCGTTCTTGCCTTATGTTGGATGGGTGACA
ATTATCATGACAGAAAAGCCTATCATCAAGTATATACTCATTGGTGCATTGGGTCTGCTC
GTTATAACATCCAAAGACTGAGACAACAATACATAAAGACGGGTTTATGGTGTGGGGAAG
TGGCTCCTCTGCAAGTGCAACCCTCATCATCTTTTCAAGTCATTCCTTAAACCAAAGAAA
CAAAACCAATTTTATAATTGAATTTTAGAATCTTATAATCCAAATTTAATAAATGTATAA
GTTTTGGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF68TF U 1
AF RR3GF68JQ C 245
BS 1 634 RR3GF68TF
BS 635 789 RR3GF68JQ

RD RR3GF68TF 634 0 0
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GGGAAATAAGAATCAATCATGGGTTGGATCGGAGAAACAATGGATTCCATCAAATCAATC
AAGATCCGTCAGCTTCTCACTCAGGCCGTCACCCTCGGTATGATAGTGACGTCGGCATTG
ATAATATGGAAGGGGTTGATGTGTGTGACTGGCACTGAATCTCCAGTTGTTGTTGTTCTC
TCTGGAAGCATGGAACCTGGCTTTCAGCGAGGGGATATATTGTTCTTGACCATGACCAAA
GATCCCATTAGAACAGGCGAGATTGTTGTTTTCAAAATTGATGGTCGTGATATACCCATC
GTCCATCGTGCAATCGAAGTTCATGAGAGGAAAACTACTGGAGCAGTTGATGTTCTAACA
AAAGGTGACAACAACGAGGTGGATGACATCGGCCTCTATGCTGATGGACAAATGTGGCTT
CATCGTCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGCGTTCTTGCCTTATGTTGGATGGGTGACA
ATTATCATGACAGAAAAGCCTATCATCAAGTATATACTCATTGGTGCATTGGGTCTGCTC
GTTATAACATCCAAAGACTGAGACAACAATACAT

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DS 

RD RR3GF68JQ 545 0 0
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CCATTAGAACAGGCGAGATTGTTGTTTTCAAAATTGATGGTCGTGATATACCCATCGTCC
ATCGTGCAATCGAAGTTCATGAGAGGAAAACTACTGGAGCAGTTGATGTTCTAACAAAAG
GTGACAACAACGAGGTGGATGACATCGGCCTCTATGCTGATGGACAAATGTGGCTTCATC
GTCACCATATAATGGGCAGAGCTGTTGCGTTCTTGCCTTATGTTGGATGGGTGACAATTA
TCATGACAGAAAAGCCTATCATCAAGTATATACTCATTGGTGCATTGGGTCTGCTCGTTA
TAACATCCAAAGACTGAGACAACAATACATAAAGACGGGTTTATGGTGTGGGGAAGTGGC
TCCTCTGCAAGTGCAACCCTCATCATCTTTTCAAGTCATTCCTTAAACCAAAGAAACAAA
ACCAATTTTATAATTGAATTTTAGAATCTTATAATCCAAATTTAATAAATGTATAAGTTT
TGGCG

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

CO CL5022Contig1 1034 2 4 U
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TGGCGGAGAACAACGTGGAGCCGTCGGAGAACGTGGTGGTTTCGGACGTGGATTCGGAGG
AGGTCGTGGCGACCGTGGTGGTCGCGGTGGTCCAAGAGGATGCGGAGGCAGACGCGGAGG
ACGTCCCGCTGAGGAGGATAAGTGGACGCCAGTGACCAAGCTCGGCCGTCTCGTGAAAGA
CGGAAAAATCCAGAAGCTCGAGCAGATCTATCTCCACTCGCTCCCCGTCAAGGAGTACCA
GATCATCGACCTCCTCGTCGGCCCCACCTTGAAAGACGAGGTGATGAAGATCATGCCGGT
TCAGAAACAGACCAGAGCCGGTCAGAGGACCAGGTTCAAGGCCTTTGTTGTTGTCGGAGA
CACCAACGGGCATGTCGGTTTGGGAGTGAAATGCTCCAAGGAGGTGGCGACGGCGATCAG
GGGAGGGATTATATTGGCGAAGCTGTCTGTGATTCCGGTGAGGAGAGGTTACTGGGGGAA
CAAGATTGGGAAGCCTCATACCGTTCCTTGTAAGGTTACGGGGAAGTGTGGTTCCGTGAC
GGTGAGGATGGTGCCTGCTCCGAGAGGTGCGGGGATTGTGGCGGCTAGGGTTCCTAAGAA
GGTTCTTCAGTTCGCTGGGATTGATGACGTGTTCACTTCCTCCAGGGGGTCCACCAAAAC
CCTTGGAAACTTCGTAAAGGCGACATTTGATTGCCTTCAGAAGACATATGGATTCCTGAC
ACCAGAGTTCTGGAAAGAGACGAGCTTTAAGAAATCACCGTACCAGGAGTACACTGATTT
GCTGGCCTCAAAGGGAACTACGACCAAACTCATCACCGAGGTCGAAGACCAAGCCGCCGC
CTAAATCATCACCAATATTTTGAATTTTCCTTGATTTTGGTCGAACTCTGTTGGATTGCA
TCTTATGTTTTACTCTCTTCCCAAACCATTACTTTTCAGTTTTATAGATGGATAATATTC
TATCTTTTTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA37TF U 1
AF RR3CA37JQ C 319
BS 1 661 RR3CA37TF
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BS 663 708 RR3CA37TF
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RD RR3CA37TF 712 0 0
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TGGCGGAGAACAACGTGGAGCCGTCGGAGAACGTGGTGGTTTCGGACGTGGATTCGGAGG
AGGTCGTGGCGACCGTGGTGGTCGCGGTGGTCCAAGAGGATGCGGAGGCAGACGCGGAGG
ACGTCCCGCTGAGGAGGATAAGTGGACGCCAGTGACCAAGCTCGGCCGTCTCGTGAAAGA
CGGAAAAATCCAGAAGCTCGAGCAGATCTATCTCCACTCGCTCCCCGTCAAGGAGTACCA
GATCATCGACCTCCTCGTCGGCCCCACCTTGAAAGACGAGGTGATGAAGATCATGCCGGT
TCAGAAACAGACCAGAGCCGGTCAGAGGACCAGGTTCAAGGCCTTTGTTGTTGTCGGAGA
CACCAACGGGCATGTCGGTTTGGGAGTGAAATGCTCCAAGGAGGTGGCGACGGCGATCAG
GGGAGGGATTATATTGGCGAAGCTGTCTGTGATTCCGGTGAGGAGAGGTTACTGGGGGAA
CAAGATTGGGAAGCCTCATACCGTTCCTTGTAAGGTTACGGGGAAGTGTGGTTCCGTGAC
GGTGAGGATGGTGCCTGCTCCGAGAGGTGCGGGGATTGTGGCGGCTAGGGTTCCTAAGAA
G*TTCTTCAGTTCGCTGGGATTGATGACGTGTTCACTTCCTCCAGGGG
TCCA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3CA37JQ 716 0 0
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CGGTCAGAGGACCAGGTTCAAGGCCTTTGTTGTTGTCGGAGACACCAACGGGCATGTCGG
TTTGGGAGTGAAATGCTCCAAGGAGGTGGCGACGGCGATCAGGGGAGGGATTATATTGGC
GAAGCTGTCTGTGATTCCGGTGAGGAGAGGTTACTGGGGGAACAAGATTGGGAAGCCTCA
TACCGTTCCTTGTAAGGTTACGGGGAAGTGTGGTTCCGTGACGGTGAGGATGGTGCCTGC
TCCGAGAGGTGCGGGGATTGTGGCGGCTAGGGTTCCTAAGAAGGTTCTTCAGTTCGCTGG
GATTGATGACGTGTTCACTTCCTCCAGGGGGTCCACCAAAACCCTTGGAAACTTCGTAAA
GGCGACATTTGATTGCCTTCAGAAGACATATGGATTCCTGACACCAGAGTTCTGGAAAGA
GACGAGCTTTAAGAAATCACCGTACCAGGAGTACACTGATTTGCTGGCCTCAAAGGGAAC
TACGACCAAACTCATCACCGAGGTCGAAGACCAAGCCGCCGCCTAAATCATCACCAATAT
TTTGAATTTTCCTTGATTTTGGTCGAACTCTGTTGGATTGCATCTTATGTTTTACTCTCT
TCCCAAACCATTACTTTTCAGTTTTATAGATGGATAATATTCTATCTTTTTGTTTC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL5023Contig1 1144 2 2 U
GGACACTAATTATAATTATATTGCGAAAGTGGGACGTTAGGAATGGGGAAAGGAAGAGCA
CCATGCTGTGACCAGAGCAAAGTAAAGAGAGGGCCATGGAGCCCAAAAGAAGATCTTACT
CTCATCACTTTCATTCAGAAACATGGCCATCACAACTGGAGATCTCTTCCCAAACTTGCT
GGATTGATGAGGTGTGGGAAGAGTTGTAGACTGAGATGGATAAACTATCTGAGACCGGAC
GTGAAGCGAGGCAACTTCAGCAAAGAGGAGGAAGATGCCATCATTCACTTCCATCAAACC
CTTGGAAACAAGTGGTCAAAGATCGCGTCCTATTTACCTGGAAGAACCGACAACGAGATA
AAAAACGTGTGGAACACTCATCTCAAGAAACGACTCTTTCCCAACTCATCTCGCTCATCT
TCTTATTCATCCATCTCTTGCCCTCAAGAGCGAACCACAGAAGCAAATCAAAACAAGAAC
TATGCCGTCGTCCAAGAAGAAAAATTAAGGGATAATGAGAGCCAAGACTCACCTTCCTCG
TCTCACCTCCACGGCAAAAATATGCACAAAAAGCCGGAGCTTCATGAGGCTAATGAACTC
CAGGAGATCCAACTCCTTCTCGACCTTGACGACTTTGATGATATAACCTCAGCGTTTCTT
CAAACAATCGAAACGTTATTGCCAGTGCAACCACTAGACTCGCTTCTTCAGACTCACACC
TTAACCGGGTTTCACAATACAGGCGGAGCGACTCAAGAGGCAACCGAACTGCAACCATTT
GATCATTTTCAACCGGAAATTCCTTGCGGATTTGAAGAAACAAACGGAGAATTTGATTTG
TTGTCGCAGCTGGTTGAATCAAACTCGCCTACGCCTAGTCCTACTAGTGAGGAGTTCGAG
GAGTGGCTCAGCTTTATGGACAACCAAACTTACTTTGATGACTTTACTTTGCTCGGAGAA
GTATGCCTATGAATAAATGCACGACCATAATGCCTGATGAGTGTTGTCTTAACTTTTGAA
TATTATTTCTCAAAAAAAACTTTTAATATTACAAATATCACCTGTATTTATAAACCTTTT
TTTTTTGAGAAAAGAATATAAAAACCTATATGCATCATATCTTCAACTTTGACATTATAC
TTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3A828TF U 1
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BS 788 1144 RR3A828JQ

RD RR3A828TF 791 0 0
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GATCATT
CTCA

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TTGAGAAAAGAATATAAAAACCTATATGCATCATATCTTCAACTTTGACATTATACTTCG

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AK51TF U 1
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BS 1 830 RR3AK51TF
BS 831 914 RR3AK51JQ

RD RR3AK51TF 830 0 0
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TACAAAGACCACTTAGTTACACAACACAAGACAAACAGCAATACTTTATCCACCATACAC
ACATCTCACTCTTCTTACAAGGAATTTGCACAGAGAATATCATTGTTGTG

QA 1 830 1 830
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TACACACATCTCACTCTTCTTACAAGGAATTTGCACAGAGAATATCATTGTTGTGACGGC
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CAGTCACTACATTTTAATC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5027Contig1 784 2 4 U
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GCTCTTCTTCTTCTTCTATCTTTGCTCCTATGTCTTTCTTCTCAAGTTGGTGTTGCCGAG
GCCATACGCCACACAAGTTAGTCTATTTATATATTTTTTTACGCATAGCATATAGTTTAA
ACTTGTGTCCACTTTGCTCACTTTCTACGTTGTTTAAGAAAGAAGCCTGCTCCAGTAATG
GGTTCAATTTTATTCTTTTCTAGTTAAAGCCGGGTATTCAGATTCTCGATGTGCCGATAA
ATTTCCAGCAACTCCACCACCAGGTAGATTCCTAACTGAAATGCAAGCCAAATAGTCTGA
ATAAGTTGTTTGTATATAAAAAAAAAATTATGCATGATTCAGAAATGTATGGTGTTACTA
ACTAGCTTATCCCATTAAAGTTCCAGTGAAACAAATCATGTGAACTTGCGCATATTGTTA
ACAGCCTACAAACCTGAACCGCCGATAGTCACTCCGAGATCTTCGTCACCCAAAGGAAAA
GGCCCATAACTCCATAAGTGCTGAAAAGTTTCAAGAAGTGACTGCAGGGATTGAAGAAAC
ACATATATATCATGGGATGTGCAAGAAGAGTAAAAAAACTTTATTACTGTACAACTCGTA
TATCCAATTCTACGTGGATTTAAACCTAAAATTAAATAGTTGTAGTTATGATATAAAAAC
ATCGGAAAAAAATGTCAATCATCAACTATCAGTAAAAGAACATACGCATGTTGTTTACTA
GTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR3FO44TF U 1
AF RR3FO44JQ C 211
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BS 638 638 RR3FO44JQ
BS 639 689 RR3FO44TF
BS 690 784 RR3FO44JQ

RD RR3FO44TF 689 0 0
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GCTCTTCTTCTTCTTCTATCTTTGCTCCTATGTCTTTCTTCTCAAGTTGGTGTTGCCGAG
GCCATACGCCACACAAGTTAGTCTATTTATATATTTTTTTACGCATAGCATATAGTTTAA
ACTTGTGTCCACTTTGCTCACTTTCTACGTTGTTTAAGAAAGAAGCCTGCTCCAGTAATG
GGTTCAATTTTATTCTTTTCTAGTTAAAGCCGGGTATTCAGATTCTCGATGTGCCGATAA
ATTTCCAGCAACTCCACCACCAGGTAGATTCCTAACTGAAATGCAAGCCAAATAGTCTGA
ATAAGTTGTTTGTATATAAAAAAAAAATTATGCATGATTCAGAAATGTATGGTGTTACTA
ACTAGCTTATCCCATTAAAGTTCCAGTGAAACAAATCATGTGAACTTGCGCATATTGTTA
ACAGCCTACAAACCTGAACCGCCGATAGTCACTCCGAGATCTTCGTCACCCAAAGGAAAA
GGCCCATAACTCCATAAGTGCTGAAAAGTTTCAAGAAGTGACTGCAGGGATTGAAGAAAC
ACATATATATCATGGGATGTGCAAGAAGAGTAAAAAA*CTTTATTACTGTACAACTCGTA
TATCCAATTCTACGTGGATTTAAACCTAA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3FO44JQ 574 0 0
TGTTTAAGAAAGAAGCCTGCTCCAGTAATGGGTTCAATTTTATTCTTTTCTAGTTAAAGC
CGGGTATTCAGATTCTCGATGTGCCGATAAATTTCCAGCAACTCCACCACCAGGTAGATT
CCTAACTGAAATGCAAGCCAAATAGTCTGAATAAGTTGTTTGTATATAAAAAAAAAATTA
TGCATGATTCAGAAATGTATGGTGTTACTAACTAGCTTATCCCATTAAAGTTCCAGTGAA
ACAAATCATGTGAACTTGCGCATATTGTTAACAGCCTACAAACCTGAACCGCCGATAGTC
ACTCCGAGATTTTCGTCACCCAAAGGAAAAGGCCCATAACTCCATAAGTGCTGAAAAGTT
TCAAGAAGTGACTGCAGGGATTGAAGAAACACATATATATCATGGGATGTGCAAGAAGAG
TAAAAAAACTTTATTACTGTACAACTCGTATATCCAATTCTACGTGGATTTAAACCTAAA
ATTAAATAGTTGTAGTTATGATATAAAAACATCGGAAAAAAATGTCAATCATCAACTATC
AGTAAAAGAACATACGCATGTTGTTTACTAGTAC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

CO CL5028Contig1 1093 2 8 U
TCCACACTACCTAACATCAAAAAAAAAAGCGATGGCGATTATCTACGCGGTAGTGGCAAG
GGGCACGGTGGTATTAGCAGAGTTCAGCGCCGTAACGGGAAACACAGGCGCCGTGGTACG
ACGAATCCTCGAGAAGCTTTCGCCGGAAACCGCAGACGAGAGACTCTGTTTCTCCCAAGA
CCGTTACATCTTCCACATCCTCAGATCCGATGGGCTTACCTTTCTCTGTATGGCCAACGA
TGACTTTGGAAGTAAGTAATCATATGTTCCTTTCTCCCTCTCTCTCTTCCAATGAATGAA
ACTTTGATTTGATGTGTTGATGTAGGGAGGATCCCGTTTTCGTATTTGGAAGACATTCAG
ATGAGGTTCATGAAAAACTACGGGAGAGTGGCGCGTAGTGCTCCAGCTTACGCGATGAAT
GATGAGTTCTCGAGGGTTTTGCATCAGCAGATGGAGTTCTTCTCTAGTAATCAGAGTGTT
GATACTCTCAATCGTGTGAGAGGAGAAGTCAGTGAGATTCGAGCGGTGATGGTGGAGAAT
ATTGAGAAGATAATGGAGAGAGGTGATAGGATTGAGCTTCTTGTTGATAAAACAGCGACG
ATGCAAGATAATGCGTTTCATTTTAGGAAACAATCTAAGCGATTACGCCGAGCTCTCTGG
ATGAAAAACGCTAAGCTCTTGGTAATGTTGACGTGCTTGATAGTTCTCGTCTTGTACATA
ATCATCGCATCTTTCTGTGGTGGTATCACATTACCCTCCTGCAGATCTTAATCTCAGAGG
CTCTGCTTCAAAAACTTCTGAACCGGAACAGAACACTGTTTTTTTTGTTTGTAGATCAAC
TCAGTCGCATCCTTTCAGTTTTCGGTCTTGATTTTTTGTCATGAAGATGGCAGTGAGTTT
GAGGTTACATGGCATGGTCCTCCTAGCTTATGTAACACTCTTGTAAATGTGAAATGATAC
AGAGTTTCCTAAAACATTGTACCTTCCCTTTTAGAGTGTTTGTCATATTTCCAAAACTGT
GTCCGGTTTGTCACATACATATTCGTTGTTTATGCTTAACAGCAGTTCTAGTTTTAGTGA
TTTCTTCTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C221TF U 1
AF RR3C221JQ C 239
BS 1 268 RR3C221TF
BS 269 269 RR3C221JQ
BS 270 626 RR3C221TF
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BS 669 730 RR3C221TF
BS 731 1093 RR3C221JQ

RD RR3C221TF 730 0 0
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GGGCACGGTGGTATTAGCAGAGTTCAGCGCCGTAACGGGAAACACAGGCGCCGTGGTACG
ACGAATCCTCGAGAAGCTTTCGCCGGAAACCGCAGACGAGAGACTCTGTTTCTCCCAAGA
CCGTTACATCTTCCACATCCTCAGATCCGATGGGCTTACCTTTCTCTGTATGGCCAACGA
TGACTTTGGAAGTAAGTAATCATATGTTTCTTTCTCCCTCTCTCTCTTCCAATGAATGAA
ACTTTGATTTGATGTGTTGATGTAGGGAGGATCCCGTTTTCGTATTTGGAAGACATTCAG
ATGAGGTTCATGAAAAACTACGGGAGAGTGGCGCGTAGTGCTCCAGCTTACGCGATGAAT
GATGAGTTCTCGAGGGTTTTGCATCAGCAGATGGAGTTCTTCTCTAGTAATCAGAGTGTT
GATACTCTCAATCGTGTGAGAGGAGAAGTCAGTGAGATTCGAGCGGTGATGGTGGAGAAT
ATTGAGAAGATAATGGAGAGAGGTGATAGGATTGAGCTTCTTGTTGATAAAACAGCGACG
ATGCAAGATAATGCGTTTCATTTTAG*AAACAATCTAAGCGATTACGCCGAGCTCTCTGG
ATGAAAA*CGCTAAGCTCTTGGTAATGTTGACGTGCTTGATAGTTCTCGTCTTGTACATA
ATCATCGCAT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3C221JQ 855 0 0
GATGACTTTGGAAGTAAGTAATCATATGTTC**TTCTCCCTCTCTCTCTTCCAATGAATG
AAACTTTGATTTGATGTGTTGATGTAGGGAGGATCCCGTTTTCGTATTTGGAAGACATTC
AGATGAGGTTCATGAAAAACTACGGGAGAGTGGCGCGTAGTGCTCCAGCTTACGCGATGA
ATGATGAGTTCTCGAGGGTTTTGCATCAGCAGATGGAGTTCTTCTCTAGTAATCAGAGTG
TTGATACTCTCAATCGTGTGAGAGGAGAAGTCAGTGAGATTCGAGCGGTGATGGTGGAGA
ATATTGAGAAGATAATGGAGAGAGGTGATAGGATTGAGCTTCTTGTTGATAAAACAGCGA
CGATGCAAGATAATGCGTTTCATTTTAGGAAACAATTTAAGCGATTACGCCGAGCTCTCT
GGATGAAAAACGCTAAGCTCTTGGTAATGTTGACGTGCTTGATAGTTCTCGTCTTGTACA
TAATCATCGCATCTTTCTGTGGTGGTATCACATTACCCTCCTGCAGATCTTAATCTCAGA
GGCTCTGCTTCAAAAACTTCTGAACCGGAACAGAACACTGTTTTTTTTGTTTGTAGATCA
ACTCAGTCGCATCCTTTCAGTTTTCGGTCTTGATTTTTTGTCATGAAGATGGCAGTGAGT
TTGAGGTTACATGGCATGGTCCTCCTAGCTTATGTAACACTCTTGTAAATGTGAAATGAT
ACAGAGTTTCCTAAAACATTGTACCTTCCCTTTTAGAGTGTTTGTCATATTTCCAAAACT
GTGTCCGGTTTGTCACATACATATTCGTTGTTTATGCTTAACAGCAGTTCTAGTTTTAGT
GATTTCTTCTTGTCC

QA 1 855 1 855
DS 



AS 1 2

CO CL5029Contig1 964 2 10 U
GGAAGCACGATGCGTTATTCATTGGTACTTATCCCTGTTTTAGGCGGCGTTTTCTCACCT
ATAACTAGTGATTTGAAGGCCGGCCTTCTTCCGGGAAGCTAGAAACGTTAAACGTTGATG
AGGTGAACATGCTCCTCCTTGATTCAAAGGTTTTTCAGATCTTAAATCTCATGATCACAG
TGTTTTTGGACAACTCATGCGTTTACATTTTTTCAACCATGTGTCATTAGACTCATTACC
GCATAAGATTATTCTTCAATTAAATAGTGCTTTAGGAGTGATAGAAAGCTCTGCTGCCAC
CATTCTCAATTTGGGTCAACTCATAAAACAGAACGAGAGTGCAACTGGCTAAATTCAAGC
AACAAAAACGAATCGGTGCCAACGATTTCGTTTCAAGGATGGATATGATCTATCGCAGTG
GGGTCTATTGAAAGTTGTTGGAGCACGGTGGAGAAGTGGTCTACGGTAATGGCGAGCGAT
GGCCTTAACGGCATAGTTGAGTTACCAGGACGTGGTGGGGTCTCGGTATGGCTGTGATGG
TTGTATCATTTTCAACAACAACAAAATACAGATCGGAGCAGAGGATGGAAGGAAACAGAG
GTAGAGAAGAGAAGAAGAAAATAGTTTCGAGATGGGATTTTTCATGATCATTTTAAGTAC
TTCCCTAGCCACAAAGGTTCGATCGAAGATGTGTATCTATGGAGAACATGTCAAAAAGCT
AGAAAACTGTTGTTGTCGTTATTACAATTGAGCGGAAGCCATATAATTGTCATTGCTTCT
TCCTGGACAAGAAGCCACTAGAACTTGCATCATTTATCTATCATACATAGTTTTAATTTT
TTAACGTCATGTTTAAGTTTATTACTACCAAATGTTTTTGTTTTTATTGATCCATAAATG
TTAAACGTCATGTTTAACTTAATTACTATGTATGATATATAGATGAATAAAAAGATTAGA
ATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3EX77TF U 1
AF RR3EX77JQ C 271
BS 1 676 RR3EX77TF
BS 677 677 RR3EX77JQ
BS 678 716 RR3EX77TF
BS 717 717 RR3EX77JQ
BS 718 725 RR3EX77TF
BS 726 726 RR3EX77JQ
BS 727 742 RR3EX77TF
BS 743 743 RR3EX77JQ
BS 744 756 RR3EX77TF
BS 757 964 RR3EX77JQ

RD RR3EX77TF 762 0 0
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ATAACTAGTGATTTGAAGGCCGGCCTTCTTCCGGGAAGCTAGAAACGTTAAACGTTGATG
AGGTGAACATGCTCCTCCTTGATTCAAAGGTTTTTCAGATCTTAAATCTCATGATCACAG
TGTTTTTGGACAACTCATGCGTTTACATTTTTTCAACCATGTGTCATTAGACTCATTACC
GCATAAGATTATTCTTCAATTAAATAGTGCTTTAGGAGTGATAGAAAGCTCTGCTGCCAC
CATTCTCAATTTGGGTCAACTCATAAAACAGAACGAGAGTGCAACTGGCTAAATTCAAGC
AACAAAAACGAATCGGTGCCAACGATTTCGTTTCAAGGATGGATATGATCTATCGCAGTG
GGGTCTATTGAAAGTTGTTGGAGCACGGTGGAGAAGTGGTCTACGGTAATGGCGAGCGAT
GGCCTTAACGGCATAGTTGAGTTACCAGGACGTGGTGGGGTCTCGGTATGGCTGTGATGG
TTGTATCATTTTCAACAACAACAAAATACAGATCGGAGCAGAGGATGGAAGGAAACAGAG
GTAGAGAAGAGAAGAAGAAAATAGTTTCGAGATGGGATTTTTCATGATCATTTTAAGTAC
TTCCCTAGCCACAAAG*TTCGATCGAAGATGTGTATCTATGGAGAACATGTCAAAA*GCT
AGAAA*CTGTTGTTGTCGTTAT*ACAATTGAGCGGA
GCCATA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3EX77JQ 694 0 0
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GAACGAGAGTGCAACTGGCTAAATTCAAGCAACAAAAACGAATCGGTGCCAACGATTTCG
TTTCAAGGATGGATATGATCTATCGCAGTGGGGTCTATTGAAAGTTGTTGGAGCACGGTG
GAGAAGTGGTCTACGGTAATGGCGAGCGATGGCCTTAACGGCATAGTTGAGTTACCAGGA
CGTGGTGGGGTCTCGGTATGGCTGTGATGGTTGTATCATTTTCAACAACAACAAAATACA
GATCGGAGCAGAGGATGGAAGGAAACAGAGGTAGAGAAGAGAAGAAGAAAATAGTTTCGA
GATGGGATTTTTCATGATCATTTTAAGTACTTCCCTAGCCACAAAGGTTCGATCGAAGAT
GTGTATCTATGGAGAACATGTCAAAAAGCTAGAAAACTGTTGTTGTCGTTATTACAATTG
AGCGGAAGCCATATAATTGTCATTGCTTCTTCCTGGACAAGAAGCCACTAGAACTTGCAT
CATTTATCTATCATACATAGTTTTAATTTTTTAACGTCATGTTTAAGTTTATTACTACCA
AATGTTTTTGTTTTTATTGATCCATAAATGTTAAACGTCATGTTTAACTTAATTACTATG
TATGATATATAGATGAATAAAAAGATTAGAATTC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL5030Contig1 791 2 6 U
TTTTTTTTTACTTAAGCAGTGGATTACACATGCTGCAAGTTCATAATATCAGAAATCAGT
CAAGACAAAACGGTACCACTTTTTTCCTTAGATATCAGATCAGAAAAATGTTCAAATCGA
AAATGTAAATCATTCGATGTGGTTTACATCAGAATACAGAAGCCGCCGATAAGCTTAAAC
AAATGTTTGGTCAAGCAGAAAAAGGTGTTTCTTAGCCTCTCATTATGTGAAGAACGAGAG
ATAAACTTGGAGTCAAAGGTAGAGTTTCTAAGACTTACGTGGTCTTCCTCTTCTTCCACT
GGTCTTCACCGGCGAAGCTTTTCCATTACCAGTGCGACCACCGCGACCTCTTCCTCCACG
GCCACGGCCACGTCCTCTGCCACGAGTACTCTGTTTCTTGCCATTGGCTTCTTCTTCTCC
ATCTTCACTGTACTCGCTGTCGCTACCTTGAGCTTCCTTCTCCTTGTCACTGTTTTCTTC
ATCACTGTCTTGTTCAGACTCGGAAGAAGCTTTTGACGCTTTCCTCTTTTTAGTAGCACC
TCTTCTGGCAGGTTGCTGCTTTGTTGTTGCCACAGTTTCTTCTTTTGGCTCTACAGTCTC
TTCTAATGATCCTTTCCCATCGTAGATCTCGAGTTGCTCAAGACGATCAGTGATATCTGT
TCTGTCAACTATGACCATAGAATGGGATAAACCGCATGCCACACCCATTACATGCATTCC
CTCGAGTAAATCCACCTTTTTAGGCGCTGCAGAGGATTTTTGACCGTTGGGGCCATAACC
AAGTTCTCCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EU30TF C 1
AF RR3EU30JQ U 10
BS 1 9 RR3EU30TF
BS 10 743 RR3EU30JQ
BS 744 744 RR3EU30TF
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RD RR3EU30TF 791 0 0
TTTTTTTTTACTTAAGCAGTGGAT*ACACATGCTGCAAGT*CATA*TATCAGAAATCAGT
CAAGACAAAACGGTACCACTTTTT**CTTAGATATCAGATCAGAAAAATGTTCAAATCGA
AAATGTAAATCATTCGATGTGGTTTACATCAGAATACAGAAGCCGCCGATAAGCTTAAAC
AAATGTTTGGTCAAGCAGAAAAAGGTGTTTCTTAGCCTCTCATTATGTGAAGAACGAGAG
ATAAACTTGGAGTCAAAGGTAGAGTTTCTAAGACTTACGTGGTCTTCCTCTTCTTCCACT
GGTCTTCACCGGCGAAGCTTTTCCATTACCAGTGCGACCACCGCGACCTCTTCCTCCACG
GCCACGGCCACGTCCTCTGCCACGAGTACTCTGTTTCTTGCCATTGGCTTCTTCTTCTCC
ATCTTCACTGTACTCGCTGTCGCTACCTTGAGCTTCCTTCTCCTTGTCACTGTTTTCTTC
ATCACTGTCTTGTTCAGACTCGGAAGAAGCTTTTGACGCTTTCCTCTTTTTAGTAGCACC
TCTTCTGGCAGGTTGCTGCTTTGTTGTTGCCACAGTTTCTTCTTTTGGCTCTACAGTCTC
TTCTAATGATCCTTTCCCATCGTAGATCTCGAGTTGCTCAAGACGATCAGTGATATCTGT
TCTGTCAACTATGACCATAGAATGGGATAAACCGCATGCCACACCCATTACATGCATTCC
CTCGAGTAAATCCACCTTTTTAGGCGCTGCAGAGGATTTTTGACCGTTGGGGCCATAACC
AAGTTCTCCAC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3EU30JQ 782 0 0
ACTTAAGCAGTGGATTACACATGCTGCAAGTTCATAATATCAGAAATCAGTCAAGACAAA
ACGGTACCACTTTTTTCCTTAGATATCAGATCAGAAAAATGTTCAAATCGAAAATGTAAA
TCATTCGATGTGGTTTACATCAGAATACAGAAGCCGCCGATAAGCTTAAACAAATGTTTG
GTCAAGCAGAAAAAGGTGTTTCTTAGCCTCTCATTATGTGAAGAACGAGAGATAAACTTG
GAGTCAAAGGTAGAGTTTCTAAGACTTACGTGGTCTTCCTCTTCTTCCACTGGTCTTCAC
CGGCGAAGCTTTTCCATTACCAGTGCGACCACCGCGACCTCTTCCTCCACGGCCACGGCC
ACGTCCTCTGCCACGAGTACTCTGTTTCTTGCCATTGGCTTCTTCTTCTCCATCTTCACT
GTACTCGCTGTCGCTACCTTGAGCTTCCTTCTCCTTGTCACTGTTTTCTTCATCACTGTC
TTGTTCAGACTCGGAAGAAGCTTTTGACGCTTTCCTCTTTTTAGTAGCACCTCTTCTGGC
AGGTTGCTGCTTTGTTGTTGCCACAGTTTCTTCTTTTGGCTCTACAGTCTCTTCTAATGA
TCCTTTCCCATCGTAGATCTCGAGTTGCTCAAGACGATCAGTGATATCTGTTCTGTCAAC
TATGACCATAGAATGGGATAAACCGCATGCCACACCCATTACATGCATTCCCTCGAGTAA
ATCCACCTTTTTAG*CGCTGCAGAG*ATTTTTGACCGTTGGGGCCATAACCAAGTTCTCC
AC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL5031Contig1 917 2 8 U
TCGCACTCTTGAGATATTTAAAAATCAAATCAAATCTCTTCATTCGTCTCTGGACAAATC
CTCGAGGATCAGAAATCTCTTAAGCTTCTTGTGTTTGATTACTTTGAGATCAAAGTTTGA
GAAAAAAATGGGAGACGATCAGAATAATAATCACAATGACAAAGGAATCTTTCACCACTT
AGCTGGATTTGCAGCCGGACATTACCCACCTCACGGTCATCATGGTTATGGTCATCACGG
AGCTCCTTATCCATACCCTCCTCCCCCTCCTCCTCATGGCTATCCACCAGCTGCTTATCC
TCCACACGCTGGTTACCCTCCAGCCGGTTATCCTCCAGCTGGTTACCCTCCTGCCGGTTA
CCCTCCAGCTGGTTATCCACCTCACGGTTATCCCGGTCCATCTCACTCTGGACACCACCA
CGGAGGTATGGGAGGGATGTTAGCGGGTGGAGCGGCTTTGGCAGCTGCGGCCGTTGGTGC
TCACCATATGTCTCACCACGGACACTATGGTCACCACCACGGTCATGGCTTTGGCTACGG
GTATCACGGTCACGGTAAGTTCAAACACGGCAAGTTCAAGCATGGGAAATTCGGGAAACA
TGGCATGTTTGGGAAGCACAAGGGGAAATTCTTCAAGAAATGGAAGTGATTGCTCTCTCG
AAAGATTGATCATATTCAGAGACTATACATTATCCTGTCGCAATAACAACAGATGTTGAA
GTCTCTGAGGAAGTTTAAGTTACATAGTTATTGTGAGCCTTAAGAGCTTAAAAGACATAA
TTTTATTGGTTTGATTTAATGAAGCTTTTCTTTTGTTTACATTGGCATGTATAAAGTTAA
CTTTCTTTTGTTAGTCGGAAACTGATATCCACTTGTTTTAAAACGTTCGATTCTTATATA
CTGATGGAGAATCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AX41TF U 1
AF RR3AX41JQ C 335
BS 1 729 RR3AX41TF
BS 730 730 RR3AX41JQ
BS 731 772 RR3AX41TF
BS 773 773 RR3AX41JQ
BS 774 813 RR3AX41TF
BS 814 814 RR3AX41JQ
BS 815 836 RR3AX41TF
BS 837 917 RR3AX41JQ

RD RR3AX41TF 836 0 0
TCGCACTCTTGAGATATTTAAAAATCAAATCAAATCTCTTCATTCGTCTCTGGACAAATC
CTCGAGGATCAGAAATCTCTTAAGCTTCTTGTGTTTGATTACTTTGAGATCAAAGTTTGA
GAAAAAAATGGGAGACGATCAGAATAATAATCACAATGACAAAGGAATCTTTCACCACTT
AGCTGGATTTGCAGCCGGACATTACCCACCTCACGGTCATCATGGTTATGGTCATCACGG
AGCTCCTTATCCATACCCTCCTCCCCCTCCTCCTCATGGCTATCCACCAGCTGCTTATCC
TCCACACGCTGGTTACCCTCCAGCCGGTTATCCTCCAGCTGGTTACCCTCCTGCCGGTTA
CCCTCCAGCTGGTTATCCACCTCACGGTTATCCCGGTCCATCTCACTCTGGACACCACCA
CGGAGGTATGGGAGGGATGTTAGCGGGTGGAGCGGCTTTGGCAGCTGCGGCCGTTGGTGC
TCACCATATGTCTCACCACGGACACTATGGTCACCACCACGGTCATGGCTTTGGCTACGG
GTATCACGGTCACGGTAAGTTCAAACACGGCAAGTTCAAGCATGGGAAATTCGGGAAACA
TGGCATGTTTGGGAAGCACAAGGGGAAATTCTTCAAGAAATGGAAGTGATTGCTCTCTCG
AAAGATTGATCATATTCAGAGACTATACATTATCCTGTCGCAATAACAACAGATGTTGAA
GTCTCTGAG*AAGTTTAAGTTACATAGTTATTGTGAGCCTTAAGAGCTTAAA*GACATAA
TTTTATTGGTTTGATTTAATGAAGCTTTTCTTT*GTTTACATTGGCATGTATAAAG

QA 1 836 1 836
DS 

RD RR3AX41JQ 583 0 0
CCAGCTGGTTACCCTCCTGCCGGTTACCCTCCAGCTGGTTATCCACCTCACGGTTATCCC
GGTCCATCTCACTCTGGACACCACCACGGAGGTATGGGAGGGATGTTAGCGGGTGGAGCG
GCTTTGGCAGCTGCGGCCGTTGGTGCTCACCATATGTCTCACCACGGACACTATGGTCAC
CACCACGGTCATGGCTTTGGCTACGGGTATCACGGTCACGGTAAGTTCAAACACGGCAAG
TTCAAGCATGGGAAATTCGGGAAACATGGCATGTTTGGGAAGCACAAGGGGAAATTTTTC
AAGAAATGGAAGTGATTGCTCTCTCGAAAGATTGATCATATTCAGAGACTATACATTATC
CTGTCGCAATAACAACAGATGTTGAAGTTTTTGAGGAAGTTTAAGTTACATAGTTATTGT
GAGCCTTAAGAGCTTAAAAGACATAATTTTATTGGTTTGATTTAATGAAGCTTTTTTTTT
GTTTACATTGGCATGTATAAAGTTAACTTTCTTTTGTTAGTCGGAAACTGATATCCACTT
GTTTTAAAACGTTCGATTCTTATATACTGATGGAGAATCTTCC

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

CO CL5032Contig1 750 2 2 U
GGAAGAGGCTTATATGCAAAGTGCTGAGATGCGGAAGCTCTTTCTGGCGATGGTCTTATG
AGAGATAATGACGAAACGGATACAATGGAAATGGCACATGACACAGATTTTTGAACGTGG
ACGATGATGAAGTCGATGAAGATCATGAAGAAGACGATGGTATTCAAGAAGGTGATGAAA
CTCGTCTTCTAGAGAACAGTGGATGGTCTTCTCGTACCAGGGCTGTGGCGAAGTATCTCC
AGACGATACTTGATAAAGAAGCTGAGAATGGGAAGAGTGGTGTTGTAGCAGACAAACTTT
TAGCTGGGAAAACCCGTAAAGAAGCATCGAGGATGTTCTTTGAAACCCTGGTTTTGAAGA
CCAGAGATTATATCCAAGTTGAACAAGTTAAGCCCTACGAAAGCATCACCATCAAACCTC
GACCAAAACTCACCAAATCCATCTTCTAGACAAAGAAGATCGAGTCTTATAGTTGCAGAT
AGGTAGTTTGGTCCAAACCAGAAAATATCATCCGAGATAAGTTATACATTTTCCCCTCTT
TCTAAGGCAAAGTAGTAGCAATGGTGTTGTAGCTTTGACGATCCATGTAGCTTGGAGGAG
GTTTGATGTTTGTCATTTATTTCACCCTTATCTATGAGTTGCTGTATGTATATATTGGTG
CTACCATGATCGTCACCAGTTTAAATTTGAGAGATGCTAATTCTATTGTCTTTGTATAAC
CGAAAGTTCTCTCGTTTGTTATATTGAACT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GP90TF U 1
AF RR3GP90JQ C 4
BS 1 702 RR3GP90TF
BS 703 750 RR3GP90JQ

RD RR3GP90TF 702 0 0
GGAAGAGGCTTATATGCAAAGTGCTGAGATGCGGAAGCTCTTTCTGGCGATGGTCTTATG
AGAGATAATGACGAAACGGATACAATGGAAATGGCACATGACACAGATTTTTGAACGTGG
ACGATGATGAAGTCGATGAAGATCATGAAGAAGACGATGGTATTCAAGAAGGTGATGAAA
CTCGTCTTCTAGAGAACAGTGGATGGTCTTCTCGTACCAGGGCTGTGGCGAAGTATCTCC
AGACGATACTTGATAAAGAAGCTGAGAATGGGAAGAGTGGTGTTGTAGCAGACAAACTTT
TAGCTGGGAAAACCCGTAAAGAAGCATCGAGGATGTTCTTTGAAACCCTGGTTTTGAAGA
CCAGAGATTATATCCAAGTTGAACAAGTTAAGCCCTACGAAAGCATCACCATCAAACCTC
GACCAAAACTCACCAAATCCATCTTCTAGACAAAGAAGATCGAGTCTTATAGTTGCAGAT
AGGTAGTTTGGTCCAAACCAGAAAATATCATCCGAGATAAGTTATACATTTTCCCCTCTT
TCTAAGGCAAAGTAGTAGCAATGGTGTTGTAGCTTTGACGATCCATGTAGCTTGGAGGAG
GTTTGATGTTTGTCATTTATTTCACCCTTATCTATGAGTTGCTGTATGTATATATTGGTG
CTACCATGATCGTCACCAGTTTAAATTTGAGAGATGCTAATT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3GP90JQ 747 0 0
AGAGGCTTATATGCAAAGTGCTGAGATGCGGAAGCTCTTTCTGGCGATGGTCTTATGAGA
GATAATGACGAAACGGATACAATGGAAATGGCACATGACACAGATTTTTGAACGTGGACG
ATGATGAAGTCGATGAAGATCATGAAGAAGACGATGGTATTCAAGAAGGTGATGAAACTC
GTCTTCTAGAGAACAGTGGATGGTCTTCTCGTACCAGGGCTGTGGCGAAGTATCTCCAGA
CGATACTTGATAAAGAAGCTGAGAATGGGAAGAGTGGTGTTGTAGCAGACAAACTTTTAG
CTGGGAAAACCCGTAAAGAAGCATCGAGGATGTTCTTTGAAACCCTGGTTTTGAAGACCA
GAGATTATATCCAAGTTGAACAAGTTAAGCCCTACGAAAGCATCACCATCAAACCTCGAC
CAAAACTCACCAAATCCATCTTCTAGACAAAGAAGATCGAGTCTTATAGTTGCAGATAGG
TAGTTTGGTCCAAACCAGAAAATATCATCCGAGATAAGTTATACATTTTCCCCTCTTTCT
AAGGCAAAGTAGTAGCAATGGTGTTGTAGCTTTGACGATCCATGTAGCTTGGAGGAGGTT
TGATGTTTGTCATTTATTTCACCCTTATCTATGAGTTGCTGTATGTATATATTGGTGCTA
CCATGATCGTCACCAGTTTAAATTTGAGAGATGCTAATTCTATTGTCTTTGTATAACCGA
AAGTTCTCTCGTTTGTTATATTGAACT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL5033Contig1 1365 2 2 U
TTCCCTTGCCATCTCCTCTCCTTCTTCTACGCTTCCTCTTATTCTGCGCCATCTCCTCCT
CTTCGCGTGCGGCGTCGGCGCTTTCTCCTACCTCACCGTCGACCGTCGTCACCAACGGAA
GCAGCTTCGATCCTCACCTCGATCCGTACCCACTCGACGAGATCTCTCTTCCCGCAGTGA
TGTCGAAAGCTCGTGTCTACACCGACGTGAACGTGATCCGTCCCAAAGAGTATTGGGATT
ACGAGTCTCTCAACGTTGAGTGGGGGGAGCAAGATGATTACGAAGTAGTTAGGAAAGTGG
GGAGAGGCAAATACAGTGAGGTTTTTGAGGGGATTAACATGAACAGCAACGAGAAGTGTG
TTATCAAGATTCTTAAGCCTGTCAAGAAGAAGAAGATTAGAAGAGAGATTAAGATACTTC
AGAATCTCTGTGGAGGCCCTAATATTGTGAAGCTGCTTGATGTTGTCAGAGACCAACACT
CAAAAACCCCAAGCTTGATTTTTGAGTATGTTAACAGCACAGACTTTAAGGTTCTGTATC
CTACTTTGACTGATTATGACATCCGTTACTACATCTACGAGCTCTTGAAGGCTCTGGACT
ACTGCCACTCGCAAGGTATAATGCACAGAGATGTCAAGCCACACAATGTCATGATCGACC
ACGAGCTGCGTAAACTTCGCCTCATAGATTGGGGTCTTGCTGAGTTTTATCATCCTGGAA
AAGAGTATAACGTCCGTGTGGCCTCAAGATACTTCAAGGGACCCGAACTGTTAGTGGATT
TACAGGACTATGACTATTCCTTGGACATGTGGAGTCTCGGTTGCATGTTTGCTGGGATGA
TATTCCGCAAGGAACCTTTTTTCTATGGCCATGACAACCAGGATCAGCTTGTCAAAATTG
CCAAGGTTCTTGGAACCGATGAATTGAATGCATATCTGAATAAGTATCAGTTAGAACTTG
ATGCTCAATTAGAGGCACTTGTTGGGAGACATAGCAGGAAGCCTTGGTCTAAATTCATCA
ATGCTGACAATAGGCATTTGGTCTCACCTGAGGCGATTGATTTCCTGGACAAGCTACTTC
GGTATGATCATCAAGACAGATTAACTGCAAAAGAAGCAATGGCTCATCCTTATTTCGCGC
AAGTCAAGGCAGCAGAGAGCAGCAGAATGAGAACTTAATAGAGGCGTCTCTAAGTATCTG
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TTAATCTTTGATATCTCAAAGAAAAAAAAACAAGTTTGTAGAACT


BQ
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TTATCAAGATTCTTAAGCCTGTCAAGAAGAAGAAGATTAGAAGAGAGATTAAGATACTTC
AGAATCTCTGTGGAGGCCCTAATATTGTGAAGCTGCTTGATGTTGTCAGAGACCAACACT
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ACGAGCTGCGTAAACTTCGCCTCATAGATTGGGGTCTTGCTGAGTTTTATCATCCTGGAA
AAGAGTATAACGTCCGTGTGGCCTCAAGATACTT

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DS 

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GTCAAGCCACACAATGTCATGATCGACCACGAGCTGCGTAAACTTCGCCTCATAGATTGG
GGTCTTGCTGAGTTTTATCATCCTGGAAAAGAGTATAACGTCCGTGTGGCCTCAAGATAC
TTCAAGGGACCCGAACTGTTAGTGGATTTACAGGACTATGACTATTCCTTGGACATGTGG
AGTCTCGGTTGCATGTTTGCTGGGATGATATTCCGCAAGGAACCTTTTTTCTATGGCCAT
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TATCTGAATAAGTATCAGTTAGAACTTGATGCTCAATTAGAGGCACTTGTTGGGAGACAT
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GCGATTGATTTCCTGGACAAGCTACTTCGGTATGATCATCAAGACAGATTAACTGCAAAA
GAAGCAATGGCTCATCCTTATTTCGCGCAAGTCAAGGCAGCAGAGAGCAGCAGAATGAGA
ACTTAATAGAGGCGTCTCTAAGTATCTGAAACTGGTTGGATTGTCCTCCGAAAAGTTGTT
TTCTTTTAAGAAGTGGTGTTAATGTTTAATTTAAAATTCTATCCGAGTATTTTCATCTTT
TTTCAAACATTTGTAGAACTTCTATTGTTTAATCTTTGATATCTCAAAGAAAAAAAAACA
AGTTTGTAGAACT

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DS 



AS 1 2

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AGAGAGACATTCGTCTACACGGCGAAGCTCTCCGAACAAGCCGAGCGATACGACGAGATG
GTTGAGACGATGAAGAAAGTGGCGAAAGTGGACAGCGAGCTTACGGTGGAGGAGAGGAAT
CTGTTGTCCGTTGGGTACAAGAACGTGATCGGAGCAAGAAGGGCCTCGTGGAGGATCATG
TCGTCGATTGAGCAGAAGGAAGAGTCTAAAGGCAACGAGACAAACGTGAAACACATCAAG
GGTTATCGTCAAAAGGTGGAAGATGAGCTCGCTGACATCTGTAAAGACATTCTTTCCATC
ATTGATGAGCATCTCATCCCTCACGCTACCTCTGGTGAAGCCACTGTTTTCTATTACAAG
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GCTTCTGAACAGTCTCTTAAAGGCTATGAGGCTGCAACACAAGCTGCAAGCACTGACCTT
CCTTCGACCCACCCGATTCGTCTTGGTTTTGCTCTTAACTTCTCTGTTTTCTACTATGAG
ATCATGAACTCTCCTGAAAGAGCTTGCCATTTGGCGAAGCAAGCCTTCGATGAGGCGATT
GCAGAGTTGGATACTCTAAGCGAGGAGTCGTACAAGGACAGCACTTTTATCATGCAGCTC
CTGAGAGACAATCTCACCCTCTGGACTTCTGATCTTCCTGAAGATGGAGGAGAAGACAAC
GTCAAGTCGTCTGATGAACCCAATCAAGAACACTGCAAGATCATAGAAGCCTCTGATAAA
TGATCAGAGGCTTTGGAAGTTGAATGAGTTTAGATTAAACTCCATATAGCTTGGTTTCAT
CAAAGAGATGGGATCAGAGATAACTGAATTTAAATTTTCGTTATTTTTAATTTACCTTTT
TGTTCTTTCTTTTGTTGTCAATCTCATGATATCAAATATGTTTTTCTGTTACGC


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AF RR3A110TF U 1
AF RR3A110JQ C 221
BS 1 692 RR3A110TF
BS 693 1014 RR3A110JQ

RD RR3A110TF 692 0 0
AGATCTCTGTTTCCGACACATTATCGTGACAAAAAGATGTCGTCAGGATCCGACAAAGAG
AGAGAGACATTCGTCTACACGGCGAAGCTCTCCGAACAAGCCGAGCGATACGACGAGATG
GTTGAGACGATGAAGAAAGTGGCGAAAGTGGACAGCGAGCTTACGGTGGAGGAGAGGAAT
CTGTTGTCCGTTGGGTACAAGAACGTGATCGGAGCAAGAAGGGCCTCGTGGAGGATCATG
TCGTCGATTGAGCAGAAGGAAGAGTCTAAAGGCAACGAGACAAACGTGAAACACATCAAG
GGTTATCGTCAAAAGGTGGAAGATGAGCTCGCTGACATCTGTAAAGACATTCTTTCCATC
ATTGATGAGCATCTCATCCCTCACGCTACCTCTGGTGAAGCCACTGTTTTCTATTACAAG
ATGAAAGGAGATTATTACCGTTACTTGGCTGAGTTTAAGACTGAGCAAGAGAGGAAGGAA
GCTTCTGAACAGTCTCTTAAAGGCTATGAGGCTGCAACACAAGCTGCAAGCACTGACCTT
CCTTCGACCCACCCGATTCGTCTTGGTTTTGCTCTTAACTTCTCTGTTTTCTACTATGAG
ATCATGAACTCTCCTGAAAGAGCTTGCCATTTGGCGAAGCAAGCCTTCGATGAGGCGATT
GCAGAGTTGGATACTCTAAGCGAGGAGTCGTA

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3A110JQ 794 0 0
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CAAACGTGAAACACATCAAGGGTTATCGTCAAAAGGTGGAAGATGAGCTCGCTGACATCT
GTAAAGACATTCTTTCCATCATTGATGAGCATCTCATCCCTCACGCTACCTCTGGTGAAG
CCACTGTTTTCTATTACAAGATGAAAGGAGATTATTACCGTTACTTGGCTGAGTTTAAGA
CTGAGCAAGAGAGGAAGGAAGCTTCTGAACAGTCTCTTAAAGGCTATGAGGCTGCAACAC
AAGCTGCAAGCACTGACCTTCCTTCGACCCACCCGATTCGTCTTGGTTTTGCTCTTAACT
TCTCTGTTTTCTACTATGAGATCATGAACTCTCCTGAAAGAGCTTGCCATTTGGCGAAGC
AAGCCTTCGATGAGGCGATTGCAGAGTTGGATACTCTAAGCGAGGAGTCGTACAAGGACA
GCACTTTTATCATGCAGCTCCTGAGAGACAATCTCACCCTCTGGACTTCTGATCTTCCTG
AAGATGGAGGAGAAGACAACGTCAAGTCGTCTGATGAACCCAATCAAGAACACTGCAAGA
TCATAGAAGCCTCTGATAAATGATCAGAGGCTTTGGAAGTTGAATGAGTTTAGATTAAAC
TCCATATAGCTTGGTTTCATCAAAGAGATGGGATCAGAGATAACTGAATTTAAATTTTCG
TTATTTTTAATTTACCTTTTTGTTCTTTCTTTTGTTGTCAATCTCATGATATCAAATATG
TTTTTCTGTTACGC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL5035Contig1 742 2 2 U
GGTTTTAATCGCAAATGTTCTGTCTGAAACAGTCAGTTTCATTCCAGAAGTTCGCAAGAT
TTTTCTTTCTTGGAAGGGCTATTCAGTACTTTACCACTTGCTTCGGATGACGTAGAAGCA
AGAAGAGCTATCTGGAGCGTTATTGCTAGGTTACTTGCCAGAGTTGATGAGTCTGAGATA
GACACATCTTGTCTGAGACAGTACGTATTGGTTTTGCTAAGCAAGTCGGATGTTATAGAA
GATGATCTTCTTGATATCCAACTAGAAGAGGAGTCTCTAAACTCATTCCCTTCCCAGGGA
AAGTCAAGCGCACGAACAATTGCTATACTAAAGATTGAGTCGATGTTGAAGAACTGGAAT
ATTCGCAAGGAGACTATGCAGGAGGAAAGCATGTATGGGGACTGCTCTGTAAACACAGAT
GATGTTAAAAGGCTATGTGATTGCTGTCAAAGATTTATATCAAAATCAATGGAAGGGTCT
TCTTAATTTATGGTGAATCTTTCGCTTGAAAGTGTTTCAATCTTCTCTCCTTTTCATGGT
CAGCCAAGGCATCATCATCAACATTGATATATGAAGTCACAAGCTTCAAGAAATCGCTGA
GCTTTTAAACATACATATATTTTGATTAGAACTTGCCTATGTTCCTCATGTTCATACATC
ACTTGAGTCATTGTCTGATAAAATGTAAACCAGAGAGAGACTGAAGAAAATATATCTAGA
TATAAATCTCGATTCTGTCTGG


BQ
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AF RR3EB63TF U 1
AF RR3EB63JQ C 292
BS 1 544 RR3EB63TF
BS 545 742 RR3EB63JQ

RD RR3EB63TF 544 0 0
GGTTTTAATCGCAAATGTTCTGTCTGAAACAGTCAGTTTCATTCCAGAAGTTCGCAAGAT
TTTTCTTTCTTGGAAGGGCTATTCAGTACTTTACCACTTGCTTCGGATGACGTAGAAGCA
AGAAGAGCTATCTGGAGCGTTATTGCTAGGTTACTTGCCAGAGTTGATGAGTCTGAGATA
GACACATCTTGTCTGAGACAGTACGTATTGGTTTTGCTAAGCAAGTCGGATGTTATAGAA
GATGATCTTCTTGATATCCAACTAGAAGAGGAGTCTCTAAACTCATTCCCTTCCCAGGGA
AAGTCAAGCGCACGAACAATTGCTATACTAAAGATTGAGTCGATGTTGAAGAACTGGAAT
ATTCGCAAGGAGACTATGCAGGAGGAAAGCATGTATGGGGACTGCTCTGTAAACACAGAT
GATGTTAAAAGGCTATGTGATTGCTGTCAAAGATTTATATCAAAATCAATGGAAGGGTCT
TCTTAATTTATGGTGAATCTTTCGCTTGAAAGTGTTTCAATCTTCTCTCCTTTTCATGGT
CAGC

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR3EB63JQ 451 0 0
TCCCAGGGAAAGTCAAGCGCACGAACAATTGCTATACTAAAGATTGAGTCGATGTTGAAG
AACTGGAATATTCGCAAGGAGACTATGCAGGAGGAAAGCATGTATGGGGACTGCTCTGTA
AACACAGATGATGTTAAAAGGCTATGTGATTGCTGTCAAAGATTTATATCAAAATCAATG
GAAGGGTCTTCTTAATTTATGGTGAATCTTTCGCTTGAAAGTGTTTCAATCTTCTCTCCT
TTTCATGGTCAGCCAAGGCATCATCATCAACATTGATATATGAAGTCACAAGCTTCAAGA
AATCGCTGAGCTTTTAAACATACATATATTTTGATTAGAACTTGCCTATGTTCCTCATGT
TCATACATCACTTGAGTCATTGTCTGATAAAATGTAAACCAGAGAGAGACTGAAGAAAAT
ATATCTAGATATAAATCTCGATTCTGTCTGG

QA 1 451 1 451
DS 



AS 1 2

CO CL5036Contig1 1000 2 6 U
GGAAACATAAGTTAAGTAGAGAGCAGAAAGAAAAAAAAATAACAAAACCTTGGAATATCC
ATTAGGCATGTCCTGAATCAAGCATCCAGAAGGAAACTTATAGGAGTGAGATTGAGACAC
AAACTGTGGAAGGTGATATGAGACATTTACAACAATCCAGCTTCCTTGTTCAATCATCTG
ACAGTAGCGTAGCTCGCAGAACTCGCGTGTTGCTACCAATGGAGAAAGCACTTCTAATTC
TTCATACATCTAAACACAAACCAAACCAAACCAAGCAGAGTTCTTAATCTATATGAGGAA
ACTATAGATCCTAAATGAAGTAGAAGAGTGCTATCAGTTTCTTTTTTTTTACCAAATGCA
AAGCACCCTCATAGGTACCACCCATTCCTGAAGAAACAACTGCAAGTGTTTTAGACGATG
CAACTATACAAGGAAAGAGCTCTCCCCATTTGACCTGTAAACACACACAAAAAAAAAACT
TCATCTCAAAATGATGCCACCATGGTGTAATGAGGGGGAAGATGGATGTTTCAGTTAACT
TACACAATCCATGAACATGTCGACAAGTGACATAGCATTCATGAAAACAATACCAGAAGA
CCTAGACGCCTCGGTTCTAAGGTTATGGTTCTTCCCTCGGCTACCTGATCTTGGAAAAAG
ATTCTCATAGCTTCCGAGATTGAGAACGTCTCTGCCGCCGCCACCATCAGCTCTAGTCCA
GAGAGGTTCGTTTGTGTTAAAAAGCCTAAGCAATTCTTCGGTGGCAGTCAGAGCAATGTC
GTTCATAAGAGGCTTGTCCATGTCTGATATAGTAGCCAAGTTAGGCGGCTGAGAATGCAT
AGAAGAACTCCCTGGAAGAAGATCAAAATCAAGTGAAGGACCAGTGATGGACAGATCCAA
AGGTGAGATGTGGAGTGGATGATGTAGCGTTGAGAGGTGGGAGGAGATTGGTCTTCCCAT
GTACTTTGATGCAACCGTTGACATTCTTTCAAGCTGTGCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CY79TF U 1
AF RR3CY79JQ C 277
BS 1 658 RR3CY79TF
BS 659 659 RR3CY79JQ
BS 660 742 RR3CY79TF
BS 743 743 RR3CY79JQ
BS 744 756 RR3CY79TF
BS 757 1000 RR3CY79JQ

RD RR3CY79TF 756 0 0
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ATTAGGCATGTCCTGAATCAAGCATCCAGAAGGAAACTTATAGGAGTGAGATTGAGACAC
AAACTGTGGAAGGTGATATGAGACATTTACAACAATCCAGCTTCCTTGTTCAATCATCTG
ACAGTAGCGTAGCTCGCAGAACTCGCGTGTTGCTACCAATGGAGAAAGCACTTCTAATTC
TTCATACATCTAAACACAAACCAAACCAAACCAAGCAGAGTTCTTAATCTATATGAGGAA
ACTATAGATCCTAAATGAAGTAGAAGAGTGCTATCAGTTTCTTTTTTTTTACCAAATGCA
AAGCACCCTCATAGGTACCACCCATTCCTGAAGAAACAACTGCAAGTGTTTTAGACGATG
CAACTATACAAGGAAAGAGCTCTCCCCATTTGACCTGTAAACACACACAAAAAAAAAACT
TCATCTCAAAATGATGCCACCATGGTGTAATGAGGGGGAAGATGGATGTTTCAGTTAACT
TACACAATCCATGAACATGTCGACAAGTGACATAGCATTCATGAAAACAATACCAGAAGA
CCTAGACGCCTCGGTTCTAAGGTTATGGTTCTTCCCTCGGCTACCTGATCTTGGAAAA*G
ATTCTCATAGCTTCCGAGATTGAGAACGTCTCTGCCGCCGCCACCATCAGCTCTAGTCCA
GAGAGGTTCGTTTGTGTTAAAA*GCCTAAGCAATTC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3CY79JQ 724 0 0
AGAGTTCTTAATCTATATGAGGAAACTATAGATCCTAAATGAAGTAGAAGAGTGCTATCA
GTTTCTTTTTTTTTACCAAATGCAAAGCACCCTCATAGGTACCACCCATTCCTGAAGAAA
CAACTGCAAGTGTTTTAGACGATGCAACTATACAAGGAAAGAGCTCTCCCCATTTGACCT
GTAAACACACACAAAAAAAAAACTTCATCTCAAAATGATGCCACCATGGTGTAATGAGGG
GGAAGATGGATGTTTCAGTTAACTTACACAATCCATGAACATGTCGACAAGTGACATAGC
ATTCATGAAAACAATACCAGAAGACCTAGACGCCTCGGTTCTAAGGTTATGGTTCTTCCC
TCGGCTACCTGATCTTGGAAAAAGATTCTCATAGCTTCCGAGATTGAGAACGTCTCTGCC
GCCGCCACCATCAGCTCTAGTCCAGAGAGGTTCGTTTGTGTTAAAAAGCCTAAGCAATTC
TTCGGTGGCAGTCAGAGCAATGTCGTTCATAAGAGGCTTGTCCATGTCTGATATAGTAGC
CAAGTTAGGCGGCTGAGAATGCATAGAAGAACTCCCTGGAAGAAGATCAAAATCAAGTGA
AGGACCAGTGATGGACAGATCCAAAGGTGAGATGTGGAGTGGATGATGTAGCGTTGAGAG
GTGGGAGGAGATTGGTCTTCCCATGTACTTTGATGCAACCGTTGACATTCTTTCAAGCTG
TGCG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL5037Contig1 900 2 4 U
GAAAGCTGAAACTTAAAGGAATTGACGGCAGGGCCCCACTCTCACTTTCAAAATCCATCA
GTATTCGTTAGCATCTGATATTGCTCAGTCTCAGACACGCCCTAGGTGTCCTCCTGATCT
TTTCAAGAATCCCCCCTTGATTGTTCTTTCTGGGTCCGGTACTCAGGAGCTGCATCTGAA
GCTAGCAACCATCATGTTTCAGAACACATTCCCAGCTATCGATATCAACACTGTCAAGCT
CTCGACATGCCAGAGATTAGTACTCTTGAACTACAACAAGGACACGAAACTGATTGATTT
CCGGCATTATTCGATAAGGCTGCAGCCTGTAGGAGTGTCTCGTAAGCTCAGAAATTTTGT
GCAGACTCACAAGGCACCTGATCTTAGGAATTTGCAGGATGTTAGTGATTTTATCACCAA
GGCTGGATATGGATCAGAGAGCGAAGGAGATGAAGAAGCGGCAACAGTGACACTATCATC
TGATCTAGGCCGAGTTAACAAGGGTTCGACAAAGAGTGCTGTGAAACTGCAAGAAATTGG
ACCGAGGATGACAATGCAGCTGGTTAGAGTGGAGGAAAGATTGTGTTCAGAAGGAATCAT
ATTTAGTGAAGATGGAAATGTGGATGAAAAGAATGAGCAAGATGGTGATGAAGAAGATTC
TGCTAGCGATGAAGAAGAAGAAGGTGAAGAGGGTAGTGGAGAAGAAGAAGGTGAAGAGGA
TAGTGGTGAAGAAGGAGAAGACATGGATGAAGATGTTGAAGATTGAAAAGAATTTGTCTG
TGTGTATCTTCACATCAAAGTTTTGTTTCTTTGATGCATCTACTGTCTGATCTTATTTAT
GAACTTTGTTTTTGGTGAAAACCGTGTGGCAGATTCCTCTATAAAGTTTTCTATAACTGC


BQ
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AF RR3CQ46TF U 1
AF RR3CQ46JQ C 142
BS 1 591 RR3CQ46TF
BS 592 593 RR3CQ46JQ
BS 594 629 RR3CQ46TF
BS 630 900 RR3CQ46JQ

RD RR3CQ46TF 630 0 0
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GTATTCGTTAGCATCTGATATTGCTCAGTCTCAGACACGCCCTAGGTGTCCTCCTGATCT
TTTCAAGAATCCCCCCTTGATTGTTCTTTCTGGGTCCGGTACTCAGGAGCTGCATCTGAA
GCTAGCAACCATCATGTTTCAGAACACATTCCCAGCTATCGATATCAACACTGTCAAGCT
CTCGACATGCCAGAGATTAGTACTCTTGAACTACAACAAGGACACGAAACTGATTGATTT
CCGGCATTATTCGATAAGGCTGCAGCCTGTAGGAGTGTCTCGTAAGCTCAGAAATTTTGT
GCAGACTCACAAGGCACCTGATCTTAGGAATTTGCAGGATGTTAGTGATTTTATCACCAA
GGCTGGATATGGATCAGAGAGCGAAGGAGATGAAGAAGCGGCAACAGTGACACTATCATC
TGATCTAGGCCGAGTTAACAAGGGTTCGACAAAGAGTGCTGTGAAACTGCAAGAAATTGG
ACCGAGGATGACAATGCAGCTGGTTAGAGTGGAGGAAAGATTGTGTTCAGA**GAATCAT
ATTTAGTGAAGATGGAAATGTGGATGAAA
G

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3CQ46JQ 759 0 0
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GAACACATTCCCAGCTATCGATATCAACACTGTCAAGCTCTCGACATGCCAGAGATTAGT
ACTCTTGAACTACAACAAGGACACGAAACTGATTGATTTCCGGCATTATTCGATAAGGCT
GCAGCCTGTAGGAGTGTCTCGTAAGTTCAGAAATTTTGTGCAGACTCACAAGGCACCTGA
TCTTAGGAATTTGCAGGATGTTAGTGATTTTATCACCAAGGCTGGATATGGATCAGAGAG
CGAAGGAGATGAAGAAGCGGCAACAGTGACACTATCATCTGATCTAGGCCGAGTTAACAA
GGGTTCGACAAAGAGTGCTGTGAAACTGCAAGAAATTGGACCGAGGATGACAATGCAGCT
GGTTAGAGTGGAGGAAGGATTGTGTTCAGGAGGAATCATATTTAGTGAAGATGGAAATGT
GGATGAAAAGAATGAGCAAGATGGTGATGAAGAAGATTCTGCTAGCGATGAAGAAGAAGA
AGGTGAAGAGGGTAGTGGAGAAGAAGAAGGTGAAGAGGATAGTGGTGAAGAAGGAGAAGA
CATGGATGAAGATGTTGAAGATTGAAAAGAATTTGTCTGTGTGTATCTTCACATCAAAGT
TTTGTTTCTTTGATGCATCTACTGTCTGATCTTATTTATGAACTTTGTTTTTGGTGAAAA
CCGTGTGGCAGATTCCTCTATAAAGTTTTCTATAACTGC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL5038Contig1 817 2 8 U
GAGCTGGAGACGGATTCGACACGGTGATAAAGGCGAAGCAAGCCGTTGATATAGATCCTA
ACTGCCGCAACAAAGTCTCATGTGCTGACATTTTAGCTCTCGCTACACGTGAAGTCGTCG
TTTTGACCGGAGGACCGAGCTACCCGGTTGAGCTAGGGAGGAGAGATGGCAGATTATCTA
CGAAGGCAAGCGTACAACACAGTTTGCCACAACCTGGTTTTAACCTAAACCAGCTCAACA
CCATGTTCAACCGTCACGGTCTCTCCCAAACCGACATGATCGCCCTCTCAGGAGCGCACG
CTATCGGATTCGCACATTGTGGGAAATTCTCAAAGCGAATTTACAACTTTAGCCCTAGAA
CCCGTATCGACCCGAGTTTGAACCGTGGCTACGCGTTTCAGCTTAGGCAGATGTGTCCCA
TTCGTGTTGACCCAAGGATAGCGATCAACATGGACCCAACATCGCCACGTACTTTCGACA
ACGCTTACTTCAAGAATCTCCAACAAGGGAGGGGTTTGTTTACGTCTGATCAAGTCTTGT
TCACGGACCAACGGTCTAGAGCTACGGTTAACTTGTTTGCCAATAGTGAAGGAGCTTTTA
GGCAAGCTTTTATCACGGCCATCACGAAACTTGGTCGTGTCGGGGTTAAAACTGGTAATG
CTGGTGAAATTCGAAGGGATTGTTCACGTGTTAATTAGTGTGATTTTAGGGCTTTTGGTT
GTTTATCTTATTCCTTCAAAATAAAATTTCGTATTGCTTTTGTAATAAGGAGTTCAAATG
TGTCAAATGGAAAATTCAATTAATAATAAGATGGTTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H686TF U 1
AF RR3H686JQ C 299
BS 1 740 RR3H686TF
BS 741 743 RR3H686JQ
BS 744 760 RR3H686TF
BS 761 761 RR3H686JQ
BS 762 764 RR3H686TF
BS 765 765 RR3H686JQ
BS 766 787 RR3H686TF
BS 788 817 RR3H686JQ

RD RR3H686TF 787 0 0
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CGAAGGCAAGCGTACAACACAGTTTGCCACAACCTGGTTTTAACCTAAACCAGCTCAACA
CCATGTTCAACCGTCACGGTCTCTCCCAAACCGACATGATCGCCCTCTCAGGAGCGCACG
CTATCGGATTCGCACATTGTGGGAAATTCTCAAAGCGAATTTACAACTTTAGCCCTAGAA
CCCGTATCGACCCGAGTTTGAACCGTGGCTACGCGTTTCAGCTTAGGCAGATGTGTCCCA
TTCGTGTTGACCCAAGGATAGCGATCAACATGGACCCAACATCGCCACGTACTTTCGACA
ACGCTTACTTCAAGAATCTCCAACAAGGGAGGGGTTTGTTTACGTCTGATCAAGTCTTGT
TCACGGACCAACGGTCTAGAGCTACGGTTAACTTGTTTGCCAATAGTGAAGGAGCTTTTA
GGCAAGCTTTTATCACGGCCATCACGAAACTTGGTCGTGTCGGGGTTAAAACTGGTAATG
CTGGTGAAATTCGAAGGGATTGTTCACGTGTTAATTAGTGTGATTTTAGGGCTTTTGGTT
GTTTATCTTATTCCTTCAAAT**AAATTTCGTATTGCTTT*GTA*TAAGGAGTTCAAATG
TGTCAAA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3H686JQ 519 0 0
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AACCCGTATCGACCCGAGTTTGAACCGTGGCTACGCGTTTCAGCTTAGGCAGATGTGTCC
CATTCGTGTTGACCCAAGGATAGCGATCAACATGGACCCAACATCGCCACGTACTTTCGA
CAACGCTTACTTCAAGAATCTCCAACAAGGGAGGGGTTTGTTTACGTCTGATCAAGTCTT
GTTCACGGACCAACGGTCTAGAGCTACGGTTAACTTGTTTGCCAATAGTGAAGGAGCTTT
TAGGCAAGCTTTTATCACGGCCATCACGAAACTTGGTCGTGTCGGGGTTAAAACTGGTAA
TGCTGGTGAAATTCGAAGGGATTGTTCACGTGTTAATTAGTGTGATTTTAGGGCTTTTGG
TTGTTTATCTTATTCCTTCAAAATAAAATTTCGTATTGCTTTTGTAATAAGGAGTTCAAA
TGTGTCAAATGGAAAATTCAATTAATAATAAGATGGTTT

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

CO CL5039Contig1 664 2 12 U
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GATAGAACTAAAGAGATGTGATCATAACATAGTAACCAGTAAAAATCCCAAAAATAAAGA
GCCAGAACAAGTACATGACTACTACATTTCTTTATGGCTTACTACATGCAAGTCCAAGAG
TCTAAAAGGACTGAAGCTGACCAAAAACTATGCCTTAAAACTTCCAAAAAATGAAAAACT
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AGCTGTCACCTCATCATCACTTCCTTTGTACCTATACCATCTTGAAATGACCAAGAAATA
AGCAAAATTAACCGCCAAGATTCCAGCGATCATGAAATAAAAGTAATCCAATCTTCCTTT
GTTCAAATCCTCAGCTAACCAATTACCACCAGCCGAGTTCTGCGTCGTCCGGTGAACCGT
CGCAATCAAGAAGCTACCTAGGTAACTCGAAACTCCTCCTCCCACATAAAAGATCGAACC
GGCGAAGCTCCTCACGTTCTCAGGGAACTGCTTGTAGTAAAACTCCATCTGTCCAATAGC
TCCAAACGCCTCGGCTATACCCGCAAGGGCGAGTTGTGGGATCAGCCACATAGCTGACAT
CGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 

AF RR3D174JQ U 1
AF RR3DU11JQ U 94
BS 1 185 RR3D174JQ
BS 186 186 RR3DU11JQ
BS 187 226 RR3D174JQ
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BS 228 234 RR3D174JQ
BS 235 235 RR3DU11JQ
BS 236 252 RR3D174JQ
BS 253 253 RR3DU11JQ
BS 254 399 RR3D174JQ
BS 400 400 RR3DU11JQ
BS 401 602 RR3D174JQ
BS 603 664 RR3DU11JQ

RD RR3D174JQ 602 0 0
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GATAGAACTAAAGAGATGTGATCATAACATAGTAACCAGTAAAAATCCCAAAAATAAAGA
GCCAGAACAAGTACATGACTACTACATTTCTTTATGGCTTACTACATGCAAGTCCAAGAG
TCTAAGAGGACTGAAGCTGACCAAAAACTATGCCTTAAAACTTCCAGAAAATGAGAAACT
GCACGTTCATCAGACATTGTTCTTGTCTTGTTGTTTGATGGCATCTCCATTGGTTTCACA
AGCTGTCACCTCATCATCACTTCCTTTGTACCTATACCATCTTGAAATGACCAAGAAATA
AGCAAAATTAACCGCCAAGATTCCAGCGATCATGAAATAGAAGTAATCCAATCTTCCTTT
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CGCAATCAAGAAGCTACCTAGGTAACTCGAAACTCCTCCTCCCACATAAAAGATCGAACC
GGCGAAGCTCCTCACGTTCTCAGGGAACTGCTTGTAGTAAAACTCCATCTGTCCAATAGC
TC

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3DU11JQ 571 0 0
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ATGGCTTACTACATGCAAGTCCAAGAGTCTAAAAGGACT*AAGCTGACCAAAAACTATGC
CTTAAAACTTCCAAAAAATGAAAAACTGCACGTTCATCAAACATTGTTCTTGTCTTGTTG
TTTGATGGCATCTCCATTGGTTTCACAAGCTGTCACCTCATCATCACTTCCTTTGTACCT
ATACCATCTTGAAATGACCAAGAAATAAGCAAAATTAACCGCCAAGATTCCAGCGATCAT
GAAATAAAAGTAATCCAATCTTCCTTTGTTCAAATCCTCAGCTAACCAATTACCACCAGC
CGAGTTCTGCGTCGTCCGGTGAACCGTCGCAATCAAGAAGCTACCTAGGTAACTCGAAAC
TCCTCCTCCCACATAAAAGATCGAACCGGCGAAGTTCCTCATGTTCTCAGGGAACTGCTT
GTAGTAAAACTCCATCTGTCCAATAGCTCCAAACGCCTCGGCTATACCCGCAAGGGCGAG
TTGTGGGATCAGCCACATAGCTGACATCGAA

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 2

CO CL5040Contig1 699 2 11 U
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GTTCTCTCTTTTACAGGATTAACTAAAAAGAGACTTTTACAAAGAAACATGAAATCTTCT
TTGTTCTGTTCTTCATCTCATCTGAAGCATTAGCAACTCCGGTTTCTCAATATACTCTTT
ACACTGGCAACAAAACCGAGCCACCGTTGCTCCATCCAGAACTCTATGATCCGCAGCGAT
GTTAACCATCATTGTCGACGCAGGATAAACAGACCCGTCTTCTTTAAACTTTGGAACTTT
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GCTAAGCTTGTTGTTTGTCGCCAAATGTTGTAACCGTGACAGCTCTTTGGTTATCTCTAG
CAAAGATAGTGACTGAACATTCTTTATATTAGGAACCACAAGGCCATGTTCAGTAGCCAT
CGCGACTCCAATGTTGTGTGAGCCTTTAAGGATGATCTCTAACGACTCCTCGTTGAAGCA
ACCATTCACGAAGGGGAATTTGGTTAGAGCCATTGAGAGTGACTTGATTAAAGTGGGAAG
GAACGTGTGTTTGACGGTGGAATCTGTGTTGTTCTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3H426JQ U 10
AF RR3GW95JQ U 1
BS 1 125 RR3GW95JQ
BS 126 126 RR3H426JQ
BS 127 180 RR3GW95JQ
BS 181 181 RR3H426JQ
BS 182 213 RR3GW95JQ
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RD RR3H426JQ 540 0 0
ACAT
TAAACATTATCTTATTCGATCATTTTAGGATGATTCATACAATTCAGGTTCTCTCTTTTA
CAGGATTAACTAAAAAGAGACTTTTACAGAGAAACATGAA*TCTTCTTTGTTCTGTTCTT
TGTCTCATCTGAAGCATTAGCAACTCCGGTTTCTCAATATACTCTTTACACTGGCAACAA
AACCGAGCCACCGTTGCTCCATCCAGAACTCTATGATCCGCAGCGATGTTAACCATCATT
GTCGACGCAGGATAAACAGACCCGTCTTCTTTGAACTTTGGAACTTTCTCGATTCTTCCA
AGAGCGATGATGGCAACTTCAGGTAAGTTCAGAAGAGGGGAACCAAACTTCCCACCGATT
GCTCCTATGTTACTCAGAGTTATGGTCCCACCGGTTACATCCTCGGGGCTAAGCTTGTTG
TTTGTCGCCAAATGTTGTAACCGTGACAGCTCTTTGGTTATCTCTAGCAAAGATAGTGAC
TGAACGTTCTTTATGTTAGGAACCACAAGGCCATGTTCAGTAGCCAT
TGCAACTCC

QA 5 531 5 531
DS 

RD RR3GW95JQ 699 0 0
GGGGTTCAGACACTAAACATTATCTTATTCGATCATTTTAGGATGATTCATACAATTCAG
GTTCTCTCTTTTACAGGATTAACTAAAAAGAGACTTTTACAAAGAAACATGAAATCTTCT
TTGTTTTGTTCTTCATCTCATCTGAAGCATTAGCAACTCCGGTTTCTCAATATACTCTTT
CCACTGGCAACAAAACCGAGCCACCGTTGCTCCGTCCAGAACTCTATGATCCGCAGCGAT
GTTAACCATCATTGTCGACGCAGGATAAACAGACCCGTCTTCTTTAAACTTTGGAACTTT
CTCGATTCTTCCAAGAGCGATGATGGCAACTTCAGGTAAGTTTAGAAGAGGAGAACCAAA
CTTCCCACCGATTGCTCCAATGTTACTCAGAGTTATGGTCCCACCGGTTACATCCTCGGG
GGTAAGCTTGTTGTTTGTCGCCAAATGTTGTAACCGTGACAGCTCTTTGGTTATCTCTAG
CAAAGATAGTGACTGAACATTCTTTATATTAGGAACCACAAGGCCATGTTCAGTAGCCAT
CGCGACTCCAATGTTGTGTGAGCCTTTAAGGATGATCTCTAACGACTCCTCGTTGAAGCA
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QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D258TF U 1
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CTTCTTGTGTTTGTGAACTTTGAACGGTCAAACTGCTAAACTATCCTCTG

QA 1 470 1 470
DS 

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ATCACAGGAAGACGAGGCCGAAGAAGACTCAGCCTTGGGACATTAAGAGAAAGCCTACAG
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CTTCTTGTGTTTGTGAACTTTGAACGGTCAAACTGCTAAACTATCCTCTG

QA 1 470 1 470
DS 



AS 1 2

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CATTCTGTCACCAACTGCTTCCCCCAAAGCCACCATTAACACCAAAGTCAAGGCACGGAA
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BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CI34TF C 1
AF RR3CI34JQ U 6
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BS 6 773 RR3CI34JQ

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QA 1 773 1 773
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TGTGAGACCATCGATGATACGGTTTAGGAACAGAGAGGGGTTTGATGGAACAAGCCTTGT
CTAGGTCAGGAATTGCGTGTAGGTGAGAAGGAAGATCGATGTTGAACTGCCCAAACTCAT
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TAGCACCAGAAATAGGGTCGGAGGAGGAAAAGAGAAGAGAGGCGGTGAGGATGACGGAGG
AGAGTTTGAGTTCGCCGTAGCCAGCTATCTCCACCAACTCCTTTCTGGTCCATCTCATTC
TGTCACCAACTGCTTCCCCCAAAGCCACCATTAACACCAAAGTCAAGGCACGGAACAAGA
ACCTCATCTCCATTATTCTGATGCTATAATTATGTAAACAAGTACCAATTGGCTATGAAA
TGGAACAAGCAAGCGTCCGTATATATATACAATCCCCGGCCGTAATGC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G556JQ C 1
AF RR3G556TF U 1
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ATGTTTCTCCGGGCACATCTATAGGCGCTGGTCTCTTTGTCCTCTTCTTTGGCTTGCTTG
TCAGCGAAGGCTTTATCTCTCTTTAAAAAAATGTTTCTAATTTTAATCTATGCTTTTGTT
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QA 1 469 1 469
DS 

RD RR3G556TF 469 0 0
GGAATCAAACTCACATCATAGAATCTCAACCAGATTCTTCATCTCATCAGAGAATTCTAA
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ATGTTTCTCCGGGCACATCTATAGGCGCTGGTCTCTTTGTCCTCTTCTTTGGCTTGCTTG
TCAGCGAAGGCTTTATCTCTCTTTAAAAAAATGTTTCTAATTTTAATCTATGCTTTTGTT
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QA 1 469 1 469
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5045Contig1 1060 2 2 U
GGCACTCAGAATTAGGCAACATGGTTATAAAGAAGGTTTCAATGCTAAGGACACTGTACC
ATATATAATCTGCTATGAACAGGGTAATACTAGCTCTGCCAGCTCAGCAGGGATTGCCGA
ACGTGCTAGGCATCCTGATGAAGTGAAATCAAAAGACAGCAAATGGTTGGTTGACATAGA
TTACTACTTGGCACAGCAGATTCATCCTGTGGTGTCTCGTTTATGCGCAGAGATTCAGGG
CACAAGTCCTGAGAGGTTAGCCGAGTGTTTAGGACTTGACCCATCAAAGTACCGAAGCAG
ATCAAACGATGCTACTGGCAGTGATCCTTCTACAGCACTCTTGTTTGCTACAAGCGATGA
AGAAAGATACAAAAGCTGCGAGCCTTTAGCATTAGCATGCCCCAGCTGCTCCGCTGCTTT
CAACTGTCCATCTATTATTAGCTCAGTTTGTGCGTCGATCAGTAAGAAATCTGAAACAGA
GGAATCTGATTCTACATTCTGGCTTAAGCTGCAATGCCCGAAATGTGAGCCAGGTGGTAG
CACGGGAAGAATATCCCCTGCAATGATAGCTAACCAGGTGAAAAGGCAGATCGATGGGTT
TGTGTCTATGTACTACAAAGGCATAATGATGTGTGACGATGAGTCTTGCAAGCACACGAC
TCGCACCCCCAACTTCCGTCTGCTTGGTGACCGTGAACGAGGAACAGTTTGTCCAAACTA
TCCTAATTGTAATGGAACCCTCTTAAGAAAGTACACTGAAGCAGACTTGTACAAGCAGCT
GTCATACTTTTGCCACATATTAGACACACAATGCACTCTAGAAAAGCAGATGGATGTTGG
TGTCAGAATTCAAGTAGAGAAAGCAATGACGAAGATAAGACCTGCGGTCCAGTCAGCAGC
ATCCATGGCTCGAAGTATCCGAGACCGGTGTGCATACGGATGGCTGCAACTCACAGACAT
AGCCATTTGATAGTTGTAATAACCATCTCATGTAGTTAAATTTATATCAATCTTTTTTGT
GACATCATTATAATCAAGCTACTCAGTTTTGTTCAGTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AI12TF U 1
AF RR3AI12JQ C 266
BS 1 734 RR3AI12TF
BS 735 1060 RR3AI12JQ

RD RR3AI12TF 734 0 0
GGCACTCAGAATTAGGCAACATGGTTATAAAGAAGGTTTCAATGCTAAGGACACTGTACC
ATATATAATCTGCTATGAACAGGGTAATACTAGCTCTGCCAGCTCAGCAGGGATTGCCGA
ACGTGCTAGGCATCCTGATGAAGTGAAATCAAAAGACAGCAAATGGTTGGTTGACATAGA
TTACTACTTGGCACAGCAGATTCATCCTGTGGTGTCTCGTTTATGCGCAGAGATTCAGGG
CACAAGTCCTGAGAGGTTAGCCGAGTGTTTAGGACTTGACCCATCAAAGTACCGAAGCAG
ATCAAACGATGCTACTGGCAGTGATCCTTCTACAGCACTCTTGTTTGCTACAAGCGATGA
AGAAAGATACAAAAGCTGCGAGCCTTTAGCATTAGCATGCCCCAGCTGCTCCGCTGCTTT
CAACTGTCCATCTATTATTAGCTCAGTTTGTGCGTCGATCAGTAAGAAATCTGAAACAGA
GGAATCTGATTCTACATTCTGGCTTAAGCTGCAATGCCCGAAATGTGAGCCAGGTGGTAG
CACGGGAAGAATATCCCCTGCAATGATAGCTAACCAGGTGAAAAGGCAGATCGATGGGTT
TGTGTCTATGTACTACAAAGGCATAATGATGTGTGACGATGAGTCTTGCAAGCACACGAC
TCGCACCCCCAACTTCCGTCTGCTTGGTGACCGTGAACGAGGAACAGTTTGTCCAAACTA
TCCTAATTGTAATG

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3AI12JQ 795 0 0
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CCTTCTACAGCACTCTTGTTTGCTACAAGCGATGAAGAAAGATACAAAAGCTGCGAGCCT
TTAGCATTAGCATGCCCCAGCTGCTCCGCTGCTTTCAACTGTCCATCTATTATTAGCTCA
GTTTGTGCGTCGATCAGTAAGAAATCTGAAACAGAGGAATCTGATTCTACATTCTGGCTT
AAGCTGCAATGCCCGAAATGTGAGCCAGGTGGTAGCACGGGAAGAATATCCCCTGCAATG
ATAGCTAACCAGGTGAAAAGGCAGATCGATGGGTTTGTGTCTATGTACTACAAAGGCATA
ATGATGTGTGACGATGAGTCTTGCAAGCACACGACTCGCACCCCCAACTTCCGTCTGCTT
GGTGACCGTGAACGAGGAACAGTTTGTCCAAACTATCCTAATTGTAATGGAACCCTCTTA
AGAAAGTACACTGAAGCAGACTTGTACAAGCAGCTGTCATACTTTTGCCACATATTAGAC
ACACAATGCACTCTAGAAAAGCAGATGGATGTTGGTGTCAGAATTCAAGTAGAGAAAGCA
ATGACGAAGATAAGACCTGCGGTCCAGTCAGCAGCATCCATGGCTCGAAGTATCCGAGAC
CGGTGTGCATACGGATGGCTGCAACTCACAGACATAGCCATTTGATAGTTGTAATAACCA
TCTCATGTAGTTAAATTTATATCAATCTTTTTTGTGACATCATTATAATCAAGCTACTCA
GTTTTGTTCAGTTCT

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL5046Contig1 597 2 1 U
GGGGAAGCAATGCAGAGAGGCTTGGGTCTGCTCCTGGAACGTTTTCCAATCACTGCTTGA
CGTATTTGGGATTGTACTTTGTCGGCAACTCTTTGTTTGGTTGGAACTGTCTTGCTCCTT
GGTTCTCTTATTCCAGCCGCTCTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTGAGGGAAGCTTTG
AGGCGACGAACAGGTCATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACGAGATGCAAAGGG
AGCATATGGAGACGACTTGTGACTTTGTGACGCATGTTCTTTGCCATACATGTGCACTTT
GCCAAGAAGGCCGTGAGATCCGCAGGAAGGTTCTTCCCCCTGGTTTCAATGCTCAGTCCA
CTGTGGTCGTGCTTCCACCAAGTGAACAAACCATGGGCCGTAAGTGAAAAGCTTGCGTTG
AGTCATGTGTCCTAAATAACACTTGTATACGCACAGTGAAGTGTGAACTAATGTTTGTCT
CTTGCTTGCTTTTGTCGCATGTTCTTTTCTTTTATTTTCTTTTTCTTCAACGCATGCAAC
ACATATGTATATCTTTATTGTTACGCACTTTGTTTTGATATGGTAATGTAATATTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AM53TF U 1
AF RR3AM53JQ C 129
BS 1 597 RR3AM53TF

RD RR3AM53TF 597 0 0
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CGTATTTGGGATTGTACTTTGTCGGCAACTCTTTGTTTGGTTGGAACTGTCTTGCTCCTT
GGTTCTCTTATTCCAGCCGCTCTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTGAGGGAAGCTTTG
AGGCGACGAACAGGTCATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACGAGATGCAAAGGG
AGCATATGGAGACGACTTGTGACTTTGTGACGCATGTTCTTTGCCATACATGTGCACTTT
GCCAAGAAGGCCGTGAGATCCGCAGGAAGGTTCTTCCCCCTGGTTTCAATGCTCAGTCCA
CTGTGGTCGTGCTTCCACCAAGTGAACAAACCATGGGCCGTAAGTGAAAAGCTTGCGTTG
AGTCATGTGTCCTAAATAACACTTGTATACGCACAGTGAAGTGTGAACTAATGTTTGTCT
CTTGCTTGCTTTTGTCGCATGTTCTTTTCTTTTATTTTCTTTTTCTTCAACGCATGCAAC
ACATATGTATATCTTTATTGTTACGCACTTTGTTTTGATATGGTAATGTAATATTCA

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3AM53JQ 469 0 0
TATTCCAGCCGCTCTGCCATTCGCCGAAGGTTTAACCTTGAGGGAAGCTTTGAGGCGACG
AACAGGTCATGTGGTTGCTGCGGTAGCTGCATAGAAGACGAGATGCAAAGGGAGCATATG
GAGACGACTTGTGACTTTGTGACGCATGTTCTTTGCCATACATGTGCACTTTGCCAAGAA
GGCCGTGAGATCCGCAGGAAGGTTCTTCCCCCTGGTTTCAATGCTCAGTCCACTGTGGTC
GTGCTTCCACCAAGTGAACAAACCATGGGCCGTAAGTGAAAAGCTTGCGTTGAGTCATGT
GTCCTAAATAACACTTGTATACGCACAGTGAAGTGTGAACTAATGTTTGTCTCTTGCTTG
CTTTTGTCGCATGTTCTTTTCTTTTATTTTCTTTTTCTTCAACGCATGCAACACATATGT
ATATCTTTATTGTTACGCACTTTGTTTTGATATGGTAATGTAATATTCA

QA 1 469 1 469
DS 



AS 1 2

CO CL5047Contig1 249 2 1 U
TTTTTGAATGGCAGTTCCAAAAAAACGTACTTCTATCTCGAAAAAGCGTATTCGTAAAAA
AATTTGGAAAAGGAAGGGATATAGGACATCGTTGAAAGCGATTTCTTTAGGGAAATCGCT
TTCAACAGGTAATTCAAAAAGTTTTTTTGTACAACAAAATAAATAAAAAAACACTAGAAT
CATTAGAATTAGCCTAACGTAAAAACAAATTTTTTAGAATACATATAAATAAAGAAATCA
ATAGGAACG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DW80JQ C 1
AF RR3DW80TF U 1
BS 1 249 RR3DW80TF

RD RR3DW80JQ 249 0 0
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ATAGGAACG

QA 1 249 1 249
DS 

RD RR3DW80TF 249 0 0
TTTTTGAATGGCAGTTCCAAAAAAACGTACTTCTATCTCGAAAAAGCGTATTCGTAAAAA
AATTTGGAAAAGGAAGGGATATAGGACATCGTTGAAAGCGATTTCTTTAGGGAAATCGCT
TTCAACAGGTAATTCAAAAAGTTTTTTTGTACAACAAAATAAATAAAAAAACACTAGAAT
CATTAGAATTAGCCTAACGTAAAAACAAATTTTTTAGAATACATATAAATAAAGAAATCA
ATAGGAACG

QA 1 249 1 249
DS 



AS 1 2

CO CL5048Contig1 912 2 10 U
ATTCGACTCTGCTATTGATGGATGCGAAGGTGTTTTCCACACTGCTTCCCCGTTTTATCA
CGATGTCAAAGACCCACAGGCTGAACTTATTGATCCTGCTGTCAAGGGAACACTTAACGT
TTTGAAATCATGCACCAAAGCATCTTCTGTCAAAAGAGTTGTTATTACCTCCTCCATTGC
AGCCGTTGCTTACAATAGTAAACCACGCACACCTGATGTTACCGTCGATGAAACTTGATT
CTCTGATCCCAAGGTTTGCAAGAATGCAAAGAAGTGGTATGTTCTCTCCAAGACCTTGGC
AGAAGAAGCTGCTTTGGAAATTCGCTAAAGAGAAAGGCTTGGACATTGTTACTATCAACC
CGGCAATGGTGATTGGTCCTCTCCTTCAGCCAACTCTAAACACGAGTACTGCTGCTGTAC
TAAACTTTATAAATGGTGCAAAGACATTCCCCAACTCAGTTTCTGGATGGGTTAATGTAA
AAGGACGTAGCCAATGCGCACATCCAAGCATATGAGATCCCTTCAGCTAGTGGACGTTAT
TGCATGGTCGAGATAGTCCTTCACCACTCTGAGACTGTGAACATTCTGCGTCAGCTTTAC
CCAAACCTCCAACTCCCTGAAAGGTGTGCGGATGAGAATCCGTATGTTCCGACGTACCAA
GTGTCCAAGGAGAGGATAAGGAGCCTTGGCATAGACTACATACCCTTGGAAGTTAGCATC
AAGGAGACCGTCAAGTCCTTGAAGGAGAAAGGTTTCATTAACGTCTGAGGAAGTATTTGA
GCCAGCAAACCGGATTCAAACCTCTTGCTTTCGTTCTTCTTTTAAGGAGAGATTATTATG
TTGTTGTTGTTGGTTCCATCAAAACTTATAATAAATTAAGCAATAATCTCATGACATTTC
TTTAAGTTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B931TF U 1
AF RR3B931JQ C 108
BS 1 492 RR3B931TF
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BS 582 606 RR3B931TF
BS 607 912 RR3B931JQ

RD RR3B931TF 608 0 0
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CTCTGATCCCAAGGTTTGCAAGAATGCAAAGAAGTGGTATGTTCTCTCCAAGACCTTGGC
AGAAGAAGCTGCTTTGGAAATTCGCTAAAGAGAAAGGCTTGGACATTGTTACTATCAACC
CGGCAATGGTGATTGGTCCTCTCCTTCAGCCAACTCTAAACACGAGTACTGCTGCTGTAC
TAAACTTTATAAATGGTGCAAAGACATTCCCCAACTCAGTTTCTGGATGGGTTAATGTAA
AAGGACGTAGCCCATGCGCACATCCCAGCATATGAGATCCCTTCAGCTAGTGGACGTTAT
TGCATGGTCGAGATAGTCCTTCAC*ACTCTGAGACTGTGA*CATTCTGCGTCAGCTTTAC
CCAAAC
TC

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3B931JQ 805 0 0
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TGGGTTAATGTAAA*GGACGTAGCCAATGCGCACATCCAAGCATATGAGATCCCTTCAGC
TAGTGGACGTTATTGCATGGTCGAGATAGTCCTTCACCACTCTGAGACTGTGAACATTTT
GCGTCAGCTTTACCCAAACCTCCAACTCCCTGAAAGGTGTGCGGATGAGAATCCGTATGT
TCCGACGTACCAAGTGTCCAAGGAGAGGATAAGGAGCCTTGGCATAGACTACATACCCTT
GGAAGTTAGCATCAAGGAGACCGTCAAGTCCTTGAAGGAGAAAGGTTTCATTAACGTCTG
AGGAAGTATTTGAGCCAGCAAACCGGATTCAAACCTCTTGCTTTCGTTCTTCTTTTAAGG
AGAGATTATTATGTTGTTGTTGTTGGTTCCATCAAAACTTATAATAAATTAAGCAATAAT
CTCATGACATTTCTTTAAGTTTACG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL5049Contig1 1238 2 4 U
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CACCAGATCTCCAACAACTCGCCATGGATCTCCAGCCAGAAGAGCTCCAGTTCTTGACGA
TTCCTCAGCTCCTCCAAGAATCCATCTCAATCAAGAAACGATCTCCAAGAACCTTCTACC
TCATCACCTTATCCCTCATCTTCCCTCTCTCCTTCGCCATCCTCGCCCACTCCCTCTTCA
CCCAGCCTCTTCTCGCCAAGCTCGACACCTCCGACCCTCCTAACTCGGATCGTTCCCGTC
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CTCTCCTCTCAACCGCCGCCGTGGTCTTCACCGTCGCTTCTCTCTACACCGGGAAGCCAG
TCTCCTTCTCCTCCACCATCTCCGCCATCCCCAAAGTCTTTAAACGACTCTTGATCACTT
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AGACGGCTTTGTATGATCATCTTGGTGGCTATCTTGGTGATTATGTGCCTCTTAAGAGCA
ACATTCAGTTGGAGAATTTAGACATTTGAAGCATAAGAGATTCTGGTACTGTTTCTTCAT
ATCTTTTCCGTCTCTTTTATAAGCTATGTAAGATTGGCGAGGAAGGAGAAGAAGTAGAAA
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TTAGTGTTTTGATTTGGTTAATCCATGATTTTAAGGAG


BQ
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AF RR3G808TF U 1
AF RR3G808JQ C 433
BS 1 706 RR3G808TF
BS 707 707 RR3G808JQ
BS 708 722 RR3G808TF
BS 723 1238 RR3G808JQ

RD RR3G808TF 722 0 0
GGATTGACCCGTCGGTGTATAATCATCTCTCCTCTGTTTTATCTCTCTCTCTCTAGCTCT
CACCAGATCTCCAACAACTCGCCATGGATCTCCAGCCAGAAGAGCTCCAGTTCTTGACGA
TTCCTCAGCTCCTCCAAGAATCCATCTCAATCAAGAAACGATCTCCAAGAACCTTCTACC
TCATCACCTTATCCCTCATCTTCCCTCTCTCCTTCGCCATCCTCGCCCACTCCCTCTTCA
CCCAGCCTCTTCTCGCCAAGCTCGACACCTCCGACCCTCCTAACTCGGATCGTTCCCGTC
ACGACTGGACCAAGCTCCTCATCTTCCAGTTCAGCTACCTCATCTTCCTCTTCGCCTTCT
CTCTCCTCTCAACCGCCGCCGTGGTCTTCACCGTCGCTTCTCTCTACACCGGGAAGCCAG
TCTCCTTCTCCTCCACCATCTCCGCCATCCCCAAAGTCTTTAAACGACTCTTGATCACTT
TCCTCTGGGTTGCTCTCTTGATGTTCGCTTACAACGCGGTCTTCTTTGTCTTCCTGGTGA
TCCTCTTCGTAGCTCTGGACATGAACAGCGTAGGCTTAGCGGTTACTGCCGGACTGTTGA
TCGCTGTTCTGTACTTCGGTGTTCATGTCTATTTCACTGCGTTGTGGCATCTAGGTAGCG
TGATCTCTGTTCTTGAGCCTGTTTATGGACTCGCTGCCATGAGAAA*GCTTATGAGCTTC
TC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3G808JQ 806 0 0
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CTCTCTTGATGTTCGCTTACAACGCGGTCTTCTTTGTCTTCCTGGTGATCCTCTTCGTAG
CTCTGGACATGAACAGCGTAGGCTTAGCGGTTACTGCCGGACTGTTGATCGCTGTTCTGT
ACTTCGGTGTTCATGTCTATTTCACTGCGTTGTGGCATCTAGGTAGCGTGATCTCTGTTC
TTGAGCCTGTTTATGGACTCGCTGCCATGAGAAAAGCTTATGAGCTTCTCAAAGGGAAGG
TTAAGATGGCTATGGGGTTGGTCTTTGTTTACCTTTTGCTCTGTGGGTTGATTGGAGTTA
CTTTTGGGTCGATTGTGGTTCATGGTGGAGGGAAGTATGGGACTTTGACTAGGACTCTTG
TTGGTGGTTTGCTTGTTGGTTTTCTCGTGGTGGTGAATCTTGTGGGTTTGTTGGTTCAGA
GTGTGTTTTATTATGTTTGCAAGAGTTATCATCATCAGGCGATTGATAAGACGGCTTTGT
ATGATCATCTTGGTGGCTATCTTGGTGATTATGTGCCTCTTAAGAGCAACATTCAGTTGG
AGAATTTAGACATTTGAAGCATAAGAGATTCTGGTACTGTTTCTTCATATCTTTTCCGTC
TCTTTTATAAGCTATGTAAGATTGGCGAGGAAGGAGAAGAAGTAGAAATGTCGAATCTGA
ATGAAGTATTAGTAATGTAATGTTTATGTACAGACTCAGCACTCTTTGTTAGTGTTTTGA
TTTGGTTAATCCATGATTTTAAGGAG

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL5050Contig1 981 2 2 U
GCTTCCAGGAAAGGCTATGAGATAAACAAAGAAGACGCCTGGGCACATCACTGTCTATGT
CATGTTCTTCATCATGAGTGTCGATTTAAAGAAGCGGTGGAGTTCATGAAAGGAGTCTCA
CAATCTTGTCCTTCTTGCTCATCCTTCATGTATACACACAATTGGTGGCATGTTGCTCTC
TGTTACTTGGAAGGAGGGTCACCGATGAGTGAAGTCATGAAGATTTATGATACTCACATC
TGGAAGGATTTGGAGAAAGAAGACGCTGTTCCTCCTGAAGTTTATCTCAATGCTCTCGGT
TTGTTATTGCGTCTTGATGTAAGAGATGCTCTTGATGGTTCGTTTGAAGACCGTCTCAAA
CTCCTTGCAGCTCGTTTGACTGATAAGGCAAACTGGTACTTGGAGTGGCATCTTGATATA
TTGATAGTTTGGGCATTGGCGAAAGCTGGAGAGACATCAAGAGCTCATGAACTACTCCAG
GGTCTGAAGTTCCGAGTATCGAAGATGACCAAGAAGAAACAACAAGTGATGCAGAAAGGG
ATTCAGCTTGGAGAAGCTGTGTATGAATACGCAAAGGGTAACTATAAACAGGCTTTATCA
CTACTTGGTTCAGATTTTAACGCCATTGGTTACAAGATCATTGGGGCATCAGATGAACAA
ATAGATGTTTTCAATGAAATGTGGTGCCAGCTACTGCTAAAGACATGCCAACCCTCCACT
GCCAAAGAAGTGATCAGAGAAAGGATAAAGGTCAGAGATGGTGTTCCCTTCATGTGGCGT
TTGCTGGAGAAGAGCTATGCCATGGAAGGCAATGCAGATGCTGAGAGAGCAGGAGAGAGA
GCTAAGAAGCTGGAAGGATCTTCTTATTTCTAACTCTGCTTCTTTATGATAATATAACTT
AATGTGTAAAATCCTTTGGATTTGGTGTTACGCGTGTACATATTGTTTTATAGCAAATAG
AAGACACTTTTACTAGGAGCC


BQ
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AF RR3G075TF U 1
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BS 1 733 RR3G075TF
BS 734 981 RR3G075JQ

RD RR3G075TF 733 0 0
GCTTCCAGGAAAGGCTATGAGATAAACAAAGAAGACGCCTGGGCACATCACTGTCTATGT
CATGTTCTTCATCATGAGTGTCGATTTAAAGAAGCGGTGGAGTTCATGAAAGGAGTCTCA
CAATCTTGTCCTTCTTGCTCATCCTTCATGTATACACACAATTGGTGGCATGTTGCTCTC
TGTTACTTGGAAGGAGGGTCACCGATGAGTGAAGTCATGAAGATTTATGATACTCACATC
TGGAAGGATTTGGAGAAAGAAGACGCTGTTCCTCCTGAAGTTTATCTCAATGCTCTCGGT
TTGTTATTGCGTCTTGATGTAAGAGATGCTCTTGATGGTTCGTTTGAAGACCGTCTCAAA
CTCCTTGCAGCTCGTTTGACTGATAAGGCAAACTGGTACTTGGAGTGGCATCTTGATATA
TTGATAGTTTGGGCATTGGCGAAAGCTGGAGAGACATCAAGAGCTCATGAACTACTCCAG
GGTCTGAAGTTCCGAGTATCGAAGATGACCAAGAAGAAACAACAAGTGATGCAGAAAGGG
ATTCAGCTTGGAGAAGCTGTGTATGAATACGCAAAGGGTAACTATAAACAGGCTTTATCA
CTACTTGGTTCAGATTTTAACGCCATTGGTTACAAGATCATTGGGGCATCAGATGAACAA
ATAGATGTTTTCAATGAAATGTGGTGCCAGCTACTGCTAAAGACATGCCAACCCTCCACT
GCCAAAGAAGTGA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3G075JQ 717 0 0
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GATGCTCTTGATGGTTCGTTTGAAGACCGTCTCAAACTCCTTGCAGCTCGTTTGACTGAT
AAGGCAAACTGGTACTTGGAGTGGCATCTTGATATATTGATAGTTTGGGCATTGGCGAAA
GCTGGAGAGACATCAAGAGCTCATGAACTACTCCAGGGTCTGAAGTTCCGAGTATCGAAG
ATGACCAAGAAGAAACAACAAGTGATGCAGAAAGGGATTCAGCTTGGAGAAGCTGTGTAT
GAATACGCAAAGGGTAACTATAAACAGGCTTTATCACTACTTGGTTCAGATTTTAACGCC
ATTGGTTACAAGATCATTGGGGCATCAGATGAACAAATAGATGTTTTCAATGAAATGTGG
TGCCAGCTACTGCTAAAGACATGCCAACCCTCCACTGCCAAAGAAGTGATCAGAGAAAGG
ATAAAGGTCAGAGATGGTGTTCCCTTCATGTGGCGTTTGCTGGAGAAGAGCTATGCCATG
GAAGGCAATGCAGATGCTGAGAGAGCAGGAGAGAGAGCTAAGAAGCTGGAAGGATCTTCT
TATTTCTAACTCTGCTTCTTTATGATAATATAACTTAATGTGTAAAATCCTTTGGATTTG
GTGTTACGCGTGTACATATTGTTTTATAGCAAATAGAAGACACTTTTACTAGGAGCC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL5051Contig1 827 2 2 U
GATCACTCATGACACAAGCGCAGTCACTTTACCAGTCCACCTTCTCATACTGTTTACCGA
GTTTCAGGTCCCTCGCCTTCTCTGGTTCGTTGAGACTCGGCCCCACTTCTCAGCCCCTGC
GCTTGAAGTACACGCCACTCTTGAGAAACCCTAGAAGGTCCTCTTTGTATTACGTCAACC
TCGTTGCGATACGTGTTGGTAATAAAGTCCTCGACTTACCTCGGGAAGCTATTGCTTTTA
ACCCCACCACCGGCGCTGGAACCATCTTTGACTCCGGGACCGTGTACACGCGGTTGGCTA
AGCCGGTTTACGAGGCGGTGAGGGACGAGTTCAGGAGGCGCGTGAAGCCACGTAACGCTG
TAGTGACGTCACTCGGAGGATTCGACACGTGCTACTCAGGGCAAGTCACGGTGCCGGCGA
TAACATTCATGTTGAAGGGAGTAAACATGACGATGCCAGCGGATAACCTGATGCTACACA
GCACCGCCGGGAGCACGTCTTGCCTCGCCATTGCTGTGGCGCCGGAAAACGTGAACTCTG
TGGTCAACGTGATCGCAAGCATGCAGCAGCAGAACCACCGTGTCTTGATCGATGTTCCCA
ATGGACGGATCGGGTTGGCACGTGAATTATGCTCTTAAAAAGTTGAAACCGACGAAAATT
AATTAAGAGAGCAGAGAGGCTTTTTTTAATATATATCTTGTTTGTTTGTTTTTGTGTTTT
CATTTTTGTTCTTCTCGTTATGTTTGTTTCACAATATGGCACTATTCATCTGATTGTTAT
CGGGCGGTGATGTGTAGCATTTGTCCTATCGACATTTTTATTTGGTT


BQ
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AF RR3DW37TF U 1
AF RR3DW37JQ C 169
BS 1 637 RR3DW37TF
BS 638 827 RR3DW37JQ

RD RR3DW37TF 637 0 0
GATCACTCATGACACAAGCGCAGTCACTTTACCAGTCCACCTTCTCATACTGTTTACCGA
GTTTCAGGTCCCTCGCCTTCTCTGGTTCGTTGAGACTCGGCCCCACTTCTCAGCCCCTGC
GCTTGAAGTACACGCCACTCTTGAGAAACCCTAGAAGGTCCTCTTTGTATTACGTCAACC
TCGTTGCGATACGTGTTGGTAATAAAGTCCTCGACTTACCTCGGGAAGCTATTGCTTTTA
ACCCCACCACCGGCGCTGGAACCATCTTTGACTCCGGGACCGTGTACACGCGGTTGGCTA
AGCCGGTTTACGAGGCGGTGAGGGACGAGTTCAGGAGGCGCGTGAAGCCACGTAACGCTG
TAGTGACGTCACTCGGAGGATTCGACACGTGCTACTCAGGGCAAGTCACGGTGCCGGCGA
TAACATTCATGTTGAAGGGAGTAAACATGACGATGCCAGCGGATAACCTGATGCTACACA
GCACCGCCGGGAGCACGTCTTGCCTCGCCATTGCTGTGGCGCCGGAAAACGTGAACTCTG
TGGTCAACGTGATCGCAAGCATGCAGCAGCAGAACCACCGTGTCTTGATCGATGTTCCCA
ATGGACGGATCGGGTTGGCACGTGAATTATGCTCTTA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3DW37JQ 659 0 0
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CTATTGCTTTTAACCCCACCACCGGCGCTGGAACCATCTTTGACTCCGGGACCGTGTACA
CGCGGTTGGCTAAGCCGGTTTACGAGGCGGTGAGGGACGAGTTCAGGAGGCGCGTGAAGC
CACGTAACGCTGTAGTGACGTCACTCGGAGGATTCGACACGTGCTACTCAGGGCAAGTCA
CGGTGCCGGCGATAACATTCATGTTGAAGGGAGTAAACATGACGATGCCAGCGGATAACC
TGATGCTACACAGCACCGCCGGGAGCACGTCTTGCCTCGCCATTGCTGTGGCGCCGGAAA
ACGTGAACTCTGTGGTCAACGTGATCGCAAGCATGCAGCAGCAGAACCACCGTGTCTTGA
TCGATGTTCCCAATGGACGGATCGGGTTGGCACGTGAATTATGCTCTTAAAAAGTTGAAA
CCGACGAAAATTAATTAAGAGAGCAGAGAGGCTTTTTTTAATATATATCTTGTTTGTTTG
TTTTTGTGTTTTCATTTTTGTTCTTCTCGTTATGTTTGTTTCACAATATGGCACTATTCA
TCTGATTGTTATCGGGCGGTGATGTGTAGCATTTGTCCTATCGACATTTTTATTTGGTT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL5052Contig1 782 2 2 U
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TGGAGAAAACTTTGCAAGAACCATAGATAGGAAACTTCTCGGTCTTCACAGGAAAGAGAA
GCTAACACATTTCAAAGTCTATTGGCACGACATCTTAAGCGGTCCAAACCCAACCTCCAT
TATGATCCAGCCACCGGTTACAAACTCTACTACCAACTTTGGAGGAATCACTATGATCGA
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CGAGGCTCGGACAAAGTGGTTTAATATCAAGAACGGTGATGCTACTGTTGAGTATAATTG
TTATGTTCTGCATTATTGATGTTTTTGTCGTGCTTATATATTTAATCCGACGACGTAATA
ATATAACAAGATTTTTATTATGTTATGTTTTATTTGCATTTGGCTTATGGTGTGTGTCGT
CGTGTGGATTTGTTCTACTGATTATGTCGTTTGTTAAATTAATAATATTGATATTTGTTT
TC


BQ
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10 10 

AF RR3CI14TF U 1
AF RR3CI14JQ C 288
BS 1 757 RR3CI14TF
BS 758 782 RR3CI14JQ

RD RR3CI14TF 761 0 0
GGATGCATGATTTATAACAAACCTATACTAAAACCAAAAAGAAAAACTCATGGCTAAGCT
CATTTTCTTCATCTCCCTCCAAATCCTCCTCCTCTCAGTCGTTTCTTCCACTGGAGATGA
TGGAGAAAACTTTGCAAGAACCATAGATAGGAAACTTCTCGGTCTTCACAGGAAAGAGAA
GCTAACACATTTCAAAGTCTATTGGCACGACATCTTAAGCGGTCCAAACCCAACCTCCAT
TATGATCCAGCCACCGGTTACAAACTCTACTACCAACTTTGGAGGAATCACTATGATCGA
CAACGCGTTGACTGCGAAAGTCCCGACGAACTCCACGTTAGTTGGCCAGGCCCAAGGGTT
TTACGCCGGAGCGGCCCAAAAGGAGTTAGGTTTTCTAATGGCGATGAACTTTGTTTTTAA
GACAGGGAAGTACAACGGAAGTACGATCACGATTCTTGGTCGGAACACCCCATTTTCGGA
GGTCAGAGAAATGCCGATCGTTGGAGGAAGTGGGCTTTTCAGATTTGCCAGAGGCTATGT
CGAGGCTCGGACAAAGTGGTTTAATATCAAGAACGGTGATGCTACTGTTGAGTATAATTG
TTATGTTCTGCATTATTGATGTTTTTGTCGTGCTTATATATTTAATCCGACGACGTAATA
ATATAACAAGATTTTTATTATGTTATGTTTTATTTGCATTTGGCTTATGGTGTGTGTCGT
CGTGTGGATTTGTTCTACTGATTATGTCGTTTGTTAA
TTAT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3CI14JQ 495 0 0
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AGGCCCAAGGGTTTTACGCCGGAGCGGCCCAAAAGGAGTTAGGTTTTCTAATGGCGATGA
ACTTTGTTTTTAAGACAGGGAAGTACAACGGAAGTACGATCACGATTCTTGGTCGGAACA
CCCCATTTTCGGAGGTCAGAGAAATGCCGATCGTTGGAGGAAGTGGGCTTTTCAGATTTG
CCAGAGGCTATGTCGAGGCTCGGACAAAGTGGTTTAATATCAAGAACGGTGATGCTACTG
TTGAGTATAATTGTTATGTTCTGCATTATTGATGTTTTTGTCGTGCTTATATATTTAATC
CGACGACGTAATAATATAACAAGATTTTTATTATGTTATGTTTTATTTGCATTTGGCTTA
TGGTGTGTGTCGTCGTGTGGATTTGTTCTACTGATTATGTCGTTTGTTAAATTAATAATA
TTGATATTTGTTTTC

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

CO CL5053Contig1 886 2 2 U
GGATCATACTAGTAACATTGGATGGAAAGCATCACAGAGAGCTAAACCGTTGATTATAGA
TCCTGGGCTGTATTTGAACAAGAAGTCTGATGTGTTTTGGATTACGCAAAGACGAAGCAT
CCCAACAGCATTCAAGCTCTTCACAGGCTCTGCTTGGATGGCGTTATCTCGGCCATTCAT
AGACTATTGCATATGGGGTTGGGATAATCTACCTCGTACCGTCTTAATGTACTACTCCAA
TTTCCTCTCTTCTCCGGAAGGATATTTCCACACAGTTCTCTGCAACGCCGAGGAATTCAA
AAACACTACAGTAAACAGCGACCTACACTTCATAACGTGGGACAATCCCCCTAAGCAGCA
TCCACACCATCTCAATCTTGCAGACATGGATAGAATGGTCAATAGCAATGCCCCCTTTGC
TAGAAAGTTCAGAAGAGAAGATCCTGTTCTCGACACCATTGATGAGGAGCTTCTTAACAG
AGGTCATGGTATGCCTACACCTGGTGGGTGGTGCATCGGAAGCCGTGAAAATGGGACCGA
CCCTTGTGCAGTTATTGGTGATACCGATGTTCTCAGGCCTGGTCTAGGCGCTAGACGGCT
GGAGACTCTTGTCACTTCTCTGTTATCTACTGAAAATTTTCAACCAAAGCAGTGCAAGTA
AATCTTTATAGTGAAACCACGTTGCAGAACAACATCAAAGAGATCGGATCTTGCAGCCTT
CTTTGTTGGGATTAGATGTGATTGTATCTCACTAATAGTCAAAGAGTATAAGTGACGAAA
CTGAACAGTTCAGGCTTTGGCTCTTGGAAGCATACATGCCATCACAGCCACAGGTTAATG
TATTGTTGTAGTACTCTGTTTTTTAAGTTAGTTACTCTCTTTCACC


BQ
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AF RR3B932TF U 1
AF RR3B932JQ C 263
BS 1 732 RR3B932TF
BS 733 886 RR3B932JQ

RD RR3B932TF 732 0 0
GGATCATACTAGTAACATTGGATGGAAAGCATCACAGAGAGCTAAACCGTTGATTATAGA
TCCTGGGCTGTATTTGAACAAGAAGTCTGATGTGTTTTGGATTACGCAAAGACGAAGCAT
CCCAACAGCATTCAAGCTCTTCACAGGCTCTGCTTGGATGGCGTTATCTCGGCCATTCAT
AGACTATTGCATATGGGGTTGGGATAATCTACCTCGTACCGTCTTAATGTACTACTCCAA
TTTCCTCTCTTCTCCGGAAGGATATTTCCACACAGTTCTCTGCAACGCCGAGGAATTCAA
AAACACTACAGTAAACAGCGACCTACACTTCATAACGTGGGACAATCCCCCTAAGCAGCA
TCCACACCATCTCAATCTTGCAGACATGGATAGAATGGTCAATAGCAATGCCCCCTTTGC
TAGAAAGTTCAGAAGAGAAGATCCTGTTCTCGACACCATTGATGAGGAGCTTCTTAACAG
AGGTCATGGTATGCCTACACCTGGTGGGTGGTGCATCGGAAGCCGTGAAAATGGGACCGA
CCCTTGTGCAGTTATTGGTGATACCGATGTTCTCAGGCCTGGTCTAGGCGCTAGACGGCT
GGAGACTCTTGTCACTTCTCTGTTATCTACTGAAAATTTTCAACCAAAGCAGTGCAAGTA
AATCTTTATAGTGAAACCACGTTGCAGAACAACATCAAAGAGATCGGATCTTGCAGCCTT
CTTTGTTGGGAT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3B932JQ 624 0 0
TATTTCCACACAGTTCTCTGCAACGCCGAGGAATTCAAAAACACTACAGTAAACAGCGAC
CTACACTTCATAACGTGGGACAATCCCCCTAAGCAGCATCCACACCATCTCAATCTTGCA
GACATGGATAGAATGGTCAATAGCAATGCCCCCTTTGCTAGAAAGTTCAGAAGAGAAGAT
CCTGTTCTCGACACCATTGATGAGGAGCTTCTTAACAGAGGTCATGGTATGCCTACACCT
GGTGGGTGGTGCATCGGAAGCCGTGAAAATGGGACCGACCCTTGTGCAGTTATTGGTGAT
ACCGATGTTCTCAGGCCTGGTCTAGGCGCTAGACGGCTGGAGACTCTTGTCACTTCTCTG
TTATCTACTGAAAATTTTCAACCAAAGCAGTGCAAGTAAATCTTTATAGTGAAACCACGT
TGCAGAACAACATCAAAGAGATCGGATCTTGCAGCCTTCTTTGTTGGGATTAGATGTGAT
TGTATCTCACTAATAGTCAAAGAGTATAAGTGACGAAACTGAACAGTTCAGGCTTTGGCT
CTTGGAAGCATACATGCCATCACAGCCACAGGTTAATGTATTGTTGTAGTACTCTGTTTT
TTAAGTTAGTTACTCTCTTTCACC

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL5054Contig1 910 2 2 U
GCTTGCAACGTTCTTCGATCCAAGAAGAAGGCAACATATGACAAACCGTGTGGTTACCTT
ATGGTACAGAGCGCCAGAGCTTCTTCATGGTGTTGTGGAGTATGGTTTTGGTATCGATCT
ATGGAGTGCAGGTTGTATTTTAGGCGAGCTACTTAGTCGTAGACCGATAATGCCAGGTCG
AACCGAGGTGGAGCAACTGCATAGGATCTATAAACTATGTGGATCACCTTCTGAGGAGTA
TTGGAGGAAGATTAAGTTACCGTCCACTCGTAAGCATGCTCAACACAGGCCCTTACCGCA
GTATAAGAGGCGCATAAGAGAGGTTTATACAGATTTCTCTCCTGAGGCAGTCTCTCTTAT
GGATACTCTCCTTGCACTTGACCCTGCTGAGCGTACGAGTGCAACATCTGCATTAATGAG
TGATTTCTTCACAACGAGCTGTTAGAGCAATGCCGGTTCCAGAGGCTAATGCTGAGGTTC
AATCAAACATTGATAGGATGCGTATGATCACGCACGCAAACGCAAAGAGCAAGAGTGATA
AGTTCCCTCCTCCACACCAAGACGGTTTGCTCGGTTTTCCAATGGGATTGTCCAGGCGTT
TTGAACCGTCTGAGATACCTTTTAGCTCAACTTCGTTTACTTCTTACGCTGATGAGCCTC
TCGAGATGTGGTCTGGCCCTCTAGCGCCAGTGGAGTTTACGGACATTGCGGCTGAGACGC
GGAGGAGTGGAACTGGTGGATGCGAGAGTGGTAATAGGAGGATGGATGCGAAGGTTGATG
GAAAAAGAGCTATTTTATAAATATTTTATTCATCTGCAAAATTTTGAAGATAATAATTTT
TTATTATTACATAGAGAGTTGGGAATATTTGGGTTTGAATGAAGAAAAGAATCTTATATA
CTTTTTTAGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS81TF U 1
AF RR3GS81JQ C 233
BS 1 701 RR3GS81TF
BS 702 910 RR3GS81JQ

RD RR3GS81TF 706 0 0
GCTTGCAACGTTCTTCGATCCAAGAAGAAGGCAACATATGACAAACCGTGTGGTTACCTT
ATGGTACAGAGCGCCAGAGCTTCTTCATGGTGTTGTGGAGTATGGTTTTGGTATCGATCT
ATGGAGTGCAGGTTGTATTTTAGGCGAGCTACTTAGTCGTAGACCGATAATGCCAGGTCG
AACCGAGGTGGAGCAACTGCATAGGATCTATAAACTATGTGGATCACCTTCTGAGGAGTA
TTGGAGGAAGATTAAGTTACCGTCCACTCGTAAGCATGCTCAACACAGGCCCTTACCGCA
GTATAAGAGGCGCATAAGAGAGGTTTATACAGATTTCTCTCCTGAGGCAGTCTCTCTTAT
GGATACTCTCCTTGCACTTGACCCTGCTGAGCGTACGAGTGCAACATCTGCATTAATGAG
TGATTTCTTCACAACGAGCTGTTAGAGCAATGCCGGTTCCAGAGGCTAATGCTGAGGTTC
AATCAAACATTGATAGGATGCGTATGATCACGCACGCAAACGCAAAGAGCAAGAGTGATA
AGTTCCCTCCTCCACACCAAGACGGTTTGCTCGGTTTTCCAATGGGATTGTCCAGGCGTT
TTGAACCGTCTGAGATACCTTTTAGCTCAACTTCGTTTACTTCTTACGCTGATGAGCCTC
TCGAGATGTGGTCTGGCCCTCTAGCGCCAGTGGAGTTTACG
ACATT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3GS81JQ 678 0 0
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TTACCGCAGTATAAGAGGCGCATAAGAGAGGTTTATACAGATTTCTCTCCTGAGGCAGTC
TCTCTTATGGATACTCTCCTTGCACTTGACCCTGCTGAGCGTACGAGTGCAACATCTGCA
TTAATGAGTGATTTCTTCACAACGAGCTGTTAGAGCAATGCCGGTTCCAGAGGCTAATGC
TGAGGTTCAATCAAACATTGATAGGATGCGTATGATCACGCACGCAAACGCAAAGAGCAA
GAGTGATAAGTTCCCTCCTCCACACCAAGACGGTTTGCTCGGTTTTCCAATGGGATTGTC
CAGGCGTTTTGAACCGTCTGAGATACCTTTTAGCTCAACTTCGTTTACTTCTTACGCTGA
TGAGCCTCTCGAGATGTGGTCTGGCCCTCTAGCGCCAGTGGAGTTTACGGACATTGCGGC
TGAGACGCGGAGGAGTGGAACTGGTGGATGCGAGAGTGGTAATAGGAGGATGGATGCGAA
GGTTGATGGAAAAAGAGCTATTTTATAAATATTTTATTCATCTGCAAAATTTTGAAGATA
ATAATTTTTTATTATTACATAGAGAGTTGGGAATATTTGGGTTTGAATGAAGAAAAGAAT
CTTATATACTTTTTTAGG

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL5055Contig1 769 2 6 U
GGAACTTAAAGTCTATCAATTAGAAATGGTATAGAAGTTACGATGGCACTAGTGTCCATG
TGACTAATATCAGCGGTGACACCAGGAGCGTTAGCAACGTCGTAGAGATGGAGAAGCGAG
ACCAGAGGATTCATTTTCATCAACATCGCTAGTGGCTGTCCTATCCCTCCCGCTGCTCCA
AGTATCGCCACTTTGAATCCTGGAGACCCGCCTTTCGCCCGACAACCCACCCGTCTCAGA
TCCGACCCGGAACCATTCTAAAAAAAACAAATCGTACGAAATCAGATCAAAATTATAAAT
AAAAAAAGTCAGATGATCCGATCACGAAGAGTCAAAAGAGATGGATAACCTGATCGAGGT
TAGGAGGGTTGAGATGAGCAGAGATTCTTGCGATTCGTTTGTTTGCATCCATGGCTCTGT
CTTCTTTTCTTTTTTTGCGTTCGATTAGAGGTTTGATTATTCGATTGTCTGAAGAAGAGG
AATCGGCACGACAGGTTTTATATATTGGATAAAGATAGAAGATGTCGTCAGAAATGGTTA
TAATGTATTGGGAAGCGTGGCGTAACCAGAGAGCTTATCTTCTTCTTCCTTCACGGCGCC
TTCTTCTCGATCCATCATACTTAACGACCAATAATCTTTTCTATTTACTATTTAGTTAAA
TATTTATATGTTGTGCAATTGTATTTTTTTTTCTTCAGCAAGTTCCATATTTGGATAATA
CAGAAAATGTAACGTAGTATTTTTATAGAAAGCAACTATTTGCAAGGCT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH03TF U 1
AF RR3EH03JQ C 2
BS 1 691 RR3EH03TF
BS 692 692 RR3EH03JQ
BS 693 743 RR3EH03TF
BS 744 744 RR3EH03JQ
BS 745 760 RR3EH03TF
BS 761 769 RR3EH03JQ

RD RR3EH03TF 760 0 0
GGAACTTAAAGTCTATCAATTAGAAATGGTATAGAAGTTACGATGGCACTAGTGTCCATG
TGACTAATATCAGCGGTGACACCAGGAGCGTTAGCAACGTCGTAGAGATGGAGAAGCGAG
ACCAGAGGATTCATTTTCATCAACATCGCTAGTGGCTGTCCTATCCCTCCCGCTGCTCCA
AGTATCGCCACTTTGAATCCTGGAGACCCGCCTTTCGCCCGACAACCCACCCGTCTCAGA
TCCGACCCGGAACCATTCTAAAAAAAACAAATCGTACGAAATCAGATCAAAATTATAAAT
AAAAAAAGTCAGATGATCCGATCACGAAGAGTCAAAAGAGATGGATAACCTGATCGAGGT
TAGGAGGGTTGAGATGAGCAGAGATTCTTGCGATTCGTTTGTTTGCATCCATGGCTCTGT
CTTCTTTTCTTTTTTTGCGTTCGATTAGAGGTTTGATTATTCGATTGTCTGAAGAAGAGG
AATCGGCACGACAGGTTTTATATATTGGATAAAGATAGAAGATGTCGTCAGAAATGGTTA
TAATGTATTGGGAAGCGTGGCGTAACCAGAGAGCTTATCTTCTTCTTCCTTCACGGCGCC
TTCTTCTCGATCCATCATACTTAACGACCAATAATCTTTTCTATTTACTATTTAGTTAAA
TATTTATATGTTGTGCAATTGTATTTTTTTT*CTTCAGCAAGTTCCATATTTGGATAATA
CAGAAAATGTAACGTAGTATTTT*ATAGAAAGCAACTATT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3EH03JQ 768 0 0
GAACTTAAAGTCTATCAATTAGAAATGGTATAGAAGTTACGATGGCACTAGTGTCCATGT
GACTAATATCAGCGGTGACACCAGGAGCGTTAGCAACGTCGTAGAGATGGAGAAGCGAGA
CCAGAGGATTCATTTTCATCAACATCGCTAGTGGCTGTCCTATCCCTCCCGCTGCTCCAA
GTATCGCCACTTTGAATCCTGGAGACCCGCCTTTCGCCCGACAACCCACCCGTCTCAGAT
CCGACCCGGAACCATTCTAAAAAAAACAAATCGTACGAAATCAGATCAAAATTATAAATA
AAAAAAGTCAGATGATCCGATCACGAAGAGTCAAAAGAGATGGATAACCTGATCGAGGTT
AGGAGGGTTGAGATGAGCAGAGATTCTTGCGATTCGTTTGTTTGCATCCATGGCTCTGTC
TTCTTTTCTTTTTTTGCGTTCGATTAGAGGTTTGATTATTCGATTGTCTGAAGAAGAGGA
ATCGGCACGACAGGTTTTATATATTGGATAAAGATAGAAGATGTCGTCAGAAATGGTTAT
AATGTATTGGGAAGCGTGGCGTAACCAGAGAGCTTATCTTCTTCTTCCTTCACGGCGCCT
TCTTCTCGATCCATCATACTTAACGACCAATAATCTTTTCTATTTACTATTTAGTTAAAT
ATTTATATGTTGTGCAATTGTATTTTTTTTTCTTCAGCAAGTTCCATATTTGGATAATAC
AGAAAATGTAACGTAGTATTTTTATAGAAAGCAACTATTTGCAAGGCT

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL5056Contig1 698 2 10 U
AGGGACCGTCGTGGATACCAAAATCTGTCATCCCACTGAGTTCGATTTCTTTTTGAACAG
CCACGCTGGCATTCAGGGAACAAGCAGGCCTGCACATTACCATGTGCTTGTGGACGAGAA
CGGTTTCACTGCCGATGCTTTACAAATGCTCACCAACAACCTTTGCTACACGTTTGCGAG
GTGCACGAGATCTGTCTCGATTGTGCCACCGGCTTACTATGCCCATCTGGCTGCGTTCAG
GGCTCGCTACTACATGGAAAGTGAGACCTCTGATGGAGGTTCAAGCAAGAGCAGGAACAC
AACCGCAAGCACGAGTGCTGTTGTCTCGCGTCTACCAGCCATCAAAGATAACGTCAAGGA
TGTTATGTTCTACTGCTGATGAAGCACCACTTTCTTGGCTACTAGCCAACCGAAAGGAAT
GATAAATAATGAACTCTCTACCTTTCGGTTTCGGTCTTTTTAACTCGTCTTTTGGGGTTT
AGCTGTGAATATTTTGAATGATGCGGCTAATATTTTCTCTCGGACCTTTTATGCGTTTTG
GTTTCACGACGATGATCTGACTTCACGTTTGTCGTTGTGGAAGGAAGAAAAGGTTTAACT
ATGGTTTTTCTTTAGACTGTCCCGACTCGGAAGTTTCATGTGCTGTGTTCTGAGTTAGCT
TTCTACCATCTATTAATCTGAATTATCAGTTTATGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E608TF U 1
AF RR3E608JQ C 50
BS 1 479 RR3E608TF
BS 480 480 RR3E608JQ
BS 481 497 RR3E608TF
BS 498 498 RR3E608JQ
BS 499 515 RR3E608TF
BS 516 516 RR3E608JQ
BS 517 525 RR3E608TF
BS 526 526 RR3E608JQ
BS 527 537 RR3E608TF
BS 538 698 RR3E608JQ

RD RR3E608TF 537 0 0
AGGGACCGTCGTGGATACCAAAATCTGTCATCCCACTGAGTTCGATTTCTTTTTGAACAG
CCACGCTGGCATTCAGGGAACAAGCAGGCCTGCACATTACCATGTGCTTGTGGACGAGAA
CGGTTTCACTGCCGATGCTTTACAAATGCTCACCAACAACCTTTGCTACACGTTTGCGAG
GTGCACGAGATCTGTCTCGATTGTGCCACCGGCTTACTATGCCCATCTGGCTGCGTTCAG
GGCTCGCTACTACATGGAAAGTGAGACCTCTGATGGAGGTTCAAGCAAGAGCAGGAACAC
AACCGCAAGCACGAGTGCTGTTGTCTCGCGTCTACCAGCCATCAAAGATAACGTCAAGGA
TGTTATGTTCTACTGCTGATGAAGCACCACTTTCTTGGCTACTAGCCAACCGAAAGGAAT
GATAAATAATGAACTCTCTACCTTTCGGTTTCGGTCTTTTTAACTCGTCTTTTGGGGTT*
AGCTGTGAATATTTTGA*TGATGCGGCTAATATTT*CTCTCGGAC*TTTTATGCGTT

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR3E608JQ 649 0 0
TTTTTGAACAGCCACGCTGGCATTCAGGGAACAAGCAGGCCTGCACATTACCATGTGCTT
GTGGACGAGAACGGTTTCACTGCCGATGCTTTACAAATGCTCACCAACAACCTTTGCTAC
ACGTTTGCGAGGTGCACGAGATCTGTCTCGATTGTGCCACCGGCTTACTATGCCCATCTG
GCTGCGTTCAGGGCTCGCTACTACATGGAAAGTGAGACCTCTGATGGAGGTTCAAGCAAG
AGCAGGAACACAACCGCAAGCACGAGTGCTGTTGTCTCGCGTCTACCAGCCATCAAAGAT
AACGTCAAGGATGTTATGTTCTACTGCTGATGAAGCACCACTTTCTTGGCTACTAGCCAA
CCGAAAGGAATGATAAATAATGAACTCTCTACCTTTCGGTTTCGGTCTTTTTAACTCGTC
TTTTGGGGTTTAGCTGTGAATATTTTGAATGATGCGGCTAATATTTTCTCTCGGACCTTT
TATGCGTTTTGGTTTCACGACGATGATCTGACTTCACGTTTGTCGTTGTGGAAGGAAGAA
AAGGTTTAACTATGGTTTTTCTTTAGACTGTCCCGACTCGGAAGTTTCATGTGCTGTGTT
CTGAGTTAGCTTTCTACCATCTATTAATCTGAATTATCAGTTTATGATC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL5057Contig1 469 2 1 U
GGGAGCCGAGCGAGCTAGAGAGAAAGAGAAAGAGAAGGAGAGGCGGCGATGGGAGCGTTT
TGGGGAACTAGGGTGATGGAAATAGTGAAGAAGCACGATTCAGGTGGTCTCATTTGGAAG
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CAGAATGAGGCTGTTCTAAAGGCGTGCGGGACATCAGATGCATCAATTTCTCCGGGAGTT
AGTAGCAACACAGAAGCCTGTGCCAGTGCTGCGAAAAAATGAGTGAGAAGGAGGATGAAG
AAGCTACAAACATGGTCGTTACTGTAGTGATATTTGAACTTTGTGGTGTTACTTGTTAGG
TTATATTGGTTTTAAACATGTTGAATCTGCAACAAGAAGAGACTTTTGTGTTGTTATTGT
GATCAAGAAAACAATTGGTCGGTCAGCTACTCAAAAATACGTCTTGGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EY29JQ C 1
AF RR3EY29TF U 1
BS 1 469 RR3EY29TF

RD RR3EY29JQ 469 0 0
GGGAGCCGAGCGAGCTAGAGAGAAAGAGAAAGAGAAGGAGAGGCGGCGATGGGAGCGTTT
TGGGGAACTAGGGTGATGGAAATAGTGAAGAAGCACGATTCAGGTGGTCTCATTTGGAAG
AGAATCAAGCTTACCTCTACTCGTAAAGCCAATGCTAAAACCCGCCTCCGTCGCGTTTGG
CAGAATGAGGCTGTTCTAAAGGCGTGCGGGACATCAGATGCATCAATTTCTCCGGGAGTT
AGTAGCAACACAGAAGCCTGTGCCAGTGCTGCGAAAAAATGAGTGAGAAGGAGGATGAAG
AAGCTACAAACATGGTCGTTACTGTAGTGATATTTGAACTTTGTGGTGTTACTTGTTAGG
TTATATTGGTTTTAAACATGTTGAATCTGCAACAAGAAGAGACTTTTGTGTTGTTATTGT
GATCAAGAAAACAATTGGTCGGTCAGCTACTCAAAAATACGTCTTGGCC

QA 1 469 1 469
DS 

RD RR3EY29TF 469 0 0
GGGAGCCGAGCGAGCTAGAGAGAAAGAGAAAGAGAAGGAGAGGCGGCGATGGGAGCGTTT
TGGGGAACTAGGGTGATGGAAATAGTGAAGAAGCACGATTCAGGTGGTCTCATTTGGAAG
AGAATCAAGCTTACCTCTACTCGTAAAGCCAATGCTAAAACCCGCCTCCGTCGCGTTTGG
CAGAATGAGGCTGTTCTAAAGGCGTGCGGGACATCAGATGCATCAATTTCTCCGGGAGTT
AGTAGCAACACAGAAGCCTGTGCCAGTGCTGCGAAAAAATGAGTGAGAAGGAGGATGAAG
AAGCTACAAACATGGTCGTTACTGTAGTGATATTTGAACTTTGTGGTGTTACTTGTTAGG
TTATATTGGTTTTAAACATGTTGAATCTGCAACAAGAAGAGACTTTTGTGTTGTTATTGT
GATCAAGAAAACAATTGGTCGGTCAGCTACTCAAAAATACGTCTTGGCC

QA 1 469 1 469
DS 



AS 1 2

CO CL5058Contig1 473 2 1 U
GGAGGGTTTTAGAATCTCAGAGAAGCTTGTTTCCGGAAAAGAGAGGAAGAAGAAGAAGAA
AGAAGAAACAGCAGCCATGTTTCCAGGGATGTTCATGGAGAAGCCAAACAAAGCCGCGGC
TTTGAAGCAGCTGCGAACACATGTCGCTCTGTTCGGCGGCTGGGTTGTCGCTATCCGCGC
TGTTCCGTACGTCCTCTCGTATTTCTCCGATTCCAAGGATGAGCTCAAGCTCGACTTCTA
AGTCTCGAATTTTCAGTGTTGAAGCGGTGATATTTAGATGCACTGTGAGGCAATGGAAGA
CATTGTTTTTGGCGTATTTGCTATTTTCTAAAGGACTTGAAATAACCAAGCTGTGAGACA
AAGTTATTATAGTGTTTACTTTTGCTATTCGTTTGTCACTTTGGTTTCTTATCTCTCATA
TCCTTTCTTCTCTTCTGCTTTATTGAAAAGAGTATTATGAGTGTTGTCGGTAT


BQ
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AF RR3BW72JQ C 1
AF RR3BW72TF U 1
BS 1 473 RR3BW72TF

RD RR3BW72JQ 473 0 0
GGAGGGTTTTAGAATCTCAGAGAAGCTTGTTTCCGGAAAAGAGAGGAAGAAGAAGAAGAA
AGAAGAAACAGCAGCCATGTTTCCAGGGATGTTCATGGAGAAGCCAAACAAAGCCGCGGC
TTTGAAGCAGCTGCGAACACATGTCGCTCTGTTCGGCGGCTGGGTTGTCGCTATCCGCGC
TGTTCCGTACGTCCTCTCGTATTTCTCCGATTCCAAGGATGAGCTCAAGCTCGACTTCTA
AGTCTCGAATTTTCAGTGTTGAAGCGGTGATATTTAGATGCACTGTGAGGCAATGGAAGA
CATTGTTTTTGGCGTATTTGCTATTTTTTAAAGGACTTGAAATAACCAAGCTGTGAGACA
AAGTTATTATAGTGTTTACTTTTGCTATTCGTTTGTCACTTTGGTTTCTTATCTCTCATA
TCCTTTCTTCTCTTCTGCTTTATTGAAAAGAGTATTATGAGTGTTGTCGGTAT

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR3BW72TF 473 0 0
GGAGGGTTTTAGAATCTCAGAGAAGCTTGTTTCCGGAAAAGAGAGGAAGAAGAAGAAGAA
AGAAGAAACAGCAGCCATGTTTCCAGGGATGTTCATGGAGAAGCCAAACAAAGCCGCGGC
TTTGAAGCAGCTGCGAACACATGTCGCTCTGTTCGGCGGCTGGGTTGTCGCTATCCGCGC
TGTTCCGTACGTCCTCTCGTATTTCTCCGATTCCAAGGATGAGCTCAAGCTCGACTTCTA
AGTCTCGAATTTTCAGTGTTGAAGCGGTGATATTTAGATGCACTGTGAGGCAATGGAAGA
CATTGTTTTTGGCGTATTTGCTATTTTCTAAAGGACTTGAAATAACCAAGCTGTGAGACA
AAGTTATTATAGTGTTTACTTTTGCTATTCGTTTGTCACTTTGGTTTCTTATCTCTCATA
TCCTTTCTTCTCTTCTGCTTTATTGAAAAGAGTATTATGAGTGTTGTCGGTAT

QA 1 473 1 473
DS 



AS 1 2

CO CL5059Contig1 353 2 1 U
GGGAGCCAAGTCGAAATGATGGAGTTTGAGGTTAAGAAGTTATTCGACACGGTTTCATCC
ATCCATGATGAGATGTTTTACCTCCGCGACAGGGAAGAAGAAATGCAGGAACTGAACAGA
GCGACAAACTCGAAGATGGCATGGTTTAGTTTTCTGTCGCTTGGAGTTTGTTTATCAGTC
GCTGGACTTCAGTTTTGGCACTTGAAGACTTTCTTCCAGAAGAAGAAGCTCATCTGAAGA
CTCGTTACCATATAATATACACAAACTATATTCATTTTTTGTTAAAGCGTTATATGATCT
TAACATCTCAATAACCTGCAAACTCAATCCAATCCAAAAGCTTTTTTGTTTAC


BQ
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AF RR3EB58JQ C 1
AF RR3EB58TF U 1
BS 1 353 RR3EB58TF

RD RR3EB58JQ 353 0 0
GGGAGCCAAGTCGAAATGATGGAGTTTGAGGTTAAGAAGTTATTCGACACGGTTTCATCC
ATCCATGATGAGATGTTTTACCTCCGCGACAGGGAAGAAGAAATGCAGGAACTGAACAGA
GCGACAAACTCGAAGATGGCATGGTTTAGTTTTCTGTCGCTTGGAGTTTGTTTATCAGTC
GCTGGACTTCAGTTTTGGCACTTGAAGACTTTCTTCCAGAAGAAGAAGCTCATCTGAAGA
CTCGTTACCATATAATATACACAAACTATATTCATTTTTTGTTAAAGCGTTATATGATCT
TAACATCTCAATAACCTGCAAACTCAATCCAATCCAAAAGCTTTTTTGTTTAC

QA 1 353 1 353
DS 

RD RR3EB58TF 353 0 0
GGGAGCCAAGTCGAAATGATGGAGTTTGAGGTTAAGAAGTTATTCGACACGGTTTCATCC
ATCCATGATGAGATGTTTTACCTCCGCGACAGGGAAGAAGAAATGCAGGAACTGAACAGA
GCGACAAACTCGAAGATGGCATGGTTTAGTTTTCTGTCGCTTGGAGTTTGTTTATCAGTC
GCTGGACTTCAGTTTTGGCACTTGAAGACTTTCTTCCAGAAGAAGAAGCTCATCTGAAGA
CTCGTTACCATATAATATACACAAACTATATTCATTTTTTGTTAAAGCGTTATATGATCT
TAACATCTCAATAACCTGCAAACTCAATCCAATCCAAAAGCTTTTTTGTTTAC

QA 1 353 1 353
DS 



AS 1 2

CO CL5060Contig1 964 2 4 U
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TTAGAGTAGTCTCCCTTCTGACTTGCAGCACCCAAAACCAACAACAACGCCTGGCAGAAC
ACCGACCAGTGCAACACCTTCTGGAAGGACACCTGCTCTGAAGAAGCCAAAGGCAAACGA
ACCAAATAAAAGAGATATGACGTACGAAGAGAAGCAGAAGCTTAGCGGCCAGTTGCAGAA
TTTGCCTCCGGAAAAACTAGATGCGATTGTACAAATTGTTAACAAGAGGAACACTGCTGT
GAAGCAACGCATGAAGAAATTGAAGTCGACATTGATAGTGTTGATCCGGAGACTCTGTGG
GAGTTGGACAGATTTGTAACCAACTACAAAAAGGGATTGAGCAAGAAAAAGAGAAGAGCT
GAGTTAGCCATTCAAGCTAGAGCAGAAGCCGAGAAAAATAGCCAACAACAAATGGCTCCA
GCACCGGTGGCACGTGAGTTTTCTAGGGAAGGTGGCAACACAGCTAAAAAGACGCTCCCT
ACAGCATTACCTTCTCAAGTGGAGAAACAAAACAACGAGACAAGCAGATCAAGTAGTTCA
AGCAGCTCTTCCAGTAGTTCCAGCTCTTCTAGTGATTCTGACAGCGATAGCTCTTCGTCA
TCTGGGATCATGATCAGACCTAGAGACTTCGGTGGTGAAAAATATGGCGTTTAAAAAGGT
GGAAGGTAGAGCTAGAAGAGCATTTGGGAGGTTAAGGATGATATGACGTACATGCCTGAG
GCAGAAATATTACAGAGTGGTTGGGTTTTGTGGAAGGAAAGATTGTATTATATTCATATG
ACTGTTAGAGTAAAAAGAAAAATTTAATATTTTTTTTTTTAGAATTGGTAGGATTCTGTA
GCTGGGGCTATTTACGTTTAGATGTAACGGTAGGGCTGGTTTGGTTTGTTTCCCCACTTT
TGTA


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3AG53TF U 1
AF RR3AG53JQ C 664
BS 1 725 RR3AG53TF
BS 726 726 RR3AG53JQ
BS 727 753 RR3AG53TF
BS 754 964 RR3AG53JQ

RD RR3AG53TF 753 0 0
GAGGTCTAGATTGGGTCCTACAATGCCGCCACCGCCTATCAGTGTGAGTAATACAATGGA
TTAGAGTAGTCTCCCTTCTGACTTGCAGCACCCAAAACCAACAACAACGCCTGGCAGAAC
ACCGACCAGTGCAACACCTTCTGGAAGGACACCTGCTCTGAAGAAGCCAAAGGCAAACGA
ACCAAATAAAAGAGATATGACGTACGAAGAGAAGCAGAAGCTTAGCGGCCAGTTGCAGAA
TTTGCCTCCGGAAAAACTAGATGCGATTGTACAAATTGTTAACAAGAGGAACACTGCTGT
GAAGCAACGCATGAAGAAATTGAAGTCGACATTGATAGTGTTGATCCGGAGACTCTGTGG
GAGTTGGACAGATTTGTAACCAACTACAAAAAGGGATTGAGCAAGAAAAAGAGAAGAGCT
GAGTTAGCCATTCAAGCTAGAGCAGAAGCCGAGAAAAATAGCCAACAACAAATGGCTCCA
GCACCGGTGGCACGTGAGTTTTCTAGGGAAGGTGGCAACACAGCTAAAAAGACGCTCCCT
ACAGCATTACCTTCTCAAGTGGAGAAACAAAACAACGAGACAAGCAGATCAAGTAGTTCA
AGCAGCTCTTCCAGTAGTTCCAGCTCTTCTAGTGATTCTGACAGCGATAGCTCTTCGTCA
TCTGGGATCATGATCAGACCTAGAGACTTCGGTGGTGAAAAATATGGCGTTTAAAAAGGT
GGAAG*TAGAGCTAGAAGAGCATTTGGGAGGTT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3AG53JQ 301 0 0
T
GGATCATGATCAGACCTAGAGACTTCGGTGGTGAAAAATATGGCGTTTAAAAAGGTGGAA
GGTAGAGCTAGAAGAGCATTTGGGAGGTTAAGGATGATATGACGTACATGCCTGAGGCAG
AAATATTACAGAGTGGTTGGGTTTTGTGGAAGGAAAGATTGTATTATATTCATATGACTG
TTAGAGTAAAAAGAAAAATTTAATATTTTTTTTTTTAGAATTGGTAGGATTCTGTAGCTG
GGGCTATTTACGTTTAGATGTAACGGTAGGGCTGGTTTGGTTTGTTTCCCCACTTTTGTA

QA 2 301 2 301
DS 



AS 1 2

CO CL5061Contig1 470 2 1 U
GAGCTCGTCAAAATTGCAAAGGTCCTTGGAACCGATGAACTGAATGCATATCTGAATAAG
TATCAGTTAGAACTTGATGCCCAACTAGAGGCACTTGTTGGGAGACATAGCAGGAAGCCT
TGGTCCAAGTTCATCAATGCTGACAATCGCCATTTGGTCTCACCTGAGGCGATTGATTAC
CTCGACAAGCTACTGCGGTATGATCATCAAGACAGGTTAACTGCAAAAGAAGCAATGGCT
CACCCTTATTTCGCGCAAGTCAGGGCAGCAGAAAGCAGCAGAACGAGAACTCAGTAGAGA
TGTTCTCTGAATATGTCAAAGTGACGTGATGTTTTATGGTTATTGTTTTCTTTAAAGAAG
TGATGTCACTGCCTAATCCTAAAAGTTTATCAGATATTCTCGAGACTGCTTTCATGTATT
TTCAAACTTGTAGAACTATATTTGGTTTAAGACCTCTATGAAGTCGATTT


BQ
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AF RR3BJ47JQ C 1
AF RR3BJ47TF U 1
BS 1 470 RR3BJ47TF

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CACCCTTATTTCGCGCAAGTCAGGGCAGCAGAAAGCAGCAGAACGAGAACTCAGTAGAGA
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QA 1 470 1 470
DS 

RD RR3BJ47TF 470 0 0
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TATCAGTTAGAACTTGATGCCCAACTAGAGGCACTTGTTGGGAGACATAGCAGGAAGCCT
TGGTCCAAGTTCATCAATGCTGACAATCGCCATTTGGTCTCACCTGAGGCGATTGATTAC
CTCGACAAGCTACTGCGGTATGATCATCAAGACAGGTTAACTGCAAAAGAAGCAATGGCT
CACCCTTATTTCGCGCAAGTCAGGGCAGCAGAAAGCAGCAGAACGAGAACTCAGTAGAGA
TGTTCTCTGAATATGTCAAAGTGACGTGATGTTTTATGGTTATTGTTTTCTTTAAAGAAG
TGATGTCACTGCCTAATCCTAAAAGTTTATCAGATATTCTCGAGACTGCTTTCATGTATT
TTCAAACTTGTAGAACTATATTTGGTTTAAGACCTCTATGAAGTCGATTT

QA 1 470 1 470
DS 



AS 1 2

CO CL5062Contig1 1095 2 2 U
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CTTCCCGCATAGGTCTGAGAAAGGGAGATTACAGGTGTAGGCGACTCTGTTCTTACTAAG
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CGCGAGCAATTGAATGACCTTTTCATCGAATTAGCTGATTCACTTGAGCTGAATCAGCAG
AACAGTGGAAAAGCTTCGGTCCTGTGTGAAGCTACACGGTTCTTGAAGGACGTGTTTGGT
CAGATTGAGTCCCTTAGAAAAGAGCACGCTTCTCTCCTCTCTGAATCTAACTACGTAACC
ACAGAGAAGAATGAGCTCAAGGAAGAAACATCAGTGCTGGAGACCGAGATCCCTAGACTA
CAATCCGAGATAGAAGCACGAGTGAATCAGTCCAAACCAGACTTGAACACCTCCCCTGCG
CCTGAGTACCATCATCATCATCACTATCAACAACATGCCGAGCTTGCATCCCAGTTTTCA
GGCCTTCCCATTTTCCAAGGCGCCGGCTTTCAGCAATCTTCTGCTGCGGCTCCTCCTGGT
TCCACAGTTCTTGTCCTTCCGATGCAACCTGATCTCCAGACACAAGCGCCTCTGATGTAT
AATAATAGCTCAAATGTAAGTAAGCCGTGTCCAAGATATGCTAGCGCGGCTGACTCGTGG
CCTTCTCGGCTACTTGGAGAGCGTCTGAAAGCTAATGAATGAGGGAGAGAGAGTCTCAAA
GGGTGTGCTAGTAACCGGAGGCAGAGACAACAGGGCACAACTTGCGAATGACCCCCCTTG
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GTTTGTTCATAGGATCAGAGCTTTTGTGACAAATAAGGAAATTTAGCTCTTACCTTTTGT
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ACGATTTTTTTTTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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BS 771 1095 RR3GZ24JQ

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ACAGAGAAGAATGAGCTCAAGGAAGAAACATCAGTGCTGGAGACCGAGATCCCTAGACTA
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CCTGAGTACCATCATCATCATCACTATCAACAACATGCCGAGCTTGCATCCCAGTTTTCA
GGCCTTCCCATTTTCCAAGGCGCCGGCTTTCAGCAATCTTCTGCTGCGGCTCCTCCTGGT
TCCACAGTTCTTGTCCTTCCGATGCAACCTGATCTCCAGACACAAGCGCCTCTGATGTAT
AATAATAGCTCAAATGTAAGTAAGCCGTGTCCAAGATATGCTAGCGCGGC

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CTGCGCCTGAGTACCATCATCATCATCACTATCAACAACATGCCGAGCTTGCATCCCAGT
TTTCAGGCCTTCCCATTTTCCAAGGCGCCGGCTTTCAGCAATCTTCTGCTGCGGCTCCTC
CTGGTTCCACAGTTCTTGTCCTTCCGATGCAACCTGATCTCCAGACACAAGCGCCTCTGA
TGTATAATAATAGCTCAAATGTAAGTAAGCCGTGTCCAAGATATGCTAGCGCGGCTGACT
CGTGGCCTTCTCGGCTACTTGGAGAGCGTCTGAAAGCTAATGAATGAGGGAGAGAGAGTC
TCAAAGGGTGTGCTAGTAACCGGAGGCAGAGACAACAGGGCACAACTTGCGAATGACCCC
CCTTGCTTTTTGTGTCTAGCTTCTTTTAGTGTCCTTTTGGGTTTTGGCCTGAGCCATTTC
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TTTGTCGTTTTCTTGTCTTTAAAGTCTTTAAACGATCGATCACACTATAAAAGAAGAAAA
CACAAACGATTTTTTTTTTT

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DS 



AS 1 2

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GCCCTAGCGGCGTTGATCACGTGACCGACGACGACGGGAGCGTAAAACTAGTGTTAAAAA
TCGAACTCCACTAAATTCAACCTCATTAAATTGTTAATTACTACACATTTTAAAACTTTA
TTCC


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10 10 10 10 

AF RR3H070TF U 1
AF RR3H070JQ C 421
BS 1 630 RR3H070TF
BS 631 631 RR3H070JQ
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BS 721 1024 RR3H070JQ

RD RR3H070TF 728 0 0
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GTTTATCTTCACCAGACATGCTTCGAATTGATGACCTTCTTGATTTCTCCAACGAAGATA
TCTTCTCCGCTTCATCCTCCACTTCCACCGCCGCTACTTCCTCCTCCTCTTTCCCTCCCC
CTCAAAACCCTAACTTCCACCACCACCATCTCCCTTCCTCCGCCGATCATTCCTTCCTCC
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CTCTCACG

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DS 

RD RR3H070JQ 604 0 0
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AGCCCAAGAAAGAGCAATCCAGCGGAGGAGGAAGACATCATCAGTCCATGACGGAGACAG
CTGAAGGAGGGATGAGGAGATGCACCCACTGTGCCTCGGACAAGACACCACAGTGGAGGA
CAGGACCACTCGGGCCTAAGACGCTGTGTAATGCCTGTGGAGTCCGGTTTAAATCCGGTA
GGCTTGTACCGGAATACAGACCGGCTTCTAGTCCTACTTTTGTTTTGACTCAGCATTCCA
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ACTTCCCACTTCACCACCATCACCACCACCATCCTCCGTTTTAGTCCGACGTCACTTTTC
TTTTTTTGTTCCTTCTTGGGGGTTGGGTTTGGGGGAGTCACGTGATGATGACGTGTAGCG
GCCCTAGCGGCGTTGATCACGTGACCGACGACGACGGGAGCGTAAAACTAGTGTTAAAAA
TCGAACTCCACTAAATTCAACCTCATTAAATTGTTAATTACTACACATTTTAAAACTTTA
TTCC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL5064Contig1 1279 2 6 U
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AATTACTCTCAGAAATCTGAACAGGGTTCGTGATGGGTGCTCCTAAGCAGAAATGGACTC
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CTATTCTCAAAGACCCTGACTTTAGTGAAGTCTTGTTCCTCCGTTCCAATGTTGATCTTA
AGGACAAATGGAGGAACATGAGTGTCATGCTGAATGGGTGGGGATCGCGTGAGAAGTCTA
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GACTTCAAACGGTTGCTGTCAGCCAAGCTAAAGTACTTGACAGCTCGCCGGAAACTTATC
AAGGTTAAGCGCAAGTATAGGATTCCAAACTCCACTCCATTGTCTCCCCACAGAAGAAAA
CAGTTGGGGTCATCTTCTGGAAAACAGAGAAGTCTCTCTTTGCCTTCCCCTAAAACAGAC
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ACTATGAGCGTACAAGAAGCGGCAGCGATTGCAGCACAGGCAGTTGCAGAGGCAGAAGCT
GCCATGGCAGCGGCTGAAGAAGCTGCAAAGGATGCTGAGTTAGCAGAAGCGGAAGCAGAA
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AAAGTGATGATTCGTGCCTAAGATGATGGAGAGAGAAGCTAAATGTGTTGAGAGAGAGAG
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TTTAAGACTTTCTGTGTACGTATTTGCCTACTGAACTAAAAGGCAAGTGTATTATAGGAT
CTACATATTTTAAAAACTC


BQ
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AF RR3H113TF U 1
AF RR3H113JQ C 491
BS 1 538 RR3H113TF
BS 539 539 RR3H113JQ
BS 540 648 RR3H113TF
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BS 650 701 RR3H113TF
BS 702 1279 RR3H113JQ

RD RR3H113TF 701 0 0
AATTTTTACCAAAAAGAAAATTCAACCAAGAGAAGTTGGAGTTGGTCTCGTGAAGATCAA
AATTACTCTCAGAAATCTGAACAGGGTTCGTGATGGGTGCTCCTAAGCAGAAATGGACTC
AAGAAGAAGAGACAGCTCTAAGGTCCGGCGTTATCAAGCATGGACCTGGCAAATGGCGCA
CTATTCTCAAAGACCCTGACTTTAGTGAAGTCTTGTTCCTCCGTTCCAATGTTGATCTTA
AGGACAAATGGAGGAACATGAGTGTCATGCTGAATGGGTGGGGATCGCGTGAGAAGTCTA
GGGTTGGTGTTAAAAGGACGCCCTCTCTTCCTAAACAGGAAGATACCTCGCTTGCCGCCG
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AAGGTTAAGCGCAAGTATAGGATTCCAAACTCCACTCCATTGTCTCCC*ACAGAAGAAAA
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QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3H113JQ 789 0 0
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TCTGTGTACGTATTTGCCTACTGAACTAAAAGGCAAGTGTATTATAGGATCTACATATTT
TAAAAACTC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

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TTTTTATGTTATACAGTACCCAAGCTCTTGTTCCATTAATTTGTCCACTGATTAATGGTT
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TTTTCTTTTTTGGGTAAAAGTTTAGTTCTTTCCTGTTTTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A004JQ C 1
AF RR3A004TF U 1
BS 1 761 RR3A004TF

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QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3A004TF 761 0 0
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AAAAAGAAGAAATGGAGGTAATCACTCATCCAACACCTCGAACTGTCGAAGAGGTCTTTA
CTGACTTCAGAGGTCGTCGAGCTGGTCTTATCAAGGCTCTCACTACCGGTCAGTTTCTCT
CTCTCTTCTCTCTGTCCGATTCTGGTTTTCTCCGACAAGTCCGTGCCGGCAAATCAGAAG
GATAATTGCAGATTTAACTAAGAAAAAAGATCCAATTTTTTTTGTGAGATTTGAGAGGTT
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TTTTCTTTTTTGGGTAAAAGTTTAGTTCTTTCCTGTTTTAC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CY54JQ C 1
AF RR3CY54TF U 107
BS 1 106 RR3CY54JQ
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RD RR3CY54JQ 651 0 0
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QA 1 651 1 651
DS 

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CTTGATGCTGTTATTAACATTGGACCAATGAAGATCACTGGGCTTGATTTTGCTGCGGTG
GAAGAGGAACGCGCAAACTAGGACAACTTTCAACTCTTTCCTTTTTGTTTCATCTCGTAA
AACACAATCAGATTTTGTTAAGTGCAAATGCAATCAAGGATCTAGTTTTGTTGAAAAAGG
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TGTAC

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

CO CL5067Contig1 802 2 2 U
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ATTGCGATCCTTCTCAAGACTGAAACTGTCTGATTAATGGCTTCGTCTTCAATCCCATTG
ATTCACTCTGTGGATTCGGTTTAAATATGTATTCATATTTATCAAAACCTGAGCAGTCAC
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GCTAAGTTTGCATCCGTATCTATCTCCGAGCTCGAAGAGCGCCACTCCGTCACGACATAG
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ATCACAGCCTCAGCTTTTTATTCATGAATCACAGACAGTTGACGGTTGTTTAGACTTACA
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GATGATGGTAGCAGCTCCACAACTTCGTATGAAAATTTGTACCAGTAACTCTTTCTGAGC
TTAACATCACGTTCTCAACTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EB19TF U 1
AF RR3EB19JQ C 106
BS 1 580 RR3EB19TF
BS 581 802 RR3EB19JQ

RD RR3EB19TF 580 0 0
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ATTGCGATCCTTCTCAAGACTGAAACTGTCTGATTAATGGCTTCGTCTTCAATCCCATTG
ATTCACTCTGTGGATTCGGTTTAAATATGTATTCATATTTATCAAAACCTGAGCAGTCAC
ACTCCACTTTTCCCCCACGCAAATCCACCAAATCCATTATTTTGATTGGTGTGGGAGAAG
GCTAAGTTTGCATCCGTATCTATCTCCGAGCTCGAAGAGCGCCACTCCGTCACGACATAG
ATGGTTAACAACCTCCATAATAGGTATACACAGAGACGCCTCCAGCTCCTCGATACAGAT
GATTGAATTTTGTTGGTGGCCAAGTACTCGGTGGCGCAACTTCTCCAATGAAGTTCGGAG
CGACGGATTGTCGTACTCTTCTGGGACACCAGAAAGATGACTCCACAATAACACCAAAGT
ATCTTGAGCACAGGAAGTACAGACCCTAACCACCGCTGAACTCAATGGTTATGTCATCAA
ATCACAGCCTCAGCTTTTTATTCATGAATCACAGACAGTT

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3EB19JQ 697 0 0
TCTTCAATCCCATTGATTCACTCTGTGGATTCGGTTTAAATATGTATTCATATTTATCAA
AACCTGAGCAGTCACACTCCACTTTTCCCCCACGCAAATCCACCAAATCCATTATTTTGA
TTGGTGTGGGAGAAGGCTAAGTTTGCATCCGTATCTATCTCCGAGCTCGAAGAGCGCCAC
TCCGTCACGACATAGATGGTTAACAACCTCCATAATAGGTATACACAGAGACGCCTCCAG
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CAATGAAGTTCGGAGCGACGGATTGTCGTACTCTTCTGGGACACCAGAAAGATGACTCCA
CAATAACACCAAAGTATCTTGAGCACAGGAAGTACAGACCCTAACCACCGCTGAACTCAA
TGGTTATGTCATCAAATCACAGCCTCAGCTTTTTATTCATGAATCACAGACAGTTGACGG
TTGTTTAGACTTACAACGGCTGGTGTTACATTCCCTTCTCCAAGTACTCCAAGAAGCTCC
AGCGAGGTGTTTCTTCCTGCATAGCATGTGATGTCTAAGAAATAATGTGGACTTTGTTCT
TAAACATGTGGATCTGATGATGGTAGCAGCTCCACAACTTCGTATGAAAATTTGTACCAG
TAACTCTTTCTGAGCTTAACATCACGTTCTCAACTCT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL5068Contig1 828 2 4 U
GGACCATTAACTCACTCTCTTTGAACTCTAACAAGAGGGAGTGAGCGAGAGAAAGAGAGA
GAGGGAGACTAACCATGCAGCCATATTATGATAGCTCAAGTCTTAACAACATGCAACAAC
AAGACTACTTCCACTTAAACCACTATTACAACAACCTAAACTCTTCAACCAATACCAATA
ATCTTATCCCATACCCTCAAATTCAAGAACTCAATCTACAATCTCCAGCAAGCAACAACT
CTACCACGTCAGATGAAGCAACTGAAGACATATTCGTCATCAACGAGAGAAAGCAAAGAC
GTATGGTATCTAACAGAGAATCAGCAAGAAGGTCAAGAATGAGAAAGCAAAGACACCTAG
ATGAGCTTCTCTCGCAGGTTGCTTGGCTTCGAAGCGAGAACCAACAGCTTTTAGATAAGC
TTAACCAAGCTTCGGATAGCAATGATCTCGTTATCCAAGAGAACTTGAGTCTTAAAGAGG
AAAACTTGGAACTTCGTCAAGTTATCGCATCTATGAAGAAGCTTGGAGGAAGCACAAGCA
TCCAGGGAAGATACTGCTCTTCTTCAGTGGATCATGAGTTGGATCAGGACTCCTCTTGTA
TTACTGATGATCCAAGGACTTATCATCCATCTTGAGTCGTTCGTTCTGATCAACTCTAAG
TTTCTACCTCTAATCTATCTTATGTTCTCTTTGCATCCACAAAACTCTGGCTCATATATA
TCTTTATGAGCCGAGAACAAAGTGGATTTTGTGTAATTTTTTTCTGTGGGCCAGACTTAG
GTCTTGCACCGTTGAAACGTTACTTTTAGAACGGTTTAACTACGTACC


BQ
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AF RR3AR47TF U 1
AF RR3AR47JQ C 41
BS 1 780 RR3AR47TF
BS 781 781 RR3AR47JQ
BS 782 806 RR3AR47TF
BS 807 828 RR3AR47JQ

RD RR3AR47TF 806 0 0
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AAGACTACTTCCACTTAAACCACTATTACAACAACCTAAACTCTTCAACCAATACCAATA
ATCTTATCCCATACCCTCAAATTCAAGAACTCAATCTACAATCTCCAGCAAGCAACAACT
CTACCACGTCAGATGAAGCAACTGAAGACATATTCGTCATCAACGAGAGAAAGCAAAGAC
GTATGGTATCTAACAGAGAATCAGCAAGAAGGTCAAGAATGAGAAAGCAAAGACACCTAG
ATGAGCTTCTCTCGCAGGTTGCTTGGCTTCGAAGCGAGAACCAACAGCTTTTAGATAAGC
TTAACCAAGCTTCGGATAGCAATGATCTCGTTATCCAAGAGAACTTGAGTCTTAAAGAGG
AAAACTTGGAACTTCGTCAAGTTATCGCATCTATGAAGAAGCTTGGAGGAAGCACAAGCA
TCCAGGGAAGATACTGCTCTTCTTCAGTGGATCATGAGTTGGATCAGGACTCCTCTTGTA
TTACTGATGATCCAAGGACTTATCATCCATCTTGAGTCGTTCGTTCTGATCAACTCTAAG
TTTCTACCTCTAATCTATCTTATGTTCTCTTTGCATCCACAAAACTCTGGCTCATATATA
TCTTTATGAGCCGAGAACAAAGTGGATTTTGTGTAATTTTTTTCTGTGGGCCAGACTTAG
*TCTTGCACCGTTGAAACGTTACTTT

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3AR47JQ 788 0 0
GTGAGCGAGAGAAAGAGAGAGAGGGAGACTAACCATGCAGCCATATTATGATAGCTCAAG
TCTTAACAACATGCAACAACAAGACTACTTCCACTTAAACCACTATTACAACAACCTAAA
CTCTTCAACCAATACCAATAATCTTATCCCATACCCTCAAATTCAAGAACTCAATCTACA
ATCTCCAGCAAGCAACAACTCTACCACGTCAGATGAAGCAACTGAAGACATATTCGTCAT
CAACGAGAGAAAGCAAAGACGTATGGTATCTAACAGAGAATCAGCAAGAAGGTCAAGAAT
GAGAAAGCAAAGACACCTAGATGAGCTTCTCTCGCAGGTTGCTTGGCTTCGAAGCGAGAA
CCAACAGCTTTTAGATAAGCTTAACCAAGCTTCGGATAGCAATGATCTCGTTATCCAAGA
GAACTTGAGTCTTAAAGAGGAAAACTTGGAACTTCGTCAAGTTATCGCATCTATGAAGAA
GCTTGGAGGAAGCACAAGCATCCAGGGAAGATACTGCTCTTCTTCAGTGGATCATGAGTT
GGATCAGGACTCCTCTTGTATTACTGATGATCCAAGGACTTATCATCCATCTTGAGTCGT
TCGTTCTGATCAACTCTAAGTTTCTACCTCTAATCTATCTTATGTTCTCTTTGCATCCAC
AAAACTCTGGCTCATATATATCTTTATGAGCCGAGAACAAAGTGGATTTTGTGTAATTTT
TTTCTGTGGGCCAGACTTAGGTCTTGCACCGTTGAAACGTTACTTTTAGAACGGTTTAAC
TACGTACC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL5069Contig1 475 2 1 U
GGCACACTCTCTCAGTCAGTGGGATCTATCTATCAATACCTTTCTCTGCTTCTTCTAACT
GATCTCCATAATCATCTATCAAGTAATCACAAATCTCCAGCAACTGATCTGCCAAAGGCG
GTATCCCAGGGTTACGCCCGTTGCTGTTATAAAGATGAGCATTGAACTGGATCTGCCAGA
CATCGTGTCTAAACTGCTCGCGGTTTCTGTACTCTATCTTCCGTACCTTATCCCGGATTG
TCGACAGATCCATCGGGCGTTGCACTATATCAAAATAGTCGGGAGCATCCTTCTTTGAAA
CCGGTTTCAAGAAGAGGCCCGACACTTCTTCTTTGAGTCTTAGTGTGTCCACTATGGTTT
CCAAGATATTTGCTAGCCCAACCTGTTTGTATAGACGAGACAACACACACAAAGATGAGT
TTTGAATCTTTAATATGTAACGCCACATGAATGCAAAAGAGGAAGTCTTACCTCC


BQ
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AF RR3BX61JQ C 1
AF RR3BX61TF U 1
BS 1 475 RR3BX61TF

RD RR3BX61JQ 475 0 0
GGCACACTCTCTCAGTCAGTGGGATCTATCTATCAATACCTTTCTCTGCTTCTTCTAACT
GATCTCCATAATCATCTATCAAGTAATCACAAATCTCCAGCAACTGATCTGCCAAAGGCG
GTATCCCAGGGTTACGCCCGTTGCTGTTATAAAGATGAGCATTGAACTGGATCTGCCAGA
CATCGTGTCTAAACTGCTCGCGGTTTCTGTACTCTATCTTCCGTACCTTATCCCGGATTG
TCGACAGATCCATCGGGCGTTGCACTATATCAAAATAGTCGGGAGCATCCTTCTTTGAAA
CCGGTTTCAAGAAGAGGCCCGACACTTCTTCTTTGAGTCTTAGTGTGTCCACTATGGTTT
CCAAGATATTTGCTAGCCCAACCTGTTTGTATAGACGAGACAACACACACAAAGATGAGT
TTTGAATCTTTAATATGTAACGCCACATGAATGCAAAAGAGGAAGTCTTACCTCC

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR3BX61TF 475 0 0
GGCACACTCTCTCAGTCAGTGGGATCTATCTATCAATACCTTTCTCTGCTTCTTCTAACT
GATCTCCATAATCATCTATCAAGTAATCACAAATCTCCAGCAACTGATCTGCCAAAGGCG
GTATCCCAGGGTTACGCCCGTTGCTGTTATAAAGATGAGCATTGAACTGGATCTGCCAGA
CATCGTGTCTAAACTGCTCGCGGTTTCTGTACTCTATCTTCCGTACCTTATCCCGGATTG
TCGACAGATCCATCGGGCGTTGCACTATATCAAAATAGTCGGGAGCATCCTTCTTTGAAA
CCGGTTTCAAGAAGAGGCCCGACACTTCTTCTTTGAGTCTTAGTGTGTCCACTATGGTTT
CCAAGATATTTGCTAGCCCAACCTGTTTGTATAGACGAGACAACACACACAAAGATGAGT
TTTGAATCTTTAATATGTAACGCCACATGAATGCAAAAGAGGAAGTCTTACCTCC

QA 1 475 1 475
DS 



AS 1 2

CO CL5070Contig1 990 2 14 U
GCGAGAAGAAGACAAAAGCATCCCATGTTTCAAACGCTACTGATGAAGGATCAACAGCTG
AAAATGAAGATGTAGCAGAATCTGAAGTAGGTGGTGGTGGTTCTTCCTCCAATCTAGCTA
AGGAGGTGGTTCGTCCTAACGCTGATACAGTGGACAACTTAGCCGGTCAAAGGAAGAACA
GCCATGGCGCTGAAGAGTTTACTACAATGCGCAACATGAGTTACAACACCGTACCTTTCA
CTGTTCATCCACAGAAAGCTGTCACTGGTTTACCTTACTCGGCAAAAGAGTCTGGACAAA
ATGCAGGAGCTGCAAGTTTAACACAGCTTACTGCTAATGCTGGGAATAATCTCCCAGTTA
TGTTCGGATACTCACCGGTTCAGCTCCCTATGCTGGATAAGGATGGCTCAGGCGGCATTG
CTGGCCTTTCTCAATCTCCATTCGCTGCAAGAGGCCCATCAAACTCAGCTACGGCGAAAG
GCGAGGGAAAACAGCCCGTTGCAGAAGAAAGCTCATCAGAGGATGCATCAGAACGACCAT
CAGGAGACAACAACAACAGTACTGCTTTCTCTTTCGACTTTTCCGACATAAAACCTGGAA
TGGCAGCGGATGTGAAGTTTGGAGGATCTGGTGCACGTCCTAACCTGCCCTGGGTCTCAA
CCACTGGTTCAGGCCCGCACGGTCGAACAATCTCGGGTGTTACATACCGGTACAATGCAA
ACCAGATCAAAATCGTTTGCGCTTGTCACGGCTCACACATGTCGCCCGAGGAGTTTGTCA
GGCATGCAAGCGAGGAGTATGTTAGCCCTGAGTCTTCTGTAGGAATGACGGCTGCCTCGG
CTCATACCTGAAAAGTCGCCGGAGAAGTGTCTTATATCGTTGTAAACAAATGAAACAAGT
GGTTTGTAATGAGTTTCTTATGGGAAGGTGTACTCTTTAAGGCCAAAGTTTTATTGGAGC
TTCCCACTATGTTACTGTAATCTCTCTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D874TF U 1
AF RR3D874JQ C 295
BS 1 672 RR3D874TF
BS 673 673 RR3D874JQ
BS 674 686 RR3D874TF
BS 687 687 RR3D874JQ
BS 688 714 RR3D874TF
BS 715 715 RR3D874JQ
BS 716 722 RR3D874TF
BS 723 723 RR3D874JQ
BS 724 731 RR3D874TF
BS 732 732 RR3D874JQ
BS 733 781 RR3D874TF
BS 782 782 RR3D874JQ
BS 783 796 RR3D874TF
BS 797 990 RR3D874JQ

RD RR3D874TF 796 0 0
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AAAATGAAGATGTAGCAGAATCTGAAGTAGGTGGTGGTGGTTCTTCCTCCAATCTAGCTA
AGGAGGTGGTTCGTCCTAACGCTGATACAGTGGACAACTTAGCCGGTCAAAGGAAGAACA
GCCATGGCGCTGAAGAGTTTACTACAATGCGCAACATGAGTTACAACACCGTACCTTTCA
CTGTTCATCCACAGAAAGCTGTCACTGGTTTACCTTACTCGGCAAAAGAGTCTGGACAAA
ATGCAGGAGCTGCAAGTTTAACACAGCTTACTGCTAATGCTGGGAATAATCTCCCAGTTA
TGTTCGGATACTCACCGGTTCAGCTCCCTATGCTGGATAAGGATGGCTCAGGCGGCATTG
CTGGCCTTTCTCAATCTCCATTCGCTGCAAGAGGCCCATCAAACTCAGCTACGGCGAAAG
GCGAGGGAAAACAGCCCGTTGCAGAAGAAAGCTCATCAGAGGATGCATCAGAACGACCAT
CAGGAGACAACAACAACAGTACTGCTTTCTCTTTCGACTTTTCCGACATAAAACCTGGAA
TGGCAGCGGATGTGAAGTTTGGAGGATCTGGTGCACGTCCTAACCTGCCCTGGGTCTCAA
CCACTGGTTCAG*CCCGCACGGTCGA*CAATCTCGGGTGTTACATACCGGTACA*TGCAA
AC*AGATCAAA*TCGTTTGCGCTTGTCACGGCTCACACATGTCGCCCGAGGAGTTTGTCA
G*CATGCAAGCGAGGA

QA 1 796 1 796
DS 

RD RR3D874JQ 696 0 0
GACAAAATGCAGGAGCTGCAAGTTTAACACAGCTTACTGCTAATGCTGGGAATAATCTCC
CAGTTATGTTCGGATACTCACCGGTTCAGCTCCCTATGCTGGATAAGGATGGCTCAGGCG
GCATTGCTGGCCTTTCTCAATCTCCATTCGCTGCAAGAGGCCCATCAAACTCAGCTACGG
CGAAAGGCGAGGGAAAACAGCCCGTTGCAGAAGAAAGCTCATCAGAGGATGCATCAGAAC
GACCATCAGGAGACAACAACAACAGTACTGCTTTCTCTTTCGACTTTTCCGACATAAAAC
CTGGAATGGCAGCGGATGTGAAGTTTGGAGGATCTGGTGCACGTCCTAACCTGCCCTGGG
TCTCAACCACTGGTTCAGGCCCGCACGGTCGAACAATCTCGGGTGTTACATACCGGTACA
ATGCAAACCAGATCAAAATCGTTTGCGCTTGTCACGGCTCACACATGTCGCCCGAGGAGT
TTGTCAGGCATGCAAGCGAGGAGTATGTTAGCCCTGAGTCTTCTGTAGGAATGACGGCTG
CCTCGGCTCATACCTGAAAAGTCGCCGGAGAAGTGTCTTATATCGTTGTAAACAAATGAA
ACAAGTGGTTTGTAATGAGTTTCTTATGGGAAGGTGTACTCTTTAAGGCCAAAGTTTTAT
TGGAGCTTCCCACTATGTTACTGTAATCTCTCTGTT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL5071Contig1 1185 2 2 U
GCTTATGGGTTTGTGTAAAAGAAAAAAAGACGAGGAGTTCAGGTTTTCTATGGCTTCTCA
TAGCTATCCAATTCATGGCTTTAGTGTTCAAGGAATCACCAAGAAGAGCCGAGCTTATCT
GGTGAATTCTGGAGTAAGAAGACAAGAGAGCATAATACCTGAAAACTCTTTTGACCTGAA
GATACAACACTTGGGGGAGCCGCCGTGTAAACCTTTTTCTTCTTTAAGAAACTGTAATCA
CTTTATGGAGTCTGACTCCAACATGTTGAAGCACAGGCTCTTAGATGTTCATGAGACAAG
ACAAGAGGAGGTAGTTGAGTTCCTTTTATCTACTACAGAAGACGAACTCAAAGAAAGAGG
TGCTAAAATGTCTCTGTTATCTAACTTGAATCAAGAACAGATGAAGCCTCTTCTGGATGT
CATGATTCATAATCAAGAATTCTCCATTAACCCAGATGCTCAAATCCTCTTCTCAAGTAG
CAGATCTGAGTTGAACGATATGGTCTCCATTGCAGCCAAGTTGAATAAGTCAGATAGATG
GAGAAAGCTCTCACTGCTTGTACCTCAATCTCAGAGATTGGACAGTGAGGTACTCATAGA
GACTCTGCAACCAGACGATGTTAATCTCGATGCAGTTACTACACTAGCTCCTCAGAAAAC
TAAGGCCAAGCAGCCTTCACGAAAGAAACATAATCCGAAGCTGAGAGATAGAGAGAATGA
TCTCTACAAAAGAAACCATCTCCATGCGTGTGAGAGCCTCATCTCTTTGATGATAGGCAG
TGAACAACATAGACAAACCACAATGCTATCTCTTAAGAAATCATCATCACGTGGAGAAGA
CCTCTCTGAGCTTTTGACTCAGCTGTCAATAGGCTTTGCTGGAAGTGGCATCGCCGTGTT
CTTCTCTGTGGTCTGTAGTGCTGCTTCCGGGCGAGTGCCCTTTTGTGCTAACAAGGTCTT
CGACGCTGGCCTTAGTTTAAGTTTGGTATTGCTCTCGTGGGCGGTGAGTAGGCCCAGGGA
AGCCATAGTTGGTATCAATAGCAAAGGGATCAAAGGCGAAGAAACCACAAATAGAGTTGA
GACAAGAATCAAGGATGTTTACTTCAGAGCTGCAACAGTTATCGTTATGGTGGCACTTAG
GTTTCATTGAATGTGGAATTTCGGATTCAAATCAAATGTTTGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AT94TF U 1
AF RR3AT94JQ C 326
BS 1 800 RR3AT94TF
BS 801 1185 RR3AT94JQ

RD RR3AT94TF 800 0 0
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DS 

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GCGTGTGAGAGCCTCATCTCTTTGATGATAGGCAGTGAACAACATAGACAAACCACAATG
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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AI19JQ C 1
AF RR3AI19TF U 1
BS 1 760 RR3AI19TF

RD RR3AI19JQ 760 0 0
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QA 1 760 1 760
DS 

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ACTCCGGCTCGTCCCCAGGCCGAACCCAGCACCAATCTCTTCGTCTCCGGGCTGAGTAAG
CGCACCACTTCTGAAGGGCTTAGGACAGCTTTCGCCCAGTTTGGAGAAGTTGCTGATGCC
AAGGTTGTCACAGACAGAGTCTCGGGATATTCAAAAGGATTTGGATTTGTTCGTTATACC
ACCTTAGAAGATTCTGCCAAAGGCATTGCTGGAATGGATGGCAAGTTTCTTGACGGTTGG
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AACATGAATACTCCTCCTTATGGTAACCGCTATTGAAACAAGCCTCTTCATGGAACCCTT
TGGGCATTTGTTCTTGACGAATCATTATATCTGTTATATGCTTCTCTCTGTGTTATCTAC
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ATTTATATACTTCGAGTAATAACCGAAAACTGCCATTTAT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL5073Contig1 723 2 2 U
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GAGAAAGATATAGGAATTTTCAAAATATAAGAACAAAAATGGACATTGCATACATAATGG
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TTG


BQ
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10 10 10 

AF RR3EI43TF U 1
AF RR3EI43JQ C 97
BS 1 541 RR3EI43TF
BS 542 723 RR3EI43JQ

RD RR3EI43TF 541 0 0
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ACTTTTCATCTCTCTAGGAAAAAGTAGATCGTCTAATTTTTTCCTTTTCTCCTTAGCTAT
CGTTTCTTCTAGATTCACACCCTCTTCTGATCAGTTTCTTCTAACAAAACATCGATTCTG
GTAGCAAAGAAAGATTCACGGTTTCAAGGAAGCTTTCTTTCTTACACAAGTGTTTCATTA
GAGAAAGATATAGGAATTTTCAAAATATAAGAACAAAAATGGACATTGCATACATAATGG
ACAGAGTGGTCGGCTAAAATTGTGATGGGCATATTAGAATCGCCTGCTTTCAACAAAACA
AAAAGATAAAGTTAATTTCTTCACTCTAGTATCTTTAGAAGATAGAGATTTGATTAGATT
TCAGATTTTGGCATAAAGATTCTGAGTTTGTTGAATGAAATTTACTCAAGTATTGAAGAC
CTGTATAATAATTTACATTTTTTTATATTTTGCAGAGACCAACTAAGCTCTGGATTAGCA
A

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3EI43JQ 627 0 0
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TCTTCTAACAAAACATCGATTCTGGTAGCAAAGAAAGATTCACGGTTTCAAGGAAGCTTT
CTTTCTTACACAAGTGTTTCATTAGAGAAAGATATAGGAATTTTCAAAATATAAGAACAA
AAATGGACATTGCATACATAATGGACAGAGTGGTCGGCTAAAATTGTGATGGGCATATTA
GAATCGCCTGCTTTCAACAAAACAAAAAGATAAAGTTAATTTCTTCACTCTAGTATCTTT
AGAAGATAGAGATTTGATTAGATTTCAGATTTTGGCATAAAGATTCTGAGTTTGTTGAAT
GAAATTTACTCAAGTATTGAAGACCTGTATAATAATTTACATTTTTT*ATATTTTGCAGA
GACCAACTAAGCTCTGGATTAGCAATAGGTTTCGATGGGATACACAGAGACGGCTCCAGT
TTGAAGAACAGGGAAAAAGTCTTGCATTACTCTGATCGGTAAGAAATGGTAAATAGTCTC
CTTTATTTTTTTGTTTCATTTCTTCACTCTACTAACTGTAGAAGATAGATATTTGGTTAG
CTTTCAGATTTTGGCATAAAGATTTTG

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL5074Contig1 796 2 1 U
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GTAGAGAGAGTTTAACTTGGTATCCAGGTAATATATAAAAGTAACCCGGCAAAATAAAAA
CACTGCAACCCCACATACTATATCGTCTTCTCTACTATTACAAACCGTGAAACATGGATT
ATAATGTCTTAACAAATGGTTAAAAGCTTCAGATGACACGGAGCTCGGTAAGAAAAGCGG
CGCATAGATCCAAGAAGAGAAACTGAGGACCGTTAACTCTCTGTATATCCAGCAAGTACT
TCTCTTCGCGTGCTTTGTATAGCTGAAGCTCAAATTTGATGACGGTGAGTGAGGTCATGG
CACAGTCATCCTCAATGATGCTCTGATCGTTGTCCATAGTATTCTGACCATCAGAAAAAC
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CTTGAAGAGCTTTCAGTACTTCATTCATGATATCACGAGGATGCGCATGGGACTGAAGTC
CAAGAGCCCATTTTCGTTCAGCTTGGACTTGTGATCTTGCTCCCAATCCGTACTGATCCA
TATGTGTAGGAACCCAGTGGCCGACAGGTGAAGCAGCAGCCGCTTCAGCTGGGCGCATAG
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GGAACCGGTTGTCCAATAACAGGTAGTAAGTAACAGTAGCATCGTTTTGCACTCTGTTGC
GAAGAGATCCATAACA


BQ
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AF RR3GT96JQ U 9
AF RR3F292JQ U 1
BS 1 796 RR3F292JQ

RD RR3GT96JQ 480 0 0
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TCCAAGAAGAGAAACTGAGGACCGTTAACTCTCTGTATATCCAGCAAGTACTTCTCTTCG
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CATCGGCATTTCATGTTGTAGTGACCAATCTTCTTCCAACACACATTGAGTTCTTGAAGA

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR3F292JQ 796 0 0
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CACTGCAACCCCACATACTATATCGTCTTCTCTACTATTACAAACCGTGAAACATGGATT
ATAATGTCTTAACAAATGGTTAAAAGCTTCAGATGACACGGAGCTCGGTAAGAAAAGCGG
CGCATAGATCCAAGAAGAGAAACTGAGGACCGTTAACTCTCTGTATATCCAGCAAGTACT
TCTCTTCGCGTGCTTTGTATAGCTGAAGCTCAAATTTGATGACGGTGAGTGAGGTCATGG
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CAGGAACCCATCGGCATTTCATGTTGTAGTGACCAATCTTCTTCCAACACACATTGAGTT
CTTGAAGAGCTTTCAGTACTTCATTCATGATATCACGAGGATGCGCATGGGACTGAAGTC
CAAGAGCCCATTTTCGTTCAGCTTGGACTTGTGATCTTGCTCCCAATCCGTACTGATCCA
TATGTGTAGGAACCCAGTGGCCGACAGGTGAAGCAGCAGCCGCTTCAGCTGGGCGCATAG
GATTGGAACCATTGTCTATTGTCTCTTGAAACTCAGATTCAAGATAGCCACTTGTAACAC
GGAACCGGTTGTCCAATAACAGGTAGTAAGTAACAGTAGCATCGTTTTGCACTCTGTTGC
GAAGAGATCCATAACA

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

CO CL5075Contig1 1064 2 2 U
GGATACAACTTCATAAGTTACAACTAAAACAAGTGCAACTCCTCAAGGTTCAGACATGTG
CAATCCCACCAGAGACGATGGCTCTAGCTAAAGCGACATGGTGCCTAAGGAAAAAAGACC
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GCACTTTTTGTGTCTCCTGGCGCCATTTAACTACAAGTGGGAAGCATTACGGTTCGGTCT
AATTCTCGTCGCAGTGACGAACCTGCTCATCACATTCTCGTATCATAGGAACTTGGCTCA
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ATTTGACACCCATTATATAAAATATAAGTGTGGTGGACGTAACAACGTGATGGACTTGAA
GCAGCAATGGTTCTATAGGTTTCTACGAATGACAATTGGCTTCCACGTCTTAATGTTTTG
GACCGTCCTCTATCTCTACGGTCGTTTGCCTTACTTTACATGCGGCGGGGGCGTTGGAGG
TGTGCTAGGGTACCACGTGACATGGCTCGTTAACTCGGCATGCCATATTTGGGGTTCGAG
GTCATGGAAGACTAAAGACACATCTCGTAACGTGTGGTGGCTAAGCATATTTACGATGGG
AGAGAGTTGGCACAACAACCACCATGCGTTGAGTCATCGGCGAGGCAAGGGTTGGAGTGG
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ATTTAAAAACTTTGTATTATTCGCATGATTCACTAATGAGAAGTTTATGTATAAACCAAT
CTATGTTATAAGTTCTATAGTAAAAACGACTTACATAAGTTTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A974TF U 1
AF RR3A974JQ C 190
BS 1 666 RR3A974TF
BS 667 1064 RR3A974JQ

RD RR3A974TF 666 0 0
GGATACAACTTCATAAGTTACAACTAAAACAAGTGCAACTCCTCAAGGTTCAGACATGTG
CAATCCCACCAGAGACGATGGCTCTAGCTAAAGCGACATGGTGCCTAAGGAAAAAAGACC
ATATTTTCAGAGATATTGGTCGTGGGCTGATGTAGCAAGAGCGGTAACCGTCGTGACGGT
GCACTTTTTGTGTCTCCTGGCGCCATTTAACTACAAGTGGGAAGCATTACGGTTCGGTCT
AATTCTCGTCGCAGTGACGAACCTGCTCATCACATTCTCGTATCATAGGAACTTGGCTCA
TCGGAGCTTTAAGCTCCCAAAATGGCTTGAGTATCCTATCGCTTACGCTGCTGTTTTCGC
TCTTCAGGGTGATCCATTGGATTGGGTGAGCATACATAGGTTCCATCACCAGTTCACTGA
TTCGGACCGTGACCCACATAGCCCTAAGGAAGGATTTTTGTTCAGCCATGTCATGTGGAT
ATTTGACACCCATTATATAAAATATAAGTGTGGTGGACGTAACAACGTGATGGACTTGAA
GCAGCAATGGTTCTATAGGTTTCTACGAATGACAATTGGCTTCCACGTCTTAATGTTTTG
GACCGTCCTCTATCTCTACGGTCGTTTGCCTTACTTTACATGCGGCGGGGGCGTTGGAGG
TGTGCT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3A974JQ 875 0 0
GTGTCTCCTGGCGCCATTTAACTACAAGTGGGAAGCATTACGGTTCGGTCTAATTCTCGT
CGCAGTGACGAACCTGCTCATCACATTCTCGTATCATAGGAACTTGGCTCATCGGAGCTT
TAAGCTCCCAAAATGGCTTGAGTATCCTATCGCTTACGCTGCTGTTTTCGCTCTTCAGGG
TGATCCATTGGATTGGGTGAGCATACATAGGTTCCATCACCAGTTCACTGATTCGGACCG
TGACCCACATAGCCCTAAGGAAGGATTTTTGTTCAGCCATGTCATGTGGATATTTGACAC
CCATTATATAAAATATAAGTGTGGTGGACGTAACAACGTGATGGACTTGAAGCAGCAATG
GTTCTATAGGTTTCTACGAATGACAATTGGCTTCCACGTCTTAATGTTTTGGACCGTCCT
CTATCTCTACGGTCGTTTGCCTTACTTTACATGCGGCGGGGGCGTTGGAGGTGTGCTAGG
GTACCACGTGACATGGCTCGTTAACTCGGCATGCCATATTTGGGGTTCGAGGTCATGGAA
GACTAAAGACACATCTCGTAACGTGTGGTGGCTAAGCATATTTACGATGGGAGAGAGTTG
GCACAACAACCACCATGCGTTGAGTCATCGGCGAGGCAAGGGTTGGAGTGGTGGCAGATA
GATATCACTTGGTACCTCATTCGACTATTTGAGGTTCTCGGATTAGCCACCGATGTGAAA
TTGCCTTCGGAATTTCAAAAACAGAAACTGGCTCTCGTTCGTTGATGTTTTATTTAAAAA
CTTTGTATTATTCGCATGATTCACTAATGAGAAGTTTATGTATAAACCAATCTATGTTAT
AAGTTCTATAGTAAAAACGACTTACATAAGTTTGC

QA 1 875 1 875
DS 



AS 1 2

CO CL5076Contig1 1154 2 8 U
GGGAGCTCTCCTTCTTCCATGGACGGCGACGCTTGCGATGATGGTGACTTCAGGCAATGA
TGTTCTCCACTGATCATATCCTTCGTCAAGGACCTTCGATCTTCCATTCTATCTCTCCTT
TCGAAAAGATTCGACCCAGCTCCTCCATATCTCAGTCTCGCGATCCCACCACCAGTGCTT
CTTTGGCGGCGTCTCTAATCTCCGATCCTTGTCAGAAGATCGCGACTTCTTCTTTACCCA
GAGAAAATTGTTCTCTTGAACCATCAGAGACTTGAGAGACTTTACCGAAAATTTGACGTC
CCCTTTTTTTTTCTTTCGCTTCGGATCAGACGATGCGTCTCCTCCGTTCCGCTGTATCAA
CGACTCATGTCTCCCTTCAGCTTCATACTTGGCTGTTTAAGACATTCCCCGTTAATCTTA
TCCGTCGATCCATTGAGCCTCCTAGTTACCGCTTGAGTTAACCATTCGTGTCCCCTAGAG
ATCCTGTATTGGTCTTTCTCAGCTACTCCACCTTGAGCTGAGACCTCCTTGCCTCGCATC
TTCCATAGCAGGTAACTTCCACCTTGAGCTTCCTTGTTATCGATAAGAAGTAAAGTTTGT
GCTCTAACTTTAATTACTTCTTCTTGTGCGAGGTGATCGATAACGAAGTTACCTGCCGTG
CCGTTCTCTTAGGCTATTTTGAGGAGTTCACAACAGAGATCAAACTTCTGCCCGGGTAGA
TGCGATTTGGCAAGGACGTCTTCGTGTACAGCAAGTTGAGGGCTGTCCACATCGCAGCAG
CTGTCTCGCAGTGACTGATCTTTCTCAAGACTTGGTTTCCTACGTTCAATACAATGAGAT
CTTTCGCTTTCTCTGATTTCCCGAGCTTAACGGGATCAACGGTCGGGATGTTGTCTGCTT
CTTCCTTCTCCGTGTCCTTCAAGGATAAAAGAGATGGGCCAAGACAAATCAATTAGAGCC
CATTAGTCTAATAAGGAGAGGCGAAGAGTCTAGTGATGTTGAAAGGGTTTGTGTAGAGGC
TAAGAGTTTGATAGGGGAGAGGCTATAATCAATTAGTCTACAAAGGTCAGGCTTTGATCA
TGATGATGAGTTCTAGTTTCATTTTTATAATGAAGACAGACATAGATTATTCCAATAAAA
AAGCATTATAGGAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GJ45TF U 1
AF RR3GJ45JQ C 380
BS 1 672 RR3GJ45TF
BS 673 673 RR3GJ45JQ
BS 674 687 RR3GJ45TF
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BS 704 704 RR3GJ45JQ
BS 705 812 RR3GJ45TF
BS 813 1154 RR3GJ45JQ

RD RR3GJ45TF 812 0 0
GGGAGCTCTCCTTCTTCCATGGACGGCGACGCTTGCGATGATGGTGACTTCAGGCAATGA
TGTTCTCCACTGATCATATCCTTCGTCAAGGACCTTCGATCTTCCATTCTATCTCTCCTT
TCGAAAAGATTCGACCCAGCTCCTCCATATCTCAGTCTCGCGATCCCACCACCAGTGCTT
CTTTGGCGGCGTCTCTAATCTCCGATCCTTGTCAGAAGATCGCGACTTCTTCTTTACCCA
GAGAAAATTGTTCTCTTGAACCATCAGAGACTTGAGAGACTTTACCGAAAATTTGACGTC
CCCTTTTTTTTTCTTTCGCTTCGGATCAGACGATGCGTCTCCTCCGTTCCGCTGTATCAA
CGACTCATGTCTCCCTTCAGCTTCATACTTGGCTGTTTAAGACATTCCCCGTTAATCTTA
TCCGTCGATCCATTGAGCCTCCTAGTTACCGCTTGAGTTAACCATTCGTGTCCCCTAGAG
ATCCTGTATTGGTCTTTCTCAGCTACTCCACCTTGAGCTGAGACCTCCTTGCCTCGCATC
TTCCATAGCAGGTAACTTCCACCTTGAGCTTCCTTGTTATCGATAAGAAGTAAAGTTTGT
GCTCTAACTTTAATTACTTCTTCTTGTGCGAGGTGATCGATAACGAAGTTACCTGCCGTG
CCGTTCTCTTAG*CTATTTTGAGGAGT*CACAACAGAGATCAA*CTTCTGCCCGGGTAGA
TGCGATTTGGCAAGGACGTCTTCGTGTACAGCAAGTTGAGGGCTGTCCACATCGCAGCAG
CTGTCTCGCAGTGACTGATCTTTCTCAAGACT

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3GJ45JQ 775 0 0
GCTTCATACTTGGCTGTT*AAGACATTCCCCGTTA*TCTTATCCGTCGATCCATTGAGCC
TCCTAGTTACCGCTTGAGTTAACCATTCGTGTCCCCTAGAGATCCTGTATTGGTCTTTCT
CAGCTACTCCACCTTGAGCTGAGACCTCCTTGCCTCGCATCTTCCATAGCAGGTAACTTC
CACCTTGAGCTTCCTTGTTATCGATAAGAAGTAAAGTTTGTGCTCTAACTTTAATTACTT
CTTCTTGTGCGAGGTGATCGATAACGAAGTTACCTGCCGTGCCGTTTTCTTAGGCTATTT
TGAGGAGTTCACAACAGAGATCAAACTTCTGCCCGGGTAGATGCGATTTGGCAAGGACGT
CTTCGTGTACAGCAAGTTGAGGGCTGTCCACATCGCAGCAGCTGTCTCGCAGTGACTGAT
CTTTCTCAAGACTTGGTTTCCTACGTTCAATACAATGAGATCTTTCGCTTTCTCTGATTT
CCCGAGCTTAACGGGATCAACGGTCGGGATGTTGTCTGCTTCTTCCTTCTCCGTGTCCTT
CAAGGATAAAAGAGATGGGCCAAGACAAATCAATTAGAGCCCATTAGTCTAATAAGGAGA
GGCGAAGAGTCTAGTGATGTTGAAAGGGTTTGTGTAGAGGCTAAGAGTTTGATAGGGGAG
AGGCTATAATCAATTAGTCTACAAAGGTCAGGCTTTGATCATGATGATGAGTTCTAGTTT
CATTTTTATAATGAAGACAGACATAGATTATTCCAATAAAAAAGCATTATAGGAG

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL5077Contig1 1232 2 4 U
GCACGTCGTGTGGCTGAAGAGATGGATGTAAAGATGGGGGAAGAGGTCGGTTACACAGTC
CGTTTCGAGGATTGCAGTAGCCCCCGAACGGTGCTCAAGTACCTGACTGATGTAATGCTT
CTTAGGGAAGCTATGGTGGATCCGCTCCTTTTGAGATACAACGTGATTATCCTTGACGAA
TTTCATGATAGAAGTTTAGCCACAGATTTACTTGTTGCTATTCTTAACCGCACCTTGTTT
AGGCGACCTGATCTTAAGCTTGTTGTGATGAGTGCAACCCTACAGCGTTTGAAGCAAAAG
TATTTTAGTGATGCAGATGCGCCTCTCATCAAAGTCCCTTGTGGTAGGCTCCTCCATCCA
GTGGAGATCTTGTACACCCGAGAACCTGTGATGGACTATCTCGAGACTGCCATAAGCAAA
GTTATCGAGATTCACATGTGTGAACCAGCTTTGCAACAACGAGGAGGAGTTGGTGTAGAT
TGTTTTTTGTTTGGTTTGTTTGTTTGTTGAATAGATGGAGTCGTGCATCGATATGATGGT
TAAGAAGAATTCAGGTGCTAGGTATTGCGAAGAAGAACGTAGGAATCTACCAGTCTGGGT
GCAAAAAGAAGAGTTTGTCCGAACTTTGAAGGAGAATCAGATGGTGTTGGTGACGGGTGA
GACCGGTAGTGGTAAAACAACGCAGATCCCACAGTTTGTTTTAGAATCAGTGAGAAAGAT
CATCGTCTCCACCAACGTTGCTGAGACTTCTTTGTCTATGGACGGGATTGCTTATGTGGT
TGATCCTGGTTTCTCCAAGCAAAAGAACTGTTGTTTCTTCACTGCTAACGAGATCTGGTC
GGTGTCCCGAATATCAAAAGCAAGTGCTTACCAGAGAGCAGGACGTGCCGGTAGGAAATG
TTTTAGGCTCTACACTGAGAAGACTTTCAATGACTTACCGGCTTGGGAGCTTCCTGAGAT
ATTTAGATCAAACCTTGTTAAAACAGTTTTGACTTTGATGAGGCTAGGGGTGAGGGAAGT
GACAGATTTTGAATTTATAGATTTTCCTTCCCCTCAAATGCTCTATCGGGGCTTGGAGGA
TTTGTTTCATCTAGGAGCAATAGATGACCAAGGTAACCTGACAAATATAGGCCACATGAT
GGAGACGAGTTTGGAAGAGCCACTTTGATTTTTTTTTATAAAGTTCTTTCCATAAAATTT
TTTTTTGTTGCTGAGAGATACCAAAATATATG


BQ
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AF RR3HA03TF U 1
AF RR3HA03JQ C 390
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BS 706 706 RR3HA03JQ
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TATTTTAGTGATGCAGATGCGCCTCTCATCAAAGTCCCTTGTGGTAGGCTCCTCCATCCA
GTGGAGATCTTGTACACCCGAGAACCTGTGATGGACTATCTCGAGACTGCCATAAGCAAA
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TGTTTTTTGTTTGGTTTGTTTGTTTGTTGAATAGATGGAGTCGTGCATCGATATGATGGT
TAAGAAGAATTCAGGTGCTAGGTATTGCGAAGAAGAACGTAGGAATCTACCAGTCTGGGT
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GTCTATG

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DS 

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AATAGATGGAGTCGTGCATCGATATGATGGTTAAGAAGAATTCAGGTGCTAGGTATTGCG
AAGAAGAACGTAGGAATCTACCAGTCTGGGTGCAAAAAGAAGAGTTTGTCCGAACTTTGA
AGGAGAATCAGATGGTGTTGGTGACGGGTGAGACCGGTAGTGGTAAAACAACGCAGATCC
CACAGTTTGTTTTAGAATCAGTGAGAAAGATCATCGTCTCCACCAACGTTGCTGAGACTT
CTTTGTCTATGGACGGGATTGCTTATGTGGTTGATCCTGGTTTCTCCAAGCAAAAGAACT
GTTGTTTCTTCACTGCTAACGAGATCTGGTCGGTGTCCCGAATATCAAAAGCAAGTGCTT
ACCAGAGAGCAGGACGTGCCGGTAGGAAATGTTTTAGGCTCTACACTGAGAAGACTTTCA
ATGACTTACCGGCTTGGGAGCTTCCTGAGATATTTAGATCAAACCTTGTTAAAACAGTTT
TGACTTTGATGAGGCTAGGGGTGAGGGAAGTGACAGATTTTGAATTTATAGATTTTCCTT
CCCCTCAAATGCTCTATCGGGGCTTGGAGGATTTGTTTCATCTAGGAGCAATAGATGACC
AAGGTAACCTGACAAATATAGGCCACATGATGGAGACGAGTTTGGAAGAGCCACTTTGAT
TTTTTTTTATAAAGTTCTTTCCATAAAATTTTTTTTTGTTGCTGAGAGATACCAAAATAT
ATG

QA 1 843 1 843
DS 



AS 1 2

CO CL5078Contig1 893 2 2 U
GGTCCTTCTTCTTCATAGACCGTCCCAAAGAGGATAAAGTCTGTTTCTTTCTGCAGTGAA
TCCTCCTTCAGCAACTGGGTTTTTGAAGTTTTCTTACGAAACTTGATTTGGGTTTTCGTT
TATTTAGGTTGAATTTTGGTGAAAAAGAGCCTATCTTGTGTTCGATGATATTCCCCAGAG
AGAGAAAAGGCGAAGACTTTTGATTCTTTTCTTTGTATTTGGGTTTTGTGGGAATAGAGA
GAGAGAGATGGCAGGTGAAGATTGGATAGAACTCAAGTTTAGACTCGCAGATGGCACTGA
CATAGGTCCCACCAAGTACAATCAATCTATGACTGTTTCTTCTCTCAAAGAGAAGATCAT
CTCTCAATGGCCTAAAGAGTCAGAAAACATTCCAAAGACTGTAAATGATGTGAAGCTCAT
CAATTCCGGGAAGATACTAGGCAACAACAGGACACTTGCTGAATCCAGGCTTCCCGTTGG
CGAACTTCCCGGGATGGTCATCACTATGCATGTTGTTCTTCGCCCTCCTACTTTAGACAA
AAAGAGCGAAAAACTGCAGAATGATCCTCCCATGAAGAATCGATGCGCATGCACCATTTT
GTAGCTGCAAGTAAATTGGATCATATAGAGAGATTTTAATCCTTCATGATAAAATAGCAC
TGGGTTGTGATGCTCCATGGAACAGCTGAGAAAGTTCCCTTACTGGCATAGACATGAAAA
AAAAACAAAGGATCTTCATTACAGGACTTGTTTACATTTGTGTGGTTGATAATTTATTTT
TCATCTTTTTCTTCATTGTTTATCCAAAATGGCTCAAGAAAATGTACTGCAATTCTTGAA
GGATGTTTGTTTTTAAATATATATACAATACGTGCAGACACACTGTTTGAAGG


BQ
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AF RR3AD95TF U 1
AF RR3AD95JQ C 208
BS 1 687 RR3AD95TF
BS 688 893 RR3AD95JQ

RD RR3AD95TF 687 0 0
GGTCCTTCTTCTTCATAGACCGTCCCAAAGAGGATAAAGTCTGTTTCTTTCTGCAGTGAA
TCCTCCTTCAGCAACTGGGTTTTTGAAGTTTTCTTACGAAACTTGATTTGGGTTTTCGTT
TATTTAGGTTGAATTTTGGTGAAAAAGAGCCTATCTTGTGTTCGATGATATTCCCCAGAG
AGAGAAAAGGCGAAGACTTTTGATTCTTTTCTTTGTATTTGGGTTTTGTGGGAATAGAGA
GAGAGAGATGGCAGGTGAAGATTGGATAGAACTCAAGTTTAGACTCGCAGATGGCACTGA
CATAGGTCCCACCAAGTACAATCAATCTATGACTGTTTCTTCTCTCAAAGAGAAGATCAT
CTCTCAATGGCCTAAAGAGTCAGAAAACATTCCAAAGACTGTAAATGATGTGAAGCTCAT
CAATTCCGGGAAGATACTAGGCAACAACAGGACACTTGCTGAATCCAGGCTTCCCGTTGG
CGAACTTCCCGGGATGGTCATCACTATGCATGTTGTTCTTCGCCCTCCTACTTTAGACAA
AAAGAGCGAAAAACTGCAGAATGATCCTCCCATGAAGAATCGATGCGCATGCACCATTTT
GTAGCTGCAAGTAAATTGGATCATATAGAGAGATTTTAATCCTTCATGATAAAATAGCAC
TGGGTTGTGATGCTCCATGGAACAGCT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3AD95JQ 686 0 0
TTTCTTTGTATTTGGGTTTTGTGGGAATAGAGAGAGAGAGATGGCAGGTGAAGATTGGAT
AGAACTCAAGTTTAGACTCGCAGATGGCACTGACATAGGTCCCACCAAGTACAATCAATC
TATGACTGTTTCTTCTCTCAAAGAGAAGATCATCTCTCAATGGCCTAAAGAGTCAGAAAA
CATTCCAAAGACTGTAAATGATGTGAAGCTCATCAATTCCGGGAAGATACTAGGCAACAA
CAGGACACTTGCTGAATCCAGGCTTCCCGTTGGCGAACTTCCCGGGATGGTCATCACTAT
GCATGTTGTTTTTCGCCCTCCTACTTTAGACAAAAAGAGCGAAAAACTGCAGAATGATCC
TCCCATGAAGAATCGATGCGCATGCACCATTTTGTAGCTGCAAGTAAATTGGATCATATA
GAGAGATTTTAATCCTTCATGATAAAATAGCACTGGGTTGTGATGCTCCATGGAACAGCT
GAGAAAGTTCCCTTACTGGCATAGACATGAAAAAAAAACAAAGGATCTTCATTACAGGAC
TTGTTTACATTTGTGTGGTTGATAATTTATTTTTCATCTTTTTCTTCATTGTTTATCCAA
AATGGCTCAAGAAAATGTACTGCAATTCTTGAAGGATGTTTGTTTTTAAATATATATACA
ATACGTGCAGACACACTGTTTGAAGG

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL5079Contig1 814 2 2 U
GGAGTGATTGATGATCATGAAGACGAAGAAGGTGTTAGTGCTCGTAAAAAGCTTAGACTC
ACTAAACAACAATCCGCTCTTCTTGAAGAGAGCTTCAAACAACACAGCACTCTTAATCCC
AAGCAAAAACAAGCTCTTGCGAGACAGCTGAATCTAAGGCCTAGGCAAGTTGAAGTGTGG
TTCCAAAACAGGAGAGCTAGGACAAAACTAAAGCAAACAGAAGTGGATTGTGAGATTTTG
AAGAAATGTTGTGATACTTTAACGGATGAGAATAGAAGGCTTCAAAAAGAGCTTCAGGAT
CTGAAGGCTTTAAAGATGTCTCAACCTTTCTACATGCATATGCCGGCGGCGACTTTGACG
ATGTGCCCTTCTTGTGAGAGACTCGGCGGTGGTGGTGCTGGTGCTGGAGGAGGCGGAGGT
ACGGTTGAGGTTGATGAAGGAACGGCGAAGGGAGCTTTCTCCATCGTCACAAACACTCGT
TTCTACAACCCTTTCACTAGTCCTTCTGCAGCTTGTTAATTACCTATTAATTAATTTGTT
TTTCCACATCCAATTAGGAATTAGTTAGAAGTTAAATCCGGAAAAAGTCCTGAGTTAAAA
TTTGGGGAATATTGGGGAATAGTCTTTTATAGACAAGACTCTTCAACGATCCCACTTTAT
TTTTCGGTGGGATTGTTGGTTGATGAAGAAATTTATAGTTTGTAATTATACTAGTACTTA
CTAATAATCCATCTTCCTTTGTTATTTTCTTCAAATGTATTAGTGTTATAATATAATTTT
GCTTGTAAAATGAATAATATAATAAAATTTGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D568TF U 1
AF RR3D568JQ C 210
BS 1 685 RR3D568TF
BS 686 814 RR3D568JQ

RD RR3D568TF 685 0 0
GGAGTGATTGATGATCATGAAGACGAAGAAGGTGTTAGTGCTCGTAAAAAGCTTAGACTC
ACTAAACAACAATCCGCTCTTCTTGAAGAGAGCTTCAAACAACACAGCACTCTTAATCCC
AAGCAAAAACAAGCTCTTGCGAGACAGCTGAATCTAAGGCCTAGGCAAGTTGAAGTGTGG
TTCCAAAACAGGAGAGCTAGGACAAAACTAAAGCAAACAGAAGTGGATTGTGAGATTTTG
AAGAAATGTTGTGATACTTTAACGGATGAGAATAGAAGGCTTCAAAAAGAGCTTCAGGAT
CTGAAGGCTTTAAAGATGTCTCAACCTTTCTACATGCATATGCCGGCGGCGACTTTGACG
ATGTGCCCTTCTTGTGAGAGACTCGGCGGTGGTGGTGCTGGTGCTGGAGGAGGCGGAGGT
ACGGTTGAGGTTGATGAAGGAACGGCGAAGGGAGCTTTCTCCATCGTCACAAACACTCGT
TTCTACAACCCTTTCACTAGTCCTTCTGCAGCTTGTTAATTACCTATTAATTAATTTGTT
TTTCCACATCCAATTAGGAATTAGTTAGAAGTTAAATCCGGAAAAAGTCCTGAGTTAAAA
TTTGGGGAATATTGGGGAATAGTCTTTTATAGACAAGACTCTTCAACGATCCCACTTTAT
TTTTCGGTGGGATTGTTGGTTGATG

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3D568JQ 605 0 0
AAAGCAAACAGAAGTGGATTGTGAGATTTTGAAGAAATGTTGTGATACTTTAACGGATGA
GAATAGAAGGCTTCAAAAAGAGCTTCAGGATCTGAAGGCTTTAAAGATGTCTCAACCTTT
CTACATGCATATGCCGGCGGCGACTTTGACGATGTGCCCTTCTTGTGAGAGACTCGGCGG
TGGTGGTGCTGGTGCTGGAGGAGGCGGAGGTACGGTTGAGGTTGATGAAGGAACGGCGAA
GGGAGCTTTCTCCATCGTCACAAACACTCGTTTCTACAACCCTTTCACTAGTCCTTCTGC
AGCTTGTTAATTACCTATTAATTAATTTGTTTTTCCACATCCAATTAGGAATTAGTTAGA
AGTTAAATCCGGAAAAAGTCCTGAGTTAAAATTTGGGGAATATTGGGGAATAGTCTTTTA
TAGACAAGACTCTTCAACGATCCCACTTTATTTTTCGGTGGGATTGTTGGTTGATGAAGA
AATTTATAGTTTGTAATTATACTAGTACTTACTAATAATCCATCTTCCTTTGTTATTTTC
TTCAAATGTATTAGTGTTATAATATAATTTTGCTTGTAAAATGAATAATATAATAAAATT
TGTAG

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

CO CL5080Contig1 719 2 21 U
GGGCGGCTTCGACTTCTATTCTACTTTCTCCAAGTCTCCACCAAAAAAAAATTGAGCTCA
GTACTCAATCTGACCCCGAGATTGCAGAGAACCCAGCCCGTGTTTAAACCCTCCGACGAG
CTCTCCGGCAGCCATGTACGGCGGTGATGAAGTGTCAGCTATAGTGGTTGACTTGGGCTC
CCACACTTGCAAGGCTGGTTACGCCGGCGAAGATGCTCCCAAGGCCGTCTTCCCTTCCGT
TGTTGGGGCAGTAGATGGAACTGAGGCGATGGATGTGGATGTTGATTCAGCAAAGAACAA
CAATTCGAACTCTGAGGATTCAAAGACCAATGAGTCTGAAAAAGAAAAGGGGAAACGTAA
GCTGTATGTGGGATCTCAGGCCTTGAATTACCGCCGGGATCATATGGAGATATTGTCACC
AATCAAAGATGGCATAGTTTCTGATTGGGATTTGGTGGACAACATTTGGGACCATGCTTT
CAGGGGTTGTCTGATGATTGATCCCAAGGAGCACCCCATGCTGCTAGCTGAGCCTCCTCT
AAACACCCAACAGCAGAGAGAGAAAGCAGCAGAGCTGATGTTTGAAAAATACAAAGTTCC
AGCATTGTTTATGGCTAAGAATCCTGTTCTCACGTCTTTTGCTACTGGACGTGCTACTTC
ATTGGTTGTGGACTGCGGGTGGAGGATCCACAACTATATCACCGGTGCATGAGGTTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DB88TF U 1
AF RR3BA59TF U 157
BS 1 250 RR3DB88TF
BS 251 251 RR3BA59TF
BS 252 291 RR3DB88TF
BS 292 292 RR3BA59TF
BS 293 309 RR3DB88TF
BS 310 310 RR3BA59TF
BS 311 420 RR3DB88TF
BS 421 421 RR3BA59TF
BS 422 504 RR3DB88TF
BS 505 505 RR3BA59TF
BS 506 567 RR3DB88TF
BS 568 568 RR3BA59TF
BS 569 648 RR3DB88TF
BS 649 649 RR3BA59TF
BS 650 678 RR3DB88TF
BS 679 679 RR3BA59TF
BS 680 688 RR3DB88TF
BS 689 689 RR3BA59TF
BS 690 703 RR3DB88TF
BS 704 704 RR3BA59TF
BS 705 719 RR3DB88TF

RD RR3DB88TF 719 0 0
GGGCGGCTTCGACTTCTATTCTACTTTCTCCAAGTCTCCACCAAAAAAAAATTGAGCTCA
GTACTCAATCTGACCCCGAGATTGCAGAGAACCCAGCCCGTGTTTAAACCCTCCGACGAG
CTCTCCGGCAGCCATGTACGGCGGTGATGAAGTGTCAGCTATAGTGGTTGACTTGGGCTC
CCACACTTGCAAGGCTGGTTACGCCGGCGAAGATGCTCCCAAGGCCGTCTTCCCTTCCGT
TGTTGGGGCATTAGATGGAACTGAGGCGATGGATGTGGATGTTGATTCAGCGAAGAACAA
CAATTCGAATTCTGAGGATTCAAAGACCAATGAGTCTGAAAAAGAAAAGGGGAAACGTAA
GCTGTATGTGGGATCTCAGGCCTTGAATTACCGCCGGGATCATATGGAGATATTGTCACC
CATCAAAGATGGCATAGTTTCTGATTGGGATTTGGTGGACAACATTTGGGACCATGCTTT
CAGGGGTTGTCTGATGATTGATCCTAAGGAGCACCCCATGCTGCTAGCTGAGCCTCCTCT
AAACACCCAACAGCAGAGAGAGAAAGCGGCAGAGCTGATGTTTGAAAAATACAAAGTTCC
AGCATTGTTTATGGCTAAGAATCCTGTTCTCACGTCTTTTGCTACTGGGCGTGCTACTTC
ATTGGTTGTGGACTGCGG*TGGAGGATCTACAACTATATCACCTGTGCATGAGGTTATG

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3BA59TF 553 0 0
AGCTATAGTGGTTGACTTGGGCTCCCACACTTGCAAGGCTGGTTACGCCGGCGAAGATGC
TCCCAAGGCCGTCTTCCCTTCCGTTGTTGGGGCAGTAGATGGAACTGAGGCGATGGATGT
GGATGTTGATTCTGCAAAGAACAACAATTCGAACTCTGAGGATTCGAAGACCAATGAGTC
TGAAAAAGAAAAGGGGAAACGTAAGCTGTATGTGGGATCTCAGGCCTTGAATTGCCGCCG
GGATCATATGGAGATATTGTCTCCAATCAAAGATGGCATTGTTTCTGATTGGGATTTGGT
GGACAACATTTGGGACCATGCTTTCAGGGGTTGTCTGATGATTGATCCCAAGGAGCACCC
TATGCTGCTAGCTGAGCCTCCTTTAAACACCCAACAGCAGAGAGAGAAGGCAGCAGAGCT
GATGTTTGAAAAATACAAAGTTCCAGCATTGTTTATGGCTAAGAATCCTGTTCTCACGTC
TTTTGCTACTGGACGTGCTACTTCATTGGTTGTGGACTGTGGGTGGAGGATCCACAACTA
TATCACCGGTGCA

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

CO CL5081Contig1 476 2 1 U
GGAACCATCAACCCAGTAAGTTTAAATTCAAAAGAATTAATACTAAACGTGTGTATCAAA
AACAATATGTCGTCATCCCAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCTTGATTACTTTATTTCCT
CTTCATGAATCTGTCAATGTCCGAAGTCTTCTAGCGAAACAGAATAAATGCACGCAAAAA
AACATGTCCAAAGCTCACAACCAAAGATAAGACTTGCTTTTGTTGTCCCTCCACTAAGGG
TTGTTACGGGACCAGAGCAAACTGTGAAGGTTGGTGTCCATGAGTTATCTAGAGAATCTA
CATCAAGGATCTAAGAAAACCTGAATAACCGTTTTATTTAATTCTTCCTAACATCTACTT
TCGATTTATATGAATAAAGCATGCTCATCTAGAGCCCAACAAATACAATGTATATCTATT
GTATTTGTGTTTAGAGACTTTTTCATATTCTATTTTATGTAATGCGCATAAATTAA


BQ
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AF RR3BU38JQ C 1
AF RR3BU38TF U 1
BS 1 476 RR3BU38TF

RD RR3BU38JQ 476 0 0
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TTGTTACGGGACCAGAGCAAACTGTGAAGGTTGGTGTCCATGAGTTATCTAGAGAATCTA
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GTATTTGTGTTTAGAGACTTTTTCATATTCTATTTTATGTAATGCGCATAAATTAA

QA 1 476 1 476
DS 

RD RR3BU38TF 476 0 0
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AACAATATGTCGTCATCCCAGTTCGCTATCTTTTGCATCATCTTGATTACTTTATTTCCT
CTTCATGAATCTGTCAATGTCCGAAGTCTTCTAGCGAAACAGAATAAATGCACGCAAAAA
AACATGTCCAAAGCTCACAACCAAAGATAAGACTTGCTTTTGTTGTCCCTCCACTAAGGG
TTGTTACGGGACCAGAGCAAACTGTGAAGGTTGGTGTCCATGAGTTATCTAGAGAATCTA
CATCAAGGATCTAAGAAAACCTGAATAACCGTTTTATTTAATTCTTCCTAACATCTACTT
TCGATTTATATGAATAAAGCATGCTCATCTAGAGCCCAACAAATACAATGTATATCTATT
GTATTTGTGTTTAGAGACTTTTTCATATTCTATTTTATGTAATGCGCATAAATTAA

QA 1 476 1 476
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CN47JQ C 1
AF RR3CN47TF U 1
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RD RR3CN47JQ 475 0 0
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QA 1 475 1 475
DS 

RD RR3CN47TF 475 0 0
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TTGAAGGATGTCTCGCTGCACTATGCTGCTGCTGGATTTGTGAAATGTGTTTCTAAGGTA
AAGAAGAACACTACAGTGTGTCGAGCTACCTTGTGTATCTATTAGTGTGAGAGATTGCAG
GACTATATAGTAGACCAATCTGAAACTTCCTATACTATGTGTGTGGCGTTTGTATGTATT
GTTGTAAGATTGCAGGACTCTATAGTAGCTTAATCTGAAACTTCCTGTACTGTGTGTGGT
GTTTGTATGTATTGAAAGATGATTATTATACTAATAATGTAAAGGTGGTCATAGT

QA 1 475 1 475
DS 



AS 1 2

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TGTACATCATAAAACCCTTTCTCTCTCTCCATCTCAATCTCCATCCTCCTCCTTATAGAC
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CCTTCTTCGTTTCTCTGAGCCTTTCGAGTTCTGATCTCCTCGATCGAGCTCTGTTTACCT
ATTTCCCTCGACAAATCTCGCATTTTTTTTCTCGATCTCCAGAGCAGCAGAATCTCAGTA
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TGGCTGTATGCAAGAATTCAAACTCTTCCAGACTCATTCCAATTTCTATATGATTGGTTG
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TCTCAGTGAGGATCCCACTGCCTATACC


BQ
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AF RR3AK47TF U 1
AF RR3AK47JQ C 255
BS 1 727 RR3AK47TF
BS 728 748 RR3AK47JQ

RD RR3AK47TF 727 0 0
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CCTTCTTCGTTTCTCTGAGCCTTTCGAGTTCTGATCTCCTCGATCGAGCTCTGTTTACCT
ATTTCCCTCGACAAATCTCGCATTTTTTTTCTCGATCTCCAGAGCAGCAGAATCTCAGTA
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GGCTTAGATCTGTAACTCAAAAAAGGGGGAATCAGATACTATGACCACCACCTCATCGCC
ATCAATTGAGAATGTAGCCTCTTCCTCCTCCTCTGGATCATCATCATCTTCTTCCCTTCA
TGGCTGTATGCAAGAATTCAAACTCTTCCAGACTCATTCCAATTTCTATATGATTGGTTG
GAATGGTAGTGGAGTGTATAGAGTACTCAAGATAGACCGCCTTGACGCCTCTGAGCTTAG
TCTCAGT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3AK47JQ 494 0 0
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ACACCACCGGCGAGAGATTCTTTCTACCGGCTTTGGCTTTAGCTTTGGCTTAGATCTGTA
ACTCAAAAAAGGGGGAATCAGATACTATGACCACCACCTCATCGCCATCAATTGAGAATG
TAGCCTCTTCCTCCTCCTCTGGATCATCATCATCTTCTTCCCTTCATGGCTGTATGCAAG
AATTCAAACTCTTCCAGACTCATTCCAATTTCTATATGATTGGTTGGAATGGTAGTGGAG
TGTATAGAGTACTCAAGATAGACCGCCTTGACGCCTCTGAGCTTAGTCTCAGTGAGGATC
CCACTGCCTATACC

QA 1 494 1 494
DS 



AS 1 2

CO CL5084Contig1 771 2 2 U
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GGCCGCGGCGGAGGAAACGGCGCCGGAAGCCCAAGATTCTCACCGAGAAACCAGGAGATT
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AGAGCGATCTCAGAGAAAGGTTATTACTTGCATAAGTCGCCCATTTCAACTCCGAGGGAA
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CCGGATAATTCAACTTCTTGAGGAGAGAGAGAGAGAGAGACAAGAGAGAATGTTTATAAT
TTTTACTACCACTGTAATTTTCATTTTTAACCCTGCTCTGCTTTTTAGTCCTTGCTTTTT
TCACTGTTATCCTGTCAATTAAAATTTCAAATAAAGCGAATATGAGAGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
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AF RR3EE54TF U 1
AF RR3EE54JQ C 178
BS 1 649 RR3EE54TF
BS 650 771 RR3EE54JQ

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CCGGATAATTCAACTTCTTGAGGAGAGAGAGAGAGAGAGACAAGAGAGA
TGT

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DS 

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GGAAACAAACTCTACGAGAGGAGATCGAACAGCAACAGCCTCATGATCAATACGCTCATG
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ATTCTGTCGCCCAGCTGTCTCGACTTCCCGAAGCTCGCGCTTAACAGTCCCGTGACGCCG
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TCACCGGATAATTCAACTTCTTGAGGAGAGAGAGAGAGAGAGACAAGAGAGAATGTTTAT
AATTTTTACTACCACTGTAATTTTCATTTTTAACCCTGCTCTGCTTTTTAGTCCTTGCTT
TTTTCACTGTTATCCTGTCAATTAAAATTTCAAATAAAGCGAATATGAGAGGTC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 2

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CCAGGGAGCTGGTGAGTAGGTCTTTTCATCTGTTTGAGCTCTTTCTAATGAAGAACAAGA
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TGAAACAACCAAGCTGGTTAATCTTTTGTATGATGTAACAAGATCAATCTGGTTAAAAAG
GAAAGTAGTATGGTTGTAATGTAACCCTTTTTTTATGATGAACCATCAGTACATCTAATC
CAGCTTTGTTTGTAGCCCCT


BQ
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AF RR3BO03JQ C 1
AF RR3BO03TF U 1
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AGTGTTCAAGATCAATTTGATTTAAATAGAAAGTAGTGTATTTGTAATCTTTTTGTGTTA
TGAAACAACCAAGCTGGTTAATCTTTTGTATGATGTAACAAGATCAATCTGGTTAAAAAG
GAAAGTAGTATGGTTGTAATGTAACCCTTTTTTTATGATGAACCATCAGTACATCTAATC
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DS 

RD RR3BO03TF 440 0 0
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TGGGTCGAAGATGCAGTGATACGTTACTTGAACCGGAGGCCAGCAGCTGGTAACTAGGGG
CCAGGGAGCTGGTGAGTAGGTCTTTTCATCTGTTTGAGCTCTTTCTAATGAAGAACAAGA
AGTGTTCAAGATCAATTTGATTTAAATAGAAAGTAGTGTATTTGTAATCTTTTTGTGTTA
TGAAACAACCAAGCTGGTTAATCTTTTGTATGATGTAACAAGATCAATCTGGTTAAAAAG
GAAAGTAGTATGGTTGTAATGTAACCCTTTTTTTATGATGAACCATCAGTACATCTAATC
CAGCTTTGTTTGTAGCCCCT

QA 1 440 1 440
DS 



AS 1 2

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TCATGAGTGTTGACCTGAGGATAGATCTTGCTGAGCTGCCTCATTTTGTGTAAAGATAAA
GTGTTTTTTCTGTACTCTGTTTCCCGTCATTGAGGAATTTAATTAAGACGCCC


BQ
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AF RR3BG69JQ C 1
AF RR3BG69TF U 1
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ATCATGCCGCCCAACTACATGCCTGCTCCTCTTCTTTGCTTTTTAACCTCTCAAACACAG
GCTATGGCAATGGCGAACTCCGGATCCTGTTCTGAGTTGAAGTCTGGTTGTTATATTGAG
GCAGGTGTGACGCATCTTCTTTGTTTTTAGAAGATTTTTAATGTGAAAAAGGAGGGGAGC
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QA 1 473 1 473
DS 

RD RR3BG69TF 473 0 0
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AGAGTTTGGGTGACTTGAATCGACGCGAAGAATCTCTACGTCGATCTTATGTCGCGTCGT
TTGGTATCTAAATCAACAGAAACACTCCAAGATACAGATTCATCGCATTTATGTTTTTCA
ATCATGCCGCCCAACTACATGCCTGCTCCTCTTCTTTGCTTTTTAACCTCTCAAACACAG
GCTATGGCAATGGCGAACTCCGGATCCTGTTCTGAGTTGAAGTCTGGTTGTTATATTGAG
GCAGGTGTGACGCATCTTCTTTGTTTTTAGAAGATTTTTAATGTGAAAAAGGAGGGGAGC
TCATGAGTGTTGACCTGAGGATAGATCTTGCTGAGCTGCCTCATTTTGTGTAAAGATAAA
GTGTTTTTTCTGTACTCTGTTTCCCGTCATTGAGGAATTTAATTAAGACGCCC

QA 1 473 1 473
DS 



AS 1 2

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AAGTGGGGTGAGGACGTCAACGTTAAAAGTGAAGTGACTGAGATTGTTCTTGTTCGTCAT
GGAGAAACCACATGGAATGCTGCTGGAAGAATCCAGGGACAAATTGAATCGGATCTTAAC
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ATAGCTATATATTCATCAGACCTCAAGCGAGCCAAAGACACTGCTCTCAAGATCGCGGAA
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TTTTCTTCCCAAAATGACCTCGAGATTCCTGGAGGAGGAGAGAGCTTTGACCAACTTTGT
GAGAGATCCATGAATGCCCTTGTGCAAATTGCAAAGAAGCACAAAGGAGAGAGAGTGATA
GTAGTGACTCATGGGGGAGTTTTGAGGGCAATTTACATGAGCATCACACAAGCTTCCTCT
GCTGGGAAACTCCTCAATGCTTCGGTGAATGTTGTTCGCTTCAGTGACGAGAAATGGATC
ATTGATTCATGGAGCGATGTATCGCATCTCTCATCCGTTGGATTCCTCCAACGTGGCTTT
GATGGAGATGCCAAGCCCTAGAGAATAATTACCCATTCTGTGGATCTCCTTCATAAATAA
TATTATGCGTACTTATTTGATGTTTCTTTCTGTGTGTGTGTTTTAAGATAAGAAGTGTTT
CCATTTTCGAGATCGATGCTCTTGTGGAACGGTTTTCTATCTTGTATTTTGCATTAAGCG
ATTAATAAGAAGCTCTTTATTTAAGAGTCTTCTAAAGATCAAATTACTACT


BQ
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AF RR3A433TF U 1
AF RR3A433JQ C 212
BS 1 809 RR3A433TF
BS 810 1011 RR3A433JQ

RD RR3A433TF 809 0 0
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AAGTGGGGTGAGGACGTCAACGTTAAAAGTGAAGTGACTGAGATTGTTCTTGTTCGTCAT
GGAGAAACCACATGGAATGCTGCTGGAAGAATCCAGGGACAAATTGAATCGGATCTTAAC
GAAATTGGACAAAAGCAGGCTGTTGCAATCGCTGAGAGACTGGGAAAAGAGGAGAGACCC
ATAGCTATATATTCATCAGACCTCAAGCGAGCCAAAGACACTGCTCTCAAGATCGCGGAA
ACATGTTTTTGTTCCAAGGTGACTGAAGTACCTGAATTAAAAGAGAGGCATGTGGGTAGT
CTTCAAGGGCTATATTGGAAAGAAGGAGCAGAGAAAGAACCTGAAGCTTACTCTGCTTTC
TTTTCTTCCCAAAATGACCTCGAGATTCCTGGAGGAGGAGAGAGCTTTGACCAACTTTGT
GAGAGATCCATGAATGCCCTTGTGCAAATTGCAAAGAAGCACAAAGGAGAGAGAGTGATA
GTAGTGACTCATGGGGGAGTTTTGAGGGCAATTTACATGAGCATCACACAAGCTTCCTCT
GCTGGGAAACTCCTCAATGCTTCGGTGAATGTTGTTCGCTTCAGTGACGAGAAATGGATC
ATTGATTCATGGAGCGATGTATCGCATCTCTCATCCGTTGGATTCCTCCAACGTGGCTTT
GATGGAGATGCCAAGCCCTAGAGAATAAT

QA 1 809 1 809
DS 

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CTGAGAGACTGGGAAAAGAGGAGAGACCCATAGCTATATATTCATCAGACCTCAAGCGAG
CCAAAGACACTGCTCTCAAGATCGCGGAAACATGTTTTTGTTCCAAGGTGACTGAAGTAC
CTGAATTAAAAGAGAGGCATGTGGGTAGTCTTCAAGGGCTATATTGGAAAGAAGGAGCAG
AGAAAGAACCTGAAGCTTACTCTGCTTTCTTTTCTTCCCAAAATGACCTCGAGATTCCTG
GAGGAGGAGAGAGCTTTGACCAACTTTGTGAGAGATCCATGAATGCCCTTGTGCAAATTG
CAAAGAAGCACAAAGGAGAGAGAGTGATAGTAGTGACTCATGGGGGAGTTTTGAGGGCAA
TTTACATGAGCATCACACAAGCTTCCTCTGCTGGGAAACTCCTCAATGCTTCGGTGAATG
TTGTTCGCTTCAGTGACGAGAAATGGATCATTGATTCATGGAGCGATGTATCGCATCTCT
CATCCGTTGGATTCCTCCAACGTGGCTTTGATGGAGATGCCAAGCCCTAGAGAATAATTA
CCCATTCTGTGGATCTCCTTCATAAATAATATTATGCGTACTTATTTGATGTTTCTTTCT
GTGTGTGTGTTTTAAGATAAGAAGTGTTTCCATTTTCGAGATCGATGCTCTTGTGGAACG
GTTTTCTATCTTGTATTTTGCATTAAGCGATTAATAAGAAGCTCTTTATTTAAGAGTCTT
CTAAAGATCAAATTACTACT

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL5088Contig1 769 2 2 U
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TATTGGATACTGTTACTTCCATCCATGACGAGATGTTTTACCTCCGTGACAGGGAAGAAG
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TTGGGGTTTGTTTATCAGTCGCAGGTCTTCAGTTTTGGCACTTGAAGACTTTCTTCCAGA
AGAAGAAGCTCATCTAGGGAGAGAGACGCACATCATTACCATCTCTAGTTTTGTTGTTAC
ACAAGTGGATTCAGTTTTGTCAAGCATTTTGCTACTCGATTTTGCGGTTGTGTGATGTGA
TCTTTTAACATCTCACTGATCTTCAAACTCTTTCCATGTTACACCCCTT


BQ
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AF RR3B160TF U 1
AF RR3B160JQ C 18
BS 1 767 RR3B160TF
BS 768 769 RR3B160JQ

RD RR3B160TF 767 0 0
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CTCTCAATCTTATCCCCCGCGACGCTCTCAATGCGCTACGAGCTACACTCAGGCCACACG
AAATGCGTCTCCGAGGAGATTCACGTGAACGCAATGTCCGTCGGCAAATACAGCATCGTG
AACCCTCACGAAGATCATCCTCTCCCTGCTTCCCACAAAATCACCGTCAAGGTGACGTCG
CCGCAAGGAACGGTTTATCACGAGGCGGACGGAGTGAGCATGGGACATTTCTCGTTGATC
ACAAACCGGAGACGGTACTGACCATTGACTTTGATTGGAGGACGGGGATTCATAGCAAGG
ACTGGTCCAATGTGGCCAAGTTGAGCCAAGTCGAAAACATTGAGTCTGAGGTTAAGAAGT
TATTGGATACTGTTACTTCCATCCATGACGAGATGTTTTACCTCCGTGACAGGGAAGAAG
AAATGCACGAACTGAACATATCGACAAATTCGAAGATGGCATGGTTGAGTTTTATGTCTC
TTGGGGTTTGTTTATCAGTCGCAGGTCTTCAGTTTTGGCACTTGAAGACTTTCTTCCAGA
AGAAGAAGCTCATCTAGGGAGAGAGACGCACATCATTACCATCTCTAGTTTTGTTGTTAC
ACAAGTGGATTCAGTTTTGTCAAGCATTTTGCTACTCGATTTTGCGGTTGTGTGATGTGA
TCTTTTAACATCTCACTGATCTTCAAACTCTTTCCATGTTACACCCC

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3B160JQ 752 0 0
CGCCATGGATCTTCATCGGAGCTCGACGATCACACTCCTGATCCTCTCAATCTTATCCCC
CGCGACGCTCTCAATGCGCTACGAGCTACACTCAGGCCACACGAAATGCGTCTCCGAGGA
GATTCACGTGAACGCAATGTCCGTCGGCAAATACAGCATCGTGAACCCTCACGAAGATCA
TCCTCTCCCTGCTTCCCACAAAATCACCGTCAAGGTGACGTCGCCGCAAGGAACGGTTTA
TCACGAGGCGGACGGAGTGAGCATGGGACATTTCTCGTTGATCACAAACCGGAGACGGTA
CTGACCATTGACTTTGATTGGAGGACGGGGATTCATAGCAAGGACTGGTCCAATGTGGCC
AAGTTGAGCCAAGTCGAAAACATTGAGTCTGAGGTTAAGAAGTTATTGGATACTGTTACT
TCCATCCATGACGAGATGTTTTACCTCCGTGACAGGGAAGAAGAAATGCACGAACTGAAC
ATATCGACAAATTCGAAGATGGCATGGTTGAGTTTTATGTCTCTTGGGGTTTGTTTATCA
GTCGCAGGTCTTCAGTTTTGGCACTTGAAGACTTTCTTCCAGAAGAAGAAGCTCATCTAG
GGAGAGAGACGCACATCATTACCATCTCTAGTTTTGTTGTTACACAAGTGGATTCAGTTT
TGTCAAGCATTTTGCTACTCGATTTTGCGGTTGTGTGATGTGATCTTTTAACATCTCACT
GATCTTCAAACTCTTTCCATGTTACACCCCTT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL5089Contig1 754 2 1 U
GTCTCAAAGAAAAAATATTTTAATTGCAAAAAGACTCTCTTCTTCGTTCCCATCATCACC
ATGACGTTGGAGAGTTACAACGGCGATGTTCACACCGTACCTCAATCGGAGAACTCGCCG
ATCGACACCGACAAAGATAGAGAGCTGTTCGTGCCCCCGCTCAACTTCGCCATGGTTGAT
AACGGAATCTTCCGTTCCGGTTTTCCTGAACCGGTTAGTTTCAGCTTCCTTCAGTCCCTG
CGACTCCGATCCATCATATACTTGTGCCCTGAGGCATACCCAGAGGTGAATGTAGAGTTT
GCGAAATCGAATGGGATCCACGTGTTTCAGTTTGGAATCGAAAGATGCAAGGAACCCTTT
GTTAATATACCGGACCAAGTTATCCGAGAAGCATTACAAGTACTCCTAGATACAGAGAAT
CATCCTGTCTTAATCCATTGCAAAAGTGACAAGCATCGGACTGGATGTCTCGTGGGGTGT
GTGAGGAAGATACAGAGATGGTGTTTGTCTTCCATCTTCGACGAGTACCAGAGATTTGCC
GCTTCCAAAGCTAGAATCTCTGACCAGAGATTCATGGAGCTCTTTGACATCTCCAATCTA
AGACATTCACCACTCTCCTTCTCATGCTCCAAGAGTTGCCGATCGCTGTAAACGAGACGT
ACAACTTAAATAAATAGTTGTTGAATGTCTTGAAAAGTTGCAAAGTCTCTTTAGCCGATG
AAAAAATCATTCAAATAAAAAACCCTTTCATAGC


BQ
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AF RR3B831JQ C 1
AF RR3B831TF U 1
BS 1 754 RR3B831TF

RD RR3B831JQ 754 0 0
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ATCGACACCGACAAAGATAGAGAGCTGTTCGTGCCCCCGCTCAACTTCGCCATGGTTGAT
AACGGAATCTTCCGTTCCGGTTTTCCTGAACCGGTTAGTTTCAGCTTCCTTCAGTCCCTG
CGACTCCGATCCATCATATACTTGTGCCCTGAGGCATACCCAGAGGTGAATGTAGAGTTT
GCGAAATCGAATGGGATCCACGTGTTTCAGTTTGGAATCGAAAGATGCAAGGAACCCTTT
GTTAATATACCGGACCAAGTTATCCGAGAAGCATTACAAGTACTCCTAGATACAGAGAAT
CATCCTGTCTTAATCCATTGCAAAAGTGACAAGCATCGGACTGGATGTCTCGTGGGGTGT
GTGAGGAAGATACAGAGATGGTGTTTGTCTTCCATCTTCGACGAGTACCAGAGATTTGCC
GCTTCCAAAGCTAGAATCTCTGACCAGAGATTCATGGAGCTCTTTGACATCTCCAATTTA
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AAAAAATCATTCAAATAAAAAACCCTTTCATAGC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3B831TF 754 0 0
GTCTCAAAGAAAAAATATTTTAATTGCAAAAAGACTCTCTTCTTCGTTCCCATCATCACC
ATGACGTTGGAGAGTTACAACGGCGATGTTCACACCGTACCTCAATCGGAGAACTCGCCG
ATCGACACCGACAAAGATAGAGAGCTGTTCGTGCCCCCGCTCAACTTCGCCATGGTTGAT
AACGGAATCTTCCGTTCCGGTTTTCCTGAACCGGTTAGTTTCAGCTTCCTTCAGTCCCTG
CGACTCCGATCCATCATATACTTGTGCCCTGAGGCATACCCAGAGGTGAATGTAGAGTTT
GCGAAATCGAATGGGATCCACGTGTTTCAGTTTGGAATCGAAAGATGCAAGGAACCCTTT
GTTAATATACCGGACCAAGTTATCCGAGAAGCATTACAAGTACTCCTAGATACAGAGAAT
CATCCTGTCTTAATCCATTGCAAAAGTGACAAGCATCGGACTGGATGTCTCGTGGGGTGT
GTGAGGAAGATACAGAGATGGTGTTTGTCTTCCATCTTCGACGAGTACCAGAGATTTGCC
GCTTCCAAAGCTAGAATCTCTGACCAGAGATTCATGGAGCTCTTTGACATCTCCAATCTA
AGACATTCACCACTCTCCTTCTCATGCTCCAAGAGTTGCCGATCGCTGTAAACGAGACGT
ACAACTTAAATAAATAGTTGTTGAATGTCTTGAAAAGTTGCAAAGTCTCTTTAGCCGATG
AAAAAATCATTCAAATAAAAAACCCTTTCATAGC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL5090Contig1 874 2 2 U
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CTGCACCTGGTGGCAAGGCCGCTTATGTGCCTCCTAGCATGAGAGCAGGTGCAGACAGAA
GCACTGGTGGTTCGGACATGAGGAGTAGGAACGATGAGAACTCTGTGCGTGTGACTAACT
TGTCTGAGGACACCCGTGAACCCGATTTGATGGAGCTCTTCCATCCGTTTGGAGCTGTCT
CCCGTGTCTATGTGGCGATTGATCAGAAAACTGGAGTGAGCAGAGGGTTTGGTTTCGTCA
ATTTCGTGAGCAGAGAAGACGCCCAACGAGCCATCAACAAGCTGAATGGTTATGGTTATG
ATAACCTCATCCTCAGGGTTGAGTGGGCCACTCCAAGACCCACTTAGAAAATGTCTCGAG
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TTTGTCTGTTGGTTTGGTTTTGGTCGGATTAAGATCAGAAGATGTTATGTTCGTCTTTAA
TACATAAGCAATGTTTCGAATACTTGGAAGTTTA


BQ
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AF RR3GB95TF U 1
AF RR3GB95JQ C 254
BS 1 725 RR3GB95TF
BS 726 874 RR3GB95JQ

RD RR3GB95TF 725 0 0
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GGAGGAGCTGGCCTAAGTTCGGAGACGCCGCGAACGAGGACGCTGGTAGCCATCTCACCA
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AATCAAAGGCAGCAGGAGACGGCTTGTCTCAGCTGAGTAAAGGTGCAGTCCTCATGGTTT
GCAGGACATGCGGCAAGAAAGGTGACCATTGGACATCAAAATGTCCTTACAAGGATCTAG
CTGCACCAACCGATGTCTTTGTCGACAAGCCACCCACAGGAGAAACATCTGCCGTACCCT
CTGCACCTGGTGGCAAGGCCGCTTATGTGCCTCCTAGCATGAGAGCAGGTGCAGACAGAA
GCACTGGTGGTTCGGACATGAGGAGTAGGAACGATGAGAACTCTGTGCGTGTGACTAACT
TGTCTGAGGACACCCGTGAACCCGATTTGATGGAGCTCTTCCATCCGTTTGGAGCTGTCT
CCCGTGTCTATGTGGCGATTGATCAGAAAACTGGAGTGAGCAGAGGGTTTGGTTTCGTCA
ATTTCGTGAGCAGAGAAGACGCCCAACGAGCCATCAACAAGCTGAATGGTTATGGTTATG
ATAACCTCATCCTCAGGGTTGAGTGGGCCACTCCAAGACCCACTTAGAAAATGTCTCGAG
TCCTT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3GB95JQ 621 0 0
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GGCGATTGATCAGAAAACTGGAGTGAGCAGAGGGTTTGGTTTCGTCAATTTCGTGAGCAG
AGAAGACGCCCAACGAGCCATCAACAAGCTGAATGGTTATGGTTATGATAACCTCATCCT
CAGGGTTGAGTGGGCCACTCCAAGACCCACTTAGAAAATGTCTCGAGTCCTTCGTAAACT
CTTCTCATTTTCGTCTTTCCTGCTATGGCTTCTTGTTTATCAGACTGTTTGTCTGTTGGT
TTGGTTTTGGTCGGATTAAGATCAGAAGATGTTATGTTCGTCTTTAATACATAAGCAATG
TTTCGAATACTTGGAAGTTTA

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

CO CL5091Contig1 709 2 8 U
GAACCTGAATTGGACTTGAAACATCCTTATAGAAATCTTAGATACGAATGACCAGCAAAC
AACAAGGAAGAGAGCCCAACCAAATTGTCTCTCCTTTGGTTGGAATAACTAGATGATTTA
ATTTTAGAAGAAATAATAATTTATAAAAATAAATGATCAGAGAGCGGCAGGGTAACGGTC
AATGCAATCCACCCAAGGATTGTTCCTCGCCGGCTTCTTCACCTTCCTCATTGCCTTCCA
AACCACACTGTTACACTTAAAACCCGACCCAAAAGCAATCTGCCAAACCCTATCGCCTCT
ACGGACAATCTCCTTGGCCTCCATGTAAGCAAGCTCGTACCAGATCCCACTGCTAGAAGT
GTTTCCAAACCTGTGCAAAGTCATCTTAAAAGCCTCCATGTTCTCATCACTCAAGCCTAG
ATTCTTCTGAAGCTCCTCAAGCACTGTTTCGCTTGCCGCGTGGAAGCAGAAATGCTCGAA
GGCGAGCTTGTAGTCCGGGATGTACGGCTTGGATAGATCAGAGGACGACGACTTGGCTCC
GTTGGTTTTCGCAGTTGCTGGGGAGGAGGAGGAGGAGGTGGTAGAAGTTTTGGCAGCGGG
TAAGAAAGTTCTACGGAGCAAAGCAGCAAAGAAGAGAAGCTGCTCGGAGAAAGGTAGGAC
GAGAGGGCCTAAGGTAGTAATGTTGGTCTTGAGAGCTTCACCTCCAACT


BQ
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AF RR3F796JQ U 1
AF RR3F035JQ U 12
BS 1 177 RR3F796JQ
BS 178 178 RR3F035JQ
BS 179 388 RR3F796JQ
BS 389 389 RR3F035JQ
BS 390 408 RR3F796JQ
BS 409 409 RR3F035JQ
BS 410 528 RR3F796JQ
BS 529 709 RR3F035JQ

RD RR3F796JQ 528 0 0
GAACCTGAATTGGACTTGAAACATCCTTATAGAAATCTTAGATACGAATGACCAGCAAAC
AACAAGGAAGAGAGCCCAACCAAATTGTCTCTCCTTTGGTTGGAATAACTAGATGATTTA
ATTTTAGAAGAAATAATAATTTATAAAAATAAATGATCAGAGAGCGGCAGGGTAACG*TC
AATGCAATCCACCCAAGGATTGTTCCTCGCCGGCTTCTTCACCTTCCTCATTGCCTTCCA
AACCACACTGTTACACTTAAAACCCGACCCAAAAGCAATCTGCCAAACCCTATCGCCTCT
ACGGACAATCTCCTTGGCCTCCATGTAAGCAAGCTCGTACCAGATCCCACTGCTAGAAGT
GTTTCCAAACCTGTGCAAAGTCATCTTAGAAGCCTCCATGTTCTCATCGCTCAAGCCTAG
ATTCTTCTGAAGCTCCTCAAGCACTGTTTCGCTTGCCGCGTGGAAGCAGAAATGCTCGAA
GGCGAGCTTGTAGTCCGGGATGTACGGCTTGGATAGATCAGAGGACGA

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR3F035JQ 698 0 0
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GAGCCCAACCAAATTGTCTCTCCTTTGGTTGGAATAACTAGATGATTTAATTTTAGAAGA
AATAATAATTTATAAAAATAAATGATCAGAGAGTGGCGGGGTAACGGTCAATGCAATCCA
CCCAAGGATTGTTCCTCGCCGGCTTCTTCACCTTCCTCATTGCCTTCCAAACCACACTGT
TACACTTGAAACCTGACCCAAAAGCAATCTGCCAAACCCTATCGCCTCTACGGACACTCT
CCTTGGCCTCCATGTAAGCAAGCTCGTACCAGATCCCACTGCTAGAAGTGTTTCCAAACC
TGTGCAAAGTCATCTTAAAAGCCTCCATGTTCTCATCACTCAAGCCTAGATTCTTCTGAA
GCTCCTCAAGCACTGTTTTGCTTGCCGCGTGGAAGCCGAAATGCTCGAAGGCGAGCTTGT
AGTCCGGGATGTACGGCTTGGATAGATCAGAGGACGACGACTTGGCTCCGTTGGTTTTCG
CAGTTGCTGGGGAGGAGGAGGAGGAGGTGGTAGAAGTTTTGGCAGCGGGTAAGAAAGTTC
TACGGAGCAAAGCAGCAAAGAAGAGAAGCTGCTCGGAGAAAGGTAGGACGAGAGGGCCTA
AGGTAGTAATGTTGGTCTTGAGAGCTTCACCTCCAACT

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL5092Contig1 562 2 16 U
GGACCCACCTCACACAGAGATTACCTGAGGGGGAGGGAATGGAGGAGTCACGAGAATCGC
CGCCGGCGGAACACGGCTTTTACATGCCGGCGGAGTGGGAGCCTCATGCTCAAACATGGA
TCGGTTGGCCTGAACGGCAGGATAACTGGAGGCACAACGCTTTACCTGCACAACGAGTGT
TTGTAGATGTTGCAAAGGCCATCTCAAAGTTCGAACCTGTGACAGTCTGTGCAAGCCCCT
CTCAGTGGGAGAATGCAAGGAAACAGCTTCCAGAGGATATCAGAGTTGTTGAGATGAGCA
TGAATGATTCTTGGTTCCGTGACTCTGGACCAACTTTTGTTGTAAGAAAAAGACCACTAA
AACTCAGTGCTATTAACCGAAACATAGCTGGAATCGACTGGAACTTCAATGCTTGGGGAG
GAGTTGAGGATGGATGTTACAATGATTGGACTCATGACCTTCTTGTTTCCAAAAAGATTC
TCGCTGTTGAGCGCATACCAAGGTTCCAACACTCAATGATTCTTGAAGGAGGCAGCATCC
ATGTCGACGGGGAAGGAACCTG


BQ
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AF RR3F250TF U 1
AF RR3GX84TF U 11
BS 1 32 RR3F250TF
BS 33 33 RR3GX84TF
BS 34 199 RR3F250TF
BS 200 200 RR3GX84TF
BS 201 356 RR3F250TF
BS 357 357 RR3GX84TF
BS 358 358 RR3F250TF
BS 359 359 RR3GX84TF
BS 360 392 RR3F250TF
BS 393 393 RR3GX84TF
BS 394 499 RR3F250TF
BS 500 500 RR3GX84TF
BS 501 514 RR3F250TF
BS 515 515 RR3GX84TF
BS 516 520 RR3F250TF
BS 521 562 RR3GX84TF

RD RR3F250TF 520 0 0
GGACCCACCTCACACAGAGATTACCTGAGGGG*AGGGAATGGAGGAGTCACGAGAATCGC
CGCCGGCGGAACACGGCTTTTACATGCCGGCGGAGTGGGAGCCTCATGCTCAAACATGGA
TCGGTTGGCCTGAACGGCAGGATAACTGGAGGCACAACGCTTTACCTGCACAACGAGTGT
TTGTAGATGTTGCAAAGGCTATCTCAAAGTTCGAACCTGTGACAGTCTGTGCAAGCCCCT
CTCAGTGGGAGAATGCAAGGAAACAGCTTCCAGAGGATATCAGAGTTGTTGAGATGAGCA
TGAATGATTCTTGGTTCCGTGACTCTGGACCAACTTTTGTTGTAAGAAAAAGACCATTGA
AACTCAGTGCTATTAACCGAAACATAGCTGGAGTCGACTGGAACTTCAATGCTTGGGGAG
GAGTTGAGGATGGATGTTACAATGATTGGACTCATGACCTTCTTGTTTCCAAAAAGATTC
TCGCTGTTGAGCGCATACCGAGGTTCCAACACTCGATGAT

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3GX84TF 552 0 0
CACACAGAGATTACCTGAGGGGGAGGGAATGGAGGAGTCACGAGAATCGCCGCCGGCGGA
ACGCGGCTTTTACATGCCGGCGGAGTGGGAGCCTCATGCTCAAACATGGATCGGTTGGCC
TGAACGGCAGGATACCTGGAGGCACAACGCTTTACCTGCACAACGAGTGTTTGTGGATGT
TGCAAAGGCCATCTCAAAGTTCGAACCTGTGACAGTCTGTGCAAGCCCCTCTCAGTGGGA
GGATGCAAGGAAACAGCTTCCAGAGGATATCAGAGTTGTTGAGATGAGCATGAATGATTC
TTGGTTCCGTGACTCTGGACCTACTTTTGTTGTGCGAAAAAGACCACTAAAACTCAGTGC
TATTAACCGAAACATTGCTGGAATCGACTGGAACTTCAATGCTTGGGGAGGAGTTGAGGA
TGGATGTTACAATGATTGGACTCATGACCTTCTTGTTTCCAAAAAGATTCTCGCTGTTGA
GCGGATTCCAAGGTTTCAACACTCAATGATTCTTGAAGGAGGCAGCATCCATGTCGACGG
GGAAGGAACCTG

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 2

CO CL5093Contig1 794 2 1 U
CAAACGGAAAAGTCACTATAAACTCTCTTCTTTCTTTCTTTTTTTGACAACAGGAGTACT
AACTCAAATGTTAACAAACGAACAATATATAACAATTAATCGAATAGAATAAATACCCCA
AAAGTGCAAAAACAAACAAACAAACAAATTATATAGCCGTGACTAATCCAAGAAGAATAA
GTCCAGCGACAATGAATCTTCCGAACACAAAGCTGATCCTGAAATCGTCACTTCCACTAA
CGATCTGAATAGGGAACAAGCAACTTCCGACAGATGCATTGTTCTTAGTAATCATAGCAG
ATCCTCTGAAATCACAAGCCCTAACGTCTTGGCCCTGAATCTGGAAAAACATGTTAAATG
CATACGATATGTTTTGGATTTTGTCGAGGTTACTACATGTGGACCCGTAAAGCATCGAGG
TGCAGTCGCCATGGTAACACGCATAGTCTAGGTCCGGACCAACTTCATCTAGATTGATCG
TGTCTTTGTTCACAACGCACCATTGCTTATCTAAGTATTGCACACCTTTAGCTGCCACAG
GTACGATCTTGCGTCCTTGTCCCGTGAAATCTAGCATAAACTTCGGTGTTCCATCGTATC
TGAAGATTCCCCAATGTCTTTCGAATGGTCCAGGAAGAATACTCTTCATGTCTTCGTCTA
GCAAACCAAAGAGATAAACTTCTAATTTCTCAGGTCTCAATGGAGTCCCAACATCCTTAG
CAAGTCTTTTCATAAGTCCTGCATAGAACTTCTCTGCTAGTTTCGGCGACGCATATTTAT
GACCATCCGTTGGC


BQ
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AF RR3EZ37JQ U 73
AF RR3GS48JQ U 1
BS 1 794 RR3GS48JQ

RD RR3EZ37JQ 475 0 0
G
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AAACAAACAAACAAATTATATAGCCGTGACTAATCCAAGAAGAATAAGTCCAGCGACAAT
GAATCTTCCGAACACAAAGCTGATCCTGAAATCGTCACTTCCACTAACGATCTGAATAGG
GAACAAGCAACTTCCGACAGATGCATTGTTCTTAGTAATCATAGCAGATCCTCTGAAATC
ACAAGCCCTAACGTCTTGGCCCTGAATCTGGAAAAACATGTTAAATGCATACGATATGTT
TTGGATTTTGTCGAGGTTACTACATGTGGACCCGTAAAGCATCGAGGTGCAGTCGCCATG
GTAACACGCATAGTCTAGGTCCGGACCAACTTCATCTAGATTGATCGTGTCTTTGTTCAC
AACGCACCATTGCTTATCTAAGTATTGCACACCTTTAGCTGCCACAGGTACGAT

QA 2 475 2 475
DS 

RD RR3GS48JQ 794 0 0
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AACTCAAATGTTAACAAACGAACAATATATAACAATTAATCGAATAGAATAAATACCCCA
AAAGTGCAAAAACAAACAAACAAACAAATTATATAGCCGTGACTAATCCAAGAAGAATAA
GTCCAGCGACAATGAATCTTCCGAACACAAAGCTGATCCTGAAATCGTCACTTCCACTAA
CGATCTGAATAGGGAACAAGCAACTTCCGACAGATGCATTGTTCTTAGTAATCATAGCAG
ATCCTCTGAAATCACAAGCCCTAACGTCTTGGCCCTGAATCTGGAAAAACATGTTAAATG
CATACGATATGTTTTGGATTTTGTCGAGGTTACTACATGTGGACCCGTAAAGCATCGAGG
TGCAGTCGCCATGGTAACACGCATAGTCTAGGTCCGGACCAACTTCATCTAGATTGATCG
TGTCTTTGTTCACAACGCACCATTGCTTATCTAAGTATTGCACACCTTTAGCTGCCACAG
GTACGATCTTGCGTCCTTGTCCCGTGAAATCTAGCATAAACTTCGGTGTTCCATCGTATC
TGAAGATTCCCCAATGTCTTTCGAATGGTCCAGGAAGAATACTCTTCATGTCTTCGTCTA
GCAAACCAAAGAGATAAACTTCTAATTTCTCAGGTCTCAATGGAGTCCCAACATCCTTAG
CAAGTCTTTTCATAAGTCCTGCATAGAACTTCTCTGCTAGTTTCGGCGACGCATATTTAT
GACCATCCGTTGGC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL5094Contig1 478 2 1 U
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CTTCCACAAGACCCAAACCTCTCCGTCCAAAAAGCATCTCACTTTCTCCAGACCCTCGAG
AGTACAAGTCACATCCGCCGTTCAGTTCCGACCTTGCATCGACATCCACAAGGTATCGAA
TTAAACTTCAACCTCGCCCATTTCGAAAAGCTGAATCCTTTTACTCTCTGCGTTGTCTTT
TTGAAGGGGAAAGTGAAACAGATAGTTGGATCCACTCTAAGCGACTTGAAGGAAGAAGAT
GGTTCTGTCCTCGTTACAAACTTCGAATCAGACAAGTCAGCGGAGGAGTACGCGAAGATG
TACAGAGAAGATGGGCTCACGGGTGGTCACGTGATCATGCTTGGAGCTGACCCTTTAAGC
CAAGCTGCAGCTTTAGGAGCGTTACATGCTTATCCCGGTAAATGCCCTTTTTGTTGAT


BQ
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AF RR3FE56JQ C 1
AF RR3FE56TF U 1
BS 1 478 RR3FE56TF

RD RR3FE56JQ 478 0 0
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CTTCCACAAGACCCAAACCTCTCCGTCCAAAAAGCATCTCACTTTCTCCAGACCCTCGAG
AGTACAAGTCACATCCGCCGTTCAGTTCCGACCTTGCATCGACATCCACAAGGTATCGAA
TTAAACTTCAACCTCGCCCATTTCGAAAAGCTGAATCCTTTTACTCTCTGCGTTGTCTTT
TTGAAGGGGAAAGTGAAACAGATAGTTGGATCCACTCTAAGCGACTTGAAGGAAGAAGAT
GGTTCTGTCCTCGTTACAAACTTCGAATCAGACAAGTCAGCGGAGGAGTACGCGAAGATG
TACAGAGAAGATGGGCTCACGGGTGGTCACGTGATCATGCTTGGAGCTGACCCTTTAAGC
CAAGCTGCAGCTTTAGGAGCGTTACATGCTTATCCCGGTAAATGCCCTTTTTGTTGAT

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3FE56TF 478 0 0
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CTTCCACAAGACCCAAACCTCTCCGTCCAAAAAGCATCTCACTTTCTCCAGACCCTCGAG
AGTACAAGTCACATCCGCCGTTCAGTTCCGACCTTGCATCGACATCCACAAGGTATCGAA
TTAAACTTCAACCTCGCCCATTTCGAAAAGCTGAATCCTTTTACTCTCTGCGTTGTCTTT
TTGAAGGGGAAAGTGAAACAGATAGTTGGATCCACTCTAAGCGACTTGAAGGAAGAAGAT
GGTTCTGTCCTCGTTACAAACTTCGAATCAGACAAGTCAGCGGAGGAGTACGCGAAGATG
TACAGAGAAGATGGGCTCACGGGTGGTCACGTGATCATGCTTGGAGCTGACCCTTTAAGC
CAAGCTGCAGCTTTAGGAGCGTTACATGCTTATCCCGGTAAATGCCCTTTTTGTTGAT

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 2

CO CL5095Contig1 1524 2 2 U
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CGGATCCGGCCAACTCGAACCCGCCGAAAGCGGAAGAAACCGGGTCACCGAACCACCTTC
GGAGAGCTTCCACGCTACTTGCTCAGGCTTCTCCTCAGATACTGGATCGTCTTGGTTTTC
CTCCTCGCCCTAAGTTTACTACTCTTCGAATCAACCAGGATCGGAACCAAATCCTCAAAT
TCAGAACACAGCCAGCTGAAAAAAAAGTCTCCAGATTCGATCCCAGACAAGAAAAACGAA
GGAAACTTGAATAGATTGGATCCCACCACGAAGGTTATCGGTGGTGTTAGGCAACGTTGT
TTAAAGCTTCTGCCTCCTGAAGAGCTTGAGCATCTTGATATCTTAGAGCGTAAAGACTCA
GCCTCTCCTGTTAAGAAACTTGTGTACTTAACCGGTGCTACAGATTCATCAAGCTCTCCG
GTTCGTGGGAATGGGACGCGTTTTAATTTATTTACTGGGAACCAGACTTTTGATGAGAGA
GAGACTAGTTTTCAGGTGAGTGAGACTGTTTCAGTGCATTGTGGGTTTTCAATGAGAATG
GTGGGTTTAGGATTGGGGATGAGGATAAGAGTTTATGCAAACTTGTCAAGTTGTGGTCTC
CACGTGTGCCTTTGGTGGTGGAGATAACCTTTACCAACCTATTGGCATGTCTAAAGCATC
AACTCAGAAGGTATGCTACGTTGCGTTTTGGGATGATGTTACACTGGCGACACAGGAAGC
AGAGGGTCATAAGATTGGCGAGAATGGTTACATTGGTAAATGGCGAGTTGTGGTCGTTAA
GGATCAGCCTTTTACGGACCAAAGGCTCAATGGAAAAATTCCAAAGATGTTGGCTCATCG
CCTTTTCCCGGAGGCTAAGTACTCGATTTGGGTAGACTCCAAGTCCCAGTTTAGAAGGGA
TCCACTGGGTGTATTAGATGCACTTCTTTGGAGAACAAACTCCGTGCTCGCCATTTCAGA
ACATGGAGCACGAGGTAGTGTATACGACGAGGCAAAAGCTGTCGTCAAGAAACACAAAGC
TACACCCTAAGAAGTCCAAGTGCAGATAAATCAGTATCGGCATGATAAGTTACCGGAAGA
TAAAAGGTTCAACGGTAAAAAAGCTTTGTCTGAAGCCTCTGTGATTGTGAGGGAACACAC
ACCACTGACGAACCTTTTCATGTGCCTCTGGTTCAATGAAGTTGTCCGGTACACTTCGCG
TGATCAGTTGAGTTTCCCGTACGTTTTCTGGCGACTGGGAGTTCTCAAGAACGTCAACAT
GTTCCCTGTGTGTACACGGAAAGATCTCGTCAATAGCATGGGTCATGTACGCAAGGCAAA
ACCGTTAGTTTAGTCTATAAAGCTGTCCCTGACTTTCCAATTTCATTTATATAATCATTT
TGGGTGTTTAGCTAGTCTAGTGGATATATAGAAATTGAACCGGTATTTATCAGAACCGAA
AGTGAGCTACAGTTCAGTTTCGAG


BQ
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AF RR3A320TF U 1
AF RR3A320JQ C 643
BS 1 726 RR3A320TF
BS 727 1524 RR3A320JQ

RD RR3A320TF 726 0 0
GGGTTCAGCAACAGCGTATCAATCTCAATGTCGGACGACGACGAGTCAAACGATACAAAC
CGGATCCGGCCAACTCGAACCCGCCGAAAGCGGAAGAAACCGGGTCACCGAACCACCTTC
GGAGAGCTTCCACGCTACTTGCTCAGGCTTCTCCTCAGATACTGGATCGTCTTGGTTTTC
CTCCTCGCCCTAAGTTTACTACTCTTCGAATCAACCAGGATCGGAACCAAATCCTCAAAT
TCAGAACACAGCCAGCTGAAAAAAAAGTCTCCAGATTCGATCCCAGACAAGAAAAACGAA
GGAAACTTGAATAGATTGGATCCCACCACGAAGGTTATCGGTGGTGTTAGGCAACGTTGT
TTAAAGCTTCTGCCTCCTGAAGAGCTTGAGCATCTTGATATCTTAGAGCGTAAAGACTCA
GCCTCTCCTGTTAAGAAACTTGTGTACTTAACCGGTGCTACAGATTCATCAAGCTCTCCG
GTTCGTGGGAATGGGACGCGTTTTAATTTATTTACTGGGAACCAGACTTTTGATGAGAGA
GAGACTAGTTTTCAGGTGAGTGAGACTGTTTCAGTGCATTGTGGGTTTTCAATGAGAATG
GTGGGTTTAGGATTGGGGATGAGGATAAGAGTTTATGCAAACTTGTCAAGTTGTGGTCTC
CACGTGTGCCTTTGGTGGTGGAGATAACCTTTACCAACCTATTGGCATGTCTAAAGCATC
AACTCA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3A320JQ 882 0 0
TTGTCAAGTTGTGGTCTCCACGTGTGCCTTTGGTGGTGGAGATAACCTTTACCAACCTAT
TGGCATGTCTAAGGCATCAACTCAGAAGGTATGCTACGTTGCGTTTTGGGATGATGTTAC
ACTGGCGACACAGGAAGCAGAGGGTCATAAGATTGGCGAGAATGGTTACATTGGTAAATG
GCGAGTTGTGGTCGTTAAGGATCAGCCTTTTACGGACCAAAGGCTCAATGGAAAAATTCC
AAAGATGTTGGCTCATCGCCTTTTCCCGGAGGCTAAGTACTCGATTTGGGTAGACTCCAA
GTCCCAGTTTAGAAGGGATCCACTGGGTGTATTAGATGCACTTCTTTGGAGAACAAACTC
CGTGCTCGCCATTTCAGAACATGGAGCACGAGGTAGTGTATACGACGAGGCAAAAGCTGT
CGTCAAGAAACACAAAGCTACACCCTAAGAAGTCCAAGTGCAGATAAATCAGTATCGGCA
TGATAAGTTACCGGAAGATAAAAGGTTCAACGGTAAAAAAGCTTTGTCTGAAGCCTCTGT
GATTGTGAGGGAACACACACCACTGACGAACCTTTTCATGTGCCTCTGGTTCAATGAAGT
TGTCCGGTACACTTCGCGTGATCAGTTGAGTTTCCCGTACGTTTTCTGGCGACTGGGAGT
TCTCAAGAACGTCAACATGTTCCCTGTGTGTACACGGAAAGATCTCGTCAATAGCATGGG
TCATGTACGCAAGGCAAAACCGTTAGTTTAGTCTATAAAGCTGTCCCTGACTTTCCAATT
TCATTTATATAATCATTTTGGGTGTTTAGCTAGTCTAGTGGATATATAGAAATTGAACCG
GTATTTATCAGAACCGAAAGTGAGCTACAGTTCAGTTTCGAG

QA 1 882 1 882
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TAAAGAACTGATAACAGTCCTGGATCAGAGGAAAGATGAATCTATAGAACGCACTTTCAA
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AGGTCGTGAGGCTGATGCAGAGGGAAGGGTTGAGAAATACCTTGGCGTAACAGTGAAGGT
GTCGTTCACTGGTCAAGGGGAGACGCAGTCAATGAAACAACTGTCGGGAGGCCAAAAGAC
CGTCGTTGCTCTCGCATTAATCTTTGCCATCCAGAGATGCGACCCTGCACCATTCTATCT
TTTTGATGAGATTGATGCGGCGCTCGATCCTCAGTATCGAACTGCTGTGGGCAACATGAT
TCGTGGTCTAGCTGATGACAGTGTAAGCACGCAGTTCATTACCACAACTTTCCGTCCCGA
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CACTTGTTTAAAATGGATTTGACATTGTTATCAAGGTTTGCTTCTAGG


BQ
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AF RR3B022JQ C 1
AF RR3B022TF U 1
BS 1 768 RR3B022TF

RD RR3B022JQ 768 0 0
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AGGTCGTGAGGCTGATGCAGAGGGAAGGGTTGAGAAATACCTTGGCGTAACAGTGAAGGT
GTCGTTCACTGGTCAAGGGGAGACGCAGTCAATGAAACAACTGTCGGGAGGCCAAAAGAC
CGTCGTTGCTCTCGCATTAATCTTTGCCATCCAGAGATGCGACCCTGCACCATTCTATCT
TTTTGATGAGATTGATGCGGCGCTCGATCCTCAGTATCGAACTGCTGTGGGCAACATGAT
TCGTGGTCTAGCTGATGACAGTGTAAGCACGCAGTTCATTACCACAACTTTCCGTCCCGA
GCTTGTGAAGGTTGCGGATAAGATATACGGAGTATTTCATAAGAACAGAGTGAGTAAAGT
GCAGGTTATATCAAAGGATCAGGCGTTGGACTTCATCGAGAAAGATCAGTCCCATGATAC
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QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3B022TF 768 0 0
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TAAAGAACTGATAACAGTCCTGGATCAGAGGAAAGATGAATCTATAGAACGCACTTTCAA
AGGGGTTGCACGCAACTTCCGGGAAGTATTCTCTAAGCTTGTGCAAGGTGGGCATGGTCA
CCTTGTCATGACGAAGAAAAAGGACCGCGATCATGATGATGAAGATGATGAGGATGATGG
AGGTCGTGAGGCTGATGCAGAGGGAAGGGTTGAGAAATACCTTGGCGTAACAGTGAAGGT
GTCGTTCACTGGTCAAGGGGAGACGCAGTCAATGAAACAACTGTCGGGAGGCCAAAAGAC
CGTCGTTGCTCTCGCATTAATCTTTGCCATCCAGAGATGCGACCCTGCACCATTCTATCT
TTTTGATGAGATTGATGCGGCGCTCGATCCTCAGTATCGAACTGCTGTGGGCAACATGAT
TCGTGGTCTAGCTGATGACAGTGTAAGCACGCAGTTCATTACCACAACTTTCCGTCCCGA
GCTTGTGAAGGTTGCGGATAAGATATACGGAGTATTTCATAAGAACAGAGTGAGTAAAGT
GCAGGTTATATCAAAGGATCAGGCGTTGGACTTCATCGAGAAAGATCAGTCCCATGATAC
TTGATCATCACTCACTCAGGGAAGTTGGTGCATTTGCATGTCTTGAGAAAGCTTGTGTAA
CACTTGTTTAAAATGGATTTGACATTGTTATCAAGGTTTGCTTCTAGG

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL5098Contig1 874 2 8 U
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GTCGTGGCAAAGAGAGAGAGAGGACATCGAAAGAGAGAGACAATAAAGACTTGCAAAGCT
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GTTCTTCTGATTGTTTCAACCCGGTTCAGCTCATGCCAAACTCAAACTCCTTGAATCATC
GTCAAGAACCGTCGTTGAATCATCATCATCATAGTCAAAACCAATACTCTTTTGTACCGA
ACTACAACTTTGGAATCTCTTCTTCTGATTCTCCCGGAGCAACCGGTTGTTACAGTAGTA
GGGGGACCCTTCAGTCCAATTCACAATCTCTCTTTCTCAACAACAACAACAACAACATTA
ATCAAAGATCGTTATCTTCGTCTTCTTCTTCATCTTCTCCAATGGACAGTCAGAGCATTT
CCTTCAGTCCTCAGCTTCCAGAAGCTTTTGACGGCCGGTTATGTCTCTATTACGGTGAAA
GAAACCGGAGCTCCGACGATAAAGGAAAGGAAAGGAGATAGGACAACAAAAAAAAATGTT
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TGTGTGTCTCGAAGTAATGACATTTTAAGATTGC


BQ
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AF RR3DA55TF U 1
AF RR3DA55JQ C 227
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BS 646 648 RR3DA55JQ
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GTTCTTCTGATTGTTTCAACCCGGTTCAGCTCATGCCAAACTCAAACTCCTTGAATCATC
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GGGGGACCCTTCAGTCCAATTCACAATCTCTCTTTCTCAACAACAACAACAACAACATTA
ATCAAAGATCGTTATCTTCGTCTTCTTCTTCATCTTCTCCAATGGACAGTCAGAGCATTT
CCTTCAGTCCTCAGCTTCCAGAAGCTTTTGACGGCCGGTTATGTCTCTATTACGGTGAAA
GAAACCGGAGCTCCGACGATAAAGGAAAGGAAAGGAGATAGGACAC**AAAAAAAATGTT
TCATTAATTCCATCTTGGTTAGTAGTACA*TTCTATCTATTT*ACAAATGTCAATTTT
ACAAAAA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3DA55JQ 648 0 0
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CTCCTTGAATCATCGTCAAGAACCGTCGTTGAATCATCATCATCATAGTCAAAACCAATA
CTCTTTTGTACCGAACTACAACTTTGGAATCTCTTCTTCTGATTCTCCCGGAGCAACCGG
TTGTTACAGTAGTAGGGGGACCCTTCAGTCCAATTCACAATCTCTCTTTCTCAACAACAA
CAACAACAACATTAATCAAAGATCGTTATCTTCGTCTTCTTCTTCATCTTCTCCAATGGA
CAGTCAGAGCATTTCCTTCAGTCCTCAGCTTCCAGAAGCTTTTGACGGCCGGTTATGTCT
CTATTACGGTGAAGGAAACCGGAGCTCCGACGATAAAGGAAAGGAAAGGAGATAGGACAA
CAAAAAAAAATGTTTCATTAATTCCATCTTGGTTAGTAGTACAATTCTATCTATTTTACA
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TTTTGGTTTCTTGATTTTTGTAAAAGAAAGATGGTTTATTGGGGCGTGGGTGGGCACTGA
GTCTTATCTTTATTTGTGTGTCTCGAAGTAATGACATTTTAAGATTGC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

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TAAGATATGGATCATCGAAGATTGCAGAAGGCTGGCGATGAAGAGGAAGGTAATTCAGAC
AGAGTTTTCTTTATCTCCCTCCAGAAATTGGGCAACTTCTAACCTTTGGCAAGCTTCGGA
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CTTTTTTGTCAACATCATGCTTTATCCCTTTGATATATTTTGTTTATCTTGGTCATGTTT
GTATCGTATCCAGTCCCATATGTTCTTTGTGCGAGGAATAAAAGAATATTACG


BQ
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AF RR3DQ89JQ C 1
AF RR3DQ89TF U 1
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AGAAGAGAAAAACCTCTGAACCTAGAGGTTTAATTTATATCTTTATGGGATGGCTTAAAT
ACAAAAAAAGAGAGGATGGGGGCTATTAAGTGATTTTGTGTTCTTGTAAGGAAATTGTTT
TAAGATATGGATCATCGAAGATTGCAGAAGGCTGGCGATGAAGAGGAAGGTAATTCAGAC
AGAGTTTTCTTTATCTCCCTCCAGAAATTGGGCAACTTCTAACCTTTGGCAAGCTTCGGA
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CTTTTTTGTCAACATCATGCTTTATCCCTTTGATATATTTTGTTTATCTTGGTCATGTTT
GTATCGTATCCAGTCCCATATGTTCTTTGTGCGAGGAATAAAAGAATATTACG

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DS 

RD RR3DQ89TF 473 0 0
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AGAAGAGAAAAACCTCTGAACCTAGAGGTTTAATTTATATCTTTATGGGATGGCTTAAAT
ACAAAAAAAGAGAGGATGGGGGCTATTAAGTGATTTTGTGTTCTTGTAAGGAAATTGTTT
TAAGATATGGATCATCGAAGATTGCAGAAGGCTGGCGATGAAGAGGAAGGTAATTCAGAC
AGAGTTTTCTTTATCTCCCTCCAGAAATTGGGCAACTTCTAACCTTTGGCAAGCTTCGGA
TCCCCTCGGAATCAGCAGATTATGAGTATACTTTGTAATACTCTCTCTTTCTTTTTCATG
CTTTTTTGTCAACATCATGCTTTATCCCTTTGATATATTTTGTTTATCTTGGTCATGTTT
GTATCGTATCCAGTCCCATATGTTCTTTGTGCGAGGAATAAAAGAATATTACG

QA 1 473 1 473
DS 



AS 1 2

CO CL5100Contig1 1252 2 6 U
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CATGTCTCACTGTTTTTGTCGGTTGCTTTCGTTCCGTCAAGGATTCTCCTCCAACTGAGA
CGATGTCGAAAGAGCATGCCATGCGTTTCCCATTGGTTGGGAGTGCTATGCTTCTCTCAC
TTTTCTTATTGTTCAAGTTTCTTTCCAAGGACTTGGTCAATGCTGTCCTCACTGCTTACT
TCTTTGTTCTTGGCACCGTCGCCCTTTCAGCGACACTGTTACCTGCCATCAGCAGATTTC
TTCCAAACCTTTGGAATGACGTTGCCACCGTCTGGACTTTTCCTTATTTCAAATCTTTGG
AGGTAGAGTTCACAAAGTCCCAAGTTGTTGCGGGAATCCCTGGATTCTTCTTCTGCGTCT
GGTATGCCTGGAAGAAACATTGGCTCGCTAATAACATCCTTGGCCTTTCCTTCTGCATTC
AGGGAATTGAGATGCTCTCTCTTGGATCATTCAAGACTGGTGCCATCCTTTTGGTTGGAC
TGTTTTTCTATGATATTTTTTGGGTCTTCTTTACTCCGGTTATGGTTAGTGTTGCCAAAT
CCTTTGATGCTCCCATCAAGCTTTTGTTCCCTACGGGCGATGCTCTAAGGCCATATTCTA
TGCTTGGGCTTGGTGATATTGTCATCCCGGGTATTTTTGTTGCATTGGCTCTAAGATTTG
ATGTGTCAAGACGCAGTAAACCACAGTACTTCACAAGTGCATTTGTGGGGTACGTTGCTG
GAGTTGTCCTCACTATTGTAGTCATGAACTGGTTTCAAGCAGCACAGCCTGCTTTGTTGT
ACATTGTCCCAGCCGTCATTGGGTTCTCGGCTTCTCATTGCATCTGGAATGTTGACATCA
AACCGTTGATGGCGTTTGATGAATCGAAGAGTACAGAGGGAGAGGTTGATAAAGCTCATG
AAGAATGAAGACAAAGGAGAAAGAAGGGCAGAGGAGTAACATTTATATACACATAAAAAT
GTGTTTTTATATGTATGGAAAAAAATAGAGAAGGAAAACACTTTTTTTTGTTTCCAGTAA
TCATCAGTCCCTTCAAAAATAGTTCTCAGCCCTTTTTGTTCTTTTTAGATTTTCAAACAT
CTCGCAAAGACTTATGTAAGTTATACAAGTTACAACAGGCTTTTCTTTAACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AQ66TF U 1
AF RR3AQ66JQ C 496
BS 1 709 RR3AQ66TF
BS 710 710 RR3AQ66JQ
BS 711 788 RR3AQ66TF
BS 789 789 RR3AQ66JQ
BS 790 829 RR3AQ66TF
BS 830 1252 RR3AQ66JQ

RD RR3AQ66TF 829 0 0
AACACGGAGGGATCTCAGTCATGAAGAATTGTGAGCGCATCGCTAATCTCGCTCTCGCAG
GATTGACATTGGCACCACTTGTTGTGAGGGTGAACCCAAACTTGAATGTTGTCCTTACGG
CATGTCTCACTGTTTTTGTCGGTTGCTTTCGTTCCGTCAAGGATTCTCCTCCAACTGAGA
CGATGTCGAAAGAGCATGCCATGCGTTTCCCATTGGTTGGGAGTGCTATGCTTCTCTCAC
TTTTCTTATTGTTCAAGTTTCTTTCCAAGGACTTGGTCAATGCTGTCCTCACTGCTTACT
TCTTTGTTCTTGGCACCGTCGCCCTTTCAGCGACACTGTTACCTGCCATCAGCAGATTTC
TTCCAAACCTTTGGAATGACGTTGCCACCGTCTGGACTTTTCCTTATTTCAAATCTTTGG
AGGTAGAGTTCACAAAGTCCCAAGTTGTTGCGGGAATCCCTGGATTCTTCTTCTGCGTCT
GGTATGCCTGGAAGAAACATTGGCTCGCTAATAACATCCTTGGCCTTTCCTTCTGCATTC
AGGGAATTGAGATGCTCTCTCTTGGATCATTCAAGACTGGTGCCATCCTTTTGGTTGGAC
TGTTTTTCTATGATATTTTTTGGGTCTTCTTTACTCCGGTTATGGTTAGTGTTGCCAAAT
CCTTTGATGCTCCCATCAAGCTTTTGTTCCCTACGGGCGATGCTCTAAG*CCATATTCTA
TGCTTGGGCTTGGTGATATTGTCATCCCGGGTATTTTTGTTGCATTGGCTCTAAGATTTG
ATGTGTCA*GACGCAGTAAACCACAGTACTTCACAAGTGCATTTGTGGG

QA 1 829 1 829
DS 

RD RR3AQ66JQ 757 0 0
AACATTGGCTCGCTAATAACATCCTTGGCCTTTCCTTCTGCATTCAGGGAATTGAGATGC
TCTCTCTTGGATCATTCAAGACTGGTGCCATCCTTTTGGTTGGACTGTTTTTCTATGATA
TTTTTTGGGTCTTCTTTACTCCGGTTATGGTTAGTGTTGCCAAATCCTTTGATGCTCCCA
TCAAGCTTTTGTTCCCTACGGGCGATGCTCTAAGGCCATATTCTATGCTTGGGCTTGGTG
ATATTGTCATCCCGGGTATTTTTGTTGCATTGGCTCTAAGATTTGATGTGTCAAGACGCA
GTAAACCACAGTACTTCACAAGTGCATTTGTGGGGTACGTTGCTGGAGTTGTCCTCACTA
TTGTAGTCATGAACTGGTTTCAAGCAGCACAGCCTGCTTTGTTGTACATTGTCCCAGCCG
TCATTGGGTTCTCGGCTTCTCATTGCATCTGGAATGTTGACATCAAACCGTTGATGGCGT
TTGATGAATCGAAGAGTACAGAGGGAGAGGTTGATAAAGCTCATGAAGAATGAAGACAAA
GGAGAAAGAAGGGCAGAGGAGTAACATTTATATACACATAAAAATGTGTTTTTATATGTA
TGGAAAAAAATAGAGAAGGAAAACACTTTTTTTTGTTTCCAGTAATCATCAGTCCCTTCA
AAAATAGTTCTCAGCCCTTTTTGTTCTTTTTAGATTTTCAAACATCTCGCAAAGACTTAT
GTAAGTTATACAAGTTACAACAGGCTTTTCTTTAACC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL5101Contig1 703 2 6 U
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TGACCCGAAAACCCGGAAGACACACGAAAAAACCATGGGCAAGGACGGATTGAGCGACGA
CCAGGTCTCCTCAATGAAGGAGGCCTTCATGCTCTTCGACACAGACGGCGACGGAAAAAT
CGCGCCGTCGGAGCTCGGGATCCTGATGCGATCCCTCGGCGGGAACCCGACCCAGGCCCA
GCTGAAATCCATCGCCGCATCCGAGAGCCTCACGTCTCCGTTCGATTTCGACAGGTTCCT
CGATCTGATGGCGAAGCACCTGAAGACGGAGCCGTTCGATCGCCAGCTACGAGATGCTTT
CAAGGTGCTCGACAAGGAGGGGAGTGGATTCGTGGCGGTTGCGGATCTGAGGCATATCTT
GACGAGTATTGGTGAGAAGCTGGAGGCTAGTGAGTTTGATGAGTGGATCAAGGAGGTGGA
TGTTGGATCCGATGGGAAGATCCGGTATGAGGATTTCATTGCCAGGATGGTTGCTAAGTG
AAAGATCTTTTGAAATGTTACTAACTTTATTATTGTTGTTTCTTGTTTGTTTCGTTTTGT
TATGGAGATGTTGTGTGGTGGTGGTGGTGATTCGTTGAAGTTTTTAATCTCTTATGCATT
TGTAGTTCGTTGGTTTTTGGATACAATGAATGTAATTGAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EX54TF U 1
AF RR3GF26TF U 282
BS 1 672 RR3EX54TF
BS 673 673 RR3GF26TF
BS 674 685 RR3EX54TF
BS 686 686 RR3GF26TF
BS 687 699 RR3EX54TF
BS 700 703 RR3GF26TF

RD RR3EX54TF 699 0 0
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TGACCCGAAAACCCGGAAGACACACGAAAAAACCATGGGCAAGGACGGATTGAGCGACGA
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CGCGCCGTCGGAGCTCGGGATCCTGATGCGATCCCTCGGCGGGAACCCGACCCAGGCCCA
GCTGAAATCCATCGCCGCATCCGAGAGCCTCACGTCTCCGTTCGATTTCGACAGGTTCCT
CGATCTGATGGCGAAGCACCTGAAGACGGAGCCGTTCGATCGCCAGCTACGAGATGCTTT
CAAGGTGCTCGACAAGGAGGGGAGTGGATTCGTGGCGGTTGCGGATCTGAGGCATATCTT
GACGAGTATTGGTGAGAAGCTGGAGGCTAGTGAGTTTGATGAGTGGATCAAGGAGGTGGA
TGTTGGATCCGATGGGAAGATCCGGTATGAGGATTTCATTGCCAGGATGGTTGCTAAGTG
AAAGATCTTTTGAAATGTTACTAACTTTATTATTGTTGTTTCTTGTTTGTTTCGTTTTGT
TATGGAGATGTTGTGTGGTGGTGGTGGTGATTCGTTGAAGTTTTTAATCTCTTATGCATT
TGTAGTTCGTTG*TTTTTGGATACA*TGAATGTAATTGA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3GF26TF 422 0 0
G
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CAGGATGGTTGCTAAGTGAAAGATCTTTTGAAATGTTACTAACTTTATTATTGTTGTTTC
TTGTTTGTTTCGTTTTGTTATG*AGATGTTGTGTGGTGGTGGTGGTGATTCGTTGAAGTT
TTTAATCTCTTATGCATTTGTAGTTCGTTGGTTTTTGGATACAATGAATGTACTTGAGTC
C

QA 2 422 2 422
DS 



AS 1 2

CO CL5102Contig1 473 2 1 U
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ATGTTCATCTTTTCCACGAGTTTGATGACTTACCGGCGTTAGGGTTTACAGAGAAACGGC
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GTTTAGAAGAAACGGCGGTGCTAGCTAGTGTTTAGAGTAAGCGGCGGTGAGAACGTTGGT
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GAGATAGATAGCCGACGTTGAGAACGATGGTTGTTCGGAAATAGTGGGAATTCGAATCGC
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BB31JQ C 1
AF RR3BB31TF U 1
BS 1 473 RR3BB31TF

RD RR3BB31JQ 473 0 0
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ATGTTCATCTTTTCCACGAGTTTGATGACTTACCGGCGTTAGGGTTTACAGAGAAACGGC
GCTACGGTTTACAGAGAAGAAGCGGCGACGCTAGGGTTTAGAAGAAGCGGCGGCGCTAGG
GTTTAGAAGAAACGGCGGTGCTAGCTAGTGTTTAGAGTAAGCGGCGGTGAGAACGTTGGT
GAGCACGGTGGCGAGGGCGACGGTTTGTTCGGAAATAGTGGAAGCGGGGGCGCTAGGGTT
TAGAGGAATCGGCGGCGCTAGGGTTAGAAGAAGCTGCGGCGACAACGGTGAGAATGAAGT
GAGATAGATAGCCGACGTTGAGAACGATGGTTGTTCGGAAATAGTGGGAATTCGAATCGC
CTTTGATATCGCCGGTGAGAGAGAACTGTTAGGGTTTCTGTTCGCGGAAAATG

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR3BB31TF 473 0 0
GAGATCTGAAAAATAAACGTGAAACGGTGAGAATGAGTAAATTGAAAGAGACAACGTTTT
ATGTTCATCTTTTCCACGAGTTTGATGACTTACCGGCGTTAGGGTTTACAGAGAAACGGC
GCTACGGTTTACAGAGAAGAAGCGGCGACGCTAGGGTTTAGAAGAAGCGGCGGCGCTAGG
GTTTAGAAGAAACGGCGGTGCTAGCTAGTGTTTAGAGTAAGCGGCGGTGAGAACGTTGGT
GAGCACGGTGGCGAGGGCGACGGTTTGTTCGGAAATAGTGGAAGCGGGGGCGCTAGGGTT
TAGAGGAATCGGCGGCGCTAGGGTTAGAAGAAGCTGCGGCGACAACGGTGAGAATGAAGT
GAGATAGATAGCCGACGTTGAGAACGATGGTTGTTCGGAAATAGTGGGAATTCGAATCGC
CTTTGATATCGCCGGTGAGAGAGAACTGTTAGGGTTTCTGTTCGCGGAAAATG

QA 1 473 1 473
DS 



AS 1 2

CO CL5103Contig1 919 2 2 U
GGAGGCTTCAATCAAACGTGAAAAGACAGATCCGTGAGTTGTCTCTCTTCAAAGTTCAAA
CCAAAAGCTACTTGTCCGTCCCTTTGTTTCCGAGAGAGATGTCTGTCTTCGATGATTCTT
TCGTTATACTCGGAGACGATGCATCTGAGTCTGTTCCAGTCTCAGGCTCCTTCGACACCA
CCACTGATCATCACTCCTTCTCACACCACGTAGATGACTCCATCGACGATGTTTTCGCAG
CGCCGTCTTCCGACTACGGAGCTTACACTAACGCAGACGACGTCTTCGGATCCAACGGTG
GACACGACGGTCCCATCTTGCCACCGCCGTCGGAGATGGAATCTGATGAAGGGTATGCTC
TTAGGGAGTGGAGAAGACACAATGCAGTTCTCCTTGAGGAGAAGGAGAAGAAGGAAAAGC
TATACATGGAGACACAAGAGAAGTTCTACGCGGAAGCCAGCAAGAACTACTGGAAGGCAA
TCGCAGAGCTAGTTCCTAAAGAAGTTCCAACCATAGAGAAAAGAAGAGGGAAGAAAGAGC
AAGACCCTAAGAAGCCAACTATCTCTGTCATTCAAGGTCCCAAACCCGGTAAGCCAACCG
ATCTCGCGAGAATGAGACAGATTTTGCTCAAGCTCAAACAGAACCCACCAGCTCACCTGA
AACTAGCTCCTCAACCTCCACCAGAGGCGGCTGCTGCTGCTACTACTCCTACTCCTCCAA
AGAATGCTCCTGAAACCAAGCCCACCGAAGCAGTTGCTGCTGCTTAAGAAACCCTCTTTG
GTTTTGTTTTTTTTTCATTTGCTTACATCTATGTGATTCTCTCTTTGCATTTCATTATGT
GTGTGTGATATAAACAGCTTATCTACTATCGGATTATACTCTATGACATTCATGTTTGAA
TTCAATAAGAGGAGTGGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EL21TF U 1
AF RR3EL21JQ C 327
BS 1 678 RR3EL21TF
BS 679 919 RR3EL21JQ

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TTAGGGAGTGGAGAAGACACAATGCAGTTCTCCTTGAGGAGAAGGAGAAGAAGGAAAAGC
TATACATGGAGACACAAGAGAAGTTCTACGCGGAAGCCAGCAAGAACTACTGGAAGGCAA
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AAGACCCTAAGAAGCCAACTATCTCTGTCATTCAAGGTCCCAAACCCGGTAAGCCAACCG
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AACTAGCTCCTCAACCTC
ACC

QA 1 678 1 678
DS 

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TACGCGGAAGCCAGCAAGAACTACTGGAAGGCAATCGCAGAGCTAGTTCCTAAAGAAGTT
CCAACCATAGAGAAAAGAAGAGGGAAGAAAGAGCAAGACCCTAAGAAGCCAACTATTTCT
GTCATTCAAGGTCCCAAACCCGGTAAGCCAACCGATCTCGCGAGAATGAGACAGATTTTG
CTCAAGCTCAAACAGAACCCACCAGCTCACCTGAAACTAGCTCCTCAACCTCCACCAGAG
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ATCTATGTGATTCTCTCTTTGCATTTCATTATGTGTGTGTGATATAAACAGCTTATCTAC
TATCGGATTATACTCTATGACATTCATGTTTGAATTCAATAAGAGGAGTGGTT

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

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TGGTTGTTCTTCGTTTTAAGAATAAGTATCTATGTGGGTTTAACTCTTTCTCTGATTCTC
AAGAAAGCAAACCATTGGACGTCAAAATAATATTTTGTTATACC


BQ
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AF RR3DA33JQ C 1
AF RR3DA33TF U 1
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BS 4 464 RR3DA33TF

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CGAAACTCACCGCAATCAATCGTCATTAACCTTCTAATTGAATCCATCTCCCCCACTCCT
TCCACGTTTTCACATTCAATGCATCCTCTCCTTTCTTCCCGTCGGTGAGCCTGTAGCTAT
AAATATGTATTTAATCTGACTGAAGTGAAACCCTGTGGATTTTTACGGTAAGGTTTGGTG
TGTGGAGAAGTTCGCAGCAGAAGGAGATGAATGGGGAAGAGAATGAAGAGAACTGTTGAA
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TGGTTGTTCTTCGTTTTAAGAATAAGTATCTATGTGGGTTTAACTCTTTCTCTGATTCTC
AAGAAAGCAAACCATTGGACGTCAAAATAATATTTTGTTATACC

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR3DA33TF 464 0 0
GGG
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AACTCACCGCAATCAATCGTCATTAACCTTCTAATTGAATCCATCTCCCCCACTCCTTCC
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TATGTATTTAATCTGACTGAAGTGAAACCCTGTGGATTTTTACGGTAAGGTTTGGTGTGT
GGAGAAGTTCGCAGCAGAAGGAGATGAATGGGGAAGAGAATGAAGAGAACTGTTGAAGAA
CTGTTTGATTTATTGGAATGATAGTGCTTTTGTTTTTTTTCTTTTTCTTTAATCATATGG
TTGTTCTTCGTTTTAAGAATAAGTATCTATGTGGGTTTAACTCTTTCTCTGATTCTCAAG
AAAGCAAACCATTGGACGTCAAAATAATATTTTGTTATACC

QA 4 464 4 464
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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GCTCTGTGACTCACATGTGCGTGCCTCCACTGTTATTGGACCCATCCCTGTAGCAACGAA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EO25TF C 1
AF RR3EO25JQ U 29
BS 1 28 RR3EO25TF
BS 29 494 RR3EO25JQ
BS 495 531 RR3EO25TF

RD RR3EO25TF 531 0 0
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QA 1 531 1 531
DS 

RD RR3EO25JQ 466 0 0
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AAAAAACAAACCAAAGACTTATTCGAGAACACACTAAAGATGCACATGCGTACGGTACGA
CATGGTACTGTACGGAAGATGTAGATAAGAAAGAAGCAAACACAAGACGATTGATCGATG
ATTTTGATGAGTTTATGAGATTCACTGAATCAGCAATTTCTGGTGCAGAAGCACCTACGA
CGAAGTCCACGGCATTTGCCTCCGCCAAAACCTTCGTTGTGGCACACGTTTGCACAGTTG
TTTTCGCTCACACATGGACCCTTGAACCTATGGCTCTGTGACTCACATGTGCGTGCCTCC
ACTGTTATTGGACCCATCCCTGTAGCAACGAATATCATGAACAAGAGGAGAACAGCCGAG
ATCAAACGCATCGAAAACTTCATTTTGAGAGTGAGAACGAAAATTT

QA 1 466 1 466
DS 



AS 1 2

CO CL5108Contig1 1123 2 4 U
GGCCGGACAGTGCCCTCTCCAAAGCAAACCTGAGACCGATCGTCTGGTCTCGTTTCTAAT
CGAAGAGGCTTAATAAAATGGGGAGGATAATGGAATGGGCAGCACGATCTGATCACTTGA
GAGGAGTTCCAAGGAAAGCTGTGATAACAGCCGTTGGTGCGTTTGCGAGAGCAGTAGCTA
ATCTTTGCAACAAGACCACAGTTCACAATGCAGATACTCTTATGACTCTTGTCCGGTCAA
GACCACCCGGTGTTCCTCTCATCACTGTTAGTAATCACATGTCGACTTTAGATGATTTAA
TGTGGGGAGGGTTCAAGGGTCTTCTTTCCTTTGATCCAGAGCTGGCTCGATGGGTTCTTG
CTGCAGAGGACATTTGTTTCAAGAACCCTCTCTTCTCCTACATCTTCCGCACTGGCAAGT
GTATACCTATAACTAGAGGTGGTGGAATCTACCAAGAACACATGGGTGAAGCTCTCGAGC
GACTAAAAGATGGATCTTGGTTGCATACCTTCCCAGAGGGCAAGGTGTTTCAAGAAGATG
TGCCTATTAGACGTCTTAAATGGGGAACCGCAAGCCTCATCGCCCGTTGCCCAGTTACCC
CAATCGTCTTGCCAATCATTCACCGTGGTTTTGACGAGATGATGCCAGAAAAGTACTTTT
ATGGAAGAAGACCACCGTTACCGCTTTGCAACAAAAACCTTAAAGTTGTGGTTGGTGAAC
CAATCGAGATTGATCTTCCCATGATGGTTCACACCGCTGTCTCTGCCTCCTCCGATCATG
TAACGGAAGCTATTCATCAAGAAGGGAAATGGCCTGTGATTTTTTTTGCTGGCCAAAAGG
TAAACGAAACAGCTCAGAGATACCTTTACACAGCTTTTTCCCAGAAGATTCAATCCTCAT
TGGAATCATTGAGACTTTTAGCCAAGCGGTTTTAAACTTCAGATCAGTACCGGGTTCACA
ATTTTGAAGTTCCCGGTTTAGATCCGACATGGTATTCAGTTATTTCATTTGGTTTAATTC
TTTTTTTTGTAAGCTGAGGAATGCTCTAGACATTGTAATAAGGATGAAATTTGTAACAAC
GTGAATTAAATAACTTTTAAACATTGGGGAAAAATTTCCATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AQ29TF U 1
AF RR3AQ29JQ C 641
BS 1 703 RR3AQ29TF
BS 704 704 RR3AQ29JQ
BS 705 774 RR3AQ29TF
BS 775 1123 RR3AQ29JQ

RD RR3AQ29TF 774 0 0
GGCCGGACAGTGCCCTCTCCAAAGCAAACCTGAGACCGATCGTCTGGTCTCGTTTCTAAT
CGAAGAGGCTTAATAAAATGGGGAGGATAATGGAATGGGCAGCACGATCTGATCACTTGA
GAGGAGTTCCAAGGAAAGCTGTGATAACAGCCGTTGGTGCGTTTGCGAGAGCAGTAGCTA
ATCTTTGCAACAAGACCACAGTTCACAATGCAGATACTCTTATGACTCTTGTCCGGTCAA
GACCACCCGGTGTTCCTCTCATCACTGTTAGTAATCACATGTCGACTTTAGATGATTTAA
TGTGGGGAGGGTTCAAGGGTCTTCTTTCCTTTGATCCAGAGCTGGCTCGATGGGTTCTTG
CTGCAGAGGACATTTGTTTCAAGAACCCTCTCTTCTCCTACATCTTCCGCACTGGCAAGT
GTATACCTATAACTAGAGGTGGTGGAATCTACCAAGAACACATGGGTGAAGCTCTCGAGC
GACTAAAAGATGGATCTTGGTTGCATACCTTCCCAGAGGGCAAGGTGTTTCAAGAAGATG
TGCCTATTAGACGTCTTAAATGGGGAACCGCAAGCCTCATCGCCCGTTGCCCAGTTACCC
CAATCGTCTTGCCAATCATTCACCGTGGTTTTGACGAGATGATGCCAGAAAAGTACTTTT
ATGGAAGAAGACCACCGTTACCGCTTTGCAACAAAAACCTTAA*GTTGTGGTTGGTGAAC
CAATCGAGATTGATCTTCCCATGATGGTTCACACCGCTGTCTCTGCCTCCTCCG

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3AQ29JQ 483 0 0
GATGCCGGAAAAGTACTTTTATGGAAGAAGACCACCGTTACCGCTTTGCAACAAAAACCT
TAAAGTTGTGGTTGGTGAACCAATCGAGATTGATCTTCCCATGATGGTTCACACCGCTGT
TTTTGCCTCCTCCGATCATGTAACGGAAGCTATTCATCAAGAAGGGAAATGGCCTGTGAT
TTTTTTTGCTGGCCAAAAGGTAAACGAAACAGCTCAGAGATACCTTTACACAGCTTTTTC
CCAGAAGATTCAATCCTCATTGGAATCATTGAGACTTTTAGCCAAGCGGTTTTAAACTTC
AGATCAGTACCGGGTTCACAATTTTGAAGTTCCCGGTTTAGATCCGACATGGTATTCAGT
TATTTCATTTGGTTTAATTCTTTTTTTTGTAAGCTGAGGAATGCTCTAGACATTGTAATA
AGGATGAAATTTGTAACAACGTGAATTAAATAACTTTTAAACATTGGGGAAAAATTTCCA
TTG

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 2

CO CL5109Contig1 680 2 1 U
GGGGAGAGAGTTTGAATTTAGTAGGCATGGCGGCGACCAGAGCTTTGCTTGCCGCTATAT
CGTCGTCTTGTCCTCGCAGGATCAAAATCCAATCCTCAACCTCCTCCTCGTCTTCTTGTT
GTTGGTCAATTCTCCAGTTTCAAAGACGAGAGAGTATAATAATAGCTCGAAGTTTCTCGT
CCGACACGAACTCCTCTCCGGACATATCCCGTCTTGCTGAGACAGCTCGAATCTCTCTCA
CCCCTGCCGAGATCGAGGAATGTGAACCTAAGATTCGTCAAGTCATCGACTGGTTTGGCC
AGCTTCAACAAGTTGATGTTAACAGTGTTGAGCCTGCGATTAGAGCAGAAATGAAGGAGG
AAGTTTGCGAGAGGATGCTCCCGAGACGTTTGAGAACAGGGATAGTATAAGAGCTTCTAT
TCCAAGCTTTGATGAGACGTATTTAAAAGTCCCTAAAGTACTAAACAAAGAGTGACTTTT
GTTCAGCTACTCTACTCTCTATCCACTTCTGATATTTTAGCCTCTTTTAATCGGTGTTGG
TTTGTTCAAAAAAAAAAAAATCGGTGTTGATGTTTCTGTGGACGCGTCTTTCATGTGCAG
CTTCACAGATTCCTTCTTAGCTCCGGTCCTTGTTACATCATCTATGTTTTTTTTTTTTAA
ATTGTTACCTAAACTCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AV22TF U 1
AF RR3AV22JQ C 204
BS 1 680 RR3AV22TF

RD RR3AV22TF 680 0 0
GGGGAGAGAGTTTGAATTTAGTAGGCATGGCGGCGACCAGAGCTTTGCTTGCCGCTATAT
CGTCGTCTTGTCCTCGCAGGATCAAAATCCAATCCTCAACCTCCTCCTCGTCTTCTTGTT
GTTGGTCAATTCTCCAGTTTCAAAGACGAGAGAGTATAATAATAGCTCGAAGTTTCTCGT
CCGACACGAACTCCTCTCCGGACATATCCCGTCTTGCTGAGACAGCTCGAATCTCTCTCA
CCCCTGCCGAGATCGAGGAATGTGAACCTAAGATTCGTCAAGTCATCGACTGGTTTGGCC
AGCTTCAACAAGTTGATGTTAACAGTGTTGAGCCTGCGATTAGAGCAGAAATGAAGGAGG
AAGTTTGCGAGAGGATGCTCCCGAGACGTTTGAGAACAGGGATAGTATAAGAGCTTCTAT
TCCAAGCTTTGATGAGACGTATTTAAAAGTCCCTAAAGTACTAAACAAAGAGTGACTTTT
GTTCAGCTACTCTACTCTCTATCCACTTCTGATATTTTAGCCTCTTTTAATCGGTGTTGG
TTTGTTCAAAAAAAAAAAAATCGGTGTTGATGTTTCTGTGGACGCGTCTTTCATGTGCAG
CTTCACAGATTCCTTCTTAGCTCCGGTCCTTGTTACATCATCTATGTTTTTTTTTTTTAA
ATTGTTACCTAAACTCAACC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3AV22JQ 477 0 0
ATATCCCGTCTTGCTGAGACAGCTCGAATCTCTTTCACCCCTGCCGAGATCGAGGAATGT
GAACCTAAGATTCGTCAAGTCATCGACTGGTTTGGCCAGCTTCAACAAGTTGATGTTAAC
AGTGTTGAGCCTGCGATTAGAGCAGAAATGAAGGAGGAAGTTTGCGAGAGGATGCTCCCG
AGACGTTTGAGAACAGGGATAGTATAAGAGCTTTTATTCCAAGCTTTGATGAGACGTATT
TAAAAGTCCCTAAAGTACTAAACAAAGAGTGACTTTTGTTCAGCTACTCTACTCTCTATC
CACTTTTGATATTTTAGCCTCTTTTAATCGGTGTTGGTTTGTTCAAAAAAAAAAAAATCG
GTGTTGATGTTTCTGTGGACGCGTCTTTCATGTGCAGCTTCACAGATTCCTTTTTAGCTC
CGGTCCTTGTTACATCATCTATGTTTTTTTTTTTTAAATTGTTACCTAAACTCAACC

QA 1 477 1 477
DS 



AS 1 2

CO CL5110Contig1 705 2 2 U
GGACGCGTCTTTCTCTTCGACGACGACGAGTCGGTTTCTCTCTCTCTCTTTCATTCTCTC
CTCGACGACTCCGACTCCGCTTGTCTCTTTCTCTCCCTCGGCGAAACCGCGTCGCCGATG
ACTCCAGTTCTCTCTTTCTCTCCGTAAACTACTCCCCAAATCTCCTTCCCGGGCTTCCCC
TCTGCTCTCAGCTGGTTTTCGATTCTCCTCATCTCCGATCAAGTTTATAGAGGTTCGAAA
GGGTTTTGAAAGGATGGCACAACACAATGGCAACGATGAAGTTATGGCCAGTGCTATGGT
TGAGATCAATATCAAGACTTTGGATTCTCAAACCCACACCTTACGTGTCGATAAATGTGT
CCCTGTTCCCGTTTTGAAGGAGCAAATTGCTTCCGTTACTGGGGTTGTTACAGAACAACA
ACGCTTGATATGTCAGAGGACAAGTAATGAAGGATGATCAACTCCTCTCAGCCTATCGTA
TCCTTCCTTCTCTTCTTTCTTAGAGCTTTTGTTTTATTTATGGACCCTAGTTTCCTCATG
AGTTTGTCGAACCCTTGGTTTCGACTTCAGTGTTTGTGGTCTCAGATGAATTAACTGTCT
GTTGTTGTATGTATTTGATTAGATGATATTAGGTTGGTGTTTGGTTGTCTCATTTCTATG
TTCAGGACTGTTGTATGTATTTGATCAGATGAATTAAGAACCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ42TF U 1
AF RR3GZ42JQ C 181
BS 1 628 RR3GZ42TF
BS 629 705 RR3GZ42JQ

RD RR3GZ42TF 628 0 0
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CTCGACGACTCCGACTCCGCTTGTCTCTTTCTCTCCCTCGGCGAAACCGCGTCGCCGATG
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TCTGCTCTCAGCTGGTTTTCGATTCTCCTCATCTCCGATCAAGTTTATAGAGGTTCGAAA
GGGTTTTGAAAGGATGGCACAACACAATGGCAACGATGAAGTTATGGCCAGTGCTATGGT
TGAGATCAATATCAAGACTTTGGATTCTCAAACCCACACCTTACGTGTCGATAAATGTGT
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AGTTTGTCGAACCCTTGGTTTCGACTTCAGTGTTTGTGGTCTCAGATGAATTAACTGTCT
GTTGTTGTATGTATTTGATTAGATGATA

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3GZ42JQ 525 0 0
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GGGTTTTGAAAGGATGGCACAACACAATGGCAACGATGAAGTTATGGCCAGTGCTATGGT
TGAGATCAATATCAAGACTTTGGATTCTCAAACCCACCCCTTACGTGTCGATAAATGTGT
CCCTGTTCCCGTTTTGAAGGAGCAAATTGCTTCCGTTACTGGGGTTGTTACAGAACAACA
ACGCTTGATATGTCAGAGGACAAGTAATGAAGGATGATCAACTCCTCTCAGCCTATCGTA
TCCTTCCTTCTCTTCTTTCTTAGAGCTTTTGTTTTATTTATGGACCCTAGTTTCCTCATG
AGTTTGTCGAACCCTTGGTTTCGACTTCAGTGTTTGTGGTCTCAGATGAATTAACTGTCT
GTTGTTGTATGTATTTGATTAGATGATATTAGGTTGGTGTTTGGTTGTCTCATTTCTATG
TTCAGGACTGTTGTATGTATTTGATCAGATGAATTAAGAACCCCT

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

CO CL5111Contig1 1230 2 2 U
ATTTGAAAACTCGGGAGATTGATCCATCAAAATTTTCTCAGGACCGATCTCGATTCCAAA
GGTAGGATTTGTTTCGTGGAGGAAGATGATGAAGATTCGAATTGGTGTGATTGCGTTGTT
GGTGACTCTCTGTGTGGTTGAATTTGGATTGGCTTCTCCTAACACCGTTCCTGCCTTCCT
CTGGTCTCCTCATCTCCAGGCTGGTAATGGTGAATTAGATCAGGCTGTGAATTATCAGGT
CATGTCTGCGAAGGATCTTGTTAATTCTGTGTTCACTCATGGAAGATGGTCAAACCTTCT
GTGCTCGGAGAAGAAAGTTGAGCAACCTGTTGATGTTGCACTTGTGTTCATTGGCAGAGA
GTTAGTGTCTTCTGATGTTTCTTCGAAAAGGAATTCAGACCCTTCCCTTGTTAACACATT
GAATGGTCTCTTTACATCTTCCAACTTCTCGTTGGCATTCCCATATATCGCTGCGCCAGA
GGAAGAAAGGATGGAGAATTTGTTGCTTTCAGGGCTTAAACAAGCTTGCCCTCACAGTGT
AGGAGTCAGCAATATTGTGTTTTCAGATTCTTGCTCTGTTGAGGATGGAACAATTCAAAA
CTATCAGACTTGCAGTCTTTCAAAGATCATTTGCTTGCTAGAAGAGAAGCAAGGAAAGAA
GGAGAAACTGACTTGGTTGTGCTCTGTTCTGAGGGTTCTGAATCATCTGGCCAGTCACAT
TCAGAGCGTAAAAGCATCTCTGAACTTGTTAGTTCTGTGGAACAATCTGGCAGTAAATAT
ACAGCTCTTTATGTTTCTGATCCTTACTGGTACACGTCTTACAAAACCCTCCAAAGGTTT
CTAGCTGAAAGTGGTACCGGAAACAGCAGCTCTGTTGGTGTTTCCACAACCTGTGATGAA
CTCTGCAAATTCAAGTCATCACTTTTGGAAGGCATACTAGTGGGAATAGTTTTTCTTCTC
ATCTTGATCAGTGGACTTTGTTGTATGGCGGGTATTGATACACCAACTAGATTCGAGACT
CCTCAAGATTCTTGAGCAGTTGACTTCTTAAAGAGTCATCCCCCCCTTTTTGCTTTGCTT
TTTTGCTTGTCTTTTCTCTGCATAGTGCGTGTGGTGGTCAAAAGGTACTTCAATGTCGAT
GGTCACATTACTATTTGCGATGTAAAGTCCCCTTGTAACATTTATTCCCCTTGTAACATT
ACTATTTGCTATACGCTAAAAATTAATAAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AZ26TF U 1
AF RR3AZ26JQ C 404
BS 1 825 RR3AZ26TF
BS 826 1230 RR3AZ26JQ

RD RR3AZ26TF 827 0 0
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GGTAGGATTTGTTTCGTGGAGGAAGATGATGAAGATTCGAATTGGTGTGATTGCGTTGTT
GGTGACTCTCTGTGTGGTTGAATTTGGATTGGCTTCTCCTAACACCGTTCCTGCCTTCCT
CTGGTCTCCTCATCTCCAGGCTGGTAATGGTGAATTAGATCAGGCTGTGAATTATCAGGT
CATGTCTGCGAAGGATCTTGTTAATTCTGTGTTCACTCATGGAAGATGGTCAAACCTTCT
GTGCTCGGAGAAGAAAGTTGAGCAACCTGTTGATGTTGCACTTGTGTTCATTGGCAGAGA
GTTAGTGTCTTCTGATGTTTCTTCGAAAAGGAATTCAGACCCTTCCCTTGTTAACACATT
GAATGGTCTCTTTACATCTTCCAACTTCTCGTTGGCATTCCCATATATCGCTGCGCCAGA
GGAAGAAAGGATGGAGAATTTGTTGCTTTCAGGGCTTAAACAAGCTTGCCCTCACAGTGT
AGGAGTCAGCAATATTGTGTTTTCAGATTCTTGCTCTGTTGAGGATGGAACAATTCAAAA
CTATCAGACTTGCAGTCTTTCAAAGATCATTTGCTTGCTAGAAGAGAAGCAAGGAAAGAA
GGAGAAACTGACTTGGTTGTGCTCTGTTCTGAGGGTTCTGAATCATCTGGCCAGTCACAT
TCAGAGCGTAAAAGCATCTCTGAACTTGTTAGTTCTGTGGAACAATCTGGCAGTAAATAT
ACAGCTCTTTATGTTTCTGATCCTTACTGGTACACGTCTTACAAA
CC

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR3AZ26JQ 827 0 0
CCCT
TTGTTAACACATTGAATGGTCTCTTTACATCTTCCAACTTCTCGTTGGCATTCCCATATA
TCGCTGCGCCAGAGGAAGAAAGGATGGAGAATTTGTTGCTTTCAGGGCTTAAACAAGCTT
GCCCTCACAGTGTAGGAGTCAGCAATATTGTGTTTTCAGATTCTTGCTCTGTTGAGGATG
GAACAATTCAAAACTATCAGACTTGCAGTCTTTCAAAGATCATTTGCTTGCTAGAAGAGA
AGCAAGGAAAGAAGGAGAAACTGACTTGGTTGTGCTCTGTTCTGAGGGTTCTGAATCATC
TGGCCAGTCACATTCAGAGCGTAAAAGCATCTCTGAACTTGTTAGTTCTGTGGAACAATC
TGGCAGTAAATATACAGCTCTTTATGTTTCTGATCCTTACTGGTACACGTCTTACAAAAC
CCTCCAAAGGTTTCTAGCTGAAAGTGGTACCGGAAACAGCAGCTCTGTTGGTGTTTCCAC
AACCTGTGATGAACTCTGCAAATTCAAGTCATCACTTTTGGAAGGCATACTAGTGGGAAT
AGTTTTTCTTCTCATCTTGATCAGTGGACTTTGTTGTATGGCGGGTATTGATACACCAAC
TAGATTCGAGACTCCTCAAGATTCTTGAGCAGTTGACTTCTTAAAGAGTCATCCCCCCCT
TTTTGCTTTGCTTTTTTGCTTGTCTTTTCTCTGCATAGTGCGTGTGGTGGTCAAAAGGTA
CTTCAATGTCGATGGTCACATTACTATTTGCGATGTAAAGTCCCCTTGTAACATTTATTC
CCCTTGTAACATTACTATTTGCTATACGCTAAAAATTAATAAG

QA 5 827 5 827
DS 



AS 1 2

CO CL5112Contig1 461 2 1 U
GCAGGCTTGAAGCCAATCTCCAAGAAGCTGCGAAACAGTTGTCCATCATGAAAGTTACGT
TACCAAGAGTGGTAGAGGAAAGAGAGGAGATGTGTAAGGAAGTGAACGAATGCAGAAAGA
GAAACATGGAGTTGGAGTCGGATAAGGAAACGCTGAAGAAGGAGGTTGAGAGGTTGGAAG
AGGAGACGCTTTACAAGGAAGGTCAGATCACGATACTAAAGGATACACTTGGAAGCAAGC
ATTTCGATCTTCTCTCGGGTACTACTGACTTCTCATATAACGATTTCTTAGTCCAATAAA
AGACTAGAGAATAAATATGTACAGGCGTATGCTTCTCTCATGCTCTTGTTTCGGTCTTTA
GGGGTTTGTAGGTTTGATAGATGATTGTTCTTTTAGATTATGTTTTTTTCTCAAAGTTTT
TTATTTGTATTACGATGGCTTAATAAAATTCAACATTTGTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FX20JQ C 1
AF RR3FX20TF U 1
BS 1 461 RR3FX20TF

RD RR3FX20JQ 461 0 0
GCAGGCTTGAAGCCAATCTCCAAGAAGCTGCGAAACAGTTGTCCATCATGAAAGTTACGT
TACCAAGAGTGGTAGAGGAAAGAGAGGAGATGTGTAAGGAAGTGAACGAATGCAGAAAGA
GAAACATGGAGTTGGAGTCGGATAAGGAAACGCTGAAGAAGGAGGTTGAGAGGTTGGAAG
AGGAGACGCTTTACAAGGAAGGTCAGATCACGATACTAAAGGATACACTTGGAAGCAAGC
ATTTCGATCTTCTCTCGGGTACTACTGACTTCTCATATAACGATTTCTTAGTCCAATAAA
AGACTAGAGAATAAATATGTACAGGCGTATGCTTCTCTCATGCTCTTGTTTCGGTCTTTA
GGGGTTTGTAGGTTTGATAGATGATTGTTCTTTTAGATTATGTTTTTTTCTCAAAGTTTT
TTATTTGTATTACGATGGCTTAATAAAATTCAACATTTGTG

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR3FX20TF 461 0 0
GCAGGCTTGAAGCCAATCTCCAAGAAGCTGCGAAACAGTTGTCCATCATGAAAGTTACGT
TACCAAGAGTGGTAGAGGAAAGAGAGGAGATGTGTAAGGAAGTGAACGAATGCAGAAAGA
GAAACATGGAGTTGGAGTCGGATAAGGAAACGCTGAAGAAGGAGGTTGAGAGGTTGGAAG
AGGAGACGCTTTACAAGGAAGGTCAGATCACGATACTAAAGGATACACTTGGAAGCAAGC
ATTTCGATCTTCTCTCGGGTACTACTGACTTCTCATATAACGATTTCTTAGTCCAATAAA
AGACTAGAGAATAAATATGTACAGGCGTATGCTTCTCTCATGCTCTTGTTTCGGTCTTTA
GGGGTTTGTAGGTTTGATAGATGATTGTTCTTTTAGATTATGTTTTTTTCTCAAAGTTTT
TTATTTGTATTACGATGGCTTAATAAAATTCAACATTTGTG

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 2

CO CL5113Contig1 1193 2 2 U
GGGACCTGGCCAAAGCACCATGACAACGGGATACAATCGTATAGCCAGTTCAGGGAGGAC
ACTGGAATCGAATACGGACAATCTTCTCCGCATGGTTAGTTACTGTGAAAATGAGGTGGA
CTGTCGACGTTTCTTGCAGTTAGTTCATTTGGGAGAAAATTTTGATTCGACGAACTGCAA
AAACACATGTGATAATTGCTCCAGCAGCAAAACTTTGATTGACAAAGATGTAACTTTAAT
TGCAAGGCAACTGGTTGAACTGGTGAAGCTAACAGGAGAAAGGTTTTCTTCAGCTCATAT
TGTTGAACTCTACAGGGGATCCTTAAACCAGACGATCAAGAAACACAGACATGAGACTTT
GCACCTCCACGGAGCAGGAAAGCATTTATCTAAAAGTGAAGCCTCTCGTATCTTGCACCA
TCTTGTGACAAAAGACATTCTCGCAGAGTATGTTAAAAAGAGTGAACTGTATGGATCTGT
ATCGTCGTTGCTGAAGGTGAATAGATCAAAGGCTGACTCAATCTTATCTGGAGGCCAGAC
TCTAAATATGAGGTTTCCTTCAGCTGTAAAAGTAGTAAAGCCGAGCAAAAACGGACCAAC
CCCAGCAAGAGTTGCACTAAAGCAAACTACTCTTCCAATGGCACCTGCTCCCCCACAAGA
CTCGGTTCTCTCTGACACCTTGTTCAAAGCCTTGAAAAAGCTTCGTAGTGATATTGTCAA
GGAATCCTCAGATGCAGTAATGTCATACCATATATTTGGCAATCCGACGCTTCAACAGAT
AAGTAAACGACTTCCCAGAACCAAAGAGGAACTTCTTGATATCCATGGTCTTGGAAAAGC
CAAGGTGAGCAAGTACGGGGATCGTTTACTGGAAACTATAGAATCAACCATCAACAACCA
CTACGGAACCAATAAGAATGAGGGTACGGGGTCAGGGAAGAGGAGAAGAGACGAGAACAC
TGATCCAATTGTAATAGACAATGATGATGATGATCCTGATTGGACTCCTAGCCAACAGTC
GAAGAAGAAGGCTTACGCAGTTCACGGCCAAATGTTTGGAGAAGCTACATGTTGATTTTA
GAGACGATGGAATTAGTGTTATGACCTTGGTACATATTGGTAAATGAAACTGTGTGAAAA
GACTACGCAAATATTATTCTATATCGTTATAGTACTTAAGTTTACTTGTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A846TF U 1
AF RR3A846JQ C 331
BS 1 797 RR3A846TF
BS 798 1193 RR3A846JQ

RD RR3A846TF 797 0 0
GGGACCTGGCCAAAGCACCATGACAACGGGATACAATCGTATAGCCAGTTCAGGGAGGAC
ACTGGAATCGAATACGGACAATCTTCTCCGCATGGTTAGTTACTGTGAAAATGAGGTGGA
CTGTCGACGTTTCTTGCAGTTAGTTCATTTGGGAGAAAATTTTGATTCGACGAACTGCAA
AAACACATGTGATAATTGCTCCAGCAGCAAAACTTTGATTGACAAAGATGTAACTTTAAT
TGCAAGGCAACTGGTTGAACTGGTGAAGCTAACAGGAGAAAGGTTTTCTTCAGCTCATAT
TGTTGAACTCTACAGGGGATCCTTAAACCAGACGATCAAGAAACACAGACATGAGACTTT
GCACCTCCACGGAGCAGGAAAGCATTTATCTAAAAGTGAAGCCTCTCGTATCTTGCACCA
TCTTGTGACAAAAGACATTCTCGCAGAGTATGTTAAAAAGAGTGAACTGTATGGATCTGT
ATCGTCGTTGCTGAAGGTGAATAGATCAAAGGCTGACTCAATCTTATCTGGAGGCCAGAC
TCTAAATATGAGGTTTCCTTCAGCTGTAAAAGTAGTAAAGCCGAGCAAAAACGGACCAAC
CCCAGCAAGAGTTGCACTAAAGCAAACTACTCTTCCAATGGCACCTGCTCCCCCACAAGA
CTCGGTTCTCTCTGACACCTTGTTCAAAGCCTTGAAAAAGCTTCGTAGTGATATTGTCAA
GGAATCCTCAGATGCAGTAATGTCATACCATATATTTGGCAATCCGACGCTTCAACAGAT
AAGTAAACGACTTCCCA

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3A846JQ 863 0 0
GACGATCAAGAAACACAGACATGAGACTTTGCACCTCCACGGAGCAGGAAAGCATTTATC
TAAAAGTGAAGCCTCTCGTATCTTGCACCATCTTGTGACAAAAGACATTCTCGCAGAGTA
TGTTAAAAAGAGTGAACTGTATGGATCTGTATCGTCGTTGCTGAAGGTGAATAGATCAAA
GGCTGACTCAATCTTATCTGGAGGCCAGACTCTAAATATGAGGTTTCCTTCAGCTGTAAA
AGTAGTAAAGCCGAGCAAAAACGGACCAACCCCAGCAAGAGTTGCACTAAAGCAAACTAC
TCTTCCAATGGCACCTGCTCCCCCACAAGACTCGGTTCTTTCTGACACCTTGTTCAAAGC
CTTGAAAAAGCTTCGTAGTGATATTGTCAAGGAATCCTCAGATGCAGTAATGTCATACCA
TATATTTGGCAATCCGACGCTTCAACAGATAAGTAAACGACTTCCCAGAACCAAAGAGGA
ACTTCTTGATATCCATGGTCTTGGAAAAGCCAAGGTGAGCAAGTACGGGGATCGTTTACT
GGAAACTATAGAATCAACCATCAACAACCACTACGGAACCAATAAGAATGAGGGTACGGG
GTCAGGGAAGAGGAGAAGAGACGAGAACACTGATCCAATTGTAATAGACAATGATGATGA
TGATCCTGATTGGACTCCTAGCCAACAGTCGAAGAAGAAGGCTTACGCAGTTCACGGCCA
AATGTTTGGAGAAGCTACATGTTGATTTTAGAGACGATGGAATTAGTGTTATGACCTTGG
TACATATTGGTAAATGAAACTGTGTGAAAAGACTACGCAAATATTATTCTATATCGTTAT
AGTACTTAAGTTTACTTGTGTGT

QA 1 863 1 863
DS 



AS 1 2

CO CL5114Contig1 823 2 2 U
GGGACTCAGAAATTCAGAGCCAACAAAAAAAAAACGATCGAACATTCATAGCCAATTCTC
AGAGAAGATCATCTATAATCACCAGCTAAAACGTGACGTGAAGAAGACAAGAACATGAAG
CAAAAGATCCTGATAAGAGTGACTATGACCGATGATAAAACAAGAGCAAAAGCAATGAAA
ACTGCGGCTCAGTTTAAAGGAGTCTCTGCTGTGGAAATAAAGGGGGATCACAGGAACCAG
ATCGAGGTGACCGGTGTTGAAGTCAACATGATCTGTCTAACCAACACGCTGAGGAAGAAG
GTAGCCTTCGCTGAGCTTGTAAGCGTAAACAAAGTTGAACCACCCAAGAAACCAGAGGAC
GGCAAGAAGAAGGATGATGAGAAGAAAGCAGATGAGAAGAAAGCCGAGGAGAAAAAAGCT
GAGGAGAAAAAAACTGCGGAGAAAAAAGCTGCGGAGAAAAAGGCAGAGCCATGTTGTTGC
TGTAATCCATGTTATCCACAATGGCCTTATGGATATGGTGTGCCATCTTCCTTTCCCCAC
CCGTGTGATCCCTACGGGTATAATTTTAGAGGTTATACTGGGGAACCTTTCTACAACTAC
GGACCCAATTGGAGGTTCATGTGATGAGACTAAAACGGAAGAGATAAAAGCTTATCTATA
CTTGTGCGTTTTGATAGTCAAATTCTATACTTGTACATGCTCCTATGGAATGAAAAGCTA
AATCTTCTTATCCACGAAGTCGCATTACATAGTAACTATCATTTTTGTATTTGCAATTCA
ATATGGTTATATATTAGAGAACATATATGTTCTTCCTTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E860TF U 1
AF RR3E860JQ C 136
BS 1 597 RR3E860TF
BS 598 823 RR3E860JQ

RD RR3E860TF 597 0 0
GGGACTCAGAAATTCAGAGCCAACAAAAAAAAAACGATCGAACATTCATAGCCAATTCTC
AGAGAAGATCATCTATAATCACCAGCTAAAACGTGACGTGAAGAAGACAAGAACATGAAG
CAAAAGATCCTGATAAGAGTGACTATGACCGATGATAAAACAAGAGCAAAAGCAATGAAA
ACTGCGGCTCAGTTTAAAGGAGTCTCTGCTGTGGAAATAAAGGGGGATCACAGGAACCAG
ATCGAGGTGACCGGTGTTGAAGTCAACATGATCTGTCTAACCAACACGCTGAGGAAGAAG
GTAGCCTTCGCTGAGCTTGTAAGCGTAAACAAAGTTGAACCACCCAAGAAACCAGAGGAC
GGCAAGAAGAAGGATGATGAGAAGAAAGCAGATGAGAAGAAAGCCGAGGAGAAAAAAGCT
GAGGAGAAAAAAACTGCGGAGAAAAAAGCTGCGGAGAAAAAGGCAGAGCCATGTTGTTGC
TGTAATCCATGTTATCCACAATGGCCTTATGGATATGGTGTGCCATCTTCCTTTCCCCAC
CCGTGTGATCCCTACGGGTATAATTTTAGAGGTTATACTGGGGAACCTTTCTACAAC

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3E860JQ 688 0 0
AGAGTGACTATGACCGATGATAAAACAAGAGCAAAAGCAATGAAAACTGCGGCTCAGTTT
AAAGGAGTCTCTGCTGTGGAAATAAAGGGGGATCACAGGAACCAGATCGAGGTGACCGGT
GTTGAAGTCAACATGATCTGTCTAACCAACACGCTGAGGAAGAAGGTAGCCTTCGCTGAG
CTTGTAAGCGTAAACAAAGTTGAACCACCCAAGAAACCAGAGGACGGCAAGAAGAAGGAT
GATGAGAAGAAAGCAGATGAGAAGAAAGCCGAGGAGAAAAAAGCTGAGGAGAAAAAAACT
GCGGAGAAAAAAGCTGCGGAGAAAAAGGCAGAGCCATGTTGTTGCTGTAATCCATGTTAT
CCACAATGGCCTTATGGATATGGTGTGCCATCTTCCTTTCCCCACCCGTGTGATCCCTAC
GGGTATAATTTTAGAGGTTATACTGGGGAACCTTTCTACAACTACGGACCCAATTGGAGG
TTCATGTGATGAGACTAAAACGGAAGAGATAAAAGCTTATCTATACTTGTGCGTTTTGAT
AGTCAAATTCTATACTTGTACATGCTCCTATGGAATGAAAAGCTAAATCTTCTTATCCAC
GAAGTCGCATTACATAGTAACTATCATTTTTGTATTTGCAATTCAATATGGTTATATATT
AGAGAACATATATGTTCTTCCTTTTCTC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL5115Contig1 463 2 1 U
GGTCCACGGGCTGCAACCGGATGCTCTGATGATGGTGTTGCCTGCACTGGCTCTTCCTTC
TCGGGTGGCAGGTGCTGCGTTTCTGATCATGTTCTTGCTTGGGACGGTGATTGCGATGGG
GAGCTACACGGTGTTTATAGGGTCGTGTAGCGAGGCGTTGAAGGAGAAGGTTCCTAGGAT
CACTGAGAAACTAACGTGGGCGTCTTCTCTTGTGGCCATTGGACTGGGATTGGCAATTAT
TGTCAGCCAGTTCTTTGGATTCAGCCTGTACTGAGACGTTTTAGAAGATTTGATTTTTTT
TGCATGTACCCAACAAAATTTGTATCTTGCTTCAGAATCCCTTTTCCCGCTGTTTGGATT
TGGCTGTCCCTAGTTCTGTGAGCATTCTATATTTCTATTTTTCTAAGCATTACCGAACAA
TGTCAACCGTGAATGTTTTAGATAATATAATGTAGGTGTTGCC


BQ
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AF RR3A159JQ C 1
AF RR3A159TF U 1
BS 1 463 RR3A159TF

RD RR3A159JQ 463 0 0
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TCGGGTGGCAGGTGCTGCGTTTCTGATCATGTTCTTGCTTGGGACGGTGATTGCGATGGG
GAGCTACACGGTGTTTATAGGGTCGTGTAGCGAGGCGTTGAAGGAGAAGGTTCCTAGGAT
CACTGAGAAACTAACGTGGGCGTCTTCTCTTGTGGCCATTGGACTGGGATTGGCAATTAT
TGTCAGCCAGTTCTTTGGATTCAGCCTGTACTGAGACGTTTTAGAAGATTTGATTTTTTT
TGCATGTACCCAACAAAATTTGTATCTTGCTTCAGAATCCCTTTTCCCGCTGTTTGGATT
TGGCTGTCCCTAGTTCTGTGAGCATTCTATATTTCTATTTTTCTAAGCATTACCGAACAA
TGTCAACCGTGAATGTTTTAGATAATATAATGTAGGTGTTGCC

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR3A159TF 463 0 0
GGTCCACGGGCTGCAACCGGATGCTCTGATGATGGTGTTGCCTGCACTGGCTCTTCCTTC
TCGGGTGGCAGGTGCTGCGTTTCTGATCATGTTCTTGCTTGGGACGGTGATTGCGATGGG
GAGCTACACGGTGTTTATAGGGTCGTGTAGCGAGGCGTTGAAGGAGAAGGTTCCTAGGAT
CACTGAGAAACTAACGTGGGCGTCTTCTCTTGTGGCCATTGGACTGGGATTGGCAATTAT
TGTCAGCCAGTTCTTTGGATTCAGCCTGTACTGAGACGTTTTAGAAGATTTGATTTTTTT
TGCATGTACCCAACAAAATTTGTATCTTGCTTCAGAATCCCTTTTCCCGCTGTTTGGATT
TGGCTGTCCCTAGTTCTGTGAGCATTCTATATTTCTATTTTTCTAAGCATTACCGAACAA
TGTCAACCGTGAATGTTTTAGATAATATAATGTAGGTGTTGCC

QA 1 463 1 463
DS 



AS 1 2

CO CL5116Contig1 472 2 1 U
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CGCGTGTAAAAGGCTTCAGAAAGAGCTTGTGGAGTGGCAGATGAATCCACCTACGGGGTT
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AACTGTGTATGCGAACGAGACCTATCAGCTTCAAGTTGATTTTCCCGAGCACTATCCTAT
GGAGTCGCCGCAAGTGATTTTTCTTCCTCCGGCTCCTTTGCATCATCACATTTACAGCAA
TGGGCATATTTGCTTAGGTACGTGAGATTGTCCTCTGTTTCCTGTAACATGATGAGACAT
CTGAACACGCTTTTCTGGTAAAATATGGCTAATTATCTGATGCTTTTGATACGTGACTGT
AAATACAGACCAAAACAATGTAAGAAGGTGCAATGAATTTGCATTCCAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FK26TF U 1
AF RR3FK26JQ C 10
BS 1 472 RR3FK26TF

RD RR3FK26TF 472 0 0
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CGCGTGTAAAAGGCTTCAGAAAGAGCTTGTGGAGTGGCAGATGAATCCACCTACGGGGTT
CAAACACAAGGTCACTGACAATCTCCAAAGATGGATAATCGAAGTTATTGGAGCTCCAGG
AACTGTGTATGCGAACGAGACCTATCAGCTTCAAGTTGATTTTCCCGAGCACTATCCTAT
GGAGTCGCCGCAAGTGATTTTTCTTCCTCCGGCTCCTTTGCATCATCACATTTACAGCAA
TGGGCATATTTGCTTAGGTACGTGAGATTGTCCTCTGTTTCCTGTAACATGATGAGACAT
CTGAACACGCTTTTCTGGTAAAATATGGCTAATTATCTGATGCTTTTGATACGTGACTGT
AAATACAGACCAAAACAATGTAAGAAGGTGCAATGAATTTGCATTCCAAAGC

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3FK26JQ 463 0 0
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AAGGCTTCAGAAAGAGCTTGTGGAGTGGCAGATGAATCCACCTACGGGGTTCAAACACAA
GGTCACTGACAATCTCCAAAGATGGATAATCGAAGTTATTGGAGCTCCAGGAACTGTGTA
TGCGAACGAGACCTATCAGCTTCAAGTTGATTTTCCCGAGCACTATCCTATGGAGTCGCC
GCAAGTGATTTTTCTTCCTCCGGCTCCTTTGCATCATCACATTTACAGCAATGGGCATAT
TTGCTTAGGTACGTGAGATTGTCCTCTGTTTCCTGTAACATGATGAGACATCTGAACACG
CTTTTCTGGTAAAATATGGCTAATTATCTGATGCTTTTGATACGTGACTGTAAATACAGA
CCAAAACAATGTAAGAAGGTGCAATGAATTTGCATTCCAAAGC

QA 1 463 1 463
DS 



AS 1 2

CO CL5117Contig1 851 2 2 U
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CCGGGTCGTTCGAGAACAGAGCGGTGCAGAGATCGGTGAAAATAGCAGTGCTTAGACCCA
CGTACCCTTTCAAGACCCGGAGACCGGACCACGGTTTCGCCGGAAGTTTCTTATGCAAGT
AACGAGAACCGCCGTGTTCATCCACGTCGTGCTGTTTCCTCCCATACAGAGGAATATACA
CATCTGAACATTGCAAACACAAACAAAACCTCATAAATCAAGAATCGCGCTAGTATAAGA
TTTAAAAAAAAAAAAAGATTTTATTGAATTCAAGAATATTATTAGTTCAAAGTTTAAGGA
AAAAAAAAGAAAAAGAATATTATTAGTACCTGCCAGTAAGGGAGAGGGGTGATGGTGCGG
CTAACGACGAGCCATTGTATACCATAGCCAAGAAGACCTTCTAAAGAACCGATAAGGAGG
ATGACTGGAGTGGAGAGGCGGTCCGAGGCGAGGCCAGCGAGGATTCCAAAGGCTTTTCCG
ACGTCTTTAGCGACGGAGAGGTTGTTGAGTTGAAGCTGGTTGAGATTCATGAGTGACTTG
AGAGCGCCAGAGTAGTTGGAGAAAGTGTAGTTGTTGCCGGAGATGGACTGAACCCAAACT
GCTGTTACAAATCCAAGCCATTTGAGTGCAGAAGAAGAAGAGGAAGATCTCAGAATACCC
ATGATAGAAGAGAAGTTCAAGAAAGAAGAGTGTGTGTTGGTTGTGTAGGTTAAAATTAAG
GGAGGTTTCATATAAGGGAAAGGGGAAAGGTTTTGGTTCGTGTGAGTGTGTTTATTTTAA
TTATACGAGCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CC10TF U 1
AF RR3CC10JQ C 223
BS 1 685 RR3CC10TF
BS 686 851 RR3CC10JQ

RD RR3CC10TF 685 0 0
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CCGGGTCGTTCGAGAACAGAGCGGTGCAGAGATCGGTGAAAATAGCAGTGCTTAGACCCA
CGTACCCTTTCAAGACCCGGAGACCGGACCACGGTTTCGCCGGAAGTTTCTTATGCAAGT
AACGAGAACCGCCGTGTTCATCCACGTCGTGCTGTTTCCTCCCATACAGAGGAATATACA
CATCTGAACATTGCAAACACAAACAAAACCTCATAAATCAAGAATCGCGCTAGTATAAGA
TTTAAAAAAAAAAAAAGATTTTATTGAATTCAAGAATATTATTAGTTCAAAGTTTAAGGA
AAAAAAAAGAAAAAGAATATTATTAGTACCTGCCAGTAAGGGAGAGGGGTGATGGTGCGG
CTAACGACGAGCCATTGTATACCATAGCCAAGAAGACCTTCTAAAGAACCGATAAGGAGG
ATGACTGGAGTGGAGAGGCGGTCCGAGGCGAGGCCAGCGAGGATTCCAAAGGCTTTTCCG
ACGTCTTTAGCGACGGAGAGGTTGTTGAGTTGAAGCTGGTTGAGATTCATGAGTGACTTG
AGAGCGCCAGAGTAGTTGGAGAAAGTGTAGTTGTTGCCGGAGATGGACTGAACCCAAACT
GCTGTTACAAATCCAAGCCATTTGA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3CC10JQ 629 0 0
CATACAGAGGAATATACACATCTGAACATTGCAAACACAAACAAAACCTCATAAATCAAG
AATCGCGCTAGTATAAGATTTAAAAAAAAAAAAAGATTTTATTGAATTCAAGAATATTAT
TAGTTCAAAGTTTAAGGAAAAAAAAAGAAAAAGAATATTATTAGTACCTGCCAGTAAGGG
AGAGGGGTGATGGTGCGGCTAACGACGAGCCATTGTATACCATAGCCAAGAAGACCTTCT
AAAGAACCGATAAGGAGGATGACTGGAGTGGAGAGGCGGTCCGAGGCGAGGCCAGCGAGG
ATTCCAAAGGCTTTTCCGACGTCTTTAGCGACGGAGAGGTTGTTGAGTTGAAGCTGGTTG
AGATTCATGAGTGACTTGAGAGCGCCAGAGTAGTTGGAGAAAGTGTAGTTGTTGCCGGAG
ATGGACTGAACCCAAACTGCTGTTACAAATCCAAGCCATTTGAGTGCAGAAGAAGAAGAG
GAAGATCTCAGAATACCCATGATAGAAGAGAAGTTCAAGAAAGAAGAGTGTGTGTTGGTT
GTGTAGGTTAAAATTAAGGGAGGTTTCATATAAGGGAAAGGGGAAAGGTTTTGGTTCGTG
TGAGTGTGTTTATTTTAATTATACGAGCG

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 2

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CTGGAAGGAAAAGAGATAAGAGAGAAGAGAGTGAGAGATGCAGATGAGTAGTAAGGTCAC
GATGTGTGTAGTGTTATGTCTTCTGGGTTTAATAACAGCTCTTACTGGCTTTGCTGCTGA
AGCTACCAAAATCGAGATAAATGAGGTCACCGTTACCACCTCTGGTTCATTCACACGATG
CTCTTATCGAAGAAGCTTTGCTTACACTCTCGGCCTCAATTCAGCTGTCTTTCTAATTAT
GGCTCAGATCATCGCGAGCGTTGGAAGCGGTTGTTTCTGTTGTAGAAAAGGTCCTTCTCC
TTCAAGATCCAAGTGGATCATCTCCTTAGTCTGCTTCATCGTTTCTTGGTTCACTTTTGC
TATAGCTCTCCTCCTGCTGCTATCTGGAGCTGTACTCAACAATAACCACACCGTGGAGAC
AACGTCTCCCGATCCCTACTCCTGCTACATTGTTAGGACGGGTGTTTTCTCTACCGCTTC
TGTGCTCTATTGTTACTATTGCGCTTGGGATTGTCTACTATCTATGTTTGAATTCGAGTA
ACCAAAACGTTGGTGGCACAAGGACGGTGGCTAACTATGGAGGAGGGATAGCAATGGGAC
AGCCTCAGATTCCAGAGAGAGTAGGAGATCCTGTCTTTGTAAATGAAGATACTTACATGA
GAAGACAGCTCACTTAAAAAATACAGAATAGGGCTTGCTTGGTAAACAAGTTAGGTTTAG
GAAGATATATTTAGATAAAAAGAAGGCTTTGTCTGATTTTTACCTACATTTTTGTATCTT
TCTGATTTTTTTTCTTGTATGTGAGGGTATAAGATCATCTCCAACTTATCTATATATTTT
TCTTTGTAATATA


BQ
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AF RR3DL58TF U 1
AF RR3DL58JQ C 224
BS 1 618 RR3DL58TF
BS 619 913 RR3DL58JQ

RD RR3DL58TF 618 0 0
GGGGGGTTTGTCAACGACTTTATCCTTTCATAACGAACATTCCTTACAATACTATTATTA
CTGGAAGGAAAAGAGATAAGAGAGAAGAGAGTGAGAGATGCAGATGAGTAGTAAGGTCAC
GATGTGTGTAGTGTTATGTCTTCTGGGTTTAATAACAGCTCTTACTGGCTTTGCTGCTGA
AGCTACCAAAATCGAGATAAATGAGGTCACCGTTACCACCTCTGGTTCATTCACACGATG
CTCTTATCGAAGAAGCTTTGCTTACACTCTCGGCCTCAATTCAGCTGTCTTTCTAATTAT
GGCTCAGATCATCGCGAGCGTTGGAAGCGGTTGTTTCTGTTGTAGAAAAGGTCCTTCTCC
TTCAAGATCCAAGTGGATCATCTCCTTAGTCTGCTTCATCGTTTCTTGGTTCACTTTTGC
TATAGCTCTCCTCCTGCTGCTATCTGGAGCTGTACTCAACAATAACCACACCGTGGAGAC
AACGTCTCCCGATCCCTACTCCTGCTACATTGTTAGGACGGGTGTTTTCTCTACCGCTTC
TGTGCTCTATTGTTACTATTGCGCTTGGGATTGTCTACTATCTATGTTTGAATTCGAGTA
ACCAAAACGTTGGTGGCA

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3DL58JQ 690 0 0
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GCTGTCTTTCTAATTATGGCTCAGATCATCGCGAGCGTTGGAAGCGGTTGTTTCTGTTGT
AGAAAAGGTCCTTCTCCTTCAAGATCCAAGTGGATCATCTCCTTAGTCTGCTTCATCGTT
TCTTGGTTCACTTTTGCTATAGCTCTCCTCCTGCTGCTATCTGGAGCTGTACTCAACAAT
AACCACACCGTGGAGACAACGTCTCCCGATCCCTACTCCTGCTACATTGTTAGGACGGGT
GTTTTCTCTACCGCTTCTGTGCTCTATTGTTACTATTGCGCTTGGGATTGTCTACTATCT
ATGTTTGAATTCGAGTAACCAAAACGTTGGTGGCACAAGGACGGTGGCTAACTATGGAGG
AGGGATAGCAATGGGACAGCCTCAGATTCCAGAGAGAGTAGGAGATCCTGTCTTTGTAAA
TGAAGATACTTACATGAGAAGACAGCTCACTTAAAAAATACAGAATAGGGCTTGCTTGGT
AAACAAGTTAGGTTTAGGAAGATATATTTAGATAAAAAGAAGGCTTTGTCTGATTTTTAC
CTACATTTTTGTATCTTTCTGATTTTTTTTCTTGTATGTGAGGGTATAAGATCATCTCCA
ACTTATCTATATATTTTTCTTTGTAATATA

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL5119Contig1 703 2 3 U
TTCTGGTCGAAAACACCAGTCGACGACAAGGAGACAAAAGATGAAACGTTGAGGTCGAAG
ATCGAGGCGTTTTGGATGATGGCTACTCCAAACAACAAAGACGGAGTGGATGATCCGTTG
ATCAACGTGGTTCAGTCAGAGTCGGTGGATATCTCCGGGTTGGGATGCGGGAAAGTGTTG
GTGATGGTGGCTGAGAAAGACGCGTTGGCGAGGCAAGGCTGGGGGTACGCGGCGAAGCTT
GAGAAGAGTGGGTGGAAAGGGAAAGTGGAGTTGGTGGAGAGTGAAGGAGAAGACCATGTT
TTTCATTTGATGAGACCTGATTGTGAGAAAGCTCTTGAGGCCATGAAGATATTCGCGGGC
TTTCTTAAGGGAGAGATGCAGTAGCTGTGCTGCATGTGTGGTCCGTCCGGTGAGATGAAG
ATATAGTTTGGTCTCTCTCAGTCTCGGTAATGTTTTTTATTGATTTTATCTTATTAGCAT
GAATAACACGAGAGATTAATAATACCATAAGCACATGACAAGAGCACCAAGTGAGATTAC
CATTGTATTGTTTTAAACATAGCTTATGTTTTTCTGGGTTATATGACTATTTGTGCTATG
CTACAAACTTACAGTCATTTTTTTTTTGACGGCAACAAACTTACAGTCATATTGAGAGGA
ACCTGTGAGTTTGTATATATCTTAACACAAGGTCTATTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AY47TF U 124
AF RR3BY16JQ C 1
BS 1 123 RR3BY16JQ
BS 124 585 RR3AY47TF
BS 586 703 RR3BY16JQ

RD RR3AY47TF 462 0 0
AACGTGGTTCAGTCAGAGTCGGTGGATATCTCCGGGTTGGGATGCGGGAAAGTGTTGGTG
ATGGTGGCTGAGAAAGACGCGTTGGCGAGGCAAGGCTGGGGGTACGCGGCGAAGCTTGAG
AAGAGTGGGTGGAAAGGGAAAGTGGAGTTGGTGGAGAGTGAAGGAGAAGACCATGTTTTT
CATTTGATGAGACCTGATTGTGAGAAAGCTCTTGAGGCCATGAAGATATTCGCGGGCTTT
CTTAAGGGAGAGATGCAGTAGCTGTGCTGCATGTGTGGTCCGTCCGGTGAGATGAAGATA
TAGTTTGGTCTCTCTCAGTCTCGGTAATGTTTTTTATTGATTTTATCTTATTAGCATGAA
TAACACGAGAGATTAATAATACCATAAGCACATGACAAGAGCACCAAGTGAGATTACCAT
TGTATTGTTTTAAACATAGCTTATGTTTTTCTGGGTTATATG

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR3BY16JQ 703 0 0
TTCTGGTCGAAAACACCAGTCGACGACAAGGAGACAAAAGATGAAACGTTGAGGTCGAAG
ATCGAGGCGTTTTGGATGATGGCTACTCCAAACAACAAAGACGGAGTGGATGATCCGTTG
ATCAACGTGGTTCAGTCAGAGTCGGTGGATATCTCCGGGTTGGGATGCGGGAAAGTGTTG
GTGATGGTGGCTGAGAAAGACGCGTTGGCGAGGCAAGGCTGGGGGTACGCGGCGAAGCTT
GAGAAGAGTGGGTGGAAAGGGAAAGTGGAGTTGGTGGAGAGTGAAGGAGAAGACCATGTT
TTTCATTTGATGAGACCTGATTGTGAGAAAGCTCTTGAGGCCATGAAGATATTCGCGGGC
TTTCTTAAGGGAGAGATGCAGTAGCTGTGCTGCATGTGTGGTCCGTCCGGTGAGATGAAG
ATATAGTTTGGTCTCTCTCAGTCTCGGTAATGTTTTTTATTGATTTTATCTTATTAGCAT
GAATAACACGAGAGATTAATAATACCATAAGCACATGACAAGAGCACCAAGTGAGATTAC
CATTGTATTGTTTTAAACATAGCTTATGTTTTTCTGGGTTATATGACTATTTGTGCTATG
CTACAAACTTACAGTCATTTTTTTTTTGACGGCAACAAACTTACAGTCATATTGAGAGGA
ACCTGTGAGTTTGTATATATCTTAACACAAGGTCTATTGTTCC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL5120Contig1 795 2 11 U
ATGTACACATGACCAAACCTTAGAAACCATCAAAAATGGAAACATATAGTGACTATTACA
GTAGAGTTTAGCTTGGAATCCAGGTAGGTAATAGTAACCCGGCAAAGTAAACACTACACC
CACATCTTACACTATATCTTCTCTACTACTACAAACCGTGGAACATGAAAAAAATCCCAT
CTCTTTAACAAATGGTTAAAAAGCTCTCAGATCACACGGAGCTCTGTAAGAAAGGCGGCG
CATAGATCCAAGAAGAGAAACTGGGGACCGTTAACTCTCTGTATATCCAGCAAGTACTTC
TCTTCCCGAGCTTTGTATAGCTGAAGTTCAAATTTGATGACGGTGGGTGAGGTCATGGCA
CAGTCATCCTCGATGATGCTGGATTCATCTCCGAAGTGAAGCTGATTGTTGTCCATACTA
TTCTGACCATCAGCAAAACCAGGAACCCATCGGCACTTCATGTTGTAGTGACCAATCTTC
TTCCAACACACATTGAGTTCTCGAAGAGCTTTTAATACTTCGTTCATGATTTCAAGAGGA
TGCGCATGGGACTGAAGTCCAAGAGCCCATTTTCGGTCACTTGGGACTTGTGATCTTCCT
CCCAACCCGTACTGATCCATATGTGCTGGAACCCAGTGGCCTACAGGTGAACCAGCCGCT
TCAGTTGCGCGCATAGGATTGTGACCACTGTCTGTTGTCTCCTGAAACTCGGATTCAAGA
TAGCCACTTGGAACGCGGAACCGGTTGTCCAATAACAGGTAGTATGTAACAGTAGCATCG
TTTTGTACTCTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW19JQ U 34
AF RR3A571JQ U 1
BS 1 115 RR3A571JQ
BS 116 116 RR3CW19JQ
BS 117 121 RR3A571JQ
BS 122 122 RR3CW19JQ
BS 123 177 RR3A571JQ
BS 178 178 RR3CW19JQ
BS 179 299 RR3A571JQ
BS 300 300 RR3CW19JQ
BS 301 399 RR3A571JQ
BS 400 400 RR3CW19JQ
BS 401 795 RR3A571JQ

RD RR3CW19JQ 511 0 0
TGGAAACATATA
ATAGTGACTATTACAGTAGAGTTTAGCTTGGAATCCAGGTAGGTAATAGTAACCCGGCAA
AGTAAACACTACACCCACATCTTACACTATATCTTCTCTACTACTACAAACCGTGGAACA
TGAAAAAAATCCCATCTCTTTAACAAATGGTTAAAAAGCTCTCAGATCACACGGAGCTCT
GTAAGAAAGGCGGCGCATAGATCTAAGAAGAGAAACTGGGGACCGTTAACTCTCTGTATA
TCCAGCAAGTACTTCTCTTCCCGAGCTTTGTATAGCTGAAGTTCAAATTTGATGACGGTG
GGTGAGGTCATGGCACAGTCATCCTCGATGATGCTGGATTCATCTCCGAAGTGCAGCTGA
TTGTTGTCCATACTATTCTGACCATCAGCAAAACCAGGAACCCATCGGCACTTCATGTTG
TAGTGACCAATCTTCTTCCAACACACATTGAGTTCTTGAAGAGCTTTTAATACTTCGTTC
ATGATTTCACGAGGATGCG

QA 13 511 13 511
DS 

RD RR3A571JQ 795 0 0
ATGTACACATGACCAAACCTTAGAAACCATCAAAAATGGAAACATATAGTGACTATTACA
GTAGAGTTTAGCTTGGAATCCAGGTAGGTAATAGTAACCCGGCAAAGTAAACACTGCACC
C*CATCTTACACTATATCTTCTCTACTACTACAAACCGTGGAACATGAAAAAAATCC*AT
CTCTTTAACAAATGGTTAAAAAGCTCTCAGATCACACGGAGCTCTGTAAGAAAGGCGGCG
CATAGATCCAAGAAGAGAAACTGGGGACCGTTAACTCTCTGTATATCCAGCAAGTACTTT
TCTTCCCGAGCTTTGTATAGCTGAAGTTCAAATTTGATGACGGTGGGTGAGGTCATGGCA
CAGTCATCCTCGATGATGCTGGATTCATCTCCGAAGTGAGGCTGATTGTTGTCCATACTA
TTCTGACCATCAGCAAAACCAGGAACCCATCGGCACTTCATGTTGTAGTGACCAATCTTC
TTCCAACACACATTGAGTTCTCGAAGAGCTTTTAATACTTCGTTCATGATTTCAAGAGGA
TGCGCATGGGACTGAAGTCCAAGAGCCCATTTTCGGTCACTTGGGACTTGTGATCTTCCT
CCCAACCCGTACTGATCCATATGTGCTGGAACCCAGTGGCCTACAGGTGAACCAGCCGCT
TCAGTTGCGCGCATAGGATTGTGACCACTGTCTGTTGTCTCCTGAAACTCGGATTCAAGA
TAGCCACTTGGAACGCGGAACCGGTTGTCCAATAACAGGTAGTATGTAACAGTAGCATCG
TTTTGTACTCTGTTG

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL5121Contig1 931 2 4 U
GGGAAGCTACACACGAAAACTATAATACAGTTGCGAAGCTGCCCAGTGGCCAGTGCCATG
GCCTTTCAGATTATAGCTTCTTCTTCTTCTTCACTAACGATTGCACAATCTCACCTTCTC
TGTTTCCCTCCTCTGCGATCTTCCTATAAAGCTTCGAGCTTTAACCTCTCCTCATGGGTT
TCTCTCCCGGGCTCGTCTCGTTTCTCTCCCTACATTGGTTTAAAGCATATGGGCATCTCC
ATCTCCCCGAAATCTTCGAACCCAGAGAAGAAGAGAAGATCTAAAAATGGTTTGGTGATT
CGTGCGTCTTTGTTTGGCGTTGGAGCACCTGAGGCTTTGGTTATTGGTGTTGTTGCTTTG
TTAGTCTTTGGTCCTAAAGGCCTTTCAGAGGTAGCTAGAACTCTTGGGACAACACTGCGT
ACATTTCAGCCCACTATTAGAGAGCTACAGGATGTTTCAAGAGATTTCAAAAGCACCCTT
GAGCGTGAAATTGGCCTTGATGAAATCTCAACACCAGATGTCTACAACCAGAGCAGAATG
AACAGTGCTCGCCCTCCTCCAACATCTGTTAGTAACATTGAAGATTCTGTTGCTGCAAGT
GAGCCCAATGATGTTCGATCACCAAAAGCTTACACAACTGAGGATTACCTCAATATCACT
GAAGAGCAGCTCAAAGCTTCGTCTCCTGGTAAAAGCCAAACAGAGGATCAAACTCGGACT
CAAGAACCGCTGCAACCACCAGAGCCTGAAGTTACATTGAGAGAGACCATGTCTGCATCT
CCTTCAAGGCAAGATTGAAAGGCACCAAAAATTTGACTCATGTGTATTTATGTTCTATTC
GTTTCCTAGTTAATGTTTATAAATGGGGTTTGTTAGTTAATTATCGTCCTATCTTGAATG
ATTGACTAAAGATGGTTAATAGGAAAAAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BP22TF U 1
AF RR3BP22JQ C 219
BS 1 642 RR3BP22TF
BS 643 643 RR3BP22JQ
BS 644 685 RR3BP22TF
BS 686 931 RR3BP22JQ

RD RR3BP22TF 685 0 0
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TGTTTCCCTCCTCTGCGATCTTCCTATAAAGCTTCGAGCTTTAACCTCTCCTCATGGGTT
TCTCTCCCGGGCTCGTCTCGTTTCTCTCCCTACATTGGTTTAAAGCATATGGGCATCTCC
ATCTCCCCGAAATCTTCGAACCCAGAGAAGAAGAGAAGATCTAAAAATGGTTTGGTGATT
CGTGCGTCTTTGTTTGGCGTTGGAGCACCTGAGGCTTTGGTTATTGGTGTTGTTGCTTTG
TTAGTCTTTGGTCCTAAAGGCCTTTCAGAGGTAGCTAGAACTCTTGGGACAACACTGCGT
ACATTTCAGCCCACTATTAGAGAGCTACAGGATGTTTCAAGAGATTTCAAAAGCACCCTT
GAGCGTGAAATTGGCCTTGATGAAATCTCAACACCAGATGTCTACAACCAGAGCAGAATG
AACAGTGCTCGCCCTCCTCCAACATCTGTTAGTAACATTGAAGATTCTGTTGCTGCAAGT
GAGCCCAATGATGTTCGATCACCAAAAGCTTACACAACTGAG*ATTACCTCAATATCACT
GAAGAGCAGCTCAAAGCTTCGTCTC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3BP22JQ 713 0 0
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ATCTAAAAATGGTTTGGTGATTCGTGCGTCTTTGTTTGGCGTTGGAGCACCTGAGGCTTT
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AACTCTTGGGACAACACTGCGTACATTTCAGCCCACTATTAGAGAGCTACAGGATGTTTC
AAGAGATTTCAAAAGCACCCTTGAGCGTGAAATTGGCCTTGATGAAATCTCAACACCAGA
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TGAAGATTCTGTTGCTGCAAGTGAGCCCAATGATGTTCGATCACCAAAAGCTTACACAAC
TGAGGATTACCTCAATATCACTGAAGAGCAGCTCAAAGCTTCGTCTCCTGGTAAAAGCCA
AACAGAGGATCAAACTCGGACTCAAGAACCGCTGCAACCACCAGAGCCTGAAGTTACATT
GAGAGAGACCATGTCTGCATCTCCTTCAAGGCAAGATTGAAAGGCACCAAAAATTTGACT
CATGTGTATTTATGTTCTATTCGTTTCCTAGTTAATGTTTATAAATGGGGTTTGTTAGTT
AATTATCGTCCTATCTTGAATGATTGACTAAAGATGGTTAATAGGAAAAAAAG

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL5122Contig1 751 2 1 U
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GGCCGTTAAAGAGACAGGACAGAGATTCAGAAACACCATACTTGCTTTGGGAGGAGGAAA
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CTCGTCTCTATTCTAAACATTTTTCTTGAAT


BQ
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AF RR3BJ27JQ C 1
AF RR3BJ27TF U 1
BS 1 751 RR3BJ27TF

RD RR3BJ27JQ 751 0 0
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TTCTCTCTCCTCAAATCCTCTGTTGAAAAACTTCGAGTTCCCTCCGTTCGACGTCGTCGA
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CATTGCTAAGCATTATCAAACAGGGGAATCTCTTCCCGAGAATGTGTACAAGAAGCTCCT
GGCTGCAAGAACATTCCGTGCAGGATCCCTTAGTCTTCGTCAGCTGAAGTTTGCTACAGT
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TAGCTTCAGCCATATATTTGCAGGCGGTTATGCAGCTGGATATTACAGTTACAAGTGGGC
GGAGGTTTTGTCTGCCGATGCGTTTTCTGCTTTTGAAGATGCTGGATTAGATGACATCAA
GGCCGTTAAAGAGACAGGACAGAGATTCAGAAACACCATACTTGCTTTGGGAGGAGGAAA
AGCGCCTCTAAAAGTGTTTGTGGAGTTCAGAGGACGATAACCTTCCCCAGAGCCTCTTCT
CAGGCACAACGGACTCTTGGTTGCTTCTGCTAGAGACATTTGTGTTCCCCTTAAACTGAT
CTCGTCTCTATTCTAAACATTTTTCTTGAAT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3BJ27TF 751 0 0
GGGGCACTGCCTCCAACTCTCATTCTCTCTCTCTATCGTTCACCTCATGGCTTCCGAAGA
TTCTCTCTCCTCAAATCCTCTGTTGAAAAACTTCGAGTTCCCTCCGTTCGACGTCGTCGA
CGCTCAACATGTCAGACCCGGGATCCGTGCTCTGTTGCACAGCTCGAATCTGAATTGGAG
CATTGCTAAGCATTATCAAACAGGGGAATCTCTTCCCGAGAATGTGTACAAGAAGCTCCT
GGCTGCAAGAACATTCCGTGCAGGATCCCTTAGTCTTCGTCAGCTGAAGTTTGCTACAGT
TGATCTGGAGCTGCACACGAAATATGTGCCAAGTGGGACAGAGTCTATTTACGATGTTGA
TCAAAGGGTATCCATGAAGACACAAGTCATCCCTCCCCTTCCTGAGGATAGATTCCTCTG
TAGCTTCAGCCATATATTTGCAGGCGGTTATGCAGCTGGATATTACAGTTACAAGTGGGC
GGAGGTTTTGTCTGCCGATGCGTTTTCTGCTTTTGAAGATGCTGGATTAGATGACATCAA
GGCCGTTAAAGAGACAGGACAGAGATTCAGAAACACCATACTTGCTTTGGGAGGAGGAAA
AGCGCCTCTAAAAGTGTTTGTGGAGTTCAGAGGACGATAACCTTCCCCAGAGCCTCTTCT
CAGGCACAACGGACTCTTGGTTGCTTCTGCTAGAGACATTTGTGTTCCCCTTAAACTGAT
CTCGTCTCTATTCTAAACATTTTTCTTGAAT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL5123Contig1 934 2 6 U
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ACAAAACAATCCTGGGCATCCACTAGCCACTGGTTTATTTCCTGCTGAGATACCAAGTTC
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AGATCAGGGCATTGATGTCGCTGGTCCCTCTACAGCTTCTAGGTCCGTTGGACTGGGGCG
GGTTCAGATGATGATGAGGCATCTTGCATCTGTTGGGGAGAGTTATGCTCAAACTGCACT
TGACGATGCTGCTTGGAGTCTATGGCCGATGAACCCTTCACAAGCTTCCACTTCTACTAC
AACCATGCCTCCAGGACCAGGTGGTGGTGGAAGGACAGGTGGTCTGCATCTAAGAAGTGT
ATCAAATGTGACAAATGAAAGCTTGGCAAGTATACTAGCTATGGCCGAGACAGTGAGGGA
AGTCATGCCACATGTGCCAGATGAAATTATCTTCCAGGACTTGCAGAGAACAAACTCTGT
TGCTGTTACAGTGAACAATCTTCTCCAGATGTGATGATAGTTTGTGTAAAAGAAAATACT
GAGCGCTTGCTGCATACTTCGATTTCAACCTTTAGGTATATAGATTAATGATTCATGACA
TATCCTTTTTTTTTGTTCAAGTTTAAACACCTCCCGCTGTAGATAGAAGGCGTTGTGCTT
CACTCTTTGCTATAGAGAAGAAGAGGCTCTCTAGTGCATGCATAGCTTCTGTTCATTGTC
TCTCTTGCGAAAAGTAAAAGTTCGGATATTTGCACTAGGTGCTCTGGAGATATCTTGTCA
CGGTCTCCAGTCTCAGAGGGAGAGTGACCACTCTATGCAGAGATACCTCTCTTGTATAAC
AATGTGTAATTTTCAATAAAAAAGAAGTTAAATT


BQ
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AF RR3DW69TF U 1
AF RR3DW69JQ C 232
BS 1 635 RR3DW69TF
BS 636 636 RR3DW69JQ
BS 637 673 RR3DW69TF
BS 674 674 RR3DW69JQ
BS 675 705 RR3DW69TF
BS 706 934 RR3DW69JQ

RD RR3DW69TF 705 0 0
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ACAAAACAATCCTGGGCATCCACTAGCCACTGGTTTATTTCCTGCTGAGATACCAAGTTC
GGTTGAAAGTGATCCTTCCAGGAATTTAGGATTGGATCCAAGCTGGCTGCAGACATGGTC
AGATCAGGGCATTGATGTCGCTGGTCCCTCTACAGCTTCTAGGTCCGTTGGACTGGGGCG
GGTTCAGATGATGATGAGGCATCTTGCATCTGTTGGGGAGAGTTATGCTCAAACTGCACT
TGACGATGCTGCTTGGAGTCTATGGCCGATGAACCCTTCACAAGCTTCCACTTCTACTAC
AACCATGCCTCCAGGACCAGGTGGTGGTGGAAGGACAGGTGGTCTGCATCTAAGAAGTGT
ATCAAATGTGACAAATGAAAGCTTGGCAAGTATACTAGCTATGGCCGAGACAGTGAGGGA
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TGCTGTTACAGTGAACAATCTTCTCCAGATGTGATGATAGTTTGTGTAAAAGAAAATACT
GAGCGCTTGCTGCATACTTCGATTTCAACCTTTAG*TATATAGATTAATGATTCATGACA
TATCCTTTTTTTT*GTTCAAGTTTAAACACCTCCCGCTGTAGATA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3DW69JQ 703 0 0
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AACTGCACTTGACGATGCTGCTTGGAGTCTATGGCCGATGAACCCTTCACAAGCTTCCAC
TTCTACTACAACCATGCCTCCAGGACCAGGTGGTGGTGGAAGGACAGGTGGTCTGCATTT
AAGAAGTGTATCAAATGTGACAAATGAAAGCTTGGCAAGTATACTAGCTATGGCCGAGAC
AGTGAGGGAAGTCATGCCACATGTGCCAGATGAAATTATCTTCCAGGACTTGCAGAGAAC
AAACTCTGTTGCTGTTACAGTGAACAATCTTCTCCAGATGTGATGATAGTTTGTGTAAAA
GAAAATACTGAGCGCTTGCTGCATACTTCGATTTCAACCTTTAGGTATATAGATTAATGA
TTCATGACATATCCTTTTTTTTTGTTCAAGTTTAAACACCTCCCGCTGTAGATAGAAGGC
GTTGTGCTTCACTCTTTGCTATAGAGAAGAAGAGGCTCTCTAGTGCATGCATAGCTTCTG
TTCATTGTCTCTCTTGCGAAAAGTAAAAGTTCGGATATTTGCACTAGGTGCTCTGGAGAT
ATCTTGTCACGGTCTCCAGTCTCAGAGGGAGAGTGACCACTCTATGCAGAGATACCTCTC
TTGTATAACAATGTGTAATTTTCAATAAAAAAGAAGTTAAATT

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL5124Contig1 722 2 2 U
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CTCGCTGCTAAATTTCACGGAAATGGCGACAGTACCAGGACAATTGATATGGGAGATCGT
TAAGACAAACAACTGTTTCTTGGTCAAACAGTTCGGGAGAGGCAACGCCAAGGTTCAGTT
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CAAGAAGACAGTGACCATCCAGCCAGCTGACAAGGAACAAGGTGTTGTCCTCGCCACCAC
CAAGACCAAGAAGCAGAACAAGCCTAAGATCTCTGTCAACAAGTCCATCCTCAAGAAGGA
ATTCCCAAGGATTTCCAAGGCTGTTGCTAACCAGGTGGTAGACAACTACTACAGGCCAGA
CTTGAAGAAATTCGCTCTTGCTAGACTCAGTGTCATCAGCGAAAGCATTAGGGTTGCCAA
ATCCGGTGCCAAGCGAAGAAACCGTCAAGCTTAAGCTTTTATTCAAGATGTGTGTTTGAA
GTAAAACAGATTTTGCTAAATAGGGTTTATGAAATTGTTTTTGTTGAAATTGAATCACAA
CACTATGGTTTTTTTTTTTTTTTTATTATTTTAAAATGTGTTTTCTTATGCTTATGTTTC
TTGTGGCTTGTGATATGAACTTTTGATTAAACCTCAAAGTTTCTTGTCTTAACGAATTAG
GC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3EW21TF U 1
AF RR3EW21JQ C 244
BS 1 707 RR3EW21TF
BS 708 722 RR3EW21JQ

RD RR3EW21TF 707 0 0
GGAGTTATAAACAAGCTCTATAACAAAGCTCCGGCGCCACCATTAAACGCCTCTCGATCT
CTCGCTGCTAAATTTCACGGAAATGGCGACAGTACCAGGACAATTGATATGGGAGATCGT
TAAGACAAACAACTGTTTCTTGGTCAAACAGTTCGGGAGAGGCAACGCCAAGGTTCAGTT
CAGCAAGGAGACAAACAATCTCTGCAACCTCAACTCCTACAAGCACTCTGGTCTTGCAAA
CAAGAAGACAGTGACCATCCAGCCAGCTGACAAGGAACAAGGTGTTGTCCTCGCCACCAC
CAAGACCAAGAAGCAGAACAAGCCTAAGATCTCTGTCAACAAGTCCATCCTCAAGAAGGA
ATTCCCAAGGATTTCCAAGGCTGTTGCTAACCAGGTGGTAGACAACTACTACAGGCCAGA
CTTGAAGAAATTCGCTCTTGCTAGACTCAGTGTCATCAGCGAAAGCATTAGGGTTGCCAA
ATCCGGTGCCAAGCGAAGAAACCGTCAAGCTTAAGCTTTTATTCAAGATGTGTGTTTGAA
GTAAAACAGATTTTGCTAAATAGGGTTTATGAAATTGTTTTTGTTGAAATTGAATCACAA
CACTATGGTTTTTTTTTTTTTTTTATTATTTTAAAATGTGTTTTCTTATGCTTATGTTTC
TTGTGGCTTGTGATATGAACTTTTGATTAAACCTCAAAGTTTCTTGT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3EW21JQ 479 0 0
GAAGACAGTGACCATCCAGCCAGCTGACAAGGAACAAGGTGTTGTCCTCGCCACCACCAA
GACCAAGAAGCAGAACAAGCCTAAGATTTCTGTCAACAAGTCCATCCTCAAGAAGGAATT
CCCAAGGATTTCCAAGGCTGTTGCTAACCAGGTGGTAGACAACTACTACAGGCCAGACTT
GAAGAAATTCGCTCTTGCTAGACTCAGTGTCATCAGCGAAAGCATTAGGGTTGCCAAATC
CGGTGCCAAGCGAAGAAACCGTCAAGCTTAAGCTTTTATTCAAGATGTGTGTTTGAAGTA
AAACAGATTTTGCTAAATAGGGTTTATGAAATTGTTTTTGTTGAAATTGAATCACAACAC
TATGGTTTTTTTTTTTTTTTTATTATTTTAAAATGTGTTTTCTTATGCTTATGTTTCTTG
TGGCTTGTGATATGAACTTTTGATTAAACCTCAAAGTTTCTTGTCTTAACGAATTAGGC

QA 1 479 1 479
DS 



AS 1 2

CO CL5125Contig1 785 2 7 U
GACTACAAACAATAAAGTTCTTAGAAGCCATCACAGATTAAGCATGAAGATATTCATACT
CTCCATCCTACTTCTAAGCATCACCACGTTAATCAATGGTGGAATAACAAGCAAATACGT
GCGACAAGCCCAACCAGCAAACGAGATGTCTCTCGAAACATTCCCTTCTCCACCCGGTCA
CAATGCTCCAGAACAGGTTCATCTAACGCAAGGAGATCGCGATGGCCGTGGCATGATCAT
CTCGTGGGTGACACCGTTAAACCTAGCTGGTTCTGACGTGGTTACTTACTGGATCGCCGA
TAATGGAAGTGACGTGAAGCGGAGAAAGAAGAAAGCCTCCACGTCGTCTTACAAATTTTA
TGACTATTCTTCTGGATTTCTTCATCACGCCACCATTAAAAATCTCGAGTACGATACTAA
ATACATCTATGAGGTTGGTACTGATAAATCAGTTAGACAATTCTCCTTCACAACTCCCCC
GAAGGTTGGACCTAATGTTCCATACACATTCGGGATTATTGGTGATCTTGGACAAACCTA
TGCTTCTAACGAAACCTTGTACCAATACATGTCGAACCCTAAAGGCCAAACCATTCTCTT
TCCCGGAGACTTGGCTTACCAAGACAACCATCCAAACCATGACCAGAGAAAATGGGATAC
TTATGGAAGATTCATGGAGCCTTGCGCTGCTTACCAGCCCATTATCTATGCCGCCCGGGA
ATCACGAGATTGATTTCGTTCCAACATAGTGAGCGTCACCCATTCAGCCTTATAATCACC
GCTAC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3GT39TF U 3
AF RR3GI37TF U 1
BS 1 423 RR3GI37TF
BS 424 424 RR3GT39TF
BS 425 493 RR3GI37TF
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GG
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GCTCCAGAACAGGTTCATCTAACGCAAGGAGATCGCGATGGCCGTGGCGTGATCATCTCG
TGGGTGACACCGTTAAACCTAGCTGGTTCTGACGTGGTTACTTACTGGATCGCCGATAAT
GGAAGTGACGTGAAGCGGAGAAAGAAGAAAGCCTCCACGTCGTCTTACAAATTTTATGAC
TATTCTTCTGGATTTCTTCATCACGCCACCATTAAAAATCTCGAGTACGATACTAAATAC
ATCTATGAGGTTGGTACTGATAAATCAGTTAGACAATTCTCCTTCACAACTCCCCCGAAG
GTTGGACCTAATGTTCCATACACATTCGGGATTATTGGTGATCTTGGACAAACCTATGCT
TCTAACGAAACCTTGTACCAATACATGTCGAACCCTAAAGGCCAAACCATTCTCTTTCCC
GGAGACTTGGCTTACCAAGACAACCATCCGAACCATGACCAGAGAAAATGGGATACTTAT
GGAAGATTCATGGAGCCTTGCGCTGCTTACCAGCCCATTATCTATGCCGCCCGGGAATCA
CGAGATTGATTTCGTTCCAACATAGTGAGCGTCACCCATTCAGCCTTATA
TCACGCTACAC

QA 3 772 3 772
DS 

RD RR3GI37TF 785 0 0
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CTCCATCCTACTTCTAAGCATCACCACGTTAATCAATGGTGGAATAACAAGCAAATACGT
GCGACAAGCCCAACCAGCAAACGAGATGTCTCTCGAAACATTCCCTTCTCCACCCGGTCA
CAATGCTCCAGAACAGGTTCATCTAACGCAAGGAGATCGCGATGGCCGTGGCATGATCAT
CTCGTGGGTGACACCGTTAAACCTAGCTGGTTCTGACGTGGTTACTTACTGGATCGCCGA
TAATGGAAGTGACGTGAAGCGGAGAAAGAAGAAAGCCTCCACGTCGTCTTACAAATTTTA
TGACTATTCTTCTGGATTTCTTCATCACGCCACCATTAAAAATCTCGAGTACGATACTAA
ATATATCTATGAGGTTGGTACTGATAAATCAGTTAGACAATTCTCCTTCACAACTCCCCC
GAAGGTTGGACCTGATGTTCCATACACATTCGGGATTATTGGTGATCTTGGACAAACCTA
TGCTTCTAACGAAACCTTGTACCAATACATGTCGAACCCTAAAGGCCAAACCATTCTCTT
TCCCGGAGACTTGGCTTACCAAGACAACCATCCAAACCATGACCAGAGAAAATGGGATAC
TTATGGAAGATTCATGGAGCCTTGCGCTGCTTACCAGCCCATTATCTATGCCGCC*GGGA
ATCACGAGATTGATTTCGTTCCAACATAGTGAGCGTCACCCATTCAGCCTTATAATCACC
GCTAC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

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TGAGAGGTTCCTTGATGCTATACAGCTTTATGGTCGTGCTTGGCGTCAAATCCAAGAACA
TATAGGTACGAAAACAGCTATTCAGATCAGAAGCCATGCTCAAAAGTTCTTCTCCAAGGT
GGCTCGTGAAGCTGACAGTGGTAGCGACGGCTCGATTATGATCCCTCCTCCTCGTCCAAA
GAGGAAACCGACGCATCCTTATCCTCGGAAATCTCCTTCTCCATGTTCTCAGTCTCCTTC
CTCAGCTATGGAGAAAGAAACAAAGTCTCCAACTTCTGTGCTATCAGCGTTTGTTACAGA
GGATGAGGTCAATCGATGCTCCTCTCCTAACTCATGTACCACTGACATCCAGTCCATTGA
TAAGAAGAATTACTACGCAGTATCCAATCAATCTTTTAAAGAGGATGGTGCTGTAACCGG
TTCAACACCCATCTCTAGCATTATGCTTTTTGGGAAGATTGTGCTAGTTGCAGGAGGATC
TAAAAACATCTTCTTCCAGAGAGGGCGGTGCTAATCATAAATCAATGACGGGTCAAGATT
CTAGTCATGTAGATACTGTTTTATCTCTAGGGGTATGGGAAACGTCCTGTACCGGTTCTA
ATGCATATGGCTCGGTCACCAAAGTTTCGGGGAACTTGGAGAAGACCGCAGAACCCTGTT
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CCTTGTCGTTGGTAGCTTCAGAAGAAGAGGGAAGCAGGAGAAGAGCACGTGTATGCTCGT
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GATGAGTCAAAGGTTCCGACATTGTTGGGAGACTTTGAGAACAACACTCGGTCGAACCAA
ACGCTAATCCATTTGGATATATGAATTTACTTGGTTGTAATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CK54TF U 1
AF RR3CK54JQ C 234
BS 1 691 RR3CK54TF
BS 692 692 RR3CK54JQ
BS 693 710 RR3CK54TF
BS 711 1003 RR3CK54JQ

RD RR3CK54TF 710 0 0
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TGAGAGGTTCCTTGATGCTATACAGCTTTATGGTCGTGCTTGGCGTCAAATCCAAGAACA
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GGCTCGTGAAGCTGACAGTGGTAGCGACGGCTCGATTATGATCCCTCCTCCTCGTCCAAA
GAGGAAACCGACGCATCCTTATCCTCGGAAATCTCCTTCTCCATGTTCTCAGTCTCCTTC
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TAAAAACATCTTCTTCCAGAGAGGGCGGTGCTAATCATAAATCAATGACGGGTCAAGATT
CTAGTCATGTAGATACTGTTTTATCTCTAGGGGTATGGGAAACGTCCTGTACCGGTTCTA
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DS 

RD RR3CK54JQ 770 0 0
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CCATTGATAAGAAGAATTACTACGCAGTATCCAATCAATCTTTTAAAGAGGATGGTGCTG
TAACCGGTTCAACACCCATCTCTAGCATTATGCTTTTTGGGAAGATTGTGCTAGTTGCAG
GAGGATCTAAAAACATTTTTTTCCAGAGAGGGCGGTGCTAATCATAAATCAATGACGGGT
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GGTTTTAATGCATATGGCTCGGTCACCAAAGTTTCGGGGAACTTGGAGAAGACCGCAGAA
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TAATGTCGATGAGTCAAAGGTTCCGACATTGTTGGGAGACTTTGAGAACAACACTCGGTC
GAACCAAACGCTAATCCATTTGGATATATGAATTTACTTGGTTGTAATGG

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL5127Contig1 907 2 2 U
GGAAGCGAAGAGCAAAAGGGATCTCTCCAATGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCAAGCGATC
CGTCGAGAACAACAGGGATGGAGAGGAAGAAGAAAGCAGCTCCGATCAAATTCTTGGTGC
CTCTCATATACGCGCCTGCTCTCCCTCTCATTCGCTTGACCTTGAGGCATCAGCCTGTTC
TCAGAGACCGTCTCTTCGGTCTTGTCCTCGCCGGTGCTTTCGCTCATGGCTTCTACCTCG
TGTATCCTCTTTTTTTTTATTATTATTGCCCCTCCATTTAATTACAACAGCTCTTAGCTT
CTTGTCTGAAGATTTGATTTGGTTGTCTGAAAATTGTATTTTAGGGTTTAAAGTTAGTTT
GCAGTAAAGAGTGGTTTTAGCTGTGGGAAATGTTCACAACTATAACCGAATGTAGGGATG
TTTTCTTGATGGTTTAGCTTAGTTGACATGGGTTCTTGATAGTGTTGCTTGAGACTAAGG
TGTTGGCAGAAATGGTTGGGTCTATGGCTGTTTTCTTGATGGGTTTAGCTTTAGTTGACA
TAGGCAGAAACATGAGTCCATTATGTTGGTTAGGCAGGAAGTAGCCCCATGGTGCGCAAT
TGCTAATGTTGATCATTCTCTTTCGAATCTTCTTTTCTTTTTGATTGTTCCTTAATGAGA
GATCACAGAACGGACATATATGATGCAGAGAGCAAATGAGAAGAAAAAAATTTGGAATTT
GCAGCCATTCATCAAGAGCTCAGCATGTCTCAGATGTCTCTCTTATTTAATAAATGAAAC
TGCTTTTGTTTGTTTTTTTTAACATAAATTTTGTTACAAGATTACTTTCTGCTCTTGTCA
ATCTGAATTTGGATTTGGCTTATGGATCCATTTGTCATCTTGTTTCCTAAGAAAAGTATT
TTCACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX95TF U 1
AF RR3EX95JQ C 211
BS 1 675 RR3EX95TF
BS 676 907 RR3EX95JQ

RD RR3EX95TF 675 0 0
GGAAGCGAAGAGCAAAAGGGATCTCTCCAATGTCGTCGTCGTCGTCGTCGTCAAGCGATC
CGTCGAGAACAACAGGGATGGAGAGGAAGAAGAAAGCAGCTCCGATCAAATTCTTGGTGC
CTCTCATATACGCGCCTGCTCTCCCTCTCATTCGCTTGACCTTGAGGCATCAGCCTGTTC
TCAGAGACCGTCTCTTCGGTCTTGTCCTCGCCGGTGCTTTCGCTCATGGCTTCTACCTCG
TGTATCCTCTTTTTTTTTATTATTATTGCCCCTCCATTTAATTACAACAGCTCTTAGCTT
CTTGTCTGAAGATTTGATTTGGTTGTCTGAAAATTGTATTTTAGGGTTTAAAGTTAGTTT
GCAGTAAAGAGTGGTTTTAGCTGTGGGAAATGTTCACAACTATAACCGAATGTAGGGATG
TTTTCTTGATGGTTTAGCTTAGTTGACATGGGTTCTTGATAGTGTTGCTTGAGACTAAGG
TGTTGGCAGAAATGGTTGGGTCTATGGCTGTTTTCTTGATGGGTTTAGCTTTAGTTGACA
TAGGCAGAAACATGAGTCCATTATGTTGGTTAGGCAGGAAGTAGCCCCATGGTGCGCAAT
TGCTAATGTTGATCATTCTCTTTCGAATCTTCTTTTCTTTTTGATTGTTCCTTAATGAGA
GATCACAGAACGGAC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3EX95JQ 697 0 0
CCGGTGCTTTCGCTCATGGCTTCTACCTCGTGTATCCTCTTTTTTTT*ATTATTATTGCC
CCTCCATTTAATTACAACAGCTCTTAGCTTCTTGTCTGAAGATTTGATTTGGTTGTCTGA
AAATTGTATTTTAGGGTTTAAAGTTAGTTTGCAGTAAAGAGTGGTTTTAGCTGTGGGAAA
TGTTCACAACTATAACCGAATGTAGGGATGTTTTCTTGATGGTTTAGCTTAGTTGACATG
GGTTCTTGATAGTGTTGCTTGAGACTAAGGTGTTGGCAGAAATGGTTGGGTCTATGGCTG
TTTTCTTGATGGGTTTAGCTTTAGTTGACATAGGCAGAAACATGAGTCCATTATGTTGGT
TAGGCAGGAAGTAGCCCCATGGTGCGCAATTGCTAATGTTGATCATTCTCTTTCGAATCT
TCTTTTCTTTTTGATTGTTCCTTAATGAGAGATCACAGAACGGACATATATGATGCAGAG
AGCAAATGAGAAGAAAAAAATTTGGAATTTGCAGCCATTCATCAAGAGCTCAGCATGTCT
CAGATGTCTCTCTTATTTAATAAATGAAACTGCTTTTGTTTGTTTTTTTTAACATAAATT
TTGTTACAAGATTACTTTCTGCTCTTGTCAATCTGAATTTGGATTTGGCTTATGGATCCA
TTTGTCATCTTGTTTCCTAAGAAAAGTATTTTCACAC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL5128Contig1 999 2 2 U
GGGAGAGAGAGAGAGAGAGTGTTAGGGGATGCGATGTGTTCCTTGTACAGCCTACGTGTC
CACCTGCTAATGAGAACCTTATGGAACTGCTCGTTATGATTGACGCTTGTCGTAGAGCAT
CTGCCAAAACCATCACCGCTGTGATTCCTTACTTTGGCTATGCTCGTGCTGATAGGAAGA
CTCAGGGACGTGAATCTATTGCTGCCAAGCTTGTGGCTAATCTGATAACAGAGTCTGGTG
CTGACCGTGTTCTTGCTTGTGACCTTCACTCTGGACAGTCTATGGGTTACTTTGATATTC
CTGTTGACCATGTTTGTGGCCAGCCTGTGATACTTGATTACCTAGCAAGCAAAGGCATAT
CCTCTGATGATTTGGTGGTTGTTTCGCCTGATGTTGGTGGAGTCGCAAGAGCTCGCGCGT
TTGCCAAGAAGCTATCCGATGCTCCTTTAGCCATAGTTGACAAAAGACGTCATAGACACA
ATGTTGCCGAGGTGATGAACTTAATTGGGGATGTTAAAGGGAAAGTAGCTATAATGGTGG
ATGACATGATTGACACAGCCGGAACCATAAGCAAAGGTGCAGCTCTGTTACACCAAGAAG
GAGCAAGAGAAGTCTACGCATGTACTACTCATGCCGTTTTCAGCCCTCCTGCAATCAGTA
GACTATCGAGCGGTCTGTTTCAAGAGGTGATCATAACCAACACGATTCCACTGTCGGAGC
AAAACTACTTTCCTCAGCTTACAGTTCTCTCAGTAGCAAACCTTCTCGCGGAGACCATAT
GGCGTGTTCATGATGATTGTTCTGGAGACATTGAGCCATTTTCGACATTGGGGATTGATT
GACTGATACAACAATGGTCAAGAATCGACTCAACCGCTCTCAATAGTAATGGATTTCTGA
TCGTGTAAATGTTAGACATGTGTGATGTGTGTGTGTGAATGATTTTAGAGGAAACAACTT
GTAAGATCACATTTTCTATTTTCCTTGCCTTTTCTCACG


BQ
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AF RR3FP22TF U 1
AF RR3FP22JQ C 178
BS 1 642 RR3FP22TF
BS 643 999 RR3FP22JQ

RD RR3FP22TF 642 0 0
GGGAGAGAGAGAGAGAGAGTGTTAGGGGATGCGATGTGTTCCTTGTACAGCCTACGTGTC
CACCTGCTAATGAGAACCTTATGGAACTGCTCGTTATGATTGACGCTTGTCGTAGAGCAT
CTGCCAAAACCATCACCGCTGTGATTCCTTACTTTGGCTATGCTCGTGCTGATAGGAAGA
CTCAGGGACGTGAATCTATTGCTGCCAAGCTTGTGGCTAATCTGATAACAGAGTCTGGTG
CTGACCGTGTTCTTGCTTGTGACCTTCACTCTGGACAGTCTATGGGTTACTTTGATATTC
CTGTTGACCATGTTTGTGGCCAGCCTGTGATACTTGATTACCTAGCAAGCAAAGGCATAT
CCTCTGATGATTTGGTGGTTGTTTCGCCTGATGTTGGTGGAGTCGCAAGAGCTCGCGCGT
TTGCCAAGAAGCTATCCGATGCTCCTTTAGCCATAGTTGACAAAAGACGTCATAGACACA
ATGTTGCCGAGGTGATGAACTTAATTGGGGATGTTAAAGGGAAAGTAGCTATAATGGTGG
ATGACATGATTGACACAGCCGGAACCATAAGCAAAGGTGCAGCTCTGTTACACCAAGAAG
GAGCAAGAGAAGTCTACGCATGTACTACTCATGCCGTTTTCA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3FP22JQ 822 0 0
AGACTCAGGGACGTGAATCTAT*GCTGCCAAGCTTGTGGCTAATCTGATAACAGAGTCTG
GTGCTGACCGTGTTCTTGCTTGTGACCTTCACTCTGGACAGTCTATGGGTTACTTTGATA
TTCCTGTTGACCATGTTTGTGGCCAGCCTGTGATACTTGATTACCTAGCAAGCAAAGGCA
TATCCTCTGATGATTTGGTGGTTGTTTCGCCTGATGTTGGTGGAGTCGCAAGAGCTCGCG
CGTTTGCCAAGAAGCTATCCGATGCTCCTTTAGCCATAGTTGACAAAAGACGTCATAGAC
ACAATGTTGCCGAGGTGATGAACTTAATTGGGGATGTTAAAGGGAAAGTAGCTATAATGG
TGGATGACATGATTGACACAGCCGGAACCATAAGCAAAGGTGCAGCTCTGTTACACCAAG
AAGGAGCAAGAGAAGTCTACGCATGTACTACTCATGCCGTTTTCAGCCCTCCTGCAATCA
GTAGACTATCGAGCGGTCTGTTTCAAGAGGTGATCATAACCAACACGATTCCACTGTCGG
AGCAAAACTACTTTCCTCAGCTTACAGTTCTCTCAGTAGCAAACCTTCTCGCGGAGACCA
TATGGCGTGTTCATGATGATTGTTCTGGAGACATTGAGCCATTTTCGACATTGGGGATTG
ATTGACTGATACAACAATGGTCAAGAATCGACTCAACCGCTCTCAATAGTAATGGATTTC
TGATCGTGTAAATGTTAGACATGTGTGATGTGTGTGTGTGAATGATTTTAGAGGAAACAA
CTTGTAAGATCACATTTTCTATTTTCCTTGCCTTTTCTCACG

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

CO CL5129Contig1 1153 2 2 U
GGGTGTTGCTCGGAATCGAAACTGGGAGAGAGACTTGATATATCGAAGAAGAAGAAGCTG
AAAATGTCAAGCTAGCAAATCGGATTCTCGTGAAAAGCTAGCTATTTATGGCTTCCGTTG
CTTCTAAGCTCTATTCAGACGATGTCAGTCTTCTAGTGTTGTTGCTTGATACGAACCCCT
TATTCTGGAGCAATACATCCACTACATTCTCTCAGTTCCTCTCTCATGTGCTTGCTTTTC
TGAACGCGGTTTTGGGATTGAATCAGCTGAACCAAGTTGTTGTGATAGCTACTGGGTACA
GCTCGTGTGATTACATCTACGATTCGTCTTTGGCATCGAGTGTGAGCTCCGAGAGCGGTG
GTAGAACTGGAATGCCTGCTCTTTTTGGTTCTTTGCTTGAGAAGCTGGAAGATTTTATTG
CCAAAGATGAGGAGCCTATCGAGGAGCGGCAGGAGCATGATGATGATGATAATAGAATAG
CTTCTTCTCTCTTGTCACGATCACTCTCCATGGCTCTTTGCTATATACAGAGGGTTTTCC
GTTCTGGACATCTTCATCCCCAGCCTCGGATTTTATGCTTGCAAGGCTCCCCGGATGGTC
CGGAACAATATGTAGCTGTTATGAACTCTATCTTCTCAGCACAACGCCTAATGGTGCCCA
TTGATTCTTGTTACATAGGTACACAGAACTCGGCATTTCTGCAGCAGGCATCTTACATAA
CAGGCGGTGTACATCATGCACCTAAACAGTTGGATGGGCTGTTTCAGTTTCTAACGACAA
TCTTTGCCACTGATTTGCACACCCGGAGCTTTGTGCAGCTTCCTAAACCCGTAGGCGTTG
ATTTTCGAGCATCGTGTTTTTGCCACAAGAAGACTATCGATATGGGGTATGTTTGTTCGG
TATGTCTGTCCATTTTTTGTGAGCATCACAAGAAATGTTCAACGTGCGGTTCTGTTTTTG
GTCAGTCAAAGCTTGATGGTGTTTCAACTGTGAGTGATAAGAAGAGAAAGGCTCCTGATT
CTTAAAAACATCTTTTACGCTGGAGCCACTTGCAAAGTTTGCTCAGTATTCAAGCATCGT
AGTCTTTGCGTTGATTTACAAGAATCTATGAACGAACACCAAATTGAAAATCAACTAAAT
TACAGTTTTGATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AW01TF U 1
AF RR3AW01JQ C 244
BS 1 703 RR3AW01TF
BS 704 1153 RR3AW01JQ

RD RR3AW01TF 703 0 0
GGGTGTTGCTCGGAATCGAAACTGGGAGAGAGACTTGATATATCGAAGAAGAAGAAGCTG
AAAATGTCAAGCTAGCAAATCGGATTCTCGTGAAAAGCTAGCTATTTATGGCTTCCGTTG
CTTCTAAGCTCTATTCAGACGATGTCAGTCTTCTAGTGTTGTTGCTTGATACGAACCCCT
TATTCTGGAGCAATACATCCACTACATTCTCTCAGTTCCTCTCTCATGTGCTTGCTTTTC
TGAACGCGGTTTTGGGATTGAATCAGCTGAACCAAGTTGTTGTGATAGCTACTGGGTACA
GCTCGTGTGATTACATCTACGATTCGTCTTTGGCATCGAGTGTGAGCTCCGAGAGCGGTG
GTAGAACTGGAATGCCTGCTCTTTTTGGTTCTTTGCTTGAGAAGCTGGAAGATTTTATTG
CCAAAGATGAGGAGCCTATCGAGGAGCGGCAGGAGCATGATGATGATGATAATAGAATAG
CTTCTTCTCTCTTGTCACGATCACTCTCCATGGCTCTTTGCTATATACAGAGGGTTTTCC
GTTCTGGACATCTTCATCCCCAGCCTCGGATTTTATGCTTGCAAGGCTCCCCGGATGGTC
CGGAACAATATGTAGCTGTTATGAACTCTATCTTCTCAGCACAACGCCTAATGGTGCCCA
TTGATTCTTGTTACATAGGTACACAGAACTCGGCATTTCTGCA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3AW01JQ 910 0 0
ACGCGGTTTTGGGATTGAATCAGCTGAACCAAGTTGTTGTGATAGCTACTGGGTACAGCT
CGTGTGATTACATCTACGATTCGTCTTTGGCATCGAGTGTGAGCTCCGAGAGCGGTGGTA
GAACTGGAATGCCTGCTCTTTTTGGTTCTTTGCTTGAGAAGCTGGAAGATTTTATTGCCA
AAGATGAGGAGCCTATCGAGGAGCGGCAGGAGCATGATGATGATGATAATAGAATAGCTT
CTTCTCTCTTGTCACGATCACTCTCCATGGCTCTTTGCTATATACAGAGGGTTTTCCGTT
CTGGACATCTTCATCCCCAGCCTCGGATTTTATGCTTGCAAGGCTCCCCGGATGGTCCGG
AACAATATGTAGCTGTTATGAACTCTATCTTCTCAGCACAACGCCTAATGGTGCCCATTG
ATTCTTGTTACATAGGTACACAGAACTCGGCATTTCTGCAGCAGGCATCTTACATAACAG
GCGGTGTACATCATGCACCTAAACAGTTGGATGGGCTGTTTCAGTTTCTAACGACAATCT
TTGCCACTGATTTGCACACCCGGAGCTTTGTGCAGCTTCCTAAACCCGTAGGCGTTGATT
TTCGAGCATCGTGTTTTTGCCACAAGAAGACTATCGATATGGGGTATGTTTGTTCGGTAT
GTCTGTCCATTTTTTGTGAGCATCACAAGAAATGTTCAACGTGCGGTTCTGTTTTTGGTC
AGTCAAAGCTTGATGGTGTTTCAACTGTGAGTGATAAGAAGAGAAAGGCTCCTGATTCTT
AAAAACATCTTTTACGCTGGAGCCACTTGCAAAGTTTGCTCAGTATTCAAGCATCGTAGT
CTTTGCGTTGATTTACAAGAATCTATGAACGAACACCAAATTGAAAATCAACTAAATTAC
AGTTTTGATC

QA 1 910 1 910
DS 



AS 1 2

CO CL5130Contig1 920 2 2 U
GGAAGATAGAGATGGACAGCATCTGATGATGTTGTGCTCATCAGCGCGTGGCTAAATACA
AGCAAAGATCCCGTGGTTAACAACGAGCAAAGAGCAGGCACATTTTGGAGAAGAGTTGCT
GACTACTATGCTGCAAGTCAGGAGGCTACTGCAACTCAGAGAGAGCCAAAGAACTGCAAG
CATCGATGGCACAGAATCAATGACGAAGTCTCCAAGTTCTGTGGTGCGTATGAAGCGGCT
ACTAGGGAGAAAACAAGTGGCCAAAACGAGAATGATGTACTCAAGAATGCTCATCGCATA
TTCCTCGCCATTAAGAATAAGAAGTTCACACTGGAACACGCATGGAAGGAGCTCCACTAC
GACCAGAAGTGGTGCGACCTTGGTACTGCTAAGACCGATGGGAGGTCGAAGAAGAGGAAG
TGTGACGACTTTGCAGAATCATCTCCCTCGGAAGCTACTGCAAACAAGCGTCCTCCTGGC
ATTAAAGCTGCAAAGGCAAGTGGTAAGAAAAAGGTGCAATCACTGGGCGAGTTTGAGAGT
ATGTGGACAATCAAGCGTGAGGATTTGAAAATGAAATAGGGTAACCATAGGATGAGTCTG
CTTGACAAGCTTATGGGCAAAAAGGAACCTCTAACGGATAGTGAGGAAGCCCTCAAGCAT
AAGCTCATCGATGACATGATATCTCCTTAGGTGAAGAGAGTGGAGACAGTGAGTGTCACA
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GTCACGAGAGTGACTGTGTCTTGTGAGGTCACGAGTGTTGTAGTCTAGTGTCTACTGTCT
GTCTTGTGAGTTTATGTCTGTTGTAGTCGAATGTTATAAATTCAAACAATATGATGAAGT
TATTGTTATCATTTCTCTTT


BQ
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AF RR3BJ22TF U 1
AF RR3BJ22JQ C 209
BS 1 684 RR3BJ22TF
BS 685 920 RR3BJ22JQ

RD RR3BJ22TF 684 0 0
GGAAGATAGAGATGGACAGCATCTGATGATGTTGTGCTCATCAGCGCGTGGCTAAATACA
AGCAAAGATCCCGTGGTTAACAACGAGCAAAGAGCAGGCACATTTTGGAGAAGAGTTGCT
GACTACTATGCTGCAAGTCAGGAGGCTACTGCAACTCAGAGAGAGCCAAAGAACTGCAAG
CATCGATGGCACAGAATCAATGACGAAGTCTCCAAGTTCTGTGGTGCGTATGAAGCGGCT
ACTAGGGAGAAAACAAGTGGCCAAAACGAGAATGATGTACTCAAGAATGCTCATCGCATA
TTCCTCGCCATTAAGAATAAGAAGTTCACACTGGAACACGCATGGAAGGAGCTCCACTAC
GACCAGAAGTGGTGCGACCTTGGTACTGCTAAGACCGATGGGAGGTCGAAGAAGAGGAAG
TGTGACGACTTTGCAGAATCATCTCCCTCGGAAGCTACTGCAAACAAGCGTCCTCCTGGC
ATTAAAGCTGCAAAGGCAAGTGGTAAGAAAAAGGTGCAATCACTGGGCGAGTTTGAGAGT
ATGTGGACAATCAAGCGTGAGGATTTGAAAATGAAATAGGGTAACCATAGGATGAGTCTG
CTTGACAAGCTTATGGGCAAAAAGGAACCTCTAACGGATAGTGAGGAAGCCCTCAAGCAT
AAGCTCATCGATGACATGATATCT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3BJ22JQ 712 0 0
TCTCCAAGTTCTGTGGTGCGTATGAAGCGGCTACTAGGGAGAAAACAAGTGGCCAAAACG
AGAATGATGTACTCAAGAATGCTCATCGCATATTCCTCGCCATTAAGAATAAGAAGTTCA
CACTGGAACACGCATGGAAGGAGTTCCACTACGACCAGAAGTGGTGCGACCTTGGTACTG
TTAAGACCGATGGGAGGTCGAAGAAGAGGAAGTGTGACGACTTTGCAGAATCATTTCCCT
CGGAAGCTACTGCAAACAAGCGTCCTCCTGGCATTAAAGCTGCAAAGGCAAGTGGTAAGA
AAAAGGTGCAATCACTGGGCGAGTTTGAGAGTATGTGGACAATCAAGCGTGAGGATTTGA
AAATGAAATAGGGTAACCATAGGATGAGTTTGCTTGACAAGCTTATGGGCAAAAAGGAAC
CTCTAACGGATAGTGAGGAAGCCCTCAAGCATAAGCTCATCGATGACATGATATCTCCTT
AGGTGAAGAGAGTGGAGACAGTGAGTGTCACAAGAGTGTTGTTGTCTTCTGTCACGAGAG
TGACTGTGTGTGTGTTGTTGTTGTCGTCTTGTGTCACGAGAGTGACTGTGTCTTGTGAGG
TCACGAGTGTTGTAGTCTAGTGTCTACTGTCTGTCTTGTGAGTTTATGTCTGTTGTAGTC
GAATGTTATAAATTCAAACAATATGATGAAGTTATTGTTATCATTTCTCTTT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL5131Contig1 849 2 9 U
GAAACGAGCAAGAAATAACATAGTTTAGTTAAAGCATCTCCCACATTCTAAACTCAGAAC
CAACTCAAAAGTATCTTTTAACACTCGAATTCCTACAACAATCACAAATACAAAGAAGAG
AAAAGACACACAAGCCACCAAACAGAGAACCAGGGTCCAGCTTCAGCACCATAACCAAGT
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AGATAGGAATAGTTCCTGCGCCGATGATACTCAAGTAAGCTACCGTAAGTGCGGTCCCAT
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AAGTCGATTTCCTGTTCTCTTTCATAACCCTTTGAGACGTCATAGACATGGACAAAGTCG
GCTGGTTCAGCCATAGCCATGTATTTCCCATCGGATGTGTAGCGAATTGACCGGTTCGCT
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CAGGTCTTGTCCTGGTTTCCAGTAGAGAAAGTGAATCCGTCAGGATGCCACGCCGAGGCA
AAGGAATAGTCCACATGTCCTGATAGTGTTTCCAGCGTCTTTCCGTGTTGGGGTCACTAT
AAGGCCCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP29JQ U 48
AF RR3DU61JQ U 1
BS 1 354 RR3DU61JQ
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BS 784 784 RR3AP29JQ
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RD RR3AP29JQ 774 0 0
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QA 1 774 1 774
DS 

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GAGCTCTTTTTTATTTGTTGAACGGGTTGTGTATATCTTCTCGCTTAAAGAAACGAATCG
AGATAGGAATAGTTCCTGCGCCGATGATACTCAAGTAAGCTACCGTAAGTGCGGTCCCAT
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AAGTCGATTTCCTGTTCTCTTTCATAACCCTTTGAGACGTCATAGACATGGACAAAGTCG
GCTGGTTCAGCCATAGCCATGTATTTCCCATCGGATGTGTAGCGAATTGACCGGTTCGCT
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AAGGCCCTC

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DS 



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BQ
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AF RR3AZ64TF U 1
AF RR3AZ64JQ C 1
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BS 461 532 RR3AZ64JQ

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QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 2

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AAAGGCCAGAAAAAAACTGAGGGTGCTAGTTGC


BQ
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AF RR3FD11TF U 1
AF RR3FD11JQ C 54
BS 1 513 RR3FD11TF

RD RR3FD11TF 513 0 0
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TCTGATTGAATATCTGTCATGACCATTTTGTAAAAGTGACCAGAATGAGGTTAGGACCAC
CACCACGTGTAAGCGTAAGCTGAAAAGATACATCATCACGCTTTCCATACCTTGATCTGA
AATCATGTCAAGTATCTTTTCATACTTGTCTTTGGTAGAGAGTATACATTGATTTGCTTG
TAACTCACCCTCAAAGAAACCCTTGAGATAATCCACATACGATCTCCTGTAAAAATGCTC
CCCAGATGAAATTTTAGTAGGATATTGAGAAATAATCAGAAAGGAGAGAAAAGGTGTGAT
GGAGGAAGGAACACGTACCCGAGGAAGGGATGAAGAGAATAACCAATAAGAGTGACTTTT
CTTGCATTGTTTTCATTCCCCTGCGTCGTCACATATTAAACTTTTAAGAGAATTTGGTAA
AAAGGCCAGAAAAAAACTGAGGGTGCTAGTTGC

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3FD11JQ 460 0 0
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GGACCACCACCACGTGTAAGCGTAAGCTGAAAAGATACATCATCACGCTTTCCATACCTT
GATCTGAAATCATGTCAAGTATCTTTTCATACTTGTCTTTGGTAGAGAGTATACATTGAT
TTGCTTGTAACTCACCCTCAAAGAAACCCTTGAGATAATCCACATACGATCTCCTGTAAA
AATGCTCCCCAGATGAAATTTTAGTAGGATATTGAGAAATAATCAGAAAGGAGAGAAAAG
GTGTGATGGAGGAAGGAACACGTACCCGAGGAAGGGATGAAGAGAATAACCAATAAGAGT
GACTTTTCTTGCATTGTTTTCATTCCCCTGCGTCGTCACATATTAAACTTTTAAGAGAAT
TTGGTAAAAAGGCCAGAAAAAAACTGAGGGTGCTAGTTGC

QA 1 460 1 460
DS 



AS 1 2

CO CL5134Contig1 461 2 1 U
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TATCGATTCTAAGATCATTAACGATCGTGAGACTGGAAGATCAAGGGGATTCGGATTCGT
TACCTTCAAGGATGAGAAATCCATGAGGGATGCTATCGAGGAGATGAACGGAAAGGAGCT
TGACGGCCGTACCATTACCGTCAACGAGGCTCAGTCTAGAGGAAGCGGCGGAGGTGGTGG
TGGCTGGTAATCAACCATTATGGCGTTGTTGTCTGCTTCTCTCTGTTTTCGCTTTAGATT
TGGTTCCGTCTGGTTTGGTTTGGTTCTTGTTCACTTTTTTGCTGTAACAGATCGTTTATG
TCTTGTTTGCCTTAAACGAAATGTTAATTCGCATGTTCACC


BQ
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AF RR3CK50JQ C 1
AF RR3CK50TF U 1
BS 1 461 RR3CK50TF

RD RR3CK50JQ 461 0 0
TTTTTTTATTTAGAAAAAAAACATGTCTGCAGAAGTAGAGTACCGGTGCTTCGTGGGAGG
CCTAGCATGGGCCACCGGAGATCAGGAGCTAGAGAGGACGTTCTCACAGTTCGGCGAAGT
TATCGATTCTAAGATCATTAACGATCGTGAGACTGGAAGATCAAGGGGATTCGGATTCGT
TACCTTCAAGGATGAGAAATCCATGAGGGATGCTATCGAGGAGATGAACGGAAAGGAGCT
TGACGGCCGTACCATTACCGTCAACGAGGCTCAGTCTAGAGGAAGCGGCGGAGGTGGTGG
TGGCTGGTAATCAACCATTATGGCGTTGTTGTCTGCTTCTCTCTGTTTTCGCTTTAGATT
TGGTTCCGTCTGGTTTGGTTTGGTTCTTGTTCACTTTTTTGCTGTAACAGATCGTTTATG
TCTTGTTTGCCTTAAACGAAATGTTAATTCGCATGTTCACC

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR3CK50TF 461 0 0
TTTTTTTATTTAGAAAAAAAACATGTCTGCAGAAGTAGAGTACCGGTGCTTCGTGGGAGG
CCTAGCATGGGCCACCGGAGATCAGGAGCTAGAGAGGACGTTCTCACAGTTCGGCGAAGT
TATCGATTCTAAGATCATTAACGATCGTGAGACTGGAAGATCAAGGGGATTCGGATTCGT
TACCTTCAAGGATGAGAAATCCATGAGGGATGCTATCGAGGAGATGAACGGAAAGGAGCT
TGACGGCCGTACCATTACCGTCAACGAGGCTCAGTCTAGAGGAAGCGGCGGAGGTGGTGG
TGGCTGGTAATCAACCATTATGGCGTTGTTGTCTGCTTCTCTCTGTTTTCGCTTTAGATT
TGGTTCCGTCTGGTTTGGTTTGGTTCTTGTTCACTTTTTTGCTGTAACAGATCGTTTATG
TCTTGTTTGCCTTAAACGAAATGTTAATTCGCATGTTCACC

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 2

CO CL5135Contig1 1076 2 2 U
CGGGGGGCTTATCGTTTCACATTTCTCCATCTCAAAAACACTTTCTCTTCACCTACATTT
CTGCTAAGCTACTCTCAGATACTAGTATTCTTGATTCAAAACCCATAAATCAAGAACTGT
AGTTTAGGAAACGATAAGATGAAGATACAGTGTGATGTGTGTGAGAATGCTCCGGCGACA
GTGATATGTTGTGCAGACGAAGCAGCTCTTTGTCCTAAATGCGACGTGGAGATTCACGCA
GCTAACAAACTCGCAAGCAAGCACCAACGCCTCCATCTCAACTCTTTCTCCACCAAGTTT
CCTCGTTGCGATATCTGCCAAGAGAAGGCAGCTTTCATTTTCTGTGTTGAGGATAGAGCT
CTGCTTTGCAAGGACTGTGATGAATCAATTCACGTAGCAACTTCTAGATCCGCAAATCAC
CAGAGGTTCTTAGCTACTGGGATCAAAGTGGCTCTGAGCTCAAGTAGTTGCACCAAAGAA
ACGGAGAAGCATCATTGTACGGAGATTCCAGCTAAAACCCTAAGCCAGAAGCAGCCTTCT
TCTGCTACTGCTTCTCTTCCGTGGGCCCTTGATGATATCTTTCACTTCTCTGAGCCTGAG
TTCACTGATAAGAAAGGAGAGCTTGATCTTGAGGAGTTTGAGTGGTTTCCAGACATGGGT
TTTTTCGATGATCAGACTCTTCCTGCAGCTGAAGTTCCTGAGCTTTCTGTTTCGCATATG
GGTCAAGTTCATTCATACAAACCGATGAAGTCACACGTTTCATACAAGAAGCCTAGGTTG
GAAATCAGAGAAGATGATGATGAAGAAGAGCATTTTATTGTCCCTGATCTAGGCTAAAAG
CTATATGGAAGCTTATGTGTAGACATTCCTCTATGGAAAATGGTAAAGCTAGAAACTTAT
CTGCATAAGGAGGATGTTACGTGGAGTCTCATCAGTGTCATAATCTATAATAAACTTGAG
TGAGCTATGTTGGAGAGCTTATTACACTTTTCGTCTTTTTGTCCGTATTTCCTGAGATGT
TTGTGTTTGATTTTGTTCATATACCTCTTGAACATGGTACTATGGTCTTTTGCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FU47TF U 1
AF RR3FU47JQ C 275
BS 1 612 RR3FU47TF
BS 613 1076 RR3FU47JQ

RD RR3FU47TF 612 0 0
CGGGGGGCTTATCGTTTCACATTTCTCCATCTCAAAAACACTTTCTCTTCACCTACATTT
CTGCTAAGCTACTCTCAGATACTAGTATTCTTGATTCAAAACCCATAAATCAAGAACTGT
AGTTTAGGAAACGATAAGATGAAGATACAGTGTGATGTGTGTGAGAATGCTCCGGCGACA
GTGATATGTTGTGCAGACGAAGCAGCTCTTTGTCCTAAATGCGACGTGGAGATTCACGCA
GCTAACAAACTCGCAAGCAAGCACCAACGCCTCCATCTCAACTCTTTCTCCACCAAGTTT
CCTCGTTGCGATATCTGCCAAGAGAAGGCAGCTTTCATTTTCTGTGTTGAGGATAGAGCT
CTGCTTTGCAAGGACTGTGATGAATCAATTCACGTAGCAACTTCTAGATCCGCAAATCAC
CAGAGGTTCTTAGCTACTGGGATCAAAGTGGCTCTGAGCTCAAGTAGTTGCACCAAAGAA
ACGGAGAAGCATCATTGTACGGAGATTCCAGCTAAAACCCTAAGCCAGAAGCAGCCTTCT
TCTGCTACTGCTTCTCTTCCGTGGGCCCTTGATGATATCTTTCACTTCTCTGAGCCTGAG
TTCACTGATAAG

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3FU47JQ 802 0 0
ATCTCAACTCTT*CTCCACCAAGTTTCCTCGTTGCGATATCTGCCAAGAGAAGGCAGCTT
TCATTTTCTGTGTTGAGGATAGAGCTCTGCTTTGCAAGGACTGTGATGAATCAATTCACG
TAGCAACTTCTAGATCCGCAAATCACCAGAGGTTCTTAGCTACTGGGATCAAAGTGGCTC
TGAGCTCAAGTAGTTGCACCAAAGAAACGGAGAAGCATCATTGTACGGAGATTCCAGCTA
AAACCCTAAGCCAGAAGCAGCCTTCTTCTGCTACTGCTTCTCTTCCGTGGGCCCTTGATG
ATATCTTTCACTTCTCTGAGCCTGAGTTCACTGATAAGAAAGGAGAGCTTGATCTTGAGG
AGTTTGAGTGGTTTCCAGACATGGGTTTTTTCGATGATCAGACTCTTCCTGCAGCTGAAG
TTCCTGAGCTTTCTGTTTCGCATATGGGTCAAGTTCATTCATACAAACCGATGAAGTCAC
ACGTTTCATACAAGAAGCCTAGGTTGGAAATCAGAGAAGATGATGATGAAGAAGAGCATT
TTATTGTCCCTGATCTAGGCTAAAAGCTATATGGAAGCTTATGTGTAGACATTCCTCTAT
GGAAAATGGTAAAGCTAGAAACTTATCTGCATAAGGAGGATGTTACGTGGAGTCTCATCA
GTGTCATAATCTATAATAAACTTGAGTGAGCTATGTTGGAGAGCTTATTACACTTTTCGT
CTTTTTGTCCGTATTTCCTGAGATGTTTGTGTTTGATTTTGTTCATATACCTCTTGAACA
TGGTACTATGGTCTTTTGCTAT

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL5136Contig1 1128 2 2 U
GGAGAAAAAGTAAATCGTTTTCGATCTGAGAGAAAAGAGAGAAAGCGTCGTGCGAAGAAG
AATCAAAAAGAGGTGGATGGATTGAAGGGATTCTGGGCGGAGAAGTTATCATTCCTGGAG
AATTACACGAGGTTCACCAAACGTGACACGCCTCTTCCTTCTTGGTCTTCCTCCGACGTC
GATGAGTTCATTGCCTCCGATCCCGTCAATGGACCCACCGTATATATATCTCTCTATCTC
TCTATGGTTGTTGTAGTATCCATATTGATTATTTGACTGATTTGTTGTTGATATCTCCCT
CGGGAGGTGGTACTTGATTTACTTATTGTGCCTTGAGATTGCTAAAAGATTATTCGATTG
TTTTATAATGTAATAGTGTTCGTGTTGATGCTGAATCAGTGATGAACATGTTAGCATTTT
TTATCTATAGGCACAGAGCTATGCTATTATAGAGCTAGAATACAAGGGAGCCACAGTGAA
TCCTTGTGGGTAAGAAGAAGCTTTAGGAAGAAGCTTTAGGAGTTAATATTATATAGTCAC
TAGAGCAGAATGTGATAAGCACTGAGGGAATGTTTGGAGAACCCCTTTGTTCCATACGCA
CGTGTTGTTTTGGTGTTTCTTACTCAAGATATAGAGAGATGTTTTATTCCTCAGAAAGCT
TTTGACTTGCATTGTTTTGTTTCTCCATTTCCAGCTGAAAACAGCTAGGGAAGCCGCGAC
TTTCGGTGCTACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGTCCACTGCTGCTTTTGCTTGGAAATA
CTCCAGGAGTCCACATGGTACTGCACTGTCCTTCTTAGGAGGAGGTCTTTTTGGTTGGAC
CTTTGGGCAAGAAGTAGCCAACCACACGATGCAATTGTATAAGCTGGACACAATGGCGGC
TCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAACGCAAGTTTCAGGGAAGGTCCTGAACCCAAAA
AAACAGAGAGACGGGTGCTACTTTCTCGCCCAAGCTTGTCTTGCAAACAACGTGAGATGG
TGGCAGCAGTTAAATCCATTTTCAGTCTCTCTTTCGAACCTTTCTTTATGTTCTCACTCT
TGAAACATGTTTGTTTTCCATGTCTCAATAATTCAACAAGCTCCATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AN74TF U 1
AF RR3AN74JQ C 355
BS 1 815 RR3AN74TF
BS 816 1128 RR3AN74JQ

RD RR3AN74TF 815 0 0
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AATCAAAAAGAGGTGGATGGATTGAAGGGATTCTGGGCGGAGAAGTTATCATTCCTGGAG
AATTACACGAGGTTCACCAAACGTGACACGCCTCTTCCTTCTTGGTCTTCCTCCGACGTC
GATGAGTTCATTGCCTCCGATCCCGTCAATGGACCCACCGTATATATATCTCTCTATCTC
TCTATGGTTGTTGTAGTATCCATATTGATTATTTGACTGATTTGTTGTTGATATCTCCCT
CGGGAGGTGGTACTTGATTTACTTATTGTGCCTTGAGATTGCTAAAAGATTATTCGATTG
TTTTATAATGTAATAGTGTTCGTGTTGATGCTGAATCAGTGATGAACATGTTAGCATTTT
TTATCTATAGGCACAGAGCTATGCTATTATAGAGCTAGAATACAAGGGAGCCACAGTGAA
TCCTTGTGGGTAAGAAGAAGCTTTAGGAAGAAGCTTTAGGAGTTAATATTATATAGTCAC
TAGAGCAGAATGTGATAAGCACTGAGGGAATGTTTGGAGAACCCCTTTGTTCCATACGCA
CGTGTTGTTTTGGTGTTTCTTACTCAAGATATAGAGAGATGTTTTATTCCTCAGAAAGCT
TTTGACTTGCATTGTTTTGTTTCTCCATTTCCAGCTGAAAACAGCTAGGGAAGCCGCGAC
TTTCGGTGCTACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGTCCACTGCTGCTTTTGCTTGGAAATA
CTCCAGGAGTCCACATGGTACTGCACTGTCCTTCT

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR3AN74JQ 774 0 0
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CATTTTTTATCTATAGGCACAGAGCTATGCTATTATAGAGCTAGAATACAAGGGAGCCAC
AGTGAATCCTTGTGGGTAAGAAGAAGCTTTAGGAAGAAGCTTTAGGAGTTAATATTATAT
AGTCACTAGAGCAGAATGTGATAAGCACTGAGGGAATGTTTGGAGAACCCCTTTGTTCCA
TACGCACGTGTTGTTTTGGTGTTTCTTACTCAAGATATAGAGAGATGTTTTATTCCTCAG
AAAGCTTTTGACTTGCATTGTTTTGTTTCTCCATTTCCAGCTGAAAACAGCTAGGGAAGC
CGCGACTTTCGGTGCTACTGGAGCCGCACTTGGAGCTGTGTCCACTGCTGCTTTTGCTTG
GAAATACTCCAGGAGTCCACATGGTACTGCACTGTCCTTCTTAGGAGGAGGTCTTTTTGG
TTGGACCTTTGGGCAAGAAGTAGCCAACCACACGATGCAATTGTATAAGCTGGACACAAT
GGCGGCTCAAGTTAAGTTCATGGAATGGTGGGAACGCAAGTTTCAGGGAAGGTCCTGAAC
CCAAAAAAACAGAGAGACGGGTGCTACTTTCTCGCCCAAGCTTGTCTTGCAAACAACGTG
AGATGGTGGCAGCAGTTAAATCCATTTTCAGTCTCTCTTTCGAACCTTTCTTTATGTTCT
CACTCTTGAAACATGTTTGTTTTCCATGTCTCAATAATTCAACAAGCTCCATGG

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

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GCAGTAAAAGTATTTGGTTTATTACAATAAACGAGGTTTCTCAATTTAGATCAATAAACA
AATCAAGAACCATCTGTCCACTTAATGCCTTGACAATGCAGCTACTAATAGACAAGATTA
GACTCAAACTCGGCGAAATCAACAGATCCAGACTCAACAGGAGGCATGAGATAAGCAGCC
AAGATCTCAGAGACTAAACCAGCAATGAGAGGAATCCTCTTGAGGTTCTTGTTGATCTCC
GTGTTGAAAAGCTGCTCCATCTCCTCGAAGTCCGTAGTGTAGAACCTCGGTGTCAGAAGC
GACTCGTTAATCTCCTTCTTCGTGTCCTTCTTGGACTTAGAGGTTGCGGTGGCCGGAGGC
GGCGGCGTGGAGGTGGCTGACATTCTGATCACGGTGGAGAAACGTCGGCTGGTGAGGCAT
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TCAGCTGCCATTGTTAGAGTTTTGCAGAAGCAATAGAGAGAGAGAGAGCAACGAGCTAGC
C


BQ
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10 

AF RR3GJ66JQ U 4
AF RR3GJ66TF C 1
BS 1 3 RR3GJ66TF
BS 4 464 RR3GJ66JQ
BS 465 541 RR3GJ66TF

RD RR3GJ66JQ 461 0 0
GTAAAAGTATTTGGTTTATTACAATAAACGAGGTTTCTCAATTTAGATCAATAAACAAAT
CAAGAACCATCTGTCCACTTAATGCCTTGACAATGCAGCTACTAATAGACAAGATTAGAC
TCAAACTCGGCGAAATCAACAGATCCAGACTCAACAGGAGGCATGAGATAAGCAGCCAAG
ATCTCAGAGACTAAACCAGCAATGAGAGGAATCCTCTTGAGGTTCTTGTTGATCTCCGTG
TTGAAAAGCTGCTCCATCTCCTCGAAGTCCGTAGTGTAGAACCTCGGTGTCAGAAGCGAC
TCGTTAATCTCCTTCTTCGTGTCCTTCTTGGACTTAGAGGTTGCGGTGGCCGGAGGCGGC
GGCGTGGAGGTGGCTGACATTCTGATCACGGTGGAGAAACGTCGGCTGGTGAGGCATGTC
CTCGAGTTGGTGAGCTTTGGAGATGCGAATTGGGAGATTGG

QA 1 461 1 461
DS 

RD RR3GJ66TF 541 0 0
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AATCAAGAACCATCTGTCCACTTAATGCCTTGACAATGCAGCTACTAATAGACAAGATTA
GACTCAAACTCGGCGAAATCAACAGATCCAGACTCAACAGGAGGCATGAGATAAGCAGCC
AAGATCTCAGAGACTAAACCAGCAATGAGAGGAATCCTCTTGAGGTTCTTGTTGATCTCC
GTGTTGAAAAGCTGCTCCATCTCCTCGAAGTCCGTAGTGTAGAACCTCGGTGTCAGAAGC
GACTCGTTAATCTCCTTCTTCGTGTCCTTCTTGGACTTAGAGGTTGCGGTGGCCGGAGGC
GGCGGCGTGGAGGTGGCTGACATTCTGATCACGGTGGAGAAACGTCGGCTGGTGAGGCAT
GTCCTCGAGTTGGTGAGCTTTGGAGATGCGAATTGGGAGATTGGCTTCACTAACATCATT
TCAGCTGCCATTGTTAGAGTTTTGCAGAAGCAATAGAGAGAGAGAGAGCAACGAGCTAGC
C

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 2

CO CL5138Contig1 528 2 1 U
GGAGAGATCAGAGATTTGTGAAAGAATGGTGAAATCGACAAGTAAGGATGCGCAGGATCT
ATTCCGTTCTCTTCACTCCGCTTACTCCGCTACTCCCACTAATCTCAAGATCATCGACTT
GTATGTTGTTTTCGCTGTCTTCACTGCTCTGATTCAGGTGGCTTATATGGCTTTGGTTGG
ATCATTTCCGTTTAATTCATTCCTGTCTGGAGTGCTCTCTTGTATTGGGACGGCAGTTCT
TGCTGTTTGCCTCCGGATTCAAGTTAACAAAGAAAACAAGGAATTCAAGGATTTGGCACC
GGAACGAGCATTTGCAGATTTTGTACTCTGCAACTTGGTCCTCCACTCGGTGATCATCAA
CTTCCTCGGATAGGTTCTCCTCTCCTATCATACAGAGGTTGCTTTCATGTTATGGAGTTT
CTTAGTTGTCACTTTGGATCAGAACTTATACTTTTTGAGATAATTTTATACTGTATTTGT
CAAAAGAATCAAACCTTTTCGGCTCTCCAATAAAACAATGTTTCGTGC


BQ
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AF RR3AE53TF U 1
AF RR3AE53JQ C 68
BS 1 528 RR3AE53TF

RD RR3AE53TF 528 0 0
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ATTCCGTTCTCTTCACTCCGCTTACTCCGCTACTCCCACTAATCTCAAGATCATCGACTT
GTATGTTGTTTTCGCTGTCTTCACTGCTCTGATTCAGGTGGCTTATATGGCTTTGGTTGG
ATCATTTCCGTTTAATTCATTCCTGTCTGGAGTGCTCTCTTGTATTGGGACGGCAGTTCT
TGCTGTTTGCCTCCGGATTCAAGTTAACAAAGAAAACAAGGAATTCAAGGATTTGGCACC
GGAACGAGCATTTGCAGATTTTGTACTCTGCAACTTGGTCCTCCACTCGGTGATCATCAA
CTTCCTCGGATAGGTTCTCCTCTCCTATCATACAGAGGTTGCTTTCATGTTATGGAGTTT
CTTAGTTGTCACTTTGGATCAGAACTTATACTTTTTGAGATAATTTTATACTGTATTTGT
CAAAAGAATCAAACCTTTTCGGCTCTCCAATAAAACAATGTTTCGTGC

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR3AE53JQ 461 0 0
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GTTTTCGCTGTCTTCACTGCTCTGATTCAGGTGGCTTATATGGCTTTGGTTGGATCATTT
CCGTTTAATTCATTCCTGTCTGGAGTGCTCTCTTGTATTGGGACGGCAGTTCTTGCTGTT
TGCCTCCGGATTCAAGTTAACAAAGAAAACAAGGAATTCAAGGATTTGGCACCGGAACGA
GCATTTGCAGATTTTGTACTCTGCAACTTGGTCCTCCACTCGGTGATCATCAACTTCCTC
GGATAGGTTCTCCTCTCCTATCATACAGAGGTTGCTTTCATGTTATGGAGTTTCTTAGTT
GTCACTTTGGATCAGAACTTATACTTTTTGAGATAATTTTATACTGTATTTGTCAAAAGA
ATCAAACCTTTTCGGCTCTCCAATAAAACAATGTTTCGTGC

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 2

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CCCTAAATCCACACCAAACAAAGTCCAGATCCCACCACCATCAGTATTACAAGAAGAGGT
ATCAAAATCAATCGTGGTCCAGTCAAGCAAAATACAAAACCATCTAAGGAGGGACATCTT
CGAGTTAAAGACTACTAGTAATGAGAGAAAGAAAGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGTGC
TGCGGAGGAAGGGAGGAAGTCGGTGTCTCACGTGGAGAGGGATACGGAGGCGAGGATAGC
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GCACATGGCTTTCAATCTCAAGAAGGAATTTGACAAAGTGTATGGACCAGCATGGCATTG
CATAGTGGGGTCAAGTTTCGGGTCGTTCGTGACACATTCCACAGGTTGTTTTATTTATTT
CTCAATGGACAAACTCTACATTCTCCTCTTCAAAACCAAAGTTCGTCCTGCTTCTCCCCA
TTGATTTTCTTTCTCCTTCTCATTATATAATGTTTCCCACTCTTCCTTTTAGGATGTTAC
TATCACAATCATATTCACAAAGGCCTACTGTAAATTCATTATTACTACGCTTTTTTATAC
TATGTTATCATAAAGTTGGAACAACTATACAAGCCTTAGAGTTCTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ63TF U 1
AF RR3BZ63JQ C 32
BS 1 705 RR3BZ63TF
BS 706 828 RR3BZ63JQ

RD RR3BZ63TF 705 0 0
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CGAGTTAAAGACTACTAGTAATGAGAGAAAGAAAGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGTGC
TGCGGAGGAAGGGAGGAAGTCGGTGTCTCACGTGGAGAGGGATACGGAGGCGAGGATAGC
TGCAGCGGCGGAGATGTTAACGGTGAGGATATTAGCGGCGGACATGCCGGGGTTTATGCA
AGCACATGCGTTTAGGTGTGCGAGAACGACGTTGGATAGTTTGGAGAAGTTTAGTTCGAA
GCACATGGCTTTCAATCTCAAGAAGGAATTTGACAAAGTGTATGGACCAGCATGGCATTG
CATAGTGGGGTCAAGTTTCGGGTCGTTCGTGACACATTCCACAGGTTGTTTTATTTATTT
CTCAATGGACAAACTCTACATTCTCCTCTTCAAAACCAAAGTTCGTCCTGCTTCTCCCCA
TTGATTTTCTTTCTCCTTCTCATTATATAATGTTTCCCACTCTTC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3BZ63JQ 797 0 0
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ATACAAAACCATCTAAGGAGGGACATCTTCGAGTTAAAGACTACTAGTAATGAGAGAAAG
AAAGGCGGTGGTGGTGGTGGTGGTTGTGCTGCGGAGGAAGGGAGGAAGTCGGTGTCTCAC
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GACAAAGTGTATGGACCAGCATGGCATTGCATAGTGGGGTCAAGTTTCGGGTCGTTCGTG
ACACATTCCACAGGTTGTTTTATTTATTTCTCAATGGACAAACTCTACATTCTCCTCTTC
AAAACCAAAGTTCGTCCTGCTTCTCCCCATTGATTTTCTTTCTCCTTCTCATTATATAAT
GTTTCCCACTCTTCCTTTTAGGATGTTACTATCACAATCATATTCACAAAGGCCTACTGT
AAATTCATTATTACTACGCTTTTTTATACTATGTTATCATAAAGTTGGAACAACTATACA
AGCCTTAGAGTTCTACC

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

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ATTTGAATATTAAAGCTAATGTTGATCGTTTATTTGAGGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3F093JQ C 1
AF RR3F093TF U 1
BS 1 460 RR3F093TF

RD RR3F093JQ 460 0 0
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CCGTCCATTGCAGAGTCATGTCATGCTAATCGACAGATCTGCTGTTACATAAGCTTGCGA
GGACCTAAAATTGTTGGAGATTTGACTCATGTCTGTGATGTGAGTTTGCCTCTTCTCTGT
TGAGACTTCTGTTTCTGTGTGTTTTTTCCATTTGGATTAATTTAGTTTGTTGTCGTTGAA
TGATCTTGGTCGAAACCAACGTAAAGTGGGTACTGGTTTGTATGTAAAATACTGTTTTGT
ATTTGAATATTAAAGCTAATGTTGATCGTTTATTTGAGGG

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR3F093TF 460 0 0
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CCGTCCATTGCAGAGTCATGTCATGCTAATCGACAGATCTGCTGTTACATAAGCTTGCGA
GGACCTAAAATTGTTGGAGATTTGACTCATGTCTGTGATGTGAGTTTGCCTCTTCTCTGT
TGAGACTTCTGTTTCTGTGTGTTTTTTCCATTTGGATTAATTTAGTTTGTTGTCGTTGAA
TGATCTTGGTCGAAACCAACGTAAAGTGGGTACTGGTTTGTATGTAAAATACTGTTTTGT
ATTTGAATATTAAAGCTAATGTTGATCGTTTATTTGAGGG

QA 1 460 1 460
DS 



AS 1 2

CO CL5141Contig1 831 2 4 U
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CTGCACAAAGATGGGAATGGGTGGGAAAGCTATTCCACCTAACATCGACAGGGTTGGAGA
TATGCAGAGTGATGCTATGTTCATACTCTTAGTTGAGAAAGATGCAGCTTACATAAGGTT
AGCTGAAGACAGATTCTACAACCGTTTCCCCTGCATCATCGTCACTGCAAAAGGCCAGCC
CGATGTGGCCACGAGGCTGTTCTTGAGGAAGATGAAAATGGAGCTTAAGCTTCCGGTGCT
TGCCTTGGTGGATAGTGATCCTTACGGGTTGAAGATCTTGTCTGTTTATGGGTGCGGCTC
GAAGAACATGTCTTACGATAGTGCAAACTTGACTACACCTGATATTAAGTGGCTTGGGAT
CAGACCAAGTGATTTGGACAAGTACAAGATACCTGAGCAGTGTAGGTTGCCAATGACTGA
GCAGGATATCAAGACCGGGAAGGATATGCTAGAGGAGGATTTCGTGAAGAAGAATCCTGG
GTGGGTCGAAGAACTTAACCTGATGGTGAAAACAAAGCAGAAGGCTGAGATTCAGGCGTT
GAGTTCTTTTGGTTTCCAGTATTTATCAGAAGTTTACTTGCCCTTGAAACTGCAGCAGCA
GGATTGGCTCTGATCTTCTGGTTGCTGTGTTACTGAGTTACTGTTCAATTAGAGACCAAC
AAGTTTACTGATGGGAGTTATTGCAATTTAAATTGTGTTGTATTGGTTTACACAGAACTG
GGAAACTATTTGTAAGCTGCTTTATTCTGAATGTACACAGATATTTGCATC


BQ
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AF RR3FA45TF U 1
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CTGCACAAAGATGGGAATGGGTGGGAAAGCTATTCCACCTAACATCGACAGGGTTGGAGA
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CGATGTGGCCACGAGGCTGTTCTTGAGGAAGATGAAAATGGAGCTTAAGCTTCCGGTGCT
TGCCTTGGTGGATAGTGATCCTTACGGGTTGAAGATCTTGTCTGTTTATGGGTGCGGCTC
GAAGAACATGTCTTACTATAGTGCAAACTTGACTACACCTGATATTAAGTGGCTTGGGAT
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QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3FA45JQ 829 0 0
GGCAGAGAAAGTGT
GTAGTGGGAAGGCTCATATTCAGTGACAACGGAGACATGATAGACTGCACAAAGATGGGA
ATGGGTGGGAAAGCTATTCCAC*TAACATCGACAGGGTTGGAGATATGCAGAGTGATGCT
ATGTTCATACTCTTAGTTGAGAAAGATGCAGCTTACATAAGGTTAGCTGAAGACAGATTC
TACAACCGTTTCCCCTGCATCATCGTCACTGCAAAAGGCCAGCCCGATGTGGCCACGAGG
CTGTTCTTGAGGAAGATGAAAATGGAGCTTAAGCTTCCGGTGCTTGCCTTGGTGGATAGT
GATCCTTACGGGTTGAAGATCTTGTCTGTTTATGGGTGCGGCTCGAAGAACATGTCTTAC
GATAGTGCAAACTTGACTACACCTGATATTAAGTGGCTTGGGATCAGACCAAGTGATTTG
GACAAGTACAAGATACCTGAGCAGTGTAGGTTGCCAATGACTGAGCAGGATATCAAGACC
GGGAAGGATATGCTAGAGGAGGATTTCGTGAAGAAGAATCCTGGGTGGGTCGAAGAACTT
AACCTGATGGTGAAAACAAAGCAGAAGGCTGAGATTCAGGCGTTGAGTTCTTTTGGTTTC
CAGTATTTATCAGAAGTTTACTTGCCCTTGAAACTGCAGCAGCAGGATTGGCTCTGATCT
TCTGGTTGCTGTGTTACTGAGTTACTGTTCAATTAGAGACCAACAAGTTTACTGATGGGA
GTTATTGCAATTTAAATTGTGTTGTATTGGTTTACACAGAACTGGGAAACTATTTGTAAG
CTGCTTTATTCTGAATGTACACAGATATTTGCATC

QA 15 829 15 829
DS 



AS 1 2

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CACTTAAAGGCCCGAGTGTAGTGAAGGAATTAGTTATCGGTCTGGCGCTGGGTTTAGCTG
CTGGTGGTCTCTGGAAGATGCACCACTGGAACGAGCAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATG
ACTTGCTCGAGAGAGGCGAGATCAGCGTTGTCCACCCTGAAGAGTGAAATTCAACACTAT
GCCAAACCATTCTCTCAAGCTCTATTTTTATGTTATTATTATTGTTTCTTGACTTCTTAG
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TAAATTTCAGAACATCCTTCTTGATTTTATTTGAATGTTTTTGGC


BQ
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AF RR3AU14JQ C 1
AF RR3AU14TF U 1
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CATCTAGTCAGAGAATTTGTGCAGGGTTGAAAATGGCAGGACACAAGGTTGTGCATGCCA
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CTGGTGGTCTCTGGAAGATGCACCACTGGAACGAGCAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATG
ACTTGCTCGAGAGAGGCGAGATCAGCGTTGTCCACCCTGAAGAGTGAAATTCAACACTAT
GCCAAACCATTCTCTCAAGCTCTATTTTTATGTTATTATTATTGTTTCTTGACTTCTTAG
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TAAATTTCAGAACATCCTTCTTGATTTTATTTGAATGTTTTTGGC

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RD RR3AU14TF 465 0 0
GGCCATTTCGTTCGTCGTCGTACATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCAGCTCTCCTCGCT
CATCTAGTCAGAGAATTTGTGCAGGGTTGAAAATGGCAGGACACAAGGTTGTGCATGCCA
CACTTAAAGGCCCGAGTGTAGTGAAGGAATTAGTTATCGGTCTGGCGCTGGGTTTAGCTG
CTGGTGGTCTCTGGAAGATGCACCACTGGAACGAGCAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATG
ACTTGCTCGAGAGAGGCGAGATCAGCGTTGTCCACCCTGAAGAGTGAAATTCAACACTAT
GCCAAACCATTCTCTCAAGCTCTATTTTTATGTTATTATTATTGTTTCTTGACTTCTTAG
ACAAAAGTTAAGAAAGTGTTGATTGCAGAAGAAATAAACAACAAATCGGATATCTTTTGT
TAAATTTCAGAACATCCTTCTTGATTTTATTTGAATGTTTTTGGC

QA 1 465 1 465
DS 



AS 1 2

CO CL5143Contig1 967 2 2 U
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GGAAGCGGAGATGAATCAGAGCATGGGAGAAATGGAGAAAGAGATGGAGGAGTACGAGGA
AGAGAAGAAGGCTTTAGAGTCTATCTCCACCAGAGCTGTTGAGCTCGAAGGAGAGGTGTT
GAGTCTTCAGGAAGAGCTCAACGCTTCGTTGACGGAGGTGGATAAGAGGGTGGAAGAGGT
GGTTGAGCTGAAGAAAGAGTTGGCTGAGAAGGGAGAGAGCTTGGAAGGGCGTGAGAAGGA
AGCTGAGGGGTTAAGGAAAGCTAGAGCTGATGTTGAGAGGAAGGTTAGAGAGCTGGAGAG
GAAGATTGGGGTTTTTGAAGTGAGGGTTGTGGAGGAGAAGAGCAAGAAGGTTAGGTTAGA
AGAGGAGATTAGGGAGAAAGGTGATGCGAAAGAGAAGGAGATCAAGGATTTGAAGAAGAA
AGTTGGGGACTTGAATCTGGAGATGGTGAAGAATGGAGAGGAGTTGAAGAGATGCAAGTC
TGAGCAGAAGAAGGGGGCAGGGAGTGAAGCTGAGGAAAGAGAGAAGGAAATGGAGTTGAG
GAAGGAAGAGTTGCTGAAGAAGGTTGAGGGAGCGCAGGAGATGATAGTCGAGTTGAAAGA
GAGAGCCATGAAGCCTGGTATCAGAGAGAGAAACACAAAAGATGACATGTAAGTAGAGTT
GTGGTGGCCAGTGGTTAGTGCTGGTTTGGTTGCAGGGACCGCCTTTGTTTGCTATTCCAA
GCTGAGGTGAATTTTTTTTTATTGATGTGTAAGGGACGAGTAATAACTGATGACCATGAT
CTTAAGATTGATATCAAGAAATTGATGATTGATTATACAGGTTGGCTAGAACTTTGTTTT
GGGTTTGGATTTGAGTTTGTGATTTTTTTTGTTGTTTATGCCACGAATGAATTTCGTGCT
TTTATCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB53TF U 1
AF RR3CB53JQ C 154
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GAAGGAAGAGTTGCTGAA

QA 1 618 1 618
DS 

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CACAAAAGATGACATGTAAGTAGAGTTGTGGTGGCCAGTGGTTAGTGCTGGTTTGGTTGC
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GGACGAGTAATAACTGATGACCATGATCTTAAGATTGATATCAAGAAATTGATGATTGAT
TATACAGGTTGGCTAGAACTTTGTTTTGGGTTTGGATTTGAGTTTGTGATTTTTTTTGTT
GTTTATGCCACGAATGAATTTCGTGCTTTTATCG

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 2

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CGCTGTTGAATTTGTGTTACATTTCTTCTGAATGCAAATGATTATGCTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GN11JQ C 1
AF RR3GN11TF U 1
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QA 1 470 1 470
DS 

RD RR3GN11TF 470 0 0
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CGCTGTTGAATTTGTGTTACATTTCTTCTGAATGCAAATGATTATGCTTT

QA 1 470 1 470
DS 



AS 1 2

CO CL5145Contig1 908 2 4 U
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TTCAATTGGGGATTCTCGTTGAGATTAGTGAATCTGGTTGGTTAGGTTTAGAAATGAAAT
TGGGAATCATCTGATTAAGGTTCGATCTGTAGTTGCAGTCACTGAAGAAATATCTCAGTT
CATCTGATTGATTAGGTTTATATGTGTAATTGCAAATCATCTGATTAGACCTTCTCTGAG
GATGAAATCTCTCATACGTATTGCTTAATGTTTGTGTGTTGCAGCTTCATTGCTTTGGAG
TTCTTCTGAGCAGTGAGAAGATAGACATCAATTCTCACATCAGAGATAAATAAGCTCTTG
TTTGCCTACTTGTTGAAGGTCAATTTGCTTCGCCTGATTCAGATTGCAAGGTACACATTG
CCCAGAGAGGTGCCATTACACCATATATTAAGATGCTTCAGTCATCAGATGAGCAGGTCA
TGGAAATGTCAGCTTTTGCTCTTGGTCGTTTGGCTCAGACACTTAATGTTTTTGAATTGG
CATGTGAATGTTTTTGTTGCTTCTGGAATCTGGTTCTTTATGGATGATTGTTAAATCAGA
CCTTGTTTGATAAGAACAAAAAGTTGCAATTCTATTTATGCTTCCTGTATATAGATTCTT
TGGCTCAGATTGTAATAAGTTCATTGTACAATGTTCATACATATTCTATGATGTTTGTAA
TTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D966TF U 1
AF RR3D966JQ C 234
BS 1 656 RR3D966TF
BS 657 657 RR3D966JQ
BS 658 704 RR3D966TF
BS 705 908 RR3D966JQ

RD RR3D966TF 704 0 0
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TTCAATTGGGGATTCTCGTTGAGATTAGTGAATCTGGTTGGTTAGGTTTAGAAATGAAAT
TGGGAATCATCTGATTAAGGTTCGATCTGTAGTTGCAGTCACTGAAGAAATATCTCAGTT
CATCTGATTGATTAGGTTTATATGTGTAATTGCAAATCATCTGATTAGACCTTCTCTGAG
GATGAAATCTCTCATACGTATTGCTTAATGTTTGTGTGTTGCAGCTTCATTGCTTTGGAG
TTCTTCTGAGCAGTGAGAAGATAGACATCAATTCTCACATCAGAGATAAATAAGCTCTTG
TTTGCCTACTTGTTGAAGGTCAATTTGCTTCGCCTGATTCAGATTGCAAGGTACACATTG
CCCAGAGAGGTGCCATTACACCATATATTAAGATGCTTCAGTCATCAGATGAGCAG*TCA
TGGAAATGTCAGCTTTTGCTCTTGGTCGTTTGGCTCAGACACTT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3D966JQ 675 0 0
CTAGGGTTTCAATTGGGGATTCTCGTTGAGATTAGTGAATCTGGTTGGTTAGGTTTAGAA
ATGAAATTGGGAATCATCTGATTAAGGTTCGATCTGTAGTTGCAGTCACTGAAGAAATAT
CTCAGTTCATCTGATTGATTAGGTTTATATGTGTAATTGCAAATCATCTGATTAGACCTT
CTCTGAGGATGAAATCTCTCATACGTATTGCTTAATGTTTGTGTGTTGCAGCTTCATTGC
TTTGGAGTTCTTCTGAGCAGTGAGAAGATAGACATCAATTCTCACATCAGAGATAAATAA
GCTCTTGTTTGCCTACTTGTTGAAGGTCAATTTGCTTCGCCTGATTCAGATTGCAAGGTA
CACATTGCCCAGAGAGGTGCCATTACACCATATATTAAGATGCTTCAGTCATCAGATGAG
CAGGTCATGGAAATGTCAGCTTTTGCTCTTGGTCGTTTGGCTCAGACACTTAATGTTTTT
GAATTGGCATGTGAATGTTTTTGTTGCTTCTGGAATCTGGTTCTTTATGGATGATTGTTA
AATCAGACCTTGTTTGATAAGAACAAAAAGTTGCAATTCTATTTATGCTTCCTGTATATA
GATTCTTTGGCTCAGATTGTAATAAGTTCATTGTACAATGTTCATACATATTCTATGATG
TTTGTAATTTTTTTT

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL5146Contig1 918 2 16 U
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TCTAAAACACACAGGAAACGGATAAGCTTACTGGGAACGATGGCTACCAGATTATCACCG
GTCTTTGTTTGTGTGTCGTTGGTTCTCATTTCTGGACTCGGCCAGCTTGTGATCTGTAGT
CAAGAAAAAAGGAACGTACAACGACGTCTTAAGGATGAAGCTCGGTGGATTTAGCGATTC
CACGAATAATCGAAACGGTGGAGGAGAGATCGATGATATAGCACTCTTTGCTGTTCAAGA
ACACAATAGGCGAGAGAATGGTGTTCTTGAGCTTGGTAGAGTATTGAAAGCAACAGAGCA
GGTGGTTGCTGGCAAACTATACAGTCTTACACTTGAAGTGTTAGAAGCGGGCGAGAAGAA
GATTTATGAAGCTAAAGTTTGGGTGAAGCCATGGATGAAGAACTTCAAGCAGCTTCAGGA
GTTCAAGAGTGTTGTCCCTTCCTTCACTGTTTCCGACCTTGGCTTGAAATCAGGTGGGAA
TGGGTTTGAGTGGAGAACGGTATCAACAAATGACCCTGAGGTCCAAGAGGCAGCAAAACA
CGCGGTGAAGTCGATTCAAGAGAGATCAAACTCGCTGTTTCCTTATAAACTCATAGACAT
AATCCTAGCCAGAGCAAAAGTGGTTGAAGACCGTGTGAAATTCGAACTGCTTTTGAAGTT
AGAGAAGGGAAACAAAGCAAAGAAGCTCATGGTTGAAGTTATGAAGTACCAAAACGGCAA
GTTTCACTAGAGTTGTTGTTTGGACAGTTCTCAGTCTGACTGAATAAAAGACTGAATGTT
TGTGATGAAAATAAACTATTTTGCCCTGTAAAAAAAATGGTTTGCTTGTAAGTAAATAAA
AAAAACACTAAACATTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3B063TF U 1
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BS 877 918 RR3B063JQ

RD RR3B063TF 892 0 0
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GTTTCACTAGAGTTGTTGTTTGGACAGTTCTCAGTCTGACTGAT**AAAGACTGA*TGTT
TGTGATGA**ATAAACTATTTTGCC*TGTAAAAAAA
TGTTTGCTGTAGTAAT

QA 1 876 1 876
DS 

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CGACGTCTTAAGGATGAAGCTCGGTGGATTTAGCGATTCCACGAATAATCGAAACGGTGG
AGGAGAGATCGATGATATAGCACTCTTTGCTGTTCAAGAACACAATAGGCGAGAGAATGG
TGTTCTTGAGCTTGGTAGAGTATTGAAAGCAACAGAGCAGGTGGTTGCTGGCAAACTATA
CAGTCTTACACTTGAAGTGTTAGAAGCGGGCGAGAAGAAGATTTATGAAGCTAAAGTTTG
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ATCAACAAATGACCCTGAGGTCCAAGAGGCAGCAAAACACGCGGTGAAGTCGATTCAAGA
GAGATCAAACTCGCTGTTTCCTTATAAACTCATAGACATAATCCTAGCCAGAGCAAAGGT
GGTTGAAGACCGTGTGAAATTCGAACTGCTTTTGAAGTTAGAGAAGGGAAACAAAGCAAA
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GGACAGTTCTCAGTCTGACTGAATAAAAGACTGAATGTTTGTGATGAAAATAAACTATTT
TGCCCTGTAAAAAAAATGGTTTGCTTGTAAGTAAATAAAAAAAACACTAAACATTGG

QA 1 837 1 837
DS 



AS 1 2

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TTTCTAGCCATTGAAGTTTATTAGAGTTACTGTTCTTTCTCTCGTTCTTTGATTTGACTG
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ATGAGAAACATGAAGAGCTCTGCTGCTGTCGCTGCTACGAGACCTGTGAAGAAAGAGCCT
ATCGTGATCGACTTAGACAGTGACGATGAAGATGTTCTCTGTGGTGAATTGAATGAGTGT
ATGATGGATACTGATGTTCCAGTTGAGTCTGGGGAAGCTAATCCCTCCAACATGCAAATG
ACCTTTTCTGCTGGTGGTGGTGATGATTGGGATAACAAAATTGATCATCAGTATCTGAAG
TTGTTTGATAGTCTTATGGACGATGGAAATTCATACTTGAGTGATAATCCACTGAGGTGT
ATTAGGTACGAAGTAGATAACGGAGGATACGACAAGCGCGAGTTTAAAGGTAAGCAGAAG
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CAAGAAAGTAGCAAGAAGACGAGGGAGTTTTCGTTGAGGCGAAGAGAGAGTCCTGTGAGT
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CTTGATGAAGAAGTCTCTCCGTTTGTGGCATCAAGAGTTATAAAGTGGTTGATCTGGAGA
GAGAGCGAAGATGAAGTGACCAATGCAGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES49TF U 1
AF RR3D490TF U 292
BS 1 554 RR3ES49TF
BS 555 555 RR3D490TF
BS 556 717 RR3ES49TF
BS 718 718 RR3D490TF
BS 719 776 RR3ES49TF
BS 777 990 RR3D490TF

RD RR3ES49TF 776 0 0
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TTTCTAGCCATTGAAGTTTATTAGAGTTACTGTTCTTTCTCTCGTTCTTTGATTTGACTG
ACTGTTTAGTGGGAAATTTCTAGAGATGGCAATGACTCTAATTGTGTTGTGAGTTTTGAG
ATGAGAAACATGAAGAGCTCTGCTGCTGTCGCTGCTACGAGACCTGTGAAGAAAGAGCCT
ATCGTGATCGACTTAGACAGTGACGATGAAGATGTTCTCTGTGGTGAATTGAATGAGTGT
ATGATGGATACTGATGTTCCAGTTGAGTCTGGGGAAGCTAATCCCTCCAACATGCAAATG
ACCTTTTCTGCTGGTGGTGGTGATGATTGGGATAACAAAATTGATCATCAGTATCTGAAG
TTGTTTGATAGTCTTATGGACGATGGAAATTCATACTTGAGTGATAATCCACTGAGGTGT
ATTAGGTACGAAGTAGATAACGGAGGATACGACAAGCGCGAGTTTAAAGGTAAGCAGAAG
AGCAGAGTCGATGGTGCGACCAAGAAGAATGCTGTTGTGTCGAGGACTCCTCATCGTGTC
CAAGAAAGTAGCAAGAAGACGAGGGAGTTTTCGTTGAGGCGAAGAGAGAGTCCTGTGAGT
GATAAGAGTGTTGATGCGAGGAGAAACTCGCAACACAATGTTGAAGCTCGAGATAAG*AG
ATTCGTGAAGCAGAGATGGTGCCTGATGAGGGTTACAAATCCTATCTTACATCGTT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3D490TF 699 0 0
AATGAGTGTATGATGGATACTGATGTTCCAGTTGAGTCTGGGGAAGCTAATCC*TCCAAC
ATGCAAATGACCTTTTCTGCTGGTGGTGGTGATGATTGGGATAACAAAATTGATCATCAG
TATCTGAAGTTGTTTGATAGTCTTATGGACGATGGAAATTCATACTTGAGTGATAATCCA
CTGAGGTGTATTAGGTACGAAGTAGATAACGGAGGATACGACAAGCGCGAGTTTAAAGGT
AAGCAGAAGAGCAGAGTCGATGGCGCGACCAAGAAGAATGCTGTTGTGTCGAGGACTCCT
CATCGTGTCCAAGAAAGTAGCAAGAAGACGAGGGAGTTTTCGTTGAGGCGAAGAGAGAGT
CCTGTGAGTGATAAGAGTGTTGATGCGAGGAGAAACTCGCAACACAATGTTGAAGCTCGA
GATAAGGAGATTCGTGAAGCAGAGATGGTGCCTGATGAGGGTTA*AAATCCTATCTTACA
TCGTTAGTGGAGAAGTGGAATAGCTCAAGTGGTAGTAATCCTGAGAAGGAGATACAAGTG
AAGCGTGAGGAAGTGTATGCAATGTCTCTGTCTGATTCCGACAGTATTGAGGTTGATGAT
CGCCCGTTTCTTGATGAAGAAGTCTCTCCGTTTGTGGCATCAAGAGTTATAAAGTGGTTG
ATCTGGAGAGAGAGCGAAGATGAAGTGACCAATGCAGTT

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL5148Contig1 467 2 1 U
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ATCGTGAGATCTATAGAGGAGGATCAAGCAGTGGATTGGTTCCAGACAGAGGGATACTGT
CGAGTGGGTGTCAAACGGACGAGACATCAGCGGATGTGAAGAAGGGTGGAGAAGCGTATG
GAGCTTTTAGTAACGCGATTCAGATGGTTTTGTCGGAAGGTGGGGAGAAAGATAAGATCA
CCAACAAGGAACTGGTTTTGAGAGCAAGAGAGATGCTGAAAGAACAGGGTTTTGCTCAGA
GACCAGGGCTGTATTGTAATGACCGTTTTGTGGATGCTCCGTTTATATGCTAACTATGAG
TAGAGAGACCATTGTTTTCATTCAACAATTATTTTGCTACTAATGGTTATGAAGTTTTTT
TTTCTGTTCAATATGGTGTGAACACAACGAATAATATATTTGGTCAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BX53JQ C 1
AF RR3BX53TF U 1
BS 1 467 RR3BX53TF

RD RR3BX53JQ 467 0 0
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ATCGTGAGATCTATAGAGGAGGATCAAGCAGTGGATTGGTTCCAGACAGAGGGATACTGT
CGAGTGGGTGTCAAACGGACGAGACATCAGCGGATGTGAAGAAGGGTGGAGAAGCGTATG
GAGCTTTTAGTAACGCGATTCAGATGGTTTTGTCGGAAGGTGGGGAGAAAGATAAGATCA
CCAACAAGGAACTGGTTTTGAGAGCAAGAGAGATGCTGAAAGAACAGGGTTTTGCTCAGA
GACCAGGGCTGTATTGTAATGACCGTTTTGTGGATGCTCCGTTTATATGCTAACTATGAG
TAGAGAGACCATTGTTTTCATTCAACAATTATTTTGCTACTAATGGTTATGAAGTTTTTT
TTTCTGTTCAATATGGTGTGAACACAACGAATAATATATTTGGTCAC

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR3BX53TF 467 0 0
GCAAGGTTAAGAAGTTCATAAAAGTGATGCTCACAAAGCTAGATCAAAGTGGTTTAGTTG
ATCGTGAGATCTATAGAGGAGGATCAAGCAGTGGATTGGTTCCAGACAGAGGGATACTGT
CGAGTGGGTGTCAAACGGACGAGACATCAGCGGATGTGAAGAAGGGTGGAGAAGCGTATG
GAGCTTTTAGTAACGCGATTCAGATGGTTTTGTCGGAAGGTGGGGAGAAAGATAAGATCA
CCAACAAGGAACTGGTTTTGAGAGCAAGAGAGATGCTGAAAGAACAGGGTTTTGCTCAGA
GACCAGGGCTGTATTGTAATGACCGTTTTGTGGATGCTCCGTTTATATGCTAACTATGAG
TAGAGAGACCATTGTTTTCATTCAACAATTATTTTGCTACTAATGGTTATGAAGTTTTTT
TTTCTGTTCAATATGGTGTGAACACAACGAATAATATATTTGGTCAC

QA 1 467 1 467
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5150Contig1 466 2 1 U
GCTTGAAGCTCTTGCTTGTCACTCTCGGTGAAAAGGGTTGCCGGTATTACGCCAAGAACT
TCCGTGGATCTGTTGACCCTTTCCACGTGAACGCCGTCGATACAACCGGAGCTGGAGATT
CCTTTGTTGGTGCCCTCCTTAACAAGATTGCCGAGGATCATTCCATTCTCGAGGACGAAG
AGAGATTGAGAAAGGTGCTAAGATTCGCTAATGCTTGTGGAGCAATCACCACAACCAAGA
AAGGAGCCATTCCAGCTCTTCCTTCAGAAGCTGAAGTTCTCAGCTTTCTTGAAAAGAAAT
AAGAAAAAACAAAACAAGTAAAGCTTTTTCTGCACGTAATCTGTTTCCGCTTTTGTATTC
TTGTTTAATCAAGTTGGGCACTCTGCTCTGTTTTTGTTTTCCCTCTTCTTCTAATGTAAC
GATTTAAAAGGACGTATGTTTCAAATTCAAGGCATCACTTGCCAAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C960JQ C 1
AF RR3C960TF U 1
BS 1 466 RR3C960TF

RD RR3C960JQ 466 0 0
GCTTGAAGCTCTTGCTTGTCACTCTCGGTGAAAAGGGTTGCCGGTATTACGCCAAGAACT
TCCGTGGATCTGTTGACCCTTTCCACGTGAACGCCGTCGATACAACCGGAGCTGGAGATT
CCTTTGTTGGTGCCCTCCTTAACAAGATTGCCGAGGATCATTCCATTCTCGAGGACGAAG
AGAGATTGAGAAAGGTGCTAAGATTCGCTAATGCTTGTGGAGCAATCACCACAACCAAGA
AAGGAGCCATTCCAGCTCTTCCTTCAGAAGCTGAAGTTCTCAGCTTTCTTGAAAAGAAAT
AAGAAAAAACAAAACAAGTAAAGCTTTTTCTGCACGTAATCTGTTTCCGCTTTTGTATTC
TTGTTTAATCAAGTTGGGCACTCTGCTCTGTTTTTGTTTTCCCTCTTCTTCTAATGTAAC
GATTTAAAAGGACGTATGTTTCAAATTCAAGGCATCACTTGCCAAT

QA 1 466 1 466
DS 

RD RR3C960TF 466 0 0
GCTTGAAGCTCTTGCTTGTCACTCTCGGTGAAAAGGGTTGCCGGTATTACGCCAAGAACT
TCCGTGGATCTGTTGACCCTTTCCACGTGAACGCCGTCGATACAACCGGAGCTGGAGATT
CCTTTGTTGGTGCCCTCCTTAACAAGATTGCCGAGGATCATTCCATTCTCGAGGACGAAG
AGAGATTGAGAAAGGTGCTAAGATTCGCTAATGCTTGTGGAGCAATCACCACAACCAAGA
AAGGAGCCATTCCAGCTCTTCCTTCAGAAGCTGAAGTTCTCAGCTTTCTTGAAAAGAAAT
AAGAAAAAACAAAACAAGTAAAGCTTTTTCTGCACGTAATCTGTTTCCGCTTTTGTATTC
TTGTTTAATCAAGTTGGGCACTCTGCTCTGTTTTTGTTTTCCCTCTTCTTCTAATGTAAC
GATTTAAAAGGACGTATGTTTCAAATTCAAGGCATCACTTGCCAAT

QA 1 466 1 466
DS 



AS 1 2

CO CL5151Contig1 677 2 9 U
GATACAATGTACCATTCAGAGCTTGTGTTTACGAGGGAAATGTCGCCAGTATTATGTGTT
CGTACAATCAAGTCAATGGAAAGCCAACTTGTGCTGATGAAAATCTCTTAAAGAACACTA
TTCGTGGTCAGTGGCAACTCAATGGGTACATTGTATCAGATTGTGACTCTGTCGATGTTT
TCTTCAATCAACAACACTACACGGCAACTCCGGAAGAAGCTGCTGCTGCCTCGATTAAAG
CTGGTTTGGATTTGGACTGTGGGCCGTTTTTGGCAATCTTCACTGAAGGAGCTGTGAAGA
AAGGATTATTGACAGAAAACGATGTTAACTTAGCACTTGTGAATACTATAACGGTTCAAA
TGAGGCTTGGTATGTTTGATGGTAATCTTGGGCCTTATGCTAATCTTGGGCCTAAAGATG
TTTGTACTCCAACCCATCAACATTTAGCCCTTGAAGCGGCCCATCAAGGAATTGTTCTTC
TCAAAAACGATGACCGCTCTCTTCCGCTCTCTTCTAGGCGCCACCGTACCGTCGCCGTGA
TCGGACCTAACTCTGATGTCACTGAGACCATGATCGGAAACTATGCAGGGAAAGCTTGCG
CCTATACAACGCCTTTACAGGGAATCTCAAGATACGCGAGAACACTTCATCAAGCTGGTT
GTTCTGGCGTGGCTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E644TF U 189
AF RR3FY57TF U 1
BS 1 347 RR3FY57TF
BS 348 348 RR3E644TF
BS 349 414 RR3FY57TF
BS 415 415 RR3E644TF
BS 416 448 RR3FY57TF
BS 449 449 RR3E644TF
BS 450 452 RR3FY57TF
BS 453 454 RR3E644TF
BS 455 677 RR3FY57TF

RD RR3E644TF 293 0 0
G
AACAACACTACACGGCAACTCCGGAAGAAGCTGCTGCTGCCTCGATTAAAGCTGGTTTGG
ATTTGGACTGTGGGCCGTTTTTGGCAATCTTCACTGAAGGAGCTGTGAAGAAAGGATTAT
TGACAGAAAACGATGTTAACTTAGCACTTGTGAATACTATAACGGTTCAAATGAGGCTTG
GTATGTTTGATGGTAATCTTGGGCCTTATGCTAGTCTTGGGCCTAAAGATGTTTGTACTC
CAACCCATCAACATTTAGCCCTTGAAGCGGCCCATCAAGGAATTGT
CTTCTC

QA 2 287 2 287
DS 

RD RR3FY57TF 677 0 0
GATACAATGTACCATTCAGAGCTTGTGTTTACGAGGGAAATGTCGCCAGTATTATGTGTT
CGTACAATCAAGTCAATGGAAAGCCAACTTGTGCTGATGAAAATCTCTTAAAGAACACTA
TTCGTGGTCAGTGGCAACTCAATGGGTACATTGTATCAGATTGTGACTCTGTCGATGTTT
TCTTCAATCAACAACACTACACGGCAACTCCGGAAGAAGCTGCTGCTGCCTCGATTAAAG
CTGGTTTGGATTTGGACTGTGGGCCGTTTTTGGCAATCTTCACTGAAGGAGCTGTGAAGA
AAGGATTATTGACAGAAAACGATGTTAACTTAGCACTTGTGAATACTGTAACGGTTCAAA
TGAGGCTTGGTATGTTTGATGGTAATCTTGGGCCTTATGCTAATCTTGGGCCTAGAGATG
TTTGTACTCCAACCCATCAACATTTAGCTCTT**AGCGGCCCATCAAGGAATTGTTCTTC
TCAAAAACGATGACCGCTCTCTTCCGCTCTCTTCTAGGCGCCACCGTACCGTCGCCGTGA
TCGGACCTAACTCTGATGTCACTGAGACCATGATCGGAAACTATGCAGGGAAAGCTTGCG
CCTATACAACGCCTTTACAGGGAATCTCAAGATACGCGAGAACACTTCATCAAGCTGGTT
GTTCTGGCGTGGCTTGT

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL5152Contig1 945 2 4 U
TTTTTGATTTGTCTCTTCAAGACGAATACTTGAGAATCATCTGAAAGTTTAGATACCATT
TCGTAGATCTTGAATCTCTTGGGGGTGGCTGAATCACGTTTTCTATCGGATTTACCTGGA
ATTTGGATCAGAAATGAACTGGGTACGCCGCAAAATCTATCTTTACAATGTCACGTTCGG
ACTATATATGCTTGATTGGTGGGAACGATACCTCTTCAGTATCCTTTCTCTTTTTTTGAG
TGATGTGGTCTGTCTTCTTCTTAAATTTCGGTTTCTAATTTGAGAATTTGTTCGATCGTT
AGAAAGATGCAAAGTTTTAAATTTCTTTTTAGAAATTTTTGAATGTTGGTGATGTATATG
GTGGCACTGAATTTCTTATCGCTCGTGTTGTTGTCCAAAAGCAAGGTGTTTATTGAATCT
TATAATTGATATTAATAAGTTTCTGGTGTATATAATATTTGAGATTTAAGTTGGGTAAGT
TAATACCAGCTTAAATCAGTTTGGTGTGGAAGTGGAAATGTTAGTATTTTGGAAATTAAC
AAGGATCCCAGATCTCTGCTTTCATCTTTGGCCGTTTTTTTTGCCTGTCCTTAACTCTAT
TTTTCAGATGGTTTGGTTGTAGTCTTGATGTGGTTCGTAGCTTACAACGGTACACGCTAC
TTTTCAGAACTCTTCAAAAGGCTTTTGACATAAAATCAGACTCTGTTCCTCACATGGTAG
AGCAAGAAATGCATATGCAAACCTCCACTGGCACGGCGTTTAGTTTCAATTCTGAGATGT
ATGCCTGACAAAACCTTTATGCTGTTTCACCTCCCTTTCCGGCATCTCTCTGATTATGTT
AGCTTTCCTTCAAAGTTTATTGTCAATTGTATCATTTGTTTCTATGTTTTTGGAATTGAC
AGTACTTATTTATTGATGCAAAGTCTTTCTGTTAGATCTCCAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT30TF U 1
AF RR3GT30JQ C 255
BS 1 680 RR3GT30TF
BS 681 681 RR3GT30JQ
BS 682 725 RR3GT30TF
BS 726 945 RR3GT30JQ

RD RR3GT30TF 725 0 0
TTTTTGATTTGTCTCTTCAAGACGAATACTTGAGAATCATCTGAAAGTTTAGATACCATT
TCGTAGATCTTGAATCTCTTGGGGGTGGCTGAATCACGTTTTCTATCGGATTTACCTGGA
ATTTGGATCAGAAATGAACTGGGTACGCCGCAAAATCTATCTTTACAATGTCACGTTCGG
ACTATATATGCTTGATTGGTGGGAACGATACCTCTTCAGTATCCTTTCTCTTTTTTTGAG
TGATGTGGTCTGTCTTCTTCTTAAATTTCGGTTTCTAATTTGAGAATTTGTTCGATCGTT
AGAAAGATGCAAAGTTTTAAATTTCTTTTTAGAAATTTTTGAATGTTGGTGATGTATATG
GTGGCACTGAATTTCTTATCGCTCGTGTTGTTGTCCAAAAGCAAGGTGTTTATTGAATCT
TATAATTGATATTAATAAGTTTCTGGTGTATATAATATTTGAGATTTAAGTTGGGTAAGT
TAATACCAGCTTAAATCAGTTTGGTGTGGAAGTGGAAATGTTAGTATTTTGGAAATTAAC
AAGGATCCCAGATCTCTGCTTTCATCTTTGGCCGTTTTTTTTGCCTGTCCTTAACTCTAT
TTTTCAGATGGTTTGGTTGTAGTCTTGATGTGGTTCGTAGCTTACAACGGTACACGCTAC
TTTTCAGAACTCTTCAAAAG*CTTTTGACATAAAATCAGACTCTGTTCCTCACATGGTAG
AGCAA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3GT30JQ 691 0 0
TTCTTCTTAAATTTCGGTTTCTAATTTGAGAATTTGTTCGATCGTTAGAAAGATGCAAAG
TTTTAAATTTCTTTTTAGAAATTTTTGAATGTTGGTGATGTATATGGTGGCACTGAATTT
CTTATCGCTCGTGTTGTTGTCCAAAAGCAAGGTGTTTATTGAATCTTATAATTGATATTA
ATAAGTTTCTGGTGTATATAATATTTGAGATTTAAGTTGGGTAAGTTAATACCAGCTTAA
ATCAGTTTGGTGTGGAAGTGGAAATGTTAGTATTTTGGAAATTAACAAGGATCCCAGATC
TCTGCTTTCATCTTTGGCCGTTTTTTTTGCCTGTCCTTAACTCTATTTTTCAGATGGTTT
GGTTGTAGTCTTGATGTGGTTCGTAGCTTACAACGGTACACGCTACTTTTCAGAACTCTT
CAAAAGGCTTTTGACATAAAATCAGACTCTGTTCCTCACATGGTAGAGCAAGAAATGCAT
ATGCAAACCTCCACTGGCACGGCGTTTAGTTTCAATTCTGAGATGTATGCCTGACAAAAC
CTTTATGCTGTTTCACCTCCCTTTCCGGCATCTCTCTGATTATGTTAGCTTTCCTTCAAA
GTTTATTGTCAATTGTATCATTTGTTTCTATGTTTTTGGAATTGACAGTACTTATTTATT
GATGCAAAGTCTTTCTGTTAGATCTCCAATC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL5153Contig1 1121 2 2 U
GGGAAACAACTACACATTCGTCTTTTGATCTTTGTTTTCGCACCCCTGGAGATTTTCTTG
ATAATATATTCTTCCTCAGTGTTGTTAATTTCGATTCTTCGTCTTCGCGCCAGATACTGT
TTTCTGCATGAAGATGCTCAAGGACCCTGAACACCAAGTTGCTGGTCACATGGCTAAAGA
TGGGAGGCTTGGTCCGCTAGTAGACGGAGAAGGCCGATTCTTCAAGCCGTTTCAGAGTAA
TGGTCGCGGGGAAGACGAGGCTAAGTTCTACGAGTCCTTCTCGTCCAACAAGAATGTTCC
GGATCATATCCGTGGATATTTCCCTGTCTATCACGGCACTCAAGTAGTCGAAACATCTAA
TGGATCTGGCAAGCTTCCACACATAATTCTTGATGATGTTGTTTTTGGTTACACAAATCC
CTCCGGAATGGATGTTAAGATTGGATCTAGGACATGGTACCCCGGTGTATCCGAACAGTA
TTTCAACCAATGCCTAAAGAACAGAGAGACTACATCTGTTTCCTTGGGGTTTAGGCATGC
TGGTTTTAAGATTTTTGACCACCAAGAATCGAGGTTTTGGATAGTCGAGTACAAGGTTGT
TCATAGGTACAAAGTCGATGACGCTAGACTGGCTTTAAGGAAGTTTGTGTCGTCGAACTC
GCTAGCTGACTCGATACCGGACTGTGCATTTGCGTCACAAGTTTATGGCGGTTCTAGTGG
GATCTTAGCGCAGTTATTAGAGCTTAAAGCTTGGTTTGAAACTCAAACGCTATACCATTT
CAGTTCTTGCTCGGTTTATATGTTTTATGAGAATGAATCGCTTCTGATGAAAGGAAGAGA
TGGTGCCGGGGCACAAGTAAAGCTGGTGGATTTTACGCATGTACTTGATGGCAATGGTGT
CGTCGACCATAATTTCTTAGGTGGACTCTCCTCGTTCATCAAATTCATCCAAGATATACT
TGAGAGCTAGAACAACAGCGATGAAACGAATACTTCTCTTTTTGAAAATGGGAACTAGGG
ATTAATGCTTCCCTCTGACTCGTTTCAAGTTATGTGTTTGGACATAAACATTTGTTCCCT
TCAATTGTATAATACTTTTGGTATACCAACCAAACCAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV87TF U 1
AF RR3BV87JQ C 328
BS 1 793 RR3BV87TF
BS 794 1121 RR3BV87JQ

RD RR3BV87TF 793 0 0
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ATAATATATTCTTCCTCAGTGTTGTTAATTTCGATTCTTCGTCTTCGCGCCAGATACTGT
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TGGGAGGCTTGGTCCGCTAGTAGACGGAGAAGGCCGATTCTTCAAGCCGTTTCAGAGTAA
TGGTCGCGGGGAAGACGAGGCTAAGTTCTACGAGTCCTTCTCGTCCAACAAGAATGTTCC
GGATCATATCCGTGGATATTTCCCTGTCTATCACGGCACTCAAGTAGTCGAAACATCTAA
TGGATCTGGCAAGCTTCCACACATAATTCTTGATGATGTTGTTTTTGGTTACACAAATCC
CTCCGGAATGGATGTTAAGATTGGATCTAGGACATGGTACCCCGGTGTATCCGAACAGTA
TTTCAACCAATGCCTAAAGAACAGAGAGACTACATCTGTTTCCTTGGGGTTTAGGCATGC
TGGTTTTAAGATTTTTGACCACCAAGAATCGAGGTTTTGGATAGTCGAGTACAAGGTTGT
TCATAGGTACAAAGTCGATGACGCTAGACTGGCTTTAAGGAAGTTTGTGTCGTCGAACTC
GCTAGCTGACTCGATACCGGACTGTGCATTTGCGTCACAAGTTTATGGCGGTTCTAGTGG
GATCTTAGCGCAGTTATTAGAGCTTAAAGCTTGGTTTGAAACTCAAACGCTATACCATTT
CAGTTCTTGCTCG

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3BV87JQ 794 0 0
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TCTTGATGATGTTGTTTTTGGTTACACAAATCCCTCCGGAATGGATGTTAAGATTGGATC
TAGGACATGGTACCCCGGTGTATCCGAACAGTATTTCAACCAATGCCTAAAGAACAGAGA
GACTACATCTGTTTCCTTGGGGTTTAGGCATGCTGGTTTTAAGATTTTTGACCACCAAGA
ATCGAGGTTTTGGATAGTCGAGTACAAGGTTGTTCATAGGTACAAAGTCGATGACGCTAG
ACTGGCTTTAAGGAAGTTTGTGTCGTCGAACTCGCTAGCTGACTCGATACCGGACTGTGC
ATTTGCGTCACAAGTTTATGGCGGTTCTAGTGGGATCTTAGCGCAGTTATTAGAGCTTAA
AGCTTGGTTTGAAACTCAAACGCTATACCATTTCAGTTCTTGCTCGGTTTATATGTTTTA
TGAGAATGAATCGCTTCTGATGAAAGGAAGAGATGGTGCCGGGGCACAAGTAAAGCTGGT
GGATTTTACGCATGTACTTGATGGCAATGGTGTCGTCGACCATAATTTCTTAGGTGGACT
CTCCTCGTTCATCAAATTCATCCAAGATATACTTGAGAGCTAGAACAACAGCGATGAAAC
GAATACTTCTCTTTTTGAAAATGGGAACTAGGGATTAATGCTTCCCTCTGACTCGTTTCA
AGTTATGTGTTTGGACATAAACATTTGTTCCCTTCAATTGTATAATACTTTTGGTATACC
AACCAAACCAAACC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

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AACATCCTAACACTAATCTCCTCCATAGTTATAATAGGCTCAGCTTTATGGATGGGTAGG
AGCAAGACAACATGCGAGCATTTCCTTCAGAAGCCACTTCTGGTCTTAGGCCTAGCAATC
CTGATCTTGTCACTAGCTGGTCTGATAGGTGCATGCTGTGACGTGGCTTGGGTCTTGTGG
GTGTACCTCTTCTTCATGGTCTTCATCATAGTTGCGCTCATGGGGTTGACCCTTTTTGGG
TTTATTGTTACTAGCCATGGTGGTGGTGTGGGTGTGACTGGTAGAGTTTATAGAGAGTTT
AAACTTGAAGAGTATCATCCATGGCTTAAAACAAGGGTTATGGATGCTAATTATTGGTTG
ACTATAAAGACTTGTCTCTTGGGCTCACTCACTTGTTCTAAGCTCTCTTTTTGGACTCCT
ATTGATTATCTCCAAAAGGACTTGACTCCTCTTCAGTCTGGATGCTGCAAACCACCGACG
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AACGCTGCGACGGTGCTCTGCTACGACTGTGACTCTTGTAGAGCTGGCGTTTTAGAGACG
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AGGTGGTGGCATGGTAGAGATCGCTATTAGTGAAAATTTATGTAATGTATTTTCGAGTTA
GTGACTCAACTCAAGTCGATCTTGGCCTCTTAATTATAAAATACATATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A481TF U 1
AF RR3A481JQ C 245
BS 1 716 RR3A481TF
BS 717 1010 RR3A481JQ

RD RR3A481TF 716 0 0
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GTGTACCTCTTCTTCATGGTCTTCATCATAGTTGCGCTCATGGGGTTGACCCTTTTTGGG
TTTATTGTTACTAGCCATGGTGGTGGTGTGGGTGTGACTGGTAGAGTTTATAGAGAGTTT
AAACTTGAAGAGTATCATCCATGGCTTAAAACAAGGGTTATGGATGCTAATTATTGGTTG
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TCGTGCGTGTACAACACGGAGACGCCAATACAGCAAGATTCCGATTGTTACCGGTGGAAC
AACGCTGCGACGGTGCTCTGCTACGACTGTGACTCTTGTAGAGCTGGCGTTTTAGA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3A481JQ 766 0 0
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ACCTCTTCTTCATGGTCTTCATCATAGTTGCGCTCATGGGGTTGACCCTTTTTGGGTTTA
TTGTTACTAGCCATGGTGGTGGTGTGGGTGTGACTGGTAGAGTTTATAGAGAGTTTAAAC
TTGAAGAGTATCATCCATGGCTTAAAACAAGGGTTATGGATGCTAATTATTGGTTGACTA
TAAAGACTTGTCTCTTGGGCTCACTCACTTGTTTTAAGCTCTCTTTTTGGACTCCTATTG
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GCGTGTACAACACGGAGACGCCAATACAGCAAGATTCCGATTGTTACCGGTGGAACAACG
CTGCGACGGTGCTCTGCTACGACTGTGACTCTTGTAGAGCTGGCGTTTTAGAGACGGTGC
GGCGCGATTGGCATAAACTATCTATTGTTAACGTCGCCATTGTTCTCTTCCTCATCGCTA
TTTACTGTGTTGGTTGCTGCGCGTTTAAAAACGCCAAACGCCCTCAACATTACGGTTTTC
CTTACGGACGTTACGGCATGTCCAAGTCTCGACCCGGATGGGATCAGTCCTGGTCTAGGT
GGTGGCATGGTAGAGATCGCTATTAGTGAAAATTTATGTAATGTATTTTCGAGTTAGTGA
CTCAACTCAAGTCGATCTTGGCCTCTTAATTATAAAATACATATTG

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL5155Contig1 305 2 5 U
GAGAATTCGCTTGATCAAACCAAGGATAAACTTTTCTGTGCACATTGTTAGATAGCGAAG
TGACTATCAATTTCCAATTTAGAAGTAAGCAGAACAATTAGCCCTTTTCCATTGATGTGA
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CAGTCTTGTATTTCATCATCTTCAGAAGTTTCATTCTTCTCCTCATCCGTCTCTTCCTCC
TTTTCTGAAACCACATCTGCGTACGCCCTGTACCTTAGCCATTTCAGCACAGGACTGTAC
TCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3D614JQ U 18
AF RR3D614TF C 1
BS 1 17 RR3D614TF
BS 18 137 RR3D614JQ
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BS 139 284 RR3D614JQ
BS 285 305 RR3D614TF

RD RR3D614JQ 267 0 0
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TTTAGAAGTAAGCAGAACAATTAGCCCTTTTCCATTGATGTGAACTATCCTACCAAATTC
TTTTGACCAAACATAAAAGGAGACTAAAGATGGTAAATGTCACCAGTCTTGTATTTCATC
ATCTTCAGAAGTTTCATTCTTCTCCTCATCCGTCTCTTCCTCCTTTTCTGAAACCACATC
TGCGTACGCCCTGTACCTTAGCCATTT

QA 1 267 1 267
DS 

RD RR3D614TF 305 0 0
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TGACTATCAATTTCCAATTTAGAAGTAAGCAGAACAATTAGCCCTTTTCCATTGATGTGA
ACTATCCTACCAAATTCATTTGACCAAACATAAAAGGAGACTAAAGATGGTAAATGTCAC
CAGTCTTGTATTTCATCATCTTCAGAAGTTTCATTCTTCTCCTCATCCGTCTCTTCCTCC
TTTTCTGAAACCACATCTGCGTACGCCCTGTACCTTAGCCATTTCAGCACAGGACTGTAC
TCTGC

QA 1 305 1 305
DS 



AS 1 2

CO CL5156Contig1 979 2 12 U
CCATAACCAAGAACAAAGCAAACAAAAAAACCTTCAAACTCTCCTAATCTCACGAGAACA
GCACAAGATTACAGAAATCAAAGGATCATCAACTAAAATAGAAATGATGAGCCCATGTAG
ATCTTCATGTTCTTTGCCAAGAAAATCAAGAAAATCAAGCAAGAACCCGTATTCAAATCG
TGGTCTTGACAAATTTTCTAAGCTTCTCTCAGAGCTCGACGAGAAGAGACAGAGCATCTA
CTCCAAGAAGCTCGATTCTGGAGGCCCGCCTCTTGTCCGATTCGTGTTCACAAGCTCCGG
CGAGTGTGTCCCCGTCGTGATAAGATCATCCTATCTTCACAAACAGAAGAAGACCAAAGA
TGTTGCTCCTGCTGCTAAAGTCAAAACAGTGGTCAACGAATCGAAAACAGAGGAAACAAA
GAAAACAGAGCTCGAAACAGAGGAGAAACAGAGCTGCGTTTTGAACGAGAATCTGAAGAA
GATCGTTTTGAACGAGAGTCTGAAAAATATCACGAGACCGAACCGGTTCTTGCCCGTGAC
TATGATGTTGGTTCTTGTTTTATTGGTTTTATTTGGAAGATCTGTTGCGATTATGTTCAC
TTGTATTGCTTGGTACTTGGTTCCAACGATCAAGGAGCAGAGCGGAAGCAGAGGATCTTC
CTCATACGCCATGAAGAAGAAAGATTTCGCTAGGAAATTGAGTATTGAAACAAGAGCATC
TTTTAATCCAAGAACTGTTCGTGACCATTCTCCTCGCAAGTAGAATTTTCGTTTTCTGGC
TGCTCGTGTAAAAAACCGCTTGACCGAGCAAAAGCGTTCTTTGGTTTATTTCCTTGTTAC
GTTGTTTCTTGTCTGTTTCTTTCATAGTTGTTAATTTTTTGAGACGGCTGAATCAGCAGA
AAATTGTGTATCTTTCTCTCTTCTTTAGAACTCAAAGGTTTATAGGTGTACATATGCAAA
TATTAGACAATATTCTTGG


BQ
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AF RR3EO95TF U 1
AF RR3EO95JQ C 274
BS 1 681 RR3EO95TF
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BS 765 979 RR3EO95JQ

RD RR3EO95TF 764 0 0
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QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3EO95JQ 706 0 0
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QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

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GGCTGCGGGAAGAACGCCTTCAAGCCTACCGTTATCGACTCCTCCCCCTTCTTCCTTGTC
CCTTCCATCTCCTGACATTCCTTCCTTAGACGTAAAGCCTCTGATGAACCCTAGATCCGA
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AGCGTTATCAGGTCTCCAGGCTCGAATGCAGAGGCTCAAAGGTGGCTCACTCGAGCATAT
GTAGAAGAGTGAATCTAAAAGTTAACGAAGCAAATGGGATGAAAACATATTCGCCATTTT
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BQ
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AF RR3GA69TF U 1
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AAACGAGAACTTATCAACGGATAACGTACCGC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3GA69JQ 721 0 0
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CCCCTTCTTCCTTGTCCCTTCCATCTCCTGACATTCCTTCCTTAGACGTAAAGCCTCTGA
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CGCTTGATGCAATCAGAGAAAGGATGAGAACCATGCAACTGGCTTCGGAGCCTGTAAGCA
AAGCTATGATGCCAACAAACGAGAACTTATCAACGGATAACGTACCGCCAATGAACCAAC
AGAACATTCCCCCGAGCCATATGGAAGCAGAAAGTCAACAACACCCGCACCCAGTGGGTC
TTCCAATGGATGAGAAAGCGTTATCAGGTCTCCAGGCTCGAATGCAGAGGCTCAAAGGTG
GCTCACTCGAGCATATGTAGAAGAGTGAATCTAAAAGTTAACGAAGCAAATGGGATGAAA
ACATATTCGCCATTTTTTGTTGATTCTCTATCTCAGATTATAATGTTTTAGTGGTAATAG
T

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL5158Contig1 1035 2 6 U
GGGGACACTGCGATGCGCTGCATCTCGTGTCGGGAAGAGTACCACTCTCGCGACGCAGGC
ACCTGCAAAGAATGCTACGTAGAGGCCGGCGAGACAGAGGAAGAGCTGAAACGCGAGATC
GAAGACCTTAAAGCCAAAGTTACTTTCCTTCGCTTGTCATCTTCTCTCGACCACGGCAAC
AGCTCCTCCAGATCCTTCACTGATCTTGTTCTCATCGCCTCCGATGACTCCGCCGTTTCA
CCTCCTGTTCCCGCTCATAAAGCCGTTCTGGTGAGTCGTTCCCCAGCCTTCAAAGCAATG
CTAGAGAACGAGATGGAAGAGAGCCGTAGCGGCACAATCAAGATAAGCGACATATCTTAC
GACACGCTTCGAACATTCGTCTATTATCTCTACACGGCTGAAGCATGTCTCGATGAGCAA
ATGGCATGTGATCTTTTGGTCATGTCAGAGAAATACCAAGTGAAACATCTCAAGAGTTAC
TGCGAGAAGTTTTTGGTAACCAAGCTCAATCCGGACAACTCTCTCATGACCTATGCCTTT
GCCCACCAGCACAACGCGAAACACGTGCGTGACGCTGCGTTGTTACAGATCATTGAAAAC
ATGGAGAATGTTACCAAAAGAGAGGAATACATGGAGCTTGTGGAAAAGGAGCCTCGTCCT
GTCGTTGAAATCTATGAAGCTTATCTCTCCAAACAGGTTAACACAGCTGCTGGAGGAACT
AGCACAATCAAAACATGTTGAAAATGTCAATCAACAAAGAAGTTGTTCTAGTTACCTTTT
ATTCCTTCTGTTAGGTATAGCATGAGCCAGGTCAGCCGAACACTGTCCTGTTAAGCACTA
GAAAATTGCACTCAAAATTGTTGCAGGAAGCATCTTTATTTCATTTCATCTCTTGTCCTT
GATCCTGGTCTTTATTAAAAAAATGTTTTTATCTTTGAGACGTGGCTTAAATTGAAAGAT
TTCTTGGATCCAGAGTGGGGTTGTTCATGAATGATCTTGTCAGCTTATCTTACAGCTCAT
AATATCATCCATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BC46TF U 1
AF RR3BC46JQ C 376
BS 1 794 RR3BC46TF
BS 795 795 RR3BC46JQ
BS 796 810 RR3BC46TF
BS 811 811 RR3BC46JQ
BS 812 852 RR3BC46TF
BS 853 1035 RR3BC46JQ

RD RR3BC46TF 852 0 0
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ACCTGCAAAGAATGCTACGTAGAGGCCGGCGAGACAGAGGAAGAGCTGAAACGCGAGATC
GAAGACCTTAAAGCCAAAGTTACTTTCCTTCGCTTGTCATCTTCTCTCGACCACGGCAAC
AGCTCCTCCAGATCCTTCACTGATCTTGTTCTCATCGCCTCCGATGACTCCGCCGTTTCA
CCTCCTGTTCCCGCTCATAAAGCCGTTCTGGTGAGTCGTTCCCCAGCCTTCAAAGCAATG
CTAGAGAACGAGATGGAAGAGAGCCGTAGCGGCACAATCAAGATAAGCGACATATCTTAC
GACACGCTTCGAACATTCGTCTATTATCTCTACACGGCTGAAGCATGTCTCGATGAGCAA
ATGGCATGTGATCTTTTGGTCATGTCAGAGAAATACCAAGTGAAACATCTCAAGAGTTAC
TGCGAGAAGTTTTTGGTAACCAAGCTCAATCCGGACAACTCTCTCATGACCTATGCCTTT
GCCCACCAGCACAACGCGAAACACGTGCGTGACGCTGCGTTGTTACAGATCATTGAAAAC
ATGGAGAATGTTACCAAAAGAGAGGAATACATGGAGCTTGTGGAAAAGGAGCCTCGTCCT
GTCGTTGAAATCTATGAAGCTTATCTCTCCAAACAGGTTAACACAGCTGCTGGAGGAACT
AGCACAATCAAAACATGTTGAAAATGTCAATCAACAAAGAAGTTGTTCTAGTTACCTTTT
ATTCCTTCTGTTAG*TATAGCATGAGCCAG*TCAGCCGAACACTGTCCTGTTAAGCACTA
GAAAATTGCACT

QA 1 852 1 852
DS 

RD RR3BC46JQ 660 0 0
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TTGGTCATGTCAGAGAAATACCAAGTGAAACATCTCAAGAGTTACTGCGAGAAGTTTTTG
GTAACCAAGCTCAATCCGGACAACTCTCTCATGACCTATGCCTTTGCCCACCAGCACAAC
GCGAAACACGTGCGTGACGCTGCGTTGTTACAGATCATTGAAAACATGGAGAATGTTACC
AAAAGAGAGGAATACATGGAGCTTGTGGAAAAGGAGCCTCGTCCTGTCGTTGAAATCTAT
GAAGCTTATCTCTCCAAACAGGTTAACACAGCTGCTGGAGGAACTAGCACAATCAAAACA
TGTTGAAAATGTCAATCAACAAAGAAGTTGTTCTAGTTACCTTTTATTCCTTCTGTTAGG
TATAGCATGAGCCAGGTCAGCCGAACACTGTCCTGTTAAGCACTAGAAAATTGCACTCAA
AATTGTTGCAGGAAGCATCTTTATTTCATTTCATCTCTTGTCCTTGATCCTGGTCTTTAT
TAAAAAAATGTTTTTATCTTTGAGACGTGGCTTAAATTGAAAGATTTCTTGGATCCAGAG
TGGGGTTGTTCATGAATGATCTTGTCAGCTTATCTTACAGCTCATAATATCATCCATCCC

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL5159Contig1 758 2 4 U
CTGTCAATAGTTTGTATTTTATATATCTTTCAGGAAACTATAAGTAACTTCAAAAACTTA
CAATAAAATCAATGTTGCATATCCCAAACTTGAAAAGCTTTCCTATGACCACAACAATCC
TTCTGCAATAAAAGAGCTTATGGATCATTCAAATGAACATATAACCGCAACACAATGATA
ATACCAGTAACAAGATATATGAGTAGTACCCACGAAGAAATGAACAAAAACACCAATGAG
AACATATAGTAACACATTCACCATCTGGTCAACCAAGCTTCTTATCAGATCCTTTAATGT
TCAAGTTAAACCATTTCCTTTTCGATTTGTCTCTACTCTCTGTTCCACCTTCTTCTCCTG
CACAATCACCATCTCCTTTCTGCTCATCTCCCTGCGCTTTGCTGCTACTTCCATTGCTCA
AGTTGTTACCACTTGGTGGTGTCTTCACAACAGAAAAGGACGAATGAATGGAGTCCCGTT
GCTTTAGCAGTTCATCCACAGTTTGCTTCTCCTGGGTGTATCTGGTGGTAACTTCTTGAA
AGCGAGCCAAAGCTTTTCGGTACTCAGTTTCAAACTGCCGCAAGTCGTTCCTCTTTCTTA
AGATCTGAGCTTCAATCTCCTTCAACTTCTCTGTTGTGTCCTCATAGGTCTTGGCACAGA
GTGCCTCAATTGTGTAAGACGCAGTCTTAAAGAAGTTATCACCGTAAACTGCAAATATAT
GAGTGCCAGCTCTCAGTTCCGAGACCTCACAAGGTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER49JQ U 1
AF RR3AO31JQ U 142
BS 1 454 RR3ER49JQ
BS 455 455 RR3AO31JQ
BS 456 641 RR3ER49JQ
BS 642 758 RR3AO31JQ

RD RR3ER49JQ 641 0 0
CTGTCAATAGTTTGTATTTTATATATCTTTCAGGAAACTATAAGTAACTTCAAAAACTTA
CAATAAAATCAATGTTGCATATCCCAAACTTGAAAAGCTTTCCTATGACCACAACAATCC
TTCTGCAATAAAAGAGCTTATGGATCATTCAAATGAACATATAACCGCAACACAATGATA
ATACCAGTAACAAGATATATGAGTAGTACCCACGAAGAAATGAACAAAAACACCAATGAG
AACATATAGTAACACATTCACCATCTGGTCAACCAAGCTTCTTATCAGATCCTTTAATGT
TCAAGTTAAACCATTTCCTTTTCGATTTGTCTCTACTCTCTGTTCCACCTTCTTCTCCTG
CACAATCACCATCTCCTTTCTGCTCATCTCCCTGCGCTTTGCTGCTACTTCCATTGCTCA
AGTTGTTACCACTTGGTGGTGTCTTCACAACAGAGAAGGACGAATGAATGGAGTCCCGTT
GCTTTAGCAGTTCATCCACAGTTTGCTTCTCCTGGGTGTATCTGGTGGTAACTTCTTGAA
AGCGAGCCAAAGCTTTTCGGTACTCAGTTTCAAACTGCCGCAAGTCGTTCCTCTTTCTTA
AGATCTGAGCTTCAATCTCCTTCAACTTCTCTGTTGTGTCC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3AO31JQ 617 0 0
GGATCATTCAAATGAACATATAAC*GCAACACAATGATAATACCAGTGACAAGATATATG
AGTAGTACCCACGAAGAAATGAACAAAAACACCAATGAGAATATATAGTAACACATTCAT
CATCTGGTCAACCAAGCTTCTTGTCAGATCCTTTAATGTTCAAGTTGAACCATTTCCTTT
TCGATTTGTCTCTACTCTCTGTTCCACCTTCTTCTCCTGCACAATCACCATCTCCTTTCT
GCTCATCTCCCTGCGCTTTGCTGCTACTTCCATTGCTCAAGTTGTTACCACTTGGTGGTG
TCTTCACAACAGAAAAGGACGAATGAATGGAGTCCCGTTGCTTTAGCAGTTCATCCACAG
TTTGCTTCTCCTGGGTGTATCTGGTGGTAACTTCTTGAAAGCGAGCCAAAGCTTTTCGGT
ACTCAGTTTCAAACTGCCGCAAGTCGTTTCTCTTTCTTAAGATCTGAGCTTCAATCTCCT
TCAACTTCTCTGTTGTGTCCTCATAGGTCTTGGCACAGAGTGCCTCAATTGTGTAAGACG
CAGTCTTAAAGAAGTTATCACCGTAAACTGCAAATATATGAGTGCCAGCTCTCAGTTCCG
AGACCTCACAAGGTTGA

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL5160Contig1 1007 2 2 U
GGGCTTTTCTTCTTATTCCAAAAGCAAATCAAGAACGGAAATGGTGACTAGTTTTCTGTA
TCCACTGCCTCCGTCGGTATTGCTCACTACTATGACCGTCGTTAGTTTAGCCGCTCTGCC
GTTTATGGTTTGGTCGGAAATGAGAGGAAATAATCTGAAATACTCAAAATTCAACAACAA
CAACAATAAGGCATCATCATCATCACAAAAACAGCGATTGGGCAGCAGCATCTCGAGCAG
AGCCGGGATGCTTTTTCTATATACACCAGCGTTTCTAGCCGCTTCAGCTTCTTTCTTTCT
CTCACCTTCTGTAGATCTCAGGCTCCTTCTTCTCAAATCCGCACTGTCCCTCCATTTCTT
CAAAAGGGTCTTGGAGGTTCTGTTCATTCATAAGTACAGTGGAGGGATGTCCCTAGACGT
AGCTTTCACCATATCAAGCGGCTATTTCTCATCCACGGCGTTGGTGTTATACAGCCAAAG
CTTCACTCTGGGACTACCCGAGCCAGCTTTGGATCTGAAATTCTCCGGAGTTGTCATGTT
TGTGGTGGGGGATTGTTGGGAATCTCTATCACCATGTTCTGCTAGCTAAGCTGAGGACAG
AAGGTGAAGGTGGTGGGAAGAAAGAGTACAAGATACCAAAAGGTGGTTTGTTCGATACAG
TTATATGCCCTCATTACATGTTCGAGGTCCTTGTGTTTTGGGGATTCTTTATGATTTCTC
AGACTATTTACTCCCTTTCTTGGGCTATGGGAACTACTTTCTATTTATGGGTCGGAGCTA
TGCTACAAGAAGATGGTATCTTTCTAAGTTTGATGACTTCCCCAAGCATACCAAGGCGCT
CATTCCCTTTGTTTTCTAGAGAGATACTTCTACTGGCATGTGCCAAATCTTGTTTTTGTT
TCTTTACTGGTTTTGTTACATTACTGGGGAAATAACAGAACTGCGATTTATGGCACTAAT
AATGTTTTGTATAACTTTGAAAATGTATCTTTGACATGTTTTAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BU77TF U 1
AF RR3BU77JQ C 256
BS 1 731 RR3BU77TF
BS 732 1007 RR3BU77JQ

RD RR3BU77TF 731 0 0
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TCCACTGCCTCCGTCGGTATTGCTCACTACTATGACCGTCGTTAGTTTAGCCGCTCTGCC
GTTTATGGTTTGGTCGGAAATGAGAGGAAATAATCTGAAATACTCAAAATTCAACAACAA
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AGCCGGGATGCTTTTTCTATATACACCAGCGTTTCTAGCCGCTTCAGCTTCTTTCTTTCT
CTCACCTTCTGTAGATCTCAGGCTCCTTCTTCTCAAATCCGCACTGTCCCTCCATTTCTT
CAAAAGGGTCTTGGAGGTTCTGTTCATTCATAAGTACAGTGGAGGGATGTCCCTAGACGT
AGCTTTCACCATATCAAGCGGCTATTTCTCATCCACGGCGTTGGTGTTATACAGCCAAAG
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TGTGGTGGGGGATTGTTGGGAATCTCTATCACCATGTTCTGCTAGCTAAGCTGAGGACAG
AAGGTGAAGGTGGTGGGAAGAAAGAGTACAAGATACCAAAAGGTGGTTTGTTCGATACAG
TTATATGCCCTCATTACATGTTCGAGGTCCTTGTGTTTTGGGGATTCTTTATGATTTCTC
AGACTATTTAC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3BU77JQ 752 0 0
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TCTCAGGCTCCTTCTTCTCAAATCCGCACTGTCCCTCCATTTCTTCAAAAGGGTCTTGGA
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AAGCGGCTATTTCTCATCCACGGCGTTGGTGTTATACAGCCAAAGCTTCACTCTGGGACT
ACCCGAGCCAGCTTTGGATCTGAAATTCTCCGGAGTTGTCATGTTTGTGGTGGGG*ATTG
TTGGGAATCTCTATCACCATGTTTTGCTAGCTAAGCTGAGGACAGAAGGTGAAGGTGGTG
GGAAGAAAGAGTACAAGATACCAAAAGGTGGTTTGTTCGATACAGTTATATGCCCTCATT
ACATGTTCGAGGTCCTTGTGTTTTGGGGATTCTTTATGATTTCTCAGACTATTTACTCCC
TTTCTTGGGCTATGGGAACTACTTTCTATTTATGGGTCGGAGCTATGCTACAAGAAGATG
GTATCTTTCTAAGTTTGATGACTTCCCCAAGCATACCAAGGCGCTCATTCCCTTTGTTTT
CTAGAGAGATACTTCTACTGGCATGTGCCAAATCTTGTTTTTGTTTCTTTACTGGTTTTG
TTACATTACTGGGGAAATAACAGAACTGCGATTTATGGCACTAATAATGTTTTGTATAAC
TTTGAAAATGTATCTTTGACATGTTTTAGTTT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL5161Contig1 925 2 2 U
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TTCAGAAGGACCTGTACTGTACGTTGGCTATCACATGTTATTAGGAGTTGAGCTAGGTCC
AATGATAACTCATGTCTTGAAAGAGAGAAACATTCACTTGCGGGGTATGGCACATCCAAT
GCTTTTTATAAACAGCGAAGCTACGTTTGTGGACACACAGATACTTGACAAATACAAAAT
GTTGGGTTGAGTTCCTGTCTCCAACTTCAATATCTACAAACTACTGCAATCAAAGTCTCA
TGTGCTTTTGTACCCTGGAGGTATCCGTGAAGCTTTGCATAACAAGGGTGAAGAATACAA
GCTGTTCTGGCCAGAGCAACAAGAGTTTGTGAGAGTTGCATCTAAATTTGGAGCTAAGAT
TGTCCCTTTTGGTGTTGTTGGAGAAGACGACATCTGCCATCTTGTCCTTGATGGCGATGA
TCAAAGGAACATTCCTATCCTAAAGCAATTTATGGAAGAAGCAACAAAGCAAGCTGGAAA
CTTAAGGGAAGGAGATGAGACTGAACTGGGAAAGCAGGACTGCTATCTCCCAGGACTTCT
ACCTAAGATTCCTGGGCGATTCTACTTTTATTTTGGGAAGCCAATAGAAACTGCAGGCAA
GGAACAAGAGCTAAAAGACAAAGAGAAGGCTCAAGAGTTTTACTTGCAAGTCAAGTCTGA
GGTCGAACAATGCATTGCCTATTTGAAAATGAAGAGAGAGATTGATCCATACAGACACTT
GGTGCCAAGGATGTTGTATCAGGCTTCACACGGTTCCTCTGCTGAAATTCCGACGTTTGA
TCTCTGAATTGATTCTGGCTTTGAGTATTTGCATAATTACAATATACTATAGCTATGTTG
TACGCAGACATTACTTGTTGAAAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BL23TF U 1
AF RR3BL23JQ C 186
BS 1 652 RR3BL23TF
BS 653 925 RR3BL23JQ

RD RR3BL23TF 652 0 0
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AATGATAACTCATGTCTTGAAAGAGAGAAACATTCACTTGCGGGGTATGGCACATCCAAT
GCTTTTTATAAACAGCGAAGCTACGTTTGTGGACACACAGATACTTGACAAATACAAAAT
GTTGGGTTGAGTTCCTGTCTCCAACTTCAATATCTACAAACTACTGCAATCAAAGTCTCA
TGTGCTTTTGTACCCTGGAGGTATCCGTGAAGCTTTGCATAACAAGGGTGAAGAATACAA
GCTGTTCTGGCCAGAGCAACAAGAGTTTGTGAGAGTTGCATCTAAATTTGGAGCTAAGAT
TGTCCCTTTTGGTGTTGTTGGAGAAGACGACATCTGCCATCTTGTCCTTGATGGCGATGA
TCAAAGGAACATTCCTATCCTAAAGCAATTTATGGAAGAAGCAACAAAGCAAGCTGGAAA
CTTAAGGGAAGGAGATGAGACTGAACTGGGAAAGCAGGACTGCTATCTCCCAGGACTTCT
ACCTAAGATTCCTGGGCGATTCTACTTTTATTTTGGGAAGCCAATAGAAACT

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3BL23JQ 740 0 0
TTATAAACAGCGAAGCTACGTTTGTGGACACACAGATACTTGACAAATACAAAATGTTGG
GTTGAGTTCCTGTCTCCAACTTCAATATCTACAAACTACTGCAATCAAAGTCTCATGTGC
TTTTGTACCCTGGAGGTATCCGTGAAGCTTTGCATAACAAGGGTGAAGAATACAAGCTGT
TCTGGCCAGAGCAACAAGAGTTTGTGAGAGTTGCATCTAAATTTGGAGCTAAGATTGTCC
CTTTTGGTGTTGTTGGAGAAGACGACATCTGCCATCTTGTCCTTGATGGCGATGATCAAA
GGAACATTCCTATCCTAAAGCAATTTATGGAAGAAGCAACAAAGCAAGCTGGAAACTTAA
GGGAAGGAGATGAGACTGAACTGGGAAAGCAGGACTGCTATCTCCCAGGACTTCTACCTA
AGATTCCTGGGCGATTCTACTTTTATTTTGGGAAGCCAATAGAAACTGCAGGCAAGGAAC
AAGAGCTAAAAGACAAAGAGAAGGCTCAAGAGTTTTACTTGCAAGTCAAGTCTGAGGTCG
AACAATGCATTGCCTATTTGAAAATGAAGAGAGAGATTGATCCATACAGACACTTGGTGC
CAAGGATGTTGTATCAGGCTTCACACGGTTCCTCTGCTGAAATTCCGACGTTTGATCTCT
GAATTGATTCTGGCTTTGAGTATTTGCATAATTACAATATACTATAGCTATGTTGTACGC
AGACATTACTTGTTGAAAAA

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL5162Contig1 825 2 4 U
GTCTAGAGATCTCTCTATCTCTATCTTCATTATTTTCCTCTCTAGAGGACATAAACAGTG
ACATTCTATCTGAACGCATCTATGGCTGCTCTGGTTCTTTCACTTCCCATTCTAGCCATG
GCCGGAGACTCTAGTGCGTCATGGTGTGTGTGCAAAACAGGGCTCAGTGATTCAGTGCTA
CAGAATACCTTAGACTACGCCTGTGGAAATGGAGCAGACTGTAATCCCACTCACCCAAAG
GCACCTTGCTTTAACCCTGACAACGTCAGGTCGCACTGCAACTATGCGGTCAATAGCTTC
TTTCAAAAGAAGGGTCAATCTCCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACTGCCACTCCAACT
ACCACTGATCCAAGCTATTCAGGATGTACCTTCCCAACTAGTGCTAGCGGCTCTGGAGGC
AGCACCACTGTGACACCAGGCACAACCAATCCAAAAGGCAGCTCAACCACCACCACATTT
CCTGGTGGCAACAGTCCTTATTCAGGAACCTCAGCCAATGGAGGTTTTGGAAACAATAGC
ACAGGAGCCACTGGGACAGGGATTAATCCAGATTACTCAATAGAAAGCAGTGCCTTTGCT
CTCGAGAACTCAAGCAAATTGTTCACTTGCCTTATCTTGATCTCTTTAAGTGGATTATGT
TATTTCTCGATGCTGTTCTAAGGGTGTTAACTGTTAATGTTCTCATGTTTTGTTGGTGCA
CTTATTGTCTCTAGGACATTGTATTGTCTCTAGGACATCGGTCTAGCTTAGTGGTAGTCT
ATGTATGTGTGTGTTTTAGTTCTGTGTTATTTCTTGTTGTGAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FE40TF U 1
AF RR3FE40JQ C 99
BS 1 505 RR3FE40TF
BS 506 506 RR3FE40JQ
BS 507 555 RR3FE40TF
BS 556 825 RR3FE40JQ

RD RR3FE40TF 555 0 0
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ACATTCTATCTGAACGCATCTATGGCTGCTCTGGTTCTTTCACTTCCCATTCTAGCCATG
GCCGGAGACTCTAGTGCGTCATGGTGTGTGTGCAAAACAGGGCTCAGTGATTCAGTGCTA
CAGAATACCTTAGACTACGCCTGTGGAAATGGAGCAGACTGTAATCCCACTCACCCAAAG
GCACCTTGCTTTAACCCTGACAACGTCAGGTCGCACTGCAACTATGCGGTCAATAGCTTC
TTTCAAAAGAAGGGTCAATCTCCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACTGCCACTCCAACT
ACCACTGATCCAAGCTATTCAGGATGTACCTTCCCAACTAGTGCTAGCGGCTCTGGAGGC
AGCACCACTGTGACACCAGGCACAACCAATCCAAAAGGCAGCTCAACCACCACCACATTT
CCTGGTGGCAACAGTCCTTATTCAG*AACCTCAGCCAATGGAGGTTTTGGAAACAATAGC
ACAGGAGCCACTGGG

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3FE40JQ 727 0 0
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AGGGCTCAGTGATTCAGTGCTACAGAATACCTTAGACTACGCCTGTGGAAATGGAGCAGA
CTGTAATCCCACTCACCCAAAGGCACCTTGCTTTAACCCTGACAACGTCAGGTCGCACTG
CAACTATGCGGTCAATAGCTTCTTTCAAAAGAAGGGTCAATCTCCAGGCACTTGTGATTT
CAGTGGCACTGCCACTCCAACTACCACTGATCCAAGCTATTCAGGATGTACCTTCCCAAC
TAGTGCTAGCGGCTCTGGAGGCAGCACCACTGTGACACCAGGCACAACCAATCCAAAAGG
CAGCTCAACCACCACCACATTTCCTGGTGGCAACAGTCCTTATTCAGGAACCTCAGCCAA
TGGAGGTTTTGGAAACAATAGCACAGGAGCCACTGGGACAGGGATTAATCCAGATTACTC
AATAGAAAGCAGTGCCTTTGCTCTCGAGAACTCAAGCAAATTGTTCACTTGCCTTATCTT
GATCTCTTTAAGTGGATTATGTTATTTCTCGATGCTGTTCTAAGGGTGTTAACTGTTAAT
GTTCTCATGTTTTGTTGGTGCACTTATTGTCTCTAGGACATTGTATTGTCTCTAGGACAT
CGGTCTAGCTTAGTGGTAGTCTATGTATGTGTGTGTTTTAGTTCTGTGTTATTTCTTGTT
GTGAGAT

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL5163Contig1 467 2 1 U
GGCCCATTTCGTTGTTCGTCGTCGTCGTACATCTCTCTCTCTAGCTCTCCTCGCTCTTCT
ACTCAGAGAATTTGTGCAAGGTTGAAAATGGCAGGACACAAGGTTGCGCATGCCACACTT
AAAGGCCCGAGTGTGGTGAAGGAATTAGTTATCGGTTTGGCGTTGGGTTTAGCTGCTGGT
GGTCTCTGGAAAATGCACCACTGGAACGAGCAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATGACTTG
CTCGAGAGAGGCGAGATCAGCGTTGTCCACCCTGAAGAGTGAAACTCAACACTATGCCAC
CACTCTCTCAAGCTCTATTTTTATGTTATTATTATTGTTTCTTGACTTCTTAGACAAAAG
TTACCTGAGAAAAAGGGTTGCTTGCTTAAGAAATAAACAACAAATGGGAGCTCTTTGTTA
AGTTTCAGAACATCTTTCTTGTGATAAAAATATGTGGTATTTTCTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FR25JQ C 1
AF RR3FR25TF U 1
BS 1 467 RR3FR25TF

RD RR3FR25JQ 467 0 0
GGCCCATTTCGTTGTTCGTCGTCGTCGTACATCTCTCTCTCTAGCTCTCCTCGCTCTTCT
ACTCAGAGAATTTGTGCAAGGTTGAAAATGGCAGGACACAAGGTTGCGCATGCCACACTT
AAAGGCCCGAGTGTGGTGAAGGAATTAGTTATCGGTTTGGCGTTGGGTTTAGCTGCTGGT
GGTCTCTGGAAAATGCACCACTGGAACGAGCAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATGACTTG
CTCGAGAGAGGCGAGATCAGCGTTGTCCACCCTGAAGAGTGAAACTCAACACTATGCCAC
CACTCTCTCAAGCTCTATTTTTATGTTATTATTATTGTTTCTTGACTTCTTAGACAAAAG
TTACCTGAGAAAAAGGGTTGCTTGCTTAAGAAATAAACAACAAATGGGAGCTCTTTGTTA
AGTTTCAGAACATCTTTCTTGTGATAAAAATATGTGGTATTTTCTCG

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR3FR25TF 467 0 0
GGCCCATTTCGTTGTTCGTCGTCGTCGTACATCTCTCTCTCTAGCTCTCCTCGCTCTTCT
ACTCAGAGAATTTGTGCAAGGTTGAAAATGGCAGGACACAAGGTTGCGCATGCCACACTT
AAAGGCCCGAGTGTGGTGAAGGAATTAGTTATCGGTTTGGCGTTGGGTTTAGCTGCTGGT
GGTCTCTGGAAAATGCACCACTGGAACGAGCAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATGACTTG
CTCGAGAGAGGCGAGATCAGCGTTGTCCACCCTGAAGAGTGAAACTCAACACTATGCCAC
CACTCTCTCAAGCTCTATTTTTATGTTATTATTATTGTTTCTTGACTTCTTAGACAAAAG
TTACCTGAGAAAAAGGGTTGCTTGCTTAAGAAATAAACAACAAATGGGAGCTCTTTGTTA
AGTTTCAGAACATCTTTCTTGTGATAAAAATATGTGGTATTTTCTCG

QA 1 467 1 467
DS 



AS 1 2

CO CL5164Contig1 935 2 2 U
GACCCTTATTGGCTTTGTAAACCCATATTCCGAAGTATTCCAAAACCTCATCTTTTTTTT
TTTTAATTATACCGGAGTATTTTGGTTCCCACAGAAGTGAGTCCAGACTAACCACATGTT
TGCAGCCTATATTATCGGCCTATGTGTCGACCTCCTGTTCCTAGCGATGCTGAAATGTTA
ATTCCACAGTGATCAGCGGGATTTGAACCCGGATCCGTATTGACCAAACCCCATCTTTTC
GAGTAAAAGACACCAACTGTCAACTAATTTTACCGGGAAAAACCTGAGCACCCACATTCT
ATCTGCACTATCTCTCTCGTCAGCACATGCACCTATAGGCTATATTCAGTTTATGACATT
TCGTTGTTTATAATTCTTATTAAATTTATATTAACTGTTAATAAAACATGCACCTATATA
TTGTGTTATAAAACTTATAACCATTTTTTAATGTTCATATGTTAGAAACGTGTGGCGTAT
TCGTCAAGGTAGCTGATGAACCTGCCTTGGAGACGAATGTAGGAGTTAACGTCAAACTTA
ATATGTTAGAAACTTGTAACTTATTTGACAGATTATGTTTTTTTCCTGCTTTCTCCATTT
CCTTTTTGTCAATAATGTAGTTTGTTAACGCAATTGCAAAATGTAAGCCGGACTGAAGTG
TATATACATTTTTATGCACCACCGAAAAATTTTTGGGTAATTAAATGACTGGAATTACAT
AAATTGCTAAAATATAAGTTTGACTACTCTAAGTAGTGAATCATACGATATGTTGGAAGA
TTCATAATATTTTTTTGCTAATTTTGCAAGTGAATTTGCTCCGTGGAACATATGTAGATC
CAGAATAATGTATGTTCTAAAAAAATCCATTAGAGGTCTTATTAGCTGCTAGTATCACTT
ACTCACTGTCAACAAGACAAGCTTATATTTTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H192TF U 1
AF RR3H192JQ C 248
BS 1 712 RR3H192TF
BS 713 935 RR3H192JQ

RD RR3H192TF 712 0 0
GACCCTTATTGGCTTTGTAAACCCATATTCCGAAGTATTCCAAAACCTCATCTTTTTTTT
TTTTAATTATACCGGAGTATTTTGGTTCCCACAGAAGTGAGTCCAGACTAACCACATGTT
TGCAGCCTATATTATCGGCCTATGTGTCGACCTCCTGTTCCTAGCGATGCTGAAATGTTA
ATTCCACAGTGATCAGCGGGATTTGAACCCGGATCCGTATTGACCAAACCCCATCTTTTC
GAGTAAAAGACACCAACTGTCAACTAATTTTACCGGGAAAAACCTGAGCACCCACATTCT
ATCTGCACTATCTCTCTCGTCAGCACATGCACCTATAGGCTATATTCAGTTTATGACATT
TCGTTGTTTATAATTCTTATTAAATTTATATTAACTGTTAATAAAACATGCACCTATATA
TTGTGTTATAAAACTTATAACCATTTTTTAATGTTCATATGTTAGAAACGTGTGGCGTAT
TCGTCAAGGTAGCTGATGAACCTGCCTTGGAGACGAATGTAGGAGTTAACGTCAAACTTA
ATATGTTAGAAACTTGTAACTTATTTGACAGATTATGTTTTTTTCCTGCTTTCTCCATTT
CCTTTTTGTCAATAATGTAGTTTGTTAACGCAATTGCAAAATGTAAGCCGGACTGAAGTG
TATATACATTTTTATGCACCACCGAAAAATTTTTGGGTAATTAAATGACTGG

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3H192JQ 688 0 0
AGACACCAACTGTCAACTAATTTTACCGGGAAAAACCTGAGCACCCACATTCTATCTGCA
CTATCTCTCTCGTCAGCACATGCACCTATAGGCTATATTCAGTTTATGACATTTCGTTGT
TTATAATTCTTATTAAATTTATATTAACTGTTAATAAAACATGCACCTATATATTGTGTT
ATAAAACTTATAACCATTTTTTAATGTTCATATGTTAGAAACGTGTGGCGTATTCGTCAA
GGTAGCTGATGAACCTGCCTTGGAGACGAATGTAGGAGTTAACGTCAAACTTAATATGTT
AGAAACTTGTAACTTATTTGACAGATTATGTTTTTTTCCTGCTTTCTCCATTTCCTTTTT
GTCAATAATGTAGTTTGTTAACGCAATTGCAAAATGTAAGCCGGACTGAAGTGTATATAC
ATTTTTATGCACCACCGAAAAATTTTTGGGTAATTAAATGACTGGAATTACATAAATTGC
TAAAATATAAGTTTGACTACTCTAAGTAGTGAATCATACGATATGTTGGAAGATTCATAA
TATTTTTTTGCTAATTTTGCAAGTGAATTTGCTCCGTGGAACATATGTAGATCCAGAATA
ATGTATGTTCTAAAAAAATCCATTAGAGGTCTTATTAGCTGCTAGTATCACTTACTCACT
GTCAACAAGACAAGCTTATATTTTTATC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL5165Contig1 756 2 2 U
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CACTTCTTCTTTTGGTTGATCTCTAGGGTTTTCCTGATCGCTTGTTTGGGTTTTCGTGTC
TGAGCACATGGCTTCGAAGAGGATTTTGAAAGAGCTCAAGGATTTGCAGAAGGATCCTCC
TTCAAACTGTAGCGCAGGTCCTGTGGCTGAGGACATGTTCCATTGGCAAGCAACTATCAT
GGGACCTCCTGACAGTCCTTATGCTGGAGGAGTCTTTTTGGTCTCCATTCACTTCCCTCC
GGACTATCCTTTCAAGCCACCTAAGGTGTCTTTTAAGACGAGGGTGTACCATCCCAACAT
CAACAGCAACGGAAGCATTTGCCTTGATATCCTGAAAGAACAGTGGAGTCCTGCTCTTAC
CGTATCCAAGGTATTGCTGTCGATTTGCTCATTGCTGACAGACCCGAACCCAGATGATCC
TCTTGTGCCAGAGATTGCCCATATGTACAAGACGGATAAGACCAAGTACGAGTCAACTGC
ACGAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATGGGGTGATGAAGACCCAAAAGTGGTGGTCCAAG
TCGGATCAAAATCATTAAAATAAAAACTGCATTTGTTGGGGTTTATTTAGTAAAACGCTT
TTGTGTGATCATATCATAATCGAGCAACTTATATGCTTTGATCTCTCTTAATCTTGTCTG
CTGATATCATTATCATCATTCACCTATTTTACGGTT


BQ
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AF RR3AW36JQ C 1
AF RR3AW36TF U 1
BS 1 751 RR3AW36TF
BS 752 756 RR3AW36JQ

RD RR3AW36JQ 756 0 0
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CACTTCTTCTTTTGGTTGATCTCTAGGGTTTTCCTGATCGCTTGTTTGGGTTTTCGTGTC
TGAGCACATGGCTTCGAAGAGGATTTTGAAAGAGCTCAAGGATTTGCAGAAGGATCCTCC
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GGGACCTCCTGACAGTCCTTATGCTGGAGGAGTCTTTTTGGTCTCCATTCACTTCCCTCC
GGACTATCCTTTCAAGCCACCTAAGGTGTCTTTTAAGACGAGGGTGTACCATCCCAACAT
CAACAGCAACGGAAGCATTTGCCTTGATATCCTGAAAGAACAGTGGAGTCCTGCTCTTAC
CGTATCCAAGGTATTGCTGTCGATTTGCTCATTGCTGACAGACCCGAACCCAGATGATCC
TCTTGTGCCAGAGATTGCCCATATGTACAAGACGGATAAGACCAAGTACGAGTCAACTGC
ACGAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATGGGGTGATGAAGACCCAAAAGTGGTGGTCCAAG
TCGGATCAAAATCATTAAAATAAAAACTGCATTTGTTGGGGTTTATTTAGTAAAACGCTT
TTGTGTGATCATATCATAATCGAGCAACTTATATGCTTTGATCTCTCTTAATCTTGTCTG
CTGATATCATTATCATCATTCACCTATTTTACGGTT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3AW36TF 751 0 0
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CACTTCTTCTTTTGGTTGATCTCTAGGGTTTTCCTGATCGCTTGTTTGGGTTTTCGTGTC
TGAGCACATGGCTTCGAAGAGGATTTTGAAAGAGCTCAAGGATTTGCAGAAGGATCCTCC
TTCAAACTGTAGCGCAGGTCCTGTGGCTGAGGACATGTTCCATTGGCAAGCAACTATCAT
GGGACCTCCTGACAGTCCTTATGCTGGAGGAGTCTTTTTGGTCTCCATTCACTTCCCTCC
GGACTATCCTTTCAAGCCACCTAAGGTGTCTTTTAAGACGAGGGTGTACCATCCCAACAT
CAACAGCAACGGAAGCATTTGCCTTGATATCCTGAAAGAACAGTGGAGTCCTGCTCTTAC
CGTATCCAAGGTATTGCTGTCGATTTGCTCATTGCTGACAGACCCGAACCCAGATGATCC
TCTTGTGCCAGAGATTGCCCATATGTACAAGACGGATAAGACCAAGTACGAGTCAACTGC
ACGAAGCTGGACACAGAAGTACGCCATGGGGTGATGAAGACCCAAAAGTGGTGGTCCAAG
TCGGATCAAAATCATTAAAATAAAAACTGCATTTGTTGGGGTTTATTTAGTAAAACGCTT
TTGTGTGATCATATCATAATCGAGCAACTTATATGCTTTGATCTCTCTTAATCTTGTCTG
CTGATATCATTATCATCATTCACCTATTTTA

QA 1 751 1 751
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5167Contig1 776 2 2 U
GAGCTTCTTGTTGATGCTGTAGATAATGGTGGAAAAGAACCTGCTCATATCGAGATAGAA
GTTGACAAGTATGCTGCTGAGTCTGGAGTGGAGGGTGATTACGATGCACAGTTCAAGAAC
TTGGAGAAGTTAGTCACTGATTTGCAGAATCAGATTCTCTACAAGCTTGATGAAGGACTT
AAACCTGTTGTTGCTTCTACGTCCCAGACCAGTTCGGAGAGTAACAAAGTGTCTGAGCCT
GGATATTACAGTCGAAGGCCTTTTCCATCAGGCCCTCCGGTCTTTGGTGGTTTTGGCGAT
GGGAGGAGCATGCTTGTAGGACCTAATGATACTCGCATGTTTCCCGGATTTGGTGATCAT
CCTAGCTTCATGATACCACCACAACCGGGTGTCCCACCTCCTGGTGTTCGGTATGATCCA
CGTCCACATAATGGCCCAGATTTTGGCCCAGGTTTTGAGCCAGGCCCGTTCAGAAGGCCT
CCTCCAAGGAGGCCAGAAGATGTTCATCCCGATCTTCAGCATTATCGCCGCGGTTATGAT
GCAGGCTATATAGGCGGTTATGATGCATTCTATAGATTAGCCCATATGCAGTCTAAAGGA
AAGCCATCTTAGAAAAAAAAAGCACAAATTCATCTTTGTTTTAATGATATAAGCTATATT
TGCTTTGCTTTTAGTCAATATTTCCCTAGCTGTTTATTTCTTTCTTTGTTTCTGTTGCAT
AGCTGCTTTATTTTTATAACTTTGATATATATAAATAAAGTTTTGGTCTATTTCGC


BQ
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AF RR3B916TF U 1
AF RR3B916JQ C 1
BS 1 464 RR3B916TF
BS 465 776 RR3B916JQ

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GTTGACAAGTATGCTGCTGAGTCTGGAGTGGAGGGTGATTACGATGCACAGTTCAAGAAC
TTGGAGAAGTTAGTCACTGATTTGCAGAATCAGATTCTCTACAAGCTTGATGAAGGACTT
AAACCTGTTGTTGCTTCTACGTCCCAGACCAGTTCGGAGAGTAACAAAGTGTCTGAGCCT
GGATATTACAGTCGAAGGCCTTTTCCATCAGGCCCTCCGGTCTTTGGTGGTTTTGGCGAT
GGGAGGAGCATGCTTGTAGGACCTAATGATACTCGCATGTTTCCCGGATTTGGTGATCAT
CCTAGCTTCATGATACCACCACAACCGGGTGTCCCACCTCCTGGTGTTCGGTATGATCCA
CGTCCACATAATGGCCCAGATTTTGGCCCAGGTTTTGAGCCAGG

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR3B916JQ 776 0 0
GAGCTTCTTGTTGATGCTGTAGATAATGGTGGAAAAGAACCTGCTCATATCGAGATAGAA
GTTGACAAGTATGCTGCTGAGTCTGGAGTGGAGGGTGATTACGATGCACAGTTCAAGAAC
TTGGAGAAGTTAGTCACTGATTTGCAGAATCAGATTCTCTACAAGCTTGATGAAGGACTT
AAACCTGTTGTTGCTTCTACGTCCCAGACCAGTTCGGAGAGTAACAAAGTGTCTGAGCCT
GGATATTACAGTCGAAGGCCTTTTCCATCAGGCCCTCCGGTCTTTGGTGGTTTTGGCGAT
GGGAGGAGCATGCTTGTAGGACCTAATGATACTCGCATGTTTCCCGGATTTGGTGATCAT
CCTAGCTTCATGATACCACCACAACCGGGTGTCCCACCTCCTGGTGTTCGGTATGATCCA
CGTCCACATAATGGCCCAGATTTTGGCCCAGGTTTTGAGCCAGGCCCGTTCAGAAGGCCT
CCTCCAAGGAGGCCAGAAGATGTTCATCCCGATCTTCAGCATTATCGCCGCGGTTATGAT
GCAGGCTATATAGGCGGTTATGATGCATTCTATAGATTAGCCCATATGCAGTCTAAAGGA
AAGCCATCTTAGAAAAAAAAAGCACAAATTCATCTTTGTTTTAATGATATAAGCTATATT
TGCTTTGCTTTTAGTCAATATTTCCCTAGCTGTTTATTTCTTTCTTTGTTTCTGTTGCAT
AGCTGCTTTATTTTTATAACTTTGATATATATAAATAAAGTTTTGGTCTATTTCGC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL5168Contig1 756 2 1 U
AACCTCCTCATCAAACCACCGTAGAATCTTTCAACCATCGTTCCCGACATGTCCTGTTAG
AGCACGCACCCGGTATCTACTCACCGGCGAAACGTTATAGAAGTCGATGCATTTAGTCGT
CGTCTTTAATGCATTCATTAACAACCTTTTCCCATTCCTCCCACGATTTGTAATTCAATG
TATCTCCATTACTGCCATTGTGTAAATTTTCAACTATAAATTGAGGGTCAATAACATCGT
ATGGGTTCTTTTCTCTTTCTCTTAAAGGTTTCTCTTCACAGGAGAAGGAGTATTGTGGAT
AGATTTTAAGGGATCAGCAAAAAATTGGTTTTGGATTCTGCTCGCTTATGTGGTTGTAGT
TTGTTTCTTTTGTCTGTCTCTCCATCTGATTTGTCCTTCTCATGTTACAGTCGTTGGCTA
AAGCCAAAAGTCTTTTTAAAAGAAATATAGGGCTAAACGGTATAAGCTGAAATAAATGAG
AAAAGAGTTGGAAGATATAAAAAGGGGATTTTGCTAATGCATCCAAAGTTTGTTGATTCT
AAAAAGAGATATTGTTGTGGTTGATCTCATGTTTCACATCTGTAGGGCTGAAGTGGCTAA
GGTGGAAAAACTTAAAAAGGAACTCCAAAAAGCCACACTGCTTGAATCGTGTAAACGTGT
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TTTCTAGAAAGGAGTTGTCATAGAGATGAATCCCAT


BQ
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AF RR3B278JQ C 1
AF RR3B278TF U 1
BS 1 756 RR3B278TF

RD RR3B278JQ 756 0 0
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TATCTCCATTACTGCCATTGTGTAAATTTTCAACTATAAATTGAGGGTCAATAACATCGT
ATGGGTTCTTTTCTCTTTCTCTTAAAGGTTTCTCTTCACAGGAGAAGGAGTATTGTGGAT
AGATTTTAAGGGATCAGCAAAAAATTGGTTTTGGATTCTGCTCGCTTATGTGGTTGTAGT
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AAGCCAAAAGTCTTTTTAAAAGAAATATAGGGCTAAACGGTATAAGCTGAAATAAATGAG
AAAAGAGTTGGAAGATATAAAAAGGGGATTTTGCTAATGCATCCAAAGTTTGTTGATTCT
AAAAAGAGATATTGTTGTGGTTGATCTCATGTTTCACATCTGTAGGGCTGAAGTGGCTAA
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TTTCTAGAAAGGAGTTGTCATAGAGATGAATCCCAT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3B278TF 756 0 0
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TATCTCCATTACTGCCATTGTGTAAATTTTCAACTATAAATTGAGGGTCAATAACATCGT
ATGGGTTCTTTTCTCTTTCTCTTAAAGGTTTCTCTTCACAGGAGAAGGAGTATTGTGGAT
AGATTTTAAGGGATCAGCAAAAAATTGGTTTTGGATTCTGCTCGCTTATGTGGTTGTAGT
TTGTTTCTTTTGTCTGTCTCTCCATCTGATTTGTCCTTCTCATGTTACAGTCGTTGGCTA
AAGCCAAAAGTCTTTTTAAAAGAAATATAGGGCTAAACGGTATAAGCTGAAATAAATGAG
AAAAGAGTTGGAAGATATAAAAAGGGGATTTTGCTAATGCATCCAAAGTTTGTTGATTCT
AAAAAGAGATATTGTTGTGGTTGATCTCATGTTTCACATCTGTAGGGCTGAAGTGGCTAA
GGTGGAAAAACTTAAAAAGGAACTCCAAAAAGCCACACTGCTTGAATCGTGTAAACGTGT
TGTGAAACCAAGAAAGATGAACCAAAGGCTATGTAATCAGATGGTTTCAGTAATAATTTT
TTTCTAGAAAGGAGTTGTCATAGAGATGAATCCCAT

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL5169Contig1 1036 2 2 U
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TCTTCTTCCCCTCCTCCTCCTCAGCGATTCCAGCTCGGAATCTCACCTTCTCGTGTTCTC
TTCCCTAATCTCCGAGCTAACTCCCCCGCCGCCGCTCTATCCCTGCGAACCACTCGCCGT
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GAGATCCCTGGTGTTAGCAATATGGATTTCTTGAATATGGCTTTCAATGCTCGCAAAAGG
AAGCTTGGTCAGCCAGAGCTTGATCCAATCCAGTTCTACAGCCACTTAGTATCTAAGCTT
GAAGTCGTGAATATGAAGACGGATTTTCTGAACCGGAATGTGAATGAAGGGTTTAGTGGT
GGTGAAAGGAAACGCAATGAGATTCTACAGTTAGCGGTCCTCGGAGCCGAGTTGGCTATA
CTGGACGAGATAGATTCAGGGCTTGTGAAAAGTTCAGCGACGAAGAAGAGGAATCTGAGT
TCAAGGCTAGAACAAGAACCACCACAACTACTCGTGTTCAAAGTAGAGGCAAGGATTATG
TTTTTTGCTTAAAGCAAATCCCTTTCTGTAACTTTATGTGCCTTGGAGCTATGCTAATAA
TATCTACCTTTGCTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP47TF U 1
AF RR3AP47JQ C 286
BS 1 749 RR3AP47TF
BS 750 1036 RR3AP47JQ

RD RR3AP47TF 749 0 0
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TCCATGGCCGGCGTAAATCTACATCTCCGTCACTCCGTTGCTCAATTGATTCCAGCTGTT
TCTTCTTCCCCTCCTCCTCCTCAGCGATTCCAGCTCGGAATCTCACCTTCTCGTGTTCTC
TTCCCTAATCTCCGAGCTAACTCCCCCGCCGCCGCTCTATCCCTGCGAACCACTCGCCGT
TCGAACACTGTTTCCGCGTCTCCCGTCGGTTCTTCCACCTCCTCGGATTCGTTGGCGGGA
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ATTGTTGAATCGAGGCAGGAGATACTAAAGGGAGTCAACTTGGTTGTCTACGAAGGAGAG
ATACACGCAGTGATGGGGAAGAATGGTTCAGGGAAGAGCACATTCTCTAAGGTTCTTGTT
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GATATGGAACCTGAGGAAAGATCTCTTGCTGGCTTGTTTATGAGTTTCCAGTCCCCAGTT
GAGATCCCTGGTGTTAGCAATATGGATTTCTTGAATATGGCTTTCAATGCTCGCAAAAGG
AAGCTTGGTCAGCCAGAGCTTGATCCAATCCAGTTCTACAGCCACTTAGTATCTAAGCTT
GAAGTCGTGAATATGAAGACGGATTTTCT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3AP47JQ 751 0 0
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GATCTGAGAGCTGTGATTGTTGAATCGAGGCAGGAGATACTAAAGGGAGTCAACTTGGTT
GTCTACGAAGGAGAGATACACGCAGTGATGGGGAAGAATGGTTCAGGGAAGAGCACATTC
TCTAAGGTTCTTGTTGGTCATCCTGATTATGAAGTGACGGGAGGGAGTATTGTATTCAAA
GGGCAGAATCTACTTGATATGGAACCTGAGGAAAGATCTCTTGCTGGCTTGTTTATGAGT
TTCCAGTCCCCAGTTGAGATCCCTGGTGTTAGCAATATGGATTTCTTGAATATGGCTTTC
AATGCTCGCAAAAGGAAGCTTGGTCAGCCAGAGCTTGATCCAATCCAGTTCTACAGCCAC
TTAGTATCTAAGCTTGAAGTCGTGAATATGAAGACGGATTTTCTGAACCGGAATGTGAAT
GAAGGGTTTAGTGGTGGTGAAAGGAAACGCAATGAGATTCTACAGTTAGCGGTCCTCGGA
GCCGAGTTGGCTATACTGGACGAGATAGATTCAGGGCTTGTGAAAAGTTCAGCGACGAAG
AAGAGGAATCTGAGTTCAAGGCTAGAACAAGAACCACCACAACTACTCGTGTTCAAAGTA
GAGGCAAGGATTATGTTTTTTGCTTAAAGCAAATCCCTTTCTGTAACTTTATGTGCCTTG
GAGCTATGCTAATAATATCTACCTTTGCTGT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

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AAAAAACCAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAACAAATTTTCTTTTATCTTTTTCTCCCTTC
TATTACATTTACACTTTCTCTATTCGTGTTTTGTTCTTTTGTAAGATAATGGGAGCCAAA
GATACGGCGGCTCTAGAGACACAGTCTATCGAGGAAAATTTCGACCAGCCATCTCCTCTC
CGTAAGATCATCTCCGTCGCTTCCATCGCCGCCGGTGTACAGTTCGGGTGGGCTCTGCAG
CTCTCTCTCCCGACTCCTTACGTACAACTTCTCGGTATCCCTCACAAATGGTCGTCTCTC
ATCTGGCTATGTGGTCCCATCTCTGGCATGATTGTTCAACCTATCGTAGGTTACTATAGT
GACAGATGCACGTCGAGATTCGGTCGCCGACGTCCTTTCATCCTTGCTGTTGGTTTGGCC
ATGACGGTTCTTGTTACAAAGTTGGCGGCGGATTACCGCAAAACCGCCGGTCCTTATGCC
GGACCGTCGCCTGGTATTAGAGCTGGAGCGTTAAGTCTCTTTGCTGTTCTTGGTATCCCA
TTAGCTATTACTTTCAGTATTCCGTTTGCACTAGCCTCCATATTTTCAAGCAGTTCCGGC
GCCGGCCAAAGACTTTCTTTAGGGGTTTTAAATTTGGCGATTGTGATACCACAAATGATA
GTATCACTAGGAGGAGGACCTTTCGATGCTTTATTTGGCGGTGGAAACCTACCAGCATTT
ATTGTGGGAGCAATCGCAGCGGCGATCAGTGGAGTATTAGCGTTAACCGTTTTACCTTCA
CCGCCACCGGACGCACCTGACTTGAAGTCAGGAGCCATGGGATTCCATTAGTTTACTTTT
TATGTTTATAATTTTCTTATAAAACTCATCATCAAATACAGTAATATATTTCAAAACTAC
AAAACCCCAAAAAAAAAGAATACAAAAAGTGATAAAGTATAATAACCTTGGGTTATCTGT
ATTTCACCCTTCCGTTTAGTTCTTGTTCTTGTTACCGATTATCAATTTAAAGTAGATTTT
GTTTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG63TF U 1
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AAAAAACCAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAACAAATTTTCTTTTATCTTTTTCTCCCTTC
TATTACATTTACACTTTCTCTATTCGTGTTTTGTTCTTTTGTAAGATAATGGGAGCCAAA
GATACGGCGGCTCTAGAGACACAGTCTATCGAGGAAAATTTCGACCAGCCATCTCCTCTC
CGTAAGATCATCTCCGTCGCTTCCATCGCCGCCGGTGTACAGTTCGGGTGGGCTCTGCAG
CTCTCTCTCCCGACTCCTTACGTACAACTTCTCGGTATCCCTCACAAATGGTCGTCTCTC
ATCTGGCTATGTGGTCCCATCTCTGGCATGATTGTTCAACCTATCGTAGGTTACTATAGT
GACAGATGCACGTCGAGATTCGGTCGCCGACGTCCTTTCATCCTTGCTGTTGGTTTGGCC
ATGACGGTTCTTGTTACAAAGTTGGCGGCGGATTACCGCAAAACCGCCGGTCCTTATGCC
GGACCGTCGCCTGGTATTAGAGCTGGAGCGTTAAGTCTCTTTGCTGTTCTTGGTATCCCA
TTAGCTATTACTTTCAGTATTCCGTTTGCACTAGCCTCCATATTTTCAAGCAGTTCCGGC
GCCGGCCAAAGACTTTCTTTAGGGGTTTTAAATTTGGCGATTGTGATACCACAAATGATA
GTATCACTAGGAGGAGGACCTTTCGATGCTTTATTTGGCGGTGGAAACCTACCAGCATTT
ATTGTGGGAGCAATCGCAGCGGCGATCAGTGGAGTATTAGCGTTA*CCGTTTTACCT

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR3AG63JQ 702 0 0
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GCCGACGTCCTTTCATCCTTGCTGTTGGTTTGGCCATGACGGTTCTTGTTACAAAGTTGG
CGGCGGATTACCGCAAAACCGCCGGTCCTTATGCCGGACCGTCGCCTGGTATTAGAGCTG
GAGCGTTAAGTCTCTTTGCTGTTCTTGGTATCCCATTAGCTATTACTTTCAGTATTCCGT
TTGCACTAGCCTCCATATTTTCAAGCAGTTCCGGCGCCGGCCAAGGACTTTCTTTAGGGG
TTTTAAATTTGGCGATTGTGATACCACAAATGATAGTATCACTAGGAGGAGGACCTTTCG
ATGCTTTATTTGGCGGTGGAAACCTACCAGCATTTATTGTGGGAGCAATCGCAGCGGCGA
TCAGTGGAGTATTAGCGTTAACCGTTTTACCTTCACCGCCACCGGACGCACCTGACTTGA
AGTCAGGAGCCATGGGATTCCATTAGTTTACTTTTTATGTTTATAATTTTCTTATAAAAC
TCATCATCAAATACAGTAATATATTTCAAAACTACAAAACCCCAAAAAAAAAGAATACAA
AAAGTGATAAAGTATAATAACCTTGGGTTATCTGTATTTCACCCTTCCGTTTAGTTCTTG
TTCTTGTTACCGATTATCAATTTAAAGTAGATTTTGTTTTCC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL5171Contig1 907 2 6 U
GATGCTCCTTTGATACATGTCATGAAGGTCCATCCAAGCAAAGTATACTCCCTTATTGGT
TCTGGTGGGAAGAAAGTAAAGAGTATCATTGAAGAATCCGGAGTTGAAGCCATTGATATG
CAAGATGATGGAATTGTGAAAATAATGGCAAACAATGTGGCGAGTCTGGAGAGGGCGAAA
GCCATTATCAGTGGCTTGACAATGGTTCCAGCTGTTGGTGATATTTACAGGAATTGTGAA
ATCAAATCAATGGCTCCTTATGGTGCCTTTGTAGAGATTGCACCTGGGAGAGAAGGACTT
TGCCATATCAGTGAGCTGAGTGCTGAATGGCTAGCTAAACCAGAGGATGCCTATAAAATA
GGAGACCACATTGATGTCAAACTAATAGAGGTGAACGAAAAAGGCCAGCTTCGGCTTAGT
GTACGAGCTTTACTTCCGGAATCAGAGACAGGCAAAGACGGTCAGAAACCACCACCTCCG
ACGGGTGATTCTACCAAGGACAAGGGTTCACCAAGGAAATATGTAAATACTTCATCCAAG
GACCGTGGAGCATCATCAAAAGTTGCATCTGGTGACATGATGCCAAAGAAAAGCAACGAA
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TCAGTGTTCATATCTGTTTCTCGGGAAGAAGACTCATAAGGTAAGGAGGAGAGTTTCTTC
CAACAGGTGAGACTTGATTAATCTTGATTCTTATTTTTGTTTGGGAGCTGGAAAGATGTG
AGACAATTAGTAACAGATAGCTGCTTTTCTCAATGTTTTACATATATATGTTACCAAGTC
TGATATGGAGGAGGATTAACATTTTGAAGACAACATATGTTGGGAGATTCTTAGTCATTA
CATCCTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC11TF U 1
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CAACAG*TGAGACTTGA

QA 1 737 1 737
DS 

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TTTCTCAATGTTTTACATATATATGTTACCAAGTCTGATATGGAGGAGGATTAACATTTT
GAAGACAACATATGTTGGGAGATTCTTAGTCATTACATCCTT

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3F381JQ U 6
AF RR3F381TF C 1
BS 1 5 RR3F381TF
BS 6 468 RR3F381JQ
BS 469 635 RR3F381TF

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QA 1 463 1 463
DS 

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ATAGTTGAGCGTTTTGGCTTTCACACGGTGAGGATGATTTTGCCGACGGCACAGATACTT
GAGCAGGAGTCCGAGTGAAGACAACTTTGGGTATGAACCCAGACCCTGGACCCGTTATAG
TGAACGATATGGTGGCTGCTTCTGGGTCATTTTCATTCAATGGAGGAGGAGGATCCACCT
GAACAGCAGCAATCTCTTCATCAGTTGGTTTAAGCCTAAAGATATAAATCTCACAAAACA
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AATCCATAGCCCAGAATGTAATATAGTAAAGACAACCAGCACAGCACCTGTAACTTGCTG
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GACAAGTCACTTCACTGATTATTTCATCGTTGGTC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5174Contig1 471 2 3 U
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TTTTGTTTTATATGAATAAAACATGCTCATCTGGAGCCCAACAAATACAATGTATGTCTA
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BQ
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AF RR3BT03TF U 1
AF RR3DZ37TF U 2
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BS 218 471 RR3BT03TF

RD RR3BT03TF 471 0 0
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TGCCCCAACGCCAAAGATAAAAATAAGACTTGCTTT*GTTGTCCCTCCAATAACAGGTGT
TACGCGACCAAAGATACATGTGCAGGTTGGTGTGGCAAACAATAAGTTATCTTGAGAACC
TACATCAAGGATTTAAGAAAATCTGAATAACCATTTTATTTAATTCTTCCTAATATCTAC
TTTTGTTTTATATGAATAAAACATGCTCATCTGGAGCCCAACAAATACAATGTATGTCTA
CTGTATTTGTGTTTAGAAACTTTCATATTCTATTATATGTAATGCGAATAA

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR3DZ37TF 470 0 0
GG
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AATATCACAAAGAACAAAATGTCGTCATCACAGTTCGCTATCTTTTGCATCATTTTGATT
GCTTTATTTCCTCTTCATGAATTTGTCGATGGTCAAGGAACTTGCAAACAAACCCCATGC
CCCAACGCCAAAGATAAAAATAAGACTTGCTTTTGTTGTCCCTCCAATAACAGGTGTTAC
GCGACCAAAGATACATGTGCAGGTTGGTGTGGCAAACAATAAGTTATCTTGAGAACCTAC
ATCAAGGATTTAAGAAAATCTGAATAACCATTTTATTTAATTCTTCCTAATATCTACTTT
TGTTTTATATGAATAAAACATGCTCATCTGGAGCCCAACAAATACAATGTATGTCTACTG
TATTTGTGTTTAGAAACTTTCATATTCTATTATATGTAATGCGAATAA

QA 3 470 3 470
DS 



AS 1 2

CO CL5175Contig1 1091 2 2 U
GGCGCTTTACTGTTTTCTTTGCCTCATTAGTTGTCTTTCGCCATACTTTCCGCAACACTG
TTCTGTTCTTGAAACATCCGTTCCAAGATGAGTGAAAAAATGAAAGAGAATCAATCTGAC
AAGCTTCAGAGAACAGCTCCACGTTTGAACGAGAGGATACTCTCATCTTTATCAAGGAGA
TCGGTTGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAAATCGGACCTGGAGCTCCGGCGATCTTC
AATGTGGTTATTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCAAATACGAACTTGACAAAAAGACA
GGACTCATCAAGGTTGATCGGATTCTATATTCATCGGTCGTGTATCCTCATAACTATGGT
TTTATCCCCCGCACATTATGTGAAGACAATGACCCTTTAGATGTGCTAGTCATCATGCAG
GAACCTGTTCTTCCAGGTTGTTTTCTACGCGCACGAGCTATTGGATTAATGCCTATGATT
GATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCGGTTTGTGTTGATGATCCTGAGTATAAG
CATTACACTGACATAAAAGAACTTCCACCGCATCGTCTCTCAGAAATCCGGCGATTCTTT
GAAGATTGTATCCTTTAATTCTTCAATATTAAATCTTACTTCGTCTTCATTAGTAAATAA
ATGAACCATTAATTTTGGGATACCTTTAACAAAAAATTTTAACAGACAAGAAGAATGAGA
ACAAGGAAGTTGCTGTAAATGATTTTCTACCTAATGGTCCTGCCGTTGAAGCCATTCAAT
ACTCAATGGACCTTTACGCTGAGTACATTCTTCACACCCTGAGGAGATAAAACAAGAACA
TTCCTGCCAAATTTTTGCTCTGCCAATCTCAGATTTTGTAGCAGAGGAAAAAGAAAACAA
AACAAGAATTTGTTTGATATTTGGATTTTGAATAAGCACGTGTTCCTGACACTGTTCTAA
TACTTTGCTTCGTAGCTTGTTGTTGTTGTTCTCTTCTGGAGATCTGTTGTCTGAACATTA
ACCCCTACTACGATTTGATTCACTTGTATTGTAATCTTTTATCCATTTAAAGTTTCGATT
TAGTTCCAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A121TF U 1
AF RR3A121JQ C 226
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BS 691 1091 RR3A121JQ

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TCGGTTGCTGCTCATCCATGGCATGATCTTGAAATCGGACCTGGAGCTCCGGCGATCTTC
AATGTGGTTATTGAGATCTCAAAGGGTAGCAAGGTCAAATACGAACTTGACAAAAAGACA
GGACTCATCAAGGTTGATCGGATTCTATATTCATCGGTCGTGTATCCTCATAACTATGGT
TTTATCCCCCGCACATTATGTGAAGACAATGACCCTTTAGATGTGCTAGTCATCATGCAG
GAACCTGTTCTTCCAGGTTGTTTTCTACGCGCACGAGCTATTGGATTAATGCCTATGATT
GATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCGGTTTGTGTTGATGATCCTGAGTATAAG
CATTACACTGACATAAAAGAACTTCCACCGCATCGTCTCTCAGAAATCCGGCGATTCTTT
GAAGATTGTATCCTTTAATTCTTCAATATTAAATCTTACTTCGTCTTCATTAGTAAATAA
ATGAACCATTAATTTTGGGATACCTTTAAC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3A121JQ 866 0 0
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CTTGACAAAAAGACAGGACTCATCAAGGTTGATCGGATTCTATATTCATCGGTCGTGTAT
CCTCATAACTATGGTTTTATCCCCCGCACATTATGTGAAGACAATGACCCTTTAGATGTG
CTAGTCATCATGCAGGAACCTGTTCTTCCAGGTTGTTTTCTACGCGCACGAGCTATTGGA
TTAATGCCTATGATTGATCAGGGAGAAAAAGATGACAAGATCATTGCGGTTTGTGTTGAT
GATCCTGAGTATAAGCATTACACTGACATAAAAGAACTTCCACCGCATCGTCTCTCAGAA
ATCCGGCGATTCTTTGAAGATTGTATCCTTTAATTCTTCAATATTAAATCTTACTTCGTC
TTCATTAGTAAATAAATGAACCATTAATTTTGGGATACCTTTAACAAAAAATTTTAACAG
ACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCTGTAAATGATTTTCTACCTAATGGTCCTGCCG
TTGAAGCCATTCAATACTCAATGGACCTTTACGCTGAGTACATTCTTCACACCCTGAGGA
GATAAAACAAGAACATTCCTGCCAAATTTTTGCTCTGCCAATCTCAGATTTTGTAGCAGA
GGAAAAAGAAAACAAAACAAGAATTTGTTTGATATTTGGATTTTGAATAAGCACGTGTTC
CTGACACTGTTCTAATACTTTGCTTCGTAGCTTGTTGTTGTTGTTCTCTTCTGGAGATCT
GTTGTCTGAACATTAACCCCTACTACGATTTGATTCACTTGTATTGTAATCTTTTATCCA
TTTAAAGTTTCGATTTAGTTCCAACG

QA 1 866 1 866
DS 



AS 1 2

CO CL5176Contig1 622 2 3 U
CAACCAACCCAACGGCAGTACTCGGAGCTGGTGCGGGAGCTGTCCAGGAACTAGGTGATT
TTGAAGGAGTTGGTGGAGCAGCGCCGGGTACTGGCTTATGCTCGGGCACGGGGACGGGAG
GGTGTGCAGTTAACTGAACCGCAACGATCAGCTTCTCATCTTTAAGGCAATTACCGGGAG
CTCCACTGATGAAGTAGTGTGGACCTGAGACATTAAGTGTCACCATGGTGGGTTCCGCTC
TGTATTCATTCATTGGCTTTTCTGTGATGCATTTATCGTAATTTTCTTTCGTCACTTCTA
ACACCGAATCGGTCTTGTTATCGTACTGAAACACGAGAATGTCTCCGACTCGGAATCTAC
GGGACTCAGCCCAATTTTTGAGATTGTTGTTGGTTTGATCTGGAACCCTCCATCCGGGAG
ATGATCCTCCCACAATGAATTTGCTGGCCTCACCAAGGTGGTAGAATGTTGCAAATAAGA
GAAATGCTAAGGGCAAAATGGGAATCGAAGACGCCATTTTCTTCCCTGTTAATTGTTATG
TCTGGTGCTCGATGGGTTTCTTTTTTATAAAGAGATAGATGGTCTCGGACAAGATTCGGT
GTCTAATTTGGTCTTGAATGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG81JQ U 83
AF RR3FG81TF C 1
BS 1 82 RR3FG81TF
BS 83 453 RR3FG81JQ
BS 454 622 RR3FG81TF

RD RR3FG81JQ 371 0 0
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AACGATCAGCTTCTCATCTTTAAGGCAATTACCGGGAGCTCCACTGATGAAGTAGTGTGG
ACCTGAGACATTAAGTGTCACCATGGTGGGTTCCGCTCTGTATTCATTCATTGGCTTTTC
TGTGATGCATTTATCGTAATTTTCTTTCGTCACTTCTAACACCGAATCGGTCTTGTTATC
GTACTGAAACACGAGAATGTCTCCGACTCGGAATCTACGGGACTCAGCCCAATTTTTGAG
ATTGTTGTTGGTTTGATCTGGAACCCTCCATCCGGGAGATGATCCTCCCACAATGAATTT
GCTGGCCTCAC

QA 1 371 1 371
DS 

RD RR3FG81TF 622 0 0
CAACCAACCCAACGGCAGTACTCGGAGCTGGTGCGGGAGCTGTCCAGGAACTAGGTGATT
TTGAAGGAGTTGGTGGAGCAGCGCCGGGTACTGGCTTATGCTCGGGCACGGGGACGGGAG
GGTGTGCAGTTAACTGAACCGCAACGATCAGCTTCTCATCTTTAAGGCAATTACCGGGAG
CTCCACTGATGAAGTAGTGTGGACCTGAGACATTAAGTGTCACCATGGTGGGTTCCGCTC
TGTATTCATTCATTGGCTTTTCTGTGATGCATTTATCGTAGTTTTCTTTCGTCACTTCTA
ACACCGAATCGGTCTTGTTATCGTACTGAAACACGAGAATGTCTCCGACTCGGAATCTAC
GGGACTCAGCCCAATTTTTGAGATTGTTGTTGGTTTGATCTGGAACCCTCCATCCGGGAG
ATGATCCTCCCACAATGAATTTGCTGGCCTCACCAAGGTGGTAGAATGTTGCAAATAAGA
GAAATGCTAAGGGCAAAATGGGAATCGAAGACGCCATTTTCTTCCCTGTTAATTGTTATG
TCTGGTGCTCGATGGGTTTCTTTTTTATAAAGAGATAGATGGTCTCGGACAAGATTCGGT
GTCTAATTTGGTCTTGAATGAA

QA 1 622 1 622
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5178Contig1 875 2 4 U
GCTTAATGTCTCCGGCAACTTTCTCGTTTACCTCCCCAAAACTATTCAAAATTGCAGGTC
ACTAGAAGAACTAAACGCAAACTTCAATGAGCTGATTAGATTACCAGACTCCATTGGCTT
AGAACTAACTAATCTGAGGAAGCTTGTGTCAACTCCAACAAGCTCATTAGCTTACCAACC
TCCATCACCTACCTCACTTCCCTCCGTGTCCTAGACGCTCGTCTCAATTGCCTTATGATC
CTCCCTGATGACCTGGAGAACCTCATCAACCTCGAGATCCTCAACGTCAGTCAGAACTTC
CAGTACCTCACCGCACTCCCACCTTCCATTGGTCTCCTCATGAACCTCCTCGAGCTAGAC
ATCAGCTACAACAAGATCACGGTCTTGCCCGAGTCCATCGGCTGCATGAGGCGGCTGAGG
AAGCTGAGCGCGGAAGGAAACCCGATCGTGTCCCCACCGATAGAGGTCGTGGAGCAGAGC
TTGCGGGCGGTGAGAGAGTATCTGAGCCAGAAGATGAACGGTAGACTGGTGAACACATCG
CCGAAGAAGAAGTCGTGGGGTTTTCGTAAACTGGTTAAGTATGGAACGTTCAATGGGAGA
TCAAGGGCTTGGACTAGGGAAGAGAGAGAAAGTCTCATCATGCCTGAGTACCGTCCCATT
GATATCTTAGCTTCCAACAGGTTCCCTGGTATCTCACCTCGGTCTATCTTCTCTCCAAGA
ACTTACTTCAGCAGATAATAATAAAGAACACTCATTCTATCTATCAACCATTTACTTTAA
GTCATCACTAAATGTTTAAAAGAGTTATGTATATAAACGGCATTCACATTTAAATCATGT
AATTAAAATTATACAAATTTAACAAAATCTCTACC


BQ
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AF RR3FL34TF U 1
AF RR3FL34JQ C 324
BS 1 680 RR3FL34TF
BS 681 681 RR3FL34JQ
BS 682 801 RR3FL34TF
BS 802 875 RR3FL34JQ

RD RR3FL34TF 801 0 0
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AGAACTAACTAATCTGAGGAAGCTTGTGTCAACTCCAACAAGCTCATTAGCTTACCAACC
TCCATCACCTACCTCACTTCCCTCCGTGTCCTAGACGCTCGTCTCAATTGCCTTATGATC
CTCCCTGATGACCTGGAGAACCTCATCAACCTCGAGATCCTCAACGTCAGTCAGAACTTC
CAGTACCTCACCGCACTCCCACCTTCCATTGGTCTCCTCATGAACCTCCTCGAGCTAGAC
ATCAGCTACAACAAGATCACGGTCTTGCCCGAGTCCATCGGCTGCATGAGGCGGCTGAGG
AAGCTGAGCGCGGAAGGAAACCCGATCGTGTCCCCACCGATAGAGGTCGTGGAGCAGAGC
TTGCGGGCGGTGAGAGAGTATCTGAGCCAGAAGATGAACGGTAGACTGGTGAACACATCG
CCGAAGAAGAAGTCGTGGGGTTTTCGTAAACTGGTTAAGTATGGAACGTTCAATGGGAGA
TCAAGGGCTTGGACTAGGGAAGAGAGAGAAAGTCTCATCATGCCTGAGTACCGTCCCATT
GATATCTTAGCTTCCAACAG*TTCCCTGGTATCTCACCTCGGTCTATCTTCTCTCCAAGA
ACTTACTTCAGCAGATAATAATAAAGAACACTCATTCTATCTATCAACCATTTACTTTAA
GTCATCACTAAATGTTTAAAA

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3FL34JQ 552 0 0
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CTTGCCCGAGTCCATCGGCTGCATGAGGCGGCTGAGGAAGCTGAGCGCGGAAGGAAACCC
GATCGTGTCCCCACCGATAGAGGTCGTGGAGCAGAGCTTGCGGGCGGTGAGAGAGTATCT
GAGCCAGAAGATGAACGGTAGACTGGTGAACACATCGCCGAAGAAGAAGTCGTGGGGTTT
TCGTAAACTGGTTAAGTATGGAACGTTCAATGGGAGATCAAGGGCTTGGACTAGGGAAGA
GAGAGAAGGTCTCATCATGCCTGAGTACCGTCCCATTGATATTTTAGCTTCCAACAGGTT
CCCTGGTATCTCACCTCGGTCTATCTTCTCTCCAAGAACTTACTTCAGCAGATAATAATA
AAGAACACTCATTCTATCTATCAACCATTTACTTTAAGTCATCACTAAATGTTTAAAAGA
GTTATGTATATAAACGGCATTCACATTTAAATCATGTAATTAAAATTATACAAATTTAAC
AAAATCTCTACC

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 2

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AAAGAGTTAGGAGGAAGCTGTGAAAGGAGGAGGAGAAGTTCCCAGTTTATTGAACGAAAA
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BQ
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AF RR3FP78JQ C 1
AF RR3FP78TF U 1
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AAAGAGTTAGGAGGAAGCTGTGAAAGGAGGAGGAGAAGTTCCCAGTTTATTGAACGAAAA
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TTTGTTGTTGTTGTTGTTAATGTCAATGCTACTACTGATTTGGCC

QA 1 465 1 465
DS 

RD RR3FP78TF 465 0 0
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TTGTGGAGACAGTGACGGTACAGATGAGTTCTGGATTTGCTGCGACGCGTGTGAGAAATG
GTTCCATGGGAAATGTGTGAAGATAACACCTGCAAAAGCGGAACACATCAAGCATTACAA
ATGCCCAACCTGCAGTAACAAGAGAGCCAGGCCTTGATGATGCCTAAGTGAACAAAGGTA
AAAGAGTTAGGAGGAAGCTGTGAAAGGAGGAGGAGAAGTTCCCAGTTTATTGAACGAAAA
GGCCAAAGATAAATGGGGTTTTAGAAGATGTAAGAAGGTTTAAAAAACACGTTTGCTTGC
TTAGTCTTTGTTTATGGATTCAGACTATTTACTATTGATGTGATGTTTTTCTTTGGATGC
TTTGTTGTTGTTGTTGTTAATGTCAATGCTACTACTGATTTGGCC

QA 1 465 1 465
DS 



AS 1 2

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GTATCAGGAAGCAGATTAAGAAGATGGAGGTCAGCCAGCACAGCAAGTACTTCTGCGAGT
TCTGCGGCAAGTACGGAGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATTTGGGGATGCAAGGACTGCG
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GCTTATTTGCTGCTGTGACAATTATGCTTTTCGAGTACTATGTTTTTGTATTTTTGATTC
AAGACAGTTGTTGTTTTACATTTAGCCGTGAATCAATTATTCCGTGACAACT


BQ
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AF RR3E588JQ C 1
AF RR3E588TF U 1
BS 1 472 RR3E588TF

RD RR3E588JQ 472 0 0
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GCACAATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAATCTCTGCCAGAGTCATAATTTT
GCTTATTTGCTGCTGTGACAATTATGCTTTTCGAGTACTATGTTTTTGTATTTTTGATTC
AAGACAGTTGTTGTTTTACATTTAGCCGTGAATCAATTATTCCGTGACAACT

QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3E588TF 472 0 0
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TCTGCGGCAAGTACGGAGTGAAGCGAAAGGCTGTTGGTATTTGGGGATGCAAGGACTGCG
GCAAGGTCAAGGCTGGTGGTGCTTACACCATGAACACCGCTAGTGCCGTCACCGTTAGAA
GCACAATCAGGAGGTTGAGGGAGCAGATCGAGGGTTAATCTCTGCCAGAGTCATAATTTT
GCTTATTTGCTGCTGTGACAATTATGCTTTTCGAGTACTATGTTTTTGTATTTTTGATTC
AAGACAGTTGTTGTTTTACATTTAGCCGTGAATCAATTATTCCGTGACAACT

QA 1 472 1 472
DS 



AS 1 2

CO CL5181Contig1 489 2 2 U
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AAGCTATGCGGTTCAAGGGATTGGGTTTGACTCAAACGTTTATGAACGTGAAGACAGTAA
CTGGTCTGTGCCTTTCATGAGGGGTGCTTGGGATAACAACAACAACAACAACAACAATAA
CATGGGAGTATCTGTGGATTTGATTGCTGCTCAGGCAGTCTCGTCGCTGCACATATCTGA
GAACAATGATAGGAACGCTTTTGTCTTCTTTAAATAAGATGTTTCAGGGATGATTATTGG
CATCTTGGTGCCACCAAATACAGCTGCTATTACTTATTCACATGTTATTATTATCCTGCT
TTCTTTTCTTGTAACACTGCAAAGTTTGTTCGGAGTTGTACACACATGATACCATTTTTA
ATTGTCATACCTAATGTCACATTTTTTCTCAAAGCAGTATGAAAATGTTGAGACTTGCTA
GTAAACACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GA93JQ C 1
AF RR3GA93TF U 26
BS 1 25 RR3GA93JQ
BS 26 489 RR3GA93TF

RD RR3GA93JQ 489 0 0
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AAGCTATGCGGTTCAAGGGATTGGGTTTGACTCAAACGTTTATGAACGTGAAGACAGTAA
CTGGTCTGTGCCTTTCATGAGGGGTGCTTGGGATAACAACAACAACAACAACAACAATAA
CATGGGAGTATCTGTGGATTTGATTGCTGCTCAGGCAGTCTCGTCGCTGCACATATCTGA
GAACAATGATAGGAACGCTTTTGTCTTCTTTAAATAAGATGTTTCAGGGATGATTATTGG
CATCTTGGTGCCACCAAATACAGCTGCTATTACTTATTCACATGTTATTATTATCCTGCT
TTCTTTTCTTGTAACACTGCAAAGTTTGTTCGGAGTTGTACACACATGATACCATTTTTA
ATTGTCATACCTAATGTCACATTTTTTCTCAAAGCAGTATGAAAATGTTGAGACTTGCTA
GTAAACACT

QA 1 489 1 489
DS 

RD RR3GA93TF 464 0 0
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TTTGACTCAAACGTTTATGAACGTGAAGACAGTAACTGGTCTGTGCCTTTCATGAGGGGT
GCTTGGGATAACAACAACAACAACAACAACAATAACATGGGAGTATCTGTGGATTTGATT
GCTGCTCAGGCAGTCTCGTCGCTGCACATATCTGAGAACAATGATAGGAACGCTTTTGTC
TTCTTTAAATAAGATGTTTCAGGGATGATTATTGGCATCTTGGTGCCACCAAATACAGCT
GCTATTACTTATTCACATGTTATTATTATCCTGCTTTCTTTTCTTGTAACACTGCAAAGT
TTGTTCGGAGTTGTACACACATGATACCATTTTTAATTGTCATACCTAATGTCACATTTT
TTCTCAAAGCAGTATGAAAATGTTGAGACTTGCTAGTAAACACT

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 2

CO CL5182Contig1 1135 2 10 U
ACCCGTTCGAGTAGAACCATATACGTCGGGAACCTTCCCGGCGATATCCGCGAGAGAGAA
GTCGAAGATTTGTTCAGTAAGTATGGACCTGTTGTTCAAATCGATCTGAAGATCCCACCA
AGACCTCCTGGCTATGCCTTCGTCGAGTTTGAGGATCCTCGAGATGCTGAAGATGCAATT
CATGGTCGTGATGGATATGACTTTGATGGCCATTCCTTACGGGTGGATCTAGCACATGGT
GGGAGGCGCTCGTCTAATGATGCTCGTAGTAGTTACGGTGGTGGTAGCCGTGGTGGCGGC
GTTGGTCGTGATGGTGGTGACCGTGGACGTGGCCCATCTAGGAGATCCGAGTACCGAGTT
ATTGTGTCAGGTTTGCCTTCATCTGCTTGGCAAGACCTCAAGGATCACATGCGTAAAGGA
GGAGAAGTCTGTTTCTCTCAAGTGTTCCGTGATGGTAGAGGTACAACGGGAATCGTAGAC
TATACCAGCTACGAAGACATGAAGTATGCGATAAAAAAGCTCGATGACACAGAGTTTAGG
AATGCGTTTTCCCGTGGTTATGTCCGGGTTAGAGAATATGACTCAAGGGGGACTCGAGAA
GCCCTAGCCGTGGAAGATCTTATTCTAAAAGCCGCAGTCGTAGCCGTAGTCGCATCCGTG
GGAGGAGCCACAGCCGCAGTCTTAGCCGCAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCCCAAAGGCTA
AATCTTCGCGTAGGTCGCCTGCAAAATCAACATCGAGATCTCCTCGCTCCCGCTCTAAGT
CAAGGACACCACCTCCAAGAGGATCTCGTTCAAGGTCAAGATCCCCTCTGCCTCCTGTTC
AGAAGGAAGCAAGCAAGAGCCCTAGCAAGGTGAGTCCAGCCAAGAGCCCTATGCGTAGCA
GGAGCAAGAGCAGAAGCAGGAGTCCATCTCGGTAAACAAAAAGATAAGCGAGCTGGGTTT
GGTTGGAAGATTCTCCTAAGGATCATATCTACATTATATGTTGTCGTTTGGCTAAGACTT
AAGTACCTATATTACTCTTGTTTTTTATTTAATTTTTAAATGTAACAATTTGTGTTTAAG
ATTCTCTTAAAAGATCTTTACTTTTATATTTGATATTTTGATATATTTTGCAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AH90TF U 1
AF RR3AH90JQ C 297
BS 1 694 RR3AH90TF
BS 695 695 RR3AH90JQ
BS 696 706 RR3AH90TF
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BS 746 746 RR3AH90JQ
BS 747 778 RR3AH90TF
BS 779 1135 RR3AH90JQ

RD RR3AH90TF 778 0 0
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GTCGAAGATTTGTTCAGTAAGTATGGACCTGTTGTTCAAATCGATCTGAAGATCCCACCA
AGACCTCCTGGCTATGCCTTCGTCGAGTTTGAGGATCCTCGAGATGCTGAAGATGCAATT
CATGGTCGTGATGGATATGACTTTGATGGCCATTCCTTACGGGTGGATCTAGCACATGGT
GGGAGGCGCTCGTCTAATGATGCTCGTAGTAGTTACGGTGGTGGTAGCCGTGGTGGCGGC
GTTGGTCGTGATGGTGGTGACCGTGGACGTGGCCCATCTAGGAGATCCGAGTACCGAGTT
ATTGTGTCAGGTTTGCCTTCATCTGCTTGGCAAGACCTCAAGGATCACATGCGTAAAGGA
GGAGAAGTCTGTTTCTCTCAAGTGTTCCGTGATGGTAGAGGTACAACGGGAATCGTAGAC
TATACCAGCTACGAAGACATGAAGTATGCGATAAAAAAGCTCGATGACACAGAGTTTAGG
AATGCGTTTTCCCGTGGTTATGTCCGGGTTAGAGAATATGACTCAAGGGGGACTCGAGAA
GCCCTAGCCGTGGAAGATCTTATTCTAAAAGCCGCAGTCGTAGCCGTAGTCGCATCCGTG
GGAGGAGCCACAGCCGCAGTCTTAGCCGCAGCAG*AGCAGGAGCAG*AGCCCAAAGGCTA
AATCTTCGCGTAG*TCGCCTGCAAA*TCAACATCGAGATCTCCTCGCTCCCGCTCTAA

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3AH90JQ 839 0 0
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AGTTATTGTGTCAGGTTTGCCTTCATCTGCTTGGCAAGACCTCAAGGATCACATGCGTAA
AGGAGGAGAAGTCTGTTTCTCTCAAGTGTTCCGTGATGGTAGAGGTACAACGGGAATCGT
AGACTATACCAGCTACGAAGACATGAAGTATGCGATAAAAAAGCTCGATGACACAGAGTT
TAGGAATGCGTTTTCCCGTGGTTATGTCCGGGTTAGAGAATATGACTCAAGGGGGACTCG
AGAAGCCCTAGCCGTGGAAGATCTTATTCTAAAAGCCGCAGTCGTAGCCGTAGTCGCATC
CGTGGGAGGAGCCACAGCCGCAGTCTTAGCCGCAGCAGGAGCAGGAGCAGGAGCCCAAAG
GCTAAATCTTCGCGTAGGTCGCCTGCAAAATCAACATCGAGATCTCCTCGCTCCCGCTCT
AAGTCAAGGACACCACCTCCAAGAGGATCTCGTTCAAGGTCAAGATCCCCTCTGCCTCCT
GTTCAGAAGGAAGCAAGCAAGAGCCCTAGCAAGGTGAGTCCAGCCAAGAGCCCTATGCGT
AGCAGGAGCAAGAGCAGAAGCAGGAGTCCATCTCGGTAAACAAAAAGATAAGCGAGCTGG
GTTTGGTTGGAAGATTCTCCTAAGGATCATATCTACATTATATGTTGTCGTTTGGCTAAG
ACTTAAGTACCTATATTACTCTTGTTTTTTATTTAATTTTTAAATGTAACAATTTGTGTT
TAAGATTCTCTTAAAAGATCTTTACTTTTATATTTGATATTTTGATATATTTTGCAGCT

QA 1 839 1 839
DS 



AS 1 2

CO CL5183Contig1 1043 2 2 U
GGGAGCAGCCAGATGCTGTTTGCTCAGGCATTGCTTTTCCATAGACTGGGGAGGTCTTGG
AGGATCAATAAATCCGAGCCTGAGCAGGACTACTTAGAGACTTTGGAACCTTTTGGCGAT
TCCGAGGCTTCAGCTTTCTCCATCCACAATCTTATACTAGTGGGAGAGTCTTACGGTCTC
GCAGCTGGGTCATGGGTAGGACCGTATGCAATTTGCCGGTCGTGGGAGTCGTTAGCGTGC
AAGAAGAGAAAACAAACTGATTCGCTTCCTATGGCTGTTCATATAGTTTCTGGCAGCGAA
GATGGGGAGAGAGGTGGAGCTCCGGTTCTCTGTGTAGAAGATGCGACCAAATCTTGTGTG
GAGTTCTCTAGAGGAGAGGATGAGTGGGCACCGCTTCTGCTCTTGGTTCCATTGGTTCTC
GGTCTTGACAGAGTGAACCCCAGGTACATTCCATCTCTCAAAGCCACGTTCGCTTTCCCT
CAAAGCCTTGGAGTTTTGGGTGGGAAGCCAGGTGCTTCGACTTACATAGTTGGCGTTCAA
GATGACAATGGCTTCTACCTTGATCCGCATGATGTTCAGCAGGTGGTCACAGTTTACAAG
GAAACTCCAGATGTTGTTGTTGACACGTCCTCATATCATTGCAATGTGCTATGTTACGTT
CCTTTGGAGTCGCTTGACCCATCACTAGCTCTTGGATTCTATTGCCGCGACAAATGTGAC
TTCGATGACTTGTGACTCCGAGCATCGAAACTGGCTGAGGAATCAAAAGGTGCTCCGTTG
TTCACGGTGACTCAATCCCACAGCTTGGTTACCCACCACAGCAGCTGCGAGTTTGTGGAG
GATACAGAGGAAGAACGTGAAGAAGATGACTGGCAATTGCTCTGATCATCAAATCTCAAC
AAAAAAAAAACATTTTACGATTCTTTTCCTTCAAACAAGATCTCGCAAGTACAATGTTTT
ATCTTTAGAATCTTCAGACCAGAACACAAAGACAATGTTGTACTTTTAAAAACACGTTTA
GTTAAAAAGTAGTTTTGTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AL35TF U 1
AF RR3AL35JQ C 271
BS 1 734 RR3AL35TF
BS 735 1043 RR3AL35JQ

RD RR3AL35TF 734 0 0
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TCCGAGGCTTCAGCTTTCTCCATCCACAATCTTATACTAGTGGGAGAGTCTTACGGTCTC
GCAGCTGGGTCATGGGTAGGACCGTATGCAATTTGCCGGTCGTGGGAGTCGTTAGCGTGC
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GAGTTCTCTAGAGGAGAGGATGAGTGGGCACCGCTTCTGCTCTTGGTTCCATTGGTTCTC
GGTCTTGACAGAGTGAACCCCAGGTACATTCCATCTCTCAAAGCCACGTTCGCTTTCCCT
CAAAGCCTTGGAGTTTTGGGTGGGAAGCCAGGTGCTTCGACTTACATAGTTGGCGTTCAA
GATGACAATGGCTTCTACCTTGATCCGCATGATGTTCAGCAGGTGGTCACAGTTTACAAG
GAAACTCCAGATGTTGTTGTTGACACGTCCTCATATCATTGCAATGTGCTATGTTACGTT
CCTTTGGAGTCGCTTGACCCATCACTAGCTCTTGGATTCTATTGCCGCGACAAATGTGAC
TTCGATGACTTGTG

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3AL35JQ 773 0 0
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TGTGTAGAAGATGCGACCAAATCTTGTGTGGAGTTCTCTAGAGGAGAGGATGAGTGGGCA
CCGCTTCTGCTCTTGGTTCCATTGGTTCTCGGTCTTGACAGAGTGAACCCCAGGTACATT
CCATCTCTCAAAGCCACGTTCGCTTTCCCTCAAAGCCTTGGAGTTTTGGGTGGGAAGCCA
GGTGCTTCGACTTACATAGTTGGCGTTCAAGATGACAATGGCTTCTACCTTGATCCGCAT
GATGTTCAGCAGGTGGTCACAGTTTACAAGGAAACTCCAGATGTTGTTGTTGACACGTCC
TCATATCATTGCAATGTGCTATGTTACGTTCCTTTGGAGTCGCTTGACCCATCACTAGCT
CTTGGATTCTATTGCCGCGACAAATGTGACTTCGATGACTTGTGACTCCGAGCATCGAAA
CTGGCTGAGGAATCAAAAGGTGCTCCGTTGTTCACGGTGACTCAATCCCACAGCTTGGTT
ACCCACCACAGCAGCTGCGAGTTTGTGGAGGATACAGAGGAAGAACGTGAAGAAGATGAC
TGGCAATTGCTCTGATCATCAAATCTCAACAAAAAAAAAACATTTTACGATTCTTTTCCT
TCAAACAAGATCTCGCAAGTACAATGTTTTATCTTTAGAATCTTCAGACCAGAACACAAA
GACAATGTTGTACTTTTAAAAACACGTTTAGTTAAAAAGTAGTTTTGTGTTTC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

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ACGATCTTCAAGTCGAGAGTCTCGCTCGTTTCGCTGTCGATGAGCATAACAAGAAGGAGA
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TGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGATGGTGAGAAGAAGAAGGTGTACGAGGCCAAGG
TTTTGGAGAAGGCCTGGGAGAATCTCAAGAAGTTGGAAGCCTTCAACCACCTTCACGATG
TTTAGTTTCCATAACCTCAGCTTTAAACACATCGCATTCTATACGTGATAATGAAGAGTC
CCGGTTTAACCAATGGGTTAACTCCTTAAAATAAGTGAATGTGAACTCTACTCTTTGTGT
AATGGAACTCGTGTTATTATTATTATGACTTTCGTTTGTGTATT


BQ
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AF RR3GS56JQ C 1
AF RR3GS56TF U 1
BS 1 464 RR3GS56TF

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ACGATCTTCAAGTCGAGAGTCTCGCTCGTTTCGCTGTCGATGAGCATAACAAGAAGGAGA
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TGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGATGGTGAGAAGAAGAAGGTGTACGAGGCCAAGG
TTTTGGAGAAGGCCTGGGAGAATCTCAAGAAGTTGGAAGCCTTCAACCACCTTCACGATG
TTTAGTTTCCATAACCTCAGCTTTAAACACATCGCATTCTATACGTGATAATGAAGAGTC
CCGGTTTAACCAATGGGTTAACTCCTTAAAATAAGTGAATGTGAACTCTACTCTTTGTGT
AATGGAACTCGTGTTATTATTATTATGACTTTCGTTTGTGTATT

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR3GS56TF 464 0 0
TGGCGGATCAACAAGGAGGAACAGTTTTGGGAGGAGTTCGCGATGTCGCTCCAAATGCAA
ACGATCTTCAAGTCGAGAGTCTCGCTCGTTTCGCTGTCGATGAGCATAACAAGAAGGAGA
ACGTGAGTCTGGAGTACAAGAGGCTCATCGGTGCGAAAACGCAGGTGGTGGCAGGAACGA
TGCACCATCTGACTGTGGAGGTGGCTGATGGTGAGAAGAAGAAGGTGTACGAGGCCAAGG
TTTTGGAGAAGGCCTGGGAGAATCTCAAGAAGTTGGAAGCCTTCAACCACCTTCACGATG
TTTAGTTTCCATAACCTCAGCTTTAAACACATCGCATTCTATACGTGATAATGAAGAGTC
CCGGTTTAACCAATGGGTTAACTCCTTAAAATAAGTGAATGTGAACTCTACTCTTTGTGT
AATGGAACTCGTGTTATTATTATTATGACTTTCGTTTGTGTATT

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 2

CO CL5185Contig1 896 2 2 U
GTGATTTAATGACATATAGACTCAGTACCCAGGTCTGAAGTGTGATATATTGTATGGATG
GTCACCCCCCTGTTACACAACGTTAATTTCATTCTTACATAATTCTTGTTTAGGTCAAGC
CTCTTATATGGGTCGAAGCTCAGATCGAAAGGCATTCCAGGAGTCGTGTTGAGATGCTAG
TCAAAGCTAGAAGCCAATTCAAGGAAAGAAGGTAACTAGTAATCCTCGTGTGACTTTGTT
TGATTTTACCTTAAACCATAAAAAGTTTCAATAAGAGTTGCTTTCCGGCAGCACTGCAAC
GAATGTTGAGATCGAGTTGCCTGTACCAACCGATGCATCCAACCCCACCGTAAGAACATC
TCTCGGGTCTGCCGCATATGCTCCCGAAAAGATGCATTGGTTTGGAAAATCAAATCTTTC
CCTGGGAACAAGGTAAGAGCGTATGTTTTCTTAAGCTGACCATATAATGTTGAATGCTTT
GAGATGAACTTTTGAAACAATGTAGGAGTATATGTTGAGAGCAGAGTTCCATCTCCCAAG
TATAACCGCAGAGGAAGCCACGCCTGAGCGAAAAGCTCCCATCCGAGTCAAATTCGAGAT
CCCATATTTCACTGTTTCAGGAATACAGGTTAGTATTGTGTATATATATATGTATGGGTA
TGGATGGGTATCGGGTAGTTTCTACGTTTCTGCACTTAAAACTCGAGTCCTGATGGGTGT
TAATTATGGTTATTGCAGGTTCGGTACCTGAAGGTGATAGAGAAGAGTGGGTACCAAGCT
CTTCCATGGGTGAGATATATAACTATGGCTGGTGAGTACGAACTCAGACTCATGTAACAT
GAGATCTGTGTTGTTGTTTCTGCCATTTGTCAACGAAAGAAAGCAGAGGAAGATGG


BQ
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AF RR3G468TF U 1
AF RR3G468JQ C 260
BS 1 736 RR3G468TF
BS 737 896 RR3G468JQ

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GTCACCCCCCTGTTACACAACGTTAATTTCATTCTTACATAATTCTTGTTTAGGTCAAGC
CTCTTATATGGGTCGAAGCTCAGATCGAAAGGCATTCCAGGAGTCGTGTTGAGATGCTAG
TCAAAGCTAGAAGCCAATTCAAGGAAAGAAGGTAACTAGTAATCCTCGTGTGACTTTGTT
TGATTTTACCTTAAACCATAAAAAGTTTCAATAAGAGTTGCTTTCCGGCAGCACTGCAAC
GAATGTTGAGATCGAGTTGCCTGTACCAACCGATGCATCCAACCCCACCGTAAGAACATC
TCTCGGGTCTGCCGCATATGCTCCCGAAAAGATGCATTGGTTTGGAAAATCAAATCTTTC
CCTGGGAACAAGGTAAGAGCGTATGTTTTCTTAAGCTGACCATATAATGTTGAATGCTTT
GAGATGAACTTTTGAAACAATGTAGGAGTATATGTTGAGAGCAGAGTTCCATCTCCCAAG
TATAACCGCAGAGGAAGCCACGCCTGAGCGAAAAGCTCCCATCCGAGTCAAATTCGAGAT
CCCATATTTCACTGTTTCAGGAATACAGGTTAGTATTGTGTATATATATATGTATGGGTA
TGGATGGGTATCGGGTAGTTTCTACGTTTCTGCACTTAAAACTCGAGTCCTGATGGGTGT
TAATTATGGTTATTGC

QA 1 736 1 736
DS 

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AAAAAGTTTCAATAAGAGTTGCTTTCCGGCAGCACTGCAACGAATGTTGAGATCGAGTTG
CCTGTACCAACCGATGCATCCAACCCCACCGTAAGAACATCTCTCGGGTCTGCCGCATAT
GCTCCCGAAAAGATGCATTGGTTTGGAAAATCAAATCTTTCCCTGGGAACAAGGTAAGAG
CGTATGTTTTCTTAAGCTGACCATATAATGTTGAATGCTTTGAGATGAACTTTTGAAACA
ATGTAGGAGTATATGTTGAGAGCAGAGTTCCATCTCCCAAGTATAACCGCAGAGGAAGCC
ACGCCTGAGCGAAAAGCTCCCATCCGAGTCAAATTCGAGATCCCATATTTCACTGTTTCA
GGAATACAGGTTAGTATTGTGTATATATATATGTATGGGTATGGATGGGTATCGGGTAGT
TTCTACGTTTCTGCACTTAAAACTCGAGTCCTGATGGGTGTTAATTATGGTTATTGCAGG
TTCGGTACCTGAAGGTGATAGAGAAGAGTGGGTACCAAGCTCTTCCATGGGTGAGATATA
TAACTATGGCTGGTGAGTACGAACTCAGACTCATGTAACATGAGATCTGTGTTGTTGTTT
CTGCCATTTGTCAACGAAAGAAAGCAGAGGAAGATGG

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL5186Contig1 1117 2 2 U
GATAGACGATCAATCATAGAGATAGAGATCGTTTGAAACAATGGATGAAGAGTATGATGT
GATTGTTCTTGGGACTGGTCTCAAGGAGTGTATCCTTAGTGGCCTCCTCTCTGTCGATGG
CCTCAAGGTACTGCATATGGATAGAAACGACTACTATGGAGGAAATCATCATCGCTCAAC
CTCACTCAGCTATGGAAGCGGTTCAGAGGAAGTGACACTCCTCAAGAAAATCTTGGAGCC
ATCAGAGAATACAATGTCGATATGATCCCGAAGTTCATAATGGCTAATGGAACCCTTGTT
CAAACCCTAATTCACACGGATGTCACCAAGTACCTTAACTTCAAAGCCGTTGATGGTAGC
TTCGTCTACAAGAAGGGCAAGATCTATAAAGTCCCAGCCACTGATGTGGAAGCCCTAAAA
TCGCCATTGATGGGTCTGTTCGAGAAACGACGTGCAAGAAAGTTGTGTGTGATCCTTCTT
ACTTGTCTGACAAGGTTAAGAAAGTTGGGAAAGTGACTCGAGCGGTGTGTATAATGAGCC
ATCCTATTCCAGACACCAACGATGCTCACTCTGTCCAAATCATTCTTCCTCAGAAGCAAC
TCGGCCGCAAATCAGACATGTACTTGTTCTGTTGCTCATACGCTCACAATGTAGCACCAA
AAGGCAAATACATAGCTTTCGTTTCTGCAGAAGCTGAAACTGATAATCCAGAAGAAGAGC
TTAAACCTGGGATTGAATTGCTTGGACCTATTGATGAGATCTTCTACCATTTTTATGACA
CATACGTTCCGACCAATAAGCAAGAAGAAGATAACTGCTTCATCTCTGGTACTTATGATG
CAACAACACATTTCGAGAGTACAGTTGCAGATGTACTAGAGATGTACACCAAGATCACTG
GAAAGACTCTTGATTTGTCTGTGGATTTGAGTGCTGCGAGTGCTACTGCAGACACTTGAT
GATAGTTTAATTTTGTTTTTTCATTCATTCTGTTTTTTTGTTCTTGCTGGGATAGTTCTT
AGCAGTTGCAATTGCTTCTATAAACCTGCAGTAATTATGGATATTTTTTTCTATGTAATA
CAGTTACAACATAACAAATAAAAATCAATTATTTTGT


BQ
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AF RR3FD66TF U 1
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BS 1 658 RR3FD66TF
BS 659 1117 RR3FD66JQ

RD RR3FD66TF 658 0 0
GATAGACGATCAATCATAGAGATAGAGATCGTTTGAAACAATGGATGAAGAGTATGATGT
GATTGTTCTTGGGACTGGTCTCAAGGAGTGTATCCTTAGTGGCCTCCTCTCTGTCGATGG
CCTCAAGGTACTGCATATGGATAGAAACGACTACTATGGAGGAAATCATCATCGCTCAAC
CTCACTCAGCTATGGAAGCGGTTCAGAGGAAGTGACACTCCTCAAGAAAATCTTGGAGCC
ATCAGAGAATACAATGTCGATATGATCCCGAAGTTCATAATGGCTAATGGAACCCTTGTT
CAAACCCTAATTCACACGGATGTCACCAAGTACCTTAACTTCAAAGCCGTTGATGGTAGC
TTCGTCTACAAGAAGGGCAAGATCTATAAAGTCCCAGCCACTGATGTGGAAGCCCTAAAA
TCGCCATTGATGGGTCTGTTCGAGAAACGACGTGCAAGAAAGTTGTGTGTGATCCTTCTT
ACTTGTCTGACAAGGTTAAGAAAGTTGGGAAAGTGACTCGAGCGGTGTGTATAATGAGCC
ATCCTATTCCAGACACCAACGATGCTCACTCTGTCCAAATCATTCTTCCTCAGAAGCAAC
TCGGCCGCAAATCAGACATGTACTTGTTCTGTTGCTCATACGCTCACAATGTAGCACC

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3FD66JQ 700 0 0
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CTTACTTGTCTGACAAGGTTAAGAAAGTTGGGAAAGTGACTCGAGCGGTGTGTATAATGA
GCCATCCTATTCCAGACACCAACGATGCTCACTCTGTCCAAATCATTCTTCCTCAGAAGC
AACTCGGCCGCAAATCAGACATGTACTTGTTTTGTTGCTCATACGCTCACAATGTAGCAC
CAAAAGGCAAATACATAGCTTTCGTTTCTGCAGAAGCTGAAACTGATAATCCAGAAGAAG
AGCTTAAACCTGGGATTGAATTGCTTGGACCTATTGATGAGATCTTCTACCATTTTTATG
ACACATACGTTCCGACCAATAAGCAAGAAGAAGATAACTGCTTCATCTCTGGTACTTATG
ATGCAACAACACATTTCGAGAGTACAGTTGCAGATGTACTAGAGATGTACACCAAGATCA
CTGGAAAGACTCTTGATTTGTCTGTGGATTTGAGTGCTGCGAGTGCTACTGCAGACACTT
GATGATAGTTTAATTTTGTTTTTTCATTCATTCTGTTTTTTTGTTCTTGCTGGGATAGTT
CTTAGCAGTTGCAATTGCTTCTATAAACCTGCAGTAATTATGGATATTTTTTTCTATGTA
ATACAGTTACAACATAACAAATAAAAATCAATTATTTTGT

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL5187Contig1 920 2 4 U
AGAAGAAACTCTCTGCACTCTCCTTCTTCTTTTGTTTGTGTTTAGTTATTATGGTGACTT
CGGAGGGGCTAGCATTAGAAAGCCTCGAACCTTGGTTGTTGCATCGTCAAGGATTCAACG
TGGATTCTTGGTTGCTTCACGATGCCTTCTCTCACGATAGCGATGTGCTCGCCAAAGCTC
TCCATAACACTGTCTCACCACCAACACCACATACTCAAACTCTCTCTCCCTCCTCTGTTT
CCCTCCATTCCCCTCACCCTTCCTCAACTCACACCCTTTCCTCTAACATCTCCGGTGGAT
CCAATCAAGAAGTCTCGGGTGCGGAGGAGCTAAAAGGAAGCGTGACTGCATCCTCACCGG
CTCATCAGAAGGTAAAGCCACGAAGCAGCGCCGCTCTCGCGCTTCCAAGAAACCTCAGAC
CACGTTCATAGCCGCGGATCCGTCCAACTTCCGCCAGATGGTTCAGCAAGTGACCGGCGC
CAAGTACAACAACGATGATACTTCCTCGATGCCTTTCAAGCCGGAGGCGCAGAGACTTTC
TAGCGTGACCTCCTTAGAGAGATCCACGGCGGTTCCAACGCTAGATACATCAGCATTTTT
ATCTAACCATCACCATGAGAATCTCCTTGCCGGAAGTATCTTTTCCAGTAGCGACGACGC
CTCCGTAGTAGGATTATCGTCTGAGAAAGGTAATGCAAAGAGTGGTGGTGGTTCAGCAGC
GGAGTTTGATCCTTACCCAACGTTTCCAACGCTCGAGTCGTGGAAAGTTATGTGAACTCC
TTTTAGATCTTTATTTTAACTACTGTGCATCTCATTATGAATTATCTTGTTCATAGATTT
TGGTTCTTAATCCGATATGTAGCTAAGCTCTCGAGCCAGAGTGATTTAAATTTGAATAAG
GTAAAAAACAAAATTTTGAG


BQ
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AF RR3G911TF U 1
AF RR3G911JQ C 238
BS 1 671 RR3G911TF
BS 672 672 RR3G911JQ
BS 673 729 RR3G911TF
BS 730 920 RR3G911JQ

RD RR3G911TF 729 0 0
AGAAGAAACTCTCTGCACTCTCCTTCTTCTTTTGTTTGTGTTTAGTTATTATGGTGACTT
CGGAGGGGCTAGCATTAGAAAGCCTCGAACCTTGGTTGTTGCATCGTCAAGGATTCAACG
TGGATTCTTGGTTGCTTCACGATGCCTTCTCTCACGATAGCGATGTGCTCGCCAAAGCTC
TCCATAACACTGTCTCACCACCAACACCACATACTCAAACTCTCTCTCCCTCCTCTGTTT
CCCTCCATTCCCCTCACCCTTCCTCAACTCACACCCTTTCCTCTAACATCTCCGGTGGAT
CCAATCAAGAAGTCTCGGGTGCGGAGGAGCTAAAAGGAAGCGTGACTGCATCCTCACCGG
CTCATCAGAAGGTAAAGCCACGAAGCAGCGCCGCTCTCGCGCTTCCAAGAAACCTCAGAC
CACGTTCATAGCCGCGGATCCGTCCAACTTCCGCCAGATGGTTCAGCAAGTGACCGGCGC
CAAGTACAACAACGATGATACTTCCTCGATGCCTTTCAAGCCGGAGGCGCAGAGACTTTC
TAGCGTGACCTCCTTAGAGAGATCCACGGCGGTTCCAACGCTAGATACATCAGCATTTTT
ATCTAACCATCACCATGAGAATCTCCTTGCCGGAAGTATCTTTTCCAGTAGCGACGACGC
CTCCGTAGTAG*ATTATCGTCTGAGAAAGGTAATGCAAAGAGTGGTGGTGGTTCAGCAGC
GGAGTTTGA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3G911JQ 683 0 0
TTTCCCTCCATTCCCCTCACCCTTCCTCAACTCACACCCTTTCCTCTAACATCTCCGGTG
GATCCAATCAAGAAGTCTCGGGTGCGGAGGAGCTAAAAGGAAGCGTGACTGCATCCTCAC
CGGCTCATCAGAAGGTAAAGCCACGAAGCAGCGCCGCTCTCGCGCTTCCAAGAAACCTCA
GACCACGTTCATAGCCGCGGATCCGTCCAACTTCCGCCAGATGGTTCAGCAAGTGACCGG
CGCCAAGTACAACAACGATGATACTTCCTCGATGCCTTTCAAGCCGGAGGCGCAGAGACT
TTCTAGCGTGACCTCCTTAGAGAGATCCACGGCGGTTCCAACGCTAGATACATCAGCATT
TTTATCTAACCATCACCATGAGAATCTCCTTGCCGGAAGTATCTTTTCCAGTAGCGACGA
CGCCTCCGTAGTAGGATTATCGTCTGAGAAAGGTAATGCAAAGAGTGGTGGTGGTTCAGC
AGCGGAGTTTGATCCTTACCCAACGTTTCCAACGCTCGAGTCGTGGAAAGTTATGTGAAC
TCCTTTTAGATCTTTATTTTAACTACTGTGCATCTCATTATGAATTATCTTGTTCATAGA
TTTTGGTTCTTAATCCGATATGTAGCTAAGCTCTCGAGCCAGAGTGATTTAAATTTGAAT
AAGGTAAAAAACAAAATTTTGAG

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

CO CL5188Contig1 501 2 1 U
CTTCGTCGACTCCTGCACCTTCACCGTCAGCGTTCTTTCAACATCACCGCCGTCATCACG
GTGGCATGATGCACATGACTTTCTTTTGGGGGAAAAACACGGAGGTTCTATTCGACGGCT
GGCCAGGGACCAACCTGACCATGTATTGGGCATGCCTGGCCACCATTTTCGTATTTTCAG
CGTTGTCGGAGTGGATTTCGCGGTGCGGAGTCATGAAAGCCGGTCCGGCTAGCTTTGGCA
GCGGGATAGTTCAGACGGTGGTTTACACCGTGAGGGCTGGTTTGTCTTATTTGATCATGT
TGGCTGTGATGTCATTCAATGGAGGAGTCTTCTTGGCTGCAATGGCTGGCTTTGGCTTAG
GGTTTATGATTTTTGGAAGTAGGGCTTTTAGGGAAACTGGTAGTAATCACAATCACACGG
AGGTTCAATCACATTGTTAACTCCCTGTGACATCCAATAATAATGAAAATAAAATCACAT
TCTGGGGAATTCGTTCTAGTC


BQ
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AF RR3GB28TF U 1
AF RR3GB28JQ C 2
BS 1 501 RR3GB28TF

RD RR3GB28TF 501 0 0
CTTCGTCGACTCCTGCACCTTCACCGTCAGCGTTCTTTCAACATCACCGCCGTCATCACG
GTGGCATGATGCACATGACTTTCTTTTGGGGGAAAAACACGGAGGTTCTATTCGACGGCT
GGCCAGGGACCAACCTGACCATGTATTGGGCATGCCTGGCCACCATTTTCGTATTTTCAG
CGTTGTCGGAGTGGATTTCGCGGTGCGGAGTCATGAAAGCCGGTCCGGCTAGCTTTGGCA
GCGGGATAGTTCAGACGGTGGTTTACACCGTGAGGGCTGGTTTGTCTTATTTGATCATGT
TGGCTGTGATGTCATTCAATGGAGGAGTCTTCTTGGCTGCAATGGCTGGCTTTGGCTTAG
GGTTTATGATTTTTGGAAGTAGGGCTTTTAGGGAAACTGGTAGTAATCACAATCACACGG
AGGTTCAATCACATTGTTAACTCCCTGTGACATCCAATAATAATGAAAATAAAATCACAT
TCTGGGGAATTCGTTCTAGTC

QA 1 501 1 501
DS 

RD RR3GB28JQ 500 0 0
TTCGTCGACTCCTGCCCCTTCACCGTCAGCGTTCTTTCAACATCACCGCCGTCATCACGG
TGGCATGATGCACATGACTTTCTTTTGGGGGAAAAACACGGAGGTTCTATTCGACGGCTG
GCCAGGGACCAACCTGACCATGTATTGGGCATGCCTGGCCACCATTTTCGTATTTTCAGC
GTTGTCGGAGTGGATTTCGCGGTGCGGAGTCATGAAAGCCGGTCCGGCTAGCTTTGGCAG
CGGGATAGTTCAGACGGTGGTTTACCCCGTGAGGGCTGGTTTGTCTTATTTGATCATGTT
GGCTGTGATGTCATTCAATGGAGGAGTCTTCTTGGCTGCAATGGCTGGCTTTGGCTTAGG
GTTTATGATTTTTGGAAGTAGGGCTTTTAGGGAAACTGGTAGTAATCACAATCACACGGA
GGTTCAATCACATTGTTAACTCCCTGTGACATCCAATAATAATGAAAATAAAATCACATT
CTGGG*AATTCGTTCTAGTC

QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 2

CO CL5189Contig1 974 2 2 U
GGGTTCTGGAGAAAATCTGGGATCTACACGACAAGCTCAGCGACGAGATCCACTCGATTT
CCCGCTCTCACTTCCTCAAATCCGTCAAACCAGCTAATAGATCGGAGAAGAGGAAGAAGA
AGAAGAGCCGTGGCGGCTTAGGGGAAGAAGAGAAGCGGCAGGGTTACGTCTTCATCAAAG
GACTCGATGACGAAGAAGCGACGATTCAAGAGGCGAAGAGCCTGTACGCGATCCGCACCG
CGCTCGAGCACCTCGAAGACCAGCTTGAGTTTTTCCATACTATACATACACAGCAACGAA
CAGAGAGAGATCTTGCGGTTGCCCGGCTTGAACAGAGCAGGATACTACTAGCTATGAGAT
TGGCTCAACACCACGGCAAGAGCTACCGTGTCCTAGACGAAGCTCTCGCATTTGTCGGCA
GCATTAAAAGCGAAGACGCTCGTTTCGTTTCGCCTGATCACCTTTACAGTTCCTCTCCAA
TCCCAACGGTAGAAAACCCTACACCTTGTGATGGAAACAAGCCCAACTTTGTGATCAGCG
CCTTTGAATCGGCTTTCGGGTTTGCCAAAAGAGCATTTGGGTTCGACCATGTGAGAGGGG
TACTTGGAAACGCCGCTATATTCGCCATAAGCATGGTCGCTATGCTACATCTTCATCAAG
TGGCCACCAGTGAACGTCATCATCTACGGACGAAAGAAGACAGAGAAACATACGGAAGGG
AGATGTCTTCATCTGACATAAGCTTGGACCACTTGGACGTGATGATGGCTCGTGTTTAAA
GAGACTAGGGATCGAACTTGTCTACACGTGATACTCAGATGCATTTTGCTTGAAGCAGAG
GAATCAAGTACAAAAAGAGAAAACCAAGAAGAGAAGGGATAGTTGTTTGCTCTCATATGG
GTTTCGACAAAAACAACAAAAATGTATTTAGCTTGTTTGTTTGATTTGTTGATTTCAAGT
GTGGTTAGGCGTCC


BQ
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AF RR3G126TF U 1
AF RR3G126JQ C 183
BS 1 669 RR3G126TF
BS 670 974 RR3G126JQ

RD RR3G126TF 669 0 0
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CCCGCTCTCACTTCCTCAAATCCGTCAAACCAGCTAATAGATCGGAGAAGAGGAAGAAGA
AGAAGAGCCGTGGCGGCTTAGGGGAAGAAGAGAAGCGGCAGGGTTACGTCTTCATCAAAG
GACTCGATGACGAAGAAGCGACGATTCAAGAGGCGAAGAGCCTGTACGCGATCCGCACCG
CGCTCGAGCACCTCGAAGACCAGCTTGAGTTTTTCCATACTATACATACACAGCAACGAA
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TGGCTCAACACCACGGCAAGAGCTACCGTGTCCTAGACGAAGCTCTCGCATTTGTCGGCA
GCATTAAAAGCGAAGACGCTCGTTTCGTTTCGCCTGATCACCTTTACAGTTCCTCTCCAA
TCCCAACGGTAGAAAACCCTACACCTTGTGATGGAAACAAGCCCAACTTTGTGATCAGCG
CCTTTGAATCGGCTTTCGGGTTTGCCAAAAGAGCATTTGGGTTCGACCATGTGAGAGGGG
TACTTGGAAACGCCGCTATATTCGCCATAAGCATGGTCGCTATGCTACATCTTCATCAAG
TGGCCACCA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3G126JQ 792 0 0
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CTCGAGCACCTCGAAGACCAGCTTGAGTTTTTCCATACTATACATACACAGCAACGAACA
GAGAGAGATCTTGCGGTTGCCCGGCTTGAACAGAGCAGGATACTACTAGCTATGAGATTG
GCTCAACACCACGGCAAGAGCTACCGTGTCCTAGACGAAGCTCTCGCATTTGTCGGCAGC
ATTAAAAGCGAAGACGCTCGTTTCGTTTCGCCTGATCACCTTTACAGTTCCTCTCCAATC
CCAACGGTAGAAAACCCTACACCTTGTGATGGAAACAAGCCCAACTTTGTGATCAGCGCC
TTTGAATCGGCTTTCGGGTTTGCCAAAAGAGCATTTGGGTTCGACCATGTGAGAGGGGTA
CTTGGAAACGCCGCTATATTCGCCATAAGCATGGTCGCTATGCTACATCTTCATCAAGTG
GCCACCAGTGAACGTCATCATCTACGGACGAAAGAAGACAGAGAAACATACGGAAGGGAG
ATGTCTTCATCTGACATAAGCTTGGACCACTTGGACGTGATGATGGCTCGTGTTTAAAGA
GACTAGGGATCGAACTTGTCTACACGTGATACTCAGATGCATTTTGCTTGAAGCAGAGGA
ATCAAGTACAAAAAGAGAAAACCAAGAAGAGAAGGGATAGTTGTTTGCTCTCATATGGGT
TTCGACAAAAACAACAAAAATGTATTTAGCTTGTTTGTTTGATTTGTTGATTTCAAGTGT
GGTTAGGCGTCC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

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CTTTCCCAGGTCGTAACACGTCTCCATAAACCGCCATTTCAATGACATCCAGCTCCTTGT
CTGTGAATTGGAGGTCACATGAATATCCCTTAAGCGTTTCTGGATCCACATTCTGTTGAG
CTGATTTAAACCTGTTGACTCTAGTTTGAAGAATCTGACAATTCTCAGCCGTCGATTCTC
CACCTTTGGAGTAAGGAACAATGTGATCGTACTCGAAACAGAGACAGCCGCTGCAGTTTC
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GGTGGCGGAGTTAGAGAAAAA


BQ
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AF RR3CG90TF C 1
AF RR3CG90JQ U 3
BS 1 2 RR3CG90TF
BS 3 681 RR3CG90JQ

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TCAATGCTTTAGAAAAAGATGGTTGATTAGTTTATTATTATGATGGTAACTCGCACGCGG
CTTTACCATCTTTGGACTTGTACTGACCAAGCAACTCAGCTACGGTTTTGCAGCGACATT
CTTTCCCAGGTCGTAACACGTCTCCATAAACCGCCATTTCAATGACATCCAGCTCCTTGT
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CTGATTTAAACCTGTTGACTCTAGTTTGAAGAATCTGACAATTCTCAGCCGTCGATTCTC
CACCTTTGGAGTAAGGAACAATGTGATCGTACTCGAAACAGAGACAGCCGCTGCAGTTTC
CGAATCTCTTGCAGACGATATTTCCGGCGGCGTCCTTACGCCACCTCTCCGGATGTCGAC
CGGGCACGATGTCTGCTTTAGCCCAGCACTTGTTCTTCGCCTTTCCATCGAAGAAACGAG
GCCTCTCAGGTTTCTCATTGCCGCGTGACGGCGATGAAGGCGACGGAGGAGGAAGAAGGC
GGTGGCGGAGTTAGAGAAAAA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3CG90JQ 679 0 0
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AATGCTTTAGAAAAAGATGGTTGATTAGTTTATTATTATGATGGTAACTCGCACGCGGCT
TTACCATCTTTGGACTTGTACTGACCAAGCAACTCAGCTACGGTTTTGCAGCGACATTCT
TTCCCAGGTCGTAACACGTCTCCATAAACCGCCATTTCAATGACATCCAGCTCCTTGTCT
GTGAATTGGAGGTCACATGAATATCCCTTAAGCGTTTCTGGATCCACATTCTGTTGAGCT
GATTTAAACCTGTTGACTCTAGTTTGAAGAATCTGACAATTCTCAGCCGTCGATTCTCCA
CCTTTGGAGTAAGGAACAATGTGATCGTACTCGAAACAGAGACAGCCGCTGCAGTTTCCG
AATCTCTTGCAGACGATATTTCCGGCGGCGTCCTTACGCCACCTCTCCGGATGTCGACCG
GGCACGATGTCTGCTTTAGCCCAGCACTTGTTCTTCGCCTTTCCATCGAAGAAACGAGGC
CTCTCAGGTTTCTCATTGCCGCGTGACGGCGATGAAGGCGACGGAGGAGGAAGAAGGCGG
TGGCGGAGTTAGAGAAAAA

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL5191Contig1 920 2 2 U
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GAAACCCGATTGGCGGTAGAGGATATGGGACAGGTGGTGGTGTAGGAGCTACCGGAGGAG
GAGGTTACGGAACAGGTGGAGGAGCCACTGGTGGAACTTACGGGACAGGTGGTGAAGGAT
ACGGGGTTGGATCTGGAGCATTGGGAGCTGGCGCAGGAGGTAGACACCACGGCCAAGAGC
AACTCCATAAGGAAAGTGGTGGTGGTGGCTTGGGAGGAATGCTTCACCGCTCTGGATCCG
GATCCAGCTCTAGCTCTGAGGATGATGGACACGGTGGGGGGAGGAAGAAGAAGGGAATAA
CAGATAAGATCAAGGAGAAGTTGCCAGGTCACCATGATCAGTCTGGTCAATCTCAAGGCA
TGGGGATGGGAACTACCACCGGTTATGACGAGGGAGGCTATGTTGGTGAACGCCACGAGA
AGAAGGGAATGATGGAAAAGATCAAGGAAAAGCTTCCCGACGGCGGTGGTGGTCATCATT
AAGCAATTATACAAGTTAAACTTTGGGACAAACGAGTATGCATATATATATAAATTAAAA
TAAGGAAAGTTCGTAACACAGTGTCATCCGGACCTTTTACTTTTAGGTGTGCGTGTGTGT
GTGTTCATGTGTGTACGTCCTTCGATGTGTTATGGCTTAATGAGTGTATAAGGGAGCATT
GTTTGGCTCTTTTTATGTTCTTAAGATCTATGTACGGTACAGTATTCTGTATTTTCATAT
CTATATATAGATATATATCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G661TF U 1
AF RR3G661JQ C 221
BS 1 706 RR3G661TF
BS 707 920 RR3G661JQ

RD RR3G661TF 706 0 0
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TAGCTAAGCCCAAAGTGTTTGCTTAGAAGAAGAAGATAAAGATGGCGTCTTACCAGAACA
GACCCGGAGCTCAGGCAACTGACGAGTACGGAAATCCGATCCAGCAGCTGGACGAGTTTG
GAAACCCGATTGGCGGTAGAGGATATGGGACAGGTGGTGGTGTAGGAGCTACCGGAGGAG
GAGGTTACGGAACAGGTGGAGGAGCCACTGGTGGAACTTACGGGACAGGTGGTGAAGGAT
ACGGGGTTGGATCTGGAGCATTGGGAGCTGGCGCAGGAGGTAGACACCACGGCCAAGAGC
AACTCCATAAGGAAAGTGGTGGTGGTGGCTTGGGAGGAATGCTTCACCGCTCTGGATCCG
GATCCAGCTCTAGCTCTGAGGATGATGGACACGGTGGGGGGAGGAAGAAGAAGGGAATAA
CAGATAAGATCAAGGAGAAGTTGCCAGGTCACCATGATCAGTCTGGTCAATCTCAAGGCA
TGGGGATGGGAACTACCACCGGTTATGACGAGGGAGGCTATGTTGGTGAACGCCACGAGA
AGAAGGGAATGATGGAAAAGATCAAGGAAAAGCTTCCCGACGGCGGTGGTGGTCATCATT
AAGCAATTATACAAGTTAAACTTTGGGACAAACGAGTATGCATATA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3G661JQ 700 0 0
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CGGGACAGGTGGTGAAGGATACGGGGTTGGATCTGGAGCATTGGGAGCTGGCGCAGGAGG
TAGACACCACGGCCAAGAGCAACTCCATAAGGAAAGTGGTGGTGGTGGCTTGGGAGGAAT
GCTTCACCGCTCTGGATCCGGATCCAGCTCTAGCTCTGAGGATGATGGACACGGTGGGGG
GAGGAAGAAGAAGGGAATAACAGATAAGATCAAGGAGAAGTTGCCAGGTCACCATGATCA
GTCTGGTCAATCTCAAGGCATGGGGATGGGAACTACCACCGGTTATGACGAGGGAGGCTA
TGTTGGTGAACGCCACGAGAAGAAGGGAATGATGGAAAAGATCAAGGAAAAGCTTCCCGA
CGGCGGTGGTGGTCATCATTAAGCAATTATACAAGTTAAACTTTGGGACAAACGAGTATG
CATATATATATAAATTAAAATAAGGAAAGTTCGTAACACAGTGTCATCCGGACCTTTTAC
TTTTAGGTGTGCGTGTGTGTGTGTTCATGTGTGTACGTCCTTCGATGTGTTATGGCTTAA
TGAGTGTATAAGGGAGCATTGTTTGGCTCTTTTTATGTTCTTAAGATCTATGTACGGTAC
AGTATTCTGTATTTTCATATCTATATATAGATATATATCT

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

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GTACATTGAGAGGGATGACAAAAGGTCGTGCGTCTTACACAATGCAATTGGCTAAGTTCG
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AAGACGGACGGTTTATGTTTTCATGGTCGGAAAGTACATTGAAGACATATACATGCGTTA
TCATGATTAATGTTTAAATCATTTTATATAGTTTTGTTTTGATTAAGAGAAAACAAACAT
ATTTAAATTTCTTTTTATGTGGATGCTAAAGTAAGTTTGGGAATGGTAGATAACATTTTG
AAGGAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3EF46JQ C 1
AF RR3EF46TF U 1
BS 1 486 RR3EF46TF

RD RR3EF46JQ 486 0 0
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GTGATGTCATTGGTGATCTTAACTCTAGAAGAGGTCAGATCAACAGCTTTGGAGACAAAC
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GTACATTGAGAGGGATGACAAAAGGTCGTGCGTCTTACACAATGCAATTGGCTAAGTTCG
ATGTTGTTCCTCAGCATATTCAGAACCAGCTTTCGTCCAAGGACCAAGAAGTTGCTGCTT
AAGACGGACGGTTTATGTTTTCATGGTCGGAAAGTACATTGAAGACATATACATGCGTTA
TCATGATTAATGTTTAAATCATTTTATATAGTTTTGTTTTGATTAAGAGAAAACAAACAT
ATTTAAATTTCTTTTTATGTGGATGCTAAAGTAAGTTTGGGAATGGTAGATAACATTTTG
AAGGAT

QA 1 486 1 486
DS 

RD RR3EF46TF 486 0 0
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GTGATGTCATTGGTGATCTTAACTCTAGAAGAGGTCAGATCAACAGCTTTGGAGACAAAC
CCGGTGGTCTCAAGGTGGTGGATTCTCTGGTTCCATTAGCAGAGATGTTTCAGTATGTGA
GTACATTGAGAGGGATGACAAAAGGTCGTGCGTCTTACACAATGCAATTGGCTAAGTTCG
ATGTTGTTCCTCAGCATATTCAGAACCAGCTTTCGTCCAAGGACCAAGAAGTTGCTGCTT
AAGACGGACGGTTTATGTTTTCATGGTCGGAAAGTACATTGAAGACATATACATGCGTTA
TCATGATTAATGTTTAAATCATTTTATATAGTTTTGTTTTGATTAAGAGAAAACAAACAT
ATTTAAATTTCTTTTTATGTGGATGCTAAAGTAAGTTTGGGAATGGTAGATAACATTTTG
AAGGAT

QA 1 486 1 486
DS 



AS 1 2

CO CL5193Contig1 847 2 6 U
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CAGAAGCGGCTGGCCGCGTCGGTGATGAAGTGCGGGAAGAGAAAAGTTTGGCTCGACCCG
AATGAAACCGCCGATATCTCCATGGCCAATTCCCGGCAAAACATCAGGAAGCTTGTGAAC
GATGGTTTCATCATCAAGAAACCAACAAAGATCCACTCTCGCTCCAGAGCGCGTCGTATG
AAGATCGCCAAGATGAAGGGTCGTCACTCTGGTTACGGTAAGAGGAAGGGTACCCGTGAA
GCTAGGTTGCCGACTAAGGTACTGTGGATGCGTAGGATGCGTGTCCTAAGGCGTCTTCTG
AAGAAGTACAGGGAGTCTAAGAAGATTGACAAGCACATGTACCATGACATGTACATGCGT
GTTAAGGGTAACGTCTTCAAGAACAAGCGTGTCTTGATGGAGAGCATCCACAAGTCCAAG
GCCGAGAAGGCTAGAGAGAAGACTTTGTCTGATCAGTTTGAGGCTAAGAGGGCTAAGAAC
AAGGCTAGCCGTGAGAGGAAACATGCTAGGAGAGAAGAGCGTTTAGCTAAGGGTCCTGGA
GGAGATGTTGCACCTACAACTTCACCTCCAGCTGCTGCTGCTGCTACTACTACTGCTCAA
ACTGCAGAGGTACCAAAGAAGAAGTCCAAGAAGTGAAGAGGATATAGTGATCATCAATCT
ATATAATTCATTTCACTTGACTTGAGTTTTTGATGTTTTATGAAGTTTGTTTTGTTGAAA
TACTTTCTTTTCCCGATAAACACAAGTTATGTCAGTTATTTGGTGTTATGCTTTCACATT
TTAAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FJ23TF U 1
AF RR3FJ23JQ C 25
BS 1 99 RR3FJ23TF
BS 100 100 RR3FJ23JQ
BS 101 660 RR3FJ23TF
BS 661 661 RR3FJ23JQ
BS 662 678 RR3FJ23TF
BS 679 847 RR3FJ23JQ

RD RR3FJ23TF 678 0 0
GGGTCCTCCTCCGCCACACCCAAAAGGTAAAAAAGAAAAAAAATGGTGTCTCTGAAGCCC
CAGAAGCGGCTGGCCGCGTCGGTGATGAAGTGCGGGAAGGGAAAAGTTTGGCTCGACCCG
AATGAAACCGCCGATATCTCCATGGCCAATTCCCGGCAAAACATCAGGAAGCTTGTGAAC
GATGGTTTCATCATCAAGAAACCAACAAAGATCCACTCTCGCTCCAGAGCGCGTCGTATG
AAGATCGCCAAGATGAAGGGTCGTCACTCTGGTTACGGTAAGAGGAAGGGTACCCGTGAA
GCTAGGTTGCCGACTAAGGTACTGTGGATGCGTAGGATGCGTGTCCTAAGGCGTCTTCTG
AAGAAGTACAGGGAGTCTAAGAAGATTGACAAGCACATGTACCATGACATGTACATGCGT
GTTAAGGGTAACGTCTTCAAGAACAAGCGTGTCTTGATGGAGAGCATCCACAAGTCCAAG
GCCGAGAAGGCTAGAGAGAAGACTTTGTCTGATCAGTTTGAGGCTAAGAGGGCTAAGAAC
AAGGCTAGCCGTGAGAGGAAACATGCTAGGAGAGAAGAGCGTTTAGCTAAGGGTCCTGGA
GGAGATGTTGCACCTACAACTTCACCTCCAGCTGCTGCTGCTGCTACTACTACTGCTCAA
*CTGCAGAGGTACCAAAG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3FJ23JQ 823 0 0
AAAGGTAAAAAG
AAAAAAATGGTGTCTCTGAAGCCCCAGAAGCGGCTGGCCGCGTCGGTGATGAAGTGCGGG
AAGAGAAAAGTTTGGCTCGACCCGAATGAAACCGCCGATATCTCCATGGCCAATTCCCGG
CAAAACATCAGGAAGCTTGTGAACGATGGTTTCATCATCAAGAAACCAACAAAGATCCAC
TCTCGCTCCAGAGCGCGTCGTATGAAGATCGCCAAGATGAAGGGTCGTCACTCTGGTTAC
GGTAAGAGGAAGGGTACCCGTGAAGCTAGGTTGCCGACTAAGGTACTGTGGATGCGTAGG
ATGCGTGTCCTAAGGCGTCTTCTGAAGAAGTACAGGGAGTCTAAGAAGATTGACAAGCAC
ATGTACCATGACATGTACATGCGTGTTAAGGGTAACGTCTTCAAGAACAAGCGTGTCTTG
ATGGAGAGCATCCACAAGTCCAAGGCCGAGAAGGCTAGAGAGAAGACTTTGTCTGATCAG
TTTGAGGCTAAGAGGGCTAAGAACAAGGCTAGCCGTGAGAGGAAACATGCTAGGAGAGAA
GAGCGTTTAGCTAAGGGTCCTGGAGGAGATGTTGCACCTACAACTTCACCTCCAGCTGCT
GCTGCTGCTACTACTACTGCTCAAACTGCAGAGGTACCAAAGAAGAAGTCCAAGAAGTGA
AGAGGATATAGTGATCATCAATCTATATAATTCATTTCACTTGACTTGAGTTTTTGATGT
TTTATGAAGTTTGTTTTGTTGAAATACTTTCTTTTCCCGATAAACACAAGTTATGTCAGT
TATTTGGTGTTATGCTTTCACATTTTAAGCT

QA 13 823 13 823
DS 



AS 1 2

CO CL5194Contig1 1310 2 2 U
GCAAGTTCCAGGAAAAAAACTTCTTTCAAAGTAACTTCAAATATCAAACTTCCTCAAAGC
TTCGAGAAGATAATTGTACATGCCCTGTCTCATAATTTCCGCAATGCGACCCGCATAGTA
CGGGCACCACTAAAGTTACCCATTGGACCACACCAAGTTCTTCTGAAAATCATCCATGCC
GGTGTCAACGCAAGTGATGTAAACTTCAGCTCAGGTCGTTACTTTAGTGGTGGCTCACCG
AAGCTTCCCTTTGATGCTGGATTTGAGGGAGTTGGACTAATTGCAGCAGTGGGAGAATCT
GTTAAGAATTTACAAGTTGGGACTCCAGCTGCTGTTATGACATTTGGAGCATATGCTGAA
TACATGATAGTTTCTTCTAAGCACGTGCTTCCCGTTCCAAGGCCAGATCCTGAAGTTGTC
GCCATGCTTACCTCAGGATTAACTGCCTTGATCGCCCTTGAAAAGGCAGGACAAATGAAA
TCAGGTGAAACAGTACTTGTGACTGCTGCTGCTGGAGGGACTGGACAATTCGCAGTCCAG
CTTGCTAAGTTGGCTGGAAATAAAGTGATTGCTACTTGCGGGGGATCAGAGAAGCCAAGC
TATTGAAAGACCTTGGTGTGGATCGAGTCATAGATTATAAAGCCGAGGATATCAAGACGG
TCTTGAAAAAAGAGTTTCCAAAGAGTGTGGATATCATATATGAATCTGTAGGTGGTCGAA
TGTTTGATCTGTGCTTGAATGCTCTTGCTGTTTATGGACGACTCATCGTGATTGGAATGA
TCTCTCAGTATCAAGGTGAGAAAGGATGGCAACCCGCAAACTATCCAGGGCTCTGCGAGA
AAGTTCTTGCAAAAAGCCAAACCGTGGCGGGTTTCTTTCTGGTGCAATATAGTCAGCTCT
GGAAACAAAATCTTGACAAGTTGTTCCATCTTTACTCTCTCGGAAAGCTCAAGGTTGGGA
TTGATCAGAAGAAGTTTATAGGTCTAAACGCTGTTGTAGATGCTGTTGAGTATCTGCATT
CCGGTAAAAGCACTGGAAAGGTTGTCGTTTGTATCGATCCTACATTTGAGCAGACAATGT
CCAGGCTGTGAACAAAAAAACATGGACAAATCGAAAATGAAGCTTTGGAGGTTTTTGTAA
CTAAAGAGGTTGTTTAGCTTTTACATTGACTAAGGGAAAGAGGTAGACTACGGTTAATAA
GCTTTGGACAAACCCTCATCATATTAAAACCATTATACATATTCCTTTTAAAGTTCGTGT
GATCATCGTGTAGTAGCCGCATATTTGCACATTTCATTTGTCCTTTCTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AK16TF U 1
AF RR3AK16JQ C 585
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BS 666 1310 RR3AK16JQ

RD RR3AK16TF 665 0 0
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GGTGTCAACGCAAGTGATGTAAACTTCAGCTCAGGTCGTTACTTTAGTGGTGGCTCACCG
AAGCTTCCCTTTGATGCTGGATTTGAGGGAGTTGGACTAATTGCAGCAGTGGGAGAATCT
GTTAAGAATTTACAAGTTGGGACTCCAGCTGCTGTTATGACATTTGGAGCATATGCTGAA
TACATGATAGTTTCTTCTAAGCACGTGCTTCCCGTTCCAAGGCCAGATCCTGAAGTTGTC
GCCATGCTTACCTCAGGATTAACTGCCTTGATCGCCCTTGAAAAGGCAGGACAAATGAAA
TCAGGTGAAACAGTACTTGTGACTGCTGCTGCTGGAGGGACTGGACAATTCGCAGTCCAG
CTTGCTAAGTTGGCTGGAAATAAAGTGATTGCTACTTGCGGGGGATCAGAGAAGCCAAGC
TATTGAAAGACCTTGGTGTGGATCGAGTCATAGATTATAAAGCCGAGGATATCAAGACGG
TCTTG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3AK16JQ 726 0 0
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AAGACGGTCTTGAAAAAAGAGTTTCCAAAGAGTGTGGATATCATATATGAATCTGTAGGT
GGTCGAATGTTTGATCTGTGCTTGAATGCTCTTGCTGTTTATGGACGACTCATCGTGATT
GGAATGATCTCTCAGTATCAAGGTGAGAAAGGATGGCAACCCGCAAACTATCCAGGGCTC
TGCGAGAAAGTTCTTGCAAAAAGCCAAACCGTGGCGGGTTTCTTTCTGGTGCAATATAGT
CAGCTCTGGAAACAAAATCTTGACAAGTTGTTCCATCTTTACTCTCTCGGAAAGCTCAAG
GTTGGGATTGATCAGAAGAAGTTTATAGGTCTAAACGCTGTTGTAGATGCTGTTGAGTAT
CTGCATTCCGGTAAAAGCACTGGAAAGGTTGTCGTTTGTATCGATCCTACATTTGAGCAG
ACAATGTCCAGGCTGTGAACAAAAAAACATGGACAAATCGAAAATGAAGCTTTGGAGGTT
TTTGTAACTAAAGAGGTTGTTTAGCTTTTACATTGACTAAGGGAAAGAGGTAGACTACGG
TTAATAAGCTTTGGACAAACCCTCATCATATTAAAACCATTATACATATTCCTTTTAAAG
TTCGTGTGATCATCGTGTAGTAGCCGCATATTTGCACATTTCATTTGTCCTTTCTGG

QA 10 726 10 726
DS 



AS 1 2

CO CL5195Contig1 495 2 1 U
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GTGGATGCACAGTATAATCCGCCGTGCAGATTTTTTAAGGGAAAACCTGGAACATGTGGT
CCTAATGGAAGCAAGAAGTGTGAAAATGAAATGAAGTCACCACAAACCAGCCAAAGTTTT
GTTCGTTGTGACTGTGAAAACATTAAAATTGTACGTCAAGACGGCTATGGTTGCACTTGT
TTTACTAAACTTCCGTGCGGCTAGTAATATATCAAAGCATATACTAATGAATAAGATAAA
AGAACATATTTGTTCTTTGCTTATTATATGACTGACTTTTTGTATATGTCAGTCTTTTGT
TTTATACTTTTATTTAGCAAAATATCATATGTTAAAATTTAAAAGCATTAGTCTCAACAA
TTAAAAAGTTGCTCT


BQ
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AF RR3C448JQ C 1
AF RR3C448TF U 1
BS 1 495 RR3C448TF

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GCTATTTTATTAATAATTTTTGGTATTTTCATGTTCCTCGTTCTGAACCATGTTAAAGAA
GTGGATGCACAGTATAATCCGCCGTGCAGATTTTTTAAGGGAAAACCTGGAACATGTGGT
CCTAATGGAAGCAAGAAGTGTGAAAATGAAATGAAGTCCCCACAAACCAGCCAAAGTTTT
GTTCGTTGTGACTGTGAAAACATTAAAATTGTACGTCAAGACGGCTATGGTTGCACTTGT
TTTACTAAACTTCCGTGCGGCTAGTAATATATCAAAGCATATACTAATGAATAAGATAAA
AGAACATATTTGTTTTTTGCTTATTATATGACTGACTTTTTGTATATGTCAGTCTTTTGT
TTTATACTTTTATTTAGCAAAATATCATATGTTAAAATTTAAAAGCATTAGTCTCAACAA
TTAAAAAGTTGCTCT

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3C448TF 495 0 0
TTTTTAAGCAAAAAAAAAAAACTTAAGCAATTTCTTCATATTTCTGGAATTATGAGGTTG
GCTATTTTATTAATAATTTTTGGTATTTTCATGTTCCTCGTTCTGAACCATGTTAAAGAA
GTGGATGCACAGTATAATCCGCCGTGCAGATTTTTTAAGGGAAAACCTGGAACATGTGGT
CCTAATGGAAGCAAGAAGTGTGAAAATGAAATGAAGTCACCACAAACCAGCCAAAGTTTT
GTTCGTTGTGACTGTGAAAACATTAAAATTGTACGTCAAGACGGCTATGGTTGCACTTGT
TTTACTAAACTTCCGTGCGGCTAGTAATATATCAAAGCATATACTAATGAATAAGATAAA
AGAACATATTTGTTCTTTGCTTATTATATGACTGACTTTTTGTATATGTCAGTCTTTTGT
TTTATACTTTTATTTAGCAAAATATCATATGTTAAAATTTAAAAGCATTAGTCTCAACAA
TTAAAAAGTTGCTCT

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

CO CL5196Contig1 975 2 2 U
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TGTTTACTCCCGTTAATAGCGTTCTTTACTCCTTAGATCTACGCCACCCACGATCTTTCA
TCCAATAATTCTGATATATCTTACAGATGGTGAAACTCCACCTATAAAGTGTTTTTGTTT
CGTTGATCGACTGTACGAAGTTTCAACTTGGTGTTTGTGGTTACAACGTTAGAAGAAAGA
ACAAGCGCTCTCGGTGGCGTGTCTTCAGTCTCATGCTGAATTAATATAAAGGACGGTGTC
ATCGGTTTATCACTTCGTCTTTTAATTCTACAACAATTGCCAAGATATTTCTTTATGATT
AATGTACCTAGATGTTGCTTATTCTTCCTGGTCAGATCAATACACACTCTATTGCGGAAG
CTACTAAGAGATTTGGGTTCTGGTGTTGGCTGAAGAACACAAGTCTTGAAAAAGTGAAAA
CTATGAAATGGTGTCAATTAATGGAAGGATGCAGGAATATACATCGAGAAACTATGAACT
CAAATGTTCTCCTACAAGTCGCCATTTTTCAGAGAGGATTCGGTGACGTTGGAGCTATTT
ATGATCGACAGCTTGAATCCATGGCTAGTCGGTCGGTACTTTCCAGCAGTTGGGGTCACT
GAGAAATTCTCAATGAACCTCCACTGTCCAACGTGCAGTTTCTTAACACAACCAAGGAAG
ACTCTTTTGCAGGAAAATCGGGTCGATGGAGTGTATCGTCTCTTTCACGTGCTGAAAAGC
TAGAAGATGAAACTGGTAGAAGAGTGTTATATTGAAAACGAACTAATATAGATTTGGAAT
TATAAATAATATCAAATAGTGAACAGGAAGTGAAAGGTGATCACAGAAAATATGAGGTAA
TAATAAGAACAAACTGATGTATTATGTAAGTGAAGAATTGTACCTTTGACTCATAAGAAA
ATTTTGATTCTGGGT


BQ
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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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GGAGATGGCGATACTTAATGAAAACAGTGGCTTTGTGTGAAGCATTTGCCACGCTGCTTC
TAATGGTCAATTTAATATTCTTAAAACGCAGCTGTTCAAGATAAGCGAAGAGATAGTGAT
TGATGCCACAAACTCTGGAAACATAGCACGGCTGATCAACCATTCATGTATGCCCAATTG
CTATGCACGTATTGTGAGTGTAGGCGATGGAGAAGAGAACAGAAT

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3B254JQ 863 0 0
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ACAAGCAAGAGAATTGGACCAAAGCACTGAAGTATACTCTCTGCAACCTGAAATGGCTCT
TCATTGGTTCGTTGGGAACAGTAATTTCCAGCCTCTCTCTGCAACGGTACCTTTGCCTTG
TGATGTATCAGCAGCTGGTCCTTGTACGCCAAGCGAGGTCCTGCTTCTAATAACCCGTCT
GGTAAAACCTTAAGAGACCCGTGAGGAGATGGCGATACTTAATGAAAACAGTGGCTTTGT
GTGAAGCATTTGCCACGCTGCTTCTAATGGTCAATTTAATATTCTTAAAACGCAGCTGTT
CAAGATAAGCGAAGAGATAGTGATTGATGCCACAAACTCTGGAAACATAGCACGGCTGAT
CAACCATTCATGTATGCCCAATTGCTATGCACGTATTGTGAGTGTAGGCGATGGAGAAGA
GAACAGAATCGTCCTCATTGCAAAGACCAATGTCTCACCAGGTGAAGAGCTTACGTATGA
TTATCTCTTTGAGGTTGATGAATCTGAAGAAATCAAAGTGCCTTGCCTTTGCAGAGCTCC
TAACTGTCGCAAATTCATGAACTGATCAGAGTTTTCTCAAAGTCGAAATCATTCTTGCAC
CGGTTCTAGCAGCGGCGGCTGATTCATGCTTACTTCCTTACAATTGATTATTGATTCATT
GGTTAGGCGCCATTAAATGGTATGTCCGCCGGTTACCTTTCCCGGTCTAGCAATTTTGTA
AATGTGTAGGAACCACATAGGCCACAGATGAAGACTTTACACATTTGATTTTTAATCAAA
AGTCTTGATATCTTTTCATGTTT

QA 1 863 1 863
DS 



AS 1 2

CO CL5199Contig1 895 2 6 U
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ACCGTTGGAGCCTCCTCCTCTTCCTTCCTTTTTTCTCTATCCATCTCTCTCCTCCTTGCC
ATCGAAATGTTAGGATTTGTGGTTGGAGTCTCGCCGGCGGTCCTCTAATTCTGTTCCGGA
AAGTCTTAGACTCGTGGTCAGTTGCCTTTTTTCTGGAGACTCAGCGAGGTTGTGCGAGTT
CGTGGGTGGCTAGAGTCGATTTTTAGAGTGAGATCTCGGTGAATCTACTTTTCTCTCTTT
AGACATGTTCGTCGTTCTCGGAGCTTGAGGCGCGTGAGGTTGTGACTTACTTTCTTCTCC
TGTTTTATAGAGTTAGAAATTTACAAATTAACATTTTTTGAAATTTATGTTTTAATATCA
TAGATTTTTCATTAAATATGAAAATATTAATAAATCTCATCAAAATATATGAAGTCTTAA
CAAATGTAATTATAATTCCATATTGAATGTATAATCATGTAAAATGTATATACATATAAA
TTATTAAATATTTTTTTTTAAATGGGGACATATATTTGCATAAAAATTATACAACTTTAT
CTTATTATTCTTAGATTTATGTCATATTTTAAACCGGTCAATCTTATGTCCGGAAAAATA
AAATTATTTTACTAATTTTATCGATATTTTATCTATATTTTTATACTCTATGTTATCATA
ATCCTATAAAATATTTTTAAAAAATTTGATAACATAATCCCAATTTACACTTCACCAGAA
AATAAAAATTATTTATGTACATGTATAATTATTCATTATTTAAAAATTCAAAGGAATAGA
AATCATGATTTACCTTGACTTTGAAACTAATAAATAAATGATCATTTTTTTGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D430TF U 1
AF RR3D430JQ C 222
BS 1 657 RR3D430TF
BS 658 658 RR3D430JQ
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BS 703 719 RR3D430TF
BS 720 895 RR3D430JQ

RD RR3D430TF 719 0 0
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CGTGGGTGGCTAGAGTCGATTTTTAGAGTGAGATCTCGGTGAATCTACTTTTCTCTCTTT
AGACATGTTCGTCGTTCTCGGAGCTTGAGGCGCGTGAGGTTGTGACTTACTTTCTTCTCC
TGTTTTATAGAGTTAGAAATTTACAAATTAACATTTTTTGAAATTTATGTTTTAATATCA
TAGATTTTTCATTAAATATGAAAATATTAATAAATCTCATCAAAATATATGAAGTCTTAA
CAAATGTAATTATAATTCCATATTGAATGTATAATCATGTAAAATGTATATACATATAAA
TTATTAAATATTTTTTTTTAAATGGGGACATATATTTGCATAAAAATTATACAACTTTAT
CTTATTATTCTTAGATTTATGTCATATTTTAAACCGGTCAATCTTATGTCCGGAAAA*TA
AAATTATTTTACTAATTTTATCGATATTTTATCTATATTTT*ATACTCTATGTTATCAT

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3D430JQ 674 0 0
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AATCTACTTTTCTCTCTTTAGACATGTTCGTCGTTCTCGGAGCTTGAGGCGCGTGAGGTT
GTGACTTACTTTCTTCTCCTGTTTTATAGAGTTAGAAATTTACAAATTAACATTTTTTGA
AATTTATGTTTTAATATCATAGATTTTTCATTAAATATGAAAATATTAATAAATCTCATC
AAAATATATGAAGTCTTAACAAATGTAATTATAATTCCATATTGAATGTATAATCATGTA
AAATGTATATACATATAAATTATTAAATATTTTTTTTTAAATGGGGACATATATTTGCAT
AAAAATTATACAACTTTATCTTATTATTCTTAGATTTATGTCATATTTTAAACCGGTCAA
TCTTATGTCCGGAAAAATAAAATTATTTTACTAATTTTATCGATATTTTATCTATATTTT
TATACTCTATGTTATCATAATCCTATAAAATATTTTTAAAAAATTTGATAACATAATCCC
AATTTACACTTCACCAGAAAATAAAAATTATTTATGTACATGTATAATTATTCATTATTT
AAAAATTCAAAGGAATAGAAATCATGATTTACCTTGACTTTGAAACTAATAAATAAATGA
TCATTTTTTTGGCC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL5200Contig1 570 2 1 U
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AGTATGGCGTTGTCATTTGAGGCAGGGTAAGAAAATGGAGCATTTTCAAGAAGTATGGAG
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TGGAATTTACTTAGTGACAAATAATCAACCCATCAACCCAAAACTTAATTGGAAGTAATG
TGTTTTTTTTTCTTAAGAACTTATCAATTATGAAGCTAAGTTTTTTTTTCATGTGCACTG
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ATATTCATATTAATAAATCTTATAATTTAC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D858TF U 1
AF RR3D858JQ C 2
BS 1 570 RR3D858TF

RD RR3D858TF 570 0 0
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TTTGAACAAAAGTAAATCCGGATGCTTTCCAAACACTGTAGAGTTTAAAAACCAGCTTGG
ACCTGGCAGTATACTCAAAGTCAACTGCACGTCCAACACAAATGAAAATAAAGGTATCCG
TGATGTCAAATTCAATGAAAAATACAAAATTTCATTTAATGAGGCAGGGAAGGAGAGAAT
AGTATGGCGTTGTCATTTGAGGCAGGGTAAGAAAATGGAGCATTTTCAAGAAGTATGGAG
ACTTTATGTAACAGCGCTTTCAAAATGTGGTCAGATGCGCTCATACACCGCTAAACTTGA
TGGAATTTACTTAGTGACAAATAATCAACCCATCAACCCAAAACTTAATTGGAAGTAATG
TGTTTTTTTTTCTTAAGAACTTATCAATTATGAAGCTAAGTTTTTTTTTCATGTGCACTG
AGTCTTTTTTTTTTGTTTGGGTTAAAATATACAATGTATAATAAAACATGGGTTTACCTG
ATATTCATATTAATAAATCTTATAATTTAC

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3D858JQ 569 0 0
GG
GAACTGAAAAATGAATCATCTCATTATATTTATGTTAGTTATTGTTATGTGTTTAGGTTT
GAACAAAAGTAAATCCGGATGCTTTCCAAACACTGTAGAGTTTAAAAACCAGCTTGGACC
TGGCAGTATACTCAAAGTCAACTGCACGTCCAACACAAATGAAAATAAAGGTATCCGTGA
TGTCAAATTCAATGAAAAATACAAAATTTCATTTAATGAGGCAGGGAAGGAGAGAATAGT
ATGGCGTTGTCATTTGAGGCAGGGTAAGAAAATGGAGCATTTTCAAGAAGTATGGAGACT
TTATGTAACAGCGCTTTCAAAATGTGGTCAGATGCGCTCATACACCGCTAAACTTGATGG
AATTTACTTAGTGACAAATAATCAACCCATCAACCCAAAACTTAATTGGAAGTAATGTGT
TTTTTTTTTTTAAGAACTTATCAATTATGAAGCTAAGTTTTTTTTTCATGTGCACTGAGT
CTTTTTTTTTTGTTTGGGTTAAAATATACAATGTATAATAAAACATGGGTTTACCTGATA
TTCATATTAATAAATCTTATAATTTAC

QA 3 569 3 569
DS 



AS 1 2

CO CL5201Contig1 714 2 1 U
GGAGGATGATTACATTCTCCTTTACTTTCTACTACTACGGTTGTGTTCATTTGTTGGCGA
TTGAGGCTCACTTGCTGAGCTAATATAGCTTTCTCGATTTTCTAAATCTGATTCACCTTT
TGATCTCACAAAGTCATTTGCTTTGTGACTATCCAAAAGATGACAACAATCCAAACTGGT
CCTTCTACTCTCAAGCAGCCAGCATTGTTTAAAAGGTGGGGAAGGAGACACCCTTTTGTA
CGATACGGACTTCCCATGATCTCTCTCACTGTTTTCGGAGCCCTTGGACTCGGCCAACTC
CTCCAAGGCAGTAATGATATCGCAAAGGTGAAAGACGTCCAGGAATGGGAGATTATCGAG
ACGAGAAAGGCTCTTTCTAGAACTGGACCTGTCGATGCTTATCAACCTAAAAACACTTCC
ATCCAAGACGAGCTCAAGGCTATGCAAGGGAAGGTGGACATAAACACGTACGAGTACAAG
AAAATTCCAAAACTATAAACCAAGTCAAATCCAGTTAATGTCTAACTCTTTTAAAGAGTG
TAATTTCATGTATCAGAGTTTTCTTCTTCTTCTTGGATGTCTTTCTGTGTTAGCTGCTAC
AAACTCGCCAACGACTAATTAATACTTGTTTCATCTAAATGTATTAATTAGTCGTTCTTG
GCTTCTTGTGACCCCTTTTCTCTCTGTATATAGAAACACAAACTAGCTTTCTGT


BQ
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AF RR3FR07TF U 1
AF RR3FR07JQ C 228
BS 1 714 RR3FR07TF

RD RR3FR07TF 714 0 0
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CCTTCTACTCTCAAGCAGCCAGCATTGTTTAAAAGGTGGGGAAGGAGACACCCTTTTGTA
CGATACGGACTTCCCATGATCTCTCTCACTGTTTTCGGAGCCCTTGGACTCGGCCAACTC
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ATCCAAGACGAGCTCAAGGCTATGCAAGGGAAGGTGGACATAAACACGTACGAGTACAAG
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AAACTCGCCAACGACTAATTAATACTTGTTTCATCTAAATGTATTAATTAGTCGTTCTTG
GCTTCTTGTGACCCCTTTTCTCTCTGTATATAGAAACACAAACTAGCTTTCTGT

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DS 

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TAAAAACACTTCCATCCAAGACGAGCTCAAGGCTATGCAAGGGAAGGTGGACATAAACAC
GTACGAGTACAAGAAAATTCCAAAACTATAAACCAAGTCAAATCCAGTTAATGTCTAACT
CTTTTAAAGAGTGTAATTTCATGTATCAGAGTTTTCTTCTTCTTCTTGGATGTCTTTCTG
TGTTAGCTGCTACAAACTCGCCAACGACTAATTAATACTTGTTTCATCTAAATGTATTAA
TTAGTCGTTCTTGGCTTCTTGTGACCCCTTTTCTCTCTGTATATAGAAACACAAACTAGC
TTTCTGT

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 2

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GCCTCACAGGAG


BQ
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AF RR3D378TF U 1
AF RR3D288TF U 1
BS 1 89 RR3D288TF
BS 90 90 RR3D378TF
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BS 132 326 RR3D288TF
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QA 1 507 1 507
DS 

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AAGCTGAATGCTTTGTCATTGAACATGATCAATCGGTTGCTGCAACTGTTCCTTGCGTAT
GAGGAGGACCCTAGTGTCAAACTTATTATCCTAAAGGGTCAGGGAAGAGCGTTTTGTGCC
GGTGCTGATGTTTCAGCTGTTGTTCGTGACATCAGACTAGGCAAATGGAGACGCAGTGCT
GATTTCTCGTCACTTCAATATACTCTCAACTATGTAATGGCCACGTATAGTAAAAACCAG
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TTTCGTATTGCAACTGAGAACACGGTTTTTGCCATGCCTGAGACAGCTCTAGGGCTATTT
CCAGATGTAGGCGCCTCCTACTTCTTGTCAAGCTCCCTGGATTTTTTTGAGAGTATCTTG
GCCTCACAGGAG

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL5203Contig1 774 2 1 U
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GAGTCCTTGAGAGAAAAAAAAAAAGCCTTTTCCAGAAATCTATCCGGTTCCAAGTGACAA
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BQ
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AF RR3A128JQ C 1
AF RR3A128TF U 1
BS 1 774 RR3A128TF

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CCTTCTTGGTAGAAGCAGTAACTATAAACTTTGAAAAGTAATTCTATGGAGATCGTAATA
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ATTCTATCTGCAGACTTACGGCCGGCTTATTCTATCCGTGATGAGAAATTTTTGATGCAA
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GAGTCCTTGAGAGAAAAAAAAAAAGCCTTTTCCAGAAATCTATCCGGTTCCAAGTGACAA
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QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3A128TF 774 0 0
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CTCGCCGTCGCAAGCTTGATCTCTTTTTACGGGATTGTTAGTCACTTGGTAAAAGAGTCA
CCTTCTTGGTAGAAGCAGTAACTATAAACTTTGAAAAGTAATTCTATGGAGATCGTAATA
CCTCATGACTTGGTAGCAGCAGTGACTCTCGGAGGTGCATCTTTTTCTTGTGGCTACACT
CATCAGCGATTAATAGAATCTATCGAGATTGGAAGATGGGACAGAGCTTGCTCTTGGAGA
TTGGAGGTCATGTCCCTGAAAAAGCCAATCGCGTCGGTGAAGAAACTAGCAACGAATCTG
ATTCTATCTGCAGACTTACGGCCGGCTTATTCTATCCGTGATGAGAAATTTCTGATGCAA
ACTATTCTCAACATCACCAAGGAAGGCTACGTCTCCATAGTAGTTTCTATCATGAAACCT
GAGTCCTTGAGAGAAAAAAAAAAAGCCTTTTCCAGAAATCTATCCGGTTCCAAGTGACAA
TCACTTCTTTCTATGCGTGCAGGTGGAACACAGGGTGTGGAACTCATACGCCAGACATTC
CTTTTCTCTTTACCAAAATTGTAAAGCAAGAAAGTTAATACTTTGACTTTACATGGTTCT
TTGAGGGTTTCAGAGGATTGAGTAAGTGTGAAAATTGGCTGTTGGGTCAAGCCAGAGATG
GAACTGTTGCTTTTTGTCAGCTTTACCTTGAGTGTAAATATTAGTATGTGAAGT

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL5204Contig1 767 2 2 U
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TTCGTCCTCCGGTTGCTTAGAAAAGCTGCCCTCTTTGTTCACTTTTTTTTCTTCTGATAT
AATGGTTCTCCCATTCTGGAGACAATCCTATGCAAACTTGTATTGTGATTTATGATCATC
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GTAAACATTGAAAACTATGGTTCTTACAGATTGTGAATTTTATGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D141TF U 1
AF RR3D141JQ C 186
BS 1 677 RR3D141TF
BS 678 767 RR3D141JQ

RD RR3D141TF 677 0 0
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TCTCTCAAGCTCAAACTCCTGCTCCTGGAAGCAAGCTTGTTCCTTTCACAACTTACCCCG
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TTCGTCCTCCGGTTGCTTAGAAAAGCTGCCCTCTTTGTTCACTTTTTTTTCTTCTGATAT
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ATGCGATTAATTTGCAT

QA 1 677 1 677
DS 

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GCCATGTGGCAGTTCATGCCTCCTGCTACTGTTGATACCTCACAGGACCATGTCCTTCGT
CCTCCGGTTGCTTAGAAAAGCTGCCCTCTTTGTTCACTTTTTTTTCTTCTGATATAATGG
TTCTCCCATTCTGGAGACAATCCTATGCAAACTTGTATTGTGATTTATGATCATCATGCG
ATTAATTTGCATGTAAAAATGGAAATAAGCATATGCACTAACTGTGCAAAATGTTGTAAA
CATTGAAAACTATGGTTCTTACAGATTGTGAATTTTATGACC

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 2

CO CL5205Contig1 1032 2 8 U
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TCTACAAAACCTACTTGCTCTACTGTCTAACCGGAGAGGTAACAAGAATCCCCTTCGGCG
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TCAGGCAACAAGCCGAAGTGATTCTAGCCGATGGACAGCTGACAAAGGCAAGAGTGGAGC
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AACGAAATATTCTCATCAGGAACAGGTGAGTTCGATGAAACTGAAGTCTACGAGACAATC
CCATCTGATCTCAGCATTGATGTGGAAAAGGCAAAAGGCGTTGTCCATGACCTTGCTCGG
AGTAGACTATCGAACTCCCTGATCCAAGCCGTGGCATTACTCACGCAGAGAAACGCTAAA
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TTGTCATGGGATGTCCCTGAGGAATTATCCGATCTGTATAGTATCTATTCAAAGAGTGAC
CCCAAGCCGGCTCCGGAAAAGCCATCGAGGCTACAATATCTACTGGGGATAGATGACTCA
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AACTTCGTTTTCTAAGTCATTTGGGATGATATTGGCTTTTGTTTTGAATGTTATGGTCGA
GAGAGAGCTAAAAATGATATTGACATTGTCGATGTTAAAATTTAGCAAAGCCTGTGAAAA
TTTTGTATTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ62TF U 1
AF RR3CZ62JQ C 264
BS 1 701 RR3CZ62TF
BS 702 702 RR3CZ62JQ
BS 703 716 RR3CZ62TF
BS 717 717 RR3CZ62JQ
BS 718 741 RR3CZ62TF
BS 742 742 RR3CZ62JQ
BS 743 772 RR3CZ62TF
BS 773 1032 RR3CZ62JQ

RD RR3CZ62TF 780 0 0
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TCTACAAAACCTACTTGCTCTACTGTCTAACCGGAGAGGTAACAAGAATCCCCTTCGGCG
CCCAGATCACAACGAAGAGAGACGACTCAGAGTACTTGCTTCTCAATCAGCTTGGTGGGA
TCCTCGGATTGACTTCCAAAGAAATAGTCAACATCCACGTGGGTTTAGCCGAGCAGGCGT
TCAGGCAACAAGCCGAAGTGATTCTAGCCGATGGACAGCTGACAAAGGCAAGAGTGGAGC
AGCTAGACGAGCTGCAGAAACAAGTTGGGTTGCCTCAGCCACAAGCGGAGAAGGTTATAA
AGAACATAACCACCACGAAGACTGAACATAAAGCAGATAAGGGAGCTCAAGGAGGCAAAC
GTGAGTCTGGACAGCATGATCGCTGTGAGCCTGAGAGAGAAACTATTCAAGAAGACAGTG
AACGAAATATTCTCATCAGGAACAGGTGAGTTCGATGAAACTGAAGTCTACGAGACAATC
CCATCTGATCTCAGCATTGATGTGGAAAAGGCAAAAGGCGTTGTCCATGACCTTGCTCGG
AGTAGACTATCGAACTCCCTGATCCAAGCCGTGGCATTACTCACGCAGAGAAACGCTAAA
GGAGTGGTCTCGTCGCTGAATGATTTGCTTGCATGCGACAA*GCTGTACCGGTTGA*CCG
TTGTCATGGGATGTCCCTGAG*AATTATCCGATCTGTATAGTATCTATTCAA
GAGTGACC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3CZ62JQ 769 0 0
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GTTGGGTTGCCTCAGCCACAAGCGGAGAAGGTTATAAAGAACATAACCACCACGAAGACT
GAACATAAAGCAGATAAGGGAGCTCAAGGAGGCAAACGTGAGTCTGGACAGCATGATCGC
TGTGAGCCTGAGAGAGAAACTATTCAAGAAGACAGTGAACGAAATATTCTCATCAGGAAC
AGGTGAGTTCGATGAAACTGAAGTTTACGAGACAATCCCATCTGATTTCAGCATTGATGT
GGAAAAGGCAAAAGGCGTTGTCCATGACCTTGCTCGGAGTAGACTATCGAACTCCCTGAT
CCAAGCCGTGGCATTACTCAGGCAGAGAAACGCTAAAGGAGTGGTCTCGTCGCTGAATGA
TTTGCTTGCATGCGACAAAGCTGTACCGGTTGAACCGTTGTCATGGGATGTCCCTGAGGA
ATTATCCGATCTGTATAGTATCTATTCAAAGAGTGACCCCAAGCCGGCTCCGGAAAAGCC
ATCGAGGCTACAATATCTACTGGGGATAGATGACTCAACCGCGACTGCCCTCAGTGAGAT
GGAAGATGGGGCATTCTCTTCTGCTGCAGAAGAAGGCAACTTCGTTTTCTAAGTCATTTG
GGATGATATTGGCTTTTGTTTTGAATGTTATGGTCGAGAGAGAGCTAAAAATGATATTGA
CATTGTCGATGTTAAAATTTAGCAAAGCCTGTGAAAATTTTGTATTACC

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

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GAGGAAGAAGAAGAAGAAAAATCGATTCTTTTGTTTGGAAAATCAATGGCGGTTTCTTCT
GTAACTTCATTCGTATTACCCTCTTTCTCGAATCCCACCTCTTCGTCTTCTTCTACCAGG
CAGAAGGTCTCTCTGCTCTCCTCGCTTCCTACACATAGCGGCATCGTCCTTATTAACAAA
CCCTCCATCTCATCAACATTTACGACGAAGAGGGTCTTCGCAGCTCCCGAAACCCTATCT
CCAGAAACTCTCGACGAACCCTCCTCCGAGGTTTCGAGCTCTTCCTCGATCAGTGTAGAC
GCTGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAGAAGATTAGGATCAAGCTTAGATCATACTGGGTG
CCTCTTATTGAGGACTCATGCAAGCAGATACTTGACGCTGCGAGGAATACTAATGCTAAG
ACGATGGGAACTTGCATTGCATGAACAGACTGTTTCAGATCAACGACGTTGCTTAGAACT
TGTAAGCCCTGTATAATCTTTTTGAGAGTCTCTGTACTGAGTATTTTCTGTCAAGTGATC
CTTGGTCTTAGTTGATGAACGAATCCTCATGTAAGCAAGTTCAAAGGAATCTCTTTTATT
T


BQ
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10 

AF RR3ED01TF U 1
AF RR3ED01JQ C 168
BS 1 653 RR3ED01TF
BS 654 661 RR3ED01JQ

RD RR3ED01TF 653 0 0
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GAGGAAGAAGAAGAAGAAAAATCGATTCTTTTGTTTGGAAAATCAATGGCGGTTTCTTCT
GTAACTTCATTCGTATTACCCTCTTTCTCGAATCCCACCTCTTCGTCTTCTTCTACCAGG
CAGAAGGTCTCTCTGCTCTCCTCGCTTCCTACACATAGCGGCATCGTCCTTATTAACAAA
CCCTCCATCTCATCAACATTTACGACGAAGAGGGTCTTCGCAGCTCCCGAAACCCTATCT
CCAGAAACTCTCGACGAACCCTCCTCCGAGGTTTCGAGCTCTTCCTCGATCAGTGTAGAC
GCTGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAGAAGATTAGGATCAAGCTTAGATCATACTGGGTG
CCTCTTATTGAGGACTCATGCAAGCAGATACTTGACGCTGCGAGGAATACTAATGCTAAG
ACGATGGGAACTTGCATTGCATGAACAGACTGTTTCAGATCAACGACGTTGCTTAGAACT
TGTAAGCCCTGTATAATCTTTTTGAGAGTCTCTGTACTGAGTATTTTCTGTCAAGTGATC
CTTGGTCTTAGTTGATGAACGAATCCTCATGTAAGCAAGTTCAAAGGAATCTC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3ED01JQ 494 0 0
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CCTTATTAACAAACCCTCCATCTCATCAACATTTACGACGAAGAGGGTCTTCGCAGCTCC
CGAAACCCTATCTCCAGAAACTCTCGACGAACCCTCCTCCGAGGTTTCGAGCTCTTCCTC
GATCAGTGTAGACGCTGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAGAAGATTAGGATCAAGCTTAG
ATCATACTGGGTGCCTCTTATTGAGGACTCATGCAAGCAGATACTTGACGCTGCGAGGAA
TACTAATGCTAAGACGATGGGAACTTGCATTGCATGAACAGACTGTTTCAGATCAACGAC
GTTGCTTAGAACTTGTAAGCCCTGTATAATCTTTTTGAGAGTCTCTGTACTGAGTATTTT
CTGTCAAGTGATCCTTGGTCTTAGTTGATGAACGAATCCTCATGTAAGCAAGTTCAAAGG
AATCTCTTTTATTT

QA 1 494 1 494
DS 



AS 1 2

CO CL5207Contig1 652 2 2 U
GGGATTGGATTTTCTTATCCTCCAGATCTTGTTTTGTCTTTGAAACCCTGTGTTAAATTG
TTGGTGTTGCATGTCGTCTCTGAGCTTCCTTTGGCTCACTTCTGGCTTCGATCTTCGACC
TTCTCGAATTTTCGAACAAGGTTGAACCCGAGAGTGAGTTGTTTCGCTCCTTGTCATTAC
CCTTAAGATTTGATCGAAATCTCATCTTCCGTCAAGCTTCACAAAGCGTTTCGGGTTCTC
TCTTCTCCGTCTCTGCCAATCCGGGCGACGACTGGTGAACTTAATTGTTCTGTCTCCTGG
TGTATGAAGCTTTGGTCTATACATTGCATGTGCTTTTTTCTATAGGAGGAGACGCAAGCC
GGAGGTATTTTCCAAGTCTGAGGTCCTCGCCTTGTCTTCGTTCAAATGAGCTCTGTTGTA
GTCAACTTGTAATGCTTTGTTCTTGGTTTCTCTTGATCTGGTTTTTACTTTTTCTAGTTT
AGATTGTCAAGCTAAGGATGTGTTATCTTGTGTCCCATGTGTGGGCTGTTATTTCCGGGA
ATCTTTTTCTTGGTTCGTCGGACTTTATTACCAGGATTAGTGGTAATCGCCGGTTTTTGT
ATGTTGTTTAATCATAATGAAACTAGTGTTAAAAAAAAAGAACATTATTTGT


BQ
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AF RR3F619TF U 1
AF RR3F619JQ C 1
BS 1 485 RR3F619TF
BS 486 652 RR3F619JQ

RD RR3F619TF 485 0 0
GGGATTGGATTTTCTTATCCTCCAGATCTTGTTTTGTCTTTGAAACCCTGTGTTAAATTG
TTGGTGTTGCATGTCGTCTCTGAGCTTCCTTTGGCTCACTTCTGGCTTCGATCTTCGACC
TTCTCGAATTTTCGAACAAGGTTGAACCCGAGAGTGAGTTGTTTCGCTCCTTGTCATTAC
CCTTAAGATTTGATCGAAATCTCATCTTCCGTCAAGCTTCACAAAGCGTTTCGGGTTCTC
TCTTCTCCGTCTCTGCCAATCCGGGCGACGACTGGTGAACTTAATTGTTCTGTCTCCTGG
TGTATGAAGCTTTGGTCTATACATTGCATGTGCTTTTTTCTATAGGAGGAGACGCAAGCC
GGAGGTATTTTCCAAGTCTGAGGTCCTCGCCTTGTCTTCGTTCAAATGAGCTCTGTTGTA
GTCAACTTGTAATGCTTTGTTCTTGGTTTCTCTTGATCTGGTTTTTACTTTTTCTAGTTT
AGATT

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR3F619JQ 652 0 0
GGGATTGGATTTTCTTATCCTCCAGATCTTGTTTTGTCTTTGAAACCCTGTGTTAAATTG
TTGGTGTTGCATGTCGTCTCTGAGCTTCCTTTGGCTCACTTCTGGCTTCGATCTTCGACC
TTCTCGAATTTTCGAACAAGGTTGAACCCGAGAGTGAGTTGTTTCGCTCCTTGTCATTAC
CCTTAAGATTTGATCGAAATCTCATCTTCCGTCAAGCTTCACAAAGCGTTTCGGGTTCTC
TCTTCTCCGTCTCTGCCAATCCGGGCGACGACTGGTGAACTTAATTGTTCTGTCTCCTGG
TGTATGAAGCTTTGGTCTATACATTGCATGTGCTTTTTTCTATAGGAGGAGACGCAAGCC
GGAGGTATTTTCCAAGTCTGAGGTCCTCGCCTTGTCTTCGTTCAAATGAGCTCTGTTGTA
GTCAACTTGTAATGCTTTGTTCTTGGTTTCTCTTGATCTGGTTTTTACTTTTTCTAGTTT
AGATTGTCAAGCTAAGGATGTGTTATCTTGTGTCCCATGTGTGGGCTGTTATTTCCGGGA
ATCTTTTTCTTGGTTCGTCGGACTTTATTACCAGGATTAGTGGTAATCGCCGGTTTTTGT
ATGTTGTTTAATCATAATGAAACTAGTGTTAAAAAAAAAGAACATTATTTGT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL5208Contig1 796 2 14 U
TTTTTTTAGACGTCGCGTCATCACGCCACCGATCTCTCTAGACGGTCTTGCCTCCTTCCT
CCTACCAAAAAAACAAAGTCAATCTTTCTTTAGCAGATCATCAGCCATCATCATGGATGA
AGAGTACGAAGTTATCGTTCTCGGTACTGGTCTCAAGGAGTGCATCCTCAGTGGTCTCCT
CTCCGTCGATGGTATCAAGGTACTTCACATGGACAGGAATGACTATTACGGTGGAGAGTC
AACATCACTTAATCTCAATCAGCTGTGGAAGAAGTTTAGAGGAGAAGATAAGGCTCCTGC
TCATTTAGGCTCTAGCAGAGACTACAATGTTGACATGATGCCCAAGTTTATGATGGCGAA
TGGCAAGCTTGTCCGCGTCCTCATTCATACCGATGTGACCAAGTACCTGTCTTTTAAGGC
TGTTGATGGGAGCTATGTCTTCGTCAAAGGAAAGGTTCAAAAGGTGCCAGCAACTCCAAT
GGAAGCACTCAAATCTCCTCTTATGGGTATTTTTGAGAAACGTCGTGCTGGAAAGTTCTT
CAGCTATGTTCAGGAGTATGATGAGAAGGATCCTAAAACACACGATGGAGTTGATTTGAA
GAGAGTCACTACCAAGGAGTTGATCGCGAAATTCGGTCTTAATAAAAACACTATTGACTT
TATTGGTCATGCTGTGGCACTTCACAGTAATGATAGCCATCTCCATCAACCTGCTTATGA
TACTGTGATGAGAATGAAGCTCTATGCAGAGTCCCTTGCTCGTTTCCAAGGAGTTCACCA
TATATCTATCTCTCTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN01TF U 1
AF RR3CK77TF U 93
BS 1 261 RR3FN01TF
BS 262 262 RR3CK77TF
BS 263 279 RR3FN01TF
BS 280 280 RR3CK77TF
BS 281 450 RR3FN01TF
BS 451 451 RR3CK77TF
BS 452 486 RR3FN01TF
BS 487 487 RR3CK77TF
BS 488 489 RR3FN01TF
BS 490 490 RR3CK77TF
BS 491 568 RR3FN01TF
BS 569 569 RR3CK77TF
BS 570 612 RR3FN01TF
BS 613 796 RR3CK77TF

RD RR3FN01TF 612 0 0
TTTTTTTAGACGTCGCGTCATCACGCCACCGATCTCTCTAGACGGTCTTGCCTCCTTCCT
CCTACCAAAAAAACAAAGTCAATCTTTCTTTAGCAGATCATCAGCCATCATCATGGATGA
AGAGTACGAAGTTATCGTTCTCGGTACTGGTCTCAAGGAGTGCATCCTCAGTGGTCTCCT
CTCCGTCGATGGTATCAAGGTACTTCACATGGACAGGAATGACTATTACGGTGGAGAGTC
AACATCACTTAATCTCAATCATCTGTGGAAGAAGTTTAGGGGAGAAGATAAGGCTCCTGC
TCATTTAGGCTCTAGCAGAGACTACAATGTTGACATGATGCCCAAGTTTATGATGGCGAA
TGGCAAGCTTGTCCGCGTCCTCATTCATACCGATGTGACCAAGTACCTGTCTTTTAAGGC
TGTTGATGGGAGCTATGTCTTCGTCAAAGGCAAGGTTCAAAAGGTGCCAGCAACTCCAAT
GGAAGCCCTGAAATCTCCTCTTATGGGTATTTTTGAGAAACGTCGTGCTGGAAAGTTCTT
CAGCTATGTTCAGGAGTATGATGAGAAG*ATCCTAAAACACACGATGGAGTTGATTTGAA
GAGAGTCACTAC

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3CK77TF 704 0 0
GG
AGATCATCAGCCATCATCATGGATGAAGAGTACGAAGTTATCGTTCTCGGTACTGGTCTC
AAGGAGTGCATCCTCAGTGGTCTCCTCTCCGTCGATGGTATCAAGGTACTTCACATGGAC
AGGAATGACTATTACGGTGGAGAGTCAACATCACTTAATCTCAATCAGCTGTGGAAGAAG
TTTAGAGGAGAAGATAAGGCTCCTGCTCATTTAGGCTCTAGCAGAGACTACAATGTTGAC
ATGATGCCCAAGTTTATGATGGCGAATGGCAAGCTTGTCCGCGTCCTCATTCATACTGAT
GTGACCAAGTACCTGTCTTTTAAGGCTGTTGATGGGAGCTATGTCTTCGTCAAAGGAAAG
GTTCAAAAGGTGCCAGCAACTCCAATGGAGGCACTCAAATCTCCTCTTATGGGTATTTTT
GAGAAACGTCGTGCTGGAAAGTTCTTCAGCTATGTTCAGGAGTATGATGAGAAGGATCCT
AAAACACACGATGGAGTTGATTTGAAGAGAGTCACTACCAAGGAGTTGATCGCGAAATTC
GGTCTTAATAAAAACACTATTGACTTTATTGGTCATGCTGTGGCACTTCACAGTAATGAT
AGCCATCTCCATCAACCTGCTTATGATACTGTGATGAGAATGAAGCTCTATGCAGAGTCC
CTTGCTCGTTTCCAAGGAGTTCACCATATATCTATCTCTCTA

QA 3 704 3 704
DS 



AS 1 2

CO CL5209Contig1 502 2 2 U
CATAAGGACTATAAAGACTATAAAAATATGTTCGAATAACAAAACACGTCTTACAAGAAT
CAATAAACCAATAATAGAATTATTATTTTATACACAAAAAGACTAGGGAAAAACAATTCA
CATAACATTCACACACAACTCGTAAATAAAACCATTCCAAAGTTATATTGCATCTCCTTA
GAAGCAGATGTCCAGGGCACAACAGCAACACATGGCAGCAAGACAGCCTTTAAAGAATCC
GTCACCCTTAGAGTTGGTCTCGACATTAACAGGAGCCGCCGAACCATGACTCGGGTCGTT
CGTCGGGTAACCAATCGGAGCTGGGGGCGCTGGGCCGGTTGACATCGGTGGTGAAGGGTT
AGTAGCTCCTGCAAATTGGTTGTGATTGTACTGGCTCATCTTCCAACGATTAGTGTAACG
AATTTGAATTCGAAAGCAAGAGTTTTATGTGTGTATATGTTTTCTTTTGCATGGATCAAG
AATGATTTTGATCTTTGAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C020TF C 1
AF RR3C020JQ U 18
BS 1 17 RR3C020TF
BS 18 502 RR3C020JQ

RD RR3C020TF 502 0 0
CATAAGGACTATAAAGACTATAAAAATATGTTCGAATAACAAAACACGTCTTACAAGAAT
CAATAAACCAATAATAGAATTATTATTTTATACACAAAAAGACTAGGGAAAAACAATTCA
CATAACATTCACACACAACTCGTAAATAAAACCATTCCAAAGTTATATTGCATCTCCTTA
GAAGCAGATGTCCAGGGCACAACAGCAACACATGGCAGCAAGACAGCCTTTAAAGAATCC
GTCACCCTTAGAGTTGGTCTCGACATTAACAGGAGCCGCCGAACCATGACTCGGGTCGTT
CGTCGGGTAACCAATCGGAGCTGGGGGCGCTGGGCCGGTTGACATCGGTGGTGAAGGGTT
AGTAGCTCCTGCAAATTGGTTGTGATTGTACTGGCTCATCTTCCAACGATTAGTGTAACG
AATTTGAATTCGAAAGCAAGAGTTTTATGTGTGTATATGTTTTCTTTTGCATGGATCAAG
AATGATTTTGATCTTTGAATCC

QA 1 502 1 502
DS 

RD RR3C020JQ 485 0 0
CTATAAAAATATGTTCGAATAACAAAACACGTCTTACAAGAATCAATAAACCAATAATAG
AATTATTATTTTATACACAAAAAGACTAGGGAAAAACAATTCACATAACATTCACACACA
ACTCGTAAATAAAACCATTCCAAAGTTATATTGCATCTCCTTAGAAGCAGATGTCCAGGG
CACAACAGCAACACATGGCAGCAAGACAGCCTTTAAAGAATCCGTCACCCTTAGAGTTGG
TCTCGACATTAACAGGAGCCGCCGAACCATGACTCGGGTCGTTCGTCGGGTAACCAATCG
GAGCTGGGGGCGCTGGGCCGGTTGACATCGGTGGTGAAGGGTTAGTAGCTCCTGCAAATT
GGTTGTGATTGTACTGGCTCATCTTCCAACGATTAGTGTAACGAATTTGAATTCGAAAGC
AAGAGTTTTATGTGTGTATATGTTTTCTTTTGCATGGATCAAGAATGATTTTGATCTTTG
AATCC

QA 1 485 1 485
DS 



AS 1 2

CO CL5210Contig1 813 2 2 U
GGACGGAGACTCGGCTCGTCGGACCACCACTTGATCTAACTAAGATGGGCAGCTGACAAA
AAAAAAAAAATTTAGCTTTCTCTGCAACTCGCTCCGAAGTCTATTCTTTCTTCTTCTTCT
TCAACCTCAGTTTCCTCTGTAAAAATGATGGACAGCTATGGAATAAGTTACGGAATCGTA
TGGTCCGAAGATGTTTTCAAGAAATTCGCGGCCACATATCACATTCTCCTGCAAGCGACT
CTGTTTTTTTCTGCTGGTGATTCTTATTCGAGAGGGGAAACCTGAGATCATTGATTTGGC
TAGCTTTCAGATCTGGAAAATAAGTTTCCGCTCGATGATGGGGCTCTTTGCTGTCATGAA
TGCGTCTACTTATCTCACGCTTCGTAATCTATATGCCTACTACGAGGCAAGTAGTACTAG
TCCCTCATTCTATACGCCTTCTTCACGCTTCAGGATCTTCGGGATCTTAACTTTGGTATG
TTTCTTGATGAACCTGTTCGGATTCTGGGGTATTATTTGTCTACCAGTTACTCCTCCGAT
TGTCTTTTTTGGTTTGGAATTGGCAAAGCAGCCTTCTGATTAAGAAAGCATCTCAAAGTT
ATATGCACGGTGACGGATCTTGTCTGCTCACAGTCTTGGAGTTTGGTGGTCTGTGAGACG
GTCGATCTACTGATATTCGTTTTTAGTTCTTGTAATGATTGAGCTACTAGTTGGCTTCAA
ATTGAGTGTATAATTAGTTCTTGTAATGATTGCGCTACTAGCTGGAATGGTTATTCTTCC
TCTGAGTTTAACAAGTTATCTGTATTACTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FE16TF U 1
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DS 



AS 1 2

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AF RR3A219JQ C 1
AF RR3A219TF U 1
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QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CB58JQ C 1
AF RR3CB58TF U 1
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QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 2

CO CL5213Contig1 531 2 6 U
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AACAGGCGCATTATTGTATGAATACTCAATCATGGTGTCTATGAACCCAATTGCTTTTGC
TGCTCGGCTTCCCAAAGGACCTGCAAAGATGGTGCTGACCCTAATGTTTTGTTTCCTTCC
AGCTTCAAATGCAAGCACCCGTGTATCACTCTCTAGTGCGGCTTTCGCCGAACTCATACC
TCCACCATACCCAGGAATGATCCTTTCAGAAGCAATGTAAGTAAGAGATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ28JQ U 1
AF RR3CC39JQ U 18
BS 1 47 RR3AJ28JQ
BS 48 48 RR3CC39JQ
BS 49 394 RR3AJ28JQ
BS 395 395 RR3CC39JQ
BS 396 526 RR3AJ28JQ
BS 527 531 RR3CC39JQ

RD RR3AJ28JQ 526 0 0
AAGTATTAAATGTCTTTCAGTTTTAATAAATTAAATATTTTGTTCTAGAAACAAGGTTGT
TCGAAAAAAAAAAACATTCTCAACTGAAACAAAAAAAACAAATGCAACACAAGAAAAAGA
GTTTCCGCAGTTACTTAAAAGTCTCTATTTGAGGTCTTTGAAAACCGGACTGTCGATGGC
AACACCCATTGAATTCAAGCCATTGTCAACATAAATGGTCGCACCAGTTATGGCAAAAGC
CAATGGAGATACCAAGAAGGCTGCTGCATTCCCAACTTCATCTGCGGTCAATGTTTTCTG
AACAGGCGCATTATTGTATGAATACTCAATCATGGTGTCTATGAACCCAATTGCTTTTGC
TGCTCGGCTTCCCAAAGGACCTGCAAAGATGGTGTTGACCCTAATGTTTTGTTTCCTTCC
AGCTTCAAATGCAAGCACCCGTGTATCACTCTCTAGTGCGGCTTTCGCCGAACTCATACC
TCCACCATACCCAGGAATGATCCTTTCAGAAGCAATGTAAGTAAGA

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR3CC39JQ 514 0 0
CAGTTTTAATAGATTAGATATTTTGTTCTAAAAACAAGGTTGTTCGAAAAAAAAAAACAT
TCTCAACTGAAACAAAAAAAACAAATGCAACACAAGAAAAAGAGTTTCCGCAGTTACTTA
AAAGTCTCTATTTGAGGTCTTTGAAAACCGGACTGTCGATGGCAACACCCATTGAATTCA
AGCCATTGTCAACATAAATGGTCGCACCAGTTATGGCAGAAGCCAATGGAGATACCAAGA
AGGCTGCTGCATTCCCAACTTCATCTGCGGTCAATGTTTTCTGAACAGGCGCATTATTGT
ATGAATACTCAATCATGGTGTCTATGAACCCAATTGCTTTTGTTGCTCGGCTTCCCAAAG
GACCTGCAAAGATGGTGCTGACCCTAATGTTTTGTTTCCTTCCAGCTTCAAATGCAAGCA
CCCGTGTATCACTCTCTAGTGCGGCTTTCGCCGAACTCATACCTCCACCATACCCAGGAA
TGATCCTTTCAGAAGCAATGTAAGTAAGAGATAT

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 2

CO CL5214Contig1 750 2 9 U
ACAGTTTACAATAAAACATTAACTTAAAAAAAAAAGAACTAAATTACCTTCTTTAATTTC
TTGAAATTGTGAAGTTTGATAAAAAAAAGAAGAAAAAATGGGCTTCGATAAAGGAAACAA
GAAGAAGAAATGCATCATCGCTGGGGTTATCACGGCTTTGCTCGTTATCATGGTAGTCTC
CGTGGCCGTCATAACGAACCAACATGCCCGTACTTGTAATCACAAAAAAGCCGACGCGAA
TATTAAAATGACCAGCAAGGCAGTCGAAGCGGTTTGTGCACCTACTGACTTCAAAGAAAC
ATGTGTCAACAGCTTCATGAAAGCTTCTCCTAACGCCACCGAGCCCTCTCGATCTCATCA
AGCTGAGCTTCAACATCACCATTCAATCCATCAAGGATGGTATCAAGAAATCCTCTGTAG
AGCTCAAAGCCAAGGCAGATGATGAGACCAAAGGGTCTCTGGAGTTGTGTGAGACGGTTA
TGAATGACGCTATAGATGATCTGACCAAGTGTTTTGATAACTTTGCTGGCTTTTCAGTTG
ATCAAATTGAGAAATTCGTCGATGATCTTCGTGTCTGGCTCAGTGGGTCCATTTCGTATC
AACAGACATGCATGGATGCTTTTGAGGAAGTTAAGTCAACCCTTGCAGAAGACATGAAAA
ACATCTTCAAACCATCCAAAGAACTCACCAGTAACAGTCTTGCAATGATTACCAGTATGT
CAGCATGTTTGGAAAGTCACATCACAGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C691TF U 134
AF RR3A444TF U 1
BS 1 226 RR3A444TF
BS 227 227 RR3C691TF
BS 228 345 RR3A444TF
BS 346 346 RR3C691TF
BS 347 442 RR3A444TF
BS 443 445 RR3C691TF
BS 446 649 RR3A444TF
BS 650 650 RR3C691TF
BS 651 750 RR3A444TF

RD RR3C691TF 528 0 0
ATCATCGCTGGGGTTATCACGGCTTTGCTCGTTATCATGGTAGTCTCCGTGGTCGTCATA
ACGAACCAACATGCCCGTACTTGTAATCACAAAAAAGCCGACGCGAATATTAAAATGACC
AGCAAGGCAGTCGAGGCGGTTTGTGCACCTACTGACTTCAAAGAAACATGTGTCAACAGC
TTCATGAAAGCTTCTCCTAACGCCACCGAGCCCTCTCGATCTCATCAAGCTGAGCTTCAA
CATCACCATTCAATCCATCAAGGATGGTATCAAGAAATCCTCTGTAGAGCTCAAAGCCAA
GGCAGATGATGAGACCAAAGGGTCTCTGGAGTTGTGTGAGACGGTTATGAATGACGCTAT
AGATGATCTGACCAAGTGTTTTGATAACTTTGCTGGCTTTTCAGTTGATCAGATTGAGAA
ATTCGTCGATGATCTTCGTGTCTGGCTCAGTGGGTCCATTTCGTATCA*CAGACATGCAT
GGATGCTTTTGAGGAAGTTAAGTCAACCCTTGCAGAAGACATGAAAAA

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR3A444TF 750 0 0
ACAGTTTACAATAAAACATTAACTTAAAAAAAAAAGAACTAAATTACCTTCTTTAATTTC
TTGAAATTGTGAAGTTTGATAAAAAAAAGAAGAAAAAATGGGCTTCGATAAAGGAAACAA
GAAGAAGAAATGCATCATCGCTGGGGTTATCACGGCTTTGCTCGTTATCATGGTAGTCTC
CGTGGCCGTCATAACGAACCAACATGCCCGTACTTGTAATCACAAAGAAGCCGACGCGAA
TATTAAAATGACCAGCAAGGCAGTCGAAGCGGTTTGTGCACCTACTGACTTCAAAGAAAC
ATGTGTCAACAGCTTCATGAAAGCTTCTCCTAACGCCACCGAGCC*TCTCGATCTCATCA
AGCTGAGCTTCAACATCACCATTCAATCCATCAAGGATGGTATCAAGAAATCCTCTGTAG
AGCTCAAAGCCAAGGCAGATGA***GACCAAAGGGTCTCTGGAGTTGTGTGAGACGGTTA
TGAATGACGCTATAGATGATCTGACCAAGTGTTTTGATAACTTTGCTGGCTTTTCAGTTG
ATCAAATTGAGAAATTCGTCGATGATCTTCGTGTCTGGCTCAGTGGGTCCATTTCGTATC
AACAGACATGCATGGATGCTTTTGAGGAAGTTAAGTCAACCCTTGCAGA*GACATGAAAA
ACATCTTCAAACCATCCAAAGAACTCACCAGTAACAGTCTTGCAATGATTACCAGTATGT
CAGCATGTTTGGAAAGTCACATCACAGAGC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL5215Contig1 520 2 2 U
GGAAGTTTGTTAAGAGGCGAAAAGAGTGATTTAATGGCGACTTCAGGGTTTAAGCATTTG
GTGGTTGTGAAGTTTAAGGAAGATGCAAAGGTTGATGAGATCTTGAAGGGCTTGGAGAAT
CTTGTTTCTCAAATTGATTCTGTCAAATCCTTTGAATGGGGAGAAGATAATGAGAGTCAC
GAGATGCTTAGACAAGGATTCACTCATGCATTCTCGATGACTTTTGAGAATAAAGATGCT
TACGTTTCTTTCACAAGCCATCCTCTTCACGTTGAGTTCTCTGCCGCTTTCACCGCTGTC
ATCGACAAGATTGTGGTCATGGACTTCACCGTCGCCGCCGTCAAATCTCCCGTTGTAGCC
CCGTGAAACTCATCGTACTTGTTTCTTAATTAAATCTCGTTTTATAATTTAATCGAGGTT
TGTGAGTTGTTTCGGTTTATGTAATTCTGTTGGTTTAAGTATGTTTTGGTTTGATTCGTT
CAATTCCGGTTCGAAATAATAAAAAACTGGTTTGGTTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CM47JQ C 1
AF RR3CM47TF U 8
BS 1 7 RR3CM47JQ
BS 8 520 RR3CM47TF

RD RR3CM47JQ 520 0 0
GGAAGTTTGTTAAGAGGCGAAAAGAGTGATTTAATGGCGACTTCAGGGTTTAAGCATTTG
GTGGTTGTGAAGTTTAAGGAAGATGCAAAGGTTGATGAGATCTTGAAGGGCTTGGAGAAT
CTTGTTTCTCAAATTGATTCTGTCAAATCCTTTGAATGGGGAGAAGATAATGAGAGTCAC
GAGATGCTTAGACAAGGATTCACTCATGCATTCTCGATGACTTTTGAGAATAAAGATGCT
TACGTTTTTTTCCCAAGCCATCCTTTTCACGTTGAGTTTTTTGCCGCTTTCACCGCTGTC
ATCGACAAGATTGTGGTCATGGACTTCCCCGTCGCCGCCGTCAAATCTCCCGTTGTAGCC
CCGTGAAACTCATCGTACTTGTTTTTTAATTAAATCTCGTTTTATAATTTAATCGAGGTT
TGTGAGTTGTTTCGGTTTATGTAATTCTGTTGGTTTAAGTATGTTTTGGTTTGATTCGTT
CAATTCCGGTTCGAAATAATAAAAAACTGGTTTGGTTGGT

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3CM47TF 513 0 0
TGTTAAGAGGCGAAAAGAGTGATTTAATGGCGACTTCAGGGTTTAAGCATTTGGTGGTTG
TGAAGTTTAAGGAAGATGCAAAGGTTGATGAGATCTTGAAGGGCTTGGAGAATCTTGTTT
CTCAAATTGATTCTGTCAAATCCTTTGAATGGGGAGAAGATAATGAGAGTCACGAGATGC
TTAGACAAGGATTCACTCATGCATTCTCGATGACTTTTGAGAATAAAGATGCTTACGTTT
CTTTCACAAGCCATCCTCTTCACGTTGAGTTCTCTGCCGCTTTCACCGCTGTCATCGACA
AGATTGTGGTCATGGACTTCACCGTCGCCGCCGTCAAATCTCCCGTTGTAGCCCCGTGAA
ACTCATCGTACTTGTTTCTTAATTAAATCTCGTTTTATAATTTAATCGAGGTTTGTGAGT
TGTTTCGGTTTATGTAATTCTGTTGGTTTAAGTATGTTTTGGTTTGATTCGTTCAATTCC
GGTTCGAAATAATAAAAAACTGGTTTGGTTGGT

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 2

CO CL5216Contig1 489 2 1 U
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TCGTGGAAAGGGAGGCAAGGGTTTGGGGAAAGGAGGAGCGAAGCGACACAGGAAGGTCCT
GAGAGACAACATCCAGGGAATCACCAAGCCTGCGATACGCCGTTTGGCTCGCAGAGGAGG
CGTGAAGCGTATCAGCGGTCTGATCTACGAGGAGACACGTGGAGTGCTCAAGATCTTTAT
GGAGAACGTCATCCGCGACGCCGTCACATACACCGAGCACGCGCGTAGGAAGACGGTGAC
CGCTATGGATGTGGTGTATGCTCTCAAGAGGCAAGGCAGGACTCTCTATGGATTCGGCGG
CTAGGGTTTTACAATTTGCTTTTTTTTTTTGGTTTTTAATCAATTTCTCAGATGTGATTT
TTCTTTTAGTAAAGTAAGTTTCGGTTTGCTTTTTGTATTATCGAAGAAATATATGAAATT
CAACATTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BU92JQ C 1
AF RR3BU92TF U 1
BS 1 489 RR3BU92TF

RD RR3BU92JQ 489 0 0
GGGCAATCACAAAAAAAAAAGAGAGACATAACTGAGAAAAATTTAGAAGAAAATGTCGGG
TCGTGGAAAGGGAGGCAAGGGTTTGGGGAAAGGAGGAGCGAAGCGACACAGGAAGGTCCT
GAGAGACAACATCCAGGGAATCACCAAGCCTGCGATACGCCGTTTGGCTCGCAGAGGAGG
CGTGAAGCGTATCAGCGGTCTGATCTACGAGGAGACACGTGGAGTGCTCAAGATCTTTAT
GGAGAACGTCATCCGCGACGCCGTCACATACACCGAGCACGCGCGTAGGAAGACGGTGAC
CGCTATGGATGTGGTGTATGCTCTCAAGAGGCAAGGCAGGACTCTCTATGGATTCGGCGG
CTAGGGTTTTACAATTTGCTTTTTTTTTTTGGTTTTTAATCAATTTTTCAGATGTGATTT
TTCTTTTAGTAAAGTAAGTTTCGGTTTGCTTTTTGTATTATCGAAGAAATATATGAAATT
CAACATTTG

QA 1 489 1 489
DS 

RD RR3BU92TF 489 0 0
GGGCAATCACAAAAAAAAAAGAGAGACATAACTGAGAAAAATTTAGAAGAAAATGTCGGG
TCGTGGAAAGGGAGGCAAGGGTTTGGGGAAAGGAGGAGCGAAGCGACACAGGAAGGTCCT
GAGAGACAACATCCAGGGAATCACCAAGCCTGCGATACGCCGTTTGGCTCGCAGAGGAGG
CGTGAAGCGTATCAGCGGTCTGATCTACGAGGAGACACGTGGAGTGCTCAAGATCTTTAT
GGAGAACGTCATCCGCGACGCCGTCACATACACCGAGCACGCGCGTAGGAAGACGGTGAC
CGCTATGGATGTGGTGTATGCTCTCAAGAGGCAAGGCAGGACTCTCTATGGATTCGGCGG
CTAGGGTTTTACAATTTGCTTTTTTTTTTTGGTTTTTAATCAATTTCTCAGATGTGATTT
TTCTTTTAGTAAAGTAAGTTTCGGTTTGCTTTTTGTATTATCGAAGAAATATATGAAATT
CAACATTTG

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 2

CO CL5217Contig1 1015 2 2 U
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TCAGCTAGATGAGATTATCTTCACATCAAGTGATCGTGTCACTCTTGATCTGTGGGAGCA
TATATTTGGAGAGGTTTTGAAGAAATCCCGGTTCGCCGACGACTCGGAAAGCGCCATGAG
GGTGTCTTCAGCTAGAGGTGACTGGAGTCTGCGAGACATACAAGGTGAAGACAGAGAAAC
AGAGAAAAAGCGAGAGAAGCTTCTGCGGTATGTGATGGAAATGGACTATGATCAGAGTCT
TCTTGTGTGGCATATTGCAACTGAGCTCTTATACCAATCAGAACAAGCCACTGAAGAGAG
TCATAGTGACCGTGAGTTTAGTAAAATCCTTTCGGACTACATGATGTACCTCATGATGAT
GCAACCCACTCTCATGTCAGCTGTTGTGGGTATTGGAAAGATAAGATTCAGGGACACTTG
CGAGGAGGCGAAAAGGTTCTTCGATAGGCGGCATATCGGATATGGAAACATAAAGAAGGC
TAGCGAGGCGATTTTATCTGTGACGGCTCCGGCAAAAGCTGAACCTATTGACGTGAAAGG
TGACAGAAGCAAGTCAGTGCTGTTTGATGGGAAGCATGTTGGCCAAAGAGCTCAAGGGTT
TAAAAGAGCTTCCAGAATTAAAGGATGGCTTGAAGAAGGCTAAGGGAGAGGCATACATGT
GGGAAGTAGTGAGCAAAGTGTGGGTTGAGTTGCTTTGTTATGCGGCAACTAAGTGTGGCG
CTATAGAACACGCAGCTCAGCTAAGCAAAGGTGGAGAACTCATCAGCTTTGTGTGGCTGT
TGATGGCTCATTTTGGACTAGGAGATCAGTTCCAGATCAACCAAGGAGATGCTAGAGCCA
AACTGGTTATAGGCAAGTGATCCTAGAATAACCAGCAGCAACATTATTTTCCTCCTTTTG
CTTTTCTTGTTTTCTTTTGTCATTTTAAAGAGTAATAGCGTCTTGAACTGTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EM28TF U 1
AF RR3EM28JQ C 189
BS 1 679 RR3EM28TF
BS 680 1015 RR3EM28JQ

RD RR3EM28TF 680 0 0
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TCAGCTAGATGAGATTATCTTCACATCAAGTGATCGTGTCACTCTTGATCTGTGGGAGCA
TATATTTGGAGAGGTTTTGAAGAAATCCCGGTTCGCCGACGACTCGGAAAGCGCCATGAG
GGTGTCTTCAGCTAGAGGTGACTGGAGTCTGCGAGACATACAAGGTGAAGACAGAGAAAC
AGAGAAAAAGCGAGAGAAGCTTCTGCGGTATGTGATGGAAATGGACTATGATCAGAGTCT
TCTTGTGTGGCATATTGCAACTGAGCTCTTATACCAATCAGAACAAGCCACTGAAGAGAG
TCATAGTGACCGTGAGTTTAGTAAAATCCTTTCGGACTACATGATGTACCTCATGATGAT
GCAACCCACTCTCATGTCAGCTGTTGTGGGTATTGGAAAGATAAGATTCAGGGACACTTG
CGAGGAGGCGAAAAGGTTCTTCGATAGGCGGCATATCGGATATGGAAACATAAAGAAGGC
TAGCGAGGCGATTTTATCTGTGACGGCTCCGGCAAAAGCTGAACCTATTGACGTGAAAGG
TGACAGAAGCAAGTCAGTGCTGTTTGATGGGAAGCATGTTGGCCAAAGAGCTCAAGGGTT
TAAAAGAGCTTCCAGAATT
T

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3EM28JQ 827 0 0
CAGCTAGAGGTGACTGGAGTCTGCGAGACATACAAGGTGAAGACAGAGAAACAGAGAAAA
AGCGAGAGAAGCTTCTGCGGTATGTGATGGAAATGGACTATGATCAGAGTCTTCTTGTGT
GGCATATTGCAACTGAGCTCTTATACCAATCAGAACAAGCCACTGAAGAGAGTCATAGTG
ACCGTGAGTTTAGTAAAATCCTTTCGGACTACATGATGTACCTCATGATGATGCAACCCA
CTCTCATGTCAGCTGTTGTGGGTATTGGAAAGATAAGATTCAGGGACACTTGCGAGGAGG
CGAAAAGGTTCTTCGATAGGCGGCATATCGGATATGGAAACATAAAGAAGGCTAGCGAGG
CGATTTTATCTGTGACGGCTCCGGCAAAAGCTGAACCTATTGACGTGAAAGGTGACAGAA
GCAAGTCAGTGCTGTTTGATGG*AAGCATGTTGGCCAAAGAGCTCAAGGGTTTAAAAGAG
CTTCCAGAATTAAAGGATGGCTTGAAGAAGGCTAAGGGAGAGGCATACATGTGGGAAGTA
GTGAGCAAAGTGTGGGTTGAGTTGCTTTGTTATGCGGCAACTAAGTGTGGCGCTATAGAA
CACGCAGCTCAGCTAAGCAAAGGTGGAGAACTCATCAGCTTTGTGTGGCTGTTGATGGCT
CATTTTGGACTAGGAGATCAGTTCCAGATCAACCAAGGAGATGCTAGAGCCAAACTGGTT
ATAGGCAAGTGATCCTAGAATAACCAGCAGCAACATTATTTTCCTCCTTTTGCTTTTCTT
GTTTTCTTTTGTCATTTTAAAGAGTAATAGCGTCTTGAACTGTTTGC

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

CO CL5218Contig1 486 2 1 U
GGAATCAGATTCAGACATAAGTATATTAGTTTGGAGGTGAGAGGAGGAGGAGACAGATCA
TCATCATCATCTGTCCATCGAGCTGTCTTCAAAAAGGTCTCTGCTTTGAATCCCAAAAGA
AAGAATGAACGTAGAAGAGGAGATTCAGAAACTTGAGGAAGAGATCCATCGTCCTGGTTC
TCTCCAGCCCGATGGTTCTTACAAGGTGACGTTTGGAGTGTTGTTCAATGACGATCGATG
TGCTAACATCTTCGAAGCTTTGGTTGGGACTTTGAGAGCTGCTAAGAAGCGCAAAATAGT
GGCATTCCCAGGTGAACTCTTGCTCCAAGGCGTTCACGACAAGGTTGAGATCACTCTCCG
TCCATCTCCACCACCACCTCAAGCTGCTGTCTCCGCAGCAGCAGCCACTTCCTAATTTTT
CCATTTCCGTTTTGTTTCGTTTATCTTCTTTTCTGTGTTTGTAACTGAATGGCGAACTAT
CAATGG


BQ
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AF RR3AI86JQ C 1
AF RR3AI86TF U 1
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DS 

RD RR3AI86TF 486 0 0
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TCATCATCATCTGTCCATCGAGCTGTCTTCAAAAAGGTCTCTGCTTTGAATCCCAAAAGA
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CCATTTCCGTTTTGTTTCGTTTATCTTCTTTTCTGTGTTTGTAACTGAATGGCGAACTAT
CAATGG

QA 1 486 1 486
DS 



AS 1 2

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TGGGACGATGGAGATTAGTTCTATTGAAGCTGCTATGAGGAGTCCCAAAGGAGATCTCCA
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CTTACCTATAGAATATATAGACAAGGTTGGAGAGTTAGCCAAGAAACATGGATTGAAGCT
TCACATTGATGGAGCTCGTATCTTCAACGCTTCTGTGCACTCGGAGTACCAGTGAAGAGG
ATTGTTCAAGCCGCTGACTCTGTATCGATTTGTTTGTCGAAAGGCATAGGTGCACCTGTC
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ATTTTCTTGCTTTACAAATTGAAATAGTTTGGTCAAGCAATAGACAACTATCTTTATTAT
AATCCAAGTTATTGAAC


BQ
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AF RR3AL32JQ C 324
BS 1 813 RR3AL32TF
BS 814 1217 RR3AL32JQ

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DS 

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TCAACGCTTCTGTGCACTCGGAGTACCAGTGAAGAGGATTGTTCAAGCCGCTGACTCTGT
ATCGATTTGTTTGTCGAAAGGCATAGGTGCACCTGTCGGTTCGGTAATCGTGGGAAGCAA
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GCTCTCTTGTTTTGAGAAACTGTTTAGCTCGGTGCCAGAAGAGAAGGTTTGATTTGAAGT
TATTCACGTGTTGGACTATGTCATAGTACTTGAATCTATTTTCTTGCTTTACAAATTGAA
ATAGTTTGGTCAAGCAATAGACAACTATCTTTATTATAATCCAAGTTATTGAAC

QA 1 894 1 894
DS 



AS 1 2

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CACGTGGCGATCCAAGGCCCTTCCGATGGCCCTGTAGTCCTCCTCATCCATGGATTCCCT
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AGGTTTCAGGAAGCGGGAGAAATAGAAGCTGAGATTGCAGAGGTTGGGGTTGAGAGAGTA
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TTTTGGGGACCTAAAGACGAAACTATTCCTTTACCGTCATGGCTAACGGAGGAAGATGTT
GCTTACTATGTTAGCAAGTTTCAAGAGAAAGGTTACACTGGTGGAGTTAATTACTACCGC
AATTTTGACCTAAACAATGAGCTGTTGGGTCCATGGGTAGGATGCAAAATCCAGGTACCT
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ATACATGGTCCCAAGTTCAAGGAAGACGTTCCTTTGCTCGAAGAGCCTGTGGTCATGGAG
GGGGTTGCTCACTTCATTAACCAAGAGAAGCCACAAGAGATCCTCCAAATTATCGTTGAC
GTCATCTCCAAATTCTAGTCTTGCTTTCCTCAAGCCACCTTGTAAGTTCCATACCTGAAG
AGCATATATGCTTAATAAGTTGAACAATGAGGGTTATGGTTATATGTATTATAAAGTTGT
TGTGTACGTTTTACGGAAGTTTTTTTTTTTCTAAAGACCCGTTATAAAAATATTTCTGTT
C


BQ
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10 

AF RR3B655TF U 1
AF RR3B655JQ C 291
BS 1 768 RR3B655TF
BS 769 769 RR3B655JQ
BS 770 781 RR3B655TF
BS 782 1141 RR3B655JQ

RD RR3B655TF 781 0 0
GGAACACCAAGGAAAAAACATATGGAGCACCGAAAGATAAGAGGTAACGGCGTAGACATC
CACGTGGCGATCCAAGGCCCTTCCGATGGCCCTGTAGTCCTCCTCATCCATGGATTCCCT
ACTCTCTGGTACTCATGGCGTCACCAGATCCCCGGACTCGCTGCTCTCGGATACCGCGCC
GTCGCTCCTGACTTACGCGGTTACGGTGACTCCGACGCTCCGCCTGAGATCTCTTCCTAC
ACTTGCTTCCACATGGTTGGTGACCTGATCGCTATCGTATCCGCCTTAACTGAAGATAAA
GTGTTTGTGGTTGGACATGATTGTGGAGCTCTGATCGCTTGGTATCGTTGTCTTTTCCGA
CCAGATAAAGTCAAAGCTCTGGTCAACCTCTCTGTTCCTTTCTCTTTTGGTCCTAAAGAT
TCTACCGTTAAACCTCTTGACGCGCTGCGTAAGTTCTATGGCGACGATTTCTACATGTGC
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GTGAGGAAGATACTCACATATAGAACACCTCGACCGCTTATATTGCCCAAGGATAAAAGC
TTTTGGGGACCTAAAGACGAAACTATTCCTTTACCGTCATGGCTAACGGAGGAAGATGTT
GCTTACTATGTTAGCAAGTTTCAAGAGAAAGGTTACACTGGTGGAGTTAATTACTACCGC
AATTTTGACCTAAACAATGAGCTGTTGGGTCCATGGGTAGGATGCAAA*TCCAGGTACCT
A

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3B655JQ 851 0 0
TGAAGATAAAGTGTTTGTGGTTGGACATGATTGTGGAGCTCTGATCGCTTGGTATCGTTG
TCTTTTCCGACCAGATAAAGTCAAAGCTCTGGTCAACCTCTCTGTTCCTTTCTCTTTTGG
TCCTAAAGATTCTACCGTTAAACCTCTTGACGCGCTGCGTAAGTTCTATGGCGACGATTT
CTACATGTGCAGGTTTCAGGAAGCGGGAGAAATAGAAGCTGAGATTGCAGAGGTTGGGGT
TGAGAGAGTAGTGAGGAAGATACTCACATATAGAACACCTCGACCGCTTATATTGCCCAA
GGATAAAAGCTTTTGGGGACCTAAAGACGAAACTATTCCTTTACCGTCATGGCTAACGGA
GGAAGATGTTGCTTACTATGTTAGCAAGTTTCAAGAGAAAGGTTACACTGGTGGAGTTAA
TTACTACCGCAATTTTGACCTAAACAATGAGCTGTTGGGTCCATGGGTAGGATGCAAAAT
CCAGGTACCTACAAAATTTGTGATCGGGGACCAGGATCTGGTCTACCATTTTCCGGGTGC
GAAGGAATACATACATGGTCCCAAGTTCAAGGAAGACGTTCCTTTGCTCGAAGAGCCTGT
GGTCATGGAGGGGGTTGCTCACTTCATTAACCAAGAGAAGCCACAAGAGATCCTCCAAAT
TATCGTTGACGTCATCTCCAAATTCTAGTCTTGCTTTCCTCAAGCCACCTTGTAAGTTCC
ATACCTGAAGAGCATATATGCTTAATAAGTTGAACAATGAGGGTTATGGTTATATGTATT
ATAAAGTTGTTGTGTACGTTTTACGGAAGTTTTTTTTTTTCTAAAGACCCGTTATAAAAA
TATTTCTGTTC

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 2

CO CL5221Contig1 779 2 4 U
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TTGCTCATGGATTTAACAACTCCAAAGACATGGAACTTCCCATCTCTAAGAGCAGGGTAC
GGAGAAAGTGATCCACACCCTTCACGTACGGTCAAAAGCGAAGCATATGACATTCAAGAA
CTCACTGATAAACTCAAGATCGGACCAAAGTTCTACGTTCTAGGGTTATCAGTCGGTGCG
TACTCGGTCTATAGCTGCCTCAAATACATTCCCCACAGATTAGCTGGAGCAGTTTTAGTG
GTTCCATTTGTCAACTATTGGTGGACTAAAGTGCCGGATGACATATTGAGTAATGCGTTC
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TTGTATTGGTGGTTGACTCAAAAATGGTTTCCGTCTTCGAGTATAATCTCTGGGAACAGT
GCGTTACTCAGCGACAAAGATTTGGTCATTGTAAAGAAGATGTCGGAGAATCCTAGTCCT
CATATGGAAAAGGTCCGGCAACAGGGAGACCATGAATGCCTTCACAGAGACATGATCGTT
GGATTTGCGACATGGGAGTTCGATCCGACTGAATTGGAAAACCCGTTTACTGAAGGTGTA
GGATCAGTCCACATGTGGGTAGGTACGGAAGATAGATTTGTTCCACGCGAAGTGAGTGAA
TATATATCAAAGAAGCTTCCATGGATTAAGTACCACGAATTCTCGGGTTATGGACATTT


BQ
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AF RR3H718TF U 1
AF RR3H718JQ C 472
BS 1 640 RR3H718TF
BS 641 641 RR3H718JQ
BS 642 651 RR3H718TF
BS 652 779 RR3H718JQ

RD RR3H718TF 651 0 0
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GGAGAAAGTGATCCACACCCTTCACGTACGGTCAAAAGCGAAGCATATGACATTCAAGAA
CTCACTGATAAACTCAAGATCGGACCAAAGTTCTACGTTCTAGGGTTATCAGTCGGTGCG
TACTCGGTCTATAGCTGCCTCAAATACATTCCCCACAGATTAGCTGGAGCAGTTTTAGTG
GTTCCATTTGTCAACTATTGGTGGACTAAAGTGCCGGATGACATATTGAGTAATGCGTTC
AAGCTATTGCCAGAAGATGTAAAGTGGACGTTTAGAGTGGCTCATTACGTTCCTTGGCTC
TTGTATTGGTGGTTGACTCAAAAATGGTTTCCGTCTTCGAGTATAATCTCTGGGAACAGT
GCGTTACTCAGCGACAAAGATTTGGTCATTGTAAAGAAGATGTCGGAGAATCCTAGTCCT
CATATGGAAAAGGTCCGGCAACAGGGAGACCATGAATGCCTTCACAGAGACATGATCGTT
GGATTTGCGACATGGGAGTTCGATCCGACTGAATTGGAAA*CCCGTTTACT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3H718JQ 308 0 0
GGGAACAGTGCGTTACTCAGCGACAAAGATTTGGTCATTGTAAAGAAGATGTCGGAGAAT
CCTAGTCCTCATATGGAAAAGGTCCGGCAACAGGGAGACCATGAATGCCTTCACAGAGAC
ATGATCGTTGGATTTGCGACATGGGAGTTCGATCCGACTGAATTGGAAAACCCGTTTACT
GAAGGTGTAGGATCAGTCCACATGTGGGTAGGTACGGAAGATAGATTTGTTCCACGCGAA
GTGAGTGAATATATATCAAAGAAGCTTCCATGGATTAAGTACCACGAATTCTCGGGTTAT
GGACATTT

QA 1 308 1 308
DS 



AS 1 2

CO CL5222Contig1 851 2 5 U
GTGACATGAAATACTAAAGTTTCCAGTGTTATTGTTTTAGACAGCCATTAGTTTTCACAA
CACACATAGTAAGAAAAGAACAGATAGTTTTGGTAACAATTTGCTTAACTACTGACCGCA
GCAACCGCCACCCATTGTTTTGTTGGATTGGCTGACCTTTCATTTGGACAGTTCCACTTC
CAGATGTCTTGTTTGCATTCGTCTGGCTTCCCATTTTCTTCTTGATCTCGCCAGCAATAG
TTAAGAATGCCTGTTCGACGTTGATAGAATCCTTAGCACTGGTCTCCAGAAAGGGTATCC
CGAGCTCGTCTGCTAAGGCCTTTCCAGTTTTGGTGGAAACAACTTTACTTTCAACCATAT
CATTCTTGTTACCAATAAGAAGCTTGCATACACTGTCATTAGCATATCTGTCGATCTCAC
TCAACCACTGCTTCACGTTATTGAAGCTTTCCATCTCAGTACAATCATACACAATGATGA
TTCCATGAGCTCCTCTGTAGTAGCTGCTAGTGATGGTCCTGAAACGCTCCTGCCCAGCAG
TATCCCAGATTTGGAGCTTAATCGTCTTCCCATCCTGCTCAATCGTCCTAATTTTGAAGT
CAACACCAATGGTGCTTATGTAACTATCAATGTACGCATCATCAGCGAATCGAAGAAGGA
GGCATGATTTTCCAACAGATGAGTCACCGATCAACAGAAGCTTGAACAGATAATCGTACT
CGTTGCTCATGGTTTTCTCGAGCTCTTGGTGAGTTTCCCGATTGATTCGTGAAGTTTTTC
CAAGGAAAACGCTTTTCTATGAAAAAAGGAGGTTACGGTTAGGCGTGTCGATTAAGTGCT
GTGAACATTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B034JQ U 37
AF RR3B034TF C 1
BS 1 36 RR3B034TF
BS 37 132 RR3B034JQ
BS 133 133 RR3B034TF
BS 134 526 RR3B034JQ
BS 527 851 RR3B034TF

RD RR3B034JQ 490 0 0
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CAATTTGCTTAACTACTGACCGCAGCAACCGCCACC*ATTGTTTTGTTGGATTGGCTGAC
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TCTTCTTGATCTCGCCAGCAATAGTTAAGAATGCCTGTTCGACGTTGATAGAATCCTTAG
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TCCTGAAACG

QA 1 490 1 490
DS 

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GCAACCGCCACCCATTGTTTTGTTGGATTGGCTGACCTTTCATTTGGACAGTTCCACTTC
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CATTCTTGTTACCAATAAGAAGCTTGCATACACTGTCATTAGCATATCTGTCGATCTCAC
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TATCCCAGATTTGGAGCTTAATCGTCTTCCCATCCTGCTCAATCGTCCTAATTTTGAAGT
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CGTTGCTCATGGTTTTCTCGAGCTCTTGGTGAGTTTCCCGATTGATTCGTGAAGTTTTTC
CAAGGAAAACGCTTTTCTATGAAAAAAGGAGGTTACGGTTAGGCGTGTCGATTAAGTGCT
GTGAACATTCC

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AA56TF U 1
AF RR3AA56JQ C 196
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BS 681 776 RR3AA56JQ

RD RR3AA56TF 680 0 0
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TATGAGTGGCAATCGACGCTTGTGAACTACCAGTTGCATGCTTCTGGAAAAGTTAATAAA
CCGCTTCATCCCAAAGTGCATTTACAGTGTGGGCCTGGACAGAAGATCACCACTGTTAAG
TTCGCTAGCTTTGGGACACCTGAAGGAACTTGTGGTAGCTACCGTCAAGGAAGGTGTCAT
GCTCATCATTCTTATGATGCTTTCAACAGACTTTGTGTTGGGCAGAACTGGTGTTCTGTA
ACTGTAGCACCGGCCATGTTTGGTGGAGATCCTTGTCCAAATGTGATGAAGAAACTCGCA
GTAGAAGCGGTTTGCGGTTAAACCAGAAGCAGCAGCAGCAGCAATTTCACATTCTTACAG
GTTTATTTTATTTCTAATGGTATTAGTATGTTTGTGGCTATTTTACAAGCGGTGGAAGTT
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QA 1 680 1 680
DS 

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QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 2

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TTAATTTACATATTTATAATTTAAAATCCTAAAAATGGATTTAATACTAAGTTTTTATTA
TTTATTCTTGTACGGTTGTACCATAAATATTTGATGTTATAGATATGGATGTTACGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H982JQ C 1
AF RR3H982TF U 54
BS 1 53 RR3H982JQ
BS 54 538 RR3H982TF

RD RR3H982JQ 538 0 0
TTTTTAATTACTAATTTATCTTATTACTTGGTGAAGGAACAACTAAATCTCATCAAAACA
AGAGAAAGAAACAATAAAGAACAACAGACAAATAATGGCCAAAGGTGTACAATTTTTTAG
CTTCATCACTTTTGTGATGATCTTCATGTTGATATCAACAGAAACTGTTGGAGCGAGGAG
GCCTTTGATTAAATGTACAAGTGTACATCTGCCCTGCAATCCACATGTTGTGAGTTTTTG
CTTAAGAGCGTGCGAACAAATATATAAGAATAAAACACAAGTAAAAGGAACTTGTAAAAC
TGCCCCACCGCCAAGGGAATACCTAAAAATGACTTGCGAGTGCGAATACATGGCCGTTGA
ATGCCCAAGAAAATAATAATTCAATTTACTATTCAAATTGATGATTAGATTTGGATGAAA
TTAATTTACATATTTATAATTTAAAATCCTAAAAATGGATTTAATACTAAGTTTTTATTA
TTTATTCTTGTACGGTTGTACCATAAATATTTGATGTTATAGATATGGATGTTACGCC

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3H982TF 485 0 0
CAAAACAAGAGAAAGAAACAATAAAGAACAACAGACAAATAATGGCCAAAGGTGTACAAT
TTTTTAGCTTCATCACTTTTGTGATGATCTTCATGTTGATATCAACAGAAACTGTTGGAG
CGAGGAGGCCTTTGATTAAATGTACAAGTGTACATCTGCCCTGCAATCCACATGTTGTGA
GTTTTTGCTTAAGAGCGTGCGAACAAATATATAAGAATAAAACACAAGTAAAAGGAACTT
GTAAAACTGCCCCACCGCCAAGGGAATACCTAAAAATGACTTGCGAGTGCGAATACATGG
CCGTTGAATGCCCAAGAAAATAATAATTCAATTTACTATTCAAATTGATGATTAGATTTG
GATGAAATTAATTTACATATTTATAATTTAAAATCCTAAAAATGGATTTAATACTAAGTT
TTTATTATTTATTCTTGTACGGTTGTACCATAAATATTTGATGTTATAGATATGGATGTT
ACGCC

QA 1 485 1 485
DS 



AS 1 2

CO CL5225Contig1 932 2 4 U
GAGACTTGACTTCTAGCCTCGAAGTTGGTCCATCGCCAGAGAATGCTTCTGGGAACTCTT
CTTCTGGCTCAAACTCCAGATGCATCCTCACCATCGCGTTTCAGTTCCCTTTTGAAAACA
ACTTGCAAGACAATGTTGCTGGTATGGCTTGTCAGTACGTGCGTAGCGTGATCTCTTCGG
TACAACGCGTTGCGATGGCCATCTCACCCTCTGGTATAAGCCCAAGTCTCGGCTCAAAAC
TCTCCCCGGGTTCTCCTGAAGCTGTCACACTTGCCCCAGTGGATCTCACAAAGTTACACT
CACCACTTAGGCTCGGAGTTGCTGACGGTTGACTCGCTTGGGAGCAACGACTCGGTATTG
AAACTTCTATGGGATCATCAAGATGCCATCTTGTGTTGCTCTTTAAAGCCTCAACCAGTG
TTCATGTTCGCGAACCAAGCTGGTTTAGACATGCTAGAGACAACACTTGTAGCCTTACAA
GACATTACACTGGAAAAGATCTTTGATGAATCTGGTCGAAAGGCTCTCTGCTCAGATTTC
GCCAAGCTAATGCAACAGGGATATGCATGCTTGCCTTCAGGAATATGTTTGTCTACGATG
GGAAGACATGTGACTTATGAACAAGCTGTTGCTTGGAAAGTGTTTGCTGCTACTTCTGCA
TCATCTGAGAACAACAGCGACGGCAGTGATCATACTTTGCATTGCCTTGCTTTCTCCTTT
GTAAACTGGTCGTTTGTGTAATTTTGTATTTTCTTGTGAGGTTATTTAGGAAGGGCTAAT
CAAAACTACTTTTAGACAACTCTGTTTTTTTTTGGTTGTGTAAGACGTCTGGTTTGTCTC
TGTTTTGATCAGATGTTCATCACTTTTCATTTGTGTTTTTATTTTAGCTGAGTATTGGTA
TGATGAATCTATATATATTATTAAGGGGATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B235TF U 1
AF RR3B235JQ C 259
BS 1 276 RR3B235TF
BS 277 277 RR3B235JQ
BS 278 757 RR3B235TF
BS 758 932 RR3B235JQ

RD RR3B235TF 757 0 0
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CTTCTGGCTCAAACTCCAGATGCATCCTCACCATCGCGTTTCAGTTCCCTTTTGAAAACA
ACTTGCAAGACAATGTTGCTGGTATGGCTTGTCAGTACGTGCGTAGCGTGATCTCTTCGG
TACAACGCGTTGCGATGGCCATCTCACCCTCTGGTATAAGCCCAAGTCTCGGCTCAAAAC
TCTCCCCGGGTTCTCCTGAAGCTGTCACACTTGCCC*AGTGGATCTCACAAAGTTACACT
CACCACTTAGGCTCGGAGTTGCTGACGGTTGACTCGCTTGGGAGCAACGACTCGGTATTG
AAACTTCTATGGGATCATCAAGATGCCATCTTGTGTTGCTCTTTAAAGCCTCAACCAGTG
TTCATGTTCGCGAACCAAGCTGGTTTAGACATGCTAGAGACAACACTTGTAGCCTTACAA
GACATTACACTGGAAAAGATCTTTGATGAATCTGGTCGAAAGGCTCTCTGCTCAGATTTC
GCCAAGCTAATGCAACAGGGATATGCATGCTTGCCTTCAGGAATATGTTTGTCTACGATG
GGAAGACATGTGACTTATGAACAAGCTGTTGCTTGGAAAGTGTTTGCTGCTACTTCTGCA
TCATCTGAGAACAACAGCGACGGCAGTGATCATACTTTGCATTGCCTTGCTTTCTCCTTT
GTAAACTGGTCGTTTGTGTAATTTTGTATTTTCTTGT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3B235JQ 674 0 0
AAGCTGTCACACTTGCCCCAGTGGATCTCACAAAGTTACACTCACCACTTAGGCTCGGAG
TTGCTGACGGTTGACTCGCTTGGGAGCAACGACTCGGTATTGAAACTTCTATGGGATCAT
CAAGATGCCATCTTGTGTTGCTCTTTAAAGCCTCAACCAGTGTTCATGTTCGCGAACCAA
GCTGGTTTAGACATGCTAGAGACAACACTTGTAGCCTTACAAGACATTACACTGGAAAAG
ATCTTTGATGAATCTGGTCGAAAGGCTTTCTGCTCAGATTTCGCCAAGCTAATGCAACAG
GGATATGCATGCTTGCCTTCAGGAATATGTTTGTTTACGATGGGAAGACATGTGACTTAT
GAACAAGCTGTTGCTTGGAAAGTGTTTGCTGCTACTTCTGCATCATCTGAGAACAACAGC
GACGGCAGTGATCATACTTTGCATTGCCTTGCTTTCTCCTTTGTAAACTGGTCGTTTGTG
TAATTTTGTATTTTCTTGTGAGGTTATTTAGGAAGGGCTAATCAAAACTACTTTTAGACA
ACTCTGTTTTTTTTTGGTTGTGTAAGACGTCTGGTTTGTCTCTGTTTTGATCAGATGTTC
ATCACTTTTCATTTGTGTTTTTATTTTAGCTGAGTATTGGTATGATGAATCTATATATAT
TATTAAGGGGATGC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL5226Contig1 880 2 10 U
GGGAAGCTCGAAAACTGATAAAAAGAAGAAGGCTGATCCACCATTAATGCCACCCACCAC
CCAACGGCAAACGCCTTTTCTCACACTCTCTCATGTTTGAGACTTGAGAACCAATAGAAA
CCCAAAAAAGTGTGATATATAGTTGGACATTGCATAAAGGTTCCCATTTTTAGTTCTCTC
CCTCTCTCAGAATCACCACTCAATCATGGGGGCTTGCTTGAGTGCTCAGGTCAAAGCTGA
GAGCCCAGGGGCGAGTCCAAAGTTCAAAGATACTGGAAGTCTTGGGAGCAAGTCTTCATC
TGTGTCTGTAAGACCAAGCCCTCGAACCGAGGGTGAGATCTTACAGTCTCCAAACCTCAA
GAGTTTCAGCTTCGCTGAGCTCAAATCAGCAACTAGGAATTTCAGACCAGACAGTGTGCT
TGGTGAAGGTGGATTCGGTTGCGTGTTCAAAGGATGGATAGATGAGAAGTCTCTCACCGC
CACAAAACCAGGCACTGGTTTGGTTATTGCCGTCAAAAAGCTTAACCAAGATGGTTGGCA
AGGTCACCAGGAGTGGCTGGCTGAAGTGAACTACCTAGGCCAGTTTTCGCATGGACACCT
AGTGAAGCTGATAGGTTATTGCCTAGAGGACGAGCACCGTCTTCTTGTTTACGAGTTCAT
GCCTCGTGGTAGCTTAGAGAATCATCTTTTCAGGAGAGGGTTATATTTCCAACCGTTATC
TTGGAAACTCCGGTTAAAAGTAGCTCTTGGTGCTGCAAAGGGACTTGCTTTTCTTCACAG
CTCCGAGACAAGAGTGATATACAGAGACTTCAAGACTTCTAACATCCTTCTTGATTCGGA
GTATAACGCAAAGCTTTCTGATTTTGGGTTGGCCAAGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G620TF U 1
AF RR3A424TF U 170
BS 1 180 RR3G620TF
BS 181 181 RR3A424TF
BS 182 299 RR3G620TF
BS 300 300 RR3A424TF
BS 301 367 RR3G620TF
BS 368 368 RR3A424TF
BS 369 484 RR3G620TF
BS 485 485 RR3A424TF
BS 486 689 RR3G620TF
BS 690 880 RR3A424TF

RD RR3G620TF 689 0 0
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CCAACGGCAAACGCCTTTTCTCACACTCTCTCATGTTTGAGACTTGAGAACCAATAGAAA
CCCAAAAAAGTGTGATATATAGTTGGACATTGCATAAAGGTTCCCATTTTTAGTTCTCTC
TCTCTCTCAGAATCACCACTCAATCATGGGGGCTTGCTTGAGTGCTCAGGTCAAAGCTGA
GAGCCCAGGGGCGAGTCCAAAGTTCAAAGATACTGGAAGTCTTGGGAGCAAGTCTTCATT
TGTGTCTGTAAGACCAAGCCCTCGAACCGAGGGTGAGATCTTACAGTCTCCAAACCTCAA
GAGTTTCTGCTTCGCTGAGCTCAAATCAGCAACTAGGAATTTCAGACCAGACAGTGTGCT
TGGTGAAGGTGGATTCGGTTGCGTGTTCAAAGGATGGATAGATGAGAAGTCTCTCACCGC
CACAGAACCAGGCACTGGTTTGGTTATTGCCGTCAAAAAGCTTAACCAAGATGGTTGGCA
AGGTCACCAGGAGTGGCTGGCTGAAGTGAACTACCTAGGCCAGTTTTCGCATGGACACCT
AGTGAAGCTGATAGGTTATTGCCTAGAGGACGAGCACCGTCTTCTTGTTTACGAGTTCAT
GCCTCGTGGTAGCTTAGAGAATCATCTTT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3A424TF 711 0 0
GG
AGTTCTCTCCCTCTCTCAGAATCACCACTCAATCATGGGGGCTTGCTTGAGTGCTCAGGT
CAAAGCTGAGAGCCCAGGGGCGAGTCCAAAGTTCAAAGATACTGGAAGTCTTGGGAGCAA
GTCTTCATCTGTGTCTGTAAGACCAAGCCCTCGAACTGAGGGTGAGATCTTACAGTCTTC
AAACCTCAAGAGTTTCAGCTTTGCTGAGCTCAAATCAGCAACTAGGAATTTCAGACCAGA
CAGTGTGCTTGGTGAAGGTGGATTCGGTTGCGTGTTCAAAGGATGGATTGATGAGAAGTC
TCTCACCGCCACAAAACCAGGCACTGGTTTGGTTATTGCCGTCAAAAAGCTTAACCAAGA
TGGTTGGCAAGGTCACCAGGAGTGGCTGGCTGAAGTGAACTACCTAGGCCAGTTTTCGCA
TGGACACCTAGTGAAGCTGATAGGTTATTGCCTAGAGGACGAGCACCGTCTTCTTGTTTA
CGAGTTCATGCCTCGTGGTAGCTTAGAGAATCATCTTTTCAGGAGAGGGTTATATTTCCA
ACCGTTATCTTGGAAACTCCGGTTAAAAGTAGCTCTTGGTGCTGCAAAGGGACTTGCTTT
TCTTCACAGCTCCGAGACAAGAGTGATATACAGAGACTTCAAGACTTCTAACATCCTTCT
TGATTCGGAGTATAACGCAAAGCTTTCTGATTTTGGGTTGGCCAAGGAT

QA 3 711 3 711
DS 



AS 1 2

CO CL5227Contig1 792 2 10 U
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CTGGATGTTATGAGAAGGCTCCTACAGCCAAAGAATGTGATGGTGTCGTCTTATGCTAGA
AACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTACATATCAATCTTGAATATCATTCAAGGAGAAGTC
GATCCCACTCAGGTGCATGAGAGTTTGCAGAGGATTAGAGAAAGGAAGCTCGTTAACTTC
ATTGAATGGGGACCTGCAAGCATACAGGTTGCACTTTCCAAGAAGTCTCCATATGTTCAA
ACTGCACACAGGGTCAGTGGTCTTATGTTGGCAAGCCACACAAGTATCAGGCACCTTTTC
AGCAAATGTTTGAGCCAATATGATAAATTGAGGAAGAAGCAAGCGTTTCTTGACAATTAC
CGAAAGTTTCCCATGTTTGACAATGATCTCTCAGAGTTCGATGAAGCAAGAGACATCATT
GAGAGTTTGGTAGATGAGTACAAGGCCTGTGAATCTCCAGATTACATTAAATGGGGAATG
GAGGATCCTGAACAGCTTGTAACTGGTGAAGGCAGTGCTTCCGGTGTTGTGGATCCTAGG
ATGGCGTTCTAAATAAGAATAAATGAGAATCCAGAGTAGAGTCGTTATGTTTCAGTTTTA
AATGAGATTTTTCTGGTCATCACATGTTTTTTCCTACTTGTGTTTTGGTGAGATAAGTAG
TAGCGTTGAAGAGTGTTGGCACCTAAACCTTGAATGGTGGTATTAAACTATTAATGTATT
TTTATGTGGATG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI06TF U 1
AF RR3CI06JQ C 1
BS 1 691 RR3CI06TF
BS 692 692 RR3CI06JQ
BS 693 715 RR3CI06TF
BS 716 716 RR3CI06JQ
BS 717 729 RR3CI06TF
BS 730 730 RR3CI06JQ
BS 731 742 RR3CI06TF
BS 743 743 RR3CI06JQ
BS 744 780 RR3CI06TF
BS 781 792 RR3CI06JQ

RD RR3CI06TF 780 0 0
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ATTGAATGGGGACCTGCAAGCATACAGGTTGCACTTTCCAAGAAGTCTCCATATGTTCAA
ACTGCACACAGGGTCAGTGGTCTTATGTTGGCAAGCCACACAAGTATCAGGCACCTTTTC
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CGAAAGTTTCCCATGTTTGACAATGATCTCTCAGAGTTCGATGAAGCAAGAGACATCATT
GAGAGTTTGGTAGATGAGTACAAGGCCTGTGAATCTCCAGATTACATTAAATGGGGAATG
GAGGATCCTGAACAGCTTGTAACTGGTGAAGGCAGTGCTTCCGGTGTTGTGGATCCTAGG
ATGGCGTTCTAAATAAGAATAAATGAGAATCCAGAGTAGAGTCGTTATGTTTCAGTTTTA
AATGAGATTTTTCTGGTCATCACATGTTTTT*CCTACTTGTGTTTTGGTGAGATA*GTAG
TAGCGTTGA*GAGTGTTGGCAC*TAAACCTTGAATGGTGGTATTAAACTATTAATGTATT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3CI06JQ 792 0 0
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CTGGATGTTATGAGAAGGCTCCTACAGCCAAAGAATGTGATGGTGTCGTCTTATGCTAGA
AACAAAGAAGCTAGTCAGGCAAAGTACATATCAATCTTGAATATCATTCAAGGAGAAGTC
GATCCCACTCAGGTGCATGAGAGTTTGCAGAGGATTAGAGAAAGGAAGCTCGTTAACTTC
ATTGAATGGGGACCTGCAAGCATACAGGTTGCACTTTCCAAGAAGTCTCCATATGTTCAA
ACTGCACACAGGGTCAGTGGTTTTATGTTGGCAAGCCACACAAGTATCAGGCACCTTTTC
AGCAAATGTTTGAGCCAATATGATAAATTGAGGAAGAAGCAAGCGTTTCTTGACAATTAC
CGAAAGTTTCCCATGTTTGACAATGATCTCTCAGAGTTCGATGAAGCAAGAGACATCATT
GAGAGTTTGGTAGATGAGTACAAGGCCTGTGAATCTCCAGATTACATTAAATGGGGAATG
GAGGATCCTGAACAGCTTGTAACTGGTGAAGGCAGTGCTTCCGGTGTTGTGGATCCTAGG
ATGGCGTTCTAAATAAGAATAAATGAGAATCCAGAGTAGAGTCGTTATGTTTCAGTTTTA
AATGAGATTTTTCTGGTCATCACATGTTTTTTCCTACTTGTGTTTTGGTGAGATAAGTAG
TAGCGTTGAAGAGTGTTGGCACCTAAACCTTGAATGGTGGTATTAAACTATTAATGTATT
TTTATGTGGATG

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL5228Contig1 943 2 2 U
TTTTTTCTTTTTTCTTTTTCTGTTTGAACGGCGCTCCTCATCTATCTATGGGACGTTTCG
ACAAGGCAAACACAGGCATATTCTGGGACGTGGATGATTGCCCGATACCAGAAGGTCTCA
ATGCTTTGATAGTGTCTCAGAACATGAGATTGGCCCTCTCAAAGTTGAGTTATAGTGGTA
AGGTGTTTATCCATGCTTATGGTGATTCCGAAAAAATCTTGGATGACTTAATCCCGTCAG
TTCCATTAGAAGATGAAATTGCAACTCTAGACCTTGGGGAAGCATCATCCATCAGTGCTA
CGAATCCAACTGTGGTTGTCAAAGAAGCGCCCGATAATTTTGATTACCGTGGTACCACAT
CTATTTATGCTCAAGATGATCAGTCAACACCTCTATTAATGCTCAACCACTCATCAGGGG
ATAAAGATGCGATGCTTGGGGGGTTTTTAGTAGACTTTATGATGTGGGCGGTTGATAATC
CTGCACCAGCAAATATTATACTAGTCCTGGGAGACAACATGTCAAGACGTCAGGAGTTGT
TCAAAATTACTCTTCGCCAAGTCAATATGCTAAGTTACAACATCCACTTTGCATATCCTC
AAAACGCAACATGCCCCTCTTTTCCTTCTGTTAATATCAAATGGCTTTGGGAAAGTCTAT
CACTTGGAGGTAACCCTGTGGAGGAGGAGAAGAATGAAGAGGAGAATGAGGAGGAGAATG
AAGAGGAGGATTAGTTTATTTAGTCTTGTTTGAGTGTAATGAATCTCTAGTCATGTGATG
AAATGAAACAGAAGAACTAAACCCTTTCGTTACCAATTTTGTTTCTGTAGTGAAAAGTAG
TTTGGTAGTGATAACTGTTGGTGAAAACCATGATAACGATAAGCTGCTTGGTACATGTCT
CGGTGGTGATAATAATTGATAACCCCCATGTTGAAGCCCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EJ49TF U 1
AF RR3EJ49JQ C 395
BS 1 596 RR3EJ49TF
BS 597 943 RR3EJ49JQ

RD RR3EJ49TF 596 0 0
TTTTTTCTTTTTTCTTTTTCTGTTTGAACGGCGCTCCTCATCTATCTATGGGACGTTTCG
ACAAGGCAAACACAGGCATATTCTGGGACGTGGATGATTGCCCGATACCAGAAGGTCTCA
ATGCTTTGATAGTGTCTCAGAACATGAGATTGGCCCTCTCAAAGTTGAGTTATAGTGGTA
AGGTGTTTATCCATGCTTATGGTGATTCCGAAAAAATCTTGGATGACTTAATCCCGTCAG
TTCCATTAGAAGATGAAATTGCAACTCTAGACCTTGGGGAAGCATCATCCATCAGTGCTA
CGAATCCAACTGTGGTTGTCAAAGAAGCGCCCGATAATTTTGATTACCGTGGTACCACAT
CTATTTATGCTCAAGATGATCAGTCAACACCTCTATTAATGCTCAACCACTCATCAGGGG
ATAAAGATGCGATGCTTGGGGGGTTTTTAGTAGACTTTATGATGTGGGCGGTTGATAATC
CTGCACCAGCAAATATTATACTAGTCCTGGGAGACAACATGTCAAGACGTCAGGAGTTGT
TCAAAATTACTCTTCGCCAAGTCAATATGCTAAGTTACAACATCCACTTTGCATAT

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3EJ49JQ 549 0 0
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CTTTATGATGTGGGCGGTTGATAATCCTGCACCAGCAAATATTATACTAGTCCTGGGAGA
CAACATGTCAAGACGTCAGGAGTTGTTCAAAATTACTCTTCGCCAAGTCAATATGTTAAG
TTACAACATCCACTTTGCATATCCTCAAAACGCAACATGCCCCTCTTTTCCTTCTGTTAA
TATCAAATGGCTTTGGGAAAGTCTATCACTTGGAGGTAACCCTGTGGAGGAGGAGAAGAA
TGAAGAGGAGAATGAGGAGGAGAATGAAGAGGAGGATTAGTTTATTTAGTCTTGTTTGAG
TGTAATGAATCTCTAGTCATGTGATGAAATGAAACAGAAGAACTAAACCCTTTCGTTACC
AATTTTGTTTCTGTAGTGAAAAGTAGTTTGGTAGTGATAACTGTTGGTGAAAACCATGAT
AACGATAAGCTGCTTGGTACATGTCTCGGTGGTGATAATAATTGATAACCCCCATGTTGA
AGCCCCTCC

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 2

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GTGTACACTGCAGAGATCATCTCTGCAGTTTCCCATCTCCATGAGAAAGGCATAATGCAC
AGAGATCTCAAACCTGAAAACATTCTCATGGACGTAGATGGCCACGTGATTCTAACTGAC
TTTGGTTTAGCAAAGGAGTTCGAAGAAAACAAAAGATCAAACTCCATGTGTGGGACTACT
GAGTATATGGCACCTGAAATCGTTAGAGGAAAAGGGCATTATAAGGCTGCTGACTGGTGG
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AAGCTGGAGGCTAGAGAAGTGAAGCCGAGTTTCAAGCCGGAGATATCGGGAAGGCAATGC
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CCAAGCTCGGATCCTAAGGTCAACCCTTTTACCAACTTCACATATGTCAGGCCTCCTCCA
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TATCTCTCGAAATAATTTTCTAAGCATGATTGGTTGTTTAATTTGAATAAAATAAATTTG
ATGTGGCTTTCACG


BQ
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AF RR3BI38TF U 1
AF RR3BI38JQ C 85
BS 1 769 RR3BI38TF
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BS 847 914 RR3BI38JQ

RD RR3BI38TF 846 0 0
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GGAAAGATAGAGCAGAAAATTATAAAGGACAAGATCAAGCTACCGCAGTTTCTTTCTAGC
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GGAGCCAGCGGAGCAGAGGAGATAAAAGGGCACAAATGGTTCAAGGGGATGAACTGGAAG
AAGCTGGAGGCTAGAGAAGTGAAGCCGAGTTTCAAGCCGGAGATATCGGGAAGGCAATGC
ATAGCGAATTTCGACAAATGTTGGACTGAAATGTCTGTGTTGGATTCTCCAGCAAACAGT
CCAAGCTCGGATCCTAAGGTCAACCCTTTTACCAACTTCACATATGTCAGGCCTCCTCCA
TCATTCCTTAGAGAGTGAGAGAACCTTACGTTTCTTTTTCTACATTTGA*GTCTATTATT
ATTGTA*GGTAATAAGGTATGTTTGAGTTGCTTGAACTATATCTTGAGTGGAGTAAACTG
TATCTC

QA 1 846 1 846
DS 

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GAAAACAAAAGATCAAACTCCATGTGTGGGACTACTGAGTATATGGCACCTGAAATCGTT
AGAGGAAAAGGGCATTATAAGGCTGCTGACTGGTGGAGCGTCGGGATTCTTCTCTACGAG
ATGCTCACCGGAAACCCACCGTTTATGGGGAGCAGAGGAAAGATAGAGCAGAAAATTATA
AAGGACAAGATCAAGCTACCGCAGTTTCTTTCTAGCGAAGCTCATGCCTTGCTGAGAGGG
CTGCTGCAAAAAGAGCCAGAGAGACGACTTGGCAGTGGAGCCAGCGGAGCAGAGGAGATA
AAAGGGCACAAATGGTTCAAGGGGATGAACTGGAAGAAGCTGGAGGCTAGAGAAGTGAAG
CCGAGTTTCAAGCCGGAGATATCGGGAAGGCAATGCATAGCGAATTTCGACAAATGTTGG
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CCTTTTACCAACTTCACATATGTCAGGCCTCCTCCATCATTCCTTAGAGAGTGAGAGAAC
CTTACGTTTCTTTTTCTACATTTGAAGTCTATTATTATTGTAAGGTAATAAGGTATGTTT
GAGTTGCTTGAACTATATCTTGAGTGGAGTAAACTGTATCTCTCGAAATAATTTTCTAAG
CATGATTGGTTGTTTAATTTGAATAAAATAAATTTGATGTGGCTTTCACG

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 2

CO CL5230Contig1 496 2 1 U
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AGAGTGGGAAGATTCAAGTTGAAACTCAATCTTCGAAACCGATTAATCTCATCATGGAAG
CTTCATGGATTGTCATTGGTGGTTAGATTCAGAAAGCATCATCTGAGAATCGATTCTGAA
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GTCCTCCGGAAGCAGCAGAGAGTAGTAGAGAAGGTGGGATCCAAAAAGAAAATGGATGAA
GAAGAAGGCATCCGGAATGGATCCTTGGGCTTGGGTTGTTTCTCAGCCGTGGCCGTGGCC
ATGGCCGTGGCAACTCTCATCATCCTCATTCTTTCTTGTTTTCTACCGACAAAATAACAT
TTTCTTACGTAATTTTATTAGGATTGTTTTTGCCAGCAGAGAGTAACAATAATGAAAAGA
AAAGACTAGTTTTCCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D720JQ C 1
AF RR3D720TF U 1
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QA 1 496 1 496
DS 

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AAAGACTAGTTTTCCC

QA 1 496 1 496
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BC42JQ C 1
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DS 

RD RR3BC42TF 761 0 0
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QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DQ35JQ C 1
AF RR3DQ35TF U 1
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QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF81TF U 1
AF RR3GF81JQ C 625
BS 1 725 RR3GF81TF
BS 726 1216 RR3GF81JQ

RD RR3GF81TF 725 0 0
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TGTATATAGTCATTTATGTAAATCAAAACTTACCTGTTTCCCCACTTAGCATGAAGTTCC
ATGATGATAAGTTGCTCCTCCGGCGTGATGTTTCCACGTCGTACGTCAGGGCGGAGATAG
TTCAGCCACCGGAGCCGGCAACTTTTCCCGGTGCGTTTTAGACCTTATAAACGTTTATTC
AATAAATCATCAGTCAAATATTGTTTCATACGTACTTGCATATCCACATATGTGTGTATT
ATATAAATCATGATCATTAAAACACTGTTTATTATTAGATACTTACCTGTAAACGGTCTT
ACATAATTTTAATTCATCACTAGGCCTATAAAACATTTACGCAAAACGTCTTTGGAGGTT
TCCTTTAATTTAGATTAAATTTTAACAAGGAAATAATATATTAACAAAACAGTTTTTCGC
TTTAACCAAAGAATTGAAGATATAGATAACAAGTGTACTTCATAGGTGTAGATAATAACT
ATACAAGATAAAAAAATTGGTATGAATCTAATACAAGAAAAAAATATTGTTACTTGTATG
ATACCTATGCAAGTTATGTAGAAACCCTAGTTTATATCGAAAAAAATATACGACGTAAAA
TAAATCTATATATACAAATATATATGGGTGATTAATTATAATTTGAAATTCTTTAAGAAG
AAATC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3GF81JQ 592 0 0
CCCTAGTTTATATCGAAAAAAATATACGACGTAAAATAAATCTATATATACAAATATATA
TGGGTGATTAATTATAATTTGAAATTCTTTAAGAAGAAATCAAATGAACCTGCAGATTTG
GCGAGAGTGTTCCAAACGCCATCCCCGTGGTTGGCGATATAGTTGATAAGAATAAGATCT
TCTTCCATCGTCCATGGTCCTTTTCTCACCTCTGTTTCTCCTGATGATCCCGAACCTCCA
CTACATATTCCTCCTCTTTTGTCCATTTTATTCTTATTTATTTATAACTCTTATAGCTAG
AGGGAGAGGAATTTAAAAGAAAGAGACAAGTAAGAGAGAAGGTTGTGGTGAGTTGATATT
GAAGGTTGTGGAAGGTGAGCAACTGCTTTTATAGAGACTAAATTCACCGCGTGATTAGCA
AAGCTTAATCCAAATTCTTAATTAATCCTGTATGGTCATTAGCTTAAAGTTTTAATTAAT
CATGTAATAAACTTTCGTAATTGTTAGGATCTGTACTATACTAATAACACATGCGACTAT
GTATAACACCTTTCACGACCTAACCATATACAATAAACATAGTTTCTTCAGC

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

CO CL5234Contig1 911 2 2 U
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TCCTTCTGTTTTAGAGGATCGTCCAGCTCCGCTCGATGCCACAGCCGATCCACCCGCTCT
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GATCACCAGAAACTTCAAGGGTCTGCAAGAAAAGATTAAACTAGTTCCTTTGGATCTTGG
GAATAGGCCTGCTTGGTACAAGGACAAAGTCTATCCAGAAAACAAGGTGCCAGCACTCGA
GCACAATGGTAAAATCATAGGTGAGAGTCTTGATTTGATCAAGTATCTCGACAACACTTT
TGAGGGTCCTTCGCTTTTTTTCCCTGAGGATCAAACAAAAAGAGAGTTTGGAGAAGAGTT
GTTGAAGTACACTGATACGTTCATCAAGACTATGTGGGCGTCCCTCAAAAGTGATCCTTT
TAAAGAAACTGCTCCTGTGTTAGATTATCTGGAAAACTCTCTGTACAAGTTTGATGAGGG
ACCATTCTTCCTCGGCCAGTTTAGCTTGGTTGATATCGCTTATATCCCCTTCATTGAAAG
GTTTCAAATCGTACTCAATGAACTGTTTAAGTGTGAAGTTACTGCAGAACGTCCCAAACT
ATCAGTTTGGATCGAGGAAATGAACAAGATTGATGCCCATGCACAAACAAAGACCGACTC
TAAAGAGATTGTGGAGATTTTCAAGAGAAAACTCACGTAAGGAAGGAGCACTAACCAGTA
AAAGTGTATGAACTAAGATGTATAATTTAAGTCAGCAACAACTTGATCTGTACTTTTACT
GTTAATCAATAATCTATCCAACACAAAGCGAATAGTGTTGAAACTATATGATAATACAAT
AATTTTGAGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI93TF U 1
AF RR3BI93JQ C 221
BS 1 755 RR3BI93TF
BS 756 911 RR3BI93JQ

RD RR3BI93TF 755 0 0
GGGCTTATGGTCAGAGAATCAGATCAAATTCTTCAAATACATTTCGTCCATGGCTTCTTC
TCCTTCTGTTTTAGAGGATCGTCCAGCTCCGCTCGATGCCACAGCCGATCCACCCGCTCT
GTTCGACGGAACCACAAGATTGTACACAAGCTACGGTTGCCCATATGCTCAACGAGTTTG
GATCACCAGAAACTTCAAGGGTCTGCAAGAAAAGATTAAACTAGTTCCTTTGGATCTTGG
GAATAGGCCTGCTTGGTACAAGGACAAAGTCTATCCAGAAAACAAGGTGCCAGCACTCGA
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GTTGAAGTACACTGATACGTTCATCAAGACTATGTGGGCGTCCCTCAAAAGTGATCCTTT
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ACCATTCTTCCTCGGCCAGTTTAGCTTGGTTGATATCGCTTATATCCCCTTCATTGAAAG
GTTTCAAATCGTACTCAATGAACTGTTTAAGTGTGAAGTTACTGCAGAACGTCCCAAACT
ATCAGTTTGGATCGAGGAAATGAACAAGATTGATGCCCATGCACAAACAAAGACCGACTC
TAAAGAGATTGTGGAGATTTTCAAGAGAAAACTCA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3BI93JQ 691 0 0
CTAGTTCCTTTGGATCTTGGGAATAGGCCTGCTTGGTACAAGGACAAAGTCTATCCAGAA
AACAAGGTGCCAGCACTCGAGCACAATGGTAAAATCATAGGTGAGAGTCTTGATTTGATC
AAGTATCTCGACAACACTTTTGAGGGTCCTTCGCTTTTTTTCCCTGAGGATCAAACAAAA
AGAGAGTTTGGAGAAGAGTTGTTGAAGTACACTGATACGTTCATCAAGACTATGTGGGCG
TCCCTCAAAAGTGATCCTTTTAAAGAAACTGCTCCTGTGTTAGATTATCTGGAAAACTCT
CTGTACAAGTTTGATGAGGGACCATTCTTCCTCGGCCAGTTTAGCTTGGTTGATATCGCT
TATATCCCCTTCATTGAAAGGTTTCAAATCGTACTCAATGAACTGTTTAAGTGTGAAGTT
ACTGCAGAACGTCCCAAACTATCAGTTTGGATCGAGGAAATGAACAAGATTGATGCCCAT
GCACAAACAAAGACCGACTCTAAGGAGATTGTGGAGATTTTCAAGAGAAAACTCACGTAA
GGAAGGAGCACTAACCAGTAAAAGTGTATGAACTAAGATGTATAATTTAAGTCAGCAACA
ACTTGATCTGTACTTTTACTGTTAATCAATAATCTATCCAACACAAAGCGAATAGTGTTG
AAACTATATGATAATACAATAATTTTGAGAC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL5235Contig1 832 2 5 U
TTCAGAGCTCTGTCTACGAGTTCATGCCGAAAGGAAGTCTGGATACGTGGCTGCAGCAGC
AGCCAGAAGAAGAAGATCATCACTCGAGGGCTTTAACAGTTCCAGAGAAACTTAACGTAG
CGATAGATGTGGCTTCCGCTTTGGAGTATTTGCATGATCACTGTCACGACGCGATAGCTC
ACTGTGATCTTAAGCCAAGCAACGTTCTTCTTGACGATGACCTTACAGCTCATGTTGGTG
ACTTTGGTTTGGCTAGGCTTCTATATAAATTCGATCGAGAATCCTTCTTAAGTCAGTTTA
GTTCTGCTGGTGTTAGAGGCACCGTTGGCTATGCCCCCACCAGGTAAAATAAACAGCTAT
GAAAGTATTGCAATTATTATTAAATCTCATTGTCTGTGGTTTGTGGCTTTGAAACATGTA
AACAGAGTATGGAATGGGAGGCCAACCATCAGTAAAAGGAGATGTGTACAGCTTTGGGAT
TCTACTTCTGGAGATGTTCACTGGAGAGAAACCGACAGATGAATCGTTTGCAGAGGACTA
TAACCTCCACAGCTACGCAGAGTCGGTGTTGTTGTCAGGAGATGAGGAGGAGGGTGGAGG
CAGCAGCAGCAATGCGGTTGTTGATGAGTGGTTGGGACTGGTTTTGCAGGTGGGCGTAAG
GTGTTCTGAAGAGTATCAAAGGGATAGGATGAAAATGGATGAAGCACTGCGTGAATTAAT
CTCAGTCAGATCTAAGTTCTTCAGTACCAAGACGGATGCTGCAGAAGAGCTGAGCCCTAG
GGATGATGCTGTGCAAAGTTCTCCTCAGGAATGGATGTTAAGCGCTGACACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BN21TF U 94
AF RR3BN21JQ C 1
BS 1 93 RR3BN21JQ
BS 94 578 RR3BN21TF
BS 579 579 RR3BN21JQ
BS 580 593 RR3BN21TF
BS 594 832 RR3BN21JQ

RD RR3BN21TF 502 0 0
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ATCGAGAATCCTTCTTAAGTCAGTTTAGTTCTGCTGGTGTTAGAGGCACCGTTGGCTATG
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TG

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR3BN21JQ 832 0 0
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ACTTTGGTTTGGCTAGGCTTCTATATAAATTCGATCGAGAATCCTTCTTAAGTCAGTTTA
GTTCTGCTGGTGTTAGAGGCACCGTTGGCTATGCCCC*ACCAGGTAAAATAAACAGCTAT
GAAAGTATTGCAATTATTATTAAATCTCATTGTCTGTGGTTTGTGGCTTTGAAACATGTA
AACAGAGTATGGAATGGGAGGCCAACCATCAGTAAAAGGAGATGTGTACAGCTTTGGGAT
TCTACTTCTGGAGATGTTCACTGGAGAGAAACCGACAGATGAATCGTTTGCAGAGGACTA
TAACCTCCACAGCTACGCAGAGTCGGTGTTGTTGTCAGGAGATGAGGAGGAGGGTGGAGG
CAGCAGCAGCAATGCGGTTGTTGATGAGTGGTTGGGACTGGTTTTGCAGGTGGGCGTAAG
GTGTTCTGAAGAGTATCAAAGGGATAGGATGAAAATGGATGAAGCACTGCGTGAATTAAT
CTCAGTCAGATCTAAGTTCTTCAGTACCAAGACGGATGCTGCAGAAGAGCTGAGCCCTAG
GGATGATGCTGTGCAAAGTTCTCCTCAGGAATGGATGTTAAGCGCTGACACG

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL5236Contig1 495 2 1 U
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GATTCCACAACTTCATCATCTTCCTCATATTCAGCGTTGCTTGCTCTGCCTCATTTCCTC
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CAGTATTGGCAAAGCGCTGGCGAAAGAGAAGGGGAGAATCCGATGAAGACGCCTCTCCCT
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ACAAAGTCTGCGTCC


BQ
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AF RR3F119JQ C 1
AF RR3F119TF U 1
BS 1 495 RR3F119TF

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GATTCCACAACTTCATCATCTTCCTCATATTCAGCGTTGCTTGTTCTGCCTCATTTCCTC
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GATGGAGAAGTGAAACCTAAAGAAAAGAAGAAGTTCATAACCAAAGACGAAGAACCAGAA
CAGTATTGGCAAAGCGCTGGCGAAAGAGAAGGGGAGAATCCGATGAAGACGCCTCTCCCT
TACATAATCATTTTTGGTATGTCAACTCCATTCGTCATCTTAGCCATTGCTTTTGCTAAT
GGCTGGATCAAAGTTCCTATTCGCTGAGCATTTATTTAAATTCTTCTTCCCTTGTTTAAG
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ACAAAGTCTGCGTCC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3F119TF 495 0 0
GGGATCTTAGAAATGGCAGCCAAATTCCATCTCTCGTCTTCCTTTAGCCACAAGGCCAAA
GATTCCACAACTTCATCATCTTCCTCATATTCAGCGTTGCTTGCTCTGCCTCATTTCCTC
TGTACACCGTCTTCATCAGGCTTTACACAGTTCAAGCTTCACGCCAAATTAGGTGGAGGA
GATGGAGAAGTGAAACCTAAAGAAAAGAAGAAGTTCATAACCAAAGACGAAGAACCAGAA
CAGTATTGGCAAAGCGCTGGCGAAAGAGAAGGGGAGAATCCGATGAAGACGCCTCTCCCT
TACATAATCATTTTTGGTATGTCAACTCCATTCGTCATCTTAGCCATTGCTTTTGCTAAT
GGCTGGATCAAAGTTCCTATTCGCTGAGCATTTATTTAAATTCTTCTTCCCTTGTTTAAG
TTTCTAAACATGAAGTGAATCATAGACATCTTCTTCGGCTGTAAAAGAAAGTAAAAGAAA
ACAAAGTCTGCGTCC

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

CO CL5237Contig1 974 2 4 U
GGGCTCTCTACTCGAAGGAAGCTTTTCTGGTGAAATCCTAATTCGGCGGCCGCCGCTTCT
CGCGGTCGCCGGATCTAGTTCTTAAATTCGTTGTGTGTTCTTGTACTCATCTGTTGAACT
TTGGAGAGATCTGGAAGTGTGAGAGGATGTATGTCGGTGATCTTTTCGACTGCGCCTTTA
ACGGCCTCTGTCCGAGGCTCCAATCTAGGTAAAGTTTCAAGTTTTGGTGGTTCTCATGTT
TTTCAGTGGTTATGTATTCAGCCTGTTCCGAGTGGGTTTGTGACAGCTTGTGACGTGGAG
ATGTGTGTTGAGCTGGTTAAGAGTCTGGTCTCTGTGATGAAGAAGGTTCAAGGTTACCTT
CTCATCTCCCAGCTTCGAATTGGTCTTCTTTTCCCTTTAATAAGTGATATTCCTGGTCTG
TTTTTGCTCTCTGTTTGCCCTCGGTGGCTTCCTTTGTGAGGCAATAGAATGAGGCTGAGG
TGCAAAGGCTTCCAGATGAAGGTGCAGATGAGTTGGAGACTATTTCAGTTGCTGGTTTTC
CTGGTTTCTGCCTTGGTATAGGCGTAGTGTTTGGATGGTTGACATCGTGAACTTGTTGTA
ACTTGTGGTTCAGATGAGATCGTTGTGGTTCTGGTGTTGTCATTGTGAGCATGTGGCTCA
GATGAGGTCTCTGCTCTTCACAAAGAAGTACTCTACGTTGCGTGCTCTTGTGCTTAGTTC
ATTGCATGATCTCCGGCTAGTCATAGTCTTTTCTAAGTCTTCTCTTGTTTCTTTTGAGTG
TTTGGCTATGGATTCTTTGAATGAGTATTAGGATTTGTTTTATATTTCAATGTTGGTTTG
TTGCCCGTGTGTTTGGGCTCTAGCTCCCCTTGTTCCTGTTGGGGTCAAGTTTCTGGGGAT
GGTTTTATGTTCAGTCTGCTGTAGTGTTCCTATCTTGTATCTTTGGTTATCAATGAAAAT
GAAAGTCAGACGGG


BQ
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AF RR3CY34TF U 1
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ATTGCATGATCT

QA 1 732 1 732
DS 

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GATGAGTTGGAGACTATTTCAGTTGCTGGTTTTCCTGGTTTCTGCCTTGGTATAGGCGTA
GTGTTTGGATGGTTGACATCGTGAACTTGTTGTAACTTGTGGTTCAGATGAGATCGTTGT
GGTTCTGGTGTTGTCATTGTGAGCATGTGGCTCAGATGAGGTCTCTGCTCTTCACAAAGA
AGTACTCTACGTTGCGTGCTCTTGTGCTTAGTTCATTGCATGATCTCCGGCTAGTCATAG
TCTTTTCTAAGTCTTCTCTTGTTTCTTTTGAGTGTTTGGCTATGGATTCTTTGAATGAGT
ATTAGGATTTGTTTTATATTTCAATGTTGGTTTGTTGCCCGTGTGTTTGGGCTCTAGCTC
CCCTTGTTCCTGTTGGGGTCAAGTTTCTGGGGATGGTTTTATGTTCAGTCTGCTGTAGTG
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QA 1 708 1 708
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ACGAAAATTTCGCCACAATTCG


BQ
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AF RR3F756JQ C 1
AF RR3F756TF U 1
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DS 

RD RR3F756TF 502 0 0
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TTGGTAACAAGCGGTTGGAGTTATCTGGACAATTAATATCTCTTCTCTTTGAGGATTTGT
TTAAAACAACGACCACTGAGGCCATTAAAAAAGTAGATGGTATCCTTCAAAAACCTACCC
GGGCAAGCCGTTTTGATTTTTCACAATGTCTTACTGGAGAGAAGAATCATAATATTTCTT
TTGGACTAGAAAGAACCCTTTCAACGGGGAACTTCGATATTAAAAGGTTTAGAATGCATA
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ACGAAAATTTCGCCACAATTCG

QA 1 502 1 502
DS 



AS 1 2

CO CL5240Contig1 841 2 2 U
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CATCATATAAAGTTACCGTAACATCTGCGAATATAGTTGGTTCGATGAAATATCCTTTGT
CTCCAATGGCGTTCCCTCCAGTTAATAACGTAGCTCCGTCGTTTTTGCCATGCTCAATGT
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TACTCAACCCGATTAGTCTACTTAAAATCTACTCAAAATTAAGATCAATCAACTTATAAT
TAATTAGTCTTATATTACTTGAGGTCCTTGTCGAGAAGTGGAATCAAAAGGGTCACCAAC
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TGTTGTAGAAGCAACCTAGTAGCGCAAGTTCGGCGGCTTTGTTAACATCTGCGTCATCGA
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C


BQ
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10 

AF RR3BQ33TF U 1
AF RR3BQ33JQ C 153
BS 1 646 RR3BQ33TF
BS 647 841 RR3BQ33JQ

RD RR3BQ33TF 646 0 0
TTTTTACTTGAATTTCATCAAAGACATGACTGGTCCAAAGATTTCTTCTTTGTATATCTT
CATATCTTCCTGTAACCAACAAAAATTAAAACCCATAATTTAAAACCAACTAGTGTACTT
AGGGAGCTAGACGACATTTCTGGTTCTGGTCCTAGTCCGAAGGGATTATAGATTCTTGGT
CATCATATAAAGTTACCGTAACATCTGCGAATATAGTTGGTTCGATGAAATATCCTTTGT
CTCCAATGGCGTTCCCTCCAGTTAATAACGTAGCTCCGTCGTTTTTGCCATGCTCAATGT
AAGAGAGAATCTTCTCATATTGTTTTTTATCCACCTGTACAAAAAAAAACAAATATTACG
TACTCAACCCGATTAGTCTACTTAAAATCTACTCAAAATTAAGATCAATCAACTTATAAT
TAATTAGTCTTATATTACTTGAGGTCCTTGTCGAGAAGTGGAATCAAAAGGGTCACCAAC
GGTCCAGTCTTTAGCCTTCTTCACCATCTTCGCTACAACCTTATCGTATATACCTTCTTG
GACAAACACACGAGAGCTCGCCACGCAGATCTCACCCTGCACATATCAACATATATATGT
TTTACATAACAATATCACCATATTCGTTGATGTTTTGGACTCTATG

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3BQ33JQ 689 0 0
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ATAGTTGGTTCGATGAAATATCCTTTGTCTCCAATGGCGTTCCCTCCAGTTAATAACGTA
GCTCCGTCGTTTTTGCCATGCTCAATGTAAGAGAGAATCTTCTCATATTGTTTTTTATCC
ACCTGTACAAAAAAAAACAAATATTACGTACTCAACCCGATTAGTCTACTTAAAATCTAC
TCAAAATTAAGATCAATCAACTTATAATTAATTAGTCTTATATTACTTGAGGTCCTTGTC
GAGAAGTGGAATCAAAAGGGTCACCAACGGTCCAGTCTTTAGCCTTCTTCACCATCTTCG
CTACAACCTTATCGTATATACCTTCTTGGACAAACACACGAGAGCTCGCCACGCAGATCT
CACCCTGCACATATCAACATATATATGTTTTACATAACAATATCACCATATTCGTTGATG
TTTTGGACTCTATGATATATATATACCTTGTTGTAGAAGCAACCTAGTAGCGCAAGTTCG
GCGGCTTTGTTAACATCTGCGTCATCGAATATAAGAAGAGGCGATTTTCCTCCTAATTCA
AGTGACACTTTCTTTAGATTGCTTGCTGCTGCTGCTTGCATTATCTTCCTCCCAACATCA
GTTGATCCCGTGAAGCTGACCTGAGCCCC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL5241Contig1 1078 2 6 U
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ACGGCAAAGAAGAAGACGGCGATGCCACGTCATCTACGGCGATTACGAACGCCGTCGATC
CTTACTCCCACACTCGTCAACGTCGTCCTTCCTCAGAATCTATGAGCAGTTCTCCTCCGG
GAAGCCCAGCTCGATCTCCTTCTCCTTTCTTATTCGCTCCTCAGGTTCCAGTGTCTCCGT
TGCAGAGGACAAACGCCCCTCCTTCGCCTAATAAAATCCAATGGAACCAACCTCAAAGAA
TTTTTGATATTCCCAAGAGCAAGGGATCCCTATTATCATTACATGGAACCAGGGAGGTAA
TGATGTGGCAGTGGAAGGATCTTGGGACAACTGGAGATCAAGGAAGAAGCTGGAGAAATC
TGGAAAAGACCACTCAATTCTCCTTGTCCTTCCATCTGGCATATACCACTACAAGGTGAT
CGTCGACGGTGAATGCAAATACATCCCAGATTTGCCCTTTGTATCAGACGAAATGGGCAA
TGTCTTTAACATTCTCGATGTTCATAACTTTGTGCCAGAAAACCCAGAAAGCATAGCTGA
GTTTGAGGCACCTCCTTCACCTGATCATAGCTACGGACAAGCCCTCCCAACAGCAGAGGA
TTTCACAAAAGATCCACTCGCGGTGCCACCTCAGCTTCGTCTAACACTCGTGGACACTAG
TGAAGAAACAGGCAAAGCCGCAAAGCCTCAGCATGTGGTGCTTAACCATGTGTTCATAGA
GCAAGGATGGAGTCCTCAATCCATTGTAGCTTTGGGTTTAACCCACAGGTTCGAGTCTAA
GTACATAACTGTTGTCCTCTACAAACCACACACACGGTGAACCTAAGGCCCAAATCCAAT
GCCACATTGTCTTCCTTTTTTTTTTCTTAAATCTGTCAATTCTGTGAGAATTTTTGTACT
TTGATCATAGTGAGTGCACAACATTTCTGAGTCTAAAAACCTTTTTCGTGCCTTGTTGGT
GCTGTATGTAGTACAAAGCTTCTCAATGTAACAAAGAAAAGACTGCGATTTTTTCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AO05TF U 1
AF RR3AO05JQ C 306
BS 1 687 RR3AO05TF
BS 688 688 RR3AO05JQ
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BS 745 807 RR3AO05TF
BS 808 1078 RR3AO05JQ

RD RR3AO05TF 807 0 0
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GAAGCCCAGCTCGATCTCCTTCTCCTTTCTTATTCGCTCCTCAGGTTCCAGTGTCTCCGT
TGCAGAGGACAAACGCCCCTCCTTCGCCTAATAAAATCCAATGGAACCAACCTCAAAGAA
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TGGAAAAGACCACTCAATTCTCCTTGTCCTTCCATCTGGCATATACCACTACAAGGTGAT
CGTCGACGGTGAATGCAAATACATCCCAGATTTGCCCTTTGTATCAGACGAAATGGGCAA
TGTCTTTAACATTCTCGATGTTCATAACTTTGTGCCAGAAAACCCAGAAAGCATAGCTGA
GTTTGAGGCACCTCCTTCACCTGATCATAGCTACGGACAAGCCCTCCCAACAGCAGAGGA
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TGAAGAAACAGGCAAAGCCGCAA*GCCTCAGCATGTGGTGCTTAACCATGTGTTCATAGA
GCAAGGATGGAGTCCTCAATCCATTGT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3AO05JQ 773 0 0
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ACGGTGAATGCAAATACATCCCAGATTTGCCCTTTGTATCAGACGAAATGGGCAATGTCT
TTAACATTCTCGATGTTCATAACTTTGTGCCAGAAAACCCAGAAAGCATAGCTGAGTTTG
AGGCACCTCCTTCACCTGATCATAGCTACGGACAAGCCCTCCCAACAGCAGAGGATTTCA
CAAAAGATCCACTCGCGGTGCCACCTCAGCTTCGTCTAACACTCGTGGACACTAGTGAAG
AAACAGGCAAAGCCGCAAAGCCTCAGCATGTGGTGCTTAACCATGTGTTCATAGAGCAAG
GATGGAGTCCTCAATCCATTGTAGCTTTGGGTTTAACCCACAGGTTCGAGTCTAAGTACA
TAACTGTTGTCCTCTACAAACCACACACACGGTGAACCTAAGGCCCAAATCCAATGCCAC
ATTGTCTTCCTTTTTTTTTTCTTAAATCTGTCAATTCTGTGAGAATTTTTGTACTTTGAT
CATAGTGAGTGCACAACATTTCTGAGTCTAAAAACCTTTTTCGTGCCTTGTTGGTGCTGT
ATGTAGTACAAAGCTTCTCAATGTAACAAAGAAAAGACTGCGATTTTTTCGTT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL5242Contig1 497 2 2 U
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TACCATACTATTACTAATAATTAGATAGGTTTATCTATCTAAAGCCTAAGATTAAGGATT
TCAAACGAAGCCGTTTAGGCAAAATCTTTTCTGGATTATCTAAGATATTCAATATCAATC
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TATAATTTAATAAAAAT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BL58JQ C 1
AF RR3BL58TF U 6
BS 1 5 RR3BL58JQ
BS 6 497 RR3BL58TF

RD RR3BL58JQ 497 0 0
GGTGGTCACAAGTTTCCTTTACAAATTATAAGTTCGTTTTCTAAGAGGAGATAAGAAAAT
GTCTAGCAACAGTCAGAGTATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGCCAAACCCAGGA
GAAGGCAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCTAATGCTGCTCAATCTGCCAAGGAATCTTT
GTCAGAGGGTGGACAGCAGTTGAAGCAGAAAGCACAGGGTGCGACTGAGGCAATTAAGGA
AAAGACGGGCTTGGGCAAATGAGAACGCACGTTCCTAATAAGAATTTACGTTTTTATTCC
TACCATACTATTACTAATAATTAGATAGGTTTATCTATCTAAAGCCTAAGATTAAGGATT
TCAAACGAAGCCGTTTAGGCAAAATCTTTTCTGGATTATCTAAGATATTCAATATCAATC
CAAGGGTTGTTGACTCTTATCTTTTGATTAATATGTAGCCTTGCAGTTATTTGATATTTC
TATAATTTAATAAAAAT

QA 1 497 1 497
DS 

RD RR3BL58TF 492 0 0
TCACAAGTTTCCTTTACAAATTATAAGTTCGTTTTCTAAGAGGAGATAAGAAAATGTCTA
GCAACAGTCAGAGTATGAGCTTCAACGCTGGCCAAGCTAAAGGCCAAACCCAGGAGAAGG
CAAGCAACCTGATGGACAAGGCCTCTAATGCTGCTCAATCTGCCAAGGAATCTTTGTCAG
AGGGTGGACAGCAGTTGAAGCAGAAAGCACAGGGTGCGACTGAGGCAATTAAGGAAAAGA
CGGGCTTGGGCAAATGAGAACGCACGTTCCTAATAAGAATTTACGTTTTTATTCCTACCA
TACTATTACTAATAATTAGATAGGTTTATCTATCTAAAGCCTAAGATTAAGGATTTCAAA
CGAAGCCGTTTAGGCAAAATCTTTTCTGGATTATCTAAGATATTCAATATCAATCCAAGG
GTTGTTGACTCTTATCTTTTGATTAATATGTAGCCTTGCAGTTATTTGATATTTCTATAA
TTTAATAAAAAT

QA 1 492 1 492
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5244Contig1 1307 2 2 U
GCGATCATCATCATCTTCTACTCTGTTATTCTCAAAACCTCAACGCAAATCAAATTTGTT
TCGTTTCCAAATCGCCGTCAAATACAAACAATCTGATTCGGGTCCTTGTCAGATATGTAA
AAAATCAATTGAGCAAATCGCGATTCAGATCAGGAAAACGTTAGATTCTCTGAAGAAACC
CGCAATAGCCGCGGTTTTGCTTGGGCTGCTTTTGTTTTATGATCCTTATTCGGCCTTGGC
TGCGTCCGGTGGCAGAATCGGCGGTAACTCCTTCTCATCAAGAAGTTCTTCTTCCTCTTC
GAGAACATTGGACTCGGCTCCATCAAGAAGTTCTTCTTCGTCTTCGAGAACATTGGATCC
GAGTACGAGGTACTCGGCTCCGTACTATGGGCCGTCTCCGTTCAGTGGAGGTCTCTATGT
TGGCCCTGCGGTTGGATTTGGATTCGGTGGGTTTTCGAGCTTCTCTCTGATTCTGGTTGG
TTTTGCTGCCTTTATTGTGGTTTCTGGATTCCTCTCAGACCGTTCACAGGGTTCCATTTT
AACCGATACTCAGAAAACTAGCGTCATTAAACTACAGGTGGGCTTGCTGGGTTTGGGGAG
GACACTACAGCAAGATTTCAATCGTCTTGCTGAAAATGCTGATACATCCACATCCGAGGG
TCTCACCTATGTTTTAACCGAGGCAACATTAGCTTTGCTGAGCACCCGGACTATTGCATC
TCTTGTTATTCATCAGTTGATGTGAGACGGAGTATAGAAGATGGAGAGAAACGATTTAAT
CAGCTCTCTATTGAAGAACGGGGGAAATTCGATGAGGAGACGTTTGTTAACGTGAACAGC
ATAAAGAGACAAAGCTCAAAGATTCGGACAGCTAGCGGTTTCAGCAATGAATATATTGTG
GTAACCATCTTGGTAGCTGCAGAGGGCATTCATAAACTGCAGCCTATAAATGGAACTGCG
GATCTAAAGGAAGCCTTACAAAAAATTGGGTCGATACCTAGAAACAAAATCATGGTAAGA
GTGTATCTGTAAGTTTGAATAATCATGGGAAGAAGTTTAGTCTTGCAAATGAATGGTGTG
AAAAACAAATGTTGCAGGCAGTTGAAGTACTGTGGACACCGCAGAATGAGAAGGATACTT
TGTCAGAAAGGGAGCTACTTGAAGATTACCCACTCTTGAGGCCTTTGTAAATTTGACTCT
CATAAACGAACCCTCCGTACTTGGTATGGATTTGGAGAATTTATCTTACATATGTACTTG
CCACCTTGTAAGATTCGTCTGCTCAAATTAATTATATTAATAAAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AQ14TF U 1
AF RR3AQ14JQ C 701
BS 1 774 RR3AQ14TF
BS 775 1307 RR3AQ14JQ

RD RR3AQ14TF 774 0 0
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AAAATCAATTGAGCAAATCGCGATTCAGATCAGGAAAACGTTAGATTCTCTGAAGAAACC
CGCAATAGCCGCGGTTTTGCTTGGGCTGCTTTTGTTTTATGATCCTTATTCGGCCTTGGC
TGCGTCCGGTGGCAGAATCGGCGGTAACTCCTTCTCATCAAGAAGTTCTTCTTCCTCTTC
GAGAACATTGGACTCGGCTCCATCAAGAAGTTCTTCTTCGTCTTCGAGAACATTGGATCC
GAGTACGAGGTACTCGGCTCCGTACTATGGGCCGTCTCCGTTCAGTGGAGGTCTCTATGT
TGGCCCTGCGGTTGGATTTGGATTCGGTGGGTTTTCGAGCTTCTCTCTGATTCTGGTTGG
TTTTGCTGCCTTTATTGTGGTTTCTGGATTCCTCTCAGACCGTTCACAGGGTTCCATTTT
AACCGATACTCAGAAAACTAGCGTCATTAAACTACAGGTGGGCTTGCTGGGTTTGGGGAG
GACACTACAGCAAGATTTCAATCGTCTTGCTGAAAATGCTGATACATCCACATCCGAGGG
TCTCACCTATGTTTTAACCGAGGCAACATTAGCTTTGCTGAGCACCCGGACTATTGCATC
TCTTGTTATTCATCAGTTGATGTGAGACGGAGTATAGAAGATGGAGAGAAACGA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3AQ14JQ 607 0 0
G
GCACCCGGACTATTGCATCTCTTGTTATTCATCAGTTGATGTGAGACGGAGTATAGAAGA
TGGAGAGAAACGATTTAATCAGCTCTCTATTGAAGAACGGGGGAAATTCGATGAGGAGAC
GTTTGTTAACGTGAACAGCATAAAGAGACAAAGCTCAAAGATTCGGACAGCTAGCGGTTT
CAGCAATGAATATATTGTGGTAACCATCTTGGTAGCTGCAGAGGGCATTCATAAACTGCA
GCCTATAAATGGAACTGCGGATCTAAAGGAAGCCTTACAAAAAATTGGGTCGATACCTAG
AAACAAAATCATGGTAAGAGTGTATCTGTAAGTTTGAATAATCATGGGAAGAAGTTTAGT
CTTGCAAATGAATGGTGTGAAAAACAAATGTTGCAGGCAGTTGAAGTACTGTGGACACCG
CAGAATGAGAAGGATACTTTGTCAGAAAGGGAGCTACTTGAAGATTACCCACTCTTGAGG
CCTTTGTAAATTTGACTCTCATAAACGAACCCTCCGTACTTGGTATGGATTTGGAGAATT
TATCTTACATATGTACTTGCCACCTTGTAAGATTCGTCTGCTCAAATTAATTATATTAAT
AAAAAT

QA 2 607 2 607
DS 



AS 1 2

CO CL5245Contig1 764 2 4 U
GGTACTCTCCTCTCCTTCTTCCCTACTTACAAACCTTACGCACGGCGGCGATGCTTAGAA
CTCTGTTTAAGCCTAACGGAAAGAGCGTCCTCATGGCGGGAGCTAACAACGGGACGAGGC
GCTTAAGGCCGAACCTACTGATCACGGGGACTCCCGGTACCGGCAAATCGACGACGGCTT
CTGCTCTGGCGGAGGCCACGAACTTCCGGCATATCTGCGTCGGAGATCTTGTTAAAGAGA
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TGTGTGATTGTAGATTACCACGGATGTGACTTCTTCCCTGAGCGCTGGTTTGATCGTGTT
GTCGTCCTTCGAACTGAAAACTCCGTCCTCTATGACCGTTTAATCAATAGGGATTATTCG
GGAACCAAGCTTAGTAACAACATTGAATGCGAGATCTTCCAAGTCCTGCTCGAAGAAGCA
AGAGATAGTTACAAAGAGGAGATTGTCATCGCGCTACAAAGTAACACAATCGAAGATATC
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GTGTCATCAATCTTGATGACAGTGCTTCTTTAAGATCCAGCTTTTGGTAGTTTCTGTATC
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BQ
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AF RR3FD74TF U 1
AF RR3FD74JQ C 223
BS 1 706 RR3FD74TF
BS 707 707 RR3FD74JQ
BS 708 720 RR3FD74TF
BS 721 764 RR3FD74JQ

RD RR3FD74TF 720 0 0
GGTACTCTCCTCTCCTTCTTCCCTACTTACAAACCTTACGCACGGCGGCGATGCTTAGAA
CTCTGTTTAAGCCTAACGGAAAGAGCGTCCTCATGGCGGGAGCTAACAACGGGACGAGGC
GCTTAAGGCCGAACCTACTGATCACGGGGACTCCCGGTACCGGCAAATCGACGACGGCTT
CTGCTCTGGCGGAGGCCACGAACTTCCGGCATATCTGCGTCGGAGATCTTGTTAAAGAGA
AGAACTTGCACGATGGTTGGGACGATCAGTTCCAGTGCCACGTCATCAACGAAGACCTGG
TGTGTGATTGTAGATTACCACGGATGTGACTTCTTCCCTGAGCGCTGGTTTGATCGTGTT
GTCGTCCTTCGAACTGAAAACTCCGTCCTCTATGACCGTTTAATCAATAGGGATTATTCG
GGAACCAAGCTTAGTAACAACATTGAATGCGAGATCTTCCAAGTCCTGCTCGAAGAAGCA
AGAGATAGTTACAAAGAGGAGATTGTCATCGCGCTACAAAGTAACACAATCGAAGATATC
TCTAACAATGTCGCAAGTTTGACTGAATGGATCACCACTTGGCAGTCATGAGAAGGTGAC
GTGTCATCAATCTTGATGACAGTGCTTCTTTAAGATCCAGCTTTTGGTAGTTTCTGTATC
GGGGTTTGCTTGCAATTTGTATTACTGATATTATTGAAAGACTAAT*CCGCTGTTGCGAT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3FD74JQ 542 0 0
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TCATCAACGAAGACCTGGTGTGTGATTGTAGATTACCACGGATGTGACTTCTTCCCTGAG
CGCTGGTTTGATCGTGTTGTCGTCCTTCGAACTGAAAACTCCGTCCTCTATGACCGTTTA
ATCAATAGGGATTATTCGGGAACCAAGCTTAGTAACAACATTGAATGCGAGATCTTCCAA
GTCCTGCTCGAAGAAGCAAGAGATAGTTACAAAGAGGAGATTGTCATCGCGCTACAAAGT
AACACAATCGAAGATATCTCTAACAATGTCGCAAGTTTGACTGAATGGATCACCACTTGG
CAGTCATGAGAAGGTGACGTGTCATCAATCTTGATGACAGTGCTTCTTTAAGATCCAGCT
TTTGGTAGTTTCTGTATCGGGGTTTGCTTGCAATTTGTATTACTGATATTATTGAAAGAC
TAATTCCGCTGTTGCGATCAAGCTTATTATGTTATGTATGCTCCGTTTGATACTCTTATT
AA

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 2

CO CL5246Contig1 977 2 4 U
GATCCCTGAAGAAGCTACTTTCACAAATGTTGAACAGTTCTTGGAGCCTCTTGAACTCTG
TTACCGATCACTATGCTCATGTGGTGACCGCCCAATAGCTGATGGAACCCTTCTTGATTT
CTTGAGGCAAGTCTCTACCTTTGGACTCTCCCTTGTGAGGCTTGACATTAGGCAAGAGTC
TGAACGTCACACCGATGTCTTGGATGCTATCACCAAGCACTTAGACGGTTCCTCTTATAG
AGACTGGTCTGAAGAACGTCGACAAGAATGGCTTCTAGCTGAACTAAGTGGCAAGCGTCC
ACTATTCGGACCTGATCTTCCCAAAACAGAAGAGATTGCTGACGTCCTGGACACCTTCAA
AGTCATATCCGAACTGCCCTCAGATTGCTTTGGAGCTTACATTATCTCCATGGCAACTTC
ACCTAGTGATATCCTTGCGGTTGAGCTTTTACAGCGCGAGTGCCACGTGAAACAGCCACT
TAGAGTTGTTCCACTCTTTGAGAAGCTAGCTGATCTAGAAGCAGCTCCGGCCGCTGTTTC
AAGACTCTTTTCAATAGACTGGTACAAAAACCGTATTAACGGTAAACAAGAGGTTATGAT
TGGTTACTCTGATTCAGGGAAAGACGCTGGGCGTCTCTCAGCTGCTTGGGAGCTATACAA
AGCTCAAGAAGAGCTTGTTAAAGTTGCTAAGAAATATGGAGTGAAGCTAACCATGTTCCA
TGGCCGTGGTGGCACAGTTGGAAGAGGAGGTGGTCCCACCCATCTTGCTATATTGTCTCA
GCCACCGGATACAGTTAATGGCTCGCTCAGAGTGACGGTTCAAGGTGAAGTCATTGAGCA
ATCATTTGGAGAGGAACACTTGTGTTTTAGACACTTCAGCGTTTCACAGCTGCTACTCTT
GAGCATGGAATGAACCCTCCTGTTCACAAAACCTGAGTGGCGTGCTTTGCTAGATGCAAT
GGCTGTGTGCTACTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL43TF U 1
AF RR3BP28TF U 223
BS 1 618 RR3CL43TF
BS 619 619 RR3BP28TF
BS 620 742 RR3CL43TF
BS 743 977 RR3BP28TF

RD RR3CL43TF 742 0 0
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TGAACGTCACACCGATGTCTTGGATGCTATCACCAAGCACTTAGACGGTTCCTCTTATAG
AGACTGGTCTGAAGAACGTCGACAAGAATGGCTTCTAGCTGAACTAAGTGGCAAGCGTCC
ACTATTCGGACCTGATCTTCCCAAAACAGAAGAGATTGCTGACGTCCTGGACACCTTCAA
AGTCATATCCGAACTGCCCTCAGATTGCTTTGGAGCTTACATTATCTCCATGGCAACTTC
ACCTAGTGATATCCTTGCGGTTGAGCTTTTACAGCGCGAGTGCCACGTGAAACAGCCACT
TAGAGTTGTTCCACTCTTTGAGAAGCTAGCTGATCTAGAAGCAGCTCCGGCCGCTGTTTC
AAGACTCTTTTCAATAGACTGGTACAAAAACCGTATTAACGGTAAACAAGAGGTTATGAT
TGGTTACTCTGATTCAGG*AAAGACGCTGGGCGTCTCTCAGCTGCTTGGGAGCTATACAA
AGCTCAAGAAGAGCTTGTTAAAGTTGCTAAGAAATATGGAGTGAAGCTAACCATGTTCCA
TGGCCGTGGTGGCACAGTTGGA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3BP28TF 755 0 0
G
GACGGTTCCTCTTATAGAGACTGGTCTGAAGAACGTCGACAAGAATGGCTTCTAGCTGAA
CTAAGTGGCAAGCGTCCACTATTCGGACCTGATCTTCCCAAAACAGAAGAGATTGCTGAC
GTCCTGGACACCTTCAAAGTCATATCCGAACTGCCTTCAGATTGCTTTGGAGCTTACATT
ATCTCCATGGCAACTTCACCTAGTGATGTCCTTGCGGTTGAGCTTTTACAGCGCGAGTGC
CACGTGAAAC***CACTTAGAGTTGTTCCACTCTTTGAGAAGCTAGCTGATCTAGAAGCA
GCTCCGGCCGCTGTTTCAAGACTCTTTTCAATAGACTGGTACAAAAACCGTATTAACGGT
AAACAAGAGGTTATGATTGGTTACTCTGATTCAGGGAAAGACGCTGGGCGTCTCTCAGCT
GCTTGGGAGCTATACAAAGCTCAAGAAGAGCTTGTTAAAGTTGCTAAGAAATATGGAGTG
AAGCTAACCATGTTCCATGGCCGTGGTGGCACAGTTGGAAGAGGAGGTGGTCCCACCCAT
CTTGCTATATTGTCTCAGCCACCGGATACAGTTAATGGCTCGCTCAGAGTGACGGTTCAA
GGTGAAGTCATTGAGCAATCATTTGGAGAGGAACACTTGTGTTTTAGACACTTCAGCGTT
TCACAGCTGCTACTCTTGAGCATGGAATGAACCCTCCTGTTCACAAAACCTGAGTGGCGT
GCTTTGCTAGATGCAATGGCTGTGTGCTACTGAG

QA 2 755 2 755
DS 



AS 1 2

CO CL5247Contig1 491 2 1 U
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GACGAGGAAAGAGAGGACGAAGTTGAAATTTTGGAGACTGAGGGCTAAAGTGGAAAAGAT
TGAACCTTAAGATGTCGTTTTTCGAAAGTTTGAGGTTTAGAATCATGTCCATCATCGAAG
GAATGATTTTGGTTTCTAAGCTTGCTGTCTTCTTTCTTTGTTGCGGTTGCAGATTCTAAC
AAGTTAGTTTTTATTTTTATATGGTAAACTCTTTAACTGTTTGTTTATTTGTTTGTTATC
TTTTTTTCAGTTTTTCTTAACTTTTTTTTATTCTCAGTTTGGATAATGTAAATCGATTTT
AAGTATTTCAATTTAATACCGAAATTTAGTTTGTACGTATCTTTTTTTATGCGAATTCGT
ACGTTTCTGCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FQ84JQ C 1
AF RR3FQ84TF U 1
BS 1 491 RR3FQ84TF

RD RR3FQ84JQ 491 0 0
GATCACAAGATCAAAACCATAAAGCCAAACATAATAACCTAAATCTTCTCTCTTCACAAT
TCATTTCTAGAGGATCTCAAAACTAAAGATGGTGGGAAAAGGGAGCTTTTCGATATTCAA
GACGAGGAAAGAGAGGACGAAGTTGAAATTTTGGAGACTGAGGGCTAAAGTGGAAAAGAT
TGAACCTTAAGATGTCGTTTTTCGAAAGTTTGAGGTTTAGAATCATGTCCATCATCGAAG
GAATGATTTTGGTTTCTAAGCTTGCTGTCTTCTTTCTTTGTTGCGGTTGCAGATTCTAAC
AAGTTAGTTTTTATTTTTATATGGTAAACTCTTTAACTGTTTGTTTATTTGTTTGTTATC
TTTTTTTCAGTTTTTCTTAACTTTTTTTTATTCTCAGTTTGGATAATGTAAATCGATTTT
AAGTATTTCAATTTAATACCGAAATTTAGTTTGTACGTATCTTTTTTTATGCGAATTCGT
ACGTTTCTGCT

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR3FQ84TF 491 0 0
GATCACAAGATCAAAACCATAAAGCCAAACATAATAACCTAAATCTTCTCTCTTCACAAT
TCATTTCTAGAGGATCTCAAAACTAAAGATGGTGGGAAAAGGGAGCTTTTCGATATTCAA
GACGAGGAAAGAGAGGACGAAGTTGAAATTTTGGAGACTGAGGGCTAAAGTGGAAAAGAT
TGAACCTTAAGATGTCGTTTTTCGAAAGTTTGAGGTTTAGAATCATGTCCATCATCGAAG
GAATGATTTTGGTTTCTAAGCTTGCTGTCTTCTTTCTTTGTTGCGGTTGCAGATTCTAAC
AAGTTAGTTTTTATTTTTATATGGTAAACTCTTTAACTGTTTGTTTATTTGTTTGTTATC
TTTTTTTCAGTTTTTCTTAACTTTTTTTTATTCTCAGTTTGGATAATGTAAATCGATTTT
AAGTATTTCAATTTAATACCGAAATTTAGTTTGTACGTATCTTTTTTTATGCGAATTCGT
ACGTTTCTGCT

QA 1 491 1 491
DS 



AS 1 2

CO CL5248Contig1 981 2 10 U
GGTTTGAATTAGGGGTTTCGATTTGGACGTGGTGTACAGGTTTTGAAGATTTTTGTGTGC
AATGTCTGGCGTTGGCGAGAATCAGCTTATCTCCATTGTACCTGATGAACTCAAATTTCT
TTTTGAACTTGAGAAGCAAAGCTACTGTGATCTTAAAGTTGCCAATAAAACTGAGAACTA
TGTTGCTTTCAAGGTGAAAACAACATCTCCAAAAAAGTATTTTGTAAGACCCAACACTGG
TGTCATTCAGCCCTGGGACTCCTGCATCATTAGAGTTACCCTACAAGCGCAACGGGAGTA
TCCTCCAGATATGCAGTGCAAAGACAAGTTTCTCCTTCAAAGCACCATCGTACCCCCACA
CACTGATGTTGATGAACTTCCACAAGACACTTTTACTAAGGAGAGTGGGAAGACATTAAC
AGAGTGTAAGCTCAAGGTCTCGTATATCTCACCCTCTACAACCCAAAGATCCTCTGAATC
TGGAGCAACCAATGGCGATGGAAATGGCTCTGATACCATCTCTACTATACAGCGGCTGAA
GGAAGAGCGAGATGCAGCCGTTAAGCAAACGCAACAGCTGCAACATGAACTGGAGATGGT
GAAGAGACGGAGAAACCAGAGTAACAGCGGGCTATCCTTGAAGTTGGCAGCTTTGGTTGG
ACTAATCGGACTCATCATCGGTTTCATCCTAAAACTCACCTTAGCTTCTCCCAAATAACA
ACTATCAGCAGCTTCCCCGCATCATCTACAATCTCAACGTATGTAAGCGCAGGAATCAAA
ACGGCGTTACACATTTTGGGGTATTATACTCTGTTTTCTCTCTTTATCTTTCTCTGTGAT
GATCTTTTCTTTGTTTTTTTTTTTTCCTATCAAATTTGCTTATTTTTCAGTTATATTGGA
CGTACATTTTTGACTCAACAGACCCTTCCTGATACTAATTTTATCCCCTCATGTATACGA
ATTGTGAAGGCAATCTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G862TF U 1
AF RR3G862JQ C 266
BS 1 750 RR3G862TF
BS 751 751 RR3G862JQ
BS 752 772 RR3G862TF
BS 773 773 RR3G862JQ
BS 774 780 RR3G862TF
BS 781 781 RR3G862JQ
BS 782 787 RR3G862TF
BS 788 788 RR3G862JQ
BS 789 808 RR3G862TF
BS 809 981 RR3G862JQ

RD RR3G862TF 808 0 0
GGTTTGAATTAGGGGTTTCGATTTGGACGTGGTGTACAGGTTTTGAAGATTTTTGTGTGC
AATGTCTGGCGTTGGCGAGAATCAGCTTATCTCCATTGTACCTGATGAACTCAAATTTCT
TTTTGAACTTGAGAAGCAAAGCTACTGTGATCTTAAAGTTGCCAATAAAACTGAGAACTA
TGTTGCTTTCAAGGTGAAAACAACATCTCCAAAAAAGTATTTTGTAAGACCCAACACTGG
TGTCATTCAGCCCTGGGACTCCTGCATCATTAGAGTTACCCTACAAGCGCAACGGGAGTA
TCCTCCAGATATGCAGTGCAAAGACAAGTTTCTCCTTCAAAGCACCATCGTACCCCCACA
CACTGATGTTGATGAACTTCCACAAGACACTTTTACTAAGGAGAGTGGGAAGACATTAAC
AGAGTGTAAGCTCAAGGTCTCGTATATCTCACCCTCTACAACCCAAAGATCCTCTGAATC
TGGAGCAACCAATGGCGATGGAAATGGCTCTGATACCATCTCTACTATACAGCGGCTGAA
GGAAGAGCGAGATGCAGCCGTTAAGCAAACGCAACAGCTGCAACATGAACTGGAGATGGT
GAAGAGACGGAGAAACCAGAGTAACAGCGGGCTATCCTTGAAGTTGGCAGCTTTGGTTGG
ACTAATCGGACTCATCATCGGTTTCATCCTAAAACTCACCTTAGCTTCTCCCAAATAACA
ACTATCAGCAGCTTCCCCGCATCATCTACA*TCTCAACGTATGTAAGCGCAG*AATCAAA
*CGGCGT*ACACATTTTGGGGTATTATA

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3G862JQ 716 0 0
ATCATTAGAGTTACCCTACAAGCGCAACGGGAGTATCCTCCAGATATGCAGTGCAAAGAC
AAGTTTCTCCTTCAAAGCACCATCGTACCCCCACACACTGATGTTGATGAACTTCCACAA
GACACTTTTACTAAGGAGAGTGGGAAGACATTAACAGAGTGTAAGCTCAAGGTTTCGTAT
ATCTCACCCTTTACAACCCAAAGATCCTTTGAATTTGGAGCAACCAATGGCGATGGAAAT
GGCTTTGATACCATTTTTACTATACAGCGGCTGAAGGAAGAGCGAGATGCAGCCGTTAAG
CAAACGCAACAGCTGCAACATGAACTGGAGATGGTGAAGAGACGGAGAAACCAGAGTAAC
AGCGGGCTATCCTTGAAGTTGGCAGCTTTGGTTGGACTAATCGGACTCATCATCGGTTTC
ATCCTAAAACTCACCTTAGCTTCTCCCAAATAACAACTATCAGCAGCTTCCCCGCATCAT
TTACAATTTCAACGTATGTAAGCGCAGGAATCAAAACGGCGTTACACATTTTGGGGTATT
ATACTCTGTTTTCTCTCTTTATCTTTCTCTGTGATGATCTTTTCTTTGTTTTTTTTTTTT
CCTATCAAATTTGCTTATTTTTCAGTTATATTGGACGTACATTTTTGACTCAACAGACCC
TTCCTGATACTAATTTTATCCCCTCATGTATACGAATTGTGAAGGCAATCTGTTTC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL5249Contig1 927 2 2 U
CCAACGCTGGTGATAAGCTCGTTGTGGTTGATTTCTTCTCTCCTGCCTGTGGTGGCTGCA
AGGCTCTTCATCCTAAGATATGTCAGTTGGCAGATCAGAACCCTGATGTGCAGTTTCTTC
AGGTGAACTACGAGGAGCACAAGTCCATGTGTTACAGTCTTGGTGTCCATGTCCTCCCGT
TCTTTAGATTCTACCGTGGCGCTCATGGTCGTGTCTGCAGCTTTAGCTGCACCAATGCTA
CGATCAAGAAGTTCAGAGATGCGTTGGCGAAGCATAGTCCAGATAGGTGCAGCCTCGGAC
CGACCAAAGGGCTTGAAGAGAAAGAGCTTGTCGCACTTGCAGCCAACAAGGAACTCGACT
TTAGTTACACGCCCAAGGCTGTACCTGTTGAGGAAGAAGCACCCGTGCCCGCTTCCAACC
CTGTTCCTCATCCATCGATGAGCGCCAATGATGAAAAGACATTGGTCTCCGCAGGGAGAT
GATTACCGTTCTGAGAGCCAGTAAATAATTATCTGTACAGTTGTTTGCGTGACATTAGTA
CTAGCAACTGGATATACATATGTTGCAGTATCTAAAGTTGTAAGTTCTCGGAGCAGCCGG
TTTGATGGGGGTTTAGTTTTTTTTCGGGTTCCCCTGAGCAAAAACCGGTTTCATGTGGTT
TTCCTAGAGCAAGACCAGTTTTTATGGTTTCTCGAGTTTTGCTCAGTTCTTATGGGATTG
AAGAGTGGATGGTCGTGCGACTGTGTGCAACCATGGAAGCTTTCTTCTTCAGTCTGCTTC
AGTAGGATGTTTTTCTCTCTTTGGCTTGTTTTTTTTTTTACTGTTTAAAGGTATTTTCTA
TGTAAGTAAAAGTATCCAGTAAATTTTATGTAAAAGTCGCTCTATGGATTTGATATTTTG
TATAAGAATGTAAAGGTTGTTTGTGAG


BQ
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AF RR3H271TF U 1
AF RR3H271JQ C 155
BS 1 638 RR3H271TF
BS 639 927 RR3H271JQ

RD RR3H271TF 638 0 0
CCAACGCTGGTGATAAGCTCGTTGTGGTTGATTTCTTCTCTCCTGCCTGTGGTGGCTGCA
AGGCTCTTCATCCTAAGATATGTCAGTTGGCAGATCAGAACCCTGATGTGCAGTTTCTTC
AGGTGAACTACGAGGAGCACAAGTCCATGTGTTACAGTCTTGGTGTCCATGTCCTCCCGT
TCTTTAGATTCTACCGTGGCGCTCATGGTCGTGTCTGCAGCTTTAGCTGCACCAATGCTA
CGATCAAGAAGTTCAGAGATGCGTTGGCGAAGCATAGTCCAGATAGGTGCAGCCTCGGAC
CGACCAAAGGGCTTGAAGAGAAAGAGCTTGTCGCACTTGCAGCCAACAAGGAACTCGACT
TTAGTTACACGCCCAAGGCTGTACCTGTTGAGGAAGAAGCACCCGTGCCCGCTTCCAACC
CTGTTCCTCATCCATCGATGAGCGCCAATGATGAAAAGACATTGGTCTCCGCAGGGAGAT
GATTACCGTTCTGAGAGCCAGTAAATAATTATCTGTACAGTTGTTTGCGTGACATTAGTA
CTAGCAACTGGATATACATATGTTGCAGTATCTAAAGTTGTAAGTTCTCGGAGCAGCCGG
TTTGATGGGGGTTTAGTTTTTTTTCGGGTTCCCCTGAG

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3H271JQ 773 0 0
CAGTCTTGGTGTCCATGTCCTCCCGTTCTTTAGATTCTACCGTGGCGCTCATGGTCGTGT
CTGCAGCTTTAGCTGCACCAATGCTACGATCAAGAAGTTCAGAGATGCGTTGGCGAAGCA
TAGTCCAGATAGGTGCAGCCTCGGACCGACCAAAGGGCTTGAAGAGAAAGAGCTTGTCGC
ACTTGCAGCCAACAAGGAACTCGACTTTAGTTACACGCCCAAGGCTGTACCTGTTGAGGA
AGAAGCACCCGTGCCCGCTTCCAACCCTGTTCCTCATCCATCGATGAGCGCCAATGATGA
AAAGACATTGGTTTCCGCAGGGAGATGATTACCGTTTTGAGAGCCAGTAAATAATTATCT
GTACAGTTGTTTGCGTGACATTAGTACTAGCAACTGGATATACATATGTTGCAGTATCTA
AAGTTGTAAGTTCTCGGAGCAGCCGGTTTGATGGGGGTTTAGTTTTTTTTCGGGTTCCCC
TGAGCAAAAACCGGTTTCATGTGGTTTTCCTAGAGCAAGACCAGTTTTTATGGTTTCTCG
AGTTTTGCTCAGTTCTTATGGGATTGAAGAGTGGATGGTCGTGCGACTGTGTGCAACCAT
GGAAGCTTTCTTCTTCAGTCTGCTTCAGTAGGATGTTTTTCTCTCTTTGGCTTGTTTTTT
TTTTTACTGTTTAAAGGTATTTTCTATGTAAGTAAAAGTATCCAGTAAATTTTATGTAAA
AGTCGCTCTATGGATTTGATATTTTGTATAAGAATGTAAAGGTTGTTTGTGAG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL5250Contig1 815 2 2 U
GATTCTCTATGTACATGTTCCTGTGGCTTGGATGAGTATTAATGTTTATATCGCCACGGC
TATAGACACTTTCTTGTTCCTATTAACAAAACATCCTCTTTATCTTCGCTCTTCCGGAAC
CGGTATAGAAATGGGTGCAATGGCGGTGGCAGCGGTTATAGAGAACGCTAGACGCGAGGC
AGAAGTTACCAACGGTTATAAGATAAGCGCGTTCTGGTTGATCCCACAGTATTTCTTGGT
CGGTGCGGGTGAAGCGTTTACTTACGTTGGACAGCTTGAGTTCTTTATAAGAGAAGCACC
GGAGAGGATGAAGTCGATGAGCACCGGGTTGTTCTTGAGCACGATTTCGATGGGATTCTT
TGTGAGCAGCTTGCTTGTTTCTCTTGTTGATAAGGTTACGCACAAGAGCTGGCTTAGAAG
CAACCTTAACAAAGCGAGATTGAACTACTTCTACTGGTTGCTTGTTGTCTTGGGAGCTTT
TAACTTCTTGGTTTTTATAGTGTTTGCGATGAGGCATCAGTATAAAGCTGATATGATTAG
TGTTGGGGTTGATGATTCACAGGAGAAGGAGAAGGATAACGAGAAAGACAAATCTGAGCT
TGAGCTTAAAGACATTCCATAAAACCAGAGATTTGTCTTGGATCTTTCTTCCCACTTGCT
TGTTGTTGCTTTGAAGATTTTCATTTTTTTTTGTATTTTTAAAACTATAATGTGTGTATG
AAATACAAGCATTTCTACATATAGTTTGGATTGTAATTTTGTAAAATTTGAAAACATTTG
TTATTACTATTTAATGGTAGCTTTTCTTTTGCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F650TF U 1
AF RR3F650JQ C 136
BS 1 613 RR3F650TF
BS 614 815 RR3F650JQ

RD RR3F650TF 613 0 0
GATTCTCTATGTACATGTTCCTGTGGCTTGGATGAGTATTAATGTTTATATCGCCACGGC
TATAGACACTTTCTTGTTCCTATTAACAAAACATCCTCTTTATCTTCGCTCTTCCGGAAC
CGGTATAGAAATGGGTGCAATGGCGGTGGCAGCGGTTATAGAGAACGCTAGACGCGAGGC
AGAAGTTACCAACGGTTATAAGATAAGCGCGTTCTGGTTGATCCCACAGTATTTCTTGGT
CGGTGCGGGTGAAGCGTTTACTTACGTTGGACAGCTTGAGTTCTTTATAAGAGAAGCACC
GGAGAGGATGAAGTCGATGAGCACCGGGTTGTTCTTGAGCACGATTTCGATGGGATTCTT
TGTGAGCAGCTTGCTTGTTTCTCTTGTTGATAAGGTTACGCACAAGAGCTGGCTTAGAAG
CAACCTTAACAAAGCGAGATTGAACTACTTCTACTGGTTGCTTGTTGTCTTGGGAGCTTT
TAACTTCTTGGTTTTTATAGTGTTTGCGATGAGGCATCAGTATAAAGCTGATATGATTAG
TGTTGGGGTTGATGATTCACAGGAGAAGGAGAAGGATAACGAGAAAGACAAATCTGAGCT
TGAGCTTAAAGAC

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3F650JQ 680 0 0
TGCAATGGCGGTGGCAGCGGTTATAGAGAACGCTAGACGCGAGGCAGAAGTTACCAACGG
TTATAAGATAAGCGCGTTCTGGTTGATCCCACAGTATTTCTTGGTCGGTGCGGGTGAAGC
GTTTACTTACGTTGGACAGCTTGAGTTCTTTATAAGAGAAGCACCGGAGAGGATGAAGTC
GATGAGCACCGGGTTGTTCTTGAGCACGATTTCGATGGGATTCTTTGTGAGCAGCTTGCT
TGTTTCTCTTGTTGATAAGGTTACGCACAAGAGCTGGCTTAGAAGCAACCTTAACAAAGC
GAGATTGAACTACTTCTACTGGTTGCTTGTTGTCTTGGGAGCTTTTAACTTCTTGGTTTT
TATAGTGTTTGCGATGAGGCATCAGTATAAAGCTGATATGATTAGTGTTGGGGTTGATGA
TTCACAGGAGAAGGAGAAGGATAACGAGAAAGACAAATCTGAGCTTGAGCTTAAAGACAT
TCCATAAAACCAGAGATTTGTCTTGGATCTTTCTTCCCACTTGCTTGTTGTTGCTTTGAA
GATTTTCATTTTTTTTTGTATTTTTAAAACTATAATGTGTGTATGAAATACAAGCATTTC
TACATATAGTTTGGATTGTAATTTTGTAAAATTTGAAAACATTTGTTATTACTATTTAAT
GGTAGCTTTTCTTTTGCATC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL5251Contig1 882 2 2 U
GCGATCAAACGGTTGTCAGGAGACTGCGGTCAGATCGAGAGAGAGTTCAAAGCGGAAGTG
GAAACACTCTCGAGAGCGCAGCATCCGAATCTTGTCCTCCTCCAAGGGTTCTGTTTCTAC
AAAACCGACAGGCTTTTGATCTACTCTTACATGGAGAACGGAAGCTTAGACTACTGGCTA
CACGAGCGCAACGACGGTCCAGCTCTGCTAGGTTGGAAAACACGTCTTAGGATCGCTCAG
GGCGCTGCGAGAGGGCTGTTTTACTTGCATGAAGCTTGTGATCCTCACATCTTGCACCGT
GATATCAAGTCTAGCAACATTCTTCTCGACGAGAACTTTGATTCTCATCTGGCGGACTTT
GGACTCGCGAGTCTGATGAGTCCTTACGATACGCATGTGAGTACTGATTTGGTTGGGACT
TTGGGTTACATTCCTCCTGAGTATGGACAAGCTTCGGTTGCTACTTTTAAAGGTGATGTG
TATAGCTTTGGAGTTGTGCTGCTTGAGCTTTTGACTGATAAGAGACCGGTGGATATGTGT
AAACCGAAGGGAGGGAGGGATTTGATCTCGTGGGTTGTGAGGATGAAGAGTGAGGGTCGA
GCTAGTGAGGTTTTTGATCCGTTTATTCATGGTAAAGAGATTGAAGAAGAAGAGATGTTT
AGGGTTCTTGAGGTTGCTTGTTTGTGTTTGAGCCATAACCCGAAACAGAGACCAACCACT
GAACAGTTAGTCTCTTGGCTTGATGATGTCTAGATGGAGAGGACTAAACAACCTCTCTCT
GCAGAGATTTTACAGTGTGATACAATGTGAATAGTTTCTAAAGAATAATTTGTTTCTTCA
TTTTTTATTTTATGTTAAATCTCCATTGGTGATTCATATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H035TF U 1
AF RR3H035JQ C 232
BS 1 658 RR3H035TF
BS 659 882 RR3H035JQ

RD RR3H035TF 658 0 0
GCGATCAAACGGTTGTCAGGAGACTGCGGTCAGATCGAGAGAGAGTTCAAAGCGGAAGTG
GAAACACTCTCGAGAGCGCAGCATCCGAATCTTGTCCTCCTCCAAGGGTTCTGTTTCTAC
AAAACCGACAGGCTTTTGATCTACTCTTACATGGAGAACGGAAGCTTAGACTACTGGCTA
CACGAGCGCAACGACGGTCCAGCTCTGCTAGGTTGGAAAACACGTCTTAGGATCGCTCAG
GGCGCTGCGAGAGGGCTGTTTTACTTGCATGAAGCTTGTGATCCTCACATCTTGCACCGT
GATATCAAGTCTAGCAACATTCTTCTCGACGAGAACTTTGATTCTCATCTGGCGGACTTT
GGACTCGCGAGTCTGATGAGTCCTTACGATACGCATGTGAGTACTGATTTGGTTGGGACT
TTGGGTTACATTCCTCCTGAGTATGGACAAGCTTCGGTTGCTACTTTTAAAGGTGATGTG
TATAGCTTTGGAGTTGTGCTGCTTGAGCTTTTGACTGATAAGAGACCGGTGGATATGTGT
AAACCGAAGGGAGGGAGGGATTTGATCTCGTGGGTTGTGAGGATGAAGAGTGAGGGTCGA
GCTAGTGAGGTTTTTGATCCGTTTATTCATGGTAAAGAGATTGAAGAAGAAGAGATGT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3H035JQ 651 0 0
ATCGCTCAGGGCGCTGCGAGAGGGCTGTTTTACTTGCATGAAGCTTGTGATCCTCACATC
TTGCACCGTGATATCAAGTCTAGCAACATTCTTCTCGACGAGAACTTTGATTCTCATCTG
GCGGACTTTGGACTCGCGAGTCTGATGAGTCCTTACGATACGCATGTGAGTACTGATTTG
GTTGGGACTTTGGGTTACATTCCTCCTGAGTATGGACAAGCTTCGGTTGCTACTTTTAAA
GGTGATGTGTATAGCTTTGGAGTTGTGCTGCTTGAGCTTTTGACTGATAAGAGACCGGTG
GATATGTGTAAACCGAAGGGAGGGAGGGATTTGATCTCGTGGGTTGTGAGGATGAAGAGT
GAGGGTCGAGCTAGTGAGGTTTTTGATCCGTTTATTCATGGTAAAGAGATTGAAGAAGAA
GAGATGTTTAGGGTTCTTGAGGTTGCTTGTTTGTGTTTGAGCCATAACCCGAAACAGAGA
CCAACCACTGAACAGTTAGTCTCTTGGCTTGATGATGTCTAGATGGAGAGGACTAAACAA
CCTCTCTCTGCAGAGATTTTACAGTGTGATACAATGTGAATAGTTTCTAAAGAATAATTT
GTTTCTTCATTTTTTATTTTATGTTAAATCTCCATTGGTGATTCATATTTT

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL5252Contig1 1090 2 6 U
GGCTGGTTTATCTTGTTACGTGGTACCAGTCTACATTGTAGAAATCTCACCCAGACAGAT
AAGAGGCGCGTTTACTGCGATTAATGCGCTTGTGATGTCTTCTAGCGTCTCCGTTACATT
ACTCGTTGGATCAGTCACTTCGTGGAAAACATTAGCTCTCATAAGTACGGTTCCTTGTGT
TTTAGAATTCGTCGGTTTATTCTTTATACCGGAGTCTCCTAGGTGGCTGGCTAGAAATGG
TCGGGTAAAAAAATCGGTAGCTGCACTCCCAACGTCTACGAGGAAACAACACTAATATCA
CCAAAGAGGCAGCAGAAATCAAAATATACATGGAAAATCTTCATGAAGAATTCAAAGAAG
ATTGCTTTCTCGAGCTCTTCAAACCACGATACTCCCGTGTTATTAGTGTGGGAATTGGAT
TGTTAGTACTGCAACAAGTCGGAGGCCTAAGTGGCTATACATTTTACATGAGCTCGATTT
TTCACAAATCGGGGTTTCCTAACAGCTTAGGAGTATCAATAACGAGCGCGGTGCAGTTGG
TGACAAGCATTTTCGGATTAGTAATCGTGGATAAATATGGGAGACGATCCCTTCTAACGG
TTGCGACGGTCATGATGTGCATGGGGTCACTAATCACAGGACTATCGTTTTTATTTCAGA
GCTATGCTTTACTCAACAACTACACCCCGATTTCAACATTCATTGGAGTGTTGGTTTTTT
TCGTTTCCATCACAGTCGGAATAGGAGGTATTCCTTGGGTCATGGCCTCCGAGATGACAC
CGATAAATGTAAAGGGATCGGCAGGAACGCTATGCAATCTAACGAGCTGGTCCTGCAATT
GGTTTGTTTCTTACACGTTCAACTTTCTCTTCCAATGGAGTACTTCTGGTGTGTTTTTCA
TATATTCAATAATCTCTGGTTTGGGCATTCTGTTTGTGTTGAAAATGGTACCAGAGACTC
GAGGTCGTTCACTCGAAGAAATCCAAGCTGATATTACCCGATAATTTAATTTGTACATAG
TAATATTTCTTTTTATTTGGTATCCAGTTCATATAAATTAATAAATGGTATCACACTTAT
CAGTCAATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AO10TF U 1
AF RR3AO10JQ C 244
BS 1 250 RR3AO10TF
BS 251 251 RR3AO10JQ
BS 252 269 RR3AO10TF
BS 270 270 RR3AO10JQ
BS 271 741 RR3AO10TF
BS 742 1090 RR3AO10JQ

RD RR3AO10TF 741 0 0
GGCTGGTTTATCTTGTTACGTGGTACCAGTCTACATTGTAGAAATCTCACCCAGACAGAT
AAGAGGCGCGTTTACTGCGATTAATGCGCTTGTGATGTCTTCTAGCGTCTCCGTTACATT
ACTCGTTGGATCAGTCACTTCGTGGAAAACATTAGCTCTCATAAGTACGGTTCCTTGTGT
TTTAGAATTCGTCGGTTTATTCTTTATACCGGAGTCTCCTAGGTGGCTGGCTAGAAATGG
TCGGGTAAAAGAATCGGTAGCTGCACTCC*AACGTCTACGAGGAAACAACACTAATATCA
CCAAAGAGGCAGCAGAAATCAAAATATACATGGAAAATCTTCATGAAGAATTCAAAGAAG
ATTGCTTTCTCGAGCTCTTCAAACCACGATACTCCCGTGTTATTAGTGTGGGAATTGGAT
TGTTAGTACTGCAACAAGTCGGAGGCCTAAGTGGCTATACATTTTACATGAGCTCGATTT
TTCACAAATCGGGGTTTCCTAACAGCTTAGGAGTATCAATAACGAGCGCGGTGCAGTTGG
TGACAAGCATTTTCGGATTAGTAATCGTGGATAAATATGGGAGACGATCCCTTCTAACGG
TTGCGACGGTCATGATGTGCATGGGGTCACTAATCACAGGACTATCGTTTTTATTTCAGA
GCTATGCTTTACTCAACAACTACACCCCGATTTCAACATTCATTGGAGTGTTGGTTTTTT
TCGTTTCCATCACAGTCGGAA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3AO10JQ 847 0 0
GGTAAAAAAATCGGTAGCTGCACTCCCAACGTCTACGAGGAAACAACACTAATATCACCA
AAGAGGCAGCAGAAATCAAAATATACATGGAAAATCTTCATGAAGAATTCAAAGAAGATT
GCTTTCTCGAGCTCTTCAAACCACGATACTCCCGTGTTATTAGTGTGGGAATTGGATTGT
TAGTACTGCAACAAGTCGGAGGCCTAAGTGGCTATACATTTTACATGAGCTCGATTTTTC
ACAAATCGGGGTTTCCTAACAGCTTAGGAGTATCAATAACGAGCGCGGTGCAGTTGGTGA
CAAGCATTTTCGGATTAGTAATCGTGGATAAATATGGGAGACGATCCCTTCTAACGGTTG
CGACGGTCATGATGTGCATGGGGTCACTAATCACAGGACTATCGTTTTTATTTCAGAGCT
ATGCTTTACTCAACAACTACACCCCGATTTCAACATTCATTGGAGTGTTGGTTTTTTTCG
TTTCCATCACAGTCGGAATAGGAGGTATTCCTTGGGTCATGGCCTCCGAGATGACACCGA
TAAATGTAAAGGGATCGGCAGGAACGCTATGCAATCTAACGAGCTGGTCCTGCAATTGGT
TTGTTTCTTACACGTTCAACTTTCTCTTCCAATGGAGTACTTCTGGTGTGTTTTTCATAT
ATTCAATAATCTCTGGTTTGGGCATTCTGTTTGTGTTGAAAATGGTACCAGAGACTCGAG
GTCGTTCACTCGAAGAAATCCAAGCTGATATTACCCGATAATTTAATTTGTACATAGTAA
TATTTCTTTTTATTTGGTATCCAGTTCATATAAATTAATAAATGGTATCACACTTATCAG
TCAATCC

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 2

CO CL5253Contig1 839 2 2 U
CATGTATTACACCTTATCCGGAGACTAGTAGCTCAGTGGCTGGAGGAGAACTTCAGGTGT
TTCCAGATAGACTCAATGCAGTGCCGCCTAGGATCTCTAGTGGTTCCATCTCTGGTGTCA
CGGTTGATGCTTATGAAGATGATAACAGACAGTGGAGAAAACATGTGAAAGCTTACAAGA
GAATCAACAGTTTACTTGATACTGGAAGGTACCGTAACATCATGGACATGAACGCAGGGT
TTGGTGGGTTTGCTGCTGCTCTTGAATCTACAAAGCTTTGGGTTATGAATGTTGTCCCAA
CGATTGCTGAAAAGAATAGACTTGGAGTTGTATATGAACGAGGACTCATTGGAATCTACC
ATGACTGGTGTGAGGCTTTCTCTACATATCCAAGAACATATGACTTAATCCATGCGAATC
ATCTCTTCAGTCTGTACAAGAACAAGTGCAATGCGGATGACATTCTTCTGGAGATGGATA
GGATTCTCCGACCAGAAGGAGCGGTTATAAACAGAGATGATGTTGACACATTGATAAAGG
TGAAGAGAATCATCTCTGGGATGAGATGGGATTCGAAGCTGGTTGATCATGAGGATGGTC
CTTTAGTTAATGAGAAGGTTTTGATTGCGGTGAAGCAGTATTGGGTCACCAACTCCACCT
CGGCTCACTGAAGTGTCAGTGTGACCTGGACATTTTGATCAAATGATAGGAAGCTTTATT
CGTCCTTAGGGAATGTGAGAGAGCTAGACTCTCGTATTTGTTACACTTCTTCAAGTATCC
CTATTTATTTAATGTAATAGTTTACCAGGTAATTAACCCGCTCCTCTTTTTTTTTGGTT


BQ
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AF RR3FO78TF U 1
AF RR3FO78JQ C 92
BS 1 584 RR3FO78TF
BS 585 839 RR3FO78JQ

RD RR3FO78TF 584 0 0
CATGTATTACACCTTATCCGGAGACTAGTAGCTCAGTGGCTGGAGGAGAACTTCAGGTGT
TTCCAGATAGACTCAATGCAGTGCCGCCTAGGATCTCTAGTGGTTCCATCTCTGGTGTCA
CGGTTGATGCTTATGAAGATGATAACAGACAGTGGAGAAAACATGTGAAAGCTTACAAGA
GAATCAACAGTTTACTTGATACTGGAAGGTACCGTAACATCATGGACATGAACGCAGGGT
TTGGTGGGTTTGCTGCTGCTCTTGAATCTACAAAGCTTTGGGTTATGAATGTTGTCCCAA
CGATTGCTGAAAAGAATAGACTTGGAGTTGTATATGAACGAGGACTCATTGGAATCTACC
ATGACTGGTGTGAGGCTTTCTCTACATATCCAAGAACATATGACTTAATCCATGCGAATC
ATCTCTTCAGTCTGTACAAGAACAAGTGCAATGCGGATGACATTCTTCTGGAGATGGATA
GGATTCTCCGACCAGAAGGAGCGGTTATAAACAGAGATGATGTTGACACATTGATAAAGG
TGAAGAGAATCATCTCTGGGATGAGATGGGATTCGAAGCTGGTT

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3FO78JQ 748 0 0
GATCTCTAGTGGTTCCATCTCTGGTGTCACGGTTGATGCTTATGAAGATGATAACAGACA
GTGGAGAAAACATGTGAAAGCTTACAAGAGAATCAACAGTTTACTTGATACTGGAAGGTA
CCGTAACATCATGGACATGAACGCAGGGTTTGGTGGGTTTGCTGCTGCTCTTGAATCTAC
AAAGCTTTGGGTTATGAATGTTGTCCCAACGATTGCTGAAAAGAATAGACTTGGAGTTGT
ATATGAACGAGGACTCATTGGAATCTACCATGACTGGTGTGAGGCTTTCTCTACATATCC
AAGAACATATGACTTAATCCATGCGAATCATCTCTTCAGTCTGTACAAGAACAAGTGCAA
TGCGGATGACATTCTTCTGGAGATGGATAGGATTCTCCGACCAGAAGGAGCGGTTATAAA
CAGAGATGATGTTGACACATTGATAAAGGTGAAGAGAATCATTTCTGGGATGAGATGGGA
TTCGAAGCTGGTTGATCATGAGGATGGTCCTTTAGTTAATGAGAAGGTTTTGATTGCGGT
GAAGCAGTATTGGGTCACCAACTCCACCTCGGCTCACTGAAGTGTCAGTGTGACCTGGAC
ATTTTGATCAAATGATAGGAAGCTTTATTCGTCCTTAGGGAATGTGAGAGAGCTAGACTC
TCGTATTTGTTACACTTCTTCAAGTATCCCTATTTATTTAATGTAATAGTTTACCAGGTA
ATTAACCCGCTCCTCTTTTTTTTTGGTT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL5254Contig1 831 2 2 U
GGACGCCTTAAGAACATCTTCTCCACTTTCTCTTCTTTGATCTCTCTCATCATGTCTGGT
TACCCTCCTTCGAGCCAAGGCTACGGTTACGGTGGCAATCCACCACCACCGCAACAACAA
CCCTACGGATCCTCCGGCAATCCACCACCGCCCCAACCTTACGGATCCTCCAACACCAAT
CCTCCGCCCTACGGATCCTCAGCCTCCTCACCCTACGCCGTCCCCTACGGCTCTCAGCCT
CCACCTTCCTCCGCTCTCTTCGTATAATCAGAGCTTCAGCATGAGAACTGTTCATCTCCT
CATGTATCTCTTCACCAACAGCAACGTCAGAAAGATCGGACCGAAAGAGTTTACTTCACT
TTTCTACAGTCTTCAGAGTTGGAGGACAATATTCGAGAGGTTTGATAAGGACAGAAGTGG
GAGAATCGATACAAACGAGCTAAGAGATGCACTCTTGAGCCTCGGGTTTTCAGTGTCTCC
TGTGGTTTTGGATCTGCTCGTTTCTAAGTTTGATAAAAGTGGAGGCAGGAACAGAGCTAT
TGAATATGACAACTTCATCGAGTGTTGTTTGACTGTAAAGGGGCTGACCGAGAAGTTTAA
GGAGAAGGATACGGCGTTATCAGGATCGGCTACTTTCAACTACGAGGCCTTCATGCTCAC
TGTTCTGCCGTTCCTAGTCGCTTAAGTTCGTTGCCCTTATGGAGCTTTTGGAATAATTTG
TTTGTAGTTGAATTCTCTGGAGTTTTGCTATTTTACCTTTCTTATCGTCTTTGCTTTTGT
AAGACTTGGAAGTGGCTCTCTCTGTATGAGCATTTAAACAAGTGTTGTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FE93TF U 1
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TACCCTCCTTCGAGCCAAGGCTACGGTTACGGTGGCAATCCACCACCACCGCAACAACAA
CCCTACGGATCCTCCGGCAATCCACCACCGCCCCAACCTTACGGATCCTCCAACACCAAT
CCTCCGCCCTACGGATCCTCAGCCTCCTCACCCTACGCCGTCCCCTACGGCTCTCAGCCT
CCACCTTCCTCCGCTCTCTTCGTATAATCAGAGCTTCAGCATGAGAACTGTTCATCTCCT
CATGTATCTCTTCACCAACAGCAACGTCAGAAAGATCGGACCGAAAGAGTTTACTTCACT
TTTCTACAGTCTTCAGAGTTGGAGGACAATATTCGAGAGGTTTGATAAGGACAGAAGTGG
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TGAATATGACAACTTCATCGAGTGTTGTTTGACTGTAAAGGGGCTGACCGAGAA

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DS 

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TACGGCTCTCAGCCTCCACCTTCCTCCGCTCTCTTCGTATAATCAGAGCTTCAGCATGAG
AACTGTTCATCTCCTCATGTATCTCTTCACCAACAGCAACGTCAGAAAGATCGGACCGAA
AGAGTTTACTTCACTTTTCTACAGTCTTCAGAGTTGGAGGACAATATTCGAGAGGTTTGA
TAAGGACAGAAGTGGGAGAATCGATACAAACGAGCTAAGAGATGCACTCTTGAGCCTCGG
GTTTTCAGTGTCTCCTGTGGTTTTGGATCTGCTCGTTTCTAAGTTTGATAAAAGTGGAGG
CAGGAACAGAGCTATTGAATATGACAACTTCATCGAGTGTTGTTTGACTGTAAAGGGGCT
GACCGAGAAGTTTAAGGAGAAGGATACGGCGTTATCAGGATCGGCTACTTTCAACTACGA
GGCCTTCATGCTCACTGTTCTGCCGTTCCTAGTCGCTTAAGTTCGTTGCCCTTATGGAGC
TTTTGGAATAATTTGTTTGTAGTTGAATTCTCTGGAGTTTTGCTATTTTACCTTTCTTAT
CGTCTTTGCTTTTGTAAGACTTGGAAGTGGCTCTCTCTGTATGAGCATTTAAACAAGTGT
TGTGAG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

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CAGGTGAAGTTATGGCTAAAACCGCTTCAGAAGCTGATGCTCCTCCTCCTGGTGAAGGAA
CTGACACGACGACTCAGTGAGTAGGCAGCTATGTGTAAGATAAGATGATAAGCGTGTTGT
AATCTTGTTTTACTTGCTATGTTCTCTGCATCTGTTTCTCCTTTCTCAAATCCCTTTTAT
CATATCCTAAAACCAAAAGAAGAGATTGATTGAGTCTACTTTACTTGGTATCTTCTCTAC
AATTGGTCAAGCAGTAGAGCTTCTATGTTTATAAAGGCAACTAGTGGGTTCAGTTTCACT
ATTTCCATT


BQ
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AF RR3EL48JQ C 1
AF RR3EL48TF U 1
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CGAATGTAAAGCTGAGTCTTGCAGGGTATCCTAGAAGAGAGGGTGCGCAAAACTGCCCGT
ACTACATGAAGACAGGGACTTGCAAGTATGGGGCAACGTGTAAGTTTGACCATCCTCCTC
CAGGTGAAGTTATGGCTAAAACCGCTTCAGAAGCTGATGCTCCTCCTCCTGGTGAAGGAA
CTGACACGACGACTCAGTGAGTAGGCAGCTATGTGTAAGATAAGATGATAAGCGTGTTGT
AATCTTGTTTTACTTGCTATGTTCTCTGCATCTGTTTCTCCTTTCTCAAATCCCTTTTAT
CATATCCTAAAACCAAAAGAAGAGATTGATTGAGTCTACTTTACTTGGTATCTTCTCTAC
AATTGGTCAAGCAGTAGAGCTTCTATGTTTATAAAGGCAACTAGTGGGTTCAGTTTCACT
ATTTCCATT

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DS 

RD RR3EL48TF 489 0 0
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CGAATGTAAAGCTGAGTCTTGCAGGGTATCCTAGAAGAGAGGGTGCGCAAAACTGCCCGT
ACTACATGAAGACAGGGACTTGCAAGTATGGGGCAACGTGTAAGTTTGACCATCCTCCTC
CAGGTGAAGTTATGGCTAAAACCGCTTCAGAAGCTGATGCTCCTCCTCCTGGTGAAGGAA
CTGACACGACGACTCAGTGAGTAGGCAGCTATGTGTAAGATAAGATGATAAGCGTGTTGT
AATCTTGTTTTACTTGCTATGTTCTCTGCATCTGTTTCTCCTTTCTCAAATCCCTTTTAT
CATATCCTAAAACCAAAAGAAGAGATTGATTGAGTCTACTTTACTTGGTATCTTCTCTAC
AATTGGTCAAGCAGTAGAGCTTCTATGTTTATAAAGGCAACTAGTGGGTTCAGTTTCACT
ATTTCCATT

QA 1 489 1 489
DS 



AS 1 2

CO CL5256Contig1 1209 2 2 U
GGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGGTATAGTGTTTGAGAAGAGAGAGAGA
GAGATAATGAATCAAGATGAGTTGTTAGGAACGCTAAGATACACCGGCAAGGCGCAGGAT
AAGGTTTCCATCGACACTCTCATGCTCCGGTACCGTCCGATCGCCCCAAAACCAACAACT
GGTCAGCCATGCGATGACAACAAGAACTCATCATACGGTATGAGCAAACGAACCAAACGA
AAGTACGTTAGGGTTTCAAAGAATAATAACATCACGTGTCGAAGAAAGAACAGATCTGAC
GTGTCTGATCATCGAGAACAAGCTGGAGCCGTGACACTGCAACTCATGCCGGAAAAGTCA
GTTCTCACAGGCGACTCTACGCCGTTAGATCAAGATAGTCTCGATCCGTTGGTGAAAACG
ATAACCGGAGAGGAAACACGAGAAACCAACACGTGGACCATGTTTAACGGCGGCTTCACG
GCGGAGGTAGAGACGTGGGTGACGGTGGAGTCCGTTACCGGTGTATGTGACGGTAGTTCT
AGTTTTCATACAGTGGAGTGTACGGACGTTGAGATGGTGGATAACCTAAGTAAAGACACG
TGTCCATCGTTCGTATCTGATGCCTCGAACCGAGTGGTGTGGGTAAACGAGGCTTACCGG
AGAAATGTTTCCGGTGAAGATCCGTCGTTGACGGATGTTACGGTGTGGTTGGTGATGGAG
GAGTCGACGGTGGGGATGATGTATTGCAACTACAGAGCATTCACGTGTAGGGTGAGGATG
CAGTACACGTGTCGGGAAACAAAGTACACCAAAACGGTGCCGTGTGATGTGTGGAAAATG
GAGTTTGGTGGCTTTGCATGGAGGCTAGATACAACAGCTGCTCTCACTCTCTGGCTTTGA
TGCTGGCTGCTGCTTCAAGCAGGAGGGTAAGAACTTTAATTAACGTTGAGCTATATGTGA
TCGAGAAGTGTGACTAATCACAAGCTTTTTATCACTTTAGCAACTTTCTTTAGGCGTAAT
AGATTTTAGAGAAGCTTGAAGAAATTGAGAAAATAATATTTTCAAAAAAAAAAAATCAAG
AACCAAGGTGATGACAATGTCGAGATGTATGGAGAAGCTAAGAATGCTTAAATATATAGT
ACATGTCGTAATTATGTCACATGTTTATTGGCAAAGACTAAATATAAAGAGGCCATTGTA
TGGTTTTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AH95TF U 1
AF RR3AH95JQ C 455
BS 1 725 RR3AH95TF
BS 726 1209 RR3AH95JQ

RD RR3AH95TF 725 0 0
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GAGATAATGAATCAAGATGAGTTGTTAGGAACGCTAAGATACACCGGCAAGGCGCAGGAT
AAGGTTTCCATCGACACTCTCATGCTCCGGTACCGTCCGATCGCCCCAAAACCAACAACT
GGTCAGCCATGCGATGACAACAAGAACTCATCATACGGTATGAGCAAACGAACCAAACGA
AAGTACGTTAGGGTTTCAAAGAATAATAACATCACGTGTCGAAGAAAGAACAGATCTGAC
GTGTCTGATCATCGAGAACAAGCTGGAGCCGTGACACTGCAACTCATGCCGGAAAAGTCA
GTTCTCACAGGCGACTCTACGCCGTTAGATCAAGATAGTCTCGATCCGTTGGTGAAAACG
ATAACCGGAGAGGAAACACGAGAAACCAACACGTGGACCATGTTTAACGGCGGCTTCACG
GCGGAGGTAGAGACGTGGGTGACGGTGGAGTCCGTTACCGGTGTATGTGACGGTAGTTCT
AGTTTTCATACAGTGGAGTGTACGGACGTTGAGATGGTGGATAACCTAAGTAAAGACACG
TGTCCATCGTTCGTATCTGATGCCTCGAACCGAGTGGTGTGGGTAAACGAGGCTTACCGG
AGAAATGTTTCCGGTGAAGATCCGTCGTTGACGGATGTTACGGTGTGGTTGGTGATGGAG
GAGTC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3AH95JQ 755 0 0
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TTACCGGTGTATGTGACGGTAGTTCTAGTTTTCATACAGTGGAGTGTACGGACGTTGAGA
TGGTGGATAACCTAAGTAAAGACACGTGTCCATCGTTCGTATCTGATGCCTCGAACCGAG
TGGTGTGGGTAAACGAGGCTTACCGGAGAAATGTTTCCGGTGAAGATCCGTCGTTGACGG
ATGTTACGGTGTGGTTGGTGATGGAGGAGTCGACGGTGGGGATGATGTATTGCAACTACA
GAGCATTCACGTGTAGGGTGAGGATGCAGTACACGTGTCGGGAAACAAAGTACACCAAAA
CGGTGCCGTGTGATGTGTGGAAAATGGAGTTTGGTGGCTTTGCATGGAGGCTAGATACAA
CAGCTGCTCTCACTCTCTGGCTTTGATGCTGGCTGCTGCTTCAAGCAGGAGGGTAAGAAC
TTTAATTAACGTTGAGCTATATGTGATCGAGAAGTGTGACTAATCACAAGCTTTTTATCA
CTTTAGCAACTTTCTTTAGGCGTAATAGATTTTAGAGAAGCTTGAAGAAATTGAGAAAAT
AATATTTTCAAAAAAAAAAAATCAAGAACCAAGGTGATGACAATGTCGAGATGTATGGAG
AAGCTAAGAATGCTTAAATATATAGTACATGTCGTAATTATGTCACATGTTTATTGGCAA
AGACTAAATATAAAGAGGCCATTGTATGGTTTTGT

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL5257Contig1 839 2 2 U
GGGCTTCTCTCTTTGTGGAGCAAGGCGCAGCGATGAAGACCACCGTCTCTGGTTTCAAAA
TCCCTCCCGCAAGTATGTCCAGCTTCGACATCCTCAGCGTCGCTTTGTTCATATTCATAT
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TCACCGAGCTTCACAGGATGGGTATTGGACTTGTGATTGCTATCTTAGCTATGGTTGCAG
CTGGGGTTGTGGAATGCTTTAGACTCAAGTTTGCAGACAAGAGTTGCATTCAGTGTGGTG
GCTCAAGCTCATTAAGCATCTTCTGGCAGGTTCCACAATACTCACTCATTGGAGCATCAG
AAGTGTTCATGTACGTGGGTCAGCTCGAGTTCTTCAATGCGCAGACGCCAGATGGACTGA
AGAGCTTCGGGAGCGCACTGTGTATGATGTCAATGTCGATGGGGAACTTTGTGAGTAGCT
TGCTGGTGACGATGGTGGTGAAGATCTCTACAGTGGATCACATGCCTGGTTGGATTCCAA
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TTGACCTAGTGATGTACATTGCATGTGCAAGATGGTACAAATGTATACAATTAGAAGGGA
AAGATGAGAGACAAGACATGATTAGTGATGATGAAAATGACTCCGACAGTGACGCCTACG
AGGAGCGACCGAAAGTCTAACAAATTGTGTGTTCGGTTTCTGAATATTTTTTTGGTTTGG
TTTTCCGGTGATGTAATATGCAACAACTGATTGATAAATAAAAAGCTAAATCCATTTTC


BQ
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AF RR3ET56TF U 1
AF RR3ET56JQ C 163
BS 1 651 RR3ET56TF
BS 652 839 RR3ET56JQ

RD RR3ET56TF 651 0 0
GGGCTTCTCTCTTTGTGGAGCAAGGCGCAGCGATGAAGACCACCGTCTCTGGTTTCAAAA
TCCCTCCCGCAAGTATGTCCAGCTTCGACATCCTCAGCGTCGCTTTGTTCATATTCATAT
ACCGCAGAGTTCTAGAGCCGCTAGCCACCAGATTCAAGAAGAAGGATGGATCAAAGGGAA
TCACCGAGCTTCACAGGATGGGTATTGGACTTGTGATTGCTATCTTAGCTATGGTTGCAG
CTGGGGTTGTGGAATGCTTTAGACTCAAGTTTGCAGACAAGAGTTGCATTCAGTGTGGTG
GCTCAAGCTCATTAAGCATCTTCTGGCAGGTTCCACAATACTCACTCATTGGAGCATCAG
AAGTGTTCATGTACGTGGGTCAGCTCGAGTTCTTCAATGCGCAGACGCCAGATGGACTGA
AGAGCTTCGGGAGCGCACTGTGTATGATGTCAATGTCGATGGGGAACTTTGTGAGTAGCT
TGCTGGTGACGATGGTGGTGAAGATCTCTACAGTGGATCACATGCCTGGTTGGATTCCAA
GGAACCTCAACAAAGGTCACTTGGACAGATTCTATTTCCTCCTGGCTGCGTTGACCAGCA
TTGACCTAGTGATGTACATTGCATGTGCAAGATGGTACAAATGTATACAAT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3ET56JQ 677 0 0
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TCTTAGCTATGGTTGCAGCTGGGGTTGTGGAATGCTTTAGACTCAAGTTTGCAGACAAGA
GTTGCATTCAGTGTGGTGGCTCAAGCTCATTAAGCATCTTCTGGCAGGTTCCACAATACT
CACTCATTGGAGCATCAGAAGTGTTCATGTACGTGGGTCAGCTCGAGTTCTTCAATGCGC
AGACGCCAGATGGACTGAAGAGCTTCGGGAGCGCACTGTGTATGATGTCAATGTCGATGG
GGAACTTTGTGAGTAGCTTGCTGGTGACGATGGTGGTGAAGATCTCTACAGTGGATCACA
TGCCTGGTTGGATTCCAAGGAACCTCAACAAAGGTCACTTGGACAGATTCTATTTCCTCC
TGGCTGCGTTGACCAGCATTGACCTAGTGATGTACATTGCATGTGCAAGATGGTACAAAT
GTATACAATTAGAAGGGAAAGATGAGAGACAAGACATGATTAGTGATGATGAAAATGACT
CCGACAGTGACGCCTACGAGGAGCGACCGAAAGTCTAACAAATTGTGTGTTCGGTTTCTG
AATATTTTTTTGGTTTGGTTTTCCGGTGATGTAATATGCAACAACTGATTGATAAATAAA
AAGCTAAATCCATTTTC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL5258Contig1 372 2 1 U
GGAACAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATGACTTGCTCGAGAGAGGTGAGATCAGTGTTAT
TGCCGCCGAAGAGTAATAAAAGCTGCTCAAACACTCATTCTTCAAGACAAATGGATGATT
TGGAATTCTTGGTTTTTTCTCTCTGTTTCTTAATAACTCTGAGATGAGTTTGGATCTTGT
GAGAAATAAACAAATCTGTGAATGAGATTTGTTAGATCATAAACTGATTCAATGTTATGT
CGATACAGACATAATATTTCTTGTTTTGTTTACTTATCTAAGAAACTATTAAAGTGAGTA
TTATGGAACCTTATTCATGGAAGGTGTTCAACACCCTGTTTGTTATTATTTCGAATCTGA
ATGTTTGTAAGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BW34JQ C 1
AF RR3BW34TF U 1
BS 1 372 RR3BW34TF

RD RR3BW34JQ 372 0 0
GGAACAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATGACTTGCTCGAGAGAGGTGAGATCAGTGTTAT
TGCCGCCGAAGAGTAATAAAAGCTGCTCAAACACTCATTCTTCAAGACAAATGGATGATT
TGGAATTCTTGGTTTTTTCTCTCTGTTTCTTAATAACTCTGAGATGAGTTTGGATCTTGT
GAGAAATAAACAAATCTGTGAATGAGATTTGTTAGATCATAAACTGATTCAATGTTATGT
CGATACAGACATAATATTTCTTGTTTTGTTTACTTATCTAAGAAACTATTAAAGTGAGTA
TTATGGAACCTTATTCATGGAAGGTGTTCAACACCCTGTTTGTTATTATTTCGAATCTGA
ATGTTTGTAAGC

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR3BW34TF 372 0 0
GGAACAGAGGAAAACCAGAGCTTTCTATGACTTGCTCGAGAGAGGTGAGATCAGTGTTAT
TGCCGCCGAAGAGTAATAAAAGCTGCTCAAACACTCATTCTTCAAGACAAATGGATGATT
TGGAATTCTTGGTTTTTTCTCTCTGTTTCTTAATAACTCTGAGATGAGTTTGGATCTTGT
GAGAAATAAACAAATCTGTGAATGAGATTTGTTAGATCATAAACTGATTCAATGTTATGT
CGATACAGACATAATATTTCTTGTTTTGTTTACTTATCTAAGAAACTATTAAAGTGAGTA
TTATGGAACCTTATTCATGGAAGGTGTTCAACACCCTGTTTGTTATTATTTCGAATCTGA
ATGTTTGTAAGC

QA 1 372 1 372
DS 



AS 1 2

CO CL5259Contig1 724 2 3 U
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AGATAATGATAAATAGCAGCAACCTTTTAACCCTTATTCATTCAAGAAGGTGGAAGGTAA
TGATGTCAGAGGCTGATGGTGCATGGAGAGCATGGTTGGGGTAATGGTGATTATGGTTTT
GATGGTAACGAAGAGCATAAGCACGTGATCCTTCGATTTGATATCCAAGAACCGAGTCGT
AGTCGCCTCCATTGTCTACTAGGCCATAGTGAGGATCTTCCGCTCTTAGCTCCAGCTCAT
GTATGAGATTCTTTTGTATGTCTTGTTGACTTTTGTTCTTTTTCTTGGTGGTTTCGATCT
GATTCCCAAGGGATTTGAACTTGCGCTCACGAACGAGTTTCCAACAGCTTCCTCTTGGTT
TCTTGCATTCTCTCATAGTGAGCGCTCCAAACATCAACATCTGAAACCGTTTGGTACAGA
TCTATGATCTCCTTTGTTGTGGTGTTAGGGCTTATAAACTCATGAAGCTTGTTAGAGCTA
GAGAACATGATAATGGAAACCCTAGCATCACACAAAACCGTAAGCTCGTGAGCTTTCTTG
AACAAACCATTTCTTCTCTTGGAATACGTCACTTGTCGGTTGGTCTGGTTCTCTATTCTC
TTGATCTGGATCTTCCCTCTCGCCATTATTCTTTCTTTTTAGTTTCTGTTTATCTTTTGT
TGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR3FD42JQ U 220
AF RR3FD42TF C 1
BS 1 219 RR3FD42TF
BS 220 627 RR3FD42JQ
BS 628 724 RR3FD42TF

RD RR3FD42JQ 408 0 0
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CCGCTCTTAGCTCCAGCTCATGTATGAGATTCTTTTGTATGTCTTGTTGACTTTTGTTCT
TTTTCTTGGTGGTTTCGATCTGATTCCCAAGGGATTTGAACTTGCGCTCACGAACGAGTT
TCCAACAGCTTCCTCTTGGTTTCTTGCATTCTCTCATAGTGAGCGCTCCAAACATCAACA
TCTGAAACCGTTTGGTACAGATCTATGATCTCCTTTGTTGTGGTGTTAGGGCTTATAAAC
TCATGAAGCTTGTTAGAGCTAGAGAACATGATAATGGAAACCCTAGCATCACACAAAACC
GTAAGCTCGTGAGCTTTCTTGAACAAACCATTTCTTCTCTTGGAATAC

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3FD42TF 724 0 0
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AGATAATGATAAATAGCAGCAACCTTTTAACCCTTATTCATTCAAGAAGGTGGAAGGTAA
TGATGTCAGAGGCTGATGGTGCATGGAGAGCATGGTTGGGGTAATGGTGATTATGGTTTT
GATGGTAACGAAGAGCATAAGCACGTGATCCTTCGATTTGATATCCAAGAACCGAGTCGT
AGTCGCCTCCATTGTCTACTAGGCCATAGTGAGGATCTTCCGCTCTTAGCTCCAGCTCAT
GTATGAGATTCTTTTGTATGTCTTGTTGACTTTTGTTCTTTTTCTTGGTGGTTTCGATCT
GATTCCCAAGGGATTTGAACTTGCGCTCACGAACGAGTTTCCAACAGCTTCCTCTTGGTT
TCTTGCATTCTCTCATAGTGAGCGCTCCAAACATCAACATCTGAAACCGTTTGGTACAGA
TCTATGATCTCCTTTGTTGTGGTGTTAGGGCTTATAAACTCATGAAGCTTGTTAGAGCTA
GAGAACATGATAATGGAAACCCTAGCATCACACAAAACCGTAAGCTCGTGAGCTTTCTTG
AACAAACCATTTCTTCTCTTGGAATACGTCACTTGTCGGTTGGTCTGGTTCTCTATTCTC
TTGATCTGGATCTTCCCTCTCGCCATTATTCTTTCTTTTTAGTTTCTGTTTATCTTTTGT
TGCC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL5260Contig1 915 2 2 U
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TTTCTTGCGTGAGAACAATCTCGTGAGCTCTGTGGTTTTGGATCCAATAGATGGCACAAG
AGGGTTCCTTAAAGGAGATGATGCTTTATATGTGGTAGGATTGGCACTTGTTGTAGATAA
TGAAATTGTGCTAGGGGTCATGGGATGTCCAAACTGGCCTGGAGACTCTTCTTCAGACGA
ACCCAACGGGACCATAATGCTCTCCCATATAGGCTGTGGAACGTGGACCAAGAGTTTACA
AGTATCAGGTGATTGGACAAGGCGTTTTGTTGATGCATGTGGTTTAGTAAACAAGGCTCG
GTTTTGTATTCAAGAGAGCCAACCCTGGGAATCACTTCCCTTGTCTAGTCTGTTCGACGT
AAAGACAGATTCAGGTGACTTGCATGGTAGTGAGATTCGTCTTTTGCCCACATGTTGTGG
AAGTTTGTGCAAGTACTTGATGGTAGCTTCTGGTAGAGCATCGGTCTTCCTTCTCCGAGC
CAGAACTGAGCGAACTATAAAGTCTTGGGATCATGCCGTTGGGATCATATGCGTTCATGA
AGCCGGAGGAAAGGTAACAGATTGGGAAGGGGTTGATATCAATCTGGAGGAAGATCAATC
GGAAAGGAGGATCATCTTTCCGGCGGGTGGTGTTGTGGTTAGCAACGGAAGTTTACATCC
GCAGCTTCTTGAGATGATATCTTCTACTTCCTCAACTCCTTGATTTATTTGACTACTCTC
CACTGAAGAGTTTATACGATTTTTCACACACTAAGAATGTGATTATAACTTCATGTCTAC
ATAATCTCTTTGTTTGCCTCTATGTGAGAAATTGACCATATCCTTCTTTTTGTAAATTGA
AAATTCATCGTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AS84TF U 1
AF RR3AS84JQ C 136
BS 1 625 RR3AS84TF
BS 626 915 RR3AS84JQ

RD RR3AS84TF 625 0 0
GAGCTTAGAGCTATCGAAACTGTTTCCTTCAATACCTTTGGTCGCTGAAGAAGATTCTCT
TTTCTTGCGTGAGAACAATCTCGTGAGCTCTGTGGTTTTGGATCCAATAGATGGCACAAG
AGGGTTCCTTAAAGGAGATGATGCTTTATATGTGGTAGGATTGGCACTTGTTGTAGATAA
TGAAATTGTGCTAGGGGTCATGGGATGTCCAAACTGGCCTGGAGACTCTTCTTCAGACGA
ACCCAACGGGACCATAATGCTCTCCCATATAGGCTGTGGAACGTGGACCAAGAGTTTACA
AGTATCAGGTGATTGGACAAGGCGTTTTGTTGATGCATGTGGTTTAGTAAACAAGGCTCG
GTTTTGTATTCAAGAGAGCCAACCCTGGGAATCACTTCCCTTGTCTAGTCTGTTCGACGT
AAAGACAGATTCAGGTGACTTGCATGGTAGTGAGATTCGTCTTTTGCCCACATGTTGTGG
AAGTTTGTGCAAGTACTTGATGGTAGCTTCTGGTAGAGCATCGGTCTTCCTTCTCCGAGC
CAGAACTGAGCGAACTATAAAGTCTTGGGATCATGCCGTTGGGATCATATGCGTTCATGA
AGCCGGAGGAAAGGTAACAGATTGG

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3AS84JQ 780 0 0
AGATGATGCTTTATATGTGGTAGGATTGGCACTTGTTGTAGATAATGAAATTGTGCTAGG
GGTCATGGGATGTCCAAACTGGCCTGGAGACTCTTCTTCAGACGAACCCAACGGGACCAT
AATGCTCTCCCATATAGGCTGTGGAACGTGGACCAAGAGTTTACAAGTATCAGGTGATTG
GACAAGGCGTTTTGTTGATGCATGTGGTTTAGTAAACAAGGCTCGGTTTTGTATTCAAGA
GAGCCAACCCTGGGAATCACTTCCCTTGTCTAGTCTGTTCGACGTAAAGACAGATTCAGG
TGACTTGCATGGTAGTGAGATTCGTCTTTTGCCCACATGTTGTGGAAGTTTGTGCAAGTA
CTTGATGGTAGCTTCTGGTAGAGCATCGGTCTTCCTTCTCCGAGCCAGAACTGAGCGAAC
TATAAAGTCTTGGGATCATGCCGTTGGGATCATATGCGTTCATGAAGCCGGAGGAAAGGT
AACAGATTGGGAAGGGGTTGATATCAATCTGGAGGAAGATCAATCGGAAAGGAGGATCAT
CTTTCCGGCGGGTGGTGTTGTGGTTAGCAACGGAAGTTTACATCCGCAGCTTCTTGAGAT
GATATCTTCTACTTCCTCAACTCCTTGATTTATTTGACTACTCTCCACTGAAGAGTTTAT
ACGATTTTTCACACACTAAGAATGTGATTATAACTTCATGTCTACATAATCTCTTTGTTT
GCCTCTATGTGAGAAATTGACCATATCCTTCTTTTTGTAAATTGAAAATTCATCGTACCC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL5261Contig1 599 2 2 U
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ATGTTGAAGCAGCGATCCAAGAGATGTTTCAAGCACCTCACATTCAAGTTATGAAGAGTG
TTTCGAAGCTGAGTAAGATCTACTTGACTGCTATGGTTCACGAGCTATACAAGACAGGAA
TGGCGGAGACAACGTTTGACAGAGTGGCGACGACTGTGTCGTCTCTTTGTGGAACCAATG
GAGAAGCATTTCCAGGTTGGGACGTTCTTCTCAAAGCGGGTTGTGAGCTTGGTGAGTGCA
GAATCATTCTCTGTGAACCTGGAGAGAGGCACAGGTTGCAGAAGCTGCAGCTGAACTTTC
CAAGTGATGATGTTGCTTTTGCATTGAAAGACGACAAGGATCTTCCATGGTTGGGAAATT
ACTTGTGAGTTTTTCTGCTGTTTATTGAATCCACAAACTTTCTTCAAGTTAAAAGACTAG
TTTTGTTGATTCATGTTGGATGATCATCTGGACTTATATCTGTTTTTTCTTGTTTGAAAT
GTTGTCATGTATCCTTTGTTTGTGTAAAATCACATACAGAGTAATGATTTTTATTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX10TF U 1
AF RR3FX10JQ C 19
BS 1 298 RR3FX10TF
BS 299 599 RR3FX10JQ

RD RR3FX10TF 298 0 0
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ATGTTGAAGCAGCGATCCAAGAGATGTTTCAAGCACCTCACATTCAAGTTATGAAGAGTG
TTTCGAAGCTGAGTAAGATCTACTTGACTGCTATGGTTCACGAGCTATACAAGACAGGAA
TGGCGGAGACAACGTTTGACAGAGTGGCGACGACTGTGTCGTCTCTTTGTGGAACCAATG
GAGAAGCATTTCCAGGTTGGGACGTTCTTCTCAAAGCGGGTTGTGAGCTTGGTGAGTG

QA 1 298 1 298
DS 

RD RR3FX10JQ 581 0 0
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AAGAGATGTTTCAAGCACCTCACATTCAAGTTATGAAGAGTGTTTCGAAGCTGAGTAAGA
TCTACTTGACTGCTATGGTTCACGAGCTATACAAGACAGGAATGGCGGAGACAACGTTTG
ACAGAGTGGCGACGACTGTGTCGTCTCTTTGTGGAACCAATGGAGAAGCATTTCCAGGTT
GGGACGTTCTTCTCAAAGCGGGTTGTGAGCTTGGTGAGTGCAGAATCATTCTCTGTGAAC
CTGGAGAGAGGCACAGGTTGCAGAAGCTGCAGCTGAACTTTCCAAGTGATGATGTTGCTT
TTGCATTGAAAGACGACAAGGATCTTCCATGGTTGGGAAATTACTTGTGAGTTTTTCTGC
TGTTTATTGAATCCACAAACTTTCTTCAAGTTAAAAGACTAGTTTTGTTGATTCATGTTG
GATGATCATCTGGACTTATATCTGTTTTTTCTTGTTTGAAATGTTGTCATGTATCCTTTG
TTTGTGTAAAATCACATACAGAGTAATGATTTTTATTCTTC

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 2

CO CL5262Contig1 829 2 2 U
GGGACCTAGAAGTTGATTTGGATTCTTATCCACAATTCAATCTCTTTCTTCTTCTTTCTT
CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCGTCATCACAGAGACTTTAATGGCGGCTTC
GTTCTCACTTACGAGCTTCATCTCCTTCATCTCACCATTCAAATCCCACACCAAACCAAC
CCCGCCTCCAAATGTCACACTCCCCACTCCAACACTCTCCCACAGACGGTAACGATCTCG
CCGTCGAATCAATGGCCATGGACGCGGAGGAACCTTCTTCCAACGCTGCTCTTTCCTCCG
AGCTCGCCTCAGTGATATGCCCGTCGCTCGCTTACCCGAACACGCTCCTCTTCAGCAGCT
CCGGGTACAACGTGCAGGTGTTCGTGGAGGATAACGAGTCGGAGGAGAGGCTGGTGAATC
GGTTTAGAAGGGAGGTGATGAGTACGGGGGTTATACAGGAATGCAAGAGGAGGAGGTACT
TTGAGAACAAGCAGGACGAGAAGAAGCGGAGGACTCGTGATGCTGCTAAGCGTAACAAGA
AAAGGCGTCCGTTTGCAAAGTTTACTCAAGAGACCAGAGAAGAAGCAGCAGCGGCAGCAA
CCAAGAGTAAGAAGAAGGATGAACAAGAAGATAACTGGGACTGGGAGATGCCTGGTGGCG
ATGTACCTTCTTGAACACCGTTTCAGTACATAGATCTCCCCTTCCTTTTCTGTCTATTTT
GATTGCTCGGTGACATTGTATGTTCAAATTGCGTGTAACTTGCCTCTCTGGTAATGAGTT
CTTGTCAATGTTAAAGACATCTTTTTATTATGACTAAAAATTTCATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E677TF U 1
AF RR3E677JQ C 87
BS 1 583 RR3E677TF
BS 584 829 RR3E677JQ

RD RR3E677TF 583 0 0
GGGACCTAGAAGTTGATTTGGATTCTTATCCACAATTCAATCTCTTTCTTCTTCTTTCTT
CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCGTCATCACAGAGACTTTAATGGCGGCTTC
GTTCTCACTTACGAGCTTCATCTCCTTCATCTCACCATTCAAATCCCACACCAAACCAAC
CCCGCCTCCAAATGTCACACTCCCCACTCCAACACTCTCCCACAGACGGTAACGATCTCG
CCGTCGAATCAATGGCCATGGACGCGGAGGAACCTTCTTCCAACGCTGCTCTTTCCTCCG
AGCTCGCCTCAGTGATATGCCCGTCGCTCGCTTACCCGAACACGCTCCTCTTCAGCAGCT
CCGGGTACAACGTGCAGGTGTTCGTGGAGGATAACGAGTCGGAGGAGAGGCTGGTGAATC
GGTTTAGAAGGGAGGTGATGAGTACGGGGGTTATACAGGAATGCAAGAGGAGGAGGTACT
TTGAGAACAAGCAGGACGAGAAGAAGCGGAGGACTCGTGATGCTGCTAAGCGTAACAAGA
AAAGGCGTCCGTTTGCAAAGTTTACTCAAGAGACCAGAGAAGA

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3E677JQ 743 0 0
CTC
TCGTCATCACAGAGACTTTAATGGCGGCTTCGTTCTCACTTACGAGCTTCATCTCCTTCA
TCTCACCATTCAAATCCCACACCAAACCAACCCCGCCTCCAAATGTCACACTCCCCACTC
CAACACTCTCCCACAGACGGTAACGATCTCGCCGTCGAATCAATGGCCATGGACGCGGAG
GAACCTTCTTCCAACGCTTCTCTTTCCTCCGAGCTCGCCTCAGTGATATGCCCGTCGCTC
GCTTACCCGAACACGCTCCTCTTCAGCAGCTCCGGGTACAACGTGCAGGTGTTCGTGGAG
GATAACGAGTCGGAGGAGAGGCTGGTGAATCGGTTTAGAAGGGAGGTGATGAGTACGGGG
GTTATACAGGAATGCAAGAGGAGGAGGTACTTTGAGAACAAGCAGGACGAGAAGAAGCGG
AGGACTCGTGATGCTGCTAAGCGTAACAAGAAAAGGCGTCCGTTTGCAAAGTTTACTCAA
GAGACCAGAGAAGAAGCAGCAGCGGCAGCAACCAAGAGTAAGAAGAAGGATGAACAAGAA
GATAACTGGGACTGGGAGATGCCTGGTGGCGATGTACCTTCTTGAACACCGTTTCAGTAC
ATAGATCTCCCCTTCCTTTTCTGTCTATTTTGATTGCTCGGTGACATTGTATGTTCAAAT
TGCGTGTAACTTGCCTCTCTGGTAATGAGTTCTTGTCAATGTTAAAGACATCTTTTTATT
ATGACTAAAAATTTCATTCC

QA 4 743 4 743
DS 



AS 1 2

CO CL5263Contig1 566 2 2 U
GGCTCGCAAAATCTGCGCCTTGCACAGATCAGTGGGCACGAACGAATATACGATCCGCCA
TCGACGACCAGGAGTTTCAATTTGAATCTGATTACTCTGTTTGGGATCAGGATCAGGATC
AGGATCAGACATGGCTTTTGTAGTAACATCCGTAATATTCGCTGTGGTCGGCATCATTGC
TTCGATTTTCACAAGAATCTGCTTCAACCAAGGCCCCTCCACCAATCTGCTACATTTTAC
ATTGGTCATTACAGCCACTGTCTGCTGTTGGATGATGTGGGCAATCGTATACATTGCGCA
GATGAAGCCTCTCATTGTTCCCATCCTAAGCGAGGTAGAGTAGAGACACTCGTCTCTATT
CAAACTCAACCAATGCACAAACTTGAGTGACTACTCTTTCTGTATCTATCTTCTTCGGAA
ATTCATCCGAATTTATTTTCCGCTTTTGTAATTCTTGTTTGTTGCGGTGTGGAAGAACAA
TACCTTTCCCCCACTCTTTACCGTTGAGTCTTTTGTCTCTCACTCATTTCTGAAACATCC
TATATAATATTCAAAAAGGTTATGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DW19TF U 1
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BS 553 566 RR3DW19JQ

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TCGACGACCAGGAGTTTCAATTTGAATCTGATTACTCTGTTTGGGATCAGGATCAGGATC
AGGATCAGACATGGCTTTTGTAGTAACATCCGTAATATTCGCTGTGGTCGGCATCATTGC
TTCGATTTTCACAAGAATCTGCTTCAACCAAGGCCCCTCCACCAATCTGCTACATTTTAC
ATTGGTCATTACAGCCACTGTCTGCTGTTGGATGATGTGGGCAATCGTATACATTGCGCA
GATGAAGCCTCTCATTGTTCCCATCCTAAGCGAGGTAGAGTAGAGACACTCGTCTCTATT
CAAACTCAACCAATGCACAAACTTGAGTGACTACTCTTTCTGTATCTATCTTCTTCGGAA
ATTCATCCGAATTTATTTTCCGCTTTTGTAATTCTTGTTTGTTGCGGTGTGGAAGAACAA
TACCTTTCCCCCACTCTTTACCGTTGAGTCTTTTGTCTCTCACTCATTTCTGAAACATCC
TATATAATATTC

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR3DW19JQ 552 0 0
GCGCCTTGCACAGATCAGTGGGCACGAACGAATATACGATCCGCCATCGACGACCAGGAG
TTTCAATTTGAATCTGATTACTCTGTTTGGGATCAGGATCAGGATCAGGATCAGACATGG
CTTTTGTAGTAACATCCGTAATATTCGCTGTGGTCGGCATCATTGCTTCGATTTTCACAA
GAATCTGCTTCAACCAAGGCCCCTCCACCAATCTGCTACATTTTACATTGGTCATTACAG
CCACTGTCTGCTGTTGGATGATGTGGGCAATCGTATACATTGCGCAGATGAAGCCTCTCA
TTGTTCCCATCCTAAGCGAGGTAGAGTAGAGACACTCGTCTCTATTCAAACTCAACCAAT
GCACAAACTTGAGTGACTACTCTTTCTGTATCTATCTTCTTCGGAAATTCATCCGAATTT
ATTTTCCGCTTTTGTAATTCTTGTTTGTTGCGGTGTGGAAGAACAATACCTTTCCCCCAC
TCTTTACCGTTGAGTCTTTTGTCTCTCACTCATTTCTGAAACATCCTATATAATATTCAA
AAAGGTTATGCC

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 2

CO CL5264Contig1 1069 2 2 U
GCGGAGAATCATGGGATGTCTCCATCTGTAATAACGAAAGCGTTTTTAGCTACGGAGGAG
GAGTTTCTTTCTCTTGTTCGGCGGCAGTGGCAGACAAAGCCACAGATTGCTTCTGTTGGA
GCATGTTGTCTGGTAGGGATCATATGTAGTGGATCTTTGTACATCGCCAACGCGGGTGAC
TCTCGGGTTGTGCTAGGAAGACTGGAGAAAGCTTATAAAATCGTCACGGCTGTTCAGTTA
TCTTCTGAGCACAACGCGAGTTATGAATCTGTGAGAGAGGAGTTGCGGTTGTTGCATCCT
GATGATCCTCAGATTGTGGTCTTGAAGCACAAAGTCTGGCGTGTCAAAGGTATTATACAG
GTGTCAAGGTCCATTGGTGATGCATACTTAAAGAAAGCAGAGTTCAACAGGGAGTCGCTA
TTAGCAAAGTTCAGGGTGCCTGAGACTTTTCATACGCCAATCCTAAGAGCAGAGCCTGCA
ATTACAGTACACAAAATCCACTCCGAGGATAAGTTTCTCATATTTGCATCAGACGGCTTA
TGGGAGCACATGAGCAATCAGGAAGCTGTTGACATTGTGAACACTGGTCCTCGTAATGGG
ATTGCGAGGAAGCTCATAAAAACAGCTTTAAGAGAAGCAGCAAAGAAGAGAGAGATGAGA
TATTCAGATCTAAAGAAGATCGATAGAGGAGTGAGGAGACATTTTCATGATGATATAACG
GTCATTGTTGTGTTTCTTGATTCACATCTCGTTAGTAGAAGTATCTTGCGCCGACCTTTC
GTCTCCATTTCAGGCGGTGGTGACTTGGCTGGACCTTTTTTTACCCCTTGACTCACTCTC
TTACCACAAATCTATAATATATATATTCTAATAATATTCAACATATCCACTATATATAAA
CACATTGCAGAAACACTTCCAAGTTCCTTCTCTTTTTTCCTTTATATATAACAAAAAAAA
AACATTTTAACTCTGTTTTTTATTCATCGCAAGAAAAAAAAAAGAATGAATTGAAACATC
AATGTATAGGGCTGAGTTTATTATGATAAAAAGAGATATCATTTGTTGG


BQ
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AF RR3E320TF U 1
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BS 1 558 RR3E320TF
BS 559 1069 RR3E320JQ

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GAGTTTCTTTCTCTTGTTCGGCGGCAGTGGCAGACAAAGCCACAGATTGCTTCTGTTGGA
GCATGTTGTCTGGTAGGGATCATATGTAGTGGATCTTTGTACATCGCCAACGCGGGTGAC
TCTCGGGTTGTGCTAGGAAGACTGGAGAAAGCTTATAAAATCGTCACGGCTGTTCAGTTA
TCTTCTGAGCACAACGCGAGTTATGAATCTGTGAGAGAGGAGTTGCGGTTGTTGCATCCT
GATGATCCTCAGATTGTGGTCTTGAAGCACAAAGTCTGGCGTGTCAAAGGTATTATACAG
GTGTCAAGGTCCATTGGTGATGCATACTTAAAGAAAGCAGAGTTCAACAGGGAGTCGCTA
TTAGCAAAGTTCAGGGTGCCTGAGACTTTTCATACGCCAATCCTAAGAGCAGAGCCTGCA
ATTACAGTACACAAAATCCACTCCGAGGATAAGTTTCTCATATTTGCATCAGACGGCTTA
TGGGAGCACATGAGCAAT

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR3E320JQ 764 0 0
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AAGGTCCATTGGTGATGCATACTTAAAGAAAGCAGAGTTCAACAGGGAGTCGCTATTAGC
AAAGTTCAGGGTGCCTGAGACTTTTCATACGCCAATCCTAAGAGCAGAGCCTGCAATTAC
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GCACATGAGCAATCAGGAAGCTGTTGACATTGTGAACACTGGTCCTCGTAATGGGATTGC
GAGGAAGCTCATAAAAACAGCTTTAAGAGAAGCAGCAAAGAAGAGAGAGATGAGATATTC
AGATCTAAAGAAGATCGATAGAGGAGTGAGGAGACATTTTCATGATGATATAACGGTCAT
TGTTGTGTTTCTTGATTCACATCTCGTTAGTAGAAGTATCTTGCGCCGACCTTTCGTCTC
CATTTCAGGCGGTGGTGACTTGGCTGGACCTTTTTTTACCCCTTGACTCACTCTCTTACC
ACAAATCTATAATATATATATTCTAATAATATTCAACATATCCACTATATATAAACACAT
TGCAGAAACACTTCCAAGTTCCTTCTCTTTTTTCCTTTATATATAACAAAAAAAAAACAT
TTTAACTCTGTTTTTTATTCATCGCAAGAAAAAAAAAAGAATGAATTGAAACATCAATGT
ATAGGGCTGAGTTTATTATGATAAAAAGAGATATCATTTGTTGG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL5265Contig1 776 2 8 U
GGAATGGTGAATCAAGAAGACTCTATTCGATAAACACACACACAAAAACCTCTCCATCGC
CACACCATGCCTTTCCAGTTAACTCAGGAAGAACGATCGGAGCTCGCGGAAGCAATCGCC
GAGTTCCACACGTACCGCCTCGGCCCGGGGAGCTGCTCCTCCCTCCACGCGCAGCGAATC
CACGCGCCACCGGAGATCGTCTGGTCCGTGGTCCGCCGGTTCGACAAGCCGCAGACCTAC
AAGCACTTCATCAAGTCATGCTCCGTCGAGGACGGGTTCGAGATGCGCGTCGGATGCACG
CGCGCCGTGAACGTGATCAGCGGCCTTCCCGCGAACACGTCGACGGAGAGGCTCGACGTG
CTCGACGACGAGAGGAGGGTGACGGGGTTCAGCATCATCGGGGGAGAGCACAGGCTGACG
AACTACAAGTCGGTGACGACGGTGCACAGGTTCGACAAGGAGGGGCGGATCTGGACGGTG
GTGCTCGAGTCGTACGTCGTCGACATGCCGGAGGGGAACTCCGAGGACGACACGCGCATG
TTCGCGGATACGGTCGTTAAGCTTAATCTGCAGAAGCTGGCGACGGTCACTGAGGCCATG
GCTCGTAACGCCGGCGACGGAAGCGGTGCTCAGGTGACCTGAAATGAAAAAAATTAATAA
ATTATGAATATATGGAAAGAAAATGCAAAAATGAATTTGTTTTTTTTTTCTTTCTAAATT
ACCTTTTCGGGAAATGTTTATTTACGCTGCTTCGTATAAGATTCTGCTCTTTGCTC


BQ
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AF RR3A081JQ C 1
AF RR3A081TF U 10
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BS 692 776 RR3A081TF

RD RR3A081JQ 776 0 0
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ATTATGAATATATGGAAAGAAAATGCAAAAATGAATTTGTTTTTTTTTTCTTTCTAAATT
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QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3A081TF 767 0 0
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CCGGAGATCGTCTGGTCCGTGGTCCGCCGGTTCGACAAGCCGCAGACCTACAAGCACTTC
ATCAAGTCATGCTCCGTCGAGGACGGGTTCGAGATGCGCGTCGGATGCACGCGCGCCGTG
AACGTGATCAGCGGCCTTCCCGCGAACACGTCGACGGAGAGGCTCGACGTGCTCGACGAC
GAGAGGAGGGTGACGGGGTTCAGCATCATCGGGGGAGAGCACAGGCTGACGAACTACAAG
TCGGTGACGACGGTGCACAGGTTCGACAAGGAGGGGCGGATCTGGACGGTGGTGCTCGAG
TCGTACGTCGTCGACATGCCGGAGGGGAACTCCGAGGACGACACGCGCATGTTCGCGGAT
ACGGTCGTTAAGCTTAATCTGCAGAAGCTGGCGACGGTCACTGAGGCCATGGCTCGTAAC
GCCGGCGACGGAAGCGGTGCTCATGTGACCTGAAATGAAAAAAATTAATAAATTATGAAT
ATATGGAAAGAAAATGCAAAA*TGAATTTGTTTTTTTTTTCTTTCTAAATTACCTTTTCG
GGAAATGTTTATTTACGCTGCTTCGTATAAGATTCTGCTCTTTGCTC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GC23JQ C 1
AF RR3GC23TF U 1
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GCCATTGCAGGTGCTGGTGTGCTCTCTGGATACGACAAGCTGCAGTTACTTCTTCTCGGA
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TACAGTTATGATTTTTCC

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR3GC23TF 498 0 0
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ATGATGATGACGTCAGGTGAGGCCGTAAAGTGCAAGAGTTCGATGGATGCCTTCCAGCAG
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GCCATTGCAGGTGCTGGTGTGCTCTCTGGATACGACAAGCTGCAGTTACTTCTTCTCGGA
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TACAGTTATGATTTTTCC

QA 1 498 1 498
DS 



AS 1 2

CO CL5267Contig1 961 2 4 U
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ACAAGTATGGCAAAGAAGGACGAACGCCGAAACTCGATAAGGATCTTGCCTTTGAACTGC
ATCAGTCGCACTTTAGTATCCAATGTTTGGAAAAAACCGAAATAATTGGTGAAATAGGTA
GTAGAAGCTTCTATATGAGGAAGAAGGAACCTGAAAACATGATTCTCGTGATAAAGAATC
TTCCATCATCGAACTTGATCCAATCTTTTGTCGCACAAAAGATTGGGAGAATTGTGAGGA
GGACAAGGAAGATATGGAACATCTTGGTATGTGCTCAGTGAACGACAAAACCGGTTTCAA
ACAGTAACAAAGTATTGTTCTAGTTATGCTTTGCACTTTGGAGCTACACATAATATTTAC
TTGTGTTGGCTCAAGTTTTAAATTTTACAAAATAGAATTAAGTTATTTGTAAACGTTATG
ACTTGCAACATACAAACCATATGTATTTTTATATTTGCAAATATAGATGTACTATAATTC
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3ES70TF U 1
AF RR3ES70JQ C 264
BS 1 699 RR3ES70TF
BS 700 700 RR3ES70JQ
BS 701 758 RR3ES70TF
BS 759 961 RR3ES70JQ

RD RR3ES70TF 758 0 0
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ACAAGTATGGCAAAGAAGGACGAACGCCGAAACTCGATAAGGATCTTGCCTTTGAACTGC
ATCAGTCGCACTTTAGTATCCAATGTTTGGAAAAAACCGAAATAATTGGTGAAATAGGTA
GTAGAAGCTTCTATATGAGGAAGAAGGAACCTGAAAACATGATTCTCGTGATAAAGAATC
TTCCATCATCGAACTTGATCCAATCTTTTGTCGCACAAA*GATTGGGAGAATTGTGAGGA
GGACAAGGAAGATATGGAACATCTTGGTATGTGCTCAG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3ES70JQ 698 0 0
AATCGTTTACCTCTCTAAGATCCGTTCGGAGGTTTTCGCTTCAGCTCCGTCTTTGTCTGG
CTTCTCCTCACCGTCTTCTTCTCCGATTAACCAAGAGGTTAACAAGAGAGAAGCAGAAAA
GGTTGTGTCAATGTGTCAGTAGAAGGAAGTCCAGGACCTATAAGGATTTTGGTTAAGCTA
AGTTGCAGCGTGGAAGAAACGATCAAGATGGTTGTGGACAAGTATGGCAAAGAAGGACGA
ACGCCGAAACTCGATAAGGATCTTGCCTTTGAACTGCATCAGTCGCACTTTAGTATCCAA
TGTTTGGAAAAAACCGAAATAATTGGTGAAATAGGTAGTAGAAGCTTCTATATGAGGAAG
AAGGAACCTGAAAACATGATTCTCGTGATAAAGAATCTTCCATCATCGAACTTGATCCAA
TCTTTTGTCGCACAAAAGATTGGGAGAATTGTGAGGAGGACAAGGAAGATATGGAACATC
TTGGTATGTGCTCAGTGAACGACAAAACCGGTTTCAAACAGTAACAAAGTATTGTTCTAG
TTATGCTTTGCACTTTGGAGCTACACATAATATTTACTTGTGTTGGCTCAAGTTTTAAAT
TTTACAAAATAGAATTAAGTTATTTGTAAACGTTATGACTTGCAACATACAAACCATATG
TATTTTTATATTTGCAAATATAGATGTACTATAATTCT

QA 1 698 1 698
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGCACCGGTCTGCTCGAGAAAGCCGGTTGCAAAACCTTCGCCGGTCTGCTCGTCTCGAGT
GGTGTCCTCAAGACTTACGAATCAACCATCGAAAAAGGCTTGACGGTTTTTGCACCGTCG
GATGAAGCTTTCAAAGACGACGACGTACCAGACCTGACGAAGCTCACGCAAGCTGAGGTG
GTCTCGCTCCTAGAGTATCACGCCCTCGCTGAGTACAAGCCCAAAGGCTCTCTCAAGACC
AACAAGAACAAAATCTCCACGCTGGCCACCAACGGCGCCGGGAAATACGATCTCACCACG
TCGACCTCCGGCGACGAAGTTGTCCTCCACACCGGCATCGCTCCGTCGAGACTCGCCGAC
ACGGTGCTCGACGCAACTCCGGTCGTGATTTTCACGGTGGATAAAGTCCTCCTCCCTCCT
GAACTATTCGGGAACGCCACTTCTCCGGCGCCGGCGCCGGCACCAGTCACCGCACCGACG
CCGTCTCCGGCGGAAGGACCTTCGCCCACCGCGGCTTCTCCGCCGGCACCTCCGACTGAT
GAGTCACCGGAGAGCTCTCCTTCGGACTCGCCCGGCTGGTTCGGCGGACAGCAAGACGGC
TAAATCGGCGGCTGTCGTGAGCTCACCGTCGTTGTTCGCCGCATTGGTCACGCTCGTTGC
TGTAGCCGTTTCAGTGTCTCTTTGATCGTGAAATTGAATTCTCTCGTAAATTACGCAAGC
TGCCACTGCTTTTGTTCATTTTTATTTAATTTTTTTTTGTTCTACTTGCTTTTGTGCTTA
TGTTTGTTGAGTTTAAACATGGGATTAGAGAGTGAGGTTTGAAATCTTTTTATTTAATCA
TATTTTCATTATTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX46TF U 1
AF RR3DX46JQ C 103
BS 1 598 RR3DX46TF
BS 599 856 RR3DX46JQ

RD RR3DX46TF 602 0 0
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GGTGTCCTCAAGACTTACGAATCAACCATCGAAAAAGGCTTGACGGTTTTTGCACCGTCG
GATGAAGCTTTCAAAGACGACGACGTACCAGACCTGACGAAGCTCACGCAAGCTGAGGTG
GTCTCGCTCCTAGAGTATCACGCCCTCGCTGAGTACAAGCCCAAAGGCTCTCTCAAGACC
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TCGACCTCCGGCGACGAAGTTGTCCTCCACACCGGCATCGCTCCGTCGAGACTCGCCGAC
ACGGTGCTCGACGCAACTCCGGTCGTGATTTTCACGGTGGATAAAGTCCTCCTCCCTCCT
GAACTATTCGGGAACGCCACTTCTCCGGCGCCGGCGCCGGCACCAGTCACCGCACCGACG
CCGTCTCCGGCGGAAGGACCTTCGCCCACCGCGGCTTCTCCGCCGGCACCTCCGACTGAT
GAGTCACCGGAGAGCTCTCCTTCGGACTCGCCCGGCTGGTTCGGCGGACAGCAAGACG
CTAA

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3DX46JQ 754 0 0
GACGG
TTTTGCACTGTCGGATGAAGCTTTCAAAGACGACGACGTACCAGACCTGACGAAGCTCAC
GCAAGCTGAGGTGGTCTCGCTCCTAGAGTATCACGCCCTCGCTGAGTACAAGCCCAAAGG
CTCTCTCAAGACCAACAAGAACAAAATCTCCACGCTGGCCACCAACGGCGCCGGGAAATA
CGATCTCACCACGTCGACCTCCGGCGACGAAGTTGTCCTCCACACCGGCATCGCTCCGTC
GAGACTCGCCGACACGGTGCTCGACGCAACTCCGGTCGTGATTTTCACGGTGGATAAAGT
CCTCCTCCCTCCTGAACTATTCGGGAACGCCACTTTTCCGGCGCCGGCGCCGGCACCAGT
CACCGCACCGACGCCGTCTCCGGCGGAAGGACCTTCGCCCACCGCGGCTTCTCCGCCGGC
ACCTCCGACTGATGAGTCACCGGAGAGCTCTCCTTCGGACTCGCC*GGCTGGTTCGGCGG
ACAGCAAGACGGCTAAATCGGCGGCTGTCGTGAGCTCACCGTCGTTGTTCGCCGCATTGG
TCACGCTCGTTGCTGTAGCCGTTTCAGTGTCTCTTTGATCGTGAAATTGAATTCTCTCGT
AAATTACGCAAGCTGCCACTGCTTTTGTTCATTTTTATTTAATTTTTTTTTGTTCTACTT
GCTTTTGTGCTTATGTTTGTTGAGTTTAAACATGGGATTAGAGAGTGAGGTTTGAAATCT
TTTTATTTAATCATATTTTCATTATTGCC

QA 6 754 6 754
DS 



AS 1 2

CO CL5270Contig1 1115 2 4 U
GTGAGAAGCTCAGTTGGTGTCATGCCCTCTGACGAATACACCACCATTGAGCTCGCTGGA
ACCGATAGACCCGGTCTCTTGTCTGAAGTATCTGCTGTTCTCACAGACCTTCACTGCAAC
GTTGTCAACGCTGAGATATGGACTCACAACACCAGAGCTGCTGCGGTTATTCACGTCACC
GACAATACTACTAATTCAGCTATTACGGACCCAATCCGCCTATCCACCATCAAACATCTG
CTGTGCAATGTAGTTAGGACCAACAGCGGCTCCAGGGCTGCAAAAACCGTATTTTCTTCT
TCTGATACACACAGGGAGAGGCGCTTGCATCTGATCATGTTTGATGACAGGGATTACGAG
GGAGTCAAAAGACCAAGGACATCAAGGCCCTGTGTCACATTCACAAACATTGACAAGGAT
TATACCGTTGTTACCATGAGGTCCAGATATAGACCAAAGCTTGTGTTTGACGTTGTCTGT
ACCTTGACTGATATGCAGTATGTGGTGTTCCATGGCATGGTCAGCACAGAACCACTAGAG
GCTTATCAGGAGTTTTACATCCGTCACGTAGATGGACTTCCCATAAACTCAGAAGCCGAG
CAAGACCGTGTTATCCAATGTCTTGAAGCAGCAATTGAGAGAAGAACCTCCGAGGGTTTA
GAGCTGGAACTATCAGCAGAAGACAGAGTTGGTCTTCTCTCAGACATAACCAGAACATTC
CGAGAGAACAGCTTAACTATTGTGAGAGCAGAGATTTCAACGCGAGAGGGTAAGGCTAAA
GACCCCTTCTACGTTACAGACGTAACAGGAAACGCTGTTGAATCAAAAATCGTGGAGTCA
ATAAGGAAAGAGATAGGAGTAAGCAAGCTGAAGGCGAAGGTGAAGCAGAACGAGGAATGC
TCTGTTCTTGGTACAAGCAGGGCTTCGCAAGAAACAACAATGGGGTCTCTGCTTAGCAAC
ATCTTCAAATCTAAGCCTAGTCTCCAGTAACTTCAAGCTCACTCATAATTGTCTCATAGA
GTATGTGCTCTTGTATAGATAACAAAACTATTATTAGACAGGATTAGGTAAGGCATCATA
AGCTAAGCTGGTTGCAAAAAGTAGCCCGTCTTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H977TF U 1
AF RR3H977JQ C 490
BS 1 680 RR3H977TF
BS 681 681 RR3H977JQ
BS 682 732 RR3H977TF
BS 733 1115 RR3H977JQ

RD RR3H977TF 732 0 0
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GTTGTCAACGCTGAGATATGGACTCACAACACCAGAGCTGCTGCGGTTATTCACGTCACC
GACAATACTACTAATTCAGCTATTACGGACCCAATCCGCCTATCCACCATCAAACATCTG
CTGTGCAATGTAGTTAGGACCAACAGCGGCTCCAGGGCTGCAAAAACCGTATTTTCTTCT
TCTGATACACACAGGGAGAGGCGCTTGCATCTGATCATGTTTGATGACAGGGATTACGAG
GGAGTCAAAAGACCAAGGACATCAAGGCCCTGTGTCACATTCACAAACATTGACAAGGAT
TATACCGTTGTTACCATGAGGTCCAGATATAGACCAAAGCTTGTGTTTGACGTTGTCTGT
ACCTTGACTGATATGCAGTATGTGGTGTTCCATGGCATGGTCAGCACAGAACCACTAGAG
GCTTATCAGGAGTTTTACATCCGTCACGTAGATGGACTTCCCATAAACTCAGAAGCCGAG
CAAGACCGTGTTATCCAATGTCTTGAAGCAGCAATTGAGAGAAGAACCTCCGAGGGTTTA
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CGAGAGAACAGC

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3H977JQ 626 0 0
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GAGTTTTACATCCGTCACGTAGATGGACTTCCCATAAACTCAGAAGCCGAGCAAGACCGT
GTTATCCAATGTCTTGAAGCAGCAATTGAGAGAAGAACCTCCGAGGGTTTAGAGCTGGAA
CTATCAGCAGAAGACAGAGTTGGTCTTCTCTCAGACATAACCAGAACATTCCGAGAGAAC
AGCTTAACTATTGTGAGAGCAGAGATTTCAACGCGAGAGGGTAAGGCTAAAGACCCCTTC
TACGTTACAGACGTAACAGGAAACGCTGTTGAATCAAAAATCGTGGAGTCAATAAGGAAA
GAGATAGGAGTAAGCAAGCTGAAGGCGAAGGTGAAGCAGAACGAGGAATGCTCTGTTCTT
GGTACAAGCAGGGCTTCGCAAGAAACAACAATGGGGTCTCTGCTTAGCAACATCTTCAAA
TCTAAGCCTAGTCTCCAGTAACTTCAAGCTCACTCATAATTGTCTCATAGAGTATGTGCT
CTTGTATAGATAACAAAACTATTATTAGACAGGATTAGGTAAGGCATCATAAGCTAAGCT
GGTTGCAAAAAGTAGCCCGTCTTCTG

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

CO CL5271Contig1 858 2 2 U
GATGGCGAACCTCTCCAGCATTCACATTCTTTTCTTCTTCTTGTTCATCACAAGCTGCAT
TGCTGTTTCCGCCACCGTCTTTACTTTACAGAACAGTTGTCCTTACACCGTCTGGCCTGG
AATCCTCTCCGGCAACAGCAACACCCTCGGCGACGGCGGTTTTCCCCTCACTCCCGGCGC
TTCCCAGCAGCTAACCGCTCCTCCTGGATGGTCAGGCCGGTTCTGGGCTCGTACCGGCTA
CAACTTCGACTCCTCCGGACACGGCAACTGCGTCACCGGAGACTGCGGCGGCGTTCTCAA
ATGCATCGGCGGCGGAGTTCCTCCAACCACTCTGGCCGAGTTCACCGTCGGATCAGGCGT
CTCCGGGAAGGACTTCTACGACGTGAGCCTCGTCGACGGTTACAACGTGGAGATGGGGAT
CAAACCGCAAGGAGGCTCCGGTGACTGCAAATACGCAGGCTGCGTCGCCGACGTCAACGG
TGTTTGCCCTAACGAGCTTCGGATCGTGGATCCGCGCACGGGAATCATCGCGGCGTGTAA
GAGCGCTTGCGCGGCGTTTAATTCGCCGGAGTTCTGTTGTACGGGTGCTCACGCGACGCC
GCAAACTTGTTCTCCCACGCATTACTCGGCCATGTTTAAGAACGCTTGTCCGAGTGCTTA
CAGTTACGCCTACGACGATGCGACGAGTACTTTCACTTGTTCCAGGGCTAATTACTTGAT
CACTTTCTGCCCTACCCGGTCTTGAACCGGGTATTTGGATTTAGATTCCGGTTGGGTTTG
TCTTTTGTTTGTTATGCACGGAAAGTTTTATGACTTTGTACATCTTCTTCTTATTTGAAA
GAAAAAAAAGATTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FL48TF U 1
AF RR3FL48JQ C 287
BS 1 619 RR3FL48TF
BS 620 858 RR3FL48JQ

RD RR3FL48TF 619 0 0
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AATCCTCTCCGGCAACAGCAACACCCTCGGCGACGGCGGTTTTCCCCTCACTCCCGGCGC
TTCCCAGCAGCTAACCGCTCCTCCTGGATGGTCAGGCCGGTTCTGGGCTCGTACCGGCTA
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ATGCATCGGCGGCGGAGTTCCTCCAACCACTCTGGCCGAGTTCACCGTCGGATCAGGCGT
CTCCGGGAAGGACTTCTACGACGTGAGCCTCGTCGACGGTTACAACGTGGAGATGGGGAT
CAAACCGCAAGGAGGCTCCGGTGACTGCAAATACGCAGGCTGCGTCGCCGACGTCAACGG
TGTTTGCCCTAACGAGCTTCGGATCGTGGATCCGCGCACGGGAATCATCGCGGCGTGTAA
GAGCGCTTGCGCGGCGTTTAATTCGCCGGAGTTCTGTTGTACGGGTGCTCACGCGACGCC
GCAAACTTGTTCTCCCACG

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3FL48JQ 572 0 0
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GTCGGATCAGGCGTCTCCGGGAAGGACTTCTACGACGTGAGCCTCGTCGACGGTTACAAC
GTGGAGATGGGGATCAAACCGCAAGGAGGCTCCGGTGACTGCAAATACGCAGGCTGCGTC
GCCGACGTCAACGGTGTTTGCCCTAACGAGCTTCGGATCGTGGATCCGCGCACGGGAATC
ATCGCGGCGTGTAAGAGCGCTTGCGCGGCGTTTAATTCGCCGGAGTTCTGTTGTACGGGT
GCTCACGCGACGCCGCAAACTTGTTCTCCCACGCATTACTCGGCCATGTTTAAGAACGCT
TGTCCGAGTGCTTACAGTTACGCCTACGACGATGCGACGAGTACTTTCACTTGTTCCAGG
GCTAATTACTTGATCACTTTCTGCCCTACCCGGTCTTGAACCGGGTATTTGGATTTAGAT
TCCGGTTGGGTTTGTCTTTTGTTTGTTATGCACGGAAAGTTTTATGACTTTGTACATCTT
CTTCTTATTTGAAAGAAAAAAAAGATTTGTCC

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL5272Contig1 427 2 1 U
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AAAAGAAAGTATGAAAAAGGAATCATATGAATCGAAAGTACATCTTTTGTGAAGCATCAT
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AACCATGTTTCTTTGTGGGATCCGATCCGATCGGCATTACATGTATTGCATAAAAAAAAA
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TACAGTTCAGAGCTGGTACTAGCTAAAACAGTTCTAGTAATGATATTTTTTTATATAATG
CAAGATGTGGCTTTTGCTAACAGTGTTCATGTTAGGTACTATCTTTTTCTTGGAAAGTAT
AATCAGA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H393JQ C 1
AF RR3H393TF U 1
BS 1 427 RR3H393TF

RD RR3H393JQ 427 0 0
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AAAAGAAAGTATGAAAAAGGAATCATATGAATCGAAAGTACATCTTTTGTGAAGCATCAT
AGTCATGACAACATGTGATCGCAGCATTCTGTACGTAGTAGTTGCTCCATACGATTTAAC
AACCATGTTTCTTTGTGGGATCCGATCCGATCGGCATTACATGTATTGCATAAAAAAAAA
CACAAGGATGATGGATGAGTGACGCCGCATAACTCTTCCTTTCTTTTTTCTTTTCAAATT
TACAGTTCAGAGCTGGTACTAGCTAAAACAGTTCTAGTAATGATATTTTTTTATATAATG
CAAGATGTGGCTTTTGCTAACAGTGTTCATGTTAGGTACTATCTTTTTCTTGGAAAGTAT
AATCAGA

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR3H393TF 427 0 0
GGAGAAATTCCTGATTAAGCTAAACAACAAAAAAGAAACTGAAAAAGGGAAACCAAATAA
AAAAGAAAGTATGAAAAAGGAATCATATGAATCGAAAGTACATCTTTTGTGAAGCATCAT
AGTCATGACAACATGTGATCGCAGCATTCTGTACGTAGTAGTTGCTCCATACGATTTAAC
AACCATGTTTCTTTGTGGGATCCGATCCGATCGGCATTACATGTATTGCATAAAAAAAAA
CACAAGGATGATGGATGAGTGACGCCGCATAACTCTTCCTTTCTTTTTTCTTTTCAAATT
TACAGTTCAGAGCTGGTACTAGCTAAAACAGTTCTAGTAATGATATTTTTTTATATAATG
CAAGATGTGGCTTTTGCTAACAGTGTTCATGTTAGGTACTATCTTTTTCTTGGAAAGTAT
AATCAGA

QA 1 427 1 427
DS 



AS 1 2

CO CL5273Contig1 1069 2 4 U
GAGAGAGGAGAGGCTATCAACATGGCTCGTGCTTCCTTCATCACATCTTTCAATATAATC
TCAAATGCATTGTTGTCTGTTGATTTGGCCACGTATAACTCTAACTCGTCGTCTTTCGAG
TTCCACGAAACGGTGGTTCGTCTTATGGAGATCTGTGGGAAACCCAACGCAGGAGATTTT
TTCAGGTCTCTGAGGTTTCTTGACTTACAAGGTAGCAGAAAAGAGTCGGCACTCTGCATA
GAGAAGCTATTTAGGGTTTTCCAAGAATTCATCGATGATCGTGTGGCCAAAAGATTGTCT
CAGACAGAGACCTCGACTATTGATATGTTAGATGCTCTTCTCGATATTACACAGCAAAAC
GAAGAAGAGTTCACCATGAATGATATGAAACACATGTTTCTCGACTTGTTTGTTGCGGGA
ACGGATACAAACTCTAGTACAATGGAGTGGGCTATGACGGAGCTACTCCGTAACCCGGAG
AAGATGGTCAGAGCTCAGAGTGAGATAAGGCAGGTGATAGGTGAGAACGGTGTCGTTCAA
GAATCTGATATCCCGAGGTTGCCTTACTTGCTAGCAGTTGTGAAAGAGACTCTTCGTTTG
CATCCTCCAGCTCCTTTGATCCCTCGAAAATCTGAATCTGATGTCCAAATCTTTGGTTTC
CTCGTTCCAAAGAACTCTCAGGTTTTCGTGAACGTTTGGGCAATGGGACGAGACTCGAAC
GTGTGGGAGAATCCAATGAAGTTCGAGCCAGAGAGGTTCTTGTTACGAGACACCGATGTA
AGAGGCAAAGATTTCGAGCTTATACCGTTTGGATCAGGACGAAGAATGTGTCCAGGAATC
ACAATGTCATTGAAGACAACACCTATGGTGCTTGCCTCTCTTCTCCATTCCTTTGACTGG
AAACTTCAAGACGGTGTCGTCCCTGGAAACATGGACATGAGTGAAGCCTTCGGTCTTACT
TTGCATGAAGCTAAACCTCTCTGTGTTGTACCCATCAAGAAACCTATATCATCGTCTTAG
TATTCTCCATGATATTTTTTTCTTTGTAATAAGACTTCTCAATCCATTC


BQ
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AF RR3GC50TF U 1
AF RR3GC50JQ C 233
BS 1 681 RR3GC50TF
BS 682 682 RR3GC50JQ
BS 683 729 RR3GC50TF
BS 730 1069 RR3GC50JQ

RD RR3GC50TF 729 0 0
GAGAGAGGAGAGGCTATCAACATGGCTCGTGCTTCCTTCATCACATCTTTCAATATAATC
TCAAATGCATTGTTGTCTGTTGATTTGGCCACGTATAACTCTAACTCGTCGTCTTTCGAG
TTCCACGAAACGGTGGTTCGTCTTATGGAGATCTGTGGGAAACCCAACGCAGGAGATTTT
TTCAGGTCTCTGAGGTTTCTTGACTTACAAGGTAGCAGAAAAGAGTCGGCACTCTGCATA
GAGAAGCTATTTAGGGTTTTCCAAGAATTCATCGATGATCGTGTGGCCAAAAGATTGTCT
CAGACAGAGACCTCGACTATTGATATGTTAGATGCTCTTCTCGATATTACACAGCAAAAC
GAAGAAGAGTTCACCATGAATGATATGAAACACATGTTTCTCGACTTGTTTGTTGCGGGA
ACGGATACAAACTCTAGTACAATGGAGTGGGCTATGACGGAGCTACTCCGTAACCCGGAG
AAGATGGTCAGAGCTCAGAGTGAGATAAGGCAGGTGATAGGTGAGAACGGTGTCGTTCAA
GAATCTGATATCCCGAGGTTGCCTTACTTGCTAGCAGTTGTGAAAGAGACTCTTCGTTTG
CATCCTCCAGCTCCTTTGATCCCTCGAAAATCTGAATCTGATGTCCAAATCTTTGGTTTC
CTCGTTCCAAAGAACTCTCAG*TTTTCGTGAACGTTTGGGCAATGGGACGAGACTCGAAC
GTGTGGGAG

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3GC50JQ 837 0 0
TCTGCATAGAGAAGCTATTTAGGGTTT*CCAAGAATTCATCGATGATCGTGTG*CCAAAA
GAT*GTCTCAGACAGAGACCTCGACTATTGATATGTTAGATGCTCTTCTCGATATTACAC
AGCAAAACGAAGAAGAGTTCACCATGAATGATATGAAACACATGTTTCTCGACTTGTTTG
TTGCGGGAACGGATACAAACTCTAGTACAATGGAGTGGGCTATGACGGAGCTACTCCGTA
ACCCGGAGAAGATGGTCAGAGCTCAGAGTGAGATAAGGCAGGTGATAGGTGAGAACGGTG
TCGTTCAAGAATCTGATATCCCGAGGTTGCCTTACTTGCTAGCAGTTGTGAAAGAGACTC
TTCGTTTGCATCCTCCAGCTCCTTTGATCCCTCGAAAATCTGAATCTGATGTCCAAATCT
TTGGTTTCCTCGTTCCAAAGAACTCTCAGGTTTTCGTGAACGTTTGGGCAATGGGACGAG
ACTCGAACGTGTGGGAGAATCCAATGAAGTTCGAGCCAGAGAGGTTCTTGTTACGAGACA
CCGATGTAAGAGGCAAAGATTTCGAGCTTATACCGTTTGGATCAGGACGAAGAATGTGTC
CAGGAATCACAATGTCATTGAAGACAACACCTATGGTGCTTGCCTCTCTTCTCCATTCCT
TTGACTGGAAACTTCAAGACGGTGTCGTCCCTGGAAACATGGACATGAGTGAAGCCTTCG
GTCTTACTTTGCATGAAGCTAAACCTCTCTGTGTTGTACCCATCAAGAAACCTATATCAT
CGTCTTAGTATTCTCCATGATATTTTTTTCTTTGTAATAAGACTTCTCAATCCATTC

QA 1 837 1 837
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5275Contig1 841 2 4 U
ATGAGCTCATGAAATCGACATGGGTGGTCAGCTGCTGTTCTTGGTGCTGCCAAAGCCATT
GGTGAGATTAAGCCTCCTGGTGTTGAGGTTCATTTCATCATTGCAGCCTGTGAGAATATG
ATTAGTGGAACTGGAATGAGACCTGGTGATGTCATCACCGCCTCAAACGGAAAGACCATT
GAGGTCAACAACACAGATGCTGAGGGTCGTCTAACACTTGCTGATGCTCTAGTCTATGCT
TGTAACCAGGGCGTTGACAAGATTGTTGACCTGGCTACATTGACTGGGGCATGCGTTATT
GCTCTTGGAACATCAATGGCTGGAATTTACACACCTAATGATGAGCTTGCTACGGAGGTG
ATTGCTGCATCGGAGAAGAGTGGAGAGAAGCTGTGGAGGATGCCATTAGAAGAGAGCTAT
TGGGAGATGATGAAGTCTGGATGTGCTGATATGGTCAACACAGGCGGGCGTGCAGGAGGC
TCCATCACCGCAGCTCTCTTCTTGAAACAGTTTGTGAGCGAGAAGGTGCAATGGATGCAT
ATAGACATGGCCGGACCGGTGTGGAACGAGAAGAAGAAGTCTGGGACTGGGTTTGGTGTT
GCGACGCTTGTCGAATGGGTGCAGACGAATCCTTCTGCGTAGATGTGAACAGAGAGTGGC
CGCTGTTCAGTGGTCGCTGGTTTATAATAATGTGTCGAAAGTTGTTGTGTTTTAAATGTT
TTTTCTTTTTACTGAACAGTAAATTTATCATATGTTGAATAAAGGGGTCACTTTGCTTTT
TCGTCCGAAGATGCTGTCTGAAATTTCTTCACTTCTGAATATTCAACATTGGTCCTCGCT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3CX50JQ C 1
AF RR3C827TF U 142
BS 1 142 RR3CX50JQ
BS 143 423 RR3C827TF
BS 424 424 RR3CX50JQ
BS 425 841 RR3C827TF

RD RR3CX50JQ 630 0 0
ATGAGCTCATGAAATCGACATGGGTGGTCAGCTGCTGTTCTTGGTGCTGCCAAAGCCATT
GGTGAGATTAAGCCTCCTGGTGTTGAGGTTCATTTCATCATTGCAGCCTGTGAGAATATG
ATTAGTGGAACTGGAATGAGACCTGGTGATGTCATCACCGCCTCAAGCGGAAAGACCATT
GAGGTCAACAACACAGATGCTGAGGGTCGTCTAACACTTGCTGATGCTCTAGTCTATGCT
TGTAACCAGGGCGTTGACAAGATTGTTGACCTGGCTACATTGACTGGGGCATGCGTTATT
GCTCTTGGAACATCAATGGCTGGAATTTACACACCTAATGATGAGCTTGCTACGGAGGTG
ATTGCTGCATCGGAGAAGAGTGGAGAGAAGCTGTGGAGGATGCCATTAGAAGAGAGCTAT
TGGGAGATGATGAAGTCTGGATGTGCTGATATGGTCAACACAGGCGGGCGTGCAGGAGGC
TCCATCACCGCAGCTCTCTTCTTGAAACAGTTTGTGAGCGAGAAGGTGCAATGGATGCAT
ATAGACATGGCCGGACCGGTGTGGAACGAGAAGAAGAAGTCTGGGACTGGGTTTGGTGTT
GCGACGCTTGTCGAATGGGTGCAGACGAAT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3C827TF 700 0 0
G
CTGGTGATGTCATCACCGCCTCAAACGGAAAGACCATTGAGGTCAACAACACAGATGCTG
AGGGTCGTCTAACACTTGCTGATGCTCTAGTCTATGCTTGTAACCAGGGCGTTGACAAGA
TTGTTGACCTGGCTACATTGACTGGGGCATGCGTTATTGCTCTTGGAACATCAATGGCTG
GAATTTACACACCTAATGATGAGCTTGCTACGGAGGTGATTGCTGCATCGGAGAAGAGTG
GAGAGAAGCTGTGGAGGATGCCATTAGAAGAGAGCTATTGG*AGATGATGAAGTCTGGAT
GTGCTGATATGGTCAACACAGGCGGGCGTGCAGGAGGCTCCATCACCGCAGCTCTCTTCT
TGAAACAGTTTGTGAGCGAGAAGGTGCAATGGATGCATATAGACATGGCCGGACCGGTGT
GGAACGAGAAGAAGAAGTCTGGGACTGGGTTTGGTGTTGCGACGCTTGTCGAATGGGTGC
AGACGAATCCTTCTGCGTAGATGTGAACAGAGAGTGGCCGCTGTTCAGTGGTCGCTGGTT
TATAATAATGTGTCGAAAGTTGTTGTGTTTTAAATGTTTTTTCTTTTTACTGAACAGTAA
ATTTATCATATGTTGAATAAAGGGGTCACTTTGCTTTTTCGTCCGAAGATGCTGTCTGAA
ATTTCTTCACTTCTGAATATTCAACATTGGTCCTCGCTC

QA 2 700 2 700
DS 



AS 1 2

CO CL5276Contig1 750 2 2 U
GGAAAAACACACACAACGAAAAGACAGAAACACACGAATCAAGAAGAAAAATGACAAAAG
TTCACCCAAAGTTCTCAAACACTTACGAGAAAAGCTTGTGTGATAGTAAAGCAACTGTAG
CTTTAACGGTGTGGAAGAAGTCTCTTCTCTTCAACTGTGATGGATTCACAGTTTACAACT
CTAATGGAGATCTCGTCTTTAGGGTTGACAACTACATGAACTCACCTAGAGACAACATCG
TCCTTATGGATGCTTCCGGCTTGCCCCTTCTCTCCATCCGCCGCAAGAAGTTGAGCCTGG
GAGATTGTTGGGGGGTATACGACGGAGAAACACAAAGAGATCCATTATTTACGGCAAAGA
AAAACGTTAACATACTAACAAACAAGAGGAGCTTGGTGTGGGTTAGCACGAAGAAAACAG
TACTATACGAGATTGAAGGATCATATGGGCAGAGAAGCTGCAAAATAGTGGACGTGAGTA
GAAACAAGAAGAAAACAGCAGAGATCAAGAAGAAAGATGCAATGGTTGGAGGAGGTTCCT
TTGGCAAAGATGTGTTTAAACTTATAGTTGAAGCGGAGATGGAGCCTCGTGTGGCCATGG
CATTGACCATCATTCTCGACCAAATGTCAAGATCTTATTGATTTTTCAAGCTTTTGTAAG
TATATATTAGTGTTCCCTTTTTGTTATGTAATTTATGCATGTGTGTTCTTATATGTTACA
CATGAACAGAAACAACTTTTGTTTTCAGTT


BQ
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AF RR3G225TF U 1
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TATATATTAGTGTTC

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CTTTTGTTTTCAGTT

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 2

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CTTACGGTGCTTCTCTCCAGCTCGAAGGCTGTTTCTTGCGTTACGAGACAAACGACTTTC
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BQ
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GTTACTATGACTTCTCTTCAGATCCAACGAACGGAGATAACGTGGGGAAATCAATTGCGA
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TGCGGAATCTGTTGGGAAGTTAAAGAATCTTTGTGGCTCGGCGGTTGCAGCTGAGGTTTA
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CGCAATTCTTGTTATCCTCCTCTCCCTCTGCAGAAACAACATGCATTGATATAAAGAAGA
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AAG

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

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AAGCTGGCGGATTAATACGAATGGAGGTTCTTATTTTCTATGGTAATTAGTGAGTTTTGT
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AATAATAAATTTGGACATCTTGTTTGTGCTCAGAATTATATCG


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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FO32TF U 1
AF RR3FO32JQ C 309
BS 1 618 RR3FO32TF
BS 619 619 RR3FO32JQ
BS 620 680 RR3FO32TF
BS 681 681 RR3FO32JQ
BS 682 732 RR3FO32TF
BS 733 733 RR3FO32JQ
BS 734 744 RR3FO32TF
BS 745 883 RR3FO32JQ

RD RR3FO32TF 744 0 0
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GACAATGGCTCTCTTTTCGACCACCAACATCCTCTCTCTTCGCTCCTCAATCCTCATGAA
CCCTAGATTCCTTCCAATCAACCATCACTGTAATCCTCCTCTCCGCCTCTCTGTTCCCCA
CAAACCTACCTTCAATCTCTCCCACAAAAACCCTAAAACCATTGTCTCCGCCGCCGTCAC
ACCCTCCACTGAACCCTCTCCTCGATTCCCCTTCTCCGACTCAACCAAATCAATCACAAC
CCTCGCGATTCTCGCCGGAATCGTAACCAAATCCCTAATCCACAAACTCTCCGCCGCCTT
CGTAACCTTATCCCCACAGTTCCAAGCATCTCTCCGAATCTCCGGTCCGTTGTTCTTCGC
GGCGGTTCGCGACCGTCCCGCCGGGTATCTCAACACGCCGTTGACGGTTGTTGCGGCGGG
TTTGTCCAAGTGGCTTGATATCTACAGTGGTGTACTGATGGTTAGGGTTTTGCTGAGTTG
GTTCCCCAACATTCCTTGGGATCGTCAGCCTCTCTCCGCTATTAGAGACCTTTGTGATCC
TTATCTGAATCTCTTCAG*AACATTATCCCTCCTGTCTTTGATACCCTTGATGTTAGCCC
TTTGCTTGCTTTTGCTGTTT*GGGTACTTTGGGTTCCATTCTCAACAATAGCAGATGATA
AAGCTGGCGGAT*AATACGAATGG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3FO32JQ 575 0 0
TTCTCGCCGGAATCGTAACCAAATCCCTAATCCACAAACTTTCCGCCGCCTTTGTAACCT
TATCCCCACAGTTCCAAGCATCTTTCCGAATTTCCGGTCCGTTGTTCTTCGCGGCGGTTC
GCGACCGTCCCGCCGGGTATCTCAACACGCCGTTGACGGTTGTTGCGGCGGGTTTGTCCA
AGTGGCTTGATATCTACAGTGGTGTACTGATGGTTAGGGTTTTGCTGAGTTGGTTCCCCA
ACATTCCTTGGGATCGTCAGCCTCTTTCCGCTATTAGAGACCTTTGTGATCCTTATTTGA
ATCTCTTCAGGAACATTATCCCTCCTGTCTTTGATACCCTTGATGTTAGCCCTTTGCTTG
CTTTTGCTGTTTTGGGTACTTTGGGTTCCATTCTCAACAATAGCAGATGATAAAGCTGGC
GGATTAATACGAATGGAGGTTCTTATTTTCTATGGTAATTAGTGAGTTTTGTTTTCAATG
CGAAAGCTTGGAGATTCTTGCTTTCACTATGTACTATATTGTTGTTGGTTTCAATAATAA
ATTTGGACATCTTGTTTGTGCTCAGAATTATATCG

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

CO CL5279Contig1 830 2 2 U
GGACTTTTCTCTTTCTCTCTCCCAAAATCCTTGAACAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAAAGGAAGAAACTCAGCGGATTTCTTTATCTTCTGTTCTTCGTTGACAA
TGTCGGGAAACAAGCAAGAAGAGGATCCTCGTATCAACGGAATCAAAACTAAGATCCGTG
TCGTTCCAGATTTTCCCAAGAAAGGAATAATGTTTCAAGACATAACAACAGTGCTGTTGG
ATCCCAAAGCCTTCAAAGATACAATTGATCTATTTGTTGAGAGATACAGAGACAAGAACA
TCTCAGTGGTTGCAGGAATAGAGGCTCGTGGATTCCTATTCGGTCCACCAATAGCGTTAG
CCATTGGAGCAAAGTTCGTCCCTCTCCGTAAACCCAAGAAATTGCCAGGTGAAACGATAT
TTGAAGAATACGAGTTGGAGTACGGGAATGACCGGCTAGAGATGCACGTAGGAGCCGTTG
AGGCTGGAGACCGAGCTTTGGTAGTTGATGATCTAATTGCGACCGGTGGTACTCTTTGTG
CTGCCATTAACTTGCTCGAGAGGGTTGGGGCAGAAGTTGTGGAATGTGCATGCGTGATCG
AGTTACCCGAATTAAAGGGAAGGCAGAGACTCAAGGGGAAGCCACTATGCATGCTGGTGG
AGTACCGATGATGATTTTAGCTGAGATATTTGGATTAATGATTTGGTTAATTAAGTTTTG
GTTATGCACCGAAAATTCGGATTACGCAGACTTATTATTGGATTATGCAATATTTCAATT
GAAAATCTGGTGGATTAGCTGGAACAAATAATATAAATTTCTTTGCTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D772TF U 1
AF RR3D772JQ C 151
BS 1 631 RR3D772TF
BS 632 830 RR3D772JQ

RD RR3D772TF 631 0 0
GGACTTTTCTCTTTCTCTCTCCCAAAATCCTTGAACAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAAAGGAAGAAACTCAGCGGATTTCTTTATCTTCTGTTCTTCGTTGACAA
TGTCGGGAAACAAGCAAGAAGAGGATCCTCGTATCAACGGAATCAAAACTAAGATCCGTG
TCGTTCCAGATTTTCCCAAGAAAGGAATAATGTTTCAAGACATAACAACAGTGCTGTTGG
ATCCCAAAGCCTTCAAAGATACAATTGATCTATTTGTTGAGAGATACAGAGACAAGAACA
TCTCAGTGGTTGCAGGAATAGAGGCTCGTGGATTCCTATTCGGTCCACCAATAGCGTTAG
CCATTGGAGCAAAGTTCGTCCCTCTCCGTAAACCCAAGAAATTGCCAGGTGAAACGATAT
TTGAAGAATACGAGTTGGAGTACGGGAATGACCGGCTAGAGATGCACGTAGGAGCCGTTG
AGGCTGGAGACCGAGCTTTGGTAGTTGATGATCTAATTGCGACCGGTGGTACTCTTTGTG
CTGCCATTAACTTGCTCGAGAGGGTTGGGGCAGAAGTTGTGGAATGTGCATGCGTGATCG
AGTTACCCGAATTAAAGGGAAGGCAGAGACT

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3D772JQ 680 0 0
GTATCAACGGAATCAAAACTAAGATCCGTGTCGTTCCAGATTTTCCCAAGAAAGGAATAA
TGTTTCAAGACATAACAACAGTGCTGTTGGATCCCAAAGCCTTCAAAGATACAATTGATC
TATTTGTTGAGAGATACAGAGACAAGAACATCTCAGTGGTTGCAGGAATAGAGGCTCGTG
GATTCCTATTCGGTCCACCAATAGCGTTAGCCATTGGAGCAAAGTTCGTCCCTCTCCGTA
AACCCAAGAAATTGCCAGGTGAAACGATATTTGAAGAATACGAGTTGGAGTACGGGAATG
ACCGGCTAGAGATGCACGTAGGAGCCGTTGAGGCTGGAGACCGAGCTTTGGTAGTTGATG
ATCTAATTGCGACCGGTGGTACTCTTTGTGCTGCCATTAACTTGCTCGAGAGGGTTGGGG
CAGAAGTTGTGGAATGTGCATGCGTGATCGAGTTACCCGAATTAAAGGGAAGGCAGAGAC
TCAAGGGGAAGCCACTATGCATGCTGGTGGAGTACCGATGATGATTTTAGCTGAGATATT
TGGATTAATGATTTGGTTAATTAAGTTTTGGTTATGCACCGAAAATTCGGATTACGCAGA
CTTATTATTGGATTATGCAATATTTCAATTGAAAATCTGGTGGATTAGCTGGAACAAATA
ATATAAATTTCTTTGCTGAT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL5280Contig1 1023 2 6 U
GGCTAAGAATATCTTGATGATACCGACGATATCAGACGTTAGCACCGTGGAGGAGTGGAG
ATCTGTGGCTAGAAACATCGTGCAGCGTGATGGGGAAGTTAACTGGCGTGCAACTATTGT
GGATTGGCCTGGTCTTGGTTACTCTGATAAACTTAAGATGGATTATGATACAGATGTGAT
GGAGAAGTTTGTGGTTGATTTCATGAACTCACCTGAGAGCCCAATGAGCCAGGCAGGTAA
CGATGATGTAGTAATAATCGGAGGAGGACATGCAGCAACACTAGCAGTCCGTGCTACACA
ACGTGGGCTACTAAAACCATCAGCTATTGCTGCTGTTGCACCTACATGGGCTGGACCTCT
ACCTATAGTGTTTGGCCGGGATTCCTCCATGGAGACAAGGTATGGTCTGCTAAGAGGAAC
GCTAAGAGCACCTGGAGTCGGTTGGATGATGTACAACATGCTAGTGAGCAACGAGAAATC
AATCGAGTCTCAGTACAAATCCCATGTCTACGCAGACCAAAGCAACGTGACTGAGGCCAT
AATCCAAAGCAGATACGAGTTGACAAAGCAGAAAGGATCACGTTACGTCCCTGCAGCTTT
CTTGACCGGTTTACTCGACCCGGTTTCATCCCGGGATGAGTTTCTACAGCTGTTTGCTGA
TTTGGAAGGGAAACTTCCGGTTTATGGTGATGTCAACGAAAGGTGCTCCAAAGAGATCAA
AAGCTGAGATGGAGGCACTGAGAGGAGCCAAAGGAGTTAGCAAGTTTGTGGAGGTTGAAG
GTGCACTCTTGCCTCAAGAAGAGTATCCTTCTCTTGTTGCTCAAGAGCTCTACAACTTCT
TGCAAGAGACTTGTGCTTCTCTCAAGTAGATTCATTTTGTGAGCCCAGGCCCATACAGTG
TTTTATTGATTGTTTGCTACTACTACGCTTAAAAGTCTTACTATCTAGTTTTTTTTTTGG
TTCAAATACTATCTAGTATCTACCATGTCCTTTTCCAAATGAATACAACTTTTTTGCAGT
ACT


BQ
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10 10 10 

AF RR3C230TF U 1
AF RR3C230JQ C 242
BS 1 702 RR3C230TF
BS 703 703 RR3C230JQ
BS 704 711 RR3C230TF
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BS 713 744 RR3C230TF
BS 745 1023 RR3C230JQ

RD RR3C230TF 747 0 0
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ATCTGTGGCTAGAAACATCGTGCAGCGTGATGGGGAAGTTAACTGGCGTGCAACTATTGT
GGATTGGCCTGGTCTTGGTTACTCTGATAAACTTAAGATGGATTATGATACAGATGTGAT
GGAGAAGTTTGTGGTTGATTTCATGAACTCACCTGAGAGCCCAATGAGCCAGGCAGGTAA
CGATGATGTAGTAATAATCGGAGGAGGACATGCAGCAACACTAGCAGTCCGTGCTACACA
ACGTGGGCTACTAAAACCATCAGCTATTGCTGCTGTTGCACCTACATGGGCTGGACCTCT
ACCTATAGTGTTTGGCCGGGATTCCTCCATGGAGACAAGGTATGGTCTGCTAAGAGGAAC
GCTAAGAGCACCTGGAGTCGGTTGGATGATGTACAACATGCTAGTGAGCAACGAGAAATC
AATCGAGTCTCAGTACAAATCCCATGTCTACGCAGACCAAAGCAACGTGACTGAGGCCAT
AATCCAAAGCAGATACGAGTTGACAAAGCAGAAAGGATCACGTTACGTCCCTGCAGCTTT
CTTGACCGGTTTACTCGACCCGGTTTCATCCCGGGATGAGTTTCTACAGCTGTTTGCTGA
TTTGGAAGGGAAACTTCCGGTTTATGGTGATGTCAACGAAAG*TGCTCCAA*GAGATCAA
AAGCTGAGATGGAGGCACTGAGAG
AGC

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3C230JQ 782 0 0
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CGTGGGCTACTAAAACCATCAGCTATTGCTGCTGTTGCACCTACATGGGCTGGACCTCTA
CCTATAGTGTTTGGCCGGGATTCCTCCATGGAGACAAGGTATGGTCTGCTAAGAGGAACG
CTAAGAGCACCTGGAGTCGGTTGGATGATGTACAACATGCTAGTGAGCAACGAGAAATCA
ATCGAGTCTCAGTACAAATCCCATGTTTACGCAGACCAAAGCAACGTGACTGAGGCCATA
ATCCAAAGCAGATACGAGTTGACAAAGCAGAAAGGATCACGTTACGTCCCTGCAGCTTTC
TTGACCGGTTTACTCGACCCGGTTTCATCCCGGGATGAGTTTTTACAGCTGTTTGCTGAT
TTGGAAGGGAAACTTCCGGTT*ATGGTGATGTCAACGAAAGGTGCTCCAAAGAGATCAAA
AGCTGAGATGGAGGCACTGAGAGGAGCCAAAGGAGTTAGCAAGTTTGTGGAGGTTGAAGG
TGCACTCTTGCCTCAAGAAGAGTATCCTTCTCTTGTTGCTCAAGAGCTCTACAACTTCTT
GCAAGAGACTTGTGCTTCTCTCAAGTAGATTCATTTTGTGAGCCCAGGCCCATACAGTGT
TTTATTGATTGTTTGCTACTACTACGCTTAAAAGTCTTACTATCTAGTTTTTTTTTTGGT
TCAAATACTATCTAGTATCTACCATGTCCTTTTCCAAATGAATACAACTTTTTTGCAGTA
CT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL5281Contig1 1008 2 2 U
GGAATAAGGTGCCAGATACTGGATTGGATTTCGACTGATGATGTGGTTGTAGGTGAAGGA
GAATACTACTCAAGTGAACCCACATATAAGATTGGTCGAATTCCTCTGGGTCCTAATGCG
GCCGCTGTAATTGTCAACTCTGTAGCAGTCGAAGATGCATGTGTCTGGAGACCAACTACA
AGTATTGGAACACTTGCTGAAGCTGTAGGAGTTAAAATTGCATGGCCATCCGACAAGTTA
ATATTGGACGATGTTATTGACTTCTCAAAACATGCTAACACTGTCGGGTCAGAGACTATG
GATGCATCAGTAGGAAGGGTACAAATATTTGATTACTGGAATGTAGAAGATGAGTTGATT
GCTGAGGGTGTACTGGTGTCAACTGAAGCTAACCAATTGGTGAACGATATTCCGCTTGGA
CCGAATCCGCAGTTATAAAAGTTGAAGTAGTTGTTAAAGATTCTGCTTTCTTATGGAGAC
CAGCGCCTGGAATGTCAAACATGGGTGATTCACTACATCAGATCATTGCTTGGCCAATTG
ATAGGGCACGACTATCTGATACAACTGCTGAATCAACCAAGAAACCTAACGTGAGTACTA
GTAACAGCACTGGTAGTAGCAACAAAGTTGGTAGACAGAAGTGTGCTCTCTTGGACTGTC
ATAACTCTGGACAGACAGTAGCTTGGGGTCGTGTGTTTTCAACAGATCCAGCAGACAAGG
TTCATTTCATCCCTTTAGGTCCCAATGCTTCTAAGGTCATGGTAGAGGTTTCCAAGATGG
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GCACAGTGGCGTGGCCTACTGATAAGGTTGTTTTCATATGAGTGATGAGTTGTGAAATTG
AGAACTTTCAATTGTCTTAGTACTTTGTCATAATTATGAGTTTCATGTAATGTTGAACTT
AAAATGAGTGTATCTTTATTATAATAAAATTTCTATTTCTAAATCCGG


BQ
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AF RR3F445TF U 1
AF RR3F445JQ C 182
BS 1 684 RR3F445TF
BS 685 1008 RR3F445JQ

RD RR3F445TF 684 0 0
GGAATAAGGTGCCAGATACTGGATTGGATTTCGACTGATGATGTGGTTGTAGGTGAAGGA
GAATACTACTCAAGTGAACCCACATATAAGATTGGTCGAATTCCTCTGGGTCCTAATGCG
GCCGCTGTAATTGTCAACTCTGTAGCAGTCGAAGATGCATGTGTCTGGAGACCAACTACA
AGTATTGGAACACTTGCTGAAGCTGTAGGAGTTAAAATTGCATGGCCATCCGACAAGTTA
ATATTGGACGATGTTATTGACTTCTCAAAACATGCTAACACTGTCGGGTCAGAGACTATG
GATGCATCAGTAGGAAGGGTACAAATATTTGATTACTGGAATGTAGAAGATGAGTTGATT
GCTGAGGGTGTACTGGTGTCAACTGAAGCTAACCAATTGGTGAACGATATTCCGCTTGGA
CCGAATCCGCAGTTATAAAAGTTGAAGTAGTTGTTAAAGATTCTGCTTTCTTATGGAGAC
CAGCGCCTGGAATGTCAAACATGGGTGATTCACTACATCAGATCATTGCTTGGCCAATTG
ATAGGGCACGACTATCTGATACAACTGCTGAATCAACCAAGAAACCTAACGTGAGTACTA
GTAACAGCACTGGTAGTAGCAACAAAGTTGGTAGACAGAAGTGTGCTCTCTTGGACTGTC
ATAACTCTGGACAGACAGTAGCTT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3F445JQ 827 0 0
AAGTATGG
ACACTTGCTGAAGCTGTAGGAGTTAAA*TTGCATGGCCATCCGACAAGTTAATAT*GGAC
GATGTTATTGACTT*TCAAAACATGCTAACACTGTCGGGTCAGAGACTATGGATGCATCA
GTAGGAAGGGTACAAATATTTGATTACTGGAATGTAGAAGATGAGTTGATTGCTGAGGGT
GTACTGGTGTCAACTGAAGCTAACCAATTGGTGAACGATATTCCGCTTGGACCGAATCCG
CAGTTATAAAAGTTGAAGTAGTTGTTAAAGATTCTGCTTTCTTATGGAGACCAGCGCCTG
GAATGTCAAACATGGGTGATTCACTACATCAGATCATTGCTTGGCCAATTGATAGGGCAC
GACTATCTGATACAACTGCTGAATCAACCAAGAAACCTAACGTGAGTACTAGTAACAGCA
CTGGTAGTAGCAACAAAGTTGGTAGACAGAAGTGTGCTCTCTTGGACTGTCATAACTCTG
GACAGACAGTAGCTTGGGGTCGTGTGTTTTCAACAGATCCAGCAGACAAGGTTCATTTCA
TCCCTTTAGGTCCCAATGCTTCTAAGGTCATGGTAGAGGTTTCCAAGATGGATGATGCAC
GAGTGTGGAGACCAAACTCTGAAATTGAAGTCATAGGTGATGCAGTAGGGAGCACAGTGG
CGTGGCCTACTGATAAGGTTGTTTTCATATGAGTGATGAGTTGTGAAATTGAGAACTTTC
AATTGTCTTAGTACTTTGTCATAATTATGAGTTTCATGTAATGTTGAACTTAAAATGAGT
GTATCTTTATTATAATAAAATTTCTATTTCTAAATCCGG

QA 9 827 9 827
DS 



AS 1 2

CO CL5282Contig1 482 2 1 U
GGAGACACACAATCACAAGGCAGCTCAAGAAACACCAAGAAACAATGTCAAAAGCCTCAA
AGGCTTCTTATCTCAGCTTACTCCTCGCTGTCGTCTTCTTCCTCGGTTCTCAACCTGCAT
TCTCACTTCGTGCCCCAAAACCGCAATCAGAACCAACATCACCCCAAACCATAATGGATG
ATTCGTCTTCAATGGGAAAGATCGACCATGCAAAATCCATGATTGCTGGATTCTTCAGCC
ACAAGTTTCCATTAAAGGGTTGGCCTTTCCCCAAGTACCCGCCTTTCACAATGGTTAACC
CTAACATTCCAACAAACCCATCTGGAGCTCAAAGGGGACCAGAGAAGCTACCCTTTTCCC
CACGCAAAGGCAAGAAAGATGCAGGAAACGCTTGAAGATTGAAGTTTACTTGTGTTTGAA
AACATTTATATCATTTTACATTGCATCAAAATAAAAATCGTTATCTTTAACAACTGAATG
CC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 

AF RR3BY79JQ C 1
AF RR3BY79TF U 1
BS 1 482 RR3BY79TF

RD RR3BY79JQ 482 0 0
GGAGACACACAATCACAAGGCAGCTCAAGAAACACCAAGAAACAATGTCAAAAGCCTCAA
AGGCTTCTTATCTCAGCTTACTCCTCGCTGTCGTCTTCTTCCTCGGTTCTCAACCTGCAT
TCTCACTTCGTGCCCCAAAACCGCAATCAGAACCAACATCACCCCAAACCATAATGGATG
ATTCGTCTTCAATGGGAAAGATCGACCATGCAAAATCCATGATTGCTGGATTCTTCAGCC
ACAAGTTTCCATTAAAGGGTTGGCCTTTCCCCAAGTACCCGCCTTTCACAATGGTTAACC
CTAACATTCCAACAAACCCATCTGGAGCTCAAAGGGGACCAGAGAAGCTACCCTTTTCCC
CACGCAAAGGCAAGAAAGATGCAGGAAACGCTTGAAGATTGAAGTTTACTTGTGTTTGAA
AACATTTATATCATTTTACATTGCATCAAAATAAAAATCGTTATCTTTAACAACTGAATG
CC

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR3BY79TF 482 0 0
GGAGACACACAATCACAAGGCAGCTCAAGAAACACCAAGAAACAATGTCAAAAGCCTCAA
AGGCTTCTTATCTCAGCTTACTCCTCGCTGTCGTCTTCTTCCTCGGTTCTCAACCTGCAT
TCTCACTTCGTGCCCCAAAACCGCAATCAGAACCAACATCACCCCAAACCATAATGGATG
ATTCGTCTTCAATGGGAAAGATCGACCATGCAAAATCCATGATTGCTGGATTCTTCAGCC
ACAAGTTTCCATTAAAGGGTTGGCCTTTCCCCAAGTACCCGCCTTTCACAATGGTTAACC
CTAACATTCCAACAAACCCATCTGGAGCTCAAAGGGGACCAGAGAAGCTACCCTTTTCCC
CACGCAAAGGCAAGAAAGATGCAGGAAACGCTTGAAGATTGAAGTTTACTTGTGTTTGAA
AACATTTATATCATTTTACATTGCATCAAAATAAAAATCGTTATCTTTAACAACTGAATG
CC

QA 1 482 1 482
DS 



AS 1 2

CO CL5283Contig1 1260 2 6 U
GGGCTGCAATGCTTTTAGAACAGAAACTGAGCATTCGCCGGAGATAACTATCACCACCAC
ATAGAGCTATATCAATGGCGGAACCTAGGAAGCTGAGAGGCCACAAAGCGACTGCCACGT
GTTGCATAGCTTCTCGTGACCGGCCTGGACTTGTTGTCACTTCCGGCGAGGATGGTTGCA
TTTGCTGGTTTGATTTGCGATGTAAAGATGTCCAGTTCACCATTGACGTTGGGACAGAAC
CAGTTCCATCTCTTTGTTTCAAGACAGGTAACGAGGACGTTCTCTATGCTTCTCATGGAA
ACGAAATCAAGTCTTTCGATGTTCATACGCTAAGTGCTGGTTCTTGGAAGCCATTAGAGA
GTTACAGTTACAACAAAGATGAAGTTAACCAGGTAGTATGCAACGGAAGATCATCTTTTC
TTGCTTCTGCTGATGATTCTGGTGATGTCAAGATTATCGACCTTGGTCAGAAGTGTCTTT
ATAAGACCCTTAGAGCTGGTCATACAAGTATATGCAGTTCTGTGCAGTTCATTCCATGGA
GACCTTGGGAAGTTATTACCGGTGGACTTGATTCAAAGCTTGTTTTGTGGGATTTCTCAA
AAGGTCGCTCGCAAAAGATTGTAGACTTCAGCTCTGATACACATAGTAGTAGCTCAGGAC
AATGTTTAAACCCTGCGTTTGTTCACTCGATAGCAGTTCCGGAAATGGACATGGTTGATA
AGTTAGGCAAGATATGCGCTGTTGCTAGAGGTGATGGGATTGTCGATTTGATCAATGTCG
AATCAGAGCTTTCGAGAAAAGGAGCATCAAAAGGAAGCAGCAGCAGCAGCAGCAATGTGG
TGGTGAAAAGGGTTTGTTTAGATTACTCTGTTGGTGGACACAAGGCTGCTGTTTCTTGTG
TAGCGTTTTCTCAGTTTCAGGGAAAAGGTGGATTCTTGATCTCAGGTGGTAATGATAAGA
CAGTTAAAATCTGGGATTGCGTTAGATGTCTTGATTCAGACAAGAATAACGATAACAGAG
ATCTCCTCCTCCATTTGAATATTGACCTGAACAAGAAGGTGAATTGGCTATGCACGAATC
AGTCTGATTCTGAGAATCTTGTGGTCTGTGATACAACAAGAGTAGTCAAGGTTTACTCAA
TCTCTTGAGTCTTTGACTTTATTGGCTCTTACTGTTCACTTTGTTACTAGGCTTTATGGG
GCCTCTATGAATAGACTCAAGTGGTTGCTTGATCCACAAGTTTGTTATTTTGTTACTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DZ04TF U 1
AF RR3DZ04JQ C 548
BS 1 603 RR3DZ04TF
BS 604 604 RR3DZ04JQ
BS 605 657 RR3DZ04TF
BS 658 658 RR3DZ04JQ
BS 659 698 RR3DZ04TF
BS 699 1260 RR3DZ04JQ

RD RR3DZ04TF 698 0 0
GGGCTGCAATGCTTTTAGAACAGAAACTGAGCATTCGCCGGAGATAACTATCACCACCAC
ATAGAGCTATATCAATGGCGGAACCTAGGAAGCTGAGAGGCCACAAAGCGACTGCCACGT
GTTGCATAGCTTCTCGTGACCGGCCTGGACTTGTTGTCACTTCCGGCGAGGATGGTTGCA
TTTGCTGGTTTGATTTGCGATGTAAAGATGTCCAGTTCACCATTGACGTTGGGACAGAAC
CAGTTCCATCTCTTTGTTTCAAGACAGGTAACGAGGACGTTCTCTATGCTTCTCATGGAA
ACGAAATCAAGTCTTTCGATGTTCATACGCTAAGTGCTGGTTCTTGGAAGCCATTAGAGA
GTTACAGTTACAACAAAGATGAAGTTAACCAGGTAGTATGCAACGGAAGATCATCTTTTC
TTGCTTCTGCTGATGATTCTGGTGATGTCAAGATTATCGACCTTGGTCAGAAGTGTCTTT
ATAAGACCCTTAGAGCTGGTCATACAAGTATATGCAGTTCTGTGCAGTTCATTCCATGGA
GACCTTGGGAAGTTATTACCGGTGGACTTGATTCAAAGCTTGTTTTGTGGGATTTCTCAA
AAG*TCGCTCGCAAAAGATTGTAGACTTCAGCTCTGATACACATAGTAGTAGCTCAG*AC
AATGTTTAAACCCTGCGTTTGTTCACTCGATAGCAGTT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3DZ04JQ 713 0 0
GGAAGTTATTACCGGTGGACTTGATTCAAAGCTTGTTTTGTGGGATTTCTCAAAAGGTCG
CTCGCAAAAGATTGTAGACTTCAGCTCTGATACACATAGTAGTAGCTCAGGACAATGTTT
AAACCCTGCGTTTGTTCACTCGATAGCAGTTCCGGAAATGGACATGGTTGATAAGTTAGG
CAAGATATGCGCTGTTGCTAGAGGTGATGGGATTGTCGATTTGATCAATGTCGAATCAGA
GCTTTCGAGAAAAGGAGCATCAAAAGGAAGCAGCAGCAGCAGCAGCAATGTGGTGGTGAA
AAGGGTTTGTTTAGATTACTCTGTTGGTGGACACAAGGCTGCTGTTTCTTGTGTAGCGTT
TTCTCAGTTTCAGGGAAAAGGTGGATTCTTGATCTCAGGTGGTAATGATAAGACAGTTAA
AATCTGGGATTGCGTTAGATGTCTTGATTCAGACAAGAATAACGATAACAGAGATCTCCT
CCTCCATTTGAATATTGACCTGAACAAGAAGGTGAATTGGCTATGCACGAATCAGTCTGA
TTCTGAGAATCTTGTGGTCTGTGATACAACAAGAGTAGTCAAGGTTTACTCAATCTCTTG
AGTCTTTGACTTTATTGGCTCTTACTGTTCACTTTGTTACTAGGCTTTATGGGGCCTCTA
TGAATAGACTCAAGTGGTTGCTTGATCCACAAGTTTGTTATTTTGTTACTTAA

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL5284Contig1 832 2 2 U
TTTTTGCCCTTCACACGGCTAGGGTTGTTCCACAAAGTTGACTCTCAGATCGGAGCAAGC
TCTCTCGAGAACCAAAGAAGAAGAAGGCTAAGGTTCTTAAAGTTTTTTGGAAGAACTTTT
GCATATTCTCAAGAACAGGGTTTGGTTGCTGACGTTGACAATAAGAAATCGTGGAAGCAA
CATAGATTCTGGTTAAGCAATTGGGTCAGTTGAAAGCAAAGAAGAAACTATTCACGAAAC
AGAGGAAATAATAAAAATCCAAAAGCTAAAGCCATGATGATTATGACTGAAACGGAATCA
TAATCAAATGACAGTGATTATGGCATAGGAAAAGTTGTTGACATGGGCTCTTTAGGAGAT
AAGGCTACACTGATTCTTGAGTTGTTACAGCCATAATCTGGAGTAGAAACCCTTGCTAGA
ATGTAAGAACACTGAGAAAGCATTGAAGCTTGCTCTACCGCAATCAGCTGCTCATCGATA
GCCTTTTTCTCTATTGTTAGTCATTGACAGATATTGAAGAATTTAGAAGTAGTTTCAGTT
GTTTGATTGCCTTTAAAAAGAGTAGAAGTTTGTATTGGAAGAGATTGCAAGAAGTAAGGT
AGAGTTGTGTTATTGGATAAGTTTCAGAAGGCGTTAACGGTCATGGAAGGGCCTGTTGTG
GCTTGCAAGTGCTTGGGGGAAGTGATGAGATTGTCAAAACGTTAAAAGTACTAAACGAGT
CTGATCTGTGATGACTTTCTGTTAACACTTTTCAAGGCTGTTTGTATTGGAGTTGGGTTG
CAGGATGTGGAAACTATTGTGGTGAAAAGATTACTTTATTTTGATATATTCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GU34TF U 1
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BS 627 832 RR3GU34JQ

RD RR3GU34TF 626 0 0
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TCTCTCGAGAACCAAAGAAGAAGAAGGCTAAGGTTCTTAAAGTTTTTTGGAAGAACTTTT
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CATAGATTCTGGTTAAGCAATTGGGTCAGTTGAAAGCAAAGAAGAAACTATTCACGAAAC
AGAGGAAATAATAAAAATCCAAAAGCTAAAGCCATGATGATTATGACTGAAACGGAATCA
TAATCAAATGACAGTGATTATGGCATAGGAAAAGTTGTTGACATGGGCTCTTTAGGAGAT
AAGGCTACACTGATTCTTGAGTTGTTACAGCCATAATCTGGAGTAGAAACCCTTGCTAGA
ATGTAAGAACACTGAGAAAGCATTGAAGCTTGCTCTACCGCAATCAGCTGCTCATCGATA
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GTTTGATTGCCTTTAAAAAGAGTAGAAGTTTGTATTGGAAGAGATTGCAAGAAGTAAGGT
AGAGTTGTGTTATTGGATAAGTTTCA

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3GU34JQ 721 0 0
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TGGAAGCAACATAGATTCTGGTTAAGCAATTGGGTCAGTTGAAAGCAAAGAAGAAACTAT
TCACGAAACAGAGGAAATAATAAAAATCCAAAAGCTAAAGCCATGATGATTATGACTGAA
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TTAGGAGATAAGGCTACACTGATTCTTGAGTTGTTACAGCCATAATCTGGAGTAGAAACC
CTTGCTAGAATGTAAGAACACTGAGAAAGCATTGAAGCTTGCTCTACCGCAATCAGCTGC
TCATCGATAGCCTTTTTCTCTATTGTTAGTCATTGACAGATATTGAAGAATTTAGAAGTA
GTTTCAGTTGTTTGATTGCCTTTAAAAAGAGTAGAAGTTTGTATTGGAAGAGATTGCAAG
AAGTAAGGTAGAGTTGTGTTATTGGATAAGTTTCAGAAGGCGTTAACGGTCATGGAAGGG
CCTGTTGTGGCTTGCAAGTGCTTGGGGGAAGTGATGAGATTGTCAAAACGTTAAAAGTAC
TAAACGAGTCTGATCTGTGATGACTTTCTGTTAACACTTTTCAAGGCTGTTTGTATTGGA
GTTGGGTTGCAGGATGTGGAAACTATTGTGGTGAAAAGATTACTTTATTTTGATATATTC
T

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

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GCTAACAGGTCGAGGGAGACAAGGAGACACAATACATAGACGATCATACAGTTTGATTAC
AAAAGAGATCTGTCGGAAAAAAATGGAGAATATCGACCAAGAATTCAACAATTACTGGGA
GCACAACTCCTTCCTCCAAAACGAAGACTTCGAATACGACAGCTGGCCTTTGGAGGAAGC
TATTTCTGGGTCGTATGATTCGAGCTCGCCTGATGGGGCCGCTTCGTCGCCGGCTTCTAA
GAATATTGTATCGGAGAGAAACCGAAGACAGAAACTTAACCAGAGACTCTTCGCTCTTCG
ATCAGTTGTTCCTAATATCACTAAGATGGATAAAGCATCAATAATCAAAGATGCTATTAG
TTACATACAAGGGTTACAATATGAAGAAGCGAAGCTCGAAGCTGAGATCAGAGAACTTGA
ATCTACACCCAAGAGTAGTTTGAGTTTCAGTAAAGATTTTGATCGCGATTTACTGGTTCC
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CCTCACTTCCAATCTCAACTTTTTCTCTGGCATGATCTTCTACACTCTCTTTATTGAGGC
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TTTTGATTTGTTATGTTATTTTTTACAAATTAATAATGTCTCAGTTTTCGTTTTGTTGTC
CATCACAAAGACTTGTTTTTCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EO62TF U 1
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TC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3EO62JQ 751 0 0
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GAACTTGAATCTACACCCAAGAGTAGTTTGAGTTTCAGTAAAGATTTTGATCGCGATTTA
CTGGTTCCTGTCACGTCCAAGAAGATGAAACAGCTTGATTCTGGTTCTTCTCGTTCTCTC
ATCGAAGTTATCGAACTGAAGGTAACATCCATGGGAGATAGGGTAATGGTGGTGAATGTA
ACATGTAATAAGAGGACAGACACAATGGTTAAACTTTGTGAAGTCTTTGAGTCATTGAAT
CTCAAAATCCTCACTTCCAATCTCAACTTTTTCTCTGGCATGATCTTCTACACTCTCTTT
ATTGAGGCGGATGAAGAAGAACAAGAGGTGGTGAGGCTAAAAATAGAAACAGGAATAGGA
GCATATAATGAAACTCAAAGCCCCACTTGGAGCATCGACTCTCTGTACTAATCACTTCTT
TTTTTGGTTTTTGATTTGTTATGTTATTTTTTACAAATTAATAATGTCTCAGTTTTCGTT
TTGTTGTCCATCACAAAGACTTGTTTTTCGG

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL5286Contig1 938 2 2 U
GGACTATGAGGCCCTTGAACACTATAAATGGATACTCAACAGAGTTCGTTCAAACGGGAT
GAAGGTGATGCTAACGCTCTTTCACCATTCATTGCCACCATGGGCTGCTGATTATGGGGG
ATGGAAAATGGAGAAGACCGTCGACTACTTTATGGACTTCACCAGGCTTGTAGTGGATTC
CATGTTCGATTTGGTAGACTCTTGGATTACATTTAACGAACCTCATATCTTCGCCATGCT
TACTTACATGGCCGGAACTTGGCCTGGTAACACCCCTGATTTTCTGGAGATGGCTACATC
TACTCTACCAATGGGTGTATTCCACAGAGTCATGCATTGGATGGCTGTTGCTCACTCAAA
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CCACGTCTCCATTCTACCGTAGCGTTGATAATCATGGTCTAATGTACGCAGATGGTCTAG
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ATCCCGCGTATGCCTCTGCCTTTGACTAGAAGAAGAGGGTAGAAACCTGAGGAAACAATT
TTACTTCCTTCTGTATGATTTGCCAAAACCTTTTGGCGCAAATTCGAGACGATTCACCGT
TTTGTTTGTTACATTTAAATAAAGGCAAAACGGGACGATGTTGTAGCGTAAAATCTGCAG
ATGTTGTGTTGTTCTAGCCCATTTTAGTTGTAGGTCTTGAACCTTATTTTTACTAATTTT
TTTGAAACTTATAATTTTAGTCTTGTATGACTGTTTAT


BQ
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AF RR3E369TF U 1
AF RR3E369JQ C 210
BS 1 690 RR3E369TF
BS 691 938 RR3E369JQ

RD RR3E369TF 690 0 0
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GAAGGTGATGCTAACGCTCTTTCACCATTCATTGCCACCATGGGCTGCTGATTATGGGGG
ATGGAAAATGGAGAAGACCGTCGACTACTTTATGGACTTCACCAGGCTTGTAGTGGATTC
CATGTTCGATTTGGTAGACTCTTGGATTACATTTAACGAACCTCATATCTTCGCCATGCT
TACTTACATGGCCGGAACTTGGCCTGGTAACACCCCTGATTTTCTGGAGATGGCTACATC
TACTCTACCAATGGGTGTATTCCACAGAGTCATGCATTGGATGGCTGTTGCTCACTCAAA
GGCCTATGACTACATCCACGGGAAAAACTCCTTGGAAAAGCCTTTGGTAGGGGTTGCGCA
CCACGTCTCCATTCTACCGTAGCGTTGATAATCATGGTCTAATGTACGCAGATGGTCTAG
ACAAGCCTCAAGGGAGACAGTTTGTTGACCGTGACTGGCGGTTTGGTCATTACCAAGTGG
ATGGTCTCCAAGACCCGCTGAGTCGCGTTGCTCGAGCCCTTCTCATATGGCCGGTCATCA
TGAAAAAGAAGATTAGAAAAGTTAAGGTCAAGCAGACCGATGAGTCGGGGCTTGCTTTAC
ATCCCGCGTATGCCTCTGCCTTTGACTAGA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3E369JQ 729 0 0
CATTTAACGAACCTCATATCTTCGCCATGCTTACTTACATGGCCGGAACTTGGCCTGGTA
ACACCCCTGATTTTCTGGAGATGGCTACATCTACTCTACCAATGGGTGTATTCCACAGAG
TCATGCATTGGATGGCTGTTGCTCACTCAAAGGCCTATGACTACATCCACGGGAAAAACT
CCTTGGAAAAGCCTTTGGTAGGGGTTGCGCACCACGTCTCCATTCTACCGTAGCGTTGAT
AATCATGGTCTAATGTACGCAGATGGTCTAGACAAGCCTCAAGGGAGACAGTTTGTTGAC
CGTGACTGGCGGTTTGGTCATTACCAAGTGGATGGTCTCCAAGACCCGCTGAGTCGCGTT
GCTCGAGCCCTTCTCATATGGCCGGTCATCATGAAAAAGAAGATTAGAAAAGTTAAGGTC
AAGCAGACCGATGAGTCGGGGCTTGCTTTACATCCCGCGTATGCCTCTGCCTTTGACTAG
AAGAAGAGGGTAGAAACCTGAGGAAACAATTTTACTTCCTTCTGTATGATTTGCCAAAAC
CTTTTGGCGCAAATTCGAGACGATTCACCGTTTTGTTTGTTACATTTAAATAAAGGCAAA
ACGGGACGATGTTGTAGCGTAAAATCTGCAGATGTTGTGTTGTTCTAGCCCATTTTAGTT
GTAGGTCTTGAACCTTATTTTTACTAATTTTTTTGAAACTTATAATTTTAGTCTTGTATG
ACTGTTTAT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL5287Contig1 868 2 2 U
GCAATCATCTCCGATTTCATCACTTCGCTTTCACATTCATCTTCAAAAACTCCAAACCAA
CCATTTGTCGCCACGTGGTGGAAAACCACTGAGAAATACTACAAACTCGCCGCAGGAGAT
AAAACACCTTCTCCTTCACTCTCACTCACTCTCAAGTCACAGATCCTCGACGAGACATAC
TCTCTCGGAAAGTCTCTAACAGACAGAGATATCCGCAAGTTAGCCTCAAAAGGAGATCAA
TACGACGCGGTTAACGTCGTTTTGACTTCAGCTGACGTGGCGGTTACTGGATTTGGTATG
AGTCGATGCGGGACGCACGGACACGCTCGTGGTAACACGGGTAAACGTGGATCCAAATTC
GCTTACATTTGGGTCGGAAGCGCCGAAACGCAATGTCCGAGTCAATGCGCATGGCCATTT
CACGCACCTGTGTACGGTCCTCAGAGCCCGCCTCTCGTGGCGCCGAACAACGATGTGGGA
CTCGACGGTATGGTGATTAACTTAGCTAATCTTTTAGCTGGAACCGCAACGAACCCGTTC
GGTAATGGTTATTACCAGGGCCCACAAAACGCACCGCTCGAAGCTGCGTCCGCGTGTCCC
GGCGTTTATGGGAAAGGAGCTTATCCTGGTTACGCTGGAAATTTACTTGTTGATTCTACG
ACGGGAGGTAGTTTTAATGCGTATGGTGCAAACGGCAGGAAGTTCTTGCTACCTGCGTTG
TATGATCCTACCACGTCAGACTGCTCTACTATGGTTTGAGAAGAAAAGTTTCATATTTTG
GTTTTGTAGTAGAAAATGATATTATTTTAGTGTAATTCTTTTATTGTATTCATTAATATT
ATTCTGAGTTTCTCTTATTGATGTAATG


BQ
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AF RR3FW85TF U 1
AF RR3FW85JQ C 133
BS 1 613 RR3FW85TF
BS 614 868 RR3FW85JQ

RD RR3FW85TF 613 0 0
GCAATCATCTCCGATTTCATCACTTCGCTTTCACATTCATCTTCAAAAACTCCAAACCAA
CCATTTGTCGCCACGTGGTGGAAAACCACTGAGAAATACTACAAACTCGCCGCAGGAGAT
AAAACACCTTCTCCTTCACTCTCACTCACTCTCAAGTCACAGATCCTCGACGAGACATAC
TCTCTCGGAAAGTCTCTAACAGACAGAGATATCCGCAAGTTAGCCTCAAAAGGAGATCAA
TACGACGCGGTTAACGTCGTTTTGACTTCAGCTGACGTGGCGGTTACTGGATTTGGTATG
AGTCGATGCGGGACGCACGGACACGCTCGTGGTAACACGGGTAAACGTGGATCCAAATTC
GCTTACATTTGGGTCGGAAGCGCCGAAACGCAATGTCCGAGTCAATGCGCATGGCCATTT
CACGCACCTGTGTACGGTCCTCAGAGCCCGCCTCTCGTGGCGCCGAACAACGATGTGGGA
CTCGACGGTATGGTGATTAACTTAGCTAATCTTTTAGCTGGAACCGCAACGAACCCGTTC
GGTAATGGTTATTACCAGGGCCCACAAAACGCACCGCTCGAAGCTGCGTCCGCGTGTCCC
GGCGTTTATGGGA

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3FW85JQ 736 0 0
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TCTCTAACAGACAGAGATATCCGCAAGTTAGCCTCAAAAGGAGATCAATACGACGCGGTT
AACGTCGTTTTGACTTCAGCTGACGTGGCGGTTACTGGATTTGGTATGAGTCGATGCGGG
ACGCACGGACACGCTCGTGGTAACACGGGTAAACGTGGATCCAAATTCGCTTACATTTGG
GTCGGAAGCGCCGAAACGCAATGTCCGAGTCAATGCGCATGGCCATTTCACGCACCTGTG
TACGGTCCTCAGAGCCCGCCTCTCGTGGCGCCGAACAACGATGTGGGACTCGACGGTATG
GTGATTAACTTAGCTAATCTTTTAGCTGGAACCGCAACGAACCCGTTCGGTAATGGTTAT
TACCAGGGCCCACAAAACGCACCGCTCGAAGCTGCGTCCGCGTGTCCCGGCGTTTATGGG
AAAGGAGCTTATCCTGGTTACGCTGGAAATTTACTTGTTGATTCTACGACGGGAGGTAGT
TTTAATGCGTATGGTGCAAACGGCAGGAAGTTCTTGCTACCTGCGTTGTATGATCCTACC
ACGTCAGACTGCTCTACTATGGTTTGAGAAGAAAAGTTTCATATTTTGGTTTTGTAGTAG
AAAATGATATTATTTTAGTGTAATTCTTTTATTGTATTCATTAATATTATTCTGAGTTTC
TCTTATTGATGTAATG

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL5288Contig1 589 2 3 U
TTTTGGAATCCATATAACGTTGATTGTGAACATAGTACAGACGACCAAAGTGATAGGAGC
ATGACAACATAAAAGACAGGAAACTGAAAAACTCTAAAAACAACAACCACAACCATAACA
GACGCTTTCACTTCTCTAGAGTAATGCTTGCTATGTAGTATCCATTCCATCACGCATACA
ACCGGAATCATACTCAACTTCGATATCTGGTAGAAGCCAACAGAGTTGAGCATGAGGCTG
AAGTTCATAGCAGCGATGGAGACGTTAGCCACAATAGAGAACCAAAGAAGCTCCCAAAGA
GGAATGTGCTTCGACGCAGAAAGTCCCGTAGCGTTTGACACCATACCAACAAGCGCCGTT
AGCGCGAAGTAGAATCCCGTTAGTGTTGTCGCGAAACTGAATCCGAAGCCAGAGGAAGAC
ATGAGCTGTTTGTTAGCCATGATGATCCCCACTGAGCTGACGATGTTCATACCCCATGCT
CCCACGTCGGAGACAGACGACTGCTTCTTCTCGCTCTCCATTTGGTGGATCAGATCTCGA
TTTTGGCTATCACAAGCTTTCCACCATTGATGATGCTTAGCTTCCTTCC


BQ
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AF RR3FE36JQ U 5
AF RR3FE36TF C 1
BS 1 4 RR3FE36TF
BS 5 487 RR3FE36JQ
BS 488 589 RR3FE36TF

RD RR3FE36JQ 483 0 0
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CGAAGTAGAATCCCGTTAGTGTTGTCGCGAAACTGAATCCGAAGCCAGAGGAAGACATGA
GCTGTTTGTTAGCCATGATGATCCCCACTGAGCTGACGATGTTCATACCCCATGCTCCCA
CGT

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR3FE36TF 589 0 0
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ATGACAACATAAAAGACAGGAAACTGAAAAACTCTAAAAACAACAACCACAACCATAACA
GACGCTTTCACTTCTCTAGAGTAATGCTTGCTATGTAGTATCCATTCCATCACGCATACA
ACCGGAATCATACTCAACTTCGATATCTGGTAGAAGCCAACAGAGTTGAGCATGAGGCTG
AAGTTCATAGCAGCGATGGAGACGTTAGCCACAATAGAGAACCAAAGAAGCTCCCAAAGA
GGAATGTGCTTCGACGCAGAGAGTCCCGTAGCGTTTGACACCATACCAACAAGCGCCGTT
AGCGCGAAGTAGAATCCCGTTAGTGTTGTCGCGAAACTGAATCCGAAGCCAGAGGAAGAC
ATGAGCTGTTTGTTAGCCATGATGATCCCCACTGAGCTGACGATGTTCATACCCCATGCT
CCCACGTCGGAGACAGACGACTGCTTCTTCTCGCTCTCCATTTGGTGGATCAGATCTCGA
TTTTGGCTATCACAAGCTTTCCACCATTGATGATGCTTAGCTTCCTTCC

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 2

CO CL5289Contig1 986 2 2 U
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CATCTAACGGTCCAGATTTCTCCTCCCAATCAAGATCTACTCCCAAGTATCTCTCACCTA
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BQ
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AF RR3GY33TF U 1
AF RR3GY33JQ C 177
BS 1 653 RR3GY33TF
BS 654 986 RR3GY33JQ

RD RR3GY33TF 653 0 0
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GCGATCTCAAAAAGCGCGTGGGGATCACCGCCGGTCTCTGCGTCTTGATCCAACACGTCC
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GCTCGGGGATCTTCGAAGGTGCGTACGGACAAGTCAAGCTTCGTCAGCTTGTG

QA 1 653 1 653
DS 

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GTCCCGGAGAAGAACGGTGACAGATTCGAAGCCACTTACAGCTTCTACTTTGGTGACTAC
GGCCACTTGTCCGTACAAGGACCGTACTTGACTTACGAAGACACGTTCCTCGCCGTCACT
GGTGGCTCGGGGATCTTCGAAGGTGCGTACGGACAAGTCAAGCTTCGTCAGCTTGTGTAT
CCGACAAAACTGTTTTACACTTTTTACTTAAAAGGTATTGCTGATTTGCCCTTGGAGCTT
ACCGGGACGGCGGTTACGCCGTCGAAGGATGTGAAACCTGCGCCGGGAGCTAAGGAGACG
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TAATAATTGTTTTTTAAACAAATTAAAGATTGTTCGTACCGAATCTTTTGGATGAGTTGT
ATGAGTTTAGTTAATGTTGTTGTGTTGGTGTAGTGAGTACTATTTATTTAGATGTGATTT
TTTACTGTTTATAATAATATTTTTCTTCGT

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3C696JQ C 1
AF RR3C696TF U 1
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QA 1 459 1 459
DS 

RD RR3C696TF 459 0 0
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CGTCTAAGTGTGCCTATCTCCTTCAAAAATATCCTCGGATTCATTAAGCTCGCAACTTCT
CGGCACGATGATGAGGAAGAGAGGAACGAGGAACGTGACGAGGGAACTTATGTGAACGTG
GAGAGGAGGGGACAACTTCAGGGCTTGTGAGAGAGCTGATGCCGAGACACGTGGCAGTGA
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AGACAATTAGCTTTTGTTTTTATTTTTAGACTTGAGTCC

QA 1 459 1 459
DS 



AS 1 2

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CAAGGTCCACTCAATCCGCGAGGCTGCTGCAAACAATGTGAAGCGACTTGCTGAGGAATT
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TCACTATCTCTACCGTATGACCATTTTGCGTGCGGTTTCTCTTCTTGCACCAGTGATGGG
CTCAGAGATCCCATGCTCTAAGCTCTTACCTGTAGTAATGACTGCGGCTAAAGACAGAGT
TCCAAACATCAAATTCAATGTCGCTAAAGTGCTTCAGTCCCTCATTCCAATTGTCGATCA
ATCGGTTGTAGAGAAGACGATTCGTCCAGGGCTTGTGGAGCTAAGCGAGGATCCAGATGT
TGATGTCATGTTTTTTGCAAACCAAGCTCTTCAGTCTATTGATAACGTGATGATGTCCAG
CTAAAAAAAAACAAATTTTAAATCCTTGTCTCTCTCTCTCCCTGGTTTTCTATTTGATCA
AAGATTATGAATAGTCAAGACTTTGTAACGTAAGTATGTGTGAACTCTTGTGTTCTGTTT
TTTTTATTTCATGCAAACACCGTAAGTGACTCGGAATTTGTCTACTGTCTTGCAACTATT
GTGGGTTTTTTTTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E914TF U 1
AF RR3E914JQ C 189
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DS 

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TTTTTTTGC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3H813TF U 1
AF RR3H813JQ C 204
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BS 676 793 RR3H813JQ

RD RR3H813TF 681 0 0
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GACTTTGTTGGGGGAAGATTGTTGGAGGGAGAGGGAAGTCTATTGGTATTAACTCGTTTG
GGGCAAGTGCACCTGCTCCCTTGCTCTACAAGGAGTTTGGTATCACCGTTGAAGCTGTTG
TTGATGCGGCCAAGTCACTCTTCTAAGAGACTTAGAGATCGGACCATTCTCTCTATAAGA
TTTCATAACATTGTCTCATTATCTCAAAATAAATTGAAACAAGACGCAAAGACTTTTCTT
TCTTTTCTTTTTGTA
TTCGGG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3H813JQ 590 0 0
ACAACTCCTCGGGGAACAAACCTGATGTGATCTTGATTGGAACCGGTTCAGAGCTGGAGA
TTGCTGCACAGGCTGGAGAGGTGCTTAGGCAAGAAGGCAAGACCGTTAGAGTTGTGTCGT
TTGTTTGCTGGGAGCTGTTTGACGAGCAGAGTGATGAGTACAAGGAGAGTGTCTTGCCGT
TTGATGTGTCGGCTAGAGTGAGTATCGAAGCGGCTTCGACTTTGTTGGGGGAAGATTGTT
GGAGGGAGAGGGAAGTCTATTGGTATTAACTCGTTTGGGGCAAGTGCCCCTGCTCCCTTG
CTCTACAAGGAGTTTGGTATCACCGTTGAAGCTGTTGTTGATGCGGCCAAGTCACTCTTT
TAAGAGACTTAGAGATCGGACCATTCTCTCTATAAGATTTCATAACATTGTCTCATTATC
TCAAAATAAATTGAAACAAGACGCAAAGACTTTTCTTTTTTTTCTTTTTGTAATTCGGGT
CAACATAGGTTTTGAGTTTTGGAAGAGGACATAGTGCAAGACAATGTAAAACACTCATGA
TCATTCGTGTGTTTATTGTTATATGCTTGAATTTCAGCAAACTTTACTTC

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

CO CL5293Contig1 481 2 2 U
GTCACGCAAAAAAGGTTTTCTTATTCATCAATATCATCATAATTCAGTTATTGCCTCTAT
CAAGAGCAATCCAAAAGGACTTTTCTTTCCTTCAACAGTATCCAGGAAAATTCAAGAAAA
AAGAAACAATAAAGACGCAATCTTGAGCCGGTCACCATCGTAGAAAGACTTCACAGCAAA
ATCTAAAAACACATGGAGGGATCGGAGAAAGATTCGTCGAGATATCAGTGGCCACCGTGC
TCCTTGGCGTGCTGCTGGTGCTCGAGATGGCGGCGCTCGTTGGGGAGAGCGACGAGGTAA
GAGAAGGCCATGCCTCCGAAGCAGATATGAAGGAGAGGCTCTACGGAGCTCGTCTGGATG
TACTTGTCGTTGTAGTTATCGAGACCTTTCCTCACGGATGTCTTCACGGTTTCGACTGAA
AACGTCGATTTGATGTAGGCGGGGAGCTCCTTCACCTTCTTCCCCTTGATCTCACTGTAG
C


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 

AF RR3C138TF C 1
AF RR3C138JQ U 2
BS 1 4 RR3C138TF
BS 5 481 RR3C138JQ

RD RR3C138TF 481 0 0
GTCACGCAAAAAAGGTTTTCTTATTCATCAATATCATCATAATTCAGTTATTGCCTCTAT
CAAGAGCAATCCAAAAGGACTTTTCTTTCCTTCAACAGTATCCAGGAAAATTCAAGAAAA
AAGAAACAATAAAGACGCAATCTTGAGCCGGTCACCATCGTAGAAAGACTTCACAGCAAA
ATCTAAAAACACATGGAGGGATCGGAGAAAGATTCGTCGAGATATCAGTGGCCACCGTGC
TCCTTGGCGTGCTGCTGGTGCTCGAGATGGCGGCGCTCGTTGGGGAGAGCGACGAGGTAA
GAGAAGGCCATGCCTCCGAAGCAGATATGAAGGAGAGGCTCTACGGAGCTCGTCTGGATG
TACTTGTCGTTGTAGTTATCGAGACCTTTCCTCACGGATGTCTTCACGGTTTCGACTGAA
AACGTCGATTTGATGTAGGCGGGGAGCTCCTTCACCTTCTTCCCCTTGATCTCACTGTAG
C

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR3C138JQ 480 0 0
GTC
CGCAAAAAAGGTTTTCTTATTCATCAATATCATCATAATTCAGTTATTGCCTCTATCAAG
AGCAATCCAAAAGGACTTTTCTTTCCTTCAACAGTATCCAGGAAAATTCAAGAAAAAAGA
AACAATAAAGACGCAATCTTGAGCCGGTCACCATCGTAGAAAGACTTCACAGCAAAATCT
AAAAACACATGGAGGGATCGGAGAAAGATTCGTCGAGATATCAGTGGCCACCGTGCTCCT
TGGCGTGCTGCTGGTGCTCGAGATGGCGGCGCTCGTTGGGGAGAGCGACGAGGTAAGAGA
AGGCCATGCCTCCGAAGCAGATATGAAGGAGAGGCTCTACGGAGCTCGTCTGGATGTACT
TGTCGTTGTAGTTATCGAGACCTTTCCTCACGGATGTCTTCACGGTTTCGACTGAAAACG
TCGATTTGATGTAGGCGGGGAGCTCCTTCACCTTCTTCCCCTTGATCTCACTGTAGC

QA 4 480 4 480
DS 



AS 1 2

CO CL5294Contig1 1022 2 2 U
GATTATAATCGAATGCATAACAATCGGTTAGAGATATTCCAAACGAGGAGTCGGGCTGGT
CGACCTCTTCACCCCCGTCGCCTGCATTCAAACCCGCGCCTACATCCGCCGTATCTTCCG
AGACTTGGATAGGATTCCACAACTCTCGAATTCTCCCTTCGATCGGAGGAACAAAGGATT
CGGCGTTAGCACATATTCTCATCGAACCATCCATCGTGGCAAGTTCGCCGGAAAGAGAGA
AACCCCCACGCTGCATCTTGTGTAGAGTACCGACCGAACCACGACACTCGCGAAAATCGC
CTACAAAGTCCTGAGCCTCTTTGTACGCTTCGAATTCGGTAGAGAAAATTTCGGCCCTTC
GGTTCAGCTCGGCGGCAGCTCTTCTCCGCCCGCTCCTTTCCGCACGAACGAGGGCTCGAG
CCTGGACCTCGGCTCGCCGGCATTTTTCCTCCTCCACCTCCAACCGATACTTGGCGAATT
CTCTTTCCGTTTCCTCCGCTTTGAAACGGGCCAGCCGGGCAGTACGGAAACTTCCATCGA
TCGATGCATTCCACACTCTCACGGCTTACAAAGAAGTCGAGGTCAAATAAAAAGAAAAGG
GGATTTACTCAAGTTTCAAAAACAAACCTCTTTGACCAAGCGAGCACCCTCCGCAGTCAC
CTTGTCCCTCTCCTCGCTGTCCAAAGACTCGTCACGAGAAAACGCCGGAGCGAGTTCATC
AAAGAAGTCACCCGGGGGAGGAACACCCTGATTCTCTGTAGTGAAGTCAGGATCGTATCT
CGGCAGCTCACCATCTCCCGACGAGGTCTCGAAAGCAATCCCTTTATCCTTCCGAGATCT
CCGCCTCCGCCTTGAAGGGGCAAAAACGTAGAATCTATCATTGACACAGGGCCGCGTACC
GCCTCGCGATCGGTGAAGCGCGACCGCCCCTCGAATCCGGTCAAGAGTAAAGGAGTTCCA
GGAACAAGGCCTTGTCCTAAAAATGTCTCTCTTGGTCGAAAGATCGGAAGGAACATGCGT
GA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3C129TF U 1
AF RR3C129JQ C 316
BS 1 701 RR3C129TF
BS 702 1022 RR3C129JQ

RD RR3C129TF 702 0 0
GATTATAATCGAATGCATAACAATCGGTTAGAGATATTCCAAACGAGGAGTCGGGCTGGT
CGACCTCTTCACCCCCGTCGCCTGCATTCAAACCCGCGCCTACATCCGCCGTATCTTCCG
AGACTTGGATAGGATTCCACAACTCTCGAATTCTCCCTTCGATCGGAGGAACAAAGGATT
CGGCGTTAGCACATATTCTCATCGAACCATCCATCGTGGCAAGTTCGCCGGAAAGAGAGA
AACCCCCACGCTGCATCTTGTGTAGAGTACCGACCGAACCACGACACTCGCGAAAATCGC
CTACAAAGTCCTGAGCCTCTTTGTACGCTTCGAATTCGGTAGAGAAAATTTCGGCCCTTC
GGTTCAGCTCGGCGGCAGCTCTTCTCCGCCCGCTCCTTTCCGCACGAACGAGGGCTCGAG
CCTGGACCTCGGCTCGCCGGCATTTTTCCTCCTCCACCTCCAACCGATACTTGGCGAATT
CTCTTTCCGTTTCCTCCGCTTTGAAACGGGCCAGCCGGGCAGTACGGAAACTTCCATCGA
TCGATGCATTCCACACTCTCACGGCTTACAAAGAAGTCGAGGTCAAATAAAAAGAAAAGG
GGATTTACTCAAGTTTCAAAAACAAACCTCTTTGACCAAGCGAGCACCCTCCGCAGTCAC
CTTGTCCCTCTCCTCGCTGTCCAAAGACTCGTCACGAGAAA
C

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3C129JQ 707 0 0
CCTCTTTGTACGCTTCGAATTCGGTAGAGAAAATTTCGGCCCTTCGGTTCAGCTCGGCGG
CAGCTCTTCTCCGCCCGCTCCTTTCCGCACGAACGAGGGCTCGAGCCTGGACCTCGGCTC
GCCGGCATTTTTCCTCCTCCACCTCCAACCGATACTTGGCGAATTCTCTTTCCGTTTCCT
CCGCTTTGAAACGGGCCAGCCGGGCAGTACGGAAACTTCCATCGATCGATGCATTCCACA
CTCTCACGGCTTACAAAGAAGTCGAGGTCAAATAAAAAGAAAAGGGGATTTACTCAAGTT
TCAAAAACAAACCTCTTTGACCAAGCGAGCACCCTCCGCAGTCACCTTGTCCCTCTCCTC
GCTGTCCAAAGACTCGTCACGAGAAAACGCCGGAGCGAGTTCATCAAAGAAGTCACCCGG
GGGAGGAACACCCTGATTCTCTGTAGTGAAGTCAGGATCGTATCTCGGCAGCTCACCATC
TCCCGACGAGGTCTCGAAAGCAATCCCTTTATCCTTCCGAGATCTCCGCCTCCGCCTTGA
AGGGGCAAAAACGTAGAATCTATCATTGACACAGGGCCGCGTACCGCCTCGCGATCGGTG
AAGCGCGACCGCCCCTCGAATCCGGTCAAGAGTAAAGGAGTTCCAGGAACAAGGCCTTGT
CCTAAAAATGTCTCTCTTGGTCGAAAGATCGGAAGGAACATGCGTGA

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL5295Contig1 1021 2 8 U
GAAAAACAAAACATATAAACAGGAAAAAATGGAAGCCCTAAACCCTGTCTTAACCGGCTA
CGCTGTGGCCGCTCTATCCATGTACGCTCTTTGGTTCTACTTCATCTCCAGGAGACTAAC
CGGTCCCAAAGTCTTACCTATCATCGGAAGCCTACCGTTTCTAATCGCAAACCGGAACCG
AGTCCATGATTGGATCGCTGATAACCTCCGAGCCACTGGCGGTACATACCAAACAAGCAC
CATGGTGATACCTTTCGTGGCGAAGACGCAAGGGTTTTACACCGTGACGTGTCACCCCAA
AAACGTCGAGCATATTCTTAAGACAAGGTTCGATAACTACCCGAAAGGTCCGATGTGGCG
AGCTGCTTTCCACGATCTGTTAGGACAAGGAATCTTCAACAGCGATGGTGACACATGGCT
CATGCAACGCAAGACCGCAGCGCTGGAGTTCACTACTAGGACTCTTAGACAAGCCATGGC
TCGGTGGGTTAACGGGGCTATCAAGAACCGGTTATGGCTTATATTAGACCTGGCGGTTAA
GGACAACAAACCGGTTGATCTTCAAGATTTGTTTTTGAGGTTGACTTTCGACAACATTTG
TGGTTTAACTTTTGGAAAAGATCCGGAGACGCTATCACCGGACCTTCCGGTGAATCCGTT
CTCAGTCGCTTTTGACACTGCAACCGAGGCTACTCTAAAGAGACTTCTCTACACCGGTTT
CTTATGGCGGATTCAGAAAGCCATGGGGATTGGATCGGAGGATAAGCTCAAGAAGAGCCT
TAAGATCGTTGAGACATACATGAATGATGCAATAGACGCTCGGAAAAACTCTCCTTCCGA
TGATCTTTTGTCGCGTTTCTTGAAGAAACGTGACATCAACGGTAACGTGCTTCCCACGGA
TGTTCTTCAGCGTATCGCGCTTAACTTTGTTCTTGCGGGTCGTGACACTTCTTCAGTGGC
TCTGAGCTGGTTCTTTTGGCTTGTCATGACACCCTGAGTGAGAGAGATCGTTGAGAGTAT
C


BQ
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10 

AF RR3F409TF U 1
AF RR3CB75TF U 229
BS 1 525 RR3F409TF
BS 526 526 RR3CB75TF
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RD RR3F409TF 743 0 0
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CATGCAACGCAAGACCGCAGCGCTGGAGTTCACTACTAGGACTCTTAGACAAGCCATGGC
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TGGTTTAACTTTTGGAAAAGATCCGGAGACGCTATCACCGGACCTTCCGGTGAATCCGTT
CTCAGTCGCTTTTGACACTGCAACCGAG*CTACTCTAAAGAGACTTCTCTACACCGGTTT
CTTATGGCGGATTCAGAAAGCCA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3CB75TF 793 0 0
G
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TGTCACCC*AAAAACGTCGAGCATATTCTTAAGACAAGGTTCGATAACTACCCGAAAGGT
CCGATGTGGCGAGCTGCTTTCCACGATCTGTTAGGACAAGGAATCTTCAACAGCGATGGT
GACACATGGCTCATGCGACGCAAGACCGCAGCGCTGGAGTTCACTACTAGGACTCTTAGA
CAAGCCATGGCTCGGTGGGTTAACGGGGCTATCAAGAACCGGTTATGGCTTATATTAGAC
CTGGCGGTTAAGGACAACAAACCGGTTGATCTTCAAGATTTGTTTTTGAGGTTGACTTTC
GACAACATTTGTGGTTTAACTTTTGGAAAAGATCCGGAGACGCTATCACCGGACCTTCCG
GTGAATCCGTTCTTAGTTGCTTTTGACACTGCAACTGAGGCTACTCTAAAGAGACTTCTC
TACACCGGTTTTTTATGGCGGATTCAGAAAGCCATGGGGATTGGATCGGAGGATAAGCTC
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TCTTCAGTGGCTCTGAGCTGGTTCTTTTGGCTTGTCATGACACCCTGAGTGAGAGAGATC
GTTGAGAGTATC

QA 2 793 2 793
DS 



AS 1 2

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GACAACATGAGGAGGGCAACATGTCACGTCCTTCATGGAAGAGGGAGATATCAAATCATC
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CAAGAAAGAGATACAGCGCACACGAATGTACCATCTGCCATCGCGTATTTTCATCAGGAC
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CGCCACTACATGATTCTTCAGCGGCAAGATCTCAGATGCTAGAACAACCATCTCTAGATC
TCAACTCAGCTTGCCCAGAGTATTCCGTTGATCCAACGGTCGATATGAGCGGAGGCAACA
ATCATAACGCTACTTCACCTGATTCATGGTTAAAACTCGCTAGTGGTGATTGGTCTTAAC
TGCTGACTAATTATATTCATTTGATTCACATATACAATTATGATCGAGCATCAACTTATA
TAACCGTAACCCCGTTCCTTGTGCTAGAATTATAACTTGCTACTGTATATTTTCTTTTTA
TAACCGTCCTTGCATGTTGAAAAGGTTTTTAACATGATCGAAGGCGTCGATGTATAGCTC
ACGAATTATTGTCATAATTAATTTTTTATTCTTCCC


BQ
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AF RR3EQ06TF U 1
AF RR3EQ06JQ C 261
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RD RR3EQ06TF 750 0 0
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TAATTAAATTGTCTCCAAACGAAGACGAAGAGCTTGCCAACTGTCTTGTCTTGTTATCTA
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QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3EQ06JQ 736 0 0
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AAAGAAGAAGATGATGAAGATGAATACAAAGAAGATGAAGAAGAAGCGGAAGAGGAGGGA
GAAGAAGAGAAAACAACAGCGGCTCACAATAATATCATCACAAGAAAGAGATACAGCGCA
CACGAATGTACCATCTGCCATCGCGTATTTTCATCAGGACAAGCCTTGGGAGGCCACAAG
AGATGTCACTGGCTTACACCTTCCAGTTATCTTCGTATGACGCCACTACATGATTTTTCA
GCGGCAAGATCTCAGATGCTAGAACAACCATCTCTAGATCTCAACTCAGCTTGCCCAGAG
TATTCCGTTGATCCAACGGTCGATATGAGCGGAGGCAACAATCATAACGCTACTTCACCT
GATTCATGGTTAAAACTCGCTAGTGGTGATTGGTCTTAACTGCTGACTAATTATATTCAT
TTGATTCACATATACAATTATGATCGAGCATCAACTTATATAACCGTAACCCCGTTCCTT
GTGCTAGAATTATAACTTGCTACTGTATATTTTCTTTTTATAACCGTCCTTGCATGTTGA
AAAGGTTTTTAACATGATCGAAGGCGTCGATGTATAGCTCACGAATTATTGTCATAATTA
ATTTTTTATTCTTCCC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

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ATACCTTGATGCTGCTTTCCTTGACGAAGAGCTAGAGATTGAATCGAGGGCACTGCGTGT
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TTATCTGATCATGCATGAGTTTGCGTGAATCAGATACTTCATAATAATAATGCTAATAAA
ACCTCAGGGATCTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF69TF U 1
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TG

QA 1 482 1 482
DS 

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GGGTAAAGCTGTTGCGGTTGCGAGTGTTGAGCTGAGGAAGAAGAAGAATGGTAATATTAT
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TTATCTGATCATGCATGAGTTTGCGTGAATCAGATACTTCATAATAATAATGCTAATAAA
ACCTCAGGGATCTAC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

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TGATCACTGGACACGGAATCATCTCAGCAGCTACCTCCACAACTGAAAAGGTCACAGTTG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DL23TF U 1
AF RR3DL23JQ C 22
BS 1 567 RR3DL23TF
BS 568 759 RR3DL23JQ

RD RR3DL23TF 567 0 0
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TAACCACTCAAACAGCTTAAAGCTGATCGCCCGAGCTCATCAGCTGGTTATGGATGGATA
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TGATCACTGGACACGGAATCATCTCAGCAGCTACCTCCACAACTGAAAAGGTCACAGTTG
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CCACCACCAGAATATAGTGTGTATGTT

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3DL23JQ 738 0 0
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GTGTGACTTATTATGGTCTGACCCTGATGACCGTTGTGGTTGGGGCATCTCTCCACGTGG
TGCCGGATATACATTTGGCCAGGACATATCTGAACAGTTTAACCACTCAAACAGCTTAAA
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GGAGAACACGTTACTCGAAGAACACCAGACTATTTTCTCTGATCACTGGACACGGAATCA
TCTCAGCAGCTACCTCCACAACTGAAAAGGTCACAGTTGGTTAGTAACTCAAGAATCTGG
TTTCTATGCAATGTGTTTTAAGTTCAACTCAGTCCCATCCCACCACCAGAATATAGTGTG
TATGTTGTAGGCGAAGAAGGCCTTCTCTTATCTTCTTCTATAACCAAGAAGAAGAAAAAG
AGGGGTCGATGGACTGACTCGATAGTACCTATCATACACATTGTTTAATTGATGTTATTA
GCTTATTTCTTCTTCTGCGTCAGAATGTGGGTTTCATGTTTAAGAGGATCTTTTTGTTTC
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QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL5299Contig1 810 2 8 U
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GTGCGCATAACTTCGTGTAAATAGTTCTAAATTTCGTATACTCATTTTGTAATATCAAAA
TTCCCACTCGCCATAGTCCTCAATAAATACCCCAACCAAGTTCCATGAACCCTCGCTCAC
TCTATTCAGACTCACCCTTCATTGTGAAAACACACACAAAGAGGATCCAAAGATCAAAGT
AAAATATATACCCATTTAATTTTCGAAGATTTTGAGGAGAATGGCGATGAAGAAAGCAAG
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GACCCGAGCCGAGTTCCAGCTTCTTCTCCAGCAAGCAGAAGAAGAGTTTGGTTTTGATCA
CGAAATGGGTCTCACTATCCCTTGTGAAGAAGCCGTTTTCCGATCTCTCACCTCCATGCT
CCGATAAACATAAATTTTGGGGTTTTGCTTCTCCTTTTTAATTATATATTTGGGATGGTT
AATTAGGATGAGAGAGGGGAAGCTGCTGAGTAAATGCTTGCTTATATGTTCTAGCAAACT
AATTTTTGTATGTTTTGTCTAATGTATGGGTTTAGTGTTGTATTAGAGTGAGACCTAACC
CTTAGATAATAGACCCAATGATAATGATCT


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FY90TF U 1
AF RR3FY90JQ C 3
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BS 667 667 RR3FY90JQ
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CGAAATGGGTCTCACTATCCCTTGTGAAGAAGCCGTTTTCCGATCTCTCACCTCCATGCT
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AATTTTTGTATGTTTTGTCTAATGTATGGGTTTAGTGTTGTATTAGAGTGAGACCTAACC
CT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3FY90JQ 808 0 0
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GCGCATAACTTCGTGTAAATAGTTCTAAATTTCGTATACTCATTTTGTAATATCAAAATT
CCCACTCGCCATAGTCCTCAATAAATACCCCAACCAAGTTCCATGAACCCTCGCTCACTC
TATTCAGACTCACCCTTCATTGTGAAAACACACACAAAGAGGATCCAAAGATCAAAGTAA
AATATATACCCATTTAATTTTCGAAGATTTTGAGGAGAATGGCGATGAAGAAAGCAAGCA
AGCTAGCACAAAAGGCAGTGATCAAGCAAATCTTGAAGAGATGCTCGAGCTTGGGGAAGA
AACAGAGTAATGCATACAGTGAAGACGAAAACGGGCATCCTCTTGACGTACCTAAAGGCC
ATTTTGTCGTCTATGTTGGAGAGAATCGGGTCAGGTACGTTGTGCCCATTTCGTTTTTGA
CCCGAGCCGAGTTCCAGCTTCTTCTCCAGCAAGCAGAAGAAGAGTTTGGTTTTGATCACG
AAATGGGTCTCACTATCCCTTGTGAAGAAGCCGTTTTCCGATCTCTCACCTCCATGCTCC
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TTAGGATGAGAGAGGGGAAGCTGCTGAGTAAATGCTTGCTTATATGTTCTAGCAAACTAA
TTTTTGTATGTTTTGTCTAATGTATGGGTTTAGTGTTGTATTAGAGTGAGACCTAACCCT
TAGATAATAGACCCAATGATAATGATCT

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3D912JQ C 1
AF RR3D912TF U 1
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DS 

RD RR3D912TF 478 0 0
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TACTCGGAGGAGGTTCATGATCGGTACGAACACAACAGGAGACTTAGGAATCCGACGACG
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QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 2

CO CL5301Contig1 908 2 2 U
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ATTTGAACACCCTTCTCCGAATCACTGGCTCAAGAAGGTGAAGGGCTCAGGAGATGGGAC
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TTACTTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CN63TF U 1
AF RR3CN63JQ C 136
BS 1 634 RR3CN63TF
BS 635 908 RR3CN63JQ

RD RR3CN63TF 634 0 0
GCATTTTGAAGATCCGTGTTATGTTCCGGATCCAATATCTCTACTGGGACCTGTTTCAAA
GTCACTTGATTTAAGGGGTGGGTATGAAACTGGCATAGGACTGGTAAGACGCCGTGCAAT
GAAGAATTCACCTGCTTGTGAAATCAGCAAGCCGTCCCCAATAGAATCTCCTTTGTCCAA
ATCACGGGCTGCGGATGAAAAACAAGCTAATGATGGAAGCTGGCAAATGTGGAAGAGCCC
CCTCGGCCAAACTGGTCTTGGTTTGGTTGGTGGGTCAGCAAACTGGATCATACCTTCAGA
GACAACTAGAGCTAACGAGGAAAGTGGTATGCATCATGTACCTCAGCATATAACATCCTC
ATTATTTGCAAAAGAGGATGCTTATTCACATAGGGACAGTCCTGAAAGTGATCACCAGAA
CAGCGTATTCAGCCCCATTACTGGTGGTCCAAGCAACCATGATCCTTGGTCGCAGAATAT
GTTCTTCCCTGCATTATCTGGCACGGAGAGTCCTTTTTCTTATAACATACAAACAGAAAG
CATTCTCTTGAACAATGCAGCGGAGTACAGGAGTCCAACTGGATCTGCTCAAAACAATCC
ATTTGAACACCCTTCTCCGAATCACTGGCTCAAG

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3CN63JQ 773 0 0
TTGTGAAATCAGCAAGCCGTCCCCAATAGAATCTCCTTTGTCCAAATCACGGGCTGCGGA
TGAAAAACAAGCTAATGATGGAAGCTGGCAAATGTGGAAGAGCCCCCTCGGCCAAACTGG
TCTTGGTTTGGTTGGTGGGTCAGCAAACTGGATCATACCTTCAGAGACAACTAGAGCTAA
CGAGGAAAGTGGTATGCATCATGTACCTCAGCATATAACATCCTCATTATTTGCAAAAGA
GGATGCTTATTCACATAGGGACAGTCCTGAAAGTGATCACCAGAACAGCGTATTCAGCCC
CATTACTGGTGGTCCAAGCAACCATGATCCTTGGTCGCAGAATATGTTTTTCCCTGCATT
ATTTGGCACGGAGAGTCCTTTTTCTTATAACATACAAACAGAAAGCATTTTCTTGAACAA
TGCAGCGGAGTACAGGAGTCCAACTGGATTTGCTCAAAACAATCCATTTGAACACCCTTT
TCCGAATCACTGGCTCAAGAAGGTGAAGGGCTCAGGAGATGGGACTGGGAAGTAATATGT
TGCGGCAGGTGATGTTGAGAACCACCAAGAAGATGTAGAATCGTTTTGGTAGTCACAAAT
TCAAACAGAAAAAAAAAATGAGGTCAATTTTACAGATAGTCGCACTTGGTATGTGTCTTG
TCTGTCTGTCTCTCTCTCTCTGTCCTCTCGAGACTTCAATGGAGATTATGAGTTTTTATT
TGAAAACAGCTCCATTGAAAGCGCATAACTATAGTCGAGTACTCTTTACTTCG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL5302Contig1 865 2 2 U
GAAACCCAAGCCTTTTGTGAATCCTACTAGTTCCGCCAAGCATGCCAGCCCTGAGGAATC
ATCAAAAGGTGAAGTGAGTGGTCACGTTTCTGGTACTAGCGAGAAGACAACAGCAGGCAG
AGGTGGAAGGAAAAGACATGCTGAGGATACTGCTACTGGTGGTGGACGTCGTAAGAGACA
ACAGACTGCTGTTGCTGTCTTGCCGCAGACCCCTGGCCAAAAACGCTACAATCTGAGGCG
GAACAAAACCGTAGACCAAGCTCCAGCAAATGTTGAAAATAATGCAGCTGGTGGTGAAGA
TGATGCAGACATTGCTCCCTCTGCGCCATCAAAGGACAATGTCGAAGAAACTAGCGAATC
TGTCGTGGAACCTCTTCCAGCTAGAAGATTAGGAAGTTCGGAAGTTAGGGTTGAGAGAGT
TGTAACGGTGGAAACAACTACAACTACAGCTATTGCCGCTGCTAATACCAATGTGGGTGT
TTCGGTTGCAAATGCCGAAGTAGCAGCTAACATCGCGATGAGCTCCGCTGTTGAAGATGA
TCAGACGCAGAGAAGAGTTGATGAAAATAAGAATGAAGAACATGAGGATGGAAATGATGA
AGAAGATTACGAGGATGACGATGACGATGGTGATGATGATGGATCACCAAAACCTGGTGA
AGGATCCATAAGAAAGAAGCTGTGGACTTTTCTCACCACATAACCATCTAACGTGGATGA
TCAAAGAGATGTTACTTTCACATTTACTATTATGTAGAACCATTTATGTCTTCTTGTATC
CAAAGACACCCCTTTTGATGGAGGATGAAGTTAGGGAATTAGAAGCTAGAGGCATGTGTT
TAATGATATGTACTTCCGAATTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AE58TF U 1
AF RR3AE58JQ C 34
BS 1 799 RR3AE58TF
BS 800 865 RR3AE58JQ

RD RR3AE58TF 799 0 0
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ATCAAAAGGTGAAGTGAGTGGTCACGTTTCTGGTACTAGCGAGAAGACAACAGCAGGCAG
AGGTGGAAGGAAAAGACATGCTGAGGATACTGCTACTGGTGGTGGACGTCGTAAGAGACA
ACAGACTGCTGTTGCTGTCTTGCCGCAGACCCCTGGCCAAAAACGCTACAATCTGAGGCG
GAACAAAACCGTAGACCAAGCTCCAGCAAATGTTGAAAATAATGCAGCTGGTGGTGAAGA
TGATGCAGACATTGCTCCCTCTGCGCCATCAAAGGACAATGTCGAAGAAACTAGCGAATC
TGTCGTGGAACCTCTTCCAGCTAGAAGATTAGGAAGTTCGGAAGTTAGGGTTGAGAGAGT
TGTAACGGTGGAAACAACTACAACTACAGCTATTGCCGCTGCTAATACCAATGTGGGTGT
TTCGGTTGCAAATGCCGAAGTAGCAGCTAACATCGCGATGAGCTCCGCTGTTGAAGATGA
TCAGACGCAGAGAAGAGTTGATGAAAATAAGAATGAAGAACATGAGGATGGAAATGATGA
AGAAGATTACGAGGATGACGATGACGATGGTGATGATGATGGATCACCAAAACCTGGTGA
AGGATCCATAAGAAAGAAGCTGTGGACTTTTCTCACCACATAACCATCTAACGTGGATGA
TCAAAGAGATGTTACTTTCACATTTACTATTATGTAGAACCATTTATGTCTTCTTGTATC
CAAAGACACCCCTTTTGAT

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3AE58JQ 832 0 0
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TACTAGCGAGAAGACAACAGCAGGCAGAGGTGGAAGGAAAAGACATGCTGAGGATACTGC
TACTGGTGGTGGACGTCGTAAGAGACAACAGACTGCTGTTGCTGTCTTGCCGCAGACCCC
TGGCCAAAAACGCTACAATCTGAGGCGGAACAAAACCGTAGACCAAGCTCCAGCAAATGT
TGAAAATAATGCAGCTGGTGGTGAAGATGATGCAGACATTGCTCCCTCTGCGCCATCAAA
GGACAATGTCGAAGAAACTAGCGAATCTGTCGTGGAACCTCTTCCAGCTAGAAGATTAGG
AAGTTCGGAAGTTAGGGTTGAGAGAGTTGTAACGGTGGAAACAACTACAACTACAGCTAT
TGCCGCTGCTAATACCAATGTGGGTGTTTCGGTTGCAAATGCCGAAGTAGCAGCTAACAT
CGCGATGAGCTCCGCTGTTGAAGATGATCAGACGCAGAGAAGAGTTGATGAAAATAAGAA
TGAAGAACATGAGGATGGAAATGATGAAGAAGATTACGAGGATGACGATGACGATGGTGA
TGATGATGGATCACCAAAACCTGGTGAAGGATCCATAAGAAAGAAGCTGTGGACTTTTCT
CACCACATAACCATCTAACGTGGATGATCAAAGAGATGTTACTTTCACATTTACTATTAT
GTAGAACCATTTATGTCTTCTTGTATCCAAAGACACCCCTTTTGATGGAGGATGAAGTTA
GGGAATTAGAAGCTAGAGGCATGTGTTTAATGATATGTACTTCCGAATTGAT

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL5303Contig1 839 2 2 U
CTTCAAGAAGGTTCTCTGCTTCCTACGTTGGAAGCTTTAGAGAAGATCATAAGTCTTTTT
CAAGAACAAACTTAAGCAACATCTCTAGTACTGCCTCTTCTCCTGGCTACACCCTCAAAG
ACGAGATTGACCCAGCAACATATTCCTTCACCAATGCACTCAAGGCGTTACAAGCGAAGA
CAAAGTTTAATAACAGAGAATGGTTAACACGAGAAGGATTTGCGTTGAATTCGAAGTGGA
ACGAAGCAGAGAAATATATATGTAATCCAGTGTCTGGAGAAGTTCCAATGGAGTGTTTGT
CTTCTAAAACACTAAGTGCAAGATCTTTCAGAAACTTGACCACCATGTTTGCTCCTCTTC
ACTACCCTAATCTTAATCCATTGGTGAATAATATTGGACCAAACAAACCCAATGATAATC
CCAACGTTAGAGTTATCCACGAGGATCTTTATGCTCCTGATCCTGTTCTTGTTCGAGAAA
AGAAAGTTGTGGGGCTGAAACAAGATGTGGGCATTCAGAGTACGTCGGTGGATCTTAGCT
CCGGTAGCCCTAGTCCGGCAAAGACGCCTACGATCATGGAACGGTCACTGAAACGACACG
TGAAGGATAATGATTCTCCAGTGGATTTTACTCTCAAACTAGAAGGTCAACAAGAGGATT
TGAAGTTAGAAGAAGAAGAGAAGCAAGAAATGAGTAAAGAAGGAGAAGAAACAGATGAGA
AGCGAGAGGTGAGTATTAAAGGAGAAGAAAAAGAAGAGAAGCAAGAGATGAGTACTAAAG
AAGAGGTAGAGAAGCAAGAGGTGAGTTATAAAGAAGAAGAGAAGCAAGAGATGAGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
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AF RR3FJ26TF U 1
AF RR3FJ26JQ C 41
BS 1 214 RR3FJ26TF
BS 215 839 RR3FJ26JQ

RD RR3FJ26TF 214 0 0
CTTCAAGAAGGTTCTCTGCTTCCTACGTTGGAAGCTTTAGAGAAGATCATAAGTCTTTTT
CAAGAACAAACTTAAGCAACATCTCTAGTACTGCCTCTTCTCCTGGCTACACCCTCAAAG
ACGAGATTGACCCAGCAACATATTCCTTCACCAATGCACTCAAGGCGTTACAAGCGAAGA
CAAAGTTTAATAACAGAGAATGGTTAACACGAGA

QA 1 214 1 214
DS 

RD RR3FJ26JQ 799 0 0
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TCCTGGCTACACCCTCAAAGACGAGATTGACCCAGCAACATATTCCTTCACCAATGCACT
CAAGGCGTTACAAGCGAAGACAAAGTTTAATAACAGAGAATGGTTAACACGAGAAGGATT
TGCGTTGAATTCGAAGTGGAACGAAGCAGAGAAATATATATGTAATCCAGTGTCTGGAGA
AGTTCCAATGGAGTGTTTGTCTTCTAAAACACTAAGTGCAAGATCTTTCAGAAACTTGAC
CACCATGTTTGCTCCTCTTCACTACCCTAATCTTAATCCATTGGTGAATAATATTGGACC
AAACAAACCCAATGATAATCCCAACGTTAGAGTTATCCACGAGGATCTTTATGCTCCTGA
TCCTGTTCTTGTTCGAGAAAAGAAAGTTGTGGGGCTGAAACAAGATGTGGGCATTCAGAG
TACGTCGGTGGATCTTAGCTCCGGTAGCCCTAGTCCGGCAAAGACGCCTACGATCATGGA
ACGGTCACTGAAACGACACGTGAAGGATAATGATTCTCCAGTGGATTTTACTCTCAAACT
AGAAGGTCAACAAGAGGATTTGAAGTTAGAAGAAGAAGAGAAGCAAGAAATGAGTAAAGA
AGGAGAAGAAACAGATGAGAAGCGAGAGGTGAGTATTAAAGGAGAAGAAAAAGAAGAGAA
GCAAGAGATGAGTACTAAAGAAGAGGTAGAGAAGCAAGAGGTGAGTTATAAAGAAGAAGA
GAAGCAAGAGATGAGTATT

QA 1 799 1 799
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5305Contig1 478 2 1 U
ATCAAAGTGCGATGTAAGTGGTGAACAAGATGATGATATCAGCAAAACAACAGTTATATA
TTCGAGACAAAAAGAAGAGGGAGATGAGTATACATTTTACTTGACCAGGCAATTGAAAAT
TTATTTGTAATCGTTTTATTTTCCAAGTGTTGTCTATAATCTACTGGTAAGTTTCTTTAG
TTGGCCCGATCAGATGTCCAACTGTTCCCACACATGAAAGAAAAGAACATGACATACAAT
AAGCGTTTGTCCTCGTGACAATCTGGCTGCCTTTATACGTCACCCATTTTTATTCTAATC
ATGTTTTATTAGCACCATGATGATATTTATAAATTCGTAAACGTTTCAAATTTTTGGATA
CTAGGATAATTGCTTTGGTACATTGCCACATATATCCGTTTTCCTACTCCAACAGAGATC
AATCAAAACACAAAGTGATCTGTGCACAACAAACTCAACTATCCTTATGATATTCCAC


BQ
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AF RR3BC96JQ C 1
AF RR3BC96TF U 1
BS 1 478 RR3BC96TF

RD RR3BC96JQ 478 0 0
ATCAAAGTGCGATGTAAGTGGTGAACAAGATGATGATATCAGCAAAACAACAGTTATATA
TTCGAGACAAAAAGAAGAGGGAGATGAGTATACATTTTACTTGACCAGGCAATTGAAAAT
TTATTTGTAATCGTTTTATTTTCCAAGTGTTGTCTATAATCTACTGGTAAGTTTCTTTAG
TTGGCCCGATCAGATGTCCAACTGTTCCCACACATGAAAGAAAAGAACATGACATACAAT
AAGCGTTTGTCCTCGTGACAATCTGGCTGCCTTTATACGTCACCCATTTTTATTCTAATC
ATGTTTTATTAGCACCATGATGATATTTATAAATTCGTAAACGTTTCAAATTTTTGGATA
CTAGGATAATTGCTTTGGTACATTGCCACATATATCCGTTTTCCTACTCCAACAGAGATC
AATCAAAACACAAAGTGATCTGTGCACAACAAACTCAACTATCCTTATGATATTCCAC

QA 1 478 1 478
DS 

RD RR3BC96TF 478 0 0
ATCAAAGTGCGATGTAAGTGGTGAACAAGATGATGATATCAGCAAAACAACAGTTATATA
TTCGAGACAAAAAGAAGAGGGAGATGAGTATACATTTTACTTGACCAGGCAATTGAAAAT
TTATTTGTAATCGTTTTATTTTCCAAGTGTTGTCTATAATCTACTGGTAAGTTTCTTTAG
TTGGCCCGATCAGATGTCCAACTGTTCCCACACATGAAAGAAAAGAACATGACATACAAT
AAGCGTTTGTCCTCGTGACAATCTGGCTGCCTTTATACGTCACCCATTTTTATTCTAATC
ATGTTTTATTAGCACCATGATGATATTTATAAATTCGTAAACGTTTCAAATTTTTGGATA
CTAGGATAATTGCTTTGGTACATTGCCACATATATCCGTTTTCCTACTCCAACAGAGATC
AATCAAAACACAAAGTGATCTGTGCACAACAAACTCAACTATCCTTATGATATTCCAC

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 2

CO CL5306Contig1 996 2 2 U
GGGACCAAATCTCCTCCTCCTCCTCACGGTTCCTGTCGTAAAAACTCTTTCTTCTTACTA
TCTTTCCAAGAAAAGTTGTTGTATCAGTGATTTGCTGTTGGAATAAAGGTTGCAATGGCG
AGGATAAAGCCTCAGGCTCTTCTTAATCAAAGCAAGAAGAAAAAGGGTCCAAGTCGTATA
AGTATCTCCACGATCGTCGTGTGTAATCTTGTAGTTGCTGTAGTCGTACTTTCCTTGGTC
ACTACTTATCGTCATTGGTCCCAGAGGTCAAGAAACACACTTGAAACCCAGAGCCAGAGT
CATAGATTTGAGGACACAAACGCTGCATCAGAACAAAAGAGTTACGATCTTCCTGGTTAT
GCTGATATAAACACATCAAAAGGTCTCATAACTGTGGAACTCTTTAAAGATGCTTCCCCT
GAAGCTGTCGACCGGTTTCTAGATCTATGTCAAAAAGATCACTTCAAGGGAATGCCGTTT
CATTGGGTTATAAAAAACTACTTGGTGCAAGCTGGTCACTCCAAGAGCTCGATACCTGTT
GAAGAATGGACATCTAAAGGAAAGCTCCGTGGTCGCCTTAACACAAGCCCAAAACATGAA
GCATTCATGTTGGGGACACCAAAAACAAAAAGGGAACAACAACAATAAAGACTTCGAGCT
TCTGATCACAACGGCCCCAATCCCTGATCTGAATGATCAGCTTATAGTGTTTGGAAGAGT
ACTTAAGGGAGAGGATGTAGTACAGGAGATTGAGGAAGTGGATACAGATGAGCATTACCA
GCCGAAATCACAAATAGGGATCATTAGCGTTATACTGAAACGAGAATTATGAAAAAAAAA
TGAAAATCTCTCTTCCTCTGTATATGAGGCCCATCTTCATACTCACTGTTTGTCAAAATC
CTCTTTTGAGGGGTTTTTTTTTTTAAACTGATTATTTCCCTTTGTTTTGTAATTTTATTT
GATCTTCTTGAGGAAATAGAATCTTTGTTTTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AZ76TF U 1
AF RR3AZ76JQ C 234
BS 1 724 RR3AZ76TF
BS 725 996 RR3AZ76JQ

RD RR3AZ76TF 724 0 0
GGGACCAAATCTCCTCCTCCTCCTCACGGTTCCTGTCGTAAAAACTCTTTCTTCTTACTA
TCTTTCCAAGAAAAGTTGTTGTATCAGTGATTTGCTGTTGGAATAAAGGTTGCAATGGCG
AGGATAAAGCCTCAGGCTCTTCTTAATCAAAGCAAGAAGAAAAAGGGTCCAAGTCGTATA
AGTATCTCCACGATCGTCGTGTGTAATCTTGTAGTTGCTGTAGTCGTACTTTCCTTGGTC
ACTACTTATCGTCATTGGTCCCAGAGGTCAAGAAACACACTTGAAACCCAGAGCCAGAGT
CATAGATTTGAGGACACAAACGCTGCATCAGAACAAAAGAGTTACGATCTTCCTGGTTAT
GCTGATATAAACACATCAAAAGGTCTCATAACTGTGGAACTCTTTAAAGATGCTTCCCCT
GAAGCTGTCGACCGGTTTCTAGATCTATGTCAAAAAGATCACTTCAAGGGAATGCCGTTT
CATTGGGTTATAAAAAACTACTTGGTGCAAGCTGGTCACTCCAAGAGCTCGATACCTGTT
GAAGAATGGACATCTAAAGGAAAGCTCCGTGGTCGCCTTAACACAAGCCCAAAACATGAA
GCATTCATGTTGGGGACACCAAAAACAAAAAGGGAACAACAACAATAAAGACTTCGAGCT
TCTGATCACAACGGCCCCAATCCCTGATCTGAATGATCAGCTTATAGTGTTTGGAAGAGT
ACTT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3AZ76JQ 763 0 0
CTTGGTCACTACTTATCGTCATTGGTCCCAGAGGTCAAGAAACACACTTGAAACCCAGAG
CCAGAGTCATAGATTTGAGGACACAAACGCTGCATCAGAACAAAAGAGTTACGATCTTCC
TGGTTATGCTGATATAAACACATCAAAAGGTCTCATAACTGTGGAACTCTTTAAAGATGC
TTCCCCTGAAGCTGTCGACCGGTTTCTAGATCTATGTCAAAAAGATCACTTCAAGGGAAT
GCCGTTTCATTGGGTTATAAAAAACTACTTGGTGCAAGCTGGTCACTCCAAGAGCTCGAT
ACCTGTTGAAGAATGGACATCTAAAGGAAAGCTCCGTGGTCGCCTTAACACAAGCCCAAA
ACATGAAGCATTCATGTTGGGGACACCAAAAACAAAA*GGGAACAACAACAATAAGGACT
TCGAGCTTCTGATCACAACGGCCCCAATCCCTGATTTGAATGATCAGCTTATAGTGTTTG
GAAGAGTACTTAAGGGAGAGGATGTAGTACAGGAGATTGAGGAAGTGGATACAGATGAGC
ATTACCAGCCGAAATCACAAATAGGGATCATTAGCGTTATACTGAAACGAGAATTATGAA
AAAAAAATGAAAATCTCTCTTCCTCTGTATATGAGGCCCATCTTCATACTCACTGTTTGT
CAAAATCCTCTTTTGAGGGGTTTTTTTTTTTAAACTGATTATTTCCCTTTGTTTTGTAAT
TTTATTTGATCTTCTTGAGGAAATAGAATCTTTGTTTTTGTTT

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL5307Contig1 776 2 3 U
GGATCCACTTTCCCTTTGCCTTTGAGATCACTGTGCTGTGTGCAACTCATTTATACTCTC
TCTTCTCCATCTCCTTCTCCTAGAGGTTATACCTTTTTTTACAGTTCTTCCTTGGATAGA
TCTATCCGGTTCTTTCTAGTGTTAAAAGACAAAATGGGTGTTCTTGATCATGTCTCCGAA
ATGTTTGATTGCTCTCATGGTCACAAAATTAAAAAGCGCAGACAGTTGCAGACGGTGGAG
ATCAAAGTGAAGATGGACTGCGAAGGCTGCGAGCGCAAAGTGCGGCGGTCGGTGGAAGGC
ATGAAGGGTGTCTCGTCTGTGTCTCTGGAGCCCAAAGCTCACAAAGTCACTGTGGTCGGC
TACGTCGATCCAAACAAGGTGGTGGCCCGTATGGCTCACAGGACAGGCAAGAAGGTTGAG
ATCTGGCCTTATGTGCCCTATGACGTCGTGGCTCATCCTTACGCATCCGGAGTCTACGAC
AAGAAGGCACCCTCGGGCTATGTGCGAAGAGCGGATGACCCTGGAGTTTCGCAGCTGGCT
CGTGCTAGCTCCACCGAGGTCCGCTACACTACTGCTTTTAGCGATGAGAATCCAGCGGCT
TGCGTGGTCATGTGATTTGTCGCTCTAGCTGCATGTATGGACCCTTTCTGTCTGTTATTT
AAATATATTGGTGTGTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTAGATTAATACCACCATATATGGT
AGGTTACTGTGTTTGGTTTGGACTGTCTCTACTCTTAAACTCTTATAATTTTGTCG


BQ
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AF RR3AC88JQ C 1
AF RR3AC88TF U 1
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BS 723 723 RR3AC88JQ
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TCTATCCGGTTCTTTCTAGTGTTAAAAGACAAAATGGGTGTTCTTGATCATGTCTCCGAA
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ATCAAAGTGAAGATGGACTGCGAAGGCTGCGAGCGCAAAGTGCGGCGGTCGGTGGAAGGC
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AAATATATTGGTGTGTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTAGATTAATACCACCATATATGGT
AGGTTACTGTGTTTGGTTTGGACTGTCTCTACTCTTAAACTCTTATAATTTTGTCG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3AC88TF 776 0 0
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TCTTCTCCATCTCCTTCTCCTAGAGGTTATACCTTTTTTTACAGTTCTTCCTTGGATAGA
TCTATCCGGTTCTTTCTAGTGTTAAAAGACAAAATGGGTGTTCTTGATCATGTCTCCGAA
ATGTTTGATTGCTCTCATGGTCACAAAATTAAAAAGCGCAGACAGTTGCAGACGGTGGAG
ATCAAAGTGAAGATGGACTGCGAAGGCTGCGAGCGCAAAGTGCGGCGGTCGGTGGAAGGC
ATGAAGGGTGTCTCGTCTGTGTCTCTGGAGCCCAAAGCTCACAAAGTCACTGTGGTCGGC
TACGTCGATCCAAACAAGGTGGTGGCCCGTATGGCTCACAGGACAGGCAAGAAGGTTGAG
ATCTGGCCTTATGTGCCCTATGACGTCGTGGCTCATCCTTACGCATCCGGAGTCTACGAC
AAGAAGGCACCCTCGGGCTATGTGCGAAGAGCGGATGACCCTGGAGTTTCGCAGCTGGCT
CGTGCTAGCTCCACCGAGGTCCGCTACACTACTGCTTTTAGCGATGAGAATCCAGCGGCT
TGCGTGGTCATGTGATTTGTCGCTCTAGCTGCATGTATGGACCCTTTCTGTCTGTTATTT
AAATATATTGGTGTGTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTAGATTAATACCACCATATATGGT
AG*TTACTGTGTTTGGTTTGGACTGTCTCTACTCTTAAACTCTTATAATTTTGTCG

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL5308Contig1 638 2 4 U
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GTCTGTCTCTTACAACAGGGAGTGGAAAGAATGGCAAAGAGCACGTTCAAGGAAGAGCAT
GACCTAGAGAAGAGAAGTGCAGAGGCTGCTCGGATTAGAGAGAAATATCCAGATAGGATT
CCGGTGATTGTCGAGAAAGGTGAGAAGAGTGACATACCAACCATCGACAAGAAAAAATAC
CTAGTCCCAGCTGATTTGACAGTGGGGCAGTTCGTGTATGTCATTCGCAAAAGAATCAAA
CTGAGTGCAGAGAAGGCTATCTTTATCTTTGTGGACAATGTTCTTCCTCCAACAGGTGCA
CTAATGTCGGCTGTGTACGAAGAGAAAAAGGATGATGATGGCTTCCTCTATGTCACTTAC
AGCGGAGAAAACACGTTTGGATCTCCATAGACAGATCTCTTGCTGGATATTTCGTTTCCC
TTTTTAATTATATCGCCGAGTACTTCATATCTTCTTATTAGTAGTTATCTAAGCAAGCCC
CTATGTGTACTACTTTTCCAAGAACTTTAAGATCGCCGTTAATGTGTACAGAGAACATAA
AAATAATGTATATAAAATCTCAAAACCTACTTTGTCCC


BQ
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AF RR3DC48TF U 1
AF RR3DC48JQ C 70
BS 1 478 RR3DC48TF
BS 479 479 RR3DC48JQ
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BS 506 638 RR3DC48JQ

RD RR3DC48TF 505 0 0
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GTCTGTCTCTTACAACAGGGAGTGGAAAGAATGGCAAAGAGCACGTTCAAGGAAGAGCAT
GACCTAGAGAAGAGAAGTGCAGAGGCTGCTCGGATTAGAGAGAAATATCCAGATAGGATT
CCGGTGATTGTCGAGAAAGGTGAGAAGAGTGACATACCAACCATCGACAAGAAAAAATAC
CTAGTCCCAGCTGATTTGACAGTGGGGCAGTTCGTGTATGTCATTCGCAAAAGAATCAAA
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CTAATGTCGGCTGTGTACGAAGAGAAAAAGGATGATGATGGCTTCCTCTATGTCACTTAC
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TTTTTAATTATATCGCCGAGTACTT

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR3DC48JQ 569 0 0
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GCTGTGTACGAAGAGAAAAAGGATGATGATGGCTTCCTCTATGTCACTTACAGCGGAGAA
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ATATCGCCGAGTACTTCATATCTTCTTATTAGTAGTTATCTAAGCAAGCCCCTATGTGTA
CTACTTTTCCAAGAACTTTAAGATCGCCGTTAATGTGTACAGAGAACATAAAAATAATGT
ATATAAAATCTCAAAACCTACTTTGTCCC

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

CO CL5309Contig1 749 2 2 U
GGATTTTCTTGGTCTCAACTATTACTTCAGTCAGTATGTCCAGCCAAGTCCTAATCATGT
TGATCGGGATGATCACACTGCCATGATGGACGCTGGCGCAAGGCTCACATTTCGCAATGC
AAGTAATCGTCTCATTGGTCCAGTGTTCGCTGATCACAGGGACGACGAGACCAGAAACAT
CTATTACTACCCAAAAGGCATTTATTATGTTATGGATCACTTCAAAACCAAATACAATGA
CCCTTTAATCTGTATAACCGAGAACGGATTCGTTACCAGTGATGAAACCCGTGAGGAGGC
TAAGTTTGATTACAGGCGGATTGATTATCTCTGCAGTCATCTTTGTTTTCTCAGTAAAGT
CATCAAGGAGACAGGTGTCAAGGTGAAAGGATACTGTGCATGGTCTCTTGGGGATAATTA
TGAATTCGGACAAGGATTTACCGTCAGATTCGGACTCACTTACATTGACTGGAATAATGT
CACTGATAGAGATCTCAAAGAGTCTGGCAAATGGTATAAGAAGTTCCTTGCCACCAAGAA
CCTAGCGAAGAAAGATTTCCTTCGCTCCAGCCTCACCTTTGAGAAGAAGAAGTTGGCAGA
TGCATGAAAGATCCAATCCACTTTATTTATGTCATCAAGATCATCTTCATGTCCCCTCTT
TCTACTTGCTCCATAGATAAGGAGCTCCATCTACCTACCACTGTATACTAAATAAAAAAA
CCTTAATATAAGAAGATATGGGTTTTGGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DN63TF U 1
AF RR3DN63JQ C 49
BS 1 532 RR3DN63TF
BS 533 749 RR3DN63JQ

RD RR3DN63TF 532 0 0
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AAGTAATCGTCTCATTGGTCCAGTGTTCGCTGATCACAGGGACGACGAGACCAGAAACAT
CTATTACTACCCAAAAGGCATTTATTATGTTATGGATCACTTCAAAACCAAATACAATGA
CCCTTTAATCTGTATAACCGAGAACGGATTCGTTACCAGTGATGAAACCCGTGAGGAGGC
TAAGTTTGATTACAGGCGGATTGATTATCTCTGCAGTCATCTTTGTTTTCTCAGTAAAGT
CATCAAGGAGACAGGTGTCAAGGTGAAAGGATACTGTGCATGGTCTCTTGGGGATAATTA
TGAATTCGGACAAGGATTTACCGTCAGATTCGGACTCACTTACATTGACTGGAATAATGT
CACTGATAGAGATCTCAAAGAGTCTGGCAAATGGTATAAGAAGTTCCTTGCC

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR3DN63JQ 701 0 0
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ATTTCGCAATGCAAGTAATCGTCTCATTGGTCCAGTGTTCGCTGATCACAGGGACGACGA
GACCAGAAACATCTATTACTACCCAAAAGGCATTTATTATGTTATGGATCACTTCAAAAC
CAAATACAATGACCCTTTAATCTGTATAACCGAGAACGGATTCGTTACCAGTGATGAAAC
CCGTGAGGAGGCTAAGTTTGATTACAGGCGGATTGATTATCTCTGCAGTCATCTTTGTTT
TCTCAGTAAAGTCATCAAGGAGACAGGTGTCAAGGTGAAAGGATACTGTGCATGGTCTCT
TGGGGATAATTATGAATTCGGACAAGGATTTACCGTCAGATTCGGACTCACTTACATTGA
CTGGAATAATGTCACTGATAGAGATCTCAAAGAGTCTGGCAAATGGTATAAGAAGTTCCT
TGCCACCAAGAACCTAGCGAAGAAAGATTTCCTTCGCTCCAGCCTCACCTTTGAGAAGAA
GAAGTTGGCAGATGCATGAAAGATCCAATCCACTTTATTTATGTCATCAAGATCATCTTC
ATGTCCCCTCTTTCTACTTGCTCCATAGATAAGGAGCTCCATCTACCTACCACTGTATAC
TAAATAAAAAAACCTTAATATAAGAAGATATGGGTTTTGGG

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

CO CL5310Contig1 694 2 15 U
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TGATCCAGTATCCGAAGTTGGAGTCCGTCTGAGCAATGGCTTTGGTGTTGCACACATACA
AGGGAAACAAAAATGCTGACAAGGCACTCATTGCTGCGGAGTACGTTGGTGTGAAGATCG
ATGTGCCCTCTGACTTTCAGATGGGTGTCACCAACAAGACCCCAGAGTTCCTCAAGATGA
ACCCTTTGGGAAAGGTTCCTGTACTTGAGACACCCGAGGGTCCCATATTTGAGAGCAACG
CCATTGCCCGTTATGTAAGCCGGTTGAACGGTGAGAACTCCTTGAACGGTTCCTCTCTGA
TCGAATACGCACACGTTGAGCAATGGAGCGATTTCTCCACGTTGGAGATATATGGTAACA
TCTTGAAGTGGTTCGGCCCAAGAATGGGCTTTATGGCATACAGTGCACCTGGTGAGGAAG
CCGCTATCTCTGCGTTGAAAAGAGCACTTGAAGCCCTGAACACTCACCTCACTTCCAACA
CTTACCTAGTTGGACACTCTGTTACCCTCGCTGATATCATCACTGTCTGCAACTTGAACC
TGGGATTTGCCACTGTCATGACCAAGAGCTTTACCTCTGCATTCCCTCATGTTGAGAGAT
ACTTCTGGACCGTGATCAACCAACCAAACTTCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E895TF U 116
AF RR3H809TF U 1
BS 1 124 RR3H809TF
BS 125 125 RR3E895TF
BS 126 232 RR3H809TF
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BS 602 602 RR3E895TF
BS 603 694 RR3H809TF

RD RR3E895TF 533 0 0
G
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ATGAACCCTTTGGGAAAGGTTCCTGTACTTGAGACACCCGAGGGTCCCATATTTGAGAGC
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CTGATCGAATACGCACACGTTGAGCAATGGAGCGATTTCTCCACTTTGGAGATATATGGT
AACATCTTGAAGTGGTTCGGCCCAAGAATGGGCTTTATGGCATACAGTGCACCTGGTGAG
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AACACTTACCTTGTTGGACACTCTGTTACCCTCGCTGATATCATCACTGTCTGCAACTTG
AACCTGGGATTTGCCACTGTCATGACCAAGAGCTTTACCTCTGCATTCCCTC

QA 2 533 2 533
DS 

RD RR3H809TF 694 0 0
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ATGTGCCCTCTGACTTTCAGATGGGTGTCACCAACAAGACCCCAGAGTTCCTGAAGATGA
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CCATTGCCCGTTATGTAAGCCGGTTGAACGGTGAGAACTCCTTGAACGGTTCCTCTCTGA
TCGAATACGCACACGTTGAGCAATGGAGCGATTTCTCCACGTTGGAGATATATGGTAACA
TCTTGAAGTGGTTCGGCCCAAGAATGGGCTTTATGGCATACAGTTCACCTGGTGAGGAAG
CCGCTATCTCTGCGTTGAAAAGAGCACTTGAAGCCCTGAACACTCATCTCACTTCCAACA
CTTACCTAGTTGGACACTCTGTTACCCTCGCTGATATCATCACTGTCTGCAACTTGAACC
TTGGATTTGCCACTGTCATGACCAAGAGCTTTACCTCTGCATTCCCTCATGTTGAGAGAT
ACTTCTGGACCGTGATCAACCAACCAAACTTCAA

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL5311Contig1 763 2 1 U
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ACTTTCTTTATCCTTTGCCTTTTGTTACCGACACATGTTATTGGACGCTCCGTATGTTGT
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ATTAAAGGAACATTGTGTCCTCATGCTTGTGTTGTTGGCTTGGGACATCATGTGACTTTC
TTTTCTCCTTCTAAAGTCAATATATAAACAGTAACAACTCTAAAAACGAATAATGCTTTT
TCTCTTCTGTGTACATTATTTTCCATTGTGCATATCATTCAAATGTTTGACATTGTTATA
TCTATGCAAAGAGAGTGTACTGTAGAAAGTCAGATGTCGATTTTACTCTTTTAATAGCCA
CACTTGAGGTCAGTGCTATGCAAAGACAACACTTTCTTTCTGACTTAAAGCATCTGATTC
CTTTTTTTCTTTTCTTCTGGTGTTACTAAACTATGCAAGTTTGCTTGAGAGTCCTCTCTC
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GGTTTAATCTTTTGAGACTGTCTGTGGCTACCAAGTACTAACTCTTGTTTTCCACACCCT
ATCTAGAATTTCTACACCCTATCTAGAATTTCTACTTTTAAAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AR07JQ C 1
AF RR3AR07TF U 1
BS 1 763 RR3AR07TF

RD RR3AR07JQ 763 0 0
GATCGTAAATATATGATGCTTAGATTTCCTGTCTTATTAGGTGGACCACCAGTTTGTTAT
ACTTTCTTTATCCTTTGCCTTTTGTTACCGACACATGTTATTGGACGCTCCGTATGTTGT
TATCCACGCACACACAACATAAACACATACTAAGTCTTCGTCTTCTTCTTCTACTACCAT
ATTAAAGGAACATTGTGTCCTCATGCTTGTGTTGTTGGCTTGGGACATCATGTGACTTTC
TTTTCTCCTTCTAAAGTCAATATATAAACAGTAACAACTCTAAAAACGAATAATGCTTTT
TCTCTTCTGTGTACATTATTTTCCATTGTGCATATCATTCAAATGTTTGACATTGTTATA
TCTATGCAAAGAGAGTGTACTGTAGAAAGTCAGATGTCGATTTTACTCTTTTAATAGCCA
CACTTGAGGTCAGTGCTATGCAAAGACAACACTTTCTTTCTGACTTAAAGCATCTGATTC
CTTTTTTTCTTTTCTTCTGGTGTTACTAAACTATGCAAGTTTGCTTGAGAGTCCTCTCTC
TTCTAAATATTACTTGAAATACAGTATTTTTTATTTTGGTTTCTTTTCCTCTTTTGCATA
ATTCTGATCTGACTTGCTACTGATAGTGGTTCAAAACTAGACTGAATACGATATATGTGG
GGTTTAATCTTTTGAGACTGTCTGTGGCTACCAAGTACTAACTCTTGTTTTCCACACCCT
ATCTAGAATTTCTACACCCTATCTAGAATTTCTACTTTTAAAG

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DS 

RD RR3AR07TF 763 0 0
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ACTTTCTTTATCCTTTGCCTTTTGTTACCGACACATGTTATTGGACGCTCCGTATGTTGT
TATCCACGCACACACAACATAAACACATACTAAGTCTTCGTCTTCTTCTTCTACTACCAT
ATTAAAGGAACATTGTGTCCTCATGCTTGTGTTGTTGGCTTGGGACATCATGTGACTTTC
TTTTCTCCTTCTAAAGTCAATATATAAACAGTAACAACTCTAAAAACGAATAATGCTTTT
TCTCTTCTGTGTACATTATTTTCCATTGTGCATATCATTCAAATGTTTGACATTGTTATA
TCTATGCAAAGAGAGTGTACTGTAGAAAGTCAGATGTCGATTTTACTCTTTTAATAGCCA
CACTTGAGGTCAGTGCTATGCAAAGACAACACTTTCTTTCTGACTTAAAGCATCTGATTC
CTTTTTTTCTTTTCTTCTGGTGTTACTAAACTATGCAAGTTTGCTTGAGAGTCCTCTCTC
TTCTAAATATTACTTGAAATACAGTATTTTTTATTTTGGTTTCTTTTCCTCTTTTGCATA
ATTCTGATCTGACTTGCTACTGATAGTGGTTCAAAACTAGACTGAATACGATATATGTGG
GGTTTAATCTTTTGAGACTGTCTGTGGCTACCAAGTACTAACTCTTGTTTTCCACACCCT
ATCTAGAATTTCTACACCCTATCTAGAATTTCTACTTTTAAAG

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL5312Contig1 1041 2 2 U
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CTGTGTGTGCTTAGAGCGGCTGACCCGAGTGCTGTCAAGTGGAAAAAGAAGAAAGCTTGG
CGTGGGGGTTACTTCCCTAAGTCCAATGTCACTGTCGCTTATCACAGATCCGTTCTTCTC
GCTAAATACAACCGAAACCTTCTGGAGAAGAAGCTGATGGAGACGGATGAGTTAAAGGGA
CTTATTATCGAGTGGATGTTGATGTTCCTGCTGATGAGTGGATCAATGTCACTAGCTTTT
ATGACGTGCTCGTATTTAACTCTGGCCATTGGTGGGGTTACGATAAGTTTCCTAAGGAGA
CGCCTCATGTCTTCTACCGAAAGGGAAAGCCGATACATCCTCCTCTTGATATAATGCAAG
GATTTGAAGTAGTTCTTCAGCATATGGTTTCTTATATCCAACGGCAAGTCCCGGCAAAGA
CTCTTAAGTTCTGGCGCTTGCAATCACCAAGGCATTTCTATGGCGGTGATTGGAACCAGA
ATGGTAGTTGTTTGCTCGATAAACCACTCGCCCAAGATCAGGAACAATGGAGTTAACAAA
GAAGCGAGAAAGATTAATCAAATTATCAAAAACGAGTTGCAAACCACGGAGATTAAGCTA
CTTGATCTGACCCATCTAAGCGAATTCAGAGCAGACGCTCATCCTGCTATATGGTTAGGG
AAACAGGACGCGGTGGCCATATGGGGACAAGACTGTATGCACTGGTGCTTACCTGGTGTA
CCAGACACATGGGTTGATATCTTAGCTGAACTCATTCTCAGTAACTCAAAAACAGAGTGA
AGACACCGAGAGACTTGCTTCGGGCATGGAAAGTCAAAATATATCTGAAAGGATTCACCT
TTTTTACTGTAAAAATGATTCATTTTTTGTAGGGTTTCTTTGTTCCTTTCCCAAGATACA
CACCCACGTTACCGAACATTTAACTTGTGTTGTGAATCTGTGATGTTTCTTAATTGATTT
CATGCGTAAATTATTTGGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DB45TF U 1
AF RR3DB45JQ C 206
BS 1 714 RR3DB45TF
BS 715 1041 RR3DB45JQ

RD RR3DB45TF 714 0 0
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GCTAAATACAACCGAAACCTTCTGGAGAAGAAGCTGATGGAGACGGATGAGTTAAAGGGA
CTTATTATCGAGTGGATGTTGATGTTCCTGCTGATGAGTGGATCAATGTCACTAGCTTTT
ATGACGTGCTCGTATTTAACTCTGGCCATTGGTGGGGTTACGATAAGTTTCCTAAGGAGA
CGCCTCATGTCTTCTACCGAAAGGGAAAGCCGATACATCCTCCTCTTGATATAATGCAAG
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GAAGCGAGAAAGATTAATCAAATTATCAAAAACGAGTTGCAAACCACGGAGATTAAGCTA
CTTGATCTGACCCATCTAAGCGAATTCAGAGCAGACGCTCATCCTGCTATATGG

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3DB45JQ 836 0 0
GAG
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TTGGTGGGGTTACGATAAGTTTCGTAAGGAGACGCCTCATGTCTTCTACCGAAAGGGAAA
GCCGATACATCCTCCTCTTGATATAATGCAAGGATTTGAAGTAGTTCTTCAGCATATGGT
TTCTTATATCCAACGGCAAGTCCCGGCAAAGACTCTTAAGTTCTGGCGCTTGCAATCACC
AAGGCATTTCTATGGCGGTGATTGGAACCAGAATGGTAGTTGTTTGCTCGATAAACCACT
CGCCCAAGATCAGGAACAATGGAGTTAACAAAGAAGCGAGAAGGATTAATCAAATTATCA
AAAACGAGTTGCAAACCACGGAGATTAAGCTACTTGATCTGACCCATCTAAGCGAATTCA
GAGCAGACGCTCATCCTGCTATATGGTTAGGGAAACAGGACGCGGTGGCCATATGGGGAC
AAGACTGTATGCACTGGTGCTTACCTGGTGTACCAGACACATGGGTTGATATCTTAGCTG
AACTCATTCTCAGTAACTCAAAAACAGAGTGAAGACACCGAGAGACTTGCTTCGGGCATG
GAAAGTCAAAATATATCTGAAAGGATTCACCTTTTTTACTGTAAAAATGATTCATTTTTT
GTAGGGTTTCTTTGTTCCTTTCCCAAGATACACACCCACGTTACCGAACATTTAACTTGT
GTTGTGAATCTGTGATGTTTCTTAATTGATTTCATGCGTAAATTATTTGGGAC

QA 4 836 4 836
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTTTTTGGTTTTCGTTGTGTACAAAATTGAATCCAACACAAATCTTAACTCCAATTCCCA
CCTAACAAGTTAAAAAAAGCTCAATGTCCGAAAGATTCTCTTACAAGAAAGCAACAAGGT
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TACCAAGGCTTCCCGAAAACACACATGAACCATGACTCGGATCTGTAGTGGTGATACTAG
CAACACCATTGAAGTTGCAAGCATCGGGATTATTCCCAGTCTGATGATAATAAGTATCAA
ACGCATAGTTAGCATGAGCAACCACATTATCAGGGTCATAACAAGCCTCTCCTTGCTTGA
TAGGCGAACAATCAATCTTCACAGGCCCACAAGCCCAATCCAGAGCAGCCTGAAGCATCT
TAGGATCAGCACCTTCCCTCGCAGTACAGTACGTCTGGTTCGTCGTATCATTCGACAGAA
CCGACCCCGAGTTAGTCAGCCTCAGCACGTAAACAGGGTCACCATTAGCGTTAAACAGAC
CCCAGCTCTTCTCCGACAAAGACCCCGCCTTCGTATCCTCATTGTAAAGCTCGTATATGT
AAGTGCTCACGGCGATTCCGGGACGCTTGGGAGTCCCGGTCTTGTTGAGGACGTGTCTTA
TGAGGTTGCTGTTGTAAGTGTTGGCGTTGTCTAGCGTTGCGTCTGGCTCGTTGGTTTCGC
CTTTCGAAGCCAGCCTGATTCGGTACGAGACGGGATGTTCGTGAGT


BQ
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AF RR3F115JQ U 1
AF RR3BP62JQ U 229
BS 1 440 RR3F115JQ
BS 441 441 RR3BP62JQ
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BS 721 826 RR3BP62JQ

RD RR3F115JQ 720 0 0
TTTTTTGGTTTTCGTTGTGTACAAAATTGAATCCAACACAAATCTTAACTCCAATTCCCA
CCTAACAAGTTAAAAAAAGCTCAATGTCCGAAAGATTCTCTTACAAGAAAGCAACAAGGT
TCAAAATCACAGTAAAAATGCTCCACATTCCCCGACTGTAATACAAATCACTCCCCACTC
CAGAGCTCGTTGAATTCGCCGATGGCGCCGTTATGTTCACAGAGGTCCCGTTCTTACCAT
TACCAAGGCTTCCCGAAAACACACATGAACCATGACTCGGATCTGTAGTGGTGATACTAG
CAACACCATTGAAGTTGCAAGCATCGGGATTATTCCCAGTCTGATGATAATAAGTATCAA
ACGCATAGTTAGCATGAGCAACCACATTATCAGGGTCATAACAAGCCTCTCCTTGCTTGA
TAGGCGAACAATCAATCTTCCCAGGCCCACAAGCCCAATCCAGAGCAGCCTGAAGCATCT
TAGGATCAGCACCTTCCCTCGCAGTACAGTACGTCTGGTTCGTCGTATCATTCGACAGAA
CCGACCCCGAGTTAGTCAGTCTCAGCACGTAAACAGGGTCACCATTAGCGTTAAACAGAC
CCCAGCTCTTCTCCGACAAAGACCCCGCCTTCGTATCCTCATTGTAAAGCTCGTATATGT
AAGTGCTCACGGCGATTCCGGGACGCTTGGGAGTCCCGGTCTTGTTGAGGACGTGTCTTA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3BP62JQ 598 0 0
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TGGTGATACTAGCAACACCATTGAAGTTGCAAGCATCGGGATTATTCCCAGTCTGATGAT
AATAAGTATCAAACGCATAGTTAGCATGAGCAACCACATTATCAGGGTCATAACAAGCCT
CTCCTTGCTTGATAGGCGAACAATCAATCTTCACAGGCCCACAAGCCCAATCCAGAGCAG
CCTGAAGCATCTTAGGATCAGCACCTTCCCTCGCAGTACAGTACGTCTGGTTCGTCGTAT
CATTCGACAGAACCGACCCCGAGTTAGTCAGCCTCAGCACGTAAACAGGGTCACCATTAG
CGTTAAACAGACCCCAGCTCTTCTCCGACAAAGACCCCGCCTTCGTATCCTCATTGTAAA
GCTCGTATATGTAAGTGCTCACGGCGATTCCGGGACGCTTGGGAGTCCCGGTCTTGTTGA
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CGTTGGTTTCGCCTTTCGAAGCCAGCCTGATTCGGTACGAGACGGGATGTTCGTGAGT

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

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TAATTTTGGTCTCTATTTACTTTAATTATTTTTTCATGATTATTATTAATAGAGACCAGA
AAAGTTTATATGTGTGGTAGAGAAATTAAGAGGTTCTAATTTCTGGAGTATACAGTTTTG
AAGTTCTTTTGTATACAGTCGATGTGCGTTCAACTGCTGGAAATATATTTCATCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C853JQ C 1
AF RR3C853TF U 1
BS 1 475 RR3C853TF

RD RR3C853JQ 475 0 0
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CACAGCCCCTGCTCCATTTCCGACAAGCGATGGAACAACAATAGACCAAGGCATAGCATA
TGTCCTTATGTTGGTGGCTTTGGTCCTTACTTATCTCATCCATTGATCCTTTTGTCATTT
TAATTTTGGTCTCTATTTACTTTAATTATTTTTTCATGATTATTATTAATAGAGACCAGA
AAAGTTTATATGTGTGGTAGAGAAATTAAGAGGTTCTAATTTCTGGAGTATACAGTTTTG
AAGTTCTTTTGTATACAGTCGATGTGCGTTCAACTGCTGGAAATATATTTCATCG

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR3C853TF 475 0 0
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CTTCTTTTTTTTTTTTAAAGAAAGGCTTAACTTCAATATGTCGGTTTCAAGGTTCTTCAG
AGCTCTGACAATCGTGTCGATAGTTTTCTCCATTTTCTGGCCAATGGCACAGGCTCAATC
CACAGCCCCTGCTCCATCTCCGACAAGCGATGGAACAACAATAGACCAAGGCATAGCATA
TGTCCTTATGTTGGTGGCTTTGGTCCTTACTTATCTCATCCATTGATCCTTTTGTCATTT
TAATTTTGGTCTCTATTTACTTTAATTATTTTTTCATGATTATTATTAATAGAGACCAGA
AAAGTTTATATGTGTGGTAGAGAAATTAAGAGGTTCTAATTTCTGGAGTATACAGTTTTG
AAGTTCTTTTGTATACAGTCGATGTGCGTTCAACTGCTGGAAATATATTTCATCG

QA 1 475 1 475
DS 



AS 1 2

CO CL5316Contig1 822 2 4 U
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ATTCTCCAGAGTATAAACGTTGTGTGGAGAGCATTTCAGATTCATCAAAGAGAAAAAGAA
GAAGAAGAAGATGGAGGTATTTGGAAAATCTCCCGTGGTCACCTCTGCGAATGTTATTTA
CTTGTCTGCGATTCTGGGTCGCGGAGACAGCGACCACCAGTCTCAAAATGCGACTGGAAA
TGCGAGAACGAAGACGTTTGCGGGAACATGTACCGCTGCAAACTAACGGGACTGACACAC
GTCTGTGACTTCAACTGTAACCAGAGGATCCTCTACGATAACCACACCTCTCTGTGCCGC
GCCAGCGGCAGGGTTTTCCCTCTTTCTCCCGTTGAGGAGCAGGCGGTTAGAGGTGTGAGG
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AGGCGTGGTGATGTCCCTCCTTTTGAGAGGTCTTTCGCTGCTGTGAGTCCGATATGTAGC
CCTGCTGGAGACGGGATGGATCTGAGTTAGGTCCTTTCAATGTTGATCATCTCCTCATGA
GACCTCTGAGAGTCTCTTTTTATCTCACCTAGTATAACTTCCTTTTATCTTTATTTTGGA
TAACTATGGGACAAGACTTAAGAGACATTTGTGGTATTACTCTAGCAGGGAGGGTCTAGG
CATCTTCCCTGTCTGAAAGAGAGCTTTATCTTTATTATTGTTGAACTTTATGTAGTAGTA
CTTATGTAGGAGAGACTTTATTATTATTCTATTCTGGATCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FF64TF U 1
AF RR3FF64JQ C 22
BS 1 114 RR3FF64TF
BS 115 115 RR3FF64JQ
BS 116 704 RR3FF64TF
BS 705 822 RR3FF64JQ

RD RR3FF64TF 704 0 0
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ATTCTCCAGAGTATAAACGTTGTGTGGAGAGCATTTCAGATTCATCAAAGAGAAGAAGAA
GAAGAAGAAGATGGAGGTATTTGGAAAATCTCCCGTGGTCACCTCTGCGAATGTTATTTA
CTTGTCTGCGATTCTGGGTCGCGGAGACAGCGACCACCAGTCTCAAAATGCGACTGGAAA
TGCGAGAACGAAGACGTTTGCGGGAACATGTACCGCTGCAAACTAACGGGACTGACACAC
GTCTGTGACTTCAACTGTAACCAGAGGATCCTCTACGATAACCACACCTCTCTGTGCCGC
GCCAGCGGCAGGGTTTTCCCTCTTTCTCCCGTTGAGGAGCAGGCGGTTAGAGGTGTGAGG
AGTAAGCTTGACAGCAACGAGAGCGTTGCTTCTTCTGAGAGCTGTTCGTTTAAGCGTCGT
AGGCGTGGTGATGTCCCTCCTTTTGAGAGGTCTTTCGCTGCTGTGAGTCCGATATGTAGC
CCTGCTGGAGACGGGATGGATCTGAGTTAGGTCCTTTCAATGTTGATCATCTCCTCATGA
GACCTCTGAGAGTCTCTTTTTATCTCACCTAGTATAACTTCCTTTTATCTTTATTTTGGA
TAACTATGGGACAAGACTTAAGAGACATTTGTGGTATTACTCTA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3FF64JQ 801 0 0
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TGGAAAATCTCCCGTGGTCACCTCTGCGAATGTTATTTACTTGTCTGCGATTCTGGGTCG
CGGAGACAGCGACCACCAGTCTCAAAATGCGACTGGAAATGCGAGAACGAAGACGTTTGC
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CAGAGGATCCTTTACGATAACCACACCTCTCTGTGCCGCGCCAGCGGCAGGGTTTTCCCT
CTTTCTCCCGTTGAGGAGCAGGCGGTTAGAGGTGTGAGGAGTAAGCTTGACAGCAACGAG
AGCGTTGCTTCTTTTGAGAGCTGTTCGTTTAAGCGTCGTAGGCGTGGTGATGTCCCTCCT
TTTGAGAGGTCTTTCGCTGCTGTGAGTCCGATATGTAGCCCTGCTGGAGACGGGATGGAT
CTGAGTTAGGTCCTTTCAATGTTGATCATCTCCTCATGAGACCTCTGAGAGTCTCTTTTT
ATCTCACCTAGTATAACTTCCTTTTATCTTTATTTTGGATAACTATGGGACAAGACTTAA
GAGACATTTGTGGTATTACTCTAGCAGGGAGGGTCTAGGCATCTTCCCTGTCTGAAAGAG
AGCTTTATCTTTATTATTGTTGAACTTTATGTAGTAGTACTTATGTAGGAGAGACTTTAT
TATTATTCTATTCTGGATCCG

QA 1 801 1 801
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAAGCAAAGCAAAGCAAAGCCATGGATGCTATTGATTCCGTCGTCGATCCTCTCAGAGAC
TTCGCTAAGGATAGCATTCGTCTCGTCAAGCGTTGTCACAAACCAGATCGCAAAGAATTC
ACGAAAGTTGCTGTTCGTACAGCGATTGGGTTCGTTGTGATGGGATTCGTGGGCTTCTTT
GTGAAGCTCATCTTTATTCCAATCAACAACATAATCGTCGGTGCCACTTAGGGAGCAAAG
GACAGAATGGGAGAAAGGCAAAAAACTAGTTTTGAGATCGTTTTCAACAATTCGCACTTA
TGTTTATGTAATCGGATTTCATTTGTTTCTAACTTTTTTTTTTTCTTTAATTTTGTTCAC
GACC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DI59JQ C 1
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GACC

QA 1 484 1 484
DS 



AS 1 2

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TGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

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TT

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D164TF U 1
AF RR3D164JQ C 194
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BS 675 691 RR3D164TF
BS 692 915 RR3D164JQ

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CCATAAATTTTTCTTTTCTTTTGAATGCAATAACTTCGTGATTTTGAATCTCTGTTAATT
TTTTTTATAAATTATTCTAACTCGTGATTTGTATTTTTGTAGATTCGTGGTGATCTTGTG
TATTGTAAACCTGATCAATTATGTGGATCGAGGAGTGATTGCGAGTAATGGTGTTAACGG
AGGCTCGACACCTTGTGATTCCATAGGCCTTTGCTCTGCTAGCACTGGCATTCAAGGAGA
GTTTAGGTTAAGCAACTTTCAAGATGGTTTTTGTCTTCTGCCTTTATGGTTGGTCTTCTT
GTTGCTTCTCCAATCTTCGCTGCACTCTCCAAAAGGTTTTTAAGCTTCTTTAACAGGTTT
GTTGGGGTTGGTGAGGCTTCCTTCATTAGTCTTGCAGCACCTTACATCGATGATAGCGCT
CCTGCTGCAAGA**GGTGCTCCTAAAATATG

QA 1 691 1 691
DS 

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TTTTCTTTTGAATGCAATAACTTCGTGATTTTGAATCTCTGTTAATTTTTTTTATAAATT
ATTCTAACTCGTGATTTGTATTTTTGTAGATTCGTGGTGATCTTGTGTATTGTAAACCTG
ATCAATTATGTGGATCGAGGAGTGATTGCGAGTAATGGTGTTAACGGAGGCTCGACACCT
TGTGATTCCATAGGCCTTTGCTCTGCTAGCACTGGCATTCAAGGAGAGTTTAGGTTAAGC
AACTTTCAAGATGGTTTTTGTCTTCTGCCTTTATGGTTGGTCTTCTTGTTGCTTCTCCAA
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TTTTTGTTATGGTTTTCTGATTAAAGTTGAGATGAGAGGCTCTCTGTGTAAGTGTGTTCT
TGCGTTTTTTCTTCTTCAGTATGAAACAAGTCCTGCTTGAAATGGTAAAGTGTGTTCTTG
GC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B184JQ C 1
AF RR3B184TF U 1
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QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3B184TF 763 0 0
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GCCATTCGTCGTCTTGCTCGCAGAGGTGGTGTCAAGCGTATTAGCGGCCTCATCTACGAA
GAGACCAGAGGAGCCCTCAAGATCTTTCTCGAGAATGTCATCCGCGACGCCGTCACCTAC
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TCAGCAATCTCTGCTTGGATTCTTAAATGAAAATTCTGTTTGC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

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GCCATTAAAGATTTTGTCTCTAAAAGCGTTGAGAACGTGTATAATTTTATAGAATATTGT
TTCATGAAAGCAATAGTCTTTTGTATAGAAG


BQ
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QA 1 681 1 681
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BQ
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AF RR3B641TF U 1
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QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3B641JQ 875 0 0
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TGGAGCACAACTCGATCAAGCACATCCTCGACGAGTCCGTCTCTGACATCGTGAAGAGCC
GTGGATACAAGGAGGATGTGAGGCTGAGCAACCTGAAACTGATCTTAGGGACGATTATCA
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TGATCGGATGCATCGCATCGTATGTGGTGCTGAATGGGGTGTTGCAGCTGATTCTGTACA
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GATTGGTTGTGTCTTCAAAGCTGCCGAGATTCTTTGATGAGTACACTCTCACCATTGACA
GTGCTGATCCAAAATCGATCTCAGCTGGGAAGTCAGTCCAACTCACCAAAAGTGTTACTC
AATGGTTCACGAAAGATGGAGTTCTGGTTGAGGGTTTGTCTTGGAAAGACGTGGAAGCAT
TGATCAAGGACTATGCAAAAGAAGAAGAACCAAAGAAGAAGAAATGATGATTATATTTGG
AGAAAATAATATGTTCTTTAAAACTCCTAAATGTTTCGTTTTAGATAATTATAAATCAAT
GGCGACATTTGGTTAGTGATGACATTAATATTCCAATATTCCAGTTTTTTTTTGTTATAG
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AAGCCAATGGCTCACATTTCAAGTTCATGACAAAG

QA 1 875 1 875
DS 



AS 1 2

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CCCCTGGACTCACTAGTTTGGCCAAGGTTGTTGAATCCGTTAATCCTTTACACCCCGAGC
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TGAACATGTTTAAAGACTTTGTTCCAATGTCTTTCTTATCCGCTGTCGGTCTAGAAGAGA
ATCCAGCTGCTGAAGGAACGATAGAACAAAAATTCGATATGAAGCCACAGGGAGAAGACA
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TTTTATTTTAATTTTTACTAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EY06TF U 1
AF RR3EY06JQ C 212
BS 1 693 RR3EY06TF
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QA 1 703 1 703
DS 

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CTTC
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TGCCAAGTCATTTTAGCAGAGAGGATTTTATTTTAATTTTTACTAGCT

QA 5 772 5 772
DS 



AS 1 2

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ATCCCAAAGACCATGACTCTGAACAGCAGAACCAAGCTCAACAACACTCGAGCTACAAGC
AGCCACAGTCCAGTATCCTCCCAAGATCTCTGCTTTCAACTGCTCCTTTTCCCAACCGCA
ATACCCATCAAAGAATCTTAGCTCACTTCTTCCCACCAGCTTCCTCTTCACCATCTCTGC
AGCCAATCCCACACTCTCCCTCGTCCCATAGTACAATCCTTTCATCACTTGTCTGAACAC
TCCGCTACGTCTAAGACCGTTGATTTAGTCTCCTTGATAGACATGAGCGATGGACGGTTG
AGTATGACTCCTATAGGACCTGAAGGTCCAACAGAGAGGATGAGGATCACTGTCTTTTCG
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TGGATCTTGTGTGCCCATTTGTTTCCAACTGTGATCAGTGAGGACGATGATGAAGGATAG
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TTCTCTTTTTCTCTTTTTCTCTATCTCAATTCACTTTC


BQ
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AF RR3BX38TF C 1
AF RR3BX38JQ U 6
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RD RR3BX38TF 818 0 0
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ATACATACATCA*CAAAACATACACAATAGTAAAA*GTAAAA*CCATTAGTAAAAA*CAT
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ATACCCATCAAAGAATCTTAGCTCACTTCTTCCCACCAGCTTCCTCTTCACCATCTCTGC
AGCCAATCCCACACTCTCCCTCGTCCCATAGTACAATCCTTTCATCACTTGTCTGAACAC
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AAGATGTGGACTCCATCTAGCTTCTCTGTAGCGATTAGGAGACACCCTGGCTCTGGCTCG
TGGATCTTGTGTGCCCATTTGTTTCCAACTGTGATCAGTGAGGACGATGATGAAGGATAG
TCAACCACCAAAGAAGAGCCTCTTGTCTGAAAACGTTCTAGGTTTGATGAACGAGACAAG
CTCTTTGACACCGGAGATTGATCTTGAGGTAAGAAAACAAGCATCCATGTTACTCTCTCT
TTCTCTTTTTCTCTTTTTCTCTATCTCAATTCACTTTC

QA 1 818 1 818
DS 

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GGACAG
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CATGACTCTGAACAGCAGAACCAAGCTCAACAACACTCGAGCTACAAGCAGCCACAGTCC
AGTATCCTCCCAAGATCTCTGCTTTCAACTGCTCCTTTTCCCAACCGCAATACCCATCAA
AGAATCTTAGCTCACTTCTTCCCACCAGCTTCCTCTTCACCATCTCTGCAGCCAATCCCA
CACTCTCCCTCGTCCCATAGTACAATCCTTTCATCACTTGTCTGAACACTCCGCTACGTC
TAAGACCGTTGATTTAGTCTCCTTGATAGACATGAGCGATGGACGGTTGAGTATGACTCC
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TCCATCTAGCTTCTCTGTAGCGATTAGGAGACACCCTGGCTCTGGCTCGTGGATCTTGTG
TGCCCATTTGTTTCCAACTGTGATCAGTGAGGACGATGATGAAGGATAGTCAACCACCAA
AGAAGAGCCTCTTGTCTGAAAACGTTCTAGGTTTGATGAACGAGACAAGCTCTTTGACAC
CGGAGATTGATCTTGAGGTAAGAAAACAAGCATCCATGTTACTCTCTCTTTCTCTTTTTC
TCTTTT*CTCTATCTCAATTCACTTTC

QA 7 813 7 813
DS 



AS 1 2

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GTTTTCTTGGGATTTGGATCGTTGTTTTTGCTACTTGCTAGTGGTGTTTATGTCTGATCC
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AGTTAAGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AS45JQ C 1
AF RR3AS45TF U 1
BS 1 488 RR3AS45TF

RD RR3AS45JQ 488 0 0
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GTTTTCTTGGGATTTGGATCGTTGTTTTTGCTACTTGCTAGTGGTGTTTATGTCTGATCC
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AGTTAAGC

QA 1 488 1 488
DS 

RD RR3AS45TF 488 0 0
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TCAAAAATGGCGGCGACACCGATTGCGAGTCCGATTGCGGTGGCGATGTACCCGACTTTA
TCGGTGTTCACTCTGGCCATTGGCCTCGTCATTACCGCTTTCTTCTTCATCTATGAAGCT
ACATCATCCAGGAAAAACCGTAGTCTCGGGATGGAGCTTGCGACCGCGGCAGTAGCATCT
GTTTTCTTGGGATTTGGATCGTTGTTTTTGCTACTTGCTAGTGGTGTTTATGTCTGATCC
TTTCTTCCTCGATACTATTCCCAGCTAGTTTCAATGAACAAAAAAAATAACAGACTTTTA
TTTTCTGTCCAATTTAAATCAGAGTTATGAATGTTAGACTTTTGATTGTCTTTCTTTGTG
GATTTTTAACGCGCTAAACGTAGTTTTGATGTGGCCGCTATTATAACAGCGTTTTGCGTC
AGTTAAGC

QA 1 488 1 488
DS 



AS 1 2

CO CL5328Contig1 890 2 2 U
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CGGTGATCATCTGCATCTGTCTTCTTCTGAGTCTGTCTCTTCACCTTCTAATTCTTCTAT
TGGGGGGAATAGCGACGACGATGACGACGGGGAAGCTAACGAAGCTGAGTCGTCTCCTTA
CAAGGGTCCTCTTGATTTGATGGAAGCTCTCGAAGAAGTCTTACCCGTTAGGTAAAAAAT
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AAGTCAAAGTCTTTCACGAATTTAGCCGATGAGGATGCTGCCTCGGCGTTGGCTTCTTGT
TCTTCTTCTTCGATGAAAGTTTTGGCGAAGCCGGAGAATCCTTACAGTCGTCGTCGTCGG
AATCTCCTCTGCCATAAGATTTGGGAGAACAGTCCACGTGGAAGGATCTTGAAGAGACAG
ACCATGAGCTCGAGCAAGAGCAAGAGCGCGTTGACGCTTGCTGTGGCGGTTGCTGCCGAG
GAAGGTTCTTCGTCCGGCGGAGACTCGTCTACGGGAACAAGTCCGACGTCCACTGGTCCT
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BQ
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AF RR3DO55TF U 1
AF RR3DO55JQ C 227
BS 1 714 RR3DO55TF
BS 715 890 RR3DO55JQ

RD RR3DO55TF 714 0 0
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CGGTGATCATCTGCATCTGTCTTCTTCTGAGTCTGTCTCTTCACCTTCTAATTCTTCTAT
TGGGGGGAATAGCGACGACGATGACGACGGGGAAGCTAACGAAGCTGAGTCGTCTCCTTA
CAAGGGTCCTCTTGATTTGATGGAAGCTCTCGAAGAAGTCTTACCCGTTAGGTAAAAAAT
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TTTTTTTTTTTTTTTGAATGTGGTTTGTGTAGGAAAGGGATATCGAATTATTACAATGGA
AAGTCAAAGTCTTTCACGAATTTAGCCGATGAGGATGCTGCCTCGGCGTTGGCTTCTTGT
TCTTCTTCTTCGATGAAAGTTTTGGCGAAGCCGGAGAATCCTTACAGTCGTCGTCGTCGG
AATCTCCTCTGCCATAAGATTTGGGAGAACAGTCCACGTGGAAGGATCTTGAAGAGACAG
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CCTCCGAGGCAGATGATGACGATACTTCCTCCGCTGTATACTGGGAGTCAAGGG

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3DO55JQ 664 0 0
CGTTAGG
AAAAAATCTCTTTCAAAACTTAAAGTCTTGCTGTCGGAATCTCAAAATTTTAAGACAAAA
GTACGAGTTTTTTTTTTTTTTTGAATGTGGTTTGTGTAGGAAAGGGATATCGAATTATTA
CAATGGAAAGTCAAAGTCTTTCACGAATTTAGCCGATGAGGATGCTGCCTCGGCGTTGGC
TTCTTGTTCTTCTTCTTCGATGAAAGTTTTGGCGAAGCCGGAGAATCCTTACAGTCGTCG
TCGTCGGAATCTCCTCTGCCATAAGATTTGGGAGAACAGTCCACGTGGAAGGATCTTGAA
GAGACAGACCATGAGCTCGAGCAAGAGCAAGAGCGCGTTGACGCTTGCTGTGGCGGTTGC
TGCCGAGGAAGGTTCTTCGTCCGGCGGAGACTCGTCTACGGGAACAAGTCCGACGTCCAC
TGGTCCTCCTCCGAGGCAGATGATGACGATACTTCCTCCGCTGTATACTGGGAGTCAAGG
GTCTTTTGGTAATATGAAGTCTACTCAGTCGTCGTCAAAGGGTTTTTGTGCGTGGAGATC
GTATTCGGTGGCTGAAATTACAAGGTGTTTTCCGGCGACGGCGAGTGGTATTGGGTCCAC
TGACTCGTAGGAAGGATTAACATTTTGTGTTTTTTTTTGTTAAAATTTATATTTTTG

QA 8 664 8 664
DS 



AS 1 2

CO CL5329Contig1 805 2 6 U
GAGATCAGACTTGGGTGGTGGTGGTGGTGATGTTGAGTTCCAGTTTGATTTAGACTGTGA
GTAAGCGTTGTTCGCTCTTGGAAACGCTCGTAGTCATCTGCCAAAGGTGGAAGAAGAGGA
AGAAGATGATGAAGAGGAGGAAGAAGAAGAAGGCAAGGAGGAGAAGGTAGAGAAGATGCA
GGCGATTACCAAGCTTTCAATGTCTCTGAAAAGCACTCTTCTAGGTGAGAAGAGCCAGAA
GTATCAGAAGCATCCAGGAGGGAGAGCAGAGAGCGCATATGCGTCGTCTGGGCACAGGAG
TGCAGAAGAACAGATCCCAGCAAGCACTAGCTTTGTGAAGCTCTCGGATATGAGTGAAGA
GGAGTGGACTGTTTTCCTGGAGAAGTATCAGGAGCTGCTTTATCCTGCATTTGCTAAGCG
TAAGGCCATAACTTTAGGACAGAATCTGAGGCAGAGGATGGGAACTTCGTGTCAGTTTTG
AGGAAGAAGAAGAATAAAGGATCTTGTAGAGTCTTGTTACCAAGGGCTCTTGCTTGAGAC
TAGACTTGGTGGAAAAAATATGGTCAGGGAGTGGTAATGGATTTAGTGTAAATATCCGTT
GATTTCAGCTTTTAGTGTGGAGGAGACTCGAGAGTAGTTATGTCACGTCTCTTTTAATTT
TCTTTGCATTTTTAAAAATTTTCTTAAGCCCTCTCTAGGTTCTTGTTGGTTTCTGCTGTC
TCGTTTAGAGCCATGTATAGCCCCTCTTATGTTTTATAAGTCACTTGTAGATTAGAAAAA
TAAATGGGATAAAAGCTTTGTTGCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D565TF U 1
AF RR3D565JQ C 1
BS 1 677 RR3D565TF
BS 678 678 RR3D565JQ
BS 679 698 RR3D565TF
BS 699 699 RR3D565JQ
BS 700 772 RR3D565TF
BS 773 805 RR3D565JQ

RD RR3D565TF 774 0 0
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TAAGGCCATAACTTTAGGACAGAATCTGAGGCAGAGGATGGGAACTTCGTGTCAGTTTTG
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TAGACTTGGTGGAAAAAATATGGTCAGGGAGTGGTAATGGATTTAGTGTAAATATCCGTT
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TCTTTGCATTTTTAAAA*TTTTCTTAAGCCCTCTCTAG*TTCTTGTTGGTTTCTGCTGTC
TCGTTTAGAGCCATGTATAGCCCCTCTTATGTTTTATAAGTCACTTGTAGAT
AG

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3D565JQ 805 0 0
GAGATCAGACTTGGGTGGTGGTGGTGGTGATGTTGAGTTCCAGTTTGATTTAGACTGTGA
GTAAGCGTTGTTCGCTCTTGGAAACGCTCGTAGTCATCTGCCAAAGGTGGAAGAAGAGGA
AGAAGATGATGAAGAGGAGGAAGAAGAAGAAGGCAAGGAGGAGAAGGTAGAGAAGATGCA
GGCGATTACCAAGCTTTCAATGTCTCTGAAAAGCACTCTTCTAGGTGAGAAGAGCCAGAA
GTATCAGAAGCATCCAGGAGGGAGAGCAGAGAGCGCATATGCGTCGTCTGGGCACAGGAG
TGCAGAAGAACAGATCCCAGCAAGCACTAGCTTTGTGAAGCTCTCGGATATGAGTGAAGA
GGAGTGGACTGTTTTCCTGGAGAAGTATCAGGAGCTGCTTTATCCTGCATTTGCTAAGCG
TAAGGCCATAACTTTAGGACAGAATCTGAGGCAGAGGATGGGAACTTCGTGTCAGTTTTG
AGGAAGAAGAAGAATAAAGGATCTTGTAGAGTCTTGTTACCAAGGGCTCTTGCTTGAGAC
TAGACTTGGTGGAAAAAATATGGTCAGGGAGTGGTAATGGATTTAGTGTAAATATCCGTT
GATTTCAGCTTTTAGTGTGGAGGAGACTCGAGAGTAGTTATGTCACGTCTCTTTTAATTT
TCTTTGCATTTTTAAAAATTTTCTTAAGCCCTCTCTAGGTTCTTGTTGGTTTCTGCTGTC
TCGTTTAGAGCCATGTATAGCCCCTCTTATGTTTTATAAGTCACTTGTAGATTAGAAAAA
TAAATGGGATAAAAGCTTTGTTGCG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL5330Contig1 702 2 13 U
ATAACCAAATTCATAAATAAATAATCACGAAAAAATCATTCTTTTCCGCAGAAAACGTTA
CAAAAATAGTGCTACATGAATTACCTATTTCGACCAAACAAAATTGAAAACATTAAAGGC
TATTCATCCAAAAATATATCGATCAGTCGTTTAATTTCAGTAAAAAAATAATATCAAGAT
TCGTGTTGGGATTTGCATTATCCTCCCTTAAGCTTCCTTCAAGCTTCTTTACGCGTAATC
CTGAAGCAGTAGATTCCAAGTGCAGCAGTGATCTCATGAATGACTGAGGTTGCAAAATGC
ATATATAGTGCCATTGTGAATATACAATAACCAAGAAGAACCCAAAACTCATCAACAAGA
GCAACCCCGTTGTTGAGTCTAGCGGTTAGAGCATTTGCTAGTGCAAAGGGAAGGTAAAGC
AGTGACATGCACATGTTTGTTTTTAATCCTTTTGGTTCATCACATATGTGAGCTAAAATT
ATTCTCCCCACAATGAATCCAAATGAAAGACCAGTTCCCAATACAACTAAGTGAGGGTAG
TTTCTTATGAGATCAGTTGGAGACAAGTAGTCCCAAATCAAAACTCCTGCAATTAGTCCA
ACGAAGGGAAACAGCATAGACAAAGCTAGAAACATGATTCCTTTTCTTGCCTGTATAACT
TTGTATACATTGGACACGCTCAATGCAAATGTTGGTATAACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH11JQ U 42
AF RR3G647JQ U 1
BS 1 48 RR3G647JQ
BS 49 49 RR3DH11JQ
BS 50 70 RR3G647JQ
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BS 476 476 RR3DH11JQ
BS 477 702 RR3G647JQ

RD RR3DH11JQ 520 0 0
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AATTGAAAACATTAAAGGCTATTCATCCAAAAATATATCGATCAGTCGTTTAATTTCAGT
AAAAAAATAATATCAAGATTCGTGTTGGGATTTGCATTATCCTCCCTTAAGCTTCCTTCA
AGCTTCTTTACGCGTAATTCTGAAGCAGTAGATTCCAAGTGCAGCAGTGATCTCATGAAT
GACTGAGGTTGCAAAATGCATATATAGTGCCATTGTGAATATACAATAACCAAGAAGAAC
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TGCAAAGGGAAGGTAAAGCAGTGACATGCACATGTTTGTTTTTAATCCTTTTGGTTCATC
ACATATGTGAGCTAAAATTATTCTTCCCACAATGAATCCAAATGAAAGACCAGTTCCCAA
TACAACTAAGTGAGGGTAGTTTCTTATGAGATCAGTTGGA

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3G647JQ 702 0 0
ATAACCAAATTCATAAATAAATAATCACGAAAAAATCATTCTTTTCCGTAGAAAACGTTA
CAAAAATAGTTCTACATGAATTACCTATTTTGACCAAACAAAAT*GAAAACATTAAAGGC
TATTCATCCAAAAATATATCGATCAGTCGTTTAATTTCAGTAAAAAAATAATATCAAGAT
TCGTGTTGGGATTTGCATTATCCTCCCTTAAGCTTCCTTCAAGCTTCTTTACGCGTAATC
CTGAAGCAGTAGATTCCAAGTGCAGCAGTGATCTCATGAATGACTGAGGTTGCAAAATGC
ATATATAGTGCCATTGTGAATATACAATAACCAAGAAGAACCCAAAACTCATCCACAAGA
GCAACCCCGTTGTTGAGTCTAGCGGTTAGAGCATTTGCTAGTGCAAAGGGAAGGTAAAGC
AGTGACATGCACATGTTTGTTTTTAATCCTTTTGGTTCATCACATATGTGAGCTAGAATT
ATTCTCCCCACAATGAATCCAAATGAAAGACCAGTTCCCAATACAACTAAGTGAGGGTAG
TTTCTTATGAGATCAGTTGGAGACAAGTAGTCCCAAATCAAAACTCCTGCAATTAGTCCA
ACGAAGGGAAACAGCATAGACAAAGCTAGAAACATGATTCCTTTTCTTGCCTGTATAACT
TTGTATACATTGGACACGCTCAATGCAAATGTTGGTATAACA

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL5331Contig1 1076 2 10 U
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TCCCTTCTCACTTCTCCTTCTTTTCTTTCTGATTAGTACATTCTTACACAAACCCAGGGT
TGATATAAATGGAGGGTGGTGCGAGCGGTGAAGTAGCAGAGAGCAGCAAGAAGATTGGGA
GAGGGAAGATAGAGATAAAGAGGATAGAGAACACTACGAATCGCCAAGTCACTTTCTGCA
AGCGACGCAATGGTTTGCTCAAGAAAGCTTATGAGCTCTCTGTCTTGTGTGACGCCGAGG
TGGCTCTTGTCATCTTCTCCACTCGAGGGCGTCTCTACGAGTACGCCAACAACAGTGTAA
GAGGAACGATCGAAAGGTACAAGAAAGCTTGCTCAGACGCTGTTAATCCTCCTTCCGTCA
CCGAAGCTAACACTCAGTACTATCAGCAAGAATCAGCTAAGCTACGGAGACAGATCCGGG
ACATTCAGAATCTGAACAGACACATTCTTGGTGATTCTCTAGGTTCCTTGAACCTCAAGG
AACTCAAGAACCTCGAAGGTAGGCTAGAGAAAGGCATCAGCCGTGTTCGCTCCAAGAAGC
ATGAGATGCTAGTTGCAGAGATAGAGTACATGCAAAAAAGGGAAATCGAGCTTCAAAACG
ATAACATGTATCTCCGATCCAAGATTAGTGAAAGAGCAGGACTGCAGCAGCAGGAAGCCA
GTGTGATAAATCAAGGGACAGTTTACGAGTCATCTTCTCATCAGTCAGAGCAGTACAACC
GTAATTATATTCCGGTTAACCTTCTTGAACCAAATCAAAACTCCTCCGACCAAAATCAAC
CACCTCTCCAACTTGTTTAATTAAGTAACGTTTAATCAACATAATAAGCTTATTTATGCA
TATGTTTTGTGTTGTACATTACGGTTTAAGAACTTAAAAATAAAGACCGGTAGCGGTTTG
AGAGGGGCCTAATTTACATATGTAGCTTGATTATTTATATGCAATGTATTGTGAACGTTC
CGGCTAGTAAACGTTCCGGCTAGTACGTAATTTACAAGACAAGATATTCTAATGGC


BQ
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AF RR3CI19TF U 1
AF RR3CI19JQ C 270
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RD RR3CI19TF 782 0 0
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CCGTA

QA 1 777 1 777
DS 

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ATTATTTATATGCAATGTATTGTGAACGTTCCGGCTAGTAAACGTTCCGGCTAGTACGTA
ATTTACAAGACAAGATATTCTAATGGC

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

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TCC


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AF RR3E348JQ C 1
AF RR3E348TF U 1
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TCC

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DS 

RD RR3E348TF 483 0 0
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CTGTCGTTATCATCACTGAGTTACTAGTGGAGTACACGGCTGCTCTCGCTAAACTCACCG
CTGGGATTCTTCCCAGACGTCAAGGCGACAGCAACGTCGTAAGGATTGGAGGTTTCATCT
TGCCTTGTCCTTCTCCGTCGAGTACTAATCGGTCGTCTCCCATACCAGACTTTTCTTCTC
ATCTTGTCGACTTTTGATCTGTAACGATTTCTTTAGAGTTTTTTTCATCTTTTTTTTTAA
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TCC

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 2

CO CL5333Contig1 691 2 4 U
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CATCTCTCATTTCTCGAATCATTGTTATTGATTAGTGATATAGAGAGAAACATATATAGA
GAGAAAAATAAATATAAAAAATTAGAAGCGAAAGATGGTTAATTCGAGAGATATGCTGCC
GTCCTTGGCGATGGTGTTAGTGCAAATTGGCTACGCAGGCATGAACATTACGTCTAAGAT
GGCTATGGAGGCCGGCATGAAGCCTCTCATCCTTGTAGCTTATCGCCAAATCTTTGCCTC
TATAGCCACTTTACCGGTCGCACTTTTCCTTGAACGTAAGACAATACCGAAGATCACACT
AAGGGTTCTTGTCCAAGTCTTCTTCTGCTCTATCACTGGTGTGACAGGAAATCAAGTTCT
CTACTTCATAGGACTTCAGAATTCATCTCCGACCATCGCTTGCGCCTTAACTAATCTCTT
ACCGGCGGTCACTTTCCTCCTCGCCGCAATCTTCAGACAAGAAGCTGTAGGGATTACAAA
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CTCCTTCTACCATGGTCACATCATAGGCATTGGAGAGTCCAAAATCCATTGGGCTTATGC
TCAAAGCATCGCGAGCCATGGTTCGGATTCT


BQ
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AF RR3GE45TF U 1
AF RR3E548TF U 79
BS 1 316 RR3GE45TF
BS 317 317 RR3E548TF
BS 318 571 RR3GE45TF
BS 572 691 RR3E548TF

RD RR3GE45TF 571 0 0
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CATCTCTCATTTCTCGAATCATTGTTATTGATTAGTGATATAGAGAGAAACATATATAGA
GAGAAAAATAAATATAAAAAATTAGAAGCGAAAGATGGTTAATTCGAGAGATATGCTGCC
GTCCTTGGCGATGGTGTTAGTGCAAATTGGCTACGCAGGCATGAACATTACGTCTAAGAT
GGCTATGGAGGCCGGCATGAAGCCTCTCATCCTTGTAGCTTATCGCCAAATCTTTGCCTC
TATAGCCACTTTACCGTTCGCACTTTTCCTTGAACGTAAGACAATACCGAAGATCACACT
AAGGGTTCTTGTCCAAGTCTTCTTCTGCTCTATCACTGGTGTGACAGGAAATCAAGTTCT
CTACTTCATAGGACTTCAGAATTCATCTCCGACCATCGCTTGCGCCTTAACTAATCTCTT
ACCGGCGGTCACTTTCCTCCTCGCCGCAATCTTCAGACAAGAAGCTGTAGGGATTACAAA
GGTATCAGGACAAGCCAAAGTGATAGGGACA

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3E548TF 613 0 0
GG
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ATTAGAAGCGAAAGATGGTTAATTCGAGTGATATGCTGCCGTCCTTGGCGATGGTGTTAG
TGCAAATTGGCTACGCAGGCATGAACATTACGTCTAAGATGGCTATGGAGGCCGGCATGA
AGCCTCTCATCCTTGTAGCTTATCGCCAAATCTTTGCCTCTATAGCCACTTTACCGGTCG
CACTTTTCCTTGAACGTAAGACAATACCGAAGATCACACTAAGGGTTCTTGTCCAAGTCT
TCTTCTGCTCTATCACTGGTGTGACAGGAAATCAAGTTCTCTACTTCATAGGACTTCAGA
ATTCATCTCCGACCATCGCTTGCGCCTTAACTAATCTCTTACCGGCGGTCACTTTCCTCC
TCGCCGCAATCTTCAGACAAGAAGCTGTAGGGATTACAAAGGTATCAGGACAAGCCAAAG
TGATAGGGACAGTAGTATGTGTGGCTGGAGCAATGGTTCTCTCCTTCTACCATGGTCACA
TCATAGGCATTGGAGAGTCCAAAATCCATTGGGCTTATGCTCAAAGCATCGCGAGCCATG
GTTCGGATTCT

QA 3 613 3 613
DS 



AS 1 2

CO CL5334Contig1 955 2 2 U
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AAGCTATATCTGGTGCCAACCAATCCCTATATGCTCCAGAACCATATGATGTTGGGAGGG
TAATACAAGCAGACATTCTTTCTAACGGCCAGAAGTTCACTGTTACAACCGACGGTCCAA
TTAATACTGCTTCCGGCTTGCAATCACGAGTTGAATCACTCCCGCGCAAATCTAACAGTG
AATTCACCGTGGTTATATCACAGATGAACGGGCAAGACCATTCATCGCGTTCCCACGTGT
TTACTGTTGGAAAGGCGAGGGTGAAGCTGTCTCGAGGATGGATCACAAAGGCTAGAGAAA
TATATTCAAACTCCATGCAGTTATGTGGAGTGAGAGGCAATGCTAATGCTCCAGCAAAAG
CATTGTTCTGGCAACCAAGAAAGGGTCTAAGTTTCTTACTAACTTTCGAGTCAGAACAAG
AACGTAATGCAGCTATTGTTCTCTCCCGGAAATACGCATATGATTCCAATGTCACTTTGG
TTGGGCCTGACGATTGAGGAGCTAATAATGAAAGGTGTAACCAATCTTTTCTATCAAGTG
TCCTGAAAGTTTTTTCTAAGATTGGCGATTTGGAGTGTTATGTGTTTGTATGTAGTTGAG
GTTGGATGATTCTCTACTGCATAGTTTGTGTGTTTGCTGCATAGTTTTTTTAGGCAGGAA
GCACATTGTGTGTGTGTGTGTTTTTGGCATGATCACTAGTGTGAGGTGGTTGGCATTTTC
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GCATTGTTGCTTAGGGTTTTTATTTTTGGGTGTGAAGATTTGTTTGTATGTAGTAACAGA
ACAGAGTTTCCTTCATTCATATGATCAATGTAATAAAAATGCAAGGAAGATTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BR22TF U 1
AF RR3BR22JQ C 174
BS 1 656 RR3BR22TF
BS 657 955 RR3BR22JQ

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AAGCTATATCTGGTGCCAACCAATCCCTATATGCTCCAGAACCATATGATGTTGGGAGGG
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TTAATACTGCTTCCGGCTTGCAATCACGAGTTGAATCACTCCCGCGCAAATCTAACAGTG
AATTCACCGTGGTTATATCACAGATGAACGGGCAAGACCATTCATCGCGTTCCCACGTGT
TTACTGTTGGAAAGGCGAGGGTGAAGCTGTCTCGAGGATGGATCACAAAGGCTAGAGAAA
TATATTCAAACTCCATGCAGTTATGTGGAGTGAGAGGCAATGCTAATGCTCCAGCAAAAG
CATTGTTCTGGCAACCAAGAAAGGGTCTAAGTTTCTTACTAACTTTCGAGTCAGAACAAG
AACGTAATGCAGCTATTGTTCTCTCCCGGAAATACGCATATGATTCCAATGTCACTTTGG
TTGGGCCTGACGATTGAGGAGCTAATAATGAAAGGTGTAACCAATCTTTTCTATCAAGTG
TCCTGAAAGTTTTTTCTAAGATTGGCGATTTGGAGTGTTATGTGTTTGTATGTAGT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3BR22JQ 782 0 0
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AACAGTGAATTCACCGTGGTTATATCACAGATGAACGGGCAAGACCATTCATCGCGTTCC
CACGTGTTTACTGTTGGAAAGGCGAGGGTGAAGCTGTCTCGAGGATGGATCACAAAGGCT
AGAGAAATATATTCAAACTCCATGCAGTTATGTGGAGTGAGAGGCAATGCTAATGCTCCA
GCAAAAGCATTGTTCTGGCAACCAAGAAAGGGTCTAAGTTTCTTACTAACTTTCGAGTCA
GAACAAGAACGTAATGCAGCTATTGTTCTCTCCCGGAAATACGCATATGATTCCAATGTC
ACTTTGGTTGGGCCTGACGATTGAGGAGCTAATAATGAAAGGTGTAACCAATCTTTTCTA
TCAAGTGTCCTGAAAGTTTTTTCTAAGATTGGCGATTTGGAGTGTTATGTGTTTGTATGT
AGTTGAGGTTGGATGATTCTCTACTGCATAGTTTGTGTGTTTGCTGCATAGTTTTTTTAG
GCAGGAAGCACATTGTGTGTGTGTGTGTTTTTGGCATGATCACTAGTGTGAGGTGGTTGG
CATTTTCTTGTTTTTTTTTATTTTGATTGGTTTGTTTGTTGTAGTGGTTAGTTTTGTGTT
TGGTCTTGCATTGTTGCTTAGGGTTTTTATTTTTGGGTGTGAAGATTTGTTTGTATGTAG
TAACAGAACAGAGTTTCCTTCATTCATATGATCAATGTAATAAAAATGCAAGGAAGATTT
AT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL5335Contig1 1205 2 2 U
GGAAGCCAAAACCAAATATTTCATCATAATTGCAACACAAAGAGTGAGGGACACAATAAC
ATCACATTTTAAATATTGTAATCAACCCTAATTTTCTCTGAACTCTCTCTCTGGCCGTCA
ACCTTTGCGACTGTAGATACACGCCTCTCCGGTAGCTAAGGCTTTTAGCAGGTGCCGGAG
AGGGCTCCCTTTCTCTCTCTTTTGCTCTCACGGATCTCTCCGCACTTCTTCTTCATCTAA
TCTCTTGAAATCATTTTCTCTAGATGTCATAGTTTTTGCGGCAATGGTGCCTCTCTATTG
ACGCCAGTGATCGTGAGGCAGCAGATCTGATTGGACTTCGATTTTTGTTAGTTTCTGTTA
TGGTTTCTCTGATCGGTTGGGATCAAGGTTTTCGCCGGTCTGTTTCCTGCTTCTCATCGG
TGTTCACCTGCTGTGTTGGGTCTTAGGCACTTGGTGTGCTTCTTCCACCGTTTCTTTCCG
GTTAGTGTATGGCTTGGTGGTTCTTTTGTGTCCTGGTTCTGTTTCTCTTGTGATTTGGTT
TAGGCGGTTTCTTTGAAAGTGTCTTGCTCCCTTCAGTGTTTGGGTTTTAAGGGTTGCTGT
TTCCAGTAGTTGGTATAGGATAGATGCATTGAACTTGTAGCTTCGCCAGGTCTCTTATTA
CCTTGGGACGAGGGTTAAGCAAGAGATCATCTTTTCCTTTCTCCAGTCAAGTTCAGGCTG
GTGTTTTTGACTCCTTGGTTTGGGTCTGTTCTCTCGCCTCCTTTATGTTGTACAGTTGTA
GCCTTTGGGACTTGCTGGTTTCTTTTGGAGCGACTGTATTATCAATTATCATCTAGATCT
GTCTACTTGAGAGTGAGGATTGGTGGGATTGATTTCATGGAGCCAGACCTCCAGAAACCG
AGTTTTTTTTTCAAGCTGCTAATGTGGATAAAAGAAAAGCTAAGAAGTTGGAGGGTTCGA
GCTCATGATTTTCATTGCTGATGGTATACAATTACAATCATTGATGTATGAGGAATGCAC
GCCATTAGAAGACTACTGTCTTCCTGTATTGCATTTGCGTTTGTCTTTTTTGAGTAGAAT
AACTTCTTTGATATTTTTTCTATTTATCCTCTCTTATGACATATCTATTGATATGATCTT
GTGCTTGGTTTTGTAATATTTTTGAAACCTTTTGCCTATATGGCTTATTAATGATACAAA
GCGTT


BQ
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10 10 10 10 10 

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BB18TF U 1
AF RR3BB18JQ C 358
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RD RR3BB18TF 844 0 0
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CTATGAACATTATAAGAGTACACAACAAACTCGATTATGTTTCCAAGTCAAAACACTGGG
CTACTTTATTCACCTTGAAATATAGATTTGATCTAGTTGCTTTTGGTTACATCAGCCTCT
TAATCAACCTTAAATCATTAATATAATAAACAGTTTGGAGAAG*TATACATTGTTAATGG
AATC

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DS 

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TTCCCAATCGGTGGACGAGAGTAAGTACCAAGTTTTTGGTTTCAACTGAATCTGATTTCA
CATTTCCAGCTCCATCTTCTTCTTCTGCAGATAATCCAAATCAGGTGCAAGCCTTTGTTC
AAGATCTATCAACCACAGAGGCCAAAGGTCAGTGGTGATAGCACTAGAAAACCCCATATT
ATTCTATGAACATTATAAGAGTACACAACAAACTCGATTATGTTTCCAAGTCAAAACACT
GGGCTACTTTATTCACCTTGAAATATAGATTTGATCTAGTTGCTTTTGGTTACATCAGCC
TCTTAATCAACCTTAAATCATTAATATAATAAACAGTTTGGAGAAGGTATACATTGTTAA
TGGAATCATCCTTTCTTCTCGTCTTGTAGAACAATAAATATTGCAGGAACAGAGAACTTT
GACAGTAAGAAGGAAGGAGGCTTTGAAGATTACTTTTTGATGACGAAACGCCTTTTTGAT
CTCTTCAGAAGATATTTTTGGAGTGCTGCTAATCTCTTTAATACATGGTTGTCCCAAAGG
GAAGACTGTTTTAGTTTTTACAATTAGTCGAGACTCCGGTTATAGTTTTTTTTTCATGAC
TAGATGTTGAAATAACGGTGTAGGGTCGTCAAGAGATGTCTGGTTCTATGTGTTCCATGT
GTTCCATGTTTGTTTCTTCAGCTAATACAATTGCTTTCTCTTCGGTAC

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 2

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TTTTCCATTACATGACTTCTTCATTAGCCAAATCCAACGACAAAGGCAAGAACAAGGTAA
GGATTTCTCAAGATACCGAAACGTCAAATTTTGTATCTACTCATCTTTACATTAAACGTA
TTCCTTCCACGCAAGCACTTGATCGGGAAGTCGTTCTACGACGCATACGCCAACGCCGAC
GCGCAAATAAGGTCAGATCGATATTCCAACTGCTGTTTGGTTTCCCGTTTTTAAATAAAA
AGCACGAAGGTAACAACGATCACGATGAAGATGATGCTTCCGCAGTTCCTTGAATCTTCG
ACCTATTTATTTGTCAATATAGTTACCTGACATGATGATGTTACAGTTTAATTTTTTTTT
ACTTACATTGTTGTTACCAAGAAGGAGGGTTAAGCTAGTGAACAAAACCACAGTTCAATT
TCTCTAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A653JQ C 1
AF RR3A653TF U 1
BS 1 487 RR3A653TF

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TTCCTTCCACGCAAGCACTTGATCGGGAAGTCGTTTTACGACGCATACGCCAACGCCGAC
GCGCAAATAAGGTCAGATCGATATTCCAACTGCTGTTTGGTTTCCCGTTTTTAAATAAAA
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TCTCTAC

QA 1 487 1 487
DS 

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TTTTCCATTACATGACTTCTTCATTAGCCAAATCCAACGACAAAGGCAAGAACAAGGTAA
GGATTTCTCAAGATACCGAAACGTCAAATTTTGTATCTACTCATCTTTACATTAAACGTA
TTCCTTCCACGCAAGCACTTGATCGGGAAGTCGTTCTACGACGCATACGCCAACGCCGAC
GCGCAAATAAGGTCAGATCGATATTCCAACTGCTGTTTGGTTTCCCGTTTTTAAATAAAA
AGCACGAAGGTAACAACGATCACGATGAAGATGATGCTTCCGCAGTTCCTTGAATCTTCG
ACCTATTTATTTGTCAATATAGTTACCTGACATGATGATGTTACAGTTTAATTTTTTTTT
ACTTACATTGTTGTTACCAAGAAGGAGGGTTAAGCTAGTGAACAAAACCACAGTTCAATT
TCTCTAC

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 2

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ACAAGTGTGAATCTTTGAGTTGAACGGCTTAAGAAGTGGCAACATAAAACACATAAGTTC
TTCTACTTCTTTATGTCCTTAAGTTTTTGTTTTTTTTGTTTTATCAAACTCCAAAAAGAT
CATAGGCAGACACTTATCTAATAATAGTGTTCTGCCAGATTCTTATTTTGGAGACACTGT
CCCGAGTCCCTGTTGCGTGAAAGCGTAGTCCCAACGGAAATTTAAATCCATCTCCTAGAC
ACTGTTGGTTGGTAGTGCATGTCTTTGGGAATGGAAAGTAAACACACACCTTAGTAGTAC
CCACGGATTTACTAAAACAACCATCGGCTTAAGAAAAAAAAAGTCTATAGACAGGAAACG
GCTATGTCTATAGCTATGAGTTGGTTTTGAACTTGTTGGATGGAAAATAACGACCACAAG
TCATGAAAACTAATTGTCCCGAGTCCTGTTGTGTGAACTTGTTGGATGGAAATAACGATC
AAAAGTCGTGAAAACTAATGTCCCGAGTCCCGTTGGTATTGTACGGTTTGAGAGAACTCT
TCAGACAAAGACTCCCAACTCTAAACCAGGTCCATTGCTTAACCACAGCTCTATGAGCAA
AGGATACTTGAGGATGCGAAGTGTGAGAAAATTTAGTACTAACGAAAAAGACAAGGCTTT
AGACAGTGAGATTGTGAATGGAAACGTCTTCATCACGTACGTTAGTACCCACAGCTTATG
AACAAATTTTTAGACAGAGTTTATAAAACTACCAACGGCTTAGAGACAACTGTTTAGACA
GAGAATGTGATTGTAATAAAGTCTTTAGACAGAGACTATTCATCACATTAGTACCCACGG
CTTGCAAGAAAGTCTTTTGATAAAGACTGTGATTGAATATGTTTTCATCACATTAGTACC
CACGGCTTGCAAAAAGGATTTTACACCGAGACTGATTGAAAACGTCCTCATCACATTAGT
ACCCACGGCTTGCAAAAAAGAAAAGATCTTTTGACAAAAACTGCGATCTAATTTCGAAAC
AGACTGTTCGGACCTAGTGGACATGACCACAAACCCGGAAGAATGGCCAACCTTTGCAAC
GGAGATCGACATGTTCCACCGACTACAGGATAACTTTGAGGATGTGACCCTTAGTCATAT
TCCTCGAAGTAGGAATGGTCGTGCGGATGCTTTGGCAAAGGAAGCTAGGATGAAAGGATA
CACATTTTCCCATATAGATCAGACTCGGACGGACGGGGATGCTCTCCGGAGAATTAACTC
GTCTAGACCCCACTTGATCTAGTACATTGGGCGGCCGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E807TF U 1
AF RR3E807JQ C 646
BS 1 701 RR3E807TF
BS 702 702 RR3E807JQ
BS 703 732 RR3E807TF
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RD RR3E807TF 747 0 0
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TCGGAGTGGTGTAATCGTTGCGTATGTGGATATGGAGAAATCATCATTGACAGATTGAAG
ACAAGTGTGAATCTTTGAGTTGAACGGCTTAAGAAGTGGCAACATAAAACACATAAGTTC
TTCTACTTCTTTATGTCCTTAAGTTTTTGTTTTTTTTGTTTTATCAAACTCCAAAAAGAT
CATAGGCAGACACTTATCTAATAATAGTGTTCTGCCAGATTCTTATTTTGGAGACACTGT
CCCGAGTCCCTGTTGCGTGAAAGCGTAGTCCCAACGGAAATTTAAATCCATCTCCTAGAC
ACTGTTGGTTGGTAGTGCATGTCTTTGGGAATGGAAAGTAAACACACACCTTAGTAGTAC
CCACGGATTTACTAAAACAACCATCGGCTTAAGAAAAAAAAAGTCTATAGACAGGAAACG
GCTATGTCTATAGCTATGAGTTGGTTTTGAACTTGTTGGATGGAAAATAACGACCACAAG
TCATGAAAACTAATTGTCCCGAGTCCTGTTGTGTGAACTTGTTGGATGGAAATAACGATC
AAAAGTCGTGAAAACTAATGTCCCGAGTCCCGTTGGTATTGTACGGTTTGAGAGAACTCT
TCAGACAAAGACTCCCAACTCTAAACCAGGTCCATTGCTTA*CCACAGCTCTATGAGCAA
AGGATACTTGAG
ATGCGAGTGTGAGAA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3E807JQ 774 0 0
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AAAAGACAAGGCTTTAGACAGTGAGATTGTGAATGGAAACGTCTTCATCACGTACGTTAG
TACCCACAGCTTATGAACAAATTTTTAGACAGAGTTTATAAAACTACCAACGGCTTAGAG
ACAACTGTTTAGACAGAGAATGTGATTGTAATAAAGTCTTTAGACAGAGACTATTCATCA
CATTAGTACCCACGGCTTGCAAGAAAGTCTTTTGATAAAGACTGTGATTGAATATGTTTT
CATCACATTAGTACCCACGGCTTGCAAAAAGGATTTTACACCGAGACTGATTGAAAACGT
CCTCATCACATTAGTACCCACGGCTTGCAAAAAAGAAAAGATCTTTTGACAAAAACTGCG
ATCTAATTTCGAAACAGACTGTTCGGACCTAGTGGACATGACCACAAACCCGGAAGAATG
GCCAACCTTTGCAACGGAGATCGACATGTTCCACCGACTACAGGATAACTTTGAGGATGT
GACCCTTAGTCATATTCCTCGAAGTAGGAATGGTCGTGCGGATGCTTTGGCAAAGGAAGC
TAGGATGAAAGGATACACATTTTCCCATATAGATCAGACTCGGACGGACGGGGATGCTCT
CCGGAGAATTAACTCGTCTAGACCCCACTTGATCTAGTACATTGGGCGGCCGAC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL5339Contig1 1220 2 2 U
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GCCAAGAAAAGCTGAGAATGCTAATGCAAAGAAACCTGAAAACTGGATTCCTGGTGAACC
AAGAAATCCTGACGCATATGTTCTAAAAGATCAGGAATCTCGATATCGCCAGCGTTATCT
TGATCTGATGTTGAACGTGGAGGTTCGCCAGATATTCAAAACCAGAGCTAATATCATTTC
CTACGTTCGCAGATTCCTTGACAATCAAAGATTCTTGGAGGTTGAGACGCCTATGATGAA
CATGATTGCTGGTGGAGCGTGTTTATGAGATTGGAAAGCAATTCAGAAACGAGGGTATTG
ACCTGACCCACAACCCGGAGTTCACCACTTGCGAGTTCTATATGGCTTTCGCAGACTACA
ACGACCTCATGAAAATGACTGAGGATATGTTGAGTGGAATGGTCAAAGAGTTGACAGGTG
GTTACAAGATCAAATATCATGCTAATGGCTATGATAAGGAGCCAATCGAAATTGACTTCA
CTCCTCCTTTCAGGAGGATTGAGATGATTGGAGAGTTGGGAGAAGGTGGCTAACCTTAAT
ATTCCAAAAGATCTAGCTAGTGAAGAAGCCAACAAGTATTTGATTGATGCGTGTGCAAAG
TTCGACGTGAAATGCCCTCCTCCTCAGACAACAGCTCGTCTGCTAGATAAACTTGTTGGA
GAATTTCTGGAAGTGACATGTGTGAACCCGACTTTCATCATCAACCAACATGAACTCTGC
AATGCTTACACCGAGTTGAACGATCCTGTGGTTCAGCGTCAAAGGTTCGCTGATCAACTC
AAGGATAGGCAGTCTGGAGACGATGAGGCGATGGCTTTAGATGAGACTTTCTGCAATGCT
TTGGAATATGGGTTGGCTCCTACGGGTGGGTGGGGGTTGGGTATTGACAGGCTTGCCATG
CTATTCACCGACTCTCAGAACATCAAGGAGGTTATTCTCTTCCCTGCAATGAGGCCACAA
GACGATCTAGCAGCCGTTAAAGCTTCTCTGCAAGCAGAGAACAAAGGAGAGTGAGCACAG
TTTTCATCTCTTTTTTTGCCTGTTAAGGCCTTTGAAGTTTGGTAGTGAAAGTGCTATTAT
GCAACCAGCGCAGCGGTTCTCAAATTACTTTTGATTGCGATGTATGAACAACCATATTTT
TACAAACAAAACTTTTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3HA77TF U 1
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BS 1 719 RR3HA77TF
BS 720 1220 RR3HA77JQ

RD RR3HA77TF 719 0 0
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GCCAAGAAAAGCTGAGAATGCTAATGCAAAGAAACCTGAAAACTGGATTCCTGGTGAACC
AAGAAATCCTGACGCATATGTTCTAAAAGATCAGGAATCTCGATATCGCCAGCGTTATCT
TGATCTGATGTTGAACGTGGAGGTTCGCCAGATATTCAAAACCAGAGCTAATATCATTTC
CTACGTTCGCAGATTCCTTGACAATCAAAGATTCTTGGAGGTTGAGACGCCTATGATGAA
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ACCTGACCCACAACCCGGAGTTCACCACTTGCGAGTTCTATATGGCTTTCGCAGACTACA
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TTCGACGTGAAATGCCCTCCTCCTCAGACAACAGCTCGTCTGCTAGATAAACTTGTTGG

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DS 

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TAAGGAGCCAATCGAAATTGACTTCACTCCTCCTTTCAGGAGGATTGAGATGATTGGAGA
GTTGG*AGAAGGTGGCTAACCTTAATATTCCAAAAGATCTAGCTAGTGAAGAAGCCAACA
AGTATTTGATTGATGCGTGTGCCAAGTTCGACGTGAAATGCCCTCCTCCTCAGACAACAG
CTCGTCTGCTAGATAAACTTGTTGGAGAATTTCTGGAAGTGACATGTGTGAACCCGACTT
TCATCATCAACCAACATGAACTCTGCAATGCTTACACCGAGTTGAACGATCCTGTGGTTC
AGCGTCAAAGGTTCGCTGATCAACTCAAGGATAGGCAGTCTGGAGACGATGAGGCGATGG
CTTTAGATGAGACTTTCTGCAATGCTTTGGAATATGGGTTGGCTCCTACGGGTGGGTGGG
GGTTGGGTATTGACAGGCTTGCCATGCTATTCACCGACTCTCAGAACATCAAGGAGGTTA
TTCTCTTCCCTGCAATGAGGCCACAAGACGATCTAGCAGCCGTTAAAGCTTCTCTGCAAG
CAGAGAACAAAGGAGAGTGAGCACAGTTTTCATCTCTTTTTTTGCCTGTTAAGGCCTTTG
AAGTTTGGTAGTGAAAGTGCTATTATGCAACCAGCGCAGCGGTTCTCAAATTACTTTTGA
TTGCGATGTATGAACAACCATATTTTTACAAACAAAACTTTTTATT

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

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GGATCGAAACACGTTCCATCTCTCTTTCTCTGTGTGTTGTTTCTCGCGTTATCTTTGTGT
GTTCTTTCATTTTGCTTAGAGATGGTGGCGTCAGCTTTTCTCCCGGAGCTCTGGACGGAG
ATCCTCATTCCCGTCTGCGCGGTGGTCGGCATCGCTTTCTCCCTCTTTGTTAGCTGAGAA
CGGGAAGCTGAAGAACTTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACGACGCCACA
TAGGGGAGACGTCAAGGTTTTGGTTACCACAGTCATGCCGCTACCACCTGCTGAGGAGAA
AGAGCTTAAGGAGACGCTTCAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAAAGTTACTGTGGAACA
AAAGATTGATCCGAGTATATATGGAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAACAAAAGGTGTTGGA
CATGTCTATCAGGACAAGGGCACAGCAGATGGAGAGGCTCCTCCGTGAGCCTGTTGACTT
CACCAACCTCTGATAATTTCACCTTAAGAAACATGCTTTCTGATTTGCTGCTACAAAACC
AATTGACAAATAAATATGACCCTCCTCCTGGGAAACAATCAATACAAGACACTTTTTGGA
AAAATTTGTCATTGCATTTTACAATTGTTGTTTTGCTTCAAAATAAGCTTTTGGAGATAT
CAAACAATGAGATTATTTTTTGTCTTTGTTTTGTGTTTACATTAATTTTGGTAACACAAT
GATAATGTGTCACGAGGAATAATAACAG


BQ
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AF RR3DM27TF U 1
AF RR3DM27JQ C 139
BS 1 603 RR3DM27TF
BS 604 604 RR3DM27JQ
BS 605 638 RR3DM27TF
BS 639 748 RR3DM27JQ

RD RR3DM27TF 638 0 0
GGATCGAAACACGTTCCATCTCTCTTTCTCTGTGTGTTGTTTCTCGCGTTATCTTTGTGT
GTTCTTTCATTTTGCTTAGAGATGGTGGCGTCAGCTTTTCTCCCGGAGCTCTGGACGGAG
ATCCTCATTCCCGTCTGCGCGGTGGTCGGCATCGCTTTCTCCCTCTTTGTTAGCTGAGAA
CGGGAAGCTGAAGAACTTAGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACGACGCCACA
TAGGGGAGACGTCAAGGTTTTGGTTACCACAGTCATGCCGCTACCACCTGCTGAGGAGAA
AGAGCTTAAGGAGACGCTTCAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAAAGTTACTGTGGAACA
AAAGATTGATCCGAGTATATATGGAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAACAAAAGGTGTTGGA
CATGTCTATCAGGACAAGGGCACAGCAGATGGAGAGGCTCCTCCGTGAGCCTGTTGACTT
CACCAACCTCTGATAATTTCACCTTAAGAAACATGCTTTCTGATTTGCTGCTACAAAACC
AATTGACAAATAAATATGACCCTCCTCCTGGGAAACAATCAATACAAGACACTTTTTGGA
AAA*TTTGTCATTGCATTTTACAATTGTTGTTTTGCTT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3DM27JQ 610 0 0
GCGGTGGTCGGCATCGCTTTCTCCCTCTTTGTTAGCTGAGAACGGGAAGCTGAAGAACTT
AGACGTGATTGTGAAAAAATTCATGCAGCTGACGACGCCACATAGGGGAGACGTCAAGGT
TTTGGTTACCACAGTCATGCCGCTACCCCCTGCTGAGGAGAAAGAGCTTAAGGAGACGCT
TCAGGAGATAATTGGAGAAGGGAAGAAAGTTACTGTGGAACAAAAGATTGATCCGAGTAT
ATATGGAGGGCTAATAGTAGAGTTTCAACAAAAGGTGTTGGACATGTCTATCAGGACAAG
GGCACAGCAGATGGAGAGGCTCCTCCGTGAGCCTGTTGACTTCACCAACCTTTGATAATT
TCACCTTAAGAAACATGCTTTTTGATTTGCTGCTACAAAACCAATTGACAAATAAATATG
ACCCTCCTCCTGGGAAACAATCAATACAAGACACTTTTTGGAAAAATTTGTCATTGCATT
TTACAATTGTTGTTTTGCTTCAAAATAAGCTTTTGGAGATATCAAACAATGAGATTATTT
TTTGTCTTTGTTTTGTGTTTACATTAATTTTGGTAACACAATGATAATGTGTCACGAGGA
ATAATAACAG

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL5341Contig1 487 2 1 U
GGATGAAGGAAGGGGATCGTTTGCATTTCCCATATTGGGAGTTGAGTGGATGGGGAGCCC
CGTCCTGATGCCTACACCAGATGACTTGTCTCCTAAGAAACAAAAACCCATAGCTTTAGG
GTTCCAATGCTGTAGATTCTGAAAAGAGGACACTCTATAAGTTTTCTATGAGATTGTTTT
GTATATCTCTGTTTCTCATTAAAGATAAATACTTTGAAACGACCACATAATCTACAATTT
AGACATTAACTCATAGTAATTTATCAAACTAACACAAGGACCAGAAGAAGTAAGACATCT
CATGGATTCCTTGGAAGACGTCATGGTGTAGATTCTCTGAGCCTTTTTTTTACAATTTTT
ATCTATAACTCAATGCTTTTTTTCACTTGTTCGCTTTGCAAAATGTTTCAATGTCCATAT
TGATGATACTAAATAATATAAGTCCTGTGTTTCAAAAAGAATAAAATAATATAGGCAGGC
CCGGCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FR13JQ C 1
AF RR3FR13TF U 1
BS 1 487 RR3FR13TF

RD RR3FR13JQ 487 0 0
GGATGAAGGAAGGGGATCGTTTGCATTTCCCATATTGGGAGTTGAGTGGATGGGGAGCCC
CGTCCTGATGCCTACACCAGATGACTTGTCTCCTAAGAAACAAAAACCCATAGCTTTAGG
GTTCCAATGCTGTAGATTCTGAAAAGAGGACACTCTATAAGTTTTCTATGAGATTGTTTT
GTATATCTCTGTTTCTCATTAAAGATAAATACTTTGAAACGACCACATAATCTACAATTT
AGACATTAACTCATAGTAATTTATCAAACTAACACAAGGACCAGAAGAAGTAAGACATCT
CATGGATTCCTTGGAAGACGTCATGGTGTAGATTTTCTGAGCCTTTTTTTTACAATTTTT
ATCTATAACTCAATGCTTTTTTTCACTTGTTCGCTTTGCAAAATGTTTCAATGTCCATAT
TGATGATACTAAATAATATAAGTCCTGTGTTTCAAAAAGAATAAAATAATATAGGCAGGC
CCGGCTT

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR3FR13TF 487 0 0
GGATGAAGGAAGGGGATCGTTTGCATTTCCCATATTGGGAGTTGAGTGGATGGGGAGCCC
CGTCCTGATGCCTACACCAGATGACTTGTCTCCTAAGAAACAAAAACCCATAGCTTTAGG
GTTCCAATGCTGTAGATTCTGAAAAGAGGACACTCTATAAGTTTTCTATGAGATTGTTTT
GTATATCTCTGTTTCTCATTAAAGATAAATACTTTGAAACGACCACATAATCTACAATTT
AGACATTAACTCATAGTAATTTATCAAACTAACACAAGGACCAGAAGAAGTAAGACATCT
CATGGATTCCTTGGAAGACGTCATGGTGTAGATTCTCTGAGCCTTTTTTTTACAATTTTT
ATCTATAACTCAATGCTTTTTTTCACTTGTTCGCTTTGCAAAATGTTTCAATGTCCATAT
TGATGATACTAAATAATATAAGTCCTGTGTTTCAAAAAGAATAAAATAATATAGGCAGGC
CCGGCTT

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 2

CO CL5342Contig1 483 2 1 U
GGAGGATTCCGAGTTGTATAGCTCAAATCCTCTCTCTCTCCCAAAGTCTCAGGTCATCGA
TTGCCAACCAAATCAAGAACTTAAAAAAAAAAGGAAAAAAGAAAAGGAAGATGCATCCTC
CACTTACACCACACAGACATCCAATGTGTCTCGAGATAATTGAGGAATTCCAAAAGTGTC
ATTTAGATCATCCGATTGGAAAATTCTTTGGAGACTGTACGAGCTCAAAGTAAAGCTTCT
TCATTGTTTCCGCCAAGAGAAAGCTGTGAAGAGGAAGGTAAATTTCGAACAAAGCAAGAA
ACTTCAAGAACGACTGAAAGCTATAAGGAGAGAAGAAAATGCAGAGGTTTGAGAGCATTG
TTGGATCCCTCATCTCAGATATATGTATTGTCTTTTTCAAAACAAAAAAACACATCTCTT
AAAAATCGATGATATTGAATAGGGCTTCTTAGGGTTTGAAATGAAGTGAGGTATATTTAT
TGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 

AF RR3E752JQ C 1
AF RR3E752TF U 1
BS 1 483 RR3E752TF

RD RR3E752JQ 483 0 0
GGAGGATTCCGAGTTGTATAGCTCAAATCCTCTCTCTCTCCCAAAGTCTCAGGTCATCGA
TTGCCAACCAAATCAAGAACTTAAAAAAAAAAGGAAAAAAGAAAAGGAAGATGCATCCTC
CACTTACACCACACAGACATCCAATGTGTCTCGAGATAATTGAGGAATTCCAAAAGTGTC
ATTTAGATCATCCGATTGGAAAATTCTTTGGAGACTGTACGAGCTCAAAGTAAAGCTTCT
TCATTGTTTCCGCCAAGAGAAAGCTGTGAAGAGGAAGGTAAATTTCGAACAAAGCAAGAA
ACTTCAAGAACGACTGAAAGCTATAAGGAGAGAAGAAAATGCAGAGGTTTGAGAGCATTG
TTGGATCCCTCATCTCAGATATATGTATTGTCTTTTTCAAAACAAAAAAACACATCTCTT
AAAAATCGATGATATTGAATAGGGCTTCTTAGGGTTTGAAATGAAGTGAGGTATATTTAT
TGC

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR3E752TF 483 0 0
GGAGGATTCCGAGTTGTATAGCTCAAATCCTCTCTCTCTCCCAAAGTCTCAGGTCATCGA
TTGCCAACCAAATCAAGAACTTAAAAAAAAAAGGAAAAAAGAAAAGGAAGATGCATCCTC
CACTTACACCACACAGACATCCAATGTGTCTCGAGATAATTGAGGAATTCCAAAAGTGTC
ATTTAGATCATCCGATTGGAAAATTCTTTGGAGACTGTACGAGCTCAAAGTAAAGCTTCT
TCATTGTTTCCGCCAAGAGAAAGCTGTGAAGAGGAAGGTAAATTTCGAACAAAGCAAGAA
ACTTCAAGAACGACTGAAAGCTATAAGGAGAGAAGAAAATGCAGAGGTTTGAGAGCATTG
TTGGATCCCTCATCTCAGATATATGTATTGTCTTTTTCAAAACAAAAAAACACATCTCTT
AAAAATCGATGATATTGAATAGGGCTTCTTAGGGTTTGAAATGAAGTGAGGTATATTTAT
TGC

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 2

CO CL5343Contig1 656 2 3 U
TTTGCCAGAAGAGTTTCTTTACTCTTTTGTAGAAGTAGCTGTTCGTTTTGAGTCTAAGGG
CACACAATATATAAATGAGTTAGCCAAGACTCTGCAACAAGCATTGACAATAATATAACT
TGTCAAGAGAACCATGAGTATGGTGATCTTGCAGGGAAAAAAAAAAAAACAAATAATGAC
AAAACAGAGTCAACTATGTCTAAAGTATCACTCGACTTTATTCTAATTGCCTTGCTCACT
AGGGTTTCCCCGCTCACCACTGCAACAGAAAAAATGTGGCAGCTTAACTCTCCCGCAACT
CCTGCAAACACAAGAGTGTGTCACATGAAACCAAAGGTATGTATAAAATTCTAAACAGAT
CACAAACCTATAGCTAGATCAAGAAGCAAAAAGAGAAGGCAATCATCACAGAGTACCTGC
AGCGGATGATGACAGGAACAAGCTTAAAAGCCTTAGGACCATTTCGTATCCCTCTCTTGT
GTTTAGAAACCCAGAAGAGAAAAACAGAGAGAAGGAGAAGCCTTTTTAAAGAAGCTGGCC
GTGGGGAAAGTGTTGCTAGTGTAGGAGATGAGCAGACAAGTCTTTCCAATAGCGCCGTCG
CCGACTGTTACACACTTGATAAACCTTGAAGCACTCATCTCTCTCTCTCAGTCTTC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY30JQ U 4
AF RR3GY30TF C 1
BS 1 3 RR3GY30TF
BS 4 494 RR3GY30JQ
BS 495 656 RR3GY30TF

RD RR3GY30JQ 491 0 0
GCCAGAAGAGTTTCTTTACTCTTTTGTAGAAGTAGCTGTTCGTTTTGAGTCTAAGGGCAC
ACAATATATAAATGAGTTAGCCAAGACTCTGCAACAAGCATTGACAATAATATAACTTGT
CAAGAGAACCATGAGTATGGTGATCTTGCAGGGAAAAAAAAAAAAACAAATAATGACAAA
ACAGAGTCAACTATGTCTAAAGTATCACTCGACTTTATTCTAATTGCCTTGCTCACTAGG
GTTTCCCCGCTCACCACTGCAACAGAAAAAATGTGGCAGCTTAACTCTCCCGCAACTCCT
GCAAACACAAGAGTGTGTCACATGAAACCAAAGGTATGTATAAAATTCTAAACAGATCAC
AAACCTATAGCTAGATCAAGAAGCAAAAAGAGAAGGCAATCATCACAGAGTACCTGCAGC
GGATGATGACAGGAACAAGCTTAAAAGCCTTAGGACCATTTCGTATCCCTCTCTTGTGTT
TAGAAACCCAG

QA 1 491 1 491
DS 

RD RR3GY30TF 656 0 0
TTTGCCAGAAGAGTTTCTTTACTCTTTTGTAGAAGTAGCTGTTCGTTTTGAGTCTAAGGG
CACACAATATATAAATGAGTTAGCCAAGACTCTGCAACAAGCATTGACAATAATATAACT
TGTCAAGAGAACCATGAGTATGGTGATCTTGCAGGGAAAAAAAAAAAAACAAATAATGAC
AAAACAGAGTCAACTATGTCTAAAGTATCACTCGACTTTATTCTAATTGCCTTGCTCACT
AGGGTTTCCCCGCTCACCACTGCAACAGAAGAAATGTGGCAGCTTAACTCTCCCGCAACT
CCTGCAAACACAAGAGTGTGTCACATGAAACCAAAGGTATGTATAAAATTCTAAACAGAT
CACAAACCTATAGCTAGATCAAGAAGCAAAAAGAGAAGGCAATCATCACAGAGTACCTGC
AGCGGATGATGACAGGAACAAGCTTAAGAGCCTTAGGACCATTTCGTATCCCTCTCTTGT
GTTTAGAAACCCAGAAGAGAAAAACAGAGAGAAGGAGAAGCCTTTTTAAAGAAGCTGGCC
GTGGGGAAAGTGTTGCTAGTGTAGGAGATGAGCAGACAAGTCTTTCCAATAGCGCCGTCG
CCGACTGTTACACACTTGATAAACCTTGAAGCACTCATCTCTCTCTCTCAGTCTTC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL5344Contig1 975 2 8 U
GGGTCCTGGTGTTGTTGACGTCGTGGCTCACCATATATACAACCTTGGTTCAGGGAATGA
TCCACAGCTAGTGAAGAAGATACTGGATCCCAGTTACTTAAGCAAAGGCGCCGAAACATT
CAAGAACGTGAACAAGACGATTCAAGAACATGGACCGTGGGCTTCTCCTTGGGTTGGCGA
GTCCGGTGGAGCTTACAATAGTGGTGGCCGTCATGTCTCTGATACATTCATAGACAGCTT
CTGGTATCTAGACCAGCTTGGAATGTCGTCAAAACACAACACTAAAGTGTACTGCAGACA
GACTTTGGTCGGAGGGTTTTACGGTCTGCTCGAAAAGGGAACTTTTGTTCCAAATCCAGA
TTACTATAGTGCACTGCTTTGGCATCGGTTAATGGGTAAAGGTGTCCTTGCGGTTCAGAC
AGATGGACCACCTCAGCTACGTGTTTACGCTCACTGTTCAAAAGGAAGAGAGGGTGTAAC
GTTGCTTCTGATCAATCTAAGCAACCAATCAGACTTTACGGTTAGTGTGAGCAACGGCGT
GAACGTGGCTTTGAACGTGGAGTCAAAGCCGAAGAAGAAGTCGTTGTTGGATACTTTGAA
GAAACCTTTTGCTTGGATTGGAAACAAAGCTTCGGATGGTTACCTGAACAGAGAAGAGTA
TCACCTAACACCGGAGAAGGGTGAGTTGCGTAGCAAGACAATGGTCTTGAATGGTAAACC
GTTGAAACCGACAGAAACCGGAGATATCCCGAACCTTGAACCGGTCATCCGAGGAGTGAA
CTCTCCGGTTTCTGTCTCGTCATTGTCCATGTCGTTCGTTGTGTTGCCTAGTTTTGATGC
TTCTGCCTGTTCTTGATGTTAATGTTGGGTTGTGTCATAAAAAAAAAAGATGTAATTCTT
CTGGTAATTGTATCTAAAATGCTGGTGATAAGAGTTGTAATTCCATATCTAAATAAATTT
CATGCAGTTTTCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FY91TF U 1
AF RR3FM77JQ C 231
BS 1 680 RR3FY91TF
BS 681 681 RR3FM77JQ
BS 682 700 RR3FY91TF
BS 701 701 RR3FM77JQ
BS 702 717 RR3FY91TF
BS 718 718 RR3FM77JQ
BS 719 726 RR3FY91TF
BS 727 975 RR3FM77JQ

RD RR3FY91TF 726 0 0
GGGTCCTGGTGTTGTTGACGTCGTGGCTCACCATATATACAACCTTGGTTCAGGGAATGA
TCCACAGCTAGTGAAGAAGATACTGGATCCCAGTTACTTAAGCAAAGGCGCCGAAACATT
CAAGAACGTGAACAAGACGATTCAAGAACATGGACCGTGGGCTTCTCCTTGGGTTGGCGA
GTCCGGTGGAGCTTACAATAGTGGTGGCCGTCATGTCTCTGATACATTCATAGACAGCTT
CTGGTATCTAGACCAGCTTGGAATGTCGTCAAAACACAACACTAAAGTGTACTGCAGACA
GACTTTGGTCGGAGGGTTTTACGGTCTGCTCGAAAAGGGAACTTTTGTTCCAAATCCAGA
TTACTATAGTGCACTGCTTTGGCATCGGTTAATGGGTAAAGGTGTCCTTGCGGTTCAGAC
AGATGGACCACCTCAGCTACGTGTTTACGCTCACTGTTCAAAAGGAAGAGAGGGTGTAAC
GTTGCTTCTGATCAATCTAAGCAACCAATCAGACTTTACGGTTAGTGTGAGCAACGGCGT
GAACGTGGCTTTGAACGTGGAGTCAAAGCCGAAGAAGAAGTCGTTGTTGGATACTTTGAA
GAAACCTTTTGCTTGGATTGGAAACAAAGCTTCGGATGGTTACCTGAACAGAGAAGAGTA
TCACCTAACACCGGAGAAGG*TGAGTTGCGTAGCAAGACA*TGGTCTTGAATGGTAAGCC
GTTGAA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3FM77JQ 745 0 0
TAGACAGCTTCTGGTATCTAGACCAGCTTGGAATGTCGTCAAAACACAACACTAAAGTGT
ACTGCAGACAGACTTTGGTCGGAGGGTTTTACGGTCTGCTCGAAAAGGGAACTTTTGTTC
CAAATCCAGATTACTATAGTGCACTGCTTTGGCATCGGTTAATGGGTAAAGGTGTCCTTG
CGGTTCAGACAGATGGACCACCTCAGCTACGTGTTTACGCTCACTGTTCAAAAGGAAGAG
AGGGTGTAACGTTGCTTCTGATCAATCTAAGCAACCAATCAGACTTTACGGTTAGTGTGA
GCAACGGCGTGAACGTGGCTTTGAACGTGGAGTCAAAGCCGAAGAAGAAGTCGTTGTTGG
ATACTTTGAAGAAACCTTTTGCTTGGATTGGAAACAAAGCTTCGGATGGTTACCTGAACA
GAGAAGAGTATCACCTAACACCGGAGAAGGGTGAGTTGCGTAGCAAGACAATGGTCTTGA
ATGGTAAACCGTTGAAACCGACAGAAACCGGAGATATCCCGAACCTTGAACCGGTCATCC
GAGGAGTGAACTCTCCGGTTTCTGTCTCGTCATTGTCCATGTCGTTCGTTGTGTTGCCTA
GTTTTGATGCTTCTGCCTGTTCTTGATGTTAATGTTGGGTTGTGTCATAAAAAAAAAAGA
TGTAATTCTTCTGGTAATTGTATCTAAAATGCTGGTGATAAGAGTTGTAATTCCATATCT
AAATAAATTTCATGCAGTTTTCTGT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL5345Contig1 483 2 1 U
GGAGAACACTCTCTGCTTTTAATGGCCACAGATCAAGAAAATCTACTCTCTGATGATTAC
GAGAAAACGGCGCCGTTTTGCGGGTGTGGGTATCTCCGTAGGTTCCAGGTGTTCCGGTGG
CGAAGAGTAGGAGGAGGAGACGGTGGCTGGAGCGGTGACTTGCAGGAAGAAAGAAGCGAA
AGCTGGTGGAGCAGGAAACTTAAGGTGCTAAAGGAGATTTCTGAGAAAATTGCGGGACCA
AAGTGGAAAAACTTTATAAGAAGTTTTAGCAAGAAGAAGAAGGTGAAGAGGGATGCGGAT
TTCACGTACGATCTTGAAAACTACGGTCTTAATTTTGATGAGGGAGGTGATAATCCTTCA
CCGGAGAGGTATGTAGCTCCGGTTGTTATTAAAGTTTGATACTTTTTTGGTATTTATCTC
TCCTTTTTTAACTATTTTTATTGATTGTGTTGTTATATGTTAATACAAATATACATAAGG
GTT


BQ
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20 20 20 

AF RR3GK22JQ C 1
AF RR3GK22TF U 1
BS 1 483 RR3GK22TF

RD RR3GK22JQ 483 0 0
GGAGAACACTCTCTGCTTTTAATGGCCACAGATCAAGAAAATCTACTCTCTGATGATTAC
GAGAAAACGGCGCCGTTTTGCGGGTGTGGGTATCTCCGTAGGTTCCAGGTGTTCCGGTGG
CGAAGAGTAGGAGGAGGAGACGGTGGCTGGAGCGGTGACTTGCAGGAAGAAAGAAGCGAA
AGCTGGTGGAGCAGGAAACTTAAGGTGCTAAAGGAGATTTCTGAGAAAATTGCGGGACCA
AAGTGGAAAAACTTTATAAGAAGTTTTAGCAAGAAGAAGAAGGTGAAGAGGGATGCGGAT
TTCACGTACGATCTTGAAAACTACGGTCTTAATTTTGATGAGGGAGGTGATAATCCTTCA
CCGGAGAGGTATGTAGCTCCGGTTGTTATTAAAGTTTGATACTTTTTTGGTATTTATCTC
TCCTTTTTTAACTATTTTTATTGATTGTGTTGTTATATGTTAATACAAATATACATAAGG
GTT

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR3GK22TF 483 0 0
GGAGAACACTCTCTGCTTTTAATGGCCACAGATCAAGAAAATCTACTCTCTGATGATTAC
GAGAAAACGGCGCCGTTTTGCGGGTGTGGGTATCTCCGTAGGTTCCAGGTGTTCCGGTGG
CGAAGAGTAGGAGGAGGAGACGGTGGCTGGAGCGGTGACTTGCAGGAAGAAAGAAGCGAA
AGCTGGTGGAGCAGGAAACTTAAGGTGCTAAAGGAGATTTCTGAGAAAATTGCGGGACCA
AAGTGGAAAAACTTTATAAGAAGTTTTAGCAAGAAGAAGAAGGTGAAGAGGGATGCGGAT
TTCACGTACGATCTTGAAAACTACGGTCTTAATTTTGATGAGGGAGGTGATAATCCTTCA
CCGGAGAGGTATGTAGCTCCGGTTGTTATTAAAGTTTGATACTTTTTTGGTATTTATCTC
TCCTTTTTTAACTATTTTTATTGATTGTGTTGTTATATGTTAATACAAATATACATAAGG
GTT

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 2

CO CL5346Contig1 483 2 1 U
GACAACCATCGGGACCAAAGAAGAAAATTCTCTCTCTTCTAGCCATTCAAAATAGTGGGA
ATGGGGTTGCTGAAAAAACACGAGAAACATTCAAAGCCGACGTTTAAGGGTATATTAACG
GCCATTTTAGCTACAAAGGCTGCAATATTCCTCTTGATTCTCGCCGGTTTATCCCTCTCT
GGGACATCCTTGGCATTTATCGCCACTATGCCGCTATTCGTCGTATTTAGTCCGGTTCTC
GTACCAGCAGGTATTACCACTGGTTTGCTAGCTATGGGTTTAGCCGTCTCGGGCGGCTCC
AGTTTGACGGCCCTCAGCATCATCTCGTGGCTCTACAAGTTCTCTAGGCGGCCGTGAGTC
ATACTGTATAATGGTTCTTAATTTTTATTATAGATTACAAATTAAATCTAGTTTTTTTTT
GATCAAAAAATTAAATCTAGTTAACCCAATCTTTTTCTAGTAATAATTATTACGTGGGGA
TGG


BQ
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AF RR3GJ47JQ C 1
AF RR3GJ47TF U 1
BS 1 483 RR3GJ47TF

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TGG

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR3GJ47TF 483 0 0
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GCCATTTTAGCTACAAAGGCTGCAATATTCCTCTTGATTCTCGCCGGTTTATCCCTCTCT
GGGACATCCTTGGCATTTATCGCCACTATGCCGCTATTCGTCGTATTTAGTCCGGTTCTC
GTACCAGCAGGTATTACCACTGGTTTGCTAGCTATGGGTTTAGCCGTCTCGGGCGGCTCC
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GATCAAAAAATTAAATCTAGTTAACCCAATCTTTTTCTAGTAATAATTATTACGTGGGGA
TGG

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 2

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GGTGATT


BQ
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AF RR3DH92JQ C 1
AF RR3DH92TF U 1
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DS 

RD RR3DH92TF 487 0 0
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GGTGATT

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G047TF U 1
AF RR3G047JQ C 557
BS 1 612 RR3G047TF
BS 613 613 RR3G047JQ
BS 614 648 RR3G047TF
BS 649 1359 RR3G047JQ

RD RR3G047TF 648 0 0
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GAAGAAGCTGGGATGGTCTGAACGGACCACTTGGAAAGAAGGGCTGAGGAAGACGATGGA
GTGGTACACGGAGAACCCTGATTGGTGGGGTGATGTTACTGGAGCTCTGTTGCCTCACCC
GAGGATGCTGATGATGCCTGGTGATAGACTCTGTGAAGACGGCGAGCGCAAGGATTCAGA
TGGTAATCAGACGTTTACGGTGGTTACTCCCAACAAGAGTCTTGGTAGTTCTGGAGAGAA
CAAAGCACCCTTTAAGTTCCTTTTATACGGCAAGACCGGGTGGCTCGGTGGTCTTCTAGG
GAAGCTATGTGAGAAGCAAGGATCCCATACGAGTATGGGAAAGGGAGATTAGAGGATAGA
GCTTCTCTCGTGGCGGATATTCGCAGCGTTAAACCTACTCATGTCTTAAATGCCGCAGGT
GTAATGGGAAGACCCAATGTTGACTGGTGCGAGTCCCACAAAACCGAGACCATCCGAGCC
AACGTTGCTGGTACTTTGACCCTTGCAGATGTTTGCAGAGAGAATGGTCTGTTGATGATG
AACTTCGCCACC*GGTTGTATATTTGAGTACGACGCTGCACATCCTGA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3G047JQ 803 0 0
TTGA
CCTTGCAGATGTT*GCAGAGAGAATGGTCTGTTGATGATGAACTTCGCCACCCGGTTGTA
TATTTGAGTACGACGCTGCACATCCTGAAGGTTCAGGGATTGGATTCAAGGAAGAAGACA
AACCCAACTTCACCGGTTCTTTTTACTCAAAGACAAAGGCAATGGTGGAAGAGCTTCTGA
GAGAATACGACAACGTGTGCACCTTGAGAGTACGCATGCCAATCTCATCCGACTTGAACA
ACCCACGAAACTTCATCACAAAGATCTCGCGTTACAACAAAGTGGTGAACATCCCGAACA
GCATGACCATACTAGACGAGCTCTTGCCGATCTCGATCGAGATGGCGAAGAGGAACCTGA
GGGGAGTATGGAACTTCACCAACCCAGGAGTGGTGAGCCACAATGAGATACTAGAGATGT
ACAAGAGTTATATCGAGCCGGGTTTCAAATGGTCCAACTTCACTTTGGAGGAACAGGCTA
AGGTCATCGTTGCACCACGGAGCAACAACGAGATGGATGGTGCCAAGCTCAGCAAGGAGT
TCCCGGAGATGCTTTCCATCAAAGAGTCGTTGATCAAATACGTCTTTGAACCCAACAAGA
GAACGTAAAAACCCTCCTTAACACACACATACACTTTTGTTATATTATCCTGCAGGTAGT
TTCACTATAATGATTCTACTATTATTATTGATTTGTTTTTTTTATCATATGATTCATCTA
CTCTCTTTTTTGGCACTGTACTACGAAACATAACCTTGTTACATTGAAATTTTTACAGAA
ATAAATTTAATTCAGTTTC

QA 5 803 5 803
DS 



AS 1 2

CO CL5349Contig1 679 2 1 U
GGAAGAAGAAAGAAGATGAGAGCTCTCATGTGCTCACACCACACGCCACCATTATCATTT
CTCTCAAGAACAATTCCCAAAAGCAAAACTCAAGATCCAAAAACCCTAATCTCTAGCAAC
AATAAGATCAGATATGAATCCAGGCTCCACGCGAGCCCTAAGGGGTTTCAACCTTCTAAA
AACTCTGAAAAACCTGGTAAGTCAGCCCCGGACCCGGAAGACGACCCGCCGATACCTCAA
GAAGTGTTCGAGAGGATGATGGGGAGGATCGTGGTGTCGGTGGGGACACCGCTGGGCTTG
GGAGTGGCAATCTTGAAGTTACTTGATGTTTTGAAGGATAGAAACGTCTGGGACGTGCCT
TTGTGGGTTCCATTCTTGACTACGCTCGTGACCTTTGGTGCGTCGGCTCTTGGGATAGCG
TACGGGAGCTTGTCCACAAACTTGGACCCGACCAAGACTAACTCTCTTTTCGGACTCGAT
GAGGCAAAGGAGAATTGGGTAGAGATGTGGAAAGAAGATCAGTAATGTTGATCTTTCTGC
CTCTTGGCATGTGTGAGTACATAAGTTAATTCATATCCCTCCGTTTTTGTTTGATATTCT
TTTTTCATTTTAACCAAGTATGGAACACTTTTTTATTTTAGTACGAAGAGAAATAACCAA
AATGTCTACTGTATTTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FP12TF U 1
AF RR3FP12JQ C 189
BS 1 679 RR3FP12TF

RD RR3FP12TF 679 0 0
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CTCTCAAGAACAATTCCCAAAAGCAAAACTCAAGATCCAAAAACCCTAATCTCTAGCAAC
AATAAGATCAGATATGAATCCAGGCTCCACGCGAGCCCTAAGGGGTTTCAACCTTCTAAA
AACTCTGAAAAACCTGGTAAGTCAGCCCCGGACCCGGAAGACGACCCGCCGATACCTCAA
GAAGTGTTCGAGAGGATGATGGGGAGGATCGTGGTGTCGGTGGGGACACCGCTGGGCTTG
GGAGTGGCAATCTTGAAGTTACTTGATGTTTTGAAGGATAGAAACGTCTGGGACGTGCCT
TTGTGGGTTCCATTCTTGACTACGCTCGTGACCTTTGGTGCGTCGGCTCTTGGGATAGCG
TACGGGAGCTTGTCCACAAACTTGGACCCGACCAAGACTAACTCTCTTTTCGGACTCGAT
GAGGCAAAGGAGAATTGGGTAGAGATGTGGAAAGAAGATCAGTAATGTTGATCTTTCTGC
CTCTTGGCATGTGTGAGTACATAAGTTAATTCATATCCCTCCGTTTTTGTTTGATATTCT
TTTTTCATTTTAACCAAGTATGGAACACTTTTTTATTTTAGTACGAAGAGAAATAACCAA
AATGTCTACTGTATTTGGG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3FP12JQ 491 0 0
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CGAGAGGATGATGGGGAGGATCGTGGTGTCGGTGGGGACACCGCTGGGCTTGGGAGTGGC
AATCTTGAAGTTACTTGATGTTTTGAAGGATAGAAACGTTTGGGACGTGCCTTTGTGGGT
TCCATTCTTGACTACGCTCGTGACCTTTGGTGCGTCGGCTCTTGGGATAGCGTACGGGAG
CTTGTCCACAAACTTGGACCCGACCAAGACTAACTCTCTTTTCGGACTCGATGAGGCAAA
GGAGAATTGGGTAGAGATGTGGAAAGAAGATCAGTAATGTTGATCTTTCTGCCTCTTGGC
ATGTGTGAGTACATAAGTTAATTCATATCCCTCCGTTTTTGTTTGATATTCTTTTTTCAT
TTTAACCAAGTATGGAACACTTTTTTATTTTAGTACGAAGAGAAATAACCAAAATGTTTA
CTGTATTTGGG

QA 1 491 1 491
DS 



AS 1 2

CO CL5350Contig1 1121 2 4 U
GGAGATTCCCATGAACGGGTCAAGCAAGATAAACATCTTTTTTGCAACTACCAGCGAGTT
GTTTCCGAACATAACTCACTTACGGATCCACTCCTCTCTCTCTCTCGTTCTTGCAAGATT
GCTATGTTAGATCCTTCAGCTAAAACCTACAGTCACCACTTGAGTTTCCCAACTGTTCCC
AATGATCACTCAGATTCCGGCGTCTGTTCTCCTACTCTGTGGAGCACAAGTCCACCGAGG
AGTCCTCTTCACCGGCCGGAACACTACTCTAGCCTTTCGCCGGATTCAAAGGCTCAGGCT
ATCGCTCGTGGACAACGGGAGCTTATGGAGATGGTTAGTAAGATGCCAGAGTCGTGTTAC
GAGCTTTCCTTGAAGGATCTTGTCGAAGCGAGGGGAAACGAAGAGAATAACGACAGGAAG
ATCTTCGATGAGTTGACTCAGAGAACAGGTAAGGTTGTGAGGAAGACTAAGAGTGGTAAA
CGGGTTGATCCGAGTGTAAACAACGGTGGGTTTCTTCTGAAAATGATGTTTCCGTTTAGC
TTTGGATCAAAGAAAGATACGGCGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGAAAGGGGAAG
GATTCTGTTAAAGATTCTCAGGTTTCGCCGATACCTTCGATCTCTGATGAGTCGGTGAAA
ACAGAGGATAGAGAGTGGTGGAATAGGTTGTCTGAGTCGAGGGGTAGTGAGAGCACAAAG
AGGAGCGGTAGTAGCAATAGTAACAGGAGCCTAAGCAGCATAAAGGGATAAAAAGAGTAG
CTGCTTGTTGTCTTTCCTCTGGTTTGTACGTTCACGAGACTAAAAGCGAGTTCTAACTCA
ATGTATGGTGGTGACCGCTTCTTGGCTAAATAAAAATGTTCCAAGAACAGAGGAGATGAG
ACCAGAGAGAATAAAACCTTTGAATGTGCCATGAAGATGACAACTTTTTTGAATGATGCT
TACATTTTTTTGTAAGCCTATGTATTGTTTTCGATACGGTTTTATCTGTGTAATTAGAGT
CTAATGTGCACTGATTATCTCTCAATTATGGAATTTTGAATCCTTCTTCATGTACAGTAA
GTAGTATGTGTAGCTTAACTTTTTCTCTCCACTTGATTATC


BQ
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AF RR3A834TF U 1
AF RR3A834JQ C 424
BS 1 749 RR3A834TF
BS 750 750 RR3A834JQ
BS 751 806 RR3A834TF
BS 807 1121 RR3A834JQ

RD RR3A834TF 806 0 0
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GTTTCCGAACATAACTCACTTACGGATCCACTCCTCTCTCTCTCTCGTTCTTGCAAGATT
GCTATGTTAGATCCTTCAGCTAAAACCTACAGTCACCACTTGAGTTTCCCAACTGTTCCC
AATGATCACTCAGATTCCGGCGTCTGTTCTCCTACTCTGTGGAGCACAAGTCCACCGAGG
AGTCCTCTTCACCGGCCGGAACACTACTCTAGCCTTTCGCCGGATTCAAAGGCTCAGGCT
ATCGCTCGTGGACAACGGGAGCTTATGGAGATGGTTAGTAAGATGCCAGAGTCGTGTTAC
GAGCTTTCCTTGAAGGATCTTGTCGAAGCGAGGGGAAACGAAGAGAATAACGACAGGAAG
ATCTTCGATGAGTTGACTCAGAGAACAGGTAAGGTTGTGAGGAAGACTAAGAGTGGTAAA
CGGGTTGATCCGAGTGTAAACAACGGTGGGTTTCTTCTGAAAATGATGTTTCCGTTTAGC
TTTGGATCAAAGAAAGATACGGCGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGAAAGGGGAAG
GATTCTGTTAAAGATTCTCAGGTTTCGCCGATACCTTCGATCTCTGATGAGTCGGTGAAA
ACAGAGGATAGAGAGTGGTGGAATAGGTTGTCTGAGTCGAGGGGTAGTGAGAGCACAAAG
AGGAGCGGTAGTAGCAATAGTAACAGGAGTCTAAGCAGCATAAAGGGATAAAAAGAGTAG
CTGCTTGTTGTCTTTCCTCTGGTTTG

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3A834JQ 698 0 0
TTCGATGAGTTGACTCAGAGAACAGGTAAGGTTGTGAGGAAGACTAAGAGTGGTAAACGG
GTTGATCCGAGTGTAAACAACGGTGGGTTTCTTCTGAAAATGATGTTTCCGTTTAGCTTT
GGATCAAAGAAAGATACGGCGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGAAAGGGGAAGGAT
TCTGTTAAAGATTCTCAGGTTTCGCCGATACCTTCGATTTTTGATGAGTCGGTGAAAACA
GAGGATAGAGAGTGGTGGAATAGGTTGTTTGAGTCGAGGGGTAGTGAGAGCACAAAGAGG
AGCGGTAGTAGCAATAGTAACAGGAGCCTAAGCAGCATAA*GGGATAAAAAGAGTAGCTG
CTTGTTGTCTTTCCTCTGGTTTGTACGTTCACGAGACTAAAAGCGAGTTCTAACTCAATG
TATGGTGGTGACCGCTTCTTGGCTAAATAAAAATGTTCCAAGAACAGAGGAGATGAGACC
AGAGAGAATAAAACCTTTGAATGTGCCATGAAGATGACAACTTTTTTGAATGATGCTTAC
ATTTTTTTGTAAGCCTATGTATTGTTTTCGATACGGTTTTATCTGTGTAATTAGAGTCTA
ATGTGCACTGATTATCTCTCAATTATGGAATTTTGAATCCTTCTTCATGTACAGTAAGTA
GTATGTGTAGCTTAACTTTTTCTCTCCACTTGATTATC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL5351Contig1 434 2 2 U
GGTTCAAAAATACTTTGATTTTAGCACTCTTGAAAATAAATAACTCTCGAAGTCTTGCTT
CTTTTTAAGGTTCACGAAAGCTACTCCACTATATGGAGAAGATACAATTACAAAGACAGT
TTCATTAAGAAACAACGTAGCAGCAAAACATGAAAAACCAAAAGGGAAGCAGGCCTTTCA
GTACTTGACAGGTGCGCCCTGGATGGGTAAGAGACCGAAACGCTTCTTCAAAGTAACTCT
CTCCTTTGAGTATTTATCATCAGGGGAGAATCGGGCTGGATGAGCAGATTCAGTGGCTAA
CCCGAGTGGTGATTCCTTCTTAGTGGTGTAAACCTTCTCGCCCTTTTCGTTGATATAGCA
CTGAAAATACATGGTCGTCGGCCCTCCAAGATGATTCCTTGAACTGAGCCGAGTATTAAA
TTAGGGTTTTTCCC


BQ
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AF RR3DI53TF C 1
AF RR3DI53JQ U 303
BS 1 302 RR3DI53TF
BS 303 434 RR3DI53JQ

RD RR3DI53TF 434 0 0
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CTTTTTAAGGTTCACGAAAGCTACTCCACTATATGGAGAAGATACAATTACAAAGACAGT
TTCATTAAGAAACAACGTAGCAGCAAAACATGAAAAACCAAAAGGGAAGCAGGCCTTTCA
GTACTTGACAGGTGCGCCCTGGATGGGTAAGAGACCGAAACGCTTCTTCAAAGTAACTCT
CTCCTTTGAGTATTTATCATCAGGGGAGAATCGGGCTGGATGAGCAGATTCAGTGGCTAA
CCCGAGTGGTGATTCCTTCTTAGTGGTGTAAACCTTCTCGCCCTTTTCGTTGATATAGCA
CTGAAGATACATGGTCGTCGGCCCTCCAAGATGATTCCTTGAACTGAGCCGAGTATTAGA
TTAGGGTTTTTCCC

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR3DI53JQ 132 0 0
CGAGTGGTGATTCCTTCTTAGTGGTGTAAACCTTCTCGCCCTTTTCGTTGATATAGCACT
GAAAATACATGGTCGTCGGCCCTCCAAGATGATTCCTTGAACTGAGCCGAGTATTAAATT
AGGGTTTTTCCC

QA 1 132 1 132
DS 



AS 1 2

CO CL5352Contig1 1202 2 2 U
GCAGATGGCGAACAAGCACTCACCTCATCAATTGCAGATGTTACAGCAGCAGGCGGCTAT
TCATAGAAAGATGATGATGGGGCAAGGAGGTGTAGGCATGGCTATGGGTATGGGAATGGG
AAGCATGGGGAACAATATTGCTGCGCTTGGCGTTTGGCAACCAATTGAATATGGCAGGAA
GAGGGATTGGAGGAACCGGAATCTCATCATCGATGTCTGGTCCTGGCATCAGTAATATGG
GCCAGAACCCAATGAATCATCCAGCATCAAACTTAAATGTTATAAGCCAGCAGATCCGAT
CTGGTGCAATACCACCACACCAGAGCGCTGCTGTACTTGCAAATCTTAGGTTAGCGAACC
GAGGAGGTGTAATGGGTGCTCCCCAATCCGGAATAAGTGGCTTGTCAGGTGTCAGGCAGA
TGCACCCCAGCTCAGCTGGTCTTTCCATGATGGATCAGAATACATTTAATCGAGCTAGCC
TGCAACAGCGAGCTGCTGCTATGGGTAACATGGGCCCACCTAAGCTGATGCCTGGGATGA
ATCTTTACATGAATCAACAGCAACTCCAGCAGCAGCAGCAACAACAATTTCAGCAGCTAG
GTCAGTCCCAGCAGCAACAGCAGCTATCTCAGTCTGAGCAGCAACAGCAGCAGCTACAAC
AACATGAGCTGCCTCAACAACCACAACAGCAGCAGCAGCAGTCAACAGCCTCCCCTCTTC
AATCTGTGCTATCACCACCCCAAGTAAGCTCACCATCAGCTGGAATTACTCAGCAGCAGA
TGCAACAGCCCAGTCCCCAGCAAATGAGCCAGAGAACTCCAATCAGTCCCCAGCAAATGA
ACCCACGAACTCCTATGAGTCCCCAGCAAATGAACCCAAGAACTCCTATGAGTCCTCAGA
TAAGCTCCGGTGCGATGCATCCCACAAGCACAAGCAACCATGAGGCTTGTCCAGCGAGTC
CACAACTAAGTTTTCAGACACATGGATCTGTTGGTAGCATCACCAATTCCCCAATGGAGC
TTCAAGGTCCCAAGAACAGCTCTGCCGGTAATAACACCTAATCAAGAAACCTATTGATTG
GTGATAAATGTCATGTATTTTCAGAACATGATGTGTAATTTAACTTAGTGATGGACAAGC
ATAGGAACTCTTTTCAGTGTCACAGTTCCAAATTTTGCGTGTACATTAAATAAGCTTTTG
AA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3DI20TF U 1
AF RR3DI20JQ C 481
BS 1 704 RR3DI20TF
BS 705 1202 RR3DI20JQ

RD RR3DI20TF 709 0 0
GCAGATGGCGAACAAGCACTCACCTCATCAATTGCAGATGTTACAGCAGCAGGCGGCTAT
TCATAGAAAGATGATGATGGGGCAAGGAGGTGTAGGCATGGCTATGGGTATGGGAATGGG
AAGCATGGGGAACAATATTGCTGCGCTTGGCGTTTGGCAACCAATTGAATATGGCAGGAA
GAGGGATTGGAGGAACCGGAATCTCATCATCGATGTCTGGTCCTGGCATCAGTAATATGG
GCCAGAACCCAATGAATCATCCAGCATCAAACTTAAATGTTATAAGCCAGCAGATCCGAT
CTGGTGCAATACCACCACACCAGAGCGCTGCTGTACTTGCAAATCTTAGGTTAGCGAACC
GAGGAGGTGTAATGGGTGCTCCCCAATCCGGAATAAGTGGCTTGTCAGGTGTCAGGCAGA
TGCACCCCAGCTCAGCTGGTCTTTCCATGATGGATCAGAATACATTTAATCGAGCTAGCC
TGCAACAGCGAGCTGCTGCTATGGGTAACATGGGCCCACCTAAGCTGATGCCTGGGATGA
ATCTTTACATGAATCAACAGCAACTCCAGCAGCAGCAGCAACAACAATTTCAGCAGCTAG
GTCAGTCCCAGCAGCAACAGCAGCTATCTCAGTCTGAGCAGCAACAGCAGCAGCTACAAC
AACATGAGCTGCCTCAACAACCACAACAGCAGCAGCAGCAGTCA
CAGCC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3DI20JQ 722 0 0
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ATCTTTACATGAATCAACAGCAACTCCAGCAGCAGCAGCAACAACAATTTCAGCAGCTAG
GTCAGTCCCAGCAGCAACAGCAGCTATCTCAGTCTGAGCAGCAACAGCAGCAGCTACAAC
AACATGAGCTGCCTCAACAACCACAACAGCAGCAGCAGCAGTCAACAGCCTCCCCTCTTC
AATCTGTGCTATCACCACCCCAAGTAAGCTCACCATCAGCTGGAATTACTCAGCAGCAGA
TGCAACAGCCCAGTCCCCAGCAAATGAGCCAGAGAACTCCAATCAGTCCCCAGCAAATGA
ACCCACGAACTCCTATGAGTCCCCAGCAAATGAACCCAAGAACTCCTATGAGTCCTCAGA
TAAGCTCCGGTGCGATGCATCCCACAAGCACAAGCAACCATGAGGCTTGTCCAGCGAGTC
CACAACTAAGTTTTCAGACACATGGATCTGTTGGTAGCATCACCAATTCCCCAATGGAGC
TTCAAGGTCCCAAGAACAGCTCTGCCGGTAATAACACCTAATCAAGAAACCTATTGATTG
GTGATAAATGTCATGTATTTTCAGAACATGATGTGTAATTTAACTTAGTGATGGACAAGC
ATAGGAACTCTTTTCAGTGTCACAGTTCCAAATTTTGCGTGTACATTAAATAAGCTTTTG
AA

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL5353Contig1 1252 2 2 U
AAGCTTTATGATGAGTTGAAGGAGAAGATTGGTGGGTTTGTTGAGGATGGTGTGGTTTAT
GGGCAGCTGATGAAAGGGTATTTCTTGAAGGAGATGGAGAAAGAAGCTATGGAGTGTTAT
GAGGAAGCTGTTGGAGAGGAGTCGAAGGTGAGGATGAGTCCTATGGCTTATAATTATGTG
CTTGAGGCTTTGAGTGAGAATGGGAAGTTACGAGGCGTTGAAGTTGTTTGATGCGATGAA
GAAGGAGCATAGTCCGCCGAAGGTGTTGGCTTTGAATTTTGGGAGCTTTAATGTGATGGT
TAATGGGTATTGTGCAGAAGGGAGGTTTGGGGAAGCTGTCGAGGTTTTCAGGCAAATGGG
TGAGTTTAGATGTAGTCCTGACACGTTATCGTTCAACAATCTGATGAATCAGTTGTGTGA
GAGCGGTTTGTTGGCTGAGGCTGAGAAGCTTTACGGTGAGATGGATGAGAAAAAGGTGAA
GCCTGATGAGTACACTTACGGTTTGTTGATGGATACCTGTTTCAAGGAAGGTAAGATAGA
CGAAGGAGCTGCGTATTACAAAACGATGGTTGAGTCGAGTCTAAGACCGAACTTGGCGGT
GTATAACCGGCTGCAAGATCAGTTAGTTAAAGCCGGGAAACTGGACGATGCGAAATCCTT
CTTTGATATGATGGTGAGCAAGCTCAGTATGGACGACGAGGCTTACAAGTTCATCATGAA
GGCGTTAAGTGAAGCTGGGAGACTCGACGATGTGCTTAAGATTGTGGATGGGATGCTGGA
CGATGAAAAGGTTAGAGTGAGTGAGGACATACAAGAGTTTGTGAAAGAAGAGCTGAGGAA
AGAAGGGAGAGAGGATGATCTGCAGAAACTTATGGATGAGAAAGAGAGATTGAAGGCTGA
GGCAAAGGCGAAAGAGTTGGAAGCAGCAGAAGCGAAGAAGAAGAGTGCTAATATTAGTAT
AGCTTCATTAATGTCTCCAAAACAAGAGGAAGAGAGGAGTGAAAAGGTAAAGATGCTCTG
GGATAATAACGGTGTTGCTGAAAATATCGATGTGGCGGATGTGGTGGCTCAAGGACGAGC
AGCCGGTGAGATGGCTCAAGGAGAAGAAGTCGGTGGATCTAACGGTCAGGCTCCACCATT
CGTTGCTTGAATTTATTAGTCTCCATTTTGTCTAATTAGGGATTTAGTTGTGACAATAAG
CTATGATCCAACTTTTGGTCTTATTTCGGGTTTTTACAAAATCATTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B613TF U 1
AF RR3B613JQ C 510
BS 1 735 RR3B613TF
BS 736 1252 RR3B613JQ

RD RR3B613TF 735 0 0
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GGGCAGCTGATGAAAGGGTATTTCTTGAAGGAGATGGAGAAAGAAGCTATGGAGTGTTAT
GAGGAAGCTGTTGGAGAGGAGTCGAAGGTGAGGATGAGTCCTATGGCTTATAATTATGTG
CTTGAGGCTTTGAGTGAGAATGGGAAGTTACGAGGCGTTGAAGTTGTTTGATGCGATGAA
GAAGGAGCATAGTCCGCCGAAGGTGTTGGCTTTGAATTTTGGGAGCTTTAATGTGATGGT
TAATGGGTATTGTGCAGAAGGGAGGTTTGGGGAAGCTGTCGAGGTTTTCAGGCAAATGGG
TGAGTTTAGATGTAGTCCTGACACGTTATCGTTCAACAATCTGATGAATCAGTTGTGTGA
GAGCGGTTTGTTGGCTGAGGCTGAGAAGCTTTACGGTGAGATGGATGAGAAAAAGGTGAA
GCCTGATGAGTACACTTACGGTTTGTTGATGGATACCTGTTTCAAGGAAGGTAAGATAGA
CGAAGGAGCTGCGTATTACAAAACGATGGTTGAGTCGAGTCTAAGACCGAACTTGGCGGT
GTATAACCGGCTGCAAGATCAGTTAGTTAAAGCCGGGAAACTGGACGATGCGAAATCCTT
CTTTGATATGATGGTGAGCAAGCTCAGTATGGACGACGAGGCTTACAAGTTCATCATGAA
GGCGTTAAGTGAAGC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3B613JQ 743 0 0
TGGATACCTGTTTCAAGGAAGGTAAGATAGACGAAGGAGCTGCGTATTACAAAACGATGG
TTGAGTCGAGTCTAAGACCGAACTTGGCGGTGTATAACCGGCTGCAAGATCAGTTAGTTA
AAGCCGGGAAACTGGACGATGCGAAATCCTTCTTTGATATGATGGTGAGCAAGCTCAGTA
TGGACGACGAGGCTTACAAGTTCATCATGAAGGCGTTAAGTGAAGCTGGGAGACTCGACG
ATGTGCTTAAGATTGTGGATGGGATGCTGGACGATGAAAAGGTTAGAGTGAGTGAGGACA
TACAAGAGTTTGTGAAAGAAGAGCTGAGGAAAGAAGGGAGAGAGGATGATCTGCAGAAAC
TTATGGATGAGAAAGAGAGATTGAAGGCTGAGGCAAAGGCGAAAGAGTTGGAAGCAGCAG
AAGCGAAGAAGAAGAGTGCTAATATTAGTATAGCTTCATTAATGTCTCCAAAACAAGAGG
AAGAGAGGAGTGAAAAGGTAAAGATGCTCTGGGATAATAACGGTGTTGCTGAAAATATCG
ATGTGGCGGATGTGGTGGCTCAAGGACGAGCAGCCGGTGAGATGGCTCAAGGAGAAGAAG
TCGGTGGATCTAACGGTCAGGCTCCACCATTCGTTGCTTGAATTTATTAGTCTCCATTTT
GTCTAATTAGGGATTTAGTTGTGACAATAAGCTATGATCCAACTTTTGGTCTTATTTCGG
GTTTTTACAAAATCATTTTTTCC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL5354Contig1 1224 2 2 U
TCTTGCAGGGTAAATACTTTAGCGTACACTTCATCGGACGTGAACACTGGCTTGCTCCAC
AGAGCACTCCTGTGACCAAAGTTTTGTCATGTTAACACTCTCGCTCTCTAATTTTAAAGA
CGTTGAAAAGAAAGAGAAAATGAAAAGCAACACTCACTTTTTCTGCTCAGTTTCATTCTT
CTCCAACCAGCTTTTTACTTTCTCTGCTTCCTTTGACACCTTGATAAGAAAAAGAAAATT
AGAAGCAGTTTCAGCAGTGCTCGCCTAACATGTTTCTAAAGAGAGCTGCGTGTGTGTGAG
TGTGTTTTTACTTAAGGATGAGCTAAACAACCTCATCGATTTTTTCTTTCAGAAGCCAAG
TTTTGTTCGTCTCCCACTCTTTTATGATCCGCAATGTGGTTGAAAACTCAGCCTGATTGT
TTTCTTTTTTTTATCATGAGAAGACTTGCAAAATGTACCTCTTTCACTTCGGTTAGGTAT
TTTTGAGCGTATTCAACTGCTACTGGTCGTGCTGTAAGCTCCTCTGACCTGTACATATAT
TTAACAAATGGTTTGTGAGAACATTTTTCAGGCAAGATCAGGTTCGATCTAAATATGGGC
AGGGGAACAAACCGCAAAGATATGGGACTGCCAATGGCTTTTAGTGAGTCAAGCCGGTCC
TGGAACTCTGTGGCATTAGCATCTTCTCCGTCCATGTAAAGCCAATCTTGAACCTGAAAG
CACACAACACACTCATCACTGTCAAACGCTTACACTCATCGTTGGAAACCATTGGTATAT
ATACTTGAAAAGAAAATTGATACATGCCTCATCAAGCTTCTCAACGAACCCCTTGCGCTC
TTCTTGGGTGGAAACCTTTCCAAATTCGGGTGCTTCTAGCTGTACAATGACCAAAATAAA
ACTAAAGCTTTGAGTTTTGAGAAGAATGCTAACTAAAAACATCATAATAGCTATATAGGG
GAAGCGACAATTTTAACAATAAAAGAACAATGAAGTAGCCGAGATGGTGATTTGTACCTT
CTCTTTGGTAGCATAAACATAAGATTCAAGGTTGTTTTTCAACTCAGCCGTTCTTCTTCT
TTCCCTATCTTTCTTGTCCAAGGCTTCTAGTTTTATCTTAGCTTCAGCGAGAGACTCTTC
CGTAAACGGTGCTCCAGGTCCGACAGTTTTCTCAACTACCTACAAGTCAAATATTCACAT
AAAATTGGTTAGTGATATTGACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AZ05TF U 1
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RD RR3AZ05TF 568 0 0
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AGAGCACTCCTGTGACCAAAGTTTTGTCATGTTAACACTCTCGCTCTCTAATTTTAAAGA
CGTTGAAAAGAAAGAGAAAATGAAAAGCAACACTCACTTTTTCTGCTCAGTTTCATTCTT
CTCCAACCAGCTTTTTACTTTCTCTGCTTCCTTTGACACCTTGATAAGAAAAAGAAAATT
AGAAGCAGTTTCAGCAGTGCTCGCCTAACATGTTTCTAAAGAGAGCTGCGTGTGTGTGAG
TGTGTTTTTACTTAAGGATGAGCTAAACAACCTCATCGATTTTTTCTTTCAGAAGCCAAG
TTTTGTTCGTCTCCCACTCTTTTATGATCCGCAATGTGGTTGAAAACTCAGCCTGATTGT
TTTCTTTTTTTTATCATGAGAAGACTTGCAAAATGTACCTCTTTCACTTCGGTTAGGTAT
TTTTGAGCGTATTCAACTGCTACTGGTCGTGCTGTAAGCTCCTCTGACCTGTACATATAT
TTAACAAATGGTTTGTGAGAACATTTTT

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3AZ05JQ 882 0 0
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AAAACTCAGCCTGATTGTTTTCTTTTTTTTATCATGAGAAGACTTGCAAAATGTACCTCT
TTCACTTCGGTTAGGTATTTTTGAGCGTATTCAACTGCTACTGGTCGTGCTGTAAGCTCC
TCTGACCTGTACATATATTTAACAAATGGTTTGTGAGAACATTTTTCAGGCAAGATCAGG
TTCGATCTAAATATGGGCAGGGGAACAAACCGCAAAGATATGGGACTGCCAATGGCTTTT
AGTGAGTCAAGCCGGTCCTGGAACTCTGTGGCATTAGCATCTTCTCCGTCCATGTAAAGC
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TGGAAACCATTGGTATATATACTTGAAAAGAAAATTGATACATGCCTCATCAAGCTTCTC
AACGAACCCCTTGCGCTCTTCTTGGGTGGAAACCTTTCCAAATTCGGGTGCTTCTAGCTG
TACAATGACCAAAATAAAACTAAAGCTTTGAGTTTTGAGAAGAATGCTAACTAAAAACAT
CATAATAGCTATATAGGGGAAGCGACAATTTTAACAATAAAAGAACAATGAAGTAGCCGA
GATGGTGATTTGTACCTTCTCTTTGGTAGCATAAACATAAGATTCAAGGTTGTTTTTCAA
CTCAGCCGTTCTTCTTCTTTCCCTATCTTTCTTGTCCAAGGCTTCTAGTTTTATCTTAGC
TTCAGCGAGAGACTCTTCCGTAAACGGTGCTCCAGGTCCGACAGTTTTCTCAACTACCTA
CAAGTCAAATATTCACATAAAATTGGTTAGTGATATTGACTC

QA 1 882 1 882
DS 



AS 1 2

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CCCGT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3DW61TF C 1
AF RR3A453JQ U 460
BS 1 466 RR3DW61TF
BS 467 607 RR3A453JQ
BS 608 608 RR3DW61TF
BS 609 725 RR3A453JQ

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CGAATTATTCACTATTCAAAAACAAAAGTAACAACGAATCAACCAATTAGGAAACTGTTT
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CCCAAACAAACAAAAATAAACAACTGGAGCAGGTTCTGTTTCATATATCATCTCTGAGGC
TGGTCGGATGCGGAAGCTCCAACGGAAGGTGTAGACGCCAAAGCGCTGGATGAGCCATTC
TCAGGTGGTGGAGCCACTCCCCATTTACCTTCCGACTCGAGCGGCTCAAATATATGGACC
CCACCGTCCGAGAGACCCACAGCAAACATATTGGATTCTTGCGGATGAGCTGCAATCACC
AGCGGGTGGACGTTCGAGTTGCTGAGAGAAGCAGGCAGATACGCAGAGGGATTGACTCTG
CAACGCAATCGAAGGTTTGCAGAGGTGAACACACATATTGTTGCATCCATGAAACTTGCG
TATATCAATTGGCTATCACATGAGAACGTGGCATATGTGATTGGAGCTGATGATTCACGC
ACAGGCCACTGTTTCATGCATTCAAGCTTGGTTGTTTCGTATATAGCGAGCTGAGTTTCA
TGGACCACGAGGAAGTGTACTTGATCTTGATGAAACTGAACACG
CGTC

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DS 

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CCATGAAACTTGCGTATATCAATTGGCTATCACATGAGAACGTGGCATATGTGATTGGAG
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CGAGCTGAGTTTCATGGACCACGAGGAAGAGTACTTGATCTTGATGAAACTGAACACGAG
TGTCTGAAAGAGCACCCGT

QA 8 266 8 266
DS 



AS 1 2

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GGGTGCTTGTTGCCTTATCTTCTTCGCATTCGCAAACTCATTTTCCGCTATCTCTCGTTG
TCTCTTTGCTTCTCTTTTAGCTTCCTCCGCATAAGCTTTCTCCTTCATCGCTACATTCAT
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TGATGATGGAGCAATGGAGAGGTTTAAGTTTGTGGCGTCATGACTATGATGATGATGATG
AAGAGATGGTTCTTTAACTTGGTGTTGTTGGTTTTGTTGATTAGGGTTTATATTTGGCGT
CAATGGAAGAAGCTGAAGTTCGAGGTTGAGATTTGATGAGTTGGTGAGAGCTAAAGGCAT
TAAAGATGAGTTTTTGATATGAATTGGACGTCCTTCTAAAGGTAGAGGAGTCGCAACCAC
AGCCGCACCCCCGTAATTCGTTTCGGTAGATGGAGTGCTTGCCGTTGAGGCGGTTCTAGA
GGAGCAGGCCGTGACAATGACGGCGGTTTGTGGCGGTGGCGGTGGTTCCTGGCGAACGTT
CCTTACAGAACAGTTATCTTGATGTTCAATAAAACTCTCCCCCCTAAAAGAAAAGAAAAA
CTTTAAAAAATGATTTCATATGATATAGGGTCAAAGTGGTTATATATTTTGGTAAACTT


BQ
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AF RR3EC38TF U 1
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TCTCTTTGCTTCTCTTTTAGCTTCCTCCGCATAAGCTTTCTCCTTCATCGCTACATTCAT
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TGATGATGGAGCAATGGAGAGGTT*AAGTTTGTGGCGTCATGACTATGATGATGATGATG
AAGAGATGGTTCTTTAACTTG

QA 1 261 1 261
DS 

RD RR3EC38JQ 626 0 0
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AGCTTTCTCCTTCATCGCTACATTCATGATCTGTTCATTCGCTATTATTTCTTTTATGCG
ATCAAAATTGTTGTAGTGTTGATAGGATGATGATGGAGCAATGGAGAGGTTTAAGTTTGT
GGCGTCATGACTATGATGATGATGATGAAGAGATGGTTCTTTAACTTGGTGTTGTTGGTT
TTGTTGATTAGGGTTTATATTTGGCGTCAATGGAAGAAGCTGAAGTTCGAGGTTGAGATT
TGATGAGTTGGTGAGAGCTAAAGGCATTAAAGATGAGTTTTTGATATGAATTGGACGTCC
TTCTAAAGGTAGAGGAGTCGCAACCACAGCCGCACCCCCGTAATTCGTTTCGGTAGATGG
AGTGCTTGCCGTTGAGGCGGTTCTAGAGGAGCAGGCCGTGACAATGACGGCGGTTTGTGG
CGGTGGCGGTGGTTCCTGGCGAACGTTCCTTACAGAACAGTTATCTTGATGTTCAATAAA
ACTCTCCCCCCTAAAAGAAAAGAAAAACTTTAAAAAATGATTTCATATGATATAGGGTCA
AAGTGGTTATATATTTTGGTAAACTT

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

CO CL5357Contig1 1315 2 4 U
GGAGAATTGAGTTTCACAAAAAAAAAAAAAAGACGAAGCATCGATGGAGATAGCCGCCAC
GAGCACTGTCACTCTTGCTTCGCCGCAGCAATCACGCCAATTCTCGCATACCTTCTCCAG
GAGCCTCCGATCTTCACCTTCTCTCCGTTTCAACCTCTCCTTCCAAAGCACAAACCTCCG
CGTCTCATCGACCTCCTCCATGAGCGCCTTCGCCGCCGAGAACTCTCGCCGGAGACCTTC
CTCGACAAGAAGGAAAGCGGGATCCTCCACTTCGTCAAGTACCACGGCCTCGGAAACGAT
TTCATTCTGGTAGACAATAGGGACTCGTCAGAGCCTAAGATTACTCAGGAGCAGGCTGTG
AAGCTCTGCGATCGAAACTTCGGCGTTGGCGCTGACGGAGTCATCTTTGCGATGCCTGGG
ACTAATGGCGCTGATTACACTATGAGGATATTCAACTCGGATGGTAGTGAACCTGAGATG
TGTGGCAATGGAGTTAGATGCTTTGCGAGATTCATTGCGGAGATTGAGAATCTACAGGGA
AAGCATAGTTTTACAATGCATACTGGTGCTGGCCTCATCGTTCCTGAGATTCAAGATGAT
GGGCAGGTTAAGGTTGATATGGGGGAACCGATCCTTAGAGCAGAAGATGTGCCTACGAGA
TTGGTAGTAAACAGAGGTGAGTCTGTTGTTGTGGCGGAGCTGGTAGTTGATGGAGTGAGC
TGGATTGTGACGTGTGTAAGCATGGGGAACCCTCACTGTATCACATTTGGCACTAAGGAC
GGACAGGATCTGAGAGTTGATGAGCTGAAGTTGTCAGAGATTGGTCCTAAGTTCGAGCAT
CATGAGATGTTCCCTGCTAGAACTAACACAGAATTCGTGGAGGTCTTGTCACGCTCACAT
TTAAAAATGCGTGTCTGGGAGCGCGGTGCAGGAGCAACTTTGGCTTGTGGAACAGGAGCT
TGTGCTCTGGTTGTTGCAGCAGTCCTTGAAGGTCGAACAGACAGGAAATGCACGGTGGAT
CTACCTGGTGGACCGTTGGAGATTGAGTGGAAAGAGGAGGACAACCATATTTACATGACC
GGTCCTGCGGATTTGGTGTTCTACGGTTCAGCTCTTCTCTAATGGAACTTAGCTTCTGTG
TTGTTGTGATTCAGTCTTAATGTACACATATTGAGCTCTGCTGTCTTTCTGCATTGTGTA
CTACGAGAGATGACATGAAACATTTGATGCATTCCTCTTATTGTTTCTGTTTAATTGTGT
TTCCCTTTTGGCTTTCTCTATGGGTTGGTATAAAAAGTTATTTTGTGTGTTATAC


BQ
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AF RR3H230TF U 1
AF RR3H230JQ C 527
BS 1 676 RR3H230TF
BS 677 677 RR3H230JQ
BS 678 751 RR3H230TF
BS 752 1315 RR3H230JQ

RD RR3H230TF 756 0 0
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GAGCACTGTCACTCTTGCTTCGCCGCAGCAATCACGCCAATTCTCGCATACCTTCTCCAG
GAGCCTCCGATCTTCACCTTCTCTCCGTTTCAACCTCTCCTTCCAAAGCACAAACCTCCG
CGTCTCATCGACCTCCTCCATGAGCGCCTTCGCCGCCGAGAACTCTCGCCGGAGACCTTC
CTCGACAAGAAGGAAAGCGGGATCCTCCACTTCGTCAAGTACCACGGCCTCGGAAACGAT
TTCATTCTGGTAGACAATAGGGACTCGTCAGAGCCTAAGATTACTCAGGAGCAGGCTGTG
AAGCTCTGCGATCGAAACTTCGGCGTTGGCGCTGACGGAGTCATCTTTGCGATGCCTGGG
ACTAATGGCGCTGATTACACTATGAGGATATTCAACTCGGATGGTAGTGAACCTGAGATG
TGTGGCAATGGAGTTAGATGCTTTGCGAGATTCATTGCGGAGATTGAGAATCTACAGGGA
AAGCATAGTTTTACAATGCATACTGGTGCTGGCCTCATCGTTCCTGAGATTCAAGATGAT
GGGCAGGTTAAGGTTGATATGGGGGAACCGATCCTTAGAGCAGAAGATGTGCCTACGAGA
TTGGTAGTAAACAGAG*TGAGTCTGTTGTTGTGGCGGAGCTGGTAGTTGATGGAGTGAGC
TGGATTGTGACGTGTGTAAGCATGGGGAACC
TCACT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3H230JQ 789 0 0
AGAATCTACAGGGAAAGCATAGTTTTACAATGCATACTGGTGCTGGCCTCATCGTTCCTG
AGATTCAAGATGATGGGCAGGTTAAGGTTGATATGGGGGAACCGATCCTTAGAGCAGAAG
ATGTGCCTACGAGATTGGTAGTAAACAGAGGTGAGTCTGTTGTTGTGGCGGAGCTGGTAG
TTGATGGAGTGAGCTGGATTGTGACGTGTGTAAGCATGGGGAACCCTCACTGTATCACAT
TTGGCACTAAGGACGGACAGGATCTGAGAGTTGATGAGCTGAAGTTGTCAGAGATTGGTC
CTAAGTTCGAGCATCATGAGATGTTCCCTGCTAGAACTAACACAGAATTCGTGGAGGTCT
TGTCACGCTCACATTTAAAAATGCGTGTCTGGGAGCGCGGTGCAGGAGCAACTTTGGCTT
GTGGAACAGGAGCTTGTGCTCTGGTTGTTGCAGCAGTCCTTGAAGGTCGAACAGACAGGA
AATGCACGGTGGATCTACCTGGTGGACCGTTGGAGATTGAGTGGAAAGAGGAGGACAACC
ATATTTACATGACCGGTCCTGCGGATTTGGTGTTCTACGGTTCAGCTCTTCTCTAATGGA
ACTTAGCTTCTGTGTTGTTGTGATTCAGTCTTAATGTACACATATTGAGCTCTGCTGTCT
TTCTGCATTGTGTACTACGAGAGATGACATGAAACATTTGATGCATTCCTCTTATTGTTT
CTGTTTAATTGTGTTTCCCTTTTGGCTTTCTCTATGGGTTGGTATAAAAAGTTATTTTGT
GTGTTATAC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL5358Contig1 1232 2 2 U
GGGGGGAATGGAGCTCACCGTCTGAGGAAAACTCATCAAGCTTTTTTTTTCCCGTGATCC
TGATCCAATTACGATGGGATCAACAACGTTCCGTGATCGCACGGCGGAGTTTCGTTCGCT
TCCCAGACGTTGAAGAAGATCGGAGCTATCCCGTCTTCCGTCCATCAAGCCGAAAGTGAT
CCAACAACATCCTCCACCAAGCGGTCGCCGCCGGGATCTTCGAGATCCGAGTTCAACAAG
AAGGCTTCCCAGATCGGTCTGCGTATCCAGGAGACGTCTCAGAAGACCGCGAGGCTCGCT
AAATTGGGGAAAGAATCGTCGATTTTCAATGACCGGACTTTGGAGATACAGGAGCTAACC
GTATTGATCAGGAACGACATCACGGGGCTCAACATGGCTCTCTCTGATCTGCAGACACTT
CAGAACATGGAGATCGCTGATGGGAGCCATTCCCATGACAAAGTCGGTCACTACACAGCT
GTTTGCGATGACTTGAAAACCAGGCTCATGGGAGCTACAAAGCAATTTCAGGACGTTCTA
ACCGCGAGATCAGAGAACATGAAGGCTCATGAAAACAGGAAACAGCTCTTCTCCGCGAAA
AACGCAGCAGTGGATAATAATCAGAATAATGCAAAAGCTGTACCTGAGCCTCCTCCTTGG
TCTAGCTCATCAGTTCCTTCCGGGAATTTACAACAACAGCCACTGTTGCCGCCAGTAAAT
AGTGGAGCTCCTTCAGGCAGCCAGCTTAGACGCAGATCTGCTATCGAGAATCCACCATCG
CAGCAAATGGAGATGTCTATGTTACAGCAGACAGTCCCGAGGCAGGAGAATTATAGCCAA
AACAGAGCTGTTGCGCTTCACAGCGTGGAATCAACGATAACAGAGCTGAGTGGGATATTC
ACACATCTAGCTACCATGGTCACTCAACAGGGAGAGCTAGCTATCAGGTTCTTTTAACGT
TCTTTACCCAAACCTCGCCATATACAGAGTTTCAGGGAGCATTGAGTTTAACACATGTGG
TTTTGTGGAACAGAATCGATGATAATATGGATGAATCGTTAGTTAATGTAGAGGGAGCAC
GCAGCGCTCTTCTGCAGCATCTCACTCGAATTTCATCGAATAGATGGCTCATGATCAAGA
TTTTCGTTGTTATCATATTGTTCCTCATTGTTTTCCTATTCTTCGTGGCTTGAAACAATA
CCTTTATATCTTGTTGCATCACATCCACAGCC


BQ
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AF RR3CJ16TF U 1
AF RR3CJ16JQ C 449
BS 1 672 RR3CJ16TF
BS 673 1232 RR3CJ16JQ

RD RR3CJ16TF 672 0 0
GGGGGGAATGGAGCTCACCGTCTGAGGAAAACTCATCAAGCTTTTTTTTTCCCGTGATCC
TGATCCAATTACGATGGGATCAACAACGTTCCGTGATCGCACGGCGGAGTTTCGTTCGCT
TCCCAGACGTTGAAGAAGATCGGAGCTATCCCGTCTTCCGTCCATCAAGCCGAAAGTGAT
CCAACAACATCCTCCACCAAGCGGTCGCCGCCGGGATCTTCGAGATCCGAGTTCAACAAG
AAGGCTTCCCAGATCGGTCTGCGTATCCAGGAGACGTCTCAGAAGACCGCGAGGCTCGCT
AAATTGGGGAAAGAATCGTCGATTTTCAATGACCGGACTTTGGAGATACAGGAGCTAACC
GTATTGATCAGGAACGACATCACGGGGCTCAACATGGCTCTCTCTGATCTGCAGACACTT
CAGAACATGGAGATCGCTGATGGGAGCCATTCCCATGACAAAGTCGGTCACTACACAGCT
GTTTGCGATGACTTGAAAACCAGGCTCATGGGAGCTACAAAGCAATTTCAGGACGTTCTA
ACCGCGAGATCAGAGAACATGAAGGCTCATGAAAACAGGAAACAGCTCTTCTCCGCGAAA
AACGCAGCAGTGGATAATAATCAGAATAATGCAAAAGCTGTACCTGAGCCTCCTCCTTGG
TCTAGCTCATCA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3CJ16JQ 784 0 0
CA
TCCCATGACAAAGTCGGTCACTACACAGCTGTTTGCGATGACTTGAAAACCAGGCTCATG
GGAGCTACAAAGCAATTTCAGGACGTTCTAACCGCGAGATCAGAGAACATGAAGGCTCAT
GAAAACAGGAAACAGCTCTTCTCCGCGAAAAACGCAGCAGTGGATAATAATCAGAATAAT
GCAAAAGCTGTACCTGAGCCTCCTCCTTGGTCTAGCTCATCAGTTCCTTCCGGGAATTTA
CAACAACAGCCACTGTTGCCGCCAGTAAATAGTGGAGCTCCTTCAGGCAGCCAGCTTAGA
CGCAGATCTGCTATCGAGAATCCACCATCGCAGCAAATGGAGATGTCTATGTTACAGCAG
ACAGTCCCGAGGCAGGAGAATTATAGCCAAAACAGAGCTGTTGCGCTTCACAGCGTGGAA
TCAACGATAACAGAGCTGAGTGGGATATTCACACATCTAGCTACCATGGTCACTCAACAG
GGAGAGCTAGCTATCAGGTTCTTTTAACGTTCTTTACCCAAACCTCGCCATATACAGAGT
TTCAGGGAGCATTGAGTTTAACACATGTGGTTTTGTGGAACAGAATCGATGATAATATGG
ATGAATCGTTAGTTAATGTAGAGGGAGCACGCAGCGCTCTTCTGCAGCATCTCACTCGAA
TTTCATCGAATAGATGGCTCATGATCAAGATTTTCGTTGTTATCATATTGTTCCTCATTG
TTTTCCTATTCTTCGTGGCTTGAAACAATACCTTTATATCTTGTTGCATCACATCCACAG
CC

QA 3 784 3 784
DS 



AS 1 2

CO CL5359Contig1 953 2 2 U
GGGTCTGTAGAGGTTCTATATTTCTACCTGCCTTTGTTGTTAACCTAAGAGCCATTACAC
TTTTCTTCAGATCTCTCATTCTCTTTCTTCTTTTTGGCTCAAAGCTGCTTCTCTTCCAAA
AAAACGATCTGTGCTTTTCGAGCTTCAGCAAAGATGAACAGCTGTGGAGTTCAACAAAAC
GCTTTCGAGGTGATGAGGAGCAGAGACGCCGTCGTTTGCCCTAAATCACGTCGTGTCGGT
GTCCTAAACCACCACCACCTTTCTCGATCTCTCCGTTGGCAAGTCAGTCACCAGATGGAG
CTATGTGAATCGAATTCAAGAAGCGATATTTTGGATTTCATACTCGCAAAGGGTGGTGGT
TATGAACAAGATCCGACGCCGGAGCTATTTTTTACAGGGTTACCGCCGAGTAGAGTTTCT
AACCCATTAACCAAAGATTCACTCTTCCGGGAGGAGCTTCTCGTAGTGGCTCCTCCTCCT
CCGCCGGCTCCACGAGCAACCAAGCTGCCACCACCGTCTTCTCCAAGGAACTGTGGCGGT
TGCGTTAGGGCGACGACTAACTTCGGGAACAATCCCGCGGTTCGTGTCGTGGGATTTAAT
TGCCTTGACATAGACAGACGCAACAGTGTTCCTACTCTTGCATAAGAGTCCCAATAACAT
GCATATATAAAACAGAGAAGGCTAAAAAACCATTCGAAAGGTTTAGGAGTTGATGATAAT
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ATATGTTATATATAAAATTAGGATTTGAAGTCCAATTTGGGAGTTTTGTAAAAGTAAAAA
AAAAGGGAGAGAGAAGGGTTTGTGAGTGTTAGTGGAAGTAAGAGCATCAGTGTTTCTTCC
TTATTGTAACAAAAGGAATGAGTTTTGAAATGTGAAGATATCATTTCTACTCT


BQ
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AF RR3H839TF U 1
AF RR3H839JQ C 461
BS 1 677 RR3H839TF
BS 678 953 RR3H839JQ

RD RR3H839TF 677 0 0
GGGTCTGTAGAGGTTCTATATTTCTACCTGCCTTTGTTGTTAACCTAAGAGCCATTACAC
TTTTCTTCAGATCTCTCATTCTCTTTCTTCTTTTTGGCTCAAAGCTGCTTCTCTTCCAAA
AAAACGATCTGTGCTTTTCGAGCTTCAGCAAAGATGAACAGCTGTGGAGTTCAACAAAAC
GCTTTCGAGGTGATGAGGAGCAGAGACGCCGTCGTTTGCCCTAAATCACGTCGTGTCGGT
GTCCTAAACCACCACCACCTTTCTCGATCTCTCCGTTGGCAAGTCAGTCACCAGATGGAG
CTATGTGAATCGAATTCAAGAAGCGATATTTTGGATTTCATACTCGCAAAGGGTGGTGGT
TATGAACAAGATCCGACGCCGGAGCTATTTTTTACAGGGTTACCGCCGAGTAGAGTTTCT
AACCCATTAACCAAAGATTCACTCTTCCGGGAGGAGCTTCTCGTAGTGGCTCCTCCTCCT
CCGCCGGCTCCACGAGCAACCAAGCTGCCACCACCGTCTTCTCCAAGGAACTGTGGCGGT
TGCGTTAGGGCGACGACTAACTTCGGGAACAATCCCGCGGTTCGTGTCGTGGGATTTAAT
TGCCTTGACATAGACAGACGCAACAGTGTTCCTACTCTTGCATAAGAGTCCCAATAACAT
GCATATATAAAACAGAG

QA 1 677 1 677
DS 

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TCGTAGTGGCTCCTCCTCCTCCGCCGGCTCCACGAGCAACCAAGCTGCCACCACCGTTTT
TTCCAAGGAACTGTGGCGGTTGCGTTAGGGCGACGACTAACTTCGGGAACAATCCCGCGG
TTCGTGTCGTGGGATTTAATTGCCTTGACATAGACAGACGCAACAGTGTTCCTACTCTTG
CATAAGAGTCCCAATAACATGCATATATAAAACAGAGAAGGCTAAAAAACCATTCGAAAG
GTTTAGGAGTTGATGATAATGGATTATGTGGGTTTTTTGTGGAAAATTTGTAAATATGTG
GAAAAAGGGTAATCAAAAAGATATGTTATATATAAAATTAGGATTTGAAGTCCAATTTGG
GAGTTTTGTAAAAGTAAAAAAAAAGGGAGAGAGAAGGGTTTGTGAGTGTTAGTGGAAGTA
AGAGCATCAGTGTTTCTTCCTTATTGTAACAAAAGGAATGAGTTTTGAAATGTGAAGATA
TCATTTCTACTCT

QA 1 493 1 493
DS 



AS 1 2

CO CL5360Contig1 977 2 2 U
GGCCTCTCAAGCCTCTCCATCTAAAAAAACATATCCTTCATTTCTCTCTTTCCTCTCCAT
CTCTGTTTTAGCTAGCAAGAAAGATCAGATCAAAGATGTCTAGAGTTACCACAGAGCTCG
ACTTCTTCGGTCTTGAGAAGAAGCAGACCAACAACGTTCCGAAGCCTAAGTTCAAGAAAT
TTCTCGACCGTCGTCGCAGTTTCCGAGATATTCAAGGTGCCATTTCTAAGATCAATCCGG
AGATTATCAAATCATTGTTAGCTTCTGGTGCTGACCATGCAGATTCATCGACTATATCTC
CTTCGGTTCCGTCTACTCCAAAGGCATATCATCCTCAGATCCCTATTTCTCCGGTCCAAG
CGCCTCTCAACATGCCTACGGAACTCGTCTCTGGAACTGTTCCTATGACCATCTTCTACA
ATGGAACCGTCTCCGTTTACCAAATGTCTCCTAACAAGGCCGATGATATTCTGAAGGTTG
TCATGGAAACAGCACCAAAAAAAGACAAATCGATTGTGAAAGATCATTCGGTAATTCCTC
CGACCACCATAAGGACAAAGCTCTTTGGCCAGAATCTAGAAGGAGATCTTCCCATCCAAA
GGACAAAGTCACTGCAAAGGTTTCTTGAGAAGCGCAAAGAGAGATTAGTATCAACATCTC
CTTACTTCCTCCCGACATCAGCCTAAACGAAACTCTTATCTCTTGCTGATTGGGACTTGA
AACCAAATGACCATTTCACCTTCCAATACATCAACGTTCGTTTTGCGTTTGGCTTATCTC
CATTTCCTTGGAACCACGACATGCTTTAAACGTTGCTTTCTACAATAATTAATATACAGT
ATGCTAGTATATAAATATGTTTGTTAATTTCTTAAATGATTACTCTCTCTAGTGTCATTG
ACCTTTTGCACTATACTTCCACTACGTTTGTTGTATTTTTAGTATTTTTAAAAGAAAATG
AACACGCATCTTGACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F872TF U 1
AF RR3F872JQ C 355
BS 1 577 RR3F872TF
BS 578 977 RR3F872JQ

RD RR3F872TF 577 0 0
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CTCTGTTTTAGCTAGCAAGAAAGATCAGATCAAAGATGTCTAGAGTTACCACAGAGCTCG
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TTCTCGACCGTCGTCGCAGTTTCCGAGATATTCAAGGTGCCATTTCTAAGATCAATCCGG
AGATTATCAAATCATTGTTAGCTTCTGGTGCTGACCATGCAGATTCATCGACTATATCTC
CTTCGGTTCCGTCTACTCCAAAGGCATATCATCCTCAGATCCCTATTTCTCCGGTCCAAG
CGCCTCTCAACATGCCTACGGAACTCGTCTCTGGAACTGTTCCTATGACCATCTTCTACA
ATGGAACCGTCTCCGTTTACCAAATGTCTCCTAACAAGGCCGATGATATTCTGAAGGTTG
TCATGGAAACAGCACCAAAAAAAGACAAATCGATTGTGAAAGATCATTCGGTAATTCCTC
CGACCACCATAAGGACAAAGCTCTTTGGCCAGAATCT

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3F872JQ 623 0 0
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TCTACAATGGAACCGTCTCCGTTTACCAAATGTCTCCTAACAAGGCCGATGATATTCTGA
AGGTTGTCATGGAAACAGCACCAAAAAAAGACAAATCGATTGTGAAAGATCATTCGGTAA
TTCCTCCGACCACCATAAGGACAAAGCTCTTTGGCCAGAATCTAGAAGGAGATCTTCCCA
TCCAAAGGACAAAGTCACTGCAAAGGTTTCTTGAGAAGCGCAAAGAGAGATTAGTATCAA
CATCTCCTTACTTCCTCCCGACATCAGCCTAAACGAAACTCTTATCTCTTGCTGATTGGG
ACTTGAAACCAAATGACCATTTCACCTTCCAATACATCAACGTTCGTTTTGCGTTTGGCT
TATCTCCATTTCCTTGGAACCACGACATGCTTTAAACGTTGCTTTCTACAATAATTAATA
TACAGTATGCTAGTATATAAATATGTTTGTTAATTTCTTAAATGATTACTCTCTCTAGTG
TCATTGACCTTTTGCACTATACTTCCACTACGTTTGTTGTATTTTTAGTATTTTTAAAAG
AAAATGAACACGCATCTTGACTC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

CO CL5361Contig1 1211 2 6 U
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GTGAATGCAGGAAGATGGGAAAGCGCCAGGATTGTGTTGAAAGAGATGGAAGCTGGTGAT
GTTCAGCCTAATTCTTTTGTTTTCAGCAGACTCTTAGCCGGTTATCGCGATAGAGGCGAG
TGGCAGAAGACATTTCAAGTTCTCAAGGAGACGAAGAGCATCGGGGTTAAACCCGATAGA
CAATTCTACAACGTGGTGATCGATACCTTTGGGAAGTTCAATTGTCTTGATCATGCCATG
ACGACTTTTGATAGAATGTTAAGCGAGGGAATCGAACCTGATAGGGTCACTTGGAATACG
CTTATCGATTGCCATTGCAAGCACGGCCGGCACATAGTAGCACAAGAGATGTTTGAGGCA
ATGGAGAAGCGAGGGTGCTCGCCTTGCGCCACAACCTATAACATCATGATCAACAGTTAT
GGAGATCAAGAAAGATGAGATGATATGAAAAGATTGTTGGGGAAGATGAAGAGCCAAGGA
GTACTGCCTAACGTCGTGACACACACAACACTCGTCGACGTTTATGGCAAATCCGGTAGG
TTTAACGATGCAATAGATTGCTTGGAGGAGATGAAGTCAGTTGGGCTGAAACCATCATCA
ACAATGTACAATGCCCTTATCAATGCCTATGCACAGAGGGGTTTATCGGAGCAAGCTGTT
AATGCGTTTAGAGTGATGACATCAGATGGACTGAAGCCAAGTTTACTGGCTCTCAATTCC
CTCATCAATGCCTTTGGAGAGGATAGAAGAGACGCCGAAGCCTTTGCCGTTTTGCAGTAC
ATGAAAGAAAACGGCGTAAATCCAGACGTGGTGACATACACAACACTCATGAAAGCTTTC
ATTCGTGTTGATAAGTTCCAAAAGGTACCCGGTGTTTACGAGGAGATGATCATGTCAGGC
TGCAAACCAGATAGGAAAGCTAGATCCATGTTACGCTCCGCTTTAAGATACATGAAGCAG
ACGTTAAGAGCCTCATAAAAACATAGAAGTTGCTAAACTTATTATATGAGCTTCTGTTGT
TAGATATCTCACAAGCTAAGGTCAGTATGTAACGTCATAAACCACACATCTCCAGAGAAA
GTCTTTCGAACAAATCCTCACAATTCTCTGTCTATGTAAAGATTCAAACTGTATAAATAT
ATAACTGTTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E154TF U 1
AF RR3DK44JQ C 447
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BS 473 473 RR3DK44JQ
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BS 683 1211 RR3DK44JQ

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GTGAATGCAGGAAGATGGGAAAGCGCCAGGATTGTGTTGAAAGAGATGGAAGCTGGTGAT
GTTCAGCCTAATTCTTTTGTTTTCAGCAGACTCTTAGCCGGTTATCGCGATAGAGGCGAG
TGGCAGAAGACATTTCAAGTTCTCAAGGAGACGAAGAGCATCGGGGTTAAACCCGATAGA
CAATTCTACAACGTGGTGATCGATACCTTTGGGAAGTTCAATTGTCTTGATCATGCCATG
ACGACTTTTGATAGAATGTTAAGCGAGGGAATCGAACCTGATAGGGTCACTTGGAATACG
CTTATCGATTGCCATTGCAAGCACGGCCGGCACATAGTAGCACAAGAGATGTTTGAGGCA
ATGGAGAAGCGAGGGTGCTCGCCTTGCGCCACAACCTATAACATCATGATCAGCAGTTAT
GGAGATCAAGAAAGATGAGATGATATGAAAAGATTGTTGGGGAAGATGAAGAGCCAAGGA
GTACTGCCTAACGTCGTGACACACACAACACTCGTCGACGTTTATGGCAAATCCGGTAGG
TTTAACGATGCAATAGATTGCTTGGAGGAGATGAAGTCAGTTGGGCTGAAACCATCATCA
ACAATGTACAATGCTCTTATCA
TGCTATGCAC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3DK44JQ 765 0 0
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GAAAAGATTGTTGGGGAAGATGAAGAGCCAAGGAGTACTGCCTAACGTCGTGACACACAC
AACACTCGTCGACGTTTATGGCAAATCCGGTAGGTTTAATGATGCAATAGATTGCTTGGA
GGAGATGAAGTCAGTTGGGCTGAAACCATCATCAACAATGTACAATGCCCTTATCAATGC
CTATGCACAGAGGGGTTTATCGGAGCAAGCTGTTAATGCGTTTAGAGTGATGACATCAGA
TGGACTGAAGCCAAGTTTACTGGCTCTCAATTCCCTCATCAATGCCTTTGGAGAGGATAG
AAGAGACGCCGAAGCCTTTGCCGTTTTGCAGTACATGAAAGAAAACGGCGTAAATCCAGA
CGTGGTGACATACACAACACTCATGAAAGCTTTCATTCGTGTTGATAAGTTCCAAAAGGT
ACCCGGTGTTTACGAGGAGATGATCATGTCAGGCTGCAAACCAGATAGGAAAGCTAGATC
CATGTTACGCTCCGCTTTAAGATACATGAAGCAGACGTTAAGAGCCTCATAAAAACATAG
AAGTTGCTAAACTTATTATATGAGCTTCTGTTGTTAGATATCTCACAAGCTAAGGTCAGT
ATGTAACGTCATAAACCACACATCTCCAGAGAAAGTCTTTCGAACAAATCCTCACAATTC
TCTGTCTATGTAAAGATTCAAACTGTATAAATATATAACTGTTAC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL5362Contig1 1230 2 2 U
GGCCCATCAAATTTAGTTTAATCTAATAAAACTGTGTGATAGATACATTCTGAAACACAT
AGAGCGATATTGAAAGAAAGAAAAGAGATAATAATATCAATAATGGGTAGATGGGCAATC
GCAGTACACGGCGGCGCCGGAATCGACCCTAATCTTCCCGTAGAGAGACAAGAACAGGCG
AAACAGCTTTTAACTCGTTGTCTTAACCTCGGCATAGCAGCTTTACGCTCTAACGTCTCT
GCCATTGACGTCGTTTAGCTCGTCATTAGAGAATTAGAGACGGATCCTCTGTTTAACTCA
GGCCGTGGATCTGCTTTGACGGAACAAGGAACGGTGGAGATGGAAGCGAGCATTATGGAC
GGTACGAAGAGACGATGCGGTGCCGTTTCGGGGATAACCACCGTGAAGAATCCTATCTCT
CTCGCTCGTCTCGTTATGGACAAATCTCCCCACTCTTATCTAGCTTTCTCAGGCGCGGAG
GAGTTCGCTCGCAAACAGGGAGTTGAGATTGTGGACAACGAGTACTTTGTCACGGAAGAC
AACGTGGGGATGCTCAAGTTGGCTAAAGAAGCTAACTCGATCTTGTTTGATTACCGTATC
CCGCTAGGATGCGCCGGTGCAGCCGTAACCGACAGTCCTATAGTGATGAACGGTCTACCG
ATAAGCATTTACGCGCCGGAGACGGTAGGATGCGTGGTGGTTGACAGAGAAGGACGGTGC
GCCGCCGGGACATCAACGGGAGGTCTGATGAACAAGATGATGGGGAGGATAGGAGACTCC
CCGCTGATAGGAGCAGGGACGTATGCGTCTGAGCTTTGTGGCGTGTCGTGTATAGGAGAA
GGAGAAGCTATCATAAGGTCGACGCTGGCGCGTGACGTGTCGGCTGTTATGGAGTATAAA
GGGGTCGGGCTTCAGGAAGCGGTTGATTATGTGATCAAGCATCGACTGGACGAAGGGTTC
GCTGGACTTATTGCTGTGTCGAATAAAGGAGAGGTGGTTTGTGGTTTTAATTGTAATGGG
ATGTTCAGAGGATGTGCAACTGAAGATGGGTTCATGGAAGTTGCTATGTGGGAGTGAGAG
AGATTTATTTATTTATTTATTTTAAATGGCTTAGTGTGCTATTGTTATCATCATCCCTTC
TTTGTTGCTTAGTACCTTTTCATGAATCCAAATCTTGATGTACTTGTGGACACGATCTCT
GAAAGTTTTAAGCAGCTCCATTCCCTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GL14TF U 1
AF RR3GL14JQ C 445
BS 1 675 RR3GL14TF
BS 676 1230 RR3GL14JQ

RD RR3GL14TF 675 0 0
GGCCCATCAAATTTAGTTTAATCTAATAAAACTGTGTGATAGATACATTCTGAAACACAT
AGAGCGATATTGAAAGAAAGAAAAGAGATAATAATATCAATAATGGGTAGATGGGCAATC
GCAGTACACGGCGGCGCCGGAATCGACCCTAATCTTCCCGTAGAGAGACAAGAACAGGCG
AAACAGCTTTTAACTCGTTGTCTTAACCTCGGCATAGCAGCTTTACGCTCTAACGTCTCT
GCCATTGACGTCGTTTAGCTCGTCATTAGAGAATTAGAGACGGATCCTCTGTTTAACTCA
GGCCGTGGATCTGCTTTGACGGAACAAGGAACGGTGGAGATGGAAGCGAGCATTATGGAC
GGTACGAAGAGACGATGCGGTGCCGTTTCGGGGATAACCACCGTGAAGAATCCTATCTCT
CTCGCTCGTCTCGTTATGGACAAATCTCCCCACTCTTATCTAGCTTTCTCAGGCGCGGAG
GAGTTCGCTCGCAAACAGGGAGTTGAGATTGTGGACAACGAGTACTTTGTCACGGAAGAC
AACGTGGGGATGCTCAAGTTGGCTAAAGAAGCTAACTCGATCTTGTTTGATTACCGTATC
CCGCTAGGATGCGCCGGTGCAGCCGTAACCGACAGTCCTATAGTGATGAACGGTCTACCG
ATAAGCATTTACGCG

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3GL14JQ 786 0 0
TCTCCCCACTCT*ATCTAGCTTTCTCAGGCGCGGAGGAGTTCGCTCGCAAACAGGGAGTT
GAGATTGTGGACAACGAGTACTTTGTCACGGAAGACAACGTGGGGATGCTCAAGTTGGCT
AAAGAAGCTAACTCGATCTTGTTTGATTACCGTATCCCGCTAGGATGCGCCGGTGCAGCC
GTAACCGACAGTCCTATAGTGATGAACGGTCTACCGATAAGCATTTACGCGCCGGAGACG
GTAGGATGCGTGGTGGTTGACAGAGAAGGACGGTGCGCCGCCGGGACATCAACGGGAGGT
CTGATGAACAAGATGATGGGGAGGATAGGAGACTCCCCGCTGATAGGAGCAGGGACGTAT
GCGTCTGAGCTTTGTGGCGTGTCGTGTATAGGAGAAGGAGAAGCTATCATAAGGTCGACG
CTGGCGCGTGACGTGTCGGCTGTTATGGAGTATAAAGGGGTCGGGCTTCAGGAAGCGGTT
GATTATGTGATCAAGCATCGACTGGACGAAGGGTTCGCTGGACTTATTGCTGTGTCGAAT
AAAGGAGAGGTGGTTTGTGGTTTTAATTGTAATGGGATGTTCAGAGGATGTGCAACTGAA
GATGGGTTCATGGAAGTTGCTATGTGGGAGTGAGAGAGATTTATTTATTTATTTATTTTA
AATGGCTTAGTGTGCTATTGTTATCATCATCCCTTCTTTGTTGCTTAGTACCTTTTCATG
AATCCAAATCTTGATGTACTTGTGGACACGATCTCTGAAAGTTTTAAGCAGCTCCATTCC
CTGCCC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5365Contig1 1219 2 2 U
GCTTCCTCTTGGCTTTTATTCCTTCTACCACGGGAGCTCCTTTCAGGTGGGATACTCCGA
ATCACTACTCCCTTTTCGGGGCCTCTTCTAAGAGCTTCCTTTGCATTCACCTCCTTTTCT
TGAAGTTTCTTCCGCAAGCTCTCTTCTTTATTTCTCTCCACTGCTCCCCGACCAGCCTCT
TGAGAGATGCTAGCCTCCAGGGGGCAGCTTGACTGGTCATGAGTGAGTCTCTTGCAGGTA
AAGCAAACTTTAAGCAACTTCTCATACTCCAACTCCGTTGGTATTGTTGTGCCTGATCTG
AGCCTTGCAATTCGCCGAAATTGGAGTGGCTCTTCTGTACTGATATTGACCTTAGCTCTC
ACATACTCAATCGAGTTAGAGTTCTTAGCGTGGAGTTCCACCGGCCCAACCTTCCCTAAT
GGTCCCAACAAGCTCTCCACTATTTCTTTTTTTCAGCATGTGGATGGGAAGTCCGTGTAT
TCTAATCCAGAACAAGATGCGCTGCAGGAACTCCGGGTGAGGGTTAGGGCTCCACTGATC
AAGGGATACTATCCAGCCATTGACAAACCATGGTCCTTTGGTGAGGACATGTTGAAGGTC
AGCCTCCGAAGAGAAGATGAATTGAACTCTATGCTCGCCGATTCCTCTTCCGCGGACTCG
CTCTTCCATTCCCCAGATAGGTGGTAGCGCCTTAACTAGACCTCCCACTTTATGCGCTTG
AGGATTGAGACACCGAACTATAACACTCAAAGTGTTTTCCTCGATGAGATCCTCCACTTC
CAGATCTGGTATATCAACCATGTCTCCTTCTCCAAGCAGCTCCTTCTCCTTTAGCTCTTC
CAGGAGTGAAATCTCCTTTCTTTTCCTACTTCGGTTCATCATGCTAGAGGGATGAGGGAA
ACTTAGGAAGCCACACAGGCTTAATGAGCGCGTATACTGTTCCGGAGCTCCTCCCTAGCG
GGGGATCCGAAAAGACGAGACACGATTGTTTTCCAAATCAATCTTCCATAAGGCAAAGAT
TCAGTTTTTCGAGTCGATGGATGAAGAATGGAACGATGGATAACAGCTAGACTTGAACTT
GACAGCTGAAAGAGGCGAAAAAACGATCAGATCTGAGTAGGTAGGAGGCGGTGAGAAACC
CTAATCGCCATTGTCGCCGTCGCTCTTTTTATCGCCCTTTGCCACCACGTGCTTTCTAAT
ACTGTCTTTCACGCTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GT53TF U 1
AF RR3GT53JQ C 448
BS 1 675 RR3GT53TF
BS 676 1219 RR3GT53JQ

RD RR3GT53TF 675 0 0
GCTTCCTCTTGGCTTTTATTCCTTCTACCACGGGAGCTCCTTTCAGGTGGGATACTCCGA
ATCACTACTCCCTTTTCGGGGCCTCTTCTAAGAGCTTCCTTTGCATTCACCTCCTTTTCT
TGAAGTTTCTTCCGCAAGCTCTCTTCTTTATTTCTCTCCACTGCTCCCCGACCAGCCTCT
TGAGAGATGCTAGCCTCCAGGGGGCAGCTTGACTGGTCATGAGTGAGTCTCTTGCAGGTA
AAGCAAACTTTAAGCAACTTCTCATACTCCAACTCCGTTGGTATTGTTGTGCCTGATCTG
AGCCTTGCAATTCGCCGAAATTGGAGTGGCTCTTCTGTACTGATATTGACCTTAGCTCTC
ACATACTCAATCGAGTTAGAGTTCTTAGCGTGGAGTTCCACCGGCCCAACCTTCCCTAAT
GGTCCCAACAAGCTCTCCACTATTTCTTTTTTTCAGCATGTGGATGGGAAGTCCGTGTAT
TCTAATCCAGAACAAGATGCGCTGCAGGAACTCCGGGTGAGGGTTAGGGCTCCACTGATC
AAGGGATACTATCCAGCCATTGACAAACCATGGTCCTTTGGTGAGGACATGTTGAAGGTC
AGCCTCCGAAGAGAAGATGAATTGAACTCTATGCTCGCCGATTCCTCTTCCGCGGACTCG
CTCTTCCATTCCCCA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3GT53JQ 772 0 0
TTTTTTCAGCATGTGGATGGGAAGTCCGTGTATTCTAATCCAGAACAAGATGCGCTGCAG
GAACTCCGGGTGAGGGTTAGGGCTCCACTGATCAAGGGATACTATCCAGCCATTGACAAA
CCATGGTCCTTTGGTGAGGACATGTTGAAGGTCAGCCTCCGAAGAGAAGATGAATTGAAC
TCTATGCTCGCCGATTCCTCTTCCGCGGACTCGCTCTTCCATTCCCCAGATAGGTGGTAG
CGCCTTAACTAGACCTCCCACTTTATGCGCTTGAGGATTGAGACACCGAACTATAACACT
CAAAGTGTTTTCCTCGATGAGATCCTCCACTTCCAGATCTGGTATATCAACCATGTCTCC
TTCTCCAAGCAGCTCCTTCTCCTTTAGCTCTTCCAGGAGTGAAATCTCCTTTCTTTTCCT
ACTTCGGTTCATCATGCTAGAGGGATGAGGGAAACTTAGGAAGCCACACAGGCTTAATGA
GCGCGTATACTGTTCCGGAGCTCCTCCCTAGCGGGGGATCCGAAAAGACGAGACACGATT
GTTTTCCAAATCAATCTTCCATAAGGCAAAGATTCAGTTTTTCGAGTCGATGGATGAAGA
ATGGAACGATGGATAACAGCTAGACTTGAACTTGACAGCTGAAAGAGGCGAAAAAACGAT
CAGATCTGAGTAGGTAGGAGGCGGTGAGAAACCCTAATCGCCATTGTCGCCGTCGCTCTT
TTTATCGCCCTTTGCCACCACGTGCTTTCTAATACTGTCTTTCACGCTTTTC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL5366Contig1 807 2 2 U
TTTTTACGGAGATCAAGAACAAATTTCAGGCTGCAGTTGATATTCTCCGTAAGGAAAAGA
TCACCCTTGATCCTGAGGACCCTGCTGCCGTCAAACAGTATGCTAATGTCATGAAGACCA
TCAGGCAAAAGGCAGACATGTTCTCCGAGTCTCAACGCATCAAATATGATATTGAGAACG
AGATAAGGAGATCCCAGATGCTCGTGCTTACCTTTTGAAGTTGAAGGATATCCGCACCAG
GAGGGGGCTTACTGATGAGCTAGGTGCTGAGGCGATGATGTTCGAGAAAGGAATGGATCT
TTTGGTTGCAGAGTTCGAAAAAGGCAACAAAAAGCTTGGGATTAGGACAGAAGATCTTCC
CAAGTACGAGGAGAACGTGGAGCTCAGCATTGCCAAAGCACAGTTGGATGAGCTGAAGAG
TGATGCTCTTGAAGCAATGGAATCTCAGAAAAAGAAGGAGGAATTCAAGGATGAGGAGAT
GCCAGACGTGAAATCGTTGGACATCCGTAACTTTATGTAAGGTTTGATGATGATCCTAAG
AAGAAGCATTTGATTTCTTTGTAAGAAAGAAAGAAGAAAGATCTCCCCCTCTCTCCTCTC
GTCATTGTCTTTTGCTGTTTTTGGTTTTGCGGTTAATAAGGTCGGGACTCTCACCATGGA
CTTGAAATACCAAATGGTCTTATAACTTTCTCTCTGGTTATTATTACGCTTTGTGATTTT
TAGACACAAACGTTGGTTTCATGTTTCTGATAATGGTGATATAAATGAAACTCGAGATTA
CATTTAAATAAAAACTGTGTTAAACCG


BQ
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AF RR3D103TF U 1
AF RR3D103JQ C 91
BS 1 319 RR3D103TF
BS 320 807 RR3D103JQ

RD RR3D103TF 319 0 0
TTTTTACGGAGATCAAGAACAAATTTCAGGCTGCAGTTGATATTCTCCGTAAGGAAAAGA
TCACCCTTGATCCTGAGGACCCTGCTGCCGTCAAACAGTATGCTAATGTCATGAAGACCA
TCAGGCAAAAGGCAGACATGTTCTCCGAGTCTCAACGCATCAAATATGATATTGAGAACG
AGATAAGGAGATCCCAGATGCTCGTGCTTACCTTTTGAAGTTGAAGGATATCCGCACCAG
GAGGGGGCTTACTGATGAGCTAGGTGCTGAGGCGATGATGTTCGAGAAAGGAATGGATCT
TTTGGTTGCAGAGTTCGAA

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR3D103JQ 717 0 0
TCAAACAGTATGCTAATGTCATGAAGACCATCAGGCAAAAGGCAGACATGTTCTCCGAGT
CTCAACGCATCAAATATGATATTGAGAACGAGATAAGGAGATCCCAGATGCTCGTGCTTA
CCTTTTGAAGTTGAAGGATATCCGCACCAGGAGGGGGCTTACTGATGAGCTAGGTGCTGA
GGCGATGATGTTCGAGAAAGGAATGGATCTTTTGGTTGCAGAGTTCGAAAAAGGCAACAA
AAAGCTTGGGATTAGGACAGAAGATCTTCCCAAGTACGAGGAGAACGTGGAGCTCAGCAT
TGCCAAAGCACAGTTGGATGAGCTGAAGAGTGATGCTCTTGAAGCAATGGAATCTCAGAA
AAAGAAGGAGGAATTCAAGGATGAGGAGATGCCAGACGTGAAATCGTTGGACATCCGTAA
CTTTATGTAAGGTTTGATGATGATCCTAAGAAGAAGCATTTGATTTCTTTGTAAGAAAGA
AAGAAGAAAGATCTCCCCCTCTCTCCTCTCGTCATTGTCTTTTGCTGTTTTTGGTTTTGC
GGTTAATAAGGTCGGGACTCTCACCATGGACTTGAAATACCAAATGGTCTTATAACTTTC
TCTCTGGTTATTATTACGCTTTGTGATTTTTAGACACAAACGTTGGTTTCATGTTTCTGA
TAATGGTGATATAAATGAAACTCGAGATTACATTTAAATAAAAACTGTGTTAAACCG

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL5367Contig1 1269 2 8 U
GGAAAACGGGGCCGCCTGAAAGAGAGCAATAATGGCGAAAGGCGACGATGCTTTGGCGAG
GAAGAATAACAAATCCAACCGGAAGAAGATGAATCGCAAGAACGATTCCGCCGCCGTATC
CTCTCGCATCGCCGCTATCATCGCCGCCAAGAAGCGCCGCCAGACTGGCAAACGCAGCAT
GTGTCAGGGAATGTGTTTTAGCCTTCCTACACCAGAAGATCCCTTCAATGAGAAGCTGGG
TAAAGTGAGCATTGTCAAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAAAGGTCAAGTCTAGAGATGCTCT
TTCAGTGAATAAATCTTCTCTTAAGAAACCATCTCGAGACGGTGATGAGAAGAAGACAGA
GAAGACGAGGGTGGTTCATGGTCCACGTAAGTTGGTTATGCTGTGCCTGACCGAAATAGA
GAGCACGTTTCATCAGCTTGAGAAGCCTTTGTTCACTAGCACTTGGGGGAATGAGTTCTG
GAAGTCTTTTCATTCTGGTAAAGATGTTGTTGAGATAGTGGGACATCTTCCTCCCTTGAA
CAAATCGCATGGATCGTTTCGACTGCCACTGATGCTATTTCTATGCGAGAGAAATACGAG
GAGAGCCTACCACTAAGCAGTAGTCTTTTTCTCTTATATCTCGTACCATCTCAGTCCAAA
GCTTCAGAGGTTCGATCGGTTTGCAAGGCGCTGAAACGTCTTGGAGTTCATGCAGTGAGC
TTACACAATGGAGCCGAAATAGATCATCAGATTTCTGGATTGAAAAGCTTAGAACCTGAA
TTTATAGTTTCCACACCTGAGCGACTTTTGGAGATTGTTGCCCTCAAAGGAGTTGATATA
TCGGGGGTTTCGTTACTGGTCATTGATGAACTAGGTTCACTTTGCGCTAGTGGTTATCTA
GATGCGGTGAAATCCATTAAGAAGGCCATCACCAGCGAGCACCGATCAGTAGTTTTCAAC
GACAGTGCTTCCTGTACTCCAGCCGTCCTGAGTCTTTTGGGGAGATTCTGACAAGTATTG
CTAAAGAGAGTGTTTACGGTGTGCTACACAGGTTTGTAACAGAAAAAGAGGAGGATGTGT
TTTGTCTTGCTTGTTCATTGGTGAATGTTCTGGAGGATTGTGGCCGGGACGTGCCTGGCT
GTTGGAGGAATATGTCTAATTGATCAAACTTGTTGTTTCTCAATACTCTTTTAAGTTACA
AGTTTAGTTTTTGCTTACTGAAAGTTTTAGCTGCAGGGAATTTTGGTTAAGGTGATATAA
ATTTTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C907TF U 1
AF RR3C907JQ C 544
BS 1 687 RR3C907TF
BS 688 688 RR3C907JQ
BS 689 738 RR3C907TF
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BS 767 782 RR3C907TF
BS 783 1269 RR3C907JQ

RD RR3C907TF 789 0 0
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GAAGAATAACAAATCCAACCGGAAGAAGATGAATCGCAAGAACGATTCCGCCGCCGTATC
CTCTCGCATCGCCGCTATCATCGCCGCCAAGAAGCGCCGCCAGACTGGCAAACGCAGCAT
GTGTCAGGGAATGTGTTTTAGCCTTCCTACACCAGAAGATCCCTTCAATGAGAAGCTGGG
TAAAGTGAGCATTGTCAAAGAGAAGAAGAAGAAGAAAAAGGTCAAGTCTAGAGATGCTCT
TTCAGTGAATAAATCTTCTCTTAAGAAACCATCTCGAGACGGTGATGAGAAGAAGACAGA
GAAGACGAGGGTGGTTCATGGTCCACGTAAGTTGGTTATGCTGTGCCTGACCGAAATAGA
GAGCACGTTTCATCAGCTTGAGAAGCCTTTGTTCACTAGCACTTGGGGGAATGAGTTCTG
GAAGTCTTTTCATTCTGGTAAAGATGTTGTTGAGATAGTGGGACATCTTCCTCCCTTGAA
CAAATCGCATGGATCGTTTCGACTGCCACTGATGCTATTTCTATGCGAGAGAAATACGAG
GAGAGCCTACCACTAAGCAGTAGTCTTTTTCTCTTATATCTCGTACCATCTCAGTCCAAA
GCTTCAGAGGTTCGATCGGTTTGCAAG*CGCTGAAACGTCTTGGAGTTCATGCAGTGAGC
TTACACAATGGAGCCGAA*TAGATCATCAGATTTCTGGATTGAAA*GCTTAGAACCTGAA
TT
ATAGTTT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3C907JQ 726 0 0
ATCGCATGGATCGTTTCGACTGCCACTGATGCTATTTCTATGCGAGAGAAATACGAGGAG
AGCCTACCACTAAGCAGTAGTCTTTTTCTCTTATATCTCGTACCATCTCAGTCCAAAGCT
TCAGAGGTTCGATCGGTTTGCAAGGCGCTGAAACGTCTTGGAGTTCATGCAGTGAGCTTA
CACAATGGAGCCGAAATAGATCATCAGATTTCTGGATTGAAAAGCTTAGAACCTGAATTT
ATAGTTTCCACACCTGAGCGACTTTTGGAGATTGTTGCCCTCAAAGGAGTTGATATATCG
GGGGTTTCGTTACTGGTCATTGATGAACTAGGTTCACTTTGCGCTAGTGGTTATCTAGAT
GCGGTGAAATCCATTAAGAAGGCCATCACCAGCGAGCACCGATCAGTAGTTTTCAACGAC
AGTGCTTCCTGTACTCCAGCCGTCCTGAGTCTTTTGGGGAGATTCTGACAAGTATTGCTA
AAGAGAGTGTTTACGGTGTGCTACACAGGTTTGTAACAGAAAAAGAGGAGGATGTGTTTT
GTCTTGCTTGTTCATTGGTGAATGTTCTGGAGGATTGTGGCCGGGACGTGCCTGGCTGTT
GGAGGAATATGTCTAATTGATCAAACTTGTTGTTTCTCAATACTCTTTTAAGTTACAAGT
TTAGTTTTTGCTTACTGAAAGTTTTAGCTGCAGGGAATTTTGGTTAAGGTGATATAAATT
TTAAGC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL5368Contig1 1226 2 4 U
GAGAAGAGAATGGTACAATCAAAGGTGTGAGATATAAGAACAAAGCAGGAGATGAATCAA
CAGCATTTGCAGCTTTGACTATAGTCTGTGACGGTTGTTTCTCAAACCTGCGTCGCTCTC
TATGCAATCCTCAGGTCGATGTACCTTCTTGTTTTGTGGGTTTGGTCCTAGAGAACTGCA
ACCTCCCATTTGCAAACCATGGACATGTCGTCTTAGCAGATCCATCACCAATCTTGATGT
ATCCAATTAGCAGCACAGAGGTCCGGTGTCTGGTCGACGTTCCTGGTCAGAAAGTGCCTT
CTATTGCAAATGGGGAAATGGCAAACTATTTGAAAACTGTCGTGGCTCCTCAGATGCCTC
ATGAGGTCTTTGACTCTTTCATCGCTGCGGTTAACAAAGGAAACATCAAGTCCATGCCGA
ACAGAAGCATGCCGGCTTCTCCTTACCCAACTCCAGGAGCTTTGTTGATGGGAGATGCGT
TCAACATGCGTCATCCATTAACAGGTGGAGGTATGACGGTTGCGTTATCCGACATCGTTG
TCCTGCGTAATCTCCTTAGACCGCTCCGTGACCTTACCGACGGTTCCAGTCTCTGCAAAT
ACCTCGAATCTTTCTACACTCTACGTAAGCCAGTGGCGTCAACGATCAACACACTTGCGA
ATGCGCTTTACAAAGTGTTCTGTTCGTCGAAAGATGAAGCGAGAAACGAGATGAGGGAAG
CTTGCTTCGATTATCTTGGCCTTGGTGGTATGTGCACGAGCGGACCAGTGTCTTTGCTTT
CGGGTTTGAACCCTCGACCGTTGACTCTTGTCTGCCATTTTTTTGCCGTTGCGGTTTATG
GAGTTATACGGTTGTTGATCCCGTTCCCTTCCCCAAAACGCATGTGGCTTGGAGCCAAAT
TAATCTCGGGAGCATCGGGGATAATATTTCCGATAATAAAGGCGGAAGGAGTAAGGCAGA
TGTTTTTCCCAGCGACTGTGCCTGCATACTACAGAACTCCTCCGGTTAAAGGAGAAACCA
AATGTTCATAGTTCAAATTTGATTCTTCTGTCACAAGAAATGACATCCAAAAGAAAATGA
GAAAAGGGCACTAAAGAGATGAACTTTGTCGTGAGTTTTGTTGTGTTAGTGTTCTTTAAA
CGTATGAAGGTGACAAACTGTGATGATTATTTCTGTTTTATAGGTTGTGACGGTTGTATC
TTACTAATGGAATATCATTTTTTCTC


BQ
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AF RR3DW10TF U 1
AF RR3DW10JQ C 480
BS 1 697 RR3DW10TF
BS 698 698 RR3DW10JQ
BS 699 711 RR3DW10TF
BS 712 1226 RR3DW10JQ

RD RR3DW10TF 711 0 0
GAGAAGAGAATGGTACAATCAAAGGTGTGAGATATAAGAACAAAGCAGGAGATGAATCAA
CAGCATTTGCAGCTTTGACTATAGTCTGTGACGGTTGTTTCTCAAACCTGCGTCGCTCTC
TATGCAATCCTCAGGTCGATGTACCTTCTTGTTTTGTGGGTTTGGTCCTAGAGAACTGCA
ACCTCCCATTTGCAAACCATGGACATGTCGTCTTAGCAGATCCATCACCAATCTTGATGT
ATCCAATTAGCAGCACAGAGGTCCGGTGTCTGGTCGACGTTCCTGGTCAGAAAGTGCCTT
CTATTGCAAATGGGGAAATGGCAAACTATTTGAAAACTGTCGTGGCTCCTCAGATGCCTC
ATGAGGTCTTTGACTCTTTCATCGCTGCGGTTAACAAAGGAAACATCAAGTCCATGCCGA
ACAGAAGCATGCCGGCTTCTCCTTACCCAACTCCAGGAGCTTTGTTGATGGGAGATGCGT
TCAACATGCGTCATCCATTAACAGGTGGAGGTATGACGGTTGCGTTATCCGACATCGTTG
TCCTGCGTAATCTCCTTAGACCGCTCCGTGACCTTACCGACGGTTCCAGTCTCTGCAAAT
ACCTCGAATCTTTCTACACTCTACGTAAGCCAGTGGCGTCAACGATCAACACACTTGCGA
ATGCGCTTTACAAAGTGTTCTGTTCGTCGAAAGATGA*GCGAGAAACGAGA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3DW10JQ 747 0 0
TTCAACATGCGTCATCCATTAACAGGTGGAGGTATGACGGTTGCGTTATCCGACATCGTT
GTCCTGCGTAATCTCCTTAGACCGCTCCGTGACCTTACCGACGGTTCCAGTCTCTGCAAA
TACCTCGAATCTTTCTACACTCTACGTAAGCCAGTGGCGTCAACGATCAACACACTTGCG
AATGCGCTTTACAAAGTGTTCTGTTCGTCGAAAGATGAAGCGAGAAACGAGATGAGGGAA
GCTTGCTTCGATTATCTTGGCCTTGGTGGTATGTGCACGAGCGGACCAGTGTCTTTGCTT
TCGGGTTTGAACCCTCGACCGTTGACTCTTGTCTGCCATTTTTTTGCCGTTGCGGTTTAT
GGAGTTATACGGTTGTTGATCCCGTTCCCTTCCCCAAAACGCATGTGGCTTGGAGCCAAA
TTAATCTCGGGAGCATCGGGGATAATATTTCCGATAATAAAGGCGGAAGGAGTAAGGCAG
ATGTTTTTCCCAGCGACTGTGCCTGCATACTACAGAACTCCTCCGGTTAAAGGAGAAACC
AAATGTTCATAGTTCAAATTTGATTCTTCTGTCACAAGAAATGACATCCAAAAGAAAATG
AGAAAAGGGCACTAAAGAGATGAACTTTGTCGTGAGTTTTGTTGTGTTAGTGTTCTTTAA
ACGTATGAAGGTGACAAACTGTGATGATTATTTCTGTTTTATAGGTTGTGACGGTTGTAT
CTTACTAATGGAATATCATTTTTTCTC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL5369Contig1 875 2 2 U
GAAGTTGAGCGACTTTGGAACATGCTCGGTAGGAAGCAAGAATGATGTCACAGGCACAGC
TGGTTACTTGGATCCAGAAGCTTCTAGCAGCGGAGAACTAACACCAAAGTCAGATGTTTA
CTCGTTTGGGGTAATACTATTACGGTTGTTGACAGGGAGGTCTGCTTTGCGGATAGCAAA
CGAAGTGAAGTATGCGCTTGATTCCGGTTCGTTAAACAACGTTTTGGACCCTTTAGCTGG
TGACTGGCCCTTTGTCCAGGCCGAGCAGCTTGCTCGCTTGGCGTTGAGATGCTGTGAGGC
TGTCGGTGAGAATCGTCCGGACCTTGCTACTGAAGTCTGGAGGGTGCTTGAACCTATGAG
GGCTTCTAGCGGAGGATCTTCGTCTTTTCATCTCGGACGTAACGAGAAACGCATAGCTCC
TCCTTACTTCATTTGTCCCATTTTCCAGGAAGTCATGCAGGATCCGCACGTAGCTGCAGA
TGGTTTCACATATGAAGCAGAGGCAATAAGAGCGTGGCTGGACAGTGGACATGATACTTC
ACCGATGACCAATGCCAAGCTTTCCCACAACAGCCTGATCTCTAACCATGCTCTTCGCTC
TGCAATTCAGGAGTGGCTTCAACATCATTGTTGAAATGAATATCCTTCAAAGCCCTCAAC
CCCTGTTTCATGCTTGTAATCTCTCATGAAAAGAAGTTATCTTCGTTATCCTTATATGCA
TACATACAATCTCTCCGTAGATAGCATATATTGCCTACTTTGTCAAATCATAGTGTAAAT
CCTCTAATATTTGTAAGATGAAAAAAGAAAGGCTGGTGAGATTGTGTGTGTATATGTGTT
CCATATTTGTCACATGAAAAAGGTTATATGTTTAC


BQ
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AF RR3D726TF U 1
AF RR3D726JQ C 377
BS 1 607 RR3D726TF
BS 608 875 RR3D726JQ

RD RR3D726TF 607 0 0
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TGGTTACTTGGATCCAGAAGCTTCTAGCAGCGGAGAACTAACACCAAAGTCAGATGTTTA
CTCGTTTGGGGTAATACTATTACGGTTGTTGACAGGGAGGTCTGCTTTGCGGATAGCAAA
CGAAGTGAAGTATGCGCTTGATTCCGGTTCGTTAAACAACGTTTTGGACCCTTTAGCTGG
TGACTGGCCCTTTGTCCAGGCCGAGCAGCTTGCTCGCTTGGCGTTGAGATGCTGTGAGGC
TGTCGGTGAGAATCGTCCGGACCTTGCTACTGAAGTCTGGAGGGTGCTTGAACCTATGAG
GGCTTCTAGCGGAGGATCTTCGTCTTTTCATCTCGGACGTAACGAGAAACGCATAGCTCC
TCCTTACTTCATTTGTCCCATTTTCCAGGAAGTCATGCAGGATCCGCACGTAGCTGCAGA
TGGTTTCACATATGAAGCAGAGGCAATAAGAGCGTGGCTGGACAGTGGACATGATACTTC
ACCGATGACCAATGCCAAGCTTTCCCACAACAGCCTGATCTCTAACCATGCTCTTCGCTC
TGCAATT

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3D726JQ 499 0 0
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CCCATTTTCCAGGAAGTCATGCAGGATCCGCACGTAGCTGCAGATGGTTTCACATATGAA
GCAGAGGCAATAAGAGCGTGGCTGGACAGTGGACATGATACTTCACCGATGACCAATGCC
AAGCTTTCCCACAACAGCCTGATCTCTAACCATGCTTTTCGCTCTGCAATTCAGGAGTGG
CTTCAACATCATTGTTGAAATGAATATCCTTCAAAGCCCTCAACCCCTGTTTCATGCTTG
TAATCTCTCATGAAAAGAAGTTATCTTCGTTATCCTTATATGCATACATACAATCTCTCC
GTAGATAGCATATATTGCCTACTTTGTCAAATCATAGTGTAAATCCTCTAATATTTGTAA
GATGAAAAAAGAAAGGCTGGTGAGATTGTGTGTGTATATGTGTTCCATATTTGTCACATG
AAAAAGGTTATATGTTTAC

QA 1 499 1 499
DS 



AS 1 2

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GGATTTTGGATTTATTTGAAATCTCGTCGGAATCTCGTTTTCTTGGTCTCTGTTTTTCCT
TCTTTTTTTTTTAATTCGTTCTGAATAAAACTCCATCGCGATTTGGTCAAGTCATCGGGA
TTTCAGGTGGATAGAATTGTTCCGTTGTCGTTTCCCTGGAAAATTTTGGCGGATAACGAG
GAGAGAGGGAGAGAGATCGCCGAATCAAATTACTGAGTTAGGACTC


BQ
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AF RR3D323JQ C 1
AF RR3D323TF U 1
BS 1 226 RR3D323TF

RD RR3D323JQ 226 0 0
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TCTTTTTTTTTTAATTCGTTCTGAATAAAACTCCATCGCGATTTGGTCAAGTCATCGGGA
TTTCAGGTGGATAGAATTGTTCCGTTGTCGTTTCCCTGGAAAATTTTGGCGGATAACGAG
GAGAGAGGGAGAGAGATCGCCGAATCAAATTACTGAGTTAGGACTC

QA 1 226 1 226
DS 

RD RR3D323TF 226 0 0
GGATTTTGGATTTATTTGAAATCTCGTCGGAATCTCGTTTTCTTGGTCTCTGTTTTTCCT
TCTTTTTTTTTTAATTCGTTCTGAATAAAACTCCATCGCGATTTGGTCAAGTCATCGGGA
TTTCAGGTGGATAGAATTGTTCCGTTGTCGTTTCCCTGGAAAATTTTGGCGGATAACGAG
GAGAGAGGGAGAGAGATCGCCGAATCAAATTACTGAGTTAGGACTC

QA 1 226 1 226
DS 



AS 1 2

CO CL5371Contig1 1214 2 2 U
TCCTCTTGCCACAACAAACATGGGTTCTGCTATGCTTGCTATTGATCTGGGGTGGATGGG
GCCAAACTACTCTATTTCAAGTGCTTGTGCCACAAGCAACTTTTGCATTCTGAACTCAGC
TAACCACATTATTAAGGGTGAAGCTGATGTAATGCTCTGTGGTGGCTCAGATGCAGCTAT
TATTCCAATAGGATTAGCAGGTTTCATGGCATGCCGGGCTCTTTCACAAAGGAATAGTGA
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AGCTGGAGTTCTGCTTTTGGAAGAACTTGAGCATGCTAAGAAAAGAGGAGCAACTATCTA
CGCAGAGTTCCTTGGTGGGAGTTTCACATGTGATGCCTACCACATGACCGAACCACACCC
TGATGGAGCTGGTGTAGTTATATGTATTGAGAGGGCGTTAGCTCATGCTGGGATTTCCAA
GGAACAGATAAATTATGTAAATGCACATGCCACCTCAACACCAGCTGGAGACCTTAAGGA
ATACAAAGCTCTTGTTCACTGTTTTGGTCAAAATCCTGAGCTAAAGGTAAACTCGACAAA
ATCTATGATCGGACACTTGCTGGGAGCTGCTGGAGCTGTAGAAGCTGTAGCAACCGTGCA
GGCAATAAGAACCGGTTGGGTTCATCCAAACATCAACCTGGACAATCCAGAGAACGGAGT
GGATATAAAATTGCTGGTGGGTCCTAAGAAGGAGAGACTGAACATTAAAGCAGCCTTGTC
AAATTCTTTTGGGTTTGGTGGTCATAACTCCAGCATCATTTTTGCTCCTTACAAGTGAAA
GCAATCATTGCTTGTACTCCAAACCTGATTGTATATCTTGCTGTAAGTGGTTACAAGAAC
TTTCCATGTTCATGTTGTTGCGGGAATCAACACGTTTTGTTAAACTACCAAGAGCTAAAG
CTAAGTTTCTTAGGATCAAGATCTGCTGTGCCATAGAAATTGGATAGGAGCAAACGTATC
AGAGTTTAGATTTGCCATGAAAAATCTGTTCCGTGTGATACCTTTTGATTAGAAACTTTG
TAGTCTTTTTGGAGTATTTCATTTCACTATTGTTGTTAATCATGCAATCAGTAATATGCC
AAATCATTCCTCAGTTAAGTTTACTAACTCGTGACAGTTGTACTCTTATTAAGCTAAATT
AAGTTTTTTTGGTC


BQ
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AF RR3AU34TF U 1
AF RR3AU34JQ C 433
BS 1 659 RR3AU34TF
BS 660 1214 RR3AU34JQ

RD RR3AU34TF 659 0 0
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GCCAAACTACTCTATTTCAAGTGCTTGTGCCACAAGCAACTTTTGCATTCTGAACTCAGC
TAACCACATTATTAAGGGTGAAGCTGATGTAATGCTCTGTGGTGGCTCAGATGCAGCTAT
TATTCCAATAGGATTAGCAGGTTTCATGGCATGCCGGGCTCTTTCACAAAGGAATAGTGA
TCCTTCAAAAGCTTCACGTCCTTGGGATAGTAATCGAGATGGTTTCGTGATAGGGGAGGG
AGCTGGAGTTCTGCTTTTGGAAGAACTTGAGCATGCTAAGAAAAGAGGAGCAACTATCTA
CGCAGAGTTCCTTGGTGGGAGTTTCACATGTGATGCCTACCACATGACCGAACCACACCC
TGATGGAGCTGGTGTAGTTATATGTATTGAGAGGGCGTTAGCTCATGCTGGGATTTCCAA
GGAACAGATAAATTATGTAAATGCACATGCCACCTCAACACCAGCTGGAGACCTTAAGGA
ATACAAAGCTCTTGTTCACTGTTTTGGTCAAAATCCTGAGCTAAAGGTAAACTCGACAAA
ATCTATGATCGGACACTTGCTGGGAGCTGCTGGAGCTGTAGAAGCTGTAGCAACCGTGC

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DS 

RD RR3AU34JQ 782 0 0
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TTATGTAAATGCACATGCCACCTCAACACCAGCTGGAGACCTTAAGGAATACAAAGCTCT
TGTTCACTGTTTTGGTCAAAATCCTGAGCTAAAGGTAAACTCGACAAAATCTATGATCGG
ACACTTGCTGGGAGCTGCTGGAGCTGTAGAAGCTGTAGCAACCGTGCAGGCAATAAGAAC
CGGTTGGGTTCATCCAAACATCAACCTGGACAATCCAGAGAACGGAGTGGATATAAAATT
GCTGGTGGGTCCTAAGAAGGAGAGACTGAACATTAAAGCAGCCTTGTCAAATTCTTTTGG
GTTTGGTGGTCATAACTCCAGCATCATTTTTGCTCCTTACAAGTGAAAGCAATCATTGCT
TGTACTCCAAACCTGATTGTATATCTTGCTGTAAGTGGTTACAAGAACTTTCCATGTTCA
TGTTGTTGCGGGAATCAACACGTTTTGTTAAACTACCAAGAGCTAAAGCTAAGTTTCTTA
GGATCAAGATCTGCTGTGCCATAGAAATTGGATAGGAGCAAACGTATCAGAGTTTAGATT
TGCCATGAAAAATCTGTTCCGTGTGATACCTTTTGATTAGAAACTTTGTAGTCTTTTTGG
AGTATTTCATTTCACTATTGTTGTTAATCATGCAATCAGTAATATGCCAAATCATTCCTC
AGTTAAGTTTACTAACTCGTGACAGTTGTACTCTTATTAAGCTAAATTAAGTTTTTTTGG
TC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

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AAAAGCGAGCGAGCTTGGTTTCTTTGGCTTCTAAATGTATCAGTGTCTTATAAAAGGGTA
AATTTTGATGAGACTAGTCAGGAACTCGTATGTGTCCAACTCTAAAGGTGCAATAGACGA
TCAAACTGGTAGATACTTTTTGATTAACCAACAGATTTACCTCCATTAGTGTATT


BQ
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AF RR3FJ32JQ C 1
AF RR3FJ32TF U 1
BS 1 235 RR3FJ32TF

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TCAAACTGGTAGATACTTTTTGATTAACCAACAGATTTACCTCCATTAGTGTATT

QA 1 235 1 235
DS 

RD RR3FJ32TF 235 0 0
GACTGGAATCTTGCTAGCTGTGACAATCATATATCAGTATTTCGAAACCTTTGAGAAGGA
AAAAGCGAGCGAGCTTGGTTTCTTTGGCTTCTAAATGTATCAGTGTCTTATAAAAGGGTA
AATTTTGATGAGACTAGTCAGGAACTCGTATGTGTCCAACTCTAAAGGTGCAATAGACGA
TCAAACTGGTAGATACTTTTTGATTAACCAACAGATTTACCTCCATTAGTGTATT

QA 1 235 1 235
DS 



AS 1 2

CO CL5373Contig1 772 2 2 U
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TCCTCTCATCCGTGATGGACGTATGGAGAAGTTCTACTGGGCCCCGACACGTGAAGACCG
TATTGGTGTCTGCAAGGGTATCTTCAGGACTGACAATGTCCCGGATGAAGACGTTGTCAC
GCTTGTTGACAAGTTCCCTGGCCAATCCATCGATTTCTTTGGTGCATTGAGGGCTAGAGT
GTACGATGATGGAGTGAGGAAGTTCGTTGAGGGACTTGGAGTGGAGAAGATAAGCAAGAG
GCTGGTGAACTCAAGGGAAGCTCCTCCGGTGTTCGAGCAACCGAAGATGACTCTTGAGAA
GCTTATGGAGTATGGAAACATGCTTGTGATGGAGCAAGAGAACGTCAAGAGAGTCCAACT
TGCTGACCAATACCTTAACGAGGCTGCCTTGGGAGACGCAAACGCTGACGCCATTGGCCG
CGGAACTTTCTATGGGAAAGCAGCACAGCAAGTGAACGTTCCTGTTCCAGAAGGGTGTAC
TGATCCTCAAGCCGAAAACTTTGATCCAACAGCTAGAAGTGACGATGGAACTTGTGTCTA
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CTTTTTTTTTTGCCTTTTGTGTTACTGTGGATTGGTTCATGTCCTCTCTTTTTTTTTGTG
ATCATGTGCAAACATTAATATTGTAAGATTGCATTGTCATAAACCATTTCCC


BQ
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AF RR3EX30TF U 1
AF RR3EX30JQ C 101
BS 1 327 RR3EX30TF
BS 328 772 RR3EX30JQ

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TCCTCTCATCCGTGATGGACGTATGGAGAAGTTCTACTGGGCCCCGACACGTGAAGACCG
TATTGGTGTCTGCAAGGGTATCTTCAGGACTGACAATGTCCCGGATGAAGACGTTGTCAC
GCTTGTTGACAAGTTCCCTGGCCAATCCATCGATTTCTTTGGTGCATTGAGGGCTAGAGT
GTACGATGATGGAGTGAGGAAGTTCGTTGAGGGACTTGGAGTGGAGAAGATAAGCAAGAG
GCTGGTGAACTCAAGGGAAGCTCCTCC
CGTG

QA 1 327 1 327
DS 

RD RR3EX30JQ 672 0 0
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CCGGATGAAGACGTTGTCACGCTTGTTGACAAGTTCCCTGGCCAATCCATCGATTTCTTT
GGTGCATTGAGGGCTAGAGTGTACGATGATGGAGTGAGGAAGTTCGTTGAGGGACTTGGA
GTGGAGAAGATAAGCAAGAGGCTGGTGAACTCAAGGGAAGCTCCTCCGGTGTTCGAGCAA
CCGAAGATGACTCTTGAGAAGCTTATGGAGTATGGAAACATGCTTGTGATGGAGCAAGAG
AACGTCAAGAGAGTCCAACTTGCTGACCAATACCTTAACGAGGCTGCCTTGGGAGACGCA
AACGCTGACGCCATTGGCCGCGGAACTTTCTATGGGAAAGCAGCACAGCAAGTGAACGTT
CCTGTTCCAGAAGGGTGTACTGATCCTCAAGCCGAAAACTTTGATCCAACAGCTAGAAGT
GACGATGGAACTTGTGTCTACAAGTTTTGAGTTTCCTCCTTGTTAAGTTGCTGTGTTTCT
AATGTTGTTTGTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTGCCTTTTGTGTTACTGTGGATTGGTTCAT
GTCCTCTCTTTTTTTTTGTGATCATGTGCAAACATTAATATTGTAAGATTGCATTGTCAT
AAACCATTTCCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL5374Contig1 1345 2 2 U
GGGACAACTTAGCCGATTTGCTTTCTCGCTAAATCACTGCTCCTCAACCTCGTGTTTCGC
CGTATATCACAAACACACACCAGAAACGACTATTCTTTCTCAGCTCTCTCTCCATTCTCC
GTTGAATCTCGTGAGACCTTGATGATGTCACATCGGTGACTCCTCCCGTCGTTTCTCCGA
CGAGTCTGTGTAGCTCGTACGCCGCTACCGTTTCTTTAACCACCTCACTTCAATTCTTTA
CACCGGATTGTGATGAAAAACGACCTTTGCATCTCCAATGAAGATGACCACTGACCAGAG
CCTGTGAAATTTTTGTTTTTTTTTCACTAGCCACACATCCATTCAATTTCTCTGTAAGTT
ACTCCACCTCGGGATTATGAGCTTGAGAGAGTTCGCGACTCTCCCTCATGCTTGTTTTCC
CGATGATGAAAGACACAACCTGATTGCTGATCATACGCATCCTCCGGAGATACCGACACC
ACAGTCGCCATTGCCTCCACAACAATTCTTGGCAAGATAACCAATCTAGCCGCAATTCCG
ATCAATACGTTTCACTTTCCGATAAGCTTACGGATCTTCTCATGAATCGCCATGATCGTC
TCCCTTCAGCTCGTTCTTAAACTGCTTAAGACGTCCTCCTCTCAGTTTGCTCCACCTCGA
ACTGAAACCTATTGGTCTCCTCTTCTTGTTCGACGGAGATCCCTTATAGGCAATCTGTTT
TGCATTTCCACCTGCAACTGAAGCTCCTTATATCGCCCTTGATATCCTATGAGTGAAAGT
CCTGATGCATACTCCTCCAATGTCGACCCTTTGTAATTTCAGAATCCACGGTTCTTACGG
TGAATCATCTATCACCACCGCGTTCTGAAGCAAACCCAGACAACCTTAAACCCGAGATAC
CCGGGGAATCCATGTATATGCCTCTGGTGAAGCTTGTCTCTTTACAGCTTTTCCGACGAA
CCACTGCGTTTCCTCTGTTATTCTGATAACTTTAGCTTTCTTGGACAAACAACTGACCTG
TGTCCACTACTACAGTTTCATCTTCTTGCAGCACCTCCAGCTACTCGCTCTTTTGCTGCT
CACGATGATCCCTGCTCTGTATCTTCAGACTTCAACTACTCCACCTGAAGCCAATATCTC
TCCACCCTAGCTTCATAATTGTTGCAGGATTCTTATTGGGCTTTGACTTAAAGTTTGGGC
CCATTACCAACAATCTTATAATGTTTGATCTATATAGGAGAATAAAATACCTCTGAACCT
AGTTTTTCTTTTGATCAATCTGCATGAACATTTCTGCTCCAAAAAATGTGAAACAAACTC
CAATCTCGAAATCATTCGATATACC


BQ
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AF RR3BJ54TF U 1
AF RR3BJ54JQ C 696
BS 1 787 RR3BJ54TF
BS 788 1345 RR3BJ54JQ

RD RR3BJ54TF 787 0 0
GGGACAACTTAGCCGATTTGCTTTCTCGCTAAATCACTGCTCCTCAACCTCGTGTTTCGC
CGTATATCACAAACACACACCAGAAACGACTATTCTTTCTCAGCTCTCTCTCCATTCTCC
GTTGAATCTCGTGAGACCTTGATGATGTCACATCGGTGACTCCTCCCGTCGTTTCTCCGA
CGAGTCTGTGTAGCTCGTACGCCGCTACCGTTTCTTTAACCACCTCACTTCAATTCTTTA
CACCGGATTGTGATGAAAAACGACCTTTGCATCTCCAATGAAGATGACCACTGACCAGAG
CCTGTGAAATTTTTGTTTTTTTTTCACTAGCCACACATCCATTCAATTTCTCTGTAAGTT
ACTCCACCTCGGGATTATGAGCTTGAGAGAGTTCGCGACTCTCCCTCATGCTTGTTTTCC
CGATGATGAAAGACACAACCTGATTGCTGATCATACGCATCCTCCGGAGATACCGACACC
ACAGTCGCCATTGCCTCCACAACAATTCTTGGCAAGATAACCAATCTAGCCGCAATTCCG
ATCAATACGTTTCACTTTCCGATAAGCTTACGGATCTTCTCATGAATCGCCATGATCGTC
TCCCTTCAGCTCGTTCTTAAACTGCTTAAGACGTCCTCCTCTCAGTTTGCTCCACCTCGA
ACTGAAACCTATTGGTCTCCTCTTCTTGTTCGACGGAGATCCCTTATAGGCAATCTGTTT
TGCATTTCCACCTGCAACTGAAGCTCCTTATATCGCCCTTGATATCCTATGAGTGAAAGT
CCTGATG

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3BJ54JQ 650 0 0
GAGATCCCTTATAGGCAATCTGTTTTGCATTTCCACCTGCAACTGAAGCTCCTTATATCG
CCCTTGATATCCTATGAGTGAAAGTCCTGATGCATACTCCTCCAATGTCGACCCTTTGTA
ATTTCAGAATCCACGGTTCTTACGGTGAATCATCTATCACCACCGCGTTCTGAAGCAAAC
CCAGACAACCTTAAACCCGAGATACCCGGGGAATCCATGTATATGCCTCTGGTGAAGCTT
GTCTCTTTACAGCTTTTCCGACGAACCACTGCGTTTCCTCTGTTATTCTGATAACTTTAG
CTTTCTTGGACAAACAACTGACCTGTGTCCACTACTACAGTTTCATCTTCTTGCAGCACC
TCCAGCTACTCGCTCTTTTGCTGCTCACGATGATCCCTGCTCTGTATCTTCAGACTTCAA
CTACTCCACCTGAAGCCAATATCTCTCCACCCTAGCTTCATAATTGTTGCAGGATTCTTA
TTGGGCTTTGACTTAAAGTTTGGGCCCATTACCAACAATCTTATAATGTTTGATCTATAT
AGGAGAATAAAATACCTCTGAACCTAGTTTTTCTTTTGATCAATCTGCATGAACATTTCT
GCTCCAAAAAATGTGAAACAAACTCCAATCTCGAAATCATTCGATATACC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL5375Contig1 1098 2 2 U
GATACTAAGATATTTACTAAAGGAATGAAAGAATGAGCACTGCCAGCTACAACGGATGCG
TGACTTCTCCTTCCATTTCAAACAGTCAAAGGGATCTAGGGATGAAAGTGACTTGATAGA
TCCAATAAATCTTGGAAAAGAGAACTGGTTCATATGATGTTCTCTCCCCGAGATGCATTA
TACGATGAGACCGGTTAACTCTCAGAATGATTCTGTGTGCTGGGGCTTATAACAGAGATG
GTAAATACTCAGTTCGGTCAGGATATTGGCTTATCAATCGGCTAACACACAAGGAGAAGC
TCCGTGAGATGGACAACCTTTACTGAACCCGTTGAAGCATAAGATATGGAAGCTATGCAC
AGTTCAAAAAATCTGAGGTGGAAAACATTGAGTGGCTTGCTGTCTCCGATAGTCTCAAAT
CGAGAGGGATGAAGGTTGACTTCAAATGCCAGATTTGTGGTTCAGATCCAGAAACTATCA
ACCACATATTATTCACTTGCCCCATGAGATATGGGCGTTATCGAACTTCCCGTCCATGAT
AGGAGAGTATTCTTCTTCCTCTATCTACGCTAATTTTTATCACTTACTCATGGTCTATGA
AGACAAATGCCTTTTGAGATAAGAAGTTCCCTTTGATTCTGTGGGTTTTGTGGAAGAATA
GGAACAAAATGGTATTTGAAGGGGAAGGTGTATGAAGCTGATAAAGCGGTGGATAAGGTC
ATGGAAGACGCACGGCAATGGTTTATCGAGAGCTCTATCAACAACCCATGGCGGATGAGA
AAATAGCCCAGTGGTGAAGCTCCTACGTTAGGCTTTGTGAAATGTAATGTTGGAGTAGCC
TGGTCTAAAAAGAAACTACTTAGTGGTGCTTCTTGGGTGCTCCGTGACCACATGGGTAAG
GTTTTGATGCATAGTCGACGAGCAATCAGATTTTTAGGCTAAAGTGCGGAGGGCTGTCGA
GAGTATTCGAAGTTTACGATTCATGGGGGTGATCTTGTTGATGCTATTGAAATTGTTTCT
GCGGTACGATCCCCTAGAGAGTGGCCAGCTCTACGGTTGGATACCTTGGACTTATTAACA
TCCCTTTCTGAGGTGACT


BQ
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AF RR3EE95TF U 1
AF RR3EE95JQ C 441
BS 1 657 RR3EE95TF
BS 658 1098 RR3EE95JQ

RD RR3EE95TF 657 0 0
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TGACTTCTCCTTCCATTTCAAACAGTCAAAGGGATCTAGGGATGAAAGTGACTTGATAGA
TCCAATAAATCTTGGAAAAGAGAACTGGTTCATATGATGTTCTCTCCCCGAGATGCATTA
TACGATGAGACCGGTTAACTCTCAGAATGATTCTGTGTGCTGGGGCTTATAACAGAGATG
GTAAATACTCAGTTCGGTCAGGATATTGGCTTATCAATCGGCTAACACACAAGGAGAAGC
TCCGTGAGATGGACAACCTTTACTGAACCCGTTGAAGCATAAGATATGGAAGCTATGCAC
AGTTCAAAAAATCTGAGGTGGAAAACATTGAGTGGCTTGCTGTCTCCGATAGTCTCAAAT
CGAGAGGGATGAAGGTTGACTTCAAATGCCAGATTTGTGGTTCAGATCCAGAAACTATCA
ACCACATATTATTCACTTGCCCCATGAGATATGGGCGTTATCGAACTTCCCGTCCATGAT
AGGAGAGTATTCTTCTTCCTCTATCTACGCTAATTTTTATCACTTACTCATGGTCTATGA
AGACAAATGCCTTTTGAGATAAGAAGTTCCCTTTGATTCTGTGGGTTTTGTGGAAGA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3EE95JQ 658 0 0
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CCCATGAGATATGGGCGTTATCGAACTTCCCGTCCATGATAGGAGAGTATTCTTCTTCCT
CTATCTACGCTAATTTTTATCACTTACTCATGGTCTATGAAGACAAATGCCTTTTGAGAT
AAGAAGTTCCCTTTGATTCTGTGGGTTTTGTGGAAGAATAGGAACAAAATGGTATTTGAA
GGGGAAGGTGTATGAAGCTGATAAAGCGGTGGATAAGGTCATGGAAGACGCACGGCAATG
GTTTATCGAGAGCTCTATCAACAACCCATGGCGGATGAGAAAATAGCCCAGTGGTGAAGC
TCCTACGTTAGGCTTTGTGAAATGTAATGTTGGAGTAGCCTGGTCTAAAAAGAAACTACT
TAGTGGTGCTTCTTGGGTGCTCCGTGACCACATGGGTAAGGTTTTGATGCATAGTCGACG
AGCAATCAGATTTTTAGGCTAAAGTGCGGAGGGCTGTCGAGAGTATTCGAAGTTTACGAT
TCATGGGGGTGATCTTGTTGATGCTATTGAAATTGTTTCTGCGGTACGATCCCCTAGAGA
GTGGCCAGCTCTACGGTTGGATACCTTGGACTTATTAACATCCCTTTCTGAGGTGACT

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

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TCAGGTTCTAGATCAACCATTCACTTTGACCCACCCCCCCCCCCCTCCCTCAAAAAAAGA
GGAAAAAATCGTGTCTGAAAATAAGATAAGATGAAAAGCACATGAGGAACGATTTTTCTA
TATATAACTTTGTTGTTAAGCAAAAAGTGGAGTTTGCCACCTGAGGCATGCTTTTTGGTG
TTCTCTTGTAATTTTGAGTGCTTATTTTGGTATTCGCTTGCAACTTTTCTTACTTGTACG
TAAATTAACTCGTGCGAG


BQ
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AF RR3A035TF U 1
AF RR3A035JQ C 513
BS 1 738 RR3A035TF

RD RR3A035TF 738 0 0
CTTTACCTGAAAAGCCTCCAAAAACCGTCAAAAGAGGGAAGGGGCCACAAAAGAAAGATG
ATGGTTTTCTTGTGGGAGGGGTTATCGCCTTTGTGATGGGAATTCTAGCAATGGTCCGGC
TATCTAAAGGGGTTCCACGCAAGCTCACAGAGGGTGCATTATTCGGAAACTCAGTTTCCA
ATGAGGAATCAAAAATGACTAAACCGGACCAAGATCAGCTTTCAACACCGGCCTCAAGCT
CTGAGTATGTATTAATGGCAAAGAGAATGTCCGATCTTGAAGAAAAGTACATGTCCCTTG
ATTCTAAACCAGCGGATGATGGTTTAGAGAAAGAACAAAAACTTCAGGCTGCGCTAAACC
GAGTCCAAGTGCTTGAGCTAGAGTTATCTGAGACCAGAAAGGCTTTGGATGAAACGATCG
CCAACCAGAAGGGAATTCTTGAATATATTGAGAAGAAAAACAAGAAGAAGAGTCTGTGTT
TCAGGTTCTAGATCAACCATTCACTTTGACCCACCCCCCCCCCCCTCCCTCAAAAAAAGA
GGAAAAAATCGTGTCTGAAAATAAGATAAGATGAAAAGCACATGAGGAACGATTTTTCTA
TATATAACTTTGTTGTTAAGCAAAAAGTGGAGTTTGCCACCTGAGGCATGCTTTTTGGTG
TTCTCTTGTAATTTTGAGTGCTTATTTTGGTATTCGCTTGCAACTTTTCTTACTTGTACG
TAAATTAACTCGTGCGAG

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3A035JQ 226 0 0
ACCCCCCCCCCCCTCCCTCAAAAAAAGAGGAAAAAATCGTGTCTGAAAATAAGATAAGAT
GAAAAGCACATGAGGAACGATTTTTCTATATATAACTTTGTTGTTAAGCAAAAAGTGGAG
TTTGCCCCCTGAGGCATGCTTTTTGGTGTTCTCTTGTAATTTTGAGTGCTTATTTTGGTA
TTCGCTTGCGACTTTTCTTACTTGTACGTAAATTAACTCGTGCGAG

QA 1 226 1 226
DS 



AS 1 2

CO CL5377Contig1 934 2 2 U
TCTTCCCATGATCTGAAACGTTCCGAGTAAAGGCTTCATGTTTAATCCCTTTGATCTGAA
AAGTGGTGTTTGTTCTGTATAAATATGTATGCCTCGGTGATTCTGTGGTGGTACTCTCTA
CCCGTGTTGAAGGTTTTCTGGTCTGTTCTGATATCTCTCTATGAAGTTGGAAGCTCGAGC
CTCTTCTTGCCTCTCGGTGGTGGTTTTGTGCCACCGAATATTTCTTGCGGCGAATAACCC
TTGACGGTGGCTTCTTTGCCAAGACTGCAAATCTTGAACGTGTCATAAGATCAGAGCTTT
TGGTCAGGGTCAACAGCTATGGCTTGGATTACAGACTTTTAAAAGAATGTTGTTCAAGCA
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CTTGAGAGAGGACTCGAAAGCTTACTTGATAAGGTTAATTCAGATACTTAAGCTGGCGAA
TAAAGAGGACCTACGGCCACCGAATCAGACATCTACATTGTCTCCACCTGGATATGAATC
CTGGTTGATTAAGTCTGATGAATCTATACGTCTCCCAATACGGTGCATAGACTTTTTTGT
GAACTGGATACGGTGCAGAGACTTCATAGAAGAGTTATTGGCCAAAACGAAGTTGTCCTA
GCTATTATCCGGGCGATCCGACGTCCATGTGTTGGGCTCAAGAACCCAAACCATCAAATC
CAATGTTGTGAATTTCTTATAATTATTTTATGAACTTTATATTTTGTGTAGTATTTCTTT
CATTCTATTTAGTTCTACATATAATATCCCTTGGTTATGTTCGCTGAGAACAAATTTGCA
AACTGTACATTTACAGAAAGTAGTTATCAGTTCT


BQ
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AF RR3D039TF U 1
AF RR3D039JQ C 419
BS 1 640 RR3D039TF
BS 641 934 RR3D039JQ

RD RR3D039TF 640 0 0
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AAGTGGTGTTTGTTCTGTATAAATATGTATGCCTCGGTGATTCTGTGGTGGTACTCTCTA
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CTCTTCTTGCCTCTCGGTGGTGGTTTTGTGCCACCGAATATTTCTTGCGGCGAATAACCC
TTGACGGTGGCTTCTTTGCCAAGACTGCAAATCTTGAACGTGTCATAAGATCAGAGCTTT
TGGTCAGGGTCAACAGCTATGGCTTGGATTACAGACTTTTAAAAGAATGTTGTTCAAGCA
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CTGGTTGATTAAGTCTGATGAATCTATACGTCTCCCAATA

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DS 

RD RR3D039JQ 516 0 0
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TACTTGAGAGAGGACTCGAAAGCTTACTTGATAAGGTTAATTCAGATACTTAAGCTGGCG
AATAAAGAGGACCTACGGCCACCGAATCAGACATTTACATTGTCTCCACCTGGATATGAA
TCCTGGTTGATTAAGTCTGATGAATCTATACGTCTCCCAATACGGTGCATAGACTTTTTT
GTGAACTGGATACGGTGCAGAGACTTCATAGAAGAGTTATTGGCCAAAACGAAGTTGTCC
TAGCTATTATCCGGGCGATCCGACGTCCATGTGTTGGGCTCAAGAACCCAAACCATCAAA
TCCAATGTTGTGAATTTCTTATAATTATTTTATGAACTTTATATTTTGTGTAGTATTTCT
TTCATTCTATTTAGTTCTACATATAATATCCCTTGGTTATGTTCGCTGAGAACAAATTTG
CAAACTGTACATTTACAGAAAGTAGTTATCAGTTCT

QA 1 516 1 516
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TATTGACCTCTCTTGGGACTTGTCCGATATACCACCTGAGTTTCTCTACGACAACGTGGA
CAGTAATACCCTAGGAGAGATTGGTACTGATCATGATAATGGTAATAACAATGGTTATGG
AACTGGTAGACTTGAAGTGAGTACTCGAGTTTTTGTTGAAAACGGTCCGAACCTTGAACC
CGGTGGTGGTTCATCAGCGGCTGTCGCGCCGATTACACCGTCAGTATCCAACGGCATACT
CGTGTGCACTTGTTGCAACCTTCTTCGAACATTACTACATAGCAATGGTCAGGAGATGAT
GAGACTTGATTTTCATGGAGGGATAGGGTACTTCTGCCATGCGATTCTCGAGATTCACCG
GCTTGAGGGTTCTACCGAACCCCAATATCAAACCATTGATTTGAAGTTTTTATCTATGGA
GGATGTGAAGAGGTTTATAGAAGAGTATCTCGCGGCGAGAGCAGCATGCGGTTTTAGAGT
TGTGCAAGACACTAATGCTGATTTCTATCAAGCAATGAATACTTGCTTCCCGGATAATCC
GACGCCTTTGTCAACGTTGCCACCGGTCGATGATGTTCCGATGCCGCAGGCTATAGTGCC
TGATCCAGCCCTTAACGTTCCATCTGTGCCACTGTATGTTGGGTTGAGAGATGAACCTCC
AGTGTCGAAAGGAAGGAAAAGGAAACAAACCGCTCTCGCTATACAGAGAGAACGGACTGG
AAAACTAAAACTGAAAGACATTAGTATGCATTTCCATCTTCCGATTCAAGAAGCTGCAAG
ACGGATGAGTCTATGTCCGACAGTGGTTAAGAAGATATGCCGTCGAGGAGGGCTCTATCG
ATGGCCCCATCGCAAGATCAAGAGTCTTTTGAGGAAAATCTCATCATTGAAGAGTATGTT
AGAGACGGCAAAGGATGCACAAGCAAAGGCCCGTGTCCAATCAGAGATTGAAAGACTCGA
AAAGCAGATAAGTGAGATCTGTAGTGAAGCACTCAAAAACGCTTGAGTGCATGGTTTTTT
GGTTCTTTTTTTGGCTGAATTAAAGTAAACGTTTTTTTTTTTCCAGATGATTACAAATAC
ACAAGTATTTGTTTTGTT


BQ
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AF RR3CH87TF U 1
AF RR3CH87JQ C 475
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AACTGGTAGACTTGAAGTGAGTACTCGAGTTTTTGTTGAAAACGGTCCGAACCTTGAACC
CGGTGGTGGTTCATCAGCGGCTGTCGCGCCGATTACACCGTCAGTATCCAACGGCATACT
CGTGTGCACTTGTTGCAACCTTCTTCGAACATTACTACATAGCAATGGTCAGGAGATGAT
GAGACTTGATTTTCATGGAGGGATAGGGTACTTCTGCCATGCGATTCTCGAGATTCACCG
GCTTGAGGGTTCTACCGAACCCCAATATCAAACCATTGATTTGAAGTTTTTATCTATGGA
GGATGTGAAGAGGTTTATAGAAGAGTATCTCGCGGCGAGAGCAGCATGCGGTTTTAGAGT
TGTGCAAGACACTAATGCTGATTTCTATCAAGCAATGAATACTTGCTTCCCGGATAATCC
GACGCCTTTGTCAACGTTGCCACCGGTCGATGATGTTCCGATGCCGCAG*CTATAGTGCC
TGATCCAGCCCTTAACGTTC*ATCTGTGCCACTGTATGT

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3CH87JQ 684 0 0
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TAGAGTTGTGCAAGACACTAATGCTGATTTCTATCAAGCAATGAATACTTGCTTCCCGGA
TAATCCGACGCCTTTGTCAACGTTGCCACCGGTCGATGATGTTCCGATGCCGCAGGCTAT
AGTGCCTGATCCAGCCCTTAACGTTCCATCTGTGCCACTGTATGTTGGGTTGAGAGATGA
ACCTCCAGTGTCGAAAGGAAGGAAAAGGAAACAAACCGCTCTCGCTATACAGAGAGAACG
GACTGGAAAACTAAAACTGAAAGACATTAGTATGCATTTCCATCTTCCGATTCAAGAAGC
TGCAAGACGGATGAGTCTATGTCCGACAGTGGTTAAGAAGATATGCCGTCGAGGAGGGCT
CTATCGATGGCCCCATCGCAAGATCAAGAGTCTTTTGAGGAAAATCTCATCATTGAAGAG
TATGTTAGAGACGGCAAAGGATGCACAAGCAAAGGCCCGTGTCCAATCAGAGATTGAAAG
ACTCGAAAAGCAGATAAGTGAGATCTGTAGTGAAGCACTCAAAAACGCTTGAGTGCATGG
TTTTTTGGTTCTTTTTTTGGCTGAATTAAAGTAAACGTTTTTTTTTTTCCAGATGATTAC
AAATACACAAGTATTTGTTTTGTT

QA 1 684 1 684
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AATCTTCAATCACTCTTAAGAAAAAGTCCCTTCCTTTCGTCGAATCTTCTATAAAGTTTT
AGCTGAGCTTTCGTGGGCGCCAGAATCATGCTCTTCCATAGGCTATCAAGATTAGGTTCT
CGCATTGTTAAGCAGCTTCCTAGAGAGAGGCATTTGTCAGTATGTGGGATGCGGGGTTTA
CAAAGGTCTTATGCTCAATATCTGCAATCTTCTTCGGATGTTGTACTACAGAGGCAACCT
CAGCAAGCTTTTTTCTCAAACAATAATCATCATCGGTGTACATCGTTCAGCACTGTCTCT
GAAACAGAAAAGATAAACGTTATCTTTGTTGATAAAGATGGAGAGGAGATTCATATTAAG
GTCCCAGTTGGAATGAACATCCTCGAAGCTGCTCATGAAAACGATATCGATCTCGAAGGG
GCTTGTGAATGTTCTCTCGCCTGTTCCACGTGCCATGTTATAGTTATGGACACGGAGTAC
TACAACAAACTGGAAGAACCAACAGATGAAGAGAATGATATGCTGGATCTTGCTTTTGGG
TTAACAGAAACGTCGCGATTGGGATGTCAAGTCATAGCAAAACCAGAGCTAGATGGAATA
CGCTTAGCCATTCCTTCAGCCACTAGGAATTTCGCAGTTGATGGCTTCGTTCCAAAACCT
CACTAGGCCATTTCAAAGTCTCTCACAAGTATTCAATTAGTTGAGTAACTTCGAGTTAAA
AGAGTTTTCGAGTTTAGACACTTGTTTAAAATCAGAAACACCATACTACAATAAAACCTT
GGGAAGTTGTAACTCAGAAGTCAGAAGGTTCTTTCTAGCAGCATTCTTATTGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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BS 283 836 RR3G788JQ

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CAAAGGTCTTATGCTCAATATCTGCAATCTTCTTCGGATGTTGTACTACAGAGGCAACCT
CAGCAAGCTTTTTTCTCAAACAATAATCATCATCGGTGTACA

QA 1 282 1 282
DS 

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GCAAGCTTTTTTCTCAAACAATAATCATCATCGGTGTACATCGTTCAGCACTGTCTCTGA
AACAGAAAAGATAAACGTTATCTTTGTTGATAAAGATGGAGAGGAGATTCATATTAAGGT
CCCAGTTGGAATGAACATCCTCGAAGCTGCTCATGAAAACGATATCGATCTCGAAGGGGC
TTGTGAATGTTCTCTCGCCTGTTCCACGTGCCATGTTATAGTTATGGACACGGAGTACTA
CAACAAACTGGAAGAACCAACAGATGAAGAGAATGATATGCTGGATCTTGCTTTTGGGTT
AACAGAAACGTCGCGATTGGGATGTCAAGTCATAGCAAAACCAGAGCTAGATGGAATACG
CTTAGCCATTCCTTCAGCCACTAGGAATTTCGCAGTTGATGGCTTCGTTCCAAAACCTCA
CTAGGCCATTTCAAAGTCTCTCACAAGTATTCAATTAGTTGAGTAACTTCGAGTTAAAAG
AGTTTTCGAGTTTAGACACTTGTTTAAAATCAGAAACACCATACTACAATAAAACCTTGG
GAAGTTGTAACTCAGAAGTCAGAAGGTTCTTTCTAGCAGCATTCTTATTGTATT

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL5382Contig1 1101 2 2 U
GGCCAAGGAAATGTTCTTGCAGATGCAATCTTCAGGCATAGTTCCGACTGTAGTCTCCTG
GACCACTATGATGAACGGTTTGGTGCAGAATGGTTGCAGCGAGGAGGCAGTTCATTATCT
GAGAAAGATGCAAGAATCTGGGCTGAGACCAAATGTCTTTAGCATCACTGTCGCACTCTC
TGCTTGCACAAATCTAGCATCATTGCATCTCGGAAGATCAGTACACGGATACATCATAAG
AAATCAACTGCATTCCTCTTCGGTTTCGATCGAGACTTCTTTGGTTGACATGTATGCTAA
ATGTGGAGATATAAGCAAAGCAGAGAAGGTTTTCAAAAGAAAGTCATACAGCGAGTTACC
TCTCTACAATGCCATGATCTCGGCGTATGCATTGTCTGGTAACGTGAAAGAAGCAATCGA
TCTATACAGAAGCTTGGAAGATATGGGCATCAAACCAGACAACATAACATTCACAAACGT
CTTATGCTTGTAACCACGCCGGGGATATCAACCAAGCCATCGATATTTTCTCTGATATGG
TTTCGAAACTTGGCATGGAACCTTGCTTGGAACATTACGGACTAATGGTGGATCTTCTTG
CATCAGCTGGAGACACGGAAAAGGCCTTACGGCTAATGGAGGAAATGCCATACAAGCCAG
ATGCGCGGATGATCCAATCTTTGTTAGTTACTTGCAACGAGGAACATAAGACCGAGCTTG
TGGACTACTTATCGAGGCAGTTGTTGGAATCGGAACCTGATAACTCCGGGAACTATGTGA
CGATATCGAATGCATATGCAGGTGAAGGAAGTTGGGATGAAGTTGTGAAGATGAGAGAGA
TGATGAAAGATAAAGGGTTCAAGAAAAAGCCTGGATGTAGTTGGATTCAGATTAAAGGAG
AAGAAGAAGAAGTGCATGTGTTTGTTGCCAATGATAAGACACATCTTAGGAACAATGAGA
TACGAAGGATGTTAGCATTGTTACTACACGATATGTGTTCCGATTCCAACTGATGTTTTG
TGTATGATAAATTTACTAATGACGGTCAAACTATTGACATAATAGTTGAGAAGGAAATGA
AATTCACAAAAATATTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AG71TF U 1
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BS 620 1101 RR3AG71JQ

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GACCACTATGATGAACGGTTTGGTGCAGAATGGTTGCAGCGAGGAGGCAGTTCATTATCT
GAGAAAGATGCAAGAATCTGGGCTGAGACCAAATGTCTTTAGCATCACTGTCGCACTCTC
TGCTTGCACAAATCTAGCATCATTGCATCTCGGAAGATCAGTACACGGATACATCATAAG
AAATCAACTGCATTCCTCTTCGGTTTCGATCGAGACTTCTTTGGTTGACATGTATGCTAA
ATGTGGAGATATAAGCAAAGCAGAGAAGGTTTTCAAAAGAAAGTCATACAGCGAGTTACC
TCTCTACAATGCCATGATCTCGGCGTATGCATTGTCTGGTAACGTGAAAGAAGCAATCGA
TCTATACAGAAGCTTGGAAGATATGGGCATCAAACCAGACAACATAACATTCACAAACGT
CTTATGCTTGTAACCACGCCGGGGATATCAACCAAGCCATCGATATTTTCTCTGATATGG
TTTCGAAACTTGGCATGGAACCTTGCTTGGAACATTACGGACTAATGGTGGATCTTCTTG
CATCAGCTGGAGACACGGA

QA 1 619 1 619
DS 

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CAACATAACATTCACAAACGTCTTATGCTTGTAACCACGCCGGGGATATCAACCAAGCCA
TCGATATTTTTTCTGATATGGTTTCGAAACTTGGCATGGAACCTTGCTTGGAACATTACG
GACTAATGGTGGATCTTCTTGCATCAGCTGGAGACACGGAAAAGGCCTTACGGCTAATGG
AGGAAATGCCATACAAGCCAGATGCGCGGATGATCCAATCTTTGTTAGTTACTTGCAACG
AGGAACATAAGACCGAGCTTGTGGACTACTTATCGAGGCAGTTGTTGGAATCGGAACCTG
ATAACTCCGGGAACTATGTGACGATATCGAATGCATATGCAGGTGAAGGAAGTTGGGATG
AAGTTGTGAAGATGAGAGAGATGATGAAAGATAAAGGGTTCAAGAAAAAGCCTGGATGTA
GTTGGATTCAGATTAAAGGAGAAGAAGAAGAAGTGCATGTGTTTGTTGCCAATGATAAGA
CACATCTTAGGAACAATGAGATACGAAGGATGTTAGCATTGTTACTACACGATATGTGTT
CCGATTCCAACTGATGTTTTGTGTATGATAAATTTACTAATGACGGTCAAACTATTGACA
TAATAGTTGAGAAGGAAATGAAATTCACAAAAATATTTATCC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL5383Contig1 789 2 4 U
GGAATAGGTTGTAATAAGTTTGATAGAAAATGAATGGTTTGTGACAGTTTATGGCCCACC
GTCTCTAACACAGTCTTATTAAACAAGAAGCTATTACAGGGTACGCATCATTATTAAACA
TATAAACGTGCATGTGCTTTCACGAGCATTCCTTAAATCTCGAGGTATAGTAATCCAGAG
GTACCATCGAATCCTTTGGATCTGTAGAACTTTGAATACTCTGTGATGGTGGTGTCTCTA
TATATTGGAGGGTTTTGTTCAGACAAAAGCTCTTTGATAGGTCCATAAACTCTAGAATTC
GCCATCAGATACGAACTGAAGAAGCAGCCCACTGAGATACGCGGTCCAGCTGCATTCGCC
AAAACACGATGCTCCACGCTTATGAACTTGCCATTTGTAATAAGCTGGAGAAGGTCTCCA
ACGTTGACAACAAGAGCTCCAGGTACAGGAGGAACATCAACCCAGTATTGGTCGTGGAGA
ACTTGTAGCCCTCCAATGTGGTCGTCTTGAAGAAGAACCGTGAGAAAAGAGTCGTCTGAG
TGTTTGGTTAAGCCTAGAGTCAGATCTGGTTGAGGACAGGGAGGGTAATAATTGCCGAGT
AGTAACAATGAATTGGTGCAGTCCATGTCTTTGAGGTGATCAGTGTTTAACCCTAGAGCT
TCTGATAGAAGCTCAAAGAGTAATTTACCCACTTTCATCACTTCCTCTGAATATTCAATC
ATAACCTCCCTAACAAAATCTCCCACCAAAAAAAAAAACATTAAAGACACGTTTTATTCA
TTTGTTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR05JQ U 1
AF RR3A327JQ U 36
BS 1 155 RR3GR05JQ
BS 156 156 RR3A327JQ
BS 157 259 RR3GR05JQ
BS 260 789 RR3A327JQ

RD RR3GR05JQ 259 0 0
GGAATAGGTTGTAATAAGTTTGATAGAAAATGAATGGTTTGTGACAGTTTATGGCCCACC
GTCTCTAACACAGTCTTATTAAACAAGAAGCTATTACAGGGTACGCATCATTATTAAACA
TATAAACGTGCATGTGCTTTCACGAGCATTCCTTAGATCTCGAGGTATAGTAATCCAGAG
GTACCATCGAATCCTTTGGATCTGTAGAACTTTGAATACTCTGTGATGGTGGTGTCTCTA
TATATTGGAGGGTTTTGTT

QA 1 259 1 259
DS 

RD RR3A327JQ 754 0 0
GGTTTGTGACAGTTTATGGCTCACCGTCTCTAACACAGTCTTATTAAACAAGAAGCTATT
ACAGGGTACGCATCATTATTAAACATATAAACGTGCATGTGCTTTCACGAGCATTCCTTA
AATCTCGAGGTATAGTAATCCAGAGGTACCATCGAATCCTTTGGATCTGTAGAACTTTGA
ATACTCTGTGATGGTGGTGTCTCTATATATTGGAGGGTTTTGTTCAGACAAAAGCTCTTT
GATAGGTCCATAAACTCTAGAATTCGCCATCAGATACGAACTGAAGAAGCAGCCCACTGA
GATACGCGGTCCAGCTGCATTCGCCAAAACACGATGCTCCACGCTTATGAACTTGCCATT
TGTAATAAGCTGGAGAAGGTCTCCAACGTTGACAACAAGAGCTCCAGGTACAGGAGGAAC
ATCAACCCAGTATTGGTCGTGGAGAACTTGTAGCCCTCCAATGTGGTCGTCTTGAAGAAG
AACCGTGAGAAAAGAGTCGTCTGAGTGTTTGGTTAAGCCTAGAGTCAGATCTGGTTGAGG
ACAGGGAGGGTAATAATTGCCGAGTAGTAACAATGAATTGGTGCAGTCCATGTCTTTGAG
GTGATCAGTGTTTAACCCTAGAGCTTCTGATAGAAGCTCAAAGAGTAATTTACCCACTTT
CATCACTTCCTCTGAATATTCAATCATAACCTCCCTAACAAAATCTCCCACCAAAAAAAA
AAACATTAAAGACACGTTTTATTCATTTGTTGAG

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL5384Contig1 1176 2 2 U
GCACCACCACCTTGCTCCGTCTTTCCTTTTCTCAAGAGTGTGAACAGACCGAAACTCCGC
TTCACATCTGAATTCGACAGCGACACTCTCCTCTTCTTCAACAAAGTGTCTTGTAAGATC
TTTGATAGCCTCGCCAAGCTCAAGCTATCGTTTCAGAACAACGCTCAGCGGGAGGTTTCT
CAGCCTCAGGTCTCTTTCACTTCCAAATACGTCTCTGTTCTCTATGATGTCGAGGAGAAG
AACACTTTTGTTAAGAGCACTGTCGATGTTTCCCCGCGTCTTCAGCTGAGAGCTCTTCAT
AATGTCAAGGCGCAACAAGGAGAGGTTGCTATGGAGGCAAATCTAGCTGAACCTGGCTAC
TCCCTCGAGCTTTCATCACCTGTTCCTATTGGCTATCCAAGAGCAACTGAAATTCCCACT
TGGAGAAGTTTCAGTACAAGAAAAAGAAGTGGAGGAAGAGGAGAAGAGCAAGCGAATAAT
ATCTGTTAACGGGATCCTCAAACGTCGAGCTATGGATGGTGTTTGTTCTGCTCTCTACAC
TGATGAAGAGTTGAGGCTGAGATATGCTTATAAGGATGAAGCATTGTCTTTCATTCCAAC
CATCTCCCTTCCTTCAAATGCTGTTTCATTTGCGTTCAAGCGCCGGTTTAGCCCTTCAGA
TAAGTTGAGCTACTGGTACAAGTTTGATTCAAACATGTGGAGTGCAGTGTACAAACGCAC
ATATGGTAAAGACTACAAGTTCAAAGCTGGCTATGATTCTGATGTACGCCTTGGCTGGGC
ATCTCTCTGGGTAGGGGAAGAAGATGGAAAAGTAAAAGCGACGCCAATGAAGATGAGAGT
GCAGTTCATGCTCCAAGTTCCCCAAGATGACATCAAAACCTCAGTCTTGATGTTCCGAGT
CAAGAAAAGATGGGACCTTTGATTGATTGAGAAAATTCTTTTGAATCATTTACACTTTGC
ATAATCTTCTCTCTGTAAAAGTTAAAAGAGATTCCCTAGTTGACTTCTCTCATCTTTATA
TACTGTCTGTATGTATCGATCGTACTTTAGTTCTTTTTTGCAAAAGTTGCACACGTGTAA
CGGTGTAAGTATAAAGCGTGAAGAAACTATATAGCATTGGACTTAACAGCAGCTGCAATG
AGAGATATTCTCCAATAAAAAAAAGTTTGTTTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH62TF U 1
AF RR3EH62JQ C 466
BS 1 681 RR3EH62TF
BS 682 1176 RR3EH62JQ

RD RR3EH62TF 681 0 0
GCACCACCACCTTGCTCCGTCTTTCCTTTTCTCAAGAGTGTGAACAGACCGAAACTCCGC
TTCACATCTGAATTCGACAGCGACACTCTCCTCTTCTTCAACAAAGTGTCTTGTAAGATC
TTTGATAGCCTCGCCAAGCTCAAGCTATCGTTTCAGAACAACGCTCAGCGGGAGGTTTCT
CAGCCTCAGGTCTCTTTCACTTCCAAATACGTCTCTGTTCTCTATGATGTCGAGGAGAAG
AACACTTTTGTTAAGAGCACTGTCGATGTTTCCCCGCGTCTTCAGCTGAGAGCTCTTCAT
AATGTCAAGGCGCAACAAGGAGAGGTTGCTATGGAGGCAAATCTAGCTGAACCTGGCTAC
TCCCTCGAGCTTTCATCACCTGTTCCTATTGGCTATCCAAGAGCAACTGAAATTCCCACT
TGGAGAAGTTTCAGTACAAGAAAAAGAAGTGGAGGAAGAGGAGAAGAGCAAGCGAATAAT
ATCTGTTAACGGGATCCTCAAACGTCGAGCTATGGATGGTGTTTGTTCTGCTCTCTACAC
TGATGAAGAGTTGAGGCTGAGATATGCTTATAAGGATGAAGCATTGTCTTTCATTCCAAC
CATCTCCCTTCCTTCAAATGCTGTTTCATTTGCGTTCAAGCGCCGGTTTAGCCCTTCAGA
TAAGTTGAGCTACTGGTACAA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3EH62JQ 711 0 0
GAGCAAGCGAATAATATCTGTTAACGGGATCCTCAAACGTCGAGCTATGGATGGTGTTTG
TTCTGCTCTCTACACTGATGAAGAGTTGAGGCTGAGATATGCTTATAAGGATGAAGCATT
GTCTTTCATTCCAACCATCTCCCTTCCTTCAAATGCTGTTTCATTTGCGTTCAAGCGCCG
GTTTAGCCCTTCAGATAAGTTGAGCTACTGGTACAAGTTTGATTCAAACATGTGGAGTGC
AGTGTACAAACGCACATATGGTAAAGACTACAAGTTCAAAGCTGGCTATGATTCTGATGT
ACGCCTTGGCTGGGCATCTCTCTGGGTAGGGGAAGAAGATGGAAAAGTAAAAGCGACGCC
AATGAAGATGAGAGTGCAGTTCATGCTCCAAGTTCCCCAAGATGACATCAAAACCTCAGT
CTTGATGTTCCGAGTCAAGAAAAGATGGGACCTTTGATTGATTGAGAAAATTCTTTTGAA
TCATTTACACTTTGCATAATCTTCTCTCTGTAAAAGTTAAAAGAGATTCCCTAGTTGACT
TCTCTCATCTTTATATACTGTCTGTATGTATCGATCGTACTTTAGTTCTTTTTTGCAAAA
GTTGCACACGTGTAACGGTGTAAGTATAAAGCGTGAAGAAACTATATAGCATTGGACTTA
ACAGCAGCTGCAATGAGAGATATTCTCCAATAAAAAAAAGTTTGTTTCTTT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL5385Contig1 1013 2 2 U
GGAGAATGTTATATGTTCAGTTTGCATGGAGTGTCCACACAACTCTGTTCTTCTCCTCTG
CTCCTCTCACGACAAGGGGTGTCGTCCTTACATGTGCGGCACCAGTTTCCGTTACTCCAA
CTGCTTAGACCAGTACAAGAAAGCGTCAGCTAAACTGAAAGCAACGTCTCGTCAACCGAG
CAATAAGTCTGAGCTTGGGAATAATCTCACGTGCCCGCTTTGTAGAGGCAGGTGAAAGGC
TGGACGATAGTGCAGCCTGCGCGTGAGTTTCTGAATCTCAAGAAGAGGATCTGTATGCAG
GAGAACTGTGTATTCGCTGGGAGCTTCAGAGAGCTGAGGAGACACATGAAGACGGACCAC
CCTTGTGCAAAGCCGCGTGAAGTTGATCCCGTCGTGGAGCAGAACTGGAGGAGGCTTGAG
ATTGAGCAGGACCGGGATGATGTTATCAGCACGATTAGGTCGATGATACCTGGTGCAACG
GTGTTGGGGGATTACGTGATAGAAAGAAACAACAACCCCCACGGTTCGGGTTTAGACGAG
GGTCGTGAGCATCATGCTGGATTTGGTAGGTATATTGGGAGTGTTGTCATTATGATGCAG
GGTCTTGGGGCGTTGAGGAGTCAGACAAGAAGCTCTGATTCAGAGTCTAATGACTTGACA
ACCCACCGTGGAACAAGTGATCAGATGACTGTCTCTGGGGAAGAAGAGGAAGATACGAAT
AGTAACTCTTTGGCAAGTCGGATGGAGCGACAAGGACGGGTTCTACTAGGACGCTCAGGC
AGGAGACGCAGAGATAGAGAAGCTAACCAGAGCAACAGGTCCTCCTAGATGAGACAGGTT
ACAACAGAACCCTTTTTGTCTGATTCAGGGTTTCTGGTAAGCTGTATGGAATGGTTTATG
TACAAACGTAGTCAAAAACGAACACAAAAATGCTTTAGACCTTGTGACAACTCTTGTCTG
CCTTCACTATTGGTGAAATTGCTGACTCAGATTTGTTTTTATTTACTCTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BG06TF U 1
AF RR3BG06JQ C 168
BS 1 385 RR3BG06TF
BS 386 1013 RR3BG06JQ

RD RR3BG06TF 385 0 0
GGAGAATGTTATATGTTCAGTTTGCATGGAGTGTCCACACAACTCTGTTCTTCTCCTCTG
CTCCTCTCACGACAAGGGGTGTCGTCCTTACATGTGCGGCACCAGTTTCCGTTACTCCAA
CTGCTTAGACCAGTACAAGAAAGCGTCAGCTAAACTGAAAGCAACGTCTCGTCAACCGAG
CAATAAGTCTGAGCTTGGGAATAATCTCACGTGCCCGCTTTGTAGAGGCAGGTGAAAGGC
TGGACGATAGTGCAGCCTGCGCGTGAGTTTCTGAATCTCAAGAAGAGGATCTGTATGCAG
GAGAACTGTGTATTCGCTGGGAGCTTCAGAGAGCTGAGGAGACACATGAAGACGGACCAC
CCTTGTGCAAAGCCGCGTGAAGTTG

QA 1 385 1 385
DS 

RD RR3BG06JQ 846 0 0
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GCAGGTGAAAGGCTGGACGATAGTGCAGCCTGCGCGTGAGTTTCTGAATCTCAAGAAGAG
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GAAGACGGACCACCCTTGTGCAAAGCCGCGTGAAGTTGATCCCGTCGTGGAGCAGAACTG
GAGGAGGCTTGAGATTGAGCAGGACCGGGATGATGTTATCAGCACGATTAGGTCGATGAT
ACCTGGTGCAACGGTGTTGGGGGATTACGTGATAGAAAGAAACAACAACCCCCACGGTTC
GGGTTTAGACGAGGGTCGTGAGCATCATGCTGGATTTGGTAGGTATATTGGGAGTGTTGT
CATTATGATGCAGGGTCTTGGGGCGTTGAGGAGTCAGACAAGAAGCTCTGATTCAGAGTC
TAATGACTTGACAACCCACCGTGGAACAAGTGATCAGATGACTGTCTCTGGGGAAGAAGA
GGAAGATACGAATAGTAACTCTTTGGCAAGTCGGATGGAGCGACAAGGACGGGTTCTACT
AGGACGCTCAGGCAGGAGACGCAGAGATAGAGAAGCTAACCAGAGCAACAGGTCCTCCTA
GATGAGACAGGTTACAACAGAACCCTTTTTGTCTGATTCAGGGTTTCTGGTAAGCTGTAT
GGAATGGTTTATGTACAAACGTAGTCAAAAACGAACACAAAAATGCTTTAGACCTTGTGA
CAACTCTTGTCTGCCTTCACTATTGGTGAAATTGCTGACTCAGATTTGTTTTTATTTACT
CTCTTG

QA 1 846 1 846
DS 



AS 1 2

CO CL5386Contig1 1101 2 6 U
GGAGAGCATAAAGATGGAGCATGAGAAGAAAGTGGAACACGTAAGGAGGCTTGAGATGAA
GAGAGCTGACTATGTCAAAACCGAAAGGGCCAAGAAAGAGGTTGAGATGTTAGAGTCTCA
GCTCACAGTGTCTTCCCAAGCCATCCACAGCGCTTCTAATGAGATCATCAAGCTCAGAGA
GACTGAGCTCTATCCTCAGCTTGTCGAGCTCATTAAAGGGTTGATGTGTATGTGGAGGAG
CAGTATGAGAGTCATCAGGTCCAAACTCATATAGTTCAGCAGCTCAAGTACCTCAACACC
ATCCCCTCCACTGAACCAACTTCAGAGCTTCACAGACAATCAACATTTCAGCTAGAGCTC
GAGATCCAGCAGTGGCATCACTCTTTCTGCATCTTAGTCAAGGCCCAGCGTGACTACATC
CAGTCGCTCACGGGCTGGCTAAGGCTAAGCCTGTTCCAGTTCAGCAAGAACCCGCTCGTC
AGGAGCAGCTACGAGTCAAAGATATACAGCTTCTGCGAGGAATGGCATTTGGCCATCGAC
AGGATCCCTGACAAAGTAGCATTCGAAGGGATCAACAGCTTTCTCACCGCGGTCCATGGG
ATCGTGGCTCAGCAGGCAGAGGAGCATAAGCAGAAGAAGAGATCAGACTCCATGTCGAAA
GACTTTGAGAAGAAAGCGGCGTCGCTGAGAGCGTTGGAGAGCAAGTATAGTCCTTACTCG
GTGGCAGCTGAGAGCAGCGGGAGGAAGAAGAAGAACCCGGTGGTGGAGAAGAGAGCGAAG
GTTGAGTTTTTGAAAGGGAAAGCGGAAGAAGAGAAGAGTAAGCATGAGAAGGCGGTGAGT
GTGACTAGAGCCATGACTTTGAATAACTTGCAGATGGGTTTCCCTCACGTGTTTCAGGCG
ATGGTTGGGTTTTCGAGTGTGTGTATGCAAGCCTTTGAGTCTGTGTATAACCAAGCTAAG
TGCATCGGTGAGGAGGAGCAAGAGGAAGTCAAGAGGTTGCTTCCTTAGAGGCATTGCTTT
TACCGTTTTTTCTCTGTTCTTGCTTGATCCAAACTTGAGTTGAGTTTATGCTATTTTAGA
AAAACTGAACTTTTTATTGAT


BQ
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AF RR3F103TF U 1
AF RR3F103JQ C 511
BS 1 615 RR3F103TF
BS 616 616 RR3F103JQ
BS 617 674 RR3F103TF
BS 675 675 RR3F103JQ
BS 676 740 RR3F103TF
BS 741 1101 RR3F103JQ

RD RR3F103TF 740 0 0
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GAGAGCTGACTATGTCAAAACCGAAAGGGCCAAGAAAGAGGTTGAGATGTTAGAGTCTCA
GCTCACAGTGTCTTCCCAAGCCATCCACAGCGCTTCTAATGAGATCATCAAGCTCAGAGA
GACTGAGCTCTATCCTCAGCTTGTCGAGCTCATTAAAGGGTTGATGTGTATGTGGAGGAG
CAGTATGAGAGTCATCAGGTCCAAACTCATATAGTTCAGCAGCTCAAGTACCTCAACACC
ATCCCCTCCACTGAACCAACTTCAGAGCTTCACAGACAATCAACATTTCAGCTAGAGCTC
GAGATCCAGCAGTGGCATCACTCTTTCTGCATCTTAGTCAAGGCCCAGCGTGACTACATC
CAGTCGCTCACGGGCTGGCTAAGGCTAAGCCTGTTCCAGTTCAGCAAGAACCCGCTCGTC
AGGAGCAGCTACGAGTCAAAGATATACAGCTTCTGCGAGGAATGGCATTTGGCCATCGAC
AGGATCCCTGACAAAGTAGCATTCGAAGGGATCAACAGCTTTCTCACCGCGGTCCATGGG
ATCGTGGCTCAGCAG*CAGAGGAGCATAAGCAGAAGAAGAGATCAGACTCCATGTCGAAA
GACTTTGAGAAGAA*GCGGCGTCGCTGAGAGCGTTGGAGAGCAAGTATAGTCCTTACTCG
GTGGCAGCTGAGAGCAGCGG

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3F103JQ 591 0 0
TTCTGCGAGGAATGGCATTTGGCCATCGACAGGATCCCTGACAAAGTAGCATTCGAAGGG
ATCAACAGCTTTCTCACCGCGGTCCATGGGATCGTGGCTCAGCAGGCAGAGGAGCATAAG
CAGAAGAAGAGATCAGACTCCATGTCGAAAGACTTTGAGAAGAAAGCGGCGTCGCTGAGA
GCGTTGGAGAGCAAGTATAGTCCTTACTCGGTGGCAGCTGAGAGCAGCGGGAGGAAGAAG
AAGAACCCGGTGGTGGAGAAGAGAGCGAAGGTTGAGTTTTTGAAAGGGAAAGCGGAAGAA
GAGAAGAGTAAGCATGAGAAGGCGGTGAGTGTGACTAGAGCCATGACTTTGAATAACTTG
CAGATGGGTTTCCCTCACGTGTTTCAGGCGATGGTTGGGTTTTCGAGTGTGTGTATGCAA
GCCTTTGAGTCTGTGTATAACCAAGCTAAGTGCATCGGTGAGGAGGAGCAAGAGGAAGTC
AAGAGGTTGCTTCCTTAGAGGCATTGCTTTTACCGTTTTTTCTCTGTTCTTGCTTGATCC
AAACTTGAGTTGAGTTTATGCTATTTTAGAAAAACTGAACTTTTTATTGAT

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 2

CO CL5387Contig1 1085 2 4 U
GGACATCCACCGGGAAGAGTTGGACCGGAGAGTGGTTATTTTGGATCTGCGATCTGATCG
TTTTGCATATCATCAACATCCGCCATGGCAGCTCCGTTTTTCTCAACTCCGTTTCAGCCT
TATGTCTATCAGAGTCAAGAAGATACAGTTACACCTTTCCAAATTCTGGGTGGTGAAGCA
CAGGTTGTTCAGATAATGTTAAAACCACAGGAGAAGGTCATTGCTAAGCCTGGTTCAATG
TGCTACATGTCTGGTTCCATTGAGATGGATAATACTTATACCCCTGAACAAGAAGTTGGT
GTTGTGCAGTGGGTTTTGGGCAAGAGCGTTAGCAGTGTGCTTCTTCGAAACACCGGCCAA
AACGATGGTTTTGTCGGTATCGCTGCACCTTCTTTGGCTAGGATTCTCCCAGTTGATTTG
GCAATGTTTGGTGGGGACATCCTTTGCCAGCCAGATTCATTTCTCTGTTCTGTCCATGAT
GTGAAAGTCGTAAACTCTGTTTACCAGAGACATAGAGCTAAAACATTGCTGCGGCTGGCG
CTGAGGTGTTTCTGAGACAAAGGCTATCTGGCCAGGGACTTGCTTTTATTACTGCCGGTG
GCTCTGTTGTACAGAAAAACCTGGAGGTGGGAGAAGTTCTTACCATTGACGTTTCTTGCA
TTGCCGCTCTCACTCCTTCCATCAATTTCAGAATCAATTACCCTGCTGCACCTGTAAGAC
GGGCAGTGTTCGGGGGTGATAACGTAGTAACAGCGACCCTGACGGGACCAGGCATTGTGT
TCATCCAAAGTTTACCGTTTCATCGGCTCTCCCAGCGAATCGCAAGGTCTGTGACTTCCC
CTAACATGAGGGAAAATCCACGATTTTTAGTTCAAATAGGATTATTCTTGTTCCTTGCGT
ACGTTGTAATTGCATCTTCTTTGATCCTTACCGAAATGTGAAACATAGAGAGACTTCCCT
TTCTTTTCTTTTTTTGTTTTTCCTGCTAGTGTTGTTGCGTAGATTGGACATGTAAGAACA
TACTTTTAAAACCAAACAAACCACACAGCATGAAGATTTCATGAGTTGTTCATCAATCTG
ACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3F322TF U 1
AF RR3F322JQ C 396
BS 1 562 RR3F322TF
BS 563 563 RR3F322JQ
BS 564 618 RR3F322TF
BS 619 1085 RR3F322JQ

RD RR3F322TF 622 0 0
GGACATCCACCGGGAAGAGTTGGACCGGAGAGTGGTTATTTTGGATCTGCGATCTGATCG
TTTTGCATATCATCAACATCCGCCATGGCAGCTCCGTTTTTCTCAACTCCGTTTCAGCCT
TATGTCTATCAGAGTCAAGAAGATACAGTTACACCTTTCCAAATTCTGGGTGGTGAAGCA
CAGGTTGTTCAGATAATGTTAAAACCACAGGAGAAGGTCATTGCTAAGCCTGGTTCAATG
TGCTACATGTCTGGTTCCATTGAGATGGATAATACTTATACCCCTGAACAAGAAGTTGGT
GTTGTGCAGTGGGTTTTGGGCAAGAGCGTTAGCAGTGTGCTTCTTCGAAACACCGGCCAA
AACGATGGTTTTGTCGGTATCGCTGCACCTTCTTTGGCTAGGATTCTCCCAGTTGATTTG
GCAATGTTTGGTGGGGACATCCTTTGCCAGCCAGATTCATTTCTCTGTTCTGTCCATGAT
GTGAAAGTCGTAAACTCTGTTTACCAGAGACATAGAGCTAAAACATTGCTGCGGCTGGCG
CTGAGGTGTTTCTGAGACAAAG*CTATCTGGCCAGGGACTTGCTTTTATTACTGCCGGTG
GCTCTGTTGTACAGAAAA
CCTG

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3F322JQ 690 0 0
GGCTAGGATTCTCCCAGTTGATTTGGCAATGTTTGGTGGGGACATCCTTTGCCAGCCAGA
TTCATTTCTCTGTTCTGTCCATGATGTGAAAGTCGTAAACTCTGTTTACCAGAGACATAG
AGCTAAAACATTGCTGCGGCTGGCGCTGAGGTGTTTCTGAGACAAAGGCTATCTGGCCAG
GGACTTGCTTTTATTACTGCCGGTGGCTCTGTTGTACAGAAAAACCTGGAGGTGGGAGAA
GTTCTTACCATTGACGTTTCTTGCATTGCCGCTCTCACTCCTTCCATCAATTTCAGAATC
AATTACCCTGCTGCACCTGTAAGACGGGCAGTGTTCGGGGGTGATAACGTAGTAACAGCG
ACCCTGACGGGACCAGGCATTGTGTTCATCCAAAGTTTACCGTTTCATCGGCTCTCCCAG
CGAATCGCAAGGTCTGTGACTTCCCCTAACATGAGGGAAAATCCACGATTTTTAGTTCAA
ATAGGATTATTCTTGTTCCTTGCGTACGTTGTAATTGCATCTTCTTTGATCCTTACCGAA
ATGTGAAACATAGAGAGACTTCCCTTTCTTTTCTTTTTTTGTTTTTCCTGCTAGTGTTGT
TGCGTAGATTGGACATGTAAGAACATACTTTTAAAACCAAACAAACCACACAGCATGAAG
ATTTCATGAGTTGTTCATCAATCTGACATG

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL5388Contig1 1028 2 8 U
GGGTGGTTAAGGAGAAACAGAACAAAGCAGAGCAAAAAAACCCATACCGGTTTCATCATT
CTCCTGATCATCAAGAAGCGGAAGATGATGGAGACATGAGCAGCATGATGGCTTCTGGTG
TTTGTGGATTACTCCCTCAGATTTGCTTGAGAAGCTCTTTTGGTGTGTTGAATCCGGTTC
CGTCTGTGAGAAGGCAGGCGCAGAGAGGTGTTTCTGTTCGCCGTATGCGTTCTAAGTATC
AAGATCCTACTACTACTACACCTTGTAACGAGAATCATAAGGTGAAGCTAACTGGATCAG
TTGCACAAGGGTCTTCTATTACAGAAGGGAAAGAGAGACTTGAGAACTTGAGCTCAGCTT
CACGCATTAAAGTCAGCAAGAACTTTGGTGAGCTCTTGGCTAGTGATGATAATACATGGG
AACCTTCTTCTGAGGCTCCTGCTGTTGAGAAAATTCTCTATGTAGACACGGTGCATTCGG
TAGACGAGAAGGTACAAGAAGAGTCCAGTGAGCAATCTCTATTAAGAAGTTATCCTACAC
TAGATATTGTTCCTGTTAAAGAAGATGTTCAGAACTTGATTGGAGCCGGTGAAGAATGTG
CTGATCAAGCTATTGCTGAAGTAGTAGAGATTACAAAAGAGAAGATTGATCTTGAAGTCA
AACTACAGCAGGGGAACACAAAGAATCTTGAAAGTTCAAGGCTTCATCATCATCATCACA
TTGTTGCACCACCACCGTTGCCAAACGCTCCTTCAGATTCCTGGTTAACGCGTACATTGC
CAACAATTCCATCAAAGAACAACTCATTCACATGGTTGTTGCAGTCTCTTGGCACTGATG
ATGATAATAATCAAATCACCAAGACGGGTCAAACAAATCCCAAGTGGGAAACTATGGTCA
AAACCTCCAATACACAGCAAGGGTTTGTGTGCTTCTCCAAGGAGGCACTCAACCCTATTC
CAGAGGCATAGCAATACCAAATTACTTGTAAATTTCAACAATAATGAAGGGATGAGCCCA
TAAAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EW62TF U 1
AF RR3EW62JQ C 461
BS 1 637 RR3EW62TF
BS 638 638 RR3EW62JQ
BS 639 673 RR3EW62TF
BS 674 674 RR3EW62JQ
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BS 683 695 RR3EW62TF
BS 696 1028 RR3EW62JQ

RD RR3EW62TF 695 0 0
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CTCCTGATCATCAAGAAGCGGAAGATGATGGAGACATGAGCAGCATGATGGCTTCTGGTG
TTTGTGGATTACTCCCTCAGATTTGCTTGAGAAGCTCTTTTGGTGTGTTGAATCCGGTTC
CGTCTGTGAGAAGGCAGGCGCAGAGAGGTGTTTCTGTTCGCCGTATGCGTTCTAAGTATC
AAGATCCTACTACTACTACACCTTGTAACGAGAATCATAAGGTGAAGCTAACTGGATCAG
TTGCACAAGGGTCTTCTATTACAGAAGGGAAAGAGAGACTTGAGAACTTGAGCTCAGCTT
CACGCATTAAAGTCAGCAAGAACTTTGGTGAGCTCTTGGCTAGTGATGATAATACATGGG
AACCTTCTTCTGAGGCTCCTGCTGTTGAGAAAATTCTCTATGTAGACACGGTGCATTCGG
TAGACGAGAAGGTACAAGAAGAGTCCAGTGAGCAATCTCTATTAAGAAGTTATCCTACAC
TAGATATTGTTCCTGTTAAAGAAGATGTTCAGAACTTGATTGGAGCCGGTGAAGAATGTG
CTGATCAAGCTATTGCTGAAGTAGTAGAGATTACAAA*GAGAAGATTGATCTTGAAGTCA
AACTACAGCAGGG*AACACAA*GAATCTTGAAAGT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3EW62JQ 568 0 0
TGTAGACACGGTGCATTCGGTAGACGAGAAGGTACAAGAAGAGTCCAGTGAGCAATCTCT
ATTAAGAAGTTATCCTACACTAGATATTGTTCCTGTTAAAGAAGATGTTCAGAACTTGAT
TGGAGCCGGTGAAGAATGTGCTGATCAAGCTATTGCTGAAGTAGTAGAGATTACAAAAGA
GAAGATTGATCTTGAAGTCAAACTACAGCAGGGGAACACAAAGAATCTTGAAAGTTCAAG
GCTTCATCATCATCATCACATTGTTGCACCACCACCGTTGCCAAACGCTCCTTCAGATTC
CTGGTTAACGCGTACATTGCCAACAATTCCATCAAAGAACAACTCATTCACATGGTTGTT
GCAGTCTCTTGGCACTGATGATGATAATAATCAAATCACCAAGACGGGTCAAACAAATCC
CAAGTGGGAAACTATGGTCAAAACCTCCAATACACAGCAAGGGTTTGTGTGCTTCTCCAA
GGAGGCACTCAACCCTATTCCAGAGGCATAGCAATACCAAATTACTTGTAAATTTCAACA
ATAATGAAGGGATGAGCCCATAAAGTTT

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL5389Contig1 1136 2 2 U
GATACACAACACACAACACAAGACTCCGAAGATGTCTGAGCCATCTCCAGTCTCCGATCC
TTACGCACATATGAGCATGGTAAAGAATCCAGATGGCTCCATCACTCGCGACCCCACCAG
ATTCACGGGCGTCCCAGCCACACCTGATCCCCCCTCTCCGCAAATCCCCGTCGCATCCAA
AGACATCACCGTGAACCACTCAATCTCCACGTGGATGCGTCTCTACGTCCCCACCGCCGC
ACTAAACGACGACGTACCATCTAAAAAACTCCCTCTAATAGTTTACTACCACGGCGGAGG
CTTCGTCATCTGCAGCGTCGACTTAAAACTCTTCCACGACTTCTGCAACCGTATGGCGCG
TGAGCTCAACGCGGTCGTCGCGTCACCTTCCTACCGGCTAGCTCCTGAGCACAAACTCCC
GGCGGCTTACGACGACGGGAGGGACGCACTTGAGTTCATCAGAACCTCCGACGACGAGTG
GATCAAATCTTACGCCGATCTCGATAACGTGTTCCTCATGGGGACAAGCGCCGGTGGCAA
CTTGGCCTAACAACGTCGGGCTTAAATCCGCGAAGGTTGCGGATCTAAGCCCGTTACGTA
TCCGTGGACTGATCTTACACCATCCCTTCTTCGGTGGAGAAGAGAGGTGCGAGTCCGAGA
TCAGATATGCGAACGATCAGGTTTTTCCGCCTAACGTCGGAGACGTTTGCTGGGAGCTTT
GTCTCCCTGTCGGAGCCAACCGGGATCACGAGTATTCGAATCCGACGGTGGGAGATGGAC
CGGTGAATATGGAGGTGATCGGACGGTTGGGATGGAAGGTGATGGTGAGTGGAGGAGGAA
GAGATCCGATGATAGATAGGCAGAGAGATGTGGCGAAGCTGATGAAGGAGAAGGGAGTTG
ATGTGGTGGAGTGTTTTACCGACGGCGATGTTCACGGTGCTGAGCTCGGAGATCCGACCA
AGAGTGAAACTCTGTTTGCTTCCATCAGAAATCTCATTTACTCTTCTGTACCGTAACGTT
TTTTTTCAAAAAGGCTTATACTAGAGCCAACCCAATATCTTAGGCCCATTTAAAGATTAC
CTTTATGAATTGGTTTGTGAAAATTTATAAATAAGAAAATTATTGGAGACCCAATA


BQ
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AF RR3GC55TF U 1
AF RR3GC55JQ C 455
BS 1 680 RR3GC55TF
BS 681 1136 RR3GC55JQ

RD RR3GC55TF 684 0 0
GATACACAACACACAACACAAGACTCCGAAGATGTCTGAGCCATCTCCAGTCTCCGATCC
TTACGCACATATGAGCATGGTAAAGAATCCAGATGGCTCCATCACTCGCGACCCCACCAG
ATTCACGGGCGTCCCAGCCACACCTGATCCCCCCTCTCCGCAAATCCCCGTCGCATCCAA
AGACATCACCGTGAACCACTCAATCTCCACGTGGATGCGTCTCTACGTCCCCACCGCCGC
ACTAAACGACGACGTACCATCTAAAAAACTCCCTCTAATAGTTTACTACCACGGCGGAGG
CTTCGTCATCTGCAGCGTCGACTTAAAACTCTTCCACGACTTCTGCAACCGTATGGCGCG
TGAGCTCAACGCGGTCGTCGCGTCACCTTCCTACCGGCTAGCTCCTGAGCACAAACTCCC
GGCGGCTTACGACGACGGGAGGGACGCACTTGAGTTCATCAGAACCTCCGACGACGAGTG
GATCAAATCTTACGCCGATCTCGATAACGTGTTCCTCATGGGGACAAGCGCCGGTGGCAA
CTTGGCCTAACAACGTCGGGCTTAAATCCGCGAAGGTTGCGGATCTAAGCCCGTTACGTA
TCCGTGGACTGATCTTACACCATCCCTTCTTCGGTGGAGAAGAGAGGTGCGAGTCCGAGA
TCAGATATGCGAACGATCAG
TTTT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3GC55JQ 682 0 0
TTCATCAGAACCTCCGACGACGAGTGGATCAAATCTTACGCCGATCTCGATAACGTGTTC
CTCATGGGGACAAGCGCCGGTGGCAACTTGGCCTA*CAACGTCGGGCTTAAATCCGCGAA
GGTTGCGGATCTAAGCCCGTTACGTATCCGTGGACTGATCTTACACCATCCCTTCTTCGG
TGGAGAAGAGAGGTGCGAGTCCGAGATCAGATATGCGAACGATCAGGTTTTTCCGCCTAA
CGTCGGAGACGTTTGCTGGGAGCTTTGTCTCCCTGTCGGAGCCAACCGGGATCACGAGTA
TTCGAATCCGACGGTGGGAGATGGACCGGTGAATATGGAGGTGATCGGACGGTTGGGATG
GAAGGTGATGGTGAGTGGAGGAGGAAGAGATCCGATGATAGATAGGCAGAGAGATGTGGC
GAAGCTGATGAAGGAGAAGGGAGTTGATGTGGTGGAGTGTTTTACCGACGGCGATGTTCA
CGGTGCTGAGCTCGGAGATCCGACCAAGAGTGAAACTCTGTTTGCTTCCATCAGAAATCT
CATTTACTCTTCTGTACCGTAACGTTTTTTTTCAAAAAGGCTTATACTAGAGCCAACCCA
ATATCTTAGGCCCATTTAAAGATTACCTTTATGAATTGGTTTGTGAAAATTTATAAATAA
GAAAATTATTGGAGACCCAATA

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL5390Contig1 1222 2 2 U
GGGAGGCAAGATTTGAGCGAGTTGCCAAGTGAGTCCTCGTCTTCTTAAACTTCATCATCA
TCTTCTTGTTCTTGAACCACTTCCTCTGTTTCTTGGAAGACAAGTCTGCTTCCTCCTCGT
AGCTTTTGAACGTGTAGCTTCTGAGATATTTCTGTCTGTTGGATTTGTAAACCTCTGGGC
TTATGAATCTTACGTAATCTCCTGGTGACTGAAAGGCTAATTTGTCCTTGGTATTAATCT
TCTCGACTCTCATGTTTTGAACATCTTTGATCATCATTTTTGTTAAGTAATGTATTCTTC
TTTCTCGAAGTTTTGTACCTTTTTATATACCGTGGCCTGCTGAAAAAGAAAAATAATATA
GACTTTTGGAGATTAAGTCACTGATTAATACGACTTTGTAGTTGGTACGGCGCGCCAGGA
TAATTGTTTTTAATTCCTTTTTTTATTCACTTGTTTATTTCGAAATATTTTACACGTGGA
GCTGTAAAAGTGGTTTGAATCAGTTGAGGGCTAGACGTCACTGCAATACTATAACGTCAA
GACGTCGGTGGACACAGAGATGTGGCCTAAGAGCCGAAGCACATTTAATCTTAATAAAGT
ACAACAACTAGTCGTATCTCGGTAATCTTCAATTATTTCGTTTAAATTAACCTATTAACC
ATTCAATTGTTCCAAGACGTGAAGGACTTGAATCTGATCCCTGACAGAGAGACTATAAGG
AGCGAAATGACGCAAATAGACTAGCGGTACTAATTGAGTTTGGTTGCAAGAGTAAAGAAT
AGTCTCTGTGATTTTCTGGCTTGTTGTTTGCAGGCCACTGGAACGAATTTTGTGATGATA
GGTGGATATGTTTACTGCTACACTGCATGACATCTTCGGTCACAGACTTATGGAATATGG
ATACTTACAAATGCTGTGATTTGATTTGCACTTGAAAATCCGTCAATTCTGTGATGGCCT
ATTTCTTGAAAGTTGAGAAAAGGTATTCTCTTCTTCTAGTGTCGAGAAAAGCTCTAAATA
AAGCTGAGGAAAAAGAGAAGAGATTGTCCCCTACATTGTGAATAAACTGCTTTCTTCTGC
TGTAGTATTGCTCTTTTCTCTGTTTTAAACAATTTCTTCTTCGTTTTCCGGAGAAGTTGG
AAACTTCCAATATGTATTTTATATGATGAAATATGTATCTTGTTTACAATATTACAATTA
TTGAATAATAATTAGATATATT


BQ
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TCTTCTTGTTCTTGAACCACTTCCTCTGTTTCTTGGAAGACAAGTCTGCTTCCTCCTCGT
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TCTCGACTCTCATGTTTTGAACATCTTTGATCATCATTTTTGTTAAGTAATGTATTCTTC
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AGC

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DS 

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AGATGTGGCCTAAGAGCCGAAGCACATTTAATCTTAATAAAGTACAACAACTAGTCGTAT
CTCGGTAATCTTCAATTATTTCGTTTAAATTAACCTATTAACCATTCAATTGTTCCAAGA
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CTCTGTTTTAAACAATTTCTTCTTCGTTTTCCGGAGAAGTTGGAAACTTCCAATATGTAT
TTTATATGATGAAATATGTATCTTGTTTACAATATTACAATTATTGAATAATAATTAGAT
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QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL5391Contig1 1078 2 12 U
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TAACCTTGATTTTGGGACCGAACATACTTTCTTGGCTCTGCCCTACATCAAGGCATATCG
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AF RR3FK14TF U 1
AF RR3FK14JQ C 575
BS 1 623 RR3FK14TF
BS 624 624 RR3FK14JQ
BS 625 697 RR3FK14TF
BS 698 698 RR3FK14JQ
BS 699 708 RR3FK14TF
BS 709 709 RR3FK14JQ
BS 710 755 RR3FK14TF
BS 756 756 RR3FK14JQ
BS 757 762 RR3FK14TF
BS 763 763 RR3FK14JQ
BS 764 775 RR3FK14TF
BS 776 1078 RR3FK14JQ

RD RR3FK14TF 775 0 0
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TCCACGAGATTAAGCGAAAGGGAGGAGATTTGAGGTATTGCCAAAAGTGTTCTCATTTCA
AACCTCCGAGAGCTCACCATTGCCGAGTTTGCAAAAGATGTGTGCTTAGAATGGACCACC
ATTGTATTTGGATCAACAACTGCGTGGGACACACTAACTACAAGGTCTTCTTCGTGTTTG
TTGTTTATGCTATGTCTGCGTGTGTATACTCTCTGGTGTTGCTTGTGGGAAGCCTTACTG
TTGAACCTCAAGATGAAGACCAAGAGATGGGAAGCTATCTAAGAACTATATATGTGATTT
CAGCTTTTGTTCTTGTTCCTTTGAGCATTGCGTTAGGTGTTCTTCTCGGTTGGCACATTT
ACCTCAGTTTACAAAATAAAACAACCATCGAGTACCATGAAGGGGTGAGAGCTATGTGGT
TAGCAGAGAAAGGTGGACAAGTGTATAAGCATCCATATGACATAGGCGCATATGAAAACC
TAACCTTGATTTTGGGACCGAACATACTTTCTTGGCTCTGCCCTACATCAAGGCATATCG
GTTCTGGTCTGCGTTTCCGTACAGCCTTTGATTCAGCCCTTGTTTCTTCTGAAACAAAAC
CTTAGCCTATGACCCCAACTCCTATATTTCCTTTTTT*CGTCGAAAAG*TAGCAGACTTT
CAAACTTAACAGCACTCTGGCTTCATCCTATTCAG*TGTTTT*AACTGCCTCAGC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3FK14JQ 504 0 0
GT
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CCCTTGTTTCTTCTGAAACAAAACCTTAGCCTATGACCCCAACTCCTATATTTCCTTTTT
TTCGTCGAAAAGGTAGCAGACTTTCAAACTTAACAGCACTCTGGCTTCATCCTATTCAGG
TGTTTTTAACTGCCTCAGCTCAAAATGAAGACTAGCCCCTTAACCAAGAGTAGAGACTGG
TTTTGACAAAGGTTCCCAATCTCTCATCATTATTTCCCCTGTTTTTCTTTTTGGATTCCT
CAAAAAAGGCAGAAGGAAGTAAGGATTGTGGATACATACGAATTAACAAGACGGTGAAAA
GACATCTTTGTAAGATTCATAGTTTCTGATTAATACCATTAACAAGTTCTGAGTATGTGT
GTTTTATATAGAGAGTTTCATAGTTTGTAAGCAAGCTCTTTGATTCTCGGATTTCATAAG
AATAAGAAGTTTGTTTGAGACC

QA 3 504 3 504
DS 



AS 1 2

CO CL5392Contig1 1358 2 2 U
GGACAAAAACAAAAAGAAAGTAAACAAGAAAAATGAAGTGTTTGTGTTTGCTCGCGTTTC
TAGCAATTGTGATCACACAAAGCTATAACGATCTAAGAGCAGAGGCTGCGTCGAGTGATG
GTTTCGTGAGTAGGAAAGGCGTCCAGTTTATTCTCAACGGGAAACCATTTTACGCCAATG
GATTCAATGCCTACTGGCTCACGTACGAAGCCACCGATCCGGCCACAAGGTTTAAAATCA
CCTACGCCCTTCAAAACGCGACCAGTCACGGTCTGACGGTAGCACGCACATGGGGTTTCA
GAGATGGCGGTTACCGTGCTCTCCAAACCGCCTCTGGTTCCTACGATGAACTAACGTTTC
AGGGTTTGGATTTTGCGATAGCCGAAGCAAAAAGACTGGGTATAAAATTGATAATCACCT
TTGTCAATAACTATTCTGACTTCGGAGGAAGGAAACAATACGTGGATTGGTCTAAAAGTC
AAGGCCAAGCCGTGAATTCAGAAGACGAGTTCTACACAAACCCTACTGTTAAACAGTTCT
TCAAGAACCACGTTAAGAAAATGGTGGACAGAGTGAATACATTTACCAAAATTGCATACA
AAGACGAACCAACCATTATGGCTTGGGAGCTCATGAACGAACCCCAATGCAAAGCAGATC
CAAGTGGGAAAACCCTGACGGCTTGGATTGGTGAAATGGCTACTTACGTAAAATCACTTG
ATTCAAAACATCTCCTAACTACCGGTCTTGAAGGCTTCTATGGTGACTCATCTCCTCAGA
AGAAAGCTTCTTTAAATCCAGTTGCAGCAAACGTTCTTGGAACCGATTTCATCGCTAATC
ACTTATTTGACGCCATTGATTTCGCATCGATTCACTCTTACCCTGACTTATGGTTTCCAA
ACCTATATGAGACATCTCGATTGGACTTCTTAATAAAATGGCTTGAAGGCCGTATGGAAG
ATGCACAAAACATTCTTAAAAAACCTCTAATCCTAGGAGAATTCGGGAAGCCATCGAATA
CACCAAACTATACTCTAGCTCAGAGAGATGCTGTCTTTAATGCAACGTTCAACACCATTT
ACGCGTCTGCAAAAAAAGACGGTCCAATCGCAGGTGCACTGTTTTGGCACCTTATTAGCG
GCGGTATGAAAAATTTTGAAGATGCCCTCTCCATTGTACTTAGTGACCAAACTTCGACGG
TTAAAATTATTGGGCAGCAGTCACACAAGTTGGGTTTGATTGGTGGAAGAGGAAAACTAA
GTCACAAAATCAAAATCTAGATAGGGCCTTTTTGTAATAGTCCACACTAAAATTATGCCC
AAATGATATAATAATTTTTTAAAAATATTTCTCATATC


BQ
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AF RR3AV19TF U 1
AF RR3AV19JQ C 531
BS 1 748 RR3AV19TF
BS 749 1358 RR3AV19JQ

RD RR3AV19TF 748 0 0
GGACAAAAACAAAAAGAAAGTAAACAAGAAAAATGAAGTGTTTGTGTTTGCTCGCGTTTC
TAGCAATTGTGATCACACAAAGCTATAACGATCTAAGAGCAGAGGCTGCGTCGAGTGATG
GTTTCGTGAGTAGGAAAGGCGTCCAGTTTATTCTCAACGGGAAACCATTTTACGCCAATG
GATTCAATGCCTACTGGCTCACGTACGAAGCCACCGATCCGGCCACAAGGTTTAAAATCA
CCTACGCCCTTCAAAACGCGACCAGTCACGGTCTGACGGTAGCACGCACATGGGGTTTCA
GAGATGGCGGTTACCGTGCTCTCCAAACCGCCTCTGGTTCCTACGATGAACTAACGTTTC
AGGGTTTGGATTTTGCGATAGCCGAAGCAAAAAGACTGGGTATAAAATTGATAATCACCT
TTGTCAATAACTATTCTGACTTCGGAGGAAGGAAACAATACGTGGATTGGTCTAAAAGTC
AAGGCCAAGCCGTGAATTCAGAAGACGAGTTCTACACAAACCCTACTGTTAAACAGTTCT
TCAAGAACCACGTTAAGAAAATGGTGGACAGAGTGAATACATTTACCAAAATTGCATACA
AAGACGAACCAACCATTATGGCTTGGGAGCTCATGAACGAACCCCAATGCAAAGCAGATC
CAAGTGGGAAAACCCTGACGGCTTGGATTGGTGAAATGGCTACTTACGTAAAATCACTTG
ATTCAAAACATCTCCTAACTACCGGTCT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3AV19JQ 828 0 0
AAACAGTTCTTCAAGAACCACGTTAAGAAAATGGTGGACAGAGTGAATACATTTACCAAA
ATTGCATACAAAGACGAACCAACCATTATGGCTTGGGAGCTCATGAACGAACCCCAATGC
AAAGCAGATCCAAGTGGGAAAACCCTGACGGCTTGGATTGGTGAAATGGCTACTTACGTA
AAATCACTTGATTCAAAACATCTCCTAACTACCGGTCTTGAAGGCTTCTATGGTGACTCA
TCTCCTCAGAAGAAAGCTTCTTTAAATCCAGTTGCAGCAAACGTTCTTGGAACCGATTTC
ATCGCTAATCACTTATTTGACGCCATTGATTTCGCATCGATTCACTCTTACCCTGACTTA
TGGTTTCCAAACCTATATGAGACATCTCGATTGGACTTCTTAATAAAATGGCTTGAAGGC
CGTATGGAAGATGCACAAAACATTCTTAAAAAACCTCTAATCCTAGGAGAATTCGGGAAG
CCATCGAATACACCAAACTATACTCTAGCTCAGAGAGATGCTGTCTTTAATGCAACGTTC
AACACCATTTACGCGTCTGCAAAAAAAGACGGTCCAATCGCAGGTGCACTGTTTTGGCAC
CTTATTAGCGGCGGTATGAAAAATTTTGAAGATGCCCTCTCCATTGTACTTAGTGACCAA
ACTTCGACGGTTAAAATTATTGGGCAGCAGTCACACAAGTTGGGTTTGATTGGTGGAAGA
GGAAAACTAAGTCACAAAATCAAAATCTAGATAGGGCCTTTTTGTAATAGTCCACACTAA
AATTATGCCCAAATGATATAATAATTTTTTAAAAATATTTCTCATATC

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 2

CO CL5393Contig1 1185 2 2 U
GGGTGACTGCTATGCATAGATCTGGTACTGCAATGGCGTGGAATGTGTTCAAGTTCTGTA
CAGCCTTACGAGGTCTCGGATCCATCATGATCTTATTAGTTCTCGGCGTTGTCGGTGTTA
CCTATTACGCCGTCGTTTTGTCTAATTATGGACCTGCTCTGTCTCAAGGAGGCGTTGATT
CCTTTGTCGCTCTTACCATCATTGTCCTCTTCCATGTTCCCCTGGCAATGCTTTTGTGGA
GCTACTTCTCTGTTGTTTTCACTGATCCTGGTGCTGTGCCACCTAATTGGAGACCAGCTG
CTGATGAAGAGAGAGGTGAATCTGATCCGTTGACTAGTCTTGAGTTTGTCGGGTTACAGA
CAGATTCTTCAAACCCTAGAGTTAGGTTTTGTAGGAAGTGCAACCAGCCAAAACCTCCAC
GTTGCCATCATTGTTCTGTTTGTGGTAGGTGTGTGTTGAAGATGGATCACCATTGCGTTT
GGGTGGTTAACTGTGTAGGAGCATTGAATTATAAGTACTTCCTTCTTTTCTTGTTCTACA
CGTTTTTAGAGACGACTCTTGTGACTTTGGTTCTTATGCCACACTTCATAGCCTTCTTTA
GTGATGAAGAGATACCTGGAACGCCTGGCACTCTTGCTACTACTTTTCTTGCATTTGTTT
TGAACTTGGCATTTGCTTTGAGTGTGATGGGTTTCTTGATCATGCACATTTCTTTGGTTT
CTGGCAATACCACAACCATAGAGGCATATGAGAAGAAAAGAAGTGCAAGATGGCGGTATG
ACCTCGGCAGAAAGAAAAACTTTGAACAGGTATTTGGAATGGATAAGAGATACTGGTTCA
TCCCAGGATACACAGAAGAAGATCTAAGGAGAATGCCAGAGCTGTATGGACTTGAATACC
CTTCCAATCCTGACTTTGATTCCCAGTAATGCTGAAAGTTGGCTTTGATCATCATCATCA
TCATGTAAAACAACAATACGTAGAAGACAGAGAGACCTCTACTAACTTGAAGAATGATGC
GTTCACTTGTCGGCAGTGTAGTGTCTTCATATAAAGGCCAGAAAAGTCATTAGATTATGG
GTTTTGTAATGGAGAAAAATTACAACTTAGCTTTGTTTGTTTACCCATATGTTCAAAATC
TTATTCAATAGTTGATAACTTCATATACATATATGTTCATCTTCC


BQ
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AF RR3E824TF U 1
AF RR3E824JQ C 432
BS 1 649 RR3E824TF
BS 650 1185 RR3E824JQ

RD RR3E824TF 649 0 0
GGGTGACTGCTATGCATAGATCTGGTACTGCAATGGCGTGGAATGTGTTCAAGTTCTGTA
CAGCCTTACGAGGTCTCGGATCCATCATGATCTTATTAGTTCTCGGCGTTGTCGGTGTTA
CCTATTACGCCGTCGTTTTGTCTAATTATGGACCTGCTCTGTCTCAAGGAGGCGTTGATT
CCTTTGTCGCTCTTACCATCATTGTCCTCTTCCATGTTCCCCTGGCAATGCTTTTGTGGA
GCTACTTCTCTGTTGTTTTCACTGATCCTGGTGCTGTGCCACCTAATTGGAGACCAGCTG
CTGATGAAGAGAGAGGTGAATCTGATCCGTTGACTAGTCTTGAGTTTGTCGGGTTACAGA
CAGATTCTTCAAACCCTAGAGTTAGGTTTTGTAGGAAGTGCAACCAGCCAAAACCTCCAC
GTTGCCATCATTGTTCTGTTTGTGGTAGGTGTGTGTTGAAGATGGATCACCATTGCGTTT
GGGTGGTTAACTGTGTAGGAGCATTGAATTATAAGTACTTCCTTCTTTTCTTGTTCTACA
CGTTTTTAGAGACGACTCTTGTGACTTTGGTTCTTATGCCACACTTCATAGCCTTCTTTA
GTGATGAAGAGATACCTGGAACGCCTGGCACTCTTGCTACTACTTTTCT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3E824JQ 754 0 0
TGTTCTGTTTGTGGTAGGTGTGTGTTGAAGATGGATCACCATTGCGTTTGGGTGGTTAAC
TGTGTAGGAGCATTGAATTATAAGTACTTCCTTCTTTTCTTGTTCTACACGTTTTTAGAG
ACGACTCTTGTGACTTTGGTTCTTATGCCACACTTCATAGCCTTCTTTAGTGATGAAGAG
ATACCTGGAACGCCTGGCACTCTTGCTACTACTTTTCTTGCATTTGTTTTGAACTTGGCA
TTTGCTTTGAGTGTGATGGGTTTCTTGATCATGCACATTTCTTTGGTTTCTGGCAATACC
ACAACCATAGAGGCATATGAGAAGAAAAGAAGTGCAAGATGGCGGTATGACCTCGGCAGA
AAGAAAAACTTTGAACAGGTATTTGGAATGGATAAGAGATACTGGTTCATCCCAGGATAC
ACAGAAGAAGATCTAAGGAGAATGCCAGAGCTGTATGGACTTGAATACCCTTCCAATCCT
GACTTTGATTCCCAGTAATGCTGAAAGTTGGCTTTGATCATCATCATCATCATGTAAAAC
AACAATACGTAGAAGACAGAGAGACCTCTACTAACTTGAAGAATGATGCGTTCACTTGTC
GGCAGTGTAGTGTCTTCATATAAAGGCCAGAAAAGTCATTAGATTATGGGTTTTGTAATG
GAGAAAAATTACAACTTAGCTTTGTTTGTTTACCCATATGTTCAAAATCTTATTCAATAG
TTGATAACTTCATATACATATATGTTCATCTTCC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL5394Contig1 1003 2 8 U
GGCCCCCAAACGCAAACCAGAACAGAGAATAAAAAATATCTCCGGCGATTCTCTCGTCTC
CCCCGACGGCTGTCGCTTCGTCAGAGTCGCTTGAGATCCTGCATTCTCAATCAGTTCAGT
AAAAAGGTCTGCAAAATGGTTGCTCAGGGATTCACTGTGGATCTTAACAAGCCCCTTGTA
TTTCAGGTTGGCCATCTTGGTGAAGAGTACGAGGAATGGGTTCACCAACCCATTGTGTCA
AAGGAAGGCCCTCGGTTTTTCCACAGTGACTTTTGGGAGTTCTTGACCCTTACAAGATGG
TGGGTGGTTCCTGTAATTTGGTTGCCAGTTTCACTCTGGTGCATCTCCATGTCAGTAAGC
AGGGGCCTTTCACTTCCAGAAATCGTCCCATTGATACCCTTGGGAATATTTATCTGGACG
TTTATTGAATATACTCTCCACCGGTTCCTTTTCCACATAAAGACCAAGAGTTACTGGGGA
AACACGGCACACTATTTTCTTCACGGATGCCATCACAAGCACCCCATGGACCATTTCCGT
TTCGTCTTTCCTCCTACTGCAACAGCAATTTTATGCTTTCCTTTCTGGAACCTTGTGAAG
CTATTCACTACTCCTGCAGTCACACCAGCGTTGTTTGGAGGCGGCATGCTCGGGTACGTG
ATGTACGATGTTACTCACTACTACCTTCATCATGCCCAACCAATTAAAGCAGTGACCAAA
AACCTCAAGAAATACCATTTGAACCATCACTTCAGGATTCAGGACAAGGGTTTTGGTATA
ACATCGTCGCTATGGGACATAGTGTTTGGGACACTTCCCACCACAAAAGCCCCTAAAAGA
GAGCAATAGTAGTGTACTAAAACGCAAAACGAAAAGAATTATTTGCAATACAGTTGAATC
TTAAATTTATTAATCATCATCCCTCATGAGTTTTGAGATGTTTGTCTGGGGTTTCATTTG
AACCACTGTCTTTGTAAATCAATGCTTTTATGTCATGTTTTAC


BQ
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AF RR3FE94TF U 1
AF RR3CS05JQB C 260
BS 1 312 RR3FE94TF
BS 313 313 RR3CS05JQB
BS 314 404 RR3FE94TF
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BS 466 493 RR3FE94TF
BS 494 1003 RR3CS05JQB

RD RR3FE94TF 493 0 0
GGCCCCCAAACGCAAACCAGAACAGAGAATAAAAAATATCTCCGGCGATTCTCTCGTCTC
CCCCGACGGCTGTCGCTTCGTCAGAGTCGCTTGAGATCCTGCATTCTCAATCAGTTCAGT
AAAAAGGTCTGCAAAATGGTTGCTCAGGGATTCACTGTGGATCTTAACAAGCCCCTTGTA
TTTCAGGTTGGCCATCTTGGTGAAGAGTACGAGGAATGGGTTCACCAACCCATTGTGTCA
AAGGAAGGCCCTCGGTTTTTCCACAGTGACTTTTGGGAGTTCTTGACCCTTACAAGATGG
TGGGTGGTTCCTTTAATTTGGTTGCCAGTTTCACTCTGGTGCATCTCCATGTCAGTAAGC
AGGGGCCTTTCACTTCCAGAAATCGTCCCATTGATACCCTTGGGCATATTTATCTGGACG
TTTATTGAATATACTCTCCACCGGTTCCTTTTCCACATAAAGACGAAGAGTTACTGGGGA
AACACGGCACACT

QA 1 493 1 493
DS 

RD RR3CS05JQB 744 0 0
TCCACAGTGACTTTTGGGAGTTCTTGACCCTTACAAGATGGTGGGTGGTTCCTGTAATTT
GGTTGCCAGTTTCACTCTGGTGCATCTCCATGTCAGTAAGCAGGGGCCTTTCACTTCCAG
AGATCGTCCCATTGATACCCTTGGGAATATTTATCTGGACGTTTATTGAATATACTCTCC
ACCGGTTCCTTTTCCACATAAAGACCAAGAGTTACTGGGGAAACACGGCACACTATTTTC
TTCACGGATGCCATCACAAGCACCCCATGGACCATTTCCGTTTCGTCTTTCCTCCTACTG
CAACAGCAATTTTATGCTTTCCTTTCTGGAACCTTGTGAAGCTATTCACTACTCCTGCAG
TCACACCAGCGTTGTTTGGAGGCGGCATGCTCGGGTACGTGATGTACGATGTTACTCACT
ACTACCTTCATCATGCCCAACCAATTAAAGCAGTGACCAAAAACCTCAAGAAATACCATT
TGAACCATCACTTCAGGATTCAGGACAAGGGTTTTGGTATAACATCGTCGCTATGGGACA
TAGTGTTTGGGACACTTCCCACCACAAAAGCCCCTAAAAGAGAGCAATAGTAGTGTACTA
AAACGCAAAACGAAAAGAATTATTTGCAATACAGTTGAATCTTAAATTTATTAATCATCA
TCCCTCATGAGTTTTGAGATGTTTGTCTGGGGTTTCATTTGAACCACTGTCTTTGTAAAT
CAATGCTTTTATGTCATGTTTTAC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5396Contig1 958 2 6 U
GGCAATCAAACATGTTTAAGAGAAGGAACGCTCACCAACTTGATGATGATTCTCAGCAAG
AAAACAAGGTTAGCAATTTGAGATCTGCGTTAGGACCGCTCTCGGGACATAGTTTAGTGT
TCTGCTCTGATGCTTCCTTGAGGAGGTATTTGGATGCTCGTAATTGGAATGTCGAAAAAG
CCAAGAAAATGATCGAGGAGACTCTTAAGTGGAGATCAACATACAAACCTCATGAGATCC
TTTGGCATCAAGTAGCACACGAAGGTGAGACCGGTAAAGTTTCAAGAGCTAGTTTTCATG
ATCGACAAGGTAGAGTAGTGCTTATAATGAGACCTACAATGCAGAACTCAACATCAGCAG
AAGGTAATATCAAGCATTTGGTTTATCTTCTTGAAAATGCAATCCTCAATCTTCCAAGGG
GACAAGAACAAATGTCATGGCTCATTGATTTCACTGGTTGGTCTATGGCCGCTAATGCCC
CTATGAAAACAACACTCGACATTGTCTACATCCTACAGAATCATTACCCTGAGAGACTCG
GTATGGCCTTTCTATACAATCCACCAAGACTATTCCAAGCAGGCTACAAGGCTATTAAGT
ACTTCTTGGACCCACGCACAGCTCAAAAGGTCAAATTTGTGTACCCAAAAGACAAAACAA
GTGATGAACTGATGACATCACATTTTGATGTTGAGAATCTCCCCAAGGAGTTTGGAGGCG
AAGCAACACTAGCGTATGATCATGAGGAGTTTTCAAGACAAATGTATGAAGACGATGTCA
AAACCGCAAGGTACTGGGGATTGGAGGAGAAACAGTATAAGGAACCAAACGGCTTCCATG
CAGCTGATGTTGTACCTGAGCCGACCTCTTTTCTTGCATCAGCAGCTAGCTGAGAATTGA
ATGCATATGTATACACATAACGAAGAAAAGAAGATTAATAAACGTTATTTCGTATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FE10TF U 1
AF RR3FE10JQ C 517
BS 1 696 RR3FE10TF
BS 697 697 RR3FE10JQ
BS 698 721 RR3FE10TF
BS 722 722 RR3FE10JQ
BS 723 747 RR3FE10TF
BS 748 958 RR3FE10JQ

RD RR3FE10TF 747 0 0
GGCAATCAAACATGTTTAAGAGAAGGAACGCTCACCAACTTGATGATGATTCTCAGCAAG
AAAACAAGGTTAGCAATTTGAGATCTGCGTTAGGACCGCTCTCGGGACATAGTTTAGTGT
TCTGCTCTGATGCTTCCTTGAGGAGGTATTTGGATGCTCGTAATTGGAATGTCGAAAAAG
CCAAGAAAATGATCGAGGAGACTCTTAAGTGGAGATCAACATACAAACCTCATGAGATCC
TTTGGCATCAAGTAGCACACGAAGGTGAGACCGGTAAAGTTTCAAGAGCTAGTTTTCATG
ATCGACAAGGTAGAGTAGTGCTTATAATGAGACCTACAATGCAGAACTCAACATCAGCAG
AAGGTAATATCAAGCATTTGGTTTATCTTCTTGAAAATGCAATCCTCAATCTTCCAAGGG
GACAAGAACAAATGTCATGGCTCATTGATTTCACTGGTTGGTCTATGGCCGCTAATGCCC
CTATGAAAACAACACTCGACATTGTCTACATCCTACAGAATCATTACCCTGAGAGACTCG
GTATGGCCTTTCTATACAATCCACCAAGACTATTCCAAGCAGGCTACAAGGCTATTAAGT
ACTTCTTGGACCCACGCACAGCTCAAAAGGTCAAATTTGTGTACCCAAAAGACAAAACAA
GTGATGAACTGATGACATCACATTTTGATGTTGAGA*TCTCCCCAAGGAGTTTGGAGGCG
A*GCAACACTAGCGTATGATCATGAGG

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3FE10JQ 442 0 0
AGAATCATTACCCTGAGAGACTCGGTATGGCCTTTCTATACAATCCACCAAGATTATTCC
AAGCAGGCTACAAGGCTATTAAGTACTTCTTGGACCCACGCACAGCTCAAAAGGTCAAAT
TTGTGTACCCAAAAGACAAAACAAGTGATGAACTGATGACATCACATTTTGATGTTGAGA
ATCTCCCCAAGGAGTTTGGAGGCGAAGCAACACTAGCGTATGATCATGAGGAGTTTTCAA
GACAAATGTATGAAGACGATGTCAAAACCGCAAGGTACTGGGGATTGGAGGAGAAACAGT
ATAAGGAACCAAACGGCTTCCATGCAGCTGATGTTGTACCTGAGCCGACCTCTTTTCTTG
CATCAGCAGCTAGCTGAGAATTGAATGCATATGTATACACATAACGAAGAAAAGAAGATT
AATAAACGTTATTTCGTATTAC

QA 1 442 1 442
DS 



AS 1 2

CO CL5397Contig1 858 2 2 U
GGAAAGATCACCGATCGGAGACTCTCCTGTCATCTATCAGGTGGTTATCATCGTCGCTTA
AAGGTCAGACCTTTACCTCGCCGCAAGAAAAGATGCTCGGTTGACGACGAACCTCCACCG
ATCTTTACCCTTTTTAGCTCAACAATATAGAGTGAAAGAGAAAGGATGTCGACACCAGCG
AGGAAGAGATTGATGAGGGACTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCTGGAATCAGC
GGTGCTCCTCAAGACAACAACATCATGCTCTGGAATGCTGTTATTTTCGGGCCTGATGAT
ACCCCCTGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTTTCAGAAGATTATCCAAAC
AAACCACCTACTGTCCGGTTTGTTTCACGGATGTTCCATCCTAACATATATGCTGATGGG
AGTATATGCTTGGACATTCTCCAAAACCAGTGGAGTCCTATATATGATGTCGCTGCTATA
CTTACCTCCATCCAGTCATTGCTCTGTGATCCTAATCCGAATTCCCCTGCCAACTCGGAA
GCTGCGCGAATGTTCAGCGAAAGCAAACGAGAGTACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTG
GAACAAAGCTGGACTGCTGACTAAGTAAATAGTCTTTTCTTTGTAGCATTTTTGTCTTCA
AAAAAAACAATTGAACCTCTTCTCTTGTGTTTGATTCCACCAACACCGTCTCCCTCTCCC
CTTTTTATGTTTATGTCTTTGTGTGTGTGTGTTTCAGACTCTGTGATTTGTTTGTTCCTT
GCAATGTTTCTATGTGTTTCCATGTATTATCTTAACCAAATTCGTCTTCATAATTGTTAT
ATGTATTTCACTTCAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B174TF U 1
AF RR3B174JQ C 31
BS 1 842 RR3B174TF
BS 843 858 RR3B174JQ

RD RR3B174TF 842 0 0
GGAAAGATCACCGATCGGAGACTCTCCTGTCATCTATCAGGTGGTTATCATCGTCGCTTA
AAGGTCAGACCTTTACCTCGCCGCAAGAAAAGATGCTCGGTTGACGACGAACCTCCACCG
ATCTTTACCCTTTTTAGCTCAACAATATAGAGTGAAAGAGAAAGGATGTCGACACCAGCG
AGGAAGAGATTGATGAGGGACTTCAAGAGGTTGCAGCAAGACCCACCTGCTGGAATCAGC
GGTGCTCCTCAAGACAACAACATCATGCTCTGGAATGCTGTTATTTTCGGGCCTGATGAT
ACCCCCTGGGATGGAGGTACTTTCAAACTCTCACTGCAGTTTTCAGAAGATTATCCAAAC
AAACCACCTACTGTCCGGTTTGTTTCACGGATGTTCCATCCTAACATATATGCTGATGGG
AGTATATGCTTGGACATTCTCCAAAACCAGTGGAGTCCTATATATGATGTCGCTGCTATA
CTTACCTCCATCCAGTCATTGCTCTGTGATCCTAATCCGAATTCCCCTGCCAACTCGGAA
GCTGCGCGAATGTTCAGCGAAAGCAAACGAGAGTACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTG
GAACAAAGCTGGACTGCTGACTAAGTAAATAGTCTTTTCTTTGTAGCATTTTTGTCTTCA
AAAAAAACAATTGAACCTCTTCTCTTGTGTTTGATTCCACCAACACCGTCTCCCTCTCCC
CTTTTTATGTTTATGTCTTTGTGTGTGTGTGTTTCAGACTCTGTGATTTGTTTGTTCCTT
GCAATGTTTCTATGTGTTTCCATGTATTATCTTAACCAAATTCGTCTTCATAATTGTTAT
AT

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR3B174JQ 828 0 0
CATCTATCAGGTGGTTATCATCGTCGCTTAAAGGTCAGACCTTTACCTCGCCGCAAGAAA
AGATGCTCGGTTGACGACGAACCTCCACCGATCTTTACCCTTTTTAGCTCAACAATATAG
AGTGAAAGAGAAAGGATGTCGACACCAGCGAGGAAGAGATTGATGAGGGACTTCAAGAGG
TTGCAGCAAGACCCACCTGCTGGAATCAGCGGTGCTCCTCAAGACAACAACATCATGCTC
TGGAATGCTGTTATTTTCGGGCCTGATGATACCCCCTGGGATGGAGGTACTTTCAAACTC
TCACTGCAGTTTTCAGAAGATTATCCAAACAAACCACCTACTGTCCGGTTTGTTTCACGG
ATGTTCCATCCTAACATATATGCTGATGGGAGTATATGCTTGGACATTCTCCAAAACCAG
TGGAGTCCTATATATGATGTCGCTGCTATACTTACCTCCATCCAGTCATTGCTCTGTGAT
CCTAATCCGAATTCCCCTGCCAACTCGGAAGCTGCGCGAATGTTCAGCGAAAGCAAACGA
GAGTACAACAGAAGAGTCCGCGAGGTTGTGGAACAAAGCTGGACTGCTGACTAAGTAAAT
AGTCTTTTCTTTGTAGCATTTTTGTCTTCAAAAAAAACAATTGAACCTCTTCTCTTGTGT
TTGATTCCACCAACACCGTCTCCCTCTCCCCTTTTTATGTTTATGTCTTTGTGTGTGTGT
GTTTCAGACTCTGTGATTTGTTTGTTCCTTGCAATGTTTCTATGTGTTTCCATGTATTAT
CTTAACCAAATTCGTCTTCATAATTGTTATATGTATTTCACTTCAATC

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 2

CO CL5398Contig1 1223 2 2 U
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TTTTCGATGGAGATGGTGACAGATGGTGATGATGATCAACGCTCCGAGGAGGGTTCCAGA
GGTGAGAAGAGATGTCTTAATTGTCTGGCATTGGTCGGTGGCTCTTGCCGTGAGGAAGAA
ACAAGAATTGTACGAGTAAGAGAAGAAGGTGATAGTGCTTCTTCTTATTCTTCTTCTTCT
TCCTGGAGTTTGTCCTCCGTGGAGTCCAAGAGGCGTCGTGTGGTGTTCCACGAACCCATC
AGAGCAGGGCCTCTAAGGGAAGTCAAGCCTGTGATCAGAAGAAAAAAGCCGGTCAAACCG
GAGAGATGGGTTACACCGGAATGGCTGGTTAATCTGATGACGAGACTAAACGGTGTTGAC
GTGAAGCTGGTGATTGATAAGATGATTCAGACGATTGATGTCAACCCAAACCAAGCACGT
CTCTTGATTCCCTTTAACCAGATAGTGGAGATGGACTTCTTGAACGAGGCAGAGTTGGGC
ATCATAGCTCAACATCAAAGAGATAAGAGTAAAAAAGGTGTTGATGTGACCGTGGTCGCG
TCCGACGGTAGAGAATGGAATGCTAAACTAAGAAGATGGAATATGAACTGTCCCAACTAC
TCCTTGTGTTCTGGATGGAACGGTCGTCCGCGAGAACATGCTCAAGAACAAGGTAGGGCA
GATATTTCGACTATGGTCATTCCACTCCCAGGATGGGACGAAGCTCTATCTAGCCTTCTT
TCATCAGCCTACAGCTCCGGATATACCCGACCTAAATGTACCGTTTGTTCTAGAGAGGGC
TCCTCTTGAGGCTAAACAAGAGAGGCATGATAGGAGGAGGACTTGGAAACCCGATCTCCG
GCTGGCGCGGTGTGTGTACCTAAATATACCATTGGTTCCAGTGCGCACGGAGATGGCTTC
TCTTGAAGCTGTACAAGAGACCTCACCGGATTCAGCCAGAGAGACGAAGACAACGGTGGA
CCTCGAGCTCCGGCTGGGGCTAGAAGAGAGGCATGAAAGGAGGACTTCACTGGAATCAGA
CAAAGAGACGACGAAGACAGTGACTTATTTTTAGGCTTTCAAATGATTTTTTTTTTCTTT
TGGGTTTTGTTTTGTTCATTTACTAGTCTTGTGGCTTCTTTGGTTTTAGTTTCGATGATT
GAATTTTAGGAAAATGATATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G812TF U 1
AF RR3G812JQ C 472
BS 1 708 RR3G812TF
BS 709 1223 RR3G812JQ

RD RR3G812TF 708 0 0
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TTTTCGATGGAGATGGTGACAGATGGTGATGATGATCAACGCTCCGAGGAGGGTTCCAGA
GGTGAGAAGAGATGTCTTAATTGTCTGGCATTGGTCGGTGGCTCTTGCCGTGAGGAAGAA
ACAAGAATTGTACGAGTAAGAGAAGAAGGTGATAGTGCTTCTTCTTATTCTTCTTCTTCT
TCCTGGAGTTTGTCCTCCGTGGAGTCCAAGAGGCGTCGTGTGGTGTTCCACGAACCCATC
AGAGCAGGGCCTCTAAGGGAAGTCAAGCCTGTGATCAGAAGAAAAAAGCCGGTCAAACCG
GAGAGATGGGTTACACCGGAATGGCTGGTTAATCTGATGACGAGACTAAACGGTGTTGAC
GTGAAGCTGGTGATTGATAAGATGATTCAGACGATTGATGTCAACCCAAACCAAGCACGT
CTCTTGATTCCCTTTAACCAGATAGTGGAGATGGACTTCTTGAACGAGGCAGAGTTGGGC
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TCCGACGGTAGAGAATGGAATGCTAAACTAAGAAGATGGAATATGAACTGTCCCAACTAC
TCCTTGTGTTCTGGATGGAACGGTCGTCCGCGAGAACATGCTCAAGAA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3G812JQ 752 0 0
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GAGTTGGGCATCATAGCTCAACATCAAAGAGATAAGAGTAAAAAAGGTGTTGATGTGACC
GTGGTCGCGTCCGACGGTAGAGAATGGAATGCTAAACTAAGAAGATGGAATATGAACTGT
CCCAACTACTCCTTGTGTTCTGGATGGAACGGTCGTCCGCGAGAACATGCTCAAGAACAA
GGTAGGGCAGATATTTCGACTATGGTCATTCCACTCCCAGGATGGGACGAAGCTCTATCT
AGCCTTCTTTCATCAGCCTACAGCTCCGGATATACCCGACCTAAATGTACCGTTTGTTCT
AGAGAGGGCTCCTCTTGAGGCTAAACAAGAGAGGCATGATAGGAGGAGGACTTGGAAACC
CGATCTCCGGCTGGCGCGGTGTGTGTACCTAAATATACCATTGGTTCCAGTGCGCACGGA
GATGGCTTCTCTTGAAGCTGTACAAGAGACCTCACCGGATTCAGCCAGAGAGACGAAGAC
AACGGTGGACCTCGAGCTCCGGCTGGGGCTAGAAGAGAGGCATGAAAGGAGGACTTCACT
GGAATCAGACAAAGAGACGACGAAGACAGTGACTTATTTTTAGGCTTTCAAATGATTTTT
TTTTTCTTTTGGGTTTTGTTTTGTTCATTTACTAGTCTTGTGGCTTCTTTGGTTTTAGTT
TCGATGATTGAATTTTAGGAAAATGATATTTC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL5399Contig1 624 2 2 U
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CACTCCCCATTCATTCACCGTCCCGTCAGTTTTACACCGTCTTCTTCCCGTCTCCGGTCG
CCGGCAGCAGCATCTTATCCACGAATCAAAGCAGAAGTCGACACGAACACGGTAGTCGCA
ATCTCCGTAGGTGTGGCCAGCGTCGCATTAGGAATAGGAATCCCTGTCTTCTACGAGACA
CAAATCGACAATGCCGCTAAGCGAGAGAATACTCAACCTTGTTTTCCTTGCAACGGAACC
GGAGCTCAGAAATGTAGATTGTGTGTGGGAAGTGGTAACGTGACGGTAGAGCTTGGTGGG
GGAGAGAAGGAAGTCTCCAACTGTATCAACTGTGATGGTGCTGGTTCCTTGACTTGCACT
ACTTGTCAAGGCTCTGGTCTTCAACCTCGTTACCTTGACCGGAGGGAGTTCAAGGACGAT
GACTAAACATCTTTCACTCTACAGAACCATATTAAAGAGCGTCTCCTTCTCCCTTCTGTG
TAGTTTACTACATTTGAAACAAGACTGTTTTGTTTTTGTCTTTACCAAAACATGTGAGAA
CTCATGACTTTGGATACTGAAACA


BQ
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AF RR3H433TF U 1
AF RR3H433JQ C 138
BS 1 374 RR3H433TF
BS 375 624 RR3H433JQ

RD RR3H433TF 374 0 0
GGGACTTAACAACCAGCAAAGGCGACAATGCGAGCATCAGTTTCATCTCCGCCTCGTCTT
CACTCCCCATTCATTCACCGTCCCGTCAGTTTTACACCGTCTTCTTCCCGTCTCCGGTCG
CCGGCAGCAGCATCTTATCCACGAATCAAAGCAGAAGTCGACACGAACACGGTAGTCGCA
ATCTCCGTAGGTGTGGCCAGCGTCGCATTAGGAATAGGAATCCCTGTCTTCTACGAGACA
CAAATCGACAATGCCGCTAAGCGAGAGAATACTCAACCTTGTTTTCCTTGCAACGGAACC
GGAGCTCAGAAATGTAGATTGTGTGTGGGAAGTGGTAACGTGACGGTAGAGCTTGGTGGG
GGAGAGAAGGAAGT

QA 1 374 1 374
DS 

RD RR3H433JQ 487 0 0
TCCACGAATCAAAGCAGAAGTCGACACGAACACGGTAGTCGCAATCTCCGTAGGTGTGGC
CAGCGTCGCATTAGGAATAGGAATCCCTGTCTTCTACGAGACACAAATCGACAATGCCGC
TAAGCGAGAGAATACTCAACCTTGTTTTCCTTGCAACGGAACCGGAGCTCAGAAATGTAG
ATTGTGTGTGGGAAGTGGTAACGTGACGGTAGAGCTTGGTGGGGGAGAGAAGGAAGTCTC
CAACTGTATCAACTGTGATGGTGCTGGTTCCTTGACTTGCACTACTTGTCAAGGCTCTGG
TCTTCAACCTCGTTACCTTGACCGGAGGGAGTTCAAGGACGATGACTAAACATCTTTCAC
TCTACAGAACCATATTAAAGAGCGTCTCCTTCTCCCTTCTGTGTAGTTTACTACATTTGA
AACAAGACTGTTTTGTTTTTGTCTTTACCAAAACATGTGAGAACTCATGACTTTGGATAC
TGAAACA

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 2

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GTGTTTTTGAAGGACCGTATACCTCTTGGATTTGCAGTTTCTGGTTATGTGGGTCTTGCA
GCCATCTCAACCGCAACAATCCCTTTGATATTTCCACCTTTGAAGTGGTACTTTGTTCTG
TGTTCTTACTTCATAGCACCCGCTTTGGCCTTCTGTAACTCTTACGGAACCGGGCTCACG
GACTGGAGTCTAGCATCAACCTACGGAAAGATCGGTCTTTTCATAATTGCTTCCGTGGTG
GGAAGTGATGGTGGTGTCATTGCCGGTTTAGCTGCATGTGGTGTCACGATGTCAATCGTC
TCAACCGCAGCTGATCTCATGCAAGACTTCAAAACAGGTTACCTCACTTTATCATCAGCA
AAATCCATGTTCGTAAGCCAGCTCGTGGGAACTGCAATGGGCTGCATAATCGCTCCCCTC
ACGTTTTACTTGTTCTGGTCTGCTTTCGACATCGGAGACCCCGACGGTCCGTACAAAGCA
CCTTACGCAGTGATCTTCCGTGAGATGGCGATTCTCGGTATTGAAGGATTCGCAGAACTG
CCTAAGCACTGTCTGGCTCTTTGTTACGGGTTTTTCATTGCGGCTCTGATAGTGAACCTC
TTGAGGGACATTACGCCGCCTAAGGTCTCTCAGTTCATCCCTATCCCAATGGCGATGGCT
GTCCCGTTCTACATTGGAGCTTACTTCGCTATCGGCATGTTCGTTGGGACTGTTATATTG
TTCGTGTGGGAACGGATCAACAGGAAAGATGCAGAGGACTTTGCGGGTGCAGTAGCATCA
GGTTTGATCTGTGGAGATGGGATCTGGACAATTCCATTTGCAATCCTATCGATCTTGAGG
GTCAATCCGCCCATCTGTATGTACTTTAAACCGGCTTTGGCAAGTTAAAAGGGAGTCATA
GTCTTTCATGGCCGCAAAAAATGAAGTAATTGTCTTCATATGTTGTGTATATATGTTTCG
AAATCTCAGTTCCCAGGAAAACAAGAAATGTTGTTGCAAAATCTCTTTATATGTTTTAGA
CAATGTTGTTGTTTAAGGGATGTTGTCCCTTTGAATGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G527TF U 1
AF RR3G527JQ C 502
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TCAACCGCAGCTGATCTCATGCAAGACTTCAAAACAGGTTACCTCACTTTATCATCAGCA
AAATCCATGTTCGTAAGCCAGCTCGTGGGAACTGCAATGGGCTGCATAATCGCTCCCCTC
ACGTTTTACTTGTTCTGGTCTGCTTTCGACATCGGAGACCCCGACGGTCCGTACAAAGCA
CCTTACGCAGTGATCTTCCGTGAGATGGCGATTCTCGGTATTGAAGGATTCGCAGAACTG
CCTAAGCACTGTCTGGCTCTTTGTTACGGGTTTTTCATTGCGGCTCTGATAGTGAACCTC
TTGAGGGACATTACGCCGCCTAAG*TCTCTCAGTTCATCCCTATCCCAATGGCGATGGCT
GTCCCGTTCTACATTGGAGCTTACTTCGCTAT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3G527JQ 618 0 0
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TGTTACGGGTTTTTCATTGCGGCTTTGATAGTGAACCTCTTGAGGGACATTACGCCGCCT
AAGGTCTCTCAGTTCATCCCTATCCCAATGGCGATGGCTGTCCCGTTTTACATTGGAGCT
TACTTCGCTATCGGCATGTTCGTTGGGACTGTTATATTGTTCGTGTGGGAACGGATCAAC
AGGAAAGATGCAGAGGACTTTGCGGGTGCAGTAGCATCAGGTTTGATCTGTGGAGATGGG
ATCTGGACAATTCCATTTGCAATCCTATCGATCTTGAGGGTCAATCCGCCCATCTGTATG
TACTTTAAACCGGCTTTGGCAAGTTAAAAGGGAGTCATAGTCTTTCATGGCCGCAAAAAA
TGAAGTAATTGTCTTCATATGTTGTGTATATATGTTTCGAAATCTCAGTTCCCAGGAAAA
CAAGAAATGTTGTTGCAAAATCTCTTTATATGTTTTAGACAATGTTGTTGTTTAAGGGAT
GTTGTCCCTTTGAATGCT

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 2

CO CL5401Contig1 1355 2 4 U
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GGGTTTAACGAAGCTTTTGGCGGACAATGCGCCTAACGCAATGAAAGAGCAGAAATTCGA
GAGCTACTTCGGTCGGAAAATCGCAGTTGATGCAAGCATGAGCATTTACCAGTTCCTTAT
AGTGGTGGGGAGAACAGGGACTGAGATGCTCACCAACGAAGCTGGTGAAGTCACTAGCCA
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TTTTTTCGACGGGAAGCCCCCGGAGTTAAAGAGGCAAGAACTAGCGAAACGTTACTCCAA
GAGAGCTGATGCAACTGCAGATTTGACCGGTGCAATTGAGGCAGGAAACAAGGAGGACAT
TGAGAAGTACAGCAAACGAACTGTGAAGGTGACAAAGCAACACAATGACGACTGCAAAAG
ACTCTTGAAACTCATGGGGGTTCCCGTTGTTGAGGCCACTTCCGAAGCAGAAGCGCAATG
TGCTGCACTTTGCAAAGCACGAAAGGTGTATGGTGTGGCTTCTGAAGATATGGACTCCTT
AACTTTTGGAGCTCCTAAATTTCTTCGCCACCTGATGGATCCTAGCTCCAGAAAGATCCC
TGTCATGGAATTTGACATTGCCAAGATTTTAGAAGAGCTTCAACTTACCATGGATCAGTT
CATCGACTTGTGCATATTGTCCGGATGTGACTATTGTGACAGCATCCGAGGTATTGGAGG
GCTGACTGCCCTAAAGCTTATTCGCCAGCATGGATCTATTGAGGCTATCCTCGAAAATAT
AAACAAAGAAAGGTATCAGATACCTGAGGAATGGCCATATAATGAAGCTCGTAGACTTTT
TAAAGAACCTGATGTCTTAACTGATGAAGAGCAGCTTGATATCAAGTGGACCTCTCCAGA
TGAAGAGGGTATCGTTCAGTTTTTGGTGAATGAAAATGGATTCAACATTGATAGGGTAAC
CAAGGCGGTAGAGAAAATCAAATCTGCAAAGAACAAGTCATCCCAGGGAAGGCTGGAGTC
ATTTTTCAAGCCAGTCGCTAGCTCATCTGTGCCTGCCAAAAGAAAGGATGTCCCGGAGAG
TAACGCTAAAGGAGCAGCAAATAAGAAAACCAAGGGAGGTGGTGGGAGGAAGAAGAAGTA
AATCACGGTCCAAGCTGTGACAAGACTGTATAAGTAGTCTGTTTGCTTTTCTCTGTTTCA
GTAATTGTTGTTAAGACTCTGCTTTCGCTGTGGTAGAAAATTTATTCAGGTTTGGACTTC
ATTTGCATCTTTATGGTTCATGTGAAGGTATGATC


BQ
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AF RR3FC47TF U 1
AF RR3FC47JQ C 619
BS 1 693 RR3FC47TF
BS 694 694 RR3FC47JQ
BS 695 752 RR3FC47TF
BS 753 1355 RR3FC47JQ

RD RR3FC47TF 752 0 0
GGGAGAGAAAGAGAGAGAGAGTCAGAAACTTTCGCTCGCTGTCATCGCCATGGGTATCAA
GGGTTTAACGAAGCTTTTGGCGGACAATGCGCCTAACGCAATGAAAGAGCAGAAATTCGA
GAGCTACTTCGGTCGGAAAATCGCAGTTGATGCAAGCATGAGCATTTACCAGTTCCTTAT
AGTGGTGGGGAGAACAGGGACTGAGATGCTCACCAACGAAGCTGGTGAAGTCACTAGCCA
TTTGCAAGGGATGTTTAATCGAACCATTCGTCTTCTCGAAGCTGGAATCAAGCCTGTCTA
TTTTTTCGACGGGAAGCCCCCGGAGTTAAAGAGGCAAGAACTAGCGAAACGTTACTCCAA
GAGAGCTGATGCAACTGCAGATTTGACCGGTGCAATTGAGGCAGGAAACAAGGAGGACAT
TGAGAAGTACAGCAAACGAACTGTGAAGGTGACAAAGCAACACAATGACGACTGCAAAAG
ACTCTTGAAACTCATGGGGGTTCCCGTTGTTGAGGCCACTTCCGAAGCAGAAGCGCAATG
TGCTGCACTTTGCAAAGCACGAAAGGTGTATGGTGTGGCTTCTGAAGATATGGACTCCTT
AACTTTTGGAGCTCCTAAATTTCTTCGCCACCTGATGGATCCTAGCTCCAGAAAGATCCC
TGTCATGGAATTTGACATTGCCAAGATTTTAGA*GAGCTTCAACTTACCATGGATCAGTT
CATCGACTTGTGCATATTGTCCGGATGTGACT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3FC47JQ 737 0 0
ATTTCTTCGCCACCTGATGGATCCTAGCTCCAGAAAGATCCCTGTCATGGAATTTGACAT
TGCCAAGATTTTAGAAGAGCTTCAACTTACCATGGATCAGTTCATCGACTTGTGCATATT
GTCCGGATGTGACTATTGTGACAGCATCCGAGGTATTGGAGGGCTGACTGCCCTAAAGCT
TATTCGCCAGCATGGATCTATTGAGGCTATCCTCGAAAATATAAACAAAGAAAGGTATCA
GATACCTGAGGAATGGCCATATAATGAAGCTCGTAGACTTTTTAAAGAACCTGATGTCTT
AACTGATGAAGAGCAGCTTGATATCAAGTGGACCTCTCCAGATGAAGAGGGTATCGTTCA
GTTTTTGGTGAATGAAAATGGATTCAACATTGATAGGGTAACCAAGGCGGTAGAGAAAAT
CAAATCTGCAAAGAACAAGTCATCCCAGGGAAGGCTGGAGTCATTTTTCAAGCCAGTCGC
TAGCTCATCTGTGCCTGCCAAAAGAAAGGATGTCCCGGAGAGTAACGCTAAAGGAGCAGC
AAATAAGAAAACCAAGGGAGGTGGTGGGAGGAAGAAGAAGTAAATCACGGTCCAAGCTGT
GACAAGACTGTATAAGTAGTCTGTTTGCTTTTCTCTGTTTCAGTAATTGTTGTTAAGACT
CTGCTTTCGCTGTGGTAGAAAATTTATTCAGGTTTGGACTTCATTTGCATCTTTATGGTT
CATGTGAAGGTATGATC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL5402Contig1 969 2 2 U
GCCATAGGATTGGGATACTTGATGTGAGAGTCTTGAACCTAGACAGGCATGCTGGAAACA
TGTTAGTGAAGAAGATACATGACCAAGATGATGAGAGTTGTTGTTACAATGGAGTTGGAG
CTGCCGAGCTTGTGCCTATAGACCATGGTCTTTGCCTACCTGAATGTCTTGATGATCCTT
ACTTCGAATGGCTTAACTGGCCTCAAGCTTCGGTTCCATTCACTGATGCTGAGCTTCATT
ATATATCAAATCTTGACCCTTTCAAAGACGCAGAGCTTTTGAGAACCGAGCTAGGGTCTA
TACAGGAATCTTCCATAAGAGTCCTCGTTGTTTGCACCATGTTCTTGAAACAAGCAGCTG
CTTCAGGGCTGTGTCTTGCAGAGATAGGTGAGAAGATGACTAGAGACATCTGCGGAGGTG
AAGAGAGTTCTAGTCTGTTGGAGATTCTCTGCACCAAAGCAAAAGCAAGCGTGGTTGGTG
GAAGCTATGAAGAAGAAGGAGAAGATGGTGAGGATGATTATAGTAGTGAATGGGGATGAA
GTAGAGGCAGAGATAGAGTGTTGTATTTTTAACTTTGACGATGAGTTTGAAGATGTAAAA
TGCAAAGAGCTTACAGAAGAGATGAGTCATGTCTCTAAACCTCCTTTGTTTCCAAGAGCT
CCATCTTTCTCAGCCAATCTTTCTGCTCTCATGATGTGTTCTTGGATTGGGACTCATGAT
GGGAGTCTGGTGAGGAGCAAGAGCCATCCTGTTTGTGTGAATCATGATGACACAGAAGGT
GTTTATTTTGGAGACATGAGTGAAGATGAGTGGGAGATGTTCCTGCAGATGTTCCAGATG
CTTTTGCCAAAAGCACTTGAACGGTCAACGAGCAAGGGACCAAAGCCAAGATTTGGATCT
TCCTGCAAATTTTAAGGAAGCAGTTATTAAAGAAAAGTATATACGGTGAAAAGAACAAAC
CAAACAGAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H590TF U 1
AF RR3H590JQ C 469
BS 1 715 RR3H590TF
BS 716 969 RR3H590JQ

RD RR3H590TF 715 0 0
GCCATAGGATTGGGATACTTGATGTGAGAGTCTTGAACCTAGACAGGCATGCTGGAAACA
TGTTAGTGAAGAAGATACATGACCAAGATGATGAGAGTTGTTGTTACAATGGAGTTGGAG
CTGCCGAGCTTGTGCCTATAGACCATGGTCTTTGCCTACCTGAATGTCTTGATGATCCTT
ACTTCGAATGGCTTAACTGGCCTCAAGCTTCGGTTCCATTCACTGATGCTGAGCTTCATT
ATATATCAAATCTTGACCCTTTCAAAGACGCAGAGCTTTTGAGAACCGAGCTAGGGTCTA
TACAGGAATCTTCCATAAGAGTCCTCGTTGTTTGCACCATGTTCTTGAAACAAGCAGCTG
CTTCAGGGCTGTGTCTTGCAGAGATAGGTGAGAAGATGACTAGAGACATCTGCGGAGGTG
AAGAGAGTTCTAGTCTGTTGGAGATTCTCTGCACCAAAGCAAAAGCAAGCGTGGTTGGTG
GAAGCTATGAAGAAGAAGGAGAAGATGGTGAGGATGATTATAGTAGTGAATGGGGATGAA
GTAGAGGCAGAGATAGAGTGTTGTATTTTTAACTTTGACGATGAGTTTGAAGATGTAAAA
TGCAAAGAGCTTACAGAAGAGATGAGTCATGTCTCTAAACCTCCTTTGTTTCCAAGAGCT
CCATCTTTCTCAGCCAATCTTTCTGCTCTCATGATGTGTTCTTGGATTGGGACTC

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3H590JQ 501 0 0
GCGTGGTTGGTGGAAGCTATGAAGAAGAAGGAGAAGATGGTGAGGATGATTATAGTAGTG
AATGGG*ATGAAGTAGAGGCAGAGATAGAGTGTTGTATTTTTAACTTTGACGATGAGTTT
GAAGATGTAAAATGCAAAGAGCTTACAGAAGAGATGAGTCATGTCTCTAAACCTCCTTTG
TTTCCAAGAGCTCCATCTTTTTCAGCCAATCTTTCTGCTCTCATGATGTGTTCTTGGATT
GGGACTCATGATGGGAGTCTGGTGAGGAGCAAGAGCCATCCTGTTTGTGTGAATCATGAT
GACACAGAAGGTGTTTATTTTGGAGACATGAGTGAAGATGAGTGGGAGATGTTCCTGCAG
ATGTTCCAGATGCTTTTGCCAAAAGCACTTGAACGGTCAACGAGCAAGGGACCAAAGCCA
AGATTTGGATCTTCCTGCAAATTTTAAGGAAGCAGTTATTAAAGAAAAGTATATACGGTG
AAAAGAACAAACCAAACAGAG

QA 1 501 1 501
DS 



AS 1 2

CO CL5403Contig1 761 2 4 U
CGGCGAACTCTATCAACCGATTCAGGTTCCTCAACTAGATGTTTACAAATGCCACGAGTG
TGGCCAAACTTTGCCTGAAAATTTTGAAGCTCCATCAGATGAGCCATGGACTACCGGAAT
ATTCGGCTGCACTGAGGACATGGATAGCTTTTGGCAAGGATTCTTTTGCCCAAGTGTTCT
GTTTGGACGTGTCTATGAAACTCTGAGTGAGGAGGAAACCTCATGGAAGAGAGCATGTGT
TTGCCATTCGATTGTAGTAGAAGGCGGTCTTACGGCCGCATCCTTGCTTGTTTGTATTCC
CGAGTATAGATCCACATACCACGTTTCTTTTATGGGAAGGCTTGTTCTTTGTTTGGTGGA
TGTGTGGGATTTACACTGGAAACGTCAGGCAAACTCTCCAGCGCAAATATCATCTCCAGG
ACTCTCCTTGCGACCCATGTATGGTGCATTGCTTCCTCCATTTCTGTGCTGTTTGTCAAG
CACACCGGGAGATGAAGAACCGTCTTTCGGATAACTTTGTGATGTCAATGACTGTGGTTA
ACCCGCCACCGGTTCAAGAGATGAGTTCCTCTAATGACGGACACCACCATGACTCTCCCG
GTATCACACCACAGCTCTGACCTCGTGATGCGGCCTTTGTAGCGCGCAAAAATCCAAGGT
CTTGTTTTGTATGGACCTGAAGATGCATGATTTAATAAGGATACTATATAGACCCACTTG
GTTTGTTTAACACTCATCAATAATAGAGAGATCCTTATCAC


BQ
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AF RR3FW26TF U 1
AF RR3FW26JQ C 399
BS 1 584 RR3FW26TF
BS 585 585 RR3FW26JQ
BS 586 648 RR3FW26TF
BS 649 761 RR3FW26JQ

RD RR3FW26TF 648 0 0
CGGCGAACTCTATCAACCGATTCAGGTTCCTCAACTAGATGTTTACAAATGCCACGAGTG
TGGCCAAACTTTGCCTGAAAATTTTGAAGCTCCATCAGATGAGCCATGGACTACCGGAAT
ATTCGGCTGCACTGAGGACATGGATAGCTTTTGGCAAGGATTCTTTTGCCCAAGTGTTCT
GTTTGGACGTGTCTATGAAACTCTGAGTGAGGAGGAAACCTCATGGAAGAGAGCATGTGT
TTGCCATTCGATTGTAGTAGAAGGCGGTCTTACGGCCGCATCCTTGCTTGTTTGTATTCC
CGAGTATAGATCCACATACCACGTTTCTTTTATGGGAAGGCTTGTTCTTTGTTTGGTGGA
TGTGTGGGATTTACACTGGAAACGTCAGGCAAACTCTCCAGCGCAAATATCATCTCCAGG
ACTCTCCTTGCGACCCATGTATGGTGCATTGCTTCCTCCATTTCTGTGCTGTTTGTCAAG
CACACCGGGAGATGAAGAACCGTCTTTCGGATAACTTTGTGATGTCAATGACTGTGGTTA
ACCCGCCACCGGTTCAAGAGATGAGTTCCTCTAATGACGGACAC*ACCATGACTCTCCCG
GTATCACACCACAGCTCTGACCTCGTGATGCGGCCTTTGTAGCGCGCA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3FW26JQ 363 0 0
CAGCGCAAATATCATCTCCAGGACTCTCCTTGCGACCCATGTATGGTGCATTGCTTCCTC
CATTTTTGTGCTGTTTGTCAAGCACACCGGGAGATGAAGAACCGTCTTTCGGATAACTTT
GTGATGTCAATGACTGTGGTTAACCCGCCACCGGTTCAAGAGATGAGTTCCTCTAATGAC
GGACACCACCATGACTCTCCCGGTATCACACCACAGTTCTGACCTCGTGATGCGGCCTTT
GTAGCGCGCAAAAATCCAAGGTCTTGTTTTGTATGGACCTGAAGATGCATGATTTAATAA
GGATACTATATAGACCCACTTGGTTTGTTTAACACTCATCAATAATAGAGAGATCCTTAT
CAC

QA 1 363 1 363
DS 



AS 1 2

CO CL5404Contig1 1252 2 4 U
GGATGAAAGAAGAGGGAGATGGTTTCGCTGTGTCGAATCTAAAGGTCTTCTCCTTCAAGG
AGCTTCAGAAAGCTACCAATGGGTTCTCTGAGAAGCTCGGACACGGCGGTTTCGGTGCTG
TTTTCAAAGGTACGCTGCACGATACTTCCACCTCCGTGGCGGTGAATCGCTTGGAAAGAC
CGGGAAGCGGGGAGGGAGAGTTCCGTGCGGAGGTGTGCACCATCGGGAACATTCAGCACG
TTAACCTCGTTAGGCTTCGAGGTTTCTGTTCGGAGAATCTCCACAGGCTTCTCGTCTATG
ACTACATGCCGAACGGATCGCTGAGCTCCTACTTGTCGAGGACAAGTCCTGAGTTGCTAA
GCTGGGAAACGCGTTTCAGGATCGCCTTAGGGACTGCAAAAGGGATCGCGTATTTGCACG
AAGGGTGTAGGGACTGTATCATTCACTGCGATATCAAACCGGAGAATATTCTCTTAGACA
GTGATTACAACGCCAAAGTGTCTGACTTCGGATTGGCTAAGCTTGTTGGCCGTGACTTCA
GCAGGGTTCTTGCCACTATGAGAGGTACATGGGGGATACGTTGCTCCCGAGTGGATATCG
GGTTTACCCATCACGACTAAAGCTGATGTGTATAGCTTCGGAATGACACTGCTGGAGCTT
ATCGGTGGTCGAAGAAATGTCGTTAGCGAGACACCTGGAGAGAAAGATGAGAAAGAACCC
GAAAAATGGTTCTTTCCTCCGTGGGCTGCACGTGAAATCATACAAGGAAACGTGGACTTG
GTTGTGGACTCTAGACTCAACGGAGAGTACAACAATGAAGAGGCGACGAGGATGGCCACA
GTGGCGATATGGTGCATACAAGACAATGAAGAGATAAGGCCGGCAATGGGAACGGTGGTG
AAGATGCTTGAAGGAGTTGTGGAGGTGACGGTTCCTCCACCGCCTAAGTTGATACAAGCT
CTTGTCTCTGGCGACTCGTATATTGGAGTGGGCAACGGTTTGAGCGGCACAAGCTGTAGT
GAAGGCAGGGGTTGTTCGGATCTCATGACTGGATTGTCTAGCCCCACCGGCTCACGGTCG
TCTTTTGGTGGTAAACTTCCTCCTTCTCCCTGATCAGTTTGTAGATTGTTTTGTTAGAAG
CGGTCTTAAATGTGTGTGTGTGTTTTTTTTGCTCTCTAAGAGGGTTTAATTAGTAGTACT
GATCTCTAGTTGTTGGTTGTATGACAATGAAGCTTTAATTTGTCATTTCCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F340TF U 1
AF RR3F340JQ C 474
BS 1 694 RR3F340TF
BS 695 695 RR3F340JQ
BS 696 716 RR3F340TF
BS 717 1252 RR3F340JQ

RD RR3F340TF 721 0 0
GGATGAAAGAAGAGGGAGATGGTTTCGCTGTGTCGAATCTAAAGGTCTTCTCCTTCAAGG
AGCTTCAGAAAGCTACCAATGGGTTCTCTGAGAAGCTCGGACACGGCGGTTTCGGTGCTG
TTTTCAAAGGTACGCTGCACGATACTTCCACCTCCGTGGCGGTGAATCGCTTGGAAAGAC
CGGGAAGCGGGGAGGGAGAGTTCCGTGCGGAGGTGTGCACCATCGGGAACATTCAGCACG
TTAACCTCGTTAGGCTTCGAGGTTTCTGTTCGGAGAATCTCCACAGGCTTCTCGTCTATG
ACTACATGCCGAACGGATCGCTGAGCTCCTACTTGTCGAGGACAAGTCCTGAGTTGCTAA
GCTGGGAAACGCGTTTCAGGATCGCCTTAGGGACTGCAAAAGGGATCGCGTATTTGCACG
AAGGGTGTAGGGACTGTATCATTCACTGCGATATCAAACCGGAGAATATTCTCTTAGACA
GTGATTACAACGCCAAAGTGTCTGACTTCGGATTGGCTAAGCTTGTTGGCCGTGACTTCA
GCAGGGTTCTTGCCACTATGAGAGGTACATGGGGGATACGTTGCTCCCGAGTGGATATCG
GGTTTACCCATCACGACTAAAGCTGATGTGTATAGCTTCGGAATGACACTGCTGGAGCTT
ATCGGTGGTCGAAGAAATGTCGTTAGCGAGACAC*TGGAGAGAAAGATGAGAAAGA
CCCGA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3F340JQ 779 0 0
TTAGACAGTGATTACAACGCCAAAGTGTCTGACTTCGGATTGGCTAAGCTTGTTGGCCGT
GACTTCAGCAGGGTTCTTGCCACTATGAGAGGTACATGGGG*ATACGTTGCTCCCGAGTG
GATATCGGGTTTACCCATCACGACTAAAGCTGATGTGTATAGCTTCGGAATGACACTGCT
GGAGCTTATCGGTGGTCGAAGAAATGTCGTTAGCGAGACACCTGGAGAGAAAGATGAGAA
AGAACCCGAAAAATGGTTCTTTCCTCCGTGGGCTGCACGTGAAATCATACAAGGAAACGT
GGACTTGGTTGTGGACTCTAGACTCAACGGAGAGTACAACAATGAAGAGGCGACGAGGAT
GGCCACAGTGGCGATATGGTGCATACAAGACAATGAAGAGATAAGGCCGGCAATGGGAAC
GGTGGTGAAGATGCTTGAAGGAGTTGTGGAGGTGACGGTTCCTCCACCGCCTAAGTTGAT
ACAAGCTCTTGTCTCTGGCGACTCGTATATTGGAGTGGGCAACGGTTTGAGCGGCACAAG
CTGTAGTGAAGGCAGGGGTTGTTCGGATCTCATGACTGGATTGTCTAGCCCCACCGGCTC
ACGGTCGTCTTTTGGTGGTAAACTTCCTCCTTCTCCCTGATCAGTTTGTAGATTGTTTTG
TTAGAAGCGGTCTTAAATGTGTGTGTGTGTTTTTTTTGCTCTCTAAGAGGGTTTAATTAG
TAGTACTGATCTCTAGTTGTTGGTTGTATGACAATGAAGCTTTAATTTGTCATTTCCTG

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

CO CL5405Contig1 1045 2 6 U
GGCAGATCTTTTGAGGTATATATGTATGGAGGTCAAGTAGCTTCTTGGAAGAATGAAAAA
GGAGAGGAGTTACTTGTTATGAGTAGCAAGGCTATATTCAATCCTCCAACACCAATTCGT
GGAGGAATTCCAATATTGTTTCCGCAATACGCTAACACTGGTCCACTTCCCTCACATGGG
TTTGTCAGACAAAGGTTCTGGGAAATCGACACTAATCCACCTCAGTTGCCATCAAACTCT
TACTATAAAGCTTGGGTTGATCTAATTCTAAGGTCATCCCAAGATGATTTGAAGATCTGG
CCTCATAAGTTTGAGTATAGACTAAGAGTACATTTGGGACCGGAAGGAGATTTGGTTTTG
ACATCTCGTGTTAAGAATACTGATGTAAAGCCGTTTAACTTCACAATGGCTCTTCACCCC
TATTTCTCTGTTTCCGATATCAGTGAAATCCAGGTGGACGGATTGCAGAACTTGGATTAT
CTTGACCAACTAAAGAAGAGAACACGTTTCACTGATCATGACAAGTCTATAACTTTTAAA
TCTCAGTTTGACAGGATATACCTAAGCACTCCAAATGACATCAGAATCGTGGACAAGAAG
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GGGAGAAGAAAGTGGAGGACTTGGGAACTGAAGACTACAGGCGTTTTGTAACGGTGGAAA
GTGCTGCGGTAGAGAAACCGATCATAGTGAATCCAGGACAAGAGTGGAAAGGAATACTCC
AAATGAGTGTGGTTCCTTCGAGTTGATCCAGTAGAAAGCTTGATATAAAGAAAGTCATGT
ATTCATATTTCCCCTCATACTAAAAAAAAATATATAAAAAAGTATACTTATGTCAGGAAA
ACCAGACATTGGTTTTGTAAAATTTAGAATCCTGTACTAAACTCTAAAAAAACAAAAGTA
CTGTAAGTGTTTTTAAAGGGACACAAAAGTTTATGATGTTTGTCCAAAAAAAATTAATTA
TTAAAGTGAAAATAATATTGGCCAC


BQ
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AF RR3C807JQ C 342
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BS 502 502 RR3C807JQ
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GGAGGAATTCCAATATTGTTTCCGCAATACGCTAACACTGGTCCACTTCCCTCACATGGG
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CCTCATAAGTTTGAGTATAGACTAAGAGTACATTTGGGACCGGAAGGAGATTTGGTTTTG
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TATTTCTCTGTTTCCGATATCAGTGAAATCCAGGTGGACGGATTGCAGAACTTGGATTAT
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TC

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DS 

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CAGAATCGTGGACAAGAAGAAACAGAAGACTATTGTTGTATACAAAGGGGACAAGTTGAT
GCTGTGGTGTGGAACCCATGGGAGAAGAAAGTGGAGGACTTGGGAACTGAAGACTACAGG
CGTTTTGTAACGGTGGAAAGTGCTGCGGTAGAGAAACCGATCATAGTGAATCCAGGACAA
GAGTGGAAAGGAATACTCCAAATGAGTGTGGTTCCTTCGAGTTGATCCAGTAGAAAGCTT
GATATAAAGAAAGTCATGTATTCATATTTCCCCTCATACTAAAAAAAAATATATAAAAAA
GTATACTTATGTCAGGAAAACCAGACATTGGTTTTGTAAAATTTAGAATCCTGTACTAAA
CTCTAAAAAAACAAAAGTACTGTAAGTGTTTTTAAAGGGACACAAAAGTTTATGATGTTT
GTCCAAAAAAAATTAATTATTAAAGTGAAAATAATATTGGCCAC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL5406Contig1 1164 2 2 U
GCGAGATCAATTTCCGTCTGAACTGGGCTTCTTTCGGTTCAGGACAGAAAGTGGATCCTG
GAACCGACCATTCCATCTTTGTTGGAGATTTAGCGCCTGATGTTACGGACTATCTCCTCC
AAGAGACGTTCCGTGTTCACTACTCTTCCGTTAGAGGTGCCAAGGTTGTTACTGATCCGA
GTACCGGACGGTCTAAAGGTTACGGGTTCGTGAAGTTCGCTGAGGAGAGTGAGAGTAACC
GGGCCATGGCTGAGATGAATGGGTTGTATTGCTCGACGAGGCCTATGCGTATCAGCGCAG
CGACACCTAAGAAAACCGTTGGCTTGCAGCAACCATATGCTGCCAAAGCTGCTTACACGG
TTCCAGCCCCGTCTGCAGTTGCTGCACCAGCATACGTTGCGCAACCAGCACAGGTCATTG
CACCTGAAAATGACATCACCTGTACAACGGTCTCAGTTGCGGATTTGTACCCAAATGTTA
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ATCCAGGACAGGATGGTTACGTTACAAGCAGATCCTAATCAGTGGAGTGGGTACTATGGT
TATGGGCAAGGCTATGATGCATATGCTTATGGGACAGCTCAAGACCCATCTTTGTACGCG
TATGGTGGATATGGCTATCCTCAGTATCCGCAGCAGGGAGACGGTACACAAGAAGTTACA
AACTCTGCGGCAGAGCAAGACTTATATGACCCTATGGCCACTCCTGATGTAGACAAGTTA
AATGCTGGTTACTTTTCGGTTCATGCAAGTGCCATACTAGGACGTCTATCGTGGCATCGT
ACCTCACCCCTCGCATCATAATTGACCAAATGATCACGAAGAGAAGAATAGAGAATGGTG
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TGCCTGTATTAAATCTTTTTTTTCTCTCTCTGTAATCCACAATCAGGATCTAGTATCATG
AAATATACCAACTTTCTGGAACTT


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AF RR3C057TF U 1
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BS 611 1164 RR3C057JQ

RD RR3C057TF 610 0 0
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GAACCGACCATTCCATCTTTGTTGGAGATTTAGCGCCTGATGTTACGGACTATCTCCTCC
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GTACCGGACGGTCTAAAGGTTACGGGTTCGTGAAGTTCGCTGAGGAGAGTGAGAGTAACC
GGGCCATGGCTGAGATGAATGGGTTGTATTGCTCGACGAGGCCTATGCGTATCAGCGCAG
CGACACCTAAGAAAACCGTTGGCTTGCAGCAACCATATGCTGCCAAAGCTGCTTACACGG
TTCCAGCCCCGTCTGCAGTTGCTGCACCAGCATACGTTGCGCAACCAGCACAGGTCATTG
CACCTGAAAATGACATCACCTGTACAACGGTCTCAGTTGCGGATTTGTACCCAAATGTTA
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CTGAAACAAAGGGATACGGTTATGTTCAATTCAAAACCAGGCCGTCAGCAGAAGAATCCA
TGCAGAAAAT

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3C057JQ 790 0 0
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AAGAACGCATTTTCGCCACTAGGAGAGATTGTTTATGTCAACATACCTGAAACAAAGGGA
TACGGTTATGTTCAATTCAAAACCAGGCCGTCAGCAGAAGAATCCATGCAGAAAATGCAG
GGACATGTGATTGGTCAACAAGCAGTACGCATCTCTTGGAGCAAAAATCCAGGACAGGAT
GGTTACGTTACAAGCAGATCCTAATCAGTGGAGTGGGTACTATGGTTATGGGCAAGGCTA
TGATGCATATGCTTATGGGACAGCTCAAGACCCATCTTTGTACGCGTATGGTGGATATGG
CTATCCTCAGTATCCGCAGCAGGGAGACGGTACACAAGAAGTTACAAACTCTGCGGCAGA
GCAAGACTTATATGACCCTATGGCCACTCCTGATGTAGACAAGTTAAATGCTGGTTACTT
TTCGGTTCATGCAAGTGCCATACTAGGACGTCTATCGTGGCATCGTACCTCACCCCTCGC
ATCATAATTGACCAAATGATCACGAAGAGAAGAATAGAGAATGGTGGACTCTTTGAGATG
TTTAATGTGTCCATTGTACAAGTCACTGCTCTTTGTTTGATTGTTTTGCCTGTATTAAAT
CTTTTTTTTCTCTCTCTGTAATCCACAATCAGGATCTAGTATCATGAAATATACCAACTT
TCTGGAACTT

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

CO CL5407Contig1 1257 2 4 U
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TTCTTCAACTCACTCTCCGGCGTCTATTAGTCTACCAACCGCGCCTTCAGGGAAAAAGTC
ATTTGGAAACATGCCGGGTCAGAAGATTGAAACAGGTCACGAGGACATGGTCCATGATGT
GCAGATGGATTACTACGGGAAGCGAGTTGCAACTGCCTCGTCTGACTGCACCATCAAGAT
AACCGGCGTCAGCAACAACGGTGGATCCCAGCACCTAGCTACTTTAACCGGCCACCGTGG
TCCTGTCTGGCAGGTCGCGTGGGCCCACCCGAAGTTCGGGTCATACCTCGCTTCATGCTC
CTATGATGGTCAGGTCATACTCTGGAAAGAAGGCAACCAAAACCAGTGGACCCAAGCTCA
CGTCTTCACGGACCATAAATCTTCGGTCAACTCCATTGCTTGGGCTCCTCATGACCTCGG
ACTATCCTTGGCTTGTGGGTCATCCGATGGAAACATTTCGGTATTCACAGGCCGTGCTGA
TGGTGGCTGGGACACGACGAAGATTGACCAAGCGCATCCGGTTGGAGTCACTTCTGTCTC
ATGGGCACCGGCTACTGCGCCCGGTGCTCTTGTGAGCTCTGGCTTGCTCGATCCGGTTTA
CAAGCTGGCTTCTGGTGGGTGTGATAATACAGTGAAAGTGTGGAAGCTCTCAAACGGGTC
GTGGAAGATGGATTGCTTTCCGGCTCTTCAGAAGCACACGGATTGGGTCCGTGATGTGGC
TTGGGCACCCAACTTGGGTCTCCCTAAGTCCACCATAGCCAGTGGCTCACAGGATGGGAA
AGTGATCATATGGACTGTGGGGAAAGAAGGTGAGCAGTGGGAAGGGAAGGTTCTGAAGGA
CTTTATGACTCCGGTGTGGCGGGTTTCGTGGTCGTTGACCGGGAACATGTTGGCTGTGTC
CGATGGGAACAACAACGTGACGGTGTGGAAAGAGGCTGTTGATGGGGAGTGGGAACAAGT
CACCGTTCTGGAATGAGATGTTTCGCTATTTCCTTTACTGAATTGAAGTCTTTTTTTAAA
AGGATCTTTTTTCTCAGGCTGGTTTGGTGGTCTATCTGAGGGAATGTGGATGTGGTTTTT
TTCTTAATTTGGGTTTGGAACATTTTGGACATTTTTCATCTTTCCTAGCGACTTGTTCTT
TTGTTTTATCCTTTTAAAAAGGGGGAAATTTCATAAATACACTTTTATTGGTACCAC


BQ
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AF RR3D415TF U 1
AF RR3D415JQ C 494
BS 1 686 RR3D415TF
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BS 688 720 RR3D415TF
BS 721 1257 RR3D415JQ

RD RR3D415TF 720 0 0
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TTCTTCAACTCACTCTCCGGCGTCTATTAGTCTACCAACCGCGCCTTCAGGGAAAAAGTC
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GCAGATGGATTACTACGGGAAGCGAGTTGCAACTGCCTCGTCTGACTGCACCATCAAGAT
AACCGGCGTCAGCAACAACGGTGGATCCCAGCACCTAGCTACTTTAACCGGCCACCGTGG
TCCTGTCTGGCAGGTCGCGTGGGCCCACCCGAAGTTCGGGTCATACCTCGCTTCATGCTC
CTATGATGGTCAGGTCATACTCTGGAAAGAAGGCAACCAAAACCAGTGGACCCAAGCTCA
CGTCTTCACGGACCATAAATCTTCGGTCAACTCCATTGCTTGGGCTCCTCATGACCTCGG
ACTATCCTTGGCTTGTGGGTCATCCGATGGAAACATTTCGGTATTCACAGGCCGTGCTGA
TGGTGGCTGGGACACGACGAAGATTGACCAAGCGCATCCGGTTGGAGTCACTTCTGTCTC
ATGGGCACCGGCTACTGCGCCCGGTGCTCTTGTGAGCTCTGGCTTGCTCGATCCGGTTTA
CAAGCTGGCTTCTGGTGGGTGTGATA*TACAGTGAAAGTGTGGAAGCTCTCAAACGGGTC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3D415JQ 764 0 0
TTGT
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CGAAGATTGACCAAGCGCATCCGGTTGGAGTCACTTCTGTCTCATGGGCACCGGCTACTG
CGCCCGGTGCTCTTGTGAGCTCTGGCTTGCTCGATCCGGTTTACAAGCTGGCTTCTGGTG
GGTGTGATAATACAGTGAAAGTGTGGAAGCTCTCAAACGGGTCGTGGAAGATGGATTGCT
TTCCGGCTCTTCAGAAGCACACGGATTGGGTCCGTGATGTGGCTTGGGCACCCAACTTGG
GTCTCCCTAAGTCCACCATAGCCAGTGGCTCACAGGATGGGAAAGTGATCATATGGACTG
TGGGGAAAGAAGGTGAGCAGTGGGAAGGGAAGGTTCTGAAGGACTTTATGACTCCGGTGT
GGCGGGTTTCGTGGTCGTTGACCGGGAACATGTTGGCTGTGTCCGATGGGAACAACAACG
TGACGGTGTGGAAAGAGGCTGTTGATGGGGAGTGGGAACAAGTCACCGTTCTGGAATGAG
ATGTTTCGCTATTTCCTTTACTGAATTGAAGTCTTTTTTTAAAAGGATCTTTTTTCTCAG
GCTGGTTTGGTGGTCTATCTGAGGGAATGTGGATGTGGTTTTTTTCTTAATTTGGGTTTG
GAACATTTTGGACATTTTTCATCTTTCCTAGCGACTTGTTCTTTTGTTTTATCCTTTTAA
AAAGGGGGAAATTTCATAAATACACTTTTATTGGTACCAC

QA 5 764 5 764
DS 



AS 1 2

CO CL5408Contig1 236 2 1 U
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TAGACAATGAGACCAGGGAGAGCAAGAGCACTTAGTCAATTCACTTTGAGTACAGG


BQ
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AF RR3F965JQ C 1
AF RR3F965TF U 1
BS 1 236 RR3F965TF

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TAGACAATGAGACCAGGGAGAGCAAGAGCACTTAGTCAATTCACTTTGAGTACAGG

QA 1 236 1 236
DS 

RD RR3F965TF 236 0 0
GAATATAGAAAGAATTGCTTAAATAACTCAGCGATCTAAAATCATAGTCACGATCTACTA
AAAGTCAAGTTGAGCACCCGGACCAGAGGTGGCCGAGAATCTTATGTCAAAAGGACTAAC
GACGATGAAAGAGGAGAAGGAGGAGTAGGAGGAGTCAGACGGAATCAAATGATTACGAGA
TAGACAATGAGACCAGGGAGAGCAAGAGCACTTAGTCAATTCACTTTGAGTACAGG

QA 1 236 1 236
DS 



AS 1 2

CO CL5409Contig1 800 2 4 U
GGCATCCAAACACAGAGACTTCTGCTTTCCCGAGATTTTATTACAGAACACAAAAGTCTT
CTCAATTCCTTGTCTGTAGGAAAGAAAGACTATCAAGCAAATCGCCATTAATTTACCGAA
ATAGTAAGTGTTTCGAAATTACAACAGTGGGATTTTTTTTTTTGGTGATGATGAGAAGAC
AACGAGATGAAGAGTCTAGGGCTTTCCACGACCTATCGGCTCTTGTCCTGAGTCTCCTCC
GTTCTCCGCCTATGTCGATCTCTCTCCCCGATCAATTCCCCGATTCCGTTCATCCAATCC
GGCCTCGTTATTCGTCGGCGGCGATGCAGATATCTCCGTCGGGATTCGCGTCGCTGCTTC
TAGGGATATCCTTGGCTCTTATGCTGTGTGGATCCGTGACCTTCTTCATTGGTTTCCTCT
TGTTGCCTTGGGTGCTTGCTCTGATCACCGTTTTCTACGTTGCTGGGATCGTTTCAGCCA
TTTCCTTGGCGGGGAGGTCGGTGCTCTTTTACGTCTTCACGCCACCTTCCTCCTCCAGGA
AGGAGATTTCTGATTGGAAGCTTTTGTGATGTGACGATGGGGACTTGCAAAACGCCCTAT
TATATCATCTGGCCTTCTGGTGAAGCAGGACAACAAAAGATGGATTGATTATAAGACGCA
ACAGTCCAATTAGAGTTTTTATTTCTTCTTTTATATAGTACTACTATGTATTCTCGGAGG
GTTGGATAAAAAGCATGTGGATATTTGGGAGTTTTTATAATCTTTTAGAGTTATAGAAAC
CTTTCTGATATTTTCGTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET69TF U 1
AF RR3ET69JQ C 507
BS 1 720 RR3ET69TF
BS 721 721 RR3ET69JQ
BS 722 750 RR3ET69TF
BS 751 800 RR3ET69JQ

RD RR3ET69TF 750 0 0
GGCATCCAAACACAGAGACTTCTGCTTTCCCGAGATTTTATTACAGAACACAAAAGTCTT
CTCAATTCCTTGTCTGTAGGAAAGAAAGACTATCAAGCAAATCGCCATTAATTTACCGAA
ATAGTAAGTGTTTCGAAATTACAACAGTGGGATTTTTTTTTTTGGTGATGATGAGAAGAC
AACGAGATGAAGAGTCTAGGGCTTTCCACGACCTATCGGCTCTTGTCCTGAGTCTCCTCC
GTTCTCCGCCTATGTCGATCTCTCTCCCCGATCAATTCCCCGATTCCGTTCATCCAATCC
GGCCTCGTTATTCGTCGGCGGCGATGCAGATATCTCCGTCGGGATTCGCGTCGCTGCTTC
TAGGGATATCCTTGGCTCTTATGCTGTGTGGATCCGTGACCTTCTTCATTGGTTTCCTCT
TGTTGCCTTGGGTGCTTGCTCTGATCACCGTTTTCTACGTTGCTGGGATCGTTTCAGCCA
TTTCCTTGGCGGGGAGGTCGGTGCTCTTTTACGTCTTCACGCCACCTTCCTCCTCCAGGA
AGGAGATTTCTGATTGGAAGCTTTTGTGATGTGACGATGGGGACTTGCAAAACGCCCTAT
TATATCATCTGGCCTTCTGGTGAAGCAGGACAACAAAAGATGGATTGATTATAAGACGCA
ACAGTCCAATTAGAGTTTTTATTTCTTCTTTTATATAGTACTACTATGTATTCTCGGAGG
*TTGGATAAAAAGCATGTGGATATTTGGGA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3ET69JQ 294 0 0
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TGATGTGACGATGGGGACTTGCAAAACGCCCTATTATATCATCTGGCCTTCTGGTGAAGC
AGGACAACAAAAGATGGATTGATTATAAGACGCAACAGTCCAATTAGAGTTTTTATTTCT
TCTTTTATATAGTACTACTATGTATTCTCGGAGGGTTGGATAAAAAGCATGTGGATATTT
GGGAGTTTTTATAATCTTTTAGAGTTATAGAAACCTTTCTGATATTTTCGTGAC

QA 1 294 1 294
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5411Contig1 781 2 3 U
TCAACACTACAATAGATAGAGGGAATTATCCATCCTCTATAGCCATAAACATAGCATACA
ACACATATATAAACTAAGCAAGATAGGTCTTCAACCGAAGATGACAGCGAATTCGAGACG
GTGCTTGAATGCGTCGAGGTAGCCTTCACGATAAAGTCAGATAGCTGGAGAATAGTCACA
TAATGTGACGTTGAAATCCATACCTCATCTACGAAAAAAACCAAAGTAATCCCGATTGTA
TCTTCAGGTCCCGTAAAAACCGCTACCCAAGATAACAAACCGATGAGGAATCTGAAGCAA
ACGCTCGGTAAAAAGACCGAGGAAGCTAATGGTGGTAACAGTTTCTCCTCAAAAGAGGAG
GATGAACGAAGGAGGACCGAGCCCGGTAGAACCTCCGGATCTGTACCCGTGAAACTTCTA
GATCTGACGACGGTTTGAAGAATAGGAGCAACCCGCGGTGGTTTGTGGGACTCAAGTCTC
GCCGGAGACGAGAGGCTTGAGCTCGTCAGTTGACATCGATGCTCCGAAAACGATTGAACT
GCTTGGACATAGTGCACATCGTGACTTGTCTGACGGCGAACAGAGGAAAATACGTCGGAG
TTTGAACCCAACGACCGACGTATAGCGACGGCGAGAGAATCCTCTCGACTCATCACTGGA
GGAAGGACTAGTTGGCAAGAGAGGGCCACCAGAAGAAGTGCAACGAACATGTCTGTATTG
AGTTATTCGGAGAGGGAAGTGGAAAATGTGATCATGCCAATTGTGCATCTGTATGTACCA
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR3AN54JQ U 119
AF RR3AN54TF C 1
BS 1 122 RR3AN54TF
BS 123 386 RR3AN54JQ
BS 387 781 RR3AN54TF

RD RR3AN54JQ 268 0 0
CGGG
GCTTGAATGCGTCGAGGTAGCCTTCACGATAAAGTCAGATAGCTGGAGAATAGTCACATA
ATGTGACGTTGAAATCCATACCTCATCTACGAAAAAAACCAAAGTAATCCCGATTGTATC
TTCAGGTCCCGTAAAAACCGCTACCCAAGATAACAAACCGATGAGGAATCTGAAGCAAAC
GCTCGGTAAAAAGACCGAGGAAGCTAATGGTGGTAACAGTTTCTCCTCAAAAGAGGAGGA
TGAACGAAGGAGGACCGAGCCCGG

QA 5 268 5 268
DS 

RD RR3AN54TF 781 0 0
TCAACACTACAATAGATAGAGGGAATTATCCATCCTCTATAGCCATAAACATAGCATACA
ACACATATATAAACTAAGCAAGATAGGTCTTCAACCGAAGATGACAGCGAATTCGAGACG
GTGCTTGAATGCGTCGAGGTAGCTTTCACGATAAAGTCAGATAGCTGGAGAATAGTCACA
TAATGTGACGTTGAGATCCATACCTCATCTACGAGAAAAACCAAAGTAATCCCGATTGTA
TCTTCAGGTCCCGTAGAGACCGCTACGCAAGATAACAAACCGATGAGGAATCTGAAGCAA
ACGCTCGGTAAAAAGACCGAGGAAGCTAATGGTGGTAACAGTTTCTCCTCAAAAGAGGAG
GATGAACGAAGGAGGACCGAGCCCGGTAGAACCTCCGGATCTGTACCCGTGAAACTTCTA
GATCTGACGACGGTTTGAAGAATAGGAGCAACCCGCGGTGGTTTGTGGGACTCAAGTCTC
GCCGGAGACGAGAGGCTTGAGCTCGTCAGTTGACATCGATGCTCCGAAAACGATTGAACT
GCTTGGACATAGTGCACATCGTGACTTGTCTGACGGCGAACAGAGGAAAATACGTCGGAG
TTTGAACCCAACGACCGACGTATAGCGACGGCGAGAGAATCCTCTCGACTCATCACTGGA
GGAAGGACTAGTTGGCAAGAGAGGGCCACCAGAAGAAGTGCAACGAACATGTCTGTATTG
AGTTATTCGGAGAGGGAAGTGGAAAATGTGATCATGCCAATTGTGCATCTGTATGTACCA
G

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL5412Contig1 1126 2 4 U
GTAAATAAATAAAATATCATTCACCGTTAGTGACTAAAATATCATTCACCTTTTAAAATA
GTTAAAATTCGTAAATTATGTAATAAGTTTTACAAAAAATAAAATTGTTAACATATATTA
AATTTTTATATTTAAAACTATATAATGTCTATTTTTAAAATGACAACCATATACTATTTA
AAAATGATTATATACAAAATAGTATAAAATTTTATATCTATAAATGAAAGATTACTCGTA
AGGATGTACGGATCAAAATTTAGTTTACATCTTTATTTTAAAAGTTAGAAACCCGTTGTA
TACTTCCATTGGAGATGCTCCATGGGCTTGGATATATATTTTTAGTTCATTAATTTGGTC
TTGCTATTTATTTTGAATTTTCTTGAATGGTTTCTTCACAACCTTCAATTTTTAACGTCA
ACGTTAATTTTATAATCGTAGGTGTCCTAGAAATCAATTGTATATAGCAAAATATTTTTT
GACGTCACCATTATTTCAAAATATGTAAACAAAAAGAGAAACCTGGTTGATTACCAATAA
CAGAAAGAAAAAACAAAACGGCATATTGTAGTATAAACTTTATTTTAGTCGCATTTATAG
CAGTGTTAAGGTATATATAAATACAGATGAATCAGCTTTATAGATGTGCAAGTAAAGTAT
GAAGACGTATAATAATTCTTACAACATTTCACATTATACTTTGAAAATTATGTGACATCG
AAAAGCCCTTTCTCAAAAAAAAAAACTATGTTTTATAGAAAATGGTTTGAGATGGGTCAA
CTATGCTGGAAGAAAAGAACTGTAAACATTTCAATATGAAAAAATCTTTTTACGAAACTT
ATAGTTTCAGTATGTATTTTTCTTGCTAATCATATTATTCTATGTGTTAAGTTGCAGGTT
TTTAAATAAGAAAACATCATTAAACTATTGAATTAACACATTTTCTCAAAATATGCGTAG
ATTTTATAGTAAGTCAGAAATGCACGAATTTGTGTCGATGACCAATATAAGCATTCGTCT
AACTAACACTAACTTTTGTTGGTTTAGTATCAAAATTTGTCCGTGTGGCGTTAAACTTAA
AACAACGTCACTTTATAGCCTTAAAATGTTCTCAATTCTTATTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H175TF U 1
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BS 737 1126 RR3H175JQ

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AGGATGTACGGATCAAAATTTAGTTTACATCTTTATTTTAAAAGTTAGAAACCCGTTGTA
TACTTCCATTGGAGATGCTCCATGGGCTTGGATATATATTTTTAGTTCATTAATTTGGTC
TTGCTATTTATTTTGAATTTTCTTGAATGGTTTCTTCACAACCTTCAATTTTTAACGTCA
ACGTTAATTTTATAATCGTAGGTGTCCTAGAAATCAATTGTATATAGCAAAATATTTTTT
GACGTCACCATTATTTCAAAATATGTAAACAAAAAGAGAAACCTGGTTGATTACCAATAA
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CAGTGTTAAGGTATATATAAATACAGATGAATCAGCTTTATAGATGTGCAAGTAAAGTAT
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AAAAGCCCTTTCTCAA

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DS 

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ATAATTCTTACAACATTTCACATTATACTTTGAAAATTATGTGACATCGAAAAGCCCTTT
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ACTTTTGTTGGTTTAGTATCAAAATTTGTCCGTGTGGCGTTAAACTTAAAACAACGTCAC
TTTATAGCCTTAAAATGTTCTCAATTCTTATTATC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

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ACACTGGCGTAACTTCGTCATGTATGGAATCAAAAATCTTAGATCTTTTATTTTTTATCC
TGAATTATAGTATTTTATTTTGCTG


BQ
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AF RR3E513TF U 1
AF RR3E513JQ C 386
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ACGCAGACGTCTGCTTCAGAGAGTTTGGGAGTCACGTCAAATTCTGGACCACCATCAACG
AGGCCAATATATTCACCATTGGAGGTTACAAC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3E513JQ 780 0 0
AAAGGGTCTCCAGTTT*ACAAAAACTTCATCCAAGAGCTTGTAACACACGGAATTGAACC
ACATGCTACACTCTTCCACTACGATCTACCTCAAGCTCTCGAGGATGACTATGGAGGCTG
GCTCAACCGCACTATCATTGAAGACTTCACTGCTTACGCAGACGTCTGCTTCAGAGAGTT
TGGGAGTCACGTCAAATTCTGGACCACCATCAACGAGGCCAATATATTCACCATTGGAGG
TTACAACGATGGGATAACTGGGCCTGGTCGTTGTTCCAAGAAATGCTCGTCAGGGAACTC
TGCCACTGAACCATATATTGTAGGCCATAACTTGCTTCTTGCACACGCCTCTGCTTCAAG
ATTGTATCGACAAAAGTACAAGGATATGCAAGGAGGTTCTGTTGCCTTAAGCTTGTATGC
AATAGGGTTTTCTCCTTTAACGAGCTCCAAGGATGATGAAATGGCAGCTCAAAGAGCCAG
AGATTTCGACTTGGGCTGGATGCTTGCGCCTCTTACATTCGGAGACTATCCATATGTAAT
GAGAAGAAGCATTGGATCAAGACTGCCACATTTTTCAGAGGAAGAATCAGAGCTAGTTAA
AGGCTCCTCTGACTTTATAGGAATCATTCACTATCTTGCAGCTATTGTCACAAACACCAA
ACCTTATTTTCCAGGATACTCAGACTACTACTATGACACTGGCGTAACTTCGTCATGTAT
GGAATCAAAAATCTTAGATCTTTTATTTTTTATCCTGAATTATAGTATTTTATTTTGCTG

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL5414Contig1 649 2 3 U
GCTCTCAATGTTGGACTCCAAGATGTAACCGAAGTCATCCACAATAAGGTACTCATAGCT
GCTGGGTTTTCTGGAGCAATTGGGCAGCTCTTAAAGCCCTTCACTTCCGTGGTTTTCTAT
AAGAAAAAACTTGACTTTAGAACCGCTTTACAAGCTGGAGGCTTCCCTTCAACACATTCC
TCTTCTGTTGTGGCTGCAGCAACTGCAATTGCTTTTGAAAGGGGGTTTTGATGACTCCAT
TTTTTGGTCTCACTGTGGTTTTATGCTGCTCTGATCCATGTATGATGCTCACGGTGTGAG
GAGAGAAGTTGGGAAGCATGCGAGAGTGCTGAACAAACTAACGGCTAATGCTCGGAGAGG
TGAAGAGATGAGTTTAAAGGGAAAGGAAGGTGAGACTTTGGAGCCAGATGAGATCAGTGA
GGAAGTGAAACTTCCGTTGAAAGAATCAATAGGACATACTGAAGTTGAAGTCATTGCAGG
AGCTTTGTTCGGTTTCTTAGTTAGCTTTGGTGTTTATTCCCTTGTGTAAAAGCTACCAAC
TTTATACGTGGGTTGTTAAGAAAGAAGGAGAGTTTGGTAATTATTTATTGTGTAATTGCA
AAACTTAAGAGAATCAGTTGGAAATGTCAAAATCAGTTTTTTTTTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CN27TF U 118
AF RR3CN27JQ C 1
BS 1 117 RR3CN27JQ
BS 118 385 RR3CN27TF
BS 386 649 RR3CN27JQ

RD RR3CN27TF 268 0 0
TATAAGAAAAAACTTGACTTTAGAACCGCTTTACAAGCTGGAGGCTTCCCTTCAACACAT
TCCTCTTCTGTTGTGGCTGCAGCAACTGCAATTGCTTTTGAAAGGGGGTTTTGATGACTC
CATTTTTTGGTCTCACTGTGGTTTTATGCTGCTCTGATCCATGTATGATGCTCACGGTGT
GAGGAGAGAAGTTGGGAAGCATGCGAGAGTGCTGAACAAACTAACGGCTAATGCTCGGAG
AGGTGAAGAGATGAGTTTAAAGGGAAAG

QA 1 268 1 268
DS 

RD RR3CN27JQ 649 0 0
GCTCTCAATGTTGGACTCCAAGATGTAACCGAAGTCATCCACAATAAGGTACTCATAGCT
GCTGGGTTTTCTGGAGCAATTGGGCAGCTCTTAAAGCCCTTCACTTCCGTGGTTTTCTAT
AAGAAAAAACTTGACTTTAGAACCGCTTTACAAGCTGGAGGCTTCCCTTCAACACATTCC
TCTTTTGTTGTGGCTGCAGCAACTGCAATTGCTTTTGAAAGGGGGTTT*GATGACTCCAT
TTTT*GGTCTCACTGTGGTTT*ATGCTGCTCTGATC*ATGTATGATGCTCAGGGTGTGAG
GAGAGAAGTTGGGAAGCATGCGAGAGTGCTGAACAAACTAACGGCTAATGCTCGGAGAGG
TGAAGAGATGAGTTTAAAGGGAAAGGAAGGTGAGACTTTGGAGCCAGATGAGATCAGTGA
GGAAGTGAAACTTCCGTTGAAAGAATCAATAGGACATACTGAAGTTGAAGTCATTGCAGG
AGCTTTGTTCGGTTTCTTAGTTAGCTTTGGTGTTTATTCCCTTGTGTAAAAGCTACCAAC
TTTATACGTGGGTTGTTAAGAAAGAAGGAGAGTTTGGTAATTATTTATTGTGTAATTGCA
AAACTTAAGAGAATCAGTTGGAAATGTCAAAATCAGTTTTTTTTTGTGC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL5415Contig1 1289 2 4 U
GGACAACTCCAAGAGCCTCGGAGAAACAAAACCCATATAAGAGTTCACTGAGAGAGAAAC
AACATGCCGACGAACAATACACCGTTCCTCACCATGTTTCTCCTCCTCCTCGGTTTACTC
CAGTTCGATTTATTTACCGGTTTGGAAGCAGCGACCGGAAAATTAGCTTCGGTTCCGGGA
TTATACGTGTTCGGAGATTCATTGGTTGATGCCGGGAACAATAATTACTTAGCAATCTCG
ATATCCAAAGCTAATTATCCACATAACGGCGTCGATTTTCCTAACAAGAAAGCCACCGGA
AGATTCTGTAACGGCAAGAACGCCGCCGATGCTATTGCTGAGAAATTTGGATTACCGTTA
CCACCACCGTATCTCTCACTGAAAGGCCCATTTAAAGAGGAAAAGAAAAAATCTGCCGCA
GTGACCGGTGTGAATTTTGCTTCAGGGGGAGCCGGAATTTTCAACAGTTCCGACCATAAA
CTTGGACAAGCTATTCCTTTGTCACACCAAGTGAACCATTGGCTCTCTATTCATCAAGAA
CTGACGAGTCAGCTCGGACCAGCCGAAGCACAAAACCATCTATCCAAATCTCTGTTCGCT
GTGGTCATTGGCAGTAACGATCTTTTCGACTACTTTGGATCGTTCAAACTTAGACAAGAG
ACCAATCCTCAACAATATACACAATCAATGGCTGATGAACTCAAAAAGCAACTGAAGAGA
ATTCACGACACTGGAGCACGTGGATTCCTAGTAATCGGAGTAGCAGAGATTGGTTGCATA
CCGGGGAAAAGAGCGAAGAACTCGACGGTTCATGAGTGTGACGAAGAGGCAAACAGGTGG
TGCTTTTTGTATAACGAAGCTCTAGTAAAGGTGTTGCAACAACTCAAACAAGAGTTGCAA
AGCTCAATGACTTACTCTTACTTTGACAACTTCAAGTCCTTACATGACATTATTTCCAAC
CCTGCCCGTTACGGTTTTACTGACGTGACATCAGCATGTTGTGGAAATGGGAAACTAAAC
GCAGATATTCCTTGTCTTCCAATCGCGAAGTATTGTTCAGACAGAACCAAGTATCTCTTC
TGGGATCGCTATGGTCATCCCACGGAAGCTGCTGCTCGTATCCTCGTGGATCTTATGTTA
TCTAATGATTCGCAATATTCATCTCCTTTAACTCTCCCTCAACTGATCTCTTCATGATTA
ATACGGCTTAGTTTTTGAATTATTATAATATCAAATATACATGACTTGGCTTGTAATCAA
GTATACGAGATAAAAGTTTGTTAGCAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BX70TF U 1
AF RR3BX70JQ C 500
BS 1 706 RR3BX70TF
BS 707 707 RR3BX70JQ
BS 708 744 RR3BX70TF
BS 745 1289 RR3BX70JQ

RD RR3BX70TF 744 0 0
GGACAACTCCAAGAGCCTCGGAGAAACAAAACCCATATAAGAGTTCACTGAGAGAGAAAC
AACATGCCGACGAACAATACACCGTTCCTCACCATGTTTCTCCTCCTCCTCGGTTTACTC
CAGTTCGATTTATTTACCGGTTTGGAAGCAGCGACCGGAAAATTAGCTTCGGTTCCGGGA
TTATACGTGTTCGGAGATTCATTGGTTGATGCCGGGAACAATAATTACTTAGCAATCTCG
ATATCCAAAGCTAATTATCCACATAACGGCGTCGATTTTCCTAACAAGAAAGCCACCGGA
AGATTCTGTAACGGCAAGAACGCCGCCGATGCTATTGCTGAGAAATTTGGATTACCGTTA
CCACCACCGTATCTCTCACTGAAAGGCCCATTTAAAGAGGAAAAGAAAAAATCTGCCGCA
GTGACCGGTGTGAATTTTGCTTCAGGGGGAGCCGGAATTTTCAACAGTTCCGACCATAAA
CTTGGACAAGCTATTCCTTTGTCACACCAAGTGAACCATTGGCTCTCTATTCATCAAGAA
CTGACGAGTCAGCTCGGACCAGCCGAAGCACAAAACCATCTATCCAAATCTCTGTTCGCT
GTGGTCATTGGCAGTAACGATCTTTTCGACTACTTTGGATCGTTCAAACTTAGACAAGAG
ACCAATCCTCAACAATATACACAATCAATGGCTGATGAACTCAAAA*GCAACTGAAGAGA
ATTCACGACACTGGAGCACGTGGA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3BX70JQ 790 0 0
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CAGCCGAAGCACAAAACCATCTATCCAAATCTCTGTTCGCTGTGGTCATTGGCAGTAACG
ATCTTTTCGACTACTTTGGATCGTTCAAACTTAGACAAGAGACCAATCCTCAACAATATA
CACAATCAATGGCTGATGAACTCAAAAAGCAACTGAAGAGAATTCACGACACTGGAGCAC
GTGGATTCCTAGTAATCGGAGTAGCAGAGATTGGTTGCATACCGGGGAAAAGAGCGAAGA
ACTCGACGGTTCATGAGTGTGACGAAGAGGCAAACAGGTGGTGCTTTTTGTATAACGAAG
CTCTAGTAAAGGTGTTGCAACAACTCAAACAAGAGTTGCAAAGCTCAATGACTTACTCTT
ACTTTGACAACTTCAAGTCCTTACATGACATTATTTCCAACCCTGCCCGTTACGGTTTTA
CTGACGTGACATCAGCATGTTGTGGAAATGGGAAACTAAACGCAGATATTCCTTGTCTTC
CAATCGCGAAGTATTGTTCAGACAGAACCAAGTATCTCTTCTGGGATCGCTATGGTCATC
CCACGGAAGCTGCTGCTCGTATCCTCGTGGATCTTATGTTATCTAATGATTCGCAATATT
CATCTCCTTTAACTCTCCCTCAACTGATCTCTTCATGATTAATACGGCTTAGTTTTTGAA
TTATTATAATATCAAATATACATGACTTGGCTTGTAATCAAGTATACGAGATAAAAGTTT
GTTAGCAATG

QA 1 790 1 790
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGACAGTCGCGGTGGCTCCTCCCCCTTGTCTGCCTGTTTCCACCCTTCCACCTCCGCTAC
CAAAGAAGATACATCGTCTTCTCTTCCATCACCATCACCAACTACATCGTATTTTCGCGG
CGACCTCCCAAACCCAACCACCACTTGCAACTACCACACTAGTGTTGGCGTTTTCTTCCT
CTCATGGTCTCACTCCTTCCTACGCCGCTCTCTCCACCTCCATTTCTACTACTGCAACTC
CACAAACTGCTACCTCCACTCTCCCGATTGCTACCGCCGCTCCGTTCCATTCACTTTCAC
ACTAGAGATCAAACCTCTGACCTTCTGGAGAAAACATGGATCCAAGAAGATATCTAGAAA
GCCTGATATTCGAGTCACGTGGGACCTGACTCATGCAAGATTCGGTTCAGGACCCGACCC
GGTATCCGGATTTCACGTGGCCGTCCTCGTGTCCGGCGAGGTGGGTCTTCTCGTTGGAGA
CTCTCTGAAACAGAGGCCGAAGAGGCAGATCTTGGTGTCGAGAGGTGAGAATCTGTTTGG
AAGCAGAGTGTACAATACGAAAATACAGATTAAAGGAAGAGTCAGAGAGTTTGGTATAGA
TGTTAGGGTTAATGATGATGATGCTAGTCTCCGGTTTAGCGTGGATAATAAGAGTGTTTT
GAAGATAAAGCAACTTCAGTGGAAGTTCAGAGGGAACAGTAAGGTCGTGATCGATGGTGT
GACTATACAGATATCATGGGATGTGTACAACTGGATGTTTGGTGACGAGGATAAGGATAG
AGTCCCTGCTGTGTTCTTGCTTCGGTTTGAGAATCAAGAAGTGGAAGGAAACGATGTGTT
GATGATGAAGAAGCGTGAGCGGGACCTTGTCGTTTTGAGGAAGGAGAACTCTGGAACGCT
GTCGTTTAGGGCGTCTTCGTATGGTCATTGGTCTTCTGCTGTGATGGAGTGGTCGACTTG
TAAGGAGGAAGACGAAAGGAGCTTTGGACATAAGAGTTGGTTTTCTTTGGTTGTTTACGC
TTGGAGGAAGGTAAAGTAACTTTTTTTTTTTTTGTTGGCGATGTTCAGGCCATGCAGCTG
CTGATACTGATACTCTGAACAAGAGCTGGTTGTTAAATCCATCCCATGCAGCTGCTGATA
TTCGAACCTGACATCTCCACCTTTTGGGAATAAGACTTTACGATTGAAGAGATCCATCCT
CTGTTATGTATGTGTCCAATAAATTACTTGTGTACTTATTTGTCTATATTTTTTACTCTT
ATAAAAAGATCCATCCTCTGTGTATATAAACACTTAAACAGAGCATTGCCATCAATATGA
ATCATCGATATCTATAATTCAATATG


BQ
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AF RR3FM42TF U 1
AF RR3FM42JQ C 521
BS 1 703 RR3FM42TF
BS 704 704 RR3FM42JQ
BS 705 768 RR3FM42TF
BS 769 1346 RR3FM42JQ

RD RR3FM42TF 768 0 0
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CAAAGAAGATACATCGTCTTCTCTTCCATCACCATCACCAACTACATCGTATTTTCGCGG
CGACCTCCCAAACCCAACCACCACTTGCAACTACCACACTAGTGTTGGCGTTTTCTTCCT
CTCATGGTCTCACTCCTTCCTACGCCGCTCTCTCCACCTCCATTTCTACTACTGCAACTC
CACAAACTGCTACCTCCACTCTCCCGATTGCTACCGCCGCTCCGTTCCATTCACTTTCAC
ACTAGAGATCAAACCTCTGACCTTCTGGAGAAAACATGGATCCAAGAAGATATCTAGAAA
GCCTGATATTCGAGTCACGTGGGACCTGACTCATGCAAGATTCGGTTCAGGACCCGACCC
GGTATCCGGATTTCACGTGGCCGTCCTCGTGTCCGGCGAGGTGGGTCTTCTCGTTGGAGA
CTCTCTGAAACAGAGGCCGAAGAGGCAGATCTTGGTGTCGAGAGGTGAGAATCTGTTTGG
AAGCAGAGTGTACAATACGAAAATACAGATTAAAGGAAGAGTCAGAGAGTTTGGTATAGA
TGTTAGGGTTAATGATGATGATGCTAGTCTCCGGTTTAGCGTGGATAATAAGAGTGTTTT
GAAGATAAAGCAACTTCAGTGGAAGTTCAGAGGGAACAGTAAG*TCGTGATCGATGGTGT
GACTATACAGATATCATGGGATGTGTACAACTGGATGTTTGGTGACGA

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3FM42JQ 826 0 0
AGAGGTGAGAATCTGTT*GGAAGCAGAGTGTACAATACGAAAATACAGATTAAAGGAAGA
GTCAGAGAGTTTGGTATAGATGTTAGGGTTAATGATGATGATGCTAGTCTCCGGTTTAGC
GTGGATAATAAGAGTGTTTTGAAGATAAAGCAACTTCAGTGGAAGTTCAGAGGGAACAGT
AAGGTCGTGATCGATGGTGTGACTATACAGATATCATGGGATGTGTACAACTGGATGTTT
GGTGACGAGGATAAGGATAGAGTCCCTGCTGTGTTCTTGCTTCGGTTTGAGAATCAAGAA
GTGGAAGGAAACGATGTGTTGATGATGAAGAAGCGTGAGCGGGACCTTGTCGTTTTGAGG
AAGGAGAACTCTGGAACGCTGTCGTTTAGGGCGTCTTCGTATGGTCATTGGTCTTCTGCT
GTGATGGAGTGGTCGACTTGTAAGGAGGAAGACGAAAGGAGCTTTGGACATAAGAGTTGG
TTTTCTTTGGTTGTTTACGCTTGGAGGAAGGTAAAGTAACTTTTTTTTTTTTTGTTGGCG
ATGTTCAGGCCATGCAGCTGCTGATACTGATACTCTGAACAAGAGCTGGTTGTTAAATCC
ATCCCATGCAGCTGCTGATATTCGAACCTGACATCTCCACCTTTTGGGAATAAGACTTTA
CGATTGAAGAGATCCATCCTCTGTTATGTATGTGTCCAATAAATTACTTGTGTACTTATT
TGTCTATATTTTTTACTCTTATAAAAAGATCCATCCTCTGTGTATATAAACACTTAAACA
GAGCATTGCCATCAATATGAATCATCGATATCTATAATTCAATATG

QA 1 826 1 826
DS 



AS 1 2

CO CL5418Contig1 1176 2 6 U
GATGGGACCATGATCTCAAAGCGCTCGTTCCTCTTGGATGATACGTCGGATGGCAATGAA
TCTGGAACAGAGGAGGACCAATCTACTTTTATGAAAGAACTATACCACTTCTTTAGAGAG
AGAAGCATGGACTTTAAACCTCCAAAATTTTATGGGGAGGGACTAAACTGCCTTAAGTTG
TGGAGAGCTGTAATTAGATTGGGCGGTTATGACAAGGTTACTGGATGCAAACTATGGCGG
CAAGTAGGAGAGTCTTTCAGGCCCCCAAAGACATGTACAACAGTGTCATGGACTTTTCGA
GGTTTTTACGAAAAGGCTCTTCTTGAATACGAGCGGCATAAAGTCATGATGGGTGAACTA
CAGATACCCCTTGCTATAGACCCAGAACCGATGAATATTGATAACCAGGCTTCTGGATCT
GGTAGAGCAAGAAGAGATTCAGCAGCACGTGCTATGCAAGGGTGGAATTCACAGCGTCTT
AATGGGAACGGTGAAGTTAATGACCCTTCAGATAAGAATTTAGTTCTTCATCAAAAGCGC
GAAAAACAGATAGGAAGCACCCCTGGTTTACTGAAACGCAAGAGGCCTTCGTCTACTGAA
CATGCTATCCAAGTGCCTAGACCTATGTTGGATGTGACAGTTGTTGGTGTTGGACCACCA
GCTGACTGGGTGAAGATTAACGTACAGAGGACGGAAGATTGCTTTGAGGTGTATGCATTA
GTCCCAGGACTAGTCCGTGAAGAGGTCCGAGTCCAATCAGATCCGGCAGGACGGTTGGTA
ATAAGTGGCGAACCAGAGAACCCTATGAATCCATGGGGAGCAACTCCTTTCAAAAAGGTG
GTCAGTTTACCGATAAGAATTTATCCGCATCATACATCGGCTGTGGTAACCTTAAACGGG
CAGTTATTTGTCCGTGTGCCACTTGAGAAATCTGATTAGAAACGTTTTACAGTTTTTAAC
AAAGCTTTTGAAGATTGGAGACAGAAAGAAGAATGGTAGAAAGTCTTTTGTCTGTATATT
ATGATTGAGAACATGACACACAACTTGAGAGAGCCCACTTTAGGATACTTTAATTAGGCT
ATCTAGTTCATGGTCTCTCTTCTCTTTAATTAGATCTTTAAAAGTCACCATTGGTTTGTA
GCACAAGTTATTTAAACCTTTTCTATTAAGTGCCAT


BQ
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AF RR3DT54TF U 1
AF RR3DT54JQ C 510
BS 1 708 RR3DT54TF
BS 709 709 RR3DT54JQ
BS 710 724 RR3DT54TF
BS 725 725 RR3DT54JQ
BS 726 755 RR3DT54TF
BS 756 1176 RR3DT54JQ

RD RR3DT54TF 761 0 0
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TCTGGAACAGAGGAGGACCAATCTACTTTTATGAAAGAACTATACCACTTCTTTAGAGAG
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TGGAGAGCTGTAATTAGATTGGGCGGTTATGACAAGGTTACTGGATGCAAACTATGGCGG
CAAGTAGGAGAGTCTTTCAGGCCCCCAAAGACATGTACAACAGTGTCATGGACTTTTCGA
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CAGATACCCCTTGCTATAGACCCAGAACCGATGAATATTGATAACCAGGCTTCTGGATCT
GGTAGAGCAAGAAGAGATTCAGCAGCACGTGCTATGCAAGGGTGGAATTCACAGCGTCTT
AATGGGAACGGTGAAGTTAATGACCCTTCAGATAAGAATTTAGTTCTTCATCAAAAGCGC
GAAAAACAGATAGGAAGCACCCCTGGTTTACTGAAACGCAAGAGGCCTTCGTCTACTGAA
CATGCTATCCAAGTGCCTAGACCTATGTTGGATGTGACAGTTGTTGGTGTTGGACCACCA
GCTGACTGGGTGAAGATTAACGTACAGAGGACGGAAGATTGCTTTGAG*TGTATGCATTA
GTCC*AGGACTAGTCCGTGAAGAGGTCCGAGTCCA
TCAGAT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3DT54JQ 667 0 0
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GGATGTGACAGTTGTTGGTGTTGGACCACCAGCTGACTGGGTGAAGATTAACGTACAGAG
GACGGAAGATTGCTTTGAGGTGTATGCATTAGTCCCAGGACTAGTCCGTGAAGAGGTCCG
AGTCCAATCAGATCCGGCAGGACGGTTGGTAATAAGTGGCGAACCAGAGAACCCTATGAA
TCCATGGGGAGCAACTCCTTTCAAAAAGGTGGTCAGTTTACCGATAAGAATTTATCCGCA
TCATACATCGGCTGTGGTAACCTTAAACGGGCAGTTATTTGTCCGTGTGCCACTTGAGAA
ATCTGATTAGAAACGTTTTACAGTTTTTAACAAAGCTTTTGAAGATTGGAGACAGAAAGA
AGAATGGTAGAAAGTCTTTTGTCTGTATATTATGATTGAGAACATGACACACAACTTGAG
AGAGCCCACTTTAGGATACTTTAATTAGGCTATCTAGTTCATGGTCTCTCTTCTCTTTAA
TTAGATCTTTAAAAGTCACCATTGGTTTGTAGCACAAGTTATTTAAACCTTTTCTATTAA
GTGCCAT

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL5419Contig1 1096 2 2 U
GGTGACGATAAGAAAAAAAACCGACGACCACTGGCACCGAAACTAACTAACTAACACCAG
CACGCCTCTGTTCTCCGTCTTCCTCGGCTATCAAATTTACAGTTTTACCCCTCTGAGTTG
TTGTCTCGTTGGAAGATATTATTCTTCTCCTCTTCCGTTGCAACTTGCAATGATTTTGAG
GTCAAATTGAGGTTTAATTGGAGAGATCAGAGTGCAAATCATATCGATGGGGAATGCTGA
AGAAGCGAGATGTGTTTTCCCCTTGACGAGTCTCCAGATCGGAGACTTGCAGTCATATCT
TTCTGATCTCAGCATTTTCATGGGCAATAAAAGCAAGAAGATTTACATATTGGTGGACAA
CCGGCCATGGTTGAATCCTGGCACCCGATCTGCTCATTTTTGGCAACTTATGGTTACAAA
GTCCAGACTCTCCCCTTTTGCAAACTCGAAAGGTCGAGAAGGGAAGAAAAAGCAGAAGCA
GGAGGAGGAGGAGAAGCCTAAAGAGGAGGCGTGTTCCCAGCCCAATGATAAGAGACTAAA
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TGCAAAGAAACTGCCAAGCTCTTTGTATCTAAAAAAGCAGCTGCACAAGACCTTATATGG
TTTCATCGTGTTTGAAGTTGAATGGGACAATGTGAGGGGTATCAATTACTTGAATGAGCT
ACAGACAGACACCTCTCTCGCTATTGAACCCAAGTTGATGCGGAGGTGGGAGTTTGAGAG
TATCGATCAAGCTGTAACTAATATGTCTCAGTGGTTCTCTGGATCGAAATCTGAAAGATC
TTGCTTGATGGAATATCTTGAAACAACTAAAGGAGAAGTTTTTCATGACGCTGAAGCTGA
TTTCTCAAAAGCTTCTCCTGTTGATGATTATGTGTCTGTTGAAAACGACTCTCCTTGCTG
CTCAAGAAGTGTCTTCAGCGTTGACTATTCTGCTGCAAACTATGATGAAAACGAGCCTCA
CACACCGCCTCTGACCGGACCATACAAGAGAAGAAGAGTGACAAAGGCAATCTGCACCGG
AGTTGAGTTTGACTAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H619TF U 1
AF RR3H619JQ C 397
BS 1 635 RR3H619TF
BS 636 1096 RR3H619JQ

RD RR3H619TF 635 0 0
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AGAAGCGAGATGTGTTTTCCCCTTGACGAGTCTCCAGATCGGAGACTTGCAGTCATATCT
TTCTGATCTCAGCATTTTCATGGGCAATAAAAGCAAGAAGATTTACATATTGGTGGACAA
CCGGCCATGGTTGAATCCTGGCACCCGATCTGCTCATTTTTGGCAACTTATGGTTACAAA
GTCCAGACTCTCCCCTTTTGCAAACTCGAAAGGTCGAGAAGGGAAGAAAAAGCAGAAGCA
GGAGGAGGAGGAGAAGCCTAAAGAGGAGGCGTGTTCCCAGCCCAATGATAAGAGACTAAA
AGAGCTCAAGAAATGGTTCTCATTGATTGATGCGACAACATTCTCCAAGAACAAAATACC
TGCAAAGAAACTGCCAAGCTCTTTGTATCTAAAAA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3H619JQ 700 0 0
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AGAAGGGAAGAAAAAGCAGAAGCAGGAGGAGGAGGAGAAGCCTAAAGAGGAGGCGTGTTC
CCAGCCCAATGATAAGAGACTAAAAGAGCTCAAGAAATGGTTCTCATTGATTGATGCGAC
AACATTCTCCAAGAACAAAATACCTGCAAAGAAACTGCCAAGCTCTTTGTATCTAAAAAA
GCAGCTGCACAAGACCTTATATGGTTTCATCGTGTTTGAAGTTGAATGGGACAATGTGAG
GGGTATCAATTACTTGAATGAGCTACAGACAGACACCTCTCTCGCTATTGAACCCAAGTT
GATGCGGAGGTGGGAGTTTGAGAGTATCGATCAAGCTGTAACTAATATGTCTCAGTGGTT
CTCTGGATCGAAATCTGAAAGATCTTGCTTGATGGAATATCTTGAAACAACTAAAGGAGA
AGTTTTTCATGACGCTGAAGCTGATTTCTCAAAAGCTTCTCCTGTTGATGATTATGTGTC
TGTTGAAAACGACTCTCCTTGCTGCTCAAGAAGTGTCTTCAGCGTTGACTATTCTGCTGC
AAACTATGATGAAAACGAGCCTCACACACCGCCTCTGACCGGACCATACAAGAGAAGAAG
AGTGACAAAGGCAATCTGCACCGGAGTTGAGTTTGACTAT

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL5420Contig1 1008 2 2 U
GGTTCCACAGAGCAAGGTGAGATGGTGCAAGCCAAGTTTGGGATACCACAGACGGCTGTT
AGGCAGCTAGAGATTTACACAACCGCAGTACTGCTTGCTACTTTGGAACCTCCTCAGCCA
CCTCGAGAAGAAAAATGGAGGAGCCTAATGGAAGATATCTCCAACATCAGCTGCCAAAAC
TACAGGAGCACGGTCTATGAAAACCCTGAATTCCTCTCTTACTTCCAGGAGGCAACACCT
CAGGCCGAGCTTGGTTTCCTCAACATAGGAAGCAGGCCAACACGAAGAAAGAGCTCAACT
GGTATCGGACATCTCCGAGCTATCCCTTGGGTTTTCGCTTGGACGCAGACAAGGTTTGTC
CTTCCAGCTTGGCTTGGCGTAGGAGCTGGTCTGAAAGGAGTCTGTGAAAAGGGTCACGCT
GATGATCTCCAAGCAATGTACAAAGAATGGCCCTTCTTTCAGTCAACCATAGACCTTATC
GAGATGGTGTTAGCTAAAGCAGATATCCCAATAGCCAAACACTACGATGAACAGCTTGTC
TCGGAGAGCAGAAGAGGGCTCGGTAGTGAGCTGAGAAAGGAATTGCTGACTACTGAGAAG
TATGTGCTCGTGATAAGTGGCCATGAAAAGCTCTCGGAGAACAATAGGAGCCTGAAGAAG
CTGATAGAAAGTAGACTTCCGTATCTGAATCCAATGAACATGCTGCAGGTTGAGATACTC
AAGAGGCTAAGACGTGATCTTGACAACAACAAGCTCATGGATGCATTGCTCATCACCATC
AACGGTATTGCAGCTGGAATGAGGAACACTGGTTAAAAACACACTGTTTGAAAACTACTT
CTCCCTGTTACATCCATCTGCTTCTTTGCTTTTACTGCTTTTATGTACTCTGCCAACTGT
TGAATCTTAAATAATCGAGTGCACTATAATAATCAAGAACCATTTTAATCATGATGAGAC
CAAGACAGTTTAATGAGACAAGGTAAATAAAGGTAAAGATTTTGCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3ER25TF U 1
AF RR3ER25JQ C 405
BS 1 643 RR3ER25TF
BS 644 1008 RR3ER25JQ

RD RR3ER25TF 643 0 0
GGTTCCACAGAGCAAGGTGAGATGGTGCAAGCCAAGTTTGGGATACCACAGACGGCTGTT
AGGCAGCTAGAGATTTACACAACCGCAGTACTGCTTGCTACTTTGGAACCTCCTCAGCCA
CCTCGAGAAGAAAAATGGAGGAGCCTAATGGAAGATATCTCCAACATCAGCTGCCAAAAC
TACAGGAGCACGGTCTATGAAAACCCTGAATTCCTCTCTTACTTCCAGGAGGCAACACCT
CAGGCCGAGCTTGGTTTCCTCAACATAGGAAGCAGGCCAACACGAAGAAAGAGCTCAACT
GGTATCGGACATCTCCGAGCTATCCCTTGGGTTTTCGCTTGGACGCAGACAAGGTTTGTC
CTTCCAGCTTGGCTTGGCGTAGGAGCTGGTCTGAAAGGAGTCTGTGAAAAGGGTCACGCT
GATGATCTCCAAGCAATGTACAAAGAATGGCCCTTCTTTCAGTCAACCATAGACCTTATC
GAGATGGTGTTAGCTAAAGCAGATATCCCAATAGCCAAACACTACGATGAACAGCTTGTC
TCGGAGAGCAGAAGAGGGCTCGGTAGTGAGCTGAGAAAGGAATTGCTGACTACTGAGAAG
TATGTGCTCGTGATAAGTGGCCATGAAAAGCTCTCGGAGAACA

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3ER25JQ 604 0 0
TGAAAAGGGTCACGCTGATGATCTCCAAGCAATGTACAAAGAATGGCCCTTCTTTCAGTC
AACCATAGACCTTATCGAGATGGTGTTAGCTAAAGCAGATATCCCAATAGCCAAACACTA
CGATGAACAGCTTGTCTCGGAGAGCAGAAGAGGGCTCGGTAGTGAGCTGAGAAAGGAATT
GCTGACTACTGAGAAGTATGTGCTCGTGATAAGTGGCCATGAAAAGCTCTCGGAGAACAA
TAGGAGCCTGAAGAAGCTGATAGAAAGTAGACTTCCGTATCTGAATCCAATGAACATGCT
GCAGGTTGAGATACTCAAGAGGCTAAGACGTGATCTTGACAACAACAAGCTCATGGATGC
ATTGCTCATCACCATCAACGGTATTGCAGCTGGAATGAGGAACACTGGTTAAAAACACAC
TGTTTGAAAACTACTTCTCCCTGTTACATCCATCTGCTTCTTTGCTTTTACTGCTTTTAT
GTACTCTGCCAACTGTTGAATCTTAAATAATCGAGTGCACTATAATAATCAAGAACCATT
TTAATCATGATGAGACCAAGACAGTTTAATGAGACAAGGTAAATAAAGGTAAAGATTTTG
CACT

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL5421Contig1 1228 2 4 U
GGATTCTCTCTGGCCGGTAATAAAATGGCGTCAATGATGTTCACCGATTGCTCCTCCATG
TCTTCAAGTCTCTTGCACGTAAACAGCCGCAGAAGCTCTGTTCTCTTCCGTCAGCGCGTC
GGCCAACTCCCCCTACGCAGCACTTCGTCTGCCCGTGCCTGCTCTCTCTCCATCCGCTGC
TCTTCCTCTCCCTCTTCTCCTCCCACTTTAGTTGATGGAAAGGCGGTGGCAAAGACTATT
AGAGATGAGGTCACAATCGAAGTTTCGAGGATGAAGGAATCTATCGGCGTGGTTCCGGGG
TTAGCTGTGATTCTGGTCGGGGACAGAAAAGATTCGGCGACTTATGTGAGGAACAAGAAG
AAGGCTTGCGAATCCGTTGGAATCAAGTCGTTAGAAGGTAAGCCAGCTGAAGATTGCTCT
GAAGAACAGGTGTTGAAATCCATCTCGTGCTTCAACGATGATCCGTCTATCCATGGGATA
CTTGTTCAGCTGCCTCTACCATCGCATATGGATGAGCAGAACATTTTGAATGCGGTTAGT
ATAGAGAAGGATGTCGATGGATTCCACCCGCTAAATATTGGACGACTCGCCATGCGCGGT
AGAGAACCCTTATTCGTTCCGTGTACTCCTAAGGGATGCATCGAGCTGTTGCATAGATAC
AACGTTGAGATCAAAGGGAAAAGAGCCGTTGTTATTGGAAGGAGTAACATTGTCGGAATG
CCAGCTGCACTCTTACTGCAGAGGGAGGATGCAACTGTTTCCATTATCCACTCAAGAACC
AAGAACCCTGAAGAAATCACACGAGAAGCTGATATCATTATTGCAGCAGTTGGGCGACCA
AATATGGTTAGAGGAAGCTGGATTAAACCTGGCGCAGTCATTATTGATGTTGGGATCAAT
CCGGTTGATGATCCAAATGCTCCACGTGGTTATCGTTTGGTTGGAGACGTATGTTATGAG
GAGGCTTGCAAAATTGCGTCAGCCATCACACCTGTTCCTGGTGGTGTTGGGCCAATGACC
ATAGCTATGCTTCTGTCCAATACCTTGATATCGGCCAAGAGAATTCACAACTTCGAGTGA
CCTTGTAGGAAGATTGATGGCTTTTGTTTTTTTTGAGAATTTGCAAGGCTTTTTTCCGGA
TACAATAGTTTGCTATGGTCCTTTCATAAAATGTCTTTGTAAGAAGCCACACATGTTTTC
TTTTTCTTAAAAATTGCCTTTTGGATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CN68TF U 1
AF RR3CN68JQ C 442
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BS 680 1228 RR3CN68JQ

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TCTTCAAGTCTCTTGCACGTAAACAGCCGCAGAAGCTCTGTTCTCTTCCGTCAGCGCGTC
GGCCAACTCCCCCTACGCAGCACTTCGTCTGCCCGTGCCTGCTCTCTCTCCATCCGCTGC
TCTTCCTCTCCCTCTTCTCCTCCCACTTTAGTTGATGGAAAGGCGGTGGCAAAGACTATT
AGAGATGAGGTCACAATCGAAGTTTCGAGGATGAAGGAATCTATCGGCGTGGTTCCGGGG
TTAGCTGTGATTCTGGTCGGGGACAGAAAAGATTCGGCGACTTATGTGAGGAACAAGAAG
AAGGCTTGCGAATCCGTTGGAATCAAGTCGTTAGAAGGTAAGCCAGCTGAAGATTGCTCT
GAAGAACAGGTGTTGAAATCCATCTCGTGCTTCAACGATGATCCGTCTATCCATGGGATA
CTTGTTCAGCTGCCTCTACCATCGCATATGGATGAGCAGAACATTTTGAATGCGGTTAGT
ATAGAGAAGGATGTCGATGGATTCCACCCGCTAAATATTGGACGACTCGCCATGCGCGGT
AGAGAACCCTTATTCGTTCCGTGTACTCCTAAGG*ATGCATCGAGCTGTTGCATAGATAC
AACGTTGAGATCAAAGGGA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3CN68JQ 787 0 0
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TCGCATATGGATGAGCAGAACATTTTGAATGCGGTTAGTATAGAGAAGGATGTCGATGGA
TTCCACCCGCTAAATATTGGACGACTCGCCATGCGCGGTAGAGAACCCTTATTCGTTCCG
TGTACTCCTAAGGGATGCATCGAGCTGTTGCATAGATACAACGTTGAGATCAAAGGGAAA
AGAGCCGTTGTTATTGGAAGGAGTAACATTGTCGGAATGCCAGCTGCACTCTTACTGCAG
AGGGAGGATGCAACTGTTTCCATTATCCACTCAAGAACCAAGAACCCTGAAGAAATCACA
CGAGAAGCTGATATCATTATTGCAGCAGTTGGGCGACCAAATATGGTTAGAGGAAGCTGG
ATTAAACCTGGCGCAGTCATTATTGATGTTGGGATCAATCCGGTTGATGATCCAAATGCT
CCACGTGGTTATCGTTTGGTTGGAGACGTATGTTATGAGGAGGCTTGCAAAATTGCGTCA
GCCATCACACCTGTTCCTGGTGGTGTTGGGCCAATGACCATAGCTATGCTTCTGTCCAAT
ACCTTGATATCGGCCAAGAGAATTCACAACTTCGAGTGACCTTGTAGGAAGATTGATGGC
TTTTGTTTTTTTTGAGAATTTGCAAGGCTTTTTTCCGGATACAATAGTTTGCTATGGTCC
TTTCATAAAATGTCTTTGTAAGAAGCCACACATGTTTTCTTTTTCTTAAAAATTGCCTTT
TGGATTT

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

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GGGTACCTGCAGATTCGATCGAAGTTTATTAGATCCGGGATTTTCCTCCCTGTATATTTG
TATAAAACTAAGAAAAAAAGTTTCGATTTCTTTAAGCGTAGTTCGTGTTTGAATCCGCTT
GAACTAAAAAAACAAAAAACATATTCTTTAGGGTTTTGGTTTTGTTTCCACTGTGTGTGT
TGGATTAATATATATAAATATGGATAAGAAGAAGGTCGCCGTTCCACTTGTCTGCCATGG
CCATTCAAGACCTGTTGTTGATTTGTTCTACAGTCCAATTACCCCTGATGGTTTCTTCCT
CATCAGCGCCAGTAAAGATTCACATCCAATGTTGAGAAACGGGGAGACTGGAGACTGGAT
TGGTACATTTGAAGGTCATAAGGGTGCGGTGTGGAGTTCTTGCCTCGACAACAACGCTCT
ACGTGCTGCTTCTGCTTCTGCTGATTTTTCAGCGAAACTCTGGATGCGTTAACAGGAGAT
GTGCTGCATTCTTTTGAGCACAAGCATATTGTTCGAGCGTGTGCTTTCTCTGAGGATACA
AAATTGCTGATCACTGGAGGATTTGAGAAGATTCTTCGTGTATTTGATTTGAACCGGTTG
GATGCACCTCCCCCAGAGGTCGATAAATCCCCTGGATCCATCAGAACTCTCACATGGCTT
CACAGTGATCAAACAATATTAAGTTCTTGCACTGATATTGGTGGCGTGAGGTTATGGGAT
GTTAGGAGTGGGAAGATTGTGCAGACACTGGAAACAAAGTCTCCTGTCACCAGTGCTGAA
GTGAGCCAAGATGGACGATACATTACTACTGCTGCTGGGTCAACTGTTAAATTCTGGGAC
GCTAACCATTTTGGACTGGTGAAGAGTTATGACATGCCATGCAATATTGAGTCTGCATCT
CTGGAGCCTAAATCTGGTGAAAAGTTTGTAGCTGGCGGTGAGGATATGTGGGTCCGAATG
TTTGATTTCTACACCGGAGAGGAGATTGGATGCAACAAGGGGCATCATGGTCCGGTACAC
TGCGTGAGGTTTTCACCGACGGGTGAGTCGTACGCCTCGGGGTCTGAAGACGGGACCATC
AGGATCTGGCAGACGACACCAAATCATAGTGTGGATGAGGTGGCTAAGAAGATTGAAGGC
TTTCACATCAACAAAGAAGGCAAACCCGCAGAGAAAGTTTCTGATGCTTAGGCAGAAGAA
CACGGAAAAGCCTTTTTTCTCTTAGTTCTTGATGCGCTATGTTTCGTGTGTGTTTGTGTT
TCCTGACTGAATATACAGAGAAAAAGAAAAACACAAGGACCGGACCTTTCCTTATCTTTT
AGTTTTTCTTGGATCTTTTTCGTTATTATATAAAACTTGGGACTTGTTGTGCAATTTATG
AAATAATTTGACTTTTGCC


BQ
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AF RR3BF74TF U 1
AF RR3BF74JQ C 612
BS 1 844 RR3BF74TF
BS 845 1399 RR3BF74JQ

RD RR3BF74TF 844 0 0
GGGTACCTGCAGATTCGATCGAAGTTTATTAGATCCGGGATTTTCCTCCCTGTATATTTG
TATAAAACTAAGAAAAAAAGTTTCGATTTCTTTAAGCGTAGTTCGTGTTTGAATCCGCTT
GAACTAAAAAAACAAAAAACATATTCTTTAGGGTTTTGGTTTTGTTTCCACTGTGTGTGT
TGGATTAATATATATAAATATGGATAAGAAGAAGGTCGCCGTTCCACTTGTCTGCCATGG
CCATTCAAGACCTGTTGTTGATTTGTTCTACAGTCCAATTACCCCTGATGGTTTCTTCCT
CATCAGCGCCAGTAAAGATTCACATCCAATGTTGAGAAACGGGGAGACTGGAGACTGGAT
TGGTACATTTGAAGGTCATAAGGGTGCGGTGTGGAGTTCTTGCCTCGACAACAACGCTCT
ACGTGCTGCTTCTGCTTCTGCTGATTTTTCAGCGAAACTCTGGATGCGTTAACAGGAGAT
GTGCTGCATTCTTTTGAGCACAAGCATATTGTTCGAGCGTGTGCTTTCTCTGAGGATACA
AAATTGCTGATCACTGGAGGATTTGAGAAGATTCTTCGTGTATTTGATTTGAACCGGTTG
GATGCACCTCCCCCAGAGGTCGATAAATCCCCTGGATCCATCAGAACTCTCACATGGCTT
CACAGTGATCAAACAATATTAAGTTCTTGCACTGATATTGGTGGCGTGAGGTTATGGGAT
GTTAGGAGTGGGAAGATTGTGCAGACACTGGAAACAAAGTCTCCTGTCACCAGTGCTGAA
GTGAGCCAAGATGGACGATACATTACTACTGCTGCTGGGTCAACTGTTAAATTCTGGGAC
GCTA

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR3BF74JQ 788 0 0
CCCAGAGGTCGATAAATCCCCTGGATCCATCAGAACTCTCACATGGCTTCACAGTGATCA
AACAATATTAAGTTCTTGCACTGATATTGGTGGCGTGAGGTTATGGGATGTTAGGAGTGG
GAAGATTGTGCAGACACTGGAAACAAAGTCTCCTGTCACCAGTGCTGAAGTGAGCCAAGA
TGGACGATACATTACTACTGCTGCTGGGTCAACTGTTAAATTCTGGGACGCTAACCATTT
TGGACTGGTGAAGAGTTATGACATGCCATGCAATATTGAGTCTGCATCTCTGGAGCCTAA
ATCTGGTGAAAAGTTTGTAGCTGGCGGTGAGGATATGTGGGTCCGAATGTTTGATTTCTA
CACCGGAGAGGAGATTGGATGCAACAAGGGGCATCATGGTCCGGTACACTGCGTGAGGTT
TTCACCGACGGGTGAGTCGTACGCCTCGGGGTCTGAAGACGGGACCATCAGGATCTGGCA
GACGACACCAAATCATAGTGTGGATGAGGTGGCTAAGAAGATTGAAGGCTTTCACATCAA
CAAAGAAGGCAAACCCGCAGAGAAAGTTTCTGATGCTTAGGCAGAAGAACACGGAAAAGC
CTTTTTTCTCTTAGTTCTTGATGCGCTATGTTTCGTGTGTGTTTGTGTTTCCTGACTGAA
TATACAGAGAAAAAGAAAAACACAAGGACCGGACCTTTCCTTATCTTTTAGTTTTTCTTG
GATCTTTTTCGTTATTATATAAAACTTGGGACTTGTTGTGCAATTTATGAAATAATTTGA
CTTTTGCC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL5423Contig1 1379 2 4 U
GGGCATTGATCGTCTTCACCTAAACAACAAACACTGATTCTCGTAACGCCGCCATGTCTC
TCCTCTCAGATCTCGTCAACCTCAACCTCTCTGACTCCACCGAGAAAATCATCGCTGAAT
ACATATGATCGGTGGATCTGGAATGGACATCAGAAGCAAAGCCAGGACACTCCCAGGACC
AGTGAGCGATCCATCAAAGCTTCCTAAGTGTAACTACGACGGATCCAGCACCGGTCAGGC
CGCCGGAGATGACAGTGAAGTCATTATATACCCTCAGGCGATCTTCCGTGATCCGTTCAG
GAGAGGCAACAACATTCTGGTGATGTGTGATGCTTACACACCGGCCGGGAATCCAATTCC
TACCAACAAGAGGCACAACGCTGCTAAGATATTCAGCACCTCCAAAGTTGCCTCCGAGGA
GCCTTGGTATGGGATTGAGCAAGAGTGCACATTGATGCAGAAGGGTGTGAACTGGCCTAT
TGGTTGGCCTGTTGTTGGCTTCCCTGGCCCACAGGGACCATACTACTGTGGCGTGGGAGC
TGACAAAGCCATTGGTCGTGACATTGTGGATGCACACTACAAGGCCTGTCTCTACGCAGG
TATCAGCATCTCTGGTGTCAATGAAGAAGTCATGCCTGGCCAGTGGGAATTCCAAGTCGG
TCCAGTTGAAAGTATTAGTGCTGGTGATCAAGTCTGGGTCGCTAGATTCCTTCTCGAGAG
GATCACTGAGATCTCTGGTGTAAATGTCAGCTTCGACCCAAAACCAGTCCCGGGTGACTG
GAACGGAGCTGGAGCTCACTGCAACTACAGTACGAAGTCGATGAGGAACGACGGAGGATT
AGCGGTGATCAAGAAAGCAATAGAGAAGCTTCGGGTGAAACACAAGGAGCACATCGCTGC
TTACGGTGAAGGCAACGAGCGTCGTCTCACGGGGAAGCACGAGACCGCTGACATCAACAC
GTTCTCTTGGGGAGTGGCGAACCGCGGAGCTTCGGTGAGAGTGGGACGTGACACTGAGAA
AGAAGGCAAAGGTTACTTCGAGGACAGAAGGCCGGCTTCTAACATGGATCCTTATGTCGT
TACGTCCATGATTGCTGAAACCACCATCCTCGGTTAAAATCAACACATTTAGTAATGTTT
GGTTTTCTCCGGTTTGGTTTTATGATTTGAAGACTTTTCTGCTTGTGATTGCGGTCTATT
TCGGTTTAAATAATTCTTAGATGACATTTTGTGTTTTTTTCTTCTTCTTTTAGTTTCGAA
TAATTAAAATAAAGTATTCTTGTGGTGAAAATTTGATCAGCGACTTTTGTGTTGTGTTGT
TGTTGTTGAAATGATAATAATAACAAGGAAGTACGGCCTGGCATGTTACAGGTTGAACC


BQ
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AF RR3GU18TF U 1
AF RR3GU18JQ C 558
BS 1 623 RR3GU18TF
BS 624 624 RR3GU18JQ
BS 625 757 RR3GU18TF
BS 758 1379 RR3GU18JQ

RD RR3GU18TF 757 0 0
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TCCTCTCAGATCTCGTCAACCTCAACCTCTCTGACTCCACCGAGAAAATCATCGCTGAAT
ACATATGATCGGTGGATCTGGAATGGACATCAGAAGCAAAGCCAGGACACTCCCAGGACC
AGTGAGCGATCCATCAAAGCTTCCTAAGTGTAACTACGACGGATCCAGCACCGGTCAGGC
CGCCGGAGATGACAGTGAAGTCATTATATACCCTCAGGCGATCTTCCGTGATCCGTTCAG
GAGAGGCAACAACATTCTGGTGATGTGTGATGCTTACACACCGGCCGGGAATCCAATTCC
TACCAACAAGAGGCACAACGCTGCTAAGATATTCAGCACCTCCAAAGTTGCCTCCGAGGA
GCCTTGGTATGGGATTGAGCAAGAGTGCACATTGATGCAGAAGGGTGTGAACTGGCCTAT
TGGTTGGCCTGTTGTTGGCTTCCCTGGCCCACAGGGACCATACTACTGTGGCGTGGGAGC
TGACAAAGCCATTGGTCGTGACATTGTGGATGCACACTACAAGGCCTGTCTCTACGCAGG
TATCAGCATCTCTGGTGTCAATGGAGAAGTCATGCCTGGCCAGTGGGAATTCCAAGTCGG
TCCAGTTGAAAGTATTAGTGCTGGTGATCAAGTCTGGGTCGCTAGATTCCTTCTCGAGAG
GATCACTGAGATCTCTGGTGTAAATGTCAGCTTCGAC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3GU18JQ 822 0 0
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TCAATGAAGAAGTCATGCCTGGCCAGTGGGAATTCCAAGTCGGTCCAGTTGAAGGTATTA
GTGCTGGTGATCAAGTCTGGGTCGCTAGATTCCTTCTCGAGAGGATCACTGAGATCTCTG
GTGTAAATGTCAGCTTCGACCCAAAACCAGTCCCGGGTGACTGGAACGGAGCTGGAGCTC
ACTGCAACTACAGTACGAAGTCGATGAGGAACGACGGAGGATTAGCGGTGATCAAGAAAG
CAATAGAGAAGCTTCGGGTGAAACACAAGGAGCACATCGCTGCTTACGGTGAAGGCAACG
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CGAACCGCGGAGCTTCGGTGAGAGTGGGACGTGACACTGAGAAAGAAGGCAAAGGTTACT
TCGAGGACAGAAGGCCGGCTTCTAACATGGATCCTTATGTCGTTACGTCCATGATTGCTG
AAACCACCATCCTCGGTTAAAATCAACACATTTAGTAATGTTTGGTTTTCTCCGGTTTGG
TTTTATGATTTGAAGACTTTTCTGCTTGTGATTGCGGTCTATTTCGGTTTAAATAATTCT
TAGATGACATTTTGTGTTTTTTTCTTCTTCTTTTAGTTTCGAATAATTAAAATAAAGTAT
TCTTGTGGTGAAAATTTGATCAGCGACTTTTGTGTTGTGTTGTTGTTGTTGAAATGATAA
TAATAACAAGGAAGTACGGCCTGGCATGTTACAGGTTGAACC

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

CO CL5424Contig1 1110 2 2 U
GGGTGGAAACACCACCAGTCTTCCTCCTCTTCTTCTCTCATCTCCTTTTTTTAAGTTTTA
AGGTTGATCTGATCAAAACCCTTCTCTCCACCAAGTATCATGCTTAGCAAAAGAACCCAT
CCCATGATCGGAAAGATATCTGAGCTCCTCGTCGGCGTGAACCGATCTGCGGCCGCGGCG
GCTCCGTTCTTTGACGTCTTGATGACAAGCCCTAAAAGCCCACTTGACTTCAAGATTCTA
CCTCAGATATCTCAAAGAAACAGCTCAAAGAGATTCTACGATGACAACCTTGGTGGGTCC
GTTGGTCTAGGGATTGTAGCCGCACTCGAGAACTCAACCACTCGTCTAATCACTAGATCG
GAACCGAACCAATCAAACAGTTCTGATCCGGTCCAGTTCATGAGCCAAGAAGGAAGCACG
GACGAAGAAGAAGACGAGGAGATGTTCATAATGGACGAGGAGGAGTATACGTTGGTAACG
TGTCACCATGGTCCTAGTGGATCTTGTAGTACAAGGGTTTATGACAGAGATGGGTTTGAG
TGCTTGGCAAATAAGATCAACGAGGATCATCGTGAGAGACTTTTCATGGTCGATGTCGGT
AACGAATCTCCTGAGAACTCGCCGGAGTTTAAGGGTTTGGGTTTCCTCAGTTCTTGTTAC
TTATGCAGGAAGAAACTTCACGGTCACGACATATTTATTTATAGAGGAGAAAAAGCATTT
TGCAGCACAGAGTGTCGATCGAGTCATATAGCAAATGTTGAAAGGAAAGAGAGATGTAGA
TCAAAACTTTCAGCCTCTCCTTACACCGCCGGTCAAATTTTTTCCGCCGGAGTTCTAGTG
ACTTAGCCGGAGTTCTAGTGCGAATACATTATATATGGGGTGGGGGGGGATCAGGGGTGA
ATAAAATAAGTACGCATACAACGTATGCAGACGAAATAAATTAAGCATATATATATATAA
ATTATGACATGTATGTCTATATAAATGGTATATGGTGGAGGTGAAACAACATGAAAATTT
TGGTGAGGGGGGGTTAATGATAGCAGAGAGAGCTAGTTTTTGATCGTTAACATGGCGAGA
AATGGACTAAAATGCTCTTGTTTGTTTTCC


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AF RR3CL61TF U 1
AF RR3CL61JQ C 358
BS 1 590 RR3CL61TF
BS 591 1110 RR3CL61JQ

RD RR3CL61TF 590 0 0
GGGTGGAAACACCACCAGTCTTCCTCCTCTTCTTCTCTCATCTCCTTTTTTTAAGTTTTA
AGGTTGATCTGATCAAAACCCTTCTCTCCACCAAGTATCATGCTTAGCAAAAGAACCCAT
CCCATGATCGGAAAGATATCTGAGCTCCTCGTCGGCGTGAACCGATCTGCGGCCGCGGCG
GCTCCGTTCTTTGACGTCTTGATGACAAGCCCTAAAAGCCCACTTGACTTCAAGATTCTA
CCTCAGATATCTCAAAGAAACAGCTCAAAGAGATTCTACGATGACAACCTTGGTGGGTCC
GTTGGTCTAGGGATTGTAGCCGCACTCGAGAACTCAACCACTCGTCTAATCACTAGATCG
GAACCGAACCAATCAAACAGTTCTGATCCGGTCCAGTTCATGAGCCAAGAAGGAAGCACG
GACGAAGAAGAAGACGAGGAGATGTTCATAATGGACGAGGAGGAGTATACGTTGGTAACG
TGTCACCATGGTCCTAGTGGATCTTGTAGTACAAGGGTTTATGACAGAGATGGGTTTGAG
TGCTTGGCAAATAAGATCAACGAGGATCATCGTGAGAGACTTTTCATGGT

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3CL61JQ 753 0 0
TCGGAACCGAACCAATCAAACAGTTCTGATCCGGTCCAGTTCATGAGCCAAGAAGGAAGC
ACGGACGAAGAAGAAGACGAGGAGATGTTCATAATGGACGAGGAGGAGTATACGTTGGTA
ACGTGTCACCATGGTCCTAGTGGATCTTGTAGTACAAGGGTTTATGACAGAGATGGGTTT
GAGTGCTTGGCAAATAAGATCAACGAGGATCATCGTGAGAGACTTTTCATGGTCGATGTC
GGTAACGAATCTCCTGAGAACTCGCCGGAGTTTAAGGGTTTGGGTTTCCTCAGTTCTTGT
TACTTATGCAGGAAGAAACTTCACGGTCACGACATATTTATTTATAGAGGAGAAAAAGCA
TTTTGCAGCACAGAGTGTCGATCGAGTCATATAGCAAATGTTGAAAGGAAAGAGAGATGT
AGATCAAAACTTTCAGCCTCTCCTTACACCGCCGGTCAAATTTTTTCCGCCGGAGTTCTA
GTGACTTAGCCGGAGTTCTAGTGCGAATACATTATATATGGGGTGGGGGGGGATCAGGGG
TGAATAAAATAAGTACGCATACAACGTATGCAGACGAAATAAATTAAGCATATATATATA
TAAATTATGACATGTATGTCTATATAAATGGTATATGGTGGAGGTGAAACAACATGAAAA
TTTTGGTGAGGGGGGGTTAATGATAGCAGAGAGAGCTAGTTTTTGATCGTTAACATGGCG
AGAAATGGACTAAAATGCTCTTGTTTGTTTTCC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL5425Contig1 1348 2 2 U
GGACAACAACATCATCTTCTCTGGTCTTCATACTCTCCGCCGCTACATCCTCTGACCTCC
TCCTTCGGCTCTGCTCAGATCCCTTGTGAAACGTTACTGCCTTCAGAGATGATGATGATG
ACCTCTCTCGGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGAGGGAGGTTTACGTCGTCTCTTTCGGTT
CCTCCTTCTGTTCCTCAGTCGCCTAACTACTCCGGTGGGATCCGATCACAGTCTTCTTCT
ATATTCGTTGAGCAGGAGAAGTATCTTTCAGAGTTACTTGCAGAGCGTCGTAATCTTACT
CCGTTCTTACCTGTGCTTCCACATGTATGTCGCCTACTTAACCAGGAGATCTGTTCCATC
GTCTCCGGGACCAAACTGGCTTAACTCACCTGGTAGTCCGTCTGGTCTGATCGCCAAGCG
AACAATCAGGATCGATATTCCAGTCAACGATTATCCAAATTTCAATTTCGTTGGTCGCCT
CCTGGGTCCTAGAGGAAACTCACTGAAGCGAGTTGAAGCGAGTACTGGTTGCCGTTTTCT
TATAAGAGGAAGAGGCAGTATAAAAGATCAATTTAAGGAGGAAATGCTGAGAGGAAAGCC
TGGATTTGAGCACTTAAGTGAGCCACTTCATATCTTAGTCGAAGCTGAGTTACCTATTGA
AATAGTCGATGCACGTCTCATGCAAGCTCGTGAAGTACTAGATGAACTTCTTACTCCTAT
GGAGGAAACTCATGATTTTTACAAGAAACAACAGCTGCGAGAGCTAGCATTGCTCAATGG
AAATCTTCGTGAAGGAGGATCTCCAATGTCTGGTTCTGTTTCTCCTTTCAGTAGCCTGGG
TATGAAGAGAGCCAAAACAAGAGAAGTGTAGAAAAAAAGGAATGCTTCAGAACACTGTTT
TGTTGTTGTGATCTGTCCCACATCTCAAGGAATATGAAACCGGTCCAGTTCGACGCAGAA
TGGCCAAACCTCTCTTGGCTACACAGTACTGTTCTCTTCTCCCCTGGAATATAGTTGCTG
TATATATGCTTATGAATGTGTCTTTTGTGGGTCTATTTATCATTGTCCTGGAGAGAGATC
AGATGACAACATTTCAAGGAAACACAAGGCATGACGAGTCTTTTTCTCTCTCCCAGTTTT
TGGGTTTGTTTTTATTTATTTCAATGCATCTTTTGTCAACTTATTTGGTTTTTTTGTCAA
CTTTTTTAATTGTTTTTACTCTTTGGAACGGTTTGGTTCTAATTTCCAAGGGGGTTTTAT
AAGCTCTGTATGTTAGTAAAAGACAGAAAAAAACAAAGATCATGATGGTATGTGTTTGCC
TGTCTGGTAATGATGATATGTTTTTAGG


BQ
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AF RR3GL92TF U 1
AF RR3GL92JQ C 536
BS 1 768 RR3GL92TF
BS 769 1348 RR3GL92JQ

RD RR3GL92TF 768 0 0
GGACAACAACATCATCTTCTCTGGTCTTCATACTCTCCGCCGCTACATCCTCTGACCTCC
TCCTTCGGCTCTGCTCAGATCCCTTGTGAAACGTTACTGCCTTCAGAGATGATGATGATG
ACCTCTCTCGGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGAGGGAGGTTTACGTCGTCTCTTTCGGTT
CCTCCTTCTGTTCCTCAGTCGCCTAACTACTCCGGTGGGATCCGATCACAGTCTTCTTCT
ATATTCGTTGAGCAGGAGAAGTATCTTTCAGAGTTACTTGCAGAGCGTCGTAATCTTACT
CCGTTCTTACCTGTGCTTCCACATGTATGTCGCCTACTTAACCAGGAGATCTGTTCCATC
GTCTCCGGGACCAAACTGGCTTAACTCACCTGGTAGTCCGTCTGGTCTGATCGCCAAGCG
AACAATCAGGATCGATATTCCAGTCAACGATTATCCAAATTTCAATTTCGTTGGTCGCCT
CCTGGGTCCTAGAGGAAACTCACTGAAGCGAGTTGAAGCGAGTACTGGTTGCCGTTTTCT
TATAAGAGGAAGAGGCAGTATAAAAGATCAATTTAAGGAGGAAATGCTGAGAGGAAAGCC
TGGATTTGAGCACTTAAGTGAGCCACTTCATATCTTAGTCGAAGCTGAGTTACCTATTGA
AATAGTCGATGCACGTCTCATGCAAGCTCGTGAAGTACTAGATGAACTTCTTACTCCTAT
GGAGGAAACTCATGATTTTTACAAGAAACAACAGCTGCGAGAGCTAGC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3GL92JQ 813 0 0
TTTCTTATAAGAGGAAGAGGCAGTATAAAAGATCAATTTAAGGAGGAAATGCTGAGAGGA
AAGCCTGGATTTGAGCACTTAAGTGAGCCACTTCATATCTTAGTCGAAGCTGAGTTACCT
ATTGAAATAGTCGATGCACGTCTCATGCAAGCTCGTGAAGTACTAGATGAACTTCTTACT
CCTATGGAGGAAACTCATGATTTTTACAAGAAACAACAGCTGCGAGAGCTAGCATTGCTC
AATGGAAATCTTCGTGAAGGAGGATCTCCAATGTCTGGTTCTGTTTCTCCTTTCAGTAGC
CTGGGTATGAAGAGAGCCAAAACAAGAGAAGTGTAGAAAAAAAGGAATGCTTCAGAACAC
TGTTTTGTTGTTGTGATCTGTCCCACATCTCAAGGAATATGAAACCGGTCCAGTTCGACG
CAGAATGGCCAAACCTCTCTTGGCTACACAGTACTGTTCTCTTCTCCCCTGGAATATAGT
TGCTGTATATATGCTTATGAATGTGTCTTTTGTGGGTCTATTTATCATTGTCCTGGAGAG
AGATCAGATGACAACATTTCAAGGAAACACAAGGCATGACGAGTCTTTTTCTCTCTCCCA
GTTTTTGGGTTTGTTTTTATTTATTTCAATGCATCTTTTGTCAACTTATTTGGTTTTTTT
GTCAACTTTTTTAATTGTTTTTACTCTTTGGAACGGTTTGGTTCTAATTTCCAAGGGGGT
TTTATAAGCTCTGTATGTTAGTAAAAGACAGAAAAAAACAAAGATCATGATGGTATGTGT
TTGCCTGTCTGGTAATGATGATATGTTTTTAGG

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL5426Contig1 527 2 3 U
GGGGACATCATGCGTTGCTGGGTGAAGAATCATCCTGTGAAGGCGCAGTCACCTGATCAT
CCAGGGAGTGTGATTCTGTCTAAAGAACCATCTCATCAGGCTGACTTTTCGCGCCACGTT
GGTTCACTAAGCAAAGCGCAGGTGAAGAAAGCAGCGAGGTTTCTGCCGAACCCGGAGAAG
CACTGGGGACCAAAGGTGAGGGCTGGTCGTCAGATCACAAGCAAACACGTCTCGCTTATT
GGTCATGATGCAGTGAACGGTCATCTCGATGGCCACCATAAGGAAGCAGAAGGAGCTGAA
GAAGAAGAAGAGGAGAAGGAAGAAGAGCTAGACATGAAACGCCAGAAGATAACAGAGGAT
AATATTGCCTCAACATCATAGAAGGTCGATGTCTACCGTCAAGAAATTCAGATTTTGAAC
TCTGCAAAAGATTTTTGTTTTAATTAATATTTAAACATTACTCGTCATATTCTGCGTTTT
TGATCCAAAGCACACACACATATTGAAATTTCAAAATTCGACCCTTC


BQ
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AF RR3FI68TF U 76
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BS 76 307 RR3FI68TF
BS 308 527 RR3FI68JQ

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AACGGTCATCTCGATGGCCACCATAAGGAAGCAGAAGGAGCTGAAGAAGAAG

QA 1 232 1 232
DS 

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CCAGGGAGTGTGATTCTGTCTAAAGAACCATCTCATCAGGCTGACTTTTCGCGCCACGTT
GGTTCACTAAGCAAAGCGCAGGTGAAGAAAGCAGCGAGGTTTCTGCCGAACCCGGAGAAG
CACTGGGGACCAAAGGTGAGGGCTGGTCGTCAGATCACAAGCAAACACGTCTCGCTTATT
GGTCATGATGCAGTGAACGGTCATCTCGATGGCCACCATAAGGAAGCAGAAGGAGCTGAA
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AATATTGCCTCAACATCATAGAAGGTCGATGTCTACCGTCAAGAAATTCAGATTTTGAAC
TCTGCAAAAGATTTTTGTTTTAATTAATATTTAAACATTACTCGTCATATTCTGCGTTTT
TGATCCAAAGCACACACACATATTGAAATTTCAAAATTCGACCCTTC

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 2

CO CL5427Contig1 1193 2 2 U
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TCATTTGAAAACAAGGATAGCCTCACAGTGTCGACATGGATTGCCAAGAGGAGCAACTGG
TGAACACAATTTGCGGTCTCTACGAAAAGATCTCAAAGCTCGAGAGTCTGAAACCATCCG
AAGATGTCAACATTCTCTTCAGCCAGCTCGTTTCCACATGCATCCCACCCAACCCTAACA
TCGACGTCACCAAGATGTGTGATACAGTCCAAGAGACTCGTCAAAAACTCATCAAGATCT
GTGGTGAAGCCGAAGGTCACCTGGAACATCATTTCTCTTCGATCTTGACGTCTTTTGAAG
ACAACCCACTTCGCCATTTAAACATTTTCCCTTATTACAATAACTATATAAAACTCGGGA
AACTCGAGTTCGATCTCCTCACACAAAACCTAAACGGTCTTGTCCCAAAGACCATCGCTT
TCGTTGGATCTGGTCCTCTCCCTCTCACTTCCATCGTTCTTGCTTCATCCCATCTCAAAG
AGACAGTCTTTCACAACTTTGACATCGACGCTTCGGCCAACTCGCTCGCTTCTCTTCTGG
TTTCTTCTGATCCAGACATCTCTCAACGCATGTTCTTCCACACCGTTGATATAATGGAGG
TGACAGAGAGCTTGAAGAGCTTCGATGTCGTGTTCCTAGCAGCGCTTGTTGGGATGAACA
AGGAGGATAAAGTTAGAGTGATCGAGCATCTTCAGAAACACATGGCCCCTGGTGCTGTGC
TCATGCTGAGGAGTGCTCATGGTCCGAGAGCGTTTCTTTATCCGATCGTTGAGCCGTGTG
ATCTTCAGGGGTTCGAGGTTTTGTCCATCTATCATCCCACGGATGATGTTATCAACTCCG
TGGTGATCTCGAAGAAGCTCCCTGTTGTTTCAAATGGGAATATCGTCGGTGGACCATCGT
GCTTGCTCATGTCTTGCAACTGTTCCAAGATCCATGCGATAATGAACAAGAATAAGAGCA
TGATGATCGAGGAGTTGGGTGTCACTGAGAAACAGTTCTCTTAAGAAGACGTTATTCTTA
ATTCTCTATCTTAATTATGATCCGTGTGTCTTTGTTTGTGTGTTGGTGTATTTCTCTATG
CATTGTTCTCTGGTTTGTTATAATAATTTTATAAAAAGTGTATTTGCTTGGAC


BQ
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AF RR3E001JQ C 490
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TCATTTGAAAACAAGGATAGCCTCACAGTGTCGACATGGATTGCCAAGAGGAGCAACTGG
TGAACACAATTTGCGGTCTCTACGAAAAGATCTCAAAGCTCGAGAGTCTGAAACCATCCG
AAGATGTCAACATTCTCTTCAGCCAGCTCGTTTCCACATGCATCCCACCCAACCCTAACA
TCGACGTCACCAAGATGTGTGATACAGTCCAAGAGACTCGTCAAAAACTCATCAAGATCT
GTGGTGAAGCCGAAGGTCACCTGGAACATCATTTCTCTTCGATCTTGACGTCTTTTGAAG
ACAACCCACTTCGCCATTTAAACATTTTCCCTTATTACAATAACTATATAAAACTCGGGA
AACTCGAGTTCGATCTCCTCACACAAAACCTAAACGGTCTTGTCCCAAAGACCATCGCTT
TCGTTGGATCTGGTCCTCTCCCTCTCACTTCCATCGTTCTTGCTTCATCCCATCTCAAAG
AGACAGTCTTTCACAACTTTGACATCGACGCTTCGGCCAACTCGCTCGCTTCTCTTCTGG
TTTCTTCTGATCCAGACATCTCTCAACGCATGTTCTTCCACACCGTTGATATAATGGAGG
TGACAGAGAGCTTGAAGAGCTTCGATGTCGTGTTCCTAGCAGCGCTTGTTGGGATGAACA
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3E001JQ 704 0 0
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TTCACAACTTTGACATCGACGCTTCGGCCAACTCGCTCGCTTCTCTTCTGGTTTCTTCTG
ATCCAGACATCTCTCAACGCATGTTCTTCCACACCGTTGATATAATGGAGGTGACAGAGA
GCTTGAAGAGCTTCGATGTCGTGTTCCTAGCAGCGCTTGTTGGGATGAACAAGGAGGATA
AAGTTAGAGTGATCGAGCATCTTCAGAAACACATGGCCCCTGGTGCTGTGCTCATGCTGA
GGAGTGCTCATGGTCCGAGAGCGTTTCTTTATCCGATCGTTGAGCCGTGTGATCTTCAGG
GGTTCGAGGTTTTGTCCATCTATCATCCCACGGATGATGTTATCAACTCCGTGGTGATCT
CGAAGAAGCTCCCTGTTGTTTCAAATGGGAATATCGTCGGTGGACCATCGTGCTTGCTCA
TGTCTTGCAACTGTTCCAAGATCCATGCGATAATGAACAAGAATAAGAGCATGATGATCG
AGGAGTTGGGTGTCACTGAGAAACAGTTCTCTTAAGAAGACGTTATTCTTAATTCTCTAT
CTTAATTATGATCCGTGTGTCTTTGTTTGTGTGTTGGTGTATTTCTCTATGCATTGTTCT
CTGGTTTGTTATAATAATTTTATAAAAAGTGTATTTGCTTGGAC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL5428Contig1 1133 2 2 U
GGAGAACAATCTAACGCTTTCTCGCTTCCTCCTCTTCGTGTGTCTCTCTCCCCCTGCAAG
CAAATATGAGTAGCAGCAAATGGAATCGTACGATCTACGTTGGGAACTTGCCTGGTGATA
TTCGAATGAGAGAGGTTGAAGATCTCTTCTACAAGTATGGACCCATTGTGGACATTGATT
TGAAGATTCCACCTAGGCCTCCCGGTTATGCATTCGTTGAGTTTGAAGATCCTCGTGATG
CAGACGATGCTATTTATGGACGGGATGGGTATGACTTTGATGGATGTCGTCTTCGGGTTG
AGATTGCACATGGTGGTCGTAGAGGTTCTTCATCATCGGTGGATAGGTACAGCAGCAGCT
ACAGTGGTAGCCGTGCACCTTCTAGATGTTCCGACTATCGTGTGCTTGTGACTGGATTAC
CGTCGTCTGCATCCTGGCAGGACCTTAAGGATCACATGCGCAAAGCTGGAGATGTCTGCT
TCTCTGAAGTTTTCCGCGACCGTGGAGGCATGTCAGGGGTTGTGGACTATAGCAACTATG
ATGATATGAAGTATGCGATAAGAAAGCTTGATGATTCCGAGTTTCGAAATGCTTTCTCTA
GAGCTTATATACGGGTGAGAGAATATGAGTCGAGGAGTGTGAGTCGCAGTCCATACTATT
CTAGAAGAAGCAGGGGTCGAAGCTATAGCTATAGTAGCAGAAGTGTGTCGCCTGCTAGAT
CGAGATCTGCCCGTTCTCCAACTCCTCTTTCTCGTTCTCCAACACCGCGTAGCTCAGTCT
CAAGGTCCCGACCGAGATCGAGATCAGGTTCTCCAGTTTCACCCGTGAGATCTGACTGAA
AAGGAGAAATGGTGACCGGGAATAGAGTTATTTCCCATGGTCCTCTGATTTGGATTTGGG
TTATTTCTCGGATGACGATGAATAATAATGTCTTTCTTTTCAAACTTTTAGTTGGCCTGT
TATTGTCTTTTTGCAATGAACCGAACCTCTACAAATAAATCTATTTATAGTTTGTGTTTG
CTCTGTTCTTTCTTTTCAAACTTTTAGTTGGTCTGTTCTTTCCCATGATACTCTGATGTT
CTCGTTCCTTGTCGGTTGACAGGATCCTTATATGGAATGAATGATTCATTGGC


BQ
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AF RR3GV73TF U 1
AF RR3GV73JQ C 433
BS 1 663 RR3GV73TF
BS 664 1133 RR3GV73JQ

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TGAAGATTCCACCTAGGCCTCCCGGTTATGCATTCGTTGAGTTTGAAGATCCTCGTGATG
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AGATTGCACATGGTGGTCGTAGAGGTTCTTCATCATCGGTGGATAGGTACAGCAGCAGCT
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CTA

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DS 

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TCCGCGACCGTGGAGGCATGTCAGGGGTTGTGGACTATAGCAACTATGATGATATGAAGT
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TGACCGGGAATAGAGTTATTTCCCATGGTCCTCTGATTTGGATTTGGGTTATTTCTCGGA
TGACGATGAATAATAATGTCTTTCTTTTCAAACTTTTAGTTGGCCTGTTATTGTCTTTTT
GCAATGAACCGAACCTCTACAAATAAATCTATTTATAGTTTGTGTTTGCTCTGTTCTTTC
TTTTCAAACTTTTAGTTGGTCTGTTCTTTCCCATGATACTCTGATGTTCTCGTTCCTTGT
CGGTTGACAGGATCCTTATATGGAATGAATGATTCATTGGC

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

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TTTGAGGCAGAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG59TF U 1
AF RR3FG59JQ C 327
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BS 563 1032 RR3FG59JQ

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CCCTCTCAATAATGGCGGCGGCGACATGACGGCTGAGAAAGGGATGCTTCTTAGCTTCGA
GGATGAGTCAGGCAAGTCTTGGAAGTTCAGATACTCATACTGGAACAGTAGTCAAAGCTA
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AACGGCGTACTGGAGCGGCCTG

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DS 

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ATTTCCATAGACTGTTCATTGGCTGGCGGAGACGGGGCGAGGCTTCTTATCCTTCGGCTA
TTTCCGCCGTGTCTCAAGAGGGTCATGTTAACACAACGGCGTACTGGAGCGGCCTGACTA
CACCTTATCGCCAAGTACACACGTCAAGTAGTTCTTACCCTACTATTCACCAAGAATATT
CACAATATGGCGCCGTCGCTGAGACACCGACGGTGGTTGCAAGGAGCTCGAGAACGGTGA
GGCTATTCGGAGTTAACCTCGAATGTCACGGTGACGTTGTTGAGCCACCACCGTGTCCCG
ATGGCTACAACGGCCAACACATTTACTATTAGCCAACTCCTCATCCCATGAATATCTCAT
TTGCTGAGGAAACAATGGAGCAGGATGGAGATGGACGAGGTTGATAGTGACAACCTTTTA
GATCTTGCGTTAGGTTTTGGGCCCCTACTTGACGCAATTGTCATAGAGAAAACATACAAA
AGGAGGAGAATTAATATCAGTGTAACTTCCTTATGTATTTAGTTATTTACTATCTACTAT
TCAACTAATTTGAGAACAAGATTTAAAAGAGCCTTTTGAGGCAGAT

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

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CACAACCTTCCGGACTACAAAAGAACCAATCATGAACATCCCACATGAGATCCACAAGCA
ACCCATCAACGAAAATCGTCTGGTTCCCTCTGAAATTCCACTGAAGCCTCTTCACTTTCG
TAACCGTCTTCTTATCGATACAAACAGATAGAACAGGGGACTGATGATGACCATGATGAG
TACTGCTCTGTTTTAAACCCTCTGTTCTCTCCGCGTTACATCTGATGACGATCTCGTGCG
AGTCTCCCGATTCAACGAACTTAGCTTTGGTCGAGTAAAAAGTGTTCCCGGAGAAGTATT
CTTGTCGAGAGATCAGAGACTTCCCGGAGTCGAAATCGTCGTAAGCCAAACCCTTTTTCC
TGAGAGTTTCTTCGGAGGAGTCACCGAGAAGGAGACCTAGCCGAGCATCGACGAGGACGA
TGACGTAGAAGCCTTGAATCGGTTCAGGGCCAGTCATGTTCTTAGCTGAGGAAAGATCCT
ATAAGACCTCGATTTTATCGAGATCAGAGTCGACGGATTTGTTTCCTTTCTTCTTACGGA
AGAAGCGAGAAGAGGTGTTGAGTTTTAGAGACGTGGAAGGGTTTTGATCCGCGGAGGAAA
CAGAGATGCTGAGACCGTGTGAGGGATTGATCTTGTTGCACCATGTGACTTTGATGATGA
GATGTTTGGATGATGGTAAACTGATTCTGTAGATGCTTGTGATGGAGGTTTGTATGGATG
GTATGAGAGATGGGGAGATACAAGCGTTACTGGTCTTGTAGTTTGAACATGATGATGATG
ATGATGATAATGGATGTGTCACGTTTATTGAGTTTTCGCTGAAACATGACACCAAATCTC
TCATCTTCAATGTGAAAGAAGATGAAAATCTCTCAAGTTGTTTTTTTGTTTGTTTCCTTC
TTGAAACAAAAAGTTTTTTCCGGTTTGTGTGAACAATTACCAGAAGATAAAATGTTGAGA
AGAGGAAGATGAAGAACCAATCTTGCTTTTCTTTTTATCTCTCTTTTCTTATTCTTATTT
CTTTTGTTTTCTTGGAGAGAGAAGAAAAATTAGAGAAGTGAAGAGAGAGAGAGATACAAG
ATGACTGCAGACGAATTGAGCTACAAGCCGAATTTAAGTAGTTTTGAGCTTTTGTCCAGG
GGACACAACTTTTTTTATTTATTTTTATTATTTTATACTGCAATTGTGTATGCTAACTAT
TTATAAAAAGATTTAGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT35TF U 1
AF RR3FT35JQ C 555
BS 1 767 RR3FT35TF
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BS 769 795 RR3FT35TF
BS 796 1279 RR3FT35JQ

RD RR3FT35TF 795 0 0
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TAACCGTCTTCTTATCGATACAAACAGATAGAACAGGGGACTGATGATGACCATGATGAG
TACTGCTCTGTTTTAAACCCTCTGTTCTCTCCGCGTTACATCTGATGACGATCTCGTGCG
AGTCTCCCGATTCAACGAACTTAGCTTTGGTCGAGTAAAAAGTGTTCCCGGAGAAGTATT
CTTGTCGAGAGATCAGAGACTTCCCGGAGTCGAAATCGTCGTAAGCCAAACCCTTTTTCC
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TGACGTAGAAGCCTTGAATCGGTTCAGGGCCAGTCATGTTCTTAGCTGAGGAAAGATCCT
ATAAGACCTCGATTTTATCGAGATCAGAGTCGACGGATTTGTTTCCTTTCTTCTTACGGA
AGAAGCGAGAAGAGGTGTTGAGTTTTAGAGACGTGGAAGGGTTTTGATCCGCGGAGGAAA
CAGAGATGCTGAGACCGTGTGAGGGATTGATCTTGTTGCACCATGTGACTTTGATGATGA
GATGTTTGGATGATGGTAAACTGATTCTGTAGATGCTTGTGATGGAG*TTTGTATGGATG
GTATGAGAGATGGGG

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3FT35JQ 725 0 0
TTAC
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TGAGTTTTAGAGACGTGGAAGGGTTTTGATCCGCGGAGGAAACAGAGATGCTGAGACCGT
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AACTGATTCTGTAGATGCTTGTGATGGAGGTTTGTATGGATGGTATGAGAGATGGGGAGA
TACAAGCGTTACTGGTCTTGTAGTTTGAACATGATGATGATGATGATGATAATGGATGTG
TCACGTTTATTGAGTTTTCGCTGAAACATGACACCAAATCTCTCATCTTCAATGTGAAAG
AAGATGAAAATCTCTCAAGTTGTTTTTTTGTTTGTTTCCTTCTTGAAACAAAAAGTTTTT
TCCGGTTTGTGTGAACAATTACCAGAAGATAAAATGTTGAGAAGAGGAAGATGAAGAACC
AATCTTGCTTTTCTTTTTATCTCTCTTTTCTTATTCTTATTTCTTTTGTTTTCTTGGAGA
GAGAAGAAAAATTAGAGAAGTGAAGAGAGAGAGAGATACAAGATGACTGCAGACGAATTG
AGCTACAAGCCGAATTTAAGTAGTTTTGAGCTTTTGTCCAGGGGACACAACTTTTTTTAT
TTATTTTTATTATTTTATACTGCAATTGTGTATGCTAACTATTTATAAAAAGATTTAGTA
C

QA 5 725 5 725
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATTGGAACTGGTAAAGACGGCAAACATATATTTTTCAGGGACATCTGGCCCTCTAACAAA
GAAGTTGCCGAGGTTGTGCAAGCTAGCGTCCTTCCTGACATGTTCAAAGCTACATATGAA
GCAATTACCAAAGGAAATTCCATGTGGAATGAGTTATCTGTCGCGTCAGGCACACTCTAT
GAGTGGGATCCGAAATCAACTTACATTCACGAGCCTCCTTATTTCAAGGGCATGACCATG
TCTCCACCCGGTCCACATGGTGTGAAAGACGCTTACTGTTTGCTCAATTTCGGAGACAGT
ATTACCACAGATCACATCTCACCAGCTGGTAGCATCCACAAGGACAGTCCCGCGGCTAAG
TACTTGATGGAACGTGTGGACAGAAGAGACTTCAACTCTTACGGGAGTCGCCGTGGTAAT
GATGAGATTATGGCGAGAGGTACTTTCGCCAATATCCTTATTGTTAACAAACACTTGAAA
GGAGAAGTTGGTCCCAAGACAGTTCACATTCCCAGTGGAGAGAAGCTTTCTGTCTTCGAT
GCTGCCATGAAATACAGGAACGAGGGACGTGACACAATAATTTTGGCTGGAGCTGAGTAT
GGAAGTGGAAGTTCTCGTGATTGGGCTGCTAAGGGTCCAATGCTTTTGGGCGTGAAAGCT
GTGATCTCAAAGAGCTTTGAGAGAATTCACCGAAGCAATCTGGTGGGAATGGGAATCATA
CCTTTGTGCTTCAAGACAGGAGAGGATGCTGAGACTCTAGGCCTAACGGGGGAAGAGCTT
TACACAATTGATCTCCCAAACAATGTTAGTGAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACGGTA
GTCACTAACAATGGCAAATCCTTCACATGTACACTCCGATTCGACACAGAGGTGGAGTTG
GCTTATTTCAATCACGGAGGGATATTGCAATACGTGATCAGGAACCTGATCAAACAATAA
GTGATCTCGTAAGCTCCTTCCCCAGAGAGCTTTCTGTAGCCTAAAGGTTTGTTGCAATAA
AAATGTTATCTTGGAGGAGGATGGGAGTTGCGTTAATTTAAAGCTTTGCTTTCTTTTTTC
TTTTGTTTGTTTTTGCTTCTTCCTCTAGTCATCACTTGAACCATTGTCACTGTCAAGGCG
TTTTTATATAAATATGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL69TF U 1
AF RR3FL69JQ C 508
BS 1 730 RR3FL69TF
BS 731 731 RR3FL69JQ
BS 732 744 RR3FL69TF
BS 745 1218 RR3FL69JQ

RD RR3FL69TF 748 0 0
GCACTTGTTGTAGCCTATGCGCTGGCTGGCACTGTTGACATTGATTTCGAGACAGAGCCT
ATTGGAACTGGTAAAGACGGCAAACATATATTTTTCAGGGACATCTGGCCCTCTAACAAA
GAAGTTGCCGAGGTTGTGCAAGCTAGCGTCCTTCCTGACATGTTCAAAGCTACATATGAA
GCAATTACCAAAGGAAATTCCATGTGGAATGAGTTATCTGTCGCGTCAGGCACACTCTAT
GAGTGGGATCCGAAATCAACTTACATTCACGAGCCTCCTTATTTCAAGGGCATGACCATG
TCTCCACCCGGTCCACATGGTGTGAAAGACGCTTACTGTTTGCTCAATTTCGGAGACAGT
ATTACCACAGATCACATCTCACCAGCTGGTAGCATCCACAAGGACAGTCCCGCGGCTAAG
TACTTGATGGAACGTGTGGACAGAAGAGACTTCAACTCTTACGGGAGTCGCCGTGGTAAT
GATGAGATTATGGCGAGAGGTACTTTCGCCAATATCCTTATTGTTAACAAACACTTGAAA
GGAGAAGTTGGTCCCAAGACAGTTCACATTCCCAGTGGAGAGAAGCTTTCTGTCTTCGAT
GCTGCCATGAAATACAGGAACGAGGGACGTGACACAATAATTTTGGCTGGAGCTGAGTAT
GGAAGTGGAAGTTCTCGTGATTGGGCTGCTAAGGGTCCAATGCTTTTGGGCGTGAAAGCT
GTGATCTCAA*GAGCTTTGAGAGA
TTCA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3FL69JQ 711 0 0
GCCAATATCCTTATTGTTAACAAACACTTGAAAGGAGAAGTTGGTCCCAAGACAGTTCAC
ATTCCCAGTGGAGAGAAGCTTTCTGTCTTCGATGCTGCCATGAAATACAGGAACGAGGGA
CGTGACACAATAATTTTGGCTGGAGCTGAGTATGGAAGTGGAAGTTCTCGTGATTGGGCT
GCTAAGGGTCCAATGCTTTTGGGCGTGAAAGCTGTGATCTCAAAGAGCTTTGAGAGAATT
CACCGAAGCAATCTGGTGGGAATGGGAATCATACCTTTGTGCTTCAAGACAGGAGAGGAT
GCTGAGACTCTAGGCCTAACGGGGGAAGAGCTTTACACAATTGATCTCCCAAACAATGTT
AGTGAGATCAAACCAGGACAAGATGTAACGGTAGTCACTAACAATGGCAAATCCTTCACA
TGTACACTCCGATTCGACACAGAGGTGGAGTTGGCTTATTTCAATCACGGAGGGATATTG
CAATACGTGATCAGGAACCTGATCAAACAATAAGTGATCTCGTAAGCTCCTTCCCCAGAG
AGCTTTCTGTAGCCTAAAGGTTTGTTGCAATAAAAATGTTATCTTGGAGGAGGATGGGAG
TTGCGTTAATTTAAAGCTTTGCTTTCTTTTTTCTTTTGTTTGTTTTTGCTTCTTCCTCTA
GTCATCACTTGAACCATTGTCACTGTCAAGGCGTTTTTATATAAATATGAC

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL5433Contig1 1114 2 2 U
GGGGAGCTGAATCTACCTGAGAGTCCGACCAGATCAATTCGTTGCATCGTGAAACTTGGA
GGTGCGGCGATTACACGGAAGAACGAGCTGGAGGAGATTCACGATGAGAATCTTGAAGCT
GTGGCGTGTCAGTTACGTCAGGCCATGATGGAGGAGGGTTTGGCTCCAAGCAAGGTTATT
GGAATGGATTGGAGCAAGAGACCTGGAAGCTCTGAGATTGCTTGCGATGTTGATGACTTG
GGTGATCAGGAGGACTCTTCTTCTGAGTTTAGCAAGTTTGTTGTGGTTCACGGCGCAGGT
TCCTTTGGGCATTTTCAGGCCAGCAGATCAGGTGTTCACAAAGGAGGACTTGAGAAACCT
ATTGTTAAAGCTGGTTTTGTTGCTACTCGTATATCTGTCACAAATCTTAATCTTGAAATA
GTACGAGCACTTGCTCGAGAGGGTATTCCTACAATCGGTATGTCTCCATTTTCATGTGGT
TGGACAACCTCCAAAAGAGCCGTGGCTTCTGCGTATCTATCAACAGTTGCTAAAACAATC
GATTCAGGATTTGTCCCTGTTCTCCATGGAGATGCAGTGCTAGACAATATACTGGGCTGC
ACCATACTGAGTGGTGATGTTATCATCCGTCATCTTGCACATCATTTGAAGCCAGAATAT
GTTGTATTCCTCACAGATGTGTATGGTGTTTACGATCGACCACCTTCAGAGAATGATGCT
GTGCTCTTGAAAGAGATCGCTGTTGGAGAAGATGGAAGCTGGAAGGTTGTGAATCCAGCG
TTGGACCTCTCAAACAAGAACGTCCAAACCTCTGTTGCTGCACATGATACAACGGGTGGA
ATGGAAACAAAGATATCAGAAGCTGCTATGATTGCAAAACATGGAATCGATGTCTACATT
GTCAAGGCTGCGACTACTCATTCACAGAGAGCGCTCAATGGCGAATTGAGAGAGAGTGTA
CCTGAAGATTGGTTTGGTACTATCATCAGATCCTCAAAGTAGAACCAACTGTTGTGACAC
AGCACACTAATTCAAGCTTTTTTTCAAAAGAGATAACATTGACCTCCTCTAGCTAATGCT
GTTTGTGTTGTATTACCAAAGTTTCCGTTTTACC


BQ
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AF RR3G270TF U 1
AF RR3G270JQ C 408
BS 1 641 RR3G270TF
BS 642 1114 RR3G270JQ

RD RR3G270TF 641 0 0
GGGGAGCTGAATCTACCTGAGAGTCCGACCAGATCAATTCGTTGCATCGTGAAACTTGGA
GGTGCGGCGATTACACGGAAGAACGAGCTGGAGGAGATTCACGATGAGAATCTTGAAGCT
GTGGCGTGTCAGTTACGTCAGGCCATGATGGAGGAGGGTTTGGCTCCAAGCAAGGTTATT
GGAATGGATTGGAGCAAGAGACCTGGAAGCTCTGAGATTGCTTGCGATGTTGATGACTTG
GGTGATCAGGAGGACTCTTCTTCTGAGTTTAGCAAGTTTGTTGTGGTTCACGGCGCAGGT
TCCTTTGGGCATTTTCAGGCCAGCAGATCAGGTGTTCACAAAGGAGGACTTGAGAAACCT
ATTGTTAAAGCTGGTTTTGTTGCTACTCGTATATCTGTCACAAATCTTAATCTTGAAATA
GTACGAGCACTTGCTCGAGAGGGTATTCCTACAATCGGTATGTCTCCATTTTCATGTGGT
TGGACAACCTCCAAAAGAGCCGTGGCTTCTGCGTATCTATCAACAGTTGCTAAAACAATC
GATTCAGGATTTGTCCCTGTTCTCCATGGAGATGCAGTGCTAGACAATATACTGGGCTGC
ACCATACTGAGTGGTGATGTTATCATCCGTCATCTTGCACA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3G270JQ 707 0 0
TAATCTTGAAATAGTACGAGCACTTGCTCGAGAGGGTATTCCTACAATCGGTATGTCTCC
ATTTTCATGTGGTTGGACAACCTCCAAAAGAGCCGTGGCTTCTGCGTATCTATCAACAGT
TGCTAAAACAATCGATTCAGGATTTGTCCCTGTTCTCCATGGAGATGCAGTGCTAGACAA
TATACTGGGCTGCACCATACTGAGTGGTGATGTTATCATCCGTCATCTTGCACATCATTT
GAAGCCAGAATATGTTGTATTCCTCACAGATGTGTATGGTGTTTACGATCGACCACCTTC
AGAGAATGATGCTGTGCTCTTGAAAGAGATCGCTGTTGGAGAAGATGGAAGCTGGAAGGT
TGTGAATCCAGCGTTGGACCTCTCAAACAAGAACGTCCAAACCTCTGTTGCTGCACATGA
TACAACGGGTGGAATGGAAACAAAGATATCAGAAGCTGCTATGATTGCAAAACATGGAAT
CGATGTCTACATTGTCAAGGCTGCGACTACTCATTCACAGAGAGCGCTCAATGGCGAATT
GAGAGAGAGTGTACCTGAAGATTGGTTTGGTACTATCATCAGATCCTCAAAGTAGAACCA
ACTGTTGTGACACAGCACACTAATTCAAGCTTTTTTTCAAAAGAGATAACATTGACCTCC
TCTAGCTAATGCTGTTTGTGTTGTATTACCAAAGTTTCCGTTTTACC

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL5434Contig1 957 2 8 U
GTAAGGACCCTGTGAAGTCAATGGACGCTGCTTTTGCTCCAGCAATTGCCTCTAAGATCC
CATGGGTTGCTATTTTAGGAAACCATGATCAAGAATCAACATTGACACGACAAGAGCTCA
TGAAACACATCGTGAAGCTTCCCAACACTTTGTCTCAGGTGAACCCTCCTGAGGCTGCTC
ATTACATTGATGGGTTTGGTAATTACAATCTCCAGATCCGTGGAGCTGCTGAGTCGAGTC
TACAGAACAAATCTGTTCTCAATCTCTACTTTCTTGATAGTGGAGATTACCTAGTGTTCC
TTACATGGAAGGTTATGATTGGGTCAAGACTTCTCAGCAGTTTTGGTTCGAGAGAACTTC
AAAACGTCTCCAGAGGGTGTACAACGCAGAGCCTAATCCTCAGCAAGGCATTTCTCCAGG
ACTAGCTTACTTCCACATTCCATTACCAGAGTTTTGGAGTTTCGACTCAAAGAACGCGAC
AAAAGGAGTGAGACAAGAAGGAACATACTCAGCTTCCACAAACTCTGGTTTCTTCACGAC
ATTGGTAACTAGAGGAGATGTGAAGTCAGTGTTTGTGGGTCACGACCATGTCAACGACTT
TTGCGGTAAACTCAAAGGTTTGAACTTATGCTATGGTGGTGGGTTTGGTTACCATGCGTA
TGGTAAAGCTGGGTGGGAGAGGAGAGCTAGAGTTGTGGTTGCTGAGTTGAATAAGAAGAA
GGGAGATGTTCAATCGATTAGGACATGGAAGAGGCTTGATGATCAGCATCTCTCTGTTAT
TGATTCTCAGGTTCTTTGGACCAGTTCTGTGAACGGATCAGTTGCTCCTCTTTTATGACT
ATATGTGGGTTTTATGTTTCATCTGATTACAATGTTTTGAGTTTGGTTGAAACTGTTTTG
GTTTCAGATTAGTTCAATGCAACTCTTGTTTGGTTCGTTTTATACTTTTATAACACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY31TF U 1
AF RR3EY31JQ C 266
BS 1 461 RR3EY31TF
BS 462 462 RR3EY31JQ
BS 463 483 RR3EY31TF
BS 484 484 RR3EY31JQ
BS 485 502 RR3EY31TF
BS 503 503 RR3EY31JQ
BS 504 513 RR3EY31TF
BS 514 957 RR3EY31JQ

RD RR3EY31TF 513 0 0
GTAAGGACCCTGTGAAGTCAATGGACGCTGCTTTTGCTCCAGCAATTGCCTCTAAGATCC
CATGGGTTGCTATTTTAGGAAACCATGATCAAGAATCAACATTGACACGACAAGAGCTCA
TGAAACACATCGTGAAGCTTCCCAACACTTTGTCTCAGGTGAACCCTCCTGAGGCTGCTC
ATTACATTGATGGGTTTGGTAATTACAATCTCCAGATCCGTGGAGCTGCTGAGTCGAGTC
TACAGAACAAATCTGTTCTCAATCTCTACTTTCTTGATAGTGGAGATTACCTAGTGTTCC
TTACATGGAAGGTTATGATTGGGTCAAGACTTCTCAGCAGTTTTGGTTCGAGAGAACTTC
AAAACGTCTCCAGAGGGTGTACAACGCAGAGCCTAATCCTCAGCAAGGCATTTCTCCAGG
ACTAGCTTACTTCCACATTCCATTACCAGAGTTTTGGAGTT*CGACTCAAAGAACGCGAC
AAA*GGAGTGAGACAAGAAGGA*CATACTCAGC

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3EY31JQ 692 0 0
CTACTTTCTTGATAGTGGAGATTACCTAGTGTTCCTTACATGGAAGGTTATGATTGGGTC
AAGACTTCTCAGCAGTTTTGGTTCGAGAGAACTTCAAAACGTCTCCAGAGGGTGTACAAC
GCAGAGCCTAATCCTCAGCAAGGCATTTCTCCAGGACTAGCTTACTTCCACATTCCATTA
CCAGAGTTTTGGAGTTTCGACTCAAAGAACGCGACAAAAGGAGTGAGACAAGAAGGAACA
TACTCAGCTTCCACAAACTCTGGTTTCTTCACGACATTGGTAACTAGAGGAGATGTGAAG
TCAGTGTTTGTGGGTCACGACCATGTCAACGACTTTTGCGGTAAACTCAAAGGTTTGAAC
TTATGCTATGGTGGTGGGTTTGGTTACCATGCGTATGGTAAAGCTGGGTGGGAGAGGAGA
GCTAGAGTTGTGGTTGCTGAGTTGAATAAGAAGAAGGGAGATGTTCAATCGATTAGGACA
TGGAAGAGGCTTGATGATCAGCATCTCTCTGTTATTGATTCTCAGGTTCTTTGGACCAGT
TCTGTGAACGGATCAGTTGCTCCTCTTTTATGACTATATGTGGGTTTTATGTTTCATCTG
ATTACAATGTTTTGAGTTTGGTTGAAACTGTTTTGGTTTCAGATTAGTTCAATGCAACTC
TTGTTTGGTTCGTTTTATACTTTTATAACACG

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL5435Contig1 792 2 6 U
CGTTCTCTTGGATTGTCTGAAAAAATGCCTGGTGTGATTGAAGTTCTGGTGAACAGTGGT
AAACAGATTGATGCTGTGAACTTGGCATTTGCGTTTGGACTCACAGAAGAGTTCCCACCT
GTTGAGTTACTTAAATGTTACTTGACTGAGGCAAGTAGATCTTCCTCTCAAGGCAGATCT
GGAAATGCATCTCCTGCTGTTCAGGATGAGTTCAATGAGAGGGAGCTTACTGGTCTGAAG
GCTGTGATAAAGTGTGTGGAAGAGCATAACCTGGAAGAGCAGTACCCAGTTGAGCCACTT
CACAAAAGGATTCTCCAGCTGGAGAAGGCCAAAGCTGAGAAAAAGAGGGCAACAGAACCC
ACAAAGGTTCAGACAAAGCGACCACGTGGTCCTCAACCCCGGGCCACTGACAACAACAAC
AACAACAACAATAACAGCAAGACTGGATATGGTAGAGTGATACCTGAGAGGTATCCTCAG
TATGTGTATGACAACAGACCGTTCCTTAGCGGTCCAATCATGGCAGCACAACCTCCTCAG
ACTTATACTTTCAGTCCAGCTGCTGCTGCTCATGGGAACTTCTACGGGAACTGCTATCAG
TACCAGGCTCCTCCTCCTGCTTACTTTCACTAAGGTTGATGGTGAATGTGACTGTAACTC
TTTTTCGTCGATGGTATTAACTAGTGGCAGCAGCTCTTTAACCCCTCCTCTCCTACTAGT
CGCTTTCCTTTGGTGTTCCATTATTTGTTGTGTATGGATGATTTTAGTATTTTTAAGGAT
CAACCCTACTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP26TF U 1
AF RR3FP26JQ C 67
BS 1 209 RR3FP26TF
BS 210 210 RR3FP26JQ
BS 211 240 RR3FP26TF
BS 241 241 RR3FP26JQ
BS 242 308 RR3FP26TF
BS 309 792 RR3FP26JQ

RD RR3FP26TF 313 0 0
CGTTCTCTTGGATTGTCTGAAAAAATGCCTGGTGTGATTGAAGTTCTGGTGAACAGTGGT
AAACAGATTGATGCTGTGAACTTGGCATTTGCGTTTGGACTCACAGAAGAGTTCCCACCT
GTTGAGTTACTTAAATGTTACTTGACTGAGGCAAGTAGATCTTCCTCTCAAGGCAGATCT
GGAAATGCATCTCCTGCTGTTCAGGATGA*TTCAATGAGAGGGAGCTTACTGGTCTGAAG
*CTGTGATAAAGTGTGTGGAAGAGCATAACCTGGAAGAGCAGTACCCAGTTGAGCCACTT
CACAAAAG
ATTCT

QA 1 308 1 308
DS 

RD RR3FP26JQ 726 0 0
ATTGATGCTGTGAACTTGGCATTTGCGTTTGGACTCACAGAAGAGTTCCCACCTGTTGAG
TTACTTAAATGTTACTTGACTGAGGCAAGTAGATCTTCCTCTCAAGGCAGATCTGGAAAT
GCATCTCCTGCTGTTCAGGATGAGTTCAATGAGAGGGAGCTTACTGGTCTGAAGGCTGTG
ATAAAGTGTGTGGAAGAGCATAACCTGGAAGAGCAGTACCCAGTTGAGCCACTTCACAAA
AGGATTCTCCAGCTGGAGAAGGCCAAAGCTGAGAAAAAGAGGGCAACAGAACCCACAAAG
GTTCAGACAAAGCGACCACGTGGTCCTCAACCCCGGGCCACTGACAACAACAACAACAAC
AACAATAACAGCAAGACTGGATATGGTAGAGTGATACCTGAGAGGTATCCTCAGTATGTG
TATGACAACAGACCGTTCCTTAGCGGTCCAATCATGGCAGCACAACCTCCTCAGACTTAT
ACTTTCAGTCCAGCTGCTGCTGCTCATGGGAACTTCTACGGGAACTGCTATCAGTACCAG
GCTCCTCCTCCTGCTTACTTTCACTAAGGTTGATGGTGAATGTGACTGTAACTCTTTTTC
GTCGATGGTATTAACTAGTGGCAGCAGCTCTTTAACCCCTCCTCTCCTACTAGTCGCTTT
CCTTTGGTGTTCCATTATTTGTTGTGTATGGATGATTTTAGTATTTTTAAGGATCAACCC
TACTTG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL5436Contig1 914 2 4 U
GGGCTCTCGCAAGTCGCAATGGCTCCTGGAGGAAACCACTGGAAGAAGAAGCAGACGAAG
AAGAAGAAGAAGGATGCTTACCGTGCAATGCCTCTGGATTTCGAACCTGCAGATGATTCT
ACTGTGAATGTCATGACTAAGCAAGGATCTCTAGCTCAACCTATCCCTGGCTCTTCTTCT
GCCGGAAAAGGAAAATCTGTGGCTGATGATGGAAGCTCGTCTGACAATGATCTACCTGAA
GAACATCCTGCAGTGACTTACACCAACAGGAAGAATGGACCTGACCTCAAAAAACTTGAT
GCCTTGTACAGGCCTAATATCCTCGCCATGAGCTCCTGGTCAGAAGCTGAATATGCAGAA
TATGACACTTACTTGGTCAAGAAGTGGGAGTGTAACGGGTTTGACAAAAGCGATAACGTG
TATGTGAGCATAAGAAGCCTCAACTCTAGAGTCTCGATCTCAGCTAGGAGGTACTACCGC
TTCAGACTCCCAGCACGTGGCAAGCTTCTCACTTCTGTTGCTAATGGCATGCCCGACCTC
TCGAATATGCATAACTGGACTGGTGAGGACTATGACTCTTACGATTTGTTCCTGATCAAT
AAATGGAAACTTTCTGGGTTTGGAGAAAACGCTGCTGAAGTCGTCTATGTGGGCATTCGT
GACCCTAGCTCCATGGTTTTCAAGGCTTCCAAGAGATACTAGAAGGCTTGATTTGACAAA
GTGTTGTCAACTCATCTCGCTGACAAACACTTTTTTACTGTTCTTTTATTAAAAAAACAA
AAGACATATGTGTGTTTTGACTTCAGCGGAATGTTGCCTCTCCTATTTTCCTATCATGCT
TACAAACTTGTTAGAAGTCAAAAGAATCTGCTTTTTAAAGCCTTTATGATCGACTTCTTT
TGATTCTGTGAAAG


BQ
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AF RR3AZ94TF U 1
AF RR3AZ94JQ C 38
BS 1 810 RR3AZ94TF
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TATGTGAGCATAAGAAGCCTCAACTCTAGAGTCTCGATCTCAGCTAGGAGGTACTACCGC
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TACAAACTTGTT

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DS 

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AACCTATCCCTGGCTCTTCTTCTGCCGGAAAAGGAAAATCTGTGGCTGATGATGGAAGCT
CGTCTGACAATGATCTACCTGAAGAACATCCTGCAGTGACTTACACCAACAGGAAGAATG
GACCTGACCTCAAAAAACTTGATGCCTTGTACAGGCCTAATATCCTCGCCATGAGCTCCT
GGTCAGAAGCTGAATATGCAGAATATGACACTTACTTGGTCAAGAAGTGGGAGTGTAACG
GGTTTGACAAAAGCGATAACGTGTATGTGAGCATAAGAAGCCTCAACTCTAGAGTCTCGA
TCTCAGCTAGGAGGTACTACCGCTTCAGACTCCCAGCACGTGGCAAGCTTCTCACTTCTG
TTGCTAATGGCATGCCCGACCTCTCGAATATGCATAACTGGACTGGTGAGGACTATGACT
CTTACGATTTGTTCCTGATCAATAAATGGAAACTTTCTGGGTTTGGAGAAAACGCTGCTG
AAGTCGTCTATGTGGGCATTCGTGACCCTAGCTCCATGGTTTTCAAGGCTTCCAAGAGAT
ACTAGAAGGCTTGATTTGACAAAGTGTTGTCAACTCATCTCGCTGACAAACACTTTTTTA
CTGTTCTTTTATTAAAAAAACAAAAGACATATGTGTGTTTTGACTTCAGCGGAATGTTGC
CTCTCCTATTTTCCTATCATGCTTACAAACTTGTTAGAAGTCAAAAGAATCTGCTTTTTA
AAGCCTTTATGATCGACTTCTTTTGATTCTGTGAAAG

QA 1 877 1 877
DS 



AS 1 2

CO CL5437Contig1 1238 2 8 U
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CGAAACTGCCGCTGCAATGGCTGCTTCCTCCATCGTTTTCCGCCAAATCGACCACGCCTA
CTCCCGCCAGCTCCTCAACAGAGCCAAATTGCTCTTCAAGCTAGCCAAGAGCCACAAGGG
TACATACGATGGAGCATGCCCTTTCTACTGTTCTAACTCCGGTTACAATGACGAGTTACT
ATGGGCGGCAACATGGCTATACAAAGCAACAAAGGTTGAGGTGTACCTTAGCTATCTCAA
ATTTGAAGCCATAAGTGCTTATGTCGCTGAGTTTAGCTGGGATCTCAAATACGCCGGTGC
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ACAAGCTGATAGTTTCATCTGCTCAAATCTCCCGGAGAGTCAGTATCACCAAGTCTTCAC
TACCCCAGGTGGTATGATTCACTTGAGGGATGGAGCGAGCACTCAATATGTCACGGCACA
GCCTTCTTGTTCTCGGCCTACGCCGATATTCTCCAGAAACACAACCAAAAGATCACTTGC
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ATATTAGGGCATAACCCAAGAGGAAGATCGTACATGGCTGGGTTCGGACCAAACCCGCCA
ATGCAAGCCCACCACAGAGGAGCCTCGGTGCCAGTGGCTGAAGGCAACGAGCCATTAAGC
TGCCCAATGAGCTTTGTGAAATGGTTCAACAAGAACGTGCCTAACGCTAACGAGCTGACA
GGAGCCATCGTGGGAGGACCCGACCGTCAAGACAATTTCCAAGATTTCAGGTGGACCTCC
GCTTACACGGAGCCTTGCACTTACATCAACTCTATCGCCGTGGGTGTTCTCGCTAAGCTC
GCCGCCACGGCTTAAAGTCATATATACCACATTTGATACAAAAGTATTATTATTTTAGGT
TTCCTCTGCCTAATATATTTGCATACGCCTGTGGCTATTTATTGTGAATCTATTTTCATT
CTTTTTACCTTTGTAGGTAGATTTCTGGAAATATGGTTTCCCGAAAATATAAAATTGTCA
TGGGTATAATAATAAGCCCTGATGATAAAACAATAATTAAGTGAAATTAATGAATAGCTG
GAATGGTAAATTCATACCATTTCACGAATATTTTTTGG


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AF RR3F044TF U 1
AF RR3F044JQ C 457
BS 1 647 RR3F044TF
BS 648 648 RR3F044JQ
BS 649 668 RR3F044TF
BS 669 669 RR3F044JQ
BS 670 684 RR3F044TF
BS 685 685 RR3F044JQ
BS 686 705 RR3F044TF
BS 706 1238 RR3F044JQ

RD RR3F044TF 705 0 0
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CGAAACTGCCGCTGCAATGGCTGCTTCCTCCATCGTTTTCCGCCAAATCGACCACGCCTA
CTCCCGCCAGCTCCTCAACAGAGCCAAATTGCTCTTCAAGCTAGCCAAGAGCCACAAGGG
TACATACGATGGAGCATGCCCTTTCTACTGTTCTAACTCCGGTTACAATGACGAGTTACT
ATGGGCGGCAACATGGCTATACAAAGCAACAAAGGTTGAGGTGTACCTTAGCTATCTCAA
ATTTGAAGCCATAAGTGCTTATGTCGCTGAGTTTAGCTGGGATCTCAAATACGCCGGTGC
GCAGATGATCATTCTCGAGCTGATATTCGAAGGCGCAAAAGGACTTGACATATACAAACA
ACAAGCTGATAGTTTCATCTGCTCAAATCTCCCGGAGAGTCAGTATCACCAAGTCTTCAC
TACCCCAGGTGGTATGATTCACTTGAGGGATGGAGCGAGCACTCAATATGTCACGGCACA
GCCTTCTTGTTCTCGGCCTACGCCGATATTCTCCAGAAACACAACCAAAAGATCACTTGC
GGAAGCAAACAATTTGATTCTACAAATCTCATGGCTTTCGCGAAAAA*CAAATTGACTAC
ATATTAGG*CATAACCCAAGAGGA*GATCGTACATGGCTGGGTTC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3F044JQ 782 0 0
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GAGCACTCAATATGTCACGGCACAGCCTTCTTGTTCTCGGCCTACGCCGATATTCTCCAG
AAACACAACCAAAAGATCACTTGCGGAAGCAAACAATTTGATTCTACAAATCTCATGGCT
TTCGCGAAAAAACAAATTGACTACATATTAGGGCATAACCCAAGAGGAAGATCGTACATG
GCTGGGTTCGGACCAAACCCGCCAATGCAAGCCCACCACAGAGGAGCCTCGGTGCCAGTG
GCTGAAGGCAACGAGCCATTAAGCTGCCCAATGAGCTTTGTGAAATGGTTCAACAAGAAC
GTGCCTAACGCTAACGAGCTGACAGGAGCCATCGTGGGAGGACCCGACCGTCAAGACAAT
TTCCAAGATTTCAGGTGGACCTCCGCTTACACGGAGCCTTGCACTTACATCAACTCTATC
GCCGTGGGTGTTCTCGCTAAGCTCGCCGCCACGGCTTAAAGTCATATATACCACATTTGA
TACAAAAGTATTATTATTTTAGGTTTCCTCTGCCTAATATATTTGCATACGCCTGTGGCT
ATTTATTGTGAATCTATTTTCATTCTTTTTACCTTTGTAGGTAGATTTCTGGAAATATGG
TTTCCCGAAAATATAAAATTGTCATGGGTATAATAATAAGCCCTGATGATAAAACAATAA
TTAAGTGAAATTAATGAATAGCTGGAATGGTAAATTCATACCATTTCACGAATATTTTTT
GG

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL5438Contig1 1209 2 2 U
GGGAAAAAAGAATTCATTCATCCCTTCCCTATCTTTCTTCTCCTCCATTAACAGATCAAC
TTTCTCTCTCACTAGGGTTTCTTTCGACAAAACAAAGCCATTTCTCGATCAATGGAAACT
CCAATCTGCGATCCCACCCCTAGTATCTCAATCTGAACATGACTACTCAAGCCGCGACAC
CGCTTGGTCCTCTGCTCGTTTCACGCCGTCCTCGTACTCTCCTACTCCAGATCGTCATCT
GCTATCCCTATGCCGTCATCGTTGGGCTCCAGATCCGGCGAGAGAAAGCTTGATCCTCTC
CAATGGTGGAGTTTTACGTATTTGCAAGACAGGTCCCTCAATTTCTGATCAGCCCGAGTT
TGAAGATGGTTCTAACGATGAGTTTAAGCAAATATTTCAGAATTTTAACTTCAGGGAACT
TGATTCCTTTGAGGGAACAAAGTTATAGATGAATCTCTGATGTAGCGTCTGCCCATTCTC
GTTTTGGCATACCGGAATTGCATACCAGTGGTATGGGTCCTGATTTCCAGAGTCAGTTCA
TAGATATTCGATGCCCATCGTTTGCCTCTCGCGTTTGAGTACTTTAATGAGGAGCTGTCT
GGTGGGCAAAGTTGCACACGAGTGCTTGTTGAACTTAGTGGAACTAGTCAAGAAACTATC
AAATGATCTAGATAAGAAATTACCAGGTACGTATGTTTATTTCTTCTTTCTTCAAGAGTG
CATTCTCATACACAATACTTGTTTCTGTTTGGTGAGTTACTTGCATCAGAGGGCTTGTCT
TATGTCTGAGTCGCCTTGTGCTGTAACTAGAATGTATTGAAACTGCAGTTGAATCACAGG
TCGTTGGAGGTATGGCAAAAGGCTCCTTGATTATTCATCCAAACATGGCAACTACGCTAT
GTGTGCCGGTACGAGGAAGGATCGGTACTTGTTGCCGATGCGTGGAGGCTTGTTGCGGTG
AAGAAAGAAGATACGGCTTAGCGTTGATGTTGAGGTCTTGAGGGTTTGGGAAGTGTGTTT
ATAGACACTGTTAATGTTGCGTTTAGTAACCAGGTAGTTAGTGAATGTAGTGGTCGCCTT
GGAGATGCAGGGGAAACCCGACTGCCATTGATTTTCATAATGGCATTAGTAATTTTATAC
GTTGAAGCACTCCTGGTTACTAATTTGACAGATTATGTTTAAAATGGTCAATGAAATTTT
ATTTTAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DZ73TF U 1
AF RR3DZ73JQ C 532
BS 1 765 RR3DZ73TF
BS 766 1209 RR3DZ73JQ

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TTTCTCTCTCACTAGGGTTTCTTTCGACAAAACAAAGCCATTTCTCGATCAATGGAAACT
CCAATCTGCGATCCCACCCCTAGTATCTCAATCTGAACATGACTACTCAAGCCGCGACAC
CGCTTGGTCCTCTGCTCGTTTCACGCCGTCCTCGTACTCTCCTACTCCAGATCGTCATCT
GCTATCCCTATGCCGTCATCGTTGGGCTCCAGATCCGGCGAGAGAAAGCTTGATCCTCTC
CAATGGTGGAGTTTTACGTATTTGCAAGACAGGTCCCTCAATTTCTGATCAGCCCGAGTT
TGAAGATGGTTCTAACGATGAGTTTAAGCAAATATTTCAGAATTTTAACTTCAGGGAACT
TGATTCCTTTGAGGGAACAAAGTTATAGATGAATCTCTGATGTAGCGTCTGCCCATTCTC
GTTTTGGCATACCGGAATTGCATACCAGTGGTATGGGTCCTGATTTCCAGAGTCAGTTCA
TAGATATTCGATGCCCATCGTTTGCCTCTCGCGTTTGAGTACTTTAATGAGGAGCTGTCT
GGTGGGCAAAGTTGCACACGAGTGCTTGTTGAACTTAGTGGAACTAGTCAAGAAACTATC
AAATGATCTAGATAAGAAATTACCAGGTACGTATGTTTATTTCTTCTTTCTTCAAGAGTG
CATTCTCATACACAATACTTGTTTCTGTTTGGTGAGTTACTTGCA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3DZ73JQ 678 0 0
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GAGCTGTCTGGTGGGCAAAGTTGCACACGAGTGCTTGTTGAACTTAGTGGAACTAGTCAA
GAAACTATCAAATGATCTAGATAAGAAATTACCAGGTACGTATGTTTATTTCTTCTTTCT
TCAAGAGTGCATTCTCATACACAATACTTGTTTCTGTTTGGTGAGTTACTTGCATCAGAG
GGCTTGTCTTATGTCTGAGTCGCCTTGTGCTGTAACTAGAATGTATTGAAACTGCAGTTG
AATCACAGGTCGTTGGAGGTATGGCAAAAGGCTCCTTGATTATTCATCCAAACATGGCAA
CTACGCTATGTGTGCCGGTACGAGGAAGGATCGGTACTTGTTGCCGATGCGTGGAGGCTT
GTTGCGGTGAAGAAAGAAGATACGGCTTAGCGTTGATGTTGAGGTCTTGAGGGTTTGGGA
AGTGTGTTTATAGACACTGTTAATGTTGCGTTTAGTAACCAGGTAGTTAGTGAATGTAGT
GGTCGCCTTGGAGATGCAGGGGAAACCCGACTGCCATTGATTTTCATAATGGCATTAGTA
ATTTTATACGTTGAAGCACTCCTGGTTACTAATTTGACAGATTATGTTTAAAATGGTCAA
TGAAATTTTATTTTAGTC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL5439Contig1 1172 2 2 U
GGAGAAGCAACGGGAAAAAGATGTAAGGTAGAGTAATGAAAGACGCGGCGGTGGAAGAGA
TCGTGGCGAGGCTTTCCTCTCTCGAAGACCTCTACTTCCCACGCGCCGTTCAATCAACTA
CTCCATCTTCCGACCAACGTAAATCCATTCTCCTAGACCTTCTCCGTCGTGATCCCGCCG
TTTTCCTCGAGCGTTATGGATCGCAGCTGAGTGTAGACGAATTGCTCGAGTTCGATGCTT
TGAGACACGACTACGAGGTTGATTGGCACTTGAAGAGCCTGAGGAAGAAGATAAGCCCGA
CCTCAGAGGAGCTGAGATCGAGGTCTGTAGCTGTGAGGAACAGGAGGCTGGCTTACTTGA
ACAAGCTTGTAACAGAAGGACAGTATTTCTCTGAGGATGCTATGAGGGACAGAGAGCCGT
ATCTGCACCACGAGTATGTCGGGAAGTTTCAGGATTCGTTGGGTAGGAACATGGCTAGGC
CTGGGGAACGTTGGTCTGAGACGTTGATGAGACGGGCGGAGGAGGCTGCGTTGGTTTCTA
GGATTAGGGAGGAGCAGCAGAGGTTGGGTGTTGCTGAGTGTGATTGGGTTGGTGGTAATG
AGAGGAATGGAGGAGTCCGAAGATGAATCGGAACAAGAAGAAGTGGAAACTGAAGACGAA
GAAGAAGAAGAAGAGGAAAAGCCGGCAGGAGCTAGCTCAGAGGCTGGTAGAGCAGAGATC
AAGCAGGGAACAGTTTTACCGGGTGAGGAGATGCAAGAGATGATGGATCAGTTCACATCA
ATCATGCAGCAGAAGTTCTTATCAGGAGAAGATCATGAGCATTTGGATTATACAAAGATA
GACAATGACGAGAATCTTGATGATCATTGGCTTCGAGATGTTGGCCTTGACGCTGAAGAG
AAGTACTTTGGTGATGACTAATGGTCACAGTCAAAACCCCCTGTTCTTTGTAAGATGTGA
TCTCTCCTCTCTCTTTCTATGTTTCTTATGATAAAGAGAGTGGTTTCATCTTTGGTAGGA
AAACACCAAGACAATAACATTTGGGTGTGTGGTTTTGGTTGAGAGATTGTCTTCAAATCT
CTCTCTATGTATAGTCTTTACTGTTTTTTCGTTGAATTGAGTTAGTTTGTTATTTTAGTC
GATGTGGAAATGCAAGCTTGAGATTCTCATGC


BQ
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AF RR3GO91TF U 1
AF RR3GO91JQ C 422
BS 1 659 RR3GO91TF
BS 660 1172 RR3GO91JQ

RD RR3GO91TF 665 0 0
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TCGTGGCGAGGCTTTCCTCTCTCGAAGACCTCTACTTCCCACGCGCCGTTCAATCAACTA
CTCCATCTTCCGACCAACGTAAATCCATTCTCCTAGACCTTCTCCGTCGTGATCCCGCCG
TTTTCCTCGAGCGTTATGGATCGCAGCTGAGTGTAGACGAATTGCTCGAGTTCGATGCTT
TGAGACACGACTACGAGGTTGATTGGCACTTGAAGAGCCTGAGGAAGAAGATAAGCCCGA
CCTCAGAGGAGCTGAGATCGAGGTCTGTAGCTGTGAGGAACAGGAGGCTGGCTTACTTGA
ACAAGCTTGTAACAGAAGGACAGTATTTCTCTGAGGATGCTATGAGGGACAGAGAGCCGT
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GAGAGA

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3GO91JQ 751 0 0
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TGGGGAACGTTGGTCTGAGACGTTGATGAGACGGGCGGAGGAGGCTGCGTTGGTTTCTAG
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GAGGA*TGGAGGAGTCCGAAGATGAATCGGAACAAGAAGAAGTGGAAACTGAAGACGAAG
AAGAAGAAGAAGAGGAAAAGCCGGCAGGAGCTAGCTCAGAGGCTGGTAGAGCAGAGATCA
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TCATGCAGCAGAAGTTCTTATCAGGAGAAGATCATGAGCATTTGGATTATACAAAGATAG
ACAATGACGAGAATCTTGATGATCATTGGCTTCGAGATGTTGGCCTTGACGCTGAAGAGA
AGTACTTTGGTGATGACTAATGGTCACAGTCAAAACCCCCTGTTCTTTGTAAGATGTGAT
CTCTCCTCTCTCTTTCTATGTTTCTTATGATAAAGAGAGTGGTTTCATCTTTGGTAGGAA
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TCTCTATGTATAGTCTTTACTGTTTTTTCGTTGAATTGAGTTAGTTTGTTATTTTAGTCG
ATGTGGAAATGCAAGCTTGAGATTCTCATGC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL5440Contig1 854 2 8 U
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TCACGAACATACCAGTCGACGCTGTCACATGCTCCGACATCCTCAAGGACGCTACTAAGG
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CCGACATTTATAACTTCGATGTCTCGTGTGTTGTGTCTGTTTCTTCCCAGGTTTTTGATT
ATATGAAAACATATCGCAGTGATCATCACTAGCTGTTTTGTAAGCAGTATATGCACGCCA
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CAATGAATGGCTCTTCTTCTTTTTCGTGGTTGGGTTTTGCAGTATGTGATGATACTGTTA
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ATTCTACAAATTAAGCTCTCTATTGATAGTTCCCGCTTTTACATCAAGTTCTACGATTCC
CCACGACCCTTCTTTGGATTCAACGGATCCACTTTCTGAACACACGGGTTCAATCGTTGT
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TCTCTTCATGTTTATATTGTTTTCTGTGACTAGCTACTATTTTTGATGTGATCTTATTGC
TAGCAAATTTTAGT


BQ
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20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A305TF U 1
AF RR3A305JQ C 18
BS 1 34 RR3A305TF
BS 35 35 RR3A305JQ
BS 36 769 RR3A305TF
BS 770 770 RR3A305JQ
BS 771 802 RR3A305TF
BS 803 803 RR3A305JQ
BS 804 844 RR3A305TF
BS 845 854 RR3A305JQ

RD RR3A305TF 844 0 0
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TCACGAACATACCAGTCGACGCTGTCACATGCTCCGACATCCTCAAGGACGCTACTAAGG
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CCGACATTTATAACTTCGATGTCTCGTGTGTTGTGTCTGTTTCTTCCCAGGTTTTTGATT
ATATGAAAACATATCGCAGTGATCATCACTAGCTGTTTTGTAAGCAGTATATGCACGCCA
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CAATGAATGGCTCTTCTTCTTTTTCGTGGTTGGGTTTTGCAGTATGTGATGATACTGTTA
AACAGCGGAGTGCCCATTGCATTTGCTGGTACCGAGGAACCTGCTGCTTATGGAGAATTG
ATATCTATTGGAGGATTAGGTGCAGGCGTGAATGGGAAGCTTAGCGAGACTATAGCTGAG
ATTCTACAAATTAAGCTCTCTATTGATAGTTCCCGCTTTTACATCAAGTTCTACGATTCC
CCACGACCCTTCTTTGGATTCAACGGATCCACTTTCTGAACACACGGGTTCAATCGTTGT
GGCCAAGAGGCGGAGAATTCAACTTCCTAATGAAATTATTGTTTTCATCTTTTGAGTTCA
AAAGCTGTAGATTCTTGAGTTTGATTTATAATATGATACTTCCCTTAAA*GCTAATCTGA
TCTCTTCATGTTTATATTGTTT*CTGTGACTAGCTACTATTTTTGATGTGATCTTATTGC
TAGC

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR3A305JQ 837 0 0
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GACGCTGTCACATGCTCCGACATCCTCAAGGACGCTACTAAGGCCGTCGCTAAGATCATC
GGCAAACCTGAATCCGTATTTAAAACTCTAAAACCCTCTGTTTCCGACATTTATAACTTC
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AGTGATCATCACTAGCTGTTTTGTAAGCAGTATATGCACGCCAACTGTTTGATGAAATTC
CTGTGTGAATCTGGTCCTAACTTGCGAGCTACGTTATTTACAACAATGAATGGCTCTTCT
TCTTTTTCGTGGTTGGGTTTTGCAGTATGTGATGATACTGTTAAACAGCGGAGTGCCCAT
TGCATTTGCTGGTACCGAGGAACCTGCTGCTTATGGAGAATTGATATCTATTGGAGGATT
AGGTGCAGGCGTGAATGGGAAGCTTAGCGAGACTATAGCTGAGATTCTACAAATTAAGCT
CTCTATTGATAGTTCCCGCTTTTACATCAAGTTTTACGATTCCCCACGACCCTTCTTTGG
ATTCAACGGATCCACTTTCTGAACACACGGGTTCAATCGTTGTGGCCAAGAGGCGGAGAA
TTCAACTTCCTAATGAAATTATTGTTTTCATCTTTTGAGTTCAAAAGCTGTAGATTCTTG
AGTTTGATTTATAATATGATACTTCCCTTAAAAGCTAATCTGATCTCTTCATGTTTATAT
TGTTTTCTGTGACTAGCTACTATTTTTGATGTGATCTTATTGCTAGCAAATTTTAGT

QA 1 837 1 837
DS 



AS 1 2

CO CL5441Contig1 1239 2 8 U
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AACTTACTCCTACCTTCTACGACACTTCATGTCCTAACGTCACTAACATCGTACGAGAGA
CCATTATCAACGAGCTAAGATCGGACCCTCGTATCGCCGCGAGCATTCTTCGTCTTCACT
TCCACGATTGCTTTGTCAATGGCTGCGATGCATCGATCTTGTTAGACAACACGACATCGT
TCCAAACAGAGAAAGATGCAGTCGGCAACGTAAACTCGGCTAGAGGATTCCCTGTGATTG
ATACAATGAAAGCCGCAGTGGAGAGAGCTTGCCCGAGAACCGTTTCTTGCGCAGATATGC
TCACCATCGCTGCTCAACAATCTGTTACATTGGCAGGAGGTCCTTCTTGGAGGGTTCCTT
TGGGAAGAAGAGACAGCTTACAAGCATTTTTCAACCTATCTACTGCTAATCTTCCTTCTC
CATTCTTCACACTTCCAGAACTTAAAGCCAGCTTTAGAAACGTTGGCCTCGACCGTCCTT
CTGATCTCGTTGCTCTCTCTGGCGGTCACACATTTGGTAAAAATCAATGCCGGTTCATTA
TGCGCAGACTATACAATTTCAGCAACACCGGTTTACCTGATCCTACCCTCAACACTACTT
ACCTCCAAACTCTTCGTGGACTATGTCCCCGTAATGGTAACCAAAGTGCCTTGGTGGATT
TTGATCTGCGTACCCCTACGGTTTTCGACATAATACTATGTGAATCTCAAAGAACAGAAA
GGTTTTATCCAGACTGACCAAGAGTTGTTCTCTAGCCCCAATGCCACTGACACAATCCCC
TTGGTGAGAGAATATGCTGATGGCACACAAAAATTCTTCAATGCATTTGTGGAGGCGATG
AATAGGATGGGCAACATTACACCTCTTACGGGCACTCAAGGAGAGATCAGATTGAATTGT
AAGGTGGTGAACTCCAACTCTCTACTCAAAGATGTGGTTGAAATCGTTGATTTCGTTAGC
TCTATATGAGAATAGTATCTTAGTATGTGGCTACCAAAATATATGTTACCATAAATAAAG
CGCTCTCAAGATGTTACTTGAGAATAATTTATGTTAGATCACTAGCTGTTGTCTGGTTTG
TACTCGAAAACTATATAATAAATAAGTTTTTTCCTAAGT


BQ
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AF RR3FM69TF U 1
AF RR3FM69JQ C 549
BS 1 753 RR3FM69TF
BS 754 754 RR3FM69JQ
BS 755 759 RR3FM69TF
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BS 783 795 RR3FM69TF
BS 796 1239 RR3FM69JQ

RD RR3FM69TF 798 0 0
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CCATTATCAACGAGCTAAGATCGGACCCTCGTATCGCCGCGAGCATTCTTCGTCTTCACT
TCCACGATTGCTTTGTCAATGGCTGCGATGCATCGATCTTGTTAGACAACACGACATCGT
TCCAAACAGAGAAAGATGCAGTCGGCAACGTAAACTCGGCTAGAGGATTCCCTGTGATTG
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TCACCATCGCTGCTCAACAATCTGTTACATTGGCAGGAGGTCCTTCTTGGAGGGTTCCTT
TGGGAAGAAGAGACAGCTTACAAGCATTTTTCAACCTATCTACTGCTAATCTTCCTTCTC
CATTCTTCACACTTCCAGAACTTAAAGCCAGCTTTAGAAACGTTGGCCTCGACCGTCCTT
CTGATCTCGTTGCTCTCTCTGGCGGTCACACATTTGGTAAAAATCAATGCCGGTTCATTA
TGCGCAGACTATACAATTTCAGCAACACCGGTTTACCTGATCCTACCCTCAACACTACTT
ACCTCCAAACTCTTCGTGGACTATGTCCCCGTA*TGGTA*CCAAAGTGCCTTGGTGGATT
T*GATCTGCGTACCC
TAC

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3FM69JQ 691 0 0
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GTTGCTCTCTCTGGCGGTCACACATTTGGTAAAAATCAATGCCGGTTCATTATGCGCAGA
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ACTCTTCGTGGACTATGTCCCCGTAATGGTAACCAAAGTGCCTTGGTGGATTTTGATCTG
CGTACCCCTACGGTTTTCGACATAATACTATGTGAATCTCAAAGAACAGAAAGGTTTTAT
CCAGACTGACCAAGAGTTGTTCTCTAGCCCCAATGCCACTGACACAATCCCCTTGGTGAG
AGAATATGCTGATGGCACACAAAAATTCTTCAATGCATTTGTGGAGGCGATGAATAGGAT
GGGCAACATTACACCTCTTACGGGCACTCAAGGAGAGATCAGATTGAATTGTAAGGTGGT
GAACTCCAACTCTCTACTCAAAGATGTGGTTGAAATCGTTGATTTCGTTAGCTCTATATG
AGAATAGTATCTTAGTATGTGGCTACCAAAATATATGTTACCATAAATAAAGCGCTCTCA
AGATGTTACTTGAGAATAATTTATGTTAGATCACTAGCTGTTGTCTGGTTTGTACTCGAA
AACTATATAATAAATAAGTTTTTTCCTAAGT

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL5442Contig1 1162 2 2 U
TTTTTCTACAACCTTTCGTCTCTTCCTCTCTCTGAACTTCACAAGACTCGAAAATGTCGG
AAACGATCGGCTCAGAGATGTGTGACAAATCGGGCAAAGTCTTCGTCGCTGGCCACCGCG
GCTTAGTCGGATCCGCCATAGTCCGCAAGCTCCACCAACTAGGTTACACAAACCTCATCC
TCCGAACACACGCCGAGCTCGATCTCACCCGCCAATCCGACGTCGAATCCTTCTTCTCTC
TCGAGAAGCCAGTCTACGTGATCTTAGCAGCGGCCAAAGTCGGCGGGATCCACGCCAACA
ACACGTACCCCGCCGACTTCATCGCCGTCAATCTCCAGATCCAAACCAACGTGATCCACT
CCGCTTACGCTCACGGCGTCAAGAAGCTCCTCTTCCTCGGATCCTCCTGCATCTACCCCA
AATTCGCTCCCCAGCCCATCCCCGAGTCCGCTCTCTTAACCGGACCGCTCGAACCGACCA
ACGAGTGGTACGCAATCGCGAAGATCGCGGGGATCAAGACCTGCCAGGCGTACAGGATAC
AGTATAAATGGGACGCGATCTCCGGGATGCCGACGAATCTGTACGGTCCTAACGATAATT
TTCACCCCGAGAACTCGCACGTGCTTCCCGCGCTTATGAGGAGGTTTCACGAGGCGAAGG
TGAGTGGGGCCGAGGATGTTGTGGTGTGGGGGACCGGGAGTCCGTTGAGGGAGTTTCTGC
ACGTGGATGATTTGGCTGATGCTTGTGTGTTTATGTTGGAGCGGTACAGTGGGTTGGAGC
ATGTTAATATAGGGAGTGGTCAGGAGGTGACGATTAAAGAGTTGGCTGAGTTGGTTAAAG
AGGTTGTTGGGTTTGAAGGGAAGCTTGGATGGGATAGCACGAAGCCTGATGGGACGCCGA
GGAAGCTGATGGATAGCTCGAAGCTCGCGTCTTTGGGGTGGACGCCGAAGGTTTCTCTTA
GAGATGGGCTTCGCCAGACTTATGAGTGGTATTTGGAGAATGTTTGCGCAGCCAAGTGAT
AATTCTTCGGAACTTGTCTTTAAGATTTAAAAAATTGCTCTTTTAAAAATCTACTACATT
GGGATGTTTTCTTGTACCTGAGGAACTTACAATATCCGACATGATCATGTTTGATGTAAC
AGTAACTACATGATTATGCTTT


BQ
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AF RR3BW54TF U 1
AF RR3BW54JQ C 415
BS 1 648 RR3BW54TF
BS 649 1162 RR3BW54JQ

RD RR3BW54TF 648 0 0
TTTTTCTACAACCTTTCGTCTCTTCCTCTCTCTGAACTTCACAAGACTCGAAAATGTCGG
AAACGATCGGCTCAGAGATGTGTGACAAATCGGGCAAAGTCTTCGTCGCTGGCCACCGCG
GCTTAGTCGGATCCGCCATAGTCCGCAAGCTCCACCAACTAGGTTACACAAACCTCATCC
TCCGAACACACGCCGAGCTCGATCTCACCCGCCAATCCGACGTCGAATCCTTCTTCTCTC
TCGAGAAGCCAGTCTACGTGATCTTAGCAGCGGCCAAAGTCGGCGGGATCCACGCCAACA
ACACGTACCCCGCCGACTTCATCGCCGTCAATCTCCAGATCCAAACCAACGTGATCCACT
CCGCTTACGCTCACGGCGTCAAGAAGCTCCTCTTCCTCGGATCCTCCTGCATCTACCCCA
AATTCGCTCCCCAGCCCATCCCCGAGTCCGCTCTCTTAACCGGACCGCTCGAACCGACCA
ACGAGTGGTACGCAATCGCGAAGATCGCGGGGATCAAGACCTGCCAGGCGTACAGGATAC
AGTATAAATGGGACGCGATCTCCGGGATGCCGACGAATCTGTACGGTCCTAACGATAATT
TTCACCCCGAGAACTCGCACGTGCTTCCCGCGCTTATGAGGAGGTTTC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3BW54JQ 748 0 0
ACCCCAAATTCGCTCCCCAGCCCATCCCCGAGTCCGCTCTCTTAACCGGACCGCTCGAAC
CGACCAACGAGTGGTACGCAATCGCGAAGATCGCGGGGATCAAGACCTGCCAGGCGTACA
GGATACAGTATAAATGGGACGCGATCTCCGGGATGCCGACGAATCTGTACGGTCCTAACG
ATAATTTTCACCCCGAGAACTCGCACGTGCTTCCCGCGCTTATGAGGAGGTTTCACGAGG
CGAAGGTGAGTGGGGCCGAGGATGTTGTGGTGTGGGGGACCGGGAGTCCGTTGAGGGAGT
TTCTGCACGTGGATGATTTGGCTGATGCTTGTGTGTTTATGTTGGAGCGGTACAGTGGGT
TGGAGCATGTTAATATAGGGAGTGGTCAGGAGGTGACGATTAAAGAGTTGGCTGAGTTGG
TTAAAGAGGTTGTTGGGTTTGAAGGGAAGCTTGGATGGGATAGCACGAAGCCTGATGGGA
CGCCGAGGAAGCTGATGGATAGCTCGAAGCTCGCGTCTTTGGGGTGGACGCCGAAGGTTT
CTCTTAGAGATGGGCTTCGCCAGACTTATGAGTGGTATTTGGAGAATGTTTGCGCAGCCA
AGTGATAATTCTTCGGAACTTGTCTTTAAGATTTAAAAAATTGCTCTTTTAAAAATCTAC
TACATTGGGATGTTTTCTTGTACCTGAGGAACTTACAATATCCGACATGATCATGTTTGA
TGTAACAGTAACTACATGATTATGCTTT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5444Contig1 1093 2 2 U
GGGTCCTCAAGACGCAGACCGAGGAGGGAAAAGAAAAGACAGGAACCCCTAAAAGCCTAG
AACCCTAGTCGGAATTAAGAAGCACCATCATGAAGTGTAGTAGCTGAAGACCTTTTTTCT
AGAGATGCGTTTTCTGCTTCGTCTTCCTCAAACCCACCTGCGGAAACTGTCTAGTTCGAT
GTCACTACTCATGGGTTCGAAGCAGTTCCTAATTCCGGAAAGAGTGAATGGATTGATGCT
CTCTTATGTAATCTCAACCATAGTGTTGGCTGGAAGTTTGCGCTCTGCTCAATGGAAAAT
AAAGTGCGAGATCACGGCAGGAAACTTTTGGAGAAACATATACAGAAACCCTTCTTTGAT
GCAGATTATGGGAGAAGTGTCCCACGGATGAGCGTTGAGGAGTTGGATGAAGGGAAACTG
TGGTTAGATGACACCTTTACACTCATAAGATGTGAACTGGACTCACTCCCAAGTATCGGA
TGGGTTCTGGAACGTGCGAAAGCTGCTGTTCTTCGGCATGGGATACGAGGACTTGTCATC
GACCCTTACAATGAGCTTGATCATCAACGTACTCAACGACAGACGGAGACAGAATATGTT
AGCCAGATGCTTACAAAGATAAAACGATTTGCGCAGCATCACTCATGTCATGTCTGGTTC
GTTGCACATCCAAAACAGTTGCAACAGTGGGACGGTGGTCCACCAAACCTTTATGATATT
AGCGGGAGTGCGCATTTCATTAACAAATGTGACAATGGGATTGTCATTCACAGAAACCGT
GATGAAAAAGCTGGGCCTCTTGATCTAGTGCAGATTTGTGTCAGGAAAGTGCGAAATAAG
GTTGCAGGACAGATTGGTGATGCATACTTGTGTTACGACAGGGCAACTGGTTTGTTTTCA
GATTCTCCTATAACACCTGAAAAGCCTGAGAGGAGATCAAGCCGACGGCCATGATCTGGT
TTTTGTGAGTTAAAAGAACGTCAAACACACATTGGGACATAGTCGATAACATTTGTCTGC
TAAATTTTATCCTTTTTACCCGTCTGTAAGAATTATGAGACTGCCTCAGTTTAATGTGGA
TGGTTTACGTGTT


BQ
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AF RR3F436TF U 1
AF RR3F436JQ C 361
BS 1 576 RR3F436TF
BS 577 1093 RR3F436JQ

RD RR3F436TF 576 0 0
GGGTCCTCAAGACGCAGACCGAGGAGGGAAAAGAAAAGACAGGAACCCCTAAAAGCCTAG
AACCCTAGTCGGAATTAAGAAGCACCATCATGAAGTGTAGTAGCTGAAGACCTTTTTTCT
AGAGATGCGTTTTCTGCTTCGTCTTCCTCAAACCCACCTGCGGAAACTGTCTAGTTCGAT
GTCACTACTCATGGGTTCGAAGCAGTTCCTAATTCCGGAAAGAGTGAATGGATTGATGCT
CTCTTATGTAATCTCAACCATAGTGTTGGCTGGAAGTTTGCGCTCTGCTCAATGGAAAAT
AAAGTGCGAGATCACGGCAGGAAACTTTTGGAGAAACATATACAGAAACCCTTCTTTGAT
GCAGATTATGGGAGAAGTGTCCCACGGATGAGCGTTGAGGAGTTGGATGAAGGGAAACTG
TGGTTAGATGACACCTTTACACTCATAAGATGTGAACTGGACTCACTCCCAAGTATCGGA
TGGGTTCTGGAACGTGCGAAAGCTGCTGTTCTTCGGCATGGGATACGAGGACTTGTCATC
GACCCTTACAATGAGCTTGATCATCAACGTACTCAA

QA 1 576 1 576
DS 

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GCAGATTATGGGAGAAGTGTCCCACGGATGAGCGTTGAGGAGTTGGATGAAGGGAAACTG
TGGTTAGATGACACCTTTACACTCATAAGATGTGAACTGGACTCACTCCCAAGTATCGGA
TGGGTTCTGGAACGTGCGAAAGCTGCTGTTCTTCGGCATGGGATACGAGGACTTGTCATC
GACCCTTACAATGAGCTTGATCATCAACGTACTCAACGACAGACGGAGACAGAATATGTT
AGCCAGATGCTTACAAAGATAAAACGATTTGCGCAGCATCACTCATGTCATGTCTGGTTC
GTTGCACATCCAAAACAGTTGCAACAGTGGGACGGTGGTCCACCAAACCTTTATGATATT
AGCGGGAGTGCGCATTTCATTAACAAATGTGACAATGGGATTGTCATTCACAGAAACCGT
GATGAAAAAGCTGGGCCTCTTGATCTAGTGCAGATTTGTGTCAGGAAAGTGCGAAATAAG
GTTGCAGGACAGATTGGTGATGCATACTTGTGTTACGACAGGGCAACTGGTTTGTTTTCA
GATTCTCCTATAACACCTGAAAAGCCTGAGAGGAGATCAAGCCGACGGCCATGATCTGGT
TTTTGTGAGTTAAAAGAACGTCAAACACACATTGGGACATAGTCGATAACATTTGTCTGC
TAAATTTTATCCTTTTTACCCGTCTGTAAGAATTATGAGACTGCCTCAGTTTAATGTGGA
TGGTTTACGTGTT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL5445Contig1 1244 2 8 U
GGGAACACGTTTGTTGTTTCATCTCCACAAGAGAATGGAGTCTGCCTTGGCGACATCGAG
TTTCATGGGTACCCAAGTGATGGTTCCCGCCACTCTGTTTTGCAGACGAGCTCGAGTAGC
GTCTCTCACCGTCACGGCAAGTAGCACTGCTAAGATTTACACGAGGCTCGACTCTTGTCT
CGTGATTCCTCCTCCCCCCATTTTCAAGAAACCGCGTGCCATTATCAAGTTCTTGGGAGG
CGCCTTCGTCGGAGCTGTCCCTGAAGTCACCTACAGTTACCTAAAGGAGCTACTGGCTAA
AGAAGGGTATTTGATTGTATCCGTGCCGTACAACGTTACTTTTGATCACGAACAAGCTGC
AAAGCAGGTCTACCAGAGGTTCAACTCATGCTTGGACACGATTGTCTTATCTGGAGTTCC
AAATGCCAATTTTAACCCTCGAGATCTAGCCAACCTTCCTGTTTTCTCTGTTGGTCACAG
TAATGGTGCGCTGCTCCAAGTTTTGACCGGAAGTTATTTTTCTGACAAGATACCAAAGGT
TAATGCCATCATTTCATTCAACAACAAATCAGCCACAGAGGCAGTTCCATATTTTGAGCA
GCTTGGCCCTCTCATCCAGCAGATGATGCCAGTCGTGGAAGCTTCTCCGTTATATGAAAT
AGCTCGAAATGCTTCAGGTGATGCGTTGAAAGTACTACTGGATGCCGCTGGGACAACGAT
TCTGAACAATGATCAAGAAGCTCTTAAGTCGTTTACTAATTTGGTGGATCAGTTGCCCTC
AGTATTTGGTGAGGTTGGACAAGGGGTGTCGGAATTCAGACCATCACCACTTGAGAATCG
TACTTGCTTCAAATGCTCCTACAGCGTTCCACACACTTTACTGGTACAATTCAACTCTGA
TGCAATCGACGAGACTGATTTACTGGAAGAAACCCTAAGGCCTCGGATAGAATCTTTTGG
TGGTACACTCGAAAAGGTTCGGCTGAACGGAAACCATCTCACACCTTGCGTACAGGACCC
GAAGTGGCAAATTGGGTCTGTCTACACGCCAGCAGACGCTGTGGCTCAGGCGCTGAAGAC
GATACCTCTGAGGGACACCCGTGTTCTTTCAAGGACAATCGTCGATTGGTTTACAAGGTT
TGGGAATTGAGCCAGGCTCGTGGTGTATCTGTTAAAGAAATGGTCAAATATGCATGTATA
TGTACATGGTTCATGGTATTTGAAATAAAAATATTTATGTGTAT


BQ
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AF RR3CH90TF U 1
AF RR3CH90JQ C 545
BS 1 677 RR3CH90TF
BS 678 678 RR3CH90JQ
BS 679 728 RR3CH90TF
BS 729 729 RR3CH90JQ
BS 730 738 RR3CH90TF
BS 739 739 RR3CH90JQ
BS 740 753 RR3CH90TF
BS 754 1244 RR3CH90JQ

RD RR3CH90TF 760 0 0
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TTTCATGGGTACCCAAGTGATGGTTCCCGCCACTCTGTTTTGCAGACGAGCTCGAGTAGC
GTCTCTCACCGTCACGGCAAGTAGCACTGCTAAGATTTACACGAGGCTCGACTCTTGTCT
CGTGATTCCTCCTCCCCCCATTTTCAAGAAACCGCGTGCCATTATCAAGTTCTTGGGAGG
CGCCTTCGTCGGAGCTGTCCCTGAAGTCACCTACAGTTACCTAAAGGAGCTACTGGCTAA
AGAAGGGTATTTGATTGTATCCGTGCCGTACAACGTTACTTTTGATCACGAACAAGCTGC
AAAGCAGGTCTACCAGAGGTTCAACTCATGCTTGGACACGATTGTCTTATCTGGAGTTCC
AAATGCCAATTTTAACCCTCGAGATCTAGCCAACCTTCCTGTTTTCTCTGTTGGTCACAG
TAATGGTGCGCTGCTCCAAGTTTTGACCGGAAGTTATTTTTCTGACAAGATACCAAAGGT
TAATGCCATCATTTCATTCAACAACAAATCAGCCACAGAGGCAGTTCCATATTTTGAGCA
GCTTGGCCCTCTCATCCAGCAGATGATGCCAGTCGTGGAAGCTTCTCCGTTATATGAAAT
AGCTCGAAATGCTTCAG*TGATGCGTTGAAAGTACTACTGGATGCCGCTGGGACAACGAT
TCTGAACA*TGATCAAGA*GCTCTTAAGTCGTT
ACTAATT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3CH90JQ 700 0 0
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GGCCCTCTCATCCAGCAGATGATGCCAGTCGTGGAAGCTTCTCCGTTATATGAAATAGCT
CGAAATGCTTCAGGTGATGCGTTGAAAGTACTACTGGATGCCGCTGGGACAACGATTCTG
AACAATGATCAAGAAGCTCTTAAGTCGTTTACTAATTTGGTGGATCAGTTGCCCTCAGTA
TTTGGTGAGGTTGGACAAGGGGTGTCGGAATTCAGACCATCACCACTTGAGAATCGTACT
TGCTTCAAATGCTCCTACAGCGTTCCACACACTTTACTGGTACAATTCAACTCTGATGCA
ATCGACGAGACTGATTTACTGGAAGAAACCCTAAGGCCTCGGATAGAATCTTTTGGTGGT
ACACTCGAAAAGGTTCGGCTGAACGGAAACCATCTCACACCTTGCGTACAGGACCCGAAG
TGGCAAATTGGGTCTGTCTACACGCCAGCAGACGCTGTGGCTCAGGCGCTGAAGACGATA
CCTCTGAGGGACACCCGTGTTCTTTCAAGGACAATCGTCGATTGGTTTACAAGGTTTGGG
AATTGAGCCAGGCTCGTGGTGTATCTGTTAAAGAAATGGTCAAATATGCATGTATATGTA
CATGGTTCATGGTATTTGAAATAAAAATATTTATGTGTAT

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL5446Contig1 742 2 3 U
ACATGTTTCATACATATGCATAAGCTTAAACTAAACAAGAAACACACAATCTTTCAGTTT
CATGGTACAGTTTCTAAGTAGCTCAAAATGGGGAGAGAGGACCAAGTATGAATCCACCGC
TAAAAAACCCATCGATCAAAACAGTAACCGTTCTTGATAAATGTCAAGTGCCTTGATGAT
CTTACCAATGAACATCTTCCTGTGCATTCTATACTTAACAGCTGTTGCAAACGTTGTCCT
TGCTTCCGACAGTGAATCTAGCAATTTCTGGTCTTGCTCTGCGGTTGTGGGATATTCCGC
AAGCATCTTTCTACATTCATCTTGCAACTCTTTGACAGCTTTTCTCTCGGCACTTGGAAT
TGGAGGAAGAACTATGTCTGACCAAATGGGCAGTGTTCTTGCTGCAGCTATAACTGCTCC
ATCGACAAAAGAGTCATCTCCTGATAACTCGCTATCATGGTAATAATCTTCTGGAAGACC
GAAAATGTTGAAGACCGATAAAAACGAATTCAAATGGATACGAGAATCTCCAGAGAAGGG
TATAGCATCCCACGGATTCACAGGAGTTGAGAAGCCATATCTTTCCATAAGCATATTGTT
TTTCTGACCAGGCATGTAGTTAAAGGTCATCTCTTCGCCTTTCTTAATTGCCTGACCAGC
ATTTGACATAACCTCAAGGATACGATCTTTGGGACGCCAATGTAGGAAACAGTTCGGTTC
AAAGGAATGGTTTAGCATGTCA


BQ
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AF RR3BG54JQ U 344
AF RR3CY04JQ U 1
BS 1 370 RR3CY04JQ
BS 371 371 RR3BG54JQ
BS 372 742 RR3CY04JQ

RD RR3BG54JQ 156 0 0
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GCAGCTATAACTGCTCCATCGACAAAAGAGTCATCTCCTGATAACTCGCTATCATGGTAA
TAATCTTCTGGAAGACCGAAAATGTTGAAGACCGAT

QA 1 156 1 156
DS 

RD RR3CY04JQ 742 0 0
ACATGTTTCATACATATGCATAAGCTTAAACTAAACAAGAAACACACAATCTTTCAGTTT
CATGGTACAGTTTCTAAGTAGCTCAAAATGGGGAGAGAGGACCAAGTATGAATCCACCGC
TAAAAAACCCATCGATCAAAACAGTAACCGTTCTTGATAAATGTCAAGTGCCTTGATGAT
CTTACCAATGAACATCTTCCTGTGCATTCTATACTTAACAGCTGTTGCAAACGTTGTCCT
TGCTTCCGACAGTGAATCTAGCAATTTCTGGTCTTGCTCTGCGGTTGTGGGATATTCCGC
AAGCATCTTTCTACATTCATCTTGCAACTCTTTGACAGCTTTTCTCTCGGCACTTGGAAT
TGGAGGAAGATCTATGTCTGACCAAATGGGCAGTGTTCTTGCTGCAGCTATAACTGCTCC
ATCGACAAAAGAGTCATCTCCTGATAACTCGCTATCATGGTAATAATCTTCTGGAAGACC
GAAAATGTTGAAGACCGATAAAAACGAATTCAAATGGATACGAGAATCTCCAGAGAAGGG
TATAGCATCCCACGGATTCACAGGAGTTGAGAAGCCATATCTTTCCATAAGCATATTGTT
TTTCTGACCAGGCATGTAGTTAAAGGTCATCTCTTCGCCTTTCTTAATTGCCTGACCAGC
ATTTGACATAACCTCAAGGATACGATCTTTGGGACGCCAATGTAGGAAACAGTTCGGTTC
AAAGGAATGGTTTAGCATGTCA

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL5447Contig1 762 2 2 U
CAATACGTCATTAATTTAAAAGTGAAAAAACGAAACAAGTTGGTTTTCCAAGTCTAAGCC
ATAGCAAACTCCATAAGACATCCAAATACACTGAAAATAAAAAAAAGGAAAAGGCAAATG
TTTGGAGCCAAACCCCCCTAATGGTTAATTAATTACTGCGGGGCACATTGAACCCTCTGC
GAACCTCCAGGATGGTCATCATCGCCTTCGTCATCATCATAAGCCTCTCTCTGAGCTTGT
GCTTTCCTTCTCATCTCATCCTCAATGTCGACATCGTGCAGCGTTGTCTCCTCGCACTCA
TCTATCTCCATGTCGCTCAGCTGAGTAGTCGAAGGCTTGGGCAGAATAGCTTCAAATGCC
TTGGTCTGGTCAGGGGTTAGCGAGTCCGGGAAATCCACTGTGAAGTGGATGTAGAGCTTG
CCCTTCATGAATGGCCTCTGGTATATCGGCATCCCTTCATCGCTTATTGCCTTGTATGAA
TCAGGTTTAACGACGTCCCCGGGATGAGATTTGATGAGAAGATTTCTGCCATCCAAGTGG
GTGGGGACGAAGGAAAAGCCGCACAGAGCTTCGGTGAGAGAGAGTGTGTGTTCTACAAAG
AGGTCTTCTCCTTTTCTCTTGAACTTTGGGTGCTCTTTCCGCTGAATGACAAACACTATA
TCTCCAGTGACTGTGTCAGGCGCTTCATCTGCTTGTCCTTCGAATGTGATCTTCTGACTG
TGCTGCATCCCTTTCTCAACATTCACTTCAAGAACTTTCTTC


BQ
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BK86JQ U 1
AF RR3BL74JQ U 48
BS 1 266 RR3BK86JQ
BS 267 762 RR3BL74JQ

RD RR3BK86JQ 266 0 0
CAATACGTCATTAATTTAAAAGTGAAAAAACGAAACAAGTTGGTTTTCCAAGTCTAAGCC
ATAGCAAACTCCATAAGACATCCAAATACACTGAAAATAAAAAAAAGGAAAAGGCAAATG
TTTGGAGCCAAACCCCCCTAATGGTTAATTAATTACTGCGGGGCACATTGAACCCTCTGC
GAACCTCCAGGATGGTCATCATCGCCTTCGTCATCATCATAAGCCTCTCTCTGAGCTTGT
GCTTTCCTTCTCATCTCATCCTCAAT

QA 1 266 1 266
DS 

RD RR3BL74JQ 715 0 0
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GAAGAGGCAAATGTTTGGAGCCAAACCCCCCTAATGGTTACTTAATTACTGCTGGGCACA
TTGAACCCTCTGCGCACCTCCAGGATGGTCATCATCGCCTTCGTCATCATCATAAGCCTC
TCTCTGAGCTTGTGCTTTCCTTCTCATCTCATCCTCAATGTCGACATCGTGCAGCGTTGT
CTCCTCGCACTCATCTATCTCCATGTCGCTCAGCTGAGTAGTCGAAGGCTTGGGCAGAAT
AGCTTCAAATGCCTTGGTCTGGTCAGGGGTTAGCGAGTCCGGGAAATCCACTGTGAAGTG
GATGTAGAGCTTGCCCTTCATGAATGGCCTCTGGTATATCGGCATCCCTTCATCGCTTAT
TGCCTTGTATGAATCAGGTTTAACGACGTCCCCGGGATGAGATTTGATGAGAAGATTTCT
GCCATCCAAGTGGGTGGGGACGAAGGAAAAGCCGCACAGAGCTTCGGTGAGAGAGAGTGT
GTGTTCTACAAAGAGGTCTTCTCCTTTTCTCTTGAACTTTGGGTGCTCTTTCCGCTGAAT
GACAAACACTATATCTCCAGTGACTGTGTCAGGCGCTTCATCTGCTTGTCCTTCGAATGT
GATCTTCTGACTGTGCTGCATCCCTTTCTCAACATTCACTTCAAGAACTTTCTTC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL5448Contig1 681 2 1 U
GGTGGCTCATTTTGTACCTGAAAAGCCCATGTATGAACAAGGATTGATTTTACTTCCCCA
CCTAGCCACTTTAGGCTGGGGGGTAGGTCCTGGGGGAGAGGTTATAGACACCTTTCCATA
CTTTGTATCTGGAGTACTTCACTTAATTTCTTCTGCAGTTTTGGGCTTTGGCGGTATTTA
TCATGCACTTCTGGGACCCGAAACTCTTGAAGAATCTTTTCCATTTTTCGGTTATGTATG
GAAAGATAGAAATAAAATGACCACCATTTTGGGTATTCACTTAATTTTGTTAGGTGTAGG
TGCTTTTCTTCTAGTATTCAAGGCTCTCTATTTTGGGGGCGTATATGATACCTGGGCTCC
AGGAGGGGGGGATGTAAGAAAAATTACAAACTTGACTCTTAGCCCAAGTGTTATATTTGG
TTATTTACTAAAATCTCCCTTTGGGGGAGAAGGATGGATTGTTAGTGTGGACGATTTGGA
AGATATAATTGGAGGGCATGTATGGTTAGGTTCCATTTGTATATTTGGTGGAATCTGGCA
TATCTTAACCAAACCTTTTGCATGGGCTCGCCGCGCACTTGTATGGTCTGGGGAGGCTTA
CTTGTCTTATAGTTTAGCTGCTTTATCTGTTTGTGGTTTCATTGCTTGTTGTTTTGTCTG
GTTTAATAATACCGCTTACCC


BQ
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AF RR3FZ54TF U 112
AF RR3EK69TF U 1
BS 1 681 RR3EK69TF

RD RR3FZ54TF 199 0 0
CTTTCCATACTTTGTATCTGGAGTACTTCACTTAATTTCTTCTGCAGTTTTGGGCTTTGG
CGGTATTTATCATGCACTTCTGGGACCCGAAACTCTTGAAGAATCTTTTCCATTTTTCGG
TTATGTATGGAAAGATAGAAATAAAATGACCACCATTTTGGGTATTCACTTAATTTTGTT
AGGTGTAGGTGCTTTTCTT

QA 1 199 1 199
DS 

RD RR3EK69TF 681 0 0
GGTGGCTCATTTTGTACCTGAAAAGCCCATGTATGAACAAGGATTGATTTTACTTCCCCA
CCTAGCCACTTTAGGCTGGGGGGTAGGTCCTGGGGGAGAGGTTATAGACACCTTTCCATA
CTTTGTATCTGGAGTACTTCACTTAATTTCTTCTGCAGTTTTGGGCTTTGGCGGTATTTA
TCATGCACTTCTGGGACCCGAAACTCTTGAAGAATCTTTTCCATTTTTCGGTTATGTATG
GAAAGATAGAAATAAAATGACCACCATTTTGGGTATTCACTTAATTTTGTTAGGTGTAGG
TGCTTTTCTTCTAGTATTCAAGGCTCTCTATTTTGGGGGCGTATATGATACCTGGGCTCC
AGGAGGGGGGGATGTAAGAAAAATTACAAACTTGACTCTTAGCCCAAGTGTTATATTTGG
TTATTTACTAAAATCTCCCTTTGGGGGAGAAGGATGGATTGTTAGTGTGGACGATTTGGA
AGATATAATTGGAGGGCATGTATGGTTAGGTTCCATTTGTATATTTGGTGGAATCTGGCA
TATCTTAACCAAACCTTTTGCATGGGCTCGCCGCGCACTTGTATGGTCTGGGGAGGCTTA
CTTGTCTTATAGTTTAGCTGCTTTATCTGTTTGTGGTTTCATTGCTTGTTGTTTTGTCTG
GTTTAATAATACCGCTTACCC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL5449Contig1 1216 2 2 U
GGACACTTTGCTCATTTACAATAACCACAGGGAGTGAGAGAGAGACAAAAGGAAGTAGAC
AGTGGAGGAGGTCACGGCGCTTGAAGATGATGTTTCCTAAGGAGAGAGAGAGAGGTAGCA
GCAGTGGTTTGGGTCAAGGTGGTGAAGTAGATGTTGAGAACTTGAGCTTCTTTAAGATCT
TTCACGGTGAAGACTTATCCTCTGAAAGCATGAGAGCGTTTCCGTACGACTTCATAAGAA
ACGTCCCTCAAGACGATTTCTCCACTAACATGGTGATAAGGACGCAATGTGGACTCTCAT
GGGAAGTAAAAGTCTCCATGAACCCATGCTTCTACTACATGGAGAAGCGCGGATGGAATC
AGTTTGTGAACGACAATGCCTTGGGAAACAAAGAGCTTGTTACCTTCACTCACACTGGAC
TCATGTGCTTCAATGTCAACATCTACGAGGAGAATGGCAAGGAAGTTGTCACACCTAGGA
GGAGGCCCCGGACAATGGCTTCTTTAAGTGGGATCAAGAAAGAAGTAGGGGAGAGCAGCA
ACAAAGATGTGAAGACAGGTGAGATAAAGAAAGAAGTAGGGGAGAGCAGCAACAAAGATG
TTAAAAAGGCTGAGGAGATAGCTGAATCTAAGCGAGGGAGCTAAGTTCAAAAGCAAGAGA
TCTGAGGGAGCTGAAACATCCAAGAAGAAGAAGATGAAGAGCAATAACGTTGAGCATACT
GTTCCAGTATTCAGCGTCACCTTGACGGCATCATACCTCAAGTTCCTCATGCCAATACCA
AGATATTTTGCTGAGGAACACATCCCGAATCAGTCTAAGAGGGTCACCATTCATCACTCG
GACGGGAACTGTTCATGGGAGGTGCTTTGCTTGGTGAGGAAGACAAAGGCATCCTTCTCA
AGTGGATGGGGGACATTGGCAAGAGAGTACCCTTTATCAGTCGGCGACATTTGCACCTTC
AAGCTCATCAAACCAACCGAGTTTCAACTTCTTGTCACCGGAAAGGTCGTTGAGGAGATC
ATTGACTGACTGATGTTAACTGTCTTTGTTGCTTTCTTATTCTTCTTATCCATAAAGACA
AGTTTTTGATCACTTTAGGTGTTTGTAACTGTTTCTCTCTACCTAATGTTTAATGTGTTT
TTAAATACTTTTATCACAATGTTGATGATTAGTTTCATCTTTTGGGATTATTATGAATTA
TCAAATGTTTTTAAGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F606TF U 1
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AGTTTGTGAACGACAATGCCTTGGGAAACAAAGAGCTTGTTACCTTCACTCACACTGGAC
TCATGTGCTTCAATGTCAACATCTACGAGGAGAATGGCAAGGAAGTTGTCACACCTAGGA
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TCTGAGGGAGCTGAAACATCCA

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DS 

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CTGTTCCAGTATTCAGCGTCACCTTGACGGCATCATACCTCAAGTTCCTCATGCCAATAC
CAAGATATTTTGCTGAGGAACACATCCCGAATCAGTCTAAGAGGGTCACCATTCATCACT
CGGACGGGAACTGTTCATGGGAGGTGCTTTGCTTGGTGAGGAAGACAAAGGCATCCTTCT
CAAGTGGATGGGGGACATTGGCAAGAGAGTACCCTTTATCAGTCGGCGACATTTGCACCT
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TCATTGACTGACTGATGTTAACTGTCTTTGTTGCTTTCTTATTCTTCTTATCCATAAAGA
CAAGTTTTTGATCACTTTAGGTGTTTGTAACTGTTTCTCTCTACCTAATGTTTAATGTGT
TTTTAAATACTTTTATCACAATGTTGATGATTAGTTTCATCTTTTGGGATTATTATGAAT
TATCAAATGTTTTTAAGT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

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CTTGCCTTGGCTGCATCTGCTCTTTACATGATCGGAACAGGAATCTACAACATGTCGAAT
GGAATCGGGAAGAAGGAATAAGCAAAGCAACAGCTTCTTATTCATCTTTTTTTTCCTTTT
TATGTCGCTTTTGGGGGGTTTATTTCTATGTGTATCCTAGCATGATAGGTTGCAGAATAA
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GATAAAAAGATGTTTCGTGGTATAAAGTTCCAGAGTTTGG


BQ
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AF RR3BJ57TF U 1
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ATCCAGAGGCACACTTACCTCAAAGGACCAATGGACAAGGTCACCTCCGTTGCCATTCCT
CTTGCCTTGGCTGCATCTGCTCTTTACATGATCGGAACAGGAATCTACAACATGTCGAAT
GGAATCGGGAAGAAGGAATAAGCAAAGCAACAGCTTCTTATTCATCTTTTTTTTCCTTTT
TATGTCGCTTTTGGGGGGTTTATTTCTATGTGTATCCTAGCATGATAGGTTGCAGACTAA
AGGTTGCACTGGTCTTTTTCTTGCATTTTTGCCAAATAATTGCAGCAGACAATGTCGAAA
GATAAAAAGATGTTTCGTGGTATAAAGTTCCAGAGTTTGG

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DS 

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TTTTATGTCGCTTTTGGGGGGTTTATTTTTATGTGTATCCTAGCATGATAGGTTGCAGAA
TAAAGGTTGCACTGGTTTTTTTTTTGCATTTTTGCCAAATAATTGCAGCAGACAATGTCG
AAAGATAAAAAGATGTTTCGTGGTATAAAGTTCCAGAGTTTGG

QA 1 223 1 223
DS 



AS 1 2

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GCGACTTGGCGGTTAAAACAAACCACGCTGAAGATGTAGCACAAACAATGGACGCAGAGG
TTGTTGAGGCCCAGAAAATGTTAAAGCTAGCTGATGCACAGAGGATGAATACAGACTCCA
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TACTTAGATTGGATCTGCCAGGAAAGCAGGACAGAGAGATCATGAGGGTTCTAGTTGAAT
GCTGTTTACAGGAGAAAGTATTTAACAAGTACTACACAGTTCTCGCTTTAAAGTTGTGTG
AGCACGACAAGAACCATAAGTTTACACTACAGTATTGCATCTGGGACCATTTCAAAGAAC
TAGAGTCAATGTCACTTCAGAGATCAATGCATCTTGCGAAATTTGTGGCGGAGATGATTG
TTTCCTTCAATCTTTTTCTTGCGGTTTTCAAATGTGTAGACTTGGCGAATCCAGTGCAGC
TGACTCCAAAGAGAATCATGCACTTTCGGATGCTGTTCGAGGCCATCTTTGAGCACAGTG
AGAAACTTGTGTGGAACTTGTTCACTCGCATAGCTGTGAATCCGGACTATGAAGCTTTTA
GGGATGGTATCAAGTTTTTCATGAAGGAATACGTTGTGAAATTTAATAAGGCGATTTATG
GGAAATTCAAGAAAGCCAAAGAAGCTTTTAACAATTCAGATGGATCGCTGCTCATGTAAT
TCTTGTTGCCATGCGTGGGGACATCAGTTTTTCAAGCTCTTATGAGTTTACTTTTGTTAT
GTCATTGTTTCTTACACTGTACACATTTTCGTTTGACTGAGACTTGGGTATTTTTGGAGC
TACTATTTATTTAAGGTTTCCAAGTTTCAGGATCTCAAGTTTCATCAGCCTTAATAAAAA
CTTGT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3EC44TF U 1
AF RR3EC44JQ C 314
BS 1 511 RR3EC44TF
BS 512 1025 RR3EC44JQ

RD RR3EC44TF 511 0 0
GCCAGAACACAAGAGTAAAGAAGTGGCTTCAAAAGTTGGGAGTGGAAGAAGTACTATTAA
GAGGACTCACATGGAGCAAGTTGCTTGACACAGAGAAGAAGGGTCAGTGGTGGTTATCTG
GCGACTTGGCGGTTAAAACAAACCACGCTGAAGATGTAGCACAAACAATGGACGCAGAGG
TTGTTGAGGCCCAGAAAATGTTAAAGCTAGCTGATGCACAGAGGATGAATACAGACTCCA
GAAAAGCTATATTTTGCGTGATCATGAGTAGTGAAGACTACATAGATGCATTTGAGAAAC
TACTTAGATTGGATCTGCCAGGAAAGCAGGACAGAGAGATCATGAGGGTTCTAGTTGAAT
GCTGTTTACAGGAGAAAGTATTTAACAAGTACTACACAGTTCTCGCTTTAAAGTTGTGTG
AGCACGACAAGAACCATAAGTTTACACTACAGTATTGCATCTGGGACCATTTCAAAGAAC
TAGAGTCAATGTCACTTCAGAGATCAATGCA

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR3EC44JQ 712 0 0
TCTGCCAGGAAAGCAGGACAGAGAGATCATGAGGGTTCTAGTTGAATGCTGTTTACAGGA
GAAAGTATTTAACAAGTACTACACAGTTCTCGCTTTAAAGTTGTGTGAGCACGACAAGAA
CCATAAGTTTACACTACAGTATTGCATCTGGGACCATTTCAAAGAACTAGAGTCAATGTC
ACTTCAGAGATCAATGCATCTTGCGAAATTTGTGGCGGAGATGATTGTTTCCTTCAATCT
TTTTCTTGCGGTTTTCAAATGTGTAGACTTGGCGAATCCAGTGCAGCTGACTCCAAAGAG
AATCATGCACTTTCGGATGCTGTTCGAGGCCATCTTTGAGCACAGTGAGAAACTTGTGTG
GAACTTGTTCACTCGCATAGCTGTGAATCCGGACTATGAAGCTTTTAGGGATGGTATCAA
GTTTTTCATGAAGGAATACGTTGTGAAATTTAATAAGGCGATTTATGGGAAATTCAAGAA
AGCCAAAGAAGCTTTTAACAATTCAGATGGATCGCTGCTCATGTAATTCTTGTTGCCATG
CGTGGGGACATCAGTTTTTCAAGCTCTTATGAGTTTACTTTTGTTATGTCATTGTTTCTT
ACACTGTACACATTTTCGTTTGACTGAGACTTGGGTATTTTTGGAGCTACTATTTATTTA
AGGTTTCCAAGTTTCAGGATCTCAAGTTTCATCAGCCTTAATAAAAACTTGT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL5452Contig1 845 2 2 U
GGACACATCTTCTGTAACACATACCTATCTTCCCAAATCACTTGTTAAAATAATCGTACA
ATTACAAATAACGATATGAAGACGTATAACGTCTTGCTTCTTCTGCTTGTTCAAGTGATT
GTCCTTTTGCCTCTCCTTTGTTTGTCTGATGATTTTGTAAGCTCTAGAGCTACTTACTAT
GGCAGCCCCGATTGCAAAGGAAGCCCTCAAGGAGCATGTGGGTATGAAGAATTTGGAAGA
GATATAAATAATGGTGAAGTGAGTGGTGTTTCATCGAGACTATGGGACAATGGAACTGGC
TGTGGTGCTTGTTACCAGGTGAGGTGCAAAATACCTTCGCACTGCAACGAGGAAGGAGTA
TACGTAGTGGCCACGGACTACGGAGAAGGACATGGTACGGACTTCATCTTTAGCCCTAAG
GCTTACGGACGTATGGCTCGGCCTGGCACAGAGGATCAGCTCTTTTCATTTGGTGTTGTC
GACGTTGAGTATCAGAGGGTCCCTTGTAAGTACGCAGGGTACAATCTGGTGTTTAAGGTC
CATGAGAAAAGTTATAATCCTCATTATCTTGCCGTCCTTATCTTGTACGTTGGTGGCGTC
AACGACATCCTCGCCGTTGAAGCCTGGCAGGAGGATTGCAAAGAGTGGCGACGTATGAGA
AGAGTGTTTGGAGCGGTTCACGATTTGCAGAATCCTCCAAGAGGCACTCTCACTTTGAGG
TTTTTAGTCTATGGTAGCGCCGGTATCAATTGGGTCCAATCGCCAAACGCTATTCCAGCA
GACTGGACCGCTGGAGCCACCTACAACTCCAACATTCTACTTACTTGATTCCCTTTTGCT
GCTCT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3DM12TF U 1
AF RR3DM12JQ C 420
BS 1 617 RR3DM12TF
BS 618 845 RR3DM12JQ

RD RR3DM12TF 617 0 0
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GGCAGCCCCGATTGCAAAGGAAGCCCTCAAGGAGCATGTGGGTATGAAGAATTTGGAAGA
GATATAAATAATGGTGAAGTGAGTGGTGTTTCATCGAGACTATGGGACAATGGAACTGGC
TGTGGTGCTTGTTACCAGGTGAGGTGCAAAATACCTTCGCACTGCAACGAGGAAGGAGTA
TACGTAGTGGCCACGGACTACGGAGAAGGACATGGTACGGACTTCATCTTTAGCCCTAAG
GCTTACGGACGTATGGCTCGGCCTGGCACAGAGGATCAGCTCTTTTCATTTGGTGTTGTC
GACGTTGAGTATCAGAGGGTCCCTTGTAAGTACGCAGGGTACAATCTGGTGTTTAAGGTC
CATGAGAAAAGTTATAATCCTCATTATCTTGCCGTCCTTATCTTGTACGTTGGTGGCGTC
AACGACATCCTCGCCGT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3DM12JQ 426 0 0
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CGACGTTGAGTATCAGAGGGTCCCTTGTAAGTACGCAGGGTACAATCTGGTGTTTAAGGT
CCATGAGAAAAGTTATAATCCTCATTATCTTGCCGTCCTTATCTTGTACGTTGGTGGCGT
CAACGACATCCTCGCCGTTGAAGCCTGGCAGGAGGATTGCAAAGAGTGGCGACGTATGAG
AAGAGTGTTTGGAGCGGTTCACGATTTGCAGAATCCTCCAAGAGGCACTCTCACTTTGAG
GTTTTTAGTCTATGGTAGCGCCGGTATCAATTGGGTCCAATCGCCAAACGCTATTCCAGC
AGACTGGACCGCTGGAGCCACCTACAACTCCAACATTCTACTTACTTGATTCCCTTTTGC
TGCTCT

QA 1 426 1 426
DS 



AS 1 2

CO CL5453Contig1 1208 2 2 U
GGAAAACATTTCATCAAAAGATGGCTACTCCATTGATTGTTTCCTTTGGAGAAATGCTTA
TCGACTTTGTCCCTGACACTTCTGGTGTTTCCTTGGCTGAGTCCACCGGTTTTCTCAAAG
CCCCTGGTGGTGCTCCAGCTAATGTTGCATGTGCCATCTCCAAGCTCGGTGGCAAATCAG
CTTTCATTGGCAAGTTTGGTGATGATGAGTTTGGACACATGCTTGTCAACATATTGAAGA
AGAACGGTGTGAACAGCGAAGGAGTTTGCTTCGACAGCCATGCAAGGACTGCATTGGCCT
TTGTGACACTAAAGAAGAACGGCGAAAGAGAGTTCATGTTTTACAGGAACCCTAGTGCGG
ATATGCTCTTGAAAGAATCTGAACTCAACAAGGATCTCATCAAGAAAGCCAAGATTTTCC
ACTACGGTTCCATTAGCTTGATCTCTGAGCCATGTAGAGCGGCACACATGGCTGCTATGA
AAACCGCCAAGGACGCTGGAGTGTTACTCTCTTACGACCCTAATGTTCGGTTGCCTCTTT
GGCCTTCCACTGAGGCTGCCATAGAAGGCATTAAAAGCGGAATGAGGCTGATATTATCAA
GGTAAGCGATGACGAGGTAACACTCCTCACTGGGGGAGATGCAGAGAAAGATGATGTTGT
TTTGTCTCTAATGCATGACAAGCTCAAGCTGCTTATTGTAACTGATGGAGAGAAAGGTTG
CAGATACTACACAAAATTCGAAAGGAGAGTGCCAGGTTATTCAGTGAAAACAGTTGATAC
AACTGGAGCTGGTGATTCTTTTGTCGGTGCATTTCTTTTCTCTTTGGGAAAAGATGGCTC
CATACTCGATGATGAAGGAAAGCTAAAGGAAGCTCTTGCATTTGCGAATGCATGTGGAGC
TGTGTGTACAACTCAGAAAGGAGCTATTCCAGCACTTCCATCTCCATCTGATGCTCAGCA
GCTCATGAAATCTAAGTCCAAATAATCTGACTTTTTGTTCCTTCTCAAATGCTAGTCATG
CTTCTTTTGTTTCTTCAATTTTGTATTGACTCTAGTCTACTTTTTGTTTTGGTTTTCCTT
TTTTAGTTATCTGAATAAATTAGTGTTAATTTGCCTGCCTATTCTAGTAGTGTAGTGATA
AGGGGATGCTGTTATTTTCGTATGTTGTGATTCGGTTTTGAATTTGAAGCACATGCAGGT
TTTATTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT46TF U 1
AF RR3GT46JQ C 546
BS 1 751 RR3GT46TF
BS 752 1208 RR3GT46JQ

RD RR3GT46TF 751 0 0
GGAAAACATTTCATCAAAAGATGGCTACTCCATTGATTGTTTCCTTTGGAGAAATGCTTA
TCGACTTTGTCCCTGACACTTCTGGTGTTTCCTTGGCTGAGTCCACCGGTTTTCTCAAAG
CCCCTGGTGGTGCTCCAGCTAATGTTGCATGTGCCATCTCCAAGCTCGGTGGCAAATCAG
CTTTCATTGGCAAGTTTGGTGATGATGAGTTTGGACACATGCTTGTCAACATATTGAAGA
AGAACGGTGTGAACAGCGAAGGAGTTTGCTTCGACAGCCATGCAAGGACTGCATTGGCCT
TTGTGACACTAAAGAAGAACGGCGAAAGAGAGTTCATGTTTTACAGGAACCCTAGTGCGG
ATATGCTCTTGAAAGAATCTGAACTCAACAAGGATCTCATCAAGAAAGCCAAGATTTTCC
ACTACGGTTCCATTAGCTTGATCTCTGAGCCATGTAGAGCGGCACACATGGCTGCTATGA
AAACCGCCAAGGACGCTGGAGTGTTACTCTCTTACGACCCTAATGTTCGGTTGCCTCTTT
GGCCTTCCACTGAGGCTGCCATAGAAGGCATTAAAAGCGGAATGAGGCTGATATTATCAA
GGTAAGCGATGACGAGGTAACACTCCTCACTGGGGGAGATGCAGAGAAAGATGATGTTGT
TTTGTCTCTAATGCATGACAAGCTCAAGCTGCTTATTGTAACTGATGGAGAGAAAGGTTG
CAGATACTACACAAAATTCGAAAGGAGAGTG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3GT46JQ 663 0 0
TCCACTGAGGCTGCCATAGAAGGCATTAAAAGCGGAATGAGGCTGATATTATCAAGGTAA
GCGATGACGAGGTAACACTCCTCACTGGGGGAGATGCAGAGAAGGATGATGTTGTTTTGT
CTCTAATGCATGACAAGCTCAAGCTGCTTATTGTAACTGATGGAGAGAAAGGTTGCAGAT
ACTACACAAAATTCGAAGGGAGAGTGCCAGGTTATTCAGTGAAAACAGTTGATACAACTG
GAGCTGGTGATTCTTTTGTCGGTGCATTTCTTTTCTCTTTGGGAAAAGATGGCTCCATAC
TCGATGATGAAGGAAAGCTAAAGGAAGCTCTTGCATTTGCGAATGCATGTGGAGCTGTGT
GTACAACTCAGAAAGGAGCTATTCCAGCACTTCCATCTCCATCTGATGCTCAGCAGCTCA
TGAAATCTAAGTCCAAATAATCTGACTTTTTGTTCCTTCTCAAATGCTAGTCATGCTTCT
TTTGTTTCTTCAATTTTGTATTGACTCTAGTCTACTTTTTGTTTTGGTTTTCCTTTTTTA
GTTATCTGAATAAATTAGTGTTAATTTGCCTGCCTATTCTAGTAGTGTAGTGATAAGGGG
ATGCTGTTATTTTCGTATGTTGTGATTCGGTTTTGAATTTGAAGCACATGCAGGTTTTAT
TAC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL5454Contig1 1192 2 6 U
TCGTTTCGGCCTTCGAAGGAAACTCGAACCTCTTCTGGGCGGAGAGGTTCGGCAAAACGT
TTCTCGGGATGAACGACCTGTGGGTGAAACACTGTGGGATCAGCCACACGGGAAGCTTCA
AAGATCTTGGGATGACTGTGTTGGTCAGCCAGGTCAATCGTCTTAGGAAGATGAATAAAC
CGGTGGTTGGAGTCGGTTGCGCTTCCACCGGAGACACTTCCGCCGCTCTTTCCGCTTACT
GCGCCTCCGCGGGAATCCCTTCGATAGTGATCTTACCGGCGAACAAAATCTCCATGGCTC
AGCTGGTTCAACCGATAGCTAACGGTTCGTTTGTTCTGAGCATAGACACGGATTTCGACG
GATGTATGAAGCTGATCAGAGAGATTACCTCCGAGTTGCCGATCTACTTGGCCAACTCGT
TGAACAGTTTGAGGTTAGAAGGGCAGAAGACGGCGGCGATAGAGATTCTTCAGCAGTTTA
ACTGGCAAGTCCCTGATTGGGTGATTGTCCCTGGAGGCAATCTTGGTAACATATACGCGT
TTTACAAGGGTTTCAAAATGTGTCAAGAACTGGGGCTTGTCGATAGGATCCCGAGGCTGG
TTTGCGCGCAGGCGGCTAACGCGAATCCGCTTTACTTGCATTACAAGTCAGGGTGGAGAG
AGTTCAAACCGGTGAAGGCCAGTGCTACTTTCGCATCCGCGATTCAGATTGGTGATCCGG
TTTCGATAGACAGGGCGGTGTATGCGCTTAGAAACTGCGACGGTATTGTGGAAGAAGCCA
CGGAAGAGGAGCTTATGGATGCGATGGCTCAGGCTGATTCGACAGGGATGTTTGTATGTC
CGCACACTGGTGTTGCACTGACGGCTCTGTTTAAATTGAGGAACCGAGGGGTGATTGCAC
CGACTGATCGGACCGTGGTGGTGAGTACTGCTCACGGTTTGAAATTCACTCAGGCTAAGA
TCGATTACCACTCGAAAGCCATACCGGATATGGCTTGCCGGTTCTCAAATCCGCCAGTTG
AAGTGAAGGCGGATTTTGGAGCTGTCATGGATGTCCTCAAGGGTTACTTGGGGAGTAAGG
AACTTAGGTCATAAGACCGGCCATTGTTATTATTTGCTACTTGTATTGTCTATCTACGTC
TGATTTTCTGTTTATATTACTTGTAATATTCTTTTCCTATAAATTCTTATGC


BQ
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AF RR3G733TF U 1
AF RR3G733JQ C 498
BS 1 611 RR3G733TF
BS 612 612 RR3G733JQ
BS 613 677 RR3G733TF
BS 678 678 RR3G733JQ
BS 679 704 RR3G733TF
BS 705 1192 RR3G733JQ

RD RR3G733TF 704 0 0
TCGTTTCGGCCTTCGAAGGAAACTCGAACCTCTTCTGGGCGGAGAGGTTCGGCAAAACGT
TTCTCGGGATGAACGACCTGTGGGTGAAACACTGTGGGATCAGCCACACGGGAAGCTTCA
AAGATCTTGGGATGACTGTGTTGGTCAGCCAGGTCAATCGTCTTAGGAAGATGAATAAAC
CGGTGGTTGGAGTCGGTTGCGCTTCCACCGGAGACACTTCCGCCGCTCTTTCCGCTTACT
GCGCCTCCGCGGGAATCCCTTCGATAGTGATCTTACCGGCGAACAAAATCTCCATGGCTC
AGCTGGTTCAACCGATAGCTAACGGTTCGTTTGTTCTGAGCATAGACACGGATTTCGACG
GATGTATGAAGCTGATCAGAGAGATTACCTCCGAGTTGCCGATCTACTTGGCCAACTCGT
TGAACAGTTTGAGGTTAGAAGGGCAGAAGACGGCGGCGATAGAGATTCTTCAGCAGTTTA
ACTGGCAAGTCCCTGATTGGGTGATTGTCCCTGGAGGCAATCTTGGTAACATATACGCGT
TTTACAAGGGTTTCAAAATGTGTCAAGAACTGGGGCTTGTCGATAGGATCCCGAGGCTGG
TTTGCGCGCAG*CGGCTAACGCGAATCCGCTTTACTTGCATTACAAGTCAGGGTGGAGAG
AGTTCAAACCGGTGAAG*CCAGTGCTACTTTCGCATCCGCGATT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3G733JQ 695 0 0
TGGGTGATTGTCCCTGGAGGCAATCTTGGTAACATATACGCGTTTTACAAGGGTTTCAAA
ATGTGTCAAGAACTGGGGCTTGTCGATAGGATCCCGAGGCTGGTTTGCGCGCAGGCGGCT
AACGCGAATCCGCTTTACTTGCATTACAAGTCAGGGTGGAGAGAGTTCAAACCGGTGAAG
GCCAGTGCTACTTTCGCATCCGCGATTCAGATTGGTGATCCGGTTTCGATAGACAGGGCG
GTGTATGCGCTTAGAAACTGCGACGGTATTGTGGAAGAAGCCACGGAAGAGGAGCTTATG
GATGCGATGGCTCAGGCTGATTCGACAGGGATGTTTGTATGTCCGCACACTGGTGTTGCA
CTGACGGCTCTGTTTAAATTGAGGAACCGAGGGGTGATTGCACCGACTGATCGGACCGTG
GTGGTGAGTACTGCTCACGGTTTGAAATTCACTCAGGCTAAGATCGATTACCACTCGAAA
GCCATACCGGATATGGCTTGCCGGTTCTCAAATCCGCCAGTTGAAGTGAAGGCGGATTTT
GGAGCTGTCATGGATGTCCTCAAGGGTTACTTGGGGAGTAAGGAACTTAGGTCATAAGAC
CGGCCATTGTTATTATTTGCTACTTGTATTGTCTATCTACGTCTGATTTTCTGTTTATAT
TACTTGTAATATTCTTTTCCTATAAATTCTTATGC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

CO CL5455Contig1 427 2 2 U
GAGAAGAACAAATAATTTTATTAATCAGCATTACATAAAGTTTATCTGACCATAATCAAA
AGTATATCGTCTTCCGTCTTATTCACTTTGCCTGTCTAAACACGTACAAAATCAGACATG
GCCATCAATTTTTTTTGTATTAAAAGTAAATTTAGTTCAAGTAGTAGGTGAAGAGAGACA
CAAGGGAAGCTCCAACCAAAGAGCCAAGAGCCGGTACGGCTACGGAGGCTCCGCTTGCGG
CGGGTCCAGGTGCAGGAGCTCCAACCTCTGTAGCCATGACGGCGGTCATGGAGGCAGCAG
CGAAAAGAACTCCGCAGGCAATCTTCTTCATCTCCATTTTTAGTTGAGACCTGAAAGGTT
TTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTGGTAGTTTTGTTACTTTTTGTTTATTTTTTCTTGCA
GGTCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV29TF C 1
AF RR3C124JQ U 41
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BS 41 427 RR3C124JQ

RD RR3DV29TF 243 0 0
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GCCATCAATTTTTTT*GTATTAAAAGTAAATTTAGTTCAAGTAGTAGGTGAAGAGAGACA
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CGG

QA 1 243 1 243
DS 

RD RR3C124JQ 387 0 0
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GTAGTAGGTGAAGAGAGACACAAGGGAAGCTCCAACCAAAGAGCCAAGAGCCGGTACGGC
TACGGAGGCTCCGCTTGCGGCGGGTCCAGGTGCAGGAGCTCCAACCTCTGTAGCCATGAC
GGCGGTCATGGAGGCAGCAGCGAAAAGAACTCCGCAGGCAATCTTCTTCATCTCCATTTT
TAGTTGAGACCTGAAAGGTTTTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTGGTAGTTTTGTTACTT
TTTGTTTATTTTTTCTTGCAGGTCTCC

QA 1 387 1 387
DS 



AS 1 2

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TGGCTGGTGCTGACCAAGATGACAAGAGGCACTGTGTTCGTTTGCTTTCAAGTTTTTAGT
ACCGGAATCACCTTTGCTTGGTGTTTGAGTCGCTCCATTTGAATCTTCGTGAGGTCTTGA
AGAAGTTTGGCCGTAACATTGGCCTTAAACTCTCTGCTGTTAGGTCCTATTCAAAGCAGC
TATTCATTGCCCTTAAACATCTGAGGAATTGTGGGGTTCTTCACTGCGATATAAAACCTG
ACAATATGCTGGTGAATGAGAACAAAACCGTGTTAAAGCTTTGCGACTTTGGTAATGCAA
TGTTTGCTGGAAAAAAACGAAGTCACACCATATCTCGTTAGTCGCTTTTACAGATCCCCT
GAAATCATTCTGGGGCTGGCTTATGACCATCCGCTTGATATATGGTCGGTTGGCTGCTGT
CTGTATGAGCTTTATTGCGGGAAAGTTCTTTTCCCGGGCGCCACAAATAATGATATGTTA
CGCCTTCATATGGAACTAAAAGGCCTTTTCCCCAAAAAGATGCTTCGGAAGGGAGCATTT
ATTGATCAGAACTTTGATCACGACTTGAACTTTTACGCTACAGAGGGGGACACTGTTAGT
GGGAAGATGATGAAGAGAATGATTGTAAATGTAAAGCCAAAAGATTTTGGTTCAATTATT
AAGGGTTACCCTGGTGAGGATCCCAAGATGGTGGCTCATTTCAGGGATCTCTTAGACAAG
ATGTTCATCCTTGATCCAGAGAAGAGACTGACTGTGTCACAGGCATTAGCTCACCCATTC
ATCACTGGCAAGTGAAACCATGTTGTCGTTTTCTCTCTCTCCGTTATATCAAGAAATGCT
GTTGTCCTAGATATTTTTGTACATTGCACATCTTAATTTTAATATGAGGTTCTAATCTTT
GAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3DE57TF U 1
AF RR3DE57JQ C 496
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RD RR3DE57TF 699 0 0
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TTCGTAACAACGAGACAATGCATAAAGCTGGCCAGACTGAGGTTCAGATATTGAAGAAGC
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ACAATATGCTGGTGAATGAGAACAAAACCGTGTTAAAGCTTTGCGACTTTGGTAATGCAA
TGTTTGCTGGAAAAAA*CGAAGTCACACCATATCTCGTTAGTCGCTTTTACAGATCCCCT
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QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3DE57JQ 710 0 0
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AACGAAGTCACACCATATCTCGTTAGTCGCTTTTACAGATCCCCTGAAATCATTCTGGGG
CTGGCTTATGACCATCCGCTTGATATATGGTCGGTTGGCTGCTGTCTGTATGAGCTTTAT
TGCGGGAAAGTTCTTTTCCCGGGCGCCACAAATAATGATATGTTACGCCTTCATATGGAA
CTAAAAGGCCTTTTCCCCAAAAAGATGCTTCGGAAGGGAGCATTTATTGATCAGAACTTT
GATCACGACTTGAACTTTTACGCTACAGAGGGGGACACTGTTAGTGGGAAGATGATGAAG
AGAATGATTGTAAATGTAAAGCCAAAAGATTTTGGTTCAATTATTAAGGGTTACCCTGGT
GAGGATCCCAAGATGGTGGCTCATTTCAGGGATCTCTTAGACAAGATGTTCATCCTTGAT
CCAGAGAAGAGACTGACTGTGTCACAGGCATTAGCTCACCCATTCATCACTGGCAAGTGA
AACCATGTTGTCGTTTTCTCTCTCTCCGTTATATCAAGAAATGCTGTTGTCCTAGATATT
TTTGTACATTGCACATCTTAATTTTAATATGAGGTTCTAATCTTTGAACT

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

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TTCCAAGGAGAGGAAAGATAAGGTGGGAGAACGTATCTCAGCTCTTCAACAGCATCAGTT
CTTCTGGAGGCGATGCAATACATTCAGTTTCTTCAAGAACAAGTCAAGGTTCTAAGCGCT
CCATATCTTCAAACAACCTCCATCACAACAAACGACGAGGAGCTGGAGGAGTACAGTTTC
AGAAGCAGAGGGTTATGTCTTGTCCCAATGGAGTACACAGTAGGTGTTGCTCAAACCAAT
GGTGCTGATATTTGGGCTCCTGTAAAGACTCCCAACTTTCAGTCACCAATCTAATTCGTC
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TCTGATGATGATGTCTATGTAACATATGTAAATTGATGAAGACCCATGAAGTTGGCACAT
AGTCACTGATGTTTGTTTCTGTTATTCATACTGCTGCTTATTCTGTGGTGGCTTCATTTC
ACATTACTTGAATTTGTATAAGTTGTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B416TF U 1
AF RR3B416JQ C 45
BS 1 851 RR3B416TF
BS 852 852 RR3B416JQ
BS 853 870 RR3B416TF

RD RR3B416TF 870 0 0
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TGGGTGATAAACTAAAAAAGGTGGCACAGAGAAAACACTTGGAAGCTTAGAAGAAGAAAG
CTTTTAGAGTTTTTCAAGTTGTTGTTGGTTATTGTGGTTGTTTTCTAGCAAATGCTAAGT
CTCTTCTCTCTGAATGGAATACTCTAGAGACTCTGCAGGGATGATGATGGAGAATAAGCG
CAGTGTCTGCTCTCTTGAAGAAAACAGCATTAAACGACACAAGTCTGATCTCTCTTTCTC
TTCCAAGGAGAGGAAAGATAAGGTGGGAGAACGTATCTCAGCTCTTCAACAGCATCAGTT
CTTCTGGAGGCGATGCAATACATTCAGTTTCTTCAAGAACAAGTCAAGGTTCTAAGCGCT
CCATATCTTCAAACAACCTCCATCACAACAAACGACGAGGAGCTGGAGGAGTACAGTTTC
AGAAGCAGAGGGTTATGTCTTGTCCCAATGGAGTACACAGTAGGTGTTGCTCAAACCAAT
GGTGCTGATATTTGGGCTCCTGTAAAGACTCCCAACTTTCAGTCACCAATCTAATTCGTC
CATCTGATGATCTGTCTGTCTCAAGACTAAATGAAAGATAACAAAGAATAATGTTAGTAG
TCTGATGATGATGTCTATGTAACATATGTAAATTGATGAAGACCCATGAAGTTGGCACAT
AGTCACTGATGTTTGTTTCTGTTATTCATACTGCTGCTTATTCTGTGGTGGCTTCATTTC
ACATTACTTGA*TTTGTATAAGTTGTCTAC

QA 1 870 1 870
DS 

RD RR3B416JQ 826 0 0
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AGCCTTGTTTATGCTTTGGGTGATAAACTAAAAAAGGTGGCACAGAGAAAACACTTGGAA
GCTTAGAAGAAGAAAGCTTTTAGAGTTTTTCAAGTTGTTGTTGGTTATTGTGGTTGTTTT
CTAGCAAATGCTAAGTCTCTTCTCTCTGAATGGAATACTCTAGAGACTCTGCAGGGATGA
TGATGGAGAATAAGCGCAGTGTCTGCTCTCTTGAAGAAAACAGCATTAAACGACACAAGT
CTGATCTCTCTTTCTCTTCCAAGGAGAGGAAAGATAAGGTGGGAGAACGTATCTCAGCTC
TTCAACAGCATCAGTTCTTCTGGAGGCGATGCAATACATTCAGTTTCTTCAAGAACAAGT
CAAGGTTCTAAGCGCTCCATATCTTCAAACAACCTCCATCACAACAAACGACGAGGAGCT
GGAGGAGTACAGTTTCAGAAGCAGAGGGTTATGTCTTGTCCCAATGGAGTACACAGTAGG
TGTTGCTCAAACCAATGGTGCTGATATTTGGGCTCCTGTAAAGACTCCCAACTTTCAGTC
ACCAATCTAATTCGTCCATCTGATGATCTGTCTGTCTCAAGACTAAATGAAAGATAACAA
AGAATAATGTTAGTAGTCTGATGATGATGTCTATGTAACATATGTAAATTGATGAAGACC
CATGAAGTTGGCACATAGTCACTGATGTTTGTTTCTGTTATTCATACTGCTGCTTATTCT
GTGGTGGCTTCATTTCACATTACTTGAATTTGTATAAGTTGTCTAC

QA 1 826 1 826
DS 



AS 1 2

CO CL5458Contig1 1102 2 2 U
GGGAGAAAGAACCACTTTTGCCTCGATCTTTTATTAGCGATTTCGATTCCTCGGGCCAAG
ATGGAGCTTCGTCCTCTGGGAAACACAGGCCTCAAAGTTAGCTCCATCGGCTTCGGCGCC
TCTCCTCTCGGAAGCGTCTTCGGTCCAGTCTCCGAAGTCGATGCCGTCGCCACCGTACGC
GAGGCGTTCCGACACTTCCCCGTATTATGGAGGAACACTATCGGAGAAGATGCTTGGAAA
GGGACTAAAGGCACTACAAGTCCCTAGAAGCGACTACATTGTGGCTACCAAGTGTGGACG
TTACCAAGAAGGCTTTGACTTCAGTGCCGAGAGAGTCACAAAGAGCATAGACGAGAGCTT
GGAGAGGCTTCAGCTAGATTACGTCGACATTCTTCATTGCCACGACATTGAGTTCGGATC
TCTTGACCAGATTGTGAGTGAAACAATCCCTGCGCTGCAGAAACTGAAACGGGAAGGGAA
GACACGGTTTATCGGTATCACCGGTCTTCCGTTGAGTATTTTCACTTATGTTCTTGATCG
AGTGCCCCCAGGGAGTGTTGATGTGATATTATCGTACTGCCATTACGGTGTAAACGATTC
GACGTTGCTTGATTTGTTACCTTACTTGAAGAGCAAAGGGGTTGGCGTGATAAGTGCTTC
TCCATTGGCAATGGGTCTCCTTACGGAACAAGGTCCTCCTGAATGGCACCCTGCTTCCCC
TGAGCTTAAGTCTGCTTGCAAAGCTGCTGCTAGTCATTGTAAATCAAAGGGTAAGAAGAT
CACAAAGTTAGCACTGCAGTACAGCTTAGGAAACAAGGAAGTTTCATCAGTGTTGGTTGG
AATGAGCTCTGTCTCACAGGTGGAAGAAAATGTTGCAGCAGTTAAAGAGCTTGAAGGTTT
GGGTATGGATCAAGAAACTCTGTCTGAGGTTGAAGCTATTCTTGAGCCTGTAAATAATCA
GACATGGCCAAGTGGAATCGATCAAAAGTAAAAGCTCTCTTCGTTGTGTTTGTTCACATT
ACTTCTTCGTGGAATGCTTTGATGTGTCGGTAACAGTTCTATGTTGAGTTGATACGATTA
ATAAAAATTTCTTAGGTACTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK74TF U 1
AF RR3GK74JQ C 483
BS 1 684 RR3GK74TF
BS 685 1102 RR3GK74JQ

RD RR3GK74TF 688 0 0
GGGAGAAAGAACCACTTTTGCCTCGATCTTTTATTAGCGATTTCGATTCCTCGGGCCAAG
ATGGAGCTTCGTCCTCTGGGAAACACAGGCCTCAAAGTTAGCTCCATCGGCTTCGGCGCC
TCTCCTCTCGGAAGCGTCTTCGGTCCAGTCTCCGAAGTCGATGCCGTCGCCACCGTACGC
GAGGCGTTCCGACACTTCCCCGTATTATGGAGGAACACTATCGGAGAAGATGCTTGGAAA
GGGACTAAAGGCACTACAAGTCCCTAGAAGCGACTACATTGTGGCTACCAAGTGTGGACG
TTACCAAGAAGGCTTTGACTTCAGTGCCGAGAGAGTCACAAAGAGCATAGACGAGAGCTT
GGAGAGGCTTCAGCTAGATTACGTCGACATTCTTCATTGCCACGACATTGAGTTCGGATC
TCTTGACCAGATTGTGAGTGAAACAATCCCTGCGCTGCAGAAACTGAAACGGGAAGGGAA
GACACGGTTTATCGGTATCACCGGTCTTCCGTTGAGTATTTTCACTTATGTTCTTGATCG
AGTGCCCCCAGGGAGTGTTGATGTGATATTATCGTACTGCCATTACGGTGTAAACGATTC
GACGTTGCTTGATTTGTTACCTTACTTGAAGAGCAAAGGGGTTGGCGTGATAAGTGCTTC
TCCATTGGCAATGGGTCTCCTTAC
AGAA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3GK74JQ 620 0 0
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CATTGGCAATGGGTCTCCTTACGGAACAAGGTCCTCCTGAATGGCACCCTGCTTCCCCTG
AGCTTAAGTCTGCTTGCAAAGCTGCTGCTAGTCATTGTAAATCAAAGGGTAAGAAGATCA
CAAAGTTAGCACTGCAGTACAGCTTAGGAAACAAGGAAGTTTCATCAGTGTTGGTTGGAA
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GTATGGATCAAGAAACTCTGTCTGAGGTTGAAGCTATTCTTGAGCCTGTAAATAATCAGA
CATGGCCAAGTGGAATCGATCAAAAGTAAAAGCTCTCTTCGTTGTGTTTGTTCACATTAC
TTCTTCGTGGAATGCTTTGATGTGTCGGTAACAGTTCTATGTTGAGTTGATACGATTAAT
AAAAATTTCTTAGGTACTAG

QA 1 620 1 620
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5461Contig1 752 2 3 U
CTTCACAACTTTCATGGCATAAAAGGAGACACAGCTTGTCAAATTTGCTGGTCACTGTCC
ATTCTTCGGTTGTGTTTGTCGCTTTCAAGGTCTTGAGCTAAAACTTGAATGAGTCTAGGA
AAAGTCCAAGGGCGAGTCCGGTCTTCCAATAGTTAAACATGGTGATCATGCTCCGCATCT
TGTTGATTAATGGAACGGATGCTCTGTACATTAAAGCTCCGATGCATTCGACTACAATGA
CAGCCAATGCAGCGGATAAAACATCCCAGTCTCCTGTTTGTCCTATAAACGTAGAGAAAG
CAGTTGCAGAGTAGAATCCCACCAAGAGAAAGAGCAGTTTCTTGGGAGGATCTTTCTTTA
TCTCCTGAATTATCACCAGAAGCTTAGTTCTGAGATCTTGTATGGCTTTGAGTAGTCTTG
GACGTGTGGAGCTTTTATTACTCGAAGAACCGGATGCTGGATCTGTTCGGCTCCCACCAA
CCGAACTCCTGATTGTTGTCCATGACATTCTCCTTTGATGTCTGCCCAACAAAGGCCGTG
TAGGACGAGGGAAACGACAAACAGAACAAAACTCCAAGCAAGCGGCAAGATAGAAAGCAC
CCTTGTCACCAAAACTCCTCCTTGGCAAGAACTTACTTCCACAGCTAGGTAATGATGCCA
CGGTGATGGCAAATCCCATGAAACAGCTAGAAGAAATGTTGGTCTATCTGACCCACATGC
AGCTACAGCTAGCCATAGCTATGGGTGCCCCT


BQ
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AF RR3H227JQ U 179
AF RR3H227TF C 1
BS 1 178 RR3H227TF
BS 179 381 RR3H227JQ
BS 382 752 RR3H227TF

RD RR3H227JQ 203 0 0
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GACAGCCAATGCAGCGGATAAAACATCCCAGTCTCCTGTTTGTCCTATAAACGTAGAGAA
AGCAGTTGCAGAGTAGAATCCCACCAAGAGAAAGAGCAGTTTCTTGGGAGGATCTTTCTT
TATCTCCTGAATTATCACCAGAA

QA 1 203 1 203
DS 

RD RR3H227TF 752 0 0
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ATTCTTCGGTTGTGTTTGTCGCTTTCAAGGTCTTGAGCTAAAACTTGAATGAGTCTAGGA
AAAGTCCAAGGGCGAGTCCGGTCTTCCAATAGTTAAACATGGTGATCATGCTCCGCATCT
TGTTGATTAATGGAACGGATGCTCTGTACATTAAAGCTCCGATGCATTCGACTACAATGA
CAGCCAATGCAGCGGATAAAACATCCCAGTCTCCTGTTTGTCCTATAAACGTAGAGAAAG
CAGTTGCAGAGTAGAATCCCACCAAGAGAAAGAGCAGTTTCTTGGGAGGATCTTTCTTTA
TCTCCTGAATTATCACCAGAAGCTTAGTTCTGAGATCTTGTATGGCTTTGAGTAGTCTTG
GACGTGTGGAGCTTTTATTACTCGAAGAACCGGATGCTGGATCTGTTCGGCTCCCACCAA
CCGAACTCCTGATTGTTGTCCATGACATTCTCCTTTGATGTCTGCCCAACAAAGGCCGTG
TAGGACGAGGGAAACGACAAACAGAACAAAACTCCAAGCAAGCGGCAAGATAGAAAGCAC
CCTTGTCACCAAAACTCCTCCTTGGCAAGAACTTACTTCCACAGCTAGGTAATGATGCCA
CGGTGATGGCAAATCCCATGAAACAGCTAGAAGAAATGTTGGTCTATCTGACCCACATGC
AGCTACAGCTAGCCATAGCTATGGGTGCCCCT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL5462Contig1 681 2 8 U
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CAAGATAAGAACTTGTTAACGGTGGATACATAAAGTAAACTGTATTCCGACCAACGGTGG
ATACATAAAGTAAACTGTATTCCGACCGTGATAACTTATTATTCAAAAAGAAAGACAAAA
AAAAGAGAGACTTCAAAGTTGTATGTTTCTCTCAGTGACTCACTCTCACTTAACCGGTGT
TTTGCAATCCAGCGGCAATACCCTTCATGGTCAAGATAAGCGTGTCCTCAAGTCCAGGCG
CGTACTCACTCGTTGGGTTAAGCTTGACAAGCTCTTGTGCTGATTTGCTAGACTGCATGA
TCTCTTTCGAAATATGTGGTCGCACAGTCACATTGTAGTTTTGATCACGGATTCTCTTCA
ACGTGTGGGCTTGACAGACATTAAGCGTTGTAATGTAAGAGTCACGCAACCTAAGCCTCT
GTTTCAAGTAAGGGGTCTTCTTCAAGAAGGTCTTTGTGTCCAGCAGTCTGGAGGATGAGG
TTCTTGGTTTCTTCAAAGTTGGTTCTGAGTTTATCTCCAAAGGCCCATAGATCTTTTGAG
ACAAGGAGTTTGTCATACAATGCAGCGATCCCAGGGTCTCCCTTGGCAAACACCATCTCA
ATAAGATCAATGGTGACTCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CL43JQ U 1
AF RR3BP28JQ U 464
BS 1 494 RR3CL43JQ
BS 495 495 RR3BP28JQ
BS 496 523 RR3CL43JQ
BS 524 524 RR3BP28JQ
BS 525 630 RR3CL43JQ
BS 631 631 RR3BP28JQ
BS 632 677 RR3CL43JQ
BS 678 681 RR3BP28JQ

RD RR3CL43JQ 677 0 0
GGTAGAATTAAACATTCATCCACTTCCAGAAACAGAGCAGTGTTTAATTTCACACAATGA
CAAGATAAGAACTTGTTAACGGTGGATACATAAAGTAAACTGTATTCCGACCAACGGTGG
ATACATAAAGTAAACTGTATTCCGACCGTGATAACTTATTATTCAAAAAGAAAGACAAAA
AAAAGAGAGACTTCAAAGTTGTATGTTTCTCTCAGTGACTCACTCTCACTTAACCGGTGT
TTTGCAATCCAGCGGCAATACCCTTCATGGTCAAGATAAGCGTGTCCTCAAGTCCAGGCG
CGTACTCACTCGTTGGGTTAAGCTTGACAAGCTCTTGTGCTGATTTGCTAGACTGCATGA
TCTCTTTCGAAATATGTGGTCGCACAGTCACATTGTAGTTTTGATCACGGATTCTCTTCA
ACGTGTGGGCTTGACAGACATTAAGCGTTGTAATGTAAGAGTCACGCAACCTAAGCCTCT
GTTTCAAGTAAGGG*TCTTCTTCAAGAAGGTCTTTGTGTCCAGTAGTCTGGAGGATGAGG
TTCTTGGTTTCTTCAAAGTTGGTTCTGAGTTTATCTCCAAAGGCCCATAGATCTTTTGAG
ACAAGGAGTTTGTCATACAATGCAGCGATCTCAGGGTCTCCCTTGGCAAACACCATCTCA
ATAAGATCAATGGTGAC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3BP28JQ 218 0 0
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CAGTCTGGAGGATGAGGTTCTTGGTTTCTTCAAAGTTGGTTCTGAGTTTATCTCCAAAGG
CCCATAGATCTTTTGAGACAAGGAGTTTGTCATACAATGCAGCGATCCCAGGGTCTCCCT
TGGCAAACACCATCTCAATAAGATCAATGGTGACTCGG

QA 1 218 1 218
DS 



AS 1 2

CO CL5463Contig1 1353 2 8 U
GCCTAAAACGAGTCTTACAAAGCCAGTAGATGTAAGAGGGAAGGAGAATCAGACCTCTAG
TAAGAAGGATAAAGAATCACCTGAGAAGAGGCTTGTTGGCAGGTTCCTGACATCTGTGAA
GAAGAAGAAACCTTTGGTTAAGCCAGAGGCTGTTGCTGTTGTTCAGTTAGATGATAGATT
AGAAGATCAAGACAAAGCGCAGGAGAGTTTCTCTGGATCATCATCAGAAGACAAATCGGC
AAACAGAGTTTCAGAGGATTTACTGAAGTGCCTTGTGAGCATTATCTTGAGGATAAGCTC
GTCGAAAGACATTGTGTTGGATCCGTATAGCAACTGTTCAGAATGGAGAGCAAGAGAGCT
TGGTGCATACAAGAATCTTGTCTCGGTTGATGCTTCTTCAATTGATCTTGGAAGAAGAAC
CAATGCTTCTTTTCTGATCAATCGTCTCAAGTTCTTGCTTAACAAGCTTTCGGTTGAATC
TAGATGGTCTTAGCCACCAGCAGAAGCTTGCATTCTGGATAAATACTTATAACTCATGTG
TGATGAATGCGTTCTTGGAGCATGGGATCCCTGGGACACCTGAGATGGTTGTAGCCCTGA
TGCAAAAGGCAACAATCATTGTAGGAGGACACTCTCTAAATGCTATCACAATAGAACACT
TCATCTTGAGACTTCCATACCACTTGAAGTTTACTTGTCCCAAAACTGCAACACATGAAG
AGATGAGAGCTCATAGCACATTTGGATTGGAATGGTCAGAGCCTTTGGTCACTTTCGCTC
TCGCCTGTGGAAGCTGGTCCTCTCCTGCTGTAAGGGTATACACAGCAGGTAATGTAGAGG
AAGAGCTAGAAGCAGCAAAAAGAGACTATCTTCAAGCATCTGTTGGGATATCAAAGAAGA
ACAAACTAATGCTTCCAAAGGTATTAGATTGGTATTTGCTAGACTTTGCAAAGGATTTGG
AGTCTTTGCTTGATTGGGTTTGCCTTCAGTTACCTGATAAACTCAGAGAAGAAGCTTTAA
AGTGTATGGAGAGAAAGAACAAAGAATCACTCATGGAGTTGGTTCAATTAGTACCTTATG
ACTTCAGTTTCAGGTTGCTGCTATTGCATCAATGAAAAAAAAAGGTTTGTGATGAAAATA
ATGTTGGAACATTGTATAGATTTGGGAGTGTAAAGTAGAGAGAGTATAAGTTACAATTTG
TTATTGGTTTAACTGAGAATATATATACATATAAGTTTGTCTTCTTTACTATAAAGTGAT
AGTGATTTGTTCAGTGGACTTTTTTTATCTGTAATGCTAAACACACCAATCTTTTGTTGT
TTTAGAGTTGTCTTATGTGTATTGGTCATGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BX19TF U 1
AF RR3BX19JQ C 601
BS 1 704 RR3BX19TF
BS 705 705 RR3BX19JQ
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BS 815 1353 RR3BX19JQ

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DS 

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TCATCTTGAGACTTCCATACCACTTGAAGTTTACTTGTCCCAAAACTGCAACACATGAAG
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AGTGATTTGTTCAGTGGACTTTTTTTATCTGTAATGCTAAACACACCAATCTTTTGTTGT
TTTAGAGTTGTCTTATGTGTATTGGTCATGAGG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

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TTCCCCATCCTCCCACAACCCTTTCACATAGCTAAGAATACCTTGAGCATGTCCATCGGA
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ATCTTCCGAGACAAAACAGCTCGAATCAAAGTTGTTAGTGGCTTTAAGGATCTGGTCGGA
AGGAAAGCTGCGTATAGGAATAGATTTACCATTAGAGTCGGAGATTAATTCTTCTAGTAA
GATGCTTCCGTTTTCCAAGAACCACCTCTTCTTCTTCCTCTCCTTTTCCTTCTTTCTAAC
AGACCCAAAATTCAGATACTGCTTCTTCGTTGATTCCATGGTGAAAAGGTGTTTGGTTTT
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TTCTAAAGAGAGAGAGACTGTGGAGAAAAAGCCAAAACACACCGATGATCGAATAATACA
AGCAAAATGAAATCTGTCCGCCTTTTAC


BQ
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AF RR3H710TF U 1
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BS 1 802 RR3H710TF
BS 803 1288 RR3H710JQ

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TGGTCTGTGTTCATCTCTCTCATTGCAGCATCTCAAAGCCAGCACAAGACACATTTCCAC
CTGCGATTTCTGGACACTTGTGATGTCTTTAGCAATCACTGGATCAATTACTTCGTTCAA
TTCCCCATCCTCCCACAACCCTTTCACATAGCTAAGAATACCTTGAGCATGTCCATCGGA
ACCAGTGATGACAACCGATTTGCCAGTGAGAAAAACCAACAAACAGATCCCAAAGCTGTA
CACATCGGTATACTCAGTCACAAAACTCGTGGCATGGTATAACGGATCAAGGTACCCAAA
AGTTCCGATGATTCTTTCAGCTTCTATTCTTGTTTTTCCTTCAGGGAGAGATATCGAGAA
GGATAAATCAGACAACTTAACAGTCCAGTTACTGTCCAAGAAAACATGCATCGGCTTAAC
ATCTCTATGTATGATGATCTTAGGGAACGCCCTGTGAAGATAAGTCACAGCATTTGCAAT
CTCTTTCATAATCTTTAACCGTAAACCCCAAGGCAACAAAGAATCTTCCCCGTTGACACT
AATACCTCCTCTCTCATTCAACACTCCATTACTAGCGAACTCAAGCAAAAGAACCGGAAA
AGGAAACTCGAGGGAGCATCCTAATAGTTTTAGAAAGTTGTTGTGATTGCTCATCCGAGC
AGACAAGACAATATCGTTGTAA

QA 1 802 1 802
DS 

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ACCTCCTCTCTCATTCAACACTCCATTACTAGCGAACTCAAGCAAAAGAACCGGAAAAGG
AAACTCGAGGGAGCATCCTAATAGTTTTAGAAAGTTGTTGTGATTGCTCATCCGAGCAGA
CAAGACAATATCGTTGTAAACCTCTTCAACTCTGTGTCCTGTAACTTTATCCTCAGAGAA
CTTCTTGATCATATAAGATCTGTCTTCGATGTCACCTCTGTACCATTTATAGTACGCATC
TTCCGAGACAAAACAGCTCGAATCAAAGTTGTTAGTGGCTTTAAGGATCTGGTCGGAAGG
AAAGCTGCGTATAGGAATAGATTTACCATTAGAGTCGGAGATTAATTCTTCTAGTAAGAT
GCTTCCGTTTTCCAAGAACCACCTCTTCTTCTTCCTCTCCTTTTCCTTCTTTCTAACAGA
CCCAAAATTCAGATACTGCTTCTTCGTTGATTCCATGGTGAAAAGGTGTTTGGTTTTCCT
TCAGCAAGTATCAGCCTTTTTCTGGTGAATTGAATAAAGAAGACTTTGACCTTTTCTTTC
TAAAGAGAGAGAGACTGTGGAGAAAAAGCCAAAACACACCGATGATCGAATAATACAAGC
AAAATGAAATCTGTCCGCCTTTTAC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

CO CL5465Contig1 1194 2 2 U
CAGATCGTATCAAAGAAATGGGTAACGCTATTAGGTTACTCTACCGGAAATGTTGCAGCC
CCACGACGGACGATAAGCCTCACGGCGTTTCAGCTCTTTCACGTGATCTCCTTAGCTTCG
AGACCACTTCTCAGGTTCCTGAAGGGCTTGGAAGTTATGTTGTGTCTTCTACAAAGGCTC
AAGCAAACTGGTATGGAAAGATACTTGAGACATGGAAGCAAGCTAAGCCTCGGCCTCAGA
CCGATGAGGAAGCTGCAAGGCTTGTTATCACCACTCTAAAGGGGCATAAGAAAGCCGATG
TTGAGGGACTTTTGTCTTTCTATAGACTCCCGTCACCTGGTAAGCCTGATGAGGTCTCCA
ATGAATCCCCTGCGCCTGTACTTGAAGGCCTTAAATTTGAGCTCCTAACGCTTCCGGTGG
ATGAAAAATCTGTGGCAGATGGGGATACAGTTAATGTGTATGTTAGTAGCACAGATCCTA
TTGTGTCATCTACACTTCCTAAGGAAGTGAGTCTTGCTGCGGCAAAAAGAGCTAAGGCCC
GTGAGAGTAAGAATTACACAGAAGCAGATGCACTTCACAAGAAGATCATAGCTTCTGGTT
ACAGGATGATAAATGTTCAGAACAAAGAAGTGCTTGCTAAAAAGTTCAGAATAAGACTAA
GGGGAATTGATGCACCGGAAAGTAAAATGCCGTTTGGAAAAGAGTCACATGATGAGCTGC
TTAAGATGGTTGAAGGGAAAAGCTTGAAGGTGTTAGTCTATGCAGAGGATCGTTATGGAA
GATGTGTTGGAGACATATACTGTAATGGAAAGTTTGTACAAGAAGTAATGTTAAAGAAGG
GTCTTGCTTGGCATTATCTAGCCTATGACAAGCGTCCAGAGCTTGCAAAGTGGGAAAATG
AGGCTAAGCAGAAGCGTATCGGCTTGTGGGCGGCTAAAAATCCAGAGAAGCCATGGGAAT
GGAGAAAAAACAAACGTGGAGGGAACTAACACCTGTACCGGCTATGTTGCTTCCTTTGCA
AGTTAGGACTTGTTCCAATTCTTGGGTTCTGGATGTGACAGATACCTTCTATTCTATGTC
CATTTCGGTAATAAAAGTAACTATATTGTTCTGTAATGATTAAAGGTGTGATATGTTGTT
GTAATTGTAAAAGCACTCTGTACATGTTTCATGTATTGATAAGTTTTTTTTTGT


BQ
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AF RR3EJ94TF U 1
AF RR3EJ94JQ C 437
BS 1 636 RR3EJ94TF
BS 637 1194 RR3EJ94JQ

RD RR3EJ94TF 636 0 0
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CCACGACGGACGATAAGCCTCACGGCGTTTCAGCTCTTTCACGTGATCTCCTTAGCTTCG
AGACCACTTCTCAGGTTCCTGAAGGGCTTGGAAGTTATGTTGTGTCTTCTACAAAGGCTC
AAGCAAACTGGTATGGAAAGATACTTGAGACATGGAAGCAAGCTAAGCCTCGGCCTCAGA
CCGATGAGGAAGCTGCAAGGCTTGTTATCACCACTCTAAAGGGGCATAAGAAAGCCGATG
TTGAGGGACTTTTGTCTTTCTATAGACTCCCGTCACCTGGTAAGCCTGATGAGGTCTCCA
ATGAATCCCCTGCGCCTGTACTTGAAGGCCTTAAATTTGAGCTCCTAACGCTTCCGGTGG
ATGAAAAATCTGTGGCAGATGGGGATACAGTTAATGTGTATGTTAGTAGCACAGATCCTA
TTGTGTCATCTACACTTCCTAAGGAAGTGAGTCTTGCTGCGGCAAAAAGAGCTAAGGCCC
GTGAGAGTAAGAATTACACAGAAGCAGATGCACTTCACAAGAAGATCATAGCTTCTGGTT
ACAGGATGATAAATGTTCAGAACAAAGAAGTGCTTG

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3EJ94JQ 758 0 0
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TCAGAACAAAGAAGTGCTTGCTAAAAAGTTCAGAATAAGACTAAGGGGAATTGATGCACC
GGAAAGTAAAATGCCGTTTGGAAAAGAGTCACATGATGAGCTGCTTAAGATGGTTGAAGG
GAAAAGCTTGAAGGTGTTAGTCTATGCAGAGGATCGTTATGGAAGATGTGTTGGAGACAT
ATACTGTAATGGAAAGTTTGTACAAGAAGTAATGTTAAAGAAGGGTCTTGCTTGGCATTA
TCTAGCCTATGACAAGCGTCCAGAGCTTGCAAAGTGGGAAAATGAGGCTAAGCAGAAGCG
TATCGGCTTGTGGGCGGCTAAAAATCCAGAGAAGCCATGGGAATGGAGAAAAAACAAACG
TGGAGGGAACTAACACCTGTACCGGCTATGTTGCTTCCTTTGCAAGTTAGGACTTGTTCC
AATTCTTGGGTTCTGGATGTGACAGATACCTTCTATTCTATGTCCATTTCGGTAATAAAA
GTAACTATATTGTTCTGTAATGATTAAAGGTGTGATATGTTGTTGTAATTGTAAAAGCAC
TCTGTACATGTTTCATGTATTGATAAGTTTTTTTTTGT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL5466Contig1 1218 2 2 U
GGGTCCCTTGTTGTCTCAGATTCGAATTATCTAACTTTCCTCTCATGGCATCCTCTATCT
CTCATGATCCTTCTTCCTCCACGTCTCTCTTTAATCTCCAATCCCAACAATCGATCTTCG
GTTACAAGGACAAAGTAAACGACTTTGAGAAAACTCAGTTGAGGGTTCCCGCTTCTTTCA
GGGAAAAAGCTGCCAACTTGCAAATGATGGCGTCAGGAAAGACACCTGGATTGACTCAGG
AAGCTAATGACTGCACTTATGAGGCTAAAATTGATAGAGATAATGTGTTTGACGACATGA
AACAGCGGTTCCTCGCCTTCAAGAAGCTTAAGTACATGGATAACTTAGAACACTTCGAAA
AACTAGCAGATGCTCAAGCTCCAAAGTTTCTGGTGATTGCTTGTGCAGACTCTAGGGTTT
GTCCTTCAGCCGTCCTGGGATTTCAACCTGGTGAAGCATTCACTGTTCGTAACATTGCAA
ATTTAGTACCTCCATATGAGTCTGGACCTACTGAGACAAAAGCTGCTCTCCAGTTCTCTG
TGAATACTCTTGAAGTGGAGAACATCTTAGTGATCGGTCATAGCCGCTGTGGTGGAATTC
AAGCTTTAATGGGCATGGAAGAAGTAGATTCCAGAAGTTTCATACATAACTGGGTAATCG
TGGGGAAAAAGGCAAAGGAAAGCACAAAAGCTGTTGCTTCAAACCTCCATTTTGATCATC
AGTGTCAACATTGTGAAAAGACGTCAATTAATCATTCATTAGAAAGACTGCTTGGTTATC
CGTGGATAGAAGAGAAAGTGCGGAAAGGATCACTGTCCCTCCATGGTGGGTACTATGATT
TTGTGAACTGTACATTTGAGAAATGGACCGTTGATTATGGAGGAAGCAGAGGCAATCATG
AAGGCAGTGGGATTGCTGTTAAAAACCGGTCTTTTTGGTGATTGACTAATGACCATCTAT
CTCCATCTTCATAGTCTAATGACTCCTTTCTTAAAATGGGATCGTCTCTGTGTTTAAGTT
GTTGCAGTTTTGTGTTGAGAAGTTCATTTCGTGTTTTACGTCTCAATTGAGTTTAAAACT
TTGGGAGATCCCCCCAAGGACTTACGTTGGTTTCATCATTTATATGGCTTGTGAATTCAT
GTTTCTTCATTTTTGTCTATTGTAGTGGGATCAGAGGCATACAGTCAATACTCAACAGTT
ATTATATAGTTACATTTT


BQ
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AF RR3FD33TF U 1
AF RR3FD33JQ C 461
BS 1 666 RR3FD33TF
BS 667 1218 RR3FD33JQ

RD RR3FD33TF 666 0 0
GGGTCCCTTGTTGTCTCAGATTCGAATTATCTAACTTTCCTCTCATGGCATCCTCTATCT
CTCATGATCCTTCTTCCTCCACGTCTCTCTTTAATCTCCAATCCCAACAATCGATCTTCG
GTTACAAGGACAAAGTAAACGACTTTGAGAAAACTCAGTTGAGGGTTCCCGCTTCTTTCA
GGGAAAAAGCTGCCAACTTGCAAATGATGGCGTCAGGAAAGACACCTGGATTGACTCAGG
AAGCTAATGACTGCACTTATGAGGCTAAAATTGATAGAGATAATGTGTTTGACGACATGA
AACAGCGGTTCCTCGCCTTCAAGAAGCTTAAGTACATGGATAACTTAGAACACTTCGAAA
AACTAGCAGATGCTCAAGCTCCAAAGTTTCTGGTGATTGCTTGTGCAGACTCTAGGGTTT
GTCCTTCAGCCGTCCTGGGATTTCAACCTGGTGAAGCATTCACTGTTCGTAACATTGCAA
ATTTAGTACCTCCATATGAGTCTGGACCTACTGAGACAAAAGCTGCTCTCCAGTTCTCTG
TGAATACTCTTGAAGTGGAGAACATCTTAGTGATCGGTCATAGCCGCTGTGGTGGAATTC
AAGCTTTAATGGGCATGGAAGAAGTAGATTCCAGAAGTTTCATACATAACTGGGTAATCG
TGGGGA

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3FD33JQ 758 0 0
CACTGTTCGTAACAT*GCAAATTTAGTACCTCCATATGAGTCTGGACCTACTGAGACAAA
AGCTGCTCTCCAGTTCTCTGTGAATACTCTTGAAGTGGAGAACATCTTAGTGATCGGTCA
TAGCCGCTGTGGTGGAATTCAAGCTTTAATGGGCATGGAAGAAGTAGATTCCAGAAGTTT
CATACATAACTGGGTAATCGTGGGGAAAAAGGCAAAGGAAAGCACAAAAGCTGTTGCTTC
AAACCTCCATTTTGATCATCAGTGTCAACATTGTGAAAAGACGTCAATTAATCATTCATT
AGAAAGACTGCTTGGTTATCCGTGGATAGAAGAGAAAGTGCGGAAAGGATCACTGTCCCT
CCATGGTGGGTACTATGATTTTGTGAACTGTACATTTGAGAAATGGACCGTTGATTATGG
AGGAAGCAGAGGCAATCATGAAGGCAGTGGGATTGCTGTTAAAAACCGGTCTTTTTGGTG
ATTGACTAATGACCATCTATCTCCATCTTCATAGTCTAATGACTCCTTTCTTAAAATGGG
ATCGTCTCTGTGTTTAAGTTGTTGCAGTTTTGTGTTGAGAAGTTCATTTCGTGTTTTACG
TCTCAATTGAGTTTAAAACTTTGGGAGATCCCCCCAAGGACTTACGTTGGTTTCATCATT
TATATGGCTTGTGAATTCATGTTTCTTCATTTTTGTCTATTGTAGTGGGATCAGAGGCAT
ACAGTCAATACTCAACAGTTATTATATAGTTACATTTT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL5467Contig1 875 2 3 U
AAGGGAGCAAAGGCGAAGCGGTGTACGATTCAATGAATTTGAATCCTCACCTTTTCATCA
ATGCAGCACTCAACATCGTCCAAGACGTTGTCGACGAAGCTTTCCACTTCTATAGCCTTG
AAGCATCCAATCTCCTGAAAATCGATGGACCTGATGATAACAACAGGTCACGGGAGTTAT
CGAAAGGTATTGATCGTGTTCGTGATATGATTCAATCGGTTCTCGACAACCGCTTGGAGA
TGTGGGAACATTACTGTCTTCGATACACTTTCGCTGTTCCTGAAGACTTTGTGCTGCTTC
CGCCACAGAGTGATGATGACCGAAATATCCAACCTTTGACAAACGACCAAGAGTTGGATG
CAGAGTTGGATTCCCTAAGGCGTAACCTTCATTTTGGTAGGAAACAGGTCTGTTTGAGCT
TAACTCGGAGCTCCAGGCTTTTGGAAAGAAAATCTGTTTTAAATGCAAGACTCGTTGATG
AAGCTTCAAAGCTTTTATGACCAATCATCAGTGGACGATATGTTCAAAGAAATGACAAAA
ATGGCATCTGAACTTCGGACAGGGATCATCAACAGGCTGAAAGCAAGAAATATGAATGCT
GCTGCTGAAAGCGCCTTAGTAGAGACGCTAAAGAACAATGGTATTGATTTCTCGGCTACG
GCTCCCGATGGAAAGATTGAAGACCTCGACAAATTTCTGGCCGAGCTAAGAAAGATGTGA
AAATGTTTTAACAATTGCCTTTCAACTCTGCCCTTTTGTAAACCACTAGCTTGGCCTGGA
AGACTTCGTTGTTTTTAGTTTACCTAATGGCCACTTAATGTTTGTTTTGTTAACATACAA
AAAGTTCTACGCATATCTAGATATAAAGCTTGAAG


BQ
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AF RR3BI70TF U 375
AF RR3BI70JQ C 1
BS 1 374 RR3BI70JQ
BS 375 596 RR3BI70TF
BS 597 875 RR3BI70JQ

RD RR3BI70TF 222 0 0
CTAAGGCGTAACCTTCATTTTGGTAGGAAACAGGTCTGTTTGAGCTTAACTCGGAGCTCC
AGGCTTTTGGAAAGAAAATCTGTTTTAAATGCAAGACTCGTTGATGAAGCTTCAAAGCTT
TTATGACCAATCATCAGTGGACGATATGTTCAAAGAAATGACAAAAATGGCATCTGAACT
TCGGACAGGGATCATCAACAGGCTGAAAGCAAGAAATATGAA

QA 1 222 1 222
DS 

RD RR3BI70JQ 875 0 0
AAGGGAGCAAAGGCGAAGCGGTGTACGATTCAATGAATTTGAATCCTCACCTTTTCATCA
ATGCAGCACTCAACATCGTCCAAGACGTTGTCGACGAAGCTTTCCACTTCTATAGCCTTG
AAGCATCCAATCTCCTGAAAATCGATGGACCTGATGATAACAACAGGTCACGGGAGTTAT
CGAAAGGTATTGATCGTGTTCGTGATATGATTCAATCGGTTCTCGACAACCGCTTGGAGA
TGTGGGAACATTACTGTCTTCGATACACTTTCGCTGTTCCTGAAGACTTTGTGCTGCTTC
CGCCACAGAGTGATGATGACCGAAATATCCAACCTTTGACAAACGACCAAGAGTTGGATG
CAGAGTTGGATTCCCTAAGGCGTAACCTTCATTT*GGTAGGAAACAGGTCTGTT*GAGCT
TAACTCGGAGCTCCAGGCTTT*GGAAAGAAAATCTGTTTTAAATGCAAGACTCGTTGATG
AAGCTTCAAAGCTTT*ATGATCAATCATCAGTGGACGATATGTTCAAAGAAATGACAAAA
ATGGCATCTGAACTTCGGACAGGGATCATCAACAGGCTGAAAGCAAGAAATATGAATGCT
GCTGCTGAAAGCGCCTTAGTAGAGACGCTAAAGAACAATGGTATTGATTTCTCGGCTACG
GCTCCCGATGGAAAGATTGAAGACCTCGACAAATTTCTGGCCGAGCTAAGAAAGATGTGA
AAATGTTTTAACAATTGCCTTTCAACTCTGCCCTTTTGTAAACCACTAGCTTGGCCTGGA
AGACTTCGTTGTTTTTAGTTTACCTAATGGCCACTTAATGTTTGTTTTGTTAACATACAA
AAAGTTCTACGCATATCTAGATATAAAGCTTGAAG

QA 1 875 1 875
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5469Contig1 344 2 4 U
GAGCAGTGGAGAAACTATGGGCTTCTGTTAGAGAATAACATCTCCGTAGGAAGCAAGGCA
AATCAGTGACGGGGAAACTCGACGTGACTGCTTTCGAAAGTCTTCAGGATAAATACGCCA
ACGAGAAGATGAGCATCCGGCGATCTGTTGGAGCCAACGGTGAACGCCGTGCACAGCAAT
GGCTTGGTTGATAAAAAAGATTCACCAAAACCAAAAGTGTAATTTGTATGATTTTCAACA
CTAAGACGGGAACTAGAATGCAACTAGATAAAGTCTTTGCTGCTCTGTTCTTCTGATTGT
GTCTTAATACCATAAAATTCCATCCTTATTCAAAAAATTGTCAT


BQ
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AF RR3FT40TF U 1
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GGCTTGGTTGATAAAAA

QA 1 197 1 197
DS 

RD RR3FT40JQ 344 0 0
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GGCTTGGTTGATAAAAAAGATTCACCAAAACCAAAAGTGTAATTTGTATGATTTTCAACA
CTAAGACGGGAACTAGAATGCAACTAGATAAAGTCTTTGCTGCTCTGTTCTTCTGATTGT
GTCTTAATACCATAAAATTCCATCCTTATTCAAAAAATTGTCAT

QA 1 344 1 344
DS 



AS 1 2

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GTTTGCTTCTTTCTCAGGTGGTCCTAATGCTTGTATGTACAAGGTTCTTCAAATACTTGA
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AGGGTTTATCTATGACTCATCTCCTGTCGATTTCACCAGCGACTTGGGAGCTCGATTTGC
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AGTTTTGGCAGACTCTTTACTCTACTATAACCATGAGAGTTCCTTATCTCATTCTATGCT
CTGAGAACGATGACCTAGCTCCTTACCAAACTATACACAACTTCGCCACACGTCTCCAAG
AGCTAGGAGGGAATGTAAAGCTTGTTAAATGGAATGATTCTCCTCACGTTGGTCATTATC
GGTACAATCAAGTCGACTATAAAGCAGCTGTATCCGACTTCTTGTCAAAAGCAGCGTCGG
TTTATTTGCAGAAGACAAGAAGTCTTGACAGAGAAGCAATGAAAGAAGAAACTCCATGCG
ATGATGACATAACAGAGCCAACTCAAAGCTTTGGGGCATCAACCTCTGGTCTTAACCGAA
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BQ
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AF RR3B994TF U 1
AF RR3B994JQ C 584
BS 1 778 RR3B994TF
BS 779 1413 RR3B994JQ

RD RR3B994TF 780 0 0
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CTCCCTCGTTTGCCATTCCCAATTCCTCAACATGTTCTTACCGGACAAAGCTGCGGATCT
AGCTTCTGATCTTGTGTCTGAACTTGTAAAGGAGATCAAGGGAAAGCCAGTTCCTATAGT
GTTTGCTTCTTTCTCAGGTGGTCCTAATGCTTGTATGTACAAGGTTCTTCAAATACTTGA
AGGGATATGCGACACAGGACTCAATCAGGATGATTGTAGGTTGGTCAGAAACTGCATCTC
AGGGTTTATCTATGACTCATCTCCTGTCGATTTCACCAGCGACTTGGGAGCTCGATTTGC
TGTTCATCCAACTACGCTCAGAATGTCTAAACCACCTAAACCGTTTTGTATGGGCAGCCA
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AGTTTTGGCAGACTCTTTACTCTACTATAACCATGAGAGTTCCTTATCTCATTCTATGCT
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GA

QA 1 778 1 778
DS 

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G
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GCCACACGTCTCCAAGAGCTAGGAGGGAATGTAAAGCTTGTTAAATGGAATGATTCTCCT
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GAAGAAACTCCATGCGATGATGACATAACAGAGCCAACTCAAAGCTTTGGGGCATCAACC
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GTTCTTGGTCAAATGTTGTTTGATGTTTACATCCCAAAGAACGTCGAGGATTGGGATGTG
AAGTTGTCGGAAACTGGGCGGTCTAAGAGGAGACAAGGGAAGAGGTTTATACGTAGATCG
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TTCTTTTTCCCTTGCAGAGATTCTAAATAAAATCAATAAAGTAAGATCC

QA 2 830 2 830
DS 



AS 1 2

CO CL5471Contig1 1234 2 4 U
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CAGACGAGTCTTGCCGCAGCGCTTCTAGGATGCATTTTCATGATTGTTTCGTTAGAGGAT
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AATCTGAGGTTAATTTACCATCCCCATTCGCGGGAGTTGCTGCTTTGAAACAAAACTTCT
TGAACAAGGGACTTAACACTAAAGATTTTGTCGTTCTCTCAGGAGCTCACACCATTGGAA
TTTCTAATTGTGGTCTCATCAACAGCCGTATCTACAACTTCACCGGGAAAGGCGATTTTG
ACCCTTCCATGAACCCTAGCTACGTTAGGGCATTGAAGAAAAGGTGCAAGCCAACTGATT
TCAGGACGTCACTGGAGATGGACCCAGGGAGTGTCAAGAAGTTTGACTCTCACTACTTTA
ACATTGTTGCTCAGAAGAAGGGTTTGTTCACATCTGACTCAACACTTCTTGATGACCCTG
ACACTAAAAGTTACATTGACACACAAGTTGCTACGGCTGGATCTTCTTTCAACAAAGATT
TCTCCGAGTCAATGGTTAAACTCGGGTTCGTTGAAATCCTCACCGGGAACAAAGGAGAGA
TCAGGAAGAGATGTGCCTTCGTCAACTGAGTTTCATCAAGTTAATATAAGAGCTCACTCT
TTGGATGGTTGATTCAGCAATTTCCCAGTAACTCTTTTTGTATGTTTTTTCGTTCCTTCA
AGTCTGTTTTCAGACAAGAGTATTTCATTTTTCCTTTGTATGATGTTTTGGAATCTCATG
TTTAGTTGATTATTCATCACGTTTTATAAGTTAC


BQ
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AF RR3CK83TF U 1
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TT

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DS 

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TCACCGGGAACAAAGGAGAGATCAGGAAGAGATGTGCCTTCGTCAACTGAGTTTCATCAA
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GTATGTTTTTTCGTTCCTTCAAGTCTGTTTTCAGACAAGAGTATTTCATTTTTCCTTTGT
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QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

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TTCCAAAGGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV51TF U 1
AF RR3BT78TF U 496
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BS 514 514 RR3BT78TF
BS 515 624 RR3DV51TF
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BS 646 646 RR3BT78TF
BS 647 657 RR3DV51TF
BS 658 658 RR3BT78TF
BS 659 711 RR3DV51TF
BS 712 970 RR3BT78TF

RD RR3DV51TF 711 0 0
GGAGAAGGTTGGCACAGGGTATCTCTCTGCTTTCCCTTCCAGTTTTTTCGACCGGTTTGA
AGCTATAAAGCCTGTCTGGGCTCCCTACTACACCATCCACAAGATTTTAGCCGGCTTGGT
GGATCAGTACAAGCTAGCTGGGAACAGTGAAGCTCTGAAAATGGCAACATGGATGGCTGA
TTACTTCTACGTCCGTGTACGTAATGTGATAAAGCTGTACAGCGTTGAAAGACATTGGCA
ATCGCTAAACGAGGAGACTGGTGTCATGAATAATGTTCTCTATCAGATATACAGCATCAC
TGGAGATTCCAAGTATTTGTTGCTTGCACATCTCTTTGACAAGCCTTGCTTTCTTGGAGT
GCTTGCAATTCAGGCTGATGATATAAGTGGATTCCACTCTAACACACATATTCCCATTGT
GGTTGGTTCCCAACTCCGATATGAAATCACTGGCGATCCACTCCATAAGGAAATCTCAAT
GTTCTTTATGGATATTGTCAATGCTTCTCACAGTTATGCAACTGGAGGAACATCAGTTAG
TGAGTTCTGGCACGATCCAAAGAGAATGGCGACTGCGCTGCAGACTGAAAACGAGGAATC
ATGTACTACTTACAACATGCTCAATGTGTCTAGGAATCTGTTTAG*TGGACAAAAGA*GT
TAGCTATGCAGACTATTACGAGCGTGCTTTGACAAACGATGTGCTTGGGAT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3BT78TF 475 0 0
G
GTCAATGCTTCTCACAGCTATGCAACTGGAGGAACATCAGTTAGTGAGTTCTGGCACGAT
CCAAAGAGAATGGCGACTGCGCTGCAGACTGAAAACGAGGAATCATGTACTACTTACAAC
ATGCTCAAGGTGTCTAGGAATCTGTTTAGGTGGACAAAAGAAGTTAGCTATGCAGACTAT
TACGAGCGTGCTTTGACAAACGGTGTGCTTGGGATTCAAAGAGGAACCGAGCCTGGACGG
ATGATCTACATGCTTCCGTGTTGCTATGGCACTGGAATTGAATCTTTCTCAAAACTGGGA
GATTCTATATATTTTCAAGAAGATGGAGACTCTCCAGCTCTTTATGTCACACAATATATA
TCAAGCACACTTGATTGGAAGTCTTCTGGTGTGTCTCTATCTCAGACGGTTAAACCGGTT
GTGTCATGGGATCCGTACATGCGTGTGACATTCACTTTCTCTTCTTCCAAAGGG

QA 2 475 2 475
DS 



AS 1 2

CO CL5473Contig1 719 2 3 U
GAGTCTTTGGCGTATATCCTGGTCGAAGATGGAAGTTGGTATTGCAAGTGTAGCAACTGC
GTTTGGAGAATCTACTATCCCAAATATCCTCCCTTCGCATGGAACACACGAAAGTAACAG
GTATACCTGTTCTTTCGAGTAACCAAACTTGAATAGGTAGTCTATTGCATTGAGAACCGC
TCTTTTGTAAGCAACTGTTGCGTCAAGGTAATGCTGTCTCCCACTCTCATCGACACTGAT
ACCTTCAAAGACAAGCCACTCTGAGAATCTCGGTTCCACTGGACCTATCTCGAATATCGG
GTTCACATGGAGAGGGGTTGGTCCCATTGGTGTAAGGTACTCCTTCATCCCGTTTCTTAT
GATTTCACACTTGAGTTCAAGGAAGCCACTCATCTCAATGGCTCCGCAGAAAGAGATCTC
ACCATCACCTTGAGAGAAATGCATGTCACCAGTGCTTAAGTTAGCACCTTCCACAAAAAC
TGGAAGATATATTTTAGATCCTCTGCTTAGGTTTTTTATGTCACAGTTTCCTCCGTTTTC
TCTTCCTGGGATTGTTCTTGCTGCCTCCTTTGCTATCCTTTCCCATTCCTCTGTTACCTC
TTCCATATTCCCTAGGAGGCATCCTTTAGCTAGTGGTAGGTTTGCCAGTGGCCTCTGATG
CACAACCTCACACAGTGTTAGGGAACTAAGACCACTTTCTTCTAGTTGCCTTTCCCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BT86JQ U 67
AF RR3BT86TF C 1
BS 1 66 RR3BT86TF
BS 67 267 RR3BT86JQ
BS 268 719 RR3BT86TF

RD RR3BT86JQ 201 0 0
AGAATCTACTATCCCAAATATCCTCCCTTCGCATGGAACACACGAAAGTAACAGGTATAC
CTGTTCTTTCGAGTAACCAAACTTGAATAGGTAGTCTATTGCATTGAGAACCGCTCTTTT
GTAAGCAACTGTTGCGTCAAGGTAATGCTGTCTCCCACTCTCATCGACACTGATACCTTC
AAAGACAAGCCACTCTGAGAA

QA 1 201 1 201
DS 

RD RR3BT86TF 719 0 0
GAGTCTTTGGCGTATATCCTGGTCGAAGATGGAAGTTGGTATTGCAAGTGTAGCAACTGC
GTTTGGAGAATCTACTATCCCAGATATCCTCCCTTCGCATGGAACACACGAGAGTAACAG
GTATACCTGTTCTTTCGAGTAACCAAACTTGAATAGGTAGTCTATTGCATTGAGAACCGC
TCTTTTGTAAGCAACTGTTGCGTCAAGGTAATGCTGTCTCCCACTCTCATCGACACTGAT
ACCTTCAAAGACAAGCCACTCTGAGAATCTCGGTTCCACTGGACCTATCTCGAATATCGG
GTTCACATGGAGAGGGGTTGGTCCCATTGGTGTAAGGTACTCCTTCATCCCGTTTCTTAT
GATTTCACACTTGAGTTCAAGGAAGCCACTCATCTCAATGGCTCCGCAGAAAGAGATCTC
ACCATCACCTTGAGAGAAATGCATGTCACCAGTGCTTAAGTTAGCACCTTCCACAAAAAC
TGGAAGATATATTTTAGATCCTCTGCTTAGGTTTTTTATGTCACAGTTTCCTCCGTTTTC
TCTTCCTGGGATTGTTCTTGCTGCCTCCTTTGCTATCCTTTCCCATTCCTCTGTTACCTC
TTCCATATTCCCTAGGAGGCATCCTTTAGCTAGTGGTAGGTTTGCCAGTGGCCTCTGATG
CACAACCTCACACAGTGTTAGGGAACTAAGACCACTTTCTTCTAGTTGCCTTTCCCTTC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL5474Contig1 725 2 2 U
GGACCACATCTTGTTCCTCTCCTCCACCGCCAACCACTTATCTCACATCTCGTCTTCCAT
CTTCTGTTCCTCTTACTCCTCAACAATCTCCTATCACACCAATTATTTCTCCTAAATCCC
CTACTTAAAACCCTCCACTTTCAGTCTCAGGAGTACTATCGAATCCTTTAAGCAACGGCG
GAAGAGGATCTCCTCGAACTCCATCTTTACCGTCTTCTTCTTCAGATGGGTTATCAACAT
GAGTGGTGGTTAGTAAAGCCATTGAGGAGTCACAGTGGCAATGGCGGACACATAGACAAT
GGTGACAGAGGCATAAACAACGACAGATATGAAGACGACGGCGGCAGTTACGTGTAGACG
GGAGACAGAGAACTCACAGCTGAGAAAAACAAAGAAAATTAGATAGAGCTGCGTCTTTTG
AATCCTCATCATCAACCACAACTTGCTGAAACAGAGAAGAAGATTAGATAATAGATTGAG
AAGAAGAAGACGCATGTCAATCAATGTAATGGAAGGAGGATGTAAGTTTTCTTTTTACTG
ATTGCTTTTTCTTAGAGTTCTATGTGTTTATTTGATTACATGAAACATGTTTCTTTCTGG
CTTTCCTGAAACTATGTTTGAGCACCAATGTTTGTTTGGCGAGTGTATTGTGCTTTTTTA
TTCTTGTTCTCTCTAATTGTCTGGATTTGATGCCACTTATTAATTTGTGTATTTTGTTTT
TGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3ER66TF U 1
AF RR3ER66JQ C 153
BS 1 344 RR3ER66TF
BS 345 725 RR3ER66JQ

RD RR3ER66TF 344 0 0
GGACCACATCTTGTTCCTCTCCTCCACCGCCAACCACTTATCTCACATCTCGTCTTCCAT
CTTCTGTTCCTCTTACTCCTCAACAATCTCCTATCACACCAATTATTTCTCCTAAATCCC
CTACTTAAAACCCTCCACTTTCAGTCTCAGGAGTACTATCGAATCCTTTAAGCAACGGCG
GAAGAGGATCTCCTCGAACTCCATCTTTACCGTCTTCTTCTTCAGATGGGTTATCAACAT
GAGTGGTGGTTAGTAAAGCCATTGAGGAGTCACAGTGGCAATGGCGGACACATAGACAAT
GGTGACAGAGGCATAAACAACGACAGATATGAAGACGACGGCGG

QA 1 344 1 344
DS 

RD RR3ER66JQ 573 0 0
GTACTATCGAATCCTTTAAGCAACGGCGGAAGAGGATCTCCTCGAACTCCATCTTTACCG
TCTTCTTCTTCAGATGGGTTATCAACATGAGTGGTGGTTAGTAAAGCCATTGAGGAGTCA
CAGTGGCAATGGCGGACACATAGACAATGGTGACAGAGGCATAAACAACGACAGATATGA
AGACGACGGCGGCAGTTACGTGTAGACGGGAGACAGAGAACTCACAGCTGAGAAAAACAA
AGAAAATTAGATAGAGCTGCGTCTTTTGAATCCTCATCATCAACCACAACTTGCTGAAAC
AGAGAAGAAGATTAGATAATAGATTGAGAAGAAGAAGACGCATGTCAATCAATGTAATGG
AAGGAGGATGTAAGTTTTCTTTTTACTGATTGCTTTTTCTTAGAGTTCTATGTGTTTATT
TGATTACATGAAACATGTTTCTTTCTGGCTTTCCTGAAACTATGTTTGAGCACCAATGTT
TGTTTGGCGAGTGTATTGTGCTTTTTTATTCTTGTTCTCTCTAATTGTCTGGATTTGATG
CCACTTATTAATTTGTGTATTTTGTTTTTGCTC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

CO CL5475Contig1 1179 2 2 U
AGGGCATGGGAGTGTGTGTGTGAGTGAGTAGATCGCGAAAGGGATATTGAGAGAGATGGC
TTCGACGGAAGGGCTAGTGCCGATCACGAGGGATTTTCTGGCTTCTTATTACGACAAATA
TCCATTTCCTCCTCTTTCAGAAGACGTTTCTCGGCTTCACTCAGACATGGCTTCTCTTAT
TCTGCTATTAGTCCTCCAATCTCCTCCTTCTCAAGAGGAAGCTTCCCTAATGGAAGTAGC
GAACCGAGAGCCTGCTCACAAAATTGATGAGAATATGTGGAAAAATAGGGAGCAGATGGA
GGAGATATTGTTTCTTCTGCAACCATCTCGTTGGCCTCTTCAGCTTCAGGAAGCTAGCAC
GTCCGAAGATGCTGAATTCTCTTCCACTCTGAGACATGTCAAGGACAATTTTGATAAAGC
TCTGACTGCTATGATTTCCTTCCAGAGTAAAAACTCTGAGCGCATATTTAGCACAGTTAT
GACCTACATGCCTCAAGATTTCCGAGGATCCCTTATCAGACAGCAGAAAGAGAGGTCGGA
GAGGAACAAACAGGCGGAGGTTGATGCCTTGGTTAGCTCTGGAGGGACCATACGCGACAC
ATATGCTCTTCTTTGGAAGCAGCAGATGGAGCGGAGGAGACAGTTGGCTCAGCTAGGCTC
TGCGACTGGTGTCTACAAAACTCTCGTCAAGTACTTGGTTGGGGTTCCACAGGTATTGTT
GGATTTTATTCGACAAATAAATGATGATGATGGGCCAATGGAAGAACAACGAGAACGTTA
TGGACCTCACCTATACAGTCTCACAAAAATGGTCACGTCTCTCCGGGTTTCCCTAACACT
TCTTTGGGAAAGATATGATACTTTCAAACTGAATAAAGACCAAATGAATCTCCTGCCTGA
AGCTGCTATCGTCTACACATCTGAGTTTGAAAGATTCGTCACGTTTATCAGCGACGTATT
TGCCAATTCCCCCTTCTTCATTTCAGCAGATACCGCTGGGTCATTGGGCTCAAGGGAAAA
TGAGGAGTACAAGGAGATAATCGTTCAAGCTGGGAGAACCTATGAGGTCTCATTGGTGGT
GGAATCAGAAAATTCATATATTGCCTGGGATTTTTCTTTGGTGCAAGGCAAGATTAGCAT
GGATATTGGATTTAGTGTGGAGTACATAAGTGCTTCAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GE40TF U 1
AF RR3EP80TF U 510
BS 1 702 RR3GE40TF
BS 703 1179 RR3EP80TF

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TTCGACGGAAGGGCTAGTGCCGATCACGAGGGATTTTCTGGCTTCTTATTACGACAAATA
TCCATTTCCTCCTCTTTCAGAAGACGTTTCTCGGCTTCACTCAGACATGGCTTCTCTTAT
TCTGCTATTAGTCCTCCAATCTCCTCCTTCTCAAGAGGAAGCTTCCCTAATGGAAGTAGC
GAACCGAGAGCCTGCTCACAAAATTGATGAGAATATGTGGAAAAATAGGGAGCAGATGGA
GGAGATATTGTTTCTTCTGCAACCATCTCGTTGGCCTCTTCAGCTTCAGGAAGCTAGCAC
GTCCGAAGATGCTGAATTCTCTTCCACTCTGAGACATGTCAAGGACAATTTTGATAAAGC
TCTGACTGCTATGATTTCCTTCCAGAGTAAAAACTCTGAGCGCATATTTAGCACAGTTAT
GACCTACATGCCTCAAGATTTCCGAGGATCCCTTATCAGACAGCAGAAAGAGAGGTCGGA
GAGGAACAAACAGGCGGAGGTTGATGCCTTGGTTAGCTCTGGAGGGACCATACGCGACAC
ATATGCTCTTCTTTGGAAGCAGCAGATGGAGCGGAGGAGACAGTTGGCTCAGCTAGGCTC
TGCGACTGGTGTCTACAAAACTCTCGTCAAGTACTTGGTTGG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3EP80TF 670 0 0
G
CCTTATCAGACAGCAGAAAGAGAGGTCGGAGAGGAACAAACAGGCGGAGGTTGATGCCTT
GGTTAGCTCTGGAGGGACCATACGCGACACATATGCTCTTCTTTGGAAGCAGCAGATGGA
GCGGAGGAGACAGTTGGCTCAGCTAGGCTCTGCGACTGGTGTCTACAAAACTCTCGTCAA
GTACTTGGTTGGGGTTCCACAGGTATTGTTGGATTTTATTCGACAAATAAATGATGATGA
TGGGCCAATGGAAGAACAACGAGAACGTTATGGACCTCACCTATACAGTCTCACAAAAAT
GGTCACGTCTCTCCGGGTTTCCCTAACACTTCTTTGGGAAAGATATGATACTTTCAAACT
GAATAAAGACCAAATGAATCTCCTGCCTGAAGCTGCTATCGTCTACACATCTGAGTTTGA
AAGATTCGTCACGTTTATCAGCGACGTATTTGCCAATTCCCCCTTCTTCATTTCAGCAGA
TACCGCTGGGTCATTGGGCTCAAGGGAAAATGAGGAGTACAAGGAGATAATCGTTCAAGC
TGGGAGAACCTATGAGGTCTCATTGGTGGTGGAATCAGAAAATTCATATATTGCCTGGGA
TTTTTCTTTGGTGCAAGGCAAGATTAGCATGGATATTGGATTTAGTGTGGAGTACATAAG
TGCTTCAGG

QA 2 670 2 670
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5477Contig1 1202 2 2 U
GAACAGCTGGAAAACTATTGACCGAGTTTAAGTGTCATGAAGGACAGATTCAGAGCCTAG
ATTTTCATCCACATGAATTTCTGCTGGCAACAGGTTCAGCTGATAGGACTGTAAAATTCT
GGGATCTTGAAACATTCGAGCTAATTGGTTCTGGTGGACCTGAGACGTCTGGTGTCCGTT
GCCTGAGCTTTAATCCAGATGGAAAGACGGTGCTTTGTGGATTGCAAGAAAGCCTCAAGA
TTTTCTCGTGGGAGCCAATAAGATGTCATGATGGAGTGGATGTTGGATGGTCAAGATTGT
CAGATATGAATCCACGAGGGAAAGCTGCTTGGTTGCTCATACAATCAAAATTGTGTAGGC
GTGTGGGTTGTAGACCTCTCGCGCACCGAGCCAGGCAATACTGGAGATGCTGCTCAGTCA
AATGGACAAGCAGAGAAAAGGTCTGGATCAGGAAGATAATATTGTTGAAGACATAACTGG
GAAACACGATCAATTTGTCAGCTCTATGCAGTCTCGTTTGGCTAAGTTACAGGTAATTCG
TAGATATTGGGAAAGAAATGATGTAAAGAACACGATAGGTTCAATGGAGAAGATGGCTGA
TAATGCTGTTACAGCGGATGTACTGGGTATAATAACGGAGAGAAGAGGAAGATTTTCCAA
CTTCGAGGGTCCTGTTTTTAATTTTCCGGCTGGAAATGTGGCGGCTCCTAACATCCACTC
TTCAAATATGTTCAAGCAGAGAGGAAACCATATGCCAGTTGAACAAGGGATCGAGTCTCC
TTCTTCTTTTAATGTGGATTTGGTTCCAAAGGGAGAGTCTAACAAAAAGAAAAAAAAAAA
CTAAAGCTGATGATGATACGCTTACTAAGTTAACCAAAAGAGTTTGGAAGGCTATAATCA
CTCCCGAGTTAGCTGCATCTGTGACCACTCCATGACTTTTTTATCATCCAGCTACTAATC
TTTGTCTTTGCTTTGGGGGAAGTGTATTGCTCTAACTGCGGTGTGTGTAGAAACAGAGTG
AGAAAGAGTGAGAGAGAGATAGAGAGAAAGCCATATGGGCTGTGTATTGCTCTCCTACCT
AATATTACATGAATACTAAGAATTTCAGTGTTCTTTTCTCAACTCTGCTAGAGAGTATTT
TCATGTTTTATTGGATTTGATCTCATTATCATCAATCTTATGTTCTACTCTTTTTTTTTG
TC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3C891TF U 1
AF RR3C891JQ C 465
BS 1 657 RR3C891TF
BS 658 1202 RR3C891JQ

RD RR3C891TF 657 0 0
GAACAGCTGGAAAACTATTGACCGAGTTTAAGTGTCATGAAGGACAGATTCAGAGCCTAG
ATTTTCATCCACATGAATTTCTGCTGGCAACAGGTTCAGCTGATAGGACTGTAAAATTCT
GGGATCTTGAAACATTCGAGCTAATTGGTTCTGGTGGACCTGAGACGTCTGGTGTCCGTT
GCCTGAGCTTTAATCCAGATGGAAAGACGGTGCTTTGTGGATTGCAAGAAAGCCTCAAGA
TTTTCTCGTGGGAGCCAATAAGATGTCATGATGGAGTGGATGTTGGATGGTCAAGATTGT
CAGATATGAATCCACGAGGGAAAGCTGCTTGGTTGCTCATACAATCAAAATTGTGTAGGC
GTGTGGGTTGTAGACCTCTCGCGCACCGAGCCAGGCAATACTGGAGATGCTGCTCAGTCA
AATGGACAAGCAGAGAAAAGGTCTGGATCAGGAAGATAATATTGTTGAAGACATAACTGG
GAAACACGATCAATTTGTCAGCTCTATGCAGTCTCGTTTGGCTAAGTTACAGGTAATTCG
TAGATATTGGGAAAGAAATGATGTAAAGAACACGATAGGTTCAATGGAGAAGATGGCTGA
TAATGCTGTTACAGCGGATGTACTGGGTATAATAACGGAGAGAAGAGGAAGATTTTC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3C891JQ 738 0 0
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AGTTACAGGTAATTCGTAGATATTGGGAAAGAAATGATGTAAAGAACACGATAGGTTCAA
TGGAGAAGATGGCTGATAATGCTGTTACAGCGGATGTACTGGGTATAATAACGGAGAGAA
GAGGAAGATTTTCCAACTTCGAGGGTCCTGTTTTTAATTTTCCGGCTGGAAATGTGGCGG
CTCCTAACATCCACTCTTCAAATATGTTCAAGCAGAGAGGAAACCATATGCCAGTTGAAC
AAGGGATCGAGTCTCCTTCTTCTTTTAATGTGGATTTGGTTCCAAAGGGAGAGTCTAACA
AAAAGAAAAAAAAAAACTAAAGCTGATGATGATACGCTTACTAAGTTAACCAAAAGAGTT
TGGAAGGCTATAATCACTCCCGAGTTAGCTGCATCTGTGACCACTCCATGACTTTTTTAT
CATCCAGCTACTAATCTTTGTCTTTGCTTTGGGGGAAGTGTATTGCTCTAACTGCGGTGT
GTGTAGAAACAGAGTGAGAAAGAGTGAGAGAGAGATAGAGAGAAAGCCATATGGGCTGTG
TATTGCTCTCCTACCTAATATTACATGAATACTAAGAATTTCAGTGTTCTTTTCTCAACT
CTGCTAGAGAGTATTTTCATGTTTTATTGGATTTGATCTCATTATCATCAATCTTATGTT
CTACTCTTTTTTTTTGTC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL5478Contig1 353 2 3 U
ATCAGATTTGTATTTCTATACTTTTGGTTAAAGATCATTTGATGAGTCTCAAGAGAGCTT
TAACTAAAAGTAACACACAGCGAGAAACTTTCGTCAATTTTTCAATCATATAGTTGAAAA
GTGTCTTAACTTTCAAACAAAACCAAAGTCGAATGCATGAAAGGAAAAAACTTTGGATCT
GTACAATTAGTCCTATCAGACAGCTACAGGTGGTGAGGGTGATGAGGGTGACTCGTCGTA
TGAGATGGAAATCAGCTCTGATCTGAGCTTTTCAGCATCTTCAGAGTTTCTTTTAGTGAC
AACACCGTTTGTTGTAGTGGGGCGATAGGTTTCACATCTGAAGACGTTAGAGA


BQ
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AF RR3H602JQ U 11
AF RR3H602TF C 1
BS 1 10 RR3H602TF
BS 11 210 RR3H602JQ
BS 211 353 RR3H602TF

RD RR3H602JQ 203 0 0
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TAACACACAGCGAGAAACTTTCGTCAATTTTTCAATCATATAGTTGAAAAGTGTCTTAAC
TTTCAAACAAAACCAAAGTCGAATGCATGAAAGGAAAAAACTTTGGATCTGTACAATTAG
TCCTATCAGACAGCTACAGG
GGG

QA 1 200 1 200
DS 

RD RR3H602TF 353 0 0
ATCAGATTTGTATTTCTATACTTTTGGTTAAAGATCATTTGATGAGTCTCAAGAGAGCTT
TAACTAAAAGTAACACACAGCGAGAAACTTTCGTCAATTTTTCAATCATATAGTTGAAGA
GTGTCTTAACTTTCAAACAAAACCAAAGTCGAATGCATGAAAGGAAAAGACTTTGGATCT
GTACAATTAGTCCTATCAGACAGCTACAGGTGGTGAGGGTGATGAGGGTGACTCGTCGTA
TGAGATGGAAATCAGCTCTGATCTGAGCTTTTCAGCATCTTCAGAGTTTCTTTTAGTGAC
AACACCGTTTGTTGTAGTGGGGCGATAGGTTTCACATCTGAAGACGTTAGAGA

QA 1 353 1 353
DS 



AS 1 2

CO CL5479Contig1 194 2 1 U
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GCAGAAGAAGAAGGTTGAAGCTAAACAACAGTGAGAGATAGAGATCATCTATATGCTGCC
CGCTCTTGTTTTTGGCAATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACAAGTATCTCTCT
TTTTCTGATCGATA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G579JQ C 1
AF RR3G579TF U 1
BS 1 194 RR3G579TF

RD RR3G579JQ 194 0 0
GGATGACTATAAATAACATAAATTGCTGCTCAGATCGATTTTTCCAAGCTAAGAAATCAT
GCAGAAGAAGAAGGTTGAAGCTAAACAACAGTGAGAGATAGAGATCATCTATATGCTGCC
CGCTCTTGTTTTTGGCAATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACAAGTATCTCTCT
TTTTCTGATCGATA

QA 1 194 1 194
DS 

RD RR3G579TF 194 0 0
GGATGACTATAAATAACATAAATTGCTGCTCAGATCGATTTTTCCAAGCTAAGAAATCAT
GCAGAAGAAGAAGGTTGAAGCTAAACAACAGTGAGAGATAGAGATCATCTATATGCTGCC
CGCTCTTGTTTTTGGCAATGTTTCCTTGAATTTTCTCTAGCTACGAACAAGTATCTCTCT
TTTTCTGATCGATA

QA 1 194 1 194
DS 



AS 1 2

CO CL5480Contig1 1397 2 4 U
GGATCTATCTTTCACTCAAATCTCTTCCCTCGCCACTTCTCCCTCCATTTTCGCTCTCTA
GGTTTTCGAGCTTCTTCTCTCGAATCCGAAAGCTGAATCTTTCCCGAAGTAGAAGGTCTC
TGTTAATCTGAGCTGTGACTTGCATATGGGGAAGGTGTCACCGAAGGATTCGGATTCGAA
GATCTCAACGAGGAAGAAGAAGCTGAAGAGTTCGAATAACAAATACTTAAAGCCTGGGGC
TCTTGTTCAGCTTTGTTACAGCAAAGCCTCGGCAACTGCTAAGTCTTGCAATGATCTGGG
GAAGAAACGTGTACCTGTGTTTGATACTAAGCCTGTGGAAGATGTTATTTCTCTCAGAGG
CCCTCTGGTTTCGTCCCCTGTTAACGTTGTTAAGCGGAGCAGTGTGGTGAGGCCGATGAA
GTTCGATGATTTGCAGGTGGAGAGTAGGAAGAGTCCTCTAATGTTATCTCCTGTGGGTAT
CGTTAGGCAAAACTCGCTGCTGAGGACGCCTAAGACGCCGCAAGCTGAGCCATGCAACTC
TGAGTCTCAGTTTGAGTCTCTTCCCATGGATTTGCTGGTTAAGATTGTGTGTCATCTGCA
CCATGACGAGCAAAGCAGTGTTCCATGTTTCTCAGAGAATAAGGGCAGCTGCCGTGATTG
CAAGACAGTATCATTTCAATTTTACAACGCCAGACCGCTCAAGACAGGAAATGCTGAGTG
TTCTGACCCCATTGCCAATAAATCGTTGGCCATTTGTTAGCAAGGGTGATGGAAACGCAA
GGATCATGGCGAGCCCACACACCCCAAAAGCGCCGAGACATGGTCCTCGACCACCTTGCC
GAACTAAGCTAGCAGAGATGAAGCAAATCGCTGCTGTTCTTTTCCAAGACCAGACAGCTT
TCCCTTCCAGGTGCAACGTTCCTTCGGTTCTCCAGAGGCCGACTTTGTTCAAACCACTGG
CTCCAAAGCACCCTCGTGTGCTATTCTATGAAGATGAGTTATGTCAAGCTGTTGCTCAAA
ACAACCTTCAGTGATTATGCTTTTGCTACAGTCCAAAGACGCTTTCGTTTCGCTTCTCCG
TCTCCTGTTCATATTAAGTTTGCCTTCATCGCCGTTCATGATCATCTCCATCATCAGCGT
CGTCTGCAGTTATAGACTATATAGTATAAGTAGCATGCAAGTTTTGTAGCAGTGCTAGTT
CAGGGTATTAGGGTTTTTACATGGCAATATCGTAGTATCATTTCAAGGTTTTCGAGTTTC
AAGTCATCTGAGTTTGTCTTAATAATAAGCAAGTGTTTTCTGAACTTGTCAGTTGAGTCT
TGTGTATATTTTTCTGCATTTATTTGGATCAGTTTGTTTTATTTTCTCCTTTTTATTAAA
ATATTTTGATTGCTTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN91TF U 1
AF RR3FN91JQ C 556
BS 1 710 RR3FN91TF
BS 711 711 RR3FN91JQ
BS 712 765 RR3FN91TF
BS 766 1397 RR3FN91JQ

RD RR3FN91TF 772 0 0
GGATCTATCTTTCACTCAAATCTCTTCCCTCGCCACTTCTCCCTCCATTTTCGCTCTCTA
GGTTTTCGAGCTTCTTCTCTCGAATCCGAAAGCTGAATCTTTCCCGAAGTAGAAGGTCTC
TGTTAATCTGAGCTGTGACTTGCATATGGGGAAGGTGTCACCGAAGGATTCGGATTCGAA
GATCTCAACGAGGAAGAAGAAGCTGAAGAGTTCGAATAACAAATACTTAAAGCCTGGGGC
TCTTGTTCAGCTTTGTTACAGCAAAGCCTCGGCAACTGCTAAGTCTTGCAATGATCTGGG
GAAGAAACGTGTACCTGTGTTTGATACTAAGCCTGTGGAAGATGTTATTTCTCTCAGAGG
CCCTCTGGTTTCGTCCCCTGTTAACGTTGTTAAGCGGAGCAGTGTGGTGAGGCCGATGAA
GTTCGATGATTTGCAGGTGGAGAGTAGGAAGAGTCCTCTAATGTTATCTCCTGTGGGTAT
CGTTAGGCAAAACTCGCTGCTGAGGACGCCTAAGACGCCGCAAGCTGAGCCATGCAACTC
TGAGTCTCAGTTTGAGTCTCTTCCCATGGATTTGCTGGTTAAGATTGTGTGTCATCTGCA
CCATGACGAGCAAAGCAGTGTTCCATGTTTCTCAGAGAATAAGGGCAGCTGCCGTGATTG
CAAGACAGTATCATTTCAATTTTACAACGCCAGACCGCTCAAGACAGGAA*TGCTGAGTG
TTCTGACCCCATTGCCAATAAATCGTTGGCCATTTGTTAGCAAGG
TGATGGA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3FN91JQ 842 0 0
GTCTCTTCCCATGGATT*GCTGGTTAAGAT*GTGTGTCATCTGCACCATGACGAGCAAGG
CAGTGTTCCATGTTTCTCAGAGAATAAGGGCAGCTGCCGTGATTGCAAGACAGTATCATT
TCAATTTTACAACGCCAGACCGCTCAAGACAGGAAATGCTGAGTGTTCTGACCCCATTGC
CAATAAATCGTTGGCCATTTGTTAGCAAGGGTGATGGAAACGCAAGGATCATGGCGAGCC
CACACACCCCAAAAGCGCCGAGACATGGTCCTCGACCACCTTGCCGAACTAAGCTAGCAG
AGATGAAGCAAATCGCTGCTGTTCTTTTCCAAGACCAGACAGCTTTCCCTTCCAGGTGCA
ACGTTCCTTCGGTTCTCCAGAGGCCGACTTTGTTCAAACCACTGGCTCCAAAGCACCCTC
GTGTGCTATTCTATGAAGATGAGTTATGTCAAGCTGTTGCTCAAAACAACCTTCAGTGAT
TATGCTTTTGCTACAGTCCAAAGACGCTTTCGTTTCGCTTCTCCGTCTCCTGTTCATATT
AAGTTTGCCTTCATCGCCGTTCATGATCATCTCCATCATCAGCGTCGTCTGCAGTTATAG
ACTATATAGTATAAGTAGCATGCAAGTTTTGTAGCAGTGCTAGTTCAGGGTATTAGGGTT
TTTACATGGCAATATCGTAGTATCATTTCAAGGTTTTCGAGTTTCAAGTCATCTGAGTTT
GTCTTAATAATAAGCAAGTGTTTTCTGAACTTGTCAGTTGAGTCTTGTGTATATTTTTCT
GCATTTATTTGGATCAGTTTGTTTTATTTTCTCCTTTTTATTAAAATATTTTGATTGCTT
TC

QA 1 842 1 842
DS 



AS 1 2

CO CL5481Contig1 281 2 6 U
GGACATCTCTCCGACGAGACGACAAGACAATGGCCGCAGCAGCGATGGTTCTCGATCCTA
AATCATCTCCGCCACTAATGGATCATCAATCCACAACCGACGAAGAAGATCCCTACTCCC
GTCTCAAATCCCTCGAACGGCAGCTAGAGTTCACGGACATCCAAGAGGAATACGTGAAAG
ACGAGCAAAAGAATCTCAAACGAGAGCTCTTGCGCGCCCAAGAAGAGGTCAAGAGAATCC
AATCCGTGCCCTTGGTGATCGGCCAGTTCATGGAGATGGTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E917TF U 1
AF RR3EO90TF U 1
BS 1 169 RR3E917TF
BS 170 170 RR3EO90TF
BS 171 192 RR3E917TF
BS 193 193 RR3EO90TF
BS 194 205 RR3E917TF
BS 206 281 RR3EO90TF

RD RR3E917TF 205 0 0
GGACATCTCTCCGACGAGACGACAAGACAATGGCCGCAGCAGCGATGGTTCTCGATCCTA
AATCATCTCCGCCACTAATGGATCATCAATCCACAACCGACGAAGAAGATCCCTACTCCC
GTCTCAAATCCCTCGAACGGCAGCTAGAGTTCACGGACATCCAAGAGGA*TACGTGAAAG
ACGAGCAAAAGA*TCTCAAACGAGA

QA 1 205 1 205
DS 

RD RR3EO90TF 281 0 0
GGACATCTCTCCGACGAGACGACAAGACAATGGCCGCAGCAGCGATGGTTCTCGATCCTA
AATCATCTCCGCCACTAATGGATCATCAATCCACAACCGACGAAGAAGATCCCTACTCCC
GTCTCAAATCCCTCGAACGGCAGCTAGAGTTCACGGACATCCAAGAGGAATACGTGAAAG
ACGAGCAAAAGAATCTCAAACGAGAGCTCTTGCGCGCCCAAGAAGAGGTCAAGAGAATCC
AATCCGTGCCCTTGGTGATCGGCCAGTTCATGGAGATGGTG

QA 1 281 1 281
DS 



AS 1 2

CO CL5482Contig1 1045 2 2 U
ACTAAAAAGAGGTTTGAATTCCCTCCCTGACTCTGTTTCACACACATTCTTGATTCTGAT
TTTGCTTTGTTGGGAGTTCTTGAATGTGAAATGCAACTTTAGGAATCTGTGGTGTGAAAA
GTTAGTGTCGGTGGCGCAATTATCTGGTTTTTGTTTCCTTAGCACTCTGTTTTTTTCTGG
ATGGTCTAATGCAATTGAATTTGTGCTTAGAATGGTCCTCATTTATTTCTGAAAAGAAAA
ATCAAAGATAGAGTCAACGAAAATGCTTTTGGGGCGGACTCGCGCCTCATCATTAGAATA
CCAACGCAGTTTCCCTCCGACCACAGCAAGATGATAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAAGCC
AAGGTCGTTGTTTCTTCATCTTCTTGGTCAGGGATTGATCTTGAAACCAATGGAAACAAA
AATGTAGATTCGTGTTCTTCAGAGCAGAATCCTGTTAGGAAATGCATGCATTGTGAAGTC
ACCAAGACCCCACAGTGGAGACTCGGGCCTATGGGCCCAAAGACGCTTTGCAATGCTTGC
GGTGTACGTTACAAATCTGGAAGGCTTTTCCCGGAGTACCGGCCAGCTTCTAGCCCGACG
TTTACTCCAGCTCTTCACTCAAACTCCCACAAGAAGGTGGCTGAAATGAGAAACAATAGA
TGCAGCAATGTAAGCTACACAAATGAAGAGAATGATCTGCAAGATCTGGTTCTGATCAAT
GCCTACATTGGCATAGGAGTAGGAAAGAGTCAGAGAGTAGGAAAGTTTTAGCTTTAGAAG
AGATGGATGAAGAGGAGCAATCAGTTGAGGAAGGGATCAAAAGTTTGATGAGAGTTGATT
GTGTTGTATTTTGTATTATATGTAGTGTGAATGGGCAAAACTCTTGAAACAAAGGAAGAG
TAAGTTGGGGAAGAGCAGAAGATGTTGAAGAAACTAGTGAGAGTTAGGTGTTGAATTTTA
CATTAAATCTTCCTCTCCTTTTCCTTCCTTTCAATTCTTTGTATTTTTATTGTGAGGATT
CTTTTTGTAGTTGATTTGTTTAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F505TF U 1
AF RR3F505JQ C 439
BS 1 635 RR3F505TF
BS 636 1045 RR3F505JQ

RD RR3F505TF 638 0 0
ACTAAAAAGAGGTTTGAATTCCCTCCCTGACTCTGTTTCACACACATTCTTGATTCTGAT
TTTGCTTTGTTGGGAGTTCTTGAATGTGAAATGCAACTTTAGGAATCTGTGGTGTGAAAA
GTTAGTGTCGGTGGCGCAATTATCTGGTTTTTGTTTCCTTAGCACTCTGTTTTTTTCTGG
ATGGTCTAATGCAATTGAATTTGTGCTTAGAATGGTCCTCATTTATTTCTGAAAAGAAAA
ATCAAAGATAGAGTCAACGAAAATGCTTTTGGGGCGGACTCGCGCCTCATCATTAGAATA
CCAACGCAGTTTCCCTCCGACCACAGCAAGATGATAACCAAGAAGAAGAAGAAGAAAGCC
AAGGTCGTTGTTTCTTCATCTTCTTGGTCAGGGATTGATCTTGAAACCAATGGAAACAAA
AATGTAGATTCGTGTTCTTCAGAGCAGAATCCTGTTAGGAAATGCATGCATTGTGAAGTC
ACCAAGACCCCACAGTGGAGACTCGGGCCTATGGGCCCAAAGACGCTTTGCAATGCTTGC
GGTGTACGTTACAAATCTGGAAGGCTTTTCCCGGAGTACCGGCCAGCTTCTAGCCCGACG
TTTACTCCAGCTCTTCACTCAAACTCCCACAAGAA
AGT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3F505JQ 607 0 0
TCAGAGCAGAATCCTGTTAGGAAATGCATGCATTGTGAAGTCACCAAGACCCCACAGTGG
AGACTCGGGCCTATGGGCCCAAAGACGCTTTGCAATGCTTGCGGTGTACGTTACAAATCT
GGAAGGCTTTTCCCGGAGTACCGGCCAGCTTCTAGCCCGACGTTTACTCCAGCTCTTCAC
TCAAACTCCCACAAGAAGGTGGCTGAAATGAGAAACAATAGATGCAGCAATGTAAGCTAC
ACAAATGAAGAGAATGATCTGCAAGATCTGGTTCTGATCAATGCCTACATTGGCATAGGA
GTAGGAAAGAGTCAGAGAGTAGGAAAGTTTTAGCTTTAGAAGAGATGGATGAAGAGGAGC
AATCAGTTGAGGAAGGGATCAAAAGTTTGATGAGAGTTGATTGTGTTGTATTTTGTATTA
TATGTAGTGTGAATGGGCAAAACTCTTGAAACAAAGGAAGAGTAAGTTGGGGAAGAGCAG
AAGATGTTGAAGAAACTAGTGAGAGTTAGGTGTTGAATTTTACATTAAATCTTCCTCTCC
TTTTCCTTCCTTTCAATTCTTTGTATTTTTATTGTGAGGATTCTTTTTGTAGTTGATTTG
TTTAGCT

QA 1 607 1 607
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5484Contig1 1428 2 6 U
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GATGCTAGGCTTCTCTATGTCGGCAAAACTGCTGGTTATCATAGCAAAACTCAGGAAGAG
ATACATGAACTACTCCTAAGTTTTGCTGAAGCTGGTGCTACTGTTGTGAGGCTTAAAGGT
GGAGATCCTCTGGTTTTTGGACGAGGAGGGGAAGAGATGGACTTTCTACAACAGCAAGGG
ATCCGTGTTCAAGTTATCCCTGGGATTACTGCTGCGTCGGGGATAGCAGCAGAGCTTGGG
ATTCCTTTGACGCATCGTGGTGTTGCGACTAGTGTGAGGTTCCTCACTGGTCATTCTAGG
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GTTTTTGCTGAGCTTAAAGACTTTGCGACCGAGATTCAGTCAGCTGGATTGGTGTCACCA
ACGCTCACCATCATAGGGAAAGTCGTCGAGCTATCTCCTTTCTGGCCACATTGCACGAAG
GAATCCTCCTCCTGCCTTGTAGAGACCCGTTAGATTATTCGCTTCTCTATGTTATGGGTA
CAGTGGCTTACACCGACGTAATGGTGAACTTTTAGGAGTGAAGCTTGAAGAAGGTTGAGA
GATGTAATAAGCCAAAGGAAGGCTGATATACTTTTCTTGTGTCCACGTGGAAATGTGAAG
TGTTAGTTTGATTATTTCTGGACATATGCCAAAGCCAATGTTTGATGTAATAAACTAGCT
TCAAATAGAGCCAAGTTTAACTTCATATTCGTTGCTGTTTATTGGTCTTTTTGGTGATGT
TTATATTAGCACCGTTGATAACCACTTGACCGGTATTATTGTTACTCC


BQ
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AF RR3A418TF U 1
AF RR3A418JQ C 613
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BS 760 775 RR3A418TF
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ACTCCATCTCCACCTCAACCTCCATCGCCGTCTTCGAATCAGCAAGATGAAGTCTTTGTT
AGGGAAAACGACATCGCATCGCAGCTTCCGGAGCTTAAGAAGCTCTTGGAGGTTCTGAGA
GAGAAGAGAGAGAGTGGATGCAGAGGCGGTGACTGCGGACCAGGAGATGTGTTTCTGGTC
GGGACAGGACCGGGAGATCCAGAGCTTTTGACTTTGAAAGCTGTCAGAGTCATTCAGAGC
GCTGATCTTTTGCTTTACGACAGGCTTGTCTCTAATGATGTTCTGGAGTTGGTTGCTCCT
GATGCTAGGCTTCTCTATGTCGGCAAAACTGCTGGTTATCATAGCAAAACTCAGGAAGAG
ATACATGAACTACTCCTAAGTTTTGCTGAAGCTGGTGCTACTGTTGTGAGGCTTAAAGGT
GGAGATCCTCTGGTTTTTGGACGAGGAGGGGAAGAGATGGACTTTCTACAACAGCAAGGG
ATCCGTGTTCAAGTTATCCCTGGGATTACTGCTGCGTCGGG*ATAGCAGCAGAGCTTGGG
ATTCCTTTGACGCATCGTGGTGTTGCGACTAGTGTGAG*TTCCTCACTGGTCATT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3A418JQ 816 0 0
GG
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TATCCCTGGGATTACTGCTGCGTCGGGGATAGCAGCAGAGCTTGGGATTCCTTTGACGCA
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TCCTCTGTTTGTTGCCGAGAATGCAGCTGATCCTGACACGACACTTGTTGTTTATATGGG
GTTGGGAACTTTACCTTCACTTGCACAGAAACTGATGGACCACGGTCTACCTTGTGATAC
ACCAGCTGTTGCGGTTGAACGTGGAACCACTCCTCTACAGCGTAATGTTTTTGCTGAGCT
TAAAGACTTTGCGACCGAGATTCAGTCAGCTGGATTGGTGTCACCAACGCTCACCATCAT
AGGGAAAGTCGTCGAGCTATCTCCTTTCTGGCCACATTGCACGAAGGAATCCTCCTCCTG
CCTTGTAGAGACCCGTTAGATTATTCGCTTCTCTATGTTATGGGTACAGTGGCTTACACC
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GTTTAACTTCATATTCGTTGCTGTTTATTGGTCTTTTTGGTGATGTTTATATTAGCACCG
TTGATAACCACTTGACCGGTATTATTGTTACTCC

QA 3 816 3 816
DS 



AS 1 2

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TTCAGTATATTCTTTTTCTCTCCGTTTTTATCTCAAGCTTATAATCATGATTCGAATTAC
ACCCGCCCGCCGCCTCGTGCAAACTTCATCGTCTCTCATGGCCACCCAAACTTCTATCCT
CAACAGGTGCACGTATCATTGGCGGGTATGGATCACATGATAGTAACATACATAACGGAC
GACACGAACGTGGCATCGATGGTAGAGTACGGTAAACGCCCAAAAAAGTACGACAGAAAA
ACAACTGGAGAATCCACTTCTTATAGATTCTTCTTCTACAGCTCCGGCAAGATCCACCAT
ATCAAGATTGGTCCTCTTCAGCCAAGCACCACTTACTATTACCGTTGCGGTGGCCATGGT
AAAGAGTTTTCTTTCAGAACTCCTCCGTCCACATTTCCGGTCGAGTTTGCCGTTGCTGGT
GACCTTGGGCAAACTGATTGGACGGTGAAAACATTAGATCAGATTACAAAACGGGACTTC
GACGTCTTCCTACTTCCCGGCGACCTCTCCTATGCAGACAACCACCAGCCACTATGGGAT
TCTTTTGGCCGCCTCCTGGAGAACCTGGCTAGCACCCGCCCATGGATGGTCACCGAGGGA
AACCACGAAATCGAGTCTGCCCGGATCATTGAAGAACACATAAGCTTTAAAGCATACAAT
GCCCGATGGCTTATGCCGCACGCTGAAAGCCTCTCTCACTCCAATCTTTACTACTCTTTT
GATGCAGCCGGTGTCCACATTGTTATGATTGGTTCTTACACCCACTATGACTCCCACTCT
GATCAGTACCGGTGGCTCCGTGAAGATTTAAGAAAGATTGACCGTAAAAGAACGCCGTGG
TTGGTGGTGGTGATGCACACTCCATGGTATAGCACAAACGAGGCGCATGAAGGTGAAGGG
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GCCGGCCACATTCATACCTACGAACGTTTCAGGCCGGTATACAACCACAAGGCCGACCCA
TGTGGACCAATGTACATAACCATCGGTGACGGTGGAAATCGAGAAGGGCTGGCTTATAAA
TTTCATAACCCTCGTTCACCTTTGTCGGCATTCCGTGAATCGAGTTTTTGACATGGGAGA
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TCAGTTATTGCGGATGAAGTATGGTTTGAAAGCCACACGTCATCAACACATTGTATTCTT
AATCACTTTAAAAATGAACTCTAAATCGCTTTTACC


BQ
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AF RR3BC84TF U 1
AF RR3BC84JQ C 571
BS 1 695 RR3BC84TF
BS 696 696 RR3BC84JQ
BS 697 710 RR3BC84TF
BS 711 711 RR3BC84JQ
BS 712 718 RR3BC84TF
BS 719 719 RR3BC84JQ
BS 720 779 RR3BC84TF
BS 780 1356 RR3BC84JQ

RD RR3BC84TF 783 0 0
GGACATCTTCACCTTAAACTAGTTGAAAAGAAGATGAAAATGTTTGAACTCTTTCTTAGG
TTCAGTATATTCTTTTTCTCTCCGTTTTTATCTCAAGCTTATAATCATGATTCGAATTAC
ACCCGCCCGCCGCCTCGTGCAAACTTCATCGTCTCTCATGGCCACCCAAACTTCTATCCT
CAACAGGTGCACGTATCATTGGCGGGTATGGATCACATGATAGTAACATACATAACGGAC
GACACGAACGTGGCATCGATGGTAGAGTACGGTAAACGCCCAAAAAAGTACGACAGAAAA
ACAACTGGAGAATCCACTTCTTATAGATTCTTCTTCTACAGCTCCGGCAAGATCCACCAT
ATCAAGATTGGTCCTCTTCAGCCAAGCACCACTTACTATTACCGTTGCGGTGGCCATGGT
AAAGAGTTTTCTTTCAGAACTCCTCCGTCCACATTTCCGGTCGAGTTTGCCGTTGCTGGT
GACCTTGGGCAAACTGATTGGACGGTGAAAACATTAGATCAGATTACAAAACGGGACTTC
GACGTCTTCCTACTTCCCGGCGACCTCTCCTATGCAGACAACCACCAGCCACTATGGGAT
TCTTTTGGCCGCCTCCTGGAGAACCTGGCTAGCACCCGCCCATGGATGGTCACCGAGGGA
AACCACGAAATCGAGTCTGCCCGGATCATTGAAGA*CACATAAGCTTTAA*GCATACA*T
GCCCGATGGCTTATGCCGCACGCTGAAAGCCTCTCTCACTCCAATCTTTACTACTCTTT
GATG

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3BC84JQ 786 0 0
TATGCAGACAACCACCAGCCACTATGGGATTCTTTTGGCCGCCTCCTGGAGAACCTGGCT
AGCACCCGCCCATGGATGGTCACCGAGGGAAACCACGAAATCGAGTCTGCCCGGATCATT
GAAGAACACATAAGCTTTAAAGCATACAATGCCCGATGGCTTATGCCGCACGCTGAAAGC
CTCTCTCACTCCAATCTTTACTACTCTTTTGATGCAGCCGGTGTCCACATTGTTATGATT
GGTTCTTACACCCACTATGACTCCCACTCTGATCAGTACCGGTGGCTCCGTGAAGATTTA
AGAAAGATTGACCGTAAAAGAACGCCGTGGTTGGTGGTGGTGATGCACACTCCATGGTAT
AGCACAAACGAGGCGCATGAAGGTGAAGGGGAGAAAATGAGAAAGGCCATGGAGGGTTTG
CTTTATCGGGCTGAAGTCGACATTGTTTTTGCCGGCCACATTCATACCTACGAACGTTTC
AGGCCGGTATACAACCACAAGGCCGACCCATGTGGACCAATGTACATAACCATCGGTGAC
GGTGGAAATCGAGAAGGGCTGGCTTATAAATTTCATAACCCTCGTTCACCTTTGTCGGCA
TTCCGTGAATCGAGTTTTTGACATGGGAGATTGAGAGTTATAAACAAGAAACGAGCACAT
TGGTCGTGGCATAGAAACAACGACAACTTCTCAGTTATTGCGGATGAAGTATGGTTTGAA
AGCCACACGTCATCAACACATTGTATTCTTAATCACTTTAAAAATGAACTCTAAATCGCT
TTTACC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL5486Contig1 1107 2 2 U
GGACCTGGAAACGTGACTGTAACTTTCAGGCGAGATGAGCGCGACGACGGAGCTGCCGAC
GAAAGAGGCGAACTTGCTGAAAGGCCACGAAGGGGCGGTTTTAGCGGCGAGGTTTAACGG
AGACGGGAACTACGCACTCACATGCGGAAAGGATAGAACCATCCGCCTCTGGAACCCGCA
CCGTGGAATCCTAATCAAGACCTACAAATCCCACGGCCGCGAAGTCCGCGACGTTCATGT
TACTTCAGGCAATGCCAAGTTTTGTTCATGTGGTGGTGATAGACAAGTTTATTACTGGGA
TGTTTCGACCGGACGCGTCATCCGTAAGTTCCGTGGTCACGACGGCGAGGTCAATGCGGT
TAAGTTCAGTGATACATCAGCTGTAGTTGTATCAGCTGGGTTCGATCGTTCCTTACGTGT
ATGGGACTGCAGATCTCACAGTGTTGAGCCAGTTCAGATCATTGATACGTTTTTGGATAC
AGTGATGTCAGTTGTTTTAACAAAGACTGAGATTATTGGTGGTAGTGTCGATGGAACTGT
TCGAACTTTTGACATGCGTATGGGTAGGGAGATGTCGGATAACTTAGGACAACCGGTTAA
TTGCATATCGATATCAAACGATGGAAACTGTGTTTTAGCTGGTTGCTTGGACTCTACTTT
GCGTCTCCTTGACCGAACCACAGGAGAGTTACTCCAAGTCTATAAAGGTCATATTTTTAA
GTCATTTAAAACCGATTGTTACCTCACTAACTCGGACGCACACGTGATTGGAGGATCGGA
GGATGGAATGGTTTACTTTTGGGATTTGGTAGATGCAAAAGTGGTATCCAAATTTCGAGC
TCATGATTTAGTGGTTACAAGCGTGAGTTACCACCCCAAGGAAGATTGTATGTTGACTTC
CTCGGTTGATGGTACAGTTCGTGTCTGGAGAAAATGAAGAAATAACGATGTTAAGCGGCT
TCTGTTTGTTACATTCATGTTGTTTCTCTGTTTTTTGTTTTGTCCTTTCACCGTTTTATC
GGATGGGGCAATAGCCGGGGCTCGTAATGATAAATATTTGCTGATTTTACTTGTTTGCGA
TAGAAAGTCTTTGGGCTTGCTTTAATG


BQ
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AF RR3DB17TF U 1
AF RR3DB17JQ C 391
BS 1 585 RR3DB17TF
BS 586 1107 RR3DB17JQ

RD RR3DB17TF 585 0 0
GGACCTGGAAACGTGACTGTAACTTTCAGGCGAGATGAGCGCGACGACGGAGCTGCCGAC
GAAAGAGGCGAACTTGCTGAAAGGCCACGAAGGGGCGGTTTTAGCGGCGAGGTTTAACGG
AGACGGGAACTACGCACTCACATGCGGAAAGGATAGAACCATCCGCCTCTGGAACCCGCA
CCGTGGAATCCTAATCAAGACCTACAAATCCCACGGCCGCGAAGTCCGCGACGTTCATGT
TACTTCAGGCAATGCCAAGTTTTGTTCATGTGGTGGTGATAGACAAGTTTATTACTGGGA
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TAAGTTCAGTGATACATCAGCTGTAGTTGTATCAGCTGGGTTCGATCGTTCCTTACGTGT
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AGTGATGTCAGTTGTTTTAACAAAGACTGAGATTATTGGTGGTAGTGTCGATGGAACTGT
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DS 

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QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

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CTTATCCGGACTATGCTTTGGAAATGGGTTTGATTACGCAATCAGAGCATGATCGTTTAA
AAAAGATTGTGCCACTGTGTGAACTATCGATTAAGCTTTGTGGTACTGATGGAACAGTTT
CTTGCTTGGCGTCATATCTTGTTTGCAACACCTTGTTCAGTGGTGTAATGAATCATGCCG
GTGGAGTGAACTATTACGACATCAGGAAGAAGTGCGAGGGGAGTCTGTGCTATGACTTCT
CAGACATGGAGAAATTCTTGAATCTGCAATCCGTGAGAAAGTCGCTTGGGGTTGGGGACA
TAGAGTTTGTCTCGTGTAGCACTAGTGTGTATCAGGCAATGCTACAGGATTGGATGAGGA
ATCTCGAGGTTGGAATTCCCACCCTCTTGGAAGATGGAATCAATCTTCTTGTGTATGCTG
GAGAATATGATCTCATCTGCAACTGGCTCGGTAACTCGAGGTGGGTGAATGCAATGGAGT
GGTCAGGAAAAGAGAACTTTCAGGCGACTAATGAAGTTCCCTTTGTGGTTGATGGTGAAG
AAGCAGGGAAGTTAAAGAGTTATGGACAACTTAGTTTCCTCAAGGTGCACGATGCGGGAC
ACATGGTTCCAATGGACCAGCCACAAGCTGCGTTGAAAATGTTGAAGAGATGGATGGAGA
ATTCGCTAAGTGGTGGAGATGATGTGGCTACTACTACTACTACTACTACTACTACTACAG
AAGGAGATGATCTGGTTGCTCAGATGTGATCCAAGCTTCTTTTGAATTGCAGGAAAACCT
AAATTAAATAGCAGCAAACATTTGTGGACTGTGCTGTGTACACGCTTGACGTTTCCTTCT
TTAATCTGATCTAAACATAATTTACATGTAGGGCTTGTACACTTTCGTTAATTAAAGGCA
AACTCTTTGATATGTATTGATGAACAATGATATAATCTTCAAATGAATAAAAAACTGAAA
AGAGTTGCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D710TF U 1
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CTACTACTACTACTACTACTACTACAGAAGGAGATGATCTGGTTGCTCAGATGTGATCCA
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CTGTGTACACGCTTGACGTTTCCTTCTTTAATCTGATCTAAACATAATTTACATGTAGGG
CTTGTACACTTTCGTTAATTAAAGGCAAACTCTTTGATATGTATTGATGAACAATGATAT
AATCTTCAAATGAATAAAAAACTGAAAAGAGTTGCCCCC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

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ACTTCAGTCTCTACAACTCTCCTTCCCATGAATCCGATATCCACTTCCACGGGTCGGATT
CTAACCCGAACCCGCCTCTCTCCCTCCTGCAACGGGTCAAATCCTTCAACATGCCTTCCT
TCAAGTTCCCGCAACACAATTCAGAGGGAGACTACGCTGCTTACGCACTCACGACCCCAC
CCGAAGATACGAACCGGGTCGACCCGACCGACAAGAACCCTGAAGATAACGTTAACGTAC
CGACACAACCTAGACCCGGAGGTCCATCTCTCTTGCAGCGGGTAAAGTCCATTAAACTCC
CTTCATTGTATAGATCAGAGCCAGAACAGAGCTCCGAAGAGCAAAAGCCGGAGAGGACGA
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AGAAGAGGCGCCCGGAGACGACGAGAGTCGAGAGGACGACGTCGATCGATGAAGGAGAAG
AAGGTGTCGACGACAAAGCATCAGATTTCATCAACAAGTTCAAGCAGCAGCTGAAACTAC
AGAGGCTAGATTCGTTTCTCGGGTACCGGGAGATGCTCAAGAACAATTGAACTTTGAAAT
TTACGGTTTTACCCTCTTGTCGGAATGGAGTTTCTTGGGGTCTACTTGGTTAAAAACGGA
ATACCCTTGTCTGAAGGGCTTTTTGGTCATTTCGACACATAATGCTTGTCTTTAGATTTG
GTGATGACTGATGACAAACTAGTTTTGTCGTGTTCGTAATTTCTAGATCTGGCTTCTGCT
GCACTTTTTTACTTTTACGTTTTAGGTCGGCAGAAGTAGTTTATGCTACTTTTTTTTTTT
TGAACTGAAGTAGTTTATGCTACTTTAACGTTTAAAAGTACTCATAATATTATAGTTTTC
GTATTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF05TF U 1
AF RR3GF05JQ C 579
BS 1 647 RR3GF05TF
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BS 723 723 RR3GF05JQ
BS 724 782 RR3GF05TF
BS 783 1149 RR3GF05JQ

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ACCATTCTCAGGCGCGGTTGGCGAGACCTCCCTCGTTCGTGGACAGAGTCAAGTCCATCA
ACTTCAGTCTCTACAACTCTCCTTCCCATGAATCCGATATCCACTTCCACGGGTCGGATT
CTAACCCGAACCCGCCTCTCTCCCTCCTGCAACGGGTCAAATCCTTCAACATGCCTTCCT
TCAAGTTCCCGCAACACAATTCAGAGGGAGACTACGCTGCTTACGCACTCACGACCCCAC
CCGAAGATACGAACCGGGTCGACCCGACCGACAAGAACCCTGAAGATAACGTTAACGTAC
CGACACAACCTAGACCCGGAGGTCCATCTCTCTTGCAGCGGGTAAAGTCCATTAAACTCC
CTTCATTGTATAGATCAGAGCCAGAACAGAGCTCCGAAGAGCAAAAGCCGGAGAGGACGA
AGTCGGAGTCGAGTAAGCCGGCGACGAAGAGTAAGAAGAAGAAGACG*TTGAGGCAGTGG
AGAAGAGGCGCCCGGAGACGACGAGAGTCGAGAGGACGACGTCGATCGATGAAGGAGAAG
AATGTGTCGACGACAAAGCATCAGATTTCATCAACAAGTTCAAGCAGCAGCTGAAACTAC
AG

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3GF05JQ 571 0 0
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AAGAAGACGGTTGAGGCAGTGGAGAAGAGGCGCCCGGAGACGACGAGAGTCGAGAGGACG
ACGTCGATCGATGAAGGAGAAGAAGGTGTCGACGACAAAGCATCAGATTTCATCAACAAG
TTCAAGCAGCAGCTGAAACTACAGAGGCTAGATTCGTTTCTCGGGTACCGGGAGATGCTC
AAGAACAATTGAACTTTGAAATTTACGGTTTTACCCTCTTGTCGGAATGGAGTTTCTTGG
GGTCTACTTGGTTAAAAACGGAATACCCTTGTCTGAAGGGCTTTTTGGTCATTTCGACAC
ATAATGCTTGTCTTTAGATTTGGTGATGACTGATGACAAACTAGTTTTGTCGTGTTCGTA
ATTTCTAGATCTGGCTTCTGCTGCACTTTTTTACTTTTACGTTTTAGGTCGGCAGAAGTA
GTTTATGCTACTTTTTTTTTTTTGAACTGAAGTAGTTTATGCTACTTTAACGTTTAAAAG
TACTCATAATATTATAGTTTTCGTATTGACC

QA 1 571 1 571
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CCCGGGCTCGGATGAAGCAGGTTCAAGTGGAATCCGGCGATTCCCGCTCGCAGCTCAGCC
GGAGATTATGAGAGCCGCTGAGAAAGACGATCAATACGCTTCTTTCATCCACGAAGCCTG
CCGCGACGCCTTCCGACACCTTTTCGGTACCAGAATTGCTCTTGCTTACCAAAAAGAGAT
GAAACTTGTTGGGCAAATGCTTTACTTTGTTCTGACGACTGGTTCAGGCCAACAAACTTT
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AGCTCGACGTGCTTTGTTCATACTCTATCAGACTGCTGTTCCATATATCGCCGAGAGGAT
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TATCCAGCCACCAAGAATGATTCATCTTCTTCCCTCTTCAGCTTCTGTATTATCTAGGTT
AAAAGATAGACTTCAGAGATTTTGGCACCGTGCTATTCGAAGATGGCCTGTGGTTCTCCC
TGTTGCCCGTGAACTCTTACAAGTGCTTCTCCGTGCCAATTTGATGCTCTTCTACTTTGA
AGGTCTATATTATCATATATCGAAACGTGCCTCTGGGGTTCGTTATGTATTCATAGGAAA
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CATCCTTACTGCTGAAGGCTTGCGTCGGAGTAATTTGTCATCTATCACAAACTCAGTTCA
GCAGGCGTCTGTAGGGTCTTATCGAACCTCAGGAGGGAGAGGGTTGCCTGTTTTAAACGA
AGAGGGAAATTTGATTACTCCAGAAGCTGAAAAGGGAAACTGGTCTCCCTCCGATGCAAC
TTCAACTACGGAGGCAGTAGGAAAATGCACTCTCTGCTTAAGCAGCCGTCAGCACCCGAC
GGCCACTCCTTGTGGTCATGTATTTTGTTGGAGCTGCATTATGGAATGGTGCAATGAGAA
GCAAGAATGCCCACTTTGTCGAACACCCAACACCCACTCAAGTTTAGTTTGTTTGTACAA
CTCTGATTTTTGAGCTCAAATGGATTTACAAGGACACGACGACAGTACAAAAAGGGCATG
GAAAGCAAAGGAAGGTGATAGGCCCAAATAGTCAACACAAGCCTCTTTTAGTGACAAACT
TGGGACAGTAACATTCTACAGTTCTACAAGAATGGAATCTTTTTTGTCATTTTGAAGTAA
GATCATCAAGTAATGAGAAGACAAATA


BQ
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AF RR3BB16TF U 1
AF RR3BB16JQ C 594
BS 1 774 RR3BB16TF
BS 775 775 RR3BB16JQ
BS 776 792 RR3BB16TF
BS 793 1347 RR3BB16JQ

RD RR3BB16TF 792 0 0
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GGAGATTATGAGAGCCGCTGAGAAAGACGATCAATACGCTTCTTTCATCCACGAAGCCTG
CCGCGACGCCTTCCGACACCTTTTCGGTACCAGAATTGCTCTTGCTTACCAAAAAGAGAT
GAAACTTGTTGGGCAAATGCTTTACTTTGTTCTGACGACTGGTTCAGGCCAACAAACTTT
AGGAGAGGAGTATTGTGACATTATACAGGTTGCAGGACCATATGGGCTGTCTCCTACATC
AGCTCGACGTGCTTTGTTCATACTCTATCAGACTGCTGTTCCATATATCGCCGAGAGGAT
TAGCTCAAGAGCTGCCACACAAGCGTTTACATTTGATGAAGAGGAGGAGGATGATAGTCA
TATCCAGCCACCAAGAATGATTCATCTTCTTCCCTCTTCAGCTTCTGTATTATCTAGGTT
AAAAGATAGACTTCAGAGATTTTGGCACCGTGCTATTCGAAGATGGCCTGTGGTTCTCCC
TGTTGCCCGTGAACTCTTACAAGTGCTTCTCCGTGCCAATTTGATGCTCTTCTACTTTGA
AGGTCTATATTATCATATATCGAAACGTGCCTCTGGGGTTCGTTATGTATTCATAGGAAA
GCAATTGAATCAGAGACCTAGATACCAAATTCTCGGGGTTTTCCTTCTAATCCATTTGTG
CATCCTTACTGC

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3BB16JQ 754 0 0
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ACTTTGAAGGTCTATATTATCATATATCGAAACGTGCCTCTGGGGTTCGTTATGTATTCA
TAGGAAAGCAATTGAATCAGAGACCTAGATACCAAATTCTCGGGGTTTTCCTTCTAATCC
AATTGTGCATCCTTACTGCTGAAGGCTTGCGTCGGAGTAATTTGTCATCTATCACAAACT
CAGTTCAGCAGGCGTCTGTAGGGTCTTATCGAACCTCAGGAGGGAGAGGGTTGCCTGTTT
TAAACGAAGAGGGAAATTTGATTACTCCAGAAGCTGAAAAGGGAAACTGGTCTCCCTCCG
ATGCAACTTCAACTACGGAGGCAGTAGGAAAATGCACTCTCTGCTTAAGCAGCCGTCAGC
ACCCGACGGCCACTCCTTGTGGTCATGTATTTTGTTGGAGCTGCATTATGGAATGGTGCA
ATGAGAAGCAAGAATGCCCACTTTGTCGAACACCCAACACCCACTCAAGTTTAGTTTGTT
TGTACAACTCTGATTTTTGAGCTCAAATGGATTTACAAGGACACGACGACAGTACAAAAA
GGGCATGGAAAGCAAAGGAAGGTGATAGGCCCAAATAGTCAACACAAGCCTCTTTTAGTG
ACAAACTTGGGACAGTAACATTCTACAGTTCTACAAGAATGGAATCTTTTTTGTCATTTT
GAAGTAAGATCATCAAGTAATGAGAAGACAAATA

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL5491Contig1 1219 2 2 U
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GAAGTGGTTTATGGAGGCTATGCAATCACAGAGTGTAGATGTAGTCAAACGCATGAAGGA
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CGCAGATGTTCATGCTAGAACTCAAGCTCTCGGCGCAATATCATCTTTGATTCGCCATAA
CAAAGCTGGAGTCACTGCTTTCAAGCTTGCCAATGGTTATGCTGGTTTAAGAGATGCTTC
GGCATCTGATAGTGTGAGGTTTCAGAGGAAAGCATTAAACGTGTTGCAGTATCTTCTGCA
AGAAGATGATTCAGACCGCAGTGTAGCCACTGAACTTGGATTTTCAGGAGTGTTGATTCG
TCTCGCGTCTAGTGATGATGCTGAGACGAGAGAAGCTGCTCTCCGTGGATTGCTTGAGCT
TGCAAGAGAGAAAAACGATGGGAGTGGATGTAGTAGCAGCATAGCGAAGGGCGATGAGAA
ACTGAGGCAGCTTCTAGTAGAGCGGGTTGAAGGAATCAGCTTGATGTCACAGGAGGATCT
TGAAACGGTTAAAGAAGAGAGACAGCTTGTGGATGCACAGTGGAGGTTTTGCTACGATGA
ACCTTCTTCGTTGGGAGAGAAAGGGCTTCTTGTTCTTCCCGGTGAAGATGCGTTGGCTCC
TGATGTCGCAAGCAAGCTCTTCGAGCCTCTTCTCAGAGCTTCTGCAGCTTAACCTTGTGC
TTTTGTTTGTCTTGTAACATTTTAATTTTTCAGACAAAAAGACTGATAGATTTCAATATG
AAGAATCTAGTGTTTATGT


BQ
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AF RR3G241TF U 1
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BS 689 1219 RR3G241JQ

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DS 

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A
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TCTTCGTTGGGAGAGAAAGGGCTTCTTGTTCTTCCCGGTGAAGATGCGTTGGCTCCTGAT
GTCGCAAGCAAGCTCTTCGAGCCTCTTCTCAGAGCTTCTGCAGCTTAACCTTGTGCTTTT
GTTTGTCTTGTAACATTTTAATTTTTCAGACAAAAAGACTGATAGATTTCAATATGAAGA
ATCTAGTGTTTATGT

QA 2 736 2 736
DS 



AS 1 2

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AGAGTGTAGCAGAACACAATAGGTTGTTCCATCATATCATAACAAAGAAGAAGAAAGGAG
AAAGAAGTAAATCACATTCTGGAATAACCAAAGCCATTATCATACTGAGTCATGAACTCG
TCGTTGAACTTCTTGAAACTGTCCATGATCTCCGGCATCTCCTCTTCCGCAGGCAAGATC
GTTGTCCTCAGATGGAACACACCTTCTTTCTGTCCAAATCCAGAGCCAGGCACAGTGGAG
ATTCCTGGGGCTTCTAAGAGCTTGAGACGGTAGAAAACATCTGGCACTTTTCCTGCTTGC
TTCGCAGCTTGGAGAGCTCCCGTTGGTAACCGTATTTGAGGAAACGAATACATTGCACAT
TCTGTGAAATTGCAGACAACGTTCTTGCAGCTGTTGAATCCATCAGTCATGATCTTTGCT
CTTCTTCTCAAAGATTCAAGAATCCCCTTGCTTTCACGAGCGAACTGGTCATATGAAATG
TCTCCAGGCTTTGGAGGACTAACCATCAAACCCATAAAGATCTGAGCAGATACATTGGGG
CTGAGAGCAATTGATGCAACCTTGTATATCTCTTCAACAACCCTGGGAGGGATGTTAGTC
ATATCAAAGTATCCACCTCTCTGTCCACACTCTCCCCAATAACCTTTAGAGACAGTGTGG
AAAGACACAAGCTGGACTTCCTTGTTGAACGGCGAACCCATCTCCATCAAAACCTTCTTG
GAGCTGATAAAGGGACGCTCATCCTGGTATATGTTCTGCTGATAAACTTCGTCTCCCAGA
AGAACCAGTTTCTCGTTGTAACAGAACCTCAGTATCTCTTTTAAGTTGGCTTCGCTTAGA
CACTGACCAGTTGGGTTCCCAGGGTTAATGATCACCATTGCCCTTAATGATATCCCTTGA
GAACGAGCCTGAGCAACGGACTGTCTAAGGTTGTTGACATCAAGTCCCCAGTTCTCAGAC
TCA


BQ
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10 10 10 

AF RR3FI26JQ U 1
AF RR3E125TF C 527
BS 1 749 RR3FI26JQ
BS 750 1023 RR3E125TF

RD RR3FI26JQ 753 0 0
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AGAGTGTAGCAGAACACAATAGGTTGTTCCATCATATCATAACAAAGAAGAAGAAAGGAG
AAAGAAGTAAATCACATTCTGGAATAACCAAAGCCATTATCATACTGAGTCATGAACTCG
TCGTTGAACTTCTTGAAACTGTCCATGATCTCCGGCATCTCCTCTTCCGCAGGCAAGATC
GTTGTCCTCAGATGGAACACACCTTCTTTCTGTCCAAATCCAGAGCCAGGCACAGTGGAG
ATTCCTGGGGCTTCTAAGAGCTTGAGACGGTAGAAAACATCTGGCACTTTTCCTGCTTGC
TTCGCAGCTTGGAGAGCTCCCGTTGGTAACCGTATTTGAGGAAACGAATACATTGCACAT
TCTGTGAAATTGCAGACAACGTTCTTGCAGCTGTTGAATCCATCAGTCATGATCTTTGCT
CTTCTTCTCAAAGATTCAAGAATCCCCTTGCTTTCACGAGCGAACTGGTCATATGAAATG
TCTCCAGGCTTTGGAGGACTAACCATCAAACCCATAAAGATCTGAGCAGATACATTGGGG
CTGAGAGCAATTGATGCAACCTTGTATATCTCTTCAACAACCCTGGGAGGGATGTTAGTC
ATATCAAAGTATCCACCTCTCTGTCCACACTCTCCCCAATAACCTTTAGAGACAGTGTGG
AAAGACACAAGCTGGACTTCCTTGTTGAA
TGGC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3E125TF 497 0 0
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CAGATACATTGGGGCTGAGAGCAATTGATGCCACCTTGTATATCTCTTCAACAACCCTGG
GAGGGATGTTAGTCATCTCAAAGTATCCACCTCTCTGTCCACACTCTCCCCAATAACCTT
TAGAGACAGTGTGGAAAGACACAAGCTGGACTTCCTTGTTGAACGGCGAACCCATCTCCA
TCAAAACCTTCTTGGAGCTGATAAAGGGACGCTCATCCTGGTATATGTTCTGCTGATAAA
CTTCGTCTCCCAGAAGAACCAGTTTCTCGTTGTAACAGAACCTCAGTATCTCTTTTAAGT
TGGCTTCGCTTAGACACTGACCAGTTGGGTTCCCAGGGTTAATGATCACCATTGCCCTTA
ATGATATCCCTTGAGAACGAGCCTGAGCAACGGACTGTCTAAGGTTGTTGACATCAAGTC
CCCAGTTCTCAGACTCA

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 2

CO CL5493Contig1 1090 2 6 U
GGGAGAGTTTGGTCCGTCTCATTCTAGTTTTAACACTGCCCTTCTCTATATAAAGCTCAC
AGGTCGAGAGAGAGACAAGAGACACCACATAAACGATCATTGATTAGAGAAAGAACTCTG
TCGGAAAATGGAAAACATGGACCAAGAGTTCAACAACTACTGGGAAACAAACTCCTTCCT
CCAAAACGAAGACTTCGAATATGACAGCTGGCCTTTGGAGGAAGCGATTTCTGGGTCGTA
TGATTCTAGTTCGCCGGACGGCGCGGCTTCGTCTCCAGCTTCTAAGAATATTGTGTCGGA
AAGAAACAGAAGACAGAAGCTTAACCAGAGACTATTTGCTCTTCGATCAGTTGTCCCCAA
TATCACTAAGATGGATAAAGCATCAATAATCAAAGATGCTATTAGTTACATACAAGGGTT
GCAATATGAAGAGTCCAAGCTCGAGGCTGAGATCAGAGAACTTGAATTTACACCAAAGAG
TAGCCTGAGCTTCAGTAAAGATTTTGATCGTGATTTGCTGGTTCCTGTCACATCCAAGAA
GATGAAGCAGCTTGAATCTGGTCCTTCCCGTTCTCTCATCGAAGTTCTCGAATTGAAGGT
AACATACATGGGAGAGAGGACAATGGTGGTGAATGTAACATGTAATAAGAGGACAGAGAC
AATGGTGAAACTATGTGAAGTCTTTGAGTCATTGAATCTCAAAATCCTTACTTCCAATCT
CAACTCTTTTTCTGGCATGATCTTCAACACCGTCTTTATTGAGGCGGATGAAGAAGAACA
AGAGGTGGTGAGGTTAAAAATAGAAACAGGAATAGGAGCTTATAATGAAACTCAAAGCCC
CACTTTGAGCATCGACTCTCTTTACTAATCATTTTTTAAAAATATTTTTTTGGCGTCTCT
CTCTATAGAAATAAATAATATGTTATCTTTCCATTTTCGTTTTGTTGGTTCAGCACGAAG
ACTTCTTGTGCGTTTATATAGTGTCTATAACAATAATCGTACGCATTGTGTTTTCTTTTA
CTTTTGGGTGTGTGGGAATGGTATGTTTATCCTTAAATAAAACAGAAAAGAAAGAAAAGG
AGATTTGCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D382TF U 1
AF RR3D382JQ C 545
BS 1 703 RR3D382TF
BS 704 704 RR3D382JQ
BS 705 746 RR3D382TF
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BS 748 764 RR3D382TF
BS 765 1090 RR3D382JQ

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AGGTCGAGAGAGAGACAAGAGACACCACATAAACGATCATTGATTAGAGAAAGAACTCTG
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CCAAAACGAAGACTTCGAATATGACAGCTGGCCTTTGGAGGAAGCGATTTCTGGGTCGTA
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AAGAAACAGAAGACAGAAGCTTAACCAGAGACTATTTGCTCTTCGATCAGTTGTCCCCAA
TATCACTAAGATGGATAAAGCATCAATAATCAAAGATGCTATTAGTTACATACAAGGGTT
GCAATATGAAGAGTCCAAGCTCGAGGCTGAGATCAGAGAACTTGAATTTACACCAAAGAG
TAGCCTGAGCTTCAGTAAAGATTTTGATCGTGATTTGCTGGTTCCTGTCACATCCAAGAA
GATGAAGCAGCTTGAATCTGGTCCTTCCCGTTCTCTCATCGAAGTTCTCGAATTGAAGGT
AACATACATGGGAGAGAGGACAATGGTGGTGAATGTAACATGTAATAAGAGGACAGAGAC
AATGGTGAAACTATGTGAAGTCTTTGAGTCATTGAATCTCAAA*TCCTTACTTCCAATCT
CAACTCTTTTTCTGGCATGATCTTCA*CACCGTCTTTATTGAGG

QA 1 764 1 764
DS 

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TACATGGGAGAGAGGACAATGGTGGTGAATGTAACATGTAATAAGAGGACAGAGACAATG
GTGAAACTATGTGAAGTCTTTGAGTCATTGAATCTCAAAATCCTTACTTCCAATCTCAAC
TCTTTTTCTGGCATGATCTTCAACACCGTCTTTATTGAGGCGGATGAAGAAGAACAAGAG
GTGGTGAGGTTAAAAATAGAAACAGGAATAGGAGCTTATAATGAAACTCAAAGCCCCACT
TTGAGCATCGACTCTCTTTACTAATCATTTTTTAAAAATATTTTTTTGGCGTCTCTCTCT
ATAGAAATAAATAATATGTTATCTTTCCATTTTCGTTTTGTTGGTTCAGCACGAAGACTT
CTTGTGCGTTTATATAGTGTCTATAACAATAATCGTACGCATTGTGTTTTCTTTTACTTT
TGGGTGTGTGGGAATGGTATGTTTATCCTTAAATAAAACAGAAAAGAAAGAAAAGGAGAT
TTGCTC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL5494Contig1 1092 2 8 U
GATTTCTTGTTTGATGGGTGAAGAGATAATCGCAAACGATGAAAACATCGCAAAGACGAA
ACCAAGTCCAAAGCTGACACTCTTGCCTCTTGTATTCCTCATCTTCTACGAAGTCTCTGG
TGGCCCTTTTGGTGTGGAGGACTCTGTCAAATCAGGTGGCGGTCCTCTCTTAGCCCTTCT
AGGCCTCTTGATCTTCCCTCTCATCTGGAGCATACCCGAAGCTCTCGTCACAGCCGAGCT
CGCCACAAGCTTCCCTGAGAACGGTGGATACGTGGTCTGGATCTCTTCGGCGTTTGGTCC
CTTCTGGGGGTTCCAGGAAGGGTTTTGGAAATGGTTCAGTGGTGTTATGGGCAATGCTCT
CTACCCTGTCTTGTTTCTTGATTACCTGAAACATTCGTTCCCTGTTTTGGACCATGTAGC
TGCTCGTGTTCCTACTCTATTAGTCCTCACGTTCTCGCTCACGTACTTGAACTACAGAGG
GTTGCATATCGTTGGCTTCTCAGCTGTTCTGCTGGCTGTTTTCTCGCTCTGTCCTTTCGT
TGTGATGGCTCTGCTAGCTGTTCCTAGGATCAGTCCTAAGCGTTGGTTGTTTGTGGATTT
CAAGAAAGTTAACTGGAGAGGCTACTTCAACACCATGTTTTGGAATCTCAACTATTGGGA
CAAGGCTAGTACTCTTGCTGGAGAGGTTGAGAGCCCCGGGAAGACGTTTCCGAAGGCTTT
GTTTGGAGCTGTTTTGTTGGTTATGGGATCTTATTTGATTCCTTTGATGGCGGGGACTGG
AGCTTTAAGCGAGTCGGCGTCTGGTGAGTGGAGTGATGGGTATTTTGCTGAGGTTGGAAT
GCTTATTGGAGGTGTTTGGCTCAAGGGTTGGATACAAGCTGCTGCTGCTATGTCGAATCT
TGGTTTGTTTGAAGCTGAGATGAGTAGTGATGCTTTTCAGCTTCTTGGTATGAGTGAGAT
GGGGATGCTCCCTGCCTTTTTCGCCCAGAGGTCAGTTACTTAGTCTCAAGGCCGGATCTG
AGCACAACTCACTTGAAACACTGGTTTTGACCCCTTATTTTTTCTTTTGAGATGATGATA
TACATAGAACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES45TF U 1
AF RR3ES45JQ C 550
BS 1 664 RR3ES45TF
BS 665 665 RR3ES45JQ
BS 666 687 RR3ES45TF
BS 688 688 RR3ES45JQ
BS 689 715 RR3ES45TF
BS 716 716 RR3ES45JQ
BS 717 774 RR3ES45TF
BS 775 1092 RR3ES45JQ

RD RR3ES45TF 776 0 0
GATTTCTTGTTTGATGGGTGAAGAGATAATCGCAAACGATGAAAACATCGCAAAGACGAA
ACCAAGTCCAAAGCTGACACTCTTGCCTCTTGTATTCCTCATCTTCTACGAAGTCTCTGG
TGGCCCTTTTGGTGTGGAGGACTCTGTCAAATCAGGTGGCGGTCCTCTCTTAGCCCTTCT
AGGCCTCTTGATCTTCCCTCTCATCTGGAGCATACCCGAAGCTCTCGTCACAGCCGAGCT
CGCCACAAGCTTCCCTGAGAACGGTGGATACGTGGTCTGGATCTCTTCGGCGTTTGGTCC
CTTCTGGGGGTTCCAGGAAGGGTTTTGGAAATGGTTCAGTGGTGTTATGGGCAATGCTCT
CTACCCTGTCTTGTTTCTTGATTACCTGAAACATTCGTTCCCTGTTTTGGACCATGTAGC
TGCTCGTGTTCCTACTCTATTAGTCCTCACGTTCTCGCTCACGTACTTGAACTACAGAGG
GTTGCATATCGTTGGCTTCTCAGCTGTTCTGCTGGCTGTTTTCTCGCTCTGTCCTTTCGT
TGTGATGGCTCTGCTAGCTGTTCCTAGGATCAGTCCTAAGCGTTGGTTGTTTGTGGATTT
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CAAG*CTAGTACTCTTGCTGGAGAGGT*GAGAGCCCCGGGAAGACGTTTCCGAAG*CTTT
GTTTGGAGCTGTTTTGTTGGTTATGGGATCTTATTTGATTCCTTTGATGGCGGG
AC

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3ES45JQ 543 0 0
TCTGCTAGCTGTTCCTAGGATCAGTCCTAAGCGTTGGTTGTTTGTGGATTTCAAGAAAGT
TAACTGGAGAGGCTACTTCAACACCATGTTTTGGAATCTCAACTATTGGGACAAGGCTAG
TACTCTTGCTGGAGAGGTTGAGAGCCCCGGGAAGACGTTTCCGAAGGCTTTGTTTGGAGC
TGTTTTGTTGGTTATGGGATCTTATTTGATTCCTTTGATGGCGGGGACTGGAGCTTTAAG
CGAGTCGGCGTCTGGTGAGTGGAGTGATGGGTATTTTGCTGAGGTTGGAATGCTTATTGG
AGGTGTTTGGCTCAAGGGTTGGATACAAGCTGCTGCTGCTATGTCGAATCTTGGTTTGTT
TGAAGCTGAGATGAGTAGTGATGCTTTTCAGCTTCTTGGTATGAGTGAGATGGGGATGCT
CCCTGCCTTTTTCGCCCAGAGGTCAGTTACTTAGTCTCAAGGCCGGATCTGAGCACAACT
CACTTGAAACACTGGTTTTGACCCCTTATTTTTTCTTTTGAGATGATGATATACATAGAA
CCC

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 2

CO CL5495Contig1 1354 2 2 U
GGGTGGGTAAATGACAAAAGGCTGTGAATTGTCTCCTGCGTCAAATGGTGTGACCAAGAT
CTAGCGAAAGGAGTCGAGACTTTGCTCCGACAATCCGACCCCACCTCTCTCACATCCTTA
TCCACTGTCGTTCACCACCTCGAGGCTAAGCTAGGGTTAGACCTCTCCCACAAAACCAAT
TTCATCAGAGACCAAATCAATCTCCTCCTCCCACCACCCTCCTCATCAACCCCACAACCG
CCACCGTCGCTATCCCCTCAGCAGCTGCATTTCGGCGTCAATGCTCCGGCGAAAGGGCAT
TTCGCACTTCACCCTCCTCCTCCCCATTTCTCTCTCCACCCTTCTCCTTACCACTCTTAT
GACCTCAATTTCCAGCAGCCGTATCCTCCTTACATGCCGCCGCGGCAGCGTCAGCAACAA
GGACCCTCTTCGCTACTTCCACAAGGAACCACCTCTGTTAGTCAATCCCCAAAAGAAAGT
GCACCAACTGGAACTAAAAGAAAGGGTGGACCTGGAGGACTTAACAAAGTCTGTAGAGTC
TCTCCGGAGCTTCAAGTCGTTGTTGGTGAACCTGCCCTTCCCAGAACTGAGATTGTGAGG
CAGTTGTGGGCTTACATAAGGAAGAACAGCCTCCAAGACCCGAGTAACAAGCGGAAGATC
ATCTGTGATGATGCCTTGCGTGTGGTTTTCGAGACTGATTGTACTGATATGTTTAAGATG
AATAAGTTGCTTTCTAAGCATATTCTCCCTCTTGATCCATCAAAGGACTCTGGGTCAAGC
GAAACGGGCAAAAGCTGAGGTGGAGACTAAGGCTGAGACTGAGACCACAGAGCCTGTTGG
TTCAACCTCCTCAACTGTTGCATTATCTGAGCCACTTGCTAAGTTCTTAGGCACTGGTGA
GACAGAGATGACTGAGGAAGAGATTATTCGCCGTGTGTGGGAATACATTAAACTCAACAA
TCTAGAGGACCCGGTAAATCCAATGGCTATTCAGTGTGATGAGAGGCTCCGTGAGCTTCT
TGGGTGTGAAAGCATTTCAGCTGTAGGGATAAATGAGATGCTGAGGCGCCAAATGTACAA
GCGGTCTTGATATATTCTGGTTCTGACTTAATTGACTAGGAACTACTAGTGTGTATCTAG
GTGGACCTACCCGTGACTCTTGGATGTAGAACTCTGATAGGGAAGGAAAGTACCTTTTTC
AGTTTTAACTTTAATGCTATTTTCATCTTCCTCTGTTATTTAGTTTGTTGTGTATCGATA
TGGTTAGGTTTGTTGTGTAACTATGTAAGTGGCAAATGGTGTAGATGGTTTGTATTCAAC
GCTATTTACCAATGAATGTTTTAGTAAGAAAAAA


BQ
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AF RR3GS02TF U 1
AF RR3GS02JQ C 576
BS 1 795 RR3GS02TF
BS 796 1354 RR3GS02JQ

RD RR3GS02TF 795 0 0
GGGTGGGTAAATGACAAAAGGCTGTGAATTGTCTCCTGCGTCAAATGGTGTGACCAAGAT
CTAGCGAAAGGAGTCGAGACTTTGCTCCGACAATCCGACCCCACCTCTCTCACATCCTTA
TCCACTGTCGTTCACCACCTCGAGGCTAAGCTAGGGTTAGACCTCTCCCACAAAACCAAT
TTCATCAGAGACCAAATCAATCTCCTCCTCCCACCACCCTCCTCATCAACCCCACAACCG
CCACCGTCGCTATCCCCTCAGCAGCTGCATTTCGGCGTCAATGCTCCGGCGAAAGGGCAT
TTCGCACTTCACCCTCCTCCTCCCCATTTCTCTCTCCACCCTTCTCCTTACCACTCTTAT
GACCTCAATTTCCAGCAGCCGTATCCTCCTTACATGCCGCCGCGGCAGCGTCAGCAACAA
GGACCCTCTTCGCTACTTCCACAAGGAACCACCTCTGTTAGTCAATCCCCAAAAGAAAGT
GCACCAACTGGAACTAAAAGAAAGGGTGGACCTGGAGGACTTAACAAAGTCTGTAGAGTC
TCTCCGGAGCTTCAAGTCGTTGTTGGTGAACCTGCCCTTCCCAGAACTGAGATTGTGAGG
CAGTTGTGGGCTTACATAAGGAAGAACAGCCTCCAAGACCCGAGTAACAAGCGGAAGATC
ATCTGTGATGATGCCTTGCGTGTGGTTTTCGAGACTGATTGTACTGATATGTTTAAGATG
AATAAGTTGCTTTCTAAGCATATTCTCCCTCTTGATCCATCAAAGGACTCTGGGTCAAGC
GAAACGGGCAAAAGC

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3GS02JQ 779 0 0
CCC
TCCCAGAACTGAGATTGTGAGGCAGTTGTGGGCTTACATAAGGAAGAACAGCCTCCAAGA
CCCGAGTAACAAGCGGAAGATCATCTGTGATGATGCCTTGCGTGTGGTTTTCGAGACTGA
TTGTACTGATATGTTTAAGATGAATAAGTTGCTTTCTAAGCATATTCTCCCTCTTGATCC
ATCAAAGGACTCTGG*TCAAGCGAAACGGGCAAAAGCTGAGGTGGAGACTAAGGCTGAGA
CTGAGACCACAGAGCCTGTTGGTTCAACCTCCTCAACTGTTGCATTATCTGAGCCACTTG
CTAAGTTCTTAGGCACTGGTGAGACAGAGATGACTGAGGAAGAGATTATTCGCCGTGTGT
GGGAATACATTAAACTCAACAATCTAGAGGACCCGGTAAATCCAATGGCTATTCAGTGTG
ATGAGAGGCTCCGTGAGCTTCTTGGGTGTGAAAGCATTTCAGCTGTAGGGATAAATGAGA
TGCTGAGGCGCCAAATGTACAAGCGGTCTTGATATATTCTGGTTCTGACTTAATTGACTA
GGAACTACTAGTGTGTATCTAGGTGGACCTACCCGTGACTCTTGGATGTAGAACTCTGAT
AGGGAAGGAAAGTACCTTTTTCAGTTTTAACTTTAATGCTATTTTCATCTTCCTCTGTTA
TTTAGTTTGTTGTGTATCGATATGGTTAGGTTTGTTGTGTAACTATGTAAGTGGCAAATG
GTGTAGATGGTTTGTATTCAACGCTATTTACCAATGAATGTTTTAGTAAGAAAAAA

QA 4 779 4 779
DS 



AS 1 2

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ATTTGATTTGATTGCAATGGCTCCTTCTCTTCCTCAGCCTTGGGAACTCCGTATGGATGC
TAACGGCTACGACATCTATTGGAATCCTGAGACCAAAGTTGCTCAATATGAGCGACCTAC
TTGCCCTCCACCTCGCAACTTTGCTCAAGTTGCTTGTACCATCGAGTTTGACGGTGCTTC
CAGAGGAAACCCAGGAAAAGCTGGTGCGGGAGCCGTTCTCCGTTCTACACACGATAACAG
GGTGCTCTTCTATTTGCGTCAGGGTCTTGGCATTGCCACCAACAACGTTGCTGAGTATCG
AGCTCTCATTCTTGGTCTTGAGTATGCTCTTGACAAAGGCTTTCGAAATGTTCGCATCAA
GGGAGACTCGTTGCTTGTCTGTAATCAGGTTCTAGATGAATGGAGAGTCAACCACCCGAA
ATTGGCGGAGCTTAATGAATATGCCAAGGATCTTATGAGCCGGTTTAACTCATGCCGTAT
TCAACACATTGGCAGGGAATTCAATTCTGAGGCTGATGCTCAAGCTAACCGCGCGTTCAA
TCTCGCAGATGGTCAAATTCAATGCGAGTCTAGAGGGTGAAACGCAGGAAGATACTGCAG
GCGGCTTTAGAAGAAGGAGTAATATCCATATTCCTTCCTGTTTTCTTGTTTTTGGGATCA
TGTCTTTTAGCATGTGCTATGTGTTAACATAAACATGAACACGATGATCCTTCTCTCTCT
CTTTTGCTTTGTTCCACTTCCCAATAACATGTCTCTGTCGTCGACTTCTTATTCTATTCA
ATAGTTTTTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ12TF U 1
AF RR3EZ12JQ C 263
BS 1 474 RR3EZ12TF
BS 475 852 RR3EZ12JQ

RD RR3EZ12TF 474 0 0
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TTGCCCTCCACCTCGCAACTTTGCTCAAGTTGCTTGTACCATCGAGTTTGACGGTGCTTC
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AGCTCTCATTCTTGGTCTTGAGTATGCTCTTGACAAAGGCTTTCGAAATGTTCGCATCAA
GGGAGACTCGTTGCTTGTCTGTAATCAGGTTCTAGATGAATGGAGAGTCAACCA

QA 1 474 1 474
DS 

RD RR3EZ12JQ 590 0 0
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GGTCTTGGCATTGCCACCAACAACGTTGCTGAGTATCGAGCTCTCATTCTTGGTCTTGAG
TATGCTCTTGACAAAGGCTTTCGAAATGTTCGCATCAAGGGAGACTCGTTGCTTGTCTGT
AATCAGGTTCTAGATGAATGGAGAGTCAACCACCCGAAATTGGCGGAGCTTAATGAATAT
GCCAAGGATCTTATGAGCCGGTTTAACTCATGCCGTATTCAACACATTGGCAGGGAATTC
AATTCTGAGGCTGATGCTCAAGCTAACCGCGCGTTCAATCTCGCAGATGGTCAAATTCAA
TGCGAGTCTAGAGGGTGAAACGCAGGAAGATACTGCAGGCGGCTTTAGAAGAAGGAGTAA
TATCCATATTCCTTCCTGTTTTCTTGTTTTTGGGATCATGTCTTTTAGCATGTGCTATGT
GTTAACATAAACATGAACACGATGATCCTTCTCTCTCTCTTTTGCTTTGTTCCACTTCCC
AATAACATGTCTCTGTCGTCGACTTCTTATTCTATTCAATAGTTTTTCGC

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

CO CL5497Contig1 979 2 4 U
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CCTCTTAGGTTTCTATTCCGAAACCGTCAAGTCGCAGAACTGCGGCTGTTCCCCGGACCT
ATGCTGTAGTCAGTACGGTTTTTGCGGTACGGGTAATGACTTCTGTGGTCTCGGTTGCCA
ATCAGGTCCTTGTACAACCCAAGCCGAAAGTCTTGGTACCATAGTAACACAAGCTTTCTT
TGACGGTATTATCAACCGAGCCGCTAGTGACTGCGCCGGAAAAGGATTCTACACACGTGA
CGCTTTCATCAACGCTGCGAATTCTTTCCCCAATTTTGCCAATTCCGTAACTAGGCTTGA
AATTGCAACTATGTTTGCTCATTTCACCCAGGAGGTCGGATATTTCTGCTACATAGAAGA
GATAGACGGAGCGTCACAAAACTACTGCAACGACAGGGAATACCCACAATACCCATGTGC
ACCGGGCAAAAACTACTACGGTCGTGGTCCGATTCAACTATCATGGAACTACAACTACGC
ACCATTTGGTCAGAGTCTCGGTCTCGACCTTCTAGGGCAGCCCGAGCTCGTAGGTAGCGA
TCCAACTGTAGCTTTCAGGACAGCTTTGTGGTTTTGGGTGAATAACGTAAGGCCGGTACT
GAGCCAAGGATTCGGAGCCACCATAAGAGCAATCAATGGAAGAGTAGAATGTGACGGTGC
GAGTCCAGATAAGGTTAACTCAAGGATTAGTTACTATAGAGACTACTGTGGGCAGCTTGG
TGTGGACCCTGGTTCTAACCTTAGCTGCTAAGAAGCTCTTTAAAGACTACTGTTGGAGGG
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TTTCATGCTTCATAAGCAAAAGGATTGTTGCAATGATCTTGTAAAAGTTAATTCAAATTT
ATAAATGTCCTGAGTTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EC34TF U 1
AF RR3EC34JQ C 396
BS 1 592 RR3EC34TF
BS 593 593 RR3EC34JQ
BS 594 614 RR3EC34TF
BS 615 979 RR3EC34JQ

RD RR3EC34TF 614 0 0
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CCTCTTAGGTTTCTATTCCGAAACCGTCAAGTCGCAGAACTGCGGCTGTTCCCCGGACCT
ATGCTGTAGTCAGTACGGTTTTTGCGGTACGGGTAATGACTTCTGTGGTCTCGGTTGCCA
ATCAGGTCCTTGTACAACCCAAGCCGAAAGTCTTGGTACCATAGTAACACAAGCTTTCTT
TGACGGTATTATCAACCGAGCCGCTAGTGACTGCGCCGGAAAAGGATTCTACACACGTGA
CGCTTTCATCAACGCTGCGAATTCTTTCCCCAATTTTGCCAATTCCGTAACTAGGCTTGA
AATTGCAACTATGTTTGCTCATTTCACCCAGGAGGTCGGATATTTCTGCTACATAGAAGA
GATAGACGGAGCGTCACAAAACTACTGCAACGACAGGGAATACCCACAATACCCATGTGC
ACCGGGCAAAAACTACTACGGTCGTGGTCCGATTCAACTATCATGGAACTACAACTACGC
ACCATTTGGTCAGAGTCTCGGTCTCGACCTTCTAGGGCAGCCCGAGCTCGTATGTAGCGA
TCCAACTGTAGCTT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3EC34JQ 584 0 0
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GGGAATACCCACAATACCCATGTGCACCGGGCAAAAACTACTACGGTCGTGGTCCGATTC
AACTATCATGGAACTACAACTACGCACCATTTGGTCAGAGTTTCGGTCTCGACCTTCTAG
GGCAGCCCGAGCTCGTAGGTAGCGATCCAACTGTAGCTTTCAGGACAGCTTTGTGGTTTT
GGGTGAATAACGTAAGGCCGGTACTGAGCCAAGGATTCGGAGCCACCATAAGAGCAATCA
ATGGAAGAGTAGAATGTGACGGTGCGAGTCCAGATAAGGTTAACTCAAGGATTAGTTACT
ATAGAGACTACTGTGGGCAGCTTGGTGTGGACCCTGGTTCTAACCTTAGCTGCTAAGAAG
CTCTTTAAAGACTACTGTTGGAGGGTCGTGTCTATGTTGAAATAATATGTAATAAAATAA
AACTTCATGCATGTTTGGGTCAGTGTTTCATGCTTCATAAGCAAAAGGATTGTTGCAATG
ATCTTGTAAAAGTTAATTCAAATTTATAAATGTCCTGAGTTGCT

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

CO CL5498Contig1 1017 2 2 U
GTAGCTAAACCTGAGGAAACCCTCAAATAGTTCAGATATCTCGAAGAGGCGAGGAGCTAA
GTCCTCTCTCCGGAGTTTTTATCGCCTTCTTCTCGCATCACAGACCATTATCGCGACTGT
TCAATGCCACAGCGGTGAAGAAGGTTAATAGTTGGGACGATTGTTGTTGGGAAGATGGAT
ATGGATCAGTTCGGTATGGGAAGCCCAACTGAAGCTTTCGTTCTTTCAGGTAACTGCAGA
GTCTTGGGACTTGACACGTGTAGCGGGAAGTTCATCAGGAGGATCAGCAGTAGCTGTTGC
AGCAATATTGTGTCTCATGGTAGTGATACTGGTGGGAGTGTGAGATAGCTAGCTTCGCTT
TGTGGTGTTGTGGTCTTAAGCCAACTTACGGTCGTGTCTCTATGTTTGGACCAATGGCAT
ATGCATCTTCGTTGGATGTCATTGGTTGCTTAGCTCTTTGTTTGCTGATGCTGGGATGCT
TCTTCATGAGCGCTCCGGATACGAGAGGGTTGAATCCACGAGTAGCAAACAGTTTGAAGG
GAGGCAAAGGGGGTCCATGCTCGAAGATGGTGTTGATTCTGGAGTGAGATCTTCAGCTTA
GAAGCATTGGGTTGTGTACTGATAGAGGTTTTCTTTCCGTCATTCTCTCTTTGACTACCA
GCTTAATATATAGTGCACGATGAATCAATGTGGACAGAGTTTTGGTGTAGAGGCAGAAGT
GATGAAGGCGCAGCTGAAAAGAGTTCTTAGTGGTGTCATAATGTTCATGTGATTTTCTTC
TTGCAACACTCTTATTATTATACGTGCGAACGGTTCACGATCCAAACCCAAGGATTTGCA
GCCTGTATGTCTTCCCTCGAGAACCTTATCAAGGCAATCATTACTTTATGTTAGGAACAA
ATTTTCTAAAGAACATGAACACACATTGACTCGGTTACTATTATTTTCCAAGCTGTCGAA
TAACAAATGTCATGTAAGGCTCAAAGTCGGAATAGACCATGCCATCTGAAAAAAAAA


BQ
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AF RR3CK03TF U 1
AF RR3CK03JQ C 390
BS 1 599 RR3CK03TF
BS 600 1017 RR3CK03JQ

RD RR3CK03TF 599 0 0
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GTCCTCTCTCCGGAGTTTTTATCGCCTTCTTCTCGCATCACAGACCATTATCGCGACTGT
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TGTGGTGTTGTGGTCTTAAGCCAACTTACGGTCGTGTCTCTATGTTTGGACCAATGGCAT
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GAGGCAAAGGGGGTCCATGCTCGAAGATGGTGTTGATTCTGGAGTGAGATCTTCAGCTT

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR3CK03JQ 628 0 0
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TTGAATCCACGAGTAGCAAACAGTTTGAAGGGAGGCAAAGGGGGTCCATGCTCGAAGATG
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TTTCTTTCCGTCATTCTCTCTTTGACTACCAGCTTAATATATAGTGCACGATGAATCAAT
GTGGACAGAGTTTTGGTGTAGAGGCAGAAGTGATGAAGGCGCAGCTGAAAAGAGTTCTTA
GTGGTGTCATAATGTTCATGTGATTTTCTTCTTGCAACACTCTTATTATTATACGTGCGA
ACGGTTCACGATCCAAACCCAAGGATTTGCAGCCTGTATGTCTTCCCTCGAGAACCTTAT
CAAGGCAATCATTACTTTATGTTAGGAACAAATTTTCTAAAGAACATGAACACACATTGA
CTCGGTTACTATTATTTTCCAAGCTGTCGAATAACAAATGTCATGTAAGGCTCAAAGTCG
GAATAGACCATGCCATCTGAAAAAAAAA

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL5499Contig1 1071 2 2 U
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CTCTTATTGCTCTTTATCTTTCTTTTTCTCACCGTTAACCTCGTCTCCGCTCAACTCCGC
CGTAACTTCTACGCCGGAAGTTGTCCCAACTCGAACAAATTGTCAGAAACGCGGTTCAAA
AAAAGTCCAACAAACTTTCACCACCATCCCCGCTACTCTCCGCCTCTATTTCCACGATTG
TTTCGTCAACGGTTGTGATGCCTCGGTGATGATAGCAACAACCGGTAATAACAAGGCGGA
GAAAGATCATCCGGATAATTTGTCCCTGGCCGGTGATGGGTTCGACACCGTCAATAAAGC
CAAAGAAGCTCTTGACGCCGTTGCAAACTGTCGTAACAAAGTTTCTTGCAAACTCACTTC
ACTTTTTGCCAAAAACGGCCTTAGCCTTAACGACATGGTCGCTCTCTCCGGAGCGCACAC
ATTAGGATTCGCTCATTGCACCAAAGTGTTCAACAGAATTTACAGTTTCAACAAGACAAC
GCAAGTAGACCCCACAGTTAACAAAGCTTACGTGACAGAGTTACGAGCGTCATGTCCTAG
AAACATAGACCCAAGGGTGGCTATAAACATGGACCCAACAACACCTAGACAATTCGACAA
CGTTTACTACAAAAACTTGCAACAAGGGAAAGGATTGTTCACGTCAGATCAAGATTTGTT
CACAGATCGTCGGTCAAAGCCAACCGTTGACTTATGGGCCAATAATGCAAACTTGTTTAA
TCAAGCTTTTACTAACTCCATGATCAAGCTTGGTCGTGTTGGTGTTAAAACCGGTCGTAA
TGGTAATATCCGTCGTGACTGTGGAGCCTTCAATTGAATTTAAACACACTTTGATTTCTT
TTATTTTCCATTTAATTTAAATTGGGGTTTAGAGTTGTCTCATTATGCTGGTTCAGCTCC
AATGTAATAAGTCTCGGTTTTGGGTTTCAGTTTGCTAAAGTAAAATGCAAACCTAAAGTT
GTATACATTTGTAAGTTAGAATCATAGTCTTAATAAATTTGATTATCTATC


BQ
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AF RR3FH60TF U 1
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AAAAGTCCAACAAACTTTCACCACCATCCCCGCTACTCTCCGCCTCTATTTCCACGATTG
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GAAAGATCATCCGGATAATTTGTCCCTGGCCGGTGATGGGTTCGACACCGTCAATAAAGC
CAAAGAAGCTCTTGACGCCGTTGCAAACTGTCGTAACAAAGTTTCTTGCAAACTCACTTC
ACTTTTTGCCAAAAACGGCCTTAGCCTTAACGACATGGTCGCTCTCTCCGGAGCGCACAC
ATTAGGATTCGCTCATTGCACCAAAGTGTTCAACAGAATTTACAGTTTCAACAAGACAAC
GCAAGTAGACCCCACAGTTAACAAAGCTTACGTGACAGAGTTACGAGCGTCATGTCCTAG
AAACATAGACCCAAGGGTGGCTATAAACATGGACCCAACAACACCTAGACAATTCGACAA
CGTTTACTACAAAA
CTTGCAAC

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DS 

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TAGACAATTCGACAACGTTTACTACAAAAACTTGCAACAAGGGAAAGGATTGTTCACGTC
AGATCAAGATTTGTTCACAGATCGTCGGTCAAAGCCAACCGTTGACTTATGGGCCAATAA
TGCAAACTTGTTTAATCAAGCTTTTACTAACTCCATGATCAAGCTTGGTCGTGTTGGTGT
TAAAACCGGTCGTAATGGTAATATCCGTCGTGACTGTGGAGCCTTCAATTGAATTTAAAC
ACACTTTGATTTCTTTTATTTTCCATTTAATTTAAATTGGGGTTTAGAGTTGTCTCATTA
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TGCAAACCTAAAGTTGTATACATTTGTAAGTTAGAATCATAGTCTTAATAAATTTGATTA
TCTATC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

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ATCACAACTCCCAAAGAAACTCTACATCTTAAATCAAAACTTCGTCTTCTACCACGAGCT
TTCCCTCGAAGTCAACGTGTTCAACTTCTCCCACTCAACACCTTGTCCAACTCTTCTCTG
ACTTCTCCAGCTCGCATTGTCTCACTTTCTCAAGGTGGGAGATCGATAGACTTGTGGCGT
AGATATGCATCCGACAAGTTCTCAGACATGGGTTTGGATCCTGGAGCTGGTTCAGACAAG
ATATTTAACGAGACGGCTTCTTCTTCTTCTTCTCTATCCTCCTTCTTTCACTTGGTTCAC
CTCCAGGTACTTCGTACCTGCTTTAGGCTTCTTGATGTTTGCGGTTGGTATCAATTCAAA
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ACAGTATCTCATCAAGCCTCTCCTTGGTTTCATCTTCGGCTTAGCTGCCGTCTCTCTTTT
CCACCTCCCTACTCCTATAGGTGCTGGAATCATGTTGGTCTCGTGTGTTAGTGGAGCTCA
GTTATCAAACTACGCTACTTTCTTGACGGATCCAGCATTGGCACCTCTTAGCATCGTCAT
GACATCTCTCTCAACCGCTACCGCGGTTCTTGTCACGCCGATGCTATCGCTCTTGCTTAT
AGGGAAGAAGCTGCCCGTTGATGTGAAAGGAATGATATCCAGCATTCTCCAGGTCGTGAT
CGCGCCTATTGCTGCAGGGTTGCTACTAAACAAGTTGTTCCCAAAACTATCCAATGCAAT
TAGACCGTTTCTCCCAGTTCTATCGGTTCTTGACACGGCATGCTGCGTTGGAGCGCCACT
CGCGTTGAACATAAACTCGGTTGTGTCTCCGTTTGGAGCAACGATCTTGCTGCTAGTAAC
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CGCTCCAGATGCTAAAGCCTTGCAGAGAACATTGTCCTATGAAACTGGAATGCAGAGTAG
TCTTTTGGCACTAGCGCTTGCGACAAAGTTCTTTCAAGATCCTCTTGTTGGGATTCCTCC
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CGAAAAAGAGCAAAGAATTTAAACAATATGAAATTCTTATATTTATGTACGAAATTTTGT
AACATTATAAGAAATCGATTCCACCATAAAGGATGGTTTGATTATAAACCCGGTTTAATA
TTAAACTAGAACTTCAAATTTGTGAAAGAAGGAAAAAGTCCTTAG


BQ
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AF RR3G038TF U 1
AF RR3G038JQ C 579
BS 1 785 RR3G038TF
BS 786 1365 RR3G038JQ

RD RR3G038TF 792 0 0
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TTCCCTCGAAGTCAACGTGTTCAACTTCTCCCACTCAACACCTTGTCCAACTCTTCTCTG
ACTTCTCCAGCTCGCATTGTCTCACTTTCTCAAGGTGGGAGATCGATAGACTTGTGGCGT
AGATATGCATCCGACAAGTTCTCAGACATGGGTTTGGATCCTGGAGCTGGTTCAGACAAG
ATATTTAACGAGACGGCTTCTTCTTCTTCTTCTCTATCCTCCTTCTTTCACTTGGTTCAC
CTCCAGGTACTTCGTACCTGCTTTAGGCTTCTTGATGTTTGCGGTTGGTATCAATTCAAA
CGAGAAAGACTTTCTCGAAGCTTTCAAAAGACCGAAAGCTATACTCCTCGGTTACCTTGG
ACAGTATCTCATCAAGCCTCTCCTTGGTTTCATCTTCGGCTTAGCTGCCGTCTCTCTTTT
CCACCTCCCTACTCCTATAGGTGCTGGAATCATGTTGGTCTCGTGTGTTAGTGGAGCTCA
GTTATCAAACTACGCTACTTTCTTGACGGATCCAGCATTGGCACCTCTTAGCATCGTCAT
GACATCTCTCTCAACCGCTACCGCGGTTCTTGTCACGCCGATGCTATCGCTCTTGCTTAT
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CGCGC
TATTGCT

QA 1 785 1 785
DS 

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TGGCACCTCTTAGCATCGTCATGACATCTCTCTCAACCGCTACCGCGGTTCTTGTCACGC
CGATGCTATCGCTCTTGCTTATAGGGAAGAAGCTGCCCGTTGATGTGAAAGGAATGATAT
CCAGCATTCTCCAGGTCGTGATCGCGCCTATTGCTGCAGGGTTGCTACTAAACAAGTTGT
TCCCAAAACTATCCAATGCAATTAGACCGTTTCTCCCAGTTCTATCGGTTCTTGACACGG
CATGCTGCGTTGGAGCGCCACTCGCGTTGAACATAAACTCGGTTGTGTCTCCGTTTGGAG
CAACGATCTTGCTGCTAGTAACGATGTTTCATCTGTCCGCTTTCCTCTCTGGATACTTCC
TTACCGGTTCGGTCTTTAGAAACGCTCCAGATGCTAAAGCCTTGCAGAGAACATTGTCCT
ATGAAACTGGAATGCAGAGTAGTCTTTTGGCACTAGCGCTTGCGACAAAGTTCTTTCAAG
ATCCTCTTGTTGGGATTCCTCCAGCAATATCTACGGTGGTAATGTCATTGATGGGGTTCA
CACTCGTTATGATATGGTCTAACGAAAAAGAGCAAAGAATTTAAACAATATGAAATTCTT
ATATTTATGTACGAAATTTTGTAACATTATAAGAAATCGATTCCACCATAAAGGATGGTT
TGATTATAAACCCGGTTTAATATTAAACTAGAACTTCAAATTTGTGAAAGAAGGAAAAAG
TCCTTAG

QA 1 787 1 787
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AGGGGACACTCTGCTGCTGTAATGGCTATCCACAGTGGTGGAAAGCTAGGGTTCTTGAAA
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ATAATGGCGCACGGACAGAACTGCATCGTGGTGGACGATAAGGGTAGAACCGTAATTTAC
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AAGCATCTGGTGGAATGTTACGGGGGAGAAGTGTTGCTTGTGGACAAGTACGTGAAACAC
GTTTGGTGCAAATCGGAGTTTTCGAAGTCTGCGGTGGAGTTTAGAGTGTACAAGCTGAAG
AGAGAGGAGAAGAGATGGGAGGAGGTGAGGGAACTTAGAGATTTGTCTCTGTTCATTGGT
GAAGACTGCTCTTTCTCCGTTGAGACTATGGACGGCGATGTGGCTACCGGAGGTTGTATA
TTTTATAGAGATTATAGAAGTGGAGGAAGAAGCAGAGGGGTTTACAGTGACGGTGATGGC
GTCTTCAATTTGGAGTTGAAAGACGCGGGGAAATATTGGGTTTCATACTAAGCCCAATTG
TGTAGGCCCATAAGAAGTTTGGGCCTATTTGAATAGCGGTCAATAAACGTATAACAAGAT
ATTCTCCTTCTATCAATAAAAGCAAGTGTATTTGCTAAATTAATATTTGTTTGTTACAAC
TTACAAGTTAGATTTGCCTCAATTGGACTTTTTTTTTCC


BQ
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AF RR3C762TF U 1
AF RR3C762JQ C 142
BS 1 358 RR3C762TF
BS 359 939 RR3C762JQ

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TTCTCAAACGACAGACTCTGTTTTATTACGAGAGAACTTTCCCGGGAAAAATCGACTTTG
CGGGAATCTCATGTGAGATTAGTCCGTAGATCTTACCGTGTGGAGTACGCAAACAAAGGT
GGTGGTGAGAGGTCTTCTTTCTGGTCACTGAGCTCCGACAAAGTGGTTGTTCTGTCTTCA
AGGGGACACTCTGCTGCTGTAATGGCTATCCACAGTGGTGGAAAGCTAGGGTTCTTGAAA
AGCGGAGACGATGAGAGATGGAGGATCTGGGATAACTCGTGGAACGTGACTTACGAGGAC
ATAATGGCGCACGGACAGAACTGCATCGTGGTGGACGATAAGGGTAGAACCGTAATTT

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR3C762JQ 798 0 0
CT
GTCACTGAGCTCCGACAAAGTGGTTGTTCTGTCT*CAAGGGGACACTCTGCTGCTGTAAT
GGCTATCCACAGTGGTGGAAAGCTAGGGTTCTTGAAAAGCGGAGACGATGAGAGATGGAG
GATCTGGGATAACTCGTGGAACGTGACTTACGAGGACATAATGGCGCACGGACAGAACTG
CATCGTGGTGGACGATAAGGGTAGAACCGTAATTTACGATGTGGAGTTCAAGGTGTCCGA
TTTGGCTGAAGGTTTAGCCGGAGGAGGCGGCCACAAGAAGCATCTGGTGGAATGTTACGG
GGGAGAAGTGTTGCTTGTGGACAAGTACGTGAAACACGTTTGGTGCAAATCGGAGTTTTC
GAAGTCTGCGGTGGAGTTTAGAGTGTACAAGCTGAAGAGAGAGGAGAAGAGATGGGAGGA
GGTGAGGGAACTTAGAGATTTGTCTCTGTTCATTGGTGAAGACTGCTCTTTCTCCGTTGA
GACTATGGACGGCGATGTGGCTACCGGAGGTTGTATATTTTATAGAGATTATAGAAGTGG
AGGAAGAAGCAGAGGGGTTTACAGTGACGGTGATGGCGTCTTCAATTTGGAGTTGAAAGA
CGCGGGGAAATATTGGGTTTCATACTAAGCCCAATTGTGTAGGCCCATAAGAAGTTTGGG
CCTATTTGAATAGCGGTCAATAAACGTATAACAAGATATTCTCCTTCTATCAATAAAAGC
AAGTGTATTTGCTAAATTAATATTTGTTTGTTACAACTTACAAGTTAGATTTGCCTCAAT
TGGACTTTTTTTTTCC

QA 3 798 3 798
DS 



AS 1 2

CO CL5503Contig1 971 2 2 U
GGGGGACAGATAGTACCTCTCAGTATGCAGATGTACGGTTGTCGCGTGATACAAAAGGCA
CTTGATGTCATAGAGCCTGACCAGAGAGTTCGTTTAGCACGTGAGCTCGACGGGGAAGTC
GTGAGGTGTGTTCGAGACCAAAATGGAAACCATGTGATCCAGAAATGCATCGAGAGTATT
CACGCAGACAGAGTTGGTTTCATGTTGTCTGCATTCCGCGGTCAAGTCTCCTCTCTCTCT
ATGCATCCTTATGGCTGCCGTGTCATACAGAGGCTTATGGAGCGTTGCTCAAATGAGCAT
CAGTGTCAGTTCATCACCGAGGAGATACTGGAATCAGCACGTGTCCTTTCCAAGGATCAA
TATGGCAATTACGTCATACAGCATGTATTGGAGAAAGGGACATCTGAAGAACGAGAGAGA
ATCGTGAAGAAACTATCAGGGCACATAGTGCAGCTTAGCCTACATAAATTTGCGTCAAAT
GTTATAGAGAAGTGTCTTGAGCATGGTGGCAGGATCGAGCGAGACCTCATCATCAAAGAG
ATTGCAGGGCCTGATGAGAGCTATGATAGTCTATTGATGATGATGAAGGACCAGTATGGA
AACTATGTGGTGCAGAAGATATTCGAGACGTGTAGTGTTGATCAGCGTGTGGTGTTGGTC
AGCAGAGTCAGAATGCATGCTTCTGCTTTGAAGAAATACACTTATGGGAAACATATTGTC
ACTCGTTTGGAACAGCCCTTTAGTGAAGAAAGCCGAGAATCAAGGCGATGAGTGGCTCTT
CTGATTCAAGATAGTGACTGATTCAGATATAGTCGATACAGGTCGCAATGATTGTGAAGA
ATGTTGTTTGTACTTTAGAATTTGATCATAGCCGTTGTGATGATTGTGTGGCCATGTTGG
TAGTAAATATTGGATAATTGTATCAGTAGTACACTAGTATGTGTAACTTGGTTTGTGGAT
TCATCAAAAAA


BQ
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AF RR3EA05TF U 1
AF RR3EA05JQ C 314
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BS 528 971 RR3EA05JQ

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GGGGGACAGATAGTACCTCTCAGTATGCAGATGTACGGTTGTCGCGTGATACAAAAGGCA
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GTGAGGTGTGTTCGAGACCAAAATGGAAACCATGTGATCCAGAAATGCATCGAGAGTATT
CACGCAGACAGAGTTGGTTTCATGTTGTCTGCATTCCGCGGTCAAGTCTCCTCTCTCTCT
ATGCATCCTTATGGCTGCCGTGTCATACAGAGGCTTATGGAGCGTTGCTCAAATGAGCAT
CAGTGTCAGTTCATCACCGAGGAGATACTGGAATCAGCACGTGTCCTTTCCAAGGATCAA
TATGGCAATTACGTCATACAGCATGTATTGGAGAAAGGGACATCTGAAGAACGAGAGAGA
ATCGTGAAGAAACTATCAGGGCACATAGTGCAGCTTAGCCTACATAAATTTGCGTCAAAT
GTTATAGAGAAGTGTCTTGAGCATGGTGGCAGGATCGAGCGAGACCT

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR3EA05JQ 658 0 0
TCACCGAGGAGATACTGGAATCAGCACGTGTCCTTTCCAAGGATCAATATGGCAATTACG
TCATACAGCATGTATTGGAGAAAGGGACATCTGAAGAACGAGAGAGAATCGTGAAGAAAC
TATCAGGGCACATAGTGCAGCTTAGCCTACATAAATTTGCGTCAAATGTTATAGAGAAGT
GTCTTGAGCATGGTGGCAGGATCGAGCGAGACCTCATCATCAAAGAGATTGCAGGGCCTG
ATGAGAGCTATGATAGTCTATTGATGATGATGAAGGACCAGTATGGAAACTATGTGGTGC
AGAAGATATTCGAGACGTGTAGTGTTGATCAGCGTGTGGTGTTGGTCAGCAGAGTCAGAA
TGCATGCTTCTGCTTTGAAGAAATACACTTATGGGAAACATATTGTCACTCGTTTGGAAC
AGCCCTTTAGTGAAGAAAGCCGAGAATCAAGGCGATGAGTGGCTCTTCTGATTCAAGATA
GTGACTGATTCAGATATAGTCGATACAGGTCGCAATGATTGTGAAGAATGTTGTTTGTAC
TTTAGAATTTGATCATAGCCGTTGTGATGATTGTGTGGCCATGTTGGTAGTAAATATTGG
ATAATTGTATCAGTAGTACACTAGTATGTGTAACTTGGTTTGTGGATTCATCAAAAAA

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL5504Contig1 1045 2 2 U
TTTTTTTAAACAAAATTTAGCCACTATTTTAAAATATGCTCTAGGCCACTGAATTTTCCG
GGACGGCACTGGATAGAGATGAAAAGACCTATTAACATTCGTTGAAGCACGGTGAACCCG
TTGTTGTCGTTTCTTGTGAGAAGTTTAGCGACCGGGACGTTGAACCGGTCGTAGAGTGGG
ACCCAAATGAGGACGGTGATGCAGTCGAAGACCCCGAGAGTCGCTGGAGGAAGCTTGAAA
GAGCCGATGTTGCAGTTCATGGCTCTTCCTTGTTGGATAAACATGGTGGTTGCTTGAGCG
TAGAGAGATGAGAAGATGATACCTGAAGCCCATATGGGTAGCATTCGAATAAGAATCTTG
ACTTCTTCGACCTGTGTGACGGTGCATAGGCTCCATGGATTGGAAAACTCTAAGGATATT
GCTTCTTCTAATGATAAAACTGCAGCTTTATCAAGATACCTGCATCGACATGGTATATTA
GGCATGGGCATTCGGGGTCCCAATCGGGTTTCGGTTTTATCCAATCGGATTTCGGTTATT
CGGATTTATCAAAATCAGCCCCATTCGGATTATATAAAAATTCGGTTCGGGACCGGTTCG
GGTTTTATCGGATTCGGATCGGGGTTAGTAAATCTTCCAAGAACCGGTACAACCCAATGT
ACTTTCGGGTTTGGGTCCCAATCGGGTCTTCGGTTTAAAAATATCTAATTTTTACTTATT
TTGTAACCAAAACATAAGAAAATCCGGTTCTTCGGGTTTCAAATACCTAATTTGTAACTT
TTTGTAACCAAAATATAAGTAAATTCGATTTAAAATAAGAAATGAACATCAACCGTGATC
ATTCAAAATCAAACAAAAAGAAAACATATTTATTGATAAAAAGAAAACCAAATAAACGAA
AGCATAAAACGAAAACCACGTTCTCATGAAATGAGAAATAATGTTTAGTGAAAACAAAAT
CTAAATCTAAATATTTCAAGATTCAATAGCCACATTTAACCATCAATCTTCATGTAATAG
TACCACCAACATTCATGTAATAGAT


BQ
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AF RR3EA82TF U 1
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TAGAGAGATGAGAAGATGATACCTGAAGCCCATATGGGTAGCATTCGAATAAGAATCTTG
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CGGATTTATCAAAATCAGCCCCATTCGGATTATATAAA

QA 1 578 1 578
DS 

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TTCTTCTAATGATAAAACTGCAGCTTTATCAAGATACCTGCATCGACATGGTATATTAGG
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GATTTATCAAAATCAGCCCCATTCGGATTATATAAAAATTCGGTTCGGGACCGGTTCGGG
TTTTATCGGATTCGGATCGGGGTTAGTAAATCTTCCAAGAACCGGTACAACCCAATGTAC
TTTCGGGTTTGGGTCCCAATCGGGTCTTCGGTTTAAAAATATCTAATTTTTACTTATTTT
GTAACCAAAACATAAGAAAATCCGGTTCTTCGGGTTTCAAATACCTAATTTGTAACTTTT
TGTAACCAAAATATAAGTAAATTCGATTTAAAATAAGAAATGAACATCAACCGTGATCAT
TCAAAATCAAACAAAAAGAAAACATATTTATTGATAAAAAGAAAACCAAATAAACGAAAG
CATAAAACGAAAACCACGTTCTCATGAAATGAGAAATAATGTTTAGTGAAAACAAAATCT
AAATCTAAATATTTCAAGATTCAATAGCCACATTTAACCATCAATCTTCATGTAATAGTA
CCACCAACATTCATGTAATAGAT

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

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ACATTTGTCAATACAATGCCAGTAGTCGAAATACTGCCCGGGGCAATGCTTGTGGCCAGA
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AAAAATTCCAGTCTAGAGATTCAGAGACATACATGAGATCC


BQ
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AF RR3F018JQ U 72
AF RR3F018TF C 1
BS 1 71 RR3F018TF
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CACCTCTGCTTCCTAATCATTTTAGTTTTGCAAACAGCTTTGGTGCAACACATTTGTCAA
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QA 1 227 1 227
DS 

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AACGTCCACAGCGTTTTATACATCCCTTTAAAACCACATGAAGCACACTCAAGCAAAGAC
AACATCGTCTCCACCTCTGCTTCCTAATCATTTTAGTTTTGCAAACAGCTTTGGTGCAAC
ACATTTGTCAATACAATGCCAGTAGTCGAAGTACTGCCCGGTGCAATGCTTGTGGCCAGA
GTCGTCACCTTGGATTCTCTTCACACACGCCTGATATTCGAGTAGTGGCTTCACACATTT
AGGTTTGCAGGATTCCTCGAGGTACTTCTTTGGATCAACAACTTCATCATCTGCCCTGAT
ATTATCAAAAACGAAAGAAGAAAAAAAAAATCAAATCATCCTAATAATTAAACCAGTTTG
ATTATCAGACAAGAATCGAGACCACAAAAATATTGGATATATTCGGTTTATCTAATGGAA
AGGCTGAGTAGTGGCTTAAAACTACGCGACATCTCAAGCAGCAAGCTAGCCTTATAACAT
GGTTATCAATCCTATTCTAGATTTAGATCATCATGGACCGATCACGATTGAGCACAATCT
AAAAATTCCAGTCTAGAGATTCAGAGACATACATGAGATCC

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

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GGGACTTTTGTGACGTTAAATATCTACAAAAGCTTCTTCTTCCATCACTGCTTCTACCAA
TTTCCCAAGAAAAAAACGATGGCAGTTGGAGATTTATCCTCTTCTTCCTCGGAGTTACAT
GTTCTGGCTGTCGACGATAGTATTGTTGATCGTAAGGTTATTGAGAGGTTGCTTAGGATC
TCTGCTTGTAAAGTGACGACTGTTGAGAGTGGGACTAGGGCTCTTCAGTATCTTGGTCTA
GATTGAGACAAAGGATCTCCTGGTCTTAAGGATTTGAAGGTGAACTTGATAGTGACAGAT
TACTCTATGCCGGGACTAACAGGTTATGAACTTCTCAAGAAGACCAAAGAGTCTTCAGCG
TTCAGAGAAATACCAGTAGTGATAATGTCGTCTGAGAACATACAACCTCGTATAGAACAA
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TAACCTTAGTCCTAAGAGAATCCCTTCAAAACGACATCTTCTTCTTCTTCATCTTCCTCT
TCATTATCACCACCATTGTCATATTCATTGTCTAATGTTGTTTCCTCTCCGGGAAGATGA
CACTCAATCTTCCAAAAGGATGAAATTATGATCATGATTGCGCTAAAACTTCTTCTCT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3ES52TF U 1
AF RR3GA66TF U 445
BS 1 525 RR3ES52TF
BS 526 526 RR3GA66TF
BS 527 563 RR3ES52TF
BS 564 564 RR3GA66TF
BS 565 608 RR3ES52TF
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BS 610 673 RR3ES52TF
BS 674 718 RR3GA66TF

RD RR3ES52TF 673 0 0
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TTTCCCAAGAAAAAAACGATGGCAGTTGGAGATTTATCCTCTTCTTCCTCGGAGTTACAT
GTTCTGGCTGTCGACGATAGTATTGTTGATCGTAAGGTTATTGAGAGGTTGCTTAGGATC
TCTGCTTGTAAAGTGACGACTGTTGAGAGTGGGACTAGGGCTCTTCAGTATCTTGGTCTA
GATTGAGACAAAGGATCTCCTGGTCTTAAGGATTTGAAGGTGAACTTGATAGTGACAGAT
TACTCTATGCCGGGACTAACAGGTTATGAACTTCTCAAGAAGACCAAAGAGTCTTCAGCG
TTCAGAGAAATACCAGTAGTGATAATGTCGTCTGAGAACATACAACCTCGTATAGAACAA
TGCATGACAGAAGGAGCAGAGGATTTTCTGCTAAAACCGGTGAAATTAGCAGATGTGAAG
CGGCTCAAAGAACTTATAATGAGATTGAGAGGTGGTGAAGCTGAA*GAAGAGAAAACCAG
TAACCTTAGTCCTAAGAGAATCC*TTCAAAACGACATCTTCTTCTTCTTCATCTTCCTCT
TCATTATCGCCACCATTGTCATATTCATTGTCTAATGTTGTTTCCTCTCCGGGAAGATGA
CACTCAATCTTCC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3GA66TF 274 0 0
TTTCTGCTAAAACCGGTGAAATTAGCAGATGTGAAGCGGCTCAAAGAACTTATAATGAGA
TTGAGAGGTGGTGAAGCTGAAAGAAGAGAAAACCAGTAACCTTAGTCCTAAGAGAATCCC
TTCAAAACGACATCTTCTTCTTCTTCATCTTCCTCTTCATTATCACCACCATTGTCATAT
TCATTGTCTAATGTTGTTTCCTCTCCGGGAAGATGACACTCAATCTTCCAAAAGGATGAA
ATTATGATCATGATTGCGCTAAAACTTCTTCTCT

QA 1 274 1 274
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AACTCCAACATCTTCTCTGCAACTCCACACTAGCTACTCATCTCCGAGCCAAGGTGTAAG
CGAAAAGATTGTTATTAAGATGGCGCCACGGAAGCTCATGATCATCTCTAGTGAACATGA
AAATGTGATGAAGTCAGGAACTCATGAAGGTTCAAGCCAACAACCTCGAATTACTTCTTC
TTCTGGAAAATCTATGGACGAAAAGAAGAGGTTAGGTGACGAAGAAGAGGAGAAAGCTCT
ATCGAAATATCTATCGATGGATTATCCAAGGTTTAGAAGAAGACGGCCAGTTCACAACAA
GTTTTTACGTCCATGATTTTTTTTTTTTAATTTCAATACAACTATTAATTTAAGCTATAG
ATTTATCAATTAACTGGCTAAGTGGTTGGTATAAGAAGTTTTGGCGATATTTTGTAATTA
AGGGACTATGTTCATGTTAATTCTTTTTATTTTATGATAGTGGCCGACAAGATTTAAGCA
AAACCCTAAGTCTCTGGTTTGGGGTTTGAGCTTATCTGATCTTCGTTTCATGCACTAACA
TGTTGGCTGGTTTGGTTGTACTTTTTAATTTTATATTGCGAGAGGAAATCGATGTTTGAG
TTCCATTATTAACCGAGATAATTACATGTATGATTTGATCTAAAATAAGAAAACAGAAAA
CG


BQ
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10 10 

AF RR3BB09TF U 1
AF RR3BB09JQ C 104
BS 1 331 RR3BB09TF
BS 332 722 RR3BB09JQ

RD RR3BB09TF 331 0 0
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AACTCCAACATCTTCTCTGCAACTCCACACTAGCTACTCATCTCCGAGCCAAGGTGTAAG
CGAAAAGATTGTTATTAAGATGGCGCCACGGAAGCTCATGATCATCTCTAGTGAACATGA
AAATGTGATGAAGTCAGGAACTCATGAAGGTTCAAGCCAACAACCTCGAATTACTTCTTC
TTCTGGAAAATCTATGGACGAAAAGAAGAGGTTAGGTGACGAAGAAGAGGAGAAAGCTCT
ATCGAAATATCTATCGATGGATTATCCAAGG

QA 1 331 1 331
DS 

RD RR3BB09JQ 619 0 0
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ATCTTTAGTGAACATGAAAATGTGATGAAGTCAGGAACTCATGAAGGTTCAAGCCAACAA
CCTCGAATTACTTCTTTTTTTGGAAAATCTATGGACGAAAAGAAGAGGTTAGGTGACGAA
GAAGAGGAGAAAGCTCTATCGAAATATCTATCGATGGATTATCCAAGGTTTAGAAGAAGA
CGGCCAGTTCACAACAAGTTTTTACGTCCATGATTTTTTTTTTTTAATTTCAATACAACT
ATTAATTTAAGCTATAGATTTATCAATTAACTGGCTAAGTGGTTGGTATAAGAAGTTTTG
GCGATATTTTGTAATTAAGGGACTATGTTCATGTTAATTCTTTTTATTTTATGATAGTGG
CCGACAAGATTTAAGCAAAACCCTAAGTCTCTGGTTTGGGGTTTGAGCTTATCTGATCTT
CGTTTCATGCACTAACATGTTGGCTGGTTTGGTTGTACTTTTTAATTTTATATTGCGAGA
GGAAATCGATGTTTGAGTTCCATTATTAACCGAGATAATTACATGTATGATTTGATCTAA
AATAAGAAAACAGAAAACG

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 2

CO CL5509Contig1 1511 2 2 U
GCACAATGGAGAACCATAGCCCGCTTGGCAGGCTAGATAACTGGAAACTGAGCTTTGACT
GGATGCGGGACGAGTTTATCGACACCATGACAGGGGCTTACCCGAGTCTTGTTGACTCAT
CTGACTGTATTGATGGCCCACAGGCCAAGTACTATCAAGCTCTTGACTTCTCCAACGTGT
TAAGCTGTGCAAGACGGCCAACCATCATAGATCCCCCTCTTACGAAGTATAATGACTCCA
CCTTCGGGTTTAAACCATATTGCTGCAGAAACGGGACTATTCTGCCAAAGTCCATGGATC
CTAGCAAGTCCATCTCAGCTTTCCAGATGCAGGTGTACAAAATGCCTCCAGATCTTAACA
TCTCTGCTCTTTCACCTCCTCAGAACTGGCGTATCAGTGGTTCACTTAACCCTGATTACA
AGTGTGGCCCTCCTGTTCGAGTTAGCCCAAGCCAGTTCGTCGATCCTAGTGGATTACCAT
CAAACAAGACAGCTTTTGCCAGCTGGCAAGTGGTCTGCAACATCACTCAACAGAAAGACA
CGAGTCCGAGGTGCTGTGTGTCGTTCTCTGCCTACTTCAACGACTCCATCATCCCTTGCA
AGACTTGCGCTTGTGGATGTTCCAGCAGCAGAGCTTCTCGCACTTGTAGCACAACATCCC
CAGCGCTTCTTCTACCCCAGCAAGCTCTTCTGGTCCCTTTTGAGAACCGAACTGAACTCA
CTCTCGCTTGGTCTTATCTAAAACACCGTCCTGTCCCAAACCCAATGCCTTGTGGGGACA
ACTGTGGAGTGAGCATCAACTGGCATTTGGCTACAGACTACAGAGGAGGATGGACAGCCC
GGGTCACAATCTTTAACTGGGGAGAGACAAACTTTCCAGATTGGTTCACTGCTATTCAGA
TGAAAAAAGCCGCCCCAGGTTTTGAGAAAGCCTACTCGTTCAACGCAACTGCACTTGATA
TCAACGGGGAGAACAACACTATTTTCATGGAAGGTCTACCTGGCTTGAACTATCTTGTAG
CTGAAAGGGACGGTGACAGTCCGTTAAAGAACCCTCGTGTTCCAGGGAAACAACAGTCTG
TTATTTCCTTCACCAAGAAACTGACTCCTGGGATCAATGTCCCTGGCGGAGACGGCTTCC
CGAGCAAAGTGTTCTTCAACGGTGAGGAGTGTTCGCTGCCATCTATACTCCCAACGAGCA
ACAGCAACAAATGGCGACACATCTCTGCTATCCTCTTGGCATTACCGGTTTTGGCACTCT
TGATTTTGCGGGTGTAAGTAGTAGCAGCGGAGCCTCCCCGTACGTGTTGGTGATACGGTT
TCTTGAATGTTTACCAGATAACAAGTCAGTTCCCAAGGGTTCCCCGATGGAGAATCAATC
AATTCTTTATCAGCAATCAATATGATGAGTGTTGGAAGAAGCTTTTATATAGGTAATATG
AACTGAAGATATGTGTTTACAAGTCTCTTGTATTGTTTCTGATTAGTAATCATATGTCTC
TGTGCACTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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BS 820 1511 RR3AS16JQ

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CGAGTCCGAGGTGCTGTGTGTCGTTCTCTGCCTACTTCAACGACTCCATCATCCCTTGCA
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DS 

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AACTGTGGAGTGAGCATCAACTGGCATTTGGCTACAGACTACAGAGGAGGATGGACAGCC
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ATCAACGGGGAGAACAACACTATTTTCATGGAAGGTCTACCTGGCTTGAACTATCTTGTA
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CTGTGCACTATT

QA 1 912 1 912
DS 



AS 1 2

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CTCGCGAACCCACCGTCCGACGGCATTTCCAATCTCAGATTCTCCAACACAAGTGACCAT
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GGGCCGGAACGGACTCAGGTGGGAACATACGTGCAACCGGAGCGTGTTTACTCTCTGTCT
CTCGTTGGAAACCGTCTCGTTGTGGCAACAGCAGGAAGGCATGTCAACATCTACGATCTC
AGGAATATGTCTCAGCCTGAACAAAGAAAGGGAGTCTTCACTAAAGTACCATACGAGATG
TGTTCGTAGTTATCCTAATGGAACAGGGTATGCTCTTAGCTCTGTTGAAGGAAGAGTTGC
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AATTTATGGCACTTTTGCAACCGGAGGCTGTGACGGGTTTGTCAATATTTGGGATGGGAA
CAACAAGAAGAGGCTTTATCAGTATTCAAAGTACCCATCAAGTATAGCAGCACTGTCATT
CAGTCGATATGGGCAGCTACTAGCTGTTGCTTCAAGTTACACTTTTGAAGAGGGGGAGAA
ATCGCACGAGCCAGAAGCCATCTTTGTAAGAAACGTTAACGAAATCGAAGTGAAACCCAA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW29TF U 1
AF RR3FW29JQ C 568
BS 1 710 RR3FW29TF
BS 711 711 RR3FW29JQ
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BS 795 799 RR3FW29TF
BS 800 800 RR3FW29JQ
BS 801 808 RR3FW29TF
BS 809 1303 RR3FW29JQ

RD RR3FW29TF 808 0 0
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TTCAACGGGAGGAGGAATCAGAACATGAGTCAGCCTCCTCCTCCGTCCGCCGGCCGTGAG
CTCGCGAACCCACCGTCCGACGGCATTTCCAATCTCAGATTCTCCAACACAAGTGACCAT
CTCCTCGTCTCTTCATGGGATAAGAGTGTGAGGTTGTACGATGTGAGCACCAATTCGTTG
AAAGGAGAGTTCCTACACGGCGGCGCAGTGCTCGATTGCTGTTTCCACGACGATTCCTCT
GGTTTCAGCGTTGGCAGCGACAACAAAGTCAGACGGATTGTATTCAATGTTGGCAAAGAG
GATGTTCTGGGGACGCACGAAAAGCCAGTGCGGTGTGTTGAGTATTCTTATGCTGCAGGG
CAAGTGATTACGGGATCTTGGGATAAAACAGTTAAGTGTTGGGATCCGAGAGGTGCAAGT
GGGCCGGAACGGACTCAGGTGGGAACATACGTGCAACCGGAGCGTGTTTACTCTCTGTCT
CTCGTTGGAAACCGTCTCGTTGTGGCAACAGCAGGAAGGCATGTCAACATCTACGATCTC
AGGAATATGTCTCAGCCTGAACAAAGAAAGGGAGTCTTCACTAAAGTACCATACGAGATG
TGTTCGTAGTTATCCTAATGGAACAGGGTATGCTCTTAGCTCTGTTGAAG*AAGAGTTGC
GATGGAGTTCTTTGATCTGTCAGAG*CTGCTCAAGCTAAGAAATATGCTTTTA*GTGTCA
TCGGAAATCAGAG*CTGGAGGAGACATT

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3FW29JQ 736 0 0
ACAGCAGGAAGGCATGTCAACATCTACGATCTCAGGAATATGTCTCAGCCTGAACAAAGA
A*GGGAGTCTTCACTAAAGTACCATACGAGATGTGTTCGTAGTTATCCTAATGGAACAGG
GTATGCTCTTAGCTCTGTTGAAGGAAGAGTTGCGATGGAGTTCTTTGATCTGTCAGAGGC
TGCTCAAGCTAAGAAATATGCTTTTAAGTGTCATCGGAAATCAGAGGCTGGAAGAGACAT
TGTTTACCCTGTAAATGCCATTGCTTTCCATCCAATTTATGGCACTTTTGCAACCGGAGG
CTGTGACGGGTTTGTCAATATTTGGGATGGGAACAACAAGAAGAGGCTTTATCAGTATTC
AAAGTACCCATCAAGTATAGCAGCACTGTCATTCAGTCGATATGGGCAGCTACTAGCTGT
TGCTTCAAGTTACACTTTTGAAGAGGGGGAGAAATCGCACGAGCCAGAAGCCATCTTTGT
AAGAAACGTTAACGAAATCGAAGTGAAACCCAAACCCAAAGCATATCCAAATCCTGCGGC
ATAGTAAGGAAGAAACACAGAAGCATTCTCAACACAAGTTGGTCGTTTTCTTTACTAAGA
GTGCCCCATAGATAATGAAAGTATGTCTGGGCTTTTAATCTTTCTTTTGTCTGAGTGTAT
AAAGTAGTAGAAGTAAAGACAATGCTTTGTAGTTCGTTTTTTCAAAACATATTTATTACC
CAAGAGATATTAGATT

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL5511Contig1 750 2 2 U
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AATAATGTCAAGAGAAATAGAACCACTAATAGTGGGAAGAGTAATAGGAGATGTCATAGA
AATGTTCAATCCAAGTGTGACTATGAGAGTCACTTACAGTTCCAATACAATCGTCTCCAA
TGGCCATGAGCTCGCTCCTTCTCTTCTGCTCTCTAAGCCTCGTGTCGAAGTTGGCGGCCA
TGATCTCCGTTCATTCTTCACCTTAATCATGATGGACCCTGATGCCCCTAGTCCTAGCAA
TCCTTACATGCGTGAGTATCTGCATTGGATGGTGACAGACATCCCCGGGACAACCGATGC
TTCTTTTGGGAGAGAGATGGTGAGATATGAAACGCCTAAACCGGTGATTGGAATACACAG
ATACGCATTCGTGCTGTTCAGACAGAGAGGGAGGCAAACGGTGAAGGCGGCACCTGCAAC
AAGGGAATGTTTCAACACAAGAGACTTCTCTGCTTTCTTTGGTCTTCCTCTACCTGTTGC
CGCTGTTTACTTCAACGCCCAACGTGAAACTGCTCCTCGAAGACGTCCTTCTTACTAATC
AACTATAATAAAACACTCTACTCTAAATGTAGAAATAAAGTTCTCACTATACCCTTAATG
TGTCAAAATAAAGTTCCCTAAGTAAGCACAGGGTATGTGTTGTTTTTGTATGTTCAACTC
AAAAGAAATAAAAGAATGTCATTTGATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AJ81TF U 1
AF RR3AJ81JQ C 212
BS 1 703 RR3AJ81TF
BS 704 750 RR3AJ81JQ

RD RR3AJ81TF 703 0 0
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AATAATGTCAAGAGAAATAGAACCACTAATAGTGGGAAGAGTAATAGGAGATGTCATAGA
AATGTTCAATCCAAGTGTGACTATGAGAGTCACTTACAGTTCCAATACAATCGTCTCCAA
TGGCCATGAGCTCGCTCCTTCTCTTCTGCTCTCTAAGCCTCGTGTCGAAGTTGGCGGCCA
TGATCTCCGTTCATTCTTCACCTTAATCATGATGGACCCTGATGCCCCTAGTCCTAGCAA
TCCTTACATGCGTGAGTATCTGCATTGGATGGTGACAGACATCCCCGGGACAACCGATGC
TTCTTTTGGGAGAGAGATGGTGAGATATGAAACGCCTAAACCGGTGATTGGAATACACAG
ATACGCATTCGTGCTGTTCAGACAGAGAGGGAGGCAAACGGTGAAGGCGGCACCTGCAAC
AAGGGAATGTTTCAACACAAGAGACTTCTCTGCTTTCTTTGGTCTTCCTCTACCTGTTGC
CGCTGTTTACTTCAACGCCCAACGTGAAACTGCTCCTCGAAGACGTCCTTCTTACTAATC
AACTATAATAAAACACTCTACTCTAAATGTAGAAATAAAGTTCTCACTATACCCTTAATG
TGTCAAAATAAAGTTCCCTAAGTAAGCACAGGGTATGTGTTGT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3AJ81JQ 539 0 0
TT
TAAGCCTCGTGTCGAAGTTGGCGGCCATGATCTCCGTTCATTTTTCACCTTAATCATGAT
GGACCCTGATGCCCCTAGTCCTAGCAATCCTTACATGCGTGAGTATTTGCATTGGATGGT
GACAGACATCCCCGGGACAACCGATGCTTTTTTTGGGAGAGAGATGGTGAGATATGAAAC
GCCTAAACCGGTGATTGGAATACACAGATACGCATTCGTGCTGTTCAGACAGAGAGGGAG
GCAAACGGTGAAGGCGGCACCTGCAACAAGGGAATGTTTCAACACAAGAGACTTTTTTGC
TTTCTTTGGTTTTCCTCTACCTGTTGCCGCTGTTTACTTCAACGCCCAACGTGAAACTGC
TCCTCGAAGACGTCCTTTTTACTAATCAACTATAATAAAACACTTTACTCTAAATGTAGA
AATAAAGTTCTCACTATACCCTTAATGTGTCAAAATAAAGTTCCCTAAGTAAGCACAGGG
TATGTGTTGTTTTTGTATGTTCAACTCAAAAGAAATAAAAGAATGTCATTTGATTTT

QA 3 539 3 539
DS 



AS 1 2

CO CL5512Contig1 1069 2 4 U
GGGATGCTACATTAGTCCAAGCATTAACGTCGTTTCCACCTCTCCTCCCATTCTTTCACA
TTTAATCGGTACAAGCATCATTGAAGGTACCCATTGAGGTTCCGCCTACAAGGAGACCAA
ACTGAAATTGAGCAGAGTAAATTTGACGAAAGTCGAGGAGAAACCGAGGCATGCTTTCAT
CGTGTTCTATCAGAAGCTTAGGCTTCTCAGGAGCTAAAGTCTGCTATAGATTTTACTTCG
AGGGATGCAATTGATAGTTCATGGGAAGCTCTGATGAAGTTGTGCGACTCATGGAGCGTG
CTGAATCTACATTCATAAAGCATTTTGCAGATGCTAATCGAACTAAAGGAATGAACCATA
TTTTACGGCCTAAAGCAAAACGAGAGAGACATAGACGTATTTTCTCCACAGGTTTCTCGA
CTGGATGTGTTTTCTCTCCTATAGTGGCTCTTGCCGCTATCATTCGAACGCGGAATCTCT
TGCAGGAGGAAGACCAGAAGCAATACATGAATACTATGTTCCCTCCTTATAGTTTTTTCG
GGTTTATCTTGCTGCAAATAATAATGTATGCTGCTAATATATACTACTGGAGGCGATACA
AAGTTACCTATTCCTTCATATTTGGGTTCAAGCAAGGAACTGAACTTGGTTATAGACAAT
TCCTGCTTGGTGTCTTTGCATTGCTTTGTGTTCAAACTCTTCGAAGCATGAGTTCTACAT
CTGTTATTAAGGAAGGTGCACAGGTCCTCCAATAAGGGAAGCCTCAAGTTTGGCACCAGG
ACGTACATCATCAGAGAGAGAAGTTGCTTTGGATGAGAGTGCTCTGAAGAAAGCACGTGT
GGATTGAGTCCAGTATCTTCCAGTTTTCTTTAATTCTATTCCCTTAAAAAAAAAAACTCA
ATCCGGTGTTTGTTGTTATGCTTACTAATAAAGCTTCTTTCCAGTTTACTCAGCGTCCTG
GTTGTGGTTCCAATTAATAACACAAATCACTTGCAACATTAAACATTCGCATCATGTGTA
TCTGTAAGGTGAGTGGCCATGCACTCTTGCATATAACAGGAAATTTATT


BQ
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AF RR3CQ51TF U 1
AF RR3CQ51JQ C 483
BS 1 636 RR3CQ51TF
BS 637 637 RR3CQ51JQ
BS 638 705 RR3CQ51TF
BS 706 1069 RR3CQ51JQ

RD RR3CQ51TF 705 0 0
GGGATGCTACATTAGTCCAAGCATTAACGTCGTTTCCACCTCTCCTCCCATTCTTTCACA
TTTAATCGGTACAAGCATCATTGAAGGTACCCATTGAGGTTCCGCCTACAAGGAGACCAA
ACTGAAATTGAGCAGAGTAAATTTGACGAAAGTCGAGGAGAAACCGAGGCATGCTTTCAT
CGTGTTCTATCAGAAGCTTAGGCTTCTCAGGAGCTAAAGTCTGCTATAGATTTTACTTCG
AGGGATGCAATTGATAGTTCATGGGAAGCTCTGATGAAGTTGTGCGACTCATGGAGCGTG
CTGAATCTACATTCATAAAGCATTTTGCAGATGCTAATCGAACTAAAGGAATGAACCATA
TTTTACGGCCTAAAGCAAAACGAGAGAGACATAGACGTATTTTCTCCACAGGTTTCTCGA
CTGGATGTGTTTTCTCTCCTATAGTGGCTCTTGCCGCTATCATTCGAACGCGGAATCTCT
TGCAGGAGGAAGACCAGAAGCAATACATGAATACTATGTTCCCTCCTTATAGTTTTTTCG
GGTTTATCTTGCTGCAAATAATAATGTATGCTGCTAATATATACTACTGGAGGCGATACA
AAGTTACCTATTCCTTCATATTTGGGTTCAAGCAAG*AACTGAACTTGGTTATAGACAAT
TCCTGCTTGGTGTCTTTGCATTGCTTTGTGTTCAAACTCTTCGAA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3CQ51JQ 587 0 0
CAGGAGGAAGACCAGAAGCAATACATGAATACTATGTTCCCTCCTTATAGTTTTTTCGGG
TTTATCTTGCTGCAAATAATAATGTATGCTGCTAATATATACTACTGGAGGCGATACAAA
GTTACCTATTCCTTCATATTTGGGTTCAAGCAAGGAACTGAACTTGGTTATAGACAATTC
CTGCTTGGTGTCTTTGCATTGCTTTGTGTTCAAACTTTTCGAAGCATGAGTTCTACATCT
GTTATTAAGGAAGGTGCACAGGTCCTCCAATAAGGGAAGCCTCAAGTTTGGCACCAGGAC
GTACATCATCAGAGAGAGAAGTTGCTTTGGATGAGAGTGCTCTGAAGAAAGCACGTGTGG
ATTGAGTCCAGTATCTTCCAGTTTTCTTTAATTCTATTCCCTTAAAAAAAAAAACTCAAT
CCGGTGTTTGTTGTTATGCTTACTAATAAAGCTTCTTTCCAGTTTACTCAGCGTCCTGGT
TGTGGTTCCAATTAATAACACAAATCACTTGCAACATTAAACATTCGCATCATGTGTATC
TGTAAGGTGAGTGGCCATGCACTCTTGCATATAACAGGAAATTTATT

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

CO CL5513Contig1 956 2 2 U
GGATATGAACGAGATCAAAGCGCTTCCTCCTCCAGAGAACTACACTCCTCCACCTCCTCC
TCCACCGGAGCCTAAGCCTGAGCCGAAACCGCAAGTAACCAATGATCTAGTTGACCTGAG
GGAGGATGGTGTCAGCGCTGATGACCGAGGGAACAAGTTTGCTCTCGCGCTTTTTGCTGG
TCCTGCTAGTAGTAATGGGAAATGGGAAGCTTTCTCCTCTGATAACAGCGAGGTGACATC
AGCTTGGCAGAATCCAGCAGCTGAGCCAGGGAAGGCGGATTGGGAACTTGCATTGGTCGA
GACAGCTAGTAATCTTGAGCATCAGAAAGCCGCAATGGGCGGTGGTTTAGACCCGTTGTT
GCTCAACGGCATGTACGACCAAGGAGCTGTTAGACAACACGTGAGCACCTCGGAGTTAAC
AGGTGGAAGTTCAAGCAGTGTCGCCATGCCTTTACCGAGTAAGACCAACAGCCATATATC
AGCACTCCCTGCACCTGATGGAACCGTTCAGAAAGTGAACCAAGACCCTTTCGCTGCTTC
ACTAACGATCCCACCATCTTCGTATGTGCAAATGGCTGAGATGGACAAAAAGCAGTATCT
ATTGACTCAGGAGCAGCAGTTATGGCAGCAGTATCAGCAAGAAGGAATGAGAGGTCAAGC
TAGTTTGGCTAAGATGAGTCCAGCCCCAAACGCAATGCCTTATGGGATGCCACCGGTTAA
CGGGATGGGACCGCCACCGATGGGGTATTACTACAACAACCCTTACTGATTTCATTTGGC
TTTTGTTCTTTTTCTTACATAAATATTATATATTTTCCGAGCAATATAATTACTTTGTGT
TACAATCCTGTTTCTTCTTGTATTGTTTCCGGTCATATGGCTCTGCTTGGAACGTGTGAG
ACTTTTTTTGTTTTGAGTTTGATTAATAAAGTCATCCATAAACATTTTTTCTTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DX95TF U 1
AF RR3DX95JQ C 300
BS 1 591 RR3DX95TF
BS 592 956 RR3DX95JQ

RD RR3DX95TF 591 0 0
GGATATGAACGAGATCAAAGCGCTTCCTCCTCCAGAGAACTACACTCCTCCACCTCCTCC
TCCACCGGAGCCTAAGCCTGAGCCGAAACCGCAAGTAACCAATGATCTAGTTGACCTGAG
GGAGGATGGTGTCAGCGCTGATGACCGAGGGAACAAGTTTGCTCTCGCGCTTTTTGCTGG
TCCTGCTAGTAGTAATGGGAAATGGGAAGCTTTCTCCTCTGATAACAGCGAGGTGACATC
AGCTTGGCAGAATCCAGCAGCTGAGCCAGGGAAGGCGGATTGGGAACTTGCATTGGTCGA
GACAGCTAGTAATCTTGAGCATCAGAAAGCCGCAATGGGCGGTGGTTTAGACCCGTTGTT
GCTCAACGGCATGTACGACCAAGGAGCTGTTAGACAACACGTGAGCACCTCGGAGTTAAC
AGGTGGAAGTTCAAGCAGTGTCGCCATGCCTTTACCGAGTAAGACCAACAGCCATATATC
AGCACTCCCTGCACCTGATGGAACCGTTCAGAAAGTGAACCAAGACCCTTTCGCTGCTTC
ACTAACGATCCCACCATCTTCGTATGTGCAAATGGCTGAGATGGACAAAAA

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3DX95JQ 657 0 0
AGACAGCTAGTAATCTTGAGCATCAGAAAGCCGCAATGGGCGGTGGTTTAGACCCGTTGT
TGCTCAACGGCATGTACGACCAAGGAGCTGTTAGACAACACGTGAGCACCTCGGAGTTAA
CAGGTGGAAGTTCAAGCAGTGTCGCCATGCCTTTACCGAGTAAGACCAACAGCCATATAT
CAGCACTCCCTGCACCTGATGGAACCGTTCAGAAAGTGAACCAAGACCCTTTCGCTGCTT
CACTAACGATCCCACCATCTTCGTATGTGCAAATGGCTGAGATGGACAAAAAGCAGTATC
TATTGACTCAGGAGCAGCAGTTATGGCAGCAGTATCAGCAAGAAGGAATGAGAGGTCAAG
CTAGTTTGGCTAAGATGAGTCCAGCCCCAAACGCAATGCCTTATGGGATGCCACCGGTTA
ACGGGATGGGACCGCCACCGATGGGGTATTACTACAACAACCCTTACTGATTTCATTTGG
CTTTTGTTCTTTTTCTTACATAAATATTATATATTTTCCGAGCAATATAATTACTTTGTG
TTACAATCCTGTTTCTTCTTGTATTGTTTCCGGTCATATGGCTCTGCTTGGAACGTGTGA
GACTTTTTTTGTTTTGAGTTTGATTAATAAAGTCATCCATAAACATTTTTTCTTGAG

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

CO CL5514Contig1 1025 2 4 U
GGACGATCATGACTTTCTTCTTCGTACGGCGATGACGATTCGGTGGTATCTTATTCTCGC
CATCTGGAACGGTCATGGCTTTGTGTTTACTCCCGTTAATAGCGTTCTTTACTCCTTAGA
TCTACGCCACCCACGATCTTTCATTCAATAATTCTGATATATCTTACAGATGGTGAAACT
CCACCTATAAAGTGTTTTTGTTTCGTTGATCGACTGTACGAAGTTTCAACTTGGTGTTTG
TGGTTACAACGTTAGAAGAAAGAACAAGCGCTCTCGGTGGCGTGTCTTCAGTCTCATGCT
GAATTAATATAAAGGACGGTGTCATCGGTTTATCACTTCGTCTTTTAATTCTACAACAAT
TGCCAAGATATTTCTTTATGATTAATGTACCTAGATGTTGCTTATTCTTCCTGGTCAGAT
CAATACACACTCTATTGCGGAAGCTACTAAGAGATTTGGGTTCTGGTGTTGGCTGAAGAA
CACAAGTCTTGAAAAAGTGAAAACTATGAAATGGTGTCAATTAATGGAAGGATGCAGGAA
TATACATCGAGAAACTATGAACTCAAATGTTCTCCTACAAGTATATTATCTTAAAGAAAA
ATCATTGAAACATTGTCAAAACAACATGCTTATGGTATTTTCTTACTTCGAATAAATCGT
ATTACAAAGATAACTTTTTGTCATTTTTATTGTTTTGTGATTTTCCAGCCTATAAACAGT
GGTACTTTTAGTTTTTTTTTTCCCATATTTTTTTGAAGCAATAGAATTATGTAAAAATGG
GAGGTGAAAACGGTAAGTTACAGCTTGATCAGGAGGCTTTGAGGAAAATGGGAGATGAAC
ACTATTATTGTGAAAAGTTTTAGGAGAGAGATATCTTTGCTTATCCTAAAAAATCACTAT
GAAAGTTTTTAAAATATCATATTTTTTAAATACAATAAAAGTTTTCAAAATCCCTTTTAG
TTTTAGTTTTTTCATTTCCTTAGATGATGTCAAACATATATTAGAAATGGTTTATAAGTT
TTTTT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3FT58TF U 1
AF RR3FT58JQ C 430
BS 1 620 RR3FT58TF
BS 621 621 RR3FT58JQ
BS 622 660 RR3FT58TF
BS 661 1025 RR3FT58JQ

RD RR3FT58TF 660 0 0
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CATCTGGAACGGTCATGGCTTTGTGTTTACTCCCGTTAATAGCGTTCTTTACTCCTTAGA
TCTACGCCACCCACGATCTTTCATTCAATAATTCTGATATATCTTACAGATGGTGAAACT
CCACCTATAAAGTGTTTTTGTTTCGTTGATCGACTGTACGAAGTTTCAACTTGGTGTTTG
TGGTTACAACGTTAGAAGAAAGAACAAGCGCTCTCGGTGGCGTGTCTTCAGTCTCATGCT
GAATTAATATAAAGGACGGTGTCATCGGTTTATCACTTCGTCTTTTAATTCTACAACAAT
TGCCAAGATATTTCTTTATGATTAATGTACCTAGATGTTGCTTATTCTTCCTGGTCAGAT
CAATACACACTCTATTGCGGAAGCTACTAAGAGATTTGGGTTCTGGTGTTGGCTGAAGAA
CACAAGTCTTGAAAAAGTGAAAACTATGAAATGGTGTCAATTAATGGAAGGATGCAGGAA
TATACATCGAGAAACTATGAACTCAAATGTTCTCCTACAAGTATATTATCTTAAAGAAAA
ATCATTGAAACATTGTCAAA*CAACATGCTTATGGTATTTTCTTACTTCGAATAAATCGT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3FT58JQ 596 0 0
CTCTATTGCGGAAGCTACTAAGAGATTTGGGTTCTGGTGTTGGCTGAAGAACACAAGTCT
TGAAAAAGTGAAAACTATGAAATGGTGTCAATTAATGGAAGGATGCAGGAATATACATCG
AGAAACTATGAACTCAAATGTTTTCCTACAAGTATATTTTTTTAAAGAAAAATCATTGAA
ACATTGTCAAAACAACATGCTTATGGTATTTTCTTACTTCGAATAAATCGTATTACAAAG
ATAACTTTTTGTCATTTTTATTGTTTTGTGATTTTCCAGCCTATAAACAGTGGTACTTTT
AGTTTTTTTTTTCCCATATTTTTTTGAAGCAATAGAATTATGTAAAAATGGGAGGTGAAA
ACGGTAAGTTACAGCTTGATCAGGAGGCTTTGAGGAAAATGGGAGATGAACACTATTATT
GTGAAAAGTTTTAGGAGAGAGATATCTTTGCTTATCCTAAAAAATCACTATGAAAGTTTT
TAAAATATCATATTTTTTAAATACAATAAAAGTTTTCAAAATCCCTTTTAGTTTTAGTTT
TTTCATTTCCTTAGATGATGTCAAACATATATTAGAAATGGTTTATAAGTTTTTTT

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 2

CO CL5515Contig1 1062 2 4 U
GGACATTTCACCTTCTATTGCACATGAGTTGATACAGGTTCTGAGGCAGGAGAATGTCGA
TTACGTTGTTGCTCCTTACGAGGCTGATGCCCAGATGACATTTTTGGCTATTACTAACCA
AGTTGATGCCATTATCACTGAGGATTCTGATCTTATTCCTTTTGGCTGCCCTAGAATCAT
CTTTAAAATGGATAAGTTTGGTCACGGTGTTGAGTTTCAAGCCTCCAACCTGCCAAAAAA
TAAAGAGCTCAGCCTTTCTGGATTTTCAAGCCAGATGCTTCTAGAGATGTGCATATTGAG
TGGATGTGATTATTTGCAGTCACTTCCAGGAATGGGACTCAAAAGAGCTCATACACTCAT
TACAAAGCTCAAAACTTATGACAGGGTAATCAAGCACTTAAAGTACAGCACAGTTTCAGT
TCCTTCTCTATATGAAGAGTCATTCAAGAAAGCTATGCTGACCTTCAAGCATCAACGGGT
CTATGACCCCAAATCTGAAGATGTTGTACACTTGTGTGACATTTCTGAAGACATTGGCGA
AGATTCAGATTTTGTAGGCCCATCGATGCCACAACATATCGCTAAAGGTATAGCTCTGGG
GCAGCTTGATCCATTCACGCAGTTGCCTTTCCAGGCTGAGGGTGTCACTCCTAAGTTGGC
TGTTGATGCTATTTCCCGCCCCAGAAGTTTCAAACCTGAAAATCTGAAGAAAAAGCTCGA
GTTGCCTGTCCAGAAAAACCTTCTCACCAAATATTTCTGCTTTGCAACACTTGTCCGTCC
AAAGGGTTATCTCCTAAACTGGACTTCAGCAAGTTTGGTTATTCATCGAGAAGCGCAACA
AAGTCAAGGCGATTGTGAGCTCAGTTTTGTAAGTTAACCACCTCACTTGACCAAAATGTA
TGTGAGAGATTTTACCAGAAGCAGAGGCTTTGGCTGCGGAAAAACAACTTCTTGGTCGCA
TTACATTGTTGTTGTTTTGGTGAATGTATTGTGTATCTCATAGCTTTTTCACTGTTGCAC
AACATTCTTGTTCATAGATTCTTTACCCAACATATTGATTCA


BQ
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AF RR3EB92TF U 1
AF RR3EB92JQ C 456
BS 1 641 RR3EB92TF
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BS 643 670 RR3EB92TF
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RD RR3EB92TF 670 0 0
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TTACGTTGTTGCTCCTTACGAGGCTGATGCCCAGATGACATTTTTGGCTATTACTAACCA
AGTTGATGCCATTATCACTGAGGATTCTGATCTTATTCCTTTTGGCTGCCCTAGAATCAT
CTTTAAAATGGATAAGTTTGGTCACGGTGTTGAGTTTCAAGCCTCCAACCTGCCAAAAAA
TAAAGAGCTCAGCCTTTCTGGATTTTCAAGCCAGATGCTTCTAGAGATGTGCATATTGAG
TGGATGTGATTATTTGCAGTCACTTCCAGGAATGGGACTCAAAAGAGCTCATACACTCAT
TACAAAGCTCAAAACTTATGACAGGGTAATCAAGCACTTAAAGTACAGCACAGTTTCAGT
TCCTTCTCTATATGAAGAGTCATTCAAGAAAGCTATGCTGACCTTCAAGCATCAACGGGT
CTATGACCCCAAATCTGAAGATGTTGTACACTTGTGTGACATTTCTGAAGACATTGGCGA
AGATTCAGATTTTGTAGGCCCATCGATGCCACAACATATCGCTAAAGGTATAGCTCTGGG
GCAGCTTGATCCATTCACGCAGTTGCCTTTCCAGGCTGAGG*TGTCACTCCTAAGTTGGC
TGTTGATGCT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3EB92JQ 607 0 0
TGCTGACCTTCAAGCATCAACGGGTCTATGACCCCAAATCTGAAGATGTTGTACACTTGT
GTGACATTTCTGAAGACATTGGCGAAGATTCAGATTTTGTAGGCCCATCGATGCCACAAC
ATATCGCTAAGGGTATAGCTCTGGGGCAGCTTGATCCATTCACGCAGTTGCCTTTCCAGG
CTGAGGGTGTCACTCCTAAGTTGGCTGTTGATGCTATTTCCCGCCCCAGAAGTTTCAAAC
CTGAAAATCTGAAGAAAAAGCTCGAGTTGCCTGTCCAGAAAAACCTTCTCACCAAATATT
TCTGCTTTGCAACACTTGTCCGTCCAAAGGGTTATCTCCTAAACTGGACTTCAGCAAGTT
TGGTTATTCATCGAGAAGCGCAACAAAGTCAAGGCGATTGTGAGCTCAGTTTTGTAAGTT
AACCACCTCACTTGACCAAAATGTATGTGAGAGATTTTACCAGAAGCAGAGGCTTTGGCT
GCGGAAAAACAACTTCTTGGTCGCATTACATTGTTGTTGTTTTGGTGAATGTATTGTGTA
TCTCATAGCTTTTTCACTGTTGCACAACATTCTTGTTCATAGATTCTTTACCCAACATAT
TGATTCA

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

CO CL5516Contig1 861 2 4 U
GGGAGGGGAATGGCTGGAGAAGAGCAAAGACGAAGATGGAGCCTTCAAGGCAAAACCGCA
CTTGTCACCGGTGGAACCAAAGGCATTGGGCATGCTATAGTAGAGGAACTCGCAGGATTT
GGAGCAATAATACATACGTGTGCTCGAGATGAAGCATATCTCAACGAGTGTTTGAGCGAC
TGGAAAAATAAAGGGTTTCAAGTCACTGGTTCAGTCTGTGACGCATCGTCCTGGAGCGAA
AGAGAGAAGCTGATGCAAACTGTGTCCACTTTGTTTGATGCCAAGCTCAGTATCCTCATC
AACAATGTTGGCGCAATCCGGTCAAAGCCAACAATTGAAAACACGGACGAGGATTTCTCG
TTTCACATTTCCACCAACTTGGAATCTGCATACCATTTTAGCCAGCTTGCACATCCTCTG
CTCAAGTCTTCAGGGTGTGGTAATATCGTGTTCATATCCTCTGTTGCGGGGGTCGTGTCG
TTTGGCGTCAGCTCCATCTACTGTGCAACAAAAGGGGCAATGAATCAGCTAGCGAGGAAT
TTGGCATGCGAATGGGCTAGCGACGGCATAAGGGCTAATGCTGTAGCTCCTACAGTCATT
GCCACTCCTTTAGCGGAAGCTGCGTTTGATGATGAATTCAAGAAAGCAGTGGAATCAACA
AATCCCTTGGGGCGCTTAGGGAAGCCGGAGGAGGTTGCATCGCTTGTGGCATTTCTTTGT
ATGCCTGCAGCTTTTTATATAACGGGTCAGACCATATGTGTCGATGGAGGTCTTTCTGTA
AATGGCTTTTCGTATCAGCCACATGCTTAAACCCAATTACCAAAATAAAACACATTTTCA
AGTTTCTACTTCATATGGATA


BQ
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AF RR3FF62TF U 1
AF RR3FF62JQ C 462
BS 1 467 RR3FF62TF
BS 468 468 RR3FF62JQ
BS 469 675 RR3FF62TF
BS 676 861 RR3FF62JQ

RD RR3FF62TF 675 0 0
GGGAGGGGAATGGCTGGAGAAGAGCAAAGACGAAGATGGAGCCTTCAAGGCAAAACCGCA
CTTGTCACCGGTGGAACCAAAGGCATTGGGCATGCTATAGTAGAGGAACTCGCAGGATTT
GGAGCAATAATACATACGTGTGCTCGAGATGAAGCATATCTCAACGAGTGTTTGAGCGAC
TGGAAAAATAAAGGGTTTCAAGTCACTGGTTCAGTCTGTGACGCATCGTCCTGGAGCGAA
AGAGAGAAGCTGATGCAAACTGTGTCCACTTTGTTTGATGCCAAGCTCAGTATCCTCATC
AACAATGTTGGCGCAATCCGGTCAAAGCCAACAATTGAAAACACGGACGAGGATTTCTCG
TTTCACATTTCCACCAACTTGGAATCTGCATACCATTTTAGCCAGCTTGCACATCCTCTG
CTCAAGTCTTCAGGGTGTGGTAATATCGTGTTCATATCCTCTGTTGCTGGGGTCGTGTCG
TTTGGCGTCAGCTCCATCTACTGTGCAACAAAAGGGGCAATGAATCAGCTAGCGAGGAAT
TTGGCATGCGAATGGGCTAGCGACGGCATAAGGGCTAATGCTGTAGCTCCTACAGTCATT
GCCACTCCTTTAGCGGAAGCTGCGTTTGATGATGAATTCAAGAAAGCAGTGGAATCAACA
AATCCCTTGGGGCGC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3FF62JQ 400 0 0
TGTTGCGGGGGTCGTGTCGTTTGGCGTCAGCTCCATTTACTGTGCAACAAAAGGGGCAAT
GAATCAGCTAGCGAGGAATTTGGCATGCGAATGGGCTAGCGACGGCATAAGGGCTAATGC
TGTAGCTCCTACAGTCATTGCCACTCCTTTAGCGGAAGCTGCGTTTGATGATGAATTCAA
GAAAGCAGTGGAATCAACAAATCCCTTGGGGCGCTTAGGGAAGCCGGAGGAGGTTGCATC
GCTTGTGGCATTTCTTTGTATGCCTGCAGCTTTTTATATAACGGGTCAGACCATATGTGT
CGATGGAGGTCTTTCTGTAAATGGCTTTTCGTATCAGCCACATGCTTAAACCCAATTACC
AAAATAAAACACATTTTCAAGTTTCTACTTCATATGGATA

QA 1 400 1 400
DS 



AS 1 2

CO CL5517Contig1 1057 2 2 U
TTTTTTTGTCTCCAACCAGAAAAACCTTAACGACCCTTTCTTCACCGTGAAACAGAGCAT
AAGACAGAGCACAAGATAGACGCTAGACTCTCTGTCTTAATCTCTCTCTAAATCATCTGC
TTCAATTCCCATAAATCGATGGAAACTGGTGCAGCAGTTACGGGTCAAGAACTCAGACCC
GGGTTTCAACAATCCGTTAATCCTGATGGCTACGTGACAATCGATGTCGAAAGTTTCTCT
CATGCTATCCACCAAGACTTCTCTTCTTCGAGTCCCAGAGTTACACTGCAGAGAAGTGTT
TCCAGGAAAGAGTCTCCAAGAAGCAACAACGAGAGGAAACTCCATTCTGATGCAAATGGT
AATGACAAAGAGACCTCATTCCCTCAATCTCCACTTAGAGGGTCATGCACGCCGGAAAAG
GCCAGCACTGTGGGGCCCATAGATCATGTAAGCACGGTCACCACCGCAGCCACCGCTGTT
TCAGTCTCACCGCTTCATCAGATCACCGTTACTACGACTGCAGCCACCGCCGGAAATACG
ATCTCCGAGCAAAATAGAGAAAGAAGATTTGGGATTTGCAAGGAAATCGAGTTTTAAACG
TTCTCGCACTTCTTGGATGCTTGATCCGAAAAAAATCCTTATCTTCTTTGCAACTTTGTC
AAGCATGGGATCAATCTTGTTAATCATATTCACTCTCTCGATCAGCAGGTCTAATCCGGG
AGATATGCCCTAGACTAATAGTAACAACACATGAAGAGGATAGAACCCGACTTCAGTTTG
TGGCTATAGAACATGCCACATTCTCACCGACCTACATCTGAGGAGATAAATCAGAAGAAC
ATTAAGGCTGCGATAATAATTATTTTGTATATTCGTTTTATTAGTAAAAATGCAAAAAGA
AACAGAAAGAGAGATAAAGTGGGAAATGGGCACGCACGAGATCATATAAGACAAGAGTTT
ATGACTGTTGTGACAAAGACAGAGAATCTTCTCTTCCGTTACTTTTAATTCCTGTTCTCT
GTTTTTTCGTATTCACTTGGTCTAATTTATGTTTTTC


BQ
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AF RR3DX69TF U 1
AF RR3DX69JQ C 419
BS 1 629 RR3DX69TF
BS 630 1057 RR3DX69JQ

RD RR3DX69TF 629 0 0
TTTTTTTGTCTCCAACCAGAAAAACCTTAACGACCCTTTCTTCACCGTGAAACAGAGCAT
AAGACAGAGCACAAGATAGACGCTAGACTCTCTGTCTTAATCTCTCTCTAAATCATCTGC
TTCAATTCCCATAAATCGATGGAAACTGGTGCAGCAGTTACGGGTCAAGAACTCAGACCC
GGGTTTCAACAATCCGTTAATCCTGATGGCTACGTGACAATCGATGTCGAAAGTTTCTCT
CATGCTATCCACCAAGACTTCTCTTCTTCGAGTCCCAGAGTTACACTGCAGAGAAGTGTT
TCCAGGAAAGAGTCTCCAAGAAGCAACAACGAGAGGAAACTCCATTCTGATGCAAATGGT
AATGACAAAGAGACCTCATTCCCTCAATCTCCACTTAGAGGGTCATGCACGCCGGAAAAG
GCCAGCACTGTGGGGCCCATAGATCATGTAAGCACGGTCACCACCGCAGCCACCGCTGTT
TCAGTCTCACCGCTTCATCAGATCACCGTTACTACGACTGCAGCCACCGCCGGAAATACG
ATCTCCGAGCAAAATAGAGAAAGAAGATTTGGGATTTGCAAGGAAATCGAGTTTTAAACG
TTCTCGCACTTCTTGGATGCTTGATCCGA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3DX69JQ 639 0 0
AGGCCAGCACTGTGGGGCCCATAGATCATGTAAGCACGGTCACCACCGCAGCCACCGCTG
TTTCAGTCTCACCGCTTCATCAGATCACCGTTACTACGACTGCAGCCACCGCCGGAAATA
CGATCTCCGAGCAAAATAGAGAAAGAAGATTTGG*ATTTGCAAGGAAATCGAGTTTTAAA
CGTTCTCGCACTTCTTGGATGCTTGATCCGAAAAAAATCCTTATCTTCTTTGCAACTTTG
TCAAGCATGGGATCAATCTTGTTAATCATATTCACTCTCTCGATCAGCAGGTCTAATCCG
GGAGATATGCCCTAGACTAATAGTAACAACACATGAAGAGGATAGAACCCGACTTCAGTT
TGTGGCTATAGAACATGCCACATTCTCACCGACCTACATCTGAGGAGATAAATCAGAAGA
ACATTAAGGCTGCGATAATAATTATTTTGTATATTCGTTTTATTAGTAAAAATGCAAAAA
GAAACAGAAAGAGAGATAAAGTGGGAAATGGGCACGCACGAGATCATATAAGACAAGAGT
TTATGACTGTTGTGACAAAGACAGAGAATCTTCTCTTCCGTTACTTTTAATTCCTGTTCT
CTGTTTTTTCGTATTCACTTGGTCTAATTTATGTTTTTC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL5518Contig1 1345 2 12 U
TTTTTATATCGAAAGGAGAGAGTCGCCCGTCAAACCCTAAAAAGAAGAACTTCGCCGCTT
GCTCAGCTGTTGCTCCGGTGGTCGGTGCTTCTCACCGCCGCCAGGAGCAGTCTTGTGTCA
TCATATGCTTCAGATCTACGGTTTTAATTTCGGTAATTAGTCATTCTTCTTGTTCGTGGT
TTCAGATCGGCGTTAAAGAGGGGAATCGAGAATCTGGTTTCGGTTCATCACTGCTTTGGC
TCGGTAGGAGATTCACTAGGTGGTGGGCTCGTCGGCTTTTGTGCGGTAGTGGTGATTTGT
TCAATCCGGTTCCAGAGCCGTTGAAGTTTAGCGGTCAAGCTTGAGCCTGTGACTCTTCTG
TTTGTGACCACTGCGAGGTTGATGTGTAGCTTATGTCCCTTAAGTTTCTGGGCGTTGATT
GAGTCTGTGTAGAGGAGACATATATGGTGGTAGTTGGTGCTGAGCCGATTGGATTCTCTG
TGCTCTCTTTGTGTCTTCTGCTTGTCTGAGTTCTTTTTGTGTGGAGTGTCTCCTGTTTTT
TGCTTAGTTTCTGGTGAGGCTTTGGTTTGGAGAGTTGGGTTCAGAGTCGAGTCTGGCGCC
ATATGTCAGGTCGAGGACCTGTTGACGGTGCGCCATAGCTGCTGGGGCATTGTAGGTGCT
TTCGCTGACGTCGTTTCTGGGCTTTCTTCAACTCGAGCTCTTTAGTTGCTCACCGTTGCT
TCAAAGATTTTAATCCTCGGTTGGGTCATTGTTTCGACTGGGTGTATGGGTGGGCATGTT
CAAGTGCTTCTATTCCGAGTTTGGATTCTCTCCTCCATTGTTGAATTTTCAGGTAGTGTT
TTCAAGGTTATGGCTTTCTCTTCGTGGTTCTAGTTTTGCTTGGAGTTGATTGGTTCTATG
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BQ
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BS 778 1345 RR3H401JQ

RD RR3H401TF 777 0 0
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TGCTTAGTTTCTGGTGAGGCTTTGGTTTGGAGAGTTGGGTTCAGAGTCGAGTCTGGCGCC
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TCAAAGATTT*AATCCTCGGTTGGGTCATTGTT*CGACTGGGTGTATGGGTGGGCAT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3H401JQ 797 0 0
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GGTCGAGGACCTGTTGACGGTGCGCCATAGCTGCTGGGGCATTGTAGGTGCTTTCGCTGA
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TCTATTCCGAGTTTGGATTCTCTCCTCCATTGTTGAATTTTCAGGTAGTGTTTTCAAGGT
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TGGTTTTTCTTTAGCTGCTCGGGTGTGTGGGCTTTAGTCTCCCTTCTATGGGATTTAGCT
GCTGATGATATTTCCTTGTTCATTCAGCTTATGTAATAGTCTTTGTACTATATTCTTTTA
ATGAATTTCAATTTGGG

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G625TF U 1
AF RR3G625JQ C 525
BS 1 730 RR3G625TF
BS 731 1275 RR3G625JQ

RD RR3G625TF 730 0 0
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GCCGAATACATATGGATCGGTGGATCTGGAATGGACATTAGAAGCAAAGCCAGGACGCTC
CCAGGACCAGTGAGCGATCCATCAAAGCTTCCCAAGTGGAACTACGATGGGTCCAGCACC
GGTCAGGCCGCTGGAGATAACAGTGAAGTCATTCTATACCCTCAGGCGATATTCCGTGAT
CCGTTCAGGAGAGGAGACAACATCCTGGTGATGTGTGACGCTTACACACCGGCTGGAGAT
CCAATTCCGACCAACAAGAGGCATAATGCTGCTAAGATCTTCAGCCATCCCAACGTTGCC
AAGGAGGTGCCTTGGTATGGGATTGAGCAAGAATACACTTTGATGCAAAAGGGTGTGAAC
TGGCCTATTGGTTGGCCTGTTGGTGGCTTCCCTGGTCCTCAGGGACTGTACTACTGTGGC
GTGGGAGCTGACAAAGCCATTGGTCGTGACATTGTGGACGCACACTACAAGGCCTGTCTT
TACGCCGGTATTAGTATCTCCGGTGTCAATGGAGAAGTCATGCCTGGACAGTGGGAGTTC
CAAGTCGGTCCAGTTGAGGGTATTAGTGCTGGTGATCAAGTCTGGGTCGCTAGATACCTT
CTCGAGAGGA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3G625JQ 751 0 0
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TGGACAGTGGGAGTTCCAAGTCGGTCCAGTTGAGGGTATTAGTGCTGGTGATCAAGTCTG
GGTCGCTAGATACCTTCTCGAGAGGATCACTGAGATCTCTGGTGTGAACGTCAGCTTCGA
CCCAAAACCAGTCCCGGGTGACTGGAACGGAGCTGGAGCTCACTGCAACTACAGTACGAA
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GCATGAAACAGCAGACATCAACACGTTCTCTTGGGGAGTGGCGAACCGTGGAGCCTCGGT
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TTCTAACATGGATCCTTATGTCGTCACTTCCATGATCGCTGAAACCACCATCCTCGGTTA
ATGATCAGACATGTCTTTTTAATTGCTAGTTTACAAAAAAAAATGTCTTCTTAATTGCAC
TAATAATTCTTATCATGGACTTCAGTAGTACGACGGCGTTTGGTGTGTTTCGTTTCGAAA
TAATTAAATAAAGGATTTTTAAAGCTTTATT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL5520Contig1 1149 2 2 U
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AAGAGACTAATCATGCAGATGAGGTTGATATGACAGTTGATGAGGCGCGCGAGGAGCATT
ACAAGGCTGATGATGCTTCCAGTGCGGTGTCTCATGAGTCTCGGATTCTGAACACTGAGA
AGCTTAAAGAAAGTTCTGATAATTCAACAGGAACAGCTCAGGAGAACAATACCAATGCCA
CTGTAATAAGCGAGGTTGAGGAGGTTCAGAAGGAACCTGTCTTGGAGAAAACAACCACAG
AAGTGAAAGATGGTGACAGTGAATCCTCCACTTCCGAAGCAAAAAGCGTGGTAACTGAAT
CCAGAGGTGAAACAACAGTTAATGGCAATTCAACAGAAGCAGTTCTTGAAGCTACAGGGT
TTCTGCAGAATGAAACAAGAATCATGCAAGAACGGAGTCAAGAAGATGGTGCACAGCCTT
CGGGAGCCTCTGATGTACAGACTGTCGTCAAACTTGAGCAGCCACGTGATGAATCTGCTG
CCAACATCACTGTTTCTGCACGTTACCAACGTAGATCCCATTCAAGATGACTCCAGGAAC
TCGACTTCAGAGTCTTCTGTAATTGAAAACATCTCAGGCTCGAACACAACGGAGGTGAAG
GAGAATACAAGGTCTGATGGTGATGAAGAAACAGTTGAATATAAGGAAAGTTCAAACCAT
TTCTCCACAGCAGAGCAAACGGAAGAAGCAGATGATACTACTCCTGAAAGCACAATGTTG
CAAGAAGAGAGAGAAGCACTCACTGATACACAAACTCTGCCGGATATAAGATCAGAAGGG
AATGAAGAAGATGAAGGAGAAGCCATTTCAGCAGAGTAAATGAAGCTGGATAAGTTATTG
TGAATGTTTTCTGCTTTTGCAGCTATGTCTTTTTCTAAGTATAAGCTTAAGAAAAGTAAT
CAGTGTCTGTTGTCTTTGTTAGTTCCCAAAACTGTATATTAATCTTCAACTTTGGCTATT
TTGTTTCGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H969TF U 1
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AAGAGACTAATCATGCAGATGAGGTTGATATGACAGTTGATGAGGCGCGCGAGGAGCATT
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CTGTAATAAGCGAGGTTGAGGAGGTTCAGAAGGAACCTGTCTTGGAGAAAACAACCACAG
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CCAGAGGTGAAACAACAGTTAATGGCAATTCAACAGAAGCAGTTCTTGAAGCTACAGGGT
TTCTGCAGAATGAAACAAGAATCATGCAAGAACGGAGTCAAGAAGATGGTGCACAGCCTT
CGGGAGCCTCTGATGTACAGACTGTCGTCAAACTTGAGCAGCCACGTGATGAATCTGCTG
CCAACATCACTGTTTCTGCACGTTACCAACGTAGATCCCATTCAAGATGACTCCAGGAAC
TCGACTTCAGAGTCTTCTGTAATTGAAAACATC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3H969JQ 601 0 0
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AGAGTCTTCTGTAATTGAAAACATCTCAGGCTCGAACACAACGGAGGTGAAGGAGAATAC
AAGGTCTGATGGTGATGAAGAAACAGTTGAATATAAGGAAAGTTCAAACCATTTCTCCAC
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AGATGAAGGAGAAGCCATTTCAGCAGAGTAAATGAAGCTGGATAAGTTATTGTGAATGTT
TTCTGCTTTTGCAGCTATGTCTTTTTCTAAGTATAAGCTTAAGAAAAGTAATCAGTGTCT
GTTGTCTTTGTTAGTTCCCAAAACTGTATATTAATCTTCAACTTTGGCTATTTTGTTTCG
C

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL5521Contig1 1109 2 2 U
GGTGGAAGATGAAGAGGGCTCTGAGAAGGATCAGAGACCAGACGAGATGGGCCTTGATGA
TATGATCCCTGAAGAGGAACCTCGTTACGAGTCAGAAGATGAGCATGTTGAAGCTAGGCA
CAGGGACAGGGACAGGGACAGGCCTGTTGGTCCTCCTATGGAAGTAGGAGTTCCTTTCCG
CCCTCCTCCTGGTGATCCTGAAAAGATGAATATGATAAAAGTTTATAATATAATGGGAAT
TGATCCAAAGCCATTTGATGCCAAGACGTTTGTTGAAGAAGACACATTTGAGAGAGATGA
ACCTGGAGGGAAGATGCGTATTCGTCTGGCTAATAACATTGTCCGCCATAGGTTTGTCAA
GGGTCGAGATGGTAGAACATATAGTGAGAGCAATGCTCGCTTTGTGAGGTGGTCAGATGG
AAGCTTACAGCTATTGATAGGAAACGAAGTTCTTGATATAACTGAACAAGATGCACGACA
AGACCAGAATCACCTTTTAGTCAAACATGAAAAGGGAATCCTTCAATCACAAGGAAAAAT
TATGAAGAAAATGAGGTTTATTCCATCATCACTAACGTCGAACTCTCATAGGCTTTTGAC
TGCGCTTGTTGACTCGAGGCAGAAGAAAGACTTCAAAGTTAAGAACTGTGTCACTCACAT
TGACCCTGAGAGGGAGTGAGAGAGAGGAATCAGAGTATGAGACTGAGGAAGAGGAAGAAG
AAGAGGAAGAGGAAAGGCCACGTTCACGTAAAAGAGTCAAGGAACCAGAAGATGAGTATG
AGGAGGAGGAGGAAGTAGAAGAAGATGAAGAAGAGGAAGAAGAAGCTGAGGGAGTGAGGG
GAGATAAGGACCGTGGTGGAAGTAGTAGCCGGAAAAGGAAAGGGATTGAGTCTGATGAGG
AGGAGTCTCCTCCGAGAAAAGCTCCGACTCATCGTCGTATGGCCATGGTTTATGACAGTG
ATGAGGACTAACACTCCTCATCTATCTTTCACTCTCCCACCATTTCATTAACTTTTTTTG
TTATATAAGATAATGTATAGGTTGGGACATATTTACCCATGTGAATCGAAAAACCAAAAT
TAAAATTAAGCAATTAAACTGAATTTTAT


BQ
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AF RR3ES60TF U 1
AF RR3ES60JQ C 495
BS 1 703 RR3ES60TF
BS 704 1109 RR3ES60JQ

RD RR3ES60TF 703 0 0
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TATGAAGAAAATGAGGTTTATTCCATCATCACTAACGTCGAACTCTCATAGGCTTTTGAC
TGCGCTTGTTGACTCGAGGCAGAAGAAAGACTTCAAAGTTAAGAACTGTGTCACTCACAT
TGACCCTGAGAGGGAGTGAGAGAGAGGAATCAGAGTATGAGAC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3ES60JQ 615 0 0
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GGTTTATTCCATCATCACTAACGTCGAACTCTCATAGGCTTTTGACTGCGCTTGTTGACT
CGAGGCAGAAGAAGGACTTCAAAGTTAAGAACTGTGTCACTCACATTGACCCTGAGAGGG
AGTGAGAGAGAGGAATCAGAGTATGAGACTGAGGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAA
AGGCCACGTTCACGTAAAAGAGTCAAGGAACCAGAAGATGAGTATGAGGAGGAGGAGGAA
GTAGAAGAAGATGAAGAAGAGGAAGAAGAAGCTGAGGGAGTGAGGGGAGATAAGGACCGT
GGTGGAAGTAGTAGCCGGAAAAGGAAAGGGATTGAGTCTGATGAGGAGGAGTCTCCTCCG
AGAAAAGCTCCGACTCATCGTCGTATGGCCATGGTTTATGACAGTGATGAGGACTAACAC
TCCTCATCTATCTTTCACTCTCCCACCATTTCATTAACTTTTTTTGTTATATAAGATAAT
GTATAGGTTGGGACATATTTACCCATGTGAATCGAAAAACCAAAATTAAAATTAAGCAAT
TAAACTGAATTTTAT

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

CO CL5522Contig1 1173 2 2 U
GGAAACGCTTTTCAAGTTGTGTCTACCTGTCTCCACGATTCACGCCTTGAGTCTTGACCC
CTCCTCCTCCTCATCATTTCCCCTCTCTCAACAGAGCAATTCGTTCATCGTTGCGTTGGA
GAAATCAACGAAAGAGAGAGAGAAGATGAGTTTTCAAGATTTAGAAGCAGGGAAAGGAGG
AAGATCGAGGAAGATGAATGGAGGTGGTCGCCAAGATTCGACGCAAGCCGTCGCTTCCGG
TATCTTCCAGATCAATACCGGAGTCTCCACCTTTCAGCGGCTCGTTAACACGCTCGGTAC
TCCCAAAGATACCCCTGAGCTCCGTGACAAGCTGCACAAGACACGGTTGCATATTGGTCA
GCTGGTGAAGGACACTTCTGCTAAGCTTAAAGAAGCTAGTGAAACTGATCACCGAACCCG
TGTCAATCCAAGTAAGAAGATTGCAGATGCTAAGCTTGCAAAGGACTTTCAAGCGGTGTT
GAAAGAGTTTCAGAAAGCTCAACAGACTGCTGCTGAAAGAGAAACCGCTTATGCTCCTCT
CCTCCCTCCTTCTTCTCTTCCCTCTAGCTATACAGCGAGTGAAGTAGACAATATTCCTGA
ACAGAGGGCTCAAGTTATGGAGTCAAAAAGGCAGGAACTTGTATTGTTAGACAACGAGAT
TGCATTCAACGAAGCTGTGATCGAAGAAAGAGAGCAAGGGATACAAGAAATCCACACTCA
AATTGGCGAGGTTAACGAAATTTTCAAAGATCTTGCGGTTCTTGTTAACGATCAAGGAGT
CATGATAGATGATATTGGTACTCACATTGACAACTCTCGAGCTGCAACTGCTCAAGGAAA
ATCTCAGCTCGCTCAAGCCTCCAAAACCCAAAGATCAAACTCATTTCTGACATGCTTGCT
CTTGGTGATATTTGGCATTGTACTCCTGATCGTGATTATCGTACTCGCAGCTTGATTTTG
AAAAAGCAAGAACAAGTCTTTCAATGTGTTCAACGAGTGAGTGCGACTACTTTGGTATAT
ATAAGATAAATTTGCAGACAAAAAGCGTAGAAGTTGGGTTTTGTATTGGTTCGGTTTGAG
GATTTATTGGTGAATGTAAGAGAGTGCGTGTGTGTGTTGGTTTTCTTTGTGGTGCAAACT
ATTTGTTGCAAGATATTGGTTTAATTTTTTTTC


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AF RR3G028TF U 1
AF RR3G028JQ C 423
BS 1 626 RR3G028TF
BS 627 1173 RR3G028JQ

RD RR3G028TF 626 0 0
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CTCCTCCTCCTCATCATTTCCCCTCTCTCAACAGAGCAATTCGTTCATCGTTGCGTTGGA
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AAGATCGAGGAAGATGAATGGAGGTGGTCGCCAAGATTCGACGCAAGCCGTCGCTTCCGG
TATCTTCCAGATCAATACCGGAGTCTCCACCTTTCAGCGGCTCGTTAACACGCTCGGTAC
TCCCAAAGATACCCCTGAGCTCCGTGACAAGCTGCACAAGACACGGTTGCATATTGGTCA
GCTGGTGAAGGACACTTCTGCTAAGCTTAAAGAAGCTAGTGAAACTGATCACCGAACCCG
TGTCAATCCAAGTAAGAAGATTGCAGATGCTAAGCTTGCAAAGGACTTTCAAGCGGTGTT
GAAAGAGTTTCAGAAAGCTCAACAGACTGCTGCTGAAAGAGAAACCGCTTATGCTCCTCT
CCTCCCTCCTTCTTCTCTTCCCTCTAGCTATACAGCGAGTGAAGTAGACAATATTCCTGA
ACAGAGGGCTCAAGTTATGGAGTCAA

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3G028JQ 751 0 0
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AAGAGTTTCAGAAAGCTCAACAGACTGCTGCTGAAAGAGAAACCGCTTATGCTCCTCTCC
TCCCTCCTTCTTCTCTTCCCTCTAGCTATACAGCGAGTGAAGTAGACAATATTCCTGAAC
AGAGGGCTCAAGTTATGGAGTCAAAAAGGCAGGAACTTGTATTGTTAGACAACGAGATTG
CATTCAACGAAGCTGTGATCGAAGAAAGAGAGCAAGGGATACAAGAAATCCACACTCAAA
TTGGCGAGGTTAACGAAATTTTCAAAGATCTTGCGGTTCTTGTTAACGATCAAGGAGTCA
TGATAGATGATATTGGTACTCACATTGACAACTCTCGAGCTGCAACTGCTCAAGGAAAAT
CTCAGCTCGCTCAAGCCTCCAAAACCCAAAGATCAAACTCATTTCTGACATGCTTGCTCT
TGGTGATATTTGGCATTGTACTCCTGATCGTGATTATCGTACTCGCAGCTTGATTTTGAA
AAAGCAAGAACAAGTCTTTCAATGTGTTCAACGAGTGAGTGCGACTACTTTGGTATATAT
AAGATAAATTTGCAGACAAAAAGCGTAGAAGTTGGGTTTTGTATTGGTTCGGTTTGAGGA
TTTATTGGTGAATGTAAGAGAGTGCGTGTGTGTGTTGGTTTTCTTTGTGGTGCAAACTAT
TTGTTGCAAGATATTGGTTTAATTTTTTTTC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL5523Contig1 1181 2 2 U
GGCTTCACCAGCCCGTGTACTACCTATGAAACTCAATGAAGCAGATGATATCCCATCTTA
TGAGCCTCCAGTTGCATTAACTCGGTCAGCTAGGAACTCTCCCGTTCGTGTAATTCCCGC
TAAAATCAATCAAGCAAATAATGTGACATCTGATGCATCACATATAAGATCCAGGCATCG
ATTTAGCCCAACTCAAACGCTGGCAACACCTGCGGTAATGGATCAGGTGGCTGATATGGC
ACTGGATGAGGCACATATAACACAAACTCAACCAGATTATGATATCTCGACCCAGAAGGA
AGAGCCTCAGATATCTGAGAGGGAGAGTCAAGATGACATCAGTGAAACATTAATGCAAAC
TCACAATGAGGTCTTGAACACTCTTCAATCAAGGTTGACAAAATTACAGATTGTAAGACA
TTTTTGGGAGCGTAGCGATATAAAGGTGCAATCATGGCCTTGAAAAAGCTGTCAGATCAC
TCGGTTCAAGCAGATGTGATCAGTATTCTAACAGACAAACCAGAGATTCTTACGCTGGAT
CTGTTTTCGCAATTAGCACCTGTCCTCACAGGCTTATTGGGGAGCCGGACTGAAAGGCCT
GTAAGTGTCTCCTTGGAAATGCTCTTGAAGCTAGTAGCAGTGTTCGGTACAGTTGTAAAA
TCAAATGTTTCAGCAAGACGAAGTGTGGTGTTGATCTTCATGCAGAAGAAAGACTACAGA
TCTGCCAAAGTTGTTCTGCGGAATTGCAGAAGGTTCAAAAGATCCTTCCACTACTCACCA
GAAGAGGAGGTCTCATAGCTAGAAAGGCTCAAGAACTAAACTTAGTTCTTCAGGCACCAT
AACTCCGGGGTTCAGATTCAAGACCACTCGGAATCATTTTGAAACAGTGTTCATCTCCAT
CAATCTGTATGTTACCAAGAACTTGGTCTCCATGTTCCTTCCAGCGATTTGGCATCCGTT
GCTTTGAAGATTCGTTGAGAAATCGCAGTTTCTTGTGGCAGAATTTTGCTATAGAATCTC
CCTCCCCGGAGAATATCTCCCCTCTAAAAATTCAGTATATGCTGTAAATCGATCTGTGTC
TGGGATTATACTTGTAGTGCTTCAGTTTCTTGATTCGGTAAATCACGTGTTACAATGTTT
CTCGCTCTCTCCATGTGGACTTAATGAGAAGAGATTTCGGT


BQ
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AF RR3EL77TF U 1
AF RR3EL77JQ C 475
BS 1 679 RR3EL77TF
BS 680 1181 RR3EL77JQ

RD RR3EL77TF 679 0 0
GGCTTCACCAGCCCGTGTACTACCTATGAAACTCAATGAAGCAGATGATATCCCATCTTA
TGAGCCTCCAGTTGCATTAACTCGGTCAGCTAGGAACTCTCCCGTTCGTGTAATTCCCGC
TAAAATCAATCAAGCAAATAATGTGACATCTGATGCATCACATATAAGATCCAGGCATCG
ATTTAGCCCAACTCAAACGCTGGCAACACCTGCGGTAATGGATCAGGTGGCTGATATGGC
ACTGGATGAGGCACATATAACACAAACTCAACCAGATTATGATATCTCGACCCAGAAGGA
AGAGCCTCAGATATCTGAGAGGGAGAGTCAAGATGACATCAGTGAAACATTAATGCAAAC
TCACAATGAGGTCTTGAACACTCTTCAATCAAGGTTGACAAAATTACAGATTGTAAGACA
TTTTTGGGAGCGTAGCGATATAAAGGTGCAATCATGGCCTTGAAAAAGCTGTCAGATCAC
TCGGTTCAAGCAGATGTGATCAGTATTCTAACAGACAAACCAGAGATTCTTACGCTGGAT
CTGTTTTCGCAATTAGCACCTGTCCTCACAGGCTTATTGGGGAGCCGGACTGAAAGGCCT
GTAAGTGTCTCCTTGGAAATGCTCTTGAAGCTAGTAGCAGTGTTCGGTACAGTTGTAAAA
TCAAATGTTTCAGCAAGAC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3EL77JQ 707 0 0
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CTGGATCTGTTTTCGCAATTAGCACCTGTCCTCACAGGCTTATTGGGGAGCCGGACTGAA
AGGCCTGTAAGTGTCTCCTTGGAAATGCTCTTGAAGCTAGTAGCAGTGTTCGGTACAGTT
GTAAAATCAAATGTTTCAGCAAGACGAAGTGTGGTGTTGATCTTCATGCAGAAGAAAGAC
TACAGATCTGCCAAAGTTGTTCTGCGGAATTGCAGAAGGTTCAAAAGATCCTTCCACTAC
TCACCAGAAGAGGAGGTCTCATAGCTAGAAAGGCTCAAGAACTAAACTTAGTTCTTCAGG
CACCATAACTCCGGGGTTCAGATTCAAGACCACTCGGAATCATTTTGAAACAGTGTTCAT
CTCCATCAATCTGTATGTTACCAAGAACTTGGTCTCCATGTTCCTTCCAGCGATTTGGCA
TCCGTTGCTTTGAAGATTCGTTGAGAAATCGCAGTTTCTTGTGGCAGAATTTTGCTATAG
AATCTCCCTCCCCGGAGAATATCTCCCCTCTAAAAATTCAGTATATGCTGTAAATCGATC
TGTGTCTGGGATTATACTTGTAGTGCTTCAGTTTCTTGATTCGGTAAATCACGTGTTACA
ATGTTTCTCGCTCTCTCCATGTGGACTTAATGAGAAGAGATTTCGGT

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL5524Contig1 1368 2 2 U
GGATCAGACAGCTCATTCAAACACACACACACACTCTTTCTCTCTCTCCCTCTAAAGCCA
CATGCAACTGTGATTAACTGATTTATCCATCGATTTAAAAAAAGAAGCTTATCCTTTTTT
CCGGCGATAGAGATACGAAAGAATCAAAAAAACAATCATCGGAATCGTCGGATCGTTCTT
GGCTTATGAATCGAATCTCTATAACAAAAGAAAAAAAAGAATGACGATCTCTGTATTCAA
TCCTGATTACATAAACACGCAGCTGTCGAAACCAACGTCGATCTTCGGCCTCAAGCTCTG
GGTCGTCATCGGAGAAGGAGGGTACGGGATTGTGTATCGTGGGATTCTAAACGATGGAAC
TAAAGTCGCTGTCAAGAACCTGCTTAACAACAGGGGACAAGCCGAGAAGGAGTTTAGAGT
GGAAGTAGAAGCTACTGGGCGTGTACGGCATAAGAACCTAGTTAGGCTTTTAGGGTACTG
TGTTGAAGGTGCATACAGGATGTTAGTGTATGACTATGTCGATAATGGCAACTTAGAGCA
GTGGATTCATGGTGATGTTGGTGACAAGAGTCCTCTAACTTGGGATATTCGTACCAACAT
AATACTCGGCATGGCAAAAGGATTGGCGTATCTACACGAGGGTCTTGAACCGAAAGTGGT
TCATCGGGATATAAAGTCAAGTAACATCTTGCTTGATCGTCAATGGAATGCTAAGGTATC
TGATTTTGGACTCGCTAAGCTCTTGTTTTCCGAGAGCAGTTACGTGACAACTCGTGTCAT
GGGAACTTTCGGTTATGTCGCGCCAGAATATGCTTGCACGGGAATGCTGAACGAGAAAAG
TGATATCTACAGCTTCGGGATACTGATTATGGAGTTGATCACTGGAAGAAACCCGGTTGA
TTATAGTCGACCTCAAGGAGAGGTGAATTTGGTTGAGTGGCTGAAAACTATGGTTGGAAA
CAGAAGGTCAGAGGAAGTAATCGATCCAAAAATAGTTGAACCGCCGTCATCAAAGGCTCT
TAAACGCTTGTTGCTAGTTGCATTGCGTTGTGTGGATCCTGATGCTAATAAGAGGCCTAA
AATGGGTCATATTATACACATGCTTGAAGCTGAAGACTTGTTCTATCGGGACCAGGAACG
ACGTGCCGTGAGGGAGAATGAAAGCCGTGATCATAACCAGACACAGACTGCGGTTTCAGC
AGCCTGAGACCAGCGGAAGTGACAGTTCAAGAGACCAGAACGTAGATAAAAAGGACGTTC
CTGCCACTAATTTTTTCAGTTTTTTTCCTTTTGTTTTTGGTTTAATCAATTTTAGTTGTT
ATGTGTGACAAAAATATTATTTATTTTATTTTTGGTAGGCGTATAATT


BQ
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CGATCCAAAAATAGTTGAACCGCCGTCATCAAAGGCTCTTAAACGCTTGTTGCTAGTTGC
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GCTTGAAGCTGAAGACTTGTTCTATCGGGACCAGGAACGACGTGCCGTGAGGGAGAATGA
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TTTTTCCTTTTGTTTTTGGTTTAATCAATTTTAGTTGTTATGTGTGACAAAAATATTATT
TATTTTATTTTTGGTAGGCGTATAATT

QA 1 867 1 867
DS 



AS 1 2

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BQ
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CGGATACAAGTCTGTGCTGGACAAGACCATCGTCAACCTCGACGATAGAACTCAAGTTGC
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CAAGACTCAATAATGTGTTAAGCTAGATGGACTTCACACTTAAAATCAATTGGTGATAAG
TAAAGTGGCCCATCCACCTTATATACTACTAAAGATCCCTTCCAACTACCGATGTGGGAC
AACTATGTGTCTAATACGCCCCCTCGAGATGATGGCTCTCTGAGCGTCAATCT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3G104JQ 360 0 0
GTTCAAAGAACGAGATCATCCGCTTCGAAGAAACCCTTTGGGGAACATCAAGACTCAATA
ATGTGTTAAGCTAGATGGACTTCACACTTAAAATCAATTGGTGATAAGTAAAGTGGCCCA
TCCCCCTTATATACTACTAAGGATCCCTTCCAACTACCGATGTGGGACAACTATGTGTTT
AATACGCCCCCTCGAGATGATGGCTCTCTGAGCGTCAATCTCGGAATGCTCGGGCAAAGA
TCGATGGACCAACTTTGAGCCAGATCGATGTGGATCGGGTTGGACTGCGTGGATCGGGCT
CTGATACCATGTTAAGCTAGATTAGCTTCACACTTAAAACCAATTGGTGATAAGTAGAGT

QA 1 360 1 360
DS 



AS 1 2

CO CL5526Contig1 1124 2 2 U
GGTATTACACTATTGTTTGTGATACTCATTCCTTTGCATCAAAGCCTGTTCTTGATTTTA
TTTTCTCTTCAGTGCATCTGGGAATAGCGAGCTGGAACCTACCTTGTCCAATGGTAAAAA
TACTTTTTGAGTTTCGATTTATGTCTCTGATTCGTTGCACGCTCATAAGATTTTTTTTGT
TGCCATCTCCTTACCGTCCCCACTGAGCAGTTGGGCATGCGGTCTATGAAGCTCACAAGG
TAAGAAAACAATATTCTTAAACTTTATGGTAAATCAGGTTCCACCTATACCAGCTCTATA
AATTTATGTAATGTGGTCTTACTTGCTCGGCAGCATGAGCTGAAACCGGTGTTAGCTAGA
AGAGCGGAGCATTACTTCTCGGAAAACATGCGGGTTACTAAAGGCAAATGCTCTTGAATT
CTTTTATAGAAGTCTCTTTATGTGCCTAATTGATTAATTACTGATGACTTTACGGAGTTG
TATGAATGTTTTGTGATACTGGAATTTCAGGATTGGAAGCGTGGGCTACAGGCAATCTTG
AAGAATTTGGAAAGCTAATTTCAGCGTCAGGCTTGAGCTCTATTGAGAATTACGAATGCG
GTACACTCTCTCTCTCCTTCCTTTGTCTCCCAATGCAACATACTTAAAATGCAAACAGAC
GACAAGTCTGCTATCACAGACCTTACATTCTCTCATCTTTAAAATTGTGAGAGTTTTGGT
GAAAGGTGCGGAGCCACTGATTCAGCTGTACAAGATTCTTCTGAAAGCACCTGGTGTATA
TGGAGCACGGTTCAGTGGTGCAGGCTTCAGGGGATGTTGTGTGGCCTTTGTGGATGCAGA
AACAGCTGAGGAAGCTGCTTCATATGTGAAGGATGAATATGAAAAGGCCCAACCCGAGTT
TGCCAAGAAACTGAAAGGAAAACCTGTTCTCATCTGTGAAGCAGGTGACTCTGCTCGTGT
TCTCTGATCAAACTCGAAGTCTTGTTCCCTCGAGTGCTCTCTGTTATTCTTGTTGATTCT
TATTTGTTGATCTCTTTTTCTGATTCTCCCTCTGTGAGATTCTTTGGTCTCTTTAGTCAA
GAGATATAGAAATGGAGCATGGATTGATACATTTCTATTGTAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BG52TF U 1
AF RR3BG52JQ C 509
BS 1 719 RR3BG52TF
BS 720 1124 RR3BG52JQ

RD RR3BG52TF 722 0 0
GGTATTACACTATTGTTTGTGATACTCATTCCTTTGCATCAAAGCCTGTTCTTGATTTTA
TTTTCTCTTCAGTGCATCTGGGAATAGCGAGCTGGAACCTACCTTGTCCAATGGTAAAAA
TACTTTTTGAGTTTCGATTTATGTCTCTGATTCGTTGCACGCTCATAAGATTTTTTTTGT
TGCCATCTCCTTACCGTCCCCACTGAGCAGTTGGGCATGCGGTCTATGAAGCTCACAAGG
TAAGAAAACAATATTCTTAAACTTTATGGTAAATCAGGTTCCACCTATACCAGCTCTATA
AATTTATGTAATGTGGTCTTACTTGCTCGGCAGCATGAGCTGAAACCGGTGTTAGCTAGA
AGAGCGGAGCATTACTTCTCGGAAAACATGCGGGTTACTAAAGGCAAATGCTCTTGAATT
CTTTTATAGAAGTCTCTTTATGTGCCTAATTGATTAATTACTGATGACTTTACGGAGTTG
TATGAATGTTTTGTGATACTGGAATTTCAGGATTGGAAGCGTGGGCTACAGGCAATCTTG
AAGAATTTGGAAAGCTAATTTCAGCGTCAGGCTTGAGCTCTATTGAGAATTACGAATGCG
GTACACTCTCTCTCTCCTTCCTTTGTCTCCCAATGCAACATACTTAAAATGCAAACAGAC
GACAAGTCTGCTATCACAGACCTTACATTCTCTCATCTTTAAAATTGTGAGAGTTTTGG
GTG

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3BG52JQ 616 0 0
AGGATTGGAAGCGTGGGCTACAGGCAATCTTGAAGAATTTGGAAAGCTAATTTCAGCGTC
AGGCTTGAGCTCTATTGAGAATTACGAATGCGGTACACTCTCTCTCTCCTTCCTTTGTCT
CCCAATGCAACATACTTAAAATGCAAACAGACGACAAGTCTGCTATCACAGACCTTACAT
TCTTTCATCTTTAAAATTGTGAGAGTTTTGGTGAAAGGTGCGGAGCCACTGATTCAGCTG
TACAAGATTCTTCTGAAAGCACCTGGTGTATATGGAGCACGGTTCAGTGGTGCAGGCTTC
AGGGGATGTTGTGTGGCCTTTGTGGATGCAGAAACAGCTGAGGAAGCTGCTTCATATGTG
AAGGATGAATATGAAAAGGCCCAACCCGAGTTTGCCAAGAAACTGAAAGGAAAACCTGTT
CTCATCTGTGAAGCAGGTGACTCTGCTCGTGTTCTCTGATCAAACTCGAAGTCTTGTTCC
CTCGAGTGCTCTCTGTTATTCTTGTTGATTCTTATTTGTTGATCTCTTTTTCTGATTCTC
CCTCTGTGAGATTCTTTGGTCTCTTTAGTCAAGAGATATAGAAATGGAGCATGGATTGAT
ACATTTCTATTGTAAC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL5527Contig1 1258 2 2 U
GATACCAAAGAGCTCAACAGTGTGTGTCGTGTCCGAATGCTTTCAACTCGTAGAATCTTA
GCTCTAACGAAAGAGGCAAAGGATTTGTTTTTGTCGCTCCAAGCTCGATTCCTCTCTACA
GAATACTATGACCCACCATTCTCCCCTCTCTCCAAACCCTCTAAACCAAAGAAGAAGACG
AAGAAACCACCCCAGCAAGACCAGTCGCTAGAGCCACCGGTGAATAACCCACCGGCGCCG
GCGACCTCAGACCTCCCTTTCGATTTTAGGTATTCCTATTCAGAAACCAACCCTGCAATC
GAACCGATCGGATTCCGTGAACCGAAACGGTTTTCTCCATTCGGACCGGGTCGATTGAAC
CGGAACTGGACTGGCACTTGCGCTCCTGCTTCTCCTGAGAGTGATGATCAGAGGCAATGG
GCGGAGGAGAGAGTGAAGATCCTCGGCGAGGCTTTGACGGAGGAGGAGGTGAATGAGCTC
GTCGAACGGTATCGTCACAATGATTGTTCACGCCAGATCAATCTTGGGAAAGGAGGAGTT
ACTCACAATATGATAGATGACATTCATAACCATTGGAAGAAAGCTGAGGCTGTGAGGATT
AAATGCTTGGGAGTGCCTACTCTTGACATGCACAACATTTGTCACCACCTCGAGGAAAAA
TCTGGTGGGAAGATTGTGTACAGGAACATAAACATACTAGTTTTGTACCGGGGAAGGAAC
TATGATCCGAAGAATCGTCCCGTCATACCACTCATGTTATGGAAGCCTTACCCACCAATA
TATCCGAGACTTGTTAAGAATGTTGCAGATGGTTTGACGTTTGAAGAGACCAAAGAGATG
AGGAACCGTGGGCTTCACACTCCTGCTCTTATCAAACTTACTAGGAACGGTGTCTACGTT
AATGTCGTGGGGAGAGTGAGGGAGGAGTTTGAAACAGAAGAAGTTGTGCGACTAGATTGC
ACTCATGTTGGGATGAGTGATTGCAAACGGATCGGTGTGAAGCTAAAGGATTTGGTGCCA
TGTGTTCCTATTTTGTTTAAAGATGAGCAGATCATACTCTGGAGAGGGAAGAAGAATTGA
GATGAAAGAGGATGCTACTCTGTGAAACTATAATAATGTGACCTGGACAAAATCCAACTG
TGAAAATTTGATCCTAAAACAGTGATCATGTGATCTGGTTATATATTTTCTTGTAACAAC
AGTTTTGTGTCTTTCAACTTATATGATTAGAAGAATGAGCACAGCTCCGGAAGTTTTT


BQ
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AF RR3G113TF U 1
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BS 739 1258 RR3G113JQ

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CGGAACTGGACTGGCACTTGCGCTCCTGCTTCTCCTGAGAGTGATGATCAGAGGCAATGG
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AAATGCTTGGGAGTGCCTACTCTTGACATGCACAACATTTGTCACCACCTCGAGGAAAAA
TCTGGTGGGAAGATTGTGTACAGGAACATAAACATACTAGTTTTGTACCGGGGAAGGAAC
TATGATCCGAAGAATCGT

QA 1 738 1 738
DS 

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TGTGAGGATTAAATGCTTGGGAGTGCCTACTCTTGACATGCACAACATTTGTCACCACCT
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CAAAGAGATGAGGAACCGTGGGCTTCACACTCCTGCTCTTATCAAACTTACTAGGAACGG
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GAAGAATTGAGATGAAAGAGGATGCTACTCTGTGAAACTATAATAATGTGACCTGGACAA
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TTGTAACAACAGTTTTGTGTCTTTCAACTTATATGATTAGAAGAATGAGCACAGCTCCGG
AAGTTTTT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

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GTTTTACAACTCAAGCCTAAGAACAATATGCATCATACATACCACCAAAGTACTAACTTA
AACTCCCCCTGAATTAAGTATCAACTGATGCCTCTGATCCCAGCCTCTCCAACGGATCTC
CCATTTTGAGCTCACTTTCAGATGATGATGATGATGATGATTAGTAATGTCAAATGGGCG
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TGGACAATAGGCGACCCAATAAACTTAAATGTCTAGAGTTTAGAAGACTAGGAGAAAACA
CAAATCACTTTTTTTGTCGTCTGTGTTTCTTCTGCGATTTTCTTCGATTCTTCTTTGTAT
AACAATTTTCTGCTAATATCGAAAAACACAATTTCCCGCCAAAATCAGAAAACACAATTT
TTCGCCAAAATAAAAAACGTAGTTCTCCACCAAAAGCGAAAAACATAATTTCCCGTCAAA
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GAAACAAAGGGGCACTTATGGTTCTGTCGGTGCTTGAAACAATTTTGTCTTCTCCATAAG
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ATAGCTGTCTACCAAAACCAGAAAAACACAATTTCTCGGCAAAATCGAAAAATACAATTT
TCCGCCAAAACCGAAAAGCCCAATTTCTGCCAAAACCGAAAAACCCAATTTCCCGCCAAA
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GTTCTATTTGGGGTTCGACC


BQ
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AF RR3AZ77TF U 1
AF RR3AZ77JQ C 636
BS 1 827 RR3AZ77TF
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BS 834 856 RR3AZ77TF
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RD RR3AZ77TF 858 0 0
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GTTTTACAACTCAAGCCTAAGAACAATATGCATCATACATACCACCAAAGTACTAACTTA
AACTCCCCCTGAATTAAGTATCAACTGATGCCTCTGATCCCAGCCTCTCCAACGGATCTC
CCATTTTGAGCTCACTTTCAGATGATGATGATGATGATGATTAGTAATGTCAAATGGGCG
GGTTATTAATGGGCGGTCCATGTCCAAACCGAAATGGACAGACCCATATTAGACCATAAT
TAAATTTTGTCTAAATGGGTGAACCTAATTATATCATGGGCAACATCGGGCTTAACCACT
TGGACAATAGGCGACCCAATAAACTTAAATGTCTAGAGTTTAGAAGACTAGGAGAAAACA
CAAATCACTTTTTTTGTCGTCTGTGTTTCTTCTGCGATTTTCTTCGATTCTTCTTTGTAT
AACAATTTTCTGCTAATATCGAAAAACACAATTTCCCGCCAAAATCAGAAAACACAATTT
TTCGCCAAAATAAAAAACGTAGTTCTCCACCAAAAGCGAAAAACATAATTTCCCGTCAAA
ACCGAAAACATAATGTGATGGTATTCTGCCTAAATAGTAGACACCCGTCCTCCTCTCTTT
GAAACAAAGGGGCACTTATGGTTCTGTCGGTGCTTGAAACAATTTTGTCTTCTCCATAAG
ACTTATATAAACAGTATGCTATAAATATTCCAAACGCTGGTAAGCCCATCGGTCCACACA
GTTGTCCATGTACCAGTAGAAGATTCAGCAGCTACCGTCCCGTGAAA*CCGGGAGAAAAC
ATAGCTGTCTACCAAA
CC

QA 1 856 1 856
DS 

RD RR3AZ77JQ 765 0 0
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GAAACAATTTTGTCTTCTCCATAAGACTTATATAAACAGTATGCTATAAATATTCCAAAC
GCTGGTAAGCCCATCGGTCCACACAGTTGTCCATGTACCAGTAGAAGATTCAGCAGCTAC
CGTCCCGTGAAAACCGGAAGAAAACATAGCTGTCTACCAAAACCAGAAAAACACAATTTC
TCGGCAAAATCGAAAAATACAATTTTCCGCCAAAACCGAAAAGCCCAATTTCTGCCAAAA
CCGAAAAACCCAATTTCCCGCCAAAACCGAAAAACCCAATTTCCCGCCAAAACCGAAAAT
GCAATTTCCCGTCAAAACCGGAAAAACGCAATTTCCCGCCAAAACCGAAAAATGTAATTT
CTCGCTAAAATCAGAAAACGCTATTTTCCGCAAAAACCGAAAAACGCAATTTTTCATAGA
AACGGGAAAACACACAATTTCCTGCCAAAACCAAAAAAATGTAATTTCCCGCAAAATTTG
AAAAACGCAATTTTCCGCCAAAACCGGAAAATGCAGTTTCTCGCGAAAACTAGAAAACAT
AATTTTCTATCAAAACCGAAAAACGTAATTTCCCACAAAAATCAAAAAAACTGAAATTAT
GTTGTTTACATTAAATGGATGTATGGATCCCATGGACAGCCCAACAAATCATGGTCTTAT
TTGATTATGGTCTCATTTGGACATGGTTCTATTTGGGGTTCGACC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL5529Contig1 956 2 2 U
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CCAACAGAGCCGTCTCAAGATTGGGAGACCTTGGCTCAAGCCTGGGTCGCCGCCTTCCCC
GACGCCAAGTCCGTCGTGAGCGCCAGCGAAGTCGAGATTTGGATCGGCTCCAACTTCGAA
TCCTTGCCTGCCGATCTCCGTCAGAGACCCCTCTCCGATCTCGTCGACCGTTTCCTCTCC
ATGCAACAGTACATGAGACGAACCGCATCAGAACAGGACGAGCAAGAGAATAATCAAGGT
GATCAACATCCGGCTCGGTTTCAGAGGACAGACCAGTGGTTACCAGTGTATTCGTGGTTA
GAGTCTCTGGATAATGGAGAGCTGGTGAAATCAAAGGATATCTCTGAGTGGCTCGATGCG
AATCCGGAGGTTAAGGAAGAGCTCTCTTCAAGGCATTCTCGTTATCATTTGACTCACTAT
GTCAAAAAATGTCATCTCAAGATTCTTAAAAGAAAAGAGAAGAAGGGATTGATCCGCCTG
AGTAGAGAAACTGCAATGGAAGTTCACAAAGAATTTGGGGAGAAACATCATAATGCCACA
GTTCCTGCTGACCCCATGAGCAATATACCAAAAGACAGTTACCTCTACCGTACAAAACTC
AAAGAATCTAAACGCAGATTTGAGATCTTGGTTGAGCTCGAGAAGAAACTAGCTCCGCAT
TTTTCAAGGCCTCGAATAGCCAACACATGAAATTATTTACCCCTACTTTCCGTGTAAAGT
AAAACCAGAAGCTGGTTTCAAACACTTCCTTTTGATTGACTTTGTACGTCTGTTATTTGC
TTTTGGTGTTGTAGAACTGTTTGTGAAATGGTAAGGTCATGTAGTTGTATGGAGTTAGTT
TGAATGTAAACCGTAACTTGTAACCTTTTTTAGACTTAAGATCCTGCCAAAGACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES58TF U 1
AF RR3ES58JQ C 503
BS 1 725 RR3ES58TF
BS 726 956 RR3ES58JQ

RD RR3ES58TF 725 0 0
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TCCTTGCCTGCCGATCTCCGTCAGAGACCCCTCTCCGATCTCGTCGACCGTTTCCTCTCC
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GATCAACATCCGGCTCGGTTTCAGAGGACAGACCAGTGGTTACCAGTGTATTCGTGGTTA
GAGTCTCTGGATAATGGAGAGCTGGTGAAATCAAAGGATATCTCTGAGTGGCTCGATGCG
AATCCGGAGGTTAAGGAAGAGCTCTCTTCAAGGCATTCTCGTTATCATTTGACTCACTAT
GTCAAAAAATGTCATCTCAAGATTCTTAAAAGAAAAGAGAAGAAGGGATTGATCCGCCTG
AGTAGAGAAACTGCAATGGAAGTTCACAAAGAATTTGGGGAGAAACATCATAATGCCACA
GTTCCTGCTGACCCCATGAGCAATATACCAAAAGACAGTTACCTCTACCGTACAAAACTC
AAAGAATCTAAACGCAGATTTGAGATCTTGGTTGAGCTCGAGAAGAAACTAGCTCCGCAT
TTTTC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3ES58JQ 454 0 0
TTT
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ACAAAGAATTTGGGGAGAAACATCATAATGCCACAGTTCCTGCTGACCCCATGAGCAATA
TACCAAAAGACAGTTACCTTTACCGTACAAAACTCAAAGAATTTAAACGCAGATTTGAGA
TTTTGGTTGAGCTCGAGAAGAAACTAGCTCCGCATTTTTCAAGGCCTCGAATAGCCAACA
CATGAAATTATTTACCCCTACTTTCCGTGTAAAGTAAAACCAGAAGCTGGTTTCAAACAC
TTCCTTTTGATTGACTTTGTACGTCTGTTATTTGCTTTTGGTGTTGTAGAACTGTTTGTG
AAATGGTAAGGTCATGTAGTTGTATGGAGTTAGTTTGAATGTAAACCGTAACTTGTAACC
TTTTTTAGACTTAAGATCCTGCCAAAGACTT

QA 4 454 4 454
DS 



AS 1 2

CO CL5530Contig1 920 2 2 U
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GTATTCCAGAGCGTGTGGTCCACGCAAGAGGAGCCAGTGCAAAAGGTTTCTTCGAGGCCA
CGCATGATATATCTAACCTAACGTGTGCAGACTTCCTCAGAGCTCCGGGTGTACAGACCC
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ACCCTCGTGGCTTTGCAGTCAAGTTCTACACCAGAGAAGGAAACTTCGATCTTGTCGGAA
ACAACTTCCCTGTCTTCCTCATCAGAGACGGGATGAAGTTCCCTGACATGGTCCACGCTC
TTAAACCAAACCCTAAATCTCACATCCAAGAAAACTGGAGAGTCCTTGACTTCTTCTCAC
ACCACCCTGAGAGCTTGAACATGTTCACTTTCCTCTTCGACGACATCGGTATCCCACAAG
ATTACAGACACATGGAAGGCTCAGGTGTCAACACTTACATGCTCATCAACAAATCAGGCA
AAGCTCACTACGTGAAGTTCCACTGGATTTCTTACTGGTCTCAGGCTGACAAATCCTTGG
GACAGAAGCTTGCCAGCCGTCTGAACGTGAGACCAAGCATTTAAAACGGGTGATCAAGAT
TATTAATTGGTCCTTGTGTGGTTTTAATAGGCAGAGAAGAAAGATGGGAAGAGATCAGAC
CCTATAAATATAATCTTCATCATGTGGATCCTATGTGCTATGTTGTAATATTATCTCTTT
AAAAACCTTTTAAAAAAACCTTGTGTGTTGTATTGTGACCTTAGTTTTTGTTTCATATTA
TAGAATTCTACATTTATAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AV43TF U 1
AF RR3AV43JQ C 373
BS 1 593 RR3AV43TF
BS 594 920 RR3AV43JQ

RD RR3AV43TF 593 0 0
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GTCCTATACTTCTTGAGGATTACCATCTCGTCGAGAAGCTTGCAAACTTCGACAGGGAGC
GTATTCCAGAGCGTGTGGTCCACGCAAGAGGAGCCAGTGCAAAAGGTTTCTTCGAGGCCA
CGCATGATATATCTAACCTAACGTGTGCAGACTTCCTCAGAGCTCCGGGTGTACAGACCC
CAGTCATTGTCCGTTTCTCCACCGTTATCCACGAGCGTGGAAGTCCCGAGACCTTGAGAG
ACCCTCGTGGCTTTGCAGTCAAGTTCTACACCAGAGAAGGAAACTTCGATCTTGTCGGAA
ACAACTTCCCTGTCTTCCTCATCAGAGACGGGATGAAGTTCCCTGACATGGTCCACGCTC
TTAAACCAAACCCTAAATCTCACATCCAAGAAAACTGGAGAGTCCTTGACTTCTTCTCAC
ACCACCCTGAGAGCTTGAACATGTTCACTTTCCTCTTCGACGACATCGGTATCCCACAAG
ATTACAGACACATGGAAGGCTCAGGTGTCAACACTTACATGCTCATCAACAAA

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3AV43JQ 548 0 0
TCTTCCTCATCAGAGACGGGATGAAGTTCCCTGACATGGTCCACGCTCTTAAACCAAACC
CTAAATCTCACATCCAAGAAAACTGGAGAGTCCTTGACTTCTTCTCACACCACCCTGAGA
GCTTGAACATGTTCACTTTCCTTTTGGACGACATCGGTATCCCACAAGATTACAGACACA
TGGAAGGCTCAGGTGTCAACACTTACATGTTCATCAACAAATCAGGCAAAGCTCACTACG
TGAAGTTCCACTGGATTTCTTACTGGTCTCAGGCTGACAAATCCTTGGGACAGAAGCTTG
CCAGCCGTCTGAACGTGAGACCAAGCATTTAAAACGGGTGATCAAGATTATTAATTGGTC
CTTGTGTGGTTTTAATAGGCAGAGAAGAAAGATGGGAAGAGATCAGACCCTATAAATATA
ATCTTCATCATGTGGATCCTATGTGCTATGTTGTAATATTATCTCTTTAAAAACCTTTTA
AAAAAACCTTGTGTGTTGTATTGTGACCTTAGTTTTTGTTTCATATTATAGAATTCTACA
TTTATAGC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

CO CL5531Contig1 899 2 2 U
GCCAAATGGTGTTGCTGCAGCTCCACTAGTGGATTTATTGGACCTGGGTTCTGACGATAT
CATGGCTGCACCTAGTTCATCTGGTGCAGATTTCCTTCAGGATCTTCTTGGTGTTGACTT
AGGATCATCGCCGGCACAATCTGGTGCAGCCGCGGGTCCAAAAGCCGGCGCAGATCTGTT
GATGGATATTTTATCAATTGGAACACCTTCTCCGGCACAAAACAACACATCATCAATTGA
TTTGTTATCGACAGCTGCCATTAACAATAGTCCTTCTACTGCGCTAGACACACTCTCTTC
ACCAGCTCCACCTCACGTAGCAACGACTGCTTCTGCTGGTGGTATGTTTGATTTGTTAGA
TGGTCTTTCTCCAAGCCCATCGAAGGAAGCAACCAATGGTCCAGCATATCCACCTATTGT
TGCATACGAGAGCAGCACCTTGAAGATTGAGTTCACCTTCTCAAAGCCATCAGAGAACCC
ACAAACAACAAATGTCCAAGCAACTTTTATAAATCTATCTCCTAATACTTTCACAGATTT
TATCTTCCAGGCTGCTGTTCCAAAGTTCCTCCAGCTGCACTTGGATCCAGCAAGCAGTAA
CACACTCCCGGCGAGCGGTAACATCATGCAGAATCTGAAAGTCACTAACAGCCAGCACGG
AAAGAAATCTCTTGTGATGCGCATGAGGACTGGGTACAAAGTAAACGGAAAAGATGTACT
GGAGGAAGGACAGATCAACAACTTCCCTCGTGGCTTGTGAGGCTGATTGTATTTTCAGCA
TATGGAACTTTTGAGTATTTATTATCATATCATCCGTATTCCCAAAAAAAAAGATATGTA
TCGCCCACTGACGCAACAAAATCAGCTTTTACCTTCCTATTTTTGTCATCCGTTTCCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G495TF U 1
AF RR3G495JQ C 214
BS 1 422 RR3G495TF
BS 423 899 RR3G495JQ

RD RR3G495TF 422 0 0
GCCAAATGGTGTTGCTGCAGCTCCACTAGTGGATTTATTGGACCTGGGTTCTGACGATAT
CATGGCTGCACCTAGTTCATCTGGTGCAGATTTCCTTCAGGATCTTCTTGGTGTTGACTT
AGGATCATCGCCGGCACAATCTGGTGCAGCCGCGGGTCCAAAAGCCGGCGCAGATCTGTT
GATGGATATTTTATCAATTGGAACACCTTCTCCGGCACAAAACAACACATCATCAATTGA
TTTGTTATCGACAGCTGCCATTAACAATAGTCCTTCTACTGCGCTAGACACACTCTCTTC
ACCAGCTCCACCTCACGTAGCAACGACTGCTTCTGCTGGTGGTATGTTTGATTTGTTAGA
TGGTCTTTCTCCAAGCCCATCGAAGGAAGCAACCAATGGTCCAGCATATCCACCTATTGT
TG

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR3G495JQ 686 0 0
GGCACAAAACAACACATCATCAATTGATTTGTTATCGACAGCTGCCATTAACAATAGTCC
TTCTACTGCGCTAGACACACTCTCTTCACCAGCTCCACCTCACGTAGCAACGACTGCTTC
TGCTGGTGGTATGTTTGATTTGTTAGATGGTCTTTCTCCAAGCCCATCGAAGGAAGCAAC
CAATGGTCCAGCATATCCACCTATTGTTGCATACGAGAGCAGCACCTTGAAGATTGAGTT
CACCTTCTCAAAGCCATCAGAGAACCCACAAACAACAAATGTCCAAGCAACTTTTATAAA
TCTATCTCCTAATACTTTCACAGATTTTATCTTCCAGGCTGCTGTTCCAAAGTTCCTCCA
GCTGCACTTGGATCCAGCAAGCAGTAACACACTCCCGGCGAGCGGTAACATCATGCAGAA
TCTGAAAGTCACTAACAGCCAGCACGGAAAGAAATCTCTTGTGATGCGCATGAGGACTGG
GTACAAAGTAAACGGAAAAGATGTACTGGAGGAAGGACAGATCAACAACTTCCCTCGTGG
CTTGTGAGGCTGATTGTATTTTCAGCATATGGAACTTTTGAGTATTTATTATCATATCAT
CCGTATTCCCAAAAAAAAAGATATGTATCGCCCACTGACGCAACAAAATCAGCTTTTACC
TTCCTATTTTTGTCATCCGTTTCCCG

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL5532Contig1 1272 2 2 U
GACGGGCAACTAGGGTTGCACGGCTTATGTCCACCGCGGGTGCCTGCTCCGTCAAAATAC
TCCACTGGCGCCGGTGGAACGTTGGAGTCAATAGTGGACCAAGCTACTCGCTTCCCTAAC
CCTAAGCCCACCGACGAGCTCGTCCCATCGTTTCACCACCACTATTCCAGGGTCGGCATG
GACGCGCTTGTCCCCGAGCAGCAGAGCCAGCCCGCCACCGGCGTTGGCTCGTGTAGCGAT
GGTCATCCCATGGCTGGTGTGAAGCGAGCCAGAGTGGCGCCCGAGTGGAGCGCGAGCGGG
AGTCAGCGCCTGACCATTGACACCTACGGCTTCACATCAACATCGCTGGATGATAACTCC
AGCTCCGGCGGGAAGCCTTTCACCAAAACCACCAACATCGACAATCATGATTCCGTCTGC
CACAGCCGCCCACAGGCAATTTGTTTCTCATTTTATTATAACTTATTCCTTCTAAATCTC
TAATTAGTTTATTATATCTCACTTTTCTAAAAATATTTTTGAATTACAACGCTATATAAA
GGTGGGGGAAGAAGAAGAAGAGAAGCAAATGGGAGGAAAATCATCAGCTTCAACCAAGAG
AAGCAGAGCCGCTGTTATTCACAACCAATCCGAACGTGTAATTCACTCACTCATTCAACC
ATTTACTACTCTTATTTATTTTGAGAGAAAAAAATTATACTGTTATTCGTCGACTAGTGT
TTCATAGTTAATGTTTTCTTTGTATAGGAACGAAATTTCAGAGTTAATGTTCATTACCTT
AACATTGATTGTCTATTGATTGGATTCATTGAGAAAGCAGAGGAGCTCAAGTCAAAGGGT
GTTGACGAGATCATTTGCTTTAGTGTGAATGATCCGTTTGTCATGAAGGCATGGGGGAAG
ACATACCCGGAAAAGAAGCATGTCAAGTTTGTGGCAGACGGTTCAGGAGAATACACGAAG
CTTCTTGGACTCGAGCTTGACCTCACGGACAAGGGCCTTGGTGTTAGGTCAAGGAGATTT
GCTCTGTTGCTCGATAACCTCAAGGTCACTGTTGCCAACGTTGAATCTGGCGGCGAGTTC
ACTGTTTCCAGCGCCGATGATATCCTCAAGGCTCTTTAAGAAACTATATCATCTGTGTGT
ATGTGGAACCCGCTGCATGTGCTAGTGAAGAGTGTATCTCTGGCCTTATTTCTGACAATG
AATTAGGCATAATAATAAAGCGGTTTAAGTTGCTTATTTAATAATAAACTATTGGTTCTT
GTTGTTGTCATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AW16TF U 1
AF RR3AW16JQ C 521
BS 1 728 RR3AW16TF
BS 729 1272 RR3AW16JQ

RD RR3AW16TF 728 0 0
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TCCACTGGCGCCGGTGGAACGTTGGAGTCAATAGTGGACCAAGCTACTCGCTTCCCTAAC
CCTAAGCCCACCGACGAGCTCGTCCCATCGTTTCACCACCACTATTCCAGGGTCGGCATG
GACGCGCTTGTCCCCGAGCAGCAGAGCCAGCCCGCCACCGGCGTTGGCTCGTGTAGCGAT
GGTCATCCCATGGCTGGTGTGAAGCGAGCCAGAGTGGCGCCCGAGTGGAGCGCGAGCGGG
AGTCAGCGCCTGACCATTGACACCTACGGCTTCACATCAACATCGCTGGATGATAACTCC
AGCTCCGGCGGGAAGCCTTTCACCAAAACCACCAACATCGACAATCATGATTCCGTCTGC
CACAGCCGCCCACAGGCAATTTGTTTCTCATTTTATTATAACTTATTCCTTCTAAATCTC
TAATTAGTTTATTATATCTCACTTTTCTAAAAATATTTTTGAATTACAACGCTATATAAA
GGTGGGGGAAGAAGAAGAAGAGAAGCAAATGGGAGGAAAATCATCAGCTTCAACCAAGAG
AAGCAGAGCCGCTGTTATTCACAACCAATCCGAACGTGTAATTCACTCACTCATTCAACC
ATTTACTACTCTTATTTATTTTGAGAGAAAAAAATTATACTGTTATTCGTCGACTAGTGT
TTCATAGT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3AW16JQ 752 0 0
GAATTACAACGCTATATAAAGGTGGGGGAAGAAGAAGAAGAGAAGCAAATGGGAGGAAAA
TCATCAGCTTCAACCAAGAGAAGCAGAGCCGCTGTTATTCACAACCAATCCGAACGTGTA
ATTCACTCACTCATTCAACCATTTACTACTCTTATTTATTTTGAGAGAAAAAAATTATAC
TGTTATTCGTCGACTAGTGTTTCATAGTTAATGTTTTCTTTGTATAGGAACGAAATTTCA
GAGTTAATGTTCATTACCTTAACATTGATTGTCTATTGATTGGATTCATTGAGAAAGCAG
AGGAGCTCAAGTCAAAGGGTGTTGACGAGATCATTTGCTTTAGTGTGAATGATCCGTTTG
TCATGAAGGCATGGGGGAAGACATACCCGGAAAAGAAGCATGTCAAGTTTGTGGCAGACG
GTTCAGGAGAATACACGAAGCTTCTTGGACTCGAGCTTGACCTCACGGACAAGGGCCTTG
GTGTTAGGTCAAGGAGATTTGCTCTGTTGCTCGATAACCTCAAGGTCACTGTTGCCAACG
TTGAATCTGGCGGCGAGTTCACTGTTTCCAGCGCCGATGATATCCTCAAGGCTCTTTAAG
AAACTATATCATCTGTGTGTATGTGGAACCCGCTGCATGTGCTAGTGAAGAGTGTATCTC
TGGCCTTATTTCTGACAATGAATTAGGCATAATAATAAAGCGGTTTAAGTTGCTTATTTA
ATAATAAACTATTGGTTCTTGTTGTTGTCATT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL5533Contig1 949 2 2 U
GGGAAGCATCAAAGGGAGTATTGTCGTCGGCGGCTGATTCCGATGATCGATCCCACCCTG
ATTTGTAGCTCTAGCTCTGGCCCAGCTTCTACTTCATCTGTCTCTTCCACAGGTGTCTGT
AGAGGCCTCCGCGACAATACCTAGACGGGAAACATTTGAGCCGGCGGCACTGCTACAGGT
TTAACTATGTGTTTACCGTTACATGGACCTGATCTGGTGTACGGCTGGGGATATGGTTAT
GGTCTTACGTTAGAGAAGAGATCTTCTCATGGAAGGAAGTGGAATGGAAAGCATATCTAA
GGGATTCTCAGAGGAGAGTTTAAGCAGTGAAAAATTACTCTTGGAACGTGTGATCCATCA
CCTATGATGGCTAATCAGTTTTATGATCTTGCAACATAGAATCATATCTTCCAATTATAC
CATCGAAAGCTTAAGGCCAGGCTCAAGTCTTTTCCAAAGTGTTGCGGGTAAGATTAAATT
TGGTCATTTTCACCATCATGCATATATCACATTCATATTTTACTATTGAAATGAATCTCT
TATGGCATAGTAATATATCAGAATGATAACCAGTGTATTGTGTTATTAATCTTTGGCCTA
GAAAACATGAATCTCTAAACAGATTGCAGAAGAGAAGTTGCAGATATTGATTTAAAGTTC
CGGAGTTTGGTAGCAATTGGCTTGTTGGTTAGTTCTCAAATCACTAAGTTCTTCCGTTCA
AGAACAATATGTATATATGCTTGTTGGTTACAGATTTTTTTCCAATACAAATGCTTGAAG
GCCTCGTGAAGAATATAGCAAATTAGCAATAGATTTTTAGGTGGAAGTTGGTGCTGATAT
CGATTTTGTGATTTGCCAACTTTAGAAGGACACTTGTGACACCGCCAATATTAGGATTGT
TTTGAATGTAAATTTTATTCAATTTTATTACTCGACTAAATTTTCTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GS51TF U 1
AF RR3GS51JQ C 432
BS 1 638 RR3GS51TF
BS 639 949 RR3GS51JQ

RD RR3GS51TF 638 0 0
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ATTTGTAGCTCTAGCTCTGGCCCAGCTTCTACTTCATCTGTCTCTTCCACAGGTGTCTGT
AGAGGCCTCCGCGACAATACCTAGACGGGAAACATTTGAGCCGGCGGCACTGCTACAGGT
TTAACTATGTGTTTACCGTTACATGGACCTGATCTGGTGTACGGCTGGGGATATGGTTAT
GGTCTTACGTTAGAGAAGAGATCTTCTCATGGAAGGAAGTGGAATGGAAAGCATATCTAA
GGGATTCTCAGAGGAGAGTTTAAGCAGTGAAAAATTACTCTTGGAACGTGTGATCCATCA
CCTATGATGGCTAATCAGTTTTATGATCTTGCAACATAGAATCATATCTTCCAATTATAC
CATCGAAAGCTTAAGGCCAGGCTCAAGTCTTTTCCAAAGTGTTGCGGGTAAGATTAAATT
TGGTCATTTTCACCATCATGCATATATCACATTCATATTTTACTATTGAAATGAATCTCT
TATGGCATAGTAATATATCAGAATGATAACCAGTGTATTGTGTTATTAATCTTTGGCCTA
GAAAACATGAATCTCTAAACAGATTGCAGAAGAGAAGT

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3GS51JQ 518 0 0
TAAGGCCAGGCTCAAGTCTTTTCCAAAGTGTTGCGGGTAAGATTAAATTTGGTCATTTTC
ACCATCATGCATATATCACATTCATATTTTACTATTGAAATGAATCTCTTATGGCATAGT
AATATATCAGAATGATAACCAGTGTATTGTGTTATTAATCTTTGGCCTAGAAAACATGAA
TCTCTAAACAGATTGCAGAAGAGAAGTTGCAGATATTGATTTAAAGTTCCGGAGTTTGGT
AGCAATTGGCTTGTTGGTTAGTTCTCAAATCACTAAGTTCTTCCGTTCAAGAACAATATG
TATATATGCTTGTTGGTTACAGATTTTTTTCCAATACAAATGCTTGAAGGCCTCGTGAAG
AATATAGCAAATTAGCAATAGATTTTTAGGTGGAAGTTGGTGCTGATATCGATTTTGTGA
TTTGCCAACTTTAGAAGGACACTTGTGACACCGCCAATATTAGGATTGTTTTGAATGTAA
ATTTTATTCAATTTTATTACTCGACTAAATTTTCTAGC

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 2

CO CL5534Contig1 1182 2 4 U
GGGAGATCAGAAACAATGAGAGCAACCACAGTGGCCCATGTGACGACCATTAACCCTATT
AACACCAACATTCATGGACCGGTCATAGACGAAGTGGAAGGCTTAATAAGATTTTACAAA
GACGGTCACGTGGAACGATTTCAACTCGTGCCATGTGTGGGTCCGTCACTACCCCTCGAT
CTCGGTGTGGCTTGCTCTGATGTTCACATAGACAAGTTGACTAACATATGGGCACGTCTC
TATGTCCCACTGGTGACCAAGTCTTCGCCGGTCTTTAACTCTAAGCTCCCTTTGCTTGTC
TATTTCCACGGTGGAGGTTTCTGCGTCGGCTCGGCTTCTTGGTCGTGCTACCACGAGTTC
TTGGCCAGGTTGTCCGCTAGCTCAAGGTGCATAATCATGTCTGTAAATTACCGTCTAGCC
CCTGAGAATCCTCTTCCAGCAGCTTACGAAGATGGAGTCAATGCCATTATTTGGCTCAAG
AAAACAAGAAACGATAACTTGTGGTCTACGCTATGTGACTTTAAGAAGATATTCTTGGCC
GGAGACAGCGCCGGAGGCAACATCGCACACCATGTCGCCGCGAGATTACAAACCGCTGAC
GCTCTTATACAGCCATTGAAGATAGAAGGAACAATCTTGATCCAGCCTTTCTTCGGTGGG
GAGGCGCGTACGGAGAGCGAGAGGCGCGTGGAGAATAATATGAAGGGCTCAGTGCTGACA
CTAGCGGCCTCAGACGCGTGGTGGAGGCTGGTTCTGCCACGTGACGCAAACAGAGAGCAT
CCGTATTGTAAACCGGTGAAGATCAACACGAGGACGCTGGTATGCGTGGCGGAGATGGAT
GTGCTGATGGATAGAGAGATGGAGATGTGCGATGGTAGTGAGAAAATGATCAAGCGCGTG
GTGTACCAAGGCGTTGGTCATGCGTTTCAGATTCTTGGAAAGTCCCAGCTTGCTCACACG
ATGACTCAAGAGATGTTATGCCACATCGACGATTTCATCCACCAATGTGATTCTTCTATT
TAGTTATGTACTTATGTATTTTCCATGTATCTTTTTTTTTTGTGGTAGCTCTTATATGTG
TATATCTTAAATTGTTTTCATGTTCCATAAGCTGTAGATCATAGGAACTAATATGCATTT
CGGTTTGGATCTTTTGGTTTATTAAGAAAATGAATTTTATGC


BQ
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AF RR3D532TF U 1
AF RR3D532JQ C 439
BS 1 628 RR3D532TF
BS 629 629 RR3D532JQ
BS 630 650 RR3D532TF
BS 651 1182 RR3D532JQ

RD RR3D532TF 650 0 0
GGGAGATCAGAAACAATGAGAGCAACCACAGTGGCCCATGTGACGACCATTAACCCTATT
AACACCAACATTCATGGACCGGTCATAGACGAAGTGGAAGGCTTAATAAGATTTTACAAA
GACGGTCACGTGGAACGATTTCAACTCGTGCCATGTGTGGGTCCGTCACTACCCCTCGAT
CTCGGTGTGGCTTGCTCTGATGTTCACATAGACAAGTTGACTAACATATGGGCACGTCTC
TATGTCCCACTGGTGACCAAGTCTTCGCCGGTCTTTAACTCTAAGCTCCCTTTGCTTGTC
TATTTCCACGGTGGAGGTTTCTGCGTCGGCTCGGCTTCTTGGTCGTGCTACCACGAGTTC
TTGGCCAGGTTGTCCGCTAGCTCAAGGTGCATAATCATGTCTGTAAATTACCGTCTAGCC
CCTGAGAATCCTCTTCCAGCAGCTTACGAAGATGGAGTCAATGCCATTATTTGGCTCAAG
AAAACAAGAAACGATAACTTGTGGTCTACGCTATGTGACTTTAAGAAGATATTCTTGGCC
GGAGACAGCGCCGGAGGCAACATCGCACACCATGTCGCCGCGAGATTACAAACCGCTGAC
GCTCTTATACAGCCATTGAAGATAGAAG*AACAATCTTGATCCAGCCTTT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3D532JQ 744 0 0
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TTGTGGTCTACGCTATGTGACTTTAAGAAGATATTCTTGGCCGGAGACAGCGCCGGAGGC
AACATCGCACACCATGTCGCCGCGAGATTACAAACCGCTGACGCTCTTATACAGCCATTG
AAGATAGAAGGAACAATCTTGATCCAGCCTTTCTTCGGTGGGGAGGCGCGTACGGAGAGC
GAGAGGCGCGTGGAGAATAATATGAAGGGCTCAGTGCTGACACTAGCGGCCTCAGACGCG
TGGTGGAGGCTGGTTCTGCCACGTGACGCAAACAGAGAGCATCCGTATTGTAAACCGGTG
AAGATCAACACGAGGACGCTGGTATGCGTGGCGGAGATGGATGTGCTGATGGATAGAGAG
ATGGAGATGTGCGATGGTAGTGAGAAAATGATCAAGCGCGTGGTGTACCAAGGCGTTGGT
CATGCGTTTCAGATTCTTGGAAAGTCCCAGCTTGCTCACACGATGACTCAAGAGATGTTA
TGCCACATCGACGATTTCATCCACCAATGTGATTCTTCTATTTAGTTATGTACTTATGTA
TTTTCCATGTATCTTTTTTTTTTGTGGTAGCTCTTATATGTGTATATCTTAAATTGTTTT
CATGTTCCATAAGCTGTAGATCATAGGAACTAATATGCATTTCGGTTTGGATCTTTTGGT
TTATTAAGAAAATGAATTTTATGC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL5535Contig1 207 2 1 U
GGAGACCGATGAGTGTCGTACTTATGATAATTAAAACATGTTTTGAAAATTTAGGTACTT
GTGTCGGATCATCTTTCTTCTTGTTGCTGTTGTTGTCGTCGTGTATGGTTTGGTTTTGGT
TTGTTTTGGTGCTTGTAATGTGATGAATAGTACAAGTGCAATACATATGAGATGTTTCGT
AGATCTATCAACGTTTGTATTTTATCC


BQ
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AF RR3EL37JQ C 1
AF RR3EL37TF U 1
BS 1 207 RR3EL37TF

RD RR3EL37JQ 207 0 0
GGAGACCGATGAGTGTCGTACTTATGATAATTAAAACATGTTTTGAAAATTTAGGTACTT
GTGTCGGATCATCTTTCTTCTTGTTGCTGTTGTTGTCGTCGTGTATGGTTTGGTTTTGGT
TTGTTTTGGTGCTTGTAATGTGATGAATAGTACAAGTGCAATACATATGAGATGTTTCGT
AGATCTATCAACGTTTGTATTTTATCC

QA 1 207 1 207
DS 

RD RR3EL37TF 207 0 0
GGAGACCGATGAGTGTCGTACTTATGATAATTAAAACATGTTTTGAAAATTTAGGTACTT
GTGTCGGATCATCTTTCTTCTTGTTGCTGTTGTTGTCGTCGTGTATGGTTTGGTTTTGGT
TTGTTTTGGTGCTTGTAATGTGATGAATAGTACAAGTGCAATACATATGAGATGTTTCGT
AGATCTATCAACGTTTGTATTTTATCC

QA 1 207 1 207
DS 



AS 1 2

CO CL5536Contig1 1279 2 2 U
GGGGAGAGGATGGTATGCAGAACATAAGCAAAGAGATTAAATATGTTTTGTAAAGAGTCG
CCAAGTCTCCAGACGTTGAGCACAACACAGAGCACAGCCTCACAGTCCAATATTGCACAG
ACAGGTAAATTACTGAAAAAGAAAGTTCAGAAAATCAAAGTTAAGGGATTTTTAACCGCC
GAAGAAGGGACGCTGCTGGAGAGCCTAAGTTGGTCGAGACCTCTCGATGTCATTACAGAT
ATCCGCGGCAGATCACTGCTCGTCGAGCTTGTTAGCGCCGAGACTGACACCAGGACGATT
ATGGAGAAGGATCCGGTAGAAGACTATGTACAACGTGTCTGGTTCGAATCCCGTAGTGAG
AAGTACAAGTGCGTGTTCGACATGCCCGAAGACTTTGGAACCGTGGGGGCCATCAGGGTT
CAAAACCAGCACCGTAGAGAAATGTTCATCAAGGAGATGGAGCTTGAGTTACCCAGCGGC
TCCGTTACGTTTACATGTAACTCATGGGTGACCCCCAAGTCTGTCGACCCAACCAAGCGG
ATATTTTTCTCCAACAAGTCCTACTTGCCTTGGACAACTCCAGAACCTCTTAAAAAGCTG
CGGAAGGAGGAGCTGGAGACCTTGCAGGGCAACAACCGCGAGGGAGTTGGTGAATTCGCC
AAGTATGAACGGGTTTATGACTATGATGTGTACAACGATGTGGGTGACCCTGAAAAAGAT
GAAAAACTTTCCCGTCCTGTTATGGGAGGCCTCTCTCATCCATACCCAAGACGGTGCAAG
ACTGGTCGCAAACCCTGCGACAAAGATCCCTCCTCAGAGAAACGCAAAGGGGAGTTCTAT
GTCCCCAGAGACGAGGAGTTCTTTACAACAAAGAACATTGCATTCACGGGCAAGGCCGTT
TTAGCAGCTCTTCCCTCCGTGTTCCCACAGATAGAGGCTGCTTTGCTTGATCCCAACTTG
CCTTTTCCACACTTCAAGTCCATAGAAGATCTCTTTGAAGTTGGCATCGACATTCCCAAG
GAAGCTGGCCTTTTACCTATGATCCCCAAACTAATCAAAGTTGTTGCTGAAGCTCCAAAA
AATCTTCTCCAGTTTGACCCCCCTATTCTTCTTAACAAGGATAGATTTTCGTGGATCCGA
GACGACGAGTTTGCTCGCCAGACACTAGCAGGCCTTAATCCATATTCCATTCAGCTAGTT
AGAGAGTGGCCGTTGAAAAGCAAACTAGACCCGGCGGTTTATGGTGATCCCAAGTCACTC
ATTACTTGGGACATTGTGG


BQ
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AF RR3B187TF U 1
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BS 713 1279 RR3B187JQ

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CCAAGTCTCCAGACGTTGAGCACAACACAGAGCACAGCCTCACAGTCCAATATTGCACAG
ACAGGTAAATTACTGAAAAAGAAAGTTCAGAAAATCAAAGTTAAGGGATTTTTAACCGCC
GAAGAAGGGACGCTGCTGGAGAGCCTAAGTTGGTCGAGACCTCTCGATGTCATTACAGAT
ATCCGCGGCAGATCACTGCTCGTCGAGCTTGTTAGCGCCGAGACTGACACCAGGACGATT
ATGGAGAAGGATCCGGTAGAAGACTATGTACAACGTGTCTGGTTCGAATCCCGTAGTGAG
AAGTACAAGTGCGTGTTCGACATGCCCGAAGACTTTGGAACCGTGGGGGCCATCAGGGTT
CAAAACCAGCACCGTAGAGAAATGTTCATCAAGGAGATGGAGCTTGAGTTACCCAGCGGC
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AAGTATGAACGGGTTTATGACTATGATGTGTACAACGATGTGGGTGACCCTG

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DS 

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TTGCCTTGGACAACTCCAGAACCTCTTAAAAAGCTGCGGAAGGAGGAGCTGGAGACCTTG
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GATGTGTACAACGATGTGGGTGACCCTGAAAAAGATGAAAAACTTTCCCGTCCTGTTATG
GGAGGCCTCTCTCATCCATACCCAAGACGGTGCAAGACTGGTCGCAAACCCTGCGACAAA
GATCCCTCCTCAGAGAAACGCAAAGGGGAGTTCTATGTCCCCAGAGACGAGGAGTTCTTT
ACAACAAAGAACATTGCATTCACGGGCAAGGCCGTTTTAGCAGCTCTTCCCTCCGTGTTC
CCACAGATAGAGGCTGCTTTGCTTGATCCCAACTTGCCTTTTCCACACTTCAAGTCCATA
GAAGATCTCTTTGAAGTTGGCATCGACATTCCCAAGGAAGCTGGCCTTTTACCTATGATC
CCCAAACTAATCAAAGTTGTTGCTGAAGCTCCAAAAAATCTTCTCCAGTTTGACCCCCCT
ATTCTTCTTAACAAGGATAGATTTTCGTGGATCCGAGACGACGAGTTTGCTCGCCAGACA
CTAGCAGGCCTTAATCCATATTCCATTCAGCTAGTTAGAGAGTGGCCGTTGAAAAGCAAA
CTAGACCCGGCGGTTTATGGTGATCCCAAGTCACTCATTACTTGGGACATTGTGG

QA 1 775 1 775
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGGATTAAGTGGGTCAGATCTCTTTCTCTCTCCTCTCTTTTTCTCTTTCTCCTTCTCTTT
CTCTTTCCTTACCCAAGCTTCTGTGGCGGATAAACGGTGAAATTTCTTCTCCCTAATCCA
AACCCGGAGAAGAAACTTGTGGAGTTATAAAGATTTCTGATGGAAGAAGATGGTGAGTTT
CGACGTTGGGATGAGTTAATCCCAGACGCTCTTGGTTTAATCTTTAGCCACTTACCTCTT
CAAGAGATCCTAACAGTGGTGCCTAGGGTTTGCAAAGCATGGAACAGAGCTGTAACTGGA
CCTTATTGCTGGCAAGAGATGGACATTGAGCTATGGAGTAACCGTTGCCACCAGTCCGAT
CATCTCGATCGAATGCTTCAGATGTTGATCCTCAGGAGCTCTGGCTCTTTGCGGAAACTC
TCTGTCACTGGCCTTCAAAACGACTCTATCTTCTCCTTCATTGCACAACATGCTGGTTCG
CTTAAAACCTTGAAGGTGCCGAGAAGTAGTCTGAGCAGTTCAGGTGTTGTCAACGTAGCG
GAAAAGCTTTCATCTCTCACGTTCTTGGACTTGAGCTACTGCTGCAAACTCGGCCCAGAG
GCGATACAAGCCATAGGCAAACACTGTAAAGCCCTGACAGAGTTCTCCAGAAACATGCAC
CCCTTGGACGTAGCGAGTGTCGACTCTCACGACGATGAAGCGTATGCGATCGCCAGCACA
ATGCCGAGTCAGCACAGAAGGAGTGCTCAAAATCTTGTCTTCTTGCATTTTTCTCGAGTT
CTTGGAACTTAGAGGCTGTTGGGACGTGCAGCTTGATAACAAGTTCTTCAAGGAAAAGTT
TCCAGATATGAAAGTGTTGGGTCCACGCGTGATTGGATTCTACGATATGATAAACGATTG
GGAGGATTGCTGCTCGGATTATTTCTCTGATGGGTCTGATTACTTGGCTCGGGAGTTTCT
CGAGGATGGTGAGATGGGAGAGTTCTATGAAGATGAGTTTGAGCATGGTTGGGACGATAA
TTTCTATGCGGATAGTGTGAATATAGACATGGAACCACATATTTGGCCCCCATCTCCATG
AACCAGGTCTTGTTATGGTCGAGAGCTCTGCCTGAAAGTTGCTTCTAGGAAATGGTATTA
GCCTCTTATGTGCTTTTGCTCTCTATGTATGGGTGCTTGAAACTTGTTTGGATTCTTTGT
GTTTTTCTAATCTAAACCGGGCCAGTGTTCTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GU58TF U 1
AF RR3GU58JQ C 516
BS 1 740 RR3GU58TF
BS 741 741 RR3GU58JQ
BS 742 762 RR3GU58TF
BS 763 1235 RR3GU58JQ

RD RR3GU58TF 762 0 0
GGGATTAAGTGGGTCAGATCTCTTTCTCTCTCCTCTCTTTTTCTCTTTCTCCTTCTCTTT
CTCTTTCCTTACCCAAGCTTCTGTGGCGGATAAACGGTGAAATTTCTTCTCCCTAATCCA
AACCCGGAGAAGAAACTTGTGGAGTTATAAAGATTTCTGATGGAAGAAGATGGTGAGTTT
CGACGTTGGGATGAGTTAATCCCAGACGCTCTTGGTTTAATCTTTAGCCACTTACCTCTT
CAAGAGATCCTAACAGTGGTGCCTAGGGTTTGCAAAGCATGGAACAGAGCTGTAACTGGA
CCTTATTGCTGGCAAGAGATGGACATTGAGCTATGGAGTAACCGTTGCCACCAGTCCGAT
CATCTCGATCGAATGCTTCAGATGTTGATCCTCAGGAGCTCTGGCTCTTTGCGGAAACTC
TCTGTCACTGGCCTTCAAAACGACTCTATCTTCTCCTTCATTGCACAACATGCTGGTTCG
CTTAAAACCTTGAAGGTGCCGAGAAGTAGTCTGAGCAGTTCAGGTGTTGTCAACGTAGCG
GAAAAGCTTTCATCTCTCACGTTCTTGGACTTGAGCTACTGCTGCAAACTCGGCCCAGAG
GCGATACAAGCCATAGGCAAACACTGTAAAGCCCTGACAGAGTTCTCCAGAAACATGCAC
CCCTTGGACGTAGCGAGTGTCGACTCTCACGACGATGAAGCGTATGCGATCGCCAGCACA
ATGCCGAGTCAGCACAGAAG*AGTGCTCAAAATCTTGTCTTC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3GU58JQ 720 0 0
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CTACTGCTGCAAACTCGGCCCAGAGGCGATACAAGCCATAGGCAAACACTGTAAAGCCCT
GACAGAGTTCTCCAGAAACATGCACCCCTTGGACGTAGCGAGTGTCGACTCTCACGACGA
TGAAGCGTATGCGATCGCCAGCACAATGCCGAGTCAGCACAGAAGGAGTGCTCAAAATCT
TGTCTTCTTGCATTTTTCTCGAGTTCTTGGAACTTAGAGGCTGTTGGGACGTGCAGCTTG
ATAACAAGTTCTTCAAGGAAAAGTTTCCAGATATGAAAGTGTTGGGTCCACGCGTGATTG
GATTCTACGATATGATAAACGATTGGGAGGATTGCTGCTCGGATTATTTCTCTGATGGGT
CTGATTACTTGGCTCGGGAGTTTCTCGAGGATGGTGAGATGGGAGAGTTCTATGAAGATG
AGTTTGAGCATGGTTGGGACGATAATTTCTATGCGGATAGTGTGAATATAGACATGGAAC
CACATATTTGGCCCCCATCTCCATGAACCAGGTCTTGTTATGGTCGAGAGCTCTGCCTGA
AAGTTGCTTCTAGGAAATGGTATTAGCCTCTTATGTGCTTTTGCTCTCTATGTATGGGTG
CTTGAAACTTGTTTGGATTCTTTGTGTTTTTCTAATCTAAACCGGGCCAGTGTTCTTGCC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5540Contig1 1342 2 6 U
GAAGGTCATACACATTTTACAAAGTTTTTTTTGTTTGTTTGACTTCTTCCGTCATGAGAT
ATGCGATAGTTGGTGTGTTGCTTATGTTCTCTTCGGTCGTCTTGGAGTTGAGCAATGCCA
TGGCACCTTCTGTTTCGTATGAATGGGTTGTCTCTTATTCGGAACGTTCCATCCTCGGAG
CCCACAAGCAGGTCATAGTGATCAACGACATGTTTCCTGGACCGATTCTTAAGGCAACAG
CAGGCGATGTAGTAAATGTCAATATTTTCAACCGTTTGACCGAACCCTTTCTCATGACCT
GGAATGGGTTGCAAATGAGGAAAAACTCATGGCAAGACGGAGTTCGAGGGACAAACTGTC
CCATACTACCGGGAACAAATTGGACGTACCGGTTTCAGATAAAGGATCAGATCGGAAGTT
ACTTTTACTTCCCGACACTTCTGTTCCAAAAGGCGGCCGGAGGATTCGGGTCAATTAGAG
TCTACAGTCCAGAACTGGTCCCGGTTCCATTTCCTCAGCCCGATGGCGAGTTTGACATCT
TGATCGGAGACTGGTTCAATAATGACTATAGGGATATGAGAGCTTCACTTGATAATGGTC
TCAGTTTAGCAACTCCTGATGGTATTCTTTTCAATGGGCATGGACCCGAAGAAGCCTTCT
TTGCATTTCAACCAGGTAAAACATATAGGCTAAGAATATCAAACGTGGGTCTCAAGACAT
CCTTAAACTTCAGGATCCAGGACCATGATATGCTCCTTGTTGAGACAGAGGGTTCGTATG
TTCAGAAACGTACCTTATCTAACTTGGACATCCATGTTGGCCAATCATATTCCGTTCTCG
TCACTGCCAAAACCGACCCGATTGGATGTCGTCGCTCCTACTACATTTTCGCCTCAACCC
GGTTCAGTAATTCATACATGACCGGTTTAGCTTTAATCCGATATCCAAACTCCCCCATTG
ACCCGGTCGGACCAGTTCCCGCTGCACCTGAATCGTGGGATTACGCCTCCTCGGTTCGAC
AAACCCTATCTATTAGAGAGGACTTAGCTGTTGGAGCGGCGAGACCAAACCCACAAGCTC
GTACCACTACGGACGCGTAAACGTGAGCAGAACGATAATCTTACAAAACGATGTCATGTC
ATCGTCCAACAGACTACGTTACACAATTAACGGCGTTTCGTTTGTCTTTCCCGAACACCG
CTAAACTCGCTGATCACTTCCAGCTAAAGACACGATCGTCCCGACATGTTCCCGACTTAT
CCTTCACAAACGCGCGTTCGGACATCAGTGTCGATATCGTACAGAGACTCGTCCACATAG
TTTCGAGATCACTGATGAGTCG


BQ
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AF RR3CN12TF U 1
AF RR3EX28TF U 578
BS 1 664 RR3CN12TF
BS 665 665 RR3EX28TF
BS 666 733 RR3CN12TF
BS 734 734 RR3EX28TF
BS 735 762 RR3CN12TF
BS 763 1342 RR3EX28TF

RD RR3CN12TF 762 0 0
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ATGCGATAGTTGGTGTGTTGCTTATGTTCTCTTCGGTCGTCTTGGAGTTGAGCAATGCCA
TGGCACCTTCTGTTTCGTATGAATGGGTTGTCTCTTATTCGGAACGTTCCATCCTCGGAG
CCCACAAGCAGGTCATAGTGATCAACGACATGTTTCCTGGACCGATTCTTAAGGCAACAG
CAGGCGATGTAGTAAATGTCAATATTTTCAACCGTTTGACCGAACCCTTTCTCATGACCT
GGAATGGGTTGCAAATGAGGAAAAACTCATGGCAAGACGGAGTTCGAGGGACAAACTGTC
CCATACTACCGGGAACAAATTGGACGTACCGGTTTCAGATAAAGGATCAGATCGGAAGTT
ACTTTTACTTCCCGACACTTCTGTTCCAAAAGGCGGCCGGAGGATTCGGGTCAATTAGAG
TCTACAGTCCAGAACTGGTCCCGGTTCCATTTCCTCAGCCCGATGGCGAGTTTGACATCT
TGATCGGAGACTGGTTCAATAATGACTATAGGGATATGAGAGCTTCACTTGATAATGGTC
TCAGTTTAGCAACTCCTGATGGTATTCTTTTCAATGGGCATGGACCCGAAGAAGCCTTCT
TTGCGTTTCAACCAGGTAAAACATATAGGCTAAGAATATCAAACGTGGGTCTCAAGACAT
CCTTAAACTTCAG*ATCCAGGACCATGATATGCTCCTTGTTG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3EX28TF 765 0 0
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GCATGGACCCGAAGAAGCCTTCTTTGCATTTCAACCAGGTAAAACATATAGGCTAAGAAT
ATCAAACGTGGGTCTCAAGACATCCTTAAACTTCAGGATCCAGGACCATGATATGCTCCT
TGTTGAGACAGAGGGTTCGTATGTTCAGAAACGTACCTTATCTAACTTGGACATCCATGT
TGGCCAATCATATTCCGTTCTCGTCACTGCCAAAACCGACCCGATTGGATGTCGTCGCTC
CTACTACATTTTCGCCTCAACCCGGTTCAGTAATTCATACATGACCGGTTTAGCTTTAAT
CCGATATCCAAACTCCCCCATTGACCCGGTCGGACCAGTTCCCGCTGCACCTGAATCGTG
GGATTACGCCTCCTCGGTTCGACAAACCCTATCTATTAGAGAGGACTTAGCTGTTGGAGC
GGCGAGACCAAACCCACAAGCTCGTACCACTACGGACGCGTAAACGTGAGCAGAACGATA
ATCTTACAAAACGATGTCATGTCATCGTCCAACAGACTACGTTACACAATTAACGGCGTT
TCGTTTGTCTTTCCCGAACACCGCTAAACTCGCTGATCACTTCCAGCTAAAGACACGATC
GTCCCGACATGTTCCCGACTTATCCTTCACAAACGCGCGTTCGGACATCAGTGTCGATAT
CGTACAGAGACTCGTCCACATAGTTTCGAGATCACTGATGAGTCG

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL5541Contig1 1009 2 2 U
GGAAAAGAAAATGAAGATATCATCAACTGGTTGCATCTTTCTCCTTATCATCATCTCCAT
TGCCGTTGTTTTGAGTGCACCACCAGGGGGAGAAGTTGAGGACGAAACCGAGTTTAGCTA
CGAGGCAAAAGGACCCAAGGGGCCAGCGAAATGGGGGACACTAAAGAAAGAGTGGAAGTT
GTGTGGAATTGGAAAACTGCAATCTCCGATTAATCTTACGGACGAAAATGTCAAAGTTAC
TAGTAAACTTGGATCTCTCCGAAGCCGGTATTTACCTTCCAATGCCACTATTAAGAACAG
AGGACATGATATCATGTTGGAATTTAAAGGAGGGAATAAAGGTATTGGTATCACTATTCG
TGGTATAAAATACAAACTTCAGCAGCTTCATTGGCATTCTCCTTCCGAACACTCAATCAA
TGGCAAAAGGTATGCTCTTGAGGAACACATGGTTCATCAGAGCAAAAGTGGACGTTTCGC
TGTTGTCGCGTTTTTATACAATATTGGGGAACCTGATCCTTTTCTTCTTTCGTTGGAAGA
ACATTTGAACAAGATAACTGATACACACGAGTCCGAGGATTATGTCGGGATGATTGATCC
CAAAAAACTCACTTTCGAATCAAAACAACACTATAGATATCTTGGATCACTTACAACTCC
TCCATGTTCTGAACCTGTTATTTGGCCTGTTTCCAGAAAGATTAGGACCGTAACAAGTCA
GCAAGTGGAGCTTCTCCACGTGGCTGTACATGATGCTTTTGATACAAATGCTAGGCCGCT
TCAGCCAATCAATAAGCGCGTGGTGCATTTATACATACCACCAACGGAGAACAAATAAGT
CTGTATTAATTTGATGTCAACAGAAAACGAGTCTGTCAAATTTAAGCAAAAAAAAAAACA
GAAAACGAGTCTGTATTAACCTATACGCCATTCGCTATGTTGCACCAAAAAACTATATTA
TTTTCTCATATAATGTAAAACGGGTCTGACATTACATGTAGTTTATCGG


BQ
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AF RR3FL36TF U 1
AF RR3FL36JQ C 442
BS 1 720 RR3FL36TF
BS 721 1009 RR3FL36JQ

RD RR3FL36TF 720 0 0
GGAAAAGAAAATGAAGATATCATCAACTGGTTGCATCTTTCTCCTTATCATCATCTCCAT
TGCCGTTGTTTTGAGTGCACCACCAGGGGGAGAAGTTGAGGACGAAACCGAGTTTAGCTA
CGAGGCAAAAGGACCCAAGGGGCCAGCGAAATGGGGGACACTAAAGAAAGAGTGGAAGTT
GTGTGGAATTGGAAAACTGCAATCTCCGATTAATCTTACGGACGAAAATGTCAAAGTTAC
TAGTAAACTTGGATCTCTCCGAAGCCGGTATTTACCTTCCAATGCCACTATTAAGAACAG
AGGACATGATATCATGTTGGAATTTAAAGGAGGGAATAAAGGTATTGGTATCACTATTCG
TGGTATAAAATACAAACTTCAGCAGCTTCATTGGCATTCTCCTTCCGAACACTCAATCAA
TGGCAAAAGGTATGCTCTTGAGGAACACATGGTTCATCAGAGCAAAAGTGGACGTTTCGC
TGTTGTCGCGTTTTTATACAATATTGGGGAACCTGATCCTTTTCTTCTTTCGTTGGAAGA
ACATTTGAACAAGATAACTGATACACACGAGTCCGAGGATTATGTCGGGATGATTGATCC
CAAAAAACTCACTTTCGAATCAAAACAACACTATAGATATCTTGGATCACTTACAACTCC
TCCATGTTCTGAACCTGTTATTTGGCCTGTTTCCAGAAAGATTAGGACCGTAACAAGTCA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3FL36JQ 568 0 0
GGAACACATGGTTCATCAGAGCAAAAGTGGACGTTTCGCTGTTGTCGCGTTTTTATACAA
TATTGGGGAACCTGATCCTTTTCTTCTTTCGTTGGAAGAACATTTGAACAAGATAACTGA
TACACACGAGTCCGAGGATTATGTCGGGATGATTGATCCCAAAAAACTCACTTTCGAATC
AAAACAACACTATAGATATCTTGGATCACTTACAACTCCTCCATGTTTTGAACCTGTTAT
TTGGCCTGTTTCCAGAAAGATTAGGACCGTAACAAGTCAGCAAGTGGAGCTTCTCCACGT
GGCTGTACATGATGCTTTTGATACAAATGCTAGGCCGCTTCAGCCAATCAATAAGCGCGT
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AGAAAACGAGTCTGTCAAATTTAAGCAAAAAAAAAAACAGAAAACGAGTCTGTATTAACC
TATACGCCATTCGCTATGTTGCACCAAAAAACTATATTATTTTCTCATATAATGTAAAAC
GGGTCTGACATTACATGTAGTTTATCGG

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL5542Contig1 1216 2 2 U
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GCAGCGGTGATACAAGTCCGGATGATATTTCTACTGATCCACCGGCTAAGCTGGCGAGGC
GTTCCTCACTAAGCTCATCAAGGTCGCTTAACTTTGATTCTTATACAGAGGACGAGAAAG
ATGATGCTGTTGAAGACGTTGACCAAGTACCAGAGGAAGATGCATCCAGCGATGACGAAA
TACTCAGCATACTTCCTCATAAACTTCGACAATCGATTAAAGAACAAGAGAGGAAAGCGA
TTGAGGAATCAAATCCAGCAATCTCAGAGGCAAAGAGAAGGCGAAAGATGATAGCTTGTC
TACCTAAACTTTTCAACGTCATCCATTACTTGATTCAGTCAATAAGGCGTTGGGTGATCA
CCAAAGAAGAGCTTGTGCACAAGATTATCGCCGGTCATTCCGACATTACCGACAGAAAAG
AAGTTGAAGAACAGCTTATCTTAATTCAAGAGCTCGTTCCCGAATGGATCTCTGAGAAAA
GATCATCAAGTGGAGATTTACTAGTATGCATAAACAAGTTGGCATCTCCCCAAACAATCC
GGTCTCATCTAGAAGAAGAAAACAAGAAAGCTGTTGCTCCATCATGCCCTTGAGACTTGC
AGTTTTTTCGTCGGCTGCGTTTTGGACTTTAAATATTCGAGAGAGAGAGAGGCGTGTTAG
AGGTTGGGTAAAGTATTGAAGTTCAAGTTGTGGACGTAGTTCAAGTATAAGTTCAAAGGG
AAGTGTAATAAAAGGGTGAAAACAATTAAATCTTATTTAACATATTTTACAGATTTTTGG
TAAATCATTTTCCTTGCATCATTGTTGAAATTTGTAGGGATCATGAAGGGATCTATAACA
TTGCTTAATCTTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F146TF U 1
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TACCTAAACTTTTCAACGTCATCCATTACTTGAT
CAGTCAA

QA 1 694 1 694
DS 

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TCATCAAGTGGAGATTTACTAGTATGCATAAACAAGTTGGCATCTCCCCAAACAATCCGG
TCTCATCTAGAAGAAGAAAACAAGAAAGCTGTTGCTCCATCATGCCCTTGAGACTTGCAG
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AATCATTTTCCTTGCATCATTGTTGAAATTTGTAGGGATCATGAAGGGATCTATAACATT
GCTTAATCTTATTT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

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T


BQ
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10 

AF RR3DE54TF U 1
AF RR3DE54JQ C 1
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BS 300 301 RR3DE54JQ

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GGAGGTCAAAGATGATCCTATGGCCAGAGCTGAGGCCGATGCTCTTAAGCCATGATGACA
ACAACAACCCCCAGTGAAAGTAAGCTTTTGCCGGTTTTTTCGTCTGAGTATTCTCATATT
ATCACCTAGTTTGAGTTTGAGACTAGATTGTCTCATCAAGTTTCTGATCATGTTTTCGTT
ATAATTACTAGTTTGTTGAAACTTGCATGAATAGAATAGTTATTTAAAAAAAATTCCATG
TTTCTAAATCGAATACTGATGTAAAGAACCATTTTGCTTCTGAAACAAAGAAGATTAAT
CT

QA 1 299 1 299
DS 

RD RR3DE54JQ 301 0 0
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ATCACCTAGTTTGAGTTTGAGACTAGATTGTTTCATCAAGTTTCTGATCATGTTTTCGTT
ATAATTACTAGTTTGTTGAAACTTGCATGAATAGAATAGTTATTTAAAAAAAATTCCATG
TTTTTAAATCGAATACTGATGTAAAGAACCATTTTGCTTTTGAAACAAAGAAGATTAATT
T

QA 1 301 1 301
DS 



AS 1 2

CO CL5544Contig1 704 2 6 U
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AATAACACCGTGCAAGAGTATGCATCTAGCGAGACCGTCAGAGCAATAACGGCTGCTATT
GAGAAGGACTTATGGGCCACTGGAACCGTGAGTGACGAGTATCTAAAAGCTTTAAACTCT
TTGTTTAACAACTTCCCTCGCCTAAGAGCCACCGAGCCTGCAACTCTAAGTATACCGCAT
CTAGTTACATCCCTTAAGACGGGGTCAGAGGCAACTCAAGAAGCTGCCTAGGATGCGTTG
TTTCTTCTGAGACAAGCCTGGTCAGCCTGTCCTGCTGAAGTTTCCAGGGCCCAGTCAGTT
GCTGCTGCAGACGCCATCCCTCTACTTCAGTACCTAATTCAATCAGGCCCACCGCGGTTC
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ACGAGGTAATAACATGAAGCAATCCGTCGGTAACCCTAGCGTGTTCTGCAAGATAACACT
TGGTAACACACCTCCTAGACAGACCAAAGTGATATCGACCGGTCCAAATCCAGAGTGGGA
CGAGAGTTTCTCATGGTCATTTGAGAGCCCTCCCAAAGGTCAAAAACTGCACATTTCATG
CAAGAACAAGAGCAAAATGGGAAAGAGTTCATTCGGGAAAGTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A765TF U 1
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AATAACACCGTGCAAGAGTATGCATCTAGCGAGACCGTCAGAGCAATAACGGCTGCTATT
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CTAGTTACATCCCTTAAGACGGGGTCAGAGGCAACTCAAGAAGCTGCCTAGGATGCGTTG
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GCTGCTGCAGACGCCATCCCTCTACTTCAGTACCTAATTCAATCAGGCCCACCGCGGTTC
CAGGAGAAAGCTGAATTCCTCTTTGCAATGCTTGCCAGGAACTCTAGTGGTGACAATCAA
ACGAGGTAATAACATGAAGCAATCCGTCGGTAACCCTAGCGTGTTCTGCAAGATAACACT
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CGAGAGTTTCTCATGGTCATTTGAGAGCCCTCCCAAAG*TCAAAA*CTGCACATTTCATG
CA
GACAGAGCAAAT

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DS 

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GGTAATAACATGAAGCAATCCGTCGGTAACCCTAGCGTGTTTTGCAAGATAACACTTGGT
AACACACCTCCTAGACAGACCAAGGTGATATCGACCGGTCCAAATCCAGAGTGGGACGAG
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AACAAGAGCAAAATGGGAAAGAGTTCATTCGGGAAAGTAA

QA 1 340 1 340
DS 



AS 1 2

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TAAAAACAAACAATGAAAGCTGCTGTCTTTCCCTCTAAAATCGCAAATCTAGGCCTCCTC
CCTTCTGGCCGTTGCTGCACACTGTTCTTCCGATCACCGGCATTGTCTTCCTCGTTATCT
ACAACTCCTTGTCGGAAGCTGACAAGAGGAAGAAAGGGTATCGAAGGATTGATGTCTCAG
TCTCAGTCTCAGTCGTCATCTTCTCAATTGTTTTCGTCTCTATCGAATTCATTCTCCTCT
CAGTCGGAATCGGAGTTACCTCAGGTTCAGTTACCTTCCCCGAAGCCAAAGTCTCCGCCG
CCGCAGCTCCCGTGGCTCATAGTCGGTTTGGGGAATCCCGGAAAGAAATTCCAGGGCACT
CGCCACAACGTTGGTTTTGAGATGGTGGACGCCTTGGCTGATGCAGAAGGGATATCAATG
AACACCGTTAACTTCAAGGCCTTGTTTGGCAAAGGCGTTATTGGAAACATACCGATTATG
CTGGCGAAACCTCAAACTTTCATGAACGCCAGTGGTGAGTCTGTTGGACAGATTATTTCG
TTTTACAAGATCCCGCTAAAGCAAGTACTTGTGATTTACGATGATTTAGACTTGCCCTTT
GGTAAACTGCGTTTATTGCCAAAAGGTGGCCACGGAGGGCACAATGGGATGAGAAGCATT
ATGGACCGGCTAAAAGGGAGCCGTGATTTTCCACGTCTAAGAATAGGGACTGGACGGCCT
CCAGGGAAGATGGATACAGCCAATTATGTTTTTCGCCAGTTTAACAAACAAGAACAGGAA
GAGTTGGATTATACATTTCAAACAGGGTTAGAGGCAATAAGGATCATGTTGCTTGAAGGG
TTCAACAAAAGTGCAACCTTTGTCAACACTCAGAAATCTATGCAACAACTCAGTTGAAAA
AAAGAGAGATTGTCCCATCACATATGAAGAACTGCAGATTTTTCAGGCCGATTCATTATT
ATTAAAAAATCAATTCATATTTCCTTTTGAGCAAATTGTATATCTCATGAAAACCCAAAA
ATTTATCAGCCTTGACATAATTTGCTCTTGATT


BQ
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AF RR3E322TF U 1
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TCTCAGTCTCAGTCGTCATCTTCTCAATTGTTTTCGTCTCTATCGAATTCATTCTCCTCT
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QA 1 680 1 680
DS 

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ACAAACAAGAACAGGAAGAGTTGGATTATACATTTCAAACAGGGTTAGAGGCAATAAGGA
TCATGTTGCTTGAAGGGTTCAACAAAAGTGCAACCTTTGTCAACACTCAGAAATCTATGC
AACAACTCAGTTGAAAAAAAGAGAGATTGTCCCATCACATATGAAGAACTGCAGATTTTT
CAGGCCGATTCATTATTATTAAAAAATCAATTCATATTTCCTTTTGAGCAAATTGTATAT
CTCATGAAAACCCAAAAATTTATCAGCCTTGACATAATTTGCTCTTGATT

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

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GCAACGGTTGTTCAACTTGTAGGCTTTCCTGTTCTTCTTCCATATTACCTCTTGTCAATC
AAAACACATACAACAACAACTCATATAGATGGCAAAGCAGCCTCACTTAAGAACCGTGTA
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GCTTTCTTCTCTTATTTCCTCAACTCACAGAAGCTCACTCCCATCATTTTGAATTCTCTT
TTGCTACTAACCATATCTTCCACCCTCCTTGCCTTCAATAACGAGGATTCAAACTCTCAA
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TTCACAGAAGTTATGGATATGATCATCTGCATGAGTCTAGTGGCCAGTTGCGTTAGCTTG
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CTTGGGAAAGTATCTTACGTTATGAACCTAGTGTGGACGGCTATAACCTGGCAGGTGTTC
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CACTATCTTGATGACAAAAGCTTGAAGAGAAGTGGTGGAATCCAAAAAGGAGAATACTCT
GTCCCACCAGAAGCAGAAAGACCAAATGGGCAAAAGATAGAGACGTCAGCAAGCTGATTA
CAAAACTTCATTGATTATACTTGCGTTTAGAGCAACCAAACATGAGTATTATTACGAAAA
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TGAGGATAGTTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A568TF U 1
AF RR3A568JQ C 436
BS 1 707 RR3A568TF
BS 708 1154 RR3A568JQ

RD RR3A568TF 707 0 0
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GCAACGGTTGTTCAACTTGTAGGCTTTCCTGTTCTTCTTCCATATTACCTCTTGTCAATC
AAAACACATACAACAACAACTCATATAGATGGCAAAGCAGCCTCACTTAAGAACCGTGTA
CTGGTTTACGTAGTTCTTGGAGTTCTTGTAGGAGCAGATTGCTACCTATACTCCATTGGA
CTGCTTTACCTTCCTGTTTCAACCTATTCACTGATCTTTGCTTCTCAATTAGCCTTCAAC
GCTTTCTTCTCTTATTTCCTCAACTCACAGAAGCTCACTCCCATCATTTTGAATTCTCTT
TTGCTACTAACCATATCTTCCACCCTCCTTGCCTTCAATAACGAGGATTCAAACTCTCAA
AAAGTTACAAAAGCACAGTATGTCACAAGCTTCTTATGCACCATCGGTGCTTCTGCTGGG
TTCGGTCTAGTCTTATCCTTACAACAGCTAGCCTTCCGCAAAGTCCTGAAGAGGCAGACT
TTCACAGAAGTTATGGATATGATCATCTGCATGAGTCTAGTGGCCAGTTGCGTTAGCTTG
GTGGGGCTTTTCGCCAGCAGCGAGTGGAAAACTCTGAGCAATGAGATGGAAAACTACAAG
CTTGGGAAAGTATCTTACGTTATGAACCTAGTGTGGACGGCTATAAC

QA 1 707 1 707
DS 

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TCCTTACAACAGCTAGCCTTCCGCAAAGTCCTGAAGAGGCAGACTTTCACAGAAGTTATG
GATATGATCATCTGCATGAGTCTAGTGGCCAGTTGCGTTAGCTTGGTGGGGCTTTTCGCC
AGCAGCGAGTGGAAAACTCTGAGCAATGAGATGGAAAACTACAAGCTTGGGAAAGTATCT
TACGTTATGAACCTAGTGTGGACGGCTATAACCTGGCAGGTGTTCAACATCGGTGGCACG
GGACTGATCTTTGAGCTTTCCTCTCTGTTCTCGAATGCAATAAGCGTACTTGGGCTGCCT
GTGGTTCCCATCATAGCTGTCATCATTTTCCATGACAAAATGAACGGTTTAAAGGTGATT
TCTATGATCTTGGCTATTTGGGGTTTCATGTCCTATGTCTACCAACACTATCTTGATGAC
AAAAGCTTGAAGAGAAGTGGTGGAATCCAAAAAGGAGAATACTCTGTCCCACCAGAAGCA
GAAAGACCAAATGGGCAAAAGATAGAGACGTCAGCAAGCTGATTACAAAACTTCATTGAT
TATACTTGCGTTTAGAGCAACCAAACATGAGTATTATTACGAAAAATGTATTTCAACACT
GTAAACTTTGTAGCTTTTCTAAGTTACTGTAATGCAATCTATGTATGAGGATAGTTCCC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL5547Contig1 1218 2 2 U
GGATCACACATTATCCGCGCCTCCTCGGTTCCAAAGAATTTGCCCTAAGCTCTCAAAATT
GAGACTAGAGCACCACCTTAAACGCCACTCTCAGCTCTCTCTCTCTCCTCGTCAAGTGTT
GATCTTTAGACCAGTAATGGGGAAAGAGAGCAGCAAAGCCTCGAGCTTGAAAGCAGAGCA
GAAAGTGATTGTTCTCCGTTCGGTCGCTCAGTACTTGGAGCGACGTGGGTTTTCTAAATG
CTTCAAGAAGCTTCTCTCCGAAGCTGAAATCGAGAAGAAGGAATTGAACAGTAGCTTACC
GGATATAGAGGAAGTTTTCTGCGATTTTTTTAACAAGAGCCATGTTGATGATGATGAGGA
TGGGAAGAAGAAGAAAGCAGCAAGTATAGATGAGAATGCATCTGTTGATCACCAAAAGGA
CGAGAAGAAAGATAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGGAACCAGAACTGGAGGTAGCTAAGGA
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GGAGAAATCCTCCAAGGAAAGGAAAAGATCAGAGCCTGAAGAGACAAAAGAAGAGACCGA
GGAGGATGATGATGAGGGATCAAAACGGAGGAAGAAGGAAGAGAGTGTAGTGGAAGAAAC
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GAAATCAGGAAAAGGCCTTTCTAACTCTAAAGAGCCGAAGAAACCGTTTCAGAGAGTGAA
CGTTGAAGATGTTGTCTTCACTGACGAGAGGCTTAAAGATAACTCTTACTGGGCAAAGGA
TGGTGCTGATTCGGGTTATGGTGCTAAAGCTCAAGAGGTTCTAGGTCAAGTCAGAGGAAG
GGGTTTCCGACATGAGAAGACGAAGAAGAAACGTGGTAGCTACAGAGGAGGAGAGATCGA
TCTTCAGTCACATTCGGTTAAGTTTGAGTACTCAGACGATGAATGACGATCAATTGATAA
GCAATACACTTGTCTTTATCTTTGTTTCTCCTTTTAAATTATTATCACCATCTCTTTCTT
TTGCTTTGCTTATCTCAAAAATGTAAGACTATTCGGATCTAATTAACCCGGAACTGGGTT
CAAGTTTTGCCTGTGTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C146TF U 1
AF RR3C146JQ C 368
BS 1 644 RR3C146TF
BS 645 1218 RR3C146JQ

RD RR3C146TF 644 0 0
GGATCACACATTATCCGCGCCTCCTCGGTTCCAAAGAATTTGCCCTAAGCTCTCAAAATT
GAGACTAGAGCACCACCTTAAACGCCACTCTCAGCTCTCTCTCTCTCCTCGTCAAGTGTT
GATCTTTAGACCAGTAATGGGGAAAGAGAGCAGCAAAGCCTCGAGCTTGAAAGCAGAGCA
GAAAGTGATTGTTCTCCGTTCGGTCGCTCAGTACTTGGAGCGACGTGGGTTTTCTAAATG
CTTCAAGAAGCTTCTCTCCGAAGCTGAAATCGAGAAGAAGGAATTGAACAGTAGCTTACC
GGATATAGAGGAAGTTTTCTGCGATTTTTTTAACAAGAGCCATGTTGATGATGATGAGGA
TGGGAAGAAGAAGAAAGCAGCAAGTATAGATGAGAATGCATCTGTTGATCACCAAAAGGA
CGAGAAGAAAGATAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGGAACCAGAACTGGAGGTAGCTAAGGA
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GAAGAAGAAAACCAAGTCGAAGTCTAGCGAGGCTGAGTCTTTGGTTGAAGATGAGGATAA
GGAGAAATCCTCCAAGGAAAGGAAAAGATCAGAGCCTGAAGAGA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3C146JQ 851 0 0
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AAAGATA*GAAGAAGAAGAAAAAGAAGGAACCAGAACTGGAGGTAGCTAAGGAGGAGGAG
AAGGTCAAAGAGACTGATGGTGAGATTGAAGACAGACTGAAAGAGAAAAAGAAGAAGAAG
AAAACCAAGTCGAAGTCTAGCGAGGCTGAGTCTTTGGTTGAAGATGAGGATAAGGAGAAA
TCCTCCAAGGAAAGGAAAAGATCAGAGCCTGAAGAGACAAAAGAAGAGACCGAGGAGGAT
GATGATGAGGGATCAAAACGGAGGAAGAAGGAAGAGAGTGTAGTGGAAGAAACGCCTGTT
AAGCAGCAGGCTGATGATGTTCAGGAAAACGGTAACGTTGAGAAAAGCGAAAAGAAATCA
GGAAAAGGCCTTTCTAACTCTAAAGAGCCGAAGAAACCGTTTCAGAGAGTGAACGTTGAA
GATGTTGTCTTCACTGACGAGAGGCTTAAAGATAACTCTTACTGGGCAAAGGATGGTGCT
GATTCGGGTTATGGTGCTAAAGCTCAAGAGGTTCTAGGTCAAGTCAGAGGAAGGGGTTTC
CGACATGAGAAGACGAAGAAGAAACGTGGTAGCTACAGAGGAGGAGAGATCGATCTTCAG
TCACATTCGGTTAAGTTTGAGTACTCAGACGATGAATGACGATCAATTGATAAGCAATAC
ACTTGTCTTTATCTTTGTTTCTCCTTTTAAATTATTATCACCATCTCTTTCTTTTGCTTT
GCTTATCTCAAAAATGTAAGACTATTCGGATCTAATTAACCCGGAACTGGGTTCAAGTTT
TGCCTGTGTTG

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 2

CO CL5548Contig1 773 2 3 U
CAAGCTGATACATCAACACAATCATTACTAAACTGTGTGATCAATACCCATAATCAAAGT
TTCACTAGCTATATTATTAAATAAAACCATCTCATTTGGGCAGACAGGCTCGAATGCGAA
TGGACCAACGTTGAAAAGACCGTACGTGAGCTTGTTGAAGATGATCGTTGCATTCTCTGG
TTTCACCACCGGTTTTAGAAAGGAGCCCAAATATCCACCGTGGAGATTTGACACTTTGCT
GCATTTAGCGTCCGGCGACTTTACTAGGTAAGCTCGGCAATTTTTGATGGCGTAGTTGGT
CACCGTTTTGGGGGCATATAGCAGGAAGTATCCGTTCTTGTCCGTCGTTGCCTCTGATGT
CGCGTTCTTTTTGTTTTTGCACAAAAGTCTCACCACCGCACCTTTAACGGGTTTGGCGCC
TTGGAAATTGTTTATGCCGGCGTACTTGCAGGCTTTGCAGAAGACCACACCCCGCACGGC
CACTAGTGTCCTGTTGAACTTAGGTGGAGAAACCGGTGGGAGAACCGGAGGCTTGATCGG
AGCTTTAGTTGGTGGGAGTGTTGGTAGCTTGATCGGAGCTTTGGCCGGTGGGAGAGTTGG
TAACTTGATAGGGGCTTTGGCCGGTGGGAGAGTGGGCAATGGCGTTATTAGTTTCATTGG
AGGTTGAGCTATAGTACTGAAAGCAGAGGAAATGAAGCAGCAAAGTGCTATGAGAGTTAG
CAAAACACTCTTACCAATGAAACCCATCTTTATCTTCTTCTTTTTGTTGTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CX83JQ U 184
AF RR3CX83TF C 1
BS 1 183 RR3CX83TF
BS 184 459 RR3CX83JQ
BS 460 773 RR3CX83TF

RD RR3CX83JQ 281 0 0
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TTTAGCGTCCGGCGACTTTACTAGGTAAGCTCGGCAATTTTTGATGGCGTAGTTGGTCAC
CGTTTTGGGGGCATATAGCAGGAAGTATCCGTTCTTGTCCGTCGTTGCCTCTGATGTCGC
GTTCTTTTTGTTTTTGCACAAAAGTCTCACCACCGCACCTTTAACGGGTTTGGCGCCTTG
GAAATTGTTTATGCCGGCGTACTTGCAGGCTTTGCA
AAAAA

QA 1 276 1 276
DS 

RD RR3CX83TF 773 0 0
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TTCACTAGCTATATTATTAAATAAAACCATCTCATTTGGGCAGACAGGCTCGAATGCGAA
TGGACCAACGTTGAAAAGACCGTACGTGAGCTTGTTGAAGATGATCGTTGCATTCTCTGG
TTTCACCACCGGTTTTAGAAAGGAGCCCAAATATCCACCGTGGAGATTTGACACTTTGCT
GCATTTAGCGTCCGGCGACTTTACTAGGTAAGCTCGGCAATTTTTGATGGCGTAGTTGGT
CACCGTTTTGGGGGCATATAGCAGGAAGTATCCGTTCTTGTCCGTCGTTGCCTCTGATGT
CGCGTTCTTTTTGTTTTTGCACAAAAGTCTCACCACCGCACCTTTAACGGGTTTGGCGCC
TTGGAGATTGTTTATGCCGGCGTACTTGCAGGCTTTGCAGAAGACCACACCCCGCACGGC
CACTAGTGTCCTGTTGAACTTAGGTGGAGAAACCGGTGGGAGAACCGGAGGCTTGATCGG
AGCTTTAGTTGGTGGGAGTGTTGGTAGCTTGATCGGAGCTTTGGCCGGTGGGAGAGTTGG
TAACTTGATAGGGGCTTTGGCCGGTGGGAGAGTGGGCAATGGCGTTATTAGTTTCATTGG
AGGTTGAGCTATAGTACTGAAAGCAGAGGAAATGAAGCAGCAAAGTGCTATGAGAGTTAG
CAAAACACTCTTACCAATGAAACCCATCTTTATCTTCTTCTTTTTGTTGTGTC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL5549Contig1 294 2 2 U
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ATGTTCTCCATGTTTGGTTTCTTTGTCCAGGCCATTGTCACTGGTAAAGGACCAATTGAG
AATCTGTTTGACCATGTTGCGGACCCTGTGGCTAACAATGCCTGGGCTTACGCCACCAAC
TTCGTCCCCGGAAAATAGAATATTATCAGCTAATGTAATGTTCTTAAAACAATTAATGTA
TGGAAATATGTGTCTGTTGATTTGATGTTCCGTCTTAATAAAAGAAATCATCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GM57JQ C 1
AF RR3GM57TF U 23
BS 1 22 RR3GM57JQ
BS 23 294 RR3GM57TF

RD RR3GM57JQ 294 0 0
GGGGATCCTGAGGCGTTTTCCGAATTGAAAGTGAAGGAACTTAAGAACGGTCGCCTTGCC
ATGTTCTCCATGTTTGGTTTCTTTGTCCAGGCCATTGTCACTGGTAAAGGACCAATTGAG
AATCTGTTTGACCATGTTGCGGACCCTGTGGCTAACAATGCCTGGGCTTACGCCACCAAC
TTCGTCCCCGGAAAATAGAATATTATCAGCTAATGTAATGTTCTTAAAACAATTAATGTA
TGGAAATATGTGTCTGTTGATTTGATGTTCCGTCTTAATAAAAGAAATCATCGT

QA 1 294 1 294
DS 

RD RR3GM57TF 272 0 0
AATTGAAAGTGAAGGAACTTAAGAACGGTCGCCTTGCCATGTTCTCCATGTTTGGTTTCT
TTGTCCAGGCCATTGTCACTGGTAAAGGACCAATTGAGAATCTGTTTGACCATGTTGCGG
ACCCTGTGGCTAACAATGCCTGGGCTTACGCCACCAACTTCGTCCCCGGAAAATAGAATA
TTATCAGCTAATGTAATGTTCTTAAAACAATTAATGTATGGAAATATGTGTCTGTTGATT
TGATGTTCCGTCTTAATAAAAGAAATCATCGT

QA 1 272 1 272
DS 



AS 1 2

CO CL5550Contig1 1000 2 2 U
GGGCCGGAGACCTGAGCAGAGTTACGGATCTGGTGGATATGGAGGTAGATCGGAGGCTGA
ATCTGGTGGTTACGGTGGAAGAACGGAGGTTGAGTATGGCCGGAGACCCGAATCTGGATA
CGGTGGGGATCGGAGGTTGAGTCTGGCGGTTATGGTGGCAGATCGGAGTCTGAGTCTGGT
GGTTACGGTGGAAGAACGGAGGTTGAGTATGGTCGGAGACCTGAATCTGGATATGGTGGG
AGATCGGAGAGTGGGACCGGGTATGGAGAAGAGAGGAGCGAGTATGAGCGTAAGCCTAGC
TATGGGAGGTCTGAGGAGGAAGAGGAAGGAGGTTACAGGAAGCCTAGCTATGGGAGATCT
GAGGATCAGGTTGAGAGTTACATAAAGCCCAGCAGCTATGGGAGATCTGAGGAAGAGGAA
GAGGGAGGCTATAGGAAGCCTAGCTATGGAAGATCTGAGGAACAGGAGGAAGGGAGTTAC
AGGAAGCCTAGCTATGGCCGTCGCAATGATGATGATGATGATGATGGGGAGCGTAGGAAC
CGTTCTGGTGATTATGAGGAAGGGAGCTATGGCCGCAAGAAATATGGTGGAAATAACTCT
GATGATGATGATGAGGAGAAGAAACAGCATCGTTACCAGCATCACCACCACCAGAGGCGT
CGTGATGAAGACGATGACTAAAACACTTTCCCATGCTGGAGAGTCTTGTCCTGTTTAGCT
TTATCTTACTAAATAAAAAAAGCTAAGGCATTTATCTTTGGATGTTGCTGTTGTGTGTGT
TTGATTCTCTTTAGATACAGCAGAGCCTGTGTCTGACTTTGTTTCTGGTTTATAATAAGA
TCTTGAACTGGTATCGGGTCATCATCATCATGTAAACTGTTGGTACTCTGTGTTTCGTTT
TTATGTTATGGAACTTTCCTCTTTTAGAGTTTAATAGTTTTATGGCTTCTGTTGTTTTGG
TTTTGTCGATATTAATATTAAAAATCAAAAGTCATCGCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DV36TF U 1
AF RR3DV36JQ C 375
BS 1 649 RR3DV36TF
BS 650 1000 RR3DV36JQ

RD RR3DV36TF 649 0 0
GGGCCGGAGACCTGAGCAGAGTTACGGATCTGGTGGATATGGAGGTAGATCGGAGGCTGA
ATCTGGTGGTTACGGTGGAAGAACGGAGGTTGAGTATGGCCGGAGACCCGAATCTGGATA
CGGTGGGGATCGGAGGTTGAGTCTGGCGGTTATGGTGGCAGATCGGAGTCTGAGTCTGGT
GGTTACGGTGGAAGAACGGAGGTTGAGTATGGTCGGAGACCTGAATCTGGATATGGTGGG
AGATCGGAGAGTGGGACCGGGTATGGAGAAGAGAGGAGCGAGTATGAGCGTAAGCCTAGC
TATGGGAGGTCTGAGGAGGAAGAGGAAGGAGGTTACAGGAAGCCTAGCTATGGGAGATCT
GAGGATCAGGTTGAGAGTTACATAAAGCCCAGCAGCTATGGGAGATCTGAGGAAGAGGAA
GAGGGAGGCTATAGGAAGCCTAGCTATGGAAGATCTGAGGAACAGGAGGAAGGGAGTTAC
AGGAAGCCTAGCTATGGCCGTCGCAATGATGATGATGATGATGATGGGGAGCGTAGGAAC
CGTTCTGGTGATTATGAGGAAGGGAGCTATGGCCGCAAGAAATATGGTGGAAATAACTCT
GATGATGATGATGAGGAGAAGAAACAGCATCGTTACCAGCATCACCACC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3DV36JQ 626 0 0
GAGTTACATAAAGCCCAGCAGCTATGGGAGATCTGAGGAAGAGGAAGAGGGAGGCTATAG
GAAGCCTAGCTATGGAAGATCTGAGGAACAGGAGGAAGGGAGTTACAGGAAGCCTAGCTA
TGGCCGTCGCAATGATGATGATGATGATGATGGGGAGCGTAGGAACCGTTCTGGTGATTA
TGAGGAAGGGAGCTATGGCCGCAAGAAATATGGTGGAAATAACTCTGATGATGATGATGA
GGAGAAGAAACAGCATCGTTACCAGCATCACCACCACCAGAGGCGTCGTGATGAAGACGA
TGACTAAAACACTTTCCCATGCTGGAGAGTCTTGTCCTGTTTAGCTTTATCTTACTAAAT
AAAAAAAGCTAAGGCATTTATCTTTGGATGTTGCTGTTGTGTGTGTTTGATTCTCTTTAG
ATACAGCAGAGCCTGTGTCTGACTTTGTTTCTGGTTTATAATAAGATCTTGAACTGGTAT
CGGGTCATCATCATCATGTAAACTGTTGGTACTCTGTGTTTCGTTTTTATGTTATGGAAC
TTTCCTCTTTTAGAGTTTAATAGTTTTATGGCTTCTGTTGTTTTGGTTTTGTCGATATTA
ATATTAAAAATCAAAAGTCATCGCCG

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

CO CL5551Contig1 1073 2 4 U
TTGACGGAGTTATGATCTCGACAGGAATATCTACAGATCTCAGCTTCCATCCTAGATCTC
TGACTTCCTCCATTACCTTCAAATCCGGTTTAAGCAATCGAAAGATGTCTTTTTCGAGGG
TTGGGTATGCTGCTCAGAAGGGGAGGTTTAGCTTCAGTTTATCCAACGCAGAGAACGTAG
CAGCTTCTAAGGATGATGAGAGAGGAAAGGATGGAGCTTTGGTTAAGATGTGCGGTATCA
CCTCGGCTCGAGACGCTGCTATGGCGGTTGAAGCTTGTGCTGATTTAATCGGGATGATCA
TTTGGCCGCATTCGAAACGTTCCGTTTCTCTTTCTGTTGCCAAGGATATCTCCAGAGTGG
CGAGAGAAGGTGGGGCTAAACCTGTTGGTGTTTTTGTTGATGATGATGAGAGCACGATAC
TGAGGGCAGCCGATGCTGCAGACCTTGAACTTGTCCAGCTTCATGGTAATGGTTCGCGTG
CAGCTTTCTCGGGTTTAGTGCGTGAAAGGAGAGTTATATATGTTCTTAATGCAAGTGAGG
ACGGAAAGCTCCTGAATGAAGCTCCTGAAATTGTCGTCTCGCTGATTGGATTCTCGTGGA
TAGTGCAACGGGTGGGAGTGGAAAAGGATTTAACTGGGCTCAGTTCAAGTTACCCTCCAT
TAGAAGTAGATATGGTTGGCTCTTAGCTGGAGGAATCAATCCCACAAACGTTTCAGAAGC
TCTTTCTATCCTTCACCCCGATGGAATTGATGTTAGCAGTGGTATTTGCGGTACAGACGG
CATCCAGAAGGATCAGTTTAAGATAAGTTCCTTCATTACTGCTGTTCGCTCTGTGCAGTA
TTAGTGGCTAGCGACAAAGCCAAGGTGTATTTTTCTAGCATCAACCTGTTGTTTCCATGT
CATTGTGTTTGTAACTGTAACTGGCTGATTAAAATAGTGCCCTTCTTTTCCATCAGTAAT
AGATTTGAGTTAATAATAAGTGTTGGGTTGGCCATGATATACATGTTTGGCTATGCTCTC
GAGAACAAGATCCTGTTATGAAATATATGATATATCCATCTGATATATTGTTC


BQ
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AF RR3HA57TF U 1
AF RR3HA57JQ C 342
BS 1 607 RR3HA57TF
BS 608 608 RR3HA57JQ
BS 609 623 RR3HA57TF
BS 624 1073 RR3HA57JQ

RD RR3HA57TF 623 0 0
TTGACGGAGTTATGATCTCGACAGGAATATCTACAGATCTCAGCTTCCATCCTAGATCTC
TGACTTCCTCCATTACCTTCAAATCCGGTTTAAGCAATCGAAAGATGTCTTTTTCGAGGG
TTGGGTATGCTGCTCAGAAGGGGAGGTTTAGCTTCAGTTTATCCAACGCAGAGAACGTAG
CAGCTTCTAAGGATGATGAGAGAGGAAAGGATGGAGCTTTGGTTAAGATGTGCGGTATCA
CCTCGGCTCGAGACGCTGCTATGGCGGTTGAAGCTTGTGCTGATTTAATCGGGATGATCA
TTTGGCCGCATTCGAAACGTTCCGTTTCTCTTTCTGTTGCCAAGGATATCTCCAGAGTGG
CGAGAGAAGGTGGGGCTAAACCTGTTGGTGTTTTTGTTGATGATGATGAGAGCACGATAC
TGAGGGCAGCCGATGCTGCAGACCTTGAACTTGTCCAGCTTCATGGTAATGGTTCGCGTG
CAGCTTTCTCGGGTTTAGTGCGTGAAAGGAGAGTTATATATGTTCTTAATGCAAGTGAGG
ACGGAAAGCTCCTGAATGAAGCTCCTGAAATTGTCGTCTCGCTGATTGGATTCTCGTGGA
TAGTGCA*CGGGTGGGAGTGGAA

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3HA57JQ 732 0 0
AAGGATATCTCCAGAGTGGCGAGAGAAGGTGGGGCTAAACCTGTTGGTGTTTTTGTTGAT
GATGATGAGAGCACGATACTGAGGGCAGCCGATGCTGCAGACCTTGAACTTGTCCAGCTT
CATGGTAATGGTTCGCGTGCAGCTTTCTCGGGTTTAGTGCGTGAAAGGAGAGTTATATAT
GTTCTTAATGCAAGTGAGGACGGAAAGCTCCTGAATGAAGCTCCTGAAATTGTCGTCTCG
CTGATTGGATTCTCGTGGATAGTGCAACGGGTGGGAGTGGAAAAGGATTTAACTGGGCTC
AGTTCAAGTTACCCTCCATTAGAAGTAGATATGGTTGGCTCTTAGCTGGAGGAATCAATC
CCACAAACGTTTCAGAAGCTCTTTCTATCCTTCACCCCGATGGAATTGATGTTAGCAGTG
GTATTTGCGGTACAGACGGCATCCAGAAGGATCAGTTTAAGATAAGTTCCTTCATTACTG
CTGTTCGCTCTGTGCAGTATTAGTGGCTAGCGACAAAGCCAAGGTGTATTTTTCTAGCAT
CAACCTGTTGTTTCCATGTCATTGTGTTTGTAACTGTAACTGGCTGATTAAAATAGTGCC
CTTCTTTTCCATCAGTAATAGATTTGAGTTAATAATAAGTGTTGGGTTGGCCATGATATA
CATGTTTGGCTATGCTCTCGAGAACAAGATCCTGTTATGAAATATATGATATATCCATCT
GATATATTGTTC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL5552Contig1 281 2 1 U
GGAAAGCGGAGGAGAATCTGATTTCGGCGACTTGACGATGAGGGCGAAGTGGAAGAAGAA
GCGCATGAGGAGACTGAAGAGGAAGCGCAGGAAGATGAGACAGCGATCCAAGTAGTCTTG
TGTTTCAAAATCCATGAATCTCTGTCGTTCCTTTCTAGTTTCGTTCTTGAACCTTTTTTT
ATGCATTGTGTTATCTTTTACATTTGAAGTTGGAACAATGGTGTGTAGAACATGCTTTGC
TCACTACCTTTTATCATCTATCTATAAAGCAGAGGTTTACT


BQ
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AF RR3EM57JQ C 1
AF RR3EM57TF U 1
BS 1 281 RR3EM57TF

RD RR3EM57JQ 281 0 0
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TGTTTCAAAATCCATGAATTTCTGTCGTTCCTTTCTAGTTTCGTTCTTGAACCTTTTTTT
ATGCATTGTGTTATCTTTTACATTTGAAGTTGGAACAATGGTGTGTAGAACATGCTTTGC
TCACTACCTTTTATCATCTATCTATAAAGCAGAGGTTTACT

QA 1 281 1 281
DS 

RD RR3EM57TF 281 0 0
GGAAAGCGGAGGAGAATCTGATTTCGGCGACTTGACGATGAGGGCGAAGTGGAAGAAGAA
GCGCATGAGGAGACTGAAGAGGAAGCGCAGGAAGATGAGACAGCGATCCAAGTAGTCTTG
TGTTTCAAAATCCATGAATCTCTGTCGTTCCTTTCTAGTTTCGTTCTTGAACCTTTTTTT
ATGCATTGTGTTATCTTTTACATTTGAAGTTGGAACAATGGTGTGTAGAACATGCTTTGC
TCACTACCTTTTATCATCTATCTATAAAGCAGAGGTTTACT

QA 1 281 1 281
DS 



AS 1 2

CO CL5553Contig1 534 2 4 U
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TTCATGTATCCTCTCAGGAGGAGTCCTTCTCGGACTTTACCTCCACCTCCCTGATCCGAA
TCCGCTGTTTCTGCAAGCGGGTATGTTCTTCGTTTGTGTCCCTTGGCTCTTCTGGCTCTT
GGCTTACCTTTACTCCTGCGTCCTCAAGCCTTGCGCGGTCTCTGTGAGCAAGAAGAGCGT
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AATGTCAGCTTCAGATCCTGTGGCTGAGGTTGAGCCGAGTGAGAAAGCCAACCCTCATTG
ACGTGTGGGACAAGGAATGCTACCATGTTGAAGGACCCATACAAGTATTTGTTCTGTTGT
GGCTTTATTTTTGTTTTTCTTATGGTTTTGTTATGAATTAAAAAGTTAATGATG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3ED29TF U 1
AF RR3ED29JQ C 1
BS 1 218 RR3ED29TF
BS 219 219 RR3ED29JQ
BS 220 291 RR3ED29TF
BS 292 534 RR3ED29JQ

RD RR3ED29TF 291 0 0
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GGCTTACCTTTACTCCTGCGTCCTCAAGCCTTGCGCGGTCTCTGTGAGCAA

QA 1 291 1 291
DS 

RD RR3ED29JQ 534 0 0
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TTGAATGGATCAGATAAGAAGAGGTGATCCAAGAATATACATCGTCACTCTTCTTTTTCT
TTCATGTATCCTCTCAGGAGGAGTCCTTCTCGGACTTTACCTCCACCTCCCTGATCCGAA
TCCGCTGTTTTTGCAAGCGGGTATGTTCTTCGTTTGTGTCCCTTGGCTTTTCTGGCTCTT
GGCTTACCTTTACTCCTGCGTCCTCAAGCCTTGCGCGGTCTCTGTGAGCAAGAAGAGCGT
TTCCAGTTTCGATCCGGAGAAAGGCGAGGAGAAGAACAAGAAGAATGTCTCGGAGAACGA
AATGTCAGCTTCAGATCCTGTGGCTGAGGTTGAGCCGAGTGAGAAAGCCAACCCTCATTG
ACGTGTGGGACAAGGAATGCTACCATGTTGAAGGACCCATACAAGTATTTGTTCTGTTGT
GGCTTTATTTTTGTTTTTCTTATGGTTTTGTTATGAATTAAAAAGTTAATGATG

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL5554Contig1 1033 2 2 U
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AAAAAAGCGAAAAGGCGAAGAATTTGAGCATGAAGGCCGTGAAAAGTCCGATCCAAACGG
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GCATGGCGGCTTTGGTTCTGCTCAGATTCATTGTTCACGATCACGACAATCTCTTCGTCG
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AAACCTGCGCTGGATTGTCACTGAAATCTCAGGAGCTCACGGCGATATTTCTAGCTGTGA
GGCTGTATTGCAGCTTTGTGATGGAATATGATATACACACCGTTCTGGATCTAGCTACTC
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TGATCCATCCATCGACCTCTCACAACATATTAAACAGGATTTCTTGGGCATTGTGTGTAT
ACCTTGAAGCTGTTTCAGTACTGCCGCAGCTGCGAGTGATGCAGAACACCAAGATTGTTG
AACCCTTCACGGCGCATTATGTATTTGCACTTGGAGTAGCAAGGTTCCTTAGCTGTGCCC
ATTGGGTTTTACAGGTCGTGGACACGAGGGGAAGATTGCTTGTAGCATTAGGTTATGGAT
TGTGGCCATCAATGGTTCTCATCTCAGAAATTGTTCAAACTTTCATCCTTGCAGATTTCT
GTTACTACTACGTCAAAAGCGTTTTTGGAGGGCAGCTTGTTCTCAGGCTTCCGTCTGGAG
TAGTATAAGTTACTTATCAGTGATGTAATACGGAAAGAGACATCATTTTTTTCCTTTACA
TTTGATCTTAACGTTTGTGTCTGAGATGACTTGGTAACGAATTAGTTTCAATGTGTTGTA
TATTTTGTTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK17TF U 1
AF RR3EK17JQ C 385
BS 1 662 RR3EK17TF
BS 663 1033 RR3EK17JQ

RD RR3EK17TF 662 0 0
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AAAAAAGCGAAAAGGCGAAGAATTTGAGCATGAAGGCCGTGAAAAGTCCGATCCAAACGG
TGTGGTCATGGGTGAGGAGGCAACCGCCGAAGGTGAAGGCTTTTCTCGCGGTGGTAACCG
GCATGGCGGCTTTGGTTCTGCTCAGATTCATTGTTCACGATCACGACAATCTCTTCGTCG
CCGCCGAAGCTGTTCACTCCATCGGGATCTGCGTTCTCATCTACAAACTCACGAAAGAAA
AAACCTGCGCTGGATTGTCACTGAAATCTCAGGAGCTCACGGCGATATTTCTAGCTGTGA
GGCTGTATTGCAGCTTTGTGATGGAATATGATATACACACCGTTCTGGATCTAGCTACTC
TGGGAACAACTCTCTGGGTTATTTTTATGATCCGGTTTAAGTTGAAGGCTAGTTACATGG
AGGACAAAGACAACTTTGCTCTCTATTATGTGCTTGTGCCGTGTGTTGTGCTGGCTGTGT
TGATCCATCCATCGACCTCTCACAACATATTAAACAGGATTTCTTGGGCATTGTGTGTAT
ACCTTGAAGCTGTTTCAGTACTGCCGCAGCTGCGAGTGATGCAGAACACCAAGATTGTTG
AA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3EK17JQ 649 0 0
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TTATGATCCGGTTTAAGTTGAAGGCTAGTTACATGGAGGACAAAGACAACTTTGCTCTCT
ATTATGTGCTTGTGCCGTGTGTTGTGCTGGCTGTGTTGATCCATCCATCGACCTCTCACA
ACATATTAAACAGGATTTCTTGGGCATTGTGTGTATACCTTGAAGCTGTTTCAGTACTGC
CGCAGCTGCGAGTGATGCAGAACACCAAGATTGTTGAACCCTTCACGGCGCATTATGTAT
TTGCACTTGGAGTAGCAAGGTTCCTTAGCTGTGCCCATTGGGTTTTACAGGTCGTGGACA
CGAGGGGAAGATTGCTTGTAGCATTAGGTTATGGATTGTGGCCATCAATGGTTCTCATCT
CAGAAATTGTTCAAACTTTCATCCTTGCAGATTTCTGTTACTACTACGTCAAAAGCGTTT
TTGGAGGGCAGCTTGTTCTCAGGCTTCCGTCTGGAGTAGTATAAGTTACTTATCAGTGAT
GTAATACGGAAAGAGACATCATTTTTTTCCTTTACATTTGATCTTAACGTTTGTGTCTGA
GATGACTTGGTAACGAATTAGTTTCAATGTGTTGTATATTTTGTTGACC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL5555Contig1 733 2 4 U
GGAACGGAGTGATTGGTCAGGTCCGTGCTATGACTGTTGGCAATGGAATGCTTTTTGCTG
GGACAAGTTCTGGTAGCATATCTGTCTGGAAGGCAACTGACACCGAGTCTGATCCTTTCA
CATATCTCACATCTCTGGAGGGACACCATACTGGTGAAGTCACATGCTTTATTGTTGGAG
GTCAGCGATTATACTCTGGTTCTGTTGATAGAACAATAAAGGTGTGGGATCTCTATACAC
TGGAATGTACGATGACACTGAGGCAACATACCGACACTGTCACCTCCCTCCTATGTTGGG
ATCAGTATCTCATGTCGTCTTCTTTGGATGGGACCATCAAAGTCTGGGCTTGTTCTGACA
ACAGCATCTTGAAAGTTACTAATACACGCAGACAAGGACAAAGTGTGCATACTCTTAGTG
GAATGACCGATGCAGAGGGCAAACCTATTGTATTCTGCTCTTACCAAAACGGAACAGTCA
GTATATGTGATCTACCATCTTTTGAAGAGAGAGGAAAGATGTTCTCTACGAACACGGTCG
GTGCAATCACAGTTGGTCCTGAAGGGTTGTTATTCACCGGAGACAAGAGTGGGAAGCTGC
GTGTTTGGAGTTTAGCTGGCACCAAAGTTTAGCAATTTAACCATTCTTGGTTGATTTAAT
ATGTAAATGAGTTTAGGAAATTGTCCTTATGTAATGACTCGGATACTAAATATCCATGCA
CTAAAGTAATATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK67TF U 1
AF RR3DK67JQ C 1
BS 1 181 RR3DK67TF
BS 182 182 RR3DK67JQ
BS 183 200 RR3DK67TF
BS 201 733 RR3DK67JQ

RD RR3DK67TF 202 0 0
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GGACAAGTTCTGGTAGCATATCTGTCTGGAAGGCAACTGACACCGAGTCTGATCCTTTCA
CATATCTCACATCTCTGGAGGGACACCATACTGGTGAAGTCACATGCTTTATTGTTGGAG
G*CAGCGATTATACTCTGGT
CT

QA 1 200 1 200
DS 

RD RR3DK67JQ 733 0 0
GGAACGGAGTGATTGGTCAGGTCCGTGCTATGACTGTTGGCAATGGAATGCTTTTTGCTG
GGACAAGTTCTGGTAGCATATCTGTCTGGAAGGCAACTGACACCGAGTCTGATCCTTTCA
CATATCTCACATCTCTGGAGGGACACCATACTGGTGAAGTCACATGCTTTATTGTTGGAG
GTCAGCGATTATACTCTGGTTCTGTTGATAGAACAATAAAGGTGTGGGATCTCTATACAC
TGGAATGTACGATGACACTGAGGCAACATACCGACACTGTCACCTCCCTCCTATGTTGGG
ATCAGTATCTCATGTCGTCTTCTTTGGATGGGACCATCAAAGTCTGGGCTTGTTCTGACA
ACAGCATCTTGAAAGTTACTAATACACGCAGACAAGGACAAAGTGTGCATACTCTTAGTG
GAATGACCGATGCAGAGGGCAAACCTATTGTATTCTGCTCTTACCAAAACGGAACAGTCA
GTATATGTGATCTACCATCTTTTGAAGAGAGAGGAAAGATGTTCTCTACGAACACGGTCG
GTGCAATCACAGTTGGTCCTGAAGGGTTGTTATTCACCGGAGACAAGAGTGGGAAGCTGC
GTGTTTGGAGTTTAGCTGGCACCAAAGTTTAGCAATTTAACCATTCTTGGTTGATTTAAT
ATGTAAATGAGTTTAGGAAATTGTCCTTATGTAATGACTCGGATACTAAATATCCATGCA
CTAAAGTAATATC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL5556Contig1 936 2 6 U
GGAAAACCCTAATTGTTCAGAAATCAACCTCCATAGACACCAAATGTCATCATATTCGAG
AGCCATCAAGTACATTTTCGGGTTAAGATCCGATTCAATTTTCTCTTCGAATTCTCTCTA
CATCTCCGGCGGTTCTCCGATTCCGTCTCAGCACCGATCAATCACCTCCACAGCGACGCG
TCTTGGATGGATGGATTCGATCAAAGGAGTCTTTACAGGAAACAAGGATACTCCCGTGGA
ACAATCGAATCTACCCGTTGAAGACTTCACTCTTCTCCGATTCGCGGATGAACTGAAGAA
CGCTAAACGGTTAGGGAAGTTCAAGCAGTACATTGTGGGTCGAAGCAGTGAGGCCACTTT
TGCAGATGCGTTCGAGAAACAAGAAACCATTATGAGGTACCTTGGAGCTCGGGATGCTAC
AGGAGAGAATCTGCAAGCGAGTCACAAGCAAGATGCGGCTAAGCAGTGTAACTGCACCAT
AGCGGATGTGGAGAATACCCTGTCTAAGTTTACTTGGGCTAGGCAAGCTCACAAGAAGAT
GACAGAGTTGAAAGATGGAGGCAAACCATTACCAAAGAATATGGGAGAGCTGCAAAAAAT
GATGGGGTCAACCCCGATGGATATGGCGAGATCAAACTTAGCCAAGAGTGGGCAGATCAG
CAGGAATGCACTTTGTCCCTGTGGTTCCAAAAAGAGATATAAAAGATGCTGTGGAAAGGA
TTGAAGAAGCAGAAGTTGAACTCAAAACATCCAGAGATCGAGTTTGATCGATCATCTGTT
GGAGTTTGTTTGTTTGATTAAGCTACAGAGAATCTTTATGAGCTTTACTTTTAGCTCTTT
CTTGGCTTCATTATGGTGTTTACAGCTTCTGCTGTTAATTGGCTTATAGACCATTTTTAG
TGTTGTATGCAGACTTATTTATTTTTGTTTCAGAGC


BQ
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AF RR3E135TF U 1
AF RR3E135JQ C 434
BS 1 663 RR3E135TF
BS 664 664 RR3E135JQ
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BS 694 727 RR3E135TF
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RD RR3E135TF 727 0 0
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AGCCATCAAGTACATTTTCGGGTTAAGATCCGATTCAATTTTCTCTTCGAATTCTCTCTA
CATCTCCGGCGGTTCTCCGATTCCGTCTCAGCACCGATCAATCACCTCCACAGCGACGCG
TCTTGGATGGATGGATTCGATCAAAGGAGTCTTTACAGGAAACAAGGATACTCCCGTGGA
ACAATCGAATCTACCCGTTGAAGACTTCACTCTTCTCCGATTCGCGGATGAACTGAAGAA
CGCTAAACGGTTAGGGAAGTTCAAGCAGTACATTGTGGGTCGAAGCAGTGAGGCCACTTT
TGCAGATGCGTTCGAGAAACAAGAAACCATTATGAGGTACCTTGGAGCTCGGGATGCTAC
AGGAGAGAATCTGCAAGCGAGTCACAAGCAAGATGCGGCTAAGCAGTGTAACTGCACCAT
AGCGGATGTGGAGAATACCCTGTCTAAGTTTACTTGGGCTAGGCAAGCTCACAAGAAGAT
GACAGAGTTGAAAGATGGAGGCAAACCATTACCAAAGAATATGGGAGAGCTGCAAAAAAT
GATGGGGTCAACCCCGATGGATATGGCGAGATCAAACTTAGCCAAGAGTGGGCAGATCAG
CAG*AATGCACTTTGTCCCTGTGGTTCCAAAA*GAGATATAAAAGATGCTGTGGAAAGGA
TTGAAGA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3E135JQ 503 0 0
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AATACCCTGTTTAAGTTTACTTGGGCTAGGCAAGCTCACAAGAAGATGACAGAGTTGAAA
GATGGAGGCAAACCATTACCAAAGAATATGGGAGAGCTGCAAAAAATGATGGGGTCAACC
CCGATGGATATGGGGAGATCAAACTTAGCCAAGAGTGGGCAGATCAGCAGGAATGCACTT
TGTCCCTGTGGTTCCAAAAAGAGATATAAAAGATGCTGTGGAAAGGATTGAAGAAGCAGA
AGTTGAACTCAAAACATCCAGAGATCGAGTTTGATCGATCATCTGTTGGAGTTTGTTTGT
TTGATTAAGCTACAGAGAATCTTTATGAGCTTTACTTTTAGCTCTTTCTTGGCTTCATTA
TGGTGTTTACAGCTTCTGCTGTTAATTGGCTTATAGACCATTTTTAGTGTTGTATGCAGA
CTTATTTATTTTTGTTTCAGAGC

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 2

CO CL5557Contig1 276 2 1 U
GGAGTATCAAGCCAAGGCTATGGATTTTGGAGCAAAACCTCCCTTTCCCATCCTCTGCCG
ACCAGCTTCTCCCAAATCCTAATCTGTGACCTGCATAGATTTGGAATGCTGGTGGTAGTC
TACGAGGAAGACCAAGATCATAATGTATTAAAATGAGTCTTTTATGATTAAGCCGAGTCC
CAGATGGATTTAGTTTGTATTGATGTTATCTATGTCTTTTGCGTTGAGACTTATGGATTT
AATATTATGGATCTTAATGATGGTTGTTATATTACG


BQ
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AF RR3FA05JQ C 1
AF RR3FA05TF U 1
BS 1 276 RR3FA05TF

RD RR3FA05JQ 276 0 0
GGAGTATCAAGCCAAGGCTATGGATTTTGGAGCAAAACCTCCCTTTCCCATCCTCTGCCG
ACCAGCTTCTCCCAAATCCTAATCTGTGACCTGCATAGATTTGGAATGCTGGTGGTAGTC
TACGAGGAAGACCAAGATCATAATGTATTAAAATGAGTCTTTTATGATTAAGCCGAGTCC
CAGATGGATTTAGTTTGTATTGATGTTATCTATGTCTTTTGCGTTGAGACTTATGGATTT
AATATTATGGATCTTAATGATGGTTGTTATATTACG

QA 1 276 1 276
DS 

RD RR3FA05TF 276 0 0
GGAGTATCAAGCCAAGGCTATGGATTTTGGAGCAAAACCTCCCTTTCCCATCCTCTGCCG
ACCAGCTTCTCCCAAATCCTAATCTGTGACCTGCATAGATTTGGAATGCTGGTGGTAGTC
TACGAGGAAGACCAAGATCATAATGTATTAAAATGAGTCTTTTATGATTAAGCCGAGTCC
CAGATGGATTTAGTTTGTATTGATGTTATCTATGTCTTTTGCGTTGAGACTTATGGATTT
AATATTATGGATCTTAATGATGGTTGTTATATTACG

QA 1 276 1 276
DS 



AS 1 2

CO CL5558Contig1 1036 2 6 U
GGATATCATAAAGGACTGATGATGAGAAACGTAGGAAGTTCGAGCTCCGGCAGCAAAGGC
ATAGCGGCGGTGGTCGGCGTAGGTCCAAAGCTAGGCCGTTCAGTCGCTCAAAAGTTCGCA
CATGAAGGCTACACCGTCGCCATTCTAGCCCGCGATCTAGGCAGGTTATCTCGAGTGGCT
GAAGAGATAGCGAGAGAAGAGAAAGCGCAAGTGTTTGCTATAAGAATTGATTGTGCGGAT
CCAAGAAGCGTAAGAGAAGCCTTTGAAGGAGTGTTGTCCTTAGGGTTTGTTGAGGTTTTG
GTGTACAATGCTTATCACTCTTCTTCTTCTTTCACAAGTCACCATCCCACGTCATTCACC
CACATTCCTTTCCAATCTTTTCATACTTCTATTTCTGTCTCCGTCTTCGCTGCATTCTTG
TGCGCCCAACAGGTTATTCCCGGGATGATGGATAAAGGGAAAGGAACTATACTCTTCACG
GGTTGCTCGGCGTCATTGAATGGCGTTGCTGGTTTCTCCGAGCTATGCTGTGGGAAATTT
GCGTTGAGGGCACTTTCTCAATGCTTAGCAAGAGAATATCAAGCTTTTGGAATACATGTG
GCTCATGTTATCATCGATGGGTGTGGTTGGACCTCCAAGAGAAACAAACATCCCACTGAG
AGGAGTGGTCGCAGAACAATCATACAACGTTAGAGGCGAAGATGCAGAAGGAGAAGGCGA
AAGCTCGGGAGTGATGGGAATGGATCCTGATGTATTGGCTCAAACATACTGGAGCCTTCA
TGTTCAAGATCGGAGAGCTTGGACTCAAGAACTCGATATCCGACCATCAAACACAAGGTT
CTAGTAGTTAAACATGATTTGATTCGATTAATATATATATATATGACTTGATTCTTCTGG
TTTCTGATTTTTTTTATTAAATGTTACTTTGGTCTTATGGTATGGTAAGTATGTGTGATC
ATTTGATATGTTTGTTCTTGCATTTGGAATGTAAATACTAAAATATGTTATAAAAGGGTT
GGTTTGCGATTGGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC64TF U 1
AF RR3DC64JQ C 406
BS 1 608 RR3DC64TF
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BS 677 695 RR3DC64TF
BS 696 1036 RR3DC64JQ

RD RR3DC64TF 702 0 0
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ATAGCGGCGGTGGTCGGCGTAGGTCCAAAGCTAGGCCGTTCAGTCGCTCAAAAGTTCGCA
CATGAAGGCTACACCGTCGCCATTCTAGCCCGCGATCTAGGCAGGTTATCTCGAGTGGCT
GAAGAGATAGCGAGAGAAGAGAAAGCGCAAGTGTTTGCTATAAGAATTGATTGTGCGGAT
CCAAGAAGCGTAAGAGAAGCCTTTGAAGGAGTGTTGTCCTTAGGGTTTGTTGAGGTTTTG
GTGTACAATGCTTATCACTCTTCTTCTTCTTTCACAAGTCACCATCCCACGTCATTCACC
CACATTCCTTTCCAATCTTTTCATACTTCTATTTCTGTCTCCGTCTTCGCTGCATTCTTG
TGCGCCCAACAGGTTATTCCCGGGATGATGGATAAAGGGAAAGGAACTATACTCTTCACG
GGTTGCTCGGCGTCATTGAATGGCGTTGCTGGTTTCTCCGAGCTATGCTGTGGGAAATTT
GCGTTGAGGGCACTTTCTCAATGCTTAGCAAGAGAATATCAAGCTTTTGGAATACATGTG
GCTCATGT*ATCATCGATGGGTGTGGTTGGACCTCCAAGAGAAACAAACATCCCACTGAG
AGGAGTGGTCGCAGA*CAATCATACAACGTTAGAG
CGAGATG

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3DC64JQ 631 0 0
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ACTATACTCTTCACGGGTTGCTCGGCGTCATTGAATGGCGTTGCTGGTTTCTCCGAGCTA
TGCTGTGGGAAATTTGCGTTGAGGGCACTTTCTCAATGCTTAGCAAGAGAATATCAAGCT
TTTGGAATACATGTGGCTCATGTTATCATCGATGG*TGTGGTTGGACCTCCAAGAGAAAC
AAACATCCCACTGAGAGGAGTGGTCGCAGAACAATCATACAACGTTAGAGGCGAAGATGC
AGAAGGAGAAGGCGAAAGCTCGGGAGTGATGGGAATGGATCCTGATGTATTGGCTCAAAC
ATACTGGAGCCTTCATGTTCAAGATCGGAGAGCTTGGACTCAAGAACTCGATATCCGACC
ATCAAACACAAGGTTCTAGTAGTTAAACATGATTTGATTCGATTAATATATATATATATG
ACTTGATTCTTCTGGTTTCTGATTTTTTTTATTAAATGTTACTTTGGTCTTATGGTATGG
TAAGTATGTGTGATCATTTGATATGTTTGTTCTTGCATTTGGAATGTAAATACTAAAATA
TGTTATAAAAGGGTTGGTTTGCGATTGGTGC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

CO CL5559Contig1 1228 2 8 U
GGAAGGCAAATGGTCAACTAAACTTTACCAGATGCTTTCTTCTTCTGGTCAGATAGACCG
CCTCGCTGTTTCTGTCGAGGGTCCTTACGGCCCTGCTTCCACCGATTTCTTTAGGCATGA
AGCTCTGGTTATGGTGAGCGGAGGAAGCGGGATAACTCCATTTATATCGATCATCCGTGA
TGTGATCGCAACAAGCCAAAAACAAAAATGCAAAATCCCCAAAATCACTCTGATTTGCGC
ATTTAAGAACTCTTCAGAAATATCCATGCTCCATCTTTTATTGCCATTATCCGGTCTCCA
GACTGAGCTATCCTCCGACATAGACATCAGAATCGAAGCCTTCATAACCCGAGAGAAAGA
AGCCAGAAGCGAAGCAACAACGGAGCAAATCAAAACACTCTGGTTCAAACCAAGTCTTTC
AGACCAACCCATCTCATCAATCCTAGGACCAAATTCATGGCTCTGGCTCTGCGGAATTCT
CTCTTCCTCGTTCCTCATCTTTATGATAATTATCGGACTCATCACTAGGTATTACATTTA
CCCGATCGACCACAACACCTACAAGATCTATTCATGGACTTCAGAATCCATTATATACAT
CTTGGCCATCTCTGTGAGCATCATGACCACTTCAAGTGCAGCTGTGTTTTGGAACAAGAA
CAAGTACGGCAACAACGTCGAAAATAAACAGGTCCAGAACGTCGACATTCCATTTACAAC
GTCTTCTCCAACCTCGTGTTCCATGAGTGAAATCGAAAGTTCCCCACAAGAATCGCTAGT
GCAATGCACCACCCTGCACTACGGAGAAAGACCTAACCTCACGAAACTACTACTTGACGT
GAAAGGTTCGAGCGTGGGAGTTCTTGTGTGTGGTCCAAAGAAGATGAGACAACGGGTTGC
GCAAATATGTTCCTCTGATTTGGCTAAAAATCTTCATTTCGAATCTATCAGTTTCAGCTG
GTAATGGACTACTCGTTATTATCTTTACCATTGTTTTCACCTGCTGGGTGAGTTACTTGC
GTCGCAAGTTAATAATTTGGGTCCGCGATTTGATCTATATTTGTGTGCTTCTTACATTGA
CCATTTTCTGGTCTTTGTTTTTTAACGTTTGATGTATGTTAGTGGGAAAAGCCATACCTC
CAAAGTTGCTCAACCCATTCGTCTATAATCCTTACGTATGTTTGTGAATTGTAAACGTTG
TAGTATAATAAAATCCTTTTTCTGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DJ56TF U 1
AF RR3DJ56JQ C 447
BS 1 691 RR3DJ56TF
BS 692 692 RR3DJ56JQ
BS 693 708 RR3DJ56TF
BS 709 709 RR3DJ56JQ
BS 710 729 RR3DJ56TF
BS 730 730 RR3DJ56JQ
BS 731 735 RR3DJ56TF
BS 736 1228 RR3DJ56JQ

RD RR3DJ56TF 735 0 0
GGAAGGCAAATGGTCAACTAAACTTTACCAGATGCTTTCTTCTTCTGGTCAGATAGACCG
CCTCGCTGTTTCTGTCGAGGGTCCTTACGGCCCTGCTTCCACCGATTTCTTTAGGCATGA
AGCTCTGGTTATGGTGAGCGGAGGAAGCGGGATAACTCCATTTATATCGATCATCCGTGA
TGTGATCGCAACAAGCCAAAAACAAAAATGCAAAATCCCCAAAATCACTCTGATTTGCGC
ATTTAAGAACTCTTCAGAAATATCCATGCTCCATCTTTTATTGCCATTATCCGGTCTCCA
GACTGAGCTATCCTCCGACATAGACATCAGAATCGAAGCCTTCATAACCCGAGAGAAAGA
AGCCAGAAGCGAAGCAACAACGGAGCAAATCAAAACACTCTGGTTCAAACCAAGTCTTTC
AGACCAACCCATCTCATCAATCCTAGGACCAAATTCATGGCTCTGGCTCTGCGGAATTCT
CTCTTCCTCGTTCCTCATCTTTATGATAATTATCGGACTCATCACTAGGTATTACATTTA
CCCGATCGACCACAACACCTACAAGATCTATTCATGGACTTCAGAATCCATTATATACAT
CTTGGCCATCTCTGTGAGCATCATGACCACTTCAAGTGCAGCTGTGTTTTGGAACAAGAA
CAAGTACGGCAACAACGTCGAAAATAAACAG*TCCAGAACGTCGACAT*CCATTTACAAC
GTCTTCTCCCACCTC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3DJ56JQ 782 0 0
GACCAAATTCATGGCTCTGGCTCTGCGGAATTCTCTCTTCCTCGTTCCTCATCTTTATGA
TAATTATCGGACTCATCACTAGGTATTACATTTACCCGATCGACCACAACACCTACAAGA
TCTATTCATGGACTTCAGAATCCATTATATACATCTTGGCCATCTCTGTGAGCATCATGA
CCACTTCAAGTGCAGCTGTGTTTTGGAACAAGAACAAGTACGGCAACAACGTCGAAAATA
AACAGGTCCAGAACGTCGACATTCCATTTACAACGTCTTCTCCAACCTCGTGTTCCATGA
GTGAAATCGAAAGTTCCCCACAAGAATCGCTAGTGCAATGCACCACCCTGCACTACGGAG
AAAGACCTAACCTCACGAAACTACTACTTGACGTGAAAGGTTCGAGCGTGGGAGTTCTTG
TGTGTGGTCCAAAGAAGATGAGACAACGGGTTGCGCAAATATGTTCCTCTGATTTGGCTA
AAAATCTTCATTTCGAATCTATCAGTTTCAGCTGGTAATGGACTACTCGTTATTATCTTT
ACCATTGTTTTCACCTGCTGGGTGAGTTACTTGCGTCGCAAGTTAATAATTTGGGTCCGC
GATTTGATCTATATTTGTGTGCTTCTTACATTGACCATTTTCTGGTCTTTGTTTTTTAAC
GTTTGATGTATGTTAGTGGGAAAAGCCATACCTCCAAAGTTGCTCAACCCATTCGTCTAT
AATCCTTACGTATGTTTGTGAATTGTAAACGTTGTAGTATAATAAAATCCTTTTTCTGAG
CC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL5560Contig1 1102 2 4 U
GGAAGGGCACAACAAAAGAAAAAAAGTTCTTAACGTGGTGGTAACGACGTCTTCGTCTTC
TTCTTCATCCTCCTTACTCGTCGTCATTACCTTTCTCCTCTTCTCGCCTCTCTGTTCTTC
TCGTGAGTCACCTTCCCAAATCCCAGACGGAACCTTAAATCTGTCTTTACTCTGGTACGG
ACAATTCACCCCCGTCCAAAAAGAGAGGGTTCGTGATTTTATTGAATCGCTTAACTTTGA
CGCCAAGGAAGGTCTTGATCCCAAGGTATCTGCATGGTGGAAAGTGGTGGAGAGTTATCA
AGAGAGGTTCGAGGTCAAAGAGATTTACCGACAGAAGAGTAGCAGAACCGTAGCTCCGAG
GATTAAAGTGAAGGTTGTCAGGAGCTATGTAGATGAGAAGATGATGTTTGGAAAGGATTT
GACAATTGATAATGGTGAAAAACTGGTTGAGACAGCCGTCGGAAACATGTCGAAAGTGGT
GCCCGTTGTATTACTTTCATCACAAGTTAGGGCTCATAACGTAGGGTTTTGTAACGAAAC
TTGCCAAGAATACGGCCTTACCATCAAGAGTAATATCAAAGGTCAAGAAAAGAAACAACC
ATACATAATGGTGAGCGACCCGGAGGTGCAATGTCCTGGAGAATGCGCTTGGCCTTTCCG
CATGGCCAACAAAGGTCCACATGGCATGACCTATCAACCACCAAGTGGTGAAATAGGAGC
CGATGCGTTGATTATTCAGCTAGCCACCGGTTTGGCCGACGTCGCCACTAATCCAGCTAT
AACCGAATCATTGTTCAAATTTGGGCCACCCTACAGCACCGAGGGGAACCACAGCTCTTC
TATTTATATCGTGGACCCTGCAACCAAGTGCTATAGGGTTTTCGGATCCGGAGCTTTTCC
AGGTTTTACAGGAAGAATCCGGGTTGACCCGCTTACCGGTGGAGCCTTCAATTCACACGG
AATCAACCACTTGAAATTCTTGATTCCTTCTATTTGGGACCCTAAAACAAAATCTTGCTA
TACTCCGATGTAACCGTTGTTATTATTATCAAATGCTAATCAGTGTTCATTATCCTTTTG
GCAAGCTTGATTTTTATAAAGG


BQ
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AF RR3EE71TF U 1
AF RR3EE71JQ C 355
BS 1 624 RR3EE71TF
BS 625 625 RR3EE71JQ
BS 626 635 RR3EE71TF
BS 636 1102 RR3EE71JQ

RD RR3EE71TF 635 0 0
GGAAGGGCACAACAAAAGAAAAAAAGTTCTTAACGTGGTGGTAACGACGTCTTCGTCTTC
TTCTTCATCCTCCTTACTCGTCGTCATTACCTTTCTCCTCTTCTCGCCTCTCTGTTCTTC
TCGTGAGTCACCTTCCCAAATCCCAGACGGAACCTTAAATCTGTCTTTACTCTGGTACGG
ACAATTCACCCCCGTCCAAAAAGAGAGGGTTCGTGATTTTATTGAATCGCTTAACTTTGA
CGCCAAGGAAGGTCTTGATCCCAAGGTATCTGCATGGTGGAAAGTGGTGGAGAGTTATCA
AGAGAGGTTCGAGGTCAAAGAGATTTACCGACAGAAGAGTAGCAGAACCGTAGCTCCGAG
GATTAAAGTGAAGGTTGTCAGGAGCTATGTAGATGAGAAGATGATGTTTGGAAAGGATTT
GACAATTGATAATGGTGAAAAACTGGTTGAGACAGCCGTCGGAAACATGTCGAAAGTGGT
GCCCGTTGTATTACTTTCATCACAAGTTAGGGCTCATAACGTAGGGTTTTGTAACGAAAC
TTGCCAAGAATACGGCCTTACCATCAAGAGTAATATCAAAGGTCAAGAAAAGAAACAACC
ATACATAATGGTGAGCGACCCGGATGTGCAATGTC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3EE71JQ 748 0 0
TCCGAGGATTAAAGTGAAGGTTGTCAGGAGCTATGTAGATGAGAAGATGATGTTTGGAAA
GGATTTGACAATTGATAATGGTGAAAAACTGGTTGAGACAGCCGTCGGAAACATGTCGAA
AGTGGTGCCCGTTGTATTACTTTCATCACAAGTTAGGGCTCATAACGTAGGGTTTTGTAA
CGAAACTTGCCAAGAATACGGCCTTACCATCAAGAGTAATATCAAAGGTCAAGAAAAGAA
ACAACCATACATAATGGTGAGCGACCCGGAGGTGCAATGTCCTGGAGAATGCGCTTGGCC
TTTCCGCATGGCCAACAAAGGTCCACATGGCATGACCTATCAACCACCAAGTGGTGAAAT
AGGAGCCGATGCGTTGATTATTCAGCTAGCCACCGGTTTGGCCGACGTCGCCACTAATCC
AGCTATAACCGAATCATTGTTCAAATTTGGGCCACCCTACAGCACCGAGGGGAACCACAG
CTCTTCTATTTATATCGTGGACCCTGCAACCAAGTGCTATAGGGTTTTCGGATCCGGAGC
TTTTCCAGGTTTTACAGGAAGAATCCGGGTTGACCCGCTTACCGGTGGAGCCTTCAATTC
ACACGGAATCAACCACTTGAAATTCTTGATTCCTTCTATTTGGGACCCTAAAACAAAATC
TTGCTATACTCCGATGTAACCGTTGTTATTATTATCAAATGCTAATCAGTGTTCATTATC
CTTTTGGCAAGCTTGATTTTTATAAAGG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL5561Contig1 1341 2 10 U
GGGAACATGGTTATTTCAGCGTGTGTTCGTTCTGGAGATTTCGCAAGTGGTTTGTAGGTA
ACTACACAGATGAGTAACAGTGGAGTGGTGCCTGATATGGCTACTTTCTTAGTTATATTG
ACAATGTGTGCTTCACTTGCTGCTAAACGACTAGGGAAGGAGATCCACTGTTGTCTGTTA
AGGTTTGGGTATGAATCAGAGTTGCCAATAGGGAATGCACTGATTGAAATGTACTCAAAA
TGTGGTTGTTTAAAGAGTTCCTTAAAAGTCTTCGAACATATGAGTAGAAGAGATGTTGTG
ACATGGACAGGGATGATCTACGCATACGGAATGTACGGCGAAGGCGAGAAAGCTCTTGCA
GCTTTCGCCGATATGGAAAAAGCCGGTGTTGTTCCGGATGATGTTGTCTTCATTGCCATC
ATCTACGCTTGCAGCCACTCTGGTTTGGTGGAAGAAGGGTTGGCTTGCTTCGAGAAAATG
AGAACTCAGTACAAGATCAAACCGGTGATGGAACACTACGCTTGTGTGGTAGATTTGTTG
TCAAGGTCTCAGAAGATTTCGAAAGCCGAGGAGTTTATTCAAGCGATGCCGGTAAAACCT
GATGCTAGTGTATGGGCATCTCTGCTAAGAGCTTGTAGAACAAGCGGGGACATGGAGACG
GCGGAAAGAGTGTCTAAGAAGATCGTTGAACTGAACCCGGATGATCCAGGCTACTCGATT
CTAGCGTCAAATGCGTATGCAGCGTTGAGAAAGTGGGACAAAGTGAGCCTAATCCGAAAA
TCCCTTAAAGATAAAGAAAGAAAGAAGAACCCTGGATATAGCTGGATTGAAGTGAGTAAA
AAAGTTCATGTGTTCAGTGCAGGAGATGTTTCAGCTCCTCAGTTCGAAGCCATACACGAG
TCATTGGAGATGCTTTACAGTCTGATGGCTAAAGAAGGGTATGTTCCTGATCCACGGGAC
GTGTCGCAGAATCTAGAGGAAGAGGAAGAGAAGAGACGTTTAGTATGTGGTCACAGTGAG
AGGCTAGCGATTGCGTTTGGACTGTTGAACACAGAACCAGGGACTCCACTGCAAGTGATG
AAGAACCTTCGTGTCTGTGGTGGCTGTCATGAAGTCACGAAGCTGATATCGAAGATTGTA
GGACGTGAGATATTAGTTAGGGATGCTAATCGGTTCCATCTCTTCAAAGACGGGACTTGT
AGCTGCAATGATCGGTGGTGAATAGTTCTTTTTACAGATGGAGAGTTTCCATTGGAGATT
AAATGTAGAATCAGTCTATAAACAAAGGATAACATAAGCAATAGCGTTTTCAAATGAAGA
TACATCAGAGTCAAATCAACC


BQ
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AF RR3CD86TF U 1
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CCATTGGAGATTAAATGTAGAATCAGTCTATAAACAAAGGATAACATAAGCAATAGCGTT
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DS 



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BQ
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BS 708 830 RR3FJ85JQ

RD RR3FJ85TF 707 0 0
GGCCTTACAGTGGGTTTGTGAAGAACGATCGTCCCCTTGGCAAATCTCCAAGAGCGAGCC
AGTCATGGATCTCTCTCCTGTTACCGATGCTTTAGCCGCCAAATCCTATGATAAAATCGC
CGACATCTGCGATAGTCTCATGCTTCAGGTTGCTTCCGAAGGAATCTCATTCCAGGAAGA
CTGGCCTTACGCAATCCATCTCCTCGGTCACTTCTTCGTTGTCGATTGTGATAGTGCACG
TTTCTTATGGAAAACAATACCTACGAGTGTGAAGGAGAGCAAGCCTGAAGTCGCTGCTGC
TTGGAGGATTGGTCAGAGGCTCTGGACACGTGACTATTCTGGTGTCTATGAAGCTATCCG
TGGTTATGATTGGAGCCAAGGATCTAAAGATATGGTTGCTGCCTTCTCAGATGTTTACAC
AAAAAGGATGTTTCAGCTTTTGTTGTCTGCCTACTCCACCATTACCATCCCTGATTTGGC
TCTTTTCCTAGGCATGACAGAAGATGATGCCACTACTTATGTTGTGGAGAAAGGATGGAC
AGTGGATGCAGCATCGCAGATGGTGACTGTGAAGAAGCAAGCGATTAAAAGAGAGCAGAA
GGTGGATTCATCCAAGCTACAACGCTTGACAGAGTATGTGTTCCACCTTGAACACTAAGC
TCTCCTATTTTAGAGGGTTTTCAGATAGCGGAAAACTAAAATTACCA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3FJ85JQ 721 0 0
GATAAAATCGCCGACATCTGCGATAGTCTCATGCTTCAGGTTGCTTCCGAAGGAATCTCA
TTCCAGGAAGACTGGCCTTACGCAATCCATCTCCTCGGTCACTTCTTCGTTGTCGATTGT
GATAGTGCACGTTTCTTATGGAAAACAATACCTACGAGTGTGAAGGAGAGCAAGCCTGAA
GTCGCTGCTGCTTGGAGGATTGGTCAGAGGCTCTGGACACGTGACTATTCTGGTGTCTAT
GAAGCTATCCGTGGTTATGATTGGAGCCAAGGATCTAAAGATATGGTTGCTGCCTTCTCA
GATGTTTACACAAAAAGGATGTTTCAGCTTTTGTTGTCTGCCTACTCCACCATTACCATC
CCTGATTTGGCTCTTTTCCTAGGCATGACAGAAGATGATGCCACTACTTATGTTGTGGAG
AAAGGATGGACAGTGGATGCAGCATCGCAGATGGTGACTGTGAAGAAGCAAGCGATTAAA
AGAGAGCAGAAGGTGGATTCATCCAAGCTACAACGCTTGACAGAGTATGTGTTCCACCTT
GAACACTAAGCTCTCCTATTTTAGAGGGTTTTCAGATAGCGGAAAACTAAAATTACCAAA
CCAGATTCTGTTTCAAGAGACGGCTCTAGTTTCAGTTTTTTTTTTATGGGAGATTTATTT
TGACAAGTTTGTAGTTTACCAAACCCTGGCTGGTACTGATATGATGAGCTGATTTCGGTG
T

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL5563Contig1 892 2 2 U
GAAGACCGAGCTCCAAGATCAAGATCAACCGGTTAACGGGTCAAACCACATCAAGCTCAG
GAATAGCCATAGGAAGTGAAATGTCAGGAGGTGTATCTGACATCTATATCAAAGACTTGC
ATCTATTCAACTCCAATACCGGAATCAGAATCAAGACTTCTCCTGGACGAGGCGGGTACG
TTAGAAACGTTCACGTGTCTAACGTGAAGTTCCATGACGTGCAGAAAGCTATTAGGTTCA
CGGGTAAGTACGGTGAGCATCCTGATGAAAACTTTGATCCCAAGGCACTTCCGGCTATAG
AGAAGATCACGTTTGAGAATGTTAGTGGTGAAGAAATCGGTGTTGCGGGTCTTCTTGAAG
GTATTGAAGGAGACGAGTTTAAGGACATATGTTTCCTTAATGTTACTCTTACGGTGAAGA
AGAACTCGAAGAAGTCTCCATGGAAATGCTCACATGTTAGAGGCTATTCACAGTGGGTTT
CGCCGAAGATTACTTGTGATTCTTTTGAAGAGAGTATCTTCCCGGAGCATAGCTCTGATT
GTTTTGGGTTGTCAGAGAATAATCTGGAAAAATCAAGTGGTTTAAGTAGATCACCATGGT
TGCTTTCTTGGTAAGTTACTGATGTTTGACCTAAGGGAAACACACAGTTTGCTCGAGTGT
GAAGAAACCTCTTCAAATTTTCCTTCCAATTTTTTTTTTTTTTCTGAGGTTTTTGTTTTT
CAAAAGTGATGTTTTTTTCTTTCTTCATTTTTGTTGTAAATTTGTGTGCAGTGAGGAGAA
TAATCAGAGTGACTTGAGAGCTTTTTTGTTGTTGTTTTTTTTGTATGGATTTTTAATGCT
TTGGTGAGCAGAACAAGTGTAATATCTTTTTTTTGTTATCAATTATTTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E791TF U 1
AF RR3E791JQ C 366
BS 1 632 RR3E791TF
BS 633 892 RR3E791JQ

RD RR3E791TF 632 0 0
GAAGACCGAGCTCCAAGATCAAGATCAACCGGTTAACGGGTCAAACCACATCAAGCTCAG
GAATAGCCATAGGAAGTGAAATGTCAGGAGGTGTATCTGACATCTATATCAAAGACTTGC
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TTAGAAACGTTCACGTGTCTAACGTGAAGTTCCATGACGTGCAGAAAGCTATTAGGTTCA
CGGGTAAGTACGGTGAGCATCCTGATGAAAACTTTGATCCCAAGGCACTTCCGGCTATAG
AGAAGATCACGTTTGAGAATGTTAGTGGTGAAGAAATCGGTGTTGCGGGTCTTCTTGAAG
GTATTGAAGGAGACGAGTTTAAGGACATATGTTTCCTTAATGTTACTCTTACGGTGAAGA
AGAACTCGAAGAAGTCTCCATGGAAATGCTCACATGTTAGAGGCTATTCACAGTGGGTTT
CGCCGAAGATTACTTGTGATTCTTTTGAAGAGAGTATCTTCCCGGAGCATAGCTCTGATT
GTTTTGGGTTGTCAGAGAATAATCTGGAAAAATCAAGTGGTTTAAGTAGATCACCATGGT
TGCTTTCTTGGTAAGTTACTGATGTTTGACCT

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3E791JQ 527 0 0
GAAGGAGACGAGTTTAAGGACATATGTTTCCTTAATGTTACTCTTACGGTGAAGAAGAAC
TCGAAGAAGTCTCCATGGAAATGCTCACATGTTAGAGGCTATTCACAGTGGGTTTCGCCG
AAGATTACTTGTGATTCTTTTGAAGAGAGTATCTTCCCGGAGCATAGCTCTGATTGTTTT
GGGTTGTCAGAGAATAATCTGGAAAAATCAAGTGGTTTAAGTAGATCACCATGGTTGCTT
TCTTGGTAAGTTACTGATGTTTGACCTAAGGGAAACACACAGTTTGCTCGAGTGTGAAGA
AACCTCTTCAAATTTTCCTTCCAATTTTTTTTTTTTTTCTGAGGTTTTTGTTTTTCAAAA
GTGATGTTTTTTTCTTTCTTCATTTTTGTTGTAAATTTGTGTGCAGTGAGGAGAATAATC
AGAGTGACTTGAGAGCTTTTTTGTTGTTGTTTTTTTTGTATGGATTTTTAATGCTTTGGT
GAGCAGAACAAGTGTAATATCTTTTTTTTGTTATCAATTATTTATGC

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 2

CO CL5564Contig1 1059 2 2 U
GGGTTACGACTTTCACTAGCTCGCAATCAATGAAACCTCTTCCTTTCTAAAAGGTTGTGA
ATCAATAAGGAGGTAAGTTTATGTGAAATTTCATCAGTTTCTCACTCTCAGTCATTATAA
TTCTTTGATCATGTTCCAACGAAAGCTCACCAAAATTGTAAAGAAAAAAGAGAGATATAG
AATCTTCTTCACGCCAAAGAGTGACCCAAATTATTAGTTTCTTCAATCAAAGGAATTCAC
TCCGCCGGAGAGATCGAAACGACTCCATTACCTTATCTTCACATTACCTTATCTTCGATG
GGGTCAGCGGAGATTCTTTAGGGGGGTCAAGCTACCGTCTTCCTTTCCTACTCCTTCTTC
GTCCCCTGATTGGCCGCTCAGAGATCTCCCGAGGTCGCTGAAGGAGGAGAGCCTAATGGT
CCTGGAACGGCAAGCTGCGGCTGGATTTTGTGTGCCATGGGAAACCGTTGCAGGAGCTCC
GCCTTGGAATCTTGGTGGTGATGGAGATTCACAGAAACTGAAATTCTCTGTCTCTTTGTT
GAGGGAAGAAATCGAAAAATACTAAAACTGGATGTATTCTATTTGATTGGATACAATAGC
TTTGATTTCAAAAGTTCGTCGGGGTCAAGCTGTAATTTCTTTGCGTTGTTGAAGTAGAAG
TACTCTTTTCTTTTCTTCACTATAGTGGATTCGGGGTTGATATTCTCCAAAGATATCTCT
ATTATGGTTGTGTGATTATCCAGCTTATTTAGAGGATCATGATCATCGGATAAATATCGG
AGGTTGATGCTTCCTAAAGTGATGGTGCCATCCGTACCGTAAGCGGCAAAGGTTTGTGAC
TTCCAAGCTGCTGTTGGTGTTTCGTTGGGAAAAACGTCACCCAAGACCGAAGAAGAGACC
AAGAACTGTCCAAAATTGAATGAATCAGAAGAAGTAACAACAGGCTCTTATGAGTAATGA
CGTCCCTGAGTAGAGGAATTACAACATTTTCATTTGAATCTTTCCAGTTGTAATAAGGAA
GAACAAATATAGCAATGTACCAATTTTTAGTGAATGAAC


BQ
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AF RR3H823TF U 1
AF RR3H823JQ C 426
BS 1 692 RR3H823TF
BS 693 1059 RR3H823JQ

RD RR3H823TF 692 0 0
GGGTTACGACTTTCACTAGCTCGCAATCAATGAAACCTCTTCCTTTCTAAAAGGTTGTGA
ATCAATAAGGAGGTAAGTTTATGTGAAATTTCATCAGTTTCTCACTCTCAGTCATTATAA
TTCTTTGATCATGTTCCAACGAAAGCTCACCAAAATTGTAAAGAAAAAAGAGAGATATAG
AATCTTCTTCACGCCAAAGAGTGACCCAAATTATTAGTTTCTTCAATCAAAGGAATTCAC
TCCGCCGGAGAGATCGAAACGACTCCATTACCTTATCTTCACATTACCTTATCTTCGATG
GGGTCAGCGGAGATTCTTTAGGGGGGTCAAGCTACCGTCTTCCTTTCCTACTCCTTCTTC
GTCCCCTGATTGGCCGCTCAGAGATCTCCCGAGGTCGCTGAAGGAGGAGAGCCTAATGGT
CCTGGAACGGCAAGCTGCGGCTGGATTTTGTGTGCCATGGGAAACCGTTGCAGGAGCTCC
GCCTTGGAATCTTGGTGGTGATGGAGATTCACAGAAACTGAAATTCTCTGTCTCTTTGTT
GAGGGAAGAAATCGAAAAATACTAAAACTGGATGTATTCTATTTGATTGGATACAATAGC
TTTGATTTCAAAAGTTCGTCGGGGTCAAGCTGTAATTTCTTTGCGTTGTTGAAGTAGAAG
TACTCTTTTCTTTTCTTCACTATAGTGGATTC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3H823JQ 634 0 0
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GGAATCTTGGTGGTGATGGAGATTCACAGAAACTGAAATTCTCTGTCTCTTTGTTGAGGG
AAGAAATCGAAAAATACTAAAACTGGATGTATTCTATTTGATTGGATACAATAGCTTTGA
TTTCAAAAGTTCGTCGGGGTCAAGCTGTAATTTCTTTGCGTTGTTGAAGTAGAAGTACTC
TTTTCTTTTCTTCACTATAGTGGATTCGGGGTTGATATTCTCCAAAGATATCTCTATTAT
GGTTGTGTGATTATCCAGCTTATTTAGAGGATCATGATCATCGGATAAATATCGGAGGTT
GATGCTTCCTAAAGTGATGGTGCCATCCGTACCGTAAGCGGCAAAGGTTTGTGACTTCCA
AGCTGCTGTTGGTGTTTCGTTGGGAAAAACGTCACCCAAGACCGAAGAAGAGACCAAGAA
CTGTCCAAAATTGAATGAATCAGAAGAAGTAACAACAGGCTCTTATGAGTAATGACGTCC
CTGAGTAGAGGAATTACAACATTTTCATTTGAATCTTTCCAGTTGTAATAAGGAAGAACA
AATATAGCAATGTACCAATTTTTAGTGAATGAAC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL5565Contig1 276 2 1 U
GAGTTTCTTCGATGTTGGATCACAGAGGAAGAAGAACAAGAACAAAAACAAGAAGAAGAG
CACAACGACAGCGAAACCAGAGTTCTCAAGGTACCTGGAGTATGTGAAAGAAGGAGGAGT
TTGGGATGCCACTTCAAATGGACCTGTCATATATTACAAATAGTTTGTGATCGAAGTGGA
AAGATCGTCCCTCAGGTCATAATGTTGCTCTTTTTTTTTTTGTGTGGATGGATCCATGTA
TTAAATTTTAATAAAGATCAATCAGTTAAGCTTCAC


BQ
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AF RR3EQ54TF U 1
AF RR3EQ54JQ C 4
BS 1 276 RR3EQ54TF

RD RR3EQ54TF 276 0 0
GAGTTTCTTCGATGTTGGATCACAGAGGAAGAAGAACAAGAACAAAAACAAGAAGAAGAG
CACAACGACAGCGAAACCAGAGTTCTCAAGGTACCTGGAGTATGTGAAAGAAGGAGGAGT
TTGGGATGCCACTTCAAATGGACCTGTCATATATTACAAATAGTTTGTGATCGAAGTGGA
AAGATCGTCCCTCAGGTCATAATGTTGCTCTTTTTTTTTTTGTGTGGATGGATCCATGTA
TTAAATTTTAATAAAGATCAATCAGTTAAGCTTCAC

QA 1 276 1 276
DS 

RD RR3EQ54JQ 273 0 0
TTTT
TTCGATGTTGGATCACAGAGGAAGAAGAACAAGAACAAAAACAAGAAGAAGAGCACAACG
ACAGCGAAACCAGAGTTCTCAAGGTACCTGGAGTATGTGAAAGAAGGAGGAGTTTGGGAT
GCCACTTCAAATGGACCTGTCATATATTACAAATAGTTTGTGATCGAAGTGGAAAGATCG
TCCCTCAGGTCATAATGTTGCTCTTTTTTTTTTTGTGTGGATGGATCCATGTATTAAATT
TTAATAAAGATCAATCAGTTAAGCTTCAC

QA 5 273 5 273
DS 



AS 1 2

CO CL5566Contig1 1104 2 2 U
GGGGATAGACACAGAAAAATACAAGAGTGGAGAGAAAAAAAAAACTGAGAAAAAGATAAG
ACATATATGGTTACACAAAGATTACCCAAGAAAGAGAAGATGATTATCAACCTTCCTCAA
CCATCGAGTCCATGAATGCTTTCTCTCAAGACCAACACAACTACTCTATGGATGATTTTG
ACAGTATTCTCGACCTCAAGATTGACGGTTCAAAATGCTCTCAACAACTCATCTGGGATT
TCTTTAAAGAAGATGGTGAAGATGAAGAAGAAAAAAGATTTAGTACTGATCAAGAAGGCT
CAAGTTCTGGGGTTTGGGATAATATGTCAGCGGATTATGAAGACAAAGAGTTGGGTCTGA
AGCTGAACTTAAACCATCAAGAAGTTATTGATGCTTGGTCTGGTCGCCGCCAGCAACCTC
TGTGGACGGATAACGCAAACTTAATGGCTCCGACCAGTGCCGTTTATGTTAGTTTGTGTG
AATCTTTTACTTGTTAGGCAAGCTATGATTAATGGTTCTAATCTAGATTAGCTAGTATTA
ACAATTTAGAGTGTGTCCAGAGTGGAGAAGTGCCGGGGATGGATGAAGAGAGAAACACGA
GAAGAGAAGCGAGTGTGTTGAGATACAAAGAGAAGAGACAAAGTAGGTTCTTCTCTAAGA
AGATAAGGTATCAAGTCAGAAAGCTCAACGCCGATAAACGACCACGTTTCAAGGGTCGGT
TCGTGAAAAGGGAGACGTAAATGGGAAAATAAAATATCTCAAATCTTCGATCTGTCTTTT
TTATTAGTATTATCATTATGAATATATTTATTTCATATCATTGTCGTCTTTTACAACTTT
GTCAAATTTGAAACGAAAATATCTCCTTGACGAAAAGAAAAAGAGATGCAAAATATCTTA
TAAAGCAAAGGAGTAGAAGATTACATGAAGAGGACGTTTATGGCAAGTCTTTGTTGAGTT
TGGTGGGACCTAAGTCTAAAAAGGGTTCATCACCACATGTTTGAATCCAAAAGTAACCAT
CCTTTGTCGGGGCCAGTGTACCAAACTGTGTATCAACAGCATAAACATCATATTACTGTC
AGTGAATGACAATGCTCCTTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EG37TF U 1
AF RR3EG37JQ C 403
BS 1 670 RR3EG37TF
BS 671 1104 RR3EG37JQ

RD RR3EG37TF 670 0 0
GGGGATAGACACAGAAAAATACAAGAGTGGAGAGAAAAAAAAAACTGAGAAAAAGATAAG
ACATATATGGTTACACAAAGATTACCCAAGAAAGAGAAGATGATTATCAACCTTCCTCAA
CCATCGAGTCCATGAATGCTTTCTCTCAAGACCAACACAACTACTCTATGGATGATTTTG
ACAGTATTCTCGACCTCAAGATTGACGGTTCAAAATGCTCTCAACAACTCATCTGGGATT
TCTTTAAAGAAGATGGTGAAGATGAAGAAGAAAAAAGATTTAGTACTGATCAAGAAGGCT
CAAGTTCTGGGGTTTGGGATAATATGTCAGCGGATTATGAAGACAAAGAGTTGGGTCTGA
AGCTGAACTTAAACCATCAAGAAGTTATTGATGCTTGGTCTGGTCGCCGCCAGCAACCTC
TGTGGACGGATAACGCAAACTTAATGGCTCCGACCAGTGCCGTTTATGTTAGTTTGTGTG
AATCTTTTACTTGTTAGGCAAGCTATGATTAATGGTTCTAATCTAGATTAGCTAGTATTA
ACAATTTAGAGTGTGTCCAGAGTGGAGAAGTGCCGGGGATGGATGAAGAGAGAAACACGA
GAAGAGAAGCGAGTGTGTTGAGATACAAAGAGAAGAGACAAAGTAGGTTCTTCTCTAAGA
AGATAAGGTA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3EG37JQ 702 0 0
GTCGCCGCCAGCAACCTCTGTGGACGGATAACGCAAACTTAATGGCTCCGACCAGTGCCG
TTTATGTTAGTTTGTGTGAATCTTTTACTTGTTAGGCAAGCTATGATTAATGGTTCTAAT
CTAGATTAGCTAGTATTAACAATTTAGAGTGTGTCCAGAGTGGAGAAGTGCCGGGGATGG
ATGAAGAGAGAAACACGAGAAGAGAAGCGAGTGTGTTGAGATACAAAGAGAAGAGACAAA
GTAGGTTCTTCTCTAAGAAGATAAGGTATCAAGTCAGAAAGCTCAACGCCGATAAACGAC
CACGTTTCAAGGGTCGGTTCGTGAAAAGGGAGACGTAAATGGGAAAATAAAATATCTCAA
ATCTTCGATCTGTCTTTTTTATTAGTATTATCATTATGAATATATTTATTTCATATCATT
GTCGTCTTTTACAACTTTGTCAAATTTGAAACGAAAATATCTCCTTGACGAAAAGAAAAA
GAGATGCAAAATATCTTATAAAGCAAAGGAGTAGAAGATTACATGAAGAGGACGTTTATG
GCAAGTCTTTGTTGAGTTTGGTGGGACCTAAGTCTAAAAAGGGTTCATCACCACATGTTT
GAATCCAAAAGTAACCATCCTTTGTCGGGGCCAGTGTACCAAACTGTGTATCAACAGCAT
AAACATCATATTACTGTCAGTGAATGACAATGCTCCTTTTAC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL5567Contig1 1479 2 4 U
GGAAGAGTGTGTTTTCATTGGCTTCATCGTCGTTTATCTTAACGAGCAGTCACAAAATCA
CTCGCCACTATAGCAGCAGCTTCAGGGCTTCAGTTTGTCTGGATTTAAAGGAAGTGAGAA
GCAGCACTGATTTGGTGGACTTGGAGTACGCAGAGCTAAACCTCAAGTACAAGATATCTG
AGGAAGTGGGTCATGTAAGAATCAGACAGCATGTTAACCCTCTCAGTTCCTCTTTCTCTA
CTCCAGCTCCAGTTCCTGTTTGGGAGGAAGTGTACAAGGATCCATCGTTACCTCTTATGG
TTGGTATTGGAAGTGGTAAACTTGTGAGCTTACTTAAGACTTGTGGGACTTTTGATAGAT
TATTATGTTCTTTAAGTTGAGTTTATGTTTCACACTGGGAGACTCTTGGTAGCAAAGATG
GAATCTTTCATCTGTTTCCATGGCATTTGAGATTTCATAATACCTCTCCTCTATATTGTT
TATGGTCGTAACGCCTCTTTTATGCTTGGAATATGTTCGAAAAAAACAAAACTTTCCCTC
TGCCTTGTGAAATGGTTTTGTGATTTGTATTACTACAGGTAGTGGCAGATTCCTCCTGTG
GTTAGCCAAGAAGAATGCTGAGTCAGGAAACTACTTGGGGGTTGGAGATACGCCAGAAAC
TGGTCAAGCGTGCTAACTTTTGGGTGAACGAGCTGGGACTTTCAAACGCGTAATCTCTGA
CCTTAGTAAACATCTTTGAATATACTCTGTTGATTTTTTAACTTATTTGATATATATTTC
TCTTGTGGATGTGTTTCAGACACTTCATATTTGCTAATGCCATGGTTTCCTTTGATCAGC
TTATATCAAGCTATCCCGGACCGTTGGAGTTTGTCTCAATCTTGTGTCCGGATCCACATT
TCAAGAAACGGCATCACAAGAGACGTGTTGTGCAAAAGCCTTTGGTAGATTCCATTCTGC
AAAACCTAAAACCTGGCGGAAAGGTAAAAGTCTTTGCTTAGTTCTAAGAAAGCTTTCGCA
AGCTTCCAAAAGCTTTATTTACGTACCAATGGCAACCAACATTTTGATAGTTTGTTTCAT
AGGTTAGAGTTAAGACTACCAATTAACGAAAACATTGCAATAGATCCTTGTGCAGTCAGA
TGTGCTCGACGTAGCTCAAGACATGAGAGATCAGTTTGACGAGGAAGCAAAGGTTCTTGA
ACATGTGGACACCGTCGATGCAGAGGAAGGTTGGTTAAGTGAAAACCCGATGGGTATACG
AACTGAACGAGAGATCCACGCTGAACTCGAAGGTGCAAGGATCTACAGAAGACTATACCA
GAAGAAGATATTAATGGATAGTCTCCAATAAGAGAGGAAGCTGGGAGCTTAAAATTTCAC
ATGTTCTTCAGCAGTTTGATTTATTGACAGAAACGCCCTTTTATTTCAATTCTATCACAA
TTTAAGTACAAAACTCTTGAAAGATTTTTAGTTTGAGAG


BQ
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AF RR3BI02JQ C 574
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CGCCCTTTTATTTCAATTCTATCACAATTTAAGTACAAAACTCTTGAAAGATTTTTAGTT
TGAGAG

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TCTCTCTCCGGTTGTTTTCCAGCTGCATCGACCAAATCTCATAAACTTACCAAAGAAATA
ACCTCTCATCATTCAACATGTTCAAGAAGTTTTCAATGGAGGAGGTTTCATCGCAAAACC
AAGTAAAGGCTTCTGTCCAACGTAGGATTCGCCAGAGTATTCAAGAAGAGTACCCGGGAC
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CAAACCATCTGACGCTAGTTGTTGTCAACAATGTCCCCCTCTTCTTCTGTATCCGTGATG
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ATGCAGAAGGAAAGCAGCATGCCTTAGCAATAGGCTTCACCAAAATGTCAGCCAAGGACA
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AF RR3DD20TF U 1
AF RR3DD20JQ C 385
BS 1 651 RR3DD20TF
BS 652 866 RR3DD20JQ

RD RR3DD20TF 651 0 0
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TCTCTCTCCGGTTGTTTTCCAGCTGCATCGACCAAATCTCATAAACTTACCAAAGAAATA
ACCTCTCATCATTCAACATGTTCAAGAAGTTTTCAATGGAGGAGGTTTCATCGCAAAACC
AAGTAAAGGCTTCTGTCCAACGTAGGATTCGCCAGAGTATTCAAGAAGAGTACCCGGGAC
TTGAAACGGTGTTGGAAGATCTACTTCCCAAAAAGTCTCCTCTCATTGTAGTCAAGTGCC
CAAACCATCTGACGCTAGTTGTTGTCAACAATGTCCCCCTCTTCTTCTGTATCCGTGATG
GGCCATACATGCCAACTCTGCGTCTTCTTCATCAGTACCCAAATATAATGAAGAGGTTTC
AAGTTGATAGAGGTGCCATAAAGTTTGTTTTCTCTGGTGCCAACATAATGTGTCCTGGTC
TCACATCCCCTGGAGGTGTTCTGGATGAAGAAGTTGAGGCAGAAAGGCCAGTGGCTATAT
ATGCAGAAGGAAAGCAGCATGCCTTAGCAATAGGCTTCACCAAAATGTCAGCCAAGGACA
TTAAGAGCATCAACAAAGGAATCGGAGTGGACAACATGCATTATCTCAACG

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3DD20JQ 482 0 0
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TTGTTTTCTCTGGTGCCAACATAATGTGTCCTGGTCTCACATCCCCTGGAGGTGTTCTGG
ATGAAGAAGTTGAGGCAGAAAGGCCAGTGGCTATATATGCAGAAGGAAAGCAGCATGCCT
TAGCAATAGGCTTCACCAAAATGTCAGCCAAGGACATTAAGAGCATCAACAAAGGAATCG
GAGTGGACAACATGCATTATCTCAACGACGGTCTCTGGAAGATGGAACGACTAGATTGAG
GAACGAAGTCAACTGTCGTGTGAATCAATCACTCTGGAGGAGATCTCCTTTTTTATGTGT
CTCTAAACTTTTATGGAGCTTTTGTCCGGATCTCAACCTTAGTCATCTGTTTTCAAATAT
TTGATGTTTTGTTTTTTTACGAGAACAGCATCAACCTTAGCTAAAGGTTAATACAGTTTC
CC

QA 1 482 1 482
DS 



AS 1 2

CO CL5569Contig1 803 2 4 U
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CGGTCTCCTTGGAGGGCTACTGGGCCTTCCAGAAGGTGGTAACTTGCTTGCAGTTGGGGA
TCATGCAAACCGACAAAGATACATGTCTTTTCCAGGACCTCATAATCAGGAGCCTGAAGT
AGCTTTCAACATCTCTGACAAGCTAGCTACTCTTAACTCTGGACCAACAATGGGAGGTCC
AGATGGTCCTTTTCTTCACCATCATCCTCAACAATACGCGACCAACCCTTCTCCTCACTT
GAATGGTTCAGGCCCTGGTTTCCATCATTTGGATACTCGACATGCACCTCAGCTGGATTT
CATGGGCCAAGGAAATATCCAGGATCCTCCACTAAATCACCTGTTTCCACCAAACATGAT
TCATCGTCCACCTTTCCTTCCAGAGTTTGATCGTCTTCCTCCACATATGCAGCATAAGAT
GCATATGCAAGACAACCTGCAACGCCATCATCTTATGCAAGGATTCCCCGGTGGTGGTCC
ACCACACCATCACTCTCCTAATCTAAACAACCAAATGCAGGGTCTCCCCTTCGCCCATCA
CCAGCCCAACTACGGTATGCCACCACCAGGTTCTCAAGGCAACAGAGTTGAACATCCAGC
TTCACTGCAGACACTCTTAGGGATTCATCAGAGGATGGACCCATCCAAGCAGCCTCCAGC
AATGGGTCAAGCCGGTGGTCCCAATCGTCAGGGCTCTATGGGTCAGGAACTCGACCTTGG
CTTGGGCTACAGGTGATTTTACT


BQ
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AF RR3DB70TF U 1
AF RR3DB70JQ C 455
BS 1 638 RR3DB70TF
BS 639 639 RR3DB70JQ
BS 640 730 RR3DB70TF
BS 731 803 RR3DB70JQ

RD RR3DB70TF 730 0 0
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CGGTCTCCTTGGAGGGCTACTGGGCCTTCCAGAAGGTGGTAACTTGCTTGCAGTTGGGGA
TCATGCAAACCGACAAAGATACATGTCTTTTCCAGGACCTCATAATCAGGAGCCTGAAGT
AGCTTTCAACATCTCTGACAAGCTAGCTACTCTTAACTCTGGACCAACAATGGGAGGTCC
AGATGGTCCTTTTCTTCACCATCATCCTCAACAATACGCGACCAACCCTTCTCCTCACTT
GAATGGTTCAGGCCCTGGTTTCCATCATTTGGATACTCGACATGCACCTCAGCTGGATTT
CATGGGCCAAGGAAATATCCAGGATCCTCCACTAAATCACCTGTTTCCACCAAACATGAT
TCATCGTCCACCTTTCCTTCCAGAGTTTGATCGTCTTCCTCCACATATGCAGCATAAGAT
GCATATGCAAGACAACCTGCAACGCCATCATCTTATGCAAGGATTCCCCGGTGGTGGTCC
ACCACACCATCACTCTCCTAATCTAAACAACCAAATGCAGGGTCTCCCCTTCGCCCATCA
CCAGCCCAACTACGGTATGCCACCACCAGGTTCTCAAG*CAACAGAGTTGAACATCCAGC
TTCACTGCAGACACTCTTAGGGATTCATCAGAGGATGGACCCATCCAAGCAGCCTCCAGC
AATGGGTCAA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3DB70JQ 349 0 0
CTTCCTCCACATATGCAGCATAAGATGCATATGCAAGACAACCTGCAACGCCATCATCTT
ATGCAAGGATTCCCCGGTGGTGGTCCACCACACCATCACTCTCCTAATCTAAACAACCAA
ATGCAGGGTCTCCCCTTCGCCCATCACCAGCCCAATTACGGTATGCCACCACCAGGTTCT
CAAGGCAACAGAGTTGAACATCCAGCTTCACTGCAGACACTCTTAGGGATTCATCAGAGG
ATGGACCCATCCAAGCAGCCTCCAGCAATGGGTCAAGCCGGTGGTCCCAATCGTCAGGGC
TCTATGGGTCAGGAACTCGACCTTGGCTTGGGCTACAGGTGATTTTACT

QA 1 349 1 349
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5572Contig1 1210 2 2 U
GGACCCTCTTCTCTTTTCCACTGATCTCTGAATCATATATAAAACAAGTATTCTTCTCTT
GAATAATCGTCACTAGAGTCCATATATGGACCAAGATGACCAGAAAGAAGAACCAGAAAC
GGTGTCATTCGGCAACAGCAAGTGCAAGAGCAAGATTGCTCCCGGAGATGATCACGATGG
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AAGAAAACGAGGAGAGCTAATGTCGTTTAGCGAGCTTCCGGAGTACATGAAGGATAACGA
ATATATATTGAATTATTACAGAGCTGAATGGTCTATCAGAGATGCTTTCTTCAGCGTCTT
CAGTTTCCACAATGAGTCCCTCAACGTTTGGACGCATTTACTTGGTTTCATCTTATTTGT
GGGACTAACCGTCGCCAACACTATGCATCACGATAAATTCTTCCCCGTGGATGCAAAGAA
TCCAGGGAATGCAGCAAGATGGCCATTCTTCGTCTTCTTAGGAGGCTCAATGTTCTGCCT
ACTCTCGAGCAGCATTTGCCACCTCTTCTGCTGCCACTCCCATGACCTTAACGTCTTCCT
CCTCCGCATAGACTATGCGGGTATCACCGCCATGATCACCACATCTTTCTTCCCACCAAT
CTACTACATCTTCCAGTGCACTCCTCGTTGGTACTTCATCTACCTTGCGGCCATCACCTC
TATGGGAATCTTCACGATCATCACACTCTTCACTCCATCACTTTCCTCTCCCAAGTACCG
AGGTTTCCGCGCTTTACTCTTTGCCTCCATGGGGCTCTTCGGGATCGTGCCAGCTATCCA
TGCGCTTGTGGTCAACTGGGGAAACCCGCAAAGGAACGTGACGCTCTTGTACGAGCTGGG
CATGGCAGTGTTTTATCTTGTTGGGACCGGGTTCTATGTAGGGAGAGTGCCTGAGAGGCT
TAAACCGGGATGGTTTGATCGTGTGGGGCATAGTCATCAGATCTTCCATGTGTTTGTTTT
GTTGGGTGCCTTGTCTCACTATGCAGCTGCTCTCTTGTTCTTGGATTGGCGTGACCATGT
TGGTTGTTAAACTTTTTTTTTGTAATTATTTTGAAGATTAAAGACAATTAGTTTGTCCGT
ATCACATGGAAAATGTAATAATTCCATTTGTTGTTTAAATTGAATTGTAACTCCATTGTG
GTATTTATAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C259TF U 1
AF RR3C259JQ C 470
BS 1 736 RR3C259TF
BS 737 1210 RR3C259JQ

RD RR3C259TF 736 0 0
GGACCCTCTTCTCTTTTCCACTGATCTCTGAATCATATATAAAACAAGTATTCTTCTCTT
GAATAATCGTCACTAGAGTCCATATATGGACCAAGATGACCAGAAAGAAGAACCAGAAAC
GGTGTCATTCGGCAACAGCAAGTGCAAGAGCAAGATTGCTCCCGGAGATGATCACGATGG
AGACGAAAGCAGCGGTGCTAAGAAAATAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAACCGCAAAAGGC
AAGAAAACGAGGAGAGCTAATGTCGTTTAGCGAGCTTCCGGAGTACATGAAGGATAACGA
ATATATATTGAATTATTACAGAGCTGAATGGTCTATCAGAGATGCTTTCTTCAGCGTCTT
CAGTTTCCACAATGAGTCCCTCAACGTTTGGACGCATTTACTTGGTTTCATCTTATTTGT
GGGACTAACCGTCGCCAACACTATGCATCACGATAAATTCTTCCCCGTGGATGCAAAGAA
TCCAGGGAATGCAGCAAGATGGCCATTCTTCGTCTTCTTAGGAGGCTCAATGTTCTGCCT
ACTCTCGAGCAGCATTTGCCACCTCTTCTGCTGCCACTCCCATGACCTTAACGTCTTCCT
CCTCCGCATAGACTATGCGGGTATCACCGCCATGATCACCACATCTTTCTTCCCACCAAT
CTACTACATCTTCCAGTGCACTCCTCGTTGGTACTTCATCTACCTTGCGGCCATCACCTC
TATGGGAATCTTCACG

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3C259JQ 741 0 0
GATGCAAAGAATCCAGGGAATGCAGCAAGATGGCCATTCTTCGTCTTCTTAGGAGGCTCA
ATGTTCTGCCTACTCTCGAGCAGCATTTGCCACCTCTTCTGCTGCCACTCCCATGACCTT
AACGTCTTCCTCCTCCGCATAGACTATGCGGGTATCACCGCCATGATCACCACATCTTTC
TTCCCACCAATCTACTACATCTTCCAGTGCACTCCTCGTTGGTACTTCATCTACCTTGCG
GCCATCACCTCTATGGGAATCTTCACGATCATCACACTCTTCACTCCATCACTTTCCTCT
CCCAAGTACCGAGGTTTCCGCGCTTTACTCTTTGCCTCCATGGGGCTCTTCGGGATCGTG
CCAGCTATCCATGCGCTTGTGGTCAACTGGGGAAACCCGCAAAGGAACGTGACGCTCTTG
TACGAGCTGGGCATGGCAGTGTTTTATCTTGTTGGGACCGGGTTCTATGTAGGGAGAGTG
CCTGAGAGGCTTAAACCGGGATGGTTTGATCGTGTGGGGCATAGTCATCAGATCTTCCAT
GTGTTTGTTTTGTTGGGTGCCTTGTCTCACTATGCAGCTGCTCTCTTGTTCTTGGATTGG
CGTGACCATGTTGGTTGTTAAACTTTTTTTTTGTAATTATTTTGAAGATTAAAGACAATT
AGTTTGTCCGTATCACATGGAAAATGTAATAATTCCATTTGTTGTTTAAATTGAATTGTA
ACTCCATTGTGGTATTTATAC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL5573Contig1 1070 2 2 U
GAACGGAGCATTGTTACTTCAGTCATATGTACGAGGTGTAATTGCCCGAAGGATGTTTGA
TATTGAAGCAAAGCTCTATGCAGATTCTGTTTCTGAAACAAGCACAGGAGAGTTGACTGC
AGTCATACACTTGCAGTCTGCTGTTAGAGGATGGTTAGCTCGAAAACGATTTAACAGCAT
GCAAAGACAGAAAGAGTTACTTAATGTGACGACAATATCAAAGAAGAAAGCTGGTCAGAG
GGTATCAGAAGACAAGTTCCAAGTCCAACCATCAGCTATGTCTGATCTCCAGAAGCGGGT
TTTGGAATCTGAAGCAGCTTTATTGCAGAAGGAAGAAGAAAACACAGCGTTGAGAGAGCA
GTTGAGACAGTTTGAGGAGAGATGGTCAGAGTATGAACTAAAGATGAAGTCAATGGAGGA
AACATGGCAAAAGCAAATGTCATCGTTGCAGATGAGTCTAGCCGCTGCTAGAAATAGTCT
AGCGACAGAGAACGTTACAGGCCAAGCAAGACAAGACACATCGGTATCACCTTTCGGTTA
TGAATCAGAGGACACAACGTCTACCACTGCAACTCCAGGGTTGAGAACTCCCACAACTAA
CTTCACAAACGGAAACACTCCTGAACTCAGAAGCAGAGAGCTCAACGGAAGTTTGAACGC
TGTTAATCATCTCGCGAGAGAGTTTTATCAAAGGAGACTCAATTTTGACGAAGATGCTAG
AGCCATTGTGGAGGTGAAAGTTGAGCCGGAGGCAACAGCTACAAACGGGCAGCAACAGCA
ACAGCAACAGCAACATCCAGAAGATGAATTTAGGAAACTGAAGCTAAGATTTGAGACATG
GAAGAAAGATTACAAAGCTAGGTTAAGAGAGACTAAAGCAAGACTCCATAGTGATAAACG
TCGTCACCGGAAATGGTGGGGCAAATGAGACTAGAGCAGTCGCTTAGGTTTGTTGTATTA
AGTTATAGATTGAGAGCATTGTAGATTCAGCTGAGAGAGAAATGTATTTTGTTCTTTTTG
GAACTTTGTTATGTGCATAGCATCAAATAGAGTTTTTGTATTTTGAGAGC


BQ
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AF RR3DW18TF U 1
AF RR3DW18JQ C 351
BS 1 611 RR3DW18TF
BS 612 1070 RR3DW18JQ

RD RR3DW18TF 626 0 0
GAACGGAGCATTGTTACTTCAGTCATATGTACGAGGTGTAATTGCCCGAAGGATGTTTGA
TATTGAAGCAAAGCTCTATGCAGATTCTGTTTCTGAAACAAGCACAGGAGAGTTGACTGC
AGTCATACACTTGCAGTCTGCTGTTAGAGGATGGTTAGCTCGAAAACGATTTAACAGCAT
GCAAAGACAGAAAGAGTTACTTAATGTGACGACAATATCAAAGAAGAAAGCTGGTCAGAG
GGTATCAGAAGACAAGTTCCAAGTCCAACCATCAGCTATGTCTGATCTCCAGAAGCGGGT
TTTGGAATCTGAAGCAGCTTTATTGCAGAAGGAAGAAGAAAACACAGCGTTGAGAGAGCA
GTTGAGACAGTTTGAGGAGAGATGGTCAGAGTATGAACTAAAGATGAAGTCAATGGAGGA
AACATGGCAAAAGCAAATGTCATCGTTGCAGATGAGTCTAGCCGCTGCTAGAAATAGTCT
AGCGACAGAGAACGTTACAGGCCAAGCAAGACAAGACACATCGGTATCACCTTTCGGTTA
TGAATCAGAGGACACAACGTCTACCACTGCAACTCCAGGGTTGAGAACTCCCACAACTAA
CTTCACAAACG
AAACACTCTGAACTC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3DW18JQ 720 0 0
TGAGAGAGCAGTTGAGACAGTTTGAGGAGAGATGGTCAGAGTATGAACTAAAGATGAAGT
CAATGGAGGAAACATGGCAAAAGCAAATGTCATCGTTGCAGATGAGTCTAGCCGCTGCTA
GAAATAGTCTAGCGACAGAGAACGTTACAGGCCAAGCAAGACAAGACACATCGGTATCAC
CTTTCGGTTATGAATCAGAGGACACAACGTCTACCACTGCAACTCCAGGGTTGAGAACTC
CCACAACTAACTTCACAAACGGAAACACTCCTGAACTCAGAAGCAGAGAGCTCAACGGAA
GTTTGAACGCTGTTAATCATCTCGCGAGAGAGTTTTATCAAAGGAGACTCAATTTTGACG
AAGATGCTAGAGCCATTGTGGAGGTGAAAGTTGAGCCGGAGGCAACAGCTACAAACGGGC
AGCAACAGCAACAGCAACAGCAACATCCAGAAGATGAATTTAGGAAACTGAAGCTAAGAT
TTGAGACATGGAAGAAAGATTACAAAGCTAGGTTAAGAGAGACTAAAGCAAGACTCCATA
GTGATAAACGTCGTCACCGGAAATGGTGGGGCAAATGAGACTAGAGCAGTCGCTTAGGTT
TGTTGTATTAAGTTATAGATTGAGAGCATTGTAGATTCAGCTGAGAGAGAAATGTATTTT
GTTCTTTTTGGAACTTTGTTATGTGCATAGCATCAAATAGAGTTTTTGTATTTTGAGAGC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL5574Contig1 1216 2 6 U
GCACGCGCCATCCCCAACCAAACTCGATCTTCTTTCACTGCGCACACAAAGCGAGAGACG
AAGAAGAAGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAAAAAAAAAAGCGTAGAAATTTAGGG
CTTCCTGGATCGGACGAAGACGGAAGGAAGGAAGGAAAGCGAGAATGGGCGGGAATTCGA
TACCGACGGAGGCAACGATTGATCTAGATGAGCAGATCTCGCAGCTCATGCAGTGCAAGC
CCCTCTCCGAGCAACAGGTTAGATCATTATGCGAGAAAGCCAAGGAGATCTTAATAGATG
AAAGCAACGTTCAGCCTGTGAAAAGCCCTGTGACAATCTGCGGTGATGTTCATGGACAGT
TCCATGATCTTGCTGAGCTTTTCCGTATTGGGGGAATGTGCCCTGATACCAACTACCTGT
TTATGGGAGATTATGTTGATCGTGGTTATTATTGTTGAAACTGTTACGCTGTTAGTCGCC
TTGAAGATGCGATATCCTCAGCGAATCACCATTCTTAGAGGAAACCATGAAAGTCGTCAG
ATCACTCAGGTCTATGGATTTTATGATGAATGTTTGCGAAAGTATGGCAACGCAAATGTT
TGGAAGATCTTTACAGACCTCTTCGATTACTTCCCATTGACAGCCTTGGTTGAGTCAGAA
ATATTCTGCCTCCATGGAGGATTGTCTCCATCTATCGAGACACTTGACAACATAAGGAAC
TTTGATCGAGTTCAAGAAGTGCCCCATGAAGGGCCCATGTGTGACTTATTATGGTCTGAT
CCTGATGACCGTTGTGGTTGGGGGATCTCTCCACGTGGTGCTGGATATACATTTGGTCAG
GACATATCCGAACAGTTCAACCACTCAAACAGCTTAAAGCTGATCGCAAGAGCCCATCAG
CTTGTTATGGATGGATACAACTGGGCTCATGAGCAAAAGGTGGTAACTATCTTCAGTGCA
CCAAACTATTGTTACCGTTGTGGGAACATGGCTTCAATTCTTGAGGTTGATGACTGCATG
AATCACAGCTTCATTCAGTTTGAACCAGCACCGAGGAGAGGAGAACCAGACGTTACTCGA
AGAACACCAGACTACTTTCTCTGATCACTAGACACAGAGTGATCTCAGCAGCTGCAGCCA
ACAACTGAAAAGTCACAGTTGGTAACTCAAGTATCTGGTTTCTGTGCAGCTTGTTAAGGT
TGCTGACGAAGAAGGC


BQ
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AF RR3DW78TF U 1
AF RR3DW78JQ C 535
BS 1 718 RR3DW78TF
BS 719 719 RR3DW78JQ
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BS 739 747 RR3DW78TF
BS 748 1216 RR3DW78JQ

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AAGAAGAAGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGAAAAAAAAAAGCGTAGAAATTTAGGG
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CCCTCTCCGAGCAACAGGTTAGATCATTATGCGAGAAAGCCAAGGAGATCTTAATAGATG
AAAGCAACGTTCAGCCTGTGAAAAGCCCTGTGACAATCTGCGGTGATGTTCATGGACAGT
TCCATGATCTTGCTGAGCTTTTCCGTATTGGGGGAATGTGCCCTGATACCAACTACCTGT
TTATGGGAGATTATGTTGATCGTGGTTATTATTGTTGAAACTGTTACGCTGTTAGTCGCC
TTGAAGATGCGATATCCTCAGCGAATCACCATTCTTAGAGGAAACCATGAAAGTCGTCAG
ATCACTCAGGTCTATGGATTTTATGATGAATGTTTGCGAAAGTATGGCAACGCAAATGTT
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ATATTCTGCCTCCATGGAGGATTGTCTCCATCTATCGAGACACTTGACAACATAAGGA*C
TTTGATCGAGTTCAAGA*GTGCCCCAT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3DW78JQ 682 0 0
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AATGTTTG*AAGATCTTTACAGAC*TCTTCGATTACTTCCCATTGACAGC*TTGGTTGAG
TCAGAAATATTCTGCCTCCATGGAGGATTGTCTCCATCTATCGAGACACTTGACAACATA
AGGAACTTTGATCGAGTTCAAGAAGTGCCCCATGAAGGGCCCATGTGTGACTTATTATGG
TCTGATCCTGATGACCGTTGTGGTTGGGGGATCTCTCCACGTGGTGCTGGATATACATTT
GGTCAGGACATATCCGAACAGTTCAACCACTCAAACAGCTTAAAGCTGATCGCAAGAGCC
CATCAGCTTGTTATGGATGGATACAACTGGGCTCATGAGCAAAAGGTGGTAACTATCTTC
AGTGCACCAAACTATTGTTACCGTTGTGGGAACATGGCTTCAATTCTTGAGGTTGATGAC
TGCATGAATCACAGCTTCATTCAGTTTGAACCAGCACCGAGGAGAGGAGAACCAGACGTT
ACTCGAAGAACACCAGACTACTTTCTCTGATCACTAGACACAGAGTGATCTCAGCAGCTG
CAGCCAACAACTGAAAAGTCACAGTTGGTAACTCAAGTATCTGGTTTCTGTGCAGCTTGT
TAAGGTTGCTGACGAAGAAGGC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL5575Contig1 1286 2 4 U
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GCGGTTCCCGATTCCTCTGCTCTTTGCTCTCCTTTAGGTCCTCTCCGAATCATTCTCATT
TCACTTTGTTCTCTTTCTATCTATCTCTCTGAGCTCCAGACTCTTCTTCTTCGTCAGATT
ACTCGATTATTTTTTTTTCTTTTTATCGTTTGCTTGCGTAATCATCAGCTATAGACTCTG
AAATCAGATTTCAAAAAGGAATAATTTTTCTTCTTATCATATTCTCAGAGATTCTGGGGG
ATCCAATTTTCTTCTTCTTCTTTGCCATGAGTTCCTCGATCCAGATCGTTGTTGAGACGC
AAGTGGAAGCTTCTTTGTCTCTTAAAGATCAGGATGAAAAGAAGATTGAAGTAGTGAGCA
ACGAGCTGAGTTTCGGGAACCATGGTGGATGCTGTGCAATATGTTTGGATACAATACCTC
TCCAAGAAACTGCTATGGTCAAAGGCTGTGAACATGCTTACTGTGTGACGTGCATACTCC
GTTGGGCAAGTTACAAAGAGAAACCTACCTGCCCACAATGTAAACATCCATTTGATTTTC
TCAATCTCCACCGCGCTCTTGATGGAAGCGTTGAAGATTTCATGTTCGAGGAGAGTGTTT
GCCTCCTCCTGAGAGCATCGTGGTTTCGTCCACTGGAAGCAGTGGAGCGGGTATCATACA
ACGGCAACGACAACTATGATTTTGACATTCCACCAGAGTATGAAGAGGAAGACGAAGATG
ACCTCGACGAGTTTTATCTGCACGGTTCGAATCTTCGTTTAGGGAACAGGAGGTGGGGCG
ACAATGGATTCGTCAGGTCAGGCCGCCAAGAAGCGAGGCCGGCCCAGGCCCAACATAAGC
ATCACCGAGGTGGCCAAGCTTCTGGATCTGAATCAGGCTCTTCTTCTTCCTCGCGTGAGG
GAAAGGAGAAGACTAACAGCAGTCCTGCAACAGGCAGGCGTGCCAAGAGGGCGATGAAGC
GTGAAGCTGCGAACAAAGCTGCAGAAGTAGTTGCTGCTGCAAAGCATGAGGCTCTTTTGG
TTAGGTTGGGAAGGAAGTGAGTGATTGGTTGTATCTCTGTAATTAAAATCAAGCCACGAC
CTCTAAATGCAACTAACTTCCTTTTACGTAAGAATCTGTACAGCAAGTAGTATCTAATAA
TTGGTCGAACGACAATACTTACTTATCTTTTGTCGTCGATGCTCCTTTGTCAGATTTTAT
CTATTTAATCTTAAAATTTCTTTGCC


BQ
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AF RR3CG71TF U 1
AF RR3CG71JQ C 470
BS 1 726 RR3CG71TF
BS 727 727 RR3CG71JQ
BS 728 744 RR3CG71TF
BS 745 1286 RR3CG71JQ

RD RR3CG71TF 744 0 0
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GCGGTTCCCGATTCCTCTGCTCTTTGCTCTCCTTTAGGTCCTCTCCGAATCATTCTCATT
TCACTTTGTTCTCTTTCTATCTATCTCTCTGAGCTCCAGACTCTTCTTCTTCGTCAGATT
ACTCGATTATTTTTTTTTCTTTTTATCGTTTGCTTGCGTAATCATCAGCTATAGACTCTG
AAATCAGATTTCAAAAAGGAATAATTTTTCTTCTTATCATATTCTCAGAGATTCTGGGGG
ATCCAATTTTCTTCTTCTTCTTTGCCATGAGTTCCTCGATCCAGATCGTTGTTGAGACGC
AAGTGGAAGCTTCTTTGTCTCTTAAAGATCAGGATGAAAAGAAGATTGAAGTAGTGAGCA
ACGAGCTGAGTTTCGGGAACCATGGTGGATGCTGTGCAATATGTTTGGATACAATACCTC
TCCAAGAAACTGCTATGGTCAAAGGCTGTGAACATGCTTACTGTGTGACGTGCATACTCC
GTTGGGCAAGTTACAAAGAGAAACCTACCTGCCCACAATGTAAACATCCATTTGATTTTC
TCAATCTCCACCGCGCTCTTGATGGAAGCGTTGAAGATTTCATGTTCGAGGAGAGTGTTT
GCCTCCTCCTGAGAGCATCGTGGTTTCGTCCACTGGAAGCAGTGGAGCGGGTATCATACA
ACGGCA*CGACAACTATGATTTTG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3CG71JQ 817 0 0
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GTGCATACTCCGTTGGGCAAGTTACAAAGAGAAACCTACCTGCCCACAATGTAAACATCC
ATTTGATTTTCTCAATCTCCACCGCGCTCTTGATGGAAGCGTTGAAGATTTCATGTTCGA
GGAGAGTGTTTGCCTCCTCCTGAGAGCATCGTGGTTTCGTCCACTGGAAGCAGTGGAGCG
GGTATCATACAACGGCAACGACAACTATGATTTTGACATTCCACCAGAGTATGAAGAGGA
AGACGAAGATGACCTCGACGAGTTTTATCTGCACGGTTCGAATCTTCGTTTAGGGAACAG
GAGGTGGGGCGACAATGGATTCGTCAGGTCAGGCCGCCAAGAAGCGAGGCCGGCCCAGGC
CCAACATAAGCATCACCGAGGTGGCCAAGCTTCTGGATCTGAATCAGGCTCTTCTTCTTC
CTCGCGTGAGGGAAAGGAGAAGACTAACAGCAGTCCTGCAACAGGCAGGCGTGCCAAGAG
GGCGATGAAGCGTGAAGCTGCGAACAAAGCTGCAGAAGTAGTTGCTGCTGCAAAGCATGA
GGCTCTTTTGGTTAGGTTGGGAAGGAAGTGAGTGATTGGTTGTATCTCTGTAATTAAAAT
CAAGCCACGACCTCTAAATGCAACTAACTTCCTTTTACGTAAGAATCTGTACAGCAAGTA
GTATCTAATAATTGGTCGAACGACAATACTTACTTATCTTTTGTCGTCGATGCTCCTTTG
TCAGATTTTATCTATTTAATCTTAAAATTTCTTTGCC

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

CO CL5576Contig1 1230 2 2 U
GGAAAATTGTGATATCTACTATGGAAACTGGGTGAGAGCTGATGATGAAACGATGCCGTA
TTACCCGCCCGGTTCCTGTCCTTATGTAGACAGAGATTTCAACTGTCAAGCTAATAAAAG
ACCTGATGATGCTTATGTTAAATGGAAATGGCAGCCAAACGGTTGTGACATTCCCAGGTT
GAATGGAACAGACTTTCTTTAGAAGCTAAGAGGGAAGAAGCTTGTTTTCGTCGGAGACTC
CATCAACAGAAACATGTGGGGGTCTCTTGTTTGCATTCTTAGACACAGCCTCAAGGACAA
GAAACGTGTGTACGAGATCTCGGGGAGAAGAGAGTTCAAGAAGAGAGGCTTCTACGCTTT
CAGATTCGAGGACTATAACTGCACGGTTGATTTCGTTGGCTCTCCCTTCTTTGTAAGGGA
GTCAAGTTTCAAAGGCGTGAACGGGACTACATTGGAGACGTTAAGGTTGGATTTGATGGA
CAAGACTACATCCATGTATCGAGATGCTGATATACTGATATTCAACACTGGTCATTGGTG
GACTCATGACAAAACAAAGCTAGGAGAAAACTATTACCAAGAAGGTAACGTAGTGTACCC
GAGGCTCAAGGTTCTGGAAGCATATAAACGAGCTCTCACCACATGGGCCAAATGGGTCGA
TAAAAACATCGACCGCAACCAAACCCATGTTGTCTTTAGAGGCTATTCCGAAACACATTT
CAGAGGAGGGCCATGGAACTCAGGAGGACAATGCCATAACGAAACAGAACCGTTCTATAA
CACGCGTTACTTAAAAAAGTACCCTTCGAAGATGAGAGCTCTCGATTACATACTTCGTGA
TACAATGAAAACACCGGTGATTTACATGAACATAAGCCGGCTAACGGATTTTAGAAAAGA
TGGGCACCCTTCTATATATAGGACGGTGTACAAGACGGAAAAGGAGAAGAGAGAGGCTGT
GAGCCACCAAGATTGTAGTCATTGGTGCTTGCCGGGTGTACCAGACACATGGAACCAGCT
CTTGTATGTATCTCTGTTAAAGGCCGGGCTCGCATCTAAGTGGTAGTCGTCCATAGTCCT
TTGGTTTTGTATTATTGTTTGCGGTAAATGTAGCAACTTAAGTTTCCCTTCTGTAAAAGG
GAGTTTTTTTTTCCTACTATCTTTCTGTATCAATGCACCGAAAAGCACGTTTATACTTGT
TGGTATGGATTTGTGTATAGGCGTTGCATT


BQ
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AF RR3AO61TF U 1
AF RR3AO61JQ C 451
BS 1 721 RR3AO61TF
BS 722 1230 RR3AO61JQ

RD RR3AO61TF 721 0 0
GGAAAATTGTGATATCTACTATGGAAACTGGGTGAGAGCTGATGATGAAACGATGCCGTA
TTACCCGCCCGGTTCCTGTCCTTATGTAGACAGAGATTTCAACTGTCAAGCTAATAAAAG
ACCTGATGATGCTTATGTTAAATGGAAATGGCAGCCAAACGGTTGTGACATTCCCAGGTT
GAATGGAACAGACTTTCTTTAGAAGCTAAGAGGGAAGAAGCTTGTTTTCGTCGGAGACTC
CATCAACAGAAACATGTGGGGGTCTCTTGTTTGCATTCTTAGACACAGCCTCAAGGACAA
GAAACGTGTGTACGAGATCTCGGGGAGAAGAGAGTTCAAGAAGAGAGGCTTCTACGCTTT
CAGATTCGAGGACTATAACTGCACGGTTGATTTCGTTGGCTCTCCCTTCTTTGTAAGGGA
GTCAAGTTTCAAAGGCGTGAACGGGACTACATTGGAGACGTTAAGGTTGGATTTGATGGA
CAAGACTACATCCATGTATCGAGATGCTGATATACTGATATTCAACACTGGTCATTGGTG
GACTCATGACAAAACAAAGCTAGGAGAAAACTATTACCAAGAAGGTAACGTAGTGTACCC
GAGGCTCAAGGTTCTGGAAGCATATAAACGAGCTCTCACCACATGGGCCAAATGGGTCGA
TAAAAACATCGACCGCAACCAAACCCATGTTGTCTTTAGAGGCTATTCCGAAACACATTT
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3AO61JQ 780 0 0
ATTGGAGACGTTAAGGTTGGATTTGATGGACAAGACTACATCCATGTATCGAGATGCTGA
TATACTGATATTCAACACTGGTCATTGGTGGACTCATGACAAAACAAAGCTAGGAGAAAA
CTATTACCAAGAAGGTAACGTAGTGTACCCGAGGCTCAAGGTTCTGGAAGCATATAAACG
AGCTCTCACCACATGGGCCAAATGGGTCGATAAAAACATCGACCGCAACCAAACCCATGT
TGTCTTTAGAGGCTATTCCGAAACACATTTCAGAGGAGGGCCATGGAACTCAGGAGGACA
ATGCCATAACGAAACAGAACCGTTCTATAACACGCGTTACTTAAAAAAGTACCCTTCGAA
GATGAGAGCTCTCGATTACATACTTCGTGATACAATGAAAACACCGGTGATTTACATGAA
CATAAGCCGGCTAACGGATTTTAGAAAAGATGGGCACCCTTCTATATATAGGACGGTGTA
CAAGACGGAAAAGGAGAAGAGAGAGGCTGTGAGCCACCAAGATTGTAGTCATTGGTGCTT
GCCGGGTGTACCAGACACATGGAACCAGCTCTTGTATGTATCTCTGTTAAAGGCCGGGCT
CGCATCTAAGTGGTAGTCGTCCATAGTCCTTTGGTTTTGTATTATTGTTTGCGGTAAATG
TAGCAACTTAAGTTTCCCTTCTGTAAAAGGGAGTTTTTTTTTCCTACTATCTTTCTGTAT
CAATGCACCGAAAAGCACGTTTATACTTGTTGGTATGGATTTGTGTATAGGCGTTGCATT

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL5577Contig1 272 2 1 U
GCATAGGAGAGTGGGACAAGGTTCTTCATACGGTGTAGGGGTGAAGCTTGGTTTGGTAAG
AGCTGAGTATGCTGTAGATCACAACAACGGAACTGGGGCTCTATTCTTCCGGTTTGGAGA
GAGGTATTAATGTAATGAGAGAGGTAAACTTCGGCTTGACATTATTCTCTTCAAGGACTT
GTTCAAGGTCCTCTGTATTTTTTTTCTTTTATGGATTTTTAAATCTCTTTAATAATTGAT
TAAGGTTTCTTAAAGTAACCATAATTATTTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FO59JQ C 1
AF RR3FO59TF U 1
BS 1 272 RR3FO59TF

RD RR3FO59JQ 272 0 0
GCATAGGAGAGTGGGACAAGGTTCTTCATACGGTGTAGGGGTGAAGCTTGGTTTGGTAAG
AGCTGAGTATGCTGTAGATCACAACAACGGAACTGGGGCTCTATTCTTCCGGTTTGGAGA
GAGGTATTAATGTAATGAGAGAGGTAAACTTCGGCTTGACATTATTCTCTTCAAGGACTT
GTTCAAGGTCCTCTGTATTTTTTTTCTTTTATGGATTTTTAAATCTCTTTAATAATTGAT
TAAGGTTTCTTAAAGTAACCATAATTATTTAC

QA 1 272 1 272
DS 

RD RR3FO59TF 272 0 0
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AGCTGAGTATGCTGTAGATCACAACAACGGAACTGGGGCTCTATTCTTCCGGTTTGGAGA
GAGGTATTAATGTAATGAGAGAGGTAAACTTCGGCTTGACATTATTCTCTTCAAGGACTT
GTTCAAGGTCCTCTGTATTTTTTTTCTTTTATGGATTTTTAAATCTCTTTAATAATTGAT
TAAGGTTTCTTAAAGTAACCATAATTATTTAC

QA 1 272 1 272
DS 



AS 1 2

CO CL5578Contig1 1065 2 2 U
GGGAGAGGGATTGACCTGCATTGTCTCAGTCAAAGTTCCTGATCCTGAGTTTGAAGGTCA
AACAAAGACGAGACTAGGAAATCCAGAGGTGAGAAAAATTGTTGACCAATCACTCCAGGA
GTACCTCACAGAATACTTGGAATTGCATCCGGATGTTCTTGAAAGCATTATCTCCAAATC
TTTGAATGCGTACAAGGCTGCTCTTGCTGCCAAGAGGGCTAGAGAGTTGGTCAGATCAAA
AAGCATTTTGAAGTCATCCTCACTTCCCGGAAAATTGGCTGATTGCTCATCTACAGATCC
TGCTGAATCTGAGATTTTTATAGTGGAAGGAGATTCAGCTGGGGGCAGCGCAAAACAGGG
TCGTGACAGGCGTTTCCAAGCGATTCTTCCTTTAAGAGGTAAAATTTTGAATATAGAAAG
AAAGGATGAAGCAGCCATGTACAAGAACGAAGAAATTCAAAATCTCATTCTTGGTCTTGG
TCTTGGAGTGAAGGGAGAAGACTTTAACATGGAGAATTTGCGTTACCATAAGATTATCAT
ATTAACAGACGCAGATGTTGATGGTGCACATATCCGGACACTTCTGTTGACATTTTTCTT
CAGATATCAGAGAGCCTTGTTTGACGCGGGTTGCATATACGTTGGTGTTCCACCTCTTTT
CAAGGTTGAGAGGGGGAAACAGGCGCATTACTGCTATGACGAGGCGGCTCTTAAACAAGT
TATCACTTCTTTCCCTGGAAATGCATCCTACAACATTCAGAGGTTCAAAGGTTTGGGTGA
GATGATGCCTGAGCAGTTATGGGAAACAACAATGAATCCAGATACAAGGATACTGAAGCA
ACTAGTTGTTGATGACGCAGCAGAAACAAATGTGGTCTTCTCATCTCTCATGGGTGCTAG
GGTCGATGTCCGCAAGGAACTCATCAAAAGCGCTGCGACTAGAATCAATCTGGAGCATCT
CGACATATAAAACAACACATGCTATTGCCTCAGCTAAGAGATAGCTTTTATTTAGGAGAC
ATCAATCATAATGTTTTGAAACTGAACCATATATTTGATTCCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BP49TF U 1
AF RR3BP49JQ C 391
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BS 662 1065 RR3BP49JQ

RD RR3BP49TF 661 0 0
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GTACCTCACAGAATACTTGGAATTGCATCCGGATGTTCTTGAAAGCATTATCTCCAAATC
TTTGAATGCGTACAAGGCTGCTCTTGCTGCCAAGAGGGCTAGAGAGTTGGTCAGATCAAA
AAGCATTTTGAAGTCATCCTCACTTCCCGGAAAATTGGCTGATTGCTCATCTACAGATCC
TGCTGAATCTGAGATTTTTATAGTGGAAGGAGATTCAGCTGGGGGCAGCGCAAAACAGGG
TCGTGACAGGCGTTTCCAAGCGATTCTTCCTTTAAGAGGTAAAATTTTGAATATAGAAAG
AAAGGATGAAGCAGCCATGTACAAGAACGAAGAAATTCAAAATCTCATTCTTGGTCTTGG
TCTTGGAGTGAAGGGAGAAGACTTTAACATGGAGAATTTGCGTTACCATAAGATTATCAT
ATTAACAGACGCAGATGTTGATGGTGCACATATCCGGACACTTCTGTTGACATTTTTCTT
CAGATATCAGAGAGCCTTGTTTGACGCGGGTTGCATATACGTTGGTGTTCCACCTCTTTT
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3BP49JQ 675 0 0
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AGAAATTCAAAATCTCATTCTTGGTCTTGGTCTTGGAGTGAAGGGAGAAGACTTTAACAT
GGAGAATTTGCGTTACCATAAGATTATCATATTAACAGACGCAGATGTTGATGGTGCACA
TATCCGGACACTTCTGTTGACATTTTTCTTCAGATATCAGAGAGCCTTGTTTGACGCGGG
TTGCATATACGTTGGTGTTCCACCTCTTTTCAAGGTTGAGAGGGGGAAACAGGCGCATTA
CTGCTATGACGAGGCGGCTCTTAAACAAGTTATCACTTCTTTCCCTGGAAATGCATCCTA
CAACATTCAGAGGTTCAAAGGTTTGGGTGAGATGATGCCTGAGCAGTTATGGGAAACAAC
AATGAATCCAGATACAAGGATACTGAAGCAACTAGTTGTTGATGACGCAGCAGAAACAAA
TGTGGTCTTCTCATCTCTCATGGGTGCTAGGGTCGATGTCCGCAAGGAACTCATCAAAAG
CGCTGCGACTAGAATCAATCTGGAGCATCTCGACATATAAAACAACACATGCTATTGCCT
CAGCTAAGAGATAGCTTTTATTTAGGAGACATCAATCATAATGTTTTGAAACTGAACCAT
ATATTTGATTCCAAA

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL5579Contig1 1144 2 2 U
TTTTTTTAGAGCTTCAAGTCCGCCGGTGCGTGACCTGCGCGTCCGTTGACGGCCACCTCC
CTTCTTCCCTATCTCCTTTTTATTTGCTCACCCCCTTTTTTTCCTGTTGATGTTGATATG
TTGGAAGCGCTGGTTAAAGTCTCGCCGACAGCTCCTTAGTTTTGTTTAGGGGAAAGCTTG
CTCTGATGTCTTGAGATTCTTCACTAGTGTAACTAGTGAGCGCCGTAGGTTCTAAAGCAG
GTTGAGTCGCCTTTGTTGGGTTTTACTTTCGGCAGATCTGATTTTCCCTTTCTAGATATG
TTCGGAGTCATAGCGGTAACGGCGTGTGACGTGTTATTGCCTCCCTCCTTTAGTTTTCAA
ATGGATTTTGTTGCGGAGTGTGTTGTTGTGGAGTTTCCTGGTTGTTGAAATTTGCTGTCT
TGTTTTGGGTCTTGGAAATACAGATTGTTAAACTGATTTAGCAGACTTTCCTCTTTGGTG
TTGAGTTCAGTGATTACTTGCTGTGTGTTCTTTCTTTTCCAAGAATGTGTCAGGAGAGAT
TGAGCTAGAATGTGTCGGGATAGATTTAGTGGCAAGACTTCATTCTCGTGCTGTTTGTCT
AGAGCTTCTATCGAGGGAAGTGGTCGTATGAGTACGGCACATCCGTACCCGAAGGTGGTG
GACCGAGTGAGTGTTCCCCTGTCGGATTATGAAGTCTCAGGTTTCGTGGACGTTAACGAT
TGGCGTGCGTAGGCAGCAGCGATAAGTCGTGTGGTGTGGGTGTTCGAAGTGGAAGTTATC
GTGTGTGGCGTGCTATAAGCATCAGCGATATTTCCCCGATCATTGGTCTTTACTCGGGTT
GAAAGTCTGTAGAATTGTTGTTTAAAACTTCTCTGTAGTAGTTTATATGAGGTCTGAATT
ATTTTTAAGCTTTGTTCCAGTTAGCTGCCCTGGTGTGGGTTTAAGTCATCCCGTTGTGGA
TTCAAGCTGCCGCTTCTTATGGGCTTTACTGGGTGAACAGGTTGTTTTGGTCTCTGTTTT
ATAATGCTTTGTTGTCTCTTTCTCTGCTATGTTTTTGGTGGGTTAGTTAGTAGCAGAACT
ACCACATGTTGTAATGAGGGTATAGGCGTTAGTGCCTTTGAATTATAATGAAACAACCTT
GACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3H045TF U 1
AF RR3H045JQ C 364
BS 1 633 RR3H045TF
BS 634 1144 RR3H045JQ

RD RR3H045TF 633 0 0
TTTTTTTAGAGCTTCAAGTCCGCCGGTGCGTGACCTGCGCGTCCGTTGACGGCCACCTCC
CTTCTTCCCTATCTCCTTTTTATTTGCTCACCCCCTTTTTTTCCTGTTGATGTTGATATG
TTGGAAGCGCTGGTTAAAGTCTCGCCGACAGCTCCTTAGTTTTGTTTAGGGGAAAGCTTG
CTCTGATGTCTTGAGATTCTTCACTAGTGTAACTAGTGAGCGCCGTAGGTTCTAAAGCAG
GTTGAGTCGCCTTTGTTGGGTTTTACTTTCGGCAGATCTGATTTTCCCTTTCTAGATATG
TTCGGAGTCATAGCGGTAACGGCGTGTGACGTGTTATTGCCTCCCTCCTTTAGTTTTCAA
ATGGATTTTGTTGCGGAGTGTGTTGTTGTGGAGTTTCCTGGTTGTTGAAATTTGCTGTCT
TGTTTTGGGTCTTGGAAATACAGATTGTTAAACTGATTTAGCAGACTTTCCTCTTTGGTG
TTGAGTTCAGTGATTACTTGCTGTGTGTTCTTTCTTTTCCAAGAATGTGTCAGGAGAGAT
TGAGCTAGAATGTGTCGGGATAGATTTAGTGGCAAGACTTCATTCTCGTGCTGTTTGTCT
AGAGCTTCTATCGAGGGAAGTGGTCGTATGAGT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3H045JQ 781 0 0
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TTTGGGTCTTGGAAATACAGATTGTTAAACTGATTTAGCAGACTTTCCTCTTTGGTGTTG
AGTTCAGTGATTACTTGCTGTGTGTTCTTTCTTTTCCAAGAATGTGTCAGGAGAGATTGA
GCTAGAATGTGTCGGGATAGATTTAGTGGCAAGACTTCATTCTCGTGCTGTTTGTCTAGA
GCTTCTATCGAGGGAAGTGGTCGTATGAGTACGGCACATCCGTACCCGAAGGTGGTGGAC
CGAGTGAGTGTTCCCCTGTCGGATTATGAAGTCTCAGGTTTCGTGGACGTTAACGATTGG
CGTGCGTAGGCAGCAGCGATAAGTCGTGTGGTGTGGGTGTTCGAAGTGGAAGTTATCGTG
TGTGGCGTGCTATAAGCATCAGCGATATTTCCCCGATCATTGGTCTTTACTCGGGTTGAA
AGTCTGTAGAATTGTTGTTTAAAACTTCTCTGTAGTAGTTTATATGAGGTCTGAATTATT
TTTAAGCTTTGTTCCAGTTAGCTGCCCTGGTGTGGGTTTAAGTCATCCCGTTGTGGATTC
AAGCTGCCGCTTCTTATGGGCTTTACTGGGTGAACAGGTTGTTTTGGTCTCTGTTTTATA
ATGCTTTGTTGTCTCTTTCTCTGCTATGTTTTTGGTGGGTTAGTTAGTAGCAGAACTACC
ACATGTTGTAATGAGGGTATAGGCGTTAGTGCCTTTGAATTATAATGAAACAACCTTGAC
G

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL5580Contig1 1185 2 10 U
GGGAGATTATTAGAATCTCTGCAACTTACTTACGGGAAGATTCTTCCCCTTTTTATCCCC
AGATTAAAAAAAACAACAACAACAAAAGGAGATCCCCCCTTTATCATGTTTCCTTTTTTC
AGGATCTAAAGAAAAAAATTATATAAAACAATGGGTGGATGTGTGTCAACCCATTCAAGA
GGGATCAGGCGGCCTCGGCGTAAAGGCCGTCGCAGGTCTTCCAAACACTTCTCTAAAGTA
TCTGACATTGTTCCTCACGCAAATGTTAGAAGGCTCAGCGACGTTGGCAGCCGAGTTTCT
TTTGCTACCTCGCAAGATGATGCATGGTTTGACTCTGTCAGTGTTCTTGATTCTGACGAG
GATGAGGACTTCGTCAGCCTACCTGAAGATAACGTATCATCACCGAGAGGTGCGACCGGT
AACATCCCAAATGGTCAAGTAGTTCAGTTTGAATCTTCTTCCTGCATTGTGGATGGGAAA
GGGAAGTACGAAGAATACCATGAGAGTTACTTGAAGATAGACAAGAGTAAACCCGAGAAG
TTCGTGGGCAAAGCCGTGTACAAGGATCCTAGTGGTGGTCTCTCTGTTATCGCTGGAAAC
AACAAGAAGAACCTATTGAACCATGCAAGCTTCAAAGGCTTGAAGGATCAGAAACGGAGC
TCTCAGGAGAAAACACTGAAATCCAGCCTGAGCAGGTTGATGCCAACGGTTAGTTTCAAC
GACAAGACTCTGAACTCGCCCTCATCTCAGAAGCGAAAGTCTGCGGCTTACCGGCTTTCT
TTCAAGAGGAGATCATGCGATGGTGAGGAAGTTACGGAGCAGCGTAAGTTGCTGTACCGT
CCTAAAGCAGGATTCACCATTCCTTGCTCTGCCAGAGAGAAGCAGTCCAGTGGAAGCTGG
TGTGAGATACCACCTTCAACTTTTAAACTCCGTGGAGAAACCTATTTCAAAGACAAAAAG
AAATCCCCAGCTCCGAATCAATGTGCTTACACTCCTATTGGCGTTGATTTGTTTGTCTGT
CCTAAGAAGATTGATCATATCGCCCAACACATCGAGCTTCCAACATCAAAACCGAGGCAA
AGCTCCCTGCTCTTCTCGTTGTCAACATTCAGTTACCAACCTATCCTGCTGCAATGTTCC
TTGGAGATAGTGATGGGGAAGCATGAGCATTGTACTTTACTTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DD16TF U 1
AF RR3AF70TF U 397
BS 1 554 RR3DD16TF
BS 555 555 RR3AF70TF
BS 556 645 RR3DD16TF
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BS 674 695 RR3DD16TF
BS 696 1185 RR3AF70TF

RD RR3DD16TF 700 0 0
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AGATTAAAAAAAACAACAACAACAAAAGGAGATCCCCCCTTTATCATGTTTCCTTTTTTC
AGGATCTAAAGAAAAAAATTATATAAAACAATGGGTGGATGTGTGTCAACCCATTCAAGA
GGGATCAGGCGGCCTCGGCGTAAAGGCCGTCGCAGGTCTTCCAAACACTTCTCTAAAGTA
TCTGACATTGTTCCTCACGCAAATGTTAGAAGGCTCAGCGACGTTGGCAGCCGAGTTTCT
TTTGCTACCTCGCAAGATGATGCATGGTTTGACTCTGTCAGTGTTCTTGATTCTGACGAG
GATGAGGACTTCGTCAGCCTACCTGAAGATAACGTATCATCACCGAGAGGTGCGACCGGT
AACATCCCAAATGGTCAAGTAGTTCAGTTTGAATCTTCTTCCTGCATTGTGGATGGGAAA
GGGAAGTACGAAGAATACCATGAGAGTTACTTGAAGATAGACAAGAGTAAACCCGAGAAG
TTCGTGGGCAAAGCTGTGTACAAGGATCCTAGTGGTGGTCTCTCTGTTATCGCTGGAAAC
AACAAGAAGAACCTATTGAACCATGCAAGCTTCAAAGGCTTGAAG*ATCAGAAACGGAGC
TCTCAG*AGAAA*CACTGAAATCCAGCCTGAGCAG
TTGAT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3AF70TF 789 0 0
G
CATCACCGAGAGGTGCGACCGGTAACATCCCAAATGGTCAAGTAGTTCAGTTTGAATCTT
CTTCCTGCATTGTGGATGGGAAAGGGAAGTACGAAGAGTACCATGAGAGTTACTTGAAGA
TAGACAAGAGTAAACCCGAGAAGTTCGTGGGCAAAGGCGTGTACAAGGATCCTAGTGGTG
GTCTCTCTGTTATCGCTGGAAACAACAAGAAGAACCTATTGAACCATGCAAGCTTCAAAG
GCTTGAAGGATCAGAAACGGAGCTCTCAGGAGAAAACCCTGAAATCCAGCCTGAGCAGGT
TGATGCCAACGGTTAGTTTCAACGACAAGACTCTGAACTCGCCCTCATCTCAGAAGCGAA
AGTCTGCGGCTTACCGGCTTTCTTTCAAGAGGAGATCATGCGATGGTGAGGAAGTTACGG
AGCAGCGTAAGTTGCTGTACCGTCCTAAAGCAGGATTCACCATTCCTTGCTCTGCCAGAG
AGAAGCAGTCCAGTGGAAGCTGGTGTGAGATACCACCTTCAACTTTTAAACTCCGTGGAG
AAACCTATTTCAAAGACAAAAAGAAATCCCCAGCTCCGAATCAATGTGCTTACACTCCTA
TTGGCGTTGATTTGTTTGTCTGTCCTAAGAAGATTGATCATATCGCCCAACACATCGAGC
TTCCAACATCAAAACCGAGGCAAAGCTCCCTGCTCTTCTCGTTGTCAACATTCAGTTACC
AACCTATCCTGCTGCAATGTTCCTTGGAGATAGTGATGGGGAAGCATGAGCATTGTACTT
TACTTTAA

QA 2 789 2 789
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5582Contig1 919 2 2 U
GGGTAACCGAGCTCTTGAGGTTCATGTTAAAGCTACTCATCAAGAAAATCAAGATGCGTC
AAAACCCTAGCAAGGGCTCCATGAATCTCCCACAGGGGACTCCTATAAAGGCAGGGATCA
ACTTCAAAACCGGGATCGAACATTTTTGCATTCATACGGGAGGAAAAGCTGTGATCGATG
GGATTGGACATAGCTTGGATTTAAGCGAGTATGATATTGAACCGGCGAGGATGACTCTTC
ACCGGTTTGGGAATACGTCGGCTAGTAGTTTGTGGTATGTTTTGGCTTATATGGAGGCTA
AGAAGAGACTGAAGAGAGGAGATAGAGTGTTTATGATAAGCTTTGGAGCTGGTTTTAAGT
GTAATAGCTGCGTTTGGGAAGTTGTGAGAGATCTCACCGTTGTTTGTATCAAAAGGGAAT
GTGTGGAATGATTGCATTGATGATTATCCACCTAAATCGATTTCGAATCCTTATTTGAAG
AAGTTTGGTTGGATTCAAGATGAAGAACTTGGGACTTTTAAGATCCCTAACGGATTTATG
TAAAACGTTTTCCGCACAAATATGCAAAACCAGAAAACAACACAAAGGTGAAAATTTTCT
TTCTTATTTCTTTCTTTTTTTCCTTTTTAGTTACTTTTTTACATGTTTTTATTTTGTTAA
AGAATGGGATTGGAACAGGGACCGGATATGAATGCATGTAAAAGAAACTTGGACTTCCTT
TTGCTTTATATAATTTTTTGTGTAATAATAATTTGTTGATTTTACACTGTTATAATCAGG
GCAAGCACTTCCAATAAGATGAGAATTTTTACTAATTTGCCATCATATTGGAATGCTGGC
CTCTTTTTCGTATGTTATGAATTTAATATTTTTGTATTAATGTTCATTTCACTTTAATTC
GATCGTACTATTATTTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ35TF U 1
AF RR3EZ35JQ C 312
BS 1 581 RR3EZ35TF
BS 582 919 RR3EZ35JQ

RD RR3EZ35TF 581 0 0
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AAGTTTGGTTGGATTCAAGATGAAGAACTTGGGACTTTTAAGATCCCTAACGGATTTATG
TAAAACGTTTTCCGCACAAATATGCAAAACCAGAAAACAAC

QA 1 581 1 581
DS 

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GTTTGGGAAGTTGTGAGAGATCTCACCGTTGTTTGTATCAAAAGGGAATGTGTGGAATGA
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CCGCACAAATATGCAAAACCAGAAAACAACACAAAGGTGAAAATTTTCTTTCTTATTTCT
TTCTTTTTTTCCTTTTTAGTTACTTTTTTACATGTTTTTATTTTGTTAAAGAATGGGATT
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AATTTTTTGTGTAATAATAATTTGTTGATTTTACACTGTTATAATCAGGGCAAGCACTTC
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ATGTTATGAATTTAATATTTTTGTATTAATGTTCATTTCACTTTAATTCGATCGTACTAT
TATTTCGC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GAATGGGATCAGAGGAGCTCAGGTATCTTGAGCGGAGGAGACGGATCGTTTCTCGAATGG
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GCTGTTTTAGCATCTTTCTTGTTTGGTGAGTCCATTGGAATAGTGAGATCTGGAGGTTTG
GTTCTTGGTGTTGCTGGACTTTTTCTTCTTGAGCTTCCATCAGTTACCTCAGATGGTAAT
AGCTTCTCTTTGTGGGGAAGTGGAGAGTGGTGGATGCTTCTTGCAGTTCAGAGCATGGCT
ATTGGCACTGTGATGGTTCGATGGGTCTCAAAATACTCTGATCCAATCATGGCAACCGGC
TGGCATATGGTTATAGGTGGCCTTCCTCTTCTGGCTATATCCGTTATAAACAATGACCCG
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TCTATATTTGGCAGTGCGGTTAGCTACGGTGTTTACTTCTACAGCGCTACTAAAGGAAGC
TTGACTAAACTCAGCTCACTCACCTTCTTGACACCAATGTTTGCATCAATCTTTGGGTAT
CTATACCTTGATGAGACTTTCTCCTCGTTGCAACTGGTCGGAGCAGCCGTCACTTTGGTC
GCTATATACTTGGTCAACTTTCCAGAAGGCAACGATCGATAAACACACTCAGTTTTCAAA
GCTTCTTATGAATGTTAAAACATTACATTTGTATATATATAATAAAGTGAATAATCATAG
GCCAGTGTTAAACCTTAAGTCAACGTTTTATATTAACATTAG


BQ
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AF RR3EU79TF U 1
AF RR3EU79JQ C 514
BS 1 783 RR3EU79TF
BS 784 1122 RR3EU79JQ

RD RR3EU79TF 783 0 0
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GAATGGGATCAGAGGAGCTCAGGTATCTTGAGCGGAGGAGACGGATCGTTTCTCGAATGG
ACGGTTCTGATCTCGCCCTTCTTTTTCTGGGGGACGGCGATGGTGGCGATGAAGGAAGTG
TTGCCGATAACCGGTCCTTTCTTCGTCGCTGCTTTCCGGTTAATTCCTGCCGGTTTGCTG
CTTGTTGCGTTTGCGGTTTACAGAGGGAGGCCTTTGCCTAAGGGGTTCGATGCTTGGCTC
TCTATTGCTCTCTTTGCTCTTGTGGACGCTACTTGTTTTCAGGGCTTTCTTGCTCAAGGA
CTACAGAGGACTTCTGCTGGTTTAGGAAGTGTTATAATTGATTCTCAGCCACTGACTGTA
GCTGTTTTAGCATCTTTCTTGTTTGGTGAGTCCATTGGAATAGTGAGATCTGGAGGTTTG
GTTCTTGGTGTTGCTGGACTTTTTCTTCTTGAGCTTCCATCAGTTACCTCAGATGGTAAT
AGCTTCTCTTTGTGGGGAAGTGGAGAGTGGTGGATGCTTCTTGCAGTTCAGAGCATGGCT
ATTGGCACTGTGATGGTTCGATGGGTCTCAAAATACTCTGATCCAATCATGGCAACCGGC
TGGCATATGGTTATAGGTGGCCTTCCTCTTCTGGCTATATCCGTTATAAACAATGACCCG
GTATTCAACGGCAGTCTTCAAGAGCTATCCACAAATGATATCATAGCACTTCTCTACACA
TCT

QA 1 783 1 783
DS 

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ATGCTTCTTGCAGTTCAGAGCATGGCTATTGGCACTGTGATGGTTCGATGGGTCTCAAAA
TACTCTGATCCAATCATGGCAACCGGCTGGCATATGGTTATAGGTGGCCTTCCTCTTCTG
GCTATATCCGTTATAAACAATGACCCGGTATTCAACGGCAGTCTTCAAGAGCTATCCACA
AATGATATCATAGCACTTCTCTACACATCTATATTTGGCAGTGCGGTTAGCTACGGTGTT
TACTTCTACAGCGCTACTAAAGGAAGCTTGACTAAACTCAGCTCACTCACCTTCTTGACA
CCAATGTTTGCATCAATCTTTGGGTATCTATACCTTGATGAGACTTTCTCCTCGTTGCAA
CTGGTCGGAGCAGCCGTCACTTTGGTCGCTATATACTTGGTCAACTTTCCAGAAGGCAAC
GATCGATAAACACACTCAGTTTTCAAAGCTTCTTATGAATGTTAAAACATTACATTTGTA
TATATATAATAAAGTGAATAATCATAGGCCAGTGTTAAACCTTAAGTCAACGTTTTATAT
TAACATTAG

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL5585Contig1 223 2 1 U
GGGACCATCCGAGTTCGGCGATTTCACTATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCACATGAG
GAGATTGAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGAGATCAAAGTAGACTGTTGTCATGCT
TTTCCATAAATCTCTGTGATTGCTTTTCTTAGTTTCTTGGAACCTTTTATGTTTTGTGTT
GTTACATTTATGTTTGAACAATCTTCTATAGATCTTGTTTTGC


BQ
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AF RR3AS24JQ C 1
AF RR3AS24TF U 1
BS 1 223 RR3AS24TF

RD RR3AS24JQ 223 0 0
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GAGATTGAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGAGATCAAAGTAGACTGTTGTCATGCT
TTTCCATAAATCTCTGTGATTGCTTTTCTTAGTTTCTTGGAACCTTTTATGTTTTGTGTT
GTTACATTTATGTTTGAACAATCTTCTATAGATCTTGTTTTGC

QA 1 223 1 223
DS 

RD RR3AS24TF 223 0 0
GGGACCATCCGAGTTCGGCGATTTCACTATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCACATGAG
GAGATTGAAGAGGAAGCGCAGAAAGATGAGACAGAGATCAAAGTAGACTGTTGTCATGCT
TTTCCATAAATCTCTGTGATTGCTTTTCTTAGTTTCTTGGAACCTTTTATGTTTTGTGTT
GTTACATTTATGTTTGAACAATCTTCTATAGATCTTGTTTTGC

QA 1 223 1 223
DS 



AS 1 2

CO CL5586Contig1 876 2 2 U
TTTTTTCTTATTATTCTTTTCAATTTATCTCTCTGTGTTCATCGTTTTCATTAGATCTCT
CTGCTATGTCATCGTCTTTCCGATTCAGATCGTCGGACTTCAGCTCTGATCCACCGATAG
GCCTCGTATAGGCATGGATCTAGTGGCTTCGGTTTGATTCATGCCAAAATACGTATCTTA
GCGGCTGAGAGATCTCTCAGGATCGGTTGAATAGCTGATCTGATCTTCGATCGCGAGGTT
CCTCGTTGGATCTGTGATTTGCGTCTCGGAGATGATGAATCCGATTGGCAAGGAGGAGCG
AGTGGAGAAGAAGAGAGAAGATGAGGAAGATATGTGAAATGATATGAGATGATTGAAGGA
TGTATGAGATGTTTGTTAAGGACGATACAGCCTTCCTGATGAGAGAGGGCTTGAGTTCTG
AATTAGCATCTTTGTCATCCGACCTTTGCCATGACAGATCTGGAGTCAAACGCACGGCCC
AATCCAACTTACTCCATGGAGACACAAAAGGTACTTTAAATTTTAGTCTCAATTCTCAGC
TGTTTAATCGTATAACATAACATATCTAACCAACCGTCTTTAATTTGCTCATGGACAAAA
AAGATTATTACTATTCAGAATTGAAGTATTGGTAATTAGTATTTTGTATCAAAGAAATCA
TATATTGCATCTATATATGTATTTCACTTTACCATTATCTCGGTTCACTATAGATTTGAA
TTTTACTTCTTACTTTCGCCTATAATAACATGTGATTTACAGGGTGTATATTCGAAACAC
AATTTGTATGCATTTTTGTAGTGTATTGTAGCTTGTTACAAAGTCTGCCAATATGCAAGC
ATACTGTAATGTAACATGTATATTTTTTAGTGTTGC


BQ
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AF RR3DX65TF U 1
AF RR3DX65JQ C 218
BS 1 506 RR3DX65TF
BS 507 876 RR3DX65JQ

RD RR3DX65TF 506 0 0
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CTGCTATGTCATCGTCTTTCCGATTCAGATCGTCGGACTTCAGCTCTGATCCACCGATAG
GCCTCGTATAGGCATGGATCTAGTGGCTTCGGTTTGATTCATGCCAAAATACGTATCTTA
GCGGCTGAGAGATCTCTCAGGATCGGTTGAATAGCTGATCTGATCTTCGATCGCGAGGTT
CCTCGTTGGATCTGTGATTTGCGTCTCGGAGATGATGAATCCGATTGGCAAGGAGGAGCG
AGTGGAGAAGAAGAGAGAAGATGAGGAAGATATGTGAAATGATATGAGATGATTGAAGGA
TGTATGAGATGTTTGTTAAGGACGATACAGCCTTCCTGATGAGAGAGGGCTTGAGTTCTG
AATTAGCATCTTTGTCATCCGACCTTTGCCATGACAGATCTGGAGTCAAACGCACGGCCC
AATCCAACTTACTCCATGGAGACACA

QA 1 506 1 506
DS 

RD RR3DX65JQ 659 0 0
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AATCCGATTGGCAAGGAGGAGCGAGTGGAGAAGAAGAGAGAAGATGAGGAAGATATGTGA
AATGATATGAGATGATTGAAGGATGTATGAGATGTTTGTTAAGGACGATACAGCCTTCCT
GATGAGAGAGGGCTTGAGTTCTGAATTAGCATCTTTGTCATCCGACCTTTGCCATGACAG
ATCTGGAGTCAAACGCACGGCCCAATCCAACTTACTCCATGGAGACACAAAAGGTACTTT
AAATTTTAGTCTCAATTCTCAGCTGTTTAATCGTATAACATAACATATCTAACCAACCGT
CTTTAATTTGCTCATGGACAAAAAAGATTATTACTATTCAGAATTGAAGTATTGGTAATT
AGTATTTTGTATCAAAGAAATCATATATTGCATCTATATATGTATTTCACTTTACCATTA
TCTCGGTTCACTATAGATTTGAATTTTACTTCTTACTTTCGCCTATAATAACATGTGATT
TACAGGGTGTATATTCGAAACACAATTTGTATGCATTTTTGTAGTGTATTGTAGCTTGTT
ACAAAGTCTGCCAATATGCAAGCATACTGTAATGTAACATGTATATTTTTTAGTGTTGC

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL5587Contig1 1114 2 2 U
GGGCTCATCAGAATTTTCATCTTCCTCCGATATCGAGAGAGAAACCACACAAAAAAAAAA
ATGAGACACAACTGCTGCCATCTCTCCTTCGCTTCCGTCCTGAAGATCCTCAATTTCCTC
CAAGCCTTCATCGGTATCTCCATCATAATCTACTCTATATGGATGCTCGATCAATACAAT
CGTCACGTCCCCGTCGACCCTCCTCCTCCTTCTCAGCCTCCCTCGGCTTCTTATCCCTTC
TCCAGCTCAGGAATCGCTATCAACAGTCTCTCTGACTCCCTGAACAAACCCATCGGTCTC
CTTCTCCGAGATTCGGGTTTCCACCTCCGTTCCCTAGATCTTCCTGCTCCCTGGTTTATC
TACTCTTTCATGGCGATTGGGATCTTGGTCTGTATTGTCACTGTCATCGGTTTCATTGCA
GCTGAAGCTATCAACGGCTGCTGCTTGTGTTTCTATTCAATCCTCAAAACTCTTGTCATC
ATACTTGAAGCAGCTCTCGTTGGATTCATTGCCATTGACCGTCACTGGGAGAAGGATCTT
CCTTATGATCCAACTGGAGAACACTAGCCTTCGAGCTTTCATTGAAGCAAACATCGATAT
TTGCAAATGGGTTGGGGTTGGCGTGGTAGCTATCCAGCTACTGTCTTTGCTACTGGCTAT
GGTTCTAAGAGCTATGGTTTCTCCTAGGCAATCAGAGCTTGATGACGAAGATGATTATGA
GAATCCGATTAACAGAGCGCGGGAGAATCTTCTTGCTCCACAGACTAACCAGACATCTTC
TGGATCAAGCAATATTGACAACTGGAGGTCCAGAATCAGAGAGAAGTACGGATTGAACAA
CGGCCAGAGCCAGAGTCCCTCAGTCTAATCCAAAAGATTTGAGTTCGTGTGTGTGTTTGG
TATCCACTACTTTCGTTTTGTTCCTCTCTTGCTACCGTTGTAACTTTCAGAGAGTGTGTG
CATAAGTATTACACAACTTTTTAGATTGGAACATTGGTTTCTCTCTCTCTGGTGTGTTTG
CACAAAAGCGTAACGGAGATTTGTGTTTAAAAATGGGAACAAAGTGCTTATTGCTTTGCT
TTAGCAATATGGTCGTCGCATAGCATTTTTGTCC


BQ
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AF RR3B135TF U 1
AF RR3B135JQ C 544
BS 1 803 RR3B135TF
BS 804 1114 RR3B135JQ

RD RR3B135TF 803 0 0
GGGCTCATCAGAATTTTCATCTTCCTCCGATATCGAGAGAGAAACCACACAAAAAAAAAA
ATGAGACACAACTGCTGCCATCTCTCCTTCGCTTCCGTCCTGAAGATCCTCAATTTCCTC
CAAGCCTTCATCGGTATCTCCATCATAATCTACTCTATATGGATGCTCGATCAATACAAT
CGTCACGTCCCCGTCGACCCTCCTCCTCCTTCTCAGCCTCCCTCGGCTTCTTATCCCTTC
TCCAGCTCAGGAATCGCTATCAACAGTCTCTCTGACTCCCTGAACAAACCCATCGGTCTC
CTTCTCCGAGATTCGGGTTTCCACCTCCGTTCCCTAGATCTTCCTGCTCCCTGGTTTATC
TACTCTTTCATGGCGATTGGGATCTTGGTCTGTATTGTCACTGTCATCGGTTTCATTGCA
GCTGAAGCTATCAACGGCTGCTGCTTGTGTTTCTATTCAATCCTCAAAACTCTTGTCATC
ATACTTGAAGCAGCTCTCGTTGGATTCATTGCCATTGACCGTCACTGGGAGAAGGATCTT
CCTTATGATCCAACTGGAGAACACTAGCCTTCGAGCTTTCATTGAAGCAAACATCGATAT
TTGCAAATGGGTTGGGGTTGGCGTGGTAGCTATCCAGCTACTGTCTTTGCTACTGGCTAT
GGTTCTAAGAGCTATGGTTTCTCCTAGGCAATCAGAGCTTGATGACGAAGATGATTATGA
GAATCCGATTAACAGAGCGCGGGAGAATCTTCTTGCTCCACAGACTAACCAGACATCTTC
TGGATCAAGCAATATTGACAACT

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3B135JQ 571 0 0
TATGATCCAACTGGAGAACACTAGCCTTCGAGCTTTCATTGAAGCAAACATCGATATTTG
CAAATGGGTTGGGGTTGGCGTGGTAGCTATCCAGCTACTGTCTTTGCTACTGGCTATGGT
TCTAAGAGCTATGGTTTCTCCTAGGCAATCAGAGCTTGATGACGAAGATGATTATGAGAA
TCCGATTAACAGAGCGCGGGAGAATCTTCTTGCTCCACAGACTAACCAGACATCTTCTGG
ATCAAGCAATATTGACAACTGGAGGTCCAGAATCAGAGAGAAGTACGGATTGAACAACGG
CCAGAGCCAGAGTCCCTCAGTCTAATCCAAAAGATTTGAGTTCGTGTGTGTGTTTGGTAT
CCACTACTTTCGTTTTGTTCCTCTCTTGCTACCGTTGTAACTTTCAGAGAGTGTGTGCAT
AAGTATTACACAACTTTTTAGATTGGAACATTGGTTTCTCTCTCTCTGGTGTGTTTGCAC
AAAAGCGTAACGGAGATTTGTGTTTAAAAATGGGAACAAAGTGCTTATTGCTTTGCTTTA
GCAATATGGTCGTCGCATAGCATTTTTGTCC

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 2

CO CL5588Contig1 1126 2 4 U
TAGATACTCAAAGCTTCGTCTTCTTAGCTCACATCCTTCTTTGCCACTTCATTTCAATAA
TAACGTCAAGAGGTTAGAATCTTTTCACCTTCCACCACCAGCTGCAGCAGCTGCTTCTTC
CTACTTTCCGATCGACGTTGAGTATCTCCAGCGAGAGTTCTCTGGCCATGGAGCTACTTT
CGAGGATATTGGTGAGACATGTGTTGCCAAACTGAAACTGGACAATGGTAGTTCAGCCAA
TGTGATGCTAACACGTGGTGTGGTGACATCGTACAAAGTCAAAGTCTGGCACGGAGGCAA
AGTGGAGCTTCCCCACACATGGGTGGACCAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGTAGTGATAGG
AGGAGGTGTTTCATCTGCATTTAGCTCATCAGACGAAACTAACGAGTGGAGTCTCCATGG
GATCACTGGAGATTCAGAGAATTGTGTTCAAGTGGAACTGAGAAGAAGTGACAAGAAGAT
GAAAGAGATCGAGATGAAACAGATTATAACTCTTAGAGGAGACACACTAAGTATTGAGCT
TTGTGTGACAAACAAAGGAGTTTCACCAGTTAGTATCAAAGGCTGTTCGCTTGTGAGTTA
TTTGACAGTGAGCACACCAGAAGCCACATATGCAGTGGGGTTGGAAGGTTCAGATTTTGT
TGAGAAGACTCCTTTTCTTCCTCGTTTCGGTTTGGTTCAAGGGGAAGAGGAAGAAGAAGA
TGGTAAATATGGGTTGAGTGGGGAAGAAGAGAGCAACTACAAACAGTTGAGTGAAGAGAT
GAGTAGGATTTACACACTTGCTCCAAGTAGCTTCACTATAATTGACAGGGGAAGAAGGAA
CTCGGTGGTAGTGGGAAGAGAAGGGTTTGAAGAAGTGTATATGTACAGCCCTGGTTCCAA
ACTTGAGAGTTACACAAAATCTGCTTATGTCTGTACTGGACCATCTTCATTGCTAAAACC
AATCTCTTTGGATCCTGGTTGTGTTTGGAGAGGTGTGTTGCATCTTCACAATCCTAATTC
TTGAGGGTTTTCATGAAGCTGACTTTATTATAAAAAGTCTGTAAGAGTATAAAAATTTTT
TTTTACAGACTTTCTTACCGAGAAAAGTGAAAATTAAATTGAACTC


BQ
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AF RR3H521TF U 1
AF RR3H521JQ C 377
BS 1 647 RR3H521TF
BS 648 648 RR3H521JQ
BS 649 674 RR3H521TF
BS 675 1126 RR3H521JQ

RD RR3H521TF 674 0 0
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CTACTTTCCGATCGACGTTGAGTATCTCCAGCGAGAGTTCTCTGGCCATGGAGCTACTTT
CGAGGATATTGGTGAGACATGTGTTGCCAAACTGAAACTGGACAATGGTAGTTCAGCCAA
TGTGATGCTAACACGTGGTGTGGTGACATCGTACAAAGTCAAAGTCTGGCACGGAGGCAA
AGTGGAGCTTCCCCACACATGGGTGGACCAAGAACAAGAAGAAGAAGAAGTAGTGATAGG
AGGAGGTGTTTCATCTGCATTTAGCTCATCAGACGAAACTAACGAGTGGAGTCTCCATGG
GATCACTGGAGATTCAGAGAATTGTGTTCAAGTGGAACTGAGAAGAAGTGACAAGAAGAT
GAAAGAGATCGAGATGAAACAGATTATAACTCTTAGAGGAGACACACTAAGTATTGAGCT
TTGTGTGACAAACAAAGGAGTTTCACCAGTTAGTATCAAAGGCTGTTCGCTTGTGAGTTA
TTTGACAGTGAGCACACCAGAAGCCACATATGCAGTGGGGTTGGAAG*TTCAGATTTTGT
TGAGAAGACTCCTT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3H521JQ 750 0 0
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GAGAATTGTGTTCAAGTGGAACTGAGAAGAAGTGACAAGAAGATGAAAGAGATCGAGATG
AAACAGATTATAACTCTTAGAGGAGACACACTAAGTATTGAGCTTTGTGTGACAAACAAA
GGAGTTTCACCAGTTAGTATCAAAGGCTGTTCGCTTGTGAGTTATTTGACAGTGAGCACA
CCAGAAGCCACATATGCAGTTGGGTTGGAAGGTTCAGATTTTGTTGAGAAGACTCCTTTT
CTTCCTCGTTTCGGTTTGGTTCAAGGGGAAGAGGAAGAAGAAGATGGTAAATATGGGTTG
AGTGGGGAAGAAGAGAGCAACTACAAACAGTTGAGTGAAGAGATGAGTAGGATTTACACA
CTTGCTCCAAGTAGCTTCACTATAATTGACAGGGGAAGAAGGAACTCGGTGGTAGTGGGA
AGAGAAGGGTTTGAAGAAGTGTATATGTACAGCCCTGGTTCCAAACTTGAGAGTTACACA
AAATCTGCTTATGTCTGTACTGGACCATCTTCATTGCTAAAACCAATCTCTTTGGATCCT
GGTTGTGTTTGGAGAGGTGTGTTGCATCTTCACAATCCTAATTCTTGAGGGTTTTCATGA
AGCTGACTTTATTATAAAAAGTCTGTAAGAGTATAAAAATTTTTTTTTACAGACTTTCTT
ACCGAGAAAAGTGAAAATTAAATTGAACTC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL5589Contig1 721 2 9 U
AAATAACAACAGTGACAGATGACTTGATAAGTGATCGCCACAACATTTATTGAATTTTCT
TTACATTGTCAAAGATACATTTGAAGCACACAAAGACAGAAAAAACGGGTACAGAATTTG
CAAAGCTTTTCTGGATGGGACTGAGGGTATGATCAGTCTAAAGAGAGCTTGGCCAGTGTG
AGGGAAAGTACCTTAACTCCACTAGCCATGTCTTCAGGAGATGAATATTCTTCAGGTTTA
TGGCTATATCCTTTGTAGCACGGGATGAATATCATACCCATTGGAGATATCCTGGCCATG
AAAAGAAAATCATGATAAGCTCAGCTTATCATCATCTTGTGTGATAAGTTTAGCTCTGTG
CTTGCCTCTGCCATTTTCTTGATTACTAGTTTGTCTGAAAGTGCCGATGGATCTTGATTT
ACAATCTTGAACTCTGTTAGCTTCACTTTTCGTTTCCGAACAATCGTGTTGGCAGATTCC
TCTATTTTCTTGATCACTGTGTTTCTTCTCCCTTCATCAATATCCCTTGTATCGATTTCA
AGATGAGATTTGCTTGGAATGCTGTTGATCGCTCCAGGGTGTAGCTCCAGAATACCAACA
GTTCCCACAGTATCTATTGATTCTGATTCAAACACATGTTTCTCCACAGCAAGAGCCAAC
TCTGCAGCCGCAAGCCCAGCATCGTTTCTATATGGCATAAGAACAGCACCGGCATGACCT
C


BQ
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10 

AF RR3FP14JQ U 227
AF RR3FA43JQ U 1
BS 1 306 RR3FA43JQ
BS 307 307 RR3FP14JQ
BS 308 398 RR3FA43JQ
BS 399 400 RR3FP14JQ
BS 401 406 RR3FA43JQ
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BS 408 459 RR3FA43JQ
BS 460 460 RR3FP14JQ
BS 461 721 RR3FA43JQ

RD RR3FP14JQ 317 0 0
ATTCTTCAGGTTTATGGCTATATCCTTTGTAGCACGGGATGAATATCATACCCATTGGAG
ATATCCTGGCCATGAAAAGAAAATCATGATAAGCTCGGCTTATTATCATCTTGTGTGATA
AGTTTAGCTCTGTGCTTGCCTCTGCCATTTTCTTGATTACTAGTTTGTCTGAAAGTGCCG
ATGGATCTTGATTTACAATCTTGAACTCTGTTAGCTTCACTTTTCGTTTCCGAACAATCG
TGTTGGCAGATTCCTCTATTTTCTTGATCACTGTGTTTCTTCTCCCTTCATCAATATCCC
TTGTATCGATTTCAAGA

QA 1 317 1 317
DS 

RD RR3FA43JQ 721 0 0
AAATAACAACAGTGACAGATGACTTGATAAGTGATCGCCACAACATTTATTGAATTTTCT
TTACATTGTCAAAGATACATTTGAAGCACACAAAGACAGAAAAAACGGGTACAGAATTTG
CAAAGCTTTTCTGGATGGGACTGAGGGTATGATCAGTCTAAAGAGAGCTTGGCCAGTGTG
AGGGAAAGTACCTTAACTCCACTAGCCATGTCTTCAGGAGATGAATATTCTTCAGGTTTA
TGGCTATATCCTTTGTAGCACGGGATGAATATCATACCCATTGGAGATATCCTGGCCATG
AAAAGAGAATCATGATAAGCTCAGCTTATCATCATCTTGTGTGATAAGTTTAGCTCTGTG
CTTGCCTCTGCCATTTTCTTGATTACTAGTTTGTCTGAGGGTGCCGGTGGATCTTGATTT
ACAATCTTGAACTCTGTTAGCTTCACTTTTCGTTTCCGAGCAATCGTGTTGGCAGATTCC
TCTATTTTCTTGATCACTGTGTTTCTTCTCCCTTCATCAATATCCCTTGTATCGATTTCA
AGATGAGATTTGCTTGGAATGCTGTTGATCGCTCCAGGGTGTAGCTCCAGAATACCAACA
GTTCCCACAGTATCTATTGATTCTGATTCAAACACATGTTTCTCCACAGCAAGAGCCAAC
TCTGCAGCCGCAAGCCCAGCATCGTTTCTATATGGCATAAGAACAGCACCGGCATGACCT
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5591Contig1 865 2 3 U
GCACAATCAGAATCAAATAGTGTTCGCTTATTTAAGTTTGCATAACAACTTAGTTTACTT
ATACATTGACAACATTGTTTACTTAATGAACTTTGTGTGACAAGTTTGGTTCCAATGGAG
AATGTGTCAAACGTGATCACCAAGAATATCTCTGATAAAATCTCCGGTGGCCACCATAGA
GGATCCACCGTTGCTAACAGCTTTCCTCGCTGCTGTTGAAATATCTCTAACCTTCTTCCT
GATAGGGTTCTCACCGTCCATCAAACATCTGATGGCTGTTGCAATTTCATCAGCGGACAC
AAGCTCCAGCGTCACCCTATCACCATCAGCGACGTAATCAAGTCTTATCTCCACGGCCAA
GCCCAGCTCTTTCACCATCTCGAACGCGTTCAGCTGTTGCTCCGCATACATTGGCCACGT
CGCGATCGGTACGCCGTACCAAAGACTCTCCTGTATAGAGTTCCACCCGCAGTGAGACAC
GAACCCACCGGTTGCCTTATGGGCCAAGATATCTATCTGTGGAGCCCAACTACACACGGT
TCCACGGCCCATTGTTCGATCCACGAATCCTTCTGGAAGCGGCTCGTGGGGATCTCCGTC
TCCCTCCATGTTTGTACGTATCGCCCAGATGAACCTGCATCCTACTAGCTCGAGCGAGTG
AGCAATCTCTTTGATCTGAGGTGAACTGAACACTCCCATGCTCCCAAAACACAGGAACAA
AACAGACGAGTCTGGTTGCTCGCCTAGACATTTCATCATCTCTTCGTATTGGGCCGAAGC
TAAGCCAGGATTTGTACGCCAGTTAAGTTGAAACCGGCCCAACAGATACGCACGCGGGTA
TCTCCACTTGAAAATGTTCACAGCA


BQ
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AF RR3CF23JQ U 13
AF RR3BY03JQ U 1
BS 1 306 RR3BY03JQ
BS 307 307 RR3CF23JQ
BS 308 865 RR3BY03JQ

RD RR3CF23JQ 300 0 0
TCAAATAGTGTTCGCTTATTTAAGTTTGCATAACAACTTAGTTTACTTATACATTGACAA
CATTGTTTACTTAATGAACTTTGTGTGACAAGTTTGGTTCCAATGGAGAATGTGTCAAAC
GTGATCACCAAGAATATCTCTGATAAAATCTCCGGTGGCCACCATAGAGGATCCACCGTT
GCTAACAGCTTTCCTCGCTGCTGTTGAAATATCTCTAACCTTCTTCCTGATAGGGTTCTC
ACCGTCCATCAAACATCTGATGGCTGTTGCAATTTCCTCAGCGGACCCAAGCTCCAGCGT

QA 1 300 1 300
DS 

RD RR3BY03JQ 865 0 0
GCACAATCAGAATCAAATAGTGTTCGCTTATTTAAGTTTGCATAACAACTTAGTTTACTT
ATACATTGACAACATTGTTTACTTAATGAACTTTGTGTGACAAGTTTGGTTCCAATGGAG
AATGTGTCAAACGTGATCACCAAGAATATCTCTGATAAAATCTCCGGTGGCCACCATAGA
GGATCCACCGTTGCTAACAGCTTTCCTCGCTGCTGTTGAAATATCTCTAACCTTCTTCCT
GATAGGGTTCTCACCGTCCATCAAACATCTGATGGCTGTTGCAATTTCATCAGCGGACAC
AAGCTCTAGCGTCACCCTATCACCATCAGCGACGTAATCAAGTCTTATCTCCACGGCCAA
GCCCAGCTCTTTCACCATCTCGAACGCGTTCAGCTGTTGCTCCGCATACATTGGCCACGT
CGCGATCGGTACGCCGTACCAAAGACTCTCCTGTATAGAGTTCCACCCGCAGTGAGACAC
GAACCCACCGGTTGCCTTATGGGCCAAGATATCTATCTGTGGAGCCCAACTACACACGGT
TCCACGGCCCATTGTTCGATCCACGAATCCTTCTGGAAGCGGCTCGTGGGGATCTCCGTC
TCCCTCCATGTTTGTACGTATCGCCCAGATGAACCTGCATCCTACTAGCTCGAGCGAGTG
AGCAATCTCTTTGATCTGAGGTGAACTGAACACTCCCATGCTCCCAAAACACAGGAACAA
AACAGACGAGTCTGGTTGCTCGCCTAGACATTTCATCATCTCTTCGTATTGGGCCGAAGC
TAAGCCAGGATTTGTACGCCAGTTAAGTTGAAACCGGCCCAACAGATACGCACGCGGGTA
TCTCCACTTGAAAATGTTCACAGCA

QA 1 865 1 865
DS 



AS 1 2

CO CL5592Contig1 1211 2 6 U
GAGTGACAGGATGACCAATTTCCTATCGAAAAACAAAGCTGCTCAGCTTCTGCATGGTAA
GAGAGATGGCAGCGAGCTTTCTACGAGGGATTTGCAGAAGATGGTTCAAGCACTGCCACA
ATACAGTGAACAAATTGACAATCTATCTCTCCACGTAGAGATTGCTAGGAAAATCAACGA
CCTTATCAAAGAGCAGGGACTTCGGGAGCTTGGACAACTTGAACAAGACCTTGTTTTTGG
TGATGCTGGGATGAAGGATGTGATTAAATATTTGAGTACTCAAGAGGAGGCAAGTCGTGA
AGGCAAGTTACGCCTGTTGATGATCCTCGCAACAATTTACCCTGAGAAGTTCGAAGGTGA
AAAGGGTCAAAATCTAATGAAGCTGGCAAAACTCTCATCTGATGACATGAGCGCTGTAAA
TAATATGAGATTACTTGGTTCAGCCGTCGATGCTAAAAAGAATACCCCGGGAGGTTTCAC
CTTGAAGTTTGATCTTCACAAGAAGAAACGAGGTGTAAGGAAAGAGCGTCAAGAGGAAGC
AGCATGGCAGTTATCTCGATTCTACCCCATGATTTAGGAACTCATCGAGAAACTTAGCAA
AGGGGAATTGCCAAAAGAGGATTACCCATGTATGAACGACCCAAGCCCAAGTTTCCACGG
ATCAACCTCACATTCTTCTTCATCAGCAAGTAGTAGTCAAGGTCAAGCTGCTCAGTCCAT
GAGATCTAGACGAACACCAACTTGGGCTAAACCACGAGGTTCTGATGATGGATATTCAAG
TGATTCGGTATTGAGACATTCGTCTAGTGACTTCAAGAGGATGGGACAACGAATATTTGT
GTTTATCGTTGGTGGAGCAACAAGATCAGAGTTAAAAGTGTGCCACAAACTAACCACGAA
ACTGAAAAGAGAAGTAATCCTCGGGTCCACAAGCCTCGACGATCCTCCACAGTTCATAAC
GAAACTGAAGCTTCTGACTGCAAACGAGTTATCTATAGACGATCTTCAAATATGAGAATC
ATGATCTAATTTGTAACCAACTTAAAAGACATGAAAGAAAAGAATAAAAAAAATTATGAG
ATCATGGACTCTATTGTTTGTCGTCTAAAAATGTAAAGCAGCTCATTAAGTTGACTTGTA
TATCTTTGGCTATATGTCCTGTTAAATTCGATTGTGTAAAGGTTACTTAAATAGTACTTA
TTTTTTTAGCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX65TF U 1
AF RR3BX65JQ C 485
BS 1 701 RR3BX65TF
BS 702 702 RR3BX65JQ
BS 703 758 RR3BX65TF
BS 759 759 RR3BX65JQ
BS 760 781 RR3BX65TF
BS 782 1211 RR3BX65JQ

RD RR3BX65TF 781 0 0
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GAGAGATGGCAGCGAGCTTTCTACGAGGGATTTGCAGAAGATGGTTCAAGCACTGCCACA
ATACAGTGAACAAATTGACAATCTATCTCTCCACGTAGAGATTGCTAGGAAAATCAACGA
CCTTATCAAAGAGCAGGGACTTCGGGAGCTTGGACAACTTGAACAAGACCTTGTTTTTGG
TGATGCTGGGATGAAGGATGTGATTAAATATTTGAGTACTCAAGAGGAGGCAAGTCGTGA
AGGCAAGTTACGCCTGTTGATGATCCTCGCAACAATTTACCCTGAGAAGTTCGAAGGTGA
AAAGGGTCAAAATCTAATGAAGCTGGCAAAACTCTCATCTGATGACATGAGCGCTGTAAA
TAATATGAGATTACTTGGTTCAGCCGTCGATGCTAAAAAGAATACCCCGGGAGGTTTCAC
CTTGAAGTTTGATCTTCACAAGAAGAAACGAGGTGTAAGGAAAGAGCGTCAAGAGGAAGC
AGCATGGCAGTTATCTCGATTCTACCCCATGATTTAGGAACTCATCGAGAAACTTAGCAA
AGGGGAATTGCCAAAAGAGGATTACCCATGTATGAACGACCCAAGCCCAAGTTTCCACGG
ATCAACCTCACATTCTTCTTCATCAGCAAGTAGTAGTCAAG*TCAAGCTGCTCAGTCCAT
GAGATCTAGACGAACACCAACTTGGGCTAAACCACGAG*TTCTGATGATGGATATTCAAG
T

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3BX65JQ 727 0 0
AAGTTTGATCTTCACAAGAAGAAACGAGGTGTAAGGAAAGAGCGTCAAGAGGAAGCAGCA
TGGCAGTTATCTCGATTCTACCCCATGATTTAGGAACTCATCGAGAAACTTAGCAAAGGG
GAATTGCCAAAAGAGGATTACCCATGTATGAACGACCCAAGCCCAAGTTTCCACGGATCA
ACCTCACATTCTTCTTCATCAGCAAGTAGTAGTCAAGGTCAAGCTGCTCAGTCCATGAGA
TCTAGACGAACACCAACTTGGGCTAAACCACGAGGTTCTGATGATGGATATTCAAGTGAT
TCGGTATTGAGACATTCGTCTAGTGACTTCAAGAGGATGGGACAACGAATATTTGTGTTT
ATCGTTGGTGGAGCAACAAGATCAGAGTTAAAAGTGTGCCACAAACTAACCACGAAACTG
AAAAGAGAAGTAATCCTCGGGTCCACAAGCCTCGACGATCCTCCACAGTTCATAACGAAA
CTGAAGCTTCTGACTGCAAACGAGTTATCTATAGACGATCTTCAAATATGAGAATCATGA
TCTAATTTGTAACCAACTTAAAAGACATGAAAGAAAAGAATAAAAAAAATTATGAGATCA
TGGACTCTATTGTTTGTCGTCTAAAAATGTAAAGCAGCTCATTAAGTTGACTTGTATATC
TTTGGCTATATGTCCTGTTAAATTCGATTGTGTAAAGGTTACTTAAATAGTACTTATTTT
TTTAGCG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL5593Contig1 1265 2 2 U
GGAAGCAGCTTTCTGACTACATTATTCCAGCCATGCTGGAAGCTTTGCATAAAGAACCTG
ATACAGAGATCTGTGTGAGTATGTTGGAAGCTATAAATGAATGCTTGCAGATCTCCGGAA
ATCTTTTGGACGAAGGGAAAATTAGATCCATAGTTGACTAAGTAAAACAAGTTATGACAG
CTACCTCTAGCAGGAAGCGAGAGAGGGGAGAGAGAGCTAATGCTGAAGACTTTGACGCTG
AAGAGGGGGAGCTTATTAAAGAAGAAAATGAGCAAGAGGAAGAAATTTTTGATCAGGTCG
GTGAAATATTGGGAACACTGGTTAAGACATTCAAGGCCTCGTTTCTACCTTTCTTCGATG
AGTTATCCTCTTACTTAACTCCTATGTGGGGAAGGGATAAAACCGCTGAAGAGAGAAGGA
TTGCGATATGCATTTTCGATGATGTTGCAGAGCAATGCCGTGATGCTGCCTTCAAATATT
ATGATACTTATCTTCCATTCGTACTGGAAGCTTGCAATGACGATAGCCCAGAAGTTCGAC
AGGCTGCCGTTTATGGGCTTGGTGTTTGTGCTGAGTTTGGCGGATCTGTATTCAAGCCTC
TTGTTGGAGAGGCTTTGTCAAGATTAAATGTTGTGATACAGCAGCCAAATGCTCGGCAAT
CTGAAAATGGCATGGCATATGATAACGCTGTATCAGCTGTGGGAAAGATCTGCCTATTTC
ACCGTGACAGTATCGATTCTTCTCAGGTACTTCCTGCGTGGTTGAACTGTTTGCCTTTAA
GTAATGATGTTATTGAAGCGAAAGTAGTTCATGATCAGCTCTGTTCAATGGTTGAGAGGC
AAGATGTGGACCTTTTAGGCCCCAATAACCAGTATCTTCCTAAAATCATAACAGTTTTCG
CCGAGGTGCTTACAGGGAAAGATGTGGTGACACAAGAGACGGCAGGTCGTATGGTTAATA
TACTAAGGCAACTTCAGCAAACACTGCCACCATCGGCATTGGGGTCAATATGGTCAACAC
TGAAACCCGAGCAGCAGCACGCTCTCCAATCCATGCTTTCCTCCTAAGAGGCACACCAGT
CTGGTCTCTCTGTTCATCTACAGTGTCTTGTGAGCTTTATTTTTCCACCACAAAAGCGTC
GTCAGTTTTGCATTCATGTGTCTACATTATTTTTTGGTTTGCTTTATTCGCCATTTGTTG
TCGGGAGGGATGATGAGTGGGTCTAAATCCTTCATAAGTAATGAAAATGAAATTTCTATC
TTTAG


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3DW67TF U 1
AF RR3DW67JQ C 436
BS 1 736 RR3DW67TF
BS 737 1265 RR3DW67JQ

RD RR3DW67TF 736 0 0
GGAAGCAGCTTTCTGACTACATTATTCCAGCCATGCTGGAAGCTTTGCATAAAGAACCTG
ATACAGAGATCTGTGTGAGTATGTTGGAAGCTATAAATGAATGCTTGCAGATCTCCGGAA
ATCTTTTGGACGAAGGGAAAATTAGATCCATAGTTGACTAAGTAAAACAAGTTATGACAG
CTACCTCTAGCAGGAAGCGAGAGAGGGGAGAGAGAGCTAATGCTGAAGACTTTGACGCTG
AAGAGGGGGAGCTTATTAAAGAAGAAAATGAGCAAGAGGAAGAAATTTTTGATCAGGTCG
GTGAAATATTGGGAACACTGGTTAAGACATTCAAGGCCTCGTTTCTACCTTTCTTCGATG
AGTTATCCTCTTACTTAACTCCTATGTGGGGAAGGGATAAAACCGCTGAAGAGAGAAGGA
TTGCGATATGCATTTTCGATGATGTTGCAGAGCAATGCCGTGATGCTGCCTTCAAATATT
ATGATACTTATCTTCCATTCGTACTGGAAGCTTGCAATGACGATAGCCCAGAAGTTCGAC
AGGCTGCCGTTTATGGGCTTGGTGTTTGTGCTGAGTTTGGCGGATCTGTATTCAAGCCTC
TTGTTGGAGAGGCTTTGTCAAGATTAAATGTTGTGATACAGCAGCCAAATGCTCGGCAAT
CTGAAAATGGCATGGCATATGATAACGCTGTATCAGCTGTGGGAAAGATCTGCCTATTTC
ACCGTGACAGTATCGA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3DW67JQ 830 0 0
TCGATGATGTTGCAGAGCAATGCCGTGATGCT*CCTTCAAATATTATGATACT*ATCTTC
CAT*CGTACTGGAAGCTTGCAATGACGATAGCCCAGAAGTTCGACAGGCTGCCGTTTATG
GGCTTGGTGTTTGTGCTGAGTTTGGCGGATCTGTATTCAAGCCTCTTGTTGGAGAGGCTT
TGTCAAGATTAAATGTTGTGATACAGCAGCCAAATGCTCGGCAATCTGAAAATGGCATGG
CATATGATAACGCTGTATCAGCTGTGGGAAAGATCTGCCTATTTCACCGTGACAGTATCG
ATTCTTCTCAGGTACTTCCTGCGTGGTTGAACTGTTTGCCTTTAAGTAATGATGTTATTG
AAGCGAAAGTAGTTCATGATCAGCTCTGTTCAATGGTTGAGAGGCAAGATGTGGACCTTT
TAGGCCCCAATAACCAGTATCTTCCTAAAATCATAACAGTTTTCGCCGAGGTGCTTACAG
GGAAAGATGTGGTGACACAAGAGACGGCAGGTCGTATGGTTAATATACTAAGGCAACTTC
AGCAAACACTGCCACCATCGGCATTGGGGTCAATATGGTCAACACTGAAACCCGAGCAGC
AGCACGCTCTCCAATCCATGCTTTCCTCCTAAGAGGCACACCAGTCTGGTCTCTCTGTTC
ATCTACAGTGTCTTGTGAGCTTTATTTTTCCACCACAAAAGCGTCGTCAGTTTTGCATTC
ATGTGTCTACATTATTTTTTGGTTTGCTTTATTCGCCATTTGTTGTCGGGAGGGATGATG
AGTGGGTCTAAATCCTTCATAAGTAATGAAAATGAAATTTCTATCTTTAG

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 2

CO CL5594Contig1 483 2 1 U
GGAAGCGTCTTGGCTGCGGTCAGGTGGAGGAGCTCGAAGAGGCGCGAGACGAGCTCACAC
TCATTGCCAAAATGATCGAATGGGACCCTTGGGGTGTTCCGGATGACTACGAGTGTGAAG
TGATTGAAAACGATGCACCGATTCCAAAGCACGTTCCTCAGCACCGACCTGGTCCTCTTC
CTGAGGATTTCTACAGAACCCTTGAAGGTCTTCGCTCGGAGTCCAAGACAAAGATCCCAG
CTGCTAGCTCTGCTGATGCGCAGCTGAAGGAGTAACTTCCAGTATTACTTTGTTTTGTAC
TTCTTGCTTTTTTTTTTGGGCTAGTGTTTGTTTCTGAGGCCAACTAAGAAAATTGCGTAA
TAATTTTGGAAAACAATAGCAATGTCACTCTTTTCATAAATGTTTTATCATTCTTCTCAA
AAACCAATGATAATACAAATGATGTTTCTTCCCCAGTGGAATAACATTATGGACTTGCTT
CCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 

AF RR3D888TF U 1
AF RR3D888JQ C 188
BS 1 483 RR3D888TF

RD RR3D888TF 483 0 0
GGAAGCGTCTTGGCTGCGGTCAGGTGGAGGAGCTCGAAGAGGCGCGAGACGAGCTCACAC
TCATTGCCAAAATGATCGAATGGGACCCTTGGGGTGTTCCGGATGACTACGAGTGTGAAG
TGATTGAAAACGATGCACCGATTCCAAAGCACGTTCCTCAGCACCGACCTGGTCCTCTTC
CTGAGGATTTCTACAGAACCCTTGAAGGTCTTCGCTCGGAGTCCAAGACAAAGATCCCAG
CTGCTAGCTCTGCTGATGCGCAGCTGAAGGAGTAACTTCCAGTATTACTTTGTTTTGTAC
TTCTTGCTTTTTTTTTTGGGCTAGTGTTTGTTTCTGAGGCCAACTAAGAAAATTGCGTAA
TAATTTTGGAAAACAATAGCAATGTCACTCTTTTCATAAATGTTTTATCATTCTTCTCAA
AAACCAATGATAATACAAATGATGTTTCTTCCCCAGTGGAATAACATTATGGACTTGCTT
CCC

QA 1 483 1 483
DS 

RD RR3D888JQ 296 0 0
TTTT
TACAGAACCCTTGAAGGTTTTCGCTCGGAGTCCAAGACAAAGATCCCAGCTGCTAGCTCT
GCTGATGCGCAGCTGAAGGAGTAACTTCCAGTATTACTTTGTTTTGTACTTCTTGCTTTT
TTTTTTGGGCTAGTGTTTGTTTCTGAGGCCAACTAAGAAAATTGCGTAATAATTTTGGAA
AACAATAGCAATGTCACTCTTTTCATAAATGTTTTATCATTCTTCTCAAAAACCAATGAT
AATACAAATGATGTTTCTTCCCCAGTGGAATAACATTATGGACTTGCTTCCC

QA 5 296 5 296
DS 



AS 1 2

CO CL5595Contig1 1293 2 2 U
GGGGCTACAGTGAACCGGAAACAAAGATCGGAGATCGAAGAACAGTGAAAAAATTCGAAG
AGTTGCCTCTCTTTCTCTCTATCGATTTCTGCAATCTCACTCACAGATTCATCCCAGTGT
CAATTCAGCGGGAGATAGAGGCGACGCGTCTGAAGCATATCTCCAGAATCAGGGGAAGAG
GCGTACAAATCTGGCGAAAGTGGAGGGGTTAAGGGCGAGGCCGTGGCTGAAGCCAGGATC
TTATGCAAATGGAGATCAATATGACTACGACGGAGACGAGGATGACCATTCGAGGCCTTG
GTGGCGCCGACGCCTCAGATCCTTGTATATGGCGGCGAGTTCCTTCACTCCCTCCACTTT
CCGAATAGCAATCTCGCTCCTCCTCCTTGTCGCTATCGGCACTGCTCTCATTTTTCTCCC
CGTTGAACAGAAATTGAAGGACTTCTTGTTATGGATTAAGGAAGATCTTGGACCCTTTGG
GCCAATTGCACTGGCTTTGGCTTATATTCCCCTCACAGTTGTGGCGGTTCCGGCTTCTGT
ACTTACGCTAGGGGGTGGTTATCTTTTTGGCCTGCCTGTAGGATTTGTAGCCGACTCTCT
TGGAGCTACATTAGGTGCAACAGCAGCATTTCTACTTGGTAGAACGATTGGTAAATCTTA
TGTCACCTCAAAAATAAAGCATTACCCAAAGTTTCAAGCTGTTTCCGTTGCAATTCAAAG
ATCTGGCTTCAAGATAGTTTTGCTGCTACGTGTTGTTCCCCTTCTGCCCTTCAATATGTT
GAATTACCTGCTATCTGTCACCCCTGTTCGGTTAGGGGAATACATGCTGGCCACTTGGTT
GGGAATGATGCCTATTACGTTTGCGCTAGTTTATGTTGGAACAACACTGAAAGATCTATC
TGATATTACACATGGATGGCATGAGGTGTCAATTTTTCGTTGGGTACTAATGATGGTTGG
CATTGCTCTAGCTGTAATTCTGATAGTATGCATTACAAGAGTGGCGAAGTCATCATTGGA
GAAAGCATTGGCTGAGAATGCAGCAGATATATTAGATGGGAAGAAGAATGATGACACATC
CATGCTACCCATAGCAGAACCACCACCACCACCGGATCATCTACACGAGCCTCTCGACAT
CAGAATCGACCCATAAGAAAAGAACAAACAAAAGAAACCAAACCTCTTGAGTTTGTAAAT
TTTTCAAAGATTTTTGTTTTACTGAGGGAGAATATTATTAGATAACGTTCTGTATAGCCC
ATAATAATACATAAATTCACCGTTTAAGTCGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BJ90TF U 1
AF RR3BJ90JQ C 516
BS 1 803 RR3BJ90TF
BS 804 1293 RR3BJ90JQ

RD RR3BJ90TF 805 0 0
GGGGCTACAGTGAACCGGAAACAAAGATCGGAGATCGAAGAACAGTGAAAAAATTCGAAG
AGTTGCCTCTCTTTCTCTCTATCGATTTCTGCAATCTCACTCACAGATTCATCCCAGTGT
CAATTCAGCGGGAGATAGAGGCGACGCGTCTGAAGCATATCTCCAGAATCAGGGGAAGAG
GCGTACAAATCTGGCGAAAGTGGAGGGGTTAAGGGCGAGGCCGTGGCTGAAGCCAGGATC
TTATGCAAATGGAGATCAATATGACTACGACGGAGACGAGGATGACCATTCGAGGCCTTG
GTGGCGCCGACGCCTCAGATCCTTGTATATGGCGGCGAGTTCCTTCACTCCCTCCACTTT
CCGAATAGCAATCTCGCTCCTCCTCCTTGTCGCTATCGGCACTGCTCTCATTTTTCTCCC
CGTTGAACAGAAATTGAAGGACTTCTTGTTATGGATTAAGGAAGATCTTGGACCCTTTGG
GCCAATTGCACTGGCTTTGGCTTATATTCCCCTCACAGTTGTGGCGGTTCCGGCTTCTGT
ACTTACGCTAGGGGGTGGTTATCTTTTTGGCCTGCCTGTAGGATTTGTAGCCGACTCTCT
TGGAGCTACATTAGGTGCAACAGCAGCATTTCTACTTGGTAGAACGATTGGTAAATCTTA
TGTCACCTCAAAAATAAAGCATTACCCAAAGTTTCAAGCTGTTTCCGTTGCAATTCAAAG
ATCTGGCTTCAAGATAGTTTTGCTGCTACGTGTTGTTCCCCTTCTGCCCTTCAATATGTT
GAATTACCTGCTATCTGTCACCC
TG

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3BJ90JQ 778 0 0
CAGTTGTGGCGGTTCCGGCTTCTGTACTTACGCTAGGGGGTGGTTATCTTTTTGGCCTGC
CTGTAGGATTTGTAGCCGACTCTCTTGGAGCTACATTAGGTGCAACAGCAGCATTTCTAC
TTGGTAGAACGATTGGTAAATCTTATGTCACCTCAAAAATAAAGCATTACCCAAAGTTTC
AAGCTGTTTCCGTTGCAATTCAAAGATCTGGCTTCAAGATAGTTTTGCTGCTACGTGTTG
TTCCCCTTCTGCCCTTCAATATGTTGAATTACCTGCTATCTGTCACCCCTGTTCGGTTAG
GGGAATACATGCTGGCCACTTGGTTGGGAATGATGCCTATTACGTTTGCGCTAGTTTATG
TTGGAACAACACTGAAAGATCTATCTGATATTACACATGGATGGCATGAGGTGTCAATTT
TTCGTTGGGTACTAATGATGGTTGGCATTGCTCTAGCTGTAATTCTGATAGTATGCATTA
CAAGAGTGGCGAAGTCATCATTGGAGAAAGCATTGGCTGAGAATGCAGCAGATATATTAG
ATGGGAAGAAGAATGATGACACATCCATGCTACCCATAGCAGAACCACCACCACCACCGG
ATCATCTACACGAGCCTCTCGACATCAGAATCGACCCATAAGAAAAGAACAAACAAAAGA
AACCAAACCTCTTGAGTTTGTAAATTTTTCAAAGATTTTTGTTTTACTGAGGGAGAATAT
TATTAGATAACGTTCTGTATAGCCCATAATAATACATAAATTCACCGTTTAAGTCGTT

QA 1 778 1 778
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5597Contig1 1377 2 8 U
AGGCATTAAATTTTGTTTCCGTCAATCGATATCGAGATCCAACCAAATCTGCTTCTCTCT
CAGTTTGTTGAATTTGCTTACTATGGGAGACGCTAGGGACAACGAAGCTTATGAGGAGGA
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CGATGCCGTTAAGAAAGGTTACGTTGGAATACACAGTTCAGGATTCAGAGACTTCCTTTT
GAAACCGGAGCTTCTCCGTGCTATTGTTGACTCTGGATTTGAACATCCATCTGAAGTGCA
ACATGAATGTATCCCTCAAGCTATCTTGGGCATGGATGTTATCTGCCAAGCAAAGTCCGG
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CAACAACAAGATTCACAAAGAATTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACGACAAACAAGTTAT
GATGTTCTCAGCAACGCTCAGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAGAAATTTATGCAAGA
TCCAATGGAGATATATGTTGATGATGAAACCAAATTGACTCTTCATGGTCTTGTCCAGCA
CTACATCAAACTGAGCGAGATGGAGAAAAACCGCAAGTTGAATGACCTTCTCGATGCATT
GGACTTCAATCAAGTTGTTATCTTTGTGAAGAGCGTTAGTAGAGCTGGGGAGCTGAACAA
GTTGCTTATTGAATGCAATTTCCCTTCGATATGCATTCACTCTGGCATGTCTCAGGAAGA
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CTTGGTAGGGAGAGGAATTGACATTGAGCGTGTCAACATTGTCATCGACTACGACATGCC
AGATTCTGCTGATACATATCTTCACAGGGTTGGTAGAGCTGGAAGGTTCGGAACAAAGGG
TCTTGCAATAACATTCGTGGCATCAGCTTCTGATTCTGAAGTTCTCAACCAGGTACAAGA
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GTCCTAAAACGACTACAGATTACAAGTGTTTGCAATGATCCCTTCCCTTTATGCTACCTG
CTATCTTATCCGCTTTTGTTATCCTTTTTGTAACCTTTTAAAAAGGAGAGAGATCGAGAG
GAAACTATTCCCCTCTTAAACTTGTGTACAAGCGAATATGATGCTTTATGTTGTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B907TF U 1
AF RR3B907JQ C 526
BS 1 749 RR3B907TF
BS 750 750 RR3B907JQ
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RD RR3B907TF 828 0 0
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TCAGGTGTCTGCACTTATCCTGTGCCACACAAGAGAGTTAGCTTACCAGATCTGCAATGA
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CAACAACAAGATTCACAAAGAATTGCTGAAGAATGAATGTCCTCACGACAAACAAGTTAT
GATGTTCTCAGCAACGCTCAGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAAGAAATTTATGCAAGA
TCCAATGGAGATATATGTTGATGATGAAACCAAATTGACTCTTCATGGTCTTGTCCAGCA
CTACATCAAACTGAGCGAGATGGAGAAAA*CCGCAAGTTGAATGACCTTCTCGATGCATT
GGACTTCAATCAAGTTGTTATCTTTGTGA*GAGCGT*AGTAGAGCTGG

QA 1 828 1 828
DS 

RD RR3B907JQ 852 0 0
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CGACAAACAAGTTATGATGTTCTCAGCAACGCTCAGCAAAGAGATACGCCCAGTCTGCAA
GAAATTTATGCAAGATCCAATGGAGATATATGTTGATGATGAAACCAAATTGACTCTTCA
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CCTTCTCGATGCATTGGACTTCAATCAAGTTGTTATCTTTGTGAAGAGCGTTAGTAGAGC
TGGGGAGCTGAACAAGTTGCTTATTGAATGCAATTTCCCTTCGATATGCATTCACTCTGG
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TCTGGTGGCTACAGACTTGGTAGGGAGAGGAATTGACATTGAGCGTGTCAACATTGTCAT
CGACTACGACATGCCAGATTCTGCTGATACATATCTTCACAGGGTTGGTAGAGCTGGAAG
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CAACCAGGTACAAGATAGGTTCGAGGTTGATATCAAGGAACTTCCTGAGCAGATTGATAC
GTCCACTTACATGCCGTCCTAAAACGACTACAGATTACAAGTGTTTGCAATGATCCCTTC
CCTTTATGCTACCTGCTATCTTATCCGCTTTTGTTATCCTTTTTGTAACCTTTTAAAAAG
GAGAGAGATCGAGAGGAAACTATTCCCCTCTTAAACTTGTGTACAAGCGAATATGATGCT
TTATGTTGTCAG

QA 1 852 1 852
DS 



AS 1 2

CO CL5598Contig1 1092 2 6 U
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AAGATTGCTTTGTCAATGTCAAAGTGTAAGGAAACTGAAGAGGATTTGAGTAAGCGATTG
AAGGAATTGACGGCAAAAGAGAAAGAATCTGGCACACTCCAGAGCATGCTAATGGCAAAG
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AAGCTTATTGATGATCAGAAGGCAGAATTAGCTGATAAGATGCTGGAATTTGAACAAGAA
TGTGACGAGAGAAGAAAATCTCTGGACAAGGAACTCCAAAGAAAGGCGGAAGAGGTTGAA
CGACAGAGAGTTGAAATTGATCATGGCGAGGAGAAGTTGCAGAAAAGAAACCAAGCTCTG
AATAAGAAGTTTGAGCGAGTGACTGAAAAGGAGATGGACCTTGAAGCAAAGTTTAAAGCT
ATTAGAGAAAAGGAAAAAAGCCTACAAGCTGAGGAGAAAAGGTTAAGCTTGGAAAAGCAA
CAATTAATTTCTGATAAGGAGAGCCTTGTGGATTTACAACAAGAGATTGAAAACATCCGG
TCTGAGATGATGAAGAAGGAGGATGCGATTCGAGAAGAACTCAAAAGTCTTGAAATCAAG
AAGAAAGAGAGGGAAGAGCACCAGAGACTGCAATCTGAACTCAAGTCCCAGATAGAGAAA
TCAAGACTCCACGAGGAGTTTCTTTCCAAGGAAGTTGAAAATTTGAAGCAAGAGAAGGAG
AGATTTGAAAAGGAGTGGGAAATATTGGATGAGAAGCAGGCCGAATATAATAAAGAGCGA
ATGACAATTTTTGAAGAAAAAGCAAAGTTTGAGAGGTTTCAAATGCTGGAAGGAGAAAGA
CTGAAGAAAGAAGATAGTGCTTTGAGGGTTCAGGTAAAGCAGGAACTGGATGATATTAGA
CTGCAGAGGGAATCATTTGAGGCCAATATGGAACACGAACGTTCAGCATTACATGAGAAA
GCCAAACTTGAGCATTTTAAGGCGCTTGACGATCTGGAAACGATGAGAAGGAATCTTGAA
ATTGAACAACAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ50TF U 1
AF RR3CZ50JQ C 424
BS 1 692 RR3CZ50TF
BS 693 693 RR3CZ50JQ
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BS 725 735 RR3CZ50TF
BS 736 1092 RR3CZ50JQ

RD RR3CZ50TF 738 0 0
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AAGATTGCTTTGTCAATGTCAAAGTGTAAGGAAACTGAAGAGGATTTGAGTAAGCGATTG
AAGGAATTGACGGCAAAAGAGAAAGAATCTGGCACACTCCAGAGCATGCTAATGGCAAAG
GAGAAGGAGTTGCGAGCACTTGAAGAGAAGCTTATTGCTAGAGAAGGGACAGAAATTCAG
AAGCTTATTGATGATCAGAAGGCAGAATTAGCTGATAAGATGCTGGAATTTGAACAAGAA
TGTGACGAGAGAAGAAAATCTCTGGACAAGGAACTCCAAAGAAAGGCGGAAGAGGTTGAA
CGACAGAGAGTTGAAATTGATCATGGCGAGGAGAAGTTGCAGAAAAGAAACCAAGCTCTG
AATAAGAAGTTTGAGCGAGTGACTGAAAAGGAGATGGACCTTGAAGCAAAGTTTAAAGCT
ATTAGAGAAAAGGAAAAAAGCCTACAAGCTGAGGAGAAAAGGTTAAGCTTGGAAAAGCAA
CAATTAATTTCTGATAAGGAGAGCCTTGTGGATTTACAACAAGAGATTGAAAACATCCGG
TCTGAGATGATGAAGAAGGAGGATGCGATTCGAGAAGAACTCAAAAGTCTTGAAATCAAG
AAGAAAGAGAGGGAAGAGCACCAGAGACTGCA*TCTGAACTCAAGTCCCAGATAGAGAAA
TCA*GACTCCACGAG
AGT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3CZ50JQ 669 0 0
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GAGATGATGAAGAAGGAGGATGCGATTCGAGAAGAACTCAAAAGTCTTGAAATCAAGAAG
AAAGAGAGGGAAGAGCACCAGAGACTGCAATTTGAACTCAAGTCCCAGATAGAGAAATCA
AGACTCCACGAGGAGTTTCTTTCCAAGGAAGTTGAAAATTTGAAGCAAGAGAAGGAGAGA
TTTGAAAAGGAGTGGGAAATATTGGATGAGAAGCAGGCCGAATATAATAAAGAGCGAATG
ACAATTTTTGAAGAAAAAGCAAAGTTTGAGAGGTTTCAAATGCTGGAAGGAGAAAGACTG
AAGAAAGAAGATAGTGCTTTGAGGGTTCAGGTAAAGCAGGAACTGGATGATATTAGACTG
CAGAGGGAATCATTTGAGGCCAATATGGAACACGAACGTTCAGCATTACATGAGAAAGCC
AAACTTGAGCATTTTAAGGCGCTTGACGATCTGGAAACGATGAGAAGGAATCTTGAAATT
GAACAACAG

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL5599Contig1 1132 2 2 U
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TGGAGGTACACTAAAAGTGGGATGTATATTGTAAATTCGAGATACTGGATGGCAACTAAC
TTGCTTAGAGAAGCCACACAGGAGGTACAAGAACCCAGTATAAAGAATCTCCAGGCCTTT
GCTTAGAAGGTTAGAGTTCCCCGGAAAATCAAACATCTAATTTGGAAAACGATTTCTGGA
TAATTAGCAGTGACTAGTAAGTTGACTCATCGTCATATGCAAAGTGATAATCATTGTCCC
ATATGTGGTGCTGAAAACGAAACTATTAGTTATGCCATTTTTGAGTGTCCCCCAGCTCTA
CAGACATGGGCTCACGCAGCAACCCCAACTCCAACTATGATGTTTCCTAGTGCTAGCCAC
TACGCACATATGGATTATCTATTCTGGCGGTAGAATAATATTGAAGATCCAGGGTTGGAC
ATGGATCCATACCCTTGGATTTTGTGGTACATTTGGAAAGCCCGAAATGATAAATTATTC
AGAGAAATAGATAGGGATCAATTGGAAACTGTCCGACATGCGGAATCTGAATGCCATGCT
TGGTTCGAAGCCAATCGGAAGAAAGAACTAATAGAAACACAAGTTATGCAACAAGTGACA
ATCTCTGAAAGATGATTGATTGATGGATCATGGACACCTGATGCACTCTATAGTGGTTAT
GGATGGACATGGACAAACTCAAAAGGAGTAATCCATTTATGGTTGCAAGAAACCAGAGGC
GGCGTATTTCACCACTTCATTCGGAACTCGAGGCGTTAATATGGGCAATGGAGTGCATGT
TACAGCTATCAACCTGTCAATTTTCTGGCAGCGATTGTAAGGATTTAGTTGCAATGATCA
AAGACCCTGGAGCATGGTCAAGCTTCTCTACTGAGCTGAAAGAGTTGATGAAGTTCAAGG
AAAGATTTACGGAGTTCTCATTGATTTTTTCTCCTCGTTCTCAAAATTTATCAGCTGATT
CATTAGCTAAAACTGCGAGATATTTTCATAGTGAATTGTATTTCATTGGTTGCTGTTCCG
GCCTGGTTTCCCAGACCACCTCGAACTTGATTAATAGAACAACTGTTTGTCG


BQ
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AF RR3GM55TF U 1
AF RR3GM55JQ C 411
BS 1 708 RR3GM55TF
BS 709 1132 RR3GM55JQ

RD RR3GM55TF 708 0 0
GATGTCCCATTAATTCAATCTTTCGCCATAAATCAAGATTATCATCGTGACGGATATTGC
TGGAGGTACACTAAAAGTGGGATGTATATTGTAAATTCGAGATACTGGATGGCAACTAAC
TTGCTTAGAGAAGCCACACAGGAGGTACAAGAACCCAGTATAAAGAATCTCCAGGCCTTT
GCTTAGAAGGTTAGAGTTCCCCGGAAAATCAAACATCTAATTTGGAAAACGATTTCTGGA
TAATTAGCAGTGACTAGTAAGTTGACTCATCGTCATATGCAAAGTGATAATCATTGTCCC
ATATGTGGTGCTGAAAACGAAACTATTAGTTATGCCATTTTTGAGTGTCCCCCAGCTCTA
CAGACATGGGCTCACGCAGCAACCCCAACTCCAACTATGATGTTTCCTAGTGCTAGCCAC
TACGCACATATGGATTATCTATTCTGGCGGTAGAATAATATTGAAGATCCAGGGTTGGAC
ATGGATCCATACCCTTGGATTTTGTGGTACATTTGGAAAGCCCGAAATGATAAATTATTC
AGAGAAATAGATAGGGATCAATTGGAAACTGTCCGACATGCGGAATCTGAATGCCATGCT
TGGTTCGAAGCCAATCGGAAGAAAGAACTAATAGAAACACAAGTTATGCAACAAGTGACA
ATCTCTGAAAGATGATTGATTGATGGATCATGGACACCTGATGCACTC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3GM55JQ 722 0 0
TGCTAGCCACTACGCACATATGGATTATCTATTCTGGCGGTAGAATAATATTGAAGATCC
AGGGTTGGACATGGATCCATACCCTTGGATTTTGTGGTACATTTGGAAAGCCCGAAATGA
TAAATTATTCAGAGAAATAGATAGGGATCAATTGGAAACTGTCCGACATGCGGAATTTGA
ATGCCATGCTTGGTTCGAAGCCAATCGGAAGAAAGAACTAATAGAAACACAAGTTATGCA
ACAAGTGACAATCTTTGAAAGATGATTGATTGATGGATCATGGACACCTGATGCACTCTA
TAGTGGTTATGGATGGACATGGACAAACTCAAAAGGAGTAATCCATTTATGGTTGCAAGA
AACCAGAGGCGGCGTATTTCACCACTTCATTCGGAACTCGAGGCGTTAATATGGGCAATG
GAGTGCATGTTACAGCTATCAACCTGTCAATTTTCTGGCAGCGATTGTAAGGATTTAGTT
GCAATGATCAAAGACCCTGGAGCATGGTCAAGCTTCTCTACTGAGCTGAAAGAGTTGATG
AAGTTCAAGGAAAGATTTACGGAGTTCTCATTGATTTTTTCTCCTCGTTCTCAAAATTTA
TCAGCTGATTCATTAGCTAAAACTGCGAGATATTTTCATAGTGAATTGTATTTCATTGGT
TGCTGTTCCGGCCTGGTTTCCCAGACCACCTCGAACTTGATTAATAGAACAACTGTTTGT
CG

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL5600Contig1 1038 2 14 U
GGACTCACAAACTCATCTCTCTCTGACTCTCTCTCTATCTATTTCTTCAATGGCCACGAA
ACTCATCATAAAGAAGTCCGCAAAATCAATCAGTAGAAACTACATCCGCTGTCACCGGAA
GACTCAGATCGGATGCTCACCATCACCAGCGGCTACCCCTGTCATCGCCTCCATCAACAA
ATCTATTTACAGATGTCACCGAACCATCCTCTGTTTACTCTCTCGTCGACGAACCAAAGG
ATTCAAAATCCTCAAACCCAATCTCCAAACTCCCTATTCGCTGAGTCACGACAGATCTGT
TAAACCATTCGACGAGACGAAGAAGACAATCGTGTTGGATCTAGACGAGACGCTTATCCA
CTCATCCATGGAGAAACCCCAAGTCTCTTACGACTTTGTAGTGAGGCCCAAGATCGACGG
TCAGATCTTAACCTTACGTGATCAAACGGCCAGGAGTAGACGACTTCTTGAAGAAAATCG
GCGAGAAGTACCAGATCGTAGTCTTCACGGCGGGTTTGAGATAGTACGCCACGCTCGTGG
TGGATGAGCTGGATCCGGAGCGGCGCGTGATCTCACGGAGCTTTTATAGAGACGCGTTCA
GCGAGATCGATGGGAGGTTGGTGAAGGATTTGGGGTTTGTGATGAGAGACCTGAGGCGCG
TGGTGATCGTTGATGATAACCCAAACGCTTACGCGCTTCAACCGGAGAACGCTGTTCCGA
TTAAACAGTTTTGCGATGATTTGGAGGATGATGAGCTGGAGAAACTCGGTGAGTTTCTGT
GTGGTGGTGATTGTGTCAAGTGTGAAGATATGAGAGTTGCGTTGAAGGAGTTTGTTGTCG
GAAGGGGTGAATGATTTTTTTGATTAGTTTATTTGATTAATTTTTTTTTATTAGAGGATT
TAATTATGAAGACAGTGAACAATAGCTTTGTTTGTTCCAACTGTCTTGTGTTTGTGTAAA
CCTACTCATGGAAAGAAATTTGTTTATCTTTTTTGTTTTAGTGTTTTTCTGTCGTTGAAA
TAAAGAGGTTTTTTAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D217TF U 1
AF RR3D217JQ C 499
BS 1 655 RR3D217TF
BS 656 656 RR3D217JQ
BS 657 708 RR3D217TF
BS 709 709 RR3D217JQ
BS 710 724 RR3D217TF
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BS 726 731 RR3D217TF
BS 732 732 RR3D217JQ
BS 733 746 RR3D217TF
BS 747 747 RR3D217JQ
BS 748 798 RR3D217TF
BS 799 799 RR3D217JQ
BS 800 816 RR3D217TF
BS 817 1038 RR3D217JQ

RD RR3D217TF 816 0 0
GGACTCACAAACTCATCTCTCTCTGACTCTCTCTCTATCTATTTCTTCAATGGCCACGAA
ACTCATCATAAAGAAGTCCGCAAAATCAATCAGTAGAAACTACATCCGCTGTCACCGGAA
GACTCAGATCGGATGCTCACCATCACCAGCGGCTACCCCTGTCATCGCCTCCATCAACAA
ATCTATTTACAGATGTCACCGAACCATCCTCTGTTTACTCTCTCGTCGACGAACCAAAGG
ATTCAAAATCCTCAAACCCAATCTCCAAACTCCCTATTCGCTGAGTCACGACAGATCTGT
TAAACCATTCGACGAGACGAAGAAGACAATCGTGTTGGATCTAGACGAGACGCTTATCCA
CTCATCCATGGAGAAACCCCAAGTCTCTTACGACTTTGTAGTGAGGCCCAAGATCGACGG
TCAGATCTTAACCTTACGTGATCAAACGGCCAGGAGTAGACGACTTCTTGAAGAAAATCG
GCGAGAAGTACCAGATCGTAGTCTTCACGGCGGGTTTGAGATAGTACGCCACGCTCGTGG
TGGATGAGCTGGATCCGGAGCGGCGCGTGATCTCACGGAGCTTTTATAGAGACGCGTTCA
GCGAGATCGATGGGAGGTTGGTGAAGGATTTGGGGTTTGTGATGAGAGACCTGAG*CGCG
TGGTGATCGTTGATGATAACCCAAACGCTTACGCGCTTCAACCGGAGA*CGCTGTTCCGA
TTAA*CAGTTT*GCGATGATTTGGAG*ATGATGAGCTGGAGAAACTCGGTGAGTTTCTGT
GTGGTGGTGATTGTGTCA*GTGTGAAGATATGAGAG

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3D217JQ 540 0 0
TAGTCTTCACGGCGGGTTTGAGATAGTACGCCACGCTCGTGGTGGATGAGCTGGATCCGG
AGCGGCGCGTGATCTCACGGAGCTTTTATAGAGACGCGTTCAGCGAGATCGATGGGAGGT
TGGTGAAGGATTTGGGGTTTGTGATGAGAGACCTGAGGCGCGTGGTGATCGTTGATGATA
ACCCAAACGCTTACGCGCTTCAACCGGAGAACGCTGTTCCGATTAAACAGTTTTGCGATG
ATTTGGAGGATGATGAGCTGGAGAAACTCGGTGAGTTTCTGTGTGGTGGTGATTGTGTCA
AGTGTGAAGATATGAGAGTTGCGTTGAAGGAGTTTGTTGTCGGAAGGGGTGAATGATTTT
TTTGATTAGTTTATTTGATTAATTTTTTTTTATTAGAGGATTTAATTATGAAGACAGTGA
ACAATAGCTTTGTTTGTTCCAACTGTCTTGTGTTTGTGTAAACCTACTCATGGAAAGAAA
TTTGTTTATCTTTTTTGTTTTAGTGTTTTTCTGTCGTTGAAATAAAGAGGTTTTTTAATG

QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 2

CO CL5601Contig1 1337 2 2 U
GGGGAGTAGTTGTGGGATTGACCTCGAAAGCTGGCCGAAGTTTGATTCACCTCTTCATGT
TCTCTTTGATACTCCATGGAAGAAAGTCTCTAGAGTTGCAGAAATGGCGTAACTTTATAG
TTTCAGTGGGCCCTTTTCAAAATGCATTTGCTCTTTCCTCTGCAAGGCTGTTGCTGCTAA
TGTGAGCCCTCGCAAAGGTAATAACTTTACGGTGTCTTACCTCGTTGAATCTCTGGGTTT
AACTACAAAGCTCGCAGAATCCGTCTCTAGGAAAGTGGACAAGAGCAATCTTGATTCAGT
TCTTAGTCTCTTTAGAAGTTACGGGTTCACAGATGCCGAGAGTTCTCTTGCTCCCAAGCT
TCAGCTTTTGAAGTCAAGAGGAGTTTCAGCCTCCGAGCTTACCGAGTTTCTTTCAAAAGC
TCCCAAGATCTTGAGAATCAAAAAGGACAAATCTTTCAGTAGATACTATGATTTCGTCAA
AGAGATTGTTGTAGAAGCCGACAAGAGTTCCGAGTTGTGTCATTCTTCTCTGCCTCAGGG
GAGTAGGCAGGAGAATAAACTCAGAAACGTTTCGGTTCTGAGAGAGCTGGGAGTGCCTCA
AAAGTCGTTACTGTCACTCCTCATCTCCAGTCACCATGTCTGTTGTGGGAAAGACAAGTT
TGAAGAATCCCTCAAGAAAGTCCTTGAGATGGGTTTCGATCCCACCACCTCAAAGTTTGT
CCGAGCCCTCTGCATGATTTACGAGATGAGTGATGAAACAATACAAGAAAAGCTCAGTTT
CTATAAAGGTTTAGGCTTTGCTGTGTGTGAAGTATGGGCAATGTTCAAGAAGAATCCAAG
CTCTCATGTCCAAAGGACTGCTTGGAAGTGAACCCCCTTCAGTTGGGTCTGTTTTGGTAT
GTACCAATGAGATGTATTTAGAAAGGTATGTGATGAAGCATGATGGTGATAAGATGCTTG
TGGCTAAATTGATGGCTATCTTCACAGGAGATCGTGTTTCGTAGATCAGAAGGATTGTCA
AGTTGTTAGTTTTAATTTATTAAAAACTTGAAAACTCGGATTTAAGTTACTGGTGCGTGA
GTTGATGATGGCCATCTTCACCAAATATTGTGGTGAAACTTTGTTGCTGCATTCGGGATC
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ACAACTCGTTTTGTTGCATTTCACTGATTTACTGCAAACTTGTGTTATATTTGTTGAAAT
CTATTTTAGACTTTTGTAATCTTAGTTTGATGTGGACCTCCCCCATTTTTATATGAAAAT
TTGTAATCTTTAACGTT


BQ
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AF RR3B901TF U 1
AF RR3B901JQ C 432
BS 1 723 RR3B901TF
BS 724 1337 RR3B901JQ

RD RR3B901TF 723 0 0
GGGGAGTAGTTGTGGGATTGACCTCGAAAGCTGGCCGAAGTTTGATTCACCTCTTCATGT
TCTCTTTGATACTCCATGGAAGAAAGTCTCTAGAGTTGCAGAAATGGCGTAACTTTATAG
TTTCAGTGGGCCCTTTTCAAAATGCATTTGCTCTTTCCTCTGCAAGGCTGTTGCTGCTAA
TGTGAGCCCTCGCAAAGGTAATAACTTTACGGTGTCTTACCTCGTTGAATCTCTGGGTTT
AACTACAAAGCTCGCAGAATCCGTCTCTAGGAAAGTGGACAAGAGCAATCTTGATTCAGT
TCTTAGTCTCTTTAGAAGTTACGGGTTCACAGATGCCGAGAGTTCTCTTGCTCCCAAGCT
TCAGCTTTTGAAGTCAAGAGGAGTTTCAGCCTCCGAGCTTACCGAGTTTCTTTCAAAAGC
TCCCAAGATCTTGAGAATCAAAAAGGACAAATCTTTCAGTAGATACTATGATTTCGTCAA
AGAGATTGTTGTAGAAGCCGACAAGAGTTCCGAGTTGTGTCATTCTTCTCTGCCTCAGGG
GAGTAGGCAGGAGAATAAACTCAGAAACGTTTCGGTTCTGAGAGAGCTGGGAGTGCCTCA
AAAGTCGTTACTGTCACTCCTCATCTCCAGTCACCATGTCTGTTGTGGGAAAGACAAGTT
TGAAGAATCCCTCAAGAAAGTCCTTGAGATGGGTTTCGATCCCACCACCTCAAAGTTTGT
CCG

QA 1 723 1 723
DS 

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TGAGAATCAAAAAGGACAAATCTTTCAGTAGATACTATGATTTCGTCAAAGAGATTGTTG
TAGAAGCCGACAAGAGTTCCGAGTTGTGTCATTCTTCTCTGCCTCAGGGGAGTAGGCAGG
AGAATAAACTCAGAAACGTTTCGGTTCTGAGAGAGCTGGGAGTGCCTCAAAAGTCGTTAC
TGTCACTCCTCATCTCCAGTCACCATGTCTGTTGTGGGAAAGACAAGTTTGAAGAATCCC
TCAAGAAAGTCCTTGAGATGGGTTTCGATCCCACCACCTCAAAGTTTGTCCGAGCCCTCT
GCATGATTTACGAGATGAGTGATGAAACAATACAAGAAAAGCTCAGTTTCTATAAAGGTT
TAGGCTTTGCTGTGTGTGAAGTATGGGCAATGTTCAAGAAGAATCCAAGCTCTCATGTCC
AAAGGACTGCTTGGAAGTGAACCCCCTTCAGTTGGGTCTGTTTTGGTATGTACCAATGAG
ATGTATTTAGAAAGGTATGTGATGAAGCATGATGGTGATAAGATGCTTGTGGCTAAATTG
ATGGCTATCTTCACAGGAGATCGTGTTTCGTAGATCAGAAGGATTGTCAAGTTGTTAGTT
TTAATTTATTAAAAACTTGAAAACTCGGATTTAAGTTACTGGTGCGTGAGTTGATGATGG
CCATCTTCACCAAATATTGTGGTGAAACTTTGTTGCTGCATTCGGGATCCGGAAGCTCAG
CTCCAAAAGGCTTTATATGGTGCTGCATAAGTCGTATCCATGGACATATACAACTCGTTT
TGTTGCATTTCACTGATTTACTGCAAACTTGTGTTATATTTGTTGAAATCTATTTTAGAC
TTTTGTAATCTTAGTTTGATGTGGACCTCCCCCATTTTTATATGAAAATTTGTAATCTTT
AACGTT

QA 1 906 1 906
DS 



AS 1 2

CO CL5602Contig1 568 2 3 U
GGTCAAATTCATTAATTAAAATAAATCGGTTCATAACTGAGAACTGAGGTCACAAAGTAC
GGAAACAGAAACGTAGTTCATATAATAACTAAATAAACTTAACAACATCAAAGATCATCA
TCACTCGTTTATTGAGAGAGACCAAACCAACATCAAACTTGAAGTGCAAGTTGGTAGAAT
GATAGTAGATACGCTCTATATAGTTCAACAACCTGGGATTCATATAAATGCATCAAACGA
GATTCAAATCCAGAGGACCAGTCTACACTCTAGTTCTATAAATTTCAAGGGCAAGCTAAA
AAAAAAATGTAATTTGATTTTAGTGGGCGATAGTAAACAAGCAAAATAAACACGAAATTG
ATTCAATTAAACAAGAGCTAGCCTAGGGTATTTCATTGGGTGTTGAATTGGAGCCAAACA
ATTATTCAAGCGCGATGAAGTGCTTTCTAAAACTCGGATCACTCAGCTGGAACACTCCAC
TGTCGTGGTAGTGATCGCTTTGCAGATCGATCTCACCACCTAACTGTTGTTGGGATGAGA
ATCGATTGCAAGCTTTAGAGAACAGGTC


BQ
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AF RR3AX49JQ U 197
AF RR3AX49TF C 1
BS 1 196 RR3AX49TF
BS 197 511 RR3AX49JQ
BS 512 568 RR3AX49TF

RD RR3AX49JQ 315 0 0
TATATAGTTCAACAACCTGGGATTCATATAAATGCATCAAACGAGATTCAAATCCAGAGG
ACCAGTCTACACTCTAGTTCTATAAATTTCAAGGGCAAGCTAAAAAAAAAATGTAATTTG
ATTTTAGTGGGCGATAGTAAACAAGCAAAATAAACACGAAATTGATTCAATTAAACAAGA
GCTAGCCTAGGGTATTTCATTGGGTGTTGAATTGGAGCCAAACAATTATTCAAGCGCGAT
GAAGTGCTTTCTAAAACTCGGATCACTCAGCTGGAACACTCCACTGTCGTGGTAGTGATC
GCTTTGCAGATCGAT

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR3AX49TF 568 0 0
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GGAAACAGAAACGTAGTTCATATAATAACTAAATAAACTTAACAACATCAAAGATCATCA
TCACTCGTTTATTGAGAGAGACCAAACCAACATCAAACTTGAAGTGCAAGTTGGTAGAAT
GATAGTAGATACGCTCTATATAGTTCAACAACCTGGGATTCATATAAATGCATCAAACGA
GATTCAAATCCAGAGGACCAGTCTACACTCTAGTTCTATAAATTTCAAGGTCAAGCTAAG
AAGAAGATGTAATTTGATTTTAGTGGGCGATAGTAAACAAGCAAAATAAACACGAGATTG
ATTCAATTAAACAAGAGCTAGCCTAGGGTATTTCATTGGGTGTTGAATTGGAGCCAAACA
ATTATTCAAGCGCGATGAAGTGCTTTCTAGAACTCGGATCACTCAGCTGGAACACTCCAC
TGTCGTGGTAGTGATCGCTTTGCAGATCGATCTCACCACCTAACTGTTGTTGGGATGAGA
ATCGATTGCAAGCTTTAGAGAACAGGTC

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL5603Contig1 1332 2 4 U
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GGAGGATCGTGCTGGCCTTGTCAATGCTCTTAAGAACAAGTTGCAGAATTTGGCTGGACA
ACACTCGGATGTCCTTGAGAACTTGACTCCCGCTGTCAGGAAGCGTGTCGAGGCTCTAAG
AGAGATTCAGAACCAACATAATGAAATTGAAGCCAAGTTTTTCGAGGAGAGGGCAGCTCT
TGAAGCTAAGTATCAAAAGTTGTATCAGCCTTTTTATACCAAGCGTTATGAGATTGTCAA
CGGTGTGGTTGAAGTTGAAGGTGCTCCTGAAGAAGTAAAAACAGAACAGGGAGATGATAA
AGCTGCTGAAGAGAAAGGAGTACCTGATTTCTGGCTTATTGCACTGAAGAACAATGAAAT
AACTGCTGAAGAGATAACTGAGAAAGATGAAGGTACTCTTAAGTATCTTAAGGATATCAA
GTGGAACAAGGTTGAAGAGCCAAAAGGTTTCAAGCTTGAGTTTTTCTTTGATGAGAACCC
CTACTTCAAGAACACTGTCTTGACCAAGACATATCACATGATTGATGAAGATGAGCCTAT
CCTCGAGAAGGCTATTGGGACGGAGATTGAGTGGTATCCTGGAAAATGTTTGACTCAGAA
GATCCTTAAAAAGAAGCCAAAGAAGGGATCCAAAAACACAAAGCCAATCACCAAGACTGA
GGACTGTGAGAGTTTCTTCAACTTCTTCAATCCACCTCAAGTTCCTGAGGACGAAGATGA
TCTTGATGATGAATTGGCTGAAGAACTCCAAGGTCAAATGGAGCACGACTATGATATTGG
ATCAACCATTAAAGAGAAAATCATCTCGCATGCTGTATCATGGTTCACTGGTGAAGCTGT
TGACGAAGATGACCTTGAGATGGAGGATGATGATGATGAGATTGATGAAGATGATGATGA
GGAGGACGAGGAAGATGATGAAGAGGACGAGGATGATGAGGATGAGGATGAAGAGGAAGA
GCAAGGAAAGAAGAGCAGAAAGAAGTCATCAGCTGGGCAAAAGAAGTCTGGAAGAAGTCA
ACTGGCAGAAGGTCAACAAGGTGAGAGGCCACCGGAATGTAAGCAGCAGTGAGTAAACAA
ACCTCTTCTCAGGTGAAGAAGATGATTTGGCTTATTGATGAAGAAGAAGAAAGAGGTCTT
TGTGTTTCTTAATTGGGTGGTGGTTTGTTAAACAAAAATTGGTTATTTGGTTTGGTTTTT
CTGATTTTTCATTTGCAATGTGTTCTCTCTTGGACTGGTTTGAGCAAATAGTATTTTGTC
GTTTTTGTTCAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B774TF U 1
AF RR3B774JQ C 546
BS 1 801 RR3B774TF
BS 802 802 RR3B774JQ
BS 803 840 RR3B774TF
BS 841 1332 RR3B774JQ

RD RR3B774TF 840 0 0
GGAGAAGAAGATGAGCAACGACAACTTGAACATGTCCGATCTCACCGCCGCTCTTAACGT
GGAGGATCGTGCTGGCCTTGTCAATGCTCTTAAGAACAAGTTGCAGAATTTGGCTGGACA
ACACTCGGATGTCCTTGAGAACTTGACTCCCGCTGTCAGGAAGCGTGTCGAGGCTCTAAG
AGAGATTCAGAACCAACATAATGAAATTGAAGCCAAGTTTTTCGAGGAGAGGGCAGCTCT
TGAAGCTAAGTATCAAAAGTTGTATCAGCCTTTTTATACCAAGCGTTATGAGATTGTCAA
CGGTGTGGTTGAAGTTGAAGGTGCTCCTGAAGAAGTAAAAACAGAACAGGGAGATGATAA
AGCTGCTGAAGAGAAAGGAGTACCTGATTTCTGGCTTATTGCACTGAAGAACAATGAAAT
AACTGCTGAAGAGATAACTGAGAAAGATGAAGGTACTCTTAAGTATCTTAAGGATATCAA
GTGGAACAAGGTTGAAGAGCCAAAAGGTTTCAAGCTTGAGTTTTTCTTTGATGAGAACCC
CTACTTCAAGAACACTGTCTTGACCAAGACATATCACATGATTGATGAAGATGAGCCTAT
CCTCGAGAAGGCTATTGGGACGGAGATTGAGTGGTATCCTGGAAAATGTTTGACTCAGAA
GATCCTTAAAAAGAAGCCAAAGAAGGGATCCAAAAACACAAAGCCAATCACCAAGACTGA
GGACTGTGAGAGTTTCTTCAACTTCTTCAATCCACCTCAAGTTCCTGAGGACGAAGATGA
TCTTGATGATGAATTGGCTGA*GAACTCCAAGGTCAAATGGAGCACGACTATGATATTGG

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR3B774JQ 787 0 0
TCAAGAACACTGTCTTGACCAAGACATATCACATGATTGATGAAGATGAGCCTATCCTCG
AGAAGGCTATTGGGACGGAGATTGAGTGGTATCCTGGAAAATGTTTGACTCAGAAGATCC
TTAAAAAGAAGCCAAAGAAGGGATCCAAAAACACAAAGCCAATCACCAAGACTGAGGACT
GTGAGAGTTTCTTCAACTTCTTCAATCCACCTCAAGTTCCTGAGGACGAAGATGATCTTG
ATGATGAATTGGCTGAAGAACTCCAAGGTCAAATGGAGCACGACTATGATATTGGATCAA
CCATTAAAGAGAAAATCATCTCGCATGCTGTATCATGGTTCACTGGTGAAGCTGTTGACG
AAGATGACCTTGAGATGGAGGATGATGATGATGAGATTGATGAAGATGATGATGAGGAGG
ACGAGGAAGATGATGAAGAGGACGAGGATGATGAGGATGAGGATGAAGAGGAAGAGCAAG
GAAAGAAGAGCAGAAAGAAGTCATCAGCTGGGCAAAAGAAGTCTGGAAGAAGTCAACTGG
CAGAAGGTCAACAAGGTGAGAGGCCACCGGAATGTAAGCAGCAGTGAGTAAACAAACCTC
TTCTCAGGTGAAGAAGATGATTTGGCTTATTGATGAAGAAGAAGAAAGAGGTCTTTGTGT
TTCTTAATTGGGTGGTGGTTTGTTAAACAAAAATTGGTTATTTGGTTTGGTTTTTCTGAT
TTTTCATTTGCAATGTGTTCTCTCTTGGACTGGTTTGAGCAAATAGTATTTTGTCGTTTT
TGTTCAC

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL5604Contig1 612 2 3 U
GATTCAGCGGGTGAAGTAGATAATATCTCGGAACAACGGGCGCAAGTTATGGAGTCGAAA
AGGCAGGAGCTTGTGTTGTTAGACAAGAGATTGCATTCAACGAGGCAGTGATCGAAGAAC
GAGAGCAAGGGATACAAGAAATCCATACTCAGATTGGCGAGGTTAACGAGATATTCAAAG
ATCTCGCGGTTCTGGTTAACGATCAAGGAGTCATGATAGATGATATCGGTACTCACATTG
ACAACTCTCGAGCTGCAACATCACAAGGAAGATCTCAGCTCGCTCAGGCCGCAAAAACAC
AAAGATCAAACTCGTCTCTGACATGCTTGCTCTTGGTGATATTTGGCATTGTACTCCTGA
TCGTGATAATCGTACTCGCAGCTTTGATTTCGGAAACCGAGAACAAGTGGTTTTGAATGT
GTTCATGGGATCTTAAAGCATCAATGAGTGAATTTACTTAGTATATATTTTATGTAATTT
TGCATTCAAAACTTAGAAGTTGGGTTTTGTATTGGTTTGGTTTGTTACGGTTGTAATATA
GTGCGTGTGTGCGTGCGTGGTTTTGTTGTGCAAACTGTGTTGGAGATGAGTGAAAGAAAG
TCTGTTCTGTTG


BQ
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AF RR3CB66TF U 199
AF RR3CB66JQ C 1
BS 1 198 RR3CB66JQ
BS 199 506 RR3CB66TF
BS 507 612 RR3CB66JQ

RD RR3CB66TF 308 0 0
ACGATCAAGGAGTCATGATAGATGATATCGGTACTCACATTGACAACTCTCGAGCTGCAA
CATCACAAGGAAGATCTCAGCTCGCTCAGGCCGCAAAAACACAAAGATCAAACTCGTCTC
TGACATGCTTGCTCTTGGTGATATTTGGCATTGTACTCCTGATCGTGATAATCGTACTCG
CAGCTTTGATTTCGGAAACCGAGAACAAGTGGTTTTGAATGTGTTCATGGGATCTTAAAG
CATCAATGAGTGAATTTACTTAGTATATATTTTATGTAATTTTGCATTCAAAACTTAGAA
GTTGGGTT

QA 1 308 1 308
DS 

RD RR3CB66JQ 612 0 0
GATTCAGCGGGTGAAGTAGATAATATCTCGGAACAACGGGCGCAAGTTATGGAGTCGAAA
AGGCAGGAGCTTGTGTTGTTAGACAAGAGATTGCATTCAACGAGGCAGTGATCGAAGAAC
GAGAGCAAGGGATACAAGAAATCCATACTCAGATTGGCGAGGTTAACGAGATATTCAAAG
ATCTCGCGGTTCTGGTTAACGATCAAGGAGTCATGATAGATGATATCGGTACTCACATTG
ACAACTCTCGAGCTGCAACATCACAAGGAAGATCTCAGCTCGCTCAGGCCGCAAAAACAC
AAAGATCAAACTCGTCTCTGACATGCTTGCTCTTGGTGATATTTGGCATTGTACTCCTGA
TCGTGATAATCGTACTCGCAGCTT*GATTTCGGAAACCGAGAACAAGTGGTTTTGAATGT
GTTCATGG*ATCTTAAAGCATCAATGAGTGAATT*ACTTAGTATATATTTTATGTAATTT
*GCATTCAAAACTTAGAAGTTGGGTTTTGTATTGGTTTGGTTTGTTACGGTTGTAATATA
GTGCGTGTGTGCGTGCGTGGTTTTGTTGTGCAAACTGTGTTGGAGATGAGTGAAAGAAAG
TCTGTTCTGTTG

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 2

CO CL5605Contig1 1022 2 6 U
GGAATAGAATCGACAAGTCTTCTCACTCGCTCTCAATCCAAACTATGGAGATTAACGGCG
ACCAACCGCCGCTAATCTGGCCGCCTCCGCCTCCACCGCCGAGGAAGATCCAAATGGATC
CTCAGACACCACCACGGAGAGTGAAATCGAGTAGACCTCCACGTCCTTCCAAACAGACAA
ATTTAAACGAAGAGGAGAGCTGCCAATTAACTCAAACCACACCACCTCCGCCTCCGCCGC
CTCCGTTTAGGGTTCCACCGCTGAAGTTCGTGGTGAGTGGTGATTTCGCGAAGATAAGGA
GCAATCAGAGCTCCAGATGTAGCTCACCTGAGCGAGAAGTGATAGACCTTGGCTGGGGTC
TAGAACTCACACGATCTGATGCCCGAGAGGAAAGCAACGTCGCCGTGAATAGTGGTGGCG
GGTTCTGTCCAAGCCCGGACGTTAACGCGAAAGCGGACAACTTCATCGCAAGGCTCAGAG
GCGAGTGGAGGCTCGATAAGGTCAACTCTGTCAAGAGGAGAAGGAGCATGAGTTCTGTCT
AGGGTCCGATATATAAGGCAATACCATTGAGAAAACCACGTAGTTTTAGTTTTCTCATTT
AAGCTTTCGTGCTGCGCAAGGAACGTACAAGCACGATCATACGACAAACATCTTCAAGCA
AGTGGGTGAACATTTGTTGTCGGAGGTGTTTTATATGTATTGAAGCATTCGCTGTGATTC
TAATCACTCGAATTTGAAGCTAGCGGTAATATTGGTATTACCGGTAGAGTAAATCGGCTA
GAACCGGCTGATATTTTTTTGGGTTAAACCGGTTGTGTGACTTTTGTTTGGTTTTGAGTT
TCCCCGATATAAAGTTGATATAACTTGGTGGTGTTCGATATGTTTTGTAGTTGGTATTGA
TGTATGTATGTATGGCCCGCGTGGGATGTAAGCATAGTTGTGGGCTCTTAGTTTTGTTGC
GCCTACCTCTCGTGACCTTTCTCCCCTTTTTTCTTTTTGATGTAAATGTTTTCTTTTTTT
GC


BQ
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10 10 

AF RR3GH96TF U 1
AF RR3GH96JQ C 378
BS 1 500 RR3GH96TF
BS 501 501 RR3GH96JQ
BS 502 523 RR3GH96TF
BS 524 524 RR3GH96JQ
BS 525 553 RR3GH96TF
BS 554 1022 RR3GH96JQ

RD RR3GH96TF 553 0 0
GGAATAGAATCGACAAGTCTTCTCACTCGCTCTCAATCCAAACTATGGAGATTAACGGCG
ACCAACCGCCGCTAATCTGGCCGCCTCCGCCTCCACCGCCGAGGAAGATCCAAATGGATC
CTCAGACACCACCACGGAGAGTGAAATCGAGTAGACCTCCACGTCCTTCCAAACAGACAA
ATTTAAACGAAGAGGAGAGCTGCCAATTAACTCAAACCACACCACCTCCGCCTCCGCCGC
CTCCGTTTAGGGTTCCACCGCTGAAGTTCGTGGTGAGTGGTGATTTCGCGAAGATAAGGA
GCAATCAGAGCTCCAGATGTAGCTCACCTGAGCGAGAAGTGATAGACCTTGGCTGGGGTC
TAGAACTCACACGATCTGATGCCCGAGAGGAAAGCAACGTCGCCGTGAATAGTGGTGGCG
GGTTCTGTCCAAGCCCGGACGTTAACGCGAAAGCGGACAACTTCATCGCAAGGCTCAGAG
GCGAGTGGAGGCTCGATAAG*TCAACTCTGTCAAGAGGAGAAG*AGCATGAGTTCTGTCT
AGGGTCCGATATA

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3GH96JQ 645 0 0
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GACGTTAACGCGAAAGCGGACAACTTCATCGCAAGGCTCAGAGGCGAGTGGAGGCTCGAT
AAGGTCAACTCTGTCAAGAGGAGAAGGAGCATGAGTTCTGTCTAGGGTCCGATATATAAG
GCAATACCATTGAGAAAACCACGTAGTTTTAGTTTTCTCATTTAAGCTTTCGTGCTGCGC
AAGGAACGTACAAGCACGATCATACGACAAACATCTTCAAGCAAGTGGGTGAACATTTGT
TGTCGGAGGTGTTTTATATGTATTGAAGCATTCGCTGTGATTCTAATCACTCGAATTTGA
AGCTAGCGGTAATATTGGTATTACCGGTAGAGTAAATCGGCTAGAACCGGCTGATATTTT
TTTGGGTTAAACCGGTTGTGTGACTTTTGTTTGGTTTTGAGTTTCCCCGATATAAAGTTG
ATATAACTTGGTGGTGTTCGATATGTTTTGTAGTTGGTATTGATGTATGTATGTATGGCC
CGCGTGGGATGTAAGCATAGTTGTGGGCTCTTAGTTTTGTTGCGCCTACCTCTCGTGACC
TTTCTCCCCTTTTTTCTTTTTGATGTAAATGTTTTCTTTTTTTGC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL5606Contig1 1169 2 8 U
GGGGTGTTAAATCATCTCTCTCAACAAAACAGAGAGAAAATCACTATAAATCTTTAATTT
TATTTGAAAAACCAATGGCGGATCGGATTAAAGGTCCATGGAGTCCTGAAGAAGACGAGC
AGCTTCGTAGGCTCGTTGTTAAATACGGTCCGGGAAACTGGACAGTGATTAGCAAATCAA
TCCCCGGTAGATCGGGAAAGTCGTGTCGGTTACGGTGGTGCAACCAGCTTTCGCCGCAGG
TCGAGCACCGGCCGTTCTCGGCGGAGGAAGACGAGACGATCGCGCGCGCGCACGCTCAGT
TCGGTAACAAATGGGCCACGATAGCCCGTCTCCTCAACGGCCGTACGGACAACGCCGTGA
AGAATCACTGGAACTCGACGCTCAAGAGGAAATGCGGTGGTTTCGACCACCGTTACGAGG
CTCCGGCGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGATCGAAGGCCGGCGAAGAGATCGGTGAGCGACG
GATGTCCACCAGTTGCTACTGGGCTTTATATGAGCCCAGGAAGCCCAACTGGATCTGATG
TCAGCGATTCGAGTACGATACCGGTTCTGCACTCTGTTGGGCTTTTCAGGCCCGTTCCAC
GTGCGGGCGGTGTCGCGCTGCCGCTTCCCGTCGAAACGTCGTCGTCATCTGGTGATCCTG
CGACTTCGTTGAGCTTGTCGCTTCCTGGTGCTGACGTCAGCGAGGAGTCAAACCGTAGTC
ACGAGTCAACTAATATCCACAACACTTGGAGCCGACAGAACAAAAAAACAGAGTCGCTGT
TACCATTTTCTGTCGGATTCCGAGGTGCGATTGAGGAAATGGGGAAGTCGTTTGCTGGGA
ACGGCGGGGAGTTTATGGCGATGGTGCAGGAGATGATAAAGGCGGAGGTGAGGAGTTACA
TGATGGAGATGCAGAGAAACCATAATGGGATGATTCCGATGAGTCAAATTGGAGTCGGGA
GAATCGAGTAGAAAAGGGAAAGTTTAATAACTGTTACAATCAATATGTGAAACCAACCGC
TATGGAAATCTGGAGGAAGAGAAGAAAAAGCTCTCTGTTTCTCTTTCTCATTTCGGATTA
GACATTTAAGAATTTTGGGACTTAAGAAATGTATAGAGCGGAAGTCGAATGAGCAAAATC
TCGGTTCGTGAACCTAGAGTAATAAATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BR30TF U 1
AF RR3BR30JQ C 456
BS 1 711 RR3BR30TF
BS 712 712 RR3BR30JQ
BS 713 728 RR3BR30TF
BS 729 729 RR3BR30JQ
BS 730 732 RR3BR30TF
BS 733 733 RR3BR30JQ
BS 734 759 RR3BR30TF
BS 760 1169 RR3BR30JQ

RD RR3BR30TF 759 0 0
GGGGTGTTAAATCATCTCTCTCAACAAAACAGAGAGAAAATCACTATAAATCTTTAATTT
TATTTGAAAAACCAATGGCGGATCGGATTAAAGGTCCATGGAGTCCTGAAGAAGACGAGC
AGCTTCGTAGGCTCGTTGTTAAATACGGTCCGGGAAACTGGACAGTGATTAGCAAATCAA
TCCCCGGTAGATCGGGAAAGTCGTGTCGGTTACGGTGGTGCAACCAGCTTTCGCCGCAGG
TCGAGCACCGGCCGTTCTCGGCGGAGGAAGACGAGACGATCGCGCGCGCGCACGCTCAGT
TCGGTAACAAATGGGCCACGATAGCCCGTCTCCTCAACGGCCGTACGGACAACGCCGTGA
AGAATCACTGGAACTCGACGCTCAAGAGGAAATGCGGTGGTTTCGACCACCGTTACGAGG
CTCCGGCGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGATCGAAGGCCGGCGAAGAGATCGGTGAGCGACG
GATGTCCACCAGTTGCTACTGGGCTTTATATGAGCCCAGGAAGCCCAACTGGATCTGATG
TCAGCGATTCGAGTACGATACCGGTTCTGCACTCTGTTGGGCTTTTCAGGCCCGTTCCAC
GTGCGGGCGGTGTCGCGCTGCCGCTTCCCGTCGAAACGTCGTCGTCATCTGGTGATCCTG
CGACTTCGTTGAGCTTGTCGCTTCCTGGTGCTGACGTCAGCGAGGAGTCAA*CCGTAGTC
ACGAGTCA*CTA*TATCCACAACACTTGGAGCCGACAGA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3BR30JQ 714 0 0
CCGGCGAAGAGATCGGTGAGCGACGGATGTCCACCAGTTGCTACTGGGCTTTATATGAGC
CCAGGAAGCCCAACTGGATCTGATGTCAGCGATTCGAGTACGATACCGGTTCTGCACTCT
GTTGGGCTTTTCAGGCCCGTTCCACGTGCGGGCGGTGTCGCGCTGCCGCTTCCCGTCGAA
ACGTCGTCGTCATCTGGTGATCCTGCGACTTCGTTGAGCTTGTCGCTTCCTGGTGCTGAC
GTCAGCGAGGAGTCAAACCGTAGTCACGAGTCAACTAATATCCACAACACTTGGAGCCGA
CAGAACAAAAAAACAGAGTCGCTGTTACCATTTTCTGTCGGATTCCGAGGTGCGATTGAG
GAAATGGGGAAGTCGTTTGCTGGGAACGGCGGGGAGTTTATGGCGATGGTGCAGGAGATG
ATAAAGGCGGAGGTGAGGAGTTACATGATGGAGATGCAGAGAAACCATAATGGGATGATT
CCGATGAGTCAAATTGGAGTCGGGAGAATCGAGTAGAAAAGGGAAAGTTTAATAACTGTT
ACAATCAATATGTGAAACCAACCGCTATGGAAATCTGGAGGAAGAGAAGAAAAAGCTCTC
TGTTTCTCTTTCTCATTTCGGATTAGACATTTAAGAATTTTGGGACTTAAGAAATGTATA
GAGCGGAAGTCGAATGAGCAAAATCTCGGTTCGTGAACCTAGAGTAATAAATAA

QA 1 714 1 714
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5608Contig1 1028 2 2 U
GTCTTTCAAGTGGAGAGAAGGACACGCTACTGGTCCTTTATTTTCTACGAAAATGCAGTT
GCAGAGACCTGTTGCAGGGACTCAGGTTCCTTTCTGTCCGCTCGAGAAGAAGATGTTGGA
TTGTTGGTCTATCATTGAGCCGAGTAGCTTCCGTGTTCGTAGCAAAACTTATTTCAGAGA
AAAGAAGAAAGAGTTTGCACAAAACTATGCTGCATATAATCCATTCGGTGTTGATGTGTT
TTTATCGCAACGTAAAGTAAACCATATAGCACAATACGTGGAGCTTCCTGTTGTTAATAC
AGCCCCGACCAAGCTCCCATCTATACTCGTTGTAAATGTTCAGATTCCGTTGTATCCAGC
TGCAATCTTCCAAGGTGAAACTGATGGAGAAGGGATGAACTTTGTTTTATACTTTAAACT
TTCTGATAATTATTTAAAAGAGCTTCCACCTCATTTTATAGAAAGCATTCAGAGATTGAT
AGATGATGAGGTTGAGAAAGTGAGAGACTTTGCTATGGATGCAAATGTCCCGTTTAGAGA
ACGGTTAAAGATACTGGGGCGTGTTGCAAACGTAGAGGATCTTCAGTTGAATGGTGCAGA
GAAGAAGCTCATGAATGCTTATAACGAGAAACCTGTGCTTTCTCGTCCACAACATGAGTT
TTATTTGGGTGAGAATTATTTTGAGATTGATATTGATATGCATAGATTCAGCTACATATC
GAGGAAAGGGTTTGAAGCATTTTTAGATAGGCTCAAGAACTGTGTTTTTGATGTTGGACT
CACTATTCAGGGGAATAAACCGGGGGAGTTACCGGAGCAGATTTTGTGTTGCGTCCGGTT
AAATGGGATTGATTACATGAATTATCATCAGTTAGCTTTTGGGCAAGAATTTAATGATGA
ACATAAAGATTAACTTTTTTAATTGTATTTTTTTTACATTTTTTGTCCCTTAAGAACTCA
AAGATTTAATAGCTTTTTTTTTTTTTTGAAGTAAAAACCCAATAAAGAAAAAAAATTGTG
GCCTTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BF50TF U 1
AF RR3BF50JQ C 445
BS 1 754 RR3BF50TF
BS 755 1028 RR3BF50JQ

RD RR3BF50TF 754 0 0
GTCTTTCAAGTGGAGAGAAGGACACGCTACTGGTCCTTTATTTTCTACGAAAATGCAGTT
GCAGAGACCTGTTGCAGGGACTCAGGTTCCTTTCTGTCCGCTCGAGAAGAAGATGTTGGA
TTGTTGGTCTATCATTGAGCCGAGTAGCTTCCGTGTTCGTAGCAAAACTTATTTCAGAGA
AAAGAAGAAAGAGTTTGCACAAAACTATGCTGCATATAATCCATTCGGTGTTGATGTGTT
TTTATCGCAACGTAAAGTAAACCATATAGCACAATACGTGGAGCTTCCTGTTGTTAATAC
AGCCCCGACCAAGCTCCCATCTATACTCGTTGTAAATGTTCAGATTCCGTTGTATCCAGC
TGCAATCTTCCAAGGTGAAACTGATGGAGAAGGGATGAACTTTGTTTTATACTTTAAACT
TTCTGATAATTATTTAAAAGAGCTTCCACCTCATTTTATAGAAAGCATTCAGAGATTGAT
AGATGATGAGGTTGAGAAAGTGAGAGACTTTGCTATGGATGCAAATGTCCCGTTTAGAGA
ACGGTTAAAGATACTGGGGCGTGTTGCAAACGTAGAGGATCTTCAGTTGAATGGTGCAGA
GAAGAAGCTCATGAATGCTTATAACGAGAAACCTGTGCTTTCTCGTCCACAACATGAGTT
TTATTTGGGTGAGAATTATTTTGAGATTGATATTGATATGCATAGATTCAGCTACATATC
GAGGAAAGGGTTTGAAGCATTTTTAGATAGGCTC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3BF50JQ 584 0 0
TCCACCTCATTTTATAGAAAGCATTCAGAGATTGATAGATGATGAGGTTGAGAAAGTGAG
AGACTTTGCTATGGATGCAAATGTCCCGTTTAGAGAACGGTTAAAGATACTGGGGGGTGT
TGCAAACGTAGAGGATTTTCAGTTGAATGGTGCAGAGAAGAAGCTCATGAATGCTTATAA
CGAGAAACCTGTGCTTTTTTGTCCACAACATGAGTTTTATTTGGGTGAGAATTATTTTGA
GATTGATATTGATATGCATAGATTCAGCTACATATCGGGGAAAGGGTTTGAAGCATTTTT
AGATAGGCTCAAGAACTGTGTTTTTGATGTTGGACTCACTATTCAGGGGAATAAACCGGG
GGAGTTACCGGAGCAGATTTTGTGTTGCGTCCGGTTAAATGGGATTGATTACATGAATTA
TCATCAGTTAGCTTTTGGGCAAGAATTTAATGATGAACATAAAGATTAACTTTTTTAATT
GTATTTTTTTTACATTTTTTGTCCCTTAAGAACTCAAAGATTTAATAGCTTTTTTTTTTT
TTTGAAGTAAAAACCCAATAAAGAAAAAAAATTGTGGCCTTTTG

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

CO CL5609Contig1 994 2 10 U
GAGAGGAAACCGACAGAAGACAAGAATGATGTGGCTCATCGATGAACTTGGTGTTGAAGG
ATTTAGAGCAGAGGTGGAGAAGAGAATGCCTAACGGTAAACTCGATAGAGAATCTTCGGA
GGATCTCGTGAACAAACAATGGGAGAGGAGAGACTACTTCGGAGTCCACCCTCAGAAACA
AGAAGGTCTTAGCTACATTGGCCTTCACGTTCCGGTCGGTAGGCTACAAGCGGATGACAT
GGACGAGCTTGCTCGGTTAGCTGACACCTACGGCACTGGCGAGCTCAGACTCACGGTAGA
GCAAAACATCATCATCCCAAACGTGGAAACCTCCAAAACCGAAGCTTTGCTTGAAGAACC
GTTTCTCAAGAACAGGTTCTCTCCTGAGCCATCTATCTTGATGGAAGGCTTAGTCGCTTG
TACCGGAAACCAGTTTTGTGGACAAGCTATAATCGAGACCAAACTAAGAGCACTAAAAGT
GACAGAAGAAGTGGAGAGACTTGTAGCTGTGCCAAAGCCGATTAGGATGCATTGGACAGG
ATGTCCCAACACTTGTGGGCAAGTCCAGGTGGCAGATATCGGATTCATGGGATGCTTGAC
ACGTGGTGAGAACGGGAAGCCTGTCGAGGGTGCTGACGTGTACGTTGGAGGACGAATAGG
AAGCGACTCGCATCTTGGAGAGATTTATAAGAAAGGTGTTCGTGTTACGGAGTTGGTTCC
CTTGGTGGCTGAGATTCTAGTCAAAGAATTTGGCGCTGTGCCTAGAGAAAGGGAAGAGAA
TGAAGATTGATTCAAAGCCTTTGGATCTTTAATAAGTTGGGGACAACAATGGTTCTCTCA
TCTCATTCCCGTTTCAGACATTGATACTTTGTGTTTTGTGCCCATAACTTTTGGGTTTTC
TAGCTCTTGTTGAAACTTGTAACTTGTTGTTGATCGTTTTGTAATATCCTTGTTTTTATA
ATGTAGTTATAATTCCGACGATTTGCCTTTTTAC


BQ
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AF RR3ED79TF U 1
AF RR3ED79JQ C 426
BS 1 650 RR3ED79TF
BS 651 651 RR3ED79JQ
BS 652 661 RR3ED79TF
BS 662 662 RR3ED79JQ
BS 663 695 RR3ED79TF
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BS 700 700 RR3ED79JQ
BS 701 723 RR3ED79TF
BS 724 994 RR3ED79JQ

RD RR3ED79TF 723 0 0
GAGAGGAAACCGACAGAAGACAAGAATGATGTGGCTCATCGATGAACTTGGTGTTGAAGG
ATTTAGAGCAGAGGTGGAGAAGAGAATGCCTAACGGTAAACTCGATAGAGAATCTTCGGA
GGATCTCGTGAACAAACAATGGGAGAGGAGAGACTACTTCGGAGTCCACCCTCAGAAACA
AGAAGGTCTTAGCTACATTGGCCTTCACGTTCCGGTCGGTAGGCTACAAGCGGATGACAT
GGACGAGCTTGCTCGGTTAGCTGACACCTACGGCACTGGCGAGCTCAGACTCACGGTAGA
GCAAAACATCATCATCCCAAACGTGGAAACCTCCAAAACCGAAGCTTTGCTTGAAGAACC
GTTTCTCAAGAACAGGTTCTCTCCTGAGCCATCTATCTTGATGGAAGGCTTAGTCGCTTG
TACCGGAAACCAGTTTTGTGGACAAGCTATAATCGAGACCAAACTAAGAGCACTAAAAGT
GACAGAAGAAGTGGAGAGACTTGTAGCTGTGCCAAAGCCGATTAGGATGCATTGGACAGG
ATGTCCCAACACTTGTGGGCAAGTCCAGGTGGCAGATATCGGATTCATGGGATGCTTGAC
ACGTGGTGAGAACGGGAAGCCTGTCGAGGGTGCTGACGTGTACGTTGGAG*ACGAATAGG
A*GCGACTCGCATCTTGGAGAGATTTATAAGAAAG*TGT*CGTGTTACGGAGTTGGTTCC
CTT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3ED79JQ 569 0 0
GAAACCAGTTTTGTGGACAAGCTATAATCGAGACCAAACTAAGAGCACTAAAAGTGACAG
AAGAAGTGGAGAGACTTGTAGCTGTGCCAAAGCCGATTAGGATGCATTGGACAGGATGTC
CCAACACTTGTGGGCAAGTCCAGGTGGCAGATATCGGATTCATGGGATGCTTGACACGTG
GTGAGAACGGGAAGCCTGTCGAGGGTGCTGACGTGTACGTTGGAGGACGAATAGGAAGCG
ACTCGCATCTTGGAGAGATTTATAAGAAAGGTGTTCGTGTTACGGAGTTGGTTCCCTTGG
TGGCTGAGATTCTAGTCAAAGAATTTGGCGCTGTGCCTAGAGAAAGGGAAGAGAATGAAG
ATTGATTCAAAGCCTTTGGATCTTTAATAAGTTGGGGACAACAATGGTTCTCTCATCTCA
TTCCCGTTTCAGACATTGATACTTTGTGTTTTGTGCCCATAACTTTTGGGTTTTCTAGCT
CTTGTTGAAACTTGTAACTTGTTGTTGATCGTTTTGTAATATCCTTGTTTTTATAATGTA
GTTATAATTCCGACGATTTGCCTTTTTAC

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

CO CL5610Contig1 1064 2 2 U
TTGTAGCAGGAAAGTGGTTGGAGTTAGCTTCGCTAATGGTTACTTCAGCTGAATTGGTAT
CTTCTAAGATCTCTGAGAAAGATCTTGAGTGTACCTACACCATCATCTGCAGCCTTGTCA
AGAATGCCAATAGCACCGAGGATGTTCTTGAAATGGTGAAAGCTATCTCTTCTAAGGTTG
TTCAGCAACCGAGTGACAAAGCTTCACTTCGTTTGAAGATCCTCTTCAATCTCTATAACC
TACTGGACCACCCGTATGCTCGTTTCCAAGTGTACATGAAAGCTCTTACACTAGCTGTTG
AAGGGAAGGTTGCTGAGTACATAGTTCCTTCTTTTAAGAAGATTGACAACTTCTTGAAAG
AGTGGAGCATTGACACTAAAGATCAGAGACAACTTTTCCTTGCTATTGCTAATGTGCTGA
GAGAAAACAAAAGCTTGGTGAAAGAATCTCTTAACTTCTCGACGAAGTATCTAGCGACTT
TCTCCACTGAGGATGCTCTGGATGAAGCTAAGGAGGAGGCTGTTCGTGCAGTTATTGAGT
TTGTTAAGGCTTCCAGCATTTTCCAGTGTGGTTTGTTGGACTTGCCAGCCGTAGCACAGT
TAGAGAAGGATGCTAAGTATACACCTGTTTACCAGCTACTCAAGATCTTTCTTACTCAGA
GGCTGAATGCTTACTTGGAGTTCCAAGCTGCAAATGCTGAATGTCTGCAAAGCTATGGAC
TTGTCGATGAAGATTGTGTAACGAAGATGAGATTGTTGTCACTAGTGGACTTAGCGTCAG
ATGAATCTGGCAAAATCCCTTACGTCTCAATCAAAGACACTCTACAGGTAAAGGAAGAGG
AGGTTGAACTGTGGATCGTGAAGGCGATAACTGCGAAGCTGATCGATTGTAAGATGGATC
AGATGAACCAAGTTGTCATTGTCAGCCGCTGTTCAGAGCGTGAATTTGGGTCAAAGCAAT
GGCAATCACTACGAACTAAGCTCGCAACTTGGCGGGATAACATTGGAAACGTCATAAGTA
CAATCGAGTCAAACAAGGTAACCGAGGAAGGTTTTCAGGCATCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AM42TF U 1
AF RR3AM42JQ C 666
BS 1 780 RR3AM42TF
BS 781 1064 RR3AM42JQ

RD RR3AM42TF 780 0 0
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CTTCTAAGATCTCTGAGAAAGATCTTGAGTGTACCTACACCATCATCTGCAGCCTTGTCA
AGAATGCCAATAGCACCGAGGATGTTCTTGAAATGGTGAAAGCTATCTCTTCTAAGGTTG
TTCAGCAACCGAGTGACAAAGCTTCACTTCGTTTGAAGATCCTCTTCAATCTCTATAACC
TACTGGACCACCCGTATGCTCGTTTCCAAGTGTACATGAAAGCTCTTACACTAGCTGTTG
AAGGGAAGGTTGCTGAGTACATAGTTCCTTCTTTTAAGAAGATTGACAACTTCTTGAAAG
AGTGGAGCATTGACACTAAAGATCAGAGACAACTTTTCCTTGCTATTGCTAATGTGCTGA
GAGAAAACAAAAGCTTGGTGAAAGAATCTCTTAACTTCTCGACGAAGTATCTAGCGACTT
TCTCCACTGAGGATGCTCTGGATGAAGCTAAGGAGGAGGCTGTTCGTGCAGTTATTGAGT
TTGTTAAGGCTTCCAGCATTTTCCAGTGTGGTTTGTTGGACTTGCCAGCCGTAGCACAGT
TAGAGAAGGATGCTAAGTATACACCTGTTTACCAGCTACTCAAGATCTTTCTTACTCAGA
GGCTGAATGCTTACTTGGAGTTCCAAGCTGCAAATGCTGAATGTCTGCAAAGCTATGGAC
TTGTCGATGAAGATTGTGTAACGAAGATGAGATTGTTGTCACTAGTGGACTTAGCGTCAG

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3AM42JQ 399 0 0
AATGCTTACTTGGAGTTCCAAGCTGCAAATGCTGAATGTCTGCAAAGCTATGGACTTGTC
GATGAAGATTGTGTAACGAAGATGAGATTGTTGTCACTAGTGGACTTAGCGTCAGATGAA
TCTGGCAAAATCCCTTACGTCTCAATCAAAGACACTCTACAGGTAAAGGAAGAGGAGGTT
GAACTGTGGATCGTGAAGGCGATAACTGCGAAGCTGATCGATTGTAAGATGGATCAGATG
AACCAAGTTGTCATTGTCAGCCGCTGTTCAGAGCGTGAATTTGGGTCAAAGCAATGGCAA
TCACTACGAACTAAGCTCGCAACTTGGCGGGATAACATTGGAAACGTCATAAGTACAATC
GAGTCAAACAAGGTAACCGAGGAAGGTTTTCAGGCATCA

QA 1 399 1 399
DS 



AS 1 2

CO CL5611Contig1 1227 2 2 U
GGAACCATCATCCAACACACTCACTATCAATGGAACAACAATTAACATTAGTTCTGTTGC
CTAACAGCCCCAAAGGCGCCAGCGCCAACTTCGACGAACAAACCCTAGACGACCCCTCCT
CCTCCTCTTCCTCCTGCACTCAAACCCCTCGTACCTTCCTCAAATTCTTCCTCTACTTCT
CCCTCGTCGCTCTCGCTTACTATTTCATCATCTCCACCTTCACCGTCTCCCCAGTCTTCA
TCTCCCTTGATTCGCCGCCGGTATCTCCTTCCGGTAACGGTTCATCGCCAAAGTGTGATC
TTTTCAGAGGGGATTGGATACCAGATCCGTCGGGTCCTCTCTACACCAATCTCTCGTGTC
ACCACATTCAGGATTTTCAGAACTGTTTGTTGAATGGACGCCCTGATGTCAACTATCTCT
TCTGGAGATGGAAGCCTCGCGACTGTGAACTCCCTAGGTTCAGCCCCTCTCAGTTTCTCG
ACAGAGTCAGTACTCCAACTTCGATTACGTTGTCATCTCCGGTGGCAAATGGTTCCTCAA
AGCAACGATATTCCACGAAAACAACACAGTCACAGGCTGCCATTACTGCCAAGGCAGAAA
CAACCTAACAGACTTCGGATACGATTACTCCTACCGCAAAACCCTCAAGCTACTTCGGAG
CTTCGTCCGCGACTCGACGCACAAACCCCTGGTTCTGTTCCGGACCACGACACCTGACCA
TTTCGAGAACGGAGAGTGGAACACTGGCGGGTATTGCAACAGGACGATGCCCTTTAAAGA
AGACGAGGCGAAGTTGAAAACCGTTGATGATGTCATGCGTGACGTCGAGCTTGATGTGTT
TCAGAATTTTGGAGAAGGTTCCACCAACTTTAGACTGTTGGACACGACGGGGATGTCTTT
TTTCCGACCAGACGGGCATCCGGGACCGTACAGGCATCCGAATCCTTTTGCTGGAGTGAA
GGATAAGAGCAGTGTTCAGAATGATTGTCTGCATTGGTGCTTACCCGGTTTGATTGATTC
ATGGAATGATGTTATGGTGGAGACCATACTAAACCGGTAGCGGTTTAGATGAAGGGATCA
AATGTTCATTGGACTGGTAAATGTACAACGGTATTGTTTGTAGTCAGTTCCGGCTTATAG
CCATCCCCACTTGTTCGAATATATGCTATTTGTATATTTTTAGTTTTGTAATGGTCTTAA
ACGAATAATGTAGCAATGTTATAAATG


BQ
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AF RR3A310TF U 1
AF RR3A310JQ C 463
BS 1 746 RR3A310TF
BS 747 1227 RR3A310JQ

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CCTCCTCTTCCTCCTGCACTCAAACCCCTCGTACCTTCCTCAAATTCTTCCTCTACTTCT
CCCTCGTCGCTCTCGCTTACTATTTCATCATCTCCACCTTCACCGTCTCCCCAGTCTTCA
TCTCCCTTGATTCGCCGCCGGTATCTCCTTCCGGTAACGGTTCATCGCCAAAGTGTGATC
TTTTCAGAGGGGATTGGATACCAGATCCGTCGGGTCCTCTCTACACCAATCTCTCGTGTC
ACCACATTCAGGATTTTCAGAACTGTTTGTTGAATGGACGCCCTGATGTCAACTATCTCT
TCTGGAGATGGAAGCCTCGCGACTGTGAACTCCCTAGGTTCAGCCCCTCTCAGTTTCTCG
ACAGAGTCAGTACTCCAACTTCGATTACGTTGTCATCTCCGGTGGCAAATGGTTCCTCAA
AGCAACGATATTCCACGAAAACAACACAGTCACAGGCTGCCATTACTGCCAAGGCAGAAA
CAACCTAACAGACTTCGGATACGATTACTCCTACCGCAAAACCCTCAAGCTACTTCGGAG
CTTCGTCCGCGACTCGACGCACAAACCCCTGGTTCTGTTCCGGACCACGACACCTGACCA
TTTCGAGAACGGAGAGTGGAACACTG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3A310JQ 765 0 0
GCCCCTCTCAGTTTCTCGACAGAGTCAGTACTCCAACTTCGATTACGTTGTCATCTCCGG
TGGCAAATGGTTCCTCAAAGCAACGATATTCCACGAAAACAACACAGTCACAGGCTGCCA
TTACTGCCAAGGCAGAAACAACCTAACAGACTTCGGATACGATTACTCCTACCGCAAAAC
CCTCAAGCTACTTCGGAGCTTCGTCCGCGACTCGACGCACAAACCCCTGGTTCTGTTCCG
GACCACGACACCTGACCATTTCGAGAACGGAGAGTGGAACACTGGCGGGTATTGCAACAG
GACGATGCCCTTTAAAGAAGACGAGGCGAAGTTGAAAACCGTTGATGATGTCATGCGTGA
CGTCGAGCTTGATGTGTTTCAGAATTTTGGAGAAGGTTCCACCAACTTTAGACTGTTGGA
CACGACGGGGATGTCTTTTTTCCGACCAGACGGGCATCCGGGACCGTACAGGCATCCGAA
TCCTTTTGCTGGAGTGAAGGATAAGAGCAGTGTTCAGAATGATTGTCTGCATTGGTGCTT
ACCCGGTTTGATTGATTCATGGAATGATGTTATGGTGGAGACCATACTAAACCGGTAGCG
GTTTAGATGAAGGGATCAAATGTTCATTGGACTGGTAAATGTACAACGGTATTGTTTGTA
GTCAGTTCCGGCTTATAGCCATCCCCACTTGTTCGAATATATGCTATTTGTATATTTTTA
GTTTTGTAATGGTCTTAAACGAATAATGTAGCAATGTTATAAATG

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

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TGTCAGATACTAGATGAGAAAATCTTCGTTGCAGTTGGGAGAAACGTATGGAAGAACATA
TCAAACCTTTTGTGGGCATTAAAAAACTCCCAAGGAAGCAAAATCTGCATCCTTCATATT
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ATGGGAGCAGCTGCAGATAAACACTATTCCATAAAAATGGAGGATCTCAAGTCCAAGAAA
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AACCTTATCCATACAAGAGAAGCTAGGATGGATGAAGTTCGAGCTCTCTCTGTTCTCTTG
TCCGACTTTCAACGGCTTGTATTGCCACAAATAACCGCTGATTCACTTGAAGTGGCAGCA
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AACGTCAGAAGAGACCAAGATCAAGAGGAACAGGATGACTCATCTTCTCAAGTGTTCCCG
TGCAGGGGAATGCGACTAGACGTG


BQ
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AF RR3BC24TF U 1
AF RR3B003TF U 1
BS 1 809 RR3B003TF
BS 810 810 RR3BC24TF
BS 811 864 RR3B003TF

RD RR3BC24TF 823 0 0
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AACGTCAGAAGAGACCAAGATCAAGAGGAACAGGATGACTCAT

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TCAAACCTTTTGTGGGCATTAAAAAACTCCCAAGGAAGCAAAATCTGCATCCTTCATATT
CACCAGCCATCTCCAATGATTCCTCTCTTGGGTACAAGATTTGAAGCTTCAACGGTAGAT
GAGGAATCATTAAGAGCATACCGAGGCAAAGAAAAGGACAAAACAGATAAGATCCTACAA
GACTACCTTAGTATTTGTCTGTACAAAGGGGTACAGGCAGAGAAGCTGTGTATCGAGATA
GAGTCAATTGAGAAAGGGATTGTGGAAACTATATACAAGCATAGGATCAGGAAGTTTGTT
ATGGGAGCAGCTGCAGATAAACACTATTCCATAAAAATGGAGGATCTCAAGTCCAAGAAA
GCCAACTTTGTTTGTCAACAAGCGCCTGCTACTTGTCAGATACACTTCACCTGCAAAGGA
AACCTTATCCATACAAGAGAAGCTAGGATGGATGAAGTTCGAGCTCTCTCTGTTCTCTTG
TCCGACTTTCAACGGCTTGTATTGCCACAAATAACCGCTGATTCACTTGAAGTGGCAGCA
AGTATGAGTGGAGAAAATAACAGATCCTCCATAGATATCATCAGCTCTGATACATTGTCA
AACGTCAGAAGAGACCAAGATCAAGAGGAGCAGGATGACTCATCTTCTCAAGTGTTCCCG
TGCAGGGGAATGCGACTAGACGTG

QA 1 864 1 864
DS 



AS 1 2

CO CL5613Contig1 864 2 14 U
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ATGTCATTGAGCTTGGTGCACAACCAGGAAAACCATCATTTTCAAAGAAGCAGGGCAGAT
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GCTTCTGCTATCTACAGAAATCGTATAAGCCCAGACCCAATTTTCTTGACTTCTGAAGCT
TCTTCCCTTGGGGGTTTCTATGCCATTAATAGGCGAGGACAAGTTCTTTTGGCTACAGTA
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AGCACTTTTGCAGAGCGAAGGGAG


BQ
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AF RR3BG77JQ C 1
AF RR3BG77TF U 1
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BS 115 115 RR3BG77JQ
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BS 761 776 RR3BG77TF
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BS 790 816 RR3BG77TF
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BS 838 838 RR3BG77JQ
BS 839 848 RR3BG77TF
BS 849 864 RR3BG77JQ

RD RR3BG77JQ 864 0 0
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ATGTCATTGAGCTTGGTGCACAACCAGGAAAACCATCATTTTCAAAGAAGCAGGGCAGAT
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TTTAACTTGATATATGTCATCACCAAGCTTGGTCTGTTGTTTGTATACGATCTAGAGACG
GCTTCTGCTATCTACAGAAATCGTATAAGCCCAGACCCAATTTTCTTGACTTCTGAAGCT
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GGGATTCTACGGACACCTGATACTGTGGCTAAGTTCCAGAGCGTTCCTGTACAAGCAGGG
CAAACTCCTCCCTTGTTACAGTATTTTGGGACCCTTTTGACTAGAGGGAAGCTAAATTCA
TATGAGTCGTTGGAACTATCCCGG*CTTGTTGTGAATCAAAACAAGAAGAATCTTTTGGA
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QA 1 864 1 864
DS 

RD RR3BG77TF 854 0 0
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ATGTCATTGAGCTTGGTGCACAACCAGGAAAACCATCATTTTCAAAGAAGCAGG*CAGAT
CTCTTCTTCCCCCCAGATTTTGCCGATGATTTTCCTGTAGCTATGCAGGTGTCCAACAAA
TTTAACTTGATATATGTCATCACCAAGCTTGGTCTGTTGTTTGTATACGATCTAGAGACG
GCTTCTGCTATCTACAGAAATCGTATAAGCCCAGACCCAATTTTCTTGACTTCTGAAGCT
TCTTCCCTTGGGGGTTTCTATGCCATTAATAGGCGAGGACAAGTTCTTTTGGCTACAGTA
AACGAGGCTACGATAATACCGTTTATTAGCGGTCAATTGAACAATTTGGAACTTGCTGTC
AATCTGGCTAAAAGAGGAAATCTCCCTGGTGCGGAAAATCTGGTTGTCCAGCGGTTCCAA
GAGTTATTTGCTCAAACAAAGTACAAGGAGGCTGCTGAACTTGCCGCTGAATCTCCTCAG
GGGATTCTACGGACACCTGATACTGTGGCTAAGTTCCAGAGCGTTCCTGTACAAGCAGGG
CAAACTCCTCCCTTGTTACAGTATTTTGGGACCCTTTTGACTAGAGGGAAGCTAAATTCA
TATGAGTCGTTGGAACTATCCCGGGCTTGTTGTGAATCAAAACAAGAAGAATCTTTTGGA
AAACTGGTTGGCCGAGGACAAGTTAGAATGCAGCGAAGA*CTTGGAGACCTTGTCA*GAC
TGTGGATA*TGACCTTGCGCTGAAAATATACATCAA*GCTCGAGCTACTCCAAAAGT*GT
AGCACTTT
GCAGAG

QA 1 848 1 848
DS 



AS 1 2

CO CL5614Contig1 1186 2 4 U
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TAACTTCTCACCATTATCAAAACCTTTCATTGTTGTATTCGTCGATCAAAACAAAGATCG
AAAAATGAGGACCAAATCTCAGTCTTCTGTTAATCTGAAGGTCATATTCACATGCTGCTC
AATCTTGATCTTTCTCATTATCTTCTTTGCAAGATCAAACATCTCTTCTTCCTCCTCAAG
GCCCCTTTCCAAGACCAATCTCTCTCAAGAAGAAGAAGAAAATCAGACGCATTGTCCATC
AACAAAACAATGCACAAAGATGCCAATATCTTTATCCGACGCATTGGTTCACTACGTCAC
CAGTAACGTCACTCCACAACAGACATTCGACGAAGTCTCTGTGTCAAAGAGAGTCTTGGA
CAAGAAGTCTCCATGTAACTTCCTCGTCTTTGGTTTAGGTCATGACAGCTTGATGTGGGC
ATCTCTCAACCACGGTGGACGTACCTTGTTTATTGAGGAAGACAAGGCTTGGATCGAGAC
TGTGACTAAGAAGTTCCCAAACTTGGAAGCTTACCACGTCGTTTACGACACCAAAATGAA
AAATTCAGACAAGCTGATGGAGCTAGGAAGATCAGAGGAGTGCAAATCCGTGTCCGACCC
AAGAAACTCGAAATGTGATCTAGCGTTGAAAGATTTTCCGGCAGATTTTTACGAGACGAA
ATGGGATCTGATCATGGTAGATGCTCCAACTGGTTACCACGAGGAAGCTCCAGGGAGGAT
GAGCGCTATCTACACGGCGGGGCTTTTGGCTCGCAACCGTGAAGATGGAGAAACTGACGT
TTTTGTTCACGACGTTAACTGTCCGGTGGAAGATGAGTTCTCGGCGACTTTCTTGTGTAA
GGGATACATGAGGGAGCAAAATGGGAGGCTAAGGCATTTCACCATCCCTAGTCACAGGGC
TCGAGCTGGAAGACCGTTTTGTCCTGTGGATGTTGATCGCCGCCGCCGTTGATTTACATA
GTGGACCTAGAGTCACTTTGCTTATATAGCTGGCTTTCTGTGTGTGTTTTTGCTTTTATC
TTTGATGATTTTGGTTTACTTTTAAGGATTCAGTGCATTTACTGAAACGATGTATTAATG
TAGTTTTCTTTTCTTCATATAATTATTTGTCATATTAATGAACACG


BQ
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AF RR3D716TF U 1
AF RR3D716JQ C 509
BS 1 665 RR3D716TF
BS 666 666 RR3D716JQ
BS 667 686 RR3D716TF
BS 687 1186 RR3D716JQ

RD RR3D716TF 686 0 0
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TAACTTCTCACCATTATCAAAACCTTTCATTGTTGTATTCGTCGATCAAAACAAAGATCG
AAAAATGAGGACCAAATCTCAGTCTTCTGTTAATCTGAAGGTCATATTCACATGCTGCTC
AATCTTGATCTTTCTCATTATCTTCTTTGCAAGATCAAACATCTCTTCTTCCTCCTCAAG
GCCCCTTTCCAAGACCAATCTCTCTCAAGAAGAAGAAGAAAATCAGACGCATTGTCCATC
AACAAAACAATGCACAAAGATGCCAATATCTTTATCCGACGCATTGGTTCACTACGTCAC
CAGTAACGTCACTCCACAACAGACATTCGACGAAGTCTCTGTGTCAAAGAGAGTCTTGGA
CAAGAAGTCTCCATGTAACTTCCTCGTCTTTGGTTTAGGTCATGACAGCTTGATGTGGGC
ATCTCTCAACCACGGTGGACGTACCTTGTTTATTGAGGAAGACAAGGCTTGGATCGAGAC
TGTGACTAAGAAGTTCCCAAACTTGGAAGCTTACCACGTCGTTTACGACACCAAAATGAA
AAATTCAGACAAGCTGATGGAGCTAGGAAGATCAGAGGAGTGCAAATCCGTGTCCGACCC
AAGAA*CTCGAAATGTGATCTAGCGT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3D716JQ 678 0 0
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GCTTACCACGTCGTTTACGACACCAAAATGAAAAATTCAGACAAGCTGATGGAGCTAGGA
AGATCAGAGGAGTGCAAATCCGTGTCCGACCCAAGAAACTCGAAATGTGATCTAGCGTTG
AAAGATTTTCCGGCAGATTTTTACGAGACGAAATGGGATCTGATCATGGTAGATGCTCCA
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GCTCGCAACCGTGAAGATGGAGAAACTGACGTTTTTGTTCACGACGTTAACTGTCCGGTG
GAAGATGAGTTCTCGGCGACTTTCTTGTGTAAGGGATACATGAGGGAGCAAAATGGGAGG
CTAAGGCATTTCACCATCCCTAGTCACAGGGCTCGAGCTGGAAGACCGTTTTGTCCTGTG
GATGTTGATCGCCGCCGCCGTTGATTTACATAGTGGACCTAGAGTCACTTTGCTTATATA
GCTGGCTTTCTGTGTGTGTTTTTGCTTTTATCTTTGATGATTTTGGTTTACTTTTAAGGA
TTCAGTGCATTTACTGAAACGATGTATTAATGTAGTTTTCTTTTCTTCATATAATTATTT
GTCATATTAATGAACACG

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL5615Contig1 1203 2 2 U
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TAGTGATGTTGATGCTGATAAGGATTTGAAGCGTTTGAAATCTAATTTCGAGGTTCTTTG
TGATGAGGATAAGATTCTTGTGTTTTACAAGAAGCTGTTGATTGAGTGGAAACAGGAGCT
TGATGCTGTGGAGAACACAGAGAGGAGAACTGCTAAAGGGAAGAAGAATGTTGCCACTTT
TAAGCAGTGTGCTAGGTATCTTACTCCTCTCTTCAACTTATGCAGGAAGAAGGTATAAAT
CACAATCCTTTTGCTTGCTGATAAGATAACTCGTAGACTTGTTGTGTCAACTTATATAAG
GTAGCAACTTGTTATGTAACTTATACAGAACTATGTTGGTTAAACTTTGTTTGGGTACGA
ACATAGATGCACAACGACTAGGTTTCATTAGCTTGAGTACTTTTGGTTTCAGATATGGTG
ACAAGAATAGACATTTCAGTAGTTATATTGCTACATAAACACTTAAGACGTAGATAAGTA
GTTTTATATTCACCTTGAGCTTGGTACTGGGGTCTGTGTTATCTCCCATTTAGTAACTTT
TTGGTGCAAAGCAAGTTTCTCCCTTTCTGTCTTATTGTCGTTAATATATTCTTTACATTG
AAGTTTTATCAGCTCTCTTGGACTTGTACGTTTACAAATTGCAGGGTTTGCCATCTGATA
TTCGTCAAGCGTTAATGGTGATGGTTAAGCACTGCATAAAGCGAGACTACCTAGCTGCGA
TGGATCACTACATCAAACTAGCCATAGGAAACGCACCGTGGCCCATCGGTGTGACTATGG
TTGGTATCCACGAACGTTCCGCGCGAGAGAAGATTCACACCAACAGTGTTGCTCACATCA
TGAACGACGAGACCACTCGAAAGTATCTTCAGTCGGTTAAAAGATTGATGACGTTCTGCC
AGAGACGTTATCCAACTATGCCTTCTAAAGCTGTTGAGTTCAATAGCTTAGCCAACGGAA
GTGATTTACAGTCGTTGCTCGCTGAAGAGAGGTACTTTGGTGGTGACTGTGGACAAGTCT
CGGAAGAAAGACTACGTCTCATGCCTTCTCAGAAGGACAACTAATGTTTTGCATCTTTGC
AGTGTTTGTAATGTCTTGCACCTTTTCTAAGAGAATTATGAAAGCTCGACTATTGTTGTA
ACC


BQ
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10 10 10 

AF RR3F421TF U 1
AF RR3F421JQ C 416
BS 1 698 RR3F421TF
BS 699 1203 RR3F421JQ

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TAGTGATGTTGATGCTGATAAGGATTTGAAGCGTTTGAAATCTAATTTCGAGGTTCTTTG
TGATGAGGATAAGATTCTTGTGTTTTACAAGAAGCTGTTGATTGAGTGGAAACAGGAGCT
TGATGCTGTGGAGAACACAGAGAGGAGAACTGCTAAAGGGAAGAAGAATGTTGCCACTTT
TAAGCAGTGTGCTAGGTATCTTACTCCTCTCTTCAACTTATGCAGGAAGAAGGTATAAAT
CACAATCCTTTTGCTTGCTGATAAGATAACTCGTAGACTTGTTGTGTCAACTTATATAAG
GTAGCAACTTGTTATGTAACTTATACAGAACTATGTTGGTTAAACTTTGTTTGGGTACGA
ACATAGATGCACAACGACTAGGTTTCATTAGCTTGAGTACTTTTGGTTTCAGATATGGTG
ACAAGAATAGACATTTCAGTAGTTATATTGCTACATAAACACTTAAGACGTAGATAAGTA
GTTTTATATTCACCTTGAGCTTGGTACTGGGGTCTGTGTTATCTCCCATTTAGTAACTTT
TTGGTGCAAAGCAAGTTTCTCCCTTTCTGTCTTATTGTCGTTAATATATTCTTTACATTG
AAGTTTTATCAGCTCTCTTGGACTTGTACGTTTACAAA

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DS 

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TGGTGACAAGAATAGACATTTCAGTAGTTATATTGCTACATAAACACTTAAGACGTAGAT
AAGTAGTTTTATATTCACCTTGAGCTTGGTACTGGGGTCTGTGTTATCTCCCATTTAGTA
ACTTTT*GGTGCAAAGCAAGTTTCTCCCTTTCTGTCTTATTGTCGTTAATATATTCTTTA
CATTGAAGTTTTATCAGCTCTCTTGGACTTGTACGTTTACAAATTGCAGGGTTTGCCATC
TGATATTCGTCAAGCGTTAATGGTGATGGTTAAGCACTGCATAAAGCGAGACTACCTAGC
TGCGATGGATCACTACATCAAACTAGCCATAGGAAACGCACCGTGGCCCATCGGTGTGAC
TATGGTTGGTATCCACGAACGTTCCGCGCGAGAGAAGATTCACACCAACAGTGTTGCTCA
CATCATGAACGACGAGACCACTCGAAAGTATCTTCAGTCGGTTAAAAGATTGATGACGTT
CTGCCAGAGACGTTATCCAACTATGCCTTCTAAAGCTGTTGAGTTCAATAGCTTAGCCAA
CGGAAGTGATTTACAGTCGTTGCTCGCTGAAGAGAGGTACTTTGGTGGTGACTGTGGACA
AGTCTCGGAAGAAAGACTACGTCTCATGCCTTCTCAGAAGGACAACTAATGTTTTGCATC
TTTGCAGTGTTTGTAATGTCTTGCACCTTTTCTAAGAGAATTATGAAAGCTCGACTATTG
TTGTAACC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL5616Contig1 1042 2 12 U
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GCGTTAGCCAAGGGAGGTGTAAAGCTCGAGGAGCTTAGGTTGAAGAGGATGGTTGTCTCT
GACGAAAGCCTCGAGCTTCTTTCGCGTTCCTTTGTGGGTTTCAAGTCTTTGGTGCTTGTT
AGCTGCGATGGGTTTACTACTGATGGCTTAGCCTCAATCGCTGCTAATTGCAGGAATCTT
CGTGAGCTGGACTTGCAAGAGAATGAGATAGATGATCACAGAGGTCAATGGCTAAACTGT
TTCCCAGACACCTGCACCACACTCGTCTCCTTGAACTTCGCTTGTCTCAAAGGAGAGATC
AATCTCTCTGCGTTAGAGAGACTCGTAGCGAGGTCGCCGAACCTGAAGAGCTTGAAGGTG
AACCGTGCGGTGCCGCTAGATGCATTGACGAGGCTGATGAACTGTTGTGCGCCGCAGCTA
GTTGATCTAGGAGTAGGGTGTTACGAGAACAACGAGCCGGAACCAGAGTCTTTTGCGAAG
CTCTTGTTTGCTATAGCGAAATGCACCTCGTTGAGGAGCTTGTCAGGGTTCTCGGAGGTC
GGTCAACTCTGCCTCACAGCGTTCATTCCGATATCCGCAAACCTCACCTCCTTGAATCTG
AGCTATGCAGCTGAGATCCAAGGCAACCATCTCATAAAGTTTGTTCAGTTTTGCAAGAGA
CTTCAACGGTTATGGATACTGGATAGTATTGGAGACAAAGGACTTGAGGTCGTTGCTTCT
TCGTGTAAAGAGTTACAAGAGCTGAGAGTATTCCCTTCTGATCTATCGATGAAGAAGACA
ATGACAACACAGCTGTTACCGAGGTTGGACTCGTTGTAATCTCTGCTGCTGTCCTAAGCT
TCATTCGATTCTCTACTTCTGCAAACAGATGACAAACGAAGCGCTCATCACGGTGGCGAA
AAACTGTCCGAACTTCATCCGGTTCGGCTATGCATCTTAGAGCCAAACAAACAGACCACA
TCACGTCTCAGTCACTAGACGA


BQ
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AF RR3D410TF U 1
AF RR3FQ37TF U 288
BS 1 320 RR3D410TF
BS 321 321 RR3FQ37TF
BS 322 365 RR3D410TF
BS 366 366 RR3FQ37TF
BS 367 460 RR3D410TF
BS 461 461 RR3FQ37TF
BS 462 488 RR3D410TF
BS 489 489 RR3FQ37TF
BS 490 509 RR3D410TF
BS 510 510 RR3FQ37TF
BS 511 611 RR3D410TF
BS 612 1042 RR3FQ37TF

RD RR3D410TF 611 0 0
GTCGCCGACTTCAACTTGGTTCCTCACGAGTGGGGAGGCTTCCTCCACCCTTGGATCGAT
GCGTTAGCCAAGGGAGGTGTAAAGCTCGAGGAGCTTAGGTTGAAGAGGATGGTTGTCTCT
GACGAAAGCCTCGAGCTTCTTTCGCGTTCCTTTGTGGGTTTCAAGTCTTTGGTGCTTGTT
AGCTGCGATGGGTTTACTACTGATGGCTTAGCCTCAATCGCTGCTAATTGCAGGAATCTT
CGTGAGCTGGACTTGCAAGAGAATGAGATAGATGATCACAGAGGTCAATGGCTAAACTGT
TTCCCAGACACCTGCACCACGCTCGTCTCCTTGAACTTCGCTTGTCTCAAAGGAGAGATC
AATCTGTCTGCGTTAGAGAGACTCGTAGCGAGGTCGCCGAACCTGAAGAGCTTGAAGGTG
AACCGTGCGGTGCCGCTAGATGCATTGACGAGGCTGATGAGCTGTTGTGCGCCGCAGCTA
GTTGATCTGGGAGTAGGGTGTTACGAGAATAACGAGCCGGAACCAGAGTCTTTTGCGAAG
CTCTTGTTTGCTATAGCGAAATGCACCTCGTTGAGGAGCTTGTCAGGGTTCTCGGAGGTC
GGTCAACTCTG

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3FQ37TF 755 0 0
GG
GGCTAAACTGTTTCCCAGACAGCTGCACCACACTCGTCTCCTTGAACTTCGCTTGTCTCA
AAGGAGAGATCAATCTCTCTGCGTTAGAGAGACTCGTAGCGAGGTCGCCGAATCTGAAGA
GCTTGAAGGTGAACCGTGCGGTGCCTCTAGATGTATTGACGAGGCTGATGAACTGTTGTG
CGCCGCAGTTAGTTGATTTAGGAGTAGGGTGTTACGAGAACAACGAGCCGGAACCAGAGT
CTTTTGCGAAGCTCTTGTTTGCTATAGCGAAATGCACCTCGTTGAGGAGCTTGTCAGGGT
TCTCGGAGGTCGGTCAACTCTGCCTCACAGCGTTCATTCCGATATCCGCAAACCTCACCT
CCTTGAATCTGAGCTATGCAGCTGAGATCCAAGGCAACCATCTCATAAAGTTTGTTCAGT
TTTGCAAGAGACTTCAACGGTTATGGATACTGGATAGTATTGGAGACAAAGGACTTGAGG
TCGTTGCTTCTTCGTGTAAAGAGTTACAAGAGCTGAGAGTATTCCCTTCTGATCTATCGA
TGAAGAAGACAATGACAACACAGCTGTTACCGAGGTTGGACTCGTTGTAATCTCTGCTGC
TGTCCTAAGCTTCATTCGATTCTCTACTTCTGCAAACAGATGACAAACGAAGCGCTCATC
ACGGTGGCGAAAAACTGTCCGAACTTCATCCGGTTCGGCTATGCATCTTAGAGCCAAACA
AACAGACCACATCACGTCTCAGTCACTAGACGA

QA 3 755 3 755
DS 



AS 1 2

CO CL5617Contig1 1015 2 2 U
GGCACGCTCAAGGAGCACGAGTACATTGGGATGGTGAGGAGGGAGGTTCTTGACCAGTAC
CTGAGGGAGAGAGCGGAGAAGAGTGGAGCTACTGTCATCAACGGTCTCTTTCTCAAGATG
GATCTTCCCGAGGAGTGGGACTCGCCGTACGTGTTGCATTACACGGAGTATGATGGGAAG
ACGGGAGCTACGGGACAGAAGAAAACGATGGAGGTTGACGCCGTTATCGGTGCTGACGGA
GCTAACTCTAGAGTTGCCAAGTCTATCGGTGCTGGAGACTACGACTATGCCATCGCTTTT
CAGGAGAGAATCAGAATCCCTGATGATAAGATGACGTACTACGAGGATCTAGCTGAGATG
TACGTGGGTGATGACGTGTCGCCGGACTTCTACGGATGGGTGTTCCCTAAATGCGACCAC
GTGGCTGTCGGGACAGGTACCGTTACGCACAAAGGTGACATCAAAAAGTTCCAGCTCGCG
ACAAGAAACAGAGCCAAGGACAAGATTCTAGGAGGCAAGATCATCCGCGTGGAGGCACAC
CCTATTCCTGAACACCCGCGACCGCGCGGGCTCTCCAAGCGTGTGGCTCTTGTTGGTGAT
GCTGCAGGGTACGTGACTAAATGCTCCGGCGAAGGGATCTACTTCGCTGCAATGAGTGGA
AGGATGTGTGCTGAAGCCATCGTTGAAGGTTCACAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAA
AGTGATTTGAGAAAGTACTTGGAGAAATGGGACAAGACGTACTTGCCTACGTACAGGGTG
CTTGATGTGTTGCGGAAAGTGTTTTACAGATCGAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAG
ATGTGTGGAGATGAGTACGTTCAGAAGATGACGTTTGATAGCTATCTGTACAAGAGGGTC
GCACCGGGTAGTCCTTTGGAGGATTTGAAGTTGGCTGTCAACACCATTGGGAGTGTGTTT
AGAGCTAATGCTCTAAGGAGAGAGATTGAGAAGCTAAATGTTTAAGCTTAATGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BS73TF U 1
AF RR3BS73JQ C 326
BS 1 603 RR3BS73TF
BS 604 1015 RR3BS73JQ

RD RR3BS73TF 603 0 0
GGCACGCTCAAGGAGCACGAGTACATTGGGATGGTGAGGAGGGAGGTTCTTGACCAGTAC
CTGAGGGAGAGAGCGGAGAAGAGTGGAGCTACTGTCATCAACGGTCTCTTTCTCAAGATG
GATCTTCCCGAGGAGTGGGACTCGCCGTACGTGTTGCATTACACGGAGTATGATGGGAAG
ACGGGAGCTACGGGACAGAAGAAAACGATGGAGGTTGACGCCGTTATCGGTGCTGACGGA
GCTAACTCTAGAGTTGCCAAGTCTATCGGTGCTGGAGACTACGACTATGCCATCGCTTTT
CAGGAGAGAATCAGAATCCCTGATGATAAGATGACGTACTACGAGGATCTAGCTGAGATG
TACGTGGGTGATGACGTGTCGCCGGACTTCTACGGATGGGTGTTCCCTAAATGCGACCAC
GTGGCTGTCGGGACAGGTACCGTTACGCACAAAGGTGACATCAAAAAGTTCCAGCTCGCG
ACAAGAAACAGAGCCAAGGACAAGATTCTAGGAGGCAAGATCATCCGCGTGGAGGCACAC
CCTATTCCTGAACACCCGCGACCGCGCGGGCTCTCCAAGCGTGTGGCTCTTGTTGGTGAT
GCT

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3BS73JQ 690 0 0
ATAAGATGACGTACTACGAGGATCTAGCTGAGATGTACGTGGGTGATGACGTGTCGCCGG
ACTTCTACGGATGGGTGTTCCCTAAATGCGACCACGTGGCTGTCGGGACAGGTACCGTTA
CGCACAAAGGTGACATCAAAAAGTTCCAGCTCGCGACAAGAAACAGAGCCAAGGACAAGA
TTCTAGGAGGCAAGATCATCCGCGTGGAGGCACACCCTATTCCTGAACACCCGCGACCGC
GCGGGCTCTCCAAGCGTGTGGCTCTTGTTGGTGATGCTGCAGGGTACGTGACTAAATGCT
CCGGCGAAGGGATCTACTTCGCTGCAATGAGTGGAAGGATGTGTGCTGAAGCCATCGTTG
AAGGTTCACAGAATGGTAAGAAGATGATTGATGAAAGTGATTTGAGAAAGTACTTGGAGA
AATGGGACAAGACGTACTTGCCTACGTACAGGGTGCTTGATGTGTTGCGGAAAGTGTTTT
ACAGATCGAATCCGGCTAGAGAAGCGTTTGTGGAGATGTGTGGAGATGAGTACGTTCAGA
AGATGACGTTTGATAGCTATCTGTACAAGAGGGTCGCACCGGGTAGTCCTTTGGAGGATT
TGAAGTTGGCTGTCAACACCATTGGGAGTGTGTTTAGAGCTAATGCTCTAAGGAGAGAGA
TTGAGAAGCTAAATGTTTAAGCTTAATGTC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL5618Contig1 860 2 2 U
GGGCCGAGAGAAGAACAGAAACCTCTCAACCCTAATCAATTGTCTTCTCTCTGCCTCTTC
CTTCCATCTAGCATTCTCAGCAAAGTCTCACCCCTTTCTATCAATCCAAACTCTCCAAAT
CCTCCATTAATCACTTGAGACGATGTCGGGAAGGAAGAAACAGAAGAATACGGTCGCCTC
CAGTGCGAAGACACCATCTCCCCTTCCCTCACAGTACGAGTTCGTTCCAAGAACTCAAGC
ACCTCCGCCTGTCCGGACCCGCCAACCCCCACCATCTGTGTCTGACTATCCACCTCCGGC
ACAGCTTTTCCAGGACTCGACGGTCCAACCCAGAAGAGCTTCAACTCCATCGCCACAACC
TCGAGGGTCTCAGACTTCACAGACTCGAGTGTCTCAAACTTCACAGCATGTGTCTCAGAC
TTCACAGCCTCGAGTGTCTCAAACTTCCATACCTCGAGGAGGATCTCAAGCATCAGCGAC
TCGACAACCACAGTCGCCACAATCTCAGAGCACTTCTGAAGATAAGAACTCAGAGACTGC
AGAAGGTTCAGAAGATGAAGAATTTCCTCATGTAGAGCCGACTCTCTCCGAGGACCAGAT
GGATGTTGTCAATGCTCTTCTCTCCCAGCCAGGCAGGGAGCGCTTGACTACCCTTTCTCC
CTACTTGGAGCCTGAAACCACTTGCTACTTTCTTATACTTGTTTCTTTTGTCTTGTAAAT
GAGTTGTTTGTTTTGTCTTGTAAAAGTTCACTCTTTTGTTAATTATGGGTCTTGTAAAGC
TCTGGTCTTTTGACTAAAGCTTAAAGCTGCAAGCTGTAATGAACAAAAAGACTAAAGCTT
AAACCTTTAGTGACTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA10TF U 1
AF RR3EA10JQ C 353
BS 1 631 RR3EA10TF
BS 632 860 RR3EA10JQ

RD RR3EA10TF 631 0 0
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CTTCCATCTAGCATTCTCAGCAAAGTCTCACCCCTTTCTATCAATCCAAACTCTCCAAAT
CCTCCATTAATCACTTGAGACGATGTCGGGAAGGAAGAAACAGAAGAATACGGTCGCCTC
CAGTGCGAAGACACCATCTCCCCTTCCCTCACAGTACGAGTTCGTTCCAAGAACTCAAGC
ACCTCCGCCTGTCCGGACCCGCCAACCCCCACCATCTGTGTCTGACTATCCACCTCCGGC
ACAGCTTTTCCAGGACTCGACGGTCCAACCCAGAAGAGCTTCAACTCCATCGCCACAACC
TCGAGGGTCTCAGACTTCACAGACTCGAGTGTCTCAAACTTCACAGCATGTGTCTCAGAC
TTCACAGCCTCGAGTGTCTCAAACTTCCATACCTCGAGGAGGATCTCAAGCATCAGCGAC
TCGACAACCACAGTCGCCACAATCTCAGAGCACTTCTGAAGATAAGAACTCAGAGACTGC
AGAAGGTTCAGAAGATGAAGAATTTCCTCATGTAGAGCCGACTCTCTCCGAGGACCAGAT
GGATGTTGTCAATGCTCTTCTCTCCCAGCCA

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3EA10JQ 508 0 0
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TCTCAGACTTCACAGCCTCGAGTGTCTCAAACTTCCATACCTCGAGGAGGATCTCAAGCA
TCAGCGACTCGACAACCACAGTCGCCACAATCTCAGAGCACTTCTGAAGATAAGAACTCA
GAGACTGCAGAAGGTTCAGAAGATGAAGAATTTCCTCATGTAGAGCCGACTCTCTCCGAG
GACCAGATGGATGTTGTCAATGCTCTTCTCTCCCAGCCAGGCAGGGAGCGCTTGACTACC
CTTTCTCCCTACTTGGAGCCTGAAACCACTTGCTACTTTCTTATACTTGTTTCTTTTGTC
TTGTAAATGAGTTGTTTGTTTTGTCTTGTAAAAGTTCACTCTTTTGTTAATTATGGGTCT
TGTAAAGCTCTGGTCTTTTGACTAAAGCTTAAAGCTGCAAGCTGTAATGAACAAAAAGAC
TAAAGCTTAAACCTTTAGTGACTTGTCC

QA 1 508 1 508
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5620Contig1 284 2 1 U
GGACAGTATGCGGAATTCATCCATGAAAATGAAAAATAGGAGAGGCGGGAACAAAGTAAC
TCTACCGGAAACAGATTCCTTTTAGCTTGCAAAAGATGAGAGCTGAGTGTTAATGACTTT
GAACAAGAGAATGTGATGTGTGTACTGAAATTTTGGAGCAATCTTTATCATGATTCCTTA
ATGTTTGGAAATAGTTTATCCTGATATTTTCATACTGTCTACAACTAATGCATGCACATT
ATCGTATCTGAATTTAGGTAATAACATGACATACTAATTAATAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H777JQ C 1
AF RR3H777TF U 1
BS 1 284 RR3H777TF

RD RR3H777JQ 284 0 0
GGACAGTATGCGGAATTCATCCATGAAAATGAAAAATAGGAGAGGCGGGAACAAAGTAAC
TCTACCGGAAACAGATTCCTTTTAGCTTGCAAAAGATGAGAGCTGAGTGTTAATGACTTT
GAACAAGAGAATGTGATGTGTGTACTGAAATTTTGGAGCAATCTTTATCATGATTCCTTA
ATGTTTGGAAATAGTTTATCCTGATATTTTCATACTGTCTACAACTAATGCATGCACATT
ATCGTATCTGAATTTAGGTAATAACATGACATACTAATTAATAC

QA 1 284 1 284
DS 

RD RR3H777TF 284 0 0
GGACAGTATGCGGAATTCATCCATGAAAATGAAAAATAGGAGAGGCGGGAACAAAGTAAC
TCTACCGGAAACAGATTCCTTTTAGCTTGCAAAAGATGAGAGCTGAGTGTTAATGACTTT
GAACAAGAGAATGTGATGTGTGTACTGAAATTTTGGAGCAATCTTTATCATGATTCCTTA
ATGTTTGGAAATAGTTTATCCTGATATTTTCATACTGTCTACAACTAATGCATGCACATT
ATCGTATCTGAATTTAGGTAATAACATGACATACTAATTAATAC

QA 1 284 1 284
DS 



AS 1 2

CO CL5621Contig1 833 2 4 U
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AAAAGAAACCATACATTGCGTCAATGGGAGTTTATGTTTTCAAGAAAGAGATACTGTTGA
ATCTCTTGAGATGGCGTTTCCCAACGGCAAATGACTTTGGCTCAGAGATTATACCCTTCT
CAGCTAAAGAGTTCTATGTAAATGCTTATCTCTTTAATGACTACTGGGAAGATATAGGAA
CGATAAGATCATTCTTTGACGCAAATCTCGCCCTCACTGAGCATCCACCTGCATTCAGTT
TCTACGACGCAGCAAAGCCAATATATACATCAAGGAGGACCTGCCACCATCAAAAATAGA
CGGATCTAAGCTCATTGATTCGATCATTTCTCATGGAAGCTTCTTAACCAACTGCTTAAT
TGAGCACAGCATTGTGGGAATTAGATCAAGAGTAGGCAGTAATGTTCAGTTGAAGGACAC
TGTGATGCTTGGGGCCGACTTTTACGAAACTGAAGCAGAAGTTGCAGCACTACTTGCTGA
AGGAAAAGTTCCCATTGGAATAGGAGAGAACACAAAGATTAAAGAATGCATTATAGACAA
GAATGCTAGAGTTGGGAAGAATGTAGTTATCGCAAACTCGGAGGGAGTACAAGAAGCAGG
TAGGTCATCCGATGGGTTTTACATCAGATCAGGCATCACAGTGATCTTGAAGAACTCAGT
AATTGCAGATGGAGTTGTGATCTGAGACTTTTTAAGTTTTTAAAATTGTGAGAACTAAGA
ATTCAGAGCAGAAAAAGTCAAAACTATATTAATAAAAGCAATTTATTTGGTAA


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A407TF U 1
AF RR3A407JQ C 2
BS 1 692 RR3A407TF
BS 693 693 RR3A407JQ
BS 694 816 RR3A407TF
BS 817 833 RR3A407JQ

RD RR3A407TF 830 0 0
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ATCTCTTGAGATGGCGTTTCCCAACGGCAAATGACTTTGGCTCAGAGATTATACCCTTCT
CAGCTAAAGAGTTCTATGTAAATGCTTATCTCTTTAATGACTACTGGGAAGATATAGGAA
CGATAAGATCATTCTTTGACGCAAATCTCGCCCTCACTGAGCATCCACCTGCATTCAGTT
TCTACGACGCAGCAAAGCCAATATATACATCAAGGAGGACCTGCCACCATCAAAAATAGA
CGGATCTAAGCTCATTGATTCGATCATTTCTCATGGAAGCTTCTTAACCAACTGCTTAAT
TGAGCACAGCATTGTGGGAATTAGATCAAGAGTAGGCAGTAATGTTCAGTTGAAGGACAC
TGTGATGCTTGGGGCCGACTTTTACGAAACTGAAGCAGAAGTTGCAGCACTACTTGCTGA
AGGAAAAGTTCCCATTGGAATAGGAGAGAACACAAAGATTAAAGAATGCATTATAGACAA
GAATGCTAGAGTTGGGAAGAATGTAGTTATCGCAAACTCGGAGGGAGTACAAGAAGCAGG
TAGGTCATCCGATGGGTTTTACATCAGATCAG*CATCACAGTGATCTTGAAGAACTCAGT
AATTGCAGATGGAGTTGTGATCTGAGACTTTTTAAGTTTTTAAAATTGTGAGAACTAAGA
ATTCAGAGCAGAAAAAGTCAAAACTATATTAATAAA
GCATTTATTTGGTA

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3A407JQ 832 0 0
GTGA
CTGAAAGCAATGGCTGTAGACACAACTGTTCTAGGTCTTTCCAAGGAGGAAGCTGAAAAG
AAACCATACATTGCGTCAATGGGAGTTTATGTTTTCAAGAAAGAGATACTGTTGAATCTC
TTGAGATGGCGTTTCCCAACGGCAAATGACTTTGGCTCAGAGATTATACCCTTCTCAGCT
AAAGAGTTCTATGTAAATGCTTATCTCTTTAATGACTACTGGGAAGATATAGGAACGATA
AGATCATTCTTTGACGCAAATCTCGCCCTCACTGAGCATCCACCTGCATTCAGTTTTTAC
GACGCAGCAAAGCCAATATATACATCAAGGAGGACCTGCCACCATCAAAAATAGACGGAT
CTAAGCTCATTGATTCGATCATTTCTCATGGAAGCTTCTTAACCAACTGCTTAATTGAGC
ACAGCATTGTGGGAATTAGATCAAGAGTAGGCAGTAATGTTCAGTTGAAGGACACTGTGA
TGCTTGGGGCCGACTTTTACGAAACTGAAGCAGAAGTTGCAGCACTACTTGCTGAAGGAA
AAGTTCCCATTGGAATAGGAGAGAACACAAAGATTAAAGAATGCATTATAGACAAGAATG
CTAGAGTTGGGAAGAATGTAGTTATCGCAAACTCGGAGGGAGTACAAGAAGCAGGTAGGT
CATCCGATGGGTTTTACATCAGATCAGGCATCACAGTGATCTTGAAGAACTCAGTAATTG
CAGATGGAGTTGTGATCTGAGACTTTTTAAGTTTTTAAAATTGTGAGAACTAAGAATTCA
GAGCAGAAAAAGTCAAAACTATATTAATAAAAGCAATTTATTTGGTAA

QA 5 832 5 832
DS 



AS 1 2

CO CL5622Contig1 1222 2 2 U
AGGGGAGAACTGTCTTCTTGTTAGCTAAAGATGGATTCTTGACTCAAGCGCCACTAGGGT
TTAGACTATAGTTCCTGATTCAATGAAATCAGCTTCTTTTGTTCTTATTCATATGTCGTC
ATGTCCAAGAGATTCTGCTGCCAGCAGCATCTCATGTTTTTGCGCTTCAAGTCGTTTTGG
TTTTTGAAATAACATTTCTTATTATAATTGCTAACGATTTCACTTGGTGTCAGATGGAGA
TGGGAAGTGATCAGAATCGGAGATAGCATAGACCCGTGTAACCAGTAAGATGCGTAAGCT
TTAGTAGGGTTTGGTTGGTGTATGCACATTCTGGTTTCTTTGATCCGCAATGCCCTCTCT
GTATTCATCTGGTTGTAACTAAGACTTGATTCGTTTGGTGTGTACCAAATGCTCAACTAT
TTTATCTCTGTTTGTGTATAAACCCAACCAGGATAATAATATTATTGCGGTGGTTTCTGG
TGTTTAGATTTGTAATTGGAGTAACTTGTCATGGGTTAGTTAGCACTTCCTCTAAACTTA
AGCAATTGTGTAAGATAAGTTTAGGTTCCAACTTTAGACACATGAAAATTAACTTCAAAT
GAAAACCAAAAGTTCCAAACCTTCGAGGTTTTTGCTTTGGATGATTAGCTTGACGGAAGC
GAGAGGACCGTCCCACGACATTTTTACTGCTAAAGAGCTTCTCCGACCCGTTTTTCCTGA
TCCGGTTCTTACCCGCATCCTATCATTATAGGAGTTACCACAGAGGAAACCTGAACGGAG
TGTCTTTGAATCAATCCAGCTCCCCACCATTGAGACCACCGTGGAAGGAGATGAGCACGG
TGGCGAAGAGAACGAGACGCTGCAGTGTTGAAACTTGGTTTGAGAAAACCCTAAGAGTGT
CGCTATTTTGGTTTAGAGAGAGATTAACAGATTCTTTTGTTTTTTTTCGAGTGAAGACTG
TCGGAAATGTTTTTTTTCGATAAGGTGAAAAATGGGATAAGGACGCTGACATATGCAAGC
GAATTGTATTTATGAAGTTAACCCTTTTTCTTTTCCCATATTTACACATTGTTCCCCTCC
TAGTAATCAGTAATCACGATCCTGTTTTTGGGGTTAGTCATGATTTTAACGAGGCAACTT
TGTTGCTATTGACAGATTTGACAAAACTTAAGATTCTGTAGTCTCTAAAGTATTGCCAAA
TGAACATTTACTATAATAAGAG


BQ
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AF RR3G120TF U 1
AF RR3G120JQ C 467
BS 1 761 RR3G120TF
BS 762 1222 RR3G120JQ

RD RR3G120TF 761 0 0
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TTAGACTATAGTTCCTGATTCAATGAAATCAGCTTCTTTTGTTCTTATTCATATGTCGTC
ATGTCCAAGAGATTCTGCTGCCAGCAGCATCTCATGTTTTTGCGCTTCAAGTCGTTTTGG
TTTTTGAAATAACATTTCTTATTATAATTGCTAACGATTTCACTTGGTGTCAGATGGAGA
TGGGAAGTGATCAGAATCGGAGATAGCATAGACCCGTGTAACCAGTAAGATGCGTAAGCT
TTAGTAGGGTTTGGTTGGTGTATGCACATTCTGGTTTCTTTGATCCGCAATGCCCTCTCT
GTATTCATCTGGTTGTAACTAAGACTTGATTCGTTTGGTGTGTACCAAATGCTCAACTAT
TTTATCTCTGTTTGTGTATAAACCCAACCAGGATAATAATATTATTGCGGTGGTTTCTGG
TGTTTAGATTTGTAATTGGAGTAACTTGTCATGGGTTAGTTAGCACTTCCTCTAAACTTA
AGCAATTGTGTAAGATAAGTTTAGGTTCCAACTTTAGACACATGAAAATTAACTTCAAAT
GAAAACCAAAAGTTCCAAACCTTCGAGGTTTTTGCTTTGGATGATTAGCTTGACGGAAGC
GAGAGGACCGTCCCACGACATTTTTACTGCTAAAGAGCTTCTCCGACCCGTTTTTCCTGA
TCCGGTTCTTACCCGCATCCTATCATTATAGGAGTTACCAC

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3G120JQ 756 0 0
GCGGTGGTTTCTGGTGTTTAGATTTGTAATTGGAGTAACTTGTCATGGGTTAGTTAGCAC
TTCCTCTAAACTTAAGCAATTGTGTAAGATAAGTTTAGGTTCCAACTTTAGACACATGAA
AATTAACTTCAAATGAAAACCAAAAGTTCCAAACCTTCGAGGTTTTTGCTTTGGATGATT
AGCTTGACGGAAGCGAGAGGACCGTCCCACGACATTTTTACTGCTAAGGAGCTTTTCCGA
CCCGTTTTTCCTGATCCGGTTCTTACCCGCATCCTATCATTATAGGAGTTACCACAGAGG
AAACCTGAACGGAGTGTCTTTGAATCAATCCAGCTCCCCACCATTGAGACCACCGTGGAA
GGAGATGAGCACGGTGGCGAAGAGAACGAGACGCTGCAGTGTTGAAACTTGGTTTGAGAA
AACCCTAAGAGTGTCGCTATTTTGGTTTAGAGAGAGATTAACAGATTCTTTTGTTTTTTT
TCGAGTGAAGACTGTCGGAAATGTTTTTTTTCGATAAGGTGAAAAATGGGATAAGGACGC
TGACATATGCAAGCGAATTGTATTTATGAAGTTAACCCTTTTTCTTTTCCCATATTTACA
CATTGTTCCCCTCCTAGTAATCAGTAATCACGATCCTGTTTTTGGGGTTAGTCATGATTT
TAACGAGGCAACTTTGTTGCTATTGACAGATTTGACAAAACTTAAGATTCTGTAGTCTCT
AAAGTATTGCCAAATGAACATTTACTATAATAAGAG

QA 1 756 1 756
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5625Contig1 990 2 2 U
GGGTAGTTGTGATGGTAGTCGATTAAACCAGAGAGCGAGAGAGCAAGAGCGATTTGTGCG
ATCGAGAGAGACAATATCATTCCTTAGCTCGGCCACTGTTGCATCATTTCAGATGATCTC
CTTGGATTAGTTTCCCTGAAGCTCTGAAGTTTATTTCTCACTTGATGGTCAATGATCGAG
AAGAGAGAGTCGATTGATCTGAACAGATTTTGCATGGAGTCGCTGGTTCCTCTCATTCCA
GATCCAGTATAGAGTGGCTTGCCATCCTAGAAGAGTCAGTGATCGGAGGGAAGCCGGTGG
GGGCATTGATTTCATCTGAGTCAGGGAGTTCTCCCATCCGCGTTGAGGCGCAAGTCTACA
TCTGCTAGCAACCAAATTCCACAGAGTAGGCAAAGAGGAGGGACCTCAATACCCCACTGG
ATTAGCCAGTCCCTAGTTGGGATTCTGTTTTGCACAACCAACCAAACATGAAAGCTCTGT
CTCGGTATGCTCCGTGAAGTCCACACAGCTCGAGCCTAAGTCACAGCAGTCTCCTCCCCT
CTTAGCTAGTAGGTGATAAACCTCTCCAGTGCAGAACCGGTCACTTACTTTACCATTAAT
CTCCCAAACATAGTAATCTCCATGTTCCATTCCGATGAAGAGACGCTAGTGTTGCATTTT
TGGGGATGCCCAGTCTCGATCTTGCTCCTTCCAAGTAGTCATGGAGACACCCATAGGGAC
TCCAATTGTCAAACCAGAATCTTCCAACTTCTCCATTTTGGATTCTCAATTTGATCAATG
GGATGCCCAAACAGAGTCCGACTTAAAGAAGAGCAACCATATGAGACGCATACAGCATGC
CTTGTTCCAAGTTTGGAGATCTTTCACTCCCAAGCCGCCTTGTCCCAAACAGTAACTATT
TTTCACGCTGAATTCTTATTGGGTAATCTCCACTATAATTCTTATTAATACTTACTTCTC
TCAATAAAAAGTGTAACTGATTTTAATCGC


BQ
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AF RR3CF60TF U 1
AF RR3CF60JQ C 364
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BS 651 990 RR3CF60JQ

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ATCGAGAGAGACAATATCATTCCTTAGCTCGGCCACTGTTGCATCATTTCAGATGATCTC
CTTGGATTAGTTTCCCTGAAGCTCTGAAGTTTATTTCTCACTTGATGGTCAATGATCGAG
AAGAGAGAGTCGATTGATCTGAACAGATTTTGCATGGAGTCGCTGGTTCCTCTCATTCCA
GATCCAGTATAGAGTGGCTTGCCATCCTAGAAGAGTCAGTGATCGGAGGGAAGCCGGTGG
GGGCATTGATTTCATCTGAGTCAGGGAGTTCTCCCATCCGCGTTGAGGCGCAAGTCTACA
TCTGCTAGCAACCAAATTCCACAGAGTAGGCAAAGAGGAGGGACCTCAATACCCCACTGG
ATTAGCCAGTCCCTAGTTGGGATTCTGTTTTGCACAACCAACCAAACATGAAAGCTCTGT
CTCGGTATGCTCCGTGAAGTCCACACAGCTCGAGCCTAAGTCACAGCAGTCTCCTCCCCT
CTTAGCTAGTAGGTGATAAACCTCTCCAGTGCAGAACCGGTCACTTACTTTACCATTAAT
CTCCCAAACATAGTAATCTCCATGTTCCATTCCGATGAAGAGACGCTAGT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3CF60JQ 627 0 0
GCTAGCAACCAAATTCCACAGAGTAGGCAAAGAGGAGGGACCTCAATACCCCACTGGATT
AGCCAGTCCCTAGTTGGGATTCTGTTTTGCACAACCAACCAAACATGAAAGCTCTGTCTC
GGTATGCTCCGTGAAGTCCACACAGCTCGAGCCTAAGTCACAGCAGTCTCCTCCCCTCTT
AGCTAGTAGGTGATAAACCTCTCCAGTGCAGAACCGGTCACTTACTTTACCATTAATCTC
CCAAACATAGTAATCTCCATGTTCCATTCCGATGAAGAGACGCTAGTGTTGCATTTTTGG
GGATGCCCAGTCTCGATCTTGCTCCTTCCAAGTAGTCATGGAGACACCCATAGGGACTCC
AATTGTCAAACCAGAATCTTCCAACTTCTCCATTTTGGATTCTCAATTTGATCAATGGGA
TGCCCAAACAGAGTCCGACTTAAAGAAGAGCAACCATATGAGACGCATACAGCATGCCTT
GTTCCAAGTTTGGAGATCTTTCACTCCCAAGCCGCCTTGTCCCAAACAGTAACTATTTTT
CACGCTGAATTCTTATTGGGTAATCTCCACTATAATTCTTATTAATACTTACTTCTCTCA
ATAAAAAGTGTAACTGATTTTAATCGC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

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ATCCTCCTCTCCCACTCACCCCTTCTCCCTCTCCCATGATCTTTCTTCTTCTTCTTCCAC
CTCTCTCCTCAATCTCCAAACCCAAAGAACGATCTCAGGTTCTAAGGACTTCGAGAAGAC
CCAGTTGAGAATTCCCGTTTCTTTCAGGAAAAAAGCTGTCAACTTACAAATGATGGCATC
AGGAAAGACACCTGGACTGACTCAGGAAGCTACAATTGACAGAGAAGATAACGCTGACGT
GTTCGACGACATGAAACAGCGTTTCCTCGCCTTTAAGAAGCATAAGTACATGGATAACTT
GGAACACTACAAAAAACTGGCAGATGCTCAAGCTCCAAAGTTTCTGGTGATTGCTTGTGC
AGACTCTAGGGTTTGTCCTTCAGCCATCCTGGGATTCCAACCTGGTGATGCATTCACTGT
TCGTAACATTGCAAACTTAGTACCCTCATATGAGTCTGGACCTACTGAAACAAAAGCTGC
TCTGGAGTTCTCTGTGAATACTCTTAAGGTGGAGAACATCTTAGTTATTGGTCATAGCCG
GTGTGGAGGAATTCAAGCTTTGATGGGTATGCAAGACGAAAGAGATCCCAGAAGTTTCAT
ACATAACTGGGTGATAGTGGGGAAAAAGGCAAAGGAAAGCACAAAAGCTGTTGCTTCGAA
CCTCAATTTTGATCACCAGTGCCAACATTGTGAAAAGGCGTCGATAAATCATTCATTAGG
AAGGCTGCTTGGTTATCCTTGGATAGAAGGGAAAGTGCGGAAAGGATCACTGTCTCTCCA
TGGTGGATACTATGATTTTGTAAACTGTACATTTGAGAAATGGACTGTAGATTATGGTGA
AAGCAGAGGCAAGAAAGAAGGCAGTGGGATTGCTGTTAAAAACCGGTCTTTTTGGTGATA
TGATGACTTATGACCATCTCCATCTTCATAGGACTGTCTTTCATAATTTTGAGACTCCAT
TTTCTTGGATTGAGATCAAGCATACGTGTTTTATTTGTTGCAGTTGTGTGTTGAAACTTT
GGGTGATTCCTACAGAGACTCACGTTTGTTTTTTCTTTTGATTTTCTTGATATAATCATC
TTTGAGCAAACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C055TF U 1
AF RR3C055JQ C 541
BS 1 683 RR3C055TF
BS 684 1153 RR3C055JQ

RD RR3C055TF 683 0 0
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AGGAAAGACACCTGGACTGACTCAGGAAGCTACAATTGACAGAGAAGATAACGCTGACGT
GTTCGACGACATGAAACAGCGTTTCCTCGCCTTTAAGAAGCATAAGTACATGGATAACTT
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AGACTCTAGGGTTTGTCCTTCAGCCATCCTGGGATTCCAACCTGGTGATGCATTCACTGT
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ACATAACTGGGTGATAGTGGGGA

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DS 

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GTGTGGAGGAATTCAAGCTTTGATGGGTATGCAAGACGAAGGAGATCCCAGAAGTTTCAT
ACATAACTGGGTGATAGTGGGGAAAAAGGCAAAGGAAAGCACAAAAGCTGTTGCTTCGAA
CCTCAATTTTGATCACCAGTGCCAACATTGTGAAAAGGCGTCGATAAATCATTCATTAGG
AAGGCTGCTTGGTTATCCTTGGATAGAAGGGAAAGTGCGGAAAGGATCACTGTCTCTCCA
TGGTGGATACTATGATTTTGTAAACTGTACATTTGAGAAATGGACTGTAGATTATGGTGA
AAGCAGAGGCAAGAAAGAAGGCAGTGGGATTGCTGTTAAAAACCGGTCTTTTTGGTGATA
TGATGACTTATGACCATCTCCATCTTCATAGGACTGTCTTTCATAATTTTGAGACTCCAT
TTTCTTGGATTGAGATCAAGCATACGTGTTTTATTTGTTGCAGTTGTGTGTTGAAACTTT
GGGTGATTCCTACAGAGACTCACGTTTGTTTTTTCTTTTGATTTTCTTGATATAATCATC
TTTGAGCAAACCC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

CO CL5627Contig1 890 2 4 U
TCAGACAGCGAGGGAGACTACATCTGCGTCAACCCGGACAATCTGCTTCCACAAGACAGA
AGCTCGGTGAAGGTCACCGGAGACTTTGAGTTTCTGTCGAACACCCAGACGATGCTCACC
GCCGCAGACGAGCTGTTCTCCGAAGGGAAGCTGCTTCCTTTCTGGCAGGTCAAACACTCT
GAGAAGCTTCAAAACGTTACCTTGAAAACAAAAGTCGTCGACGTCGAAGAAGAGGTAGAA
GAAGAAGATCGTAAAGTGGTTAAAGAAGAGACTGTTCACAACAACAACAGCACCAAGGAG
CAGGAGAGTAATAATAACAATAACAGAGGAAGCTGGTTTCTTGACGATGATCCTTCTCCT
CGTCCACCAAACTGCACTGTTCTTTGGAAAGAGCTTTTGCGGCTGAAGAAACAGAGGACC
ACTAAGACTACGACCACGGTTTCTTCGACTAAGGCATCTACTCTCTCGCCGTCTTCATCT
TCGAGCTCGACTTCGTCTTCTTCGAGCTCCATCGGGGATGCTGTGAAGGAGGAGAGCGAG
AAGAAAGGGAAGAAAGGGTTAGAGAGGACGAGATCTGTGACTATGAGGATAAGACCCATG
ATTCATGTCCCTGTTTGTACTCCCTCTAAGCCTCCTCTGTTTCCTCTAAGGCTTCAGAGA
AACAGAGCAGAGAAACGAACTTGATGAATAGTTGTGATGAACATTGTTTTTTTTTTTAAA
TCTATTTGTCTTTGTATTATCAACCTTTCTTTTTGGTTAGGTTTTGTGATTAGATCAATG
GATTGTGTGTTTTCTAGTTGAGCTTTTGTGATTGAGATCTGAGGTGTGACAGTGTATAAA
TGTGAAGACATTTTCATACCCAGCACAATAAGAGATTCATCATTGAATAC


BQ
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AF RR3CA75TF U 1
AF RR3CA75JQ C 162
BS 1 330 RR3CA75TF
BS 331 331 RR3CA75JQ
BS 332 422 RR3CA75TF
BS 423 890 RR3CA75JQ

RD RR3CA75TF 422 0 0
TCAGACAGCGAGGGAGACTACATCTGCGTCAACCCGGACAATCTGCTTCCACAAGACAGA
AGCTCGGTGAAGGTCACCGGAGACTTTGAGTTTCTGTCGAACACCCAGACGATGCTCACC
GCCGCAGACGAGCTGTTCTCCGAAGGGAAGCTGCTTCCTTTCTGGCAGGTCAAACACTCT
GAGAAGCTTCAAAACGTTACCTTGAAAACAAAAGTCGTCGACGTCGAAGAAGAGGTAGAA
GAAGAAGATCGTAAAGTGGTTAAAGAAGAGACTGTTCACAACAACAACAGCACCAAGGAG
CAGGAGAGTAATAATAACAATAACAGAGGAGGCTGGTTTCTTGACGATGATCCTTCTCCT
CGTCCACCAAACTGCACTGTTCTTTGGAAAGAGCTTTTGCGGCTGAAGAAACAGAGGACC
AC

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR3CA75JQ 729 0 0
CTGGCAGGTCAAACACTCTGAGAAGCTTCAAAACGTTACCTTGAAAACAAAAGTCGTCGA
CGTCGAAGAAGAGGTAGAAGAAGAAGATCGTAAAGTGGTTAAAGAAGAGACTGTTCACAA
CAACAACAGCACCAAGGAGCAGGAGAGTAATAATAACAATAACAGAGGAAGCTGGTTTCT
TGACGATGATCCTTCTCCTCGTCCACCAAACTGCACTGTTCTTTGGAAAGAGCTTTTGCG
GCTGAAGAAACAGAGGACCACTAAGACTACGACCACGGTTTCTTCGACTAAGGCATCTAC
TCTCTCGCCGTCTTCATCTTCGAGCTCGACTTCGTCTTCTTCGAGCTCCATCGGGGATGC
TGTGAAGGAGGAGAGCGAGAAGAAAGGGAAGAAAGGGTTAGAGAGGACGAGATCTGTGAC
TATGAGGATAAGACCCATGATTCATGTCCCTGTTTGTACTCCCTCTAAGCCTCCTCTGTT
TCCTCTAAGGCTTCAGAGAAACAGAGCAGAGAAACGAACTTGATGAATAGTTGTGATGAA
CATTGTTTTTTTTTTTAAATCTATTTGTCTTTGTATTATCAACCTTTCTTTTTGGTTAGG
TTTTGTGATTAGATCAATGGATTGTGTGTTTTCTAGTTGAGCTTTTGTGATTGAGATCTG
AGGTGTGACAGTGTATAAATGTGAAGACATTTTCATACCCAGCACAATAAGAGATTCATC
ATTGAATAC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5629Contig1 289 2 2 U
GGTTATAGTGAAACTGAAGAAGCAGAGAGGGATCACGACTGTGATCGTCTCTCACAGCAT
CAAGCAGATCCAGCGGGTTGCGGATATCGTCTGCCTTGTCGTTGATGGAGAGATCGTTGA
AGTTCTTAAACCTGATGAGCTTTCTCAAGCTACGCATCCAATGGCAAGGAGGTTTCTCCA
ACTCAGTTCTTAATAATATGACAAATGTTGTCTGAATGTAACAATAAAGTTTATATTTTT
TTTTCCGCTGAATTATATTATTAAACCTTTAAAGCAAAAAGTTCTAAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BO10JQ C 1
AF RR3BO10TF U 1
BS 1 285 RR3BO10TF
BS 286 289 RR3BO10JQ

RD RR3BO10JQ 289 0 0
GGTTATAGTGAAACTGAAGAAGCAGAGAGGGATCACGACTGTGATCGTCTCTCACAGCAT
CAAGCAGATCCAGCGGGTTGCGGATATCGTCTGCCTTGTCGTTGATGGAGAGATCGTTGA
AGTTCTTAAACCTGATGAGCTTTCTCAAGCTACGCATCCAATGGCAAGGAGGTTTCTCCA
ACTCAGTTCTTAATAATATGACAAATGTTGTCTGAATGTAACAATAAAGTTTATATTTTT
TTTTCCGCTGAATTATATTATTAAACCTTTAAAGCAAAAAGTTCTAAAC

QA 1 289 1 289
DS 

RD RR3BO10TF 285 0 0
GGTTATAGTGAAACTGAAGAAGCAGAGAGGGATCACGACTGTGATCGTCTCTCACAGCAT
CAAGCAGATCCAGCGGGTTGCGGATATCGTCTGCCTTGTCGTTGATGGAGAGATCGTTGA
AGTTCTTAAACCTGATGAGCTTTCTCAAGCTACGCATCCAATGGCAAGGAGGTTTCTCCA
ACTCAGTTCTTAATAATATGACAAATGTTGTCTGAATGTAACAATAAAGTTTATATTTTT
TTTTCCGCTGAATTATATTATTAAACCTTTAAAGCAAAAAGTTCT

QA 1 285 1 285
DS 



AS 1 2

CO CL5630Contig1 702 2 2 U
GGGTCTCATCTCTTAAAGCACACTTATAGTTAAGCATGGTAGTTAACCAGAAGACATCCG
GTCTCGCAGCCGCTATGAACGCCAAGATCATCGGTTCTGGTGAGAGGTCAATGGTATTGG
CACACGGGTTTGGAGGCGACCAGTCGGTTTGGGACAAGATAATACCGGTTCTGTCCCAAT
CTTTTAAGGTTTTAGTCTTTGACTGGCTTTTCTCTGGAGCCATCAAAGACCAAACTCTAT
ACGACCCTTCGAAGTATAACTCCTTCGACCCCTTCGCTGAAGATCTTATTGCTCTTATGG
AGTTGAAGTTTGGCCCCGTTGTGTTCGTAGGCCATTCCATGTCGTGCATGATCGGTTGTG
CTGCTTCTATTAAAAGGCCCGATTTGTTTACAAATCTTATCCCTATTGCTGCTTCTCCCA
GGTATATAAACAGTGAGGATTACAAAGGAGGGTTTGAATCAAAAGACATTGACACGATCA
TCACCAACATTGGCTCCAACTACGAGGCTTGGGCGGTTGCTTTCGCCTCCACAGTGGTTG
ACTCAAGAGACTCTCTGTCCGTCCAAAGGTTCGAAAAATGCCTTAAAAAGATGAAGCCCG
AGACGGCTCTTGCTTTAGCTAAGATTGTATTTGGAAGCGACGAGAGAGGACTCCTGGACC
AAGTGTCAGTGCCTTGCCACGTCATACAACCAGGAAAGGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BZ46TF U 1
AF RR3BZ46JQ C 401
BS 1 690 RR3BZ46TF
BS 691 702 RR3BZ46JQ

RD RR3BZ46TF 702 0 0
GGGTCTCATCTCTTAAAGCACACTTATAGTTAAGCATGGTAGTTAACCAGAAGACATCCG
GTCTCGCAGCCGCTATGAACGCCAAGATCATCGGTTCTGGTGAGAGGTCAATGGTATTGG
CACACGGGTTTGGAGGCGACCAGTCGGTTTGGGACAAGATAATACCGGTTCTGTCCCAAT
CTTTTAAGGTTTTAGTCTTTGACTGGCTTTTCTCTGGAGCCATCAAAGACCAAACTCTAT
ACGACCCTTCGAAGTATAACTCCTTCGACCCCTTCGCTGAAGATCTTATTGCTCTTATGG
AGTTGAAGTTTGGCCCCGTTGTGTTCGTAGGCCATTCCATGTCGTGCATGATCGGTTGTG
CTGCTTCTATTAAAAGGCCCGATTTGTTTACAAATCTTATCCCTATTGCTGCTTCTCCCA
GGTATATAAACAGTGAGGATTACAAAGGAGGGTTTGAATCAAAAGACATTGACACGATCA
TCACCAACATTGGCTCCAACTACGAGGCTTGGGCGGTTGCTTTCGCCTCCACAGTGGTTG
ACTCAAGAGACTCTCTGTCCGTCCAAAGGTTCGAAAAATGCCTTAAAAAGATGAAGCCCG
AGACGGCTCTTGCTTTAGCTAAGATTGTATTTGGAAGCGACGAGAGAGGACTCCTGGACC
AAGTGTCAGTGCCTTGCCACGTCATACAAC
ACGAAACGACGT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3BZ46JQ 302 0 0
CCCTATTGCTGCTTCTCCCAGGTATATAAACAGTGAGGATTACAAAGGAGGGTTTGAATC
AAAAGACATTGACACGATCATCACCAACATTGGCTCCAACTACGAGGCTTGGGCGGTTGC
TTTCGCCTCCACAGTGGTTGACTCAAGAGACTCTCTGTCCGTCCAAAGGTTCGAAAAATG
CCTTAAAAAGATGAAGCCCGAGACGGCTCTTGCTTTAGTTAAGATTGTATTTGGAAGCGA
CGAGAGAGGACTCCTGGACCAAGTGTCAGTGCCTTGCCACGTCATACAACCAGGAAAGGA
GG

QA 1 302 1 302
DS 



AS 1 2

CO CL5631Contig1 885 2 2 U
GGGAGAGTTTCGATATCAAAGATCTGATGTCTTACGGAGACGATTTGATCAGCTTACTGA
ACGCTAAGAACGGGTTCGACGTCGTATCGCAAAGCTTCGAGGACTTGAAAGCTCTCCGTT
TTCGTTGCGACGAGGATTTCAATCAGACACAGAGATCTATCCAAGATTGTAAGAAGAAGC
TCGTTGCATGCAAGAAGAAAACAGAGGAAGCTTTATCAGATGTTTCGGGTGGAGATGATG
ACGTGGAGCGTCTTCAGAAGGAACTTGACGAGGAGATGGAGCTAGAGTGCAAGCTCAAAG
ACGAGCTTAGAGTCGTCGCTGATGAACTCAAAGACTTGGATGCACAATTGACGTCTGTTG
ATGAACAGAGGCAATCTATAAAGAGAAAAGAGCGTGACGACTTGAGAGCTGAGAAAAAGC
TCTCTATGTATGCTTCTGTCACAAAAGTTATACCAGACGTTGAGGATCCATCCAAGATCT
CAGGCTATATGGTAGATCGCGAGAAAAAGGTAATTGAGAAGTTCCAGTTCGAGACAAATA
AGATGACGGCTTATGAGACATGCAACAGTATCTGGAGCATCATTAACAAGCAATAGAAAG
AGAAATGGCATGAGTTCATTTGTTTGATGCGTCTGAATAGATTTGGTTTTTAGCTTATCA
ACCAAAAACCTCTGTACCCACCCCTCCCCATCTAGTGAATAGTTTTTGGTTTCAGCTTAG
CAACCAAAACCTCTGTACCACCACCCCATCTACTATTCCTTAGATGTAAACCCCCATCCT
GCTTAGTTTTTTTTCGTTGCCCTTTTTGTAATTTGATTATGAATATTCTTCTCCTGTAAC
ATCATCATCAGTTCGTCATCTATGAAAATTTCCCTTGCAAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E701TF U 1
AF RR3E701JQ C 195
BS 1 479 RR3E701TF
BS 480 885 RR3E701JQ

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ACGCTAAGAACGGGTTCGACGTCGTATCGCAAAGCTTCGAGGACTTGAAAGCTCTCCGTT
TTCGTTGCGACGAGGATTTCAATCAGACACAGAGATCTATCCAAGATTGTAAGAAGAAGC
TCGTTGCATGCAAGAAGAAAACAGAGGAAGCTTTATCAGATGTTTCGGGTGGAGATGATG
ACGTGGAGCGTCTTCAGAAGGAACTTGACGAGGAGATGGAGCTAGAGTGCAAGCTCAAAG
ACGAGCTTAGAGTCGTCGCTGATGAACTCAAAGACTTGGATGCACAATTGACGTCTGTTG
ATGAACAGAGGCAATCTATAAAGAGAAAAGAGCGTGACGACTTGAGAGCTGAGAAAAAGC
TCTCTATGTATGCTTCTGTCACAAAAGTTATACCAGACGTTGAGGATCCATCCAAGATC

QA 1 479 1 479
DS 

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CAGAAGGAACTTGACGAGGAGATGGAGCTAGAGTGCAAGCTCAAAGACGAGCTTAGAGTC
GTCGCTGATGAACTCAAAGACTTGGATGCACAATTGACGTCTGTTGATGAACAGAGGCAA
TCTATAAAGAGAAAAGAGCGTGACGACTTGAGAGCTGAGAAAAAGCTCTCTATGTATGCT
TCTGTCACAAAAGTTATACCAGACGTTGAGGATCCATCCAAGATCTCAGGCTATATGGTA
GATCGCGAGAAAAAGGTAATTGAGAAGTTCCAGTTCGAGACAAATAAGATGACGGCTTAT
GAGACATGCAACAGTATCTGGAGCATCATTAACAAGCAATAGAAAGAGAAATGGCATGAG
TTCATTTGTTTGATGCGTCTGAATAGATTTGGTTTTTAGCTTATCAACCAAAAACCTCTG
TACCCACCCCTCCCCATCTAGTGAATAGTTTTTGGTTTCAGCTTAGCAACCAAAACCTCT
GTACCACCACCCCATCTACTATTCCTTAGATGTAAACCCCCATCCTGCTTAGTTTTTTTT
CGTTGCCCTTTTTGTAATTTGATTATGAATATTCTTCTCCTGTAACATCATCATCAGTTC
GTCATCTATGAAAATTTCCCTTGCAAGTTCC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL5632Contig1 793 2 1 U
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ACTTAATTACCCAAAATAGAAGTATAATTAAAATGAGAAATAATGTAGCAACACAACACA
AATAGATCGATCAGTGACAATGAAAGGTGAAAACCAAAGCTTTCTCCCTCATGTAAGATC
TATGGAGTTGCAAAACATAAAGAATATGATATGTAAAGAATTGAATCAGTACAATTTTGT
AATACTAACCAATACTCGGGCCATTTTCACTGCGAGAAAACACGAAGACCGGCCTCTAAA
TCCTCCAACCTGATGGTACAAATCTCTTCAGTGTCAACACAATCAAAGCTAAGTCGGAGA
TCAAGATTCTCCCTTGCGTTAACCAGCAACGTGTCCACCAACCCTCCGTTCATCTCCTTC
CTCTTCTTCTCGGTCGTCTCTCTCTCAATCACTGAAGCTATCTCCTGCAGGGTGCAAGAC
TCGTGCAGCTTGAAACCATAGAAGAGAGTGTCCTCTCCCTGGCTGTTCATCTTGATGTGA
AGTATCTGCGCCAGTTCCTTTGCACTGAAGTCGCTGAAGCTGAAAAACTTTGTGACCCTT
CTGCAGAACCCTTCGTTAGATGCAATCACACGCTTCATTGGCTCGCTGTATCCCGCGAAT
ATCACCACGATCTTCCCCGTGTCCATGACCGACATTATTTCTTCCAGAGCTTCTAGACCG
TAGTCCTTGTCGTCTGCCTTTTGCATCGGGATCAACCTGTATGCTTCATCCACAAAGAGG
ATTCCTCCCTCAG


BQ
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AF RR3GK28JQ U 61
AF RR3FS83JQ U 1
BS 1 793 RR3FS83JQ

RD RR3GK28JQ 271 0 0
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AATACTAACCAATACTCGGGCCATTTTCACTGCGAGAAAACACGAAGACCGGCCTCTAAA
TCCTCCAACCTGATGGTACAAATCTCTTCAG

QA 1 271 1 271
DS 

RD RR3FS83JQ 793 0 0
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ACTTAATTACCCAAAATAGAAGTATAATTAAAATGAGAAATAATGTAGCAACACAACACA
AATAGATCGATCAGTGACAATGAAAGGTGAAAACCAAAGCTTTCTCCCTCATGTAAGATC
TATGGAGTTGCAAAACATAAAGAATATGATATGTAAAGAATTGAATCAGTACAATTTTGT
AATACTAACCAATACTCGGGCCATTTTCACTGCGAGAAAACACGAAGACCGGCCTCTAAA
TCCTCCAACCTGATGGTACAAATCTCTTCAGTGTCAACACAATCAAAGCTAAGTCGGAGA
TCAAGATTCTCCCTTGCGTTAACCAGCAACGTGTCCACCAACCCTCCGTTCATCTCCTTC
CTCTTCTTCTCGGTCGTCTCTCTCTCAATCACTGAAGCTATCTCCTGCAGGGTGCAAGAC
TCGTGCAGCTTGAAACCATAGAAGAGAGTGTCCTCTCCCTGGCTGTTCATCTTGATGTGA
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CTGCAGAACCCTTCGTTAGATGCAATCACACGCTTCATTGGCTCGCTGTATCCCGCGAAT
ATCACCACGATCTTCCCCGTGTCCATGACCGACATTATTTCTTCCAGAGCTTCTAGACCG
TAGTCCTTGTCGTCTGCCTTTTGCATCGGGATCAACCTGTATGCTTCATCCACAAAGAGG
ATTCCTCCCTCAG

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL5633Contig1 1035 2 4 U
GCTTCTTCAGAGTAAAAACCTTGAAATCAAGAAAATAAATGAAGAAAAAAAGGCTTCCAT
GGCAGCTCAGTTTGCAGCTGAAGCCTCTCTTCGTAGGGTTCACGCTGCTCAGAAGGATGA
TGACATGCCTCCTATTGAAGCCATTCTTGCTCCTTTAGAGGCTGAACTCAAGCTCGCTAG
ACAAGAAATTGCTAAACTTCAAGACGACAACAGATCACTGGATAGGCTTACCAAATCAAA
GGAAGCAGCTTTGCTAGACGCCGAAAGGACAGTTCAGTCTGCATTGGCAAAGGCTTCAAT
GGTTGATGATCTACAGAACAAGAACCAAGAGTTGATGAAACAAATAGAAATTTGTCAGGA
AGAGAATAGAATTATAGACAAGATGCACAGACAGAAGGTTGCAGAAGTTGAAAAGCTTAT
GCAGAGTGTGCGGGAGTTAGAAGAAGCTGTTCTTGCTGGTGGTGCTGCCGCAAATGCCGT
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AGATTCTAACGACCAAGTGATGCCTGTGAGGCAGTGGCTCGAAGAACGGAGATTCATGCA
GGGAGAAATGCAGCAACTACGTGACAAACTTGCTGTAGCTGACCGAGCTGCAAAATCTGA
AGCGCAGCTGAAGGAGAAATTTTTACTGCGGCTTAGAGTGTTAGAAGAGAGTCTAAAGAA
GCCTAGCAACAGAGGCACCACGCCTGTTGTCCGAAGTTCAAGCACTGGGCCTTCAAGAAG
ACGGTCCCTCGTTGGAGCTGAGACGAGTTCAAAATATTCATCATCAAACGGTTCTGTGAC
CAAGAGCAGACCAAGTTCTCAGCCGAGATCATTAACCGCTAGTGCGAGCGCTGTATTGAA
GCATGCTAAAGGAACCTCTACGTCGTTCGATGGGGGAACCAGGTCACTGGATAGAAACAA
AGTGCTGATGATAGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BO47TF U 1
AF RR3GZ15TF U 395
BS 1 594 RR3BO47TF
BS 595 595 RR3GZ15TF
BS 596 658 RR3BO47TF
BS 659 1035 RR3GZ15TF

RD RR3BO47TF 658 0 0
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TGACATGCCTCCTATTGAAGCCATTCTTGCTCCTTTAGAGGCTGAACTCAAGCTCGCTAG
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GGAAGCAGCTTTGCTAGACGCCGAAAGGACAGTTCAGTCTGCATTGGCAAAGGCTTCAAT
GGTTGATGATCTACAGAACAAGAACCAAGAGTTGATGAAACAAATAGAAATTTGTCAGGA
AGAGAATAGAATTATAGACAAGATGCACAGACAGAAGGTTGCAGAAGTTGAAAAGCTTAT
GCAGAGTGTGCGGGAGTTAGAAGAAGCTGTTCTTGCTGGTGGTGCTGCCGCAAATGCCGT
GAGAGATTACCAGAGGAGATTTCAAGAAATGAATGAAGAGAGAAAAATTCTAGAAAGGGA
ACTTGCCCGTGCTAAGGTTAATGCAAACAGAGTTGCTACTGTAGTAGCAAACGAGTGGAA
AGATTCTAACGACCAAGTGATGCCTGTGAGGCAGTGGCTCGAAGAACGGAGATTCATG

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3GZ15TF 641 0 0
GG
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TGGTGGTGCTGCCGCAAATGCCGTGAGAGATTACCAGAGGAGATTTCAAGAAATGAATGA
AGAGAGAAAAATTCTCGAAAGGGAACTTGCCCGTGCTAAGGTTAATGCAAACAGAGTTGC
TACTGTAGTAGCAAACGAATGGAAAGATTCTAACGACCAAGTGATGCCTGTGAGGCAGTG
GCTCGAAGAACGGAGATTCATGCAGGGAGAAATGCAGCAACTACGTGACAAACTTGCTGT
AGCTGACCGAGCTGCAAAATCTGAAGCGCAGCTGAAGGAGAAATTTTTACTGCGGCTTAG
AGTGTTAGAAGAGAGTCTAAAGAAGCCTAGCAACAGAGGCACCACGCCTGTTGTCCGAAG
TTCAAGCACTGGGCCTTCAAGAAGACGGTCCCTCGTTGGAGCTGAGACGAGTTCAAAATA
TTCATCATCAAACGGTTCTGTGACCAAGAGCAGACCAAGTTCTCAGCCGAGATCATTAAC
CGCTAGTGCGAGCGCTGTATTGAAGCATGCTAAAGGAACCTCTACGTCGTTCGATGGGGG
AACCAGGTCACTGGATAGAAACAAAGTGCTGATGATAGA

QA 3 641 3 641
DS 



AS 1 2

CO CL5634Contig1 939 2 2 U
GGAATTGCAACTGCTGGTAGAGAGAAAGCTGGCTCGTCAACATGTAGAGACCAAGATTGC
TGAGCAGCAGATGAAACAACCTTACGGAGATGAAAACAACCCATCAAAGAGACCGCCACT
TGCAACCATACCGTTGGGAAGCCTCAAGAGCTCAAACGAAACCTCAACTTCGAAAGAAAC
GGTGAATCTATCCCGACCACCACTCTCAGCGAGTACCAGCAGCAGCAGCCATGACCTACC
TACTTTACCTAACGGTAGCGTCAAGCACAACGACCTCACGGAGAAGGAGAACAACAATCC
AGAAATGGCGGAGCGGTTGCAAATATCCAAGAGCACAAGGAGATTCTCCGTTTGTCCAAA
ACGTATTCTACCACCTCCAGCTCCAAGAAGGAGTACTCTTGCCCCGACGCCATACATCCC
AATCACATCAACTTCACCGTCAAGACCTCATGAAAAGAGCGGCACTAGCCAGGTGCTACG
CATCAGCCCCAAGTTGCGTAATAGTAACGGGAAGATGCTGAGCAGCATACTGAGACGGAG
CATGCAAAAGAGAATGCAAATGAAACCTTACCAGAGACAGCAGCCGTTGAGAAGAGCTGG
TATTAATGTAGGGATGGGAGAAAGTTAGGTTATCTATAGGAAGCAGAGGAAGGTTAGCTC
ACAGAGTTTTGCTAACAAATGCTCGTAAGGCAGGTTTAAAGGAGACACCAGTGAAACAGA
TACAGAAGGAGAAAGAGAGATGGGATTTGATCTTATGAGATAGCTTCTCATCCAGAGTTA
GGATTATTCGAGGATGATTATATTTTATAATCCTCATGTGTGCGTTTGTTTATTTGATTT
GATTTGATCCTACTGTATAGATGGATTTTATTGTGCCTTGTGAGCTTTAACATATTGGAA
ATGACTTTCTTGGGAGTCTAGTTTATTTTCATTCAGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BD28TF U 1
AF RR3BD28JQ C 18
BS 1 834 RR3BD28TF
BS 835 939 RR3BD28JQ

RD RR3BD28TF 834 0 0
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TGAGCAGCAGATGAAACAACCTTACGGAGATGAAAACAACCCATCAAAGAGACCGCCACT
TGCAACCATACCGTTGGGAAGCCTCAAGAGCTCAAACGAAACCTCAACTTCGAAAGAAAC
GGTGAATCTATCCCGACCACCACTCTCAGCGAGTACCAGCAGCAGCAGCCATGACCTACC
TACTTTACCTAACGGTAGCGTCAAGCACAACGACCTCACGGAGAAGGAGAACAACAATCC
AGAAATGGCGGAGCGGTTGCAAATATCCAAGAGCACAAGGAGATTCTCCGTTTGTCCAAA
ACGTATTCTACCACCTCCAGCTCCAAGAAGGAGTACTCTTGCCCCGACGCCATACATCCC
AATCACATCAACTTCACCGTCAAGACCTCATGAAAAGAGCGGCACTAGCCAGGTGCTACG
CATCAGCCCCAAGTTGCGTAATAGTAACGGGAAGATGCTGAGCAGCATACTGAGACGGAG
CATGCAAAAGAGAATGCAAATGAAACCTTACCAGAGACAGCAGCCGTTGAGAAGAGCTGG
TATTAATGTAGGGATGGGAGAAAGTTAGGTTATCTATAGGAAGCAGAGGAAGGTTAGCTC
ACAGAGTTTTGCTAACAAATGCTCGTAAGGCAGGTTTAAAGGAGACACCAGTGAAACAGA
TACAGAAGGAGAAAGAGAGATGGGATTTGATCTTATGAGATAGCTTCTCATCCAGAGTTA
GGATTATTCGAGGATGATTATATTTTATAATCCTCATGTGTGCGTTTGTTTATT

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR3BD28JQ 922 0 0
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CACCACTCTCAGCGAGTACCAGCAGCAGCAGCCATGACCTACCTACTTTACCTAACGGTA
GCGTCAAGCACAACGACCTCACGGAGAAGGAGAACAACAATCCAGAAATGGCGGAGCGGT
TGCAAATATCCAAGAGCACAAGGAGATTCTCCGTTTGTCCAAAACGTATTCTACCACCTC
CAGCTCCAAGAAGGAGTACTCTTGCCCCGACGCCATACATCCCAATCACATCAACTTCAC
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AAATGAAACCTTACCAGAGACAGCAGCCGTTGAGAAGAGCTGGTATTAATGTAGGGATGG
*AGAAAGTTAGGTTATCTATAGGAAGCAGAGGAAGGTTAGCTCACAGAGTTTTGCTAACA
AATGCTCGTAAGGCAGGTTTAAAGGAGACACCAGTGAAACAGATACAGAAGGAGAAAGAG
AGATGG*ATTTGATCTTATGAGATAGCTTCTCATCCAGAGTTAGGATTATTCGAGGATGA
TTATATTTTATAATCCTCATGTGTGCGTTTGTTTATTTGATTTGATTTGATCCTACTGTA
TAGATGGATTTTATTGTGCCTTGTGAGCTTTAACATATTGGAAATGACTTTCTTGGGAGT
CTAGTTTATTTTCATTCAGACT

QA 1 922 1 922
DS 



AS 1 2

CO CL5635Contig1 1171 2 2 U
CTCAGCAGCCAAGTGCGGATAATCCTCCTGAACCTAAAGCAACTGTCGACACGAAATTAA
ATCCAGAAGTTGTTGCCGGTGATGTATCCGCCAATAACAATACGTCAGACTTGGATCAGA
TGCTGGGATCGAGAAGAAATTCATTGAGTGAAGGTATCAAAAATGTTAATGCAAGTGCCA
GCTCGGATGATACTTCAGGATGCAGAACAAACTATCCTGACAGAACGGTCAGTGATAAAG
AAGCAATACTAGATCAGCCTCACAGGAAGAACTCTGTCTTGGAATCAGATTGCAACCCTC
GTCAGGATAGCAATAAAAGTTCCGGGAAAGACTTGAGTGACGATTTGAATAGGGATAGAC
GTAGAGGAGAAGAAATGAAAACTGGAAAAGAAAAGGGAGATTCTCAGAATGGCTCAAAAG
ATAGAGTGAAGCAGAAGGACATGAAGTCAGCAGAGGAAGTTAAAGGCTTCGAATCAAATA
GAAAATCTACTGATCTCGATGTAAAAAAGAATTACTCGAAGGATGCAGAGAGGCCTCACA
GAACAAGTTCTAAGAATGACCGGGGTAAAAAGAGGGAGAAGGAAAAGGAAGAACGGTCAA
GACACAGACATTCTCAAGACTCGAGCAAAGACAAAAGAAGACGCTCTCCAACCAGTAATG
GATCCTCTGACGATTCAATAAGGAAGTCCCGTTCGAGAAAAAGGAATATATCACCATCTC
CTGTGAGGTCCAGAAGAAAACGCTCTTCTCCATCAAGTGATGAATCTTCTGATGATTCAA
GGAGGAAGTCTTCTTCTAGAAGAAGGAATCGGTCACCATCTCCCGGAAGGTCCAGAAAAA
GACATGTTACTTCGCGGTCACCACATAGCAAGCATTCTGAGAACAAGCACAATTCCTACT
CTTCTCATGAAAAATCTAGGTCAAAGCGGTCAAGGTCCAGATCCCCCCGCAGGCGGCATC
GTGCTTAATGAACACAGTTCAGCAAACCGTTGCCAGGACGATGCTGTGCGCAGAGATTTG
GTGATTCTGGATGTGCCTTGGTAAAGCCACTCACTGGTTTGAGACGAGATGTCCAAAAGT
TTTTTTTGAATGTTTGTTCTGATTTGACTATGTAGTGTGGTTGAAATAATCTTTTCCTGT
GTAATTGTATCGTGCAAACTTGTTGATGGTC


BQ
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AF RR3C702TF U 1
AF RR3C702JQ C 421
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BS 675 1171 RR3C702JQ

RD RR3C702TF 677 0 0
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AAGCAATACTAGATCAGCCTCACAGGAAGAACTCTGTCTTGGAATCAGATTGCAACCCTC
GTCAGGATAGCAATAAAAGTTCCGGGAAAGACTTGAGTGACGATTTGAATAGGGATAGAC
GTAGAGGAGAAGAAATGAAAACTGGAAAAGAAAAGGGAGATTCTCAGAATGGCTCAAAAG
ATAGAGTGAAGCAGAAGGACATGAAGTCAGCAGAGGAAGTTAAAGGCTTCGAATCAAATA
GAAAATCTACTGATCTCGATGTAAAAAAGAATTACTCGAAGGATGCAGAGAGGCCTCACA
GAACAAGTTCTAAGAATGACCGGGGTAAAAAGAGGGAGAAGGAAAAGGAAGAACGGTCAA
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GATCCTCTGACGAT
CAA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3C702JQ 751 0 0
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GAAAATCTACTGATCTCGATGTAAAAAAGAATTACTCGAAGGATGCAGAGAGGCCTCACA
GAACAAGTTCTAAGAATGACCGGGGTAAAAAGAGGGAGAAGGAAAAGGAAGAACGGTCAA
GACACAGACATTCTCAAGACTCGAGCAAAGACAAAAGAAGACGCTCTCCAACCAGTAATG
GATCCTCTGACGATTCAATAAGGAAGTCCCGTTCGAGAAAAAGGAATATATCACCATCTC
CTGTGAGGTCCAGAAGAAAACGCTCTTCTCCATCAAGTGATGAATCTTCTGATGATTCAA
GGAGGAAGTCTTCTTCTAGAAGAAGGAATCGGTCACCATCTCCCGGAAGGTCCAGAAAAA
GACATGTTACTTCGCGGTCACCACATAGCAAGCATTCTGAGAACAAGCACAATTCCTACT
CTTCTCATGAAAAATCTAGGTCAAAGCGGTCAAGGTCCAGATCCCCCCGCAGGCGGCATC
GTGCTTAATGAACACAGTTCAGCAAACCGTTGCCAGGACGATGCTGTGCGCAGAGATTTG
GTGATTCTGGATGTGCCTTGGTAAAGCCACTCACTGGTTTGAGACGAGATGTCCAAAAGT
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GTAATTGTATCGTGCAAACTTGTTGATGGTC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL5636Contig1 1226 2 2 U
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CAAGCCCAAAGAAGAAAGAAGAAGTCTTGTGCTTTTCAGTCATAACCCTATTATGTCACA
ACTTCAAACACACGTTACTTTTCCATCTCTAAAGCTCCAAGAGAAACAAGACTCGAGCTT
TTCTCTGGGAAGAGTCTCACACGCTTCTACTTCAAAAGGGAGACCGGTTTGTTCGTTTGT
TAACGTCATTGGCTTTCCGAAGCTTCAAGTCAGATCCGACCAGACGAGTTTTGATTCTCT
TTCAACGTTGTGGTGTCTCAAAAGAAGGGGGGCGAGAACAGTTGTTCAAGATGTTGTGAA
GCTTTAGACAGGCCTCGGAATGGACAGAGAAGAATGAAGACTTATTCAGTTTCCTTACCG
CTTATCCACGGTATCAGCTCTGTTTCTTTCTGTTGAGACAGAACAAAGGTTGAAAAATCA
ATGTCTGTGTGTTGGATTGAGTTGCCGGTTAGCTTAGATTCTTGGGTTAAGATAGATTTG
GAACTGAAGCTATGATGAAATAGGCTGGTTTGGGTTTGCTACGTGTGGAATTGGATAGAA
GTCTCTGGATTTAATGCTAATGCACACAAGCTGTTCGCTGAAATGTCAAGTGACAATCAG
ATTGTTTAAAGACAGAGTTTTGGTGCTATATTGATGGGAATCATAGAGTTATATAGGATG
GTTTAGTAAGTGTGGAAAGAGAGTTTTGCTTCTTCATAAGACAGTAAGAAATAGGTAAAG
TAAGCCTAGATTCATAGTGAGACAAAAAAGGTCACAATTATACCTCTGAGTGAGATCAAC
TAAGCTCTCCAAGTTCAAAAGAAACCTCTGAGTGAAGCCATGTGATACTCTCCAAGTATA
GACCTGAATTGATCTCACACTTAGTTTGTTTTCCATGAAGAAGAAGAGCCATTTGCCACC
ACTACAAGCATCCTGCTTCAACTCGTCATGTCTCCTTCAAAGCCATCTTCAGTTGCATTC
AAACTTGTCAGCTTTGTGTTCACCCGCTGCCAGGTTTGCGGGGGAGTATTAGAGAGCCAA
GCCCAAACGAATGTCCAAAGCCCATTACCTATATATCTAGGGTTTCTAGCTAAGTTAGAG
TTGATATAAATATGTGCAAGGGTGGATGTATTTGGTAACTTTGGCTGCCATTAAAGCAGC
CCTCCTCAATATATTTATATGAAACC


BQ
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AF RR3DF86TF U 1
AF RR3DF86JQ C 473
BS 1 726 RR3DF86TF
BS 727 1226 RR3DF86JQ

RD RR3DF86TF 726 0 0
TTTTTAACTTACGACCAATCTCTACCACTAAAGCTCCAACCTTTCTCGTTTCTGTCCATC
CAAGCCCAAAGAAGAAAGAAGAAGTCTTGTGCTTTTCAGTCATAACCCTATTATGTCACA
ACTTCAAACACACGTTACTTTTCCATCTCTAAAGCTCCAAGAGAAACAAGACTCGAGCTT
TTCTCTGGGAAGAGTCTCACACGCTTCTACTTCAAAAGGGAGACCGGTTTGTTCGTTTGT
TAACGTCATTGGCTTTCCGAAGCTTCAAGTCAGATCCGACCAGACGAGTTTTGATTCTCT
TTCAACGTTGTGGTGTCTCAAAAGAAGGGGGGCGAGAACAGTTGTTCAAGATGTTGTGAA
GCTTTAGACAGGCCTCGGAATGGACAGAGAAGAATGAAGACTTATTCAGTTTCCTTACCG
CTTATCCACGGTATCAGCTCTGTTTCTTTCTGTTGAGACAGAACAAAGGTTGAAAAATCA
ATGTCTGTGTGTTGGATTGAGTTGCCGGTTAGCTTAGATTCTTGGGTTAAGATAGATTTG
GAACTGAAGCTATGATGAAATAGGCTGGTTTGGGTTTGCTACGTGTGGAATTGGATAGAA
GTCTCTGGATTTAATGCTAATGCACACAAGCTGTTCGCTGAAATGTCAAGTGACAATCAG
ATTGTTTAAAGACAGAGTTTTGGTGCTATATTGATGGGAATCATAGAGTTATATAGGATG
GTTTAG

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3DF86JQ 754 0 0
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TAGATTTGGAACTGAAGCTATGATGAAATAGGCTGGTTTGGGTTTGCTACGTGTGGAATT
GGATAGAAGTCTCTGGATTTAATGCTAATGCACACAAGCTGTTCGCTGAAATGTCAAGTG
ACAATCAGATTGTTTAAAGACAGAGTTTTGGTGCTATATTGATGGGAATCATAGAGTTAT
ATAGGATGGTTTAGTAAGTGTGGAAAGAGAGTTTTGCTTCTTCATAAGACAGTAAGAAAT
AGGTAAAGTAAGCCTAGATTCATAGTGAGACAAAAAAGGTCACAATTATACCTCTGAGTG
AGATCAACTAAGCTCTCCAAGTTCAAAAGAAACCTCTGAGTGAAGCCATGTGATACTCTC
CAAGTATAGACCTGAATTGATCTCACACTTAGTTTGTTTTCCATGAAGAAGAAGAGCCAT
TTGCCACCACTACAAGCATCCTGCTTCAACTCGTCATGTCTCCTTCAAAGCCATCTTCAG
TTGCATTCAAACTTGTCAGCTTTGTGTTCACCCGCTGCCAGGTTTGCGGGGGAGTATTAG
AGAGCCAAGCCCAAACGAATGTCCAAAGCCCATTACCTATATATCTAGGGTTTCTAGCTA
AGTTAGAGTTGATATAAATATGTGCAAGGGTGGATGTATTTGGTAACTTTGGCTGCCATT
AAAGCAGCCCTCCTCAATATATTTATATGAAACC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL5637Contig1 669 2 4 U
AACTTTGAAAAGTTAGGCAATATAAAAAGAGTTAACCATCATTCATAATGTTTTTATATA
TAAAAATTGTTCTTTGAGCTTAACCAAAAGTTGAACATATTGTCTAAAATACTCTTGATA
AATAAAACCCCCCATTGTCCAATGAGGCAAACTTTAACCTATCATTCTCTTCTGGCCAAA
ATAGCGTCTCTGTTTCATAATTATCTTTCTGTTGTCCTCTTTGAAGTTTGAGATTGAGCA
GGATTACTAGTCTAACTGACACAAACCTAAGCGGTGCGCATCGGATAAGGATTATTTAAT
GTGAACATCATCAGAGTTCGTCATGACTGTGAGGTGGTTGGTATTGGCTCATCATCTTCT
CCAGCTTTTGTTCTAGTTCTTTAAGTTTATCTTCCAAACACCGAGCTGGAGTAAATAAAA
CTGCTGCATATTCGCAACGGCTTGGTTCATCCACATCCATAAGCTCATTTTTTAGCCCAC
ATCTTAGTTTAATCTTGAGGCTTCTATCGGGACCGTTCCAACACTTATCTCCGTTTGTAT
ATGTCATGAACTGGTACGAGTTCTCAAACTTCTCCCATTCCCCTAACCGACTTTTCGAAT
AGCCCTCCTCTTGTGTTGCTTCTTTATATCCGCAGACTTTGTATGTATACTTGCCCTGTT
TACTCTCAA


BQ
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F791JQ U 1
AF RR3E833JQ U 28
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TAAAAATTGTTCTTTGAGCTTAACCAAAAGTTGAACATATTGTCTAAAATACTCTTGATA
AATAAAACCCCCCATTGTCCAATGAGGCAAACTTTAACCTATCATTCTCTTCTGGCCAAA
ATAGCGTCTCTGTTTCATAATTATCTTTCTGTTGTCCTCTTTGAAGTTTGAGATTGAGCA
GGATTACTAGTCTAACTGACACAAACCTAAGCGGTGCGCATC

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR3E833JQ 642 0 0
C
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AGTTGAACATATTGTCTAAAATACTCTTGATAAATGAAACCCTCCATTGTCCAATGAGGC
AAACTTTAACCTATCATTCTCTTCTGGCCAAAATAGCGTCTCTGTTTCATAGTTATCTTT
CTGTTGTCCTCTTTGAAGTTTGAGATTGAGCAGGATTACTAGTCTAACTGACACAAACCT
AAGCGGTGCGCATCGGATAAGGATTATTTAATGTGAACATCATCAGAGTTCGTCATGACT
GTGAGGTGGTTGGTATTGGCTCATCATCTTCTCCAGCTTTTGTTCTAGTTCTTTAAGTTT
ATCTTCCAAACACCGAGCTGGAGTAAATAAAACTGCTGCATATTCGCAACGGCTTGGTTC
ATCCACATCCATAAGCTCATTTTTTAGCCCACATCTTAGTTTAATCTTGAGGCTTCTATC
GGGACCGTTCCAACACTTATCTCCGTTTGTATATGTCATGAACTGGTACGAGTTCTCAAA
CTTCTCCCATTCCCCTAACCGACTTTTCGAATAGCCCTCCTCTTGTGTTGCTTCTTTATA
TCCGCAGACTTTGTATGTATACTTGCCCTGTTTACTCTCAA

QA 2 642 2 642
DS 



AS 1 2

CO CL5638Contig1 1261 2 6 U
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TGGCCCTCGAAGCAGGGAGCTTACTCCGCGCCTTGATCCTACTCGCATCCGTACCGTTCG
TTTACCTGATCTGGGGCTTGGCGATAGTAAGACAGACCACGAATTCATGGCAATTTGCAA
GGAGGGTTACATGGTACCACGTACAAAATGCGAACCACTACCAAGAAACAAACTCTTAAG
CACCATAATATTCCACGAGGGCAGATTAGTCCAGCGTCCAACGCCGTTAGTTGCTCTGTT
AACTCTCCTTTGGCTTCCCATCGGTTTTCTAGTGTCTCTTATCCGTGTCTACACGAATAT
TCCACTACCCGAACGCATTGCACGTTACAACTACAAGCTCACAGGGATCTAACTAGTCGT
CAACGGCCACCCTCCTCCGCCACCTAAGCCTGGCCAACCAGGTTATCTATTGGTCTGCAA
CCACCGGACCGTCTTAGACCCGGTGGTGACAGCTGTCGTTCTCGGCCGGAAAATCAGCTG
CGTGACATACAGCATCAGCAAATTCTCTGAGATAATCTCTCCAATCAAAACCGTTGCGTT
GACTCGTCAGCGCGATAAAGACGCAGCTAACATCAAGCGTCTCTTGGAGGAAGGCGATCT
TGTGATATGTCCCGAGGGAACCACGTGCCGTGAGCCTTTCTTCTCCCTGTGGCTATCAAC
ACCAAACAAAGCATGTTTAATGGTACAACCACACGTGGCTACAAGCTTCTTGATCCTTAC
TTCGCTTTCATGAACCCCATTCCCACGTTCGAGATCACTTTCCTTAAGCAGCTACCGGCT
GAGCTGACATGTAAAGGAGGCAAGTCGCCGATAGAGGTGGCCAATTACATACAGAGGGTT
TTGGCAGGAACCTTAGGGTTTGAGTGCACCAGTTTCACAAGAAAGGACAAGTACGCAATG
CTAGCTGGTACCGACGGTAGGGTTCCGTTGAAGACGGAAAATATATAATTACCGATTGGA
TAAAAGAGAAGATGAAGAAATAATACAAAGATATGAATATTTTTCATTGGGCTAGTTAGC
TATTACTGTCTTCTATGCTTCCATAATATTTTCTTCGCAAGTTTATATTTGTGATGTTTT
CAAGGTTTACTTCAGTACAATAACGATTAGACCATCTCCAACGGGGAGAGACTCAAAATG
CATAACTAAATGTAAAAATATTATATTTAAATGTATTTTGATTAGATAATAAAATTTAAC
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3CH46TF U 1
AF RR3CH46JQ C 531
BS 1 653 RR3CH46TF
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RD RR3CH46TF 797 0 0
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TGGCCCTCGAAGCAGGGAGCTTACTCCGCGCCTTGATCCTACTCGCATCCGTACCGTTCG
TTTACCTGATCTGGGGCTTGGCGATAGTAAGACAGACCACGAATTCATGGCAATTTGCAA
GGAGGGTTACATGGTACCACGTACAAAATGCGAACCACTACCAAGAAACAAACTCTTAAG
CACCATAATATTCCACGAGGGCAGATTAGTCCAGCGTCCAACGCCGTTAGTTGCTCTGTT
AACTCTCCTTTGGCTTCCCATCGGTTTTCTAGTGTCTCTTATCCGTGTCTACACGAATAT
TCCACTACCCGAACGCATTGCACGTTACAACTACAAGCTCACAGGGATCTAACTAGTCGT
CAACGGCCACCCTCCTCCGCCACCTAAGCCTGGCCAACCAGGTTATCTATTGGTCTGCAA
CCACCGGACCGTCTTAGACCCGGTGGTGACAGCTGTCGTTCTCGGCCGGAAAATCAGCTG
CGTGACATACAGCATCAGCAAATTCTCTGAGATAATCTCTCCAATCAAAACCGTTGCGTT
GACTCGTCAGCGCGATAAAGACGCAGCTAACATCAAGCGTCTCTTGGAGGAAG*CGATCT
TGTGATATGTCCCGAGGGAACCACGTGCCGTGAGCCTTTCTTCTCCCTGTGGCTATCA*C
ACCAAACAAAGCATGTTTAATGGTACAACCACACGTGGCTACAAGCTTCTTGATCCTTAC
TTCGCTTTCATGA
CCCC

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3CH46JQ 731 0 0
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CCGTTGCGTTGACTCGTCAGCGCGATAAAGACGCAGCTAACATCAAGCGTCTCTTGGAGG
AAGGCGATCTTGTGATATGTCCCGAGGGAACCACGTGCCGTGAGCCTTTCTTCTCCCTGT
GGCTATCAACACCAAACAAAGCATGTTTAATGGTACAACCACACGTGGCTACAAGCTTCT
TGATCCTTACTTCGCTTTCATGAACCCCATTCCCACGTTCGAGATCACTTTCCTTAAGCA
GCTACCGGCTGAGCTGACATGTAAAGGAGGCAAGTCGCCGATAGAGGTGGCCAATTACAT
ACAGAGGGTTTTGGCAGGAACCTTAGGGTTTGAGTGCACCAGTTTCACAAGAAAGGACAA
GTACGCAATGCTAGCTGGTACCGACGGTAGGGTTCCGTTGAAGACGGAAAATATATAATT
ACCGATTGGATAAAAGAGAAGATGAAGAAATAATACAAAGATATGAATATTTTTCATTGG
GCTAGTTAGCTATTACTGTCTTCTATGCTTCCATAATATTTTCTTCGCAAGTTTATATTT
GTGATGTTTTCAAGGTTTACTTCAGTACAATAACGATTAGACCATCTCCAACGGGGAGAG
ACTCAAAATGCATAACTAAATGTAAAAATATTATATTTAAATGTATTTTGATTAGATAAT
AAAATTTAACG

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL5639Contig1 695 2 3 U
TTTTTATAAAGAGAGGTTTGAAATCCTTTATTTCCTTGTTACGGCTAGAACTCGAGAGTT
CTTGACGAATCAAGAAGACTTTGATCCTAGGTATTCTCAAACTAAATAGGATTCATTGTA
TTATCGTAGCTTCCGCTACATCAGTTTGGTATCAGAGCGCTTCCGCTACATCAGTTTGGT
ATCAGAACCAGCAGGTTTAATTTTCTCGGTCAAACCACGATCCTCGGTATCGATTTTATT
TTGTTCTTTTCCTATGGTTGCTTGTGGTGACTCATGGATCCGTGACGGTGAAGACGTCGA
CCAGAGTCTTTTTACCGTGTATGGTGAGAATGATTCTCAAGCTCAAGATCTCTACAGCGA
GATCTATGGACCTCCCGTTTATGATGTTTATGATGACGAAGGTTTGGATTCAAGTTGAAA
ACAAGGATTTGGATGATCAAGAGCTAAACAATCTTTCCAGTGATGTTCTTCTCCAAACGG
TTGTGTTTCTTCTCGTGGACGGCAACTGCTTAAGGTTACACAATTCAATTAGTGAAGAAG
ATTATTGTGCTAATTGGGCTTTTGGAGATATTGGTCCAATTTCAACACGTCGGTTCAATA
AGGAGAACACAGGTTTTAAATCATTCAATTTCAGGTTGACGTTGTTGGAGGGAGGACAAA
ATTTTATTTTCTTATTTGGAAAATATTATCAATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C704TF U 159
AF RR3C704JQ C 1
BS 1 158 RR3C704JQ
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BS 417 695 RR3C704JQ

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AAGCTCAAGATCTCTACAGCGAGATCTATGGACCTCCCGTTTATGATGTTTATGATGACG
AAGGTTTGGATTCAAGTT
TG

QA 1 258 1 258
DS 

RD RR3C704JQ 695 0 0
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CTTGACGAATCAAGAAGACTTTGATCCTAGGTATTCTCAAACTAAATAGGATTCATTGTA
TTATCGTAGCTTCCGCTACATCAGTTTGGTATCAGAGCGCTTCCGCTACATCAGTTTGGT
ATCAGAACCAGCAGGTTTAATTTTCTCGGTCAAACCACGATCCTCGGTATCGATTTTATT
TTGTTCTTTTCCTATGGTTGCTTGTGGTGACTCATGGATCCGTGACGGTGAAGACGTCGA
CCAGAGTCTTTTTACCGTGTATGGTGAGAATGATTCTCAAGCTCAAGATCTCTACAGCGA
GATCTATGGACCTCCCGTTTATGATGTTTATGATGACGAAGGTT*GGATTCAAGTTGAAA
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TTGTGTTTCTTCTCGTGGACGGCAACTGCTTAAGGTTACACAATTCAATTAGTGAAGAAG
ATTATTGTGCTAATTGGGCTTTTGGAGATATTGGTCCAATTTCAACACGTCGGTTCAATA
AGGAGAACACAGGTTTTAAATCATTCAATTTCAGGTTGACGTTGTTGGAGGGAGGACAAA
ATTTTATTTTCTTATTTGGAAAATATTATCAATGG

QA 1 695 1 695
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5641Contig1 565 2 3 U
GGATGTACAGAAGGATCAGTTTATTTCATAGCAATGGCAAAGGGACACCAAGGCAAATGC
TTTGGATTCGTCCTATTACTATGCTTCTTCAGTTCAACTTTGGCACGCAGGGTTCTTAAG
GATCACTCCATGATGGAGGCAAGCAAGCTAGAGCTGAACCATGTAGTGAAGCCTGGGATG
GTTAGTTTGAGGGAGCAAGATCATGCGTTGTTCAATGTAGAAACTGAGAACAAAGTCAAA
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BQ
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AF RR3DM84TF U 21
AF RR3EQ37TF U 1
BS 1 124 RR3EQ37TF
BS 125 125 RR3DM84TF
BS 126 565 RR3EQ37TF

RD RR3DM84TF 261 0 0
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QA 1 261 1 261
DS 

RD RR3EQ37TF 565 0 0
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GTTAGTTTGAGGGAGCAAGATCATGCGTTGTTCAATGTAGAAACTGAGAACAAAGTCAAA
CCTTACCGTAAGCTGCAGTCCATGCCTGGTGTACCAGAAGAGCCTGAAGAACCTGACCAT
AAGCTGCATACGCTGCAGTCCATGCCGGGTATGCCAGAAGAGCCTGAAGAACCTGACCAT
GAGCTGCATACGCTGCAGTCCGTGCCGGGTGTACCAGAAGAGCCTGAAGAACCTGACCAT
ACGCTGCATACGCTGCAGTCCATGCCGGGTATACCAGAAGAGCCTGAAGAACCTGACCAT
AAGCTGCAGTCCATGCCGGGTGAACCGGAAGAGCCTGACGACAAGTCATGCCTGACCATA
AGCTGCAGTCCATGCCGGGTGAACC

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

CO CL5642Contig1 1067 2 2 U
GAATTCTCATGTCTCTCTTTTTCAGACGATCTCGCAAGACAAGAGGGTACCTATGAACTT
GGTTTATCCTCAGATTCGTAATGATGATAAAACGCAAACGATCGGGGCATCTCATGGGTG
GATAGCTACACTGAAGGAAGACGGCATCCTTCGTCTCCAAGACGATCTGAACCCTGCTGC
ATCGGATACAAATCCGAAACGCATCCCGCTGCCTCCTCTTGTGACTCTGCCACACTGCCA
AACCAAAATTATCACCAACGTGTCAATGTCATCATCTTCTCCAGAGGATGATGAGGACTG
TGTGGTGGCTGTCAAGTTCTTGGGACCTCAGCTCAGCTTTTGCTGGCCAGCTCAGAGTAA
ACCAGAGTGGACCAACATCATGCTGGAGAACCCATGCTTCCACTCCTCCTCCCGTGTCAT
GTTTTCCAAGAAAGACAAGGTGTTTCGTATTCTTGGATCTGTAGACCACATCATCGCGTC
ATGTGATTTTTTCAGCAAGAGGGAGCCCTTTGTGGTCAGATGGTACAAGAAGACAATCAA
GATGACCAAAAGTGGCGTAGCTAAAATGAGAAGGAAAGCTTTGTTCAGGTTAGACGACGA
CGAAGGAAACAACGATAAGCTTCAGTGGAATTTTTTGGAATCGCTCTGCATGAGCGAGCA
CTTGGTGGAGTCACCAACTGGTGAGACTTTCTTGGTTGAGCAGTACAAGAAGAAGATAAC
CGTTAAAGAAGGTGTCGCTAGAATGAAAACAGAGATTTTGATGGTGTACAAGCTAGACGA
TGAAGGAAACCCGGTCTACACTCAAGACATGGGAGATGTCACCATGTTCCTCTCAAAGTC
TGAACCTTTCTGTGTCCCTTCTTCTTCATTTCCTGGTTTGCGTCGTAACTACATTCACAT
CCTCGATGTTGATGAAATCGGAGGTTTTAATGTAGGTAACAACTCCATCGCTAGTGCAAG
TGGTACATTTTCTGCCCCTTATTATTTTCCACCACAAGATGTTGACAACTAGCTTTGTAA
TGTTCTCTGTGAGATTGTGATGTGTTTTCTCTTTGGAGTAAAACAGT


BQ
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AF RR3H529TF U 1
AF RR3H529JQ C 333
BS 1 585 RR3H529TF
BS 586 1067 RR3H529JQ

RD RR3H529TF 585 0 0
GAATTCTCATGTCTCTCTTTTTCAGACGATCTCGCAAGACAAGAGGGTACCTATGAACTT
GGTTTATCCTCAGATTCGTAATGATGATAAAACGCAAACGATCGGGGCATCTCATGGGTG
GATAGCTACACTGAAGGAAGACGGCATCCTTCGTCTCCAAGACGATCTGAACCCTGCTGC
ATCGGATACAAATCCGAAACGCATCCCGCTGCCTCCTCTTGTGACTCTGCCACACTGCCA
AACCAAAATTATCACCAACGTGTCAATGTCATCATCTTCTCCAGAGGATGATGAGGACTG
TGTGGTGGCTGTCAAGTTCTTGGGACCTCAGCTCAGCTTTTGCTGGCCAGCTCAGAGTAA
ACCAGAGTGGACCAACATCATGCTGGAGAACCCATGCTTCCACTCCTCCTCCCGTGTCAT
GTTTTCCAAGAAAGACAAGGTGTTTCGTATTCTTGGATCTGTAGACCACATCATCGCGTC
ATGTGATTTTTTCAGCAAGAGGGAGCCCTTTGTGGTCAGATGGTACAAGAAGACAATCAA
GATGACCAAAAGTGGCGTAGCTAAAATGAGAAGGAAAGCTTTGTT

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3H529JQ 735 0 0
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CATGCTTCCACTCCTCCTCCCGTGTCATGTTTTCCAAGAAAGACAAGGTGTTTCGTATTC
TTGGATCTGTAGACCACATCATCGCGTCATGTGATTTTTTCAGCAAGAGGGAGCCCTTTG
TGGTCAGATGGTACAAGAAGACAATCAAGATGACCAAAAGTGGCGTAGCTAAAATGAGAA
GGAAAGCTTTGTTCAGGTTAGACGACGACGAAGGAAACAACGATAAGCTTCAGTGGAATT
TTTTGGAATCGCTCTGCATGAGCGAGCACTTGGTGGAGTCACCAACTGGTGAGACTTTCT
TGGTTGAGCAGTACAAGAAGAAGATAACCGTTAAAGAAGGTGTCGCTAGAATGAAAACAG
AGATTTTGATGGTGTACAAGCTAGACGATGAAGGAAACCCGGTCTACACTCAAGACATGG
GAGATGTCACCATGTTCCTCTCAAAGTCTGAACCTTTCTGTGTCCCTTCTTCTTCATTTC
CTGGTTTGCGTCGTAACTACATTCACATCCTCGATGTTGATGAAATCGGAGGTTTTAATG
TAGGTAACAACTCCATCGCTAGTGCAAGTGGTACATTTTCTGCCCCTTATTATTTTCCAC
CACAAGATGTTGACAACTAGCTTTGTAATGTTCTCTGTGAGATTGTGATGTGTTTTCTCT
TTGGAGTAAAACAGT

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL5643Contig1 262 2 2 U
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AGTTTACCTGGAGTAGGTGGGGGCAAGGGTCTGCAGCGGGATGTAATAACATGGAAGCAA
TCTTTGTATTCAGAGGGATATCAAACTTTTGTTTCAAACTTGCAAAGGCATTTTCTGGCT
GGATCACATGCATCTAATGTCAACACTCCGGTGTGCTCAGCTACTTGAGGCACATGCAAA
CGTTCAAACTCAGTCCCCTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DF78JQ C 1
AF RR3DF78TF U 10
BS 1 9 RR3DF78JQ
BS 10 262 RR3DF78TF

RD RR3DF78JQ 262 0 0
TTTTTTATTAAAAAAAAGAAGGAACCATAAATAAGTATAAGACCACTCTCGCAATTAGTT
AGTTTACCTGGAGTAGGTGGGGGCAAGGGTCTGCAGCGGGATGTAATAACATGGAAGCAA
TCTTTGTATTCAGAGGGATATCAAACTTTTGTTTCAAACTTGCAAAGGCATTTTCTGGCT
GGATCACATGCATCTAATGTCAACACTCCGGTGTGCTCAGCTACTTGAGGCACATGCAAA
CGTTCAAACTCAGTCCCCTACC

QA 1 262 1 262
DS 

RD RR3DF78TF 253 0 0
AAAAAAAAGAAGGAACCATAAATAAGTATAAGACCACTCTCGCAATTAGTTAGTTTACCT
GGAGTAGGTGGGGGCAAGGGTCTGCAGCGGGATGTAATAACATGGAAGCAATCTTTGTAT
TCAGAGGGATATCAAACTTTTGTTTCAAACTTGCAAAGGCATTTTCTGGCTGGATCACAT
GCATCTAATGTCAACACTCCGGTGTGCTCAGCTACTTGAGGCACATGCAAACGTTCAAAC
TCAGTCCCCTACC

QA 1 253 1 253
DS 



AS 1 2

CO CL5644Contig1 990 2 2 U
TTTTTTTTGTTCTTTATATTTAGAGATCTCCTCTGTTTCTTCTCTTTCCTCTGTTTCTAT
CTTCCCTCATTACTTTAAGAAAAAACTTCCATCATCAATAACAAAACTCAGACCGAGGAA
AAACACTTAAAAACTGAAACTTTGATGGTCGGAAACTAATGACTCCGGTTCTCTGTGAAA
TCTTGCTCTCCGGGCTCACGGTTAAATCTGCTCTCCGCCGTAGAACCCATCTCGTTCAAT
CATTCTCCGTCGTCTTCCTCTACTGGTTTTACAACGTTTCATGAATTGCTGAAAACCCTC
AAATCTAATCCTTAAATTAAATTAATTTACATCTTATTAATTATTTTCAGACAATTTAAA
AAACCCACAAAAGATTTGTCTTTTTTTAATTTTTTGTTCTTGTAATTTTCTTTTTTAAAA
CTTTTTTGCGGCGGAGTATAATGGCGTCATCTAGCAGCACGTACCGGAGCTCTAGCTCTT
CCGACGGCGGTAATCCGACCGCCGTCGCCGTCGACGAGCGAGAGCGTAAGAGAATGTTAT
CGAATCGTGAGTCTGCTCGTAGATCAAGGATGCGTAAACAAAAACACATCGACGATCTAA
CGGCTCAGATCAACCAGCTTTCAAGCGACAACCGTCAGATCCTGACGAGCCTCACCGTCA
CATTTCAGCTTCACATGAAGATCCAAGCCGAGAACTCTATTCTAACGGCTCAGATGGCAG
AGCTGAGCTCTAGACTCGAGTCTTTAAACGAGATCGTCGATCTCGTCACGACGACGAACG
GTGCAGGGTTCGGTGGCGGTGTCGATCTGATCGACGGCTGTGGATTCGATGATCGTACGG
TTGGGATTAGTAGCGAGGGGTATTACGATGATATGATGAACGGCGTTAATCACTGGGGTG
GTTCGGTTTATTATTCTAACCAGCCCATCATGGCTAATGATATCAATATGTATTAAATTA
AAATTAATTATGAAACTAGTATTATTGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E226TF U 1
AF RR3E226JQ C 229
BS 1 482 RR3E226TF
BS 483 990 RR3E226JQ

RD RR3E226TF 482 0 0
TTTTTTTTGTTCTTTATATTTAGAGATCTCCTCTGTTTCTTCTCTTTCCTCTGTTTCTAT
CTTCCCTCATTACTTTAAGAAAAAACTTCCATCATCAATAACAAAACTCAGACCGAGGAA
AAACACTTAAAAACTGAAACTTTGATGGTCGGAAACTAATGACTCCGGTTCTCTGTGAAA
TCTTGCTCTCCGGGCTCACGGTTAAATCTGCTCTCCGCCGTAGAACCCATCTCGTTCAAT
CATTCTCCGTCGTCTTCCTCTACTGGTTTTACAACGTTTCATGAATTGCTGAAAACCCTC
AAATCTAATCCTTAAATTAAATTAATTTACATCTTATTAATTATTTTCAGACAATTTAAA
AAACCCACAAAAGATTTGTCTTTTTTTAATTTTTTGTTCTTGTAATTTTCTTTTTTAAAA
CTTTTTTGCGGCGGAGTATAATGGCGTCATCTAGCAGCACGTACCGGAGCTCTAGCTCTT
CC

QA 1 482 1 482
DS 

RD RR3E226JQ 762 0 0
ATCTCGTTCAATCATTCTCCGTCGTCTTCCTCTACTGGTTTTACAACGTTTCATGAATTG
CTGAAAACCCTCAAATCTAATCCTTAAATTAAATTAATTTACATCTTATTAATTATTTTC
AGACAATTTAAAAAACCCACAAAAGATTTGTCTTTTTTTAATTTTTTGTTCTTGTAATTT
TCTTTTTTAAAACTTTTTTGCGGCGGAGTATAATGGCGTCATCTAGCAGCACGTACCGGA
GCTCTAGCTCTTCCGACGGCGGTAATCCGACCGCCGTCGCCGTCGACGAGCGAGAGCGTA
AGAGAATGTTATCGAATCGTGAGTCTGCTCGTAGATCAAGGATGCGTAAACAAAAACACA
TCGACGATCTAACGGCTCAGATCAACCAGCTTTCAAGCGACAACCGTCAGATCCTGACGA
GCCTCACCGTCACATTTCAGCTTCACATGAAGATCCAAGCCGAGAACTCTATTCTAACGG
CTCAGATGGCAGAGCTGAGCTCTAGACTCGAGTCTTTAAACGAGATCGTCGATCTCGTCA
CGACGACGAACGGTGCAGGGTTCGGTGGCGGTGTCGATCTGATCGACGGCTGTGGATTCG
ATGATCGTACGGTTGGGATTAGTAGCGAGGGGTATTACGATGATATGATGAACGGCGTTA
ATCACTGGGGTGGTTCGGTTTATTATTCTAACCAGCCCATCATGGCTAATGATATCAATA
TGTATTAAATTAAAATTAATTATGAAACTAGTATTATTGCCC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5646Contig1 1096 2 6 U
GGAAAACCTTCTCCACTAGTTTCCCTCACGTTAACTTTCTTGTTTTTCTGAACAGTTATA
TTTCATTTTGCTCTGTTGTTTGATATCTAATTTTACAGAAACAAATGGGTGGATCTGAAA
TTTCAAGATCAGAGGAGAGGATTGATGTAGGGTTCGTCAAATTGTTTGAAAATAATGATG
TGTTTGTATGGTTTAGTCAGAAAATTCAAGAGCCCCTTAAGGTTGAGTTCAAGAAATTAA
GGAGTGTAAAAGAACAAAGCATGATAAATCCAGTGTCAGAGATAGAGACTACTCATGATG
AGGAAAGAGAGGAGGAGAAGTTAGAGAAGCAATTACAAGCTTGGAGAGATAACCCTTCAT
GGATAGATCAGCCTCCTAATCTGCAGGTGAAATCACAAAATGGTTTGTTTTGCCATTTGA
ATGCAGAGTTTAACGTGGGATTGCCTCCTAAGTCAGTCTACAAAATTTTCACTCATCCAG
ACAACAAACGATACTTCAAAAACATCAAGGTGTTTCGCATGGTCTTGTCCTGTATGATTC
GAATGGTACCGTGGAGGTGAAGCAAGCCGCGGCCTGGAAGTTCCTTTGGTGGGCTGGAAC
TTTCCCTATACATTCGTGGGATCACCACTAAAACAACGGAGAGTATGATTGAAGATCTTT
TTGCCGAAGCTGCTAGGATCCGAGGAGGAGGCCGTGACGATGATCAAGGAAGAAACGGCA
ACGAATTGGAGAAGAGGAAAGTTGAGGACATTAAGGAGAGATGGAGATCTAGAAGGGGTA
ATGGGAGGAGATTTACCAATCGGAGGAAGATTTAAACCTTATACAAAAGAAACATCCACT
CAATGATTGCAATGATGTAGTACTTTGTTAATCTCATCGTAGTTCCAATGGCTTGTGTTA
AGGAGGTCTAGGTGGACCGACGAGAAGATATTATGGACGTTCGGTTTGTTGAGTTCGGTT
GGATAAGATAGATGAGAATATATGTTGTTGTATATTCTGTTTCCGATTTGGTGTTATCAC
CTTGTGTAGTTATCCAACTAATTTAACGAGTATATAAGTCTTGTGACTGTGAATAATATG
ATAACAAGAACTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP59TF U 1
AF RR3BP59JQ C 444
BS 1 676 RR3BP59TF
BS 677 677 RR3BP59JQ
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BS 692 708 RR3BP59TF
BS 709 1096 RR3BP59JQ

RD RR3BP59TF 712 0 0
GGAAAACCTTCTCCACTAGTTTCCCTCACGTTAACTTTCTTGTTTTTCTGAACAGTTATA
TTTCATTTTGCTCTGTTGTTTGATATCTAATTTTACAGAAACAAATGGGTGGATCTGAAA
TTTCAAGATCAGAGGAGAGGATTGATGTAGGGTTCGTCAAATTGTTTGAAAATAATGATG
TGTTTGTATGGTTTAGTCAGAAAATTCAAGAGCCCCTTAAGGTTGAGTTCAAGAAATTAA
GGAGTGTAAAAGAACAAAGCATGATAAATCCAGTGTCAGAGATAGAGACTACTCATGATG
AGGAAAGAGAGGAGGAGAAGTTAGAGAAGCAATTACAAGCTTGGAGAGATAACCCTTCAT
GGATAGATCAGCCTCCTAATCTGCAGGTGAAATCACAAAATGGTTTGTTTTGCCATTTGA
ATGCAGAGTTTAACGTGGGATTGCCTCCTAAGTCAGTCTACAAAATTTTCACTCATCCAG
ACAACAAACGATACTTCAAAAACATCAAGGTGTTTCGCATGGTCTTGTCCTGTATGATTC
GAATGGTACCGTGGAGGTGAAGCAAGCCGCGGCCTGGAAGTTCCTTTGGTGGGCTGGAAC
TTTCCCTATACATTCGTGGGATCACCACTAAAACAACGGAGAGTATGATTGAAGATCTTT
TTGCCGAAGCTGCTAG*ATCCGAGGAGGAG*CCGTGACGATGATCAAG
AAGA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3BP59JQ 653 0 0
CCTCCTAAGTCAGTCTACAAAATTTTCACTCATCCAGACAACAAACGATACTTCAAAAAC
ATCAAGGTGTTTCGCATGGTCTTGTCCTGTATGATTCGAATGGTACCGTGGAGGTGAAGC
AAGCCGCGGCCTGGAAGTTCCTTTGGTGGGCTGGAACTTTCCCTATACATTCGTGGGATC
ACCACTAAAACAACGGAGAGTATGATTGAAGATCTTTTTGCCGAAGCTGCTAGGATCCGA
GGAGGAGGCCGTGACGATGATCAAGGAAGAAACGGCAACGAATTGGAGAAGAGGAAAGTT
GAGGACATTAAGGAGAGATGGAGATCTAGAAGGGGTAATGGGAGGAGATTTACCAATCGG
AGGAAGATTTAAACCTTATACAAAAGAAACATCCACTCAATGATTGCAATGATGTAGTAC
TTTGTTAATCTCATCGTAGTTCCAATGGCTTGTGTTAAGGAGGTCTAGGTGGACCGACGA
GAAGATATTATGGACGTTCGGTTTGTTGAGTTCGGTTGGATAAGATAGATGAGAATATAT
GTTGTTGTATATTCTGTTTCCGATTTGGTGTTATCACCTTGTGTAGTTATCCAACTAATT
TAACGAGTATATAAGTCTTGTGACTGTGAATAATATGATAACAAGAACTCTTC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5649Contig1 708 2 2 U
GAACATCTATCCTTTTTAGAAAAATGAAATTATACAAGTTTGATCGAGGTCAAGGATCAG
GAAAACTTATTAGATTATTCTTTTGAACTTTAATAAATACCAGAGTTTGCAAAAATTGCG
ACCCACAAAGCATAAGGGAAATTACTATAACTAGTAAGTCACAAGGGACATGACCAAAAT
GAAATAGCCAAGTTGTCGAACTAGTTGTTGCTCGATTCAGCTACCTTTTTCTCTTCTCCA
TCTTCCCACCCGTGGGAGGACACTGTCTCCTGTTGTTGAGGAAAAAGACTATTTCCAGAG
TTTGACCATGGGGCTTGATTAGCCACCTGTCCTGCCGAGGGATTTGACCACTGGGACTGC
TGAGGGGTAGCTGTCTGATTAGACCACGGTTGTTGCTGCTGCCCTGTCCACGCTGAATGC
TGGCCAGGTGTCTGATTAGTCCACTGTTGCTGCTGTCCAGGCGTCTGATTAGCCCACTGT
TGCTGATGAACAGTGTTCTGATTAGTCCACGGTTTCTGCTGGCCAGGCGTCTGATTAGCC
CACGGTTGCTGATGATGACCAGTGTTCTGATTAGCCCACTGTTGCTGCTGGCCAGTTGCC
TGGTTAGTCCATGATTGTTGATGATCAGTGTTCTGATAATCCCAATGTTGCTGCTTGCCA
GGCGTCTGATTAGCCCATGTTTGCTGATGACTTGAAGGGCTTGACCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B520JQ U 1
AF RR3CS43JQB U 175
BS 1 442 RR3B520JQ
BS 443 708 RR3CS43JQB

RD RR3B520JQ 442 0 0
GAACATCTATCCTTTTTAGAAAAATGAAATTATACAAGTTTGATCGAGGTCAAGGATCAG
GAAAACTTATTAGATTATTCTTTTGAACTTTAATAAATACCAGAGTTTGCAAAAATTGCG
ACCCACAAAGCATAAGGGAAATTACTATAACTAGTAAGTCACAAGGGACATGACCAAAAT
GAAATAGCCAAGTTGTCGAACTAGTTGTTGCTCGATTCAGCTACCTTTTTCTCTTCTCCA
TCTTCCCACCCGTGGGAGGACACTGTCTCCTGTTGTTGAGGAAAAAGACTATTTCCAGAG
TTTGACCATGGGGCTTGATTAGCCACCTGTCCTGCCGAGGGATTTGACCACTGGGACTGC
TGAGGGGTAGCTGTCTGATTAGACCACGGTTGTTGCTGCTGCCCTGTCCACGCTGAATGC
TGGCCAGGTGTCTGATTAGTCC

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR3CS43JQB 534 0 0
CAAAATGAAATAGCCAAGTTGTCGAACTAGTTGTTGCTCGATTCAGCTACCTTTTTCTCT
TCTCCATCTTCCCACCCGTGGGAGGACACTGTCTCCTGTTGTTGAGGAAGATGACTATTT
CCAGAGTTTGACCATGGTGCTTGATTAGCCACCTGTCCTGCCGAGGGATTTGACCACTGG
GACTGCTGAGGGGTAGCTGTCTGATTAGACCACGGTTGTTGCTGCTGCCCTGTCCACGCT
GAATGCTGGCCAGGTGTCTGATTAGTCCACTGTTGCTGCTGTCCAGGCGTCTGATTAGCC
CACTGTTGCTGATGAACAGTGTTCTGATTAGTCCACGGTTTCTGCTGGCCAGGCGTCTGA
TTAGCCCACGGTTGCTGATGATGACCAGTGTTCTGATTAGCCCACTGTTGCTGCTGGCCA
GTTGCCTGGTTAGTCCATGATTGTTGATGATCAGTGTTCTGATAATCCCAATGTTGCTGC
TTGCCAGGCGTCTGATTAGCCCATGTTTGCTGATGACTTGAAGGGCTTGACCAC

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL5650Contig1 894 2 2 U
GGATCTCGATCGGTAATTAGTGATTAGGGGTCGCTGCTTATCTGGGAAATTTCCGAATCT
CCGCCGTTTTGGTTCGATTCGGATTCTGCGGTCTTTAGTCTCAGTCTTTGGTTTTTGTTT
TTTCTTTACTCAGAACCTTAAAAAACCCTAATTTTGATACATTAGCTTTAGAACGTTCTC
TCGAGAGGTCATTCCATTAGGACATTAAAGGTTAGTCTGTGTGTTGAAGATGCCACCAAA
GCAACAACCGAAGGCCGATTTGGCGAAAAAGCAGAAGCAAGTTGAAGAGTCACAAAAGAT
GCCAGTTGAAGAAGAAATCGAGAACGAGCGTGCGAAACTGAAAACGGCAACACAAATGAC
ACCGGCGCTATTTATGGAATGGAAGAGGAAGAAAATAGCAGAGAGAGATGCAGGTTTGGC
TGCTTCTCAAGCCGAGAGAGCTAAGAACGACCGTATGAGTGGTCTGGAGCTATTTCTGTC
GAATGCAAGCTTGTTTGTGGATGATGCTGAGGCTTTTGAAGAGTACCAGAGGGAAAAGGA
AGAGGAAGAGACTGAACAGAAGGCAAAGGAGAAAGAAACAGAGGCCCCTGGGACAAGCAG
GAGCAGTGGTGATGCTGAACAGAGTTCAAAAGAAGTGGATGAAGACGACGAAGATGATGA
TGATGATGATTTGGATATGGGATGAGCTTGATGAATTGGAAGCAAGCTTGTCGAAAACAT
CCATCCAGATTCGTGAGCCAAACGATTAAGGATCATCATATCATATTGAGGTGAAAATAT
GTGTGACAGAGAGGTGGAGGAGAGGAAAAAGCACATGTTTTACTCGCTTTTGTGTACTTT
TTGATGAATTGGATTTCGCAGACACTTGACACCTATTTTCAGGTGTTTGAATAA


BQ
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AF RR3BG87TF U 1
AF RR3BG87JQ C 482
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BS 747 894 RR3BG87JQ

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CCGCCGTTTTGGTTCGATTCGGATTCTGCGGTCTTTAGTCTCAGTCTTTGGTTTTTGTTT
TTTCTTTACTCAGAACCTTAAAAAACCCTAATTTTGATACATTAGCTTTAGAACGTTCTC
TCGAGAGGTCATTCCATTAGGACATTAAAGGTTAGTCTGTGTGTTGAAGATGCCACCAAA
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GCCAGTTGAAGAAGAAATCGAGAACGAGCGTGCGAAACTGAAAACGGCAACACAAATGAC
ACCGGCGCTATTTATGGAATGGAAGAGGAAGAAAATAGCAGAGAGAGATGCAGGTTTGGC
TGCTTCTCAAGCCGAGAGAGCTAAGAACGACCGTATGAGTGGTCTGGAGCTATTTCTGTC
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AGAGGAAGAGACTGAACAGAAGGCAAAGGAGAAAGAAACAGAGGCCCCTGGGACAAGCAG
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CCATCCAGATTCGTGAGCCAAACGAT

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DS 

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GATGATGATTTGGATATGG*ATGAGCTTGATGAATTGGAAGCAAGCTTGTTGAAAACATC
CATCCAGATTCGTGAGCCAAACGATTAAGGATCATCATATCATATTGAGGTGAAAATATG
TGTGACAGAGAGGTGGAGGAGAGGAAAAAGCACATGTTTTACTCGCTTTTGTGTACTTTT
TGATGAATTGGATTTCGCAGACACTTGACACCTATTTTCAGGTGTTTGAATAA

QA 1 413 1 413
DS 



AS 1 2

CO CL5651Contig1 1156 2 4 U
TTGTAACACTTCTCGTGTGGACAGGGACATTCCTATAATGGATGGGAACGGGTGTTGCAA
ACAGGAGAAGAAAGGATGGTTTGGTGGGTGGAGGAAACGGGAGGAAGGTCACAGCAAACG
AAGTAGTGTTCCTCCGAGAAGTTCGCTTTGTGTTGATGAGAAAGTAAGTGATCTTCTTGA
AGACGATGGGAGACAGATAAAACCTGGAAGACACTCAACAGCTAATACACTCACGAGAGA
TGCGTCAAAAGCTTCAACATCAGAAGGAAGCGGGAGTAGTAGTAAGAGAAAGGATGGTAG
TAGTAGCTGTAGCAGAGAGAACGAGTACAAGAAAGGACTAAGACCGGTTCTTTGGCTTTC
CGAGAGATTCCCATTACAGACAAAGGAGCTTCTTCCCCTGCTTGATATCCTTGCAAATAA
AGTCAAAGCGATACGGCGTTTGAGGGACTTATTACCACTAAACTACCATCCGGAACATTC
CCTGTCAAGGTGGCTATTCCGGTGATCCCTACGATTAGAGTGCTTGTTACGTTTACAAAG
TTTGAAGAGCTAGAAGCTATTGAAGATGAGTTTGTAACGCCACCATCAAGCCCTACTTCC
AACGTCAGGAACAGTCCTAGAGAGGAAACAATACAAGGGTTATCAAGCTCATCGTCCTCC
TCATGGTTTCAGTGGATCAAAACACCTAGCCAACGTCCATCAGCAAGCTTTAGTTCTGGA
GGGTTTAGTAGTAGTGGTAAAGCTGAAAACGACCAAGACCCATTTGCGATTCCAAGGGGT
TACAACTGGATCACATCTGAAGAGAAGAAAAAGAAGATACAAGAGAAGAATAAAGCTAAG
AAGAGCGAGTCATCATCTCAGAACAGCTGAAGAAAACCACAAGTAAGAAAGGGATCTTCC
TTGTCTCTCTCTCTCTGAAAACATAAGAAGATATTGAAATAGTAAAATCTAGCAGATTTA
TATACCAAAAACCAGGAAAAAAAATAACAAATTTAGTTAAATATATATAGTTGGGAGGAA
TGATGTGAGTTAACGTTATTGGGGGCTTAATGTATGCTTATGATTCTTTCTTTTGTCTTT
TGGTTTTAAATCGTTGGAGATGATTATTATATATGTATCACTTTACATCATCTTGAAATA
AGCTGAAGTTGTTGGT


BQ
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AF RR3AO28TF U 1
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AACGTCAG*AACAGTCCTAGAGAGGAAACAATACAAGGGTTATCAAGCTCATCGTCCTCC
TCATGGTTTCAG

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DS 

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AACATTCCCTGTCAAGGTGGCTATTCCGGTGATCCCTACGATTAGAGTGCTTGTTACGTT
TACAAAGTTTGAAGAGCTAGAAGCTATTGAAGATGAGTTTGTAACGCCACCATCAAGCCC
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TTCTGGAGGGTTTAGTAGTAGTGGTAAAGCTGAAAACGACCAAGACCCATTTGCGATTCC
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AGCTAAGAAGAGCGAGTCATCATCTCAGAACAGCTGAAGAAAACCACAAGTAAGAAAGGG
ATCTTCCTTGTCTCTCTCTCTCTGAAAACATAAGAAGATATTGAAATAGTAAAATCTAGC
AGATTTATATACCAAAAACCAGGAAAAAAAATAACAAATTTAGTTAAATATATATAGTTG
GGAGGAATGATGTGAGTTAACGTTATTGGGGGCTTAATGTATGCTTATGATTCTTTCTTT
TGTCTTTTGGTTTTAAATCGTTGGAGATGATTATTATATATGTATCACTTTACATCATCT
TGAAATAAGCTGAAGTTGTTGGT

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL5652Contig1 1196 2 4 U
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AGCTGTGACTGCTCTCGGCTGATAATAGCTGGGCACGATGGAAAGATATATACCGTTGGG
ACTGATAGCATGGAGCTATTACACACCCTTACTCCACGTCAGGAGGCGCAGGAAGGTGAA
TCTCATCCCCGTGAACCTCCAATTACAAAACTGTATACTAGCTCAGATGATCATTGGCTA
GCTGCTATCAATTGCTTTGGGGACGTATATGTGTTCAACCTGGAAACACAAAGGCAGCAT
TGGTTCATATCAAGGCTTGATGGTGCATCGGTTGCAGCCGCTGGTTTCCATCCCAGGGAT
AACAATGTGCTTGTGATCTCCACCTCTTCAAACCAGGTCTTTGCATTGGACGTGGAGGCT
AGAGAGTTGGGCAAGTGGTCACTTCTTCAGACTCTTTGCTTGCCAAAGAGATACCAAGAG
ATTCCTGGTGAGGTCCTAGGGCTTTCATTCTCTCCATCGCCAAGCTCATCATCTGTTATC
ATTTACAGCTCCAGAGCCAAGTGTCTGATTGAGTTCGGGAAGCCGATGGAACAAGGCGAA
GAGATGGATTTGTCTGAAAGGGTAGAAGATAGAGTTGCAGACATTGGTTTGAAGAAATTG
GGGAATGGAACCCGGCGAAAACGTAGGTTCGAGGAGTATCAAAAAGAGAGTAAGAGGAAT
GAGCGAGAGGAGGTCGAAACTTCAAAGCACCCGGTTCTGTATTTAAAACATCTATCAAAG
AATGCAATCTTGGTGGTAGAGAAACCATGGATGGAAGTTATCAAGAGTTTAGATTCACAG
CCAGTTCACCGACATATATATGGGACATAAGGCAGGAGGTGGGGGAGAGAGAGAGGGGAA
GCTCTTACTCTGAAGAAAGTTCCCTTTTAGGTTTTGACAGGAAAAGCGCAATAGAGATGT
TGAAGAAAAGAATGTTGGCGAGGAAGTATACTTATTATATGCTTCCAAGAATTTTGTAAG
AGCCTTAAATAGTCTTTTTTTGTTTGTTTGACTTTCAGACATTTCTCTTTCTCTAAGCTT
GTTCGTGTCACTCCTTGAATATTGATCGAGTTCTATCTAGCTCATGATTTTGTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GH71TF U 1
AF RR3GH71JQ C 465
BS 1 655 RR3GH71TF
BS 656 656 RR3GH71JQ
BS 657 723 RR3GH71TF
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GCTGCTATCAATTGCTTTGGGGACGTATATGTGTTCAACCTGGAAACACAAAGGCAGCAT
TGGTTCATATCAAGGCTTGATGGTGCATCGGTTGCAGCCGCTGGTTTCCATCCCAGGGAT
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AGAGAGTTGGGCAAGTGGTCACTTCTTCAGACTCTTTGCTTGCCAAAGAGATACCAAGAG
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GGG

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3GH71JQ 732 0 0
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TGGTTTGAAGAAATTGGGGAATGGAACCCGGCGAAAACGTAGGTTCGAGGAGTATCAAAA
AGAGAGTAAGAGGAATGAGCGAGAGGAGGTCGAAACTTCAAAGCACCCGGTTCTGTATTT
AAAACATCTATCAAAGAATGCAATCTTGGTGGTAGAGAAACCATGGATGGAAGTTATCAA
GAGTTTAGATTCACAGCCAGTTCACCGACATATATATGGGACATAAGGCAGGAGGTGGGG
GAGAGAGAGAGGGGAAGCTCTTACTCTGAAGAAAGTTCCCTTTTAGGTTTTGACAGGAAA
AGCGCAATAGAGATGTTGAAGAAAAGAATGTTGGCGAGGAAGTATACTTATTATATGCTT
CCAAGAATTTTGTAAGAGCCTTAAATAGTCTTTTTTTGTTTGTTTGACTTTCAGACATTT
CTCTTTCTCTAAGCTTGTTCGTGTCACTCCTTGAATATTGATCGAGTTCTATCTAGCTCA
TGATTTTGTTAT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL5653Contig1 1234 2 2 U
GGGTTTTCCACTTAGCGTTTCCATGGCGGCGGTTATCGGAAACGTGGCGCTGTTACTCGA
CGTCAACTCTCACCGTACGGTGGTCACTGATCGGAGAATTCGCTTGGCGGTTGTCGACGT
CGTCCTGAATCTACCGAAGAGAGACTCATCGCACGGTTACGTTTCTTCTCACTACGCGTC
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GGAGATGAAGAGGAGAGCTAAGGAGCTGCAGGATATGAAGGAGCTTGAGAGGAAAGCAGA
GGAGTTGCAGTATAAGATTGATGAAGAAGGTGGTGATGATGATTCAGAGGAGAAGAAGAG
GATGAGGGTGAAACGAGAGCTCGAAAAGGTAGCTCAGGAGCAAGCAGAGAGGAGAGCAAC
TGCGGAATTGATGTTTGAGTTGGGACAAAAGGCTTATGGTAAAGGCATGTATGGACGAGC
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GATTCAAATTTAGTTAGCTATGGCATATGAGGCCAATAATCGCCACGCTGATTGCATTGA
TCTTTATCAGCAACTAGAGAAGAGACACCCCAGTCCTGGTATCCGTCGTCAAGCTTCTGA
GCTTAGGTATATCTTGCAAGCTCCTAAGCTCAAGATCTCCCAGGAGGAGATGGTTACCAT
ACCCATGATCGGTTCAAGCTACGACAGCTATGCAGTGACATGGAGTGACAAGGAGAGGGA
CAGGGACAGGAGAATGAATGAATCGACTACGAATCAGCTCAACTCGAGTGAAGACTTTCT
AGGAGAGCTCTTGGTTTGGCGACCACCTGTCGGGATGGAGAAGAACAAAGTCTTTTGGCT
TTCTTTGACGCTGTGGTTTGGTTTAGTTGGAGCAGCACTTTTGCTACAAAGATAAGTGAA
AGAGGAGGAAAAGACTCTTTCTTCCCAGGTCTGGTACTGTTTCATCTCTCTCTTTCACTG
TCTTGTAATTATATTTGAATACGGATGTATAAACTTGCAAGTAGATGTAATCATATCTCA
TTGTAGATAAAAAAAGTGTTGGATGTCTGGAACT


BQ
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AF RR3FW30TF U 1
AF RR3FW30JQ C 368
BS 1 634 RR3FW30TF
BS 635 1234 RR3FW30JQ

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CGTCAACTCTCACCGTACGGTGGTCACTGATCGGAGAATTCGCTTGGCGGTTGTCGACGT
CGTCCTGAATCTACCGAAGAGAGACTCATCGCACGGTTACGTTTCTTCTCACTACGCGTC
TCTCTCATCAAACAAGCCTCTTGAATCTGACGGAGAGGCTCGGAGTCGCCGGTTTCTGAC
TCGCGGAAAGGCGAAATCAAGGGCTAACGTCGTGGATTACGACGAGGCCGGATCCAGCGA
CGAGGGTGAGGGGAAGGAGAGTGATGACGAAGAAGATGAAGAAGCGTACGATGTTGAGAA
GGAGATGAAGAGGAGAGCTAAGGAGCTGCAGGATATGAAGGAGCTTGAGAGGAAAGCAGA
GGAGTTGCAGTATAAGATTGATGAAGAAGGTGGTGATGATGATTCAGAGGAGAAGAAGAG
GATGAGGGTGAAACGAGAGCTCGAAAAGGTAGCTCAGGAGCAAGCAGAGAGGAGAGCAAC
TGCGGAATTGATGTTTGAGTTGGGACAAAAGGCTTATGGTAAAGGCATGTATGGACGAGC
GATTGAGTTTCTTGAAGGAGCTCTTACTATTATC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3FW30JQ 867 0 0
GAAGA
GAGAGCTAAGGAGCTGCAGGATATGAAGGAGCTTGAGAG*AAAGCAGAGGAGT*GCAGTA
TAAGATTGATGAAGAAGGTGGTGATGATGATTCAGAGGAGAAGAAGAGGATGAGGGTGAA
ACGAGAGCTCGAAAAGGTAGCTCAGGAGCAAGCAGAGAGGAGAGCAACTGCGGAATTGAT
GTTTGAGTTGGGACAAAAGGCTTATGGTAAAGGCATGTATGGACGAGCGATTGAGTTTCT
TGAAGGAGCTCTTACTATTATCCCAAGGCCAACGCTCTTTGGTGGTGAGATTCAAATTTA
GTTAGCTATGGCATATGAGGCCAATAATCGCCACGCTGATTGCATTGATCTTTATCAGCA
ACTAGAGAAGAGACACCCCAGTCCTGGTATCCGTCGTCAAGCTTCTGAGCTTAGGTATAT
CTTGCAAGCTCCTAAGCTCAAGATCTCCCAGGAGGAGATGGTTACCATACCCATGATCGG
TTCAAGCTACGACAGCTATGCAGTGACATGGAGTGACAAGGAGAGGGACAGGGACAGGAG
AATGAATGAATCGACTACGAATCAGCTCAACTCGAGTGAAGACTTTCTAGGAGAGCTCTT
GGTTTGGCGACCACCTGTCGGGATGGAGAAGAACAAAGTCTTTTGGCTTTCTTTGACGCT
GTGGTTTGGTTTAGTTGGAGCAGCACTTTTGCTACAAAGATAAGTGAAAGAGGAGGAAAA
GACTCTTTCTTCCCAGGTCTGGTACTGTTTCATCTCTCTCTTTCACTGTCTTGTAATTAT
ATTTGAATACGGATGTATAAACTTGCAAGTAGATGTAATCATATCTCATTGTAGATAAAA
AAAGTGTTGGATGTCTGGAACT

QA 6 867 6 867
DS 



AS 1 2

CO CL5654Contig1 1359 2 4 U
GGAATCTGAAAGCTCTCGTATTCAGTCCCATTATTTCATAGAGAATTAGGACTAAAGAGG
CGCATAGAGATGAGGCCCAAAGCTGCTTCAGGAAAAGCCATCATAGTGCTGTGCCTCGCT
AGCTTTCTTGCAGGCTCACTGTTCATGAGTCGATCTTTGAGTCGCTCTTACGTGTCTGAA
GAAGAGGATCAACATCTCGTAAAGCATTTGTCTAAACGTTTAGAAGTTCAAAAGGACTGC
GATGAACATAAACGCAAATTGATAGAAAGCAAATCCAGAGACATAATAGGAGAAGTATCA
AAAACCCACCAAGCAGTAAAAGCATTGGAGAGAACAATGTCAACGTTGGAGCTGGAGTTA
GCAGCAGGACGTACCAGTCATAGAAACAGTGAGTTCTGGAGCGAAAAGAGCGCAAAAAAC
CAGAGTCTACAAAAAGCGTTTGCAGTGATAGGCATCAACACAGCATTCAGTAGCAAGAAG
AGACGAGATTCGGTGAGGCAGACATGGATGCCAACAGGAGAAAAGCTGAAGAAAATCGAG
AAAGAGAAAGGGATTGTTGTAAGGTTTGTGATAGGACACAGTGCAACACCAGGAGGAGTA
TTAGACAAAGCGATAGATGAAGAAGACTCAGAGTATAAAGATTTCTTGAGACTAAAACAC
ATTGAAGGATATCACCAGCTCTCTACAAAGACAAGACTCTACTTCTCAACAGCAGCAGCA
ATGTGGGACGCAGAGTTCTACGTTAAAGTAGACGACGACGTACATGTCAACTTACGAATG
CTCGTTACCACACTAGCAAGATATCAATCAAGACCGAGGGTTTACATTGGATGCATGAAG
TCTGGTCCGGTTCTTTCACTAAATGGAGTGAAGTACCACGAGCCAGAGTTCTGGAAGTTT
GGAGAAGAAGGGAACAAGTACTTCAGACATGCGACTGGACAGATCTACGCAATCTCTAAA
GACTTAGCTGCGTACATCTCTACTAACCAGGGAATACTGCACAGGTACGCGAACGAGGAC
GTGTCATTAGGAGCGTGGATGCTAGGGTTAGAGGTGGAGCATGTGGACGAGAGGTCAATG
TGTTGCGGGACGCCACCGGATTGTCAGTGGAAAGCGCAGGCCGGGAACGTGTGCGCTGCG
TCGTTCGATTGGTCATGCAGTGGGATTTGTAAGTCGGTTGATCGGATGGCACGTGTGCAC
CGCGCTTGCGCGGAAGGAGACACTCCTCTCTATAATTTTCGCTTCTTCTTCTGAGTTGGT
TGCCTTTGTGGAATGAATAAGGAGACGTTAATAAAAATGATATTTTTGTTGGTGTCGAAC
AATTGCCCAATTGGTTATGAGCATTGACTTTATAGGTCT


BQ
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AF RR3AA62TF U 1
AF RR3AA62JQ C 560
BS 1 744 RR3AA62TF
BS 745 745 RR3AA62JQ
BS 746 827 RR3AA62TF
BS 828 1359 RR3AA62JQ

RD RR3AA62TF 827 0 0
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CGCATAGAGATGAGGCCCAAAGCTGCTTCAGGAAAAGCCATCATAGTGCTGTGCCTCGCT
AGCTTTCTTGCAGGCTCACTGTTCATGAGTCGATCTTTGAGTCGCTCTTACGTGTCTGAA
GAAGAGGATCAACATCTCGTAAAGCATTTGTCTAAACGTTTAGAAGTTCAAAAGGACTGC
GATGAACATAAACGCAAATTGATAGAAAGCAAATCCAGAGACATAATAGGAGAAGTATCA
AAAACCCACCAAGCAGTAAAAGCATTGGAGAGAACAATGTCAACGTTGGAGCTGGAGTTA
GCAGCAGGACGTACCAGTCATAGAAACAGTGAGTTCTGGAGCGAAAAGAGCGCAAAAAAC
CAGAGTCTACAAAAAGCGTTTGCAGTGATAGGCATCAACACAGCATTCAGTAGCAAGAAG
AGACGAGATTCGGTGAGGCAGACATGGATGCCAACAGGAGAAAAGCTGAAGAAAATCGAG
AAAGAGAAAGGGATTGTTGTAAGGTTTGTGATAGGACACAGTGCAACACCAGGAGGAGTA
TTAGACAAAGCGATAGATGAAGAAGACTCAGAGTATAAAGATTTCTTGAGACTAAAACAC
ATTGAAGGATATCACCAGCTCTCTACAAAGACAAGACTCTACTTCTCAACAGCAGCAGCA
ATGTGGGACGCAGAGTTCTACGTTTAAGTAGACGACGACGTACATGTCAACTTACGAATG
CTCGTTACCACACTAGCAAGATATCAATCAAGACCGAGGGTTTACAT

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR3AA62JQ 800 0 0
TAAGGTTTGTGATAGGACACAGTGCAACACCAGGAGGAGTATTAGACAAAGCGATAGATG
AAGAAGACTCAGAGTATAAAGATTTCTTGAGACTAAAACACATTGAAGGATATCACCAGC
TCTCTACAAAGACAAGACTCTACTTCTCAACAGCAGCAGCAATGTGGGACGCAGAGTTCT
ACGTTAAGGTAGACGACGACGTACATGTCAACTTAGGAATGCTCGTTACCACACTAGCAA
GATATCAATCAAGACCGAGGGTTTACATTGGATGCATGAAGTCTGGTCCGGTTCTTTCAC
TAAATGGAGTGAAGTACCACGAGCCAGAGTTCTGGAAGTTTGGAGAAGAAGGGAACAAGT
ACTTCAGACATGCGACTGGACAGATCTACGCAATCTCTAAAGACTTAGCTGCGTACATCT
CTACTAACCAGGGAATACTGCACAGGTACGCGAACGAGGACGTGTCATTAGGAGCGTGGA
TGCTAGGGTTAGAGGTGGAGCATGTGGACGAGAGGTCAATGTGTTGCGGGACGCCACCGG
ATTGTCAGTGGAAAGCGCAGGCCGGGAACGTGTGCGCTGCGTCGTTCGATTGGTCATGCA
GTGGGATTTGTAAGTCGGTTGATCGGATGGCACGTGTGCACCGCGCTTGCGCGGAAGGAG
ACACTCCTCTCTATAATTTTCGCTTCTTCTTCTGAGTTGGTTGCCTTTGTGGAATGAATA
AGGAGACGTTAATAAAAATGATATTTTTGTTGGTGTCGAACAATTGCCCAATTGGTTATG
AGCATTGACTTTATAGGTCT

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

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GAGCGCATCCACCAGAACGACCACCCTACAGCATGAGATGTCGACGATGCAAGATTCAAC
TTCTTCCATTAAAGCTGAGTGGAAACTTCACATGGTGAAAACAGAATCGAACTATCACCA
GGACACTTCAGCGGTTGAGAGCGGAAAGAAGGTGATGCAAGAAGTTCTCTTGAACTGCTT
GAAGAAGGCAGAGATGAGTGCACATCAATGGAGGAAAGCTCAAGAATCACTGGTCAGTCT
AGAACGGAACAATGTGGCTGCTGTTAACTCAATCGTTAGAGGAGGCATGGATGCCAATGA
GAAGCTACGCTCTCAATTCTCGTCCGCTGTATCATCCTCTCTTGATGTTTTTGATGCTGC
TAACGCCAGCCTTCTTACTTCCATTGATCATTCGTTGAAACTTGATAATGATGCATGTGC
TAAGATCAACTCCATGATCATCCCATGCTGTGAAGACTTGATTGAGCTCAAGAGTGATCA
CAATCACAAGATCGCAGAGATCACAGACAACGCAGGAAAATGTCTTCTTGATGAATACAT
AGTAGATGAGCCTTCGTGTTCAACGCCGAGGAAAAGACAAATTGACATACCGAGCATTGA
GTCCATCGAGGAACTTAGAACTCCAGCATCTGAGCAGTTACTGAGAGCGTTTCAAGATGG
GAAATTGTTGAGGCAGGCTAATGGTGATGCAAAGCAGCAGCAGCAACAACAACACCTTGT
ACGTGCTTCCTCTCTTTACGAAGCAGCTGTTGTGTCGGACTCAAGATTTCCCCTCTTTGC
TGTAAACTGAGACGCCAAGAGGATTGGTTTTACAGAAGCCAAGAGAAGAAGGTTATTATT
GTGTCATACTGTACAGAGAGTATTGTTGCATTACAGGTTAAAAAGAAAATTCGTCATGGA
CGTTTGGTTTGAGGAATTTAAGAAAACTTACATTGTTCTTTCTATTTCTTTATTTGTTTA
TTTATTTCTATTGTTTATTAGTGGTACTGGTGAACTAAAGAAAAATAATTTTCTGAATCA
GTAGATTATGAGTCGTGTATG


BQ
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AF RR3ES19JQ C 414
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BS 670 1101 RR3ES19JQ

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GAAGCTACGCTCTCAATTCTCGTCCGCTGTATCATCCTCTCTTGATGTTTTTGATGCTGC
TAACGCCAGCCTTCTTACTTCCATTGATCATTCGTTGAAACTTGATAATGATGCATGTGC
TAAGATCAACTCCATGATCATCCCATGCTGTGAAGACTTGATTGAGCTCAAGAGTGATCA
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GTCCATCGA

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DS 

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TCTTTGCTGTAAACTGAGACGCCAAGAGGATTGGTTTTACAGAAGCCAAGAGAAGAAGGT
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TCATGGACGTTTGGTTTGAGGAATTTAAGAAAACTTACATTGTTCTTTCTATTTCTTTAT
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QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

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TGATGACGAGGAAAGAGACGTACCCGTGAGTTCTAAGAGATCTACCAACTCTAGTTCGCC
AGACTGGGTACAGATATAAGACAGCAACGCAGGTCAGGTAAAAAGAGAATAAAAGAATCA
AAACCATTGTCTTGATGTCGAGGAAATGTAATACAAATGGCCTCTAGTGTGTTCTTTTGG
TTATATAAACATAAATCTCTCAAGTCTATCAAAAAAATCTGTTCGATGAAAACTCATACG
AGGGCTTTATTAGAAACTCCAATGTTTGTATATAAGGCAGAATTGGTTTATC


BQ
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AF RR3FI34TF U 1
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BS 753 952 RR3FI34JQ

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GTACATGAGTGAGAATTGCTTCTGGATGATTTACTTTGTGCTTTTGCATCCTAAACTCAG
CCAACACGATGCCTTGCTTCTCTCCACTCCTCAGGTACTCGAAGCAAGAGCAGTGTTATC
TCACGAGTTACAGAGATCAAACAGAGCACCTGTGGAAGCAGCAGAGAGTTCTGAAGCTAA
TGCTGCAGTTGTTGAACCTCTTACCGTGCCTTATAACCCTTCACAGGATTCATTAGCTGG
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GATACAAGTCGTTGACAAATCTGTCATTGAAGAAAGAAACTCATCAACTGATTCTTCTTC
TTCATCTAGATTTGTCAATGTGCAAGCTGAGGACGTAGAAGAAGAGGAAGAAGACGCAGA
TGATTGGTTGAACGATGAAGAGAGTTCAGATGCTGTGAGCGGCATGGAAGGAGGAGTAAC
TACTAAGCATCCTATTGGTGAAGACGAAGAAGATGTGTCATTCAGTGATCTAGAAGATGA
TGATGACGAGGAAAGAGACGTACCCGTGAGTTCTAAGAGATCTACCAACTCTAGTTCGCC
AGACTGGGTACAGATATAAGACAGCAACGCAG
TCAGT

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DS 

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TGGTGAAGACGAAGAAGATGTGTCATTCAGTGATCTAGAAGATGATGATGACGAGGAAAG
AGACGTACCCGTGAGTTTTAAGAGATCTACCAACTTTAGTTCGCCAGACTGGGTACAGAT
ATAAGACAGCAACGCAGGTCAGGTAAAAAGAGAATAAAAGAATCAAAACCATTGTCTTGA
TGTCGAGGAAATGTAATACAAATGGCCTCTAGTGTGTTCTTTTGGTTATATAAACATAAA
TCTCTCAAGTCTATCAAAAAAATCTGTTCGATGAAAACTCATACGAGGGCTTTATTAGAA
ACTCCAATGTTTGTATATAAGGCAGAATTGGTTTATC

QA 1 457 1 457
DS 



AS 1 2

CO CL5657Contig1 1268 2 4 U
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CCACTGCGAAAGTGGATTACGAGAAGATCGTCAGATCCACTTGCCGCGAGATCGGTTTCG
TCTCGGCCGACGTCGGTCTCGACGCCGACAAATGCAACGTCCTTGTCAACATCGAGCAGC
AGAGCCCCGACATTGCTCAGGGAGTTCACGGTCATTTGACCAAGAAGCCTGAGGAGATCG
GGGCCGGTGATCAGGGACATATGTTCGGTTACGCTACCGACGAGACTCCCGAGCTTATGC
CTTTGACTCATGTTCTTGCGACCAAGCTCGGTGCGAAGCTTACTGAGGTGAGGAAGAACA
AGACTTGTCCTTGGTTGAGGCCTGATGGGAAGACTCAGGTTACTGTAGAGTACAAGAACG
ACGGTGGAGCGATGATTCCGATTCGTGTCCACACTGTTCTCATCTCGACTCAGCATGATG
AGACTGTGACCAACGATGAGATCGCTAAGGACTTGAAAGAGCATGTGATCAAGCCGGTGA
TTCCCGCTAAGTACCTTGATGACAACACCATCTTTCACTTGAACCCTTCCGGTCGTTTCG
TCATCGGAGGGCCTCACGGTGATGCTGGACCCACGGGGAGGAAGATCATCATTGATACTT
ATGGTGGTTGGGGTGCTCACGGTGGTGGTGCTTTCTCCGGGAAGGATCCGACCAAGGTTG
ACAGAAGCGGTGCTTACATTGTTAGGCAGGCTGCAAAGAGTGTTGTTGCTGCTGGACTCG
CACGTCGTTGTATTGTTCAGGTGTCTTACGCCATTGGTGTCCCTGAGCCTCTTTCTGTGT
TTGTTGACACGTACAAGACCGGGACTATTCCTGATAAGGACATCTTGGTGTTGATCAAGG
AGGCGTTTGACTTCAGGCCTGGGATGATGGCTATTAACCTTGATTTGAAGAGAGGAGGTA
ACTTCAGGTTCCAGAAGACAGCTGCGTATGGGCATTTCGGGCGTGAGGATCCTGATTTCA
CTTGGGAGGTGATCAAGCCACTCAAGCCAAAGGTTTAAAACGAAAAGGTGGCAGTTGCAA
GAACTTTGAGTTGCTGAGAGACACTCTCGCCTCACTGTTTGGAACACTTATCCATTATTA
TACCATTGTTATTGGGAAAGATTTGAATAATGCTATACATTTTACATTTTGTTTTTTTTG
CTGCCATTGGAGTTCGAACACAACTTATGTGTGTTAGTGAACGCAACAGAAGATTTGAGT
TTTATGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E239TF U 1
AF RR3E239JQ C 448
BS 1 652 RR3E239TF
BS 653 653 RR3E239JQ
BS 654 700 RR3E239TF
BS 701 1268 RR3E239JQ

RD RR3E239TF 701 0 0
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CCACTGCGAAAGTGGATTACGAGAAGATCGTCAGATCCACTTGCCGCGAGATCGGTTTCG
TCTCGGCCGACGTCGGTCTCGACGCCGACAAATGCAACGTCCTTGTCAACATCGAGCAGC
AGAGCCCCGACATTGCTCAGGGAGTTCACGGTCATTTGACCAAGAAGCCTGAGGAGATCG
GGGCCGGTGATCAGGGACATATGTTCGGTTACGCTACCGACGAGACTCCCGAGCTTATGC
CTTTGACTCATGTTCTTGCGACCAAGCTCGGTGCGAAGCTTACTGAGGTGAGGAAGAACA
AGACTTGTCCTTGGTTGAGGCCTGATGGGAAGACTCAGGTTACTGTAGAGTACAAGAACG
ACGGTGGAGCGATGATTCCGATTCGTGTCCACACTGTTCTCATCTCGACTCAGCATGATG
AGACTGTGACCAACGATGAGATCGCTAAGGACTTGAAAGAGCATGTGATCAAGCCGGTGA
TTCCCGCTAAGTACCTTGATGACAACACCATCTTTCACTTGAACCCTTCCGGTCGTTTCG
TCATCGGAGGGCCTCACGGTGATGCTGGACCCACGGGGAGGAAGATCATCAT*GATACTT
ATGGTGGTTGGGGTGCTCACGGTGGTGGTGCTTTCTCCGG
A

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3E239JQ 821 0 0
TCCACACTGTTCTCATCTCGACTCAGCATGATGAGACTGTGACCAACGATGAGATCGCTA
AGGACTTGAAAGAGCATGTGATCAAGCCGGTGATTCCCGCTAAGTACCTTGATGACAACA
CCATCTTTCACTTGAACCCTTCCGGTCGTTTCGTCATCGGAGGGCCTCACGGTGATGCTG
GACCCACGGGGAGGAAGATCATCATTGATACTTATGGTGGTTGGGGTGCTCACGGTGGTG
GTGCTTTCTCCGGGAAGGATCCGACCAAGGTTGACAGAAGCGGTGCTTACATTGTTAGGC
AGGCTGCAAAGAGTGTTGTTGCTGCTGGACTCGCACGTCGTTGTATTGTTCAGGTGTCTT
ACGCCATTGGTGTCCCTGAGCCTCTTTCTGTGTTTGTTGACACGTACAAGACCGGGACTA
TTCCTGATAAGGACATCTTGGTGTTGATCAAGGAGGCGTTTGACTTCAGGCCTGGGATGA
TGGCTATTAACCTTGATTTGAAGAGAGGAGGTAACTTCAGGTTCCAGAAGACAGCTGCGT
ATGGGCATTTCGGGCGTGAGGATCCTGATTTCACTTGGGAGGTGATCAAGCCACTCAAGC
CAAAGGTTTAAAACGAAAAGGTGGCAGTTGCAAGAACTTTGAGTTGCTGAGAGACACTCT
CGCCTCACTGTTTGGAACACTTATCCATTATTATACCATTGTTATTGGGAAAGATTTGAA
TAATGCTATACATTTTACATTTTGTTTTTTTTGCTGCCATTGGAGTTCGAACACAACTTA
TGTGTGTTAGTGAACGCAACAGAAGATTTGAGTTTTATGCT

QA 1 821 1 821
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5660Contig1 1164 2 8 U
GATCGGAAAGCTAGGTAACAGCTCCGCGACTCCGATGAGTTCTCCACCGCCGATGATCAA
CAGAACGACGCCGTTGACGGAATTCTCAGGTGATCCGGGATTCGCGGAGAGGGCAGCGAG
ATTCTCTTCCTTCGGTAGCCGGAGTTTCAACGGCAGAACTAATCCAACTCTCCTTGTTAA
CAACGGGAAGATCGTAAACTCCGGGAAGCTGACACGTGTCGCCAGCACACCAGCTCTTAA
CGGCCTTGTTTCTCCGATGGTTCCCGCCGGAGAATTTCCCCGGAAGAGAAAATCTGTGAC
GAAAGCTAAATCCAAGGAGAACCCACTTCCCACTGCTTCTCCATCACCAAGTTTCTCAAA
GACGGCGCAAGAAAAAGGAGGGAAAAGGAGAAGAGAAGACGAAGAAGAAGAAGATAACAC
AACAAAAGCACCTGAGCCTCTTAAAGATTACATCCATGTTCGTGCTCGACGAGGCCAAGC
CACTGACAGTCACAGTCTCGCCGAAAGAGTTCGGAGGGAGAAGATTGGTGAAAGGATGAA
GCTGCTTGAAGGCCTTGTCCCTGGCTGCAATAAGGTTACTGGAAAGGCATTGATGCTGGA
TGAAATTATAAACTATGTACAATCATTGCAAAGACAAGTTGAGTTCTTGTCAATGAAGTT
ATCATCAGTGAACGACACCAGGCTGGAGTTTAACGTGGATGCTCTTGTGTCAAAGGATGT
TATGATTCCATCAAGCAGCAACCGGTTGCATGAAGCAGGACTCCAAGCAGAGTCTTTAAG
TCATCATAGTTACAATAATAATTCACAATTGCACACTAATGTTTTTTCCAGTAACATGAT
GCTTCAATTTCCTGTGAACTCACTGGAAACCTCTACCTTAGCCAGTAGCTTCACCCACTT
ACCAACACTTGCCCAATTTACTGACTCAGTATCTCAGTATCAAATGTTTAGCCAAGAAGA
TTTACTGAGCATTGTAGGGATGGGAGTGGCACATGATCCCAACCATGAATCTCAAAACAT
GAAAATTGAGCTTTGATCAACCACATATATTTTCAAGGTCTCAAGCAAGGGAATAAGAAA
AAAGATTGAGGGGTGTACATAACCACGCCAGTCTCTGTGATTTATTCCTATACTCATCAC
TATACATATACACATTTATGACAG


BQ
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AF RR3GA51TF U 1
AF RR3GA51JQ C 472
BS 1 678 RR3GA51TF
BS 679 679 RR3GA51JQ
BS 680 715 RR3GA51TF
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BS 730 738 RR3GA51TF
BS 739 1164 RR3GA51JQ

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CAACGGGAAGATCGTAAACTCCGGGAAGCTGACACGTGTCGCCAGCACACCAGCTCTTAA
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GCTGCTTGAAGGCCTTGTCCCTGGCTGCAATAAGGTTACTGGAAAGGCATTGATGCTGGA
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TATGATTC*ATCAAGCAG

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DS 

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AATGAAGTTATCATCAGTGAACGACACCAGGCTGGAGTTTAACGTGGATGTTCTTGTGTC
AAAGGATGTTATGATTCCATCAAGCAGCAACCGGTTGCATGAAGCAGGACTCCAAGCAGA
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TAACATGATGCTTCAATTTCCTGTGAACTCACTGGAAACCTCTACCTTAGCCAGTAGCTT
CACCCACTTACCAACACTTGCCCAATTTACTGACTCAGTATCTCAGTATCAAATGTTTAG
CCAAGAAGATTTACTGAGCATTGTAGGGATGGGAGTGGCACATGATCCCAACCATGAATC
TCAAAACATGAAAATTGAGCTTTGATCAACCACATATATTTTCAAGGTCTCAAGCAAGGG
AATAAGAAAAAAGATTGAGGGGTGTACATAACCACGCCAGTCTCTGTGATTTATTCCTAT
ACTCATCACTATACATATACACATTTATGACAG

QA 1 693 1 693
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAGAGAACCCTGCGTGGCCTGAAGCCCGTAATTTTGTGTCTATAACTGGAAACGGAGTGA
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AAGTCACTATTACAGCCGATGCGGAGGAGTTGCTAGCAGAAGCGGAAGAGATGGCCCAGA
CAGGAATTCTCGTGTCTATAGACAATGAGTTAACTGGAGTTCTAGCTGTTTCGGATCCTG
TAAAACCGAGTGCTCGAGAAGCCATCTCAATTCTAAAATCCATGAATATCAAAAGCATCA
TGGTAACAGGTGACAACTGGGGAACTGCAAACTCCATTGCTAGAGAAGTCGGCATCGACT
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CGGGTCATGTTGTGGCAATGGTTGGAGATGGAGTCAATGACTCACCTGCTCTCGTGGCAG
CGGATGTAGGAATGGCCATTGGTGCAGGAACCGACATTGCAATAGAAGCAGCTGATATTG
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TCGCTGCGGGGGTGCTTTTCCCTTCTACTCGGTCCAGGTTGCCTCCGTGGATTGCAGGTG
CTGCAATGGCTGCTTCTTCTGTTAGTGTTGTGTGTTGCTCTCTCTTATTGAAGAACTACA
AGCGGCCTAAGAGGCTTGATAGCCTGGCGATCCGTGAGGTTCAAGTGGAGCGGGTTTAGA
AAACCAAACTAAACCGATCCAAACAGATTACTTGGTTATGTAATTTAATGTAATAACAAC
CGGTACCATAAATTTCTACATGATTTGTGTGTTAGATTTGTTACGTTAGCATAATAAGAA
ATCTCACATGATTGGTTCTC


BQ
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AF RR3D520TF U 1
AF RR3D520JQ C 422
BS 1 666 RR3D520TF
BS 667 1160 RR3D520JQ

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AACTCCTGAAAAACATGGTACTTCGAGAATTCTATGAACTTGTGGCTGCAACTGAGGTAA
ACAGCGAACATCCATTGGCGAAGGCCATTGTTGAATATGCGAAGAAATTCAGAGATGACG
AAGAGAACCCTGCGTGGCCTGAAGCCCGTAATTTTGTGTCTATAACTGGAAACGGAGTGA
GAGCGACCGTTAAGGGAAGAGAGATTATGGTGGGAAACAAGAACCTCATGTCTGGTTACA
AAGTCACTATTACAGCCGATGCGGAGGAGTTGCTAGCAGAAGCGGAAGAGATGGCCCAGA
CAGGAATTCTCGTGTCTATAGACAATGAGTTAACTGGAGTTCTAGCTGTTTCGGATCCTG
TAAAACCGAGTGCTCGAGAAGCCATCTCAATTCTAAAATCCATGAATATCAAAAGCATCA
TGGTAACAGGTGACAACTGGGGAACTGCAAACTCCATTGCTAGAGAAGTCGGCATCGACT
CTGTCATCGCAGAGGCTAAACCCGAGCAGAAAGCAGAGAAAGTCAAGGAACTACAGGCTG
CGGGTCATGTTGTGGCAATGGTTGGAGATGGAGTCAATGACTCACCTGCTCTCGTGGCAG
CGGATG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3D520JQ 739 0 0
AAAACCGAGTGCTCGAGAAGCCATCTCAATTCTAAAATCCATGAATATCAAAAGCATCAT
GGTAACAGGTGACAACTGGGGAACTGCAAACTCCATTGCTAGAGAAGTCGGCATCGACTC
TGTCATCGCAGAGGCTAAACCCGAGCAGAAAGCAGAGAAAGTCAAGGAACTACAGGCTGC
GGGTCATGTTGTGGCAATGGTTGGAGATGGAGTCAATGACTCACCTGCTCTCGTGGCAGC
GGATGTAGGAATGGCCATTGGTGCAGGAACCGACATTGCAATAGAAGCAGCTGATATTGT
CCTGATGAAAAGCAACTTGGAAGATGTGATCACAGCCATTGATCTTTCGAGGAAAACGTT
CTCAAGGATCCGTCTCAACTACGTGTGGGCTCTCGGGTATAACCTCATGGGCATACCGAT
CGCTGCGGGGGTGCTTTTCCCTTCTACTCGGTCCAGGTTGCCTCCGTGGATTGCAGGTGC
TGCAATGGCTGCTTCTTCTGTTAGTGTTGTGTGTTGCTCTCTCTTATTGAAGAACTACAA
GCGGCCTAAGAGGCTTGATAGCCTGGCGATCCGTGAGGTTCAAGTGGAGCGGGTTTAGAA
AACCAAACTAAACCGATCCAAACAGATTACTTGGTTATGTAATTTAATGTAATAACAACC
GGTACCATAAATTTCTACATGATTTGTGTGTTAGATTTGTTACGTTAGCATAATAAGAAA
TCTCACATGATTGGTTCTC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

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ATGGACGCCCCTTAAAGCTCCAAATTTGGGACACCGCTGGACAAGAGTCTTTTAGATCCA
TCACTAGATCGTACTACAGAGGAGCAGCTGGTACTTTACTTGTTTACGACATCACCAGGA
GAGAGACGTTTAACCATCTGGCGAGCTGGTTAGAGGATGCTAGGCAACACGCTAATCCCA
ACATGAGTATTATGCTGATTGGGAACAAATGCGATCTCGCTCACAAGAGAGCTGTTAGCA
AAGAGGAAGGAGAACAGTTTGCCAAAGAACATGGACTCTTGTTCTTAGAAGCTTCTGCTA
GAACTGCTCAAAACGTTGAGGAGGCCTTCATAAAGACAGCAGCAAAGATCCTCCAGAACA
TCCAGGACGGCGTCTTTGATGTATCCAATGAGTCATCTGGCATCAAGGTTGGCTATGGTC
GTCCTCAAGGTGCAGCCGGAGGAAGAGATGGTGCCATCTCTCAAGGAGGTGGCTGTTGTG
GTTAAAAAGTTGATCTCAAGATGTGTCAAAAGTCACACGTACTGACGTACATCTGATGTA
ATCTACTGATTCAGTAAAACTACTCCTGTTTTTTTTCATTAATCTTTGCAAATGGATACA
AACAGAATGTATAGTTTCCCTTTCTTCTTTGTCTTTACCGAAAAAAAACTAAACCGGTGC
ATTTGAGAGAGTGAACAGAACAGCCTGATCTTTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AW51JQ C 1
AF RR3AW51TF U 1
BS 1 804 RR3AW51TF
BS 805 815 RR3AW51JQ

RD RR3AW51JQ 815 0 0
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QA 1 815 1 815
DS 

RD RR3AW51TF 804 0 0
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CCCAACCAGTCCACGATCTCACCATTGGTGTCGAGTTCGGTGCTCGTATGGTCACCGTCG
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TCACTAGATCGTACTACAGAGGAGCAGCTGGTACTTTACTTGTTTACGACATCACCAGGA
GAGAGACGTTTAACCATCTGGCGAGCTGGTTAGAGGATGCTAGGCAACACGCTAATCCCA
ACATGAGTATTATGCTGATTGGGAACAAATGCGATCTCGCTCACAAGAGAGCTGTTAGCA
AAGAGGAAGGAGAACAGTTTGCCAAAGAACATGGACTCTTGTTCTTAGAAGCTTCTGCTA
GAACTGCTCAAAACGTTGAGGAGGCCTTCATAAAGACAGCAGCAAAGATCCTCCAGAACA
TCCAGGACGGCGTCTTTGATGTATCCAATGAGTCATCTGGCATCAAGGTTGGCTATGGTC
GTCCTCAAGGTGCAGCCGGAGGAAGAGATGGTGCCATCTCTCAAGGAGGTGGCTGTTGTG
GTTAAAAAGTTGATCTCAAGATGTGTCAAAAGTCACACGTACTGACGTACATCTGATGTA
ATCTACTGATTCAGTAAAACTACTCCTGTTTTTTTTCATTAATCTTTGCAAATGGATACA
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ATTTGAGAGAGTGAACAGAACAGC

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

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GACCGCTGATCATTCTGCTCAGCCTTTGTTTGAGTGCCAAGCTTGTCACTACAGGGCTGG
TACTACAAACCCTTATGACGCTTTCGACTATCAAATTTAAACAAACATGTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GE84TF U 1
AF RR3GE84JQ C 410
BS 1 654 RR3GE84TF
BS 655 1014 RR3GE84JQ

RD RR3GE84TF 654 0 0
GGAAGGATATTTAGAAACAGACAACAGCTGCTAAACATGAGGATGGAGGAGAAAGAAAAA
GAAGAAGAAGAAGAATGGCCAACATCAAGATCAGCTCACGAGGTTTTACTGATTGTTCTT
CCTTATCTCCACTCTCTCTTCGAGCTTCTCTCCATGACCGGCGTTTCGCGGTCCCTAAGA
GACGCGATCAGAGACGAAACTGCGTTATGGACAAAGATCGTTCTCGAACCACCGCTGAGC
CCTCGTCTAACCGATGATATTCTATGGGAGATCACTTCCAAATCCGCCGGAAAGTTAAAC
ACTCTGATCCTCCGACACTGTCTTAGGATCACCGACAAAGGGCTTCGACGTGTTGTGGAC
GCAAATCCTCTCATCAGAAAGATAATTGTGCCAGGATGCACCGAACTGACTCCAGAAGGA
ATCATTGGATGCGTTGAAAGCTTAACAAAGATGGAGAAACTTCACATCAACGGCGTCCAC
CGCTTCACTAAAGACCATCTCTCAGCACTCTCCACTCACCTTCCTCACGAGGGAGCCCTA
GACGTCGAGGTCTGTCCCAAATGCGACCAAGTCATGATGATTCCCTCTTGCTCAAGAGCG
TCATGCGTAAGTAAAACTGAAGCTTTTGAATAAGATAAGATATCATTGGAGTTT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3GE84JQ 605 0 0
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ACGGCGTCCACCGCTTCACTAAAGACCATCTCTCAGCACTCTCCACTCACCTTCCTCACG
AGGGAGCCCTAGACGTCGAGGTCTGTCCCAAATGCGACCAAGTCATGATGATTCCCTCTT
GCTCAAGAGCGTCATGCGTAAGTAAAACTGAAGCTTTTGAATAAGATAAGATATCATTGG
AGTTTTAACATTGTGTGTTTTCTTGGTTTGAAGAACCGTGGGACAAGGCAAGAACGAAAG
TGCAGGGGATGCTGGTTCTGCGTCCCTAGATGCACGGAGTGTTCGGTGTGCCTAGGATCA
GACACGGAGATTCAAGAGGCAGCCTGCGGTGGCGATAGTCTGTGTCTTGAATGTTGGCTT
GTGCTTCCGAAGTGCAGGTTCCGCAATAAACCCTATTGCTCAAGTCACAGCAGTCTAAGG
CATGATATTGTGACCGCTGATCATTCTGCTCAGCCTTTGTTTGAGTGCCAAGCTTGTCAC
TACAGGGCTGGTACTACAAACCCTTATGACGCTTTCGACTATCAAATTTAAACAAACATG
TTGCC

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

CO CL5665Contig1 1086 2 2 U
CATGCCAAGAACATTCTTCTCATGTCAAAGGTTGAGAACCAAGAAGGTGTGGCCAACTTC
GATGACATCTTGGTCAACTCTGACGCGTTTATGATTGCAAGAGGAGATCTTGGCATGGAG
ATTCCTATTGAGAAGATCTTCTTAGCTCAGAAAGTGATGATCTACAAATGCAACATCCAG
GGAAAACCAGTGGTCACAGCGACTCAGATGCTCGAGTCCATGATCAAATCCCCTCGACCC
ACGAGAGCTGAAGCCACCGGCGTAGCGAACGCAGTCCTCGACGGCACCGACTGCGTCATG
CTCAGCGGAGAGACCGCAGCTGGAGCTTACCCTGAGCTAGCTGTGCGTACAATGGCTAAG
ATATGCGTTGAAGCGGAGAGCACTCTTGACTACGGAGACGTCTTCAAGGGAATCATGCAG
TACTCTCCAGTTCCAATGTCCCCACTTGAGTCGCTCGCCTCCTCCGCAGTGAGAACAGCT
AACTCGGCTAGAGCCACTCTCATCATGGTCCTGACCAGGGGAGGAAGCACGGCGAGGCTT
GTGGCTAAGTACAGACCAGGGATGCCTATCTTATCAGTCGTCGTTCCCGAGATGAAAACG
GACTTCTTTGACTGGTCTTGCAGCGACGAATCGCCGGCGAGGCACAGCCTCATTTTCCGT
GGTTTGATCCCGGTGCTGTATGCAGGGTCTGCAAGAGCCTCGCATGATGAATCGACAGAA
GAAGCTATCGAGTTTGCGACTCAGCATGGGAAAGAGAAGCGGCTGTGTAAGACTGGAGAC
TCTGTTGTTGCTCTGCTCCGAGTTGGTAATGCTTCTCTTATCAAGATCTTGACCGTCAAG
TGAAGATGATGATTCACGATCTTTAAAAAAAATCACGTTTTTGGCGTTTGGTGGAAACGC
AAGCACGAGCGGTTTATTATACATTTTATTCAAGATTGTGACTACAAATCTTGAAATAGA
AAACTCAAGTTTTTTTCTTTTTGCTAATGACTACTGTGGTGACCAGTGAATCCACTTACG
GCTCTTTATTTTGGATTATATTGGTTGTATGGAACTAATCAATCATACACGTATCTATTA
TCATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3C431TF U 1
AF RR3C431JQ C 292
BS 1 510 RR3C431TF
BS 511 1086 RR3C431JQ

RD RR3C431TF 518 0 0
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GATGACATCTTGGTCAACTCTGACGCGTTTATGATTGCAAGAGGAGATCTTGGCATGGAG
ATTCCTATTGAGAAGATCTTCTTAGCTCAGAAAGTGATGATCTACAAATGCAACATCCAG
GGAAAACCAGTGGTCACAGCGACTCAGATGCTCGAGTCCATGATCAAATCCCCTCGACCC
ACGAGAGCTGAAGCCACCGGCGTAGCGAACGCAGTCCTCGACGGCACCGACTGCGTCATG
CTCAGCGGAGAGACCGCAGCTGGAGCTTACCCTGAGCTAGCTGTGCGTACAATGGCTAAG
ATATGCGTTGAAGCGGAGAGCACTCTTGACTACGGAGACGTCTTCAAGGGAATCATGCAG
TACTCTCCAGTTCCAATGTCCCCACTTGAGTCGCTCGCCTCCTCCGCAGTGAGAACAGCT
AACTCGGCTAGAGCCACTCTCATCATGGTC
TGACCAGG

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR3C431JQ 795 0 0
TGCGTCATGCTCAGCGGAGAGACCGCAGCTGGAGCTTACCCTGAGCTAGCTGTGCGTACA
ATGGCTAAGATATGCGTTGAAGCGGAGAGCACTCTTGACTACGGAGACGTCTTCAAGGGA
ATCATGCAGTACTCTCCAGTTCCAATGTCCCCACTTGAGTCGCTCGCCTCCTCCGCAGTG
AGAACAGCTAACTCGGCTAGAGCCACTCTCATCATGGTCCTGACCAGGGGAGGAAGCACG
GCGAGGCTTGTGGCTAAGTACAGACCAGGGATGCCTATCTTATCAGTCGTCGTTCCCGAG
ATGAAAACGGACTTCTTTGACTGGTCTTGCAGCGACGAATCGCCGGCGAGGCACAGCCTC
ATTTTCCGTGGTTTGATCCCGGTGCTGTATGCAGGGTCTGCAAGAGCCTCGCATGATGAA
TCGACAGAAGAAGCTATCGAGTTTGCGACTCAGCATGGGAAAGAGAAGCGGCTGTGTAAG
ACTGGAGACTCTGTTGTTGCTCTGCTCCGAGTTGGTAATGCTTCTCTTATCAAGATCTTG
ACCGTCAAGTGAAGATGATGATTCACGATCTTTAAAAAAAATCACGTTTTTGGCGTTTGG
TGGAAACGCAAGCACGAGCGGTTTATTATACATTTTATTCAAGATTGTGACTACAAATCT
TGAAATAGAAAACTCAAGTTTTTTTCTTTTTGCTAATGACTACTGTGGTGACCAGTGAAT
CCACTTACGGCTCTTTATTTTGGATTATATTGGTTGTATGGAACTAATCAATCATACACG
TATCTATTATCATGG

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL5666Contig1 1062 2 8 U
GGTCTTCCACTGGAAAGATAGCATCTTGTGACGGAACAATACATGTGTGGAACAGCCAAA
CCGGGAAACTAATATATTTGTTCTCCGAGTCACCTGCGGATCAAGATCAAGCTCCCTCAT
ATCTGTCATCAAACAATAATTCCAATCAGTCTAATAGACATGTGTCACATGTGTTATCAA
ATGGGATATTCGATGGAAACATGTATACATGTATGCATTATTTAGAGTACATGAATCAGC
TTGCTGTCGGAACCGGATCCGGAGCCCTCAGGTTTATCGATCTAGAAAGAGGCCAGAAAC
TTCAACTTTGGAATGGAGAATCTGTTGAATCTGGGTCTACTGCTCTCGTATCTGCTCTTT
GTTCAGGAGGATCTCATACAAAACAAGGAGACGGAGCATCAGTGTCACCTTCTTGGATTG
CAGCTGGTTTTAGTTCTGGCCAGTGTAGGCTATTTGACTTGAGAGAAGGTGGGGTTATTT
CCTCCTGGAGAGCTCACGACGGATACGTGACAAAGTTAGCGGCACCTGAGAGCCATTTAC
TTGTTTCAAGCTCTCTTGACAAAACCCTACGTATCTGGGACTTGAGGAAGAGCTGGACAC
CAGAGCCTTTTGTTGTACAAGGACACAACGACGGTGTTTCAGGTTTTTCCATCTGGGGAA
AAGACGTTATCTCCATCTCAAGAAACAACATTGGGGTTTTCTCACTGTTAAAGTCTCAAG
ACGAGGACGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGTTATACCACAGAAACTGTATATGGCGGAAA
AGGGAGGAAGAGTCAGGTCGGATTTATCGACCATTTGTGTTTTACCGTTCTCCAGATTGT
TCATCGTTGGAGCACATGATGGTTACTTGAGAATCTGTTGTTGAATGAAATTTCATGCGA
AATATATATTTACCATATAATTGTTCTTTTTTACAAAATTATGTTGCCTCTGTAATTTTT
TTTGTCTTCAAATTGATTGTGATCAAGGAGACAAAGAGTGTACTTGTTTGTCATACGGTG
TATTTTATTTTCTCTGTTTTCACAAGAGAAACTGTTAGTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FB69TF U 1
AF RR3FB69JQ C 412
BS 1 621 RR3FB69TF
BS 622 622 RR3FB69JQ
BS 623 642 RR3FB69TF
BS 643 643 RR3FB69JQ
BS 644 661 RR3FB69TF
BS 662 662 RR3FB69JQ
BS 663 679 RR3FB69TF
BS 680 1062 RR3FB69JQ

RD RR3FB69TF 679 0 0
GGTCTTCCACTGGAAAGATAGCATCTTGTGACGGAACAATACATGTGTGGAACAGCCAAA
CCGGGAAACTAATATATTTGTTCTCCGAGTCACCTGCGGATCAAGATCAAGCTCCCTCAT
ATCTGTCATCAAACAATAATTCCAATCAGTCTAATAGACATGTGTCACATGTGTTATCAA
ATGGGATATTCGATGGAAACATGTATACATGTATGCATTATTTAGAGTACATGAATCAGC
TTGCTGTCGGAACCGGATCCGGAGCCCTCAGGTTTATCGATCTAGAAAGAGGCCAGAAAC
TTCAACTTTGGAATGGAGAATCTGTTGAATCTGGGTCTACTGCTCTCGTATCTGCTCTTT
GTTCAGGAGGATCTCATACAAAACAAGGAGACGGAGCATCAGTGTCACCTTCTTGGATTG
CAGCTGGTTTTAGTTCTGGCCAGTGTAGGCTATTTGACTTGAGAGAAGGTGGGGTTATTT
CCTCCTGGAGAGCTCACGACGGATACGTGACAAAGTTAGCGGCACCTGAGAGCCATTTAC
TTGTTTCAAGCTCTCTTGACAAAACCCTACGTATCTGGGACTTGAGGAAGAGCTGGACAC
CAGAGCCTTTTGTTGTACAAG*ACACAACGACGGTGTTTCAG*TTTTTCCATCTGGGGAA
A*GACGTTATCTCCATCTC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3FB69JQ 651 0 0
CTTGGATTGCAGCTGGTTTTAGTTCTGGCCAGTGTAGGCTATTTGACTTGAGAGAAGGTG
GGGTTATTTCCTCCTGGAGAGCTCACGACGGATACGTGACAAAGTTAGCGGCACCTGAGA
GCCATTTACTTGTTTCAAGCTCTCTTGACAAAACCCTACGTATTTGGGACTTGAGGAAGA
GCTGGACACCAGAGCCTTTTGTTGTACAAGGACACAACGACGGTGTTTCAGGTTTTTCCA
TCTGGGGAAAAGACGTTATTTCCATCTCAAGAAACAACATTGGGGTTTTCTCACTGTTAA
AGTCTCAAGACGAGGACGAGCAGCAGCAGCAGCAGCGGGTTATACCACAGAAACTGTATA
TGGCGGAAAAGGGAGGAAGAGTCAGGTCGGATTTATCGACCATTTGTGTTTTACCGTTCT
CCAGATTGTTCATCGTTGGAGCACATGATGGTTACTTGAGAATCTGTTGTTGAATGAAAT
TTCATGCGAAATATATATTTACCATATAATTGTTCTTTTTTACAAAATTATGTTGCCTCT
GTAATTTTTTTTGTCTTCAAATTGATTGTGATCAAGGAGACAAAGAGTGTACTTGTTTGT
CATACGGTGTATTTTATTTTCTCTGTTTTCACAAGAGAAACTGTTAGTACC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL5667Contig1 521 2 3 U
GTGACCTGAAAAATCAATATTTATCAGCAAAATAAACATAAAAAAACCAACATATATCTT
GTTCATCCTTCCTCAATCTACGAAAAAGATCAAACATTCTGAATATATGAAAACAATAAA
AAATTAAATGTCACCATGAAGCTTGAACTCCAACCTCTACTTCTAATGAGAAGTTTCTCA
TGGAATTTGTCGAATATCCATCGTCTTGTCCTGTCTCTCTGGTTCCTCGTCGAAGAGCCT
TGGCGACATGAAAGGGAGTTTTTAATGCCTTCACAATTGATATCCTCACGAAGACCTTCT
AGTCTAACTTTGACGGCTTCGTGGATCGCTATTGTCTCTGGTTGTGGCTCGGAAGCAAGC
TCAACGAAACCAAGTAGGGCATCATTGTTTCACAACCTTGTGCTCGAAGAGATATGAGAA
TCAGATGAAGAAGACGAGGTTTCTTAGGTTGAGAATCCGACAGAAGCAGCGGCTCGATTT
CGAGGACGACAAATAGAAACTGATTAGGTTTGCTTAGGTCC


BQ
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AF RR3D232JQ U 8
AF RR3D232TF C 1
BS 1 7 RR3D232TF
BS 8 257 RR3D232JQ
BS 258 521 RR3D232TF

RD RR3D232JQ 250 0 0
GAAAAATCAATATTTATCAGCAAAATAAACATAAAAAAACCAACATATATCTTGTTCATC
CTTCCTCAATCTACGAAAAAGATCAAACATTCTGAATATATGAAAACAATAAAAAATTAA
ATGTCACCATGAAGCTTGAACTCCAACCTCTACTTCTAATGAGAAGTTTCTCATGGAATT
TGTCGAATATCCATCGTCTTGTCCTGTCTCTCTGGTTCCTCGTCGAAGAGCCTTGGCGAC
ATGAAAGGGA

QA 1 250 1 250
DS 

RD RR3D232TF 521 0 0
GTGACCTGAAAAATCAATATTTATCAGCAAAATAAACATAAAAAAACCAACATATATCTT
GTTCATCCTTCCTCAATCTACGAAAAAGATCAAACATTCTGAATATATGAAAACAATAAA
AAATTAAATGTCACCATGAAGCTTGAACTCCAACCTCTACTTCTAATGAGAAGTTTCTCA
TGGAATTTGTCGAATATCCATCGTCTTGTCCTGTCTCTCTGGTTCCTCGTCGAAGAGCCT
TGGCGACATGAAAGGGAGTTTTTAATGCCTTCACAATTGATATCCTCACGAAGACCTTCT
AGTCTAACTTTGACGGCTTCGTGGATCGCTATTGTCTCTGGTTGTGGCTCGGAAGCAAGC
TCAACGAAACCAAGTAGGGCATCATTGTTTCACAACCTTGTGCTCGAAGAGATATGAGAA
TCAGATGAAGAAGACGAGGTTTCTTAGGTTGAGAATCCGACAGAAGCAGCGGCTCGATTT
CGAGGACGACAAATAGAAACTGATTAGGTTTGCTTAGGTCC

QA 1 521 1 521
DS 



AS 1 2

CO CL5668Contig1 252 2 1 U
GGGAAAACTTCCTGAGGAAGTACGTTCGCAACAAGCACCCTGAGATCATGCCTGGCATCA
ACAAATTCTTCACTGATCCTAAATACTGATTATCAAAACTTTGTTGTTGTTATATTGTTT
CTTGGATTGCATCTCTTCAGTCTTCCCTATGATATAAACCCTCATTTGTCAGTTTCACAT
TGTGATGTATCCTCAGCTTGGATGACTTCTTATGCTGTCACTTTAAAGCATATAATAATA
AAACTACTTATG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3F552JQ C 1
AF RR3F552TF U 1
BS 1 252 RR3F552TF

RD RR3F552JQ 252 0 0
GGGAAAACTTCCTGAGGAAGTACGTTCGCAACAAGCACCCTGAGATCATGCCTGGCATCA
ACAAATTCTTCACTGATCCTAAATACTGATTATCAAAACTTTGTTGTTGTTATATTGTTT
CTTGGATTGCATCTCTTCAGTCTTCCCTATGATATAAACCCTCATTTGTCAGTTTCACAT
TGTGATGTATCCTCAGCTTGGATGACTTCTTATGCTGTCACTTTAAAGCATATAATAATA
AAACTACTTATG

QA 1 252 1 252
DS 

RD RR3F552TF 252 0 0
GGGAAAACTTCCTGAGGAAGTACGTTCGCAACAAGCACCCTGAGATCATGCCTGGCATCA
ACAAATTCTTCACTGATCCTAAATACTGATTATCAAAACTTTGTTGTTGTTATATTGTTT
CTTGGATTGCATCTCTTCAGTCTTCCCTATGATATAAACCCTCATTTGTCAGTTTCACAT
TGTGATGTATCCTCAGCTTGGATGACTTCTTATGCTGTCACTTTAAAGCATATAATAATA
AAACTACTTATG

QA 1 252 1 252
DS 



AS 1 2

CO CL5669Contig1 1247 2 2 U
GTGGAAAGAGATCGTTGATCAATGGGTGAGCACCACCAAGGAAATCGCTGGTGCTCAAGG
TACACCAGAGTCTGCAAACCCATCTGTTGTTGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGA
AGCGTTTCCATCTCTTCCATATGATGTTGATATCTTCACACCGGAAGCTAACGGATTTGA
AATGCTAAATGGAGACTTCTTTGATTCCTTGGACTTTGATGGAAATCTTTGTAACTCAGG
GGAACACAACACGAGTAGCCGAGAACAAGAAAGAAGACCACAGAATATCTCCAAGAGAAG
ACCTGAAGGAACACAAACGAGGATACAAGACGCTCCTTTTAGATCTATCAAGCCACCATC
CTCAGCTGATGGGACTAGAAGACCACAAAAGCAAAATACAACAGAACAGAGGATGAAGAA
CGAAGTGGTATCTGTTCACAACAAGTCCGAGAAGCCCATGATCCCAAGGAGGAAACCGCT
TGCGAGACCACAGCAAGAAAAACTTAAAGGTCTTGATGCAGACGCAAAGTTTGAGTTTGC
TAAGAGGAAACTTCAAGAGAGCTACCAACATCATGAGAACGCCAAGAAGCAGAGAACAAT
ACAAGTACTTGAGACGATCCCAAAGCAAGGTAACTCTCAGAAACCGCAGCTCAAGAGACC
TGGAATGAACAACAGGAACTGGGCTAACGGGCGTAAATAGCTTCTTTTCTTCTTCTCTCC
GATGAGAAAATCTCAATTCTACATACCAACGACATACCACAAATATCATTTCTGGTTGAA
ATAAGCAGAGGAGAAAGAGCAGATTCCACAACTCCCAACTTTTCTTTCAAACAAGACTGT
TTACTCCTCTGTTTTGTTACTTTCTCTGTTCTACTAGTAACTACTAGTCTACTACTACTA
CATTCTTGAGACTTTGGGTACAGTTCCGGTTTAGTTTATTCCGGTTTGGTTCGAGTCATG
TTCGGTTCGAGGACACGAGAGAGGTGAAAGAGAGGTCCCACCTTCTTCTTATTAAAATTG
TAAAAGAGAGTAGAAAAGTATTTTTCTGAAATTGACCGGCACTTCACCTAACTTTGTACA
GTGAACGTGAAATGGTTTGGGACACGATACAGATGACTACATTTTTTTCTGAAATAAATA
AAATATAGTTCGTGAATGTGACCAAATGTTTTGTTTTATCATTTATTTATCTTTCTAGTT
TTTGACGTGTTGTCATTTATAATCGGATTGCTTTTATAATGAATGCA


BQ
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AF RR3AG35TF U 1
AF RR3AG35JQ C 507
BS 1 758 RR3AG35TF
BS 759 1247 RR3AG35JQ

RD RR3AG35TF 758 0 0
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TACACCAGAGTCTGCAAACCCATCTGTTGTTGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGA
AGCGTTTCCATCTCTTCCATATGATGTTGATATCTTCACACCGGAAGCTAACGGATTTGA
AATGCTAAATGGAGACTTCTTTGATTCCTTGGACTTTGATGGAAATCTTTGTAACTCAGG
GGAACACAACACGAGTAGCCGAGAACAAGAAAGAAGACCACAGAATATCTCCAAGAGAAG
ACCTGAAGGAACACAAACGAGGATACAAGACGCTCCTTTTAGATCTATCAAGCCACCATC
CTCAGCTGATGGGACTAGAAGACCACAAAAGCAAAATACAACAGAACAGAGGATGAAGAA
CGAAGTGGTATCTGTTCACAACAAGTCCGAGAAGCCCATGATCCCAAGGAGGAAACCGCT
TGCGAGACCACAGCAAGAAAAACTTAAAGGTCTTGATGCAGACGCAAAGTTTGAGTTTGC
TAAGAGGAAACTTCAAGAGAGCTACCAACATCATGAGAACGCCAAGAAGCAGAGAACAAT
ACAAGTACTTGAGACGATCCCAAAGCAAGGTAACTCTCAGAAACCGCAGCTCAAGAGACC
TGGAATGAACAACAGGAACTGGGCTAACGGGCGTAAATAGCTTCTTTTCTTCTTCTCTCC
GATGAGAAAATCTCAATTCTACATACCAACGACATACC

QA 1 758 1 758
DS 

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AACATCATGAGAACGCCAAGAAGCAGAGAACAATACAAGTACTTGAGACGATCCCAAAGC
AAGGTAACTCTCAGAAACCGCAGCTCAAGAGACCTGGAATGAACAACAGGAACTGGGCTA
ACGGGCGTAAATAGCTTCTTTTCTTCTTCTCTCCGATGAGAAAATCTCAATTCTACATAC
CAACGACATACCACAAATATCATTTCTGGTTGAAATAAGCAGAGGAGAAAGAGCAGATTC
CACAACTCCCAACTTTTCTTTCAAACAAGACTGTTTACTCCTCTGTTTTGTTACTTTCTC
TGTTCTACTAGTAACTACTAGTCTACTACTACTACATTCTTGAGACTTTGGGTACAGTTC
CGGTTTAGTTTATTCCGGTTTGGTTCGAGTCATGTTCGGTTCGAGGACACGAGAGAGGTG
AAAGAGAGGTCCCACCTTCTTCTTATTAAAATTGTAAAAGAGAGTAGAAAAGTATTTTTC
TGAAATTGACCGGCACTTCACCTAACTTTGTACAGTGAACGTGAAATGGTTTGGGACACG
ATACAGATGACTACATTTTTTTCTGAAATAAATAAAATATAGTTCGTGAATGTGACCAAA
TGTTTTGTTTTATCATTTATTTATCTTTCTAGTTTTTGACGTGTTGTCATTTATAATCGG
ATTGCTTTTATAATGAATGCA

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

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CCAACGATGGTAAGAATCAACAAGTAGCAGTAACCGATCTCAAGCCCGAGACCACAGTAG
CTACAACTGCATCTGCATCTGCATCTACCACTCCACCCGCTTCCTCTACTCCAGCATCTG
CAGGTCCGATCG


BQ
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AF RR3BR33JQ C 1
AF RR3BR33TF U 1
BS 1 252 RR3BR33TF

RD RR3BR33JQ 252 0 0
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TAGATGATGTTAAGGACGATGAAGGAGGTGATGTAGCTGCTGAAGAAGCCTCTGATAAGC
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CTACAACTGCATCTGCATCTGCATCTACCACTCCACCCGCTTCCTCTACTCCAGCATCTG
CAGGTCCGATCG

QA 1 252 1 252
DS 

RD RR3BR33TF 252 0 0
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CTACAACTGCATCTGCATCTGCATCTACCACTCCACCCGCTTCCTCTACTCCAGCATCTG
CAGGTCCGATCG

QA 1 252 1 252
DS 



AS 1 2

CO CL5671Contig1 1300 2 2 U
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ATGCCCAAGTTCAATTCATCCCAAGCTCCCATTTTGTTTCTCCTTCTTCTCGTTATCCTT
CTTTGTTCAACGCAAACAAAATGTCACACTAAAGGTATACGATTACGACCAAGAAACCAG
AAGAATGTGAACACGACGAGTAAGTCACAAAACCCGGAAGAGGAATTCATGAAATGGGTC
AGATTCGTTGGGAGCCTTAAACACTCAGTGTTCAAGGCAGCCAAGAACAAACTCTTCCCT
TCATATACACTCACTGTCCATAAGAATCACAATAAAGGTGACTTTACTACAATCCAAGAC
GCCATTGATTCTCTCCCTCTCATCAACCTCGTTCGTGTCGTCATCAAAGTTCATGCTGGA
GTTTACCAGGAGAAGGTTAACATACCCCCAATGAAGTCATTCATAACGATAGAAGGAGAA
GGAGCAGAGACAACAATAGTGGAATGGGGAGACACAGCACAAACACCTGACTCAAGAGGC
AATCCCATGGGCACCTTTAACTCTGCTTCTTTCGCCGTGAACTCACCTTTCTTTGTCGCT
AAGAACATCACTTTCAAGAACACGACCCCAGCTCCCTTGCCGGGCGCGGTTGGGAAACAA
GCCGTGGCATTGAGGGTGTCAGCGGACAATGCTGCATTTTTCGGGTGTAAAATGCTTGGT
GCTCAAGACACTCTCTATGATCATTCAGGAAGGCATTATTACAAAGATTGTTACATTGAG
GGATCGGTTGACTTCATCTTTGGCAATGCCCTTTCTCTCTATGAGGGATGTCACGTGCAT
GCGATAGCGGATAAGCTAGGAGCAGTAACGGCGCAAGGGAGGAGCAGTGTGCTAGAGGGC
ACAGGATTTTCGTTTGTGAACTGTAAGGTGACAGGGACAGGAGTATTTTTACCTTGGGAG
GGCATGGGGTCCCTTCTCAAGAGTCGTCTTTGCTTACACGTATATGGATAACATCATTCT
CCCTAGAGGCTGGTATAATTGGGGCGATCCTTCACGCGAGATGACGGTGTTTTATGGCCA
GTACAAGTGCACTGGAGAAGGAGCAAACTATGCAGGAAGGGTAGCTTGGGCAAAAGAGCT
CACCGACGAAGAAGTTAAGCCTTTTATTTTTCTTACCTTTATCGACGGCTCTGAATGGAT
CAAACTCTAACCATTAGGAATACTAAAAAATATTTCTTACCTTTTATTTTTCGTTTGTTG
CCCAAAAAAAAGGAATACTTTCTTTTTTTTCCAAGTTGCC


BQ
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AF RR3AY22TF U 1
AF RR3AY22JQ C 569
BS 1 756 RR3AY22TF
BS 757 1300 RR3AY22JQ

RD RR3AY22TF 756 0 0
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ATGCCCAAGTTCAATTCATCCCAAGCTCCCATTTTGTTTCTCCTTCTTCTCGTTATCCTT
CTTTGTTCAACGCAAACAAAATGTCACACTAAAGGTATACGATTACGACCAAGAAACCAG
AAGAATGTGAACACGACGAGTAAGTCACAAAACCCGGAAGAGGAATTCATGAAATGGGTC
AGATTCGTTGGGAGCCTTAAACACTCAGTGTTCAAGGCAGCCAAGAACAAACTCTTCCCT
TCATATACACTCACTGTCCATAAGAATCACAATAAAGGTGACTTTACTACAATCCAAGAC
GCCATTGATTCTCTCCCTCTCATCAACCTCGTTCGTGTCGTCATCAAAGTTCATGCTGGA
GTTTACCAGGAGAAGGTTAACATACCCCCAATGAAGTCATTCATAACGATAGAAGGAGAA
GGAGCAGAGACAACAATAGTGGAATGGGGAGACACAGCACAAACACCTGACTCAAGAGGC
AATCCCATGGGCACCTTTAACTCTGCTTCTTTCGCCGTGAACTCACCTTTCTTTGTCGCT
AAGAACATCACTTTCAAGAACACGACCCCAGCTCCCTTGCCGGGCGCGGTTGGGAAACAA
GCCGTGGCATTGAGGGTGTCAGCGGACAATGCTGCATTTTTCGGGTGTAAAATGCTTGGT
GCTCAAGACACTCTCTATGATCATTCAGGAAGGCAT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3AY22JQ 732 0 0
CTTTCGCCGTGAACTCACCTTTCTTTGTCGCTAAGAACATCACTTTCAAGAACACGACCC
CAGCTCCCTTGCCGGGCGCGGTTGGGAAACAAGCCGTGGCATTGAGGGTGTCAGCGGACA
ATGCTGCATTTTTCGGGTGTAAAATGCTTGGTGCTCAAGACACTCTCTATGATCATTCAG
GAAGGCATTATTACAAAGATTGTTACATTGAGGGATCGGTTGACTTCATCTTTGGCAATG
CCCTTTCTCTCTATGAGGGATGTCACGTGCATGCGATAGCGGATAAGCTAGGAGCAGTAA
CGGCGCAAGGGAGGAGCAGTGTGCTAGAGGGCACAGGATTTTCGTTTGTGAACTGTAAGG
TGACAGGGACAGGAGTATTTTTACCTTGGGAGGGCATGGGGTCCCTTCTCAAGAGTCGTC
TTTGCTTACACGTATATGGATAACATCATTCTCCCTAGAGGCTGGTATAATTGGGGCGAT
CCTTCACGCGAGATGACGGTGTTTTATGGCCAGTACAAGTGCACTGGAGAAGGAGCAAAC
TATGCAGGAAGGGTAGCTTGGGCAAAAGAGCTCACCGACGAAGAAGTTAAGCCTTTTATT
TTTCTTACCTTTATCGACGGCTCTGAATGGATCAAACTCTAACCATTAGGAATACTAAAA
AATATTTCTTACCTTTTATTTTTCGTTTGTTGCCCAAAAAAAAGGAATACTTTCTTTTTT
TTCCAAGTTGCC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL5672Contig1 1226 2 4 U
GGGGATTCGATCGAGCAATCCTAAGTCCGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACTTCAAAACAA
AAGGCGTTCGTTCGCTTTTCCTATCTGTAGCTCGTTTCGTCATGTCTTGGTGCACGATCG
AGTCGGATCCTGGTGTGTTTACTGAGCTTATTCAACAAATGCAAGTCAAAGGTGTCCAGG
TTGAAGAGTTGTACTCCCTTGATCTTGATTCTCTCAATAACCTCAGACCCGTGTACGGTC
TGATCTTTCTTTTTAAATGGCAAGCTGGCGTCAAAGATGATCGTCCAACGATCCAAGATC
CAGTTTCTAACCTCTTTTTTGCAAACCAGGTCATTAACAATGCTTGTGCAACCCAAGCGA
TCTTGTCTATCCTCTTGAACTCTCCCGACGTTGACATCGGTCCTGAGCTCTCGACGCTGA
AAGAGTTCACCAAGAACTTCCCATCTGACCTCAAGGGCTTGGCCATCAACAACAGCGAGG
CGATAAGGACTGCTCACAACAGTTTCGCGAGGCCCGAGCCATTTGTCCCCGAGGAACAGA
AAGCCGCCACAAAAGATGACGACGTCTACCATTTCATAAGCTACATACCTGTGGATGGAG
TCTTGTACGAGCTCGACGGTCTCAAAGAAGGACCCATCAGCCTTGGTCCGTGCCCCGGGG
ACCAGACTGGTATCGAGTGGCTTCAGCTGGTTCAGCCGGTGATCCAAGAGAGGATCGAGA
GGTACTCGCAGAGCGAGATTAGGTTCAATCTTTTGGCTGTGATTAAAAACAGGAAGGATA
TTTACACGGCGGAGCTCAAGGAGCTTCAGAGGCAGAGGGAGCAGATGGTGCAGGAGTTGG
CTGGTGTGGAGAAGAGCCGTGCGGGGGAGCTCGAGGTGTTGATCGGTGAAGTGAGGAGCG
GGATAGAAGCTGTGAGTGATAAGATTGTTATGGAGGAGGAGAAGTTCATGAAATGGAAGA
CGGAGAATATTAGGAGGAAGCACAACTACATTCCGTTTTTGTTCAACTTCCTCAAACTTC
TTGCGGAGAAGAAACAGTTGAAACCTCTGATTGAGAAGGCCAAGAAACAGAAGACTGAAA
GCTCCACTTGAGAAAAAAAACAGAACCTGTTTTATGTCGGTCTTGCCAAGAGGCGTTTGA
TACACTCTCCTGTCGTTATGTCTTTTTGTAATTCTGTTTTTTTATCACACAAGAAATAGA
TTTTCTCTAGATGAAGTTTGGTTCCC


BQ
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AF RR3HA21TF U 1
AF RR3HA21JQ C 483
BS 1 630 RR3HA21TF
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BS 632 739 RR3HA21TF
BS 740 1226 RR3HA21JQ

RD RR3HA21TF 740 0 0
GGGGATTCGATCGAGCAATCCTAAGTCCGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTACTTCAAAACAA
AAGGCGTTCGTTCGCTTTTCCTATCTGTAGCTCGTTTCGTCATGTCTTGGTGCACGATCG
AGTCGGATCCTGGTGTGTTTACTGAGCTTATTCAACAAATGCAAGTCAAAGGTGTCCAGG
TTGAAGAGTTGTACTCCCTTGATCTTGATTCTCTCAATAACCTCAGACCCGTGTACGGTC
TGATCTTTCTTTTTAAATGGCAAGCTGGCGTCAAAGATGATCGTCCAACGATCCAAGATC
CAGTTTCTAACCTCTTTTTTGCAAACCAGGTCATTAACAATGCTTGTGCAACCCAAGCGA
TCTTGTCTATCCTCTTGAACTCTCCCGACGTTGACATCGGTCCTGAGCTCTCGACGCTGA
AAGAGTTCACCAAGAACTTCCCATCTGACCTCAAGGGCTTGGCCATCAACAACAGCGAGG
CGATAAGGACTGCTCACAACAGTTTCGCGAGGCCCGAGCCATTTGTCCCCGAGGAACAGA
AAGCCGCCACAAAAGATGACGACGTCTACCATTTCATAAGCTACATACCTGTGGATGGAG
TCTTGTACGAGCTCGACGGTCTCAAAGAAG*ACCCATCAGCCTTGGTCCGTGCCCCGGGG
ACCAGACTGGTATCGAGTGGCTTCAGCTGGTTCAGCCGGTGATCCAAGAGAGGATCGAGA
GGTACTCGCAGAGCGAGAT
A

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3HA21JQ 744 0 0
ATAAGGACTGCTCACAACAGTTTCGCGAGGCCCGAGCCATTTGTCCCCGAGGAACAGAAA
GCCGCCACAAAAGATGACGACGTCTACCATTTCATAAGCTACATACCTGTGGATGGAGTC
TTGTACGAGCTCGACGGTCTCAAAGAAGGACCCATCAGCCTTGGTCCGTGCCCCGGGGAC
CAGACTGGTATCGAGTGGCTTCAGCTGGTTCAGCCGGTGATCCAAGAGAGGATCGAGAGG
TACTCGCAGAGCGAGATTAGGTTCAATCTTTTGGCTGTGATTAAAAACAGGAAGGATATT
TACACGGCGGAGCTCAAGGAGCTTCAGAGGCAGAGGGAGCAGATGGTGCAGGAGTTGGCT
GGTGTGGAGAAGAGCCGTGCGGGGGAGCTCGAGGTGTTGATCGGTGAAGTGAGGAGCGGG
ATAGAAGCTGTGAGTGATAAGATTGTTATGGAGGAGGAGAAGTTCATGAAATGGAAGACG
GAGAATATTAGGAGGAAGCACAACTACATTCCGTTTTTGTTCAACTTCCTCAAACTTCTT
GCGGAGAAGAAACAGTTGAAACCTCTGATTGAGAAGGCCAAGAAACAGAAGACTGAAAGC
TCCACTTGAGAAAAAAAACAGAACCTGTTTTATGTCGGTCTTGCCAAGAGGCGTTTGATA
CACTCTCCTGTCGTTATGTCTTTTTGTAATTCTGTTTTTTTATCACACAAGAAATAGATT
TTCTCTAGATGAAGTTTGGTTCCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL5673Contig1 1311 2 6 U
GGGGCGACGAGTGACGCTTGATTTGCTTCTCCAGGTATGAAACGGGCGGAGTAATGGTTC
GTTTTGATTTCTTTTTATTCAATCGCCCACAAAGAGATCTTGAATGATGCATTCTTCACT
CTGAGACGGTTTCAGATCGAGTTTTCTTCTCCTACTTGAAGACCGGTGGTTGCACATCCG
CCGTCGAGGCTAGGGTGCTGCATTTCTGGGAGGCGAGAAATGTCAAGCGCCGTGGTGAAC
TCATGTGGGTTGATATAATTTCGGTTGACGTGAATATTTTGAAGGTTTCGTTCATATCTG
GAAAGAAGGGAATCGTAATTCTGGGCTTGATCTAGATTCATATATATACGGGACATCAAG
GAGAAGTTGCCTATGTGGCGGTGGAATTTGAGACAGCGAAATCAAGCTCTGCAATCGAGA
AGACTAATGAGCTCCCTGATGGTCAGGTGATCCCGATTGGTGCAGAAAGGTTCTGCTCGG
AAGTCCTCTTTCAGCCATTGTTTGTCGGGATATAAGCACCGGGGTTTATATTGTGATCTA
GACCGTTGTTGCTAATTTATAGATTTACATAAATTGACATAACTCCTACCGTTTAGTTCC
AGAGATATCGTAGGTGAAGTCATGGGAATGAATACAACTTACAATAAAGAAACCCAGACC
ACTCAACGTGTTATGGCAGTCATCCGCATTCACAGTTGCAAAACGGTGAGTTAGTGTTTT
CAATGGCCTTGCCGTGCAACTACGTACTAAATTAGGCTCGACTGGTTTTAAGCCAAAGGT
CATAGTTGTGACAAACATTAATACGAAAATGGTTGGAGGCCGACTCTTCCTAAATTCAGC
TTCTTGAACTTTCTCCTTCGACAAGGAGAGTAGCACAGGCGTCGGTTACCTGAAAGTGCT
GATGCAGACTGCGCCAGTGAGTCCTCTACTTATACGCAAGATGGAGGTGTCAAGAAGATT
GAGTCGATAACACTACCAGAGCTGATGCTTATGTACTGAGTTCACCCCCGAGACTGCATA
GTTTCTATGCCCTGGGAAGGTAACTGAACTAAATGGTCCCCGTGCAACCACCGAGATAGA
TGCCTACTGAGAAGTCCCAAGATGATGATGTTGGACACTCTGAAAGAAGGCACGAGACTT
TCACAAATCACAGTTACTCTAATCTCCTTAAAAAAAATCGTTGCATCAATAAGATCGAGT
GCAAGTCTATGTGGTGTTTTGACTACATTTAGCTGTTTAAAACATTTTCGTATCCATCTA
TAAACCTATGTTTGTTTCCTAAAAATTGTGTGAATGGAATATCTTAGAACG


BQ
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AF RR3CP47TF U 1
AF RR3CP47JQ C 507
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GACCGTTGTTGCTAATTTATAGATTTACATAAATTGACATAACTCCTACCGTTTAGTTCC
AGAGATATCGTAG*TGAAGTCATGGGAATGAATACAACTTACAATAAAGAAACCCAGACC
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CAATGGCCTTGCCGTGCAACTACGTACTAAATTAG*CTCGACTGGTT

QA 1 767 1 767
DS 

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AGAGTAGCACAGGCGTCGGTTACCTGAAAGTGCTGATGCAGACTGCGCCAGTGAGTCCTC
TACTTATACGCAAGATGGAGGTGTCAAGAAGATTGAGTCGATAACACTACCAGAGCTGAT
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GATGTTGGACACTCTGAAAGAAGGCACGAGACTTTCACAAATCACAGTTACTCTAATCTC
CTTAAAAAAAATCGTTGCATCAATAAGATCGAGTGCAAGTCTATGTGGTGTTTTGACTAC
ATTTAGCTGTTTAAAACATTTTCGTATCCATCTATAAACCTATGTTTGTTTCCTAAAAAT
TGTGTGAATGGAATATCTTAGAACG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL5674Contig1 761 2 2 U
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CATGGAATCTAACACTCCTGAGGACGCGTCTGGTAACAAGCTTCTCGAAGATGTAGGCTT
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CAGTGGTCTTGTCCATGGAAGGCAAACATACATCCCTTTCTACAGGATAACATAGAAACA
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ATATGATTGTGATTTATGAATAAATGAAACAATCTTTTCCC


BQ
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AF RR3A847TF U 1
AF RR3A847JQ C 430
BS 1 684 RR3A847TF
BS 685 761 RR3A847JQ

RD RR3A847TF 684 0 0
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GTGGCTATCACAGAGCATCAAGGATCATTTCAAGAAGATCAAGATGGTTATGAACCTCAA
ATATATTGATCCTACATACATGATCAGGGCGATTCCAAGCAATGCGGCAGACAATGTATA
CTGTACACTTCTTGCTCAGACCGCGGTTCATGGTGCAATGGCTGGTTACACTGGCTACAC
CAGTGGTCTTGTCCATGGAAGGCAAACATACATCCCTTTCTACAGGATAACATAGAAACA
GAACAAAGTGGTGATTACGGATAGAATGTGGGCAAGGCTGTTGTCTTCTACTAATCAACC
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CGGTGAAATATGTAACGGAGTTGTTGATATACCTCCGGTGACTAAAGAGATAACTAAGTG
AAAGTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGCTTTGGTTAGAGAACTTTCAGGCATCATATACA
TATTCAGGGGTTTCTGAAAAATTATGCCGGAAGTGAAATAATTGTAAGAGTTTGTGAAAC
ACATCTTTGTTCTCTTCTTTTATA

QA 1 684 1 684
DS 

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ATGTAACGGAGTTGTTGATATACCTCCGGTGACTAAAGAGATAACTAAGTGAAAGTTAAA
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GTTTCTGAAAAATTATGCCGGAAGTGAAATAATTGTAAGAGTTTGTGAAACACATCTTTG
TTCTCTTCTTTTATATGTGTTGTTTTGTAACTTTTTCACACTCCACATATCATATGATTG
TGATTTATGAATAAATGAAACAATCTTTTCCC

QA 1 332 1 332
DS 



AS 1 2

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AACGATAGAGAAGAGACTCTTACTAGGCATGAGATACTGAGCATGGTGAAAAAGCACTCA
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AATTTCTGGCACGGTGTGTTTGATGTCTACTTCGTTCGATGCATGGAGTCTAGGAGGCGC
CAAGATGATGATCTTCTATTCTTTGTCAGGAAATTGAGCTGTAAATCATATGGTTTGACT
GAAAATGAGGATGCACCAGCTCCTTACTTCGTGCGCAGGTGGGCACCTAAGTTGGATGAG
CTGCTTGGTGAAAGTCTGGCTGAAGTTGATTGGAGGAAATCATTTTATTTGAACATGGTT
GCTCACACATCATTCACTGTTACGGTGGCGATTTGCAGTAATGAGGCCCTTAAGAAGTAC
CAAGGAAGTAAAGACACAACACTCTCTCCTATATACAAGGTTGTAAAAACTGTGTATGCA
TCACCTAGTCGCGTTAATTTCCATTTGGACTCAAAGAAAGAAGTGGAGACAACACCTGCT
TACCCAGAAATTTGTTTTGCCGTAGATGATTTCGACTCAACCTTTGATGCCGTGGTTCTG
ACAGAAAAAGATCATTGCTATTGTGTACTTCTTAATTCTCATGATGGGGCAGCCTTTCCA
AGTGCAGATGTAAAAACTGATAAAGATTCCAGTGGTTCTAATACAAATACTGATTCGAGA
AGGGTGAAAGATCCTAAGGTTACTCTGTTTTCTGGGTTTGTCAGCTATCAAATGGTTCGA
GAAGCCTATGAAGGGGGGAGGAACCGATTTGGAAGTCTTCTATCACTAGGCCATCACTCA
GGAAAAGCAGACAGACTTTACATGAAAGGTCCTGGAGGACGTGGAGAAGTTGAAGTAGCT
GTCTCTGGCGTTATAGATCAGAGCCAAGTAGTTTTAGGTCCTGTTTCACCAATGTCTTCG
AAGAAGAGTATCGATCTCGGCTCCATTTTCCGTAAAGCCGCATCTGTTGCATCTGTGGCA
GCTAAACATGCAATAGCAGCTGCTACGGCCTCATATGATGAAGACGAGATGTTTCCTCTC
AAGTGCTGTTTAATGTCTATATCGTTGCCATGGGACACTATAGCTCATGATCTCTTATTC
AAGGGATCTCCACCAGTAAACATGGAGTAATTGCACCGCAAATAGTAAAAGAAAGTGCTG
GAAACAGGAGTTGTGTGTTTTGTTCAAATGATGTTCTTTGATTAAATTATACTGTGTTGC
GAGACTCTGGTTTACTACATAACAGTTTTACCTCCAGCAATAAATGAAAGTGAAGTAAAT
TTGGAATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A353TF U 1
AF RR3A353JQ C 586
BS 1 795 RR3A353TF
BS 796 796 RR3A353JQ
BS 797 826 RR3A353TF
BS 827 827 RR3A353JQ
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BS 845 853 RR3A353TF
BS 854 1448 RR3A353JQ

RD RR3A353TF 853 0 0
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GAGATCGTCGCATCGTTTTCTCAACCGCGAAGAATCGGAGATTTCAGGGTAGAAATGCTC
AACGATAGAGAAGAGACTCTTACTAGGCATGAGATACTGAGCATGGTGAAAAAGCACTCA
AAGTCGTTGGGAAAGACGTCTCTTGATGAGCAAGGGGCTTCAGATATAGAGATGGACTCT
AATTTCTGGCACGGTGTGTTTGATGTCTACTTCGTTCGATGCATGGAGTCTAGGAGGCGC
CAAGATGATGATCTTCTATTCTTTGTCAGGAAATTGAGCTGTAAATCATATGGTTTGACT
GAAAATGAGGATGCACCAGCTCCTTACTTCGTGCGCAGGTGGGCACCTAAGTTGGATGAG
CTGCTTGGTGAAAGTCTGGCTGAAGTTGATTGGAGGAAATCATTTTATTTGAACATGGTT
GCTCACACATCATTCACTGTTACGGTGGCGATTTGCAGTAATGAGGCCCTTAAGAAGTAC
CAAGGAAGTAAAGACACAACACTCTCTCCTATATACAAGGTTGTAAAAACTGTGTATGCA
TCACCTAGTCGCGTTAATTTCCATTTGGACTCAAAGAAAGAAGTGGAGACAACACCTGCT
TACCCAGAAATTTGTTTTGCCGTAGATGATTTCGACTCAACCTTTGATGCCGTGGTTCTG
ACAGAAAAAGATCATTGCTATTGTGTACTTCTTAATTCTCATGATGGGGCAGCCTTTCCA
AGTGCAGATGTAAAA*CTGATAAAGATTCCAGTGGTTCTAATACAA*TACTGATTCGAGA
AGG*TGAAAGATC

QA 1 853 1 853
DS 

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GAGACAACACCTGCTTACCCAGAAATTTGTTTTGCCGTAGATGATTTCGACTCAACCTTT
GATGCCGTGGTTCTGACAGAAAAAGATCATTGCTATTGTGTACTTCTTAATTCTCATGAT
GGGGCAGCCTTTCCAAGTGCAGATGTAAAAACTGATAAAGATTCCAGTGGTTCTAATACA
AATACTGATTCGAGAAGGGTGAAAGATCCTAAGGTTACTCTGTTTTCTGGGTTTGTCAGC
TATCAAATGGTTCGAGAAGCCTATGAAGGGGGGAGGAACCGATTTGGAAGTCTTCTATCA
CTAGGCCATCACTCAGGAAAAGCAGACAGACTTTACATGAAAGGTCCTGGAGGACGTGGA
GAAGTTGAAGTAGCTGTCTCTGGCGTTATAGATCAGAGCCAAGTAGTTTTAGGTCCTGTT
TCACCAATGTCTTCGAAGAAGAGTATCGATCTCGGCTCCATTTTCCGTAAAGCCGCATCT
GTTGCATCTGTGGCAGCTAAACATGCAATAGCAGCTGCTACGGCCTCATATGATGAAGAC
GAGATGTTTCCTCTCAAGTGCTGTTTAATGTCTATATCGTTGCCATGGGACACTATAGCT
CATGATCTCTTATTCAAGGGATCTCCACCAGTAAACATGGAGTAATTGCACCGCAAATAG
TAAAAGAAAGTGCTGGAAACAGGAGTTGTGTGTTTTGTTCAAATGATGTTCTTTGATTAA
ATTATACTGTGTTGCGAGACTCTGGTTTACTACATAACAGTTTTACCTCCAGCAATAAAT
GAAAGTGAAGTAAATTTGGAATT

QA 1 863 1 863
DS 



AS 1 2

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AAAAAAGATAAAAAATGGAGAAAACCTGAGATTACAGAAACCATTACAGTGAATGGACTG
TGATGAAACAGAACTCAAAAACAGAATCCTAGGCGCGCATGAACCAACGCCTTAAAAGCC
CGTTGAATGCCTTCCTGTTTTTTCTTGCCAGGATTGCATCTTTGACTAATCTATCCAGCT
TATGAAACATGGCAACAGAAGTAAATGAAATATATTGTTGTGCAATCGGTTGCTCCGTTC
ATACCATATTTGGTAAATAGTGGCTTGCGCAACGAGGCGGCGGAATGTTATTGGTGAGGT
AAAGTCCTTAGTTCCCAACCAAGCTGTGAAGGCAGTCCAAGTGTGAAAAGTGAAAGATCG
ATATCCAAGTCTTCTGATGATTAGGGTCCATAGATGTTCACTAGTTTCACGGCGGAGGAA
TAGGTGATCTCTGTCCTCAACTGAGATATCACAAAGGCAGCATGAGGGCTGAACCGATAA
TTCCCACGAAGCTTTTATCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB25JQ U 133
AF RR3BB25TF C 1
BS 1 132 RR3BB25TF
BS 133 415 RR3BB25JQ
BS 416 562 RR3BB25TF

RD RR3BB25JQ 283 0 0
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TCCTGTTTTTTCTTGCCAGGATTGCATCTTTGACTAATCTATCCAGCTTATGAAACATGG
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GTAAATAGTGGCTTGCGCAACGAGGCGGCGGAATGTTATTGGTGAGGTAAAGTCCTTAGT
TCCCAACCAAGCTGTGAAGGCAGTCCAAGTGTGAAAAGTGAAA

QA 1 283 1 283
DS 

RD RR3BB25TF 562 0 0
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AAAAAAGATAAAAAATGGAGAAAACCTGAGATTACAGAAACCATTACAGTGAATGGACTG
TGATGAAACAGAACTCAAAAACAGAGTCCTAGGCGCGCATGAGCCAACGCCTTAGAAGCC
CGTTGAATGCCTTCCTGTTTTTTCTTGCCAGGATTGCATCTTTGACTAATCTATCCAGCT
TATGAAACATGGCAACAGAAGTAGATGAGATATATTGTTGTGCAATCGGTTGCTCCGTTC
ATACCATATTTGGTAGATAGTGGCTTGCGCAACGAGGCGGCGGAGTGTTATTGGTGAGGT
AGAGTCCTTAGTTCCCAACCAAGCTGTGAAGGCAGTCCAAGTGTGAAAAGTGAAAGATCG
ATATCCAAGTCTTCTGATGATTAGGGTCCATAGATGTTCACTAGTTTCACGGCGGAGGAA
TAGGTGATCTCTGTCCTCAACTGAGATATCACAAAGGCAGCATGAGGGCTGAACCGATAA
TTCCCACGAAGCTTTTATCTCC

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

CO CL5677Contig1 1026 2 8 U
GGGAAGTGTTGAAAGAGATGAGTTCGTTACACCTCTTAGACTCCTCTCCCATTCACCTTC
CTTGCTTTCTCCTTATCCTTCGCCACCATTCAAATCTCTAAACCCTAGTTTCATTCGCCG
CTCCTCCTCTTCTTCTACTACTACAACCACCTCGTGTTCTTCCCAGTGTCAGCGATTCAG
ATCCTACTCTCCGTCCATTCCCATATGCTTGCCTAAAGGCCAAGACAACTTAGATATTTG
GAGAAATGAAGATGATCTTGTTACATGTGGGCTTGAATCAGATGAAGATTCCGGGGGGCT
TCGGATTCCAACTCAGGCTCAAGCTATCGTTGAAGGCTCTGGCTCAGTTGCTGTCTCAGA
GCTTAAACCCGCCGCTGATGTAGATTACATACAAGAGCTATTGGCGACACAGCAACAAGG
GCCTAGATCAATTGGCTTCTTTGGTACAAGGAACATGGGTTTCATGCATCAAGAACTCAT
CGAGATACTTAGCTACGCCACGGTTATTACAAAAAACCATATATACACTTCAGGTGCATC
TGGAACCAATGCGGCTGTTATCAGAGGTGCACTGCGAGCAGAGAGGCCAGAGCTTCTTAC
AGTTATTTTACCTCAAAGTTTGAAAAAACAACCTCCTGAGAGCCAAGAACTCTTGTCTAA
AGTAAAAAACGTTGTAGAAAAGCCGTATAATGATCATTTGCCATTACTAGAAGCCAGCAG
GCTGTGTAATATGGACATCATATCACAAGTACAGCAAGTAATATGCTTTGCGTTTCATGA
CAGTAAGCTTCTCATGGAGACATGTCAAGAAGCTAAAAATCTCCGCAAGATCGTCACTCT
CTTCTACCTTGATTGATTCCACTATATCTTATTCAAGGAACAGACAAGATACAAAGTCTA
GTTGTAAATTGTGAATCTCATAAAAAAAACATAGGATTCATTCTTTTTTCTAAATTATGA
TTTTATAGGATTTTTATTTCTCAAGCTTTGTAATATCACATTCACATGATAACATTGTTT
CTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3FV89TF U 1
AF RR3FV89JQ C 456
BS 1 627 RR3FV89TF
BS 628 628 RR3FV89JQ
BS 629 668 RR3FV89TF
BS 669 669 RR3FV89JQ
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BS 682 720 RR3FV89TF
BS 721 1026 RR3FV89JQ

RD RR3FV89TF 724 0 0
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CTTGCTTTCTCCTTATCCTTCGCCACCATTCAAATCTCTAAACCCTAGTTTCATTCGCCG
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GAGAAATGAAGATGATCTTGTTACATGTGGGCTTGAATCAGATGAAGATTCCGGGGGGCT
TCGGATTCCAACTCAGGCTCAAGCTATCGTTGAAGGCTCTGGCTCAGTTGCTGTCTCAGA
GCTTAAACCCGCCGCTGATGTAGATTACATACAAGAGCTATTGGCGACACAGCAACAAGG
GCCTAGATCAATTGGCTTCTTTGGTACAAGGAACATGGGTTTCATGCATCAAGAACTCAT
CGAGATACTTAGCTACGCCACGGTTATTACAAAAAACCATATATACACTTCAGGTGCATC
TGGAACCAATGCGGCTGTTATCAGAGGTGCACTGCGAGCAGAGAGGCCAGAGCTTCTTAC
AGTTATTTTACCTCAAAGTTTGAAAAA*CAACCTCCTGAGAGCCAAGAACTCTTGTCTAA
AGTAAAAA*CGTTGTAGAAA*GCCGTATAATGATCATTTGCCATTACTAGAAGCCAGCAG
CTGT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3FV89JQ 571 0 0
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ACCATATATACACTTCAGGTGCATCTGGAACCAATGCGGCTGTTATCAGAGGTGCACTGC
GAGCAGAGAGGCCAGAGCTTCTTACAGTTATTTTACCTCAAAGTTTGAAAAAACAACCTC
CTGAGAGCCAAGAACTCTTGTCTAAAGTAAAAAACGTTGTAGAAAAGCCGTATAATGATC
ATTTGCCATTACTAGAAGCCAGCAGGCTGTGTAATATGGACATCATATCACAAGTACAGC
AAGTAATATGCTTTGCGTTTCATGACAGTAAGCTTCTCATGGAGACATGTCAAGAAGCTA
AAAATCTCCGCAAGATCGTCACTCTCTTCTACCTTGATTGATTCCACTATATCTTATTCA
AGGAACAGACAAGATACAAAGTCTAGTTGTAAATTGTGAATCTCATAAAAAAAACATAGG
ATTCATTCTTTTTTCTAAATTATGATTTTATAGGATTTTTATTTCTCAAGCTTTGTAATA
TCACATTCACATGATAACATTGTTTCTATGC

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 2

CO CL5678Contig1 969 2 2 U
TTTTTCTTTTTCTTTTTTGACCAATCAAATGCTAATGACAAATCTCCCTCCTTAATCCGC
GCATGTTGCTCAGCCCTTTTGCTACTTGTTAATTCTATTTATACACAAACTCACTCACAC
ACCAAAGCACATCTCAAATCCTCAAATCTCTCTCACTCACTGCTCTTTTCTCTTCTTTCA
TGGCTCCATTTGCCGTAAAATCAGCCTTTTGTTTCCTTGTTGTTATATGTTGCTTCATTG
GAAACAATGTTGAAGCTAGAGAAGGTAAGCTCTTCTTTAGCAAGTTCACTCACGTAGATC
GTCATAACAACAAAGAGGTAGCTCCAGCTCCGAGCCTAGCACAGGCCAATGGAAGACGCG
GTGACGGGCCTTTCGGGCGAGGTTCGGGCATGATTCCTCAAACCAAAGAGTCATGGCCGG
TCTCATCTACGACCACAGACGAGGAGTTCGAGAAACTGATGGATACATTCGACGAAGAAA
AGAACAACAACCAATTACCGGAAGAGTTTGAGGAGGAAGAAGAGTCCCAAGAATCAGAAG
ATCATAGTGAGAAAAATGACAAGTACAACAACAATAATGGATACACTTACACAACCAACA
ATCATAACGATAATAGGAGAGGCTACGGTAACGAAGAAGAGAGACAAGGGAGGAGTGATC
CAAGGTTTAATGAGAACGGTAAGTACTACTACAACACAAGAGGTCGGAGTTCCGAAAATA
CACCTAGCCGCAGGTACGAGGGTGCTCGAGGAAATGATCATCCATACGAGTTCGACACTA
TGGAGGAATACTACATGAGCTTGGAAGGTAGTCACGAGGAGTTTCAGCCTTGAAAAAAAG
TCGGTGCAAATGAACATTTGGAGTGATTGTTAAATCTCAATTTACTTTTATTTTATGAGA
TGAGAAATCTACAAATCACTTATAATTATATACAATATTAAAAGTTTTAATGTTTATCCT
AATAAGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C483TF U 1
AF RR3C483JQ C 374
BS 1 624 RR3C483TF
BS 625 969 RR3C483JQ

RD RR3C483TF 624 0 0
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GCATGTTGCTCAGCCCTTTTGCTACTTGTTAATTCTATTTATACACAAACTCACTCACAC
ACCAAAGCACATCTCAAATCCTCAAATCTCTCTCACTCACTGCTCTTTTCTCTTCTTTCA
TGGCTCCATTTGCCGTAAAATCAGCCTTTTGTTTCCTTGTTGTTATATGTTGCTTCATTG
GAAACAATGTTGAAGCTAGAGAAGGTAAGCTCTTCTTTAGCAAGTTCACTCACGTAGATC
GTCATAACAACAAAGAGGTAGCTCCAGCTCCGAGCCTAGCACAGGCCAATGGAAGACGCG
GTGACGGGCCTTTCGGGCGAGGTTCGGGCATGATTCCTCAAACCAAAGAGTCATGGCCGG
TCTCATCTACGACCACAGACGAGGAGTTCGAGAAACTGATGGATACATTCGACGAAGAAA
AGAACAACAACCAATTACCGGAAGAGTTTGAGGAGGAAGAAGAGTCCCAAGAATCAGAAG
ATCATAGTGAGAAAAATGACAAGTACAACAACAATAATGGATACACTTACACAACCAACA
ATCATAACGATAATAGGAGAGGCT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3C483JQ 596 0 0
CGGGCGAGGTTCGGGCATGATTCCTCAAACCAAAGAGTCATGGCCGGTCTCATCTACGAC
CACAGACGAGGAGTTCGAGAAACTGATGGATACATTCGACGAAGAAAAGAACAACAACCA
ATTACCGGAAGAGTTTGAGGAGGAAGAAGAGTCCCAAGAATCAGAAGATCATAGTGAGAA
AAATGACAAGTACAACAACAATAATGGATACACTTACACAACCAACAATCATAACGATAA
TAGGAGAGGCTACGGTAACGAAGAAGAGAGACAAGGGAGGAGTGATCCAAGGTTTAATGA
GAACGGTAAGTACTACTACAACACAAGAGGTCGGAGTTCCGAAAATACACCTAGCCGCAG
GTACGAGGGTGCTCGAGGAAATGATCATCCATACGAGTTCGACACTATGGAGGAATACTA
CATGAGCTTGGAAGGTAGTCACGAGGAGTTTCAGCCTTGAAAAAAAGTCGGTGCAAATGA
ACATTTGGAGTGATTGTTAAATCTCAATTTACTTTTATTTTATGAGATGAGAAATCTACA
AATCACTTATAATTATATACAATATTAAAAGTTTTAATGTTTATCCTAATAAGCTT

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 2

CO CL5679Contig1 1109 2 4 U
GCAAGCGAGTAAACCTCGAAGGAAAGGTTATTGGAGCTTTCTGTTTCTTGCAGATCCCGA
GTCCTGAGCTGCAGCAAGCTTTAGCAGTCCAACGAAGGCAAGACACAGAGTGTTTCACAA
AGGCGAAAGAGCTAGCTTACATTTGTCAAGTGGTAAAGAGTCCTTTGAGCGGTTTGCGTT
TCACAAACTCGTTGTTGGAAGCTACAGACTTGAACGAGGATCAGAAACAGCTTCTCGAAA
CAAGTGTTTCTTGCGAGAAACAGATCTCAAGGATTGTCAGTGACATGGATCTTGAAAGGA
TTGAAGACGGTTCGTTTGAGCTACAAAGAACAGAGTTCTTACTCGGAAGTGTCATAAACG
CGATTGTAAGCCAGGCGATGTTCTTATTAAAGGAGAGAGGTGTTCAGCTAATCCGTGACA
TTCCCGAAGAGATCAAATCCATACAAGTTTATGGAGACCAGACAAGGATTCAACAACTCC
TAGCTGAGTTTCTGCTGAGTATAGTCCGGTATGCACCGTCCCACGAGTGGGTGGAGATCC
ATCTTAGCCAAGTTCCAAAGCAAATGGCTGACGGATTCTACTCTATCCGCACAGAATTTA
GAATGGCGTGCCCAGGTGAAAGTCTGCCTCCAGAACTGGTCCGAGACATGTTTCATAGCA
GCAGGTGGACGAGCCCTGAAGGGTTAGGTCTAAGCATATGTAGAAAGATTCTAAAGCTCA
TGAACGGTGAGGTTCGATACATCCGAGAGTCGGAACGCTCCTATTTCCTAATCATTCTCG
AGCTCCCCGTTCCTATGAAACGCCCTTTGTCAACCGCTAGCGGAAGCGGCGACATGATGT
TGATGATGCCATAGCAGTCGCACTTATAAGCTGGCAGGAGCGAGTTTGTATCCTTGTTGT
ATGTGTGTGTATGAGAGAGAGAGAGTCTAACGACACTGGAAGAGGATAGAGAGTTTTTGT
TTCGGGTGAGATAAGTAGAGAAGAGGGTAGAGAGTTTATCTGCAAGACTTGTTTTCTCTT
TTGTTTGCACTGTGTATATTGATAACTCTGAGAGAGAGGCAAACGAATGAAAAGAAGAAA
GTGATGTTGGTTGTTGACCAATCCTTCAT


BQ
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AF RR3ES08TF U 1
AF RR3ES08JQ C 413
BS 1 664 RR3ES08TF
BS 665 665 RR3ES08JQ
BS 666 678 RR3ES08TF
BS 679 1109 RR3ES08JQ

RD RR3ES08TF 678 0 0
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GTCCTGAGCTGCAGCAAGCTTTAGCAGTCCAACGAAGGCAAGACACAGAGTGTTTCACAA
AGGCGAAAGAGCTAGCTTACATTTGTCAAGTGGTAAAGAGTCCTTTGAGCGGTTTGCGTT
TCACAAACTCGTTGTTGGAAGCTACAGACTTGAACGAGGATCAGAAACAGCTTCTCGAAA
CAAGTGTTTCTTGCGAGAAACAGATCTCAAGGATTGTCAGTGACATGGATCTTGAAAGGA
TTGAAGACGGTTCGTTTGAGCTACAAAGAACAGAGTTCTTACTCGGAAGTGTCATAAACG
CGATTGTAAGCCAGGCGATGTTCTTATTAAAGGAGAGAGGTGTTCAGCTAATCCGTGACA
TTCCCGAAGAGATCAAATCCATACAAGTTTATGGAGACCAGACAAGGATTCAACAACTCC
TAGCTGAGTTTCTGCTGAGTATAGTCCGGTATGCACCGTCCCACGAGTGGGTGGAGATCC
ATCTTAGCCAAGTTCCAAAGCAAATGGCTGACGGATTCTACTCTATCCGCACAGAATTTA
GAATGGCGTGCCCAGGTGAAAGTCTGCCTCCAGAACTGGTCCGAGACATGTTTCATAGCA
GCAG*TGGACGAGCCCTG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3ES08JQ 697 0 0
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GGAGATCCATCTTAGCCAAGTTCCAAAGCAAATGGCTGACGGATTCTACTCTATCCGCAC
AGAATTTAGAATGGCGTGCCCAGGTGAAGGTCTGCCTCCAGAACTGGTCCGAGACATGTT
TCATAGCAGCAGGTGGACGAGCCCTGAAGGGTTAGGTCTAAGCATATGTAGAAAGATTCT
AAAGCTCATGAACGGTGAGGTTCGATACATCCGAGAGTCGGAACGCTCCTATTTCCTAAT
CATTCTCGAGCTCCCCGTTCCTATGAAACGCCCTTTGTCAACCGCTAGCGGAAGCGGCGA
CATGATGTTGATGATGCCATAGCAGTCGCACTTATAAGCTGGCAGGAGCGAGTTTGTATC
CTTGTTGTATGTGTGTGTATGAGAGAGAGAGAGTCTAACGACACTGGAAGAGGATAGAGA
GTTTTTGTTTCGGGTGAGATAAGTAGAGAAGAGGGTAGAGAGTTTATCTGCAAGACTTGT
TTTCTCTTTTGTTTGCACTGTGTATATTGATAACTCTGAGAGAGAGGCAAACGAATGAAA
AGAAGAAAGTGATGTTGGTTGTTGACCAATCCTTCAT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL5680Contig1 1456 2 6 U
TTTCACTTAAAACACAAACATATATACTCTGTAATCCAATATCTACAAAGATTCATAACT
CTTTCTCTTTGTAAGAAACAATACAATGGATCATAATGGTAATAAGCTTGTAGCTGCTTT
GCTGATGTTCTTGTCAAGCTTCTTGCTGATGAGGACATCAATGGCTGCTAACAACTATAA
TGTCGTTAACTTCGGTGCTAAACCGGACGGTCGTACCGATTCCACAAAAGCCTTCCTCAG
CGCGTGGCAAGCGGCTTGCCGTTCAGCTGCAAGTGTCACAATAACGGTCCCAAGAGGGAG
CTTCTTGTTAAAACCGGTGGAGTTTCATGGTCCGTGCCGCAGTAGGATCACGTTTCAGAT
CTCTGGAAAACTTGTAGCTCCTTCTGATTACCGTGGTTTGGGTAATTCCGGTAATTGGAT
CTTGTTTGTGAAAGTAAACCGGATCTCGATCAATGGAGGAACGTTAGATGCTAGAGGTGC
TTCTTTCTGGGCTTGTCGAAAAGCAGGAAAGAGTTGTCCTGCTGGAGCCAGATCGATGAC
GTTTAACTGGGCCAACGACGTCGTAGTAAGCGGCCTAACCTCAATAAACAGCCAAGTAAC
ACATCTAGTTATAAACAGCTGCAACAATGTAATTGTTCGGAAAGTAAAGCTAGTGGCTCC
AGACCAAAGTCCCAACACAGATGGCCTCCATGTCCAAGCATCTACTGGTGTGACCGTAAC
CGATAGCACGTTTCAAACAGGAGACGACTGCATCTCTATCGGTCCAGGAACTCGTAACCT
CTACATGTCTAAACTCAACTGCGGTCCAGGGCATGGTATCAGTATTGGGAGTCTAGGGAG
AGATGCTAATGAAGCTGGAGTACAGAACATAACGTTGATAAACTCTGTTTTTTCGGGTTC
CGATAATGGTGTTCGGATCAAGACATGGGCTAGACAAAGCACAGGTTTTGTGAGAAACGT
TTTGTTTCAGAATCTGGTCATGAAAAACGTTCAGAATCCAATCATTGTTGATCAGAATTA
TTGTCCAAATCATCAAGGTTGTCCTAAACAGGGCTCTGGTGTGAGGATTAGCCAGGTTGT
GTATAGAAACATTCAAGGGACGTCTCGAACACAACAAGCTTTAACGTTTGATTGCAGTCG
TAGTAATCCATGCCAAGCAATTAGATTGCACGATATTAAGCTAACGTTCAACGGACGGTC
GGCTACCTCGACGTGTAAGAATATTAAGGGAGTTCAGGCTGGTGTGGTAATGCCACAAGG
TTGTCTTTGATTTCATGAATTCAAAGGGCTACAACAACAACCATCATAGGCGCAAGAGTA
TTATGTTGCGTCCGTGATCGAGTTGTTCTGTTTTGCGTCTAAGTATGTATGTATGTATAT
TGTGAAAGTTTAATTTGTACTCTTTTCTGTAAAAAGTATTAATATGAAATGATAATAATG
AATGAAATTATAGATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D468TF U 1
AF RR3D468JQ C 597
BS 1 736 RR3D468TF
BS 737 737 RR3D468JQ
BS 738 740 RR3D468TF
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BS 742 755 RR3D468TF
BS 756 1456 RR3D468JQ

RD RR3D468TF 755 0 0
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CGCGTGGCAAGCGGCTTGCCGTTCAGCTGCAAGTGTCACAATAACGGTCCCAAGAGGGAG
CTTCTTGTTAAAACCGGTGGAGTTTCATGGTCCGTGCCGCAGTAGGATCACGTTTCAGAT
CTCTGGAAAACTTGTAGCTCCTTCTGATTACCGTGGTTTGGGTAATTCCGGTAATTGGAT
CTTGTTTGTGAAAGTAAACCGGATCTCGATCAATGGAGGAACGTTAGATGCTAGAGGTGC
TTCTTTCTGGGCTTGTCGAAAAGCAGGAAAGAGTTGTCCTGCTGGAGCCAGATCGATGAC
GTTTAACTGGGCCAACGACGTCGTAGTAAGCGGCCTAACCTCAATAAACAGCCAAGTAAC
ACATCTAGTTATAAACAGCTGCAACAATGTAATTGTTCGGAAAGTAAAGCTAGTGGCTCC
AGACCAAAGTCCCAACACAGATGGCCTCCATGTCCAAGCATCTACTGGTGTGACCGTAAC
CGATAGCACGTTTCAA*CAG*AGACGACTGCATCT

QA 1 755 1 755
DS 

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TAACCGATAGCACGTTTCAAACAGGAGACGACTGCATCTCTATCGGTCCAGGAACTCGTA
ACCTCTACATGTCTAAACTCAACTGCGGTCCAGGGCATGGTATCAGTATTGGGAGTCTAG
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GTTCCGATAATGGTGTTCGGATCAAGACATGGGCTAGACAAAGCACAGGTTTTGTGAGAA
ACGTTTTGTTTCAGAATCTGGTCATGAAAAACGTTCAGAATCCAATCATTGTTGATCAGA
ATTATTGTCCAAATCATCAAGGTTGTCCTAAACAGGGCTCTGGTGTGAGGATTAGCCAGG
TTGTGTATAGAAACATTCAAGGGACGTCTCGAACACAACAAGCTTTAACGTTTGATTGCA
GTCGTAGTAATCCATGCCAAGCAATTAGATTGCACGATATTAAGCTAACGTTCAACGGAC
GGTCGGCTACCTCGACGTGTAAGAATATTAAGGGAGTTCAGGCTGGTGTGGTAATGCCAC
AAGGTTGTCTTTGATTTCATGAATTCAAAGGGCTACAACAACAACCATCATAGGCGCAAG
AGTATTATGTTGCGTCCGTGATCGAGTTGTTCTGTTTTGCGTCTAAGTATGTATGTATGT
ATATTGTGAAAGTTTAATTTGTACTCTTTTCTGTAAAAAGTATTAATATGAAATGATAAT
AATGAATGAAATTATAGATT

QA 1 860 1 860
DS 



AS 1 2

CO CL5681Contig1 801 2 4 U
GCAATACTACTCAGCCTGATATTGGTCTTCCCGGAGGTGGCGTTCCCCCGACAACTCAAC
AACCTGGTCCTCCGTACCAGAACGTTGGACTCCCTGACGGTGGTGTTCCTCCACAGTTTC
CTGGTCAGACTCAGGGGACACCACAGCTTCCTGGGCAGACTCAGGGAGCACCACAGGTTC
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GAGCAGCAGCTCCGATTTGTTTCAAGACTGGTCTTGCTCATCTTGAACAAAACCAGCTTC
CAGATGCACTGTCTTGCTTCGACGAAGCATTCCTGGCTCTTGCTAAGGATCAATCACGTG
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TTCTCAGTTATGCTCAGCTAC


BQ
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AF RR3AT86TF U 1
AF RR3AT86JQ C 482
BS 1 685 RR3AT86TF
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BS 687 748 RR3AT86TF
BS 749 801 RR3AT86JQ

RD RR3AT86TF 748 0 0
GCAATACTACTCAGCCTGATATTGGTCTTCCCGGAGGTGGCGTTCCCCCGACAACTCAAC
AACCTGGTCCTCCGTACCAGAACGTTGGACTCCCTGACGGTGGTGTTCCTCCACAGTTTC
CTGGTCAGACTCAGGGGACACCACAGCTTCCTGGGCAGACTCAGGGAGCACCACAGGTTC
CAGCTTATTCGCAGCCTCTTGATCTTAGCTTTCTTGGAGTTCCAGATACAGATTCTGGAA
AGCCTCCTGGGCAGCCTACGTCTCCTCCTGCTTCAGTTCGTCCTGGACAGGTTCCACGTG
GAGCAGCAGCTCCGATTTGTTTCAAGACTGGTCTTGCTCATCTTGAACAAAACCAGCTTC
CAGATGCACTGTCTTGCTTCGACGAAGCATTCCTGGCTCTTGCTAAGGATCAATCACGTG
GGGCTGATATCAAAGCTCAAGCCACAATCTGTGCTCAGTACAAGATAGCCGTTACTCTCC
TCCGGGAAATCTTGAGGCTACAAAGAGTCCAAGGCGCGAGTGCATTAAGCGCAAAGGACG
AAATGGCAAGACTCTCAAGGCATCTAGCTTCACTGCCACTACTTGCAAAGCACCGCATAA
ACTGCATACGCACTGCAATCAAACGAAACATGGAAGTTCAAAACTATGGCTACTCCAAGC
AGATGTTGGAACTGCTTCTCTCAAG*CACCAGCGAGCAAGCAAGAAGAATTGAGAGGACT
AGTTGATCTCTGTGTCCAAAGAGGCACA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3AT86JQ 320 0 0
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AATGGCAAGACTCTCAAGGCATCTAGCTTCACTGCCACTACTTGCAAAGCACCGCATAAA
CTGCATACGCACTGCAATCAAACGAAACATGGAAGTTCAAAACTATGGCTACTCCAAGCA
GATGTTGGAACTGCTTCTCTCAAGGCACCAGCGAGCAAGCAAGAAGAATTGAGAGGACTA
GTTGATCTCTGTGTCCAAAGAGGCACATCGAACAAATCCATCGACCCGCTTGAAGATCCT
TCTCAGTTATGCTCAGCTAC

QA 1 320 1 320
DS 



AS 1 2

CO CL5682Contig1 1234 2 2 U
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GAATTAAAAGCTTTCGACGAAATGAAACTCGGAGTAAAAGGTCTCGTCGACGCCGGAATC
TCAACGATCCCTCGTATATTCCACCACTCGCATCTCAGTTCAACCGACCAAACTCCACCA
CTTCCCTCGTCAACGATGACAATCCCAAAAATCGATCTCGGAGGTGGCGTGTTCGAGTCC
ACAGCCACGCGAGAGAGCGTCGTCTCGAAGGTCAAAGAAGCGGTGGAGAGATACGGGTTC
TTCCAGGCGGTAAACCATGGGATACCGATTGATGTTATGGAGAAGATGAAAGATGGGATT
CGTGGGTTTCACGAGCAATATCCAGACGTGAGGAAGAAGTTCTATAGCCGTGATTACGCC
AAGAAGGTTACTTATAGCAGCAACTTCGATCTCTATATTCTGCATCTGCGAACTGGAGAG
ATACTTTAAGTTGTTTTATGTACCCTGATGCTCCCAACACAGAGGACTTGCCTGAGATTT
GTGGGGAAATCATGTTGGAGTATTCAAAGAGAGTGATGGAACTTGGGGAACTAATCTTTG
AGCTTTTATCCGAAGCTTTAGGGCTGAATCCTAACCATTTGAAAGAGATGGATTGCACAA
AGGGTTTGTTGATGCTCTCTCATTACTACCCGCCTTGTCCTGAGCCTGATCTAACTTATG
GCACAAGCCCGCATTCAGACAGATCTTTTCTCACTATTCTTCTTCAAGACCACATCGGTG
GGCTTCAGGTTAATCAAAATGGTCACTGGGTCGATGTTCCCCCTGTTCCTGGAGCTCTTC
TCGTCAACCTCGGAGATCTCTTACAGCTTATAACTAACGACAAGTTTTTGAGCGTGGAGC
ATAGAGTTTTGGCTAACAGAGGTGAAGAGCCTCGCATTTCTGTCGCCTCTTTCTTTGTGC
ATCCTTTACCAAGTTTTAGAGTATATGGACCAATCCAAGAGCTTTTGTCTGAACAAAATC
CTCCCGAGTACAAAGACACCACCGTCACTGAGTATTCAAAAAAATATCGCTAAAGGACTT
GACGGTAAATCTGTGTTGCTTCAGTTCAAGATCTGATAAAAACTGTTTTCTAACGGTTTT
TTTCACTTGATTTCTCTGTATCTTATAAAATAAGTTTATTGCACAATCAAACAAATAAAG
TATGTTGTAGTCTGAGGCTATTACACAAATAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A840TF U 1
AF RR3A840JQ C 508
BS 1 775 RR3A840TF
BS 776 1234 RR3A840JQ

RD RR3A840TF 775 0 0
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ACAGCCACGCGAGAGAGCGTCGTCTCGAAGGTCAAAGAAGCGGTGGAGAGATACGGGTTC
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CGTGGGTTTCACGAGCAATATCCAGACGTGAGGAAGAAGTTCTATAGCCGTGATTACGCC
AAGAAGGTTACTTATAGCAGCAACTTCGATCTCTATATTCTGCATCTGCGAACTGGAGAG
ATACTTTAAGTTGTTTTATGTACCCTGATGCTCCCAACACAGAGGACTTGCCTGAGATTT
GTGGGGAAATCATGTTGGAGTATTCAAAGAGAGTGATGGAACTTGGGGAACTAATCTTTG
AGCTTTTATCCGAAGCTTTAGGGCTGAATCCTAACCATTTGAAAGAGATGGATTGCACAA
AGGGTTTGTTGATGCTCTCTCATTACTACCCGCCTTGTCCTGAGCCTGATCTAACTTATG
GCACAAGCCCGCATTCAGACAGATCTTTTCTCACTATTCTTCTTCAAGACCACAT

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3A840JQ 727 0 0
TGCTC
CCCAACACAGAGGACTTGCCTGAGATTTGTGGGGAAATCATGTTGGAGTATTCAAAGAGA
GTGATGGAACTTGGGGAACTAATCTTTGAGCTTTTATCCGAAGCTTTAGGGCTGAATCCT
AACCATTTGAAAGAGATGGATTGCACAAAGGGTTTGTTGATGCTCTCTCATTACTACCCG
CCTTGTCCTGAGCCTGATCTAACTTATGGCACAAGCCCGCATTCAGACAGATCTTTTCTC
ACTATTCTTCTTCAAGACCACATCGGTGGGCTTCAGGTTAATCAAAATGGTCACTGGGTC
GATGTTCCCCCTGTTCCTGGAGCTCTTCTCGTCAACCTCGGAGATCTCTTACAGCTTATA
ACTAACGACAAGTTTTTGAGCGTGGAGCATAGAGTTTTGGCTAACAGAGGTGAAGAGCCT
CGCATTTCTGTCGCCTCTTTCTTTGTGCATCCTTTACCAAGTTTTAGAGTATATGGACCA
ATCCAAGAGCTTTTGTCTGAACAAAATCCTCCCGAGTACAAAGACACCACCGTCACTGAG
TATTCAAAAAAATATCGCTAAAGGACTTGACGGTAAATCTGTGTTGCTTCAGTTCAAGAT
CTGATAAAAACTGTTTTCTAACGGTTTTTTTCACTTGATTTCTCTGTATCTTATAAAATA
AGTTTATTGCACAATCAAACAAATAAAGTATGTTGTAGTCTGAGGCTATTACACAAATAG
TT

QA 6 727 6 727
DS 



AS 1 2

CO CL5683Contig1 1186 2 2 U
GCACCCAGTGTCAAACACTTTCCAGTAGAGAAATGCTTATCTTCTTCTTCAATCTTATTG
GGCCACATTTTCTACCTTTCTCCTTTTCATCGCCTAACCTCTCTGTCTCTCTACCACAAG
TCATCTTCTTCCTCTCTCTCTCGAATCTTGTTCCTTTGCTCCTCTTTCGTCCTTGGCCTT
GGTGTGGTCATTCTTGAAGTCGGTGTTTAATATCGTTTTTCTTTGATCGGGTGAGATCTA
ATTGTAGTATGTGGTTATAGTTTCAGCCTGTTTCATGTGATTACGATTTTAGGTTTTATA
TTATTAGGAGGGGTTTTTGAGATAATTAGGGTTTTTTGAGGTGTTATGATGAAGAGAGGG
AAAGAAGAGGAGGAGAAGATATCAGTAGAACCCATGTTTCCTCGACTAAATGTGAAGGAT
GACAAAGGAGGAGGACCTCGAGCTCCTCCTAGAAACAAGATGGCTCTCTATGAGCACCTT
TCCATCCCTTCTCACACCTTTACTACTCATCATAATGCTTCCTTCCCACGTCACACCAAC
TCTTTCTTTCCTCCTCCTCCTCGACCATTTAACCAGCCTTGTGGCGTGGAAAGAAACTTG
ACTTCCCAGCATCTTGATTCTTCAGCTTCTGGCCATGTAACCCAATTGTCTCTCATGGAA
AATGTGTCAACTTTACCACATCAAAGGAAAAAAACGGTACGAGAGGATGATGATTTTGCG
GTTCCAGTATATACTACTAATAGTCAGTGTCCTGGTAGAACCAAGAGTGAAAAACGCACC
ACACTGTTTAGAGACCAGGCCAAGGGCGGTGGCTTTGCTAACTCTTTAGGTTCATCAGCT
ACACATGGGATGGAACTTGAAATAAATGATTCCTTGAGACAAGAGTCTACAAGTACTAGG
ATGATAGACCAAGATGGTGATGAATCTAGTAGAGTGATGGAAACTGATGATGGAGTTGAA
GAATCTCATTGCAAAAGTAGAAGATACGTCTCTGTGGGGCATATAGATGAAGAGGCATGT
GATGATGATGACCTGATGGTGGATTCTTCTATATCCAGCGTATACGCCTTCTCTCCTGAT
GAAGTTGTGGGAGTATTAGGTCAAAAACGTTTCTGGAGAGCTAGGAAAGCTATTGCCAAG
GACTAGCTCTCTTTGCGGTACTTATGGTATATGTCCTTTTTTCTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G282TF U 1
AF RR3G282JQ C 422
BS 1 676 RR3G282TF
BS 677 1186 RR3G282JQ

RD RR3G282TF 676 0 0
GCACCCAGTGTCAAACACTTTCCAGTAGAGAAATGCTTATCTTCTTCTTCAATCTTATTG
GGCCACATTTTCTACCTTTCTCCTTTTCATCGCCTAACCTCTCTGTCTCTCTACCACAAG
TCATCTTCTTCCTCTCTCTCTCGAATCTTGTTCCTTTGCTCCTCTTTCGTCCTTGGCCTT
GGTGTGGTCATTCTTGAAGTCGGTGTTTAATATCGTTTTTCTTTGATCGGGTGAGATCTA
ATTGTAGTATGTGGTTATAGTTTCAGCCTGTTTCATGTGATTACGATTTTAGGTTTTATA
TTATTAGGAGGGGTTTTTGAGATAATTAGGGTTTTTTGAGGTGTTATGATGAAGAGAGGG
AAAGAAGAGGAGGAGAAGATATCAGTAGAACCCATGTTTCCTCGACTAAATGTGAAGGAT
GACAAAGGAGGAGGACCTCGAGCTCCTCCTAGAAACAAGATGGCTCTCTATGAGCACCTT
TCCATCCCTTCTCACACCTTTACTACTCATCATAATGCTTCCTTCCCACGTCACACCAAC
TCTTTCTTTCCTCCTCCTCCTCGACCATTTAACCAGCCTTGTGGCGTGGAAAGAAACTTG
ACTTCCCAGCATCTTGATTCTTCAGCTTCTGGCCATGTAACCCAATTGTCTCTCATGGAA
AATGTGTCAACTTTAC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3G282JQ 765 0 0
ACAAAGGAGGAGGACCTCGAGCTCCTCCTAGAAACAAGATGGCTCTCTATGAGCACCTTT
CCATCCCTTCTCACACCTTTACTACTCATCATAATGCTTCCTTCCCACGTCACACCAACT
CTTTCTTTCCTCCTCCTCCTCGACCATTTAACCAGCCTTGTGGCGTGGAAAGAAACTTGA
CTTCCCAGCATCTTGATTCTTCAGCTTCTGGCCATGTAACCCAATTGTCTCTCATGGAAA
ATGTGTCAACTTTACCACATCAAAGGAAAAAAACGGTACGAGAGGATGATGATTTTGCGG
TTCCAGTATATACTACTAATAGTCAGTGTCCTGGTAGAACCAAGAGTGAAAAACGCACCA
CACTGTTTAGAGACCAGGCCAAGGGCGGTGGCTTTGCTAACTCTTTAGGTTCATCAGCTA
CACATGGGATGGAACTTGAAATAAATGATTCCTTGAGACAAGAGTCTACAAGTACTAGGA
TGATAGACCAAGATGGTGATGAATCTAGTAGAGTGATGGAAACTGATGATGGAGTTGAAG
AATCTCATTGCAAAAGTAGAAGATACGTCTCTGTGGGGCATATAGATGAAGAGGCATGTG
ATGATGATGACCTGATGGTGGATTCTTCTATATCCAGCGTATACGCCTTCTCTCCTGATG
AAGTTGTGGGAGTATTAGGTCAAAAACGTTTCTGGAGAGCTAGGAAAGCTATTGCCAAGG
ACTAGCTCTCTTTGCGGTACTTATGGTATATGTCCTTTTTTCTTC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL5684Contig1 864 2 6 U
GGAAGACACTTACTGCATCAAAACCGAGCTCCAAGGCAACCCTAACGTTCATTTCTTCGG
CGTCTTCGACGGACACGGCGTGTTCGGTACGCAGTGCTCTAACTTCGTCAAGGAAAGGGT
CGTGGAGCTTTTGTCTGAAGACGCTGCTCTGCTTGAGGATCCGGAGAAGGCTTACAAGAC
TGCTTTCTTGAAGGTGAACGAAGAGTTGCACGGTAGCGAGATAGATGATTCGATGAGTGG
GACCACTGCGATCACGGTTCTCGTTGTTGGGGACAAGATTTATGTTGCTAATGTTGGGGA
CTCGAGGGCGGTGCTGGCTGTGAAAGACAGGAACAGGATCTTAGCTGAGGATTTGTCTTA
TGATCAAACGCCGTTTAGGACAGATGAATGCGAGAGGGTGAAAGGGTGTGGAGCTAGAGT
GCTGAGTGTTGATCAGGTCGAAGGGTTGAAAGATCCGAGTGTGCAGACGTGGGCTAGTGA
AGAGAACGAAGGTGGTGACCCGCCTAGGCTTTGGGTGCAGAACGGGATGTATCCGGGAAC
AGCGTTTACTAGAAGTGTTGGTGATAGTTTAGCTGAGAGCATTGGTGTTACCGCAGAGCC
TGAAGTGTCGATGGTTAAGCTTTCGCCGAATCATTTGTTCTTTGTTGTTGCGAGTGATGG
AATCTTCGAGTTTCTTCCGAGCCAAGCTGTTGTTGATATGGTGGGGAGATATGCTGATCC
GCGAGATGGATGTTCAGCAGCTGCAACGGAGTCATACAAGCTGTGGTTGCAGCATGAGAA
TAGGACAGATGATATCACAATTATCATTGTACAGATTAAAAACTTGTCTAATGAATGATG
ATGATGGCATATGATTCACATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3AW54TF U 1
AF RR3AW54JQ C 48
BS 1 821 RR3AW54TF
BS 822 822 RR3AW54JQ
BS 823 834 RR3AW54TF
BS 835 835 RR3AW54JQ
BS 836 862 RR3AW54TF
BS 863 864 RR3AW54JQ

RD RR3AW54TF 862 0 0
GGAAGACACTTACTGCATCAAAACCGAGCTCCAAGGCAACCCTAACGTTCATTTCTTCGG
CGTCTTCGACGGACACGGCGTGTTCGGTACGCAGTGCTCTAACTTCGTCAAGGAAAGGGT
CGTGGAGCTTTTGTCTGAAGACGCTGCTCTGCTTGAGGATCCGGAGAAGGCTTACAAGAC
TGCTTTCTTGAAGGTGAACGAAGAGTTGCACGGTAGCGAGATAGATGATTCGATGAGTGG
GACCACTGCGATCACGGTTCTCGTTGTTGGGGACAAGATTTATGTTGCTAATGTTGGGGA
CTCGAGGGCGGTGCTGGCTGTGAAAGACAGGAACAGGATCTTAGCTGAGGATTTGTCTTA
TGATCAAACGCCGTTTAGGACAGATGAATGCGAGAGGGTGAAAGGGTGTGGAGCTAGAGT
GCTGAGTGTTGATCAGGTCGAAGGGTTGAAAGATCCGAGTGTGCAGACGTGGGCTAGTGA
AGAGAACGAAGGTGGTGACCCGCCTAGGCTTTGGGTGCAGAACGGGATGTATCCGGGAAC
AGCGTTTACTAGAAGTGTTGGTGATAGTTTAGCTGAGAGCATTGGTGTTACCGCAGAGCC
TGAAGTGTCGATGGTTAAGCTTTCGCCGAATCATTTGTTCTTTGTTGTTGCGAGTGATGG
AATCTTCGAGTTTCTTCCGAGCCAAGCTGTTGTTGATATGGTGGGGAGATATGCTGATCC
GCGAGATGGATGTTCAGCAGCTGCAACGGAGTCATACAAGCTGTGGTTGCAGCATGAGAA
TAGGACAGATGATATCACAATTATCATTGTACAGATTAAAA*CTTGTCTAATGA*TGATG
ATGATGGCATATGATTCACATT

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR3AW54JQ 817 0 0
TTCATTTCTTCGGCGTCTTCGACGGACACGGCGTGTTCGGTACGCAGTGCTCTAACTTCG
TCAAGGAAAGGGTCGTGGAGCTTTTGTCTGAAGACGCTGCTCTGCTTGAGGATCCGGAGA
AGGCTTACAAGACTGCTTTCTTGAAGGTGAACGAAGAGTTGCACGGTAGCGAGATAGATG
ATTCGATGAGTGGGACCACTGCGATCACGGTTCTCGTTGTTGGGGACAAGATTTATGTTG
CTAATGTTGGGGACTCGAGGGCGGTGCTGGCTGTGAAAGACAGGAACAGGATCTTAGCTG
AGGATTTGTCTTATGATCAAACGCCGTTTAGGACAGATGAATGCGAGAGGGTGAAAGGGT
GTGGAGCTAGAGTGCTGAGTGTTGATCAGGTCGAAGGGTTGAAAGATCCGAGTGTGCAGA
CGTGGGCTAGTGAAGAGAACGAAGGTGGTGACCCGCCTAGGCTTTGGGTGCAGAACGGGA
TGTATCCGGGAACAGCGTTTACTAGAAGTGTTGGTGATAGTTTAGCTGAGAGCATTGGTG
TTACCGCAGAGCCTGAAGTGTCGATGGTTAAGCTTTCGCCGAATCATTTGTTCTTTGTTG
TTGCGAGTGATGGAATCTTCGAGTTTCTTCCGAGCCAAGCTGTTGTTGATATGGTGGGGA
GATATGCTGATCCGCGAGATGGATGTTCAGCAGCTGCAACGGAGTCATACAAGCTGTGGT
TGCAGCATGAGAATAGGACAGATGATATCACAATTATCATTGTACAGATTAAAAACTTGT
CTAATGAATGATGATGATGGCATATGATTCACATTCC

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

CO CL5685Contig1 279 2 2 U
AAAATAGTGGTTCAGCTAGGAACGAACCAGCAGGCCATATGGGTCTGGGTGGCGCCAAGC
GGGAAGTGGTCCCTGCTCTGTGAAACCAGCCTGACCCATTACCCTCCACCTTTAGCAACC
ACCCGATTCGAGCCTTCCCTCAAACCAAATAGCTAACTCTCAGCTTGGACTGGGCAGCAC
AAAAACATGCCACGCTAAATCCGACCCGTGGACCGAACCAGTGTTCCACTATCTTATTGT
CCCCACATGGGTCACAAGCTCTCGTTACTTAGCTCGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GQ15TF C 1
AF RR3GQ15JQ U 52
BS 1 51 RR3GQ15TF
BS 52 279 RR3GQ15JQ

RD RR3GQ15TF 279 0 0
AAAATAGTGGTTCAGCTAGGAACGAACCAGCAGGCCATATGGGTCTGGGTGGCGCCGAGC
GGGAAGTGGTCGCTGCTCTGTGAAACCAGCCTGACGCATTACCCTCCACCTTTAGCAACC
ACCCGATTCGAGCCTTCGCTCAAACCAGATAGCTAACTCTCAGCTTGGACTGGGCAGCAC
AGAAACATGCCACGCTAGATCCGACCCGTGGACCGAACCAGTGTTCCACTATCTTATTGT
CCCCACATGGGTCACAAGCTCTCGTTACTTAGCTCGACC

QA 1 279 1 279
DS 

RD RR3GQ15JQ 228 0 0
GCGCCAAGCGGGAAGTGGTCCCTGCTCTGTGAAACCAGCCTGACCCATTACCCTCCACCT
TTAGCAACCACCCGATTCGAGCCTTCCCTCAAACCAAATAGCTAACTCTCAGCTTGGACT
GGGCAGCACAAAAACATGCCACGCTAAATCCGACCCGTGGACCGAACCAGTGTTCCACTA
TCTTATTGTCCCCACATGGGTCACAAGCTCTCGTTACTTAGCTCGACC

QA 1 228 1 228
DS 



AS 1 2

CO CL5686Contig1 1110 2 2 U
GGAGAAGATTCTGTTATTATAGGCTTCTCAGATAGATCGATTCCTAACCTCTCTTCGTTT
ACAAGTTTTTGTCTTTCTGTTTTTTCTCGGTGGGATCTTTTCTCGGCGGTGGATGGCGAT
GAAGCTGAGACAGTCGCAGCGATTTCAGACGAGGAGATGGTCGACGTTAATGCTGGTTCT
GATGATGCTGTTCATGTTAACGATCGTTCTCTTGATGCTTTTGTCTTTTGGGGTTTTCTC
TCTTCCTATTGATACCTTCGACGAAGCTTCTCCGACGGATCTCTCTTCTTTCCGACGAGC
TGCAACTGAGAGAAGTGAGGGAATTGGGAAGAGAGGAGATCAATGGACTGAGATTCTTTC
TTGGGAACCCAGAGCTTTCCTCTACCACAGTTTCTTGTCGAAGGAAGAATGTGAATATTT
AATCAGTCTTGCTAAACCACATATGGTGAAGTCAACTGTTGTTGATAGCCAAACCGGCAA
GAGCAAAGATAGCAGGGTGAGAACAAGCTCAGGGACTTTCCTTAGGAGAGGAAGGGACAA
AGTCATTAAGACCATTGAGAAGAGAATTGCTGATTACACCTTTATTCAGCAGATCATGGA
GAAAGACTTCAGGTTCTTCATTACGAAGAAGGGCAAAAGTATGAACCACACTATGATTAC
TTTGTTGATGAGTTCAACACTAAGAATGGGGGTCAACGGATGGCTACAATGCTCATGTAT
CTGTCGGATGTTGAAGAAGGCGGTGAAACTGTGTTCCCTGCTGCCAATATGAATTTTAGT
TCTGTACCATGGTACAATGAGCTCTCTGAGTGTGGGAAAAAGGGACTCTCCGTTAAGCCG
AGAATGGGTGATGCATTGCTCTTCTGGAGCATGAGGCCTGATGCTACACTTGATCCCTCA
AGCTTGCATGGTGGATGCCCTGTGATTAAAGGGAACAAATGGTCATCTACCAAATGGATG
CATGTCGGCGAGTACAAAGTCTAGTCTGTTTGATTGCTGGACAATTTACTGATTCCTAGA
TGAACCAAGAATTGTAGAGAGGTTTTCTTGTCCCTGCGGCTCAGTGTATTTTGTCATCAC
CATTCTTTGTTTTGATGGGATTCAGAGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GM92TF U 1
AF RR3GM92JQ C 339
BS 1 609 RR3GM92TF
BS 610 1110 RR3GM92JQ

RD RR3GM92TF 609 0 0
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ACAAGTTTTTGTCTTTCTGTTTTTTCTCGGTGGGATCTTTTCTCGGCGGTGGATGGCGAT
GAAGCTGAGACAGTCGCAGCGATTTCAGACGAGGAGATGGTCGACGTTAATGCTGGTTCT
GATGATGCTGTTCATGTTAACGATCGTTCTCTTGATGCTTTTGTCTTTTGGGGTTTTCTC
TCTTCCTATTGATACCTTCGACGAAGCTTCTCCGACGGATCTCTCTTCTTTCCGACGAGC
TGCAACTGAGAGAAGTGAGGGAATTGGGAAGAGAGGAGATCAATGGACTGAGATTCTTTC
TTGGGAACCCAGAGCTTTCCTCTACCACAGTTTCTTGTCGAAGGAAGAATGTGAATATTT
AATCAGTCTTGCTAAACCACATATGGTGAAGTCAACTGTTGTTGATAGCCAAACCGGCAA
GAGCAAAGATAGCAGGGTGAGAACAAGCTCAGGGACTTTCCTTAGGAGAGGAAGGGACAA
AGTCATTAAGACCATTGAGAAGAGAATTGCTGATTACACCTTTATTCAGCAGATCATGGA
GAAAGACTT

QA 1 609 1 609
DS 

RD RR3GM92JQ 772 0 0
ATCAATGGACTGAGAT*CTTTCTTGGGAACCCAGAGCTTTCCTCTACCACAGTTTCTTGT
CGAAGGAAGAATGTGAATATTTAATCAGTCTTGCTAAACCACATATGGTGAAGTCAACTG
TTGTTGATAGCCAAACCGGCAAGAGCAAAGATAGCAGGGTGAGAACAAGCTCAGGGACTT
TCCTTAGGAGAGGAAGGGACAAAGTCATTAAGACCATTGAGAAGAGAATTGCTGATTACA
CCTTTATTCAGCAGATCATGGAGAAGGACTTCAGGTTCTTCATTACGAAGAAGGGCAAAA
GTATGAACCACACTATGATTACTTTGTTGATGAGTTCAACACTAAGAATGGGGGTCAACG
GATGGCTACAATGCTCATGTATCTGTCGGATGTTGAAGAAGGCGGTGAAACTGTGTTCCC
TGCTGCCAATATGAATTTTAGTTCTGTACCATGGTACAATGAGCTCTCTGAGTGTGGGAA
AAAGGGACTCTCCGTTAAGCCGAGAATGGGTGATGCATTGCTCTTCTGGAGCATGAGGCC
TGATGCTACACTTGATCCCTCAAGCTTGCATGGTGGATGCCCTGTGATTAAAGGGAACAA
ATGGTCATCTACCAAATGGATGCATGTCGGCGAGTACAAAGTCTAGTCTGTTTGATTGCT
GGACAATTTACTGATTCCTAGATGAACCAAGAATTGTAGAGAGGTTTTCTTGTCCCTGCG
GCTCAGTGTATTTTGTCATCACCATTCTTTGTTTTGATGGGATTCAGAGGTT

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL5687Contig1 657 2 1 U
GGACTTGTTTAACATCCCTTTGACCATAATCAAAACTACTTCAGATCTGCAAGGGCTTTC
TCTCGCCAGTCTCTGTCGCGTATTCTCCGGCGTCGTTTTCATGATCTGACTTTGGTCTCT
TCTTCTCCCCCTCTCTTTTTTTTGTTCTTTCTTTTACTTGGTCTACTTCTGAACATGCCA
CGCCCTTTCTTCCACAAGCTGATTTTCTCATCCACTATCCAAGAAAAACGTCTGAGAGTT
CCAGATAAGTTTGCGAGTAAATTCAAGGACGAGCTATCGGTTGCAGTTGCACTCACAGTA
CCAGACGGTCATGTTTGGCGTGTAGGACTCAGGAAAGCTGACAACAACAAAATCTGGTTT
CAAGATGGTTGGCAAGAGTTCGTCGACCGTTACTCTATCCGCATTGGCTATCTTTTGGTC
TTTAGATACGAAGGCAACTCTGCCTTCAGCGTCTACATTTACAACTTATCACACTCCGAG
ATCAACTACCATTCCTCCGGTCTCATGGACACTCCACGCAACCACCTCAAACGCGCCCGT
TTGTTTGAAGACCTTGAAGACGAAGACGCCGCCGCCGCCGAGCTTGTTGTTTACTCTTCT
TCTTCTTCGGTGTATCCACCGTCATCACATCATCCTGGAGTTACTGTAGCCGCTAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CL70TF U 99
AF RR3GI58TF U 1
BS 1 657 RR3GI58TF

RD RR3CL70TF 271 0 0
TCATGATCTGACTTTGGTCTCTTCTTCTCCCCCTCTCTTTTTTTTGT*CTTTCTTTTACT
TGGTCTACTTCTGAACATGCCACGCCCTTTCTTCCACAAGCTGATTTTCTCATCCACTAT
CCAAGAAAAACGTCTGAGAGTTCCAGATAAGTTTGCGAGTAAATTCAAGGACGAGCTATC
GGTTGCAGTTGCACTCACAGTACCAGACGGTCATGTTTGGCGTGTAGGACTCAGGAAAGC
TGACAACAACAAAATCTGGTT*CAAGATGGT

QA 1 271 1 271
DS 

RD RR3GI58TF 657 0 0
GGACTTGTTTAACATCCCTTTGACCATAATCAAAACTACTTCAGATCTGCAAGGGCTTTC
TCTCGCCAGTCTCTGTCGCGTATTCTCCGGCGTCGTTTTCATGATCTGACTTTGGTCTCT
TCTTCTCCCCCTCTCTTTTTTTTGTTCTTTCTTTTACTTGGTCTACTTCTGAACATGCCA
CGCCCTTTCTTCCACAAGCTGATTTTCTCATCCACTATCCAAGAAAAACGTCTGAGAGTT
CCAGATAAGTTTGCGAGTAAATTCAAGGACGAGCTATCGGTTGCAGTTGCACTCACAGTA
CCAGACGGTCATGTTTGGCGTGTAGGACTCAGGAAAGCTGACAACAACAAAATCTGGTTT
CAAGATGGTTGGCAAGAGTTCGTCGACCGTTACTCTATCCGCATTGGCTATCTTTTGGTC
TTTAGATACGAAGGCAACTCTGCCTTCAGCGTCTACATTTACAACTTATCACACTCCGAG
ATCAACTACCATTCCTCCGGTCTCATGGACACTCCACGCAACCACCTCAAACGCGCCCGT
TTGTTTGAAGACCTTGAAGACGAAGACGCCGCCGCCGCCGAGCTTGTTGTTTACTCTTCT
TCTTCTTCGGTGTATCCACCGTCATCACATCATCCTGGAGTTACTGTAGCCGCTAAT

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

CO CL5688Contig1 1059 2 2 U
GGAAAAGCATTAAGAAGGAAGCATGAGTTGGTTACCTGAGGAGGAATTCAAAGGTCTTTC
AGACAGTTTCTTTGATGATATCATCAACCATATCAACTTTCCACTCGAAGACACCACCAC
CGGCGGCGAGGGAGGAGAAGATTGGGACTCCAAGTTTCAACACCTCGAGCCTCCTCCCAT
GGATTTGTTTACTACTTTCCCCTCTGAGTTCACATCCTCCAGACATCAAAGTCTCTAAGC
AATTCCAGTCTTCAAGCCCTGTGTCAGTACTCGAGAGCAGTGACGCTTCTTTCTCTCCAC
AGAACATAATATCTCAGAGTTTGACTTTCCCTGTGAAAGGCATGAGAAGCAAGCGCAAGC
GGCGCCCCACAACACATAGATTCAGATATCTTCACCCGTTCGAACCAAGTAAGCTCGAGA
CGACTTACTACCCTCCCGAGCAACATGCCAAGAAGAAACGCAAGACCAGCAGCCTCCACA
CAGAGGCGAGTAGCTATGATGGGATAGTGAGGAAATGCACTCATTGCGAGACCACCAAGA
CTCCTCAGTGGAGGGAAGGGCCCGATGGACCGAAGACCCTATGCAATGCTTGCGGGGTCA
GGTTCAGGTCTGGCCGTCTGGTTCCGGAATACAGACCAGCCTCGAGCCCGACCTTCATTC
CATCTCTGCATTCGAACTCACACAGGAAGATCATAGAGATGAGGAGAAAGGAAAGTGATG
AGTTCGACACCAGCATGATTCACTCGGTGATATCCGGAGCATAAAGACAAGAAGTTTGGA
AACTAATGATCCTCAGAAATGGGAAGTCACTGCAAGAAGAGAGATGGTATAAAAAAAAGG
TAGAGGTTAGTGAGTATTATAAAATCTTATGAAGAGAGTATTAGGGGGGTTTAGTTTAGG
TCTATTACATAGAGTGGCGTCTTATTATGTGTGTTTTTATGTTGTCTGTCTCTCCCATTT
TGCAAGCAATATGTTTGCAGAAGAATGTATTGGTCTTTCTTTGGTTTAGCTCTTTTGAAT
AACATTTATTCTTTTATTCTTCAGTGTTATACCTTCATC


BQ
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AF RR3E659TF U 1
AF RR3E659JQ C 336
BS 1 597 RR3E659TF
BS 598 1059 RR3E659JQ

RD RR3E659TF 597 0 0
GGAAAAGCATTAAGAAGGAAGCATGAGTTGGTTACCTGAGGAGGAATTCAAAGGTCTTTC
AGACAGTTTCTTTGATGATATCATCAACCATATCAACTTTCCACTCGAAGACACCACCAC
CGGCGGCGAGGGAGGAGAAGATTGGGACTCCAAGTTTCAACACCTCGAGCCTCCTCCCAT
GGATTTGTTTACTACTTTCCCCTCTGAGTTCACATCCTCCAGACATCAAAGTCTCTAAGC
AATTCCAGTCTTCAAGCCCTGTGTCAGTACTCGAGAGCAGTGACGCTTCTTTCTCTCCAC
AGAACATAATATCTCAGAGTTTGACTTTCCCTGTGAAAGGCATGAGAAGCAAGCGCAAGC
GGCGCCCCACAACACATAGATTCAGATATCTTCACCCGTTCGAACCAAGTAAGCTCGAGA
CGACTTACTACCCTCCCGAGCAACATGCCAAGAAGAAACGCAAGACCAGCAGCCTCCACA
CAGAGGCGAGTAGCTATGATGGGATAGTGAGGAAATGCACTCATTGCGAGACCACCAAGA
CTCCTCAGTGGAGGGAAGGGCCCGATGGACCGAAGACCCTATGCAATGCTTGCGGGG

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3E659JQ 724 0 0
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CCGTTCGAACCAAGTAAGCTCGAGACGACTTACTACCCTCCCGAGCAACATGCCAAGAAG
AAACGCAAGACCAGCAGCCTCCACACAGAGGCGAGTAGCTATGATGGGATAGTGAGGAAA
TGCACTCATTGCGAGACCACCAAGACTCCTCAGTGGAGGGAAGGGCCCGATGGACCGAAG
ACCCTATGCAATGCTTGCGGGGTCAGGTTCAGGTCTGGCCGTCTGGTTCCGGAATACAGA
CCAGCCTCGAGCCCGACCTTCATTCCATCTCTGCATTCGAACTCACACAGGAAGATCATA
GAGATGAGGAGAAAGGAAAGTGATGAGTTCGACACCAGCATGATTCACTCGGTGATATCC
GGAGCATAAAGACAAGAAGTTTGGAAACTAATGATCCTCAGAAATGGGAAGTCACTGCAA
GAAGAGAGATGGTATAAAAAAAAGGTAGAGGTTAGTGAGTATTATAAAATCTTATGAAGA
GAGTATTAGGGGGGTTTAGTTTAGGTCTATTACATAGAGTGGCGTCTTATTATGTGTGTT
TTTATGTTGTCTGTCTCTCCCATTTTGCAAGCAATATGTTTGCAGAAGAATGTATTGGTC
TTTCTTTGGTTTAGCTCTTTTGAATAACATTTATTCTTTTATTCTTCAGTGTTATACCTT
CATC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL5689Contig1 262 2 1 U
GAGGATTCATATCTTGGGTGCTTTTACTAATATTAAGGTTGCGAGGAGCTCTCTTTGCAG
TCTTATTATGGGTTCCCCTGCTGGCAAGGTTTACTCCAAGCTTAGAAACGTCTCTGCTAG
ATTATCTGAATAGTGTTTCTGATGATAATCTCGTTTTTTTGTGGGAATGTTTACTTGAGT
TTTGTTTGAGCTGTCATCACTTGTATTGGCATCAAAAATACAATCCTTTTCATGAGTTTT
CTAAATTATACAATCTCTTCCT


BQ
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AF RR3ET16JQ C 1
AF RR3ET16TF U 1
BS 1 262 RR3ET16TF

RD RR3ET16JQ 262 0 0
GAGGATTCATATCTTGGGTGCTTTTACTAATATTAAGGTTGCGAGGAGCTCTCTTTGCAG
TCTTATTATGGGTTCCCCTGCTGGCAAGGTTTACTCCAAGCTTAGAAACGTCTCTGCTAG
ATTATCTGAATAGTGTTTCTGATGATAATCTCGTTTTTTTGTGGGAATGTTTACTTGAGT
TTTGTTTGAGCTGTCATCACTTGTATTGGCATCAAAAATACAATCCTTTTCATGAGTTTT
CTAAATTATACAATCTCTTCCT

QA 1 262 1 262
DS 

RD RR3ET16TF 262 0 0
GAGGATTCATATCTTGGGTGCTTTTACTAATATTAAGGTTGCGAGGAGCTCTCTTTGCAG
TCTTATTATGGGTTCCCCTGCTGGCAAGGTTTACTCCAAGCTTAGAAACGTCTCTGCTAG
ATTATCTGAATAGTGTTTCTGATGATAATCTCGTTTTTTTGTGGGAATGTTTACTTGAGT
TTTGTTTGAGCTGTCATCACTTGTATTGGCATCAAAAATACAATCCTTTTCATGAGTTTT
CTAAATTATACAATCTCTTCCT

QA 1 262 1 262
DS 



AS 1 2

CO CL5690Contig1 707 2 2 U
GAGAGATACTTGGTAGGCCGTGTAGGTCCAGTGGACCACCGGTCTTACCGCTGCATCGTG
AGGTATGGATACCGTGACGTCCATCAAGATGTTGACTCGTTCGAAACAGAGCTAGTGACC
AAGCTTGCGGACTTCATACGTTACGACAGGCACAAGAGAACGCAAGAGGAGGAGGAGGAC
ACAGGTCTGTCAAACGAGTCGAGACTGGCTGTCATAGGAACCGTGGCTTACGAGATAGAA
GAGAATCTGCAACCAGAGAGCGTCTCTATAGGTTTCACCACCGTAGAGAGCATGGAAGAG
GTCATAGAAAGAGCCACCACCATAAGACGTGTTAGGTTTGCGGTGGAAGAAGAGAGTACA
TCATCATCATCATCACCGTCGGGAGAAGCAGAGGCGGAGCTGAGGAGTGAGCTGAGGGAT
CTAGTGGCGGCTCAGGAGGCTGGGACGGCGTTTATATTGGGACACTCGCATGTGAAAGCG
AAGCAAGGGTCGTCTGTGATGAAGAGGTTGGCGGTTAATTTCGGTTATAATTTCTTGAGG
AGGAACTGTAGAGGACCTGACGTGGCGTTCAAGGTACCTCCTGTTTCTCTTTTAGAAGTC
GGCATGGTTTATGTTGTTTGAATTAAAAAAAAAAACATGTATAAACAAAAAAAAAACTAA
TTTGTTTTGTTGTAAATTGGTGAAGTTTAGCTTCTTGTTTCTGTGTT


BQ
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AF RR3AM49TF U 1
AF RR3AM49JQ C 350
BS 1 611 RR3AM49TF
BS 612 707 RR3AM49JQ

RD RR3AM49TF 611 0 0
GAGAGATACTTGGTAGGCCGTGTAGGTCCAGTGGACCACCGGTCTTACCGCTGCATCGTG
AGGTATGGATACCGTGACGTCCATCAAGATGTTGACTCGTTCGAAACAGAGCTAGTGACC
AAGCTTGCGGACTTCATACGTTACGACAGGCACAAGAGAACGCAAGAGGAGGAGGAGGAC
ACAGGTCTGTCAAACGAGTCGAGACTGGCTGTCATAGGAACCGTGGCTTACGAGATAGAA
GAGAATCTGCAACCAGAGAGCGTCTCTATAGGTTTCACCACCGTAGAGAGCATGGAAGAG
GTCATAGAAAGAGCCACCACCATAAGACGTGTTAGGTTTGCGGTGGAAGAAGAGAGTACA
TCATCATCATCATCACCGTCGGGAGAAGCAGAGGCGGAGCTGAGGAGTGAGCTGAGGGAT
CTAGTGGCGGCTCAGGAGGCTGGGACGGCGTTTATATTGGGACACTCGCATGTGAAAGCG
AAGCAAGGGTCGTCTGTGATGAAGAGGTTGGCGGTTAATTTCGGTTATAATTTCTTGAGG
AGGAACTGTAGAGGACCTGACGTGGCGTTCAAGGTACCTCCTGTTTCTCTTTTAGAAGTC
GGCATGGTTTA

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3AM49JQ 358 0 0
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AGCTGAGGGATCTAGTGGCGGCTCAGGAGGCTGGGACGGCGTTTATATTGGGACACTCGC
ATGTGAAAGCGAAGCAAGGGTCGTCTGTGATGAAGAGGTTGGCGGTTAATTTCGGTTATA
ATTTCTTGAGGAGGAACTGTAGAGGACCTGACGTGGCGTTCAAGGTACCTCCTGTTTCTC
TTTTAGAAGTCGGCATGGTTTATGTTGTTTGAATTAAAAAAAAAAACATGTATAAACAAA
AAAAAAACTAATTTGTTTTGTTGTAAATTGGTGAAGTTTAGCTTCTTGTTTCTGTGTT

QA 1 358 1 358
DS 



AS 1 2

CO CL5691Contig1 265 2 1 U
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ATCTTGTTTCTCACCAAAAGCTTGTGGGTTGCATGTGTTGCTGCCTTGGAGCACTAAGCA
TAGGATTTGTGGCGTCAAAAACGCATTTTCTCCCACTTCTCAAATCAACTTGCAACCCAA
GTTTATTACTAAAGATAACTAGTTGAAGCAAAGTTGTTGTTGGTAAGAATATATTATTGT
GACAGTGTGGTGGTTAATAACACTC


BQ
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AF RR3C561JQ C 1
AF RR3C561TF U 1
BS 1 265 RR3C561TF

RD RR3C561JQ 265 0 0
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ATCTTGTTTCTCACCAAAAGCTTGTGGGTTGCATGTGTTGCTGCCTTGGAGCACTAAGCA
TAGGATTTGTGGCGTCAAAAACGCATTTTCTCCCACTTCTCAAATCAACTTGCAACCCAA
GTTTATTACTAAAGATAACTAGTTGAAGCAAAGTTGTTGTTGGTAAGAATATATTATTGT
GACAGTGTGGTGGTTAATAACACTC

QA 1 265 1 265
DS 

RD RR3C561TF 265 0 0
GTCAGCGGCAAGCCAAAGGAGGAAGAATAAACTCGCTTATCTGAGTACAACGGTGAGGCA
ATCTTGTTTCTCACCAAAAGCTTGTGGGTTGCATGTGTTGCTGCCTTGGAGCACTAAGCA
TAGGATTTGTGGCGTCAAAAACGCATTTTCTCCCACTTCTCAAATCAACTTGCAACCCAA
GTTTATTACTAAAGATAACTAGTTGAAGCAAAGTTGTTGTTGGTAAGAATATATTATTGT
GACAGTGTGGTGGTTAATAACACTC

QA 1 265 1 265
DS 



AS 1 2

CO CL5692Contig1 842 2 2 U
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TCCTCTTATCTCTCCTCTTTGCTCTATCCAATGCCTCAGTTCAAGACTTCTGTGTGGCCA
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CCTCGGACTTCGTCTTCGGCTTAGGCACTCCCGGTAACACCACCAACATCATCAGCGCTG
CGGTCACGCCGGGCTTCGTCGCTCAGTTCCCAGCTCTCAACGGTCTAGGCATCTCCACGG
CTAGGCTTGACCTAGCACCCAAAGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGTGCCTCTG
AGGTTCTCTTCGTCCTCGACGGCTCAATCACCGCCGGGTTCATCTCCTCCGCCAACTCTG
TCTACGTGCAGACGCTAAAACCGGGACAGGTCATGGTGTTCCCGCAGGGCTTGCTTCATT
TCCAGATCAATGCCGGTAAAACAGCTGCTGCAGCGTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAGTC
CTGGTCTCCAGATTCTTGACTTTGCCCCTTTCGCCAACAGTCTTTCCACTGAACTCGTCT
CGGCTACTACTTTCCTTGAGCCTAAAGTAATCAAGACGCTTAAGGGTGTTCTTGGTGGAA
CTGGATAAAGAATAAAAAAGGACTTAGGAACAACAATGCCTGTTTGTTTTTTCTTTTCCC
TTTGATGGATTCTTCTTGTCTTTGTCTGTTTTGTAATTCTTCAAAAAAACCTGTCAACAT
GGTTACATTGTAATGTGAGCTTTTCATTTCATATCCTTAAAGTTGGTCAGACCGTTTATA
TT


BQ
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10 10 

AF RR3FM19TF U 1
AF RR3FM19JQ C 369
BS 1 638 RR3FM19TF
BS 639 842 RR3FM19JQ

RD RR3FM19TF 638 0 0
GGAGAGCAAAAAAAACTTACACCAACCAACCAATCAATCAAAAAATGTTGTGCATTATCT
TCCTCTTATCTCTCCTCTTTGCTCTATCCAATGCCTCAGTTCAAGACTTCTGTGTGGCCA
ACCTGAAACGCGCTGAGACCCCAGCTGGCTACCCTTGCATTCGCCCCATCCATGTCAAAG
CCTCGGACTTCGTCTTCGGCTTAGGCACTCCCGGTAACACCACCAACATCATCAGCGCTG
CGGTCACGCCGGGCTTCGTCGCTCAGTTCCCAGCTCTCAACGGTCTAGGCATCTCCACGG
CTAGGCTTGACCTAGCACCCAAAGGTGTGATCCCAATGCACACTCACCCTGGTGCCTCTG
AGGTTCTCTTCGTCCTCGACGGCTCAATCACCGCCGGGTTCATCTCCTCCGCCAACTCTG
TCTACGTGCAGACGCTAAAACCGGGACAGGTCATGGTGTTCCCGCAGGGCTTGCTTCATT
TCCAGATCAATGCCGGTAAAACAGCTGCTGCAGCGTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAGTC
CTGGTCTCCAGATTCTTGACTTTGCCCCTTTCGCCAACAGTCTTTCCACTGAACTCGTCT
CGGCTACTACTTTCCTTGAGCCTAAAGTAATCAAGACG

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3FM19JQ 474 0 0
TTCGTCCTCGACGGCTCAATCACCGCCGGGTTCATCTCCTCCGCCAACTCTGTTTACGTG
CAGACGCTAAAACCGGGACAGGTCATGGTGTTCCCGCAGGGCTTGCTTCATTTCCAGATC
AATGCCGGTAAAACAGCTGCTGCAGCGTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAGTCCTGGTCTC
CAGATTCTTGACTTTGCCCCTTTCGCCAACAGTCTTTCCACTGAACTCGTCTCGGCTACT
ACTTTCCTTGAGCCTAAAGTAATCAAGACGCTTAAGGGTGTTCTTGGTGGAACTGGATAA
AGAATAAAAAAGGACTTAGGAACAACAATGCCTGTTTGTTTTTTCTTTTCCCTTTGATGG
ATTCTTCTTGTCTTTGTCTGTTTTGTAATTCTTCAAAAAAACCTGTCAACATGGTTACAT
TGTAATGTGAGCTTTTCATTTCATATCCTTAAAGTTGGTCAGACCGTTTATATT

QA 1 474 1 474
DS 



AS 1 2

CO CL5693Contig1 871 2 10 U
GGAGAATTTTAGTCTTTAGGGATGGTAAAACGGATATAACTATAAATTTAGACAATAATG
GATCATATGTACTGTATCAGGACCTGTTCACGGCAGGCACAGATACAAGCTCTAGTACCG
TTGAGTGGGCAATGGCAGAGTTACTTAGTAACCCTAAAACGATGGAGAAAGCTCAGGCGG
AGATTGATCATGTGATAGGCCAAAAATGTATTGTTCAAGAGTCTGATATATCAGAATTGC
CATATCTACAAGCGGTTGTGAAGGAAACTTTCCGGTTGCATCCGCCTGCTCCGCTACTAG
TCCCTAGAAAAGCAGAATCCGATGTGAAGGTTCTTGGGTACATGGTCCGTAAAGATACTC
AAGTTTTGATAAATGTGTGGGCCATAGGACGAGACCCGAGCGTATGGGAAAATCCGAGCC
AATTCGAGCCAGAAAGGTTTCTGGAGAAAGAAATTGATGTGAAAGGTAGAGATTATGAAC
TTACACCGTTTGGAGGCGGACGAAGAATTTGTCCGGGATTGCCTTTGGCTGTGAAAACTG
TGAATCTCATGCTTGCTTCCCTTCGTCATTCCTTTGACTGGAAGCTTCCAAAGAGAATCA
ACCTTGGGGACTTGGACATGGACGAGACCTTTGGTCTCACATTGCATAAGACCAACCCGT
TACATGCCATTCCCATCAAGAAGCGCCCCCATAATTAGCTATTGTGGTGGTATACGTGTG
TTTAGTATGTACGAATATAGTTTCACAAATCGAATAATTTTGGACCTTATGCTTTTAAAT
AAACACAAAAGATCGCAACTACTCTCGATTGTATAATTTACTTTCCTTGGCTAAGTATCC
ATATGAACCGTATCAATATTTTCAGTGGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS11TF U 1
AF RR3EN09JQ C 292
BS 1 326 RR3FS11TF
BS 327 327 RR3EN09JQ
BS 328 421 RR3FS11TF
BS 422 422 RR3EN09JQ
BS 423 444 RR3FS11TF
BS 445 445 RR3EN09JQ
BS 446 502 RR3FS11TF
BS 503 503 RR3EN09JQ
BS 504 593 RR3FS11TF
BS 594 871 RR3EN09JQ

RD RR3FS11TF 593 0 0
GGAGAATTTTAGTCTTTAGGGATGGTAAAACGGATATAACTATAAATTTAGACAATAATG
GATCATATGTACTGTATCAGGACCTGTTCACGGCAGGCACAGATACAAGCTCTAGTACCG
TTGAGTGGGCAATGGCAGAGTTACTTAGTAACCCTAAAACGATGGAGAAAGCTCAGGCGG
AGATTGATCATGTGATAGGCCAAAAATGTATTGTTCAAGAGTCTGATATATCAGAATTGC
CATATCTACAAGCGGTTGTGAAGGAAACTTTCCGGTTGCATCCGCCTGCTCCGCTACTAG
TCCCTAGAAAAGCAGAATCCGATGTGGAGGTTCTTGGGTACATGGTCCGTAAAGATACTC
AAGTTTTGATAAATGTGTGGGCCATAGGACGAGACCCGAGCGTATGGGAAAATCCGAGCC
AGTTCGAGCCAGAAAGGTTTCTGGGGAAAGAAATTGATGTGAAAGGTAGAGATTATGAAC
TTACACCGTTTGGAGGCGGACGGAGAATTTGTCCGGGATTGCCTTTGGCTGTGAAAACTG
TGAATCTCATGCTTGCTTCCCTTCGTCATTCCTTTGACTGGAAGCTTCCAAAG

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3EN09JQ 580 0 0
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AAGATACTCAAGTTTTGATAAATGTGTGGGCCATAGGACGAGACCCGAGCGTGTGGGAAA
ATCCGAGCCAATTCGAGCCAGAAAGGTTTTTGGAGAAAGAAATTGATGTGAAAGGTAGAG
ATTATGAACTTACACCGTTTGGAGGCGGACGAAGAATTTGTCCGGGATTGCCTTTGGCTG
TGAAGACTGTGAATCTCATGCTTGCTTCCCTTCTTTATTCCTTTGACTGGAAGCTTCCAA
AGAGAATCAACCTTGGGGACTTGGACATGGACGAGACCTTTGGTCTCACATTGCATAAGA
CCAACCCGTTACATGCCATTCCCATCAAGAAGCGCCCCCATAATTAGCTATTGTGGTGGT
ATACGTGTGTTTAGTATGTACGAATATAGTTTCACAAATCGAATAATTTTGGACCTTATG
CTTTTAAATAAACACAAAAGATCGCAACTACTCTCGATTGTATAATTTACTTTCCTTGGC
TAAGTATCCATATGAACCGTATCAATATTTTCAGTGGATT

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 2

CO CL5694Contig1 895 2 2 U
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TTAATCACCGTCATGATTCCAACGCCTGTGATCCTCCCCGACGAGCCCCGCCGCGTCTCC
GTCGCTTCTGTCACCATCTTGGTCTCTCGGAACGTAGACCTGTTCATGATGTTCAAGGTA
CGTCACAGTATTTGAATACCAACGGTACCGATTCGGAAACTGAAGGCAACAGCTTTGGAA
ACCTAGAGAGGCTTCCCGGAGCTGTTCTTCTCGCGAGGGAAAGACTTTTCGAAAGATTGA
GAGGCGTTTCTTTGTCTAGTAACAGTCGAAGCAACAGAGTTTGAGTGATAATCAGATTGA
GTCCTCGTTCTATGGAGAACCAGAAGGGATTCACGTGTCCCATGAATGCAACAAGAAACC
ATTAGGTCTCTCACAAGGTGCCATTAATGGTTTAAACCGGCAGACTTTTAGCTCAGCCGA
GGTTAGAACCGAGAGGAGTGATTGTAGTATATGTTTAGAGAGTTTCACTAACGGCGACGT
GCTTATATCCTTACCATGTACCCATAGCTTCCATTACTCGTGCTTAAACCCTTGGCTTAA
GGCTTGTGGAGATTGCCCTTATTGCCGTAGAGCCATAGCTAAGGATAGAGTGACATGTAA
ATAGGAACCTTTTCCTGACCATACCCACACGTATTTTCTGTTCTTGCTCTAGACAGGTCT
TTCAGTTTTGTTGTGCATTTGAACGTTTTTTTTTCTGTCACATGTTTGTTCTTGTAACGG
TTTTTGTGTGCCATTGTGAGTCTTTTTAGTTTCTCTTTATAATGTCTTGTTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D118TF U 1
AF RR3D118JQ C 378
BS 1 659 RR3D118TF
BS 660 895 RR3D118JQ

RD RR3D118TF 659 0 0
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TTAATCACCGTCATGATTCCAACGCCTGTGATCCTCCCCGACGAGCCCCGCCGCGTCTCC
GTCGCTTCTGTCACCATCTTGGTCTCTCGGAACGTAGACCTGTTCATGATGTTCAAGGTA
CGTCACAGTATTTGAATACCAACGGTACCGATTCGGAAACTGAAGGCAACAGCTTTGGAA
ACCTAGAGAGGCTTCCCGGAGCTGTTCTTCTCGCGAGGGAAAGACTTTTCGAAAGATTGA
GAGGCGTTTCTTTGTCTAGTAACAGTCGAAGCAACAGAGTTTGAGTGATAATCAGATTGA
GTCCTCGTTCTATGGAGAACCAGAAGGGATTCACGTGTCCCATGAATGCAACAAGAAACC
ATTAGGTCTCTCACAAGGTGCCATTAATGGTTTAAACCGGCAGACTTTTAGCTCAGCCGA
GGTTAGAACCGAGAGGAGTGATTGTAGTATATGTTTAGAGAGTTTCACTAACGGCGACGT
GCTTATATCCTTACCATGTACCCATAGCTTCCATTACTCGTGCTTAAACCCTTGGCTTA

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3D118JQ 518 0 0
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AACCAGAAGGGATTCACGTGTCCCATGAATGCAACAAGAAACCATTAGGTTTCTCACAAG
GTGCCATTAATGGTTTAAACCGGCAGACTTTTAGTTCAGCCGAGGTTAGAACCGAGAGGA
GTGATTGTAGTATATGTTTAGAGAGTTTCACTAACGGGGACGTGCTTATATCCTTACCAT
GTACCCATAGCTTCCATTACTCGTGCTTAAACCCTTGGCTTAAGGCTTGTGGAGATTGCC
CTTATTGCCGTAGAGCCATAGCTAAGGATAGAGTGACATGTAAATAGGAACCTTTTCCTG
ACCATACCCACACGTATTTTCTGTTCTTGCTCTAGACAGGTCTTTCAGTTTTGTTGTGCA
TTTGAACGTTTTTTTTTCTGTCACATGTTTGTTCTTGTAACGGTTTTTGTGTGCCATTGT
GAGTCTTTTTAGTTTCTCTTTATAATGTCTTGTTGGTT

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 2

CO CL5695Contig1 640 2 3 U
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ACCGTGAAGGGGTACTGTGAAACCGCTACACAAATGTGCTTTTGCATATATTGGAACGAT
ATGCAAACATTATTTTACTTAAATAATACTTCTGGAAGCTTACGTGGCTGTGTTCTAGTT
ACTACTTATATATATGTATAACTACATCACATAGATGAGGAGCCAGAAAAGTGGCTCTGC
GGGTGAGTAATATCCTGAGGAGCAACAACAACTGAACCATTGAGAAAACCAGAGTACCAA
GAAGCAGAAAGCTTTGGTGACCTCTCGAGACCAGGATCACTGAAATTCACGTAGTACAAT
CCAAAGCTGAGCTTGTAGCCAGCAACTAGCTCGTACAAGTCAATCATCGACCATAAAAAG
TAACCTCTCGTGTCCGATCCATTCCTGATGGCGTTTAACATGGCACCAATACTAGATTGA
ATGTATTCAACTCTTTCTGTGTCTTGTAGCGTGGAACTGTGATTCGTAGCTAAACCATTT
TCAAGAATGTAGATAGGAGGATTGTTATAGCTCTGTTTCAGATAATCCAAAACACCTTCA
AACCCCCATGGAATAGATTGATTCCCAATGGGGATAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H247JQ U 88
AF RR3H247TF C 1
BS 1 87 RR3H247TF
BS 88 365 RR3H247JQ
BS 366 640 RR3H247TF

RD RR3H247JQ 278 0 0
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ACTTCTGGAAGCTTACGTGGCTGTGTTCTAGTTACTACTTATATATATGTATAACTACAT
CACATAGATGAGGAGCCAGAAAAGTGGCTCTGCGGGTGAGTAATATCCTGAGGAGCAACA
ACAACTGAACCATTGAGAAAACCAGAGTACCAAGAAGCAGAAAGCTTTGGTGACCTCTCG
AGACCAGGATCACTGAAATTCACGTAGTACAATCCAAA

QA 1 278 1 278
DS 

RD RR3H247TF 640 0 0
ATCATTCAAAAGGAATAGAAAAATACAATTGCGCAGCCAGGATATCGAACACTGGTCAGT
ACCGTGAAGGGGTACTGTGAAACCGCTACACAGATGTGCTTTTGCATATATTGGAACGAT
ATGCAAACATTATTTTACTTAAATAATACTTCTGGAAGCTTACGTGGCTGTGTTCTAGTT
ACTACTTATATATATGTATAACTACATCACATAGATGAGGAGCCAGAGAAGTGGCTCTGC
GGGTGAGTAATATCCTGAGGAGCAACAACAACTGAACCATTGAGAAAACCAGAGTACCAA
GAAGCAGAGAGCTTTGGTGACCTCTCGAGACCAGGATCACTGAAATTCACGTAGTACAAT
CCAAAGCTGAGCTTGTAGCCAGCAACTAGCTCGTACAAGTCAATCATCGACCATAAAAAG
TAACCTCTCGTGTCCGATCCATTCCTGATGGCGTTTAACATGGCACCAATACTAGATTGA
ATGTATTCAACTCTTTCTGTGTCTTGTAGCGTGGAACTGTGATTCGTAGCTAAACCATTT
TCAAGAATGTAGATAGGAGGATTGTTATAGCTCTGTTTCAGATAATCCAAAACACCTTCA
AACCCCCATGGAATAGATTGATTCCCAATGGGGATAGTCC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL5696Contig1 1005 2 2 U
GCGAGTTCAGCTATTCATGGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCAAATCCCCCATGGATTCCT
CCTCAGAGTGCCCCAATACATAATCCAACGAGAGCATCAGAGCTTTCTCCTTGGTCTTTA
TTTCCTAGCATTGAATCTCAAACTGCTAGTCATGGTGCATCTCTTCCCTTGATGCCCACA
GGTCCTTCTCTATCCTCAAATGAGGCTGCAATGCCATCTAGTTCTAATAGCCGGAGCCAT
CGCTCACGGCAAAGAAGATCAGGGTTGTTATCTGAGAGACAGAATGAGCTTCTCCACTTG
CGTCACTTAGGGAGGAGCTTAGCTGCTGACAGTGATGGAAGGAATCACCTTATCTCTGAG
ATACGTCAGGTGTTGTCCGCCATGAGAAGAGGAGAAAGTTTACGTATTGAGGATTACATG
GTGTTGGATCCACTTATCTTCCAGGGTATGACTGAAATGCACGATAGGCATAGGGAAATG
CGCCTTGATGTTGACAACATGTCGTACGAGGAGCTATTGGCACTTGGGGAACGCATAGGG
GATGTGAGCACTGGACTAAGCGAAGATGTCATTCTGAAAACAATGAAACAGCACAAATGT
ACATCTTCTTCTCCTGAGTTGCATCAGTACATGGAGCCTTGCTGTATTTGTCAGGAAGAA
TATGCAGAAGGTGATGATCTTGGGACCTTGGAATGTGGCCATGAGTTCCACAAGGACTGT
ATCAAGCAATGGGTCATGCTCAAGAATCTCTGCCCCATATGTAAGACGGTGGCATTAACA
ACGTGATGGTATACTATCTTGACTACCATCCCGGCTTCCATTCATCATCCTTGTGATGCC
AAAAGTAAAACAAAAAAAAGAAAAAAATCTTAAAGAACTGTTCTATCTATCCCTATCCCT
ATCTCATATCAAATATTTTAATTGTTATGCTTGCTCGTTATGTCACTGTTAAAAGAACAT
TATGACAAAATTCATAACATATCCATGGAGAAAGAATAATTCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H769TF U 1
AF RR3H769JQ C 456
BS 1 650 RR3H769TF
BS 651 1005 RR3H769JQ

RD RR3H769TF 650 0 0
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TTTCCTAGCATTGAATCTCAAACTGCTAGTCATGGTGCATCTCTTCCCTTGATGCCCACA
GGTCCTTCTCTATCCTCAAATGAGGCTGCAATGCCATCTAGTTCTAATAGCCGGAGCCAT
CGCTCACGGCAAAGAAGATCAGGGTTGTTATCTGAGAGACAGAATGAGCTTCTCCACTTG
CGTCACTTAGGGAGGAGCTTAGCTGCTGACAGTGATGGAAGGAATCACCTTATCTCTGAG
ATACGTCAGGTGTTGTCCGCCATGAGAAGAGGAGAAAGTTTACGTATTGAGGATTACATG
GTGTTGGATCCACTTATCTTCCAGGGTATGACTGAAATGCACGATAGGCATAGGGAAATG
CGCCTTGATGTTGACAACATGTCGTACGAGGAGCTATTGGCACTTGGGGAACGCATAGGG
GATGTGAGCACTGGACTAAGCGAAGATGTCATTCTGAAAACAATGAAACAGCACAAATGT
ACATCTTCTTCTCCTGAGTTGCATCAGTACATGGAGCCTTGCTGTATTTG

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3H769JQ 550 0 0
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ATTGGCACTTGGGGAACGCATAGGGGATGTGAGCACTGGACTAAGCGAAGATGTCATTCT
GAAAACAATGAAACAGCACAAATGTACATCTTCTTCTCCTGAGTTGCATCAGTACATGGA
GCCTTGCTGTATTTGTCAGGAAGAATATGCAGAAGGTGATGATCTTGGGACCTTGGAATG
TGGCCATGAGTTCCACAAGGACTGTATCAAGCAATGGGTCATGCTCAAGAATCTCTGCCC
CATATGTAAGACGGTGGCATTAACAACGTGATGGTATACTATCTTGACTACCATCCCGGC
TTCCATTCATCATCCTTGTGATGCCAAAAGTAAAACAAAAAAAAGAAAAAAATCTTAAAG
AACTGTTCTATCTATCCCTATCCCTATCTCATATCAAATATTTTAATTGTTATGCTTGCT
CGTTATGTCACTGTTAAAAGAACATTATGACAAAATTCATAACATATCCATGGAGAAAGA
ATAATTCACT

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 2

CO CL5697Contig1 266 2 1 U
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GTCATCTTGATATGTAACAAGAAAACCTATTAATTTGACAACAAATTTTATGTTGATTAC
AAAGTTATATTAGCTTCAGTTTCTCG


BQ
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AF RR3C759JQ C 1
AF RR3C759TF U 1
BS 1 266 RR3C759TF

RD RR3C759JQ 266 0 0
GGGGGAAGTATGTGAATGCGAGAGGATACGCCGTTGTCAAGACTTATACGGGTGGCAGTG
GGAACACACAGCAGCCTCACCAGTTCACGGATGGGCTTGAGACTGTTCTGGAGTGCACCG
TTTATCTTTCTTACTAGTTTTTTTCTTTTTCTTGTTTTCTTTGTGTTCTTTTTCATCTTT
GTCATCTTGATATGTAACAAGAAAACCTATTAATTTGACAACAAATTTTATGTTGATTAC
AAAGTTATATTAGCTTCAGTTTCTCG

QA 1 266 1 266
DS 

RD RR3C759TF 266 0 0
GGGGGAAGTATGTGAATGCGAGAGGATACGCCGTTGTCAAGACTTATACGGGTGGCAGTG
GGAACACACAGCAGCCTCACCAGTTCACGGATGGGCTTGAGACTGTTCTGGAGTGCACCG
TTTATCTTTCTTACTAGTTTTTTTCTTTTTCTTGTTTTCTTTGTGTTCTTTTTCATCTTT
GTCATCTTGATATGTAACAAGAAAACCTATTAATTTGACAACAAATTTTATGTTGATTAC
AAAGTTATATTAGCTTCAGTTTCTCG

QA 1 266 1 266
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5699Contig1 1354 2 2 U
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GCCGACGGGGAAGACATTCAACCGCTTGTTTGTGACAATGGAACTGGAATGGTTAAGGCC
GGATTCGCAGGTGATGATGCACCAAGAGCGGTCTTCCCGAGCATTGTTGGCCGTCCTCGT
CACACGGGTGTTATGGTTGGGATGGGACAAAAAGATGCTTATGTTGGAGACGAGGCTCAA
GTACCCTATTGAGCATGGTATCGTCAACAATTGGGACGACATGGAGAAAATTTGGCATCA
CACTTTCTATAACGAGCTTCGTGTTGCCCCTGAAGAACATCCGGTTCTCTTAACCGAAGC
TCCACTTAATCCCAAGGCTAACCGTGAGAAGATGACTCAGATCATGTTTGAAACATTCAA
CACTCCTGCTATGTATGTTGCCATTCAAGCTGTTTTGTCACTCTATGCTAGTGGCCGTAC
AACTGGTATTGTATTGGACTCTGGAGATGGTGTGAGCCACACTGTACCGATCTACGAGGG
TTATGCTCTCCCACACGCAATCCTACGTCTTGATCTAGCGGGGCGTGACCTCACGGACTA
CCTCATGAAAATTCTAACAGAGCGCGGTTACTCTCTCACCACAACTGCTGAGCGTGAAAT
CGTTAGGGACATGAAAGAGAAGCTTTCCTACATTGCTCTAGACTACGAACAAGAGCTAGA
AACTTCTAATACAAGTTCTTCCGTAGAAAAAAGCTTCGAGCTTCCTGATGGACAAGTGAT
AACCATTGGTGCAGAGCGGTTCAGGTGTCCAGAAGTTCTGTTTCAGCCATCAATGATCGG
GATGGAAAACCCAGGAATCCATGAAACCACATATAACTCTATCATGAAATGTGATGTGGA
TATTAGAAAAGATTTGTATGGCAACATTGTGCTAAGTGGTGGAACCACAATGTTTGGTGG
CATTGGTGATAGAATGAGCAAAGAGATTACGGCTTTGGCTCCAAGTAGTATGAAGATTAA
GGTCGTGGCTCCGCCTGAGAGGAAGTACAGTGTTTGGATCGGTGGTTCTATATTGGCTTC
ACTTAGTACTTTCCAGCAGATGTGGATTGCAAAGGCAGAATATGATGAATCAGGACCATC
AATTGTGCATAGGAAGTGCTTCTAATCACACTTCATAAAAGCACCAAAGGAAGATTGGAG
TAAAAGATAAAAACACATTTGAGCTTCTTTTTTACAGCCTACTACCAATTGCCGGTTTTT
TTATTCACATTTCTTCACCCAAATTGTTCTTTGTAATTTTGATTTGAAGCAACTGAACTC
AAAGAAAAAAAATCAATTTCTTCATTAAATGATT


BQ
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AF RR3AT19TF U 1
AF RR3AT19JQ C 480
BS 1 749 RR3AT19TF
BS 750 1354 RR3AT19JQ

RD RR3AT19TF 749 0 0
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CACACGGGTGTTATGGTTGGGATGGGACAAAAAGATGCTTATGTTGGAGACGAGGCTCAA
GTACCCTATTGAGCATGGTATCGTCAACAATTGGGACGACATGGAGAAAATTTGGCATCA
CACTTTCTATAACGAGCTTCGTGTTGCCCCTGAAGAACATCCGGTTCTCTTAACCGAAGC
TCCACTTAATCCCAAGGCTAACCGTGAGAAGATGACTCAGATCATGTTTGAAACATTCAA
CACTCCTGCTATGTATGTTGCCATTCAAGCTGTTTTGTCACTCTATGCTAGTGGCCGTAC
AACTGGTATTGTATTGGACTCTGGAGATGGTGTGAGCCACACTGTACCGATCTACGAGGG
TTATGCTCTCCCACACGCAATCCTACGTCTTGATCTAGCGGGGCGTGACCTCACGGACTA
CCTCATGAAAATTCTAACAGAGCGCGGTTACTCTCTCACCACAACTGCTGAGCGTGAAAT
CGTTAGGGACATGAAAGAGAAGCTTTCCTACATTGCTCTAGACTACGAACAAGAGCTAGA
AACTTCTAATACAAGTTCTTCCGTAGAAA

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3AT19JQ 875 0 0
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GTTATGCTCTCCCACACGCAATC*TACGTCTTGATCTAGCGGGGCGTGACCTCACGGACT
ACCTCATGAAAATTCTAACAGAGCGCGGTTACTCTCTCACCACAACTGCTGAGCGTGAAA
TCGTTAGGGACATGAAAGAGAAGCTTTCCTACATTGCTCTAGACTACGAACAAGAGCTAG
AAACTTCTAATACAAGTTCTTCCGTAGAAAAAAGCTTCGAGCTTCCTGATGGACAAGTGA
TAACCATTGGTGCAGAGCGGTTCAGGTGTCCAGAAGTTCTGTTTCAGCCATCAATGATCG
GGATGGAAAACCCAGGAATCCATGAAACCACATATAACTCTATCATGAAATGTGATGTGG
ATATTAGAAAAGATTTGTATGGCAACATTGTGCTAAGTGGTGGAACCACAATGTTTGGTG
GCATTGGTGATAGAATGAGCAAAGAGATTACGGCTTTGGCTCCAAGTAGTATGAAGATTA
AGGTCGTGGCTCCGCCTGAGAGGAAGTACAGTGTTTGGATCGGTGGTTCTATATTGGCTT
CACTTAGTACTTTCCAGCAGATGTGGATTGCAAAGGCAGAATATGATGAATCAGGACCAT
CAATTGTGCATAGGAAGTGCTTCTAATCACACTTCATAAAAGCACCAAAGGAAGATTGGA
GTAAAAGATAAAAACACATTTGAGCTTCTTTTTTACAGCCTACTACCAATTGCCGGTTTT
TTTATTCACATTTCTTCACCCAAATTGTTCTTTGTAATTTTGATTTGAAGCAACTGAACT
CAAAGAAAAAAAATCAATTTCTTCATTAAATGATT

QA 1 875 1 875
DS 



AS 1 2

CO CL5700Contig1 1159 2 6 U
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GGATGACGAGCAATTGAGAAAATATTTCAGCTCGAATTGGCAGTTTGGCAGCACCATCTA
TATCAAAATCCGAGGGCTAATCCTGAGTTCAACATGTCAGCAAAAGTTGTACAAAGTCTT
GAAATTCTTAACGTCAACAGCAGGAGGAAAAAATGTCAATGATAGTGCATGATGAAGATG
GTCAACTCTAAATACATTGTAAAAGAGCAGATAAGGCTGTTATCAGCACGATATATTTTG
GAAGAGCAACATCAGAGGGAACTCTCACAATGCCTCCAATAAATTGTTGGTGGGATTCTC
ACATTCCAGCTCAAGCTTTCTGAGTTCAACTTCTCTTCCAAACATCAGTCCTTTACAGTC
TCACTTTTTTAAGACGCCCACAAGCTTCAACCACTACCAAATTTTGCACATCAGGTTAGT
TCTATCACAACTTAGAAAAAGTATCTGTGTTTTTAATATGGGCTTCACCTGTAGGTGTGA
AATGTTTGATGACGATGTGGTAATATATGAAAAACCGTATTCATATACTCTTAATGGATA
TGGCTGCTGCACTATTTTTTTGTCTAATCAGCTCCCTTCTGACTGAGTAGCTGTGTATAA
TTCTATGGAAGACGTTGATCAATCATGAAGTACTCCATGACTGGTTATTGTTCTTAAGAA
TAAAACAGTTGTTGATAGTGTAGACAGTAGGGATTGTTCCAATGCAATGCGTAGATATAT
TGAAGCTCAGCATGTGACACAAGTGTTCTCTTTACTGGAGCTCAGCATGTCACATAAAAG
CTCACTAATGACGTCAAGAATAGTGTTTCAGGCAACAAAACCCGATGCTTTTTTGGTCAA
AATGTAGAAAGTAACACGTTGACTGTATCTCCGCTACATGGCACACAACGACTGATAACT
TTAAAAACAATTTTTGAGATGATGACCTGCTGCAAATTATAAAGATCCAACAGCATTCAT
CGTTAACTATTCTCTTATTAATTATGCGGTCCAGTTGATATTATCAGACCTACATCTTAT
TTGGGCTTTGTCTTTCTTTTGGTTTGTTTTTTTTACCGCACTTTTGGTTTGTTTTTTACT
AAAATTAAGACTTTGGTCT


BQ
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AF RR3DM07TF U 1
AF RR3DM07JQ C 430
BS 1 534 RR3DM07TF
BS 535 535 RR3DM07JQ
BS 536 669 RR3DM07TF
BS 670 670 RR3DM07JQ
BS 671 703 RR3DM07TF
BS 704 1159 RR3DM07JQ

RD RR3DM07TF 703 0 0
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GGATGACGAGCAATTGAGAAAATATTTCAGCTCGAATTGGCAGTTTGGCAGCACCATCTA
TATCAAAATCCGAGGGCTAATCCTGAGTTCAACATGTCAGCAAAAGTTGTACAAAGTCTT
GAAATTCTTAACGTCAACAGCAGGAGGAAAAAATGTCAATGATAGTGCATGATGAAGATG
GTCAACTCTAAATACATTGTAAAAGAGCAGATAAGGCTGTTATCAGCACGATATATTTTG
GAAGAGCAACATCAGAGGGAACTCTCACAATGCCTCCAATAAATTGTTGGTGGGATTCTC
ACATTCCAGCTCAAGCTTTCTGAGTTCAACTTCTCTTCCAAACATCAGTCCTTTACAGTC
TCACTTTTTTAAGACGCCCACAAGCTTCAACCACTACCAAATTTTGCACATCAGGTTAGT
TCTATCACAACTTAGAAAAAGTATCTGTGTTTTTAATATGGGCTTCACCTGTAG*TGTGA
AATGTTTGATGACGATGTGGTAATATATGAAAAACCGTATTCATATACTCTTAATGGATA
TGGCTGCTGCACTATTTTTTTGTCTAATCAGCTCCCTTCTGACTGAGTAGCTGTGTATAA
TTCTATGGA*GACGTTGATCAATCATGAAGTACTCCATGACTG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3DM07JQ 730 0 0
TAAGACGCCCACAAGCTTCAACCACTACCAAATTTTGCACATCAGGTTAGTTCTATCACA
ACTTAGAAAAAGTATCTGTGTTTTTAATATGGGCTTCACCTGTAGGTGTGAAATGTTTGA
TGACGATGTGGTAATATATGAAAAACCGTATTCATATACTCTTAATGGATATGGCTGCTG
CACTATTTTTTTGTCTAATCAGCTCCCTTCTGACTGAGTAGCTGTGTATAATTCTATGGA
AGACGTTGATCAATCATGAAGTACTCCATGACTGGTTATTGTTCTTAAGAATAAAACAGT
TGTTGATAGTGTAGACAGTAGGGATTGTTCCAATGCAATGCGTAGATATATTGAAGCTCA
GCATGTGACACAAGTGTTCTCTTTACTGGAGCTCAGCATGTCACATAAAAGCTCACTAAT
GACGTCAAGAATAGTGTTTCAGGCAACAAAACCCGATGCTTTTTTGGTCAAAATGTAGAA
AGTAACACGTTGACTGTATCTCCGCTACATGGCACACAACGACTGATAACTTTAAAAACA
ATTTTTGAGATGATGACCTGCTGCAAATTATAAAGATCCAACAGCATTCATCGTTAACTA
TTCTCTTATTAATTATGCGGTCCAGTTGATATTATCAGACCTACATCTTATTTGGGCTTT
GTCTTTCTTTTGGTTTGTTTTTTTTACCGCACTTTTGGTTTGTTTTTTACTAAAATTAAG
ACTTTGGTCT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL5701Contig1 804 2 3 U
AGGTGAGAGACAAGTCAATGACCGTGAAGGATCTTAGAGCAGGGCTGATCCGTAGAAGAC
AGCTTCGGCAGGACCCGTCATGTAGATATGGTTGTCCTCCTGACTCCACTCTATCTCCAG
TGGTCCGCCCGGCAGAACAACCGTGCATTTCCTGTTGGCTCGACCTTCAAGGACTGCTGC
AACAACCAGAGCGCAGGCTCCAGTTCCACAAGCCAAAGTTGCTCCTGCTCCGCGCTCCCA
GACACGCATTTTCAAATGAGAACGTGATAAGACTTCCACAAATTCAGTGTTAGTTCGAGC
TGGAAACATTTCATGATTCTCAAACTTTGGACCAATCTCAGGCAAGTTCAATTTCATCAA
CCTTCAGATTCGGTCCACCCTTTGTACCAAATGTGATACAGTGAGGATTGCCCATACTAA
CACAAGTCACAATCCAGCTGACTCCATCAACAACTAGTTCTGCCTGAACAACAGCTTCAC
CTTTGGTCCCAGGCAACTTGGTGGGCACATCTTGTGCTTTTAGAATCGGTTCGCCCATGT
CAACCTTAACCTGTCCATCATCTTGAATCTCTGGAACAATCAGGCCAGCTCCGGTATGCA
TTGTAAAACTATGTTTCCCTTGCAAGTTCTCAAGCTGAGCAATGAACCTTGCAAAGCATC
GAACTCCATTACCACACATCTCTGGTTCACTTCCATCTGAATTGAATATCCTCATAGTGT
AATCCGTGCCATTGACTCCCGGCATTGCAAAGATCACTCCATCAGCACCAACGCCGAAGT
TTCTATCGCAGAGCTTAGCCGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B111JQ U 89
AF RR3B111TF C 1
BS 1 88 RR3B111TF
BS 89 363 RR3B111JQ
BS 364 804 RR3B111TF

RD RR3B111JQ 275 0 0
TGGTTGTCCTCCTGACTCCACTCTATCTCCAGTGGTCCGCCCGGCAGAACAACCGTGCAT
TTCCTGTTGGCTCGACCTTCAAGGACTGCTGCAACAACCAGAGCGCAGGCTCCAGTTCCA
CAAGCCAAAGTTGCTCCTGCTCCGCGCTCCCAGACACGCATTTTCAAATGAGAACGTGAT
AAGACTTCCACAAATTCAGTGTTAGTTCGAGCTGGAAACATTTCATGATTCTCAAACTTT
GGACCAATCTCAGGCAAGTTCAATTTCATCAACCT

QA 1 275 1 275
DS 

RD RR3B111TF 804 0 0
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AGCTTCGGCAGGACCCGTCATGTAGATATGGTTGTCCTCCTGACTCCACTCTATCTCCAG
TGGTCCGCCCGGCAGATCAACCGTGCATTTCCTGTTGGCTCGACCTTCAAGGACTGCTGC
AACAACCAGAGCGCAGGCTCCAGTTCCACAAGCCAAAGTTGCTCCTGCTCCGCGCTCCCA
GACACGCATTTTCAAATGAGAACGTGATAAGACTTCCACAAATTCAGTGTTAGTTCGAGC
TGGAAACATTTCATGATTCTCAAACTTTGGACCAATCTCAGGCAAGTTCAATT*CATCAA
CCTTCAGATTCGGTCCACCCTTTGTACCAAATGTGATACAGTGAGGATTGCCCATACTAA
CACAAGTCACAATCCAGCTGACTCCATCAACAACTAGTTCTGCCTGAACAACAGCTTCAC
CTTTGGTCCCAGGCAACTTGGTGGGCACATCTTGTGCTTTTAGAATCGGTTCGCCCATGT
CAACCTTAACCTGTCCATCATCTTGAATCTCTGGAACAATCAGGCCAGCTCCGGTATGCA
TTGTAAAACTATGTTTCCCTTGCAAGTTCTCAAGCTGAGCAATGAACCTTGCAAAGCATC
GAACTCCATTACCACACATCTCTGGTTCACTTCCATCTGAATTGAATATCCTCATAGTGT
AATCCGTGCCATTGACTCCCGGCATTGCAAAGATCACTCCATCAGCACCAACGCCGAAGT
TTCTATCGCAGAGCTTAGCCGCCC

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

CO CL5702Contig1 1387 2 4 U
GGGAGAATGAGAAGTCTGGAGTTAGCTTTATCGCCACCTCAGGCATATTTGATTCCTTCT
TTCAACCACTCAACCACAAAAAACGTGGGAATTGATGTCAAGACCACCTTTGACACTCAG
CTTCTCCTAAGGAGACCCAAACACCAAAACAGAACCCGTCGTCGTCCTTCAACCCCAGAT
TCCGATCGACAGACCTCAAATCCCAATTCCTCGTTGCTCGACTTGTGACATTCTCCGAAT
CATGGGCTCTCTGTCTCTACCTGGAAACGAAGATCTATACTCCTGTCTCGCCAAGGAATC
AACCAGCGAATGCGATCAACGCGGAGCTCACGAACTAACGGTTCATGTAATGAAGTCAAG
TGTGAGACCCAGAACGACGTTCCTCAACCGTCTTCTCCTGATGCACGTGTCATGTGGTCG
TCTCAATACGGCACGCCAGGTGTTCGATAGAATGCCTCACAGAGATTTTCATTCTTGGGC
TATCCTTATCCTCGGCTATGTTGAGATCGGTGATTATGAAGAAGCTGCTTTGCTCTTTGT
TTCTATGTTGGAACACCAGAATGGTGCTTCCGAGATCGCGCCTTGGATCATGGGTTGTGT
TCTCAAAGCGTCTGCTATGATCAGGGATTTGGGGGTTAGGGCAACAGGTACATGGGCTTG
TGTCAGAAGCTAGGGTTCATAGAGGAAGAAGACTCTTATCTCTCGGGTTCGTTGATACGT
TTCTACGGGGAGTTGGGATGTTTGGAAGACGCGAATCTTGTGCTGCACCAGCTCTCTAGT
GCTGACACCGTCGCTTGGGCAGCCAAGGTTAGTAATGACTACAGAGAAGGGGAGTTTGAA
GAGGTGATCCGCGGATTCATCAAAATGGGTAAGCACGGGATCAAGAAGAACGTCTCGGTG
TTCTCTAACGTTTTGAAAGCGAGCACATGGGTCAGTGACGGTGGGAGAAGCGGGGGAGGA
GTGCACGCTGATGCTATAAAGCTCGGGTTTGAGTCAGATGGTCTGATCCGATGTCGGTTA
ATTGAAATGTATGGGAAGTATGGGAATGTGAAGGATGCTGAGAAGGCTTTCATGAGTAGA
AAGGATGAGATGAGTGTTAGTTGCTGGAACGCTATGGTCACGGCTTATATGCAGAATGGG
TGTTATATTGAAGCCATCAAGCTTCTCTATCAAATGAAAGCAACTGGTATAACAGTACAG
GACACAATCTTGAGTGAAGTCAAGCTCAAAGCCCCCCTTTAGATATATAACAAACACTAG
ATAAAGAAAATGATGAGCTTGATATGTAAATATCTATATATATAAGATGATATAATTTTA
TGTGAAAGACAAATTGATTGTTAAAAAACATCAGGAGAGAAGGAAATGATTGCATTCATA
TACCGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AQ74TF U 1
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BS 808 808 RR3AQ74JQ
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BS 825 1387 RR3AQ74JQ

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CTTCTCCTAAGGAGACCCAAACACCAAAACAGAACCCGTCGTCGTCCTTCAACCCCAGAT
TCCGATCGACAGACCTCAAATCCCAATTCCTCGTTGCTCGACTTGTGACATTCTCCGAAT
CATGGGCTCTCTGTCTCTACCTGGAAACGAAGATCTATACTCCTGTCTCGCCAAGGAATC
AACCAGCGAATGCGATCAACGCGGAGCTCACGAACTAACGGTTCATGTAATGAAGTCAAG
TGTGAGACCCAGAACGACGTTCCTCAACCGTCTTCTCCTGATGCACGTGTCATGTGGTCG
TCTCAATACGGCACGCCAGGTGTTCGATAGAATGCCTCACAGAGATTTTCATTCTTGGGC
TATCCTTATCCTCGGCTATGTTGAGATCGGTGATTATGAAGAAGCTGCTTTGCTCTTTGT
TTCTATGTTGGAACACCAGAATGGTGCTTCCGAGATCGCGCCTTGGATCATGGGTTGTGT
TCTCAAAGCGTCTGCTATGATCAGGGATTTGGGGGTTAGGGCAACAGGTACATGGGCTTG
TGTCAGAAGCTAGGGTTCATAGAGGAAGAAGACTCTTATCTCTCGGGTTCGTTGATACGT
TTCTACGGGGAGTTGGGATGTTTGGAAGACGCGAATCTTGTGCTGCACCAGCTCTCTAGT
GCTGACACCGTCGCTTGGGCAGCCAAG*TTAGTAATGACTACAG

QA 1 824 1 824
DS 

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AGGTACATGG*CTTGTGTCAGAAGCTAGGGTTCATAGAGGAAGAAGACTCTTATCTCTCG
GGTTCGTTGATACGTTTCTACGGGGAGTTGGGATGTTTGGAAGACGCGAATCTTGTGCTG
CACCAGCTCTCTAGTGCTGACACCGTCGCTTGGGCAGCCAAGGTTAGTAATGACTACAGA
GAAGGGGAGTTTGAAGAGGTGATCCGCGGATTCATCAAAATGGGTAAGCACGGGATCAAG
AAGAACGTCTCGGTGTTCTCTAACGTTTTGAAAGCGAGCACATGGGTCAGTGACGGTGGG
AGAAGCGGGGGAGGAGTGCACGCTGATGCTATAAAGCTCGGGTTTGAGTCAGATGGTCTG
ATCCGATGTCGGTTAATTGAAATGTATGGGAAGTATGGGAATGTGAAGGATGCTGAGAAG
GCTTTCATGAGTAGAAAGGATGAGATGAGTGTTAGTTGCTGGAACGCTATGGTCACGGCT
TATATGCAGAATGGGTGTTATATTGAAGCCATCAAGCTTCTCTATCAAATGAAAGCAACT
GGTATAACAGTACAGGACACAATCTTGAGTGAAGTCAAGCTCAAAGCCCCCCTTTAGATA
TATAACAAACACTAGATAAAGAAAATGATGAGCTTGATATGTAAATATCTATATATATAA
GATGATATAATTTTATGTGAAAGACAAATTGATTGTTAAAAAACATCAGGAGAGAAGGAA
ATGATTGCATTCATATACCGAG

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL5703Contig1 1288 2 6 U
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AAGGCAGTGAGCAAAGAAGATAAAAGATTCTTAACTCTTTCACTTGTTGTACTCTCGACT
ATGAGGATTGTACGTTCGACGGAGAGGTTCTCGGCTGAGCTGAAGGAGTTCATGTGCGCC
GCTGTGCAGAGGAGGAGAGACGACGACGGGTTCCGAGGCTCGAGAGGTGGTGGTAAATCA
AGAAATGCGGTGGATCTTGATTCCGACGCCGGGAACAGATTGGTTTGTGTTACCGGCGGC
GTTTCATACCTTGGTCGCGCCATTGTCAAGCGTCTTCTTGTTCACGGATACTCCGTGAGA
ATCGCCGTCGATTGTCCAGAGGACAAAGAGAAAGTAAGCGAGATGGAAGCTGATGCTGAA
ACGGCGTCGTATGGCAACATGATTACATCAGTAGTGTCACGATTAACAGATACAGAGAGT
TTGATTAAAGCGTTCGAGGGTTGTGATGGCGTTTTCCACACCTCAGCATTTGTCGATCCA
GCTGGGATCTCTGGTTACTCGAAGTCAATGGCGGAATTAGAAGCAAAAGTGAGTGAAAAT
GTAATAGAAGCGTGTACAAGAACAGGGTCAGTGAGAAAATGTGTCTTCACATCATCTCTC
TTAGCATGTGCTTTGCAAGACAATTCCCTTAACGATCTTGATCACTCTATTATCAATGAA
GAAAGCTGGAGTGAGGAACCGCTCTGCGTCGATAATAAGCTTTGGTATGCACTTGGAAAA
TTGAAAGCCGAGAAAGCAGCGTGGAGAATCGCAGATTCAAAAGGATTAAAGCTTGCCACT
ATATGTCCTGCTCTTATCACTGGTCATGACTTCTTCCAACTTAACTCCACCTCAACTTTG
GCTTATCTCAAAGGAGCAAAAGATATGTATCGTAACGGATTATTGGCGACAATGGATGTG
AACCGTTTGGCTAAAGTTCACGTACGTTTATGGGAAGGTTTGGGTGGTAAAACTGCATTT
GGTAGATACATTTGTTTCGACAACATTCTCTCAAAAGATGGTGCTGAAAAGCTTGCTAAA
GATATTGGTGTTCAAATCGAAAAGATTTGCGGTAATAGCGACGATTCGGACGCAAACGCA
GAAACTTCATCTCCTCCTTAAATATCAGACAAAAAGCTTTTAGATCTTATGTCAAGAACT
CTACGAAGTTGCTATCATGAAAGTTAGCTAGAGTCGACCAAAACTAAAAGGAGCAGTTTC
AGATAGTCATGATGTAATGTTTTGCTCT


BQ
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AF RR3BX42TF U 1
AF RR3BX42JQ C 472
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RD RR3BX42TF 750 0 0
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GCTGTGCAGAGGAGGAGAGACGACGACGGGTTCCGAGGCTCGAGAGGTGGTGGTAAATCA
AGAAATGCGGTGGATCTTGATTCCGACGCCGGGAACAGATTGGTTTGTGTTACCGGCGGC
GTTTCATACCTTGGTCGCGCCATTGTCAAGCGTCTTCTTGTTCACGGATACTCCGTGAGA
ATCGCCGTCGATTGTCCAGAGGACAAAGAGAAAGTAAGCGAGATGGAAGCTGATGCTGAA
ACGGCGTCGTATGGCAACATGATTACATCAGTAGTGTCACGATTAACAGATACAGAGAGT
TTGATTAAAGCGTTCGAGGGTTGTGATGGCGTTTTCCACACCTCAGCATTTGTCGATCCA
GCTGGGATCTCTGGTTACTCGAAGTCAATGGCGGAATTAGAAGCAAAAGTGAGTGAAAAT
GTAATAGAAGCGTGTACAAGAACAGGGTCAGTGAGAAAATGTGTCTTCACATCATCTCTC
TTAGCATGTGCTTTGCAAGACA*TTCCCTTAACGATCTTGATCACTCTATTATCAATGAA
GAAAGCTGGAGTGAGGA*CCGCTCTGCGTC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3BX42JQ 817 0 0
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GATCTCTGGTTACTCGAAGTCAATGGCGGAATTAGAAGCAAAAGTGAGTGAAAATGTAAT
AGAAGCGTGTACAAGAACAGGGTCAGTGAGAAAATGTGTCTTCACATCATCTCTCTTAGC
ATGTGCTTTGCAAGACAATTCCCTTAACGATCTTGATCACTCTATTATCAATGAAGAAAG
CTGGAGTGAGGAACCGCTCTGCGTCGATAATAAGCTTTGGTATGCACTTGGAAAATTGAA
AGCCGAGAAAGCAGCGTGGAGAATCGCAGATTCAAAAGGATTAAAGCTTGCCACTATATG
TCCTGCTCTTATCACTGGTCATGACTTCTTCCAACTTAACTCCACCTCAACTTTGGCTTA
TCTCAAAGGAGCAAAAGATATGTATCGTAACGGATTATTGGCGACAATGGATGTGAACCG
TTTGGCTAAAGTTCACGTACGTTTATGGGAAGGTTTGGGTGGTAAAACTGCATTTGGTAG
ATACATTTGTTTCGACAACATTCTCTCAAAAGATGGTGCTGAAAAGCTTGCTAAAGATAT
TGGTGTTCAAATCGAAAAGATTTGCGGTAATAGCGACGATTCGGACGCAAACGCAGAAAC
TTCATCTCCTCCTTAAATATCAGACAAAAAGCTTTTAGATCTTATGTCAAGAACTCTACG
AAGTTGCTATCATGAAAGTTAGCTAGAGTCGACCAAAACTAAAAGGAGCAGTTTCAGATA
GTCATGATGTAATGTTTTGCTCT

QA 15 817 15 817
DS 



AS 1 2

CO CL5704Contig1 1214 2 6 U
GGAGGTTCGATCTCAACCTCATGGCTTTTGTCGTCTCTTCCGAATTCAAAATCCATCACC
ATCTCAAAGTCCATCTCTTTCCCGCCCCGAGTTCGAGTCTCATCGAGATCTCCGCTACCC
ACAACCCAAATCCGAGCCGGAATCCGCGAGCTACGAGAGCGAATCGATAGCGTAAAAAAC
ACTCAGAAGATCACAGAGGCGATGAAACTCGTGGCGGCGGCTAGGGTTCGCCGAGCTCAA
GAAGCCGTCATCAATTGCAGACCTTTCACCGAAACCCTCGTCGGTATCCTCCACTCCATC
AACCAGTGCGCTCAATCGGAAGACGTAGACTTCCCTTTCAGCAACGTCAGACCCGTAAAG
AGAGTCGCTTTGGTCGTCGTCACCGGTGATAAAGGCTTGTGCGGCGGTCTCAACAACGCA
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GTGGTGAGTGTAGGGAAGAAAGGGAACGCTTACTTTAGTCGAAGAGACGACGTTGAAGTT
GATAAATGTATCGAAGGAGGAGGTGTTTATCCAACGGCGAAAGAAGCTCAGGTAATCGCA
GACGATGTGTTCTCCTTGTTCGTGAGCGAGGAGGTTGATAAGGTCGAGCTCGTCTACACA
AAGTTCGTGTCTTTAGTGAAATCCGATCCTGTGATCCAAACTCTGTTACCGTTGTCTGTC
AAAGGAGAGTCTCGCGATGTTAACGGAGAGTGTGTCGACGCTATGGAGGATGAGATGTTT
AGGCTGACGAGCAAAGACGGGAAGCTCGCTGTGGAGAGGACGAAAGTTGAGGTTGTTGAG
AGACCGGAGATGATCTCGCCGTTGATGCAGTTTGAGCAAGACCCTGTTCAGATTCTCGAC
GCGATGATGCCTCTGTATTTGAACAGTCAGATTCTGAGAGCGTTGCAGGAGTCTTTGGCG
AGTGAGCTGGCCTCGAGGATGAGTGCTATGAGCAATGCGACGGATAATGCGGTTGAGTTG
AAGAAGAGTCTGACGGTTGCCTATAATCGGGAGAGGCAGGCTAAGATCACTGGGGAGTTG
CTGGAGATTGTGGCTGGAGCCGAAGCTCTTCGAGGGACTTAGTTAGGAGAAAACTATATT
TTTGTTAAAACCCCATTTGTTGTTTGTGTAACAATGTCATGAAAGAATAAAAAATCGACA
AAACACTGATACTT


BQ
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AF RR3GQ69TF U 1
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BS 1 680 RR3GQ69TF
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AAAG
AGAGTCT

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DS 

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AACTCTGTTACCGTTGTCTGTCAAAGGAGAGTCTCGCGATGTTAACGGAGAGTGTGTCGA
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AGCGTTGCAGGAGTCTTTGGCGAGTGAGCTGGCCTCGAGGATGAGTGCTATGAGCAATGC
GACGGATAATGCGGTTGAGTTGAAGAAGAGTCTGACGGTTGCCTATAATCGGGAGAGGCA
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ATGAAAGAATAAAAAATCGACAAAACACTGATACTT

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

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ATTTACAAATACATGAACCCCAATTTAATTCTTCGTACTCATCACCAGTTTCATCCACCT
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GAGCGAGTTCCCATCAGAAGCAGGAGATTCCAAGTCTCTGCTGCTAGCTCTGCTAATGGC
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AAGTGCAGTTAAGAGATGTGGTGGTTGCCTTCGGGTGCAGGGAAATATGGAGTGCCATTT
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TGGTTGCAACCACGGTTGATAAACAATCTTTGCATCACCATGACCATATTATAGCTAAAA
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ACCGTCTGAGCATGTCTACCAGCTGAAGACGCTTAGCCTTCTTTGGAAATTTTATGAATT
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CGAACGTTAGATTCAGACCTCTCCCGTTGACGAATTGAACATTTGAGAGGATGTTTAATT
CTAACATTTTTATAGCCAAATACTAAATATCCACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ95TF U 1
AF RR3CJ95JQ C 319
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BS 577 1055 RR3CJ95JQ

RD RR3CJ95TF 576 0 0
GGGTTTGTATTCAGCGTATCCTTTCGATCGGCGGTGACGATTGTGATTCCTCTGTCTTTA
ATTTACAAATACATGAACCCCAATTTAATTCTTCGTACTCATCACCAGTTTCATCCACCT
TTCAGACTCTGGCGTGAGGCGTTTTGCTCCTCGCCTTCGGATCATCTTTCTCTATGTAGT
GAGCGAGTTCCCATCAGAAGCAGGAGATTCCAAGTCTCTGCTGCTAGCTCTGCTAATGGC
GCTCCACCCAAGAGTTTTTATTACGATCTGATCATCATCGGAGCTGGTGTTGGCGGCCAC
GGAGCTGTTTACACGCCGTTGAAAAGGGACTTAAAACTGCCATCATTGAAGGAGATGCTG
TTGGAGCGAATTGCGTTAACAGAGGCTGTGTGTGCCTTCCAAAGCTTACTTGCATTAATC
TTTGCGGTCCTCACAAAATGTTTTCGACCGACTCCTATCTTAAGAAAGAAGGTGAATTCA
TGGGATCTTCCTACTGCTTCTTTATGAAAAGGAACTGTTTTCATGTAGTGAAGGTTGTGA
AAGTGCAGTTAAGAGATGTGGTGGTTGCCTTCGGGT

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3CJ95JQ 737 0 0
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ACAGAGGCTGTGTGTGCCTTCCAAAGCTTACTTGCATTAATCTTTGCGGTCCTCACAAAA
TGTTTTCGACCGACTCCTATCTTAAGAAAGAAGGTGAATTCATGGGATCTTCCTACTGCT
TCTTTATGAAAAGGAACTGTTTTCATGTAGTGAAGGTTGTGAAAGTGCAGTTAAGAGATG
TGGTGGTTGCCTTCGGGTGCAGGGAAATATGGAGTGCCATTTCTCTTCATAATATCATTT
GTAGTTCTCGGTTTATTTACGGTTATGGGTATAATAAGATATTGGTTGCAACCACGGTTG
ATAAACAATCTTTGCATCACCATGACCATATTATAGCTAAAAGAATGTTAACAAAGGATT
TCCCTGGAAGATGATGGGATTTGCATGGTCACCACGGACTTCACCGTCTGAGCATGTCTA
CCAGCTGAAGACGCTTAGCCTTCTTTGGAAATTTTATGAATTGTCATAGATGTTTCAACT
GCTCACAGGGAAATCCATCTGACCGAGTGGTGAGAAAGAACTCAAGATTTAAAACTTATG
TAGACATTTTTTAGGGATTCTTTTTGTTTGCAAAGAAATACTCGAACGTTAGATTCAGAC
CTCTCCCGTTGACGAATTGAACATTTGAGAGGATGTTTAATTCTAACATTTTTATAGCCA
AATACTAAATATCCACC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5707Contig1 717 2 3 U
GGGAGCCGAAATGGCCGGTCTCACGGCGGCGAACAAACTCTACACTCACTCCAACAGCAC
CTTCTTCGACCTCTCCGTCGTAAAATGCGGGTCCAGAATCGGCGGGAGGATCAACACCTC
CGAGTTCTCCTCCGAGAGGATCGAGATGGGTGCCACGTGGATACACGGCATCGGTGGAAG
CCCCGTTTACAGAATCGCCGAGGAGACCGGCTCTCTCGTCTCCGACGAGCCGTGGGAATG
CATGGACCCCACCGTCGATAAAGCCAGAACGTTTGCTGAAGGCGGCTTCGAGGTTGACCC
TTCTATAGTCGAACCTATCTCTGAGCTGTTCAACGCTCTCATGGAGTTGGCTCAGGGAAA
AGAGAAAGAGGAAGAGATCTCTCGAAACGACGTTGTTTCAGGATCGGGTGGTATTTACGA
GAATGCCACTAGTGTTGGGTCGTTCTTGAAGTCTGGGTTCGATGCTCACCGTAGCAATGG
TGGAGAAGGGTATTATGGGACGTGGAGCAGACGCTCGCTTGAAGAAGCCGTTTTCACGAT
GTTTAGCAACACGCAGAGGACGTACACGTCAGCAGATGATCTCACGACGCTTGACTACGC
GGCGGAGAGCGAGTACCAGATGTTTCCAGGGGAAGAGATCACTATAGCTAAAGGCTACGT
AAGCGTGATTCATCACTTGGCCTCTGTTCTTCCTCTAGGTGTGATCCAGCTGAACCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BU13TF U 1
AF RR3AH51TF U 1
BS 1 82 RR3AH51TF
BS 83 83 RR3BU13TF
BS 84 717 RR3AH51TF

RD RR3BU13TF 262 0 0
GGGAGCCGAAATGGCCGGTCTCACGGCGGCGAACAAACTCTACACTCACTCCAACAGCAC
CTTCTTCGACCTCTCCGTCGTAAAATGCGGGTCCAGAATCGGCGGGAGGATCAACACCTC
CGAGTTCTCCTCCGAGAGGATCGAGATGGGTGCCACGTGGATACACGGCATCGGTGGAAG
CCCCGTTTACAGAATCGCCGAGGAGACCGGCTCTCTCGTCTCCGACGAGCCGTGGGAATG
CATGGACCCCACCGTCGATAAA

QA 1 262 1 262
DS 

RD RR3AH51TF 717 0 0
GGGAGCCGAAATGGCCGGTCTCACGGCGGCGAACAAACTCTACACTCACTCCAACAGCAC
CTTCTTCGACCTCTCCGTCGTAGAATGCGGGTCCAGAATCGGCGGGAGGATCAACACCTC
CGAGTTCTCCTCCGAGAGGATCGAGATGGGTGCCACGTGGATACACGGCATCGGTGGAAG
CCCCGTTTACAGAATCGCCGAGGAGACCGGCTCTCTCGTCTCCGACGAGCCGTGGGAATG
CATGGACCCCACCGTCGATAAAGCCAGAACGTTTGCTGAAGGCGGCTTCGAGGTTGACCC
TTCTATAGTCGAACCTATCTCTGAGCTGTTCAACGCTCTCATGGAGTTGGCTCAGGGAAA
AGAGAAAGAGGAAGAGATCTCTCGAAACGACGTTGTTTCAGGATCGGGTGGTATTTACGA
GAATGCCACTAGTGTTGGGTCGTTCTTGAAGTCTGGGTTCGATGCTCACCGTAGCAATGG
TGGAGAAGGGTATTATGGGACGTGGAGCAGACGCTCGCTTGAAGAAGCCGTTTTCACGAT
GTTTAGCAACACGCAGAGGACGTACACGTCAGCAGATGATCTCACGACGCTTGACTACGC
GGCGGAGAGCGAGTACCAGATGTTTCCAGGGGAAGAGATCACTATAGCTAAAGGCTACGT
AAGCGTGATTCATCACTTGGCCTCTGTTCTTCCTCTAGGTGTGATCCAGCTGAACCG

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL5708Contig1 895 2 2 U
GGAGAAACGAGAGCAATGGAGTTTTACGACGAAGACAAGCCAAGAATCGTCTTCCAATCA
CGTCCTTCCTCTTCTCGCAAGACGACGGAAGAGGACGACGATCCTAAAACCCCTAACAAG
ATCTCCATCTCAATCTCCGTCGTCATCTCTCTCCTCACTCTATCACTCTCCTTCTTCAAC
TTCGAATCCGAGTCCGCCCAATCGCTCCTCTTATGGCTCGCGATCTCCTTCCTCGTCGGT
CCTTTCGCGCCTTCTTCTCTCACCGGCGGCAAAATCCGCGTCGGTTACGGTCAGATCCTG
GAGCCGGAGTAAGGAGTGGAGTGAAGAAGAGATGGAGATTCTGAAGAAGCAGCTTTTAAA
GCATCCGGCGGGGAAGCCTGGGCGGTGGGAAGCGGTTGCGTCTGCGTTTGGAGGGAAGTA
TAAGACGGAGAATGTGATCAAGAAGGCGAAAGAGATCGGTGAGAAGAAAGTGTACGAGAG
TGACGATTACGCTCAGTTTCTGAAGAACAGGAAAGCTTCTTCGGATCCTAGATTGGCTGA
AGAAGAAGACGCTGGAGATGAGGAGAGTTGGAGTAATGGAGAAGACATTGCACTGCTCAA
TGCTCTTAAAGCTTTTCCCAAAGAAGCGGCTATGAGATGGGAGAAGGTTGCAGCTGCAGT
TCCTGGCAAGTCCAAGGCTGCTTGTATGAAGAGAGTTACTGAGCTTAAGAAAGGCTTTAG
GAGCTCCAAAGCCAATTAGCCACACATAAAGCCACAAGATCCTCTCTCTTTTTACTTTCC
ATTGTAGTTGTTGTTACCTAGATGTTTTCTGAATAATTGTATGAGGCTTCGTAACCTCTC
CATTATATGTGAGTTACCTGAAATGCTGATAGTATGTTCTTGTTCTGTTCGTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E168TF U 1
AF RR3E168JQ C 186
BS 1 288 RR3E168TF
BS 289 895 RR3E168JQ

RD RR3E168TF 288 0 0
GGAGAAACGAGAGCAATGGAGTTTTACGACGAAGACAAGCCAAGAATCGTCTTCCAATCA
CGTCCTTCCTCTTCTCGCAAGACGACGGAAGAGGACGACGATCCTAAAACCCCTAACAAG
ATCTCCATCTCAATCTCCGTCGTCATCTCTCTCCTCACTCTATCACTCTCCTTCTTCAAC
TTCGAATCCGAGTCCGCCCAATCGCTCCTCTTATGGCTCGCGATCTCCTTCCTCGTCGGT
CCTTTCGCGCCTTCTTCTCTCACCGGCGGCAAAATCCGCGTCGGTTAC

QA 1 288 1 288
DS 

RD RR3E168JQ 710 0 0
ATCCGAGTCCGCCCAATCGCTCCTCTTATGGCTCGCGATCTCCTTCCTCGTCGGTCCTTT
CGCGCCTTCTTCTCTCACCGGCGGCAAAATCCGCGTCGGTTACGGTCAGATCCTGGAGCC
GGAGTAAGGAGTGGAGTGAAGAAGAGATGGAGATTCTGAAGAAGCAGCTTTTAAAGCATC
CGGCGGGGAAGCCTGGGCGGTGGGAAGCGGTTGCGTCTGCGTTTGGAGGGAAGTATAAGA
CGGAGAATGTGATCAAGAAGGCGAAAGAGATCGGTGAGAAGAAAGTGTACGAGAGTGACG
ATTACGCTCAGTTTCTGAAGAACAGGAAAGCTTCTTCGGATCCTAGATTGGCTGAAGAAG
AAGACGCTGGAGATGAGGAGAGTTGGAGTAATGGAGAAGACATTGCACTGCTCAATGCTC
TTAAAGCTTTTCCCAAAGAAGCGGCTATGAGATGGGAGAAGGTTGCAGCTGCAGTTCCTG
GCAAGTCCAAGGCTGCTTGTATGAAGAGAGTTACTGAGCTTAAGAAAGGCTTTAGGAGCT
CCAAAGCCAATTAGCCACACATAAAGCCACAAGATCCTCTCTCTTTTTACTTTCCATTGT
AGTTGTTGTTACCTAGATGTTTTCTGAATAATTGTATGAGGCTTCGTAACCTCTCCATTA
TATGTGAGTTACCTGAAATGCTGATAGTATGTTCTTGTTCTGTTCGTATC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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ATCTTCTCTCTCGACCACACCACACAACTCTCTTCTGCCTTTGCTCCGGTGTTGGCCGCG
CGTGAGCGCCACCGCCGACGCCGGAGGCTTCTCCTCCCTTACTCACTCGTCTTCCTTTTG
CTCATCCTTCCCTCACCTGCGTCCGATTCGTCTTGCTTTTAGGGTCTGGGCTAGGGTTTC
GTTGTTCTGGTGCTCGCTCTGCTCGACGACGATTCTTCTCTCTCTGGTCTCTGGGCAGAT
CTGAAATTTATATTTTGTACTCAGATTGCTCCTGGTTCGAGTCTTCTCCGTCGGCCTTGG
TTCAGCGGGTCGTCTGGCAGGCGTGATGGTGCCTCGATCTGTTCATGCTCCAGAGAGTAC
TCTCTCTCATGCTCTGGTTGCACTGATTATTTCCAAGTTTTTGTAGGTGATGAACCTCCA
GAATCTCTTTGTTTATGAAAGAATTGAAGAGACGAGGTATGACTCCTACATCGTTGCTTC
AAGACTATGAAGTTGATGTAGATGAGATCAAAACAACCGGTAAAGAAAGCTCTAAAACGA
CTGCAACTACTACTCCTCCATTCGACCAGAGTTTGTTAAAACCAGAGAGAGCGATCGTTA
GCTTTGAACAGCCAAGGGCTTGAGGTCAGATTTTGAACTCTTCTAGTGTCACATAGGCAT
TTATTAGTTCCTTCTCATCTTAACAGACGAGATTATGTTTGTTTGTTGTGACAAGGGATT
GATTCCACGTGTTAAGATCTTGCTGACGACTGGAGGGACTTTCTTCTTGGGTTTTTGGTC
CTTGATAGTCTTAACTCTTGGCGCCTTCTCCGCCCTTTACCTTTACTTTGGAGCAGATTT
CGTTCATGATGGAAGCAGGAATCCGGTTTCACCACCACCACCGTACATCGATCCATATGC
TCTGTTGGAGGATGGGAGGATATCTGGGATCAATTCTCGTCTAAATTAGCACCACCAACT
TGTTCTTTCACAAGTAGTAGTTGCTATATTGTATATTGTTTGCACTCAAGTATATTACTT
CATAAATAACCAGATCTAATGCACATAAATCATTTCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DP35TF U 1
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BS 681 1118 RR3DP35JQ

RD RR3DP35TF 680 0 0
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CGTGAGCGCCACCGCCGACGCCGGAGGCTTCTCCTCCCTTACTCACTCGTCTTCCTTTTG
CTCATCCTTCCCTCACCTGCGTCCGATTCGTCTTGCTTTTAGGGTCTGGGCTAGGGTTTC
GTTGTTCTGGTGCTCGCTCTGCTCGACGACGATTCTTCTCTCTCTGGTCTCTGGGCAGAT
CTGAAATTTATATTTTGTACTCAGATTGCTCCTGGTTCGAGTCTTCTCCGTCGGCCTTGG
TTCAGCGGGTCGTCTGGCAGGCGTGATGGTGCCTCGATCTGTTCATGCTCCAGAGAGTAC
TCTCTCTCATGCTCTGGTTGCACTGATTATTTCCAAGTTTTTGTAGGTGATGAACCTCCA
GAATCTCTTTGTTTATGAAAGAATTGAAGAGACGAGGTATGACTCCTACATCGTTGCTTC
AAGACTATGAAGTTGATGTAGATGAGATCAAAACAACCGGTAAAGAAAGCTCTAAAACGA
CTGCAACTACTACTCCTCCATTCGACCAGAGTTTGTTAAAACCAGAGAGAGCGATCGTTA
GCTTTGAACAGCCAAGGGCT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3DP35JQ 661 0 0
TTTTTGTAGGTGATGAACCTCCAGAATCTCTTTGTTTATGAAAGAATTGAAGAGACGAGG
TATGACTCCTACATCGTTGCTTCAAGACTATGAAGTTGATGTAGATGAGATCAAAACAAC
CGGTAAAGAAAGCTCTAAAACGACTGCAACTACTACTCCTCCATTCGACCAGAGTTTGTT
AAAACCAGAGAGAGCGATCGTTAGCTTTGAACAGCCAAGGGCTTGAGGTCAGATTTTGAA
CTCTTCTAGTGTCACATAGGCATTTATTAGTTCCTTCTCATCTTAACAGACGAGATTATG
TTTGTTTGTTGTGACAAGGGATTGATTCCACGTGTTAAGATCTTGCTGACGACTGGAGGG
ACTTTCTTCTTGGGTTTTTGGTCCTTGATAGTCTTAACTCTTGGCGCCTTCTCCGCCCTT
TACCTTTACTTTGGAGCAGATTTCGTTCATGATGGAAGCAGGAATCCGGTTTCACCACCA
CCACCGTACATCGATCCATATGCTCTGTTGGAGGATGGGAGGATATCTGGGATCAATTCT
CGTCTAAATTAGCACCACCAACTTGTTCTTTCACAAGTAGTAGTTGCTATATTGTATATT
GTTTGCACTCAAGTATATTACTTCATAAATAACCAGATCTAATGCACATAAATCATTTCG
T

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL5712Contig1 1346 2 6 U
GGTTATTCGATTCACCTCCCTCTCTCTCTAGTTTCCATCTGAGGAATCTATCAGACAGAC
AGAGAGAGAGGATGCCGATGATCTCCAAAGCTTCATCCACCACCAATTCATCAATTCCCT
CGTGTTCTAGGATTGGAGGTCAGCTTTGTGTGTGGCCTAGTTTGAGACATCTCTGCCTCA
GGAAAAGCTTATTATACGGAGTCATGTGGTTATTCTCCATGCCGCTCAAAACCCTCCGTG
GAGCTAGAAAAACGCTTCAGATCACCCACTTCTGTAGCATCTCCAACATGCCCTCTTCGT
TGAAAATCGAACTGGTGGCGTGTAGTAAGGACAACTATGCTTATCTTTTGCACGATGAAG
ACACCGGCACTGTTGGAGTCGTTGATCCTTGTGAGGCTGCTCCTGTTATAGAGGCGCTGA
GTAGGAAAAACTGGAACTTGACTTACATTTTGAATACTCATCATCATGATGACCGCGTGG
GTGGGAATGCTGAACTGAAAGCAAAGTATGGCGCAAAGGTGATTGGCTCAGCTCTGGATA
AGGATAGGATTCCTGGGATTGACATACTTCTGAATGATGGTGATAAGTGGATGTTTGCTG
GCCATGAGGTTCGAGTACTTGGCACTCCTGGCCACACACAAGGCCATATCAGCTTCTGCT
TCCCAGGGTCAGCCACGATATTCACAGGAGACTTGATATATAGCTTATCATGTGGTACCC
TCTCAGAAAGTACCCCTGAGCAGATGCTTTCATCATTTCAAAAGATCGTCTCTTTACCAG
ATGATACAACTATATACTGTGGTCGCGAAAACACAGCAAGCAACGTTAAGTTTGCACTAT
CAGTAGAACCAAAGAATGAAACTCTTCAGTCTTATGCAACCCGAGTTGCTCATCTTCGAA
GCCAGGGACTCCCATCGATTCCAACGACTGTGAAGGTGGAGAAAGCATGTAACCCATTCC
TCAGAACATCAAGCAAAGACATACGCAAATCTTTAAGCATTCCAGAGTCAGCAACTGATG
CGGAAGCACTGCGTCGTATACAGAGAGCCAGAGATCGTTTCTGAAACTTTGGTATCTTAT
CTTATTTGTTTGTATAGTTGGAAGTCGTCAGCAGCTTGCAAAGATCAATGTATTCGTACA
TGTTTTTGGGGTGGGGGCTTTTTCAGTTATTATTTGAATTTGTATTCAAAACAGAAAAGA
AAAATCTAAGTGTTTAGTTGGGATCCAGTTTATAAAATTATGAAGTTTTCGCCATAGTGA
CTAGGCAATATCCGTCCATATTTATCTTTCACTCGTTTGCTTGTCAATACACTTCTTTTT
GTGCTAAATTTATCAATATATACTAC


BQ
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AF RR3CY13TF U 1
AF RR3CY13JQ C 452
BS 1 608 RR3CY13TF
BS 609 609 RR3CY13JQ
BS 610 642 RR3CY13TF
BS 643 643 RR3CY13JQ
BS 644 731 RR3CY13TF
BS 732 1346 RR3CY13JQ

RD RR3CY13TF 731 0 0
GGTTATTCGATTCACCTCCCTCTCTCTCTAGTTTCCATCTGAGGAATCTATCAGACAGAC
AGAGAGAGAGGATGCCGATGATCTCCAAAGCTTCATCCACCACCAATTCATCAATTCCCT
CGTGTTCTAGGATTGGAGGTCAGCTTTGTGTGTGGCCTAGTTTGAGACATCTCTGCCTCA
GGAAAAGCTTATTATACGGAGTCATGTGGTTATTCTCCATGCCGCTCAAAACCCTCCGTG
GAGCTAGAAAAACGCTTCAGATCACCCACTTCTGTAGCATCTCCAACATGCCCTCTTCGT
TGAAAATCGAACTGGTGGCGTGTAGTAAGGACAACTATGCTTATCTTTTGCACGATGAAG
ACACCGGCACTGTTGGAGTCGTTGATCCTTGTGAGGCTGCTCCTGTTATAGAGGCGCTGA
GTAGGAAAAACTGGAACTTGACTTACATTTTGAATACTCATCATCATGATGACCGCGTGG
GTGGGAATGCTGAACTGAAAGCAAAGTATGGCGCAAAGGTGATTGGCTCAGCTCTGGATA
AGGATAGGATTCCTGGGATTGACATACTTCTGAATGATGGTGATAAGTGGATGTTTGCTG
GCCATGAG*TTCGAGTACTTGGCACTCCTGGCCACACACAAG*CCATATCAGCTTCTGCT
TCCCAGGGTCAGCCACGATATTCACAGGAGACTTGATATATAGCTTATCATGTGGTACCC
TCTCAGAAAGT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3CY13JQ 895 0 0
GAATACTCATCATCATGATGACCGCG*GGGTGGGAATGCTGAACTGAAAGCAAAGTATGG
CGCAAAGGTGATTGGCTCAGCTCTG*ATAAGGATAGGATTCCTGGGAT*GACATACTTCT
GAATGATGGTGATAAGTGGATGTTTGCTGGCCATGAGGTTCGAGTACTTGGCACTCCTGG
CCACACACAAGGCCATATCAGCTTCTGCTTCCCAGGGTCAGCCACGATATTCACAGGAGA
CTTGATATATAGCTTATCATGTGGTACCCTCTCAGAAAGTACCCCTGAGCAGATGCTTTC
ATCATTTCAAAAGATCGTCTCTTTACCAGATGATACAACTATATACTGTGGTCGCGAAAA
CACAGCAAGCAACGTTAAGTTTGCACTATCAGTAGAACCAAAGAATGAAACTCTTCAGTC
TTATGCAACCCGAGTTGCTCATCTTCGAAGCCAGGGACTCCCATCGATTCCAACGACTGT
GAAGGTGGAGAAAGCATGTAACCCATTCCTCAGAACATCAAGCAAAGACATACGCAAATC
TTTAAGCATTCCAGAGTCAGCAACTGATGCGGAAGCACTGCGTCGTATACAGAGAGCCAG
AGATCGTTTCTGAAACTTTGGTATCTTATCTTATTTGTTTGTATAGTTGGAAGTCGTCAG
CAGCTTGCAAAGATCAATGTATTCGTACATGTTTTTGGGGTGGGGGCTTTTTCAGTTATT
ATTTGAATTTGTATTCAAAACAGAAAAGAAAAATCTAAGTGTTTAGTTGGGATCCAGTTT
ATAAAATTATGAAGTTTTCGCCATAGTGACTAGGCAATATCCGTCCATATTTATCTTTCA
CTCGTTTGCTTGTCAATACACTTCTTTTTGTGCTAAATTTATCAATATATACTAC

QA 1 895 1 895
DS 



AS 1 2

CO CL5713Contig1 969 2 4 U
TTTTTTTTATCACAGAAACTTAAAGCAGAAGAAATATAATTAAAAAATAAAAATGGGAGG
CTGCTGCTTTCTCTTCTTATTCGTTGTTGTGATCCTCTTCTCCTCCTCCTCCTCAGTTGA
CGCTTGCGACCGATGTCCTCACCGCTCTAAGGCTGCTTTCTTCTCCTCCGCATCTGCCCT
ATCCTCCGGAGCTTGTTCTTATGGTTCTATGGCTACGGGTTTTTTCGCCGGTCACATCGC
CGCCGCCGTTCCTTCCATCTACAAAGACGGCGCTGGCTGCGGTGCTTGCTTTCAGGTCAG
ATGCAACAACCTCACTCTTTGCAGCACCAAAGGAACCACGGTGATGGTCACCGACCTCAA
CATGAGCAACCAGACCGATCTCGTCCTCAGCAGCAGAGCCTTCAGGGCCATGGCCAAACC
GGTTGTCGGCGCTGACACAGATCTTCTCAGACAAGGCATCGTCGACATTGAATATCACAG
AGTTCCTTGCGATTACGGAAACAAGAAAATGTTGAATGTGAGAGTTGAAGAATCAAGCAA
AAAACCATACTACTTGGCTATAAAGCTCTTGTACCAAGGAGGCCAAACCGAAGTCGTAGC
CATCGACATTGCTCAGGTTGGTTCCTCCAACTGGAGTTACATGACCCGAAGCCACGGTGC
CGTATGGGTCACTGACAAAGTACCCACCGGATCTCTTCAGTTCAGGTTCGTTGTGACAGC
TGGCTACGACGGCAAAACGCTCTGGTCTCACAAGGTTCTTCCTGCCAACTGGGAAGCCGG
CAAGACCTACGACGCCGGCGTTCAGATCACCGACATTGCTCAGGAAGGCTGTGATCCATG
CGACGATCACATCTGGAACTGACTTTGACTTACTTACTCTCCTTTTTTTCTTTCTTTCTT
TCGTAGAAGCATTCCTTATATCATCATCATGTACTATAAATAATCAAAACCATTAGCTGA
GATTCTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL39TF U 1
AF RR3EL39JQ C 279
BS 1 497 RR3EL39TF
BS 498 498 RR3EL39JQ
BS 499 544 RR3EL39TF
BS 545 969 RR3EL39JQ

RD RR3EL39TF 544 0 0
TTTTTTTTATCACAGAAACTTAAAGCAGAAGAAATATAATTAAAAAATAAAAATGGGAGG
CTGCTGCTTTCTCTTCTTATTCGTTGTTGTGATCCTCTTCTCCTCCTCCTCCTCAGTTGA
CGCTTGCGACCGATGTCCTCACCGCTCTAAGGCTGCTTTCTTCTCCTCCGCATCTGCCCT
ATCCTCCGGAGCTTGTTCTTATGGTTCTATGGCTACGGGTTTTTTCGCCGGTCACATCGC
CGCCGCCGTTCCTTCCATCTACAAAGACGGCGCTGGCTGCGGTGCTTGCTTTCAGGTCAG
ATGCAACAACCTCACTCTTTGCAGCACCAAAGGAACCACGGTGATGGTCACCGACCTCAA
CATGAGCAACCAGACCGATCTCGTCCTCAGCAGCAGAGCCTTCAGGGCCATGGCCAAACC
GGTTGTCGGCGCTGACACAGATCTTCTCAGACAAGGCATCGTCGACATTGAATATCACAG
AGTTCCTTGCGATTACG*AAACAAGAAAATGTTGAATGTGAGAGTTGAAGAATCAAGCAA
AAAA

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR3EL39JQ 691 0 0
GCGGTGCTTGCTTTCAGGTCAGATGCAACAACCTCACTCTTTGCAGCACCAAAGGAACCA
CGGTGATGGTCACCGACCTCAACATGAGCAACCAGACCGATCTCGTCCTCAGCAGCAGAG
CCTTCAGGGCCATGGCCAAACCGGTTGTCGGCGCTGACACAGATCTTTTCAGACAAGGCA
TCGTCGACATTGAATATCACAGAGTTCCTTGCGATTACGGAAACAAGAAAATGTTGAATG
TGAGAGTTGAAGAATCAAGCAAAAAACCATACTACTTGGCTATAAAGCTCTTGTACCAAG
GAGGCCAAACCGAAGTCGTAGCCATCGACATTGCTCAGGTTGGTTCCTCCAACTGGAGTT
ACATGACCCGAAGCCACGGTGCCGTATGGGTCACTGACAAAGTACCCACCGGATCTCTTC
AGTTCAGGTTCGTTGTGACAGCTGGCTACGACGGCAAAACGCTCTGGTCTCACAAGGTTC
TTCCTGCCAACTGGGAAGCCGGCAAGACCTACGACGCCGGCGTTCAGATCACCGACATTG
CTCAGGAAGGCTGTGATCCATGCGACGATCACATCTGGAACTGACTTTGACTTACTTACT
CTCCTTTTTTTCTTTCTTTCTTTCGTAGAAGCATTCCTTATATCATCATCATGTACTATA
AATAATCAAAACCATTAGCTGAGATTCTACC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL5714Contig1 830 2 2 U
GGATCACCGAAGCTGTGGTTAACATCGATAGGTTGATTGGTAGGTTGATTGATGTTGGAG
AAGAGAGGGATGTTTGAGGATGTGACTATGATTATGGTTGGTGATCATGGAATGGTTGGG
ACTTGTGATAAGAAAGTGATTGCTCTTGATGATTTAGCTCATTGGATCAATATCCCTAGC
AGCTGGGTTCATTACTACACTCCTATGCTGGTGATTAAACCTCCTAAAGGTCATGACCCA
GCTGATGTTGTGGCTAAGATGAACGAAGGATTGGGGTCTGGTAAAGTGGAGAACGGGGAG
TACTTGAAGGTTTATCTCAAAGAGGATTTATCTAGCAGGCTGCATTATGTAGAGAGTGAT
AGGATCCCGCCTATTATAGGAATGGTTGATGAAGGGTTCAAGGTTGAGCAGAAGAGGAGT
AAAGCTAAAGAATGTGGTGGAGCTCATGGGTATGATAATGCTTTCTTTTCGATGAGGACT
ATATTCATGGGGCACGGTCCTATGTTTGCGAAGGGAAGGAAAGTGCCTTCTTTTGAGAAC
GTTGAGATATATAATCTCATTAGTACGATTCTTGGACTTAAGGGTGCACCGAACAATGGT
TCTGATGGGTTCCCTTCAAACGTTTTATTGCCAAGGGGGTAAGCAGAGAGGGAGATGTAA
GTTTCATTTTTATGTCAATAAAAAGGGAGTGTAGAATTTGTTACTGCGTTTTCAAGCCGT
AACAAACTATAAACATTTATGTGCTTTGATTTATTAGACGTTTTATGCACTTTGATACGT
TTGTTGTTCTTGTGCCATTTAACAAGAAATTTTACTCAACTTATTGAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FG95TF U 1
AF RR3FG95JQ C 336
BS 1 609 RR3FG95TF
BS 610 830 RR3FG95JQ

RD RR3FG95TF 609 0 0
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AAGAGAGGGATGTTTGAGGATGTGACTATGATTATGGTTGGTGATCATGGAATGGTTGGG
ACTTGTGATAAGAAAGTGATTGCTCTTGATGATTTAGCTCATTGGATCAATATCCCTAGC
AGCTGGGTTCATTACTACACTCCTATGCTGGTGATTAAACCTCCTAAAGGTCATGACCCA
GCTGATGTTGTGGCTAAGATGAACGAAGGATTGGGGTCTGGTAAAGTGGAGAACGGGGAG
TACTTGAAGGTTTATCTCAAAGAGGATTTATCTAGCAGGCTGCATTATGTAGAGAGTGAT
AGGATCCCGCCTATTATAGGAATGGTTGATGAAGGGTTCAAGGTTGAGCAGAAGAGGAGT
AAAGCTAAAGAATGTGGTGGAGCTCATGGGTATGATAATGCTTTCTTTTCGATGAGGACT
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GTTGAGATATATAATCTCATTAGTACGATTCTTGGACTTAAGGGTGCACCGAACAATGGT
TCTGATGGG

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DS 

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GTTCAAGGTTGAGCAGAAGAGGAGTAAAGCTAAAGAATGTGGTGGAGCTCATGGGTATGA
TAATGCTTTCTTTTCGATGAGGACTATATTCATGGGGCACGGTCCTATGTTTGGGAAGGG
AAGGAAAGTGCCTTTTTTTGAGAACGTTGAGATATATAATCTCATTAGTACGATTTTTGG
ACTTAAGGGTGCACCGAACAATGGTTTTGATGGGTTCCCTTCAAACGTTTTATTGCCAAG
GGGGTAAGCAGAGAGGGAGATGTAAGTTTCATTTTTATGTCAATAAAAAGGGAGTGTAGA
ATTTGTTACTGCGTTTTCAAGCCGTAACAAACTATAAACATTTATGTGCTTTGATTTATT
AGACGTTTTATGCACTTTGATACGTTTGTTGTTCTTGTGCCATTTAACAAGAAATTTTAC
TCAACTTATTGAATT

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

CO CL5715Contig1 1136 2 2 U
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TTTGAGCTAAACACCGGCGCTAAGATCCCCTCGGTGGGTCTCGGAACCTGGCAAGCCTCT
CCAGGCCTTGTCGGCGAGGCTGTGGCTGCCTCTGTTAAGATCGGATATCGTCATATTGAT
TGCGCTCAGATCTATGGCAACGAGAAAGAGATAGGGGCAGTTTTGAAAAAGTTGTTTGAA
GACAATGTAGTGAAACGCGAGGAGTTGTTCATCACTTCGAAACTCTGGTGTACCGATCAT
GACCCTCAAGATGTGCCAGAGGCACTAAATAGAACTCTACAGGATCTACAGCTTGACTAT
GTTGATCTCTATCTGATGCACTGGCCTGTAAGGATGAAGAAAGGTTCTGTTGGAGTTAAG
CCAGAGAACCTTTTACCTGTAGATATTCCTAGCACATGGAAAGCAATGGAAGCACTCTAC
GATTCGGGCAAGGCACGAGCCATAGGTGTAAGCAACTTCTCCACCAAGAAGCTAGCTGAT
CTTTTGGAGTTAGCCCGTGTTCCTCCTGCCGTTGTTCAAGTCGAATGTCATCCTTCTTGG
CGACAGACTAAGCTACGAGAGTTCTGCAAGTCCAAAGGAGTTCACCTCACCGCATACTCG
CCCTTGGGCTCTCCAGGAACAACGTGGCTCAAGAGCGATGTGCTGAAGAACCCCATACTA
AACACTGTTGCTGAGAAACTTGGAAAGTCTCCTGCGCAAGTTGCGCTTCGCTGGGGACTC
CAAATGGGTAACAGCGTACTTCCCAAGAGTACTAATGAAGGAAGAATTAGAGAGAACTTT
GAAGTTTTCGACTGGTCAATACCCGATGACTTGTTCGCCAAGTTTTCTGATATTGAACAG
GCTAGGTTATTGACTGCTCCGTTCTTTGTTCATGAGACACTGAGCCCTTATAAGTCTTTT
GAAGAGTTATGGGATGGCGAGATGATATTTCAACTAATCTATTTGTTTTGTCAATAATGG
GAGGTTACTCTATCTATTGAACTTGCCAGTTTATGTATAAAATGATGCCACTCAAATAAT
TTATAATCATGTTTGTTGTTATTTTGAATTATATTATTCGAAAAAGTTATTGATCG


BQ
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AF RR3EV71TF U 1
AF RR3EV71JQ C 527
BS 1 786 RR3EV71TF
BS 787 1136 RR3EV71JQ

RD RR3EV71TF 786 0 0
GGACAACACAAGCGATCTTTACCTCAAATCTCTCTGATAATGGCGAACGCAATCAGATTC
TTTGAGCTAAACACCGGCGCTAAGATCCCCTCGGTGGGTCTCGGAACCTGGCAAGCCTCT
CCAGGCCTTGTCGGCGAGGCTGTGGCTGCCTCTGTTAAGATCGGATATCGTCATATTGAT
TGCGCTCAGATCTATGGCAACGAGAAAGAGATAGGGGCAGTTTTGAAAAAGTTGTTTGAA
GACAATGTAGTGAAACGCGAGGAGTTGTTCATCACTTCGAAACTCTGGTGTACCGATCAT
GACCCTCAAGATGTGCCAGAGGCACTAAATAGAACTCTACAGGATCTACAGCTTGACTAT
GTTGATCTCTATCTGATGCACTGGCCTGTAAGGATGAAGAAAGGTTCTGTTGGAGTTAAG
CCAGAGAACCTTTTACCTGTAGATATTCCTAGCACATGGAAAGCAATGGAAGCACTCTAC
GATTCGGGCAAGGCACGAGCCATAGGTGTAAGCAACTTCTCCACCAAGAAGCTAGCTGAT
CTTTTGGAGTTAGCCCGTGTTCCTCCTGCCGTTGTTCAAGTCGAATGTCATCCTTCTTGG
CGACAGACTAAGCTACGAGAGTTCTGCAAGTCCAAAGGAGTTCACCTCACCGCATACTCG
CCCTTGGGCTCTCCAGGAACAACGTGGCTCAAGAGCGATGTGCTGAAGAACCCCATACTA
AACACTGTTGCTGAGAAACTTGGAAAGTCTCCTGCGCAAGTTGCGCTTCGCTGGGGACTC
CAAATG

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3EV71JQ 610 0 0
AGAAGCTAGCTGATCTTTTGGAGTTAGCCCGTGTTCCTCCTGCCGTTGTTCAAGTCGAAT
GTCATCCTTCTTGGCGACAGACTAAGCTACGAGAGTTCTGCAAGTCCAAAGGAGTTCACC
TCACCGCATACTCGCCCTTGGGCTCTCCAGGAACAACGTGGCTCAAGAGCGATGTGCTGA
AGAACCCCATACTAAACACTGTTGCTGAGAAACTTGGAAAGTCTCCTGCGCAAGTTGCGC
TTCGCTGGGGACTCCAAATGGGTAACAGCGTACTTCCCAAGAGTACTAATGAAGGAAGAA
TTAGAGAGAACTTTGAAGTTTTCGACTGGTCAATACCCGATGACTTGTTCGCCAAGTTTT
CTGATATTGAACAGGCTAGGTTATTGACTGCTCCGTTCTTTGTTCATGAGACACTGAGCC
CTTATAAGTCTTTTGAAGAGTTATGGGATGGCGAGATGATATTTCAACTAATCTATTTGT
TTTGTCAATAATGGGAGGTTACTCTATCTATTGAACTTGCCAGTTTATGTATAAAATGAT
GCCACTCAAATAATTTATAATCATGTTTGTTGTTATTTTGAATTATATTATTCGAAAAAG
TTATTGATCG

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL5716Contig1 1153 2 8 U
GGATCGCCTTCTTTCGTTTCGCCTTTGATCTACACCCTTTTTCGATTTTACGTATTCTCT
CGATCAGATAAGATTCGATCCATTCTTGTTTACGCTTTTCAATTTCATCTCCTCCCTCGC
TTGATTCTCTCTGTTCTCATCAGATCTATTCCTCTGTTGATTTCAGATCTAGATCTAGGG
TTCTTTGGATAAAATTTAGGGATTTTGAAAAAAAAAGAAGGAATGATTGTAGGTTCTCTA
TGAGCTACTCTGTTCTTCTTCGTCGTATTCGCATAGTTCACTCTTTCTCCGTCGTTTATC
TCTACTACTCCTACGTCTTCTCTTGAACTAATCGTCTCCGATCTCATCTCTTTATCTCTC
TCGAATAAACATTTCTGAGCTTTTGTTCGTTCGATCTAACTGATTCTTCAATAGATTAGA
ATTTTGGGGGTAATTTATAGGGATCTCGAGGAACTATATTATTATTATTATTATATTGTT
TAATTTTGGTGAGAAAAAAAAGTCAAAAAGTCAACGGAAATGGGTTCGAAAAGTCCTGAT
TCCGACAACGATCCGAGGTACGCGGCCGTCACGGACGAGAGGAAGAGGAAGAGAATGATC
TCCAACAGAGAATCCGCTCGGAGATCAAGGATGAGGAAGCAGAAGCAGCTCGGCGATCTC
ATCAACGAGGTCACTGTTCTCAAGAACGATAACGCCAAGATCACCGAGCAGGTTGATGCA
GCTACGAGGAAGTACGTCGAGATGGAGTCCAAGAACGACGTCTTGAGAGCGCAAGCCTCG
GAGCTGACGGAGAGGTTGAGGTCGTTGAACTCTGTGCTGGAGATGGTCGAGGAGATTAGT
GGTCAGGCTTTGGATATTCCTGAGATCCCTGATTCTATGCAGAACCCGTGGCAAGTTCCT
TGTCCGATCATGCAAACCAATCATGGCTTCTGCTGAGGATTTAAGTCATTGTCTTGTCTT
GGTTCTGAGTTTTGTAACAGCTAGAGTCATTGGTGTGTGTCTTACTTAATAAAAAAACTA
CAATCTCTTGTTTTTGAGTTATTTCAGTTTGTCTGGTCTTGTCTTAGTTTTCTATTCTTG
TGTCGTCTATTACATAAAGATAAGGTTGTCATGTATTTGTGTTTTCTTAATGAAATTCGA
GCTTTGTGTTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX74TF U 1
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CGATCAGATAAGATTCGATCCATTCTTGTTTACGCTTTTCAATTTCATCTCCTCCCTCGC
TTGATTCTCTCTGTTCTCATCAGATCTATTCCTCTGTTGATTTCAGATCTAGATCTAGGG
TTCTTTGGATAAAATTTAGGGATTTTGAAAAAAAAAGAAGGAATGATTGTAGGTTCTCTA
TGAGCTACTCTGTTCTTCTTCGTCGTATTCGCATAGTTCACTCTTTCTCCGTCGTTTATC
TCTACTACTCCTACGTCTTCTCTTGAACTAATCGTCTCCGATCTCATCTCTTTATCTCTC
TCGAATAAACATTTCTGAGCTTTTGTTCGTTCGATCTAACTGATTCTTCAATAGATTAGA
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TAATTTTGGTGAGAAAAAAAAGTCAAAAAGTCAACGGAAATGGGTTCGAAAAGTCCTGAT
TCCGACAACGATCCGAGGTACGCGGCCGTCACGGACGAGAGGAAGAGGAAGAGAATGATC
TCCAACAGAGAATCCGCTCGGAGATCAAGGATGAGGAAGCAGAAGCAGCTCGGCGATCTC
ATCAACGAGGTCACTGTTCTCAAGAACGATAACGCCAAGATCACCGAGCAG*TTGATGCA
GCTACGAGGA*GTACGTCGAGATG*AGTCCAAGAACGACGTCTTGAGAGCGCA

QA 1 773 1 773
DS 

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CGCGGCCGTCACGGACGAGAGGAAGAGGAAGAGAATGATCTCCAACAGAGAATCCGCTCG
GAGATCAAGGATGAGGAAGCAGAAGCAGCTCGGCGATCTCATCAACGAGGTCACTGTTCT
CAAGAACGATAACGCCAAGATCACCGAGCAGGTTGATGCAGCTACGAGGAAGTACGTCGA
GATGGAGTCCAAGAACGACGTCTTGAGAGCGCAAGCCTCGGAGCTGACGGAGAGGTTGAG
GTCGTTGAACTCTGTGCTGGAGATGGTCGAGGAGATTAGTGGTCAGGCTTTGGATATTCC
TGAGATCCCTGATTCTATGCAGAACCCGTGGCAAGTTCCTTGTCCGATCATGCAAACCAA
TCATGGCTTCTGCTGAGGATTTAAGTCATTGTCTTGTCTTGGTTCTGAGTTTTGTAACAG
CTAGAGTCATTGGTGTGTGTCTTACTTAATAAAAAAACTACAATCTCTTGTTTTTGAGTT
ATTTCAGTTTGTCTGGTCTTGTCTTAGTTTTCTATTCTTGTGTCGTCTATTACATAAAGA
TAAGGTTGTCATGTATTTGTGTTTTCTTAATGAAATTCGAGCTTTGTGTTGCT

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL5717Contig1 1076 2 2 U
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CTTACAACGACATCGCCTCACCCAAAGAAAAAGAACACCATCTCGCCACCACCGGAGAAA
CCTCAACAAAAGCCGCTAGACTCTTCTCGTTCCAACAACTAATCATCCTCGCAGTAATCC
TCGTCCTCTCCGCAAGTGGTCTCGTCGCAACCGAAGATTTCTTATTCACACTCCTCACCT
TCATCTACTTCTTCTTCTTCCTCTCCAAACAAATCTTCCCTCCCCACAAGAATCCAACCC
GCGACGCTCCTCTCACGCGCCCCGGGAACAAGATCTTCCGTCTCTACGTAGCTTCCGCTG
GGATCGCGGGGCTCTTGATCCCCATCTGCTACATCTTCCAAGGCTTCCTAGAGGACGACA
GACGCGGTGTGAGCGCCGCTGCGCCGCACGTGTTCCTTTTGGCGAGTCAGGTTCTCATGG
AGGGAGTAGCCGCCAAGTGCGGCTTCTCTGCTCCGGCTCGGATCCTCGTGCCGGTCGTTT
ACAACGCTAGGAGGATCCTAACGCTCGTGGAGTGGATTGTGAACGAGTTCTCAAGGGAGA
CTCAGGAGTATGGTGGTGGGGAGGGGGCGGTTTCCGTGCGGCGGATGTACGCCGGGAAAG
TTTTGGCGGCGGTGAACTTGGGGATTTGGTCGTTTAATCTCTTTGGTGTTCTGATCCCGG
TTTATCTACCGAGAGCTTTCGAGAGGTATTACGGTTCCAGCAAGGAGGTTTGATTCCGGT
TTAGATCAATCATAGCGTTTGTATCGTTATCTTTTTCGGTTTAATTTGTCCTGTTCAATG
TCTTTGGTAATCTCCTGAGAGCTTACAGAAAAAAAATTATTACGGCTCCAACATGGAGAA
CTGAACCCGGTTTGAATCTTCGCAGCTCTTTGTTGTCTTTTTGAGTAATCAGTCCGGTTC
GTTAACAATCGTGATTTGGGTGTGTTTCTTTCCTCTTTTTATCGTATATTGATGCTTTCT
TTGATGAATTCAGTTTATGTATTTTATGTTATTAATGGAGTTTCATTTAACATCCG


BQ
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AF RR3DZ25TF U 1
AF RR3DZ25JQ C 343
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CCTCAACAAAAGCCGCTAGACTCTTCTCGTTCCAACAACTAATCATCCTCGCAGTAATCC
TCGTCCTCTCCGCAAGTGGTCTCGTCGCAACCGAAGATTTCTTATTCACACTCCTCACCT
TCATCTACTTCTTCTTCTTCCTCTCCAAACAAATCTTCCCTCCCCACAAGAATCCAACCC
GCGACGCTCCTCTCACGCGCCCCGGGAACAAGATCTTCCGTCTCTACGTAGCTTCCGCTG
GGATCGCGGGGCTCTTGATCCCCATCTGCTACATCTTCCAAGGCTTCCTAGAGGACGACA
GACGCGGTGTGAGCGCCGCTGCGCCGCACGTGTTCCTTTTGGCGAGTCAGGTTCTCATGG
AGGGAGTAGCCGCCAAGTGCGGCTTCTCTGCTCCGGCTCGGATCCTCGTGCCGGTCGTTT
ACAACGCTAGGAGGATCCTAACGCTCGTGGAGTGGATTGTGAACGAGTTCTCAAGGGAGA
CT

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3DZ25JQ 734 0 0
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CGAGTCAGGTTCTCATGGAGGGAGTAGCCGCCAAGTGCGGCTTCTCTGCTCCGGCTCGGA
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ACGAGTTCTCAAGGGAGACTCAGGAGTATGGTGGTGGGGAGGGGGCGGTTTCCGTGCGGC
GGATGTACGCCGGGAAAGTTTTGGCGGCGGTGAACTTGGGGATTTGGTCGTTTAATCTCT
TTGGTGTTCTGATCCCGGTTTATCTACCGAGAGCTTTCGAGAGGTATTACGGTTCCAGCA
AGGAGGTTTGATTCCGGTTTAGATCAATCATAGCGTTTGTATCGTTATCTTTTTCGGTTT
AATTTGTCCTGTTCAATGTCTTTGGTAATCTCCTGAGAGCTTACAGAAAAAAAATTATTA
CGGCTCCAACATGGAGAACTGAACCCGGTTTGAATCTTCGCAGCTCTTTGTTGTCTTTTT
GAGTAATCAGTCCGGTTCGTTAACAATCGTGATTTGGGTGTGTTTCTTTCCTCTTTTTAT
CGTATATTGATGCTTTCTTTGATGAATTCAGTTTATGTATTTTATGTTATTAATGGAGTT
TCATTTAACATCCG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL5718Contig1 260 2 1 U
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GAAAACAGAGCTGTTGCACAAATATGACTGTTCTTCAGTTCAATTCTCTAGAGCTAGATG
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ATGTTTTCTTATATGTTTTT


BQ
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AF RR3F324JQ C 1
AF RR3F324TF U 1
BS 1 260 RR3F324TF

RD RR3F324JQ 260 0 0
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GAAAACAGAGCTGTTGCACAAATATGACTGTTCTTCAGTTCAATTCTCTAGAGCTAGATG
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ATGTTTTCTTATATGTTTTT

QA 1 260 1 260
DS 

RD RR3F324TF 260 0 0
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GAAAACAGAGCTGTTGCACAAATATGACTGTTCTTCAGTTCAATTCTCTAGAGCTAGATG
GTTCTTACCAAGCTTTAGGCAAGCGTGACTGATCTTTGCTATGTTCTACTCTTCAATAAT
ATGTTTTCTTATATGTTTTT

QA 1 260 1 260
DS 



AS 1 2

CO CL5719Contig1 1241 2 2 U
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AGATTCAAAGTACCCTTTCCTCAAAAAGTCGAGCCACATGTTTGGAGTTCCACCTTCCTT
CGCTTCCCAGTTCCAAACAAAGGACGCTGCAATCCGGCTACACTCAGCTCAATCTTCAGG
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CAGCGATATGGGCTGGGCATATGACAAGAACGGTAACCTCGACGTTGTCCTTTCTTTCGG
CTTGGTCCAACGGGATGATACCATGAGCAAGACAGGAGGAACTAGAGCAACAAGAGCTAT
GCTAATCTTCTTGTGTTTATGGGTTCTCTTACTCTCTGTTAGCTTCAAGATAGGAACCAT
GGTCTCTGCTCGGTGAAAGCTGGATCGTCTGAAGAAAAAGAACTTCGTTCGGTGTTTGTA
CCATCTCTCCAGTTATATAGGCGTTACTCTGGCAGTGCTTTGCTGCCCCCCAATATTTTA
TTTTTTCTTGTTAAGGATTATGTGTAGCTCGAATTCTCTTTACCATTTCTAGCTTTGAGC
TTATAACAAACATATCATCTCTTTCCTTTAATGACAGTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DE91TF U 1
AF RR3DE91JQ C 394
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BS 672 1241 RR3DE91JQ

RD RR3DE91TF 671 0 0
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CATTGAACTACCAATGGGAACTTTTGAAGAGGATAAGAAGCCTATTATTCGGGATTGTAG
CATCCAACCTTGTTCTCTGTTTCCGGAAGAACGAATTGGCTGTGGTGTGCAAGATGAGCT
CGCTGAGAATCTGGAAACGTCCAACAATAATGTGTTTGTGGCTGAGGCTGATTCTGGCTA
CAGTGACATACCTATTGAAGCTGACTATCTACCTGACGAGCCATTCATGGATCCTAGCAA
CAATCTTCCACTCTGCGATGATCTGTACCTGGAAACGAAAGATCTCAGCGGTGGTCTACA
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GACTCTTGACGTTTCGCATTTGTTGGGATCTGGAGATGCTCTTCCTAACCAAGAAGGCCT
CGACCAGAACCCTGAGGAATTGGAGAAGGAGGTCGCAGAAGGCAAAGAGGCAATGGATGA
AAAGGAAAGTGGCGAAAGATCTTCCTCTAAACAAGATGCAGATGTAACAGACTTCGATTC
AGATTCAAAGT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3DE91JQ 848 0 0
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**TTGACGATGAGGATGCTCAGAACTTGACTCTTGACGTTTCGCATTTGTTGGGATCTGG
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CGCAGAAGGCAAAGAGGCAATGGATGAAAAGGAAAGTGGCGAAGGATCTTCCTCTAAACA
AGATGCAGATGTAACAGACTTCGATTCAGATTCAAAGTACCCTTTCCTCAAAAAGTCGAG
CCACATGTTTGGAGTTCCACCTTCCTTCGCTTCCCAGTTCCAAACAAAGGACGCTGCAAT
CCGGCTACACTCAGCTCAATCTTCAGGTTCAGTTCACGTTACTGCAGGTATGATCAGAAT
ATCAAACACGACTCCAGCAGCGGACAGCAGCGATATGGGCTGGGCATATGACAAGAACGG
TAACCTCGACGTTGTCCTTTCTTTCGGCTTGGTCCAACGGGATGATACCATGAGCAAGAC
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CTCTGTTAGCTTCAAGATAGGAACCATGGTCTCTGCTCGGTGAAAGCTGGATCGTCTGAA
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AGTGCTTTGCTGCCCCCCAATATTTTATTTTTTCTTGTTAAGGATTATGTGTAGCTCGAA
TTCTCTTTACCATTTCTAGCTTTGAGCTTATAACAAACATATCATCTCTTTCCTTTAATG
ACAGTTAT

QA 1 848 1 848
DS 



AS 1 2

CO CL5720Contig1 967 2 2 U
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TCAAGAAGAGTCAGAGTGGCTATTATACATGGAATGGCGAGAATGGCTGCAATTATGGCT
TCTACTTACAAAGCATACTTAGGTGTTGGGCTTGGTCCTCTCTCTTTCTTGGCCAAGTTT
AGGGTACCACATCCCGGAATAATCGGTGGAAGATTCTTCATGGACATGACTATGCCGTTG
ATGCTTGACTGGGTCCTTGGTGGTAACAGTGAAAAACTGGAAGGAAGGTCACCTAGTTGC
AGACTCACTGACAAAGCCGATGACCGCCTTCGTGAGTGGTTTGAAGACGACGAGGCTCTT
GAACGTACTATAAATGGAGAGTGGTATCTTATTCCACATGGCAGCAAGTGTATCGTTTCT
GAAACATTATGTCTAACCAGAGATAAGGATCAACCTTGCACTATCGGAAGAAGTAAACCA
GACCAAGATGGTCCTGGAACCCACATTGTGATCCGTTCCCCTCAGGTATCGAAGATGCAT
GCACGTGTAATATACAAAGATGGAGCTTTCTTCTTGATGGATCTTCGAAGCGACCATGGA
ACCTATGTGACCGATAACTTAGGAAGAAGATATAGAGTGACACCAAACTTCCCTGCGCGG
TTTAGACCTTCTGATATCATCGAGTTTGGTTCAGACAAGAAGGCAGCATTTAAGGTCAAA
GTGATCAGGACAACTCCGAAGTTGACCAGAAGGGATGAGAAGAGCAACGGCAAATTGCTT
CAGGCAGCTTGACACTTAAAAGTTAACCAACGGTGAAATTAAATATTTTACCAGTCTAGC
AGATCATTTGTGTAGTATTAATCTATATCTTGTATTGCGATGTATATATAGGGCTGAACA
CAAAAGATAATTAACTATACAGAACGTTATCTTTATTTGCTTGTCTAACTAAAATTTATA
TCTTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EC23TF U 1
AF RR3EC23JQ C 354
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BS 621 967 RR3EC23JQ

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TCAAGAAGAGTCAGAGTGGCTATTATACATGGAATGGCGAGAATGGCTGCAATTATGGCT
TCTACTTACAAAGCATACTTAGGTGTTGGGCTTGGTCCTCTCTCTTTCTTGGCCAAGTTT
AGGGTACCACATCCCGGAATAATCGGTGGAAGATTCTTCATGGACATGACTATGCCGTTG
ATGCTTGACTGGGTCCTTGGTGGTAACAGTGAAAAACTGGAAGGAAGGTCACCTAGTTGC
AGACTCACTGACAAAGCCGATGACCGCCTTCGTGAGTGGTTTGAAGACGACGAGGCTCTT
GAACGTACTATAAATGGAGAGTGGTATCTTATTCCACATGGCAGCAAGTGTATCGTTTCT
GAAACATTATGTCTAACCAGAGATAAGGATCAACCTTGCACTATCGGAAGAAGTAAACCA
GACCAAGATGGTCCTGGAACCCACATTGTGATCCGTTCCCCTCAGGTATCGAAGATGCAT
GCACGTGTAATATACAAAGATGGAGCTTTCTTCTTGATGGATCTTCGAAGCGACCATGGA
ACCTATGTGACCGATAACTT

QA 1 620 1 620
DS 

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CGTTTCTGAAACATTATGTCTAACCAGAGATAAGGATCAACCTTGCACTATCGGAAGAAG
TAAACCAGACCAAGATGGTCCTGGAACCCACATTGTGATCCGTTCCCCTCAGGTATCGAA
GATGCATGCACGTGTAATATACAAAGATGGAGCTTTTTTCTTGATGGATTTTCGAAGCGA
CCATGGAACCTATGTGACCGATAACTTAGGAAGAAGATATAGAGTGACACCAAACTTCCC
TGCGCGGTTTAGACCTTCTGATATCATCGAGTTTGGTTCAGACAAGAAGGCAGCATTTAA
GGTCAAAGTGATCAGGACAACTCCGAAGTTGACCAGAAGGGATGAGAAGAGCAACGGCAA
ATTGCTTCAGGCAGCTTGACACTTAAAAGTTAACCAACGGTGAAATTAAATATTTTACCA
GTCTAGCAGATCATTTGTGTAGTATTAATCTATATCTTGTATTGCGATGTATATATAGGG
CTGAACACAAAAGATAATTAACTATACAGAACGTTATCTTTATTTGCTTGTCTAACTAAA
ATTTATATCTTAGT

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL5721Contig1 1153 2 2 U
GGATCTACAAACCAACGAAACTCAAAACATCCAATCACATCTAAAACTCAGATTCTCTCG
AGAAAAATTCTGAGACATGGCTTACAATAGCAACAACAAGAACAACATTGTCGTTGTGTT
CGACTTCGACAAGACAATCATCGACGTCGATAGCGACAATTGGGTGGTTGATGGACTTGG
CTTCACTGATTTGTTCAATCAACTTCTCCCTACCATGCCTTGGAACACACTCATGGACCG
TATGATGAAGGAGCTTCATGATCAAGGCAAAACCATTGAAGAGATTAAAGAAGTTCTAAA
AACAATCCCTATCCATCCACGAGTCGTCCCTACCATCAAATCTGCCCATGCTTTAGGGTG
TGAGCTTAGGATAGTAAGCGACGCCAACATGTTCTTCATCGAAACCATCGTTGAACATCT
CGGGATTAGTGAATACTTCTCTGAGATCAACTCGAACCCAGGGTTCGTCGATGAGCTTGA
CACGTTGAGAATTTCTCCTTACCATGATTTCACCAACTCATCTCATGGTTGCTCTCATCG
CACGTGCCCTCCTAACATGTGCAAGGGACTGATTATTGAGAGGATTCAAGAATCACTAGC
TAAAGAAGGAAAGAAGAAGATGATCTACCTTGGAGATGGAGCTGGTGATTACTGTCCAAC
TTTAAAACTAAAGTCTGAAGATTACGCGATGCCACGTAAGAATTTCCCGGTTTGGGATCT
GATTAGTCAAAACCCGATGCTGGTTAAAGCAGCTATTAGAGAATGGACCGATGGTGAAAG
CTTGGAGAGGATCTTAATAGGAACCATCGAGGAGATTCTATTGGAGGAAGAGAACGAGAA
GAAGATGTTGACTAGTGCGGAGAATAACTGCAAGATGCAGAACATCTCTGTCGGGATTAA
TGTTCATCATGAGCCAATAATGCCCCGTGCTCTTCGAGTTTCTCAGTCCGGTTAATTAGA
TGGTTTGATATATAAGTATAACGGAGGAAGAGTAATATTGTCTGTGGTGACTCTTTTCCT
CGTCATAGTATACCAAAATATTGGACTTTATCCTAAGTAAAGATAAGATGCAACGATGAA
GTTGTATGACTGTGATTTTTGTTCTTTTAACAAGTACTTGTTTGGCTGATATATATATTT
TCGATTTAACGGC


BQ
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AF RR3C324TF U 1
AF RR3C324JQ C 471
BS 1 729 RR3C324TF
BS 730 1153 RR3C324JQ

RD RR3C324TF 729 0 0
GGATCTACAAACCAACGAAACTCAAAACATCCAATCACATCTAAAACTCAGATTCTCTCG
AGAAAAATTCTGAGACATGGCTTACAATAGCAACAACAAGAACAACATTGTCGTTGTGTT
CGACTTCGACAAGACAATCATCGACGTCGATAGCGACAATTGGGTGGTTGATGGACTTGG
CTTCACTGATTTGTTCAATCAACTTCTCCCTACCATGCCTTGGAACACACTCATGGACCG
TATGATGAAGGAGCTTCATGATCAAGGCAAAACCATTGAAGAGATTAAAGAAGTTCTAAA
AACAATCCCTATCCATCCACGAGTCGTCCCTACCATCAAATCTGCCCATGCTTTAGGGTG
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CGGGATTAGTGAATACTTCTCTGAGATCAACTCGAACCCAGGGTTCGTCGATGAGCTTGA
CACGTTGAGAATTTCTCCTTACCATGATTTCACCAACTCATCTCATGGTTGCTCTCATCG
CACGTGCCCTCCTAACATGTGCAAGGGACTGATTATTGAGAGGATTCAAGAATCACTAGC
TAAAGAAGGAAAGAAGAAGATGATCTACCTTGGAGATGGAGCTGGTGATTACTGTCCAAC
TTTAAAACTAAAGTCTGAAGATTACGCGATGCCACGTAAGAATTTCCCGGTTTGGGATCT
GATTAGTCA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3C324JQ 683 0 0
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AATCACTAGCTAAAGAAGGAAAGAAGAAGATGATCTACCTTGGAGATGGAGCTGGTGATT
ACTGTCCAACTTTAAAACTAAAGTCTGAAGATTACGCGATGCCACGTAAGAATTTCCCGG
TTTGGGATCTGATTAGTCAAAACCCGATGCTGGTTAAAGCAGCTATTAGAGAATGGACCG
ATGGTGAAAGCTTGGAGAGGATCTTAATAGGAACCATCGAGGAGATTCTATTGGAGGAAG
AGAACGAGAAGAAGATGTTGACTAGTGCGGAGAATAACTGCAAGATGCAGAACATCTCTG
TCGGGATTAATGTTCATCATGAGCCAATAATGCCCCGTGCTCTTCGAGTTTCTCAGTCCG
GTTAATTAGATGGTTTGATATATAAGTATAACGGAGGAAGAGTAATATTGTCTGTGGTGA
CTCTTTTCCTCGTCATAGTATACCAAAATATTGGACTTTATCCTAAGTAAAGATAAGATG
CAACGATGAAGTTGTATGACTGTGATTTTTGTTCTTTTAACAAGTACTTGTTTGGCTGAT
ATATATATTTTCGATTTAACGGC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

CO CL5722Contig1 1238 2 2 U
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GCCAAACTCTCAGAGTGATAGATTAAGTATTCATCGGTTATCTTGGTACATGGCAACCGC
AAGACAAGAGGAACGACTATACGTATGGCATTAGTCGACGAAAGACAATCAACTGGCCAA
AATATTGCCGACCCTCCTAGGATCTTGGCGTACGATCTTGTTCAAGGGGCACTTGTGAAG
TGGAGATGGAAGGAGGACAAGTCTGTTCCAGATACACCTACTGCTGTTCTTCTACATGGA
ATTTTAGGCAGCGGCAAAAACTGGGGCACTTTTGCTCGAAGATTGGCTCATGAGTTTCCA
ACTTGGCAGTTTCTCTTGGTAGACTTGCGTTGCCATGGGGACTCAGCGTCTCTCAAGAAG
AGAGGTCCACACTCTGTTGCTACAACTGCTTCTGATGTTCTAAAACTTGTTGGTCAGTTG
AGGTTAACACCTCGGGTCCTTGTTGGTCACAGCTTTGGAGGGAAAGTTGTTTTAAGCATG
GTGGAGCAAGCAGCTAAGCCTCTTCCTCGGCCAGTCCGTGCTTTGGGTGTTGGATGCCAC
TCCTGGCAAGGTTCGTGCAGGAGGAGATGGAGAGGATCATCCACGAGAGCTTATATCATT
TCTACGTACATTGCCTAATGTGGTTTCATCAAAGAGAGAAGTTTTAAACGCTCTCATCAA
AGGAGGCTTTTCGAATGATGTCGCACAGTGGGTTGTTACTAATTTGAGACCTACTGGACC
ATCGTGCTCTAGCTTTTCGTGGACATTTGACTTAGACGGGATCTCCCAACTTTATCAGTC
CTACGAAGACACAAATCTATGGAACTTTGTTGAGAACCTGCCAAGAGGAGTACATGTGAA
TTTTCTTAAAGCGGAAATAAGCTTGCACCGTTGGGCACTAGAAGACCTTCAACGGATCCA
CTCCGCCGAAGAGATCGCCTCTGAAGAAGGCGGCGGCGTAGAAATGCATGTCCTGGAAGA
TGCTGGTCACTGGGTTCACACGGATAACCCGGATGGCCTCTTCAGGATCTTGTCCTCTTC
ATTTCAGGTTCTCAGAGCCTAGAGGTGCGGAACGGTTTAGGTGATATGCCTTTTTGTTGT
TTGATATATACTTGTGGAGAAGTTGTCTTAAGTATGTCTGACAGTGTCCGTGTAATGTTT
TGGTGACGTAAGTAACAAGTAAAAACATATGCTGAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ30TF U 1
AF RR3AJ30JQ C 455
BS 1 718 RR3AJ30TF
BS 719 1238 RR3AJ30JQ

RD RR3AJ30TF 718 0 0
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AATATTGCCGACCCTCCTAGGATCTTGGCGTACGATCTTGTTCAAGGGGCACTTGTGAAG
TGGAGATGGAAGGAGGACAAGTCTGTTCCAGATACACCTACTGCTGTTCTTCTACATGGA
ATTTTAGGCAGCGGCAAAAACTGGGGCACTTTTGCTCGAAGATTGGCTCATGAGTTTCCA
ACTTGGCAGTTTCTCTTGGTAGACTTGCGTTGCCATGGGGACTCAGCGTCTCTCAAGAAG
AGAGGTCCACACTCTGTTGCTACAACTGCTTCTGATGTTCTAAAACTTGTTGGTCAGTTG
AGGTTAACACCTCGGGTCCTTGTTGGTCACAGCTTTGGAGGGAAAGTTGTTTTAAGCATG
GTGGAGCAAGCAGCTAAGCCTCTTCCTCGGCCAGTCCGTGCTTTGGGTGTTGGATGCCAC
TCCTGGCAAGGTTCGTGCAGGAGGAGATGGAGAGGATCATCCACGAGAGCTTATATCATT
TCTACGTACATTGCCTAATGTGGTTTCATCAAAGAGAGAAGTTTTAAACGCTCTCATC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3AJ30JQ 784 0 0
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TTGGAGGGAAAGTTGTTTTAAGCATGGTGGAGCAAGCAGCTAAGCCTCTTCCTCGGCCAG
TCCGTGCTT*GGGTGTTGGATGCCACTCCTGGCAAGGTTCGTGCAGGAGGAGATGGAGAG
GATCATCCACGAGAGCTTATATCATTTCTACGTACATTGCCTAATGTGGTTTCATCAAAG
AGAGAAGTTTTAAACGCTCTCATCAAAGGAGGCTTTTCGAATGATGTCGCACAGTGGGTT
GTTACTAATTTGAGACCTACTGGACCATCGTGCTCTAGCTTTTCGTGGACATTTGACTTA
GACGGGATCTCCCAACTTTATCAGTCCTACGAAGACACAAATCTATGGAACTTTGTTGAG
AACCTGCCAAGAGGAGTACATGTGAATTTTCTTAAAGCGGAAATAAGCTTGCACCGTTGG
GCACTAGAAGACCTTCAACGGATCCACTCCGCCGAAGAGATCGCCTCTGAAGAAGGCGGC
GGCGTAGAAATGCATGTCCTGGAAGATGCTGGTCACTGGGTTCACACGGATAACCCGGAT
GGCCTCTTCAGGATCTTGTCCTCTTCATTTCAGGTTCTCAGAGCCTAGAGGTGCGGAACG
GTTTAGGTGATATGCCTTTTTGTTGTTTGATATATACTTGTGGAGAAGTTGTCTTAAGTA
TGTCTGACAGTGTCCGTGTAATGTTTTGGTGACGTAAGTAACAAGTAAAAACATATGCTG
AATC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL5723Contig1 263 2 2 U
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CTCTCGATCTTATCTCATCCTGGAAGATCATTAAGGTTCACTAACAATAAACATATGTCA
CAGTAACAACTAAGTACATATTAGTGAACTCAACAGTGAGATCTCCATGGATATACAAAA
GCATATCATAATCTTCTTCTTCTTCCTAATCGTCATCCACCCCACGACGCCTCTGGATCG
TGACTTTGGTCTGTTTGCTAGTC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C609TF C 1
AF RR3C609JQ U 5
BS 1 4 RR3C609TF
BS 5 263 RR3C609JQ

RD RR3C609TF 263 0 0
CAGATAAAATAGTCTTATTAGAAGCAAATGACTTAAGCAAATCATTAGAGTTTCAAATTA
CTCTCGATCTTATCTCATCCTGGAAGATCATTAAGGTTCACTAACAATAAACATATGTCA
CAGTAACAACTAAGTACATATTAGTGAACTCAACAGTGAGATCTCCATGGATATACAAAA
GCATATCATAATCTTCTTCTTCTTCCTAATCGTCATCCACCCCACGACGCCTCTGGATCG
TGACTTTGGTCTGTTTGCTAGTC

QA 1 263 1 263
DS 

RD RR3C609JQ 259 0 0
TAAAATAGTCTTATTAGAAGCAAATGACTTAAGCAAATCATTAGAGTTTCAAATTACTCT
CGATCTTATCTCATCCTGGAAGATCATTAAGGTTCACTAACAATAAACATATGTCACAGT
AACAACTAAGTACATATTAGTGAACTCAACAGTGAGATCTCCATGGATATACAAAAGCAT
ATCATAATCTTCTTCTTCTTCCTAATCGTCATCCACCCCACGACGCCTCTGGATCGTGAC
TTTGGTCTGTTTGCTAGTC

QA 1 259 1 259
DS 



AS 1 2

CO CL5724Contig1 584 2 1 U
GGGACCATATTCTTCTTCTCCTTATTACTCTCTCTCACCTCACCAACAGATAAAATCCCA
GTTTTTAGATTATTTTCTCACCAAGATGAAGCTAGTGGAGAAGAAGACGACAACTGAGGA
GCAAGGAGAAGATGTTGTCTGCCGCACGATCGAGGTTGTTGAGAGAAACGTGTTCCAGCA
GGCTCAATTCGATGAAGCTGACGATGCGGTTGTATCCGTTGAGGAGCTTAACCTAATTCC
ACCGCTCAACTTCTCAATGGTGGATAACGGAATATTCCGGTCTGGATTCCCTGATCCTGC
TAACTTCTCGTTTCTCCAGACTCTGGGACTCCGCTCAATCATTTATCTGTGTCCGGAGCC
GTACCCGGAGAGTAACATCCATTTCCTCAAATCCAATGGGATTACTCTTTTCCAGTTTGG
CATTGAAGGCAACAAGGATTGGCTCTGTCTCTGGCCTGCTATTTAATTGTAATTTACTTG
GATTCTTCCCCGGGATGTCTAGACCTCTGGCTTCACTAGGGGTAGAGATTCTATGATTTG
AAAATGGATTAATAATTTAAAAACTTGCAGTGTGTCCTTGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BY10TF U 1
AF RR3BY10JQ C 326
BS 1 584 RR3BY10TF

RD RR3BY10TF 584 0 0
GGGACCATATTCTTCTTCTCCTTATTACTCTCTCTCACCTCACCAACAGATAAAATCCCA
GTTTTTAGATTATTTTCTCACCAAGATGAAGCTAGTGGAGAAGAAGACGACAACTGAGGA
GCAAGGAGAAGATGTTGTCTGCCGCACGATCGAGGTTGTTGAGAGAAACGTGTTCCAGCA
GGCTCAATTCGATGAAGCTGACGATGCGGTTGTATCCGTTGAGGAGCTTAACCTAATTCC
ACCGCTCAACTTCTCAATGGTGGATAACGGAATATTCCGGTCTGGATTCCCTGATCCTGC
TAACTTCTCGTTTCTCCAGACTCTGGGACTCCGCTCAATCATTTATCTGTGTCCGGAGCC
GTACCCGGAGAGTAACATCCATTTCCTCAAATCCAATGGGATTACTCTTTTCCAGTTTGG
CATTGAAGGCAACAAGGATTGGCTCTGTCTCTGGCCTGCTATTTAATTGTAATTTACTTG
GATTCTTCCCCGGGATGTCTAGACCTCTGGCTTCACTAGGGGTAGAGATTCTATGATTTG
AAAATGGATTAATAATTTAAAAACTTGCAGTGTGTCCTTGAACC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3BY10JQ 259 0 0
GGACTCCGCTCAATCATTTATCTGTGTCCGGAGCCGTACCCGGAGAGTAACATCCATTTC
CTCAAATCCAATGGGATTACTCTTTTCCAGTTTGGCATTGAAGGCAACAAGGATTGGCTC
TGTCTCTGGCCTGCTATTTAATTGTAATTTACTTGGATTCTTCCCCGGGATGTCTAGACC
TCTGGCTTCACTAGGGGTAGAGATTCTATGATTTGAAAATGGATTAATAATTTAAAAACT
TGCAGTGTGTCCTTGAACC

QA 1 259 1 259
DS 



AS 1 2

CO CL5725Contig1 782 2 3 U
CACCCGGTATTGAATGCAACGAAGATGTAAAGGGAACAAACCAGCTTTTCCAGATCTACA
TATGTCTTGATAACTACCCAAAAGAGTTTGTGGAGTGCCCGTATGTTCCGGATAAATCAT
GTGCTTCCAAGATCAAGTTTCCAAAGTTCCCAAAGAAAGATTCTCTTGGTGAGACTCTAA
GTGTGATCTCTTCTGTTTAAACTACTATTATGGTAAGAATCCGTGCTGAGCAATTGCAAT
TTCAAAGGCTTGCATTCTCTCGCCTCAAGCATTTCCATTTCGATCGTAGGATGATATCTC
GCTGATCTTGAGGTCTATTGAAGCCTTGATGAGCTCCTCTCCAACTCGTTTCGCTGCTTC
CACGAATAGACTTCTGCAATGTACTACCGTAGAACAAACACTTCTTGTTAAAGTCGTCCA
CCAACATAGCATAGAGTTGCTTGTCTGAACAGAACACCGAAAGCCTCGGTTTCGTCTGTG
TTCCATTGAACTTCTTCCTGCTCCTCCGGTTCCTGGTTTTGGGGCTCTCGACTCGAGAGT
TGTTTCTTGCTTCAATCACAAACAGTTTCACGGACATATTTGTTGTTGTTCGAACTGGAA
AGGTGGCACAAGGTTTCAGACGAGTTCCGAGAATGTCGGAGACTCTAAAATGAACTGAAG
AAAGAGATGTTAAAGCAGACATACGAGATACCATTCGAGAAGCATCGAAAGTAGAAAGAC
TCCCAACGAATGTTAAAGACACTGATGATGCTCTCAGCGGAATTTAATCGAACACCTTCT
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR3A461JQ U 21
AF RR3A461TF C 1
BS 1 24 RR3A461TF
BS 25 287 RR3A461JQ
BS 288 782 RR3A461TF

RD RR3A461JQ 267 0 0
GAAA
ATGTAAAGGGAACAAACCAGCTTTTCCAGATCTACATATGTCTTGATAACTACCCAAAAG
AGTTTGTGGAGTGCCCGTATGTTCCGGATAAATCATGTGCTTCCAAGATCAAGTTTCCAA
AGTTCCCAAAGAAAGATTCTCTTGGTGAGACTCTAAGTGTGATCTCTTCTGTTTAAACTA
CTATTATGGTAAGAATCCGTGCTGAGCAATTGCAATTTCAAAGGCTTGCATTCTCTCGCC
TCAAGCATTTCCATTTCGATCGT

QA 5 267 5 267
DS 

RD RR3A461TF 782 0 0
CACCCGGTATTGAATGCAACGAAGATGTAAAGGGAACAAACCAGCTTTTCCAGATCTACA
TATGTCTTGATAACTACGCAAAAGAGTTTGTGGAGTGCCCGTATGTTCCGGATAAATCAT
GTGCTTCCAAGATCAAGTTTCCAAAGTTCCCAAAGAAAGATTCTCTTGGTGAGACTCTAA
GTGTGATCTCTTCTGTTTAAACTACTATTATGGTAAGAATCCGTGCTGAGCAATTGCAAT
TTCAAAGGCTTGCATTCTCTCGCCTCAAGCATTTCCATTTCGATCGTAGGATGATATCTC
GCTGATCTTGAGGTCTATTGAAGCCTTGATGAGCTCCTCTCCAACTCGTTTCGCTGCTTC
CACGAATAGACTTCTGCAATGTACTACCGTAGAACAAACACTTCTTGTTAAAGTCGTCCA
CCAACATAGCATAGAGTTGCTTGTCTGAACAGAACACCGAAAGCCTCGGTTTCGTCTGTG
TTCCATTGAACTTCTTCCTGCTCCTCCGGTTCCTGGTTTTGGGGCTCTCGACTCGAGAGT
TGTTTCTTGCTTCAATCACAAACAGTTTCACGGACATATTTGTTGTTGTTCGAACTGGAA
AGGTGGCACAAGGTTTCAGACGAGTTCCGAGAATGTCGGAGACTCTAAAATGAACTGAAG
AAAGAGATGTTAAAGCAGACATACGAGATACCATTCGAGAAGCATCGAAAGTAGAAAGAC
TCCCAACGAATGTTAAAGACACTGATGATGCTCTCAGCGGAATTTAATCGAACACCTTCT
CC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL5726Contig1 112 2 1 U
GATAAAAACATAATCCAATTGTACATCACTGAATCTTGAGCTCCACGTGCTTCAAAGAGA
GACTTGTGTAATTCGAAAAAAAGTTGGTCACATAAATATTCAACATTCTCCC


BQ
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AF RR3AH08JQ C 1
AF RR3AH08TF U 1
BS 1 112 RR3AH08TF

RD RR3AH08JQ 112 0 0
GATAAAAACATAATCCAATTGTACATCACTGAATCTTGAGCTCCACGTGCTTCAAAGAGA
GACTTGTGTAATTCGAAAAAAAGTTGGTCACATAAATATTCAACATTCTCCC

QA 1 112 1 112
DS 

RD RR3AH08TF 112 0 0
GATAAAAACATAATCCAATTGTACATCACTGAATCTTGAGCTCCACGTGCTTCAAAGAGA
GACTTGTGTAATTCGAAAAAAAGTTGGTCACATAAATATTCAACATTCTCCC

QA 1 112 1 112
DS 



AS 1 2

CO CL5727Contig1 1438 2 4 U
GGGCGGAGAATACGCAGATTCAATCCAATTTAGGGTTAGAGATTCCCCTAATTTGGAAAA
CCTAGTTCCTGAGTTTCCCTGGATCGGACGAAGAAGACGGAAGTAGCAACGAGAATGGGC
GCGAATTCTATACCGACGGACGCGACCATTGGTCTCGATGAGCAGATCTCGCAGCTCATG
CAGTGCAAGCCTCTCTCTGAGCAACAGGTTAGAGCATTATGCGAGAAAGCCAAGGAGATC
TTAATGGATGAAAGCAACGTTCAGCCTGTGAAAAGCCCTGTGACAATCTGCGGAGATATT
CATGGACAGTTCCATGATCTCGCTGAGCTTTTCCGTATTGGGGGAATGTGCCCTGATACC
AATTACCTGTTTATGGGAGATTATGTTGACCGTGGTTATTATTCTGTTGAAACTGTTACG
CTGTTAGTCGCCTTAAAGTTGCGATATCCTCAGCGAATTACCATTCTTAGAGGAAACCAT
GAAAGTCGTCAGATCACTCAGGTTTATGGATTTTATGATGAATGTCTGCGAAGGTATGGC
AATGCAAATGTTTGGAAAATCTTTACAGACCTCTTTGACTATTTCCCACTGACAGCCTTG
GTTGAGTCAGAAATATTTTGCCTTCATGGTGGATTGTCTCCATCAATCGAGACCCTTGAC
AACATAAGGAACTTTGATCGAGTTCAAGAAGTGCCCCATGAAGGGCCCATGTGTGACTTA
TTATGGTCTGATCCTGATGACCGTTGTGGTTGGGGCATCTCTCCTCGTGGTGCTGGATAT
ACATTTGGTCAGGACATATCCGAACAGTTCAACCACTCAAACAGCTTAAAGCTGATCGCC
AGAGCCCATCAGCTGGTTATGGATGGATACAACTGGGCTCATGAGCAAAAAGTGGTAACC
ATCTTCAGTGCACCAAACTATTGTTACCGTTGTGGGAACATGGCTTCGATTCTCGAAGTT
GATGACTGCAGGAACCACACCTTTATTCAGTTTGAACCAGCACCGAGGAGAGGAGAACCA
GACGTTACTCGGAGAACACCAGACTACTTCCTGTGATCACTGGATACAGAGTCACCTCTC
AGCAGCTGCAACCAACAACTGAAAAGTCCCAGTTAAGATTGCTGTGTGTGTTTTTAAGTT
CCAACTTAGTCCCACCACCGAAAGTATAGTGTGTGTTATAGGCGAAGAAGACCCTCTCAT
TACCTTCCTCGATAACCAAGAAGAAGAGAAAAGAGGTCAATGGACTCTCTACAATACCCA
TTATGCACAATTGTTTATTAACTTCTTTTTCTGCATCAGAATGTCTTTTTCATGTGAGAG
ATCTGTTTAATTTGATTTCTTGTAATTCTTCTCTTAAATTTCTTCTATTTTTTTTGTTTG
TTTGTTTGTTTAGAAATCCAATGAAGATTTTTTATTGGAACTTTGATGTTTTGTTTTT


BQ
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AF RR3HA50TF U 1
AF RR3HA50JQ C 651
BS 1 707 RR3HA50TF
BS 708 708 RR3HA50JQ
BS 709 769 RR3HA50TF
BS 770 1438 RR3HA50JQ

RD RR3HA50TF 769 0 0
GGGCGGAGAATACGCAGATTCAATCCAATTTAGGGTTAGAGATTCCCCTAATTTGGAAAA
CCTAGTTCCTGAGTTTCCCTGGATCGGACGAAGAAGACGGAAGTAGCAACGAGAATGGGC
GCGAATTCTATACCGACGGACGCGACCATTGGTCTCGATGAGCAGATCTCGCAGCTCATG
CAGTGCAAGCCTCTCTCTGAGCAACAGGTTAGAGCATTATGCGAGAAAGCCAAGGAGATC
TTAATGGATGAAAGCAACGTTCAGCCTGTGAAAAGCCCTGTGACAATCTGCGGAGATATT
CATGGACAGTTCCATGATCTCGCTGAGCTTTTCCGTATTGGGGGAATGTGCCCTGATACC
AATTACCTGTTTATGGGAGATTATGTTGACCGTGGTTATTATTCTGTTGAAACTGTTACG
CTGTTAGTCGCCTTAAAGTTGCGATATCCTCAGCGAATTACCATTCTTAGAGGAAACCAT
GAAAGTCGTCAGATCACTCAGGTTTATGGATTTTATGATGAATGTCTGCGAAGGTATGGC
AATGCAAATGTTTGGAAAATCTTTACAGACCTCTTTGACTATTTCCCACTGACAGCCTTG
GTTGAGTCAGAAATATTTTGCCTTCATGGTGGATTGTCTCCATCAATCGAGACCCTTGAC
AACATAAGGAACTTTGATCGAGTTCAAGAAGTGCCCCATGAAGGGCC*ATGTGTGACTTA
TTATGGTCTGATCCTGATGACCGTTGTGGTTGGGGCATCTCTCCTCGTG

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3HA50JQ 788 0 0
AGACCC
TGACAACATAAGGAACTTTGATCGAGTTCAAGAAGTGCCCCATGAAGGGCCCATGTGTGA
CTTATTATGGTCTGATCCTGATGACCGTTGTGGTTGGGGCATCTCTCCTCGTGGTGCTGG
ATATACATTTGGTCAGGACATATCCGAACAGTTCAACCACTCAAACAGCTTAAAGCTGAT
CGCCAGAGCCCATCAGCTGGTTATGGATGGATACAACTGGGCTCATGAGCAAAAAGTGGT
AACCATCTTCAGTGCACCAAACTATTGTTACCGTTGTGGGAACATGGCTTCGATTCTCGA
AGTTGATGACTGCAGGAACCACACCTTTATTCAGTTTGAACCAGCACCGAGGAGAGGAGA
ACCAGACGTTACTCGGAGAACACCAGACTACTTCCTGTGATCACTGGATACAGAGTCACC
TCTCAGCAGCTGCAACCAACAACTGAAAAGTCCCAGTTAAGATTGCTGTGTGTGTTTTTA
AGTTCCAACTTAGTCCCACCACCGAAAGTATAGTGTGTGTTATAGGCGAAGAAGACCCTC
TCATTACCTTCCTCGATAACCAAGAAGAAGAGAAAAGAGGTCAATGGACTCTCTACAATA
CCCATTATGCACAATTGTTTATTAACTTCTTTTTCTGCATCAGAATGTCTTTTTCATGTG
AGAGATCTGTTTAATTTGATTTCTTGTAATTCTTCTCTTAAATTTCTTCTATTTTTTTTG
TTTGTTTGTTTGTTTAGAAATCCAATGAAGATTTTTTATTGGAACTTTGATGTTTTGTTT
TT

QA 7 788 7 788
DS 



AS 1 2

CO CL5728Contig1 777 2 1 U
GTGACCACCTACAGGGAATGAGAGCCGGTGCGATGGATACTATCCTCCTCAAAATGTTAT
TTCAGGCGACCATCTACCATATTTGGAGAGAGCGCAACGCGCGCAGACACCACACTGGAT
GGATATCTACTGATGCAATGCGCACATTGATAGATAAATCGATGAGGAACCGTATATCAT
CACTCAAGTATAAGGCTGGGCATAAATACACGGGATTACTTCAAAGATGGTTCTTACACA
CTATGTAGTTCGACTGCCCTTTCTTTTTATTTTTACTCTTCATAGTTTAGGCATACTACT
CTTATAATTCTTTTGTAAATGTCTCTTCCCTATATGGATGAATAAATTTGAAATTTCATC
AAAAAAAAAAAAAAAAAATTTCTTACTATTTCACTAAATTCAATTTCTGATAACCAGTTA
CAGCCATCGGTTTGGTTTATATGGTTTCTGCTAATACGCAAACTGTTCTTTTGAAAGAGT
TCACTTTTTTTTTCTTCAGAAAACAACTAATTTTCTCTCAGACAAACTCTCTGAAGCTGA
TCAATGTAGCTGGTGCACCTTCTGTGCTACAACAACTAGTCTTTATCTTTTTTCTTGTCT
TCAAATAACTCCAAAAATCTATCCGACAAATGGTACAAACACAGAAAACGCATTGTTATG
GTTGCGGCTAGCACATTAAAACATAAACAATTTTAAAGAACAGTAAAGGCGGCAACACAT
TCTCTATTCAGAGTGGCGGAGCATTCTGTATGACGGATTGCTCGGTTGGCAATCTTT


BQ
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AF RR3F385TF U 148
AF RR3F386TF U 1
BS 1 777 RR3F386TF

RD RR3F385TF 116 0 0
TGATATATAAATCGATGAGGAACCGTATATCATCACTCAAGTATAAGGCTGGGCATAAAT
ACACGGGATTACTTCAAAGATGGTTCTTACACACTATGTAGTTCGACTGCCCTTTC

QA 1 116 1 116
DS 

RD RR3F386TF 777 0 0
GTGACCACCTACAGGGAATGAGAGCCGGTGCGATGGATACTATCCTCCTCAAAATGTTAT
TTCAGGCGACCATCTACCATATTTGGAGAGAGCGCAACGCGCGCAGACACCACACTGGAT
GGATATCTACTGATGCAATGCGCACATTGATAGATAAATCGATGAGGAACCGTATATCAT
CACTCAAGTATAAGGCTGGGCATAAATACACGGGATTACTTCAAAGATGGTTCTTACACA
CTATGTAGTTCGACTGCCCTTTCTTTTTATTTTTACTCTTCATAGTTTAGGCATACTACT
CTTATAATTCTTTTGTAAATGTCTCTTCCCTATATGGATGAATAAATTTGAAATTTCATC
AAAAAAAAAAAAAAAAAATTTCTTACTATTTCACTAAATTCAATTTCTGATAACCAGTTA
CAGCCATCGGTTTGGTTTATATGGTTTCTGCTAATACGCAAACTGTTCTTTTGAAAGAGT
TCACTTTTTTTTTCTTCAGAAAACAACTAATTTTCTCTCAGACAAACTCTCTGAAGCTGA
TCAATGTAGCTGGTGCACCTTCTGTGCTACAACAACTAGTCTTTATCTTTTTTCTTGTCT
TCAAATAACTCCAAAAATCTATCCGACAAATGGTACAAACACAGAAAACGCATTGTTATG
GTTGCGGCTAGCACATTAAAACATAAACAATTTTAAAGAACAGTAAAGGCGGCAACACAT
TCTCTATTCAGAGTGGCGGAGCATTCTGTATGACGGATTGCTCGGTTGGCAATCTTT

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL5729Contig1 969 2 2 U
GGCAACCCATCTCTCTCTCACATCTTCCCTTTGCAATCAAATCTCCAACGAAATCAAATA
TCCCCGCTCAATTCTCACTCCTCTGGGGTCTCGGAATTCTCAAATGGAAGGCGGCTCCGC
TATCTGGTCGGCTTCCACTCTGTCAAACGACGAAAACCTCGTCGTCTCTTCGGAGGATTC
TTCTTCTCCGACAGAGAACGGTCTCGAGCTTCGTCTTACGTTGAGCCTTGGTCGAAAGGG
GTATCGAGAGTGCAGGGTTTCTCACGCTGATGATTCTTCATCTTCATCTTCTTCCTCAGC
ACCTTCTTCCTTGAGCAGAGCTAGCGTCACTGCTGGGATCAAACGAACAGCTGATTCCAT
GGCACCTACTAGTGGGCAAGTTGTGGGATGGCCACCAATAAGGACGTACAGGATGAACAG
TTTGGTTAACCAAGCCAAGACATTGGCTGTGGAAGAAGATCCACAGGGAGTAGTAAACAG
GAATATAAGCGATGCAACAAAGATAAGAAGTTCCATGTTTGTGAAGGTGACTATGGATGG
TATTCCCATTGGAAGGAAAATCGATCTGAATGCTCATAACTGCTATGAATCCTTGTCCAC
CACTCTCGAAGATACGTTTCTTAAACCCAAATCAGTATCAAGCACACAAGAAACAGATGG
TCACTTGGAAACAAGGCTTAAGATACTACCAGATGGGTCTTCTGGATTAGTGCTAACATA
CGAAGACAAGGAAGGAGATTGGATGCTTGTTGGTGATGTTCCGTGGAGGATGTTTATTGG
TTCTGTGAAAAGGCTCCGGATAATGAAAACATCAGAAGCTACTGGTGCAGCTAAAATGAA
CTTATAAAGCATATAAATAAAGCTACAAGAACCATTTATGTTTGAAGCAAATAATAAGAC
AGATCAAAGAGAAGACAACAACAATGTAAGAATATTTTTGCCTTGGCTCTGCCATTTATT
TAGTTAGCG


BQ
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AF RR3CL86TF U 1
AF RR3CL86JQ C 183
BS 1 295 RR3CL86TF
BS 296 969 RR3CL86JQ

RD RR3CL86TF 295 0 0
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TCCCCGCTCAATTCTCACTCCTCTGGGGTCTCGGAATTCTCAAATGGAAGGCGGCTCCGC
TATCTGGTCGGCTTCCACTCTGTCAAACGACGAAAACCTCGTCGTCTCTTCGGAGGATTC
TTCTTCTCCGACAGAGAACGGTCTCGAGCTTCGTCTTACGTTGAGCCTTGGTCGAAAGGG
GTATCGAGAGTGCAGGGTTTCTCACGCTGATGATTCTTCATCTTCATCTTCTTCC

QA 1 295 1 295
DS 

RD RR3CL86JQ 787 0 0
CTTCTCCGACAGAGAACGGTCTCGAGCTTCGTCTTACGTTGAGCCTTGGTCGAAAGGGGT
ATCGAGAGTGCAGGGTTTCTCACGCTGATGATTCTTCATCTTCATCTTCTTCCTCAGCAC
CTTCTTCCTTGAGCAGAGCTAGCGTCACTGCTGGGATCAAACGAACAGCTGATTCCATGG
CACCTACTAGTGGGCAAGTTGTGGGATGGCCACCAATAAGGACGTACAGGATGAACAGTT
TGGTTAACCAAGCCAAGACATTGGCTGTGGAAGAAGATCCACAGGGAGTAGTAAACAGGA
ATATAAGCGATGCAACAAAGATAAGAAGTTCCATGTTTGTGAAGGTGACTATGGATGGTA
TTCCCATTGGAAGGAAAATCGATCTGAATGCTCATAACTGCTATGAATCCTTGTCCACCA
CTCTCGAAGATACGTTTCTTAAACCCAAATCAGTATCAAGCACACAAGAAACAGATGGTC
ACTTGGAAACAAGGCTTAAGATACTACCAGATGGGTCTTCTGGATTAGTGCTAACATACG
AAGACAAGGAAGGAGATTGGATGCTTGTTGGTGATGTTCCGTGGAGGATGTTTATTGGTT
CTGTGAAAAGGCTCCGGATAATGAAAACATCAGAAGCTACTGGTGCAGCTAAAATGAACT
TATAAAGCATATAAATAAAGCTACAAGAACCATTTATGTTTGAAGCAAATAATAAGACAG
ATCAAAGAGAAGACAACAACAATGTAAGAATATTTTTGCCTTGGCTCTGCCATTTATTTA
GTTAGCG

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL5730Contig1 1368 2 4 U
GGCTTCGGTTCAGGAAGAAGACCTTTACCCGAAACTAGAGGCGTTGGAGAAAGAGAACTC
GGCTTTGAAGGTACAACTACTCTCGAAAGCAGAAGAGGTCAAGATAAGAACTCTTGAGAG
GGACTTGAGCACTCAAGCTGCTGAGTCTGCTAGTAAGCAGCAGCTTGAAGGGATTAAAAA
GTTGACTAAACTCGAAGCGGAATGCAGGAAACTGAGAGTCATGGTTCAGAGATCTGTCAA
CAAGTCTTCTGTAGATAACCAATCAGACTACTCAGGGAGATTCTCTTTTAGTGACAATGA
AGTGCAGAGTCCTACACAGAGATCTGTTGGGAAGAGTTCAATGGCTCCTCCAGTAGATAT
CAGTTTAATGGATGATTTTCTTGAAATGGAGAAGCTAGCTTCTATGCCGCATTCTGAACC
GGGAAGAAAACATTCAGAGAGTAGACCTGATTATGCACAATCGAGGCAGCTAAAACATGA
ACTTGAAACCTCACTTCAGAGAGTTTCTGAGTTAGAGGAAAAAGTAGAGATGGTGGAGGT
AGAGAAACTGCAGCTGGAGATGGCTTTGAATGAATCCAGAGAGCAAGTGGAGACACTGCA
GAGACGACTGATGGAGACAGACGAGAAGCTGAAGAAACTGGAACCAAAAGCTCAAGATCT
TGAGCTGTCATTGGATGAATCTAGAAAGCAGATTCAGGATCTTCAAAGACAGCTAAACAG
AACACAAGTGGATAGGTCGAAACTAGAGACTACAAGAGCTGAAAACAATGATCTAGAGTT
GTTGTTGAGTGAATCCGGAAGTCAAATTCAGGATCTTCAAAAGCAGCTAAACAAAGCACA
AGCGAATCTATCAGAGCTAGAGACTGTGAGAGCAGAAAAGCTGGAGCTGACCATATGTTT
AAACGGGACAAAGAAGCAGCTAGAGACATCTCAAAGTCGGTTGAAGGAAACAGAGAGAAA
GTTAACTGAGCTTCAGACTCTTCTGCGTCTAACAAAGGATGCAAGAGAAGCTGCTGAGGT
TGGTGTGAAAGCTGCAAACGCGAAAGCAGAAGCTGTTGAGTCAAGACTCAGAGATGTTGA
AGCAGAAGCGCAATCTTCGATATTGAAAATCGAATCTTTGGAAGAGGGTATAGAAAAGGA
ACGTGTCTTATCAGCAAAACACATTTCAAAGTGCGAGGAACTGCAAGATGAGATCTCAAA
ACTTAAACATGAACTTGAGCATTATGAAGAAGCAGAGCATGAGCCTAAACATGTGAGAGC
TTTTGATGACGATTATAAGCTGAAACAGGTCAAATTCTCTTGTCATCTATATGTAATATT
ACAATAGCACCTTCTATGTACACATATGTTATGAAACTCTTTTGTGGC


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AF RR3BP12TF U 1
AF RR3BP12JQ C 648
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BS 708 765 RR3BP12TF
BS 766 1368 RR3BP12JQ

RD RR3BP12TF 767 0 0
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GGCTTTGAAGGTACAACTACTCTCGAAAGCAGAAGAGGTCAAGATAAGAACTCTTGAGAG
GGACTTGAGCACTCAAGCTGCTGAGTCTGCTAGTAAGCAGCAGCTTGAAGGGATTAAAAA
GTTGACTAAACTCGAAGCGGAATGCAGGAAACTGAGAGTCATGGTTCAGAGATCTGTCAA
CAAGTCTTCTGTAGATAACCAATCAGACTACTCAGGGAGATTCTCTTTTAGTGACAATGA
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CAGTTTAATGGATGATTTTCTTGAAATGGAGAAGCTAGCTTCTATGCCGCATTCTGAACC
GGGAAGAAAACATTCAGAGAGTAGACCTGATTATGCACAATCGAGGCAGCTAAAACATGA
ACTTGAAACCTCACTTCAGAGAGTTTCTGAGTTAGAGGAAAAAGTAGAGATGGTGGAGGT
AGAGAAACTGCAGCTGGAGATGGCTTTGAATGAATCCAGAGAGCAAGTGGAGACACTGCA
GAGACGACTGATGGAGACAGACGAGAAGCTGAAGAAACTGGAACCAAAAGCTCAAGATCT
TGAGCTGTCATTGGATGAATCTAGAAAGCAGATTCAGGATCTTCAA*GACAGCTAAACAG
AACACAAGTGGATAGGTCGAAACTAGAGACTACAAGAGCTGAAAA
AA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3BP12JQ 721 0 0
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GACAGCTAAACAGAACACAAGTGGATAGGTCGAAACTAGAGACTACAAGAGCTGAAAACA
ATGATCTAGAGTTGTTGTTGAGTGAATCCGGAAGTCAAATTCAGGATCTTCAAAAGCAGC
TAAACAAAGCACAAGCGAATCTATCAGAGCTAGAGACTGTGAGAGCAGAAAAGCTGGAGC
TGACCATATGTTTAAACGGGACAAAGAAGCAGCTAGAGACATCTCAAAGTCGGTTGAAGG
AAACAGAGAGAAAGTTAACTGAGCTTCAGACTCTTCTGCGTCTAACAAAGGATGCAAGAG
AAGCTGCTGAGGTTGGTGTGAAAGCTGCAAACGCGAAAGCAGAAGCTGTTGAGTCAAGAC
TCAGAGATGTTGAAGCAGAAGCGCAATCTTCGATATTGAAAATCGAATCTTTGGAAGAGG
GTATAGAAAAGGAACGTGTCTTATCAGCAAAACACATTTCAAAGTGCGAGGAACTGCAAG
ATGAGATCTCAAAACTTAAACATGAACTTGAGCATTATGAAGAAGCAGAGCATGAGCCTA
AACATGTGAGAGCTTTTGATGACGATTATAAGCTGAAACAGGTCAAATTCTCTTGTCATC
TATATGTAATATTACAATAGCACCTTCTATGTACACATATGTTATGAAACTCTTTTGTGG
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL5731Contig1 977 2 4 U
CTGAATGGAACAATACGAAACTGAAACGCATTCTTGTGGACTACATGCTCCGGATGTCGT
ATTTCGAGACTGCTTCAAAGCTTTCAGAAACCACCAATATTTTGGACCTTGTCGACATTG
ACATATTTCGAGAAGCTAAGAAGGTGATTGACGCCCTTAAACGTAGGGAGGTTGCTTCTG
CACTGGCATGGTGTGCTGATAATAAAACACGCTTGAAGAAGGCAAAGAGCAAATTCGAGT
TCCAACTAAGGCTGCAAGAATTCATCGAGCTGGTACGAGCTAACAGCTACAAACAAGCAA
TCCATTATGCCCGAAAGCATCTGGCACCATGGGGAGCTACCCATATGAACGAATTGCAGC
CTGTCCTGGCCACTTTGGCTTTTAAAAAGTACTACCGAATGCACAAAATACAAGGTTCTA
TTTGAACTAGGGCAGTGGGATATTTTAGTTCATCAGTTTAAACAAGAATTTTGCAAGTTA
TATGGCATGACAATGGAGCCGTTACTGAACATCTACTTACAAGCAGGCTTGTCCGCCTTG
AAAACTCCATATGGTTTTGAAGAAGGTTGTACCAAGGAGGACCCGCTCTCACAAGAGAGC
TTCCGGAAGCTAGCTCTGCCTCTACCGTACTCCAAGCAAGAACATTCAAAGCTTGTTTGC
TATATTTCCAAGGAGCTGATGGACACAGAGAACCCACCACTGGTGTTTCCCAATGGCTAC
GTCTATAGCACCAAGGCTTTCAAGGAAATGGCGGACAAGAACAAAGGTGAAGTGAAATGT
CCGAGGACAGGGCTTGTTTGCAACTACACGGACTTAGTTAAGGCATACATATCATGAATT
CAGTTGCTCATAATCCTAGCTTTGGTTGTTGCATATTTGATCACAACCAAAGTGAGTGTC
AGTGTTCAACTTTCTTCATATGCTAATCTGTAAATATGCATTTAAAACAGTTTTTTTTTT
TCGTATATCAAAGCTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR73TF U 1
AF RR3BR73JQ C 625
BS 1 710 RR3BR73TF
BS 711 711 RR3BR73JQ
BS 712 735 RR3BR73TF
BS 736 977 RR3BR73JQ

RD RR3BR73TF 751 0 0
CTGAATGGAACAATACGAAACTGAAACGCATTCTTGTGGACTACATGCTCCGGATGTCGT
ATTTCGAGACTGCTTCAAAGCTTTCAGAAACCACCAATATTTTGGACCTTGTCGACATTG
ACATATTTCGAGAAGCTAAGAAGGTGATTGACGCCCTTAAACGTAGGGAGGTTGCTTCTG
CACTGGCATGGTGTGCTGATAATAAAACACGCTTGAAGAAGGCAAAGAGCAAATTCGAGT
TCCAACTAAGGCTGCAAGAATTCATCGAGCTGGTACGAGCTAACAGCTACAAACAAGCAA
TCCATTATGCCCGAAAGCATCTGGCACCATGGGGAGCTACCCATATGAACGAATTGCAGC
CTGTCCTGGCCACTTTGGCTTTTAAAAAGTACTACCGAATGCACAAAATACAAGGTTCTA
TTTGAACTAGGGCAGTGGGATATTTTAGTTCATCAGTTTAAACAAGAATTTTGCAAGTTA
TATGGCATGACAATGGAGCCGTTACTGAACATCTACTTACAAGCAGGCTTGTCCGCCTTG
AAAACTCCATATGGTTTTGAAGAAGGTTGTACCAAGGAGGACCCGCTCTCACAAGAGAGC
TTCCGGAAGCTAGCTCTGCCTCTACCGTACTCCAAGCAAGAACATTCAAAGCTTGTTTGC
TATATTTCCAAGGAGCTGATGGACACAGAGAACCCACCACTGGTGTTTCC*AATGGCTAC
GTCTATAGCACCAAG
CTCTCAAGGAATGGCG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3BR73JQ 353 0 0
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ACAGAGAACCCACCACTGGTGTTTCCCAATGGCTACGTCTATAGCACCAAGGCTTTCAAG
GAAATGGCGGACAAGAACAAAGGTGAAGTGAAATGTCCGAGGACAGGGCTTGTTTGCAAC
TACACGGACTTAGTTAAGGCATACATATCATGAATTCAGTTGCTCATAATCCTAGCTTTG
GTTGTTGCATATTTGATCACAACCAAAGTGAGTGTCAGTGTTCAACTTTCTTCATATGCT
AATCTGTAAATATGCATTTAAAACAGTTTTTTTTTTTCGTATATCAAAGCTAT

QA 1 353 1 353
DS 



AS 1 2

CO CL5732Contig1 610 2 3 U
CAGCGATACTTCTCTTTCCCAAACTGGAGTTTAGTCTCATCACGGTGCTGTTGGTTTTGC
CAGGGCGGGCTGATTCTAAGCTCAAAATTCAAATCCAAGCTCTCGTTTTTGCAAGTCAAA
CCCTTTTGATATCTTCTCTCCTCCCCAAAGCCTTCCTCTTTCTCCAACTGAGGACCGAAA
GAGAGAACCTTTACAAGCGAATCCTCTGTTTCTCGAAACTCAGGCGAATCTCGACGAGCT
TTAATCGGCCGATGAGTAGCGGGATCAATCCCTCCTCTTATAAGCTTCCTCTTTACATGT
GTATTCCAGTAGTTTTTAATCTCGTTGTCTGTTCTTCCCGGTAACCTCGTCGCAATAAGA
GACCACTTGTTTCCAAGGAGGCTATGTAGCTTGATGATGAGATCATCTTCTTCGAGGGTG
AAGTTACCCCTCTTGAGATCAGGACGGAGGTAGTTAATCCAACGGAGACGGCAGCTTTTG
CCGCAGCGGAGAAGGCCGGCGGATGCAGGGAGAGAACACCAACAACCTTCGCCGTGAGAT
TTGATGTAAGAGATGAGCTTATGGTCTTCTTCCTTAGTCCAAGCTCCTTTGTTCGTGTGG
TCTTTCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN48JQ U 44
AF RR3EN48TF C 1
BS 1 43 RR3EN48TF
BS 44 161 RR3EN48JQ
BS 162 610 RR3EN48TF

RD RR3EN48JQ 118 0 0
GGTGCTGTTGGTTTTGCCAGGGCGGGCTGATTCTAAGCTCAAAATTCAAATCCAAGCTCT
CGTTTTTGCAAGTCAAACCCTTTTGATATCTTCTCTCCTCCCCAAAGCCTTCCTCTTT

QA 1 118 1 118
DS 

RD RR3EN48TF 610 0 0
CAGCGATACTTCTCTTTCCCAAACTGGAGTTTAGTCTCATCACGGTGCTGTTGGTTTTGC
CAGGGCGGGCTGATTCTAAGCTCAAGATTCAAATCCAAGCTCTCGTTTTTGCAAGTCAGA
CCCTTTTGATATCTTCTCTCCTCCCCAAAGCCTTCCTCTTTCTCCAACTGAGGACCGAAA
GAGAGAACCTTTACAAGCGAATCCTCTGTTTCTCGAAACTCAGGCGAATCTCGACGAGCT
TTAATCGGCCGATGAGTAGCGGGATCAATCCCTCCTCTTATAAGCTTCCTCTTTACATGT
GTATTCCAGTAGTTTTTAATCTCGTTGTCTGTTCTTCCCGGTAACCTCGTCGCAATAAGA
GACCACTTGTTTCCAAGGAGGCTATGTAGCTTGATGATGAGATCATCTTCTTCGAGGGTG
AAGTTACCCCTCTTGAGATCAGGACGGAGGTAGTTAATCCAACGGAGACGGCAGCTTTTG
CCGCAGCGGAGAAGGCCGGCGGATGCAGGGAGAGAACACCAACAACCTTCGCCGTGAGAT
TTGATGTAAGAGATGAGCTTATGGTCTTCTTCCTTAGTCCAAGCTCCTTTGTTCGTGTGG
TCTTTCTCCC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL5733Contig1 1437 2 2 U
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GCCGACCGTGGAACAAGCTCTGTTTTACAAAATAAATAAAAAATATCAGCCATGTCAAGG
GGAGGAACGGTGAGAAGGGTCTCACGTCAAGATATACAACTGGTTCAAAACCTTATAGAA
CGATGCCTTCAACTCTACATGAACCAGAAAGAAGTCGTGGAAACTTTACTGGAGCAAGCT
AAAATCGAACCTGGTTTCACAGAACTAGTTTGGCAGAAGCTTGAAGAGGAGAATCGTGAG
TTTTTCAAGGCTTACTATCTTAGGCTCATGGTGAAACACCAGATCATGGAGTTCAACAAG
CTACTCGAGCAGCAGGTTCAACACATGCGGCAGATGCATCCAGGTGGAGTCGCTTCCGTC
CAAAACACAAACGGTGGTGGTTCTCATATTCAATCAATGAATCAGAAACATTTGGGTTAT
GCCTCTGAGCACACTGATCAATCTTTGAAGTCGATGCCCTCGAGTTTGTCTAATGCATAC
CTGAATGGATCTTCAACACTCAATACAAATAATGTAACCTCTTCTGTGAACATATCAACC
CATGGTAGGAGAGTTGATGCTTCTCCTCCTCCGAATATGATCTCATCATCGCAGACCACT
ACAAACATGCCTGTGATGATGCATGGAATGAATGGAGGAGGAGGAGGAGGGATGATCAAG
TCTGAGACTGCCTTTACAAACAACCCTGTTTCTTCATTCATGTATGGTGGTGGTGAAAGG
AACGCCTTGGAAGGGCATTCCACAGTTAGAGGAGACACTTCGATCCTCCCATCTTTTGGT
AATGAGTCCAACAACAACAACAACCAACAACCTCTCAGTGAGACGGTTCTTATGCAGAAG
CTGCTACTTTTGGGTTCTTGGGTCAAATCCCTCGGAACTTTAGCCTCTCTGATCTGACAG
CTGATTTTTCTCAGAGCTCAGAGATTCTAGAGAGCTATGATAAGTCACCCTTCCTTGTGC
CAGATGCTGAAAATTTCCTGGACTCCTGCGACAGGGGAGAATATCAAGGAGATAACAAGA
GATTGGAGACCATATTTGAAGGTTTCAGTTATGATAACCTTGGAAGCGAGTAGTTAGGGT
AACAGGTTTTGCTTCACTACTCATGATGTAATATATGTTTGGGTATAACATATTCAGGCC
TCTGATCTTTTCCTTGCAACAGAGACTATTGGGTGGGTGTATAAAATGGAATTTCTATTT
TAACATTATTACTTTAGCTTAGAGTTAATAAGTTTGAGATGATCATATGTAATTTCCAGT
GTGTGATTTTGCATCTTTTCTCTTGTGTTTTAGTTTTTCCTTTTTACTTGTTATAATTTT
TGTGTCTAAGTGTGATTTAACTGATTATGTTAAGAATGAAAGTTGTGGTAGTGAAGC


BQ
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AF RR3B945TF U 1
AF RR3B945JQ C 611
BS 1 695 RR3B945TF
BS 696 1437 RR3B945JQ

RD RR3B945TF 695 0 0
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GCCGACCGTGGAACAAGCTCTGTTTTACAAAATAAATAAAAAATATCAGCCATGTCAAGG
GGAGGAACGGTGAGAAGGGTCTCACGTCAAGATATACAACTGGTTCAAAACCTTATAGAA
CGATGCCTTCAACTCTACATGAACCAGAAAGAAGTCGTGGAAACTTTACTGGAGCAAGCT
AAAATCGAACCTGGTTTCACAGAACTAGTTTGGCAGAAGCTTGAAGAGGAGAATCGTGAG
TTTTTCAAGGCTTACTATCTTAGGCTCATGGTGAAACACCAGATCATGGAGTTCAACAAG
CTACTCGAGCAGCAGGTTCAACACATGCGGCAGATGCATCCAGGTGGAGTCGCTTCCGTC
CAAAACACAAACGGTGGTGGTTCTCATATTCAATCAATGAATCAGAAACATTTGGGTTAT
GCCTCTGAGCACACTGATCAATCTTTGAAGTCGATGCCCTCGAGTTTGTCTAATGCATAC
CTGAATGGATCTTCAACACTCAATACAAATAATGTAACCTCTTCTGTGAACATATCAACC
CATGGTAGGAGAGTTGATGCTTCTCCTCCTCCGAATATGATCTCATCATCGCAGACCACT
ACAAACATGCCTGTGATGATGCATGGAATGAATGG

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3B945JQ 827 0 0
GAGTTGATGCTTCTCCTCCTCCGAATATGATCTCATCATCGCAGACCACTACAAACATGC
CTGTGATGATGCATGGAATGAATGGAGGAGGAGGAGGAGGGATGATCAAGTCTGAGACTG
CCTTTACAAACAACCCTGTTTCTTCATTCATGTATGGTGGTGGTGAAAGGAACGCCTTGG
AAGGGCATTCCACAGTTAGAGGAGACACTTCGATCCTCCCATCTTTTGGTAATGAGTCCA
ACAACAACAACAACCAACAACCTCTCAGTGAGACGGTTCTTATGCAGAAGCTGCTACTTT
TGGGTTCTTGGGTCAAATCCCTCGGAACTTTAGCCTCTCTGATCTGACAGCTGATTTTTC
TCAGAGCTCAGAGATTCTAGAGAGCTATGATAAGTCACCCTTCCTTGTGCCAGATGCTGA
AAATTTCCTGGACTCCTGCGACAGGGGAGAATATCAAGGAGATAACAAGAGATTGGAGAC
CATATTTGAAGGTTTCAGTTATGATAACCTTGGAAGCGAGTAGTTAGGGTAACAGGTTTT
GCTTCACTACTCATGATGTAATATATGTTTGGGTATAACATATTCAGGCCTCTGATCTTT
TCCTTGCAACAGAGACTATTGGGTGGGTGTATAAAATGGAATTTCTATTTTAACATTATT
ACTTTAGCTTAGAGTTAATAAGTTTGAGATGATCATATGTAATTTCCAGTGTGTGATTTT
GCATCTTTTCTCTTGTGTTTTAGTTTTTCCTTTTTACTTGTTATAATTTTTGTGTCTAAG
TGTGATTTAACTGATTATGTTAAGAATGAAAGTTGTGGTAGTGAAGC

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

CO CL5734Contig1 1271 2 2 U
GGGACAGAGTTAGCCACAGCTCATCCACCGAGATCGAACTGCAGCTTTCTGCTTTCAAGA
TGTTTCTAGAACTAGCAGGGGACCATCTCTCGGGAAGGGACTTCACCGAGGCCTTCGACG
CAGCTTGTTTCCCTCTCACTCTGTTCTCCAACTCGTTTGATCCTGGTTGGGCGTCTGGAA
TGTCGGCTACCGTCATACAGGGACTCCTCGGTATGCTTGTTGAAGGTGGTGCAGATAACG
TGAACCAGTGTTTCCTCGAAGCTTCACGGTTTGGTAGTACAGAACTTGTCCGCGTCTTGT
TGCATATTGCTCAAAGGAACAGCTTAGATGTGGATGTAGACTTAGCTCTCGGTTTCGCCT
CGCATTACTGTAAACTCGAGACAATGAAGTGCTTAGTGGAAGAAGGTAACGCCATTGCCC
TCTTAGGTCCGTTGATGAGAGCAGCGGAGAGAGGCTGTATGCAAGTGGAGGTGGCTGCTT
ATCTCCTCCCTTTTGTTCCTTCGCCTGTCTTAACAGCTCTAAGCATCGAAATCCTCAAAG
CAGCTGGAGAAAGAAGCGGAGGGTCTCTCCAAGGAGTGGAGTTTCTCCTCAGATCAGACT
TCTTGGGAGACTCTGTGGCTACATACCCGGTTGCGGAAAGCATAGCGAGGTCGTCTGAGG
ACGAATCCGCTCCTTCTGATCTTAAATCGTTTCTCCGTGAGCATTGGTCGGAGGCAGCTT
TTGAGAAAGGGATGAGAGAAAGCCATGAGAACTTCATGAACTTTATGAGGGTGCTGAAGA
AGGGAGAGTGTGATATATCTTTGAGAGACCTTCCTGCGCCGCTAAGAGTAGCGATTGCAT
ACATGCCGCTGTACAGAGAGTGTGTGAATTCGGGAGGGAGGTTGCTGTCTCAGAGGCTGG
GAGGACAGCTTGTTGAAGCTGTGAGACAGCTTCAAGGATGTGATGTTCCTGTTGTGGAAG
TAAGCGAGACTCCTCGCCTCATGGCGGTTTTGGAGCATCACCTCACTGCCATTTTCTGTT
AAACCATGAAAGAAGCAAGGATAGAGGAAAACACAAGTCTCTCAGCAAAAATGGTTCTGC
TTTGGACACCACTCTGTTTTCTATATGGATAGTTGAAAAAAAATAAGAATGGAGTATGAT
ATGATGCATGTTTTTTTTCTTTTGTATATTTTTGTTCTTCCTATATATATTTTCATAACT
TGATGTAGTTTCTAACTTACGTTTGTATCATGAGATCGTATTAATTTGATGTTATGGCAT
TCTCAGTCTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX85TF U 1
AF RR3GX85JQ C 622
BS 1 730 RR3GX85TF
BS 731 1271 RR3GX85JQ

RD RR3GX85TF 735 0 0
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TGTTTCTAGAACTAGCAGGGGACCATCTCTCGGGAAGGGACTTCACCGAGGCCTTCGACG
CAGCTTGTTTCCCTCTCACTCTGTTCTCCAACTCGTTTGATCCTGGTTGGGCGTCTGGAA
TGTCGGCTACCGTCATACAGGGACTCCTCGGTATGCTTGTTGAAGGTGGTGCAGATAACG
TGAACCAGTGTTTCCTCGAAGCTTCACGGTTTGGTAGTACAGAACTTGTCCGCGTCTTGT
TGCATATTGCTCAAAGGAACAGCTTAGATGTGGATGTAGACTTAGCTCTCGGTTTCGCCT
CGCATTACTGTAAACTCGAGACAATGAAGTGCTTAGTGGAAGAAGGTAACGCCATTGCCC
TCTTAGGTCCGTTGATGAGAGCAGCGGAGAGAGGCTGTATGCAAGTGGAGGTGGCTGCTT
ATCTCCTCCCTTTTGTTCCTTCGCCTGTCTTAACAGCTCTAAGCATCGAAATCCTCAAAG
CAGCTGGAGAAAGAAGCGGAGGGTCTCTCCAAGGAGTGGAGTTTCTCCTCAGATCAGACT
TCTTGGGAGACTCTGTGGCTACATACCCGGTTGCGGAAAGCATAGCGAGGTCGTCTGAGG
ACGAATCCGCTCCTTCTGATCTTAAATCGTTTCTCCGTGAGCATTGGTCGGAGGCAGCTT
TTGAGAAAGG
ATGAG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3GX85JQ 650 0 0
CATACCCGGTTGCGGAAAGCATAGCGAGGTCGTCTGAGGACGAATCCGCTCCTTCTGATC
TTAAATCGTTTCTCCGTGAGCATTGGTCGGAGGCAGCTTTTGAGAAAGGGATGAGAGAAA
GCCATGAGAACTTCATGAACTTTATGAGGGTGCTGAAGAAGGGAGAGTGTGATATATCTT
TGAGAGACCTTCCTGCGCCGCTAAGAGTAGCGATTGCATACATGCCGCTGTACAGAGAGT
GTGTGAATTCGGGAGGGAGGTTGCTGTCTCAGAGGCTGGGAGGACAGCTTGTTGAAGCTG
TGAGACAGCTTCAAGGATGTGATGTTCCTGTTGTGGAAGTAAGCGAGACTCCTCGCCTCA
TGGCGGTTTTGGAGCATCACCTCACTGCCATTTTCTGTTAAACCATGAAAGAAGCAAGGA
TAGAGGAAAACACAAGTCTCTCAGCAAAAATGGTTCTGCTTTGGACACCACTCTGTTTTC
TATATGGATAGTTGAAAAAAAATAAGAATGGAGTATGATATGATGCATGTTTTTTTTCTT
TTGTATATTTTTGTTCTTCCTATATATATTTTCATAACTTGATGTAGTTTCTAACTTACG
TTTGTATCATGAGATCGTATTAATTTGATGTTATGGCATTCTCAGTCTCG

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL5735Contig1 1370 2 6 U
GGATTCAAATCACATAAACATTAATAAATAAAATCCTCTTGAGAGACAATAAAGAGAATG
ACACTTCTTCACTTGTCTCTCTCCCTATTCTCATGTCTCCTCCTTGTAGCTCCGACCTTC
ATCGACTCCGCTCATGTTTCCGACCCTGAACTCGTAGTTCAAGAAGTAAACCAGAAGATT
AATGCGTCTAGGACAAATCTTGGTGTCCTCTCATGTGGGACAGGAAACCCTATCGATGAT
TGTTGGAGATGCGACAGGAAATGGGAGAAGAACCGACAACGACTAGCTGATTGTGCCATT
GGATTTGGCAAACACGCAATAGGCGGCCGTGACGGCAAAATCTACGTGGTGACCGATCCG
AGCGACAAAGACGCGGTTAACCCTAAACCGGGAACCCTAAGACACGCAGTGATCCAAGAC
AAGCCGCTATGGATCATCTTCGCACGTGACATGGTCATAAAGCTGAAAGAAGAGCTGCTC
ATGAACTCGTTCAAGACCATATACGGTCGTGGAGCTAACGTCCACATCGCCGGAGGCGCG
TGCATCACTGTCCAATACGTGACCAACATCATCATCCACGGCATCAACATCCATGACTGC
AAGAAGAGAGGGAATGCTTACGTCAGAGATTCTCCGTCGCATTACGGGGTGGAGGACGGC
ATCCGACGGTGACGCCGTCTCGATTTTTGGTGGGTCCCACGTGTGGGTTGACCACTGCTC
GTTGTCTAACTGCGCGGACGGTCTGGTCGACGCTATTCATGGATCTACGGCTATTACCAT
ATCTAATAACTACTTGACGCACCATAACAAGGTGATGCTTTTGGGACACAGTGATTCGTA
CACGAGAGACAAGAACATGCAAGTCACCATTGCGTTTAATCATTTCGGTGAAGGGCTTGT
TCAGAGAATGCCCAGATGTAGGCATGGATATTTTCATGTGGTAAATAACGATTATACGCA
TTGGCAAATGTATGCAATTGGTGGGAGTGCAGCTCCAACTATTAACAGTCAAGGCAATAG
GTTTCTTGCTTCCAATGACCATGTCTTCAAAGGGGTGACTAAATACGAAGATGCACCACA
AAGCAAATGGAAGAAGTGGAACTGGAGATCCGAAGGTGACTTGTTCCTAAACGGTGCGTT
TTTTACGCCTGCTGTGGAAGAGCCTCTTCGAGCTACGCCAAAGCTTCAAGTTTGTCGGCT
AGACCATCCTCGTTGGTGGCTTCTGTCACGGGCAATGCTGGTGCTCTCTACTGTAAGAAA
GGATCTCGATGTTAATCCCACCAATCTACTTAAATTATATTCCATCTAATTAAACAAGGA
AAAAGATGTGTACTGGTGCTCCTATGTCAATTTTTAATGGGGTAATTTGC


BQ
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AF RR3AV69TF U 1
AF RR3AV69JQ C 689
BS 1 740 RR3AV69TF
BS 741 741 RR3AV69JQ
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BS 770 770 RR3AV69JQ
BS 771 807 RR3AV69TF
BS 808 1370 RR3AV69JQ

RD RR3AV69TF 807 0 0
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ATCGACTCCGCTCATGTTTCCGACCCTGAACTCGTAGTTCAAGAAGTAAACCAGAAGATT
AATGCGTCTAGGACAAATCTTGGTGTCCTCTCATGTGGGACAGGAAACCCTATCGATGAT
TGTTGGAGATGCGACAGGAAATGGGAGAAGAACCGACAACGACTAGCTGATTGTGCCATT
GGATTTGGCAAACACGCAATAGGCGGCCGTGACGGCAAAATCTACGTGGTGACCGATCCG
AGCGACAAAGACGCGGTTAACCCTAAACCGGGAACCCTAAGACACGCAGTGATCCAAGAC
AAGCCGCTATGGATCATCTTCGCACGTGACATGGTCATAAAGCTGAAAGAAGAGCTGCTC
ATGAACTCGTTCAAGACCATATACGGTCGTGGAGCTAACGTCCACATCGCCGGAGGCGCG
TGCATCACTGTCCAATACGTGACCAACATCATCATCCACGGCATCAACATCCATGACTGC
AAGAAGAGAGGGAATGCTTACGTCAGAGATTCTCCGTCGCATTACGGGGTGGAGGACGGC
ATCCGACGGTGACGCCGTCTCGATTTTTGGTGGGTCCCACGTGTGGGTTGACCACTGCTC
GTTGTCTAACTGCGCGGACG*TCTGGTCGACGCTATTCATGGATCTACG*CTATTACCAT
ATCTAATAACTACTTGACGCACCATAA

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3AV69JQ 682 0 0
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GACGCTATTCATGGATCTACGGCTATTACCATATCTAATAACTACTTGACGCACCATAAC
AAGGTGATGCTTTTGGGACACAGTGATTCGTACACGAGAGACAAGAACATGCAAGTCACC
ATTGCGTTTAATCATTTCGGTGAAGGGCTTGTTCAGAGAATGCCCAGATGTAGGCATGGA
TATTTTCATGTGGTAAATAACGATTATACGCATTGGCAAATGTATGCAATTGGTGGGAGT
GCAGCTCCAACTATTAACAGTCAAGGCAATAGGTTTCTTGCTTCCAATGACCATGTCTTC
AAAGGGGTGACTAAATACGAAGATGCACCACAAAGCAAATGGAAGAAGTGGAACTGGAGA
TCCGAAGGTGACTTGTTCCTAAACGGTGCGTTTTTTACGCCTGCTGTGGAAGAGCCTCTT
CGAGCTACGCCAAAGCTTCAAGTTTGTCGGCTAGACCATCCTCGTTGGTGGCTTCTGTCA
CGGGCAATGCTGGTGCTCTCTACTGTAAGAAAGGATCTCGATGTTAATCCCACCAATCTA
CTTAAATTATATTCCATCTAATTAAACAAGGAAAAAGATGTGTACTGGTGCTCCTATGTC
AATTTTTAATGGGGTAATTTGC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL5736Contig1 1315 2 2 U
GTAGTGATTATTGTCTTGGTGACGGTTTTGATCATCGGCGTTTTGATCTTTGTGGCGTTT
CGGATTCTTAGGGAAAGAAAACGCCTTTGGATGATGATCAAGATCAAGAACAGAGTTCAG
ATGAGGATAACTTCTTGGATAATCTATCTGGTATGCCTATTAGGTTTACTTATAAAGATC
TTCAGTCGGCGACGAATAACTTCTCTGTCAAGTTAGGTCAAGGAGGGTTTGGATCGGTCT
ATGAAGGTTCTTTACCTGATGGTTCACGTTTAGCCGTTAAGAAGCTTGAAGGGATAGGTC
AAGGCAAGAAAGAGTTCAGAGCCGAGGTCAGTATCATTGGAAGCATTCATCATCTACATT
TGGTGCGGCTTAGAGGGTTCTGCGCAGAAGGAGCTCATAGGCTTCTAGTTTATGAGTTCT
TAGCTAAAGGTTCGTTAGAGAGATGGATATTTAGGAGAAGAGATGGAGATATACCGTTGG
ATTGGGACACAAGGTTCAACATCGCGGTCGGAACAGCTAAAGGTTTAGCTTATCTACATG
AAGATTGTGACGCAAGAATCATACATTGTGATATTAAACCTGAGAACATACTATTAGATG
ATAACTTCAACGCCAAGGTATCTGATTTTGGACTAGCTAAGCTCATGACACGCGAACAGA
GCCATGCCTTCACAACAATGCGTGGGACAAGAGGGTACTTGGCTCCTGAATGGATCACAA
ACTACGCGATCTCGGAGAAGAGCGATGTTTACAGCTACGGGATGGTGTTGCTGGAGCTGA
TAGGAGGAAGAAAGAACTATGATCCATCAGAGTCATCAGAGAAGTGTCACTTCCCTTCTT
ATGCTTTTAAGATGATGGAAGAAGGGAAGCTTTTGGAGATTGTTGATGGGAAGATGGAGA
ACGTTGATGTGGATGATGAGAGAGTTCAAAGGGCGATGAAGACTGCGCTTTGGTGTATAC
AAGAAGATATGCATTTGAGACCTTCGATGAGCAAAGTTGTTCAGATGCTTGAAGGAGTTT
TTCCTGTGGTTCAGCCCCCGTCTTCTTCCACTTTGGGCTCGAGGCTTTACTCTAGTTTCT
ATAAGTCCATCAGTGAGGAAGGTGGTGGTACGTCATCTGGACCGTCGGATTGTAACAGTG
ATAATTATATCTCCGCTGTGAGACTCTCCGGTCCGAGATAGCAGTTATGTGTTTTTTTTT
GAACACAAGCCGTTATGTGTTTTAGTCAATCTTTAGTATAGATTTTTGGCTCACCATATA
TTGTATATTGTGTTGTGTTTATTTTTTCTTTAAAATATTGTTCTCTCAGTTTTGT


BQ
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AF RR3FS90TF U 1
AF RR3FS90JQ C 580
BS 1 689 RR3FS90TF
BS 690 1315 RR3FS90JQ

RD RR3FS90TF 689 0 0
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CGGATTCTTAGGGAAAGAAAACGCCTTTGGATGATGATCAAGATCAAGAACAGAGTTCAG
ATGAGGATAACTTCTTGGATAATCTATCTGGTATGCCTATTAGGTTTACTTATAAAGATC
TTCAGTCGGCGACGAATAACTTCTCTGTCAAGTTAGGTCAAGGAGGGTTTGGATCGGTCT
ATGAAGGTTCTTTACCTGATGGTTCACGTTTAGCCGTTAAGAAGCTTGAAGGGATAGGTC
AAGGCAAGAAAGAGTTCAGAGCCGAGGTCAGTATCATTGGAAGCATTCATCATCTACATT
TGGTGCGGCTTAGAGGGTTCTGCGCAGAAGGAGCTCATAGGCTTCTAGTTTATGAGTTCT
TAGCTAAAGGTTCGTTAGAGAGATGGATATTTAGGAGAAGAGATGGAGATATACCGTTGG
ATTGGGACACAAGGTTCAACATCGCGGTCGGAACAGCTAAAGGTTTAGCTTATCTACATG
AAGATTGTGACGCAAGAATCATACATTGTGATATTAAACCTGAGAACATACTATTAGATG
ATAACTTCAACGCCAAGGTATCTGATTTTGGACTAGCTAAGCTCATGACACGCGAACAGA
GCCATGCCTTCACAACAATGCGTGGGACA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3FS90JQ 736 0 0
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AGCTCATGACACGCGAACAGAGCCATGCCTTCACAACAATGCGTGGGACAAGAGGGTACT
TGGCTCCTGAATGGATCACAAACTACGCGATCTCGGAGAAGAGCGATGTTTACAGCTACG
GGATGGTGTTGCTGGAGCTGATAGGAGGAAGAAAGAACTATGATCCATCAGAGTCATCAG
AGAAGTGTCACTTCCCTTCTTATGCTTTTAAGATGATGGAAGAAGGGAAGCTTTTGGAGA
TTGTTGATGGGAAGATGGAGAACGTTGATGTGGATGATGAGAGAGTTCAAAGGGCGATGA
AGACTGCGCTTTGGTGTATACAAGAAGATATGCATTTGAGACCTTCGATGAGCAAAGTTG
TTCAGATGCTTGAAGGAGTTTTTCCTGTGGTTCAGCCCCCGTCTTCTTCCACTTTGGGCT
CGAGGCTTTACTCTAGTTTCTATAAGTCCATCAGTGAGGAAGGTGGTGGTACGTCATCTG
GACCGTCGGATTGTAACAGTGATAATTATATCTCCGCTGTGAGACTCTCCGGTCCGAGAT
AGCAGTTATGTGTTTTTTTTTGAACACAAGCCGTTATGTGTTTTAGTCAATCTTTAGTAT
AGATTTTTGGCTCACCATATATTGTATATTGTGTTGTGTTTATTTTTTCTTTAAAATATT
GTTCTCTCAGTTTTGT

QA 1 736 1 736
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5738Contig1 1318 2 2 U
GGAATCCAATTTCAGTTCTCAAACTTGTCTCCTTTTAAACCCCATCTTCTATCTCTTATC
TCCTTGCCTTTCCTTTTCCTTTCTGTTGTCACTAAAAGAGAAGCCTTTGCTCTGAGAATC
TTGAAAATGGATTCTTTGATCAAACTCTTCTTCTGCCTCTCTGTATTTCTCCTCTTTGGA
GAAATAAATGAAGTTGAGGGCTCGGATAAAAATCAGCGCATGTACGGATTTAGACCAACG
AAGCTGTTTGTGTTCGGAGATTCATATGCTGATACAGGGAACATCAAGAAGTCTCTCTCT
AGTTCTTGGAAATTCCCTTATGGTATCACTTTCCCTGGTAAACCAGCCGGCCGTTTTTCC
GACGGCCGCGTCTCCACCGATTTTCTTGCAAAATTCGTTGGGATAAAATCACCAATCCCA
TACTTCTGGAAAGATTACGCGGGAAAGAAACGGTTACAATATGGAATGAATTTTGCGCAC
GGAGGAACAGGAGTCTTCAACACTCAAGTCCCCTTGCCCAACATGACCACTCAGATCGAT
TTCTTCCAGAACATTCTCACAGCCGGAGACATCTACGCTTCCTCCGACTTTTCTTCCTCC
GTCGCTCTAGTCAGCGTTGCCGGCAACGACTACTCCACTTTTATCGCGCAAAACCGCCCT
AACTCTGAGTTTCCGGCATTTATAAAGCAAGTAGTGGATCAAACGGAAGTGAATTTGAGG
CGGATCCATGCCTTGGGAGTGAAGAAAATAGCAGTACCGTCGTTGCAACCTCTCGGTTGC
ATCCCTGGAATCACCGTTGCCTCCTCGTTCCAGCGTTGCAACGAGTCACAAAACGCTTTA
GTGAAACTTCACAACAGTTTACTGCAACAAGTCGTGACAAAGCTCAATAACGAAACCAAG
CAGTCGACTTTCATCATCCTTGATCTCTACAACGCTTTCTTGACCGTGTTCAAGAACAAA
GGAGCTTACCCAGGAAGTACAACGTTTCAGAATCCATTGAAGCCGTGTTGCGTAGGCGTG
AGCAGTGAGTATTTCTGTGGAAGTGTGGATGAAAAGGGAGTGAAGAAGTATGTGATATGT
GATAACCCTAAAGCTGCTTTCTTTTGGGATGGAAGTCACCTTACCGAAGAAGGGTGGAGA
TCGGTTTACTCTGTTTTACGTGAAAGTCTTACCGCGTCTTTTATTAAAGCGTGAGGAGCA
AGAAACACATGTTTTTGGGCTTCTTTTTAAAAAAAATCTCAATGTTGTTCTTCTTATGTT
TTTAGTGTCTCTTCATTCATTTGTGTTTCAGTGTTGAATGTTAAAAGGTCGTGTGACT


BQ
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BS 670 1318 RR3CI90JQ

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TCCTTGCCTTTCCTTTTCCTTTCTGTTGTCACTAAAAGAGAAGCCTTTGCTCTGAGAATC
TTGAAAATGGATTCTTTGATCAAACTCTTCTTCTGCCTCTCTGTATTTCTCCTCTTTGGA
GAAATAAATGAAGTTGAGGGCTCGGATAAAAATCAGCGCATGTACGGATTTAGACCAACG
AAGCTGTTTGTGTTCGGAGATTCATATGCTGATACAGGGAACATCAAGAAGTCTCTCTCT
AGTTCTTGGAAATTCCCTTATGGTATCACTTTCCCTGGTAAACCAGCCGGCCGTTTTTCC
GACGGCCGCGTCTCCACCGATTTTCTTGCAAAATTCGTTGGGATAAAATCACCAATCCCA
TACTTCTGGAAAGATTACGCGGGAAAGAAACGGTTACAATATGGAATGAATTTTGCGCAC
GGAGGAACAGGAGTCTTCAACACTCAAGTCCCCTTGCCCAACATGACCACTCAGATCGAT
TTCTTCCAGAACATTCTCACAGCCGGAGACATCTACGCTTCCTCCGACTTTTCTTCCTCC
GTCGCTCTAGTCAGCGTTGCCGGCAACGACTACTCCACTTTTATCGCGCAAAACCGCCCT
AACTCTGAG

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DS 

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CTGAGTTTCCGGCATTTATAAAGCAAGTAGTGGATCAAACGGAAGTGAATTTGAGGCGGA
TCCATGCCTTGGGAGTGAAGAAAATAGCAGTACCGTCGTTGCAACCTCTCGGTTGCATCC
CTGGAATCACCGTTGCCTCCTCGTTCCAGCGTTGCAACGAGTCACAAAACGCTTTAGTGA
AACTTCACAACAGTTTACTGCAACAAGTCGTGACAAAGCTCAATAACGAAACCAAGCAGT
CGACTTTCATCATCCTTGATCTCTACAACGCTTTCTTGACCGTGTTCAAGAACAAAGGAG
CTTACCCAGGAAGTACAACGTTTCAGAATCCATTGAAGCCGTGTTGCGTAGGCGTGAGCA
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ACCCTAAAGCTGCTTTCTTTTGGGATGGAAGTCACCTTACCGAAGAAGGGTGGAGATCGG
TTTACTCTGTTTTACGTGAAAGTCTTACCGCGTCTTTTATTAAAGCGTGAGGAGCAAGAA
ACACATGTTTTTGGGCTTCTTTTTAAAAAAAATCTCAATGTTGTTCTTCTTATGTTTTTA
GTGTCTCTTCATTCATTTGTGTTTCAGTGTTGAATGTTAAAAGGTCGTGTGACT

QA 1 774 1 774
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAGCCGCGAGTTCAGAAGAAGAGGAGAAACGAAGATTGGCGTTGGAAGAGGTGAAGTTTC
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CGGGGAAAGCGAAAACAGGAGAGAAAGCTGAAGCTGAAGGAGAGAAAGAGGAGCTCGTGT
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ACGTTGAGCAAGAACTGGCGAAGAAAAGGGGGAAGAGTCTTGAGGATGCAGAGGAGGTTG
AGAACGAGTTGAAACGAGTGGAAGATGAGTTATATAAGATACCTGATCATCTTAAAGTTA
AGAAGCGTAGCTCAGAAGAGAGCTCAACGCAGTGGACTACTGGAATAGCGGAAGTGCAAC
TCCCTATCGAATACAAGCTGAAGAACATTGAAGAAACAGAAGCGGCCAAGAAGCTTTTGC
AAGAGAAGAGGCTTATGGGTAGGCCAAAATCAGAGTTCAACATTCCGTCTAGTTACAGTG
CCGATTATTTCCAACGCGGGAAAGATTATGCTGAAAAGCTTAGAAGAGAACATCCTGAGT
TATACAAAGATAAAGGGCCTCAAGCTGATGGCGAAAGACCTAAACCGTCTACTAGTAGTA
ACAATAATGCTACGGATTCAGGGAATACCAGACAAGCTGCAACTGACCAGATAATGATGG
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GATACTCGACCATGGTTAACATTTTGATATTATGAAAAGCTTTAACACTTTGTCCGGATT
TTTTTTAAATTTATAATGTGGTTT


BQ
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AF RR3EA28TF U 1
AF RR3EA28JQ C 319
BS 1 442 RR3EA28TF
BS 443 1044 RR3EA28JQ

RD RR3EA28TF 446 0 0
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AAGCCGCGAGTTCAGAAGAAGAGGAGAAACGAAGATTGGCGTTGGAAGAGGTGAAGTTTC
TGCAGAAGCTGAGAGAGAGGAAGCTAGGGATCTCAGCTCTGTCCACGGCGCAGAATAGCA
CGGGGAAAGCGAAAACAGGAGAGAAAGCTGAAGCTGAAGGAGAGAAAGAGGAGCTCGTGT
TGCAGGATACTTTTTCTCAAGAGACTGCTGTTTTGATTGAAGATCCCAACATGGTGAAGT
ACGTTGAGCAAGAACTGGCGAA
AAAA

QA 1 442 1 442
DS 

RD RR3EA28JQ 726 0 0
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AAGAGACTGCTGTTTTGATTGAAGATCCCAACATGGTGAAGTACGTTGAGCAAGAACTGG
CGAAGAAAAGGGGGAAGAGTCTTGAGGATGCAGAGGAGGTTGAGAACGAGTTGAAACGAG
TGGAAGATGAGTTATATAAGATACCTGATCATCTTAAAGTTAAGAAGCGTAGCTCAGAAG
AGAGCTCAACGCAGTGGACTACTGGAATAGCGGAAGTGCAACTCCCTATCGAATACAAGC
TGAAGAACATTGAAGAAACAGAAGCGGCCAAGAAGCTTTTGCAAGAGAAGAGGCTTATGG
GTAGGCCAAAATCAGAGTTCAACATTCCGTCTAGTTACAGTGCCGATTATTTCCAACGCG
GGAAAGATTATGCTGAAAAGCTTAGAAGAGAACATCCTGAGTTATACAAAGATAAAGGGC
CTCAAGCTGATGGCGAAAGACCTAAACCGTCTACTAGTAGTAACAATAATGCTACGGATT
CAGGGAATACCAGACAAGCTGCAACTGACCAGATAATGATGGAACGATTCCGCAAGAGAG
AGCGTAACCGTGTGATGAGGAGATGAAGAGAGGCTTCTTGATGATACTCGACCATGGTTA
ACATTTTGATATTATGAAAAGCTTTAACACTTTGTCCGGATTTTTTTTAAATTTATAATG
TGGTTT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL5741Contig1 1134 2 2 U
GTGACCAAAAATCGACATAAGAATCACCGCAAAAACCGCCATGGGAGGACTCGACGAAGC
TTTCATCCAAGCTCCCGAAAACAGACCCATCACTCATCTCAAAAACTCCGGTGACTTCAT
TTCCTCCGACGAGATCCCGACCATCGACCTCTCGTCTCTCCAAGACCCAGATTCCGACAA
GACCACGATCGCCACAGAGATCGGAAAAGCTTGCGAGAGATGGGGATTTTTCCAGGTGAT
CAACCACGGCTTGCCGTTGGACTTAAGGCGCCGCGTAGAGAACACGGCGGCGGAGTTTTT
CAGCCTAACGGCGGAGGAGAAGAGGAGAGTGAAAAGGGACGAAGTGAATCCTATGGGCTA
TTACGACGAGGAACACACTAAGAACGTTAGAGACTGGAAAGAGATCTTTGATTTTTTCTT
GCAAGATCCCACGATCGTTCCGGCGAGTCCAGAGCCAGAAGACTTCGAGCTCAGAAAGCT
CACTAACCAGTGGCCTCAACACCCTTCTGACTTCAGAGAGATATGCCAAGAATATGCAAG
GGAGGTTGAGAAGTTAGCTTTCAAGCTTTTGGAACTTATCTCCATTAGCTTGGGTTTACT
CGGTGATCGGTTATCGGGTTACTTCAAGGAACAAACGAGCATTTTGCGGTTCAACCATTA
CCCTCCTTGTCCCAACCCTGAGCTTGCATTAGGCTTTGGACGTCACAAAGATGGAGGAAC
TCTTACCGTTTTGGCTCAAGATAGTGTTGGTGGATTGCAAGTGGGACGTAGATCCGATGG
AGAATGGATCCCAGTGAAACCGATCCCCGATGCTTTGATCATTAACATTGGCAATTGTAT
GCAGGTATGGACAAATGACAAGTATTGGGGTGCAGAACATAGAGTTGTAGTGAACACAAG
CAAAGATAGATTCTCAATTCCACTGTTCTTTTTCCCATCGCATGACACCAACATTGAGCC
ATTGGAGGAGCTTATAAATGAAGAAAACCAGCCTTGTTACAAAAAGTGCAATTGGGGCAA
GTTCTTTGTTTCGAGAAACAGAAGTGATTTCAAGAAGCTCGAAGTTGAGGACATCCAGAT
TGATCACTTCAAGTTGTAATCATCTTATGTTCATTAGTAAACGTTTCCTGTATC


BQ
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AF RR3AO11TF U 1
AF RR3AO11JQ C 582
BS 1 688 RR3AO11TF
BS 689 1134 RR3AO11JQ

RD RR3AO11TF 688 0 0
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TTTCATCCAAGCTCCCGAAAACAGACCCATCACTCATCTCAAAAACTCCGGTGACTTCAT
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CAACCACGGCTTGCCGTTGGACTTAAGGCGCCGCGTAGAGAACACGGCGGCGGAGTTTTT
CAGCCTAACGGCGGAGGAGAAGAGGAGAGTGAAAAGGGACGAAGTGAATCCTATGGGCTA
TTACGACGAGGAACACACTAAGAACGTTAGAGACTGGAAAGAGATCTTTGATTTTTTCTT
GCAAGATCCCACGATCGTTCCGGCGAGTCCAGAGCCAGAAGACTTCGAGCTCAGAAAGCT
CACTAACCAGTGGCCTCAACACCCTTCTGACTTCAGAGAGATATGCCAAGAATATGCAAG
GGAGGTTGAGAAGTTAGCTTTCAAGCTTTTGGAACTTATCTCCATTAGCTTGGGTTTACT
CGGTGATCGGTTATCGGGTTACTTCAAGGAACAAACGAGCATTTTGCGGTTCAACCATTA
CCCTCCTTGTCCCAACCCTGAGCTTGCA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3AO11JQ 553 0 0
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GTCACAAAGATGGAGGAACTCTTACCGTTTTGGCTCAAGATAGTGTTGGTGGATTGCAAG
TGGGACGTAGATCCGATGGAGAATGGATCCCAGTGAAACCGATCCCCGATGCTTTGATCA
TTAACATTGGCAATTGTATGCAGGTATGGACAAATGACAAGTATTGGGGTGCAGAACATA
GAGTTGTAGTGAACACAAGCAAAGATAGATTCTCAATTCCACTGTTCTTTTTCCCATCGC
ATGACACCAACATTGAGCCATTGGAGGAGCTTATAAATGAAGAAAACCAGCCTTGTTACA
AAAAGTGCAATTGGGGCAAGTTCTTTGTTTCGAGAAACAGAAGTGATTTCAAGAAGCTCG
AAGTTGAGGACATCCAGATTGATCACTTCAAGTTGTAATCATCTTATGTTCATTAGTAAA
CGTTTCCTGTATC

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

CO CL5742Contig1 1186 2 2 U
GGGATCTCGCCTCTGCAGCTTACATGAACGGTTTTGACCTCGAATCACGCCCGGTCTGTT
ACAACATCTACAGCGTTTTCGGTAACGAGGAGCTTTACCAGAGGATATTCGGGTCAGAGC
AGAGCAGGGAGAATCTGTTGAGATGGAGGTTTCAGCTGATGGAGAAAGGAATCCAGAAGC
TTGATCTGAAACCAGGAGGTGTTACTTCTCTTCTCCAGATCCATGATCTCAAGAACTGTC
CTGGACTGTTCAAAAAAGAGCTTTGGGTTGCAATCAAGAACGCAATAGTAGCTTTGCAGG
ACAATTACCCGGAACTCGTCTCCAGAAACGTATTCATAAATGTTCCCTTCTGGTTCTATG
CTGGCAGCACTCTCCTGTCACCATTCTTAACTCAAAGAACCAAGAGCAAGTTTGTTGTGA
CTCGTCCAGCTAATGTCACAGAGACTCTTCTCAAGTGACCACCCAATACTAACCTAACCG
CCCCTCCTAATAATGCCTCTAATCTTTATCATAACATTTATGCATTGTGGCTTGATGAAG
GTACATTCCAGCAGAGGAGATCCCGGTTCAGTACGGTGGTTTCAAAAGAGATGATGATAC
CGAGTTCTCAAACGAAGCTGTTTCTGAAGTTGTCGTTAAGTCTGGATCATCTGAAACCAT
AGAGATCCCAGCTGCTGAGGTATAAAGAATTTAGAAAACCAAAGTCCGTTCTTGTTTCAC
GAGTGGTAAAAGATCTATATCTACTAATGGTGTCTTTTGTTTGTTTCATAGACTGAAGGG
ACATTGGTGTGGGACATTGCGGTTTTGGGATGGGAAGTGAATTATAAGGAAGAGTTTGTG
CCAGCAAATGAAGGGGCTTACACTATAATTGTCCAAAAGGGGAAGAAGATTGGATCAAAC
GAAGGACCGTTGAGGAACAGTTTCAAGAACAATGAGTCTGGTAAGATTGTTCTGACCGTT
GACAATGTCTCCAGTAAGAAGAAGAAGAGAGTTCTGTACAGGTACAGGAACAAGACGAAG
TCCTCTTGCTGAGATAGAGGCTTTTCAGCAGATCATCTATCTAAGCAGTCTATAAAATAT
TCTTTTGCTACAGTTAAATGTTTGATGTTATTATTATTATTTTTGAGTGATACTTAACGT
GAGAAAGAGATACTGCCATTGTTTAATTGAAATTCAATCTTTTGCT


BQ
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AF RR3B553TF U 1
AF RR3B553JQ C 648
BS 1 776 RR3B553TF
BS 777 1186 RR3B553JQ

RD RR3B553TF 776 0 0
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ACAACATCTACAGCGTTTTCGGTAACGAGGAGCTTTACCAGAGGATATTCGGGTCAGAGC
AGAGCAGGGAGAATCTGTTGAGATGGAGGTTTCAGCTGATGGAGAAAGGAATCCAGAAGC
TTGATCTGAAACCAGGAGGTGTTACTTCTCTTCTCCAGATCCATGATCTCAAGAACTGTC
CTGGACTGTTCAAAAAAGAGCTTTGGGTTGCAATCAAGAACGCAATAGTAGCTTTGCAGG
ACAATTACCCGGAACTCGTCTCCAGAAACGTATTCATAAATGTTCCCTTCTGGTTCTATG
CTGGCAGCACTCTCCTGTCACCATTCTTAACTCAAAGAACCAAGAGCAAGTTTGTTGTGA
CTCGTCCAGCTAATGTCACAGAGACTCTTCTCAAGTGACCACCCAATACTAACCTAACCG
CCCCTCCTAATAATGCCTCTAATCTTTATCATAACATTTATGCATTGTGGCTTGATGAAG
GTACATTCCAGCAGAGGAGATCCCGGTTCAGTACGGTGGTTTCAAAAGAGATGATGATAC
CGAGTTCTCAAACGAAGCTGTTTCTGAAGTTGTCGTTAAGTCTGGATCATCTGAAACCAT
AGAGATCCCAGCTGCTGAGGTATAAAGAATTTAGAAAACCAAAGTCCGTTCTTGTTTCAC
GAGTGGTAAAAGATCTATATCTACTAATGGTGTCTTTTGTTTGTTTCATAGACTGA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3B553JQ 539 0 0
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GTTCTTGTTTCAGGAGTGGTAAAAGATCTATATCTACTAATGGTGTCTTTTGTTTGTTTC
ATAGACTGAAGGGACATTGGTGTGGGACATTGCGGTTTTGGGATGGGAAGTGAATTATAA
GGAAGAGTTTGTGCCAGCAAATGAAGGGGCTTACACTATAATTGTCCAAAAGGGGAAGAA
GATTGGATCAAACGAAGGACCGTTGAGGAACAGTTTCAAGAACAATGAGTCTGGTAAGAT
TGTTCTGACCGTTGACAATGTCTCCAGTAAGAAGAAGAAGAGAGTTCTGTACAGGTACAG
GAACAAGACGAAGTCCTCTTGCTGAGATAGAGGCTTTTCAGCAGATCATCTATCTAAGCA
GTCTATAAAATATTCTTTTGCTACAGTTAAATGTTTGATGTTATTATTATTATTTTTGAG
TGATACTTAACGTGAGAAAGAGATACTGCCATTGTTTAATTGAAATTCAATCTTTTGCT

QA 1 539 1 539
DS 



AS 1 2

CO CL5743Contig1 508 2 2 U
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GACTTGAGAAGTACATGTGGCAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAAACACAAAGA
AAAGGAAACACTTAGTTGTGGGTAGCCCTAGTGTAAATCTGCTGGCTGGAGTGAGTAGAG
ACCATCCTGATGGTTCCTTTAGCCATCAAATCTCTGATAGCCTTCCTAGCAAGTGACCCA
TTGATCCGAAGACGGTCGGAAAGGATAGAAGGAGTGATGAGTTTGAACTTGGGAGATTCA
GAGAGAAGCTTGTCGTAAGTAGCCTGATCGAAGAGAACCATGTTGTTCACCTTCTCCTTT
TGCTTTCCCTTGCTCCACTTCTTCTTCTTCTGCTTTCCGCCTCCGGATTTGGCGGGTTTG
GAGGATGGTGGTGGAACTTTGTCCTTCTTCGGTGCCATTGACCGAACAGAAGAGCGGCGC
TACAGAGGGGAGGAGCTGAAACAAACCC


BQ
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AF RR3A528TF C 1
AF RR3A528JQ U 370
BS 1 369 RR3A528TF
BS 370 508 RR3A528JQ

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GACTTGAGAAGTACATGTGGCAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAAACACAAAGA
AAAGGAAACACTTAGTTGTGGGTAGCCCTAGTGTAAATCTGCTGGCTGGAGTGAGTAGAG
ACCATCCTGATGGTTCCTTTAGCCATCAAATCTCTGATAGCCTTCCTAGCAAGTGACCCA
TTGATCCGAAGACGGTCGGAAAGGATAGAAGGAGTGATGAGTTTGAACTTGGGAGATTCA
GAGAGAAGCTTGTCGTAAGTAGCCTGATCGAAGAGAACCATGTTGTTCACCTTCTCCTTT
TGCTTTCCCTTGCTCCACTTCTTCTTCTTCTGCTTTCCGCCTCCGGATTTGGCGGGTTTG
GAGGATGGTGGTGGAACTTTGTCCTTCTTCGGTGCCATTGACCGAACAGAAGAGCGGCGC
T

QA 1 481 1 481
DS 

RD RR3A528JQ 139 0 0
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GGTGGAACTTTGTCCTTCTTCGGTGCCATTGACCGAACAGAAGAGCGGCGCTACAGAGGG
GAGGAGCTGAAACAAACCC

QA 1 139 1 139
DS 



AS 1 2

CO CL5744Contig1 529 2 3 U
GGCTTGAGATTTTACTTTTAGACTCAACAATCAATTACAGATACAGTGGCTTCTTCTTTT
TGGCATGAAGGCAGAGACTATTTTAACAAAAAAAAATAGTACTAGGAAAGGGAGGCATTT
GTAACCAAAGAAATGTATCAATCAAAGCTTTCTCGACTCTTTTTTTTTCTGAATTTTTCT
TCTTCTGATCATCTGGGCCGCTGAACAATGTTTGATTTTAACACAGCCTCACCTTCTCCC
CTGAGAAAGTTACCTCTTCTGGAGATGAGATGGATACGAGAACGAGGACCTTGGAACATC
CAACTGTCTTGTTCCAATGATTTAACCTCCTTGTCTAGCTCATCCATCAAATCAGTTTTC
AAAACTCGCATGGCATCGTCCTTTCGGTCCTGCATAGAAGGAATATCGGGTGGAAATGGG
AAATCGTCTAGTCCAGCTGCGGCTCCGCTGCTTCCACCGCCTCCTGCTACGGCTGTTGTC
GATACCGACGAATGAGCTGGAGATGCGCCGCTCATCACCCTACCCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G437JQ U 119
AF RR3G437TF C 1
BS 1 118 RR3G437TF
BS 119 244 RR3G437JQ
BS 245 529 RR3G437TF

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CCCTGA
AAAA

QA 1 126 1 126
DS 

RD RR3G437TF 529 0 0
GGCTTGAGATTTTACTTTTAGACTCAACAATCAATTACAGATACAGTGGCTTCTTCTTTT
TGGCATGAAGGCAGAGACTATTTTAACAAAAAAAAATAGTACTAGGAAAGGGAGGCATTT
GTAACCAAAGAGATGTATCAATCAAAGCTTTCTCGACTCTTTTTTTTTCTGAATTTTTCT
TCTTCTGATCATCTGGGCCGCTGAACAATGTTTGATTTTAACACAGCCTCACCTTCTCGC
CTGAGAAAGTTACCTCTTCTGGAGATGAGATGGATACGAGAACGAGGACCTTGGAACATC
CAACTGTCTTGTTCCAATGATTTAACCTCCTTGTCTAGCTCATCCATCAAATCAGTTTTC
AAAACTCGCATGGCATCGTCCTTTCGGTCCTGCATAGAAGGAATATCGGGTGGAAATGGG
AAATCGTCTAGTCCAGCTGCGGCTCCGCTGCTTCCACCGCCTCCTGCTACGGCTGTTGTC
GATACCGACGAATGAGCTGGAGATGCGCCGCTCATCACCCTACCCCTCC

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 2

CO CL5745Contig1 1266 2 4 U
GGGAGACAAGAAGACAACCATGTGTGGAGGAGCTATAATCTCCGATTTCATCACTCTGCC
GAGCTCCCGCCGCGTCACGAGCGACTTTTTCTGGCGGCCGGATCTGAAGAAGAAGAACAA
GAGGAAAGCTTCGAAGAAGCGATCCGATTTCTTCGATCTGGACGATGAATTCGAGGCTGA
TTTTCGAGGTTTTGAGGATGATGATGACTGCGAAGACGATTTCGATGTCGACGACGACGA
TGATGTCTTCGCTAAAGTGAAGCCCTTTGTCTTCACCAAGCCCGTACCACCTTCCCCTCC
CACTGGTTCGGTTTCTGGCAAAAAGACCATAGAGTCCGGTGGTCAAGCTGAGAAGTCTGG
TAAGAGGAAGAGAAAGAATCAGTACAGGGGAATTAGGCAGCGACCTTGGGGAAAATGGGC
TGCTGAGATCCGTGATCCAAGAAAAGGCTCCCGAGAATGGCTTGGAACGTTCGACACTGC
TGAGGAAGCAGCAAGAGCCTATGATGCAGCTGCACGCAGAATCCGCGGCAGTAAAGCTAA
GGTGAATTTCCCAGAGGAGAACAACAACAACAACAACAACCCCACAGTCTCCCAGAAACG
CCCTTCTGCCAAGAGGACAGTGGCTAAACCAAACCAAACCCCAACTTTGGTTCAGCAGCC
AGTGAGTCGGTACTGCAACAACTCCTTTGGCCATGTGAGTTACATGGAAGAGAAGCCTCA
GATGTACAACAACCAGTACTTCAGTTCTGATCAGGGGAGTAACTCATTTGACTGCTCTGA
GTTTGGGTGGAGCGATCACAACGGCCCTAAGACGCCTAAGATCTCTTCAGTGGTTGTCAG
TAATAACCAAGCTCCGTTCACTGAAGAAACCAATGCAGCCAAGAAGCTCAAACTCAGCTC
TCATGACGGGGCAAGCTGCAATGATCAGCCTGATGATCTGATGGCATACCTTGACAATGT
GCTGTGTGAGTCTCCATCGTCATTAGAAGTGGAAGCCATGCTGGGTGTAGATGCTGCCGG
CGTGACTCAGGGAGAGGAGAACCCTATGGACCTATGGAGCTTAGATGATATCAATTACAT
GATGGAAGGAGTCTTCTGAAGTTCTTGATGGTTGCCTAGTTTGTAAATAAAGCTGTGTGT
GTTGTGAGTTTCGAACACATTGTGTATTCAATTGTTAAAATAAACAGCCTAAACTTTGGT
TTCTTAATCATACAATCTTGTTTTTGGTAAAACTTTCTATCTAATGAGTCTTCTTCCTTC
AGTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3CC87TF U 1
AF RR3CC87JQ C 607
BS 1 713 RR3CC87TF
BS 714 714 RR3CC87JQ
BS 715 728 RR3CC87TF
BS 729 1266 RR3CC87JQ

RD RR3CC87TF 745 0 0
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GAGCTCCCGCCGCGTCACGAGCGACTTTTTCTGGCGGCCGGATCTGAAGAAGAAGAACAA
GAGGAAAGCTTCGAAGAAGCGATCCGATTTCTTCGATCTGGACGATGAATTCGAGGCTGA
TTTTCGAGGTTTTGAGGATGATGATGACTGCGAAGACGATTTCGATGTCGACGACGACGA
TGATGTCTTCGCTAAAGTGAAGCCCTTTGTCTTCACCAAGCCCGTACCACCTTCCCCTCC
CACTGGTTCGGTTTCTGGCAAAAAGACCATAGAGTCCGGTGGTCAAGCTGAGAAGTCTGG
TAAGAGGAAGAGAAAGAATCAGTACAGGGGAATTAGGCAGCGACCTTGGGGAAAATGGGC
TGCTGAGATCCGTGATCCAAGAAAAGGCTCCCGAGAATGGCTTGGAACGTTCGACACTGC
TGAGGAAGCAGCAAGAGCCTATGATGCAGCTGCACGCAGAATCCGCGGCAGTAAAGCTAA
GGTGAATTTCCCAGAGGAGAACAACAACAACAACAACAACCCCACAGTCTCCCAGAAACG
CCCTTCTGCCAAGAGGACAGTGGCTAAACCAAACCAAACCCCAACTTTGGTTCAGCAGCC
AGTGAGTCGGTACTGCAACAACTCCTTTGGCCATGTGAGTTACATGGAAGAGA*GCCTCA
GATGTACA
CACAGTACTCAGTCTGA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3CC87JQ 660 0 0
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TCGGTACTGCAACAACTCCTTTGGCCATGTGAGTTACATGGAAGAGAAGCCTCAGATGTA
CAACAACCAGTACTTCAGTTCTGATCAGGGGAGTAACTCATTTGACTGCTCTGAGTTTGG
GTGGAGCGATCACAACGGCCCTAAGACGCCTAAGATCTCTTCAGTGGTTGTCAGTAATAA
CCAAGCTCCGTTCACTGAAGAAACCAATGCAGCCAAGAAGCTCAAACTCAGCTCTCATGA
CGGGGCAAGCTGCAATGATCAGCCTGATGATCTGATGGCATACCTTGACAATGTGCTGTG
TGAGTCTCCATCGTCATTAGAAGTGGAAGCCATGCTGGGTGTAGATGCTGCCGGCGTGAC
TCAGGGAGAGGAGAACCCTATGGACCTATGGAGCTTAGATGATATCAATTACATGATGGA
AGGAGTCTTCTGAAGTTCTTGATGGTTGCCTAGTTTGTAAATAAAGCTGTGTGTGTTGTG
AGTTTCGAACACATTGTGTATTCAATTGTTAAAATAAACAGCCTAAACTTTGGTTTCTTA
ATCATACAATCTTGTTTTTGGTAAAACTTTCTATCTAATGAGTCTTCTTCCTTCAGTCTT

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL5746Contig1 694 2 4 U
GAAAGTGGAGATCATTGCCTGAAATTTAGATTATTTTTAATGGACTCGTATGAGATTATT
CAACCTACAATTTGTCTCCATTTACGGTTTTCAGACAGTGGGAGAAAACAACAAAATAAT
ATTGGAGTACAAAGTATCCAAACTTATGTAGTGGCTTAATTACAAAGCAAAACAATACAG
GTTTTTTATGAACATCGGATTATTGTTTTTTAAAAAGTTGTGAGAAAACGCCAAAACATG
AGTATAACTTTGTTTTGTTTTGTTCATAACAAATTTCCGGTAATATACAAAAAAAAGGTT
ATTCCGGTGAATGTTGGATTCAATAAGTGAAGACATAAGTTACAAGAAAAATAATAATAA
GTGAAGACATAACATGGAATGTATTATTATTCCCTTCATTATTTATACTTTTATGATTAT
ATATAGAGAAAATTGGGCAAGCATGTGTTAAACGTAAATGTTGTTGTTTTACGCTAAATA
TATAATACAGGCTTCGAATTTATTAAATTTAAAGCACGATCAAATTGCGAATATGAATTT
GGCAAACTAAATCACACTAGCTAGAAGGTTCAAATTGGGAATACTGAAAGCTTAAAGCAC
AATCAAAATGCTCTGTCTAATATTATTTTGATAATTACAGAATTTGAGCTATTATATACT
TCATCTGTATCAATATAAGTGGTGTTTAAAAAAA


BQ
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AF RR3E841TF U 1
AF RR3E841JQ C 138
BS 1 216 RR3E841TF
BS 217 217 RR3E841JQ
BS 218 260 RR3E841TF
BS 261 694 RR3E841JQ

RD RR3E841TF 260 0 0
GAAAGTGGAGATCATTGCCTGAAATTTAGATTATTTTTAATGGACTCGTATGAGATTATT
CAACCTACAATTTGTCTCCATTTACGGTTTTCAGACAGTGGGAGAAAACAACAAAATAAT
ATTGGAGTACAAAGTATCCAAACTTATGTAGTGGCTTAATTACAAAGCAAAACAATACAG
GTTTTTTATGAACATCGGATTATTGTTTTTTAAAAA*TTGTGAGAAAACGCCAAAACATG
AGTATAACTTTGTTTTGTTT

QA 1 260 1 260
DS 

RD RR3E841JQ 557 0 0
CCAAACTTATGTAGTGGCTTAATTACAAAGCAAAACAATACAGGTTTTTTATGAACATCG
GATTATTGTTTTTTAAAAAGTTGTGAGAAAACGCCAAAACATGAGTATAACTTTGTTTTG
TTTTGTTCATAACAAATTTCCGGTAATATACAAAAAAAAGGTTATTCCGGTGAATGTTGG
ATTCAATAAGTGAAGACATAAGTTACAAGAAAAATAATAATAAGTGAAGACATAACATGG
AATGTATTATTATTCCCTTCATTATTTATACTTTTATGATTATATATAGAGAAAATTGGG
CAAGCATGTGTTAAACGTAAATGTTGTTGTTTTACGCTAAATATATAATACAGGCTTCGA
ATTTATTAAATTTAAAGCACGATCAAATTGCGAATATGAATTTGGCAAACTAAATCACAC
TAGCTAGAAGGTTCAAATTGGGAATACTGAAAGCTTAAAGCACAATCAAAATGCTCTGTC
TAATATTATTTTGATAATTACAGAATTTGAGCTATTATATACTTCATCTGTATCAATATA
AGTGGTGTTTAAAAAAA

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 2

CO CL5747Contig1 1256 2 2 U
TTTTTTTTCCCTTGTCCCTTAAAAATCCAGCCTTCATAACGTCAAAGCTCAGAATCCTCT
CCTCTCTTGCCTCTCCTTCTCTCTCCATTTCTCAATTTCTGTGGAGAATCATCATGGTGA
ATGCCACCAAAGGGTCACCGAAAAAATCGAATCTTGATCGCTTCCTTCATTGCACAACAC
CCTTAGTCCCTCCCCAATCTCTCCCAAAGACGGAGATTAGATCACTAAACCGATTGTGGC
ATCCATGGGAGAGAGAAAAGGTCGAGTTTTTCAGGTTGAGTGATCTCTGGGATTGCTACG
ACGAATGGAGCGCTTACGGAGCTAGTGTCCCCATTCATCTCACCAACGGCGAATCTCTCG
TCCAATACTACGTTCCTTATCTCTCCGCCATCCAGATTTTCACCTCCTCTCATTCCTCCT
CCTTGATCAGGGAAGAGTCTGAAGATGGGGATAGGTATCCCTTTAGTGATTCAGGTAGCG
ATGAGAGTGTTTCCGAGGAAGGGCTTGAGGTCGCCTTGCATTTGAATGATCGTTTGGGTT
ACCTTTATCTCCAGTACTTTGACAGATCACCTCCTTATACCCGAGTTCCTCTCATGGATA
AGATCAATGAGTTAGCTCAAAGGTATCCGGGATTGATGTCGTTGAGAAGCGTTGATCTTT
CTCCAGCGAGCTGGATGTCTGTTGCTTGGTACCCTATTTATCATATACCAATGGGGAGAA
CCATTAAAGACTTGTCCACTTGTTTCCTCACTTACCACACTCTTTCTTCTTCTTTTCAAG
ATATTGAACCGGAAGAGAATTGAGGGGAGAAAAAGAGGATGAGGAAGGAAGGGGAAGACA
TTAGTCTGGTCCCATTTGGGATGGTTACTTACAAGATGCAAGGCGATGTTTGGCTTTCCC
ATGACCACGATGACCAAGAGAGACTTGCTTCGCTTTACAGCGTTGCGGATTCTTGGCTGA
AACAGCTTAGGGTCCAACATCATGACTTTAACTACTTCTGCACCATGTCAATGACTCCTC
GTGGTGGCTAAAAACCATGTTTGTTTTCTCTCTTAAAGTCCCATCCTTTCCTTTTGTTTA
TGGAACCGCTGGCGTTTTTCTAAAAAAAAAGAGTGATCTGGCTTTTGTAGCGTTTTGGGT
TAGGATATAGCGTTTTAAGAAGATACCTAACCTTTTGAGAAAAGTATATGTCAGTATATA
GAGAGTTTGTTGTCTTGTTGAAACAGAGTAATCGTTGTTACTTGCGTGTTTGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DC23TF U 1
AF RR3DC23JQ C 599
BS 1 717 RR3DC23TF
BS 718 1256 RR3DC23JQ

RD RR3DC23TF 717 0 0
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CCTCTCTTGCCTCTCCTTCTCTCTCCATTTCTCAATTTCTGTGGAGAATCATCATGGTGA
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CCTTAGTCCCTCCCCAATCTCTCCCAAAGACGGAGATTAGATCACTAAACCGATTGTGGC
ATCCATGGGAGAGAGAAAAGGTCGAGTTTTTCAGGTTGAGTGATCTCTGGGATTGCTACG
ACGAATGGAGCGCTTACGGAGCTAGTGTCCCCATTCATCTCACCAACGGCGAATCTCTCG
TCCAATACTACGTTCCTTATCTCTCCGCCATCCAGATTTTCACCTCCTCTCATTCCTCCT
CCTTGATCAGGGAAGAGTCTGAAGATGGGGATAGGTATCCCTTTAGTGATTCAGGTAGCG
ATGAGAGTGTTTCCGAGGAAGGGCTTGAGGTCGCCTTGCATTTGAATGATCGTTTGGGTT
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AGATCAATGAGTTAGCTCAAAGGTATCCGGGATTGATGTCGTTGAGAAGCGTTGATCTTT
CTCCAGCGAGCTGGATGTCTGTTGCTTGGTACCCTATTTATCATATACCAATGGGGA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3DC23JQ 658 0 0
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TTCTCCAGCGAGCTGGATGTCTGTTGCTTGGTACCCTATTTATCATATACCAATGGGGAG
AACCATTAAAGACTTGTCCACTTGTTTCCTCACTTACCACACTCTTTCTTCTTCTTTTCA
AGATATTGAACCGGAAGAGAATTGAGGGGAGAAAAAGAGGATGAGGAAGGAAGGGGAAGA
CATTAGTCTGGTCCCATTTGGGATGGTTACTTACAAGATGCAAGGCGATGTTTGGCTTTC
CCATGACCACGATGACCAAGAGAGACTTGCTTCGCTTTACAGCGTTGCGGATTCTTGGCT
GAAACAGCTTAGGGTCCAACATCATGACTTTAACTACTTCTGCACCATGTCAATGACTCC
TCGTGGTGGCTAAAAACCATGTTTGTTTTCTCTCTTAAAGTCCCATCCTTTCCTTTTGTT
TATGGAACCGCTGGCGTTTTTCTAAAAAAAAAGAGTGATCTGGCTTTTGTAGCGTTTTGG
GTTAGGATATAGCGTTTTAAGAAGATACCTAACCTTTTGAGAAAAGTATATGTCAGTATA
TAGAGAGTTTGTTGTCTTGTTGAAACAGAGTAATCGTTGTTACTTGCGTGTTTGAAGC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5749Contig1 1140 2 2 U
CAGCTTCCCAGGAGCTATAATTCCTGGTGAAACATGGAACTCTTTGGAAAATGACTTACT
ATGGTACGGCTCCACGCGTTATTCACCAGTCAAATTTTGCAGCCACTTCGACTTTTATTG
CCAGGGAAATTGCACAAGGGTTGATGAAATATCAACCATACATTATAATCAGTGTTCATC
CATTGATGCAACACGTCCCACTCCGTGTCCTTAGATCAAAGGGGTTGCTTAATAAAATCG
TCTTCACGACTGTTATCACAGACTTGAGCACTTGCCATCCCACATGGTTTCATAAGCTTG
TGACAAGATGTTATTGCCCATCAACAGAAGTGGTGAAAAGGGTACAAAAGGCCGGACTTA
AGACATCACAGATCAAAGTCTACGGTCTTCCTGTTCGACCTTCATTTGTGAAACCAGTTC
GCCCAAAGGTTGAGTTAAGAAAGGAACTAGGGATGGATGAGAATCTTCCAGCGGTTTTGT
TAATGGGAGGAGGAGAAGGAATGGGTCCTATAGAGGCAACAGCAAGAGCTCTGGGAGATG
CTTTGTATGACGAGAGCCTTGGTGAAGCAGTTGGTCAGGTTCTTATAATATGTGGTCGGA
ACAAGAAACTGCAAACCAGATTAAGCTCCTTAGATTGGAAAATACCAGTCCAGGTTAAGG
GGTTTATAACAAAGATGGAGGAATGCATGGGTGCCTGTGACTGCATCATAACAAAGGCTG
GTCCAGGAACTATAGCTGAAGCTATGATAAGAGGGCTACCGATAATCTTAAATGGTTACA
TCGCTGGTCAAGAGGCAGGGAATGTGCCGTACGTGGTGGAGAACGGATGTGGGGAATTCT
CAAAATCACCAATAGAGATATCAAAGATTGTAGCGGAATGGTTTGAGCCGCGGTCGAGGC
AGTTGGAGATTATGTCGCAGAATGCGTTGAGGCTGGCTAGACCAGAAGCGGTGTTCACGA
TAGTGCAAGATATGCACGAGCTTGTCAGGCAGAGGAACCGTCTTCCTCAGCTCTCTTGCA
CTGCGTAACATATTATACATTGTAGTAACTCTATTCATTCAAACAAAATATCTACCCTTT
CTTTTTTGTTCTAGACAAGAGTGTAACGATAATATCACAATATTTTTTGTTGCCCTTAAT


BQ
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AF RR3A405TF U 1
AF RR3A405JQ C 402
BS 1 505 RR3A405TF
BS 506 1140 RR3A405JQ

RD RR3A405TF 505 0 0
CAGCTTCCCAGGAGCTATAATTCCTGGTGAAACATGGAACTCTTTGGAAAATGACTTACT
ATGGTACGGCTCCACGCGTTATTCACCAGTCAAATTTTGCAGCCACTTCGACTTTTATTG
CCAGGGAAATTGCACAAGGGTTGATGAAATATCAACCATACATTATAATCAGTGTTCATC
CATTGATGCAACACGTCCCACTCCGTGTCCTTAGATCAAAGGGGTTGCTTAATAAAATCG
TCTTCACGACTGTTATCACAGACTTGAGCACTTGCCATCCCACATGGTTTCATAAGCTTG
TGACAAGATGTTATTGCCCATCAACAGAAGTGGTGAAAAGGGTACAAAAGGCCGGACTTA
AGACATCACAGATCAAAGTCTACGGTCTTCCTGTTCGACCTTCATTTGTGAAACCAGTTC
GCCCAAAGGTTGAGTTAAGAAAGGAACTAGGGATGGATGAGAATCTTCCAGCGGTTTTGT
TAATGGGAGGAGGAGAAGGAATGGG

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR3A405JQ 739 0 0
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AATCTTCCAGCGGTTTTGTTAATGGGAGGAGGAGAAGGAATGGGTCCTATAGAGGCAACA
GCAAGAGCTCTGGGAGATGCTTTGTATGACGAGAGCCTTGGTGAAGCAGTTGGTCAGGTT
CTTATAATATGTGGTCGGAACAAGAAACTGCAAACCAGATTAAGCTCCTTAGATTGGAAA
ATACCAGTCCAGGTTAAGGGGTTTATAACAAAGATGGAGGAATGCATGGGTGCCTGTGAC
TGCATCATAACAAAGGCTGGTCCAGGAACTATAGCTGAAGCTATGATAAGAGGGCTACCG
ATAATCTTAAATGGTTACATCGCTGGTCAAGAGGCAGGGAATGTGCCGTACGTGGTGGAG
AACGGATGTGGGGAATTCTCAAAATCACCAATAGAGATATCAAAGATTGTAGCGGAATGG
TTTGAGCCGCGGTCGAGGCAGTTGGAGATTATGTCGCAGAATGCGTTGAGGCTGGCTAGA
CCAGAAGCGGTGTTCACGATAGTGCAAGATATGCACGAGCTTGTCAGGCAGAGGAACCGT
CTTCCTCAGCTCTCTTGCACTGCGTAACATATTATACATTGTAGTAACTCTATTCATTCA
AACAAAATATCTACCCTTTCTTTTTTGTTCTAGACAAGAGTGTAACGATAATATCACAAT
ATTTTTTGTTGCCCTTAAT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL5750Contig1 1371 2 2 U
GGATCGGAGAGTTTCCGAAGGAATTCGAGGTCTGGCGGCTCCTTCTTTCTTCTCCGATCA
ACCGTCCGGACCTGTTGCCCGTAATGATTTTGGCGCGTTATTAGAAGCCCCGATATCTTA
CTTTACACACACACTCGAGGTCTCCTCGTGGTCGATCTAGGGTTTCCGCGAGATCTAAGA
TTTACATCTTTTTTTGTCCCGTATTGATTCCGAGTTTCATCTTCTTCGCATCCAAATATA
CTTTGGTGTAGTTTGTCCCTAATATCGTAAGATGTCTCGGTGCTTCCCGTTCCCGCCACC
TGGCTATGTACTGAACGGAAGCCGCGATGAGGCTCTGATCGAATCGATCAAGAAGGTAGA
GGAGAAAGCTAAGAAAGAACAAAGGAGGAAGGAGAGAAAAAAAGAGAAGAAGGATAAGAA
AGATAACAAGGATAAGAAGAAGGATAAAAAGAGGAAGGAGAGGGAAGGAGGGGAAGGTGA
AAGCGAAAAACACTCTCATAAGAGAAGGCGCAAAGAAGAAGTTGCTAAAGATGGCAAGAA
CATTGAAAGTGAGAATGGCTGTTTTGAGAAGAGCAGTCTTACTGTAGAACGCGACCTGCT
TCAGTCCACGTCTCAGAACTCTTGTGATAGTACTCTTAACAGCAATGAGCTACCTAAGCA
GCCACATCGCAACAACAACGACTCTGAAAGCATCATTCGGATTCGGTTGCCTATCCGAAG
GCAGAATGATCCTGAGGTGATGATGACAACCACCAACAAGGATCAACAAAAACCATGTCC
TTCCCGGGAAGTGAAGTTGGATACCGTGAAGATTGTTATTAGAGAGCAGCCGCAACATCT
TTGTTCCACTTCAAAGCCACATGAAGAGAAGAAAAAAGACCAAATTTTAAAAACGAAACC
CATCAAGGAGAAGAAATCGTCGTCCACTTCTGACCCTTCAAGCGGCCTATGCAGGTTTTG
CCCGCCATCATTGGCGGTGCAATTCTTGAACGTAGTTGAGAATTGGGTTCCTAACACGAT
CTAGAGAAGTGTAGAGCTGACCAACTATGAAGATGATGAATGTTGGTGGTTCTTGAAGAA
GCCAAGTAGCCACAAGTTCGGCTCAGAAAGATGCAAACAACTTAATAATGAGACAAAGCA
AGTCGTAAGCAGTTCAATGGCGTGGCCATGTGCTCGCCTTTTACCAGAAGCTGATGTCCA
CGCCTTACCTTACACCGTCCCTTTCTGATACGAGCAGGAAGAAGAATTTCTTAACAAGGA
ACTTGGTCGAGATAATCCGTGTGCTGGAGTCGGACCAAACATTTTTTGATTTGGCCTTAA
AAAGGTCTAAGGTTGAACACTGTTTGTTATACTTTGCGGTTGCTTAATATA


BQ
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AF RR3C118TF U 1
AF RR3C118JQ C 600
BS 1 702 RR3C118TF
BS 703 1371 RR3C118JQ

RD RR3C118TF 702 0 0
GGATCGGAGAGTTTCCGAAGGAATTCGAGGTCTGGCGGCTCCTTCTTTCTTCTCCGATCA
ACCGTCCGGACCTGTTGCCCGTAATGATTTTGGCGCGTTATTAGAAGCCCCGATATCTTA
CTTTACACACACACTCGAGGTCTCCTCGTGGTCGATCTAGGGTTTCCGCGAGATCTAAGA
TTTACATCTTTTTTTGTCCCGTATTGATTCCGAGTTTCATCTTCTTCGCATCCAAATATA
CTTTGGTGTAGTTTGTCCCTAATATCGTAAGATGTCTCGGTGCTTCCCGTTCCCGCCACC
TGGCTATGTACTGAACGGAAGCCGCGATGAGGCTCTGATCGAATCGATCAAGAAGGTAGA
GGAGAAAGCTAAGAAAGAACAAAGGAGGAAGGAGAGAAAAAAAGAGAAGAAGGATAAGAA
AGATAACAAGGATAAGAAGAAGGATAAAAAGAGGAAGGAGAGGGAAGGAGGGGAAGGTGA
AAGCGAAAAACACTCTCATAAGAGAAGGCGCAAAGAAGAAGTTGCTAAAGATGGCAAGAA
CATTGAAAGTGAGAATGGCTGTTTTGAGAAGAGCAGTCTTACTGTAGAACGCGACCTGCT
TCAGTCCACGTCTCAGAACTCTTGTGATAGTACTCTTAACAGCAATGAGCTACCTAAGCA
GCCACATCGCAACAACAACGACTCTGAAAGCATCATTCGGAT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3C118JQ 772 0 0
TTCAGTCCACGTCTCAGAACTCTTGTGATAGTACTCTTAACAGCAATGAGCTACCTAAGC
AGCCACATCGCAACAACAACGACTCTGAAAGCATCATTCGGATTCGGTTGCCTATCCGAA
GGCAGAATGATCCTGAGGTGATGATGACAACCACCAACAAGGATCAACAAAAACCATGTC
CTTCCCGGGAAGTGAAGTTGGATACCGTGAAGATTGTTATTAGAGAGCAGCCGCAACATC
TTTGTTCCACTTCAAAGCCACATGAAGAGAAGAAAAAAGACCAAATTTTAAAAACGAAAC
CCATCAAGGAGAAGAAATCGTCGTCCACTTCTGACCCTTCAAGCGGCCTATGCAGGTTTT
GCCCGCCATCATTGGCGGTGCAATTCTTGAACGTAGTTGAGAATTGGGTTCCTAACACGA
TCTAGAGAAGTGTAGAGCTGACCAACTATGAAGATGATGAATGTTGGTGGTTCTTGAAGA
AGCCAAGTAGCCACAAGTTCGGCTCAGAAAGATGCAAACAACTTAATAATGAGACAAAGC
AAGTCGTAAGCAGTTCAATGGCGTGGCCATGTGCTCGCCTTTTACCAGAAGCTGATGTCC
ACGCCTTACCTTACACCGTCCCTTTCTGATACGAGCAGGAAGAAGAATTTCTTAACAAGG
AACTTGGTCGAGATAATCCGTGTGCTGGAGTCGGACCAAACATTTTTTGATTTGGCCTTA
AAAAGGTCTAAGGTTGAACACTGTTTGTTATACTTTGCGGTTGCTTAATATA

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL5751Contig1 1196 2 2 U
AGTCTCTTTGATTTCATTAGCAGAAGCGTTGAATCTTTTCGTCGTCTTCCCCCCGGATCG
ATTCCAATCCTGTTTCGTCTCTCGTCCTTGGCATCCATTTCTTCGTTCACCCAGTTTCTT
AAACCAAAAGGCCCTGTACAACACACCCAAAGTGAGCTTGTCTAGAAGGTGGTTAAGGGT
TTAGATCCACAGCTTTCAGAAAGAGGTGGTGGAAGAGCTGAAACTTAGTCAACTTTGCTC
CACAGAACCTTCTAGGAAGCTACCTCACTAGACAGCTTTTCTAGACAGTGGTGAACAATA
TGCTTCTATAGAAGGGGGTGTTAACAGCAGGAGATGGCCTTTCATTCCGAGGACGACAAG
AGCGAAGACTACCTCTTTAAGATTGTTCTAATAGGTGACTCTGCAGTTGGGAAGTCAAAC
TTGCTGGCAAGGTTTGCTAGGGATGAGTTCTATCCCAACTCAAAGTCCACCATTGGAGTG
GAGTTTCAGACGCAGAAGATTGATATCAATGGCAAGGAGATCAAAGCTCAGATATGGGAC
ACGGCAGGTCAAGAACGTTTCAGAGCAGTCACTTCTGCTTATTACAGAGGTGCTGTTGGA
GCTCTTCTGGTTTACGACATCAGCAGAAAGCAGACTTTTCACAGCATTGGTAGATGGCTC
AACGAGCTTCACACACACTCTGATATGAACGTTGTGACGATACTGGTGGGGAACAAGTCG
GATCTGAAGGAGATAAGAGAAGTGCCAACAGCGGAAGGGAAGGCGTTAGCGGAAGCTCAG
GGGCTTTTCTTTATGGAGACATCGGCTCTGGACTCGTCAAACGTGGCGGCTGCGTTCGAG
ACGGTTGTGAAAGAGATATACAACATACTGAGCAGGAAAGTGATGAGCTCACAGGAGCTA
AGCAAGCAAGATCCTGCTTCGCTTAGCAATGGTAAGAAAGTTGTGATTCCATTTGAGGCA
CAGGGCGAGTCCAAGAAAGGTGGGTGTTGTTCTACGTGATTAGAAACTGAAAGAGTGTAG
AGAGAGCTTAAAGAAAGGAAGATTTGATTTTGGTCTGTTTGATTGTTTCTTTGATCCATG
ATTGAGCAGCTGCGCTGTGGTGTGGTGTGGATGTGTTTAGGTGTAGCAATCTGTAAATTC
TCCATTGAAGAAGCTTTATGTAAACCAAAACTCCCCTTTATAAAAGTTTTTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D750TF U 1
AF RR3D750JQ C 603
BS 1 711 RR3D750TF
BS 712 1196 RR3D750JQ

RD RR3D750TF 711 0 0
AGTCTCTTTGATTTCATTAGCAGAAGCGTTGAATCTTTTCGTCGTCTTCCCCCCGGATCG
ATTCCAATCCTGTTTCGTCTCTCGTCCTTGGCATCCATTTCTTCGTTCACCCAGTTTCTT
AAACCAAAAGGCCCTGTACAACACACCCAAAGTGAGCTTGTCTAGAAGGTGGTTAAGGGT
TTAGATCCACAGCTTTCAGAAAGAGGTGGTGGAAGAGCTGAAACTTAGTCAACTTTGCTC
CACAGAACCTTCTAGGAAGCTACCTCACTAGACAGCTTTTCTAGACAGTGGTGAACAATA
TGCTTCTATAGAAGGGGGTGTTAACAGCAGGAGATGGCCTTTCATTCCGAGGACGACAAG
AGCGAAGACTACCTCTTTAAGATTGTTCTAATAGGTGACTCTGCAGTTGGGAAGTCAAAC
TTGCTGGCAAGGTTTGCTAGGGATGAGTTCTATCCCAACTCAAAGTCCACCATTGGAGTG
GAGTTTCAGACGCAGAAGATTGATATCAATGGCAAGGAGATCAAAGCTCAGATATGGGAC
ACGGCAGGTCAAGAACGTTTCAGAGCAGTCACTTCTGCTTATTACAGAGGTGCTGTTGGA
GCTCTTCTGGTTTACGACATCAGCAGAAAGCAGACTTTTCACAGCATTGGTAGATGGCTC
AACGAGCTTCACACACACTCTGATATGAACGTTGTGACGATACTGGTGGGG

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3D750JQ 594 0 0
TCTTCTGGTTTACGACATCAGCAGAAAGCAGACTTTTCACAGCATTGGTAGATGGCTCAA
CGAGCTTCACACACACTTTGATATGAACGTTGTGACGATACTGGTGGGGAACAAGTCGGA
TCTGAAGGAGATAAGAGAAGTGCCAACAGCGGAAGGGAAGGCGTTAGCGGAAGCTCAGGG
GCTTTTCTTTATGGAGACATCGGCTCTGGACTCGTCAAACGTGGCGGCTGCGTTCGAGAC
GGTTGTGAAAGAGATATACAACATACTGAGCAGGAAAGTGATGAGCTCACAGGAGCTAAG
CAAGCAAGATCCTGCTTCGCTTAGCAATGGTAAGAAAGTTGTGATTCCATTTGAGGCACA
GGGCGAGTCCAAGAAAGGTGGGTGTTGTTCTACGTGATTAGAAACTGAAAGAGTGTAGAG
AGAGCTTAAAGAAAGGAAGATTTGATTTTGGTCTGTTTGATTGTTTCTTTGATCCATGAT
TGAGCAGCTGCGCTGTGGTGTGGTGTGGATGTGTTTAGGTGTAGCAATCTGTAAATTCTC
CATTGAAGAAGCTTTATGTAAACCAAAACTCCCCTTTATAAAAGTTTTTTTACC

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 2

CO CL5752Contig1 896 2 2 U
GCTCCTCGAACTTCCACTAGTTCGTATAATGACGGATTTACCCTCCCCGTCAAAGATGTA
TTACCTGACCAGCCCACCCCTCTCCCCACCACAAACAACAACATAAGTACGGAGGCCAAG
AACACCAACACGAGCGATAAAGCAGAGAGACTGGACGGTGAGAATCAAGTTAAAGCTAAA
ACAGTTAAGTCATTTTCTCTCTTTGGTTTATCTAAGTGGAGAAAAGGATTTGAAGGCAAC
GAGCGAGAACAAGAGAAACAAAAGCAGCAGCAGCAGAAGAAGAAAGTTATGAGTCTAGAC
CTAAGTCATGCAGTCAAGAAGTACATAAAGATGTTGTTTCAGAAGAGAGGACACGGCACG
CAATTCAGGAATAGAAGACAGACTTCTTCGTATTCCTTTTCTTCCTCTTTAATAGGTTCA
AAAGGAAACAGCAAAACATTGATTAATGGATCGAGAGATCTAATGAAAGCCCGTCAAGGT
GACTTATTCTCGGCTCCGGCGTCCATGAGAACATCTCCGACGAATAGTGGCTACTTACGT
GTCTCCACGGCGGGGCTTTCGTCGAGCTCGGTCTCCACGTCATCGTCAAGTGATAGCACC
ATGGAAGAGTTGCAAGCCGCTATTCAGGCGGCCATTGCTCATTGCAAGAACTCAGGCGCC
GTTGATCGTGATGATAAGGTTAAGGATTCTTGATTTGGTTTTTACCTTTTGTCCTCAATA
TGCTGTTCGTTCTTGTCAGAAGAAAACAAATTTTAGTGTGTGACGTGGTATTAAAATTCA
CAGTAGAGTGGTCATTGTAGTATTTGTTTCCGTGTATAGAAAAAAGAGTTACTATTCCTA
CAATACTTGTCTCCATAATTCTTTTTTATAAATAATGAAAAACAACAATAATGACG


BQ
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AF RR3D353TF U 1
AF RR3D353JQ C 518
BS 1 623 RR3D353TF
BS 624 896 RR3D353JQ

RD RR3D353TF 623 0 0
GCTCCTCGAACTTCCACTAGTTCGTATAATGACGGATTTACCCTCCCCGTCAAAGATGTA
TTACCTGACCAGCCCACCCCTCTCCCCACCACAAACAACAACATAAGTACGGAGGCCAAG
AACACCAACACGAGCGATAAAGCAGAGAGACTGGACGGTGAGAATCAAGTTAAAGCTAAA
ACAGTTAAGTCATTTTCTCTCTTTGGTTTATCTAAGTGGAGAAAAGGATTTGAAGGCAAC
GAGCGAGAACAAGAGAAACAAAAGCAGCAGCAGCAGAAGAAGAAAGTTATGAGTCTAGAC
CTAAGTCATGCAGTCAAGAAGTACATAAAGATGTTGTTTCAGAAGAGAGGACACGGCACG
CAATTCAGGAATAGAAGACAGACTTCTTCGTATTCCTTTTCTTCCTCTTTAATAGGTTCA
AAAGGAAACAGCAAAACATTGATTAATGGATCGAGAGATCTAATGAAAGCCCGTCAAGGT
GACTTATTCTCGGCTCCGGCGTCCATGAGAACATCTCCGACGAATAGTGGCTACTTACGT
GTCTCCACGGCGGGGCTTTCGTCGAGCTCGGTCTCCACGTCATCGTCAAGTGATAGCACC
ATGGAAGAGTTGCAAGCCGCTAT

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DS 

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CGTCATCGTCAAGTGATAGCACCATGGAAGAGTTGCAAGCCGCTATTCAGGCGGCCATTG
CTCATTGCAAGAACTCAGGCGCCGTTGATCGTGATGATAAGGTTAAGGATTCTTGATTTG
GTTTTTACCTTTTGTCCTCAATATGCTGTTCGTTCTTGTCAGAAGAAAACAAATTTTAGT
GTGTGACGTGGTATTAAAATTCACAGTAGAGTGGTCATTGTAGTATTTGTTTCCGTGTAT
AGAAAAAAGAGTTACTATTCCTACAATACTTGTCTCCATAATTCTTTTTTATAAATAATG
AAAAACAACAATAATGACG

QA 1 379 1 379
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTTCTTCTTCTTTGCTTTTACATTCCTCAATGCACATGCATTCAACATCACACGCATCTT
AAACCTGAACAACGAGTTCTCCACTTTCAACAACCTCCTCTCCCAAACCGGACTCGCTTC
CACCATCAACTCCCGTCAAACCATAACCGTCCTCGCCCTCTCCAACGACGCAGTGTCCGT
TTTCTCCGACCAATCAACCGAAGACAACAAGAAAATCCTCAGCCTCCACGTCATTCTAGA
TTACTACGACATCAAGAAACTCAAGAACCTCAACAAAAAATCAGTAATACTCACCACTCT
CTTCCAATCAAGCGGTCAAGCCAAAGGCCAACAAGGTTTCATAAACGCAACCGTTATGAG
CAACGGCGACGTCATGTTCGGATCCGCGGTTCCCGGATCTATCCTTGACGCTAAGCTTAT
AGACTCTGTTGCGACACATCCTTATAACATCTCCGTGCTTCATATTAGCAGTTACATACC
TATCATGAATCCTGAAGGTCCTTCAGATCATGGTTCATCTTCTTCACCACTTCCTCCACA
ACCTCCCGGTGATGATGATTATACGTATGACGAGCCACCATCCCCACCATCCTCTACTAC
TAAGCCTGTTGTTGCTGCTGCTACTGCAAAAGCCAACTCAACAACAAGTGGAGTTTCAGC
GATTAATACTCATAACTTGGCGTTTGCGTTTGTGATCTCATCCTTTTGGTTCTTCATTAC
GGTCTGGTGATGAATAACAGAGTGCAATAATTAAATAAACCAAATCAGTGAAAGCCAGAA
AAAAAGTGGAGATTGGCAGCAAAAAGCTTTTAAGCTTTTTCACTCAAAACACAAAAGGGA
GTTCAAGTTTCACAAGTTCTATGGAAGAAGGCAACAAAATCTAAAGAAGAAATAAAGTGG
TTGATGATACAATAAGGATGGATAAAGTTATAAAACTCAAAAGTTCTTTATTTATTTGGA
AGCTTAGATATGATCCTTTTTAAGCTGTGAAAGATTTCAATTGGAAGCAATGAAGAAAAT
AAAACATGTAAGGTTTTTCTTAATATTCAAAAAATGGCTAGACTTTAATTATAAGATTAT
TCGATTAATTGTAAAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GJ29TF U 1
AF RR3GJ29JQ C 653
BS 1 690 RR3GJ29TF
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BS 769 1158 RR3GJ29JQ

RD RR3GJ29TF 772 0 0
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CTTCTTCTTCTTTGCTTTTACATTCCTCAATGCACATGCATTCAACATCACACGCATCTT
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CACCATCAACTCCCGTCAAACCATAACCGTCCTCGCCCTCTCCAACGACGCAGTGTCCGT
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TTACTACGACATCAAGAAACTCAAGAACCTCAACAAAAAATCAGTAATACTCACCACTCT
CTTCCAATCAAGCGGTCAAGCCAAAGGCCAACAAGGTTTCATAAACGCAACCGTTATGAG
CAACGGCGACGTCATGTTCGGATCCGCGGTTCCCGGATCTATCCTTGACGCTAAGCTTAT
AGACTCTGTTGCGACACATCCTTATAACATCTCCGTGCTTCATATTAGCAGTTACATACC
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GAT*AATACTCATAACTTGGCGTTTGCGTTTGTGATCTCATCCTTTTG
TTCT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3GJ29JQ 506 0 0
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AAAAGGGAGTTCAAGTTTCACAAGTTCTATGGAAGAAGGCAACAAAATCTAAAGAAGAAA
TAAAGTGGTTGATGATACAATAAGGATGGATAAAGTTATAAAACTCAAAAGTTCTTTATT
TATTTGGAAGCTTAGATATGATCCTTTTTAAGCTGTGAAAGATTTCAATTGGAAGCAATG
AAGAAAATAAAACATGTAAGGTTTTTCTTAATATTCAAAAAATGGCTAGACTTTAATTAT
AAGATTATTCGATTAATTGTAAAAGT

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 2

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ATAGTAACAAAACAAAGGATACACTGTAAAAGAAAAACAAAATGTGATTGTCTTGTCGAA
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TGGGACCAATAAATCGACGGCTAAGTAATAGCTTCCGACGATAACGGTCGATGCAACAGA
GCTTCTAGCCATCCTTACCCCAATTCCTCGGAACAAGAGGTTTCTGTCTGTAGGATGGAT
TCCTGTCCATCTCTCTAATCTCTTTCCAGGTTTATTCCATTTCAGAAACTTTCTCTCTTT
CGCTGTATACTTTGGCAGTATTACACACTGTGCACGTGTTCTTGCTGTGTCAAAGCTGTG
AGATGCAGCTGCTGCAACGGCACCAGAAAACCCAGCGGCAATGCTAATAGCTACCGGAAA
AAAAGGTCCAACGTCTTCTTCAGAACTGGGAAGAGGATTCATGCCGACAGCTTTCCAACC
AATCATTGCCTCATGGAGAAACTGCCATGTCCCGAAAAACACTCCTCCGTAAAGACAATC
TCTAATAAGACCCGAACGAAGATTCCTCCATAACGATCTCCATCTTCAAGTGATGCAACA
TCGAGGGGTCTCTTAACATCCATGGCTGAAGGTGGATTCCCTGTTCCAGTCATCATCCAT
GGGTACTCTCGCAAAGCGGCTGCCATGTTTGGGTGTTTATGGTTCAAGACAGACAAGAGA
CTGACTGTTTGTGTCAATGACTTTACATCGAGAGTGTATCTTCTTAGCAGTTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FC59JQ U 1
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TGGGACCAATAAATCGACGGCTAAGTAATAGCTTCCGACGATAACGGTCGATGCAACAGA
GCTTCTAGCCATCCTTACCCCAATTCCTCGGAACAAGAGGTTTCTGTCTGTAGGATGGAT
TCCTGTCCATCTCTCTAATCTCTTTCCAGGTTTATTCCATTTCAGAAACTTTCTCTCTTT
CGCTGTATACTTTGGCAGTATTACACACTGTGCACGTGTTCTTGCTGTGTCAAAGCTGTG
AGATGCAGCTGCTGCAACGGCACCAGAAAACCCAGCGGCAATGCTAATAGCTACCGGAAA
AAAAGGTCCAACGTCTTCTTCAGAACTGGGAAGAGGATTCATGCCGACAGCTTTCCAACC
AATCATTGCCTCATGGAGAAACTGCCATGTCCCGAAAAACACTCCTCCGTAAAGACAATC
TCTAATAAGACCCGAACGAAGATTCCTCCATAACGATCTCCATCTTCAAGTGATGCAACA
TCGAGGGGTCTCTTAACATCCATGGCTGACGGTGGATTCCCTGTTCCAGTCATCATCCAT
GGGTACTCTCGCAAAGCGGCTGCCATGTTTGGG

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DS 

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CCATC
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TTCCAGTCATCATCCATGGGTACTCTCGCAAAGCGGCTGCCATGTTTGGGTGTTTATGGT
TCAAGACAGACAAGAGACTGACTGTTTGTGTCAATGACTTTACATCGAGAGTGTATCTTC
TTAGCAGTTTGT

QA 6 197 6 197
DS 



AS 1 2

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TAGCCGATTTTTTTCTCCAACCTCAGCCAAATAGAAAACTCTTCATCTTTCCCTCTCCAT
ATCTTCACTATATAAGTCCATTGCAAGGTTCAATAACGAAAGGTTCCCTCAACGTTTGAT
ATCTGTTACTTCCAAGGCACAAGTTCTCTACATCATCTCCGATCTTGGTTACTTCGTCGT
TCCTCCGTCATCTCAGTGTCAAAAAGAAAAGATTGAACTAACTTCAAGTAATACTTAGCT
TTTCAACCTTTCTCTGGTTAAGAATTTTGAGATGCTACAGAAGCGTCTTTGCGCAGCAAG
CCTATCTTCTACATCCATATCCTGGGGTTCAAATGCAGTTAATGGGAATGCATCAACAAG
TGGTTCCATTACAATATGATGCAGTCGAGGAGCCTGTTTTTGTTAACGCAAAGCAATACC
ACGGTATACTCAGGCGTAAGCAATACCACGGTATACTCGGAACAGAGCCGTGAAGTCAAA
GAAGCCATATATGCATGAATCTCGGCATTTGCATGCGATAAACCGGCTAATAGGATGTAG
AGGCCGGTTTCTCAATGCCAAGAAGAAGAATGGAGGCCGTAAGATGAGGAGGAGGATACA
ACCTCTAATGAGAACACTTCAGAAGCAAGTTCCAGCCTCAGATCTGAGAAGTCAGCCATC
GCTCCTAATGGTAGATCTTGAGTAAAAGTTCATGCACAACAACCACATGTTTAGTTTTAT
ATTTTGGGTGGATGTTTGTATCAGTAAAGAACTGTTTTGGACCCTCTCTGTAGACTGTGT
ATAGGTTATTTATTGCTTGGAACAGATAAGGTATGTATCAGTCTATATGAAGATGATTCA
TTATCTGGCTTGGCCGGTTTTGATTTCATAGTTTTTTGGTTCGTCTTAAAATGCAGTAAA
TGGTGTTTCCTCTGCTGCAGTTGGTCTTCACTCAAAGGAGTCACGTGGTACTGGACCTGT
TGATAAATCACACAGCCTTTTTGGGCCAGAGTACGGTGATGGCGGCTGTCACTTCCTTAC
TCAGTTATGGAATACACATTGGGGTTTTAGTCCGAGGGAAGAAGGTTAGAGATGAGAACA
AGTCACAACTCTCTATCACAGAGTGGTCGTTCATGTAGAGAAAATCAAGGCAACCTAGGC
TTCACCTTGGAGCTTTGTCCCGGAAAAATGTATGTACCTCTGAAGCTCTTATCATTTCTA
ATCCAACTGATTCCACAAGGAGAATTGGAGTGTTACAAGCTTTGTAAGAAATTTGGTTTA
TTTTTGCTGTTAGGAAAAACAAGCTAATATAGTAAAAGTTTTTC


BQ
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AF RR3F358TF U 1
AF RR3F358JQ C 641
BS 1 709 RR3F358TF
BS 710 710 RR3F358JQ
BS 711 746 RR3F358TF
BS 747 1364 RR3F358JQ

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TAGCCGATTTTTTTCTCCAACCTCAGCCAAATAGAAAACTCTTCATCTTTCCCTCTCCAT
ATCTTCACTATATAAGTCCATTGCAAGGTTCAATAACGAAAGGTTCCCTCAACGTTTGAT
ATCTGTTACTTCCAAGGCACAAGTTCTCTACATCATCTCCGATCTTGGTTACTTCGTCGT
TCCTCCGTCATCTCAGTGTCAAAAAGAAAAGATTGAACTAACTTCAAGTAATACTTAGCT
TTTCAACCTTTCTCTGGTTAAGAATTTTGAGATGCTACAGAAGCGTCTTTGCGCAGCAAG
CCTATCTTCTACATCCATATCCTGGGGTTCAAATGCAGTTAATGGGAATGCATCAACAAG
TGGTTCCATTACAATATGATGCAGTCGAGGAGCCTGTTTTTGTTAACGCAAAGCAATACC
ACGGTATACTCAGGCGTAAGCAATACCACGGTATACTCGGAACAGAGCCGTGAAGTCAAA
GAAGCCATATATGCATGAATCTCGGCATTTGCATGCGATAAACCGGCTAATAGGATGTAG
AGGCCGGTTTCTCAATGCCAAGAAGAAGAATGGAGGCCGTAAGATGAGGAGGAGGATACA
ACCTCTAATGAGAACACTTCAGAAGCAAGTTCCAGCCTCAGATCTGAGA*GTCAGCCATC
GCTCCTAATGGTAGATCTTGAGTAAA
GTCATGCACAC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3F358JQ 724 0 0
AG
GATGAGGAGGAGGATACAACCTCTAATGAGAACACTTCAGAAGCAAGTTCCAGCCTCAGA
TCTGAGAAGTCAGCCATCGCTCCTAATGGTAGATCTTGAGTAAAAGTTCATGCACAACAA
CCACATGTTTAGTTTTATATTTTGGGTGGATGTTTGTATCAGTAAAGAACTGTTTTGGAC
CCTCTCTGTAGACTGTGTATAGGTTATTTATTGCTTGGAACAGATAAGGTATGTATCAGT
CTATATGAAGATGATTCATTATCTGGCTTGGCCGGTTTTGATTTCATAGTTTTTTGGTTC
GTCTTAAAATGCAGTAAATGGTGTTTCCTCTGCTGCAGTTGGTCTTCACTCAAAGGAGTC
ACGTGGTACTGGACCTGTTGATAAATCACACAGCCTTTTTGGGCCAGAGTACGGTGATGG
CGGCTGTCACTTCCTTACTCAGTTATGGAATACACATTGGGGTTTTAGTCCGAGGGAAGA
AGGTTAGAGATGAGAACAAGTCACAACTCTCTATCACAGAGTGGTCGTTCATGTAGAGAA
AATCAAGGCAACCTAGGCTTCACCTTGGAGCTTTGTCCCGGAAAAATGTATGTACCTCTG
AAGCTCTTATCATTTCTAATCCAACTGATTCCACAAGGAGAATTGGAGTGTTACAAGCTT
TGTAAGAAATTTGGTTTATTTTTGCTGTTAGGAAAAACAAGCTAATATAGTAAAAGTTTT
TC

QA 3 724 3 724
DS 



AS 1 2

CO CL5757Contig1 673 2 2 U
GAACGTTTCTATTTTATTTTATTTTCATTTTGTTTGCCTAAAAATCAAGTTTCTTGAGCG
TACGTACGTGTTATTCGATCTATGTAATTAAGGCTTTCTGCTCTCAACGACTGTCAACTT
AGAGATAAAAGATTGTCAATCAAACATGTTTAAGAGAAGGAACGCTCACCAACTTGATGA
TGATTCTCAGCAAGAAAACAAGGTTAGCAATTTGAGATCTGCGTTAGGACCGCTCTCGGG
ACATAGTTTAGTGTTCTGCTCTGATGCTTCCTTGAGGAGGTATTTGGATGCTCGTAATTG
GAATGTCGAAAAAGCCAAGAAAATGATCGAGGAGACTCTTAAGTGGAGATCAACATACAA
ACCTCATGAGATCCTTTGGCATCAAGTAGCACACGAAGGTGAGACCGGTAAAGTTTCAAG
AGCTAGTTTTCATGATCGACAAGGTAGAGTAGTGCTTATAATGAGACCTACAATGCAGAA
CTCAACATCAGCAGAAGGTAATATCAAGCATTTGGTTTATCTTCTTGAAAATGCAATCCT
CAATCTTCCAAGGGGACAAGAACAAACGTCATTGATTTCTATACAATCCACCAAGACTAT
TCCAAGCAGGCTACAAGGCTATTAAGTACTTCTTGGACCCACGCACAGCTCAAAAGGTCA
AATTTGTGTACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E823TF U 1
AF RR3E823JQ C 547
BS 1 652 RR3E823TF
BS 653 673 RR3E823JQ

RD RR3E823TF 652 0 0
GAACGTTTCTATTTTATTTTATTTTCATTTTGTTTGCCTAAAAATCAAGTTTCTTGAGCG
TACGTACGTGTTATTCGATCTATGTAATTAAGGCTTTCTGCTCTCAACGACTGTCAACTT
AGAGATAAAAGATTGTCAATCAAACATGTTTAAGAGAAGGAACGCTCACCAACTTGATGA
TGATTCTCAGCAAGAAAACAAGGTTAGCAATTTGAGATCTGCGTTAGGACCGCTCTCGGG
ACATAGTTTAGTGTTCTGCTCTGATGCTTCCTTGAGGAGGTATTTGGATGCTCGTAATTG
GAATGTCGAAAAAGCCAAGAAAATGATCGAGGAGACTCTTAAGTGGAGATCAACATACAA
ACCTCATGAGATCCTTTGGCATCAAGTAGCACACGAAGGTGAGACCGGTAAAGTTTCAAG
AGCTAGTTTTCATGATCGACAAGGTAGAGTAGTGCTTATAATGAGACCTACAATGCAGAA
CTCAACATCAGCAGAAGGTAATATCAAGCATTTGGTTTATCTTCTTGAAAATGCAATCCT
CAATCTTCCAAGGGGACAAGAACAAACGTCATTGATTTCTATACAATCCACCAAGACTAT
TCCAAGCAGGCTACAAGGCTATTAAGTACTTCTTGGACCCACGCACAGCTCA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3E823JQ 127 0 0
TCCAAGGGGACAAGAACAAACGTCATTGATTTCTATACAATCCACCAAGACTATTCCAAG
CAGGGTACAAGGCTATTAAGTACTTCTTGGACCCACGCACAGCTCAAAAGGTCAAATTTG
TGTACCC

QA 1 127 1 127
DS 



AS 1 2

CO CL5758Contig1 469 2 5 U
ATAACCAATATATAATATTGGGAAATGATGTATTCCTTTTATTTATCTAAATATAAAAAT
ATTTTAAAAATATAAAAATTAACAATTCTATAAATTAAAAAAATTGTTATAATATCAACA
TTATTAATTTATAAAGCTTTTACTGTCTTCTTCTTTGCCTTGTCATCATCATCATCATCG
GTATCATCATCAGTATCATCATCGGTATGATCATCATCTGTATCAGTATCATCATCGGTA
TGATCACCCTTCTTCTTATGGTCATGTTGACCGTGACCACCCATGACCTGTTGTCCTCCT
TGCACTTTATGTTCACTCTTATGATCAAGTGTGGTAGCTGTCTTACTGCTCTCCTGATGT
TGCAGTGTCGACTGTGTCGTTTCCGTGCAGTGCGCAAATGAGAAACTTACCACGACTCCT
AATGTAACCAATAGAACCAAACATAACAAAACAGAAACTCTCGCCATGC


BQ
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AF RR3GO36JQ U 47
AF RR3GO36TF C 1
BS 1 46 RR3GO36TF
BS 47 60 RR3GO36JQ
BS 61 61 RR3GO36TF
BS 62 161 RR3GO36JQ
BS 162 469 RR3GO36TF

RD RR3GO36JQ 115 0 0
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TTATAATATCAACATTATTAATTTATAAAGCTTTTACTGTCTTCTTCTTTGCCTT

QA 1 115 1 115
DS 

RD RR3GO36TF 469 0 0
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ATTTTAAAAATATAAAAATTAACAATTCTATAAATTAATAAAATTGTTATAATATCAACA
TTATTAATTTATAAAGCTTTTACTGTCTTCTTCTTTGCCTTGTCATCATCATCATCATCG
GTATCATCATCAGTATCATCATCGGTATGATCATCATCTGTATCAGTATCATCATCGGTA
TGATCACCCTTCTTCTTATGGTCATGTTGACCGTGACCACCCATGACCTGTTGTCCTCCT
TGCACTTTATGTTCACTCTTATGATCAAGTGTGGTAGCTGTCTTACTGCTCTCCTGATGT
TGCAGTGTCGACTGTGTCGTTTCCGTGCAGTGCGCAAATGAGAAACTTACCACGACTCCT
AATGTAACCAATAGAACCAAACATAACAAAACAGAAACTCTCGCCATGC

QA 1 469 1 469
DS 



AS 1 2

CO CL5759Contig1 286 2 2 U
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CAAAAAAAAAAAAAAAACAAGTTGAAGTATCAAACCCACAGTATAAAATACGAAATATAG
CATAAGCAGGTTCATATCTATCTCATCCATCTATTCGATACATGCAAAAGCAAAGACGTG
TCTCTACTACATTATAAGCCATCTCTCCCAAGTAAAAATCGTCCCTGCTCCAATGTATTA
TGGTAAAGTAATTTACTCCTCCCATTTGATAAGCCAGCCAAAGAGC


BQ
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AF RR3G268TF C 1
AF RR3G268JQ U 181
BS 1 180 RR3G268TF
BS 181 286 RR3G268JQ

RD RR3G268TF 286 0 0
GGTAAAAATTACTCTGCTGCAGAGACTTTCAAAGTAAAAGTCAGATGAGACTGGAATCAC
CAAAAAAAAAAAAAAAACAAGTTGAAGTATCAAACCCACAGTATAAAATACGAAATATAG
CATAAGCAGGTTCATATCTATCTCATCCATCTATTCGATACATGCAAAAGCAAAGACGTG
TCTCTACTACATTATAAGCCATCTCTCCCAAGTAGAAATCGTCCCTGCTCCAATGTATTA
TGGTAAAGTAATTTACTCCTCCCATTTGATAAGCCAGCCAAAGAGC

QA 1 286 1 286
DS 

RD RR3G268JQ 106 0 0
TCTCTACTACATTATAAGCCATCTCTCCCAAGTAAAAATCGTCCCTGCTCCAATGTATTA
TGGTAAAGTAATTTACTCCTCCCATTTGATAAGCCAGCCAAAGAGC

QA 1 106 1 106
DS 



AS 1 2

CO CL5760Contig1 1214 2 4 U
GGAGTTGATTTCGGCCCAGAATCTCATGATGCTAATCCGTGACGATTCAGTTCGTTGAGG
GTTTCGATCACGTCCTTACACCTTCTTCCATCAATCGAAACAAAATTCTTCCAGATACAT
CGCATTCTTAACTCCTTTAGCCACGATCTACACTTCAATGTGTGTTAATCTTCTGAAAGA
CGGTGTTTATACGGGTATAAAAAGAAAGATCGTCGGAGGATTCTGACATGGTGGAGATCG
CTCCTCCTACGCTGCTTCAGGTGTCTTACCTTGAGATTAAAAGTCTTTGAGAGATTTAAG
AAACAATTCGAGAGTTCTCTGCACATGTACGGATTATGTTTCTTTGTAAAAACCTATGGC
GGTGATGGAGGCGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGAGAAGGACGTGATGATGGAGAGGAG
AATGAAGCTGATAAAGCTGAGGAGAAGGAGTTTGGTCTGATATTAAAGTCCGATGAAGTT
ATGAAAGAGACGGAACGTAGAGGGATTAGACTACCGGAGGATATTTTGGAGGCTGCGAAG
TCTGTCGGGATTCGAAATCTGTTTCTCCTCCGTTATCTCGATCTCCAGGGTTCCGTTTGG
CCGCTTGGGTTTCTGATGAGGACATGCACGATGCTTCAAAACAGAATGCTTGCAGACCCT
TCGTTTCTCTTCAAAGTTGGAACCGAGTTGGCTCCTTATGCACGTTTTGGGAATACATCT
GTAGCATCATCAACAGGTTTATTTAGCGGCCTGAATCGATCTTCTGCAGCTCTTTCTAGC
ATTATTTTTGAAGCGAAAGACCGGGTTGTAAATTTTCCGTCAACCAGCGGATTGCAACTT
TTTTCTACAAGGGTGTCCTGTATGGGTCTGTGATTCGGCTGCGGTCTCATCGGTCAGGGG
ATTGCAAATCTGATCATGACGGCAAAACGGAGTATACAGAAATCAGAAGAAGACGTCCAT
GTTCCACCTCTATTTGAAAGTGCTGCTCTCTGGGGTGTACATGTTCCTGGGATTATCTTC
CAACGCACGTTACCAAATCATCAACGGGCTTGAACGGGCCGCGGAAGGTTCTACAGCAGC
CAAACGCATCCATCTGGTTGTGATGGCGTTTACTGTTGGAGTTCGGTTTTCTTCTTATCA
AACTTGCATGAACTGAGCAATATGAAAGATGTCTATAAACATGTTTGGGACCACGTAAGA
TAAGATTGAACTAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D576TF U 1
AF RR3D576JQ C 547
BS 1 620 RR3D576TF
BS 621 621 RR3D576JQ
BS 622 661 RR3D576TF
BS 662 1214 RR3D576JQ

RD RR3D576TF 661 0 0
GGAGTTGATTTCGGCCCAGAATCTCATGATGCTAATCCGTGACGATTCAGTTCGTTGAGG
GTTTCGATCACGTCCTTACACCTTCTTCCATCAATCGAAACAAAATTCTTCCAGATACAT
CGCATTCTTAACTCCTTTAGCCACGATCTACACTTCAATGTGTGTTAATCTTCTGAAAGA
CGGTGTTTATACGGGTATAAAAAGAAAGATCGTCGGAGGATTCTGACATGGTGGAGATCG
CTCCTCCTACGCTGCTTCAGGTGTCTTACCTTGAGATTAAAAGTCTTTGAGAGATTTAAG
AAACAATTCGAGAGTTCTCTGCACATGTACGGATTATGTTTCTTTGTAAAAACCTATGGC
GGTGATGGAGGCGGAGGTGGAGGTGGAGGTGGAGGAGAAGGACGTGATGATGGAGAGGAG
AATGAAGCTGATAAAGCTGAGGAGAAGGAGTTTGGTCTGATATTAAAGTCCGATGAAGTT
ATGAAAGAGACGGAACGTAGAGGGATTAGACTACCGGAGGATATTTTGGAGGCTGCGAAG
TCTGTCGGGATTCGAAATCTGTTTCTCCTCCGTTATCTCGATCTCCAGGGTTCCGTTTGG
CCGCTTGGGTTTCTGATGAG*ACATGCACGATGCTTCAAAACAGAATGCTTGCAGACCCT
T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3D576JQ 668 0 0
GGGATTCGAAATCTGTTTCTCTTCCGTTATCTCGATCTCCAGGGTTCCGTTTGGCCGCTT
GGGTTTCTGATGAGGACATGCACGATGCTTCAAAACAGAATGCTTGCAGACCCTTCGTTT
CTCTTCAAAGTTGGAACCGAGTTGGCTCCTTATGCACGTTTTGGGAATACATCTGTAGCA
TCATCAACAGGTTTATTTAGCGGCCTGAATCGATCTTCTGCAGCTCTTTCTAGCATTATT
TTTGAAGCGAAAGACCGGGTTGTAAATTTTCCGTCAACCAGCGGATTGCAACTTTTTTCT
ACAAGGGTGTCCTGTATGGGTCTGTGATTCGGCTGCGGTCTCATCGGTCAGGGGATTGCA
AATCTGATCATGACGGCAAAACGGAGTATACAGAAATCAGAAGAAGACGTCCATGTTCCA
CCTCTATTTGAAAGTGCTGCTCTCTGGGGTGTACATGTTCCTGGGATTATCTTCCAACGC
ACGTTACCAAATCATCAACGGGCTTGAACGGGCCGCGGAAGGTTCTACAGCAGCCAAACG
CATCCATCTGGTTGTGATGGCGTTTACTGTTGGAGTTCGGTTTTCTTCTTATCAAACTTG
CATGAACTGAGCAATATGAAAGATGTCTATAAACATGTTTGGGACCACGTAAGATAAGAT
TGAACTAT

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL5761Contig1 927 2 2 U
AGTTGCATCGTGTGCGACATTGTGAATATACTCAGAGAGATATCCACCGATATCTTTGCT
AGGAGGCATTGAGGAAGCACACAAGTACATGAGTTCCCACGCTCTTATCAAGTACTGCCT
GTCAGGATTATGTCTAGTCTGTTTGGAGATTTGGGCAAAAAGTTCGTCCCTGAGTTCAAC
ACGCTTCAAGGTTTTTTTGTAAAGCTTGCCAACAAGGTAAATGCGTTCATCTAGAGAGGG
TGGCGTTGAACTTGATGAATCAACGCCCATATACTTTAAGATGAGATTAAATAACTTGGT
AGCACGGCTGACGAGATCGCTGTTAATCTTGAGCAGGGATGTGGAGATGGGATCCTTCTG
GAAGCAGAGCATGTCCTCGAAGGTGAAGCGCTCTTTCTGGAGATGAGAGCCGGACGATGA
CTTTTTGGAATAGAAGAAGCCACGCTTGCCAGCAGACTGGATTTGCTTCTGCATAAGCCG
CAGAAAAGCTTCAACCTGGAAGCGATCAATGAGGGGAATGGCAGCAGCTAGGTCGGCAGG
AATTGACAACGCCCCTCCTTGACCTTGAGGAGGAGCTGTGGAGAGAGGAGGAAGAGCAGA
CGATTCGGCATCGAAGTCGGTCCCAGAGGGATTGGGAACATAAAAGCAAGAAGAAGAAGA
AGCATCGGCTGCGACTTCGTTGCCATTGCCAGAGCTCAGTGAAGAATTACTTCCTCGTTG
GCCCTCCATTACAGAGCGAGATTGTAGATCTGGAGCACAATTTGACCAGAGAAAGAGAGA
GACAGTCACGGGATATATTTAATTGCCATTCAATACTACTTCACGATTCAGCTGACGGTT
TTCTTCTCAGAAGGGATCACTCGCCGTCGTTGTCATCGTCTTGTGTGGGTTGGAAGTTTG
AAACTAAATAAATGACTTGCTCAAGAG


BQ
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AF RR3CL55TF U 1
AF RR3CL55JQ C 214
BS 1 314 RR3CL55TF
BS 315 927 RR3CL55JQ

RD RR3CL55TF 314 0 0
AGTTGCATCGTGTGCGACATTGTGAATATACTCAGAGAGATATCCACCGATATCTTTGCT
AGGAGGCATTGAGGAAGCACACAAGTACATGAGTTCCCACGCTCTTATCAAGTACTGCCT
GTCAGGATTATGTCTAGTCTGTTTGGAGATTTGGGCAAAAAGTTCGTCCCTGAGTTCAAC
ACGCTTCAAGGTTTTTTTGTAAAGCTTGCCAACAAGGTAAATGCGTTCATCTAGAGAGGG
TGGCGTTGAACTTGATGAATCAACGCCCATATACTTTAAGATGAGATTAAATAACTTGGT
AGCACGGCTGACGA

QA 1 314 1 314
DS 

RD RR3CL55JQ 714 0 0
AAGGTAAATGCGTTCATCTAGAGAGGGTGGCGTTGAACTTGATGAATCAACGCCCATATA
CTTTAAGATGAGATTAAATAACTTGGTAGCACGGCTGACGAGATCGCTGTTAATCTTGAG
CAGGGATGTGGAGATGGGATCCTTCTGGAAGCAGAGCATGTCCTCGAAGGTGAAGCGCTC
TTTCTGGAGATGAGAGCCGGACGATGACTTTTTGGAATAGAAGAAGCCACGCTTGCCAGC
AGACTGGATTTGCTTCTGCATAAGCCGCAGAAAAGCTTCAACCTGGAAGCGATCAATGAG
GGGAATGGCAGCAGCTAGGTCGGCAGGAATTGACAACGCCCCTCCTTGACCTTGAGGAGG
AGCTGTGGAGAGAGGAGGAAGAGCAGACGATTCGGCATCGAAGTCGGTCCCAGAGGGATT
GGGAACATAAAAGCAAGAAGAAGAAGAAGCATCGGCTGCGACTTCGTTGCCATTGCCAGA
GCTCAGTGAAGAATTACTTCCTCGTTGGCCCTCCATTACAGAGCGAGATTGTAGATCTGG
AGCACAATTTGACCAGAGAAAGAGAGAGACAGTCACGGGATATATTTAATTGCCATTCAA
TACTACTTCACGATTCAGCTGACGGTTTTCTTCTCAGAAGGGATCACTCGCCGTCGTTGT
CATCGTCTTGTGTGGGTTGGAAGTTTGAAACTAAATAAATGACTTGCTCAAGAG

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL5762Contig1 1272 2 2 U
GGAACTCTCTCCTTCTCTACTCAAAAACCAAAAGGGCACAAACATGGAGATCTCAAAAAC
CCTTTTGCTAGTGGTTTCTCTTGCGGCTGCAACTTGTTTCTTGCAAGCCAAGGCAGCTGG
AGTTTACTGTAGCAACCCTTACACTCGATGTTACCACAGGTACATTCAGTGTCCAGAGGA
ATGCCCAAGCACGACTGCTATGAACTCCAAGAACAAAGTTTGCTACGCAGATTGCGATAG
ACCCACTTGCAAATCTCAATGCCGCATGAGGAAACCGAACTGCAATAGACCTGGATCAGC
TTGTTATGATCCGAGGTTCATTGGAGGAGACGGTATTGTGTTTTACTTCCATGGAAAGAG
CAATCAAGAGTTCAGCCTCGTCTCTGACTCTGACCTTCAGATCAATGGTAGGTTCATTGG
CCACAGACCCGCCGGTCGTGCCAGAGACTTCACATGGATCCAAGCTCTCGGGTTCCTCTT
CAACTCCCACAAATTCTCTCTTGAAGCCGCGAAAACCGCCACATGGGACAACGAAGTTGA
CCATCTCAAGTTCACTTTCGATGGCCAAGATGTATCTGTCCCGGAAGAAACACTCTCCAC
CTGGTACTCACCAAACAAGGACATCAAGATCGAGAGAGTGACTATGAGAAACAGCGTGAT
CGTGACAATCAAAGACAAAGCCGAGATCATGGTCAACGTGGTTCCAGTCACTAAAGAAGA
CGACAGGATCCACAGCTACAAAGTACCATCAGATGACTGCTTTGCACATCTCGAGGTTCA
GTTCAAGTTCTTCAACCTTTCACCAAAGGTAGACGGAATCTTGGGACGAACCTACAAACC
TGATTTCCAGAATCCGGCTAAGCCTGGAGTTGCAATGCCAGTGGTTGGTGGTGAAGACAG
CTTCAAGACCTCATCTCTCCTCTCTAACGACTGTAAAACTTGCATTTTCTCTGAATCACA
GACAGAGATTGAGTCCGTTAAGTCAGAGATTGAATATGCTGCTTTGGATTGCACCCGTGG
AGCGTCTTCTGGATATGGAATCGTGTGCAGGAAGTGAAGAAATCGTATTTGAAAAAAATT
GGCTTACAAGAAGAATAAGGGCAGAGAGCAGTATCTTTTGCTGGAAATTTTACAGAGTAA
AATAATTGCCATGAAAAGATACTATATGTACTTGCTATTTACTACTTTGAAATGTATTTC
TATTGTATCATCCTCCATGTATTAACTTAATCATTGTTAATGATATATATTACTAATAGA
CATTGCTTAATT


BQ
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BS 713 1272 RR3EU74JQ

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CGTGACAATCAAAGACAAAGCCGAGATCATGGTCAACGTGGTTCCAGTCACT

QA 1 712 1 712
DS 

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TTCCAGAATCCGGCTAAGCCTGGAGTTGCAATGCCAGTGGTTGGTGGTGAAGACAGCTTC
AAGACCTCATCTCTCCTCTCTAACGACTGTAAAACTTGCATTTTCTCTGAATCACAGACA
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TCTTCTGGATATGGAATCGTGTGCAGGAAGTGAAGAAATCGTATTTGAAAAAAATTGGCT
TACAAGAAGAATAAGGGCAGAGAGCAGTATCTTTTGCTGGAAATTTTACAGAGTAAAATA
ATTGCCATGAAAAGATACTATATGTACTTGCTATTTACTACTTTGAAATGTATTTCTATT
GTATCATCCTCCATGTATTAACTTAATCATTGTTAATGATATATATTACTAATAGACATT
GCTTAATT

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

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GGAACCGATGAAAACAGAAGTCTTTGAAAAACATAATAAAAACAGAACATGTTCTCACTA
CCAACTAGTCCGACCGTTCTGTGTCTTGAAACAATGAGCACTCTTTTGCGTAACTTCCAT
TTCGCACCTCACGATTCTCTAAATTACAAAATCTCCCCTTTTCCCAAAAGATTATCATCC
TTCACCAACAACAACGCTCGCCTCCCCATCAAGAACACTACTCGAATCTCCTCCAACAGT
TTGAGAATGGATTCCTCTGATAACAACATTTCAGCTTGTGCACAGCAACAGAAGAAGATG
GAGATTCCGAACAGCCACAACGAGAAGCTCGTTGGTCTCCTTCACGAAACCGGTTCGAAA
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GTGGCTGCTGCTTTAGAGAAAGAAGGGATCAGTGCGTTCCGTTTTGATTTCTCTGGAAAT
GGAGAGAGTGAAGGCAGTTTCTATTATGGTAACTATAACCATGAAGCTGATGATCTGCGT
TCTGTCATCCAACACTTGTCTGACATGAACCGTGTGGTTCCTATCATTCTTGGGCACAGT
AAAGGAGGCGATGTGGTTCTCCTCTATGCTTCCAAATATCATGATATCAGTAATGTGATC
AATCTCTCGGGACGCTATGATCTGAAGAAAGGCATAAGAGAGCGACTCGGGGAAGACTTT
TTGGAAAGAATTAAGGAACAAGGATTCATCGATGTTAACAGTGGAAAATCCAGCTACCGT
GTTACGGAGGAGAGTTTAATGGAGAGGTTAGGCACTGATATGCATGAAGCTTGCCTCAAG
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GAAGATGCCAAGGAGTTTGCGAAGATCATACCGAACCACAAGCTGGAGATTGTGGAAGGA
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AATGTTCATGATGCACATGCAATACTTTACATTGTCTCCAGTTAAAAGGGGAACCATTGA
TTGGGTTAGTAACAGTAAATCTCATAATACAAAAGTAGTTCTTTT


BQ
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AF RR3AX62TF U 1
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BS 733 1185 RR3AX62JQ

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TTCACCAACAACAACGCTCGCCTCCCCATCAAGAACACTACTCGAATCTCCTCCAACAGT
TTGAGAATGGATTCCTCTGATAACAACATTTCAGCTTGTGCACAGCAACAGAAGAAGATG
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GTGGCTGCTGCTTTAGAGAAAGAAGGGATCAGTGCGTTCCGTTTTGATTTCTCTGGAAAT
GGAGAGAGTGAAGGCAGTTTCTATTATGGTAACTATAACCATGAAGCTGATGATCTGCGT
TCTGTCATCCAACACTTGTCTGACATGAACCGTGTGGTTCCTATCATTCTTGGGCACAGT
AAAGGAGGCGATGTGGTTCTCCTCTATGCTTCCAAATATCATGATATCAGTAATGTGATC
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TTGGAAAGAATT

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DS 

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AAGGATTCATCGATGTTAACAGTGGAAAATCCAGCTACCGTGTTACGGAGGAGAGTTTAA
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TGTTGACGGTTCATGGATCAGATGACGAGGTAATAACCGTGGAAGATGCCAAGGAGTTTG
CGAAGATCATACCGAACCACAAGCTGGAGATTGTGGAAGGAGCTGATCATCGTTATACTG
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ACAACAACTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTGAGAAATGTTCATGATGCACATG
CAATACTTTACATTGTCTCCAGTTAAAAGGGGAACCATTGATTGGGTTAGTAACAGTAAA
TCTCATAATACAAAAGTAGTTCTTTT

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 2

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ATATGTCTTATACTCCTCCACATAAGCGACATTCAAAGGATCCAAACAGACCTTCCCCTG
TTCCAGATTCTCTCGTTACAAAATTCAAGAACAACCATGACTACAAGAGTACCAATGATA
AAATCAACCGTGTTACTTGTTCAGAAAATTTCATTTCCAAATGGCTTCTTGTTGGTTCTA
ATGGAATCAAGGATGAGCTTCCTGCATCCGTTGATCTTGTACCCTTTTCCTCGGATTCTG
CTGAATGCAGAGATGGAGAACGGCCTTTAGTACTGATGAACAACGACTCCCAAAAAGTGA
GCGAGCAAGAAGAGAGAACACAGTGGCTGTTAATAGCAGAGAAGGTGGAAGAGGATCTTG
TGTTGGCATATGAGCGAGCTAAGACTTCGGTAGAAGAGAATCAACATGTATTGAGATTGG
TTGCTAGGTTTGGTAAAATTCTCTTCTACAAGAGGAAACCTGGTCCTCTAGCTGAATTCT
CACAGAAAAACTTGAAGAAGATGTTCTCTACAGATGTCCCAACTTCTAACTTGCAACACA
TAATGTCTAATGTGGTACCAAACCATGGATTCTCTATTGATTTGGAAAAGGAAACATACA
CTGTGAAGGTATCGCATAATACTCGCCCCACTGAAACTATCAACTGTAAGTGTACCTTTA
AGGAAAATGGAAGGCTAAGTATGTACAAGGCCGAGCTTGACGTTGTAAGGCATTTGGTTG
TTGATATGTCATGCATTGATAAGAGTGTCGACATGAGGCTGATGCTAGCTGCCAAAAGGA
AAATGACTGCTCTCACCGAGAAAGAGATAAGTGACATTAAAGAGCTACTGGATTCAGCAA
CTGTTGATCCAAATGTGAAAGGCGGTTTAAGGTGGCCGTTTGGTAAATCTTCATCTGGAG
ATGGATACAGAATATTTGAAGTTTGTCACGTTAGAGCTACTATCTACAAGAACCAGACTC
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AGAGGGGTTGTGTTTTGGAAATGCTTCGAGATACTCTTGGAACCTTATGGGACTTTATGC
ATTGTGATGCATCTCTTATATAAATAAAGAACCGTGTGGTGTTGCTAATACTATTGGGTT
TCTCTTTTACTTTCTCCTGATTTTAGTACATTAACAATGTTAAAGGGTGTGAAGGATTGA
GCTTGCGTGTGAAAGAAGAAATAAAATAAGTAGAAGTTGTGTGG


BQ
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AF RR3FP11TF U 1
AF RR3FP11JQ C 646
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TTCCAGATTCTCTCGTTACAAAATTCAAGAACAACCATGACTACAAGAGTACCAATGATA
AAATCAACCGTGTTACTTGTTCAGAAAATTTCATTTCCAAATGGCTTCTTGTTGGTTCTA
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GCGAGCAAGAAGAGAGAACACAGTGGCTGTTAATAGCAGAGAAGGTGGAAGAGGATCTTG
TGTTGGCATATGAGCGAGCTAAGACTTCGGTAGAAGAGAATCAACATGTATTGAGATTGG
TTGCTAGGTTTGGTAAAATTCTCTTCTACAAGAGGAAACCTGGTCCTCTAGCTGAATTCT
CACAGAAAAACTTGAAGAAGATGTTCTCTACAGATGTCCCAACTTCTAACTTGCAACACA
TAATGTCTAATGTGGTACCAAACCATGGATTCTCTATTGATTTGGAAAAG*AAACATACA
CTGTGAAGGTATCGCATAATACTCGCCCCACTGAAACTAT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3FP11JQ 779 0 0
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TAAGGCATTTGGTTGTTGATATGTCATGCATTGATAAGAGTGTCGACATGAGGCTGATGC
TAGCTGCCAAAAGGAAAATGACTGCTCTCACCGAGAAAGAGATAAGTGACATTAAAGAGC
TACTGGATTCAGCAACTGTTGATCCAAATGTGAAAGGCGGTTTAAGGTGGCCGTTTGGTA
AATCTTCATCTGGAGATGGATACAGAATATTTGAAGTTTGTCACGTTAGAGCTACTATCT
ACAAGAACCAGACTCTCAGGCTTAGGGTTAGAGAGACCGATAGATTCAATGAGAGGACTG
GAACAGGAGCAGTCAAGAGGGAGGTGACTCTGGTACTTAAAGATGTCAACACTAAGTTAC
AGGAGCAAAACATTGAGAGGGGTTGTGTTTTGGAAATGCTTCGAGATACTCTTGGAACCT
TATGGGACTTTATGCATTGTGATGCATCTCTTATATAAATAAAGAACCGTGTGGTGTTGC
TAATACTATTGGGTTTCTCTTTTACTTTCTCCTGATTTTAGTACATTAACAATGTTAAAG
GGTGTGAAGGATTGAGCTTGCGTGTGAAAGAAGAAATAAAATAAGTAGAAGTTGTGTGG

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

CO CL5765Contig1 1287 2 2 U
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ATTTCTTTTGATCTCATGATCGAAATCCTGAGTAAATTGCCTGCTAAATCGCTTATGAGG
TTCAAGTGTGTCTCAAAGCTCTGGTCTTGTCTGATTCGTTCTCGATATTTTACCAACCTT
TATCTCATGGTGTCATCATCTCTATCGCGACCGCGACCACTTGGTCTATACATGAGTTTG
AATATGGGTTTGAGTTTGCAGAGACACTACGCGTGTGATTCGATGGAGCTCTGCCAAAAC
CATGGAAAGTCTGAACTGCTATCATTAAGGTTATTGCCGTCTAGTAGTAGTGCGGAATCA
TCGTTAGAACCAGATTTGACTTTCCCAGGGATGGGAGGATACAGGATGGTGTCTCTTCGC
GGTTTGATTTTATACACCGTTTGCAGAAAAGCATGTATCTATAATCCTGCCACTAGACAA
AGCTTAACCTTACCTGCTGTCAAATCCAACATCTTTGCGCAACAAGCACCTAATAAGCAT
GTCTACTATTTTTTCGGACATGATCCTGTTCTTGATCAATACAAAATAGTCTGTAATGTT
ACGATAGCCTCGTTATTTTTTCGGAGGATAACCTCCGAGTATTGGGTGTTCGTACTGGAA
CCTGTAGGTTTTTGGAAAAAGCTTGACTATGATGATCAACCTCACCTTCCTACAAGACAA
GGACTCTGCATCAGCGGAGTTATATATTATCCGGCTTCCAGTCCTACATGTGGCAGAACC
GTTAATTGTTTTGACGTTAGGTCTGAAGTGTTCCGTGTGATCCCAGTGTCTCAGTTTTGT
AAGTACTTTGGTTTCATAGAGCATGGTGGGAAACCAGCAATCTTTGATTATACACGTATT
AGAGAAACGGGCGTCTCAGAGTTGTGGGTCTTGGAGGTGGATGGTGGAATATGGTCGAGG
AAGTCTCTGGTTTTGAAGAGTTGTCAGAGGCATTTAGTGGATGAAATTAACATTATCAAT
TTGATTGTTCATGGAACGGCTCAGAACAATGAGGTTATCTTGGCGTTGACTTCTCCTTGT
TACCTTCTCTATTATGATCTGATAAAGAATGATTTGAGAAAGGTTAGTATCATCAAAGAA
ACAACACGGGATGTGTCTTTCAGGGTTCTGGATAAATGTGAAAGTATTATGCACTTGGAA
ACTTGAATAGAGTTTCTTCTATTAGATTTATCACTATGTAATTGTGTTTGCCTAAAATAA
TACATTTGAATTATTTATTTAGTAGTC


BQ
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AF RR3AR89TF U 1
AF RR3AR89JQ C 556
BS 1 665 RR3AR89TF
BS 666 1287 RR3AR89JQ

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TTCAAGTGTGTCTCAAAGCTCTGGTCTTGTCTGATTCGTTCTCGATATTTTACCAACCTT
TATCTCATGGTGTCATCATCTCTATCGCGACCGCGACCACTTGGTCTATACATGAGTTTG
AATATGGGTTTGAGTTTGCAGAGACACTACGCGTGTGATTCGATGGAGCTCTGCCAAAAC
CATGGAAAGTCTGAACTGCTATCATTAAGGTTATTGCCGTCTAGTAGTAGTGCGGAATCA
TCGTTAGAACCAGATTTGACTTTCCCAGGGATGGGAGGATACAGGATGGTGTCTCTTCGC
GGTTTGATTTTATACACCGTTTGCAGAAAAGCATGTATCTATAATCCTGCCACTAGACAA
AGCTTAACCTTACCTGCTGTCAAATCCAACATCTTTGCGCAACAAGCACCTAATAAGCAT
GTCTACTATTTTTTCGGACATGATCCTGTTCTTGATCAATACAAAATAGTCTGTAATGTT
ACGATAGCCTCGTTATTTTTTCGGAGGATAACCTCCGAGTATTGGGTGTTCGTACTGGAA
CCTGT

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DS 

RD RR3AR89JQ 732 0 0
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TTTTTTCGGAGGATAACCTCCGAGTATTGGGTGTTCGTACTGGAACCTGTAGGTTTTTGG
AAAAAGCTTGACTATGATGATCAACCTCACCTTCCTACAAGACAAGGACTCTGCATCAGC
GGAGTTATATATTATCCGGCTTCCAGTCCTACATGTGGCAGAACCGTTAATTGTTTTGAC
GTTAGGTCTGAAGTGTTCCGTGTGATCCCAGTGTCTCAGTTTTGTAAGTACTTTGGTTTC
ATAGAGCATGGTGGGAAACCAGCAATCTTTGATTATACACGTATTAGAGAAACGGGCGTC
TCAGAGTTGTGGGTCTTGGAGGTGGATGGTGGAATATGGTCGAGGAAGTCTCTGGTTTTG
AAGAGTTGTCAGAGGCATTTAGTGGATGAAATTAACATTATCAATTTGATTGTTCATGGA
ACGGCTCAGAACAATGAGGTTATCTTGGCGTTGACTTCTCCTTGTTACCTTCTCTATTAT
GATCTGATAAAGAATGATTTGAGAAAGGTTAGTATCATCAAAGAAACAACACGGGATGTG
TCTTTCAGGGTTCTGGATAAATGTGAAAGTATTATGCACTTGGAAACTTGAATAGAGTTT
CTTCTATTAGATTTATCACTATGTAATTGTGTTTGCCTAAAATAATACATTTGAATTATT
TATTTAGTAGTC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL5766Contig1 1299 2 6 U
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GCCGGAGATTCTGTTTCGGAGATAGAGACATAAGTTTCTCCGATCTCGCTAGATCGGTCG
TTGCATTGTATCCGTTCGTCGTGAATAATCGAGGTGGTGGATGGGGACATGGCTGAGCCG
GAGGAGACAGTAAACGGAGTAAAGGAGAACAAATTATGGAAAGGAGAAGATAATGAGAGT
TCCTTATGGACTGAACAAAGAGTTCTTTAAGTACTCTTTGTTTCTTGTTTTCTGCAACCG
GCTCACTACATCAGCTGTTTCTGCTGGTGCTTTATTGGCAAGCAAGAAGGTTTTGGATCC
TGTAGCTCCGGTTTACAAGTATTGCCTTATTTCAGTGACTAACATCTTAACCACAACATG
CCAATATGAGGCTCTCAAGTATGTGAGCTTCCCTGTCCAAACTCTAGCAAAATGTGCCAA
AATGATACCAGTTATGGTATGGGGAACTCTCATCATGCAGAAAAAGTACAAGGGATTTGA
CTATCTAGTGGCTTTTCTGGTCACCCTGGGGTGCTCTGTCTTCATTCTTTTCCCGGCAGG
AGATGATGTTAGTCCGTACAATAAGGGAAGGGAAAATACTGTTTGGGGTGTTTCCCTAAT
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GTATAATATGGAGATTCATAACCAAATATTCTACACAACACTTTGTTCTTGTGTTCTCAG
TTTCTCTGGACTTATACTGCAAGGCCATTCACTACTAGCTGTGGATTTTGTTTCTCGGCA
TAGAGATTGTTTTGTGGACATCGCTTTTCTTTCCACTGTTGCAACAGCAAGCCAGTTTTT
CATTTCTTACACCATTAGGACATTTGGTGCTTTAACATTTGCTGCAATCATGACAACGAG
ACAGCTTGCAAGCATCATGCTCTCATGCATTTGGTTCTCTCATCCGCTTAGCTGGGAGCA
ATGTATCGGATCGGTCATTGTTTTCGGGTCTTTATACGCTAAGAACTTACTGAACAACAA
CAAGAAATCAGAAAAGCAACGGCCTCAGCCTCCAGAGCTTCCGCAGTATGAAAAGCCTGA
GGGCTCTTAAGACGCGAATCTTTTCAACACCAGTCGATAAAGAATAGGATTTTGATATTG
TCAGTCGCTGCATTTTTCATTTTTTATGTATTTCATTTTGTTGGATCGCTTGTAGGATTA
TATTATATAATATATACATAATGCATGTGTGTTTCGATG


BQ
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AF RR3CC26TF U 1
AF RR3CC26JQ C 587
BS 1 599 RR3CC26TF
BS 600 600 RR3CC26JQ
BS 601 635 RR3CC26TF
BS 636 636 RR3CC26JQ
BS 637 702 RR3CC26TF
BS 703 1299 RR3CC26JQ

RD RR3CC26TF 708 0 0
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GCCGGAGATTCTGTTTCGGAGATAGAGACATAAGTTTCTCCGATCTCGCTAGATCGGTCG
TTGCATTGTATCCGTTCGTCGTGAATAATCGAGGTGGTGGATGGGGACATGGCTGAGCCG
GAGGAGACAGTAAACGGAGTAAAGGAGAACAAATTATGGAAAGGAGAAGATAATGAGAGT
TCCTTATGGACTGAACAAAGAGTTCTTTAAGTACTCTTTGTTTCTTGTTTTCTGCAACCG
GCTCACTACATCAGCTGTTTCTGCTGGTGCTTTATTGGCAAGCAAGAAGGTTTTGGATCC
TGTAGCTCCGGTTTACAAGTATTGCCTTATTTCAGTGACTAACATCTTAACCACAACATG
CCAATATGAGGCTCTCAAGTATGTGAGCTTCCCTGTCCAAACTCTAGCAAAATGTGCCAA
AATGATACCAGTTATGGTATGGGGAACTCTCATCATGCAGAAAAAGTACAAGGGATTTGA
CTATCTAGTGGCTTTTCTGGTCACCCTGGGGTGCTCTGTCTTCATTCTTTTCCCGGCAG*
AGATGATGTTAGTCCGTACAATAAGGGAAGGGAAA*TACTGTTTGGGGTGTTTCCCTAAT
GGCTGGCTATCTCGGGTTTGATGGCTTTACAAGCACTTTCCA
GACAAC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3CC26JQ 713 0 0
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GGTGTTTCCCTAATGGCTGGCTATCTCGGGTTTGATGGCTTTACAAGCACTTTCCAAGAC
AAACTCTTTAAAGGGTATAATATGGAGATTCATAACCAAATATTCTACACAACACTTTGT
TCTTGTGTTCTCAGTTTCTCTGGACTTATACTGCAAGGCCATTCACTACTAGCTGTGGAT
TTTGTTTCTCGGCATAGAGATTGTTTTGTGGACATCGCTTTTCTTTCCACTGTTGCAACA
GCAAGCCAGTTTTTCATTTCTTACACCATTAGGACATTTGGTGCTTTAACATTTGCTGCA
ATCATGACAACGAGACAGCTTGCAAGCATCATGCTCTCATGCATTTGGTTCTCTCATCCG
CTTAGCTGGGAGCAATGTATCGGATCGGTCATTGTTTTCGGGTCTTTATACGCTAAGAAC
TTACTGAACAACAACAAGAAATCAGAAAAGCAACGGCCTCAGCCTCCAGAGCTTCCGCAG
TATGAAAAGCCTGAGGGCTCTTAAGACGCGAATCTTTTCAACACCAGTCGATAAAGAATA
GGATTTTGATATTGTCAGTCGCTGCATTTTTCATTTTTTATGTATTTCATTTTGTTGGAT
CGCTTGTAGGATTATATTATATAATATATACATAATGCATGTGTGTTTCGATG

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL5767Contig1 945 2 4 U
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TATCGTCGATTGCTCTTGCGCCACCCAGTTCCAATCTCAGTCATCGGCTTCTCCGAATTT
GCGCCACTGCTGACGACGGAGTGGAAGCTCCCGAGGAGGTTCAAACCCAATCTCCTTCCT
CTTCTTCTTCTTCTGCACTCGGTAAAGACTTGAAAAAGGTGGTTAACAAGACAGCAGCAA
CCTTTGCGCCTAGGGCCTCCACCGCCAGTAAAAACCCAGCTCTCCCTGGAACTACTCTTT
ACAAAGTTTTTGAGGTTCAAGGTTATGCATCCATGTTCCTTGGAGGTGTCCTCTCTTTCA
ACCTCCTCTTTCCCTCCACCCAACCTGACTTATGGAGGTTGATGGGTATGTGGTCCATTT
GGATGTTCACTATTCCTTCTCTTCGAGCACGTGACTGCCCTCCTAAAGAGAAAGAAGCTC
TTAACTATCTTTTTCTCATCATCCCTTTACTCAATGTTGCTATTCCCTTCTTCTGGAAAT
CTTTTCCTCTTGTCTGGTCTGCTGATACCCTTGCCTTCTTTGCCATGTATGCCTGGAAGC
TTGGATGGCTGGAAAGAGCCGAGTAGAGCTACTCCTGTTGGGATTAGAGTCTGGAAGATT
CTATGTCTGAAATGATTCTCCATTCAGCTTCTCTGTTACCAAGTACAGCATATCTAATAT
TCAATGGTACGTAGAGGCAAACGAATGTGTACATTGCTAAATATTGGCAAGCCCCCCCTT
AAGTAATATTCATAGACTTCTGAGATGGTTTGTTTGTTTATTATCTAGGAAATGAAAATG
CCACTTCATATACATTTTCTTATCAAGAGCGCAGCTGGTAAATTTACAGAAAATAAACAA
GTGTGCTCTCTTTTTTTTTTTCTGAATGAATAAACAAGTGTGCCC


BQ
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AF RR3EC26TF U 1
AF RR3EC26JQ C 663
BS 1 760 RR3EC26TF
BS 761 761 RR3EC26JQ
BS 762 777 RR3EC26TF
BS 778 945 RR3EC26JQ

RD RR3EC26TF 788 0 0
GGATCGGAGAGAGAGAGAGGAAGATGAGGTTTTGCTCAATTTCTCCGCCTGTGTGTGTGT
TATCGTCGATTGCTCTTGCGCCACCCAGTTCCAATCTCAGTCATCGGCTTCTCCGAATTT
GCGCCACTGCTGACGACGGAGTGGAAGCTCCCGAGGAGGTTCAAACCCAATCTCCTTCCT
CTTCTTCTTCTTCTGCACTCGGTAAAGACTTGAAAAAGGTGGTTAACAAGACAGCAGCAA
CCTTTGCGCCTAGGGCCTCCACCGCCAGTAAAAACCCAGCTCTCCCTGGAACTACTCTTT
ACAAAGTTTTTGAGGTTCAAGGTTATGCATCCATGTTCCTTGGAGGTGTCCTCTCTTTCA
ACCTCCTCTTTCCCTCCACCCAACCTGACTTATGGAGGTTGATGGGTATGTGGTCCATTT
GGATGTTCACTATTCCTTCTCTTCGAGCACGTGACTGCCCTCCTAAAGAGAAAGAAGCTC
TTAACTATCTTTTTCTCATCATCCCTTTACTCAATGTTGCTATTCCCTTCTTCTGGAAAT
CTTTTCCTCTTGTCTGGTCTGCTGATACCCTTGCCTTCTTTGCCATGTATGCCTGGAAGC
TTGGATGGCTGGAAAGAGCCGAGTAGAGCTACTCCTGTTGGGATTAGAGTCTGGAAGATT
CTATGTCTGAAATGATTCTCCATTCAGCTTCTCTGTTACCAAGTACAGCATATCTAATAT
TCAATGGTACGTAGAGGCAAACGAATGTGTACATTGCTAA*TATTGGCAAGCCCCCC
TTAAGTATATT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3EC26JQ 283 0 0
ATGTCTGAAATGATTCTCCATTCAGCTTTTCTGTTACCAAGTACAGCATATTTAATATTC
AATGGTACGTAGAGGCAAACGAATGTGTACATTGCTAAATATTGGCAAGCCCCCCCTTAA
GTAATATTCATAGACTTCTGAGATGGTTTGTTTGTTTATTATCTAGGAAATGAAAATGCC
ACTTCATATACATTTTCTTATCAAGAGCGCAGCTGGTAAATTTACAGAAAATAAACAAGT
GTGCTCTCTTTTTTTTTTTCTGAATGAATAAACAAGTGTGCCC

QA 1 283 1 283
DS 



AS 1 2

CO CL5768Contig1 569 2 2 U
GCAACAATTGAGCATATTCATTTGTTTCAAATAATGTTTAATCTCAACAAATAACAAAAG
TTCTATATTTAATACAACAAAAGGAAAAACGGACAACGCACAAAAAGTTCAAACGCGTCT
AAACCACCAAATCAAATCAGCAGTTTCCCGTTTTTTTCCCATAATATAACATTCTTCAGA
CAATACTTGGAGGATCCCCAGCCCAACTACAAGTGGCTCGTGACCACCGAGTTCTGATAC
AATCCACCAATGGTGCATGCTGTGGCGGCTTAGGCTGGTTAACTTCTGAGTCCTTCTCAG
AGCTGCTGGTCATGTACTCTTCTGGTGTCCATTTAGGAGGAACAGAGACGTTTAGTTTCG
TGAGCCTTGGCCTTTGCATAGGAACCGTCCCACCTTCCACAGCCATAGCTTGACCACCAC
CGTTTATATCTGATTTAGCGATCCCATTGAAATGATAAACATCAAACACTTTCTTTCCCA
TCATCCCTGATGAATCTTTGATCCCTCCCAAGTTTCTGTCTAACTCCAACATCACTTGCC
ATAACTCGCTCCACACAATGAACCCCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DM44JQ U 1
AF RR3H786JQ U 28
BS 1 137 RR3DM44JQ
BS 138 569 RR3H786JQ

RD RR3DM44JQ 137 0 0
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AAACCACCAAATCAAAT

QA 1 137 1 137
DS 

RD RR3H786JQ 542 0 0
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CCGTTTTTTTCCCATAATATAACATTCTTCAGACAATACTTGGAGGATCCCCAGCCCAAC
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GCTTAGGCTGGTTAACTTCTGAGTCCTTCTCAGAGCTGCTGGTCATGTACTCTTCTGGTG
TCCATTTAGGAGGAACAGAGACGTTTAGTTTCGTGAGCCTTGGCCTTTGCATAGGAACCG
TCCCACCTTCCACAGCCATAGCTTGACCACCACCGTTTATATCTGATTTAGCGATCCCAT
TGAAATGATAAACATCAAACACTTTCTTTCCCATCATCCCTGATGAATCTTTGATCCCTC
CCAAGTTTCTGTCTAACTCCAACATCACTTGCCATAACTCGCTCCACACAATGAACCCCA
TG

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 2

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GAGATTTCTCGATGGAATGGCTAGCTCCGACGACGTTCTATTCGGTTTCCTTGACGAAGG
AAACCAGTCACCGGAAGACTTCCCGGACTCCGGTAACCTCAACGGTGGTGAAGATACAGA
CGACGTTGACGAAAATAGCAATTGCAATTCTGAAGAAAACAAAGCTTTCTGGCAGGAACA
AGAACAACTTCTTCAGGGAACACTGTATAGGACAAGTTCAATTGAAACAAAGATTAGACA
AGCGACAAAGGAAGCCCTGAGAGAAGTTAAATCAAAGGGTCTTCATTGTGTCTGCCGACG
ACCCGTTGCTGGTGGTTGCCGGAGCTGCTTACGTGGTGAAATCTCTCGACACCTTAGAGA
TGTGGCCGGCTACGACTGCGTCACTCCAAATCCAAGTGGAGAAGCTCTCAAGACATCCCA
GCAGGGGAACACGAATACATAGAGATCGTGGACCGGTCTGATTCGAAGAAAGGCGAGATG
CGAGTGGTGATTGAGTTATCATTCAGGGCAGAGTTCGAGATTGCAAAAGGAGGTGAAGAG
TACAAAAGGCTTATCAGCCGATTGCCGGAGGTTTACGTCGGGAAAACCGAGAGACTCAGA
TCCCTGATCAAGATATTATGCATCGCCGGGAAGAAATGCTTGAGAGACAAGAAAATGCAT
ATGGGACCTTGGAGAAAACACAAGTATATGCAAGCCAAGTGGCTTGGCACGTGCGATAGA
TCGAGCTCCTTGGAAGCGGCCATGGTCTCCGAGGCGACTGAACCGGAGAATTGGGTGCCG
CTGGTGAAGCCTAGGGTTTCCATGCTGAACTACGATGGCAGTTTCTCTAACGGGATGGGC
CGTTCTGCCGCTGTAACAGTCGTGTGATATGTGTGTGACGCAAGTGCTATTGATGACTTG
TAATTATTTATTTATTTGATCAGGGGAAGTAAGAGTTACATTAATCCTGAGTTCCCGATT
TGGAGTTAACCGGAATATGTCAATGACGTTGGCTCTTGCGTGATGAACGAAACGTTCAAG
TCATCGTGCAACAGCATGAAGCACTGCGATTTCCTACATAGGAGTGATATAGCTAGGATT
TTACGGGAGTACTATAGATTTTTTGAATCCCGGAATGTATAAAAGTTATATTCATTCGTT
TCTAAAAAAAGTTAATGATATGTAACCAATAGATTAATTGTATTCAATTTTTAAATCTCT
TAAATACAGTTAACATTTAGTGCCT


BQ
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AF RR3F382TF U 1
AF RR3F382JQ C 522
BS 1 608 RR3F382TF
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BS 610 630 RR3F382TF
BS 631 1285 RR3F382JQ

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GAGATTTCTCGATGGAATGGCTAGCTCCGACGACGTTCTATTCGGTTTCCTTGACGAAGG
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ACCCGTTGCTGGTGGTTGCCGGAGCTGCTTACGTGGTGAAATCTCTCGACACCTTAGAGA
TGTGGCCGGCTACGACTGCGTCACTCCAAATCCAAGTGGAGAAGCTCTCAAGACATCCCA
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CGAGTGGTGATTGAGTTATCATTCAGGGCAGAGTTCGAGATTGCAAAAGGAGGTGAAGAG
TACAAAAG*CTTATCAGCCGATTGCCGGAG
TTTAC

QA 1 630 1 630
DS 

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TGCAAAAGGAGGTGAAGAGTACAAAAGGCTTATCAGCCGATTGCCGGAGGTTTACGTCGG
GAAAACCGAGAGACTCAGATCCCTGATCAAGATATTATGCATCGCCGGGAAGAAATGCTT
GAGAGACAAGAAAATGCATATGGGACCTTGGAGAAAACACAAGTATATGCAAGCCAAGTG
GCTTGGCACGTGCGATAGATCGAGCTCCTTGGAAGCGGCCATGGTCTCCGAGGCGACTGA
ACCGGAGAATTGGGTGCCGCTGGTGAAGCCTAGGGTTTCCATGCTGAACTACGATGGCAG
TTTCTCTAACGGGATGGGCCGTTCTGCCGCTGTAACAGTCGTGTGATATGTGTGTGACGC
AAGTGCTATTGATGACTTGTAATTATTTATTTATTTGATCAGGGGAAGTAAGAGTTACAT
TAATCCTGAGTTCCCGATTTGGAGTTAACCGGAATATGTCAATGACGTTGGCTCTTGCGT
GATGAACGAAACGTTCAAGTCATCGTGCAACAGCATGAAGCACTGCGATTTCCTACATAG
GAGTGATATAGCTAGGATTTTACGGGAGTACTATAGATTTTTTGAATCCCGGAATGTATA
AAAGTTATATTCATTCGTTTCTAAAAAAAGTTAATGATATGTAACCAATAGATTAATTGT
ATTCAATTTTTAAATCTCTTAAATACAGTTAACATTTAGTGCCT

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL5770Contig1 913 2 4 U
GCTAATCAGACTCGTAATATTAACAAAACACAGATACATAGATATATATAGAAATTTTTG
TAAATACTTACTTTGTGCTTTGTGGAAACATTTGGAGCCTATGTATATACGGGTTTTTTT
CGGTTGAAAACAGTCGTTTCAATAAGATCCAATGATGATGATATTAAATTATTAATACAA
TAAGTCACGTTTAGTAATTTAAACGTGGATGATATTTGTATGTTATTCATGACGTAAGTC
ACGTTTAGTAATTTAAACGTGGATGATATTTGTATGTTATTCATGACGAAGTAATTTTAA
GAAACAAATATTGAACTCGAAAACGTATGCTTCCATCCTTTCGCTGTTTAGTGATTGACC
ATAAATACTTTGTAATCCCACATTGGGCACATGCTTGATACAAGCAATACATGTCATTAT
CTGGTAAGTAAACAGTTAGTTCTTGATTTGATCTTGGTAAACGGAGCTGGCTCTAGGAAA
AATGTGAATAGGTAGGGGAAGAAAATCTCTGAACTACCTTAGGAAAGTAAGTTACAGACA
CTATATACAAATTTTTTTTGTCAAGATAATACAATTTATTCAAAACCACGGATAAATAAT
TTTCCAGCTACTATTCCCATCGTATAGCTTTATTTCTCGTATTCGTTATTTTTCCAATAT
GTAGTAAATATTAATCCTTTTTTATAAAAGAAACTTACATTTTCTTTAGGATCAAGTATT
TTTAGATGTTTATAAGAAGTATATAAAACAAAGGTTCTGTAAATTTAAGAGAAATCCCAT
TTAGGAAAACGGATGGGGTAAAGAATATACTAATTAGAAACCCGTTAAAAAAAAAGAAAA
AAGATACTAATTTGATTTCTGAAGAAGTCGAAATAAATAATATTAAATTTAGTAATAAAG
ATAAAATATTGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EU11TF U 1
AF RR3EU11JQ C 578
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BS 616 616 RR3EU11JQ
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BS 702 913 RR3EU11JQ

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DS 

RD RR3EU11JQ 336 0 0
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TAATATTAAATTTAGTAATAAAGATAAAATATTGTT

QA 1 336 1 336
DS 



AS 1 2

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AATACACCACCACCTCATTTGGCTTTAGCTGCTGAATTTGCAAAACGAATTTCGAGTAGT
AATCCCAAGGAAGAGACAACAGAAGCCCAGAAGCATAGGAGCAGCAAACGTTCCCATGAT
AAGCCAAGCCACCGGGAAAGGGAACGGGAAAAGGACAGAGACAGAGCCAGGGACCGAGGC
GACGGGCATGGTGGTTCAACCAAAGAGTCTGCTGGAAAAGCAAAGACTCCTGATACCAAG
AAGCTGATGGATGCCAAACAATTGATAGATACAATCCCAAAGACAAAGGAAGAGTTGTTT
TCTTACGAGATAAACTGGGCTATGTATGACGAGCATCAATTGCACGAAAGAATGAGGCCA
TGGATCTCAAAGAAAATCATGGAGTTTCTTGGAGAAGAGGAAGCCACACTGGTAGATTTC
ATTGTGTCAAACACTCAACAGCACGTCAAAGCCTCTCAAATGCTTGAGCTGTTGCAATCG
ATACTAGATGAAGAAGCTGAGATGTTTGTACTCAAGATGTGGAGGATGCTCATCTTCGAG
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AATGATATACACATTCTAGTTGACAC


BQ
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AF RR3G786TF U 1
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AATCCCAAGGAAGAGACAACAGAAGCCCAGAAGCATAGGAGCAGCAAACGTTCCCATGAT
AAGCCAAGCCACCGGGAAAGGGAACGGGAAAAGGACAGAGACAGAGCCAGGGACCGAGGC

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DS 

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AGCTGAGATGTTTGTACTCAAGATGTGGAGGATGCTCATCTTCGAGATCAAGCGTGTCGA
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GAAGACTTTTCTTTTTCTTCTTTGGTCTTATTGTCTTATTGTCTTTGGATTTAAAGAGGA
ATCATCATGTTTACAAGATTTAATTAATGTAGAAGAAGATATTGAAAATGATATACACAT
TCTAGTTGACAC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL5772Contig1 1133 2 2 U
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TGATGGGATTATTGGACCGGGCCCGTTTTATTTCGGGTTTGATCGGTTGGGTGTTCGGGT
TCCTACTTTCCTTATCTCTCCTTGGATCGAGAAGGGCACTGTGATACATGAACCTGAGGG
TCCTACACCACATTCACAGTACGAGCATTCTTCAATACCAGCAACTGTGAAGAAACTCTT
CAACCTTAAGTCTCACTTCCTTACCAAGAGAGATGCATGGGCTGGTACATTTGAGAAATA
CTTCCGTATCCGTGACTCTCCTCGCCAAGATTGTCCAGAGAAACTAGCAGAAGTTGAACG
ATCACTAAGGCCATGGGGAGCAAAAGAAGACGCAAAGCTCTCAGAATTCCAGGTGGAGCT
GATCCAACTCGCTTCCCAGCTCGTTGGTGACCATCTGCTAAACTCATATCCAGACATTGG
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AGAAGCTGGTAAGGCTGCACTGAAAGCAGGAGCAGACGAGAACACCATAGTCACTATGAG
GCCGTCTCTGACTACCAGGACCAGTCCCAGTGAAGGGACCAACAAGTATATTTGAAGCTA
TTGAAAAAATCTACAAAATAATGGAATGAATGATATGTAAATACATGTGGCCACCTCTTT
GTTCCCCACTTTACTTGGATACATTCTATGATGTGGGAAAAAGTATATAATTATGCATGT
TAAAATGTAATGGATCAAAAAAGACATAGTAACGTTATGTTGCTCCTGGCCTCCATCTCC
TTAGTAGGAAAAAGATGGAGAGTTCTTGTAATACTAATACATATACTTTATCC


BQ
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AF RR3DS09JQ C 481
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BS 606 1133 RR3DS09JQ

RD RR3DS09TF 605 0 0
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TGATGAGCACGGTGGGTTTTATGATCACGTGCCCACGCCGGTTAAAGATGTGCCGAATCC
TGATGGGATTATTGGACCGGGCCCGTTTTATTTCGGGTTTGATCGGTTGGGTGTTCGGGT
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TCCTACACCACATTCACAGTACGAGCATTCTTCAATACCAGCAACTGTGAAGAAACTCTT
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CTTCCGTATCCGTGACTCTCCTCGCCAAGATTGTCCAGAGAAACTAGCAGAAGTTGAACG
ATCAC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3DS09JQ 653 0 0
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CTTCCGTATCCGTGACTCTCCTCGCCAAGATTGTCCAGAGAAACTAGCAGAAGTTGAACG
ATCACTAAGGCCATGGGGAGCAAAAGAAGACGCAAAGCTCTCAGAATTCCAGGTGGAGCT
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GAAGAACATGACAGTACGTGAAGGCAACAAATACGCAGAGGATGCTGTTGAGAAGTTTTT
AGAAGCTGGTAAGGCTGCACTGAAAGCAGGAGCAGACGAGAACACCATAGTCACTATGAG
GCCGTCTCTGACTACCAGGACCAGTCCCAGTGAAGGGACCAACAAGTATATTTGAAGCTA
TTGAAAAAATCTACAAAATAATGGAATGAATGATATGTAAATACATGTGGCCACCTCTTT
GTTCCCCACTTTACTTGGATACATTCTATGATGTGGGAAAAAGTATATAATTATGCATGT
TAAAATGTAATGGATCAAAAAAGACATAGTAACGTTATGTTGCTCCTGGCCTCCATCTCC
TTAGTAGGAAAAAGATGGAGAGTTCTTGTAATACTAATACATATACTTTATCC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL5773Contig1 1388 2 4 U
GGGATTCGCATAATCATTCACGAGAGACAAGTGAAAAAAAAAGAAAGGTTTAAATCCTTT
TTAACCTTTCTTGAATCCCACGTTTCTCGCGAAACGTTAAACGAATCCATTTAGATTTTT
TTCTCTCTTTTAGAAAAACATGGTCCGGCAAAAATTCGCATGTCCTGTTCTCGAAATCAA
CATAATCTCAGCGCAAGACCTATCCATGGTTTCGAAAAACATGAAAACGTACTCCGTCGC
GTGGATCAACACCGACCCGATGCGTAAACTCACGACCCGTGTCGACCAAGCAAACCGATC
CAACCCGATATGGAACGAGAAGTTCGTGTTTCGTGTCAACGACAAGACCCTCCAAGCTGA
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AACCGTGAATGTTCTTCTAAGCGATCTCTTTGCTCCTTGGTCTGGTTTCGGCGACGGTGA
TGATTGTGGCGGCGGGAATAACAACATGAGGCTCGTGACGCTTCAGATACGTCGTCCTTC
GGGGAGGCTTCAAGGGTTTTTACGGTTAGGCGTTGCGCTTCTTGACGGTGGTCAACGTAG
TATGCCGTTGTCTAGAGATGTTATCGATGTGAAGAGAGATCTTCAAGATGGTGTGAAGAT
GATGCATCGTCGCACGAATAGCGATCAGACGGATTTAACGACGTCGACGAATGATTACGG
GGTGAAAACAGGGGTTGTTACCGGCGCAGCAAGAGTTTCCGGCGGCAACGGTGGAGGAGG
TGGAGGAGGAGGAAGTGTTGTGGTTGGTGTGGATAGTATGGTGAATGGTTCGTATTGTAA
CTCTGATATTGGACCGTCGGCGTCTGTGGTTGCGGCCGCGATTGCTCAAGGGCTTTACAA
TAGACAGAAAACAGCGGTTAAAGCGGTTGCGGTTAAGGAAGAAGCGAGTTCGATTATCGA
AGGGAAGACGGAAGGGATGGAGCTTAGAGTTGAGAGGTGGAGATCGGAGAAAAAAGTTGC
GGGTGGAGCGGTTGAAACGTCTACATCTAGCGATGATTCAAGCGGGAGAGGAGGAGGAGG
GGGAAGGAGGCCGAGGAGGAATAGGAGAAAGGCGAAAGAAAGGCGGAGAAGAAGAGACGG
AGAAGGTAAGAAAGGGTTGTTTTCATGTTTTGGGAATGTGTTTGGATGTGAGATTTCGAT
TACATGCGGCGGTGGAGGAGGAGACAGCTCTAAGAAGAAGAGACGTAACAAGAATAAAGT
AGCAAACCTTAGTGCTGTAGACGAAACGTTTAGCCATTCTGCGGCTTGAGGATTTGGTGG
TGTAAACGTTTGGTTTATGGGTAAAACTATTAAACGCGTGGCGAAACGTATGAATAAAAG
CTAGTTAC


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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE34TF U 1
AF RR3DE34JQ C 578
BS 1 691 RR3DE34TF
BS 692 692 RR3DE34JQ
BS 693 721 RR3DE34TF
BS 722 1388 RR3DE34JQ

RD RR3DE34TF 727 0 0
GGGATTCGCATAATCATTCACGAGAGACAAGTGAAAAAAAAAGAAAGGTTTAAATCCTTT
TTAACCTTTCTTGAATCCCACGTTTCTCGCGAAACGTTAAACGAATCCATTTAGATTTTT
TTCTCTCTTTTAGAAAAACATGGTCCGGCAAAAATTCGCATGTCCTGTTCTCGAAATCAA
CATAATCTCAGCGCAAGACCTATCCATGGTTTCGAAAAACATGAAAACGTACTCCGTCGC
GTGGATCAACACCGACCCGATGCGTAAACTCACGACCCGTGTCGACCAAGCAAACCGATC
CAACCCGATATGGAACGAGAAGTTCGTGTTTCGTGTCAACGACAAGACCCTCCAAGCTGA
CGTCTCCGCGATCGTGATCGAGATTTACGCGGCGGCTTGGTCTAAAGACGCGCTTGTCGG
AACCGTGAATGTTCTTCTAAGCGATCTCTTTGCTCCTTGGTCTGGTTTCGGCGACGGTGA
TGATTGTGGCGGCGGGAATAACAACATGAGGCTCGTGACGCTTCAGATACGTCGTCCTTC
GGGGAGGCTTCAAGGGTTTTTACGGTTAGGCGTTGCGCTTCTTGACGGTGGTCAACGTAG
TATGCCGTTGTCTAGAGATGTTATCGATGTGAAGAGAGATCTTCAAGATGGTGTGAAGAT
GATGCATCGTCGCACGAATAGCGATCAGACG*ATTTAACGACGTCGACGAATGATTACGG
G
TGAAAA

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3DE34JQ 811 0 0
CGCTC
TGACGGTGGTCAACGTAGTATGCCGT*GTCTAGAGATGTTATCGATGTGAAGAGAGATCT
TCAAGATGGTGTGAAGATGATGCATCGTCGCACGAATAGCGATCAGACGGATTTAACGAC
GTCGACGAATGATTACGGGGTGAAAACAGGGGTTGTTACCGGCGCAGCAAGAGTTTCCGG
CGGCAACGGTGGAGGAGGTGGAGGAGGAGGAAGTGTTGTGGTTGGTGTGGATAGTATGGT
GAATGGTTCGTATTGTAACTCTGATATTGGACCGTCGGCGTCTGTGGTTGCGGCCGCGAT
TGCTCAAGGGCTTTACAATAGACAGAAAACAGCGGTTAAAGCGGTTGCGGTTAAGGAAGA
AGCGAGTTCGATTATCGAAGGGAAGACGGAAGGGATGGAGCTTAGAGTTGAGAGGTGGAG
ATCGGAGAAAAAAGTTGCGGGTGGAGCGGTTGAAACGTCTACATCTAGCGATGATTCAAG
CGGGAGAGGAGGAGGAGGGGGAAGGAGGCCGAGGAGGAATAGGAGAAAGGCGAAAGAAAG
GCGGAGAAGAAGAGACGGAGAAGGTAAGAAAGGGTTGTTTTCATGTTTTGGGAATGTGTT
TGGATGTGAGATTTCGATTACATGCGGCGGTGGAGGAGGAGACAGCTCTAAGAAGAAGAG
ACGTAACAAGAATAAAGTAGCAAACCTTAGTGCTGTAGACGAAACGTTTAGCCATTCTGC
GGCTTGAGGATTTGGTGGTGTAAACGTTTGGTTTATGGGTAAAACTATTAAACGCGTGGC
GAAACGTATGAATAAAAGCTAGTTAC

QA 6 811 6 811
DS 



AS 1 2

CO CL5774Contig1 1002 2 2 U
GGGCCAGAGTGGGCCTCTGAACCTTGCATCATGGGCATCGACGAAGCCGGGAGGGGTCCT
GTTCTAGGACCAATGGTGTATGGATGCTTGTACTGCCCACTCTCCTACCAGTCTTCTCTC
GCCTCTCTCCATTTCGCAGATTCAAAGACTCTAAAGGAAGAGAAAAGGGAAGAACTATAT
GAAAAATTAAAGCTTGACAAGTCACTTGGATGGGCTGTTGATGTCATTGGTCCCAGGGAA
CTCTCTGCTAAGATGCTCGCTAAAAACAAGATAATTTAAATGAGATCTCACATAACTCTG
CAATGGGGCTTATCAAACAGGTTCTAGACATGGGATTCCTTCTAACAGAGGTTTATCTTG
ATACTGTGGGAGATCCTGAGAAGTACAGAATCAAATTGTGTGAGAGGTTTTCTTCCATCA
AGTTTGTCGTTTCAAAGAAAGCAGACAGTCTTTATCCTGTTGTTAGTGGTGCAAGTATTG
TGGCTAAGGTGACAAGAGACAGAGCGTTGAGAGAATGGTTGGTTGAGGAGACCGGAGAAA
ACATAAACAGAAACTTCGGTTCTGGATATCCTGGAGATCCTGAGACAAAGACATGGTTGG
AGAAACACAAACATTCTGTGTTTGGATTCCCTTCACTGGTTCGTTTCAGCTGGGGGACTT
GCACTACGCATTTAAAGAGAGAGGTTGAAGTTGCATGGGAATCAGATGATTTTGAAGAGA
ATGGTAATGGAAATAGCAGCAGCAAGAGACAAGCGAAACTAAGCAAATTCGGGTTCACAA
CATGCGAGAGTAGAAGGGAAGAACTCGAATCAAGTGGAAAAGGGCGTTGCAAGTTTTTCC
AGGCTCGCAAAATCCAACAAATCACTCAGTTTTAGCCTCAATAAAGGCTCTAATCCTACT
TCCAGTAGATGTTTGAAGTAGGGATTAGTCCTTCACTTTTCTGGTCGCTGAAGTTATATT
GTTTTGAATCTTTTGATTTACATGATTCTTGTTTGGTTTGTT


BQ
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AF RR3FC89TF U 1
AF RR3FC89JQ C 452
BS 1 582 RR3FC89TF
BS 583 1002 RR3FC89JQ

RD RR3FC89TF 582 0 0
GGGCCAGAGTGGGCCTCTGAACCTTGCATCATGGGCATCGACGAAGCCGGGAGGGGTCCT
GTTCTAGGACCAATGGTGTATGGATGCTTGTACTGCCCACTCTCCTACCAGTCTTCTCTC
GCCTCTCTCCATTTCGCAGATTCAAAGACTCTAAAGGAAGAGAAAAGGGAAGAACTATAT
GAAAAATTAAAGCTTGACAAGTCACTTGGATGGGCTGTTGATGTCATTGGTCCCAGGGAA
CTCTCTGCTAAGATGCTCGCTAAAAACAAGATAATTTAAATGAGATCTCACATAACTCTG
CAATGGGGCTTATCAAACAGGTTCTAGACATGGGATTCCTTCTAACAGAGGTTTATCTTG
ATACTGTGGGAGATCCTGAGAAGTACAGAATCAAATTGTGTGAGAGGTTTTCTTCCATCA
AGTTTGTCGTTTCAAAGAAAGCAGACAGTCTTTATCCTGTTGTTAGTGGTGCAAGTATTG
TGGCTAAGGTGACAAGAGACAGAGCGTTGAGAGAATGGTTGGTTGAGGAGACCGGAGAAA
ACATAAACAGAAACTTCGGTTCTGGATATCCTGGAGATCCTG

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3FC89JQ 551 0 0
TTATCCTGTTGTTAGTGGTGCAAGTATTGTGGCTAAGGTGACAAGAGACAGAGCGTTGAG
AGAATGGTTGGTTGAGGAGACCGGAGAAAACATAAACAGAAACTTCGGTTCTGGATATCC
TGGAGATCCTGAGACAAAGACATGGTTGGAGAAACACAAACATTCTGTGTTTGGATTCCC
TTCACTGGTTCGTTTCAGCTGGGGGACTTGCACTACGCATTTAAAGAGAGAGGTTGAAGT
TGCATGGGAATCAGATGATTTTGAAGAGAATGGTAATGGAAATAGCAGCAGCAAGAGACA
AGCGAAACTAAGCAAATTCGGGTTCACAACATGCGAGAGTAGAAGGGAAGAACTCGAATC
AAGTGGAAAAGGGCGTTGCAAGTTTTTCCAGGCTCGCAAAATCCAACAAATCACTCAGTT
TTAGCCTCAATAAAGGCTCTAATCCTACTTCCAGTAGATGTTTGAAGTAGGGATTAGTCC
TTCACTTTTCTGGTCGCTGAAGTTATATTGTTTTGAATCTTTTGATTTACATGATTCTTG
TTTGGTTTGTT

QA 1 551 1 551
DS 



AS 1 2

CO CL5775Contig1 1377 2 2 U
GCAAGGCTTCCCTTTTCCGTGTTCAAGGACAAGCTCAAGGAGCATGCAAGCAATTCAAGT
TGATCTAGCAGCAACCTCCTTGAACTCATCCCACTGTTACATCTTACAACACGAAGCTTC
TGTCTTTACTTGGATTGGGAACCGTACCTCAGATTCTGATCATGATGTTCTTGACAGAAT
GCTATATTTCCTTGATCCGTCTAGGCAACCCATGTCCACGAGGGAAGGAAGTGAACCAGA
CACATTTTGGGATTTGCTTGGTGGGAAGGCAGAGTACCCTAAAGAAAAGGAAATGAGAAA
ACAAATAGAAGAACCACATTTATTTACTTTTTCCTCTAATTCAGATGTACTTAAGGTGAA
GGAAATATACAATTTTGTGCAAGACGATTTAACAACTGAAGATGTCTTACTGCTGGACTG
CCAAACTGAAGTTTATGTCTGGATTGGACTAAACTCAGACATAAAGTCGAAGCAACAAGC
ACTTACGCTTGGTCTGAAATTTCTAGAAATGGACATTCTGGAGGAAGGTTTAACAGTGAG
GATTCCTGTATATGTTGTCACAGAAGGCCACGAGCCACCATTTTTCACCCGTTTCTTTGA
TTGGGTTCCTGAAAAGGCCAACATGCTTGGTAATTCATTTGAAAGGAAGCTCGCTAGTCT
GAAAGGAAAGGAGCCATTCACTAAGAGATCTAGTGGAAGCCCGTGGAGATCAGACTCAAA
GGAGAATGCACCACGTGGTTCGCGAAGTCGGTCAAACGGATCAGAGAGAGGAGTATCATT
ATCATCTTGCTCCAGCGAGAAGTTTCCAAGTCTGAGCTCTTCAGAAGACATAAAAAGCAG
CACTGACTCCACTCCAGTTGTCAAAAAGCTTTTCTCGGAATCTCTTTCAGTGGATACAAA
CAATGGATCTACAAGCTCCAACTCAGACATATCTAAAGAGAATCCATTGGGAGGAATCAA
TGTTGATCTTAGTGTAGAGTCACTTGCGTATTCGTACGAACAGCTTAGAGTTGATTCTCA
GGAGCCATTGACAAATATAGATGCAACAAGAAGAGAGGGGTACTTAACTGAGAAAGAGTT
CGAAGAAAGATTCGAAATGACAAAACCAAAGTTCTATGCACTTCCGAAATGGAAACAGAA
CAAACTCAAAATGTCTCTCCGTCTTTTCTAAAACAGCCTTACATTCATTCAGTTAAGACC
CTTTGGAGGAAAAGACATGTTTTAGTGTAACTAATGTTTCTGTTTGGTTCATTGACCTTC
CTGATATAAGTTGATGCTTATTTCTTACAAAACAAAGTGACACCTAAATATTTGAGTATA
TGTATTGAAAGTACCCAACTTTATAATTCTTACAATAATAGCAATAAACTTTTGTCG


BQ
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AF RR3B761TF U 1
AF RR3B761JQ C 586
BS 1 717 RR3B761TF
BS 718 1377 RR3B761JQ

RD RR3B761TF 717 0 0
GCAAGGCTTCCCTTTTCCGTGTTCAAGGACAAGCTCAAGGAGCATGCAAGCAATTCAAGT
TGATCTAGCAGCAACCTCCTTGAACTCATCCCACTGTTACATCTTACAACACGAAGCTTC
TGTCTTTACTTGGATTGGGAACCGTACCTCAGATTCTGATCATGATGTTCTTGACAGAAT
GCTATATTTCCTTGATCCGTCTAGGCAACCCATGTCCACGAGGGAAGGAAGTGAACCAGA
CACATTTTGGGATTTGCTTGGTGGGAAGGCAGAGTACCCTAAAGAAAAGGAAATGAGAAA
ACAAATAGAAGAACCACATTTATTTACTTTTTCCTCTAATTCAGATGTACTTAAGGTGAA
GGAAATATACAATTTTGTGCAAGACGATTTAACAACTGAAGATGTCTTACTGCTGGACTG
CCAAACTGAAGTTTATGTCTGGATTGGACTAAACTCAGACATAAAGTCGAAGCAACAAGC
ACTTACGCTTGGTCTGAAATTTCTAGAAATGGACATTCTGGAGGAAGGTTTAACAGTGAG
GATTCCTGTATATGTTGTCACAGAAGGCCACGAGCCACCATTTTTCACCCGTTTCTTTGA
TTGGGTTCCTGAAAAGGCCAACATGCTTGGTAATTCATTTGAAAGGAAGCTCGCTAGTCT
GAAAGGAAAGGAGCCATTCACTAAGAGATCTAGTGGAAGCCCGTGGAGATCAGACTC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3B761JQ 792 0 0
CACCCGTTTCTTTGATTGGGTTCCTGAAAAGGCCAACATGCTTGGTAATTCATTTGAAAG
GAAGCTCGCTAGTCTGAAAGGAAAGGAGCCATTCACTAAGAGATCTAGTGGAAGCCCGTG
GAGATCAGACTCAAAGGAGAATGCACCACGTGGTTCGCGAAGTCGGTCAAACGGATCAGA
GAGAGGAGTATCATTATCATCTTGCTCCAGCGAGAAGTTTCCAAGTCTGAGCTCTTCAGA
AGACATAAAAAGCAGCACTGACTCCACTCCAGTTGTCAAAAAGCTTTTCTCGGAATCTCT
TTCAGTGGATACAAACAATGGATCTACAAGCTCCAACTCAGACATATCTAAAGAGAATCC
ATTGGGAGGAATCAATGTTGATCTTAGTGTAGAGTCACTTGCGTATTCGTACGAACAGCT
TAGAGTTGATTCTCAGGAGCCATTGACAAATATAGATGCAACAAGAAGAGAGGGGTACTT
AACTGAGAAAGAGTTCGAAGAAAGATTCGAAATGACAAAACCAAAGTTCTATGCACTTCC
GAAATGGAAACAGAACAAACTCAAAATGTCTCTCCGTCTTTTCTAAAACAGCCTTACATT
CATTCAGTTAAGACCCTTTGGAGGAAAAGACATGTTTTAGTGTAACTAATGTTTCTGTTT
GGTTCATTGACCTTCCTGATATAAGTTGATGCTTATTTCTTACAAAACAAAGTGACACCT
AAATATTTGAGTATATGTATTGAAAGTACCCAACTTTATAATTCTTACAATAATAGCAAT
AAACTTTTGTCG

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL5776Contig1 501 2 2 U
TTTTTTACACAAAGGAGATCTTATTACAAAGCTTACAACAATATCTTTAGCACCGTATAG
TTTGGGCTTCGTGTAACTCAATAAACAACACAAAACTTTTAAAAATGTTAACACTCGCTT
GGGGATTTGATTCACAGGGAAGCTTCAGTGAGTACAAGAACAGCCAGCTTCTTTTGTCTC
TTCTGCTGCCTCATAAGCCGACTTATAGCTTTTGTCCCATGTATCAGCAGGTGCGGTAGC
TTCTGCATGAGGTATGTGGTTCGGATGTTTCTCTCTCTTGTCTCCTTTGATCTGCTTTAG
AGCGTGCTTCAACGCTGGTAACAGTGCCTCCATACACTCGGCCACTGCGTTTGGATTCCC
AGGCATGTTGATTATCAATGTTGAGCCTCTAATTCCTGCTGCAGAGCGTGAGAGCATCGC
AAATGGCGTGATCTTTAAGCTCTCTTGCAGCATAACAAAGAGAAGACCAGGTGTTTCTCT
CTCGATGACTTGTTTCGTTGC


BQ
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AF RR3H854JQ U 1
AF RR3AR22TF C 7
BS 1 157 RR3H854JQ
BS 158 501 RR3AR22TF

RD RR3H854JQ 157 0 0
TTTTTTACACAAAGGAGATCTTATTACAAAGCTTACAACAATATCTTTAGCACCGTATAG
TTTGGGCTTCGTGTAACTCAATAAACAACACAAAACTTTTAAAAATGTTAACACTCGCTT
GGGGATTTGATTCACAGGGAAGCTTCAGTGAGTACAA

QA 1 157 1 157
DS 

RD RR3AR22TF 495 0 0
ACACAAAGGAGATCTTATTACAAAGCTTACAACAATATCT**AGCACCGTATAGTTTGGG
CTTCGTGTAACTCAGTAAACAACACAAAACTTTTAAAAATGTTAACACTCGCTTGGGGAT
TTGATTCACAGGGAAGTTTCAGTGAGTACAAGAACAGCCAGCTTCTTTTGTCTCTTCTGC
TGCCTCATAAGCCGACTTATAGCTTTTGTCCCATGTATCAGCAGGTGCGGTAGCTTCTGC
ATGAGGTATGTGGTTCGGATGTTTCTCTCTCTTGTCTCCTTTGATCTGCTTTAGAGCGTG
CTTCAACGCTGGTAACAGTGCCTCCATACACTCGGCCACTGCGTTTGGATTCCCAGGCAT
GTTGATTATCAATGTTGAGCCTCTAATTCCTGCTGCAGAGCGTGAGAGCATCGCAAATGG
CGTGATCTTTAAGCTCTCTTGCAGCATAACAAAGAGAAGACCAGGTGTTTCTCTCTCGAT
GACTTGTTTCGTTGC

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

CO CL5777Contig1 1392 2 4 U
GCGTTGATCGATGAGTTTAACAACTCAGATGATGTGTTTGTTTTCGTTCTGACGACGAAG
GTAGGTGGTTTGGGAACAAACTTGACAGGGGCGAATAGGGTCATCATCTTTGACCCGGAT
TGGAACCCCTCGAATGATATGCAGGCAAGGGAACGAGCTTGGCGTATAGGGCAGAAGAAG
GATGTTACTGTTTACAGATTGATCACACGAGGGACAATTGAGGAGAAAGTATATCATAGA
CAGATATATAAACATTTTCTCACCAATAGGATCCTGAAGAATCCGCAGCAGAAAAGATTC
TTCAAAGCTAGGGATATGAAAGATCTTTTCATCCTTAATGATGATGGTGACAGCAGCGCA
TCCACGGAGACTTCTAACATCTTCAGTCAGCTGTCTGAAGATATAAACATCATAGGAGCT
CAAACAGAGAGTACAACCGATACGACTACACAACTTGATATTCACGATGCAGCAGATGAA
GTCTCAGGGGAAAAAGAGGCGGAAACCACTGATATAAATGGTGAGCCAGTGGATGAAGAG
ACGAATATCTTGAAGAGTCTCTTCGACGCACATGGAATACATAGTGCTGTGAACCACGAC
GCCATCATTAACGCAAACGACGAGGAAGAGAAGATGAGACTTGAATACCAGGCATCTCAA
GTAGCACAGAGAGCCGCGGAAGCTTTGCGCCAATCACGGATGCTGCGTAGCCGCGAAAGC
ATCTCAGTGCCCACATGGACGGGAAGATCTGGCTGTGCCGGTGCACCTTCATCTGTACGG
AGGAGATTCGGTTCAACTGTGAATTCCCGGTTAACCACAGCAGACAAATCATCAGCTGTC
AAGAACGGTATCAGCGCGGGTCTATCTTCAGGCAAAGCACCGTCTTCCGCAGAGCTTCTC
AGCAAAATCCGAGGGAACAGAGAACAAGCCATTGGCGTTGGCCTTGAGCATACACAAACA
ACTCCAAACCCGTCTTTTTTTTCGTTGCAGCCCGAGGTCCTGATCCGACAGATATGCAGC
TTTGTACAACGAAGAGGCGGAAGCACGGACACGAGCAGCATTGTCAACCATTTTTCGGAC
AGAGTTCCTGCTAGAGATGTACCGTTGTTTAAGAGTCTCTTGAAGGAGATTGCCACGCTT
AGGAAGGATCCAAACGGTTCGGTGTGGGTCCTCAAATCAGAGTACAAAGACTAAAAACAA
GGAGTCTTTGTCACTAACATAGAAATGTCTCTTCGCAATTTTTGGACCATGCAAAATTGA
TCTTGCTTTGCTGTACAGTTAGATGCCTGAGTTAAACACATTCATGATGGTACGATGAAG
ATGTTTAGGCTTAAATAGTAACAGGCCTTGTTTGAGCTTTACAGGAAAATAACTAAGCCC
ATTATTTTCTAC


BQ
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GTAGGTGGTTTGGGAACAAACTTGACAGGGGCGAATAGGGTCATCATCTTTGACCCGGAT
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GATGTTACTGTTTACAGATTGATCACACGAGGGACAATTGAGGAGAAAGTATATCATAGA
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TTCAAAGCTAGGGATATGAAAGATCTTTTCATCCTTAATGATGATGGTGACAGCAGCGCA
TCCACGGAGACTTCTAACATCTTCAGTCAGCTGTCTGAAGATATAAACATCATAGGAGCT
CAAACAGAGAGTACAACCGATACGACTACACAACTTGATATTCACGATGCAGCAGATGAA
GTCTCAGGGGAAAAAGAGGCGGAAACCACTGATATAAATGGTGAGCCAGTGGATGAAGAG
ACGAATATCTTGAAGAGTCTCTTCGACGCACATGGAATACATAGTGCTGTGAACCACGAC
GCCATCATTAACGCAAACGACGAGGAAGAGAAGATGAGACTTGAATACCAGGCATCTCAA
GTAGCACAGAGAGCCGCGGAAGCTTTGCGCCAATCACGGATGCTGCGTAGCCGCGAAAGC
ATCTCAGTGCCCACATGGACGG*AAGATCTGGCTGTGCCGGTGCACCTTCATCTG

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DS 

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TCACGGATGCTGCGTAGCCGCGAAAGCATCTCAGTGCCCACATGGACGGGAAGATCTGGC
TGTGCCGGTGCACCTTCATCTGTACGGAGGAGATTCGGTTCAACTGTGAATTCCCGGTTA
ACCACAGCAGACAAATCATCAGCTGTCAAGAACGGTATCAGCGCGGGTCTATCTTCAGGC
AAAGCACCGTCTTCCGCAGAGCTTCTCAGCAAAATCCGAGGGAACAGAGAACAAGCCATT
GGCGTTGGCCTTGAGCATACACAAACAACTCCAAACCCGTCTTTTTTTTCGTTGCAGCCC
GAGGTCCTGATCCGACAGATATGCAGCTTTGTACAACGAAGAGGCGGAAGCACGGACACG
AGCAGCATTGTCAACCATTTTTCGGACAGAGTTCCTGCTAGAGATGTACCGTTGTTTAAG
AGTCTCTTGAAGGAGATTGCCACGCTTAGGAAGGATCCAAACGGTTCGGTGTGGGTCCTC
AAATCAGAGTACAAAGACTAAAAACAAGGAGTCTTTGTCACTAACATAGAAATGTCTCTT
CGCAATTTTTGGACCATGCAAAATTGATCTTGCTTTGCTGTACAGTTAGATGCCTGAGTT
AAACACATTCATGATGGTACGATGAAGATGTTTAGGCTTAAATAGTAACAGGCCTTGTTT
GAGCTTTACAGGAAAATAACTAAGCCCATTATTTTCTAC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

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GGTGTCCTTTGATACTGTCATTACCAGTACCTTGGCTATTAATTCATCTGCTCCCTTCGT
ATTCGGGTGTAGCAATTTACAAACCGGAGACTTACAGAGGCCCAGGAGAGCAGTAGATGG
CATATTTGGGTTAGGCCAGGGGAGTTTATCTGTATTTCACAGCTTGCTACGCAAGGACTC
GCACCACGAGTGTTCTCGCATTGTCTTAAGGGAGATAGTAACGGTGGAGGTGTAATGGTT
CTAGGTCAGATCAAGAGACCGGATACTGTCTATACTCCTCTTGTTCCATCACAGCTACAT
TATAATGTGAACCTGCAGAGCATTGCTGTGAACAATCAGATATTACCGATTGATCCATCT
GTTTTCACAATAGCCACTGGCGATGGGACGATCATTGATACAGGGACCACTCTTGCTTAC
CTTCCTGACGAAGCTTATAATCCATTCATCCAAGCTATTGCAAGTGCTGTTTCACAGTAT
GGGCGTCCCATTACATATGAGAGTTACCAGTGCTTTGATATCACATCTGGTGCCGTTGAT
GTCTTTCCCGAAGTTAGTTTGAGCTTCGCTGGTGGTGCAACAATGGTCTTGACCCCTCGT
GACTATCTTCAGATGTTTTCTAGTTCAGGAAGTTCAATCTGGTGCATTGGTTTCCAGAGA
TCGCAGCAGCCTCGTCGTATAACGATTCTTGGAGATTTGGTTCTTAAAGACAAAGTGGTG
GTCTACGATCTTGTTCGCCAACGGATTGGATGGGCAGTATACGACTGTTCTCTGGAGGTG
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GAGAACAGCAGCTCAGAGAGTAATTATTGTTATCACTTGTTCTTGTTACAAGTAGCTTTC
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CATGTAGAGGTCTTAACTCTTTTTTTTCCTG


BQ
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AF RR3DX16TF U 1
AF RR3DX16JQ C 282
BS 1 364 RR3DX16TF
BS 365 365 RR3DX16JQ
BS 366 372 RR3DX16TF
BS 373 373 RR3DX16JQ
BS 374 397 RR3DX16TF
BS 398 398 RR3DX16JQ
BS 399 426 RR3DX16TF
BS 427 991 RR3DX16JQ

RD RR3DX16TF 426 0 0
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ATTCGGGTGTAGCAATTTACAAACCGGAGACTTACAGAGGCCCAGGAGAGCAGTAGATGG
CATATTTGGGTTAGGCCAGGGGAGTTTATCTGTATTTCACAGCTTGCTACGCAAGGACTC
GCACCACGAGTGTTCTCGCATTGTCTTAAGGGAGATAGTAACGGTGGAGGTGTAATGGTT
CTAGGTCAGATCAAGAGACCGGATACTGTCTATACTCCTCTTGTTCCATCACAGCTACAT
TATAATGTGAACCTGCAGAGCATTGCTGTGAACAATCAGATATTACCGATTGATCCATCT
GTTT*CACAATA*CCACTGGCGATGGGACGATCATTG*TACAGGGACCACTCTTGCTTAC
CTTCCT

QA 1 426 1 426
DS 

RD RR3DX16JQ 710 0 0
TGTTCCATCACAGCTACATTATAATGTGAACCTGCAGAGCATTGCTGTGAACAATCAGAT
ATTACCGATTGATCCATCTGTTTTCACAATAGCCACTGGCGATGGGACGATCATTGATAC
AGGGACCACTCTTGCTTACCTTCCTGACGAAGCTTATAATCCATTCATCCAAGCTATTGC
AAGTGCTGTTTCACAGTATGGGCGTCCCATTACATATGAGAGTTACCAGTGCTTTGATAT
CACATCTGGTGCCGTTGATGTCTTTCCCGAAGTTAGTTTGAGCTTCGCTGGTGGTGCAAC
AATGGTCTTGACCCCTCGTGACTATCTTCAGATGTTTTCTAGTTCAGGAAGTTCAATCTG
GTGCATTGGTTTCCAGAGATCGCAGCAGCCTCGTCGTATAACGATTCTTGGAGATTTGGT
TCTTAAAGACAAAGTGGTGGTCTACGATCTTGTTCGCCAACGGATTGGATGGGCAGTATA
CGACTGTTCTCTGGAGGTGAACGTTTCAGCGACAGGAGGAGGAAGAAGCAAAGACGTAAT
AAACACAGGGCAGTGGAGAGAGAACAGCAGCTCAGAGAGTAATTATTGTTATCACTTGTT
CTTGTTACAAGTAGCTTTCCTTCTCCATCTTTTGCTCTCTCGTAACTTCCATTTCTTGTA
GCTTTCTAGCATTCACTGCCATGTAGAGGTCTTAACTCTTTTTTTTCCTG

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL5779Contig1 1635 2 2 U
GGCTTCGATGGTGGTGTACCCGGCGCAGACCATCTTTTTCTCTATAGCTGGATGTAAACT
AGTGCAGCGGATAAGATCGATGTGTTTTGAGAAAGTGGTTCACATGGAAGTTGGATGGTT
CGATGAGACTGAGAACTCGAGCGGGGCTATTGGAGCTAGGCTTTCAGCTGATGCCGCTAC
GGTTCGTGGTCTTGTTGGAGATGCTTTGGCTCAAACAGTACAGAATCTTGCGTCAGTCAC
GGCTGGTGTGGTCATCGCGTTTGTAGCGAGCTGGCAGTTAGCTTTCATTGTTTTGGCCAT
GCTTCCGCTGATCGGGCTTAACGGTTATGTTTACATGAAGTTCATGGTTGGCTTCAGTGC
AGATGCAAAGAGAATGTACGAGGAAGCGAGCCAAGTAGCGAACGATGCGGTGGGGAGCAT
AAGAACGGTTGCTTCGTTCTGTGCAGAGGAGAAAGTGATGAAAATGTATAAGAAGAAATG
TGAAGGTCCTATGAAGACAGGAATACGTCAAGGCATAGTTAGTGGTATTGGTTTTGGAGT
TTCTTTCTTCGTCCTCTTTGCTTCTTACGCAGCTAGTTTCTATGCGGGTGCAAGGCTTGT
TGATTACGGCAAAACAACCTTCGATTCTGTTTTCAGGGTTTTCTTTGCTTTGACAATGGC
GGCTGTAGCTATTTCTCAGTCGATTTCATTGTCTCCTGATTCCAGCAAAGCTAGCAATGC
GGTTGCATCCATCTTCTCGGTTATAGACAGAGAATCAAAGATTGATCCAAGTGATGAGTC
TGGGAGAGTTCTTGATAATGTTAAAGGAGATATTGAACTTCGTCATGTTAGTTTCAAGTA
TCCTTCAAGACCAGATGTTCAGATCTTCCAGGATCTTTGTCTGTCTATTCGTGCCGGAAA
GACAATAGCTTTGGTTGGAGAGAGCGGAAGCGGGAAATCGACAGTGATTGCGTTGCTGCA
GAGGTTTTATGATCCTGATTCTGATCAGATCACTCTTGACGGAGTTGAGATTAAGACCTT
GCAGCTGAAATGGCTAAGGCAGCAAACAGGACTTGTGAGCCAAGAACCGGTTTTGTTCAA
TGAAACGATCAGAGCAAACATTGCTTACGGAAAAGGAGGAGATGCTTCTGAAAACGAAAT
AGTATCTGCAGCAGAGCTGTCTAACGCTCATGGCTTCATTAGTGGACTACAACAGGGTTA
TGAGACAATGGTTGGTGAGAGAGGAGTTCAACTATCAGGCGGGCAGAAGCAGAGAGTAGC
AATAGCGAGAGCAATCGTTAAAGACCCTAAGGTGTTGCTACTGGATGAAGCAACAAGCGC
TCTAGATGCCGAGTCAGAGCGTGTGGTGCAGGATGCATTGGACAGGGTTATGGTAAACAG
AACAACCGTGGTGGTGGCACATCGGTTATCCACAATCAAGAGTGCAGATGTAATTGCAGT
GGTGAAGAATGGAGTCATAGTTGAGAAAGGAAAGCATGACACTTTGATTGGTATCAAAGA
TGGTGTCTATGCTTCTTTAGTACAGCTTCATCTGAGTGCTTCTACATAAACATTTATATA
GATTATTACCATTTGTGAGTAATATGCAGTGGAAATGAAAGTTTCAATTATAGATTCATT
ATGATATGTTTGTAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AH13TF U 1
AF RR3AH13JQ C 782
BS 1 862 RR3AH13TF
BS 863 1635 RR3AH13JQ

RD RR3AH13TF 862 0 0
GGCTTCGATGGTGGTGTACCCGGCGCAGACCATCTTTTTCTCTATAGCTGGATGTAAACT
AGTGCAGCGGATAAGATCGATGTGTTTTGAGAAAGTGGTTCACATGGAAGTTGGATGGTT
CGATGAGACTGAGAACTCGAGCGGGGCTATTGGAGCTAGGCTTTCAGCTGATGCCGCTAC
GGTTCGTGGTCTTGTTGGAGATGCTTTGGCTCAAACAGTACAGAATCTTGCGTCAGTCAC
GGCTGGTGTGGTCATCGCGTTTGTAGCGAGCTGGCAGTTAGCTTTCATTGTTTTGGCCAT
GCTTCCGCTGATCGGGCTTAACGGTTATGTTTACATGAAGTTCATGGTTGGCTTCAGTGC
AGATGCAAAGAGAATGTACGAGGAAGCGAGCCAAGTAGCGAACGATGCGGTGGGGAGCAT
AAGAACGGTTGCTTCGTTCTGTGCAGAGGAGAAAGTGATGAAAATGTATAAGAAGAAATG
TGAAGGTCCTATGAAGACAGGAATACGTCAAGGCATAGTTAGTGGTATTGGTTTTGGAGT
TTCTTTCTTCGTCCTCTTTGCTTCTTACGCAGCTAGTTTCTATGCGGGTGCAAGGCTTGT
TGATTACGGCAAAACAACCTTCGATTCTGTTTTCAGGGTTTTCTTTGCTTTGACAATGGC
GGCTGTAGCTATTTCTCAGTCGATTTCATTGTCTCCTGATTCCAGCAAAGCTAGCAATGC
GGTTGCATCCATCTTCTCGGTTATAGACAGAGAATCAAAGATTGATCCAAGTGATGAGTC
TGGGAGAGTTCTTGATAATGTTAAAGGAGATATTGAACTTCGTCATGTTAGTTTCAAGTA
TCCTTCAAGACCAGATGTTCAG

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR3AH13JQ 854 0 0
GGGAGAGTTCTTGATAATGTTAAAGGAGATATTGAACTTCGTCATGTTAGTTTCAAGTAT
CCTTCAAGACCAGATGTTCAGATCTTCCAGGATCTTTGTCTGTCTATTCGTGCCGGAAAG
ACAATAGCTTTGGTTGGAGAGAGCGGAAGCGGGAAATCGACAGTGATTGCGTTGCTGCAG
AGGTTTTATGATCCTGATTCTGATCAGATCACTCTTGACGGAGTTGAGATTAAGACCTTG
CAGCTGAAATGGCTAAGGCAGCAAACAGGACTTGTGAGCCAAGAACCGGTTTTGTTCAAT
GAAACGATCAGAGCAAACATTGCTTACGGAAAAGGAGGAGATGCTTCTGAAAACGAAATA
GTATCTGCAGCAGAGCTGTCTAACGCTCATGGCTTCATTAGTGGACTACAACAGGGTTAT
GAGACAATGGTTGGTGAGAGAGGAGTTCAACTATCAGGCGGGCAGAAGCAGAGAGTAGCA
ATAGCGAGAGCAATCGTTAAAGACCCTAAGGTGTTGCTACTGGATGAAGCAACAAGCGCT
CTAGATGCCGAGTCAGAGCGTGTGGTGCAGGATGCATTGGACAGGGTTATGGTAAACAGA
ACAACCGTGGTGGTGGCACATCGGTTATCCACAATCAAGAGTGCAGATGTAATTGCAGTG
GTGAAGAATGGAGTCATAGTTGAGAAAGGAAAGCATGACACTTTGATTGGTATCAAAGAT
GGTGTCTATGCTTCTTTAGTACAGCTTCATCTGAGTGCTTCTACATAAACATTTATATAG
ATTATTACCATTTGTGAGTAATATGCAGTGGAAATGAAAGTTTCAATTATAGATTCATTA
TGATATGTTTGTAG

QA 1 854 1 854
DS 



AS 1 2

CO CL5780Contig1 1183 2 2 U
GGATACATATTTTCTCTGCGACCGAGAAGATCGGTACGGAACGGACGGCGATGCCAAGCG
GAGTGGGTAACGAAGCGGTGAACAACGCAGGCACAAGCGGAAGCACCCCGAGTTTCAAGC
CTTACCGTCACCTGAAAACCCTAGAAGGGCACGCGGCGGCGATCTCGTGCGTGAAATTCT
CCAACGACGGAAACCTGCTGGCCTCGGCCTCGGTGGACAAGACGATGATCCTGTGGTCGG
GGACGAGCTACTCGCTGATCCATCGGTACGAAGGACACGGGAGCGGCGTGTCGGATCTAG
CATGGTCCTCGGACTCGCACTACACCTGCTCCGCTTCCGACGACTGCACGCTTCGAATCT
GGGACGCAAGGGCTCCCTACGAGTGTCTCAAGGTGCTCAGAGGCCACACCAACTTCGTCT
TCTGCGTCAACTTCAACCCTCCCTCGAATCTGATCGTGTCTGGCTCCTTCGACGAGACGA
TTCGGATCTGGGAGGTGAAGACGGGGAGGTGCGTGCGCGTGATTAAGGCTCACTCCATGC
CTCTCACGAGCGTGCATTTCAATCGCGACGGGTCCTTGATTGTTTCGGGGAGTCACGATG
GTTCTTGTAAGATATGGGATGCTAAAGAAGGGACTTGCTTGAAGACTTTGATTGATGACA
AATCTCCTGCTGTTTCTTTCGCTAAGTTCTCTCCTAATGGCAAGTTCATCCTCGTTGCCA
CTCTTGATAGTACTCTCAAGCTGTCTAACTATGCAACTGGCAAGTTTATAAAGGTATACA
CAGGACATACCAACAAAGTATTCTGCATCACATCCGCGTTTTCTGTGACCAACGGCAAGT
ACATTGTGATCGGATCTGAAGACAACTCTGTGTATCTGTGGGATCTTCAGCATAAAACTA
TACTGCAGAGACTGCAAGGCCACACAGACGCTGTGATCTCTGTGAGTTGCCATCCCCTTC
ACAACGAGATTGCTTCATCCGCAAATCATTTAGATAAAACCATCAGGATATGGAAACAAG
ATGCTTAGACACATGAGTTTGATTATAATGTAATTTGCTTTTGTGAGATTTGATTCTTAT
ACACCTTCAGGTGTGATTGCAATATCTGCTGCATGGTGGTCAACATATCCATCACACACG
AAAGCATACTATGAGATGTTATTAATATCCATGTTTATTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EW12TF U 1
AF RR3EW12JQ C 498
BS 1 631 RR3EW12TF
BS 632 1183 RR3EW12JQ

RD RR3EW12TF 631 0 0
GGATACATATTTTCTCTGCGACCGAGAAGATCGGTACGGAACGGACGGCGATGCCAAGCG
GAGTGGGTAACGAAGCGGTGAACAACGCAGGCACAAGCGGAAGCACCCCGAGTTTCAAGC
CTTACCGTCACCTGAAAACCCTAGAAGGGCACGCGGCGGCGATCTCGTGCGTGAAATTCT
CCAACGACGGAAACCTGCTGGCCTCGGCCTCGGTGGACAAGACGATGATCCTGTGGTCGG
GGACGAGCTACTCGCTGATCCATCGGTACGAAGGACACGGGAGCGGCGTGTCGGATCTAG
CATGGTCCTCGGACTCGCACTACACCTGCTCCGCTTCCGACGACTGCACGCTTCGAATCT
GGGACGCAAGGGCTCCCTACGAGTGTCTCAAGGTGCTCAGAGGCCACACCAACTTCGTCT
TCTGCGTCAACTTCAACCCTCCCTCGAATCTGATCGTGTCTGGCTCCTTCGACGAGACGA
TTCGGATCTGGGAGGTGAAGACGGGGAGGTGCGTGCGCGTGATTAAGGCTCACTCCATGC
CTCTCACGAGCGTGCATTTCAATCGCGACGGGTCCTTGATTGTTTCGGGGAGTCACGATG
GTTCTTGTAAGATATGGGATGCTAAAGAAGG

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3EW12JQ 686 0 0
AAGACGGGGAGGTGCGTGCGCGTGATTAAGGCTCACTCCATGCCTCTCACGAGCGTGCAT
TTCAATCGCGACGGGTCCTTGATTGTTTCGGGGAGTCACGATGGTTCTTGTAAGATATGG
GATGCTAAGGAAGGGACTTGCTTGAAGACTTTGATTGATGACAAATCTCCTGCTGTTTCT
TTCGCTAAGTTCTCTCCTAATGGCAAGTTCATCCTCGTTGCCACTCTTGATAGTACTCTC
AAGCTGTCTAACTATGCAACTGGCAAGTTTATAAAGGTATACACAGGACATACCAACAAA
GTATTCTGCATCACATCCGCGTTTTCTGTGACCAACGGCAAGTACATTGTGATCGGATCT
GAAGACAACTCTGTGTATCTGTGGGATCTTCAGCATAAAACTATACTGCAGAGACTGCAA
GGCCACACAGACGCTGTGATCTCTGTGAGTTGCCATCCCCTTCACAACGAGATTGCTTCA
TCCGCAAATCATTTAGATAAAACCATCAGGATATGGAAACAAGATGCTTAGACACATGAG
TTTGATTATAATGTAATTTGCTTTTGTGAGATTTGATTCTTATACACCTTCAGGTGTGAT
TGCAATATCTGCTGCATGGTGGTCAACATATCCATCACACACGAAAGCATACTATGAGAT
GTTATTAATATCCATGTTTATTTATC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL5781Contig1 739 2 2 U
GGAGACAGTGACCTAACTTAGTTCCGACCGAACGAAATCGAGAGATAGCTCTAACGGCGA
GGGAGAAGAGAGAATGTGGTTCACCAGCGGCGGAGGAGGACTGAGGAAGCTCTGCAGAGC
TTCCGCGACTGTTTTCGAGAACGAGACGAGCTGTAACTCTCTGTTGTCAGTGAGATACAT
GTCGAGAGAACGAGCTGTAAACGTGAGGAAGATAAACCCAAAGGTCTCGATCCAAGAAGC
TCACACCATTTCCAGCTCTCTCTACGATGTCTTCAAGAAACATGGCCCTCTCTCCGTTCC
CAACACTTGGCTCCGCGCTCAGGAAGATGGGGTGAGCGGGTTGAACAGCAAGACACATAT
GAAGCTGATGCTGAAATGGATGAGAGGGAGGAAGATGCTCAAGTTAATCTGCAACCAAGT
TGGTTCCTCTAAAAAGTTCTTTCATACCGTTTTACCTGATGATGATCCTCAACAAAAGAC
GTCTCCACCAGTTGCTACTGCTGCTGCCACTAAGAACAACAAAAAACGAACCTCCAAGAG
AAGAAGCAAATAAGGATTTGCCACCAAGTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTCACATAAAGACA
AAATCCCTGTGGACTTGTTAGTTTCTGTGTCCAAGGAAATGAATGTGTTTCCATCTCCCA
GAGTTTAGAAATTTTTAGGGTTTGTTTCCATCCTTTTGCTTTGTTCCCTATGAATAAAAG
AAACATCAATTTACATTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DE20TF U 1
AF RR3DE20JQ C 500
BS 1 630 RR3DE20TF
BS 631 739 RR3DE20JQ

RD RR3DE20TF 630 0 0
GGAGACAGTGACCTAACTTAGTTCCGACCGAACGAAATCGAGAGATAGCTCTAACGGCGA
GGGAGAAGAGAGAATGTGGTTCACCAGCGGCGGAGGAGGACTGAGGAAGCTCTGCAGAGC
TTCCGCGACTGTTTTCGAGAACGAGACGAGCTGTAACTCTCTGTTGTCAGTGAGATACAT
GTCGAGAGAACGAGCTGTAAACGTGAGGAAGATAAACCCAAAGGTCTCGATCCAAGAAGC
TCACACCATTTCCAGCTCTCTCTACGATGTCTTCAAGAAACATGGCCCTCTCTCCGTTCC
CAACACTTGGCTCCGCGCTCAGGAAGATGGGGTGAGCGGGTTGAACAGCAAGACACATAT
GAAGCTGATGCTGAAATGGATGAGAGGGAGGAAGATGCTCAAGTTAATCTGCAACCAAGT
TGGTTCCTCTAAAAAGTTCTTTCATACCGTTTTACCTGATGATGATCCTCAACAAAAGAC
GTCTCCACCAGTTGCTACTGCTGCTGCCACTAAGAACAACAAAAAACGAACCTCCAAGAG
AAGAAGCAAATAAGGATTTGCCACCAAGTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTCACATAAAGACA
AAATCCCTGTGGACTTGTTAGTTTCTGTGT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3DE20JQ 240 0 0
GCTGCTGCCACTAAGAACAACAAAAAACGAACCTCCAAGAGAAGAAGCAAATAAGGATTT
GCCACCAAGTTTTTTTTTTTTTTGCCTTTCACATAAAGACAAAATCCCTGTGGACTTGTT
AGTTTCTGTGTCCAAGGAAATGAATGTGTTTCCATCTCCCAGAGTTTAGAAATTTTTAGG
GTTTGTTTCCATCCTTTTGCTTTGTTCCCTATGAATAAAAGAAACATCAATTTACATTGC

QA 1 240 1 240
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5783Contig1 1302 2 4 U
GGACCAATCTCTTTACCTTTTCATCTTTGTAGTGTGTACGTTTTGTGTGTTCTTGTTGTT
CCTGGAGTTTGAAACTGTCTCCTTAGAGTAGCCTTATGAACCCTAAGTTCTTTAGGCAAA
TTTCATATCTGGCTTAGTTAGGAGGCAAACATCAATCTGATCCATCGATACTTTTCTGTA
TTGTTTGACTTGAGGCTTTTTTGTTTTTTTGAGGAGGAGCTTCTGTTTTTCTTCAGTTCA
ACCTTCTTCTTATGAAAAGAGCTTCAGACATTAATTCTCATTGTTTTTTTGTTTTGTATT
GTCGTATGAATGTGTGTGTATATAGCCTCCGAATAGCGAGAAGGTTCAATATTTGAATAC
TTTCTGGTTCAGACAGAGGCTTACATTAAAACACGAATCAGCTTTGAGGGTTAAAGAGGT
TTACACTTTTTGGCCCTTCAAATCTCCCATTCCTTTTCTTGGATAGATTCGAATATCTTA
ATTGACTTATGTGAAAGAGTTTTGGATTCTTACCGATTGATCAATTGAGAAGAAGAGAAA
CGATGTCCATTCTGACGTTAGACCCTCTGCTTGGATCCAAGCGTTTCATTCATATTATTT
ACAAAGTAATAAAACAAAAGAACTAGTGATGAAACCTCGTTTAGTGAGTAAACTCAGCCT
AAAGTATGAATTATTGGTAATTAGCTACAAAAAAACATTCTTGAATCACAATATAAAAAG
ATCTCTCATCTTATTGAGAATAAAGAGAGAAACAGCGATTGGGGGACATGCTTGAGCTTA
ACTTATCTTGTCTGTAAAACTAGAAGTTAGACGGAATCATTTGTAAGTTTTAAAGTACAA
ACAAAGTCAGACAGTCACCATCAACCTTCAACCAGTTATGTTATCATTTCTAACTAGGAG
CTCTTCCAAATCAGCAACATGATAAGTAGTATTGTTCTTTTGATGATGATTATATCACTG
TTGGAAAGCAGCGCAGGAGATTGAGTTGGATCTTAGGGCATCATTATTAGAGGGACTAAA
CTTTATCCCTTAGCTAAGGATTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTTGTTCGGTAAAAAGTAAG
GGTCAGCCTTTAAATAAGGGTTTTTCTCTTCTCTTTCCTCTTCAATTCCCACATTTTTTC
TCATAAGGGCTTTGGTAAGGAACATCAATAAAGATGGTCTTAGTTAAAGTATAACCTTCC
ACTGGCAGCCGCAGATGTATCGATATGCTTTTTATTCATTAAGTTACAATCTACATGATA
AGTAGTGTTGTTCTTTTGAATATGATTCTAAGAATTCAACCC


BQ
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AF RR3BX09TF U 1
AF RR3BX09JQ C 553
BS 1 651 RR3BX09TF
BS 652 652 RR3BX09JQ
BS 653 688 RR3BX09TF
BS 689 1302 RR3BX09JQ

RD RR3BX09TF 688 0 0
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CCTGGAGTTTGAAACTGTCTCCTTAGAGTAGCCTTATGAACCCTAAGTTCTTTAGGCAAA
TTTCATATCTGGCTTAGTTAGGAGGCAAACATCAATCTGATCCATCGATACTTTTCTGTA
TTGTTTGACTTGAGGCTTTTTTGTTTTTTTGAGGAGGAGCTTCTGTTTTTCTTCAGTTCA
ACCTTCTTCTTATGAAAAGAGCTTCAGACATTAATTCTCATTGTTTTTTTGTTTTGTATT
GTCGTATGAATGTGTGTGTATATAGCCTCCGAATAGCGAGAAGGTTCAATATTTGAATAC
TTTCTGGTTCAGACAGAGGCTTACATTAAAACACGAATCAGCTTTGAGGGTTAAAGAGGT
TTACACTTTTTGGCCCTTCAAATCTCCCATTCCTTTTCTTGGATAGATTCGAATATCTTA
ATTGACTTATGTGAAAGAGTTTTGGATTCTTACCGATTGATCAATTGAGAAGAAGAGAAA
CGATGTCCATTCTGACGTTAGACCCTCTGCTTGGATCCAAGCGTTTCATTCATATTATTT
ACAAAGTAATAAAACAAAAGAACTAGTGATGAAACCTCGTTTAGTGAGTAA*CTCAGCCT
AAAGTATGAATTATTGGTAATTAGCTAC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3BX09JQ 750 0 0
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AACAAAAGAACTAGTGATGAAACCTCGTTTAGTGAGTAAACTCAGCCTAAAGTATGAATT
ATTGGTAATTAGCTACAAAAAAACATTCTTGAATCACAATATAAAAAGATCTCTCATCTT
ATTGAGAATAAAGAGAGAAACAGCGATTGGGGGACATGCTTGAGCTTAACTTATCTTGTC
TGTAAAACTAGAAGTTAGACGGAATCATTTGTAAGTTTTAAAGTACAAACAAAGTCAGAC
AGTCACCATCAACCTTCAACCAGTTATGTTATCATTTCTAACTAGGAGCTCTTCCAAATC
AGCAACATGATAAGTAGTATTGTTCTTTTGATGATGATTATATCACTGTTGGAAAGCAGC
GCAGGAGATTGAGTTGGATCTTAGGGCATCATTATTAGAGGGACTAAACTTTATCCCTTA
GCTAAGGATTTTTTGTTTTTTTGTTTTTTTTGTTCGGTAAAAAGTAAGGGTCAGCCTTTA
AATAAGGGTTTTTCTCTTCTCTTTCCTCTTCAATTCCCACATTTTTTCTCATAAGGGCTT
TGGTAAGGAACATCAATAAAGATGGTCTTAGTTAAAGTATAACCTTCCACTGGCAGCCGC
AGATGTATCGATATGCTTTTTATTCATTAAGTTACAATCTACATGATAAGTAGTGTTGTT
CTTTTGAATATGATTCTAAGAATTCAACCC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL5784Contig1 797 2 5 U
TATATAAAGCTCATAGGCTAATTGTTACAAAAAGACTCAAATAAAAATAAATTACATTCA
GCCCAAACCAAAGTTCAGAAGATCAGAATACACGTTAAGTATGTTTGCATGATAAAACAC
GTGTCATCTTCCAAAGCTTTACTCTTCCTGAAATGAGGTGAGAAAGCAGTGCCGTAATTT
TAACGCCGACAAGAGCAATGATCCCCGATCTCATCTCTCTTGAATCTGCTTGCTGCCACC
TCCTTCCTTTAACCTCCGTTGATTCATGATGATATCCTCTCTAATCACCAGTAGTTATCC
ACAGAATAGCTTCTGATAAATAAATAACAGATCCTTGTTGGAACACTTTCTTATAGAGAA
AGCTCCATCTCATATGGGTCTGCATCGATTTATCGCATCCTATTACATATCTTAGATCAT
GTTCTTTGGGGAAACTCCGCTTGTACTTCTTAAAACGAAGATTGATACCCACGTAGAGAC
AGGAACCAAGATTGCTAGTAAATAGAGAGAGAGTTAACATCTGAAACAAACGGCTTAAGA
TTTGATAAAACAAAGAAGGAGAAAGCTAGATCACAACAAAATCGGAAATTTATTCTGCAA
ACAGAAATTACAAAATCGCCAAAGCGAAAAACTTAATCGGCTAACCCGAAGTAAAATCGA
TCGAATGATCGAACTTATATTACAACAAAAGAACTCAACTCATCTCTTACCCTCTGATAG
ATATGTGATTTGATAAGAGGGTAGAGATTGAGAGAGTTTTCTCTCTCTACGAGAAGAGAG
AGAGTTTTTTTGCGTCC


BQ
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AF RR3C614JQ U 27
AF RR3C614TF C 1
BS 1 26 RR3C614TF
BS 27 167 RR3C614JQ
BS 168 168 RR3C614TF
BS 169 173 RR3C614JQ
BS 174 797 RR3C614TF

RD RR3C614JQ 147 0 0
ACAAAAAGACTCAAATAAAAATAAATTACATTCAGCCCAAACCAAAGTTCAGAAGATCAG
AATACACGTTAAGTATGTTTGCATGATAAAACACGTGTCATCTTCCAAAGCTTTACTCTT
CCTGAAATGAGGTGAGAAAGCCGTGCC

QA 1 147 1 147
DS 

RD RR3C614TF 797 0 0
TATATAAAGCTCATAGGCTAATTGTTACAAAAAGACTCAAATAAAAATAAAT*ACATTCA
GCCCAAACCAAAGTTCAGAAGATCAGAATACACGTTAAGTATGTTTGCATGATAAAACAC
GTGTCATCTTCCAAAGCTTTACTCTTC*TGAAATGAGGTGAGAAAGCAGTGCCGTAATTT
TAACGCCGACAAGAGCAATGATCCCCGATCTCATCTCTCTTGAATCTGCTTGCTGCCACC
TCCTTCCTTTAACCTCCGTTGATTCATGATGATATCCTCTCTAATCACCAGTAGTTATCC
ACAGAATAGCTTCTGATAAATAAATAACAGATCCTTGTTGGAACACTTTCTTATAGAGAA
AGCTCCATCTCATATGGGTCTGCATCGATTTATCGCATCCTATTACATATCTTAGATCAT
GTTCTTTGGGGAAACTCCGCTTGTACTTCTTAAAACGAAGATTGATACCCACGTAGAGAC
AGGAACCAAGATTGCTAGTAAATAGAGAGAGAGTTAACATCTGAAACAAACGGCTTAAGA
TTTGATAAAACAAAGAAGGAGAAAGCTAGATCACAACAAAATCGGAAATTTATTCTGCAA
ACAGAAATTACAAAATCGCCAAAGCGAAAAACTTAATCGGCTAACCCGAAGTAAAATCGA
TCGAATGATCGAACTTATATTACAACAAAAGAACTCAACTCATCTCTTACCCTCTGATAG
ATATGTGATTTGATAAGAGGGTAGAGATTGAGAGAGTTTTCTCTCTCTACGAGAAGAGAG
AGAGTTTTTTTGCGTCC

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL5785Contig1 1117 2 2 U
GTAGATTCGTCTTTCAAAGGATAGCTGTCTGGCTTTTGAGCACCGCTTCTACTGCGCCTA
TTAAAATGAACGATGCTTCTACTCTTGCTAAGCTCGTCAAATGCAAGGAGTCTCTGTGGA
AGCTCCTGTATTACGGTGCTTGTGACATATTCGTTCTCAAATTCGTTTTTCACGAGCCAT
GGGCCACAGATGTCAAACTCTACTTTCAAGGTTGGCCTAATCAAGAGCTGAAGCTTCCGA
TAAAGCTGTACTATATGTGTGAGTGCGGTTTCTATATGTATGCTGTTGCTGCCTTGCTTG
GATGGGAGACCAGAAGAAAAGATTTTTCTGTTACGATGTCTCACCATGTCATCACCATCA
TCCTCCTTGCCTACTCCTACTTAACCAGTTTTTTCAGAATTGGAGCGATCATCATAGCCC
TTCATGATGCAAGCGACGTGTTTATGGAAACTGCTAAAATTTGCAAGTACTCTGAAAAGG
AAGTTGGAGCGAGTGTTGGTTTTTCACTCTTTGCTCTCTCTTGGCTACTGCTTAGGTTGA
TTTACTTTCCATTTTGGATCATCAGGGCCACTAGCATTGAACTCCTGGATCATTTGGATA
TGACATCAGGTGAAGGCACCATCATGTACTATTCCTTCAACACACTTTTACTGATGCTTC
TTGTTTTCCACATATATTGGTGGTATCTCATTTGCGCAATGATTGCAAGACTACTTAAAA
ACAGAGGACAAGTTGGAGAAGACATAAGATCCGATTCAGAGGATGATGAATAGACACTTT
GAAAGCATGACAGATACGGAACATGTTTCCACTTCTCCAACTAAACTCTGTTGCTGCTGA
TGAATTTGTTCTCAGTTTCAGCACCTTCTTGATTAGAGTTGGAGGTTAAAAAAAATAAAG
AGGAAAGGTTATAGTTTTCTTTCTTTAGTTTTGTATTGGTGAGTATATCTCTACATTAGA
CTGCATATTCTGTTTGGAAAATATAAAGAAAAAATAGGAAGTCAGGTTTCTTGTGTTGTT
GTTCTATGATGTGGTATAAAACAATGTGGAATCCACTTTGTAAATGCGAATTCCCCTTTG
TATGGTTTCCTATTCCATAGCCTTTTTATGGTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DP55TF U 1
AF RR3DP55JQ C 424
BS 1 562 RR3DP55TF
BS 563 1117 RR3DP55JQ

RD RR3DP55TF 562 0 0
GTAGATTCGTCTTTCAAAGGATAGCTGTCTGGCTTTTGAGCACCGCTTCTACTGCGCCTA
TTAAAATGAACGATGCTTCTACTCTTGCTAAGCTCGTCAAATGCAAGGAGTCTCTGTGGA
AGCTCCTGTATTACGGTGCTTGTGACATATTCGTTCTCAAATTCGTTTTTCACGAGCCAT
GGGCCACAGATGTCAAACTCTACTTTCAAGGTTGGCCTAATCAAGAGCTGAAGCTTCCGA
TAAAGCTGTACTATATGTGTGAGTGCGGTTTCTATATGTATGCTGTTGCTGCCTTGCTTG
GATGGGAGACCAGAAGAAAAGATTTTTCTGTTACGATGTCTCACCATGTCATCACCATCA
TCCTCCTTGCCTACTCCTACTTAACCAGTTTTTTCAGAATTGGAGCGATCATCATAGCCC
TTCATGATGCAAGCGACGTGTTTATGGAAACTGCTAAAATTTGCAAGTACTCTGAAAAGG
AAGTTGGAGCGAGTGTTGGTTTTTCACTCTTTGCTCTCTCTTGGCTACTGCTTAGGTTGA
TTTACTTTCCATTTTGGATCAT

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3DP55JQ 694 0 0
ATGATGCAAGCGACGTGTTTATGGAAACTGCTAAAATTTGCAAGTACTCTGAAAAGGAAG
TTGGAGCGAGTGTTGGTTTTTCACTCTTTGCTCTCTCTTGGCTACTGCTTAGGTTGATTT
ACTTTCCATTTTGGATCATCAGGGCCACTAGCATTGAACTCCTGGATCATTTGGATATGA
CATCAGGTGAAGGCACCATCATGTACTATTCCTTCAACACACTTTTACTGATGCTTCTTG
TTTTCCACATATATTGGTGGTATCTCATTTGCGCAATGATTGCAAGACTACTTAAAAACA
GAGGACAAGTTGGAGAAGACATAAGATCCGATTCAGAGGATGATGAATAGACACTTTGAA
AGCATGACAGATACGGAACATGTTTCCACTTCTCCAACTAAACTCTGTTGCTGCTGATGA
ATTTGTTCTCAGTTTCAGCACCTTCTTGATTAGAGTTGGAGGTTAAAAAAAATAAAGAGG
AAAGGTTATAGTTTTCTTTCTTTAGTTTTGTATTGGTGAGTATATCTCTACATTAGACTG
CATATTCTGTTTGGAAAATATAAAGAAAAAATAGGAAGTCAGGTTTCTTGTGTTGTTGTT
CTATGATGTGGTATAAAACAATGTGGAATCCACTTTGTAAATGCGAATTCCCCTTTGTAT
GGTTTCCTATTCCATAGCCTTTTTATGGTTTTTT

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL5786Contig1 1296 2 2 U
TTTTTTTAGTTTCAATCCTTTCCCCAAACTACAACAGTCCACACGTTATACTCACAAGAT
AACCACTGGAGACTTCTCTCCTCTTCTTACACACAGCTACATAGATAGAACCGAAAAAAA
ATAAAAGAAACCTTCAAACTATTTCTTTCCTCTGATGCAAATTCCAATTCTCTGGATTTA
AAGAGATTCTGAATCTTGTGGTTTCTGGTTGTGGGTTCCCTCAAAGTCCCAGTCTTTCCT
TAAAAAGGATTTTGATCTTTTGTTCAATGGTGACTATGTTTCAAGAAGACAATGGAACAT
CCTCTGTAGCTTCATCACCACTTCAAGTCTTCTCAACCATATCACTCACATGACCAACTC
TCATCCCTTCTCCCTCCTCACCGTTCAAAGACCTCAAACCAGAGGAGCGTGGTCTCTACT
TGATCCACCTCCTGCTAACTTGCGCCAACCACGTGGCCTCAGGCAGCCTCCAAAACGCAA
ACGCGGCTCTGGAGCAGCTCGGTTCTTCAGCTGCATAACTTCTTGGCCACTGATAACAGT
GGACACAGCCCGAGTGGTGACTCGGCCTCATCTTTGCCTCTTTCTAATTCAGGAAAGATC
GATAGATTCCTCAATGCTATTTGGGGTTTGTCTCCAAAGATCATGGTGGTCACTGAGCAA
GACTCGGACCACAACGGCTCCACGGTTATGGAGAGACTGTTGGAATCACTCTACACCTAC
GCAGCTTTGTTTGATTGCTTGGAGACAAAAGTTCCAAGAACGTCTCAAGACAGGATGAGA
GTGGAGAAGATGCTCTTCGGAGAGGAGATCAAGAACATCATAGCGTGTGAGGGATGTGAG
AGGAGAGAAAGACATGAGAAGCTAGAAAAATGGAGTCAGAGGATTGATTTGGCTGGTTTT
GGGAATGTTCCTCTTAGCTATTATGGGATGTTGCAGGGTAGGAGGTTGCTTCAAGGGTAT
GGTTTTGATGGGTATAGAATCAAAGAAGAGAGTGGGTGTGCAGTTGTTTGCTGGCAAGAT
AGACCTCTATACTCGGTTTCAGCTTGGAGATGCAAGAAGTGAATGATATAAAACACTTCT
ATATCTCTTTTTGTGTATTTTCTTTTTTTTTTGGTTTATGAGCAGGGACACAATCTTCCT
TGTCTCTTGACTGTGACTTTCTGTCTCTTTTTTCTTGTTTTTGGGAAATGCTTCTTGCTG
CCTTCTGCATATAAAATGCCTTTTGAGTTTCCAGCACTGTATTTGTTTGTTGGTTCAGTT
TGGTTTGAATAACTAAACGTATGGTTTGTTAAAGCT


BQ
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AF RR3GC54TF U 1
AF RR3GC54JQ C 544
BS 1 680 RR3GC54TF
BS 681 1296 RR3GC54JQ

RD RR3GC54TF 680 0 0
TTTTTTTAGTTTCAATCCTTTCCCCAAACTACAACAGTCCACACGTTATACTCACAAGAT
AACCACTGGAGACTTCTCTCCTCTTCTTACACACAGCTACATAGATAGAACCGAAAAAAA
ATAAAAGAAACCTTCAAACTATTTCTTTCCTCTGATGCAAATTCCAATTCTCTGGATTTA
AAGAGATTCTGAATCTTGTGGTTTCTGGTTGTGGGTTCCCTCAAAGTCCCAGTCTTTCCT
TAAAAAGGATTTTGATCTTTTGTTCAATGGTGACTATGTTTCAAGAAGACAATGGAACAT
CCTCTGTAGCTTCATCACCACTTCAAGTCTTCTCAACCATATCACTCACATGACCAACTC
TCATCCCTTCTCCCTCCTCACCGTTCAAAGACCTCAAACCAGAGGAGCGTGGTCTCTACT
TGATCCACCTCCTGCTAACTTGCGCCAACCACGTGGCCTCAGGCAGCCTCCAAAACGCAA
ACGCGGCTCTGGAGCAGCTCGGTTCTTCAGCTGCATAACTTCTTGGCCACTGATAACAGT
GGACACAGCCCGAGTGGTGACTCGGCCTCATCTTTGCCTCTTTCTAATTCAGGAAAGATC
GATAGATTCCTCAATGCTATTTGGGGTTTGTCTCCAAAGATCATGGTGGTCACTGAGCAA
GACTCGGACCACAACGGCTC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3GC54JQ 753 0 0
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AGATTCCTCAATGCTATTTGGGGTTTGTCTCCAAAGATCATGGTGGTCACTGAGCAAGAC
TCGGACCACAACGGCTCCACGGTTATGGAGAGACTGTTGGAATCACTCTACACCTACGCA
GCTTTGTTTGATTGCTTGGAGACAAAAGTTCCAAGAACGTCTCAAGACAGGATGAGAGTG
GAGAAGATGCTCTTCGGAGAGGAGATCAAGAACATCATAGCGTGTGAGGGATGTGAGAGG
AGAGAAAGACATGAGAAGCTAGAAAAATGGAGTCAGAGGATTGATTTGGCTGGTTTTGGG
AATGTTCCTCTTAGCTATTATGGGATGTTGCAGGGTAGGAGGTTGCTTCAAGGGTATGGT
TTTGATGGGTATAGAATCAAAGAAGAGAGTGGGTGTGCAGTTGTTTGCTGGCAAGATAGA
CCTCTATACTCGGTTTCAGCTTGGAGATGCAAGAAGTGAATGATATAAAACACTTCTATA
TCTCTTTTTGTGTATTTTCTTTTTTTTTTGGTTTATGAGCAGGGACACAATCTTCCTTGT
CTCTTGACTGTGACTTTCTGTCTCTTTTTTCTTGTTTTTGGGAAATGCTTCTTGCTGCCT
TCTGCATATAAAATGCCTTTTGAGTTTCCAGCACTGTATTTGTTTGTTGGTTCAGTTTGG
TTTGAATAACTAAACGTATGGTTTGTTAAAGCT

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL5787Contig1 1172 2 2 U
GGGATTCATTCCCCCACCATTGGTGAGAAATGCGATTCCTCGAGGAACTACCGTTGTCAC
CTTCCCCGATTTCATCACAGCTAAACCCTAATTCAACCGCCAAAGGAGGCTATGGAGGCG
GCGGCGGCGGGGGGTTTATCGTCGGAGGATGGGTCGATAGGTGCCATGGGTTTCTACACA
ACACGGTTCTCGTCACTGCTTCTCTCTTCTTCGTCGCTTACTTGGCGTACGAGGCGAAGA
AGAGCTTCTCCAAGCTCTCGAATAATCGGAGATCTTTCATCATGATCGGTTACTACGGCT
CTCTCTGGCTCGTTAGCTTGCTCAATCTTGCTTGGTGCTGTCTCCAGGGTTGGGAATGCA
CTCCTGGGAAGGAAGTAGCTTGGAATCTGTTGACTTTGTTCACAACATCTGGAATGTTGT
TCCTGGAAGTAAGCTTGGTGGCGTTTCTCTTCCAAGGAAACTATGCAAGCGGTGCAAGCA
TTAACTAGAACTTTCGTAATCTCAGGGTTTGTTATTGCTCTCGATTTACTTCTCAAGGCG
CTTTATCTCTTTGGGTTTGGTGTGCCGTTGTTCATTGACAACAATGAGAATGTACAAAAG
TACAAATGGGGATTATGGATCATTCACAAGCTTTTACTCACTGGCGTTTATGGGGTGATA
TTTTTCATGTACAACTCTGGCTGGAGAGAAAGATTACCCGCAAGGCCTGCATTTTACAAG
TACATAACCATCATGTTCGCCTTGTACGGACTCTACCTAGTTGCATCTGCGTTTACTGCA
AACGGTGCTCACTTTGGATTCTGGTTGTATGGGGTCATGGGTGTCTGCTACCACGCGTTA
TACCTTCCTCTTCTTTACATTACTTTTCTCGCAGACTTCTTCCAGGAAGAAGATCTGAAC
TTGGAGAATGTATACTATTCAGAGATGAAGGATGCTGGCTTTTTCGATGCTGACTGGGAA
TAGGACTCTTAGTGTAGCTTCTTCATCTTCTGAAACTGTGAATAGAAGTTCGGTAGGAGT
CAATGTATTGCCGCTTTTTTCAAGGCTTTAGTTTTCAGTTGTGCGTTATGTGACTGTACT
ACGTGTGTGTCTGTACTTTCGAGTAAAACATGTAACATCAAGGTTCTTCTCTGTTCCTCA
AACTGATTAATCTGAAAGAAGGCTTTTGTAGC


BQ
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AF RR3FV85TF U 1
AF RR3FV85JQ C 478
BS 1 618 RR3FV85TF
BS 619 1172 RR3FV85JQ

RD RR3FV85TF 618 0 0
GGGATTCATTCCCCCACCATTGGTGAGAAATGCGATTCCTCGAGGAACTACCGTTGTCAC
CTTCCCCGATTTCATCACAGCTAAACCCTAATTCAACCGCCAAAGGAGGCTATGGAGGCG
GCGGCGGCGGGGGGTTTATCGTCGGAGGATGGGTCGATAGGTGCCATGGGTTTCTACACA
ACACGGTTCTCGTCACTGCTTCTCTCTTCTTCGTCGCTTACTTGGCGTACGAGGCGAAGA
AGAGCTTCTCCAAGCTCTCGAATAATCGGAGATCTTTCATCATGATCGGTTACTACGGCT
CTCTCTGGCTCGTTAGCTTGCTCAATCTTGCTTGGTGCTGTCTCCAGGGTTGGGAATGCA
CTCCTGGGAAGGAAGTAGCTTGGAATCTGTTGACTTTGTTCACAACATCTGGAATGTTGT
TCCTGGAAGTAAGCTTGGTGGCGTTTCTCTTCCAAGGAAACTATGCAAGCGGTGCAAGCA
TTAACTAGAACTTTCGTAATCTCAGGGTTTGTTATTGCTCTCGATTTACTTCTCAAGGCG
CTTTATCTCTTTGGGTTTGGTGTGCCGTTGTTCATTGACAACAATGAGAATGTACAAAAG
TACAAATGGGGATTATGG

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3FV85JQ 695 0 0
GCATTAACTAGAACTTTCGTAATCTCAGGGTTTGTTATTGCTCTCGATTTACTTCTCAAG
GCGCTTTATCTCTTTGGGTTTGGTGTGCCGTTGTTCATTGACAACAATGAGAATGTACAA
AAGTACAAATGGGGATTATGGATCATTCACAAGCTTTTACTCACTGGCGTTTATGGGGTG
ATATTTTTCATGTACAACTCTGGCTGGAGAGAAAGATTACCCGCAAGGCCTGCATTTTAC
AAGTACATAACCATCATGTTCGCCTTGTACGGACTCTACCTAGTTGCATCTGCGTTTACT
GCAAACGGTGCTCACTTTGGATTCTGGTTGTATGGGGTCATGGGTGTCTGCTACCACGCG
TTATACCTTCCTCTTCTTTACATTACTTTTCTCGCAGACTTCTTCCAGGAAGAAGATCTG
AACTTGGAGAATGTATACTATTCAGAGATGAAGGATGCTGGCTTTTTCGATGCTGACTGG
GAATAGGACTCTTAGTGTAGCTTCTTCATCTTCTGAAACTGTGAATAGAAGTTCGGTAGG
AGTCAATGTATTGCCGCTTTTTTCAAGGCTTTAGTTTTCAGTTGTGCGTTATGTGACTGT
ACTACGTGTGTGTCTGTACTTTCGAGTAAAACATGTAACATCAAGGTTCTTCTCTGTTCC
TCAAACTGATTAATCTGAAAGAAGGCTTTTGTAGC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

CO CL5788Contig1 735 2 3 U
AAAAAAAGAGTTTGTGGATAGGCATCTTAACATGATAACATAAAGGGTACTAGAATTTTG
CAGTTAAATATTTGTCTAGGATTCAATACCACGATTCACTTCTCTTGACATGGTACTTAG
ATGTCATTATTTGGATAACAAGAGAACTGTAGATATAGAGCATAAGTAGATGACAGAAGA
GAGGGAGCGGGCAGGTGTGTTGGTGTTGTTTATCTGAACTGTGGTCCCTTGAATGATGAG
TTGGTCATAGGAAGTTTCATGTCTATCCTTCTTCTTTCTTGAGTCTGGGTCAAGCTAATC
CCGCTCCGGCCTGACCCTTCTCCGAAACTGTCACCAAATATCTTCCTCCTCCTCTCATTG
TGTCCAGCTAAGCGCCTCCGGCAACTTCTTTTAGTTTCATCAAACTCTGCTAGCTCATGA
AACCTGCTGCATTGTTGGCAAAAACGTTGCTTGACTCCTGCAACAGTTGCAGAAGGTGCC
TTTGCATGAACTTCACAGACTCTGTGTCTGCGGTAATACTGCTTGGCCTCAGTTAGGTTA
GCCGTGCACCTATCGACCAGGCACAGCCGCAAGGGAACACGGTCTGTGCTAGGACCTCTA
GCTCTCTCCATCACTCTCTTCCTTTTGTCTTCATCACCTCCATCATTCTCTTCTCCATCC
ATGCCATTCTCCATTTCTTCTTCAGCAAGGTTGGTGGCTATAGCCTTGTCTTTCAAGTAA
CCCCACTGTCGTGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP65JQ U 209
AF RR3BP65TF C 1
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TTCTTCTTTCTTGAGTCTGGGTCAAGCTAATCCCGCTCCGGCCTGACCCTTCTCCGAAAC
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QA 1 154 1 154
DS 

RD RR3BP65TF 735 0 0
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TTTGCATGAACTTCACAGACTCTGTGTCTGCGGTAATACTGCTTGGCCTCAGTTAGGTTA
GCCGTGCACCTATCGACCAGGCACAGCCGCAAGGGAACACGGTCTGTGCTAGGACCTCTA
GCTCTCTCCATCACTCTCTTCCTTTTGTCTTCATCACCTCCATCATTCTCTTCTCCATCC
ATGCCATTCTCCATTTCTTCTTCAGCAAGGTTGGTGGCTATAGCCTTGTCTTTCAAGTAA
CCCCACTGTCGTGCC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL5789Contig1 1284 2 4 U
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GTGGCATCACTCGACCTCTAACCTTCAGACACTCCCACCATCTCTTTCTCTCTCTTCCCT
CTTCCATCGTTTGCCTCTCCACTCAAAACCCCTCCTCAGGCTACGACCGCGAAGAGTCCC
GGTGGGTCCGGGAAGAGCAGAGGTGGATTCGCGAGGAGCAAAGATGGCTTCGCGAGGAAC
AACGCTGGACACGAGAGCGTGAAACGCTTCTACAGGAGATCGCGGATCTCCAGCTCCGAA
TCCAAACCCTAGAATCTCAGTCTTCGGTTCCAGATACGATATCGAACATAGCTGCTCTGC
TTCAGGTTCTCAAGGAGAAGAATCGAATTGCTGAGAGCGGGTCAAGCGCAACGCCGATGG
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AGGAGGACATGGAGTTTTCCAGCTTCTCAAGTGGGACTGCAAGTGCTGTTAAGACTTGGC
AAGCATCACTTGGTGTCCGTGAGGATGGGATAATGACAGAAGAGCTCCTTCAGATGTTGT
TCATGGATCAAGATGTAAAGACAGATATGGATGAAGCAAATACAATAAAGCAAGAGACCA
AGGAAGCTGGTAATGGAGCAGTAAAGACACAAGTCTCTGAGAAGCAACAGACAACCATAA
AAGATCAAGGTAACAGAGGAAATGAGGTTTTTCAACATCGAGTTTTCCTTTTCGGAGAAA
ACAGATGGGAAGATCCCACCAGGCTCAACAAACCGATTAACACAAGTGAATTTACAGATA
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GTGTGTACTGTGAAGGTTTTGGCTATACAGTTTGCGATGTCTGTGAAGGTAAAACAGCCG
TATAATCAAGGTTCATGTTTTTAATATACAGACACACATTTACTTATCTGTAATAAAATC
ATATATATGTTTTGTTATGACCACAATAATGTACAAACAACCCTTCTGTATATCAGCTGG
TAATCTTTGTATTAGGCTTGTTTT


BQ
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AF RR3B659TF U 1
AF RR3B659JQ C 684
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AAGGTGAAAAGGTTCAAGCAATGCAGGAAGCTCTGCTAAAATTAGGATTCTATTCGGGTG
AGGAGGACATGGAGTTTTCCAGCTTCTCAAGTGGGACTGCAAGTGCTGTTAAGACTTGGC
AAGCATCACTTGGTGTCCGTGAGGATGGGATAATGACAGAAGAGCTCCTTCAGATGTTGT
TCATGGATCAAGATGTAAAGACAGATATGGATGAAGCAAATACAATAAAGCAAGAGACCA
AGGAAGCTGGTAATGGAGCAGTAAAGACACAAGTCTCTGAGA*GCAACAGACA
CCATAAAGA

QA 1 833 1 833
DS 

RD RR3B659JQ 601 0 0
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GATATGGATGAAGCAAATACAATAAAGCAAGAGACCAAGGAAGCTGGTAATGGAGCAGTA
AAGACACAAGTTTTTGAGAAGCAACAGACAACCATAAAAGATCAAGGTAACAGAGGAAAT
GAGGTTTTTCAACATCGAGTTTTCCTTTTCGGAGAAAACAGATGGGAAGATCCCACCAGG
CTCAACAAACCGATTAACACAAGTGAATTTACAGATACCATAAAGAAGTGTGTCACTTGT
CGAGGGGAGGGTCGATTGATGTGCCTAGAGTGCGATGGAACCGGTGAACCGAATATTGAG
CCCCAGTTTATGGAACTGGTTGATGAAGATGCCAAGTGTGTGTACTGTGAAGGTTTTGGC
TATACAGTTTGCGATGTCTGTGAAGGTAAAACAGCCGTATAATCAAGGTTCATGTTTTTA
ATATACAGACACACATTTACTTATCTGTAATAAAATCATATATATGTTTTGTTATGACCA
CAATAATGTACAAACAACCCTTCTGTATATCAGCTGGTAATCTTTGTATTAGGCTTGTTT
T

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL5790Contig1 812 2 6 U
TTTTTCTCTCTCTCCTAAATCCTCTATCTTCTCTCTTCTCCCTCGTTTGGTTTCAGATCG
GGATTTTGATCTCCGACTCCGGTGGCTTCCTAAGCACCGGGGTCGGGTTTAAAATGTATA
AATCGTTAATCGGCTTGCATGCCTCAATCTTTTTGGTTTGGGGTTGGTTTCTCCCTCCCT
GTTGAACCTGGATTTTGATTCAAGCCTCTGACATGGCATCTGAATTTGCATGTGTTCTTC
GAGGTCTCCTTGGAGCTTTCCCTGATCGATCTTTTGCCTCTCTTGATTTCGAGTGTGGTA
GAATCTGGGAAAGTTTGTTTCCGCTCCTTGTCTTTTTACTTACAGGTTTGATCGAGACCT
GGTCCTGTTGTTATGCTTCTATCTAGGCGTTTTCAAGTCGTCATCAACCGACATCGCCGC
ATCCGGAGGATTGGTTCAAGAACGATGGACCATTGTATCTTGCTGGGTTATGAAGCTTTG
TTCATAGTTTGATTGGGCTATTCACTATGGGAGGGAACTGCAGTCGCTGGTTTGGCTATG
AAGTGGCCTCCTCGATTTTTTTACACCAAAGGTCCTCGCTTGAAGAATGCATGCATATTT
GGATTTATTCATGTTTTTGGGCTTTAATCTTCTCGGTTTTTTAGTTGTTTGGGGCATGCA
AATCATAGTTTATGTTTATGTTTCTCTTTGACTCCCATATGTGGGCTTCTCTTTCCGGGG
ATTTCTTGTTGTCCGCCGGCCTACGCTTCCGGGGTTTTTCGATGGCCGCCGGCTTTGTAA
AATCAGTGTTTTAATATAATCTTTCAAGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DQ18TF U 1
AF RR3DQ18JQ C 94
BS 1 113 RR3DQ18TF
BS 114 114 RR3DQ18JQ
BS 115 195 RR3DQ18TF
BS 196 196 RR3DQ18JQ
BS 197 239 RR3DQ18TF
BS 240 812 RR3DQ18JQ

RD RR3DQ18TF 239 0 0
TTTTTCTCTCTCTCCTAAATCCTCTATCTTCTCTCTTCTCCCTCGTTTGGTTTCAGATCG
GGATTTTGATCTCCGACTCCGGTGGCTTCCTAAGCACCGGGGTCGGGTTTAAA*TGTATA
AATCGTTAATCGGCTTGCATGCCTCAATCTTTTTGGTTTGGGGTTGGTTTCTCCCTCCCT
GTTGAACCTGGATTT*GATTCAAGCCTCTGACATGGCATCTGAATTTGCATGTGTTCTT

QA 1 239 1 239
DS 

RD RR3DQ18JQ 719 0 0
GCACCGGGGTCGGGTTTAAAATGTATAAATCGTTAATCGGCTTGCATGCCTCAATCTTTT
TGGTTTGGGGTTGGTTTCTCCCTCCCTGTTGAACCTGGATTTTGATTCAAGCCTCTGACA
TGGCATCTGAATTTGCATGTGTTCTTCGAGGTCTCCTTGGAGCTTTCCCTGATCGATCTT
TTGCCTCTCTTGATTTCGAGTGTGGTAGAATCTGGGAAAGTTTGTTTCCGCTCCTTGTCT
TTTTACTTACAGGTTTGATCGAGACCTGGTCCTGTTGTTATGCTTCTATCTAGGCGTTTT
CAAGTCGTCATCAACCGACATCGCCGCATCCGGAGGATTGGTTCAAGAACGATGGACCAT
TGTATCTTGCTGGGTTATGAAGCTTTGTTCATAGTTTGATTGGGCTATTCACTATGGGAG
GGAACTGCAGTCGCTGGTTTGGCTATGAAGTGGCCTCCTCGATTTTTTTACACCAAAGGT
CCTCGCTTGAAGAATGCATGCATATTTGGATTTATTCATGTTTTTGGGCTTTAATCTTCT
CGGTTTTTTAGTTGTTTGGGGCATGCAAATCATAGTTTATGTTTATGTTTCTCTTTGACT
CCCATATGTGGGCTTCTCTTTCCGGGGATTTCTTGTTGTCCGCCGGCCTACGCTTCCGGG
GTTTTTCGATGGCCGCCGGCTTTGTAAAATCAGTGTTTTAATATAATCTTTCAAGTGTT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL5791Contig1 618 2 1 U
GGTTCCCAACGAGAGAGCCTGTTACTCTGCAACCATGTCGAAGCGAGGAAGAGGAGGAAC
CTCTGGAAACAAGTTCAGGATGTCACTGGGTCTTCCAGTGGCAGCCACCGTGAACTGTGC
TGACAACACCGGAGCCAAGAACCTTTACATCATCTCCGTCAAAGGTATCAAGGGTCGTCT
TAACCGTCTACCATCCGCTTGTGTCGGTGACATGGTGATGGCTACCGTGAAGAAAGGAAA
ACCTGATCTCCGTAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATTGCTAGGCAGAGGAAGCCTTGGCG
CCGAAAGGATGGTGTCTTCATGTACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATTCCAA
GGGTGAAATGAAAGGATCTGCTATCACTTGACCAATCGGAAAGGAGTGTGCTGACCTGTG
GCCGAGGATCGCTAGTGCTGCTAACGCCATCGTTTAAGATCTTTCTCTCTTTTTTTCTGT
GTTTGTTGAACGTTTTATCAGACCTCTTTTGAGGATGCTTTGTTTTCGTCTTAGACTTGT
GTTATCCCTTAATCTCGATTCTAGTTATCTACTTATATTGTGGTTTTGTTCAACGTTTAA
TTTTGCCAGTGAGATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GM23TF U 1
AF RR3GM23JQ C 477
BS 1 618 RR3GM23TF

RD RR3GM23TF 618 0 0
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CTCTGGAAACAAGTTCAGGATGTCACTGGGTCTTCCAGTGGCAGCCACCGTGAACTGTGC
TGACAACACCGGAGCCAAGAACCTTTACATCATCTCCGTCAAAGGTATCAAGGGTCGTCT
TAACCGTCTACCATCCGCTTGTGTCGGTGACATGGTGATGGCTACCGTGAAGAAAGGAAA
ACCTGATCTCCGTAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATTGCTAGGCAGAGGAAGCCTTGGCG
CCGAAAGGATGGTGTCTTCATGTACTTCGAGGATAATGCTGGTGTCATTGTCAATTCCAA
GGGTGAAATGAAAGGATCTGCTATCACTTGACCAATCGGAAAGGAGTGTGCTGACCTGTG
GCCGAGGATCGCTAGTGCTGCTAACGCCATCGTTTAAGATCTTTCTCTCTTTTTTTCTGT
GTTTGTTGAACGTTTTATCAGACCTCTTTTGAGGATGCTTTGTTTTCGTCTTAGACTTGT
GTTATCCCTTAATCTCGATTCTAGTTATCTACTTATATTGTGGTTTTGTTCAACGTTTAA
TTTTGCCAGTGAGATTTT

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3GM23JQ 142 0 0
CTGTGTTTGTTGAACGTTTTTTCAGACCTCTTTTGAGGATGCTTTGTTTTCGTTTTAGAC
TTGTGTTATCCCTTAATCTCGATTCTAGTTATCTACTTATATTGTGGTTTTGTTCAACGT
TTAATTTTGCCAGTGAGATTTT

QA 1 142 1 142
DS 



AS 1 2

CO CL5792Contig1 1115 2 14 U
GGAATCCTCTTCTCAAATTAGCTTCTTCTTCTCTCTCTTTTTCTTCGTCCTGGGTATTAG
GGAATCTCATATTAGATATGGTCAAGATCTGATTATGGTTTCAATGATCCGGCTTTAATG
TTTCCCACTTGATTGATTGATTGATTGATTATTTTTTTCCCAAGGCGGTTGTTGTCGCCA
CTGATTCCTAGATAAGCTGTTGGATTGGATTAGTTTTTTTTTTTCTGGTAGCTTTGGAAG
AGAGCATAATAGATAGAGAGATATAATGCGGCTGAGCTCCGACTTACTCATATCTTTGGT
TCCGTCGTTGACTTTTTATCATTCTTCAAATCGTTTGAAACCTCTCGAAAAGAGTGATTG
GCGTGGTAATCTTAGTTGAAGTTTCCCTCCTTTGTTTTCATTTCTCTCTTTAGATCTTTT
ACCTTTTGTTCAACTCCGCCTCCCGTTTGGTACTCACTCGGTTTTAAAAAAAAACACTAC
TCGAAGAAGAAGAAGCTTGTTTCGCCATTGATCTTTCTTTTGGTGTGTGCTTTTGACGTT
TTACTGTTACTCTCTCGAGTTACTGTTATTTTAATTTGGATATGAGCTCTGTCTGTAGTG
GTGGGTTGGATTTCAAAGATGCAGCCTCTGCTTCGACCCCTTCTAATAATGGCTCCTCCA
ATCATGTCTCTGTTACCGGATCTGAAGATGCTCAAGAGTCTGACGGGGATGATAGTGGTA
ATATACACCAATATTTGAATCAAGAATCAAAAGACATCCCTGAGCCTTTACCTCTCAAGT
CTTCAGATGATGAAGGAGAAGACAAGAACCACCTTGCCAAGGTCGTTATCTTCTCTCAGA
GTGTGACTGCGGCGGCGGCTACTGTCATTCCAGCCATTAAAGGCAGCCGAGAGAAGCATG
GCAAATCGCTCGAGAAGCTGAGGGTGTCATGGGCTGAAGATGTGTATGATCCTCCACCTT
CCATCGTCTCTCACACAAGGAGCAAGAAACAGCATCAGAAATCAAAGAGCAGAGATAGCT
TGAAGAAGAACGGAAAGAAAGGACATAAGGGAAGCAGTAGTTCATCATCATCATCATCAT
CCCGTGGCAGCAAAGACAAGAGGTCCTCGTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D707TF U 1
AF RR3D707JQ C 631
BS 1 685 RR3D707TF
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BS 796 1115 RR3D707JQ

RD RR3D707TF 796 0 0
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TCCGTCGTTGACTTTTTATCATTCTTCAAATCGTTTGAAACCTCTCGAAAAGAGTGATTG
GCGTGGTAATCTTAGTTGAAGTTTCCCTCCTTTGTTTTCATTTCTCTCTTTAGATCTTTT
ACCTTTTGTTCAACTCCGCCTCCCGTTTGGTACTCACTCGGTTTTAAAAAAAAACACTAC
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TTACTGTTACTCTCTCGAGTTACTGTTATTTTAATTTGGATATGAGCTCTGTCTGTAGTG
GTGGGTTGGATTTCAAAGATGCAGCCTCTGCTTCGACCCCTTCTAATAATGGCTCCTCCA
ATCATGTCTCTGTTACCGGATCTGA*GATGCTCAAGAGTCTGACGGG*ATGATAGTGGTA
*TATACACCAATATTTGAATCAAGA*TCAAAAGACATCCCTGAGCCTTTAC*TCTCA*GT
CTTCAGATGATGAAG
A

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DS 

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GCTTCGA
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GTCTGACGGGGATGATAGTGGTAATATACACCAATATTTGAATCAAGAATCAAAAGACAT
CCCTGAGCCTTTACCTCTCAAGTCTTCAGATGATGAAGGAGAAGACAAGAACCACCTTGC
CAAGGTCGTTATCTTCTCTCAGAGTGTGACTGCGGCGGCGGCTACTGTCATTCCAGCCAT
TAAAGGCAGCCGAGAGAAGCATGGCAAATCGCTCGAGAAGCTGAGGGTGTCATGGGCTGA
AGATGTGTATGATCCTCCACCTTCCATCGTCTCTCACACAAGGAGCAAGAAACAGCATCA
GAAATCAAAGAGCAGAGATAGCTTGAAGAAGAACGGAAAGAAAGGACATAAGGGAAGCAG
TAGTTCATCATCATCATCATCATCCCGTGGCAGCAAAGACAAGAGGTCCTCGTTTTTT

QA 8 485 8 485
DS 



AS 1 2

CO CL5793Contig1 1274 2 2 U
GCATTTGGCAAATCCTGGTAATTCGATGTTAAGTCACTTGCATGGCAAGCCTTTATATAG
GCCAGAAAACCAGGTCTCCCACAGTCATCTTAATGATATGACTCAACAGAATCAAATCTA
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CACGGGCATGGTTACCCTCCACAAGGGTCAACCATTAGACCATCTTTATCAATCCATGGT
GGGGAAGGCATGCATCCTCATTCGTCAGGGGTTTCATCTCAAATAGGACCCATCTCTCAG
AATCCTTCGTTGGGAGCCTCTAATCAACCACCGGGCGGGGCATTCTCTGGTCTGATTGGC
TCTCTCATGGCTCAAGGTTTGATCTCGTTGAACAATCAGCCTACTGGCCAGGGGGCTTCG
GTGATGGAGTTTGATGCGGACATGCTAAAGATACGTAACGAGTCTGCAATAACTGCTCTA
TATGGGGATCTTCCCAGGCAATGCACAACATGTGGTCTACGCTTTAAGTGCCAAGAAGAG
CACAGTAAACATATGGATTGGCATGTAACGAAGAACAGGATGTCCAAGAACCATAAGCAG
AAGCCTTCTCGGAAATGGTTTGTAAGTGGTAGCATGTGGCTTAGTGGTGCAGAGGCACTT
GGAGCTGAAGCAGTGCCGGGGTTCTTACCCGTAGAGCCAACAACAGAAAAGAAGGATGAC
GAAGAGATGGCAGTTCCTGCAGATGAAGACCAAACTTCATGCGCATTATGTGGTGAGCCG
TTTGAAGACTTCTATAGTGACGAGACAGAGGAATGGATGTACAAAGGTGCCGTGTACATG
AATGCTCCTGATGGATTAACAACAGATTTGGACAAGTCTCAGTTAGGTCCTATTGTACAT
GCTAAGTGCAGGCCAGAGTCCAATGGGGGTGATATGGAAGAGGGTAGTCAAAGAAAAAGA
ATGTGGAGTTAGATCGCTTAGACCAACTATTAGGTCTTTTTGTCGACTTATTTTAAGTTA
CATTCTTATTTCTTCATCATCTATATGCACTTAGTCACACACAATGGAGGGAGTTTTCTT
TCTCCTGAAACTGTACCATTGAAAAGATAAAAAGAGAGGTTTACACCCAGAGATCTCTTA
TCGTTCTTTACACCTCTTAAACCCTGTTGTGGCTTAGGACATGGATATCTCCGCTACACC
TATAATAACCTGGGGTGCTTGTAGTAAAATCAGATGGCCCAGCGTGGTAGTTCCCCATGT
ATATGTATTCATAT


BQ
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AF RR3EK47TF U 1
AF RR3EK47JQ C 435
BS 1 574 RR3EK47TF
BS 575 1274 RR3EK47JQ

RD RR3EK47TF 574 0 0
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GCCAGAAAACCAGGTCTCCCACAGTCATCTTAATGATATGACTCAACAGAATCAAATCTA
GGTAATTATTTGCCGTCCTTATCAGCAATGGCTCCAAGGGCAATTCAATCACTGTTACCG
CACGGGCATGGTTACCCTCCACAAGGGTCAACCATTAGACCATCTTTATCAATCCATGGT
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AATCCTTCGTTGGGAGCCTCTAATCAACCACCGGGCGGGGCATTCTCTGGTCTGATTGGC
TCTCTCATGGCTCAAGGTTTGATCTCGTTGAACAATCAGCCTACTGGCCAGGGGGCTTCG
GTGATGGAGTTTGATGCGGACATGCTAAAGATACGTAACGAGTCTGCAATAACTGCTCTA
TATGGGGATCTTCCCAGGCAATGCACAACATGTGGTCTACGCTTTAAGTGCCAAGAAGAG
CACAGTAAACATATGGATTGGCATGTAACGAAGA

QA 1 574 1 574
DS 

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ATGGTTTGTAAGTGGTAGCATGTGGCTTAGTGGTGCAGAGGCACTTGGAGCTGAAGCAGT
GCCGGGGTTCTTACCCGTAGAGCCAACAACAGAAAAGAAGGATGACGAAGAGATGGCAGT
TCCTGCAGATGAAGACCAAACTTCATGCGCATTATGTGGTGAGCCGTTTGAAGACTTCTA
TAGTGACGAGACAGAGGAATGGATGTACAAAGGTGCCGTGTACATGAATGCTCCTGATGG
ATTAACAACAGATTTGGACAAGTCTCAGTTAGGTCCTATTGTACATGCTAAGTGCAGGCC
AGAGTCCAATGGGGGTGATATGGAAGAGGGTAGTCAAAGAAAAAGAATGTGGAGTTAGAT
CGCTTAGACCAACTATTAGGTCTTTTTGTCGACTTATTTTAAGTTACATTCTTATTTCTT
CATCATCTATATGCACTTAGTCACACACAATGGAGGGAGTTTTCTTTCTCCTGAAACTGT
ACCATTGAAAAGATAAAAAGAGAGGTTTACACCCAGAGATCTCTTATCGTTCTTTACACC
TCTTAAACCCTGTTGTGGCTTAGGACATGGATATCTCCGCTACACCTATAATAACCTGGG
GTGCTTGTAGTAAAATCAGATGGCCCAGCGTGGTAGTTCCCCATGTATATGTATTCATAT

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 2

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AAAGTATACAAAGGAGAACTTCTCTCCGGTACTCAAATCGCGGTTAAGAGAGTCTCCCAT
GATGCTGAACAAGGAATGCAACAATACGTCGCGGAGATCGCTAGTATGGGAAGGCTAAGG
CACAAGAACTTGGTTCAGCTCCTTGGCTACTGCAGACGCAAAGGTGAATTGCTTTTGGTT
TATGACTACATGCCAAATGGAAGCCTTGATAACTTCTTGTTCAATAAAGAGAAGGTGAAA
GAACTCACTTGGTCTCAGAGAGTGAATATAGTCAAGGGAGTAGCATCTGCCCTTCTGTAT
CTTCATGAAGAGTGGGAGCAAGTTGTGTTACACAGAGATATAAAATCTAGCAACATTCTT
TTAGATGCTGAACTGAATGGAAGGTTGGGAGATTTTGGGCTTGCAAGGTTCCATGACCGT
GGCCAAAATCTTGAAGCCACACGTGTTGTAGGAACCATTGGCTACATGGCACCAGAGCTT
ACTGCAATGGGAGTGGCTACAACCAAAACCGATGTCTATGCTTTTGGATCTTTCATCCTT
GAGGTGGTTTGTGGGAGGAGGCCAGTAGACACTGAGAGACCACTTGAGCAAATAATTTTA
CTTAAATGGGTTGCTAGTTGCGGAAGCAGAGATAACTTAATGGTTACTGTTGACAGTAAA
CTCGAAGGAAACTTTAAAGCTGAAGAGGTGAAGATGCTTTTGAAGCTAGGCATGCTATGT
TTTCAGAGCAACCCAGAGCATAGACCTAGCATGAGACATATAGTACAATATCTGGAAGGG
AATGTCCCTGTTCCGAGCATATCATTTGATACAGCTGGTTTTGGTTTGCCCACTATAAGC
AATGAAACTGTAACGCAAATGACAACCACCTTTTCTACATTAGCTAATTTTTGTTTCGAA
GATGTTACAATCCTGTTTGGTGGTCGTTGAAGTCTGCATCACAGGCTGCTAAGCTTACAT
GTAAGCTTCTTTCCTTTGCATATATACAATGTTGTCTTTTAAGTGAATGGAATGTATTTG
AAAGTTATTTTTTCTTCCTTTTGCCACAATGTTGCTCAGCGAAATGATTGTATTTGAAGT
TTTTCTTTCTTCTTGCTACAATGTTGTGTACGTAATCTTGATATAGATGGATTGCATTGT
GATGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ84TF U 1
AF RR3EJ84JQ C 591
BS 1 727 RR3EJ84TF
BS 728 1207 RR3EJ84JQ

RD RR3EJ84TF 727 0 0
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AAAGTATACAAAGGAGAACTTCTCTCCGGTACTCAAATCGCGGTTAAGAGAGTCTCCCAT
GATGCTGAACAAGGAATGCAACAATACGTCGCGGAGATCGCTAGTATGGGAAGGCTAAGG
CACAAGAACTTGGTTCAGCTCCTTGGCTACTGCAGACGCAAAGGTGAATTGCTTTTGGTT
TATGACTACATGCCAAATGGAAGCCTTGATAACTTCTTGTTCAATAAAGAGAAGGTGAAA
GAACTCACTTGGTCTCAGAGAGTGAATATAGTCAAGGGAGTAGCATCTGCCCTTCTGTAT
CTTCATGAAGAGTGGGAGCAAGTTGTGTTACACAGAGATATAAAATCTAGCAACATTCTT
TTAGATGCTGAACTGAATGGAAGGTTGGGAGATTTTGGGCTTGCAAGGTTCCATGACCGT
GGCCAAAATCTTGAAGCCACACGTGTTGTAGGAACCATTGGCTACATGGCACCAGAGCTT
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GAGGTGGTTTGTGGGAGGAGGCCAGTAGACACTGAGAGACCACTTGAGCAAATAATTTTA
CTTAAATGGGTTGCTAGTTGCGGAAGCAGAGATAACTTAATGGTTACTGTTGACAGTAAA
CTCGAAG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3EJ84JQ 617 0 0
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TGACAGTAAACTCGAAGGAAACTTTAAAGCTGAAGAGGTGAAGATGCTTTTGAAGCTAGG
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TCTGGAAGGGAATGTCCCTGTTCCGAGCATATCATTTGATACAGCTGGTTTTGGTTTGCC
CACTATAAGCAATGAAACTGTAACGCAAATGACAACCACCTTTTCTACATTAGCTAATTT
TTGTTTCGAAGATGTTACAATCCTGTTTGGTGGTCGTTGAAGTCTGCATCACAGGCTGCT
AAGCTTACATGTAAGCTTCTTTCCTTTGCATATATACAATGTTGTCTTTTAAGTGAATGG
AATGTATTTGAAAGTTATTTTTTCTTCCTTTTGCCACAATGTTGCTCAGCGAAATGATTG
TATTTGAAGTTTTTCTTTCTTCTTGCTACAATGTTGTGTACGTAATCTTGATATAGATGG
ATTGCATTGTGATGTGT

QA 1 617 1 617
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TAAAGGGACTCTTCACCCTAGTGGAAGCGGCTCTTTGATGTATAGTGGGTCTCATGTGAT
GGGGCGTGCAGAAAGTCTGGCATCTGGTGACAACTCTAATTTCCCAGCTTTTCTGCCTGT
TATGCAATTCGGTGGTCAACATGGTGGGGTTCCAACATTTGGAATGGCTTTTCCAGGATA
TTACCAGCCTGAAAATGGTGTTGGAAACCCGGAGATGACCTGGATGCCAGTTTTGACTGG
TCCAGGAGCTTTAGGAGCTTCATACAGTCCGCCATATGCTGCTATTGATGGTTCTTACCA
AGCACACAAGCAAGGGTTACCTTCCTCTGCAGGATCCTCCAGGTTTAAAGACAAAGAGAA
TAGCACGAATAACCTTAAAGATCTAGAGAATCCCATGGAGAGTCCTGAGGTTACAGAGAG
TGGGGTTTCAAAACGGCAAAACAACAACCCAAGCAAGCAACCTCGTAGGTACTCGGAGAT
GAGCTTTAGCAAGTGATTACATTTGTTTAAAACTAGGAAGATTGGTTAGGGACTCCTTGG
CGCAGGACCCTGGCGCTTCTCCAAGCTTCTTTACATCTCACTTTGGCCGCAATTGTTCCT
GAATTTCTTAGGGAAGTCGTTGTCTCAAAAGCCTTGGTCAGCCTGTTTGGTGTTTCTTCT
TTCCATTTTTTTTCCTATGTAATCATTTCTGTTTGTTTCTTATATAAGGTTGATGACTTC
TGGTTTGGTTAGTGTGTTTATTTTTCCGTATAACGCAGTTTCTAAACAGACAATGTTATG
AAAAATGAAATGGTTAATGGATGAGACATGTGTGAATGAATGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BF49TF U 1
AF RR3D657TF U 536
BS 1 606 RR3BF49TF
BS 607 607 RR3D657TF
BS 608 667 RR3BF49TF
BS 668 884 RR3D657TF

RD RR3BF49TF 667 0 0
GCGTTATCCTCCTGGTGAAATAGAATCTGCGCTGGAAACAGTTGCGTCATTTGGAAAGGG
TAAAGGGACTCTTCACCCTAGTGGAAGCGGCTCTTTGATGTATAGTGGGTCTCATGTGAT
GGGGCGTGCAGAAAGTCTGGCATCTGGTGACAACTCTAATTTCCCAGCTTTTCTGCCTGT
TATGCAATTCGGTGGTCAACATGGTGGGGTTCCAACATTTGGAATGGCTTTTCCAGGATA
TTACCAGCCTGAAAATGGTGTTGGAAACCCGGAGATGACCTGGATGCCAGTTTTGACTGG
TCCAGGAGCTTTAGGAGCTTCATACAGTCCGCCATATGCTGCTATTGATGGTTCTTACCA
AGCACACAAGCAAGGGTTACCTTCCTCTGCAGGATCCTCCAGGTTTAAAGACAAAGAGAA
TAGCACGAATAACCTTAAAGATCTAGAGAATCCCATGGAGAGTCCTGAGGTTACAGAGAG
TGGGGTTTCAAAACGGCAAAACAACAACCCAAGCAAGCAACCTCGTAGGTACTCGGAGAT
GAGCTTTAGCAAGTGATTACATTTGTTTAAAACTAGGAAGATTGGTTAGGGACTCCTTGG
CGCAGGGCCCTGGCGCTTCTCCAAGCTTCTTTACATCTCACTTTGGCCGCAATTGTTCCT
GAATTTC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3D657TF 349 0 0
GAGATGAGCTTTAGCAAGTGATTACATTTGTTTAAAACTAGGAAGATTGGTTAGGGACTC
CTTGGCGCAGGACCCTGGCGCTTCTCCAAGCTTCTTTACATCTCACTTTGGCCGCAATTG
TTCCTGAATTTCTTAGGGAAGTCGTTGTCTCAAAAGCCTTGGTCAGCCTGTTTGGTGTTT
CTTCTTTCCATTTTTTTTCCTATGTAATCATTTCTGTTTGTTTCTTATATAAGGTTGATG
ACTTCTGGTTTGGTTAGTGTGTTTATTTTTCCGTATAACGCAGTTTCTAAACAGACAATG
TTATGAAAAATGAAATGGTTAATGGATGAGACATGTGTGAATGAATGCC

QA 1 349 1 349
DS 



AS 1 2

CO CL5797Contig1 775 2 4 U
CGATCCAATGGCCAGTGTTCGGTATCACCCCCGAGTTCTTCCTTCAAGTCCACGATTTAT
ACGGATGGCTCACGAGGTGTCTAACCAACAGCCAAGGAACGTTTCCTTACCAAGGAATCT
GGTTCAGTGGATCATACGGAGCCATGACGAGCGTTCCCGCCAACATCGAGTACATGCTCA
AAACCAACTTCAAGAACTTTCCCAAAGGAGAGTTTTTACAAAGAGAGGTTCCGAGATTTG
CTCGAAGAAGGTATCTTCAACGCTGATGACGAGTCTTGGAAAGAGCAGAGACGGATCATC
ATAACCGAGATGCACTCTACGAGATTCGTGGACCATTCGTTCCACACCACGAGGGAGTTG
ATACATAGGAAGCTCTTGAAAGTGATGGAGAGTTTTTCAAAGTCACAAGAAGCTTTTGAT
CTTCAAGAGGTTCTTTTGAGGTTGACGTTTGATAATATCTGCATCGCGGGTCTCGGCGAT
GATCCTGGTACTTTGGACGTTGATCTTCCTCAAGTTCCGTTCGCTAAGGCCTTTGAAGAA
GCTACGGAGAGTACTATGTTTAGGTTCATGATTCCACCGTTTTTGTGGAAACCTATGAAG
TTTTTTGACTTAGGGTACGAGAAAGGGCTGAGGAAAGCTGTTGAGACGGTTCATGGGTTT
ATAGACACGATGGTTGTCGACAGAATCAAGATGCTTAAAGAAGAAGAACGTTAGAGAGAA
ACAAATCAGATGTCCTCTCGAGGCTAATCCTTATAGAAAGTCATAAAAGAGCAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C668TF U 1
AF RR3CN93TF U 95
BS 1 160 RR3C668TF
BS 161 161 RR3CN93TF
BS 162 232 RR3C668TF
BS 233 775 RR3CN93TF

RD RR3C668TF 250 0 0
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ACGGATGGCTCACGAGGTGTCTAACCAACAGCCAAGGAACGTTTCCTTACCAAGGAATCT
GGTTCAGTGGATCATACGGAGCCATGACGAGCGTTCCCGCGAACATCGAGTACATGCTCA
AAACCAACTTCAAGAACTTTCCCAAAGGAGAGTTTTTACAAAGAGAGGTTCC
CGAGATTTTGCTTTGAAG

QA 1 232 1 232
DS 

RD RR3CN93TF 681 0 0
G
GGAACGTTTCCTTACCAAGGAATCTGGTTCAGTGGATCATACGGAGCCATGACGAGCGTT
CCCGCCAACATCGAGTACATGCTCAAAACCAACTTCAAGAACTTTCCCAAAGGAGAGTTT
T*ACAAGGAGAGGTTCCGAGATTTGCTCGAAGAAGGTATCTTCAACGCTGATGACGAGTC
TTGGAAAGAGCAGAGACGGATCATCATAACCGAGATGCACTCTACGAGATTCGTGGACCA
TTCGTTCCACACCACGAGGGAGTTGATACATAGGAAGCTCTTGAAAGTGATGGAGAGTTT
TTCAAAGTCACAAGAAGCTTTTGATCTTCAAGAGGTTCTTTTGAGGTTGACGTTTGATAA
TATCTGCATCGCGGGTCTCGGCGATGATCCTGGTACTTTGGACGTTGATCTTCCTCAAGT
TCCGTTCGCTAAGGCCTTTGAAGAAGCTACGGAGAGTACTATGTTTAGGTTCATGATTCC
ACCGTTTTTGTGGAAACCTATGAAGTTTTTTGACTTAGGGTACGAGAAAGGGCTGAGGAA
AGCTGTTGAGACGGTTCATGGGTTTATAGACACGATGGTTGTCGACAGAATCAAGATGCT
TAAAGAAGAAGAACGTTAGAGAGAAACAAATCAGATGTCCTCTCGAGGCTAATCCTTATA
GAAAGTCATAAAAGAGCAAT

QA 2 681 2 681
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5799Contig1 1206 2 2 U
GAGAGGGACGGGGGAGCATGTAACGACAGAAGGACGGGGGATAAAATCATATGAAGATCT
TAGCTGATTTTTCTAACCGAAAAGAAAGGGATGGTGCTGAAGTTATGCCTCAGGGTCCAA
GGCAGCGCGAAACATGGCCACCTTAAAGGCCAGAGGAGAAGAAGTATAACAGAAGTGTAA
GACCGGCTCATGAGGATCCGCAGGAACAGAGAGAGAAACAGAGAGGCAACACTGAGTGGC
AGAGATATTTCCAGTTGGGAAGGATAGACGCTGAAGAGATTGTGCAGAAACATAGACAGA
GAAACATCTCTTATTGTCGGAGATACTTAGAGATGGGAATGAGAGACGGTCAAGAGATTG
TGCAGAGACATAGGCTGGTAGAGACCAGTGATCAAAAGACTCAAGAAAGTGTGCAGCAAC
ATAGACAGAGAGAGACCAGTCATGACAGAGTCATGGTGAAGGAGACAGAGAAATGAACGT
CGGAGATATTTTGAGATGGAAAGGAGAGACGGTGAAGAGATTGTGCAGCAACATAGACAG
AGAGAGACCAGTGATGACAGAGTCATGATGAAGGAGACAGAGAAACGAGTTACAACAAAG
GGAAGGCACACTAATCAGTTAGTAAACATAAGTAGGAAAAGTAGATCATCATTTAATACA
ATCAACATATGCTTATATTGTCGCCTTTATAATTTTTGACGCAGGATATGAGAGATGGAG
AGTCGGAAGTACCAGTTATGAAGATGCAAAAAAGGACTTCGATGTTTACTTGAGGACAGA
GTTATATTACGTATGAAATCCTATTTGGAGTTTCTCTTTCTTGCGACTCATGATGCTGGT
GATATCGCTAAAGAGGTGTTCTTTGCTCGAGAAAAATGAAGAAATAATGGTGAGAAGAAT
GACCTTGGTTTAGTTGAGATTGGAAGTAATATCGAAAAGATACCATCTCAAGTTGAAGCT
TTTATACATGTATGGATGGCGTGTTTCTCATGAGAAAGGTGGATGAAATTTTCGAATATT
TCTACAGGGTTTGACAGCTTCTGACAACTTCTGAGAAAGCAAGGAAATATTGTGATAGCT
GATTGGCGAGAATATTGGAAAATAGCCTAATTTGTATCTTATTGTTATTAATTCCAGCAA
TTAAAGGGAGTTATTGTCGGCAAAATCTTGGTTATTGTTTCTGCAAATCGAAAACTTATT
TTGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3H105TF U 1
AF RR3H105JQ C 441
BS 1 569 RR3H105TF
BS 570 1206 RR3H105JQ

RD RR3H105TF 569 0 0
GAGAGGGACGGGGGAGCATGTAACGACAGAAGGACGGGGGATAAAATCATATGAAGATCT
TAGCTGATTTTTCTAACCGAAAAGAAAGGGATGGTGCTGAAGTTATGCCTCAGGGTCCAA
GGCAGCGCGAAACATGGCCACCTTAAAGGCCAGAGGAGAAGAAGTATAACAGAAGTGTAA
GACCGGCTCATGAGGATCCGCAGGAACAGAGAGAGAAACAGAGAGGCAACACTGAGTGGC
AGAGATATTTCCAGTTGGGAAGGATAGACGCTGAAGAGATTGTGCAGAAACATAGACAGA
GAAACATCTCTTATTGTCGGAGATACTTAGAGATGGGAATGAGAGACGGTCAAGAGATTG
TGCAGAGACATAGGCTGGTAGAGACCAGTGATCAAAAGACTCAAGAAAGTGTGCAGCAAC
ATAGACAGAGAGAGACCAGTCATGACAGAGTCATGGTGAAGGAGACAGAGAAATGAACGT
CGGAGATATTTTGAGATGGAAAGGAGAGACGGTGAAGAGATTGTGCAGCAACATAGACAG
AGAGAGACCAGTGATGACAGAGTCATGAT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3H105JQ 766 0 0
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AAGGAGAGACGGTGAAGAGATTGTGCAGCAACATAGACAGAGAGAGACCAGTGATGACAG
AGTCATGATGAAGGAGACAGAGAAACGAGTTACAACAAAGGGAAGGCACACTAATCAGTT
AGTAAACATAAGTAGGAAAAGTAGATCATCATTTAATACAATCAACATATGCTTATATTG
TCGCCTTTATAATTTTTGACGCAGGATATGAGAGATGGAGAGTCGGAAGTACCAGTTATG
AAGATGCAAAAAAGGACTTCGATGTTTACTTGAGGACAGAGTTATATTACGTATGAAATC
CTATTTGGAGTTTCTCTTTCTTGCGACTCATGATGCTGGTGATATCGCTAAAGAGGTGTT
CTTTGCTCGAGAAAAATGAAGAAATAATGGTGAGAAGAATGACCTTGGTTTAGTTGAGAT
TGGAAGTAATATCGAAAAGATACCATCTCAAGTTGAAGCTTTTATACATGTATGGATGGC
GTGTTTCTCATGAGAAAGGTGGATGAAATTTTCGAATATTTCTACAGGGTTTGACAGCTT
CTGACAACTTCTGAGAAAGCAAGGAAATATTGTGATAGCTGATTGGCGAGAATATTGGAA
AATAGCCTAATTTGTATCTTATTGTTATTAATTCCAGCAATTAAAGGGAGTTATTGTCGG
CAAAATCTTGGTTATTGTTTCTGCAAATCGAAAACTTATTTTGAGC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTTCCAATGGATCTAATCATATCTTCTTGATTCTTCCTCCAAGGGGCTGAGATTTGAAAG
AGTGACAAAGGAAGAATCTTTTATTTAGAAAAGAAAAAAAAAAACAAATTCCTCTGTTCC
AGAGATGGCCACGGTGGGCGTAGAGCCTAGTGCCGCGGTTAGAGACTCTAATGGAAACGC
TGTTACTGATGTTGATAGGTTACCTGAAGAGATGAATCACATGAAAATTCAAGATGATAA
AGAAATGGAAGCTACAATCGTAAACGGCAATGTCACTGAGACTGGTCATATAATAGTGAC
TACCATAGGTGGAAGAAACGGCCAACCTAAGCAGACAATCAGTTACATGGCAGAGCGTGT
TGTTGGACACGGTTCCTTTGGCGTTGTGTTCCAAGCGAAGTGTTTAGAGACAGGAGAAAC
TGTAGCGATAAAGAAAGTGTTGCAAGACCGTAGGTACAAGAACCGTGAGCTACAAACAAT
GAGGCTACTCGACCATCCAAACGTAGTGTCTTTGAAACACTGCTTCTTCTCAACAACCGT
GAAGCTATGTGATTTTGGAAGTGCTAAAGTATTGGTCAAAGGAGAGCCAAACATTTCATA
TATTTGCTCGAGGTATTACAGAGCACCTGAGCTTATTTTTGGAGCTACAGAGTATACTAC
GGCCATTGATGTCTGGTCTGCTGGATGTGTTCTCGCCGAGCTTCTTCTCGGTCAGCCATT
GTTCCCTGGTGAGAGTGGAGTTGATCAACTTGTTGAGATTATTAAGGTTTTGGGGACACC
AACAAGGGAAGAGATCAAATGCATGAACCCAAACTACACTGAGTTCAAGTTCCCTCAGAT
TAAAGCTCATCCATGGCATAAGATTTTCCACAAGAGGATGCCTCCAGAAGCTGTTGATTT
AGTCTCAAGGCTTCTTCAATACTCTCCTAATCTCCGTTGTGGTGCTCTTGATGCATTGGT
ACACCCGTTCTTTGACGAGCTTAGAGATCCTAATGCACGGTTGCCCAATGGACGTTTCTT
TCCACCACTTTTCAACTTCAAGCATCATGAGCTTAAAGGTGTGCCTGTGGAGATGGTGGC
TAAGTTAGTACCGGAACATGCAAGAAAGCAGTGTCCATGGCTCGGTTTGTGAGTTATCTG
CTATATCACATCAAGTATTTGTAACCCCTTGTTTGTTGTAGTGAGTAGAGAAAAGAGTGA
ATCATTGTTGGGGGTTATGATCTTGTAAAAGTCAACAAAGTTTTATTTCTTTTAAGAGTT
TGGTGTATTCTAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BT29TF U 1
AF RR3BT29JQ C 602
BS 1 676 RR3BT29TF
BS 677 677 RR3BT29JQ
BS 678 735 RR3BT29TF
BS 736 1333 RR3BT29JQ

RD RR3BT29TF 742 0 0
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CTTCCAATGGATCTAATCATATCTTCTTGATTCTTCCTCCAAGGGGCTGAGATTTGAAAG
AGTGACAAAGGAAGAATCTTTTATTTAGAAAAGAAAAAAAAAAACAAATTCCTCTGTTCC
AGAGATGGCCACGGTGGGCGTAGAGCCTAGTGCCGCGGTTAGAGACTCTAATGGAAACGC
TGTTACTGATGTTGATAGGTTACCTGAAGAGATGAATCACATGAAAATTCAAGATGATAA
AGAAATGGAAGCTACAATCGTAAACGGCAATGTCACTGAGACTGGTCATATAATAGTGAC
TACCATAGGTGGAAGAAACGGCCAACCTAAGCAGACAATCAGTTACATGGCAGAGCGTGT
TGTTGGACACGGTTCCTTTGGCGTTGTGTTCCAAGCGAAGTGTTTAGAGACAGGAGAAAC
TGTAGCGATAAAGAAAGTGTTGCAAGACCGTAGGTACAAGAACCGTGAGCTACAAACAAT
GAGGCTACTCGACCATCCAAACGTAGTGTCTTTGAAACACTGCTTCTTCTCAACAACCGT
GAAGCTATGTGATTTTGGAAGTGCTAAAGTATTGGTCAAAGGAGAGCCAAACATTTCATA
TATTTGCTCGAGGTAT*ACAGAGCACCTGAGCTTATTTTTGGAGCTACAGAGTATACTAC
GGCCATTGATGTCTG
TCTGCTG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3BT29JQ 732 0 0
AAGCTATGTGATTTTGGAAGTGCTAAAGTATTGGTCAAAGGAGAGCCAAACATTTCATAT
ATTTGCTCGAGGTATTACAGAGCAC*TGAGCTTATTTTTGGAGCTACAGAGTATACTACG
GCCATTGATGTCTGGTCTGCTGGATGTGTTCTCGCCGAGCTTCTTCTCGGTCAGCCATTG
TTCCCTGGTGAGAGTGGAGTTGATCAACTTGTTGAGATTATTAAGGTTTTGGGGACACCA
ACAAGGGAAGAGATCAAATGCATGAACCCAAACTACACTGAGTTCAAGTTCCCTCAGATT
AAAGCTCATCCATGGCATAAGATTTTCCACAAGAGGATGCCTCCAGAAGCTGTTGATTTA
GTCTCAAGGCTTCTTCAATACTCTCCTAATCTCCGTTGTGGTGCTCTTGATGCATTGGTA
CACCCGTTCTTTGACGAGCTTAGAGATCCTAATGCACGGTTGCCCAATGGACGTTTCTTT
CCACCACTTTTCAACTTCAAGCATCATGAGCTTAAAGGTGTGCCTGTGGAGATGGTGGCT
AAGTTAGTACCGGAACATGCAAGAAAGCAGTGTCCATGGCTCGGTTTGTGAGTTATCTGC
TATATCACATCAAGTATTTGTAACCCCTTGTTTGTTGTAGTGAGTAGAGAAAAGAGTGAA
TCATTGTTGGGGGTTATGATCTTGTAAAAGTCAACAAAGTTTTATTTCTTTTAAGAGTTT
GGTGTATTCTAT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5804Contig1 1361 2 4 U
GGGGGTAGTCTCTGGTCTTTGTCTTCTTCGTTCGTTTCACCGAAATTTGTTTTAATCTCT
TGACAGAAGAAAATAAAGAGAAGAAATTCAACTTATTAGAGAAAAAAAAACTTTAGTTTT
TCTTGAGAAACTTGTTGATAAGTGTGGATGGGTGCCCCAAAGCAGAAGTGGACACCGGAG
GAAGAAGCAGCCCTTAAAGCTGGAGTTCTTAAACGTGGCACTGGCAAGTGGCGTACTATA
CTCTCCGATCCTCAGTTTAGCTCTGTCCTTAAGTCCCGCTCTAATGTTGATCTCAAGGAC
AAGTGGAGAAATATAAGTGTGACTGCGTTATGGGGTTCAAGGAAGAAGGCTAAACTTGCA
CTTAGAAAGACATTGCCGGCTCCTAAACAGGATCATACCAACAACACTACATCTCTGAGC
ATCGTGCCTTTGGCTAATGGCCAAGAACGGACAAATCCATCGCCTGGAGGTTCTGGTGCT
GGATCGCCACAAACTCATGCTTCAAAGAGATCAATTACAAGTTTGGACAGGATTATCTTG
GAGGCAATTACTAACTTGAAGGAACCACGCGGTTCTGACAGAACATCCATCTTTATGTAT
ATAGAGGAGAATTTCAAGACTCCGCCGAATATGAAAAGAAACGTGGCAGTAAGATTAAAG
CACTTGTCATCAAATGGACCATTAGTTAAGATAAAGCACAAGTACAGGTTTTCAACTAAT
TTTACTAGCGTTGGAGCAAGACAGAAGTCTCCTCAACTCTTGTTGGAAGGAAACAACAAA
AAAGACTCACCAGAACCCGTAGCCCTCCGAGCAGACGGAGAGTTGCTTATGATAAAAGGC
ATGACAGCTCAAGACGCTGCATAAGCTGCTGCAAGAGCAGTTGCAGAAGCAGAGTTTGCA
ATCACAGAGGCAGAAGAAGCAGCAAAAGAGGCAGAAAGAGCAGAAGCCGAAGCTGAAGCT
GCTCAGATATATGCTAAGGCAGCTGTGAAAGCTTTGAAGTTCAGAATCCGTAATCATACT
TGGTAAAACATTAAAGCACGAGAAGCCATCCATCATGGGAAAGTTCTATAACAGAGCAAG
CCCCTATATATATATCTATCTATCATTACCAGTCGGGCGGTATCTCATCACCTGCAGCGT
TAAGAAAAGTTTTCAATACCTTTCTCCTCTTTTTGTTCTGTTTTGTAGAAGTGTAAATCC
GCTGTTTGATCATATATATGTATGTTCATATCTCTGAGATTCTGTAAAACTCAAGACTTT
CTTTCCTCTGTCTGTGGATGATCTGCTTGGCACTTGTAGGTTTGAAGGAGATGAATAAAC
AAGTAAATTAAGATTTTGAGAAATTTACAGGCATTTTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CR92TF U 1
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CTCTCCGATCCTCAGTTTAGCTCTGTCCTTAAGTCCCGCTCTAATGTTGATCTCAAGGAC
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GGATCGCCACAAACTCATGCTTCAAAGAGATCAATTACAAGTTTGGACAGGATTATCTTG
GAGGCAATTACTAACTTGAAGGAACCACGCGGTTCTGACAGAACATCCATCTTTATGTAT
ATAGAGGAGAATTTCAAGACTCCGCCGAATATGAAAAGAAACGTGGCAGTAAGATTAAAG
CACTTGTCATCAAATGGACCATTAGTTAAGATAAAGCACAAGTACAG*TTTTCAACTAAT
TTTACTAGCGTTGGAGCAAGACAGAAGTCTCCTCA
CTCTTGT

QA 1 755 1 755
DS 

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TCCTCAACTCTTGTTGGAAGGAAACAACAAAAAAGACTCACCAGAACCCGTAGCCCTCCG
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GGCAGAAAGAGCAGAAGCCGAAGCTGAAGCTGCTCAGATATATGCTAAGGCAGCTGTGAA
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CCATCATGGGAAAGTTCTATAACAGAGCAAGCCCCTATATATATATCTATCTATCATTAC
CAGTCGGGCGGTATCTCATCACCTGCAGCGTTAAGAAAAGTTTTCAATACCTTTCTCCTC
TTTTTGTTCTGTTTTGTAGAAGTGTAAATCCGCTGTTTGATCATATATATGTATGTTCAT
ATCTCTGAGATTCTGTAAAACTCAAGACTTTCTTTCCTCTGTCTGTGGATGATCTGCTTG
GCACTTGTAGGTTTGAAGGAGATGAATAAACAAGTAAATTAAGATTTTGAGAAATTTACA
GGCATTTTAACC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

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GTCACTTATTAATCATGATTAACAGTTTGGGGAAGCAACCTTGCAATCGTTGGAAACTTT
TTTTGAGTTTGGGGAGCTAACGTATTGGCGGAGGCTAGGGTTCCTCATGTACCCACAAAG
GCATGGCTTCTGCTCTCTCAGCTTGGCGCAGCACGAC


BQ
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AF RR3B093TF C 1
AF RR3B093JQ U 48
BS 1 47 RR3B093TF
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GTCACTTATTAATCATGATTAACAGTTTGGGGAAGCAACCTTGCAATCGTTGGAGACTTT
TTTTGAGTTTGGGGAGCTAACGTATTGGCGGAGGCTAGGGTTCCTCATGTACCCACAAAG
GCATGGCTTCTGCTCTCTCAGCTTGGCGCAGCACGAC

QA 1 217 1 217
DS 

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CGTTGGAAACTTTTTTTGAGTTTGGGGAGCTAACGTATTGGGGGAGGCTAGGGTTCCTCA
TGTACCCACAAAGG

QA 1 134 1 134
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5807Contig1 1465 2 4 U
GAGCAGAGAAGGATGCTGCAACTGGAGATGCTAGACAAGAAGGAATACCTCCTCGCATGT
TCAAATCGGTAGTTGCTGCACGCCATGCAGAATTCTCTTCTATGAGACAGCAGGATGCTC
TTGACTTTTTTCTCCACTTGCTAGACAAAGTTGAGCGTGGCAACAACACGAGATTAGATT
TAGACCCCTCGAGGAGCTTCAAGTTTGGAGTAGAAGAGAAGATACTTTGTTCATCTGGAA
AGGTCTCATATAATAAGAGGGAAGACTGTATTCTTTCTTTGAACATTCCATTGCAGGAGG
CAACTAATAAAGATGAACTAGAAGCCTTCAACAAACAGAAAGCAGTTCAAGGACTGGAAT
CAAATAATATGTCAACTGATGAAATTGTACGCCCAAGAGTTCCTTTAGAAGCTTGTCTAG
CAACGTTTGCATCACCAGAGCAGATTCATGATTACTACAGCACTGCTCTGAAGGGAAAGA
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GGAAGTTTGTTATGGAGGCAGGCTGGGTGCCAAAGAAACTTGATGTGTACATTGATGTTC
CGGATGTAATTGATATCAGCCACATGCGCAGCAAAGGGCTTCAACCTGGAGAAGAACTGT
TGCCAGATAGCGTTCCAGAAGAAGTGATGGAATCAGCACAGCCTGTGGTAAATGAGGAGA
TAGTTACACAACTCGACTCAATGGGATTTAACCAGCTTCATTGCCAGAAAGCCGCCATAA
ATACGTCTAATACTGGGGTTGAAGAGGCGACGAACTGGTTATTTTCTCACATGGATGATC
CAGATATCGACGCACCAATCTCCAATCAGACATCTGACGTTGATCAATCAAGCGTTGATA
CCTTAATCTCTTTTGGTTTTGCTGAAGAGGTTGCTCGAAGGGCACTCAAAGCCTCGGGAG
GAGATATTGAGAAGGCAACAGATTGGATATTCAACAACCCTAATGCATCTGTTTCAGACA
TGGACGTTTCCTCCAGCAGTTCAGCTCAAACTCCAGCTGAAAGTGGATTATTACCAGACG
GGGGAGGGAGATACAAGCTGTTTGGGATAGTAAGCCACATGGGAACATCAACACACTGTG
GTCACTATGTGGCGCACATATTGAAAGAAGGTCGTTGGGTTATATTCAATGACAGCAAAG
TAGGTGTCTCGACAGATCCTCCTAAAGGCATGGGTTATCTCTACTTCTTTCAGCGTCTCG
ACAATTGATTAAAGAGACCGAGAGAGTGTTGATATTCTATGGATGAAGAAAAGGAGACAG
AAACCTTTCCTTCTATAGAATTTTTAGGGGTTTAAGATTTGGATTTTGGGTGATGAATCG
TTTGGTTTCCCAAATTTTACTTGTGGATTATAACAAAATTACTAATGGTTCACTGTGATG
ATAAAAGCATCAAGAACAGGTCTCC


BQ
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AF RR3AM75TF U 1
AF RR3AM75JQ C 692
BS 1 769 RR3AM75TF
BS 770 770 RR3AM75JQ
BS 771 829 RR3AM75TF
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RD RR3AM75TF 829 0 0
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AGGTCTCATATAATAAGAGGGAAGACTGTATTCTTTCTTTGAACATTCCATTGCAGGAGG
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CAAATAATATGTCAACTGATGAAATTGTACGCCCAAGAGTTCCTTTAGAAGCTTGTCTAG
CAACGTTTGCATCACCAGAGCAGATTCATGATTACTACAGCACTGCTCTGAAGGGAAAGA
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CGGATGTAATTGATATCAGCCACATGCGCAGCAAAGGGCTTCAACCTGGAGAAGAACTGT
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QA 1 829 1 829
DS 

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CCAGCTTCATTGCCAGAAAGCCGCCATAAATACGTCTAATACTGGGGTTGAAGAGGCGAC
GAACTGGTTATTTTCTCACATGGATGATCCAGATATCGACGCACCAATCTCCAATCAGAC
ATCTGACGTTGATCAATCAAGCGTTGATACCTTAATCTCTTTTGGTTTTGCTGAAGAGGT
TGCTCGAAGGGCACTCAAAGCCTCGGGAGGAGATATTGAGAAGGCAACAGATTGGATATT
CAACAACCCTAATGCATCTGTTTCAGACATGGACGTTTCCTCCAGCAGTTCAGCTCAAAC
TCCAGCTGAAAGTGGATTATTACCAGACGGGGGAGGGAGATACAAGCTGTTTGGGATAGT
AAGCCACATGGGAACATCAACACACTGTGGTCACTATGTGGCGCACATATTGAAAGAAGG
TCGTTGGGTTATATTCAATGACAGCAAAGTAGGTGTCTCGACAGATCCTCCTAAAGGCAT
GGGTTATCTCTACTTCTTTCAGCGTCTCGACAATTGATTAAAGAGACCGAGAGAGTGTTG
ATATTCTATGGATGAAGAAAAGGAGACAGAAACCTTTCCTTCTATAGAATTTTTAGGGGT
TTAAGATTTGGATTTTGGGTGATGAATCGTTTGGTTTCCCAAATTTTACTTGTGGATTAT
AACAAAATTACTAATGGTTCACTGTGATGATAAAAGCATCAAGAACAGGTCTCC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL5808Contig1 744 2 3 U
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GGTATAGAGTAGCTTCGAGGAACGACCAATGGAGGAACCGGAAGAGGCGAGGCCACAATG
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BQ
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AF RR3G739JQ U 72
AF RR3G739TF C 1
BS 1 71 RR3G739TF
BS 72 201 RR3G739JQ
BS 202 744 RR3G739TF

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GAAGGTCTGA

QA 1 130 1 130
DS 

RD RR3G739TF 744 0 0
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GTGACTGGTTTTGACGAGGAGGAGGCTTTGATCGGTCCAGAAAATGCATGTCTTGCTTGC
TGCTGATGATGCTGATGCGTGTCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL5809Contig1 1285 2 4 U
CTACAACCACAAACAAGAAAGACTCAAGAAACACAGGAGGAATTATCGCGGCAATAGTTG
TTGTTGTTACTATAGTAGTGATGGTTGTAGGCTTGGTTATTTTCAAGCGAAGAAATCAAA
AGCAAGAAATTGAACTTCCAACGGAATCTGTTCAATTTGATTTGAAGACGATTGAAGCTG
CGACCAGCAACTTTTCTGAACGTAACAAGCTTGGTCAAGGTGGACTTGGTGAGGTTTACA
AGGGTGTGCTCATGAACGGCACTGAAGTTGCGGTAAAGAGACTGTCGAAAAAATCAGAAC
AAGGTCACACAGAATTCAAGAACGAGGTTGTAGTTGTTGCAAAACTTCAGCACAGAAATC
TTGTTAGACTTCTTGGATTCTCGCTACATGGAGAAGAGAAGTTACTAGTCTATGAGTTTG
TTCCTAACAAAAGCCTCGATTATTTCCTTTTCGACCCTGAAAAGAGAATTCATTTGGATT
GGGGAGTGCGGCACAACATCATTTGTGGGATTACACGAGGGATATTGTATCTTCATCACG
ATTCACGTCTGAAAATCATACATCGTGACCTCAAAGCGAGTAACATCCTCTTAGATGCTG
ACATGAACCCAAAAATTGCTGATTTTGGAATGGCAAGGATATTTGGAATGGACCAAACTG
TAGCCAATACAGCAAGAGTAGTTGGGACCTTCGGTTACATGGCTCCTGAGTATGTGACAC
ATGGTCAATTCTCGACGAAATCAGATGTCTACAGCTTTGGAGTATTGATGCTTGAGATCA
TTAGTGGCAAAAAGAATAGCAGCTCTGCCAGATGGATGTTTTAGTTAACAATTTAGTCAC
ATATGTGTGGAGACTATGGGAGAGAAAATCATTGCTTGAGGTCATAGATCCTTTTATTAG
AGAAGACTGTAAAAGTGATGAAGTAACTAGATACATCCATATTGGGCTACTATGTGTTCA
ACAAAATCCAGCAAAACGTCCAACGATGCCAATGATTCATCAAATGCTCACAACCAGCTC
GATTGCATTACCTGCCCCTCTGCCACCTGGTTTTTTCTTCAGGAATGAACCAAGATCAAA
CCCATCAGCCCAGGGATTAACGCCTGGTCAAACAAGCAGCAAGTCTATTACTTGTTCAGT
AGATGAAGCAACAATCACTGATTGTTAAATCCTCGTTGAATACTACTTAACATTTCCTGT
TTGATTTATGTTGTTAATTTCCACAAATTGTCGTCACTAGTTCTATGTACATACATGAAA
AAGTTATTAAGTCATTTTCAGATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DW66TF U 1
AF RR3DW66JQ C 602
BS 1 693 RR3DW66TF
BS 694 694 RR3DW66JQ
BS 695 736 RR3DW66TF
BS 737 1285 RR3DW66JQ

RD RR3DW66TF 736 0 0
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AGGGTGTGCTCATGAACGGCACTGAAGTTGCGGTAAAGAGACTGTCGAAAAAATCAGAAC
AAGGTCACACAGAATTCAAGAACGAGGTTGTAGTTGTTGCAAAACTTCAGCACAGAAATC
TTGTTAGACTTCTTGGATTCTCGCTACATGGAGAAGAGAAGTTACTAGTCTATGAGTTTG
TTCCTAACAAAAGCCTCGATTATTTCCTTTTCGACCCTGAAAAGAGAATTCATTTGGATT
GGGGAGTGCGGCACAACATCATTTGTGGGATTACACGAGGGATATTGTATCTTCATCACG
ATTCACGTCTGAAAATCATACATCGTGACCTCAAAGCGAGTAACATCCTCTTAGATGCTG
ACATGAACCCAAAAATTGCTGATTTTGGAATGGCAAGGATATTTGGAATGGACCAAACTG
TAGCCAATACAGCAAGAGTAGTTGGGACCTTCG*TTACATGGCTCCTGAGTATGTGACAC
ATGGTCAATTCTCGAC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3DW66JQ 684 0 0
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AGCCAATACAGCAAGAGTAGTTGGGACCTTCGGTTACATGGCTCCTGAGTATGTGACACA
TGGTCAATTCTCGACGAAATCAGATGTCTACAGCTTTGGAGTATTGATGCTTGAGATCAT
TAGTGGCAAAAAGAATAGCAGCTCTGCCAGATGGATGTTTTAGTTAACAATTTAGTCACA
TATGTGTGGAGACTATGGGAGAGAAAATCATTGCTTGAGGTCATAGATCCTTTTATTAGA
GAAGACTGTAAAAGTGATGAAGTAACTAGATACATCCATATTGGGCTACTATGTGTTCAA
CAAAATCCAGCAAAACGTCCAACGATGCCAATGATTCATCAAATGCTCACAACCAGCTCG
ATTGCATTACCTGCCCCTCTGCCACCTGGTTTTTTCTTCAGGAATGAACCAAGATCAAAC
CCATCAGCCCAGGGATTAACGCCTGGTCAAACAAGCAGCAAGTCTATTACTTGTTCAGTA
GATGAAGCAACAATCACTGATTGTTAAATCCTCGTTGAATACTACTTAACATTTCCTGTT
TGATTTATGTTGTTAATTTCCACAAATTGTCGTCACTAGTTCTATGTACATACATGAAAA
AGTTATTAAGTCATTTTCAGATTG

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL5810Contig1 645 2 1 U
GGGGCGTTTCTTCAGATCTGTATTTGGTTCCGGTGTACGGCTGGCGCGTGAGCGTGCGTG
ACGTCGCCGGAGCCCTCCTCCTCCTGTCAATTTGTGTGTTCCTTGCTATTCCTTGGAGTC
CATTCCCCTTCCGCCTTGTCTGAGCTCTGGTCCGTCATGGCTCCGTACGTCTTCTGCTCT
CGAAGCTAGTAGACATCGTTGATAGCTCTGCTTATTCTGGAGTCAAGACGCGGTAGTGTG
GGTGGTCTTTGTTTGGTGAAGTCGGTGTTTCAAGTTTTCAGTGGTAATTGATGTGCTTTT
TTAGATCTCTCTCTTGTGGTTCTGTTCTCGTGTTAGGGATGGTGGTATGTCTCTCCGGTC
CGGTGTTGCGGCAGGTCTGCTGCGTGACTTTGGAGGCGACGTGGGGTACTAGAGGACATG
TCTGTGGGTTGGTTATGGCTGTTCCTCTATGGTCCCCTCTCTTGGATTCAGATCTGAGTA
CCGTTTCCTTGTCATCCTCTTTGGTGGCTCGCCGTCTCTCCTCGGTTACCTCTGTTGGTC
AAAGAGGTTGAATTTCTGAGGCGTTCCTTTTGAATATTAGAGATTGTCTTCTTATTTTGG
TTACAGCAACGGTGAAAGCGGAAGTATGTTGATGGTGCTTTTGTG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3D901TF U 1
AF RR3D812TF U 1
BS 1 645 RR3D812TF

RD RR3D901TF 130 0 0
GGGGCGTTTCTTCAGATCTGTATTTGGTTCCGGTGTACGGCTGGCGCGTGAGCGTGCGTG
ACGTCGCCGGAGCCCTCCTCCTCCTGTCAATTTGTGTGTTCCTTGCTATTCCTTGGAGTC
CATTCCCCTT

QA 1 130 1 130
DS 

RD RR3D812TF 645 0 0
GGGGCGTTTCTTCAGATCTGTATTTGGTTCCGGTGTACGGCTGGCGCGTGAGCGTGCGTG
ACGTCGCCGGAGCCCTCCTCCTCCTGTCAATTTGTGTGTTCCTTGCTATTCCTTGGAGTC
CATTCCCCTTCCGCCTTGTCTGAGCTCTGGTCCGTCATGGCTCCGTACGTCTTCTGCTCT
CGAAGCTAGTAGACATCGTTGATAGCTCTGCTTATTCTGGAGTCAAGACGCGGTAGTGTG
GGTGGTCTTTGTTTGGTGAAGTCGGTGTTTCAAGTTTTCAGTGGTAATTGATGTGCTTTT
TTAGATCTCTCTCTTGTGGTTCTGTTCTCGTGTTAGGGATGGTGGTATGTCTCTCCGGTC
CGGTGTTGCGGCAGGTCTGCTGCGTGACTTTGGAGGCGACGTGGGGTACTAGAGGACATG
TCTGTGGGTTGGTTATGGCTGTTCCTCTATGGTCCCCTCTCTTGGATTCAGATCTGAGTA
CCGTTTCCTTGTCATCCTCTTTGGTGGCTCGCCGTCTCTCCTCGGTTACCTCTGTTGGTC
AAAGAGGTTGAATTTCTGAGGCGTTCCTTTTGAATATTAGAGATTGTCTTCTTATTTTGG
TTACAGCAACGGTGAAAGCGGAAGTATGTTGATGGTGCTTTTGTG

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DS 



AS 1 2

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ATGTTTACTGCTCATGTCATTGAAGTGAAAGAAGGAGAGGATATATTATCAAAGGTGGTG
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GCACTCTCGGGCCACTTCTCCAATTATGAGGTAAATGGTTCTATCAACAGAACTGGTAGT
TTGACTGTGGCTTTGGTTTGTCCCAGTGGCCAGATTTTAGGTGGCACAGTTGGTCAGTTA
GTAGCTGCAACACCAGTGCAGGTCACAGTGGGAAGCTTTGTTGATGAAGCAAAGAAAGTG
AAACAGAATCCTGAACCGGCTTCAGCACCAGCTAATATGTTGAACTTTGGATCGAACTCT
CAAGGACCATCAAGCGAGTCATTTGAAGAGAACGAAAGCGGTTCTCCTTCAATAATGCAG
CAACATGACAACAACAATAGTGGGATTTTTGGAAACTCAATGGCTCAACAACAGCAACTG
CGTCAGATGCAAATGTATAATCTTTGGCCTAGTAGTGGTCAATAAACAGAATTTGCCGCA
AATTTGTTTTTGGTTTTGATCTTTGTTTTTGTTCCTTTGAGAATGTTAAGCTTCAAGCTT
GAAGCTTCTTTTTTTTTTGGAGGTTTTAGAAATATAGGGAGATCTTAAGATTAGGGTTCT
TTCAGGTTTTTTTCTCCTTACTCATTGTAGTGGTGATTATTTAGTTTCTCGGTCAATTTT
CCGTGACTCTTTTTATTTAATTTTTGCCTTGATGGTCAATAAAAATTTCTCTTTTTCTTG
TTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3D420TF U 1
AF RR3CS36JQB C 530
BS 1 668 RR3D420TF
BS 669 1323 RR3CS36JQB

RD RR3D420TF 672 0 0
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AACTCTATCACTGGTGCAATGATTGAACCTAACTCAACATCCCAACCGATCCATCATCGT
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CTGGACGGAGATAGCGGCAGAGTAAATACAGAATCAGCTGATCCACCTGCTAAACGAGCA
AGAGGAAGACCTCCGGGCTCCATCAAGAAACAATTTGGTGCTTTAGGAACATCAGGAGGT
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GCTTTTACGAATCAAGGGCCAATAACAATTACTGTTCTCTCTGCAACTGGGGCAGTTTCT
ACAGCGACAATTTGTTATCCTAGTGGAATTAATAATTATAAGGGACGGTTCGAGATCGTT
GCACTCTC
ACGC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3CS36JQB 794 0 0
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TCGAGATCGTTGCACTCTCGGGCCACTTCTCCAATTATGAGGTAAATGGTTCTATCAACA
GAACTGGTAGTTTGACTGTGGCTTTGGTTTGTCCCAGTGGCCAGATTTTAGGTGGCACAG
TTGGTCAGTTAGTAGCTGCAACACCAGTGCAGGTCACAGTGGGAAGCTTTGTTGATGAAG
CAAAGAAAGTGAAACAGAATCCTGAACCGGCTTCAGCACCAGCTAATATGTTGAACTTTG
GATCGAACTCTCAAGGACCATCAAGCGAGTCATTTGAAGAGAACGAAAGCGGTTCTCCTT
CAATAATGCAGCAACATGACAACAACAATAGTGGGATTTTTGGAAACTCAATGGCTCAAC
AACAGCAACTGCGTCAGATGCAAATGTATAATCTTTGGCCTAGTAGTGGTCAATAAACAG
AATTTGCCGCAAATTTGTTTTTGGTTTTGATCTTTGTTTTTGTTCCTTTGAGAATGTTAA
GCTTCAAGCTTGAAGCTTCTTTTTTTTTTGGAGGTTTTAGAAATATAGGGAGATCTTAAG
ATTAGGGTTCTTTCAGGTTTTTTTCTCCTTACTCATTGTAGTGGTGATTATTTAGTTTCT
CGGTCAATTTTCCGTGACTCTTTTTATTTAATTTTTGCCTTGATGGTCAATAAAAATTTC
TCTTTTTCTTGTTT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL5812Contig1 722 2 3 U
AGTCCCAGTTACTACACTTCTCAATATGTTCACAGTGATCGTGTACCTGGAAGAATGACA
TAGCAATGACTACATCCGAGTCGTCTTTAAAATTCATTGGAAACACCGCCGTAATTTTCT
CCGGCTGTCTAAAGACGTAGAAAGGTTCACTTGGGTGATAAACAATCCTGATGGGCCAGT
TGTTGTTGTTGTTCATCGCTTGTGAATTATCTTGAAAATTCAATCGTTTTAGTATCTCTT
TTAATTGGCTACTTAGTATCAACGCTTGTATTTCAGAAATCTTTGTTATGATTTTAATAG
CTTCTTTGCCACGCGGAATATTATCAAGGTGAAGCTTAAGGGTCAACTGAAACCCTAATC
TTGGTGGATCAACAATATCTATCACACCAACTGCAATATTCTTAATCACCTCATAAGTGT
CACTTAAAATCTCATTTGACATCACTGTTCCCTGTGTCTCAAGCAACGTCGACGTCGATA
TATACACAATATTTGAATCCAGAACGGAGCACTTAATGTGATATTGAATCGAACCAAACT
CATAGAAATGTTGATCGATCTCGATAGGTTTTTCAGCACGGTATATCTTGAGGAGTGTTT
CTTTCAATGTTGGAGATGATCTTTCGAGATATGCCATTCTTGAAAGACCTCGGAAGAAAC
TTGAGGACAGAAGAATTAACAACTTTTTGTTGGTATTATGATATGTCTGTGATCTTATAC
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3FB15JQ U 108
AF RR3FB15TF C 1
BS 1 107 RR3FB15TF
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BS 238 722 RR3FB15TF

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TTTAGTATCT

QA 1 130 1 130
DS 

RD RR3FB15TF 722 0 0
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TAGCAATGACTACATCCGAGTCGTCTTTAAAATTCATTGGAAACACCGCCGTAATTTTCT
CCGGCTGTCTAAAGACGTAGAAAGGTTCACTTGGGTGATAAACAATCCTGATGGGCCAGT
TGTTGTTGTTGTTCATCGCTTGTGAATTATCTTGAAAATTCAATCGTTTTAGTATCTCTT
TTAATTGGCTACTTAGTATCAACGCTTGTATTTCAGAAATCTTTGTTATGATTTTAATAG
CTTCTTTGCCACGCGGAATATTATCAAGGTGAAGCTTAAGGGTCAACTGAAACCCTAATC
TTGGTGGATCAACAATATCTATCACACCAACTGCAATATTCTTAATCACCTCATAAGTGT
CACTTAAAATCTCATTTGACATCACTGTTCCCTGTGTCTCAAGCAACGTCGACGTCGATA
TATACACAATATTTGAATCCAGAACGGAGCACTTAATGTGATATTGAATCGAACCAAACT
CATAGAAATGTTGATCGATCTCGATAGGTTTTTCAGCACGGTATATCTTGAGGAGTGTTT
CTTTCAATGTTGGAGATGATCTTTCGAGATATGCCATTCTTGAAAGACCTCGGAAGAAAC
TTGAGGACAGAAGAATTAACAACTTTTTGTTGGTATTATGATATGTCTGTGATCTTATAC
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

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CGGCAAAGTTCTACAGAAGAAAGGCACTATCATCCTCCCTCCTCTCTCCCTCAAGCTTAA
GGTGATAAGAGCATATGCTGTTAACAAACCTTGGGCGTTAGGTTTTCTCATGGACATTTT
TGGGGCTTTGTTGATGCTCAGAGCTCTTTCACTTGCTCCTGTGTCTGTTGTTCAACCAGT
CTCTGGATGTGGACTCGCCATTCTTTCTGTCTTTTCTCATTTTTATCTCAAGGAAGTCAT
GAATGTTTTTGACTGGATTGGGATCACCGTCGCTGGCTGGCTCTTGTTGTTGCCTTCTTG
TTTGTACTACTAAATGCGTGGCTTCATATCTATAAACGCCAGCGCAGGGAGCAGGAGCTG
ATGGAATATGAAGTGGTAGAAGAAATCATATATGGCTTGGAATCTGGTGTTTTATTCGGG
ATGGCATCTGTATCAAAGATGGGTTTCGTATTCGTGGAGCAGGGGTTTTCTGCAATGTTC
ATTCCCATGTGCATCTCCATTAGTATATGCTGTAGCGGAACAGGATTTTTCTACCAGACT
CGGGGACTAAAACACGGTAGAGCAATTGTAGTATCCACTTGCGCCGCTGTGGCATCAATT
GTAACAGGTGTGGTTGCTGGAATGTTTGCTCTTGGTGAGAAATTGCCCACTTCACCATCT
GGTCGACTTTTACTTCTCTTGGGATGGTTACTTATAATGCTAGGTGTTGTATTACTGGTG
ACTTCATCACGACTTATCAGACATCTTCCAAGGTCGTTCCGGCGTTCCAGACAGACGAGT
GTAGAGAGAGGTTTCAACATGAGGCGGACAGCATCATCATCACACACGCCAAAGGATACA
AACCCAAGTGCGGTTATCCAAGCAGCAACATTGCACCATCTCTTATCATCCGCATCAAAA
GAGAAAGACTAAAGAAGACTTGCGGAAACACCAAAGAAATTTGTGACTAAAAAAGTGTCA
AGATTTTCAGAGTTTCATCTCATTGATACTTGCAGTTTGTGGGAACAGTTACAAGATCAG
AGCTTGTGATCAAATTAATGACATCTGAACTGGTGAAATATGAGTTCCCCTTGTTATCTT
GCCTATTGGGCTAACTGTGAGTTTGGGACATACACTACGATCGCATAACATACGTACAAA
GTGTTATTATCTTTTTCCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AI71TF U 1
AF RR3AI71JQ C 534
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BS 664 1221 RR3AI71JQ

RD RR3AI71TF 663 0 0
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GGTGATAAGAGCATATGCTGTTAACAAACCTTGGGCGTTAGGTTTTCTCATGGACATTTT
TGGGGCTTTGTTGATGCTCAGAGCTCTTTCACTTGCTCCTGTGTCTGTTGTTCAACCAGT
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GAATGTTTTTGACTGGATTGGGATCACCGTCGCTGGCTGGCTCTTGTTGTTGCCTTCTTG
TTTGTACTACTAAATGCGTGGCTTCATATCTATAAACGCCAGCGCAGGGAGCAGGAGCTG
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ATGGCATCTGTATCAAAGATGGGTTTCGTATTCGTGGAGCAGGGGTTTTCTGCAATGTTC
ATTCCCATGTGCATCTCCATTAGTATATGCTGTAGCGGAACAGGATTTTTCTACCAGACT
CGGGGACTAAAACACGGTAGAGCAATTGTAGTATCCACTTGCGCCGCTGTGGCATCAATT
GTA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3AI71JQ 688 0 0
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CCAGACTCGGGGACTAAAACACGGTAGAGCAATTGTAGTATCCACTTGCGCCGCTGTGGC
ATCAATTGTAACAGGTGTGGTTGCTGGAATGTTTGCTCTTGGTGAGAAATTGCCCACTTC
ACCATCTGGTCGACTTTTACTTCTCTTGGGATGGTTACTTATAATGCTAGGTGTTGTATT
ACTGGTGACTTCATCACGACTTATCAGACATCTTCCAAGGTCGTTCCGGCGTTCCAGACA
GACGAGTGTAGAGAGAGGTTTCAACATGAGGCGGACAGCATCATCATCACACACGCCAAA
GGATACAAACCCAAGTGCGGTTATCCAAGCAGCAACATTGCACCATCTCTTATCATCCGC
ATCAAAAGAGAAAGACTAAAGAAGACTTGCGGAAACACCAAAGAAATTTGTGACTAAAAA
AGTGTCAAGATTTTCAGAGTTTCATCTCATTGATACTTGCAGTTTGTGGGAACAGTTACA
AGATCAGAGCTTGTGATCAAATTAATGACATCTGAACTGGTGAAATATGAGTTCCCCTTG
TTATCTTGCCTATTGGGCTAACTGTGAGTTTGGGACATACACTACGATCGCATAACATAC
GTACAAAGTGTTATTATCTTTTTCCCCC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5815Contig1 818 2 3 U
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AGCTCATCACCTCCACAACACAAGACCGTCCCACCAAACGTCTCCGAGTAGACGCTGAGT
GCTCCCTAGGAATGTCTAAAGAAGAGATCAGTTTCATACAACTGCTGGAGGGCGAGTTGG
AGAAGTTCAACAACTTTTTCGTTGAGAAGGAGGAAGAGTACATCATCAGACTAAAGGAGT
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AGATTGTTGATTTCCATGGAGAGATGGTTTTCCTCGAGAACTACAGTGCCCTAAACTACA
CTGGATTGGTAAAGATACTGAAGAAGTATGACAAAAGAACTGGTGATTTCATGCGCTTAC
CTTACATCCAAAAAGTTTTCCAGCAACCCTTTTACACGACTGACTTGTTGTACAAGCTCA
TCAAAGAATCCGAGGCAATTCTTGATCGGTTCTTTCCAGCTACGCATGAATCTTGAGGAT
CCTACTGATGCAACAGAGTCTGAGAATATCCAAGCAGAGCTCTCAAAGCACAAGTTCATG
GAGAGCCTCCACATGAAAAGTACAATCGCTGCTTTGCGTGTGCTGCAAGAAATCAGGAGT
AAAAGCTTTACTGTGAGTGTCTTTTCGCTGCCGCCACTCCAGTTAAACGGGTTAGATGGG
ACATGGAAGAAGATTCCGTTGTTGGAGCAAGAAGCCAAATAGAGTGAGAGATGGATCCAC
TTAGAAGCTAACAGTTTATAAAACCAGTCACATTATCG


BQ
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AF RR3BA42TF U 496
AF RR3BA42JQ C 1
BS 1 495 RR3BA42JQ
BS 496 633 RR3BA42TF
BS 634 818 RR3BA42JQ

RD RR3BA42TF 138 0 0
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AAAAGTACAATCGCTGCT

QA 1 138 1 138
DS 

RD RR3BA42JQ 818 0 0
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AGCTCATCACCTCCACAACACAAGACCGTCCCACCAAACGTCTCCGAGTAGACGCTGAGT
GCTCCCTAGGAATGTCTAAAGAAGAGATCAGTTTCATACAACTGCTGGAGGGCGAGTTGG
AGAAGTTCAACAACTTTTTCGTTGAGAAGGAGGAAGAGTACATCATCAGACTAAAGGAGT
TGAGAGATAGGATTGTAAAAGCTAAAGACTCAAAGGAGAAGATGATGAGTATGAGGAAGG
AGATTGTTGATTTCCATGGAGAGATGGTTTTCCTCGAGAACTACAGTGCCCTAAACTACA
CTGGATTGGTAAAGATACTGAAGAAGTATGACAAAAGAACTGGTGATTTCATGCGCTTAC
CTTACATCCAAAAAGTTTTCCAGCAACCCTTTTACACGACTGACTTGTTGTACAAGCTCA
TCAAAGAATCCGAGGCAATTCTTGATCGGTTCTTTCCAGCTACGCATGAAT*TTGAGGAT
CCTACTGATGCAACAGAGTTTGAGAATATCCAAGCAGAGCTCTCAAAGCACAAGTTCATG
GAGAGCCTCCACATGAAAAGTACAATCGCTGCTTTGCGTGTGCTGCAAGAAATCAGGAGT
AAAAGCTTTACTGTGAGTGTCTTTTCGCTGCCGCCACTCCAGTTAAACGGGTTAGATGGG
ACATGGAAGAAGATTCCGTTGTTGGAGCAAGAAGCCAAATAGAGTGAGAGATGGATCCAC
TTAGAAGCTAACAGTTTATAAAACCAGTCACATTATCG

QA 1 818 1 818
DS 



AS 1 2

CO CL5816Contig1 1312 2 2 U
GGACACTTGAAAAAAGAAAAGAAAATGTTTACCGAGGAAAAGAAGAAAAACACCAACTAT
GGATCAATACTTGTCTACTGCTTCTTCTGTCTTGTTTTGGTTGTGGGAGTAGTAAGATTT
GCAAAACCTTATTACAACCTACAAAACCTAATGGAGACAGAAGCAGTAATGGAAGAAGGA
TTGTTGGACGTGGAGAAATCATGGATGCTTCCGTTAACTTCAGGAATCACCACAAGCTCT
CGACAACAGTAAGGGAAGAGACGAGAACTCGTCCTCCACTCTCCTACTTTGTGAAGTTCG
AATCTTTTGCCACTATGTCGAACCTGGTCAAAGGCAACGGTGACAAGTACGAGTCACGTC
CTTTCTCAGCTGGTGGATACAACTGGACGTTCCTAATCTACCCAAATGTGGACAAGCCAG
TGGGCTCGGGTGGATACGTTTCGCTTTACGTAAAAATCGATAACTCAAGCCTCATCACCA
CTCAAAATGAAGTCTATGCGTGGATCAAATTCCTCACCTACAAAAGCACTACAGACACGT
ACCATGAGCTCCATGCGACTGAGGCGCAGAGATTTCATTTGTTTAAACAACAGTATGGAA
TGCTAACCTTTCTTGAGATCGGGTATTACCAAAATCCGGTACATGGATTCATTTTCAATG
GCGAACAGTGTGTGTTTGGCGTTGACATTGTGGTTTCTAAACCATCTGCATGGGAAGATG
TCTCTTATGAACAAAACATTCGTGACCCTGTTCTCGATTGGACAATCACCGACTTCTCTA
TCCACGATCATGTTTCTTACACTTCTGATACGTTTTCTTCCGGAGGAAGAAACTGGGTAT
TGAAAGTTTATCCAAATGGAGTCGGGTCTGCAACGGGTAATTCCTTGTCACTCTACTTGT
TGAGTGCGTCAAACGAGAATGGTTACGTGAAAGCCAAGTTAAGAGTTATTGACCAGAAAG
GATCCAACAATGTGGAGAAACAAGTGGAGGGATGGCCAAATGCACAAGAAAATGGATGGG
GTGTCGACGGCCTTATACCTCTTGCAGATCTCGAAGACCCGGACAAAGGTTACCTCGTCA
ACAATATCATCAAATTTGAAGTCGAGATTGTGGCCTTCTCTAGAACCAAATCCATCTCTA
ACTAGGCATTACGATAATCCCAAAATTATCACTTGTACGTGTGTTGTTTTTCCTATAATA
ATCCAACGGGGATAGTTCCACGGGTGGCCAAGTGAATTACTATCACTATGGTTAACTGAG
TCACTATTCATGTTTCAGTGCAATAATAAAGAGTCCGAGTTTTTTGTGTGTC


BQ
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AF RR3EJ81TF U 1
AF RR3EJ81JQ C 612
BS 1 740 RR3EJ81TF
BS 741 1312 RR3EJ81JQ

RD RR3EJ81TF 740 0 0
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GGATCAATACTTGTCTACTGCTTCTTCTGTCTTGTTTTGGTTGTGGGAGTAGTAAGATTT
GCAAAACCTTATTACAACCTACAAAACCTAATGGAGACAGAAGCAGTAATGGAAGAAGGA
TTGTTGGACGTGGAGAAATCATGGATGCTTCCGTTAACTTCAGGAATCACCACAAGCTCT
CGACAACAGTAAGGGAAGAGACGAGAACTCGTCCTCCACTCTCCTACTTTGTGAAGTTCG
AATCTTTTGCCACTATGTCGAACCTGGTCAAAGGCAACGGTGACAAGTACGAGTCACGTC
CTTTCTCAGCTGGTGGATACAACTGGACGTTCCTAATCTACCCAAATGTGGACAAGCCAG
TGGGCTCGGGTGGATACGTTTCGCTTTACGTAAAAATCGATAACTCAAGCCTCATCACCA
CTCAAAATGAAGTCTATGCGTGGATCAAATTCCTCACCTACAAAAGCACTACAGACACGT
ACCATGAGCTCCATGCGACTGAGGCGCAGAGATTTCATTTGTTTAAACAACAGTATGGAA
TGCTAACCTTTCTTGAGATCGGGTATTACCAAAATCCGGTACATGGATTCATTTTCAATG
GCGAACAGTGTGTGTTTGGCGTTGACATTGTGGTTTCTAAACCATCTGCATGGGAAGATG
TCTCTTATGAACAAAACATT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3EJ81JQ 701 0 0
CTTGAGATCGGGTATTACCAAAATCCGGTACATGGATTCATTTTCAATGGCGAACAGTGT
GTGTTTGGCGTTGACATTGTGGTTTCTAAACCATCTGCATGGGAAGATGTCTCTTATGAA
CAAAACATTCGTGACCCTGTTCTCGATTGGACAATCACCGACTTCTCTATCCACGATCAT
GTTTCTTACACTTCTGATACGTTTTCTTCCGGAGGAAGAAACTGGGTATTGAAAGTTTAT
CCAAATGGAGTCGGGTCTGCAACGGGTAATTCCTTGTCACTCTACTTGTTGAGTGCGTCA
AACGAGAATGGTTACGTGAAAGCCAAGTTAAGAGTTATTGACCAGAAAGGATCCAACAAT
GTGGAGAAACAAGTGGAGGGATGGCCAAATGCACAAGAAAATGGATGGGGTGTCGACGGC
CTTATACCTCTTGCAGATCTCGAAGACCCGGACAAAGGTTACCTCGTCAACAATATCATC
AAATTTGAAGTCGAGATTGTGGCCTTCTCTAGAACCAAATCCATCTCTAACTAGGCATTA
CGATAATCCCAAAATTATCACTTGTACGTGTGTTGTTTTTCCTATAATAATCCAACGGGG
ATAGTTCCACGGGTGGCCAAGTGAATTACTATCACTATGGTTAACTGAGTCACTATTCAT
GTTTCAGTGCAATAATAAAGAGTCCGAGTTTTTTGTGTGTC

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

CO CL5817Contig1 1368 2 8 U
GCTTGCCTCCACAATAAACGATGGTCTTTACTACTTTGAGCAGGAGCTGAAAAAGAATCG
ACCTGGTCGTAAGAAGAACAATTCTCATTTAGATAGCAGAGATGGAAAAGTGAAAGGGGG
AGGATTGAACACTAAACCAGGCGAAAATTCCACAGCAAATGGAGGTGAAGAGCATAGCAT
TAGGAGGAAGCAAAACAAGGGAGCCCACAAAAATCAAATGGCCCATGTAAGGAGGTTCTT
CTCTGGCAACATAAAGAACCATGGGGCTACTTCAGAAAGTCCACCTAGTAGCTCCATTGG
ATTTTTCTTTGGTTCTACACCTCCAGACAGCCATGGCCACAGGCTTTCGAAACTGAGTTC
ATCACCACAGTACTCTCTTTCTGGCAGCAGTCCACCTGTGGGATCTTTACCAAAATCGTT
TCCACATTTTCAACATCCGAGCCACCAACTGCTTGAAGAGAATGGGTTTAAGCAAGAAAA
GTACTTGAAGTATCGCAAGCGGTGCTTAAACGAAAGAAAGAAGCTGGGAAGCGGATGCAG
TGAGGAAATGAATCATTTTTACCGATTCTGGTCGTATTTCCTCAGAGAAACGTTTGTTCC
GTCTATGTATGAAGATTTCCAGAAGTTTGCTCTTGAGGATGCAGCTGGCAATTACAACTA
CGGGTTGGAGTGTCTCTTTAGGTTTTATAGCTATGGTCTAGAGAAGCAATTCGATGAAGA
CCTTTACAAGGACTTTGAGCAGCTAACGGTTGACTTCTACCGCAAGGGAAATCTATATGG
CTTGGAGAAGTATTGGGCATTCCACCATTACCGAGGCCAAAAGGAACCGATAAAGAAGAA
CCCTGAGCTAGAGAAGCTACTGAAGGAAGAATACCGCAGCTTAGACGATTTCCGAGCGAA
GGATCCAATCACCAGCCAGAAAGTAAACAAGTCTCATTGATGACTTGAAGAGACAGAAGA
GTAGAGACATAGTAGGCTGCTGCTTACCAATAAGCAAATGATCCTTAAACCTTGACCTGA
AATTTTTGTGCATCTCTTCTTCTTGGGGAAGAGACCAACCAAGTGAAGCCATCATTCTGA
ATTTCAAGGATATTTGTCCTTGTTTGGTGTTTTCTTTTTTATTTTAAATATATTTTGGGT
GTGCAGGATCTCCGCAAGACAAACAGAGCTTTGACTGAAGAGGCGTGCGTTCATCTACAC
AAGGGTTTCGCCCTCTCCCCGACGTTTTAATCTCTTCTTTTTTTTTATACATAAATTTTC
TAATTACTAAATTTTGAGAAAATCACAAAAAAAGAGGTGGCTGTAGTCTCTGTAGAAACA
ATAAGGGATGTTTTGTTTTACTTGAGATAATTACTTAGACAATTACCC


BQ
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AF RR3DC09TF U 1
AF RR3DC09JQ C 603
BS 1 650 RR3DC09TF
BS 651 651 RR3DC09JQ
BS 652 681 RR3DC09TF
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BS 732 746 RR3DC09TF
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TAGGAGGAAGCAAAACAAGGGAGCCCACAAAAATCAAATGGCCCATGTAAGGAGGTTCTT
CTCTGGCAACATAAAGAACCATGGGGCTACTTCAGAAAGTCCACCTAGTAGCTCCATTGG
ATTTTTCTTTGGTTCTACACCTCCAGACAGCCATGGCCACAGGCTTTCGAAACTGAGTTC
ATCACCACAGTACTCTCTTTCTGGCAGCAGTCCACCTGTGGGATCTTTACCAAAATCGTT
TCCACATTTTCAACATCCGAGCCACCAACTGCTTGAAGAGAATGGGTTTAAGCAAGAAAA
GTACTTGAAGTATCGCAAGCGGTGCTTAAACGAAAGAAAGAAGCTGGGAAGCGGATGCAG
TGAGGAAATGAATCATTTTTACCGATTCTGGTCGTATTTCCTCAGAGAAACGTTTGTTCC
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CGGGTTGGAGTGTCTCTTTAG*TTTTATAGCTATGGTCTAGAGAAGCAATTCGATGAAGA
CCTTTACAAG*ACTTTGAGCAGCTAA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3DC09JQ 766 0 0
CTATGTATGAAGATTTCCAGAAGTTTGCTCTTGAGGATGCAGCTGGCAATTACAACTACG
GGTTGGAGTGTCTCTTTAGGTTTTATAGCTATGGTCTAGAGAAGCAATTCGATGAAGACC
TTTACAAGGACTTTGAGCAGCTAACGGTTGACTTCTACCGCAAGGGAAATCTATATGGCT
TGGAGAAGTATTGGGCATTCCACCATTACCGAGGCCAAAAGGAACCGATAAAGAAGAACC
CTGAGCTAGAGAAGCTACTGAAGGAAGAATACCGCAGCTTAGACGATTTCCGAGCGAAGG
ATCCAATCACCAGCCAGAAAGTAAACAAGTCTCATTGATGACTTGAAGAGACAGAAGAGT
AGAGACATAGTAGGCTGCTGCTTACCAATAAGCAAATGATCCTTAAACCTTGACCTGAAA
TTTTTGTGCATCTCTTCTTCTTGGGGAAGAGACCAACCAAGTGAAGCCATCATTCTGAAT
TTCAAGGATATTTGTCCTTGTTTGGTGTTTTCTTTTTTATTTTAAATATATTTTGGGTGT
GCAGGATCTCCGCAAGACAAACAGAGCTTTGACTGAAGAGGCGTGCGTTCATCTACACAA
GGGTTTCGCCCTCTCCCCGACGTTTTAATCTCTTCTTTTTTTTTATACATAAATTTTCTA
ATTACTAAATTTTGAGAAAATCACAAAAAAAGAGGTGGCTGTAGTCTCTGTAGAAACAAT
AAGGGATGTTTTGTTTTACTTGAGATAATTACTTAGACAATTACCC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL5818Contig1 1140 2 2 U
GAGAGAAGTAAGAGTGTAAGAGAGAAGGAGACTAAGCAACCCTCAAACTTCTTTGCCAAA
CACTTAAAGAGGATATATCCGATCACGCTTCAACGTAGTACTTCTTCTTCTTTCTCACTC
TCTTCTATATCTCTATCACTCTCTCAAAACTCGACCGATTCCTCTGCCACGGATTCCACT
TCCACGTTAGAGCAAAGGATCTCTCTAGCACTAGGTTTAATCTCATCTCCTCGTAGAAGA
GAAACATTTGTTCCTAAAACAAATATTCCGCGACAACAACAAGAACAACGTCTATATGAG
GATTTAAAAAGTGATGAACCAAAGAGGTGTAATTGGATCACCAAGAAAAGTGATGAAGTC
TACGTAACGTTTCATGATCAGCACTGGGGAGTCCCTGTCTATGATGATAACTTGCTTTTT
GAGTTCCTTGCCATGTCGGGAATGTTAATGGACTATAATTGGACTGAGATTCTAAAACGC
AAAGAACTCTTTAGAGAATCATTCAGTGAGTTTGACCCAAATATGGTGGCCAAAATGGGA
GAGAAAGAGATCACAGAGATTGCATCAAACAAAGCAATAATGCTACAAGAGAGTCGAGTT
AGGTGTATAGTTGACAATGCCAAATGCATAATCAAGGTGGTTAAGGAGTTCGGATCATTC
AGCAGCTACATGTGGGGGTTTATGGATTACAAACCGATCATTAATAGGTTCAAGTATTCA
AGAAATGTACCACTGAGATCTCCCAAGGCTGAAATAATTAGCAAAGATATGATCAAACGA
GGGTTTCGATTCGTCGGTCCAGTTATCGTACATTCTTTCATGCAAGCGGCAGGGTTAACA
ATTGATCACCTCGTTGATTGTTTCAGACATGGTGATTGTGTGAGCCTCGCTGAGAGGCCA
TGGAGGCACATATGATGTTCACTTTTTGGGTTAAAACATATTTTCGAGCTTTTGACTTTT
CTTTGGTTTAATAAAATATTTGAAATCAAACTGCTTGTTATTTCTTTTTCTGATCAACCT
GCTTGTTATTTCTATAAGTTTTCTTTTGGGTTTTTTTGATCAATTCTCAAACTTATATAG
TTTCTGGTTCTGTTTGGATTTGATTCTTATATCGAAATGTATGGATCTGACTATTTCAAC


BQ
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AF RR3A349TF U 1
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CACTTAAAGAGGATATATCCGATCACGCTTCAACGTAGTACTTCTTCTTCTTTCTCACTC
TCTTCTATATCTCTATCACTCTCTCAAAACTCGACCGATTCCTCTGCCACGGATTCCACT
TCCACGTTAGAGCAAAGGATCTCTCTAGCACTAGGTTTAATCTCATCTCCTCGTAGAAGA
GAAACATTTGTTCCTAAAACAAATATTCCGCGACAACAACAAGAACAACGTCTATATGAG
GATTTAAAAAGTGATGAACCAAAGAGGTGTAATTGGATCACCAAGAAAAGTGATGAAGTC
TACGTAACGTTTCATGATCAGCACTGGGGAGTCCCTGTCTATGATGATAACTTGCTTTTT
GAGTTCCTTGCCATGTCGGGAATGTTAATGGACTATAATTGGACTGAGATTCTAAAACGC
AAAGAACTCTTTAGAGAATCATTCAGTGAGTTTGACCCAAATATGGTGGCCAAAATGGGA
GAGAAAGAGATCACAGAGATTGCATCAAACAAAGCAATAATGCTACAAGAGAGTCGAG

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GAGAGTCGAGTTAGGTGTATAGTTGACAATGCCAAATGCATAATCAAGGTGGTTAAGGAG
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TTCAAGTATTCAAGAAATGTACCACTGAGATCTCCCAAGGCTGAAATAATTAGCAAAGAT
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GCAGGGTTAACAATTGATCACCTCGTTGATTGTTTCAGACATGGTGATTGTGTGAGCCTC
GCTGAGAGGCCATGGAGGCACATATGATGTTCACTTTTTGGGTTAAAACATATTTTCGAG
CTTTTGACTTTTCTTTGGTTTAATAAAATATTTGAAATCAAACTGCTTGTTATTTCTTTT
TCTGATCAACCTGCTTGTTATTTCTATAAGTTTTCTTTTGGGTTTTTTTGATCAATTCTC
AAACTTATATAGTTTCTGGTTCTGTTTGGATTTGATTCTTATATCGAAATGTATGGATCT
GACTATTTCAAC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

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TCCTGGTATATTTTGGTTGACCAATGAAGCGAACCAAGTATGGTTTCAAGCTTCTTTATT
GTTTCCATGGTGTCTTGTACCACAAGGTACCCTCCTGGTCTCAACACCCTGTCAATCTCA
GCCACCACTTGTACAGTCTCACACCTTTGTGTGACATCTCCCAAGTAAAAACTGGAATGC
AACAGATCGTATGTTCTAGGGTAAGTGTTCAAGGACTCACACCAGTCGTGGTAAACTCCG
ATCAAGCCACGATCAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C809JQ U 32
AF RR3FB53JQ U 1
BS 1 439 RR3FB53JQ

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TTTTTCTTTTTGATTCTTTTTATTGACTGACTAATCATAGCTCAGG

QA 1 106 1 106
DS 

RD RR3FB53JQ 439 0 0
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ATCTGGATAGTATACAAAATAAAAATTACTTTTTTACTTTTTGATTCTTTTTATTGACTG
ACTAATCATAGCTCAGGTTTAATGGGACGCCAAAATCCCTTCCGACCAACCAAAAATCGA
TCCTGGTATATTTTGGTTGACCAATGAAGCGAACCAAGTATGGTTTCAAGCTTCTTTATT
GTTTCCATGGTGTCTTGTACCACAAGGTACCCTCCTGGTCTCAACACCCTGTCAATCTCA
GCCACCACTTGTACAGTCTCACACCTTTGTGTGACATCTCCCAAGTAAAAACTGGAATGC
AACAGATCGTATGTTCTAGGGTAAGTGTTCAAGGACTCACACCAGTCGTGGTAAACTCCG
ATCAAGCCACGATCAAAAA

QA 1 439 1 439
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CCATACACCACGAGGCTCTTCTTGCTGCCGATGTGGCCATGGACGTTCATGGTAACGTTG
GGCATGCGGCTTTGTCAAAACCATTTATTTACAGCTTCTATACCCTCAGGAACAATCTTT
GCCAGTTTTGGGCCGTTCCAAGACTTGGCTTCCACTACTTCTTACCGTTTACTAAGCAAG
GCATTAATAACCTTATCGAAGATGCGATTCTGAGAGCTGATAAGCTTGGTGTTAGAGTTA
TAAGCTTGGCTGCTCTAAACAAGAACGAAGCTTTAAATGGTGGTGGGACGTTGTTTGTTG
ACAAGCACCCTGACCTTAGAGTACGTGTGGTACACGGCAACACGCTAACCGCAGCAGTGA
TTCTCATGTTGACGTTATCTACGGAAAGGTTCCAAAAGATTTAGAAAGAAGCTCCTGATG
AGTTCCAGAACTACCTCGTTCAAGTGACCAAATACAACGCTGCTCAACACTGCAAGACTT
GGATTGTTGGGAAATGGTTAACGCCGAGGGAGCAGAGCTGGGCTCCAGCAGGAACGCATT
TCCACCAGTTTGTGGTGCCACCAATCCTCAAGTTTAGAAGGAACTGTACTTACGGTGATT
TAGCAGCGATGAGGCTCCCCAAAGATGTTCAAGGAGTAGGAACCTGGGAGTACACGATGG
AGAGAGGGGTGGTCCATGCGTGCCATGCTGGAGGATTGGTTCATATGCTGGAGGGTTGGG
AGCATCATGAGGTTGGAGCAATTGATGTTGACCGTATTGATATAGTGTGGGAAGCAGCCA
TGAGACACGGCCTTAGTTCTGTTTCTTCACCCAGTGATTGAGTGTGAGAGAACCATTTAA
TTGTTGTCTTTGATCCTTCCAAGATTTGGCCATTCTTTGTGCAGGTGAAAGATGCAAGAA
TTAGAATTTCACCTTATGTTATTGTTTCACCTTTCTATATTAAAGATGTATTCCACTTTA
GTTTTCCTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY37TF U 1
AF RR3EY37JQ C 523
BS 1 587 RR3EY37TF
BS 588 1029 RR3EY37JQ

RD RR3EY37TF 587 0 0
GGGGTAGATGTAATGTCGGCGATGCATGCACCATTCGTGTTCAGATCGTTCGCTTCAATG
CCATACACCACGAGGCTCTTCTTGCTGCCGATGTGGCCATGGACGTTCATGGTAACGTTG
GGCATGCGGCTTTGTCAAAACCATTTATTTACAGCTTCTATACCCTCAGGAACAATCTTT
GCCAGTTTTGGGCCGTTCCAAGACTTGGCTTCCACTACTTCTTACCGTTTACTAAGCAAG
GCATTAATAACCTTATCGAAGATGCGATTCTGAGAGCTGATAAGCTTGGTGTTAGAGTTA
TAAGCTTGGCTGCTCTAAACAAGAACGAAGCTTTAAATGGTGGTGGGACGTTGTTTGTTG
ACAAGCACCCTGACCTTAGAGTACGTGTGGTACACGGCAACACGCTAACCGCAGCAGTGA
TTCTCATGTTGACGTTATCTACGGAAAGGTTCCAAAAGATTTAGAAAGAAGCTCCTGATG
AGTTCCAGAACTACCTCGTTCAAGTGACCAAATACAACGCTGCTCAACACTGCAAGACTT
GGATTGTTGGGAAATGGTTAACGCCGAGGGAGCAGAGCTGGGCTCCA

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3EY37JQ 507 0 0
CTCAACACTGCAAGACTTGGATTGTTGGGAAATGGTTAACGCCGAGGGAGCAGAGCTGGG
CTCCAGCAGGAACGCATTTCCACCAGTTTGTGGTGCCACCAATCCTCAAGTTTAGAAGGA
ACTGTACTTACGGTGATTTAGCAGCGATGAGGCTCCCCAAAGATGTTCAAGGAGTAGGAA
CCTGGGAGTACACGATGGAGAGAGGGGTGGTCCATGCGTGCCATGCTGGAGGATTGGTTC
ATATGCTGGAGGGTTGGGAGCATCATGAGGTTGGAGCAATTGATGTTGACCGTATTGATA
TAGTGTGGGAAGCAGCCATGAGACACGGCCTTAGTTCTGTTTCTTCACCCAGTGATTGAG
TGTGAGAGAACCATTTAATTGTTGTCTTTGATCCTTCCAAGATTTGGCCATTCTTTGTGC
AGGTGAAAGATGCAAGAATTAGAATTTCACCTTATGTTATTGTTTCACCTTTCTATATTA
AAGATGTATTCCACTTTAGTTTTCCTT

QA 1 507 1 507
DS 



AS 1 2

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TATATAAAACAAAGAAAAAAGATAATTCAAAAATAACCATTTAACCGAGCCTAACAATAA
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BQ
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AF RR3D555TF U 1
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BS 1 317 RR3D555TF
BS 318 415 RR3D555JQ

RD RR3D555TF 317 0 0
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TATATAAAACAAAGAAAAAAGATAATTCAAAAATAACCATTTAACCGAGCCTAACAATAA
CTTACAAAGAAATAGTAACTTACTAAAAAAAATAAATAAAAAGAATCAATGCAAATTGGT
CAAAAATAAAAAAATAATGAACAATAAAAAATACAATGAATTTACACAGCTATAAGACAA
AAAAGCATGCTATCAAAAAAAAAATCAAAGACGCAAAAGGTATGCCCGAAAGAAGAGGAC
CACAAAATCAAAAGCTT

QA 1 317 1 317
DS 

RD RR3D555JQ 168 0 0
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TCAAAAGCTTAAAGAAAGGAAAAAAAAACAAAAGGGAACAAAAAAAATAAAAAGGCCGAA
AAGAAAAGACGAACGAAATCCAACAGCCAAGAGGGGAAGGAAATGAGG

QA 1 168 1 168
DS 



AS 1 2

CO CL5823Contig1 1310 2 2 U
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ACAGCTTGATCCTGGCCAACTCATGACACATGACGTGAAACGTTTCCCTTTAAACCTCAG
ATTCTTCTACTTCGTCCAGCTCTCAAAGGTTCTGACTTTAGAAGTCAGAAAGCTCCAACC
TTTAAGCCATATGATGTAATAAAACGCACAGAGAAACGTGTTTCCGACCGGCTTGAGGAC
TCTTGACTCTTTTTTTTTTTTTTGTCAGATGAACCAAGCTTGTTCTTGTTCTTCTTGACT
CATGTCGTCAGTTTCACAAATCTGCAACCAAATCGCAGAAAGTCTCCTCCTTTCTTTTGA
CTTCAGAAACCAAACCCATGAAAGACACCGAAGCTGACTTGATAAGTTGAACGGAAGCTC
TAGAAGATGGAAAAACACCCATGAACCGACTGAAGCTCTGATACCATGAGAACATTTATG
AAACTAGATAGATTTGTCTTAAAGACATTATTAAACTTGAAATGAAATAGCTTGTTAAAG
CTTTATTGAGTGCAAGAAAATAAAGAGAAAGGAAAGCTTTAGACTTGTCTTCAAGAACAC
AAAGGTTATATTAATATCATAAAAGTTTTGAGAGAGTGGCTGCAACAATGGCAGCCTTGG
TTACAGACCTTAAGCATATAGCAACATATATATAGTTCTAAGAAACCTAGTTACAAGAGC
TTAGATAATGGGCTTGTAGTCTTTACTTGGGCCTTGCTAATACTCCCCCGCAAACTGAGC
ATCGGGTGCATGCCAAGAGGCTGAGTTTGAATGAAAAATGGAGATGGCATGGAGTGAGCA
TAAGTAGATGAAGTAGGATGCTTGTGAAGTAGGCAAATGGCTGGACAGAAGCAAGAGTTG
TTGAAAATGGTTGAGATGGAGGCAGATTGTTGAATTCACCATGGAAAACAAAATTAGTGT
GAGATCTATTCAGGTCTGTACATGGAGAGTATTGCGTGACTCACTCAGAGGTATTCTCTT
GATACTTGGTGAGTTTAGTCAATCTCTCTCAGAAGTACTTATGACCTATTTGTCTCACTA
AGAATATGGGTTTCTTTTACCCTTTCATTCTCCTAAACTGTCTCATGAAGAATAACTCTC
TTTCCATACATACTAAACACTCCTATCCACTCTCTGATTCCTCTCCAGTAGCCAAGCCAA
CTATAACTGCAGTGCTACAATCTGCATCTTCTTTTTGGCATTTAACCAAACACCTTGTAT
GCACTCAGCAAAACCATGAAACATTGCAGCCAAACTCCCATCGTTATCAA


BQ
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AF RR3D650TF C 1
AF RR3D650JQ U 592
BS 1 591 RR3D650TF
BS 592 1310 RR3D650JQ

RD RR3D650TF 664 0 0
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ACAGCTTGATCCTGGCCAACTCATGACACATGACGTGAAACGTTTCCCTTTAAACCTCAG
ATTCTTCTACTTCGTCCAGCTCTCAAAGGTTCTGACTTTAGAAGTCAGAAAGCTCCAACC
TTTAAGCCATATGATGTAATAAAACGCACAGAGAAACGTGTTTCCGACCGGCTTGAGGAC
TCTTGACTCTTTTTTTTTTTTTTGTCAGATGAACCAAGCTTGTTCTTGTTCTTCTTGACT
CATGTCGTCAGTTTCACAAATCTGCAACCAAATCGCAGAAAGTCTCCTCCTTTCTTTTGA
CTTCAGAAACCAAACCCATGAAAGACACCGAAGCTGACTTGATAAGTTGAACGGAAGCTC
TAGAAGATGGAAAAACACCCATGAACCGACTGAAGCTCTGATACCATGAGAACATTTATG
AAACTAGATAGATTTGTCTTAAAGACATTATTAAACTTGAAATGAAATAGCTTGTTAAAG
CTTTATTGAGTGCAAGAAAATAAAGAGAAAGGAAAGCTTTAGACTTGTCTTCAAGAACAC
AAAGGTTATATTAATATCATAAAAGTTTTGAGAGAGTGGCTGCAACAATGGCAGCCTTGG
TT
CC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3D650JQ 719 0 0
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CAGCCTTGGTTACAGACCTTAAGCATATAGCAACATATATATAGTTCTAAGAAACCTAGT
TACAAGAGCTTAGATAATGGGCTTGTAGTCTTTACTTGGGCCTTGCTAATACTCCCCCGC
AAACTGAGCATCGGGTGCATGCCAAGAGGCTGAGTTTGAATGAAAAATGGAGATGGCATG
GAGTGAGCATAAGTAGATGAAGTAGGATGCTTGTGAAGTAGGCAAATGGCTGGACAGAAG
CAAGAGTTGTTGAAAATGGTTGAGATGGAGGCAGATTGTTGAATTCACCATGGAAAACAA
AATTAGTGTGAGATCTATTCAGGTCTGTACATGGAGAGTATTGCGTGACTCACTCAGAGG
TATTCTCTTGATACTTGGTGAGTTTAGTCAATCTCTCTCAGAAGTACTTATGACCTATTT
GTCTCACTAAGAATATGGGTTTCTTTTACCCTTTCATTCTCCTAAACTGTCTCATGAAGA
ATAACTCTCTTTCCATACATACTAAACACTCCTATCCACTCTCTGATTCCTCTCCAGTAG
CCAAGCCAACTATAACTGCAGTGCTACAATCTGCATCTTCTTTTTGGCATTTAACCAAAC
ACCTTGTATGCACTCAGCAAAACCATGAAACATTGCAGCCAAACTCCCATCGTTATCAA

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL5824Contig1 1029 2 2 U
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AGAGAAGCTGCAACACTTGTGTAAAACCACAACTGTGAAGACACGCTACACGGTCATGTC
CAGCGAGACGATGCAAAAATACCCTGAGCTAGCAACGGAGGGCTCCCCAACCTTCAAACA
GAGGCTTGAGATCGCAAACGAGGCGGTTGTGCAGATGGCATATGAAGCGAGCTTGGCTTG
CATCAAGGAATGGGGAAGGACAGTGGAAGATATCACTCATCTCGTCTATGTTTCATCCAG
TGAGTTCCGTTTGCCCGGGGGTGACCTTTACCTCTCGGCACAACTGGGCCTTAGCAACGA
GGTGCAGAGGGTGTTGTTTTATTTTCTGGGATGCTACGGAGGTGTGAGTGGGATGCGCGT
GGCCAAGGACATTGCTGAGAACAACCCAGGGAGCCGGGTGCTGCTCACCACCTCTGAGAC
TATGGTTCTATTGTTCCGTCCTCCTTACCACATTACACCCTCAAGATCTCCAACGGTGGA
AGGTTAAACTACTTTGTCAACAATGTCAAGATCATAAGCCGCAATATTTGTACCCTAAAT
ACTATCAAGTGCCATGGCATCGACGGTGTATTACCATCCCCAAGTGCTATCAACGATGAT
TCTCCTCGGGGCTCACCTTTCATTTCTTGCCCTAGCAGTGAACACGATAGTCCTCATCAT
AACAATAGTGATCACAATAGTTCTCGTCCTGATGATCATACTCATGAGACTCATCATGTT
GCTCATCCTCCGACCATTAGCAGTCCGAGTCTTGTGCCAAAATCAGATTCTTCTACGATT
GGTGAGGGGTATACGTCAGGTTTTATCGTCCTTCTCGGATTACTATCGTGCGTGATGGGC
ATAGGAATGACCATGTAAAGTTTAACTCCGCGGACAGCACGGATAACACCTACTAATGTG
TAATAATAGTATTCACTTGTTATAGTTTTTATACATATGTGTAACAACAAGAAAATATGA
TCTTTTTAT


BQ
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GAGTCTTGTGCCAAAATCAGATTCTTCTACGATTGGTGAGGGGTATACGTCAGGTTTTAT
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TCCGCGGACAGCACGGATAACACCTACTAATGTGTAATAATAGTATTCACTTGTTATAGT
TTTTATACATATGTGTAACAACAAGAAAATATGATCTTTTTAT

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TCCATTTGTTTTACGTATTTGTTTGCGTCTCATCAGATTCTGTGAGGCTCTCTCTCTCTC
TCTCTGATCATCTCTCTACCCCCTATATGATTGTCCATTGTAATCGGTTTCTCTTTGATG
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TTATTGTGATCACATCTAGAGCTTGCATAGTATGAACACCTTCAAAACTCCTCAAATAAG
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GGAGTTACCACTGTACCAGTTTGTATTAGGTTCACCGAGCAAACAAGTTTTATTTAGACA
GCATCAATGGTCTGCCATATTCCAACGGAGATGTTCCGGTTCCGTAATTATGACAGCTGA
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TGACTAAACACAGAGCACATAACGTCTAATGGTTCAGAGGGAAACAATCGTGTGTCTGAG
TGTATTTGACGTCGTAGGCAACCTCCCCAATAACAAATTAGTTGCCTCTGGTGTGGAGCC
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GACTCACCCCAACTTTCATACAATTTTCAAAATTAGAGCATTTTACGTACTGTCATTGTA
TACACTACACAGTCAGTGAAGTTATTATACACCAATAACGTGATACTCTTTAACATTGCA
TCGCCATGTGATCATCAATTACTGTATGTGTTATTATATCATTAGCAGAAGCTCTCTTTT
ACG


BQ
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BS 530 1203 RR3G036JQ

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TCAATCCTCTGAATTCGTTGGGAGATGTTTTCGAATTCTCTTTTGTTTGTTGATTTTTAT
TCCATTTGTTTTACGTATTTGTTTGCGTCTCATCAGATTCTGTGAGGCTCTCTCTCTCTC
TCTCTGATCATCTCTCTACCCCCTATATGATTGTCCATTGTAATCGGTTTCTCTTTGATG
TTTTTCTTTGAACTTTGCTCTTTAATTGCATCTGACTTGAGCTTTCTGATATCTGGAACA
AGCTTTGTGTAATTTTATATTAGACATGTATTTGTTTTCTTATCCGAAAGAAACACGAAA
AGGTATGGAAGCATAACATAAATTTATAATTTGCATATGCATCTACATTTTATCTCTTCT
CATTCTCTATGGTATTAGTTGATGAGAAGGTACTTGCTATTTCAATTGAAGCTTCAACCT
TTATTGTGATCACATCTAGAGCTTGCATAGTATGAACACCTTCAAAACTCCTCAAATAAG
GAGCACTTATGAGCACAGTGGCTTCAAAGTTACTAGGAGCAATCAAAAC

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR3G036JQ 738 0 0
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AAACTTCACACTGTCGGAGTTACCACTGTACCAGTTTGTATTAGGTTCACCGAGCAAACA
AGTTTTATTTAGACAGCATCAATGGTCTGCCATATTCCAACGGAGATGTTCCGGTTCCGT
AATTATGACAGCTGATGCTACTGGCCGACACTAACACATAAGTACCAGTTAAAGTTAGGG
GCATAAAGACAACTTTGACTAAACACAGAGCACATAACGTCTAATGGTTCAGAGGGAAAC
AATCGTGTGTCTGAGTGTATTTGACGTCGTAGGCAACCTCCCCAATAACAAATTAGTTGC
CTCTGGTGTGGAGCCAAAGGTCATTCTCGCCACAAACATCAATCGCAAATTGGTTGGAGA
AAATGTGACAGCTTTGTGGGATCTTCCTAAACTCCCACAAAATATGGTGGAATTCAGAAG
CTACTGTCTGGTACCGTCTAAGGCTCTAAGCGTTTGATGCATGTCTCGCATTTTGAGCCA
CCTGTACAGATTCTAGACTCACCCCAACTTTCATACAATTTTCAAAATTAGAGCATTTTA
CGTACTGTCATTGTATACACTACACAGTCAGTGAAGTTATTATACACCAATAACGTGATA
CTCTTTAACATTGCATCGCCATGTGATCATCAATTACTGTATGTGTTATTATATCATTAG
CAGAAGCTCTCTTTTACG

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL5829Contig1 928 2 2 U
GAGAACGACAGAAAATTCATTGCTTGAATACGCTATTCTCCAAGCTGCAAATTAACCAAT
CGATCATTTTCTGCAATTCTGTGAACCGTGTGGAGCTCTTAGCTAAGAAAATTACAGAAC
TTGGGTATTCGTGCTTCTACATCCATGCAAAGATGCTTCAAGACCACCGAAACAGAGTGT
TCCATGACTTCCGCAATGGTGCATGCCGCAATCTTGTGTGTACTGACCTGTTCACACGTG
GTATTGACATTCAAGCAGTCAATGTGGTGATAAACTTTGATTTCCCGAAGACTGCAGAAA
CTTATCTACATAGGGTTGGTCGATCAGGAAGGTTTGGCCATCTTGGTTTAGCTGTGAATC
TCATCACCTATGAGGACCGCTTTAACCTTTACCGGATTGAGCAAGAGCTTGGAACGGAGA
TCAAGCAAATTCCTCCGCATATCGATCAGGCAATTTATTGCCAATAACCAAGGGTTTGAC
CCCCCTTGGTCTGCTGTTAGGTGTCTCAGTAATAAGTGGTTGGTTGAAGCAATGGGTAGA
AAGTTGTCTTATCTAGCCATGGCAGGACAGCGAGAACCCAAAAAGTCTTCTCATTCTGCC
TCTACCACCAAAATAATATTATGTGTGCGTCTTTTGAGTTTCCCTTATTTATAAGGTTCA
ACTACATATAGACAAGGCCTAGAAGGTTTGAAATTCCGGGTAGTTGTGGAAGTGAAGTTT
TTTTAATGTAGTTTTCACAAATCGTTTGATGCTATTACGTGTCTTTTTTTGTCGTAGACT
GGTCAGTGGTTTAAATGTTGTGATGCGTTTTCAAGAAGCTGTGCTTTGGTGACTCTTTAG
TGTCCTGTTTTGGGCTTTTCAACTTCAAATATTAAGTCTTTGCAACCTTAAGATGTTACG
TTTCATGTTTGATTCGAGCATTGTTTCT


BQ
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AF RR3C901TF U 1
AF RR3C901JQ C 242
BS 1 306 RR3C901TF
BS 307 928 RR3C901JQ

RD RR3C901TF 306 0 0
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CGATCATTTTCTGCAATTCTGTGAACCGTGTGGAGCTCTTAGCTAAGAAAATTACAGAAC
TTGGGTATTCGTGCTTCTACATCCATGCAAAGATGCTTCAAGACCACCGAAACAGAGTGT
TCCATGACTTCCGCAATGGTGCATGCCGCAATCTTGTGTGTACTGACCTGTTCACACGTG
GTATTGACATTCAAGCAGTCAATGTGGTGATAAACTTTGATTTCCCGAAGACTGCAGAAA
CTTATC

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR3C901JQ 687 0 0
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TTATCTACATAGGGTTGGTCGATCAGGAAGGTTTGGCCATCTTGGTTTAGCTGTGAATCT
CATCACCTATGAGGACCGCTTTAACCTTTACCGGATTGAGCAAGAGCTTGGAACGGAGAT
CAAGCAAATTCCTCCGCATATCGATCAGGCAATTTATTGCCAATAACCAAGGGTTTGACC
CCCCTTGGTCTGCTGTTAGGTGTCTCAGTAATAAGTGGTTGGTTGAAGCAATGGGTAGAA
AGTTGTCTTATCTAGCCATGGCAGGACAGCGAGAACCCAAAAAGTCTTCTCATTCTGCCT
CTACCACCAAAATAATATTATGTGTGCGTCTTTTGAGTTTCCCTTATTTATAAGGTTCAA
CTACATATAGACAAGGCCTAGAAGGTTTGAAATTCCGGGTAGTTGTGGAAGTGAAGTTTT
TTTAATGTAGTTTTCACAAATCGTTTGATGCTATTACGTGTCTTTTTTTGTCGTAGACTG
GTCAGTGGTTTAAATGTTGTGATGCGTTTTCAAGAAGCTGTGCTTTGGTGACTCTTTAGT
GTCCTGTTTTGGGCTTTTCAACTTCAAATATTAAGTCTTTGCAACCTTAAGATGTTACGT
TTCATGTTTGATTCGAGCATTGTTTCT

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL5830Contig1 1428 2 4 U
GGGAAACCAGCGATCAAAATTGATCGGCATCTACTGAATCAGTGCTCAGGCGACAACAAT
GCAAGGAGGATCGTCGGGAATTGGATACGGCTTGAAGTATCAGGCGAGATGTATATCGGA
TGTGAAAGCAGATACGGATTACACCAGCTTCCTCACTGGAACCCTAAGTTTGAAAGAAGA
AAACGAGGTGAATCCCACCATGGCTTCTTCTATTTGATACTGAGTGAGAGTTTGTTAATT
TCTAACATTTTGTGAGCTAAGGTTCATCTGCTACGTCTGTCATCTGGTGGATCAGAGCTG
ATATGCGAGGGTTTGTTCTCTCATCCTAATGAGATTTGGGACCTTGCTTCTTGCCCTTTC
GATCAACGCATTTTCTCCACTGTCTTTTCCACCGGTGAATCATTTGGAGCAGCGATTTGG
CAGATTCCTGAGTTGTATGGTCAACTGAATTCTCCACAGCTTGAGCGTGTTGCGTCTCTT
GATGCACATGTTGGTAAGATTAATTGTGTTCTTTGGTGGCCTTCTGGAAGATGTGACAAG
TTAATCAGCATGGATGAACAAAACATTTTCTTGTGGAGCTTGGACTCTTCCAACAAGTCT
GCTGAGGTCTTATCTAAGGACTCGGCCGGGATGTTGCATTCTTTATCTGGTGGTGCGTGG
GATCCACATGATGTAAATGCTGTTGCAGCAACTGGTGAATCATCTGTTCAGTTCTGGGAC
CTGCGTACCATGAAGAAGGTTAATTCAATCGAACGTGCTCATGTACGAGGTGTTGATTAC
AATCCTAAGAGAGAGCATATACTTATAACAGCAGAGGATGAATCTGGTATACACGTCTGG
GATCTCCGTAAGGCCAAGACTCCTGTCCAAGAGCTTCCTGGTCATACACATTGGACATGG
GCTGTCAAGTGTAACCCCGAGTATGATGGGCTGATTCTGAGTGCAGGAACAGACTCAGCT
GTTAACTTGTGGTATGCTTCAGCATCATCCACTAATGACAAAGCTCCAGAAAGCCCTGTG
GAATCAACACGTCAGCGTGTGAACCTGTTGCTTAACTCATACACTGATTATGAAGACAGC
GTCTATGGCCTTGCTTGGAGCTCACGTGAGCCTTGGGTTTTTGCATCATTATCATATGAC
GGAAGGGTCGTCATCGAATCAGTGAAGCCTTTCCTTCCAAGACTGTAATAAAAAAGCTCA
GCATCTCTTTTGCTCTGACCCACACACGACCCATCGAAATCTTTGTCGGAAGAAAAGTTG
GCACTTGCAACAATGTACTTTTGACACGATTTGTTTTGAATCTTTATGTATCTATCTATC
ATTCACACAGATTCCTTTCAGTACCAAATATTCTGTTGTTCTGAACTAAAACAGACTCAA
CTACTGATTCTTGTCGGAAAAGGTAAAAGAAAGGTCATCCTTCCTCGG


BQ
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AF RR3H044TF U 1
AF RR3H044JQ C 653
BS 1 698 RR3H044TF
BS 699 699 RR3H044JQ
BS 700 720 RR3H044TF
BS 721 1428 RR3H044JQ

RD RR3H044TF 724 0 0
GGGAAACCAGCGATCAAAATTGATCGGCATCTACTGAATCAGTGCTCAGGCGACAACAAT
GCAAGGAGGATCGTCGGGAATTGGATACGGCTTGAAGTATCAGGCGAGATGTATATCGGA
TGTGAAAGCAGATACGGATTACACCAGCTTCCTCACTGGAACCCTAAGTTTGAAAGAAGA
AAACGAGGTGAATCCCACCATGGCTTCTTCTATTTGATACTGAGTGAGAGTTTGTTAATT
TCTAACATTTTGTGAGCTAAGGTTCATCTGCTACGTCTGTCATCTGGTGGATCAGAGCTG
ATATGCGAGGGTTTGTTCTCTCATCCTAATGAGATTTGGGACCTTGCTTCTTGCCCTTTC
GATCAACGCATTTTCTCCACTGTCTTTTCCACCGGTGAATCATTTGGAGCAGCGATTTGG
CAGATTCCTGAGTTGTATGGTCAACTGAATTCTCCACAGCTTGAGCGTGTTGCGTCTCTT
GATGCACATGTTGGTAAGATTAATTGTGTTCTTTGGTGGCCTTCTGGAAGATGTGACAAG
TTAATCAGCATGGATGAACAAAACATTTTCTTGTGGAGCTTGGACTCTTCCAACAAGTCT
GCTGAGGTCTTATCTAAGGACTCGGCCGGGATGTTGCATTCTTTATCTGGTGGTGCGTGG
GATCCACATGATGTAAATGCTGTTGCAGCAACTGGTGA*TCATCTGTTCAGTTCTGGGAC
TGCG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3H044JQ 776 0 0
GTGCGTGGGATCCACATGATGTAAATGCTGTTGCAGCAACTGGTGAATCATCTGTTCAGT
TCTGGGACCTGCGTACCATGAAGAAGGTTAATTCAATCGAACGTGCTCATGTACGAGGTG
TTGATTACAATCCTAAGAGAGAGCATATACTTATAACAGCAGAGGATGAATCTGGTATAC
ACGTCTGGGATCTCCGTAAGGCCAAGACTCCTGTCCAAGAGCTTCCTGGTCATACACATT
GGACATGGGCTGTCAAGTGTAACCCCGAGTATGATGGGCTGATTCTGAGTGCAGGAACAG
ACTCAGCTGTTAACTTGTGGTATGCTTCAGCATCATCCACTAATGACAAAGCTCCAGAAA
GCCCTGTGGAATCAACACGTCAGCGTGTGAACCTGTTGCTTAACTCATACACTGATTATG
AAGACAGCGTCTATGGCCTTGCTTGGAGCTCACGTGAGCCTTGGGTTTTTGCATCATTAT
CATATGACGGAAGGGTCGTCATCGAATCAGTGAAGCCTTTCCTTCCAAGACTGTAATAAA
AAAGCTCAGCATCTCTTTTGCTCTGACCCACACACGACCCATCGAAATCTTTGTCGGAAG
AAAAGTTGGCACTTGCAACAATGTACTTTTGACACGATTTGTTTTGAATCTTTATGTATC
TATCTATCATTCACACAGATTCCTTTCAGTACCAAATATTCTGTTGTTCTGAACTAAAAC
AGACTCAACTACTGATTCTTGTCGGAAAAGGTAAAAGAAAGGTCATCCTTCCTCGG

QA 1 776 1 776
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5832Contig1 1285 2 2 U
GGAAAAGGAGGGGAGAGAGATCCCTTTGTCAACGAGAAGAATCTGTATTTCTCGAGAAGA
ATCTGTTAAATCCGGAGATGGGTTTGTTAGAATCTGTGAAATCGATCAAGTGGGAACTCG
AGTCACCTCCGGTTTACCAGGATTTTCGTCTTCTTCCTCTCTTCGCTGTGTTCTTCCCTT
CGATTCGGTTCTTCCTCGATAGATTCGTCTTCGAGAAATTGGCAAAACATTTGATATATG
GGAAACAGAGACAGAATATTGGAGATGTTGCAACCGAGAGACGCAAGAAAATCAGGAAAT
TCAAAGAATCAGCATGGAAGTGTGTTTACTATCTATCAGCTGAGATTCTTGCTCTTTCTG
TGACTTACAATGAGCCTTGGTTTATGAACACTAAATACTTTTGGGTTGGCCCTGGAGATC
AGTCCTGGCCTAATCAACAAACCAAGTTAAAGTTGAAGCTTTTGTATATGTTTGTGGCTG
GATTCTATACATACTCAATCTTTGCTCTCATCTTCTGGGAAACAAGACGTCCTGATTTTG
GAGTTTCAATGGGTCATCATATCGCTACTCTTATTCTTATTCTCCTCTCATACGTATGTA
GCTTCTCTCGTGTTGGTTCGGTTGTTCTGGCACTTCATGATGCAAGTGATGTGTTTCTTG
AAGTTGGGAAAATGTCTAAATATAGTGGAGCCGAAGGAATCGCAAGCTTTTCATTCATTC
TTTTCGTTTTGTCTTGGATTATTCTTCGCCTCATTTACTATCCCTTTTGGATCCTATGGA
GCACAAGCTATGAAGTAGTTTTGGAACTAGATAAGGACAAGCACCCGGTTGAAGGACCTA
TTTACTACTACATGTTCAACACTCTTCTTTATTGTTTGCTTGTTCTCCACATCTATTGGT
GGGTTTTGATGTATCGGATGCTTGTGAAACAAATACAAGATAGAGGCAAACTCAGTGAAG
ATGTCAGATCCGATTCTGAAGGGGAAGATGAGCATGAGGATTGATTGATATACAAAGGTA
TGAGGAGGTTATGAAATGTAAAATTTTGGCATATCCTCTTTAACAATATTATATTCTTTT
GTTGGGTCTATGTGGTTCTGATCACTAATGGATGTTGAGGGTAGAGACCGAGTCTTCAAT
CTCCAACACTGGACCAGCTCATGAACATAATGGATTAAGCATCTCTCATTCTAGCGATTT
GTAAATTTTTAAATTGTAATTCTATTAAATTGTAAATTGAACATATTAAATATCTGCCTT
TGCTGTATTTTATTGTATTTTTACC


BQ
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AF RR3DZ11TF U 1
AF RR3DZ11JQ C 583
BS 1 658 RR3DZ11TF
BS 659 1285 RR3DZ11JQ

RD RR3DZ11TF 658 0 0
GGAAAAGGAGGGGAGAGAGATCCCTTTGTCAACGAGAAGAATCTGTATTTCTCGAGAAGA
ATCTGTTAAATCCGGAGATGGGTTTGTTAGAATCTGTGAAATCGATCAAGTGGGAACTCG
AGTCACCTCCGGTTTACCAGGATTTTCGTCTTCTTCCTCTCTTCGCTGTGTTCTTCCCTT
CGATTCGGTTCTTCCTCGATAGATTCGTCTTCGAGAAATTGGCAAAACATTTGATATATG
GGAAACAGAGACAGAATATTGGAGATGTTGCAACCGAGAGACGCAAGAAAATCAGGAAAT
TCAAAGAATCAGCATGGAAGTGTGTTTACTATCTATCAGCTGAGATTCTTGCTCTTTCTG
TGACTTACAATGAGCCTTGGTTTATGAACACTAAATACTTTTGGGTTGGCCCTGGAGATC
AGTCCTGGCCTAATCAACAAACCAAGTTAAAGTTGAAGCTTTTGTATATGTTTGTGGCTG
GATTCTATACATACTCAATCTTTGCTCTCATCTTCTGGGAAACAAGACGTCCTGATTTTG
GAGTTTCAATGGGTCATCATATCGCTACTCTTATTCTTATTCTCCTCTCATACGTATGTA
GCTTCTCTCGTGTTGGTTCGGTTGTTCTGGCACTTCATGATGCAAGTGATGTGTTTCT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3DZ11JQ 703 0 0
TCCTCTCATACGTATGTAGCTTCTCTCGTGTTGGTTCGGTTGTTCTGGCACTTCATGATG
CAAGTGATGTGTTTCTTGAAGTTGGGAAAATGTCTAAATATAGTGGAGCCGAAGGAATCG
CAAGCTTTTCATTCATTCTTTTCGTTTTGTCTTGGATTATTCTTCGCCTCATTTACTATC
CCTTTTGGATCCTATGGAGCACAAGCTATGAAGTAGTTTTGGAACTAGATAAGGACAAGC
ACCCGGTTGAAGGACCTATTTACTACTACATGTTCAACACTCTTCTTTATTGTTTGCTTG
TTCTCCACATCTATTGGTGGGTTTTGATGTATCGGATGCTTGTGAAACAAATACAAGATA
GAGGCAAACTCAGTGAAGATGTCAGATCCGATTCTGAAGGGGAAGATGAGCATGAGGATT
GATTGATATACAAAGGTATGAGGAGGTTATGAAATGTAAAATTTTGGCATATCCTCTTTA
ACAATATTATATTCTTTTGTTGGGTCTATGTGGTTCTGATCACTAATGGATGTTGAGGGT
AGAGACCGAGTCTTCAATCTCCAACACTGGACCAGCTCATGAACATAATGGATTAAGCAT
CTCTCATTCTAGCGATTTGTAAATTTTTAAATTGTAATTCTATTAAATTGTAAATTGAAC
ATATTAAATATCTGCCTTTGCTGTATTTTATTGTATTTTTACC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL5833Contig1 1231 2 2 U
TTGAGACTGAGCCTTTAGGAACCGGAAAGGATGGCAAAAATGTTTACCTCAGAGACATAT
TGCCAAGCAATGAGGAAGTTGCTAAGGTTGTACAATATAGCGTGCTACCAAGCATGTTCA
AGAGCTCATACGAGACAATAACACAAGGAAACCCCTTGTGGAATGAACTCTCTGCACCTG
GTTCAACACTGTACTCTTGGGATTCGAACTCCACGTACATTCACGAACCTCCTTATTTCA
AGAACATGACAGCAGACCCACCTGGTCCTCGTGAAGTGAAGGATGCCTACTGCTTACTCA
ACTTCGGAGACAGCGTGACGACGGATCACATCTCTCCGGCGGGAAACATTCAGAAGACTA
GTCCAGCTGCAAAGTTTTTAATGGACCGTGGCGTGAGTCAAACTGACTTCAACTCGCATG
GAAGTCGTAGGGGAAACGATGAAGTGATGGCTCGTGGTACCTTTGCTAACATTCGTCTTG
TTAACAAGCTCTTGAAAGGAGAAGTTGGTCCCAAGACAGTTCATGTTCCCACTGGTGAAA
AACTTAGCGTTTTTGATGCAGCAAGTAGATACATGAACGCTGGACAGGACACGGTCATCC
TGGCTGGTGCTGAGTATGGAAGTGGTAGCTCTAGGGATTGGGCTGCAAAGGGTCCTTTGC
TTTTGGGAGTGAAAGCTGTGATTGCAAAGAGCTTTGAGAGAATCCACCGCAGCAACTTGG
CTGGTATGGGAATCATTCCTCTGTGTTTCAAGGCCGGGGAGGACGCAGACACCCTTGGAC
TGACTGGTCATGAACGCTACACGGTCCACCTTCCTACCAAAGTCAGTGACATTAAGCCTG
GTCAAGACGTCACTGTGACCACTGACACTGGCAAATCCTTTGTTTGCACTCTTCGGTTTG
ATACAGAGGTGGAACTGGCATACTATGACCATGGTGGTATTCTTCCCTACGTCATTCGAA
GCTTGAGCGCCAAGTGATCAAAGTTTTTCTCAAGTTTTTGTCTTTCTTCATTTTCTAAAA
AAAGAGTTTCCTTAGTTCCAAATAAAAGCAATTTTTGTGAGCAACTTTTATTCTTTCAGG
TTGCACTGAACCGTTTTCAGACAACGAGTTGTTTACGGAAAAACTTCATTACATTATATA
ACATTGGTTTTGTACCACTTTAAATGGTCGTATTACACCTTGTATCTCAAAAGCAAACTT
TTGTTCGTTCAGGTTACACTCAATCGTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EZ23TF U 1
AF RR3EZ23JQ C 467
BS 1 542 RR3EZ23TF
BS 543 1231 RR3EZ23JQ

RD RR3EZ23TF 542 0 0
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TGCCAAGCAATGAGGAAGTTGCTAAGGTTGTACAATATAGCGTGCTACCAAGCATGTTCA
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GTTCAACACTGTACTCTTGGGATTCGAACTCCACGTACATTCACGAACCTCCTTATTTCA
AGAACATGACAGCAGACCCACCTGGTCCTCGTGAAGTGAAGGATGCCTACTGCTTACTCA
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GTCCAGCTGCAAAGTTTTTAATGGACCGTGGCGTGAGTCAAACTGACTTCAACTCGCATG
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TTAACAAGCTCTTGAAAGGAGAAGTTGGTCCCAAGACAGTTCATGTTCCCACTGGTGAAA
AA

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR3EZ23JQ 765 0 0
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TCCCACTGGTGAAAAACTTAGCGTTTTTGATGCAGCAAGTAGATACATGAACGCTGGACA
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AAAGGGTCCTTTGCTTTTGGGAGTGAAAGCTGTGATTGCAAAGAGCTTTGAGAGAATCCA
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AGACACCCTTGGACTGACTGGTCATGAACGCTACACGGTCCACCTTCCTACCAAAGTCAG
TGACATTAAGCCTGGTCAAGACGTCACTGTGACCACTGACACTGGCAAATCCTTTGTTTG
CACTCTTCGGTTTGATACAGAGGTGGAACTGGCATACTATGACCATGGTGGTATTCTTCC
CTACGTCATTCGAAGCTTGAGCGCCAAGTGATCAAAGTTTTTCTCAAGTTTTTGTCTTTC
TTCATTTTCTAAAAAAAGAGTTTCCTTAGTTCCAAATAAAAGCAATTTTTGTGAGCAACT
TTTATTCTTTCAGGTTGCACTGAACCGTTTTCAGACAACGAGTTGTTTACGGAAAAACTT
CATTACATTATATAACATTGGTTTTGTACCACTTTAAATGGTCGTATTACACCTTGTATC
TCAAAAGCAAACTTTTGTTCGTTCAGGTTACACTCAATCGTTTCC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL5834Contig1 1280 2 4 U
GGGACGACCCCTTCCATCTCTCCTCTCTGTTTTCCGATTTCGCGATTTTATTTTGCTTCG
TCTCTTCTCCACTGCTCCTCTTGCGTACACGTAAGACAATGACGGTTAGGTCCACGGGGA
GAAAACTCTCCTTTGAGATTCTCAGCTCCTTGGAGAACGATTCACTTCCGCCAATCCCCC
GATCCAGCTCAGATCCGATCAGCAGAAACGGCGCCACTGAATCGCCTAAGCGAAGGAGAC
ACAGGAAAAAGAAGAAGAACAAAGTCGTCGAGACTATCCCTGAGAATGGCGATCCTCAAT
TCGCATCGATCGCGAACGGTTCCGTGGAGGATCCGAGTTGGGACTCCTGCGACGACGGCG
GTGAGAGATCGGTTTACGAGAACAGATTGAATTACTTCAGCAGCGGTGGCGGCGGTTGCG
TCCTGACGCAGACTGTACAGCAGAATGGGTTCAAGTTCGGCGAGCTGAGGCAGAGGAACG
TCAACGGGAGTATGGACTCGACTAACGATGAGAGATTCACTGAGACCATGGCTACCGATA
AGAAGCTATACGCGGAGGAGAATCCACCGTTTCAGAAGTGCAGAATCAGTTTCCAAGGAG
TGAAACTAATGGGAATGTGGTGACGAGACTTGACACTGAAGCTTCTTTGGACTGGAATCA
GCTTATGGCTGATGATCCTGATTTTCTTAGTGCTGAGACGAGGTCACCTATGAAGTACTT
TATGGGGGAGATTTATGGTGGGGTCTCGTTACGGAGCACAACCACCACCGGTAATGATGT
TGAACGGGAGAGGATATATGATATGATCTTCCGCTTGCCCTGGCGATGCGAAGTGCTTCT
ACACACTGGCTTTTTTGTCTGCGTCAACTCATTTCTATCATTGTTGACAGTCATGCCAAT
AAGAGTCCTGCTGATGTTTTGGGGTGCTCTTAAGAAGAGGCAGTTCAGGAGGCCTTCCTC
ATCGGAGCTCTCTGATCTTGCTTGTTTTCTAGTTTTGGCTTCTGGTACCATTCTTCTTGG
CAGAACAGATATCAGCCTAATTTACCACATGATTCGTGGTCAAAGTACCATAAAACTATA
TGTGGTTTATAATATCTTAGAGATATTTGATAGACTCTGTCAAAGTTTTTGTGGAGATGT
ATTTGGGGCTCTGTTTAGTTCCGCAGCGGGACTGGCTATTTCTCCTCCTGAGAAACTGAG
ATTTTCTACATGGAGATTCGTTTCGGATCTGGCATTAACGATGGTTGCGTCGATTCTCCA
TTCATTCATTCTATTAGCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DW47TF U 1
AF RR3DK36TF U 667
BS 1 702 RR3DW47TF
BS 703 703 RR3DK36TF
BS 704 747 RR3DW47TF
BS 748 1280 RR3DK36TF

RD RR3DW47TF 747 0 0
GGGACGACCCCTTCCATCTCTCCTCTCTGTTTTCCGATTTCGCGATTTTATTTTGCTTCG
TCTCTTCTCCACTGCTCCTCTTGCGTACACGTAAGACAATGACGGTTAGGTCCACGGGGA
GAAAACTCTCCTTTGAGATTCTCAGCTCCTTGGAGAACGATTCACTTCCGCCAATCCCCC
GATCCAGCTCAGATCCGATCAGCAGAAACGGCGCCACTGAATCGCCTAAGCGAAGGAGAC
ACAGGAAAAAGAAGAAGAACAAAGTCGTCGAGACTATCCCTGAGAATGGCGATCCTCAAT
TCGCATCGATCGCGAACGGTTCCGTGGAGGATCCGAGTTGGGACTCCTGCGACGACGGCG
GTGAGAGATCGGTTTACGAGAACAGATTGAATTACTTCAGCAGCGGTGGCGGCGGTTGCG
TCCTGACGCAGACTGTACAGCAGAATGGGTTCAAGTTCGGCGAGCTGAGGCAGAGGAACG
TCAACGGGAGTATGGACTCGACTAACGATGAGAGATTCACTGAGACCATGGCTACCGATA
AGAAGCTATACGCGGAGGAGAATCCACCGTTTCAGAAGTGCAGAATCAGTTTCCAAGGAG
TGAAACTAATGGGAATGTGGTGACGAGACTTGACACTGAAGCTTCTTTGGACTGGAATCA
GCTTATGGCTGATGATCCTGATTTTCTTAGTGCTGAGACGAG*TCACCTATGAAGTACTT
TATGGGGGAGATTTATGGTGGGGTCTC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3DK36TF 614 0 0
GGCTGATGATCCTGATTTTCTTAGTGCTGAGACGAGGTCACCTATGAAGTACTTTATGGG
GGAGATTTATGGTGGGGTCTCGTTACGGAGCACAACCACCACCGGTAATGATGTTGAACG
GGAGAGGATATATGATATGATCTTCCGCTTGCCCTGGCGATGCGAAGTGCTTCTACACAC
TGGCTTTTTTGTCTGCGTCAACTCATTTCTATCATTGTTGACAGTCATGCCAATAAGAGT
CCTGCTGATGTTTTGGGGTGCTCTTAAGAAGAGGCAGTTCAGGAGGCCTTCCTCATCGGA
GCTCTCTGATCTTGCTTGTTTTCTAGTTTTGGCTTCTGGTACCATTCTTCTTGGCAGAAC
AGATATCAGCCTAATTTACCACATGATTCGTGGTCAAAGTACCATAAAACTATATGTGGT
TTATAATATCTTAGAGATATTTGATAGACTCTGTCAAAGTTTTTGTGGAGATGTATTTGG
GGCTCTGTTTAGTTCCGCAGCGGGACTGGCTATTTCTCCTCCTGAGAAACTGAGATTTTC
TACATGGAGATTCGTTTCGGATCTGGCATTAACGATGGTTGCGTCGATTCTCCATTCATT
CATTCTATTAGCTC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL5835Contig1 933 2 4 U
GCATGGCTGGATGTCACACCGCGGTTTCCAACATCATAATGTCAATCGTTGTTCTCTTGA
CACTGCTCTTCCTCACTCCTCTCTTCAAGTACACACCAAACGCAATCCTAGCAGCTATCA
TCATCAACGCGGTGGTTCCTTTGATTGATATCCAAGCTGCGATTTTGATCTTCAAGGTCG
ATAAGCTCGACTTCATCGCTTGTATGGGAGCTTTCTTCGGCGTCATCTTTGTCTCCGTTG
AGATCGGACTTCTCATTGCCGTCTCTATATCGTTTGCTAAGATTCTCTTGCAAGTCACAA
GACCTAGAACCGCGGTTCTTGGAAACATTCCAAGAACTTCAGTATACCGAAACATCCAAC
AGTATCCTGAAGCCACCATGGTTCCAGGGGTTCTTACCATCCGTGTTGACTCGGCAATTT
ACTTCTCCAACTCAAATTACGTCAGAGAAAGGATCCAAAGATGGTTACTAGAGGAAGAAG
AGAAGGTGAAAGCTGCAAGCCTACCTAGGATCCAGTTTCTAATCATCGAAATGTCTCCTG
TTACGGACATCGATACAAGTGGTATTCACGCTCTAGAAGACTTATACAAATCTCTCCAGA
AAAGAGATATTCAGTTGGTTCTTGCGAACCCTGGACCGTTGGTGATTGGCAAGCTACACT
TGTCACACTTTGTTGACATGTTAGGACACGACAACATTTTTTTGACGGGGGCTGACCCCG
GGGATGCTTGCTGTCCAAAACTTTCAGACGAGGTTTGAGATTCCAAGAAAGAAGAAGATG
AAGATAATGACGAAGAAAGAAGATGTTTGATAAGTGTTTGTACAGTAGTGTCAAAGAAAG
TGAGTTTTGCTTTCAGTTATTGCATTTTTGGTCCCCTTTTGTTTGTGCCCCAAGAGAGGT
CAACTGTAAAGTTGACCTTTAGGTCCCCCCTTA


BQ
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AF RR3CP37TF U 1
AF RR3CP37JQ C 612
BS 1 684 RR3CP37TF
BS 685 685 RR3CP37JQ
BS 686 697 RR3CP37TF
BS 698 933 RR3CP37JQ

RD RR3CP37TF 703 0 0
GCATGGCTGGATGTCACACCGCGGTTTCCAACATCATAATGTCAATCGTTGTTCTCTTGA
CACTGCTCTTCCTCACTCCTCTCTTCAAGTACACACCAAACGCAATCCTAGCAGCTATCA
TCATCAACGCGGTGGTTCCTTTGATTGATATCCAAGCTGCGATTTTGATCTTCAAGGTCG
ATAAGCTCGACTTCATCGCTTGTATGGGAGCTTTCTTCGGCGTCATCTTTGTCTCCGTTG
AGATCGGACTTCTCATTGCCGTCTCTATATCGTTTGCTAAGATTCTCTTGCAAGTCACAA
GACCTAGAACCGCGGTTCTTGGAAACATTCCAAGAACTTCAGTATACCGAAACATCCAAC
AGTATCCTGAAGCCACCATGGTTCCAGGGGTTCTTACCATCCGTGTTGACTCGGCAATTT
ACTTCTCCAACTCAAATTACGTCAGAGAAAGGATCCAAAGATGGTTACTAGAGGAAGAAG
AGAAGGTGAAAGCTGCAAGCCTACCTAGGATCCAGTTTCTAATCATCGAAATGTCTCCTG
TTACGGACATCGATACAAGTGGTATTCACGCTCTAGAAGACTTATACAAATCTCTCCAGA
AAAGAGATATTCAGTTGGTTCTTGCGAACCCTGGACCGTTGGTGATTGGCAAGCTACACT
TGTCACACTTTGTTGACATGTTAG*ACACGACAACAT
CTTTCT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3CP37JQ 322 0 0
CAGTTGGTTCTTGCGAACCCTGGACCGTTGGTGATTGGCAAGCTACACTTGTCCCACTTT
GTTGACATGTTAGGACACGACAACATTTTTTTGACGGGGGCTGACCCCGGGGATGCTTGC
TGTCCAAAACTTTCAGACGAGGTTTGAGATTCCAAGAAAGAAGAAGATGAAGATAATGAC
GAAGAAAGAAGATGTTTGATAAGTGTTTGTACAGTAGTGTCAAAGAAAGTGAGTTTTGCT
TTCAGTTATTGCATTTTTGGTCCCCTTTTGTTTGTGCCCCAAGAGAGGTCAACTGTAAAG
TTGACCTTTAGGTCCCCCCTTA

QA 1 322 1 322
DS 



AS 1 2

CO CL5836Contig1 1423 2 2 U
GGAGAAACGAAAGAGATTCTTCTAGAGTCCTTCCTCTACGTCTACGTCTTCTTCTTCCCC
CAAATCCTCTCGTTTAGGGTTTCTCCTCAGCCTTCGAGATCCTCCACCTCCCAATCTTTA
CTTCTTCAAGATGACGAGGCAAATCTTCTGATTGAGCTCAGAGTATCCCTTGTCTCGCAT
CTTAGATTGCCTATTGGGCTTTAACACTGAATAGATCTGCCAAATGAGCCAACTTAACAT
CTAAGGGGATTCAAGTAGAAGGTTTTGTTGTTGTGGTTTTAGTTGAGAGTCCACAACATA
AAGGAGACAAAACAGTGAGAAAAAAAAAATGTCAAGCGGTGGAAACACCCACTGGTGTCA
TAGATGCGAGCGTGCTGTCCGGCTACACGGACGAGACACTGTATGTTCTTATTGTGGAGG
AGGGTTTGTCGAACTGCTTGAGATCCCTCAAGCCAGCCCATTTGGTATGTTCAGATCTCA
CAGGGACGTTGCGGAACGTGATCATCAGGCTTTCGATCTCATGGATGCTCTCTCCGACTT
TATGAGGGACAGAGAAAACAGAGGAAGAGGAGGAGGCATCACTCCTGGTCTGGCTCCTCT
GTTGATCTTTGGTGGTCAGGTTCCTTATAGACTATCTGGAGTAGAAGCCCTCTTCAACGG
CGGCTCGCCTGGCATTGGCATCACACGTGGTAACACCGGTGACTATTTCTTCGGTCCTGG
TCTTGAAGAGCTCTTTGAGCAGCTTTCAGCTGGAGCTACTACTCGCAGAGGTCCACCACC
TGCTCCGAGGTCATCAATAGATGCATTGCCGACCATCAAGATCTCGCAGAGGCATCTTAG
GTCGTCTGACTCGAACTGTCCTGTGTGCAAAGACGAGTTCGAGTTGGGAGCAGAAGCGAA
ACAGATGCCTTGTAACCACATCTATCATTCTGACTGCATTGTCCCGTGGCTGGTTCAGCA
CAACTCGTGTCCGGTCTGTCGCCAAGAGTTGCCATCAGGTAGAGGATCTTCGAGTAGTAG
TCAAAACAGAACCAACACCAGAAACAGCAGAAGTGGTGGTAGTAACAGTCGTGAGAGCAG
CAATGAGAGAAGGAACCCTTTCTCTTCCTTCTGGCCATTTCGTTCGTCTGGTTCAGCTTC
AAACTCCGCTCAGAACCGTGGACGCACGAGAAACTCGGACATAACGGATGAGAGCCATAA
CTACCATCACCAGCAACAGCAACAGTCACATATGGGTTACAGAGGGTGGCCTTTTGATTA
CTAAAGGTGAGCTAAAGTAAAAAAGAAAAAGACTTTGGTCTCGCTTTGTGTTCTATGCTT
TCCACTCTTCCTCTTATTCTCTTATCAAGAACATAAATAATGGACAAGTTGTATCTTTTA
CTGTAGATTTTCTACGTCTGTGTAAAACCGTTTATCATTTTCC


BQ
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CTTAGATTGCCTATTGGGCTTTAACACTGAATAGATCTGCCAAATGAGCCAACTTAACAT
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GTTGATCTTTGGTGGT

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ACTGTAGATTTTCTACGTCTGTGTAAAACCGTTTATCATTTTCC

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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGGAAACTTCCAAGATCTCTTCAGAATTGCTCATCTCTAGAGTTTCTAGTTGTTGACCAC
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D227TF U 1
AF RR3D227JQ C 600
BS 1 673 RR3D227TF
BS 674 1275 RR3D227JQ

RD RR3D227TF 673 0 0
GGCTGGAGTAACTTGACTTTTCTGAATCTTCGGAAGAACAATTTGGAAGGCAGTATTCCT
GATGTGTTTTCTATGGGTGCTTCTCTACAGACACTTGATGTTGGACACAACCAACTAACC
GGGAAACTTCCAAGATCTCTTCAGAATTGCTCATCTCTAGAGTTTCTAGTTGTTGACCAC
AACATGATTGAAGACACATTTCCTTTCTGGTTCAAGGCTTTTCCAAATTTGCAAGTGCTT
ATCCTCAGATCAAACAAGTTTTATGGCTCTATCTCTCCTCCCGATCAAGGTCCTCTCGGG
TTTCCAGAGCTACGAATATTTGAGATATCTGATAATAATTTTACTGGAAGCTTGCCACCA
ACATACTTTGAGAACTGGAAAGCATCATCACTTACAATGAATGAAGATGGTGGTCTATAT
ATGGTACACAGTAATAGTAAAACCGGGAAGGTATTACCCTATATCATTATTGACGCTATA
GATTTGCGGTACAAAGGTCTATCCATGGAGCAAAAGAGGGTCCTTACTTCCTACGCCACC
GTTGATTTCTCTGGAAGCCAACTTGAAAGACAGATTCCTGAATCAATTGGCCTCTTGAAA
GCATTGATTGCACTCAACTTCTCAAACAACGCCTTCACAGGTCATATTCCTCTGTCTCTA
GCCAATCTTAAGA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3D227JQ 676 0 0
AGCATTGATTGCACTCAACTTCTCAAACAACGCCTTCACAGGTCATATTCCTCTGTCTCT
AGCCAATCTTAAGAAGCTCGAGTCACTAGACCTATCAAGCAACAACCTCTCAGGGACCAC
TCCAAGTGGACTTGGGACCCTCTCCTTTCTGGCGTACATTAACGTGTCTCACAACCAACT
CAAGGGTGAAATACCACAAGGAACACAGATTATTGGCCAACCTAAGTCTTCATTTGAAGG
GAATGCAGGGCTTTGTGGTCTTCCTCTCCAGGAAACTTGCTTTGGGCCTAATTTGCCACC
TGCACAACAACCTAAGAAATATGACGATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTGTTGAACTGGAA
AGGTGTGGCAGCAGGGTATGGACCTGGAGTGTTGCTTGGACTTGCAATATCACACCTCAT
TGCTACATACAAACCAGAGTGGTTCGTCAAGATAATTGGTCCAAACACGCGCAGAAACCG
TTAGGAATGTTTTCAGTTTGATGATGATCCTTCAATGTATGTCAAGTAGTTGATGATCCC
TCTTGTATGGAAGTATCTATTTATGTTTGTTGTATCATTGTCTGATGTTTTTTTTTCTAT
TTTGTTTTCTATTAAGTAAGAATGGTGAATGTTTTGTAGTCAATTTCATGTGCATCTCTC
TTTTTTTCTACTGAGC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5840Contig1 1114 2 2 U
GCACTCAGCACGTGACACTTATGAGATGCTTCTTTCTCGTAACGTGGAGCTGACTCCAAA
AGATTTCGCCGTCGGTTTGCGCGTTGAGCATCCTCAGGAGCTAATTAACAGTATACAGTA
CTCAGATTTAGCTAGTGAAGTTCGTAAAGGACGAGGTAAAGTCCCAGTGGCGGACTATAA
GGTTGTTCAATACGTGAATGATAAAGACGAGGAACTCTCTCAGTCTTCCTCAAAACGTAG
TTGCTACTCCTTCTGCATGTGTCCTGGTGGTCAGGTTGTTCTCACCAGCACAAACCCAAA
CGAACTCTGCATCAATGGCATGTCATTCTCTCGCCGCTCATCCAAGTGGGCTAATGCTGC
ACTAGTCGTCACAGTCTCAGCAAAAGACTTTGATCTTCTCAATCTTACTGGACCCTTAGC
TGGGATTGAGTTTCATAGAGAGTTTGAAAGAAGAGCGGCTATAATGGGTGGTGGCAATTT
CACAGTTCCGGTACAAAGGGTTACTGATTTTCTGCAAAGCAAGTTATCTGAAGCACCTTT
ACCTTCATCAAGCTATAGATTAGGAGTGAAGTCTGCAAACCTGCATGAACTGTTTCCTGC
TCATATCACAGATTCTCTGCGACAGTCTCTCTCTATGTTTGAGAAAGAGTTACCGGGATT
CATCTCAGAGGAAGCACTCCTCCACGGTGTAGAGACAAGAACAAGCTCTCCTGTTAGGAT
ACCTCGAAGCAATGAGACATACGAGAGCACGAGCTTGAAAGGTTTATACCCAGTGGGTGA
AGGAGCTGGGTATGCTGGTGGGATTGTAAGTGCTGCAGTGGACGGTATGTTTTCAGGTTT
TGCTGTTGCGAAAAGCTTTGATCTCTTTGATGGAACCGTAGAGTCGGTTATTGGAAAGGC
TCAAGGTGCTGGACTTGTAAAGTACTAATGATGATGATGATGTTGAAGAAGAAGGAGTAC
ATCAATGAGGACTCTGCTTCTTCCTCTGTATTTTGCTGTATCAAAAGCTTAAGAACTGAT
ACATATTATACATCGGCTGGAAGAGATTTTTGCCTTAGAATTATGTTAGTAACCCAAACA
TTAGGAGTTAAGAAAGTAAACTAGTGTATTTTAC


BQ
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AF RR3EV84TF U 1
AF RR3EV84JQ C 620
BS 1 693 RR3EV84TF
BS 694 1114 RR3EV84JQ

RD RR3EV84TF 693 0 0
GCACTCAGCACGTGACACTTATGAGATGCTTCTTTCTCGTAACGTGGAGCTGACTCCAAA
AGATTTCGCCGTCGGTTTGCGCGTTGAGCATCCTCAGGAGCTAATTAACAGTATACAGTA
CTCAGATTTAGCTAGTGAAGTTCGTAAAGGACGAGGTAAAGTCCCAGTGGCGGACTATAA
GGTTGTTCAATACGTGAATGATAAAGACGAGGAACTCTCTCAGTCTTCCTCAAAACGTAG
TTGCTACTCCTTCTGCATGTGTCCTGGTGGTCAGGTTGTTCTCACCAGCACAAACCCAAA
CGAACTCTGCATCAATGGCATGTCATTCTCTCGCCGCTCATCCAAGTGGGCTAATGCTGC
ACTAGTCGTCACAGTCTCAGCAAAAGACTTTGATCTTCTCAATCTTACTGGACCCTTAGC
TGGGATTGAGTTTCATAGAGAGTTTGAAAGAAGAGCGGCTATAATGGGTGGTGGCAATTT
CACAGTTCCGGTACAAAGGGTTACTGATTTTCTGCAAAGCAAGTTATCTGAAGCACCTTT
ACCTTCATCAAGCTATAGATTAGGAGTGAAGTCTGCAAACCTGCATGAACTGTTTCCTGC
TCATATCACAGATTCTCTGCGACAGTCTCTCTCTATGTTTGAGAAAGAGTTACCGGGATT
CATCTCAGAGGAAGCACTCCTCCACGGTGTAGA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3EV84JQ 495 0 0
CGACAGTCTCTCTCTATGTTTGAGAAAGAGTTACCGGGATTCATCTCAGAGGAAGCACTC
CTCCACGGTGTAGAGACAAGAACAAGCTCTCCTGTTAGGATACCTCGAAGCAATGAGACA
TACGAGAGCACGAGCTTGAAAGGTTTATACCCAGTGGGTGAAGGAGCTGGGTATGCTGGT
GGGATTGTAAGTGCTGCAGTGGACGGTATGTTTTCAGGTTTTGCTGTTGCGAAAAGCTTT
GATCTCTTTGATGGAACCGTAGAGTCGGTTATTGGAAAGGCTCAAGGTGCTGGACTTGTA
AAGTACTAATGATGATGATGATGTTGAAGAAGAAGGAGTACATCAATGAGGACTCTGCTT
CTTCCTCTGTATTTTGCTGTATCAAAAGCTTAAGAACTGATACATATTATACATCGGCTG
GAAGAGATTTTTGCCTTAGAATTATGTTAGTAACCCAAACATTAGGAGTTAAGAAAGTAA
ACTAGTGTATTTTAC

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

CO CL5841Contig1 1316 2 2 U
GGAACTCAACAATATCTAAAATCGTAAAAATGGTTGAGGACGCTCAAGGTAATGCAGCTC
CTGTACAGAGGCTGGCAGATGCAATAGCCGGACCATTTGTCTATACTATAATGTCTTTAT
CTGCAGTGACGTTTGCCTTCTGGTACTACGTTGGTTCACACATCTTCCCAGATGTTTTGC
TCAATGATATTGCTTTAGACAAGACAGGGACTCTTACTGAAGGAAGACCCATCGTCTCTG
GTGTTGGGTCTTTAACTTACGAAGAAAAAGAAGTTCTTAAACTAGCTGCTGCGGTGGAGA
AGACAGCAACACACCCAATAGCGAAGGCTATTGTAAACGAGGCATTAGTGCTGAATCTGG
AAACTCCAGAAACAAGAGGCCAATTGACAGAACCAGGCTTTGGAACTCTAGCAGAAATAG
ATGGACGTTTGGTTGCTGTGGGTGCACTTGAATGGGTTTCCAATCGTTTCCACAAAAAGA
ACGACTCCTCGGACGTAGTTAAGCTGGAAAGCTATCTGGATCATAAGCTATCCAGCTCAT
CATTGACGTCCAAGTATTCAAAGACCGTTGTCTACGTTGGACGCGAAGGAGAAGGGATTA
TTGGTGCTATTGCAATATCTGATTGCTTGCGCAAAGATGCTGAGTTTGCTGTAGCCAGGC
TTCAGGAGAAAGGCATCAAAACAGTCCTCTTATCAGGGGATAGGGAAGGGGCAGTGGCAA
CAGTGGCAAAGAATGTGGGGATTGAGAGTGAATCAACCAACTATTCTTTGTCTCCGGATA
AGAAGTTTGAGTTTATATCTAATCTTCAATCCTCTGGACATCGTGTCGCTATGGTGGGTG
ATGGCATAAACGATGCCCCTTCGTTGGCTCAAGCTGATGTCGGAATAGCTCTGAAGATCG
AGGCACAAGAAAACGCTGCATCGAATGCAGCATCAGTCATACTTGTCCGCAACAAACTCT
CACATGTTGTGGATGCACTGAGTCTTGCACAAGCGACAATGTCGAAAGTTTATCAGAATC
TGGCATGGGCAATTGCATATAATGTCATCTCGATCCCTATAGCTGCAGGTGTCTTGCTTC
CTCAGTATGATTTCGCCATGACACCTTCCTTATCCGGTGGACTAATGGCACTGAGCTCGA
TATTTGTCGCCTCAAATTCATTACTTCTCCAGCTATAAATCTGAAACAAGTGGAAACAGC
TAGAAAGCTGGTTCCATCTGTTTTGGAGACCGAGAAGAAACAATTAAGGGTTTTGTATAA
TAGAGAGTATGAATCTTGTAATTATTTATGATCATATATACATAGAATCTTGATGC


BQ
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AF RR3G082TF U 1
AF RR3G082JQ C 591
BS 1 665 RR3G082TF
BS 666 1316 RR3G082JQ

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CTGTACAGAGGCTGGCAGATGCAATAGCCGGACCATTTGTCTATACTATAATGTCTTTAT
CTGCAGTGACGTTTGCCTTCTGGTACTACGTTGGTTCACACATCTTCCCAGATGTTTTGC
TCAATGATATTGCTTTAGACAAGACAGGGACTCTTACTGAAGGAAGACCCATCGTCTCTG
GTGTTGGGTCTTTAACTTACGAAGAAAAAGAAGTTCTTAAACTAGCTGCTGCGGTGGAGA
AGACAGCAACACACCCAATAGCGAAGGCTATTGTAAACGAGGCATTAGTGCTGAATCTGG
AAACTCCAGAAACAAGAGGCCAATTGACAGAACCAGGCTTTGGAACTCTAGCAGAAATAG
ATGGACGTTTGGTTGCTGTGGGTGCACTTGAATGGGTTTCCAATCGTTTCCACAAAAAGA
ACGACTCCTCGGACGTAGTTAAGCTGGAAAGCTATCTGGATCATAAGCTATCCAGCTCAT
CATTGACGTCCAAGTATTCAAAGACCGTTGTCTACGTTGGACGCGAAGGAGAAGGGATTA
TTGGTGCTATTGCAATATCTGATTGCTTGCGCAAAGATGCTGAGTTTGCTGTAGCCAGGC
TTCAG
AGA

QA 1 665 1 665
DS 

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GTAGCCAGGCTTCAGGAGAAAGGCATCAAAACAGTCCTCTTATCAGGGGATAGGGAAGGG
GCAGTGGCAACAGTGGCAAAGAATGTGGGGATTGAGAGTGAATCAACCAACTATTCTTTG
TCTCCGGATAAGAAGTTTGAGTTTATATCTAATCTTCAATCCTCTGGACATCGTGTCGCT
ATGGTGGGTGATGGCATAAACGATGCCCCTTCGTTGGCTCAAGCTGATGTCGGAATAGCT
CTGAAGATCGAGGCACAAGAAAACGCTGCATCGAATGCAGCATCAGTCATACTTGTCCGC
AACAAACTCTCACATGTTGTGGATGCACTGAGTCTTGCACAAGCGACAATGTCGAAAGTT
TATCAGAATCTGGCATGGGCAATTGCATATAATGTCATCTCGATCCCTATAGCTGCAGGT
GTCTTGCTTCCTCAGTATGATTTCGCCATGACACCTTCCTTATCCGGTGGACTAATGGCA
CTGAGCTCGATATTTGTCGCCTCAAATTCATTACTTCTCCAGCTATAAATCTGAAACAAG
TGGAAACAGCTAGAAAGCTGGTTCCATCTGTTTTGGAGACCGAGAAGAAACAATTAAGGG
TTTTGTATAATAGAGAGTATGAATCTTGTAATTATTTATGATCATATATACATAGAATCT
TGATGC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL5842Contig1 1044 2 2 U
GGAGGGGAGCTCGTGGAGGCGTTCTCGGAGCTGATGGGGAGGAAGAGAGGGTGCTCTAAT
GGCAAAGGAGGGTCGATGCATTTTTATAAGAAGGACGCGTGTTTCTACGGCGGGCATGGG
ATCGTTGGCGCGCAGATTCCGTTGGGGTGTGGTTTGGCTTTCGCTCAGAAGTATTCTAAA
GAGGAGTTTGTGACTTTTGCTTTGTATGGTGATGGTGCTGCGAATCAGGGTCAGTTGTTT
GAGGCTTTGAATATTGCTGCTCTTTGGGATTTGCCTGCTATTCTTGTTTGCGAGAATAAC
CACTATGGGATGGGGACTGCTACATGGAGGTCGGCTAAGTCTCCTGCTTATTTTAAGCGT
GGGGATTATGTTCCTGGCTTGAAGGTGGATGGTATGGATGCACCGGCTGTGAAACAGGCA
TGCAAGTTCGCCAAGGAGCATGCTCTCAAGAATGGACCTATTGTCCTTGAGATGGACACC
TATAGATACCACGGCCACTCGATGTCTGACCCAGGAAGTACCTACCGTACACGTGACGAA
GTGTCGGGAGTGAGACAGGTGCGCGACCCTATTGAAAGGGTGCGAAAGTTGCTCTTATCT
TATGACATAGCTACAGAAAAGGAGCTTAAGGACATGGAGAAAGAGGTGAGGAAAGAAGTA
GATGATGCTGTAGCTCAGGCCAAGGAGAGCCCTGTACCGGAGCCATTTGAGCTATTCACA
AACATGTACGTGAAAGACTGCGGAGTTGAGTCATTTGGAGCAGACAGAAAAGAACTCAAA
GTCACACTTGCATAAAACCTTGATCCATAGGAGATGAAGGTTCTCAATAAATGCATACAA
CAATTCTTGAGTCTTGCTACCAAAATTATTTCTGGTTTTTCATTTTTCATTTCAAGTGTA
AAGCCATTGCTTTCTGCTAAGCTTTTTTGCAATTTTTTATATACACTTCAACAACATTAT
TACTGACACGAAGCAATAAGCTTCGGACATCAGTCTTTTCTTTATGTGAGAAATGATAAG
AGAAGCAAGAAGAGAGCAGTTCGC


BQ
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AF RR3A633TF U 1
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BS 1 410 RR3A633TF
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GGCAAAGGAGGGTCGATGCATTTTTATAAGAAGGACGCGTGTTTCTACGGCGGGCATGGG
ATCGTTGGCGCGCAGATTCCGTTGGGGTGTGGTTTGGCTTTCGCTCAGAAGTATTCTAAA
GAGGAGTTTGTGACTTTTGCTTTGTATGGTGATGGTGCTGCGAATCAGGGTCAGTTGTTT
GAGGCTTTGAATATTGCTGCTCTTTGGGATTTGCCTGCTATTCTTGTTTGCGAGAATAAC
CACTATGGGATGGGGACTGCTACATGGAGGTCGGCTAAGTCTCCTGCTTATTTTAAGCGT
GGGGATTATGTTCCTGGCTTGAAGGTGGATGGTATGGATGCACCGGCTGT

QA 1 410 1 410
DS 

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AGTACCTACCGTACACGTGACGAAGTGTCGGGAGTGAGACAGGTGCGCGACCCTATTGAA
AGGGTGCGAAAGTTGCTCTTATCTTATGACATAGCTACAGAAAAGGAGCTTAAGGACATG
GAGAAAGAGGTGAGGAAAGAAGTAGATGATGCTGTAGCTCAGGCCAAGGAGAGCCCTGTA
CCGGAGCCATTTGAGCTATTCACAAACATGTACGTGAAAGACTGCGGAGTTGAGTCATTT
GGAGCAGACAGAAAAGAACTCAAAGTCACACTTGCATAAAACCTTGATCCATAGGAGATG
AAGGTTCTCAATAAATGCATACAACAATTCTTGAGTCTTGCTACCAAAATTATTTCTGGT
TTTTCATTTTTCATTTCAAGTGTAAAGCCATTGCTTTCTGCTAAGCTTTTTTGCAATTTT
TTATATACACTTCAACAACATTATTACTGACACGAAGCAATAAGCTTCGGACATCAGTCT
TTTCTTTATGTGAGAAATGATAAGAGAAGCAAGAAGAGAGCAGTTCGC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

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GATCGTTGGTATCTCGGCATCTGGTACAAGACAACCTCTGATCAGAGAACATACGTTTGG
GTTGCCAACAGAGACAACCCTCTTCACAACTCCACTGGAACGCTCAAAATCTCTCATTCA
TCAAACCTCGTCCTCCTTGACCAGTCTGATACTCCTGTCTGGTCAACGAACTTTACGGGA
GTTGCGCATTTACCAGTTACGGCAGAGCTTCTCGCTAACGGCAACTTGGTGCTTAGAGAC
TCCAAAACCAAAGACCTAAACCGGTTCGTGTGGCAGAGTTTTGATTTTCCGGTGGATACT
TTGCTCCCGGAGATGAAACTTGGTCGGAAATTCAACAGTTCAGAAAAGGAAAAAATCCTC
ACATCTTGGAAAAGCCCTACTGATCCATCAAGTGGAGATTATTCGTTCATACTCGAAACT
GAAGGTTTTTTACATGAGTTTTATCTACTGAATAATGAGTTCAAAGTGTACCGAACCGGT
CCTTGGAACGAAGTCCGGTTTAACGGCATACCGAAAATGCAAAACTGGAGCTACATTAAT
AACAATTTCATAGATAACAAAGAGGAAGTCGCGTACAGTTTCCAAGTCAACGACAACCAC
AACATCCACTCGAGGTTTAGAATGAGTTCCACAGGGTACTTACAAGTAATCACGTGGACT
AAGACAGCACCGCAACGTAACATGTTTTGGTCATTCCCGGAAGATACATGCGATCTGTAC
ATAGTCTGTGGTCCTTACGCATACTGTGACATGCACACGTCGCCTACGTGTAACTGTATC
AAGGGCTTCGTTCCCAAGAATGAGAAGGCATGGGAGTTGAGAGATGCGTCAAGTGGTTGT
GAGAGGAGCAAGAGGCTAAGCTGTGGAGAGGGAGATGGGTTTTTGAGGATGAGTCAGATG
AGGCTACCGGAGACAAGCGAAGCGGTTGTGGACGAGATGATCGGGTTGAAGGAATGCAGG
GAGAAGTGTGTTAGAGATTGTAACTGCACCGGGTATGCGAATATGGATAACATGAATGGG
TTGGGATGTGTGATGTGGGCCGGAGAGCTCTTGGATATGCGGAAGTACGATGCTGGAGGT
CATGATATTTATGTCAAGGTAGCAGAAGCTAGTCTTGTCCCCTCGTAGACCTGATGGATC
CAATAATGCTAAAACTTCCGGTGAATCGGATTTCATATGTAGATATCCGGATGTGTTGTT
TTTAGATATATATATCTAAAGTATCTAAAAATAAATGATATGAAGTCCTTATTATATATC
CATGTTTTATATCAATGAAACGTCTATTCATCAATAAATTTTATGTTATCAT


BQ
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AF RR3EN76TF U 1
AF RR3EN76JQ C 617
BS 1 670 RR3EN76TF
BS 671 1372 RR3EN76JQ

RD RR3EN76TF 670 0 0
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GATCGTTGGTATCTCGGCATCTGGTACAAGACAACCTCTGATCAGAGAACATACGTTTGG
GTTGCCAACAGAGACAACCCTCTTCACAACTCCACTGGAACGCTCAAAATCTCTCATTCA
TCAAACCTCGTCCTCCTTGACCAGTCTGATACTCCTGTCTGGTCAACGAACTTTACGGGA
GTTGCGCATTTACCAGTTACGGCAGAGCTTCTCGCTAACGGCAACTTGGTGCTTAGAGAC
TCCAAAACCAAAGACCTAAACCGGTTCGTGTGGCAGAGTTTTGATTTTCCGGTGGATACT
TTGCTCCCGGAGATGAAACTTGGTCGGAAATTCAACAGTTCAGAAAAGGAAAAAATCCTC
ACATCTTGGAAAAGCCCTACTGATCCATCAAGTGGAGATTATTCGTTCATACTCGAAACT
GAAGGTTTTTTACATGAGTTTTATCTACTGAATAATGAGTTCAAAGTGTACCGAACCGGT
CCTTGGAACGAAGTCCGGTTTAACGGCATACCGAAAATGCAAAACTGGAGCTACATTAAT
AACAATTTCATAGATAACAAAGAGGAAGTCGCGTACAGTTTCCAAGTCAACGACAACCAC
AACATCCACT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3EN76JQ 756 0 0
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TTAGAATGAGTTCCACAGGGTACTTACAAGTAATCACGTGGACTAAGACAGCACCGCAAC
GTAACATGTTTTGGTCATTCCCGGAAGATACATGCGATCTGTACATAGTCTGTGGTCCTT
ACGCATACTGTGACATGCACACGTCGCCTACGTGTAACTGTATCAAGGGCTTCGTTCCCA
AGAATGAGAAGGCATGGGAGTTGAGAGATGCGTCAAGTGGTTGTGAGAGGAGCAAGAGGC
TAAGCTGTGGAGAGGGAGATGGGTTTTTGAGGATGAGTCAGATGAGGCTACCGGAGACAA
GCGAAGCGGTTGTGGACGAGATGATCGGGTTGAAGGAATGCAGGGAGAAGTGTGTTAGAG
ATTGTAACTGCACCGGGTATGCGAATATGGATAACATGAATGGGTTGGGATGTGTGATGT
GGGCCGGAGAGCTCTTGGATATGCGGAAGTACGATGCTGGAGGTCATGATATTTATGTCA
AGGTAGCAGAAGCTAGTCTTGTCCCCTCGTAGACCTGATGGATCCAATAATGCTAAAACT
TCCGGTGAATCGGATTTCATATGTAGATATCCGGATGTGTTGTTTTTAGATATATATATC
TAAAGTATCTAAAAATAAATGATATGAAGTCCTTATTATATATCCATGTTTTATATCAAT
GAAACGTCTATTCATCAATAAATTTTATGTTATCAT

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL5844Contig1 972 2 2 U
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CCATCCGTTGCGCAGCCACAAAGCCCTAGCAGAAGAAGAGATCATCTGCTCAGGCTGCGA
CCTAGACCTGATTGGTGCAGCTTTCAAATGCACCAAATCAGAATGTGATTACTTCTTGCA
CAAGTCATGTTTTGAACTTCCACGTGAGACACGCCACAAGGCTCACCCTGATCACCCTCT
GAACCTACTTTATTCCCCACCGTACGAGTCCTCAACTTACGAGTGCAGCGCGTGCAGTGA
GTATGGGTCCGGGTTCGTTTACAACTGCTCCATCTGCCAGTTTGATCTACACGTCGGGTG
CATATCTATGCCTGAGTCCGTGGAACGTGAGGGACATGAGCATCCCCTAACGTTGCTCTA
CTGTTCTCCTTACACGAACGGCTTGATATTTAACTGTGATGTCTGTCAAGAGACAGTTCC
AGATCATCTATGGTCTTATTACTGTAAGGAATGTGACTATGGCACGCATTTACATTCTTG
TGAAGTAGAAGAAGAGGTGGAAGTGGAACCAAAGAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAAGGC
GAGTACAAGTGGGAATAAAGGAGGAGGAAGAGGCTCGGCGGCTTCGGAGTTAGCTGCAAT
GTTGGAGGCTCAAAGGGAGATGGAGAGGATGCAGATTGAGTTACATATGGAGATGCAGAG
AGCTAAGATTGCTAAGAAAGCGAGAAAAGCTTGTTTGAAATTGATATAAAAAATATGCAA
GAAGTTTGAAAACATATATGTTTCTCTCGAGCTTTTTTGTATTCTTGGAGCTTTGAAACT
ATATGATTGTTGTTTTTTTTTGTGTGTGTTTTTGGTTCTTGTTTTTCCATTGATTTGTTT
CAGTTGCTAATTTCATGTTATTTTCTTGGGAATAATTATAATTCATTTGAAATAAAAGAG
TTATTTTTTTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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BS 553 972 RR3E916JQ

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CAAGTCATGTTTTGAACTTCCACGTGAGACACGCCACAAGGCTCACCCTGATCACCCTCT
GAACCTACTTTATTCCCCACCGTACGAGTCCTCAACTTACGAGTGCAGCGCGTGCAGTGA
GTATGGGTCCGGGTTCGTTTACAACTGCTCCATCTGCCAGTTTGATCTACACGTCGGGTG
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TGAAGTAGAAGA

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DS 

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GGAAGTGGAACCAAAGAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAAGGCGAGTACAAGTGGGAATAA
AGGAGGAGGAAGAGGCTCGGCGGCTTCGGAGTTAGCTGCAATGTTGGAGGCTCAAAGGGA
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AGCGAGAAAAGCTTGTTTGAAATTGATATAAAAAATATGCAAGAAGTTTGAAAACATATA
TGTTTCTCTCGAGCTTTTTTGTATTCTTGGAGCTTTGAAACTATATGATTGTTGTTTTTT
TTTGTGTGTGTTTTTGGTTCTTGTTTTTCCATTGATTTGTTTCAGTTGCTAATTTCATGT
TATTTTCTTGGGAATAATTATAATTCATTTGAAATAAAAGAGTTATTTTTTTTT

QA 1 474 1 474
DS 



AS 1 2

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ATCTCAAGTCATCGTTAGCTGATGATGATTCACGGAGGATCACGTTCGTTGCGGATTTTC
AAAACGGTCTGAAGAGTGCGTTGCCTCTCGTGTTCGGCGAAACACACCACCATCATGCTT
ATTGCTTGCGTCACCTTGCTGAGAAGCTGAACAAGGACTTGAAGGCTCAGTTCTCTCACG
AAGCGAGACGGTTCATGCTCGACGACTTCTACGCCGCTGCTTACGCCGCGCGGCCTGAAG
GATACTACCGTTCTTTGGAGAGTATAAAGAGCATTTCTCCTGATGCTTACGCTTGGGTTG
TGGAGAGTGAGCCTCACCGTTGGGCGAATGCTCTGTTCGAAGGGGAGAGGTATAACCACA
TGAACTCTACTTTTGGGTTAGATTTCTACAGCTGGGTTTCTGAAGCACATGAGCTGCCTA
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TGCAGTCAGGGAATGGGTTGTTGGGACGGTGCTGACACCGAGTAACGAGGAGAAGCTAGG
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GTGGAGATTAACTGGTTTACCGTGTAGCTACGCGGTTGCGGTGATTGAATGCATAGAGAA
GAGCCCTTATGAGTACTGTTCCAGATACTTGACCTCAGAGAGTTTCCGGTTGATGTATGC
TGAGTCCATTAACCCTGTCCCTAACGGTGGGATGATGATGATGGCGAGGAACAGATTGAA
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AGGTGGAACCGGTAGAAATGATCAAGCGTCAGCTTCAGTGTAGCAACTGCAAGGGGTTAG
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GACAGATTGTGGTTGTGATTAGCTGAGTTTTGCCCAACATTCTCGCTTTTGTTCCTCTAG
TTGTTGGTTTTTGCGAGTGTGAAGGGTTGTGAGATGTCTGTGTAGTCTTGTTTTCTTCCC
CATATCCACATTTTTGAAATGGATTTTTGGAATTACAAATC


BQ
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AF RR3H605TF U 1
AF RR3H605JQ C 542
BS 1 595 RR3H605TF
BS 596 1301 RR3H605JQ

RD RR3H605TF 595 0 0
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ATTGCTTGCGTCACCTTGCTGAGAAGCTGAACAAGGACTTGAAGGCTCAGTTCTCTCACG
AAGCGAGACGGTTCATGCTCGACGACTTCTACGCCGCTGCTTACGCCGCGCGGCCTGAAG
GATACTACCGTTCTTTGGAGAGTATAAAGAGCATTTCTCCTGATGCTTACGCTTGGGTTG
TGGAGAGTGAGCCTCACCGTTGGGCGAATGCTCTGTTCGAAGGGGAGAGGTATAACCACA
TGAACTCTACTTTTGGGTTAGATTTCTACAGCTGGGTTTCTGAAGCACATGAGCTGCCTA
TTACTCAGATGATAGACGAGCTGAGAGCAAAGCTGATGCAGTCGATCTACACGCG

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3H605JQ 760 0 0
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GCAGTCAGGGAATGGGTTGTTGGGACGGTGCTGACACCGAGTAACGAGGAGAAGCTAGGG
AAGGAGATAGAACTCGCGAGGTCGCTTCAGGTGTCACGGCCTCGCGATAGCTTATTCGAG
GTTCATGGTGAGTCCATCAACGTGGTTGATATCGATCAGTGTGACTGTGACTGTAAGATG
TGGAGATTAACTGGTTTACCGTGTAGCTACGCGGTTGCGGTGATTGAATGCATAGAGAAG
AGCCCTTATGAGTACTGTTCCAGATACTTGACCTCAGAGAGTTTCCGGTTGATGTATGCT
GAGTCCATTAACCCTGTCCCTAACGGTGGGATGATGATGATGGCGAGGAACAGATTGAAG
GGGTCGTTTCAGTGACGCCTCCGCCTGCAAGGAGGACTCCGGGGAGACCAAAGTTAAGCA
GGTGGAACCGGTAGAAATGATCAAGCGTCAGCTTCAGTGTAGCAACTGCAAGGGGTTAGG
ACACAACAAGAAAACCTGCAAAGCTGAGTCCCAAGGATAGACAGAGAGACAGGGTCAAGG
ACAGATTGTGGTTGTGATTAGCTGAGTTTTGCCCAACATTCTCGCTTTTGTTCCTCTAGT
TGTTGGTTTTTGCGAGTGTGAAGGGTTGTGAGATGTCTGTGTAGTCTTGTTTTCTTCCCC
ATATCCACATTTTTGAAATGGATTTTTGGAATTACAAATC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL5846Contig1 1413 2 2 U
GGCCTTGGGACAGGCTTAGTATCTCCAGAGATAAATACCGACAAACTAGGTTACTTCAGT
ATAAGAACTATGAAAACGTCCCCAACTCCGGTCAATCATCACACAAGGTTTGCAATGTCA
CACAGAAAGGGGCACAGTTCTATGACTTCTGGCGTAATTCAAGATCTATCAAATCTACTA
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TATCAAACTTCTTGCTAACACACTACTCTTCTCTAACGTCTGCAAAGAAGGAAGTTCTCA
ATGTTCGCGGTCATGTTGCACCATCCGAGAAACATCCTGGAAGTTTGCTGGAAGGGTTTA
CACAGACTCAAGTGAGTACACTCGCTGTAAAAGACGACTTTCTTGTTGCTGGTGGATTTC
AAGGAGAACTTATCTGCAAGCATCTTGATAGACCCGGAATCAGCTTTTGCTCTCGTACCA
CTTATGATGATAATGCTATTACCAATGCTATTGAGATCTACAACAACCCCAGTGGTGCCC
TTCATTTACCGCGTCAAATAATGACTGTGGAGTCAGAGATTTCGACATGGAGAGATACCA
GCTTGTTAAGCATTTTTCTTTTCCTTGGCCAGTGAATCATACATCTTTGAGTCCTAATGG
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AAAGACGCTGGAAACACTATCAGACATTTTGACTATTCCTTCGCCTCAGCGTGGCATCCT
GACGGAATCACTTTCTCAACTGGAAACCAAGACAAGACCTGCCGTGTGTGGGACATCCGT
AACCTGTCTCAATCCGTTTCTGTCTTGAAAGGTAACCTTGGAGCAATCAGGTCGATCCGC
TACACATCCGATGGGAGATACATGGCCATGGCCGAACCGGCTGACTTCGTGCACGTCTAT
GACGTCTCGAAGGGGTATGAAACAGAGCAGGAGATCGACTTCTTTGGGGAGATTTCTGGA
ATATCGTTCAGCCCTGACACAGAGGCGCTTTTCATTGGGGTATGGGACCGAACCTATGGT
AGCCTCCTTGAGTATCATCGGCGAAGTAACTACACCTACCTTGATTCGTTTCTGTAAGCA
AGAATAAGAGAAGTATACACAACCCGCCCAAGGAATAAAAAAGAGAGCTCATATACAGCA
ACAGAAGCAAAACCATAGAGATATAATGGATGTCTTAGAGGTGTGTAAATGATGTGTTGT
GCAAATGCTACTGTAGTTAGTGTCTTTTGTTTTCTTTGCCGGCGGCTTGTGTGTTGTTTA
CTTATGTCTGGTCTTCTGAAAGGTTCAAGATGTGTACAGTAAGTAGTGTTGGTTAGTTGT
TTCACTTTTGAAAACATCAATGAAGTCTCTTAC


BQ
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AF RR3AR69TF U 1
AF RR3AR69JQ C 755
BS 1 812 RR3AR69TF
BS 813 1413 RR3AR69JQ

RD RR3AR69TF 812 0 0
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TCCTTCATTTCCAGTTGAGGAACTTGGTGTGGGCATCTTCCAAGCACGATGTATATCTTA
TATCAAACTTCTTGCTAACACACTACTCTTCTCTAACGTCTGCAAAGAAGGAAGTTCTCA
ATGTTCGCGGTCATGTTGCACCATCCGAGAAACATCCTGGAAGTTTGCTGGAAGGGTTTA
CACAGACTCAAGTGAGTACACTCGCTGTAAAAGACGACTTTCTTGTTGCTGGTGGATTTC
AAGGAGAACTTATCTGCAAGCATCTTGATAGACCCGGAATCAGCTTTTGCTCTCGTACCA
CTTATGATGATAATGCTATTACCAATGCTATTGAGATCTACAACAACCCCAGTGGTGCCC
TTCATTTACCGCGTCAAATAATGACTGTGGAGTCAGAGATTTCGACATGGAGAGATACCA
GCTTGTTAAGCATTTTTCTTTTCCTTGGCCAGTGAATCATACATCTTTGAGTCCTAATGG
TAAATTACTAGCTATTGTTGGGGACAATCCTGAAAGCCTTATCGTAGACCCCAACACTGG
AAAGACGCTGGAAACACTATCAGACATTTTGACTATTCCTTCGCCTCAGCGTGGCATCCT
GACGGAATCACTTTCTCAACTGGAAACCAAGA

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3AR69JQ 659 0 0
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AGACCTGCCGTGTGTGGGACATCCGTAACCTGTCTCAATCCGTTTCTGTCTTGAAAGGTA
ACCTTGGAGCAATCAGGTCGATCCGCTACACATCCGATGGGAGATACATGGCCATGGCCG
AACCGGCTGACTTCGTGCACGTCTATGACGTCTCGAAGGGGTATGAAACAGAGCAGGAGA
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TTGGGGTATGGGACCGAACCTATGGTAGCCTCCTTGAGTATCATCGGCGAAGTAACTACA
CCTACCTTGATTCGTTTCTGTAAGCAAGAATAAGAGAAGTATACACAACCCGCCCAAGGA
ATAAAAAAGAGAGCTCATATACAGCAACAGAAGCAAAACCATAGAGATATAATGGATGTC
TTAGAGGTGTGTAAATGATGTGTTGTGCAAATGCTACTGTAGTTAGTGTCTTTTGTTTTC
TTTGCCGGCGGCTTGTGTGTTGTTTACTTATGTCTGGTCTTCTGAAAGGTTCAAGATGTG
TACAGTAAGTAGTGTTGGTTAGTTGTTTCACTTTTGAAAACATCAATGAAGTCTCTTAC

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL5847Contig1 1229 2 2 U
GGAACACAACAACACTTCCCTCGAAAACAACGACGACGAGATGGGTCTCCACCCAATCGC
CGACGCCGACGAGAGCAACCCCTTCGGCTCTCTCTCCGCCGAAGAATTCTACGCGAAACA
CTCCGTCTCCCACTCCTCCGCGTTCATCACAAACCCTCGCGGCCTCAAACTCTTCACCCA
GTGGTGGTCCCCACTCCCTCCGACTCCTCCCATCGGCATCGTCGCCGTCGTCCACGGCTT
CACCGGCGAATCCAGCTGTTTCCTCCAGCTCACCTCCATCCTCTTCGCCAAATCCGGCTT
CATCACCTGCGCGATCGACCACCAGGGCCACGGATTCTCCGACGGCCTCGTCGCCCACAT
CCCCGACATCAACCCCGTCGTCGACGACTGCATCTCCTTCTTCGACGACTTCCGCAGCCG
TTCTCCTCCGGATCTCCCCTGTTTCCTCTACTCCGAGTCCCTAGGCGGCGCGATCGCTCT
CTACGTCTCCCTCCGCCAGAGAGGCGTCTGGGACGGGCTCATCCTCAACGGCGCCATGTG
CGGGATCAGCGACAAGTTCAAACCCCCGTGGCCGTTGGAGCACCTGCTCTTCGTCGTCGC
GAACCTCATCCCCACCTGGCGCGTCATCCCCACTCGCGGCTCCATCCCCGACGTCTCGTT
CAAGGAGCCTTGGAAGAGGAAGCTCGCGCTGGCCAGCCCTAGGAGGACGGTGGCGAGACC
GCGCGCCGCCACGGCCTATGAGCTTATCCGAATTTGCAATGAGCTGCAGGAGAGGTTCGA
GGAGGTGGAGGTTCCGCTTCTGATCGTGCACGGGGGAGGGGACGTTGCTTGTGATCCGGC
GTGCGTGGAGGAGCTTCATCGGAGAGCGGGGAGCGAGGATAAGACGATCAAGATCTACCC
CGAGATGTGGCATCAGATGGTTGGGGAATCGGAGGAGAACGTTGATTTGGTTTACGGTGA
TATCCTGGATTGGCTGAAGAAACGAGCGGAAAGAGCTGCGGAGAGGAAACGGGAGGGACG
CGCCGTCAACGGCGGCGGAGCTTAGTGTCATTTGGGCTCCTTTGGGGATTATGTTGTTGT
CCAATAGAGTTGTGCCATCTGGCAAGTATGGTTCATTGCATTGTTTCGTATGGTCGTATC
ACATGGGTTACGGTTTAACCAATGGCCCAATACAGGGCGGACATTAATAAATCATAAAAA
TCCGTTTACATAAATGAAAAATAAATTGG


BQ
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BS 660 1229 RR3BD79JQ

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CGACGCCGACGAGAGCAACCCCTTCGGCTCTCTCTCCGCCGAAGAATTCTACGCGAAACA
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CACCGGCGAATCCAGCTGTTTCCTCCAGCTCACCTCCATCCTCTTCGCCAAATCCGGCTT
CATCACCTGCGCGATCGACCACCAGGGCCACGGATTCTCCGACGGCCTCGTCGCCCACAT
CCCCGACATCAACCCCGTCGTCGACGACTGCATCTCCTTCTTCGACGACTTCCGCAGCCG
TTCTCCTCCGGATCTCCCCTGTTTCCTCTACTCCGAGTCCCTAGGCGGCGCGATCGCTCT
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TAGAGTTGTGCCATCTGGCAAGTATGGTTCATTGCATTGTTTCGTATGGTCGTATCACAT
GGGTTACGGTTTAACCAATGGCCCAATACAGGGCGGACATTAATAAATCATAAAAATCCG
TTTACATAAATGAAAAATAAATTGG

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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGACTCTGGCCGCTATAATCGCCCGCGAATCAACTCGACGGGTCTCGTTCTCGTGACATG
CCTCGGTGCGATATGATCAGCGCGTTACCTGAACCTTTGATTACTAAAATACTCTCATAC
CTTCCCACTAAACACTCGGTGACGACTAGCGCTTTATCGACAAGATGGAAGAATCTATGG
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CAACGTGGACCTCAGCATCTAGACGTCGAGGGGTGTATTTACTATATAGACCCTGACGAC
CAACTCTATCCTTCTGTCGAGTACATGCCTCTGGATCTGTACACGAGCAAGACATTGGTT
TCCTTGACGCTCTTGTCTTCGGGTGTTGAGGTTCCTGGTTTTGTTTGCATGCCTTGTCTT
AAATCCATGACTCTTGTAAAAACTTGCTTTCGAGATGACGTGAGTCTGGAGAAACTCGTG
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GATGAGTTGATAGTTTCATGCGTGTGAGTCTGGGAGCTTGAAGAGGTTCCGTGTTCCCGG
CACGGGTATTGGGACAATACGAGAGGGAAATGCACGCTTGAGATTGATGCTCCGAGGCTA
GAGCATATGACTCTGGGAGTAGATCATTTTGATAGCATCGTGCTAAAGAACCTGACTTCT
TTGTTCATGGTTGATCTTGACTTCAAGTTACGGGAGTTCTTTGTTCCAGAGGACTCATCA
GAGAGAAAGAACTTTGGCGATCTCTTTCTCTCTGGGATATTGAGTGTAAGACACATGATC
ATCTCCGAAAAACAGTCAAGGCCCTTCATCTTTACTCGGACGTAGGTCTGATTCCCAAAC
TCAATAACTTATCACGTTTAGAAGCCGTGTTTCCCAGCAAATTATTACAGTTTCTGCCAG
TCTTTCTTGAGTGTTGCCCCAATTTGAAACACCTAATCTTGGAGGTTGTTGATTCAAGGT
TGACGGGGGATGCGTTCGAACTAACAAATGTGCCTGAGTGCTTCTTATCGACACTGGAGT
GTGTTCAGCTAAAAAGAATTCGTTACTGGGAGGAAGCGGAGATAAAAGTAGCCACTTACT
TTCTTGAGAACGCAGCAGTCCTGAAGAAACTCACTCTGAGTCTCACAGATTCTCCTCGAC
TTATCTCTGATGAAGAAATCTTCGAGGAGGTTAACAAAGTTACAAAACGTTCTCCAACAT
GTCAAATTCTTTGTGATTGGGATTCATGTTGATGAGTGAGAGAGAGAGCATTATCATGAG
CGTGTTCTTGTCATGAATATTCGAAGTTAAAGTTTCTTTGTAGACATTTCTTAGTTCTGG
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TTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3FW94TF U 1
AF RR3FW94JQ C 717
BS 1 773 RR3FW94TF
BS 774 1565 RR3FW94JQ

RD RR3FW94TF 773 0 0
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CCTCGGTGCGATATGATCAGCGCGTTACCTGAACCTTTGATTACTAAAATACTCTCATAC
CTTCCCACTAAACACTCGGTGACGACTAGCGCTTTATCGACAAGATGGAAGAATCTATGG
CTAAGCGTTCCATCTCTCGACATAAACTGCAACGACTTCCCTTACGGAGAAGAAGAAGTG
GTCCTCAGCTTCCTCGACAGATTCCTCGAGTTTAACCCTGATTTACGCCTTCTAAAAGTC
AACGTGGAGTACGGTAACGTGGAGATAGAAGGGCTCAAGGAACGGATCAGCACAGTGATA
CAACGTGGACCTCAGCATCTAGACGTCGAGGGGTGTATTTACTATATAGACCCTGACGAC
CAACTCTATCCTTCTGTCGAGTACATGCCTCTGGATCTGTACACGAGCAAGACATTGGTT
TCCTTGACGCTCTTGTCTTCGGGTGTTGAGGTTCCTGGTTTTGTTTGCATGCCTTGTCTT
AAATCCATGACTCTTGTAAAAACTTGCTTTCGAGATGACGTGAGTCTGGAGAAACTCGTG
TCGGGATGTCCTGTTCTTGAAGAGCTGACCTTGGTTAGGGCTAGGGATTCTGATTTCGAG
GATGAGTTGATAGTTTCATGCGTGTGAGTCTGGGAGCTTGAAGAGGTTCCGTGTTCCCGG
CACGGGTATTGGGACAATACGAGAGGGAAATGCACGCTTGAGATTGATGCTCC

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3FW94JQ 849 0 0
CCC
GCACGGGTATTGGGACAATACGAGAGGGAA*TGCACGCTTGAGATTGATGCTCCGAGGCT
AGAGCATATGACTCTGGGAGTAGATCATTTTGATAGCATCGTGCTAAAGAACCTGACTTC
TTTGTTCATGGTTGATCTTGACTTCAAGTTACGGGAGTTCTTTGTTCCAGAGGACTCATC
AGAGAGAAAGAACTTTGGCGATCTCTTTCTCTCTGGGATATTGAGTGTAAGACACATGAT
CATCTCCGAAAAACAGTCAAGGCCCTTCATCTTTACTCGGACGTAGGTCTGATTCCCAAA
CTCAATAACTTATCACGTTTAGAAGCCGTGTTTCCCAGCAAATTATTACAGTTTCTGCCA
GTCTTTCTTGAGTGTTGCCCCAATTTGAAACACCTAATCTTGGAGGTTGTTGATTCAAGG
TTGACGGGGGATGCGTTCGAACTAACAAATGTGCCTGAGTGCTTCTTATCGACACTGGAG
TGTGTTCAGCTAAAAAGAATTCGTTACTGGGAGGAAGCGGAGATAAAAGTAGCCACTTAC
TTTCTTGAGAACGCAGCAGTCCTGAAGAAACTCACTCTGAGTCTCACAGATTCTCCTCGA
CTTATCTCTGATGAAGAAATCTTCGAGGAGGTTAACAAAGTTACAAAACGTTCTCCAACA
TGTCAAATTCTTTGTGATTGGGATTCATGTTGATGAGTGAGAGAGAGAGCATTATCATGA
GCGTGTTCTTGTCATGAATATTCGAAGTTAAAGTTTCTTTGTAGACATTTCTTAGTTCTG
GTTGGATTCCTAAAACCATGGTGGTTGATTCAAGTTCTTCATGTGAATGAATTTTCGGTG
GTTTTG

QA 4 849 4 849
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 0 0

AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5855Contig1 1226 2 2 U
GCGTGATCCTCCTGAAGTTCCTCCGGGCGAGAGACTTCAAGGTCAAGGAAGCCTTGACGA
TGCTGAAAAACACAGTCCAGTGGCGCAAGGAAAACAAAATCGACGATCTCGTCGTCGAAG
CCGCGGGAGAAGAGGCCAGCGAGTTCGAGAAGATGGTGTTCGCTCACGGTGTGGACAAGG
AAGGTCACGTCGTGATCTACAGCTCCTACGGGGAGTTTCAGAACAAGGAGCTATTCTCCG
ACAAGGAGAAACTTAACAAGTTCCTCAACTGGAGGATTCAGCTTCAAGAGAAGTGTGTGA
GGGCTCTTGATTTCAGCAGCCCTGACGCTAAATCTTCGTTCGTGTTCTTCAGTGACTTCA
GGAACGCTCCTGGACTTGGCAAGAGAGCCCTGTGGCAGTTCATCAGACGTGCGGTCAAGC
AGTTCGAAGACAACTATCCCGAGTTCGCCACTAGAGAGTTGTTCATTAATGTCCCATGGT
GGTACATTCCTTACTACAAAACATTCGGATCTATCATCACATCGCCAAGGACTAGAAGCA
AGATGGTCCTTGCTGGTCCATCCAAGTCTGTTGACACCATTTTCAAATACATTTCTCCTG
AACAAGTCCCGGTTAAGTACGGCGGACTTAGCAATGATATTTCTTTAACCACTGGTGACA
CTATCACCGAAGCCATTGTTAAACCAGCAGCTAAATACACCATAGAGTTGCCTGCTTTTG
AGGCTTGCACGCTCTCGTGGGAGCTTAGAGTTTTGGGTGCAGATGTGAGCTATGGGACTC
AGTTTGAACCGACCACAGAGGGAAGCTATGTTGTGATTGTTTCTAAAAACCGTAAGATTG
GGTTAACTGATGAGCCGGTGATAACCGATTCATTTAAGGTGGGTGAACCAGGGAAGATTG
TGATCACAATCGATAACCAGACTTCCAAGAAGAAGAAAGTGCTTTACAGGATCAAAACGC
AACCAAGGTCTGATCTTTGAAATCATATCTGAGACCATATATCACTTGCCACAACCCAAA
TCTAAGGAGGAAGTATTTGGGAGAACAAATTTTTAATTAATTTAATTAGTTTGTTATTTG
ATATGTAATTTTGAAATCTCAAAAGCTGGTTGTGTGTTTGCTGGAATTGTTTGCTTTGTT
TTCAGTATTGGGATTGTTTTGTGTGTGGAGAATATGTGATTAAAATCCAAAAGCAAAAGA
AAAAATAAACTTTGTTTCATTACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DE73TF U 1
AF RR3DE73JQ C 557
BS 1 618 RR3DE73TF
BS 619 1226 RR3DE73JQ

RD RR3DE73TF 618 0 0
GCGTGATCCTCCTGAAGTTCCTCCGGGCGAGAGACTTCAAGGTCAAGGAAGCCTTGACGA
TGCTGAAAAACACAGTCCAGTGGCGCAAGGAAAACAAAATCGACGATCTCGTCGTCGAAG
CCGCGGGAGAAGAGGCCAGCGAGTTCGAGAAGATGGTGTTCGCTCACGGTGTGGACAAGG
AAGGTCACGTCGTGATCTACAGCTCCTACGGGGAGTTTCAGAACAAGGAGCTATTCTCCG
ACAAGGAGAAACTTAACAAGTTCCTCAACTGGAGGATTCAGCTTCAAGAGAAGTGTGTGA
GGGCTCTTGATTTCAGCAGCCCTGACGCTAAATCTTCGTTCGTGTTCTTCAGTGACTTCA
GGAACGCTCCTGGACTTGGCAAGAGAGCCCTGTGGCAGTTCATCAGACGTGCGGTCAAGC
AGTTCGAAGACAACTATCCCGAGTTCGCCACTAGAGAGTTGTTCATTAATGTCCCATGGT
GGTACATTCCTTACTACAAAACATTCGGATCTATCATCACATCGCCAAGGACTAGAAGCA
AGATGGTCCTTGCTGGTCCATCCAAGTCTGTTGACACCATTTTCAAATACATTTCTCCTG
AACAAGTCCCGGTTAAGT

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3DE73JQ 670 0 0
TCCATCCAAGTCTGTTGACACCATTTTCAAATACATTTCTCCTGAACAAGTCCCGGTTAA
GTACGGCGGACTTAGCAATGATATTTCTTTAACCACTGGTGACACTATCACCGAAGCCAT
TGTTAAACCAGCAGCTAAATACACCATAGAGTTGCCTGCTTTTGAGGCTTGCACGCTCTC
GTGGGAGCTTAGAGTTTTGGGTGCAGATGTGAGCTATGGGACTCAGTTTGAACCGACCAC
AGAGGGAAGCTATGTTGTGATTGTTTCTAAAAACCGTAAGATTGGGTTAACTGATGAGCC
GGTGATAACCGATTCATTTAAGGTGGGTGAACCAGGGAAGATTGTGATCACAATCGATAA
CCAGACTTCCAAGAAGAAGAAAGTGCTTTACAGGATCAAAACGCAACCAAGGTCTGATCT
TTGAAATCATATCTGAGACCATATATCACTTGCCACAACCCAAATCTAAGGAGGAAGTAT
TTGGGAGAACAAATTTTTAATTAATTTAATTAGTTTGTTATTTGATATGTAATTTTGAAA
TCTCAAAAGCTGGTTGTGTGTTTGCTGGAATTGTTTGCTTTGTTTTCAGTATTGGGATTG
TTTTGTGTGTGGAGAATATGTGATTAAAATCCAAAAGCAAAAGAAAAAATAAACTTTGTT
TCATTACTTT

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL5856Contig1 1367 2 2 U
CCAAACTTGCATAAAGAGAAAATCCTCTCCTCTGTTCCCTTTTCCAGCGACGTTTTAATC
GTTTTTTCTTTCAGGTAGATATTTGGTTGATTCCAGCGTTTTATAAGCGCTAGAGGTTTT
GAGATCGAGTTATCGTGGCTTTATATAACATGGAGAGAGATTTTCTTGGGCTTGGTTCGA
AAAATTCTCCGATCACTGTGAAGGAGGAAACAAGCGAAAGCTCCAGAGATTCAGCTCCGA
ACAGAGGAATGAACTGGTCATTCTCAAAGAAAGGCTCTGCTGCTTCTTCTCAGTTTCTAT
CTTTCAGGGCATCTCAAGATGACAGACATAGAAAGCCTGGAAACTATCATCATCTCCCAC
ACTCTGGTTCCTTCATGCCATCATCTGTAGCAGCAGATGTATACGATTCTAACCGGAACA
CTCCTTACAGTTCTGTACAGGGAGCCAGGATGTTCCCTAATTGTAATCAACAGCAAGAAT
CTATCTCAGTTTCCATGGTCAGACCGGGTCTCCAGTCTCATTATGCACCAGGAGGAAAAA
GCTTCATGAGCAATGGGATAAACTCACAACCTTATGCAGGAGTCCCTATCATGGCACCTC
CAATCTCAGTCCTTCCTGCTCCAGGTTCCATTGTAGGGACAACTGATATTAGATCTTCTT
CCAAGCCAATAGGATCACCAGCTCAGTTGACCATCTTTTATGCCGGTTCAGTTAGTGTTT
ATGATGACATATCTCCTGACAAGGCCAAGGCGATAATGTTGCTTGCTGGAACGGTTCCTC
TATGCCTCAAGCCTTCTCACCACCTCAAACGCATCATCAACAAGTCATCCACCATCATGC
TCGTGCCTCTGTCGATTCTTCTTCAGCTATGCCTCCTAGCTTCATGCCTGCAGTCTCTTA
TCTTAGCCCTGAAGCTGGAAGTAGCACAACTGTACTCGGAGCCAGAGGCTTTACATCAAC
ATACCACAACAATCAAACTAATGCTTTTACTGTAAAGCCTCAAACAGTGGCTTTGCCTCA
GGCTCGCAAAGCATCTCTGGCTAGGTTCTTAGAGAAACGCAAAGAAAGGGTCACAAGTGT
ATCGCCGTATTGCTTGGACAAGAAGTCATCAACAGATTGTCGTACAGCAATATCTGAATG
CATAAGTTCGTCATTCAGCTCTGCAACCTAAAATCTCATTTTGCAGTAGTACTGCTTCAG
ACCACTCCAGAACGCATATTTGCATCTCAATGGTGATTTTTTTCAGTTTTCCAGTTTTTA
TCTTCTTTTTTTCTGTTACAGAATTTTCCTTTTTCTCTGGTTACACTTGAGAATTTTCTT
AGCTTATATACCATAGTGTAACTTTTTCTCTGTACGCTACAGTGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AP24TF U 1
AF RR3AP24JQ C 702
BS 1 758 RR3AP24TF
BS 759 1367 RR3AP24JQ

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CCAAACTTGCATAAAGAGAAAATCCTCTCCTCTGTTCCCTTTTCCAGCGACGTTTTAATC
GTTTTTTCTTTCAGGTAGATATTTGGTTGATTCCAGCGTTTTATAAGCGCTAGAGGTTTT
GAGATCGAGTTATCGTGGCTTTATATAACATGGAGAGAGATTTTCTTGGGCTTGGTTCGA
AAAATTCTCCGATCACTGTGAAGGAGGAAACAAGCGAAAGCTCCAGAGATTCAGCTCCGA
ACAGAGGAATGAACTGGTCATTCTCAAAGAAAGGCTCTGCTGCTTCTTCTCAGTTTCTAT
CTTTCAGGGCATCTCAAGATGACAGACATAGAAAGCCTGGAAACTATCATCATCTCCCAC
ACTCTGGTTCCTTCATGCCATCATCTGTAGCAGCAGATGTATACGATTCTAACCGGAACA
CTCCTTACAGTTCTGTACAGGGAGCCAGGATGTTCCCTAATTGTAATCAACAGCAAGAAT
CTATCTCAGTTTCCATGGTCAGACCGGGTCTCCAGTCTCATTATGCACCAGGAGGAAAAA
GCTTCATGAGCAATGGGATAAACTCACAACCTTATGCAGGAGTCCCTATCATGGCACCTC
CAATCTCAGTCCTTCCTGCTCCAGGTTCCATTGTAGGGACAACTGATATTAGATCTTCTT
CCAAGCCAATAGGATCACCAGCTCAGTTGACCATCTTTTATGCCGGTTCAGTTAGTGTTT
ATGATGACATATCTCCTGACAAGGCCAAGGCGATAATG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3AP24JQ 666 0 0
GCCGGTTCAGTTAGTGTTTATGATGACATATCTCCTGACAAGGCCAAGGCGATAATGTTG
CTTGCTGGAACGGTTCCTCTATGCCTCAAGCCTTCTCACCACCTCAAACGCATCATCAAC
AAGTCATCCACCATCATGCTCGTGCCTCTGTCGATTCTTCTTCAGCTATGCCTCCTAGCT
TCATGCCTGCAGTCTCTTATCTTAGCCCTGAAGCTGGAAGTAGCACAACTGTACTCGGAG
CCAGAGGCTTTACATCAACATACCACAACAATCAAACTAATGCTTTTACTGTAAAGCCTC
AAACAGTGGCTTTGCCTCAGGCTCGCAAAGCATCTCTGGCTAGGTTCTTAGAGAAACGCA
AAGAAAGGGTCACAAGTGTATCGCCGTATTGCTTGGACAAGAAGTCATCAACAGATTGTC
GTACAGCAATATCTGAATGCATAAGTTCGTCATTCAGCTCTGCAACCTAAAATCTCATTT
TGCAGTAGTACTGCTTCAGACCACTCCAGAACGCATATTTGCATCTCAATGGTGATTTTT
TTCAGTTTTCCAGTTTTTATCTTCTTTTTTTCTGTTACAGAATTTTCCTTTTTCTCTGGT
TACACTTGAGAATTTTCTTAGCTTATATACCATAGTGTAACTTTTTCTCTGTACGCTACA
GTGAGT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL5857Contig1 1401 2 4 U
GGAATGATCCAACAACTTCAAGAACAAAAGAGACTGTTGGTGTTGTTCAATCTACGAGTA
GTCAGGAGAATAATAATAATAATAATCAGTTTCTTGATCCAAGAAAGTCACACAACATTG
CTATTTTGCTTAGAGCTCTTAATGTAACCGCCGATGAAGTCTGCGAAGCCCTTGTTGAAG
GAAACTCGGATGCGCTTGGTTCCGAGCTTCTCCAATGCCTGCTTAAGATGGCACCTACCA
AAGAAGAAGAGGCCAAGCTCAAGGAGCTTAAAGAGGATGATGATGATGAATCATCTCCTT
CCAAGATTGGACCTGCAGAGAAGTTCCTCAGAGCTTTGCTCAACATTCCTTTGGCTTTCA
AGAGAATCAACGCAATGCTTTACGTAGTCAACTTCGAGTCCGAAACCGAGTACCTCAAAA
GATCATTCCACACCCTCGAGGCTGCTTGTGGGGAGTTAAAGAACACTAGGATGTTCTTGA
AGCTTCTAGAAGCGGTTCTCAAGACGGGGAACCGGATGAATGTTGGGACTAACAGAGGAG
ACGCACACGCTTTCAAGCTCGACACGCTCTTGAAGCTGGTGGATATCAAAGGAACAGATG
GGAAGACCACCTTGCTGCACTTTGTGGTTCAAGAGATCATAAAATCAGAAGGAGGTCGCG
TTTCTTCTTCCACTGCTCCAACTCAAAGCCCTATAGGCGTTGTTAACATAGCCGAGCAAT
CAGCGTTCCAAGACGACTTAGAGCTGAAGAAACTTGGGTTGCAAGTCGTCTCAGGTCTCA
GCTCTCAGTTAACAAACGTCAAGAAAGCAGCTGCGGTGGATTCGAACTCCCTGGGGAACG
AAGCAGGTGAGCTCGCTAGAGGGATAACAAAGGTCAAGGAAGTAATCGATGAGCTAAAGC
AAGAAGCAGGAGCAGAGAGGTTCTTGGACTCGATGAGCTCGTTCTTGAGCAAAGCTGAGA
AAGAGATCACGGAGATACAATCGCAGGGAGACAATGTCATGAAGATGGTTAAAGAAGTAA
CGGAGTACTTCCATGGGAACTCGGAGTCTCATCCTTGTCGGATATTCACCGTTGTCAGAG
ACTTTCTGATGGTTCTTGATCAAGTGTGTAAAGAAGTTGGTCGTGTAAACGAGAGAACAG
TGTATGGTTCTTCAGTACCACGAGGTTCAGCTTCGAACCAGGCTGTCACCACGCCGCTTT
TCCCCGTGGCTAACGATAACAACTCAGAGCAGAGTCACTCGGGATCTCTAGACAACGAAG
GAGACGAGGACTTGTTCTAAGTGAAAACGATTTGATTCAGTGTATTTGTCTGGTGTGTTT
TGGTTTCATGTGGTCCGTACTGAAGAAACATATGTTTTATGTGTATTTAAAATTTTGTAA
TGAAAGTTATTAGATTTTTGG


BQ
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AF RR3FV22TF U 1
AF RR3FV22JQ C 613
BS 1 643 RR3FV22TF
BS 644 644 RR3FV22JQ
BS 645 680 RR3FV22TF
BS 681 1401 RR3FV22JQ

RD RR3FV22TF 683 0 0
GGAATGATCCAACAACTTCAAGAACAAAAGAGACTGTTGGTGTTGTTCAATCTACGAGTA
GTCAGGAGAATAATAATAATAATAATCAGTTTCTTGATCCAAGAAAGTCACACAACATTG
CTATTTTGCTTAGAGCTCTTAATGTAACCGCCGATGAAGTCTGCGAAGCCCTTGTTGAAG
GAAACTCGGATGCGCTTGGTTCCGAGCTTCTCCAATGCCTGCTTAAGATGGCACCTACCA
AAGAAGAAGAGGCCAAGCTCAAGGAGCTTAAAGAGGATGATGATGATGAATCATCTCCTT
CCAAGATTGGACCTGCAGAGAAGTTCCTCAGAGCTTTGCTCAACATTCCTTTGGCTTTCA
AGAGAATCAACGCAATGCTTTACGTAGTCAACTTCGAGTCCGAAACCGAGTACCTCAAAA
GATCATTCCACACCCTCGAGGCTGCTTGTGGGGAGTTAAAGAACACTAGGATGTTCTTGA
AGCTTCTAGAAGCGGTTCTCAAGACGGGGAACCGGATGAATGTTGGGACTAACAGAGGAG
ACGCACACGCTTTCAAGCTCGACACGCTCTTGAAGCTGGTGGATATCAAAGGAACAGATG
GGAAGACCACCTTGCTGCACTTTGTGGTTCAAGAGATCATAAA*TCAGAAGGAGGTCGCG
TTTCTTCTTCCACTGCTCCA
CTC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3FV22JQ 789 0 0
TGCTGCACTTTGTGGTTCAAGAGATCATAAAATCAGAAGGAGGTCGCGTTTCTTCTTCCA
CTGCTCCAACTCAAAGCCCTATAGGCGTTGTTAACATAGCCGAGCAATCAGCGTTCCAAG
ACGACTTAGAGCTGAAGAAACTTGGGTTGCAAGTCGTCTCAGGTCTCAGCTCTCAGTTAA
CAAACGTCAAGAAAGCAGCTGCGGTGGATTCGAACTCCCTGGGGAACGAAGCAGGTGAGC
TCGCTAGAGGGATAACAAAGGTCAAGGAAGTAATCGATGAGCTAAAGCAAGAAGCAGGAG
CAGAGAGGTTCTTGGACTCGATGAGCTCGTTCTTGAGCAAAGCTGAGAAAGAGATCACGG
AGATACAATCGCAGGGAGACAATGTCATGAAGATGGTTAAAGAAGTAACGGAGTACTTCC
ATGGGAACTCGGAGTCTCATCCTTGTCGGATATTCACCGTTGTCAGAGACTTTCTGATGG
TTCTTGATCAAGTGTGTAAAGAAGTTGGTCGTGTAAACGAGAGAACAGTGTATGGTTCTT
CAGTACCACGAGGTTCAGCTTCGAACCAGGCTGTCACCACGCCGCTTTTCCCCGTGGCTA
ACGATAACAACTCAGAGCAGAGTCACTCGGGATCTCTAGACAACGAAGGAGACGAGGACT
TGTTCTAAGTGAAAACGATTTGATTCAGTGTATTTGTCTGGTGTGTTTTGGTTTCATGTG
GTCCGTACTGAAGAAACATATGTTTTATGTGTATTTAAAATTTTGTAATGAAAGTTATTA
GATTTTTGG

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL5858Contig1 1364 2 2 U
ACACACAAAGCTCGTATACAACATCCTTCATGGCTCTTCGCTGCTTACTTCAGTCTTCAA
CAACTTCCTCTTATCTCTCTAAGATGTGTACATTTCGTATGCATGGGACCAAGGCAGCAG
CTTCCATTGTAGAAGAACATGTTTCAGAGATGCTGAGGTCAGAACGTGAGGATGAAGAGT
ATGCTGATGTGGACTGGGACAACCTCGGATTCAGTCTTGTACCAACAGATTACATGTTCG
CCACAAGAAGTTGTAGAGAAGGAAACTTCGAACAAGGTTGCCTTAGCCGTTACGGCAACA
TGGAGCTCAACCCTGCTGCTGGAATTCTCAACTATGGCCGGGGATTAATCGAGGGGATGA
AGGCGTACAGAAGAGAAGACGGTAGGGTTTTTATGTTTCGTCCAGAGCTAAACGCGATGC
GTATGAAGAACGGAGCTGAGAGAATGTGCACGCATTCTCCTTCTGTTCAACACTTTATGG
AAGGTGTCAAGCAGACCGTTCTTGCAAACAGACGTTGGGTTCCTCCTCCGGGAAAAGCTC
GTTGTATCTCAGACCGTTGTTGTTTGGAAGCGGAGCAAGCTTGGGTGTGTCTGCAGCATC
AGAGTACACTTTTGTTGTGTTTGGCTCTCCTGTTCAAAACTACTTTAAGGAAGGCACAGC
TGCGTTGAACCTCTACGTTGAGGAGGTGGTTCCACGCGCGTATCTTGGAGGAACTGGTGC
CGTTAAGGCCATTTCTAATTACGGTCCAGTGCTTGACGCAATGAGAAGAGCGAAAGCGAG
AGGATTCTCGGATGTATTGTATCTTGATGCAGAAACTAAGAAGAACATAGAAGAAGTTTC
AGCTGCTAATATATTCCTTGTGAAGGGGAATACAATAGTGACTCCAGCTACAAATGGGAC
GATTCTTAGAGGGACCACACGATAGAGCGTTATCGAAATTGCCCTTGATCTTGGTTATGA
GGTGGAAGAACGAGTAGTTCCGGTGGCAGAACTGAAGGAAGCAGAAGAAGTTTTTTGCAC
TGGAACTGCCGCTGGAATTGCTTCTGTTGGAAGCATCACATTTCAGAACACAAGGACTGA
GTACAAAGTGGGAGATGGTCTTGTTACACAGCAACTTCGATCTATTCTTGTCGGAATACA
AACTGGATCTATCCAAGACACTAAGAACTGGGTGTTGGAGATTGACTAATTTGAGAGAAT
TTTTTTTTTTTTTATGTTTGCACTCTTTGATGTATAATTTATAAGATAAAACTTATTAAA
ACTTTCATAGTATTGCTTACATTGTTTGCATCCATTCTATGTAGAGTATTGTTTACATTG
CATCCATTCATTGTCTACATAGTAATATGAATTTTTTCTTTTTT


BQ
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AF RR3CC54TF U 1
AF RR3CC54JQ C 564
BS 1 629 RR3CC54TF
BS 630 1364 RR3CC54JQ

RD RR3CC54TF 640 0 0
ACACACAAAGCTCGTATACAACATCCTTCATGGCTCTTCGCTGCTTACTTCAGTCTTCAA
CAACTTCCTCTTATCTCTCTAAGATGTGTACATTTCGTATGCATGGGACCAAGGCAGCAG
CTTCCATTGTAGAAGAACATGTTTCAGAGATGCTGAGGTCAGAACGTGAGGATGAAGAGT
ATGCTGATGTGGACTGGGACAACCTCGGATTCAGTCTTGTACCAACAGATTACATGTTCG
CCACAAGAAGTTGTAGAGAAGGAAACTTCGAACAAGGTTGCCTTAGCCGTTACGGCAACA
TGGAGCTCAACCCTGCTGCTGGAATTCTCAACTATGGCCGGGGATTAATCGAGGGGATGA
AGGCGTACAGAAGAGAAGACGGTAGGGTTTTTATGTTTCGTCCAGAGCTAAACGCGATGC
GTATGAAGAACGGAGCTGAGAGAATGTGCACGCATTCTCCTTCTGTTCAACACTTTATGG
AAGGTGTCAAGCAGACCGTTCTTGCAAACAGACGTTGGGTTCCTCCTCCGGGAAAAGCTC
GTTGTATCTCAGACCGTTGTTGTTTGGAAGCGGAGCAAGCTTGGGTGTGTCTGCAGCATC
AGAGTACACTTTTGTTGTGTTTGGCTCTC
TGTTCAAACTA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3CC54JQ 801 0 0
TGTTGAAGC
GAGCAAGCTTGGGTGTGTCTGCAGCATCAGAGTACACTTTTGTTGTGTTTGGCTCTCCTG
TTCAAAACTACTTTAAGGAAGGCACAGCTGCGTTGAACCTCTACGTTGAGGAGGTGGTTC
CACGCGCGTATCTTGGAGGAACTGGTGCCGTTAAGGCCATTTCTAATTACGGTCCAGTGC
TTGACGCAATGAGAAGAGCGAAAGCGAGAGGATTCTCGGATGTATTGTATCTTGATGCAG
AAACTAAGAAGAACATAGAAGAAGTTTCAGCTGCTAATATATTCCTTGTGAAGGGGAATA
CAATAGTGACTCCAGCTACAAATGGGACGATTCTTAGAGGGACCACACGATAGAGCGTTA
TCGAAATTGCCCTTGATCTTGGTTATGAGGTGGAAGAACGAGTAGTTCCGGTGGCAGAAC
TGAAGGAAGCAGAAGAAGTTTTTTGCACTGGAACTGCCGCTGGAATTGCTTCTGTTGGAA
GCATCACATTTCAGAACACAAGGACTGAGTACAAAGTGGGAGATGGTCTTGTTACACAGC
AACTTCGATCTATTCTTGTCGGAATACAAACTGGATCTATCCAAGACACTAAGAACTGGG
TGTTGGAGATTGACTAATTTGAGAGAATTTTTTTTTTTTTTATGTTTGCACTCTTTGATG
TATAATTTATAAGATAAAACTTATTAAAACTTTCATAGTATTGCTTACATTGTTTGCATC
CATTCTATGTAGAGTATTGTTTACATTGCATCCATTCATTGTCTACATAGTAATATGAAT
TTTTTCTTTTTT

QA 10 801 10 801
DS 



AS 1 2

CO CL5859Contig1 1311 2 2 U
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CAACAGTCTCTTTGAGTCTTGTAACGACCTTCCTGTTCTTGACTCCTTTATCTACTACAC
CTATGATTCTTCTTCTGGAAATTTCCAAATGGCTTATCGCCACACAAATCTCTCCCCGGG
GAAATGGGTTGCATGGGCCGTGAACCCCACGTCCACCGGCATGGTTGGAGCTCAAGCCAT
TGTAGCTTACCCACAAACAGATGGAACCGTCAGGGCTTACACTTCACCTATCGACAGCTA
CCAGACGAGTCTCCAAGAAGGTGAACTTAGCTTCAACGTCTCAGAGTTATCTGCCACTTA
CCAAAACAACGAGATGATCATCTTCGCAACTCTGAGTCTTCCACTAGCAAACGGTGGAAA
CATTAATATTGTGTGGCAAGATGGGTCTCTTTCAGGGAACACTCTCCTGCCTCATCCAAC
TTCTGGCAATAACATCCGCTCTGTTGCCACTATGAATCTAAACTCCGGTACATCTGCATC
CGCCTCAGGAGGAGGAGCCGGAGACTCAAAGCTCAGAAAACGCAACATTCATGGGGATCT
TGAACGCAGTGAGCTGGGGGAATAATGATGCCAATAGGAGCAATCATTGCTAGATATTTG
AGAGTATCCAAATCAGCAGCCCTGCTTGGTTCTACCTTCACGTTACCTGCCAAGCTCCTG
CGTATATCATTGGTGTTGCTGGTTGGGCTACAGGTATCAAACTTGGCATCGAGTCAGAAG
GGATTCAGTTCAGCGCTCACCGTGCCATCGGCATCGCTCTCTTCTGCCTTGCAACAGTTC
AGGTGTTTGCTATGTTTTTAAGACCCAAACCAGAGCACAAGTATAGAGTCTACTGGAACA
TCTACCACCACACCGTCGGCTATACTGTGATCGTCCTCGCGGTGGTGAACATTTTCAAAG
GGTTAGACATCTTGAGCCCTGAGAAGCAGTGGAGAAACGCTTACACGGCTATAATAGTAA
CGCTTGGCTTAGTGGCGGCCGTGCTAGAAGGCTTTACTTGGTATGTAGTCATAAAACGAA
GGAAAGTAGAGGAATCTACCAAAACATCTCAGCTTGGAAACGGTGGTCGGTCTCAGTATG
CTTAGAGATGTCGTTGGCTGTGTATAGAGAGTAGAGAGTGAAGTTTTATGGTTTACTGTT
TATTTATCAGTTTTGAGTTGGTTAGTTTGGTTTGCTTTTGGGATTTCTACATGTATTTCC
TAGTTTGAATTAATCTATTTGATGTTTAATAGTTGTTGAAGTTGAACGGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GE10TF U 1
AF RR3GE10JQ C 687
BS 1 749 RR3GE10TF
BS 750 1311 RR3GE10JQ

RD RR3GE10TF 749 0 0
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CAACAGTCTCTTTGAGTCTTGTAACGACCTTCCTGTTCTTGACTCCTTTATCTACTACAC
CTATGATTCTTCTTCTGGAAATTTCCAAATGGCTTATCGCCACACAAATCTCTCCCCGGG
GAAATGGGTTGCATGGGCCGTGAACCCCACGTCCACCGGCATGGTTGGAGCTCAAGCCAT
TGTAGCTTACCCACAAACAGATGGAACCGTCAGGGCTTACACTTCACCTATCGACAGCTA
CCAGACGAGTCTCCAAGAAGGTGAACTTAGCTTCAACGTCTCAGAGTTATCTGCCACTTA
CCAAAACAACGAGATGATCATCTTCGCAACTCTGAGTCTTCCACTAGCAAACGGTGGAAA
CATTAATATTGTGTGGCAAGATGGGTCTCTTTCAGGGAACACTCTCCTGCCTCATCCAAC
TTCTGGCAATAACATCCGCTCTGTTGCCACTATGAATCTAAACTCCGGTACATCTGCATC
CGCCTCAGGAGGAGGAGCCGGAGACTCAAAGCTCAGAAAACGCAACATTCATGGGGATCT
TGAACGCAGTGAGCTGGGGGAATAATGATGCCAATAGGAGCAATCATTGCTAGATATTTG
AGAGTATCCAAATCAGCAGCCCTGCTTGGTTCTACCTTCACGTTACCTGCCAAGCTCCTG
CGTATATCATTGGTGTTGCTGGTTGGGCT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3GE10JQ 625 0 0
TGGTTCTACCTTCACGTTACCTGCCAAGCTCCTGCGTATATCATTGGTGTTGCTGGTTGG
GCTACAGGTATCAAACTTGGCATCGAGTCAGAAGGGATTCAGTTCAGCGCTCACCGTGCC
ATCGGCATCGCTCTCTTCTGCCTTGCAACAGTTCAGGTGTTTGCTATGTTTTTAAGACCC
AAACCAGAGCACAAGTATAGAGTCTACTGGAACATCTACCACCACACCGTCGGCTATACT
GTGATCGTCCTCGCGGTGGTGAACATTTTCAAAGGGTTAGACATCTTGAGCCCTGAGAAG
CAGTGGAGAAACGCTTACACGGCTATAATAGTAACGCTTGGCTTAGTGGCGGCCGTGCTA
GAAGGCTTTACTTGGTATGTAGTCATAAAACGAAGGAAAGTAGAGGAATCTACCAAAACA
TCTCAGCTTGGAAACGGTGGTCGGTCTCAGTATGCTTAGAGATGTCGTTGGCTGTGTATA
GAGAGTAGAGAGTGAAGTTTTATGGTTTACTGTTTATTTATCAGTTTTGAGTTGGTTAGT
TTGGTTTGCTTTTGGGATTTCTACATGTATTTCCTAGTTTGAATTAATCTATTTGATGTT
TAATAGTTGTTGAAGTTGAACGGCT

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

CO CL5860Contig1 1585 2 2 U
GGTTCTTCCTCTTTCTCGGGTTCCCATTTCTCTCAATTTGGGGACCTGAAAATCGATTCC
TCAGCTTTCATGATCAATTCTTCAGAATGGGTCTAAAGCTCTCAAGAGGGCCTGGGAAAG
AGAAATCAACTCTTCTGCAACAAACGAGGGTTCACATTCTGACGTACCTAACCACAAGTT
TTTACCTACGTAACTTGGTGTCCAAGAAACGAAGGCGGTTAATCACCGCTGGATACGATC
TCGACATGTCTTACATTTCCGACAAACTCTTGGCTATGTCTTTTCCCGCCGAAAGAATGA
GAGCAGTTTATAGAAACCCTCTTTGGCAAGTCAAGTCCGTGCTAGATATGCGACATCCTC
ATCATTACAAGGTCTATAACCTATGCATAGAGGAATGTTATGATCCAGAGAACTTCTATG
GACGCGTGGAGAGATTCCCGTTTGATGACAACCATGTCCCATCTCTTAAAATGATCCAAC
TTTTCTGCCAAAGTGTTCATTCTTGGCTCTCATTAGATCCCAAAAACATTGCTGTTGTCC
ATTGCATGGCAGGAAAAGGTAGGACAGGGCTAATGGTATCAGCGTACCTTGTGTATAGTG
GAATGACAGCTGAAGAAGCTCTTCAGATGTATGCAAGCAGAAGAACCACTAACAATAATG
GGGTCTCAATACCTAGCCAGCGTCGTTACGTGAAATACTGGTCACATTTACTTGGTAAAG
GAATTGGAAAAGGACCTCCAGAGGTTAAATTACCTCAAGAACATAGCAGAGAGTTGCTAA
GAATTAGACTTTACGATACAGCCAACGTTGATTCTGTCTTCTTTGTGGTCTCAGAACTTC
AAGAGGTTCCAAATGAGATGTATAGACCATCTGTAGAACTTGCAAGAGGTTGTTGCAGAC
AATTCAAGAAAGGATACTGTAGAAACTCAAGTCCACGGTATTATATATCCCATGTGAACT
GTGATTCAGAGGAGGATGAGGTGTTAACAGATGGGGAAGAGCCGCGTCTTGTTGTTCAAA
TGGACACAGAGAGTTCCATCATCGACGAGAAAACATGTCTTGATTTCTACTTTGACAAAC
CTGTCAGAGTGAGTGGAGACATACGCATCACATTCTACCAGAAAATGATTGGAAGCCGTC
TCTTTTATACTTGCTTCAACACAGCTTTTATAACCAATGGCTTGCTTCAGTTTTCCATAG
GAGAGCTAGATAAAGTTGGTGGCAATGGAAGATCAATATCTGGTCCTGATTTTAGCTTGG
AGTTGCTTTTTAGTCCAGCTACTTCCATATCTGGAACCCCGCGATGACCTTTCTCTTTCC
TGAGTCCTCTGTTCTTCAAAACCAAGTCACTAAAGCTCAAAAAGGAATGATTTAAAAAGC
ACTGTTTCAGAAGATCAGGCCACAAAAGAGTTATATCAGCTGATCCTGCAAACACTTCAC
TGGCTTAAAACGGCATATCTCTTTGGACAAATGCAGAGAGGCAAGAGCAAGTAGCTAAAG
GGCAAATGACGCAAACAAAACACTATCACAACAATCTTTTTTGTAGAAGAGACTGCAATT
TTGGTAAATGATAGAGAGCAATGCG


BQ
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AF RR3BG09JQ C 758
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BS 820 1585 RR3BG09JQ

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ATCATTACAAGGTCTATAACCTATGCATAGAGGAATGTTATGATCCAGAGAACTTCTATG
GACGCGTGGAGAGATTCCCGTTTGATGACAACCATGTCCCATCTCTTAAAATGATCCAAC
TTTTCTGCCAAAGTGTTCATTCTTGGCTCTCATTAGATCCCAAAAACATTGCTGTTGTCC
ATTGCATGGCAGGAAAAGGTAGGACAGGGCTAATGGTATCAGCGTACCTTGTGTATAGTG
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GGGTCTCAATACCTAGCCAGCGTCGTTACGTGAAATACTGGTCACATTTACTTGGTAAAG
GAATTGGAAAAGGACCTCCAGAGGTTAAATTACCTCAAGAACATAGCAGAGAGTTGCTAA
GAATTAGACTTTACGATACAGCCAACGTTGATTCTGTCT

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DS 

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CTTCTTTGTGGTCTCAGAACTTCAAGAGGTTCCAAATGAGATGTATAGACCATCTGTAGA
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AGAGCCGCGTCTTGTTGTTCAAATGGACACAGAGAGTTCCATCATCGACGAGAAAACATG
TCTTGATTTCTACTTTGACAAACCTGTCAGAGTGAGTGGAGACATACGCATCACATTCTA
CCAGAAAATGATTGGAAGCCGTCTCTTTTATACTTGCTTCAACACAGCTTTTATAACCAA
TGGCTTGCTTCAGTTTTCCATAGGAGAGCTAGATAAAGTTGGTGGCAATGGAAGATCAAT
ATCTGGTCCTGATTTTAGCTTGGAGTTGCTTTTTAGTCCAGCTACTTCCATATCTGGAAC
CCCGCGATGACCTTTCTCTTTCCTGAGTCCTCTGTTCTTCAAAACCAAGTCACTAAAGCT
CAAAAAGGAATGATTTAAAAAGCACTGTTTCAGAAGATCAGGCCACAAAAGAGTTATATC
AGCTGATCCTGCAAACACTTCACTGGCTTAAAACGGCATATCTCTTTGGACAAATGCAGA
GAGGCAAGAGCAAGTAGCTAAAGGGCAAATGACGCAAACAAAACACTATCACAACAATCT
TTTTTGTAGAAGAGACTGCAATTTTGGTAAATGATAGAGAGCAATGCG

QA 1 828 1 828
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAAGTTGGTTTCTTTGATTTTATGACATTGTTGTAATACAATTGTGAAGCAGCCAAATAG
AGAGTTTCCTTGAAGAAGAAGCTTCTTTTAATCATAGAGAACACACAAATACAAAGATAA
ATGAGGGAGGAGGTGCACCCATTAGCAGCAGCTTTATGGTGCAAATCAAGACAAGGCCAT
GGCGGGCTTGCTGGTCCCGTTAATAGCAGGGACAACACCGCCGCCTCTCGTGGACTTCAC
GTATGAAAGATATTCGCTATAATGCATGCTGAATAATGTACTCTGGTAACGTGTTAGATG
GATTCTCCTACGCACTGATTCAGTTATGTCACCGTTGTATCCTGCTTTGCGCACCAGTGA
ATCTATTGCCTCTATCTTTGTCCAGCCTGCGGGATGAGAAGTAACGGTAATATTTTATAA
TATATACACACTAGCATACCGATTGATCAATGCTGCATATAGGTTTCAAGTTTTGATCCA
AACAAAGCGCAGGAGTTCTCAGGTGTTAACTAAAGATACAAACTCCTAAGCAAACCTAAT
TTTGTATCATCAAAAATGGTGTACCTTCATGAGCTGGCACCTCACGCAAATATGTGGCGT
TTCGCCTTTTATTAGTCACGGGTTCAGTGAACTCAATGATTATACCATGCTTTCCCACCT
TCAATAGTCAGAAAAATTCGGAAAAATTAAGCGAGTGGGGAATATAACATGAGGGATGTG
AAATCAGTGGGTTGAGGATTGAATAGCATGATTACTACTAAATAAATTACCTCCCAATCA
AGATAATCATCTGCAGTTTCATAATCAGTCAGGACAGAGACTGTACATTGCAAAAAGGGC
AGTTCTTTGGACTGTATTGGCGGGAACCTACGATCCCTCAGGGCACTATAATATTACATA
ACACAAAAAAAGTGCATTTACGACCAATGACATTAATGAACTATACGGCAGCAAAACAGT
CTAAAGAACACATGGTTGTTGCATTTGGCCAAGGAATAGGAGGAGTAAGGTAACCTGGTC
AAGGCATAATCCTTGAAGCCACTGATCAAGCGGCGTGCTTCCAGTGTACCAATACATCCA
CGCAATCGAGGCTCCCCACCATTCACTATTTTCTTCCACGTCACAAACAATGGACTTCAA
GAAAAGAAACAAAAAAAAACACTGGACTATCAGTTAGGAAAGTGTTGATGTAAATAATGA
TCACAGCATATGAGCTAAGCTTGATTTCTGCTACTGA


BQ
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AF RR3AJ32TF U 1
AF RR3AJ32JQ C 729
BS 1 786 RR3AJ32TF
BS 787 1237 RR3AJ32JQ

RD RR3AJ32TF 786 0 0
AAAGTTGGTTTCTTTGATTTTATGACATTGTTGTAATACAATTGTGAAGCAGCCAAATAG
AGAGTTTCCTTGAAGAAGAAGCTTCTTTTAATCATAGAGAACACACAAATACAAAGATAA
ATGAGGGAGGAGGTGCACCCATTAGCAGCAGCTTTATGGTGCAAATCAAGACAAGGCCAT
GGCGGGCTTGCTGGTCCCGTTAATAGCAGGGACAACACCGCCGCCTCTCGTGGACTTCAC
GTATGAAAGATATTCGCTATAATGCATGCTGAATAATGTACTCTGGTAACGTGTTAGATG
GATTCTCCTACGCACTGATTCAGTTATGTCACCGTTGTATCCTGCTTTGCGCACCAGTGA
ATCTATTGCCTCTATCTTTGTCCAGCCTGCGGGATGAGAAGTAACGGTAATATTTTATAA
TATATACACACTAGCATACCGATTGATCAATGCTGCATATAGGTTTCAAGTTTTGATCCA
AACAAAGCGCAGGAGTTCTCAGGTGTTAACTAAAGATACAAACTCCTAAGCAAACCTAAT
TTTGTATCATCAAAAATGGTGTACCTTCATGAGCTGGCACCTCACGCAAATATGTGGCGT
TTCGCCTTTTATTAGTCACGGGTTCAGTGAACTCAATGATTATACCATGCTTTCCCACCT
TCAATAGTCAGAAAAATTCGGAAAAATTAAGCGAGTGGGGAATATAACATGAGGGATGTG
AAATCAGTGGGTTGAGGATTGAATAGCATGATTACTACTAAATAAATTACCTCCCAATCA
AGATAA

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3AJ32JQ 509 0 0
GGGTTGAGGATTGAATAGCATGATTACTACTAAATAAATTACCTCCCAATCAAGATAATC
ATCTGCAGTTTCATAATCAGTCAGGACAGAGACTGTACATTGCAAAAAGGGCAGTTCTTT
GGACTGTATTGGCGGGAACCTACGATCCCTCAGGGCACTATAATATTACATAACACAAAA
AAAGTGCATTTACGACCAATGACATTAATGAACTATACGGCAGCAAAACAGTCTAAAGAA
CACATGGTTGTTGCATTTGGCCAAGGAATAGGAGGAGTAAGGTAACCTGGTCAAGGCATA
ATCCTTGAAGCCACTGATCAAGCGGCGTGCTTCCAGTGTACCAATACATCCACGCAATCG
AGGCTCCCCACCATTCACTATTTTCTTCCACGTCACAAACAATGGACTTCAAGAAAAGAA
ACAAAAAAAAACACTGGACTATCAGTTAGGAAAGTGTTGATGTAAATAATGATCACAGCA
TATGAGCTAAGCTTGATTTCTGCTACTGA

QA 1 509 1 509
DS 



AS 1 2

CO CL5863Contig1 908 2 2 U
GGATATGTAAGCTCTCTTCTTCCTCCGGATCCGTTTCTTTTTCTCCATCCATGTAAAAAC
CACAACCATGAACGTTCCAATAAAACTAGCCTTTCTCTTCTTAACCGTCACCTCAACCGC
AACGGCTAAACCAGCCAAACGCACAGACTATCTTTCCACAGTGCACGCAAAAACAATCGC
GGGAATATGCACCGTTATCGAATCAGACACAAGTCTATGCACCACAACCCTCAAAGAAGT
TCCTAGCGATGACCCCATCACATTAATCCGAGCATTACCTACTGCGGCTGAATCTTCCGT
CAAAAAAAGCGTGACTTTCCTCATCGGAATCAAACCAAAACACACATCAAACGCAGTCGC
AACTGCGATCAACAGCTGCGAGAAAAACTTGAATAACGCGTTAGAAGATTTCGCTGAGTT
TTGGAAAGCTACGGGGAAAGATGTAACAACGTTGGCTCGTAACTATTTCACGTGTAAGAA
AACGTTAACGTCGATCATGGGGTATCATTCAACGTGTTTGGATGATATTGAAGATAAGGA
TTTGAAGAAGGAAGTGGGGAGTGGGATTGGTGTTGGCAAGAACCTAAGCAGTGACTCGTT
TGATGTGTTCAATGGTTGGCCTACTATTTTCAAGACTTTTAGTATTAACGTGAAGCTTAA
CGAGGAAGACACTTCGCCCCGACCCCCCCCTTTGTCGGATTATTATTACTGATTAAAGGA
TTTGTAAATAATAACTCATTACTATCGTATAATGCTTAAAGCGATACTTGTAGAGATACT
TATCATGTAGGGTACTATTGTAACCATTGATTCTAATATAGTGAAATATAATATTGGAAT
TGAATCATGTATTGTATCTTTTTTATTCATGTACAGACGGATTATATATATGAAATGTGA
TATTTACG


BQ
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AF RR3H417TF U 1
AF RR3H417JQ C 477
BS 1 535 RR3H417TF
BS 536 908 RR3H417JQ

RD RR3H417TF 535 0 0
GGATATGTAAGCTCTCTTCTTCCTCCGGATCCGTTTCTTTTTCTCCATCCATGTAAAAAC
CACAACCATGAACGTTCCAATAAAACTAGCCTTTCTCTTCTTAACCGTCACCTCAACCGC
AACGGCTAAACCAGCCAAACGCACAGACTATCTTTCCACAGTGCACGCAAAAACAATCGC
GGGAATATGCACCGTTATCGAATCAGACACAAGTCTATGCACCACAACCCTCAAAGAAGT
TCCTAGCGATGACCCCATCACATTAATCCGAGCATTACCTACTGCGGCTGAATCTTCCGT
CAAAAAAAGCGTGACTTTCCTCATCGGAATCAAACCAAAACACACATCAAACGCAGTCGC
AACTGCGATCAACAGCTGCGAGAAAAACTTGAATAACGCGTTAGAAGATTTCGCTGAGTT
TTGGAAAGCTACGGGGAAAGATGTAACAACGTTGGCTCGTAACTATTTCACGTGTAAGAA
AACGTTAACGTCGATCATGGGGTATCATTCAACGTGTTTGGATGATATTGAAGAT

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3H417JQ 432 0 0
AGAAAACGTTAACGTCGATCATGGGGTATCATTCAACGTGTTTGGATGATATTGAAGATA
AGGATTTGAAGAAGGAAGTGGGGAGTGGGATTGGTGTTGGCAAGAACCTAAGCAGTGACT
CGTTTGATGTGTTCAATGGTTGGCCTACTATTTTCAAGACTTTTAGTATTAACGTGAAGC
TTAACGAGGAAGACACTTCGCCCCGACCCCCCCCTTTGTCGGATTATTATTACTGATTAA
AGGATTTGTAAATAATAACTCATTACTATCGTATAATGCTTAAAGCGATACTTGTAGAGA
TACTTATCATGTAGGGTACTATTGTAACCATTGATTCTAATATAGTGAAATATAATATTG
GAATTGAATCATGTATTGTATCTTTTTTATTCATGTACAGACGGATTATATATATGAAAT
GTGATATTTACG

QA 1 432 1 432
DS 



AS 1 2

CO CL5864Contig1 1183 2 2 U
GATGTATAGGAACTGATTTAATATCATCCAAAACCAAACAAGTAGAATGATCCAAAGCAT
ATGACAATTGCTAAAACCTTGATATGTTTCCAATACATAGGGAAATTATGAAACAGAATC
ATCCACTGGAGTAAAATGATTAGGATCTCAAAAGGTGAGATTAATGATGCATATTATTAT
TGCTCAAAGAAAACAAACAAGTAATTGCTGGCTTTGATAACAAAGACCAGTCACAAGGTG
CTGAAAGCGAAAGTAAATGAACGAGGAAGAAGACCTCCTCCCTTGTCTTTTCCCAATGAT
AAAAATCATTGTCCAGCCTCGACAGGCTTCTGCAAAGACCATCAAAAGATATGTATAAGA
AAGGGGTAAGAGGAATAGAGAGCCGCTTTGTTAAAGGAAGAAGAGCAAAGCAGTTACCTC
TCCTTTGCCACCGGTGAAGAGCTTGTATCCACTGTAGAAAAGCGTGCCCCAGCCAGCTAG
CGAAATAAGCACAAACTGCAGAGAAGAAAGGAATCATCATCATCAACTCATCATAGCTTT
TAAATAAAATAGAAAACAGAAGAGGAGATATGAAACACGTACATGCTCCTCTTTCCAGTT
TCCTGGGTTCGTAGGCTGTTTCCAGAAGTCAACCTTGGTAGATCCATGGTGATCTGCAAC
ATTCTCATTTTTAGATCCAATCGAAACAATCAATCAATCAATCAAACGGATTTATCAAAC
ATTTCTCCACGATCTAAGGGAGTAATCAGATGGTGAAAATAAATTACGAACACAATCATT
AGATCCAAGTAAATATCGGAAGAGAAAAGAAGAAAAGTACCAGCGGCGCCGGCGAGACCA
CGACGCTGACAAACAGAGGCGGGGACACGTACAGATTGAATCTGAGCTAGGTTCATGGCT
CGGCGAGCGAACGACGCCATCGTTCTCGACTTCTGATTTAGGGTTTTCAGGAGAGATTGG
GAGAAAGGAAGAGATTAAGTGAGTGACGACACACACCCTCACGAGGCCTTTTTGTCGTTT
CAAGCATCTAAAACGGCGCCGTACTCTGAGTTTGGTCAGGCAACACATGGAAACCTCCTT
TTCTGCCAGAGGCTCCTACCCAAACATAGAAAAAGAAAACGTCATCGTTTTAAACAGAGT
AGTCAGTTGCACGTTTTGGTCAACGTGCCCTGTTCTAATGGGG


BQ
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AF RR3GF11TF U 1
AF RR3GF11JQ C 554
BS 1 614 RR3GF11TF
BS 615 1183 RR3GF11JQ

RD RR3GF11TF 617 0 0
GATGTATAGGAACTGATTTAATATCATCCAAAACCAAACAAGTAGAATGATCCAAAGCAT
ATGACAATTGCTAAAACCTTGATATGTTTCCAATACATAGGGAAATTATGAAACAGAATC
ATCCACTGGAGTAAAATGATTAGGATCTCAAAAGGTGAGATTAATGATGCATATTATTAT
TGCTCAAAGAAAACAAACAAGTAATTGCTGGCTTTGATAACAAAGACCAGTCACAAGGTG
CTGAAAGCGAAAGTAAATGAACGAGGAAGAAGACCTCCTCCCTTGTCTTTTCCCAATGAT
AAAAATCATTGTCCAGCCTCGACAGGCTTCTGCAAAGACCATCAAAAGATATGTATAAGA
AAGGGGTAAGAGGAATAGAGAGCCGCTTTGTTAAAGGAAGAAGAGCAAAGCAGTTACCTC
TCCTTTGCCACCGGTGAAGAGCTTGTATCCACTGTAGAAAAGCGTGCCCCAGCCAGCTAG
CGAAATAAGCACAAACTGCAGAGAAGAAAGGAATCATCATCATCAACTCATCATAGCTTT
TAAATAAAATAGAAAACAGAAGAGGAGATATGAAACACGTACATGCTCCTCTTTCCAGTT
TCCTGGGTTCGTAG
CTG

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3GF11JQ 630 0 0
AAACAGAAGAGGAGATATGAAACACGTACATGCTCCTCTTTCCAGTTTCCTGGGTTCGTA
GGCTGTTTCCAGAAGTCAACCTTGGTAGATCCATGGTGATCTGCAACATTCTCATTTTTA
GATCCAATCGAAACAATCAATCAATCAATCAAACGGATTTATCAAACATTTCTCCACGAT
CTAAGGGAGTAATCAGATGGTGAAAATAAATTACGAACACAATCATTAGATCCAAGTAAA
TATCGGAAGAGAAAAGAAGAAAAGTACCAGCGGCGCCGGCGAGACCACGACGCTGACAAA
CAGAGGCGGGGACACGTACAGATTGAATCTGAGCTAGGTTCATGGCTCGGCGAGCGAACG
ACGCCATCGTTCTCGACTTCTGATTTAGGGTTTTCAGGAGAGATTGGGAGAAAGGAAGAG
ATTAAGTGAGTGACGACACACACCCTCACGAGGCCTTTTTGTCGTTTCAAGCATCTAAAA
CGGCGCCGTACTCTGAGTTTGGTCAGGCAACACATGGAAACCTCCTTTTCTGCCAGAGGC
TCCTACCCAAACATAGAAAAAGAAAACGTCATCGTTTTAAACAGAGTAGTCAGTTGCACG
TTTTGGTCAACGTGCCCTGTTCTAATGGGG

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

CO CL5865Contig1 846 2 2 U
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GCAGAAGAAAGAGTTGATTCAAGCTGTTGAAAAGGCTCCACAAAAGAAAAAGAAGAAGAA
GAAGAAGAATAAGAAGAATACTAATGGTGTAGTGGTGGAGTCAGAGCAGAAATCAATTGC
AAAAGAACCCAAGACGCTATTTGCTGGACATCTTCCCTTTCAAATTGAGAAATCTGACTT
AGAGAAATTCTTCAAAGAAGTTGGTGAAATCGTCGATGTTAGACTTGCTAAGGGATTCGC
ACATGTAGAGTTTGCTTCTGAAGAAGCTGCTCACAAGGCATTGGAACTGAATGGTAAACC
ATTACGAGGCCGCAATATTCTGCTTGATTTTGCTAAGGCGAGACCTGCTTCACGTCCAGG
AAACAAAGTTAAAACGATTTTTGTTACCGGATTCAACAAGTCTGTGAGTGAAGATGATAT
GAAAACTTCCTTGAGGAATCATTTTGGTGCTTGTGGAGAGATCAAAAGGATTTCTCTTCC
TTATTACCAAGAGACTGGTGATAGCAAGGGGGTGGCTTACCTAGATTTGAATGAGGATGG
ATTCAACAAGGCATTGGAACTAAACGGAAGTGCACTAGGAGGACGGAACATTGTGGTGAT
TGAAGCTAGACCAAAAGAAAAGAATGCTGATGGGAATAGTGGACGTGGCAATGATACCAC
CTCCAAGAGAGGACCTGAACGTGGCGACGGTGACAGCTTCAAAAGAGGACCTGGAAGAGG
CAATGGTGAACGTACAACACCCAGCAAACCAAGCGTAATTGCCTCAGCAGCCCAAGGGAA
GAAAAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH52TF U 1
AF RR3FH52JQ C 531
BS 1 595 RR3FH52TF
BS 596 846 RR3FH52JQ

RD RR3FH52TF 599 0 0
ATCAAAGAAAAGTAAGAGAGATGCGGAAGTTGATTCAGACATCCCAAAGGATCCCAAAAA
GCAGAAGAAAGAGTTGATTCAAGCTGTTGAAAAGGCTCCACAAAAGAAAAAGAAGAAGAA
GAAGAAGAATAAGAAGAATACTAATGGTGTAGTGGTGGAGTCAGAGCAGAAATCAATTGC
AAAAGAACCCAAGACGCTATTTGCTGGACATCTTCCCTTTCAAATTGAGAAATCTGACTT
AGAGAAATTCTTCAAAGAAGTTGGTGAAATCGTCGATGTTAGACTTGCTAAGGGATTCGC
ACATGTAGAGTTTGCTTCTGAAGAAGCTGCTCACAAGGCATTGGAACTGAATGGTAAACC
ATTACGAGGCCGCAATATTCTGCTTGATTTTGCTAAGGCGAGACCTGCTTCACGTCCAGG
AAACAAAGTTAAAACGATTTTTGTTACCGGATTCAACAAGTCTGTGAGTGAAGATGATAT
GAAAACTTCCTTGAGGAATCATTTTGGTGCTTGTGGAGAGATCAAAAGGATTTCTCTTCC
TTATTACCAAGAGACTGGTGATAGCAAGGGGGTGGCTTACCTAGATTTGAATGAG
ATGG

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3FH52JQ 316 0 0
TTTT
TCTTCCTTATTACCAAGAGACTGGTGATAGCAAGGGGGTGGCTTACCTAGATTTGAATGA
GGATGGATTCAACAAGGCATTGGAACTAAACGGAAGTGCACTAGGAGGACGGAACATTGT
GGTGATTGAAGCTAGACCAAAAGAAAAGAATGCTGATGGGAATAGTGGACGTGGCAATGA
TACCACCTCCAAGAGAGGACCTGAACGTGGCGACGGTGACAGCTTCAAAAGAGGACCTGG
AAGAGGCAATGGTGAACGTACAACACCCAGCAAACCAAGCGTAATTGCCTCAGCAGCCCA
AGGGAAGAAAAT

QA 5 316 5 316
DS 



AS 1 2

CO CL5866Contig1 1388 2 2 U
GTGTGTAGTGTGAATGGCAGGTTGTTGCGCACATGACGTTTCTTCCGTGGAAGGTTTGCA
CATTTTTCGTGGAGAATGAAATCACATTGCTGATGCTTGCAAATGTAGAAGGGTTCTGAA
CCAACCTGGAAGACGCATGCCTTACATAGTGTGTTTTCAGATAGAATCATCTCATCATTG
TTGAATTGTAAGTTATGATGATCATGGCTGAAATGTTTTATGGTGTTAGCATCAATCACT
TCGTAAGGTGGAATTTCCTCTTCTTCTTCGGGTGTCCCTTCTCGTTCAACCATGTCCCAT
ACATCACTTCTTGTTGCACATCTTGCATGAACAGCAAAACTAGGACATTTGGCACAATTA
TAAGCTCCATAGAATCCATCCACTTTCTTACGACAAACTATGCATTTCCACTCTCCATGA
CCAAGGCGAGGGGTGTAAGAGATACGGTGATCGTGGCGGTTGATGTTGATGACACGTGGT
AAATCAATACAATTACGGTGGATCATAAAATTGCATGGAAGACAGAAATAAGGGCTTCGG
TTACCTTTGGTCCCACAAGCATTGCAAGTGAAGTCAATGACTCTTGGAACAAGATGAAGT
TGATGTTCATGTGTCTTCAGGCACTCAACATCAACCGGTGGTGGGTTTCTCATACATGGT
CTGCATATGCTGACATTACAAATATCACAGTGGTGAAATTGATGATGTTGATCGAAGTCC
TTCTCGCAAAGAAGACACTTGTTGTCTGCGTAACCAGGGACTTCGACTCCAAGTGACTTG
AGTGGGTGTTGGGGATGGAAAGTGTGGTATGCTTTAGGAAACAAATCAAGACAATCCCTA
TGGATGACAAAATCTTTGCACTCTTGACATCTATAATGCTGAGCTGTCAGGTATATAATT
GTCCCACAAGCTTTGCAGATTCTCTTTTCTGTCGGATCATAAGGCTGATAAGATACGAAT
TTGAGTGGATGCTCGTGTCCGTATGAATTTTCAGGAAGAACAAGTGGTTCTGGTCTCTTC
GCACTCCAAATCCAACTTGAAATCACATATTGAACAATGATAACCGACTTTGAAACTTCT
TCCACAGAAACATGTATGTGGTTGCGAATCTTGTTGTGGAATGGTCGGGATGATAAGTTT
GAGAGGGTGGTCGGGATGGAAAGAGTGGTTGATCTCTTTTAAGGGCTTGAAACACTCTTT
ATGGAACACATCATATACACAGCCCAGCTCATTGCAACAGTACCCTCCGTAGATGTTATC
AACTTCGGGAAATGTATGGTTGCACCCCTTGCACCGACTAGAAACAAAGCGATTAAAAGG
TATCAAAGGATGCTTGTGAAGTTGTGGCAACTCTACTCTTTCCATGCTCATTTGCTTAAC
TAGGTCCC


BQ
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BS 720 1388 RR3GU93JQ

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TTGAATTGTAAGTTATGATGATCATGGCTGAAATGTTTTATGGTGTTAGCATCAATCACT
TCGTAAGGTGGAATTTCCTCTTCTTCTTCGGGTGTCCCTTCTCGTTCAACCATGTCCCAT
ACATCACTTCTTGTTGCACATCTTGCATGAACAGCAAAACTAGGACATTTGGCACAATTA
TAAGCTCCATAGAATCCATCCACTTTCTTACGACAAACTATGCATTTCCACTCTCCATGA
CCAAGGCGAGGGGTGTAAGAGATACGGTGATCGTGGCGGTTGATGTTGATGACACGTGGT
AAATCAATACAATTACGGTGGATCATAAAATTGCATGGAAGACAGAAATAAGGGCTTCGG
TTACCTTTGGTCCCACAAGCATTGCAAGTGAAGTCAATGACTCTTGGAACAAGATGAAGT
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CTGCATATGCTGACATTACAAATATCACAGTGGTGAAATTGATGATGTTGATCGAAGTC

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DS 

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TCGACTCCAAGTGACTTGAGTGGGTGTTGGGGATGGAAAGTGTGGTATGCTTTAGGAAAC
AAATCAAGACAATCCCTATGGATGACAAAATCTTTGCACTCTTGACATCTATAATGCTGA
GCTGTCAGGTATATAATTGTCCCACAAGCTTTGCAGATTCTCTTTTCTGTCGGATCATAA
GGCTGATAAGATACGAATTTGAGTGGATGCTCGTGTCCGTATGAATTTTCAGGAAGAACA
AGTGGTTCTGGTCTCTTCGCACTCCAAATCCAACTTGAAATCACATATTGAACAATGATA
ACCGACTTTGAAACTTCTTCCACAGAAACATGTATGTGGTTGCGAATCTTGTTGTGGAAT
GGTCGGGATGATAAGTTTGAGAGGGTGGTCGGGATGGAAAGAGTGGTTGATCTCTTTTAA
GGGCTTGAAACACTCTTTATGGAACACATCATATACACAGCCCAGCTCATTGCAACAGTA
CCCTCCGTAGATGTTATCAACTTCGGGAAATGTATGGTTGCACCCCTTGCACCGACTAGA
AACAAAGCGATTAAAAGGTATCAAAGGATGCTTGTGAAGTTGTGGCAACTCTACTCTTTC
CATGCTCATTTGCTTAACTAGGTCCC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

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TGGCGGCTTTGGAAATGAGCAAGAGAAACAATGATCAAAACACTTCTTCTTCCTTCAATT
CCTTCCAGAACAATTACATCCTCGTCTTCTCCATCATGATGGCTGGGGATTGGCTTCAAG
GGCCTTACGTGTATTACCTTTACAGCACTTATGGTTTTGGTAAACAAGATATTGGTCAGC
TTTTCATCGCTGGTTTCGGCTCCTCTATGCTCTTTGGAACCATTGTTGGCTCTCTTTCTG
ACAAACAGGGTCGAAAGAGGGCATGTGTTACATACTGCATAGTTTACATACTAAGCTGCA
TCACCAAACACTCTCCACAGTACAGAGCTTTGATGGTAGGTCGTATCTTGGGTGGTATTG
CTACTTCTCTCTTGTCTTCTTCCTTCGAATCTTGGCTCATTGCTGAGCACAACAAGAGGA
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TGGTGGCTATTCTCTCTGGGTTGCTTGGTTATCTACTTGTGAACACTTTTTCCTTTGGTC
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CTGCTATAACAATTGCTTCAGATGAAAAGATTGCATTGCTGGGCGCTATTCAGTCCCTGT
TTGAAGCTTCGATGTACACATTTGTTTTCCTATGGACACCAGCTCTCAGCCCAAACGATT
AAGAAATCCCACACGGCTTCATCTTTGCAACCCTCATGTTGGCCTCGATGTTGGGAAGCT
CCCTTGCAGCTCGTCTCATGGCTTGCTCTTCTCTCAGAGTAGAAAACTACATGCAAATCG
TCTTTCTTGTATCCGCTGCTTCTCTTCTGCTTCCCATTACAACAAGCGTCTTGGTGACTC
CGTCAAAGGTGAAAGAGGAAGGCTTGTCACTAGCTTGCTCCATCCAGCTACTTGGTTTCT
GTGTATTCGAGGCTTGTATTGGGATATTTTGGGCATCGATAATGAAGATGAGATCACAGT
ATATCCCTGAAGAAGCAAGAAGCACCATAATGAATATCTTCCGTGTTCCGCTTAACCTCT
TTGTCTGCGTCGTCCTGTACAACGTTGATGCGTTTCCGATCACAATCATGTTTGGTGTGT
GCTCAATCTTCCTCTTCGTAGCTTCCATTTTACAACGGCGGCTTATGGTCATCACCGAAA
ACCCAAAGGGAGAAGAGCGTAGTCCCATGAAGGAGCGAAACTCGGAAGTCGACCTTCTTA
TCCTCTGATCATGGTCCGTTCAGTATCTCTTAATTTATTAAGAGCATCTGCAATGTGTTC
CCACAGTGGCTCGATTTCCAATTTTAATTTTAAATTATTTTATC


BQ
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AF RR3AX23TF U 1
AF RR3AX23JQ C 681
BS 1 770 RR3AX23TF
BS 771 1484 RR3AX23JQ

RD RR3AX23TF 770 0 0
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TGGCGGCTTTGGAAATGAGCAAGAGAAACAATGATCAAAACACTTCTTCTTCCTTCAATT
CCTTCCAGAACAATTACATCCTCGTCTTCTCCATCATGATGGCTGGGGATTGGCTTCAAG
GGCCTTACGTGTATTACCTTTACAGCACTTATGGTTTTGGTAAACAAGATATTGGTCAGC
TTTTCATCGCTGGTTTCGGCTCCTCTATGCTCTTTGGAACCATTGTTGGCTCTCTTTCTG
ACAAACAGGGTCGAAAGAGGGCATGTGTTACATACTGCATAGTTTACATACTAAGCTGCA
TCACCAAACACTCTCCACAGTACAGAGCTTTGATGGTAGGTCGTATCTTGGGTGGTATTG
CTACTTCTCTCTTGTCTTCTTCCTTCGAATCTTGGCTCATTGCTGAGCACAACAAGAGGA
ACTTTGACCGACAGTGGCTGTCACTGACATTCTCTAAGACTGCTTTCGTAGGGAGTGGTC
TGGTGGCTATTCTCTCTGGGTTGCTTGGTTATCTACTTGTGAACACTTTTTCCTTTGGTC
CTGTTGCTCCGTTTGACGCCGCCGCTTGCTTTCTTGCCATTGGAATGGCCATCATATTGA
CAACATGGTCTGAGAACTTCGGATCTGACAGCAAAGATTTGATGACTCAGTTCAAACTCG
CTGCTATAACAATTGCTTCAGATGAAAAGATTGCATTGCTGGGCGCTATT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3AX23JQ 804 0 0
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GATGAAAAGATTGCATTGCTGGGCGCTATTCAGTCCCTGTTTGAAGCTTCGATGTACACA
TTTGTTTTCCTATGGACACCAGCTCTCAGCCCAAACGATTAAGAAATCCCACACGGCTTC
ATCTTTGCAACCCTCATGTTGGCCTCGATGTTGGGAAGCTCCCTTGCAGCTCGTCTCATG
GCTTGCTCTTCTCTCAGAGTAGAAAACTACATGCAAATCGTCTTTCTTGTATCCGCTGCT
TCTCTTCTGCTTCCCATTACAACAAGCGTCTTGGTGACTCCGTCAAAGGTGAAAGAGGAA
GGCTTGTCACTAGCTTGCTCCATCCAGCTACTTGGTTTCTGTGTATTCGAGGCTTGTATT
GGGATATTTTGGGCATCGATAATGAAGATGAGATCACAGTATATCCCTGAAGAAGCAAGA
AGCACCATAATGAATATCTTCCGTGTTCCGCTTAACCTCTTTGTCTGCGTCGTCCTGTAC
AACGTTGATGCGTTTCCGATCACAATCATGTTTGGTGTGTGCTCAATCTTCCTCTTCGTA
GCTTCCATTTTACAACGGCGGCTTATGGTCATCACCGAAAACCCAAAGGGAGAAGAGCGT
AGTCCCATGAAGGAGCGAAACTCGGAAGTCGACCTTCTTATCCTCTGATCATGGTCCGTT
CAGTATCTCTTAATTTATTAAGAGCATCTGCAATGTGTTCCCACAGTGGCTCGATTTCCA
ATTTTAATTTTAAATTATTTTATC

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

CO CL5868Contig1 1428 2 2 U
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AGTTCGTTAGCTGTTGCCGCACTACTTAAGGCAGAAGAGAAGACAAGTCCGAAATTTGAA
GAGCTTAATAAAACTATGCGAGATCTGTGCATTAAAGCTCATACATTGTGGATACAGTGG
TTATCGGATGAGCTTTCAGCTATTCTCTTGCGTGATCTTAAGAGTGATGATGGATTATCT
GCTACAACTCCTTTAAGAGGTTGGGAAGAGACAATAGTTAAGGAGGAGCAGGGCGAGAGT
CCATCTGAGTTGAAGATATCACTTCCGTCCTTGCCTTCGCTCTATATTATCTCTTTTCTG
TGTCGGGCATCAGAAGAAATTCACCGAATTGGAGGCCACGTACTGGATAAGTCAATCTTG
CAAAAATTTGCTTCAAGCCTGTTGGAGAAGATCATCATTATTTATGAGGATTTCTTATCT
CCCAGGGAGGCCAACGAACCCCAAATTTCAGAGAAAGGAGTCTTACAAATTTTACTGGAT
TTGAGATTTGCATCTGACGTTCTTTCTGGGGGTGATACAAGCCCCAATGTGGAGATGCCA
AAGAGTACAATGAACAGATCACCTTTCAGACGAAAGCAAGGCCAACAGCAAACAAAGTCA
GTCAGTAGAGGTCGCATTGATGGAGTGATCTCCCAACTGTCTCAAAAGTTGGATCCTATA
GACTGGCTCACGTATGAGCCTTATCTCTGGGAGAACGAGAAGCAGTCATACCTACGCCAC
GCTGTGCTCTTTGGATTCTTTGTGCAACTAAACCGAATGTACACAGATACTGCGCAGAAG
CTACCAACTAATTCAGAGTCAAATATCATGCCATGCTCCACAGTTCCCCGCTTCAAATAC
CTTCCCATAAGTGCTCCGGCTCTGTCATCTAGAAGTACAAATAAGGTCTCGATTCCAGTT
ACATCAAATGATGGCTCCTCAAGAAACTCATGGAATGCATTTACAAATGGCGAGCATTCT
CAAACGAGTGAGTTAGACGATGACTCCAGTTTCGGTGTGGCTTCCCCGTTCTTAAAGTCT
TTCATGCAGGCTGGTAGTAGATTTGGATCAATACTAAGTGACGGACAAGTGGGAATATTC
AAGGATAGATCAGCAGCTGCTATGTCGACATTTGGGGATATAATACCGGCTCAAGTAGCC
GGTTTACTCTCTTCTTTCACAACCTCCAGGTACGAGTGATGATGATGATCTCGGGTTAGT
CACTAAACCGTCATTTTCGACTCGAGTTTTTGCAATCGGTTTATGAATCACGCAGAAGAT
GAATGCAGAAGAAGCTGATATATTTGTCATTATACAAGTTTTTACATAGACGGAAGAGAA
CAAGTTTTGTAATAGTGTTTGATTTATTGCTTCTTATAAGCTATTTTT


BQ
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AF RR3AK86TF U 1
AF RR3AK86JQ C 750
BS 1 839 RR3AK86TF
BS 840 1428 RR3AK86JQ

RD RR3AK86TF 839 0 0
GATACTTCACTCAGTGCTGACAGCCCTGGAAAGCAGTTGCATACCGATCTTAGGAAGCAG
AGTTCGTTAGCTGTTGCCGCACTACTTAAGGCAGAAGAGAAGACAAGTCCGAAATTTGAA
GAGCTTAATAAAACTATGCGAGATCTGTGCATTAAAGCTCATACATTGTGGATACAGTGG
TTATCGGATGAGCTTTCAGCTATTCTCTTGCGTGATCTTAAGAGTGATGATGGATTATCT
GCTACAACTCCTTTAAGAGGTTGGGAAGAGACAATAGTTAAGGAGGAGCAGGGCGAGAGT
CCATCTGAGTTGAAGATATCACTTCCGTCCTTGCCTTCGCTCTATATTATCTCTTTTCTG
TGTCGGGCATCAGAAGAAATTCACCGAATTGGAGGCCACGTACTGGATAAGTCAATCTTG
CAAAAATTTGCTTCAAGCCTGTTGGAGAAGATCATCATTATTTATGAGGATTTCTTATCT
CCCAGGGAGGCCAACGAACCCCAAATTTCAGAGAAAGGAGTCTTACAAATTTTACTGGAT
TTGAGATTTGCATCTGACGTTCTTTCTGGGGGTGATACAAGCCCCAATGTGGAGATGCCA
AAGAGTACAATGAACAGATCACCTTTCAGACGAAAGCAAGGCCAACAGCAAACAAAGTCA
GTCAGTAGAGGTCGCATTGATGGAGTGATCTCCCAACTGTCTCAAAAGTTGGATCCTATA
GACTGGCTCACGTATGAGCCTTATCTCTGGGAGAACGAGAAGCAGTCATACCTACGCCAC
GCTGTGCTCTTTGGATTCTTTGTGCAACTAAACCGAATGTACACAGATACTGCGCAGAA

QA 1 839 1 839
DS 

RD RR3AK86JQ 679 0 0
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AAACCGAATGTACACAGATACTGCGCAGAAGCTACCAACTAATTCAGAGTCAAATATCAT
GCCATGCTCCACAGTTCCCCGCTTCAAATACCTTCCCATAAGTGCTCCGGCTCTGTCATC
TAGAAGTACAAATAAGGTCTCGATTCCAGTTACATCAAATGATGGCTCCTCAAGAAACTC
ATGGAATGCATTTACAAATGGCGAGCATTCTCAAACGAGTGAGTTAGACGATGACTCCAG
TTTCGGTGTGGCTTCCCCGTTCTTAAAGTCTTTCATGCAGGCTGGTAGTAGATTTGGATC
AATACTAAGTGACGGACAAGTGGGAATATTCAAGGATAGATCAGCAGCTGCTATGTCGAC
ATTTGGGGATATAATACCGGCTCAAGTAGCCGGTTTACTCTCTTCTTTCACAACCTCCAG
GTACGAGTGATGATGATGATCTCGGGTTAGTCACTAAACCGTCATTTTCGACTCGAGTTT
TTGCAATCGGTTTATGAATCACGCAGAAGATGAATGCAGAAGAAGCTGATATATTTGTCA
TTATACAAGTTTTTACATAGACGGAAGAGAACAAGTTTTGTAATAGTGTTTGATTTATTG
CTTCTTATAAGCTATTTTT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5870Contig1 887 2 4 U
GGTCGTCAGCGACTCCGCCGAGGCAGTTGAGAAGACTAACGCCGCGATCAAGGTTTTGAA
GCAGATCGGAGCTTACGACGATGCCGAGAAGGCGAAGGATAGTATTGGGATCAGGTCTGG
TGTAGGTAAGATGAGGAACCGTCGTTACATCTCTAGGAAAGGTCCTCTTGTTGTTTACGG
AACCGAAGGAGCTAAGATTGTGAAAGCGTTTAGGAACATTACTGGTGTGGAGCTTTGCCA
CGTGGAGAGGCTTAACTTGTTGAAGTTAGCTCCTGGTGGTCATCTTGGGAGTTTTGTGAT
TTGGACTAAGTCTGCTTTTGAGAAGCTTGAGTCTATCTATGGATCGTTCGAGAAGCCGTC
TGAGATGAAGAAGGGTTATGTTTTGCCTCGTGCGAAGATGGTGAACGCTGATTTGGCGAG
GATTATTAACTCTGACGAGGTTCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATGTGAAGAG
AGCTGTGCTTAAGAAGAATCCGTTGAAGAATTTGAATGTGATGCTTAAGTTGAATCCTTA
TGCTAAGACCGCGAAGAGGATGTCTCTGTTGGCTGAAGCGCAGAGGGTTAAATCTAAGAA
GGAGAAGCTCGAGAAGAAGAGGAATACCATCTCTAAGGAGCAATCACAAGCTATTAAAGT
AGCAGGAAAGGCGTGGTACCAGACTATGATCTCCGACAGTGATTACACAGAGTTTGATAA
CTTCACCAAGTGGCTCGGAGCCAGTCAGTAACAAGAATATTTATGATTTTGTCGTCTCAT
ATAAGATTTTGGTTATATTTTATGTTTTATGACATTCATTTCTTTTGGATTTATCTGTGT
TCTAATCTCTTGAGGTCTTATCTTTGTTGAGTTAAGAGGATTTGAGT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3B778TF U 1
AF RR3B778JQ C 2
BS 1 825 RR3B778TF
BS 826 826 RR3B778JQ
BS 827 852 RR3B778TF
BS 853 887 RR3B778JQ

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CGTGGAGAGGCTTAACTTGTTGAAGTTAGCTCCTGGTGGTCATCTTGGGAGTTTTGTGAT
TTGGACTAAGTCTGCTTTTGAGAAGCTTGAGTCTATCTATGGATCGTTCGAGAAGCCGTC
TGAGATGAAGAAGGGTTATGTTTTGCCTCGTGCGAAGATGGTGAACGCTGATTTGGCGAG
GATTATTAACTCTGACGAGGTTCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATGTGAAGAG
AGCTGTGCTTAAGAAGAATCCGTTGAAGAATTTGAATGTGATGCTTAAGTTGAATCCTTA
TGCTAAGACCGCGAAGAGGATGTCTCTGTTGGCTGAAGCGCAGAGGGTTAAATCTAAGAA
GGAGAAGCTCGAGAAGAAGAGGAATACCATCTCTAAGGAGCAATCACAAGCTATTAAAGT
AGCAGGAAAGGCGTGGTACCAGACTATGATCTCCGACAGTGATTACACAGAGTTTGATAA
CTTCACCAAGTGGCTCGGAGCCAGTCAGTAACAAGAATATTTATGATTTTGTCGTCTCAT
ATAAGATTTTGGTTATATTTTATGTTTTATGACATTCATTTCTTT*GGATTTATCTGTGT
TCTAATCTCTTG

QA 1 852 1 852
DS 

RD RR3B778JQ 886 0 0
GTCGTCAGCGACTCCGCCGAGGCAGTTGAGAAGACTAACGCCGCGATCAAGGTTTTGAAG
CAGATCGGAGCTTACGACGATGCCGAGAAGGCGAAGGATAGTATTGGGATCAGGTCTGGT
GTAGGTAAGATGAGGAACCGTCGTTACATCTCTAGGAAAGGTCCTCTTGTTGTTTACGGA
ACCGAAGGAGCTAAGATTGTGAAAGCGTTTAGGAACATTACTGGTGTGGAGCTTTGCCAC
GTGGAGAGGCTTAACTTGTTGAAGTTAGCTCCTGGTGGTCATCTTGGGAGTTTTGTGATT
TGGACTAAGTCTGCTTTTGAGAAGCTTGAGTCTATCTATGGATCGTTCGAGAAGCCGTCT
GAGATGAAGAAGGGTTATGTTTTGCCTCGTGCGAAGATGGTGAACGCTGATTTGGCGAGG
ATTATTAACTCTGACGAGGTTCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATGTGAAGAGA
GCTGTGCTTAAGAAGAATCCGTTGAAGAATTTGAATGTGATGCTTAAGTTGAATCCTTAT
GCTAAGACCGCGAAGAGGATGTCTCTGTTGGCTGAAGCGCAGAGGGTTAAATCTAAGAAG
GAGAAGCTCGAGAAGAAGAGGAATACCATCTCTAAGGAGCAATCCCAAGCTATTAAAGTA
GCAGGAAAGGCGTGGTACCAGACTATGATCTCCGACAGTGATTACACAGAGTTTGATAAC
TTCACCAAGTGGCTCGGAGCCAGTCAGTAACAAGAATATTTATGATTTTGTCGTCTCATA
TAAGATTTTGGTTATATTTTATGTTTTATGACATTCATTTCTTTTGGATTTATCTGTGTT
CTAATCTCTTGAGGTCTTATCTTTGTTGAGTTAAGAGGATTTGAGT

QA 1 886 1 886
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5873Contig1 1241 2 2 U
GGATGATGGACTGCTCATGCAGCACTCGCCCTTCTTCCTCTCTACTCATCTCCTCCGAAC
CGTCTCTTCGCTTCCCTCGCTGCTCTAACCTCTCCTCGAATCTCACCTTACTGGTGCCTA
AAGATGCGAAGGTGGTGAAGAAGCAGCAGCGTCTGGTAGTGAGGAGTTGTTCTGCTCAAA
ACGGCGACGTTGATGGGTTTCCTCCTCTCAAGCCAAACAAACTCTTTATGCAAGAGGCGA
TTGGAGCTGAGTATGGAGAAGGGTTTGAGACTTTTAGACAGGATGGTCCTCTTAAAGTCG
ATGTGGATTTCTGGAATGAGAAACTGCAAGATGGTTTCCTTCAAAGGATACGTTATGCTA
TGAAACCAGATGAAGCCTATGGGCTTATTTTCTCTTGGGACAATGTCGTGGCTGATACTC
GAGGTTTGAAGTTGGATGCTTGGAAGCAGCTAGCTGCCGAAGAAGGAAAAGAAATTGCGG
AGGAGAATGACATTCAAAGGCTGATGCTTTATGCTGGCGCTGACCATGTGCTTAGTAAGG
TCTTGTTTTGGGAAAATACTCAAAGCAAAATCGACAGCTTGAAACTCAGGCTATCAGAAA
TATACTATGATAATCTTCTCAGACTTACAGAACCAAAGGAAGGACTTAGAGATTGGCTTG
ACGCGGTCACAAATGCTCGCATTCCCTGTGCTGTTGTCTCAAACCTTGATCGAAAAAACA
TGATCAACGCTCTTGAAAAGATGGGACTTCAAAACTATTTCCAGGCAGTAGTTTCCGAGG
AAGATGGTATGGAATCTATTGCTCATAGGTTTCTTTCCGCTGTTGTGAAGTTGGATAGGA
AACCATCAAAATGCGTTGTGTTTGAGGATGATCCAAGGGGTATTACCGCTGCTCACAACT
GTACTATGATGGCCATTGGATTAATCGGTGCTCACAGAGCGTATGATCTGGTTCAGGCTG
ATCATGCTGTTGGAAACTTCTACGAGCTATCGGTGATAAACCTCAGAAGATTATTTGCAA
ACAAAGGCTCTACATTCATGGAACACGAGAAGCAAATCATAGAAAAATCTCCTCCCAAAA
GAAAGCTAACCATTGATACCATATTCTGAAGGCATTGGATCGTGGTATATAGTAGTTAGG
TTAGGTTCGAAATACCTTAAGTTCTTTGTTGTTATGGTTTATATGTTTAATACTACAAGT
AAAACCGTATTTGATTTGAGTGAAATATAGATTTTTTTTCG


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AF RR3D230TF U 1
AF RR3D230JQ C 546
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BS 635 1241 RR3D230JQ

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CGTCTCTTCGCTTCCCTCGCTGCTCTAACCTCTCCTCGAATCTCACCTTACTGGTGCCTA
AAGATGCGAAGGTGGTGAAGAAGCAGCAGCGTCTGGTAGTGAGGAGTTGTTCTGCTCAAA
ACGGCGACGTTGATGGGTTTCCTCCTCTCAAGCCAAACAAACTCTTTATGCAAGAGGCGA
TTGGAGCTGAGTATGGAGAAGGGTTTGAGACTTTTAGACAGGATGGTCCTCTTAAAGTCG
ATGTGGATTTCTGGAATGAGAAACTGCAAGATGGTTTCCTTCAAAGGATACGTTATGCTA
TGAAACCAGATGAAGCCTATGGGCTTATTTTCTCTTGGGACAATGTCGTGGCTGATACTC
GAGGTTTGAAGTTGGATGCTTGGAAGCAGCTAGCTGCCGAAGAAGGAAAAGAAATTGCGG
AGGAGAATGACATTCAAAGGCTGATGCTTTATGCTGGCGCTGACCATGTGCTTAGTAAGG
TCTTGTTTTGGGAAAATACTCAAAGCAAAATCGACAGCTTGAAACTCAGGCTATCAGAAA
TATACTATGATAATCTTCTCAGACTTACAGAACC

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3D230JQ 696 0 0
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TATGATAATCTTCTCAGACTTACAGAACCAAAGGAAGGACTTAGAGATTGGCTTGACGCG
GTCACAAATGCTCGCATTCCCTGTGCTGTTGTCTCAAACCTTGATCGAAAAAACATGATC
AACGCTCTTGAAAAGATGGGACTTCAAAACTATTTCCAGGCAGTAGTTTCCGAGGAAGAT
GGTATGGAATCTATTGCTCATAGGTTTCTTTCCGCTGTTGTGAAGTTGGATAGGAAACCA
TCAAAATGCGTTGTGTTTGAGGATGATCCAAGGGGTATTACCGCTGCTCACAACTGTACT
ATGATGGCCATTGGATTAATCGGTGCTCACAGAGCGTATGATCTGGTTCAGGCTGATCAT
GCTGTTGGAAACTTCTACGAGCTATCGGTGATAAACCTCAGAAGATTATTTGCAAACAAA
GGCTCTACATTCATGGAACACGAGAAGCAAATCATAGAAAAATCTCCTCCCAAAAGAAAG
CTAACCATTGATACCATATTCTGAAGGCATTGGATCGTGGTATATAGTAGTTAGGTTAGG
TTCGAAATACCTTAAGTTCTTTGTTGTTATGGTTTATATGTTTAATACTACAAGTAAAAC
CGTATTTGATTTGAGTGAAATATAGATTTTTTTTCG

QA 1 696 1 696
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5875Contig1 974 2 2 U
GCTTCTCTCGTTATCTTACTCAGCTTCTTCCACGAAAATACTTATAAATAAATTACATAC
GAAAAATCACAATGAGAGATACCGTAGGCGACCAAGCTATGGTGGAAGCTCCCGGAGCCC
CGAGCTTCTCGGAGCTTCTTATGTTGTCGGACGGGTTTCTCAGCTCCTCTGAAGGCCACC
ACCGCTAAGCTAACGGCGGCGATGGTGGAGAAGACAGCTTCAGTTTTGTATTCTCCGGTA
CAAATGGGTCAAACATGCTCTGTTTCAGCGGAGACTGTCAAAACGGCGACGAATCGCTCT
TCCAAGAACCTTCTCTTCCTTCCGGAGTATCCCTTTCTGACCCTTCTTCATGCACTGTTG
ACATTTGCAAGAAGTCGAGAGACACTTGTACTGAGGAAAAATCAACTAAACCAACAAACA
AGAAGAGAACCGGGTCGGGTAATGGGCAAAACATGGATCATAACCGAAAACCAAGCAAAA
AGTGCCAGAAAAATCAGGATAAATCATCAGTTGGAATTGCAAAGGTAAGGAAAGAAAGGT
TAGGGGAAAGAATTGCAGCGTTGCAGCAATTGGTTTCTCCATACGGAAAGACAGATGCAG
CTTCTGTGCTGCATGAAGCGATGGGTTACATCAAGTTCTTACAAGACCAGATCCAAGTCC
TCTGCTCTCCTTACCTGATCAACTATTCTCTTGACGGTGGAGCTGTTACCGGAGATATTA
CACCGGGGAAGAAAGCGAGAGACTTGAGGAGCAGAGGATTATGCCTAGTACCTGTCTCGT
CCGCTGTAAACGTTGAAAACTCTAATGGTGCTGATTTGTGGTCACCTGCTACTGCTAGTA
TTGGTCACACTATGCCACCCTCTCAGTGAATCAAGGGATATTAGATTACTTTCCTATGTC
ACCCTACTCTCAGTGGGTCACACACTATTCTTGAGTTTTTTTTGCTCAAGAACTACCATT
TACGAAATTCGTCC


BQ
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AF RR3FF95TF U 1
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BS 402 974 RR3FF95JQ

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GAAAAATCACAATGAGAGATACCGTAGGCGACCAAGCTATGGTGGAAGCTCCCGGAGCCC
CGAGCTTCTCGGAGCTTCTTATGTTGTCGGACGGGTTTCTCAGCTCCTCTGAAGGCCACC
ACCGCTAAGCTAACGGCGGCGATGGTGGAGAAGACAGCTTCAGTTTTGTATTCTCCGGTA
CAAATGGGTCAAACATGCTCTGTTTCAGCGGAGACTGTCAAAACGGCGACGAATCGCTCT
TCCAAGAACCTTCTCTTCCTTCCGGAGTATCCCTTTCTGACCCTTCTTCATGCACTGTTG
ACATTTGCAAGAAGTCGAGAGACACTTGTACTGAGGAAAAA

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR3FF95JQ 662 0 0
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ATCAGGATAAATCATCAGTTGGAATTGCAAAGGTAAGGAAAGAAAGGTTAGGGGAAAGAA
TTGCAGCGTTGCAGCAATTGGTTTCTCCATACGGAAAGACAGATGCAGCTTCTGTGCTGC
ATGAAGCGATGGGTTACATCAAGTTCTTACAAGACCAGATCCAAGTCCTCTGCTCTCCTT
ACCTGATCAACTATTCTCTTGACGGTGGAGCTGTTACCGGAGATATTACACCGGGGAAGA
AAGCGAGAGACTTGAGGAGCAGAGGATTATGCCTAGTACCTGTCTCGTCCGCTGTAAACG
TTGAAAACTCTAATGGTGCTGATTTGTGGTCACCTGCTACTGCTAGTATTGGTCACACTA
TGCCACCCTCTCAGTGAATCAAGGGATATTAGATTACTTTCCTATGTCACCCTACTCTCA
GTGGGTCACACACTATTCTTGAGTTTTTTTTGCTCAAGAACTACCATTTACGAAATTCGT
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL5876Contig1 1280 2 2 U
GGCTCCTCCTCTTTTACGAGATCATCATATCTATGGCTTCTTCCTCTGATTTCGATGGAA
TCCTCTTGGGAATGGGAAACCCACTCCTCGACGTCTCCGCCGTCGTCGACCAAGACTTTC
TCACCAAATACGACATCAAGTTGAACAATGCGATCCTCGCCGAGGACAAACATTTGCCCA
TGTACGATGAAATGAGTCAGAAGTTCAATGTTGAATACATTGCTGGAGGTGCTACTCAGA
ACTCAATCAAAGTGGCCCAGTGGATGCTTCAAATCCCTGGGGCAACTAGTTACATGGGAT
CCATTGGGAAGGACAAATACGGTGAGGCCATGAAGAAGGATGCCACTGCAGCTGGTGTCA
ATGTTCATTATTATGAAGATGAGTCTACAGCTACTGGAACTTGCGGTGTCTGCGTTTTGG
GTGGAGAAAGGTCTCTTATCGCGAATCTCTCTGCTGCAAACTGTTACAAGGTTGAACACC
TAAAGAAGCCTGAGAACTGGGCTCTTGTTGAGAAGGCCAAGTTCTACTACATTGCTGGAT
TCTTCCTCACAGTATCACCAGATTCCATTCAGTTGGTACGTGAACATGCCGCTGCAAACA
ACAAGGTGTTCACGATGAACCTTTCTGCTCCATTCATCTGTGAATTTTTTAAAGACGTTC
AGGAGAAGTGCCTTCCGTACATGGACTATGTTTTTGGCAATGAGACCGAGGCAATAACCT
TCTCCAGGGTTCACGGCTGGGAGACAGATGATGTTGAGCAAATAGCCATCAAGATCTTTC
TGTTGCCTAAAGCCACTGGAACATACAAGAGGACTACTGTGATCACACAAGGCGCAGATC
CTGTGGTTTTCGCCCAGGATGGGAAGGTGAAGAAGTACCCAGTCATCCATCTCCCCAAGG
AGAAGCTCGTTGACACTAACGGTGCAGGTGATGCGTTTGTGGGAGGGTTTTTTCGCAGCT
GGTGCACGGAAAGGCTATTGAGGAGTGCGTGAGGGCTGGATGCTACGCTTCAAACGTAGT
GATCCAGAGGTCTGGTTGCACTTACCCTGAGAAACCTACTTCAACTAAAATGGAAAGTCT
CTCTCAAATCAAATACTTTTTAGTTTTTTTTTTTTTGTGATAAGAGACGTGTCCTAAATA
TAAATAAACATCATTGCTGCTTCCTTGTATCACCTCCTTTGAGCTATTGAGTGCTCTTTT
TTTGGCTTGTTTCTGTTATTGTTAACCTTTTTTATCTCAGAACAAAAAAAAAGAGAGGAA
ATAAATAGTATTACGATAGT


BQ
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AF RR3A337TF U 1
AF RR3A337JQ C 554
BS 1 643 RR3A337TF
BS 644 1280 RR3A337JQ

RD RR3A337TF 643 0 0
GGCTCCTCCTCTTTTACGAGATCATCATATCTATGGCTTCTTCCTCTGATTTCGATGGAA
TCCTCTTGGGAATGGGAAACCCACTCCTCGACGTCTCCGCCGTCGTCGACCAAGACTTTC
TCACCAAATACGACATCAAGTTGAACAATGCGATCCTCGCCGAGGACAAACATTTGCCCA
TGTACGATGAAATGAGTCAGAAGTTCAATGTTGAATACATTGCTGGAGGTGCTACTCAGA
ACTCAATCAAAGTGGCCCAGTGGATGCTTCAAATCCCTGGGGCAACTAGTTACATGGGAT
CCATTGGGAAGGACAAATACGGTGAGGCCATGAAGAAGGATGCCACTGCAGCTGGTGTCA
ATGTTCATTATTATGAAGATGAGTCTACAGCTACTGGAACTTGCGGTGTCTGCGTTTTGG
GTGGAGAAAGGTCTCTTATCGCGAATCTCTCTGCTGCAAACTGTTACAAGGTTGAACACC
TAAAGAAGCCTGAGAACTGGGCTCTTGTTGAGAAGGCCAAGTTCTACTACATTGCTGGAT
TCTTCCTCACAGTATCACCAGATTCCATTCAGTTGGTACGTGAACATGCCGCTGCAAACA
ACAAGGTGTTCACGATGAACCTTTCTGCTCCATTCATCTGTGA

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3A337JQ 727 0 0
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GATGAACCTTTCTGCTCCATTCATCTGTGAATTTTTTAAAGACGTTCAGGAGAAGTGCCT
TCCGTACATGGACTATGTTTTTGGCAATGAGACCGAGGCAATAACCTTCTCCAGGGTTCA
CGGCTGGGAGACAGATGATGTTGAGCAAATAGCCATCAAGATCTTTCTGTTGCCTAAAGC
CACTGGAACATACAAGAGGACTACTGTGATCACACAAGGCGCAGATCCTGTGGTTTTCGC
CCAGGATGGGAAGGTGAAGAAGTACCCAGTCATCCATCTCCCCAAGGAGAAGCTCGTTGA
CACTAACGGTGCAGGTGATGCGTTTGTGGGAGGGTTTTTTCGCAGCTGGTGCACGGAAAG
GCTATTGAGGAGTGCGTGAGGGCTGGATGCTACGCTTCAAACGTAGTGATCCAGAGGTCT
GGTTGCACTTACCCTGAGAAACCTACTTCAACTAAAATGGAAAGTCTCTCTCAAATCAAA
TACTTTTTAGTTTTTTTTTTTTTGTGATAAGAGACGTGTCCTAAATATAAATAAACATCA
TTGCTGCTTCCTTGTATCACCTCCTTTGAGCTATTGAGTGCTCTTTTTTTGGCTTGTTTC
TGTTATTGTTAACCTTTTTTATCTCAGAACAAAAAAAAAGAGAGGAAATAAATAGTATTA
CGATAGT

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL5877Contig1 1207 2 2 U
GTGGACTTTGGCTACCCACAGAATCTCTCTCCTGAAATTTTGAAGCTTTATATTACACAG
GAAGGTGTACGCTCACCATTCTCATCCAAGCCCAAGGACAAACCTGTTCCAAATGCAACG
TTACAAGTTACGGGTGCTGTTGGGTGGAGAAGAGAGGGCCTTTCTTATAAAAAGAACGAG
GTGTTTCTGGATATTGTTGAAAGCGTAAACCTTTTGATGCCCTCTAAAGGTAATGTTCTT
CGTTGTGATGTGACGGGGAAAGTTTTAATGAAATGTTTCCTTTCGGGAATGCCTGATTTG
AAGTTGGGATTGAATGATAAACTTGGGCTTGAGAAGGAATCGGAAATGAAATCTCGTCCA
GCTAAGAGTGGCAAAACCATTGAGCTTGATGATGTCACATTTCACCAGTGTGTGAACCTG
ACAAGATTCAACTCCGAGAAGACCGTTAGCTTTGTACCCCCGGACGGTGAATTTGAACTG
ATGAAGTATCGAATAACAGAGGGTGTGAATCTGCCTTTCCGCGTATTACCAACAATCAAA
GAGCTTGGTCGTACACGCATGGAAGTAAATGTCAAGGTGAAAAGTGTGTTTGGTGCTAAA
ATGTTTGCCCTCGGCGTCGTAGTTAAAATTCCAGTGCCAAAACAAACAGCAAAGACGAAC
TTCCAAGTGACATCTGGTCGCGCTAAGTACAATCCATCAATTGATTGCTTGGTTTGGAAG
ATAAGAAAATTTCCAGGACAAACAGAGTCCACACTAAGTGCAGAGATTGAGTTGATTTCA
ACAATGGGAGAAAAGAAATTTTGGACAAGGCCACCAATCCAAATGGAGTTTCAGGTGCCA
ATGTTCACAGCATCTGGTTTGCGAGTTCGTTTCCTCAAGGTGTGGGAGAAGAGCGGTTAC
AACACGATCGAGTGGGTTAGATACATAACCAAAGCGGGATCTTATGAGATCAGATGCTGA
ACTTATTAAGATCACAGTTCAAGTTCAGTGATATCAGTTTTAAGGCTCATGGCTTCTAGC
TTTTGTTCCTTATGCAGAACAAGAAACAAAGAGTTGAATATATTTTATCTTCCGTTTATG
TTTTGTTTTTTCCCCGTTAAGGGATATTCTTGTGTTAATATGATTTGTTATGTCTTGGTA
TTGGATTTGTTTTCATTTCTTTGTTTGTGGGTTATCTTCGAGTTATAAATTTTATTAATT
TGGTGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CY48TF U 1
AF RR3CY48JQ C 690
BS 1 778 RR3CY48TF
BS 779 1207 RR3CY48JQ

RD RR3CY48TF 778 0 0
GTGGACTTTGGCTACCCACAGAATCTCTCTCCTGAAATTTTGAAGCTTTATATTACACAG
GAAGGTGTACGCTCACCATTCTCATCCAAGCCCAAGGACAAACCTGTTCCAAATGCAACG
TTACAAGTTACGGGTGCTGTTGGGTGGAGAAGAGAGGGCCTTTCTTATAAAAAGAACGAG
GTGTTTCTGGATATTGTTGAAAGCGTAAACCTTTTGATGCCCTCTAAAGGTAATGTTCTT
CGTTGTGATGTGACGGGGAAAGTTTTAATGAAATGTTTCCTTTCGGGAATGCCTGATTTG
AAGTTGGGATTGAATGATAAACTTGGGCTTGAGAAGGAATCGGAAATGAAATCTCGTCCA
GCTAAGAGTGGCAAAACCATTGAGCTTGATGATGTCACATTTCACCAGTGTGTGAACCTG
ACAAGATTCAACTCCGAGAAGACCGTTAGCTTTGTACCCCCGGACGGTGAATTTGAACTG
ATGAAGTATCGAATAACAGAGGGTGTGAATCTGCCTTTCCGCGTATTACCAACAATCAAA
GAGCTTGGTCGTACACGCATGGAAGTAAATGTCAAGGTGAAAAGTGTGTTTGGTGCTAAA
ATGTTTGCCCTCGGCGTCGTAGTTAAAATTCCAGTGCCAAAACAAACAGCAAAGACGAAC
TTCCAAGTGACATCTGGTCGCGCTAAGTACAATCCATCAATTGATTGCTTGGTTTGGAAG
ATAAGAAAATTTCCAGGACAAACAGAGTCCACACTAAGTGCAGAGATTGAGTTGATTT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3CY48JQ 518 0 0
CAATCCATCAATTGATTGCTTGGTTTGGAAGATAAGAAAATTTCCAGGACAAACAGAGTC
CACACTAAGTGCAGAGATTGAGTTGATTTCAACAATGGGAGAAAAGAAATTTTGGACAAG
GCCACCAATCCAAATGGAGTTTCAGGTGCCAATGTTCACAGCATCTGGTTTGCGAGTTCG
TTTCCTCAAGGTGTGGGAGAAGAGCGGTTACAACACGATCGAGTGGGTTAGATACATAAC
CAAAGCGGGATCTTATGAGATCAGATGCTGAACTTATTAAGATCACAGTTCAAGTTCAGT
GATATCAGTTTTAAGGCTCATGGCTTCTAGCTTTTGTTCCTTATGCAGAACAAGAAACAA
AGAGTTGAATATATTTTATCTTCCGTTTATGTTTTGTTTTTTCCCCGTTAAGGGATATTC
TTGTGTTAATATGATTTGTTATGTCTTGGTATTGGATTTGTTTTCATTTCTTTGTTTGTG
GGTTATCTTCGAGTTATAAATTTTATTAATTTGGTGTC

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 2

CO CL5878Contig1 546 2 2 U
GGGCCTCCCTTCACGACCAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTTCCGCCACTAC
CACAACTCTCTAAAAGCCACTTCTTCGGTCTCGGAGAGGGGAGACAGAGAGAGAGAAAGA
CTTATAGAAGTTTCTGTCTGTCCTACTCGGAGTCTCCGTTTTCTTTCCTTCCCCGGAGAT
ACCAGATCAGATCTGTTCAAGATGCAGAACGGCTCAGATTCAACGCCTCCGGCTAACCAA
ACTCCTCCTCCTCCTCTTCCGCCGCCTCAGCAGTGGCAACATCATCAACAGTGGAAAGAG
ACGGTTTGTGGATTACTTGAACAGAGAGTTTGGAGGTAATAACGCTTGAGATTGGTGGGT
GAAGAAACATTTTACTATTTGTTTTTTTTTCATCTTCTCAACAGAAGCCGAGTTTACACT
TTGTGCTCTTCAGTGAAAAGTTGTGGACTAATTTGATGTATTTGTCTTATTCAAACAAAC
ATATAGTTTATCATTTATCAAGTTAAACAGTATTTTTGTGTGTAATGATATCTTTCCAGT
TTCTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3CO42JQ C 1
AF RR3CO42TF U 443
BS 1 442 RR3CO42JQ
BS 443 546 RR3CO42TF

RD RR3CO42JQ 546 0 0
GGGCCTCCCTTCACGACCAAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACTTTCCGCCACTAC
CACAACTCTCTAAAAGCCACTTCTTCGGTCTCGGAGAGGGGAGACAGAGAGAGAGAAAGA
CTTATAGAAGTTTCTGTCTGTCCTACTCGGAGTCTCCGTTTTCTTTCCTTCCCCGGAGAT
ACCAGATCAGATCTGTTCAAGATGCAGAACGGCTCAGATTCAACGCCTCCGGCTAACCAA
ACTCCTCCTCCTCCTCTTCCGCCGCCTCAGCAGTGGCAACATCATCAACAGTGGAAAGAG
ACGGTTTGTGGATTACTTGAACAGAGAGTTTGGAGGTAATAACGCTTGAGATTGGTGGGT
GAAGAAACATTTTACTATTTGTTTTTTTTTCATCTTCTCAACAGAAGCCGAGTTTACACT
TTGTGCTCTTCAGTGAAAAGTTGTGGACTAATT*GATGTATTTGTCTTATTCAAACAAAC
ATATAGTTTATCATTTATCAAGTTAAACAGTATTTT*GTGTGTAATGATATCTTTCCAGT
TTCTTG

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3CO42TF 104 0 0
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TTAAACAGTATTTTTGTGTGTAATGATATCTTTCCAGTTTCTTG

QA 1 104 1 104
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5880Contig1 991 2 2 U
GGGTTAGAGAAATCCCTTTGTGCACACACAGCCAAGGTCACTTGTCTGCGTGTAAGCCAA
CCTTACATGATGATTGTGAGCGGTTCAGATGACTGTACAGTTATCATATGGGATCTCAGT
TCATATAATTTTGTGAGGCAGCTCCCTGACTTCCCAGTTCCTGTTTCCGCAATCTACATA
AATGATCTTTCAGGAGAGATCATAACTGCTGCTGGAACTTTACTCGCGGTGTGGAACATC
AACGGCGATTGCCTTGCCGTGGTTAACACATCACAGTTGCCATCCGATTTTATAGTGTCA
TTAACATGCCCAACGTTTTCTGACTGGCTGGAAACAACTTGGTATGTGACTGGTCATCAA
AGCGGGTCTCTTAAAGTGTGGCAAATGGTACATTGCACTGATCCCGTTGGTGCTGAGATC
AAAGCTACTAGCAACAGAACAGGATGGACAAATCTTGTGCCAGAATACAAGTTGCTTCTA
CACAAGGAGTTGGATTGCCATAAGCAACCGGTCACAGCTCTGCACCTCACGGCCGACCTG
AAGCAATTGCTGAGTGGTGATTCTGGTGGACGGTTGATTTCATGGACAGTTCCAGACCAG
ATATTAAAAGCTACACTCAAAAGTGCTCTCATAGCTCAGAATCTTAAGCATCATCATGTA
GAAGCTAGGATTAGAATCTAAAGCAATCACTAATGGTAGATGAGAATCAGAATGTTCAAT
GTTTTTGATCGAAAAATGGCGAAGCAGCAAAGGGAGGGAGAAACTGGTACAATAATAACT
TACAGGCTTTTGTGTTGAGAATTTGTGTAGATAGAGCTAATAGGAAATTTATGTAAAGTA
ATAGTACAGTCCCATCTCTAAATTCTCAGATGCAAATTTTGTAATCATTTAAATGTTTTT
ACTGTAGCTTAGAAACTTATAAAACAATGGGTTCAACATTAACGGTGATACTTCTGTTTT
GAAACTGTAAACCAGACAACAGTTTCATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EI10TF U 1
AF RR3EI10JQ C 332
BS 1 427 RR3EI10TF
BS 428 991 RR3EI10JQ

RD RR3EI10TF 427 0 0
GGGTTAGAGAAATCCCTTTGTGCACACACAGCCAAGGTCACTTGTCTGCGTGTAAGCCAA
CCTTACATGATGATTGTGAGCGGTTCAGATGACTGTACAGTTATCATATGGGATCTCAGT
TCATATAATTTTGTGAGGCAGCTCCCTGACTTCCCAGTTCCTGTTTCCGCAATCTACATA
AATGATCTTTCAGGAGAGATCATAACTGCTGCTGGAACTTTACTCGCGGTGTGGAACATC
AACGGCGATTGCCTTGCCGTGGTTAACACATCACAGTTGCCATCCGATTTTATAGTGTCA
TTAACATGCCCAACGTTTTCTGACTGGCTGGAAACAACTTGGTATGTGACTGGTCATCAA
AGCGGGTCTCTTAAAGTGTGGCAAATGGTACATTGCACTGATCCCGTTGGTGCTGAGATC
AAAGCTA

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR3EI10JQ 660 0 0
AAACAACTTGGTATGTGACTGGTCATCAAAGCGGGTCTCTTAAAGTGTGGCAAATGGTAC
ATTGCACTGATCCCGTTGGTGCTGAGATCAAAGCTACTAGCAACAGAACAGGATGGACAA
ATCTTGTGCCAGAATACAAGTTGCTTCTACACAAGGAGTTGGATTGCCATAAGCAACCGG
TCACAGCTCTGCACCTCACGGCCGACCTGAAGCAATTGCTGAGTGGTGATTCTGGTGGAC
GGTTGATTTCATGGACAGTTCCAGACCAGATATTAAAAGCTACACTCAAAAGTGCTCTCA
TAGCTCAGAATCTTAAGCATCATCATGTAGAAGCTAGGATTAGAATCTAAAGCAATCACT
AATGGTAGATGAGAATCAGAATGTTCAATGTTTTTGATCGAAAAATGGCGAAGCAGCAAA
GGGAGGGAGAAACTGGTACAATAATAACTTACAGGCTTTTGTGTTGAGAATTTGTGTAGA
TAGAGCTAATAGGAAATTTATGTAAAGTAATAGTACAGTCCCATCTCTAAATTCTCAGAT
GCAAATTTTGTAATCATTTAAATGTTTTTACTGTAGCTTAGAAACTTATAAAACAATGGG
TTCAACATTAACGGTGATACTTCTGTTTTGAAACTGTAAACCAGACAACAGTTTCATTTT

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL5881Contig1 1274 2 2 U
GAGAACAAACGGACGAGGATGGGTGAGTGCAACAGACAACAAATACAGAGGCTTTGGAAG
GGGTTACAATTACTACTATGGAAATGAGAACAACCTAGATGGTCTTAACGAACTTAACAG
GGGACCTAGAGCTAAGGGCACAAAGAACCAGAAGGGAAATTCAGAAGATTGTTTAGAGGT
TAAGGAGCGGACTGGCCAGTCAAATGTAGCGGAGGCTGTGGAGACGGGGAACACATGCGT
TGTTCCAGACAGAGAACAGTGCAACAAAGAAGATTTCCCAGTGGAGTATGCGAATGCAAT
GTTCTCTATCATCAAGTCCTACAGTGAAGATGATGTTCACAAAAGCATCAAATATAATGT
TTGGGCTAGTACTCCAAATGGAAACAAGAAGCTTGCTGCAGCATACCAGGAAGCTCAGCA
GAAACCTGGAGGCTGTCCTATCTTTCTCCTTTTCTCGGTCAATGCAAGTGGACAGTTTGC
TGGGCTTGCTGAAATGACAGGACCAGTTGATTTCGAGACAAATGTGGACTACTGGCAGCA
AGACAAGTGGACAGGGTCTTTCCCTCTCAAGTGGCATATTGTGAAGGATGTTCCAAACAG
TTTGCTGAAACATATTACCCTTGAGAACAATGAGAACAAGCCTGTCACCAACTCTAGAGA
CACCCAAGAGGTCAAGTTGGAGCAAGGTTTGAAGATTATGAAAATTTTTAAAGAGCATAC
GAGCAAGACTTGCATTTTGGATGACTTTTCCTTTTATGAGGTTCGACAGAAGACTATCTT
GGAGAAGAAAGCCAAGCATCAGCAAACCCAGAAACAGGTAATTGAGGAGAGTAGTACAGA
GGATGAGAAAAAGAAATTTGCAACTGCTGAGCCGGCTCACAAGGAATTTCCTCCAGCTGC
TCAAACTACCGGTGATGTCAAGGTTGATGAGAATGGATCTGTTTTTAAACCGGTTGATGT
GGTGGCAAATGGTTGCTAGATAGAGTAGTCAATGCTGCTCACGGCTTGAGCATAAACGCT
ACTAGAGAAGTTGTCTTTTGAGAACGAGTGCCGTGAAGCTTTGAAGCAAGGAGGAGCTTT
AGTACCTAAGAAGACCGAGAACTGTTTCTTTACCCTTAGAAATTAAAATCATATTTTTTC
TTATCTTTTTTTTTTGTTCTTGTTTCACCTGTCTTTACAATTTTCTGTTTTTTTCGCTTT
TTGTTTTCTGTTGATGCTCCTACCTTGTAAAATTGCTTAATATGACCTCTACTAAATAGT
GGGAAGTAGTGGAG


BQ
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CACCCAAGAGGTC

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DS 

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TGCTTAATATGACCTCTACTAAATAGTGGGAAGTAGTGGAG

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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATTAGGGCTATAAACTTTACCGGGAAGATAACTTTTGATGGCGAGGACGGGAACTGGGAA
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CTTCCTCCTCGTTTGCTTCACTTTGGCTCTGTACCGGAACGTTACCATCAACTACCTCAT
CCTTACTCTCATCTGCGAGGTACGGTTTTAAAGAACTTTATATTTGTTAGCCTTTATAGT
TTCATATATGTGACATTCGTTGCAAACAGATGCATTCGATCTTTCTGCACGTGAGGAAGC
TAAGGAGGATGGCGGGAATCCGTGACAGCGGCACGGCGTTGGTGAAACTGGAGTGGGTGC
TGAACTGGGCAGCCTTTGTGTTTGCGAGATGCATTCCTCACATTCTCATCACTGTCAAGC
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TGGCTGGAATGAACATCCTCAATGTGGGTCTTGGGATGGATCTGTTTCATGCTTTTAGAA
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TTTTGGAAGCCATCCTTAGACCAAGGTTTATTGTAAGGTTTATAATACACATTACCACAC
TCTATCTGTTTTTTTATTTTTGAGGCTTTGCTACTATGTTTCTATTTAGCTTTCAGATTC
TTTCCTTTTTTTTGAAGGAAAACTACATGTAAATGTTATTTGTTTGATGGTTTTTTTTTT
TGT


BQ
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AF RR3BX57TF U 1
AF RR3BX57JQ C 618
BS 1 717 RR3BX57TF
BS 718 1203 RR3BX57JQ

RD RR3BX57TF 719 0 0
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ATTAGGGCTATAAACTTTACCGGGAAGATAACTTTTGATGGCGAGGACGGGAACTGGGAA
GAACGGTGCGGGGCAATTCTTCCTGGCGACGCTGCTTCTATGGCTAGTCTCCGTCGTGTT
CTAGATTGCCTTCAACCTAAGGACCGAACTTCTCTGGGTGATCAGCGGAGGATGCTTCTT
TCAATCGGCGAATTGGTTCGTTCGCGCTTGCCTCTCTCGTGACCCTCTCTTCGTTAATAC
CTCCGTCTCGCTTCTACACTCAATCATCACCTCCGCCTCAGTGGTTTTCATTCTGCTCAA
CCAATGCTTAGAGAAAGGTGTAGAGGAGATGTTCGATCATTCTGAGCTCGTTGGTGGGAC
TTGGAACTGGGCACACCCTGCTCTGTGTTTCTCTTGCGGTTACTTTGCTTATGACCAGTG
GGATATGCTTCGGTACCGTTTATACAGCGGTTTAATACCTTCTATCCTGGTCCACCATCT
CTTCCTCCTCGTTTGCTTCACTTTGGCTCTGTACCGGAACGTTACCATCAACTACCTCAT
CCTTACTCTCATCTGCGAGGTACGGTTTTAAAGAACTTTATATTTGTTAGCCTTTATAGT
TTCATATATGTGACATTCGTTGCAAACAGATGCATTCGATCTTTCTGCACGTGAGGA
GC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3BX57JQ 586 0 0
AGGTACGGTTTTAAAGAACTTTATATTTGTTAGCCTTTATAGTTTCATATATGTGACATT
CGTTGCAAACAGATGCATTCGATCTTTCTGCACGTGAGGAAGCTAAGGAGGATGGCGGGA
ATCCGTGACAGCGGCACGGCGTTGGTGAAACTGGAGTGGGTGCTGAACTGGGCAGCCTTT
GTGTTTGCGAGATGCATTCCTCACATTCTCATCACTGTCAAGCTGATCAAAGACGCGCAC
AAGTTTGGGAGAGGCGTGGAGTGGCCGCTCGCTCTGTTTGGTATGGCTGGAATGAACATC
CTCAATGTGGGTCTTGGGATGGATCTGTTTCATGCTTTTAGAAGAGAGAGAAGCAACAGA
AGAAATCAAGAGAAGAGAAACCATGTAGAATGATTAGCCATTTTTTTGGAAGCCATCCTT
AGACCAAGGTTTATTGTAAGGTTTATAATACACATTACCACACTCTATCTGTTTTTTTAT
TTTTGAGGCTTTGCTACTATGTTTCTATTTAGCTTTCAGATTCTTTCCTTTTTTTTGAAG
GAAAACTACATGTAAATGTTATTTGTTTGATGGTTTTTTTTTTTGT

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL5884Contig1 1439 2 2 U
GTCGGTTTCTCGGATAACGACCTTTTTTCAGCTGAACATGAGGCGGACCAGCGGCGGTGA
CGAGAGCGATACGAACTGCTCCTTCGTAGCCTCCCCAGCTGCGGAGTTCTGGGAGTGGGA
GATGGGTGACTGGAGGAAAAACAGAGCGGTCCGGATCGTGGCAATCGATAGAGGTCATGT
CTCGTACCTTGATCTCGACTTGAAGTCAAATGATGCACACAAGACTATTATATTACCGAC
CTTCCCGTTAGATTCACGTCTCATGTCAACGTCCTTGGCACGGCACAGATACGAATGCCA
GCACATGATCTCCTCATCCTACGACGCTATCAGAGCCATTGTGTTTTCTCGTTCTATAGT
TGTTGACGTTGTGGCTAGAGTCTATGACTCGAGCCCTGGATTTGACAATCTCGTCATGGA
AGCTCCGATGAGAAAACACGGAGACGATTCTTCAGGAGCGTCGTTTTACTCACTCCCGTG
GAACTACAGAGCCTTTGAAGATCCTTTGCCTGATAGGTTTTGGCTTCAGATAGAAGTAAC
TGACATCAAAGGGAGATCGACTTTGTCTGAGATGAGGCCGTTTTCGATCAACGGTCTGAG
CTCTGAAGTCTCGTGGACGTGGAACGAGTTTCGTGTCATGGGATGCCAGTGGGCTGCGTT
GTATTTCCCTATTCTATGGTCTGTGCTATGCTGTTTGTTTATGGCTTTGCTCGTCCCTAA
ATGCATCATCGTTGTTTTCAAGAAGCAGTACACTCTCAAGAAGTTCGTCGCCAAGAAAGG
ATTATTCACGTTTGTGCTGTGGATTCTCCAGGACCTCTGCAGACTCCCTGTGGTTTGGTT
TGGTTACGTGGCGTATTTGTTTTATCTCGTATTCTTCCCTTGGTTCTCCGGTGAAGTGTT
TACTGATTCCGGAAAGAGAACGTACATGACTATTATGGGGTGGGCGGTCACTAGCGGAGA
GAGGAAACATGAGTACGTTGGAGAGCCTGATGTCATGGTTCTGGTGATTCCGCATCTGGT
TTTTGTTGTTATCCCGAGTTTGTTGATCGTGTGTTGTCTAGTTGCTGAGAGAGAAGTCTA
CAAAGAGCACATTAGAGCTGTTTCTGGTAAGAAGGAAGATGACCATGACAGGGGAAGGAA
GAAGAGATGGCAACGGCGATCTGTGTTGTTCTTTAAGAGGCGACTGGTTCGGAAGACGCT
TTTGTTAGCTTCATTGGCTCTGTACTGGAAGCATTTCAAGAATTGCTGGAGTCTAGCTAG
AGCTTATGAGATGAATGTGGTTCATTTTCCAGGTTACAGTCTTGTGGTTCCTTTGTTGCT
GCTTTATGTTGTCTTCAAAACCCATAAAGCTCCATGAGAGAAACAACAAACACTCTTTTG
ACAGTTTTCCTCACTTACCTTACGGAAAAAAGAGCAACTAATTGTTTTGTTTAGCATCC


BQ
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AF RR3AA16TF U 1
AF RR3AA16JQ C 673
BS 1 768 RR3AA16TF
BS 769 1439 RR3AA16JQ

RD RR3AA16TF 768 0 0
GTCGGTTTCTCGGATAACGACCTTTTTTCAGCTGAACATGAGGCGGACCAGCGGCGGTGA
CGAGAGCGATACGAACTGCTCCTTCGTAGCCTCCCCAGCTGCGGAGTTCTGGGAGTGGGA
GATGGGTGACTGGAGGAAAAACAGAGCGGTCCGGATCGTGGCAATCGATAGAGGTCATGT
CTCGTACCTTGATCTCGACTTGAAGTCAAATGATGCACACAAGACTATTATATTACCGAC
CTTCCCGTTAGATTCACGTCTCATGTCAACGTCCTTGGCACGGCACAGATACGAATGCCA
GCACATGATCTCCTCATCCTACGACGCTATCAGAGCCATTGTGTTTTCTCGTTCTATAGT
TGTTGACGTTGTGGCTAGAGTCTATGACTCGAGCCCTGGATTTGACAATCTCGTCATGGA
AGCTCCGATGAGAAAACACGGAGACGATTCTTCAGGAGCGTCGTTTTACTCACTCCCGTG
GAACTACAGAGCCTTTGAAGATCCTTTGCCTGATAGGTTTTGGCTTCAGATAGAAGTAAC
TGACATCAAAGGGAGATCGACTTTGTCTGAGATGAGGCCGTTTTCGATCAACGGTCTGAG
CTCTGAAGTCTCGTGGACGTGGAACGAGTTTCGTGTCATGGGATGCCAGTGGGCTGCGTT
GTATTTCCCTATTCTATGGTCTGTGCTATGCTGTTTGTTTATGGCTTTGCTCGTCCCTAA
ATGCATCATCGTTGTTTTCAAGAAGCAGTACACTCTCAAGAAGTTCGT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3AA16JQ 767 0 0
TCTATGGTCTGTGCTATGCTGTTTGTTTATGGCTTTGCTCGTCCCTAAATGCATCATCGT
TGTTTTCAAGAAGCAGTACACTCTCAAGAAGTTCGTCGCCAAGAAAGGATTATTCACGTT
TGTGCTGTGGATTCTCCAGGACCTCTGCAGACTCCCTGTGGTTTGGTTTGGTTACGTGGC
GTATTTGTTTTATCTCGTATTCTTCCCTTGGTTCTCCGGTGAAGTGTTTACTGATTCCGG
AAAGAGAACGTACATGACTATTATGGGGTGGGCGGTCACTAGCGGAGAGAGGAAACATGA
GTACGTTGGAGAGCCTGATGTCATGGTTCTGGTGATTCCGCATCTGGTTTTTGTTGTTAT
CCCGAGTTTGTTGATCGTGTGTTGTCTAGTTGCTGAGAGAGAAGTCTACAAAGAGCACAT
TAGAGCTGTTTCTGGTAAGAAGGAAGATGACCATGACAGGGGAAGGAAGAAGAGATGGCA
ACGGCGATCTGTGTTGTTCTTTAAGAGGCGACTGGTTCGGAAGACGCTTTTGTTAGCTTC
ATTGGCTCTGTACTGGAAGCATTTCAAGAATTGCTGGAGTCTAGCTAGAGCTTATGAGAT
GAATGTGGTTCATTTTCCAGGTTACAGTCTTGTGGTTCCTTTGTTGCTGCTTTATGTTGT
CTTCAAAACCCATAAAGCTCCATGAGAGAAACAACAAACACTCTTTTGACAGTTTTCCTC
ACTTACCTTACGGAAAAAAGAGCAACTAATTGTTTTGTTTAGCATCC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5886Contig1 1074 2 2 U
GGAACACCGGTCGGATTCTGCGTTGTTTCAGTCGTCTTCCAAACTTTGAGCATCTTCCCC
AGACTTTCACCTCTTTCTGCTCTCATGGATTCTTCTTCGAATCTCGGTTCTTCCAGCAAA
CCTGCCTTCTCTTCTTTCTCTCTATCCAGCAGAAGCGGCGGTAGAGGAAGAGGAAACGAG
AGAGATAATGATCCACGGAGACCTCAGGGTCGTGGCCGCGGCAAAGATAAAATTGATGCG
CTTGGAAGACTCTTGACGAGAATCTTGCGACATATGGCTACTGAGCTGAGACTAAATATG
AGAGGTGATGGTTTTGTTAAAGTTGAAGACTTGCTTTACTTGAATCTGAAAACGTCTGCT
AACACTCCCTTGACCTCTCACACTGTTGATGAGATTCGAGAGGCAGTGAGAAGGGACAAT
AAGCAACGTTTTAGCCTCGTTGAAGAGGGTGGAGAGCTCTTGATTCGGGCTAACCAAGGC
CACTCTATCACGACGGTTGAATCTGAAAAGTTACTTAAACCAATATTGTCAGCAGAAGAA
GCTCCAGTGTGTGTGCATGGAACTTATAGGAAGAGTTTGGAATCCATCTTAGCATCTGGG
TTAAAGCGAATGAATAGACTCCATGTTCACTTTTCTTGTGGCTTGCCAACAGATGGTCAA
GTGATAAGTGGCATGAGAAGAGATGTTAATGTGTTGATCTTTCTCGACATCAAGAAAGCT
CTTGAAGATGGGATTGCGTTCTACATTTCAGACAACAAGGTGATTTTGACTGAAGGTGTT
GATGGTGTAGTGCCTGTTAAGTACTTCCAAAAGATCGAGTCTTGGCCTGGTCGACAACCA
ATTCCTTTTTGATTTATTGTTAGGGACGACAGCAGTGACTTATGAGATATACTATTATTA
CCACCTTAATCATGTTTAATGTTTTTTTTAATAAATTAATCATTTTTAACTGTTATTTTT
TCGTGTTTCGTCCGTATTTGTTTAATAATTAATCACATCAATATTTGATCGTGGATGTTG
ATCAGTGTAACCAATGTTTGTAGAAACTTTGTAACTAATGAATATTTTGATTGC


BQ
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AF RR3FA60TF U 1
AF RR3FA60JQ C 502
BS 1 596 RR3FA60TF
BS 597 1074 RR3FA60JQ

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AGACTTTCACCTCTTTCTGCTCTCATGGATTCTTCTTCGAATCTCGGTTCTTCCAGCAAA
CCTGCCTTCTCTTCTTTCTCTCTATCCAGCAGAAGCGGCGGTAGAGGAAGAGGAAACGAG
AGAGATAATGATCCACGGAGACCTCAGGGTCGTGGCCGCGGCAAAGATAAAATTGATGCG
CTTGGAAGACTCTTGACGAGAATCTTGCGACATATGGCTACTGAGCTGAGACTAAATATG
AGAGGTGATGGTTTTGTTAAAGTTGAAGACTTGCTTTACTTGAATCTGAAAACGTCTGCT
AACACTCCCTTGACCTCTCACACTGTTGATGAGATTCGAGAGGCAGTGAGAAGGGACAAT
AAGCAACGTTTTAGCCTCGTTGAAGAGGGTGGAGAGCTCTTGATTCGGGCTAACCAAGGC
CACTCTATCACGACGGTTGAATCTGAAAAGTTACTTAAACCAATATTGTCAGCAGAAGAA
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DS 

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ACTTATAGGAAGAGTTTGGAATCCATCTTAGCATCTGGGTTAAAGCGAATGAATAGACTC
CATGTTCACTTTTCTTGTGGCTTGCCAACAGATGGTCAAGTGATAAGTGGCATGAGAAGA
GATGTTAATGTGTTGATCTTTCTCGACATCAAGAAAGCTCTTGAAGATGGGATTGCGTTC
TACATTTCAGACAACAAGGTGATTTTGACTGAAGGTGTTGATGGTGTAGTGCCTGTTAAG
TACTTCCAAAAGATCGAGTCTTGGCCTGGTCGACAACCAATTCCTTTTTGATTTATTGTT
AGGGACGACAGCAGTGACTTATGAGATATACTATTATTACCACCTTAATCATGTTTAATG
TTTTTTTTAATAAATTAATCATTTTTAACTGTTATTTTTTCGTGTTTCGTCCGTATTTGT
TTAATAATTAATCACATCAATATTTGATCGTGGATGTTGATCAGTGTAACCAATGTTTGT
AGAAACTTTGTAACTAATGAATATTTTGATTGC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

CO CL5887Contig1 1275 2 2 U
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TTTTACCATATATTATTGTTAGCCTTACGTATGGATTCTCATCAAACATTAATATCCGCT
ACGGCGGCAAGCCTGTGTTTTCTATTATGTATCTGCATGACGAACGGTGAGCTTCACAGA
TTCATTGAGCCGACGAAGAGCGACGGTTCCGTTAGCTTTATAACCATCGGTGATTGGGGT
CGCCGTGGCGACTACAACCAGTCTGTTGTGGCCTACCAGATGGGAAGGGTTGGAGAAAAG
ATAGGGTTAGATTTCGTGGTGTCCACGGGAGATAACCCTACGACAATGGATTGTTTAGTG
AACACGATCCTAACTTCAAAGAGTCTTTCTCTAACATCTACACTGCTCCAAGTCTCCAGA
AACAGTGGTACAGTGTATTAGGGAACCATGACTACAGAGGTGACGCAGAAGCTCAGCTAA
GCTCTGTCCTCAGAGAAATCGACAGTCGTTGGACCTGTCTCCGCTCCTTTATCGTCGACG
CAGAGTTGGTCGAGCTCTTCTTCGTTGACACCACTCCTTTTGTGAAAGAATACTACACAG
AAGAAGATGGTCACACGTACGACTGGCGTGCGGTCCCTTCTCGCAACTCTTATGTTAAGC
ATCTCCTACGTGATGTCGAAGCTTCTTTGAAGAGATCCAAAGCGACGTGGAAGATTGTGG
TTGGTCATCACGCGATGAGAAGCATTGGTCATCATGGAAACACTGTAGAGCTAGTTGAAG
AGCTTTTGCCGATTATGAAAGAGAACGGTGTTGATCTTTACATGAATGGACACGACCATT
GTCTCGAACATATTAGCGATGAAGATAGTCCTATTCAGTTTTTGACGAGCGGTGCTGGCT
CCAAGGCTTGGAGAGGTGATGTTGACCCGACCACTAACAATCCTAAGTCTGTGAGGTTTT
ATTATGATGGTCAAGGGTTCATGTCTGCTAGATTCACTCACTCGGATGCAGAGATAGTCT
TCTACAATGTGTTTGGTGAGGTTTTGCACAAGTGGGTTACTTCTAAGGAGCTTCTTCATT
CCTCTGTTTGATCAGAAGTATAAATAAATTTTTGTTTCCTTTGTAATTTTTGTAACATAT
CTTTCAAGTCCTATTGCAGGCTAGGTAGGCTTCCTGCTTAGTTTAGCATCAACTTAGCTA
TAGCTTATCCCAATAAAAATATTATTTGAATGTAATGTAATGATTATCTTCTTAATGTTA
TAGTCAATTTGTATT


BQ
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AF RR3G666TF U 1
AF RR3G666JQ C 683
BS 1 777 RR3G666TF
BS 778 1275 RR3G666JQ

RD RR3G666TF 777 0 0
GGAGAAAGAGATATACAGATTCTCTTCCTCCAAGCCACTCAAAGCCTTAGATATATCATA
TTTTACCATATATTATTGTTAGCCTTACGTATGGATTCTCATCAAACATTAATATCCGCT
ACGGCGGCAAGCCTGTGTTTTCTATTATGTATCTGCATGACGAACGGTGAGCTTCACAGA
TTCATTGAGCCGACGAAGAGCGACGGTTCCGTTAGCTTTATAACCATCGGTGATTGGGGT
CGCCGTGGCGACTACAACCAGTCTGTTGTGGCCTACCAGATGGGAAGGGTTGGAGAAAAG
ATAGGGTTAGATTTCGTGGTGTCCACGGGAGATAACCCTACGACAATGGATTGTTTAGTG
AACACGATCCTAACTTCAAAGAGTCTTTCTCTAACATCTACACTGCTCCAAGTCTCCAGA
AACAGTGGTACAGTGTATTAGGGAACCATGACTACAGAGGTGACGCAGAAGCTCAGCTAA
GCTCTGTCCTCAGAGAAATCGACAGTCGTTGGACCTGTCTCCGCTCCTTTATCGTCGACG
CAGAGTTGGTCGAGCTCTTCTTCGTTGACACCACTCCTTTTGTGAAAGAATACTACACAG
AAGAAGATGGTCACACGTACGACTGGCGTGCGGTCCCTTCTCGCAACTCTTATGTTAAGC
ATCTCCTACGTGATGTCGAAGCTTCTTTGAAGAGATCCAAAGCGACGTGGAAGATTGTGG
TTGGTCATCACGCGATGAGAAGCATTGGTCATCATGGAAACACTGTAGAGCTAGTTG

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3G666JQ 593 0 0
TTCTTTGAAGAGATCCAAAGCGACGTGGAAGATTGTGGTTGGTCATCACGCGATGAGAAG
CATTGGTCATCATGGAAACACTGTAGAGCTAGTTGAAGAGCTTTTGCCGATTATGAAAGA
GAACGGTGTTGATCTTTACATGAATGGACACGACCATTGTCTCGAACATATTAGCGATGA
AGATAGTCCTATTCAGTTTTTGACGAGCGGTGCTGGCTCCAAGGCTTGGAGAGGTGATGT
TGACCCGACCACTAACAATCCTAAGTCTGTGAGGTTTTATTATGATGGTCAAGGGTTCAT
GTCTGCTAGATTCACTCACTCGGATGCAGAGATAGTCTTCTACAATGTGTTTGGTGAGGT
TTTGCACAAGTGGGTTACTTCTAAGGAGCTTCTTCATTCCTCTGTTTGATCAGAAGTATA
AATAAATTTTTGTTTCCTTTGTAATTTTTGTAACATATCTTTCAAGTCCTATTGCAGGCT
AGGTAGGCTTCCTGCTTAGTTTAGCATCAACTTAGCTATAGCTTATCCCAATAAAAATAT
TATTTGAATGTAATGTAATGATTATCTTCTTAATGTTATAGTCAATTTGTATT

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

CO CL5888Contig1 814 2 2 U
CCTCTCATCTTACTGTCGGTGAGAGCGAAGAAACGTGGAGCAAACACAAGTGTCGGCAGA
CAAAAGTGGAACGAGAAGTGTCAACTGAATGATGCGGAAGTGAAGGATGGGACCGAACTA
GGATCATGCTCTTGTCTCTTTTTGCTTTCATTATTTGTGGTGGTCATGCCAAAACCATGT
TCTCGTTTACCTTTTTTTGTTTACCATATTTTTTTCGTCTTACATATGTCACTTAAGAAC
TTGAAAACGTGGCCAGGTGGTCTATGTTGGGGATCCACGTTAACTTCAATAAAAAGAGAA
AGCATAGGTCTTTATTATCAGAAATTCCAAAACTAAACATTATGTTAGTTTACCTAAGGG
CAGATACATAACACTACTACCTACGCAAAATGTAATCCAATCCCAGTCCTTAATCTCCAA
AAGTAATTAGTACTTCATCATCATCTCAGTTTCTCAGCATAAACCTTTCAGCTCCGGCTT
CGGCTTCGGCGTCTATCTTTCAGTCCATTCCTGCAGAAACAAGATGAATCAAGATGCATG
CTATGTGAACAAAACGCTGATCTCTCCATTCAGCAACATTACAATGATCAAACATCAAGA
ATTTAAATTTCCACCTCAACCATATCAACTCAATGTATTATATGACTTCAAGAAGATGAA
ACAAGTTTTACCCATTAGCATAAGGCAGTTCATCACGCCTTCTGTACGGAGGCGGTGATT
TACTGTAGCTGCGACCACGAGCAGAAGGAGGTGAAGGGCTGCGGCGCCTTGGAGGAGGAG
GAGATCTTCCACGAGGGCTGTAACTCCTGATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FB01TF U 1
AF RR3FB01JQ C 192
BS 1 295 RR3FB01TF
BS 296 814 RR3FB01JQ

RD RR3FB01TF 295 0 0
CCTCTCATCTTACTGTCGGTGAGAGCGAAGAAACGTGGAGCAAACACAAGTGTCGGCAGA
CAAAAGTGGAACGAGAAGTGTCAACTGAATGATGCGGAAGTGAAGGATGGGACCGAACTA
GGATCATGCTCTTGTCTCTTTTTGCTTTCATTATTTGTGGTGGTCATGCCAAAACCATGT
TCTCGTTTACCTTTTTTTGTTTACCATATTTTTTTCGTCTTACATATGTCACTTAAGAAC
TTGAAAACGTGGCCAGGTGGTCTATGTTGGGGATCCACGTTAACTTCAATAAAAA

QA 1 295 1 295
DS 

RD RR3FB01JQ 623 0 0
TTTTTTTGTTTACGATATTTTTTTCGTCTTACATATGTCACTTAAGAACTTGAAAACGTG
GCCAGGTGGTCTATGTTTGGGATCCACGTTAACTTCAATAAAAAGAGAAAGCATAGGTCT
TTATTATCAGAAATTCCAAAACTAAACATTATGTTAGTTTACCTAAGGGCAGATACATAA
CACTACTACCTACGCAAAATGTAATCCAATCCCAGTCCTTAATCTCCAAAAGTAATTAGT
ACTTCATCATCATCTCAGTTTCTCAGCATAAACCTTTCAGCTCCGGCTTCGGCTTCGGCG
TCTATCTTTCAGTCCATTCCTGCAGAAACAAGATGAATCAAGATGCATGCTATGTGAACA
AAACGCTGATCTCTCCATTCAGCAACATTACAATGATCAAACATCAAGAATTTAAATTTC
CACCTCAACCATATCAACTCAATGTATTATATGACTTCAAGAAGATGAAACAAGTTTTAC
CCATTAGCATAAGGCAGTTCATCACGCCTTCTGTACGGAGGCGGTGATTTACTGTAGCTG
CGACCACGAGCAGAAGGAGGTGAAGGGCTGCGGCGCCTTGGAGGAGGAGGAGATCTTCCA
CGAGGGCTGTAACTCCTGATACC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

CO CL5889Contig1 1375 2 4 U
GGCTCGTTCACTAATCAATTTCAATCACAGACATCCAACAACACCCACTGTTACGATCAA
TGGACAAAATCAAAACGCAGTCACTCCAATCATTAAGACACAGACTAAGCCTCTTATTCA
ACAGTTACCATCTTCTAACACACGAGACAAGTCTTCAGGAGTTAAACAAATCACTCCTGA
TTCTAATACGGCACCAAAGAGTCAACACAAGACATTGTCTTGGGGAGTCATATGGAGGAA
GAAGAACTCGGAAGACACAGGTGCTAGCTTCAGACATCAAAATGTTGTGTTGGCTGCACA
ATCTGATCAGCCGAATCCAGGACCAGTCTGTTGGATATGCAAACTCCCCTATAATCCTGG
CCAAACGTATATCCACTGTACAAATTGTGACAAGTGGTACCACATTGAAGCGATTATGCT
GGAAGAGTCAAAAATCCATGAAGTTGCTGGATTCAAGTGTTGCAGGTGCCGTCGTATACG
AGTACCAGATTGCCCTTTCATGGATCCCAAACTCAAGGAAGAGAGACAAAAGAGAAATGC
ATTCTTCCAGCGCCAGAGACATAAGAAAGGAAACAATAACACCAGAATGGATTCTGATTC
TGAGATAATGTCTGAACCAAGAGACTCGGTACCCTCTACTCCCTCGTTTCCCCTTGAAGA
TGCGTTTGTTCCTCAGATTTAGATGTTGAATGGAATGTCGATGGTTCTGTCCCGGAACCA
GTTAGGAGACAAGTCAAACGTGAAGACAGAGAAGGGAACAATAACATTTCTTATATCGAC
TTCTCAATGCCTCCCGAGTCACTTTCTTGTGTGAAACCAGAACCAACATTGCCTGTCATG
GATTGGGATGCATCTGACAGCAACAACAACAACAACATGGTTAAAGGGGAGGAGCTAACG
TTTGACTACCAAGACATGGAATTCGAACCCCAAACCTATTTCTCGCTGACCGAGTTGCTG
ACAGCAGATGATAGCGACCTGTGCAATGGATATGGCTATAACAAGGATGCTTCAGGAAAC
ACGGAGAACCCAAACCCTCAGGTTGAGACAATGGAACAGTGGAGAGCGTTTCTAAATGAC
AATACAAAACCATGTCAGATATGTATGCATGTGGAACCAGGGGCTGATCTCACATGCCAG
ACTTGTAATATCACGATACACTCCCACTGCTCTCCATGGGAGGAGGAATCTACTTGCACC
CGGGGTAACTGGAGATGCGGTCCCTGCCGTGAGTGGATGTAGCGGCGTTCCCTAATTTTA
AGTTACCACTTAATTTGTTTCTTTTGTTTTCTAAGTCTGGCTGCTTCTAGAAATATTTGG
TGAATACTAGGAAACATGTGTATTGAGAAGAAGTTAATTAAATTGAGATGAAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CP86TF U 1
AF RR3CP86JQ C 682
BS 1 755 RR3CP86TF
BS 756 756 RR3CP86JQ
BS 757 781 RR3CP86TF
BS 782 1375 RR3CP86JQ

RD RR3CP86TF 781 0 0
GGCTCGTTCACTAATCAATTTCAATCACAGACATCCAACAACACCCACTGTTACGATCAA
TGGACAAAATCAAAACGCAGTCACTCCAATCATTAAGACACAGACTAAGCCTCTTATTCA
ACAGTTACCATCTTCTAACACACGAGACAAGTCTTCAGGAGTTAAACAAATCACTCCTGA
TTCTAATACGGCACCAAAGAGTCAACACAAGACATTGTCTTGGGGAGTCATATGGAGGAA
GAAGAACTCGGAAGACACAGGTGCTAGCTTCAGACATCAAAATGTTGTGTTGGCTGCACA
ATCTGATCAGCCGAATCCAGGACCAGTCTGTTGGATATGCAAACTCCCCTATAATCCTGG
CCAAACGTATATCCACTGTACAAATTGTGACAAGTGGTACCACATTGAAGCGATTATGCT
GGAAGAGTCAAAAATCCATGAAGTTGCTGGATTCAAGTGTTGCAGGTGCCGTCGTATACG
AGTACCAGATTGCCCTTTCATGGATCCCAAACTCAAGGAAGAGAGACAAAAGAGAAATGC
ATTCTTCCAGCGCCAGAGACATAAGAAAGGAAACAATAACACCAGAATGGATTCTGATTC
TGAGATAATGTCTGAACCAAGAGACTCGGTACCCTCTACTCCCTCGTTTCCCCTTGAAGA
TGCGTTTGTTCCTCAGATTTAGATGTTGAATGGAATGTCGATGGTTCTGTCCCGGAACCA
GTTAGGAGACAAGTCAAACGTGAAGACAGAGAAGG*AACAATAACATTTCTTATATCGAC
T

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3CP86JQ 694 0 0
GATGTTGAATGGAATGTCGATGGTTCTGTCCCGGAACCAGTTAGGAGACAAGTCAAACGT
GAAGACAGAGAAGGGAACAATAACATTTCTTATATCGACTTCTCAATGCCTCCCGAGTCA
CTTTCTTGTGTGAAACCAGAACCAACATTGCCTGTCATGGATTGGGATGCATCTGACAGC
AACAACAACAACAACATGGTTAAAGGGGAGGAGCTAACGTTTGACTACCAAGACATGGAA
TTCGAACCCCAAACCTATTTCTCGCTGACCGAGTTGCTGACAGCAGATGATAGCGACCTG
TGCAATGGATATGGCTATAACAAGGATGCTTCAGGAAACACGGAGAACCCAAACCCTCAG
GTTGAGACAATGGAACAGTGGAGAGCGTTTCTAAATGACAATACAAAACCATGTCAGATA
TGTATGCATGTGGAACCAGGGGCTGATCTCACATGCCAGACTTGTAATATCACGATACAC
TCCCACTGCTCTCCATGGGAGGAGGAATCTACTTGCACCCGGGGTAACTGGAGATGCGGT
CCCTGCCGTGAGTGGATGTAGCGGCGTTCCCTAATTTTAAGTTACCACTTAATTTGTTTC
TTTTGTTTTCTAAGTCTGGCTGCTTCTAGAAATATTTGGTGAATACTAGGAAACATGTGT
ATTGAGAAGAAGTTAATTAAATTGAGATGAAGGC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL5890Contig1 541 2 4 U
GCAAAGAGAACTTTTATACAGATTTTTGTAAAATGTTTATGAACAATTCACATTAATGAG
ATTACAAAACTCACTTCCAAATCATCTCTGTAATGAGCTATCTCCTAACACAAATGCAAA
GATCTAGCCGCCTCTGAATATATGTATGATCTTTAAAACCAATTTGTTTTATCTCTCATA
CTTCCTCAACCTGAGGAAGGCTCATGAGTTCAAGAACAGCTTTAGTTGGTGTCAGTTCGT
TATCGATTATCTTAGCTACGGCTGTCAAAACAGGGAGCTTCACGTTGTATTTCTGTGCTA
ATGCTATCACTGCCCAAGCCGTTGCTACACCTTCTGCAACCTGATTCATGGAGCTTAGTA
TCTCATCTAATGTCTCCCCTGACCCTAACCTGACTCCAACTGTTCTGTTTCTTGAAAGAT
TGACGAAACACGTGAGCATTATGTCCCCGGTTCCTGACAAGCCGGTTATGGTTGTTGGCT
TTGCACCCATCTTTGTGGCTAACCATCTTATCTCTGAACAACCTTGTGAAACCAAAGCCG
C


BQ
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10 

AF RR3FX08JQ U 1
AF RR3BJ49JQ U 364
BS 1 427 RR3FX08JQ
BS 428 428 RR3BJ49JQ
BS 429 448 RR3FX08JQ
BS 449 541 RR3BJ49JQ

RD RR3FX08JQ 448 0 0
GCAAAGAGAACTTTTATACAGATTTTTGTAAAATGTTTATGAACAATTCACATTAATGAG
ATTACAAAACTCACTTCCAAATCATCTCTGTAATGAGCTATCTCCTAACACAAATGCAAA
GATCTAGCCGCCTCTGAATATATGTATGATCTTTAAAACCAATTTGTTTTATCTCTCATA
CTTCCTCAACCTGAGGAAGGCTCATGAGTTCAAGAACAGCTTTAGTTGGTGTCAGTTCGT
TATCGATTATCTTAGCTACGGCTGTCAAAACAGGGAGCTTCACGTTGTATTTCTGTGCTA
ATGCTATCACTGCCCAAGCCGTTGCTACACCTTCTGCAACCTGATTCATGGAGCTTAGTA
TCTCATCTAATGTCTCCCCTGACCCTAACCTGACTCCAACTGTTCTGTTTCTTGAAAGAT
TGACGAAGCACGTGAGCATTATGTCCCC

QA 1 448 1 448
DS 

RD RR3BJ49JQ 178 0 0
CATCTAATGTCTCCCCTGACCCTAACCTGACTCCAACTGTTCTGTTTCTTGAAAGATTGA
CGAAACACGTGAGCATTATGTCCCCGGTTCCTGACAAGCCGGTTATGGTTGTTGGCTTTG
CACCCATCTTTGTGGCTAACCATCTTATCTCTGAACAACCTTGTGAAACCAAAGCCGC

QA 1 178 1 178
DS 



AS 1 2

CO CL5891Contig1 1137 2 2 U
GCAGCACGGCGGAAGGTTAAGATCATTTCATATCTATTTAAGAGAAAGAAAAGCTATCTT
ACCCCAAATGCGGCTGTGGCGTAAAGACATCTGGCTCATCAGAAATAAAATCCAACGGTA
TCGCCTGGGAATGCCTTTCGCCAACTTTACCAAAACCTCACCAGCAGGGAATACCGGCCG
GAAGACCTCTGCAAAAGCGTTACATAAGGCGGGTGGTGACACGAGATCTATCTTAACAAA
AACAAAGAAAGGCATACCGACAGATCGCCAAAAGAGAGGGTAGCGCGGAGCATCGTTGAT
CTTCATAAACACATATCTCCTGCTCCAGAAATCGTTTGAAGGAAAACTCCCCCGGACGCC
CCTAGGAGGTTCGTCTACCAAAGGTTCACCATCTCGAGAAAAAATTTGGTAAAAACCCTT
CTTGCTCGATAGGGGAAAGAAGGAGTAGGAATACAAGATTTCAGGTAATCTAAAGGGGAT
ACTGTGAAATTCACCTAACACCTGAATGGCCATTAAGGTACGCCACGTTGCCGGCGTAAG
CTGCAAAGGAGAGAACCCAAAGTAAGACGCTACCTCCGCGACCAGGAAATGAATGTCCCC
TCTAAAGCCTGCTTCCAGGTACGCCTCGAAGATAGCTATCTCACCAGTACCACCATAAGG
AGCTCATTGGAATTCGCCCGCACATCATAGCTCCACCAAGTCAGGAAGAGAACACCTCCT
GCGGATTCCGATCAGATCTTCTTGCCTGATGTCTGATCTCGGACCGTCCTCGTCCTCATC
ACTAAAAGAACAAAAGCGACGCTGCCGCAAGGGAGCCATAGGAGCATTTTCGCTACCCAA
CCTGGAAGTCGTTCCTGGAGTCAGAATAGGCGAGGCAAAGGGATCACCAAAAAGGTATCG
AGGCCTAGCATGACCGCCAACATGGGAAGCTAGGAGCGCTCCGAAGGGGATCTAATCGTT
CGACATCTTCCTCAAGCAAGGATGGTAGTTCTGACTCGGGTCTATATCATTCAAGTACGC
CAGAGCATTCATATATATATTCGGAAGGATTTTCCATTAACCACCGAAGGGGAAAAGGAG
ATCGACAAAAAATGTTCATCAAGAGAAAAAAGGAAGGAAGGAAAATAGGAAAATCCC


BQ
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AF RR3FM02TF U 1
AF RR3FM02JQ C 577
BS 1 655 RR3FM02TF
BS 656 1137 RR3FM02JQ

RD RR3FM02TF 655 0 0
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ACCCCAAATGCGGCTGTGGCGTAAAGACATCTGGCTCATCAGAAATAAAATCCAACGGTA
TCGCCTGGGAATGCCTTTCGCCAACTTTACCAAAACCTCACCAGCAGGGAATACCGGCCG
GAAGACCTCTGCAAAAGCGTTACATAAGGCGGGTGGTGACACGAGATCTATCTTAACAAA
AACAAAGAAAGGCATACCGACAGATCGCCAAAAGAGAGGGTAGCGCGGAGCATCGTTGAT
CTTCATAAACACATATCTCCTGCTCCAGAAATCGTTTGAAGGAAAACTCCCCCGGACGCC
CCTAGGAGGTTCGTCTACCAAAGGTTCACCATCTCGAGAAAAAATTTGGTAAAAACCCTT
CTTGCTCGATAGGGGAAAGAAGGAGTAGGAATACAAGATTTCAGGTAATCTAAAGGGGAT
ACTGTGAAATTCACCTAACACCTGAATGGCCATTAAGGTACGCCACGTTGCCGGCGTAAG
CTGCAAAGGAGAGAACCCAAAGTAAGACGCTACCTCCGCGACCAGGAAATGAATGTCCCC
TCTAAAGCCTGCTTCCAGGTACGCCTCGAAGATAGCTATCTCACCAGTACCACCA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3FM02JQ 561 0 0
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TATCTCACCAGTACCACCATAAGGAGCTCATTGGAATTCGCCCGCACATCATAGCTCCAC
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TCTCGGACCGTCCTCGTCCTCATCACTAAAAGAACAAAAGCGACGCTGCCGCAAGGGAGC
CATAGGAGCATTTTCGCTACCCAACCTGGAAGTCGTTCCTGGAGTCAGAATAGGCGAGGC
AAAGGGATCACCAAAAAGGTATCGAGGCCTAGCATGACCGCCAACATGGGAAGCTAGGAG
CGCTCCGAAGGGGATCTAATCGTTCGACATCTTCCTCAAGCAAGGATGGTAGTTCTGACT
CGGGTCTATATCATTCAAGTACGCCAGAGCATTCATATATATATTCGGAAGGATTTTCCA
TTAACCACCGAAGGGGAAAAGGAGATCGACAAAAAATGTTCATCAAGAGAAAAAAGGAAG
GAAGGAAAATAGGAAAATCCC

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

CO CL5892Contig1 1386 2 4 U
GGCAGAATCATCAAAGCATTTCATATTCCAGGCAATGGAAGCACTAGTTCCGGTCCAAAG
TGCTGGACAGAGACTTCCGGTTAGACTGGTCTCCCCTTCTCTCTATCGGTGTATCGGTTC
TGTCTCCATCAGACGTTCGGTTTCAGGTTTTGCCATGGACACAAGGATCAGTTACAAAGC
TCCGTCGCAGTTCTCGATCCGATCTCAACAGAGCTTAGGTGTTGCTTCTTCTTCTTCTTC
AGTAGAGAATGATCTGAGAATCAAGGAATGGGAAGTAGACATGTATCAGAATGAGTTAGC
TATTAGCCAAGGCATCAGGATCAGGAGAAAACCACCAAGCAAGGCTCCACTGGGATATTC
TGGACCGTTTGAGCTGAGATTGCATAATGCTGATTCTCCCAGTAACATCTTGGAGGAGAT
TACTTGGTACAAAGACCAAGAAGTTTCCAGGATGAAGGAAATGAACCCACTTGAGGCGTT
AAAGAAAGCTGTAGAGAATGCTCCTCCCACTAGGGATTTTGTGGGTGCGCTTAGGATGGC
TCATCAAAGGACTGGCTTCCCTGCTTTGATCGCTGAAGTTAAGAAGGCTTCTCCAAGTAG
AGGAATCCTGAAAGAGAATTTTGACCCGGTCGAGATTGCTCAAGCTTATGAAAGAGGCGG
TGCAGCGTGTCTCAGTGTTTTGACTGACCAGAAGTATTTCAAGGGAGGCTTTGAAAACTT
GGAAGCAATAAGAAGCGCTGGTGTGAAGTGTCCCCTATTATGCAAAGAGTTTGTTGTAGA
TCCATGGCAGATCTACTATGCTCGGAGCAAAGGTGCTGACGCAGTTTTGCTCATTGCTGC
TATATTGACTGACCTGGAAATAACCTACTTGCTTAAGCTCTCCAAGAAGCTTGGTTTGGC
TGCCCTCGTTGAGGTGCACGATGAGAGAGAGATGGGCCGTGTTCTTGGAATAGAAGGGAT
CGAGCTTGTTGGCATCAATAACCGAAGTCTTGAAACATTTAAGGTGGACATTAGTAATAC
AAAGAAGCTTCTTGAAGGAGAGCATGGTAGACAAATACGCGAGAAAGACATGATCGTGGT
TGGTGAATCTGGTCTGTTTACACCTGATGATATTGCCTATGTACAAGCTGCTGGAGTTAA
AGCGGTATTGGTTGGTGAGTCCATTGTGAAGCAAAACGACCCTGAGAAAGGCATAGCTGG
TCTCTTTGGCAAGAACATTTCTCATACTTAGAAACCATGTCCCTAAAGCTCACATCTCCA
ACTATGTTTCTTGGTACATTTTGTATCTTGTTTTGAGAATTGAAGAAAGACTAGAAAGGC
TTGTTTGTTTTCTCTTATTGTATCAGAATCTGTCATAAACTTCCGAATAAATTGAATCTA
TATTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3CD29TF U 1
AF RR3CD29JQ C 623
BS 1 656 RR3CD29TF
BS 657 657 RR3CD29JQ
BS 658 707 RR3CD29TF
BS 708 1386 RR3CD29JQ

RD RR3CD29TF 713 0 0
GGCAGAATCATCAAAGCATTTCATATTCCAGGCAATGGAAGCACTAGTTCCGGTCCAAAG
TGCTGGACAGAGACTTCCGGTTAGACTGGTCTCCCCTTCTCTCTATCGGTGTATCGGTTC
TGTCTCCATCAGACGTTCGGTTTCAGGTTTTGCCATGGACACAAGGATCAGTTACAAAGC
TCCGTCGCAGTTCTCGATCCGATCTCAACAGAGCTTAGGTGTTGCTTCTTCTTCTTCTTC
AGTAGAGAATGATCTGAGAATCAAGGAATGGGAAGTAGACATGTATCAGAATGAGTTAGC
TATTAGCCAAGGCATCAGGATCAGGAGAAAACCACCAAGCAAGGCTCCACTGGGATATTC
TGGACCGTTTGAGCTGAGATTGCATAATGCTGATTCTCCCAGTAACATCTTGGAGGAGAT
TACTTGGTACAAAGACCAAGAAGTTTCCAGGATGAAGGAAATGAACCCACTTGAGGCGTT
AAAGAAAGCTGTAGAGAATGCTCCTCCCACTAGGGATTTTGTGGGTGCGCTTAGGATGGC
TCATCAAAGGACTGGCTTCCCTGCTTTGATCGCTGAAGTTAAGAAGGCTTCTCCAAGTAG
AGGAATCCTGAAAGAGAATTTTGACCCGGTCGAGATTGCTCAAGCTTATGAAAGAG*CGG
TGCAGCGTGTCTCAGTGTTTTGACTGACCAGAAGTATTTCAAGGGAG
CTTTGA

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3CD29JQ 764 0 0
GACCCGGTCGAGATTGCTCAAGCTTATGAAAGAGGCGGTGCAGCGTGTCTCAGTGTTTTG
ACTGACCAGAAGTATTTCAAGGGAGGCTTTGAAAACTTGGAAGCAATAAGAAGCGCTGGT
GTGAAGTGTCCCCTATTATGCAAAGAGTTTGTTGTAGATCCATGGCAGATCTACTATGCT
CGGAGCAAAGGTGCTGACGCAGTTTTGCTCATTGCTGCTATATTGACTGACCTGGAAATA
ACCTACTTGCTTAAGCTCTCCAAGAAGCTTGGTTTGGCTGCCCTCGTTGAGGTGCACGAT
GAGAGAGAGATGGGCCGTGTTCTTGGAATAGAAGGGATCGAGCTTGTTGGCATCAATAAC
CGAAGTCTTGAAACATTTAAGGTGGACATTAGTAATACAAAGAAGCTTCTTGAAGGAGAG
CATGGTAGACAAATACGCGAGAAAGACATGATCGTGGTTGGTGAATCTGGTCTGTTTACA
CCTGATGATATTGCCTATGTACAAGCTGCTGGAGTTAAAGCGGTATTGGTTGGTGAGTCC
ATTGTGAAGCAAAACGACCCTGAGAAAGGCATAGCTGGTCTCTTTGGCAAGAACATTTCT
CATACTTAGAAACCATGTCCCTAAAGCTCACATCTCCAACTATGTTTCTTGGTACATTTT
GTATCTTGTTTTGAGAATTGAAGAAAGACTAGAAAGGCTTGTTTGTTTTCTCTTATTGTA
TCAGAATCTGTCATAAACTTCCGAATAAATTGAATCTATATTAC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL5893Contig1 1502 2 2 U
GAAAAGATTGTAATGCGATATACAATTTTCTTAATAACAAAAAAAAACAAAAGAAAGAAT
AAGAACAAAGACAGAGAAAGAAGAACAGAACAAAAGGAATGAGAAATGGCGTATCGGAGA
AGACAAGTGATCACAAGAGCTTCCACATTCAACGACGAGATCTATCACCAAACACCTGAT
CACGATTACGGTGATCTCAAAGGCCACTCCAATAACGGATCCTCCTTCAGATCATCTCAA
TCTTTCTCTTCTCACTCCTCCCTTGCCGCTCAAGCAATCCGCGCTTCCTCTTCTCTTAAC
CCTAATGCCAATCCTCAGGTGCGAGGATTCACGGCTTACGAAGATGCAAACAAGAACGAG
AGTCGTGGCTTCTGGGGAATCCTAGCTCAAAAAGCCAAATCAATCCTCGAGGACGAAGAG
GAAGAGCAGCAGGGACAACAAAACGTCGTCGTCTCGGAGCAGCCCTCGAGTAATAATAAT
AATAATAACAATCCAACCATACGCAAAAGCATAGACAAGATCACGACGTCTCTGAATCAG
ATCGGAGACAGCTTCGAGAAAGCGTTCGAGGAAGGCCGTACGATGGTAGCTTCTCAGATA
AGGCGTAAAGGATCGGACCTAATGGATATACCAGAGAATAATCACAACAATCAATCCTCT
GGTTCAAACAGTCCGTGGCAACCGTTAACGCAACCTAACCCACACGAGTCTCAGCTCAAA
GCTTCACGTGACGTGGCCATGGCTACAGCGGCCAAAGCCAAGCTCCTCTTACGCGAGCTC
AAGACGGTTAAAGCCGACCTAGCTTTCGCTAAACAACGGTGCTCGCAGCTGGAAGAGGAG
AACAAACGGTTAAGAGATAACCGGGAGAAGGGAACCAACAATCCAGCCGATGATGACCTA
ATCAGGCTTCAGCTCGAGACGTTGCTTGCGGAGAAAGCGAGATTAGCGCATGAGAACTCG
ATCTACGCGAGAGAGAACAGGTTCTTGAGAGAGATCGTTGAGTATCATCAGTTAACGATG
CAAGATCTTGTTTATATCGATGAAGGTATTGAAGAAGTGGCTGAGGTTAATCCTTCGCTC
ACTAGGACGCTCTCGATGTCTTCGTTCGCTGCTTCTGAATTGCCTGTGAACTCTCCTTCT
CCTTCTCCTTCGTCGTCTCCGGATTCGTCTTCTCGGCTTTCGGTTTCTACGGATGTTTAT
TATCCAGTGTTGGTTCAGCAGAGTTCGGCTAGTGATGTTGGTGGTGATGAGAGTCCTAGA
CCGGTTCGACCACCTTCTTTGGGATACAAGGATGATGTGATCAAGAGACAATCGTCACAG
ATGTCGGTTTAGAAACCCAACAGTTGATTACTTATTACCATTTTGATTTGTGTCTGCTTC
GAAAGTCGTTGGTTGTTAACTTGATTCAATTTTTGGCTGTCGATTGTAATAGTTTCTTCT
TGATTGGTGAGCAATTTTGCCATCCATATCCAATGTAAATCTCTAAGGGGAGTTTTGATT
GT


BQ
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AATAATAACAATCCAACCATACGCAAAAGCATAGACAAGATCACGACGTCTCTGAATCAG
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AAG

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AGATTAGCGCATGAGAACTCGATCTACGCGAGAGAGAACAGGTTCTTGAGAGAGATCGTT
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TCGATTGTAATAGTTTCTTCTTGATTGGTGAGCAATTTTGCCATCCATATCCAATGTAAA
TCTCTAAGGGGAGTTTTGATTGT

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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTGTTGCATTTACCTTCAGTGAACATGATGTTGCAAGGATGGAAAAGCAGCAATTAGGCG
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AATCACCGATAAGAGGAGCTGAGAAACATGGTCTTCCAGGCGTGATCTCAGGAATGGCTT
TGGGTATTACTGGACTTGTGGCCAGACCAGCGGCTAGTATCCTTGAGGTAACTGGAAAAA
CCGCACAGAGTATCAGAAACCGAAGCCGGATTCATAACATGAGATCCCAACGGCATAGGC
TTCGCCTTCCTAGGCCTCTGAGCAGAGAACTACCTTTAAGGCCTTACTCATGGGAAGAAG
CGGTCGGGGCAGCAGTACTTACGGAGTTTGAAGATACCCTGAAGTACAAAGGCGAGACAC
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TTCATTAAAGGGCTGGTTATAAGCCATTTTACAAGCAGT


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AF RR3DJ60TF U 1
AF RR3DJ60JQ C 539
BS 1 621 RR3DJ60TF
BS 622 999 RR3DJ60JQ

RD RR3DJ60TF 621 0 0
GCACTGTTTATGCCTTAAGTGATGCTGCCACTCAATTTAGTAAAGCTGCACACAAGGGTA
TTGTTGCATTTACCTTCAGTGAACATGATGTTGCAAGGATGGAAAAGCAGCAATTAGGCG
AAGGATCACGTAGCAAAGGAGTTATAGGTGAAGTGTTTGAGGGACTCACTGGTCTCCTTC
AATCACCGATAAGAGGAGCTGAGAAACATGGTCTTCCAGGCGTGATCTCAGGAATGGCTT
TGGGTATTACTGGACTTGTGGCCAGACCAGCGGCTAGTATCCTTGAGGTAACTGGAAAAA
CCGCACAGAGTATCAGAAACCGAAGCCGGATTCATAACATGAGATCCCAACGGCATAGGC
TTCGCCTTCCTAGGCCTCTGAGCAGAGAACTACCTTTAAGGCCTTACTCATGGGAAGAAG
CGGTCGGGGCAGCAGTACTTACGGAGTTTGAAGATACCCTGAAGTACAAAGGCGAGACAC
TGGTCAAATGCAAAGCACTCAAGCAAGAAGGAGCATTCGTTGTAATCACAGGGAGACTAG
TACTGGTCCTAAGCAGCCCCAGCTTGGTAGATTTTGGCAAACCGGGATTTCTAGGAGTTC
CAATGGATTTGGTATGGAATA

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DS 

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TCCAATGGATTTGGTATGGAATATTGGATGAGAAATCGGTTTGGAGAGCGTGATACACAC
GGACTGCAGTGGGGGAGTGGTTCGAATCATAGGAAGCAACTCAGATGGTGTATGGAACTG
GAGACAGAACCAGCAAAAGAAGAGTAGCCCGAACAGGAAACGATGGAACGATACTTCAGT
TCAGCCGCTTTTCCAGACCAACTTAGAGTTTACATTTGAGGAAGAAGCAGAAGAGTTGCT
GAGTGTGTTGTTATCGACTATTGAGACTGGGAAAAGCCGGAGCTGGCATAGTCAGTTTGT
TTTAAGTGGAAGCAACATTAGTTAAACCGGAAGCTGCTTTTTTTTTTGTCAACATTTTTG
AATTCATTAAAGGGCTGGTTATAAGCCATTTTACAAGCAGT

QA 1 461 1 461
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5899Contig1 1367 2 2 U
GGGAGTTTGATTCGAATCGGCAACGATGGCACTATCGCAGTGGAAGGAAGCCATCCTCGA
AGGCATTTTCATGGAGATTGAGGAAGGACTCGTGGAGGAGAAGAATCTCGAGCGGTTGGA
GAATCTAGTCGAGATTCTTCACAAAGAAGGCTCCAGAGTCCCCGAATCAGTGAAGGAGTC
CTACTGCCAAGTCGCCGTGGAGTGTACAGTGAGGTCTCTCACCGACGATAAAGACGCGAA
AGAGGCTTACGCCGAAGCGATACGATCGATTTGGCTCCGTAGGGTTATGCCTCTGTGCGA
TAAGGTCAGTTGTTTGGTCACTCGCGACCTCTTGAACAGCTGTAAAAAGTTGTGGATGGC
TTACGGTGACGATGAGGCTTGTGAGGCTTTGATGGATGAGAATACGAGAGAGAAAGCTTT
GGCTTCTCTGAGGAAAGTTGTTTCTGAGTTGCATCCGGAGATTGATTATGGCTACGGTGA
GAGAGATGGTGACGTGGATGATTCGGGAGAGTGTAGCGAAGAAACAATAGATACAGAGCC
AATGGAGGAAGACGAAGAAGGGACGCTCTCTTCAGATATTGATGAGGAAAGACCTTGTGG
TGTGGTAGAAGCTGAATCTCCACCTCGTGGAATGAAGACCATTTCCTCTGCAGTTGTTGC
CGAGGCGCTAGAGAAGCTGAGAGGTTCTAAAAACGATCTGATGGATGCCTTGGCAGAAGT
AGGAGGACCTTCAAACTTAAACGTTACTTCGATTGTACAACATGAAAATGATGTTGCTGA
TCCTGCTGCATCAGTCAAACTTAACTTGATGGAGCGAAGAACCACAGCAGATACTTACGA
GTGGAAAGACTCAATTGATGATTCTGATGGAGAAACGGGCGATGAGGGTGAAGTAAGAGG
CGAAAGGGTTGTCGTGTCTCCATGGAAAAGAAACCAAGGTGGTGGTGGTAGAAGGACGAA
AATTCCTTGGAGTACTGCAGAAACGCTGGCCGTAATGAAAGGCTATGAAAAGTATGGTGC
AGACTGGAAGCGGATCAAAGATGAGTGTCCAATTCTAGTGCGCAGAACTAATGGTGATAT
CAAAGATAAATTTCGAGTTGAGATGAGGCGTCAAGAGCACCATCCTTGAGTAGGAACCTG
AAGAAGACATCAGACCTTTTCTGCGTAGACGATTAACAAAATGCTGAACAAAGATGTGTT
GTGACATCTATGGAATGTAAAATGAACTGGGTAACATTTTGTCGCCTTTTGTCTTTCAAC
CCTTGAAAGTTTTGTACATGTGATGATGATAATATCTAGTGAGTGACGGTGACTCTGCTT
GTTTAAGTAAACTAGGTTCCTTGATCAGTATAAGAGCAGTTCGGTCA


BQ
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AF RR3CW67TF U 1
AF RR3CW67JQ C 598
BS 1 674 RR3CW67TF
BS 675 1367 RR3CW67JQ

RD RR3CW67TF 680 0 0
GGGAGTTTGATTCGAATCGGCAACGATGGCACTATCGCAGTGGAAGGAAGCCATCCTCGA
AGGCATTTTCATGGAGATTGAGGAAGGACTCGTGGAGGAGAAGAATCTCGAGCGGTTGGA
GAATCTAGTCGAGATTCTTCACAAAGAAGGCTCCAGAGTCCCCGAATCAGTGAAGGAGTC
CTACTGCCAAGTCGCCGTGGAGTGTACAGTGAGGTCTCTCACCGACGATAAAGACGCGAA
AGAGGCTTACGCCGAAGCGATACGATCGATTTGGCTCCGTAGGGTTATGCCTCTGTGCGA
TAAGGTCAGTTGTTTGGTCACTCGCGACCTCTTGAACAGCTGTAAAAAGTTGTGGATGGC
TTACGGTGACGATGAGGCTTGTGAGGCTTTGATGGATGAGAATACGAGAGAGAAAGCTTT
GGCTTCTCTGAGGAAAGTTGTTTCTGAGTTGCATCCGGAGATTGATTATGGCTACGGTGA
GAGAGATGGTGACGTGGATGATTCGGGAGAGTGTAGCGAAGAAACAATAGATACAGAGCC
AATGGAGGAAGACGAAGAAGGGACGCTCTCTTCAGATATTGATGAGGAAAGACCTTGTGG
TGTGGTAGAAGCTGAATCTCCACCTCGTGGAATGAAGACCATTTCCTCTGCAGTTGTTGC
CGAGGCGCTAGAGA
GCTGAG

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3CW67JQ 770 0 0
TGGTGTGGTAGAAGCTGAATCTCCACCTCGTGGAATGAAGACCATTTCCTCTGCAGTTGT
TGCCGAGGCGCTAGAGAAGCTGAGAGGTTCTAAAAACGATCTGATGGATGCCTTGGCAGA
AGTAGGAGGACCTTCAAACTTAAACGTTACTTCGATTGTACAACATGAAAATGATGTTGC
TGATCCTGCTGCATCAGTCAAACTTAACTTGATGGAGCGAAGAACCACAGCAGATACTTA
CGAGTGGAAAGACTCAATTGATGATTCTGATGGAGAAACGGGCGATGAGGGTGAAGTAAG
AGGCGAAAGGGTTGTCGTGTCTCCATGGAAAAGAAACCAAGGTGGTGGTGGTAGAAGGAC
GAAAATTCCTTGGAGTACTGCAGAAACGCTGGCCGTAATGAAAGGCTATGAAAAGTATGG
TGCAGACTGGAAGCGGATCAAAGATGAGTGTCCAATTCTAGTGCGCAGAACTAATGGTGA
TATCAAAGATAAATTTCGAGTTGAGATGAGGCGTCAAGAGCACCATCCTTGAGTAGGAAC
CTGAAGAAGACATCAGACCTTTTCTGCGTAGACGATTAACAAAATGCTGAACAAAGATGT
GTTGTGACATCTATGGAATGTAAAATGAACTGGGTAACATTTTGTCGCCTTTTGTCTTTC
AACCCTTGAAAGTTTTGTACATGTGATGATGATAATATCTAGTGAGTGACGGTGACTCTG
CTTGTTTAAGTAAACTAGGTTCCTTGATCAGTATAAGAGCAGTTCGGTCA

QA 1 770 1 770
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5901Contig1 1341 2 4 U
GGATTCTCCTTATAGTTTTCTTCGCCACCTACTCAAGAACACCAAGCCGCCCACTCTCTC
TCTAGAAATTAATTTAAAAAAAAATGGAGATAACGAACGTGATGGAATACGAGAAGATAG
CAAAGGAGAAACTACCGAAGATGGTTTATGATTACTATGCATCTGGTGCAGAGGATCAGT
GGACTCTTCAGGAAAATCGTAACGCCTTCTCCAGGATTCTATTTAGGCCTCGGATTCTGA
TCGATGTAAGCAAGATTGATGTGAGCACAACTGTTTTAGGGTTTAACATATCTATGCCAA
TCATGGTTGCTCCTACTGCTATGCAGAAAATGGCTCACCCTGATGGTGAGCTTGCAACTG
CTAGAGCTACTTCAGCTGCTGGAACGATCATGACTTTGTCTTCATGGGCGACGTGTAGTG
TTGAGGAAGTTGCGTCCATAGGACCTGGGATTCGCTTTTTTCAACTCTATGTCTATAAGG
ATAGAAACGTGGTTAGACAGCTTGTGAAACGAGCTGAAGAAGCTGGTTTCAAAGCTATTG
CTCTTACTGTTGATACCCCTAGGCTTGGACGCAGAGAATCCGACATCAAAAACAGATTTG
CGCTTCCTAGAGGACTGACCTTGAAGAATTTTGAAAGGGTTGGGTCTTGGGAAAATAGAC
AAAACCGATGGCTCAGGGCTAGCTTCATATGTTGCGGGTCAAGTTGATCAATCACTTAGC
CGGAAGGATATAAAGTGGTTACAATCTATCACAAGCTTGCCAATTCTTGTCAAGGGTGTT
ATTACAGCTGAGGATGCAAGAATCGCGGTTGAGTATGGAGCTGCAGGGATTATAGTTTCT
AACCATGGTGCTCGTCAGCTTGATTATGTCCCTGCAACTATAATGGCTCTTGAAGAGGTG
GTTAAAGCGGTGGAGGGTCGGTTACCGGTGTTTCTTGACGGTGGGGTTCGCCGTGGAACT
GATGTCTTTAAAGCATTGGCTCTTGGCGCTTCAGGTGTCTTTGTTGGGAGGCCTAGCTTG
TTCTCGCTTGCAGCGAATGGAGAGGCGGGAGTGAGGAAGATGCTGCAGATGCTTAGAGAC
GAGTTCGAGCTCACAATGGCACTAAGTGGCTGCCGTTTTTTGAGAGAGATCAGTCGGAAC
CACATCAAGACCGATTGGGACTTTCCTCATCACCTCCCGGCCAAGCTATAAGGGGAAATT
TTATTCACTTCCTTTCTATAATTATCAAACAAAATGAAACGAGATATGAATGTTTGAATT
ACGATTCAATAATGTACTCTCCCCCCATCCAACTTTTACAGTAGGAAAATTTCCATTTGA
ATAAAACAAAAATTGCGTACG


BQ
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DS 



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AF RR3CY20TF U 1
AF RR3CY20JQ C 593
BS 1 674 RR3CY20TF
BS 675 1318 RR3CY20JQ

RD RR3CY20TF 693 0 0
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TATACACATATACACGTGTGTTTGATTGCTTCCTCTCTGCCCTGTCCCTATAAAGTGATA
CTTTTCAGAGAAGAGAGCATAAACAGAAACAGAGAAGCTTCGTTGTTGTGTTACAGAACA
TGGAGAGGTATGACATAGTGAAGGATATTGGATCTGGTAATTTCGGAGTAGCTAAGCTTG
TTCGTGACAAAGTTTCTAAAGAGCTTTTCGCTATTAAGTTCATCGAGAGAGGCCATAAGA
TTGATGAACATGTACAAAGAGAAATCATGAACCATAGGTCACTCAACCATCCCAACATAA
TAATATTTAAGGAGGTTCTGTTGACGGCAACACATTTGGCTATAGTGATGGAATATGCCG
CCGGAGGAGAACTCTTTGAAAGAATCCGTAGTGCCGGAAGATTTGGCGAAGATGAGGCAA
GGTTCTTCTTCCAGCAGCTGATATCAGGAGTTAGTTACTGTCATAGTCTTCAAATTTGCC
ATAGAGATCTAAAGCTAGAGAATACGCTATTAGATGGAAGTACCGCACCGCGTGTAAAGA
TTTGTGATTTTGGATACTCAAAGTCGGGAGTTCTTCACTCGCAACCAAAGACAACAGTAG
GAACGCCTGCTCAC
TTGCACTGAGTCTTTCGAA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3CY20JQ 726 0 0
TGTAAAGATTTGTGATTTTGGATACTCAAAGTCGGGAGTTCTTCACTCGCAACCAAAGAC
AACAGTAGGAACGCCTGCTCACATTGCACCTGAAGTCCTTTCGAAAAGAGAATATGATGG
CAAGATCGCTGATGTTTGGTCTTGTGGAGTCACTTTGTGTGTCATGCTCGTTGGTGCTTA
CCCTTTTGAAGATCCTTCTGATCCTAAAGATTTCAGGAAGACCATCGGTCGGATCCTGAG
GGCGCAGTACTCCATACCTGACTATGTCCGAGTTTCTGATCTATGCAAACATTTTCTCTC
TCGAATATTCCTGGCCAACCCTGAAAAGAGAATAACTATGGAGGAGGTCAAGAATCATTC
TTGGTTTCTCAAGAATTTGCCGGTTGATATGTCGGAAGGATCATCGAGAAGTAATGACCC
GTCTCAATCAGAGGAAGAGATAGTGTGGATCATTGAGGAAGCTCGTAAAGCGATCACTGG
AGCTTCTGGACTCTCCGGTGCTGGTGGCTCCGGTGATAGCGGTAGTGGTGCTATGGGAAG
TAGCATGGATCTTGATGATTTGGATGTGGATTATGACGATGATATCGACACTGGTGATTT
CGTTTGCACTTTGTGACCATCTATAATTATTCTCAATACTAAAGGAGATTGCATGTTCAT
GAAGTTTGCACAAACGCGATTGTAATTTTGATTATTTTAAACGCAGTGGTTGAATGTTAT
GTTGAC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL5904Contig1 1393 2 2 U
GCCTGTGCAAGAAGGCGGACTATTACTATACTTTAGAATGTTAGCGGTTGCATACGAGAG
AACCCAAGAACTTGCTAAAGACCTCCGAGCTGTTGGATGCGGTGACCTGGATGTTGAAGA
TTTGACAGAGTCCTTGTTTTCCTCGCACAAGGATGAACACCCTGAGCATGAGCAGGCCTC
CTTAAAACAACTATATCAAGCAAAGATGGAAGAATTACGTGCTGAGAGTCAACAAGTCTC
GGAATCATCTGGGACAATAGGACGCTCTAAGGGTGCTTCAGTATCATCTTCTCAGCAGCA
GATATCAGTCACCGTTGTGACGGAGTTTGTTCGGTGGAGTGAAGAAGCAATATCCAGATG
CACACTGTTTTCATCTCAGCCAGCCACACTTGCAGCCAATGTTAAAGCCATATTTACTTG
CCTGCTAGACCAGGTAAGCTTATATATAACTGAGGGACTTGAACGGGCAAGGGATGGCCT
GTCTGAAGCTGCATCATTGAGGGATAGATTTGTTTTGGGCACAAGTGTTAGCAGAAGAGT
GGCTGCTGCAGCTGTTTCTGCTGCAGAAGCTGCTGCCGCTGCTGGTGAAAGTAGCTTCAA
AGCCTTTATGGTTGCTGTGCAACGTTGTGGGTAGCAGTGTGGCCATAGTTCAGCAGTATT
TTGCAAATTCTATTTCTCGACTTCTCCTACCAGTGGATGGCGCACATGCTGCTTCATGTG
AAGAAATGTCGACTGCTCTGTCCAAAGCAGAGACTGCTGCTTATAAAGGACTCCAACAGT
GCATTGAAACTGTGATGGCTGAGGTTGAAAGACTGCTTTCAGCTGAGCAGATGGCTACCG
ATTATAGATCACCTGATGATGGACTTGCTCCTGATCACCGCCCAACAAATGCCTGCATAA
GAGTCGTGGCTTACCTCTCCCGGGTACTTGAGTCAGCCTTCACTGCCTTGGAAGGTCTTA
ATAAGCAAGCCTTCCTGACTGAACTGGGGAATAGGTTAGACAAGCTACTACTAACTCACT
GGCAGAAGTTCACATTCAATCCCAGTGGAGGATTGCGGCTGAAGCGTGACATAAACGAGT
ATGGAGATTTTGTCAAGAGATTCAGTGTTCCATCTGTGGAAGAGAAGTTTGAGCTTCTGG
GAATAATGGCAGACGTATTCATCGTTGCTCCAGAGAGTCTATCGACTTTGTTCGAGGGTA
GTCCAAGCATTCGCAAAGACGCGCAAAGGTTTATTCAACTGCGGGAAGACTACAAGAGTG
CAAAGCTTGCAACAAGACTGAGCTCGTTGTGGCCAAGCTTGAGCTGATGAGTCATCATAC
CCAATGTTTGAAGTAAACTGCCAGAGATATCTTATTGTATATACTTTAATTCATCAGTTA
TTTTCCTTCGGCC


BQ
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AF RR3G077TF U 1
AF RR3G077JQ C 672
BS 1 759 RR3G077TF
BS 760 1393 RR3G077JQ

RD RR3G077TF 759 0 0
GCCTGTGCAAGAAGGCGGACTATTACTATACTTTAGAATGTTAGCGGTTGCATACGAGAG
AACCCAAGAACTTGCTAAAGACCTCCGAGCTGTTGGATGCGGTGACCTGGATGTTGAAGA
TTTGACAGAGTCCTTGTTTTCCTCGCACAAGGATGAACACCCTGAGCATGAGCAGGCCTC
CTTAAAACAACTATATCAAGCAAAGATGGAAGAATTACGTGCTGAGAGTCAACAAGTCTC
GGAATCATCTGGGACAATAGGACGCTCTAAGGGTGCTTCAGTATCATCTTCTCAGCAGCA
GATATCAGTCACCGTTGTGACGGAGTTTGTTCGGTGGAGTGAAGAAGCAATATCCAGATG
CACACTGTTTTCATCTCAGCCAGCCACACTTGCAGCCAATGTTAAAGCCATATTTACTTG
CCTGCTAGACCAGGTAAGCTTATATATAACTGAGGGACTTGAACGGGCAAGGGATGGCCT
GTCTGAAGCTGCATCATTGAGGGATAGATTTGTTTTGGGCACAAGTGTTAGCAGAAGAGT
GGCTGCTGCAGCTGTTTCTGCTGCAGAAGCTGCTGCCGCTGCTGGTGAAAGTAGCTTCAA
AGCCTTTATGGTTGCTGTGCAACGTTGTGGGTAGCAGTGTGGCCATAGTTCAGCAGTATT
TTGCAAATTCTATTTCTCGACTTCTCCTACCAGTGGATGGCGCACATGCTGCTTCATGTG
AAGAAATGTCGACTGCTCTGTCCAAAGCAGAGACTGCTG

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3G077JQ 722 0 0
ATTTCTCGACTTCTCCTACCAGTGGATGGCGCACATGCTGCTTCATGTGAAGAAATGTCG
ACTGCTCTGTCCAAAGCAGAGACTGCTGCTTATAAAGGACTCCAACAGTGCATTGAAACT
GTGATGGCTGAGGTTGAAAGACTGCTTTCAGCTGAGCAGATGGCTACCGATTATAGATCA
CCTGATGATGGACTTGCTCCTGATCACCGCCCAACAAATGCCTGCATAAGAGTCGTGGCT
TACCTCTCCCGGGTACTTGAGTCAGCCTTCACTGCCTTGGAAGGTCTTAATAAGCAAGCC
TTCCTGACTGAACTGGGGAATAGGTTAGACAAGCTACTACTAACTCACTGGCAGAAGTTC
ACATTCAATCCCAGTGGAGGATTGCGGCTGAAGCGTGACATAAACGAGTATGGAGATTTT
GTCAAGAGATTCAGTGTTCCATCTGTGGAAGAGAAGTTTGAGCTTCTGGGAATAATGGCA
GACGTATTCATCGTTGCTCCAGAGAGTCTATCGACTTTGTTCGAGGGTAGTCCAAGCATT
CGCAAAGACGCGCAAAGGTTTATTCAACTGCGGGAAGACTACAAGAGTGCAAAGCTTGCA
ACAAGACTGAGCTCGTTGTGGCCAAGCTTGAGCTGATGAGTCATCATACCCAATGTTTGA
AGTAAACTGCCAGAGATATCTTATTGTATATACTTTAATTCATCAGTTATTTTCCTTCGG
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5906Contig1 1056 2 2 U
GCATCACACCGTTCACCACCAGCGACGTTGATATATATTCCGGCGAGAGCTACTCCGTCC
TTCTCACCACCGACCAAGACCCTTCCCAAAACTACTGGATCTCCATCGGCGTCCGCGGCC
GGAAACCAAAAACACCTCCGGCTCTAACCGTCTTACACTACGTAACCGCCTCTTCTTCCC
AACCACCTTCGTCTCCGCCGCCGGAGACTCCTCGATGGAACGATTTCGATCGGAGCAAGA
GCTTCTCGAAAAAAATCATCGCCGCGATGGGATCTCCACCGCCGCCGAGGAGATTCAAAA
AGCGGCTGATCCTCCTCAACACTCAGAACATGATCGACGGTGCTACGAAATGGGCTCTCA
ACAACGTCTCTCTCGTGGTTCCGCCGACGCCGTACCTCGGCTCCGTCAAGTACAGACTGA
GACGCGGATTCGATCGCAAGCCCCCGCCGGCGACTTTTCCGATGGATTACGACATCATGA
ACCCGCCGCGAAACCGTAACACGACGACAGGGAACGGAATCTACGTTTTTCCGTTCAACG
TAACCGTCGACGTGATTCTACAAAACGCTAACGGTTTGGACGCGAACGCTAGCGAGATAT
ATCCGTGGCATCTTCACGGGCACGATTTTTGGGTTTTGGGTTACGGCGAAGGGAAGTTCC
GTCCAGGAGTCGACGAGAAGACGTATAACTTGAAGAATCCGCCGTTACGGAATACGGTGG
CGTTGTATCCGTATGGATGGACGGCGTTAAGATTTGTAACGGACAATCCTGGGGTTTGGT
TTTTTCATTGTCACATTGAACCGCATTTGCATATGGGTATGGGTGTGGTTTTCGCTGAGG
GATTAAACCGGATTGGTAAGATACCTGATGAGGCGTTAGGTTGCGGTTTAACCAAGAAAT
TCCTCATGAACCGAAACAACCCTTAGTTTGTATTGTGGCCGCATTTGAGTCTGATATTTG
TTTTGTTTGTGTACCGTCAGGTGTAGTAGACCTACTGTTGGTTCTAGTGGTATAGCTGTT
GTTGAGACTAAACCGGATTGATGAGACGGTTGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FD88TF U 1
AF RR3FD88JQ C 550
BS 1 641 RR3FD88TF
BS 642 1056 RR3FD88JQ

RD RR3FD88TF 641 0 0
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TTCTCACCACCGACCAAGACCCTTCCCAAAACTACTGGATCTCCATCGGCGTCCGCGGCC
GGAAACCAAAAACACCTCCGGCTCTAACCGTCTTACACTACGTAACCGCCTCTTCTTCCC
AACCACCTTCGTCTCCGCCGCCGGAGACTCCTCGATGGAACGATTTCGATCGGAGCAAGA
GCTTCTCGAAAAAAATCATCGCCGCGATGGGATCTCCACCGCCGCCGAGGAGATTCAAAA
AGCGGCTGATCCTCCTCAACACTCAGAACATGATCGACGGTGCTACGAAATGGGCTCTCA
ACAACGTCTCTCTCGTGGTTCCGCCGACGCCGTACCTCGGCTCCGTCAAGTACAGACTGA
GACGCGGATTCGATCGCAAGCCCCCGCCGGCGACTTTTCCGATGGATTACGACATCATGA
ACCCGCCGCGAAACCGTAACACGACGACAGGGAACGGAATCTACGTTTTTCCGTTCAACG
TAACCGTCGACGTGATTCTACAAAACGCTAACGGTTTGGACGCGAACGCTAGCGAGATAT
ATCCGTGGCATCTTCACGGGCACGATTTTTGGGTTTTGGGT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3FD88JQ 507 0 0
ACGTGATTTTACAAAACGCTAACGGTTTGGACGCGAACGCTAGCGAGATATATCCGTGGC
ATCTTCACGGGCACGATTTTTGGGTTTTGGGTTACGGCGAAGGGAAGTTCCGTCCAGGAG
TCGACGAGAAGACGTATAACTTGAAGAATCCGCCGTTACGGAATACGGTGGCGTTGTATC
CGTATGGATGGACGGCGTTAAGATTTGTAACGGACAATCCTGGGGTTTGGTTTTTTCATT
GTCACATTGAACCGCATTTGCATATGGGTATGGGTGTGGTTTTCGCTGAGGGATTAAACC
GGATTGGTAAGATACCTGATGAGGCGTTAGGTTGCGGTTTAACCAAGAAATTCCTCATGA
ACCGAAACAACCCTTAGTTTGTATTGTGGCCGCATTTGAGTCTGATATTTGTTTTGTTTG
TGTACCGTCAGGTGTAGTAGACCTACTGTTGGTTCTAGTGGTATAGCTGTTGTTGAGACT
AAACCGGATTGATGAGACGGTTGAACC

QA 1 507 1 507
DS 



AS 1 2

CO CL5907Contig1 1178 2 2 U
GCGACAAAATCTAGCCTGACTCCCCCCTCTTCTCTCCTCTTCGACAATCTTAAATTCTTA
ACCTTAGCTATCTCGATCTCAGCTCCACGCTCCTTCTCTTCGGTAGGATTTGGACTCTCC
GACCACTGTGAAGACTCCATTTCAGTGGTCAGTGTCCTTTTCATCTATCCATCACTCTTT
AGCACCTACAAAGGTTTCGTCTTTGAGAATCTCTGATTTAGATTTGGGTTGCTTGAGATT
TAGTTGACATGGAGATGGTGACACGTTTCTCTCATACATACTTCCTTGTCTTAAAGTACT
AGCCTTTTTGATCATTTGTGTTGTTTAATTGTGTCTTAACTGGTGATAGGAGTAAACAGC
ATTGTTATCTTGAACCGGTTGAAAGATCTTAGCTTTGTTACTATTACATCACGGTAACAA
TCATCATGTGTATTTTAACTTGAGTTTTCTCCATGAATTAGCATGCTTTGATCACGGTGA
AACATTTCCTGAAAACATAAATTAATGTCTCACTGTACGAAATAGACTCTTTAGCTGTAA
TATTGTATGTATATTAACTTTTTTTTTGTTTTGTTCTTTTATAGGAATGGTCTGGTGTGA
GAAAGTATAAGAACCAAGTATGGATATGAATGAAGCAGAGTCTGGTGCTGTTACTGAAAC
TGGAGAAGAAGGATGGAGCGCACAACAAGGAGAAGCTAACTTAGATTATAGAGTGAATGC
AGAAGATGAAGATGAAGATGAATCTGATGATTCAGTTGACATTGATATGCCAAGGATAGA
AGAAACACAAGGCAGGTATGGATATTCAAGGCCAAAAAGAAAGCGTAAGGAAGTTGATCC
ATTTGTAGAGGTTTATGTTGCACGCAATGCAATTCTTCAAGAAAAGAATAGGCTATTTGA
AAAGATGGTCCAGATGATGGAACGAGATCAAACATACAGAGTAGAGCATGTGGTGAAGGT
ACTTAATGAGCTACCTGGAGTGAAAAAGTGGTCATCGTTTCACATTGCTGCACTTAACCA
TCTCATAGCTGATGTAGCTAACAGACAGGGGTTTATGGCTTTCTTTAGTGTTGATGATAA
GATTTGCTATCTTGAGCATAGGACTGGAATCAAGCTTTCTGGTGGATTGTAGTGTTTTTG
AAGTTCTTAACCGTCTAGTACATTACTTCTGTTTATGC


BQ
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AF RR3D851TF U 1
AF RR3D851JQ C 581
BS 1 666 RR3D851TF
BS 667 1178 RR3D851JQ

RD RR3D851TF 666 0 0
GCGACAAAATCTAGCCTGACTCCCCCCTCTTCTCTCCTCTTCGACAATCTTAAATTCTTA
ACCTTAGCTATCTCGATCTCAGCTCCACGCTCCTTCTCTTCGGTAGGATTTGGACTCTCC
GACCACTGTGAAGACTCCATTTCAGTGGTCAGTGTCCTTTTCATCTATCCATCACTCTTT
AGCACCTACAAAGGTTTCGTCTTTGAGAATCTCTGATTTAGATTTGGGTTGCTTGAGATT
TAGTTGACATGGAGATGGTGACACGTTTCTCTCATACATACTTCCTTGTCTTAAAGTACT
AGCCTTTTTGATCATTTGTGTTGTTTAATTGTGTCTTAACTGGTGATAGGAGTAAACAGC
ATTGTTATCTTGAACCGGTTGAAAGATCTTAGCTTTGTTACTATTACATCACGGTAACAA
TCATCATGTGTATTTTAACTTGAGTTTTCTCCATGAATTAGCATGCTTTGATCACGGTGA
AACATTTCCTGAAAACATAAATTAATGTCTCACTGTACGAAATAGACTCTTTAGCTGTAA
TATTGTATGTATATTAACTTTTTTTTTGTTTTGTTCTTTTATAGGAATGGTCTGGTGTGA
GAAAGTATAAGAACCAAGTATGGATATGAATGAAGCAGAGTCTGGTGCTGTTACTGAAAC
TGGAGA

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3D851JQ 598 0 0
ATAGGAATGGTCTGGTGTGAGAAAGTATAAGAACCAAGTATGGATATGAATGAAGCAGAG
TCTGGTGCTGTTACTGAAACTGGAGAAGAAGGATGGAGCGCACAACAAGGAGAAGCTAAC
TTAGATTATAGAGTGAATGCAGAAGATGAAGATGAAGATGAATCTGATGATTCAGTTGAC
ATTGATATGCCAAGGATAGAAGAAACACAAGGCAGGTATGGATATTCAAGGCCAAAAAGA
AAGCGTAAGGAAGTTGATCCATTTGTAGAGGTTTATGTTGCACGCAATGCAATTCTTCAA
GAAAAGAATAGGCTATTTGAAAAGATGGTCCAGATGATGGAACGAGATCAAACATACAGA
GTAGAGCATGTGGTGAAGGTACTTAATGAGCTACCTGGAGTGAAAAAGTGGTCATCGTTT
CACATTGCTGCACTTAACCATCTCATAGCTGATGTAGCTAACAGACAGGGGTTTATGGCT
TTCTTTAGTGTTGATGATAAGATTTGCTATCTTGAGCATAGGACTGGAATCAAGCTTTCT
GGTGGATTGTAGTGTTTTTGAAGTTCTTAACCGTCTAGTACATTACTTCTGTTTATGC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5909Contig1 1262 2 2 U
GGGGGGCTTGGCAAAATCTCCAATCCTCGACGAATCACGCGATCGACTGATTCCTCCTCC
TCCTCCTCCTCCTCCTTGGCATCAATTCGCTCAAAGGGCCAGGGTGTTCTGTCATATTAG
ACGAAAGGAAGGAAGAAATGGAGGAGTTTGTGGACCATTACTTAGTTCTAGGGCTACCCT
CTGGAGAAGAAGCTCAGAATCTTAGCGAGAAGGAGATTTCAAAAGCATACAGGGTGAAAG
CTTTGGACTTGCATCCGGACAAACGCCGAGACGACCCCGATGCTCACGAGAAATTCCAGA
GGCTCAAGACCTCTTACGAGGTTCTCAAAGACGAGAAAGCTCGGAAGCTCTTTGACGATC
TTCTTAGGATCCAGCGCGAGAAACAGCACAAGAAGTCGCAGGTGGATTCCAAGAGGCGCA
AGATGATGTCTGACCTTGAGGAAAGGGAGCGTTCTGGTTTTGCACCTAGTCGTGCGTCTG
CTAGACCTTGTGATGAAGAGGAGAGAATCGCGAGGAAGCTTAAGGAGGAGGTGGATAGGA
TACGTGCGCAACATGCCAAGAAGAGAGGCGGTTTTGGAACTCCTCCTGAGAGTGGTGGTG
GTGGTGGAGATGGAAAGAGAAGAGAAGAAGATAGAAGTGGAGGTGGAGGAGCTAGTGTCC
AGCTTGATAAAGAGAGAGTGTTGAAGGTTTCTTGGGAAACGGTTGGTGAAGGGTATAGCG
CGGGAAGGCTCAGAGAAGTGTTTTCAGAGTTTGGTGAGGTTGAAGATGTTGTTATCAGGA
GTACCAAGAAGAAAGGCTCCTCCGCTCTCATTGTCATGGCTACTAAAGATGGAGCTGTAG
CAGCGACGAGAACATTGTGTGGTGATCTCTCTAACCCATTGCTAGTTGTACCTCTTCAAA
AAGCAGCACAAACCGATTTTCCGACCGCAAAGAAATCTGCAGAAGCAGAACCGCAGAGTA
ACATAGTTGGTGCTGGTTACCAAGCCTATGAAGACCAGGTCATGGAAAGACTGAAAAAGG
CGGCTATGAACCAGAAACGATAAAAGGAGTATAATGAAGCCTAGGCGTAATGAAGCCACA
TGATGTCAAGAACTAAAAGCTTTTTCAAGACCAAAGTGGACGTCTCCATTTCCATATCAC
AGACTTTCGTGATCCTTGCATGTTCTTTTTTTCTTGTAATGATATATAGAGTTCAACAAG
TTAAGTATTTGTGGAAGTCATATGACTCAAATCAATGATTGTTATAGAATCTATAATTCT
AC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3BB85TF U 1
AF RR3BB85JQ C 595
BS 1 678 RR3BB85TF
BS 679 1262 RR3BB85JQ

RD RR3BB85TF 678 0 0
GGGGGGCTTGGCAAAATCTCCAATCCTCGACGAATCACGCGATCGACTGATTCCTCCTCC
TCCTCCTCCTCCTCCTTGGCATCAATTCGCTCAAAGGGCCAGGGTGTTCTGTCATATTAG
ACGAAAGGAAGGAAGAAATGGAGGAGTTTGTGGACCATTACTTAGTTCTAGGGCTACCCT
CTGGAGAAGAAGCTCAGAATCTTAGCGAGAAGGAGATTTCAAAAGCATACAGGGTGAAAG
CTTTGGACTTGCATCCGGACAAACGCCGAGACGACCCCGATGCTCACGAGAAATTCCAGA
GGCTCAAGACCTCTTACGAGGTTCTCAAAGACGAGAAAGCTCGGAAGCTCTTTGACGATC
TTCTTAGGATCCAGCGCGAGAAACAGCACAAGAAGTCGCAGGTGGATTCCAAGAGGCGCA
AGATGATGTCTGACCTTGAGGAAAGGGAGCGTTCTGGTTTTGCACCTAGTCGTGCGTCTG
CTAGACCTTGTGATGAAGAGGAGAGAATCGCGAGGAAGCTTAAGGAGGAGGTGGATAGGA
TACGTGCGCAACATGCCAAGAAGAGAGGCGGTTTTGGAACTCCTCCTGAGAGTGGTGGTG
GTGGTGGAGATGGAAAGAGAAGAGAAGAAGATAGAAGTGGAGGTGGAGGAGCTAGTGTCC
AGCTTGATAAAGAGAGAG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3BB85JQ 668 0 0
GTGGTGGTGGTGGAGATGGAAAGAGAAGAGAAGAAGATAGAAGTGGAGGTGGAGGAGCTA
GTGTCCAGCTTGATAAAGAGAGAGTGTTGAAGGTTTCTTGGGAAACGGTTGGTGAAGGGT
ATAGCGCGGGAAGGCTCAGAGAAGTGTTTTCAGAGTTTGGTGAGGTTGAAGATGTTGTTA
TCAGGAGTACCAAGAAGAAAGGCTCCTCCGCTCTCATTGTCATGGCTACTAAAGATGGAG
CTGTAGCAGCGACGAGAACATTGTGTGGTGATCTCTCTAACCCATTGCTAGTTGTACCTC
TTCAAAAAGCAGCACAAACCGATTTTCCGACCGCAAAGAAATCTGCAGAAGCAGAACCGC
AGAGTAACATAGTTGGTGCTGGTTACCAAGCCTATGAAGACCAGGTCATGGAAAGACTGA
AAAAGGCGGCTATGAACCAGAAACGATAAAAGGAGTATAATGAAGCCTAGGCGTAATGAA
GCCACATGATGTCAAGAACTAAAAGCTTTTTCAAGACCAAAGTGGACGTCTCCATTTCCA
TATCACAGACTTTCGTGATCCTTGCATGTTCTTTTTTTCTTGTAATGATATATAGAGTTC
AACAAGTTAAGTATTTGTGGAAGTCATATGACTCAAATCAATGATTGTTATAGAATCTAT
AATTCTAC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL5910Contig1 1467 2 6 U
GGATAGAAGAAACTTCACTGAGTATACAATGGAAAAAGATCTATATGCCACAGCTCTGGA
ATTCCGACTACTCAGACAACATGGTTTCAATGTTTCAGAAGATGTATTTAATGTTTTCAT
GGAGAACTGTGGGAGGTTTGAGAGCGATGATATAAATGGTCTGATATCTCTGTACGAGGC
GTCATATCTTTCAACAAAATCGGATATTAAGCTGCAAAAATTCATCAGATTTTTTGCAGC
CCAACAACTTAGACACTTTGTTGACACTAACGGCAATAAAGATTTAGCATCATGTCACAT
CGTACAGATGGTGGTCCAAGCGTTAGATATGCCCTACTATTGGCGACTGAGAAGGCTAGC
CACTAGATGGTACATAGATATATATGGGAAGAGACCTAACAAGAACCCTGTCTTAATTGA
ACTCGTCAAGCTCGATTTCAATATCGTGCAAGCTGTTCACCAAGAAGAACTCAAATACGT
CTCCAGCTGGTGGAGGGAGACAGGTTTAGCTAGCCAACTTCACTTTGCAAGAGATAGAAT
AGTGGAGAACTACTTTTGGACTATTGGACAAATCCAAGAGCCTCAATTTGGTTACGTTCG
ACGAATAATGGCAAAAATAAATGCACTTCTTACAACTATCGATGACATCTACGATATCTA
TGGCACTCTTGAAGAACTTCAACTCTTCACTACCGCGTTTGAAAATTGGGATGTAAATCG
TCTTGATGAACTCCCCGAGTACATGAGGTTGTGTTTTCTCGTTGTTTACAATGAAGTCAA
TAGCATTGGATGTGATATCCTCAGGAAAAAAATATCAATGTGATTCCTTTCCTCAAAAAG
TCTTGGGCAGATGTATGCAATGCATACTTAGTAGAAGCAATATGGTACAAAAGAGGACAC
AAACCAAATATGGAAGAGTATATGCAAAATGCTTGGAAATCAATAGCAGCCCCAACGATA
TTTGTTCACTTCTACTGCGTATTCTCCGACCAACTCTCTATTCAAGTTCTGGAGACTTTG
TCCGAACACCAACAAAAAATCGTTCGATGCTCTGCGTCTGTGTTCCGTCTAGCGAACGAC
CTTGTAACCTCGCCGGATGAATTGGCGAGAGGAGATGTCCCTAAATCGATCCAGTGTTAC
ATGACCGATACCGGAGCTTCCGAAGTGAAAGCACGTGTGCACGTGCGGCAGATGATCAAC
GAAATGTGGGACGAAATGAATTACGAGAAAATGCAAAGTCGCTCTTCCGTAATCCCTCAA
GAATTTGTGGAAGCGGTAATGAATTTGGCACGTACATCGCAATGCATGTATCAATATGGA
GATGGCCATGGCTCTCCAGAGAAAGCCAAAATCACTGATCGTATCGTCTCCTTGCTCTTT
AATTCTATTCCACTAGATTGACATGTATACATTAATTATGTTAAGGGTATTTAGTCCCAT
GAAATGATATTTGCCCTCGTGCTTCAG


BQ
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CCAACAACTTAGACACTTTGTTGACACTAACGGCAATAAAGATTTAGCATCATGTCACAT
CGTACAGATGGTGGTCCAAGCGTTAGATATGCCCTACTATTGGCGACTGAGAAGGCTAGC
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AGTGGAGAACTACTTTTGGACTATTGGACAAATCCAAGAGCCTCAATTTGGTTACGTTCG
ACGAATAATGGCAAAAATAAATGCACTTCTTACAACTATCGATGACATCTACGATATCTA
TGGCACTCTTGAAGAACTTCAACTCTTCACTACCGCGTTTGAAAATTGGGATGTAAATCG
TCTTGATGAACTCCC*GAGTACATGAG*TTGTGTTTTCTCGTTGTTTACAATGAAGTCAA
TAGCATT

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DS 

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AAGCAATATGGTACAAAAGAGGACACAAACCAAATATGGAAGAGTATATGCAAAATGCTT
GGAAATCAATAGCAGCCCCAACGATATTTGTTCACTTCTACTGCGTATTCTCCGACCAAC
TCTCTATTCAAGTTCTGGAGACTTTGTCCGAACACCAACAAAAAATCGTTCGATGCTCTG
CGTCTGTGTTCCGTCTAGCGAACGACCTTGTAACCTCGCCGGATGAATTGGCGAGAGGAG
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AAAGTCGCTCTTCCGTAATCCCTCAAGAATTTGTGGAAGCGGTAATGAATTTGGCACGTA
CATCGCAATGCATGTATCAATATGGAGATGGCCATGGCTCTCCAGAGAAAGCCAAAATCA
CTGATCGTATCGTCTCCTTGCTCTTTAATTCTATTCCACTAGATTGACATGTATACATTA
ATTATGTTAAGGGTATTTAGTCCCATGAAATGATATTTGCCCTCGTGCTTCAG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

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TGAGAAACAATGACTTCGAGGTACTGGGTGGTGTCTCTACCAGTGAAAGACTCTTCTTCC
ACCTCGTGGAATCGTCTTCAAGAGCAGATCTCCAAGCATTCCTTGATACTCCTCTTTATC
GGTTCAACATCCCTAATCTTCGTGTTGGAACCTTAGATTCTCTTCTCGCCCTCGGCGATG
ATCTGCTCAAGTCGAATAGCTTCGTGGAAGGAGTTTCTCAGAAGATCAGGAGACAGATCG
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CAGAACATCTCGTGACTCTCCTTGCTGTTGTTCCAAAGTATTCCCAAAAGACTGGCTAGC
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TAATGAGTATGCTCTTTACACCGTCACTCTCTTTACTCGTGTTGCGGACAACTTCAGGAC
AAGTTCTCGTGAGAAAGGATTCCAAGTCCGTGATTTTGAACATAGCGTTGAAGCACAAGA
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TTTGCAATGGTGCTACACCAGCTATGGAGAGGTTTTCAGCTCCTGGATGCATTTCTGTGC
TGTGCGCATATTCGCTGAGAGCATTATGAGATATGGTTTACCTCCTGCGTTCTTGGCTTC
CGTCTTATCTCCGGCTGTGAAGAGTGAAAAGAAAGTGCGCTCCATTCTTGAACGCTTGTG
TGATTCTACCAACAGTTTATACTGGAAAAGCGAGGAGGATGGAGGAGCTGCCATGGCTGG
TTTAGCAGGTGATTCAGAGACACATCCTTATGTCTCCTTCACGATCACCCTTGCTTGAAA
TTGATGAGAGATTGGTTTGATGCTTCTTCTCCATCTCAGTCTCCATCTGTTATGTTTGTT
TGTGTTCTATATATTTCATTTTTTATTTTTCGTAATATATTTTGAAAATAAAAGAAGGAA
ATATTAAGGTGGCTCTCAAGATATTGTAATTTATTTGGCCGGAGTCTTTTTAGATTCCGG
TGAGTTTCTGTTACTTGGGGAGGAGAAGATGTTATAC


BQ
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AF RR3GF76TF U 1
AF RR3GF76JQ C 658
BS 1 696 RR3GF76TF
BS 697 697 RR3GF76JQ
BS 698 748 RR3GF76TF
BS 749 1417 RR3GF76JQ

RD RR3GF76TF 748 0 0
GGGAAGAAGTAGAGAGAGATCCATCAGAGAAGAAGAAGACAGAGGGAGAGAGAGTCAGAT
TGAGAAACAATGACTTCGAGGTACTGGGTGGTGTCTCTACCAGTGAAAGACTCTTCTTCC
ACCTCGTGGAATCGTCTTCAAGAGCAGATCTCCAAGCATTCCTTGATACTCCTCTTTATC
GGTTCAACATCCCTAATCTTCGTGTTGGAACCTTAGATTCTCTTCTCGCCCTCGGCGATG
ATCTGCTCAAGTCGAATAGCTTCGTGGAAGGAGTTTCTCAGAAGATCAGGAGACAGATCG
AGGAGCTGGAGAGGATTTCTGGTGTTGAGAGCAATGCTCTTACTGTTGATGGAGTTCCTG
TTGATTCTTATCTCACCAGGTTTGTGTGGGATGAAGCTAAGTATCCAACAATGTCACCTC
TCAAGGAGGTTGTGGAGAATATTCAGTCTCAGGTTGCAAAGATTGAGGATGATCTCAAGG
TTCGTGTCGCTGAGTATAACAATGTCCGCGGTCAACTCAATGCCATTAACCGTAAGCAGA
GTGGAAGCTTAGCTGTTCGTGACCTCTCCAACTTGGTTAAGCCAGAAGATATTGTCGCGT
CAGAACATCTCGTGACTCTCCTTGCTGTTGTTCCAAAGTATTCCCAAAAGACTGGCTAGC
ATGTTATGAGACATTAACCGAATATGTGGTTCCTAG*TCTTCGAAGAAATTGTTTGAGGA
TAATGAGTATGCTCTTTACACCGTCACT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3GF76JQ 760 0 0
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GGATAATGAGTATGCTCTTTACACCGTCACTCTCTTTACTCGTGTTGCGGACAACTTCAG
GACAAGTTCTCGTGAGAAAGGATTCCAAGTCCGTGATTTTGAACATAGCGTTGAAGCACA
AGAGACTCGTAAACAAGAGCTAGAAAAGTTGGTTCAGGATCAGGAAAGTTTGAGAACCTC
TCTTTTGCAATGGTGCTACACCAGCTATGGAGAGGTTTTCAGCTCCTGGATGCATTTCTG
TGCTGTGCGCATATTCGCTGAGAGCATTATGAGATATGGTTTACCTCCTGCGTTCTTGGC
TTCCGTCTTATCTCCGGCTGTGAAGAGTGAAAAGAAAGTGCGCTCCATTCTTGAACGCTT
GTGTGATTCTACCAACAGTTTATACTGGAAAAGCGAGGAGGATGGAGGAGCTGCCATGGC
TGGTTTAGCAGGTGATTCAGAGACACATCCTTATGTCTCCTTCACGATCACCCTTGCTTG
AAATTGATGAGAGATTGGTTTGATGCTTCTTCTCCATCTCAGTCTCCATCTGTTATGTTT
GTTTGTGTTCTATATATTTCATTTTTTATTTTTCGTAATATATTTTGAAAATAAAAGAAG
GAAATATTAAGGTGGCTCTCAAGATATTGTAATTTATTTGGCCGGAGTCTTTTTAGATTC
CGGTGAGTTTCTGTTACTTGGGGAGGAGAAGATGTTATAC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL5912Contig1 645 2 4 U
GACAGGAACCGTTGTTGTAGCGAGTAACAATCTCCAGAGAAGCCCCTCTAAGCAATACTC
TTCCGTTATAACCGTTAAAGACAATGCAGAGACCGTCTACTTTCTCAGCTCTTACGGAAC
CATCATAGCTTGTGACCTCACCAAAAGATGCTTCACCGAGCTACCTAAGCTTCTTCCTCC
GTTTCTTGAGTATTCCATCGACTTGGTGGAATGCAACGGAACCATGTTTGTGATTCTTCT
CTCTGAGTTCTACGAAAGCACCAGCTTGAGGATTTGGAAACTAGAGAACCAGAGTTGGGT
TCATGTCGGGATGTTGCCTCCTGCAATGTCCCATGAGTTGTACGGGAGAGAAGGTGACAT
AAACTGTGTCGGAGGAGCTGGAAACAAGATACTTGTGTGTTTCAACACCAATCCTCCTGA
GATGTATTATAGATACTTTGTGTATGACTTAGTTGAAGAACAGTGGAGTGAGTTGCCAAA
ATGCTTTAAGGATGGAGAAGCTGTGGAGTTTGTTTCTGCTCTTTCGTTCCAGCCTCGGAT
CGAAGCAACAGTTTGAAGTTTTAGCTCTTTAAGGATCTGATTTCATTCTTTTTCAGATAA
ATGCACTGTAACTTGACTTATATAATGTATTGACAATCATTGAGT


BQ
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AF RR3D402TF U 1
AF RR3D402JQ C 248
BS 1 325 RR3D402TF
BS 326 326 RR3D402JQ
BS 327 340 RR3D402TF
BS 341 645 RR3D402JQ

RD RR3D402TF 340 0 0
GACAGGAACCGTTGTTGTAGCGAGTAACAATCTCCAGAGAAGCCCCTCTAAGCAATACTC
TTCCGTTATAACCGTTAAAGACAATGCAGAGACCGTCTACTTTCTCAGCTCTTACGGAAC
CATCATAGCTTGTGACCTCACCAAAAGATGCTTCACCGAGCTACCTAAGCTTCTTCCTCC
GTTTCTTGAGTATTCCATCGACTTGGTGGAATGCAACGGAACCATGTTTGTGATTCTTCT
CTCTGAGTTCTACGAAAGCACCAGCTTGAGGATTTGGAAACTAGAGAACCAGAGTTGGGT
TCATGTCGGGATGTTGCCTCCTGCA*TGTCCCATGAGTTG

QA 1 340 1 340
DS 

RD RR3D402JQ 398 0 0
TTT
TACGAAAGCACCAGCTTGAGGATTTGGAAACTAGAGAACCAGAGTTGGGTTCATGTCGGG
ATGTTGCCTCCTGCAATGTCCCATGAGTTGTACGGGAGAGAAGGTGACATAAACTGTGTC
GGAGGAGCTGGAAACAAGATACTTGTGTGTTTCAACACCAATCCTCCTGAGATGTATTAT
AGATACTTTGTGTATGACTTAGTTGAAGAACAGTGGAGTGAGTTGCCAAAATGCTTTAAG
GATGGAGAAGCTGTGGAGTTTGTTTCTGCTCTTTCGTTCCAGCCTCGGATCGAAGCAACA
GTTTGAAGTTTTAGCTCTTTAAGGATCTGATTTCATTCTTTTTCAGATAAATGCACTGTA
ACTTGACTTATATAATGTATTGACAATCATTGAGT

QA 4 398 4 398
DS 



AS 1 2

CO CL5913Contig1 916 2 2 U
GGATCTCTCTCGACTCTCTTCTTCCTCTTTGCTAACAAACCATCATTCCTTTTTTGCTGA
AGACGGAGAAGCTCCATGACGAAGCAGCACGCGAACTGGTCTCCTTACGATAACAATGGA
GGAACATGTGTGGCCATAGCTGGATCGGATTACTGCGTTATCGCCGCCGATACTCGTATG
TCTACCGGTTACAGTATTCTCACTCGCGATTACTCCAAAATCCATAAACTAGCAGACAAA
GCTGTGCTCTCTTCCTCTGGCTTTCAGGCTGATGTGAAAGCATTGCAGAAAGTTTTGAAA
TCAAGGCACTTGGTTTATCAGCATCAGCATAACAAGCAGATGAGCTGTCCTGCGATGGCT
CAGCTTCTCTCTAACACGCTTTACTTCAAGCGCTTTTTTCCTTACTATGCATTTAATGTT
CTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGGTAAAGGTTGTGTCTTTGCTTATGATGCTGTTGGTTCG
TATGAGAAAGTTGGATACAGTGCTCAAGGCTCTGGTTCCACTCTAATCATGCCTTTCCTT
GACAATCAACTCAAGAGTCCCAGCCCTCTTCTGCTGCCTGCACAGGATGCTATCACACCC
CTTTCCGAACTTGAAGCAGTTGACTTGGTCAAGACTGTTTTCGCATCTGCCACTGAGAGG
GATATCTACACTAGACAAGCTTGAGATCATGATTCTCAAGGCCGATGGCATCAGGACCGA
AGTCATGGACTTGAGGAAAGACTGAGCAGAGCATATGAATGTTGTGAACACTCTCACCTT
CGTCCGTTTTTTTTTTATTCGCATCTCAAAATTAGTTCCCCTTGGTTATCTTGTACTGTA
TTATTGGCTTAATGTATTACAGTAATCAACTCATGCTTGAAGTTTCCTTTATGACAAAGT
TCTTTTGGAGAGTTTT


BQ
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AF RR3H273TF U 1
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BS 1 699 RR3H273TF
BS 700 916 RR3H273JQ

RD RR3H273TF 699 0 0
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TCTACCGGTTACAGTATTCTCACTCGCGATTACTCCAAAATCCATAAACTAGCAGACAAA
GCTGTGCTCTCTTCCTCTGGCTTTCAGGCTGATGTGAAAGCATTGCAGAAAGTTTTGAAA
TCAAGGCACTTGGTTTATCAGCATCAGCATAACAAGCAGATGAGCTGTCCTGCGATGGCT
CAGCTTCTCTCTAACACGCTTTACTTCAAGCGCTTTTTTCCTTACTATGCATTTAATGTT
CTAGGAGGGCTTGACGAGGAAGGTAAAGGTTGTGTCTTTGCTTATGATGCTGTTGGTTCG
TATGAGAAAGTTGGATACAGTGCTCAAGGCTCTGGTTCCACTCTAATCATGCCTTTCCTT
GACAATCAACTCAAGAGTCCCAGCCCTCTTCTGCTGCCTGCACAGGATGCTATCACACCC
CTTTCCGAACTTGAAGCAGTTGACTTGGTCAAGACTGTTTTCGCATCTGCCACTGAGAGG
GATATCTACACTAGACAAGCTTGAGATCATGATTCTCAA

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DS 

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TCTGCCACTGAGAGGGATATCTACACTAGACAAGCTTGAGATCATGATTCTCAAGGCCGA
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TTATCTTGTACTGTATTATTGGCTTAATGTATTACAGTAATCAACTCATGCTTGAAGTTT
CCTTTATGACAAAGTTCTTTTGGAGAGTTTT

QA 1 331 1 331
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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CGAGCCGATCCTTCTTGAGGTGGATCAGATCTATCACTTGGCGTGTCCTGCTTCCCCTGT
TCATTATAAATTCAATCCCGTCAAGACTATCAAGACGAATGTGGTTGGGACGTTGAACAT
GCTTGGTTTGGCGAAGAGAGTGGGTGCTAGGTTTCTACTGACGAGTACGAGTGAGGTTTA
CGGTGATCCTCTTCAGCATCCTCAGGTTGAGACTTACTGGGGCAACGTTAATCCTATTGG
TGTTCGTAGTTGCTACGACGAAGGAAAGCGTACGGCAGAGACGCTTGCCATGGACTATCA
CCGTGGAGCCAATGTTGAGGTCAGGATTGCTAGGATATTTAACACCTACGGTCCAAGAAT
GTGTATTGATGATGGTCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCGCAGGCACTAAGGAAAGAGCC
ATTGACTGTTTATGGTGATGGGAAGCAGACACGAAGTTTCCAGTTTGTCTCTGACCTGGT
TGAAGGTTTGATGAGATTGATGGAAGGAGAACACGTCGGGCCATTTAACCTGGGTAACCC
TGGTGAATTCACCATGCTCGAGCTTGCTAAGGTGGTTCAAGAGACGATAGACCCAAACGC
AAAGATAGAGTTCAGACCAAACACAGAGGATGACCCTCACAAGAGAAAGCCTGACATCAC
AAAGGCCAAAGAGCTTTTAGGATGGGAACCAAAGGTGTCTTTTCGTCAGGGACTCCCTCT
CATGGTCAAAGACTTCCGTCAACGTGTCTTTGGTGACAGGAAGGAAGGCTCCTCCGCTAC
TGAAACCACCACCAAAACAACCTCAGCTTGAGCAAAAGGCAGTTGCAAGTAGCGGCCGTT
GCGCTTGGTTAATGGTTTTATAACCAAAAACTTATAAAGGGCAATGCTTGCTTGCAGCTA
CAATGTGGAGAGAAGAGAGCTTCGTTTCTTCAAAATTATTTTGTTTTTGATTTTTATCTG
TTTTGATATTATATTGGTGTAACGTAGAGTAAGAGTATGGTGGCCTTTTTACTATATTCA
TGGACCTCACTACAGTTTAAGAAATACTTGCTT


BQ
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AF RR3CX10TF U 1
AF RR3CX10JQ C 527
BS 1 703 RR3CX10TF
BS 704 1113 RR3CX10JQ

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CGAGCCGATCCTTCTTGAGGTGGATCAGATCTATCACTTGGCGTGTCCTGCTTCCCCTGT
TCATTATAAATTCAATCCCGTCAAGACTATCAAGACGAATGTGGTTGGGACGTTGAACAT
GCTTGGTTTGGCGAAGAGAGTGGGTGCTAGGTTTCTACTGACGAGTACGAGTGAGGTTTA
CGGTGATCCTCTTCAGCATCCTCAGGTTGAGACTTACTGGGGCAACGTTAATCCTATTGG
TGTTCGTAGTTGCTACGACGAAGGAAAGCGTACGGCAGAGACGCTTGCCATGGACTATCA
CCGTGGAGCCAATGTTGAGGTCAGGATTGCTAGGATATTTAACACCTACGGTCCAAGAAT
GTGTATTGATGATGGTCGTGTTGTCAGCAACTTTGTTGCGCAGGCACTAAGGAAAGAGCC
ATTGACTGTTTATGGTGATGGGAAGCAGACACGAAGTTTCCAGTTTGTCTCTGACCTGGT
TGAAGGTTTGATGAGATTGATGGAAGGAGAACACGTCGGGCCATTTAACCTGGGTAACCC
TGGTGAATTCACCATGCTCGAGCTTGCTAAGGTGGTTCAAGAGACGATAGACCCAAACGC
AAAGATAGAGTTCAGACCAAACACAGAGGATGACCCTCACAAG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3CX10JQ 587 0 0
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ATAGACCCAAACGCAAAGATAGAGTTCAGACCAAACACAGAGGATGACCCTCACAAGAGA
AAGCCTGACATCACAAAGGCCAAAGAGCTTTTAGGATGGGAACCAAAGGTGTCTTTTCGT
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GGCTCCTCCGCTACTGAAACCACCACCAAAACAACCTCAGCTTGAGCAAAAGGCAGTTGC
AAGTAGCGGCCGTTGCGCTTGGTTAATGGTTTTATAACCAAAAACTTATAAAGGGCAATG
CTTGCTTGCAGCTACAATGTGGAGAGAAGAGAGCTTCGTTTCTTCAAAATTATTTTGTTT
TTGATTTTTATCTGTTTTGATATTATATTGGTGTAACGTAGAGTAAGAGTATGGTGGCCT
TTTTACTATATTCATGGACCTCACTACAGTTTAAGAAATACTTGCTT

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

CO CL5917Contig1 1079 2 2 U
GGGAGCTTCTTGTGGTTGTTTTCTGCATTGGTGGTGTTGAGGGTTTGCAAACTTGCCATG
TTGCTTTGCTATCAAGATGGTTCAAACGTGCTGGAGATTCTTACATAAAAGTCCCTTTCC
TTGGACCTATCTCTTATCTGACGCTTGCAGTTTCTCCCTTCTGCATTGTCTTTGCTGTTC
TATGGGCTGTTTACCGAGAGCGTTCTTTAGCTTGGATTGGCCAAGATATTCTTGGGATCG
CATTGATCATCACAGTATTACAGATTGTTCATGTCCCAAACCTTAAGGTTGGGACAGTTC
TCCTCAGCTGTGCCTTCTTGTACGATATCTTCTGGGTGTTTGTCTCCAAGAAGTTGTTCC
ACGAAAGCTAATGATTGTCGTAGCTCGTGGTGATAAAAGCGGAGAAGATGGCATCCCTAT
GCTACTGAAGATTCCACGCATGTTCGATCCGTGGGGAGGCTACAGCATTATTGGATTCGG
TGATATTCTTTTGCCCGGTTTGCTTATCGCATTTGCTCTCAGATATGACTGGTTAGCTAA
CAAGACTCTTCGAACCGGCTATTTTATATGGGCAATGGTTGCCTACGGATTAGGTCTTTT
GATTACTTACGTGGCTCTAAACCTTATGGATGGGCACGGCCAACCAGCATTACTCTACAT
TGTCCCTTTCACACTGGGAACGATGTTAACACTAGCTCGAAAACGAGACGATCTTTGGAT
TCTATGGACGAAAGGAGAGCCAGAAAGGGCATGTCCTCACCACGTCAGGCTTGAACAGTG
CTCTGAGTAATGAGACGACCTCACGGATTAATGGATTCAAGAGATATATATAAAAAAGCC
TTTCGGGTTTGTAACCTATGTAACGTAAGCTGTAAGATTCTTATCCTCTCCAGTCCTCTT
TAATTTATGTTTGCATCGTCATCATTGAAGAAGAATCCACGATCGTTCTGTGTCTATATG
GTTTGTTTCTTCTGTAAGAGAAGAGTGTTGTATATACACATAGTACAAACATGTTTAAGC
TATCAATATCATCATTGTGTTGGACGATTTTGTAATCTAATTAATCATTATTATCTTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3HB59TF U 1
AF RR3HB59JQ C 406
BS 1 583 RR3HB59TF
BS 584 1079 RR3HB59JQ

RD RR3HB59TF 583 0 0
GGGAGCTTCTTGTGGTTGTTTTCTGCATTGGTGGTGTTGAGGGTTTGCAAACTTGCCATG
TTGCTTTGCTATCAAGATGGTTCAAACGTGCTGGAGATTCTTACATAAAAGTCCCTTTCC
TTGGACCTATCTCTTATCTGACGCTTGCAGTTTCTCCCTTCTGCATTGTCTTTGCTGTTC
TATGGGCTGTTTACCGAGAGCGTTCTTTAGCTTGGATTGGCCAAGATATTCTTGGGATCG
CATTGATCATCACAGTATTACAGATTGTTCATGTCCCAAACCTTAAGGTTGGGACAGTTC
TCCTCAGCTGTGCCTTCTTGTACGATATCTTCTGGGTGTTTGTCTCCAAGAAGTTGTTCC
ACGAAAGCTAATGATTGTCGTAGCTCGTGGTGATAAAAGCGGAGAAGATGGCATCCCTAT
GCTACTGAAGATTCCACGCATGTTCGATCCGTGGGGAGGCTACAGCATTATTGGATTCGG
TGATATTCTTTTGCCCGGTTTGCTTATCGCATTTGCTCTCAGATATGACTGGTTAGCTAA
CAAGACTCTTCGAACCGGCTATTTTATATGGGCAATGGTTGCC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3HB59JQ 674 0 0
AGATGGCATCCCTATGCTACTGAAGATTCCACGCATGTTCGATCCGTGGGGAGGCTACAG
CATTATTGGATTCGGTGATATTCTTTTGCCCGGTTTGCTTATCGCATTTGCTCTCAGATA
TGACTGGTTAGCTAACAAGACTCTTCGAACCGGCTATTTTATATGGGCAATGGTTGCCTA
CGGATTAGGTCTTTTGATTACTTACGTGGCTCTAAACCTTATGGATGGGCACGGCCAACC
AGCATTACTCTACATTGTCCCTTTCACACTGGGAACGATGTTAACACTAGCTCGAAAACG
AGACGATCTTTGGATTCTATGGACGAAAGGAGAGCCAGAAAGGGCATGTCCTCACCACGT
CAGGCTTGAACAGTGCTCTGAGTAATGAGACGACCTCACGGATTAATGGATTCAAGAGAT
ATATATAAAAAAGCCTTTCGGGTTTGTAACCTATGTAACGTAAGCTGTAAGATTCTTATC
CTCTCCAGTCCTCTTTAATTTATGTTTGCATCGTCATCATTGAAGAAGAATCCACGATCG
TTCTGTGTCTATATGGTTTGTTTCTTCTGTAAGAGAAGAGTGTTGTATATACACATAGTA
CAAACATGTTTAAGCTATCAATATCATCATTGTGTTGGACGATTTTGTAATCTAATTAAT
CATTATTATCTTGC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5919Contig1 850 2 4 U
GAGATTTGTGATATGTATAAAGTATGGAGTATATTTAGAAAACATTGAAATACCGAGGGA
GAAAACGATGATAATGTTTGTCGGAGACGGAATCGGACGGACAGTAATAAAAGCTAACCG
CAGTGGCGCAGATGGATGGACAGCATTTAACTCTGCTACTGTGGGCGTAAGAGGTAGTGG
CTTTATAGCTAAGGACATATCATTCGTGAACGATGCTGGACCGACCAAGCACCAGGCTGT
GGCGTTGCGTAGCGGGTCTGACCTCTCTGCTTTCTACCGATGCAGCTTTCAAAGCTACCA
AGACACCATTTATGTCCACTCACACAAACAGTTCTATAGAGAATGTGATATATATGGCAC
GGTCGATTTTATATTTGGTGACGCAGCGGCTGTGTTCCAGAACTGTAGTCTCCATGCTCG
TAGACCAAACCTTAACCAGAGAATCACATATACTGCTCAAGGTCGAGAAGATCCCCTTCA
GCCCACGGGTATTTCTATGATAAACTGCAGGATCTTGGCTGTTCCCGATTTGGTCCCTGT
GAAGGCTAACTTCAAAGCATACTTAGGCCGTCCATGGAAACTATATTCTAGAACGGTTAT
TATAAAATCGTTTATTGATGATTTGATAGATCCTGCTGGATGGTTGGAGTGGATAGACGA
TTTTGCTCTTGACACTTTATATTATGGAGAGTATATGAATGAAGGGCCCGGTTCGAACAT
GACAAACCGGGTCAAATGGCCTGGTTTTAAGCGTATCGAAACCGCAGTGGAAGCAACTCA
GTTCACTGTTGGTCCGTTTATTGAAGGTGACAAATGGCTTAACTCTACAGGAATTCCTTT
TACTCTTGAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG53TF U 1
AF RR3GG53JQ C 155
BS 1 245 RR3GG53TF
BS 246 246 RR3GG53JQ
BS 247 332 RR3GG53TF
BS 333 850 RR3GG53JQ

RD RR3GG53TF 339 0 0
GAGATTTGTGATATGTATAAAGTATGGAGTATATTTAGAAAACATTGAAATACCGAGGGA
GAAAACGATGATAATGTTTGTCGGAGACGGAATCGGACGGACAGTAATAAAAGCTAACCG
CAGTGGCGCAGATGGATGGACAGCATTTAACTCTGCTACTGTGGGCGTAAGAGGTAGTGG
CTTTATAGCTAAGGACATATCATTCGTGAACGATGCTGGACCGACCAAGCACCAGGCTGT
GGCGT*GCGTAGCGGGTCTGACCTCTCTGCTTTCTACCGATGCAGCTTTCAAAGCTACCA
AGACACCATTTATGTCCACTCACACAAACAGT
CTATAGA

QA 1 332 1 332
DS 

RD RR3GG53JQ 696 0 0
GCTACTGTGGGCGTAAGAGGTAGTGGCTTTATAGCTAAGGACATATCATTCGTGAACGAT
GCTGGACCGACCAAGCACCAGGCTGTGGCGTTGCGTAGCGGGTCTGACCTCTCTGCTTTC
TACCGATGCAGCTTTCAAAGCTACCAAGACACCATTTATGTCCACTCACACAAACAGTTC
TATAGAGAATGTGATATATATGGCACGGTCGATTTTATATTTGGTGACGCAGCGGCTGTG
TTCCAGAACTGTAGTCTCCATGCTCGTAGACCAAACCTTAACCAGAGAATCACATATACT
GCTCAAGGTCGAGAAGATCCCCTTCAGCCCACGGGTATTTCTATGATAAACTGCAGGATC
TTGGCTGTTCCCGATTTGGTCCCTGTGAAGGCTAACTTCAAAGCATACTTAGGCCGTCCA
TGGAAACTATATTCTAGAACGGTTATTATAAAATCGTTTATTGATGATTTGATAGATCCT
GCTGGATGGTTGGAGTGGATAGACGATTTTGCTCTTGACACTTTATATTATGGAGAGTAT
ATGAATGAAGGGCCCGGTTCGAACATGACAAACCGGGTCAAATGGCCTGGTTTTAAGCGT
ATCGAAACCGCAGTGGAAGCAACTCAGTTCACTGTTGGTCCGTTTATTGAAGGTGACAAA
TGGCTTAACTCTACAGGAATTCCTTTTACTCTTGAT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL5920Contig1 1256 2 2 U
GGGTCGAGTCTCGAGAAGGTTCTTTCTTTCATCGTCCTCTCGGAGAATTTTAGCATAAAG
AGTTCAAAGAAATTACTCCATCAATTTGGAACACGATCAAATTTTATCGACCTTTTTCAA
GTGTTAATTATTGCAGATTTACTTGTTGGTGTTCAAAGGAAAGATGCAAGGAGGTGGTAG
AGATCCTTTCAACTTTGGTGGTGGCCCTTTTGGTAGCCCTTTTGGTGGTGGCCCTAACAA
TGGACCTCGGAGTCTCATGTCTAACTTTTTCGGAGGAAGAGATCCGTTTGATGACCCTTT
CTTCACCCAGCCTTTTGGTGGTGGTGGTGGCGGCATGTTTCAGTCCAACTTCTTTGGTCC
TGGTCCTACCATGGATCCTTTTGCTGGAATGCGTCCTCCGTTAGGTTTTCTCGAGAATCA
TCATCATCATCAACAGCCACCACAACCGAGAAGGTCTCATGGACCGGTTATCGAAGAGAT
TGATTCAGATGATGATGAGAAAGAAGGAGATGGAGTCCAAGAGCAGAGAGTAAGGCTAGG
GAAACATGGCAGGTCAAGCAGTGAGATTGAAACCGAAGAAGCTAGAGCTGAAGAGAGAAG
GAACAGACAAATGCAAAACATGAATGTCAATGCTGCTATGGCGAACAATGGACGGTGGCA
ACCACAGACTCGTAGTTACAGTTTCCAGAGCTCCACTGTTACATACGGTGGTCATAACGG
AAACTACTATACTTCATCCAAGACCAGAAGGACAGGAAGTGATGGGTTAACTCCTGAAGA
AAGCAAAGAAGCTAATACCGCAACACGCGAAGCAGCGCATAGGATTTCAAGGGGCTTACA
TAACCAGGGCCACACAGTTGCGCGTAAACTTAACCCAGATGGTCGGGTTGATACAACGCA
GACCTTGCACAATTTAAATGAAGATGAGTTGGCTGATTTTGAGCAGACTTGGAGTGGAAA
TGCTAGAATGCAGTTACCTGGTTGGTCTGATTCCTTTGGCAGTGGTCTTGTAAACAGAGA
GCAACCAATGTCGCTTCCTTCAACTGATCCAAGCTCTTCTTCACGTGCAAGAGCAGAGTC
ATCCAGAAGAACAAATGCTGCAATGAATGTTAGAGGACAGGGCAGAAACTAAACTCTTAG
GACTATCATGTCCTGTTAGTGGTGAATGTAACCAAAGACTATATATTATCTACTTTACCT
AGGGGTGCATCGTTACTGTAAGCCCTGTATGATGACATTATTTGAGGCTTTTATGA


BQ
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AF RR3CH51TF U 1
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BS 1 644 RR3CH51TF
BS 645 1256 RR3CH51JQ

RD RR3CH51TF 651 0 0
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AGTTCAAAGAAATTACTCCATCAATTTGGAACACGATCAAATTTTATCGACCTTTTTCAA
GTGTTAATTATTGCAGATTTACTTGTTGGTGTTCAAAGGAAAGATGCAAGGAGGTGGTAG
AGATCCTTTCAACTTTGGTGGTGGCCCTTTTGGTAGCCCTTTTGGTGGTGGCCCTAACAA
TGGACCTCGGAGTCTCATGTCTAACTTTTTCGGAGGAAGAGATCCGTTTGATGACCCTTT
CTTCACCCAGCCTTTTGGTGGTGGTGGTGGCGGCATGTTTCAGTCCAACTTCTTTGGTCC
TGGTCCTACCATGGATCCTTTTGCTGGAATGCGTCCTCCGTTAGGTTTTCTCGAGAATCA
TCATCATCATCAACAGCCACCACAACCGAGAAGGTCTCATGGACCGGTTATCGAAGAGAT
TGATTCAGATGATGATGAGAAAGAAGGAGATGGAGTCCAAGAGCAGAGAGTAAGGCTAGG
GAAACATGGCAGGTCAAGCAGTGAGATTGAAACCGAAGAAGCTAGAGCTGAAGAGAGAAG
GAACAGACAAATGCAAAACATGAATGTCAATGCTGCTATGGCGA
CAATGGA

QA 1 644 1 644
DS 

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AGTAAGGCTAGGGAAACATGGCAGGTCAAGCAGTGAGATTGAAACCGAAGAAGCTAGAGC
TGAAGAGAGAAGGAACAGACAAATGCAAAACATGAATGTCAATGCTGCTATGGCGAACAA
TGGACGGTGGCAACCACAGACTCGTAGTTACAGTTTCCAGAGCTCCACTGTTACATACGG
TGGTCATAACGGAAACTACTATACTTCATCCAAGACCAGAAGGACAGGAAGTGATGGGTT
AACTCCTGAAGAAAGCAAAGAAGCTAATACCGCAACACGCGAAGCAGCGCATAGGATTTC
AAGGGGCTTACATAACCAGGGCCACACAGTTGCGCGTAAACTTAACCCAGATGGTCGGGT
TGATACAACGCAGACCTTGCACAATTTAAATGAAGATGAGTTGGCTGATTTTGAGCAGAC
TTGGAGTGGAAATGCTAGAATGCAGTTACCTGGTTGGTCTGATTCCTTTGGCAGTGGTCT
TGTAAACAGAGAGCAACCAATGTCGCTTCCTTCAACTGATCCAAGCTCTTCTTCACGTGC
AAGAGCAGAGTCATCCAGAAGAACAAATGCTGCAATGAATGTTAGAGGACAGGGCAGAAA
CTAAACTCTTAGGACTATCATGTCCTGTTAGTGGTGAATGTAACCAAAGACTATATATTA
TCTACTTTACCTAGGGGTGCATCGTTACTGTAAGCCCTGTATGATGACATTATTTGAGGC
TTTTATGA

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL5921Contig1 174 2 1 U
GCAAGCCAAGAGCTCCTAAGCCAAAGATCAACTGATTTCTTAAAATCTAAACGAAGAATC
AAAATCCCATACAACCTTTTCTTTTGTATCCTCACTTGGGAAAGAACTAGTGTAATCTGT
GTCTTATTCGTTACTGCAGTTGCAAAAGTATAAAACGTGACGAAGTTGGTGCTG


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AF RR3DX38JQ C 1
AF RR3DX38TF U 1
BS 1 174 RR3DX38TF

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AAAATCCCATACAACCTTTTCTTTTGTATCCTCACTTGGGAAAGAACTAGTGTAATCTGT
GTCTTATTCGTTACTGCAGTTGCAAAAGTATAAAACGTGACGAAGTTGGTGCTG

QA 1 174 1 174
DS 

RD RR3DX38TF 174 0 0
GCAAGCCAAGAGCTCCTAAGCCAAAGATCAACTGATTTCTTAAAATCTAAACGAAGAATC
AAAATCCCATACAACCTTTTCTTTTGTATCCTCACTTGGGAAAGAACTAGTGTAATCTGT
GTCTTATTCGTTACTGCAGTTGCAAAAGTATAAAACGTGACGAAGTTGGTGCTG

QA 1 174 1 174
DS 



AS 1 2

CO CL5922Contig1 1309 2 6 U
TTTTAATAGATTTTCCTCGCCTACTGCGAAACTTGATAGTCACCGGTTACAAATCAAATG
CTCACCCACTTCATCTACTAATTAGTCATTTACTCTCTCCCTTTAGTTTAGTAATCGATT
CAGATTTTGGGATCCCGAATAATCTGAGAGGATTTTTAACTACGATGTCGACTAATTTGA
GGCGGAGGACTAGCCATGAGATGGATGGAAGGTGGGTAGAGAGGACGCCGGAGGGAGTGG
GACTGGTGGTGAAGCTAGCTGGCGGTGATTAAGTAGCGGACAGAGATGATTGCGAAGTAA
ACTGTCAAAGAATAATACTAAACAGCTTTTACAATGTCGCCACCTGCTAAAAGATATGTG
GATGATCCAATGAAGTTTGGGTTTGGCTCACCAGCAATCAAAGATAAGAAGAGGAAGGCC
TTCAAGCTGTGAGTGTAAACATACAGCATATGCTTCTTAGATCATGTATACGCCTAAGCT
AATGTGGTTCAATCGTGGATTTTTCCTCCCTTATCATGGATTACTTTAACATATAACATT
TGACGACCTGCCCCTAATCAACCAGGAACTGGGTAAAGATTATTCTGCTCATATGCTTAG
TACACTCACGTCATCTTCCCTTCCTTTTCTCACTATCTTATCTTGCTATGAATTGATATG
AGATGATGAGCTTTCTGTATTGGAAGTGGGGGTCTTCTTTTGATATGCCATAACTGGATG
TTGTAAAATGCTTCTCGAAAATTCAGTAGACGGGTCGTCAGAGGCATTTGGAACGAAAAT
TTACAAGCATTTCTTTCACGTAATCAGGATAGTGACTTGAAAATGCTTCAGAAGAAAACA
GAAGTGGTCTTCTTCTGCTTGAAGGTAAAAGATTAGTTGACTATAACCAGAACTTGAGAG
TTATCTTCGAGTTTTCCTTCATGATTTTTTTGGTTATAAATCTGCTTGAAAGACAAAGCC
TTCAACCCCCGCTCATCCTACCAAGGGTCGATCATCTTCGTGGTGTCTTATCCGTGTTAC
CGTTCTCGGATGACCATACCATTCACTCAAAACAACAGCAGCCTCTGAACGTGTACTCAG
TCCTCTGAACGTGTACTCAGTCCTCACTGCAGCCTGAGCGTTTGTAGAACATGCCAAAGA
AGGAACAAAGGCAATTTTTTTTTTTTTGAACAAAGGCAATTTCTTATGAACCTGATGTGG
AGAAACATTTCTTCGAACCCCTTTTGATATACCAGAAACCGCACAGAAATCACTCACCCA
TCTGCTTCATGGTGATTTTTGCATAGATGAGAAATGATTAGCACAAGAC


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AF RR3BK94TF U 1
AF RR3BK94JQ C 559
BS 1 700 RR3BK94TF
BS 701 701 RR3BK94JQ
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BS 728 728 RR3BK94JQ
BS 729 740 RR3BK94TF
BS 741 1309 RR3BK94JQ

RD RR3BK94TF 746 0 0
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CTCACCCACTTCATCTACTAATTAGTCATTTACTCTCTCCCTTTAGTTTAGTAATCGATT
CAGATTTTGGGATCCCGAATAATCTGAGAGGATTTTTAACTACGATGTCGACTAATTTGA
GGCGGAGGACTAGCCATGAGATGGATGGAAGGTGGGTAGAGAGGACGCCGGAGGGAGTGG
GACTGGTGGTGAAGCTAGCTGGCGGTGATTAAGTAGCGGACAGAGATGATTGCGAAGTAA
ACTGTCAAAGAATAATACTAAACAGCTTTTACAATGTCGCCACCTGCTAAAAGATATGTG
GATGATCCAATGAAGTTTGGGTTTGGCTCACCAGCAATCAAAGATAAGAAGAGGAAGGCC
TTCAAGCTGTGAGTGTAAACATACAGCATATGCTTCTTAGATCATGTATACGCCTAAGCT
AATGTGGTTCAATCGTGGATTTTTCCTCCCTTATCATGGATTACTTTAACATATAACATT
TGACGACCTGCCCCTAATCAACCAGGAACTGGGTAAAGATTATTCTGCTCATATGCTTAG
TACACTCACGTCATCTTCCCTTCCTTTTCTCACTATCTTATCTTGCTATGAATTGATATG
AGATGATGAGCTTTCTGTATTGGAAGTGGGGGTCTTCTTT*GATATGCCATAACTGGATG
TTGTAAA*TGCTTCTCGAAA
TTCAGT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3BK94JQ 751 0 0
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CCTTCCTTTTCTCACTATCTTATCTTGCTATGAATTGATATGAGATGATGAGCTTTCTGT
ATTGGAAGTGGGGGTCTTCTTTTGATATGCCATAACTGGATGTTGTAAAATGCTTCTCGA
AAATTCAGTAGACGGGTCGTCAGAGGCATTTGGAACGAAAATTTACAAGCATTTCTTTCA
CGTAATCAGGATAGTGACTTGAAAATGCTTCAGAAGAAAACAGAAGTGGTCTTCTTCTGC
TTGAAGGTAAAAGATTAGTTGACTATAACCAGAACTTGAGAGTTATCTTCGAGTTTTCCT
TCATGATTTTTTTGGTTATAAATCTGCTTGAAAGACAAAGCCTTCAACCCCCGCTCATCC
TACCAAGGGTCGATCATCTTCGTGGTGTCTTATCCGTGTTACCGTTCTCGGATGACCATA
CCATTCACTCAAAACAACAGCAGCCTCTGAACGTGTACTCAGTCCTCTGAACGTGTACTC
AGTCCTCACTGCAGCCTGAGCGTTTGTAGAACATGCCAAAGAAGGAACAAAGGCAATTTT
TTTTTTTTTGAACAAAGGCAATTTCTTATGAACCTGATGTGGAGAAACATTTCTTCGAAC
CCCTTTTGATATACCAGAAACCGCACAGAAATCACTCACCCATCTGCTTCATGGTGATTT
TTGCATAGATGAGAAATGATTAGCACAAGAC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL5923Contig1 1063 2 2 U
GAACGGGAGACATAAAGTCCATAGCCATTTCGGGAGGACGCTCGAGAGCGGTCCTTATAC
TCTTAAGTACAGAGGAAGTATGTGGGGATATAAACGGTTCTTTAAGAGGAGTCTTCTGGA
GTCGTCTGATTACTTGAAGGATAATTGTCTTGTTGTTCGGTGTTGTGTCGGGCTTGTGAA
GTCACGTACGGAGGGACCGAGGAGTTATGATATCCCTGTGCCGGTTTCTGAGTTTGGTCG
TCAGTTTGGGAAGCTTTTGGAGAGTGGGAGAGGAGCTGATGTTACTTTCCGTGTTGATGG
AGAGACGTTTCCTGCTCATAAACTGGTTCTCGCGGCTCGTTCTCCTGTTTTCAGGGCGCA
GATCTTTGGCCCGTTGAAGAGCCGTGATACTAAATGTATTAATATAGAAGACATGGGAGC
TCCCATTTTCAAGATGTTCCTTCATTTTATCTACTGGGACGAGTTGCCTGATATGGAAGA
TGTTATGGGGACAGATTTGAAATGGGCAGCGACTCTCGTGGCTCAGCATCTGCTTGCGGC
TGGGGACCGTTACGCTCTTGAGCGGCTTAGAACAATCTGCGAGTCACAGCTCTGTGAAGG
GATTAGCATCAATACTGTTGCAACCACCTTGGCTTTGGCAGAGCAGCATCATTGTTTCCA
GCTGAAAACCGCTTGCCTCGAATTCATAGCTTCGCCAGAGAATCTAAAAGCTGTGATGGA
AACGGAGGGGTTTGATTATCTGAAAGAAAGCTGCCCTTGCTTACTAAGCGAGCTGCTGGA
GTATGTGGCTAGGCTGAGCGAGCATTCTTTAGCATCTTCAGGGCATGGGAAGGAGTTATA
TTTTGACGGCTGTGACGTGAATGGGAGACGAGTGAAGCAACGGTTGCACTAAGTAACTAA
CTCTTGGTGTTGGAGCCATTTGGTAGAAGAGCCATGATTTGTGTATTTGTCATTTGTAAA
AGGATTAGTGATTGTTCATCTGTTGTTGTCCAGTAAGTAGAGTGAAAATGTTGTTTTTGT
ATTTCTGTTTTGGCCTCCAAAAGATTCTATGACCAGAACCACT


BQ
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AF RR3EE51TF U 1
AF RR3EE51JQ C 472
BS 1 647 RR3EE51TF
BS 648 1063 RR3EE51JQ

RD RR3EE51TF 647 0 0
GAACGGGAGACATAAAGTCCATAGCCATTTCGGGAGGACGCTCGAGAGCGGTCCTTATAC
TCTTAAGTACAGAGGAAGTATGTGGGGATATAAACGGTTCTTTAAGAGGAGTCTTCTGGA
GTCGTCTGATTACTTGAAGGATAATTGTCTTGTTGTTCGGTGTTGTGTCGGGCTTGTGAA
GTCACGTACGGAGGGACCGAGGAGTTATGATATCCCTGTGCCGGTTTCTGAGTTTGGTCG
TCAGTTTGGGAAGCTTTTGGAGAGTGGGAGAGGAGCTGATGTTACTTTCCGTGTTGATGG
AGAGACGTTTCCTGCTCATAAACTGGTTCTCGCGGCTCGTTCTCCTGTTTTCAGGGCGCA
GATCTTTGGCCCGTTGAAGAGCCGTGATACTAAATGTATTAATATAGAAGACATGGGAGC
TCCCATTTTCAAGATGTTCCTTCATTTTATCTACTGGGACGAGTTGCCTGATATGGAAGA
TGTTATGGGGACAGATTTGAAATGGGCAGCGACTCTCGTGGCTCAGCATCTGCTTGCGGC
TGGGGACCGTTACGCTCTTGAGCGGCTTAGAACAATCTGCGAGTCACAGCTCTGTGAAGG
GATTAGCATCAATACTGTTGCAACCACCTTGGCTTTGGCAGAGCAGC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3EE51JQ 592 0 0
TATGGAAGATGTTATGGGGACAGATTTGAAATGGGCAGCGACTCTCGTGGCTCAGCATCT
GCTTGCGGCTGGGGACCGTTACGCTCTTGAGCGGCTTAGAACAATCTGCGAGTCACAGCT
CTGTGAAGGGATTAGCATCAATACTGTTGCAACCACCTTGGCTTTGGCAGAGCAGCATCA
TTGTTTCCAGCTGAAAACCGCTTGCCTCGAATTCATAGCTTCGCCAGAGAATCTAAAAGC
TGTGATGGAAACGGAGGGGTTTGATTATCTGAAAGAAAGCTGCCCTTGCTTACTAAGCGA
GCTGCTGGAGTATGTGGCTAGGCTGAGCGAGCATTCTTTAGCATCTTCAGGGCATGGGAA
GGAGTTATATTTTGACGGCTGTGACGTGAATGGGAGACGAGTGAAGCAACGGTTGCACTA
AGTAACTAACTCTTGGTGTTGGAGCCATTTGGTAGAAGAGCCATGATTTGTGTATTTGTC
ATTTGTAAAAGGATTAGTGATTGTTCATCTGTTGTTGTCCAGTAAGTAGAGTGAAAATGT
TGTTTTTGTATTTCTGTTTTGGCCTCCAAAAGATTCTATGACCAGAACCACT

QA 1 592 1 592
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5925Contig1 1294 2 2 U
GGGGAAACACCATCCTCTGTGCAGATGGAAGCATAAGTCTAGCTGTCTTGTCATGTGACC
CCGAGTCTGGAACTGTCAGGTGCCGTTGTGAGAACACGGCGATGCTCGGCGAGAGAAAGA
ACGTGAATCTTCCCGGTGTTGTTGTTGATCTTCCCACTCTGACTGACAAGGACATTGAAG
ATATCATGGGTTGGGGTGTTCCAAACAGCATCGATATGATTGCGCTTTCCTTTTTCCGTA
AAGGCTCAGATCTTGTTAATGTCCGGAAGGTTCTTGGTTCTCATGCTAAAAGCATAATGC
TGATGTCAAAGGTTGAGAACCAGGAAGGAGTGGTTAACTTTGATGAGATACTGCGTGAAA
CAGATGCGTTCATGGTTGCTCGTGGTGATCTAGGGATGGAGATTCCCATAGAGAAGATCT
TCTTGGCTCAAAAGCTGATGATCTACAAGTGTAACCTTGCAGGCAAGCCAGTGGTCACAG
CCACTCAGATGCTTGAGTCAATGATCAAATCACCAAGGCCAACCCGTGCCGAAGCCACGG
ACGTTGCAAACGCTGTCCTCGACGGCACAGACTGTGTGATGCTCAGCGGAGAGAGTGCCG
CAGGTGCGTATCCTGAGATAGCCGTGAAAGTCATGGCTAAGATCTGCATCGAAGCAGAGA
GCTCGCTAGATTACAACACGATCTTCAAAGAGAGGATCAGAGCAACTCCGGTTCCAATGA
GCCCGTTGGAGAGTCTTGCATCGTCAGCTGTAAGGGCTGCAAACAAGTCTCACGCGAAGC
TCATCATTGTGCTGACTCGTGGAGGCTCGACAGCTAAGCTTGTGGCCAAGTACAGACCGG
CTGTTCCGATTCTGTCGGTGGCTGTCCCAACTATGACTACTGATTCCTTTGACTGGAGTT
GTAGTGATGAGTCGCCTGCGAGGCACAGTTTGATATACAGAGGTTTGATCCCTATGCTGG
CTGAAGGATCCGCAAAGGCGACGGATATAGAGTCCACTGAGGTTATCATTGAAGCCGCTT
TGAAGTCAGCTGTGCAGAGAGGACTGTGCAACCATGGTGATGCTGTTGTGGCGCTGCACC
GTATTGGAGTCGCCTCGGTTATTAAGATCTGTGTGGTGAAGTAAAGGAAATAAAGAATGG
CTTATTGGTGGCTCTTTTATGATTGTTGGTAATCATAACTGAGAGTTAAAGCTTCGTTGC
TTGAAATAAAGAAAAACAATTTAATAATGTTAAGACATCTCTCTCTCTCTCACTCTTGTC
TTTTTGATGTAATAAGATAAGACTGTTTCTTTGC


BQ
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AF RR3BT45TF U 1
AF RR3BT45JQ C 404
BS 1 600 RR3BT45TF
BS 601 1294 RR3BT45JQ

RD RR3BT45TF 600 0 0
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ACGTGAATCTTCCCGGTGTTGTTGTTGATCTTCCCACTCTGACTGACAAGGACATTGAAG
ATATCATGGGTTGGGGTGTTCCAAACAGCATCGATATGATTGCGCTTTCCTTTTTCCGTA
AAGGCTCAGATCTTGTTAATGTCCGGAAGGTTCTTGGTTCTCATGCTAAAAGCATAATGC
TGATGTCAAAGGTTGAGAACCAGGAAGGAGTGGTTAACTTTGATGAGATACTGCGTGAAA
CAGATGCGTTCATGGTTGCTCGTGGTGATCTAGGGATGGAGATTCCCATAGAGAAGATCT
TCTTGGCTCAAAAGCTGATGATCTACAAGTGTAACCTTGCAGGCAAGCCAGTGGTCACAG
CCACTCAGATGCTTGAGTCAATGATCAAATCACCAAGGCCAACCCGTGCCGAAGCCACGG
ACGTTGCAAACGCTGTCCTCGACGGCACAGACTGTGTGATGCTCAGCGGAGAGAGTGCCG

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3BT45JQ 891 0 0
TCCCATAGAGAAGATCTTCT*GGCTCAAA*GCTGATGATCTACAAGTGTAAC*TTGCAGG
CAAGCCAGTG*TCACAGCCACTCAGATGCTTGAGTCAATGATCAAATCACCAAGGCCAAC
CCGTGCCGAAGCCACGGACGTTGCAAACGCTGTCCTCGACGGCACAGACTGTGTGATGCT
CAGCGGAGAGAGTGCCGCAGGTGCGTATCCTGAGATAGCCGTGAAAGTCATGGCTAAGAT
CTGCATCGAAGCAGAGAGCTCGCTAGATTACAACACGATCTTCAAAGAGAGGATCAGAGC
AACTCCGGTTCCAATGAGCCCGTTGGAGAGTCTTGCATCGTCAGCTGTAAGGGCTGCAAA
CAAGTCTCACGCGAAGCTCATCATTGTGCTGACTCGTGGAGGCTCGACAGCTAAGCTTGT
GGCCAAGTACAGACCGGCTGTTCCGATTCTGTCGGTGGCTGTCCCAACTATGACTACTGA
TTCCTTTGACTGGAGTTGTAGTGATGAGTCGCCTGCGAGGCACAGTTTGATATACAGAGG
TTTGATCCCTATGCTGGCTGAAGGATCCGCAAAGGCGACGGATATAGAGTCCACTGAGGT
TATCATTGAAGCCGCTTTGAAGTCAGCTGTGCAGAGAGGACTGTGCAACCATGGTGATGC
TGTTGTGGCGCTGCACCGTATTGGAGTCGCCTCGGTTATTAAGATCTGTGTGGTGAAGTA
AAGGAAATAAAGAATGGCTTATTGGTGGCTCTTTTATGATTGTTGGTAATCATAACTGAG
AGTTAAAGCTTCGTTGCTTGAAATAAAGAAAAACAATTTAATAATGTTAAGACATCTCTC
TCTCTCTCACTCTTGTCTTTTTGATGTAATAAGATAAGACTGTTTCTTTGC

QA 1 891 1 891
DS 



AS 1 2

CO CL5926Contig1 1019 2 2 U
GGAATTTGAGAGAGATATTTCTAGGGTTTGTTCGATTCTCCCGGCAGCGATGGAACTCGA
GGATGTGAAAGCGAAACGAGATTCGACGGAGATGGAATCTGACTCTTCTGTCTCTAAAAA
ACTGAAGATCGAAGATGAAGACGACGACACAAGCATGGAAGGAGACGAAGAAGAAAGCGA
TAGCGACAGTACCGATAGCGGACGCGCATGGAGTGTCGAGGCAAAAGACGATGAGGAAGT
CGTGAAACCTCCTAACTATTTAAACATGCGAGATCCGGATCCGGAGTGGGATAAGGACAG
CTACGACGGTTACGAATTGGTATTCGATGCTGACGGCCGTGAAGGCTTCCCCAACGACGA
GGAGTACGAAGAGTTCTGCGAGTATAAAACCATGTGCTTTAAGAATAAGGGGTTTTTAGA
AGATCCATTCAGATCCATCTACGCTATTGTAGATCTGGAAGAGATTTGGTCAGACAGGAT
AAACGTGTCTAGGAGGCAATACTTGACAAATATTGCTTCCCTGTGTGTTAAGAAATTCAA
CTAGGAAAAGCGTTTGTCTGTGGAAGTTTTAAGCATTGTGAGAGCCAATCTAAAGGCAGG
AGGTGGGTATAAGCTTTACATCACCTTTATGGCTCGAGAGCATCCGGATGGTCCTCCCGT
GGAGTATCAAGCCAAGGCCATGGATTTTGCAGGAGGTAGAAAACCTCCCTTTCCCATTTT
TTGCAGGCCAGCCTGTAGCATGCCCTAGTTTATGACTTACATAAGATTGGGTATGATCTT
CTTCTAGCGGAAGATGAAGACCAAAATAAGGCTTTCCATTCATTAAGTAACATGCGTCCA
TGTGGTTTTTTTTTTTTTTGGGGCGTTCAAACTTATGCCCCTACTACCTTTTTAGTTGTT
TCGTATGATTATGGATTTTAATAATGGTTGCTATATTATGTTTAATGTTTATTTTTATGT
TTAAGTGGACAGTATACCTTCATTCGACTCTAGTGCAGAGAGTATTACTGTCACATAGC


BQ
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AF RR3D122TF U 1
AF RR3D122JQ C 442
BS 1 622 RR3D122TF
BS 623 1019 RR3D122JQ

RD RR3D122TF 622 0 0
GGAATTTGAGAGAGATATTTCTAGGGTTTGTTCGATTCTCCCGGCAGCGATGGAACTCGA
GGATGTGAAAGCGAAACGAGATTCGACGGAGATGGAATCTGACTCTTCTGTCTCTAAAAA
ACTGAAGATCGAAGATGAAGACGACGACACAAGCATGGAAGGAGACGAAGAAGAAAGCGA
TAGCGACAGTACCGATAGCGGACGCGCATGGAGTGTCGAGGCAAAAGACGATGAGGAAGT
CGTGAAACCTCCTAACTATTTAAACATGCGAGATCCGGATCCGGAGTGGGATAAGGACAG
CTACGACGGTTACGAATTGGTATTCGATGCTGACGGCCGTGAAGGCTTCCCCAACGACGA
GGAGTACGAAGAGTTCTGCGAGTATAAAACCATGTGCTTTAAGAATAAGGGGTTTTTAGA
AGATCCATTCAGATCCATCTACGCTATTGTAGATCTGGAAGAGATTTGGTCAGACAGGAT
AAACGTGTCTAGGAGGCAATACTTGACAAATATTGCTTCCCTGTGTGTTAAGAAATTCAA
CTAGGAAAAGCGTTTGTCTGTGGAAGTTTTAAGCATTGTGAGAGCCAATCTAAAGGCAGG
AGGTGGGTATAAGCTTTACATC

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3D122JQ 578 0 0
CGCTATTGTAGATCTGGAAGAGATTTGGTCAGACAGGATAAACGTGTCTAGGAGGCAATA
CTTGACAAATATTGCTTCCCTGTGTGTTAAGAAATTCAACTAGGAAAAGCGTTTGTCTGT
GGAAGTTTTAAGCATTGTGAGAGCCAATCTAAAGGCAGGAGGTGGGTATAAGCTTTACAT
CACCTTTATGGCTCGAGAGCATCCGGATGGTCCTCCCGTGGAGTATCAAGCCAAGGCCAT
GGATTTTGCAGGAGGTAGAAAACCTCCCTTTCCCATTTTTTGCAGGCCAGCCTGTAGCAT
GCCCTAGTTTATGACTTACATAAGATTGGGTATGATCTTCTTCTAGCGGAAGATGAAGAC
CAAAATAAGGCTTTCCATTCATTAAGTAACATGCGTCCATGTGGTTTTTTTTTTTTTTGG
GGCGTTCAAACTTATGCCCCTACTACCTTTTTAGTTGTTTCGTATGATTATGGATTTTAA
TAATGGTTGCTATATTATGTTTAATGTTTATTTTTATGTTTAAGTGGACAGTATACCTTC
ATTCGACTCTAGTGCAGAGAGTATTACTGTCACATAGC

QA 1 578 1 578
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL5929Contig1 995 2 2 U
GGCAATTCTCGAAAGACGAGAAGAAGAAAGGTCTCTTCCATTTCCATGTGTGCAGAAGCT
CACTAAACAACCCAGATCCAGACAAAACTGAAATTCAAGGTGAGGGAAGAGACTGGACGA
GCTCTGTATTGCTTTTCGCTCTCTGGGGTGCTCTTCTTTATTATTGCTTCAACCTTGCTC
CTGATCAAACACCAACACAAGACTTGTACTTTCTGAAAAAGCTGTTGAATTTGAAAGGCG
ATGATGGTTTTAGAATGAACCAGATCCTTGTTGGTTTATGGTATATAATGGGTTTATGGC
CTGTGGTGTACGCTATGCTCTTGCTTCCCACTGGTCGAAGTAAAACTCAGGCGTGGCCTT
TCGTGGTGCTTTCCTTCTTTGGTGGCGTCTACGCTTTGCTACCTTATTTTGCACTGTGGA
ATCCACCTTCTCCTCCTATCTCAGAGTCTGAGCTTAGAAAATGGCCTTTCAATGTTCTGG
AATCAAAAGTAACTGCTGGGGTAACTCTTGTTGCGGGCCTGGGTTTAATTCTTTACTCAG
TAGTTGGTAACCCCGGTGACTTGAAAGAGTTTTATCAGTACTTTCGTGAGAGCAAATTCA
TACATGTCACGAGTCTAGATTTTTGCTTACTCTCTGCTTTTGCTCCGTTTTGGGTTTACA
ATGACATGACCGCCAGAAAATGGTTTGATAAAGGCCGTTGGCTGTTACCTGTATCCGTGG
TGCCGTTCTTGGGACCTTCTTTGTATCTTCTCTTACGACCAGCATTGTTAGAGACAACGG
CTCCCACGGATTCTGCATCATCTTCTGACCCAAGTCAATAGCAACATCCCGATTGGATTT
TGTTGATGACAATTTCAGCTCCTTGCATATCCACAATGGGTTTTACTCCCTTTTTGTTGT
TCTGTTATTGGTGGAGTTAGAATGAGAAATATTGTATTACAAGGGAGAGAACTGACAAAG
TTTTCTATAGATGTTAATGAAAGGAAAGTCAAACC


BQ
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AF RR3DB37TF U 1
AF RR3DB37JQ C 272
BS 1 452 RR3DB37TF
BS 453 995 RR3DB37JQ

RD RR3DB37TF 452 0 0
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CACTAAACAACCCAGATCCAGACAAAACTGAAATTCAAGGTGAGGGAAGAGACTGGACGA
GCTCTGTATTGCTTTTCGCTCTCTGGGGTGCTCTTCTTTATTATTGCTTCAACCTTGCTC
CTGATCAAACACCAACACAAGACTTGTACTTTCTGAAAAAGCTGTTGAATTTGAAAGGCG
ATGATGGTTTTAGAATGAACCAGATCCTTGTTGGTTTATGGTATATAATGGGTTTATGGC
CTGTGGTGTACGCTATGCTCTTGCTTCCCACTGGTCGAAGTAAAACTCAGGCGTGGCCTT
TCGTGGTGCTTTCCTTCTTTGGTGGCGTCTACGCTTTGCTACCTTATTTTGCACTGTGGA
ATCCACCTTCTCCTCCTATCTCAGAGTCTGAG

QA 1 452 1 452
DS 

RD RR3DB37JQ 724 0 0
TGGTTTATGGTATATAATGGGTTTATGGCCTGTGGTGTACGCTATGCTCTTGCTTCCCAC
TGGTCGAAGTAAAACTCAGGCGTGGCCTTTCGTGGTGCTTTCCTTCTTTGGTGGCGTCTA
CGCTTTGCTACCTTATTTTGCACTGTGGAATCCACCTTCTCCTCCTATCTCAGAGTCTGA
GCTTAGAAAATGGCCTTTCAATGTTCTGGAATCAAAAGTAACTGCTGGGGTAACTCTTGT
TGCGGGCCTGGGTTTAATTCTTTACTCAGTAGTTGGTAACCCCGGTGACTTGAAAGAGTT
TTATCAGTACTTTCGTGAGAGCAAATTCATACATGTCACGAGTCTAGATTTTTGCTTACT
CTCTGCTTTTGCTCCGTTTTGGGTTTACAATGACATGACCGCCAGAAAATGGTTTGATAA
AGGCCGTTGGCTGTTACCTGTATCCGTGGTGCCGTTCTTGGGACCTTCTTTGTATCTTCT
CTTACGACCAGCATTGTTAGAGACAACGGCTCCCACGGATTCTGCATCATCTTCTGACCC
AAGTCAATAGCAACATCCCGATTGGATTTTGTTGATGACAATTTCAGCTCCTTGCATATC
CACAATGGGTTTTACTCCCTTTTTGTTGTTCTGTTATTGGTGGAGTTAGAATGAGAAATA
TTGTATTACAAGGGAGAGAACTGACAAAGTTTTCTATAGATGTTAATGAAAGGAAAGTCA
AACC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL5930Contig1 1305 2 2 U
GGGCCTTGATCCTGATTCTATCCTCTGCATCTTCCTCGTACTGCGCGCACCCTTCTCTTT
CTCAACGAACTATAGATTACACATACGATGGGTGCTAACGAGAAAACGAATTGGAGAGCA
AAGAGTATCGTCTCTCACGAGAAGTGAAGGAAGCTCTGCAAGCGATAGCGTCCGAGTGGG
AAGACGTGATCGATTCCAAGGCTCTGCAAGTGATCCCTTTGAAAGGCGCGATGACCAACG
AGGTGTTTCAGATCAAGTGGCCCACCAGAGAGAGCGGGCCTTCCCGTAAGGTTCTCGTTA
GGATATACGGTGAAGGCGTTGGGGTTTTCTTTGACCGTGAGGATGAGATCAGGACGTTTG
AGTGCGTGTCTAAGTATGGGTATGGACCTCTGTTGTTGGCTCGGTTTGGTAATGGTCGTA
TCGAAGAGTTCCTTCATGCACGGACACTATCTGCTTCTGATTTGCGTGATCCTGTGATAT
CTGGTCGGATAGCGACTAGGATGAAGGAGTTTCACGGTCTTGACATGCCTGGTGTGAAGA
AGGCTTTACTTTGGGACAGATTACGAAAGTGGCTTAGTGCATGCAAGAGACTGGCTTCGC
CAGAAGAAGCTAAGTCTTTCCGTCTCGATGTCATGGAGATGGAAATTAATTTGCTTGAGA
AGTCTCTTTTTAAGAATGATGAAAAGATTGGGTTTTGCCACAATGATTTACAGTATGGGA
ACATAATGATGGATGAAGAAACCAAAGCAATAACCATCATTGATTATGAATATTCTTGCT
ACAATCCTGTGGCTTATGACATTGCCAATCACTTCTGCGAGATGGCTGCTGATTACCACA
CTGATACACCTCACATCATGGATTACAGTAAATACCCTGGTGAAGCAGAGCCAAGCGATG
CAATGGTGAAAAAACTCCTTGAAGATGTTGAGAAATATACACTTGCTAGTCATCTGACCT
GGGGTTTGTGGGGAATCATATCGGAACATGTGAATGGAATCGACTTCGACTACATGGAGT
ACGCAAGGCAAAGGATTAACCAGTATTGGTTAACAAAGCCGAAGCTCATTGGTAAGCCGT
GAGGGTTTTGAACAGTAGTAAGTTTTTATGGACGCAACAAGGAGTAGTTCTTTTTACTGC
TGTGAGGAGGTATACGTAATACAACGATATCTACCAGCTTAGAACAATAAAAAATGTAAC
CTTCTGTTTCATTTTCTTACAACAAGTTAAATGTACGGGTGAGTACAATTGAATTTTATT
TCAGATGAAATTTTCTCATCTGGATTATAGATAGTGCTTATGGAC


BQ
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AF RR3AC36TF U 1
AF RR3AC36JQ C 519
BS 1 699 RR3AC36TF
BS 700 1305 RR3AC36JQ

RD RR3AC36TF 699 0 0
GGGCCTTGATCCTGATTCTATCCTCTGCATCTTCCTCGTACTGCGCGCACCCTTCTCTTT
CTCAACGAACTATAGATTACACATACGATGGGTGCTAACGAGAAAACGAATTGGAGAGCA
AAGAGTATCGTCTCTCACGAGAAGTGAAGGAAGCTCTGCAAGCGATAGCGTCCGAGTGGG
AAGACGTGATCGATTCCAAGGCTCTGCAAGTGATCCCTTTGAAAGGCGCGATGACCAACG
AGGTGTTTCAGATCAAGTGGCCCACCAGAGAGAGCGGGCCTTCCCGTAAGGTTCTCGTTA
GGATATACGGTGAAGGCGTTGGGGTTTTCTTTGACCGTGAGGATGAGATCAGGACGTTTG
AGTGCGTGTCTAAGTATGGGTATGGACCTCTGTTGTTGGCTCGGTTTGGTAATGGTCGTA
TCGAAGAGTTCCTTCATGCACGGACACTATCTGCTTCTGATTTGCGTGATCCTGTGATAT
CTGGTCGGATAGCGACTAGGATGAAGGAGTTTCACGGTCTTGACATGCCTGGTGTGAAGA
AGGCTTTACTTTGGGACAGATTACGAAAGTGGCTTAGTGCATGCAAGAGACTGGCTTCGC
CAGAAGAAGCTAAGTCTTTCCGTCTCGATGTCATGGAGATGGAAATTAATTTGCTTGAGA
AGTCTCTTTTTAAGAATGATGAAAAGATTGGGTTTTGCC

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3AC36JQ 787 0 0
CTTGACATGCCTGGTGTGAAGAAGGCTTTACTTTGGGACAGATTACGAAAGTGGCTTAGT
GCATGCAAGAGACTGGCTTCGCCAGAAGAAGCTAAGTCTTTCCGTCTCGATGTCATGGAG
ATGGAAATTAATTTGCTTGAGAAGTCTCTTTTTAAGAATGATGAAAAGATTGGGTTTTGC
CACAATGATTTACAGTATGGGAACATAATGATGGATGAAGAAACCAAAGCAATAACCATC
ATTGATTATGAATATTCTTGCTACAATCCTGTGGCTTATGACATTGCCAATCACTTCTGC
GAGATGGCTGCTGATTACCACACTGATACACCTCACATCATGGATTACAGTAAATACCCT
GGTGAAGCAGAGCCAAGCGATGCAATGGTGAAAAAACTCCTTGAAGATGTTGAGAAATAT
ACACTTGCTAGTCATCTGACCTGGGGTTTGTGGGGAATCATATCGGAACATGTGAATGGA
ATCGACTTCGACTACATGGAGTACGCAAGGCAAAGGATTAACCAGTATTGGTTAACAAAG
CCGAAGCTCATTGGTAAGCCGTGAGGGTTTTGAACAGTAGTAAGTTTTTATGGACGCAAC
AAGGAGTAGTTCTTTTTACTGCTGTGAGGAGGTATACGTAATACAACGATATCTACCAGC
TTAGAACAATAAAAAATGTAACCTTCTGTTTCATTTTCTTACAACAAGTTAAATGTACGG
GTGAGTACAATTGAATTTTATTTCAGATGAAATTTTCTCATCTGGATTATAGATAGTGCT
TATGGAC

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL5931Contig1 1049 2 2 U
TTACCATACCAGGGAAGGAAGCGCATCATGATGTCTCCATCTCCAGTTGCACCACACCCA
CCTACATCATCATCAGCATAGGCTGATGATCCAGCGATAGGCCCATCACCCACCCTGTGT
TTCATTATCAAGACTTTAAAATCTTTTATATCAAATAAATAAATGAAAGAGACAACGGCA
TTACCACCTTCCGGGAATCTTGAATGTTGCTCCATTGGTCGATGTCCCTACAGCTATATG
CCCCATCTATTCAAAGAACTACACTCAGTTCATCTCATCATGTCAAACAACAACAAAAAA
AATGTCTAATAAGAGATTGAAACTCATACTCTGTCAATAACAGCCATTGATATGGTATCA
TGGTTGTGAGGACCAACAAGAGGCAATCTATACTCAACTGTCCCCCATCTCGCAAATGAG
TACCTCTCTAGAAACATCGATTGGCTTGTAAGGACCACAGTCGTGTGCAGGGACAGCGTT
CTTCCTGAAATTAGGTTGACACCGATTCTCTTTCCAGTCAGACCACTTCTTTACGGATTC
AGGAGAACTCAAGTTGATAGGTCCAGGAAGACCCATGGAGATAGCAAAAGCTGATGCTCC
TTCTCCAGCTAGCAACGTGTGTTGAGAGTGCTTCATCACCAGCCTTGCAGCTCTTATACC
GTCTTTGACATACCGCATTGCAGCAACCGCTCCAACCTCCATAGTCACCTAAAGAATCTT
TATCTCCTTAGTTGACTATACAGAAGAAATTAAAAAAGAAAAAAGAAAAGTCAAGAGAGA
AGGAAATGATTTTTTTTGTACCTGTACCGTCACAGCGGAGTTGCTCACAAGCAGAACAAC
CTTCCACAACAGCATCTACTGCAGAGCTTCCGTTATCAACTGCTCTCCAAGCTGCTCTAA
CCGCTTCTATGAAAGGCCAAGTACTCACCACTACTGGGAACTTCTTTGTTTCTGCTTCAA
CACCCTGAACCAGCAACCATTCACACAGAACCCAAGTATTCCTCTCAGAGTATGTATATC
ATAGATAAAGAAAAGCATTCAGATTTGGC


BQ
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AF RR3FG67TF U 1
AF RR3FG67JQ C 346
BS 1 531 RR3FG67TF
BS 532 1049 RR3FG67JQ

RD RR3FG67TF 531 0 0
TTACCATACCAGGGAAGGAAGCGCATCATGATGTCTCCATCTCCAGTTGCACCACACCCA
CCTACATCATCATCAGCATAGGCTGATGATCCAGCGATAGGCCCATCACCCACCCTGTGT
TTCATTATCAAGACTTTAAAATCTTTTATATCAAATAAATAAATGAAAGAGACAACGGCA
TTACCACCTTCCGGGAATCTTGAATGTTGCTCCATTGGTCGATGTCCCTACAGCTATATG
CCCCATCTATTCAAAGAACTACACTCAGTTCATCTCATCATGTCAAACAACAACAAAAAA
AATGTCTAATAAGAGATTGAAACTCATACTCTGTCAATAACAGCCATTGATATGGTATCA
TGGTTGTGAGGACCAACAAGAGGCAATCTATACTCAACTGTCCCCCATCTCGCAAATGAG
TACCTCTCTAGAAACATCGATTGGCTTGTAAGGACCACAGTCGTGTGCAGGGACAGCGTT
CTTCCTGAAATTAGGTTGACACCGATTCTCTTTCCAGTCAGACCACTTCTT

QA 1 531 1 531
DS 

RD RR3FG67JQ 704 0 0
ATTGATATGGTATCATGGTTGTGAGGACCAACAAGAGGCAATCTATACTCAACTGTCCCC
*ATCTCGCAAATGAGTACCTCTCTAGAAACATCGATTGGCTTGTAAGGACCACAGTCGTG
TGCAGGGACAGCGTTCTTCCTGAAATTAGGTTGACACCGATTCTCTTTCCAGTCAGACCA
CTTCTTTACGGATTCAGGAGAACTCAAGTTGATAGGTCCAGGAAGACCCATGGAGATAGC
AAAAGCTGATGCTCCTTCTCCAGCTAGCAACGTGTGTTGAGAGTGCTTCATCACCAGCCT
TGCAGCTCTTATACCGTCTTTGACATACCGCATTGCAGCAACCGCTCCAACCTCCATAGT
CACCTAAAGAATCTTTATCTCCTTAGTTGACTATACAGAAGAAATTAAAAAAGAAAAAAG
AAAAGTCAAGAGAGAAGGAAATGATTTTTTTTGTACCTGTACCGTCACAGCGGAGTTGCT
CACAAGCAGAACAACCTTCCACAACAGCATCTACTGCAGAGCTTCCGTTATCAACTGCTC
TCCAAGCTGCTCTAACCGCTTCTATGAAAGGCCAAGTACTCACCACTACTGGGAACTTCT
TTGTTTCTGCTTCAACACCCTGAACCAGCAACCATTCACACAGAACCCAAGTATTCCTCT
CAGAGTATGTATATCATAGATAAAGAAAAGCATTCAGATTTGGC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL5932Contig1 845 2 4 U
GAACAACGACGACAATTGACTTTCAAACAACTCACCCCTTTTGCTCGCCTCATCTCTCTC
CGATTCTTAAGAGCTGATTAGGGTTCTTCGATTCCGATTGAAAGACCGGACCTTCTCTCG
ATTCAAGCAGATTCTCGAATCCGAAGTGTGTAATCAAATCCTCTCCGGCAAAATATAGCA
GAGAAACAAGGGAGGAGGAAGGCGGATTCGAGCGAGATGATGCCAGTGGAGATGGTACAA
ATCTTCGCGACGGAGATGACGAATTGGTGGGACGAGGTTAACGAGTCAACTCAGTGGCAA
GATGGAATCTTTTTCTCTCTCTGTGGAGCTTATGCTCTTGTCTCTGCCATCGCCCTTTTA
TGGCTCAAGGATGTGGCTGAGATACACAATTTTTCCCCGAGATCGCTATGGAGTTATGGT
AATCATCAGAAACTTATCCTTTCTCCCGAGAACTATCTATTCAGGTTCTTACAGCACACT
AAAGTTAGAAGCGCTTACTGCCTTGGAATATTTCCTGATAGAGACTCAACAACACTCCTT
GGAAGTAGTGTATGCAGACTCACTTTACGTATTTTGCATTCATTTCCCTCTATCTGTGAA
GTCGTGTATCATGAATTGTTGTTCGCAATACGCTCGTCACTTATGACCGTGAAAATGACA
AGCTCGGGTTTTTTGAAAACCAACTGTTCTGATCTATGGAGGAGGCTGGCGTCACCACCA
GATTGCTTGTGTGTTCCTCACGTCTCTTTTTGCTTTCAACTCGATAAGTGTTATGTAATA
AGTGACATTGCTTGTGTGTGTGTGGCTTCTTTTTTAAGTAAATATTAAATATTCTGGCAG
GTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR3F140TF U 1
AF RR3F140JQ C 91
BS 1 235 RR3F140TF
BS 236 236 RR3F140JQ
BS 237 274 RR3F140TF
BS 275 845 RR3F140JQ

RD RR3F140TF 274 0 0
GAACAACGACGACAATTGACTTTCAAACAACTCACCCCTTTTGCTCGCCTCATCTCTCTC
CGATTCTTAAGAGCTGATTAGGGTTCTTCGATTCCGATTGAAAGACCGGACCTTCTCTCG
ATTCAAGCAGATTCTCGAATCCGAAGTGTGTAATCAAATCCTCTCCGGCAAAATATAGCA
GAGAAACAAGGGAGGAGGAAGGCGGATTCGAGCGAGATGATGCCAGTGGAGATGG*ACAA
ATCTTCGCGACGGAGATGACGAATTGGTGGGACG

QA 1 274 1 274
DS 

RD RR3F140JQ 755 0 0
ATTCCGATTGAAAGACCGGACCTTCTCTCGATTCAAGCAGATTCTCGAATCCGAAGTGTG
TAATCAAATCCTCTCCGGCAAAATATAGCAGAGAAACAAGGGAGGAGGAAGGCGGATTCG
AGCGAGATGATGCCAGTGGAGATGGTACAAATCTTCGCGACGGAGATGACGAATTGGTGG
GACGAGGTTAACGAGTCAACTCAGTGGCAAGATGGAATCTTTTTCTCTCTCTGTGGAGCT
TATGCTCTTGTCTCTGCCATCGCCCTTTTATGGCTCAAGGATGTGGCTGAGATACACAAT
TTTTCCCCGAGATCGCTATGGAGTTATGGTAATCATCAGAAACTTATCCTTTCTCCCGAG
AACTATCTATTCAGGTTCTTACAGCACACTAAAGTTAGAAGCGCTTACTGCCTTGGAATA
TTTCCTGATAGAGACTCAACAACACTCCTTGGAAGTAGTGTATGCAGACTCACTTTACGT
ATTTTGCATTCATTTCCCTCTATCTGTGAAGTCGTGTATCATGAATTGTTGTTCGCAATA
CGCTCGTCACTTATGACCGTGAAAATGACAAGCTCGGGTTTTTTGAAAACCAACTGTTCT
GATCTATGGAGGAGGCTGGCGTCACCACCAGATTGCTTGTGTGTTCCTCACGTCTCTTTT
TGCTTTCAACTCGATAAGTGTTATGTAATAAGTGACATTGCTTGTGTGTGTGTGGCTTCT
TTTTTAAGTAAATATTAAATATTCTGGCAGGTCTC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL5933Contig1 1132 2 2 U
GGGTGAAGAACTGGTCCCAAAATGCTGGTTCTACATCAACTTCAATTGGTAGACCTGCAA
TTCATCCGGCAATGGTGGATCTGAAAGGCAAAGCAGCTTTTGAGACAGAACGCAGAGAAA
TTATTGAGGGAAGATCTGTACAGAAATCCAGGACCCCTTCAGTACGATGGACCTGGTGCA
GATGCTAAAGCAGTGAGTCTCTGTGTTGAAGATCAAGACTACATGGGACGTATCAAGAAG
CTGCAGGAATATCTAGACCAGGTGAGGAGGATAGTGAAGCCAGGATGCTCGCAAGTCGCA
AGACGTACTGAAAGCACCACTGAGCGTGATGGCTTCGGTGACTGATGTTCTCACCACCAT
TTCTTCATCTTCAAATGATATGTTTAATAAACTGCTTAGAACTTCAAAAAAGAGCCCAAC
CAACTCTTTAGAAAGCTTCAATGTTCTTTGCTTTGTGTTCTCTCTCTTTTTTTTTCAATA
TATCCCAACCATTTAAATCACATGGCTTTACTGAATCTTCGTTGTAACTGTTTCTAAATG
GTTATCATTGCAGCTTATTTGACTCTTATGAAGATTCTGACTTTATAAGGACTGAAAGTA
CTGCAGTGACATTGAATCTCTAAAGAACCAGTTGAGAGACAGAGAAAGAGCATTGGTTTC
CTTCTTGCTTCAGTTCTTTACTGATTCAATTCAATGATTCAACCTCACTGAATGAGATAA
CCGAACCGCAATCTCCATTGCCTGGAGAAGGATTCCGGTTTCGTAATCAGACCGAGCACC
TTGGATTAGCTAACACAAACACTCAGCTCCCAGACGTTGTAGGTGATCCTCCACAAGAAA
AAGATCATGTCATGGTGACTATCAAGCTGGATAAGTTGAAAGTGGAGGGAGCAGTGGTCA
GTCAACGTTAGGAGCTGGTACAGAGAAGGTGGGCGCATATGGCTTAGGTTGGAATAACAA
GATCTATGGACGCAGTACTCTGCATTTAAATAATGCTTATGCATTGATTTTTTCCTTTCA
TGTTTGCTTTTTCTTACTTTTGTCTTTCCCCACTTTATGGGTGCTATATGTTTGATTCAA
ATTTCAGACACTCTTCATCATATCTACTTAAAGTTACTTTATGTTATAATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GE01TF U 1
AF RR3GE01JQ C 477
BS 1 655 RR3GE01TF
BS 656 1132 RR3GE01JQ

RD RR3GE01TF 655 0 0
GGGTGAAGAACTGGTCCCAAAATGCTGGTTCTACATCAACTTCAATTGGTAGACCTGCAA
TTCATCCGGCAATGGTGGATCTGAAAGGCAAAGCAGCTTTTGAGACAGAACGCAGAGAAA
TTATTGAGGGAAGATCTGTACAGAAATCCAGGACCCCTTCAGTACGATGGACCTGGTGCA
GATGCTAAAGCAGTGAGTCTCTGTGTTGAAGATCAAGACTACATGGGACGTATCAAGAAG
CTGCAGGAATATCTAGACCAGGTGAGGAGGATAGTGAAGCCAGGATGCTCGCAAGTCGCA
AGACGTACTGAAAGCACCACTGAGCGTGATGGCTTCGGTGACTGATGTTCTCACCACCAT
TTCTTCATCTTCAAATGATATGTTTAATAAACTGCTTAGAACTTCAAAAAAGAGCCCAAC
CAACTCTTTAGAAAGCTTCAATGTTCTTTGCTTTGTGTTCTCTCTCTTTTTTTTTCAATA
TATCCCAACCATTTAAATCACATGGCTTTACTGAATCTTCGTTGTAACTGTTTCTAAATG
GTTATCATTGCAGCTTATTTGACTCTTATGAAGATTCTGACTTTATAAGGACTGAAAGTA
CTGCAGTGACATTGAATCTCTAAAGAACCAGTTGAGAGACAGAGAAAGAGCATTG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3GE01JQ 656 0 0
AATATATCCCAACCATTTAAATCACATGGCTTTACTGAATCTTCGTTGTAACTGTTTCTA
AATGGTTATCATTGCAGCTTATTTGACTCTTATGAAGATTCTGACTTTATAAGGACTGAA
AGTACTGCAGTGACATTGAATCTCTAAAGAACCAGTTGAGAGACAGAGAAAGAGCATTGG
TTTCCTTCTTGCTTCAGTTCTTTACTGATTCAATTCAATGATTCAACCTCACTGAATGAG
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TTCATGTTTGCTTTTTCTTACTTTTGTCTTTCCCCACTTTATGGGTGCTATATGTTTGAT
TCAAATTTCAGACACTCTTCATCATATCTACTTAAAGTTACTTTATGTTATAATAA

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

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GATCCCGTCGGTGGGTTTGGGAACATGGCAAGCCTCTCCTGGTCTTGTCGGTGATGCCGT
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GTTGTTCATCACTTCCAAGCTCTGGTGTACTGATCATGACCCTCAAGATGTGCCGGAGGC
ACTGAAAAGAACTCTACAGGATCTGCAGCTTGACTATGTCGATCTCTATTTGATACACTG
GCCTGTACGGATGAAGAAAGGTTCTGTTGGAGCTAAGCCCGAGAACCTTATGCCTGTAGA
TATTTCTAGCACATGGAAAGCGATGGAAGCACTCTATGACGCGGGCAAGGCACGAGCCAT
AGGAGTAAGCAACTTCTCCACCAAGAAGCTAGCTACTCTCTTAGAGTTAGCTCGTGTTCC
TCCTGCCGTTAATCAGGTCGAATGTCATCCTTCTTGGCAACAGACTAAACTACGAGAGTT
CTGCAAATCCAAAGGAGTTCACCTCACCGCATACTCTCCATTGGGTTCTCCAGGAACAAC
ATGGCTCAAGAGCGATGTTTTGAAGAACCCTATATTGAATACTGTTGCTGAAAAACTCGA
AAAGTCTCTAGCGCAAATCGCGCTTCGCTGGGGACTACAAATGGGTAACAGTGTTCTTCC
TAAAAGCACCAATGAAGGAAGAATAAGAGAGAACTTTGAGGTTTTCGACTGGTCGATACC
CGATGACTTGTTTGCCAAGTTTTCAGAGATTGAACAGGCTAGGTTATTGAATGCTTCCTT
CTTCGTTCATGATACACTGAGCCCCTATAAGTTTCTTGAAGAATTATGGGATGGTGAGAT
ATGATACTTCAAAGGATCTATTTGTTTTATCAATAATATGGAGGCTTCTATGTCTTTCGA
ACTTCTCAGTTTATTCATGAATGTTATGTCACTCAAATAATTTACTTTCATATTTGTGTT
ATTTTGAATTTTAATTTAAAGCTTATGAAGCCAATTATGC


BQ
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AF RR3AM77TF U 1
AF RR3AM77JQ C 631
BS 1 811 RR3AM77TF
BS 812 1180 RR3AM77JQ

RD RR3AM77TF 811 0 0
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AAAGTCTCTAGCGCAAATCGCGCTTCGCTGG

QA 1 811 1 811
DS 

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TGAACAGGCTAGGTTATTGAATGCTTCCTTCTTCGTTCATGATACACTGAGCCCCTATAA
GTTTCTTGAAGAATTATGGGATGGTGAGATATGATACTTCAAAGGATCTATTTGTTTTAT
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ACTCAAATAATTTACTTTCATATTTGTGTTATTTTGAATTTTAATTTAAAGCTTATGAAG
CCAATTATGC

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 2

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AGGAACTGTTCCAATGTCACTACGTCAAGACCCTATGACTGGTGCTGCGGAACTCATTGT
ACTAATGGAGAGTGTTTGTAGAAACCCTAAAGAGTACTTAACTTGTGAAGGCCAATGCAA
CGAGGAGACAATAGAATCCCTTGCTAATTCGCTTGTATGTACTGTTGGAGAAATCTCTAC
GTGGCCAAGCGCTAGCAATGTCATCCCTGGACAGGTAACTTTCACAGTGGATTTACGTAC
GATAGATGACGTAGGACGCAATGCTATCCTCCATGACTTATCGACTAGGATGTACCAAAT
ATGTGACAAAAGATCGCTTTTGTGCTCCATTGAACGAAAGCACGACGCAGACGCAGTAAT
ATCAGACCCTCATTTGAGTCCCATCTGAAATCAGCAGCTCAGAGTGCTCTTAAGAAGATT
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GCTATGTCTTACTTAACTAAGGTTGGGATGTTATTCGTCCGGAATCGTGGAGGAATAAGT
CACTCTCCGGCAGAACATGTCTTGGATGATGATGTTGGTGCAGCCGGTTTAGCCATCTTG
GAGTTTTTAGAGTCTCAAATGTAATTTGTTTTCATATGAATGAAAAAAGATATATATCGG
AGACACAAAGTGGAGTCTTGTGTCTTAGAGACTCCTTGAATGTACAGTGTCATTTGTTGT
GTTATTTGTATTTGTTTGGGACTATGCATTTGTATAGA


BQ
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AF RR3GS96TF U 1
AF RR3GS96JQ C 445
BS 1 625 RR3GS96TF
BS 626 938 RR3GS96JQ

RD RR3GS96TF 625 0 0
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AGAGGTTCACATTGAGCAAGGGCCTGTGCTTGAATATGTTGGTTATCCTCTAGGAGTAGT
AAAAGGAATTGCAGGACAGACAAGACTCAAGGTTACTGTAAAAGGCTCTCAAGGACATGC
AGGAACTGTTCCAATGTCACTACGTCAAGACCCTATGACTGGTGCTGCGGAACTCATTGT
ACTAATGGAGAGTGTTTGTAGAAACCCTAAAGAGTACTTAACTTGTGAAGGCCAATGCAA
CGAGGAGACAATAGAATCCCTTGCTAATTCGCTTGTATGTACTGTTGGAGAAATCTCTAC
GTGGCCAAGCGCTAGCAATGTCATCCCTGGACAGGTAACTTTCACAGTGGATTTACGTAC
GATAGATGACGTAGGACGCAATGCTATCCTCCATGACTTATCGACTAGGATGTACCAAAT
ATGTGACAAAAGATCGCTTTTGTGCTCCATTGAACGAAAGCACGACGCAGACGCAGTAAT
ATCAGACCCTCATTTGAGTCCCATCTGAAATCAGCAGCTCAGAGTGCTCTTAAGAAGATT
ACAGGAGAGATACATGACGAGGTCC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3GS96JQ 494 0 0
TATCCTCCATGACTTATCGACTAGGATGTACCAAATATGTGACAAAAGATCGCTTTTGTG
CTCCATTGAACGAAAGCACGACGCAGACGCAGTAATATCAGACCCTCATTTGAGTCCCAT
CTGAAATCAGCAGCTCAGAGTGCTCTTAAGAAGATTACAGGAGAGATACATGACGAGGTC
CCTGTGTTAATGAGTGGAGCAGGACATGATGCTATGGCTATGTCTTACTTAACTAAGGTT
GGGATGTTATTCGTCCGGAATCGTGGAGGAATAAGTCACTCTCCGGCAGAACATGTCTTG
GATGATGATGTTGGTGCAGCCGGTTTAGCCATCTTGGAGTTTTTAGAGTCTCAAATGTAA
TTTGTTTTCATATGAATGAAAAAAGATATATATCGGAGACACAAAGTGGAGTCTTGTGTC
TTAGAGACTCCTTGAATGTACAGTGTCATTTGTTGTGTTATTTGTATTTGTTTGGGACTA
TGCATTTGTATAGA

QA 1 494 1 494
DS 



AS 1 2

CO CL5936Contig1 1594 2 2 U
CTCTAGCCGCAGTTCTCCTTTTCTTCCTCTCTCAAAAATCAAAAACCAAACGCTACAAAC
TGCCTCCCGGCCCACGAGGGCTTCCGGTTATTGGAAACCTCCACCAGCTTAGCCAGCTTA
ACCCACAGCGTTTCTTCTATGGATGGGCCAAAAAATACGGTCCAATATTTTCATACAAGA
TAGGAAGTCAAACAATGGTGGTCATATCATCAGCTGAGCTAACAAAGGAGCTTCTAAAGA
CGCAAGATGTCAACTTCGCAAACAGGCCTCAACACCGTGGTCACGAGTTCATAACCTACG
GGAGAAGTGACATGGCCATGAACCACTACACACCTTATTACCGAGAGATGAGGAAAATGG
GCATGAACCACTTGTTCTCACCCACACGTGTGGCAACCTTCAAGCACGTGCGGGAGGAGG
AGGCTAGGACGATGATGGCTAAGATCGAAAAGGCTGCTGAGAGATCTGAACCGGTCGATA
TAAGCGAGCTTATGTTGACCTTCACGAACTCGGTTGTGTGCAGGCAAGCGTTCGGGAAGA
AGTACAATGAAGATGGGGAAGAGATGAAGAGATTCATCAAGATTCTTTATGGGACTCAAA
GTGTTTTGGGGGAAGATTTTTTTCTCTGATTTTTTCCCGTTTTTAGGATTTCTAGATGAT
TGGACAGGTCTCACGGCTTATATGATGGGAGTGTTTCGAAAGACAAGACACTTACATACA
AGAGATTATCGATGAGACACTTGACCCCAACAGGGTCAAGCTAGAAACTGAGAGCATGAT
CGATCTCTTGATGGAGATCTATAGAGATCAACCTTTCGCCTCCAAGTTCACTTTAGAGAA
TGTCAAAGGCGTGATTCTGAATATAGTGGTGGCGGGAACTGATACGGCCGCTGCGGCGGT
TGTGTGGGGAATGACGTATTTGATGAAGTACCCTCAAGTGATGAAGAAAGCTCAAGCAGA
AGTGAGAGAGTACGCAAGGGAGAAAGGCTCAACTTTCATTACTGAAGACGACGTGAAGAA
CCTTCCTTACTTCAGAGCCTTAGTTAAAGAAACCTTGAGGATCGAACCTGTGATTCCTCT
CCTTATCCCTCGTGCTTGTATTCAAGACACCAAGATCGCTGGTTACGACATCCCTGCGGG
GACTACTGTCAACGTCAACGCATGGGCCGTTTCCCGCGACGAGAAGGAGTGGGGCCCTAA
CCCTGACGAGTTCAGACCAGAGAGGTTTCTTGAAAAGGACGTTGACTTCAAAGGCACGGA
CTACGAGTTTATACCGTTCGGGTCAGGCAGGAGAATGTGCCCTGGGATGCGTCTTGGTGC
GGCGATGCTTGAGGTTCCATTTGCGAACCTTCTCCTCAAGTTCGACTTCAAACTTCCCAA
TGGAATGAAAGCAGAAGAGATCAACATGGATGTCATGACTGGTCTTGCTATGCACAAGTC
GGATCATCTGAAGCTTGTTCCGGAGAAAGTGAGCAAGTGACAGTTTCTAATGGTCAAATA
AATGTAACACTCTGGTTGTATAATATATATATGTTCCTGTAGTGTACTATGCTCTTTGGT
TTGGTTTCCTTTTAAATCAAACAACATTTCTATT


BQ
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AF RR3AY42TF U 1
AF RR3AY42JQ C 656
BS 1 844 RR3AY42TF
BS 845 1594 RR3AY42JQ

RD RR3AY42TF 844 0 0
CTCTAGCCGCAGTTCTCCTTTTCTTCCTCTCTCAAAAATCAAAAACCAAACGCTACAAAC
TGCCTCCCGGCCCACGAGGGCTTCCGGTTATTGGAAACCTCCACCAGCTTAGCCAGCTTA
ACCCACAGCGTTTCTTCTATGGATGGGCCAAAAAATACGGTCCAATATTTTCATACAAGA
TAGGAAGTCAAACAATGGTGGTCATATCATCAGCTGAGCTAACAAAGGAGCTTCTAAAGA
CGCAAGATGTCAACTTCGCAAACAGGCCTCAACACCGTGGTCACGAGTTCATAACCTACG
GGAGAAGTGACATGGCCATGAACCACTACACACCTTATTACCGAGAGATGAGGAAAATGG
GCATGAACCACTTGTTCTCACCCACACGTGTGGCAACCTTCAAGCACGTGCGGGAGGAGG
AGGCTAGGACGATGATGGCTAAGATCGAAAAGGCTGCTGAGAGATCTGAACCGGTCGATA
TAAGCGAGCTTATGTTGACCTTCACGAACTCGGTTGTGTGCAGGCAAGCGTTCGGGAAGA
AGTACAATGAAGATGGGGAAGAGATGAAGAGATTCATCAAGATTCTTTATGGGACTCAAA
GTGTTTTGGGGGAAGATTTTTTTCTCTGATTTTTTCCCGTTTTTAGGATTTCTAGATGAT
TGGACAGGTCTCACGGCTTATATGATGGGAGTGTTTCGAAAGACAAGACACTTACATACA
AGAGATTATCGATGAGACACTTGACCCCAACAGGGTCAAGCTAGAAACTGAGAGCATGAT
CGATCTCTTGATGGAGATCTATAGAGATCAACCTTTCGCCTCCAAGTTCACTTTAGAGAA
TGTC

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR3AY42JQ 939 0 0
GATGA
TGGACAGGTCTCACGGCTTATATGATGG*AGTGTTTCGAAAGACAAGACACTTACATACA
AGAGATTATCGATGAGACACTTGACCCCAACAGGGTCAAGCTAGAAACTGAGAGCATGAT
CGATCTCTTGATGGAGATCTATAGAGATCAACCTTTCGCCTCCAAGTTCACTTTAGAGAA
TGTCAAAGGCGTGATTCTGAATATAGTGGTGGCGGGAACTGATACGGCCGCTGCGGCGGT
TGTGTGGGGAATGACGTATTTGATGAAGTACCCTCAAGTGATGAAGAAAGCTCAAGCAGA
AGTGAGAGAGTACGCAAGGGAGAAAGGCTCAACTTTCATTACTGAAGACGACGTGAAGAA
CCTTCCTTACTTCAGAGCCTTAGTTAAAGAAACCTTGAGGATCGAACCTGTGATTCCTCT
CCTTATCCCTCGTGCTTGTATTCAAGACACCAAGATCGCTGGTTACGACATCCCTGCGGG
GACTACTGTCAACGTCAACGCATGGGCCGTTTCCCGCGACGAGAAGGAGTGGGGCCCTAA
CCCTGACGAGTTCAGACCAGAGAGGTTTCTTGAAAAGGACGTTGACTTCAAAGGCACGGA
CTACGAGTTTATACCGTTCGGGTCAGGCAGGAGAATGTGCCCTGGGATGCGTCTTGGTGC
GGCGATGCTTGAGGTTCCATTTGCGAACCTTCTCCTCAAGTTCGACTTCAAACTTCCCAA
TGGAATGAAAGCAGAAGAGATCAACATGGATGTCATGACTGGTCTTGCTATGCACAAGTC
GGATCATCTGAAGCTTGTTCCGGAGAAAGTGAGCAAGTGACAGTTTCTAATGGTCAAATA
AATGTAACACTCTGGTTGTATAATATATATATGTTCCTGTAGTGTACTATGCTCTTTGGT
TTGGTTTCCTTTTAAATCAAACAACATTTCTATT

QA 6 939 6 939
DS 



AS 1 2

CO CL5937Contig1 1369 2 4 U
GACATCTACAAAAGTAACAGAGAGCGGAGATAGAGAGAGAGAGAGTAGAGATGGCGCGAA
AATACTTTCAGAGAGAGGTGTTGCCGGTAATGGCGCTGGTGATAATGGAATGTGCCAACG
TTGGTTTAAACACTCTGTTCAAGGCAGCGACTTTGCAAGGCATGAGCTTCCATGTCTTCA
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GATCAAGAACTCTCCCACCAATGAATTTCTCAATTCTCTACAAAATCGTGGTTCTAGGGT
TAATTGGATGCTGCTCAACCATAATGGGGTACACAGGAATTAATTATAGCTCTCCAACAC
TTGCTTCTGCGATCATCAACCTCACTCCTGCGTTTACCTTCTTGCTCGCCATCCTTTTCA
GGATGGAGAGTGTATCATTCAAGAGAACAAGTAGTGTGGCTAAAATGTTAGGAACCGTAG
TTTCCATCGGAGGAGCTTTCATAGTGACTCTTTACAATGGTCCTGTGGTGATCGCTATGT
CACCACCGTCCGTTTCTTTGAGATCACAGTCCACAAACCATAATTGGATCATTGGCGCTG
CGTTCCTTTCCGTCGAGTATTTCATGGTTCCTTTGTGGTACATTGTCCAGACTCAAATCA
TGAGAGAGTATCCATCAGAGTTCACAGTTGTTTGTTACTATAGCTTAGGCGTGAGCTTTT
GGACCGGGCTTGTCACATTGTTCACTGAAGGAAATGACTTGAATGCATGGAAGGTAAAAC
CAAATATAGCTTTGGTGTCAATCGTTTGCTCGGGAGTTTTTGGATCTTGTATAAACAATA
CAATCCATACGTGGGCGTTGAGGATCAAGGGGCCTTTATTTGTTGCAATGTTCAAGCCTC
TGTCGATTGCGATTGCGGTTGCAATGGGTGTGATCTTCCTCCATGATTCTCTCTACATTG
GCAGCTTGATCGGGGCAACGGTAATAACGACAGGGTTTTACACTGTTATGTGGGGCAAAG
CTAAGGAAGTGGCTATGGTCGAAGGTGACAATAAGGCTAACAACGAGGATGCCACCAACG
AAGATGACCTTGATTCTCCATCAGCTTCACAGAAGGCTCCTCTATTGGAAAGTTACAAGA
ACGATGAGCATGTCTAAGTATCATCTACTAGTCACGGTAGCTCTCTCTCTCTATATATAT
GTGTATGTAAAAGTTTCATATGTGAATGTCTTTTTAATTTTATTTGAAGAGGCAAATGTG
ATCTTTAATTCTAGGAATCAAGTCTTAATATATCATCAAAATTTCTGAATGTTATACAAA
AACTGATTAATTTACGTACTCATCAGTTGAGAATTAATCATCTTCCCCG


BQ
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AF RR3E158TF U 1
AF RR3E158JQ C 573
BS 1 708 RR3E158TF
BS 709 709 RR3E158JQ
BS 710 748 RR3E158TF
BS 749 1369 RR3E158JQ

RD RR3E158TF 748 0 0
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TAATTGGATGCTGCTCAACCATAATGGGGTACACAGGAATTAATTATAGCTCTCCAACAC
TTGCTTCTGCGATCATCAACCTCACTCCTGCGTTTACCTTCTTGCTCGCCATCCTTTTCA
GGATGGAGAGTGTATCATTCAAGAGAACAAGTAGTGTGGCTAAAATGTTAGGAACCGTAG
TTTCCATCGGAGGAGCTTTCATAGTGACTCTTTACAATGGTCCTGTGGTGATCGCTATGT
CACCACCGTCCGTTTCTTTGAGATCACAGTCCACAAACCATAATTGGATCATTGGCGCTG
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TGAGAGAGTATCCATCAGAGTTCACAGTTGTTTGTTACTATAGCTTAG*CGTGAGCTTTT
GGACCGGGCTTGTCACATTGTTCACTGA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3E158JQ 797 0 0
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TTGTGGTACATTGTCCAGACTCAAATCATGAGAGAGTATCCATCAGAGTTCACAGTTGTT
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AATGACTTGAATGCATGGAAGGTAAAACCAAATATAGCTTTGGTGTCAATCGTTTGCTCG
GGAGTTTTTGGATCTTGTATAAACAATACAATCCATACGTGGGCGTTGAGGATCAAGGGG
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GGGTTTTACACTGTTATGTGGGGCAAAGCTAAGGAAGTGGCTATGGTCGAAGGTGACAAT
AAGGCTAACAACGAGGATGCCACCAACGAAGATGACCTTGATTCTCCATCAGCTTCACAG
AAGGCTCCTCTATTGGAAAGTTACAAGAACGATGAGCATGTCTAAGTATCATCTACTAGT
CACGGTAGCTCTCTCTCTCTATATATATGTGTATGTAAAAGTTTCATATGTGAATGTCTT
TTTAATTTTATTTGAAGAGGCAAATGTGATCTTTAATTCTAGGAATCAAGTCTTAATATA
TCATCAAAATTTCTGAATGTTATACAAAAACTGATTAATTTACGTACTCATCAGTTGAGA
ATTAATCATCTTCCCCG

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL5938Contig1 1123 2 2 U
GGATTGCTATATTCTCTCCTCTTCCTCTTCTACAGTTCTACTTGCTCCTTCTCCATTATT
TATGCACTTCTTTCTTCTCAAAAATTTCTAACGCTGCGGCCATTTCTCCAGAACAAACAG
AAACAGCCAGCAAGTAATTGCTTTCCTGGCGAAAGAAGCTCGCGAGTTCGGTCTTGTTGT
GTGGTGTTGAGAAGGAGCTAATGAGCCTCCAAACTGCAACAAAGTCAAGAAACAACGCCC
TTGAGGGTATCCATGGAGTTCACGTCGTGTCTCCCTTCTCATACGACCGGACAACCCAAG
CTGGTGGAATTCAGACCAACTGCAAATCCTCAGAAATGGGAACAAATCAAAGACTATTCA
TAGAACGTGTTTGGCAACAAAGACCTCCATGTCTAAGGCCAATCCATTGTTGCATTCGCG
GTGACCAGAGTGCCTTGGAAACAGCAGCTAACGTGGCTACTTCCCTTCCTTTCATCTTCC
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GATGGTTAGATTACACTATGATCGCCACAACAACAGTATGTCTTTCAAGGGCTCTAAGGA
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ATCCAGATCTTAAAACAGCTCATAACGTACACAAGATGTCTTCGTTGCTAGGAGGTGCAC
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TCATGTAAGAACATTATTGAATTTCTAAAAGGCCATGCAATAT


BQ
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AF RR3FN30TF U 1
AF RR3FN30JQ C 484
BS 1 654 RR3FN30TF
BS 655 1123 RR3FN30JQ

RD RR3FN30TF 654 0 0
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AAACAGCCAGCAAGTAATTGCTTTCCTGGCGAAAGAAGCTCGCGAGTTCGGTCTTGTTGT
GTGGTGTTGAGAAGGAGCTAATGAGCCTCCAAACTGCAACAAAGTCAAGAAACAACGCCC
TTGAGGGTATCCATGGAGTTCACGTCGTGTCTCCCTTCTCATACGACCGGACAACCCAAG
CTGGTGGAATTCAGACCAACTGCAAATCCTCAGAAATGGGAACAAATCAAAGACTATTCA
TAGAACGTGTTTGGCAACAAAGACCTCCATGTCTAAGGCCAATCCATTGTTGCATTCGCG
GTGACCAGAGTGCCTTGGAAACAGCAGCTAACGTGGCTACTTCCCTTCCTTTCATCTTCC
TTGGAATGCAAGCACCAAGGAAGAACCTGAACACAAAGGTGTACGCAAACTCTCTAATTG
GAGTTGGAATCGCGTCGAGTCTGTATCATGCCTCTAGAGGAAAGTTGAGGAAGTATTTGA
GATGGTTAGATTACACTATGATCGCCACAACAACAGTATGTCTTTCAAGGGCTC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3FN30JQ 640 0 0
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TTGGAATCGCGTCGAGTCTGTATCATGCCTCTAGAGGAAAGTTGAGGAAGTATTTGAGAT
GGTTAGATTACACTATGATCGCCACAACAACAGTATGTCTTTCAAGGGCTCTAAGGAATG
AGAATCCAAAGTTCTTAATGGCTGCATCAGCTTTAGTTCTACCGTTTCAGCCTCTAATGG
TCTCTGCTGTTCACACCGGAATGATGGAGGTGGCGTTTGCTAAACGAAGCTTAAAGGATC
CAGATCTTAAAACAGCTCATAACGTACACAAGATGTCTTCGTTGCTAGGAGGTGCACTGT
TCATAGCTGATGATTTCTTCCCCGAGACACAGTTCCTTCACGCTGGTTGGCACCTTGCTG
CAGCCATTGGAGTTGGAACATGTAATAAGCTTCTTGAATAGTAGATATGGGAAGTTATTT
ACTCTTGGAACAGAGAAACCAAAATAGTTTCTCTGTTACTCATAATCAGCCGACATAACT
AAGAAACATTGTACCCGGTAATATCTACGTAAGTTCTACTAGATGGTGTATACATGATCA
TGTAAGAACATTATTGAATTTCTAAAAGGCCATGCAATAT

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

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GTGAGCAATCCTTGGATCTGTTCTTATCAGAGTCGTGGCAGGGAGTAAGAGAGATAGAAT
GGGGCGTGGAGTTAGTGCAGGTGGAGGACAGAGTTCTTTGGGATATCTTTTTGGGAGCGG
AGAGGCTCCAAAGCCAGCTGTTAACAAGGCCCCAACTGAAACTCAGCCAGTTCCTCCTCC
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TAGCAACTCTGCTAACAATCACATGCGCGCTGATGGGCAGAACTCTGGCAACTTCCTCAC
GGACCGGCCTTCTACAAAGGTTCACTCAGCTCCAGGTGGTGGCTCGTCTCTGAATTACCT
CTTTGGTGGTGGTAGCAGCAACTAAAATATGAGGACAACTGTGTCACTCTCTATCTTCCT
ATCACCAAGCCCTCCTTCTGTCATTCTTGTGGAGCTTCTTGTTCCCTGGCAAAAACTGTC
TCTGTGATGTCTTAATATTCGTATACATATGTGTTTCATATGTTGTATTCCGTATTTCAA
AAATAACACTTGTGATGATGTACCAAATTTCTAAGTTTTCATGATTCTGAGGTGTATCAA
AACTTTTTTCCTTTTACTGCAGAAATACTGTGATTTGTGAGGATACAAATGCATATAGGC
CTGCGGTTTTGAACC


BQ
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AF RR3GK44TF U 1
AF RR3H794TF U 472
BS 1 560 RR3GK44TF
BS 561 561 RR3H794TF
BS 562 647 RR3GK44TF
BS 648 735 RR3H794TF

RD RR3GK44TF 647 0 0
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GTGAGCAATCCTTGGATCTGTTCTTATCAGAGTCGTGGCAGGGAGTAAGAGAGATAGAAT
GGGGCGTGGAGTTAGTGCAGGTGGAGGACAGAGTTCTTTGGGATATCTTTTTGGGAGCGG
AGAGGCTCCAAAGCCAGCTGTTAACAAGGCCCCAACTGAAACTCAGCCAGTTCCTCCTCC
TTCTAAAAACGCTGCTCCAAAACCTGTTGATATTACCAAACAAGGCCCAGCTGGTCTCAA
TAGCAACTCTGCTAACAATCACATGCGCGCTGATGGGCAGAACTCTGGCAACTTCCTCAC
GGACCGGCCTTCTACAAAGGTTCACTCAGCTCCAGGTGGTGGCTCGTCTCTGAATTACCT
CTTTGGTGGTGGTAGCAGCAACTAAAATATGAGGACAACTGTGTCACTCTCTATCTTCCT
ATCACCAAGCCCTCCTTCTGTCATTCTTGTGGAGCTTCTTGTTCCCTGGCAAAAACTGTC
TCTGTGATGTCTTAATATTCTTATACATATGTGTTTCATATGTTGTATTCCGTATTTCAA
AAATAACACTTGTGATGATGTACCAAATTTCTAAGTTTTCATGATTC

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3H794TF 264 0 0
G
ATCTTCCTATCACCAAGCCCTCCTTCTGTCATTCTTGTGGAGCTTCTTGTTCCCTGGCAA
AAACTGTCTCTGTGATGTCTTAATATTCGTATACATATGTGTTTCATATGTTGTATTCCG
TATTTCAAAAATAACACTTGTGATGATGTACCAAATTTCTAAGTTTTCATGATTCTGAGG
TGTATCAAAACTTTTTTCCTTTTACTGCAGAAATACTGTGATTTGTGAGGATACAAATGC
ATATAGGCCTGCGGTTTTGAACC

QA 2 264 2 264
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5941Contig1 1139 2 6 U
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TTTTCCGCCGAAGCCGATAGGATTTGAAAACCCAATTGAGTTCTTCGTCAAAGGTGTTAA
TTCGGAAGAACGAAGCAGATCGTTGGTGAAAGCTTTGCAGACTTGTTGAAACCTAAAAGT
TTCAGACTTTATGATTTTCAAAGCAATTTGCCTCCCAAGTTCTTTGAGCTGAAGAAACAC
ATAGGAGTTACCATTCCAAGCAAAAAAAGAAAGAAAAATGGGCTGTGTTTCTTCTTGCTT
CCGGGTGGAAGACTATGAGGATTACACGAACCCAACTAGTTCTATTAATAGAAACTGCCC
TTGCCCTAGATGTCTTGTTAACACCTTACTTAACCTGTATATCACTTTGTTCAGAAGAAG
CGAAACCCGCTCTCTTCCATCCTCTTTACAAGCTACTACCACTACTACTGTATCCATAAC
TTCCTCTACTTCCTATGATAACTTTATGTCTAACACCTTCCACTCTACTCCAAGGCCGCT
GCCTTACGACGCTGATCCAGGATTCTTCCGGTCACGGCTTGTCTCGAGACGAGATAAGGG
CTCAAGCCATTCGCATGAGGAAGCTGAGTCCTTGAGAAGCGATGCTGATGTTGTGGTGGA
CTCTGAGTCTTTCTCAGTGGAAGGAAGCAAATGGGCTACTAGTAAGCTTATGGACTCTAC
TGGTGAAATTTCCAAAGATGACTTCTCTAAATCCACTCGGAGGATTCTCAAGTCGAAGTC
AATGGATGCTGGTAGTAACGAAGGCGTGTACATAATGTCTGATGATGAAGATGTTTGTCC
AACATGTCTTGAAGAGTACACATCAGAGAACCCCAAGATTGTTACAAAGTGTTCTCACCA
TTTCCCCCTTGGTTGCATTTATGAGTGGATGGAGAGAAGCGAGGACTGCCCTGTTTGTGG
GAAGGTGATGGAGTTCAACGAATCCCCTTGACTGATTATCATTTGATTCCTGAAAAGTGG
GGAGATCAACAAGGCAACATAGAGATGTGGCTAATTGCTTTGATCTGTAAATTACTGTTT
ATTAACAACATTTTGTGTATAATATATATATTGACGGAAAAATGAAAGACATGTAAGCC


BQ
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AF RR3GW38TF U 1
AF RR3GW38JQ C 571
BS 1 683 RR3GW38TF
BS 684 684 RR3GW38JQ
BS 685 727 RR3GW38TF
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BS 729 750 RR3GW38TF
BS 751 1139 RR3GW38JQ

RD RR3GW38TF 758 0 0
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TTTTCCGCCGAAGCCGATAGGATTTGAAAACCCAATTGAGTTCTTCGTCAAAGGTGTTAA
TTCGGAAGAACGAAGCAGATCGTTGGTGAAAGCTTTGCAGACTTGTTGAAACCTAAAAGT
TTCAGACTTTATGATTTTCAAAGCAATTTGCCTCCCAAGTTCTTTGAGCTGAAGAAACAC
ATAGGAGTTACCATTCCAAGCAAAAAAAGAAAGAAAAATGGGCTGTGTTTCTTCTTGCTT
CCGGGTGGAAGACTATGAGGATTACACGAACCCAACTAGTTCTATTAATAGAAACTGCCC
TTGCCCTAGATGTCTTGTTAACACCTTACTTAACCTGTATATCACTTTGTTCAGAAGAAG
CGAAACCCGCTCTCTTCCATCCTCTTTACAAGCTACTACCACTACTACTGTATCCATAAC
TTCCTCTACTTCCTATGATAACTTTATGTCTAACACCTTCCACTCTACTCCAAGGCCGCT
GCCTTACGACGCTGATCCAGGATTCTTCCGGTCACGGCTTGTCTCGAGACGAGATAAGGG
CTCAAGCCATTCGCATGAGGAAGCTGAGTCCTTGAGAAGCGATGCTGATGTTGTGGTGGA
CTCTGAGTCTTTCTCAGTGGAAG*AAGCAAATGGGCTACTAGTAAGCTTATGGACTCTAC
TGGTGAA*TTTCCAAAGATGACTTCTCTAA
TCACTCGA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3GW38JQ 569 0 0
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CTTGAGAAGCGATGCTGATGTTGTGGTGGACTCTGAGTCTTTCTCAGTGGAAGGAAGCAA
ATGGGCTACTAGTAAGCTTATGGACTCTACTGGTGAAATTTCCAAAGATGACTTCTCTAA
ATCCACTCGGAGGATTCTCAAGTCGAAGTCAATGGATGCTGGTAGTAACGAAGGCGTGTA
CATAATGTCTGATGATGAAGATGTTTGTCCAACATGTCTTGAAGAGTACACATCAGAGAA
CCCCAAGATTGTTACAAAGTGTTCTCACCATTTCCCCCTTGGTTGCATTTATGAGTGGAT
GGAGAGAAGCGAGGACTGCCCTGTTTGTGGGAAGGTGATGGAGTTCAACGAATCCCCTTG
ACTGATTATCATTTGATTCCTGAAAAGTGGGGAGATCAACAAGGCAACATAGAGATGTGG
CTAATTGCTTTGATCTGTAAATTACTGTTTATTAACAACATTTTGTGTATAATATATATA
TTGACGGAAAAATGAAAGACATGTAAGCC

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

CO CL5942Contig1 639 2 4 U
CCGACCCACCAAAACCCACAACCCAATTTCCACGACTTCTTCCCCGCCATGGCGGGAAAA
CTCGGAGGAGAAGGTCTGATCGACGAGCTCTGCAAAGGCTTCGAGCTCCTCATGGACGGA
GACAGAGGAGTCATCACTTTCGAGAGCCTCCGGCGAAACGCGTCGGCGGTTCTTGGCCTC
GGAGATCTGACGGACGACGACGTAAGGTGTATGATCGAGGAAGGGGATTTCGATCGAGAC
GGTGCGTTGAATCAGATGGAGTTTTGTGTGCTCATGTTTAGGCTTAGCCCTGACTTGATG
GATGCGTCACGGTGTGTTGTCACGGAGGCCATCGAGGAGGAGTTTGGTGACCGAACGCAT
AGGCATTGATACATAACCTTCTTTCTCCATCAGAGACTTTGACTTAATTCCCTTTTTTTT
ATGTTTTTCTTGTCTTTTCGATTATTGTTGCAAATTCATTGAGAACAGTCAAAAATCCCC
TAGTCTATATTTGAGAAGTGATTTCCCACATCTTTTCTCTACAATCGTTTTCACAAAAAA
ATTGTGATTGTGACGTGGCTATTAAGATTGATGACATGTCATATGGTTAAATATGACATG
GACAATTACATTTAATGCTAATATATATTTTTAGAAATC


BQ
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AF RR3FE31TF U 1
AF RR3FE31JQ C 183
BS 1 286 RR3FE31TF
BS 287 287 RR3FE31JQ
BS 288 357 RR3FE31TF
BS 358 639 RR3FE31JQ

RD RR3FE31TF 357 0 0
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CTCGGAGGAGAAGGTCTGATCGACGAGCTCTGCAAAGGCTTCGAGCTCCTCATGGACGGA
GACAGAGGAGTCATCACTTTCGAGAGCCTCCGGCGAAACGCGTCGGCGGTTCTTGGCCTC
GGAGATCTGACGGACGACGACGTAAGGTGTATGATCGAGGAAGGGGATTTCGATCGAGAC
GGTGCGTTGAATCAGATGGAGTTTTGTGTGCTCATGTTTAGGCTTATCCCTGACTTGATG
GATGCGTCACGGTGTGTTGTCACGGAGGCCATCGAGGAGGAGTTTGGTGACCGAACG

QA 1 357 1 357
DS 

RD RR3FE31JQ 457 0 0
AGATCTGACGGACGACGACGTAAGGTGTATGATCGAGGAAGGGGATTTCGATCGAGACGG
TGCGTTGAATCAGATGGAGTTTTGTGTGCTCATGTTTAGGCTTAGCCCTGACTTGATGGA
TGCGTCACGGTGTGTTGTCACGGAGGCCATCGAGGAGGAGTTTGGTGACCGAACGCATAG
GCATTGATACATAACCTTCTTTCTCCATCAGAGACTTTGACTTAATTCCCTTTTTTTTAT
GTTTTTCTTGTCTTTTCGATTATTGTTGCAAATTCATTGAGAACAGTCAAAAATCCCCTA
GTCTATATTTGAGAAGTGATTTCCCACATCTTTTCTCTACAATCGTTTTCACAAAAAAAT
TGTGATTGTGACGTGGCTATTAAGATTGATGACATGTCATATGGTTAAATATGACATGGA
CAATTACATTTAATGCTAATATATATTTTTAGAAATC

QA 1 457 1 457
DS 



AS 1 2

CO CL5943Contig1 1122 2 2 U
TTTTTTAAAGCCGGTTGTGGTTGTGGTTGTTAAAGACAAGAGTGATGGTAAGAACTAAGA
AGTAAAAGAAAGCTAGAAAGCTAAGGAAGAAGATGAAGATAAATGAAAAGCTGGTGGTTG
GGTAAATGAGGATGAGAACGAAGCAAAGAAAGAAACCGAAGGCGAGGTTGAAGAAGTGGA
TGAGGAGAAGGAGAAGGAGGACGGTAAAAAGAAGAAGAAAATCAAAGAAGTCTCTCACGA
GTGGGAACTCATCAACAAGCAGAAACCAATCTGGTTGAGGAAGCCGGAAGAGATTCGCAA
GGACGAGTATGCTTCCTTCTACAAGAGCCTGACCAACGACCGGGAGGATCATCTCGCTGT
GAAGCATTTCTCTGTGGAGGGCCAGCTTGAATTCAAGGCGATTCTCTTTGTTCCAAAGAG
AGCTCCGTTCGATCTCTTCGACTCCAGAAAGAAGTTGAACAACATCAAGTTGTATGTCAG
GAGAGTGTTCATTATGAACAACTGCGAAGAGTTGATCCCTGAGTACCTCAGCTTCGTCAA
AGGTGTTGTTGACTCTGATGACTTGCCACTCAACATCTCTCGTGAGACTCTCCAGCAGAA
CAAGATCCTTAAAGTGATCAGAAAGAACCTGGTGAAGAAGTGCATTGAGATGTTCAACGA
GATTGCCGAGAACAAAGAAGACTACAACAAGTTCTACGAGGCTTTCTCCAAGAATCTGAA
ATTGGGTATCCATGAGGACAGTCAGAACAGGTCAAAGATTGTTGATCTTCTTCGCTACCA
CTCAACAAAGAGCGGTGATGAAATGACGAGCTTGAAAGACTACGTCACAAGGATGAAGGA
AGGTCAGAAGGACATCTTCTACATCACTGGCGAAAGCAAGAAGGCGGTAGAGAACTTTCC
CTTCTTGGAGAAGCTGAAGAAGAGAGGATACGAAGTTCTGTACATGGTGGATGCGATCGA
TGAATACGCTGTTGGACATTTGAGGTCTCATAAGGGAATTAACTATAAAATGATTTCCAC
CTCCTGGATTATTTGTTGAGGCTGGAGGAGTTGTGATAACCGAACTCTGTTTTTGTATTC
TTTGGTGGTGGAGAAAAGAAAAATATTAAGAGATTTTGTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D051TF U 1
AF RR3D051JQ C 523
BS 1 696 RR3D051TF
BS 697 1122 RR3D051JQ

RD RR3D051TF 696 0 0
TTTTTTAAAGCCGGTTGTGGTTGTGGTTGTTAAAGACAAGAGTGATGGTAAGAACTAAGA
AGTAAAAGAAAGCTAGAAAGCTAAGGAAGAAGATGAAGATAAATGAAAAGCTGGTGGTTG
GGTAAATGAGGATGAGAACGAAGCAAAGAAAGAAACCGAAGGCGAGGTTGAAGAAGTGGA
TGAGGAGAAGGAGAAGGAGGACGGTAAAAAGAAGAAGAAAATCAAAGAAGTCTCTCACGA
GTGGGAACTCATCAACAAGCAGAAACCAATCTGGTTGAGGAAGCCGGAAGAGATTCGCAA
GGACGAGTATGCTTCCTTCTACAAGAGCCTGACCAACGACCGGGAGGATCATCTCGCTGT
GAAGCATTTCTCTGTGGAGGGCCAGCTTGAATTCAAGGCGATTCTCTTTGTTCCAAAGAG
AGCTCCGTTCGATCTCTTCGACTCCAGAAAGAAGTTGAACAACATCAAGTTGTATGTCAG
GAGAGTGTTCATTATGAACAACTGCGAAGAGTTGATCCCTGAGTACCTCAGCTTCGTCAA
AGGTGTTGTTGACTCTGATGACTTGCCACTCAACATCTCTCGTGAGACTCTCCAGCAGAA
CAAGATCCTTAAAGTGATCAGAAAGAACCTGGTGAAGAAGTGCATTGAGATGTTCAACGA
GATTGCCGAGAACAAAGAAGACTACAACAAGTTCTA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3D051JQ 600 0 0
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TGAGACTCTCCAGCAGAACAAGATCCTTAAGGTGATCAGAAAGAACCTGGTGAAGAAGTG
CATTGAGATGTTCAACGAGATTGCCGAGAACAAAGAAGACTACAACAAGTTCTACGAGGC
TTTCTCCAAGAATCTGAAATTGGGTATCCATGAGGACAGTCAGAACAGGTCAAAGATTGT
TGATCTTCTTCGCTACCACTCAACAAAGAGCGGTGATGAAATGACGAGCTTGAAAGACTA
CGTCACAAGGATGAAGGAAGGTCAGAAGGACATCTTCTACATCACTGGCGAAAGCAAGAA
GGCGGTAGAGAACTTTCCCTTCTTGGAGAAGCTGAAGAAGAGAGGATACGAAGTTCTGTA
CATGGTGGATGCGATCGATGAATACGCTGTTGGACATTTGAGGTCTCATAAGGGAATTAA
CTATAAAATGATTTCCACCTCCTGGATTATTTGTTGAGGCTGGAGGAGTTGTGATAACCG
AACTCTGTTTTTGTATTCTTTGGTGGTGGAGAAAAGAAAAATATTAAGAGATTTTGTTTG

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

CO CL5944Contig1 958 2 4 U
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ATGTGGTGTTTGTGGACCTGCTCTTAAGGACACAGATGTGGATGCTTTTGTGGAAGATGT
GCTTGTTAATGGGAAACAGTGGACCTCTGGGATTCAGGAAGAGTTATCAGGTTCCTTTGT
ATTTGTGTTCCTTTGCTACGAGAGCCACGAGACCTGGCTTCCTCGCGTCGAATCCGAAGG
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GAAGCTGACGGTGTGTGGTGGTGGAGGTGAATCGGATGGAAATTTGATTGTTTTCAGCCC
TGATTCAGCTGGGAATGTTTCTGGTCATTGGTATGGCTATGTGACTCCTGATGACGTGCC
TGCAATGCTTGATCAGCACATTGCAAAAGGAGAAATCATACAAAACCTTTCCAGGGGGCA
GATGAGACTAAAACCTGAGGGTGAGGAAGCTGAGAAAGAGGATGAGCATAAAATCTCAAA
CGGAAACAGTGTAGTGGAACGAGAATCAGCGGAGACGAAAGGATTCACAGGAGGTTGTTG
CCAAGGTACAAAGGGCGTTTCATGTTGCCAGGAGCAAACTCCAGAACCAGTCAAGAGAGG
AGCATCCGTGAAGAAGAACTGGTTCAGTTGGATGGAGAAAGAAGAGGTTTTCTTGGGAGC
TGCCGCAGTTGGGGCCATCGCAACCATAGCAGTAGCTTACAGCATTTACAGGAGGTCAGG
TTAAGAAACCACCCTCCGGTTTTACATTTTAAGAAGAACTTACACAACAAGTATAAAACT
TTACTTTTGGTAGCCATATTATATAGCTGTTAAAGAAAAAAAAGAACATGGAGGTAATGA
TGTTTTGAACCTTGTAACCAGATATCGGTTTGGCAATACAGAAATGTCATGTTTACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DZ03TF U 1
AF RR3DZ03JQ C 404
BS 1 447 RR3DZ03TF
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BS 449 577 RR3DZ03TF
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RD RR3DZ03TF 577 0 0
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ATGTGGTGTTTGTGGACCTGCTCTTAAGGACACAGATGTGGATGCTTTTGTGGAAGATGT
GCTTGTTAATGGGAAACAGTGGACCTCTGGGATTCAGGAAGAGTTATCAGGTTCCTTTGT
ATTTGTGTTCCTTTGCTACGAGAGCCACGAGACCTGGCTTCCTCGCGTCGAATCCGAAGG
TCTTCCGCAGCGTTTCACCAAGTCGTTCAAGGATCGAAGAGCTGATTTCGCTGTTGAGAC
GAAGCTGACGGTGTGTGGTGGTGGAGGTGAATCGGATGGAAATTTGATTGTTTTCAGCCC
TGATTCAGCTGGGAATGTTTCTGGTCATTGGTATGGCTATGTGACTCCTGATGACGTGCC
TGCAATGCTTGATCAGCACATTGCAAA*GGAGAAATCATACAAAACCTTTCCAGGGGGCA
GATGAGACTAAAACCTGAGGGTGAGGAAGCTGAGAAAGAGGATGAGCATAAAATCTCAAA
CGGAAACAGTGTAGTGGAACGAGAATCAGCGGAGACG

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3DZ03JQ 555 0 0
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AACCTTTCCAGGGGGCAGATGAGACTAAAACCTGAGGGTGAGGAAGCTGAGAAAGAGGAT
GAGCATAAAATCTCAAACGGAAACAGTGTAGTGGAACGAGAATCAGCGGAGACGAAAGGA
TTCACAGGAGGTTGTTGCCAAGGTACAAAGGGCGTTTCATGTTGCCAGGAGCAAACTCCA
GAACCAGTCAAGAGAGGAGCATCCGTGAAGAAGAACTGGTTCAGTTGGATGGAGAAAGAA
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ATTTACAGGAGGTCAGGTTAAGAAACCACCCTCCGGTTTTACATTTTAAGAAGAACTTAC
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GAACATGGAGGTAATGATGTTTTGAACCTTGTAACCAGATATCGGTTTGGCAATACAGAA
ATGTCATGTTTACTC

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 2

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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3D108TF U 1
AF RR3D109TF U 1
BS 1 170 RR3D108TF

RD RR3D108TF 170 0 0
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TTCCTGGAGACTTTTGTTTTTTTTTTATTTCGAATTTTGTGGTAACTTTTTGTTGGATAG
TTCTTAAATTTACTCTTTCTGGTCTCGAGTTCTTGAAAGATTTATATCCC

QA 1 170 1 170
DS 

RD RR3D109TF 170 0 0
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TTCCTGGAGACTTTTGTTTTTTTTTTATTTCGAATTTTGTGGTAACTTTTTGTTGGATAG
TTCTTAAATTTACTCTTTCTGGTCTCGAGTTCTTGAAAGATTTATATCCC

QA 1 170 1 170
DS 



AS 1 2

CO CL5946Contig1 1119 2 2 U
GGGCAAAACCGAGATATATCCGATCATTCTCTTCGGTCTCCATGGAGCAGTGAATCTTCT
TCTATCTTTACATCTCCCCATATTTACTCAGGCATCATTAATGCTTCGGAATCGTAACAG
TTTAGTTATTCCTTCCTATATATAACAACTCAAATACAGCTCCTAACTCCGGAGAAGAAG
TAACGCTATTCGTTCTCCAACTCGCTATCCTCGAGAAAACCACCACCGGAATCTGGTTCG
TCACCATCATCCTCATCGAAGGCGCCAGAATCTTCAGCAGAAGGGCCATGAGCTTGAGTT
GCAGCACCAAGGTTGAAGGAAAACGCGAGCGTGTACTCAAATCCGAGAAGGGAGAGATGG
AGGCATGACTCAACAAGGAGAATATATAAACTCTGCAACTAAAGGAAGACCTAAAAGAGA
ATGATACTGCGAAACAACGAGTTATACAAGCTTGAGGTTGCAGAGGTAAGACAAAAGCTT
CAGACAACGGAAACACTTGAAAAGGAACTGAAGCTCCTCCACCTTCAAAGAGAGGTTGCG
TCTGAACAAGCCACCGCCAATGTGAATGGCAAAAGGCAAAGCTTTGGTGGCGTCTGGGGA
TGGCTTACTGAAACTCCTCCGCCAGAACATGAATCCATTGACTATGTACCGCAGAAAGAT
AATTTAAAAGAACGTGTATTGTTCTCTATCTCTGAGCCGACAACAACCATAGTGTTCTGC
AAGGATGATCTCCGTTAAACTCATTGCAAGTATCACAAGTCTTCATCTTTTAAGATTTTG
TTGAAAATGACGAGCAAGTGCGAAATCTTTTGCGAGATTTTGATTGCAGTCCTTCTTCCT
CTTCTAGGAGTTTGCCAGGCTGTTGCACTGTTTGGTTGGTAGGTGGAGTTCTTGATTTGC
TTGGTCCTGACTATCGTAGGATAAGTACGAGGGATAATCTATGCGCTTTACGTGATTGTA
TCCCAGAACCAAGAAGAGTATTTCGATGAAGCCAGACGCCCTCTCTACTATTCTTCATGA
TATCTCTCCGTCTCTCTGTCAGAATCTGTTTGTTCGTTGAGAAATTTTCACTCCTTGTAC
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BQ
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AF RR3FI74TF U 1
AF RR3FI74JQ C 480
BS 1 651 RR3FI74TF
BS 652 1199 RR3FI74JQ

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GACCCTAAATTAAAAAACCTAATCTGCAAAAAATAGTCTCAGCTTATCACCAGAAAATCT
CCCGTCGCCATGTGTTTCAACGACATCTCACCATGATGATCTGAGTCACAGCTTCAATTC
AGGAAACAAATCTCGAACGCCTAGATCTGGAAGCCATGAAGCATCTGAACCCAAAACTAC
GACTAATGTTCACGGGGACGGCAATGACGGACGATAGAGAAGAAGGGTAAAAAATCGTTG
AGATATCCTTTAGATAGAATACTCCTAGGAGGGAGACAAAAATGAGAGGACTAAATCATC
TTCAGATGCTCGAACCAGTGCTCGTGCTTGAATCGACCATCCTTGCTTCCGCCTTCCGGT
TGGTTTAAAGAAAGGTGCAGCCAAGTGTGTAAGAAATCTAAGGTGTCTAATGCTAACTTC
CACTGGACACAACTTCAATGGATGGAAACCATACCTATGGTCTGAATTATTAACCCTTGA
GTTGCTTAGCAAGTGATGCTTAGTACTGAACCAACAACTAAGCTCACATTTGCAGTCTCA
GTGTTTATGATTTTCGCTCCTGGTTTGTAGAGACAGAGGGTAAAAGCTATGATCGGGTCA
GTCGGACAGAGATCGCGATGTTGGGAGCAATCGTTTGTGTAGGAGAACCAA

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3FI74JQ 720 0 0
AGTTGCTTAGCAAGTGATGCTTAGTACTGAACCAACAACTAAGCTCACATTTGCAGTCTC
AGTGTTTATGATTTTCGCTCCTGGTTTGTAGAGACAGAGGGTAAAAGCTATGATCGGGTC
AGTCGGACAGAGATCGCGATGTTGGGAGCAATCGTTTGTGTAGGAGAACCAAAGGCTTCC
GAGCTCCAGAGGATTCCTTCTGACGTGTGGTCAGCAGGAGTAAGATTAACTTTGTCTCAT
TGATTTGTTAGGATTGCATAGCCTGGTTTGTTAATCCTCTCTCTTTTATACCAAATTAGT
TTCTGCTCTATTGAACATAATTGCATTTCCATTTTCTCTTCCTGGACATTGAGAGATCAT
GAAGAATTCGAGGTCAAGATCAATGGTTTAGTTGTAACTGCACCAGTTTCTGAAGAAGTC
TAGAATATCCACTACGGCACTCTTTGGCCCGGTAAAAATGTGCCATGATCAAGGTCTTCC
TTGGAAACAAAGGTCTTAACGATGTAGAAAACTACGAGCTCCCTAGGCTGGTTTATGTTC
TCGTGAGGAGGGAGCCCAGATCCGACCATCTTAAGAAGGTTGAAGAAATAACTTTATTGG
TAAACGATTAAGCTTAATCTTTGATTGTATTATTTAAACTGAAATATAATGTTCTCTCGC
AAACTTAACTGTGATTACTACATCAACAATAGCAAAGCTCACAGAAGCAATGTGTTTCCC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5950Contig1 1210 2 2 U
GGGACAGACAGTCGAAGAAAGGGCAACTAAAAACCGATTTTAATCGTTGAATCTGTAAAG
TTTTTTGATTTTTCCGGTGAGACCGTCGTTTTTTCCGATCACCGTCAGAAGGAGATGGGA
TCTTCGATTTCTTAGTGTCTGAGTATAAATTCAGCGGAGAAGAAGATAGATGGTGGACTC
GGAAGAAACCGAAACGGCGTCGTCTGTGACGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAGGGTTTTCTC
TTCGTTAGCTCTGCGGTTCTGTACAGCGATCGTTTTCTCCATCATCGGCTTCTTCTTCTT
GTCGTTTCTATTAGGGATCTTAGTGATTCTACTCGGCGAATTATGGGTTTCTTCTTCTTC
TTCCTCTGCCTCTCTTGCTTCTCGCTGCAAAATTGTCTCCAGCTCGGTTGATCTAAGGTC
TTCGAAAGTGTGCGGGATTGGACTTTTGAACATCAAAGCACAACATGTGTTTTACCCTTT
TGAGAGAGATAAATTCAGATGTCGCTACGATTACTACTGGGCTTCTGTCTTCAAGGTTGA
GTATACAGATCACTTGATGGGTCAAACAAGGCTAGCTTTCTCAGAAGCACCTAATGAAGC
TCTTCCTCCTGAGTGTAGACCTAACTTTGGTGCCGCTTTGCTTACCAAAGATAACTTCAA
GGTGAATGAAACTTATGACTGCTGGTATACACTAGGGATTCCAAAGATCAAGCTTTATCG
GGATGGCTTTTTCGGTTGCCAACCAGATGATCTTTCTTTTACCCACATTTTTAAACAATA
CGCTGTCTTATTCTCTAAATTGTTACAGTCGTGGTTAAGTGTAAATGGAAGACGGAAGTA
CTGGAGATATGATGTGATCGCTGGCATTGTATCTGGTTTCTCAACTTCCATAATCACGGT
CTTCATCGTACGGATCTTGAGACATGCGAAATCTTGGTTCCCTCACGCTTGTTGTACAGT
TAGAAGCCAGCTTTCTAAAGTGAGCCTCTTGGTGCAACTGAAGCGTGCTTGTTTGGTCGT
TGTTTACTTCTCCATCCTCGGGTGGATGGCTACACAATACTTGAAAATTCTTTTTCCTAA
GGCTTAGAGAAAAAAAAGAAACACATTCCTTGAGAGAGAGAGAGTGAGAGAGTTGTTGAG
TATGTAATGATTCGTAGAGAGTTGTGTGATGTAATCTTAAATTATTTACAGCAAAAGAAA
GCACTTCAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL64TF U 1
AF RR3GL64JQ C 481
BS 1 654 RR3GL64TF
BS 655 1210 RR3GL64JQ

RD RR3GL64TF 654 0 0
GGGACAGACAGTCGAAGAAAGGGCAACTAAAAACCGATTTTAATCGTTGAATCTGTAAAG
TTTTTTGATTTTTCCGGTGAGACCGTCGTTTTTTCCGATCACCGTCAGAAGGAGATGGGA
TCTTCGATTTCTTAGTGTCTGAGTATAAATTCAGCGGAGAAGAAGATAGATGGTGGACTC
GGAAGAAACCGAAACGGCGTCGTCTGTGACGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAGGGTTTTCTC
TTCGTTAGCTCTGCGGTTCTGTACAGCGATCGTTTTCTCCATCATCGGCTTCTTCTTCTT
GTCGTTTCTATTAGGGATCTTAGTGATTCTACTCGGCGAATTATGGGTTTCTTCTTCTTC
TTCCTCTGCCTCTCTTGCTTCTCGCTGCAAAATTGTCTCCAGCTCGGTTGATCTAAGGTC
TTCGAAAGTGTGCGGGATTGGACTTTTGAACATCAAAGCACAACATGTGTTTTACCCTTT
TGAGAGAGATAAATTCAGATGTCGCTACGATTACTACTGGGCTTCTGTCTTCAAGGTTGA
GTATACAGATCACTTGATGGGTCAAACAAGGCTAGCTTTCTCAGAAGCACCTAATGAAGC
TCTTCCTCCTGAGTGTAGACCTAACTTTGGTGCCGCTTTGCTTACCAAAGATAA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3GL64JQ 730 0 0
TGAGAGAGATAAATTCAGATGTCGCTACGATTACTACTGGGCTTCTGTCTTCAAGGTTGA
GTATACAGATCACTTGATGGGTCAAACAAGGCTAGCTTTCTCAGAAGCACCTAATGAAGC
TCTTCCTCCTGAGTGTAGACCTAACTTTGGTGCCGCTTTGCTTACCAAAGATAACTTCAA
GGTGAATGAAACTTATGACTGCTGGTATACACTAGGGATTCCAAAGATCAAGCTTTATCG
GGATGGCTTTTTCGGTTGCCAACCAGATGATCTTTCTTTTACCCACATTTTTAAACAATA
CGCTGTCTTATTCTCTAAATTGTTACAGTCGTGGTTAAGTGTAAATGGAAGACGGAAGTA
CTGGAGATATGATGTGATCGCTGGCATTGTATCTGGTTTCTCAACTTCCATAATCACGGT
CTTCATCGTACGGATCTTGAGACATGCGAAATCTTGGTTCCCTCACGCTTGTTGTACAGT
TAGAAGCCAGCTTTCTAAAGTGAGCCTCTTGGTGCAACTGAAGCGTGCTTGTTTGGTCGT
TGTTTACTTCTCCATCCTCGGGTGGATGGCTACACAATACTTGAAAATTCTTTTTCCTAA
GGCTTAGAGAAAAAAAAGAAACACATTCCTTGAGAGAGAGAGAGTGAGAGAGTTGTTGAG
TATGTAATGATTCGTAGAGAGTTGTGTGATGTAATCTTAAATTATTTACAGCAAAAGAAA
GCACTTCAGC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL5951Contig1 1183 2 2 U
GAGAAAAAAATGCAAGTACTAAAGACTGGGTAGAGACTGTTTTCTTAGGTGATTTTGGAG
CATCAGAGAAAGCTAGAGAATGTTTTGATGACATTGTCCAACCTGCAAACCTGTCTGAAG
GAGCAGCTGAGAAGCAAAAGGATGTGATGGTACCCCGAGCAATAGCAGGTAGCAATAAGA
TTTGTGATAGCCAGGGTTTTTCTACTGTGTTTGGTGACATCAAAGGTCACTGGCCGAAGC
AAACGCATGTTACGCCTGTCTTTGTAGCCAGTGATGGTACTAAGTCCAGTGTTTATACCA
AGCCTATAACAAAGGAACCAGAAGTTTTGCAGGCTGTGTGGTGCCAAGTCTGTCAGATGA
GCTGCAGCAGCAAGGTTGCATACGCAAATCATACCTATGGGAAAAAACACAGGCAGGCGT
TGGAATTGCAATCTGCCAAGAATGATAACATGTCTAAGGGACTACCAGCCAAGCTTTCTA
AGGAGAATGCAGAGAGCAAAAACCAAACCGCCTTTGATTATCTGAACCATGCTGCCATGG
TCAAGGAGCAAACAGAGAAGGCATTTGTTGTTTCACGGAGAACTCGCCAAATATCAATGG
AACATCCATTGGGGAAAAGCAGCGGCAACAGAGGAGCAGGCACTTGTAAAGACGGAGGAT
CATGGGGTGTCAAGGGGGACAAGAAGATAAAGAGGAAGTGAAGGAGATAAATGCCATATC
TGAGAACCCAACGCGTGCCTTCGCTGGAATGAGTCAAGAGTCAAGTATACCCAAAGAATC
GAGAGGATGCTTAGATGTGATTCCTGAGACACTAAAAGCGCCGGCAGATGTGAGTGTGGC
AGAGAAGTTGGAAGAGAGTCCAAACATAGACTAACACCACGGCAACCCGAAAAGGAGTTT
GCAGAACGTAAGGAGCATCCCTGTGAGGCTGCCAAGAGGGAAGAGGCTAAGGTCCAACCT
GATAACTTTTGGACCAGACTTTGGGGGAAAAAGAGTTAAAGAAAGCCTTGCTGAATAATT
GTTTGATTTAAAACTGTAGTTTATGGTCAACTGTTACATTATATCTATGTTTTAGTACTT
TAGTTGGTGTTCCAATGTGACTGAGACTGAGAGAATATAACGTCACATTTTTCAGTAACT
CCAGACTATGAACATCGTGTTCCAATGCTATTATCATTGTCTC


BQ
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AF RR3AH96TF U 1
AF RR3AH96JQ C 530
BS 1 712 RR3AH96TF
BS 713 1183 RR3AH96JQ

RD RR3AH96TF 712 0 0
GAGAAAAAAATGCAAGTACTAAAGACTGGGTAGAGACTGTTTTCTTAGGTGATTTTGGAG
CATCAGAGAAAGCTAGAGAATGTTTTGATGACATTGTCCAACCTGCAAACCTGTCTGAAG
GAGCAGCTGAGAAGCAAAAGGATGTGATGGTACCCCGAGCAATAGCAGGTAGCAATAAGA
TTTGTGATAGCCAGGGTTTTTCTACTGTGTTTGGTGACATCAAAGGTCACTGGCCGAAGC
AAACGCATGTTACGCCTGTCTTTGTAGCCAGTGATGGTACTAAGTCCAGTGTTTATACCA
AGCCTATAACAAAGGAACCAGAAGTTTTGCAGGCTGTGTGGTGCCAAGTCTGTCAGATGA
GCTGCAGCAGCAAGGTTGCATACGCAAATCATACCTATGGGAAAAAACACAGGCAGGCGT
TGGAATTGCAATCTGCCAAGAATGATAACATGTCTAAGGGACTACCAGCCAAGCTTTCTA
AGGAGAATGCAGAGAGCAAAAACCAAACCGCCTTTGATTATCTGAACCATGCTGCCATGG
TCAAGGAGCAAACAGAGAAGGCATTTGTTGTTTCACGGAGAACTCGCCAAATATCAATGG
AACATCCATTGGGGAAAAGCAGCGGCAACAGAGGAGCAGGCACTTGTAAAGACGGAGGAT
CATGGGGTGTCAAGGGGGACAAGAAGATAAAGAGGAAGTGAAGGAGATAAAT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3AH96JQ 654 0 0
TGCTGCCATGGTCAAGGAGCAAACAGAGAAGGCATTTGTTGTTTCACGGAGAACTCGCCA
AATATCAATGGAACATCCATTGGG*AAAAGCAGCGGCAACAGAGGAGCAGGCACTTGTAA
AGACGGAGGATCATGGG*TGTCAAGGGGGACAAGAAGATAAAGAGGAAGTGAAGGAGATA
AATGCCATATCTGAGAACCCAACGCGTGCCTTCGCTGGAATGAGTCAAGAGTCAAGTATA
CCCAAAGAATCGAGAGGATGCTTAGATGTGATTCCTGAGACACTAAAAGCGCCGGCAGAT
GTGAGTGTGGCAGAGAAGTTGGAAGAGAGTCCAAACATAGACTAACACCACGGCAACCCG
AAAAGGAGTTTGCAGAACGTAAGGAGCATCCCTGTGAGGCTGCCAAGAGGGAAGAGGCTA
AGGTCCAACCTGATAACTTTTGGACCAGACTTTGGGGGAAAAAGAGTTAAAGAAAGCCTT
GCTGAATAATTGTTTGATTTAAAACTGTAGTTTATGGTCAACTGTTACATTATATCTATG
TTTTAGTACTTTAGTTGGTGTTCCAATGTGACTGAGACTGAGAGAATATAACGTCACATT
TTTCAGTAACTCCAGACTATGAACATCGTGTTCCAATGCTATTATCATTGTCTC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL5952Contig1 885 2 2 U
GACGAGAGATAACTTTCACGAGAGATCCAAGAGGCGAAAAACTCTCATCTCCCTCCTCCG
TATCACCGCCGCCGCGACTCAGCCGTGAACTAGCATTCTCGTGTTTAGAGAGAGGATTCA
ATGTCTAACGCAGAGGATAATAAATCTTCCCATGATCAGCTCTCGTCCCAGGTTTTTCTT
GATCTTGTGGACTCAGTGATTGCTGACGTGGCATCCGAGTGTCACCGGATAGCAAGACTA
GGGCTTGATCAGGACTTGGAGGTAGTAGAAGAAGAGCTGAGGTTATCAGTGGAAGCTCGT
GCCAAGGTTGCTGATCCTAGCAACAACCTAGAGGCCAACACTAAATACGTTGTTGATATA
TTTGGTCAGAGTCACCCTCCTGTAGCTACTGAAGTGTTCAACTGTATGAACTGTGGGAGA
CAGATCGTTGCCGGGAGGTTTGCTCCTCATTTGGAATATGCATGGGGAAGGGAAGAAAGG
CTCGCGCCAAGGCGACAAGGAGCACAACTGCTTCCCAGAAGCGGAGCTCACGACGCAACC
CAAGTGATAACCAGTTAGCAAGTGGTCCACCTGGTTTTGAAGAGAACGTGAAAAGGGCTT
GAAGGACGAACCTAGGAGAGAGGCTTATGCTGAACTGCAATGTGGCTAGTAACTGCCTCG
ACCGGATTGGTATCAATCCGTGGTTTATATTCAGTGTGCACAAAGAGAAAAAATAAGTAG
CTGAGGTTCATAATATTGTTATTTCACCAGGTTATCAGCCTTGGCATGTCAGTCTGCAGA
TTGAAATGAAATGACTCTTTGGGTACAATGGGTATATGCACCTTGCAAACTAGTATCAGA
TAAACTTTGTAGATTCACCTTGTTGGAAGAAAGCTTAGCAACACT


BQ
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AF RR3GO17TF U 1
AF RR3GO17JQ C 383
BS 1 556 RR3GO17TF
BS 557 885 RR3GO17JQ

RD RR3GO17TF 556 0 0
GACGAGAGATAACTTTCACGAGAGATCCAAGAGGCGAAAAACTCTCATCTCCCTCCTCCG
TATCACCGCCGCCGCGACTCAGCCGTGAACTAGCATTCTCGTGTTTAGAGAGAGGATTCA
ATGTCTAACGCAGAGGATAATAAATCTTCCCATGATCAGCTCTCGTCCCAGGTTTTTCTT
GATCTTGTGGACTCAGTGATTGCTGACGTGGCATCCGAGTGTCACCGGATAGCAAGACTA
GGGCTTGATCAGGACTTGGAGGTAGTAGAAGAAGAGCTGAGGTTATCAGTGGAAGCTCGT
GCCAAGGTTGCTGATCCTAGCAACAACCTAGAGGCCAACACTAAATACGTTGTTGATATA
TTTGGTCAGAGTCACCCTCCTGTAGCTACTGAAGTGTTCAACTGTATGAACTGTGGGAGA
CAGATCGTTGCCGGGAGGTTTGCTCCTCATTTGGAATATGCATGGGGAAGGGAAGAAAGG
CTCGCGCCAAGGCGACAAGGAGCACAACTGCTTCCCAGAAGCGGAGCTCACGACGCAACC
CAAGTGATAACCAGTT

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3GO17JQ 503 0 0
TAGCTACTGAAGTGTTCAACTGTATGAACTGTGGGAGACAGATCGTTGCCGGGAGGTTTG
CTCCTCATTTGGAATATGCATGGGGAAGGGAAGAAAGGCTCGCGCCAAGGCGACAAGGAG
CACAACTGCTTCCCAGAAGCGGAGCTCACGACGCAACCCAAGTGATAACCAGTTAGCAAG
TGGTCCACCTGGTTTTGAAGAGAACGTGAAAAGGGCTTGAAGGACGAACCTAGGAGAGAG
GCTTATGCTGAACTGCAATGTGGCTAGTAACTGCCTCGACCGGATTGGTATCAATCCGTG
GTTTATATTCAGTGTGCACAAAGAGAAAAAATAAGTAGCTGAGGTTCATAATATTGTTAT
TTCACCAGGTTATCAGCCTTGGCATGTCAGTCTGCAGATTGAAATGAAATGACTCTTTGG
GTACAATGGGTATATGCACCTTGCAAACTAGTATCAGATAAACTTTGTAGATTCACCTTG
TTGGAAGAAAGCTTAGCAACACT

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 2

CO CL5953Contig1 1215 2 8 U
GGGGCAAAGGGAAAAGGATCAGTTCGTGTTGCAGATATACTTAATCGCATGCAAGTGGAG
GAACCTGTCAATACCAATGATGTGGGAAGGCCTGAAGTAGATACACTCATTCTGTTGGAT
AGAGAGGTTGACATGGTTACACCAATGTGTACCCAGTTAACTTATGAGGGACTGTTAAAC
GAGTTTTTGCATATCAGTAATGGAGCTGTCGAGGTCGACTCGTCTGTGATGGGTTCTCAG
CAGGAGGGGAAAAAGATGAATGTTCCCCTTAATTCAAGTGATAAATTGTTCAAGGAGATA
AGGGATCTCAACTTTGAAGTCGCATTGAACAACTTGGAAAAAGCAGGATTGTTGAAGAAA
CAGGATTACCAAAAAAGCAATTTGATTATATAAGAACGGAACTACTCCACAGCTATGGGT
TTGAGCATGTGGTCGCATTGAACAACTTGGAAAAAGCTTAACTCATTACCAGAGATGACA
AGGCACATACATCTTGCTCAGCACCTGACAACGTTCACGTCCAAGCAGTCATTTCTTTCG
CATCTTGACATGGAACAAACACTAGTTGAGGCAGAAAGTTATGACATATGCTTTGAGTAC
ATAGAAGAATTGATCCATAAACAGGAGCCTCTCACTAAAGTCCTGCGTCTATTGGTCCTG
TTCTCTATTACGAACTCAGGATATGCTCCTCTTAGCATTCGTCTTGTCCAACAAGCTATA
CATTCCGGATGGCGTCCAATAGAAGACATTTTGAAGCTGTTGCCAGGACCACATCTGGAA
AAAGAAGTGGATTCCCAAGTAGTCCATCAGTTGATTCATTGCATGGAGCTTCAAACGGGG
TTGCTGATGGAAGACGCTCAGTTATTCTTGTTGTCTTCATTGGAGGTGTAACATTTGCTG
AAATTTCTGCCCTACGGTTTCTCGCCTCCAAGGAAGGAATGGCTTATGATTTGATTATTG
CTACAACAAAGATCGTCAATGGCGCAGCACTAATAGAAACATTCATGGACAAACAAGGCT
GATCAGTAAGAGATCGTTATCTTTTTTGGAGTGCTATTGTGTGTTTATTTATCGTCTTTT
TGTGGCTTTCTGAGTCTTCTGGATCGTTTTGGTTGCAGAGTGAATGGTATTTAAATGTTC
TAGTATATGTTTTCTTTTGTGGTGAGAGAGAGTGTGATCTTTTACATACTAATCAATCAA
TAATATATTTGTTTC


BQ
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CAGGATTACCAAAAAAGCAATTTGATTATATAAGAACGGAACTACTCCACAGCTATGGGT
TTGAGCATGTGGTCGCATTGAACAACTTGGAAAAAGCTTAACTCATTACCAGAGATGACA
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CATCTTGACATGGAACAAACACTAGTTGAGGCAGAAAGTTATGACATATGCTTTGAGTAC
ATAGAAGA*TTGATCCATAAACAGGAGCCTCTCACTAAAGTCCTGCGTCTATTGGTCCTG
TTCTCTATTACGAACTCAG*ATATGCTC*TCTTAGCAT
CGTCTGTCACAGCTATACA

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DS 

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AGAAAGTTATGACATATGCTTTGAGTACATAGAAGAATTGATCCATAAACAGGAGCCTCT
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TAGCATTCGTCTTGTCCAACAAGCTATACATTCCGGATGGCGTCCAATAGAAGACATTTT
GAAGCTGTTGCCAGGACCACATCTGGAAAAAGAAGTGGATTCCCAAGTAGTCCATCAGTT
GATTCATTGCATGGAGCTTCAAACGGGGTTGCTGATGGAAGACGCTCAGTTATTCTTGTT
GTCTTCATTGGAGGTGTAACATTTGCTGAAATTTCTGCCCTACGGTTTCTCGCCTCCAAG
GAAGGAATGGCTTATGATTTGATTATTGCTACAACAAAGATCGTCAATGGCGCAGCACTA
ATAGAAACATTCATGGACAAACAAGGCTGATCAGTAAGAGATCGTTATCTTTTTTGGAGT
GCTATTGTGTGTTTATTTATCGTCTTTTTGTGGCTTTCTGAGTCTTCTGGATCGTTTTGG
TTGCAGAGTGAATGGTATTTAAATGTTCTAGTATATGTTTTCTTTTGTGGTGAGAGAGAG
TGTGATCTTTTACATACTAATCAATCAATAATATATTTGTTTC

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DS 



AS 1 2

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ATTATACTTTTGTGATTCAGAAAACTCTGGTCCTATTGTTATGTGTTGGGTTGGCATGGA
AAATGATTGTATACATGTGCAATTTGTTAAAGATTGAGAAAGAACCTATAAGGGTTCTGG
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TCGCGACAACAAACGTTGACTAAGCCTGTAACGGTGTGAACATCGCCATACTGATCGGCG
GATTCGCAAGAAAAGAAGGCGTGGAAAGAAAAGACGTGATGTCGAAAAACGCAGTGATAT
ATAAGGCTCAGGCTTCGGCGTTAGAGCGATATGCATCAGATGATTGCAAGGTTCTCGTTG
TAGCCAACCCTGCGAACACAAATGCTCTGATTTTGAGAGAGTTTGCACCGTCGATCCCGG
AAGAAAACATCACTTGCCTGACACGTCTCGATCATAACCGGGCTCAAGCTCGCCTTGCGG
AGAAGCTAAGTGTTCCCGTTAGCAGCGTGAAGAAGGTGATCGTCTGGGGAAACCATTCTT
CAACTCAGTATCCAGACACCAGTCATGCAACGGTCTCTACAAAGACCGGAGATCAACCGG
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AGCAACGTGGTGCAGAGATTATAAGAGCACGGAAACAGTCGAGTGCTTTGTCCGCTGCTA
GCGCAGCTTGTGACCATATCCATGACTGGTTTCTTGGAACACCTAAAGGAAGTTGGGTTT
CTATGGGTGTTTGTTCGGATGGCTCCTACGGTATACCACCTGGTTTGGTTTACTCGTTTC
CGGTTATCTGTGAGAAAGGGAGTTGGAAGATCGTACAAGGACTCAGTATTGACGAGTTCT
CCAGAGAGAAAATGGATGACTCTGCAAGAGAGCTAGCTGAAGAGAAGGCTTTAACTTATT
CTTGTCTCAATGTATAGACGAAATTAAAAAAAAAAATCTAGAGCCATGGCACACAAAAAA
ATGTAGCAACAAATAAATTTGTGGTTCGAAATCTCTTGTAAGAATATATAAGAACTTG


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AF RR3ET86TF U 1
AF RR3ET86JQ C 626
BS 1 695 RR3ET86TF
BS 696 696 RR3ET86JQ
BS 697 739 RR3ET86TF
BS 740 740 RR3ET86JQ
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BS 785 787 RR3ET86JQ
BS 788 816 RR3ET86TF
BS 817 1258 RR3ET86JQ

RD RR3ET86TF 828 0 0
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ATTATACTTTTGTGATTCAGAAAACTCTGGTCCTATTGTTATGTGTTGGGTTGGCATGGA
AAATGATTGTATACATGTGCAATTTGTTAAAGATTGAGAAAGAACCTATAAGGGTTCTGG
TCACTGGTGCAGCAGGGAACATAGGATATGCAATTGCTCCAATGATTGCAAGAGGTGTTG
TGCTAGGTCCAGACCAACCCATGATTCTACATTTACTTGATATAGAACCAGCTTCAAAAT
CACTAGAAGCTGTGAAGATGGAGCTTCAAGATTCAGCCTTCCCTCTTCTCCAAGGCGTTA
TCGCGACAACAAACGTTGACTAAGCCTGTAACGGTGTGAACATCGCCATACTGATCGGCG
GATTCGCAAGAAAAGAAGGCGTGGAAAGAAAAGACGTGATGTCGAAAAACGCAGTGATAT
ATAAGGCTCAGGCTTCGGCGTTAGAGCGATATGCATCAGATGATTGCAAGGTTCTCGTTG
TAGCCAACCCTGCGAACACAAATGCTCTGATTTTGAGAGAGTTTGCACCGTCGATCCCGG
AAGAAAACATCACTTGCCTGACACGTCTCGATCATAACCGGGCTCAAGCTCGCCTTGCGG
AGAAGCTAAGTGTTCCCGTTAGCAGCGTGAAGAAG*TGATCGTCTGGGGAAACCATTCTT
CAACTCAGTATCCAGACAC*AGTCATGCAACGGTCTCTACAAAGACCGGAGATCAACCGG
CGAAG**ACTACTTGTCGCTGATCAGAAGTGGCTGA
GATGAGTTATTA

QA 1 816 1 816
DS 

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CGTGAAGAAGGTGATCGTCTGGGGAAACCATTCTTCAACTCAGTATCCAGACACCAGTCA
TGCAACGGTCTCTACAAAGACCGGAGATCAACCGGCGAAAGAACTACTTGTCGCTGATCA
GAAGTGGCTGAAGAATGAGTTTATTACAGAAGTTCAGCAACGTGGTGCAGAGATTATAAG
AGCACGGAAACAGTCGAGTGCTTTGTCCGCTGCTAGCGCAGCTTGTGACCATATCCATGA
CTGGTTTCTTGGAACACCTAAAGGAAGTTGGGTTTCTATGGGTGTTTGTTCGGATGGCTC
CTACGGTATACCACCTGGTTTGGTTTACTCGTTTCCGGTTATCTGTGAGAAAGGGAGTTG
GAAGATCGTACAAGGACTCAGTATTGACGAGTTCTCCAGAGAGAAAATGGATGACTCTGC
AAGAGAGCTAGCTGAAGAGAAGGCTTTAACTTATTCTTGTCTCAATGTATAGACGAAATT
AAAAAAAAAAATCTAGAGCCATGGCACACAAAAAAATGTAGCAACAAATAAATTTGTGGT
TCGAAATCTCTTGTAAGAATATATAAGAACTTG

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL5955Contig1 1282 2 2 U
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TTCCCCAGGATTTTGTCTGGAGAATGTTTGTTTGAGATTTTGCAATCGAACAAGAAGGAG
AAGACCAAAGTAACAAATGGCTCCTGGTAGTAAAGCAGACAAGAAAGCAACGGTAGATGC
TGCTGCTTGGATGTTCAATGTCGTTACTTCTGTCGGAATCATCATTGTCAATAAAGCTTT
AATGGCTACATACGGATTTAGCCTTGCAACAACCTTGACCGGTCTACATTTCGCCACGAC
CACACTGATGACACTTGTTCTAAGATGTCTAGGCTACATTCAGCCTTCTCATCTTCCCTT
CGCAGAGCTTCTTAAGTTCATTCTATTTGCAAACTTTTCGATCGTTGGGATGAACGTTAG
TCTCATGTGGAACTCTGTTGGGTTTTATCAGATTGCAAAGCTTAGCATGATTCCTGTAGC
TTGCTTGTTGGAAGTAGTGTTCGATAAGATTCGTTACTCAAGAGACACCAAACTTAGCAT
AGGACTTGTCCTTGTGGGTGTTGGTGTTTGCACTGTTACTGATGTTAGTGTCAACACCAA
AGGTTTCGTTGCTGCTTTTGTTGCTGTCTGGAGTACTGCTTTGCAACAATACTATGTGCA
TTATCTTCAGCGAAAGTATTCACTTACCTCATTCAACCTACTGGGTCATACTGCTCCAGC
TCAAGCTGCAACGTTGTTGATAGTCGGTCCATTTCTCGACTTTTGGCTGACAGAAAAACG
AGTAGACATGTATGACTACAACGTTGTCTCTCTGATGTTTATAACCCTCTCATGCACAAT
AGCTATCGGGACAAACCTCAGCCAGTTCATCTGCATCGGGAGATTCACAGCCGTGTCGTT
CCAAGTCCTGGGGCATATGAAGACGATCTTGGTGCTGATAATGGGCTTCTTCTTCTTTGA
CCGGGACGGTCTAAACCTGCACGTGGTTATCGGCATGATTATTGCAGTGCTGGGGATGAT
CTGGTACGGTAATGCCTCGTCCAAGCCAGGAGGCAAGGAGAAGAAGAGCTACTCTCTTCC
AACGACCCGTCAACAGAAACATGGAGATGATTCGGATTCTGATGAAAAACCAAGGTTGAA
AGCTTAGCTAGCGTTAAGCGAGTTAACAATGAGTCTCTTACTACAGACATGGCACCATTT
TTATACTTATTCTTTCTTAGCAGAATATTGTAAAATCCTAGTATTTTAATTTATATTTTT
CAATACAAGGAACTTGCCTTAC


BQ
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AF RR3GY91TF U 1
AF RR3GY91JQ C 555
BS 1 727 RR3GY91TF
BS 728 1282 RR3GY91JQ

RD RR3GY91TF 727 0 0
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TTCCCCAGGATTTTGTCTGGAGAATGTTTGTTTGAGATTTTGCAATCGAACAAGAAGGAG
AAGACCAAAGTAACAAATGGCTCCTGGTAGTAAAGCAGACAAGAAAGCAACGGTAGATGC
TGCTGCTTGGATGTTCAATGTCGTTACTTCTGTCGGAATCATCATTGTCAATAAAGCTTT
AATGGCTACATACGGATTTAGCCTTGCAACAACCTTGACCGGTCTACATTTCGCCACGAC
CACACTGATGACACTTGTTCTAAGATGTCTAGGCTACATTCAGCCTTCTCATCTTCCCTT
CGCAGAGCTTCTTAAGTTCATTCTATTTGCAAACTTTTCGATCGTTGGGATGAACGTTAG
TCTCATGTGGAACTCTGTTGGGTTTTATCAGATTGCAAAGCTTAGCATGATTCCTGTAGC
TTGCTTGTTGGAAGTAGTGTTCGATAAGATTCGTTACTCAAGAGACACCAAACTTAGCAT
AGGACTTGTCCTTGTGGGTGTTGGTGTTTGCACTGTTACTGATGTTAGTGTCAACACCAA
AGGTTTCGTTGCTGCTTTTGTTGCTGTCTGGAGTACTGCTTTGCAACAATACTATGTGCA
TTATCTTCAGCGAAAGTATTCACTTACCTCATTCAACCTACTGGGTCATACTGCTCCAGC
TCAAGCT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3GY91JQ 728 0 0
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CTTTTGTTGCTGTCTGGAGTACTGCTTTGCAACAATACTATGTGCATTATCTTCAGCGAA
AGTATTCACTTACCTCATTCAACCTACTGGGTCATACTGCTCCAGCTCAAGCTGCAACGT
TGTTGATAGTCGGTCCATTTCTCGACTTTTGGCTGACAGAAAAACGAGTAGACATGTATG
ACTACAACGTTGTCTCTCTGATGTTTATAACCCTCTCATGCACAATAGCTATCGGGACAA
ACCTCAGCCAGTTCATCTGCATCGGGAGATTCACAGCCGTGTCGTTCCAAGTCCTGGGGC
ATATGAAGACGATCTTGGTGCTGATAATGGGCTTCTTCTTCTTTGACCGGGACGGTCTAA
ACCTGCACGTGGTTATCGGCATGATTATTGCAGTGCTGGGGATGATCTGGTACGGTAATG
CCTCGTCCAAGCCAGGAGGCAAGGAGAAGAAGAGCTACTCTCTTCCAACGACCCGTCAAC
AGAAACATGGAGATGATTCGGATTCTGATGAAAAACCAAGGTTGAAAGCTTAGCTAGCGT
TAAGCGAGTTAACAATGAGTCTCTTACTACAGACATGGCACCATTTTTATACTTATTCTT
TCTTAGCAGAATATTGTAAAATCCTAGTATTTTAATTTATATTTTTCAATACAAGGAACT
TGCCTTAC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL5956Contig1 841 2 2 U
GGAGAGATAATCCACCAGTACTTAACTGCAAACAAGTTCTCACCTGAATGTCTCCTAGAC
TGTATTGATCTCTCATCTGAACATCAGACTCTTGAAATCGCCAATAGGATTGAGGCTGCC
GTTCACGTTTGGAAGAAAAGAAGAACGGGAGGAAACACAAGAAGCATGCGAAACTAAAGC
TATCCTCATGGAGTGGCAAGGTCAAAGGGCTTGTAAACGACTCTGAGAGAAATGAGTTCC
TTGCGCAGAGAGCTGAGACACTCTTGCAGAGCCTGAGGATCCGTTTCCCGGGTCTTCCCC
AGACAACGCTGGACATGAATAAGATTCAGTACAACAGGGATGTAGGGCATGGAGTTCTTG
AGAGTTACTCAAGGGTGTTGGAGAGCATGGCGTTTAATGTCACTGCCAGAATAGATGATG
TGCTGTATGTTGATGATTCCATGAGAAGATCCGTCTCTGCCACGGAGTCTCCTGCCCTAT
TCAGCATCGGTGGACTCAACGGTCGTGGGCCTGTTGCTCAAAAACCTTTCTCTGCACAGA
GCTCTCCATACGGTTCCCCATTTGCTACACCTGCCCTAAGCATAGCATCGAGGAGCCCGA
GGAGAGCACCACTGCTGTATAGGAGTGGCGCGAGAGAGAAGGGAATATTGGGTGAATCAG
ATAAAGCATGGTCGTATGCTGGAAATCTGAGCTCAAGAAGAGTAACGGGAGTGACACCGG
AGAGAGATTGAAGAATGTATATCAGTGGTTGTAGTCGTAACGTAGTGTTTGTATGTTGTG
AAGTTTATATTGTTTTGTCTGTGACTACGACGAGTATGGTAATTGCAACAACGTTTATGA
C


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10 

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TGCTGTATGTTGATGATTCCATGAGAAGATCCGTTTCTGCCACGGAGTCTCCTGCCCTAT
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AAGTTTATATTGTTTTGTCTGTGACTACGACGAGTATGGTAATTGCAACAACGTTTATGA
C

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 2

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CT

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TCTTGG

QA 1 426 1 426
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AS 1 2

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ATGAATCGAGGTTTAC


BQ
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AF RR3AW35TF U 1
AF RR3AW35JQ C 484
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BS 662 1036 RR3AW35JQ

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CAAGTACATAAGAGACCCTTCGGAAGCTAAACTTGTTGAGAATTTCCTGGATGAGGAAGG
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C

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DS 

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GAACAGAGTGCTTCATGATCCTGAGATCAAGCCTCGGACAGAGTTAACCAAAGAGCAGTA
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CAAAACTGTTAAACCTGAAATATTTATCCCGTGGTGAATTTATAGAAGTTAAGATTGTTT
TTGAATGATAATTTCCCTTTTGAGTTTTGTCAATTCTAATATGAAAATGATTGTGGAATG
AATCGAGGTTTAC

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DS 



AS 1 2

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TCTCCGACCATTGTCGAGAACCCTTGTTTCTCGCGTCGCCTCTAGCTGCTCGTCCACGGC
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TCAAATGGCTAACCATTTTCACAGCTTGAGCTTAACCGATACTCGACTCCCGAAGAGACG
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AGTCTTAAACCCTCTATAGAGATTTATAACTAGGGTTTAGTATGAATCTCTCATGTAGTC
TAAGTGGAACGTGGCTATAGAATAGTATATTGTTTGGGATGAATAATAACAGAAGATTTA
AGGGAAAATGCAGGGCCTTATGCATATGTTCAGTATACACCTGGAGAGCCAATTGCTTCA
AACAATCCCAACAAGGGTAGTCTCAAAAGACGGAATGCTAAGAAGCGCATTGGGCAGCGC
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CTTCAGCGACTCGACGAAGAGAAGAAGAAGTCTATGTCTTCTTGAATTTTGCTTTCACTC
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GAACCGAGAGTTACCTAACGTTCCTGGACTTTATAATCATGCCTTTTCTTGTTCC


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AF RR3CZ70TF U 1
AF RR3CZ70JQ C 511
BS 1 684 RR3CZ70TF
BS 685 1255 RR3CZ70JQ

RD RR3CZ70TF 687 0 0
GCACCCAATCTCTACTGCTGATGCTTTGGTGAAAATGGGTTTCGGCGCGATCAGATCGAT
TCTCCGACCATTGTCGAGAACCCTTGTTTCTCGCGTCGCCTCTAGCTGCTCGTCCACGGC
GGTTCCTGCAGCGAAACCGGAGTTATGCTCCTTGTTCGGTGGATCGAGGTTGCCATTGAT
TCAAATGGCTAACCATTTTCACAGCTTGAGCTTAACCGATACTCGACTCCCGAAGAGACG
ACCCATGACTCATCCCAAGAAGAAAAGATTCAAACTTAAACCTCCAGGTTTGTCCTTGAG
AGTCTTAAACCCTCTATAGAGATTTATAACTAGGGTTTAGTATGAATCTCTCATGTAGTC
TAAGTGGAACGTGGCTATAGAATAGTATATTGTTTGGGATGAATAATAACAGAAGATTTA
AGGGAAAATGCAGGGCCTTATGCATATGTTCAGTATACACCTGGAGAGCCAATTGCTTCA
AACAATCCCAACAAGGGTAGTCTCAAAAGACGGAATGCTAAGAAGCGCATTGGGCAGCGC
CGTGCTTTCATACTGGTAAGTATCTCTGTTTTCTTTCAATAAATTTTCATGTCTGTTGTG
TTGCATTATTAGGAGAGTGTTAGACCAAAATTCAGATGAGAGAGATGTTGTTGGAATGTT
GAATCAACAGATTGTGTACTAATA
TGA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3CZ70JQ 745 0 0
CGGAATGCTAAGAAGCGCATTGGGCAGCGCCGTGCTTTCATACTGGTAAGTATCTCTGTT
TTCTTTCAATAAATTTTCATGTCTGTTGTGTTGCATTATTAGGAGAGTGTTAGACCAAAA
TTCAGATGAGAGAGATGTTGTTGGAATGTTGAATCAACAGATTGTGTACTAATAGGAAAA
GGTCACAGTAACTGATGGGAAGGCTGTATCTCTCTTGCGTCTCTGTTTTGTTTCATTTCC
TGAGGAAACAATGTTTCTACATTTATTAGGGGTGTGTGATGAGGAATCAATCTGCGATGT
TTATCTAAATTAGATTATATGTTACAAATGAGTAAATGCTGTTTTCTGATGAGATGGAGG
CATCCTGAATTGACTACTTTTTCACAGTCTGAGAAGAAGAAGAGACAAGCGCTGGTGCAA
GAGGCGAAGAGGAAGAAGAGAATCAAAGAAGTGGAACGTAAGATGGCCAAAGTGGCAAGG
GAGCGAGCTTGGGAGGAAAGGCTGGCTGAGCTTCAGCGACTCGACGAAGAGAAGAAGAAG
TCTATGTCTTCTTGAATTTTGCTTTCACTCAACCAAAAAAAAAACATAGAATAAATCTCT
CTTCTTTTTTTCTTTCGACTTAGGTTTTTTGTTCCCACTCTTTGTTGTGTGTTGCAAGAT
TTACTCACTCTGTTGTCTGCCATTTTGTCAGAACCGAGAGTTACCTAACGTTCCTGGACT
TTATAATCATGCCTTTTCTTGTTCC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL5960Contig1 741 2 1 U
GGATGATATGACATGACATACGAACAATACAAAATATCCTCCTATTTATAGTAACTCTTT
GGTAAAAACTCAAATCGAATTCAACTCATCTGAAAATGGAGGCTCAAAAGCAAGACAATG
AACACATTTTCCGCAGTCTATATCCATCTGTGCCCATTCCTGACAAGCTTACACTGCCTG
AGTTTGTGCTACAAGGAGTAGAAGAATTCACAGAGAAGGTGGCGTTCGTTGAAGCTGTGA
CCGGTAAAGCCGTCACGTACGGTGATGTAGTGAGGGACACAAAGAGGCTAGCCAAAGCGT
TGACCTCAGTTGGACTAAGAAAAGGTCAAGTAATGGTTGTGGTTCTACCAAACGTGGCCG
AGTATGGGATTATTGCCCTTGGCATTATGTCCGCCGGTGGTGTTTTCTCCGGCGCTAATC
CTACGGCTCTTGTCTCGGAGATCAAGAAGCAAGTTGAAGCTTCTGGTGCTAGAGGAATCA
TCACTGATTCTACTAACTTCGAAAAGGTTAAGAATTTGGGTCTACCGGTAATATTGTTAG
GTGAAGAGAAGATCGAAGGAGCAGTGAACTGGAAAGATATTCTAGAAGCAGGAGATAAAT
GTGGAGATAACAACAGAGTAGAGATTCTTCAGACAGATCTATGTGCACTTCCTTTCTCTT
CAGCACGACAGGGTTACAAAAAGGAGTGATGCTCACACATCGCAACCTCATAGCAAATCT
TTGCTCTACTCTCTTCAGCGT


BQ
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AF RR3CI96TF U 74
AF RR3C435TF U 1
BS 1 741 RR3C435TF

RD RR3CI96TF 185 0 0
GGG
GAATTCAACTCATCTGAAAATGGAGGCTCAAAAGCAAGACAATGAACACATTTTCCGCAG
TCTATATCCATCTGTGCCCATTCCTGACAAGCTTACACTGCCTGAGTTTGTGCTACAAGG
AGTAGAAGAATTCACAGAGAAGGTGGCGTTCGTTGAAGCTGTGACCGGTAAAGCCGTCAC
GT

QA 4 185 4 185
DS 

RD RR3C435TF 741 0 0
GGATGATATGACATGACATACGAACAATACAAAATATCCTCCTATTTATAGTAACTCTTT
GGTAAAAACTCAAATCGAATTCAACTCATCTGAAAATGGAGGCTCAAAAGCAAGACAATG
AACACATTTTCCGCAGTCTATATCCATCTGTGCCCATTCCTGACAAGCTTACACTGCCTG
AGTTTGTGCTACAAGGAGTAGAAGAATTCACAGAGAAGGTGGCGTTCGTTGAAGCTGTGA
CCGGTAAAGCCGTCACGTACGGTGATGTAGTGAGGGACACAAAGAGGCTAGCCAAAGCGT
TGACCTCAGTTGGACTAAGAAAAGGTCAAGTAATGGTTGTGGTTCTACCAAACGTGGCCG
AGTATGGGATTATTGCCCTTGGCATTATGTCCGCCGGTGGTGTTTTCTCCGGCGCTAATC
CTACGGCTCTTGTCTCGGAGATCAAGAAGCAAGTTGAAGCTTCTGGTGCTAGAGGAATCA
TCACTGATTCTACTAACTTCGAAAAGGTTAAGAATTTGGGTCTACCGGTAATATTGTTAG
GTGAAGAGAAGATCGAAGGAGCAGTGAACTGGAAAGATATTCTAGAAGCAGGAGATAAAT
GTGGAGATAACAACAGAGTAGAGATTCTTCAGACAGATCTATGTGCACTTCCTTTCTCTT
CAGCACGACAGGGTTACAAAAAGGAGTGATGCTCACACATCGCAACCTCATAGCAAATCT
TTGCTCTACTCTCTTCAGCGT

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL5961Contig1 1244 2 2 U
GCACACCATGTTCAGACACTCCATGAGCCTATTGGAGTCGCTGGACAGATCATCCCATGG
AACTTCCCTCTTCTCATGCTTTCTTGGAAGCTTGGACCAGCTTTGGCTTGCGGTAACACC
GTTGTCCTCAAGACGGCTGAGCAAACTCCTCTCTCTGCTCTTCTCGTTGGAAGACTACTT
CACGTGGCTGGACTTCCCGAGGGAGTTGTCAATATAGTTTCTGGATTTGGTCCTACAGCT
GGTTCAGCCATAGCTAGTCACATGGACATTGACAAGGTTGCTTTCACTGGTTCTACTGGT
GTTGGAAAAATTATTCTTGAGTTGGCTTCAAAAAGCAACCTTAAGGCAGTCACTCTTGAG
CTTGGAGGCAAGTCACCATTCATTGTATGTGAGGATGCTGATGTGGATCAGGCAGTTGAG
CTCGCTCATTTCGCTTTGTTCTTTAACCAGGGACAATGCTGCTGTGCTGGCTCGCGTACG
TTTGTGCATGAACGTGTGTATGATGAGTTTGTAGAGAAAGCTAAAGCTCGTGCAATCAAA
CGCGCTGTTGGCGATCCCTTCAAGTCTGGCATTGAGCAAGGTCCCCAGGTGGACTCAGAG
CAGTTCAAGAAAATCTTGAGGTTCATTAAACATGGAGTTGAGAATGGAGCCACCTTACAA
GCTGGAGGTGACCGGTTTGGTTCCAAGGGTTACTACATTCAACCCACTGTCTTCTCGGAC
GTCAAAGACGACATGCTCATAGCAACGGACGAGATCTTCGGACCTGTTCAAACCATACTT
AAATTCAAGAATTTGGATGAGGTGATTGCCAGGGCTAACAACTCTAGGTACGGTTTAGCT
GCAGGAGTGTTTACTCAGAATCTGGACACAGCGAATCGGCTGATGAGAGCGCTCAGGGTG
GGAAGCGTTTGGATAAATTGTTTCGATGTGTTTGATGCCACAATTCCATTTGGAGGGTAC
AAGATGAGTGGCATTGGAAGAGAGAAAGGTATCTACAGTCTCAACAATTACTTGCAAGTC
AAGGCTGTTGTTACTGCCATCAAGAACCCCGCTTGGCTCTAAACCAAACCAAACTAGGTA
TCTCTCCTTAATAAATTGGACTTATGCTAATCTACTCGAAGTTGGTTAATAAAGGATTAA
CACCTATGATGATGATAAATTTATCTTCAGCTCATTTACACATGAAGCTACATAAAAATG
TGTGATTGTAAAACATCTTGATATATTTATATTTTTTATTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GK95TF U 1
AF RR3GK95JQ C 385
BS 1 576 RR3GK95TF
BS 577 1244 RR3GK95JQ

RD RR3GK95TF 576 0 0
GCACACCATGTTCAGACACTCCATGAGCCTATTGGAGTCGCTGGACAGATCATCCCATGG
AACTTCCCTCTTCTCATGCTTTCTTGGAAGCTTGGACCAGCTTTGGCTTGCGGTAACACC
GTTGTCCTCAAGACGGCTGAGCAAACTCCTCTCTCTGCTCTTCTCGTTGGAAGACTACTT
CACGTGGCTGGACTTCCCGAGGGAGTTGTCAATATAGTTTCTGGATTTGGTCCTACAGCT
GGTTCAGCCATAGCTAGTCACATGGACATTGACAAGGTTGCTTTCACTGGTTCTACTGGT
GTTGGAAAAATTATTCTTGAGTTGGCTTCAAAAAGCAACCTTAAGGCAGTCACTCTTGAG
CTTGGAGGCAAGTCACCATTCATTGTATGTGAGGATGCTGATGTGGATCAGGCAGTTGAG
CTCGCTCATTTCGCTTTGTTCTTTAACCAGGGACAATGCTGCTGTGCTGGCTCGCGTACG
TTTGTGCATGAACGTGTGTATGATGAGTTTGTAGAGAAAGCTAAAGCTCGTGCAATCAAA
CGCGCTGTTGGCGATCCCTTCAAGTCTGGCATTGAG

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3GK95JQ 860 0 0
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AACCAGGGACAATGCTGCTGTGCTGGCTCGCGTACGTTTGTGCATGAACGTGTGTATGAT
GAGTTTGTAGAGAAAGCTAAAGCTCGTGCAATCAAACGCGCTGTTGGCGATCCCTTCAAG
TCTGGCATTGAGCAAGGTCCCCAGGTGGACTCAGAGCAGTTCAAGAAAATCTTGAGGTTC
ATTAAACATGGAGTTGAGAATGGAGCCACCTTACAAGCTGGAGGTGACCGGTTTGGTTCC
AAGGGTTACTACATTCAACCCACTGTCTTCTCGGACGTCAAAGACGACATGCTCATAGCA
ACGGACGAGATCTTCGGACCTGTTCAAACCATACTTAAATTCAAGAATTTGGATGAGGTG
ATTGCCAGGGCTAACAACTCTAGGTACGGTTTAGCTGCAGGAGTGTTTACTCAGAATCTG
GACACAGCGAATCGGCTGATGAGAGCGCTCAGGGTGGGAAGCGTTTGGATAAATTGTTTC
GATGTGTTTGATGCCACAATTCCATTTGGAGGGTACAAGATGAGTGGCATTGGAAGAGAG
AAAGGTATCTACAGTCTCAACAATTACTTGCAAGTCAAGGCTGTTGTTACTGCCATCAAG
AACCCCGCTTGGCTCTAAACCAAACCAAACTAGGTATCTCTCCTTAATAAATTGGACTTA
TGCTAATCTACTCGAAGTTGGTTAATAAAGGATTAACACCTATGATGATGATAAATTTAT
CTTCAGCTCATTTACACATGAAGCTACATAAAAATGTGTGATTGTAAAACATCTTGATAT
ATTTATATTTTTTATTCTTG

QA 1 860 1 860
DS 



AS 1 2

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GGAGAGAGAAGATTTACGAGTAAAACCCTAATTTTTGTACGATGAGCAATGTCGGTGAGA
AATTGGTTGGGGAGAAGAAAGAGGCAGCAGCGCAGCAGCCGCAACAGTTTCTGACGATGA
ATGCGAAGCTCTACTCTCTGGAGAGGTTCCAAGAAGATTTTGCTGATGTCTCGGTAAAGG
AGGTAGATTTGCTCAAAGAGTTGGAGGTATCCAAAGTATATCACTGCGATGGGTTGGTGT
TATGCGTGGCTAAGGACAAGAAGGAGGAACCGAAGCTGGTGTTGTGGAACCCTTATCTGT
GTCAAACAAGGTGGATCGAACCGAGAGTAGAGTTCAACAAAAATAACAGGTTCGCGATCG
GATCCGACGACGAGCGCAACCACAAAATCATGAGGTTAGTGGATGCTTACACCTCTGGAC
CAGAAGAACGCAAACACGAGGTTGTGTGCGAAATCTATGAAATTAGGTCTAATTCATGGA
GGGTTCTCGATGTGGTGAAGGATAATTCCAAGTGGTCGATAGATATGGATCAGCGAGGCG
TGTCTGTCAAGGGAAACACCTACTTTTTTGCTCATCATCTTGCAGAAAGAGTTTTTAGAG
GACTCGTCCTTAAACAGGAGGAAATTTTCTTAATCTGTTTTGATTTTGCCAAGGAGAGGT
TTGGACCACGCCTCCCTTTTCCTTTTGACTCTTTCGATGGTTTCAATGGTGACCTTGTGA
CCCTCTCAAGCTTCGTTAGCGGTGGTGGTGGTGGTGATGAGCAGCTTGCGGTCCTCTTTG
GTGGTTATGAATCTGGCTTTTTTGAGATTTGGGTTACCCTTACTGTCGACCCCAACGGTG
CGTCCTGTAGCAAGTTTTTGCGAATGGAACCGGGGCCCTTCTGTAGCTACGGTTTTCAGC
TCTATCCATCTTCTGGTGGGAGCTTCCTTGTTGATGAGGACAACAAACTTGCTGTCTTGT
TTGAACTAGACGAAACCCAGACCACTCACAAGGCTTTTGTGTTTGGACAGGACGGCTCCT
TCAAATCCTCCGTCAGCCTCGGACAAGCTCTCTTACTTGAAAACCGTTCTTATAACAAAC
TCTACAAAGCTGCTCGTCCCCCACTTGTTTGCTCTTCCCCTTATCGTCCAAGCTCAGTCC
AACTCAACCAACCGAATGTTTGAGATTTGAGGAAACGCATGTGCTCAGAGATCAAGTGAT
TGAGGATGCTAATCTGACAAGTTTGAGATGTGGAAACTCTTTTATCTTAGGTTGTGATCG
CAGTTCGTCTATGTAACCTCTTTTTGTCTCAAGACTTTTTTATCCATCTCTTCCGTTTGG
CAGATTTGTTTTTAAGACACTATTATTTTATATACTTATGTTTAAGCTCTTGTGTTTTTG
ACATTGCCCCCTATTGTTTTCATTGTCAATCTTGTGTTTG


BQ
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AF RR3BB74TF U 1
AF RR3BB74JQ C 615
BS 1 801 RR3BB74TF
BS 802 1420 RR3BB74JQ

RD RR3BB74TF 801 0 0
GGAGAGAGAAGATTTACGAGTAAAACCCTAATTTTTGTACGATGAGCAATGTCGGTGAGA
AATTGGTTGGGGAGAAGAAAGAGGCAGCAGCGCAGCAGCCGCAACAGTTTCTGACGATGA
ATGCGAAGCTCTACTCTCTGGAGAGGTTCCAAGAAGATTTTGCTGATGTCTCGGTAAAGG
AGGTAGATTTGCTCAAAGAGTTGGAGGTATCCAAAGTATATCACTGCGATGGGTTGGTGT
TATGCGTGGCTAAGGACAAGAAGGAGGAACCGAAGCTGGTGTTGTGGAACCCTTATCTGT
GTCAAACAAGGTGGATCGAACCGAGAGTAGAGTTCAACAAAAATAACAGGTTCGCGATCG
GATCCGACGACGAGCGCAACCACAAAATCATGAGGTTAGTGGATGCTTACACCTCTGGAC
CAGAAGAACGCAAACACGAGGTTGTGTGCGAAATCTATGAAATTAGGTCTAATTCATGGA
GGGTTCTCGATGTGGTGAAGGATAATTCCAAGTGGTCGATAGATATGGATCAGCGAGGCG
TGTCTGTCAAGGGAAACACCTACTTTTTTGCTCATCATCTTGCAGAAAGAGTTTTTAGAG
GACTCGTCCTTAAACAGGAGGAAATTTTCTTAATCTGTTTTGATTTTGCCAAGGAGAGGT
TTGGACCACGCCTCCCTTTTCCTTTTGACTCTTTCGATGGTTTCAATGGTGACCTTGTGA
CCCTCTCAAGCTTCGTTAGCGGTGGTGGTGGTGGTGATGAGCAGCTTGCGGTCCTCTTTG
GTGGTTATGAATCTGGCTTTT

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3BB74JQ 806 0 0
CAGGAGGAAATTTTCTTAATCTGTTTTGATTTTGCCAAGGAGAGGTTTGGACCACGCCTC
CCTTTTCCTTTTGACTCTTTCGATGGTTTCAATGGTGACCTTGTGACCCTCTCAAGCTTC
GTTAGCGGTGGTGGTGGTGGTGATGAGCAGCTTGCGGTCCTCTTTGGTGGTTATGAATCT
GGCTTTTTTGAGATTTGGGTTACCCTTACTGTCGACCCCAACGGTGCGTCCTGTAGCAAG
TTTTTGCGAATGGAACCGGGGCCCTTCTGTAGCTACGGTTTTCAGCTCTATCCATCTTCT
GGTGGGAGCTTCCTTGTTGATGAGGACAACAAACTTGCTGTCTTGTTTGAACTAGACGAA
ACCCAGACCACTCACAAGGCTTTTGTGTTTGGACAGGACGGCTCCTTCAAATCCTCCGTC
AGCCTCGGACAAGCTCTCTTACTTGAAAACCGTTCTTATAACAAACTCTACAAAGCTGCT
CGTCCCCCACTTGTTTGCTCTTCCCCTTATCGTCCAAGCTCAGTCCAACTCAACCAACCG
AATGTTTGAGATTTGAGGAAACGCATGTGCTCAGAGATCAAGTGATTGAGGATGCTAATC
TGACAAGTTTGAGATGTGGAAACTCTTTTATCTTAGGTTGTGATCGCAGTTCGTCTATGT
AACCTCTTTTTGTCTCAAGACTTTTTTATCCATCTCTTCCGTTTGGCAGATTTGTTTTTA
AGACACTATTATTTTATATACTTATGTTTAAGCTCTTGTGTTTTTGACATTGCCCCCTAT
TGTTTTCATTGTCAATCTTGTGTTTG

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL5963Contig1 1340 2 2 U
GATTCCAAGGTTGCCTGAGGATTATGCTGTATGGTTAGGGGAGATAAAGCCATTGTCGCA
CTTTAAGGAAACCTATATGGTTGACATGGTTTACCGTTGATGAGATTATCCACGTCTTGA
GTGAACAGTTTAAGGGATCTGGAAAGCCCCTGTTGTATCTTCTCCATGGTCTTAACACCG
ACAGCGGAAACTTATCCAAACCTGCCAGCTTTGAGGGGATAGAAAAGTTTGAGACTGATT
TGACTACTTTGCATCCTATTTTGGCGGAATGTCGAGTTACCAAATCAAGTTTGGAGCTTC
AGCTACTACAATTTGCAAATGATATAAGTTCCGAAGCTCATGTAGAGGTTATGAGGAGAG
TCACACCTGGCAAAAGAATATCAGATGGAAAGTATGTTTTTGCACCACACCTACATGTAC
GGTGGCTGTAGGCACTGCTCGTACACATGCATCTGCGCGACAGGGGATAATAGTGCTGTT
CTTCATTATGGGCACGCTGCAGCTCCAAATGATAGGACTTTTGAAGATGGAGATCTGGCA
TTGCTTGATATGGGTGGTGAATACCATTTTTATGCATCTGACATAACATGCTCATTCCCC
GTCAATGGTAAATTTACAAGTGACCAGAGTCTAATCTACAATGCTGTTCTGAAAGCACAT
AATTCTGTAATCTCTGCAATGAAGCCAGGAGTTAACTGGGTGGGTATGCACAAGCTAGCC
GAAAGAATCATCCTTGAGTCACTGAAGAAGGGGTCCATCCTCACTGGGGATGTGGACGAG
ATGATGGTAGAACGTTTGGGAGCTGTTTTCATGCCTCATGGACTAGGTCACTTCATGGGC
ATTGACACACACGATACCGGTGGTTATCCAATGGGAGTGGAAAGACCAAAGGAACCGGGA
CTGAAGTCATTACGCACTGCAAGAGATCTCCTTGAAGGAATGGTAATAACGGTGGAGCCA
GGATGCTATTTCATCAAGGCATTGCTAATCCCAGCCATGGAAAACGCAAAAACCTCCAAG
TTCTTCAACCGTGAAACAATAGAGAGATTCAAGGACATATGAGGTGTCAGAATCGAAAGC
GATTTGGTCGTTACTGCGAATGGCTGCAAGAACATGACGAATGTTCCAAGGGAGACGTGG
GAGATCGAAGCTGTGATGGCTGGAGCGCCTTGGCCTCCCGTCACTACAGGAAACAATACT
ACCAAGTGATCTTAGCTTACGGAAACTAAAAAAACTGCTTTAGAAACTCAATAATAAAAC
CCCCTTTATATAATGGGGAATAAGAATCTGAGAACTATTAGCTACATTTGTTCATCTATC
TTAGTATGTTCTACTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AQ80TF U 1
AF RR3AQ80JQ C 633
BS 1 820 RR3AQ80TF
BS 821 1340 RR3AQ80JQ

RD RR3AQ80TF 820 0 0
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CTTTAAGGAAACCTATATGGTTGACATGGTTTACCGTTGATGAGATTATCCACGTCTTGA
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GGTGGCTGTAGGCACTGCTCGTACACATGCATCTGCGCGACAGGGGATAATAGTGCTGTT
CTTCATTATGGGCACGCTGCAGCTCCAAATGATAGGACTTTTGAAGATGGAGATCTGGCA
TTGCTTGATATGGGTGGTGAATACCATTTTTATGCATCTGACATAACATGCTCATTCCCC
GTCAATGGTAAATTTACAAGTGACCAGAGTCTAATCTACAATGCTGTTCTGAAAGCACAT
AATTCTGTAATCTCTGCAATGAAGCCAGGAGTTAACTGGGTGGGTATGCACAAGCTAGCC
GAAAGAATCATCCTTGAGTCACTGAAGAAGGGGTCCATCCTCACTGGGGATGTGGACGAG
ATGATGGTAGAACGTTTGGGAGCTGTTTTCATGCCTCATG

QA 1 820 1 820
DS 

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TAACTGGGTGGGTATGCACAAGCTAGCCGAAAGAATCATCCTTGAGTCACTGAAGAAGGG
GTCCATCCTCACTGGGGATGTGGACGAGATGATGGTAGAACGTTTGGGAGCTGTTTTCAT
GCCTCATGGACTAGGTCACTTCATGGGCATTGACACACACGATACCGGTGGTTATCCAAT
GGGAGTGGAAAGACCAAAGGAACCGGGACTGAAGTCATTACGCACTGCAAGAGATCTCCT
TGAAGGAATGGTAATAACGGTGGAGCCAGGATGCTATTTCATCAAGGCATTGCTAATCCC
AGCCATGGAAAACGCAAAAACCTCCAAGTTCTTCAACCGTGAAACAATAGAGAGATTCAA
GGACATATGAGGTGTCAGAATCGAAAGCGATTTGGTCGTTACTGCGAATGGCTGCAAGAA
CATGACGAATGTTCCAAGGGAGACGTGGGAGATCGAAGCTGTGATGGCTGGAGCGCCTTG
GCCTCCCGTCACTACAGGAAACAATACTACCAAGTGATCTTAGCTTACGGAAACTAAAAA
AACTGCTTTAGAAACTCAATAATAAAACCCCCTTTATATAATGGGGAATAAGAATCTGAG
AACTATTAGCTACATTTGTTCATCTATCTTAGTATGTTCTACTTTGTT

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL5964Contig1 839 2 8 U
GGATAACATTCAATTAATTAAAAAATCGTAAAGAAAGAAGAAAAAAAGCATGTATAAAAG
AGAAAAAGTAGTTTCCTTCTCTATTATTCTTCTGATACCTTTGTTAATTTTCACGGGTAA
TTTATAACACAGTTTATAAGTGTTGTGAATGGTTTATGGTTTTGCAATTTATAGATTTTT
ATGTATTCTCTATTTTTGTCAACTTCTATTCTCACTTAAAGTCACTATTTCAATAGAAAG
AATAAATGCTTATAGTCATAAAGATTTCGAGCGCCGTTGTCGTGGAAGTCCACTCAAAAA
TGCACCGCCGGATATGTGTACGAAACTAAATGCTCGTGCTGAATGTGTGCGTCGTTGCAA
GGCGTCATCCGGAAAAACCGGATTTGTAAGAGGTGATGTGTTGTTAGGAACAATGTTCAC
TATTGCCACTGCTACATGTTTATATGCGCTCCACCAGCACCACCCATGCTTCCTGGCAAG
AACGGAAAATAAATATATATACATCTATATTTGTTTATTCCAATAACTTCTCATTAATAC
TATTTTTAATATGAAACTATAAAATAAGATCTTTTGGTTTTTAAACAAGAAATAATAACT
ATATATTTATATTATCTCCATCTATTTATAGATCAGCGGGAAAAATATAATTTATAATTT
GTTGTAAAACTTAATGTGTTTCTATAGATCAGCAAAAAATAATATTCGTAGAAAGTATTT
CACCTCTATGGATTTGCAATAATACAGAATTCACATTAAATGTGACTTCCTTTGTAAATC
GCCAACTTATTATTTTGTAAGAGGCTCATGTACTAATAAAGCAATTTTTTTTCTTTTGC


BQ
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AF RR3DY76TF U 1
AF RR3AY96TF U 548
BS 1 644 RR3DY76TF
BS 645 645 RR3AY96TF
BS 646 698 RR3DY76TF
BS 699 699 RR3AY96TF
BS 700 738 RR3DY76TF
BS 739 739 RR3AY96TF
BS 740 748 RR3DY76TF
BS 749 839 RR3AY96TF

RD RR3DY76TF 753 0 0
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AGAAAAAGTAGTTTCCTTCTCTATTATTCTTCTGATACCTTTGTTAATTTTCACGGGTAA
TTTATAACACAGTTTATAAGTGTTGTGAATGGTTTATGGTTTTGCAATTTATAGATTTTT
ATGTATTCTCTATTTTTGTCAACTTCTATTCTCACTTAAAGTCACTATTTCAATAGAAAG
AATAAATGCTTATAGTCATAAAGATTTCGAGCGCCGTTGTCGTGGAAGTCCACTCAAAAA
TGCACCGCCGGATATGTGTACGAAACTAAATGCTCGTGCTGAATGTGTGCGTCGTTGCAA
GGCGTCATCCGGAAAAACCGGATTTGTAAGAGGTGATGTGTTGTTAGGAACAATGTTCAC
TATTGCCACTGCTACATGTTTATATGCGCTCCACCAGCACCACCCATGCTTCCTGGCAAG
AACGGAAAATAAATATATATACATCTATATTTGTTTATTCCAATAACTTCTCATTAATAC
TATTTTTAATATGAAACTATAAAATAAGATCTTTTGGTTTTTAAACAAGAAATAATAACT
ATATATTTATATTATCTCCATCTATTTATAGATCAGCGGGAAAA*TATAATTTATAATTT
GTTGTAAAACTTAATGTGTTTCTATAGATCAGCAAAAA*TAATATTCGTAGAAAGTATTT
CACCTCTATGGATTTGCA*TAATACAGA
TTCAC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3AY96TF 292 0 0
AATATGAAACTATAAAATAAGATCTTTTGGTTTTTAAACAAGAAATAATAACTATATATT
TATATTATCTCCATCTATTTATAGATCAGCGGGAAAAATATAATTTATAATTTGTTGTAA
AACTTAATGTGTTTCTATAGATCAGCAAAAAATAATATTCGTAGAAAGTATTTCACCTCT
ATGGATTTGCAATAATACAGAATTCACATTAAATGTGACTTCCTTTGTAAATCGCCAACT
TATTATTTTGTAAGAGGCTCATGTACTAATAAAGCAATTTTTTTTCTTTTGC

QA 1 292 1 292
DS 



AS 1 2

CO CL5965Contig1 1362 2 8 U
GCTGCACGAATGATTTTGGCTGGTATCCCACTTGACGAACCACACTTGAAGGATCAACTC
TCTATTTTTTCAAAAATAGAGAAGAAAGATCTCAAAGCAGGAAGGCTTCCTGTGAGTGAA
TCGTATTATCTCATGGGTACAGTTGATCCCACCGGAGAGTTAAAGGAAGATGAAGTCTGT
GTCATCCTCGAGCCTGGCCAAATCTCAGGGAATGTGCTAGTTTACAGGAATCCTGGACTA
CATTTTGGGGACATACATGTACTTAAGGCTACTCATGTTAAGGCCTTGGAGGAGTATGTT
GGAAACTCAAAGTATGGTGTGTTCTTCCCTCAGAAAGGTCGTAGATCTTTGGCTGATGAG
ATTGCAGGTGGTGACTTTGATGGCGATTTGTATTTCATATCTAGAAATCCAGAGCTACTT
GAACACTTCAAACCAAGTGAGCCGTGGGTGCGTTCAACCCTTCCTAATAACATTTACTCT
GCTAAAAAGCCAAGCCAGATTTCACCAGAAGAGTTGGAAGAAGAGCTTTTCAATATGTAC
TTGAAGACAAGATTCCATGCTAGCAATGTTGTAGGGATGGCTGCTGATAGATGGTTAACA
ATAATGGACCAGTTCCTCACAGTGGGAGATGAGAAGGCTGAAGAAAAAGCTGAAATGAAG
AAGCAAATGTTAAAGATCATTGATATGTACTATAATGCTCTTGATGCACTTAAGCAAGGT
GCTAAAGTCAATCTCCCAGAGGAGCTGAAGCCTGACTTTTTCCCTCATTACATGGAGCGT
GATCAGAAATTCAAGTCCACTTCTATTCTTGGAATGATCTATGACTTTGTTAATTCATAT
ACAGCAGAGGAACACAAACCATCAGCTGAGATGAGTAAACTCTCTTGTTTCGGAGATGAG
CCGGTCTCTGATCATCATATGGAGAAATGTGGACATTGGTATGAAAAGTACAGAAAGGAG
ATGAGGCAGGCGATGGGTAACAAAGATGAATCAGCCAATGAAGTTATCCAGAGATACAAG
CAGGAGTTCTACAGTGCTGCAGCGTTTGAAGAGCTTTATCCGCAAGCCTTGGCACTTTAC
AACATCGTTTACGATCATGCAGTCAAAATGAACAACCCTCGAAACTGTGGGTTTGTGTGG
AAGGTTGCAGGACCGGTCCTGTGCAGGTTCTACATTAAGAAAACGGAGGAAAATTCCTTA
GTGTGTCCACTCGGTGTGTTTAAGAAGATGCTTTTGGGTTGATCACAAAAAGCACATGTT
ATCCGCCCTGTTTTGTAATATAAATAAGCCTTTCGTTGTGATCATGTAAAGATAAGAAGC
GTGTGAGTCAAGTATCCTACTTTAGTAAAGACCTATTTGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C313TF U 1
AF RR3C313JQ C 581
BS 1 636 RR3C313TF
BS 637 637 RR3C313JQ
BS 638 647 RR3C313TF
BS 648 648 RR3C313JQ
BS 649 763 RR3C313TF
BS 764 764 RR3C313JQ
BS 765 787 RR3C313TF
BS 788 1362 RR3C313JQ

RD RR3C313TF 787 0 0
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TCTATTTTTTCAAAAATAGAGAAGAAAGATCTCAAAGCAGGAAGGCTTCCTGTGAGTGAA
TCGTATTATCTCATGGGTACAGTTGATCCCACCGGAGAGTTAAAGGAAGATGAAGTCTGT
GTCATCCTCGAGCCTGGCCAAATCTCAGGGAATGTGCTAGTTTACAGGAATCCTGGACTA
CATTTTGGGGACATACATGTACTTAAGGCTACTCATGTTAAGGCCTTGGAGGAGTATGTT
GGAAACTCAAAGTATGGTGTGTTCTTCCCTCAGAAAGGTCGTAGATCTTTGGCTGATGAG
ATTGCAGGTGGTGACTTTGATGGCGATTTGTATTTCATATCTAGAAATCCAGAGCTACTT
GAACACTTCAAACCAAGTGAGCCGTGGGTGCGTTCAACCCTTCCTAATAACATTTACTCT
GCTAAAAAGCCAAGCCAGATTTCACCAGAAGAGTTGGAAGAAGAGCTTTTCAATATGTAC
TTGAAGACAAGATTCCATGCTAGCAATGTTGTAGGGATGGCTGCTGATAGATGGTTAACA
ATAATGGACCAGTTCCTCACAGTGGGAGATGAGAAG*CTGAAGAAAA*GCTGAAATGAAG
AAGCAAATGTTAAAGATCATTGATATGTACTATAATGCTCTTGATGCACTTAAGCAAGGT
GCTAAAGTCAATCTCCCAGAGGAGCTGAAGCCTGACTTTTTCC*TCATTACATGGAGCGT
GATCAGA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3C313JQ 782 0 0
CTGCTGATAGATGGTTAACAATAATGGACCAGTTCCTCACAGTGGGAGATGAGAAGGCTG
AAGAAAAAGCTGAAATGAAGAAGCAAATGTTAAAGATCATTGATATGTACTATAATGCTC
TTGATGCACTTAAGCAAGGTGCTAAGGTCAATCTCCCAGAGGAGCTGAAGCCTGACTTTT
TCCCTCATTACATGGAGCGTGATCAGAAATTCAAGTCCACTTCTATTCTTGGAATGATCT
ATGACTTTGTTAATTCATATACAGCAGAGGAACACAAACCATCAGCTGAGATGAGTAAAC
TCTCTTGTTTCGGAGATGAGCCGGTCTCTGATCATCATATGGAGAAATGTGGACATTGGT
ATGAAAAGTACAGAAAGGAGATGAGGCAGGCGATGGGTAACAAAGATGAATCAGCCAATG
AAGTTATCCAGAGATACAAGCAGGAGTTCTACAGTGCTGCAGCGTTTGAAGAGCTTTATC
CGCAAGCCTTGGCACTTTACAACATCGTTTACGATCATGCAGTCAAAATGAACAACCCTC
GAAACTGTGGGTTTGTGTGGAAGGTTGCAGGACCGGTCCTGTGCAGGTTCTACATTAAGA
AAACGGAGGAAAATTCCTTAGTGTGTCCACTCGGTGTGTTTAAGAAGATGCTTTTGGGTT
GATCACAAAAAGCACATGTTATCCGCCCTGTTTTGTAATATAAATAAGCCTTTCGTTGTG
ATCATGTAAAGATAAGAAGCGTGTGAGTCAAGTATCCTACTTTAGTAAAGACCTATTTGT
AT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL5966Contig1 1212 2 2 U
GGGGATCTCCCAAAATTCGCTTCTCTATTCGTTTGCCCCCACCAAATAAATTTTAGATTC
TATTAATTTTAATTTGATTTTAATTTGTTTTTTTAGTTTTAGTTTCAGAACTTGAATATA
TACATCCTTCCTCATCATCGTATTGGAACAGAAAAAAAAACCCTAATAAGAACGAAGCGA
CAGAAAAAGAAAGAAACAAATCTTTGGGAGCCACCTCCTCTCTCTTTTGTTGTGGTGTTC
CTCATCGAGTTAGAGCTAAGAGTGATTTTATTCGTTTTCCTCTTCAGGTGGATCTGTTGA
GTTTGCTGAAAACTTTTTAGGACTTCGTGCTGCAGATTCCAGCTACGAGGAGAGAAGAAG
ATCTTATGAGACGTTCAATCTCTCATTAAAGAAAACGTTGCTGGTCTTTTTATTATTAGG
CAGAGCAGATGGATGAAAACAATGCTGCAAAGTTAGGCGGAATCAGGCAGATCGTGAGAC
TAAAGGAGATTTTGCAGAAATGGCAAACTGCAACCATTGGCCCCAAGTCAGATATCGCTC
CATTAGCAGCTGGAAAGCAAGCGGCGGCAATGATCTCACCGGTTATCAACAAGAGGCTAT
TTGCCGTCAAGAATTGTGACTCGGATGAGGAGAACTGCCAAAGCCCCGAGCCTCCCGTTG
ATGTTCCCAAAGGGTATCTAGCGGTTTATGTTGGACCGGAGCTAAGGAGGTTTATCATAC
CAACAACTTATCTTAGCCACTCTTTGTTCAAGGTGTTGCTCGAGAAGGCAGAGGAAGAGT
TTGGGTTTGATCAGAGTGGTGCACTCACCATCCCTTGCGAGGTCGAGACTTTCAAGTTTT
TAATCAAATGCATGGAGAACAATCCTATAGATTATCACCCTGAAGACACTCCCGCTGGGG
ATGATGCAGTAGCAGCAAATGAGGACTAAATACAAATCAAGTGATGAACAACTCTTAAAA
ACTCTTCTTTTGTTATTATGGTTATTGTTATCCTTTATTATCATTTTAATCATATGGAAT
TGTTAGGGATCATTACTATGGGGTGTAATTGCAAAATCAGATTATCTTTGTATTTTCCTG
GTTCTTATTTTCTTCTCCATTATTTTTGAAGGAGGGATTTAAGTTTTCTTTTTAGATATA
CATGTTAGATGTGAACAGATTTGGTGGACGAAATGTGATACGAGATTAAACATGAACACA
ACCTCTTGTACG


BQ
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AF RR3DP96TF U 1
AF RR3DP96JQ C 506
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BS 693 1212 RR3DP96JQ

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TATTAATTTTAATTTGATTTTAATTTGTTTTTTTAGTTTTAGTTTCAGAACTTGAATATA
TACATCCTTCCTCATCATCGTATTGGAACAGAAAAAAAAACCCTAATAAGAACGAAGCGA
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CTCATCGAGTTAGAGCTAAGAGTGATTTTATTCGTTTTCCTCTTCAGGTGGATCTGTTGA
GTTTGCTGAAAACTTTTTAGGACTTCGTGCTGCAGATTCCAGCTACGAGGAGAGAAGAAG
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CAGAGCAGATGGATGAAAACAATGCTGCAAAGTTAGGCGGAATCAGGCAGATCGTGAGAC
TAAAGGAGATTTTGCAGAAATGGCAAACTGCAACCATTGGCCCCAAGTCAGATATCGCTC
CATTAGCAGCTGGAAAGCAAGCGGCGGCAATGATCTCACCGGTTATCAACAAGAGGCTAT
TTGCCGTCAAGAATTGTGACTCGGATGAGGAGAACTGCCAAAGCCCCGAGCCTCCCGTTG
ATGTTCCCAAAGGGTATCTAGCGGTTTATGTT

QA 1 692 1 692
DS 

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GGCAATGATCTCACCGGTTATCAACAAGAGGCTATTTGCCGTCAAGAATTGTGACTCGGA
TGAGGAGAACTGCCAAAGCCCCGAGCCTCCCGTTGATGTTCCCAAAGGGTATCTAGCGGT
TTATGTTGGACCGGAGCTAAGGAGGTTTATCATACCAACAACTTATCTTAGCCACTCTTT
GTTCAAGGTGTTGCTCGAGAAGGCAGAGGAAGAGTTTGGGTTTGATCAGAGTGGTGCACT
CACCATCCCTTGCGAGGTCGAGACTTTCAAGTTTTTAATCAAATGCATGGAGAACAATCC
TATAGATTATCACCCTGAAGACACTCCCGCTGGGGATGATGCAGTAGCAGCAAATGAGGA
CTAAATACAAATCAAGTGATGAACAACTCTTAAAAACTCTTCTTTTGTTATTATGGTTAT
TGTTATCCTTTATTATCATTTTAATCATATGGAATTGTTAGGGATCATTACTATGGGGTG
TAATTGCAAAATCAGATTATCTTTGTATTTTCCTGGTTCTTATTTTCTTCTCCATTATTT
TTGAAGGAGGGATTTAAGTTTTCTTTTTAGATATACATGTTAGATGTGAACAGATTTGGT
GGACGAAATGTGATACGAGATTAAACATGAACACAACCTCTTGTACG

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL5967Contig1 1134 2 2 U
TTTTTTCCCGGTGGCGAAAACCACCTCATACGGAGTAGATACGTCGTCGTTTAGTGTGTC
CGCCAAGCACGTGCTTAAAGCGAGCTTATCAGACACAAGTCACGATTACTACACGATTGG
TACGTACGATCAAGTGAGAGATCAGTACGTACCGGACGATGGTTTTGTCCAGGACGATAC
GGCTCCGAGGTATGATTACGGTAAATTTTACGCGTCGAAGACTTTTTACGACTCGGTTAA
TCGACGGAGGATCTTGTGGGGTTGGGTCAATGAGTCGTCGCCTGAGAAGGATAACATCAA
AAAGGGTTGGGCCGGTTTGCAGGCGATTCCAAGGAAAATATGGCTTGATGAATCAGGAAA
GAGACTGACGCAATGGCCAGTTAAGGAAATAGAGAGTTTACGTACTGCGCAAGTCAAGTG
GGAAAACAAAGTTTTGAAAGGAGGAGGATCTTTACTTGACGTGCATGGGATCACAGCTTC
ACAAGCAGACGTGGAGGTTTTGTTCAAAGTGAGTGGTTTAGAGAAAGCTGATGTGATTGA
ACCGAGTTGGACCGACCCACAATTGATTTGCAGCCAGAAGAATGCATCGTCGGTTAAATC
TGGTTTAGGTCCATTCGGTTTAGTGGTGCTAGCCTCCAAGAACTTGGAAGAGTACACATC
AGTCTATCTAAGAATCTTCAAAGCTGGTCAGAAGAGTAAGGACCATGTGGTGGTCATGTG
TAGTGACCAAAGCAGATCGAGTTTGGACAAAGGGAATAATGATAAAACATCATATGGTGC
ATTTCTTGATATATCTCCTTACCAACCGATCTCTCTCAGGACTTTGATTGATAATTCAAT
AGTGGAGAGCTTTGGTGGGAAAGGGAAAACATGTATTACCTCAAGAGTTTACCCAAAATT
GACAACAGGAGAAAATACACATCTTTTTGTATTTAACAATGGATCTCAGAATGTTGATGT
TTTAAGCTTAAGTGCTTGGAGCATGAAGTCTTCTCTCTAAAATCACTTCTTCATGTGTAA
GAGATTCTTGAAACTCTTGGCGCGTCTGTAATAAAATAAAAAGCATATTTAAGTTAGAGA
ATGTGAAGCTCCTCTTTTAATTTGCAAACTCCATTGAAACAAACCCTTTCTTTT


BQ
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AF RR3CP73TF U 1
AF RR3CP73JQ C 388
BS 1 573 RR3CP73TF
BS 574 1134 RR3CP73JQ

RD RR3CP73TF 573 0 0
TTTTTTCCCGGTGGCGAAAACCACCTCATACGGAGTAGATACGTCGTCGTTTAGTGTGTC
CGCCAAGCACGTGCTTAAAGCGAGCTTATCAGACACAAGTCACGATTACTACACGATTGG
TACGTACGATCAAGTGAGAGATCAGTACGTACCGGACGATGGTTTTGTCCAGGACGATAC
GGCTCCGAGGTATGATTACGGTAAATTTTACGCGTCGAAGACTTTTTACGACTCGGTTAA
TCGACGGAGGATCTTGTGGGGTTGGGTCAATGAGTCGTCGCCTGAGAAGGATAACATCAA
AAAGGGTTGGGCCGGTTTGCAGGCGATTCCAAGGAAAATATGGCTTGATGAATCAGGAAA
GAGACTGACGCAATGGCCAGTTAAGGAAATAGAGAGTTTACGTACTGCGCAAGTCAAGTG
GGAAAACAAAGTTTTGAAAGGAGGAGGATCTTTACTTGACGTGCATGGGATCACAGCTTC
ACAAGCAGACGTGGAGGTTTTGTTCAAAGTGAGTGGTTTAGAGAAAGCTGATGTGATTGA
ACCGAGTTGGACCGACCCACAATTGATTTGCAG

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3CP73JQ 747 0 0
AATAGAGAGTTTACGTACTGCGCAAGTCAAGTGGGAAAACAAAGTTTTGAAAGGAGGAGG
ATCTTTACTTGACGTGCATGGGATCACAGCTTCACAAGCAGACGTGGAGGTTTTGTTCAA
AGTGAGTGGTTTAGAGAAAGCTGATGTGATTGAACCGAGTTGGACCGACCCACAATTGAT
TTGCAGCCAGAAGAATGCATCGTCGGTTAAATCTGGTTTAGGTCCATTCGGTTTAGTGGT
GCTAGCCTCCAAGAACTTGGAAGAGTACACATCAGTCTATCTAAGAATCTTCAAAGCTGG
TCAGAAGAGTAAGGACCATGTGGTGGTCATGTGTAGTGACCAAAGCAGATCGAGTTTGGA
CAAAGGGAATAATGATAAAACATCATATGGTGCATTTCTTGATATATCTCCTTACCAACC
GATCTCTCTCAGGACTTTGATTGATAATTCAATAGTGGAGAGCTTTGGTGGGAAAGGGAA
AACATGTATTACCTCAAGAGTTTACCCAAAATTGACAACAGGAGAAAATACACATCTTTT
TGTATTTAACAATGGATCTCAGAATGTTGATGTTTTAAGCTTAAGTGCTTGGAGCATGAA
GTCTTCTCTCTAAAATCACTTCTTCATGTGTAAGAGATTCTTGAAACTCTTGGCGCGTCT
GTAATAAAATAAAAAGCATATTTAAGTTAGAGAATGTGAAGCTCCTCTTTTAATTTGCAA
ACTCCATTGAAACAAACCCTTTCTTTT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL5968Contig1 855 2 4 U
GGTGGAGGCAAAAGCTGGAGCTGGATCTGCAACACTTTCAATGGTAAAAGATCAAACCAA
ACTTACTTTTAAACTACATAATCATCACTTGGTTCTTCTCTTGAACAATGTCATGAATAT
ACGTGGAATGTACTACTACTGCTACAGGCATATGCTGCAGCAAAGTTTGCAGATGCTTGC
CTTCGCGGGTTGAGAGGAGATGCGAATGTCATTGAGTGCTCTTTTGTTGCTTCACAGGTG
TTAATCATATCCATCTTTTAATGGAAAGTATTTTTTCATTCTCTAAAGAATTTGATTTTG
TAAATGGTGGCTTTCTTTGCAAGCAAAGGTGACAGAGTTAGCTTTCTTTGCAACCAAAGT
GCGTCTTGGACGTACAGGAGCAGAAGAAGTGTTTCAGCTTGGGCCTTTGAACGAATACGA
AAGGTCTCAAAACATTCTCTCTTCTCTTCATAAAAGAAAGCAAAGAGAGATATTTTATCT
TTGATTTTTCTTTCACAATATCTACAGGGTTGGTCTAGAGAAAGCAAAAGAAGAACTAGC
TGGAAGTATTCAGAAAGGCGTGGACTTCATCAGGAAATGAAATTAAGAATAATCAGAGAG
AAAAATAAGATCTTCTTCCTTCCTAAAATCATATGATCATGTACTACTGCTCACTCATCA
TGCCTATGTCCTGCTTTCTTCTTCTTTTTCTTCTTCAACTTTGTAAAAAAATGTTTGTAT
AACTCTGTGGCTTCTTAAACGCACTTCTCTATGGGTTTATGATGAAAGTAAGTTTTAACA
TTAAAGATGTCAACAGCTTCTCAAAACCGACCAACTTAGGATTAGCTAAACACAAAACAA
TTGGTAGTTTTTATC


BQ
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AF RR3BF28JQ C 1
AF RR3BF28TF U 1
BS 1 819 RR3BF28TF
BS 820 820 RR3BF28JQ
BS 821 845 RR3BF28TF
BS 846 855 RR3BF28JQ

RD RR3BF28JQ 855 0 0
GGTGGAGGCAAAAGCTGGAGCTGGATCTGCAACACTTTCAATGGTAAAAGATCAAACCAA
ACTTACTTTTAAACTACATAATCATCACTTGGTTCTTCTCTTGAACAATGTCATGAATAT
ACGTGGAATGTACTACTACTGCTACAGGCATATGCTGCAGCAAAGTTTGCAGATGCTTGC
CTTCGCGGGTTGAGAGGAGATGCGAATGTCATTGAGTGCTCTTTTGTTGCTTCACAGGTG
TTAATCATATCCATCTTTTAATGGAAAGTATTTTTTCATTCTCTAAAGAATTTGATTTTG
TAAATGGTGGCTTTCTTTGCAAGCAAAGGTGACAGAGTTAGCTTTCTTTGCAACCAAAGT
GCGTCTTGGACGTACAGGAGCAGAAGAAGTGTTTCAGCTTGGGCCTTTGAACGAATACGA
AAGGTCTCAAAACATTCTCTCTTCTCTTCATAAAAGAAAGCAAAGAGAGATATTTTATCT
TTGATTTTTCTTTCACAATATCTACAGGGTTGGTCTAGAGAAAGCAAAAGAAGAACTAGC
TGGAAGTATTCAGAAAGGCGTGGACTTCATCAGGAAATGAAATTAAGAATAATCAGAGAG
AAAAATAAGATCTTCTTCCTTCCTAAAATCATATGATCATGTACTACTGCTCACTCATCA
TGCCTATGTCCTGCTTTCTTCTTCTTTTTCTTCTTCAACTTTGTAAAAAAATGTTTGTAT
AACTCTGTGGCTTCTTAAACGCACTTCTCTATGGGTTTATGATGAAGGTAAGTTTTAACA
TTAAAGATGTCAACAGCTTCTCAAAACCGACCAACTTAGGATTAGCTAAACACAAAACAA
TTGGTAGTTTTTATC

QA 1 855 1 855
DS 

RD RR3BF28TF 845 0 0
GGTGGAGGCAAAAGCTGGAGCTGGATCTGCAACACTTTCAATGGTAAAAGATCAAACCAA
ACTTACTTTTAAACTACATAATCATCACTTGGTTCTTCTCTTGAACAATGTCATGAATAT
ACGTGGAATGTACTACTACTGCTACAGGCATATGCTGCAGCAAAGTTTGCAGATGCTTGC
CTTCGCGGGTTGAGAGGAGATGCGAATGTCATTGAGTGCTCTTTTGTTGCTTCACAGGTG
TTAATCATATCCATCTTTTAATGGAAAGTATTTTTTCATTCTCTAAAGAATTTGATTTTG
TAAATGGTGGCTTTCTTTGCAAGCAAAGGTGACAGAGTTAGCTTTCTTTGCAACCAAAGT
GCGTCTTGGACGTACAGGAGCAGAAGAAGTGTTTCAGCTTGGGCCTTTGAACGAATACGA
AAGGTCTCAAAACATTCTCTCTTCTCTTCATAAAAGAAAGCAAAGAGAGATATTTTATCT
TTGATTTTTCTTTCACAATATCTACAGGGTTGGTCTAGAGAAAGCAAAAGAAGAACTAGC
TGGAAGTATTCAGAAAGGCGTGGACTTCATCAGGAAATGAAATTAAGAATAATCAGAGAG
AAAAATAAGATCTTCTTCCTTCCTAAAATCATATGATCATGTACTACTGCTCACTCATCA
TGCCTATGTCCTGCTTTCTTCTTCTTTTTCTTCTTCAACTTTGTAAAAAAATGTTTGTAT
AACTCTGTGGCTTCTTAAACGCACTTCTCTATGGGTTTATGATGAAAGTAAGTTTTAACA
TTAAAGATGTCAACAGCTTCTCAAAACCGACCAACTTAG*ATTAGCTAAACACAAAACAA
TTGGT

QA 1 845 1 845
DS 



AS 1 2

CO CL5969Contig1 339 2 2 U
GCATTTCCACCAGAATGGGGTGTTGGCGCATACTTTGGAGCCGAGTGCCAGAAACGCGGG
ATGTTAGTCCGCGTTGCAGGTGATAGCATAATGATGTCTCCACCGCTCATTATCTCACCT
GAAGAGATCGATGAGTTGATAACAATCTACGGGGAAGCACTGAAATCTACAGAAGAGAGG
GTAAAAGAACTCAAGACTGAGCAAAAGAAGTGAGAAGCAAATAAACCAAAAGAAGTTGTT
TAGAATCTCCTATCTCTCTTCTTGAACTGTTTACCATTTTGCTGCTTTGCACAATGCACA
TTTTCAGTTATATGCATAATAAATCATCCAACTTTAGTT


BQ
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AF RR3E025TF U 1
AF RR3E025JQ C 1
BS 1 186 RR3E025TF
BS 187 339 RR3E025JQ

RD RR3E025TF 186 0 0
GCATTTCCACCAGAATGGGGTGTTGGCGCATACTTTGGAGCCGAGTGCCAGAAACGCGGG
ATGTTAGTCCGCGTTGCAGGTGATAGCATAATGATGTCTCCACCGCTCATTATCTCACCT
GAAGAGATCGATGAGTTGATAACAATCTACGGGGAAGCACTGAAATCTACAGAAGAGAGG
GTAAAA

QA 1 186 1 186
DS 

RD RR3E025JQ 339 0 0
GCATTTCCACCAGAATGGGGTGTTGGCGCATACTTTGGAGCCGAGTGCCAGAAACGCGGG
ATGTTAGTCCGCGTTGCAGGTGATAGCATAATGATGTCTCCACCGCTCATTATCTCACCT
GAAGAGATCGATGAGTTGATAACAATCTACGGGGAAGCACTGAAATCTACAGAAGAGAGG
GTAAAAGAACTCAAGACTGAGCAAAAGAAGTGAGAAGCAAATAAACCAAAAGAAGTTGTT
TAGAATCTCCTATCTCTCTTCTTGAACTGTTTACCATTTTGCTGCTTTGCACAATGCACA
TTTTCAGTTATATGCATAATAAATCATCCAACTTTAGTT

QA 1 339 1 339
DS 



AS 1 2

CO CL5970Contig1 1490 2 2 U
GGAGACCAGAGAGACTGAGAGGAAGCTCTTATCTTCTTCTCCTCCAATGTCGAGAGGACC
AGGTCGGTTGATACAGAACGTGACACAGTTCGCTGATGCTCAGTTCAAGCAGTTCTCGAC
TCGCCATGGACAAAAAGTCATAGACATCCTCGACTTCCCAATCAAACTCGTCTTGTCTCC
TTTCACTCTCGCCTTCGACATCGCCGGCTCTGCTCCTCGCGGCTTTGGCATCCCCGAACT
CATCTCCAAGATATCCTATCTCTCTGTTTTCGCGGTTGCTACGCTTGGGACTTATGACAT
TGCCTTGGACTTGGGGAAGAAAGTCATCTGCCGAAGGGATTGCAAAACATGTAACGGGTG
GCAGGCGTTACGGTGCACCATGTGCAAAGGAACAGGGAGTGTTCACTACCAGATCAAAGA
TTATAACTTGAGAAGTGGAGAGAAGCCAACAGCAGAATGTGTAGCAGATGCCATAGTTGA
CAATCGCGCTGAGTTGGTTCATCTCCCTTCCTCCATCAACCTTACTGCACCCTTGCCAAC
GAAAGACTGTCCAACTTGTGATGGAACAGGTGTGATGAGCTGTACTGAGTGCAAGAATAA
GCTGCAAGTCAGGATCTCAGCTGATGATATCATGGAACCTCCATGGAAAGCATACAATGT
CCTGCGGAAGATGGATTATCCCTACGAGCATATTGTTCACAGCATGAAAGATCCAAGCAT
CGCAAATTTCTGGTTGATCACTTTGCCTCAGATTGTGGGTGGGTTTGATTATGATGAAGA
TATCAAGAAGAAAATATGGTTGCAATACGAGGAATCAATGCGCTATGATCAACTTAGGGA
CTTGGTGGCTAAGAGAAACCCTGGCTGGGAATATTTGCAGGATGCCTTGTTCTCCATTGA
TCCTGTCCGTGCTCAGGAAGACCCCGTCATTGTGAAAAATGTACCTTTTTACAAGGCTAA
GAAAGCTCTGGAGGCTGAAGTCACAAAGCTCAATCCGCCTCCTCGTCCTCAGCACTGGGG
TGAACTGAATCTCCCACTGAATACTTCCTCTTGGAGTGAAGAGGATCTCAAAAACCCAGC
AAAGCTGTACGAGAAGACAGTTCTTCTCAATGCGCAAAGGGAAATCGCTGACAAGATCTT
GGATGCACAATGGGAAGCTAAATGGCGTCAAGAGAAGGTAGAGGAAATGCTGGAGGAGAA
AGTGAGACCGTTCGTCCAAGACTCAAGCATGTCTGTTCTTCCCCAGCCCATCTTGTTAAA
GTCTCAGAAGACTAATCCAAAGGGGAACCGGCAAAGGAAGTGGTGGTTCTTTTAACCGTC
CCGGTTCATCGAAACAGAGCTAGAGATAAATGGATTTTTGAATCGAGTTTGTGCTTCATT
TATGAAAATATGTTTTCACAATTACTTGGGGAGTCTATTACACTTGTGACTTGAGTCAGT
CAATCTTTATATTAAAAATATTTGTTGTTGAGGACATCTTTATATGACCG


BQ
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AS 1 2

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GCTCCTGATCCTCCAAATCCTGAAGAGCTCCCTGTGGTTTGCAGGGATGCTATGATCGAA
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AACTCTTTCCTCACTGTTTTTCTTCAAGACCAAGTCGGTGGCCTTCAGATTCATCATCAA
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ATGCATATCTATTTGGTCAGTCCTTGTTACATTGTCACT


BQ
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AF RR3BQ22TF U 1
AF RR3BQ22JQ C 575
BS 1 713 RR3BQ22TF
BS 714 714 RR3BQ22JQ
BS 715 736 RR3BQ22TF
BS 737 737 RR3BQ22JQ
BS 738 742 RR3BQ22TF
BS 743 743 RR3BQ22JQ
BS 744 767 RR3BQ22TF
BS 768 1359 RR3BQ22JQ

RD RR3BQ22TF 782 0 0
GGAAAGAACGAAAACGCACAGAAACCACTTGATACTTCTAGAGTCATATCAAGATCCAGA
TTACGATAAACGTTCTTCTTCAATCTTCACATAACCTTCGTGAGAAAATCTTTAAAATTA
GGTTAAAAATACAAACATATGGAGACCAAAGACTTCGACACTTACAGTGAGCGCAAAGCT
TTCGATGAGACGAAAGAAGGTGTCAAAGGCCTCGTCGATGCTCATATCACCGAGATTCCT
CGCATATTCCGTCTCCCTCAAGACTTCTTATCCGACAAGAAACCTTCTGTTTCCTCCTCT
GATCCCGCAATCCCTATCATCGACTTTACAGACGTCCACGTCTCGCGTGAACATATCGTT
GAGAAGATCAAAGACGCTGCAGGGAACTGGGGTTTTTTCCAGGTGATCAATCATGGCGTT
CCTTTAACCGTTCTTGAAGAGATTCAAGAAGGAGTTCGAAGGTTCTTTGAGCAAGATCCC
GAGGTTAAGAAAGCTTACTTCACTCGCGATGCCGCCAAGACATTTGTATACAATAGTAAC
TTTGATCTGTATGGCTCTTCTTTATGCGTTGGCTGGAGAGACAGCTTCGCTTGTTACATG
GCTCCTGATCCTCCAAATCCTGAAGAGCTCCCTGTGGTTTGCAGGGATGCTATGATCGAA
CACACGAAGCATATAAAGAGCTTAGGTGTCTTGCTTTTTGAACTCTTGTCGGA*GCTCTC
GGTTTGAGCTCTGATA*GCTTA*GAGCATGGACTGTATGAAGGGTTT
CTATGATATGCCACT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3BQ22JQ 785 0 0
T
GAGAGACAGCTTCGCTTGTTACATGGCTCCTGATCCTCCAAATCCTGAAGAGCTCCCTGT
GGTTTGCAGGGATGCTATGATCGAACACACGAAGCATATAAAGAGCTTAGGTGTCTTGCT
TTTTGAACTCTTGTCGGAAGCTCTCGGTTTGAGCTCTGATAAGCTTAAGAGCATGGACTG
TATGAAGGGTTTTCTTATGATATGCCACTACTACCCTCCATGTCCTCAACCTGACTTAAC
CATCGGCACAAATAACCATTCAGACAACTCTTTCCTCACTGTTTTTCTTCAAGACCAAGT
CGGTGGCCTTCAGATTCATCATCAAGACCATTGGGTCGATGTTACACCTATTCCCGGGGC
CCTTGTTATCAACATAGGAGATTTCTTACAGCTTATAACCAACGACAAGTTCATAAGCGC
AGAGCATAGGGTGCTTTCAAACAGAAATGAAACGAGGATTTCAGTAGCAAGCTTTTTCAG
CACGAGTATGCTTCCGAATGCAACTGTTTATGGCCCAATCAAAGAGCTTCTCTCTGAAGA
AAACCCTCCAAAATACAGAGAGTTTACTTTAGAAGAGTATACAAAAGGATACTTTAAAAA
GGGCCTTGATGGAACATCTTATCTGTCCAATTTCAAGATATGACAAAGAACAATACAAAA
CGTCTTTACAAAAATAGTACAAAACGCCTGGTATGTTGTAACTTGTAATATATTTGTTGT
AACTTGTAAGATATTTTTGTATTTCATGCATATCTATTTGGTCAGTCCTTGTTACATTGT
CACT

QA 2 785 2 785
DS 



AS 1 2

CO CL5972Contig1 748 2 3 U
TCTTTTATTCTTCTCTCAGCTTACTTGTTGCTGCTGCTGATTACCACCGTACATAGGATA
AGCTCCATGAGGTGCAGCACCATACATCCTCGGGTCAACAGGTGGTGCTAACATGTAACC
ATAACCATTATTGTAGTATTGTCCTCTATAGAACGGTTCAACCCATTGGTCTCCATACCC
ACCTCGAGGCTGTTTATTGCCTTGGTTACGACCCCATGAAAGGCGAACGGTTTGTTTTCC
AATTACAGAACCATTTAGTTTCTCCAAAGCCTCCTCTGCGTTTTCTCTGTTGACAAACTG
AATGAATCCACATCCTTTTCCAATTGGTATCTTGACAGAGACAATCTCACCATAAACAGC
AAATGGCTGTCTAAGATCTTCGTCAGTGACATTAGCGTCAAGTCCTCCAACAAATATTGT
TGTGTTCAATGAGTCCACATCACGTGGAGCAGCCCCACCATTTGGCATATACCCACCTTG
TTGATGGTAACCATTATTAGGCTTCCTAGGAGTGGCAGCACCGATCCTCATAGCCCTGCT
ACAGCATTTCACACCATTCATCTCCGACATAGCTTTGCTCCTCTCACCATCGTCTCCGAA
TCTCACAAAGCCATACCCCTTTGATCGACCAGTACTGCCATCAATGACGACTTTCGCAGT
CTTGACGGATGGGTATTTATCAAGGAATAGTTTATGCAACAAATCATCAGTGACTTCTGG
GGCCAAGTCACCCACGAATATAGAGTGC


BQ
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AF RR3BI48JQ U 40
AF RR3BI48TF C 1
BS 1 39 RR3BI48TF
BS 40 232 RR3BI48JQ
BS 233 748 RR3BI48TF

RD RR3BI48JQ 193 0 0
ATTACCACCGTACATAGGATAAGCTCCATGAGGTGCAGCACCATACATCCTCGGGTCAAC
AGGTGGTGCTAACATGTAACCATAACCATTATTGTAGTATTGTCCTCTATAGAACGGTTC
AACCCATTGGTCTCCATACCCACCTCGAGGCTGTTTATTGCCTTGGTTACGACCCCATGA
AAGGCGAACGGTT

QA 1 193 1 193
DS 

RD RR3BI48TF 748 0 0
TCTTTTATTCTTCTCTCAGCTTACTTGTTGCTGCTGCTGATTACCACCGTACATAGGATA
AGCTCCATGAGGTGCAGCACCATACATTCTCGGGTCAACAGGTGGTGCTAACATGTAACC
ATAACCATTATTGTAGTATTGTCCTCTATAGAACGGTTCAACCCATTGGTCTCCATACCC
ACCTCGAGGCTGTTTATTGCCTTGGTTACGACCCCATGAAAGGCGAACGGTTTGTTTTCC
AATTACAGAACCATTTAGTTTCTCCAAAGCCTCCTCTGCGTTTTCTCTGTTGACAAACTG
AATGAATCCACATCCTTTTCCAATTGGTATCTTGACAGAGACAATCTCACCATAAACAGC
AAATGGCTGTCTAAGATCTTCGTCAGTGACATTAGCGTCAAGTCCTCCAACAAATATTGT
TGTGTTCAATGAGTCCACATCACGTGGAGCAGCCCCACCATTTGGCATATACCCACCTTG
TTGATGGTAACCATTATTAGGCTTCCTAGGAGTGGCAGCACCGATCCTCATAGCCCTGCT
ACAGCATTTCACACCATTCATCTCCGACATAGCTTTGCTCCTCTCACCATCGTCTCCGAA
TCTCACAAAGCCATACCCCTTTGATCGACCAGTACTGCCATCAATGACGACTTTCGCAGT
CTTGACGGATGGGTATTTATCAAGGAATAGTTTATGCAACAAATCATCAGTGACTTCTGG
GGCCAAGTCACCCACGAATATAGAGTGC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL5973Contig1 1350 2 2 U
AATTTCAAGGTTCTTCGTATTAATAATAAGGAGAATATTTGATACAAACACCAAAATTGA
ACTAAACCGGAAAGTGTAGGTAGTAGAGAGGTAAACCAAAACAATCTCTTTTCAGGAGAG
ATCAGCAATAACACGCTCACATTTATCTTCCAATATCTTCACAGCTTCAGTAAAGAGAAC
ATCCGGAGGCAGTGATCCTGTGGACTCAATTTTAAATATAAAATGGTTCTTGACACTACG
CAGATCCACCAGGTCAACCAAGTCATGGTCTCTTATGCACTCCTTACATAGTGTGCAGTT
GCGAGGCTGTGCTACCGTTGCCCTTTTCCTACCATTGCCCATGTATTCAATGTCAAAAAC
ATTCATTGGGCAGGTTTTTACGAGTCGTTCAGCTTTCTCATCCTCAACTTCCCCTAGTAG
AACCACCTCAAGAAGCATTCGATACCAAGCTGTCCCTACTGGAGACCATTTTGCATGTGT
TTTACCAATGCCCTTAACCGCATGAGCTTCAAGTTCAATTTCCTGACCAGGGCTGAGTTT
TGATATCAAGATATCAAGGTGGCTCGGAGTGATAGGGTTATCAGCAAACTCAGGGAGAGA
ATCTTGGCTACAGCTGAATGAAGTGTAAGTTCTTGGCTTTGAGGTTGAAGTTGAATCTCC
TGATTCTTTGAGAAACTCACTTCCATTTGGTAACCATTGCAGCTCGTTCGTTAAAACATG
AAGACGTGATTGACCTTTCGGACATTTCACATGGAGTTTGAAAACGATGGTATTCTTCTC
GTTTGGCTGGTCGTTTTCGGTTAAATACTCAAAGAGCCTTGGATCTGCGGCAATAGGAAT
AAGACCAATCCTGTGAGCAAGAACTTCGTCAACAATAAGCGACGTGTTGTATGCTATAAG
CACTTTTTCAATAGCCATTGAAGGAACCTCAGCTATAAGGATCCTTCTGAAAGCATTGGC
GAATGCAGCATCGATACCGATCATATCAAACTCCATGTCTGTCTCTGTGCAACTAATCAC
ATCAACTTTGAAATCCTCATAGAAGTTTCCTAACTTCACAGTGTTGTCCACTCCCGAAGA
GACATAGCTACCCGAGTAAATGACATCTGAAGTATCAACAACGGAAGTATCTTTTTTAGA
GACGACACGGTTTTGCTTGAGTTTCAGATGCGGAGGAAGTCCGGCAGGGACGTCGGGGAG
GTCGTCGATGCAGAAGTTCTTGGCGAATATCTTGTCTTCTTGAGTCACCATGCTTCCTTT
GCGAGCAATTCAGTAGGGTGTTGCGACTTTGAGAGCTAGAGAGAGGAGAAGGTGGCGGCG
AGGGAGGAACGAACGAACGGCGGTGAAGCC


BQ
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AF RR3EN39JQ U 1
AF RR3BB49TF C 544
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BS 739 1350 RR3BB49TF

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ATCAGCAATAACACGCTCACATTTATCTTCCAATATCTTCACAGCTTCAGTAAAGAGAAC
ATCCGGAGGCAGTGATCCTGTGGACTCAATTTTAAATATAAAATGGTTCTTGACACTACG
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ATTCATTGGGCAGGTTTTTACGAGTCGTTCAGCTTTCTCATCCTCAACTTCCCCTAGTAG
AACCACCTCAAGAAGCATTCGATACCAAGCTGTCCCTACTGGAGACCATTTTGCATGTGT
TTTACCAATGCCCTTAACCGCATGAGCTTCAAGTTCAATTTCCTGACCAGGGCTGAGTTT
TGATATCAAGATATCAAGGTGGCTCGGAGTGATAGGGTTATCAGCAAACTCAGGGAGAGA
ATCTTGGCTACAGCTGAATGAAGTGTAAGTTCTTGGCTTTGAGGTTGAAGTTGAATCTCC
TGATTCTTTGAGAAACTCACTTCCATTTGGTAACCATTGCAGCTCGTTCGTTAAAACATG
AAGACGTGATTGACCTTT

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DS 

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TTCTTTGAGAAACTCACTTCCATTTGGTAACCATTGCAGCTCGTTCGTTAAAACATGAAG
ACGTGATTGACCTTTCGGACATTTCACATGGAGTTTGAAAACGATGGTATTCTTCTCGTT
TGGCTGGTCGTTTTCGGTTAAATACTCAAAGAGCCTTGGATCTGCGGCAATAGGAATAAG
ACCAATCCTGTGAGCAAGAACTTCGTCAACAATAAGCGACGTGTTGTATGCTATAAGCAC
TTTTTCAATAGCCATTGAAGGAACCTCAGCTATAAGGATCCTTCTGAAAGCATTGGCGAA
TGCAGCATCGATACCGATCATATCAAACTCCATGTCTGTCTCTGTGCAACTAATCACATC
AACTTTGAAATCCTCATAGAAGTTTCCTAACTTCACAGTGTTGTCCACTCCCGAAGAGAC
ATAGCTACCCGAGTAAATGACATCTGAAGTATCAACAACGGAAGTATCTTTTTTAGAGAC
GACACGGTTTTGCTTGAGTTTCAGATGCGGAGGAAGTCCGGCAGGGACGTCGGGGAGGTC
GTCGATGCAGAAGTTCTTGGCGAATATCTTGTCTTCTTGAGTCACCATGCTTCCTTTGCG
AGCAATTCAGTAGGGTGTTGCGACTTTGAGAGCTAGAGAGAGGAGAAGGTGGCGGCGAGG
GAGGAACGAACGAACGGCGGTGAAGCC

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DS 



AS 1 2

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GCGAGAATCACAGAGCTGCTGCAGAGCGATTCCGGCGAAACCCATTGAGAATGCTCTGGT
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CAATCTTCTCTCGATTGTTGGTGCGGAAAACCTGGTTCAGATATCTGCGGCTGAGCAAAT
ATTCAGTGCTGGTGGTAAGAGAATGAGACCCGGTTTGGTTTTCCTCGTATCACAAGCCAC
TGCTGAACTAGCTGGCCTAAAGGAGCTTACGGTAGAGCATCGGCGTTTAGCTGAGATCAT
TGAGATGATTCACACGGCAAGTTTGATACACGACGATGTCTTAGATGAAAGTGGTATGCG
GAGAGGAAAGGAAACGGTTCACGAGCTTTTCGGAACAAGAGTAGCTGTATTAGCTGGTGA
TTTCATGTTTGCTCAAGCGTCATGGTACTTGGCTAATCTTGAAAACCTACAAGTCATTAA
GCTCATAAGTCAGGTGATCAAAGACTTTGCAAGCGGTGAGATAAAGCAAGCATCCAGTTT
ATTCGACTGTGACGTCAAGCTCGATGACTATTTGCTCAAGAGTTACTACAAGACAGCTTC
GCTAGTAGCCGCAAGCACCAAAGGAGCTGCAATATTCAGCAGTGTCGAAACCGAGGTAGC
TGAGCAAATGTATCAGTTCGGAAAGAATCTTGGGTTGTCTTTCCAAGTGGTTGATGACAT
TTTGGACTTCACTCAATCCTCAGAGCAGCTAGGGAAGCCCGCAGCAAATGACTTAGCTAA
AGGCAACATAACGGCTCCAGTGATCTTTGCCCTAGAGAATGAGCCGAGGCTAAGAGAGAT
CATTGAGTCTGAGTTTTGTGAGCTTGGATCGCTTGAAGAAGCGATTGAAATGGTTAGAAA
TGGCGGTGGGATCAAGAGGGCTCAAGATTTGGCCAAGGAGAAGGCAGAACTTGCTTTGAA
GAACCTGAATTGTCTTCCTAGAAGTGGTTTCAGGTCAGCTCTGGAGGATATGGTGACGTT
TAATCTTGAAAGGATTGATTAGCTTCACAGAGTATGTGGAACTGTAACACTCTTATTTGT
CCAAACACATAATTTTTTTACTGTCATAAAAGTAATAATAAAACAGTTCTTTGCCTTC


BQ
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AF RR3D744TF U 1
AF RR3D744JQ C 559
BS 1 704 RR3D744TF
BS 705 705 RR3D744JQ
BS 706 733 RR3D744TF
BS 734 734 RR3D744JQ
BS 735 758 RR3D744TF
BS 759 1378 RR3D744JQ

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CACGCCATGCGGGTGCTCTTCCACCTCTTCTCCTACAACTCGTCGAGTCTTCTTTGGCAA
GTGTTCGAAGACTGTTTGTAGTATTGGCAGCAGAAGCTATGGAAACTTGGTATATCTCCG
GCGAGAATCACAGAGCTGCTGCAGAGCGATTCCGGCGAAACCCATTGAGAATGCTCTGGT
CAACGGTCTCGGCGAAGATAAAACAGTGACGGTCAATCTTAGGCAAGAGTCACGAAAGCA
GTCGATATCTCTGGAGAATCTGTTTGAGGTTGTGGCTGATGATCTTCAGAGTTTGAACGA
CAATCTTCTCTCGATTGTTGGTGCGGAAAACCTGGTTCAGATATCTGCGGCTGAGCAAAT
ATTCAGTGCTGGTGGTAAGAGAATGAGACCCGGTTTGGTTTTCCTCGTATCACAAGCCAC
TGCTGAACTAGCTGGCCTAAAGGAGCTTACGGTAGAGCATCGGCGTTTAGCTGAGATCAT
TGAGATGATTCACACGGCAAGTTTGATACACGACGATGTCTTAGATGAAAGTGGTATGCG
GAGAGGAAAGGAAACGGTTCACGAGCTTTTCGGAACAAGAGTAGCTGTATTAGCTGGTGA
TTTCATGTTTGCTCAAGCGTCATGGTACTTGGCTAATCTTGAAA*CCTACAAGTCATTAA
GCTCATAAGTCAG*TGATCAAAGACTTTGCAAGCGGTG

QA 1 758 1 758
DS 

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GTCATGGTACTTGGCTAATCTTGAAAACCTACAAGTCATTAAGCTCATAAGTCAGGTGAT
CAAAGACTTTGCAAGCGGTGAGATAAAGCAAGCATCCAGTTTATTCGACTGTGACGTCAA
GCTCGATGACTATTTGCTCAAGAGTTACTACAAGACAGCTTCGCTAGTAGCCGCAAGCAC
CAAAGGAGCTGCAATATTCAGCAGTGTCGAAACCGAGGTAGCTGAGCAAATGTATCAGTT
CGGAAAGAATCTTGGGTTGTCTTTCCAAGTGGTTGATGACATTTTGGACTTCACTCAATC
CTCAGAGCAGCTAGGGAAGCCCGCAGCAAATGACTTAGCTAAAGGCAACATAACGGCTCC
AGTGATCTTTGCCCTAGAGAATGAGCCGAGGCTAAGAGAGATCATTGAGTCTGAGTTTTG
TGAGCTTGGATCGCTTGAAGAAGCGATTGAAATGGTTAGAAATGGCGGTGGGATCAAGAG
GGCTCAAGATTTGGCCAAGGAGAAGGCAGAACTTGCTTTGAAGAACCTGAATTGTCTTCC
TAGAAGTGGTTTCAGGTCAGCTCTGGAGGATATGGTGACGTTTAATCTTGAAAGGATTGA
TTAGCTTCACAGAGTATGTGGAACTGTAACACTCTTATTTGTCCAAACACATAATTTTTT
TACTGTCATAAAAGTAATAATAAAACAGTTCTTTGCCTTC

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

CO CL5975Contig1 1388 2 6 U
GGATCTGATTAAAAACCTTTTCCCACCAAAGAGATCACTAGTGAAGAAGACGCGAACAAG
GATCCTGAGAAAGGTCAGCGCACAAAGTCCATTGAGCGAGAAGATACGAGGGAAGCGATT
CTTCTACGTTCAGATACATCATTTGATTATCGATTTCAGAGTTCTCTCCTTCCAAATAGG
TTGCTTCTGGGACAAAGATGGCAGTGTACGATCATAGTGGAGAGATCAATAGAACTGAAC
CGGATACGTCTAAGAAAAGGAAGTCCGGAACTAGGCGGGATGGTACTACCGTGGCTGATA
GGATTAAGAAGTGGGAAGAGTACAACGACACCGTAGAAGAGAGTCCCAGCAAGAAACGGA
AAGTTCCTGCAAAAGGGTCTAAGAAAGGCTGCATGAAAGGCAAAGGAGGACCTGAGAACG
GTCGATGTAGTTTCAGGGGAGTTAGGCAGAGGACTTGGGGTAAATGGGTTGCTGAGATTA
GAGAGCCTAATAGAGGGAGCAGGCTTTGGCTTGGCACTTTCCCGACCGCTGAAAAAGCTG
CCTCTGCTTATGACGAGGCGGCTAAGGCTATGTATGGTCCGCTTGCACGTGTTAACTTTC
CTCAGTCTTCTGTGTCTGATGTCACGAGTACTTCGAGTCGGTCTGAGGTTTGTACGGTTG
AGACTCCCAGCGTTGTTCATGTGAAAACAGAGGATGGAGATTCCTTTTTCTCTGAAGCTA
AGCCCATGGATCACGTGGAGAGTGACGTCCATGAGAGTGCAGAAGAGATGAAGAGGGACC
TTAAGGTAGATGATCCAGGCAAGGATTGGTTAAGGGAGTTTGAACAGGGGTGTTGGACTG
GACTTCTGGAGGAGAAGCAAAAACAGGAGCAAGAAATGGTCGTTGGTAACTCTCGGAAAC
AGCCGGATTCGCTCTCTGTTTCGGATTACGGTTGGCCTGAGGATATGTATCAGAATCAGT
GGGACGCTGCGGAGATGTTTGATGTTGCCGAGCTTCTTGGTGACTTAAACGGCGACATTT
TTACAGGCGCGAACCAGAACCAATGCCTGGACGACAATGTCGCCGGTGGAATGTCTGAAC
CTGGAAAGCTACATATTGGGTTGCCCCCGCTGCCAAGCATTGGCTCAGGTTACGGGTTAC
CTCCGCCGCAGCACGAGGCACAAGATGGTAATGACTACTTCGATCTGAGTTCTTGGATGT
GAAGGATTGAGACGGTGGGGTGCAGTTTGGATGGCTTTAGATTCGTTTTGTTTTTTTGCC
TTAATCCCATATGACTGTTGAGACTCTTATCTAAGTTTTTACTGATATAGAGATCCTCAA
AACACTCTGATAATTCCTCTTCTAAAAAAAGAGAACTGTATATACTGTGAGATAACGTTT
TATATAGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BQ69TF U 1
AF RR3BQ69JQ C 656
BS 1 686 RR3BQ69TF
BS 687 687 RR3BQ69JQ
BS 688 724 RR3BQ69TF
BS 725 725 RR3BQ69JQ
BS 726 771 RR3BQ69TF
BS 772 1388 RR3BQ69JQ

RD RR3BQ69TF 788 0 0
GGATCTGATTAAAAACCTTTTCCCACCAAAGAGATCACTAGTGAAGAAGACGCGAACAAG
GATCCTGAGAAAGGTCAGCGCACAAAGTCCATTGAGCGAGAAGATACGAGGGAAGCGATT
CTTCTACGTTCAGATACATCATTTGATTATCGATTTCAGAGTTCTCTCCTTCCAAATAGG
TTGCTTCTGGGACAAAGATGGCAGTGTACGATCATAGTGGAGAGATCAATAGAACTGAAC
CGGATACGTCTAAGAAAAGGAAGTCCGGAACTAGGCGGGATGGTACTACCGTGGCTGATA
GGATTAAGAAGTGGGAAGAGTACAACGACACCGTAGAAGAGAGTCCCAGCAAGAAACGGA
AAGTTCCTGCAAAAGGGTCTAAGAAAGGCTGCATGAAAGGCAAAGGAGGACCTGAGAACG
GTCGATGTAGTTTCAGGGGAGTTAGGCAGAGGACTTGGGGTAAATGGGTTGCTGAGATTA
GAGAGCCTAATAGAGGGAGCAGGCTTTGGCTTGGCACTTTCCCGACCGCTGAAAAAGCTG
CCTCTGCTTATGACGAGGCGGCTAAGGCTATGTATGGTCCGCTTGCACGTGTTAACTTTC
CTCAGTCTTCTGTGTCTGATGTCACGAGTACTTCGAGTCGGTCTGAGGTTTGTACGGTTG
AGACTCCCAGCGTTGTTCATGTGAAA*CAGAGGATGGAGATTCCTTTTTCTCTGAAGCTA
AGCC*ATGGATCACGTGGAGAGTGACGTCCATGAGAGTGCAGAAGAGATGA
GAGGGACTTAAGTAGAT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3BQ69JQ 733 0 0
GGTTGAGACTCCCAGCGTTGTTCATGTGAAAACAGAGGATGGAGATTCCTTTTTCTCTGA
AGCTAAGCCCATGGATCACGTGGAGAGTGACGTCCATGAGAGTGCAGAAGAGATGAAGAG
GGACCTTAAGGTAGATGATCCAGGCAAGGATTGGTTAAGGGAGTTTGAACAGGGGTGTTG
GACTGGACTTCTGGAGGAGAAGCAAAAACAGGAGCAAGAAATGGTCGTTGGTAACTCTCG
GAAACAGCCGGATTCGCTCTCTGTTTCGGATTACGGTTGGCCTGAGGATATGTATCAGAA
TCAGTGGGACGCTGCGGAGATGTTTGATGTTGCCGAGCTTCTTGGTGACTTAAACGGCGA
CATTTTTACAGGCGCGAACCAGAACCAATGCCTGGACGACAATGTCGCCGGTGGAATGTC
TGAACCTGGAAAGCTACATATTGGGTTGCCCCCGCTGCCAAGCATTGGCTCAGGTTACGG
GTTACCTCCGCCGCAGCACGAGGCACAAGATGGTAATGACTACTTCGATCTGAGTTCTTG
GATGTGAAGGATTGAGACGGTGGGGTGCAGTTTGGATGGCTTTAGATTCGTTTTGTTTTT
TTGCCTTAATCCCATATGACTGTTGAGACTCTTATCTAAGTTTTTACTGATATAGAGATC
CTCAAAACACTCTGATAATTCCTCTTCTAAAAAAAGAGAACTGTATATACTGTGAGATAA
CGTTTTATATAGT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL5976Contig1 1288 2 2 U
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AATGTGTCATGGGAGGAGAATTATTCGACAGAATTGTTTCAAAAGGAAAGATATCGGAAA
CAGAGGGAAGAAAAATGTTTCAGCAGCTCATCGATGGAATCAGCTACTGTCACAGCAAAG
GTGTTTTCCACAGGGATCTCAAGCTAGAGAATGTTCTTCTTGATGCAAATGGACATATCA
AGATCACTGACTTTGGCCTCAGTGCTCTGCCTCAGCATTTTAGGGATGATGGATTGTTGC
ATACAACCTGTGGAAGTCCTAACTACGTAGCGCCTGAGGTTTTAGCCAACAGAGGCTACG
ATGGTGCAGCATCTGATATATGGTCGTGTGGTGTAATCCTCTATGTGATTCTAACTGGAT
GTCTCCCTTTTGACGATAGAAACCTTGCAGTTCTTTACCAGAAGATATGCAAAGGAGACC
CACCAATACCAAGATGGTTATCACCAGGTGCAAGAACCATGGTCAAGAGAATGCTTGATC
CAAATCCAGTCACGAGGATCACAGTCACAGGTATTAAAGCCAGTGAATGGTTCAAGCAAG
ACTACACTCCTTCGGTTCCAGATGATGATGATGACGAAAAAGAAATTGACACAGATGATG
ATTCTTTCTCAATCCAAGAACTCGGATCTGAAGAAGGGAAGGGCAGTGACTCACCAACTA
TCATTAATGCGTTTCAGTTAATCGGAATGTCTTCCTTCCTTGACCTGTCTGGTTTCTTTG
AACAAGAGGATGTATCAGAGGGGAGGATAAGATTCACTTCAAATAGCTCAGCAAGAGATT
TACTGGAGAAAATTGAAACCGCAGTTACAGAAATGGGATTCAGTGTACAAAAGAAACATG
CAAAGTTAAAAGTAAAGCAAGAAGAACCTAACCAGAAAGGTCAAGTTGGCTTGTTAGTAA
CAGCTGAGGTTTTTGAGATAAAGCCGTCACTGAACGTGGTTGAGCTAAGAAAATCTTATG
GAGATTCATGTTTGTATAGACAGTTGTACGAGAGACTATTAAAAGACGTGGGCACTTCCT
CGCAGGAACAAGAGCTAGTATCATAGGTGTTGGTGTATGTACACCATCCATTATTAATAA
CCTTTCATCAATATAAATACAAGAAGTTCAGTTTATACAATTAGTTCGAAAAAATTGCCT
TGGTATATAGAAAAAGTTGGCGAAAATCACCAGCTAATATACACGTATATAGTTTGTAAA
TATTTATGCACTAAATAGATTCATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CN24TF U 1
AF RR3CN24JQ C 490
BS 1 685 RR3CN24TF
BS 686 1288 RR3CN24JQ

RD RR3CN24TF 685 0 0
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AGATCACTGACTTTGGCCTCAGTGCTCTGCCTCAGCATTTTAGGGATGATGGATTGTTGC
ATACAACCTGTGGAAGTCCTAACTACGTAGCGCCTGAGGTTTTAGCCAACAGAGGCTACG
ATGGTGCAGCATCTGATATATGGTCGTGTGGTGTAATCCTCTATGTGATTCTAACTGGAT
GTCTCCCTTTTGACGATAGAAACCTTGCAGTTCTTTACCAGAAGATATGCAAAGGAGACC
CACCAATACCAAGATGGTTATCACCAGGTGCAAGAACCATGGTCAAGAGAATGCTTGATC
CAAATCCAGTCACGAGGATCACAGTCACAGGTATTAAAGCCAGTGAATGGTTCAAGCAAG
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ATTCTTTCTCAATCCAAGAACTCGG

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3CN24JQ 799 0 0
CAAGATGGTTATCACCAGGTGCAAGAACCATGGTCAAGAGAATGCTTGATCCAAATCCAG
TCACGAGGATCACAGTCACAGGTATTAAAGCCAGTGAATGGTTCAAGCAAGACTACACTC
TTTCGGTTCCAGATGATGATGATGACGAAAAAGAAATTGACACAGATGATGATTCTTTCT
CAATCCAAGAACTCGGATCTGAAGAAGGGAAGGGCAGTGACTCACCAACTATCATTAATG
CGTTTCAGTTAATCGGAATGTCTTCCTTCCTTGACCTGTCTGGTTTCTTTGAACAAGAGG
ATGTATCAGAGGGGAGGATAAGATTCACTTCAAATAGCTCAGCAAGAGATTTACTGGAGA
AAATTGAAACCGCAGTTACAGAAATGGGATTCAGTGTACAAAAGAAACATGCAAAGTTAA
AAGTAAAGCAAGAAGAACCTAACCAGAAAGGTCAAGTTGGCTTGTTAGTAACAGCTGAGG
TTTTTGAGATAAAGCCGTCACTGAACGTGGTTGAGCTAAGAAAATCTTATGGAGATTCAT
GTTTGTATAGACAGTTGTACGAGAGACTATTAAAAGACGTGGGCACTTCCTCGCAGGAAC
AAGAGCTAGTATCATAGGTGTTGGTGTATGTACACCATCCATTATTAATAACCTTTCATC
AATATAAATACAAGAAGTTCAGTTTATACAATTAGTTCGAAAAAATTGCCTTGGTATATA
GAAAAAGTTGGCGAAAATCACCAGCTAATATACACGTATATAGTTTGTAAATATTTATGC
ACTAAATAGATTCATTTCC

QA 1 799 1 799
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGTTCTTGTTCTTTGTAAGAAAATCTCTCGTACGAAGGAAAACATCAAAGTAACCGTAAC
GATGAGCGCAAAGAACTTCTCGTTCGTAACGGAGACTCCCAGTGTGGATTCCAACGAAGG
CACCAAAACCGATTCGGGTACCGGCTTAAAGAAGGTAATCACCAAAGGTGGCGAAATCAG
CAAAGCTGATTCCGGTTGCAACTCTCCTGAGTTGACTAAGCTTAGTGACGCTGACGAAAG
AACCAAGGCTGATTCTGGATCTGGATCTCTTGCTTTGAAGACGGTAAGTCTCAGGATCGC
AAGCTTTGTTTATTGTATGAAATTGTTGTTGTTATGTTGTGAATCAGGTAAAGCACAACC
AAAGCTGATGATGAAAGCATCAAGCGGATTCCGGCTCTCCTGTGTTGACCAAGGTAAGCA
CAACCAAAGCTGATGATGAGAGCACCAAGGCGGAATCCAGTTCTCCTGTGTTGACCAAGA
TTCCTGGGAGTTCCTCCAGGGAAACAGAATTCTGCTCCTTAACTATTTGTTGTTCCATAC
TTGGGTCGTGACTATTCTTCACTTAGACTTCACCGTAGCAAAAGGATGAAGCTGGAAAGC
GAATATTACATAGACGAAGCGAATGGAAACTGACACCTAAGACGGCAAGCGCAAGAGGGT
TTATCAAAGTGACTACTAAATCTGAAGCCTTCCGTGAAGTTGAACCATTTATAAACGACT
CCAGACTGAATCTATTATTAAAAGTTGTGTGAGTTTCTTAGACTAATTTTCTTGTATTAC
AAAGTGTATGGGTATGTAAAGACAAGTATAAAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GJ31TF U 1
AF RR3GJ31JQ C 460
BS 1 644 RR3GJ31TF
BS 645 645 RR3GJ31JQ
BS 646 654 RR3GJ31TF
BS 655 814 RR3GJ31JQ

RD RR3GJ31TF 654 0 0
GGTTCTTGTTCTTTGTAAGAAAATCTCTCGTACGAAGGAAAACATCAAAGTAACCGTAAC
GATGAGCGCAAAGAACTTCTCGTTCGTAACGGAGACTCCCAGTGTGGATTCCAACGAAGG
CACCAAAACCGATTCGGGTACCGGCTTAAAGAAGGTAATCACCAAAGGTGGCGAAATCAG
CAAAGCTGATTCCGGTTGCAACTCTCCTGAGTTGACTAAGCTTAGTGACGCTGACGAAAG
AACCAAGGCTGATTCTGGATCTGGATCTCTTGCTTTGAAGACGGTAAGTCTCAGGATCGC
AAGCTTTGTTTATTGTATGAAATTGTTGTTGTTATGTTGTGAATCAGGTAAAGCACAACC
AAAGCTGATGATGAAAGCATCAAGCGGATTCCGGCTCTCCTGTGTTGACCAAGGTAAGCA
CAACCAAAGCTGATGATGAGAGCACCAAGGCGGAATCCAGTTCTCCTGTGTTGACCAAGA
TTCCTGGGAGTTCCTCCAGGGAAACAGAATTCTGCTCCTTAACTATTTGTTGTTCCATAC
TTGGGTCGTGACTATTCTTCACTTAGACTTCACCGTAGCAAAAGGATGAAGCTGGAAAGC
GAATATTACATAGACGAAGCGAATGGAAACTGACACCTAAGACG*CAAGCGCAA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3GJ31JQ 355 0 0
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TAACTATTTGTTGTTCCATACTTGGGTCGTGACTATTCTTCACTTAGACTTCACCGTAGC
AAAAGGATGAAGCTGGAAAGCGAATATTACATAGACGAAGCGAATGGAAACTGACACCTA
AGACGGCAAGCGCAAGAGGGTTTATCAAAGTGACTACTAAATCTGAAGCCTTCCGTGAAG
TTGAACCATTTATAAACGACTCCAGACTGAATCTATTATTAAAAGTTGTGTGAGTTTCTT
AGACTAATTTTCTTGTATTACAAAGTGTATGGGTATGTAAAGACAAGTATAAAAA

QA 1 355 1 355
DS 



AS 1 2

CO CL5979Contig1 1030 2 2 U
GAAAGTTGAAGGAATCTGATGTTTCTGAAGAGGCTTACATGAAGCTTAAGAACTCTGAGT
CGAGATTGGCTGATCTCAAATCAAGCATGAAAACACTTGGCAAAGAAGCTACTAAGGCTA
TGTTAGAAGTTGACAATCAGCAGCAGAGCATAACTTATCAGCGCCTCCGTACTCTGGTTG
AAGCTGAGATATCATATCTTCGTAATGCTCTTGATATCCTTGAGCCACATTCTGAGATGA
TTGCAGAGGAAGAAGCTATAGAATCATCGCCAAAGTCACTACCTTTACATTTAGAGGATA
CTGTTTCTCATCCCCAAGAAGAAACGAGTTCCAGCAGTCACAGCAGAGAGATCAAATCAA
ATCACCATGGAGAAACCAAGGATACTACTCCCCATGAAGAAGTAATCAAACCCAATCCAA
AGGACGACATGGAGTCTAGTCCTGAAGTTGAAATCAAATCCAAACCTCAGAAAGAAATCA
AGTCTTCTTCTAGTTCACATGAAGATATCAAAACCACCAATGGATCTGATGATCATCACA
GAGCAACTTCTCAGTCAAAATGATTCCTACTTTCTTGCAAAGGTTGTGCACCCGTTTGAT
GCTCAAGCGCCAGGAGAACTGAGCCTAGCGGTTGATGATTATGTCATCGTTCGACAGGTG
GCTGGGACAGGGTGGTCGGAAGGAGAATACAAGGGGAAAGCCGGGTGGTTCCCGTCGGCG
TACGTGGAGAAACAGGAGAAAGCTCCTGCGAGCAAGATTGTGGAAGCAAACCTTTAACTA
GCAGCAATGATCTCTCCCTCTATAACATATGCATATATACACATACATACATACATAATG
TATGGTATGTTTGATGTTTCCACGAGTACATATATGATATGATCATTGTGTGTTTTCTTC
CTTGTTTATGTATCATCATAAGTCCACTACTCTTGAGTCGTTTTCTCTCCCATCTCAACG
TTTGTTTGATGGGTCCTCTGTTTCTTCTGTAATATTTACTCTGAAAATGATAGTGATCTT
CCTTTGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DU36TF U 1
AF RR3DU36JQ C 498
BS 1 686 RR3DU36TF
BS 687 1030 RR3DU36JQ

RD RR3DU36TF 686 0 0
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CGAGATTGGCTGATCTCAAATCAAGCATGAAAACACTTGGCAAAGAAGCTACTAAGGCTA
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AAGCTGAGATATCATATCTTCGTAATGCTCTTGATATCCTTGAGCCACATTCTGAGATGA
TTGCAGAGGAAGAAGCTATAGAATCATCGCCAAAGTCACTACCTTTACATTTAGAGGATA
CTGTTTCTCATCCCCAAGAAGAAACGAGTTCCAGCAGTCACAGCAGAGAGATCAAATCAA
ATCACCATGGAGAAACCAAGGATACTACTCCCCATGAAGAAGTAATCAAACCCAATCCAA
AGGACGACATGGAGTCTAGTCCTGAAGTTGAAATCAAATCCAAACCTCAGAAAGAAATCA
AGTCTTCTTCTAGTTCACATGAAGATATCAAAACCACCAATGGATCTGATGATCATCACA
GAGCAACTTCTCAGTCAAAATGATTCCTACTTTCTTGCAAAGGTTGTGCACCCGTTTGAT
GCTCAAGCGCCAGGAGAACTGAGCCTAGCGGTTGATGATTATGTCATCGTTCGACAGGTG
GCTGGGACAGGGTGGTCGGAAGGAGA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3DU36JQ 533 0 0
CATGAAGATATCAAAACCACCAATGGATCTGATGATCATCACAGAGCAACTTCTCAGTCA
AAATGATTCCTACTTTCTTGCAAAGGTTGTGCACCCGTTTGATGCTCAAGCGCCAGGAGA
ACTGAGCCTAGCGGTTGATGATTATGTCATCGTTCGACAGGTGGCTGGGACAGGGTGGTC
GGAAGGAGAATACAAGGGGAAAGCCGGGTGGTTCCCGTCGGCGTACGTGGAGAAACAGGA
GAAAGCTCCTGCGAGCAAGATTGTGGAAGCAAACCTTTAACTAGCAGCAATGATCTCTCC
CTCTATAACATATGCATATATACACATACATACATACATAATGTATGGTATGTTTGATGT
TTCCACGAGTACATATATGATATGATCATTGTGTGTTTTCTTCCTTGTTTATGTATCATC
ATAAGTCCACTACTCTTGAGTCGTTTTCTCTCCCATCTCAACGTTTGTTTGATGGGTCCT
CTGTTTCTTCTGTAATATTTACTCTGAAAATGATAGTGATCTTCCTTTGTCCC

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 2

CO CL5980Contig1 805 2 3 U
TTATGTTGTTAATGTATTCTAAATTCATCTTACAAGAAAACAAAGAGAAGGTCAATGCAA
TAAAAATAAACATTGTGGATCAACTCATCGTCTACAAAGTTTGATTATCAAAATAGTTGA
GCCACTCATTGTAAACATCTAACCCTGGTTCAACCATTTGGCTACACAGCTCATCATGTG
ATTGCCTATGGATTTCTAGAGAGTCAGGTTTAGATATAGGGAGAGGAGGGATTTGGCGAT
CTTCAAAAAGATATTCTAGTGATTGTGGTGCATTCACTTCAAATCCATATGGCATATGCT
CGACCAATATCTCCTCCAACTCCTCTTCCTGGCTATGATTTTCGCTGTTAATAACGTCAT
TAGAGACTGATGAGGAAGAAGAGGAAGAGGCTTGGTTAGTAACATCTGATGCTGATGAGT
TGCTCTTCACCGATCGTTTCTTGAGATGAGTGTTCCACACATTCTTGATCTCGTTGTCTG
TTCTTCCTGGCAAGTGTGATGCTATCTTTGACCACTTGTTTCCAAGAACTTGATGAAGGT
GGATAATAGTTTCTACCTCCTCTTTGGTGAAGTCGCCTCGTTTGAGACCTGGTCTCAGAT
AGTTTATCCATCTTAAACGGCAACTCTTTCCGCATCTCATCAATCCAGCTAGTTTAGGAA
GAGATCTCCAATTGTGATGACCATTTTTTAGAATAAAAGCTTCGAGTCTTCTACTTTCTT
CATCACTCCATGGCCCTCTCTTCAGTTCTTGGCTATTGTCACAGCATGGTGCTCTTCTTT
TCCCCATCACACGCACCGACTTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI72JQ U 474
AF RR3BI72TF C 1
BS 1 473 RR3BI72TF
BS 474 662 RR3BI72JQ
BS 663 805 RR3BI72TF

RD RR3BI72JQ 189 0 0
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TGAAGGTGGATAATAGTTTCTACCTCCTCTTTGGTGAAGTCGCCTCGTTTGAGACCTGGT
CTCAGATAGTTTATCCATCTTAAACGGCAACTCTTTCCGCATCTCATCAATCCAGCTAGT
TTAGGAAGA

QA 1 189 1 189
DS 

RD RR3BI72TF 805 0 0
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TAAAAATAAACATTGTGGATCAACTCATCGTCTACAAAGTTTGATTATCAAAATAGTTGA
GCCACTCATTGTAAACATCTAACCCTGGTTCAACCATTTGGCTACACAGCTCATCATGTG
ATTGCCTATGGATTTCTAGAGAGTCAGGTTTAGATATAGGGAGAGGAGGGATTTGGCGAT
CTTCAAAAAGATATTCTAGTGATTGTGGTGCATTCACTTCAAATCCATATGGCATATGCT
CGACCAATATCTCCTCCAACTCCTCTTCCTGGCTATGATTTTCGCTGTTAATAACGTCAT
TAGAGACTGATGAGGAAGAAGAGGAAGAGGCTTGGTTAGTAACATCTGATGCTGATGAGT
TGCTCTTCACCGATCGTTTCTTGAGATGAGTGTTCCACACATTCTTGATCTCGTTGTCTG
TTCTTCCTGGCAAGTGTGATGCTATCTTTGACCACTTGTTTCCAAGAACTTGATGAAGGT
GGATAATAGTTTCTACCTCCTCTTTGGTGAAGTCGCCTCGTTTGAGACCTGGTCTCAGAT
AGTTTATCCATCTTAAACGGCAACTCTTTCCGCATCTCATCAATCCAGCTAGTTTAGGAA
GAGATCTCCAATTGTGATGACCATTTTTTAGAATAAAAGCTTCGAGTCTTCTACTTTCTT
CATCACTCCATGGCCCTCTCTTCAGTTCTTGGCTATTGTCACAGCATGGTGCTCTTCTTT
TCCCCATCACACGCACCGACTTTCC

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

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TCTTCCTCTCCATCTGTTTTGATTTGATTTACTTTCTAAAAAAAAAAAGTAGAAAACCCA
CAACGAAAGTCTCGAAACATCTTACGATTTTTTGATTGAATGGGTTCTGGGTTCTCTCTC
TTCACCAATGGTTCATCTTCTTCTTCCTCTCGCGAGAGAGATCTGTCGAAGCCCGGTCTG
GATGATTTGCCTGAGAGCTGCGTGGCGTTGATCCTCGAGAGCTTGGATCCGGTCGAGATC
TGCAGATTCTCGAAGCTAAACAGAGCTTTCCACAGCGCTTCCTGGGCTGATTTCGTCTGG
GAGTCGAAGCTCCCTCAAGATTACAGGTTGATTCTCGAGAAAATCCTCGGGGGTTTCCCG
GAAAAGCTGCGCAAAAGAGACGTCTACAACTTCCTCTCTCGTGTTAATTCGTTCGACCAA
GGCACAAAGAAAGCTTGGGTGGATAAACGAACCAGTGATCTCTGTTTATACATATCGGCC
AAGGGATTGTCGATCACCGGAATTGATGATCGGAGATACTGGAATCACGTTCCCTCTGAT
GAATCTCGATTTGGTTCGGTGGCATATCTGCAGCAAATCTGGTGGTTTCAAGTCGATGGA
GAAATCGATTTCCCGTTCCCAGCTGGAACCTACAGCGTCTTCTTCAGGCTTCACCTAGCC
AAACCGGGAAAGCGGTTTGGTTGGAAGGTTTGCAACACTGAGCAGATTCACGGTTGGAAC
ATTAAACCGGTTCGGTTTCAGATTTGGACTGAAGATGGTCAGCACTCTTCATCTCAATGC
ATGTCGACCGGATCGGGAAGCTGGAATCACTACCATGCTGGAGACTTTGTGGTTGGAAAA
TCTAAAGGCTCGTCGATGACTAAGCTTAAGTTCTCCATGACGCAGATCGATTGTACACAT
ACCAAAGGAGGGTTGTGTGTGGATTCTGTGATTGTGTATCCGAGCTCGTGTAAGGACCGG
TTGAGGCGGGTTTAAGTGTCTAAACCGATGTTTGGTTTTGTTTAGAAGGAGTTTTTAAAC
CTTTTGGGGTAAAGAGAAATTAGGGGTAATTACTACTAATTAGGGTCTTTGTTTTATAAT
AGTTTTAGGTTCAATGTGTAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F114TF U 1
AF RR3F114JQ C 531
BS 1 672 RR3F114TF
BS 673 673 RR3F114JQ
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CAACGAAAGTCTCGAAACATCTTACGATTTTTTGATTGAATGGGTTCTGGGTTCTCTCTC
TTCACCAATGGTTCATCTTCTTCTTCCTCTCGCGAGAGAGATCTGTCGAAGCCCGGTCTG
GATGATTTGCCTGAGAGCTGCGTGGCGTTGATCCTCGAGAGCTTGGATCCGGTCGAGATC
TGCAGATTCTCGAAGCTAAACAGAGCTTTCCACAGCGCTTCCTGGGCTGATTTCGTCTGG
GAGTCGAAGCTCCCTCAAGATTACAGGTTGATTCTCGAGAAAATCCTCGGGGGTTTCCCG
GAAAAGCTGCGCAAAAGAGACGTCTACAACTTCCTCTCTCGTGTTAATTCGTTCGACCAA
GGCACAAAGAAAGCTTGGGTGGATAAACGAACCAGTGATCTCTGTTTATACATATCGGCC
AAGGGATTGTCGATCACCGGAATTGATGATCGGAGATACTGGAATCACGTTCCCTCTGAT
GAATCTCGATTTGGTTCGGTGGCATATCTGCAGCAAATCTGGTGGTTTCAAGTCGATGGA
GAAATCGATTTCTCGTTCCCAGCTGGAACCTACAGCGTCTTCTTCAG*CTTCACCTAGC*
*AACCGGGAAAGCGGTT
GGTT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3F114JQ 633 0 0
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TCACCTAGGCAAACCGGGAAAGCGGTTTGGTTGGAAGGTTTGCAACACTGAGCAGATTCA
CGGTTGGAACATTAAACCGGTTCGGTTTCAGATTTGGACTGAAGATGGTCAGCACTCTTC
ATCTCAATGCATGTCGACCGGATCGGGAAGCTGGAATCACTACCATGCTGGAGACTTTGT
GGTTGGAAAATCTAAAGGCTCGTCGATGACTAAGCTTAAGTTCTCCATGACGCAGATCGA
TTGTACACATACCAAAGGAGGGTTGTGTGTGGATTCTGTGATTGTGTATCCGAGCTCGTG
TAAGGACCGGTTGAGGCGGGTTTAAGTGTCTAAACCGATGTTTGGTTTTGTTTAGAAGGA
GTTTTTAAACCTTTTGGGGTAAAGAGAAATTAGGGGTAATTACTACTAATTAGGGTCTTT
GTTTTATAATAGTTTTAGGTTCAATGTGTAAAA

QA 1 633 1 633
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTCCAAGACTCCACAAATCATACAAAGCTAGATGTGCTAGCTTACCGGTTCGGTCTCATC
CGAGTGTTAGGAGGATTCAAGAAGTGGTCTCCAAGGTCAGAGCTCTGGGGTCGTCTTCGC
TAGAGTCGAGGACCATGGTCCGTGACGGTCTACCTGGTCTCACCGAACTTTATAGATGTT
TAAGTGAAGATCTTTTCAAGTCTTCTTCTGAAACTCATCAAACTCTTCTAAACAGTGGCT
TGATGGATGAGTTTCTTGAAGTGTCGCTGAAGTACTTAGAGGTTTGCGGAGGAGCTAAGG
ACGGTGCGTCGAGGATCAAAAAGAGTGTTGTTGAGCTTCAGTCTGCTTTGAGAAGGAGCA
AGAAGGGTGGTGAGTTTAGCCTCGAGAATGACATGGATGCTTACTTGGCGTCACGTAAAG
AGATCAAGAAGGATATCAAGAAGTATATGGTAATGTCGAAAGAGACAGACGCGTGTTTGG
AGAGTAGTGTTTGCCGTGGTGGTGATGATCAAGAGATGAGTTCTTTGGTGAGAGTGATGC
AAGAAACAAGCGTGATCACTTGTTTCGTCTTGCGCACGGTTTTGTCGTTCTTGTCGTCGC
CAAAAGGGTTAAGGAGTAAGAGTCATCATCAACACAAAGGTTGGGGCATTGTTATGAAGC
TTGTGAAGAAAGGGATAGATCATCACAATCAGGAGAAGAGAGATCATGAGAAAGGCTTCT
CCTGTCTGGAGCTTGAAGCTATGGAAACTGAAATCGGGAAGCTTGTTACAAAGGAAGATC
AAGAAGAGGAGAAAGAGATTAGTGAGGAAATAAATGAAAGGATTCAGTGTTCATTGGTTA
GATCCAAAGAAGTAGAGGCAACCATGGAAGAGCTTGAAGAGGGACTCCAAGGATTGTTCA
AGGTGATGACACAAGCTAGAGTCTCTCTTCTGAACATCCTATCCACATAAATAATATGTG
ACCAGATCCGAGTTTATTGTTCTGAATCAAGATGGATCCTTTTGTTTTGAAGTCTTGATT
TGTCTTTGTTTTTCATCTGTGTGTTGAGAGTTTAAACATGCATCCATATGTTAGAGGATG
TGTGTTTGTTGTAAGTTCAAACTCATCCAGGTTTGAACAACTC


BQ
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AGAGTAGTGTTTGCCGTGGTGGTGATGATCAAGAGATGAGTTCTTTGGTGAGAGTGATGC
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DS 

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AGACAGACGCGTGTTTGGAGAGTAGTGTTTGCCGTGGTGGTGATGATCAAGAGATGAGTT
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TCCATATGTTAGAGGATGTGTGTTTGTTGTAAGTTCAAACTCATCCAGGTTTGAACAACT
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

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GACCGTGGTTCTCTTGCGGATGTCATACGACAAGTCAACACTATTCTCGAGCCTTACCTT
GCTGTTGTCTGTAAACAGGTTTTGCAAGGACTTGTGTACCTGCACAACGAAAGACATGTC
ATACACAGAGACATTAAACCATCAAACCTTCTTGTGAACCATAAAGGAGAATTAAAAATC
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AATCCACCACCAACTGCTCCTTCTGATCAATTCTCACCTGAGTTCTGCTCCTTTGTATCA
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TTCATAAAAAAGTTTGAGGACAAGGATATTGATCTCGGCATACTTGTCGGCACTTTGGAA
CCACCTGTTAACTACCTTAGATAAGTAAGTCCTCTTCTTTTCTTCTGCATTTTGGTGTAT
GATATGATATGATACGATGGCATGATGTATAATGTGTTTCTAAAGTTTACGGTTACTTGA
CGATCAAATTGAATGA


BQ
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BS 703 1276 RR3E078JQ

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TTTCACGATGGAGATTTTCTACTGAACCAGAAGGGGCTGCTGAGGCTGGTGGTGCCAGAT
GAGAAGCAATCAACGCCATCTGATAGAAAGGAGCTTGATTTCGAAATCACCGCTGAAGAC
TTGGAGACTGTGAAAGTCATCGGAAAAGGAAGCGGCGGAGTTGTTCAGTTAGTTCGACAT
AAATGGGCTGGCAAACTCTTTGCTATGAAGGTTATACAGATGAACATACAAGAAGAAATC
CGCAAGCAAATTGTCCAGGAGCTCAAAATAAACCAAGCTTCTTCTCACTGTCCACATGTT
GTTGTCTGCTACCACTCTTTCTATCACAACGGAGCCTTTTCCCTTGTGCTCCAGTACATG
GACCGTGGTTCTCTTGCGGATGTCATACGACAAGTCAACACTATTCTCGAGCCTTACCTT
GCTGTTGTCTGTAAACAGGTTTTGCAAGGACTTGTGTACCTGCACAACGAAAGACATGTC
ATACACAGAGACATTAAACCATCAAACCTTCTTGTGAACCAT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3E078JQ 757 0 0
TCCCTTGTGCTCCAGTACATGGACCGTGGTTCTCTTGCGGATGTCATACGACAAGTCAAC
ACTATTCTCGAGCCTTACCTTGCTGTTGTCTGTAAACAGGTTTTGCAAGGACTTGTGTAC
CTGCACAACGAAAGACATGTCATACACAGAGACATTAAACCATCAAACCTTCTTGTGAAC
CATAAAGGAGAATTAAAAATCTCTGATTTTGGTGTCAGTGCAAGTCTTGCTAGCTCCATG
GGACAGCGGGACACATTTGTTGGAACTTACAACTATATGTCGCCTGAGAGGATCAGTGGA
AGCGCATATGACTACAGCAGCGACATCTGGAGTTTGGGCATGTCAGTGTTAGAATGTGCA
ATAGGAAGATTCCCTTATTTGGAATCCGAAGATCAGCAGAACCCGCCTAGCTTTTATGAG
CTTTTGGCAGCAATCGTAGAGAATCCACCACCAACTGCTCCTTCTGATCAATTCTCACCT
GAGTTCTGCTCCTTTGTATCAGCCTGCATACAGAAAAATCCTGCAGCAAGAGCATCATCC
TTGGACCTCTTGAGTCATCCATTCATAAAAAAGTTTGAGGACAAGGATATTGATCTCGGC
ATACTTGTCGGCACTTTGGAACCACCTGTTAACTACCTTAGATAAGTAAGTCCTCTTCTT
TTCTTCTGCATTTTGGTGTATGATATGATATGATACGATGGCATGATGTATAATGTGTTT
CTAAAGTTTACGGTTACTTGACGATCAAATTGAATGA

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL5985Contig1 810 2 2 U
GAGAGGGAATACACTACTTTATACAAACATTACACTACAAGTCTTGTATCTTGTATATAT
ATAGAGCCACCAGAAATATTTTAAATCACGTACTTGTATCTAAGAAAACTAAGCCAAGTA
TATTTATAAATAAATAAATGCTTGACAATCTTATCGCAGAGTACGGGCACGGATACGGCA
ATGGCTACGGCCACAAGGATCACAGAAGCAGAGGCTACGGCTTTGAGGAGCACAAGGAGT
ACAAGTCTCATATGGAGTCAGAAGGAGGCTACTTTGACCGTCAAGCCCGCTACGACCACC
GCGTGAGGCTTCCGGCCAACCACGGCCGTCCACCCATGGCTCACATGCCTCTCTTTGATG
AAGACGACTCAGATGTAGAGGAATTCTATAAGAGCAGCCGAAGCCACCACACTACTGTGT
TACCGCACCACGGCAAAAACCACCACCAGCAGCCACCTCATATGAACTTCATGCCCCCAC
CTCCGATGTCTCAACCTCACCATAGTGTAAGTGGAAAGATGGGTAATGGATGGCAGGGGA
AGCATGAAGATGCATACCATGGCGGGCACGGGATGCAGAACCACGGTGAGTATGGGATGC
AGCAGCACGGGATGCAGCACCACGGTGAGTACGGGATGAAGCAGCACGGGATGCAGCACC
ACGGTGAGTACGGGATGAAGCACCAGGACAGGCTTATGGCTCCTCAGATGTCACCACATC
ATGTTTACATGAACCCAAACCATGGCACTGGCAGTGGCCATGCTGTAGTGGTCAATGTTT
CGGAAAACTGGCCAGTCAGCAACAGGGGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AQ78TF U 1
AF RR3AQ78JQ C 500
BS 1 682 RR3AQ78TF
BS 683 810 RR3AQ78JQ

RD RR3AQ78TF 682 0 0
GAGAGGGAATACACTACTTTATACAAACATTACACTACAAGTCTTGTATCTTGTATATAT
ATAGAGCCACCAGAAATATTTTAAATCACGTACTTGTATCTAAGAAAACTAAGCCAAGTA
TATTTATAAATAAATAAATGCTTGACAATCTTATCGCAGAGTACGGGCACGGATACGGCA
ATGGCTACGGCCACAAGGATCACAGAAGCAGAGGCTACGGCTTTGAGGAGCACAAGGAGT
ACAAGTCTCATATGGAGTCAGAAGGAGGCTACTTTGACCGTCAAGCCCGCTACGACCACC
GCGTGAGGCTTCCGGCCAACCACGGCCGTCCACCCATGGCTCACATGCCTCTCTTTGATG
AAGACGACTCAGATGTAGAGGAATTCTATAAGAGCAGCCGAAGCCACCACACTACTGTGT
TACCGCACCACGGCAAAAACCACCACCAGCAGCCACCTCATATGAACTTCATGCCCCCAC
CTCCGATGTCTCAACCTCACCATAGTGTAAGTGGAAAGATGGGTAATGGATGGCAGGGGA
AGCATGAAGATGCATACCATGGCGGGCACGGGATGCAGAACCACGGTGAGTATGGGATGC
AGCAGCACGGGATGCAGCACCACGGTGAGTACGGGATGAAGCAGCACGGGATGCAGCACC
ACGGTGAGTACGGGATGAAGCA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3AQ78JQ 311 0 0
CCATAGTGTAAGTGGAAAGATGGGTAATGGATGGCAGGGGAAGCATGAAGATGCATACCA
TGGCGGGCACGGGATGCAGAACCACGGTGAGTATGGGATGCAGCAGCACGGGATGCAGCA
CCACGGTGAGTACGGGATGAAGCAGCACGGGATGCAGCACCACGGTGAGTACGGGATGAA
GCACCAGGACAGGCTTATGGCTCCTCAGATGTCACCACATCATGTTTACATGAACCCAAA
CCATGGCACTGGCAGTGGCCATGCTGTAGTGGTCAATGTTTCGGAAAACTGGCCAGTCAG
CAACAGGGGTG

QA 1 311 1 311
DS 



AS 1 2

CO CL5986Contig1 1092 2 4 U
GGGTTCAATAGGTATGATGTAAGGAGAGATGAAGGGCGTGGCAACGCAGCGTACCAGAAC
TGGAACAGGCAAGAGAGCTGGGGAAGGAGGACGTGGCAAGAGGCGACAGAGTCAAGCGTG
CCTAGGATGGTCGGTGAAGTGGTTTACGGAGTGAGTCCGGTCTTAGCTGCACTATCCGCT
GGGAGACGGAGTTATACGCTCTGTATGTTCAAGAAGGTTTGGATTTGAGTAGTAACAACA
AGAAGAAGAAAGACAAGAAAGGTTTTGAGAGAGTCTTGAAGCTCTCTGAGAAGCTAGGGT
TAGACATCAAGTAGACTTCGAAGCATGATCTTAACATGGTTGCTGATAACAGACCTCATC
AAGGGTTGGTGCTGGATGCTTCACCTTTGGAGCTGGTTAAAGTGAAAGAGCTAGATAAGG
TTTCATCAGAGGAAGAAGAGAAGTACTCTCTTTGGGTAGCGTTAGATGAGGTCACTGATC
CGCAGAACTTGGGGGCGATCATAAGGTCTGCTTACTTCTTTGGAGCCACTGGTGTTGTGG
TATGCGCTAAAAACTCAGCTCCGTTAAGTGCGGTGGTGAGTAAAGCAAGCGCTGGATCGC
TTGAAGTGATGGAGCTTAGGTACTGCAAAAACATGATGCAGTTCTTGGAAGCTTCTGCTG
AGAACGGTTGGCGTGTGGTTGGTGGTTCTGTTTCTCACAAGGCTGTTGCTTTGAGCGAGG
TTTCACCCGGTAGGCCGACGATTCTTGTGCTGGGGAATGAAGGGACTGGTTTGAGGCCAT
TGGTGGAGAGATCATGTACTGATTTAGTTCGGATTAGCGGGAATATGGCTAGCGATGTTG
CAGCTGCTACAGAGGCTGAAGATGGTGGGGAGGTGGAAGGATTCAGATCTTTTCTAGCAG
TGGAGAGCTTGAACTTGAGTGTTGCAGCTGGTTTGTTTCTTCATCACTTGATAGGAAACA
AAGCAAGTGTTTGATTCTGTGGTGTGCGTTCTTCTAAACAATTTCACTTTTACAGCAAAC
TTGGTTGTTGTTTAGGAAAATTCAGTTGTTATTGGTTGGCTTTACATCCGAAAAGCTATT
TTATTATGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E674TF U 1
AF RR3E674JQ C 510
BS 1 619 RR3E674TF
BS 620 620 RR3E674JQ
BS 621 697 RR3E674TF
BS 698 1092 RR3E674JQ

RD RR3E674TF 697 0 0
GGGTTCAATAGGTATGATGTAAGGAGAGATGAAGGGCGTGGCAACGCAGCGTACCAGAAC
TGGAACAGGCAAGAGAGCTGGGGAAGGAGGACGTGGCAAGAGGCGACAGAGTCAAGCGTG
CCTAGGATGGTCGGTGAAGTGGTTTACGGAGTGAGTCCGGTCTTAGCTGCACTATCCGCT
GGGAGACGGAGTTATACGCTCTGTATGTTCAAGAAGGTTTGGATTTGAGTAGTAACAACA
AGAAGAAGAAAGACAAGAAAGGTTTTGAGAGAGTCTTGAAGCTCTCTGAGAAGCTAGGGT
TAGACATCAAGTAGACTTCGAAGCATGATCTTAACATGGTTGCTGATAACAGACCTCATC
AAGGGTTGGTGCTGGATGCTTCACCTTTGGAGCTGGTTAAAGTGAAAGAGCTAGATAAGG
TTTCATCAGAGGAAGAAGAGAAGTACTCTCTTTGGGTAGCGTTAGATGAGGTCACTGATC
CGCAGAACTTGGGGGCGATCATAAGGTCTGCTTACTTCTTTGGAGCCACTGGTGTTGTGG
TATGCGCTAAAAACTCAGCTCCGTTAAGTGCGGTGGTGAGTAAAGCAAGCGCTGGATCGC
TTGAAGTGATGGAGCTTAG*TACTGCAAAAACATGATGCAGTTCTTGGAAGCTTCTGCTG
AGAACGGTTGGCGTGTGGTTGGTGGTTCTGTTTCTCA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3E674JQ 583 0 0
GCTTACTTCTTTGGAGCCACTGGTGTTGTGGTATGCGCTAAAAACTCAGCTCCGTTAAGT
GCGGTGGTGAGTAAAGCAAGCGCTGGATCGCTTGAAGTGATGGAGCTTAGGTACTGCAAA
AACATGATGCAGTTCTTGGAAGCTTCTGCTGAGAACGGTTGGCGTGTGGTTGGTGGTTCT
GTTTCTCACAAGGCTGTTGCTTTGAGCGAGGTTTCACCCGGTAGGCCGACGATTCTTGTG
CTGGGGAATGAAGGGACTGGTTTGAGGCCATTGGTGGAGAGATCATGTACTGATTTAGTT
CGGATTAGCGGGAATATGGCTAGCGATGTTGCAGCTGCTACAGAGGCTGAAGATGGTGGG
GAGGTGGAAGGATTCAGATCTTTTCTAGCAGTGGAGAGCTTGAACTTGAGTGTTGCAGCT
GGTTTGTTTCTTCATCACTTGATAGGAAACAAAGCAAGTGTTTGATTCTGTGGTGTGCGT
TCTTCTAAACAATTTCACTTTTACAGCAAACTTGGTTGTTGTTTAGGAAAATTCAGTTGT
TATTGGTTGGCTTTACATCCGAAAAGCTATTTTATTATGTTGC

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

CO CL5987Contig1 1015 2 6 U
GGGTAAGTGCCTCTCTCTCTCTCTCCACACATTTCTCCTTCAGATTCATCTGCGTTTGAT
TCTCATTTTTGATTCTTTAGATGTTCTCCTCAAGTTTATGGTTTTCTTTGTTTTTCTTTT
CTTGGCCCGTTCGACTTAATCTCAACCCACCGATCTCAATTGTTAAAAAGAAAAAAGAAA
AACTGATTCTAGGTTTTAAAACCGTCGATATTGTCTTAGCTATTCACTCACTAAGGACAT
GCGTCGTAGGTGTTCGATAAAATGCCTAAAAGAAATCGGAAGATCACCACTATGGATATT
TGTAACCAAAATTAATGTTTTTTTTTTGGGTAGAAATATGGGATACTTGTTAGTAGTACA
TAGAATCATGATAGAGATGAATAGCTTGCTACTATTCCTTGTCACCACATTTTTTTGTAA
TCTTTTAACACATGCGCATTTGCTTGCTTCATCATCAATCTTTGGTGAACCTTAACAATG
TTCATATATTACTTTGTTCATTTTGGAGAATTCATCGAATGTTTAAGGGCTAGATGGATG
GATCTAAACAGAAACTGAAGAAAGAATGGTTTATTTTTTTTGGTTTTGTAGAGTTGTTGT
TGGACAATGAAGAAAGGGAATACATCCACAGATGCAATGGATCTCTTATGTGACACAGAG
CGGTAGATTGATGCACGTCATGATGACTAGAATCCACCATGTTGGCAAAGTCTATCACTT
TGGTGCTAAGCGTCAACTGGCTCAGAGCATTGGTCAGATTGCCAAGTTCAAGCGTAGGTT
TAACGAGCAAGAGGAAGAACCTACCCATGACAACAACATCCAGAACCAGAAGAAGTAGTC
CAACTCTTTTTTTGCCTGTTCCTCAAAAAACAATCTGAAGAAGGCCAAGGCTTTACATTT
ATACAAGGCACTATGAACCTTGCTTTTGCTTTTCCTGTTTGATTTCACAGTTCTGGAGTT
TCACTGTTGTTTACAAACATCTATGAATTTTGAATCATTCACTACTCTTTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BA76TF U 1
AF RR3BA76JQ C 589
BS 1 764 RR3BA76TF
BS 765 765 RR3BA76JQ
BS 766 777 RR3BA76TF
BS 778 778 RR3BA76JQ
BS 779 789 RR3BA76TF
BS 790 1015 RR3BA76JQ

RD RR3BA76TF 789 0 0
GGGTAAGTGCCTCTCTCTCTCTCTCCACACATTTCTCCTTCAGATTCATCTGCGTTTGAT
TCTCATTTTTGATTCTTTAGATGTTCTCCTCAAGTTTATGGTTTTCTTTGTTTTTCTTTT
CTTGGCCCGTTCGACTTAATCTCAACCCACCGATCTCAATTGTTAAAAAGAAAAAAGAAA
AACTGATTCTAGGTTTTAAAACCGTCGATATTGTCTTAGCTATTCACTCACTAAGGACAT
GCGTCGTAGGTGTTCGATAAAATGCCTAAAAGAAATCGGAAGATCACCACTATGGATATT
TGTAACCAAAATTAATGTTTTTTTTTTGGGTAGAAATATGGGATACTTGTTAGTAGTACA
TAGAATCATGATAGAGATGAATAGCTTGCTACTATTCCTTGTCACCACATTTTTTTGTAA
TCTTTTAACACATGCGCATTTGCTTGCTTCATCATCAATCTTTGGTGAACCTTAACAATG
TTCATATATTACTTTGTTCATTTTGGAGAATTCATCGAATGTTTAAGGGCTAGATGGATG
GATCTAAACAGAAACTGAAGAAAGAATGGTTTATTTTTTTTGGTTTTGTAGAGTTGTTGT
TGGACAATGAAGAAAGGGAATACATCCACAGATGCAATGGATCTCTTATGTGACACAGAG
CGGTAGATTGATGCACGTCATGATGACTAGAATCCACCATGTTGGCAAAGTCTATCACTT
TGGTGCTAAGCGTCAACTGGCTCAGAGCATTGGTCAGATTGCCA*GTTCAAGCGTAG*TT
TAACGAGCA

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3BA76JQ 427 0 0
TAGAGTTGTTGTTGGACAATGAAGAA*GGGAATACATCCACAGATGCAATGGATTTCTTA
TGTGACACAGAGCGGTAGATTGATGCACGTCATGATGACTAGAATCCACCATGTTGGCAA
AGTCTATCACTTTGGTGCTAAGCGTCAACTGGCTCAGAGCATTGGTCAGATTGCCAAGTT
CAAGCGTAGGTTTAACGAGCAAGAGGAAGAACCTACCCATGACAACAACATCCAGAACCA
GAAGAAGTAGTCCAACTCTTTTTTTGCCTGTTCCTCAAAAAACAATCTGAAGAAGGCCAA
GGCTTTACATTTATACAAGGCACTATGAACCTTGCTTTTGCTTTTCCTGTTTGATTTCAC
AGTTCTGGAGTTTCACTGTTGTTTACAAACATCTATGAATTTTGAATCATTCACTACTCT
TTGTTCC

QA 1 427 1 427
DS 



AS 1 2

CO CL5988Contig1 961 2 2 U
TTTTTTGGTTCATTTTTTATCTTAGGCTATGGCCAAGGCATGCCAAGTTTCTGGGACACT
TGACTCACTTGACTCTGGCTTGACCGAGTCTGAGGTGCTAACGAGTCGGAAACCCAATTT
AGTGAAGACGAAGAACTAGAGCAGGTTATCACAGGACAAGTGTGCTTTAAGATGTATCCA
TTTTTTAAGGAAGCATACGGGTTGGAGCCGGATAAAGACAGAAAGATTATACTGTCTGGT
TCTTTTAACCCATTACATGACGGGCATCTCAAGCTCTTGGAAGTTGCTATGAGTGTGTGT
GGAAGCGGGTACCCATGTTTTGAATTATCCGCCGTAAATGCTGACAAACCACCGCTTTCA
GTTGAAGAGATTAAAAAGCGTGTCAAAAAATTTGAAGAAGCTGGAAAGACGGTAATAGTC
TCAAATCAGCCGTTATTTTACAAGAAAGCTGAACTCTTTCCAAGAAGCAGTTTTGTAATT
GGCGCTGACACTGCAGCAAGGCTTGTTAATCCAATATACTATGAAGGAGGTTACGAAAGG
ATGTTGGAGATACTGGGTGATTGCATGAGAGCAGACTGCAAGTTCCTTGTTGGTGGCCGG
GAAGTCGATGGCGTATTTAAGGTTCTAGAAGATCTTGATATTCCAGAGAAGATAAAAGAC
ATGTTTGAGTCAATTCCAGAAGAGAAATTCCGGATGAATATATCCTCTACAGAGCTAAGA
AATAAACAAGGGGGTGGTGTTGATAAGAGGAAGCGCGAAACTGATAACGAAGAGGTCGAG
CAAGGAGATAAATGAAAAAAAACAAAAACGATGCGGCGAGAAGTTGTCAACATTTTCATG
GTATGGAGTTAGAATAATTGTTGCGTTTTATAGTTACAGACCCTTTACATACACATATGA
GAAATAAGTCTCTCAATAATTGATGATGTACTCTCCAGAAATAAGTATATCAATAATTTC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3DG01TF U 1
AF RR3DG01JQ C 240
BS 1 422 RR3DG01TF
BS 423 961 RR3DG01JQ

RD RR3DG01TF 422 0 0
TTTTTTGGTTCATTTTTTATCTTAGGCTATGGCCAAGGCATGCCAAGTTTCTGGGACACT
TGACTCACTTGACTCTGGCTTGACCGAGTCTGAGGTGCTAACGAGTCGGAAACCCAATTT
AGTGAAGACGAAGAACTAGAGCAGGTTATCACAGGACAAGTGTGCTTTAAGATGTATCCA
TTTTTTAAGGAAGCATACGGGTTGGAGCCGGATAAAGACAGAAAGATTATACTGTCTGGT
TCTTTTAACCCATTACATGACGGGCATCTCAAGCTCTTGGAAGTTGCTATGAGTGTGTGT
GGAAGCGGGTACCCATGTTTTGAATTATCCGCCGTAAATGCTGACAAACCACCGCTTTCA
GTTGAAGAGATTAAAAAGCGTGTCAAAAAATTTGAAGAAGCTGGAAAGACGGTAATAGTC
TC

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR3DG01JQ 722 0 0
TTCTTTTAACCCATTACATGACGGGCATCTCAAGCTCTTGGAAGTTGCTATGAGTGTGTG
TGGAAGCGGGTACCCATGTTTTGAATTATCCGCCGTAAATGCTGACAAACCACCGCTTTC
AGTTGAAGAGATTAAAAAGCGTGTCAAAAAATTTGAAGAAGCTGGAAAGACGGTAATAGT
CTCAAATCAGCCGTTATTTTACAAGAAAGCTGAACTCTTTCCAAGAAGCAGTTTTGTAAT
TGGCGCTGACACTGCAGCAAGGCTTGTTAATCCAATATACTATGAAGGAGGTTACGAAAG
GATGTTGGAGATACTGGGTGATTGCATGAGAGCAGACTGCAAGTTCCTTGTTGGTGGCCG
GGAAGTCGATGGCGTATTTAAGGTTCTAGAAGATCTTGATATTCCAGAGAAGATAAAAGA
CATGTTTGAGTCAATTCCAGAAGAGAAATTCCGGATGAATATATCCTCTACAGAGCTAAG
AAATAAACAAGGGGGTGGTGTTGATAAGAGGAAGCGCGAAACTGATAACGAAGAGGTCGA
GCAAGGAGATAAATGAAAAAAAACAAAAACGATGCGGCGAGAAGTTGTCAACATTTTCAT
GGTATGGAGTTAGAATAATTGTTGCGTTTTATAGTTACAGACCCTTTACATACACATATG
AGAAATAAGTCTCTCAATAATTGATGATGTACTCTCCAGAAATAAGTATATCAATAATTT
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL5989Contig1 930 2 2 U
AACACAATCTGCGTTGCAGCTATTCTAGGATCCACACTTACCGGAGAGTTCGAGGATGTG
AAGCTGCTGAACGATCTCTTGGCTGAGAAAAACGCAGAGACTGGTTGGGATGTTGCTATT
CACGTTGATGCAGCCAGTGGAGGATTCATTGCTCCTTTCCTCTACCCTGATCTTGAATGG
GACTTCAGGCTTCCTTGGGTTAAGAGCATTAATGTCAGTGGTCATAAGTATGGACTTGTC
TATGCAGGAGTTGGTTGGATTGTCTGGAGAACCAAAGATGATTTGCCTGAGGACCTTGCC
TTTCACATCAACTACTTGGGAGCTGATCAACCTACTTTCACTCTTAACTTCTCTAAAGGC
TCAAGCCAAATCATTGCTCAGTACTATCAGTTTATTCGACTAGGCTTTGAGGGATACAAG
AACATAATGGAAAACTGCATGGACAACGCGAGGAGGCTAAGAGAAGGAATAGAGATGACA
GGGAAGTTCGACATTGTCTCTAAAGACATAGGCGTGCCCCTAGTGGCATTCTCTCTCAAA
GACAGTAGCAAACACACCGTGTTCGAGATCGCAGAGTCTCTTAGGAAATTTGGATGGATC
ATACCGGCTTACACTATGCCTGCAGATGCACAGCACATTGCTGTGCTCAGAGTTGTGATC
AGGGAAGATTTTAGCCGAGGACTAGCGGACAGACTCATCACACATATCATTCAGGTACTG
AAAGAGATCGATGGCCTTCCTAGCCGGGTTGCTCATATAGCTGCCGCTGCAGCGGTTAGT
GGTGGTGAAGTGAAGACTGCTAAGATGTCGTTGGAGGATATCACTAAGTATTGGAAACGC
CTTGTGGAACACAAGAGAAATATTGTCTGTTAGGTGGTTATGTCTTTATGCTTCTTCTTT
TTGGACCTGTTATGTTCTCTTGGTAATAAG


BQ
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AF RR3BJ70TF U 1
AF RR3BJ70JQ C 67
BS 1 249 RR3BJ70TF
BS 250 930 RR3BJ70JQ

RD RR3BJ70TF 249 0 0
AACACAATCTGCGTTGCAGCTATTCTAGGATCCACACTTACCGGAGAGTTCGAGGATGTG
AAGCTGCTGAACGATCTCTTGGCTGAGAAAAACGCAGAGACTGGTTGGGATGTTGCTATT
CACGTTGATGCAGCCAGTGGAGGATTCATTGCTCCTTTCCTCTACCCTGATCTTGAATGG
GACTTCAGGCTTCCTTGGGTTAAGAGCATTAATGTCAGTGGTCATAAGTATGGACTTGTC
TATGCAGGA

QA 1 249 1 249
DS 

RD RR3BJ70JQ 864 0 0
CTGAACGATCTCTTGGCTGAGAAAAACGCAGAGACTGGTTGGGATGTTGCTATTCACGTT
GATGCAGCCAGTGGAGGATTCATTGCTCCTTTCCTCTACCCTGATCTTGAATGGGACTTC
AGGCTTCCTTGGGTTAAGAGCATTAATGTCAGTGGTCATAAGTATGGACTTGTCTATGCA
GGAGTTGGTTGGATTGTCTGGAGAACCAAAGATGATTTGCCTGAGGACCTTGCCTTTCAC
ATCAACTACTTGGGAGCTGATCAACCTACTTTCACTCTTAACTTCTCTAAAGGCTCAAGC
CAAATCATTGCTCAGTACTATCAGTTTATTCGACTAGGCTTTGAGGGATACAAGAACATA
ATGGAAAACTGCATGGACAACGCGAGGAGGCTAAGAGAAGGAATAGAGATGACAGGGAAG
TTCGACATTGTCTCTAAAGACATAGGCGTGCCCCTAGTGGCATTCTCTCTCAAAGACAGT
AGCAAACACACCGTGTTCGAGATCGCAGAGTCTCTTAGGAAATTTGGATGGATCATACCG
GCTTACACTATGCCTGCAGATGCACAGCACATTGCTGTGCTCAGAGTTGTGATCAGGGAA
GATTTTAGCCGAGGACTAGCGGACAGACTCATCACACATATCATTCAGGTACTGAAAGAG
ATCGATGGCCTTCCTAGCCGGGTTGCTCATATAGCTGCCGCTGCAGCGGTTAGTGGTGGT
GAAGTGAAGACTGCTAAGATGTCGTTGGAGGATATCACTAAGTATTGGAAACGCCTTGTG
GAACACAAGAGAAATATTGTCTGTTAGGTGGTTATGTCTTTATGCTTCTTCTTTTTGGAC
CTGTTATGTTCTCTTGGTAATAAG

QA 1 864 1 864
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5991Contig1 1238 2 8 U
GGGTTTCAAACCAAAAGTCTTATTTACCTCAATACCATATTTGATAAACTCCTTAACTCG
ATTATCTATTCTCATCCGAATCACTTTCTTACGTTTTCTCTCACTAAAATCATATCCAAA
GAGTTTCATATTTTGTGTTTGGTCTGAAGAAGATGGTGTCTGGTAATAGTAGTAGCATGC
AATCTTCAAGCGGAGGAGGAGGAGAAGAATACGATTCACGCGCCGCCGACCAATCTATCT
CAGCCTTCTTCGACCACCACAACCACCACGTGGCATCTTTACCTCCGCCGCAGCAAAACC
ACCTCAACCCCCTTCACTTCGACCACAACAACTCTTTTTTACCACAAAATTACTTCAATA
ATAACAACGGTATCTTCTTGCCTATAAACCAACAATCCGACCCAAATACTCAACCCGACC
TCCGAACCTTCTCCTCTACCTCGCCACCAATCCCTCCTAACAACATAGGAGTAATCAAGA
AAACAAAGAAAAGATCTCGAGCATCAAGGCGAGCACCAACGACGGTTCTAAAGACGGACA
CTTCGAATTTCCGAGCGATGGTTCAGGAGTTCACCGGCATCCCATCTCCGCCGTTATTCA
ACAACAACTCCGTCGTGAACACCATGCGCCTCAACACTTTCCTCGGCTTGTCTTCTTCAA
TGCCAAACTCTAACAACAGCAACAACAACATCTTGTTACGACCTTTCACTCAAAAACTCC
TCCCAACGTCTCCTCTCCTATCCCGATCACAGATTCAGCAATACCAAAACCCTAACAACA
GTTTCGAGAATATTAATTTACAGTCTCTACTTCAAGCTCAGACTTCAAACACTAGAAGCA
ATGATCACGATCAGTTTGGTCTTAGTATGTTGCAGAGTCAATTTATTACTCCTCTGACGA
CGACCACAATAGCTAACGGGAACGTAACCACGGGTGAAAATGGTGGTTACGGTGTTTCCG
ATCATGATCATAATAATGACAATACTTGGTTATGTTCATCTTCCGACCAAAGAACATAGA
AGTGTTTCTATATATATATTGTCCGAATCCAAAGCTAATCTCTTGGTATATGCTTATTCA
TTTCAACAATTAAACATAGTATGTATTATGATGATTAAATTACTAGTTTATTATTCTATA
TATTTTCGTATGATTAAACACCTTTTGAATTATTATTTTTAATTGTATGGTTCTTTCGAA
ATTGGTTAGTCCATGCTTATTATTTTGTTTATCTTAAC


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AE92TF U 1
AF RR3AE92JQ C 653
BS 1 789 RR3AE92TF
BS 790 790 RR3AE92JQ
BS 791 836 RR3AE92TF
BS 837 837 RR3AE92JQ
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BS 842 856 RR3AE92TF
BS 857 1238 RR3AE92JQ

RD RR3AE92TF 856 0 0
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ATTATCTATTCTCATCCGAATCACTTTCTTACGTTTTCTCTCACTAAAATCATATCCAAA
GAGTTTCATATTTTGTGTTTGGTCTGAAGAAGATGGTGTCTGGTAATAGTAGTAGCATGC
AATCTTCAAGCGGAGGAGGAGGAGAAGAATACGATTCACGCGCCGCCGACCAATCTATCT
CAGCCTTCTTCGACCACCACAACCACCACGTGGCATCTTTACCTCCGCCGCAGCAAAACC
ACCTCAACCCCCTTCACTTCGACCACAACAACTCTTTTTTACCACAAAATTACTTCAATA
ATAACAACGGTATCTTCTTGCCTATAAACCAACAATCCGACCCAAATACTCAACCCGACC
TCCGAACCTTCTCCTCTACCTCGCCACCAATCCCTCCTAACAACATAGGAGTAATCAAGA
AAACAAAGAAAAGATCTCGAGCATCAAGGCGAGCACCAACGACGGTTCTAAAGACGGACA
CTTCGAATTTCCGAGCGATGGTTCAGGAGTTCACCGGCATCCCATCTCCGCCGTTATTCA
ACAACAACTCCGTCGTGAACACCATGCGCCTCAACACTTTCCTCGGCTTGTCTTCTTCAA
TGCCAAACTCTAACAACAGCAACAACAACATCTTGTTACGACCTTTCACTCAAAAACTCC
TCCCAACGTCTCCTCTCCTATCCCGATCACAGATTCAGCAATACCAAAACCCTAACAACA
GTTTCGAGA*TATTAATTTACAGTCTCTACTTCAAGCTCAGACTTCAAACACTAGA*GCA
*TGATCACGATCAGTT

QA 1 856 1 856
DS 

RD RR3AE92JQ 586 0 0
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AAAACTCCTCCCAACGTCTCCTCTCCTATCCGGATCACAGATTCAGCAATACCAAAACCC
TAACAACAGTTTCGAGAATATTAATTTACAGTCTTTACTTCAAGCTCAGACTTCAAACAC
TAGAAGCAATGATCACGATCAGTTTGGTCTTAGTATGTTGCAGAGTCAATTTATTACTCC
TCTGACGACGACCACAATAGCTAACGGGAACGTAACCACGGGTGAAAATGGTGGTTACGG
TGTTTCCGATCATGATCATAATAATGACAATACTTGGTTATGTTCATCTTCCGACCAAAG
AACATAGAAGTGTTTCTATATATATATTGTCCGAATCCAAAGCTAATCTCTTGGTATATG
CTTATTCATTTCAACAATTAAACATAGTATGTATTATGATGATTAAATTACTAGTTTATT
ATTCTATATATTTTCGTATGATTAAACACCTTTTGAATTATTATTTTTAATTGTATGGTT
CTTTCGAAATTGGTTAGTCCATGCTTATTATTTTGTTTATCTTAAC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL5992Contig1 1280 2 2 U
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GTCATCTTTTCTCTCTGTCTCATACTTAGCAAGAAAGCAACGTCGCAGCTTGATGAGTTA
TGGCTAGTCGGCGACGACGATGACGATCCACTGAGGGCGTTGCAGACAAGGCACGAAAGA
ACGGAGGGGAAGTGTGATTACTCAGAGGGAAAATGGAGCTACGACGAAACGTATCCTCTC
TACGACTCAAACTGTCCGTACTTGAGCTCTGCGCTAAGTTGTCAGAGAAATGGAAGGCCT
GACTCTTATTACCAGAAATGGAGATGGGTCCCTAAGTCTTGCTCACTTTCAAGGTTTGAC
GCATTGAAATTTCTTGGGAAAATGAGACAAAAAAGAATAATGCTGGTAGGAGATTCAATA
ATGAGGAACCAGTGGGAATCTCTTGTCTGTTTAGTACAGTCTGTGCTTCCCACTCATCGT
AAGAAGCTCACTTACAATGGTCCTACAATGGCTTTCCATTCTCTGGACTTTGAGACATCG
ATTGAGTTCTGTTGGGCTCCTCTGCTTGTGGAACAAAAAAGGAAATGACCATGAAAGAGT
GTTACATTTGGACTCAATTGAAGACAATGCTAGATACTGGCGAGGTGTTGATGTTCTTGT
GTTCGATTCTGCTCACTGGTGGACCCACTCACAGAAACGGAGTTCGTGGGACTATTACAA
AGATGGGAACAAGCTTTACAAAGCTATGAACCCAATGGTTGCTTATGAAAGAGGACTAAC
CACATGGGCTGAATGGGTAGAGATTAATCTTGATCCATCCAAAACCAAAGTCATTTTCCG
CACAAGCTCACCAAGAGAGAGTGGTCAAAAGTGCTACAACCAGAGACATCCATTGCCTTC
TTCTAGCGAACCACATGTTCCTCAACAATCAAGAGTGTTGAAAAAAGTGCTTACGAGAAT
GAAATACAGAGTGTATTTGCACGATATCACAACAATGTCGGCGTACAGGAGAGACGGGCA
TCCATCGGTGTTTAAGAGAGCTATGGGAGAGGAAGAGAAGCACCATCGTTTCGCTGGACC
TTCGCCAGATTGTAGTCACTGGTGCTTGCCGGGTGTCCCGGATATCTGGAATGAGATGCT
TTCTTCAATTATCTTAACCAAAGCTGCATGAGTTATGTGTCGGATTTACTCATGATGTTT
ACTTGTGTGAGTTATAACTTATAAGTCTGTTTATGCAAAGGGAAGTCAGTGGTTTATTAT
AATATAAGTATACCCTTTCC


BQ
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AF RR3G195TF U 1
AF RR3G195JQ C 487
BS 1 673 RR3G195TF
BS 674 1280 RR3G195JQ

RD RR3G195TF 673 0 0
GGACTCACACTAGCTTAAGTCCGTTTACTCAAAATGGCTACCTTAAACACTCGAGTCTTC
GTCATCTTTTCTCTCTGTCTCATACTTAGCAAGAAAGCAACGTCGCAGCTTGATGAGTTA
TGGCTAGTCGGCGACGACGATGACGATCCACTGAGGGCGTTGCAGACAAGGCACGAAAGA
ACGGAGGGGAAGTGTGATTACTCAGAGGGAAAATGGAGCTACGACGAAACGTATCCTCTC
TACGACTCAAACTGTCCGTACTTGAGCTCTGCGCTAAGTTGTCAGAGAAATGGAAGGCCT
GACTCTTATTACCAGAAATGGAGATGGGTCCCTAAGTCTTGCTCACTTTCAAGGTTTGAC
GCATTGAAATTTCTTGGGAAAATGAGACAAAAAAGAATAATGCTGGTAGGAGATTCAATA
ATGAGGAACCAGTGGGAATCTCTTGTCTGTTTAGTACAGTCTGTGCTTCCCACTCATCGT
AAGAAGCTCACTTACAATGGTCCTACAATGGCTTTCCATTCTCTGGACTTTGAGACATCG
ATTGAGTTCTGTTGGGCTCCTCTGCTTGTGGAACAAAAAAGGAAATGACCATGAAAGAGT
GTTACATTTGGACTCAATTGAAGACAATGCTAGATACTGGCGAGGTGTTGATGTTCTTGT
GTTCGATTCTGCT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3G195JQ 794 0 0
CTCACTTACAATGGTC*TACAATGGCTTTCCATTCTCTGGACTTTGAGACATCGATTGAG
TTCTGTTGGGCTCCTCTGCTTGTGGAACAAAAAAGGAAATGACCATGAAAGAGTGTTACA
TTTGGACTCAATTGAAGACAATGCTAGATACTGGCGAGGTGTTGATGTTCTTGTGTTCGA
TTCTGCTCACTGGTGGACCCACTCACAGAAACGGAGTTCGTGGGACTATTACAAAGATGG
GAACAAGCTTTACAAAGCTATGAACCCAATGGTTGCTTATGAAAGAGGACTAACCACATG
GGCTGAATGGGTAGAGATTAATCTTGATCCATCCAAAACCAAAGTCATTTTCCGCACAAG
CTCACCAAGAGAGAGTGGTCAAAAGTGCTACAACCAGAGACATCCATTGCCTTCTTCTAG
CGAACCACATGTTCCTCAACAATCAAGAGTGTTGAAAAAAGTGCTTACGAGAATGAAATA
CAGAGTGTATTTGCACGATATCACAACAATGTCGGCGTACAGGAGAGACGGGCATCCATC
GGTGTTTAAGAGAGCTATGGGAGAGGAAGAGAAGCACCATCGTTTCGCTGGACCTTCGCC
AGATTGTAGTCACTGGTGCTTGCCGGGTGTCCCGGATATCTGGAATGAGATGCTTTCTTC
AATTATCTTAACCAAAGCTGCATGAGTTATGTGTCGGATTTACTCATGATGTTTACTTGT
GTGAGTTATAACTTATAAGTCTGTTTATGCAAAGGGAAGTCAGTGGTTTATTATAATATA
AGTATACCCTTTCC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL5993Contig1 381 2 4 U
GAGAACAACTATCATTGACATTGAAGCAGACGATGAAGCATACAAAAGGTCACAAGCTAT
TAAAACAATACAAGAACAGCATCTGACAAAATACAGATGGGGCTGTGAATACAAATACAT
ATGGGGCTGTAAATACAGCTTCTGCTATTTGCAATGAGTTTTCAAGAAGATATCTATTTA
CACAAATTCTCAAACCAAACCTCATCTTCTCCTCTTCCTAATCCTGTAAACTCACCAACA
ATCAAAAGCGAGAATGGCTCGCCTTGCCCTCTTCCTCTTAACCTGCAAGCCATTTATGCA
ACAAAACCAACACTTTGTACAAGCTTTGGTCTTCTTCCTACTATTTGGTCCTGTCTTCAA
GTCCCCTCCCCAGCTCTCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AO17TF C 1
AF RR3AO17JQ U 176
BS 1 175 RR3AO17TF
BS 176 257 RR3AO17JQ
BS 258 258 RR3AO17TF
BS 259 381 RR3AO17JQ

RD RR3AO17TF 381 0 0
GAGAACAACTATCATTGACATTGAAGCAGACGATGAAGCATACAAAAGGTCACAAGCTAT
TAAAACAATACAAGAACAGCATCTGACAAAATACAGATGGGGCTGTGAATACAAATACAT
ATGGGGCTGTAAATACAGCTTCTGCTATTTGCAATGAGTTTTCAAGAAGATATCTATTTA
CACAAATTCTCAAACCAAACCTCATCTTCTCCTCTTCCTAATCCTGTAAACTCACCAGCA
ATCAGAAGCGAGAATGGCTCGCCTTGCCCTCTTCCTCTTAACCTGCAAGCCATTTATGCA
ACAGAGCCAACACTTTGTACAAGCTTTGGTCTTCTTCCTACTATTTGGTCCTGTCTTCAA
GTCCCCTCGCCAGCTCTCTCC

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR3AO17JQ 206 0 0
ATTTACACAAATTCTCAAACCAAACCTCATCTTCTCCTCTTCCTAATCCTGTAAACTCAC
CAACAATCAAAAGCGAGAATGGGTCGCCTTGCCCTCTTCCTCTTAACCTGCAAGCCATTT
ATGCAACAAAACCAACACTTTGTACAAGCTTTGGTCTTCTTCCTACTATTTGGTCCTGTC
TTCAAGTCCCCTCCCCAGCTCTCTCC

QA 1 206 1 206
DS 



AS 1 2

CO CL5994Contig1 989 2 2 U
GGAAACATCGTCGACTCCGATGCTGAGCTCCGACAAGCCAATCGCCTCCACTTGGCTTGA
CCGTCTCCGCTTAAGCAAAGGACTCTCCACCACCGAAGACGACGATGCTTCCGGCAATCC
TCTCAGCCTCGACGACTTCCTCCGCCGCAACCACACCGATTCTCCTCCAACTCCCTCGGA
TCCGGAGCTAACGGATAGTCCGGCGGATCCGAATCCTGGAGAATGGTACGGCGTGATGAG
CGATGTGCTCTCGGAGCTTTTCAACTACAGCGGCTCCTCCTCTCGCTCGGGGACGGGGAA
GAAGCTTCCGAGGAAACAGTCAAACCCTAAGCATTGCTCTCCTCCTCAACTGGTGGTCTC
GAGTTTTCTCCCCAGATTCGTCACGGAGAGGAGGAGGAGAAGCGTCGAGGAAGATGATGA
CTTGGAGGAGGAGGAGGAAGGGGAGAAGGATCTGGTTGGGTTTTCGAGGAGCGAAGTGAC
GGTGATCGACACGAGCTTCAAGATCTGGAAGTCGGAGAAGGTTGTGTTCCGGAGGAGAAG
CGTGTGGAAAGTGAGGGACAAGAAGGGTAACTCGCGTGGTGTTGTCTCGTCGAAGACGAA
GAAGAAGAAGACGATCAAGTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAATGCGATGTGGA
TGATGTTGAAAACGTTAGGAAAAGCAAGAAGATGAAGCTTTCAAGATCGGTTTCAGACAA
CAGTCCACAATATTTGAGTGAAGAGATTCGTGATGATCCAGAGAGCAGCAATGCGAACCG
AACCCTCTTGCGTAGATTACCCTCTAAACCAAGAAGCGTACTACACACTAGCAAGAAGAA
CGGTGAACCAGAGGCTCGTGGACATAGGTCATTGGCTTGATATAGCCACTTATTGCGTTC
AATGTATATGATGATTCTGCTGAATGATTATTATGTAACATTCTTGTTTATGAATTGCTA
TCATCTGAATTAAAGAGGACCAACTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C854TF U 1
AF RR3C854JQ C 186
BS 1 372 RR3C854TF
BS 373 989 RR3C854JQ

RD RR3C854TF 372 0 0
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CCGTCTCCGCTTAAGCAAAGGACTCTCCACCACCGAAGACGACGATGCTTCCGGCAATCC
TCTCAGCCTCGACGACTTCCTCCGCCGCAACCACACCGATTCTCCTCCAACTCCCTCGGA
TCCGGAGCTAACGGATAGTCCGGCGGATCCGAATCCTGGAGAATGGTACGGCGTGATGAG
CGATGTGCTCTCGGAGCTTTTCAACTACAGCGGCTCCTCCTCTCGCTCGGGGACGGGGAA
GAAGCTTCCGAGGAAACAGTCAAACCCTAAGCATTGCTCTCCTCCTCAACTGGTGGTCTC
GAGTTTTCTCCC

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR3C854JQ 804 0 0
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TGCTCTCGGAGCTTTTCAACTACAGCGGCTCCTCCTCTCGCTCGGGGACGGGGAAGAAGC
TTCCGAGGAAACAGTCAAACCCTAAGCATTGCTCTCCTCCTCAACTGGTGGTCTCGAGTT
TTCTCCCCAGATTCGTCACGGAGAGGAGGAGGAGAAGCGTCGAGGAAGATGATGACTTGG
AGGAGGAGGAGGAAGGGGAGAAGGATCTGGTTGGGTTTTCGAGGAGCGAAGTGACGGTGA
TCGACACGAGCTTCAAGATCTGGAAGTCGGAGAAGGTTGTGTTCCGGAGGAGAAGCGTGT
GGAAAGTGAGGGACAAGAAGGGTAACTCGCGTGGTGTTGTCTCGTCGAAGACGAAGAAGA
AGAAGACGATCAAGTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAATGCGATGTGGATGATG
TTGAAAACGTTAGGAAAAGCAAGAAGATGAAGCTTTCAAGATCGGTTTCAGACAACAGTC
CACAATATTTGAGTGAAGAGATTCGTGATGATCCAGAGAGCAGCAATGCGAACCGAACCC
TCTTGCGTAGATTACCCTCTAAACCAAGAAGCGTACTACACACTAGCAAGAAGAACGGTG
AACCAGAGGCTCGTGGACATAGGTCATTGGCTTGATATAGCCACTTATTGCGTTCAATGT
ATATGATGATTCTGCTGAATGATTATTATGTAACATTCTTGTTTATGAATTGCTATCATC
TGAATTAAAGAGGACCAACTGATT

QA 1 804 1 804
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL5996Contig1 625 2 5 U
GACCACCACTCTCTAAAGCAACACTTCCAGCTTAAAACTTGCTCAATTGAATTATATCTT
TGGAAATATGGCTTCAAAAATCTCAGCCTCCCTTATAATTTTCCTCACATTCAACATCCT
CTTTTTCACTCTAACTACTGCTTGTGGCGGTGGCTGCGGTTCTATTCCCAAACCTAAACC
CAAGCCCACCCCAACTCCATCCTCCTCAGGAAGCTGCCCAAGAAAAACCCTAAAACTTGG
CGTTTGTGCCAATGTACTAAAGGATCTTCTCAAAATCGAATTGGGTACGCCACCAGTCAA
GCCTTGTTGTTCACTCCTTAAGGGTTTGGTTGATCTAGAGGCTGCGGCTTGTCTCTGTAC
CGCCTTAAAGGCAAATGTTCTAGGGATTAAGCTTAATGTTCCCGTCTCTCTCAGTCTTCT
TCTTAATGCTTGGGGCAGGAAGACCCCTCGGGGATTCATATGTGCTTGATCTACCTATCA
ATGGTTTGATTGATATATAATCTCTATTTTAATATTCATCTATCTTAATATCATTCTTTG
AAATTCTTATTTTCAATTTGTAATCGAATAAATGTTACTTGTACTTCTTTTATTATATCC
GCTTTTGAAGTTCATAATTTAAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B144TF U 1
AF RR3B144JQ C 425
BS 1 432 RR3B144TF
BS 433 433 RR3B144JQ
BS 434 450 RR3B144TF
BS 451 451 RR3B144JQ
BS 452 625 RR3B144TF

RD RR3B144TF 625 0 0
GACCACCACTCTCTAAAGCAACACTTCCAGCTTAAAACTTGCTCAATTGAATTATATCTT
TGGAAATATGGCTTCAAAAATCTCAGCCTCCCTTATAATTTTCCTCACATTCAACATCCT
CTTTTTCACTCTAACTACTGCTTGTGGCGGTGGCTGCGGTTCTATTCCCAAACCTAAACC
CAAGCCCACCCCAACTCCATCCTCCTCAGGAAGCTGCCCAAGAAAAACCCTAAAACTTGG
CGTTTGTGCCAATGTACTAAAGGATCTTCTCAAAATCGAATTGGGTACGCCACCAGTCAA
GCCTTGTTGTTCACTCCTTAAGGGTTTGGTTGATCTAGAGGCTGCGGCTTGTCTCTGTAC
CGCCTTAAAGGCAAATGTTCTAGGGATTAAGCTTAATGTTCCCGTCTCTCTCAGTCTTCT
TCTTAATGCTTGTGGCAGGAAGACCCCTCGTGGATTCATATGTGCTTGATCTACCTATCA
ATGGTTTGATTGATATATAATCTCTATTTTAATATTCATCTATCTTAATATCATTCTTTG
AAATTCTTATTTTCAATTTGTAATCGAATAAATGTTACTTGTACTTCTTTTATTATATCC
GCTTTTGAAGTTCATAATTTAAAGT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3B144JQ 201 0 0
AATGCTTGGGGCAGGAAGACCCCTCGGGGATTCATATGTGCTTGATCTACCTATCAATGG
TTTGATTGATATATAATCTCTATTTTAATATTCATCTATCTTAATATCATTCTTTGAAAT
TTTTATTTTCAATTTGTAATGGAATAAATGTTACTTGTACTTCTTTTATTATATCCGCTT
TTGAAGTTCATAATTTAAAGT

QA 1 201 1 201
DS 



AS 1 2

CO CL5997Contig1 803 2 3 U
AACGTACATTGGTTTTCAATTACCACCTTTAGGCAAAGCTGCCATGAAAGAGTTGTATGA
AGACTCAAGATCAAAGTGAAGTTGCTTTGACTGCTGTTCCGTGAGCTCATCAGCTGCTCC
CATCTTAGACAACCTCGAAAGCCATTCTTTCATCCTTGTCTTCCCTTCGAAATCCGGCGG
TAGAATACTCAGTTTGTTGAGAGAAGCAGACAGATCAGACAAGAGAGGATAAACCTGATC
GACAGCAACCATGTTTAGTTTCAAAGAATCCATCGACGTGATGAAGTTCTGCACACATTC
AGCAACAATGGAAGCAGAGTTGGAGGTAGATGCTTCGACGGTGGCTCGGTGTTCAACCGT
GGCGGGAACACCTGATGTAACGAGGCGGTAAAGAGCGGAGAGAGTCTTGAAGTGGAGGAT
GAGTTTGTTGCATTCGGATTCGTAGTCTGGAGGAGAGATTAGGTCTCTGATGTAAGCTTT
CCCGAGCTTCTCTGTGGCTTTGATGATTGCAAAAAGCTCTGCGAAGTTCTCGTACATCTC
TCTTTCTCTCTTGTCGTTCCATAACTTGACCTCCATCATTATATAACTTGACCGCGCACA
AAGAGTGAAAAAAGAACAAGAGCTTTCCTTTACGAATCAACCTGTGACGATTTTACCCTA
AACTTAGGGGAAATTATAATAATTGATGGCAATTATCTGGGAAACTACAGCGAAGAAGAA
GAATCGTAAATAAGACGACTTTGAAAGTAAGATAGAGAACAAATCTTCTGACCCGGTGGG
AGACTTTTCTGATCCGAGAAGCC


BQ
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AF RR3BG79JQ U 242
AF RR3BG79TF C 1
BS 1 241 RR3BG79TF
BS 242 424 RR3BG79JQ
BS 425 803 RR3BG79TF

RD RR3BG79JQ 183 0 0
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GCAACAATGGAAGCAGAGTTGGAGGTAGATGCTTCGACGGTGGCTCGGTGTTCAACCGTG
GCGGGAACACCTGATGTAACGAGGCGGTAAAGAGCGGAGAGAGTCTTGAAGTGGAGGATG
AGT

QA 1 183 1 183
DS 

RD RR3BG79TF 803 0 0
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AGACTCAAGATCAAAGTGAAGTTGCTTTGACTGCTGTTCCGTGAGCTCATCAGCTGCTCC
CATCTTAGACAACCTCGAAAGCCATTCTTTCATCCTTGTCTTCCCTTCGAAATCCGGCGG
TAGAATACTCAGTTTGTTGAGAGAAGCAGACAGATCAGACAAGAGAGGATAAACCTGATC
GACAGCAACCATGTTTAGTTTCAAAGAATCCATCGACGTGATGAAGTTCTGCACACATTC
AGCAACAATGGAAGCAGAGTTGGAGGTAGATGCTTCGACGGTGGCTCGGTGTTCAACCGT
GGCGGGAACACCTGATGTAACGAGGCGGTAAAGAGCGGAGAGAGTCTTGAAGTGGAGGAT
GAGTTTGTTGCATTCGGATTCGTAGTCTGGAGGAGAGATTAGGTCTCTGATGTAAGCTTT
CCCGAGCTTCTCTGTGGCTTTGATGATTGCAAAAAGCTCTGCGAAGTTCTCGTACATCTC
TCTTTCTCTCTTGTCGTTCCATAACTTGACCTCCATCATTATATAACTTGACCGCGCACA
AAGAGTGAAAAAAGAACAAGAGCTTTCCTTTACGAATCAACCTGTGACGATTTTACCCTA
AACTTAGGGGAAATTATAATAATTGATGGCAATTATCTGGGAAACTACAGCGAAGAAGAA
GAATCGTAAATAAGACGACTTTGAAAGTAAGATAGAGAACAAATCTTCTGACCCGGTGGG
AGACTTTTCTGATCCGAGAAGCC

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

CO CL5998Contig1 1291 2 2 U
GGAATTTAAGGTTGTATTTGGAGGAAATCTTAGGCGTAACTCATGGGAGTAAAGTATTTT
CTACCTTTGCTTTTACTGTCATTGTTAATTGCTGAATGTGCATCAAGGCCGTTGTATACT
CTCCCAAGTCTAGCAAAAGCTGGAACCAAGAAACCGCTTCAGACTTCTCGTCCATTCAAT
GTTGCACACAGAGGAGCAAATGGCGAGTTCCCTGAAGAAACTGCTCCTGCTTATATGAGG
GCCATTGAGGAAGGTGCAGATTTCATAGAATCTGATATTCTATCTACGAAAGACGGTGTT
CTTATATGTCATCACGATGTGAATCTCGATGACACAACCGATGTTGCGGACCACAAGGAG
TTTGCAGACCGTAAGAGAACTTATGAAGTCCAAGGGATGAACATGACCGGCTTCTTTACT
GTTGATTTTACTCTCGAGGAGCTGAAAACACTTGGAGCTAAGCAGAGGTATCCTTTCAGG
GATCAACAGTACAATGGTAAGTTCCCAATTATTACTTTGGATGAGTTTATAGCAATAGCA
CTGGATGCGTCTAGAGTTGTTGGGATATATCCAGAGATCAAGAACCCTGTTTTCATCAAT
CAGCAAGTGAAATGGGCTGATGGTAAAAAGTTCGAGGATAAGATTGTTGCAACTTTGAAG
AAATATGGATACAAAGGCTCATATATGTCTCAAGATTGGCTGAAACAGCCAATATTCATT
CAGTCTTTTGCTGCAACTTCGCTAGTTTACATTTCAAACATGACAGACTCACCAAAAGTG
TTCTTGATCGACGATGTCACTATCTTAACCGAAGACACTAATAAGACATACGCTGAGATC
ACATCAGATGCATATTTAGATTACATTAAACCATATGTGGTTGGGATTGGTCCATGGAAA
GACACTATTGTTCCTGTTATCAATAACCGTCTCACTACACCAACGGATTTGGTTGCAAGA
GCACATTCACGTAACCTTCAGGTGCATCCATACACATACCGTAACGAGAACCAGTTTCTG
CATTCCGGGTTTCATCAAGATGCGTATTTGGAGTATGATTATTGGATCAACAAGATTGGT
GTTGATGGTCTGTTCACTGACTTCACTGGAAGTCTTCACAATTTCCAGGAGTTGACTTCT
CCTTTGTCTAAACTTCAGTGATTATGCAATGGATTCTGGACTGTTTTTCTTTCACCTTCT
TAAGCTAGTTAAATCTTCTGTTAGTTATTTTTGTAGGAATCCTTTGAAACTTTTCATTCT
CCTCTCTTTAATAAAAAGAAGCAATTGCTCC


BQ
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AF RR3AR48TF U 1
AF RR3AR48JQ C 603
BS 1 787 RR3AR48TF
BS 788 1291 RR3AR48JQ

RD RR3AR48TF 787 0 0
GGAATTTAAGGTTGTATTTGGAGGAAATCTTAGGCGTAACTCATGGGAGTAAAGTATTTT
CTACCTTTGCTTTTACTGTCATTGTTAATTGCTGAATGTGCATCAAGGCCGTTGTATACT
CTCCCAAGTCTAGCAAAAGCTGGAACCAAGAAACCGCTTCAGACTTCTCGTCCATTCAAT
GTTGCACACAGAGGAGCAAATGGCGAGTTCCCTGAAGAAACTGCTCCTGCTTATATGAGG
GCCATTGAGGAAGGTGCAGATTTCATAGAATCTGATATTCTATCTACGAAAGACGGTGTT
CTTATATGTCATCACGATGTGAATCTCGATGACACAACCGATGTTGCGGACCACAAGGAG
TTTGCAGACCGTAAGAGAACTTATGAAGTCCAAGGGATGAACATGACCGGCTTCTTTACT
GTTGATTTTACTCTCGAGGAGCTGAAAACACTTGGAGCTAAGCAGAGGTATCCTTTCAGG
GATCAACAGTACAATGGTAAGTTCCCAATTATTACTTTGGATGAGTTTATAGCAATAGCA
CTGGATGCGTCTAGAGTTGTTGGGATATATCCAGAGATCAAGAACCCTGTTTTCATCAAT
CAGCAAGTGAAATGGGCTGATGGTAAAAAGTTCGAGGATAAGATTGTTGCAACTTTGAAG
AAATATGGATACAAAGGCTCATATATGTCTCAAGATTGGCTGAAACAGCCAATATTCATT
CAGTCTTTTGCTGCAACTTCGCTAGTTTACATTTCAAACATGACAGACTCACCAAAAGTG
TTCTTGA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3AR48JQ 689 0 0
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ATATGGATACAAAGGCTCATATATGTCTCAAGATTGGCTGAAACAGCCAATATTCATTCA
GTCTTTTGCTGCAACTTCGCTAGTTTACATTTCAAACATGACAGACTCACCAAAAGTGTT
CTTGATCGACGATGTCACTATCTTAACCGAAGACACTAATAAGACATACGCTGAGATCAC
ATCAGATGCATATTTAGATTACATTAAACCATATGTGGTTGGGATTGGTCCATGGAAAGA
CACTATTGTTCCTGTTATCAATAACCGTCTCACTACACCAACGGATTTGGTTGCAAGAGC
ACATTCACGTAACCTTCAGGTGCATCCATACACATACCGTAACGAGAACCAGTTTCTGCA
TTCCGGGTTTCATCAAGATGCGTATTTGGAGTATGATTATTGGATCAACAAGATTGGTGT
TGATGGTCTGTTCACTGACTTCACTGGAAGTCTTCACAATTTCCAGGAGTTGACTTCTCC
TTTGTCTAAACTTCAGTGATTATGCAATGGATTCTGGACTGTTTTTCTTTCACCTTCTTA
AGCTAGTTAAATCTTCTGTTAGTTATTTTTGTAGGAATCCTTTGAAACTTTTCATTCTCC
TCTCTTTAATAAAAAGAAGCAATTGCTCC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL5999Contig1 185 2 1 U
GGGAGGATGTGAAGCTTATGGAATTGCAAGGATAATTATCTAAGCAGCAGCAAAGAACTT
TGACCTTGTCAGTCTTAAGATTTTATGGAGAACCCATCCTCTCAAAGCTTGTCCATCATT
GAGACTTGTGAAAACGCTTTTGGTTGTGTTATTTTTTTTTTTAATTATACAGGGTATCCA
AACCT


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR3E073JQ C 1
AF RR3E073TF U 1
BS 1 185 RR3E073TF

RD RR3E073JQ 185 0 0
GGGAGGATGTGAAGCTTATGGAATTGCAAGGATAATTATCTAAGCAGCAGCAAAGAACTT
TGACCTTGTCAGTCTTAAGATTTTATGGAGAACCCATCCTCTCAAAGCTTGTCCATCATT
GAGACTTGTGAAAACGCTTTTGGTTGTGTTATTTTTTTTTTTAATTATACAGGGTATCCA
AACCT

QA 1 185 1 185
DS 

RD RR3E073TF 185 0 0
GGGAGGATGTGAAGCTTATGGAATTGCAAGGATAATTATCTAAGCAGCAGCAAAGAACTT
TGACCTTGTCAGTCTTAAGATTTTATGGAGAACCCATCCTCTCAAAGCTTGTCCATCATT
GAGACTTGTGAAAACGCTTTTGGTTGTGTTATTTTTTTTTTTAATTATACAGGGTATCCA
AACCT

QA 1 185 1 185
DS 



AS 1 2

CO CL6000Contig1 967 2 2 U
GGGATGGCAAACTCAAGAGTTGCAGTTGTAAGTGGTTCGAACAAAGGGATTGGGTTTGAG
ATCTGCAGGCAACTTGCTCAAAATGGGATCACTGTGATTCTGGCAGCGAGAGATGAGAAG
AAAGGTCTTGAAGCTGTCGAAAAGCTCAAGAGAGAGAATGGTTTTTCTGATCAAGCCATC
CTCTTTCACCTACTTGATGTCTCCAATCCAGACAGCATCGCTTCTCTTGCTGCCTTTGTT
AAGACCCGCTTCGGGAAACTCGATATTCTGATCAATAATGCTGGAGTTGGAGGGGCGAAT
GTGAATGTCGATGTTCTCAAAGCTCAAACTGCTGAGGCTGGTGCACCTACCGATATTTCA
AAGATAATGAGTGATACATACGAGATAGTGGAGGAGGCTATCAGGACGAACTACTATGGG
GTAAAGAGAATGTGCGAGGCCATGATTCCTCTCCTTGAAGCTTCTGATTCCCCAAGAATC
GTCAGCATTGCTTCCACCATGGGAATGTTACAGAATGTGTCAAATGAATGGGCAAAAGGA
GTGCTGAGTGATGCTGAGAATCTAACGCAAGAGAAAATAGACGAAGTGATGAACGAGTAC
CTAAAGGATTACAGAGAAGGCTCATTACAAGACAAAGGTTGGCCAACAGTAATGTCTGGA
TACATACTATCGAAAGCTGGAGTGATCGCACTGACACGAGTTTTGGCAAAGCAGAACAAA
TCAATCATCATCAACTGCGTGTGTCCTGGTTACGTAAACACAGAGATCAACTTCAACACT
GGGATTTTGACAGTTGAAGAAGGCGCTGCAAGTCCTGTGAAGCTGGCTTTGGTCCCTAAT
GGACACCCGTCCGGTCTTTTCTTTGACCGCACCAATGTCTCCAGCTTTTGAACTTTACAA
TGTTGTGTAGAAGAATACACTTGCTACTGTATATCCCAACCAATAAAGCAATAAGATTGT
TATTTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER78TF U 1
AF RR3ER78JQ C 358
BS 1 542 RR3ER78TF
BS 543 967 RR3ER78JQ

RD RR3ER78TF 542 0 0
GGGATGGCAAACTCAAGAGTTGCAGTTGTAAGTGGTTCGAACAAAGGGATTGGGTTTGAG
ATCTGCAGGCAACTTGCTCAAAATGGGATCACTGTGATTCTGGCAGCGAGAGATGAGAAG
AAAGGTCTTGAAGCTGTCGAAAAGCTCAAGAGAGAGAATGGTTTTTCTGATCAAGCCATC
CTCTTTCACCTACTTGATGTCTCCAATCCAGACAGCATCGCTTCTCTTGCTGCCTTTGTT
AAGACCCGCTTCGGGAAACTCGATATTCTGATCAATAATGCTGGAGTTGGAGGGGCGAAT
GTGAATGTCGATGTTCTCAAAGCTCAAACTGCTGAGGCTGGTGCACCTACCGATATTTCA
AAGATAATGAGTGATACATACGAGATAGTGGAGGAGGCTATCAGGACGAACTACTATGGG
GTAAAGAGAATGTGCGAGGCCATGATTCCTCTCCTTGAAGCTTCTGATTCCCCAAGAATC
GTCAGCATTGCTTCCACCATGGGAATGTTACAGAATGTGTCAAATGAATGGGCAAAAGGA
GT

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR3ER78JQ 610 0 0
TCAAAGATAATGAGTGATACATACGAGATAGTGGAGGAGGCTATCAGGACGAACTACTAT
GGGGTAAAGAGAATGTGCGAGGCCATGATTCCTCTCCTTGAAGCTTCTGATTCCCCAAGA
ATCGTCAGCATTGCTTCCACCATGGGAATGTTACAGAATGTGTCAAATGAATGGGCAAAA
GGAGTGCTGAGTGATGCTGAGAATCTAACGCAAGAGAAAATAGACGAAGTGATGAACGAG
TACCTAAAGGATTACAGAGAAGGCTCATTACAAGACAAAGGTTGGCCAACAGTAATGTCT
GGATACATACTATCGAAAGCTGGAGTGATCGCACTGACACGAGTTTTGGCAAAGCAGAAC
AAATCAATCATCATCAACTGCGTGTGTCCTGGTTACGTAAACACAGAGATCAACTTCAAC
ACTGGGATTTTGACAGTTGAAGAAGGCGCTGCAAGTCCTGTGAAGCTGGCTTTGGTCCCT
AATGGACACCCGTCCGGTCTTTTCTTTGACCGCACCAATGTCTCCAGCTTTTGAACTTTA
CAATGTTGTGTAGAAGAATACACTTGCTACTGTATATCCCAACCAATAAAGCAATAAGAT
TGTTATTTGC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL6001Contig1 1042 2 2 U
GTGCTACTCATGGAAAAGGCGTCTTCTCTACTGTGGTTCGTGCTAAAGATTTAAAAGCTG
GACCAGCGGAACCTGAAGAAGTGGCTATAAAAATTATTCGCAACAACGAGACAATGCACA
AAGCTGGCCAGACTGAGGTGCAGATATTGAAGAAGCTGGCTGGTGCTGACCGAGAAGATA
AGCGCCATTGTGTTCGTTTTCTTTCAAGTTTTAAGTATCGGAATCACCTTTGCTTGGTGT
TTGAGTCGCTCCATTTGAATCTTCGTGAGGTCTTGAAGAAGTTTGGCCGCAACATCGGTC
TTAAACTCTCTGCGGTTAGGTCTTATTCAAAGCAGCTATTCATTGCCCTTAAACACTTGA
AGAATTGTGGGGTTCTTCACTGCGATATAAAACCTGACAACATGCTGGTGAATGAGAACA
AAAACGTCTTAAAGCTTTGTGACTTCGGTAATGCAATGTTTGCTGGCAAAAATGAAGTTA
CGCCATATCTTGTTAGTCGCTTTTACAGATCCCCTGAAATCATTCTGGGGCTCACCTATG
ACCATCCTCTGGATATATGGTCGGTTGGCTGTTGTCTATATGAGCTATATTGTGGGAAAG
TTCTTTTCCCTGGCGCCACAAATAATGATATGTTACGCCTTCAAATGGAACTGAAAGGCC
CCTTCCCAAAAAAGATGCTTCGTAAGGGAGCATTTATTGATCAGCACTTTGATCATGACT
TGAACTTTTACGCTACAGAGGAGGACACTTTAGTGGAAAGCTGTTGAAGAGAATGATCGT
AAATGTAAAGCCAAAAGATTTTGGTTCAATTATTAAAGGTTACCCTGGTGAGGATCCCAA
GATGCTAGCTCATTTCAGGGATCTTTTAGACAAAATTTTCATCCTTGATGAGAAGAGACT
GACTGTAAAACAGGCATTAGCTCACCCATTCATCACTGGCAAATGAAACCACATTGCTGT
TTTCTCTCTCTGTTACATCAGGAAATGCTGTTTTCCTCTGTACATTATACATCTTAATTT
TAATTCGAGGTTCTAATCTTTG


BQ
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AF RR3FO96TF U 1
AF RR3FO96JQ C 430
BS 1 617 RR3FO96TF
BS 618 1042 RR3FO96JQ

RD RR3FO96TF 617 0 0
GTGCTACTCATGGAAAAGGCGTCTTCTCTACTGTGGTTCGTGCTAAAGATTTAAAAGCTG
GACCAGCGGAACCTGAAGAAGTGGCTATAAAAATTATTCGCAACAACGAGACAATGCACA
AAGCTGGCCAGACTGAGGTGCAGATATTGAAGAAGCTGGCTGGTGCTGACCGAGAAGATA
AGCGCCATTGTGTTCGTTTTCTTTCAAGTTTTAAGTATCGGAATCACCTTTGCTTGGTGT
TTGAGTCGCTCCATTTGAATCTTCGTGAGGTCTTGAAGAAGTTTGGCCGCAACATCGGTC
TTAAACTCTCTGCGGTTAGGTCTTATTCAAAGCAGCTATTCATTGCCCTTAAACACTTGA
AGAATTGTGGGGTTCTTCACTGCGATATAAAACCTGACAACATGCTGGTGAATGAGAACA
AAAACGTCTTAAAGCTTTGTGACTTCGGTAATGCAATGTTTGCTGGCAAAAATGAAGTTA
CGCCATATCTTGTTAGTCGCTTTTACAGATCCCCTGAAATCATTCTGGGGCTCACCTATG
ACCATCCTCTGGATATATGGTCGGTTGGCTGTTGTCTATATGAGCTATATTGTGGGAAAG
TTCTTTTCCCTGGCGCC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3FO96JQ 613 0 0
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TTGTTAGTCGCTTTTACAGATCCCCTGAAATCATTTTGGGGCTCACCTATGACCATCCTC
TGGATATATGGTCGGTTGGCTGTTGTCTATATGAGCTATATTGTGGGAAAGTTCTTTTCC
CTGGCGCCACAAATAATGATATGTTACGCCTTCAAATGGAACTGAAAGGCCCCTTCCCAA
AAAAGATGCTTCGTAAGGGAGCATTTATTGATCAGCACTTTGATCATGACTTGAACTTTT
ACGCTACAGAGGAGGACACTTTAGTGGAAAGCTGTTGAAGAGAATGATCGTAAATGTAAA
GCCAAAAGATTTTGGTTCAATTATTAAAGGTTACCCTGGTGAGGATCCCAAGATGCTAGC
TCATTTCAGGGATCTTTTAGACAAAATTTTCATCCTTGATGAGAAGAGACTGACTGTAAA
ACAGGCATTAGCTCACCCATTCATCACTGGCAAATGAAACCACATTGCTGTTTTCTCTCT
CTGTTACATCAGGAAATGCTGTTTTCCTCTGTACATTATACATCTTAATTTTAATTCGAG
GTTCTAATCTTTG

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

CO CL6002Contig1 920 2 2 U
CTCCCTTGATCTTGATTCAACTCTTAATCTGGAAACTTTGAATACAATTATGTCAGTTGG
TCATAGCAGAGTTCCAGTTTATTTCAGAAATCCAACGCATATAATTGGCCTCATTCTGGT
TAAAAATCTCTTGGCAGTTGATGCAAGAAAAGAAGTTCCTCTGAGGAAAATGATCATGAG
AAAGATTCCGCGTGTATCTGAGACCATGCCGTTATACGACATCCTAAACGAGTTCCAGAA
AGGCCACAGCCACATTGCAGTTGTCTATAAGGATCTTGACGAGCATAAAGGATCCCCCGA
AACAAGCGAGAATGGTATTGAGCGCAGAAAAAACAAGAAAACTAAAGATGAGCTGTTTAA
GGACAGTTGCAAGAAACCAAAAGCTCAGGTTCAAGTATCAGAGAGGGAAGTATTCAAAAT
TGAAACCGGAGGAGATGCGAAATCCGGCAAGAGCGAGAACGGCGAGGAGCAGCAGCAGGG
GAAGACGACTCTCACGGCTGCTCCAGCTAAGAAGCGGCATAGAGGCTGCTCCTTCTGCAT
TTTGGATATCGAGAACTCTCCTATTCCTGATTTCCCTCCCAATGAAGAGGTTGTAGGCGT
TATCACCATGGAGGACGTCATCGAAGAGCTTCTTCAGGAAGAGATCCTTGACGAAACCGA
TGAGTATGTGAACATCCACAACAGGATAAGAGTCAACATGCATGCTTCTCAGGAGAATCT
ACCAAGCGTGATCACGCAATCATCATCTGGTTCCACTAGTCCCAACCGAACATCTCATCT
GGCCACACCAGATTCGAGTCCTGCAACAAAGCCATTACAACACCTGTAGATTTTTCCCAC
TCTGTGGCTTTAAAACATGAAGATTCAATCCAAAACCTTATGATTTTTTAATGAAGATAA
AATCTAGTTAGTTAAAAGGA


BQ
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AF RR3BD88TF U 1
AF RR3BD88JQ C 576
BS 1 787 RR3BD88TF
BS 788 920 RR3BD88JQ

RD RR3BD88TF 787 0 0
CTCCCTTGATCTTGATTCAACTCTTAATCTGGAAACTTTGAATACAATTATGTCAGTTGG
TCATAGCAGAGTTCCAGTTTATTTCAGAAATCCAACGCATATAATTGGCCTCATTCTGGT
TAAAAATCTCTTGGCAGTTGATGCAAGAAAAGAAGTTCCTCTGAGGAAAATGATCATGAG
AAAGATTCCGCGTGTATCTGAGACCATGCCGTTATACGACATCCTAAACGAGTTCCAGAA
AGGCCACAGCCACATTGCAGTTGTCTATAAGGATCTTGACGAGCATAAAGGATCCCCCGA
AACAAGCGAGAATGGTATTGAGCGCAGAAAAAACAAGAAAACTAAAGATGAGCTGTTTAA
GGACAGTTGCAAGAAACCAAAAGCTCAGGTTCAAGTATCAGAGAGGGAAGTATTCAAAAT
TGAAACCGGAGGAGATGCGAAATCCGGCAAGAGCGAGAACGGCGAGGAGCAGCAGCAGGG
GAAGACGACTCTCACGGCTGCTCCAGCTAAGAAGCGGCATAGAGGCTGCTCCTTCTGCAT
TTTGGATATCGAGAACTCTCCTATTCCTGATTTCCCTCCCAATGAAGAGGTTGTAGGCGT
TATCACCATGGAGGACGTCATCGAAGAGCTTCTTCAGGAAGAGATCCTTGACGAAACCGA
TGAGTATGTGAACATCCACAACAGGATAAGAGTCAACATGCATGCTTCTCAGGAGAATCT
ACCAAGCGTGATCACGCAATCATCATCTGGTTCCACTAGTCCCAACCGAACATCTCATCT
GGCCACA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3BD88JQ 345 0 0
CTCCCAATGAAGAGGTTGTAGGGGTTATCACCATGGAGGACGTCATCGAAGAGCTTTTTC
AGGAAGAGATCCTTGACGAAACCGATGAGTATGTGAACATCCACAACAGGATAAGAGTCA
ACATGCATGCTTTTCAGGAGAATTTACCAAGGGTGATCACGCAATCATCATCTGGTTCCA
CTAGTCCCAACCGAACATTTCATTTGGCCACACCAGATTCGAGTCCTGCAACAAAGCCAT
TACAACACCTGTAGATTTTTCCCACTCTGTGGCTTTAAAACATGAAGATTCAATCCAAAA
CCTTATGATTTTTTAATGAAGATAAAATCTAGTTAGTTAAAAGGA

QA 1 345 1 345
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6004Contig1 1141 2 4 U
GGACTCACATCTCTCTCTCTCCTGGTCAACGCCTGCGACTCTCGAGATGTGGAAGCTCTG
CTTCTGTTTACCGTTCCTACTCCTTGACGTCGGTGTAGCCAAGGCTTCTGCATCCATCTA
TCTCCCTAGTCAAACCGGAGTTGACGGTTCTTCAAACCCTGTTTGCTCCTCCCCGGATCC
TAACCTGAACTACAGACCAGTCATCGGGATACTGAGCCACCCTGGAGATGGAGCTTCTGG
TCGGTTGATCAATGATACAACGAGCTAGTCAATGGTTTGATATTCACTGGTGGTTGGGCT
AAAAAATATGAATATTTCGACATGGTCACAAAAATTTTCCAAAAAGCTTTAGAGAGAAAT
GATGCTGGAGAGCATTTTCCAATATATGGCATTTGCCTCGGTTTCGAGCTTATGTCTATC
ATCGTTAGTCAGAACAGAGACATTCTTGAAAGATTTGATGCTGAAGATAATGCATCAAGT
CTTCAGTTCGTTGAAAATGTTAATATTGAAGGCACCTTGTTCCAAAGGTTTCCTCCAGAG
TTGTTGAGAAAAGTCAGTACAGACTGTTTGGTTATGCAGAAACACAAGTGGGGTATCACA
CCAGAAAAATTCAAAGCGAACCATGCTCTGTCTAGTTTCTTTGAAATTGTCACAACCTGC
ATTGATGAAAACAGCAAGACTTACGTTTCAACTGTTAAAGCAAAGAGATACCCAATAACT
GGCTTCCAGTGGCATCCTGAGAAAAATGCATTTGAATGGGGTTCATCTCAAATTCCACAC
TCAGCTGACGCTATCCAGGTGACACAGTACGCTGCTAGTCATCTAGTCAGTGAAGCTAGG
AAGTCACAGAACAGACCATCTTCTGAGAAAGTGCTGAAGAACCTCATATACAACTACAAG
CCAACATACTGCGGATACGCAGGGAAGGGTTATGACGAAGTTTACCTTTTCACACAACCA
AGATCCCGTTTATAAGAACGTCCTCAGTCTTTGTGTCTCTGTTGTCAGAAGTGCATGTTC
TTTAATTTGAACTCTTGTAACATTTGATATGTGTTTAAGGAGCCGATTGTTTTGACTCGC
CTGCATGATTTCTCTTCTACTTCTGTTTTGTTATCTCTTTGGAGTTGAATAATTTCAAAG
G


BQ
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10 

AF RR3BN02TF U 1
AF RR3BN02JQ C 478
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TAACCTGAACTACAGACCAGTCATCGGGATACTGAGCCACCCTGGAGATGGAGCTTCTGG
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AAAAAATATGAATATTTCGACATGGTCACAAAAATTTTCCAAAAAGCTTTAGAGAGAAAT
GATGCTGGAGAGCATTTTCCAATATATGGCATTTGCCTCGGTTTCGAGCTTATGTCTATC
ATCGTTAGTCAGAACAGAGACATTCTTGAAAGATTTGATGCTGAAGATAATGCATCAAGT
CTTCAGTTCGTTGAAAATGTTAATATTGAAGGCACCTTGTTCCAAAGGTTTCCTCCAGAG
TTGTTGAGAAAAGTCAGTACAGACTGTTTGGTTATGCAGAAACACAAGTGGGGTATCACA
CCAGAAAA*TTCAAAGCGAACCATGCTCTGTCTAGTTTCTTTGAAATTGTCACAACCTGC
ATTGAT

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DS 

RD RR3BN02JQ 664 0 0
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GAGTTGTTGAGAAAAGTCAGTACAGACTGTTTGGTTATGCAGAAACACAAGTGGGGTATC
ACACCAGAAAAATTCAAAGCGAACCATGCTCTGTCTAGTTTCTTTGAAATTGTCACAACC
TGCATTGATGAAAACAGCAAGACTTACGTTTCAACTGTTAAAGCAAAGAGATACCCAATA
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CACTCAGCTGACGCTATCCAGGTGACACAGTACGCTGCTAGTCATCTAGTCAGTGAAGCT
AGGAAGTCACAGAACAGACCATCTTCTGAGAAAGTGCTGAAGAACCTCATATACAACTAC
AAGCCAACATACTGCGGATACGCAGGGAAGGGTTATGACGAAGTTTACCTTTTCACACAA
CCAAGATCCCGTTTATAAGAACGTCCTCAGTCTTTGTGTCTCTGTTGTCAGAAGTGCATG
TTCTTTAATTTGAACTCTTGTAACATTTGATATGTGTTTAAGGAGCCGATTGTTTTGACT
CGCCTGCATGATTTCTCTTCTACTTCTGTTTTGTTATCTCTTTGGAGTTGAATAATTTCA
AAGG

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL6005Contig1 1295 2 4 U
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AAAACAATTCTTTCCTGCAATTTCAAACTTGCAGGCGATCCTTGAAGAAACCCTAGTACG
GCAATCTCTTCCCCCGGCGTCGGAGCTCGTAGCAACGTCGGAGGCTCCCCTTTCCTTTTC
TTTCCTGTTTCTCTTTGCCCTCACGGTCCTCTCCGTACTTCCCAACGAGATGCTCGTGGT
CTCTGATGAATCCTACGGTCTTCGGTGACTTGTCTAGCCACGACGAGGCAAGATCTGGAC
GATTCGTAGGCGGATCTGGAGCGGCGGCGAGTCGTGTGAAGCGGAGGTCTCGGTTTGGGT
CGGATTTTTCTCAGGCTCCTTGAACCCTTACTCTTTGGACTTAGTCTTTTTAAGAGTTTG
TGGGGTTCAATCTAGTTTGGGTTTGGTAGTGTTGTTGCGTTTGAGGATTGATTTTGAGTA
GGGGAATTAGGGTTATGGCTACTGCTAGGTCTCTATCGTCGGTATATCAAACAGCGGGGC
TGGGTGATCCGGATAGAGCCTTCGGTACTGCTATTTCTCTGTTCCGGTGTTGAGCGGTGG
CTCTGAGATTTTGCGGCTTTGTTATTATGTTTGTAGCTCTGGAGCTTTGAGTTGAGTAAG
GTTTCGCTATTGGGGTTTGTCAAACAGATGGTATCTTGTTGCAAAGGCTCCTATGTTCTC
GTCCGTTTGCAATGGGTTCGGTCTACAACTTTTCTCTTGCGAGGAGGTGGCTAGCTATTA
GTGCATAGGTGGCTGTAGCTATGACTCGAGTGTCCGCGTGTAAGAGTTGTTTATCCTATT
TGGCTTGTCCCCGTTCGGAGTTTAAGGCATGTCCTTCTGCCCTGGCTTCTCTCGAGTGCT
TCAGTTCGTCGTGTTGAGCTACCAAAGCTGGTCTTGTCTTCTACTGTGGTTGGTTGTATG
TTTGCTCCCTCTCCTGTCTGTGTGGTTTCTGGTTTGAGCGCAGTCCGAGTCTCCTCTCGG
AGATAGTATGTGGTGTTAGCGGTTCTTGCGGCTCTTCCTTTCTCGTTCCTTTTCAGACAT
TTTCCAGTTTGCTTTGGAAGGTTGCAAATCTCTTCTTGCTCAGAAGATCTGCGTTAGTAT
CTCGTTTCTCTCTGTTCTCGCCTTTCCTGATCAGTTCAATCCTTTATTAGTATTAGTTTT
GTTTTTATTGCAAGTTTCCCATCTGTTGGGCTGTTGTTTCTCCTGTGGGAGCTTATGTCT
CCAGTTTCATATGTTTGAAAGCTGGCTGTTGTGTC


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AF RR3D489TF U 1
AF RR3D489JQ C 492
BS 1 660 RR3D489TF
BS 661 661 RR3D489JQ
BS 662 680 RR3D489TF
BS 681 1295 RR3D489JQ

RD RR3D489TF 680 0 0
GAATTTTAGAGAAAGCAAAGTTGCACTGAAAAATAAAAAGTGGAATAGTTCCCTATCAAA
AAAACAATTCTTTCCTGCAATTTCAAACTTGCAGGCGATCCTTGAAGAAACCCTAGTACG
GCAATCTCTTCCCCCGGCGTCGGAGCTCGTAGCAACGTCGGAGGCTCCCCTTTCCTTTTC
TTTCCTGTTTCTCTTTGCCCTCACGGTCCTCTCCGTACTTCCCAACGAGATGCTCGTGGT
CTCTGATGAATCCTACGGTCTTCGGTGACTTGTCTAGCCACGACGAGGCAAGATCTGGAC
GATTCGTAGGCGGATCTGGAGCGGCGGCGAGTCGTGTGAAGCGGAGGTCTCGGTTTGGGT
CGGATTTTTCTCAGGCTCCTTGAACCCTTACTCTTTGGACTTAGTCTTTTTAAGAGTTTG
TGGGGTTCAATCTAGTTTGGGTTTGGTAGTGTTGTTGCGTTTGAGGATTGATTTTGAGTA
GGGGAATTAGGGTTATGGCTACTGCTAGGTCTCTATCGTCGGTATATCAAACAGCGGGGC
TGGGTGATCCGGATAGAGCCTTCGGTACTGCTATTTCTCTGTTCCGGTGTTGAGCGGTGG
CTCTGAGATTTTGCGGCTTTGTTATTATGTTTGTAGCTCTGGAGCTTTGAGTTGAGTAAG
*TTTCGCTATTGGGGTTTGT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3D489JQ 804 0 0
GTTATGGCTACTGCTAGGTCTCTATCGTCGGTATATCAAACAGCGGGGCTGGGTGATCCG
GATAGAGCCTTCGGTACTGCTATTTCTCTGTTCCGGTGTTGAGCGGTGGCTCTGAGATTT
TGCGGCTTTGTTATTATGTTTGTAGCTCTGGAGCTTTGAGTTGAGTAAGGTTTCGCTATT
GGGGTTTGTCAAACAGATGGTATCTTGTTGCAAAGGCTCCTATGTTCTCGTCCGTTTGCA
ATGGGTTCGGTCTACAACTTTTCTCTTGCGAGGAGGTGGCTAGCTATTAGTGCATAGGTG
GCTGTAGCTATGACTCGAGTGTCCGCGTGTAAGAGTTGTTTATCCTATTTGGCTTGTCCC
CGTTCGGAGTTTAAGGCATGTCCTTCTGCCCTGGCTTCTCTCGAGTGCTTCAGTTCGTCG
TGTTGAGCTACCAAAGCTGGTCTTGTCTTCTACTGTGGTTGGTTGTATGTTTGCTCCCTC
TCCTGTCTGTGTGGTTTCTGGTTTGAGCGCAGTCCGAGTCTCCTCTCGGAGATAGTATGT
GGTGTTAGCGGTTCTTGCGGCTCTTCCTTTCTCGTTCCTTTTCAGACATTTTCCAGTTTG
CTTTGGAAGGTTGCAAATCTCTTCTTGCTCAGAAGATCTGCGTTAGTATCTCGTTTCTCT
CTGTTCTCGCCTTTCCTGATCAGTTCAATCCTTTATTAGTATTAGTTTTGTTTTTATTGC
AAGTTTCCCATCTGTTGGGCTGTTGTTTCTCCTGTGGGAGCTTATGTCTCCAGTTTCATA
TGTTTGAAAGCTGGCTGTTGTGTC

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

CO CL6006Contig1 1339 2 2 U
GTCTCTCTCCGGGGTTCTATCTAGGAAGACAAAAGAGTGTGAAGCATTGCATCCGAGATC
AGCTGATTATGCTTCTCAGCTATGTGACCTGAATGCTACGGTTCGTGATTTGAAGAATAG
TCACGAGGAGTTGAAGTTGTTTCTGGACATGTATAAACGTGAGTCCACTGATCCGAGGGA
CATAGGTGAAGCCAAGGAAGAGGAGTACAGGGCTTGGGCTCATGTTGAGAGTTTAAAATC
CTCTCTTGATGAGCAAAATCTAGAGTTGCGCGTTAAGGCAGCAAATGAAGCTGAAGCAGT
TTCCCAACAAATGTTGGCTGCTGCGGAAGCTGAGATTGCTGATTTAAGACAGAAGATAGA
TGATTGTAAACGGGATGTCGTAAAGCATTCTGATATCTTGAAATCTAAACATGAAGAACA
TGGAACATATCTTTCCGAGATGCAGGCAATTGGAAGTGCCTACGAGGACATTGTACCACA
AAACCAACAACTTTTACTTCAAGTCACAGAGAGGGATGACTATAACATCAAGCTTTACTT
GGAAGGCATAACTTCAAGGCAGATGCAAGATGCTCTGCTTATCGATAAATACATCATGGA
TAAGGATATCCAGCAAGCCAGTGCATCTGCCAGCTTCCTCTCCAAAAAATCCTTAAGAAT
TGAAGATCAGATGAGGTTCTGCACAGAGCAGTACCAGAGACTAGCCGAAGATAGATACCA
AAAGTCTACAACTCACGAAATTCTGCAAAAGAAACGAGCAGACGTTGTGAATGGCTTGGA
ACAAGCTAGGTCAAAGCTAGAGGAGTCACATTCTAAAGTTGAGCAAAGTCGGGTGGATTA
TGGGGCATTGGAACTAGAGCTGGAGATCGAAAGGTTCAATAGGAGAAGTATAGAGGAGGA
AGTGGAAACAGTTAAACCGAAAGTTTCTCGTCTTAGGTCTCTCGTAGAAGGGTCATCAGC
TATTCAAAAGCTCAGACAAGAGCTCAACGAGTTCAAAGAGATCTTTAAGTGTAAGGCCTG
CAACGACCGCCCAAAAGAGGTGGTGATCACGAAGTGCTTCCATTTGTTTTGCAACCCATG
TGTGCTAAAGATCACAGGAACAAGACAGAGAAAGTGTCCAACATGCTCGGCATGTTTCGG
ACCCAACGATATCAAGCCTATCTACATATGAGGGGATGTTGCAGCATGGAACAGGCAGTG
ACACTTTTGTTTTTGTAACTTTTTGGTTTGTTGCTTTCTCAAACTCTTCTTTCAGAGAGA
GAGAGAGAAAATAGATTAAATATAGTTTACAAATCCGAATATACATTTTTAGCTCATTTA
TATATAGTACATTTGTTCC


BQ
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AF RR3AZ31TF U 1
AF RR3AZ31JQ C 459
BS 1 643 RR3AZ31TF
BS 644 1339 RR3AZ31JQ

RD RR3AZ31TF 643 0 0
GTCTCTCTCCGGGGTTCTATCTAGGAAGACAAAAGAGTGTGAAGCATTGCATCCGAGATC
AGCTGATTATGCTTCTCAGCTATGTGACCTGAATGCTACGGTTCGTGATTTGAAGAATAG
TCACGAGGAGTTGAAGTTGTTTCTGGACATGTATAAACGTGAGTCCACTGATCCGAGGGA
CATAGGTGAAGCCAAGGAAGAGGAGTACAGGGCTTGGGCTCATGTTGAGAGTTTAAAATC
CTCTCTTGATGAGCAAAATCTAGAGTTGCGCGTTAAGGCAGCAAATGAAGCTGAAGCAGT
TTCCCAACAAATGTTGGCTGCTGCGGAAGCTGAGATTGCTGATTTAAGACAGAAGATAGA
TGATTGTAAACGGGATGTCGTAAAGCATTCTGATATCTTGAAATCTAAACATGAAGAACA
TGGAACATATCTTTCCGAGATGCAGGCAATTGGAAGTGCCTACGAGGACATTGTACCACA
AAACCAACAACTTTTACTTCAAGTCACAGAGAGGGATGACTATAACATCAAGCTTTACTT
GGAAGGCATAACTTCAAGGCAGATGCAAGATGCTCTGCTTATCGATAAATACATCATGGA
TAAGGATATCCAGCAAGCCAGTGCATCTGCCAGCTTCCTCTCC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3AZ31JQ 881 0 0
G
CTACGAGGACATTGTACCACAAAACCAACAACTTTTACTTCAAGTCACAGAGAGGGATGA
CTATAACATCAAGCTTTACTTGGAAGGCATAACTTCAAGGCAGATGCAAGATGCTCTGCT
TATCGATAAATACATCATGGATAAGGATATCCAGCAAGCCAGTGCATCTGCCAGCTTCCT
CTCCAAAAAATCCTTAAGAATTGAAGATCAGATGAGGTTCTGCACAGAGCAGTACCAGAG
ACTAGCCGAAGATAGATACCAAAAGTCTACAACTCACGAAATTCTGCAAAAGAAACGAGC
AGACGTTGTGAATGGCTTGGAACAAGCTAGGTCAAAGCTAGAGGAGTCACATTCTAAAGT
TGAGCAAAGTCGGGTGGATTATGGGGCATTGGAACTAGAGCTGGAGATCGAAAGGTTCAA
TAGGAGAAGTATAGAGGAGGAAGTGGAAACAGTTAAACCGAAAGTTTCTCGTCTTAGGTC
TCTCGTAGAAGGGTCATCAGCTATTCAAAAGCTCAGACAAGAGCTCAACGAGTTCAAAGA
GATCTTTAAGTGTAAGGCCTGCAACGACCGCCCAAAAGAGGTGGTGATCACGAAGTGCTT
CCATTTGTTTTGCAACCCATGTGTGCTAAAGATCACAGGAACAAGACAGAGAAAGTGTCC
AACATGCTCGGCATGTTTCGGACCCAACGATATCAAGCCTATCTACATATGAGGGGATGT
TGCAGCATGGAACAGGCAGTGACACTTTTGTTTTTGTAACTTTTTGGTTTGTTGCTTTCT
CAAACTCTTCTTTCAGAGAGAGAGAGAGAAAATAGATTAAATATAGTTTACAAATCCGAA
TATACATTTTTAGCTCATTTATATATAGTACATTTGTTCC

QA 2 881 2 881
DS 



AS 1 2

CO CL6007Contig1 1223 2 2 U
GGATACAGAGAAAGATTACGAGGAAGCAATGAGCTTAGAGAGAACAACACACGACGACGG
TGACATAAAGGATCCACCTTCTTCCTCGTCGTACGAGTTCACCCACGCCGCCGCCAAATC
GGCAGTGGCTCAAATCTGCGGGAGCGTCGGCTACAGCCATTTCAAGGATCCGCCGCTCGA
ATCCCTAACCGGATTCGCGATCCAGTACGTTCTCGGGCTAGGTAAATCCGCTACTTCATT
CGCTAACCTAAACGGTAGGAGTCAGTGTAACGTCTTCGACATCGTCCTCGCTCTGGAAGA
TTTATCCGGCGGCGGCGATGATGAAGAAAGAGTCGCCTCGCTTGAGAGCTGCTTGCGTTC
GGTTAGGCTTAGAGAGATTATCGAATTCGTGAATTCGAGTGGTGATGAAGAAGAAGAAGA
AGAAGAAGAAGAGAGTCCGTTTTTGCAGACGTTGCCTTGTTTTCCTGTGAGGAGGAAGAT
GATGATGATGAAGGTTCCTAGTTTCGTTGAGGTTGGTGAGACTCCACCTGGAAAGCATAT
TCCTTTATGGCTACCGGCTTTTCCTGATCCTCATACTTATAAGGAAACGCCTATGTGGAT
TGAGAGAGGGTTGGATCCTAGAGGGGATAAGATTGAGCAGGCGAGGCAGAGGAGGAAGGC
TGAGAGGGCTTTGTTGAGTCTGCAGAGGAAGCTTGTTTGTAGAATCTCTTCGGGTGGTGA
TCGTGTGTGGGGAGATATGTTGGATGGTACTACTGTGAAGGACGATATCAGAGAAGCTGA
GAGTGAAGAGGAGGAGGATAAAGTTTATTCTTTGAAGAGAGATGGCTTATCAGTGGTGGA
GGCCTTTGCTCCTGCCTTGGAGGCTGCAAGAGAGTGGAAGCAGCAGCAGCAGAAGAAGAA
GAAACCTGGTGCTCTTTTTAAGCTAAGAACTGAGAAGAAGTTTCTTGGAGAGCCCTTGGA
TCTGACGCTGCAGATGAAGGGTGAAGATAGACCTTTATCGTTGCGTGAGGAAGATAGAGA
TGACAAGAGGAGGAGGGCGGAGTTCATTTTGAGACAGTGCATGGAGAATCCGGTGGATCT
CAATCAGTTGTAAAATAAAAGTGAGACTCGGTTTACAGTCTCTGTAGCCTACTTCTCCAA
ATTGTTCTGTAAAAGCTTGTGATTTTTGTAGCCTTGTTTCCCCTTTACAGGATTATGTTT
TATTTTTACGACTTTTGCTACTG


BQ
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CGCTAACCTAAACGGTAGGAGTCAGTGTAACGTCTTCGACATCGTCCTCGCTCTGGAAGA
TTTATCCGGCGGCGGCGATGATGAAGAAAGAGTCGCCTCGCTTGAGAGCTGCTTGCGTTC
GGTTAGGCTTAGAGAGATTATCGAATTCGTGAATTCGAGTGGTGATGAAGAAGAAGAAGA
AGAAGAAGAAGAGAGTCCGTTTTTGCAGACGTTGCCTTGTTTTCCTGTGAGGAGGAAGAT
GATGATGATGAAGGTTCCTAGTTTCGTTGAGGTTGGTGAGACTCCACCTGGAAAGCATAT
TCCTTTATGGCTACCGGCTTTTCCTGATCCTCATACTTATAAGGAAACGCCTATGTGGAT
TGAGAGAGGGTTGGATCCTAGAGGGGATAAGATTGA

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DS 

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TGGAAAGCATATTCCTTTATGGCTACCGGCTTTTCCTGATCCTCATACTTATAAGGAAAC
GCCTATGTGGATTGAGAGAGGGTTGGATCCTAGAGGGGATAAGATTGAGCAGGCGAGGCA
GAGGAGGAAGGCTGAGAGGGCTTTGTTGAGTCTGCAGAGGAAGCTTGTTTGTAGAATCTC
TTCGGGTGGTGATCGTGTGTGGGGAGATATGTTGGATGGTACTACTGTGAAGGACGATAT
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ATCAGTGGTGGAGGCCTTTGCTCCTGCCTTGGAGGCTGCAAGAGAGTGGAAGCAGCAGCA
GCAGAAGAAGAAGAAACCTGGTGCTCTTTTTAAGCTAAGAACTGAGAAGAAGTTTCTTGG
AGAGCCCTTGGATCTGACGCTGCAGATGAAGGGTGAAGATAGACCTTTATCGTTGCGTGA
GGAAGATAGAGATGACAAGAGGAGGAGGGCGGAGTTCATTTTGAGACAGTGCATGGAGAA
TCCGGTGGATCTCAATCAGTTGTAAAATAAAAGTGAGACTCGGTTTACAGTCTCTGTAGC
CTACTTCTCCAAATTGTTCTGTAAAAGCTTGTGATTTTTGTAGCCTTGTTTCCCCTTTAC
AGGATTATGTTTTATTTTTACGACTTTTGCTACTG

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

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TTTTTCTTCTTCTAGATTTAAAAGAATGTGACTTTTAATAAGCCCGTCTTCTTTGACCAC
GACGACTACGACCAGTCTTCCTTCATTTCGCTAGTCTCCTTCTCCTTCTTCTTCTCGCTA
CTTCCTCTGTCTCTCTTCACCATCTCCTTCCCCAAAAAAATCTCTCCTTTTTCTCAGCCA
TGCCTTCCAATAATACAGCATCCTCTAGCGCCGCCGCTGCCGCGGGATCTGCCGATTCTT
CCACCTCGCGGAGAAACTCCAAATGGCCCAAGTATTCAAAGTTTACACAGCAGGAGCTTC
CTGCTTGCAAGCCCATTCTCACTCCTGGTTGGGTGATTTTGACGTTTTTGGTCATCAGTG
TTATCTTCATCCCCCTCGGAGTTGTTTCTCTGTTCGCTTCCCAGGATGTTGTTGAGATCG
TTGATCGGTATGATAATGATTGCATACCGCCGCCTTCTAGGGCTGACAAGGTTGCATACA
TTCAAGGAGCTGCTAACAAAACTTGTACCCGGACAATAGTTGTGCCTAAGAAGATGAAGC
AGCCTATCTACGTTTATTACGAGCTTGAGAACTTCTACCAGAACCACCGCGGTATGTGAA
AAGCCGAAGCGATGCGCAGCTGAGAAGTGTGAGAGACGAGAATCAAATAGAGGGATGCAA
GCCTGAGGACGATGTTAACGGACAGCCGATTGTGCCATGTGGTCTAATCGCTTGGAGTCT
CTTCAACGACACATACACTCTATCTAAAAACAACCAGCCTTTAAACGTGAGCAAGAAAGG
AATTGCTTGGAAGAGTGACAGGGAACACAAGTTCGGCAAAAATGTGTTTCCCAAGAACTT
TCAGATGGGCAATATCACCGGTGGTGGCAAACTACTTCCAAATGTACCGCTGAGTGAGCA
AGAGGATCTGATTGTGTGGATGAGGACTGCAGCTTTGCCAACGTTTAGGAAACTATATGG
GAAGATAGAGACTGACCTGCAGGAGAATGATACCATACACGTGGTTCTGGAGAACAACTA
CAACACGTACATTTTCGATGGGAAGAAGAAGCTTGTTTTGTCGACAACTAGTTGGCTCGG
TGGGAAGAATGACTTCCTCGGCATTGCTTACCTCACGGTTGGAGGAATCTGCTTCTTCTT
GGCACTTGCGTTTACCATCATGTACCTTGTGAAACCAAGGCGACTTGGAGATCCTACTTA
CTTGTCATGGAACAGGGTACCAGGAGGAGGTCGGTAAACACAAAAGACTCTGTATTCTGC
TTATGTAAATCTCTTTTATCTTTTTTTTTTTTTGGTAATACATATAAATCTCTTCATCCT
GAATGTAATTTCAGCCAAAACTCTGCTAGTAATGATATGTATTTGATAGATGC


BQ
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AF RR3EF21TF U 1
AF RR3EF21JQ C 581
BS 1 725 RR3EF21TF
BS 726 726 RR3EF21JQ
BS 727 744 RR3EF21TF
BS 745 1373 RR3EF21JQ

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CTTCCTCTGTCTCTCTTCACCATCTCCTTCCCCAAAAAAATCTCTCCTTTTTCTCAGCCA
TGCCTTCCAATAATACAGCATCCTCTAGCGCCGCCGCTGCCGCGGGATCTGCCGATTCTT
CCACCTCGCGGAGAAACTCCAAATGGCCCAAGTATTCAAAGTTTACACAGCAGGAGCTTC
CTGCTTGCAAGCCCATTCTCACTCCTGGTTGGGTGATTTTGACGTTTTTGGTCATCAGTG
TTATCTTCATCCCCCTCGGAGTTGTTTCTCTGTTCGCTTCCCAGGATGTTGTTGAGATCG
TTGATCGGTATGATAATGATTGCATACCGCCGCCTTCTAGGGCTGACAAGGTTGCATACA
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AAGCCGAAGCGATGCGCAGCTGAGAAGTGTGAGAGACGAGAATCAAATAGAGGGATGCAA
GCCTGAGGACGATGTTAACGGACAGCCGATTGTGCCATGTGGTCTAATCGCTTGGAGTCT
CTTCA*CGACACATACACTCTATC

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DS 

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GAACCACGCA
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CTTGGAGTCTCTTCAACGACACATACACTCTATCTAAAAACAACCAGCCTTTAAACGTGA
GCAAGAAAGGAATTGCTTGGAAGAGTGACAGGGAACACAAGTTCGGCAAAAATGTGTTTC
CCAAGAACTTTCAGATGGGCAATATCACCGGTGGTGGCAAACTACTTCCAAATGTACCGC
TGAGTGAGCAAGAGGATCTGATTGTGTGGATGAGGACTGCAGCTTTGCCAACGTTTAGGA
AACTATATGGGAAGATAGAGACTGACCTGCAGGAGAATGATACCATACACGTGGTTCTGG
AGAACAACTACAACACGTACATTTTCGATGGGAAGAAGAAGCTTGTTTTGTCGACAACTA
GTTGGCTCGGTGGGAAGAATGACTTCCTCGGCATTGCTTACCTCACGGTTGGAGGAATCT
GCTTCTTCTTGGCACTTGCGTTTACCATCATGTACCTTGTGAAACCAAGGCGACTTGGAG
ATCCTACTTACTTGTCATGGAACAGGGTACCAGGAGGAGGTCGGTAAACACAAAAGACTC
TGTATTCTGCTTATGTAAATCTCTTTTATCTTTTTTTTTTTTTGGTAATACATATAAATC
TCTTCATCCTGAATGTAATTTCAGCCAAAACTCTGCTAGTAATGATATGTATTTGATAGA
TGC

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DS 



AS 1 2

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AGCACGAAACCGGTTGAACAAGGGCGATTGTACCGGTTCTCAGTATTCGACCACGTCATG
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CCTTACTATTGGTCTACCTTTTATGTTCAGGTGACTGAGTTTGAGAGCGGTGGGTTAGCT
ATTGGGTTAAGTTGTACTCATCTGTTAGCTGATCCAGTCTGTGCAATGATGTTTATTAGA
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CCACCTCGCAGGTTCCCTAGCCATAAGCTCTCTAACAACCAGCTTCTTAACCATTACATC
AAATCTTGCTCCCTTGCAGCTCCATCTTCAAAAGTAACCGAGGATAGTATGGTCACTATA
ACCCTTCTGTTCCCGGATCCGATGGTCCAAGCGGGTGAGAACGGGCCAGGGCTTTTGTGT
CTGTGTGAGTCGAGCCAAAGGGAAGAGGAACGAGCTCACGAACATGTCCTTGTGCGTAGA
CGTTAGGAAGCTACTGCGTTTAGACAAAAGTTACTTTGGTAATTGCATGGTCTATCACAA
GGTTCACTATTCCAGACCAGTTAACACCAAAGATAGGTTATTATTATTATCTTACGTTGT
TAAAGAGATACATAACGTGACCAAGGGACTAGACTACGACACGGTCATGGACTTGGTCGA
GTGGCTCAGTAGCAACTATAACAATCTGATATCCAACGGTTCGGATCTCGTGTGTACTAA
TCTAGAGAACATGGCGAATTCGCGTCCCATGATGTTCGAGGAAGATTTGATATTGAGCCA
TGTCTCTTGCTATGTTGAAGGGCCTGTAGCTGGAGGTGGACAGGCCATAGCGCTTCCTTC
ACCGCCCAGCGAGGGACCAATGAGCCGAGTGGTTATGGTCACTCTTCCTCAAAGAGAAAT
GGTTAAGGTTTTAGAGGATGAGCTTCTTCAAAGCTTTTCTCCTGTTTTACTTATGGAATA
TACAAAACTGCTAAGTCAATAAAGTTTCAAATATACG


BQ
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AF RR3H789TF U 1
AF RR3H789JQ C 609
BS 1 758 RR3H789TF
BS 759 1357 RR3H789JQ

RD RR3H789TF 758 0 0
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GAACCTAATCACATCCGTCTAGTATACTATTACCGGACTTCCAAGACTAGAGAACCGGGA
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AACGACGCCGGGGTGAGAATGGTGGAGGCGAGAGCTACCGGGACGGTTGAGGAATGGCGT
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CCTTACTATTGGTCTACCTTTTATGTTCAGGTGACTGAGTTTGAGAGCGGTGGGTTAGCT
ATTGGGTTAAGTTGTACTCATCTGTTAGCTGATCCAGTCTGTGCAATGATGTTTATTAGA
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CCACCTCGCAGGTTCCCTAGCCATAAGCTCTCTAACAACCAGCTTCTTAACCATTACATC
AAATCTTGCTCCCTTGCAGCTCCATCTTCAAAAGTAACCGAGGATAGTATGGTCACTATA
ACCCTTCTGTTCCCGGATCCGATGGTCCAAGCGGGTGA

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3H789JQ 749 0 0
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GTTCCCGGATCCGATGGTCCAAGCGGGTGAGAACGGGCCAGGGCTTTTGTGTCTGTGTGA
GTCGAGCCAAAGGGAAGAGGAACGAGCTCACGAACATGTCCTTGTGCGTAGACGTTAGGA
AGCTACTGCGTTTAGACAAAAGTTACTTTGGTAATTGCATGGTCTATCACAAGGTTCACT
ATTCCAGACCAGTTAACACCAAAGATAGGTTATTATTATTATCTTACGTTGTTAAAGAGA
TACATAACGTGACCAAGGGACTAGACTACGACACGGTCATGGACTTGGTCGAGTGGCTCA
GTAGCAACTATAACAATCTGATATCCAACGGTTCGGATCTCGTGTGTACTAATCTAGAGA
ACATGGCGAATTCGCGTCCCATGATGTTCGAGGAAGATTTGATATTGAGCCATGTCTCTT
GCTATGTTGAAGGGCCTGTAGCTGGAGGTGGACAGGCCATAGCGCTTCCTTCACCGCCCA
GCGAGGGACCAATGAGCCGAGTGGTTATGGTCACTCTTCCTCAAAGAGAAATGGTTAAGG
TTTTAGAGGATGAGCTTCTTCAAAGCTTTTCTCCTGTTTTACTTATGGAATATACAAAAC
TGCTAAGTCAATAAAGTTTCAAATATACG

QA 1 749 1 749
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GATGCAATGTTCGACATTCAGATCAAGCGTATCCACGAGTACAAGCGACAACTGCTTAAC
ATCTTGGGAATAGTATACCGCTACAAAAAGATGAAGGAAATGAGTGCGAGTGAGAGGGAG
AAGGCATTTGTTCCAAGAGTTTGCATATTTGGGGGGAAAGCATTCGCCACGTATGTGCAA
GCTAAGAGGATTGTGAAATTCATCACAGATGTTGGGGCTACAATTAACCATGATCCGGAA
ATAGGTGACCTGCTTAAGGTTATCTTTGTTCCTGATTACAATGTCAGTGTTGCTGAATTG
CTCATTCCAGCAAGCGAGCTTTCTCAGCACATCAGTACCGCTGGGATGGAAGCGAGCGGG
ACAAGCAACATGAAGTTTTCTATGAACGGTTGCATTTTGATCGGAACTTTGGATGGAGCA
AATGTGGAGATCAGAGAAGAAGTTGGCGAAGACAACTTCTTCCTCTTTGGTGCCAAAGCT
GATGAGATTGCAGACCTCAGGAAAGAGAGAGCAGAGGGAAAGTTTGTTCCACATCCTAGT
TTTGAAGAAGTGAAGCAATTCGTTAGAAGCGGTGTCTTTGGCTTAAACAAGTACGATGAA
CTGATTGGCTCTTTGGAAGGAAACGAAGGTTTCGGACGAGCGGATTACTTCCTTGTTGGC
AAAGACTTTCCTAGCTACGTTGAATGCCAAGAGAAAGTTGACGAGGCATACAGGGACCAG
AAAAAATGGACGAGAATGTCAATCTTGAACACAGCAGGTTCATCCAAGTTCAGCAGTGAT
AGGACGATCCATGAATATGCTAAAGATATATGGAATATTAAGCAAGTTGAACTTCCATGA
GCCTTGACTAGTCTTACCTTAAGAACTCTTTTGAATGTTTTTTTTTCACTTGCCAAGTTT
CCAGTGTATCTAGGTAAATAAGAGAATCATTATGTAATGATATCCAGTACAATGAATGTA
AGAAGTAAGACTCAAGAGTCTATGCATTTGCAGGGGCTTTGCTTCTGTCCTGCTAAAATG
ATTGTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EW11TF U 1
AF RR3EW11JQ C 526
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BS 678 1088 RR3EW11JQ

RD RR3EW11TF 681 0 0
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GCTAAGAGGATTGTGAAATTCATCACAGATGTTGGGGCTACAATTAACCATGATCCGGAA
ATAGGTGACCTGCTTAAGGTTATCTTTGTTCCTGATTACAATGTCAGTGTTGCTGAATTG
CTCATTCCAGCAAGCGAGCTTTCTCAGCACATCAGTACCGCTGGGATGGAAGCGAGCGGG
ACAAGCAACATGAAGTTTTCTATGAACGGTTGCATTTTGATCGGAACTTTGGATGGAGCA
AATGTGGAGATCAGAGAAGAAGTTGGCGAAGACAACTTCTTCCTCTTTGGTGCCAAAGCT
GATGAGATTGCAGACCTCAGGAAAGAGAGAGCAGAGGGAAAGTTTGTTCCACATCCTAGT
TTTGAAGAAGTGAAGCAATTCGTTAGAAGCGGTGTCTTTGGCTTAAACAAGTACGATGAA
CTGATTGGCTCTTTGGA
GGAA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3EW11JQ 563 0 0
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GTTCCACATCCTAGTTTTGAAGAAGTGAAGCAATTCGTTAGAAGCGGTGTCTTTGGCTTA
AACAAGTACGATGAACTGATTGGCTCTTTGGAAGGAAACGAAGGTTTCGGACGAGCGGAT
TACTTCCTTGTTGGCAAAGACTTTCCTAGCTACGTTGAATGCCAAGAGAAAGTTGACGAG
GCATACAGGGACCAGAAAAAATGGACGAGAATGTCAATCTTGAACACAGCAGGTTCATCC
AAGTTCAGCAGTGATAGGACGATCCATGAATATGCTAAAGATATATGGAATATTAAGCAA
GTTGAACTTCCATGAGCCTTGACTAGTCTTACCTTAAGAACTCTTTTGAATGTTTTTTTT
TCACTTGCCAAGTTTCCAGTGTATCTAGGTAAATAAGAGAATCATTATGTAATGATATCC
AGTACAATGAATGTAAGAAGTAAGACTCAAGAGTCTATGCATTTGCAGGGGCTTTGCTTC
TGTCCTGCTAAAATGATTGTTAT

QA 1 563 1 563
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATATCGCTGCAAGTATCTTCGTCTACAACAAATGACATTGATGAAGAATGTCTCTGTCTT
TTATCCGATTGCCTTCTAACAGCCGTTAAGGTTTTGATGAACTTAACAAATGATAACGCT
GTCGGTTGTCGGCAAGTTGGTGGGTGCAGAGGGCTGGAAAGCATGGCTGAATTAATTGCC
AGACACTTTCCGTCTTTCACCAGATCTCCTCTTTTCAATGAGATGGAAAAGACAGGATCT
TCCAGTCATAAGAAAGACAAACATCTTACAGATCAGGAGTTAGATTTTCTTGTTGCCATC
TTGGGTTTGCTGGTAAATTTGGTTGAGAAAGACGGAGTGAACAGATCACGGCTTGCTTCA
GCGAGTGTTCCTATTACAAAACCAGAAGGGTTGCAAGAGAGTGAACAGGAGATGATTCCT
TTATTATGTTCAATCTTTCTCACCAATCAAGTTCAGCTGACACCAAAGAAGAAACAACTC
CTTTCACCTTAGTGAGTAGCAGCGACTGAATATTTCTTACTCGTCCCAGAAAAGGTTTTT
TTATTTATTAATCCTGCGATTTTTGTTTTTGGGTGTTCAGGATGATGAAGATCTGTTTTA
GAAGGCGAAAAGGAAGCGGAAAAGATGATAGTGGAGGCATACTCTGCTCTACTACTCGCT
TTTCTTTCAACTGAAAGTAGAAGTATACGCAACTCCATTAAAGACTATCTCCCAAAACGC
AATCTCGCAATTTTAGTACCGGTCTTGGAGAGATTTGTGGCATTTCACACGACTCTAAAC
ATGATCCCTCCGGAGACACATAAAGCAGTGATGGAAATAATCGAATCCTGCAAACTACCG
TGAAAGGGATCAAAAAGGGCAAAATCAATTCTTCTTCTCTCATTTTTCTCTGTACAGATT
TTGGAAGAAAAAAAAACTTGGAATGCTTTGGGGATTATCACTGACTTTTGGTGATCATAG
ACTATATAGTTCATAGTAGTGATCGTGTTCATTGTATGATATAAGGCTATACAAGTAGTA
TGTTCAAAATCTTTGTTTTAGAGTTTGTTTTTACTTGTCTGTCACGGCTTAGGGTTGTTC
TAGCTGTCTTTTACTTGTAAACTCCAATTCTTTTATAGTTTTCTTTATACCCTTGATCAT
C


BQ
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10 

AF RR3E437TF U 1
AF RR3E437JQ C 442
BS 1 591 RR3E437TF
BS 592 1201 RR3E437JQ

RD RR3E437TF 591 0 0
GGGGAATCATCAAACCATAGGTTGAATTCCCAGGAAGAATCAAGTGGCGGAGACTGCAGT
ATATCGCTGCAAGTATCTTCGTCTACAACAAATGACATTGATGAAGAATGTCTCTGTCTT
TTATCCGATTGCCTTCTAACAGCCGTTAAGGTTTTGATGAACTTAACAAATGATAACGCT
GTCGGTTGTCGGCAAGTTGGTGGGTGCAGAGGGCTGGAAAGCATGGCTGAATTAATTGCC
AGACACTTTCCGTCTTTCACCAGATCTCCTCTTTTCAATGAGATGGAAAAGACAGGATCT
TCCAGTCATAAGAAAGACAAACATCTTACAGATCAGGAGTTAGATTTTCTTGTTGCCATC
TTGGGTTTGCTGGTAAATTTGGTTGAGAAAGACGGAGTGAACAGATCACGGCTTGCTTCA
GCGAGTGTTCCTATTACAAAACCAGAAGGGTTGCAAGAGAGTGAACAGGAGATGATTCCT
TTATTATGTTCAATCTTTCTCACCAATCAAGTTCAGCTGACACCAAAGAAGAAACAACTC
CTTTCACCTTAGTGAGTAGCAGCGACTGAATATTTCTTACTCGTCCCAGAA

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3E437JQ 760 0 0
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ACCAATCAAGTTCAGCTGACACCAAAGAAGAAACAACTCCTTTCACCTTAGTGAGTAGCA
GCGACTGAATATTTCTTACTCGTCCCAGAAAAGGTTTTTTTATTTATTAATCCTGCGATT
TTTGTTTTTGGGTGTTCAGGATGATGAAGATCTGTTTTAGAAGGCGAAAAGGAAGCGGAA
AAGATGATAGTGGAGGCATACTCTGCTCTACTACTCGCTTTTCTTTCAACTGAAAGTAGA
AGTATACGCAACTCCATTAAAGACTATCTCCCAAAACGCAATCTCGCAATTTTAGTACCG
GTCTTGGAGAGATTTGTGGCATTTCACACGACTCTAAACATGATCCCTCCGGAGACACAT
AAAGCAGTGATGGAAATAATCGAATCCTGCAAACTACCGTGAAAGGGATCAAAAAGGGCA
AAATCAATTCTTCTTCTCTCATTTTTCTCTGTACAGATTTTGGAAGAAAAAAAAACTTGG
AATGCTTTGGGGATTATCACTGACTTTTGGTGATCATAGACTATATAGTTCATAGTAGTG
ATCGTGTTCATTGTATGATATAAGGCTATACAAGTAGTATGTTCAAAATCTTTGTTTTAG
AGTTTGTTTTTACTTGTCTGTCACGGCTTAGGGTTGTTCTAGCTGTCTTTTACTTGTAAA
CTCCAATTCTTTTATAGTTTTCTTTATACCCTTGATCATC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL6014Contig1 1383 2 2 U
GGAGAAATACAATTTGCATGAGGCGATTCGCGGAAAGGTTGTTCAGTTAATGTTGCTTGA
TTGCAAGCGTGCCACTGCCTTATTTATCCAAAACAGGGATTTTATTGCTCCATCTGAAGT
GGTCCCACAACTTTTGAGAGCTGGCAAGAAATGTGATTCAAGATATTACTTGTACTTATA
TCTACATGCGTTATTTCAAGTCGGTCCAAATAGTGGGAAGGATTATCATGATATGCAGGT
AGAACTATATGCGGAATACGATACTAAGATGCTGCTTCCATTCCTACGTAGCAGTCAACA
TTACAAGTTAGAAAATGCATATGAACTTTGTGTCAAGAAAGATCTGCTAAAAGAGCAAGT
TTTTGTACTTGGAAGGATGGGAAATGCAAAACAAGCTCTTGCTGTCATCATAAATAAATT
AGGGGATATAGAAGAGGCTGTGGAATTTGTGTCCATGCAGCACGACGATGATCTCTGGGA
AGAACTGATAAAACAATGTCTGAACAAGCCTGAGATGGTAGGCTTACTGTTGGAGCACAC
GGTTGGCAACCTTGACCCTCTTTACATCGTAAATATGGTCCCAAATGGCTTGGAAATACC
TCGACTAAGGGATCGATTGGTCAAAATCGTGACAGATTACAGAACCGAGACATCTCTTAG
ACACGGTTTCAATGACATTCTCAAGACGGACATTGTGAATCTTCTGATCAAGTGCTTCAA
CGAGGCGAGACGTGGGGTCTGCCTAAGCAACGAAGAAGACGATTCCCGTGGAAAGAGAGA
AGACACTAATCGATCGATCTCACAGAGAATGGTAGTAGATAAATCATTGAGCATAAAGAT
GACAGAGGTGAAGTCGAAGACACGCGGGGACACACGTTGTTGCATGTGCTTCGACCCGGT
GTCGATAAGAGGGGACACCGTGGTGGTCTTCTTTTGCTGTCATGCTTACCACATGACGTG
TCTCATGGATGCTGCCTTCAGCGACAGCAACAATAAGACAGCCAAAGGTTCTCCGGGGTA
TGGATACGGCTATGATAACGGTGTGGAGGAGGAAGATACTGAGGATGAGGAAGAAGATGA
CAGTAATGATGGAGACAGGTCTGGGAGGTCTCGGTTACGGTGCATATTATGTACTACTGC
CGCTGCTGCGTCCGCTCGGTAGCGACTGCACTGCATGTGTTTGTGAAATATTTTTTTGGT
GTGCTTCGATTTTTTTGTTTCTTTTTAAGAAAGAAGGAAAATTTCCTTGATTGTAGTCTA
AATTATAACAACAAAAGTAAAGAGAGGCGAGAGATATACATTGACCCAATAATTTAATGT
GTGCCAGAGTTTGTGAAAGACACTTCCCGTTTTATTGAATGTGAATGTCATGCTATTTTA
TGC


BQ
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10 10 10 

AF RR3AI16TF U 1
AF RR3AI16JQ C 660
BS 1 808 RR3AI16TF
BS 809 1383 RR3AI16JQ

RD RR3AI16TF 808 0 0
GGAGAAATACAATTTGCATGAGGCGATTCGCGGAAAGGTTGTTCAGTTAATGTTGCTTGA
TTGCAAGCGTGCCACTGCCTTATTTATCCAAAACAGGGATTTTATTGCTCCATCTGAAGT
GGTCCCACAACTTTTGAGAGCTGGCAAGAAATGTGATTCAAGATATTACTTGTACTTATA
TCTACATGCGTTATTTCAAGTCGGTCCAAATAGTGGGAAGGATTATCATGATATGCAGGT
AGAACTATATGCGGAATACGATACTAAGATGCTGCTTCCATTCCTACGTAGCAGTCAACA
TTACAAGTTAGAAAATGCATATGAACTTTGTGTCAAGAAAGATCTGCTAAAAGAGCAAGT
TTTTGTACTTGGAAGGATGGGAAATGCAAAACAAGCTCTTGCTGTCATCATAAATAAATT
AGGGGATATAGAAGAGGCTGTGGAATTTGTGTCCATGCAGCACGACGATGATCTCTGGGA
AGAACTGATAAAACAATGTCTGAACAAGCCTGAGATGGTAGGCTTACTGTTGGAGCACAC
GGTTGGCAACCTTGACCCTCTTTACATCGTAAATATGGTCCCAAATGGCTTGGAAATACC
TCGACTAAGGGATCGATTGGTCAAAATCGTGACAGATTACAGAACCGAGACATCTCTTAG
ACACGGTTTCAATGACATTCTCAAGACGGACATTGTGAATCTTCTGATCAAGTGCTTCAA
CGAGGCGAGACGTGGGGTCTGCCTAAGCAACGAAGAAGACGATTCCCGTGGAAAGAGAGA
AGACACTAATCGATCGATCTCACAGAGA

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3AI16JQ 724 0 0
GACACGGTTTCAATGACATTCTCAAGACGGACATTGTGAATCTTCTGATCAAGTGCTTCA
ACGAGGCGAGACGTGGGGTCTGCCTAAGCAACGAAGAAGACGATTCCCGTGGAAAGAGAG
AAGACACTAATCGATCGATCTCACAGAGAATGGTAGTAGATAAATCATTGAGCATAAAGA
TGACAGAGGTGAAGTCGAAGACACGCGGGGACACACGTTGTTGCATGTGCTTCGACCCGG
TGTCGATAAGAGGGGACACCGTGGTGGTCTTCTTTTGCTGTCATGCTTACCACATGACGT
GTCTCATGGATGCTGCCTTCAGCGACAGCAACAATAAGACAGCCAAAGGTTCTCCGGGGT
ATGGATACGGCTATGATAACGGTGTGGAGGAGGAAGATACTGAGGATGAGGAAGAAGATG
ACAGTAATGATGGAGACAGGTCTGGGAGGTCTCGGTTACGGTGCATATTATGTACTACTG
CCGCTGCTGCGTCCGCTCGGTAGCGACTGCACTGCATGTGTTTGTGAAATATTTTTTTGG
TGTGCTTCGATTTTTTTGTTTCTTTTTAAGAAAGAAGGAAAATTTCCTTGATTGTAGTCT
AAATTATAACAACAAAAGTAAAGAGAGGCGAGAGATATACATTGACCCAATAATTTAATG
TGTGCCAGAGTTTGTGAAAGACACTTCCCGTTTTATTGAATGTGAATGTCATGCTATTTT
ATGC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL6015Contig1 1251 2 2 U
GGATCTCTCTCATCAGTCATCAACCCCCACATTTCTCTCCTCACGTTCTCCTCGTCTTCT
CCTTGTGGTGCTTGTGGTGGTGACTCAGTCCGACCGAGTTGACTCGCTCTATATTGTTAT
TGATTAGGGAAGCTATGGAGGAGTAGATAGATCGTTCCCGCGCTTTCGCCAAGAACGTTA
AGCGTATCGTTGTCAAGGTTGGGACAGCAGTTGTAACTGGAAAAGGTGGAAGATTGGCTC
TTGGCCGCTTAGGTGCCATCTGCGAGCAGCTTGCTGAATTGAACTCGGATGGTTTTGAGG
TCATTTTGGTGTCTTCTGGTGCGGTTGGTCTTGGTCGTCAAAGGCTTAGATACAGACAAC
TTGTCAATAGCAGCTTTGCAGACCTTCAGAAGCCACAAACTGAACTTGATGGTAAGGCTT
GTGCTGGTGTTGGACAGAGCAGTCTCATGGCTTACTACGAGACTATGTTTGACCAGATGG
ATGTGACGGTGGCTCAAATGCTGGTGACTGATAGCAGTTTTAGAGATAAGGATTTCAGGA
AGCAACTTAGTGAGACAGTCAAAGCGATGCTTAAAATGAGAGTTATTCCTGTTTTCAACG
AGAATGATGCTATTAGCACTCGAAAAGCCCCTTATAAGGATTCTACTGGTATATTTTGGG
ATAATGACAGCTTAGCTGCTCTACTGGCGCTGGAGCTGAAAGCTGATCTTTTGATTCTTC
TTAGTGACGTTGAGGGTCTTTACACCGGTCCTCCAAGCGATCCCAAGTCAAAGTTAATCC
ACACTTACGTTAAAGAAAAACACCAGGAGGAGATCACCTTTGGCGAGAAGTCCAGATTAG
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CTGTTATCATAACCAGTGGGTTTGCAGCTGAGAATATAGCTAAAGTTCTTAAAGGACTTC
GTGTTGGTACCTTGTTCCACCAAGATGCTCATTTGTGGGCTCTAGTCGTTGATACTACCT
CTCGTGACATGGCAGTTGCTGCAAGGGAAAGTTCTAGAAAGCTTCAGGCTTTGTCTTCAG
AAGATAGGGAAAACATTCTACTGGATATAGCCAACGCCGTTGAAGCAAATGAGAAAATAA
TTAAAGCTGAGAATGATTTAGATGTTGCTGCAGCGCAAGAAGCTGGATATGAAGAGTCTT
TGGTAACTCGTTTAGTTATGAAGCCTGGGAAGATCTCAAGCCTTGCAGCTT


BQ
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AF RR3EJ10TF U 649
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CA

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DS 

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GG
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T

QA 3 603 3 603
DS 



AS 1 2

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AATTATCAGCACTTTACGTGGTCTCCTTGAGACAGGAGACAAGATACTACGCATAGAAGG
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AAACTGGACCTCGCTGATCTTCCCGTTAGAAGTCTCGTCCCAGAACCTCTAAAAGGATGC
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GCAGGTTCAGACAATATAATAGCATTCATAACGACAAGATACAAGGATCATCCGCTTATT
GTCCGAGGACCTGGTGCTGGTGCTCAAGTCACTGCCGGTGGTATATTCAGCGACATGTTA
AGGCTCGCATCTTATCTCGGTGCACCGTCTTAACAGGTTACCAAAAATGATCAGTTTTGC
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AF RR3C978TF U 1
AF RR3C978JQ C 471
BS 1 560 RR3C978TF
BS 561 561 RR3C978JQ
BS 562 629 RR3C978TF
BS 630 1161 RR3C978JQ

RD RR3C978TF 629 0 0
TATTGATTTGTCACGATGGAGAGAACTTCTAAACGAGAAGAGCACTGAGGCCAATCTGGA
CAAATTCACCCAACATGTGCATGGAAATCACTTTATCCCCAACACTGTACTGGTTGACTT
TACAGCAGACTCTGGTATTGCGAGCCGTTACTATGATTGGTTAAGGAAGGGAATCCACGT
CATTACCCCAAATAAAAAAGCAAACTCAGGTCCCCTTGATCAGTACTTGAAGCTGAGAGA
TCTTCAAAGGAAATCCTACACTCATTACTTCTACGAAGCTACTGTTGGAGCTGGTCTTCC
AATTATCAGCACTTTACGTGGTCTCCTTGAGACAGGAGACAAGATACTACGCATAGAAGG
CATTTTGCAGTGGAACATTGAGTTATCTATTCAACAATTTTGTTGGAGACCGAAGTTTCA
GCGAGGTTTGTGGCCGAAGCAAAGAAGGCAGGTTTCACTGAGCCCTGATTCCAAGAGATT
ATTTATCTGGAACTGATGTTGCAAGAAAGGTGATAATTTCTCGCTCGAGAATCTGGACTT
AAACTGGACCTCGCTGATCT*CCCGTTAGAAGTCTCGTCCCAGAACCTCTAAAAGGATGC
GCTTCTGCCGAAGAGTTCATGGAGAAACT

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3C978JQ 691 0 0
CCAAGAGATTATTTATCTGGAACTGATGTTGCAAGAAAGGTGATAATT*CTCGCTCGAGA
ATCTGGACTTAAACTGGACCTCGCTGATCTTCCCGTTAGAAGTCTCGTCCCAGAACCTCT
AAAAGGATGCGCTTCTGCCGAAGAGTTCATGGAGAAACTCCCACAGTACGATGGGAACTT
GGCAAAAGAAAGACTAGAAGCTGAGAACTCCGGAGAAGTCCTGAGATACGTTGGAGTGGT
GGATGCAGTAAACCAAAAGGGAACAGTGGAGCTTCGAAGATACAAGAAAGAGCATCCATT
TGCACAGCTGGCAGGTTCAGACAATATAATAGCATTCATAACGACAAGATACAAGGATCA
TCCGCTTATTGTCCGAGGACCTGGTGCTGGTGCTCAAGTCACTGCCGGTGGTATATTCAG
CGACATGTTAAGGCTCGCATCTTATCTCGGTGCACCGTCTTAACAGGTTACCAAAAATGA
TCAGTTTTGCTTATCTTCGTTCGTATTAAAAGTATCAGCTACGATTTTACGAATCAACAA
CATTTTGCTTGGTCATTTCTAGACTTATCCGTAGCTGATCGTTGTTGTTTTTGTGGTGAA
CATGTACAATAGCAACTAGTTTTGTTGGATTTGATGTTCTTTGTTTGATGCAGTGATAAA
CTATTTGCTATTTAATAAAACGAGCATTGAG

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL6017Contig1 1160 2 2 U
GGGTTGAAACTTCTTCTTGTGGATCAATCAAAGGGATGGGGAATACGAATTGCATAGTCG
GAGGTTGCATCGACCAAGCGAGCGTGGGTGTGGTAGAACGCTGGGGACGATTCGAGCATA
TAGCGGAGCCTGGATGCCACTTCTTCAACCCTCTCGCCGGTCAGTGGCTCGCCGGTGTCC
TCTCCACCAGGATCAACTCTCTCGAGGTCAAAATCGAGACCAAAACCAAGGATAATGTGT
TTGTGCAGCTGATATGCTCGATTCAGTATCGTGTGGTGAAAGCTAACGCTGATGATGCTT
TTTACGAGCTTCAGAACCCTAGAGAGCAGATCCAAGCTTACGTTTTTGATGTGGTTAGAG
CTTTGGTTCCAATGATGACGCTAGACGCTCTTTTTGAACAAAAAGGAGAAGTCGCCAAGT
CTGTTCTTGAAGAACTCGAGAAGGTGATGGGTGCTTATGGATACAGCATTGAACACATTC
TGATGGTTGACATTATTCCTGATCCTTCTGTTCGCAAGGCCATGAATGAAATCAATGCAG
CACAAAGGCTCCAGCTCGCTAGTGTTTACAAAGGAGAAGCAGAGAAGATTCTCCAAGTGA
AGAGAGCGGAAGCAGAGGCGGAAGCCAAGTACTTGGGCGGTGTGGGTGTCGCTAGACAGA
GGCAAGCGATCACGGACGGACTGAGGGAGAACATAATGAACTTCTCTAGCAAAGTAGAAG
GCACTTCGTCCAAAGATATCATGGACTTGATCATGATCACGCAGTACTTTGACACCATGA
GAGACCTCGGAAGCTCATCTAAGAACACAACCGTGTTTCTACCTCACGGTCCGGGACACG
TGAGGGATATCAGCGACCAGATTCGCAACGGTTTGATGGAGGCGTCCAGTGCTCGTGTCG
GTGACGAGGTTTAAAGTGAGATTCACTTGGGGTTGTGAATCTATCTATGTTCGTGGGTTT
TGGGTTCTTTGATTATGGTTTTAATTACAGTTTAGCACTTGGGGATGTGTGAATTTATTT
GGATGTTGCTTCCTTTTAAATGTTTATGGTTTTATTATTAATGATATGAATAATAACCCA
AAGTACTTTGGACTCTTATTGTAATATATTCTGATTTCTTAAAAACGGTGATGCATAAAG
AGAGGTTATGAACTGTGATG


BQ
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AF RR3EB09TF U 1
AF RR3EB09JQ C 427
BS 1 576 RR3EB09TF
BS 577 1160 RR3EB09JQ

RD RR3EB09TF 576 0 0
GGGTTGAAACTTCTTCTTGTGGATCAATCAAAGGGATGGGGAATACGAATTGCATAGTCG
GAGGTTGCATCGACCAAGCGAGCGTGGGTGTGGTAGAACGCTGGGGACGATTCGAGCATA
TAGCGGAGCCTGGATGCCACTTCTTCAACCCTCTCGCCGGTCAGTGGCTCGCCGGTGTCC
TCTCCACCAGGATCAACTCTCTCGAGGTCAAAATCGAGACCAAAACCAAGGATAATGTGT
TTGTGCAGCTGATATGCTCGATTCAGTATCGTGTGGTGAAAGCTAACGCTGATGATGCTT
TTTACGAGCTTCAGAACCCTAGAGAGCAGATCCAAGCTTACGTTTTTGATGTGGTTAGAG
CTTTGGTTCCAATGATGACGCTAGACGCTCTTTTTGAACAAAAAGGAGAAGTCGCCAAGT
CTGTTCTTGAAGAACTCGAGAAGGTGATGGGTGCTTATGGATACAGCATTGAACACATTC
TGATGGTTGACATTATTCCTGATCCTTCTGTTCGCAAGGCCATGAATGAAATCAATGCAG
CACAAAGGCTCCAGCTCGCTAGTGTTTACAAAGGAG

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3EB09JQ 734 0 0
TTGAAGAACTCGAGAAGGTGATGGGTGCTTATGGATACAGCATTGAACACATTCTGATGG
TTGACATTATTCCTGATCCTTCTGTTCGCAAGGCCATGAATGAAATCAATGCAGCACAAA
GGCTCCAGCTCGCTAGTGTTTACAAAGGAGAAGCAGAGAAGATTCTCCAAGTGAAGAGAG
CGGAAGCAGAGGCGGAAGCCAAGTACTTGGGCGGTGTGGGTGTCGCTAGACAGAGGCAAG
CGATCACGGACGGACTGAGGGAGAACATAATGAACTTCTCTAGCAAAGTAGAAGGCACTT
CGTCCAAAGATATCATGGACTTGATCATGATCACGCAGTACTTTGACACCATGAGAGACC
TCGGAAGCTCATCTAAGAACACAACCGTGTTTCTACCTCACGGTCCGGGACACGTGAGGG
ATATCAGCGACCAGATTCGCAACGGTTTGATGGAGGCGTCCAGTGCTCGTGTCGGTGACG
AGGTTTAAAGTGAGATTCACTTGGGGTTGTGAATCTATCTATGTTCGTGGGTTTTGGGTT
CTTTGATTATGGTTTTAATTACAGTTTAGCACTTGGGGATGTGTGAATTTATTTGGATGT
TGCTTCCTTTTAAATGTTTATGGTTTTATTATTAATGATATGAATAATAACCCAAAGTAC
TTTGGACTCTTATTGTAATATATTCTGATTTCTTAAAAACGGTGATGCATAAAGAGAGGT
TATGAACTGTGATG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6019Contig1 1391 2 2 U
TTCAAGCTGTTTCTCGCCCTAATGTAGTCTATATACTCCAAGAGAGAGGGCTCCTGGAGT
CAGTCACCAGCGAGAATCTCAGGTCTGCTTGTTCTGATCCCAACGTAGCTCCTCTAAAGG
TCTACTGCGGGTTTGATCCAACCGCTGAGAGTTTACACTTGGGTAACCTGCTTGGTATCA
TTGTCCTTTCTTGGTTCCAGAGATGTGGACATCAGGCCGTTGGTTTGATTGGTGGTGCCA
CTGGACGTGTTGGTGACCCACTGGTAAAGCCTTGAAAGACCTGAGCTTGATGCCAATACA
CTGGAGAAGAACATTGCCGGGATTAAAAACATCATCGTCAAGATTCTGAGTGGTGGTAAT
CCGAGTTCTTCTGGTAGCTCTTACGTGATTTTTAATAACTATGACTGGTGGAAAGATATG
ACGATGCTCGACTTTCTGAAAAACGTTGGTCGGTTTGCGAGAGTTGGACCAATGATGGCG
AAGGAGAGCGTGAAGAAGAGATTAGAATCTGAGCAAGGTATGAGCTACACTGAGTTCAGC
TATCAGTTATTGCAAGGCTATGACTTCGTTCACTTGTTCGACAAGGAAGGGGTTAATGTT
CAGATAGGTGGGAGTGATCAGTGGGGTAACATAACAGCTGGAACTGATCTGATACGTAAG
ATTCTCCAGACCGAAGAAGCTTCTTACGGGCTAACGTTTCCTCTCCTGCTGAAAAACGAT
GGGACTAAGTTCGGGAAGTCTGAAGATGGAGCCATCTGGCTATCTCCTTCCATGTTATCA
CCTTATAAGTTCTATCAGTACTTCTTCTCAGTTCCAGACGTTGATGTGATACGCTTCTTG
AAGACACTAACTTTCCTGAGTTTGGATGAGATAAAGATCTTGGAAGATGAGATGAGGAAG
CCTGGTTATGTCCCTAACACCGCGCAAATGAAACTTGCTGAAGAAGTAACACGGTTTGTA
CATGGTGAAGATGGTCTGAAGGAAGCAATCAAGGCAACAGAGGCTTTAAGACCAGGAGCT
GAGACAAAGCTTGACTGGAACTTGATTGAGAGAATTGCAGAGGATATACCAACTTGCTCA
CTGCCTATTGATAGAGTCTCCGGTGTTTCCATTGTTGATGTGTTGGTTTTTGCGGGGTTG
TTTGAGAGCAAATCTGCAGCAAGGAGAACGTTGAAGCAAGGTGGGGTTTATATGAACAAT
GAGAGAGTTGATGATGAGAATAAGAGAGTTGAAGAAGAAGATATTGTTGAAGGGAAAGGT
CTTGTTCTCTCTTCAGGCAAAAAGAACAAAGTGGTCGTCAGAATTTCCTGATTTTTCTAT
CTTTTTATAAAAAATCTGATTTTAGCATTGAATCATTAATAAGTTTATGAATTTGAAACT
ACTTTATGATG


BQ
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BS 838 1391 RR3B275JQ

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TCTACTGCGGGTTTGATCCAACCGCTGAGAGTTTACACTTGGGTAACCTGCTTGGTATCA
TTGTCCTTTCTTGGTTCCAGAGATGTGGACATCAGGCCGTTGGTTTGATTGGTGGTGCCA
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GCATTGAATCATTAATAAGTTTATGAATTTGAAACTACTTTATGATG

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DS 



AS 1 2

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TCTCAACCGCGTCGCGGCTGTTCCACCGCTTAATCAGCGACGATGTCGATGTCGAAGAGC
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GGGCTTTCTGGGCCTGTTCGTGGAGTAGGTGGGCCGTCTCCGGGGATGATGCAGCCTCAG
ATCTCTCGTCCTCCGGTGATGCGGCCTCCGGGACAGATGCTTCCGCCGCCTCCTGCTTTC
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TATGAGGCCTCCGCCGCAGTTTGGTGGACCGCCGCCTCCGTATGGGCAGAGACCGATGGG
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CCCGCCTGGGCCGCCTCGCCCTGGAATGCAGCCCCCCCCTGGAGGGTTTGCTCCACAGCG
TCCGGGGCCACCACCGCCTAATCCACACAATCAGCAGCAGTGACTAGGTTTGCCATGAAT
GTACCCTTTTTATTTCTTAAGCTGAGATTGTGAAGGCATTGTTAAGTTTGTTTGGGTTGG
ACTTACTCAGGTTTAAAGTTTCGTGCTTTTCATGTCTTTAGCTGCAATCTTTCATCTATC
TTTTAAAGTTTGTAGATTTGTTGACAATTGCCTTGTGTTCTTGTGTTTCCTTTACGATAA
ATTCTATT


BQ
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AF RR3FJ44TF U 1
AF RR3FJ44JQ C 586
BS 1 744 RR3FJ44TF
BS 745 1088 RR3FJ44JQ

RD RR3FJ44TF 744 0 0
CTCGATCTGTTCGTTCGTTTCCACTCCTCCGGCGTACTAGATTCGCCGTCCGAAATCTCT
TCTCAACCGCGTCGCGGCTGTTCCACCGCTTAATCAGCGACGATGTCGATGTCGAAGAGC
TCCAAGATGCTCCAGTTCATAAACTACAGGATGCGAGTGACGATCCAAGACGGGAGGCAG
CTCGTGGGGAAGTTCATGGCCTTCGACCGCCACATGAACCTCGTCCTCGGCGACTGCGAG
GAGTTTCGCAAGCTCCCCCCGGGGAAAGGGAAGAAGATCAACGAGGAGAGGGAAGATCGC
CGCACGCTGGGTCTTGTTCTGCTGAGAGGCGAAGAGGTTATCTCAATGACGGTGGAAGGA
CCGCCTCCTCCTGAAGAGTCACGTGCCAAGGCTGGATCAGGAGTCGCTGTTGCTGGGCCT
GGAATGGGCCGCGCTGCTGGACGTGGAGTGCCGACTGGTCCGCTCGTCCAAGCTCAGCCT
GGGCTTTCTGGGCCTGTTCGTGGAGTAGGTGGGCCGTCTCCGGGGATGATGCAGCCTCAG
ATCTCTCGTCCTCCGGTGATGCGGCCTCCGGGACAGATGCTTCCGCCGCCTCCTGCTTTC
GGTGGTCCTCCTCCTCCGATGGGGGAGAGGTGTTCCGCAAGGTCCTCCTCCGAATTACGG
TATGAGGCCTCCGCCGCAGTTTGGTGGACCGCCGCCTCCGTATGGGCAGAGACCGATGGG
ACCTCCGCCTGGTGGGATGATGAG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3FJ44JQ 503 0 0
CCGCCTCCTGCTTTCGGTGGTCCTCCTCCTCCGATGGGG*AGAGGTGTTCCGCAAGGTCC
TCCTCCGAATTACGGTATGAGGCCTCCGCCGCAGTTTGGTGGACCGCCGCCTCCGTATGG
GCAGAGACCGATGGGACCTCCGCCTGGTGGGATGATGAGAGGTCCTCCTCCACCGCCTCA
TGGGATGCAAGGACCCCCGCCTGGGCCGCCTCGCCCTGGAATGCAGCCCCCCCCTGGAGG
GTTTGCTCCACAGCGTCCGGGGCCACCACCGCCTAATCCACACAATCAGCAGCAGTGACT
AGGTTTGCCATGAATGTACCCTTTTTATTTCTTAAGCTGAGATTGTGAAGGCATTGTTAA
GTTTGTTTGGGTTGGACTTACTCAGGTTTAAAGTTTCGTGCTTTTCATGTCTTTAGCTGC
AATCTTTCATCTATCTTTTAAAGTTTGTAGATTTGTTGACAATTGCCTTGTGTTCTTGTG
TTTCCTTTACGATAAATTCTATT

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 2

CO CL6021Contig1 876 2 2 U
GGGAAGAACACTCCTCCTCTCAATGCGCCTCTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTCTCACTCTC
TCTCTTACCTCTGTAGATTTCCAGACTTCAAAGTCAAGTATCTGAATCCAAATCTCTGAC
AATGGAAGCAAACCAGTTATATGGTTTGTCTACACTTGTCCTCATTCTACTACTATCGCT
GACTTCGACAGTGACATCAAAGGACGAGGTTGTTTCCTGTACAATGTGTTCTTCCTGCGA
CAATCCTTGTAATCCAGTCCCATCATATCCTCCCCCTCCGCCGCCTTCTCGTCCACCACC
GTCGCCATCAACCACTACTGCATGTCCTCCACCTCCTTCTCCTCCCAGCTCCGGTGGTGG
TAGCTCTTACTATTACCCTCCTCCTTCACAGTCCGGTGGCGAGAAATACCCTCCTCCTTA
CGGTGACGGCGGCCAAGGTTATTACTATCCTCCCCCGTATTCAGGAAACTATCCCACGCC
GCCTCCGCCGAACCCTATCGTCCCTTATTTCCCGTTTTACTATCATACGCCACCGCCAGG
TTCTGGTTCAGATCGGTTTATGGGTTCTGGTTCTGTTATGTTTGCTCTTTTCTCCATGTT
CCTCTGTTTAATTTAACGGTAAAATCGTCGGAGTTCGCCGGATAATACGTTCAAGACGGA
ACAGTGGGGGCAGATCGGTAGATCTGCCATAGTCCTTTGAAGGTTTTAGATATCATTGAT
CATGAAAACCAGATGTTGGACCAAATGATTGATTAGCTTTTACTTTCTTGAATCTGTATA
ACTCTTTTTCTTGAAAATTTGTGTTGAAAAGTTTATTGTTAATTAACAATTTAATTACTC
GATATTCAGAAATAAATAATTGTTACTTTCCAAAAT


BQ
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AF RR3BI41TF U 1
AF RR3BI41JQ C 2
BS 1 837 RR3BI41TF
BS 838 876 RR3BI41JQ

RD RR3BI41TF 837 0 0
GGGAAGAACACTCCTCCTCTCAATGCGCCTCTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTCTCACTCTC
TCTCTTACCTCTGTAGATTTCCAGACTTCAAAGTCAAGTATCTGAATCCAAATCTCTGAC
AATGGAAGCAAACCAGTTATATGGTTTGTCTACACTTGTCCTCATTCTACTACTATCGCT
GACTTCGACAGTGACATCAAAGGACGAGGTTGTTTCCTGTACAATGTGTTCTTCCTGCGA
CAATCCTTGTAATCCAGTCCCATCATATCCTCCCCCTCCGCCGCCTTCTCGTCCACCACC
GTCGCCATCAACCACTACTGCATGTCCTCCACCTCCTTCTCCTCCCAGCTCCGGTGGTGG
TAGCTCTTACTATTACCCTCCTCCTTCACAGTCCGGTGGCGAGAAATACCCTCCTCCTTA
CGGTGACGGCGGCCAAGGTTATTACTATCCTCCCCCGTATTCAGGAAACTATCCCACGCC
GCCTCCGCCGAACCCTATCGTCCCTTATTTCCCGTTTTACTATCATACGCCACCGCCAGG
TTCTGGTTCAGATCGGTTTATGGGTTCTGGTTCTGTTATGTTTGCTCTTTTCTCCATGTT
CCTCTGTTTAATTTAACGGTAAAATCGTCGGAGTTCGCCGGATAATACGTTCAAGACGGA
ACAGTGGGGGCAGATCGGTAGATCTGCCATAGTCCTTTGAAGGTTTTAGATATCATTGAT
CATGAAAACCAGATGTTGGACCAAATGATTGATTAGCTTTTACTTTCTTGAATCTGTATA
ACTCTTTTTCTTGAAAATTTGTGTTGAAAAGTTTATTGTTAATTAACAATTTAATTA

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR3BI41JQ 875 0 0
GGAAGAACACTCCTCCTCTCAATGCGCCTCTTCTTTCTTTCTTTCTTTTTCTCACTCTCT
CTCTTACCTCTGTAGATTTCCAGACTTCAAAGTCAAGTATCTGAATCCAAATCTCTGACA
ATGGAAGCAAACCAGTTATATGGTTTGTCTACACTTGTCCTCATTCTACTACTATCGCTG
ACTTCGACAGTGACATCAAAGGACGAGGTTGTTTCCTGTACAATGTGTTCTTCCTGCGAC
AATCCTTGTAATCCAGTCCCATCATATCCTCCCCCTCCGCCGCCTTCTCGTCCACCACCG
TCGCCATCAACCACTACTGCATGTCCTCCACCTCCTTCTCCTCCCAGCTCCGGTGGTGGT
AGCTCTTACTATTACCCTCCTCCTTCACAGTCCGGTGGCGAGAAATACCCTCCTCCTTAC
GGTGACGGCGGCCAAGGTTATTACTATCCTCCCCCGTATTCAGGAAACTATCCCACGCCG
CCTCCGCCGAACCCTATCGTCCCTTATTTCCCGTTTTACTATCATACGCCACCGCCAGGT
TCTGGTTCAGATCGGTTTATGGGTTCTGGTTCTGTTATGTTTGCTCTTTTCTCCATGTTC
CTCTGTTTAATTTAACGGTAAAATCGTCGGAGTTCGCCGGATAATACGTTCAAGACGGAA
CAGTGGGGGCAGATCGGTAGATCTGCCATAGTCCTTTGAAGGTTTTAGATATCATTGATC
ATGAAAACCAGATGTTGGACCAAATGATTGATTAGCTTTTACTTTCTTGAATCTGTATAA
CTCTTTTTCTTGAAAATTTGTGTTGAAAAGTTTATTGTTAATTAACAATTTAATTACTCG
ATATTCAGAAATAAATAATTGTTACTTTCCAAAAT

QA 1 875 1 875
DS 



AS 1 2

CO CL6022Contig1 1144 2 4 U
GGATCCCCAACCACGCTTCCCGCCTCATCCAAATCAAAAACCCTAATTTTCCAGATCAAA
CCATCGACGACGGATCCTCTCAATCTCTCTCCAGATGACTGAAGATAGCGGCGAATTAGC
ACCACCACCACCACCGGGAGAGATCCGAACCGCTCTAAGTGATCTGAGCAATCTTCAGAA
GAAGAGAGGAATCTCGTCGATGATTTCGAGTGATTCTTCACTTAAGAAATCCGGAGATGG
TAGTTCGAGAGTAGAGTTCTCGAAGAGGCTGTGTGTAGTTGTAGATGACTTGGTTAAGCA
GAACGAGTCTTCTTCGGATCCCAAGTGTAGCTCTGAGGACAAACAATCTCGTGATGCTAT
GGTGGAGGTTTCCAGACCGTTGAAAGAGAAGGAGATCTACTTTGAACCTGGTGATAGAGA
CGGTGCACGAGAGTTAAACGCCGATGAAGGATTGGCTTTATCTGTGTTGAGCAGCAGCAG
CAACAGCGATGATGCTGAGATTGGTAGGAAGGAGTTGGGTAGATGTCAAAATGTGAGATC
GTTTGAGATGAGTAGATGCTCCAATGTTGTTAACAAGGAAGAAGAAGAAGAAGAGAATGT
GAATGACGATGACTTGATAAAGTCTTGCTCTTGTTCTTTTTGCCTTAAAGCTGCGTATAT
CTGGGTCGGATCTTCATTACCAGGACATCAAAGGTCGATTATCCGCCTTGAAAAAGAGTC
AGAAAGTAGCTAGCAGCTTGATTCAAAGGAATGACAACAGAGAAAAACCTCATGCCTTGG
TAAACTCTGTTGGTTCCGCAAAGCTAGAATCTGATCTCACGGCTCAGTGGAGGTCGCTGT
TTCTTAGCATGGGAGATATTTTCGCCCATGAAAGCAACCACCTTCAAGATAGCTTTATGA
CAATGAAAGATTTGCGAGAAGATTGCAAGATTGATCTGGAGAGAGCAACCAAAACACCTC
AGCACAACACCTGATGAGTACCTTCCTCTACTTGATCAAATACTGTATGGACTTTTAAAG
CTTCCCTTTTTTTTTAATTTTCGCAGCAGCTCGTGTGAAAATTATGTTATGTAATATCTC
GATGCAATGTATAGATGCTTATAAAAATGCATTCCGTATGTATGGACAACTGCTGTTTGT
GTTT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3A972TF U 1
AF RR3A972JQ C 656
BS 1 766 RR3A972TF
BS 767 767 RR3A972JQ
BS 768 817 RR3A972TF
BS 818 1144 RR3A972JQ

RD RR3A972TF 817 0 0
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CCATCGACGACGGATCCTCTCAATCTCTCTCCAGATGACTGAAGATAGCGGCGAATTAGC
ACCACCACCACCACCGGGAGAGATCCGAACCGCTCTAAGTGATCTGAGCAATCTTCAGAA
GAAGAGAGGAATCTCGTCGATGATTTCGAGTGATTCTTCACTTAAGAAATCCGGAGATGG
TAGTTCGAGAGTAGAGTTCTCGAAGAGGCTGTGTGTAGTTGTAGATGACTTGGTTAAGCA
GAACGAGTCTTCTTCGGATCCCAAGTGTAGCTCTGAGGACAAACAATCTCGTGATGCTAT
GGTGGAGGTTTCCAGACCGTTGAAAGAGAAGGAGATCTACTTTGAACCTGGTGATAGAGA
CGGTGCACGAGAGTTAAACGCCGATGAAGGATTGGCTTTATCTGTGTTGAGCAGCAGCAG
CAACAGCGATGATGCTGAGATTGGTAGGAAGGAGTTGGGTAGATGTCAAAATGTGAGATC
GTTTGAGATGAGTAGATGCTCCAATGTTGTTAACAAGGAAGAAGAAGAAGAAGAGAATGT
GAATGACGATGACTTGATAAAGTCTTGCTCTTGTTCTTTTTGCCTTAAAGCTGCGTATAT
CTGGGTCGGATCTTCATTACCAGGACATCAAAGGTCGATTATCCGCCTTGAAAAAGAGTC
AGAAAGTAGCTAGCAGCTTGATTCAAAGGAATGACAACAGAGAAAA*CCTCATGCCTTGG
TAAACTCTGTTGGTTCCGCAAAGCTAGAATCTGATCT

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3A972JQ 489 0 0
GTATATCT
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AAGTAGCTAGCAGCTTGATTCAAAGGAATGACAACAGAGAAAAACCTCATGCCTTGGTAA
ACTCTGTTGGTTCCGCAAAGCTAGAATCTGATCTCACGGCTCAGTGGAGGTCGCTGTTTC
TTAGCATGGGAGATATTTTCGCCCATGAAAGCAACCACCTTCAAGATAGCTTTATGACAA
TGAAAGATTTGCGAGAAGATTGCAAGATTGATCTGGAGAGAGCAACCAAAACACCTCAGC
ACAACACCTGATGAGTACCTTCCTCTACTTGATCAAATACTGTATGGACTTTTAAAGCTT
CCCTTTTTTTTTAATTTTCGCAGCAGCTCGTGTGAAAATTATGTTATGTAATATCTCGAT
GCAATGTATAGATGCTTATAAAAATGCATTCCGTATGTATGGACAACTGCTGTTTGTGTT
T

QA 9 489 9 489
DS 



AS 1 2

CO CL6023Contig1 830 2 2 U
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AAGCGAAAGAGAAAACAATGAGGTTCAACAATGGTGACGACTCAACATCCTTTCACTCTG
CTTCTTCTTCTTCCTCTCGCCGTCATCGGGATCTTCTCCTCCTCTTCTCAGGTTCGCGCA
ACCAATGTCAGAATCGAATCATTCTCCTCGCCTTTCTCTACCGATCTCGCAACCCTGCAA
TCTCAAATCGGCTACAACTTCACAAACATCAACCTCCTTCGCCGTGCAATGACCCACGCT
TCCTTCTCTCAAGAGAACAACAAAGCCCTCAGTATCCTCGGATCCCATCTCATCGAAACA
TCTGTCTCTCTTCACCTTCTCTCTAAAGACATCGACACCTCCTCCAAAGCTCTGACCCGT
TCGATAGCTGAGGTTTCGAGTGTGGATTCCTCGTGTGCTCTTGATGGGAACCGGTTGGGT
TTGGAGAAGGTTATCAGGGTTTCTCCCAAGACTGATGCCTCGAACTCGGCGATTGTTTGC
GGTGGGTTTAGAGCCATCTTTGGAGCTGTTGCTGTTGATTCTGGATTTGTTGATGAGGCT
ATGAAGGTTTTCTGGAAAGTACATGGAGGTCCAGGTGGGAGAGACGTAGTGTCTATGCTG
TAATATTAGTGTTTTGCTTCCGATGGTAAAAGTTTTAAGAGATTCGTCTTTTAAGGCTTA
TATGGTACTAGTACTACTACTAATCGCTTGCTTTCTCTTTGTTTTTCTTTTGTGTTGTGT
GATGAGTGACTGATGAGCAAAACATAATAATATTGGTTGATGTTGTGAGG


BQ
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AF RR3EL93TF U 1
AF RR3EL93JQ C 166
BS 1 320 RR3EL93TF
BS 321 830 RR3EL93JQ

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AAGCGAAAGAGAAAACAATGAGGTTCAACAATGGTGACGACTCAACATCCTTTCACTCTG
CTTCTTCTTCTTCCTCTCGCCGTCATCGGGATCTTCTCCTCCTCTTCTCAGGTTCGCGCA
ACCAATGTCAGAATCGAATCATTCTCCTCGCCTTTCTCTACCGATCTCGCAACCCTGCAA
TCTCAAATCGGCTACAACTTCACAAACATCAACCTCCTTCGCCGTGCAATGACCCACGCT
TCCTTCTCTCAAGAGAACAA

QA 1 320 1 320
DS 

RD RR3EL93JQ 665 0 0
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CTCGCAACCCTGCAATCTCAAATCGGCTACAACTTCACAAACATCAACCTCCTTCGCCGT
GCAATGACCCACGCTTCCTTCTCTCAAGAGAACAACAAAGCCCTCAGTATCCTCGGATCC
CATCTCATCGAAACATCTGTCTCTCTTCACCTTCTCTCTAAAGACATCGACACCTCCTCC
AAAGCTCTGACCCGTTCGATAGCTGAGGTTTCGAGTGTGGATTCCTCGTGTGCTCTTGAT
GGGAACCGGTTGGGTTTGGAGAAGGTTATCAGGGTTTCTCCCAAGACTGATGCCTCGAAC
TCGGCGATTGTTTGCGGTGGGTTTAGAGCCATCTTTGGAGCTGTTGCTGTTGATTCTGGA
TTTGTTGATGAGGCTATGAAGGTTTTCTGGAAAGTACATGGAGGTCCAGGTGGGAGAGAC
GTAGTGTCTATGCTGTAATATTAGTGTTTTGCTTCCGATGGTAAAAGTTTTAAGAGATTC
GTCTTTTAAGGCTTATATGGTACTAGTACTACTACTAATCGCTTGCTTTCTCTTTGTTTT
TCTTTTGTGTTGTGTGATGAGTGACTGATGAGCAAAACATAATAATATTGGTTGATGTTG
TGAGG

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

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TCGGTAAGGACTTTAACATGTCGTGGAAAATGGGTATTAATGGTGCAAATTAATTTGCCT
GTGATGTGAGAGTTTGGTGAAGTATTGGACAAGAGAATGAGATTATTTACTAAAG


BQ
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AF RR3A473TF U 1
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RD RR3A473JQ 175 0 0
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QA 1 175 1 175
DS 

RD RR3A473TF 159 0 0
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TCGGTAAGGACTTTAACATGTCGTGGAAAATGGGTATTAATGGTGCAAATTAATTTGCCT
GTGATGTGAGAGTTTGGTGAAGTATTGGACAAGAGAATG

QA 1 159 1 159
DS 



AS 1 2

CO CL6025Contig1 1209 2 2 U
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GCTGTCTGACCTCTCTCGATGCCACTGCGTCTCTGACTCCGCCACTGCACCTCCGCTACT
CTGCGTTGTACCCTCGCGAGATCTCTGCTCATGTCTCTCTATCTCCATTGCCGTCTCTAT
CAATTTTTGAATAATCAAAGGGTGAAGACGAACCAGAAAAACGATGCGGTGTGGAGGAGC
AGAGAGGAGTGCGGAGGAAGAGAGAAGAGGCTGTACAGAGGATTACCACCGCTGAGCCAG
ACTAATCTGGGTATTGTTTGAGTTTTACTAGATTTTGCTCTTATTTGAAATTACCATTTT
TGCAGGTTTGTGATTTGAGGATGATGGGTTATATATAGTTTATGCTGGAAAAAGACGATG
GTTGAGTGACATTTTTTGTGGTTCATGGCAAGAGACAGTGATATACAGAAAAAGGAAAAT
GGAAAGTGTAGCCATACCAGAGCATTCGATCAAACTCCTCCCTGTTACACAGCCTGGAGT
ATTTGATCTGGTGGGTTATGTCATCTCCGCCGGGGAAGGGAAACCATACCAGAGCGTCTT
CTACAATGGAATCATTGAGGTAGTTAAGCAAGGAAAAATTGTGGAGAGGCATGGACGTCT
TGATTTTCAACGGTTGGCATTAGTGGACCCATATCGATCACATCCAGACATACATGGAAG
ATGGGACAGATTGTACAAAGACATGAACAGACTGGTCGCTTATTACAAAGGGATGACCAC
TTGGCTCGATGGGTTAATGCATTTGTCAACCCATTTAAGACCAAGGTTTTTTTCAATGGC
GTTTTTCCTGTTCACCGATGGAGGGGATTGGGGAGAGCCAATGAAGTCATGTAAGAGTCG
CACACAGCCATTTTACGGGAGGAAATATTCAGGGGGGTCACCTGTTGCTTGGGTGATTTT
TAACAAAGTGATGAGGAGATTGAAGAAACCGGTCTATTTCAGCGCCGTAAAGATACTCAT
CCTTGTGCTTACATTGGAACCATCCTGGTTATGATTGTAGCCACTGGTATTTTCCTGGTT
TACCTGATTCCTGGAATGTACTCTTTTACTTTGCTCTTTTTTCTTGAAGTTTCTTTTGTC
CTATCATCAATGTATAGGTTACTGAATAACAGTCTATTTCTGTAGTTACCTTTGAATTGT
TGTCGCTTT


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AF RR3BO21TF U 1
AF RR3BO21JQ C 599
BS 1 751 RR3BO21TF
BS 752 1209 RR3BO21JQ

RD RR3BO21TF 751 0 0
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GCTGTCTGACCTCTCTCGATGCCACTGCGTCTCTGACTCCGCCACTGCACCTCCGCTACT
CTGCGTTGTACCCTCGCGAGATCTCTGCTCATGTCTCTCTATCTCCATTGCCGTCTCTAT
CAATTTTTGAATAATCAAAGGGTGAAGACGAACCAGAAAAACGATGCGGTGTGGAGGAGC
AGAGAGGAGTGCGGAGGAAGAGAGAAGAGGCTGTACAGAGGATTACCACCGCTGAGCCAG
ACTAATCTGGGTATTGTTTGAGTTTTACTAGATTTTGCTCTTATTTGAAATTACCATTTT
TGCAGGTTTGTGATTTGAGGATGATGGGTTATATATAGTTTATGCTGGAAAAAGACGATG
GTTGAGTGACATTTTTTGTGGTTCATGGCAAGAGACAGTGATATACAGAAAAAGGAAAAT
GGAAAGTGTAGCCATACCAGAGCATTCGATCAAACTCCTCCCTGTTACACAGCCTGGAGT
ATTTGATCTGGTGGGTTATGTCATCTCCGCCGGGGAAGGGAAACCATACCAGAGCGTCTT
CTACAATGGAATCATTGAGGTAGTTAAGCAAGGAAAAATTGTGGAGAGGCATGGACGTCT
TGATTTTCAACGGTTGGCATTAGTGGACCCATATCGATCACATCCAGACATACATGGAAG
ATGGGACAGATTGTACAAAGACATGAACAGA

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3BO21JQ 611 0 0
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CTTGATTTTCAACGGTTGGCATTAGTGGACCCATATCGATCACATCCAGACATACATGGA
AGATGGGACAGATTGTACAAAGACATGAACAGACTGGTCGCTTATTACAAAGGGATGACC
ACTTGGCTCGATGGGTTAATGCATTTGTCAACCCATTTAAGACCAAGGTTTTTTTCAATG
GCGTTTTTCCTGTTCACCGATGGAGGGGATTGGGGAGAGCCAATGAAGTCATGTAAGAGT
CGCACACAGCCATTTTACGGGAGGAAATATTCAGGGGGGTCACCTGTTGCTTGGGTGATT
TTTAACAAAGTGATGAGGAGATTGAAGAAACCGGTCTATTTCAGCGCCGTAAAGATACTC
ATCCTTGTGCTTACATTGGAACCATCCTGGTTATGATTGTAGCCACTGGTATTTTCCTGG
TTTACCTGATTCCTGGAATGTACTCTTTTACTTTGCTCTTTTTTCTTGAAGTTTCTTTTG
TCCTATCATCAATGTATAGGTTACTGAATAACAGTCTATTTCTGTAGTTACCTTTGAATT
GTTGTCGCTTT

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL6026Contig1 346 2 2 U
TGGCGCGATAATGCTACTGGACTACATGTTGAATATGATCAGCGTCCTGATGTGTTTAGA
GGAACGGTACGTTATGCAAGCGTACACGCTCATCTTGGCAGAACTTGTAGTCGGAGGGAT
GACCTGGAATCTCTTGCTTACACTCTTGTTTTCCTTCTTCGAGGCAGGCTTCCATGGCAA
GGGTACCAGGGAGAGAACAAAGGCTTCCTTGTTTGCAAGAAGAAGATGGCCACTTCCCCA
GAAACTCTTTGCTGCTTTTGCCCCCAACCTTTCCGTGAATTTGTTGAATATGTGGTCAAT
TTGAAGTTTGATGAGGAGCCTGACTATGCTAAGTATATCTCCCTTT


BQ
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AF RR3D787TF U 1
AF RR3D787JQ C 42
BS 1 198 RR3D787TF
BS 199 346 RR3D787JQ

RD RR3D787TF 198 0 0
TGGCGCGATAATGCTACTGGACTACATGTTGAATATGATCAGCGTCCTGATGTGTTTAGA
GGAACGGTACGTTATGCAAGCGTACACGCTCATCTTGGCAGAACTTGTAGTCGGAGGGAT
GACCTGGAATCTCTTGCTTACACTCTTGTTTTCCTTCTTCGAGGCAGGCTTCCATGGCAA
GGGTACCAGGGAGAGAAC

QA 1 198 1 198
DS 

RD RR3D787JQ 305 0 0
GCGTCCTGATGTGTTTAGAGGAACGGTACGTTATGCAAGCGTACACGCTCATCTTGGCAG
AACTTGTAGTCGGAGGGATGACCTGGAATCTTTTGCTTACACTCTTGTTTTCCTTCTTCG
AGGCAGGCTTCCATGGCAAGGGTACCAGGGAGAGAACAAAGGCTTCCTTGTTTGCAAGAA
GAAGATGGCCACTTCCCCAGAAACTCTTTGCTGCTTTTGCCCCCAACCTTTCCGTGAATT
TGTTGAATATGTGGTCAATTTGAAGTTTGATGAGGAGCCTGACTATGCTAAGTATATCTC
CCTTT

QA 1 305 1 305
DS 



AS 1 2

CO CL6027Contig1 1424 2 4 U
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CCGAAAGGCTCGTCCTTTATTTTCTCCGACACAAACAACCGGAACCGTCGTTAGGAGAGT
AATGGGTTACATAGGAGCACATGGTGTAGCAGCTCTTCATAGGTACAAATACAGTGGAGT
GGATCACTCTTATCTTGCCAAATACCTTCTCAACCCTTTTTGGACTCGTTTTGTCAAAGT
CTTCCCTCTATGGATGCCACCAAACATGATAACGCTTATGGGGTTCATGTTTCTAGTCAC
ATCTTCACTCCTAGGATACATATATTCACCTCAGTTGGATTCTCCTCCTCCACGATGGGT
GCACTTCGCACATGGTTTGCTTCTTTTCTTGTATCAGACATTTGATGCGGTTGATGGGAA
GCAAGCAAGAAGAACGAACTCCTCCAGCCCCCTAGGAGAGCTTTTTGATCATGGTTGTGA
TGCACTTGCTTGTGCGTTTGAAGCCATGGCGTTTGGAAGCACTGCAATGTGTGGAAGAGA
TACTTTCTGGTTCTGGGTTATTTCAGCTATTCCCTTCTATGGAGCTACATGGGAACATTA
TTTCACCAACACACTTATTCTTCCGGTCATTAATGGACCTACAGAGGGTCTTGCACTTAT
CTATGTCAGCCTCTTCTTCACAGCCCTTGTCGGTGCTGAATGGTGGGCTCAGCAGTTAGG
GGAGTCCATAACCTTGTTTAGTTGGGTGCCATTTGTGAATGCCATCCAAACTTCAAGATC
AGTACTATGCATGATGATCGCTTTTGCTGTTATACCAACCGTTGCATTCAATGTGTCAAA
TGTCTATAAAGTTGTTCAATCAAGAAAAGGGAGCATGGTGCTAGCATTAGCTATGCTGTA
TCCTTTCGTGGTTCTTCTTGGAGGTGTTTTGATATGGGATTACTTGTCTCCAATCAATCT
CATAGCAACATACCCTCACTTAGTTGTACTTGGAACTGGACTTGCCTTTGGATTCCTAGT
GGGAAGAATGATTCTTGCTCATTTGTGTGATGAGCCTAAAGGATTGAAAACAAACATGTG
CTTGTCTCTAGTCTATCTTCCTTTTGCACTTGCAAACGCTCTAACCGCAAGATTGAATGC
TGGGGTTCCTCTAGTCGACGAGTTATGGGTTCTTCTTGGCTACTGCATATTCACAGTGTC
GTTATACTTGCACTTTGCCACATCGGTCATACATGAGATCACCGCGGCTCTTGGAATCTA
CTGCTTCAGGATCACGAAGAAGCTTGAAAAGAAACCCTGAGGGTAATGTTAATTGTTTTG
TGTGGACCGTTTGATCAATACGGAGAATGATCAATTACGTTTCGTTTACAAGCCTTTGAG
GTGTTTGTTGACATTTGACCTTTTGTGATACAAATGAGTTAACC


BQ
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AF RR3AP38TF U 1
AF RR3AP38JQ C 673
BS 1 810 RR3AP38TF
BS 811 811 RR3AP38JQ
BS 812 830 RR3AP38TF
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AATGGGTTACATAGGAGCACATGGTGTAGCAGCTCTTCATAGGTACAAATACAGTGGAGT
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GCAAGCAAGAAGAACGAACTCCTCCAGCCCCCTAGGAGAGCTTTTTGATCATGGTTGTGA
TGCACTTGCTTGTGCGTTTGAAGCCATGGCGTTTGGAAGCACTGCAATGTGTGGAAGAGA
TACTTTCTGGTTCTGGGTTATTTCAGCTATTCCCTTCTATGGAGCTACATGGGAACATTA
TTTCACCAACACACTTATTCTTCCGGTCATTAATGGACCTACAGAGGGTCTTGCACTTAT
CTATGTCAGCCTCTTCTTCACAGCCCTTGTCGGTGCTGAATGGTGGGCTCAGCAGTTAGG
GGAGTCCATAACCTTGTTTAGTTGGGTGCCATTTGTGAATGCCATCCAAACTTCAAGATC
AGTACTATGCATGATGATCGCTTTTGCTGT*ATACCAACCGTTGCATTCA
TGT

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DS 

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CTTCTTCACAGCCCTTGTCGGTGCTGAATGGTGGGCTCAGCAGTTAGGGGAGTCCATAAC
CTTGTTTAGTTGGGTGCCATTTGTGAATGCCATCCAAACTTCAAGATCAGTACTATGCAT
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TGTTCAATCAAGAAAAGGGAGCATGGTGCTAGCATTAGCTATGCTGTATCCTTTCGTGGT
TCTTCTTGGAGGTGTTTTGATATGGGATTACTTGTCTCCAATCAATCTCATAGCAACATA
CCCTCACTTAGTTGTACTTGGAACTGGACTTGCCTTTGGATTCCTAGTGGGAAGAATGAT
TCTTGCTCATTTGTGTGATGAGCCTAAAGGATTGAAAACAAACATGTGCTTGTCTCTAGT
CTATCTTCCTTTTGCACTTGCAAACGCTCTAACCGCAAGATTGAATGCTGGGGTTCCTCT
AGTCGACGAGTTATGGGTTCTTCTTGGCTACTGCATATTCACAGTGTCGTTATACTTGCA
CTTTGCCACATCGGTCATACATGAGATCACCGCGGCTCTTGGAATCTACTGCTTCAGGAT
CACGAAGAAGCTTGAAAAGAAACCCTGAGGGTAATGTTAATTGTTTTGTGTGGACCGTTT
GATCAATACGGAGAATGATCAATTACGTTTCGTTTACAAGCCTTTGAGGTGTTTGTTGAC
ATTTGACCTTTTGTGATACAAATGAGTTAACC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

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CCCAAAAAATGGCCGAGCTTGAGAATCCAGGAGTAATGCCGAAGCTAATAGCCTTCTTAT
CCTCATTGCTAGAACGAGTTGCGGAGTCCAACGATCTTCAACGCCAAGTCGCTACTCAGT
CACAGAGGGTTTCCGTGTTCCACGGTTTGAGTTTACCTTCCATTACGATTCAGAGCTACC
TGGAGAGGATTTTCAAATACGCTCATTGTAGCCGTTCGTGCTTCGTCGTGGCTTACGTTT
ATCTCGACCGCTTCACTCACAGGCAACCTTCCCTTCCCATCAATTCCCTTAACGTTCATC
GTCTCCTCATTACAAGCGTCATGGTCGCTGCTAAATTCCTCGATGATCGGTAAGTTTATT
CGTTCTTTATAATTGAAATCGAATGTTTTTGAGTCGAGGGTCGAGCTCAGAATTGAATAT
CACAGTCTCACAGATAATGAATGATGATCAGTCAATTCCCCTGTTTCTGAAATGCTCTGT
TTCTCTCTGTTTTTGTATGAATCTCAAGATGGCTGCTCTGTTTCTCTCTGTTTTAGTCTT
AGTCTCAAGATGGCTGCTCTGTTTTTCCTCTGAAATGGATCTTTGGACCTTATGTTATAT
ACTAATAAAGTTTCGAATTTGATATAAATGATTTGATTTTCTGAAACAGGTACTACAACA
ATGCGTATTACGCGAAATTGGGAGGGATAAGCACGAAAGAGATGAATCTTCTGGAGCTTG
ATTTCTTATTCGGGTTAGGTTTTGATTTGAACGTGACGCCAGATACATTCCACGCCTACT
TCTCATATCTTCAAAAGGAAATGACTCTTCTTCAATCTCACTCTCTCCTTCTTGGTCCAC
CAAGACCTGTTATTACCTTCAGTGACGAAGAAGCTTCTCATCAGAAACAACAACAGCTCG
CTGTTTGATTTTCACAAGATTTTTCTTCTCTTTTTTTTAATGAATTTGTGTAGCTGTATA
GTGTAGAGATTTGTCGGCAGGAACGTGTCTTAATCAATCAAGCCAGTAAGTTCAATATGA
TAATGCATCATTACAGACTGGCTTGGCTAAAGAATTGTAAAATGTCACTATTACTAATAA
ACCCTAAACTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR94TF U 1
AF RR3BR94JQ C 622
BS 1 676 RR3BR94TF
BS 677 677 RR3BR94JQ
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BS 710 710 RR3BR94JQ
BS 711 744 RR3BR94TF
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RD RR3BR94TF 744 0 0
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CCCAAAAAATGGCCGAGCTTGAGAATCCAGGAGTAATGCCGAAGCTAATAGCCTTCTTAT
CCTCATTGCTAGAACGAGTTGCGGAGTCCAACGATCTTCAACGCCAAGTCGCTACTCAGT
CACAGAGGGTTTCCGTGTTCCACGGTTTGAGTTTACCTTCCATTACGATTCAGAGCTACC
TGGAGAGGATTTTCAAATACGCTCATTGTAGCCGTTCGTGCTTCGTCGTGGCTTACGTTT
ATCTCGACCGCTTCACTCACAGGCAACCTTCCCTTCCCATCAATTCCCTTAACGTTCATC
GTCTCCTCATTACAAGCGTCATGGTCGCTGCTAAATTCCTCGATGATCGGTAAGTTTATT
CGTTCTTTATAATTGAAATCGAATGTTTTTGAGTCGAGGGTCGAGCTCAGAATTGAATAT
CACAGTCTCACAGATAATGAATGATGATCAGTCAATTCCCCTGTTTCTGAAATGCTCTGT
TTCTCTCTGTTTTTGTATGAATCTCAAGATGGCTGCTCTGTTTCTCTCTGTTTTAGTCTT
AGTCTCAAGATGGCTGCTCTGTTTTTCCTCTGAAATGGATCTTTGGACCTTATGTTATAT
ACTAATAAAGTTTCGA*TTTGATATAAATGATTTGATTTTCTGAAACAG*TACTACAACA
ATGCGTATTACGCGAAATTGGGAG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3BR94JQ 530 0 0
TTTTTCCTCTGAAATGGATCTTTGGACCTTATGTTATATACTAATAAAGTTTCGAATTTG
ATATAAATGATTTGATTTTCTGAAACAGGTACTACAACAATGCGTATTACGCGAAATTGG
GAGGGATAAGCACGAAAGAGATGAATCTTCTGGAGCTTGATTTCTTATTCGGGTTAGGTT
TTGATTTGAACGTGACGCCAGATACATTCCACGCCTACTTCTCATATCTTCAAAAGGAAA
TGACTCTTCTTCAATCTCACTCTCTCCTTCTTGGTCCACCAAGACCTGTTATTACCTTCA
GTGACGAAGAAGCTTCTCATCAGAAACAACAACAGCTCGCTGTTTGATTTTCACAAGATT
TTTCTTCTCTTTTTTTTAATGAATTTGTGTAGCTGTATAGTGTAGAGATTTGTCGGCAGG
AACGTGTCTTAATCAATCAAGCCAGTAAGTTCAATATGATAATGCATCATTACAGACTGG
CTTGGCTAAAGAATTGTAAAATGTCACTATTACTAATAAACCCTAAACTT

QA 1 530 1 530
DS 



AS 1 2

CO CL6029Contig1 1306 2 4 U
GCAAAGACCATCCGACTCCATACTTCCCAATCGTCCATAAGAATAACCAAAAGTAGTGTG
GTGAATTGGTTCAGGCAAATTATAAACCATTGCTGTAAAATTAGCCAATAAATTCGAGTG
TATACTTGTGAATTTATTGATGTATCACCATGAATCGACCAGATCGACCAGCATATGTAA
TGCAGCTAATGGAAAGATCGACCAGCATATGATAGTAACATAAAACGTGTGGTCAAATAC
CAAATGAAGTATATGGGACTAATGAATGTCTACACATCAGTAAAGAAAGAAAGGAACCAA
TCATCATAAGAGTGGTCGAGGTTTATGGTCCGACCAAGTTCCACCAAAGTATAAGGTGGA
CCACACCATATAATTGCAGTATCATATTCGGACCATATCATTATATCAGGCTGCAATACC
TTAGCCATATATGAGTATATTGGCGTGTGATGACAAGGTCTATGAATTAACATGTATGTT
TTCGAAAACATAGCATTGTCTACGACAAAATGAAAGAAGTCATGAGACATCATCCAGAGA
TAGTGATCAGAAGAATGTCTGAGTCAATAATAAAATGAAAGTGTCCACGGTATGGCAAAG
CCATGAGACTAGAGGAACCGTGGGACATGAGAGGACCTGCAAGAAAGATTTAATCGCAGG
ATAGAGGTACATCCCAAGTACCGGTCGAGTACTATCCGAGTACTGATTGAGCATCATCCA
TCCGACCAGAACATGAAGACATTGTCGAGTGGTCAGCATCAAAGGAGCACGTCTTGACCA
TGTCCAAATGAAGTTCCAGAAGGCCGGCGAAATTACAAAGTATTACAAGAAGCTCATCGA
CCAGATAGGAATGCATCGTCCAAAGATCTTCAGTGATGCATTCATCAGGGGAAGTTCATG
TGTTGTACTCTTTTTCCTTATCCATGGTTTTGTCCCACTGGGTTTTCCTGGAAAGGTTTT
AATGAGGCAACATCAAAAGCATGAATGAACCCTGAACCAGGTGTGTCGATCAAGGGGGAG
TGTTATGTACCGATATATATGATGGACATATTCTATTTCATCATTATCTACTTCTAGTTT
GGTGTTTATCTTATAGTTAGGATAACTACATGTATCACGTATATATACGACTGTTTAGTC
GATGATCAAAGTAATCTTTCTCATTCATTATTCAACACATATCAAATTTGTATCCCGCAA
AAGACAAACCATGATGATACATAAAACTGAAGAAGCATTTGTCATAATTTCCGAAAGTAC
CCTCCGATCCACCATTGAGTTTACCAAAACAAGACTCTGAATTCTC


BQ
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AF RR3A670TF U 1
AF RR3A670JQ C 641
BS 1 674 RR3A670TF
BS 675 675 RR3A670JQ
BS 676 798 RR3A670TF
BS 799 1306 RR3A670JQ

RD RR3A670TF 798 0 0
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GTGAATTGGTTCAGGCAAATTATAAACCATTGCTGTAAAATTAGCCAATAAATTCGAGTG
TATACTTGTGAATTTATTGATGTATCACCATGAATCGACCAGATCGACCAGCATATGTAA
TGCAGCTAATGGAAAGATCGACCAGCATATGATAGTAACATAAAACGTGTGGTCAAATAC
CAAATGAAGTATATGGGACTAATGAATGTCTACACATCAGTAAAGAAAGAAAGGAACCAA
TCATCATAAGAGTGGTCGAGGTTTATGGTCCGACCAAGTTCCACCAAAGTATAAGGTGGA
CCACACCATATAATTGCAGTATCATATTCGGACCATATCATTATATCAGGCTGCAATACC
TTAGCCATATATGAGTATATTGGCGTGTGATGACAAGGTCTATGAATTAACATGTATGTT
TTCGAAAACATAGCATTGTCTACGACAAAATGAAAGAAGTCATGAGACATCATCCAGAGA
TAGTGATCAGAAGAATGTCTGAGTCAATAATAAAATGAAAGTGTCCACGGTATGGCAAAG
CCATGAGACTAGAGGAACCGTGGGACATGAGAGGACCTGCAAGAAAGATTTAATCGCAGG
ATAGAGGTACATCC*AAGTACCGGTCGAGTACTATCCGAGTACTGATTGAGCATCATCCA
TCCGACCAGAACATGAAGACATTGTCGAGTGGTCAGCATCAAAGGAGCACGTCTTGACCA
TGTCCAAATGAAGTTCCA

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3A670JQ 666 0 0
AAGAAAGATTTAATCGCAGGATAGAGGTACATCCCAAGTACCGGTCGAGTACTATCCGAG
TACTGATTGAGCATCATCCATCCGACCAGAACATGAAGACATTGTCGAGTGGTCAGCATC
AAAGGAGCACGTCTTGACCATGTCCAAATGAAGTTCCAGAAGGCCGGCGAAATTACAAAG
TATTACAAGAAGCTCATCGACCAGATAGGAATGCATCGTCCAAAGATCTTCAGTGATGCA
TTCATCAGGGGAAGTTCATGTGTTGTACTCTTTTTCCTTATCCATGGTTTTGTCCCACTG
GGTTTTCCTGGAAAGGTTTTAATGAGGCAACATCAAAAGCATGAATGAACCCTGAACCAG
GTGTGTCGATCAAGGGGGAGTGTTATGTACCGATATATATGATGGACATATTCTATTTCA
TCATTATCTACTTCTAGTTTGGTGTTTATCTTATAGTTAGGATAACTACATGTATCACGT
ATATATACGACTGTTTAGTCGATGATCAAAGTAATCTTTCTCATTCATTATTCAACACAT
ATCAAATTTGTATCCCGCAAAAGACAAACCATGATGATACATAAAACTGAAGAAGCATTT
GTCATAATTTCCGAAAGTACCCTCCGATCCACCATTGAGTTTACCAAAACAAGACTCTGA
ATTCTC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL6030Contig1 1229 2 2 U
GGAACATATGCGAACTGTTGTGCTTTTGCATAATGCAAGATTTATCTAGAACGAGATGCA
GTTTTCTCCAGAACAACGTGACTGAAAAGGTCTTGCATCTCACACGGAGAAAGGAAAGAT
ACCTAGTGGTTGCTGCTATTCGATTTGTCCGTACTCTCCTATATGTGCATGATGATTGTG
TCCAGAGTTACGTTGTTAAGAACAACGTTCTGAAACCGATTATGGATGTCTTCATTGCCA
ATGGGAACCGGTACAATCTGCTGAACTCTGCAGTCTTGGATCTACTTGAGCACATACGCA
AGGGAAATGCGACTCTGTTGCTCAAATACATAGTTGATACGTTCTGGGACCAGTTGGCCT
CGTTTCAGTGCTTGACCTCCATCCAGGCTTTCAAGCTCAAGTATGAACAGTGCTTAGAAC
GTGCCGAACCGAAAAGCGCAGCCGATGCGGTTGATCCGAGAAGAAGAGTTGAGGAGCGTG
CATTGGATAAAGAGGAGGAAGATTATTTCAATGAAGAGAGCGATGAAGAAGATTCTGCAT
CTGCTTCTAATACACAAAAGGAAAAACCTGATTCTAAGACACAGAAAGATGAAGCAAAGC
CTCATCTTCCAAATGGAGTGGATGCAAGCCCTTCTTCTTCTTCCAGCACGAGATCTGGAG
GCTTGGTTGACTATGAGGACGATGAAGATGATGAAGACTATAAGCCTCCTCCACGGAAGC
AGCCAGAGGAGGACGAAGACGAGCTCCTTAGGCTGAAACGAAAATCCCCTTTGGTGGAAA
GAGAACAAGAGCCATCCAAAAAACCAAGGCTGGGTAAAAGAGAGAATGTGTTTACTGTGT
TGTGCTCGACGCTGAGCCATGCAGTGCTAACGGGTAAGAAGAGTCAAGGCGCCACTGGAT
CTGCCGCCAAGGAACCTGAGGCATCGAGAAGTAGTGAAGAGAATAATAGAAGCAGTTCAG
ATGATGAAAGCCATAAGGAGGATGATGGATTTTGCTGTTGTGAAGAGGGAACATCATCGG
AGAATGGAAAGCTAAATGCGGAAGAATCCGTGGTAGTAACTCAAAAATCATCACCACCTG
AAATGGCTGTGAATGGCGGTGCAGCCACACTATAAATTTTTGAATTTTTAGTATTTTTAT
TTGAAATGGAAAATGTAGTAGGCCTACAAAATGTAAGCTCTCAACAAGCTAACATTCCTT
TTGGTATTTTATGTTTTTATTTGAAATGG


BQ
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AF RR3F888TF U 1
AF RR3F888JQ C 545
BS 1 697 RR3F888TF
BS 698 1229 RR3F888JQ

RD RR3F888TF 697 0 0
GGAACATATGCGAACTGTTGTGCTTTTGCATAATGCAAGATTTATCTAGAACGAGATGCA
GTTTTCTCCAGAACAACGTGACTGAAAAGGTCTTGCATCTCACACGGAGAAAGGAAAGAT
ACCTAGTGGTTGCTGCTATTCGATTTGTCCGTACTCTCCTATATGTGCATGATGATTGTG
TCCAGAGTTACGTTGTTAAGAACAACGTTCTGAAACCGATTATGGATGTCTTCATTGCCA
ATGGGAACCGGTACAATCTGCTGAACTCTGCAGTCTTGGATCTACTTGAGCACATACGCA
AGGGAAATGCGACTCTGTTGCTCAAATACATAGTTGATACGTTCTGGGACCAGTTGGCCT
CGTTTCAGTGCTTGACCTCCATCCAGGCTTTCAAGCTCAAGTATGAACAGTGCTTAGAAC
GTGCCGAACCGAAAAGCGCAGCCGATGCGGTTGATCCGAGAAGAAGAGTTGAGGAGCGTG
CATTGGATAAAGAGGAGGAAGATTATTTCAATGAAGAGAGCGATGAAGAAGATTCTGCAT
CTGCTTCTAATACACAAAAGGAAAAACCTGATTCTAAGACACAGAAAGATGAAGCAAAGC
CTCATCTTCCAAATGGAGTGGATGCAAGCCCTTCTTCTTCTTCCAGCACGAGATCTGGAG
GCTTGGTTGACTATGAGGACGATGAAGATGATGAAGA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3F888JQ 685 0 0
TTCTAATACACAAAAGGAAAAACCTGATTCTAAGACACAGAAAGATGAAGCAAAGCCTCA
TCTTCCAAATGGAGTGGATGCAAGCCCTTCTTCTTCTTCCAGCACGAGATCTGGAGGCTT
GGTTGACTATGAGGACGATGAAGATGATGAAGACTATAAGCCTCCTCCACGGAAGCAGCC
AGAGGAGGACGAAGACGAGCTCCTTAGGCTGAAACGAAAATCCCCTTTGGTGGAAAGAGA
ACAAGAGCCATCCAAAAAACCAAGGCTGGGTAAAAGAGAGAATGTGTTTACTGTGTTGTG
CTCGACGCTGAGCCATGCAGTGCTAACGGGTAAGAAGAGTCAAGGCGCCACTGGATCTGC
CGCCAAGGAACCTGAGGCATCGAGAAGTAGTGAAGAGAATAATAGAAGCAGTTCAGATGA
TGAAAGCCATAAGGAGGATGATGGATTTTGCTGTTGTGAAGAGGGAACATCATCGGAGAA
TGGAAAGCTAAATGCGGAAGAATCCGTGGTAGTAACTCAAAAATCATCACCACCTGAAAT
GGCTGTGAATGGCGGTGCAGCCACACTATAAATTTTTGAATTTTTAGTATTTTTATTTGA
AATGGAAAATGTAGTAGGCCTACAAAATGTAAGCTCTCAACAAGCTAACATTCCTTTTGG
TATTTTATGTTTTTATTTGAAATGG

QA 1 685 1 685
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6032Contig1 813 2 2 U
CGGATTCTTTAGTGACGGCGATATACAGTTGGTTCACACCGACAGTACTATTCATCTTCC
TCAACTTAATAATTGGTACCATTGCGATTACCTCCTCTCTATCTTCTTCTTCTTCCAAAT
CCAGCGACCACCAATCTCAGATCCAACGCTCTCCTTCCGTGATTCACCGTCTCAAGTCCA
TAAACTTCTCCTCTTTCACTTCCCCACCCGACAAAACTCATCTCCAGTTCCCTCCTGTCC
CAACAACTCCAGACGAACCACCAGCTTCCATCGAACAGAACCAGCCTTTTCTCTCTAGAT
CTCCTTCCGTTCTCCACCGAATCAAATCTTTCAACCTCTACAATTACATTTCTCAAGAAC
CCATCACCGTCGCCGAATCACCGCCGGCGTCGGCGCCGGCGTCTGTCCCCGCCGTCGAGG
AAGAGGAAGAGACTGGTCCGAGCCTCGAAGAGGTTTACAGTAAGCTGAATCTGAACCATG
TGGCTAGGACGAAGTCCGACACCGAGCCGGCTGCTGGAGCTCTCCCACCGAAACTCCCCA
AGAAGATGAGCAAGTGGACGCCAAAGCTGACGATTTCATCAATCGTTTCAAGCATCAGCT
GAAGTTGCAGAGGATTGATTCCATCACCAAGTACAAGGAGATGGTCAAGAAAAGAAACGA
CAAGTGAGAGAAAAGAGAATCACGGGGGGTCTGTTTCTTAATTATGTATTAATTTTGAGG
ACTGTTTTTATAAATTACCTGGTTGTATTCTCAATTTCATGTAATGGTTTTTTTTTTCAG
TGTGCTTATGCAATTTGTGACCTGTGACCGCTC


BQ
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AF RR3DD01TF U 1
AF RR3DD01JQ C 474
BS 1 619 RR3DD01TF
BS 620 813 RR3DD01JQ

RD RR3DD01TF 619 0 0
CGGATTCTTTAGTGACGGCGATATACAGTTGGTTCACACCGACAGTACTATTCATCTTCC
TCAACTTAATAATTGGTACCATTGCGATTACCTCCTCTCTATCTTCTTCTTCTTCCAAAT
CCAGCGACCACCAATCTCAGATCCAACGCTCTCCTTCCGTGATTCACCGTCTCAAGTCCA
TAAACTTCTCCTCTTTCACTTCCCCACCCGACAAAACTCATCTCCAGTTCCCTCCTGTCC
CAACAACTCCAGACGAACCACCAGCTTCCATCGAACAGAACCAGCCTTTTCTCTCTAGAT
CTCCTTCCGTTCTCCACCGAATCAAATCTTTCAACCTCTACAATTACATTTCTCAAGAAC
CCATCACCGTCGCCGAATCACCGCCGGCGTCGGCGCCGGCGTCTGTCCCCGCCGTCGAGG
AAGAGGAAGAGACTGGTCCGAGCCTCGAAGAGGTTTACAGTAAGCTGAATCTGAACCATG
TGGCTAGGACGAAGTCCGACACCGAGCCGGCTGCTGGAGCTCTCCCACCGAAACTCCCCA
AGAAGATGAGCAAGTGGACGCCAAAGCTGACGATTTCATCAATCGTTTCAAGCATCAGCT
GAAGTTGCAGAGGATTGAT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3DD01JQ 340 0 0
AACCATGTGGCTAGGACGAAGTCCGACACCGAGCCGGCTGCTGGAGCTCTCCCACCGAAA
CTCCCCAAGAAGATGAGCAAGTGGACGCCAAAGCTGACGATTTCATCAATCGTTTCAAGC
ATCAGCTGAAGTTGCAGAGGATTGATTCCATCACCAAGTACAAGGAGATGGTCAAGAAAA
GAAACGACAAGTGAGAGAAAAGAGAATCACGGGGGGTCTGTTTCTTAATTATGTATTAAT
TTTGAGGACTGTTTTTATAAATTACCTGGTTGTATTCTCAATTTCATGTAATGGTTTTTT
TTTTCAGTGTGCTTATGCAATTTGTGACCTGTGACCGCTC

QA 1 340 1 340
DS 



AS 1 2

CO CL6033Contig1 712 2 4 U
TTCCTGGATTGGTGAATGTGGATTTTGCGGATGTGAGGGCTATAATGGCGAATGCAGGTT
CTTCGTTGATGGGAATAGGAACTGCAACAGGAAAGACTCGAGCAAGAGATGCTGCATTAA
ATGCGATACAGTCACCATTGCTAGATATTGGCATTGAGAGAGCCACTGGAATTGTTTGGA
ACATAACTGGTGGTACTGACTTAACCTTGTTCGAGGTAAATGCAGCTGCGGAAGTGATAT
ATGACCTTGTTGATCCTACAGCAAATCTTATATTCGGTGCTGTGGTTGATCCATCCTTCA
GTGGTCAAGTAAGCATTACCCTAATAGCAACGGGCTTCAAACGCCAAGAAGAAGGAGAAG
GGAGGCCCCTTCAGGCGACACAAGCAGATGCATCATCATCAATGGGAGTAACAACAAGAC
GTCCTTCTTCTTCATCTTTCAGTGAAGGCAGTTCCATAGAGATCCCAGAGTTCTTGAAGA
AGAAAGGCCGCTCTCGCTATCCTCGCCTCTAATTACCTCATCTCGTATAAGTAATTGCCT
CGCTTGGTGATTCATTGATAGGTGTTAGAAATGGTGTTTTTTTGTTGACTATAATATTTC
ACAATAACAATAAAATGTTTATTGACATATGGTATTATAAATCTCTGTCTCTGTCACACT
TGTTTCAAGAGGTCGCCTTCTATGGGTGAAAATGTTTTTTAAATAAAAAAAA


BQ
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AF RR3DE13TF U 1
AF RR3EF93TF U 158
BS 1 224 RR3DE13TF
BS 225 225 RR3EF93TF
BS 226 307 RR3DE13TF
BS 308 712 RR3EF93TF

RD RR3DE13TF 307 0 0
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CTTCGTTGATGGGAATAGGAACTGCAACAGGAAAGACTCGAGCAAGAGATGCTGCATTAA
ATGCGATACAGTCACCATTGCTAGATATTGGCATTGAGAGAGCCACTGGAATTGTTTGGA
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ATGACCTTGTTGATCCTACAGCAAATCTTATATTCGGTGCTGTGGTTGATCCATCCTTCA
GTGGTCA

QA 1 307 1 307
DS 

RD RR3EF93TF 555 0 0
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TGCTGTGGTTGATCCATCCTTCAGTGGTCAAGTAAGCATTACCCTAATAGCAACGGGCTT
CAAACGCCAAGAAGAAGGAGAAGGGAGGCCCCTTCAGGCGACACAAGCAGATGCATCATC
ATCAATGGGAGTAACAACAAGACGTCCTTCTTCTTCATCTTTCAGTGAAGGCAGTTCCAT
AGAGATCCCAGAGTTCTTGAAGAAGAAAGGCCGCTCTCGCTATCCTCGCCTCTAATTACC
TCATCTCGTATAAGTAATTGCCTCGCTTGGTGATTCATTGATAGGTGTTAGAAATGGTGT
TTTTTTGTTGACTATAATATTTCACAATAACAATAAAATGTTTATTGACATATGGTATTA
TAAATCTCTGTCTCTGTCACACTTGTTTCAAGAGGTCGCCTTCTATGGGTGAAAATGTTT
TTTAAATAAAAAAAA

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 2

CO CL6034Contig1 966 2 2 U
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ATTCTTTCTTTCATAACATCATCAATCTAAAGATCGACAATAGGAAAGTGGGATCTCTGA
GAATGGTTAAACTATCAACCCTAGGAAAGGTCCCTACGACCATCATGTTGTTGATGGTGA
TGGTTGATGTTTTGGTTGGGGCATTAGACAATAACGTGGTGTACAGTCCATGTTCAGACA
CTCAAATAAGCAAAGGAGATGGTTTCACCATAGGTGTTGCCATCTCAAGCAAAGAAGCTT
TCTTCCTTGACCAAATCCAGCTTTCCCCTTGTGATTCTCGTCTTGGTTTATCTGCGAAAA
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ACGCAGCAAGATCTTATCCTGTGAAGGTCGCTGATGGAAGCCACACCATCACATCTTTCA
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TCTAAATAGGGGTTTTTTAACTTCCATCGCTTAAACAAATAACTTGCCATCCAAGTTTTC
CAAACC


BQ
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AF RR3FX68TF U 1
AF RR3FX68JQ C 626
BS 1 773 RR3FX68TF
BS 774 966 RR3FX68JQ

RD RR3FX68TF 779 0 0
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ATTCTTTCTTTCATAACATCATCAATCTAAAGATCGACAATAGGAAAGTGGGATCTCTGA
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TGGTTGATGTTTTGGTTGGGGCATTAGACAATAACGTGGTGTACAGTCCATGTTCAGACA
CTCAAATAAGCAAAGGAGATGGTTTCACCATAGGTGTTGCCATCTCAAGCAAAGAAGCTT
TCTTCCTTGACCAAATCCAGCTTTCCCCTTGTGATTCTCGTCTTGGTTTATCTGCGAAAA
AGGCGGAGCTGGCCCTTTTTAGACCTAAGGTGGACGAGATCTCTCTTCTCTCCATCGACA
CAAGTAAGTTTAACCCGAGTGAAGCAGGAGGACACATGGTTGGGTTCGCAGGCTCGAAAT
ACGCAGCAAGATCTTATCCTGTGAAGGTCGCTGATGGAAGCCACACCATCACATCTTTCA
CACTTGTGCTGGAGTTTCAGAAGGGAGTGTTGCAGAATCTGTTCTGGAACAACTTCGGAT
GCGACTCGTGCAGAGGAGGATCTTCTTCCGTGTGTCTGAATGGGACGGATTGTGCGGTTC
CAACATCAAAATGCAAGGGTAATGGAGGTGGTGAGGCTAATTGCAACATCGGGATACACG
TTGCGTTTTCAGGGACAGACATGAACCTTGGGTCATTGAACTCATGGTACGAG
TGAAGA

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3FX68JQ 341 0 0
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AGGTGGTGAGGCTAATTGCAACATCGGGATACAGGTTGCGTTTTCAGGGACAGACATGAA
CCTTGGGTCATTGAACTCATGGTACGAGGTGAAGAATCTGAGGCAGTACTCTCTTACCGA
CCTCTACGCAAATGCTGTTAATTCTCTAAGTGGAGTGCTTCTGTAAGAGAGACAAAAGTG
TAATGCGGAGAAGCAGGTACTGTGTAATTGAGGTTTCTAAATAGGGGTTTTTTAACTTCC
ATCGCTTAAACAAATAACTTGCCATCCAAGTTTTCCAAACC

QA 1 341 1 341
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6036Contig1 1213 2 2 U
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ATCTTTACTCTTAGCAATGTCGTCACCATCATCTGTTGACTACTTGAGAGATGAAAAATT
GACGCAAGAAACAAGAGATCTGATATCTTCTCTTCCAAGCGAGAAAGGTTGGCTAGTCAG
CAAAATATAGCAGTCCCAAGGACGTTGGCACACGGAAGCTCTGTTACAAGGAATCTTGAC
TTGCCAAAAACACTTTGAGGCCAAAGATTCCGACATTATCCTCGTCACCAATCCTAAATC
AGGTACCACTTGGTTAAAATCTTGGTCTTTGCTCTCATTAACCGACACAAGTTCCCAGTC
TCTTCTGGCAAGCATCCTCTTCTAGTTACCAATCCGCACCTTCTTGTTCCCTTCTTGGAC
GGAGTTTACTACGAATCTCCAGATTTCGATTTCTCCGTCTTTCCATTTCCAAGACTCATG
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GTGTACTGTTGCAGGAACCCTAAGGACATGTTTGTGTCCTTGTGGCATTTTGGGAAGAAG
CTTGCTCCTCAAGAAACCGCTGATTATCCTATCGAAAAAGCTGTTGAAGCGTTTTGTGAA
GGGAAGTTTATTGGTGGACCCTTTTGGGATCATGTGTTGGAGTATTGGTATGCGAGCCTC
GAGAATCCGAACAAGGTATTGTTTGTTACGTATGAGCAGCTCAAGAAGCAGACTGAAGTT
GAGGTTAAGCGGATAGCTGAGTTCATTGGATGTGGTTTTACTGAAGAGGAAGAGGTGAGA
GAGATTGTGAAGCTGTGTAGTTTTGAGAGTTTGAGTAAACTGGAAGTTAATAGACAAGGG
AAACTGCCAAATGGAATAGAGACTAATGCCTTCTTTAGAAAGGGAGAGGTTGGAGGATGG
AGAGATACTTTGAGTGAGTCCTTGGAAGAGTTAATAGATAGAACCACTGAAGATAAGTTT
GGAGGTTCTGGTCTGAGATTTTCTTGTTGAAACAATATTTGAAACTTATTGTGCTTTTGT
TTTGCTTTAATATCGATTTCAAGCTTGTGAGTTTTCTTGTTTTTAATTTTTTTGTGTGTT
TGATGTTATTCTAGTTCGTTATTTAATTTTTGTTTGAAGCTGGTTGATTCTGATATTACA
ATTTTCTGTGTTT


BQ
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AGAACCACTGAAGATAAGTTTGGAGGTTCTGGTCTGAGATTTTCTTGTTGAAACAATATT
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CTGGTTGATTCTGATATTACAATTTTCTGTGTTT

QA 1 754 1 754
DS 



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TATTAACTGTTTTGTTGTTGCACTCTTGCAGAGGACAAGATCATATTTCCAGCAGTGGAT
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AGACCACTTTTCATGTCTACATTTTATATTGATCTCAAG


BQ
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TGTGAGGGGAAACTGTACACGGTTGTGAATCTGTGGATGTAGGGGATCTTTTCAGCTGTT
GACAAACGCATAAACTGAATATCTTCTCATGTTCTGCATGTGGGATATTGTTCATCTTTC
CTCTTCTCATGTTTGAGCAAGTTTGTGGATGAGATTGCTATCATTATGAGTGTTGTTCTC
AGATTTTCATATCGACAAATTATTTTCTATTTTCTGACAGAGATTTGAGTGTCATGGGTC
TATTAACTGTTTTGTTGTTGCACTCTTGCAGAGGACAAGATCATATTTCCAGCAGTGGAT
GGGGAGTTTTCATTTTCCGAGGAGCACTATGAAGAAGAAAACCAGCTTTACGAGAAGAGA
GGTTACCAATGGTTGCAGAGAGCTTGAAAGGAGATACTCTGAGTTGGTACAAGGTGGAAC
TGTCCAGAGTTGAATTCACAGATTGGTGCGAATTCAAAAGACGTATGGTTTTGCATTTCG
CAAATGCTACGATTCCTTGTCCTTCAGAGATTTTCAACGAATGCTACTGTCTCAAGCAAA
CAAGATGTTCATGAGACAGTAGTCATGAATAAGACAAGAGACTCTTGACAAAATCTGTAG

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3C549JQ 602 0 0
AAGACGTATGGTTTTGCATTTCGCAAATGCTACGATTCCTTGTCCTTCAGAGATTTTCAA
CGAATGCTACTGTCTCAAGCAAACAAGATGTTCATGAGACAGTAGTCATGAATAAGACAA
GAGACTCTTGACAAAATCTGTAGAACAAAATGACGAGAAGTCTCATTACTGGACTGGTGT
TTCAAAGTCCCATGTTGTGGAAGAATCACGTTCTGCAATCACACTTTCATGTCAAGACAC
TAAAGCAACCTCAACATGGAGTGCAAAGACGGAGTTGCCTGATTTGTATCATGTGGATGT
GGTCGACATCAAAGCAATCAGACATGAATCATGTATGGTGGTAGCATTCTGGTGATAGTA
TTGTTGACATTTGAACAACACAGCTCTGATAACATGTTGTGATTTTGCTTGGCTACACCT
CTCTTAACTCAGGCAGCTCCAACTCTGTTTTTATGTTTTGTTCACACTTTGCTTTACACT
TGTGTTGCTGCTGAACACAAGCACACACTCATACTCTCTTTACTCTCTCACTCACGTTTT
GTTTATGGTTCTAGAGAGAAGAGAGACCACTTTTCATGTCTACATTTTATATTGATCTCA
AG

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 2

CO CL6038Contig1 1278 2 2 U
GAGAAGAGGCAGAGAAGATACATAGCCGGTTGTTTCTTCGAGGCAATATTACTGAAGAGG
TTGAAAAGATGAACAACAAAAGACTACAAGAACTGCGTGTTTCTTGGAACTCAATCATTT
CCGGATATGTAACGAAGGAACAGAGCGAAGATGCTCAGATGATTTTCACTCGGATGATGG
AGATGGGCATAGCTCCTGACAAGTTCACTTACGCGACGGTTCTTGATACCTGCGCGAACC
TAGCTTCAGCTGGATTAGGCAAACAGATTCATGCGCAGGTCATCAAGAGAGAACTGCACT
CCGATGTGTATGTCTGCAGCACCCTCGTTGACATGTACTCGAAATGTGGAGATCTCAATG
ATTCAAGATTAATGTTCGAGAAGGCCTTGAAGAGAGACTTCGTGACGTGGAACGCCATGA
TCAGCGGGTATGCGCACCACGGGAAAGGAGAGGAAGCCATAGAGCTGTTTGAGAGAATGA
AACTCGAAAACATCAAACCGAATCATATAACTTTCATATCGATACTCCGAGCTTGCGCTC
ACATGGGTCTAGTCGACAAAGGACTGTACTACTTCCACATGATGAAGACTGAATATGGCT
TGGATCCTCAGCTACCTCATTACCCGAACATGGTGGATATCTTGGGAAAATCAGGAAAGG
TTGAGAAAGCGTTGAAGCTTATTCGAGAGATGCCGTTTGAAGCAGACGATGTTATATGGA
GGACGTTGTTAGGAGCCTGCGCGATACATAGAAACAATGTAGAGATTGCAGAGGAAGCAA
CAGCTGCTCTGTTGAGACTGGATCCACAAGACTCTTCGGCTTATACTCTTTTATCGAATG
TGTACGCAGATGCAGGAATGTGGGAGAAGGTTTCAGATTTGAGGAGAAGTATGAGAAGGT
TTAAGCTTAAGAAGGAGCCTGGTTGCAGTTGGGTTGAGCTCAAGGATGAGCTTCACGTGT
TTTTCATTGCAGATAAGGCTCATCCTAGATGGGAAGAGATCTACCAAGAGATTGGTTTGA
TTTATAGTGAAATGAAATCGTTTGATGATTCTTCTTTGGTGCCTGAGGTTGAAGTACAAG
AACAAGGCCAATGGTACTGCTGCTAAATGTGTTGTAGGGAGTGGAGCTCACTATGACCGA
AAAGACTAGTGGTTCTGAGTGTAGTCCATTTGTACGAGTAAGTTTACTATAAACAATTTA
ATTATTCATTTGTATAACTTTTTAGCATACAATGTATAGTTTGTGGGTTTTGTTCTGAAT
GAATACTGATGTTTCTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV37TF U 1
AF RR3GV37JQ C 509
BS 1 651 RR3GV37TF
BS 652 1278 RR3GV37JQ

RD RR3GV37TF 651 0 0
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TTGAAAAGATGAACAACAAAAGACTACAAGAACTGCGTGTTTCTTGGAACTCAATCATTT
CCGGATATGTAACGAAGGAACAGAGCGAAGATGCTCAGATGATTTTCACTCGGATGATGG
AGATGGGCATAGCTCCTGACAAGTTCACTTACGCGACGGTTCTTGATACCTGCGCGAACC
TAGCTTCAGCTGGATTAGGCAAACAGATTCATGCGCAGGTCATCAAGAGAGAACTGCACT
CCGATGTGTATGTCTGCAGCACCCTCGTTGACATGTACTCGAAATGTGGAGATCTCAATG
ATTCAAGATTAATGTTCGAGAAGGCCTTGAAGAGAGACTTCGTGACGTGGAACGCCATGA
TCAGCGGGTATGCGCACCACGGGAAAGGAGAGGAAGCCATAGAGCTGTTTGAGAGAATGA
AACTCGAAAACATCAAACCGAATCATATAACTTTCATATCGATACTCCGAGCTTGCGCTC
ACATGGGTCTAGTCGACAAAGGACTGTACTACTTCCACATGATGAAGACTGAATATGGCT
TGGATCCTCAGCTACCTCATTACCCGAACATGGTGGATATCTTGGGAAAAT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3GV37JQ 770 0 0
T
ACTTTCATATCGATACTCCGAGCTTGCGCTCACATGGGTCTAGTCGACAAAGGACTGTAC
TACTTCCACATGATGAAGACTGAATATGGCTTGGATCCTCAGCTACCTCATTACCCGAAC
ATGGTGGATATCTTGGGAAAATCAGGAAAGGTTGAGAAAGCGTTGAAGCTTATTCGAGAG
ATGCCGTTTGAAGCAGACGATGTTATATGGAGGACGTTGTTAGGAGCCTGCGCGATACAT
AGAAACAATGTAGAGATTGCAGAGGAAGCAACAGCTGCTCTGTTGAGACTGGATCCACAA
GACTCTTCGGCTTATACTCTTTTATCGAATGTGTACGCAGATGCAGGAATGTGGGAGAAG
GTTTCAGATTTGAGGAGAAGTATGAGAAGGTTTAAGCTTAAGAAGGAGCCTGGTTGCAGT
TGGGTTGAGCTCAAGGATGAGCTTCACGTGTTTTTCATTGCAGATAAGGCTCATCCTAGA
TGGGAAGAGATCTACCAAGAGATTGGTTTGATTTATAGTGAAATGAAATCGTTTGATGAT
TCTTCTTTGGTGCCTGAGGTTGAAGTACAAGAACAAGGCCAATGGTACTGCTGCTAAATG
TGTTGTAGGGAGTGGAGCTCACTATGACCGAAAAGACTAGTGGTTCTGAGTGTAGTCCAT
TTGTACGAGTAAGTTTACTATAAACAATTTAATTATTCATTTGTATAACTTTTTAGCATA
CAATGTATAGTTTGTGGGTTTTGTTCTGAATGAATACTGATGTTTCTAC

QA 2 770 2 770
DS 



AS 1 2

CO CL6039Contig1 1281 2 2 U
GAGCCAAAGGCTATCCCATGGACGAACATTTCTCCTCTGAAATCTGCTGCTGATGCTTGG
TGCCATATGGATGTTCATCAAGGAGATGTTGTTGCTTGGCCGACCAACCTTGGGTGGATG
ATGGGTCCGTGGCTCGTTTATGCTTCCTTGATAAATGGGGCTTGCATGGCATTGTACAAT
GGATCACCTCTTGGTCCTGCCTTTGCCAAATTTGTGCAGGATGCTGAGGTAACAATGCTA
GGTGTGATACCAAGCATTGTTCGGACATGGCAAAACTCAAACTCGACTTCTGGTTATGAT
TGGTCACGAATCCGCTGTTTTGGTTCCACTGGTGAAGCTTCATGTAGACGAGTATCTATG
GCTGATGGGCAGAGCTCATTACAAACCTGTAATCGAGTATTGTGGCGGAACTGAGATTGG
AGGTAGTTTTATCACTGGTTCTTTGCTCCAGCCTCAATCTCTGGCTGCTTTTAGCACCGC
TGCCATGGGTTGCAAGCCTTTCATTCTCGGTGAAGATGGCAATCCTCTTCCTCCAGACGC
AGAAGGTGTAGGAGAATTAGCTCTTTCTCCTCACGTGTTTGGAGCTTCGAGCAGTCTCCT
GAATGGAAATCACTACAACGTTTACTTCAAAGGAATGCCCACTTTCCAAGGACAGGTTTT
AAGAAGACACGGAGATTTATTTGAACGGACTTCAAAAGGATACTACCGTGCTCACGGACG
TGCTGATGACACGATGAATCTTGGTGGTATAAAGGTCGGTTCTATTGAGATCGAACGAGT
CTGTAACTCCGTTGATGAGAGCGTCTTGGAGACAGCAGCGATCGGTGTTCCACCTCCCAC
TGGAGGTCCTGAGCAGCTAGTAATAGCTGTTGTGTTCAAGAACCCAGAGTCACGGAACCA
TAACTTGAACCTCATGAAAAAGTCCTTCAACTTTGAGATACAAAAGAAACTTAATCCATT
GTTCAAGGTATCATCTGTTGTGACTCTGCCTTCCTTACCTAGGACGGCCACAAATAAGGT
TATGAGAAGAGTTTTAAGGCAAAGGCTTACTCAGACTGGTCTGAACTCCAAGCTATGAGA
GACTATTGTTTGACATTAACACACAATACATTTGGTCTCTTGTTGTATCAATCTACATCC
ATGTCTACATGAATAAATGATTTCTCAATTCACATACAGCATGTGGAATTGGTCTTCTGT
TAGTGTATCAAGAGATCCATAAATGTAGAGCGATCCTTAATGTGAATATGTACTTGTCCT
GTAATATAACGTAATTTCTCG


BQ
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AF RR3H335TF U 1
AF RR3H335JQ C 552
BS 1 694 RR3H335TF
BS 695 1281 RR3H335JQ

RD RR3H335TF 694 0 0
GAGCCAAAGGCTATCCCATGGACGAACATTTCTCCTCTGAAATCTGCTGCTGATGCTTGG
TGCCATATGGATGTTCATCAAGGAGATGTTGTTGCTTGGCCGACCAACCTTGGGTGGATG
ATGGGTCCGTGGCTCGTTTATGCTTCCTTGATAAATGGGGCTTGCATGGCATTGTACAAT
GGATCACCTCTTGGTCCTGCCTTTGCCAAATTTGTGCAGGATGCTGAGGTAACAATGCTA
GGTGTGATACCAAGCATTGTTCGGACATGGCAAAACTCAAACTCGACTTCTGGTTATGAT
TGGTCACGAATCCGCTGTTTTGGTTCCACTGGTGAAGCTTCATGTAGACGAGTATCTATG
GCTGATGGGCAGAGCTCATTACAAACCTGTAATCGAGTATTGTGGCGGAACTGAGATTGG
AGGTAGTTTTATCACTGGTTCTTTGCTCCAGCCTCAATCTCTGGCTGCTTTTAGCACCGC
TGCCATGGGTTGCAAGCCTTTCATTCTCGGTGAAGATGGCAATCCTCTTCCTCCAGACGC
AGAAGGTGTAGGAGAATTAGCTCTTTCTCCTCACGTGTTTGGAGCTTCGAGCAGTCTCCT
GAATGGAAATCACTACAACGTTTACTTCAAAGGAATGCCCACTTTCCAAGGACAGGTTTT
AAGAAGACACGGAGATTTATTTGAACGGACTTCA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3H335JQ 730 0 0
GAGAATTAGCTCTTTCTCCTCACGTGTTTGGAGCTTCGAGCAGTCTCCTGAATGGAAATC
ACTACAACGTTTACTTCAAAGGAATGCCCACTTTCCAAGGACAGGTTTTAAGAAGACACG
GAGATTTATTTGAACGGACTTCAAAAGGATACTACCGTGCTCACGGACGTGCTGATGACA
CGATGAATCTTGGTGGTATAAAGGTCGGTTCTATTGAGATCGAACGAGTCTGTAACTCCG
TTGATGAGAGCGTCTTGGAGACAGCAGCGATCGGTGTTCCACCTCCCACTGGAGGTCCTG
AGCAGCTAGTAATAGCTGTTGTGTTCAAGAACCCAGAGTCACGGAACCATAACTTGAACC
TCATGAAAAAGTCCTTCAACTTTGAGATACAAAAGAAACTTAATCCATTGTTCAAGGTAT
CATCTGTTGTGACTCTGCCTTCCTTACCTAGGACGGCCACAAATAAGGTTATGAGAAGAG
TTTTAAGGCAAAGGCTTACTCAGACTGGTCTGAACTCCAAGCTATGAGAGACTATTGTTT
GACATTAACACACAATACATTTGGTCTCTTGTTGTATCAATCTACATCCATGTCTACATG
AATAAATGATTTCTCAATTCACATACAGCATGTGGAATTGGTCTTCTGTTAGTGTATCAA
GAGATCCATAAATGTAGAGCGATCCTTAATGTGAATATGTACTTGTCCTGTAATATAACG
TAATTTCTCG

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL6040Contig1 157 2 1 U
GGCAGCTATTCTTACAGTTCAGTGGTGAGCAATGTCATGAGTCAGTGATAGGCCACCAGA
GTTCGAATAGCATGCACTGAATCGCGAAGATAACTGATCTCATGCATACATATGTTTGTG
ACATAAATAGAGGTATTCCAAAATACCTCTTTTATTT


BQ
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AF RR3B528TF U 1
AF RR3B528JQ C 14
BS 1 157 RR3B528TF

RD RR3B528TF 157 0 0
GGCAGCTATTCTTACAGTTCAGTGGTGAGCAATGTCATGAGTCAGTGATAGGCCACCAGA
GTTCGAATAGCATGCACTGAATCGCGAAGATAACTGATCTCATGCATACATATGTTTGTG
ACATAAATAGAGGTATTCCAAAATACCTCTTTTATTT

QA 1 157 1 157
DS 

RD RR3B528JQ 144 0 0
ACAGTTCAGTGGTGAGCAATGTCATGAGTCAGTGATAGGCCACCAGAGTTCGAATAGCAT
GCACTGAATCGCGAAGATAACTGATCTCATGCATACATATGTTTGTGACATAAATAGAGG
TATTCCAAAATACCTCTTTTATTT

QA 1 144 1 144
DS 



AS 1 2

CO CL6041Contig1 1275 2 2 U
GCGGAGACTGGTACAAGTCCAATCACACAGATTTGAAGGCAAAGCTTGATAGTGGCAGGA
AGCTTCCTTTACCAGATGGTATCCTTATCAATGGCCGTGGAACTGGTGCCACTCTCAATG
TTGAACAAGGTAAGACATACAGGCTGAGAATATCCAACGTAGGGTTACAACACTCCCTCA
ACTTCCGCATTCAAAACCACAAAATGAAAGTGGTCGAAGTGGAAGGAACTCACGCTCTTC
AGACTACCTTCTCTTCTCTCGATGTTCACGTTGGTCAGTCTTACTCTGTCCTTGTGACTG
CTGACCAACCTGCACATGACTATTACGTGGTGGTCTCTTCTCGGTTCACCTCCACTGTCC
TCACCACCACTGGTGTTCTCCGTTACAGCGGCTCTTCGGGTGGTGTCTCTGGTCCTATCC
CTGGTGGACCAACCATTCAGATCGACTGGTCCTTGAACCAGGCTCGAGCCATCAGGACTA
ATCTTACAGCGAGTGGACCAAGGCCAAACCCACAAGGATCATACCACTACGGTATGATAA
ACACCACAAGAACCATCAGACTTGCTAGCGCTGCCGGTCAGGTCAACGGGAAGCAAAGAT
ACGCCGTGAACAGCGTATCCTTTAAGCCAGCAGACACTCCCCTGAAACTCGCTGACTTCT
TCAAGATCGATGGTGTCTACAGAGTTGGAAGCATACAGAGCCAACCCACTGGTGGTGGAA
TTTACCTCGACACATCTGTTATGCAAGCAGACTACAGAACCTTTGTAGAGATTGTTTTCG
AGAACCCTGAGAATATTGTCCAGAGCTGGCATCTAGATGGTTACTCTTTTTGGGTTGTTG
GAATGGACGGTGGTAAATGGAGTCCTGCTAGTAGAAACGAGTACAATTTACGCGATGCAT
TAGCTCGCTGCACCGTTCAGGTGTATCCAAGTTCATGGACGGCTATATACATAGCACTAG
ACAACGTAGGGATGTGGAACCTAAGATCCGAGTTTTGGGCAAGGCAATACTTAGGACAAC
AGTTTTATTTACGTGTCTACACAACCTCCACTTCACTAAGAGATGAATTCCCAATCCCCA
AGAACGCTCTTCTTTGTGGTAGAGCTAGCGGTCGTAGCACCAGACCGTTTTAGAGCTAAG
GAGATGGTCAATTAAACCAGCTGATTCAGTTTGTAACGATCTCAGCTCGAGGTCTCAATT
GTTATTCTTTTTAAAAATAATAATCTCTTGAGTGAAACTTTTTATTCTCTATAGTTATAT
AGTTCTGTTGTGTCT


BQ
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AF RR3DK91TF U 1
AF RR3DK91JQ C 434
BS 1 577 RR3DK91TF
BS 578 1275 RR3DK91JQ

RD RR3DK91TF 577 0 0
GCGGAGACTGGTACAAGTCCAATCACACAGATTTGAAGGCAAAGCTTGATAGTGGCAGGA
AGCTTCCTTTACCAGATGGTATCCTTATCAATGGCCGTGGAACTGGTGCCACTCTCAATG
TTGAACAAGGTAAGACATACAGGCTGAGAATATCCAACGTAGGGTTACAACACTCCCTCA
ACTTCCGCATTCAAAACCACAAAATGAAAGTGGTCGAAGTGGAAGGAACTCACGCTCTTC
AGACTACCTTCTCTTCTCTCGATGTTCACGTTGGTCAGTCTTACTCTGTCCTTGTGACTG
CTGACCAACCTGCACATGACTATTACGTGGTGGTCTCTTCTCGGTTCACCTCCACTGTCC
TCACCACCACTGGTGTTCTCCGTTACAGCGGCTCTTCGGGTGGTGTCTCTGGTCCTATCC
CTGGTGGACCAACCATTCAGATCGACTGGTCCTTGAACCAGGCTCGAGCCATCAGGACTA
ATCTTACAGCGAGTGGACCAAGGCCAAACCCACAAGGATCATACCACTACGGTATGATAA
ACACCACAAGAACCATCAGACTTGCTAGCGCTGCCGG

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3DK91JQ 842 0 0
CATTCAGATCGACTGGTCCTTGAACCAGGCTCGAGCCATCAGGACTAATCTTACAGCGAG
TGGACCAAGGCCAAACCCACAAGGATCATACCACTACGGTATGATAAACACCACAAGAAC
CATCAGACTTGCTAGCGCTGCCGGTCAGGTCAACGGGAAGCAAAGATACGCCGTGAACAG
CGTATCCTTTAAGCCAGCAGACACTCCCCTGAAACTCGCTGACTTCTTCAAGATCGATGG
TGTCTACAGAGTTGGAAGCATACAGAGCCAACCCACTGGTGGTGGAATTTACCTCGACAC
ATCTGTTATGCAAGCAGACTACAGAACCTTTGTAGAGATTGTTTTCGAGAACCCTGAGAA
TATTGTCCAGAGCTGGCATCTAGATGGTTACTCTTTTTGGGTTGTTGGAATGGACGGTGG
TAAATGGAGTCCTGCTAGTAGAAACGAGTACAATTTACGCGATGCATTAGCTCGCTGCAC
CGTTCAGGTGTATCCAAGTTCATGGACGGCTATATACATAGCACTAGACAACGTAGGGAT
GTGGAACCTAAGATCCGAGTTTTGGGCAAGGCAATACTTAGGACAACAGTTTTATTTACG
TGTCTACACAACCTCCACTTCACTAAGAGATGAATTCCCAATCCCCAAGAACGCTCTTCT
TTGTGGTAGAGCTAGCGGTCGTAGCACCAGACCGTTTTAGAGCTAAGGAGATGGTCAATT
AAACCAGCTGATTCAGTTTGTAACGATCTCAGCTCGAGGTCTCAATTGTTATTCTTTTTA
AAAATAATAATCTCTTGAGTGAAACTTTTTATTCTCTATAGTTATATAGTTCTGTTGTGT
CT

QA 1 842 1 842
DS 



AS 1 2

CO CL6042Contig1 506 2 2 U
GGATCCTCCTCTACTCAAAAGAGACATTCACGGCGATGGCGTCGCTTCTACTCGGAGCTC
CTCCGCGAGTCATCACCGTCCCATCATCTCCGAGGCTATCATCATCTCACTCGGAAACTC
TCGGCGTCTCTCTCTCTCGCTTCACTCAGCAACTGTCTCTCTCCGCCTCGCCATCATCCA
GCTCAGTTCCACTTGTGTACTGTGGCCGAGGTGACCGCAAAACCGCGAGAGGAAAGCGCT
TTAATCACTCTTTCGGGAATGCGAGGCCACGGAACAAGAATAAAGGAAGAGGGCCACAGA
GAGTTCCTGTCCCTCCTGCTCCACCGAGGAAGGATAAGTTTGAGAATGACGAGAAGATCA
AAATCGACATCGACGAGTCTCTCTTCTCCAATTAGAGTCTTTCTTCACTTCCTGTTACTG
TAATTCTATTCGAACAGATGCTGCAACTTGTTAAACATCTCCAATTTCTCATCTTTCTAT
GAAAAGAAATCTGCTTTCTTGTTTAC


BQ
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AF RR3EG44TF U 1
AF RR3EG44JQ C 1
BS 1 147 RR3EG44TF
BS 148 506 RR3EG44JQ

RD RR3EG44TF 147 0 0
GGATCCTCCTCTACTCAAAAGAGACATTCACGGCGATGGCGTCGCTTCTACTCGGAGCTC
CTCCGCGAGTCATCACCGTCCCATCATCTCCGAGGCTATCATCATCTCACTCGGAAACTC
TCGGCGTCTCTCTCTCTCGCTTCACTC

QA 1 147 1 147
DS 

RD RR3EG44JQ 506 0 0
GGATCCTCCTCTACTCAAAAGAGACATTCACGGCGATGGCGTCGCTTCTACTCGGAGCTC
CTCCGCGAGTCATCACCGTCCCATCATCTCCGAGGCTATCATCATCTCACTCGGAAACTC
TCGGCGTCTCTCTCTCTCGCTTCACTCAGCAACTGTCTCTCTCCGCCTCGCCATCATCCA
GCTCAGTTCCACTTGTGTACTGTGGCCGAGGTGACCGCAAAACCGCGAGAGGAAAGCGCT
TTAATCACTCTTTCGGGAATGCGAGGCCACGGAACAAGAATAAAGGAAGAGGGCCACAGA
GAGTTCCTGTCCCTCCTGCTCCACCGAGGAAGGATAAGTTTGAGAATGACGAGAAGATCA
AAATCGACATCGACGAGTCTCTCTTCTCCAATTAGAGTCTTTCTTCACTTCCTGTTACTG
TAATTCTATTCGAACAGATGCTGCAACTTGTTAAACATCTCCAATTTCTCATCTTTCTAT
GAAAAGAAATCTGCTTTCTTGTTTAC

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 2

CO CL6043Contig1 1017 2 2 U
GACAACAGATACAATCACTCATCTGCTTCAGAACTCTCCGGATCTTGTTTTACTGATCGG
CGACGTGAGCTACGCGAACTTGTACCTAACGAACGGGACCACTCGGATTGTTACTCTTGC
AGTTTCTCGGATACCCCTATACACGAGACGTATCAGCCGCGTTGGGACTACTGGGGTAGG
TTCATGGAGACTCTGACTTCGAAAGTTCCTTTGATGGTGATCGAAGGAAACCACGAGATT
CGCTTTCCCTTTTAAAGAGAGCGGCTCTTCTTCTACGCTTTATTATTCTTTTAACGCCGG
TGAGATTCATTTCGTGATGCTCGGTGCCTACATCGCCTTTGAGAAACCAGGCGAACAGTA
CGAGTGGCTAAAGAAGGATCTGGCTGAGTTCGATAGATCGGTAACTCCGTGGTTAGTAGT
CTCATGGCATCCACCTTGGTATAGCACTTACACAGCGCATTACAGAGAAGCTGAGTGTAT
GAAAGAAGCTATGGAGGAGTTGCTTTACTCTTACGGTACCGACATTGTCTTCGACGGACA
TGTTCATGCTTATGAAAGGACGAACAGAGTTTACAACTACGAACTAGACCCGTGCGGTCC
GGTTTACATAGTGGTTGGTGATGGAGGTAACCGTGAAAAGATGGCGACTGAGCACGCGGA
TGAACCGGGTAAATGTCCTGACCCGTTAACCACGCCGAATCCAGCCATAGGTGGGGAGTT
TTGCGCCTGGAACTTCACCAGGACTGGTAGGTTCTGTTGGGATCAGCAACCTGAGTATAG
TGCTTTGAGAGAAAGCAGTTTCGGCCATGGAATATTAGAGGTGAAGAATGAGACATGGGC
GCTATTGACATGGTATAGGAACCAAGACTCGAGTAGTAAAGTTGGAGATCAGATTTATAT
CGTGAGAGAACCTGATCGATGTCCACGTCACAACCGTCTTGTTAACGATTGCTAAAGCTC
CAAGTTTGGTCTATTTTACACTGTTGATTGTAACAAGTATGAAATAATAATCCAAAT


BQ
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AF RR3DF89TF U 1
AF RR3DF89JQ C 523
BS 1 670 RR3DF89TF
BS 671 1017 RR3DF89JQ

RD RR3DF89TF 670 0 0
GACAACAGATACAATCACTCATCTGCTTCAGAACTCTCCGGATCTTGTTTTACTGATCGG
CGACGTGAGCTACGCGAACTTGTACCTAACGAACGGGACCACTCGGATTGTTACTCTTGC
AGTTTCTCGGATACCCCTATACACGAGACGTATCAGCCGCGTTGGGACTACTGGGGTAGG
TTCATGGAGACTCTGACTTCGAAAGTTCCTTTGATGGTGATCGAAGGAAACCACGAGATT
CGCTTTCCCTTTTAAAGAGAGCGGCTCTTCTTCTACGCTTTATTATTCTTTTAACGCCGG
TGAGATTCATTTCGTGATGCTCGGTGCCTACATCGCCTTTGAGAAACCAGGCGAACAGTA
CGAGTGGCTAAAGAAGGATCTGGCTGAGTTCGATAGATCGGTAACTCCGTGGTTAGTAGT
CTCATGGCATCCACCTTGGTATAGCACTTACACAGCGCATTACAGAGAAGCTGAGTGTAT
GAAAGAAGCTATGGAGGAGTTGCTTTACTCTTACGGTACCGACATTGTCTTCGACGGACA
TGTTCATGCTTATGAAAGGACGAACAGAGTTTACAACTACGAACTAGACCCGTGCGGTCC
GGTTTACATAGTGGTTGGTGATGGAGGTAACCGTGAAAAGATGGCGACTGAGCACGCGGA
TGAACCGGGT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3DF89JQ 495 0 0
CATTGTCTTCGACGGACATGTTCATGCTTATGAAAGGACGAACAGAGTTTACAACTACGA
ACTAGACCCGTGCGGTCCGGTTTACATAGTGGTTGGTGATGGAGGTAACCGTGAAAAGAT
GGCGACTGAGCACGCGGATGAACCGGGTAAATGTCCTGACCCGTTAACCACGCCGAATCC
AGCCATAGGTGGGGAGTTTTGCGCCTGGAACTTCACCAGGACTGGTAGGTTCTGTTGGGA
TCAGCAACCTGAGTATAGTGCTTTGAGAGAAAGCAGTTTCGGCCATGGAATATTAGAGGT
GAAGAATGAGACATGGGCGCTATTGACATGGTATAGGAACCAAGACTCGAGTAGTAAAGT
TGGAGATCAGATTTATATCGTGAGAGAACCTGATCGATGTCCACGTCACAACCGTCTTGT
TAACGATTGCTAAAGCTCCAAGTTTGGTCTATTTTACACTGTTGATTGTAACAAGTATGA
AATAATAATCCAAAT

QA 1 495 1 495
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6045Contig1 854 2 5 U
GTCGGTCCTAAAGCATGTATATATGTAATACCGAAACAATAGAACAAAAAAAAAGCAGAC
TTTCTGCAATATGCTTCGCTTGAAGCTATTTTCAGAATCAAGAGAAGAAAAGGGAAGGAA
GAGGGATTAAAAGCTTGGTGTTGTCTCAAAGGATGCTAAGAGCGAGAATTTGCAAGAGAC
TGGTTGGTGCCACTGTCAATCGAAAAAAAAGAAAAGAAAGTTGAAGCTCAAATTGACTGG
TGAATTGCGACGTTCTTCAGAAGAAGCTCTGAGATCTCAATTTCCTCACTTTCTCGGCCG
CGAATTCAGAAGGGAAAAAAAAAGAGTTGAAAATGGTTGAAAATAAAAGGTTAAGGGGTT
TATGCGCCGCTTGTTCTCCTCCCTTAATGGGGTTTTACCTTTTACCCGTTTTCGTTTTTA
CCTTTTTCCATAAAATACTAAACGTACTTAAATTTGCCAAAAGAGACACCAATTTTCTAG
TAACCTAAAAATTAACAAACTTATGTTGATTGAGGCAATTTTAGATATAAGTTTAGCCTG
TGCTTGGCAGTGACTTTTGGCTTTAGGCTTTTAAAACTGCAGAAACTTTAACGACTTTGA
GTAAAAATCAGGTTTTATAGGCTCTAGAGAAAAATCATCGTTTAGTGAATAAATAGAAGG
AAAATTGGCTTTGAGTCTTTTTAAGAGGTTTTAAAGGCTATTAGGTTAATAAAGTCTGAT
TGGATAAATATTGAAACCGATTGGTTGGATTGTAGCTGTAAAAAATTTACCGTAAATTTT
AAACTGTATAATTTTTGGATGTAGCTGTATAAATTAAATAAGAGAAATGATAAAAAGAAA
TATATTTCTGCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B371TF U 1
AF RR3B371JQ C 2
BS 1 820 RR3B371TF
BS 821 821 RR3B371JQ
BS 822 835 RR3B371TF
BS 836 836 RR3B371JQ
BS 837 854 RR3B371TF

RD RR3B371TF 854 0 0
GTCGGTCCTAAAGCATGTATATATGTAATACCGAAACAATAGAACAAAAAAAAAGCAGAC
TTTCTGCAATATGCTTCGCTTGAAGCTATTTTCAGAATCAAGAGAAGAAAAGGGAAGGAA
GAGGGATTAAAAGCTTGGTGTTGTCTCAAAGGATGCTAAGAGCGAGAATTTGCAAGAGAC
TGGTTGGTGCCACTGTCAATCGAAAAAAAAGAAAAGAAAGTTGAAGCTCAAATTGACTGG
TGAATTGCGACGTTCTTCAGAAGAAGCTCTGAGATCTCAATTTCCTCACTTTCTCGGCCG
CGAATTCAGAAGGGAAAAAAAAAGAGTTGAAAATGGTTGAAAATAAAAGGTTAAGGGGTT
TATGCGCCGCTTGTTCTCCTCCCTTAATGGGGTTTTACCTTTTACCCGTTTTCGTTTTTA
CCTTTTTCCATAAAATACTAAACGTACTTAAATTTGCCAAAAGAGACACCAATTTTCTAG
TAACCTAAAAATTAACAAACTTATGTTGATTGAGGCAATTTTAGATATAAGTTTAGCCTG
TGCTTGGCAGTGACTTTTGGCTTTAGGCTTTTAAAACTGCAGAAACTTTAACGACTTTGA
GTAAAAATCAGGTTTTATAGGCTCTAGAGAAAAATCATCGTTTAGTGAATAAATAGAAGG
AAAATTGGCTTTGAGTCTTTTTAAGAGGTTTTAAAGGCTATTAGGTTAATAAAGTCTGAT
TGGATAAATATTGAAACCGATTGGTTGGATTGTAGCTGTAAAAAATTTACCGTAAATTTT
AAACTGTATAATTTTTGGATGTAGCTGTATAAATTAAATA*GAGAAATGATAAAA*GAAA
TATATTTCTGCAGC

QA 1 854 1 854
DS 

RD RR3B371JQ 853 0 0
GTCGGT
CTAAAGCATGTATATATGTAATACCGAAACAATAGAACAAAAAAAAAGCAGACTTTCTGC
AATATGCTTCGCTTGAAGCTATTTTCAGAATCAAGAGAAGAAAAGGGAAGGAAGAGGGAT
TAAAAGCTTGGTGTTGTCTCAAAGGATGCTAAGAGCGAGAATTTGCAAGAGACTGGTTGG
TGCCACTGTCAATCGAAAAAAAAGAAAAGAAAGTTGAAGCTCAAATTGACTGGTGAATTG
CGACGTTCTTCAGAAGAAGCTCTGAGATCTCAATTTCCTCACTTTCTCGGCCGCGAATTC
AGAAGGGAAAAAAAAAGAGTTGAAAATGGTTGAAAATAAAAGGTTAAGGGGTTTATGCGC
CGCTTGTTCTCCTCCCTTAATGGGGTTTTACCTTTTACCCGTTTTCGTTTTTACCTTTTT
CCATAAAATACTAAACGTACTTAAATTTGCCAAAAGAGACACCAATTTTCTAGTAACCTA
AAAATTAACAAACTTATGTTGATTGAGGCAATTTTAGATATAAGTTTAGCCTGTGCTTGG
CAGTGACTTTTGGCTTTAGGCTTTTAAAACTGCAGAAACTTTAACGACTTTGAGTAAAAA
TCAGGTTTTATAGGCTCTAGAGAAAAATCATCGTTTAGTGAATAAATAGAAGGAAAATTG
GCTTTGAGTCTTTTTAAGAGGTTTTAAAGGCTATTAGGTTAATAAAGTCTGATTGGATAA
ATATTGAAACCGATTGGTTGGATTGTAGCTGTAAAAAATTTACCGTAAATTTTAAACTGT
ATAATTTTTGGATGTAGCTGTATAAATTAAATAAGAGAAATGATAAAAAGAAATATATTT
CTGCAGC

QA 7 853 7 853
DS 



AS 1 2

CO CL6046Contig1 1106 2 2 U
GAGCAGAATCTGAACCCGCAAGAAGAAGCAGCTATCCTGAGCAGAGAAGGCGTTCTTCTG
GCAAATGCATAAGCTTTGGTCCAAGCAAGTTCATGGTTGACCAGGAAGATTCCGTGTCTT
CTGTTAAACCAGTGCACACGTATTTGCACCGCCGCACGCCAGTGGATTTCTCTGCTAACG
ACAATGGTAGAGTAACCGTTCGTAGACCCGCTGTTTCAAAAGCCTCAGGGGTTTCTTTCA
GTTCAAAGCATGTGCCAGTGAGATCAAGCCTGCCTAAGAGTGGTGGTTTGAAACCAGCTG
CAACCATTCGTAGGGCCTCCTTGCCTATCTCATCATATAAACCTTCAAAAGGAACAAGAG
AGACTCTGTACACTCCAAACATAGGTATACTCCATCAGCTAAACTCTCCAGACGTGTCTG
CAAACTCTCCAAGAATCGACACCATCAAGTTCCCACTAGCTTCATACGAAGAGATGCCTT
TCACTCCCGTCGTGCGTAAGAAGAAGAACAAAGGCTCCTCCAGAGGATCATACAGCCCGC
CTCCTTCAGAGCAACAACCACTAGACTGTTCAATCACAAAAGACAAATTCACGCTTGAAG
AACCAGAACGAGAAACCAAGAGCAGCGGCGATTTGTTTGATCAGAACGCGACTGCTGGAG
CATCATCATCAAGCAGAGCTTCCTCAGGTGTATCAAGGAGGCAGAGGTTTGACCCTAGCT
CGTATAGACAGCGTGCCGAGGCGCTTGAGGGACTGCTTGAGTTCAGCGCGAGGTTGCTTC
TAGACGAGAGGTATGATGAGCTGAATGTGTTGCTGAAACCGTTTGGTCCGGGGAAAGTAT
CGCCTAGAGAAACCGCGATATGGTTGTTTAAGAGCTACAAGGAAGCTAGTACTAGTAAGC
AGGAAGGTTAAGAATCAGAGTGTTAGCAAGCAGGAAGGTTAAGAAAAACAGGGTTTTAAG
TTCTTTTTTGAAAACTTGTTGAGGGGCATGATTCCACGATTTGGTAGAAATTGTTTGACA
CTTAGGCTGTGTTCTTTGTAGCTAACACCCTGTATCCTGATGATATGTCCAAGAAAGACT
GGTATCAAAACATACAGCTTTCTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW33TF U 1
AF RR3FW33JQ C 347
BS 1 495 RR3FW33TF
BS 496 1106 RR3FW33JQ

RD RR3FW33TF 495 0 0
GAGCAGAATCTGAACCCGCAAGAAGAAGCAGCTATCCTGAGCAGAGAAGGCGTTCTTCTG
GCAAATGCATAAGCTTTGGTCCAAGCAAGTTCATGGTTGACCAGGAAGATTCCGTGTCTT
CTGTTAAACCAGTGCACACGTATTTGCACCGCCGCACGCCAGTGGATTTCTCTGCTAACG
ACAATGGTAGAGTAACCGTTCGTAGACCCGCTGTTTCAAAAGCCTCAGGGGTTTCTTTCA
GTTCAAAGCATGTGCCAGTGAGATCAAGCCTGCCTAAGAGTGGTGGTTTGAAACCAGCTG
CAACCATTCGTAGGGCCTCCTTGCCTATCTCATCATATAAACCTTCAAAAGGAACAAGAG
AGACTCTGTACACTCCAAACATAGGTATACTCCATCAGCTAAACTCTCCAGACGTGTCTG
CAAACTCTCCAAGAATCGACACCATCAAGTTCCCACTAGCTTCATACGAAGAGATGCCTT
TCACTCCCGTCGTGC

QA 1 495 1 495
DS 

RD RR3FW33JQ 760 0 0
AAAAGGAACAAGAGAGACTCTGTACACTCCAAACATAGGTATACTCCATCAGCTAAACTC
TCCAGACGTGTCTGCAAACTCTCCAAGAATCGACACCATCAAGTTCCCACTAGCTTCATA
CGAAGAGATGCCTTTCACTCCCGTCGTGCGTAAGAAGAAGAACAAAGGCTCCTCCAGAGG
ATCATACAGCCCGCCTCCTTCAGAGCAACAACCACTAGACTGTTCAATCACAAAAGACAA
ATTCACGCTTGAAGAACCAGAACGAGAAACCAAGAGCAGCGGCGATTTGTTTGATCAGAA
CGCGACTGCTGGAGCATCATCATCAAGCAGAGCTTCCTCAGGTGTATCAAGGAGGCAGAG
GTTTGACCCTAGCTCGTATAGACAGCGTGCCGAGGCGCTTGAGGGACTGCTTGAGTTCAG
CGCGAGGTTGCTTCTAGACGAGAGGTATGATGAGCTGAATGTGTTGCTGAAACCGTTTGG
TCCGGGGAAAGTATCGCCTAGAGAAACCGCGATATGGTTGTTTAAGAGCTACAAGGAAGC
TAGTACTAGTAAGCAGGAAGGTTAAGAATCAGAGTGTTAGCAAGCAGGAAGGTTAAGAAA
AACAGGGTTTTAAGTTCTTTTTTGAAAACTTGTTGAGGGGCATGATTCCACGATTTGGTA
GAAATTGTTTGACACTTAGGCTGTGTTCTTTGTAGCTAACACCCTGTATCCTGATGATAT
GTCCAAGAAAGACTGGTATCAAAACATACAGCTTTCTGTT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL6047Contig1 621 2 3 U
AGACGATGCAACTGACACCAAGATCTCTCGAAAAAGTTGCACAGCTATGGAATCAGAGCC
GACTAGTAGGAATTGCAACAAAATAATAACAAAATTAGGAGAAGAAGCAAGAAATGTGAA
AAGCTCAGCTCCTGTTCAAAATATAACCTTCTCATCTTCTACATGGAATCCAACATGACC
CAATTCTATTAGGTTCTTCTATGAATCTTAGACAGATCTATCGTAAGTTAACATTAGATA
CTTTGTTTCTCTTCAGAACTTAATCAAACTAGAAACAGAGGCATTAGGTGCAATGTTAAA
GAACAAAACTTTTGAAAACAAAAAAAAAGCATTTTTCAATCTCAATCTAAAAACAAAAAA
CCTAGAAAAAGAATCAAAACCTAAGTTTTCGAAAACATAAATAATTTTTGGGAGTGTTAA
AGCTCGCAAAAGCCATCACAGCGCGGAGCTCAGGCAGCAAGCAGTCTTCATCGCTGAAAA
CAAAAAGGGTAAAATTAAGGATACCGCATCAAGATCTTTTCCGTCACCGGAGCCGCCAGC
CATACACTCCAAAAAGGAAGTATACGGGGTTGCTCACACCGGTGAGGATCGGAACAGATC
GAAACCCTAAACCCCTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CW40JQ U 294
AF RR3CW40TF C 1
BS 1 293 RR3CW40TF
BS 294 447 RR3CW40JQ
BS 448 621 RR3CW40TF

RD RR3CW40JQ 154 0 0
TGTTAAAGAACAAAACTTTTGAAAACAAAAAAAAAGCATTTTTCAATCTCAATCTAAAAA
CAAAAAACCTAGAAAAAGAATCAAAACCTAAGTTTTCGAAAACATAAATAATTTTTGGGA
GTGTTAAAGCTCGCAAAAGCCATCACAGCGCGGA

QA 1 154 1 154
DS 

RD RR3CW40TF 621 0 0
AGACGATGCAACTGACACCAAGATCTCTCGAAAAAGTTGCACAGCTATGGAATCAGAGCC
GACTAGTAGGAATTGCAACAAAATAATAACAAAATTAGGAGAAGAAGCAAGAAATGTGAA
AAGCTCAGCTCCTGTTCAAAATATAACCTTCTCATCTTCTACATGGAATCCAACATGACC
CAATTCTATTAGGTTCTTCTATGAATCTTAGACAGATCTATCGTAAGTTAACATTAGATA
CTTTGTTTCTCTTCAGAACTTAATCAAACTAGAAACAGAGGCATTAGGTGCAATGTTAAA
GAACAAAACTTTTGAAAACAAAAAAAAAGCATTTTTCAATCTCAATCTAAAAACAAAAAA
CCTAGAAAAAGAATCAAAACCTAAGTTTTCGAAAACATAAATAATTTT*GGGAGTGTTAA
AGCTCGCAAAAGCCATCACAGCGCGGAGCTCAGGCAGCAAGCAGTCTTCATCGCTGAAAA
CAAAAAGGGTAAAATTAAGGATACCGCATCAAGATCTTTTCCGTCACCGGAGCCGCCAGC
CATACACTCCAAAAAGGAAGTATACGGGGTTGCTCACACCGGTGAGGATCGGAACAGATC
GAAACCCTAAACCCCTTTTCC

QA 1 621 1 621
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6049Contig1 633 2 3 U
TAGGATCGCAAATGATTCAGTCTATTACGATTTAGAATTACAACGATCGTTTTTTTTTTG
TCACAAACAACGATCGTTAAGGGCAAAAGCGTTTGACATAGAAAGAAAGAACCTTAGGAT
AGACAAAGCAGACAACTCCAAGACAAACTAATCCAAACTGTTTGCAATCTCTCTCTCTTT
GTTTAGTACTCAACATAACTATTTTTTTCGATCAATGCACGACGGGTTTCAAAGGATGAG
CCCTCAGTTTGGAAAAATCCAAACTAGCATCAAGCTCCTCGTCCAGCTCCCCAATAACAC
CTATGTTGTCCCCCCTGATAATGTACAAACCCAACACATGTTGTTGTACTCCTTCCTTGG
TGGAGAAGACGCGTTCATGAGATTCATCGAGGATTATATTAGTAGCCTGGTCAAAACCTT
TGAGAAGTCCCACAATGTTGCGTCCATCATTGGTGATTACCGAAATGATCTGATCGACAA
GAGTCTCGAGTCCAGTAGTTGTCGCCATGCTACAATTAGTTGAAAGACCTTTGCTGGTGC
TGCTTCTGGATCTAAACCCTTTTTACTTCTCAATGTTAAAGCCCTAATTAAAACCCCTTT
TCGTCCCCTTTCTTCCAGAAAACTCGGGTTTCC


BQ
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AF RR3DB69JQ U 202
AF RR3DB69TF C 1
BS 1 201 RR3DB69TF
BS 202 360 RR3DB69JQ
BS 361 633 RR3DB69TF

RD RR3DB69JQ 162 0 0
TTTTTTTCGATCAATGCACGACGGGTTTCAAAGGATGAGCCCTCAGTTTGGAAAAATCCA
AACTAGCATCAAGCTCCTCGTCCAGCTCCCCAATAACACCTATGTTGTCCCCCCTGATAA
TGTACAAACCCAACACATGTTGTTGTACTCCTTCCTTGG
GGG

QA 1 159 1 159
DS 

RD RR3DB69TF 633 0 0
TAGGATCGCAAATGATTCAGTCTATTACGATTTAGAATTACAACGATCGTTTTTTTTTTG
TCACAAACAACGATCGTTAAGGGCAAAAGCGTTTGACATAGAAAGAAAGAACCTTAGGAT
AGACAAAGCAGACAACTCCAAGACAAACTAATCCAAACTGTTTGCAATCTCTCTCTCTTT
GTTTAGTACTCAACATAACTATTTTTTTCGATCAATGCACGACGGGTTTCAAAGGATGAG
CCCTCAGTTTGGAAAAATCCAGACTAGCATCAAGCTCCTCGTCCAGCTCCCCAATAACAC
CTATGTTGTCGCCTCTGATAATGTACAAACCCAACACATGTTGTTGTACTCCTTCCTTGG
TGGAGAAGACGCGTTCATGAGATTCATCGAGGATTATATTAGTAGCCTGGTCAAAACCTT
TGAGAAGTCCCACAATGTTGCGTCCATCATTGGTGATTACCGAAATGATCTGATCGACAA
GAGTCTCGAGTCCAGTAGTTGTCGCCATGCTACAATTAGTTGAAAGACCTTTGCTGGTGC
TGCTTCTGGATCTAAACCCTTTTTACTTCTCAATGTTAAAGCCCTAATTAAAACCCCTTT
TCGTCCCCTTTCTTCCAGAAAACTCGGGTTTCC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL6050Contig1 1131 2 6 U
GGTTTCGTGCTCTGCTGGTAACTCTGGCCCGAGCCCTTTCAGTTTATCCAACGTGGCGCC
GTGGATCACCACGGTTGGTGCTGGTACGTTGGATCGCGATTTTCCCGCGGTTGCGGTTCT
AGGCAACGGGAAGAACTACTCCGGAGTTTCCTTGTTTAAAGGAGACGCTCTTCCGGATGG
TAAGTTGTTACCGTTTATTTACGCGGGGAATGCTAGTAACGCGACTAACGGGAACTTGTG
TATGACGGGGACTTTGATTCCTGAGTGGAGCCCCGCGGCGATTAGATCGGCGCTCATGAC
CACCGCTTACAGATCGTACAGAGACGGAAAGCCGATCCTCGACATCGCGACGGGGAAACA
TTCAACGCCGTTTGATCACGGTGCGGGATACGTGTCGCCGACGATCGCCACTAATCCGGG
ACTCGTGTACGATCTCGGGACGGTTGATTACTTAGGTTTCCTCTGCGCATTGAACTACAC
ATCGTCGCAGATCAGAAGCGTTTCGAGACGCAATTACACTTGCGATCCCGCCAAAACGTA
CTCCATCGCCGATCTAAACTATCCGTCTTTTGCCGTTAACGTCGATGGTTCTGGAGCGTA
CAAGTACACACGCACTGTCACGAGCGTTGGAGGAGCTGGGTCCTACTCGGTTAAAGTCAA
TTCGGAGAGCACAGCAGCCAAGATTTCAGTTGTACCGGCGGTTTTGAATTTCAAAGAAGT
TAACGAGAAGAAAACTTATACGGTGACGTTTACCGTAGACTCGTCTAAGGCGTCTGGATC
TAACAGCTTCGGGAGCATTGAATGGTCAGATGGGAAGCACGTGGTGGCCAGTCCCGTGGC
GATTAGCTGGTCGTAGTGGTTTGGTTAATTATGACAATTAATGGGCTTTTATGGGATAAG
AAAGTGCAGATGTTGTAATGCCGTTTTTATAAGAGTTCTGTTTAGCAGAAACGGCATGCA
CTCTTGGCTTATCTAGTTTGTTTTGGAACTCTTGTCGTTGTGTTTTCTCTTTGCTATTTG
AAGAAAAGAAATATTCTCCGGCCACAAGGATAGCTGGATTGTGCCTTTATCTGTTTTATC
ATGTGACATTGTGACTTGAATATTTAAATGAAAAGTAAAATGATTGGACTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DD76TF U 1
AF RR3DD76JQ C 342
BS 1 359 RR3DD76TF
BS 360 360 RR3DD76JQ
BS 361 651 RR3DD76TF
BS 652 652 RR3DD76JQ
BS 653 704 RR3DD76TF
BS 705 1131 RR3DD76JQ

RD RR3DD76TF 710 0 0
GGTTTCGTGCTCTGCTGGTAACTCTGGCCCGAGCCCTTTCAGTTTATCCAACGTGGCGCC
GTGGATCACCACGGTTGGTGCTGGTACGTTGGATCGCGATTTTCCCGCGGTTGCGGTTCT
AGGCAACGGGAAGAACTACTCCGGAGTTTCCTTGTTTAAAGGAGACGCTCTTCCGGATGG
TAAGTTGTTACCGTTTATTTACGCGGGGAATGCTAGTAACGCGACTAACGGGAACTTGTG
TATGACGGGGACTTTGATTCCTGAGTGGAGCCCCGCGGCGATTAGATCGGCGCTCATGAC
CACCGCTTACAGATCGTACAGAGACGGAAAGCCGATCCTCGACATCGCGACGGGGAAACC
TTCAACGCCGTTTGATCACGGTGCGGGATACGTGTCGCCGACGATCGCCACTAATCCGGG
ACTCGTGTACGATCTCGGGACGGTTGATTACTTAGGTTTCCTCTGCGCATTGAACTACAC
ATCGTCGCAGATCAGAAGCGTTTCGAGACGCAATTACACTTGCGATCCCGCCAAAACGTA
CTCCATCGCCGATCTAAACTATCCGTCTTTTGCCGTTAACGTCGATGGTTCTGGAGCGTA
CAAGTACACACGCACTGTCACGAGCGTTGGAGGAGCTGGGTCCTACTCGGT*AAAGTCAA
TTCGGAGAGCACAGCAGCCAAGATTTCAGTTGTACCGGCGGTTT
GATTTC

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3DD76JQ 790 0 0
ACATCGCGACGGGGAAACAT*CAACGCCGTTTGATCACGGTGCGGGATACGTGTCGCCGA
CGATCGCCACTAATCCGGGACTCGTGTACGATCTCGGGACGGTTGATTACTTAGGTTTCC
TCTGCGCATTGAACTACACATCGTCGCAGATCAGAAGCGTTTCGAGACGCAATTACACTT
GCGATCCCGCCAAAACGTACTCCATCGCCGATCTAAACTATCCGTCTTTTGCCGTTAACG
TCGATGGTTCTGGAGCGTACAAGTACACACGCACTGTCACGAGCGTTGGAGGAGCTGGGT
CCTACTCGGTTAAAGTCAATTCGGAGAGCACAGCAGCCAAGATTTCAGTTGTACCGGCGG
TTTTGAATTTCAAAGAAGTTAACGAGAAGAAAACTTATACGGTGACGTTTACCGTAGACT
CGTCTAAGGCGTCTGGATCTAACAGCTTCGGGAGCATTGAATGGTCAGATGGGAAGCACG
TGGTGGCCAGTCCCGTGGCGATTAGCTGGTCGTAGTGGTTTGGTTAATTATGACAATTAA
TGGGCTTTTATGGGATAAGAAAGTGCAGATGTTGTAATGCCGTTTTTATAAGAGTTCTGT
TTAGCAGAAACGGCATGCACTCTTGGCTTATCTAGTTTGTTTTGGAACTCTTGTCGTTGT
GTTTTCTCTTTGCTATTTGAAGAAAAGAAATATTCTCCGGCCACAAGGATAGCTGGATTG
TGCCTTTATCTGTTTTATCATGTGACATTGTGACTTGAATATTTAAATGAAAAGTAAAAT
GATTGGACTT

QA 1 790 1 790
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6052Contig1 754 2 7 U
ATAGTAATTGTCAATTTCATAAAGTACATGACAAATACACATTAGTTGGCTTGAAGTGGT
TGCCGTGAGATGACTTACTTTCTGATAAAATTTGAGAAGTGATGAGGTAAACAATAGCCT
ATGGCGAGTTCAAATTAGAAGAAGTAGAAGAGTGTTTGCTAGTACCTAAGATTCTATTTA
TCTGACATGTAAAGTTGAAGAAGGAAATCTTGATTGAGCATTAGAACTTCATTCTCTTAG
CAGGACCTTGATCGATAATAGGATCAATTTGAGGCTGCTGTGACTCTCCTCCCTGTGTTC
CAAGCTCTTCTTCATTTTCTCCTAGTGCTTCCTGGCTAACATAGCCTTCAGGGAAGGGTG
GTGGTGGAGGTGCTGGGGGTAACTTGCTATATAACGACTTAAGAATCAAATCGACTCGCT
TCACTTCCTTGAGATCAACCGTCTCACTAGCAGGCTTTGTCTCAGAAGCCTCATTCTGGC
TTTTAGCATCAACCTGCTTAATGGTCTCCAACTTGGATGCAGCAACAGAGAAAGCGTTGG
AAATATGATAAACAGCCCGACCAACTCGGGCAGCAAAGACACTACAAAGCTGAGGAGCTT
GGTAGATAGTACCGTCCAAGATATAATACGTTAGCATGGGTGTGACTTTTCGGGACCATC
TCTCTTCTGCTTACGAAACACGAACAGGTTCGGCTCAGTAGCATCACTGATCACATACTC
TAACCCTGTCATCTTCGAGAGTTGAGAGTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AH18JQ U 246
AF RR3AH18TF C 1
BS 1 245 RR3AH18TF
BS 246 266 RR3AH18JQ
BS 267 267 RR3AH18TF
BS 268 324 RR3AH18JQ
BS 325 325 RR3AH18TF
BS 326 400 RR3AH18JQ
BS 401 754 RR3AH18TF

RD RR3AH18JQ 155 0 0
CCTTGATCGATAATAGGATCATTTTGAGGCTGCTGTGACTCTCCTCCCTGTGTTCCAAGC
TCTTCTTCATTTTCTCCTATTGCTTCCTGGCTAACATAGCCTTCAGGGAAGGGTGGTGGT
GGAGGTGCTGGGGGTAACTTGCTATATAACGACTT

QA 1 155 1 155
DS 

RD RR3AH18TF 754 0 0
ATAGTAATTGTCAATTTCATAAAGTACATGACAAATACACATTAGTTGGCTTGAAGTGGT
TGCCGTGAGATGACTTACTTTCTGATAAAATTTGAGAAGTGATGAGGTAAACAATAGCCT
ATGGCGAGTTCAAATTAGAAGAAGTAGAAGAGTGTTTGCTAGTACCTAAGATTCTATTTA
TCTGACATGTAAAGTTGAAGAAGGAAATCTTGATTGAGCATTAGAACTTCATTCTCTTAG
CAGGACCTTGATCGATAATAGGATCAATTTGAGGCTGCTGTGACTCTCCTCCCTGTGTTC
CAAGCTCTTCTTCATTTTCTCCTAGTGCTTCCTGGCTAACATAGCCTTCAGGGAAGGGTG
GTGGTGGAGGTGCTGGGGGTAACTTGCTATATAACGACTTAAGAATCAAATCGACTCGCT
TCACTTCCTTGAGATCAACCGTCTCACTAGCAGGCTTTGTCTCAGAAGCCTCATTCTGGC
TTTTAGCATCAACCTGCTTAATGGTCTCCAACTTGGATGCAGCAACAGAGAAAGCGTTGG
AAATATGATAAACAGCCCGACCAACTCGGGCAGCAAAGACACTACAAAGCTGAGGAGCTT
GGTAGATAGTACCGTCCAAGATATAATACGTTAGCATGGGTGTGACTTTTCGGGACCATC
TCTCTTCTGCTTACGAAACACGAACAGGTTCGGCTCAGTAGCATCACTGATCACATACTC
TAACCCTGTCATCTTCGAGAGTTGAGAGTGATCC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6054Contig1 1408 2 8 U
GGAGAGAAAGTCTCCAATCCTCATCGGCGTAACCATGGGCGGAGAAGGCGAGACCATCGA
ATTTTACAACGATCATCTGACATACTTCTTCTGGAACGTGGATGACTACCCAGTCCCTGT
GGATACAGATGTTAAAACTGTTCGTAGTAATATCGTAGATGCTCTTAATCAAATGGGCTT
CTGGGGGAATATGTTCTTCTATGTGAATTCTAAGCAACTCAAGTCCAACGAAATAGAGTT
GTTCAAAGCCGAAAATATTCTCTACATACCCGAGGGCACAGATGTTTACCGCGATAAACT
GGCTGATGTGCATGATGTGGATACGAGTTTTTATTTGATTCTCTTAACAGGATCTACTCC
AGCACAACATAGAAATATTGCACTATTCGTCAAACCAAATAGTGATCCAGATAGTGAGTT
ACAAAGGGTTCTCAACTGTTTGAAATCGAGGGGTCACAATGTTCTCCTAGTAGAGCTGCC
ACCTGATGAAGAGTGTCTCCTTAGTGTTGACTCTCTAGTTAAATATTCCCGACTTTTGGG
TGGAGGAAAGCCTAGACACAAAAAAGAGTTAACTGATGATGATCTGCGGCCTGTGTATAG
CTGGGAATTAAGAGACGAGGATGATGAGTTCGATGATAGCAATTTCTCCAATAAGAAGAT
GTTAGATTTCTCCGAGCGTATCAGACACCTCAAAGGGATCAACAGGACAGTTATCTTCTG
GGACACTGTGGATTGCCCATTCCCTCCTTCGCTCTCTCCTGATCAAATCTTCGACAAGAT
CAAAACAGCTCTTTGGGAAAGAGGTTATGGTGATTATATTACAATCTGGGCTTATTATGA
TCACAGGAAATGGTCTCCGGATATGTGTCTGGGTGACAAGACTTGGGCTTCAAGAATTTA
CTTTCTTCCCGGAGGGGATGGAGCCTCGAGACGTATCAGAATGTTAAGTGACATGTATCT
ACTTTCAAGGGACTTTCCTTTGCGCTGTTGTCGAGGAAGTTTGATCCTAGTCTCAGATCA
TTTCGCAGGTGACCCTTACTACATGGAGTGGTTTCGATTAATGCAGTACAGAAAATACTA
TCTTGTCTTGCTAGTTCCGAGTGAGCTCAGCAACATACCAGAAAGCCCTGATGAATGGCC
ACGTTCTTTACTTGATAGTCCTCCCGAAACACCAGAATGACCTCTTCCCAAAAAGCCTAA
ACTGGATGCTACCTAAGTAGAGACCTGCCCAGGGCTGATGATACTGGTTATTTTGATGTT
GGATCTTGCTTGCTGATGTTAACGATCTTGTTTGCTTCACAAGACAAGACCTTTTGTTTA
GCCAGATATTTATGTCAAAAACTCTTTGTTTTGTTTGGGTTTATGCTTTTGTTTATTTTA
AACTGCAAACTCTGCTGTGATAAACTCG


BQ
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AF RR3F818TF U 1
AF RR3F818JQ C 595
BS 1 705 RR3F818TF
BS 706 706 RR3F818JQ
BS 707 737 RR3F818TF
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BS 748 758 RR3F818TF
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RD RR3F818TF 770 0 0
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ATTTTACAACGATCATCTGACATACTTCTTCTGGAACGTGGATGACTACCCAGTCCCTGT
GGATACAGATGTTAAAACTGTTCGTAGTAATATCGTAGATGCTCTTAATCAAATGGGCTT
CTGGGGGAATATGTTCTTCTATGTGAATTCTAAGCAACTCAAGTCCAACGAAATAGAGTT
GTTCAAAGCCGAAAATATTCTCTACATACCCGAGGGCACAGATGTTTACCGCGATAAACT
GGCTGATGTGCATGATGTGGATACGAGTTTTTATTTGATTCTCTTAACAGGATCTACTCC
AGCACAACATAGAAATATTGCACTATTCGTCAAACCAAATAGTGATCCAGATAGTGAGTT
ACAAAGGGTTCTCAACTGTTTGAAATCGAGGGGTCACAATGTTCTCCTAGTAGAGCTGCC
ACCTGATGAAGAGTGTCTCCTTAGTGTTGACTCTCTAGTTAAATATTCCCGACTTTTGGG
TGGAGGAAAGCCTAGACACAAAAAAGAGTTAACTGATGATGATCTGCGGCCTGTGTATAG
CTGGGAATTAAGAGACGAGGATGATGAGTTCGATGATAGCAATTTCTCCAATAAGAAGAT
GTTAGATTTCTCCGAGCGTATCAGACACCTCAAAGGGATCAACAG*ACAGTTATCTTCTG
GGACACTGTGGATTGCC*ATTCCCTC*TTCGCTCTCTC
TGATCAATCTTC

QA 1 758 1 758
DS 

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GAAGATGTTAGATTTCTCCGAGCGTATCAGACACCTCAAAGGGATCAACAGGACAGTTAT
CTTCTGGGACACTGTGGATTGCCCATTCCCTCCTTCGCTCTCTCCTGATCAAATCTTCGA
CAAGATCAAAACAGCTCTTTGGGAAAGAGGTTATGGTGATTATATTACAATCTGGGCTTA
TTATGATCACAGGAAATGGTCTCCGGATATGTGTCTGGGTGACAAGACTTGGGCTTCAAG
AATTTACTTTCTTCCCGGAGGGGATGGAGCCTCGAGACGTATCAGAATGTTAAGTGACAT
GTATCTACTTTCAAGGGACTTTCCTTTGCGCTGTTGTCGAGGAAGTTTGATCCTAGTCTC
AGATCATTTCGCAGGTGACCCTTACTACATGGAGTGGTTTCGATTAATGCAGTACAGAAA
ATACTATCTTGTCTTGCTAGTTCCGAGTGAGCTCAGCAACATACCAGAAAGCCCTGATGA
ATGGCCACGTTCTTTACTTGATAGTCCTCCCGAAACACCAGAATGACCTCTTCCCAAAAA
GCCTAAACTGGATGCTACCTAAGTAGAGACCTGCCCAGGGCTGATGATACTGGTTATTTT
GATGTTGGATCTTGCTTGCTGATGTTAACGATCTTGTTTGCTTCACAAGACAAGACCTTT
TGTTTAGCCAGATATTTATGTCAAAAACTCTTTGTTTTGTTTGGGTTTATGCTTTTGTTT
ATTTTAAACTGCAAACTCTGCTGTGATAAACTCG

QA 1 814 1 814
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGGTACACTCCGCCATCTCTCTCCATCTCTCTCGTGAGTAGCGACGATGGCGACCACTTT
CAGCTCTTCGGTCTCCATGCAAGCTACCTCTCTGGCAACAACAACAACGAGGATTAGTTT
CCATAGGCCTGCTTTGGTTTCAAACCATGCAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCTAAGCCG
CACTCGCCTCTCAATCTCTTGCGCGGCCAAACAAGAGACAGTGGAGAAAGTATCTGAGAT
AGTCAAGAAACAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGCGGAAACCAAATTTGT
CGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTTAGAGGAAGAGTT
TGGTATCCAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTTGAACAAGCTGCTGA
ACTCATCGAAGAGCTCATGCAAGCCAAGAAGTAAATTTAAGTTTAGTTTACCCTCAAAAT
AAAAACAGAGCAAGGCTTTGAGTTTGTTATTTTCATTATGTTTTTAATGTGTCAAGTGTC
CTAATGTTTTCATCTGTATCCACGAGTTTCTCTATCTGTCTCCCTGAATCTTTTGGTGCC
CGAAAAAGATTTCAGAATGGATATCATTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EI34TF U 1
AF RR3D460TF U 390
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BS 422 422 RR3D460TF
BS 423 571 RR3EI34TF
BS 572 631 RR3D460TF

RD RR3EI34TF 571 0 0
GGGTACACTCCGCCATCTCTCTCCATCTCTCTCGTGAGTAGCGACGATGGCGACCACTTT
CAGCTCTTCGGTCTCCATGCAAGCTACCTCTCTGGCAACAACAACAACGAGGATTAGTTT
CCATAGGCCTGCTTTGGTTTCAAACCATGCAAGGACTAATCTCTCCTTCAACCTAAGCCG
CACTCGCCTCTCAATCTCTTGCGCGGCCAAACAAGAGACAGTGGAGAAAGTATCTGAGAT
AGTCAAGAAACAACTCTCACTCAAAGACGATCAAAAAGTCGTTGCGGAAACCAAATTTGT
CGATCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACTGTTGAGATAGTGATGGGTTTAGAGGAAGAGTT
TGGTATCCAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTTGAACAAGCTGCTGA
ATTCATCGAAGAGCTCATGCAAGCCAAGAAGTAAATTTAAGTTTAGTTTACCCTCAAAAT
AAAAACAGAGCAAGGCTTTGAGTTTGTTATTTTCATTATGTTTTTAATGTGTCAAGTGTC
CTAATGTTTTCATCTGTATCCACGAGTTTCT

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3D460TF 242 0 0
G
GAAGATTGCAACTGTTGAACAAGCTGCTGAACTCATCGAAGAGCTCATGCA*GCCAAGAA
GTAAATTTAAGTTTAGTTTACCCTCAAAATAAAAACAGAGCAGGGCTTTGAGTTTGTTAT
TTTCATTATGTTTTTAATGTGTCAAGTGTCCTAATGTTTTCATCTGTATCCACTAGTTTC
TCTATCTGTCTCCCTGAATCTTTTGGTGCCCGAAAAAGATTTCAGAATGGATATCATTTT
C

QA 2 242 2 242
DS 



AS 1 2

CO CL6057Contig1 1320 2 4 U
GGGTAACCTCTCAACACACAGAGAAAAACCCTAGATCTGCAAGTGTCCCCCGGCGGCCGG
TGTCCTCTCCCGGAGTCGGAGGCTTCTCCTCTCCCCTTTATCTTGTTTTGTTTTGCTCTC
TTGGCGGTTCCTCTCCCCCCTGTGATATGCTCGACGGATCTGGAGTCTCGATGGAGATCC
CTGCTTAAGCTCTGACCGCGGCGGAGCTGAGGTAGCTGGAAGAAGACGACCTCTGGAACG
GCGGCGAGCAGGAAGAAGAAGAACCTCTGAGATGGGTCGGTTTTTAGGGTTTGTTGGTAA
TCACCGACGGTCGTTTTTCAAGCTTGATTCGTCTGATTTCAACATAGAGATGGAGGTGCG
TGGCTGTGCCTGTGTTCCCCTTTCTCGTAGATCTGAAAGCTGGTGTCTTGGAGAAGAAAA
GAGAGGGCGTGTGGTCAGAAGTCTGGAGAACTTTCGGCGCGTGGAAAGCCTCTGGTCTCA
ATCCCGACAAGTGGACGTTGAGAACCTTTCTCTTAACGGTGGTACCGGAGCTCATAAGGC
TGATGTGTGTCAGCCGGATTGACTCAAGCGTGGCGCGTGGCTGTGATTCCTTCAGTCGTA
GAGGGTCGTCAATGGCCAACTCGGAGGAGGGAAGAATGGCGCTTCATTGTGGACATAGGG
AGCTTCGTCAGCGGCATAAAGGTTTTTCTCAAGAGTAGCTGCTTCTCCGGTTCTCGGAGA
CAGAACATGAGGAGGTTCAAGCTTCATCGATTGGTCAACGAAGGAGTTGTGAACCTCTGT
GGCATCGTGTTTCAAAGTGGAACTTCCGCAATGCCGAATCATAATCATAGTTATATTCGG
CAGTTTCACTTTGTCTCTTTTGTTGGGAACTGAATAGTCGTTGCTGCCAAAATCTCATCC
CGACTTTGCAAGGATACAGAGCCTTAGTTTCAGGTCAGTTGAAACTTACACAGGGGAAAA
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CGTAGTGTGAATTCGCTCCATGTGGTTGCAAGAGTACAATGGAGTTTTGATTGGGTAGCG
TAGGATCCATAGACGTGTTCCTAGGTGGTACTAGATCACTCCATTGTCTTGTGGTTAAAA
CTCGTGTGAGGTGTAATCTCATTGTAAAACTCTTTGGATAATGAAAGTTGAAGTTGAGCC


BQ
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AF RR3GP21TF U 1
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BS 692 692 RR3GP21JQ
BS 693 727 RR3GP21TF
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RD RR3GP21TF 727 0 0
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GCGGCGAGCAGGAAGAAGAAGAACCTCTGAGATGGGTCGGTTTTTAGGGTTTGTTGGTAA
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GAGGGTCGTCAATGGCCAACTCGGAGGAGGGAAGAATGGCGCTTCATTGTGGACATAGGG
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CAGAACA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3GP21JQ 762 0 0
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AAGCTTCATCGATTGGTCAACGAAGGAGTTGTGAACCTCTGTGGCATCGTGTTTCAAAGT
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TTTGTTGGGAACTGAATAGTCGTTGCTGCCAAAATCTCATCCCGACTTTGCAAGGATACA
GAGCCTTAGTTTCAGGTCAGTTGAAACTTACACAGGGGAAAATGCACCTCTCGGTGTTAT
GGTGGTTGATCATGTGCTGCATTCAAATACTAAATCATCGACTGCTCTGAGCTTATTCAG
TTCTCCTCTTGTGTTCTGTTTCGATGGACTTTGAAATAGTTTTGTATCCTTGTTTTTTCT
AGTGGTAGAATGTAGTGGTTTAAGGGGCGGTCCATACCGAGTCGTAGTGTGAATTCGCTC
CATGTGGTTGCAAGAGTACAATGGAGTTTTGATTGGGTAGCGTAGGATCCATAGACGTGT
TCCTAGGTGGTACTAGATCACTCCATTGTCTTGTGGTTAAAACTCGTGTGAGGTGTAATC
TCATTGTAAAACTCTTTGGATAATGAAAGTTGAAGTTGAGCC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL6060Contig1 1395 2 2 U
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CCTTCACTAAGCTCTTTGCAAATCGAGATATTCCCTACGGGTACGATGTGTTGGTGGAGA
ACCTAATGGACCCGGCTCATGTTTCCTATTCACATTATGGAGTAATGCGGATTGGTAAAC
CAAAAGAGACGGTTGACAGAGAAGGGGGAAAACCACTCGAGATTAAAGTAAAAAGGCTAG
ACAACGAAGGGTTCTTTGCAAGACAAGAATGGGTTATTCTAATTTTGTCGCACCATGTGT
GTATCGCTCTTCCACAGAGCCGTTAAGAGAGGAGGACAAGGATTCTGTCACATCTGATAA
GGCGCCATTGAAGAATCGCAAATTGTCATTGATCTTTATATGCATTCCGGTCGGCCCCGG
TCGCAGTAGGTTGATATGGACGTTTCCTAGAGATTTCGCCATTCCAAATAATAACAACAG
GTACAGATTTCTTTCTGCAGTATGTACGACCTACTTAGGTCTTGACCAGCTCCTCCTTCA
TCTGGAGTTAACCGAGAGTTTCGTTTAGCTGTATTTTGACAGGTGAGAACAATAGAGACG
GCGAAGCAGCTGTGTGCGCCTGATTCAAATAGGTTGATTGACGTAGTTGCTGCCAACGGG
CAAAAGAGGAGGATTGGAGATTGATCAGATTGAAATACGACCGGAGTGGGCAGCTGTTTT
AAATCAATAAATGCTGCTGCTATGGCTGTGGATGTAAGCTCCTGATAGAATGATTCACCA
GAGCTTACCTATTTTACTGGTGGGTTATCCAGCTCCTGGGAGACCATCGAAAAGGATATA
TAGAGGGAGCGAGGAGGATTCAGAGGCCATTAAGTAAAATTTGATGGATGATGGAGTTGC
ATAGACTAAGAGTTGATATTTTAAAGAGTCAACGACGTATGCAGTAGTTTAAGTGATGCT
GATATTCCCAAGCACCAAGCTTTTTCGCAGACACTGCAGCAATCAAGAGGGATTGGAACT
GAGTTGAGGTTACCAGGTTACCCCTGCCATTCCGACCACCGATGCCTTTGCCACTTCTGC
TGCTATGTCGATGAAGATGATCTCTATTGTTAAATTATTATTCCCCAAAGTGATTGTTCT
CTTTTTAATGTTTTAAAGTCGATGTCGACTTCTCCGTTTCCTTCACTTCAAGCCTATAAA
TGGGAAGGGTTGAGAGTCTGAGATGGTGATGGGCGTCGTTGTCCTCGGTCGATCTTGGAT
TTTTTTCTGTTAGTTGTGAGATATTTCTGTTTGTTCTGTGAATATAATGATCTGTCATTC
AATCACAGATCGACATATGCATAGATTGTGGTAAAGATACTTTCTTATTAGACAAGGGAA
GTGTATAAATACATG


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AF RR3GZ07TF U 1
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BS 776 1395 RR3GZ07JQ

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ACAACGAAGGGTTCTTTGCAAGACAAGAATGGGTTATTCTAATTTTGTCGCACCATGTGT
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TCTGGAGTTAACCGAGAGTTTCGTTTAGCTGTATTTTGACAGGTGAGAACAATAGAGACG
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CAAAAGAGGAGGATTGGAGATTGATCAGATTGAAATACGACCGGAGTGGGCAGCTGTTTT
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DS 

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CCTATTTTACTGGTGGGTTATCCAGCTCCTGGGAGACCATCGAAAAGGATATATAGAGGG
AGCGAGGAGGATTCAGAGGCCATTAAGTAAAATTTGATGGATGATGGAGTTGCATAGACT
AAGAGTTGATATTTTAAAGAGTCAACGACGTATGCAGTAGTTTAAGTGATGCTGATATTC
CCAAGCACCAAGCTTTTTCGCAGACACTGCAGCAATCAAGAGGGATTGGAACTGAGTTGA
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ATGTTTTAAAGTCGATGTCGACTTCTCCGTTTCCTTCACTTCAAGCCTATAAATGGGAAG
GGTTGAGAGTCTGAGATGGTGATGGGCGTCGTTGTCCTCGGTCGATCTTGGATTTTTTTC
TGTTAGTTGTGAGATATTTCTGTTTGTTCTGTGAATATAATGATCTGTCATTCAATCACA
GATCGACATATGCATAGATTGTGGTAAAGATACTTTCTTATTAGACAAGGGAAGTGTATA
AATACATG

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

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AAAGAGAGATGGGAATATACCTAAGTTCACCCAAAATAGATAAGTTGTCAGAAGATGGAG
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ATGCTCATGCTGCAATTCTTGATCTGGATGACAACACTTCTTTCTTGGGTGTCTATGATG
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ATTCTGGGAGCACGGCATGCGTGGCTGTTATTAGACACAAGCAGCTATTTGTTGCAAATG
CTGGTGACTCACGTTGTGTCATATCCAGAAAGGGTCAGGCTTACAATCTTTCCAGAGATC
ACAAACCAGATCTTGAAGCTGAGAGAGAAAGGATATTGAAAGCTGGTGGATTTATTCACG
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AGAATAAGTTTTTGCCAACTGAAAAGCAAATCGTTACCGCCAGTCCTGATGTAAACACTG
TTGAACTCTGCGATGATGATGATTTTCTTGTTCTTGCCTGCGATGGAATTTGGGACTGCA
TGACAAGCCAACAACTCGTTGATTTTATACATGAACAGATGAATACGGAAACCAAACTCT
CAGTGGTATGTGAAAAAGTTCTAGATAGATGCTTGCTCCAAACACAGCAGGTGGTGAAGG
CTGTGATAACATGACCATGATCTTGGTTCAGTTCAAGAAGCCTGTTCAGTCCACGAAAGC
AGAACCTAGCCAAGCTGAAGCATCAAGCCACAATGAGCCTAGCTCATCAAACTAGCTCCA
TCCTTTGAGCCAAAGGAAGATGATGACATATAGTAGTTTGATTCCACATTGTAAATTCTT
TTGAAAGACATTAATTAGCACAATCTGACTTTTCTGGAGGTTTCAGTTCCTCTGCCTCTA
GACTTTTGTTCCACGAGTTCCAATAATACAAGAAGGAATGATCG


BQ
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AF RR3FE86TF U 1
AF RR3FE86JQ C 521
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GCCACGGAGGTAAAGTTGTTTCAAAGTTCTGTGCCAAGTATCTACACCAGCAGGTTCTCA
GTGATGAGGCATATGCTGCTGGGGATGTAGGGACTTCTCTTCAAAAGGCTTTTTTCAGAA
TGGATGAGATGATGCAAGGGCAGAGAGGATGGCGAGAACTGGCGATACTAGGTGACAAGA
TCAATAAGTTCAGCGGAATGATTGAAGGGTTTATATGGTCACCAAGAAGCGGTGACAGCG
CTAATAGACCTGATGCTTGGGCTTTTGAGGATGGGCCTCATTCTGATTTCACTGGACCTA
ATTCTGGGAGCACGGCATGCGTGGCTGTTATTAGACACAAGCAGCTATTTGTTGCAAATG
CTGGTGACTCACGTTGTGTCATATCCAGAAAGGGTCAG*CTTACAATCTTTCCAGAGATC
ACAAACCAGATCTTGAAGCTGAGAGAGAAAG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3FE86JQ 784 0 0
TTCTGATTTCACTGGAC*TAATTCTGGGAGCACGGCATGCGTGGCTGTTATTAGACACAA
GCAGCTATTTGTTGCAAATGCTGGTGACTCACGTTGTGTCATATCCAGAAAGGGTCAGGC
TTACAATCTTTCCAGAGATCACAAACCAGATCTTGAAGCTGAGAGAGAAAGGATATTGAA
AGCTGGTGGATTTATTCACGCTGGTCGTGTCAATGGAAGCTTGAACCTAGCAAGAGCTAT
CGGTGACATGGAATTCAAGCAGAATAAGTTTTTGCCAACTGAAAAGCAAATCGTTACCGC
CAGTCCTGATGTAAACACTGTTGAACTCTGCGATGATGATGATTTTCTTGTTCTTGCCTG
CGATGGAATTTGGGACTGCATGACAAGCCAACAACTCGTTGATTTTATACATGAACAGAT
GAATACGGAAACCAAACTCTCAGTGGTATGTGAAAAAGTTCTAGATAGATGCTTGCTCCA
AACACAGCAGGTGGTGAAGGCTGTGATAACATGACCATGATCTTGGTTCAGTTCAAGAAG
CCTGTTCAGTCCACGAAAGCAGAACCTAGCCAAGCTGAAGCATCAAGCCACAATGAGCCT
AGCTCATCAAACTAGCTCCATCCTTTGAGCCAAAGGAAGATGATGACATATAGTAGTTTG
ATTCCACATTGTAAATTCTTTTGAAAGACATTAATTAGCACAATCTGACTTTTCTGGAGG
TTTCAGTTCCTCTGCCTCTAGACTTTTGTTCCACGAGTTCCAATAATACAAGAAGGAATG
ATCG

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL6062Contig1 789 2 5 U
GAGGAAAGAAGAGTCTCCAAGTTCCAAGTTAACGCAAGAAGTAAACATGGGTCCTGTTGG
ATTTTTAGTCATGGCTTTCATAGGGGTAATGGCTTCTTCCGTGAACGGCTATGGAGTCGG
CTGGGTCAATGCACACGCCACATTCTACGGCGGTGGCGATGCTTCTGGCACAATGGGTGG
TGCTTGTGGATACGGCAACCTATATAGCCAAGACTACGGGACAAACACGGCGGCTTTGAG
TACGGCTCTGTTCAATAACGGACTTAGCTGCGGTTCTTGCTTTGAGATAAGATGTGAAAA
CGATGGTAAATGGTGTCTCCCTGGCTCAATCGTTGTAACCGCTACAAACTTTTGCCCACC
AAACAACGCCTTACCTAACAACAATGGTGGTTGGTGTAATCCTCCTCTTCAACACTTTGA
TCTCGCTCAGCCTGTGTTTCAACGCATTGCTCAATACAGAGCTGGCATCGTCCCTGTCTC
CTACAGAAGGGTTCCGTGTATGAGAAGGGGAGAAATTAGGTTTACTATCAACGGTCACTC
ATACTTCAACCTCGTTCTGATAACAAACGTCGGCGGCGCCGGAGACGTTCACTCGGCGGC
GATCAAGGGTTCAAGAACAGGTTGGCAAGCCATGTCAAGAAACTGGGGGCAAAACTGGCA
AAGCAACTCTTACCTCAACGGTCAAGCGCTTTCTTTCAAGTCACCACTAGTGACGGCCGT
ACCGTTGTCTCCTACAACGCAGCTCCTTCTAGCTGGTCCTTCGGCAGACATCACCGGTGG
ACAGTTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW43TF U 183
AF RR3DS78TF U 1
BS 1 212 RR3DS78TF
BS 213 213 RR3FW43TF
BS 214 289 RR3DS78TF
BS 290 290 RR3FW43TF
BS 291 789 RR3DS78TF

RD RR3FW43TF 170 0 0
CTTGTGGATACGGCAACCTATATAGCCAAGACTACGGGACAAACACGGCGGCTTTGAGTA
CGGCTCTGTTCAATAACGGACTTAGCTGCGGTTCTTGCTTTGAGATAAGATGTGAAAACG
ATGGTAAATGGTGTCTCCCTGGCTCAATCGTTGTAACCGCTACAAACTTT

QA 1 170 1 170
DS 

RD RR3DS78TF 789 0 0
GAGGAAAGAAGAGTCTCCAAGTTCCAAGTTAACGCAAGAAGTAAACATGGGTCCTGTTGG
ATTTTTAGTCATGGCTTTCATAGGGGTAATGGCTTCTTCCGTGAACGGCTATGGAGTCGG
CTGGGTCAATGCACACGCCACATTCTACGGCGGTGGCGATGCTTCTGGCACAATGGGTGG
TGCTTGTGGATACGGCAACCTATATAGCCAAGGCTACGGGACAAACACGGCGGCTTTGAG
TACGGCTCTGTTCAATAACGGACTTAGCTGCGGTTCTTGCTTTGAGATA*GATGTGAAAA
CGATGGTAAATGGTGTCTCCCTGGCTCAATCGTTGTAACCGCTACAAACTTTTGCCCACC
AAACAACGCCTTACCTAACAACAATGGTGGTTGGTGTAATCCTCCTCTTCAACACTTTGA
TCTCGCTCAGCCTGTGTTTCAACGCATTGCTCAATACAGAGCTGGCATCGTCCCTGTCTC
CTACAGAAGGGTTCCGTGTATGAGAAGGGGAGAAATTAGGTTTACTATCAACGGTCACTC
ATACTTCAACCTCGTTCTGATAACAAACGTCGGCGGCGCCGGAGACGTTCACTCGGCGGC
GATCAAGGGTTCAAGAACAGGTTGGCAAGCCATGTCAAGAAACTGGGGGCAAAACTGGCA
AAGCAACTCTTACCTCAACGGTCAAGCGCTTTCTTTCAAGTCACCACTAGTGACGGCCGT
ACCGTTGTCTCCTACAACGCAGCTCCTTCTAGCTGGTCCTTCGGCAGACATCACCGGTGG
ACAGTTCGC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL6063Contig1 1083 2 2 U
GAGCCCAAGTGAAAGTCCCATGGACAAATCGAGTGGTACAACCACAGAGAGCCCTAGTGA
AACAACCACAGAGAGCCCAAGTGAAAGTTCCACGGACAGCCCGAGTGGCACAACCACAGA
GAGCCCGAGTAATACAACCACTGACAGCCCGAGTGGTACAACCACTGACAGTCCGAGTGG
AAGTCCCACGGATATCCCGAGTGGAAGTTTTACGGACAGTACTGGTATAACCACTGACAG
TCCGAGTGGAAGTCCCACGGACAGCCCAAGTGAAAGTCCCACAGATAGCCCTTCTGACTC
AAAATCTGCTAGTGGTGAAAACTCTGCCAAAGAAGTCGAAATTCAAACATCCAAAGAAGC
AAGGTCGTTCATTCATGCCTTAGAGAAGAAGTACGCAGGAACGGTAGAACTCGATACGTT
CTTCGAGAAACTCAAGACTTCCATGTCTGCTTCCACAAAGATATCTAACACTGACGAAAA
ACGTTTCGTTTCTAAAATGAATTCTGCTGTTAGTTCTGTGTCCGAAGCCGCATCTACTGT
TAGTTCAAAGTTAGCCAAATCACCAGAGGCGAAGAGCCGCATGAAATCTTCCAAAGAACA
ATTGATGAAGACTTTCAAAGAACTAGAAGACCTTAACAGTAAAATAGTGAGCCAAAATAA
AGGCAAAACAGTGTCGTCCACACAACACTCAGAGCTTAAACAGGCACTCAGTAAATGGGA
ACAAGTCACCACCCAGTTTGTGGAGAATCTTACCTTTTCGAGTTTTTCATTTTCATCTTC
CTCTTCCTCTCAGTTTCAGAAATCTCAACAGTTTAAACAATTTCATGAGTCTCAACAGTT
TCAGCAGGGCAGTACCATGAAGACTCAGACCAATTGATGCGACTCAAATCATCAAGAAAG
ACAAACTAGTACAGCCATATATGATAATTAGTAACCAACTAGAGGTTTTTGTTTCTTTCA
ATAAGACTAATTAGATCGGTGTAGGCAAGCAATGTCTACCTATAGACCGACGTATGCAAA
TAATGTATACTGTATGCGCTCTCTCTGTGCTTTACAAAGAGAAGTAAGCGAGACACAAAA
GGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
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10 10 10 

AF RR3CL75TF U 1
AF RR3CL75JQ C 489
BS 1 658 RR3CL75TF
BS 659 1083 RR3CL75JQ

RD RR3CL75TF 658 0 0
GAGCCCAAGTGAAAGTCCCATGGACAAATCGAGTGGTACAACCACAGAGAGCCCTAGTGA
AACAACCACAGAGAGCCCAAGTGAAAGTTCCACGGACAGCCCGAGTGGCACAACCACAGA
GAGCCCGAGTAATACAACCACTGACAGCCCGAGTGGTACAACCACTGACAGTCCGAGTGG
AAGTCCCACGGATATCCCGAGTGGAAGTTTTACGGACAGTACTGGTATAACCACTGACAG
TCCGAGTGGAAGTCCCACGGACAGCCCAAGTGAAAGTCCCACAGATAGCCCTTCTGACTC
AAAATCTGCTAGTGGTGAAAACTCTGCCAAAGAAGTCGAAATTCAAACATCCAAAGAAGC
AAGGTCGTTCATTCATGCCTTAGAGAAGAAGTACGCAGGAACGGTAGAACTCGATACGTT
CTTCGAGAAACTCAAGACTTCCATGTCTGCTTCCACAAAGATATCTAACACTGACGAAAA
ACGTTTCGTTTCTAAAATGAATTCTGCTGTTAGTTCTGTGTCCGAAGCCGCATCTACTGT
TAGTTCAAAGTTAGCCAAATCACCAGAGGCGAAGAGCCGCATGAAATCTTCCAAAGAACA
ATTGATGAAGACTTTCAAAGAACTAGAAGACCTTAACAGTAAAATAGTGAGCCAAAAT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3CL75JQ 595 0 0
TTTCTAAAATGAATTCTGCTGTTAGTTCTGTGTCCGAAGCCGCATCTACTGTTAGTTCAA
AGTTAGCCAAATCACCAGAGGGGAAGAGCCGCATGAAATTTTCCAAAGAACAATTGATGA
AGACTTTCAAAGAACTAGAAGACCTTAACAGTAAAATAGTGAGCCAAAATAAAGGCAAAA
CAGTGTCGTCCACACAACACTCAGAGCTTAAACAGGCACTCAGTAAATGGGAACAAGTCA
CCACCCAGTTTGTGGAGAATCTTACCTTTTCGAGTTTTTCATTTTCATCTTCCTCTTCCT
CTCAGTTTCAGAAATCTCAACAGTTTAAACAATTTCATGAGTCTCAACAGTTTCAGCAGG
GCAGTACCATGAAGACTCAGACCAATTGATGCGACTCAAATCATCAAGAAAGACAAACTA
GTACAGCCATATATGATAATTAGTAACCAACTAGAGGTTTTTGTTTCTTTCAATAAGACT
AATTAGATCGGTGTAGGCAAGCAATGTCTACCTATAGACCGACGTATGCAAATAATGTAT
ACTGTATGCGCTCTCTCTGTGCTTTACAAAGAGAAGTAAGCGAGACACAAAAGGG

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

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CCTTGACAAGTTCAAACAAGAGGATGTGAGCTCGCTAACAGTACTTGTGATGGGGAAAGG
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TACTTTCCAGTCTGAAGGACTGAGACCTACATTGGTCTCTCGCTCAAGATCGGGTTTTAC
ATTAAACGTCATCGACACTCCTGGTCTGATTGAAGGAGGTTATGTTAATGATCAAGCCGT
CAACCTTATCAAAGGGTTTCTCCTGAACAAGACTATAGATGTGCTACTATACGTGGACCG
TTTGGATGTGTACCGGGTGGATGACTTGGATAGGCAGGTGGTGACGGCTATAACAGATGC
ATTTGGTAAAGAGATATGGAAGAAGTCTGCTCTCGTCCTCAGTCATGCTCAGTTCTCTCC
ACCGGACGGATTGAATTATGATCTCTTTGTCTCCAGAAGATCTGATGCTCTTCTGAAACT
GATCCGTGCCGCCGCTCAAGTAAAGAAACAGGATATGCAGGGTTCATTGTTTCCTGTCAT
ACGTGTTGAGAACAGTGGAAGGTGTAATAAGAATGAAAGCGACGAAAAGATTCTTCCAGA
CGGAACTAGTTGGATTCCCAATCTGTTCAAGACAATCACAGAGATCTCCTTTAACGGCAG
CGAGTCGATACACGTAGACAAGAAACTGGTGGAAGGGCCAAACCCAAACGAGAGAGGAAA
ACGACTGATTCCATTGATCTTTGCATTCCGATACCTTTTATTGATGAAGCCATTGGTTAG
ATTAATCAAGTCTGATGTCTCTAGAGAGAGCAAACCGGCGTGGGAGATTCGAGACTCCGG
TTCAGCAAGTCGAAGGGCTTAAACTCGGGTTTTGGCTTTGTTTTGTCTTTGAGAAATTTC
TGTAGCGTGAAGCTTATTATGTCTTAAGAGTTGTTTTGTACTATTAACTCTACAAAGGAT
ACAA


BQ
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10 10 10 10 

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BS 665 1204 RR3CY21JQ

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CGGTGTTGGGAAGTCTTCAACTGTTAATTCAGTTATAGGCGAGAGAGCTGCTGCTGTCAG
TACTTTCCAGTCTGAAGGACTGAGACCTACATTGGTCTCTCGCTCAAGATCGGGTTTTAC
ATTAAACGTCATCGACACTCCTGGTCTGATTGAAGGAGGTTATGTTAATGATCAAGCCGT
CAACCTTATCAAAGGGTTTCTCCTGAACAAGACTATAGATGTGCTACTATACGTGGACCG
TTTGGATGTGTACCGGGTGGATGACTTGGATAGGCAGGTGGTGACGGCTATAACAGATGC
ATTTGGTAAAGAGATATGGAAGAAGTCTGCTCTCGTCCTCAGTCATGCTCAGTTCTCTCC
ACCG

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3CY21JQ 703 0 0
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TCTCTTTGTCTCCAGAAGATCTGATGCTCTTCTGAAACTGATCCGTGCCGCCGCTCAAGT
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TCTGTTCAAGACAATCACAGAGATCTCCTTTAACGGCAGCGAGTCGATACACGTAGACAA
GAAACTGGTGGAAGGGCCAAACCCAAACGAGAGAGGAAAACGACTGATTCCATTGATCTT
TGCATTCCGATACCTTTTATTGATGAAGCCATTGGTTAGATTAATCAAGTCTGATGTCTC
TAGAGAGAGCAAACCGGCGTGGGAGATTCGAGACTCCGGTTCAGCAAGTCGAAGGGCTTA
AACTCGGGTTTTGGCTTTGTTTTGTCTTTGAGAAATTTCTGTAGCGTGAAGCTTATTATG
TCTTAAGAGTTGTTTTGTACTATTAACTCTACAAAGGATACAA

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

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ATACCCTCTCGATACCTGCAAATCCAAGTACCAAGCCGAGATCAGTGTCCCCGGTAGCCA
CAAATACAGACGCATATCAGATGTCTTTTGGGAAGCGATTTCTTCAGGGAACGTTCTCTC
CTTGTATCAAGGCCTAGGGACTAAGAACGTGCAGTCCTTTGTTTCCTCCTTCATCTACTT
CTATAGTTACAGCTACTTCAAGAGGTTGCATAGTGAGAGGATAGGTTCTAAGTCGATTGG
CACAAAGGCTAACCTTCTCATCGCTGCTGCTTCTGCTGCTTTTACCAATATATTGACCCA
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TTGGAAGACTTTAACCGAAGGTACTTGGGGAGATGCATACGATGGCATGGGGATTACTCT
CTTACTCACCCCTAATCCTGCTATTCAGTATACAGTGTTTGATCAGCTGAAACAGAACCT
CGTTGAGAAAAGAAAGGCAAAAGCCAGCAAAGACTCTTCCCCTGTAGTCATCTCTTCCTT
TATGGCCTTCTTGTTGGGTGCCATCTCAAAAACTGCTGCTACCGTCATCACTTATCCACT
CATCAGGTGCAAGGTGATGATTCAAGCAGCAGATGACACAAAGGACAGTGAAGCAAAGAG
GCCCCGAGAAAGAATCAAGAAAACGATTCCAGGGGTCATTTATGCTATATGGGAAAAAGA
AGGTGTCTTAGGGTTCTTCAAAGGCTTGCAGGCTCAGATCTTAAAGACAGTACTGAGCTC
GGCGTTGCTACTGATGATCAAGGAGAAAATCACAGCAACCACATGGTTTCTCATCTTAGC
CATAAGAAAAACTCTGTTTGTCACAAAAGGTAGGTTGAAAAGCTCGTAAAGATTGCAATA
GCAGAAGACTTTGGTTTTGGCAGTATGCTATTGAAAAAAAGCTTTCAAAAGCAGGCAAGT
GTTGTATTTTTTCTCTCATTTCAAGAAACAATTGATTTTTGAGCTAAGGATCTCTGACAA
AGCTTCATATTGTTTAGTTATGTTCGTGTGTGTGTTTTCAGTTGTAATAATAAAAGTAAG
AAAGGATCTTGCGACTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E584TF U 1
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BS 633 1157 RR3E584JQ

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CTTGTATCAAGGCCTAGGGACTAAGAACGTGCAGTCCTTTGTTTCCTCCTTCATCTACTT
CTATAGTTACAGCTACTTCAAGAGGTTGCATAGTGAGAGGATAGGTTCTAAGTCGATTGG
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TTGGAAGACTTTAACCGAAGGTACTTGGGGAGATGCATACGATGGCATGGGGATTACTCT
CTTACTCACCCCTAATCCTGCTATTCAGTATACAGTGTTTGATCAGCTGAAACAGAACCT
CGTTGAGAAAAGAAAGGCAAAAGCCAGCAAAGACTCTTCCCCTGTAGTCATCTCTTCCTT
TATGGCCTTCTTGTTGGGTGCCATCTCAAAAA

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DS 

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TTCTTGTTGGGTGCCATCTCAAAAACTGCTGCTACCGTCATCACTTATCCACTCATCAGG
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TTAGGGTTCTTCAAAGGCTTGCAGGCTCAGATCTTAAAGACAGTACTGAGCTCGGCGTTG
CTACTGATGATCAAGGAGAAAATCACAGCAACCACATGGTTTCTCATCTTAGCCATAAGA
AAAACTCTGTTTGTCACAAAAGGTAGGTTGAAAAGCTCGTAAAGATTGCAATAGCAGAAG
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TTTTTCTCTCATTTCAAGAAACAATTGATTTTTGAGCTAAGGATCTCTGACAAAGCTTCA
TATTGTTTAGTTATGTTCGTGTGTGTGTTTTCAGTTGTAATAATAAAAGTAAGAAAGGAT
CTTGCGACTC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTTAGCTAACCACAGATTCCTCTTCCTCGGTGCTGGAGAGGCTGGCACAGGAATAGCTGA
ACTAATTGCTCTTGAGATATCAAAGAAGTGCCAAATTCCATTGGAAGAGGCTCGGAAGAA
TATTTGGCTTGTGGATTCGAAGGGATTGATTGTCAGTTCCCGTAAAGAATCCATTCAACA
CTTCAAAAAGCCTTGGGCTCATGACCATAAACCCATAAAGGAGCTTGTTGATGCAGTCAA
GGCAATCAAGCCGACCGGTTTAATTGGAACATCAGGAGTAGGTCAAACGTTCACACAAGA
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AACTTCTCAGTCAGAATGTACAGCAGAACAGGCTTATACTTGGAGTAAGGGACGAGTGAT
ATTTGCAAGTGGAAGCCCATTTGCGCCGGTAGAGTATGAGGGGAGGACGTTTGTGCCTGG
ACATTTCCCTATATCCTCGGGGAAAACGGAACTGATCCTCTTGTTTGGAAGTAATGGTGG
GTGCTCTGTTTGTTGTTGGCTCATCGGTGATGGATTCCCCAAGCGGTCCATGTTTATGTA
TTAATGCTCATACAAGAATCTCTCCGAACAAGAAGAAGATCCTTGGCAGTGCAAGAAAGC
TAGAGTTAGGAAGCTCTTTTACCGGTTCAAGCATTGTTTTCAGGCTTTCTTCTACCAAAC
GCGTACCAAGAATTGCGAGTCGAAGGAGCAAGAAGAAGCTCGTGATTGTGAACGAGGACG
TTGCTGGGAACTACGAGGATACCTTCGGAGATGTCAAGACGCAACTTATAAACTACTTCA
CATACAAAGCTGTGAGGACGGTTCTACATCAGTTATACGAAATGAATCCTCCTAGATACA
CTTGGTTCTATAATTACGTCGTATCAAACAGACCAACCGAAGGCAAACGATTCCTTCGCA
AACTCGGCAAGGAGAATCAGGAGCTTGCAGAAAGAGTTATGATCACACGCCTCCACTTGT
ATGGCAAGTGGATCAAGAAATGTGACCATGGGAAGATATACCAAGATATATCAGATGAGA
ACTTGGCGTTGATGCGTGAACGACTGATGGAGACCGTGATATGGCCTTCTGACGACTCAA
ACTCTGAGGTTATTGGCTGAAAGAAGTATATGTCACAAAACCCACAGCATCTCCTTTGTG
AATTCGCTTTCTCAGTTTTTTTAGGACATGAGCTTCTCTTAGTTTATAATATTAGTCATT
GAGCAGTATATACGAGTCTATTCTTGGCATGTGCTGTTTATGATATATGGCAAAACTATA
TCTTCTTCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BA41TF U 1
AF RR3BA41JQ C 674
BS 1 763 RR3BA41TF
BS 764 764 RR3BA41JQ
BS 765 805 RR3BA41TF
BS 806 806 RR3BA41JQ
BS 807 826 RR3BA41TF
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BS 828 853 RR3BA41TF
BS 854 1390 RR3BA41JQ

RD RR3BA41TF 853 0 0
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CTTAGCTAACCACAGATTCCTCTTCCTCGGTGCTGGAGAGGCTGGCACAGGAATAGCTGA
ACTAATTGCTCTTGAGATATCAAAGAAGTGCCAAATTCCATTGGAAGAGGCTCGGAAGAA
TATTTGGCTTGTGGATTCGAAGGGATTGATTGTCAGTTCCCGTAAAGAATCCATTCAACA
CTTCAAAAAGCCTTGGGCTCATGACCATAAACCCATAAAGGAGCTTGTTGATGCAGTCAA
GGCAATCAAGCCGACCGGTTTAATTGGAACATCAGGAGTAGGTCAAACGTTCACACAAGA
AGTGGTGGAAACCATGGCAGAGCTAAATGAGAAACCCATCATCCTTTCTCTTTCAAACCC
AACTTCTCAGTCAGAATGTACAGCAGAACAGGCTTATACTTGGAGTAAGGGACGAGTGAT
ATTTGCAAGTGGAAGCCCATTTGCGCCGGTAGAGTATGAGGGGAGGACGTTTGTGCCTGG
ACATTTCCCTATATCCTCGGGGAAAACGGAACTGATCCTCTTGTTTGGAAGTAATGGTGG
GTGCTCTGTTTGTTGTTGGCTCATCGGTGATGGATTCCCCAAGCGGTCCATGTTTATGTA
TTAATGCTCATACAAGAATCTCTCCGAACAAGAAGAAGATCCTTGGCAGTGCAAGAAAGC
TAGAGTTAGGAAGCTCTTTTACCGGTTCAAGCATTGTTTTCAG*CTTTCTTCTACCAAAC
GCGTACCAAGAATTGCGAGTCGAAG*AGCAAGAAGAAGCTCGTGAT*GTGAACGAGGACG
TTGCTGGGAACTA

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR3BA41JQ 717 0 0
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CTCTTTTACCGGTTCAAGCATTGTTTTCAGGCTTTCTTCTACCAAACGCGTACCAAGAAT
TGCGAGTCGAAGGAGCAAGAAGAAGCTCGTGATTGTGAACGAGGACGTTGCTGGGAACTA
CGAGGATACCTTCGGAGATGTCAAGACGCAACTTATAAACTACTTCACATACAAAGCTGT
GAGGACGGTTCTACATCAGTTATACGAAATGAATCCTCCTAGATACACTTGGTTCTATAA
TTACGTCGTATCAAACAGACCAACCGAAGGCAAACGATTCCTTCGCAAACTCGGCAAGGA
GAATCAGGAGCTTGCAGAAAGAGTTATGATCACACGCCTCCACTTGTATGGCAAGTGGAT
CAAGAAATGTGACCATGGGAAGATATACCAAGATATATCAGATGAGAACTTGGCGTTGAT
GCGTGAACGACTGATGGAGACCGTGATATGGCCTTCTGACGACTCAAACTCTGAGGTTAT
TGGCTGAAAGAAGTATATGTCACAAAACCCACAGCATCTCCTTTGTGAATTCGCTTTCTC
AGTTTTTTTAGGACATGAGCTTCTCTTAGTTTATAATATTAGTCATTGAGCAGTATATAC
GAGTCTATTCTTGGCATGTGCTGTTTATGATATATGGCAAAACTATATCTTCTTCCC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL6068Contig1 1244 2 2 U
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CACTTATCCAGAAACCAAAACTAATAGAGACAGAAACCTATGACCAGTTTCATGATTCTG
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GTAAATATCAAGGGCTTATCTTATCTTTTGATTCACTGAGGCAAAGCCGCTTCAACCTCA
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TTCACCATACTCTTAAACAACCTCTTCGCCTCATCAAACTCACCTTCACTACAAAACCCA
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AGCAAAGCCTTTGCTTCTCCAGATCTCTTCCTCTTACACAAGCTCTGGATCCGAATGTTA
TGAGTCGATACTCCCACGCTAACGCCGCGCTCTTTCATCATCGCCAACACTTTCCCTACA
TCCTCCTTCTTATCCTCTCGGTAAAATCCAGCAATCATTAAACCGAACGTGGAGCTCGTC
GGCTTAATCCTTTTCCTCTCCATCTCGGCAACGATGGAGTAAGACGAGCTCGCGGAGCCG
GACTCGCAGAAGACTTTGATCATACGGTCGTACGTCTCGAGATCAGGCTCGATTTTGTAC
ATCTTAGGGAACTCAATGTAAACGCGTTTCGCTTCCTTGTAATCTCTAGCCACCAAGCAA
GCGAAGAGGGAAGCGGCGCGGCAGATCTCGAGGATGCGGTTCGGGTCTTTCTCGGTTTTG
AGGAGGGAGAGGGCGGTTTTGCTCTTTTGTTTGCTGGTGAGTGGGGTTTTGGAGTCGGGT
GAGAGGATCGATGAGGCGGAGGAGAGAGAGCGGATTTGAGGGGAGGGGTTGAGGTGACGG
AGGAGAGAGGCAGATGAGCGGATTCGAGTGAGTAACGCCATTCC


BQ
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BS 633 1244 RR3AG93TF

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DS 

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TAGCCACCAAGCAAGCGAAGAGGGAAGCGGCGCGGCAGATCTCGAGGATGCGGTTCGGGT
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TTTTGGAGTCGGGTGAGAGGATCGATGAGGCGGAGGAGAGAGAGCGGATTTGAGGGGAGG
GGTTGAGGTGACGGAGGAGAGAGGCAGATGAGCGGATTCGAGTGAGTAACGCCATTCC

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

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GGGTCGTTTCATCTTCTCAACCGAAGTCGATACATCGACACCACTCCGTCCCTCCATCTC
TGTAATGGATCGACTTCGAATATCAGATTCCGATGAATTTCAACAGAAAAACCACCGTCT
TAACTCCAAGCAACCAAACGGAAACGACGGAGCCGAGGCGATCGAACATAGTGGCAAATC
CGGTGCTTCATCCGCCGAGCCGATGAAACGTATCGGCGATTCAGGTGGCTCCTCCGCCGT
ACCGATCAACCGTTCCTCCGCCGTACCGATCAAATTTTCCTCTGCAATGGCTATGATATC
CTCGATGAACATCGCATCTTCCGCGTCGTCCCGGGGCTAGGACGCTGTGAATGAGATACT
CTTATTCTATGGAACGAAGGAAGCTACTAAAGGAAGAATGTCTTACTCCATGGAAACTCT
GAATTTCCTAGTAATGTCTTATTCCATGGAAACTCTGAATTTCCCAGTAAACTCTTAACT
TGACAGGGCCTCCAAAAATCAATCAATACTGTATGAGCCCATCGAAGAGATTGATATCAT
GTTGAACCAGATTTCCTGGAACTTCTGGTCAGAACATCCAGGACCCTGACAAGCATTCAG
AGGCTGAGAGCAAGCTGGATAGGCAAAATATACATTTGGAACAAAGTTCCAGTTTGGAGT
CTATTGGTTTGATTTATTTCTGTGCAGGTTGTTATTCCTTCACCGATAGAGACCCTTCCT
TAATTTAGACTTGCCTTCATAACTACTTTGTTCGGAATCAAGACAAATATGACATCCGTT
TGGTAAAAGGGTCAGAAGGATAGCTGGTCAAGTTGAAATTTGAGTTGCTGTTGCAGCGAG
TTGAAATTTGAGCAGACATCATCCTCATTGGAACCCCATTTTTCTTTCATAACTCAAGGT
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AAGAAATCGGAAGTGTCACATTCCTAGCTTTAACCTTCAGTTATAAAGTTAATCACAACA
CTAAGTTGTTACCTTTGGTACACTCCCCAAGTCCTACCAAACAGATGTATGTATTTTCTT
AAGAAATACGAGAAATACTTTTTCAAATCTTTTGAAGTGTCATTGTATTATTTTCTTGAC
AATCTAATACATTAATCTTAATAGTATTTAC


BQ
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AF RR3EA12TF U 1
AF RR3EA12JQ C 458
BS 1 623 RR3EA12TF
BS 624 1171 RR3EA12JQ

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TGTAATGGATCGACTTCGAATATCAGATTCCGATGAATTTCAACAGAAAAACCACCGTCT
TAACTCCAAGCAACCAAACGGAAACGACGGAGCCGAGGCGATCGAACATAGTGGCAAATC
CGGTGCTTCATCCGCCGAGCCGATGAAACGTATCGGCGATTCAGGTGGCTCCTCCGCCGT
ACCGATCAACCGTTCCTCCGCCGTACCGATCAAATTTTCCTCTGCAATGGCTATGATATC
CTCGATGAACATCGCATCTTCCGCGTCGTCCCGGGGCTAGGACGCTGTGAATGAGATACT
CTTATTCTATGGAACGAAGGAAGCTACTAAAGGAAGAATGTCTTACTCCATGGAAACTCT
GAATTTCCTAGTAATGTCTTATTCCATGGAAACTCTGAATTTCCCAGTAAACTCTTAACT
TGACAGGGCCTCCAAAAATCAATCAATACTGTATGAGCCCATCGAAGAGATTGATATCAT
GTTGAACCAGATTTCCTGGAACTTCTGGTCAGAACATCCAGGACCCTGACAAGCATTCAG
AGGCTGAGAGCAAGCTGGATAGG

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3EA12JQ 714 0 0
AATTTCCCAGTAAACTCTTAACTTGACAGGGCCTCCAAAAATCAATCAATACTGTATGAG
CCCATCGAAGAGATTGATATCATGTTGAACCAGATTTCCTGGAACTTCTGGTCAGAACAT
CCAGGACCCTGACAAGCATTCAGAGGCTGAGAGCAAGCTGGATAGGCAAAATATACATTT
GGAACAAAGTTCCAGTTTGGAGTCTATTGGTTTGATTTATTTCTGTGCAGGTTGTTATTC
CTTCACCGATAGAGACCCTTCCTTAATTTAGACTTGCCTTCATAACTACTTTGTTCGGAA
TCAAGACAAATATGACATCCGTTTGGTAAAAGGGTCAGAAGGATAGCTGGTCAAGTTGAA
ATTTGAGTTGCTGTTGCAGCGAGTTGAAATTTGAGCAGACATCATCCTCATTGGAACCCC
ATTTTTCTTTCATAACTCAAGGTCACCGATTGTTTTTTTTTTTGCAGGTGAACCTAAAAT
TGTTTTTTTTGGCAGGTGAACCTAAGAAATCGGAAGTGTCACATTCCTAGCTTTAACCTT
CAGTTATAAAGTTAATCACAACACTAAGTTGTTACCTTTGGTACACTCCCCAAGTCCTAC
CAAACAGATGTATGTATTTTCTTAAGAAATACGAGAAATACTTTTTCAAATCTTTTGAAG
TGTCATTGTATTATTTTCTTGACAATCTAATACATTAATCTTAATAGTATTTAC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL6070Contig1 1422 2 2 U
GCTTTGATCAAGCAATGGCTTTTCTTGGTGTCTTCTTACGGATCTTTACTTTCATTCTGG
CTTTGACTCAGCTCGTTGATGGGTTCCAGAGTCGAATGTTGATGAACAATGGACTTGCTC
TCACTCCTCAAATGGGGTGGAACAGCTGGAATCATTCTCAGTGTAACATCAATGAAACTC
TTATCAAACAAACCGCTGATGCAATGGTTTCAAGTGGTCTCTCTGCAATAGGTTACAAGT
ACATCAACATAGATGATTGTTGGGGTGAACTCAAGAGAGATTCTCAGGGAAACTTGGTTG
CAAAAGCATCGACGTTTCCTTCAGGGATCAAAGCTTTATCAGATTATGTTCATAGCAAAG
GGCTTAAGCTTGGAATCTACTCTGATGCTGGGACTCTTACCTGCAGCCAAACCATGCCAG
GCTCACTGGGGCATGAAGAACAAGATGCCAAAACATTTGCCTCATGGGGCATTGATTACT
TGAAGTATGATAACTGCCAAAACACAGGGACAAGTCCAAAAGAAAGATACCCAAAGATGA
GCAAAGCTCTGATGAATTCAGGAAGATCCATATTCTTCTCTCTGTGTGAATGGGGACAAG
AGGATCCAGCAACATGGGCAGGAGCCATTGGTAACAGTTGGAGAACAACAGGAGATATTC
AAGATAACTGGGAAGAGCATGACAATGATAGCAGATCAGAATGATAGATGGGCGTCTTAC
GCAAGACCAGGATCATGGAACGATCCGGACATGCTCGAAGTGGGAAATGGAGGCATGACT
AGAGAAGAGTACAGATCCCATTTCAGCATCTGGGCATTGGCTAAAGCTCCTCTGCTGATA
GGGTGTGATCTTAGATCGATGGACAAGGTCACTTTTGAGTTGCTTAGCAACAGAGAGGTG
GTTGCTGTTAATCAAGACAAACTTGGGATCCAAGGAAAGAAAATCAAGAAAGAATGTGAT
CTTGAGGTATGGGCAGGTCCTCTAAGTATGAAACGTGTAGCAGTGATCTTATGGAACAGA
GGATCAAAGGCTGCAAATATTACTGCTAGATGGGAGGACATTGGCCTTGATTCATCAGCT
ATTGTTAATGCTCGTGACTTATGGGCGCATTCAACACACTTAGGTGTAAGAAAACAAATA
TCTGCCCTAGTGGAGCCTCATGCCTGCAAAATGTATACTCTCACCAGAAGCACAGCATAA
GATGATGTGCATCTACATCTAGAGTCAATCAAGTGAAACTGATAACTAGCAGAATATTTA
CTGTTGAAATCAAGAAGAGTGTACCAAAACATCTCCTTCTCAATCTATGTATTTCCAATG
CTTAATATGAAATGCAAGCATAAAAATAATCAATTTAAACAACATTTACAGTAAGAAGAG
TTTGTATTATGGCAAATCTCTCACAAAAATCCAGATGTTGGC


BQ
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AF RR3AB02TF U 1
AF RR3AB02JQ C 624
BS 1 794 RR3AB02TF
BS 795 1422 RR3AB02JQ

RD RR3AB02TF 794 0 0
GCTTTGATCAAGCAATGGCTTTTCTTGGTGTCTTCTTACGGATCTTTACTTTCATTCTGG
CTTTGACTCAGCTCGTTGATGGGTTCCAGAGTCGAATGTTGATGAACAATGGACTTGCTC
TCACTCCTCAAATGGGGTGGAACAGCTGGAATCATTCTCAGTGTAACATCAATGAAACTC
TTATCAAACAAACCGCTGATGCAATGGTTTCAAGTGGTCTCTCTGCAATAGGTTACAAGT
ACATCAACATAGATGATTGTTGGGGTGAACTCAAGAGAGATTCTCAGGGAAACTTGGTTG
CAAAAGCATCGACGTTTCCTTCAGGGATCAAAGCTTTATCAGATTATGTTCATAGCAAAG
GGCTTAAGCTTGGAATCTACTCTGATGCTGGGACTCTTACCTGCAGCCAAACCATGCCAG
GCTCACTGGGGCATGAAGAACAAGATGCCAAAACATTTGCCTCATGGGGCATTGATTACT
TGAAGTATGATAACTGCCAAAACACAGGGACAAGTCCAAAAGAAAGATACCCAAAGATGA
GCAAAGCTCTGATGAATTCAGGAAGATCCATATTCTTCTCTCTGTGTGAATGGGGACAAG
AGGATCCAGCAACATGGGCAGGAGCCATTGGTAACAGTTGGAGAACAACAGGAGATATTC
AAGATAACTGGGAAGAGCATGACAATGATAGCAGATCAGAATGATAGATGGGCGTCTTAC
GCAAGACCAGGATCATGGAACGATCCGGACATGCTCGAAGTGGGAAATGGAGGCATGACT
AGAGAAGAGTACAG

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3AB02JQ 799 0 0
GCCATTGGTAACAGTTGGAGAACAACAGGAGATATTCAAGATAACTGG*AAGAGCATGAC
AATGATAGCAGATCAGAATGATAGATGGGCGTCTTACGCAAGACCAGGATCATGGAACGA
TCCGGACATGCTCGAAGTGGGAAATGGAGGCATGACTAGAGAAGAGTACAGATCCCATTT
CAGCATCTGGGCATTGGCTAAAGCTCCTCTGCTGATAGGGTGTGATCTTAGATCGATGGA
CAAGGTCACTTTTGAGTTGCTTAGCAACAGAGAGGTGGTTGCTGTTAATCAAGACAAACT
TGGGATCCAAGGAAAGAAAATCAAGAAAGAATGTGATCTTGAGGTATGGGCAGGTCCTCT
AAGTATGAAACGTGTAGCAGTGATCTTATGGAACAGAGGATCAAAGGCTGCAAATATTAC
TGCTAGATGGGAGGACATTGGCCTTGATTCATCAGCTATTGTTAATGCTCGTGACTTATG
GGCGCATTCAACACACTTAGGTGTAAGAAAACAAATATCTGCCCTAGTGGAGCCTCATGC
CTGCAAAATGTATACTCTCACCAGAAGCACAGCATAAGATGATGTGCATCTACATCTAGA
GTCAATCAAGTGAAACTGATAACTAGCAGAATATTTACTGTTGAAATCAAGAAGAGTGTA
CCAAAACATCTCCTTCTCAATCTATGTATTTCCAATGCTTAATATGAAATGCAAGCATAA
AAATAATCAATTTAAACAACATTTACAGTAAGAAGAGTTTGTATTATGGCAAATCTCTCA
CAAAAATCCAGATGTTGGC

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DS 



AS 1 2

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GATAACCCACAAGCATAACTCCCATAACAAGCACGTCTATCCATAAATTGTTCAGTCCCA
TGGCTTTGATTCCTGGGAAGTCTCCAACTCTGCACCAGACCCATTCTGAGCACTCGTAGT
AGTCTTCGTCACTGTATTGAATACCCAAAAGCAGCTTGTAGCAGTAGTAGCTATAGCTTA
GGTACTTGAGCCATACGATGAAAGGAGGGATTTGCTGAACGTAATACCCTCCAGCTATGA
GAAACACAAGTGTCGTAACAGATGCTAACGTTGTGGCTTGCTTGATGTTCATAAGGAGAG
CACCGAATGCTAAACCAAGACCTTGAGCAACAAGGACGGAGTAGAGAACAACCAGTAGTG
AGAGGATAAACGTTGTGGGGTCAGGTTTGAGCCCACCCATCCAGTAAATTATGAACACAA
AAGCAGTTGGAAGGGCGAGTTCCAAGGGCAGGTCTCCAATGTTTCTTGCCATGAAATAGG
AGGAAAGACGGTACATTCCGGATGACCTCTCCTTGATTAGCATTCTCTTCTCCTGGGGAA
ATGTGAAAACCGCGTTGTATAGCGGGTAGAATCCCCAAAAGACTGAGAAGAAGAAGAGTA
AGGCAGTTCTATCCTGAATGTGAGATTTTGGAGTATGCCACCAGAGAAGGCCACCAAGGA
AAGCCACACTGATGACTTGGAAAATCCTGAGCTTATTGAAAGATTCAAATCTCCTCTCTC
TGACCCCTCTTTGGAGCAATACAGTGAACTGGTACCACCAAGTTGTGCACCACTGTTCTG
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GGTCAAGTAAAAGGTCAGCTGGGTTAACTGTCATGGAAGTGGAGAATCCAACAGAGCTGA
AATATTCCATAGCAGAAGATGCCGGGCCATAATAAATAGGACTGCCTTCAGACAGTAAAA
CCACCTTGTCAAACATATGGTATATGCGGCTTGATGGCTGATGGATGGTGGTGACTACTG
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CAAGACCCGAAGTTGGTTCATCAAGAAGGAGCAAGCTAGGATTGATCAGCATTTCTTGAC
CGATGCTAACTCTTTTTTTCTCCCCTCCTGATATTCCTCTGAACAGTGGTCCTCCC


BQ
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AF RR3B547TF C 635
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BS 799 1376 RR3B547TF

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AGAGGATAAACGTTGTGGGGTCAGGTTTGAGCCCACCCATCCAGTAAATTATGAACACAA
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AGGAAAGACGGTACATTCCGGATGACCTCTCCTTGATTAGCATTCTCTTCTCCTGGGGAA
ATGTGAAAACCGCGTTGTATAGCGGGTAGAATCCCCAAAAGACTGAGAAGAAGAAGAGTA
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AAGCCACACTGATGACTTGGAAAATCCTGAGCTTATTGAAAGATTCAAATCTCCTCTCTC
TGACCCCTCTTTGGAGCA
TACAGT

QA 1 798 1 798
DS 

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ATTGAAAGATTCAAATCTCCTCTCTCTGACCCCTCTTTGGAGCAATACAGTGAACTGGTA
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AATAGGACTGCCTTCAGACAGTAAAACCACCTTGTCAAACATATGGTATATGCGGCTTGA
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GCTAGGATTGATCAGCATTTCTTGACCGATGCTAACTCTTTTTTTCTCCCCTCCTGATAT
TCCTCTGAACAGTGGTCCTCCC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AGCTCACCCGCGAACACAGTTTCTCTCCAATCCCGTTCTCCCTCGCTTCCAACGGTCATA
CTCCGCCGTAAAAGCACCAGCAGCAGCCTTCTCCGTCGTCTCAATGGCTCCTCAGAAGAA
GGTGAACAGATATGATGCCAAGTGGAAGAAACAATGGTACGGAGCGGGACTATTCTTCGA
AGGAAGCGAAGAAGTAAACGTCGACGTTTTCAAGAAGCTTGAGAAGCGGAAAGTGCTTAG
CAACGTTGAGAAATCTGGCTTGCTCTCAAAAGCAGAGGACTTGGGAGTCACGTTGTCATC
TCTTGAGAAGCTTGGCGTTTTCTCCAAAGCAGAGGAGCTCGGTCTTCTCAGTCTCCTTGA
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GATTCGGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BL92TF U 1
AF RR3BL92JQ C 503
BS 1 675 RR3BL92TF
BS 676 728 RR3BL92JQ

RD RR3BL92TF 675 0 0
TTTCTTCATCGCTTCAGATCATCATCCAATGGCTGTCAACGCTCCCATATCGTCTCCGGC
AGCTCACCCGCGAACACAGTTTCTCTCCAATCCCGTTCTCCCTCGCTTCCAACGGTCATA
CTCCGCCGTAAAAGCACCAGCAGCAGCCTTCTCCGTCGTCTCAATGGCTCCTCAGAAGAA
GGTGAACAGATATGATGCCAAGTGGAAGAAACAATGGTACGGAGCGGGACTATTCTTCGA
AGGAAGCGAAGAAGTAAACGTCGACGTTTTCAAGAAGCTTGAGAAGCGGAAAGTGCTTAG
CAACGTTGAGAAATCTGGCTTGCTCTCAAAAGCAGAGGACTTGGGAGTCACGTTGTCATC
TCTTGAGAAGCTTGGCGTTTTCTCCAAAGCAGAGGAGCTCGGTCTTCTCAGTCTCCTTGA
AACTTTAGCCGGTACATCCCCTGCGGTCTTGGCCTCGGCTGCACTCCCGGCTCTGACGGC
TGCAATTCTAGCTCTGGTGCTGATTCCTGATGATCGACTACTCTCGTGGTTGCTCAATCG
GTTTTGGCTGGTGCTCTTGCGCTTGGAGCTGTTGTTTTGTTGGTTGGTTCTGTTGTTTTG
GATGGACTTCAAGAAGCTGACTGATTCTTTGCTATGTAAAAGTTGTAAACCAACCTTAAA
TAAACCTTTTGTCCA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3BL92JQ 226 0 0
ATTCCTGATGATCGACTACTCTCGTGGTTGCTCAATCGGTTTTGGCTGGTGCTCTTGCGC
TTGGAGCTGTTGTTTTGTTGGTTGGTTCTGTTGTTTTGGATGGACTTCAAGAAGCTGACT
GATTTTTTGCTATGTAAAAGTTGTAAACCACCCTTAAATAAACCTTTTGTCCAATTGATT
TATGTTAGTTTGCTGATATCATAAATTTAAGGTTGAGGGATTCGGT

QA 1 226 1 226
DS 



AS 1 2

CO CL6074Contig1 1297 2 2 U
GGAACACCACCACAATGGAGAGCGGCGATGTTGTGGGAATCGGAGATTACGGCGTTGAGA
CGAAGCGAGAGAAGCTGAGATCGTTGCTCTCTCAACTACTCGTCGATCCGATTCTCGCCG
ACGTTCCGAGGAATCCAACACTGTCGGATGTCGTCACTCTCGTCAGCCTTGAAAAGGGAA
GCGCTACGCGACTCTCCATCGTCAAACTCGACGGCTCCTCCTTGGATGTGGCGGTCATGA
ATTCAGCTACTTTGAAGGATCTGAAGCTTTTGATCAAGAAGAGAGTTAATGAGATGGAGC
AAGCAAACATGGGTCATCGCCACATCTCCTGGAAGCATGTATGGTCAAATTTCTGTCTTT
CGTGTAATAACGAGAAGTTGCTTGACGATGACGCAGTTCTTCAGGATGTCGGAGTTCGAA
ATAACTCTCAGATCGCATTTGTTCCGTATGTGATGAAGAAAGGTCCGGGAAGACACTCTA
AGAGGAAGAAGCACCGTCTTTTTCGTTCACTGCACAAGACTTGTTAGATAGTTGCGGTAG
GTTTTCGACCAAACTTAGTTATGTCATTCAACCCTAAAACTCGAGGTCACTAGATACATT
TCAAAAGCACAATGGTTTAATTTTTTTTTTTTTGGGACGTTAGGTCTGATATGTTTTGAA
ACGTTAGGTCTGATATGTTTTTGAAACTATATCAAGATTCCCAGTGATGAAAGTTTTAGT
AATCTGTAACGGTGAGAAAGTGGGGCTCCCTCTTGGGTTACTTTACCATTGAGGTTTTAG
AGGAACCATTGCTGTAGATTCTTGGCAACTTCTGAGGGTTTCTTTGCCGCCCATTACTAC
AGTGAACGTTGGTTCTTTCTTTTAACTGTTTTCTTGAGATTCGGTGACATTGAACTAGAC
GTCTTTTCCGTTTTAGTTTTTTTTATTATAGGTACTTTGATTACTCAGTCTGTTACTATT
ACAGTTGGTGGATTCTGATAAGGTTGTCAAACATCATCATCATTAGGGCATCTCCACACC
AACGAGAGGAAAAAACAAAAATATTTTCAGTGGCTGTTGCCTATTGAGCCTTACGATGCA
TCAGCATGCATTTTGCCGGATACACAAGCAGAGTAAAGAGAAAAAGCACCAAGTGATGAT
CTAGAATACTGTATGCTCGTGAGTAGTGATGCCATCAGCAGATGGTGGGATTGATCTTTA
TTAGAGTGTGAGTTTGTTGGTTTAGCTGATGATAATCCGGTCCGGTGTAAAACTCTGTAT
ATAAGCTGTAAATTATTGGTCGCAGTGTGCTTAACAG


BQ
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AF RR3F359TF U 1
AF RR3F359JQ C 499
BS 1 663 RR3F359TF
BS 664 1297 RR3F359JQ

RD RR3F359TF 663 0 0
GGAACACCACCACAATGGAGAGCGGCGATGTTGTGGGAATCGGAGATTACGGCGTTGAGA
CGAAGCGAGAGAAGCTGAGATCGTTGCTCTCTCAACTACTCGTCGATCCGATTCTCGCCG
ACGTTCCGAGGAATCCAACACTGTCGGATGTCGTCACTCTCGTCAGCCTTGAAAAGGGAA
GCGCTACGCGACTCTCCATCGTCAAACTCGACGGCTCCTCCTTGGATGTGGCGGTCATGA
ATTCAGCTACTTTGAAGGATCTGAAGCTTTTGATCAAGAAGAGAGTTAATGAGATGGAGC
AAGCAAACATGGGTCATCGCCACATCTCCTGGAAGCATGTATGGTCAAATTTCTGTCTTT
CGTGTAATAACGAGAAGTTGCTTGACGATGACGCAGTTCTTCAGGATGTCGGAGTTCGAA
ATAACTCTCAGATCGCATTTGTTCCGTATGTGATGAAGAAAGGTCCGGGAAGACACTCTA
AGAGGAAGAAGCACCGTCTTTTTCGTTCACTGCACAAGACTTGTTAGATAGTTGCGGTAG
GTTTTCGACCAAACTTAGTTATGTCATTCAACCCTAAAACTCGAGGTCACTAGATACATT
TCAAAAGCACAATGGTTTAATTTTTTTTTTTTTGGGACGTTAGGTCTGATATGTTTTGAA
ACG

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3F359JQ 799 0 0
TTTTTCGTTCACTGCACAAGACTTGTTAGATAGTTGCGGTAGGTTTTCGACCAAACTTAG
TTATGTCATTCAACCCTAAAACTCGAGGTCACTAGATACATTTCAAAAGCACAATGGTTT
AATTTTTTTTTTTTTGGGACGTTAGGTCTGATATGTTTTGAAACGTTAGGTCTGATATGT
TTTTGAAACTATATCAAGATTCCCAGTGATGAAAGTTTTAGTAATCTGTAACGGTGAGAA
AGTGGGGCTCCCTCTTGGGTTACTTTACCATTGAGGTTTTAGAGGAACCATTGCTGTAGA
TTCTTGGCAACTTCTGAGGGTTTCTTTGCCGCCCATTACTACAGTGAACGTTGGTTCTTT
CTTTTAACTGTTTTCTTGAGATTCGGTGACATTGAACTAGACGTCTTTTCCGTTTTAGTT
TTTTTTATTATAGGTACTTTGATTACTCAGTCTGTTACTATTACAGTTGGTGGATTCTGA
TAAGGTTGTCAAACATCATCATCATTAGGGCATCTCCACACCAACGAGAGGAAAAAACAA
AAATATTTTCAGTGGCTGTTGCCTATTGAGCCTTACGATGCATCAGCATGCATTTTGCCG
GATACACAAGCAGAGTAAAGAGAAAAAGCACCAAGTGATGATCTAGAATACTGTATGCTC
GTGAGTAGTGATGCCATCAGCAGATGGTGGGATTGATCTTTATTAGAGTGTGAGTTTGTT
GGTTTAGCTGATGATAATCCGGTCCGGTGTAAAACTCTGTATATAAGCTGTAAATTATTG
GTCGCAGTGTGCTTAACAG

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

CO CL6075Contig1 1171 2 2 U
GGGATCTAGTGATGCCTAGCTTCTCTCATACGATGGAGACTCTATACGACGTTGACTCTG
TGCAGAGGATCTTGGACCACTTTCTTGGTACTGATCATCATCAGATCATGACCGTTGGTG
GTGGCTCTCCTTGCTCTTCGGTTGATGATGATGGGAACTTGATAGGATCACCACAGACGA
TCACACCGATGACAAAGGTCGCGAAGCTGATCGATGGGTATCTTGCTGAAGTGGCTCCTG
ATGTTAATCTCAAGCTTCCAAAGTTTCAGGCTCTAGCTGCTTCTGTTCCTGAGTATGCTA
GGCTCTTAGATGATGGTCTCTATCGCGCAATAGACATTTACTTAAAGCATCATCCGTGGT
TAGCAGAAGGAGAAAGAGAGAATCTGTGCAGGTTGTTAGATTGCCAGAAGCTCTCTTTAG
AAGCTTGCACACACGCGGCGCAGAACGAGAGGTTGCCACTAAGAGTAATCGTACAAGTGC
TCTTCTTTGAGCAGCTTCAGCTTAGGACCTCTGTAGCGGGATGCTTCCTGGTTTCAGACA
ACTTAGATGGCGGGTCAAGGCAGTTAAGAAGCGGCGGGTTTGCTGGAGGAGGAGGATCAT
CAACAGAAGGAGTAGGAGGAGGATGGGCGACGGCAGTGAGAGAGAATCAAGTGTTGAAAG
TTGGGATGGACAGTATGAGGATGAGGGTTTGCGAGCTGGAGAAAGAGTGTTCGAATATGA
GACAGGAGATTGAGAAACTCGGTGGTGGTAAGACGACGAGTAAGGTTGGTGGTGGTGGCA
AGACGTGGGAGAATGTTTCTAAGAGACTCGGGTTTGGTATTAAGCTGAAGTCGCATCAGA
TGTGCAGTGCGCAAGAAGGGTCGGTGTCCAAGTCTAATAGTGAGAATGTGAAGATAGAGA
AGCTTAAGGATGTGAAAGAACGTCGTGGGAAGCATAAGAAAGCTTCCAGCATTATTAGTT
TTGAAAGGTGATGAACAATGGTTAAAATAAATTTTAAGAAGGAAAAACAGAGCTTCTATT
GTTAACAAGGTGTGCATTGTAGTCAGAGTGGTGCTCGTTCTCAAGTGTTGTTTTCAACTT
GTCTATGTATTGTTTTCTTTAACGACCAAACTATTTTCTTGTCATTATTAATTTTTAGTT
GGAACTTATTAAGGAGGTTAACAAAAAAAAA


BQ
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AF RR3DX24TF U 1
AF RR3DX24JQ C 441
BS 1 605 RR3DX24TF
BS 606 1171 RR3DX24JQ

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TGCAGAGGATCTTGGACCACTTTCTTGGTACTGATCATCATCAGATCATGACCGTTGGTG
GTGGCTCTCCTTGCTCTTCGGTTGATGATGATGGGAACTTGATAGGATCACCACAGACGA
TCACACCGATGACAAAGGTCGCGAAGCTGATCGATGGGTATCTTGCTGAAGTGGCTCCTG
ATGTTAATCTCAAGCTTCCAAAGTTTCAGGCTCTAGCTGCTTCTGTTCCTGAGTATGCTA
GGCTCTTAGATGATGGTCTCTATCGCGCAATAGACATTTACTTAAAGCATCATCCGTGGT
TAGCAGAAGGAGAAAGAGAGAATCTGTGCAGGTTGTTAGATTGCCAGAAGCTCTCTTTAG
AAGCTTGCACACACGCGGCGCAGAACGAGAGGTTGCCACTAAGAGTAATCGTACAAGTGC
TCTTCTTTGAGCAGCTTCAGCTTAGGACCTCTGTAGCGGGATGCTTCCTGGTTTCAGACA
ACTTAGATGGCGGGTCAAGGCAGTTAAGAAGCGGCGGGTTTGCTGGAGGAGGAGGATCAT
CAACA

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3DX24JQ 731 0 0
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CTTAGGACCTCTGTAGCGGGATGCTTCCTGGTTTCAGACAACTTAGATGGCGGGTCAAGG
CAGTTAAGAAGCGGCGGGTTTGCTGGAGGAGGAGGATCATCAACAGAAGGAGTAGGAGGA
GGATGGGCGACGGCAGTGAGAGAGAATCAAGTGTTGAAAGTTGGGATGGACAGTATGAGG
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AAGAGACTCGGGTTTGGTATTAAGCTGAAGTCGCATCAGATGTGCAGTGCGCAAGAAGGG
TCGGTGTCCAAGTCTAATAGTGAGAATGTGAAGATAGAGAAGCTTAAGGATGTGAAAGAA
CGTCGTGGGAAGCATAAGAAAGCTTCCAGCATTATTAGTTTTGAAAGGTGATGAACAATG
GTTAAAATAAATTTTAAGAAGGAAAAACAGAGCTTCTATTGTTAACAAGGTGTGCATTGT
AGTCAGAGTGGTGCTCGTTCTCAAGTGTTGTTTTCAACTTGTCTATGTATTGTTTTCTTT
AACGACCAAACTATTTTCTTGTCATTATTAATTTTTAGTTGGAACTTATTAAGGAGGTTA
ACAAAAAAAAA

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL6076Contig1 1192 2 2 U
GGGTGAATATATTCCTCCCAAAAAGAACAGTCTCAGAAAACAACAGATATAAAGATGAGG
TGCATAACAACTGTTGCTCTTTCACTCTCTCTGTTTCTTGTGGGATTGGTCGGACCAATC
CAAGCTCAGTTGCAAATGAACTTCTACGCCAATACTTGTCCTAGTGCCGAAAAGACAGTT
CAAGATTTTGTTTCAAACCACATTTCTAATGCCCCTTCTCTTGCCGCTGCTCGCTTGAGG
ATGCATTTCCACGACTGTTTTGTTCGGGGATGTGATGGATCAGTGCTTATAAACTCGACG
TCAGGAAACGCGGAGAAAGATGCAGCTCCTAACCTAACGGTTAGAGGATTTGGCTTCATT
GAGGCAATCAAAGCTGTGCTTGAAGCTCAATGTCCTGGAATCGTCTCTTGCGCTGATATT
ATCGCTCTAACATCTCGAGCCGCCATCGTTTTCACCGGAGGACCAAACTGGAGTGTACCG
ACCGGAAGAAGAGATGGGAGGATATCGAACGCATCAGAAGCATTAGCCAACATTCCTCCT
CCGACCAGTAACTTCACCAATCTTCAGACACTCTTTGCAAACCAAGGACTTGGTCTTAAA
GACCTGGTCTTACTCTCCGGGGCTCACACTATCGGTGTATCTCACTGCTCATCTTTTACA
AACCGTCTCTACAATTTCACGGGTCGTGGAGACCAAGATCCTGCCTTAGACAGCGAATAC
GCAGCCAATCTCAAATCTAGGAAATGTCCTAGCCTCAACGATAACACGACTATCGTGGAG
ATGGATCCAGGGAGCCGTAAGACGTTTGATCTTAGTTATTATCAGCTCCTTCTCAAGCGT
AGAGGTCTGTTTCAATCAGACTCTGCCCTCACCACCAACCCCACAACACTCTCAAACATA
AACCAGATCTTGAAGGGTTCGGTGGAGGGTTTTTTCTCTGAGTTTGCCAAGTCGATGGAG
AAAATGGGTCGGATCAATGTCAAGACTGGGTCAGCAGGAGTGGTTAGAAAGCAATGTTCC
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AAAATAATAAGGACGATGATGTGTGTATGGATTTCGTTATAGACTTGGTCAATAAAGAGA
TGTTCTTTGTCTTGTACGATTCAGGACATTTTAGTTGGTTCGAGTACATTGC


BQ
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AF RR3AQ75TF U 1
AF RR3AQ75JQ C 608
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BS 782 1192 RR3AQ75JQ

RD RR3AQ75TF 781 0 0
GGGTGAATATATTCCTCCCAAAAAGAACAGTCTCAGAAAACAACAGATATAAAGATGAGG
TGCATAACAACTGTTGCTCTTTCACTCTCTCTGTTTCTTGTGGGATTGGTCGGACCAATC
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CAAGATTTTGTTTCAAACCACATTTCTAATGCCCCTTCTCTTGCCGCTGCTCGCTTGAGG
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TCAGGAAACGCGGAGAAAGATGCAGCTCCTAACCTAACGGTTAGAGGATTTGGCTTCATT
GAGGCAATCAAAGCTGTGCTTGAAGCTCAATGTCCTGGAATCGTCTCTTGCGCTGATATT
ATCGCTCTAACATCTCGAGCCGCCATCGTTTTCACCGGAGGACCAAACTGGAGTGTACCG
ACCGGAAGAAGAGATGGGAGGATATCGAACGCATCAGAAGCATTAGCCAACATTCCTCCT
CCGACCAGTAACTTCACCAATCTTCAGACACTCTTTGCAAACCAAGGACTTGGTCTTAAA
GACCTGGTCTTACTCTCCGGGGCTCACACTATCGGTGTATCTCACTGCTCATCTTTTACA
AACCGTCTCTACAATTTCACGGGTCGTGGAGACCAAGATCCTGCCTTAGACAGCGAATAC
GCAGCCAATCTCAAATCTAGGAAATGTCCTAGCCTCAACGATAACACGACTATCGTGGAG
A

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DS 

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TCTACAATTTCACGGGTCGTGGAGACCAAGATCCTGCCTTAGACAGGGAATACGCAGCCA
ATCTCAAATTTAGGAAATGTCCTAGCCTCAACGATAACACGACTATCGTGGAGATGGATC
CAGGGAGCCGTAAGACGTTTGATCTTAGTTATTATCAGCTCCTTCTCAAGCGTAGAGGTC
TGTTTCAATCAGACTCTGCCCTCACCACCAACCCCACAACACTCTCAAACATAAACCAGA
TCTTGAAGGGTTCGGTGGAGGGTTTTTTCTCTGAGTTTGCCAAGTCGATGGAGAAAATGG
GTCGGATCAATGTCAAGACTGGGTCAGCAGGAGTGGTTAGAAAGCAATGTTCCGTTGCAA
ATAGTTAAGGGGTACTAATTTTGAGTATGTGGGAGTTTGGGGGGTATTTATGAAAAATAA
TAAGGACGATGATGTGTGTATGGATTTCGTTATAGACTTGGTCAATAAAGAGATGTTCTT
TGTCTTGTACGATTCAGGACATTTTAGTTGGTTCGAGTACATTGC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6078Contig1 1156 2 2 U
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CCACTCCCTCGTTCTGCTGATCCTGACCTCGCCAACCAAAGTGGCCATCAGCACGCTATA
GCTTATGTGGAAGGAGGCAAGTTCTACGGAGCTAAGGCGACGATAAATGTTTGGGAACCC
AAAGTACAGAGCCCAAATGAGTTCAGCTTGTCTCAGCTTTGGATTCTTGGTGGTGCTTTT
GGTCAAGACCTCAACAGCATTGAAGCTGGTTGGCAGGTTAGTCCGGATCTATATGGTGAT
AACAATACAAGACTCTTCACATACTGGACGAGTGATGCTTACCAAGCTACTGGCTGCTAC
AATCTCCTTTGCTCCGGTTTTATACAAATCAACAGCCAAATAGCAATGGGAGCTAGTATA
TCTCCAGTATCTGCCTTCCATAACTCGCAATACGATATCAGCATTACCATTTGGAAGGAT
CCTAAAGAAGGGCACTGGTGGATGCAGTTTGGAGACGGGTATGTGTTGGGGTACTGGCCG
AGCTTTCTGTTCTCGTACTTGGCAGACAGTGCGTCGATAGTGGAATGGGGTGGGGAAGTA
GTGAACATGGAAGAAGACGGTCACCACACCACCACTCAGATGGGAAGCGGTCTGTTTCCT
GACGCAGGGTTCTCTAAAGCAAGTTACTTTCGGAATGTTCAAGTTGTTGATCGCTCTAAT
AACCTGAAAGAACCAAAAGGGCTCAACACTTTCACTGAGAAGTCTAATTGCTATGATGTT
GAGGTTGGTAAGAATGATGACTGGGGGCATTATTTTTACTTTGGTGGCCCTGGAAGAAAC
CCTAATTGTCAGTAGATGGTGAACAGAAGAAAGAAGATGATGATGAAGAAGATGTAGAGT
GACACTTGTGCTGGATGTTTCCTTATGTTTATGTGAAGTGTGGAAATATCGTTTTTGTTG
ATTTTTTTCTTACACTATCTGGTTTTTCAGAACTCTTTTTGTTTTGGTTTCTAGGTTTAA
CTCTTTTTGTTTTGGTTTCTAGGTTTTGGTTAGGTATTAGTTGCGGTTTTGGGGGTTCTT
ACTTGTTACTTGGGTTGGAAGAGACCAAGTGTGACTGCAGTTTGTAAGTGTGAAAGAGAT
TTTGAGAAGTCTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI04TF U 1
AF RR3DI04JQ C 458
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BS 615 1156 RR3DI04JQ

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GGTCAAGACCTCAACAGCATTGAAGCTGGTTGGCAGGTTAGTCCGGATCTATATGGTGAT
AACAATACAAGACTCTTCACATACTGGACGAGTGATGCTTACCAAGCTACTGGCTGCTAC
AATCTCCTTTGCTCCGGTTTTATACAAATCAACAGCCAAATAGCAATGGGAGCTAGTATA
TCTCCAGTATCTGCCTTCCATAACTCGCAATACGATATCAGCATTACCATTTGGAAGGAT
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AGCTTTCTGTTCTCGTACTTGGCAGACAGTGCGTCGATAGTGGAATGGGGTGGGGAAGTA
GTGAACATGGAAGA

QA 1 614 1 614
DS 

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GTGTGGAAATATCGTTTTTGTTGATTTTTTTCTTACACTATCTGGTTTTTCAGAACTCTT
TTTGTTTTGGTTTCTAGGTTTAACTCTTTTTGTTTTGGTTTCTAGGTTTTGGTTAGGTAT
TAGTTGCGGTTTTGGGGGTTCTTACTTGTTACTTGGGTTGGAAGAGACCAAGTGTGACTG
CAGTTTGTAAGTGTGAAAGAGATTTTGAGAAGTCTTGTC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

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GGACACTCCTCCCGTCAAACAAAACACCTCAATAGAGACCTTTCCTTCACTTCCTTCATG
GCTGATAGTGCTCAAGTAGTACCCGTCGATGAACCAGCTGCAACCGCCACCGCCACGGCA
ACCGTAGTAACAACAACAACAACGACTGAACCAGAAGCCAAAACCTCCGACCAAATGGAG
TCACAGAGCGTTAAGCCACCCGTTGGAACATTGGTCACAATCATGAACCTTTTCGCCATC
GGTGTACTTCCCATCTTCACCTTCTTTCTATCCCTTACACTCCTAGGCTACGCTGTGTGG
CTCCTCTACATGCGCAGCTACGACTGCGAAGATATCCTCGGTCTTCCACGTATCCAGACC
ATCGCTAGCGTCGGTCTCCTTGCCGTGTTCGTCGTCAGCAATGTGGCTCTGTTTCTCCGA
CGGAAGTTTCCGATGCCAGCACTCGTGGTGATGTTCGTGATTCTTTTGTTAATGCTGTTC
ATCGGTTTGGCGTACGCCGGAGTCAATGAGATGCAGACCAGGAGGTTTCCGGCGACTGGG
ACGTGGTTTAAGCTCAAAGTGATGGATAATGTGAACTGGAACAATATCAAATCGTGTGTC
TACGACAAAGGCGCATGCAACGAACTTGCTTACGGATCTCCAAACGATAAACCTTATAAT
AGAAGAAAAATGCCACCTATAAAGAATGGATGTTGTATGCCGCCAGAGACATGCAACATG
GACGCTTTAAACGCGACGTTTTTGTATAGAAGAAAAGACGAGGGACAACCATTGAAGACG
GAGGTGCTGTACGGGGGCATGGTCGGAAGACTAAGTGACTGTCAGCTGTGGAGGAACGAT
TGGAGCGTGTTGTGTTATGATTGTAGGTCTTGCAAGTTAGGATTCGTAAGATCTGTAAGA
AGGAAATGGTGGCAGCTAGGTGTCTTCTTGATAGTCATCTCCATTCTTCTTCTCATCTCT
CACCTCTTGATCTTCTTGGCCACCTTTTGGGAACGTTTCAAGGGTTAATCATCATCATGA
TGGTCTTTCTAATTAGGAGAGTTTTTTTTTTCTTTTTCTGTGTGGTAAAATAATATCTTT
CTTCTTCATTCGTTTTAGTACTCGAGCAGATGTTTTGTAATAAAGTGGTTTGATTCAGAA
TCCTAAGAGATAGCTCTTTGGTC


BQ
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AF RR3F312TF U 1
AF RR3F312JQ C 445
BS 1 600 RR3F312TF
BS 601 1163 RR3F312JQ

RD RR3F312TF 600 0 0
GGACACTCCTCCCGTCAAACAAAACACCTCAATAGAGACCTTTCCTTCACTTCCTTCATG
GCTGATAGTGCTCAAGTAGTACCCGTCGATGAACCAGCTGCAACCGCCACCGCCACGGCA
ACCGTAGTAACAACAACAACAACGACTGAACCAGAAGCCAAAACCTCCGACCAAATGGAG
TCACAGAGCGTTAAGCCACCCGTTGGAACATTGGTCACAATCATGAACCTTTTCGCCATC
GGTGTACTTCCCATCTTCACCTTCTTTCTATCCCTTACACTCCTAGGCTACGCTGTGTGG
CTCCTCTACATGCGCAGCTACGACTGCGAAGATATCCTCGGTCTTCCACGTATCCAGACC
ATCGCTAGCGTCGGTCTCCTTGCCGTGTTCGTCGTCAGCAATGTGGCTCTGTTTCTCCGA
CGGAAGTTTCCGATGCCAGCACTCGTGGTGATGTTCGTGATTCTTTTGTTAATGCTGTTC
ATCGGTTTGGCGTACGCCGGAGTCAATGAGATGCAGACCAGGAGGTTTCCGGCGACTGGG
ACGTGGTTTAAGCTCAAAGTGATGGATAATGTGAACTGGAACAATATCAAATCGTGTGTC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3F312JQ 719 0 0
GTGGTGATGTTCGTGATTCTTTTGTTAATGCTGTTCATCGGTTTGGCGTACGCCGGAGTC
AATGAGATGCAGACCAGGAGGTTTCCGGCGACTGGGACGTGGTTTAAGCTCAAAGTGATG
GATAATGTGAACTGGAACAATATCAAATCGTGTGTCTACGACAAAGGCGCATGCAACGAA
CTTGCTTACGGATCTCCAAACGATAAACCTTATAATAGAAGAAAAATGCCACCTATAAAG
AATGGATGTTGTATGCCGCCAGAGACATGCAACATGGACGCTTTAAACGCGACGTTTTTG
TATAGAAGAAAAGACGAGGGACAACCATTGAAGACGGAGGTGCTGTACGGGGGCATGGTC
GGAAGACTAAGTGACTGTCAGCTGTGGAGGAACGATTGGAGCGTGTTGTGTTATGATTGT
AGGTCTTGCAAGTTAGGATTCGTAAGATCTGTAAGAAGGAAATGGTGGCAGCTAGGTGTC
TTCTTGATAGTCATCTCCATTCTTCTTCTCATCTCTCACCTCTTGATCTTCTTGGCCACC
TTTTGGGAACGTTTCAAGGGTTAATCATCATCATGATGGTCTTTCTAATTAGGAGAGTTT
TTTTTTTCTTTTTCTGTGTGGTAAAATAATATCTTTCTTCTTCATTCGTTTTAGTACTCG
AGCAGATGTTTTGTAATAAAGTGGTTTGATTCAGAATCCTAAGAGATAGCTCTTTGGTC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL6080Contig1 448 2 2 U
AGTTTGTGGCACATTCTGTTAATTTCAACTGTCTCAAGATCAAAAGGAAATCATCTAGGG
TTTTGGTCACTGGTGGGGAAGATCAGAATGTCAATCTCTGGTAAACTCCTACCACGCCAT
AAACATAAATCTCGGAGGTAGGTCAACCACCCTGAAGATGATATGCATGGTGTGGGGTGT
CTCCTACAACTGCTCGGATTGAGACAAGTCAAGTACTGATGACAAGAGCACTGAAACTGT
TGGCATCCCCTCGAACCTCAAACAAGGCAGGCTCATCCAATACCAAATGCAGAGGAGGAA
ACACCACGAAGAAAGCACGCACGATTAGCTGCTTGAGTTATTGATCCCAAGAGCCATATT
TTTCTTGGAATCTTCTTTTTCATTATGTTTTTTTTTTAATGTAGAGTCACAATTACTTTA
CCATAATAATAATACCATGTTTATAACC


BQ
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AF RR3DP01TF U 1
AF RR3DP01JQ C 59
BS 1 227 RR3DP01TF
BS 228 448 RR3DP01JQ

RD RR3DP01TF 227 0 0
AGTTTGTGGCACATTCTGTTAATTTCAACTGTCTCAAGATCAAAAGGAAATCATCTAGGG
TTTTGGTCACTGGTGGGGAAGATCAGAATGTCAATCTCTGGTAAACTCCTACCACGCCAT
AAACATAAATCTCGGAGGTAGGTCAACCACCCTGAAGATGATATGCATGGTGTGGGGTGT
CTCCTACAACTGCTCGGATTGAGACAAGTCAAGTACTGATGACAAGA

QA 1 227 1 227
DS 

RD RR3DP01JQ 390 0 0
GGTTTTGGTCACTGGTGGGGAAGATCAGAATGTCAATCTTTGGTAAACTCTTACCACGCC
ATAAACATAAATCTCGGAGGTAGGTCAACCACCCTGAAGATGATATGCATGGTGTGGGGT
GTCTCGTACAACTGCTCGGATTGAGACAAGTCAAGTACTGATGACAAGAGCACTGAAACT
GTTGGCATCCCCTCGAACCTCAAACAAGGCAGGCTCATCCAATACCAAATGCAGAGGAGG
AAACACCACGAAGAAAGCACGCACGATTAGCTGCTTGAGTTATTGATCCCAAGAGCCATA
TTTTTCTTGGAATCTTCTTTTTCATTATGTTTTTTTTTTAATGTAGAGTCACAATTACTT
TACCATAATAATAATACCATGTTTATAACC

QA 1 390 1 390
DS 



AS 1 2

CO CL6081Contig1 1200 2 2 U
GGGGGACCTTCTTGCACCACCTACTAAAGGTGGTGGTGCTGCTGCTGGCGAAGGTTTTGA
TGTCACCAAAAGTGGTGATTCTAGAGTTGGACTTGTTGGCTTTCCTTCCGTTGGCAAATC
CACCCTCTTGAACAAGCTCACTGGAACCTTTTCCGAGGTTGCTTCTTATGAGTTCACAAC
ACTGACATGCATTCCCGGTGTTATTACATACCGTGGAGCTAAAATTCAGTTATTGGATCT
TCCTGGTATTATTGAGGGTGCCAAAGACGGAAAAGGTAGAGGACGACAGGTTATAAGTAC
TGCTAGGACTTGCAACTGCATCATAATAGTTCTTGATGCCATAAAGCCAATAACTCACAA
GCGTCTCATTGAAAAGGAGCTTGAAGGATTCGGAATTAGGTTGAACAAGGAGCCACCTAA
TCTCACATTCAGGAAAAAAGACAAAGGTGGTATCAATTTAACTTCCACAGTCACCTGCAC
GCACCTTGACCTCGACACTGTCAAGGCCATATGCAGTGAGTACAGGATGCACAACGCCGA
TATCACTCTGCGCTACGATGCAACTGCTGATGACCTCATCGATGTCATTGAGGGCAGTCG
CATCTATATGCCCTGTATCTATGCTGTCAACAAGATCGACCAAATAACTCTCGAGGAACT
TGAAATTTTGGACAGACTTCCTCATTACTGTCCTGTCAGTGCGCATCTGGAGTGGAATCT
TGATGGTCTTCTCGATAAGATATGGGAATACTTGGATCTTACTAGAATCTACACCAAACC
AAAGGCAATGAATCCGGATTACGATGACCCTGTCATCTTATCTTCCAAGAAGAGAACAGT
TGAGGACTTCTGCATTCGGATTCACAAAGACATGCTTAAGCAATTCAAGTACGCTTTAGT
ATGGGGTTCGAGTGCAAAACATAAGCCACAAAGAGTTGGAAGGGAGCACGAGCTCGAGGA
CGAGGATGTTGTTCAGATCGTTAAAAAGATATGAGTTCGCCAGTAGTTCATGGAGAAGGC
AAGAGACCAAAGCACAGCCCCATTATGTGATCTGTACACGTGGTAGAAGGTTAGGATCTT
CTTTTGGATTCTCTGCTTATCTTTTGGACTCCTTTTCTGTGTATTGTCATCATCAGATAA
AACAAACTGTCTTCACTTTTTGGGTTGTCTTGTTGGATAATCTTATCGTTTACCAATGAC


BQ
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AF RR3E719TF U 1
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BS 1 711 RR3E719TF
BS 712 1200 RR3E719JQ

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TGTCACCAAAAGTGGTGATTCTAGAGTTGGACTTGTTGGCTTTCCTTCCGTTGGCAAATC
CACCCTCTTGAACAAGCTCACTGGAACCTTTTCCGAGGTTGCTTCTTATGAGTTCACAAC
ACTGACATGCATTCCCGGTGTTATTACATACCGTGGAGCTAAAATTCAGTTATTGGATCT
TCCTGGTATTATTGAGGGTGCCAAAGACGGAAAAGGTAGAGGACGACAGGTTATAAGTAC
TGCTAGGACTTGCAACTGCATCATAATAGTTCTTGATGCCATAAAGCCAATAACTCACAA
GCGTCTCATTGAAAAGGAGCTTGAAGGATTCGGAATTAGGTTGAACAAGGAGCCACCTAA
TCTCACATTCAGGAAAAAAGACAAAGGTGGTATCAATTTAACTTCCACAGTCACCTGCAC
GCACCTTGACCTCGACACTGTCAAGGCCATATGCAGTGAGTACAGGATGCACAACGCCGA
TATCACTCTGCGCTACGATGCAACTGCTGATGACCTCATCGATGTCATTGAGGGCAGTCG
CATCTATATGCCCTGTATCTATGCTGTCAACAAGATCGACCAAATAACTCTCGAGGAACT
TGAAATTTTGGACAGACTTCCTCATTACTGTCCTGTCAGTGCGCATCTGGA

QA 1 711 1 711
DS 

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GTATCTATGCTGTCAACAAGATCGACCAAATAACTCTCGAGGAACTTGAAATTTTGGACA
GACTTCCTCATTACTGTCCTGTCAGTGCGCATCTGGAGTGGAATCTTGATGGTCTTCTCG
ATAAGATATGGGAATACTTGGATCTTACTAGAATCTACACCAAACCAAAGGCAATGAATC
CGGATTACGATGACCCTGTCATCTTATCTTCCAAGAAGAGAACAGTTGAGGACTTCTGCA
TTCGGATTCACAAAGACATGCTTAAGCAATTCAAGTACGCTTTAGTATGGGGTTCGAGTG
CAAAACATAAGCCACAAAGAGTTGGAAGGGAGCACGAGCTCGAGGACGAGGATGTTGTTC
AGATCGTTAAAAAGATATGAGTTCGCCAGTAGTTCATGGAGAAGGCAAGAGACCAAAGCA
CAGCCCCATTATGTGATCTGTACACGTGGTAGAAGGTTAGGATCTTCTTTTGGATTCTCT
GCTTATCTTTTGGACTCCTTTTCTGTGTATTGTCATCATCAGATAAAACAAACTGTCTTC
ACTTTTTGGGTTGTCTTGTTGGATAATCTTATCGTTTACCAATGAC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

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TGACTGTTCACGTCGCATTTAAGCTGCTTCGCATGTTTTTGCACTCGGGTTCTCCAGTAG
TTTTTGATCTCATTGTCTGTTCTTCCCGGTAGGTATTGTGCGATTTTTGATCATCTATTC
ATCAAACACACACACACACATACACACATTAAATCAACTGTTTAAGACATATTATATACT
GATAAGCTATTATGCTCATATTTTTTTTTATTATGCTCATATTTACTACGTTCTATTCAT
TAATATCTCAATCATGCATGTAATTCTTTTTGTATATATCCACTAACATCGATATATACC
GTTATTTTCTCCGTTGCAAAAGAATTATATCGTTATTCTATTGCTTGCGTTTCACGTACG
TATAGTGAAAATAGTAAATAATATTATTTGGAAAACAAAGTTGTATTAACAAATGGTTAT
TTTTTAGAGATTTAAACTTTATTTTGTGGAAGAAAAGAACTTAAAACGATTTTAGCAAAA
AAAAGAACTTAAAACGATACAAAAAAATATTAGGTTAAAATTTTGAACATACCGATTGCC
CCAGCGGGAATGAAGTTCGAGGATCAAGAGTTGTTCTTCGAGGGTAATGTTTCCACGGCG
GACATCAGGGCGGAGATAGTTTAACCACCGTAGCCTACAGCTTTTACCGGTGCGTTGGAG
TCCTGTTTCAATGGTAAAAGTAGATATGACGATTAATTTACCGATCGGTCATGTATAGTA
TGATGATTTCATACCGAAGAAACTCATGTAAATAAACGTTTCATATTCGGTAAAATTATA
CTATAAAATTTCCCAACAAAACAAAAATGATAATGCAAAATGCAAATTGTTCTAAAGAGT
CATTTTCTTCGGCAAGCTTTCTTCCATTGAGTTAGTGCTTTTCCCATATAGATGATGATC
ATTAATTCGCATTAGTTCCTCTTTCTTTTCACCCTTTTTAATAAACCAAATTTGGATATT
TTATTCTAAATTGAGATGGCTGATAATTGAATTCACTTGCTTAAAGATCTCACTCAAACA
ATGAATACTTTAATTATTCGAATGAAAATATTTTTAGAAAAAAGGAGAGAAACATGAGAG
GTATACACTTTTTAATTCATACCTATGAAAGTTCTTTTCATCTGTGCACATAAGGGAAAG
ATACCATTTCCGAAAATTAAAAAAAAAATAGTGAAGGTGGGCAATCTAATAAAACACAAT
CACACATGGTGACTGAAACATGAAAAGGATTGAACATAAAGTGATTGAAACACAATCAAT
TATGTTATTAGACTTGTCCTTTGTCTTTTTAGCCAAAAGATGTACAAAGAAGTAGAACGT
ACGTTTGTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT72TF U 1
AF RR3FT72JQ C 618
BS 1 704 RR3FT72TF
BS 705 705 RR3FT72JQ
BS 706 738 RR3FT72TF
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BS 754 754 RR3FT72JQ
BS 755 788 RR3FT72TF
BS 789 1390 RR3FT72JQ

RD RR3FT72TF 788 0 0
GATTGGATCCTCTCGACGAGCCGTGGCATCCACAAGTACTTCATTGTGTCTTTGAATTGC
TGACTGTTCACGTCGCATTTAAGCTGCTTCGCATGTTTTTGCACTCGGGTTCTCCAGTAG
TTTTTGATCTCATTGTCTGTTCTTCCCGGTAGGTATTGTGCGATTTTTGATCATCTATTC
ATCAAACACACACACACACATACACACATTAAATCAACTGTTTAAGACATATTATATACT
GATAAGCTATTATGCTCATATTTTTTTTTATTATGCTCATATTTACTACGTTCTATTCAT
TAATATCTCAATCATGCATGTAATTCTTTTTGTATATATCCACTAACATCGATATATACC
GTTATTTTCTCCGTTGCAAAAGAATTATATCGTTATTCTATTGCTTGCGTTTCACGTACG
TATAGTGAAAATAGTAAATAATATTATTTGGAAAACAAAGTTGTATTAACAAATGGTTAT
TTTTTAGAGATTTAAACTTTATTTTGTGGAAGAAAAGAACTTAAAACGATTTTAGCAAAA
AAAAGAACTTAAAACGATACAAAAAAATATTAGGTTAAAATTTTGAACATACCGATTGCC
CCAGCGGGAATGAAGTTCGAGGATCAAGAGTTGTTCTTCGAGGGTAATGTTTCCACGGCG
GACATCAGGGCGGAGATAGTTTAACCACCGTAGCCTACAGCTTT*ACCGGTGCGTTGGAG
TCCTGTTTCAATGGTAAA*GTAGATATGACGAT*AATTTACCGATCGGTCATGTATAGTA
TGATGATT

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3FT72JQ 773 0 0
CGAGGATCAAGAGTTGTTCTTCGAGGGTAATGTTTCCACGGCGGACATCAGGGCGGAGAT
AGTTTAACCACCGTAGCCTACAGCTTTTACCGGTGCGTTGGAGTCCTGTTTCAATGGTAA
AAGTAGATATGACGATTAATTTACCGATCGGTCATGTATAGTATGATGATTTCATACCGA
AGAAACTCATGTAAATAAACGTTTCATATTCGGTAAAATTATACTATAAAATTTCCCAAC
AAAACAAAAATGATAATGCAAAATGCAAATTGTTCTAAAGAGTCATTTTCTTCGGCAAGC
TTTCTTCCATTGAGTTAGTGCTTTTCCCATATAGATGATGATCATTAATTCGCATTAGTT
CCTCTTTCTTTTCACCCTTTTTAATAAACCAAATTTGGATATTTTATTCTAAATTGAGAT
GGCTGATAATTGAATTCACTTGCTTAAAGATCTCACTCAAACAATGAATACTTTAATTAT
TCGAATGAAAATATTTTTAGAAAAAAGGAGAGAAACATGAGAGGTATACACTTTTTAATT
CATACCTATGAAAGTTCTTTTCATCTGTGCACATAAGGGAAAGATACCATTTCCGAAAAT
TAAAAAAAAAATAGTGAAGGTGGGCAATCTAATAAAACACAATCACACATGGTGACTGAA
ACATGAAAAGGATTGAACATAAAGTGATTGAAACACAATCAATTATGTTATTAGACTTGT
CCTTTGTCTTTTTAGCCAAAAGATGTACAAAGAAGTAGAACGTACGTTTGTTC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL6083Contig1 1028 2 2 U
GAGAGACGATGAAAAGATCCTTGGTCCAGAGGTGCCATATCTTAGTGTCATAGGATCTTT
GATGTATTTAGCTGGCCATACACGACCAGACATAAGTTTTGCTGTGAACTTACTATCTAG
GTTCAGCTCATGTCCGACCCAAAGGCACTGGAATGGGATAAAGCATGTACTTCGTTATTT
GCAAGGAACGAAGGATTTGGGTCTTATGTTTACTAACCAATCTAAGGAAGGTTTAGTTGG
TTTTGCTGATGCAGGTTACCTATCTGATCCACATTGTGGTAGATCTCAGACTGGATATGT
TTTTACACATGGAGGGACAGCAATATCTTGGCGGTCCATGAAACAGACCATGGCAGCTAC
TTCCTCAAATCATGCAGAAATATTGGCAATGCATGAGGCTAGTCGAGAGAGTGTATGGTT
GAGATCCATGACACAACACATCAGTACCACTTGTGGTATAACCAAAGGAAAGGATCCACC
TACTATCCTATACAAAGATAACACAGCCTGCATTGCTCAGCTTAAGGATGGATACATCAA
AGGAGACCGGACGAAGCACATTCTTCCAAAGTTCTTCTTTACCCACGAGCTCCAGAAGGC
AGGAGAGGTCCAAGTGTTACAAGTCAGTTCAAGTGAGAATTCAGCCGATCTCTTCACCAA
GTCCTTAGCCACATCAGTGTTCAAGAAGCTCGTGCACCAGATAGGCATGTGTCGACTGAA
GGATCTTCAGTGATGCATTCATCAGGGGTAGTTCATGTGTTGTACTCTTTTTCCTTATCC
ATGGTTTTGTCCCATTGGGTTTTCCTGGAAAGGTTTTAATGAGGCAACATCAAAAGCATG
AATGAACCCTGAACCGGATGTGTCGATCAAGGAGGAGTGTTATATACCGATATTATGCTC
GACATATCTAACTTCATATTTATCTTATTGTTACTTCTTGTACTTATCTTATTGAGAAGA
TAACTATGTGTATCAAGTATATATACTTGATACTTGATCAATAATAAGACTACGCTTTCA
GATCGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH95TF U 1
AF RR3GH95JQ C 365
BS 1 524 RR3GH95TF
BS 525 1028 RR3GH95JQ

RD RR3GH95TF 524 0 0
GAGAGACGATGAAAAGATCCTTGGTCCAGAGGTGCCATATCTTAGTGTCATAGGATCTTT
GATGTATTTAGCTGGCCATACACGACCAGACATAAGTTTTGCTGTGAACTTACTATCTAG
GTTCAGCTCATGTCCGACCCAAAGGCACTGGAATGGGATAAAGCATGTACTTCGTTATTT
GCAAGGAACGAAGGATTTGGGTCTTATGTTTACTAACCAATCTAAGGAAGGTTTAGTTGG
TTTTGCTGATGCAGGTTACCTATCTGATCCACATTGTGGTAGATCTCAGACTGGATATGT
TTTTACACATGGAGGGACAGCAATATCTTGGCGGTCCATGAAACAGACCATGGCAGCTAC
TTCCTCAAATCATGCAGAAATATTGGCAATGCATGAGGCTAGTCGAGAGAGTGTATGGTT
GAGATCCATGACACAACACATCAGTACCACTTGTGGTATAACCAAAGGAAAGGATCCACC
TACTATCCTATACAAAGATAACACAGCCTGCATTGCTCAGCTTA

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR3GH95JQ 664 0 0
TCAAATCATGCAGAAATATTGGCAATGCATGAGGCTAGTCGAGAGAGTGTATGGTTGAGA
TCCATGACACAACACATCAGTACCACTTGTGGTATAACCAAAGGAAAGGATCCACCTACT
ATCCTATACGAAGATAACACAGCCTGCATTGCTCAGCTTAAGGATGGATACATCAAAGGA
GACCGGACGAAGCACATTCTTCCAAAGTTCTTCTTTACCCACGAGCTCCAGAAGGCAGGA
GAGGTCCAAGTGTTACAAGTCAGTTCAAGTGAGAATTCAGCCGATCTCTTCACCAAGTCC
TTAGCCACATCAGTGTTCAAGAAGCTCGTGCACCAGATAGGCATGTGTCGACTGAAGGAT
CTTCAGTGATGCATTCATCAGGGGTAGTTCATGTGTTGTACTCTTTTTCCTTATCCATGG
TTTTGTCCCATTGGGTTTTCCTGGAAAGGTTTTAATGAGGCAACATCAAAAGCATGAATG
AACCCTGAACCGGATGTGTCGATCAAGGAGGAGTGTTATATACCGATATTATGCTCGACA
TATCTAACTTCATATTTATCTTATTGTTACTTCTTGTACTTATCTTATTGAGAAGATAAC
TATGTGTATCAAGTATATATACTTGATACTTGATCAATAATAAGACTACGCTTTCAGATC
GTAC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL6084Contig1 885 2 2 U
GGGTACGAAACAAGGGTAATGGCTTCTTTCAAACCACGAACGGTGATCTGCATAGGAGAC
ATCCATGGACACATTTCGAAGCTCGGAAAACTGTGGCTTAATCTACAATCTGCCCTCATC
CCATCACACTTCAGCTCAGCTCTTGTCATCTTCCTAGGCGACTACTGCGATCGTGGACCG
CGTACCCGACAAGTCATCGACTTTTTGATCGCTCTGCCGGAGAAACATCCCGACCAGACA
CACGTCTTTCTCGCCGGGAACCACGACTTCGCCTTCGCGGGGTTTTTGGGTCTGTTGCCA
CGTCCTTCGAATGGATCTGAGCTGAAGGATACGTGGAGTGAGTTCGAGAAGAGCGAGGAG
AGAGAAGGGTGGTATAAAGGCCAAGGCTTCGAGGATATGCATGTCCAGGGTAGAAGATGG
GCTGGTACAACTAGGGATCGATTCGCTACGTACACCGTTGGGGTCGAGTATATCGGATCT
ATTTACGATGCTCGGTCGACTTTTGAATCGTATGGCGTCCCTCATGGATCTTCTGATTTG
ATGGAGGCAGTACCAGAGAGTCACAAGAAGTTCTTGACCAATATGGTTTGGGTTCACCAA
GAGGAAGATGTTTGTATAGAAACCGAGCAAGGGCTTAAGCATTGCAAGTTGATTGCGGTA
CATGCTGGTTTAGATAAATGGAAGAGTGTTAACGAACAGCTCATGCTTCTGAGAGCTAAA
GACACGAGCTTCTCGAGGGTACAAGCTTTAAGTGGACAGGAAGACGTTTGGGAAATGCCC
CAGGAATTTGTTGATAAAAAACAGACTATTGTAGTCAGCGGTCCCCCCGGGGAAATAAAA
ATCGATGGCTTGAGACTGATCATCGATGAAAGCGGGGGATACGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GF55TF U 1
AF RR3GF55JQ C 585
BS 1 747 RR3GF55TF
BS 748 885 RR3GF55JQ

RD RR3GF55TF 754 0 0
GGGTACGAAACAAGGGTAATGGCTTCTTTCAAACCACGAACGGTGATCTGCATAGGAGAC
ATCCATGGACACATTTCGAAGCTCGGAAAACTGTGGCTTAATCTACAATCTGCCCTCATC
CCATCACACTTCAGCTCAGCTCTTGTCATCTTCCTAGGCGACTACTGCGATCGTGGACCG
CGTACCCGACAAGTCATCGACTTTTTGATCGCTCTGCCGGAGAAACATCCCGACCAGACA
CACGTCTTTCTCGCCGGGAACCACGACTTCGCCTTCGCGGGGTTTTTGGGTCTGTTGCCA
CGTCCTTCGAATGGATCTGAGCTGAAGGATACGTGGAGTGAGTTCGAGAAGAGCGAGGAG
AGAGAAGGGTGGTATAAAGGCCAAGGCTTCGAGGATATGCATGTCCAGGGTAGAAGATGG
GCTGGTACAACTAGGGATCGATTCGCTACGTACACCGTTGGGGTCGAGTATATCGGATCT
ATTTACGATGCTCGGTCGACTTTTGAATCGTATGGCGTCCCTCATGGATCTTCTGATTTG
ATGGAGGCAGTACCAGAGAGTCACAAGAAGTTCTTGACCAATATGGTTTGGGTTCACCAA
GAGGAAGATGTTTGTATAGAAACCGAGCAAGGGCTTAAGCATTGCAAGTTGATTGCGGTA
CATGCTGGTTTAGATAAATGGAAGAGTGTTAACGAACAGCTCATGCTTCTGAGAGCTAAA
GACACGAGCTTCTCGAGGGTACAAGCT
CTAGTGG

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3GF55JQ 301 0 0
GGTTTGGGTTCACCAAGAGGAAGATGTTTGTATAGAAACCGAGCAAGGGCTTAAGCATTG
CAAGTTGATTGCGGTACATGCTGGTTTAGATAAATGGAAGAGTGTTAACGAACAGCTCAT
GCTTTTGAGAGCTAAAGACACGAGCTTTTCGAGGGTACAAGCTTTAAGTGGACAGGAAGA
CGTTTGGGAAATGCCCCAGGAATTTGTTGATAAAAAACAGACTATTGTAGTCAGCGGTCC
CCCCGGGGAAATAAAAATCGATGGCTTGAGACTGATCATCGATGAAAGCGGGGGATACGA
T

QA 1 301 1 301
DS 



AS 1 2

CO CL6085Contig1 1257 2 2 U
GGGTACATTAATGGCGGTTCTGTCGTATTCTTCGTCGGCGATGCAGAAAGGCATTGTTGT
TACGGTACCAGTTCTGGTTCTAACCGCTTCGTTATCGGCACTTATCTTCTTCATCCTATC
GTCTTCATTGTCCTCCTGCTCATGTCCATCATCTATATCTGATGCCATCGTCGGTGATGT
GAGGTCGGAGGAGAGAGTTTCGACGTCGCAAGAAGACATAGATTGGGTTAAAGATCTGAT
TAGATCGAACGGTTTGCATATGCATGAGAATGTTCTCCGGAAAGGGATTAATCCTCGCAC
AAGGGAGCAGCAACTCCAGGATCTGATTCAGTACAAAGGTATATCGCATTACGTAGGAGA
TGAAGCAAGCAACCACACAGCTCTTCCGTGCCCTGGTGAGTTACTTGTTGAGGAGCATCA
CAGCAACTACGGCGAGCCTTGGGCTGGTGGGCGTGACGTCTTTGAGTTCTTAGCCGAAGC
GTCTCGGCTAAAACCCAGTGCCAGAGTCCTTGAGATAGGGTGCGGTACGCTCCGTGTTGG
TTTGCATTTCATCCGTTACCTCGACCCCGGGAACTTCCACTGCCTTGAAAAAGACGAGCT
CTCTCTGATGGCTGCGTTGAGGTACGAGCTTCCTTCCCAAGGTCTTCTGCATAAGCGGCC
TCTTATAGTCAGAGGGGAAGATATGGAGTTCAGCAAGTTCGGTTCGGATGTGGCCTATGA
TCTTATATACGCTAGTGCGGTGTTCTTGCACATGCCTGACGAGCTGGTTTGGAGTGGAGT
CGAGAGGCTGGTTGATAAGTTGAAGCCTCACGAGGGGAGAATGTTTGTGTCGCATAACAT
AAAGTTTTGTACGCGTTTAGGAGGAGAGAAATGCGCAGAGAGACTAGCGAGCTTGGGACT
CGAGTCCCTGGGGAGACAGACGCATGATAGTTTGTTGTTTAATCACTACGAGATCTGGTT
CGGGTTTAGGCGGATCAAAGGATAAAGTTTAGTTTATGATTTTGATCCCGCGGCATGTAA
CGGCTCCATTCTAAGAGAAGACTGTTACTACGAGTCTTTGGAGCAAGAGAGCTCACAAAG
CAGTGAAGTACGCGAATGGTGATGGAGACTCATGTATTGATTGATATACTAGCCAAATGA
ATGATTCGAGATGGTTATATTTGATTTGTTTGTTTCAAAGAGTTGTTATAGTGTTGTGTG
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GTTTATGATTTTGATCCCGCGGCATGTAACGGCTCCATTCTAAGAGAAGACTGTTACTAC
GAGTCTTTGGAGCAAGAGAGCTCACAAAGCAGTGAAGTACGCGAATGGTGATGGAGACTC
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TTAAGAAAAAAAAGTTATACTTGAGT

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TGGTGGGTAACGATAATGCCGTCACGGACACCGTTATATTTTCAGCCGGGATTGGGGTAA
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AF RR3E872TF U 1
AF RR3E872JQ C 386
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BS 544 1066 RR3E872JQ

RD RR3E872TF 543 0 0
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CCGTCATCAATTCTCTCCGGACAAGCATAGACAACTGTTACATCACACGGTTTGGAGACA
CGAACGGGATTCTTGTCCAAAAAGAACACGAGACTTATATTCGAAACTCTTTTCTCGGTC
AACACATAACCGCCGGTGGAGCCAAAGGAGAGAGGAGCTTCTCCGGCACCGCCGTGAACT
TGGTGGGTAACGATAATGCCGTCACGGACACCGTTATATTTTCAGCCGGGATTGGGGTAA
TGATATCAGGACAGGCGAACCTTTTGTCTGGTGTGCATTGTTATAACAAAGCAACCGGTT
TTGGTGGAACCGGGATTTATTTGAAATTACCCGGTTTAACTCAGAACCGGATTGTGAATT
CCTACTTGGATTATACCGGTATCGTTGCGGAAGACCCGGTTCAGCTGCAGATTTCCGGGA
CGTTTTTCTTAGGAGATGCGTTTATTTTGTTGAAGTCAATAAACGGTGTGGTTCGTGGGG
TTA

QA 1 543 1 543
DS 

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TGCGGAAGACCCGGTTCAGCTGCAGATTTCCGGGACGTTTTTCTTAGGAGATGCGTTTAT
TTTGTTGAAGTCAATAAACGGTGTGGTTCGTGGGGTTAATATTGTTGACAACATGTTTTC
CGGGTCGGGTAATGGAGTCCAGATTGTGCAATTGGATCAGACGAATAAAGCGTTTGAGAA
TGTTGACCAGGTGGTGGTTGACCGGAACAATGTGAACGGCATGGCAGTGAGATCGACGGT
AGCTAAAGCATCGGTCGATGGAAATGGAACGTCTTGGACCGTTGACTTTAACCCGGTTTT
GTTGTTCCCGAATTTAATCAAGCACGTTCAGTACACGCTCGTAGCACGTGAAGATGGCGC
ATTTCCTGTTCACGCGGTAAGGAACGTCTCGGATAATCAAGTGGTGGTTCAGACAAACGC
ACCTGTTACTGCACAAGTTTATGTAACGGTGGATCAATGAGTTTGATTGTCATGACTCAT
GTTTTTACCCTAATCATAATGACTTAATGATCATAAAAACTATAGTCGGTGGTGGTTTCT
GGTATTTTTTGTAATTTTTCCTAACAGGAGAAATTATATTTTTACTATCAGTAAATAAGA
TATTTAGAAAATTGTGATTGC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL6090Contig1 1291 2 4 U
CGGAGAAAGTGTTGACTTCTGGGAACAAAGTCGTTTTGGGTTACTTGAACTCTTTGGTTG
GCGTTGAGCATGATCAGCTTGCTGCTGCTTCCAAAGCTGAAGACGATGTGAACTTCTATC
AAGCGGTTAACCCTGATGTGGCCAAGATGTTCCATATTGATCCGGAGTCTAAGCGGCCTG
CTCTTGTCTTGGTTAAGAGAGAGGAGGAGAAGATTAGCCATTTTGATGGGGAGTTTGTGA
AGTCTGCTCTAGTTAGTTTCGTGTCCGCCAACAAGCTTCCTTTGGTCACTGTTTTCACCC
CAGAGAGCGCCCAAGAGATTTTTGAGAGTGAAATCAAGAAACAGTTGTTGTTATTTGCAA
CCAAAAATGAATCTGAAAAGGTTCTTCCAGAGTTTGAAGAAGCAGCAAAATCGTTTAAAG
GAAAGCTCATCTTTGTATATGTGGATGTGGAAAACGAGGATCATGGGAAGCCAGTTGCTG
AATACTTTGGTGTATCTGACAATCGTCCTAAACTTGTGGCCTTCACAGGAAACGAAGATC
CCAAGAAACACTACTTTGATGGCGAAATCAAGTCAGAGAAAATTAAGATATTTGGGGGAA
GAGTTCTTGAGCGACAAGCTAAAGCCTTTCTATAAGTCAGACCCCATCCCTGAAAAGAAT
GATGGAGATGTGAAAATCGTGGTTGGAGATAACTTTGATGAAATTGTCCTTGACGAGTCT
AAGGATGTTCTTCTTGAGATATATGCACCATGGTGTGGGCATTGCCAAGCGCTTGAGCCA
ATGTATAACAAGCTTGCCAAACATTTAAGAAGCATTGATTCTATTGTCATAGCCAAGATG
GATGGAACAACCAATGAACACCCCATGGCAAAGGCGGAAGGATTCCCTACAATTCTGTTC
TTCCCTGCAGGAAACAAGACCTCTGAACCGATAACGGTAGATACAGACCGCACTGTGGTT
GCATTCTACAAGTTTATGAGGAAACACGCAACGATTCCATTCAAACTGGAGAAACCTGCA
TCAACTGAATCTCCTAAAGCTGCCGAGTCCACACCAAAGGTAGAAACTACTGAGACCACC
ACAAAGATTACAGCGAGTGATTCCAAGGACGAATTGTGATCCTAAAGCCAAAGCAAAAGG
GTATGAGTTATAGAAATGCATCTCCTTAAGTTATATTGTATGATCAAGTTATATTTAGTT
CGAGTTAAAGACAATTTCAACACTTGAATCTGGTTTCAAAGGCCAGCTTGTAGAACTGTC
ACACACTGAAGTATGGTAATAGAACCAACTT


BQ
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AF RR3CK92TF U 1
AF RR3CK92JQ C 540
BS 1 658 RR3CK92TF
BS 659 659 RR3CK92JQ
BS 660 708 RR3CK92TF
BS 709 1291 RR3CK92JQ

RD RR3CK92TF 708 0 0
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GCGTTGAGCATGATCAGCTTGCTGCTGCTTCCAAAGCTGAAGACGATGTGAACTTCTATC
AAGCGGTTAACCCTGATGTGGCCAAGATGTTCCATATTGATCCGGAGTCTAAGCGGCCTG
CTCTTGTCTTGGTTAAGAGAGAGGAGGAGAAGATTAGCCATTTTGATGGGGAGTTTGTGA
AGTCTGCTCTAGTTAGTTTCGTGTCCGCCAACAAGCTTCCTTTGGTCACTGTTTTCACCC
CAGAGAGCGCCCAAGAGATTTTTGAGAGTGAAATCAAGAAACAGTTGTTGTTATTTGCAA
CCAAAAATGAATCTGAAAAGGTTCTTCCAGAGTTTGAAGAAGCAGCAAAATCGTTTAAAG
GAAAGCTCATCTTTGTATATGTGGATGTGGAAAACGAGGATCATGGGAAGCCAGTTGCTG
AATACTTTGGTGTATCTGACAATCGTCCTAAACTTGTGGCCTTCACAGGAAACGAAGATC
CCAAGAAACACTACTTTGATGGCGAAATCAAGTCAGAGAAAATTAAGATATTTGGGGGAA
GAGTTCTTGAGCGACAAGCTAAAGCCTTTCTATAAGTCAGACCCCATCCCTGAAAAGA*T
GATGGAGATGTGAAAATCGTGGTTGGAGATAACTTTGATGAAATTGTC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3CK92JQ 752 0 0
CCCAAGAAACACTACTTTGATGGCGAAATCAAGTCAGAGAAAATTAAGATATTTGGGG*A
AGAGTTCTTGAGCGACAAGCTAAAGCCTTTCTATAAGTCAGACCCCATCCCTGAAAAGAA
TGATGGAGATGTGAAAATCGTGGTTGGAGATAACTTTGATGAAATTGTCCTTGACGAGTC
TAAGGATGTTCTTCTTGAGATATATGCACCATGGTGTGGGCATTGCCAAGCGCTTGAGCC
AATGTATAACAAGCTTGCCAAACATTTAAGAAGCATTGATTCTATTGTCATAGCCAAGAT
GGATGGAACAACCAATGAACACCCCATGGCAAAGGCGGAAGGATTCCCTACAATTCTGTT
CTTCCCTGCAGGAAACAAGACCTCTGAACCGATAACGGTAGATACAGACCGCACTGTGGT
TGCATTCTACAAGTTTATGAGGAAACACGCAACGATTCCATTCAAACTGGAGAAACCTGC
ATCAACTGAATCTCCTAAAGCTGCCGAGTCCACACCAAAGGTAGAAACTACTGAGACCAC
CACAAAGATTACAGCGAGTGATTCCAAGGACGAATTGTGATCCTAAAGCCAAAGCAAAAG
GGTATGAGTTATAGAAATGCATCTCCTTAAGTTATATTGTATGATCAAGTTATATTTAGT
TCGAGTTAAAGACAATTTCAACACTTGAATCTGGTTTCAAAGGCCAGCTTGTAGAACTGT
CACACACTGAAGTATGGTAATAGAACCAACTT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL6091Contig1 1193 2 8 U
GGACTATCAATCAGCCACTTCTTGAAATGGCTACGCTCTATCTCCACTACCACACCCTCC
TCCTTAGTCTACTGCTGGTGGTCCTCAAGCTCCGACAACACTTGGCGGTGGCCGGAGGGT
GCCAGAATCCTCCCGTGATCTTTAACTTCGGAGATTCTAACTCTGACACGGGTGGACTCG
CCGCCGGACTCGGTTATACCATTGGTATCCCAAATGGCCGCTCATTTTTCCGGAGATCCA
CTGGTCGACTGTCTGACGGCCGACTCATCATCGATTTCCTTTGCGAGAGTTTGAATACAA
GTCTGTTAAACCCATACTTAGACTCGATGGTTGGATCAAAGTTCCAAAACGGCGCTAACT
TCGCCATCGTTGGATCTACGACTCTTCCTAGATATGTCCCGTTCGCGCTCAACATTCAGC
TCATGCAGTTCCTCCACTTTAAATCTCGATATCGGGCAAAACGATATTGCAGACTCATTT
TCCAAAGGCCTTTCTTACTCTCAGGTCGTCAAGCATATTCCAAACGTTATTTCTGAGATC
AAGAGTGCCATTAAGACATTGTACGACGAAGGAGGGAGGAAGTTCTGGGTACACAACACA
GGACCTTTAGGTTGTCTGCCTCAGAAACTTTCAATGGTTCATAGCAAAGCTTTCGACAAG
CACGGTTGTCTATCGAGTTATAACTCAGCCGCAAAGCTGTTCAACGAAGGGTTGGATCAT
ATGTGTCGGGAGATGAGGACCGAGCTGAGAGATACCGACATAGTCTATGTCGATATTTAT
GCCATCAAATATGATCTCATCGCAAACTCTACTAACTACGGCTTTGAGAAACCATTGATG
GCATGTTGCGGATACGGAGGGCCTCCTTACAACTACAACGTGAACATAACGTGTGGGAAC
GGTGGCTCTAATAGCTGTGACGAAGGGTCTCAGTTTATAAGTTGGGACGGAATGCATTAC
ACCGACACGGCTAACGCAATTGTTGCCATGAAAGTATTGTCCATGCAGTACTCTACGCCA
CCAACTCCGTTTCATTTCTTTTGCAGCCGCTGAGATTATATATCTAATTGTGAATTAAAA
ATATTGCAGTAAAGAGAAATGAGATGTGTACTTCTATGGTTCTACCAAATGCCATTTGTA
AAAAGACCTGCGATTGTTTTGGTTCTCTGTTTTCTACAAGTTCAAAATTTTGC


BQ
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AF RR3FZ19TF U 1
AF RR3FZ19JQ C 624
BS 1 712 RR3FZ19TF
BS 713 713 RR3FZ19JQ
BS 714 738 RR3FZ19TF
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BS 798 1193 RR3FZ19JQ

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CCGCCGGACTCGGTTATACCATTGGTATCCCAAATGGCCGCTCATTTTTCCGGAGATCCA
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GTCTGTTAAACCCATACTTAGACTCGATGGTTGGATCAAAGTTCCAAAACGGCGCTAACT
TCGCCATCGTTGGATCTACGACTCTTCCTAGATATGTCCCGTTCGCGCTCAACATTCAGC
TCATGCAGTTCCTCCACTTTAAATCTCGATATCGGGCAAAACGATATTGCAGACTCATTT
TCCAAAGGCCTTTCTTACTCTCAGGTCGTCAAGCATATTCCAAACGTTATTTCTGAGATC
AAGAGTGCCATTAAGACATTGTACGACGAAGGAGGGAGGAAGTTCTGGGTACACAACACA
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CACGGTTGTCTATCGAGTTATAACTCAGCCGCAAAGCTGTTCAACGAAGGGT*GGATCAT
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GC*ATCAAATATGATCT

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DS 

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CTCAGCCGCAAAGCTGTTCAACGAAGGGTTGGATCATATGTGTCGGGAGATGAGGACCGA
GCTGAGAGATACCGACATAGTCTATGTCGATATTTATGCCATCAAATATGATCTCATCGC
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TCCTTACAACTACAACGTGAACATAACGTGTGGGAACGGTGGCTCTAATAGCTGTGACGA
AGGGTCTCAGTTTATAAGTTGGGACGGAATGCATTACACCGACACGGCTAACGCAATTGT
TGCCATGAAAGTATTGTCCATGCAGTACTCTACGCCACCAACTCCGTTTCATTTCTTTTG
CAGCCGCTGAGATTATATATCTAATTGTGAATTAAAAATATTGCAGTAAAGAGAAATGAG
ATGTGTACTTCTATGGTTCTACCAAATGCCATTTGTAAAAAGACCTGCGATTGTTTTGGT
TCTCTGTTTTCTACAAGTTCAAAATTTTGC

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DS 



AS 1 2

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AGAAGACATGGACATGGAGACTGACCAAATCTACCAGGTCGATGTCGGAAATCTTCTCGC
TTTCAATCCCAATCACCGCTTCCCTGCTGCTCCTTCTTCAAGGTTCGTCCTTTTCTCTCT
TCTCTCTCTCGTCTTATCCTCTTGAAGCTCGTGTTGAGCTCTTCGGCGGCGGCGGCTTTC
CTTATATGATTGTTCTGTAGATGTAATTGATTAGAGATGGATTAATTGTAAAGAGAGTAA
AGTTCGCATTTTTAATTGTAAAGTTTGAGTTTTGATTGTTTTAACATAAACCCTATCTCT
TGGTTTCTTGTAAAGTTTTTCCCTTTCAGCCATTTTTCTCAGTGTTTGTTTAGAGTTTTG
GTATCTTTCTCAGTTACAATCTTCTGTTAATTAGGAACAATGCTGAGTTACTTTGTCTCT
GTTTATAGTTTCTGCTCTGTTTCTTTTTTGGGTTGATGATTTGCTTTATCCAATTTATTT
TTTTAGGGAGGAGCTTGTGAAGGAATGTGTTACAGAGGGAAGAAAACTTGTTCAGGCAAT
AGCTGATACTCTTTTCAACTTTCCTTCTACTGAAACTAGTGATGGCCCTCTTGTTCAGTT
GCCTCCACCCACAACCAAACTCCCTAGAGAAAAACATGTAAGCTCTTCTTTGTTATCTCC
AGTCTCATGAGGCAGTATCCGCCATGGATGTTGTTACAATATGAAATGTGAACCAGTGCT
TTCTCCTATAAACAACATATCTTATAAACAACTAACCATCCTCTTTTTATCTACCAGCTT
CCAAGGCCTAAGCCTCCTACTAAGTGGGAAGAATTTGCTCTCAAGAAAGGTATTAAGCTG
ATTTCAGTATTTGTTTTGAGGATTGAAAGGTTGATTTTGTTTTTTGATTTGACGGATTAA
CTACCTCTTTGTTCTATGATACTAATTTTTTTTTTTTTCTGTTCTATATTGCTTTTTGGC
TCTGTTTCTTAGGTATACAAAAGCGCAAGAAGGACAAGATTGTGTACGACGAAACAACTG
ACAAGTTTAAGCGTCGCCATGGTTACGACCGTGTTAACGATGATAATGATATCCCCATTA
TTGAGGCAAAGGCATCAGATGGTAGGTCTTGCTTTC


BQ
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TCTCTCTCTCGTCTTATCCTCTTGAAGCTCGTGTTGAGCTCTTCGGCGGCGGCGGCTTTC
CTTATATGATTGTTCTGTAGATGTAATTGATTAGAGATGGATTAATTGTAAAGAGAGTAA
AGTTCGCATTTTTAATTGTAAAGTTTGAGTTTTGATTGTTTTAACATAAACCCTATCTCT
TGGTTTCTTGTAAAGTTTTTCCCTTTCAGCCATTTTTCTCAGTGTTTGTTTAGAGTTTTG
GTATCTTTCTCAGTTACAATCTTCTGTTAATTAGGAACAATGCTGAGTTACTTTGTCTCT
GTTTATAGTTTCTGCTCTGTTTCTTTTTTGGGTTGATGATTTGCTTTATCCAATTTATTT
TTTTAGGGAGGAGCTTGTGAAGGAATGTGTTACAGAGGGAAGAAAACTTGT

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DS 

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TCTGCTCTGTTTCTTTTTTGGGTTGATGATTTGCTTTATCCAATTTATTTTTTTAGGGAG
GAGCTTGTGAAGGAATGTGTTACAGAGGGAAGAAAACTTGTTCAGGCAATAGCTGATACT
CTTTTCAACTTTCCTTCTACTGAAACTAGTGATGGCCCTCTTGTTCAGTTGCCTCCACCC
ACAACCAAACTCCCTAGAGAAAAACATGTAAGCTCTTCTTTGTTATCTCCAGTCTCATGA
GGCAGTATCCGCCATGGATGTTGTTACAATATGAAATGTGAACCAGTGCTTTCTCCTATA
AACAACATATCTTATAAACAACTAACCATCCTCTTTTTATCTACCAGCTTCCAAGGCCTA
AGCCTCCTACTAAGTGGGAAGAATTTGCTCTCAAGAAAGGTATTAAGCTGATTTCAGTAT
TTGTTTTGAGGATTGAAAGGTTGATTTTGTTTTTTGATTTGACGGATTAACTACCTCTTT
GTTCTATGATACTAATTTTTTTTTTTTTCTGTTCTATATTGCTTTTTGGCTCTGTTTCTT
AGGTATACAAAAGCGCAAGAAGGACAAGATTGTGTACGACGAAACAACTGACAAGTTTAA
GCGTCGCCATGGTTACGACCGTGTTAACGATGATAATGATATCCCCATTATTGAGGCAAA
GGCATCAGATGGTAGGTCTTGCTTTC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

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TTGCTAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCGCCGCCGATTGCTAGTCTTCCTCTCTCTCT
TAATCTCGCTCATACTGTCGATCAAATCATCCATTTTGATGGAAAGCAGCGGAAGAGTTC
CTCCACCGCGTCGTCCTACCCTCCCTCACCCGGATGCTTTCGGCGCCTTTCCCACGCTCC
CTCCACCTCAACTCATGGAGCACAAACTCGCGTCCCAGCACGGCGAAATGCAGAGGCTAG
CCATAGAGAACCAGAGGCTCGCCGCTACGCACGGCAACCTAAGACAAGAGCTAGCAGCCT
CGCAGCACGAGCTGCAGATGCTGCACTCTCAGATCGGGTCCATGAAGTCCGACGGCGAGC
AGCGGATGAGCGGTCTCGCCGACAGAGTCGCGAAGATGGAGTCGGAGCTTCGAAAGTCCG
AGGCTTTGAAGATGGAGCTGCAAGACGCTCGCGGAGAGGCGCGGAGCCTGGTCGTGGCCA
GGGAGGAACTTATGTCTAAAGTTCATCATTTGACTCAGGAGATCCAGAGATCTCGCTCCG
ATGTGCAGCAAGTACCGGCGCTCATGTCGGAGCTTGATGGTTTAAGACAGGAGTACCAAC
AGTGCAGGGCAACCTATGACTATGAGAAGAAGTTTTATAACGACCATATCGAGTCGCTTC
AGGCGATGGAGAAGAACTACATGTCTATGGCTATGGAAGTACAAAAGCTTCAAGCTCAGT
TAATGAACAGTGCAAATTCAGACAGAGGAGCTGGTATCCCTTATAACACTGCTGAAAATG
ACGCTTCTCAGAGTGGAGTTGGTTACTATGGTGATGCTTACCAGGGATACATCCCTCCTC
CACCAGCTGTTGGTATTGCAACTGCACCAAATTCAGTTGTTGGGACAGCTCAATATCCTT
ATCAAGGAGGATACTTCCCTTCAGGACCCGGTTACTACTTTCCAAGAGGTCCTCCTCCTG
GTTCATACAACCCGCCTCATGGATCATCCAACAATACGCCTTACGGCGCTGCTGCAACTA
CTGGTCCACGCTGAAATCTTAGTCAAAGATGAGGCTGAGTACATATAGTAATAACTCTGC
ATCCTCATCGGTTGTTGAAAACTGTGGGGATTGTTGCTGGTTTGAATTATCTCTGTGTTT
GGTCAAGAGACAGTGGTTCCCTATTGTTTATCCCATCTTGTGAGAGCTTTTTGACTTGAT
TTTGTAGGGAGAAACTGTTTTCTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DR69TF U 1
AF RR3DR69JQ C 562
BS 1 668 RR3DR69TF
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BS 723 1286 RR3DR69JQ

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TTGCTAGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCGCCGCCGATTGCTAGTCTTCCTCTCTCTCT
TAATCTCGCTCATACTGTCGATCAAATCATCCATTTTGATGGAAAGCAGCGGAAGAGTTC
CTCCACCGCGTCGTCCTACCCTCCCTCACCCGGATGCTTTCGGCGCCTTTCCCACGCTCC
CTCCACCTCAACTCATGGAGCACAAACTCGCGTCCCAGCACGGCGAAATGCAGAGGCTAG
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AGCGGATGAGCGGTCTCGCCGACAGAGTCGCGAAGATGGAGTCGGAGCTTCGAAAGTCCG
AGGCTTTGAAGATGGAGCTGCAAGACGCTCGCGGAGAGGCGCGGAGCCTGGTCGTGGCCA
GGGAGGAACTTATGTCTAAAGTTCATCATTTGACTCAGGAGATCCAGAGATCTCGCTCCG
ATGTGCAGCAAGTACCGGCGCTCATGTCGGAGCTTGATGGTTTAAGACAGGAGTACCAAC
AGTGCAGG*CAACCTATGACTATGAGAAGAAGTTTTATAACGACCATATCGAGTCGCTTC
AG
CGATGGAG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3DR69JQ 725 0 0
TTCATCATTTGACTCAGGAGATCCAGAGATCTCGCTCCGATGTGCAGCAAGTACCGGCGC
TCATGTCGGAGCTTGATGGTTTAAGACAGGAGTACCAACAGTGCAGGGCAACCTATGACT
ATGAGAAGAAGTTTTATAACGACCATATCGAGTCGCTTCAGGCGATGGAGAAGAACTACA
TGTCTATGGCTATGGAAGTACAAAAGCTTCAAGCTCAGTTAATGAACAGTGCAAATTCAG
ACAGAGGAGCTGGTATCCCTTATAACACTGCTGAAAATGACGCTTCTCAGAGTGGAGTTG
GTTACTATGGTGATGCTTACCAGGGATACATCCCTCCTCCACCAGCTGTTGGTATTGCAA
CTGCACCAAATTCAGTTGTTGGGACAGCTCAATATCCTTATCAAGGAGGATACTTCCCTT
CAGGACCCGGTTACTACTTTCCAAGAGGTCCTCCTCCTGGTTCATACAACCCGCCTCATG
GATCATCCAACAATACGCCTTACGGCGCTGCTGCAACTACTGGTCCACGCTGAAATCTTA
GTCAAAGATGAGGCTGAGTACATATAGTAATAACTCTGCATCCTCATCGGTTGTTGAAAA
CTGTGGGGATTGTTGCTGGTTTGAATTATCTCTGTGTTTGGTCAAGAGACAGTGGTTCCC
TATTGTTTATCCCATCTTGTGAGAGCTTTTTGACTTGATTTTGTAGGGAGAAACTGTTTT
CTACC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL6094Contig1 1176 2 2 U
GGATCCGAACTTGAAACCATATATACTACTCTTCTCAAGGTCAACATGGATGCTGCTGCA
TTCTGGAGTCAGCAGCCACTAGCTGCAAGGGAATACGCAATGGCCACCATAATTCCAGCT
AGTGAGGTGGTTGCAGACTTTTCGAAGAATGCTAAAGATTTCATTGAGAAAGAAGTGTCT
GCTTTCTTTCAAAGTCCTGATAACACCCTCTATATGCTTCCAGCTACTCCGCAGGCCCTT
CTGGAGTCTATGGGAGCTAATAGGTCAACAGGACCTGAAGCTGTTGCCTCAGCTGAGAAG
AATGCTGCTTTGTTGACTGCAAGAGCTGGTGCAAGAGATCCATCGGCAATTCCTTCTATA
TGCCGCATTTCCGCTGCCCTGCAGTATCCTGCGGGTTTGGAGAGTTCAGACGCAAGTTTG
GCATCGGTATTAGAGTCTCTTGAGTTCTGTTTGAGGCTCCGTGGTTCTGAGGCATGCGTG
TTGGAAGATTTAGCAAAGGCAATCAACTTGGTGGATATTCGTCAAGATTTAGTTGAAAGT
GGCCGTGCTCTATTAAGCCATGCTTACCATGCCCAACAAGAATATGAAAGGACAACTAAG
CATTGCTTAGATCTTGCCACGGAACAAGATAATACAATAACAGAGAAATGGTTGCCTGAG
CTCAAGACTGCGGTCTTGAATGCTCAAGCTTCCTTGGAGCACTGCAAACACGTGTGGGGT
TTGCTGGACGAATGGTACGAACAGCCTGCTGCAACTGTTGTGGACTGGGTCACGGTAGAC
GGGCAAAACGTTGCGGCCTGGCATAACCATGTGAAATCATCCTATTGCCTTTTACGTTAA
GCATGAAGAAAATATCTATGAGAGTCGAATTTGAAGGTTGCTCCGTGGAAGACTAAAAAC
GAGAGGGTATTTAGCAGAAGTCTCTGGGAAACATTCGTTCCCAGACTTTACAAAGATTCA
CCAAGGTATAATGTGTATATAAAATGGTACCCTTCTCCATAAAAACGATCCACTGTATGA
TTGATTATAGGTCTTGCTTTCTGTTTCTAGCATTGTTTTTTGGTTATGATTATGATTATT
GGTTTGCAAAGGGCCTCGCTTTGTATTATGCGGTTTGGTTATTGTTTTTACGCATACTCG
TTTTGTATTTGTATCAGAGTTTCATGGGATCGTTGG


BQ
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AF RR3DI05TF U 1
AF RR3DI05JQ C 423
BS 1 583 RR3DI05TF
BS 584 1176 RR3DI05JQ

RD RR3DI05TF 583 0 0
GGATCCGAACTTGAAACCATATATACTACTCTTCTCAAGGTCAACATGGATGCTGCTGCA
TTCTGGAGTCAGCAGCCACTAGCTGCAAGGGAATACGCAATGGCCACCATAATTCCAGCT
AGTGAGGTGGTTGCAGACTTTTCGAAGAATGCTAAAGATTTCATTGAGAAAGAAGTGTCT
GCTTTCTTTCAAAGTCCTGATAACACCCTCTATATGCTTCCAGCTACTCCGCAGGCCCTT
CTGGAGTCTATGGGAGCTAATAGGTCAACAGGACCTGAAGCTGTTGCCTCAGCTGAGAAG
AATGCTGCTTTGTTGACTGCAAGAGCTGGTGCAAGAGATCCATCGGCAATTCCTTCTATA
TGCCGCATTTCCGCTGCCCTGCAGTATCCTGCGGGTTTGGAGAGTTCAGACGCAAGTTTG
GCATCGGTATTAGAGTCTCTTGAGTTCTGTTTGAGGCTCCGTGGTTCTGAGGCATGCGTG
TTGGAAGATTTAGCAAAGGCAATCAACTTGGTGGATATTCGTCAAGATTTAGTTGAAAGT
GGCCGTGCTCTATTAAGCCATGCTTACCATGCCCAACAAGAAT

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3DI05JQ 754 0 0
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GGAAGATTTAGCAAAGGCAATCAACTTGGTGGATATTCGTCAAGATTTAGTTGAAAGTGG
CCGTGCTCTATTAAGCCATGCTTACCATGCCCAACAAGAATATGAAAGGACAACTAAGCA
TTGCTTAGATCTTGCCACGGAACAAGATAATACAATAACAGAGAAATGGTTGCCTGAGCT
CAAGACTGCGGTCTTGAATGCTCAAGCTTCCTTGGAGCACTGCAAACACGTGTGGGGTTT
GCTGGACGAATGGTACGAACAGCCTGCTGCAACTGTTGTGGACTGGGTCACGGTAGACGG
GCAAAACGTTGCGGCCTGGCATAACCATGTGAAATCATCCTATTGCCTTTTACGTTAAGC
ATGAAGAAAATATCTATGAGAGTCGAATTTGAAGGTTGCTCCGTGGAAGACTAAAAACGA
GAGGGTATTTAGCAGAAGTCTCTGGGAAACATTCGTTCCCAGACTTTACAAAGATTCACC
AAGGTATAATGTGTATATAAAATGGTACCCTTCTCCATAAAAACGATCCACTGTATGATT
GATTATAGGTCTTGCTTTCTGTTTCTAGCATTGTTTTTTGGTTATGATTATGATTATTGG
TTTGCAAAGGGCCTCGCTTTGTATTATGCGGTTTGGTTATTGTTTTTACGCATACTCGTT
TTGTATTTGTATCAGAGTTTCATGGGATCGTTGG

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL6095Contig1 744 2 3 U
GGCAATATATAGTCTCTAGAGAAGCTGATCCTCTCTTAAGCTACGTGCTGTCTGTTACGT
TTATCAAAACCCGTCCTTCTGATGTAGAATTTGGGGGAACTTTGAGGAGTCTTACAACGG
ATGGCATGACCTGGTTGAGGCGCAGGATGAAAGAGGTGGTTGAAGGAGAAGCTCTACTAC
ATAGATGCCAAGCGGATATAGACATGCATGAGGATGATCATCCAATGTACCCAGCAACTG
TGAACGATCACAAGTTACACGAGCACGCTGAAAAGGTTCTGAAGCTCTTGGTTGGACCCG
AGAATGTCAAACCGGGTGACAAGATAATGGCGGGCGAAGATTTTTCCTTCTATCAACAGA
AAATTCCAGGTTACTATCTAGGAATCGGTATCAGAAACGAACAAGTCGGTTCTGTGCATT
CGGTTCATTCACCTTATTTCTTCCTTGATGAAAATGTTCTTCCCATTGGTTCAGCAGTGT
TTGCTGCCTTAGCCGAGACGTATATACAAGACCATCAAAATCAAACCAAGTATGGACAAT
GAAGAAGAAAAGACCAAAGCTCAGATCTAAAGTCTCTTAGTTACTTACTTTCACAACTCA
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GAATTAACATACTAAGTTTCAGTC


BQ
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AF RR3CY87TF U 178
AF RR3CY87JQ C 1
BS 1 177 RR3CY87JQ
BS 178 337 RR3CY87TF
BS 338 744 RR3CY87JQ

RD RR3CY87TF 160 0 0
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CTGTGAACGATCACAAGTTACACGAGCACGCTGAAAAGGTTCTGAAGCTCTTGGTTGGAC
CCGAGAATGTCAAACCGGGTGACAAGATAATGGCGGGCGA

QA 1 160 1 160
DS 

RD RR3CY87JQ 744 0 0
GGCAATATATAGTCTCTAGAGAAGCTGATCCTCTCTTAAGCTACGTGCTGTCTGTTACGT
TTATCAAAACCCGTCCTTCTGATGTAGAATTTGGGGGAACTTTGAGGAGTCTTACAACGG
ATGGCATGACCTGGTTGAGGCGCAGGATGAAAGAGGTGGTTGAAGGAGAAGCTCTACTAC
ATAGATGCCAAGCGGATATAGACATGCATGAGGATGATCATCCAATGTACCCAGCAACTG
TGAACGATCACAAGTTACACGAGCACGCTGAAAAGGTTCTGAAGCTCTTGGTTGGACCCG
AGAATGTCAAACCGGGTGACAAGATAATGGCGGGCGAAGATTTTTCCTTCTATCAACAGA
AAATTCCAGGTTACTATCTAGGAATCGGTATCAGAAACGAACAAGTCGGTTCTGTGCATT
CGGTTCATTCACCTTATTTCTTCCTTGATGAAAATGTTCTTCCCATTGGTTCAGCAGTGT
TTGCTGCCTTAGCCGAGACGTATATACAAGACCATCAAAATCAAACCAAGTATGGACAAT
GAAGAAGAAAAGACCAAAGCTCAGATCTAAAGTCTCTTAGTTACTTACTTTCACAACTCA
AGTTATTGGTCTTCATAAACAAAATAATTTAAATTTGACAAATCATAAGTGTTCCGCTAA
GTAATGCATCTTACATTTGCAGGTGCAGTTTATATTGAGTTCTAGTGTGTGTACAGGTTG
GAATTAACATACTAAGTTTCAGTC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL6096Contig1 1205 2 2 U
TTTTTGTTGGTCAAATATAAAAGTAACAAAAAAAGAAGAGAATATTATAAAGAAGGGTGA
GATGCAGACCCCATCGATGGCTGCCTCCACTACTTCCTACTACCCAATCCCCAAAAGCTT
CTTTCTTTCTCCCCCTTCCCGTTACAAACGTAACCCTAATCTCATCTCTTGCTCCACCAA
ACCCATCCCTCCTCTGCAAACAACAACCCATCGAATCCAAATCCAAAAGCAGAGTCTTCC
TCTCCCACCCACTTTCGAAGATTCCTTTCTCCTCTACCAATTCAGCTCCCCGACCGAAGA
CCCAGGATTCTCTAACCGGATCTCCGACGGAGAACCGGTCGAATTGGTTATCCGCAGCGG
CGTAGGCGTAGAAGAAGAAGACAACAAAAGCTTGGTAGTTTCGTCGAACATGTGGTGGGC
AGATCTGAAAGCGGCCCTTGGGCAACGGATCAACGTAGAGGGCATCGTCTCTTCCGTCTC
CGTGATCGTGAAAGATCGTCATCTGGTTCTTCCCCATGTTTCCGTCAGAGATTTACGCTA
CATTGACTGGGGGAGAGCTGAAGAGAAAGGGGTTCAAGGGTGTAGTCTTCGATAAAGATA
ATACTCTGACAGCTCCCTACTCTCTAGCGATCTGGCCACCTCTCAGGCCTTCCATTGAGC
AGTGTAAAGCCGTGTTTGGTCATGACATCGCCGTGTTTAGCAACTCCGCAGGGCTTACGG
AGTATGATCACGATGATTCGAAAGCTAAAGCATTGGAGGCTGAAACAGGGATTAGAGTGT
TGAGACATAAGACGAAGAAGCCTGCGGGAACTGCTGAAGAAGTTGAGAAACACTTTGGCT
GCGCATCTTCAGAGCTAATCATGGTGGGTGATCGACCTTTCACGGATATTGTCTACGGGA
ACAGAAACGGGTTTCTAACTGTGTTAACTGAACCCTTGAGTCGAGCTGAGGAGCCTTTCA
TTGTTAGACAGGTGAGGAGATTAGAGTTGGCCTTGTTGAAACGTTGGTTGAGAAAAGGTT
TGAAGCCTGTGGATCACATTTTGGTATCAGATGTAACACTATTTGTTAAGGATCCTTCAG
ATTTATAAGAAGGGTTCTCAGTTTACTCAAGCAAAAACTCTGTTCCTTCTTTTCTTTTTG
GTGTAATGGAAATTTTGACTTTTGGCTAAATGAGAAATGGTAATTCAAAGTTCGGGTTTC
GAATC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3BN39TF U 1
AF RR3BN39JQ C 479
BS 1 642 RR3BN39TF
BS 643 1205 RR3BN39JQ

RD RR3BN39TF 642 0 0
TTTTTGTTGGTCAAATATAAAAGTAACAAAAAAAGAAGAGAATATTATAAAGAAGGGTGA
GATGCAGACCCCATCGATGGCTGCCTCCACTACTTCCTACTACCCAATCCCCAAAAGCTT
CTTTCTTTCTCCCCCTTCCCGTTACAAACGTAACCCTAATCTCATCTCTTGCTCCACCAA
ACCCATCCCTCCTCTGCAAACAACAACCCATCGAATCCAAATCCAAAAGCAGAGTCTTCC
TCTCCCACCCACTTTCGAAGATTCCTTTCTCCTCTACCAATTCAGCTCCCCGACCGAAGA
CCCAGGATTCTCTAACCGGATCTCCGACGGAGAACCGGTCGAATTGGTTATCCGCAGCGG
CGTAGGCGTAGAAGAAGAAGACAACAAAAGCTTGGTAGTTTCGTCGAACATGTGGTGGGC
AGATCTGAAAGCGGCCCTTGGGCAACGGATCAACGTAGAGGGCATCGTCTCTTCCGTCTC
CGTGATCGTGAAAGATCGTCATCTGGTTCTTCCCCATGTTTCCGTCAGAGATTTACGCTA
CATTGACTGGGGGAGAGCTGAAGAGAAAGGGGTTCAAGGGTGTAGTCTTCGATAAAGATA
ATACTCTGACAGCTCCCTACTCTCTAGCGATCTGGCCACCTC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3BN39JQ 727 0 0
TCCGTGATCGTGAAAGATCGTCATCTGGTTCTTCCCCATGTTTCCGTCAGAGATTTACGC
TACATTGACTGGGG*AGAGCTGAAGAGAAAGGGGTTCAAGGGTGTAGTCTTCGATAAAGA
TAATACTCTGACAGCTCCCTACTCTCTAGCGATCTGGCCACCTCTCAGGCCTTCCATTGA
GCAGTGTAAAGCCGTGTTTGGTCATGACATCGCCGTGTTTAGCAACTCCGCAGGGCTTAC
GGAGTATGATCACGATGATTCGAAAGCTAAAGCATTGGAGGCTGAAACAGGGATTAGAGT
GTTGAGACATAAGACGAAGAAGCCTGCGGGAACTGCTGAAGAAGTTGAGAAACACTTTGG
CTGCGCATCTTCAGAGCTAATCATGGTGGGTGATCGACCTTTCACGGATATTGTCTACGG
GAACAGAAACGGGTTTCTAACTGTGTTAACTGAACCCTTGAGTCGAGCTGAGGAGCCTTT
CATTGTTAGACAGGTGAGGAGATTAGAGTTGGCCTTGTTGAAACGTTGGTTGAGAAAAGG
TTTGAAGCCTGTGGATCACATTTTGGTATCAGATGTAACACTATTTGTTAAGGATCCTTC
AGATTTATAAGAAGGGTTCTCAGTTTACTCAAGCAAAAACTCTGTTCCTTCTTTTCTTTT
TGGTGTAATGGAAATTTTGACTTTTGGCTAAATGAGAAATGGTAATTCAAAGTTCGGGTT
TCGAATC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL6097Contig1 659 2 2 U
GGTGACTTCCACAACTACCCTGCTCTTGGTGGACTTGTCCAAACCCTGATGAGTTACGTA
GTTGGTGGAGACAGCTCGAACTGGGTCGGGGTCTGGGGACGACTCACTACAACATGAACG
ATATGCCAGCTGTCTCCTTCGGTGTTGCGAAACATCTAGCTCAGATCAAACACACTGGTA
AGTTCAAAATGTTTGATTACGGGAGCAGGACAGCTAACATGGAGGTTTATGGCTCTCCTG
AACCGCTTGATCTAGGAGAGTCTTACGAGTACATCGATATGCCTGTGGATTTAGTAGCCG
GGAAGAAAGACAAGGTGGTTCGGCCTTCCATGGTGAGGAAACACTACAAGGTGATGAGAG
ATGCAGGGGTTGATGTGTCGGTTAACGAGTTCGAGTATGCTCACCTTGATTTCACATTCT
CTCACCGGGAAGAGCTTTTGACGTATGTCATGTCGAGGCTTCTGCTTGTTGAAGTGACAA
CAAGTCAGCAGAGGCAGAGCAGCCAGAAAGGTATGAAACTGAAGAAGTAAGAAAAAGGAG
GCATAGTAGTGTAAGTAGCTAGAAACCAAACCATGGCCACTGTGGTCAATGCCCAATAGA
GTTTGGAGTCTTTGTATTGTGATGTTGTGCGTTTGAGCTTCATCTGTGCATTCTACGTT


BQ
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AF RR3B835JQ C 1
AF RR3B835TF U 496
BS 1 495 RR3B835JQ
BS 496 659 RR3B835TF

RD RR3B835JQ 659 0 0
GGTGACTTCCACAACTACCCTGCTCTTGGTGGACTTGTCCAAACCCTGATGAGTTACGTA
GTTGGTGGAGACAGCTCGAACTGGGTCGGGGTCTGGGGACGACTCACTACAACATGAACG
ATATGCCAGCTGTCTCCTTCGGTGTTGCGAAACATCTAGCTCAGATCAAACACACTGGTA
AGTTCAAAATGTTTGATTACGGGAGCAGGACAGCTAACATGGAGGTTTATGGCTCTCCTG
AACCGCTTGATCTAGGAGAGTCTTACGAGTACATCGATATGCCTGTGGATTTAGTAGCCG
GGAAGAAAGACAAGGTGGTTCGGCCTTCCATGGTGAGGAAACACTACAAGGTGATGAGAG
ATGCAGGGGTTGATGTGTCGGTTAACGAGTTCGAGTATGCTCACCTTGATTTCACATTCT
CTCACCGGGAAGAGCTTTTGACGTATGTCATGTCGAGGCTTCTGCTTGTTGAAGTGACAA
CAAGTCAGCAGAGGCAGAGCAGCCAGAAAGGTATGAAACTGAAGAAG*AAGAAAAAGGAG
GCATAGTAGTGTAAGTAGCTAGAAACCAAACCATGGCCACTGTGGTCAATGCCCAATAGA
GTTTGGAGTCTTTGTATTGTGATGTTGTGCGTTTGAGCTTCATCTGTGCATTCTACGTT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3B835TF 164 0 0
AGAGCAGCCAGAAAGGTATGAAACTGAAGAAGTAAGAAAAAGGAGGCATAGTAGTGTAAG
TAGCTAGAAACCAAACCATGGCCACTGTGGTCAATGCCCAATAGAGTTTGGAGTCTTTGT
ATTGTGATGTTGTGCGTTTGAGCTTCATCTGTGCATTCTACGTT

QA 1 164 1 164
DS 



AS 1 2

CO CL6098Contig1 315 2 3 U
GTAGGAGTGCACTGTTCACAGTTGGAGAGATCTAGCTCATTGATAGGTTTAGCCCATTTC
TGGCTCGCTGCAGCCTTTTCGAGCCTCTCCTTCTCACGGTCTCTTTCTCTAAACCTTTCA
ACCTTGTCACGCTCTCGTTCTGTATCCTTGTCCTGTGACTTTGTAGGCTGAGGAACTTTG
CCATCACTCCACAAGGATTCTGTAGTCAAAACAGCAACCAAGTGGTTAGAGTTAAGTCAA
TTTCATTAAACTCACCCAATCAAAATAGCTAAGACTTACTCTTAGTCACGATACCAGAAA
GTAATGCATCTGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CO18TF U 67
AF RR3CO18JQ C 1
BS 1 66 RR3CO18JQ
BS 67 225 RR3CO18TF
BS 226 315 RR3CO18JQ

RD RR3CO18TF 159 0 0
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TCACGCTCTCGTTCTGTATCCTTGTCCTGTGACTTTGTAGGCTGAGGAACTTTGCCATCA
CTCCACAAGGATTCTGTAGTCAAAACAGCAACCAAGTGG

QA 1 159 1 159
DS 

RD RR3CO18JQ 315 0 0
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TGGCTCGCTGCAGCCTTTTCGAGCCTCTCCTTCTCACGGTCTCTTTCTCTAAACCTTTCA
ACCTTGTCACGCTCTCGTTCTGTATCCTTGTCCTGTGACTTTGTAGGCTGAGGAACTTTG
CCATCACTCCACAAGGATTCTGTAGTCAAAACAGCAACCAAGTGGTTAGAGTTAAGTCAA
TTTCATTAAACTCACCCAATCAAAATAGCTAAGACTTACTCTTAGTCACGATACCAGAAA
GTAATGCATCTGCAC

QA 1 315 1 315
DS 



AS 1 2

CO CL6099Contig1 1374 2 2 U
GTATGTCAGCTTTCTCCTCACCTTGAGGTTTCTTGGTTCCTCTCAGTTACCTCGCACTGA
GGTTGTGAAGAAAATGTGGGCATATATTAAAGAGAAAGACTTGCAAGACCCAAAGGATAG
AAGGAAGATACTGTGTGATGAGTCTCTGCATTCCTTGTTCCATGTCAAGTCCATTAACAT
GTTTCAAATGAACAAGGCATTAGCCAAGCATATCTGGCCCTTGGGTGATGGAGGAGGAGC
AGATGGGTGTGTAACCAGTGTGAAAGAAGAAGAAGAAGATGAAGGTGATGCATCAGGGGA
AAGAGACGAGAAAGAGGACAAAAACGAAGAAGTGGAAGAGGATAATGAAGAAGAAAGTGA
AGAGGAAGTCAGGAGTCTGCGTAAACGCAAGAGAAAGAAGCCAGCCAAGTCCGAGGAGAA
GCCCAAGAGGAAAGGAGGTGGTGGATTTGCTAAAGTTTGCAGCCTCTCGCCAGAGCTTCA
GGCTTTTACTGGGATGACAAAATTAGCCAGGACAGAGGTTGTGAAAATGCTTTGGAAGTA
CATAAAAGAGAAGAATTTGCAAGATCCGAAGGATGGACGCACAATCATCTGCGACGAATC
ATTGAGATCTCTGTTCCCTCTCGAGTCCATCAATATGTTTCAAATGAATAAACATCTAAC
CAAGCACATATGGCCTTTAGAGGATAATGCAGGAGAATCAGCTGGCTCTAGCTCTCCGAA
AAATGGAAAGCTAAAAATGGAAACAGAGGACGGAGACACAGAGAGTGAAGAACTAAACGA
GAATGAAGAAAAGCCAAAGAAGGAAGGTAGTGGTCTTCTTGCTCCACTTCCACTTTCAGA
TGCTCTTATCAAGTTCTTGGGTGATGGAGGAGAAAGCTCTTTGTCGAGGGCAGATGTGGT
AAAGAGATTGTGGGAGTACATAGAACAGAATGATCTTCAGGATCCTTCTGATAAGAGGAG
AATCATATGCGACGAGAAGCTGAAAGAACTCTTTGAAGTTGATTCATTCGAGGACATATC
AGTCTCGAAGCTCCTGACCAGCCACTACATCAAGATCGAACAATGACTTTGAAGCCCTCT
TTCAAAAGCGGATGGGAGACTTTTTATTCGGAACAGTAGAGGTCGGTTCAGGACTTTAAA
CTCGGCAAAGCCATAGAGTCAAAAGACTAAAAAGGTAATTGCATTTTGAGACTTGGAAGC
ATATGCGTTTTCTGAATTTGCTTGCAAGTGCATCCTTTTGAAGTGATCTCAAATGTTGTC
TTTTTGGTATATAGTGACAAAACTAGAATGGATATGTTTTGAGACAAAACTAATTGTTTT
AATCATTTCCTCTTTTTTATCGTAGACAATAAAAGTACACATCACTTTTGTCTT


BQ
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AF RR3AK79TF U 1
AF RR3AK79JQ C 529
BS 1 688 RR3AK79TF
BS 689 1374 RR3AK79JQ

RD RR3AK79TF 688 0 0
GTATGTCAGCTTTCTCCTCACCTTGAGGTTTCTTGGTTCCTCTCAGTTACCTCGCACTGA
GGTTGTGAAGAAAATGTGGGCATATATTAAAGAGAAAGACTTGCAAGACCCAAAGGATAG
AAGGAAGATACTGTGTGATGAGTCTCTGCATTCCTTGTTCCATGTCAAGTCCATTAACAT
GTTTCAAATGAACAAGGCATTAGCCAAGCATATCTGGCCCTTGGGTGATGGAGGAGGAGC
AGATGGGTGTGTAACCAGTGTGAAAGAAGAAGAAGAAGATGAAGGTGATGCATCAGGGGA
AAGAGACGAGAAAGAGGACAAAAACGAAGAAGTGGAAGAGGATAATGAAGAAGAAAGTGA
AGAGGAAGTCAGGAGTCTGCGTAAACGCAAGAGAAAGAAGCCAGCCAAGTCCGAGGAGAA
GCCCAAGAGGAAAGGAGGTGGTGGATTTGCTAAAGTTTGCAGCCTCTCGCCAGAGCTTCA
GGCTTTTACTGGGATGACAAAATTAGCCAGGACAGAGGTTGTGAAAATGCTTTGGAAGTA
CATAAAAGAGAAGAATTTGCAAGATCCGAAGGATGGACGCACAATCATCTGCGACGAATC
ATTGAGATCTCTGTTCCCTCTCGAGTCCATCAATATGTTTCAAATGAATAAACATCTAAC
CAAGCACATATGGCCTTTAGAGGATAAT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3AK79JQ 846 0 0
GCTTTGGAAGTACATAAAAGAGAAGAATTTGCAAGATCCGAAGGATGGACGCACAATCAT
CTGCGACGAATCATTGAGATCTCTGTTCCCTCTCGAGTCCATCAATATGTTTCAAATGAA
TAAACATCTAACCAAGCACATATGGCCTTTAGAGGATAATGCAGGAGAATCAGCTGGCTC
TAGCTCTCCGAAAAATGGAAAGCTAAAAATGGAAACAGAGGACGGAGACACAGAGAGTGA
AGAACTAAACGAGAATGAAGAAAAGCCAAAGAAGGAAGGTAGTGGTCTTCTTGCTCCACT
TCCACTTTCAGATGCTCTTATCAAGTTCTTGGGTGATGGAGGAGAAAGCTCTTTGTCGAG
GGCAGATGTGGTAAAGAGATTGTGGGAGTACATAGAACAGAATGATCTTCAGGATCCTTC
TGATAAGAGGAGAATCATATGCGACGAGAAGCTGAAAGAACTCTTTGAAGTTGATTCATT
CGAGGACATATCAGTCTCGAAGCTCCTGACCAGCCACTACATCAAGATCGAACAATGACT
TTGAAGCCCTCTTTCAAAAGCGGATGGGAGACTTTTTATTCGGAACAGTAGAGGTCGGTT
CAGGACTTTAAACTCGGCAAAGCCATAGAGTCAAAAGACTAAAAAGGTAATTGCATTTTG
AGACTTGGAAGCATATGCGTTTTCTGAATTTGCTTGCAAGTGCATCCTTTTGAAGTGATC
TCAAATGTTGTCTTTTTGGTATATAGTGACAAAACTAGAATGGATATGTTTTGAGACAAA
ACTAATTGTTTTAATCATTTCCTCTTTTTTATCGTAGACAATAAAAGTACACATCACTTT
TGTCTT

QA 1 846 1 846
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6101Contig1 618 2 2 U
GGAAATCGGAGACGCCAAAGAGAAAAAGAGAGCATCGAAGTTAGTGTGGAGGAGATCGCG
AACGAGAATGGAGGTCCCAGGTTCATCGAAGAAGATGATCGCAACGCAAGAAGAGATGGT
TGCAGCCAAAGTACCGCTCGGATACAGAGACCAGTGCGCTCATCTCCTGATCCCGCTCAA
CAAATGCCGCCAGGCCGAGTTTTTCCTCCCGTGGAAGTGCGAGGACGAGCGCCACGTGTA
CGAGAAGTGCGAGTACGATCTCGTCATGGAGAGGATGCTCGCGATGCAGAAGATCCGCAA
AGAAGAAGCTAAAGCGAAACAGAGTAAAGTGCAAGGGAACAACGGCGTTCCTCTGATCCC
TAAAACCGCTAATGCCTAGGGCTTCGATCTCCGGTTAACCGATTCCAGATTTGATTTCCG
GGATTCTCTGGAACTGTGAAGAAGGGGGCTCTGCTTTTCAATATTTTCTTTTTGCTAGTG
ATGAAAAACTTGTTGCTACATTCCATACGTGTATGTGCAGAGATTCTCTCCCCTACCTTT
CTTCCTCTTGTTAACTTTAAAGTTGTTTCCCAAACAGAAAAATAAGATGCAAACTCATCC
TTTTGTTGGTTTTCTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C648TF U 1
AF RR3C648JQ C 205
BS 1 582 RR3C648TF
BS 583 618 RR3C648JQ

RD RR3C648TF 582 0 0
GGAAATCGGAGACGCCAAAGAGAAAAAGAGAGCATCGAAGTTAGTGTGGAGGAGATCGCG
AACGAGAATGGAGGTCCCAGGTTCATCGAAGAAGATGATCGCAACGCAAGAAGAGATGGT
TGCAGCCAAAGTACCGCTCGGATACAGAGACCAGTGCGCTCATCTCCTGATCCCGCTCAA
CAAATGCCGCCAGGCCGAGTTTTTCCTCCCGTGGAAGTGCGAGGACGAGCGCCACGTGTA
CGAGAAGTGCGAGTACGATCTCGTCATGGAGAGGATGCTCGCGATGCAGAAGATCCGCAA
AGAAGAAGCTAAAGCGAAACAGAGTAAAGTGCAAGGGAACAACGGCGTTCCTCTGATCCC
TAAAACCGCTAATGCCTAGGGCTTCGATCTCCGGTTAACCGATTCCAGATTTGATTTCCG
GGATTCTCTGGAACTGTGAAGAAGGGGGCTCTGCTTTTCAATATTTTCTTTTTGCTAGTG
ATGAAAAACTTGTTGCTACATTCCATACGTGTATGTGCAGAGATTCTCTCCCCTACCTTT
CTTCCTCTTGTTAACTTTAAAGTTGTTTCCCAAACAGAAAAA

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3C648JQ 414 0 0
CCTCCCGTGGAAGTGCGAGGACGAGCGCCACGTGTACGAGAAGTGCGAGTACGATCTCGT
CATGGAGAGGATGCTCGCGATGCAGAAGATCCGCAAAGAAGAAGCTAAAGCGAAACAGAG
TAAAGTGCAAGGGAACAACGGCGTTCCTCTGATCCCTAAAACCGCTAATGCCTAGGGCTT
CGATCTCCGGTTAACCGATTCCAGATTTGATTTCCGGGATTCTCTGGAACTGTGAAGAAG
GGGGCTCTGCTTTTCAATATTTTCTTTTTGCTAGTGATGAAAAACTTGTTGCTACATTCC
ATACGTGTATGTGCAGAGATTCTCTCCCCTACCTTTCTTCCTCTTGTTAACTTTAAAGTT
GTTTCCCAAACAGAAAAATAAGATGCAAACTCATCCTTTTGTTGGTTTTCTACC

QA 1 414 1 414
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6103Contig1 908 2 2 U
GGATTCAGATCGCTAGCTAGCTCTGGTCGTGTGCATCTAATTTACTTCTATATTCGTTCT
TCTTCCCAGAATCGAGTTTAACAAAAAATGAACAAGTGTCCACGCATCGATATCCCTTCC
TCGTCTTCTCCAGCAGCTTCAGCTTCTGCAGATGGTGAGCTCAACGAAGACGACATCTTC
TCAATCGACATAACTCACCCTCATCCTCCTTCGTTCTCTTCTGGTCAACACACACCTGCT
CGCCAGCTTCAGAGAAGCAAAAGCGGTTTGAAAAACGTGGAAGCTTCTGGTATCCTCGCT
GCTCTTCCCGAGCCTTCTGGGAAGAGTTACCTCAACCACGTCTTTCACCATAAGCCTGCA
TCTCTTCTCTCCACTTCACCTTCTTCATCTTCCTCTTCGGCGGCTCGTGCCATTCCCTCA
GCTCCCAAACCGCCTCAAGACAGGCTTCCTTACACTGCTTCTTTTACAGGTGGAGGGAAG
TATCCTCAGTCTGCTCCGGTTCAAGTGCCGGTAGCATCTTTGGCCATGATGAATCGTCAT
AAGAAGGAGTTCAAGCTGACTGATGTGGTGGATGAGGATGAGGAGGAAGAAGAAGGCGAA
ATGCTTCCTCCGCATGAGATTGTAGCTCGGTCTTTGGCGCAGTCTTCTTACCTGTCTTGC
TCCGTGCTTGAAGGAGCAGGAAGAACACTTAAAGGGAGAGATCTCCGACAGGTAAGGAAT
GCCGTTTTCAGAAGAACCGGTTTCATTGATTGAGTTCTGTTTTTTCACCAGAAGGACATT
CTTTGATTTGTTACTTTGGCCACTGAAACTTTCCAAGAGTATGTGTTCATATATGTTGTG
TCTACTTCATATCAAAGACGTTGATGTGATAACACATGTTGTGTTTATATAATTGTTTCA
TGCTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DB40TF U 1
AF RR3DB40JQ C 213
BS 1 593 RR3DB40TF
BS 594 908 RR3DB40JQ

RD RR3DB40TF 598 0 0
GGATTCAGATCGCTAGCTAGCTCTGGTCGTGTGCATCTAATTTACTTCTATATTCGTTCT
TCTTCCCAGAATCGAGTTTAACAAAAAATGAACAAGTGTCCACGCATCGATATCCCTTCC
TCGTCTTCTCCAGCAGCTTCAGCTTCTGCAGATGGTGAGCTCAACGAAGACGACATCTTC
TCAATCGACATAACTCACCCTCATCCTCCTTCGTTCTCTTCTGGTCAACACACACCTGCT
CGCCAGCTTCAGAGAAGCAAAAGCGGTTTGAAAAACGTGGAAGCTTCTGGTATCCTCGCT
GCTCTTCCCGAGCCTTCTGGGAAGAGTTACCTCAACCACGTCTTTCACCATAAGCCTGCA
TCTCTTCTCTCCACTTCACCTTCTTCATCTTCCTCTTCGGCGGCTCGTGCCATTCCCTCA
GCTCCCAAACCGCCTCAAGACAGGCTTCCTTACACTGCTTCTTTTACAGGTGGAGGGAAG
TATCCTCAGTCTGCTCCGGTTCAAGTGCCGGTAGCATCTTTGGCCATGATGAATCGTCAT
AAGAAGGAGTTCAAGCTGACTGATGTGGTGGATGAGGATGAGGAGGAAGAAGA
GGCGA

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3DB40JQ 696 0 0
GTTCTCTTCTGGTCAACACACAC*TGCTCGCCAGCTTCAGAGAAGCAAAAGCGGTTTGAA
AAACGTGGAAGCTTCTGGTATCCTCGCTGCTCTTCCCGAGCCTTCTGGGAAGAGTTACCT
CAACCACGTCTTTCACCATAAGCCTGCATCTCTTCTCTCCACTTCACCTTCTTCATCTTC
CTCTTCGGCGGCTCGTGCCATTCCCTCAGCTCCCAAACCGCCTCAAGACAGGCTTCCTTA
CACTGCTTCTTTTACAGGTGGAGGGAAGTATCCTCAGTCTGCTCCGGTTCAAGTGCCGGT
AGCATCTTTGGCCATGATGAATCGTCATAAGAAGGAGTTCAAGCTGACTGATGTGGTGGA
TGAGGATGAGGAGGAAGAAGAAGGCGAAATGCTTCCTCCGCATGAGATTGTAGCTCGGTC
TTTGGCGCAGTCTTCTTACCTGTCTTGCTCCGTGCTTGAAGGAGCAGGAAGAACACTTAA
AGGGAGAGATCTCCGACAGGTAAGGAATGCCGTTTTCAGAAGAACCGGTTTCATTGATTG
AGTTCTGTTTTTTCACCAGAAGGACATTCTTTGATTTGTTACTTTGGCCACTGAAACTTT
CCAAGAGTATGTGTTCATATATGTTGTGTCTACTTCATATCAAAGACGTTGATGTGATAA
CACATGTTGTGTTTATATAATTGTTTCATGCTTCAC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL6104Contig1 1013 2 6 U
CCAACATTTGTGTTTTCCATATTTGTCTAGACATAAATCTCTCTCTCTTCTTCAGTACCT
CTTGTTCTCTACTTTTCATCACCAATCCTATCTCTTCTCTCTGGCTTTTATTTTCTTTAT
ACATCTGGATTGACCCATTTTTGGTTAACTCAAAGAGTACAACTTCTCTCAAGCTTCCAA
GTCAATTACTTCAGCCTCTGTCGGCTGTCTATTCCCAGATCTCAACATAATCTTTGTTAA
GATAAAATGACGGAATCTGATGATGCCTCGCTAGAATTACCAGCTAGAGAAGGAGATACC
TCGTTAAATCAAGATCTATCCAAACAAGAATCGATTATCCCTCTCTCGCTCGATCTCAAG
CTCAATGATAGTTTCAACAACGATGAACAAAATGGCACGAAGTGTCAATCCAACCCGAGA
GTCTTCTCCTGTAACTACTGCCGACGCAAGTTCTATAGCTCTCAAGCTCTTGGAGGTCAC
TAAAACGCTCATAAGAGAGAACGAACGATGGCTAAACGAGCAATGCACATGGGAAGAATG
TTTGGTCATCATCACAGGCCTTACACATACACCTCTTCTTCTCTAGGGATGCAAGCTCAC
TCTAGTCTACTTCACCACACCTTATCCCAGCCTCAGCCTCCTCCTCATCTTGCAAGGTTT
CATCATCAAGGGTACTTTGGTAATACTGTGCCAGTGTTTTTTGACTATGACGATGGCAGT
GATTTATTCTGGCCCGGGAGTTTTCGTCAGGTCGTGGAGGAAGCTGAAGCTCCAGTGGTG
GTGGCTGTTAAAGAGTCTGGTCTTGATCTGAACACGGCTGCAGTAAATGGAACTGTTGTA
GGAAATAACAATAGCTCAAAGCCTGATCTTACCTTGAGACTCTAAAGCTCATCCATCTCT
TGTGTGTCATTTTCTGTTGTTAGAAACATGGCAGACAATAAGTGGGAGACAGATTTACAG
AAATTGATGCAAAACGTTTATTGTTATATAAATGAAGTTTGTTACATTTTGAT


BQ
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AF RR3FS71TF U 1
AF RR3FS71JQ C 328
BS 1 656 RR3FS71TF
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BS 715 1013 RR3FS71JQ

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CTTGTTCTCTACTTTTCATCACCAATCCTATCTCTTCTCTCTGGCTTTTATTTTCTTTAT
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GTCAATTACTTCAGCCTCTGTCGGCTGTCTATTCCCAGATCTCAACATAATCTTTGTTAA
GATAAAATGACGGAATCTGATGATGCCTCGCTAGAATTACCAGCTAGAGAAGGAGATACC
TCGTTAAATCAAGATCTATCCAAACAAGAATCGATTATCCCTCTCTCGCTCGATCTCAAG
CTCAATGATAGTTTCAACAACGATGAACAAAATGGCACGAAGTGTCAATCCAACCCGAGA
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TTTGGTCATCATCACAGGCCTTACACATACACCTCTTCTTCTCTAGGGATGCAAGCTCAC
TCTAGTCTACTTCACCACACCTTATCCCAGCCTCAGCCTCCTCCTCATCTTGCAAG*TTT
CATCATCAAGGGTACTTTGGTAATACTGTGCCAGTGTTTTT*GACTATGACGAT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3FS71JQ 686 0 0
GAATCGATTATCCCTCTCTCGCTCGATCTCAAGCTCAATGATAGTTTCAACAACGATGAA
CAAAATGGCACGAAGTGTCAATCCAACCCGAGAGTCTTCTCCTGTAACTACTGCCGACGC
AAGTTCTATAGCTCTCAAGCTCTTGGAGGTCACTAAAACGCTCATAAGAGAGAACGAACG
ATGGCTAAACGAGCAATGCACATGGGAAGAATGTTTGGTCATCATCACAGGCCTTACACA
TACACCTCTTCTTCTCTAGGGATGCAAGCTCACTCTAGTCTACTTCACCACACCTTATCC
CAGCCTCAGCCTCCTCCTCATCTTGCAAGGTTTCATCATCAAGGGTACTTTGGTAATACT
GTGCCAGTGTTTTTTGACTATGACGATGGCAGTGATTTATTCTGGCCCGGGAGTTTTCGT
CAGGTCGTGGAGGAAGCTGAAGCTCCAGTGGTGGTGGCTGTTAAAGAGTCTGGTCTTGAT
CTGAACACGGCTGCAGTAAATGGAACTGTTGTAGGAAATAACAATAGCTCAAAGCCTGAT
CTTACCTTGAGACTCTAAAGCTCATCCATCTCTTGTGTGTCATTTTCTGTTGTTAGAAAC
ATGGCAGACAATAAGTGGGAGACAGATTTACAGAAATTGATGCAAAACGTTTATTGTTAT
ATAAATGAAGTTTGTTACATTTTGAT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL6105Contig1 1416 2 2 U
GGGCTAGACCAAAACTAATTCTCAATATCAAGAAAAAAATACATAAAGAGAGATAAACGA
CGGTGGTTGCTTCGCCGGAAATCTCGCCGGAGCTCGAACTCTCGATTTCTTCTCCCATTT
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TGAGGGAATCTTCGAAGCCAACAACGTCAAGAGATGAAAAGGCTTTGGATTCCTGTGAGA
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CTTTCTCATGGCACAACGAGACTCTCAACATCTGGACGCACTTAGGTGGGTTTCTGATAT
TCGGATGGATGATGGTGGTGAGCTCCATGGAAACGACGGAGCTCGGCCTCGCCGGATTTG
TCAGCGCCTTCTCCGGAGTAACAATTCGCTGGCCGTGGTCGTCAATGGCTAAAGCCGTTT
ACTTCTTCTCCAGCGATCATCACGACTTGAACGTGACACACACTAGCTCGTTCTTGAACA
CACAAGGAGAAGTTAACTACGAAACAGTTCCCAAATGGCCATGGCTAGTCTTCTTAACCG
GAGCAATGACCTGCTTGATATGTAGCTCCATGTCACATCTCTTCGCCTGCCACTCCAGAC
GTTTCAACCTCTTCTTCTGGCGCCTAGACTACGCAGGAATCTCCCTCATGATCGTCTGCT
CTTTCTTCGCACCAATCTACTACGCCTTCTCTTGCCACACTAACTGGCGTCTCTTCTACC
TCTCCTCGATCTCAATCCTCGGCCTCCTCGCCATCTTTGCTCTCCTCTCTCCAGCGCTCT
CAGCTCCGCGTTTCAGATCTTTCAGAGCAGCTCTTTTCCTAACGATGGGATTCTCAGGCG
TCATACCCGCTTCGCACGTGCTTTACCTTCACTGGGATCATCCCAACGTCGTTATCGCTC
TTGGTTACGAGCTAGCGGTGGCTGTGTTGTATGCAACGGGAGCAGGGTTTTACGTTAGCC
GTGTACCTGAGAGATGGAAGCCTGGTGCTTTCGATATTGCGGGACATAGCCATCAGATAT
TCCATGTGTTTGTAGTGTTAGGAGCCCTTGCTCATAGTGTTGCCTCTCTTCTTATCATGG
ATTTTCGACGTGCTTCACCTTCTTGTGCCTTTTGAAGCAAGTAACAGAACTGTAAAACGT
TTAGTGATATTTCATTCAACGTATCATAATGTATGTGTTACATAGAAGATGCGCATTGGC
AATGTACTACACAACCCAAAATATTAAACGCTTATTCTGGTGGCAAATTGGTCACAGCTT
AAATAGTTTTTTAGAATCTGATTTATCATTTATGCG


BQ
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AF RR3B268TF U 1
AF RR3B268JQ C 615
BS 1 752 RR3B268TF
BS 753 1416 RR3B268JQ

RD RR3B268TF 752 0 0
GGGCTAGACCAAAACTAATTCTCAATATCAAGAAAAAAATACATAAAGAGAGATAAACGA
CGGTGGTTGCTTCGCCGGAAATCTCGCCGGAGCTCGAACTCTCGATTTCTTCTCCCATTT
TCGTCCCGGCGAGGAGGTCCGAGAGGGAGGGAACAATCATGCAGAAACGGAGAGCAGCGG
TGAGGGAATCTTCGAAGCCAACAACGTCAAGAGATGAAAAGGCTTTGGATTCCTGTGAGA
AGAAGAGATCTGAGAAGAGATTGATGAAGTTCGAGGAGTTGCCGAGGTATCTCAAAGACA
ACGAGTACATACACAATCATTACCGATGTGAATGGTCTCTCAAGGAGACTTTCCTCAGCG
CTTTCTCATGGCACAACGAGACTCTCAACATCTGGACGCACTTAGGTGGGTTTCTGATAT
TCGGATGGATGATGGTGGTGAGCTCCATGGAAACGACGGAGCTCGGCCTCGCCGGATTTG
TCAGCGCCTTCTCCGGAGTAACAATTCGCTGGCCGTGGTCGTCAATGGCTAAAGCCGTTT
ACTTCTTCTCCAGCGATCATCACGACTTGAACGTGACACACACTAGCTCGTTCTTGAACA
CACAAGGAGAAGTTAACTACGAAACAGTTCCCAAATGGCCATGGCTAGTCTTCTTAACCG
GAGCAATGACCTGCTTGATATGTAGCTCCATGTCACATCTCTTCGCCTGCCACTCCAGAC
GTTTCAACCTCTTCTTCTGGCGCCTAGACTAC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3B268JQ 802 0 0
AACTACGAAACAGTTCCCAAATGGCCATGGCTAGTCTTCTTAACCGGAGCAATGACCTGC
TTGATATGTAGCTCCATGTCACATCTCTTCGCCTGCCACTCCAGACGTTTCAACCTCTTC
TTCTGGCGCCTAGACTACGCAGGAATCTCCCTCATGATCGTCTGCTCTTTCTTCGCACCA
ATCTACTACGCCTTCTCTTGCCACACTAACTGGCGTCTCTTCTACCTCTCCTCGATCTCA
ATCCTCGGCCTCCTCGCCATCTTTGCTCTCCTCTCTCCAGCGCTCTCAGCTCCGCGTTTC
AGATCTTTCAGAGCAGCTCTTTTCCTAACGATGGGATTCTCAGGCGTCATACCCGCTTCG
CACGTGCTTTACCTTCACTGGGATCATCCCAACGTCGTTATCGCTCTTGGTTACGAGCTA
GCGGTGGCTGTGTTGTATGCAACGGGAGCAGGGTTTTACGTTAGCCGTGTACCTGAGAGA
TGGAAGCCTGGTGCTTTCGATATTGCGGGACATAGCCATCAGATATTCCATGTGTTTGTA
GTGTTAGGAGCCCTTGCTCATAGTGTTGCCTCTCTTCTTATCATGGATTTTCGACGTGCT
TCACCTTCTTGTGCCTTTTGAAGCAAGTAACAGAACTGTAAAACGTTTAGTGATATTTCA
TTCAACGTATCATAATGTATGTGTTACATAGAAGATGCGCATTGGCAATGTACTACACAA
CCCAAAATATTAAACGCTTATTCTGGTGGCAAATTGGTCACAGCTTAAATAGTTTTTTAG
AATCTGATTTATCATTTATGCG

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL6106Contig1 870 2 2 U
GGCTACCAAACAGATACCAACAATAAACTGTCTCTCTGCCATGGAATCAACGAAGAAGCA
AGTCTCGTTGGAGGTGCTTCCATGGTTAGTTGTTCACAGCGACGGAACGTTAGAGAGACT
AACCGGAACCGAGGTTTGTCCACCCGGTTTAGACCCAGAAACCGGCGTACTATCTAAAGA
TATCATCATCGATCCCAAAACCGGCTTATCAGCCCGAATCTACAGACCTGACTCGATTCT
ACCCGGTCAGAAACTTCCACTCGTTCTCTATTTCCATGGTGGTGCATTTCTCATCGCCTC
CGCCTCCCTACCCAATTACCACACCAGCGTTAACAAACTAGTCGCTGAGACCACACTGTC
AAAATCAAAGGCATAGGAATGATCCACCCATATTTCTGGGGAACACAACCGATAGGCTCA
GAGGTCACAGACGAAGCGAGGAAACAAATGGTGGACGGATGGTGGCGATTCGTGTGCCCT
TCCCATAAAGGATCCGATGACCCATGGATCAATCCGTTTGCTGATGGGTCGCCCGATCTT
GAGGGGTTAGGGTGTGAGAGAGTTATGATCACCGTTGCGGAGAAAGATATATTGAGAGAA
AGAGGGAAAATGTATTACGGGAGATTGGTGAATAGCAATTGGAGAGGCAATGTCGAGATT
ATGGAAACAAAAGGGAAAGATCATGTGTTTCATATATTCGAGCCTGATTGTGATGAAGCT
AAGGAGATGTTACGACGCTTGGCTGTGTTTATAAACCAAGTCGAAGCTTGAAATCTGTTT
CGTGCAATTTTTCTCTGTTATTTAATGGCTTTTGACATGTTTGTAACAATTCATATAAAC
TTTTGGTAATAATATGTTGTGTGTTCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F310TF U 1
AF RR3F310JQ C 308
BS 1 696 RR3F310TF
BS 697 870 RR3F310JQ

RD RR3F310TF 696 0 0
GGCTACCAAACAGATACCAACAATAAACTGTCTCTCTGCCATGGAATCAACGAAGAAGCA
AGTCTCGTTGGAGGTGCTTCCATGGTTAGTTGTTCACAGCGACGGAACGTTAGAGAGACT
AACCGGAACCGAGGTTTGTCCACCCGGTTTAGACCCAGAAACCGGCGTACTATCTAAAGA
TATCATCATCGATCCCAAAACCGGCTTATCAGCCCGAATCTACAGACCTGACTCGATTCT
ACCCGGTCAGAAACTTCCACTCGTTCTCTATTTCCATGGTGGTGCATTTCTCATCGCCTC
CGCCTCCCTACCCAATTACCACACCAGCGTTAACAAACTAGTCGCTGAGACCACACTGTC
AAAATCAAAGGCATAGGAATGATCCACCCATATTTCTGGGGAACACAACCGATAGGCTCA
GAGGTCACAGACGAAGCGAGGAAACAAATGGTGGACGGATGGTGGCGATTCGTGTGCCCT
TCCCATAAAGGATCCGATGACCCATGGATCAATCCGTTTGCTGATGGGTCGCCCGATCTT
GAGGGGTTAGGGTGTGAGAGAGTTATGATCACCGTTGCGGAGAAAGATATATTGAGAGAA
AGAGGGAAAATGTATTACGGGAGATTGGTGAATAGCAATTGGAGAGGCAATGTCGAGATT
ATGGAAACAAAAGGGAAAGATCATGTGTTTCATATA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3F310JQ 563 0 0
CTACCCAATTACCACACCAGCGTTAACAAACTAGTCGCTGAGACCACACTGTCAAAATCA
AAGGCATAGGAATGATCCACCCATATTTTTGGGGAACACAACCGATAGGTTCAGAGGTCA
CAGACGAAGCGAGGAAACAAATGGTGGACGGATGGTGGCGATTCGTGTGCCCTTCCCATA
AAGGATCCGATGACCCATGGATCAATCCGTTTGGTGATGGGTCGCCCGATCTTGAGGGGT
TAGGGTGTGAGAGAGTTATGATCACCGTTGCGGAGAAAGATATATTGAGAGAAAGAGGGA
AAATGTATTACGGGAGATTGGTGAATAGCAATTGGAGAGGCAATGTCGAGATTATGGAAA
CAAAAGGGAAAGATCATGTGTTTCATATATTCGAGCCTGATTGTGATGAAGCTAAGGAGA
TGTTACGACGCTTGGCTGTGTTTATAAACCAAGTCGAAGCTTGAAATCTGTTTCGTGCAA
TTTTTCTCTGTTATTTAATGGCTTTTGACATGTTTGTAACAATTCATATAAACTTTTGGT
AATAATATGTTGTGTGTTCTCTT

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 2

CO CL6107Contig1 887 2 4 U
GGATCGCCATATACATTAGACTATGGTGAAACTCTGTGAGCTGTGTGGTGAAGAAGCCCA
TCTCCACTGTGACGCAGACTCCGCTTTCCTCTGCCGCTCCTGCGACGTTAAGTTCCATGC
CTCTAACTTCCTTTTCTCCCGCCACGTCCGCCGCATCATATGTCCGACTTGCGATTCTCA
CACGGGAGATTTCGTCTCTGGTTCTCTTTCCCCTAATTGGCCTGCTAAAATAACTACCTG
CTCCTCCTGTGGAACGTTTTCGTCTCCCGCTTCGTCTTGTTGCTCCGAGCTATCGTCGTC
GTCGACAAGGAGGAAGACTGCTTCGCGTGCTACTGTCAACAGAGCGCCGCGAGGGAGGGA
AAAGAAAGTGATGAAGGCCGTGGCGGATGGCATTTTTGGAAATTGGTGTGATGAGTTAGG
ACTAAACGGGGATTCGAGAAACGCCGTCGTTTCGTTGGCGACTCTCGCTTTGGCAGTGTG
GAAGTCGAGAGCAGCAACGACTAAGGTGATTTTAGCGGCGGCGTTTTGGTTCGGTGTTAA
AAACCAAAACGCGCGGGAGAAGACGATGACGTGGCCGAGTACTCTAAAGAAGGTGGAAGA
CATAACCGGAGTTGCAGCTCGAACGATTCGAGCCGTGGAAAGCAATCTGGCGCGTGCAGT
GACGCTGCAGCTGAGGCGGTGTCGCGTGGATTCGGAGGAAGGATGGGCCGAAAACGACAA
CGTTTGAAGTTTTTTTTGACGTGGGTCAGGCGTTGTACCTAGAGGCTTTATTTAGTGTTA
GTGATAATAGTGATACAAGTTGTCTCGTGTCTTTATCCATCGACGTGTTGATTTTTCTTT
CCAAACGTTTAAAAAAACACACCGCGTTGAGATGATAGAAATTCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE03TF U 1
AF RR3EE03JQ C 307
BS 1 675 RR3EE03TF
BS 676 676 RR3EE03JQ
BS 677 687 RR3EE03TF
BS 688 887 RR3EE03JQ

RD RR3EE03TF 687 0 0
GGATCGCCATATACATTAGACTATGGTGAAACTCTGTGAGCTGTGTGGTGAAGAAGCCCA
TCTCCACTGTGACGCAGACTCCGCTTTCCTCTGCCGCTCCTGCGACGTTAAGTTCCATGC
CTCTAACTTCCTTTTCTCCCGCCACGTCCGCCGCATCATATGTCCGACTTGCGATTCTCA
CACGGGAGATTTCGTCTCTGGTTCTCTTTCCCCTAATTGGCCTGCTAAAATAACTACCTG
CTCCTCCTGTGGAACGTTTTCGTCTCCCGCTTCGTCTTGTTGCTCCGAGCTATCGTCGTC
GTCGACAAGGAGGAAGACTGCTTCGCGTGCTACTGTCAACAGAGCGCCGCGAGGGAGGGA
AAAGAAAGTGATGAAGGCCGTGGCGGATGGCATTTTTGGAAATTGGTGTGATGAGTTAGG
ACTAAACGGGGATTCGAGAAACGCCGTCGTTTCGTTGGCGACTCTCGCTTTGGCAGTGTG
GAAGTCGAGAGCAGCAACGACTAAGGTGATTTTAGCGGCGGCGTTTTGGTTCGGTGTTAA
AAACCAAAACGCGCGGGAGAAGACGATGACGTGGCCGAGTACTCTAAAGAAGGTGGAAGA
CATAACCGGAGTTGCAGCTCGAACGATTCGAGCCGTGGAAAGCAATCTGGCGCGTGCAGT
GACGCTGCAGCTGAG*CGGTGTCGCGT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3EE03JQ 581 0 0
AAGGAGGAAGACTGCTTCGCGTGCTACTGTCAACAGAGCGCCGCGAGGGAGGGAAAAGAA
AGTGATGAAGGCCGTGGCGGATGGCATTTTTGGAAATTGGTGTGATGAGTTAGGACTAAA
CGGGGATTCGAGAAACGCCGTCGTTTCGTTGGCGACTCTCGCTTTGGCAGTGTGGAAGTC
GAGAGCAGCAACGACTAAGGTGATTTTAGCGGCGGCGTTTTGGTTCGGTGTTAAAAACCA
AAACGCGCGGGAGAAGACGATGACGTGGCCGAGTACTCTAAAGAAGGTGGAAGACATAAC
CGGAGTTGCAGCTCGAACGATTCGAGCCGTGGAAAGCAATCTGGCGCGTGCAGTGACGCT
GCAGCTGAGGCGGTGTCGCGTGGATTCGGAGGAAGGATGGGCCGAAAACGACAACGTTTG
AAGTTTTTTTTGACGTGGGTCAGGCGTTGTACCTAGAGGCTTTATTTAGTGTTAGTGATA
ATAGTGATACAAGTTGTCTCGTGTCTTTATCCATCGACGTGTTGATTTTTCTTTCCAAAC
GTTTAAAAAAACACACCGCGTTGAGATGATAGAAATTCCCT

QA 1 581 1 581
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6109Contig1 1312 2 2 U
GGACCGTTCTAAACTACGCACTCCTCCTCCTCCTTTGAAAGCTCATTCTCTTATCCTGCG
CACCCTTCCTTCCACCATGGCCACCTCCTACTCTTCTTCCTTCCTCCTCCCTTCCCTATC
TCTCAACAACTCCTCCCGAAATGGCTCCTCCTTCCTCGGATTCTCCTCGATCAACAAGAA
TCTCAACCGATCTAGAGTTTCCATGAGCGTCTCCTCCGCTGGATCCCAGACTCTCAACGA
CTCTCTCTTCGCCGATTACAAACCCTCCTCTGCTTTTCTCTTTCCCGGTCAGGGAGCTCA
AGCAGTAGGGATGGGCAAGAGGCTCAGAGTGTTGCTGCAGCTGCTGACTTGTATACCAAA
GCTAACCATATCTTAGGGTATGATGTTCTGGACATTTGTGTTAATGGACCAAAAGAGAAG
CTTGATTCCACTGTCATCAGCCAGCCTGCTATTTATGTCACAAGTCTAGCAGCTGTTGAG
TTACTTCGTGTCCGTGAAGGCGGCGAGCAGATAATTAACTCCGTTGATGCGACTTGTGGT
CTCAGCTTGGGAGAGTACACTGCTCTCGCTTTTGCTGGAGCATTCAGCTTCGAGGATGGG
CTAAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCCATGCAGGCGGCTGCGGACGCTGCTAAGAGT
GCCATGGTTAGTATCATAGGATTGGGACTCTGAAAAAGTTCAGCAGTTGTGTGATGCAGC
AAATCAAGAAGTAGAAGAAGCTGACAAAGTTCAGATCGCTAATTACTTATGTCCCGGGTA
ATTACGCAGTATCTGGAGGTCTTAAGGGAATCGAGGTTGTTGAATCCAAAGCTAAGTCAT
TCAAGGCCCGCATGACGGTTCGTCTAGCTGTTGCAGGTGCTTTCCACACTAGTTTCATGG
AGCCGGCAGTGTCGAGACTAGAAGCTGCATTGGCAGCAACAGAGATCAGAAGTCCGAGGA
TCCCAGTGATCTCCAATGTGGATGCACAGCCTCATGCTGATCCAGACACTATCAAGAAGA
TACTTGCTCGCCAGGTAACATCTCCAGTCCAGTGGGAGACAACAGTGAAGACTCTCTTAT
CTAAAGGGCTTAAAAGCAGCTATGAACTGGGACCTGGAAAGGTGATTGCAGGGATATTCA
AGAGAGTAGACAAAAGCGCCAGTGTTGAAAACATCAGTGCCTGAGGCGCTCTGGCTAAGC
TTTTTATTCATGTATTTTGAGTTGAGAATCTCTCTGGTGCTTCTAAATTTAAAGTTTTGT
ATCGAAATATTTATGTAACACTTAGCTTGTTGAGATATCTTTTTTTTAAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A574TF U 1
AF RR3A574JQ C 391
BS 1 794 RR3A574TF
BS 795 1312 RR3A574JQ

RD RR3A574TF 794 0 0
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CACCCTTCCTTCCACCATGGCCACCTCCTACTCTTCTTCCTTCCTCCTCCCTTCCCTATC
TCTCAACAACTCCTCCCGAAATGGCTCCTCCTTCCTCGGATTCTCCTCGATCAACAAGAA
TCTCAACCGATCTAGAGTTTCCATGAGCGTCTCCTCCGCTGGATCCCAGACTCTCAACGA
CTCTCTCTTCGCCGATTACAAACCCTCCTCTGCTTTTCTCTTTCCCGGTCAGGGAGCTCA
AGCAGTAGGGATGGGCAAGAGGCTCAGAGTGTTGCTGCAGCTGCTGACTTGTATACCAAA
GCTAACCATATCTTAGGGTATGATGTTCTGGACATTTGTGTTAATGGACCAAAAGAGAAG
CTTGATTCCACTGTCATCAGCCAGCCTGCTATTTATGTCACAAGTCTAGCAGCTGTTGAG
TTACTTCGTGTCCGTGAAGGCGGCGAGCAGATAATTAACTCCGTTGATGCGACTTGTGGT
CTCAGCTTGGGAGAGTACACTGCTCTCGCTTTTGCTGGAGCATTCAGCTTCGAGGATGGG
CTAAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCCATGCAGGCGGCTGCGGACGCTGCTAAGAGT
GCCATGGTTAGTATCATAGGATTGGGACTCTGAAAAAGTTCAGCAGTTGTGTGATGCAGC
AAATCAAGAAGTAGAAGAAGCTGACAAAGTTCAGATCGCTAATTACTTATGTCCCGGGTA
ATTACGCAGTATCT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3A574JQ 922 0 0
GACATTTGTGTTAATG*ACCAAA*GAGAAGCTTGATTCCACTGTCATCAGCCAGC*TGCT
ATT*ATGTCACAAGTCTAGCAGCTGTTGAGTTACTTCGTGTCCGTGAAGGCGGCGAGCAG
ATAATTAACTCCGTTGATGCGACTTGTGGTCTCAGCTTGGGAGAGTACACTGCTCTCGCT
TTTGCTGGAGCATTCAGCTTCGAGGATGGGCTAAAGCTTGTAAAACTTAGAGGAGAAGCC
ATGCAGGCGGCTGCGGACGCTGCTAAGAGTGCCATGGTTAGTATCATAGGATTGG*ACTC
TGAAAAAGTTCAGCAGTTGTGTGATGCAGCAAATCAAGAAGTAGAAGAAGCTGACAAAGT
TCAGATCGCTAATTACTTATGTCC*GGGTAATTACGCAGTATCTGGAGGTCTTAAGGGAA
TCGAGGTTGTTGAATCCAAAGCTAAGTCATTCAAGGCCCGCATGACGGTTCGTCTAGCTG
TTGCAGGTGCTTTCCACACTAGTTTCATGGAGCCGGCAGTGTCGAGACTAGAAGCTGCAT
TGGCAGCAACAGAGATCAGAAGTCCGAGGATCCCAGTGATCTCCAATGTGGATGCACAGC
CTCATGCTGATCCAGACACTATCAAGAAGATACTTGCTCGCCAGGTAACATCTCCAGTCC
AGTGGGAGACAACAGTGAAGACTCTCTTATCTAAAGGGCTTAAAAGCAGCTATGAACTGG
GACCTGGAAAGGTGATTGCAGGGATATTCAAGAGAGTAGACAAAAGCGCCAGTGTTGAAA
ACATCAGTGCCTGAGGCGCTCTGGCTAAGCTTTTTATTCATGTATTTTGAGTTGAGAATC
TCTCTGGTGCTTCTAAATTTAAAGTTTTGTATCGAAATATTTATGTAACACTTAGCTTGT
TGAGATATCTTTTTTTTAAAAG

QA 1 922 1 922
DS 



AS 1 2

CO CL6110Contig1 564 2 3 U
AATGAGAATGGGGGTTTCTGTATTAAGAGAGGTTTGAACAAAATACATCTAGACAGGAAC
AAGAAAAAAATTCTGAATCAAGCGAGGAAGCCAAGCCTCTCTCCATTCTTCTTAGCACTC
TAATTTCTTCAAAGTAACAGCGAAGGAGGCAACGACCCGGCCAGTTAAGTCCAGAACTCT
GTAATCACCTGAAAGTGTAAAGCAATGGCTTTGCCTCTAAGCTGATTAAACCTCTTCTTG
CCTACTATGTTCCTAGTGACAACGACAAGTGGTGCGAATAAACCTTTGCCTTCGTTGACA
TTCTTCATCATCGGTAGTACTCTGATGGGTTTTCGTGAGACTCTAGCTTGTTTAGGTGGC
GCAGTTGTTTTGATCTGGTAATCATCCCCTGAAATTGAGTTTCCCCAACCACCATAGGAG
GATGTTCCAAGTAAGCCTTGATTCGCAGAAAGTGAAACAGTAGCAGCCATAGGAATCGGG
TCGGGATTCTCCCTCTGATGGATGTGCAAATGGTTGGAGAGAAATCGAGTGTTTGTGGTT
TGATTTTGGAGTTGAATGGTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AT90JQ U 10
AF RR3AT90TF C 1
BS 1 9 RR3AT90TF
BS 10 406 RR3AT90JQ
BS 407 564 RR3AT90TF

RD RR3AT90JQ 397 0 0
GGGGGTTTCTGTATTAAGAGAGGTTTGAACAAAATACATCTAGACAGGAACAAGAAAAAA
ATTCTGAATCAAGCGAGGAAGCCAAGCCTCTCTCCATTCTTCTTAGCACTCTAATTTCTT
CAAAGTAACAGCGAAGGAGGCAACGACCCGGCCAGTTAAGTCCAGAACTCTGTAATCACC
TGAAAGTGTAAAGCAATGGCTTTGCCTCTAAGCTGATTAAACCTCTTCTTGCCTACTATG
TTCCTAGTGACAACGACAAGTGGTGCGAATAAACCTTTGCCTTCGTTGACATTCTTCATC
ATCGGTAGTACTCTGATGGGTTTTCGTGAGACTCTAGCTTGTTTAGGTGGCGCAGTTGTT
TTGATCTGGTAATCATCCCCTGAAATTGAGTTTCCCC

QA 1 397 1 397
DS 

RD RR3AT90TF 564 0 0
AATGAGAATGGGGGTTTCTGTATTAAGAGAGGTTTGAACAAAATACATCTAGACAGGAAC
AAGAAGAAGATTCTGAATCAAGCGAGGAAGCCAAGCCTCTCTCCATTCTTCTTAGCACTC
TAATTTCTTCAAAGTAACAGCGAAGGAGGCAACGACCCGGCCAGTTAAGTCCAGAACTCT
GTAATCACCTGAGAGTGTAAAGCAATGGCTTTGCCTCTAAGCTGATTAAACCTCTTCTTG
CCTACTATGTTCCTAGTGACAACGACAAGTGGTGCGAATAAACCTTTGCCTTCGTTGACA
TTCTTCATCATCGGTAGTACTCTGATGGGTTTTCGTGAGACTCTAGCTTGTTTAGGTGGC
GCAGTTGTTTTGATCTGGTAATCATCGCCTGAGATTGAGTTTCCCCAACCACCATAGGAG
GATGTTCCAAGTAAGCCTTGATTCGCAGAAAGTGAAACAGTAGCAGCCATAGGAATCGGG
TCGGGATTCTCCCTCTGATGGATGTGCAAATGGTTGGAGAGAAATCGAGTGTTTGTGGTT
TGATTTTGGAGTTGAATGGTTATC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL6111Contig1 1217 2 6 U
GATATGGGTGAAGAGACGCAAGGTATGAAAGTAATGGGGGAATGGTCACCGGTTATAGTA
ATGGTGATAACTAACATAGCGATGGGTTCAGTGAATGCACTTGTGAAGAAAGCTCTTGAT
GTTGGTGTGAACCATATGGTCATTGGTGCTTATCGAATGGCTATTTCCGCCTTCATTCTA
GCTCCATTCGCCTATATCTTGGACAGGAAAACAAGACCGAAGCTAACGTTTAGGCTATTC
ATTGACCATTTCTTCAGTGGTCTACTCGGGGCAAGTTTGATGCAATTTTTCTTTTTGCTT
GGTCTGTCGTATACATCAGCAACTGTTTCGTGTGCTTTGGTAAGCATGTTGCCTGCAGTC
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GGAATGTTGAAGGTGCTGGGAACTCTAATATGCATAAGTGGAGCTTTGTTCTTAGCATTC
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AAAGATCAAGACAAAGCCAAGAACTGGCTTCTTGGATGTCTTTACTTGACCATAGGAACC
ATGTTGATGTCTCTCTGGATGTTGTTTCAAGGCACTTTAAGCATCAAGTACCCTTGCAAA
TACTCGAGCACCTGTCTCATGTCGGTTTTTGCGGCGTTCCAATGTGCTCTATTGAGCCTT
TACAACGGCAGAGACGTAAAAGATTGGGTTATCGATGATAGACTCGTGATTATTGTCATC
GTTTACGCTGGAGTGGTAGGGCAAGCCATGTCGACCGTAGCGACAATATGGGGAATAAAG
AAATTGGGAGCTGTTTTCGCATCAACGTTCACTCCAATCGGTCTTATCTCAGCTACTCTA
TTCGATTTCCTCATCTTACACACTCCATTATACCTCGGCAGTGTAATTGGATCAGTAGTG
GCTGTAATGGGTCTCTACGTGTTCTTGTGGGGTAAGAACAACGAAACGGAAACATCAACT
ACATTGCCTCCTCAGATGGATAACGAAGAACAAAATACTAATATTTCAAATAATAGTTCT
AATGTTTAAGAGAGGATTGTCAAGAACATGCTAAAGGAGAGATTGTGAGAGAATAACCTT
ATCTAAAGCCTAAAACTCCCAGAGTATCAGCGTAAAGAGTTGTCAAATATATATTCATTA
TTATGGTGTTCAGAGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DT57TF U 1
AF RR3DT57JQ C 404
BS 1 724 RR3DT57TF
BS 725 725 RR3DT57JQ
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BS 790 1217 RR3DT57JQ

RD RR3DT57TF 789 0 0
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GGAATGTTGAAGGTGCTGGGAACTCTAATATGCATAAGTGGAGCTTTGTTCTTAGCATTC
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AAAGATCAAGACAAAGCCAAGAACTGGCTTCTTGGATGTCTTTACTTGACCATAGGAACC
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GTTTACGCT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3DT57JQ 814 0 0
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CTTTGTTCTTAGCATTCTACAAAGACCCTCAAATATCAAACCCTCACTATCAGACAGACG
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ACTTGACCATAGGAACCATGTTGATGTCTCTCTGGATGTTGTTTCAAGGCACTTTAAGCA
TCAAGTACCCTTGCAAATACTCGAGCACCTGTCTCATGTCGGTTTTTGCGGCGTTCCAAT
GTGCTCTATTGAGCCTTTACAACGGCAGAGACGTAAAAGATTGGGTTATCGATGATAGAC
TCGTGATTATTGTCATCGTTTACGCTGGAGTGGTAGGGCAAGCCATGTCGACCGTAGCGA
CAATATGGGGAATAAAGAAATTGGGAGCTGTTTTCGCATCAACGTTCACTCCAATCGGTC
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TAATTGGATCAGTAGTGGCTGTAATGGGTCTCTACGTGTTCTTGTGGGGTAAGAACAACG
AAACGGAAACATCAACTACATTGCCTCCTCAGATGGATAACGAAGAACAAAATACTAATA
TTTCAAATAATAGTTCTAATGTTTAAGAGAGGATTGTCAAGAACATGCTAAAGGAGAGAT
TGTGAGAGAATAACCTTATCTAAAGCCTAAAACTCCCAGAGTATCAGCGTAAAGAGTTGT
CAAATATATATTCATTATTATGGTGTTCAGAGTT

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 2

CO CL6112Contig1 1181 2 2 U
GGAGAATACTCTCTCGCTTGCCATTGAAGAAGAAGAAACCTATCTTTCTCTCTCTGTGGA
GGATCATGATGAATGGTAAAGGGACAGCCAAAAAATCGAACCTTGATCGATTTCTTCATT
GCACGACACCATTAGTGCCACCCCTATCTCTCCCCAAGGGGGACCTGAATGGATTGTGGC
ATTCACCGTGGGGGTGGGAGAGAGAAAAGGTTGAGTTTCTCAGGTTGAGTGATCTGTGGG
ATTGCTACTATGAATGGAGCGCTTATGGTGCTAGTGTTCCTATTCATCTCTCCAATGGCG
AATCTCTTGTGCAATACTATGTTCCTTATCTCTCTGCCCTCCAGATTTTCACCTCTCATT
CTTCCTTGATCCGCTTAAGGGAAGAGTCTGAGGATGGGGAATCCGATGGTACCAGGTATC
CCTTTAGCGAGTCAAGTAGCGATGAGAGTGTCTCCGAGGAAGCACTTGAGAACAACAACC
TCCTCAATCATCGTTTGGGTTGCCTTTATCTCCAATACTTTGAAGTGTCATCTCCTTATA
CCAGAGTTCCTCTCATGGACAAGATCAATGAGTTAGCTCAAAGATATCCTGGATTGATGT
CGTTGAGAAGCGTTGATCTGTCTCCAGCGAGCTGGATGTCTGTTGCGTGGTACCCAATTT
ATCATATACCAATGGGAAGAACCATTAAAGACTTGTCCACTTCTTTCCTCACTTACCACA
CCCTTTCTTCTTCTTTCCAAGATATGGAACCGGAAGAGAACAGTGAGAGGATGAGAAAAG
AAGGGGAAGACATAACTCTATCCCCTTTTGGGATGGCTACTTACAAGATGCAGGGCAATG
TTTGGCTTTCCCATGACCACGATGACCAAGAGAGATTGGTTTCGCTTTATAGCGTTGCTG
ATTCTTGGCTAAAACAGCTTAGGGTTCAACATCATGACTTCAACTACTTCTGCACTATGT
CTTCTATGACTTATCGTGGCTAACATCCCCCCTTTCATGTTCGTTTGTTTCATCATTATA
CAGTCTAAATCCTTGCTTTGGCTTATCAACGTTTTGGTTTAGAATAGCGTTCTGACAAGT
ATATGTCCGTATATAGAGTTTGTTGCCTTGTTCAAAACAGAGTATGTTGCTTCTTGTAAG
TTTTTATAACACTGTCGCCTAGACAGCCAGGAACATAACTT


BQ
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AF RR3B361TF U 1
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BS 752 1181 RR3B361JQ

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GGATCATGATGAATGGTAAAGGGACAGCCAAAAAATCGAACCTTGATCGATTTCTTCATT
GCACGACACCATTAGTGCCACCCCTATCTCTCCCCAAGGGGGACCTGAATGGATTGTGGC
ATTCACCGTGGGGGTGGGAGAGAGAAAAGGTTGAGTTTCTCAGGTTGAGTGATCTGTGGG
ATTGCTACTATGAATGGAGCGCTTATGGTGCTAGTGTTCCTATTCATCTCTCCAATGGCG
AATCTCTTGTGCAATACTATGTTCCTTATCTCTCTGCCCTCCAGATTTTCACCTCTCATT
CTTCCTTGATCCGCTTAAGGGAAGAGTCTGAGGATGGGGAATCCGATGGTACCAGGTATC
CCTTTAGCGAGTCAAGTAGCGATGAGAGTGTCTCCGAGGAAGCACTTGAGAACAACAACC
TCCTCAATCATCGTTTGGGTTGCCTTTATCTCCAATACTTTGAAGTGTCATCTCCTTATA
CCAGAGTTCCTCTCATGGACAAGATCAATGAGTTAGCTCAAAGATATCCTGGATTGATGT
CGTTGAGAAGCGTTGATCTGTCTCCAGCGAGCTGGATGTCTGTTGCGTGGTACCCAATTT
ATCATATACCAATGGGAAGAACCATTAAAGACTTGTCCACTTCTTTCCTCACTTACCACA
CCCTTTCTTCTTCTTTCCAAGATATGGAACC

QA 1 751 1 751
DS 

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AGTGTCTCCGAGGAAGCACTTGAGAACAACAACCTCCTCAATCATCGTTTGGGTTGCCTT
TATCTCCAATACTTTGAAGTGTCATCTCCTTATACCAGAGTTCCTCTCATGGACAAGATC
AATGAGTTAGCTCAAAGATATCCTGGATTGATGTCGTTGAGAAGCGTTGATCTGTCTCCA
GCGAGCTGGATGTCTGTTGCGTGGTACCCAATTTATCATATACCAATGGGAAGAACCATT
AAAGACTTGTCCACTTCTTTCCTCACTTACCACACCCTTTCTTCTTCTTTCCAAGATATG
GAACCGGAAGAGAACAGTGAGAGGATGAGAAAAGAAGGGGAAGACATAACTCTATCCCCT
TTTGGGATGGCTACTTACAAGATGCAGGGCAATGTTTGGCTTTCCCATGACCACGATGAC
CAAGAGAGATTGGTTTCGCTTTATAGCGTTGCTGATTCTTGGCTAAAACAGCTTAGGGTT
CAACATCATGACTTCAACTACTTCTGCACTATGTCTTCTATGACTTATCGTGGCTAACAT
CCCCCCTTTCATGTTCGTTTGTTTCATCATTATACAGTCTAAATCCTTGCTTTGGCTTAT
CAACGTTTTGGTTTAGAATAGCGTTCTGACAAGTATATGTCCGTATATAGAGTTTGTTGC
CTTGTTCAAAACAGAGTATGTTGCTTCTTGTAAGTTTTTATAACACTGTCGCCTAGACAG
CCAGGAACATAACTT

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

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CAGAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGCTGATCACAGTTGACCGTCCTTTTGCTGAG
AAGCACTACCAAGATTTGTCAGCTAAGCCCTTCTTCAGTGGCCTTGTTGATTACATAATC
TCTGGTCCAGTCGTTGCAATGATCTGGGAGGGAAAGAACGTTGTTGACGGGAAGGAAGAT
CATTGGGGCAACCAACCCTGCAGCTTCTGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTTTGCAAT
TGACATTGGCAGGAACATTATCCATGGTAGTGACTCTGTTGATAGCGCTAACAAAGAATG
TGCGTTGTGGTTCCCTGATGGGCCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCACTCTTGGATCTA
CGAATGATTCTATCGTTTTTGTGATTCAAATCATGTTTCTCCACTGTTATTGCTGTTATC
TCTGTTGCTTTCCAACTTTGCATCTTTGTTTTGAAGTTTGAATCTTAAAACATGACTTTG
TTTTTTTTTGTGTGGGGTTTTTTTTACTCGAGT


BQ
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AF RR3DQ10TF U 1
AF RR3DQ10JQ C 243
BS 1 621 RR3DQ10TF
BS 622 633 RR3DQ10JQ

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CAGAAGGGTTTCACTTTGAAAGGTCTAAAGCTGATCACAGTTGACCGTCCTTTTGCTGAG
AAGCACTACCAAGATTTGTCAGCTAAGCCCTTCTTCAGTGGCCTTGTTGATTACATAATC
TCTGGTCCAGTCGTTGCAATGATCTGGGAGGGAAAGAACGTTGTTGACGGGAAGGAAGAT
CATTGGGGCAACCAACCCTGCAGCTTCTGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTTTGCAAT
TGACATTGGCAGGAACATTATCCATGGTAGTGACTCTGTTGATAGCGCTAACAAAGAATG
TGCGTTGTGGTTCCCTGATGGGCCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCACTCTTGGATCTA
CGAATGATTCTATCGTTTTTGTGATTCAAATCATGTTTCTCCACTGTTATTGCTGTTATC
TCTGTTGCTTTCCAACTTTGCATCTTTGTTTTGAAGTTTGAATCTTAAAACATGACTTTG
TTTTTTTTTGTGTGGGGTTTT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3DQ10JQ 391 0 0
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TTGGGGCAACCAACCCTGCAGCTTCTGAACCAGGAACCATCCGTGGGGATTTTGCAATTG
ACATTGGCAGGAACATTATCCATGGTAGTGACTCTGTTGATAGCGCTAACAAAGAATGTG
CGTTGTGGTTCCCTGATGGGCCTGTGAACTGGCAGAGCAGCCTTCACTCTTGGATCTACG
AATGATTCTATCGTTTTTGTGATTCAAATCATGTTTCTCCACTGTTATTGCTGTTATCTC
TGTTGCTTTCCAACTTTGCATCTTTGTTTTGAAGTTTGAATCTTAAAACATGACTTTGTT
TTTTTTTGTGTGGGGTTTTTTTTACTCGAGT

QA 1 391 1 391
DS 



AS 1 2

CO CL6114Contig1 1076 2 2 U
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CTCCGGCGCCATTGTTTGACATGGAGGAGCTTGGGAAATGGTCGCTCTATAGAGCGGTCA
TAGCTGAGTTCGTGGCAACACTTCTCTTCCTTTACGTCTCAATCCTCACCGTAATCGGCT
ACAAAGCTCAGACCGACGCAAATGCCGGAGGAGTTGATTGCGGTGGCGTTGGGATATTGG
GTATTGCGTGGGCTTTCGGTGGAATGATCTTTGTTCTCGTTTACTGTACCGCCGGTATCT
CCGGTGGTCATATAAATCCGGCTGTGACGGTGGGACTGTTCTTAGCTAGAAAAGTGTCAT
TGGTGCGGACAGTGTTATACATTGTCGCTCAGTGCCTTGGTGCCATCTGCGGTTGCGGTC
TTGTCAAAGCATTCCAAAGTTCTTACTACACCAAATATGGAGGTGGAGCCAACGAGCTTG
CCGACGGCTACAACAAAGGTACCGGACTCGGTGCCGAGATCATCGGAACATTTGTCCTTG
TCTACACCGTTTTCTCGGCCACCGATCCCAAGCGAAGTGCACGTGACTCTCACATTCCAG
TTTTGGCGCCACTTCCCATTGGTTTTGCTGTCTTCATGGTTCACTTAGCCACCATTCCCA
TCACCGGAACCGGAATCAAGCCGGCCCGTAGCTTCGGAGCCGCAGTTATCTACAACCAAG
AAAAGGCCTGGGACGACCAATGGATATTCTGGGTGGGACCGATGATCGGAGCAGCAGCTG
CTGCGTTATACCATCAGTTTGTTTTAAGAGCAGCTGGGATTAAATCTCTTGGCTCCTTTA
GGAGCTCTGCTTAATTTTAATTGTTTGAATTAAGCCACAAGTTAAATCTTAAATCAAAAT
GATGATTACAACTATTAAGCGGAAGCTACATGTATCTTTTCAATTATATGATCTGGTTTT
TAAATTTCAAGGAATTTCCTATTGGTTGTGAATGTGGTTTTAATTAATGTTGCTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DJ54TF U 1
AF RR3DJ54JQ C 273
BS 1 666 RR3DJ54TF
BS 667 1076 RR3DJ54JQ

RD RR3DJ54TF 666 0 0
GGAAAACATCAAAAACATCCATCTATCTTCTCTCTCTCCCATCATCATCTTTGGCCATGG
CAAAGGACTTGGAGGTGCAAGAGGGTGGAGCATCGGCGACGAGAGATTACCAGGATCCAC
CTCCGGCGCCATTGTTTGACATGGAGGAGCTTGGGAAATGGTCGCTCTATAGAGCGGTCA
TAGCTGAGTTCGTGGCAACACTTCTCTTCCTTTACGTCTCAATCCTCACCGTAATCGGCT
ACAAAGCTCAGACCGACGCAAATGCCGGAGGAGTTGATTGCGGTGGCGTTGGGATATTGG
GTATTGCGTGGGCTTTCGGTGGAATGATCTTTGTTCTCGTTTACTGTACCGCCGGTATCT
CCGGTGGTCATATAAATCCGGCTGTGACGGTGGGACTGTTCTTAGCTAGAAAAGTGTCAT
TGGTGCGGACAGTGTTATACATTGTCGCTCAGTGCCTTGGTGCCATCTGCGGTTGCGGTC
TTGTCAAAGCATTCCAAAGTTCTTACTACACCAAATATGGAGGTGGAGCCAACGAGCTTG
CCGACGGCTACAACAAAGGTACCGGACTCGGTGCCGAGATCATCGGAACATTTGTCCTTG
TCTACACCGTTTTCTCGGCCACCGATCCCAAGCGAAGTGCACGTGACTCTCACATTCCAG
TTTTGG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3DJ54JQ 804 0 0
AG
TGATTGCGGTGGCGT*GGGATATTGGGTATTGCGTGGGCTTTCGGTGGAATGATCTTTGT
TCTCGTTTACTGTACCGCCGGTATCTCCGGTGGTCATATAAATCCGGCTGTGACGGTGGG
ACTGTTCTTAGCTAGAAAAGTGTCATTGGTGCGGACAGTGTTATACATTGTCGCTCAGTG
CCTTGGTGCCATCTGCGGTTGCGGTCTTGTCAAAGCATTCCAAAGTTCTTACTACACCAA
ATATGGAGGTGGAGCCAACGAGCTTGCCGACGGCTACAACAAAGGTACCGGACTCGGTGC
CGAGATCATCGGAACATTTGTCCTTGTTTACACCGTTTTTTCGGCCACCGATCCCAAGCG
AAGTGCACGTGACTCTCACATTCCAGTTTTGGCGCCACTTCCCATTGGTTTTGCTGTCTT
CATGGTTCACTTAGCCACCATTCCCATCACCGGAACCGGAATCAAGCCGGCCCGTAGCTT
CGGAGCCGCAGTTATCTACAACCAAGAAAAGGCCTGGGACGACCAATGGATATTCTGGGT
GGGACCGATGATCGGAGCAGCAGCTGCTGCGTTATACCATCAGTTTGTTTTAAGAGCAGC
TGGGATTAAATCTCTTGGCTCCTTTAGGAGCTCTGCTTAATTTTAATTGTTTGAATTAAG
CCACAAGTTAAATCTTAAATCAAAATGATGATTACAACTATTAAGCGGAAGCTACATGTA
TCTTTTCAATTATATGATCTGGTTTTTAAATTTCAAGGAATTTCCTATTGGTTGTGAATG
TGGTTTTAATTAATGTTGCTTT

QA 3 804 3 804
DS 



AS 1 2

CO CL6115Contig1 625 2 10 U
TTCGGAAAGAAGATCATGTTGTCTTCCTCCTTCATACGGACAACATGTGACGATCCTAAG
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ACAACTCCAGGAATTGGATGGTAAGGAGGCAAGACTTGTGGATTACTTCGATGTCATCTC
CGGGACGAGCACAGGAGGTTTGATAGTGGCAATGTTAACCGCACCGGAAAAAGACGTCAA
AACAAGCAGTAACCGCAACCGCCCTTTGTTTGCGGCCAAAGAAATCGTCCCTTTTTATCG
CAAACATTGCCCTAAAATCTTCCCACACCCGCGAGGGGCGTTTGCCTGGGCTCAGATCCT
GGTGAGACTTGTACGAGGACCAAAGTACAACGGAAAATACCTAAGAAAAGTAATCGAAGA
TTTCTTGGGAGGCACGAGACTAACTCAAACTTTGACAAACGTTGTCATACCTTGCTTCGA
CATCAAGAAACTCCAACCGGTTATCTTCTCTTCTTACCAGGCGAAGAATCGTCGAGTTAC
TGACGCAAAGATATCAGATATATGCCTAAGCACATCAGCCGCACCAACTTATCTCCCGGC
TCATCGATTCACTAATGAAGACAGT


BQ
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AF RR3F737TF U 1
AF RR3GD85TF U 1
BS 1 57 RR3F737TF
BS 58 58 RR3GD85TF
BS 59 63 RR3F737TF
BS 64 64 RR3GD85TF
BS 65 192 RR3F737TF
BS 193 193 RR3GD85TF
BS 194 309 RR3F737TF
BS 310 310 RR3GD85TF
BS 311 399 RR3F737TF
BS 400 625 RR3GD85TF

RD RR3F737TF 399 0 0
TTCGGAAAGAAGATCATGTTGTCTTCCTCCTTCATACGGACAACATGTGACGATCCTTAG
CATCGACGGTGGTGGAGTCCGTGGGATCATTCCCGGTATTATCTTAGCTTACCTCGAATC
ACAACTCCAGGAATTGGATGGTAAGGAGGCAAGACTTGTGGATTACTTCGATGTCATCTC
CGGGACGAGCACCGGAGGTTTGATAGTGGCAATGTTAACCGCACCGGAAAAAGACGTCAA
AACAAGCAGTAACCGCAACCGCCCTTTGTTTGCGGCCAAAGAAATCGTCCCTTTTTATCG
CAAACATTGTCCTAAAATCTTCCCACACCCGCGAGGGGCGTTTGCCTGGGCTCAGATCCT
GGTGAGACTTGTACGAGGACCAAAGTACAACGGAAAATA

QA 1 399 1 399
DS 

RD RR3GD85TF 625 0 0
TTCGGAAAGAAGATCATGTTGTCTTCCTCCTTCATACGGACAACATGTGACGATCCTAAG
CATAGACGGTGGTGGAGTCCGTGGGATCATTCCCGGTATTATCTTAGCTTACCTCGAATC
ACAACTCCAGGAATTGGATGGTGAGGAGGCAAGACTTGTGGATTACTTCGATGTCATCTC
CGGGACGAGCACAGGAGGTTTGATAGTGGCAATGTTAACCGCACCGGAAAAAGACGTCAA
AACAAGCAGTAACCGCAACCGCCCTTTGTTTGCGGCCAAAGAAATCGTCCCTTTTTATCG
CAAACATTGCCCTAAAATCTTCCCACACCCGCGAGGGGCGTTTGCCTGGGCTCAGATCCT
GGTGAGACTTGTACGAGGACCAAAGTACAACGGAAAATACCTAAGAAAAGTAATCGAAGA
TTTCTTGGGAGGCACGAGACTAACTCAAACTTTGACAAACGTTGTCATACCTTGCTTCGA
CATCAAGAAACTCCAACCGGTTATCTTCTCTTCTTACCAGGCGAAGAATCGTCGAGTTAC
TGACGCAAAGATATCAGATATATGCCTAAGCACATCAGCCGCACCAACTTATCTCCCGGC
TCATCGATTCACTAATGAAGACAGT

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

CO CL6116Contig1 1067 2 6 U
GGGATAATAAAAGGAACTTAATAAGGCCAAACTGTTTTTTCTCTCTCGTGGGTGAACGTA
AAGGAGATTTTTTCTGGTGAAAACTAAAGTTCCGATCTAGGACCACCGGCTTTCTGTCGG
TGGATCCATTTTCTCATTTATTTAGTTCTGTTTATTTTCTTGTTTTTCCTGTTTTAGTGT
TTCTTTATCTACACTTCAATGGTTCTGTGTTCATTTGTGTTGAGATTGAAATCCTTCTCT
CGACACCAAATCATTTTTTCATTATTTCTGAATCATGGCGATCCTCCGATAGCAGTATAT
GCACTGGTATTTCTCATATCGTCATTGAGTATGGTCCACGTCAATATTGGCGTTGTTGTT
GTTCCCCTTTGGGAATGTTCTTGTCCGACCTTTAGGTACGGTTTCATTATTACTCTCGAG
TCATCGATTGAGAATCATTGGGTTAAATTGGTAATCTGGTATTGGAAACCGCCATGGCAG
AATGAGAAAAAGGGTAGGAAGTGCATAAGAGGGGCATCGGTGAGACGTCTGAGTCAATCA
CCTATCGGTCGCGTCGTCTCTTCATGCAGTGGGGCCATTGTCATGATAATGTTTGCAGTG
AATCACCGAGTGGAAATTTCTTGGAGATTTATAAAGGTGGTCATTGACAAGTCATTGTCA
ACAGAAGCAACAAAGGAGTATGTTTCTACAGCAAAACAAGCTGAAGACATGGCTTTATCG
GTTTCAAAGCAAAAGAATTTCAGTGCCATGGATAATTACAACAAAGCATGTTATCTCCTG
CAGCGGGAGTGTTCGGGACGGATTGCGATGTAACAGATGGATCGCATCCAATGATCTTCT
TAAGAAAAAAAGGCATTTACTCACAAGAATTGAGAGCCACAAGAATGATCTTACAAGACC
AAGAGCGAAGTGGAGGAAAGCTAGCGAATCAGCCTATCCTACGAATGCGTTAGGAAGCAT
CGTGTTAACGTTGTCTCTATTAAAAGTTCTTCTTAACAACATGTTTAGTGTAATTTCTAA
TTCATGTAATATGTTACATTGATTTGATATCAATAAAGTTAGATGTT


BQ
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AF RR3CZ18TF U 1
AF RR3CZ18JQ C 353
BS 1 695 RR3CZ18TF
BS 696 696 RR3CZ18JQ
BS 697 736 RR3CZ18TF
BS 737 737 RR3CZ18JQ
BS 738 750 RR3CZ18TF
BS 751 1067 RR3CZ18JQ

RD RR3CZ18TF 750 0 0
GGGATAATAAAAGGAACTTAATAAGGCCAAACTGTTTTTTCTCTCTCGTGGGTGAACGTA
AAGGAGATTTTTTCTGGTGAAAACTAAAGTTCCGATCTAGGACCACCGGCTTTCTGTCGG
TGGATCCATTTTCTCATTTATTTAGTTCTGTTTATTTTCTTGTTTTTCCTGTTTTAGTGT
TTCTTTATCTACACTTCAATGGTTCTGTGTTCATTTGTGTTGAGATTGAAATCCTTCTCT
CGACACCAAATCATTTTTTCATTATTTCTGAATCATGGCGATCCTCCGATAGCAGTATAT
GCACTGGTATTTCTCATATCGTCATTGAGTATGGTCCACGTCAATATTGGCGTTGTTGTT
GTTCCCCTTTGGGAATGTTCTTGTCCGACCTTTAGGTACGGTTTCATTATTACTCTCGAG
TCATCGATTGAGAATCATTGGGTTAAATTGGTAATCTGGTATTGGAAACCGCCATGGCAG
AATGAGAAAAAGGGTAGGAAGTGCATAAGAGGGGCATCGGTGAGACGTCTGAGTCAATCA
CCTATCGGTCGCGTCGTCTCTTCATGCAGTGGGGCCATTGTCATGATAATGTTTGCAGTG
AATCACCGAGTGGAAATTTCTTGGAGATTTATAAAGGTGGTCATTGACAAGTCATTGTCA
ACAGAAGCAACAAAGGAGTATGTTTCTACAGCAAA*CAAGCTGAAGACATGGCTTTATCG
GTTTCAAAGCAAAAGA*TTTCAGTGCCATG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3CZ18JQ 715 0 0
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CTCTCGAGTCATCGATTGAGAATCATTGGGTTAAATTGGTAATCTGGTATTGGAAACCGC
CATGGCAGAATGAGAAAAAGGGTAGGAAGTGCATAAGAGGGGCATCGGTGAGACGTTTGA
GTCAATCACCTATCGGTCGCGTCGTCTCTTCATGCAGTGGGGCCATTGTCATGATAATGT
TTGCAGTGAATCACCGAGTGGAAATTTCTTGGAGATTTATAAAGGTGGTCATTGACAAGT
CATTGTCAACAGAAGCAACAA*GGAGTATGTTTCTACAGCAAAACAAGCTGAAGACATGG
CTTTATCGGTTTCAAAGCAAAAGAATTTCAGTGCCATGGATAATTACAACAAAGCATGTT
ATCTCCTGCAGCGGGAGTGTTCGGGACGGATTGCGATGTAACAGATGGATCGCATCCAAT
GATCTTCTTAAGAAAAAAAGGCATTTACTCACAAGAATTGAGAGCCACAAGAATGATCTT
ACAAGACCAAGAGCGAAGTGGAGGAAAGCTAGCGAATCAGCCTATCCTACGAATGCGTTA
GGAAGCATCGTGTTAACGTTGTCTCTATTAAAAGTTCTTCTTAACAACATGTTTAGTGTA
ATTTCTAATTCATGTAATATGTTACATTGATTTGATATCAATAAAGTTAGATGTT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL6117Contig1 380 2 1 U
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ATAAATAAGAGTTTTTGACGTATTCTACTGATTTTCCCATCAATACCCCCAATCATAACT
CTAGTTTCACCGAAGAAAAAAAGAAAAGACACAATCCTAAGCTCTGACTATTTATAATCC
TAAGCTAGAAGACATTTCCGGATCAGTTTTTTTTTTTCTAGAGTTGTTGAACAATGGCTT
GGACATGGCCTTCTCTTCAAAAGCTTCCTTTGTTAAAGGGACTTGGCGAAACGTGAAGAT
GAATGAGCTTTTCTATTAGAGAGCTTTAGTTTGATAACAACTGAAACTTAGTTTTTGTTA
CGGTTCAAAACCAAAACTCT


BQ
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AF RR3AU82JQ C 1
AF RR3AU82TF U 1
BS 1 380 RR3AU82TF

RD RR3AU82JQ 380 0 0
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ATAAATAAGAGTTTTTGACGTATTCTACTGATTTTCCCATCAATACCCCCAATCATAACT
CTAGTTTCACCGAAGAAAAAAAGAAAAGACACAATCCTAAGCTCTGACTATTTATAATCC
TAAGCTAGAAGACATTTCCGGATCAGTTTTTTTTTTTCTAGAGTTGTTGAACAATGGCTT
GGACATGGCCTTCTCTTCAAAAGCTTCCTTTGTTAAAGGGACTTGGCGAAACGTGAAGAT
GAATGAGCTTTTCTATTAGAGAGCTTTAGTTTGATAACAACTGAAACTTAGTTTTTGTTA
CGGTTCAAAACCAAAACTCT

QA 1 380 1 380
DS 

RD RR3AU82TF 380 0 0
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ATAAATAAGAGTTTTTGACGTATTCTACTGATTTTCCCATCAATACCCCCAATCATAACT
CTAGTTTCACCGAAGAAAAAAAGAAAAGACACAATCCTAAGCTCTGACTATTTATAATCC
TAAGCTAGAAGACATTTCCGGATCAGTTTTTTTTTTTCTAGAGTTGTTGAACAATGGCTT
GGACATGGCCTTCTCTTCAAAAGCTTCCTTTGTTAAAGGGACTTGGCGAAACGTGAAGAT
GAATGAGCTTTTCTATTAGAGAGCTTTAGTTTGATAACAACTGAAACTTAGTTTTTGTTA
CGGTTCAAAACCAAAACTCT

QA 1 380 1 380
DS 



AS 1 2

CO CL6118Contig1 1414 2 2 U
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CTGTATTATCCAATCATCTCCCATACTTTGATGATAACAGTGGAGTCCTACGACGGCGAC
AACAACGACAGCGAAGACGTTAGGGTTTGATGGCGGTGAAGAAGGCTAGCGAGATGTTCT
CGAAGAGCTTGATCGAGGACGTTCACAGATGGGGGTGCATGAAGCAGACGGGTGTGAGCC
TCAGGTACATGATGGAGTTCGGTTCCACTCCCACCGAGAGAAACCTTCTGATCTCCGCCC
AGTTTCTTCACAAGGAGCTCCCGATTCGGATCGCCAGGCGCGCGATCGAACTCGAGACGC
TTCCTTATGGTCTCTCTGAGAAACCTGCCGTTTTGAAGGTGAGGGATTGGTATGTGGAAT
CGTTTAGGGACATGAGAGCGTTTCCAGAGATCAAGGATACTGCTGATGAGAAAGAGTTCA
CTCAGATGATTAAGGCTGTTAAAGTAAGGCACAACAACGTGGTTCCCATGATGGCTTTAG
GTGTTAACCAGCTGAAGAAAGGGATGAGACTCTACGAGAATCTTGATGAGATTCATCAGT
TTCTTGATCGCTTCTACTTGTCTCGAATAGGGATTCGTATGCTTATCGGGCAGCATGTTG
AGTTGCATAATCCGAACCCTCCGCTTCATACTGTGGGGTACATACACACCAAGATGTCTC
CTATGGAGGTAGCAAGGAATGCTAGTGAAGATGCAAGGTCAATTTGTTTCAGAGAGTATG
GTTCTGCTCCGGAGATAAACATATATGGCGATCCAAGTTTCACCTTTCCGTATGTACCGA
CCCATTTGCATCTTATGGTGTATGAGCTAGTCAAGAACTCTCTACGTGCTGTCCAAGAGA
GGTTTGTTGACTCTGATAGGGTTGCACCACCAATCCGTATCATAGTTGCTGATGGAATCG
AAGATGTTACAATTAAGGTCTCAGATGAAGGTGGAGGTATACCGAGAAGCGGTCTCCCCA
AAATATTCACCTATCTTTACAGCACAGCAAGAAACCCGCTTGAAGAGGATGTGGACTTGG
GAACAGCTGATGTCCCCATAACTATGGCTGGTTATGGTTATGGTCTTCCTATTAGTCGCT
TATATGCTCGCTATTTTGGTGGAGATTTGCAGATCATATCCATGGAAGGATACGGGACTG
ATGCTTACTTGCACTTGTCTCGTCTTGGAGACTCGCAAGAGCCTTTGCCATGAGAGTATC
ATCTCTCAAGTCAGGCTAGTGAAGAAAGGTTTGGGATATTAATGGTAGACGAGGGGATCT
ACTTTACTCAGTTTAATATGCTTCTTTAATGTACATACATTATTTCTCGCATTTACGATT
TCGTTGATTATAAACTCAGACATGGAGACTTCCC


BQ
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AF RR3GR58TF U 1
AF RR3GR58JQ C 682
BS 1 789 RR3GR58TF
BS 790 1414 RR3GR58JQ

RD RR3GR58TF 789 0 0
GAAATCTAATCTATTCTCTCACATGCCCATCCCCCCCAAACCCAATCCTCTCACTCCTCT
CTGTATTATCCAATCATCTCCCATACTTTGATGATAACAGTGGAGTCCTACGACGGCGAC
AACAACGACAGCGAAGACGTTAGGGTTTGATGGCGGTGAAGAAGGCTAGCGAGATGTTCT
CGAAGAGCTTGATCGAGGACGTTCACAGATGGGGGTGCATGAAGCAGACGGGTGTGAGCC
TCAGGTACATGATGGAGTTCGGTTCCACTCCCACCGAGAGAAACCTTCTGATCTCCGCCC
AGTTTCTTCACAAGGAGCTCCCGATTCGGATCGCCAGGCGCGCGATCGAACTCGAGACGC
TTCCTTATGGTCTCTCTGAGAAACCTGCCGTTTTGAAGGTGAGGGATTGGTATGTGGAAT
CGTTTAGGGACATGAGAGCGTTTCCAGAGATCAAGGATACTGCTGATGAGAAAGAGTTCA
CTCAGATGATTAAGGCTGTTAAAGTAAGGCACAACAACGTGGTTCCCATGATGGCTTTAG
GTGTTAACCAGCTGAAGAAAGGGATGAGACTCTACGAGAATCTTGATGAGATTCATCAGT
TTCTTGATCGCTTCTACTTGTCTCGAATAGGGATTCGTATGCTTATCGGGCAGCATGTTG
AGTTGCATAATCCGAACCCTCCGCTTCATACTGTGGGGTACATACACACCAAGATGTCTC
CTATGGAGGTAGCAAGGAATGCTAGTGAAGATGCAAGGTCAATTTGTTTCAGAGAGTATG
GTTCTGCTC

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3GR58JQ 733 0 0
CGCTTCATACTGTGGGGTACATACACACCAAGATGTCTCCTATGGAGGTAGCAAGGAATG
CTAGTGAAGATGCAAGGTCAATTTGTTTCAGAGAGTATGGTTCTGCTCCGGAGATAAACA
TATATGGCGATCCAAGTTTCACCTTTCCGTATGTACCGACCCATTTGCATCTTATGGTGT
ATGAGCTAGTCAAGAACTCTCTACGTGCTGTCCAAGAGAGGTTTGTTGACTCTGATAGGG
TTGCACCACCAATCCGTATCATAGTTGCTGATGGAATCGAAGATGTTACAATTAAGGTCT
CAGATGAAGGTGGAGGTATACCGAGAAGCGGTCTCCCCAAAATATTCACCTATCTTTACA
GCACAGCAAGAAACCCGCTTGAAGAGGATGTGGACTTGGGAACAGCTGATGTCCCCATAA
CTATGGCTGGTTATGGTTATGGTCTTCCTATTAGTCGCTTATATGCTCGCTATTTTGGTG
GAGATTTGCAGATCATATCCATGGAAGGATACGGGACTGATGCTTACTTGCACTTGTCTC
GTCTTGGAGACTCGCAAGAGCCTTTGCCATGAGAGTATCATCTCTCAAGTCAGGCTAGTG
AAGAAAGGTTTGGGATATTAATGGTAGACGAGGGGATCTACTTTACTCAGTTTAATATGC
TTCTTTAATGTACATACATTATTTCTCGCATTTACGATTTCGTTGATTATAAACTCAGAC
ATGGAGACTTCCC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL6119Contig1 1286 2 2 U
GGGAGAAGAAAAAAAAAAGAAAAATGGCGAATCAATCAGCACCTGGAATCGCCATTCTCG
GAGCTGGGATCTTCGTCAAGACGCAGTACATTCCTCGCTTGGCTGAGATCTCTGATCTCG
TCATCCTCAAAGCTATTTGGAGCCGTTCCGAGGAATCTGCGAAAGGAGCCGTTGAGGTAG
CACGGAAGCATTTTCCTGGAGTGATGTGCAAATGGGGAGATGAAGGTCTTAATGAGATCA
TTCAAGATAGTTCCATTCTTGGTGTTGCTGTTGTCATTGCTGGCCAAACCCAGGTTGAAA
TGTCACTGAAGATGCTCAAGGCAGGAAAGCACGTCCTTCAAGAGAAGCCCGCTGCTGCCT
CAATCGGTGAGATTGAAACTGCAATGACAAGCTATAAAAATATTTCTGCTGATTCCCCAT
GCCGTCCAATCTGGGCTGTGGCTGAAAATTATCGTTTTGAACCAGCTTTTGTTGAGTTGA
AAAAACTGGTGGAAGAAATTGGGGATATGATGAACGTCCAACTTATTATTGAAGGATCAA
TGAACAGTTCGAATCCTTACTTCTCTAGCTCCTGGAGACGAAATTTGGACGGTGGTTTCA
TCTTGGATATGGGTGTGCATTACATTGCAGGGTTAAGAATGCTTGTTGGATGTGAGGTAG
CATCAGTCTCAGCCACCACTTCCCATGTTGATAAGACTTTGCCAGCACCAGACAATATAA
CATCAAACTTTCAGCTAGAGAACGGATGCTCTGGAGTTTTTGTTATGGTTGTGTCTTCAA
GGTCTCCAAAGATATTATGGAGAGTAGTTGGATTGAAGGGCACAGTTCAACTTGAGCGCG
GAGTCCAAGATGGCCGACACGGCTACATGGCCACAGTTTACGGGGAAGGAGGGACGTCAA
AGACCATCTTTTACCCGTTCAGTGGAGTGACTGAAGAGCTAAAAGCGTTCTTCAGTGACA
TTTCAGGGACTTCAAAGGAGCAAGAGCCTCGTCTATCATACGTGGAAGGTGCTCGGGACG
TTGCTGTTCTTGAAGCAATGCTTGAATTTGGTGCAAGGAACGGAGCTGTTATTCCCGTTA
AGAAGTTCTAGCTTTGAAGCCCTTACAGGTATTGTGAAGACATCAAGAACCACCAAAGAA
GCATTGTTTGAATAAAATTTAATGGGGATTCAAACCGAAACTATTTGTAACCAACCCTTT
ATTATCCCGATCATTATTAAGTATGTTCTAAAGGCTTATTAAATAACAACACGATGCATT
GATGAAAAAAATATTCATGGGAATTC


BQ
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AF RR3E383TF U 1
AF RR3E383JQ C 603
BS 1 736 RR3E383TF
BS 737 1286 RR3E383JQ

RD RR3E383TF 736 0 0
GGGAGAAGAAAAAAAAAAGAAAAATGGCGAATCAATCAGCACCTGGAATCGCCATTCTCG
GAGCTGGGATCTTCGTCAAGACGCAGTACATTCCTCGCTTGGCTGAGATCTCTGATCTCG
TCATCCTCAAAGCTATTTGGAGCCGTTCCGAGGAATCTGCGAAAGGAGCCGTTGAGGTAG
CACGGAAGCATTTTCCTGGAGTGATGTGCAAATGGGGAGATGAAGGTCTTAATGAGATCA
TTCAAGATAGTTCCATTCTTGGTGTTGCTGTTGTCATTGCTGGCCAAACCCAGGTTGAAA
TGTCACTGAAGATGCTCAAGGCAGGAAAGCACGTCCTTCAAGAGAAGCCCGCTGCTGCCT
CAATCGGTGAGATTGAAACTGCAATGACAAGCTATAAAAATATTTCTGCTGATTCCCCAT
GCCGTCCAATCTGGGCTGTGGCTGAAAATTATCGTTTTGAACCAGCTTTTGTTGAGTTGA
AAAAACTGGTGGAAGAAATTGGGGATATGATGAACGTCCAACTTATTATTGAAGGATCAA
TGAACAGTTCGAATCCTTACTTCTCTAGCTCCTGGAGACGAAATTTGGACGGTGGTTTCA
TCTTGGATATGGGTGTGCATTACATTGCAGGGTTAAGAATGCTTGTTGGATGTGAGGTAG
CATCAGTCTCAGCCACCACTTCCCATGTTGATAAGACTTTGCCAGCACCAGACAATATAA
CATCAAACTTTCAGCT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3E383JQ 684 0 0
TTGGATATGGGTGTGCATTACATTGCAGGGTTAAGAATGCTTGTTGGATGTGAGGTAGCA
TCAGTCTCAGCCACCACTTCCCATGTTGATAAGACTTTGCCAGCACCAGACAATATAACA
TCAAACTTTCAGCTAGAGAACGGATGCTCTGGAGTTTTTGTTATGGTTGTGTCTTCAAGG
TCTCCAAAGATATTATGGAGAGTAGTTGGATTGAAGGGCACAGTTCAACTTGAGCGCGGA
GTCCAAGATGGCCGACACGGCTACATGGCCACAGTTTACGGGGAAGGAGGGACGTCAAAG
ACCATCTTTTACCCGTTCAGTGGAGTGACTGAAGAGCTAAAAGCGTTCTTCAGTGACATT
TCAGGGACTTCAAAGGAGCAAGAGCCTCGTCTATCATACGTGGAAGGTGCTCGGGACGTT
GCTGTTCTTGAAGCAATGCTTGAATTTGGTGCAAGGAACGGAGCTGTTATTCCCGTTAAG
AAGTTCTAGCTTTGAAGCCCTTACAGGTATTGTGAAGACATCAAGAACCACCAAAGAAGC
ATTGTTTGAATAAAATTTAATGGGGATTCAAACCGAAACTATTTGTAACCAACCCTTTAT
TATCCCGATCATTATTAAGTATGTTCTAAAGGCTTATTAAATAACAACACGATGCATTGA
TGAAAAAAATATTCATGGGAATTC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL6120Contig1 732 2 3 U
TGTCAGATATATATGAAGCAGGACATGCATCTCCACCGACTAATTCCTTCACCGTCTCCG
GGGATTTCTCCGCCGCGATTCCGCCATATTCACCGCCTCATTCTATCTGAAAGACTTCAA
GAAGTGCTTCTGAATCATTACTCTACTGCAATCGCCTTAGCTCGTGACATCAATCCCCAT
CATCATCGTCTTTTAGCACTAGAGAAACTGGTAGAAATAAAGAGGTAGATTATTTGCTGA
CACGCTGCCATATGAGACCCCAACTCTACTTAATCTATTCTCAAATTCACCAAGTATCTC
TCATCTTTTTGATTCTCATCCATAGAAAAACTTCACGCAAAGCCAACTTCACAGGCCAGA
AAGCATGAAGATTTACTATCAATGGAAGGAAGCAAGCTTAGAATAATGAAGGGAATCAAA
TACATAGCCATCGGAGTTTTAGATGAAGCAACGTAGAGGATAAGACTGACTTGACTTTAT
TAAAATCAGTTCAAAACCGAAGAAAAGAAGGAACTTGAAGAACCGCTTCGATTAGAACTG
AAGAAAACACACTACAAAATAGCCGACGCGAAAGGAAAATCGCCAACGCGAAAAGAAAAT
CCGGCTAGCGGAATCAAAATCGATCAACAGATCGAACATATATTACAACAAAAGATTCAA
CACTTTTCCTCTGAAAGATCTTGAATTGTTAAGAGGAAAAGGTTGAGAGAAACTTTCTCT
CTCTAAGAAAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP82JQ U 29
AF RR3BP82TF C 1
BS 1 28 RR3BP82TF
BS 29 429 RR3BP82JQ
BS 430 732 RR3BP82TF

RD RR3BP82JQ 401 0 0
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TTCACCGCCTCATTCTATCTGAAAGACTTCAAGAAGTGCTTCTGAATCATTACTCTACTG
CAATCGCCTTAGCTCGTGACATCAATCCCCATCATCATCGTCTTTTAGCACTAGAGAAAC
TGGTAGAAATAAAGAGGTAGATTATTTGCTGACACGCTGCCATATGAGACCCCAACTCTA
CTTAATCTATTCTCAAATTCACCAAGTATCTCTCATCTTTTTGATTCTCATCCATAGAAA
AACTTCACGCAAAGCCAACTTCACAGGCCAGAAAGCATGAAGATTTACTATCAATGGAAG
GAAGCAAGCTTAGAATAATGAAGGGAATCAAATACATAGCC

QA 1 401 1 401
DS 

RD RR3BP82TF 732 0 0
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GTGATT*CTCCGCCGCGATTCCGCCATATTCACCGCCTCATTCTATCTGAAAGACTTCAA
GATGTGCTTCTGAATCATTACTCTACTGCAATCGCCTTAGCTCGTGACATCAATCCCCAT
CATCATCGTCTTTTAGCACTAGAGAAACTGGTAGAAATAAAGAGGTAGATTATTTGCTGA
CACGCTGCCATATGAGACCCCAACTCTACTTAATCTATTCTCAAATTCACCAAGTATCTC
TCATCTTTTTGATTCTCATCCATAGAAAAACTTCACGCAAAGCCAACTTCACAGGCCAGA
AAGCATGAAGATTTACTATCAATGGAAGGAAGCAAGCTTAGAATAATGAAGGGAATCAAA
TACATAGCCATCGGAGTTTTAGATGAAGCAACGTAGAGGATAAGACTGACTTGACTTTAT
TAAAATCAGTTCAAAACCGAAGAAAAGAAGGAACTTGAAGAACCGCTTCGATTAGAACTG
AAGAAAACACACTACAAAATAGCCGACGCGAAAGGAAAATCGCCAACGCGAAAAGAAAAT
CCGGCTAGCGGAATCAAAATCGATCAACAGATCGAACATATATTACAACAAAAGATTCAA
CACTTTTCCTCTGAAAGATCTTGAATTGTTAAGAGGAAAAGGTTGAGAGAAACTTTCTCT
CTCTAAGAAAAA

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL6121Contig1 460 2 2 U
GGATAACATTCAATTAATTAAAAAAATCGTAAAGAAAGAAGAAAAAAGCATGTATAAAAG
AGAAAAAGTAGTTTCCTTCTCTATTATTCTTCTGATACCTTTGTTAATTTTCACAGAAAG
AATAAATGCTTATAGTCATAAAGATTTCGAGCGCCGTTGTCGTGGAAGTCCACTCAAAAA
TGCACCGCCGGATATGTGTACGAAACTAAATGCTCGTGCTGAATGTGTGCGTCGTTGCAA
GGCGTCATCCGGAAAAACCGGATTTGTAAGAGGTGAGTGTGTTGTTAGGAACAATGTTCA
CTATTGCCACTGCTACATGTTTATATGCGCTCCACCAGCACCACCCATGCTTCCTGGCAA
GAACGGAAAATAAATATATATACATCTATATTTGTTTATTCCAATAACTTCTCATTAATA
CTATTTTTAATATGAAACTATAAAATAAGATCTTTTGGGT


BQ
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AF RR3BL47JQ C 1
AF RR3BL47TF U 82
BS 1 81 RR3BL47JQ
BS 82 460 RR3BL47TF

RD RR3BL47JQ 460 0 0
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AGAAAAAGTAGTTTCCTTCTCTATTATTCTTCTGATACCTTTGTTAATTTTCACAGAAAG
AATAAATGCTTATAGTCATAAAGATTTCGAGCGCCGTTGTCGTGGAAGTCCACTCAAAAA
TGCACCGCCGGATATGTGTACGAAACTAAATGCTCGTGCTGAATGTGTGCGTCGTTGCAA
GGCGTCATCCGGAAAAACCGGATTTGTAAGAGGTGAGTGTGTTGTTAGGAACAATGTTCA
CTATTGCCACTGCTACATGTTTATATGCGCTCCACCAGCACCACCCATGCTTCCTGGCAA
GAACGGAAAATAAATATATATACATCTATATTTGTTTATTCCAATAACTTCTCATTAATA
CTATTTTTAATATGAAACTATAAAATAAGATCTTTTGGGT

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR3BL47TF 379 0 0
TATTATTCTTCTGATACCTTTGTTAATTTTCACAGAAAGAATAAATGCTTATAGTCATAA
AGATTTCGAGCGCCGTTGTCGTGGAAGTCCACTCAAAAATGCACCGCCGGATATGTGTAC
GAAACTAAATGCTCGTGCTGAATGTGTGCGTCGTTGCAAGGCGTCATCCGGAAAAACCGG
ATTTGTAAGAGGTGAGTGTGTTGTTAGGAACAATGTTCACTATTGCCACTGCTACATGTT
TATATGCGCTCCACCAGCACCACCCATGCTTCCTGGCAAGAACGGAAAATAAATATATAT
ACATCTATATTTGTTTATTCCAATAACTTCTCATTAATACTATTTTTAATATGAAACTAT
AAAATAAGATCTTTTGGGT

QA 1 379 1 379
DS 



AS 1 2

CO CL6122Contig1 976 2 2 U
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AAGAAGGCGATGGAGCGGTCGTTAGACGTGGCATTTCCAGGAGTGAGCAGAAGTTATTAG
ATCCGTTCTTGATGCTTGATGAATTCTCCGTTTCTCCTCCAGCTGGATTCCCAGATCATC
CTCACAGAGTTTTTGAAACTGTTACATACGTTCTAGAGGGAGGAATCACTCATCAAGATT
TCAAAGGCCATAAGGGCACAATATATGCTGGTGATGTTCAGTGGATGACTGCAGGAAGAG
GAATCATTCATTCTGAAATGCCTGAAGAAGAAGTTAACAAAGGTTTACAACTTTGGATCA
ATCTGTCATCCAACGAGAAAATGATAGAGCCAAACTACCAAGAACTGTCGAGTTCAGACA
TACCAAAAGCAGAAGAAAACGGTGTTCAAGTCAAAGTAATAGCAGGAGAATCAATGGGAG
TTCAATCCCCTGTTTACACAAGAACACCAACAATGTTCCTCGATTTCACCCTCGATCCAG
GAGCTCAGTTCCACCAGAACGTTCCTGAATCTTGGAACGCGTTTGCTTACGTTCTTGAAA
GCGGTGAAGGCGGAGCTGTTTTCGGCTCATCAAATGCTTCCCCTGTTTCAGCACACAATG
TTGTAGTGTTCGGACAAGGAAATGACGGTGTTAGCGTGTGGAACAAGTCAGCTTCCAAGA
AATTGCGATTTGTGTTAATTGCTGGAGAACCAATAGGTGAGCCGGTGGTTCAGTACGGTC
CGTTCGTGATGAATACTCAAGCTGAGATTGATATGACCATTGAAGATTATCACTATGGTA
AAAATGGCTTCGAAATGGCCAAGTATTGGAGGTCGCAATGATAGAGACTAATAATAATCA
ATGTTTTAATTTTTATTTTTATACTTGTTTTATCTTATGTGTGATTTGAATGGGACAATA
ATAAAGTTTAAAACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG11TF U 1
AF RR3FG11JQ C 294
BS 1 672 RR3FG11TF
BS 673 976 RR3FG11JQ

RD RR3FG11TF 672 0 0
GTTCTTCTCAAAACTTTGTATCAAGATCTGTAATCAAGAAAGTCTTCACTAAGCTTCAGA
AAGAAGGCGATGGAGCGGTCGTTAGACGTGGCATTTCCAGGAGTGAGCAGAAGTTATTAG
ATCCGTTCTTGATGCTTGATGAATTCTCCGTTTCTCCTCCAGCTGGATTCCCAGATCATC
CTCACAGAGTTTTTGAAACTGTTACATACGTTCTAGAGGGAGGAATCACTCATCAAGATT
TCAAAGGCCATAAGGGCACAATATATGCTGGTGATGTTCAGTGGATGACTGCAGGAAGAG
GAATCATTCATTCTGAAATGCCTGAAGAAGAAGTTAACAAAGGTTTACAACTTTGGATCA
ATCTGTCATCCAACGAGAAAATGATAGAGCCAAACTACCAAGAACTGTCGAGTTCAGACA
TACCAAAAGCAGAAGAAAACGGTGTTCAAGTCAAAGTAATAGCAGGAGAATCAATGGGAG
TTCAATCCCCTGTTTACACAAGAACACCAACAATGTTCCTCGATTTCACCCTCGATCCAG
GAGCTCAGTTCCACCAGAACGTTCCTGAATCTTGGAACGCGTTTGCTTACGTTCTTGAAA
GCGGTGAAGGCGGAGCTGTTTTCGGCTCATCAAATGCTTCCCCTGTTTCAGCACACAATG
TTGTAGTGTTCG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3FG11JQ 683 0 0
GGAAGAGGAATCATTCATTCTGAAATGCCTGAAGAAGAAGTTAACAAAGGTTTACAACTT
TGGATCAATCTGTCATCCAACGAGAAAATGATAGAGCCAAACTACCAAGAACTGTCGAGT
TCAGACATACCAAAAGCAGAAGAAAACGGTGTTCAAGTCAAAGTAATAGCAGGAGAATCA
ATGGGAGTTCAATCCCCTGTTTACACAAGAACACCAACAATGTTCCTCGATTTCACCCTC
GATCCAGGAGCTCAGTTCCACCAGAACGTTCCTGAATCTTGGAACGCGTTTGCTTACGTT
CTTGAAAGCGGTGAAGGCGGAGCTGTTTTCGGCTCATCAAATGCTTCCCCTGTTTCAGCA
CACAATGTTGTAGTGTTCGGACAAGGAAATGACGGTGTTAGCGTGTGGAACAAGTCAGCT
TCCAAGAAATTGCGATTTGTGTTAATTGCTGGAGAACCAATAGGTGAGCCGGTGGTTCAG
TACGGTCCGTTCGTGATGAATACTCAAGCTGAGATTGATATGACCATTGAAGATTATCAC
TATGGTAAAAATGGCTTCGAAATGGCCAAGTATTGGAGGTCGCAATGATAGAGACTAATA
ATAATCAATGTTTTAATTTTTATTTTTATACTTGTTTTATCTTATGTGTGATTTGAATGG
GACAATAATAAAGTTTAAAACCC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

CO CL6123Contig1 943 2 2 U
GGGATTACACAAACCAGGCCCAGACGAAGCCTAGGTTTCTCCGTCGCTTCCCCTTCGCAG
CTCCCCGTTTCCAGATCGAATGAAGTTTAGGCTTTTCTGATCTTCTATGACCTTTCCCTT
CACCTCTCTGAAACGGCTCATTGATCCCACAAAGTAACCGTCTGAAATTCTAGCTATAAA
TAACCACTCTTTCAATCATGGACACCAAAACTTCGACGAAATTAAAGCAAAAACTCTGTT
CTGCTTACCGATTACTACGATGGCGAACTCCATCCTCCTTGCCGATTTGAAAGCCGAGCC
CTGCTCCAAAACCGCCGAAGTTCGTTTGCTGATGTTTTGGGAGTTGACGCTATACAAGGA
TCCATTAGTTCCATCCTGTCAACTCAGATTCAAAAAAACGTCTCAGTGAAGGATTTGTCT
ATAAGTTAAGTGGTTTTGATGTAACACGCAGCAACCCCAATTACTGCTTGTCCGATGCTC
CCCTCTTCATAAAGTTCAATGATGGAACCTCTTTTGATGAGCTACCCGAGTCCGTTAGGC
CCATACCTACTGAGCTATTCCGGTTCCGTCCATAGAATCAGTTGCTTTAACTGGCCAATA
CAGGCAAACAGCTCCCTGACATAATTGGGGGATTTAACTGCAATCAGGAGTACAATCACT
GATCACATATATGGGGCTCAGCGTGTAATACTCACTCTGTGTTACAAAGATTCCCAAAGG
ATAAGGATAATTCATGAAGATATACGTTTCTGATTTCATGTTTCCACCAAACATCAAAGT
ATATTTTTTGTTGCTTTCTGTTAGCTCATTTGACTCTCTACTTTCTACATGGAGTCATTA
TGTTCTGTGTGTGGGGAAGCAGATACTCTACCGACTTTTTTTTATCATTTTACATTTAAA
ATTGTTCTGTTTGGATTGTTACAGTTTGCAACTCTGCAATCAA


BQ
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AF RR3EH08TF U 1
AF RR3EH08JQ C 321
BS 1 535 RR3EH08TF
BS 536 943 RR3EH08JQ

RD RR3EH08TF 535 0 0
GGGATTACACAAACCAGGCCCAGACGAAGCCTAGGTTTCTCCGTCGCTTCCCCTTCGCAG
CTCCCCGTTTCCAGATCGAATGAAGTTTAGGCTTTTCTGATCTTCTATGACCTTTCCCTT
CACCTCTCTGAAACGGCTCATTGATCCCACAAAGTAACCGTCTGAAATTCTAGCTATAAA
TAACCACTCTTTCAATCATGGACACCAAAACTTCGACGAAATTAAAGCAAAAACTCTGTT
CTGCTTACCGATTACTACGATGGCGAACTCCATCCTCCTTGCCGATTTGAAAGCCGAGCC
CTGCTCCAAAACCGCCGAAGTTCGTTTGCTGATGTTTTGGGAGTTGACGCTATACAAGGA
TCCATTAGTTCCATCCTGTCAACTCAGATTCAAAAAAACGTCTCAGTGAAGGATTTGTCT
ATAAGTTAAGTGGTTTTGATGTAACACGCAGCAACCCCAATTACTGCTTGTCCGATGCTC
CCCTCTTCATAAAGTTCAATGATGGAACCTCTTTTGATGAGCTACCCGAGTCCGT

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3EH08JQ 623 0 0
TTCGTTTGCTGATGTTTTGGGAGTTGACGCTATACAAGGATCCATTAGTTCCATCCTGTC
AACTCAGATTCAAAAAAACGTCTCAGTGAAGGATTTGTCTATAAGTTAAGTGGTTTTGAT
GTAACACGCAGCAACCCCAATTACTGCTTGTCCGATGCTCCCCTCTTCATAAGGTTCAAT
GATGGAACCTCTTTTGATGAGCTACCCGAGTCCGTTAGGCCCATACCTACTGAGCTATTC
CGGTTCCGTCCATAGAATCAGTTGCTTTAACTGGCCAATACAGGCAAACAGCTCCCTGAC
ATAATTGGGGGATTTAACTGCAATCAGGAGTACAATCACTGATCACATATATGGGGCTCA
GCGTGTAATACTCACTCTGTGTTACAAAGATTCCCAAAGGATAAGGATAATTCATGAAGA
TATACGTTTCTGATTTCATGTTTCCACCAAACATCAAAGTATATTTTTTGTTGCTTTCTG
TTAGCTCATTTGACTCTCTACTTTCTACATGGAGTCATTATGTTCTGTGTGTGGGGAAGC
AGATACTCTACCGACTTTTTTTTATCATTTTACATTTAAAATTGTTCTGTTTGGATTGTT
ACAGTTTGCAACTCTGCAATCAA

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

CO CL6124Contig1 759 2 4 U
CGAGGAAGAGGCTAGTGCTTTGCGTGAAATGCAAGCCAAAGCTGAGAACGATATGGCTGC
TGCTCAAGATCCATCAAGTGCTATTAGTGCGGCTGAGAAGGAAGAAGTGGATTTGCGTTC
TATATATGTTGGCAATGTGGACTACGCATGTACGCCAGAGGAAGTCCAGCAGCATTTTCA
ATCCTGTGGGACGGTCAATAGGGTTACGATTCTGACGGATAAGTTTGGTCAACCCAAAGG
TTTTGCGTACGTGGAATTCGTTGAAGAAGAAGCCGTTCAGAATTCTCTTGTTTTGAACGA
GACAGAACTGCATGGTCGTCAGATTTGTCATCCTCATACTTTGTTTCGTGCATCTTTTTC
AGGTATCTGCAAAGAGGACTAACGTCCCCGGGATGAGGCAATTCCGAGGAAGGCGACCCT
TCAGACCCATGAGGGGCTTCATGCCCGGACCTCCATTTTATCCTCCATATGCTTATGGGA
GAGTTCCCAGGTTCAGACGGCCAATGCGCTACAGACCTGATTGAAGCAAATTTGGTGGTT
CAAAAAAGTAGCAGCTGCCTTTTGTTTGAGGAAGGCTATTTTTACCAACCTGGTTCATCA
GGAGCAAAGTTGCTTCGCTTAAACAGAGATGGGTTTAAGAATTTTATGGAAGAGTGGGGC
AAAGGAGGGAACTGTGTTTAGATTTCTGTAACAATATTTGATTTTCTTTTTCATTTGTCA
TAAAACTCAAAGCTTTCTATTGAGAATGACCTTCACGCT


BQ
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AF RR3E015TF U 1
AF RR3E015JQ C 282
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BS 602 602 RR3E015JQ
BS 603 660 RR3E015TF
BS 661 759 RR3E015JQ

RD RR3E015TF 660 0 0
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TGCTCAAGATCCATCAAGTGCTATTAGTGCGGCTGAGAAGGAAGAAGTGGATTTGCGTTC
TATATATGTTGGCAATGTGGACTACGCATGTACGCCAGAGGAAGTCCAGCAGCATTTTCA
ATCCTGTGGGACGGTCAATAGGGTTACGATTCTGACGGATAAGTTTGGTCAACCCAAAGG
TTTTGCGTACGTGGAATTCGTTGAAGAAGAAGCCGTTCAGAATTCTCTTGTTTTGAACGA
GACAGAACTGCATGGTCGTCAGATTTGTCATCCTCATACTTTGTTTCGTGCATCTTTTTC
AGGTATCTGCAAAGAGGACTAACGTCCCCGGGATGAGGCAATTCCGAGGAAGGCGACCCT
TCAGACCCATGAGGGGCTTCATGCCCGGACCTCCATTTTATCCTCCATATGCTTATGGGA
GAGTTCCCAGGTTCAGACGGCCAATGCGCTACAGACCTGATTGAAGCAAATTTGGTGGTT
CAAAAAAGTAGCAGCTGCCTTTTGTTTGAGGAAGGCTATTTTTACCAACCTGGTTCATCA
G*AGCAAAGTTGCTTCGCTTAAACAGAGATGGGTTTAAGAATTTTATGGAAGAGTGGGGC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3E015JQ 478 0 0
ATTCTCTTGTTTTGAACGAGACAGAACTGCATGGTCGTCAGATTTGTCATCCTCATACTT
TGTTTCGTGCATCTTTTTCAGGTATCTGCAAAGAGGACTAACGTCCCCGGGATGAGGCAA
TTCCGAGGAAGGCGACCCTTCAGACCCATGAGGGGCTTCATGCCCGGACCTCCATTTTAT
CCTCCATATGCTTATGGGAGAGTTCCCAGGTTCAGACGGCCAATGCGCTACAGACCTGAT
TGAAGCAAATTTGGTGGTTCAAAAAAGTAGCAGCTGCCTTTTGTTTGAGGAAGGCTATTT
TTACCAACCTGGTTCATCAGGAGCAAAGTTGCTTCGCTTAAACAGAGATGGGTTTAAGAA
TTTTATGGAAGAGTGGGGCAAAGGAGGGAACTGTGTTTAGATTTCTGTAACAATATTTGA
TTTTCTTTTTCATTTGTCATAAAACTCAAAGCTTTCTATTGAGAATGACCTTCACGCT

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 2

CO CL6125Contig1 1085 2 6 U
GGAATCTCCTTCTTGAGGAAGTCTGAAAAGCCGAATAGAAGAAGAATAAGAAGACAAGTG
TTGTGAATTGTGATAGTTTGATTCATCCTCCTAAAAAAATCCGATCACATCGTCGACGTT
TAAGTCATCATCATCATCATCATCATCATCAAATGGGAGCTCATTGCTCTAAATTCTCTT
CTTGTTTATTCCATTCTAACTTCAAATCCTCTTCAGTCCTCGAATCTCCCGATCTCGAAA
ATGGAGGGAAACAGGTGTGGCCGAGTTTCAAGGAATTCAGATTAGAGCAGCTGAAATCTG
CGACGGGAGGTTTCTCCTCAGACAACATTGTGTCGGAACACGGAGAGAAAGCTCCCAACA
TTGTTTACAGAGGCAGACTTGACGATGGCCGCTTAATCGCCGTCAAACGCTTTAACCGAC
TCGCCTGGGCCGATCACCGACAGTTCCTCGATGAAGCGAAAGCTGTTGGGAGCTTGAGGA
GCGATCGACTTGCGAATCTGATAGGATGCTGTTATGAAGGCGAGGAGAGGCTACTCGTTG
CTGAGTTTATGCCTCACGAAACTCTCGCAAAGCATCTCTTTCACTGGGAGAATCATCCGA
TGAAATGGGCGATGAGACTAAGGGTTGCTTTGTGTTTAGCACAAGCATTGGAGTACTGTT
GTGATAAAGGGAGAGCTTTGTATCATGACCTCAATGCTTACAGAGTTTTGTTTGACAAGG
ATGGGAATCCGAGGTTGTCTTGCTTTGGACTCATGAAGAATAGCAGAGATGGGAAGAGTT
ATAGCACAAACTTGGCATCTACTCCTCCAGAGTATCTGCGAACCGGTAGAGTGACACCAG
AGAGTGTAGTGTTCAGTTTTGGAACTGTTTTGCTTGATCTCATGAGTGGTAAACATATCC
CACCAAGCCATGCGCTTGACTTGATCAAGGGAAAGAACTGTGCAATGCTAATGGACTCTG
CTCTCGAGGGTCATTTCTCAAACGAAGATGGAACCGAGCTAGTACGGTTAGCCACACGTT
GTCTACAGTACGAAGCTCGAGAAAGGCCAAATGTGAAGTCTCTCATCACTTCACTCACCC
CGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3F156TF U 1
AF RR3AN66TF U 320
BS 1 508 RR3F156TF
BS 509 509 RR3AN66TF
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BS 695 707 RR3F156TF
BS 708 1085 RR3AN66TF

RD RR3F156TF 707 0 0
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TTGTGAATTGTGATAGTTTGATTCATCCTCCTAAAAAAATCCGATCACATCGTCGACGTT
TAAGTCATCATCATCATCATCATCATCATCAAATGGGAGCTCATTGCTCTAAATTCTCTT
CTTGTTTATTCCATTCTAACTTCAAATCCTCTTCAGTCCTCGAATCTCCCGATCTCGAAA
ATGGAGGGAAACAGGTGTGGCCGAGTTTCAAGGAATTCAGATTAGAGCAGCTGAAATCTG
CGACGGGAGGTTTCTCCTCAGACAACATTGTGTCGGAACACGGAGAGAAAGCTCCCAACA
TTGTTTACAGAGGCAGACTTGACGATGGCCGCTTAATCGCCGTCAAACGCTTTAACCGAC
TCGCCTGGGCCGATCACCGACAGTTCCTCGATGAAGCGAAAGCTGTTGGGAGCTTGAGGA
GCGATCGACTTGCGAATCTGATAGGATGTTGTTATGAAGGCGAGGAGAGGCTACTCGTTG
CTGAGTTTATGCCTCACGAAACTCTCGCAAAGCATCTCTTTCACTGGGAGAATCATCCGA
TGAAATGGGCGATGAGACTAAGGGTTGCTTTGTGTTTAGCACAAGCATTGGAGTACTGTT
GTGATAAAGGGAGAGCTTTGTATCATGACCTCA*TGCTTACAGAGTT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3AN66TF 766 0 0
G
GACAACATTGTGTCGGAACACGGAGAGAAAGCTCCCAACATTGTTTACAGAGGCAGACTT
GACGATGGCCGCTTAATCGCCGTCAAACGCTTTAACCGACTCGCCTGGGCCGATCACCGA
CAGTTCCTCGATGAAGCGAAAGCTGTTGGGAGCTTGAGGAGCGATCGACTTGCGAATCTG
ATAGGATGCTGTTATGAAGGCGAGGAGAGGCTACTCGTTGCTGAGTTTATGCCTCACGAA
ACTCTCGCAAAGCATCTCTTTCACTGGGAGAATCATCCGATGAAATGGGCGATGGGACTA
AGGGTTGCTTTGTGTTTAGCACAAGCATTGGAGTACTGTTGTGATAAAGGGAGAGCTTTG
TATCATGACCTCAATGCTTACAGAGTTTTGTTTGACAAGGATGGGAATCCGAGGTTGTCT
TGCTTTGGACTCATGAAGAATAGCAGAGATGGGAAGAGTTATAGCACAAACTTGGCATCT
ACTCCTCCAGAGTATCTGCGAACCGGTAGAGTGACACCAGAGAGTGTAGTGTTCAGTTTT
GGAACTGTTTTGCTTGATCTCATGAGTGGTAAACATATCCCACCAAGCCATGCGCTTGAC
TTGATCAAGGGAAAGAACTGTGCAATGCTAATGGACTCTGCTCTCGAGGGTCATTTCTCA
AACGAAGATGGAACCGAGCTAGTACGGTTAGCCACACGTTGTCTACAGTACGAAGCTCGA
GAAAGGCCAAATGTGAAGTCTCTCATCACTTCACTCACCCCGCTC

QA 2 766 2 766
DS 



AS 1 2

CO CL6126Contig1 879 2 4 U
AAAATCTCACTAACTTGGAGGAACCCTAAGTCAAATTGGGTGAATATGAATTGCGAAGCT
TGTCATCTGAAGGAACTGGAAGTGGAAACCTTCGAGATACGCGAGGTTCTACGCTGCATT
CTACATACTATTGTCTTTCACCGAGCACTTGGTCTTATCCGTCCTAAAGATATCGACTTG
GAGCTTTTTGACATCACTTACGTAGAATGTGGTGAAATCGAAGTGGAAAAGAAAATTGAT
GACAAGATTGAGCACTTCATTACCTGGATTGACAAACACCCCAACAAGAAAAGTCAGATA
TCTCTATCGTTTTATGAAGTCAAAACCAAACAGCCCTCTTGGTTCACTAATAAGATTGAA
CGGCTATACTGGGAACAATGGTATATCAATCTCAATGTCCTTCAGCAGCCCACTAAATCC
CCGACCGGAAAGTCTCACCACTCCAAACTAATTATGGACCCTGGAGAGGAGTCTGAGGAG
AGAAGTTCACGTAGGACACTGCTTGAGCAATCTCTTCAAGAAGTCTTGTTCCAAATCATA
AAATTCGTGAATGAGAAAAAGGATCACGTTCCTCCTATCAACGATGGTGTTATCTACTGC
CCCTTGAGATCACTTTCCCTAGCTCATCGGACTCAACCTTTGGGATGGATATGATAAAGA
GGATGCTCCACAGTGGTGGTCATCCATCCATGCTCAGTTGATTTCACTTTCATCCACGCA
ACTTTAATTAGTAGTAGTAGTAGTACAAATACACTTGATGTTACTGGTTCCAGCCTAACT
CCAGTCAACACTTCTGTTTTTTCTTTCCTACATGCATTTCGTGTGTAAATATGTAACACT
TTGCCTCTCTTCATAATGTTTCCGAAGTTTAATTTCCTT


BQ
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AF RR3G844TF U 1
AF RR3G844JQ C 307
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BS 662 662 RR3G844JQ
BS 663 701 RR3G844TF
BS 702 879 RR3G844JQ

RD RR3G844TF 701 0 0
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CTACATACTATTGTCTTTCACCGAGCACTTGGTCTTATCCGTCCTAAAGATATCGACTTG
GAGCTTTTTGACATCACTTACGTAGAATGTGGTGAAATCGAAGTGGAAAAGAAAATTGAT
GACAAGATTGAGCACTTCATTACCTGGATTGACAAACACCCCAACAAGAAAAGTCAGATA
TCTCTATCGTTTTATGAAGTCAAAACCAAACAGCCCTCTTGGTTCACTAATAAGATTGAA
CGGCTATACTGGGAACAATGGTATATCAATCTCAATGTCCTTCAGCAGCCCACTAAATCC
CCGACCGGAAAGTCTCACCACTCCAAACTAATTATGGACCCTGGAGAGGAGTCTGAGGAG
AGAAGTTCACGTAGGACACTGCTTGAGCAATCTCTTCAAGAAGTCTTGTTCCAAATCATA
AAATTCGTGAATGAGAAAAAGGATCACGTTCCTCCTATCAACGATGGTGTTATCTACTGC
CCCTTGAGATCACTTTCCCTAGCTCATCGGACTCAACCTTTGGGATGGATATGATAAAGA
G*ATGCTCCACAGTGGTGGTCATCCATCCATGCTCAGTTGA

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DS 

RD RR3G844JQ 573 0 0
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TACTGGGAACAATGGTATATCAATCTCAATGTCCTTCAGCAGCCCACTAAATCCCCGACC
GGAAAGTCTCACCACTCCAAACTAATTATGGACCCTGGAGAGGAGTTTGAGGAGAGAAGT
TCACGTAGGACACTGCTTGAGCAATTTTTTCAAGAAGTCTTGTTCCAAATCATAAAATTC
GTGAATGAGAAAAAGGATCACGTTCCTCCTATCAACGATGGTGTTATTTACTGCCCCTTG
AGATCACTTTCCCTAGCTCATCGGACTCAACCTTTGGGATGGATATGATAAAGAGGATGC
TCCACAGTGGTGGTCATCCATCCATGCTCAGTTGATTTCACTTTCATCCACGCAACTTTA
ATTAGTAGTAGTAGTAGTACAAATACACTTGATGTTACTGGTTCCAGCCTAACTCCAGTC
AACACTTCTGTTTTTTCTTTCCTACATGCATTTCGTGTGTAAATATGTAACACTTTGCCT
CTCTTCATAATGTTTCCGAAGTTTAATTTCCTT

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

CO CL6127Contig1 1169 2 8 U
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GAATGAACATGAGGATATGCGCTCAGATCGACAGCCAGGAGTTCAACGCCGCCGAGATCG
TCAGAGCCATCAAGAGGAAGATCTCTGGTAATAACAAAAGCCCCGTGAGCCAGAGGCTGA
GCCTTGAGCTTCTCGAGGCTTGTGCTATGAACTGTGAGAGGATTTTCTCTGAAGTTGCTT
CTGAGGGTGTTCTTGATGAGATGGTTTGGTTGGTTAAGAACGGTGAAGCTGATTCCGAGA
ATAGGAGTCGAGCTTTTCAGCTTATTAGAGCTTGGGGACGGTCTAAAGATCTTGCTTATC
TTCCTGTTTTCAAGCAGACTTATATGAGCTTGGAGGGAGAGAATGGTTTGAACGCACGTA
ACGATGAGAATCCAGTGGCGGGACAGAGTTCTCTGGAGTCTCTCATGCAACGGCCTGTTC
CAGTTCCTCCACCTGGTAGCTATCCTGTTCCTCCTAATCAAGAACATGCTCGTGGAGACC
GTGATGGTGGTCTTCTTGACTATAACTTTGGGAACTTATCGATCAAGGATAAGAAAGAAC
AGATTGAGATTACACGGAACAGCCTCGAGTTGCTCTCTAGCATGTTAAACACTGATGGAA
AGCCGAATCACACAGAGGACGAGCTAACAGTAAGCCTGATGGAGAAATGCAAGCAGTCAC
AACCGTTGATTCAAATGATCATAGAGGGCACAACAGACGATGAGAGTGTTCTTTTTGAGG
CTCTGCATCTCAACGATGAGCTCCAACGCGTTCTATCTATTTACGATGAAACTGAGAAGA
AGGCGTTGTCCGTGATGGAGCAAGAATCATCAGGAAGCAAAGATGCTGGTGGTCCGAAAC
CAACAGAAGAACATCTTGTGAAACAAAAGGATGAACATCCAGAATCACCAGGATCCCCCA
ACAAGACTGGTAAAGAAGATAAGCAGGTGAAAATAGAACTCGGGTTATCCAGTGATGAAG
ATGAGAAATGAGCAAGTCTAATGTTTGTCTTCTTACGACATGGTCATCAGAATGTTGTAG
AAGATTTCATTGTTCTTTTGATGTTTACTTCTGCAATGTACTTTCTACTATATGTTTATG
GAACCTTTTTTAGCTTCATTTTCTTTGCG


BQ
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AF RR3A094TF U 1
AF RR3A094JQ C 336
BS 1 666 RR3A094TF
BS 667 667 RR3A094JQ
BS 668 686 RR3A094TF
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BS 708 724 RR3A094TF
BS 725 1169 RR3A094JQ

RD RR3A094TF 724 0 0
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TCAGAGCCATCAAGAGGAAGATCTCTGGTAATAACAAAAGCCCCGTGAGCCAGAGGCTGA
GCCTTGAGCTTCTCGAGGCTTGTGCTATGAACTGTGAGAGGATTTTCTCTGAAGTTGCTT
CTGAGGGTGTTCTTGATGAGATGGTTTGGTTGGTTAAGAACGGTGAAGCTGATTCCGAGA
ATAGGAGTCGAGCTTTTCAGCTTATTAGAGCTTGGGGACGGTCTAAAGATCTTGCTTATC
TTCCTGTTTTCAAGCAGACTTATATGAGCTTGGAGGGAGAGAATGGTTTGAACGCACGTA
ACGATGAGAATCCAGTGGCGGGACAGAGTTCTCTGGAGTCTCTCATGCAACGGCCTGTTC
CAGTTCCTCCACCTGGTAGCTATCCTGTTCCTCCTAATCAAGAACATGCTCGTGGAGACC
GTGATGGTGGTCTTCTTGACTATAACTTTGGGAACTTATCGATCAAGGATAAGAAAGAAC
AGATTGAGATTACACGGAACAGCCTCGAGTTGCTCTCTAGCATGTTAAACACTGATGGAA
AGCCGA*TCACACAGAGGACGAGCTA*CAGTAAGCCTGATGGAGAA*TGCAAGCAGTCAC
AACC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3A094JQ 834 0 0
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GGAGAGAATGGTTTGAACGCACGTAACGATGAGAATCCAGTGGCGGGACAGAGTTCTCTG
GAGTCTCTCATGCAACGGCCTGTTCCAGTTCCTCCACCTGGTAGCTATCCTGTTCCTCCT
AATCAAGAACATGCTCGTGGAGACCGTGATGGTGGTCTTCTTGACTATAACTTTGGGAAC
TTATCGATCAAGGATAAGAAAGAACAGATTGAGATTACACGGAACAGCCTCGAGTTGCTC
TCTAGCATGTTAAACACTGATGGAAAGCCGAATCACACAGAGGACGAGCTAACAGTAAGC
CTGATGGAGAAATGCAAGCAGTCACAACCGTTGATTCAAATGATCATAGAGGGCACAACA
GACGATGAGAGTGTTCTTTTTGAGGCTCTGCATCTCAACGATGAGCTCCAACGCGTTCTA
TCTATTTACGATGAAACTGAGAAGAAGGCGTTGTCCGTGATGGAGCAAGAATCATCAGGA
AGCAAAGATGCTGGTGGTCCGAAACCAACAGAAGAACATCTTGTGAAACAAAAGGATGAA
CATCCAGAATCACCAGGATCCCCCAACAAGACTGGTAAAGAAGATAAGCAGGTGAAAATA
GAACTCGGGTTATCCAGTGATGAAGATGAGAAATGAGCAAGTCTAATGTTTGTCTTCTTA
CGACATGGTCATCAGAATGTTGTAGAAGATTTCATTGTTCTTTTGATGTTTACTTCTGCA
ATGTACTTTCTACTATATGTTTATGGAACCTTTTTTAGCTTCATTTTCTTTGCG

QA 1 834 1 834
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6129Contig1 949 2 2 U
GGATGCTAAAAAAGCTGGAGCTATTGCAATGTTTGGTGAAAAATATGATGACGAGGTTCG
TGTAGTAGAGGTTCCTGGTGTCTCCATGGAACTGTGTGGTGGCACTCACGTTGGAAACAC
TGCGGAGATACGAGCCTTCAAGATTATCTCAGAACAGGGCATTGCATCTGGAATCAGACG
TATTGAAGCAGTTGCAGGTGAAGCATTCATTGAATACATAAACTCACGAGATTCTCAAAT
GAAACGTCTATGCTCCACTCTCAAGGTGAAAGCAGAGGATGTTACAAACAGAGTTGATAA
TCTTCTAGAGGAACTGCGTACTGCTAGAAAAGAAGCATCAGACTTGCGCTCAAAAGCAGC
GGTTTACAGAGCATCTGTTATATCAAACAAAGCATTTACTGTCGGAACTTCACAGACAGT
AAGAGTGCTGGTTGAGTCAATGGATGACACAGATGCTGACTCTTTAAAGAGTGCAGCCGA
GCATTTGGTAAGCACACTTGAAGAACCAGTGGCTGTGGTACTAGGATCATGTCCAGACAA
AGACAAGGTTAGTATAGTGGCTGCATTCAGTCCAGGAGTAGTGTCTCTGGGAGTTCAGGC
AGGGAAGTTCATTGGTTCCATAGCTAAGTTGTGCGGAGGAGGAGGTGGTGGAAAGCCTAA
TTTCGCTCAAGCGGGTGGCAGAAAGCCTGAGAATCTCTCGAGTGCATTGGAGGAAGCTCG
GGAAGAACTTGTGGCAACTCTATCTGAAAAGCTTGGGTGAAAGAACCAACTTGCTATATA
CATGGAATGAGATTGTACACATTTGCTTGGTCTTGGAAAAGTGAATCTCTCCCATCTCTA
TAATATTATTTGAGAAGTCAGTATACTATCTGTCGCGCTCACGTTAACTCTCACGATGGT
TGATTACGCTGATACCCTTAATGAATTAAAAAATTTACATTTAAATACT


BQ
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AF RR3DV80TF U 1
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BS 710 949 RR3DV80JQ

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QA 1 614 1 614
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BQ
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AF RR3AT05TF U 1
AF RR3AT05JQ C 1
BS 1 767 RR3AT05TF
BS 768 799 RR3AT05JQ

RD RR3AT05TF 767 0 0
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DS 

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ATGGTGGTTCTCTTGCAGAGTCTCTCTTGAAGCTTAGGAGAGTGGGTAAAGGAGGAGAAA
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GAAGAAGCTCTTGCGATGGTCTGTTCCATGGCTCTGTTACTGGTGGTGGTGCTGAGGCTG
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QA 1 799 1 799
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3EP58JQ U 1
AF RR3AE61JQ U 107
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RD RR3EP58JQ 531 0 0
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QA 1 531 1 531
DS 

RD RR3AE61JQ 394 0 0
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QA 1 394 1 394
DS 



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BQ
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AF RR3B616TF U 1
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QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3B616JQ 870 0 0
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ATTGGCATCAACTTGTCCAAAGATCTTATGGCCATCGCAGGTGAAGCCCTTAAGGCTAAC
ATCACCACGATAGGTCCCCTGGTCCTACCGGCATCGGAGCAACTACTCTTCCTCTTGTCC
TTAATCGGACGTAAAATATTCAACCTGAAATGGAAACCATACATACCAGATTTCAAGCTA
GCCTTCGAACACTTTTGCATTCATGCAGGAGGTAGAGCCGTAATCGACGAGCTACAGAAG
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AGGAGAGGAGATAGAGTTTGGCAGATTGCGTTTGGGAGTGGTTTCAAGTGTAACTTTGCT
GTGTGGAAGTGTAACCGTACGATTAAGACACCTAAGGATGGACCATGGTCTGATTGTATC
GACCGATACCCTGTCTTTATCCCTGAAGTTGTCAAACTCTGAACCAAACCAAAACCTCTT
CAAGTATGGTTTCGAATTGGGTCGGTTTAGCTTTGATTTACCTTTTGTGATTCGGTTTTC
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ATTTGCTCTGCATATACTTAATCCTCTACT

QA 1 870 1 870
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AR85JQ U 17
AF RR3AR85TF C 1
BS 1 16 RR3AR85TF
BS 17 414 RR3AR85JQ
BS 415 464 RR3AR85TF

RD RR3AR85JQ 398 0 0
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TCATCCTTTTTGGTCGGCTTAAAGGGAGGAAAAGTCGA

QA 1 398 1 398
DS 

RD RR3AR85TF 464 0 0
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QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 2

CO CL6135Contig1 837 2 2 U
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BQ
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GCAACTGTCCCTTTGGGATTTCAGCGAAAATTTGAGATCCTTCGTCGGGGATCTCCTCGG
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DS 

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TTATTTTCAAATAACAGAATGATTGACATTGAGGCAGTCATTGATGGAATAGAAGTTTAC
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QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

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ACCAAACTTCCGCTTAAACATTCACGACGATCACGTGGCGATGTCTCCGGGCGTGGATGC
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AGTTCAATGGCTCATTCAGACTCGGAGTCGGCTTAATCTTTCATTTGAAACGCTTTTCTC
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GATGGTGGAATTAGTCGCAGTAACCTCATTATCGGTCGCATCAAAATTCAACGACGTTTC
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CGCACCAAGTGTGGTAGCGGCTGCGGTTGTGTGGACTGTCTTAGAAGAGAAAGCAGTTCT
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GAAATGTGTCAATGTTATGAAATCTCAAAGCGTGGAAAAAGTTTGGGGAATAAAAGTTAG
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CAGAAAATAATTTTGTTGTTTTTCTTTTACACAAATTACCGAAAAACGGACATGTACTGT
TGAATATTGTATGATGAGAAATTTAAGAATTGTTAAATATTTTTTTGTTGGAC


BQ
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AF RR3G626TF U 1
AF RR3G626JQ C 567
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AGTTCAATGGCTCATTCAGACTCGGAGTCGGCTTAATCTTTCATTTGAAACGCTTTTCTC
CGCGGCAAATTGTTTTGATCGGTTTGTCTATGTTATCGGCAGCGGCGAATGGAGTAAATG
GATGGTGGAATTAGTCGCAGTAACCTCATTATCGGTCGCATCAAAATTCAACGACGTTTC
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CGCACCAAGTGTGGT

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DS 

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AAAGCGTGGAAAAAGTTTGGGGAATAAAAGTTAGTGAAGTGAAGAGTCTTGTGAGTGTGT
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TTTTTCAGATTTTACGATCCGAAGGAGTCGTCAACAAGAAGAGAGACAGAGATTACTACG
AAGACAAGACTCGTCCTGCAAAAAGAATGACGTTTGTCATGTCAGATTAACTATCACATT
TATGAAAAGTGATGAAACCACATTTTTGAAATAACAGAAAATAATTTTGTTGTTTTTCTT
TTACACAAATTACCGAAAAACGGACATGTACTGTTGAATATTGTATGATGAGAAATTTAA
GAATTGTTAAATATTTTTTTGTTGGAC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

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ATAAAGGATATGTTTGAGGAGCAACGGAACATATTAGAACCAGCAGGTGCGCTTGCGATC
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ACCAGTGGTGCGAACATGAACTTTGACAAGCTGAGGATTGTGACGGAACTCGCCAATGTC
GGTAGGCAACAGGAGGCTGTTCTTGCTACTATCTTGCCGGAAAAACCTGGAAGCTTTAAG
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GAAAAGGAATCTGTTGTACTGTACAGTGTTGGAGTGCACACAGCCGGAGAGCTGAAAGCA
CTAGAGAAGAGAATGGAATCTTCTCAGCTCAGAACTAGGAACCTCACGACCAGTGACTTA
GTAAAAGATCACCTGCGTTACTTGATGGGTGGAAGATCAAGTGTTGAAGAAGAGGTTCTC
TGCCAGTTCACCTTCCCAGAGAGACCTGGTGCTCTGATGAACTTCTTGGACTCTTTCAGT
CCCCGTTGGAACATTAGCCTTTTCCATTACCGCGCAGAGGGTGGGGCAGGTGCAAATGTG
TTGGTCGGAATCCAAGTGCCGGAACAAGAAATGATTGAGTTCAGAAACCGAGCTCAAGTT
CTTGGATACGAGTACGTCTTGGTAAGCGAAGACACTGTTTTCAAGCTTCTTATGCACTGA
GTTTAAAGCTGTGATGGGGAGACCAAAACCGAGGAAGTAGTAGAAGAACACATGAGCGGT
ATTCCTTGTGTCCATTGGTTGTTCTTGAGCTCTGTTAGAAACAAAATATGTGAGTTTCAG
GCTTTTATGCCACGGGCCTGTTGCGCTAGCCTGTAACCTTTATTGCCTACGGGCTATGCT
GTAGACTTATGTATACCTTTCAGCAAATAATGTGAGGCTTAACCTTCCGGGTGTGTGTGT
TTTTCTTTCTTTTTGACTCTTTTTTTCTTTTATGTAAATGATAGATTTCGTTAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DF93TF U 1
AF RR3DF93JQ C 382
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DS 

RD RR3DF93JQ 754 0 0
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AGCAAATAATGTGAGGCTTAACCTTCCGGGTGTGTGTGTTTTTCTTTCTTTTTGACTCTT
TTTTTCTTTTATGTAAATGATAGATTTCGTTAAA

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

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ATATTTAAATACTCAGAAGACCCAAAATTTTATCCAAAATCTGATCCGAGGAACCAAAAA
ATATCCACAAAGTTTAATCCAAATATATACTGAAAATATATTTTAAGAAATTTGAAATTT
TACATGAAACCCAAAACTATAACCAAAAACCAGAACCTCGAACTTAAGAGAATATTTTAA
TACCGAAAACATATTTGAAATACTTAAATATACCTAATATACACACAAAATTTGGATACT
TAGGTTATCCGATCGGATCTCAGGTAGGATGTGGACTTGAACCAAGATCGCGGGTCCAGA
AAATATCCAGCTTGTTCTTTGCCCCGTATCAGAATCAAACCTATATTTCTTGTCGATTTT
TGGATCAAGATAAAATTTCCAAACCTAAGAGAGAAATGCATAAAGATTTACATACAAATC
TCAAATAATCTAATTGATAAATTATATAATTTTAAACAAATTTTCTGCTTTGATATAATA
TAATTTTGTAACATAATAATGGACAACAATCTCAAAAAAAAATTCATATGAAAATTTAAT
TACAATATAAAAACACGCATTTTCGAAACGCGGATCAAAATCTACTTAGTTTTAAATTTA
GATTAAAAAATGCATTGAAACATAATTTTTTTTGTTTTGTAACTTTCTCTGTACTGAAAC
ATAATTGTTCTCTAAATTAAAATGCTTCGATCCCTAATATCACATAATTGTTCTCT


BQ
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AF RR3AO82TF U 1
AF RR3AO82JQ C 63
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TACATGAAACCCAAAACTATAACCAAAAACCAGAACCTCGAACTTAAGAGAATATTTTAA
TACCGAAAACATATTTGAAATACTTAAATATACCTAATATACACACAAAATTTGGATACT
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TGGATCAAGATAAAATTTCCAAACCTAAGAGAGAAATGCATAAAGATTTACATACAAATC
TCAAATAATCTAATTGATAAATTATATAATTTTAAACAAATTTTCTGCTTTGATATAATA
TAATTTTGTAACATAATAATGGACAACAATCTCAAAAAAAAATTCATATGAAAATTTAAT
TACAATATAAAAACACGCATTTTCGAAACGCGGATCAAAATCTACTTAGTTTTAAATTTA
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ATAATTGTTCTCTAAATTAAAATGCTTCGATCCCTAATATCACATAATTGTTCTCT

QA 1 836 1 836
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RD RR3AO82JQ 774 0 0
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ATCCACAAAGTTTAATCCAAATATATACTGAAAATATATTTTAAGAAATTTGAAATTTTA
CATGAAACCCAAAACTATAACCAAAAACCAGAACCTCGAACTTAAGAGAATATTTTAATA
CCGAAAACATATTTGAAATACTTAAATATACCTAATATACACACAAAATTTGGATACTTA
GGTTATCCGATCGGATCTCAGGTAGGATGTGGACTTGAACCAAGATCGCGGGTCCAGAAA
ATATCCAGCTTGTTCTTTGCCCCGTATCAGAATCAAACCTATATTTCTTGTCGATTTTTG
GATCAAGATAAAATTTCCAAACCTAAGAGAGAAATGCATAAAGATTTACATACAAATCTC
AAATAATCTAATTGATAAATTATATAATTTTAAACAAATTTTCTGCTTTGATATAATATA
ATTTTGTAACATAATAATGGACAACAATCTCAAAAAAAAATTCATATGAAAATTTAATTA
CAATATAAAAACACGCATTTTCGAAACGCGGATCAAAATCTACTTAGTTTTAAATTTAGA
TTAAAAAATGCATTGAAACATAATTTTTTTTGTTTTGTAACTTTCTCTGTACTGAAACAT
AATTGTTCTCTAAATTAAAATGCTTCGATCCCTAATATCACATAATTGTTCTCT

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AZ52TF U 1
AF RR3AZ52JQ C 3
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BS 785 824 RR3AZ52JQ

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RD RR3AZ52JQ 822 0 0
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QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B645TF U 1
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BS 1 866 RR3B645TF
BS 867 986 RR3B645JQ

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AAGAGCTGAGAGTCTTCCCATCTGATTTACATGTTGAAGAAGACAACGACACTGCTGTTA
CTGAGATTGGTCTAGTTGCAATCTCTGCAGGCTGCCCTAAACTCCATTCCATCCTCTACT
TCTGCAAACAAATGACAAACGCAGCGCTCATAACCGTGGCGAAAAACTGTCCAAACTTCA
TCAGGTTCAGGCTATGCATCCTCGAGCCAAATAAACCGGACCACACCACGTCTCAGTCAC
TAGACGAAGGCTTTGGTGCGATTGTGCAGGCCTGCAAGGGTCTAAGACGTCTCTCTGTGT
CGGGTTTATTAACTGACAAAGTCTTCCTCTACATTGGTATGTACGCTGAACAGCTCGAGA
TGCTTTCAATAGCTTTTGCTGGGGACACGGACAAAGGAATGTTGTATGTGTTGAATGGGT
GTAAAAAGATGAGGAAGCTGGAGATAAGAGATAGTCCGTTTGGGAACGCTGCGCTTCTTG
CTGATGTTGATAAGTACAGAACAATGCGATCCCTTTGGATGTCGTCTTGTGAAGTAACGC
TCGGTGGATGCAAGAGGCTGGCGAGAAATGCGCCGTGGCTTAACGTAGAGATCATCAACG
AGAATGAGAATAATGATCTGATGATGGAGAGGAATGCAGAGGATGAAAGAGAGAAAGTTG
ATAGGCTTTATTTGTACCGAACAGTGGTTGGGGCTAGAAAAGATGCACCTCCATGTGTTA
CCATTCTTTAGTCTCTCCCACGCTCCCATGTTGGTTTTGTTTTGAAGCTTTTCATGTCGT
TACGTTATAGCTCATGTACTTTCGTT

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DS 

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AGGCTGCCCTAAACTCCATTCCATCCTCTACTTCTGCAAACAAATGACAAACGCAGCGCT
CATAACCGTGGCGAAAAACTGTCCAAACTTCATCAGGTTCAGGCTATGCATCCTCGAGCC
AAATAAACCGGACCACACCACGTCTCAGTCACTAGACGAAGGCTTTGGTGCGATTGTGCA
GGCCTGCAAGGGTCTAAGACGTCTCTCTGTGTCGGGTTTATTAACTGACAAAGTCTTCCT
CTACATTGGTATGTACGCTGAACAGCTCGAGATGCTTTCAATAGCTTTTGCTGGGGACAC
GGACAAAGGAATGTTGTATGTGTTGAATGGGTGTAAAAAGATGAGGAAGCTGGAGATAAG
AGATAGTCCGTTTGGGAACGCTGCGCTTCTTGCTGATGTTGATAAGTACAGAACAATGCG
ATCCCTTTGGATGTCGTCTTGTGAAGTAACGCTCGGTGGATGCAAGAGGCTGGCGAGAAA
TGCGCCGTGGCTTAACGTAGAGATCATCAACGAGAATGAGAATAATGATCTGATGATGGA
GAGGAATGCAGAGGATGAAAGAGAGAAGGTTGATAGGCTTTATTTGTACCGAACAGTGGT
TGGGGCTAGAAAAGATGCACCTCCATGTGTTACCATTCTTTAGTCTCTCCCACGCTCCCA
TGTTGGTTTTGTTTTGAAGCTTTTCATGTCGTTACGTTATAGCTCATGTACTTTCGTTTT
CAGACAAGAACGGATTCTGTTTTGAAACTCAAAAGCCTTTTCTTTTTTGGCTTATTCTTA
GTTACATTTGTACTTTGTTTCTGATCTCTGTTAATGCAGAGTTTTTGTTTTTGTTTTT

QA 1 898 1 898
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TGGACCCAGACGCTCTGCTGGCTTAGGCGCTTTGTGGAACTTCATGTCCTTGGTTAATGT
GTTTGTTGCACTTCTTTGCGGATATGTTCATTATAACAGCGGATCATCAGCAAGCAAGAA
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GGAGATACAAGACCGCTCGTTGTACAGTAAGGATTATCAACTGTTTTGGCAGTCGTGACC
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TTTGTTACTTCTCTAGGGGAATAGAATTAGGGATACAAAAGAGAAGGAACTGTGATTGTC
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AAATAGTAACCAATCTAAAGATCCTGTCTGGGGGAAAAAGAATTGGTTTCGGTTTTGATT
TTGTTTCTGTTTCTAGTGGACGGTTGTGTTGGTGAAGATCCTTGTTAAGGTTTGTATGTA
AATAAGTGAGGAAACCAAAGATCAATTTACTTTTGGG


BQ
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AF RR3AI53TF U 1
AF RR3AI53JQ C 216
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GTTTGTTGCACTTCTTTGCGGATATGTTCATTATAACAGCGGATCATCAGCAAGCAAGAA
AATCCCATTTCAGCCGTGGGACATAAACATGGGTGAAAGTGAATGGTGGATATTTCCAGC
GGGACTGGTGGTGTGTAAGATAATGCAGTCACAGCTCATAAATCGGCATGTAGCAAACAT
GGAGATACAAGACCGCTCGTTGTACAGTAAGGATTATCAACTGTTTTGGCAGTCGTGACC
AAGTCTTGTCAGGTAATATTTTGGATCACAAGTCAAAACAGTCCAGCCCCAGTTTGTTTT
TTTGTTACTTCTCTAGGTGAATAGAATTAGGGATACAAAAGAGAAGGAACTGTGATTGTC
AAGAGGAAAAAGAAAGAAAACAAGTTTATTTGATGGATATATGATTTAGAGGGACAACAA
AACTAGTAACCAATCTAAAGATCCTGTCTGGGGGAAAAAGAATTGGTTTCGGTTTTGATT
TTGTTTCTGTTTCTAGTGGACGGTTGTGTT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3AI53JQ 482 0 0
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TCATAAATCGGCATGTAGCAAACATGGAGATACAAGACCGCTCGTTGTACAGTAAGGATT
ATCAACTGTTTTGGCAGTCGTGACCAAGTCTTGTCAGGTAATATTTTGGATCCCAAGTCA
AAACAGTCCAGCCCCAGTTTGTTTTTTTGTTATTTTTTTAGGGGAATAGAATTAGGGATA
CAAAAGAGAAGGAACTGTGATTGTCAAGAGGAAAAAGAAAGAAAACAAGTTTATTTGATG
GATATATGATTTAGAGGGACAACAAAAATAGTAACCAATTTAAAGATCCTGTTTGGGGGA
AAAAGAATTGGTTTCGGTTTTGATTTTGTTTTTGTTTTTAGTGGACGGTTGTGTTGGTGA
AGATCCTTGTTAAGGTTTGTATGTAAATAAGTGAGGAAACCAAAGATCAATTTACTTTTG
GG

QA 1 482 1 482
DS 



AS 1 2

CO CL6143Contig1 1026 2 4 U
GGAGTGTTAAAAAGGCAAACCCTTTTCTTCATCATAAACCTCTAACTCCATTTGTTCCCT
CTTCTCCGCCGTTTCATCCCTCCCCCAAGTTTACGTTAGCAAAGTTTCTACCTTTATCCA
CTCCATGGCCACCCGTCTTCAGTTTGAGAACAACTGTGAAGTTGGTGTCTTTTCGAAACT
CACTAATGCCTATTGCTTAGTTGCTATTGGAGGCTCTGAGAACTTTTACAGTGCATTTGA
GTCGGAGTTAGCTGATGTTATCCCTATTGTTAAGACCTCTCTTGGAGGAACACGAATCAT
TGGCCGTCTATGCGCTGGAAACAAGAATGGGCCTCTTGTGCCTCACACAACTACTGACCA
AGAGCTTCAACACTTGAGGAACAGTCTACCTGATCAAGTTGTGGTCCAGCGAATTGAGGA
GCGTCTCTCTGCTCTTGGAAATTGCATTGCCTGCAATGACCATGTTGCTCTTGCTCACAC
CGATCTTGACAAGGAAACTGAGGAGATAATAGCTGACGTTCTTGGTGTTGAAGTTTTCCG
CCAGACAATTGCAGGCAACATTCTTGTCGGCAGCTACTGTGCCTTGTCCAACAGAGGTGG
CATTGTTCATCCTCACACTTCTGTGGAAGACTTGGACGAGCTCTCGACACTACTTCAAGT
CCCACTCGTTGCAGGAACCGTGAACCGTGGTAGTGAAGTTATAGGTGCGGGAATGACCGT
CAATGATTGGACTTCTTTCTGCGGTTCGGACACAACCGCAACAGAGCTGTCTGTTATAGA
CAGCATCTTCAAGCTAAGGGAAGCCCTACCTAGCTCTATTGTCGACGAGATGAGGAAGTC
TTTGATCGATACCTATGTTTAAGTTTTGCTTTATTTTTGATGACACAACAAACCACATTT
CCAAGTGTCAAATGTCTTAAAAGTTTCAGATCTCTTATGGTTTTTGTAGGCTCGGAATAT
TTCCTTTACTGTTTCAAGAATTGTGTGTTTTATTGTCATATCAAAAGTTATGAGTTTTTT
ATGGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3B283TF U 1
AF RR3B283JQ C 328
BS 1 674 RR3B283TF
BS 675 675 RR3B283JQ
BS 676 707 RR3B283TF
BS 708 1026 RR3B283JQ

RD RR3B283TF 707 0 0
GGAGTGTTAAAAAGGCAAACCCTTTTCTTCATCATAAACCTCTAACTCCATTTGTTCCCT
CTTCTCCGCCGTTTCATCCCTCCCCCAAGTTTACGTTAGCAAAGTTTCTACCTTTATCCA
CTCCATGGCCACCCGTCTTCAGTTTGAGAACAACTGTGAAGTTGGTGTCTTTTCGAAACT
CACTAATGCCTATTGCTTAGTTGCTATTGGAGGCTCTGAGAACTTTTACAGTGCATTTGA
GTCGGAGTTAGCTGATGTTATCCCTATTGTTAAGACCTCTCTTGGAGGAACACGAATCAT
TGGCCGTCTATGCGCTGGAAACAAGAATGGGCCTCTTGTGCCTCACACAACTACTGACCA
AGAGCTTCAACACTTGAGGAACAGTCTACCTGATCAAGTTGTGGTCCAGCGAATTGAGGA
GCGTCTCTCTGCTCTTGGAAATTGCATTGCCTGCAATGACCATGTTGCTCTTGCTCACAC
CGATCTTGACAAGGAAACTGAGGAGATAATAGCTGACGTTCTTGGTGTTGAAGTTTTCCG
CCAGACAATTGCAGGCAACATTCTTGTCGGCAGCTACTGTGCCTTGTCCAACAGAGGTGG
CATTGTTCATCCTCACACTTCTGTGGAAGACTTGGACGAGCTCTCGACACTACTTCAAGT
CCCACTCGTTGCAG*AACCGTGAACCGTGGTAGTGAAGTTATAGGTG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3B283JQ 699 0 0
TGGGCCTCTTGTGCCTCACACAACTACTGACCAAGAGCTTCAACACTTGAGGAACAGTCT
ACCTGATCAAGTTGTGGTCCAGCGAATTGAGGAGCGTCTCTCTGCTCTTGGAAATTGCAT
TGCCTGCAATGACCATGTTGCTCTTGCTCACACCGATCTTGACAAGGAAACTGAGGAGAT
AATAGCTGACGTTCTTGGTGTTGAAGTTTTCCGCCAGACAATTGCAGGCAACATTCTTGT
CGGCAGCTACTGTGCCTTGTCCAACAGAGGTGGCATTGTTCATCCTCACACTTCTGTGGA
AGACTTGGACGAGCTCTCGACACTACTTCAAGTCCCACTCGTTGCAGGAACCGTGAACCG
TGGTAGTGAAGTTATAGGTGCGGGAATGACCGTCAATGATTGGACTTCTTTCTGCGGTTC
GGACACAACCGCAACAGAGCTGTCTGTTATAGACAGCATCTTCAAGCTAAGGGAAGCCCT
ACCTAGCTCTATTGTCGACGAGATGAGGAAGTCTTTGATCGATACCTATGTTTAAGTTTT
GCTTTATTTTTGATGACACAACAAACCACATTTCCAAGTGTCAAATGTCTTAAAAGTTTC
AGATCTCTTATGGTTTTTGTAGGCTCGGAATATTTCCTTTACTGTTTCAAGAATTGTGTG
TTTTATTGTCATATCAAAAGTTATGAGTTTTTTATGGTC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL6144Contig1 383 2 1 U
GGTCAAGTAGGAGTCGGAGCGGAGGGAGAAGACGTCTCCCGGAGGAGAAGCCCAGCCGTC
GGTGCCTGTTTCGGGATCTACGCGGCGGAGGGAGCCGCCGTTGATTGATTCTGCGATCCA
TTCCGATACGGCGGAGGAAGAGGAGGATCTTATCGGTTTTGATGACTTGGTATCGCCGGT
TGAGCTGCGATGTCGCTGCTTGGAAGGGCTCATGGTGTTTTTGTATCTGTGGTCGTTGGC
ACTTCTATTTCTTTCTCTCCCCCTCTCTCTCTCTCATTTCTCTTTTCTCTATAGCATATA
GTGTAAGCGTCTACACATTGTTGTATATGATCTGTATAAAAAAAACAGAACAAGAAAATA
GAGATTTGTTTGTGTTTCTGTTG


BQ
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AF RR3AM37JQ C 1
AF RR3AM37TF U 1
BS 1 383 RR3AM37TF

RD RR3AM37JQ 383 0 0
GGTCAAGTAGGAGTCGGAGCGGAGGGAGAAGACGTCTCCCGGAGGAGAAGCCCAGCCGTC
GGTGCCTGTTTCGGGATTTACGCGGCGGAGGGAGCCGCCGTTGATTGATTTTGCGATCCA
TTCCGATACGGCGGAGGAAGAGGAGGATCTTATCGGTTTTGATGACTTGGTATCGCCGGT
TGAGCTGCGATGTCGCTGCTTGGAAGGGCTCATGGTGTTTTTGTATCTGTGGTCGTTGGC
ACTTCTATTTCTTTCTCTCCCCCTCTCTCTCTCTCATTTCTCTTTTCTCTATAGCATATA
GTGTAAGCGTCTACACATTGTTGTATATGATCTGTATAAAAAAAACAGAACAAGAAAATA
GAGATTTGTTTGTGTTTCTGTTG

QA 1 383 1 383
DS 

RD RR3AM37TF 383 0 0
GGTCAAGTAGGAGTCGGAGCGGAGGGAGAAGACGTCTCCCGGAGGAGAAGCCCAGCCGTC
GGTGCCTGTTTCGGGATCTACGCGGCGGAGGGAGCCGCCGTTGATTGATTCTGCGATCCA
TTCCGATACGGCGGAGGAAGAGGAGGATCTTATCGGTTTTGATGACTTGGTATCGCCGGT
TGAGCTGCGATGTCGCTGCTTGGAAGGGCTCATGGTGTTTTTGTATCTGTGGTCGTTGGC
ACTTCTATTTCTTTCTCTCCCCCTCTCTCTCTCTCATTTCTCTTTTCTCTATAGCATATA
GTGTAAGCGTCTACACATTGTTGTATATGATCTGTATAAAAAAAACAGAACAAGAAAATA
GAGATTTGTTTGTGTTTCTGTTG

QA 1 383 1 383
DS 



AS 1 2

CO CL6145Contig1 919 2 2 U
ACTGATTCAGTGTGCTAAGTAAAAGACCCTTCGTTTCTCTCTCTCTCTACCACTAGGAGA
CTAAAGCTGAGAGAAAGGGCTCAGGCCTCGAATTAAGGTATGAGTTCACGGAGTGACAGG
GTAGTTACGAGAAGCTCAAGGAGGTCACCACAGGTGAACAATGTGAATGGGACACAACAA
AGTGAACAACCAAGAACTGGACAACAACCTCCAATTGTGTATGGTCCACCGACAATCGAT
GTTGATGCTATTGAAGATGAAGATGATGATGATGTTGTTGAATCAACTGCTTCTGCTTTT
GATCGAGCTAAAAGACACAAGTCCGGAGGCTCACAGCGAGGACCCTTGTTGGTTGATGTA
GAGTCAGGTGGTACCACTAGACTAAGCAAAAACCGCACAAAGCGTCAATCTGATCAAGCT
AATGTTGAGCTTAACAATCCGAGAAAGTCTAAGACTGTAGCTCCTCCTGTTGAGGAACCA
AAGTTTAACTGCCCAATTTGTCTGTGTCCATTTACTGAAGAGGTGTCAACGAAGTGTGGT
CACATTTTCTGCAAAAAGTGCATAAAGCTCGCTGTATCTGTTCAAGCTAAATGCCCTACG
TGTAGAAAAAGGGTCCTTGCTAAAGACCTCATTCGAGTCTTCCTTCCAACCACCAGATGA
GTGATGATACACTGGAACATCACTAGGTTTAAAATGGTCCTACCCTTGAGAAGATTGGTG
TGGGGGAACAGCGCAAGACATGTTTGTTCATGAGTTAATTATCCTTTGTAATGTGAATAT
CGTTCTGCTTAGTGAGAGAAACGTTTTAGGAACCAATGAAGACATCTTTTTGATGTGTGT
ATCATCATCAGTGAGCGACTCTTTATTGTTGAAATACATGGTTGAATGAATCTTAAGAAA
GCATTCTACATCGCTGCGC


BQ
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AF RR3GD56TF U 1
AF RR3GD56JQ C 310
BS 1 684 RR3GD56TF
BS 685 919 RR3GD56JQ

RD RR3GD56TF 684 0 0
ACTGATTCAGTGTGCTAAGTAAAAGACCCTTCGTTTCTCTCTCTCTCTACCACTAGGAGA
CTAAAGCTGAGAGAAAGGGCTCAGGCCTCGAATTAAGGTATGAGTTCACGGAGTGACAGG
GTAGTTACGAGAAGCTCAAGGAGGTCACCACAGGTGAACAATGTGAATGGGACACAACAA
AGTGAACAACCAAGAACTGGACAACAACCTCCAATTGTGTATGGTCCACCGACAATCGAT
GTTGATGCTATTGAAGATGAAGATGATGATGATGTTGTTGAATCAACTGCTTCTGCTTTT
GATCGAGCTAAAAGACACAAGTCCGGAGGCTCACAGCGAGGACCCTTGTTGGTTGATGTA
GAGTCAGGTGGTACCACTAGACTAAGCAAAAACCGCACAAAGCGTCAATCTGATCAAGCT
AATGTTGAGCTTAACAATCCGAGAAAGTCTAAGACTGTAGCTCCTCCTGTTGAGGAACCA
AAGTTTAACTGCCCAATTTGTCTGTGTCCATTTACTGAAGAGGTGTCAACGAAGTGTGGT
CACATTTTCTGCAAAAAGTGCATAAAGCTCGCTGTATCTGTTCAAGCTAAATGCCCTACG
TGTAGAAAAAGGGTCCTTGCTAAAGACCTCATTCGAGTCTTCCTTCCAACCACCAGATGA
GTGATGATACACTGGAACATCACT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3GD56JQ 610 0 0
AAAAGACACAAGTCCGGAGGCTCACAGCGAGGACCCTTGTTGGTTGATGTAGAGTCAGGT
GGTACCACTAGACTAAGCAAAAACCGCACAAAGCGTCAATCTGATCAAGCTAATGTTGAG
CTTAACAATCCGAGAAAGTCTAAGACTGTAGCTCCTCCTGTTGAGGAACCAAAGTTTAAC
TGCCCAATTTGTCTGTGTCCATTTACTGAAGAGGTGTCAACGAAGTGTGGTCACATTTTC
TGCAAAAAGTGCATAAAGCTCGCTGTATCTGTTCAAGCTAAATGCCCTACGTGTAGAAAA
AGGGTCCTTGCTAAAGACCTCATTCGAGTCTTCCTTCCAACCACCAGATGAGTGATGATA
CACTGGAACATCACTAGGTTTAAAATGGTCCTACCCTTGAGAAGATTGGTGTGGGGGAAC
AGCGCAAGACATGTTTGTTCATGAGTTAATTATCCTTTGTAATGTGAATATCGTTCTGCT
TAGTGAGAGAAACGTTTTAGGAACCAATGAAGACATCTTTTTGATGTGTGTATCATCATC
AGTGAGCGACTCTTTATTGTTGAAATACATGGTTGAATGAATCTTAAGAAAGCATTCTAC
ATCGCTGCGC

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL6146Contig1 1032 2 2 U
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AAACATCAAGATTGTGGAAATGGACACTCAGTCTAGATTTTACTCTCCAGCTCCTTCGGC
TATAACAGACATGAGTCCTCGAGCGTATAGTAGCCATTTCGAGGATTGTAACTCGTTCAA
CACAGCACAAAGCAGTCCTCAGTGTTCCAGATTCAAAGAGTATTACAATGGAGATTCTTT
GTCTTCTTACGATTACCCTCTCTTCCCAAATTACATGGCCAATACTCAGCCTTCTAAAGC
CAAGGCTCGTTCTCAGAGTGCGCCTAAGCAGAGACCTCCTGAGATCTATGAGAAGCAGCC
AAGCGGGAGGAGAAGATCTTGCATGGAAGCACCGAGGAACGGTGTCCCCAGAGCTGTAAG
GATGCAGAGATCTTCATCTCAGTTAGGCAAGGAAAGTCAAAGTCATCATCATCATCATCA
TCATCATCATCCGTGGATGGCAATTAAGCTCGATAGATCTAACATTTCTCTTATGGAGAG
TGAATGTGGATCTACCAGTACAATTATGACCAATAGCAAGAACGTTTCAGCCGTAGAGGT
TGCAGTGGCTGTTGAAGAGTTTGCAGCAGTGAAGATCCAAGCTTGCTTTCGTTCTCATTT
GGCGAAAAAAGCATTAAGAGCGTTAAAAGGGTTGGTGAAATTACAAGCACTTGTGAGAGG
TCATTTAGTAAGGAAACAAGCAACAGCTACACTTAGATGTATGCAAGCATTGATTACACT
TCAAACCAAAGCTCGAGAACAGAGGATTCGTATGATCGAAGATTCACCAATAAAACCCAC
AAATCCAAGAAATAATTACCTGAGGTAAATCTTCATGTTTATTGCTCTTTTGTTCCTGGC
TGGGTGTTGTTTTGTTTATTTCTTTCTTGTTTTTGGTTGTGTTATTGAAGGTTCAGGGGA
ACCATGTACTTAAAAGTGTGATTAGAAACTAGTAAGTGATTTGATTGCTGGAAGAATATA
GACAAGCTTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CC38TF U 1
AF RR3CC38JQ C 295
BS 1 669 RR3CC38TF
BS 670 1032 RR3CC38JQ

RD RR3CC38TF 669 0 0
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GTCTTCTTACGATTACCCTCTCTTCCCAAATTACATGGCCAATACTCAGCCTTCTAAAGC
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GGCGAAAAA

QA 1 669 1 669
DS 

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GCAGCCAAGCGGGAGGAGAAGATCTTGCATGGAAGCACCGAGGAACGGTGTCCCCAGAGC
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TCATCATCATCATCATCCGTGGATGGCAATTAAGCTCGATAGATCTAACATTTCTCTTAT
GGAGAGTGAATGTGGATCTACCAGTACAATTATGACCAATAGCAAGAACGTTTCAGCCGT
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TCATTTGGCGAAAAAAGCATTAAGAGCGTTAAAAGGGTTGGTGAAATTACAAGCACTTGT
GAGAGGTCATTTAGTAAGGAAACAAGCAACAGCTACACTTAGATGTATGCAAGCATTGAT
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ACCCACAAATCCAAGAAATAATTACCTGAGGTAAATCTTCATGTTTATTGCTCTTTTGTT
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AGGGGAACCATGTACTTAAAAGTGTGATTAGAAACTAGTAAGTGATTTGATTGCTGGAAG
AATATAGACAAGCTTAGT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL6147Contig1 1022 2 4 U
GGGAAAGAAAAAGAGAAAAGAAACATTATTTTATTTCCAGGCTCGTTCTTCTTCTTCGTC
AAGTCTATTTCTCGGGTCTCTTTCTTTTCTTTCTTTGATCTTCTTCATTTATATCGGTGT
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GTGATTGTACTCAGAAAGCAACCACTTCCTTTTGCCGCAACAATCCAAAGTCTTCTCAAG
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AGGCTCAAGCTGCTCCTGGTCATGATAAAATGGCAAACATGAGATCCTTTAGCAGCAACT
CTATGATGGTTAATCAAGATGAGTTCTTCATTGAAGACTTCGATGAGGCTCCACTGGATA
CTATTGATTTATACGACATGACATTTCGAGAAGACCCTTCAGATTTTGACGACAATTTGC
TGTATGCAGCCCGTGACAGAAGCAGGCAGCTCAGATCATTTAAGGGAAAGATTATGGATG
CTTTAACTTCGAAAAGAAGAAGAGAGAAGGAATATGAGCAGCTTGCAATATGGTTCGGAG
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AATCATAAGATTGTAACCCCATTTATACAGGCTTCGCAGTTCTATTTTTTGTGAAGACTC
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3B130TF U 1
AF RR3B130JQ C 355
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BS 739 1022 RR3B130JQ

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GTGATTGTACTCAGAAAGCAACCACTTCCTTTTGCCGCAACAATCCAAAGTCTTCTCAAG
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QA 1 738 1 738
DS 

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GCAACTCTATGATGGTTAATCAAGATGAGTTCTTCATTGAAGACTTCGATGAGGCTCCAC
TGGATACTATTGATTTATACGACATGACATTTCGAGAAGACCCTTCAGATTTTGACGACA
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TGGATGCTTTAACTTCGAAAAGAAGAAGAGAGAAGGAATATGAGCAGCTTGCAATATGGT
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TAAACACCAAAAGCTCTGAGTCAAATGTGCCATTTGCCTCAGAAGGTTCTGAGTGGGAGC
TATTGTAATCATAAGATTGTAACCCCATTTATACAGGCTTCGCAGTTCTATTTTTTGTGA
AGACTCTT

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DS 



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TCAATCTCCTCCTCAATCACCTCGCGCCACTCAATCTCCTCTCATGTTTGCTCCTCAGGT
TCCGGTGCTTCCTCTCCAAAGACCAGATGAAATCCACATCCCTAACCCTTCCTGGATGCA
GTCTCCTTCCTACGAAGAGGCTTGTAACGAGCAAGGTATCCCCACCATGATCACTCGGTG
CCATGGTGGTAAGGAGATTGCTGTCGAAGGTTCTTGGGATAATTGGAAGACAAGAAGTCG
GCTTCAGAGATCTGGGAAAGACTTCACTATAATGAAAGTCCTACCTTCAGGTGTCTATGA
GTACAGGTTCATCGTTGATGGACAGTGGAGGCATGCCCCTGAGCTCCCTCTTGCTCGTGA
TGACGCTGGCAATACTTTCAACCTTTTGGACCTCCAGGACTATGTACCAGAAGACATTGA
AAGCATATCTGGTTTTGAGCCACCGCAATCACCAGAAGCTAGTTACAGCAGCTTGCTTCT
AGGAGCTGAGGACTACTCCAAAGAACCGCCTCTGGTTCCGCCGCACTTGCAGATGACGCT
GCTGAACTTGCCTCCAGCCAGCCCCGACATTCCATTTCCGCTGCCGAGACCTCAGCACGT
CATCCTCAACCATCTCTACATGCAGAAAGGCAAAAGCGGTCCGTCTGTGGTTGCCCTTGG
TTCCACTCACCGTTTTCTGGCCAAGTACGTTACTGTGGTGCTCTACAAGTCCCTCCAGAG
GTGAGAAAAGATGATAGTGCTCAGTTTTCGTAAGCATGTGGGGAAATTCAGACATGCTTA
GTATCTAATTTCATGGAGAATGAATGAATGTGAGGCTATAATAGGATATGCGAAGAAGAG
GAAGAAGAGTTTTATCATCATCATCACAGGCAAAAAGTATTTTCCCTCTCAATAAGCTCG
AATTTTGTTGTCTTTTAAAACTTGTCAATAAGGTTTTTTTAGCAACATAATGAAAGATGC
ATTATTCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL42TF U 1
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BS 784 1210 RR3AL42JQ

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GCT

QA 1 783 1 783
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CCGCTGCCGAGACCTCAGCACGTCATCCTCAACCATCTCTACATGCAGAAAGGCAAAAGC
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GTGCTCTACAAGTCCCTCCAGAGGTGAGAAAAGATGATAGTGCTCAGTTTTCGTAAGCAT
GTGGGGAAATTCAGACATGCTTAGTATCTAATTTCATGGAGAATGAATGAATGTGAGGCT
ATAATAGGATATGCGAAGAAGAGGAAGAAGAGTTTTATCATCATCATCACAGGCAAAAAG
TATTTTCCCTCTCAATAAGCTCGAATTTTGTTGTCTTTTAAAACTTGTCAATAAGGTTTT
TTTAGCAACATAATGAAAGATGCATTATTCAGC

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GN08JQ C 1
AF RR3GN08TF U 1
BS 1 417 RR3GN08TF

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ATGGTGTGTGATGTAATCGGTTTATGGCCCCTTATAATCTAATATATCATATTATCG

QA 1 417 1 417
DS 

RD RR3GN08TF 417 0 0
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CCCAGTGCGTGAAGAAGGGAACCAGCTACACATTCGACATCGTCGAGACTCAGGAGAGCT
ACAAGGAAGCCATGTTCATGGACGTTGGTGCAGAAGAGAACGGTTGCCAATGCAAGTGTG
GCTCTACCTGCAGTTGCGTCAACTGCACTTGCAACTAGAATCAAAATGTAATATGAATAA
AAGTTGATGTGAGCTCATCTAGTAAGCTCATATCTTTCTTATGACTCTCTATTATGGTTT
ATGGTGTGTGATGTAATCGGTTTATGGCCCCTTATAATCTAATATATCATATTATCG

QA 1 417 1 417
DS 



AS 1 2

CO CL6150Contig1 1068 2 2 U
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GAATTGCTGAGGATAAGTCCTCTACCAAATCTGGCTTAGTGGAGAAGATTGACCAGGAAG
CAGGAAAGCTAGGAACATTTTGGCCTAGTGAGTGGCTTTCAAATGATTTCCCGCAAGCTC
GCATGTTCACCCTTAAATACAAGACAAACCTCACGGAATGGTCTGGAGCTAGCTTGCCTC
TCCAGGAAGTTAGCTCTATGATATTGGAAAAGCTTGTCTCTGCAGGCGTTGGAGATCGAC
CTGTTGTTTTCGTGACTCACAGTATGGGAGGCCTTGTTGTGAAGCAGATTCTACACAAAG
CAAAAGAAGAAAAACTCGATAAACTAGTGAATAACACCGCCGGAGTTATATTCTACAGCT
GCCCACATTTTGGTAGCAAGCTAGCAGATATGCCATGGCGGATGTGTCTTGTGTTACGCC
CGGCTCCATCTATAGGGGAGCTACGAAGTGGGTCTCCAAGACTAGTGGAGCTGAATGACT
TGCTTCGCCAGCTCCACAAGAAAGGGATTGTAGAAGTCCTAAGTTTCTGTGAGACAAAAG
TAACACCAATAGTGGAAGGTTATGTAGGATGGGCTTTTCGGATGGAAATAGTGCCAATTG
AATCAGCATACCCAGGGTTTGGTGAACTTGTTGTGTTGGAGTCAACAGACCATATAAACT
CTTGTAAACCACTGAGCCGTTCGGATCCTTCATATACTGAGGCGTTGCAGTTCCTGCGCA
AGCTCAGCTCGCAGCTGTCAAGATCTAATGTTAAAGTAGAATCTGGGATGCATGATTGAT
TAAGTTGAGCTGAGGTGGTTCGGTACTGAGACAGTGCTCTGTGCTAATTGACCTGCAACT
TTGTTGTCACTGTAGTTTTTTCATTTCTTCTGTGTACATAAAAAAAACATGTAGGTTCTT
TTTTTTCTTTCTGAAAAAGCATGTAGGTTATTTTGCGCCTATTTTTCTCATTGTTTTATT
TCTATATTACTCAACTACAGAGGTATATACAAAAGGATTCTCATTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DQ91TF U 1
AF RR3DQ91JQ C 337
BS 1 722 RR3DQ91TF
BS 723 1068 RR3DQ91JQ

RD RR3DQ91TF 722 0 0
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GAATTGCTGAGGATAAGTCCTCTACCAAATCTGGCTTAGTGGAGAAGATTGACCAGGAAG
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GCATGTTCACCCTTAAATACAAGACAAACCTCACGGAATGGTCTGGAGCTAGCTTGCCTC
TCCAGGAAGTTAGCTCTATGATATTGGAAAAGCTTGTCTCTGCAGGCGTTGGAGATCGAC
CTGTTGTTTTCGTGACTCACAGTATGGGAGGCCTTGTTGTGAAGCAGATTCTACACAAAG
CAAAAGAAGAAAAACTCGATAAACTAGTGAATAACACCGCCGGAGTTATATTCTACAGCT
GCCCACATTTTGGTAGCAAGCTAGCAGATATGCCATGGCGGATGTGTCTTGTGTTACGCC
CGGCTCCATCTATAGGGGAGCTACGAAGTGGGTCTCCAAGACTAGTGGAGCTGAATGACT
TGCTTCGCCAGCTCCACAAGAAAGGGATTGTAGAAGTCCTAAGTTTCTGTGAGACAAAAG
TAACACCAATAGTGGAAGGTTATGTAGGATGGGCTTTTCGGATGGAAATAGTGCCAATTG
AATCAGCATACCCAGGGTTTGGTGAACTTGTTGTGTTGGAGTCAACAGACCATATAAACT
CT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3DQ91JQ 732 0 0
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CCGCCGGAGTTATATTCTACAGCTGCCCACATTTTGGTAGCAAGCTAGCAGATATGCCAT
GGCGGATGTGTCTTGTGTTACGCCCGGCTCCATCTATAGGGGAGCTACGAAGTGGGTCTC
CAAGACTAGTGGAGCTGAATGACTTGCTTCGCCAGCTCCACAAGAAAGGGATTGTAGAAG
TCCTAAGTTTCTGTGAGACAAAAGTAACACCAATAGTGGAAGGTTATGTAGGATGGGCTT
TTCGGATGGAAATAGTGCCAATTGAATCAGCATACCCAGGGTTTGGTGAACTTGTTGTGT
TGGAGTCAACAGACCATATAAACTCTTGTAAACCACTGAGCCGTTCGGATCCTTCATATA
CTGAGGCGTTGCAGTTCCTGCGCAAGCTCAGCTCGCAGCTGTCAAGATCTAATGTTAAAG
TAGAATCTGGGATGCATGATTGATTAAGTTGAGCTGAGGTGGTTCGGTACTGAGACAGTG
CTCTGTGCTAATTGACCTGCAACTTTGTTGTCACTGTAGTTTTTTCATTTCTTCTGTGTA
CATAAAAAAAACATGTAGGTTCTTTTTTTTCTTTCTGAAAAAGCATGTAGGTTATTTTGC
GCCTATTTTTCTCATTGTTTTATTTCTATATTACTCAACTACAGAGGTATATACAAAAGG
ATTCTCATTTTC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL6151Contig1 759 2 2 U
CTCATTTTACTTGGCACATAAGTTGGTTCGATTTACATGGTACGTTAATTTCATAGCATA
AAACTATAGTCTGAAAGAAGATCCTAACATTACTAGTAGTACAACATAAAGGAAACAGAG
TAGCAGAAGAGTGAACTTAAGACAAAGGGACTTGGCCCATTTAGTCATACAAGGTTTCCA
TTTCGATTCAGAAATTGGAGAAGCTGTTCCGCGATGACTGAACCATCTGCAAGTCCGTCG
TCGTTTGGCAAGATGTCTCATCGCTTATCAGCGTCTCTCGTGGTCGAGACAACCAAAGAG
AGCTAAGAGCTCTGAGCCGTCCGTAATACTCCCCGATGACTAGAAAACAACGTGCAGCTT
GGCGAACGGTCAAAATCCGACGCAGCTGGTGAACAGTCTGCTGCCTCAGGTTATCAGCCT
GGCGGATAAAGCCTTCGAGATTAGAGATTTTGCCGAGAGCGACAGCCATTTGTTGCATAC
CGTCCATGACGGGAGAGGCAGCTAGAGTATCGATGAGAGATTGCTGAAGTTGTTCGAGTC
CTTGCGAGAGAGCCTCCTCTGCTTGTTGCGATGAGTGTTGTAGGCTATATATTCCCATCA
GTTGTTGCTCCGTCAATAGATCCATTTGCGACACAAGTATCTTGATGAGGTCAGATGGAC
GGAACCCGGCCATCCAGATAAAACAACGTTCGGCAGGGGACATCCATGTACCGATGATGA
GGTGGAAAACGTCTGCTTTCGCGGCCACAGCTTTTAATC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DC21JQ U 1
AF RR3DC45JQ U 1
BS 1 386 RR3DC21JQ
BS 387 759 RR3DC45JQ

RD RR3DC21JQ 386 0 0
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AAACTATAGTCTGAAAGAAGATCCTAACATTACTAGTAGTACAACATAAAGGAAACAGAG
TAGCAGAAGAGTGAACTTAAGACAAAGGGACTTGGCCCATTTAGTCATACAAGGTTTCCA
TTTCGATTCAGAAATTGGAGAAGCTGTTCCGCGATGACTGAACCATCTGCAAGTCCGTCG
TCGTTTGGCAAGATGTCTCATCGCTTATCAGCGTCTCTCGTGGTCGAGACAACCAAAGAG
AGCTAAGAGCTCTGAGCCGTCCGTAATACTCCCCGATGACTAGAAAACAACGTGCAGCTT
GGCGAACGGTCAAAATCCGACGCAGC

QA 1 386 1 386
DS 

RD RR3DC45JQ 759 0 0
CTCATTTTACTTGGCACATAAGTTGGTTCGATTTACATGGTACGTTAATTTCATAGCATA
AAACTATAGTCTGAAAGAAGATCCTAACATTACTAGTAGTACAACATAAAGGAAACAGAG
TAGCAGAAGAGTGAACTTAAGACAAAGGGACTTGGCCCATTTAGTCATACAAGGTTTCCA
TTTCGATTCAGAAATTGGAGAAGCTGTTCCGCGATGACTGAACCATCTGCAAGTCCGTCG
TCGTTTGGCAAGATGTCTCATCGCTTATCAGCGTCTCTCGTGGTCGAGACAACCAAAGAG
AGCTAAGAGCTCTGAGCCGTCCGTAATACTCCCCGATGACTAGAAAACAACGTGCAGCTT
GGCGAACGGTCAAAATCCGACGCAGCTGGTGAACAGTCTGCTGCCTCAGGTTATCAGCCT
GGCGGATAAAGCCTTCGAGATTAGAGATTTTGCCGAGAGCGACAGCCATTTGTTGCATAC
CGTCCATGACGGGAGAGGCAGCTAGAGTATCGATGAGAGATTGCTGAAGTTGTTCGAGTC
CTTGCGAGAGAGCCTCCTCTGCTTGTTGCGATGAGTGTTGTAGGCTATATATTCCCATCA
GTTGTTGCTCCGTCAATAGATCCATTTGCGACACAAGTATCTTGATGAGGTCAGATGGAC
GGAACCCGGCCATCCAGATAAAACAACGTTCGGCAGGGGACATCCATGTACCGATGATGA
GGTGGAAAACGTCTGCTTTCGCGGCCACAGCTTTTAATC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL6152Contig1 839 2 9 U
GGGAATCTTAAGGAGTCTCGAGCTCAATCTCTCTGCTGCGAATCAATGGCGTTATGGATG
GAAGCTGGTTCGGAACCGGTGACGGAGAGCGAAAAGGCTGACCTCGAAGCCATCTCCGCT
CTCAAAGAATCCGCCGCCATCGAATTCAAAGTAAGAGAGTCTCTCCACTCCCTCTCTTCT
CTTCTCCTCTGAACCATCTTATCACTTCCGATATGCTCAAAACGTGTTTTTTGTTCGAAC
ACAACAGGAACGAGGAAACGAATGCGTGAGGAAAGGGAAGAAGCATTACTCGAATCGAGC
TCATGTTAATCTTCTGTTAGGTAACTATCGGCGTGCTCTCACTGATTCTGAGGAAGCAAT
CAGGCTATGTCCTGATAACGTCAAGGTATTATTAAAAAAAAGGCACTTCCTTTAAACTTT
TGTTGTTAAGCGTTTTCGTGATGGGGTTTATGGTTTATTGTTTGTAAGGGCTGTGTATCG
AGCTGCAAAGGCGTCGTTGTCATTGGACTTGCTGAATGAAGCAAAGTCTTATTGCGAGAA
GGGAATGGAGAGTGATGCGGGGAATGAGGATATGAAGAAGCTTCTAAAGGTGGTTACTTT
GGAAAGAAGCGAGAGAAAGAGGAACATGAGGCTGAAGTCTCAAAGGCTGTGGTGGAAGCT
AAGGTTTGACTAATGAATAACCTAATCTACATGGTGGCCATAGAAAGCTTAAATTTTTAT
TCAGTTTCCCATTGGGTTTTGCTGCAGGCTTGTCTCTCTGCTTTCAAAAACAGAGGAGTT
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BQ
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TTTTTCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F443TF U 1
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QA 1 766 1 766
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TCTAAGTAAACTAGGTATCAGCGAAGATGAGTTTACGTTGGACACGAACTTCTGGAGAGA
GCAAGTGAACCGTTACTGGGAGGTGATGAAAGTTAACAAGACGGAAGTGCGGAACGTGAT
GGATACAAACGCGTACGTTGGTGGATTTGCTGCAGCTATGATGAACTCATACCCCGTTTG
GGTCATGAACGTTGTCCCTGCTACGATTAAAAATACCTTATCCGGAATTTACCAGAGGGG
CTTAACCGGTGTATACCATGATTGGTGTGAGGCATTCTCAACGTATCCCCGCACGTACGA
TTTGCTACACGCGGACAAACTCTTGTCTCACTATCAAAACCACGGTGAAGGTTGTTTATT
AGAAGACATCATGCTTGAGATGGACCGCATCATACGCCCTCAGGGATTCATCATTATTAG
AGACGAGGAATCGATCATCGCAAAAGTCCAAGACTTGGCTCCTAAGTTCCTTTGGGAAGT
TGAGACACATGAGCTTCAAGACAAATACAAGAAGACACAAACTGTTCTGTTTTGCAGGAA
GAAGTTCTGGGCAATTGTCTGAACTGAAACACACACAAGGTTGATAAGAGTTTTTGAAGA
AAATAGAAAAATCTTCTTTATTTCTTTTGTTTGTAAGAGAAAAGAAATTAAATACCACTT
ATGTAACTTATACGTTCATCCATTGACCAGTCTGCTGTACACATGTTTTTTTTCCT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL6154Contig1 719 2 4 U
GGATAAAAAAGAAGAAGAAGAGGAAGACGCAATCTTTTTTTTTGTTCTTTTAAAGGCTTT
TGATTCCTTTGAAAATCGATCTGTAATCTCTCATACTCTCACTTTGATCCAATCCCTTCT
TATCAAACCCGACCCCGGAAAAGCCATGAGAGTCCATCCAATTCTCAACAACAACACATT
GATCCACCACCACCACCATAACCACCACAACCCGACCCGGGAACCCGGAAAGAATCTCCG
TCGTTTACCGCACATCTTCAACCGCGTCCTCGAGCTTCCGCTGCGGTCCGAAGCAGGCGT
CTCCTTGGAGGAGAAACCCGACTGCTTCAGATTCGTGGCGGAGACGGACGGCGGCGGAGG
AGGGGAGATGACGGCGTATATGGTGGAGATCCATCCGGGTATCACGAAGATCGTGGTGAG
GACAAATGGGTTGTCTTTGGGTTTGTCGTTGGATGAGTTGGAGCTTGATGTCTGGCGTTT
TAGGCTTCCCGAGACGACAAGGCCTGAGCTTGTTACCGTGGCTTGTGTTGATGGGGCTTT
GGTTGTTACGGCTCCTAAGATGGTTTCAGAGGGAGATGATGATGATGGTGGAGGTTATGG
ACAAGGTGTGGGAAGTGGGAGGCTAGTTCTTGTTCTGTAAAATCGAGCATTGTCTGCTTT
GGGTTAAGACAGCTTTGTGTAACGATGGAATTCTAAATATGAACCGTTTTCATTCGAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BT82TF U 1
AF RR3BT82JQ C 1
BS 1 373 RR3BT82TF
BS 374 374 RR3BT82JQ
BS 375 394 RR3BT82TF
BS 395 719 RR3BT82JQ

RD RR3BT82TF 394 0 0
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TGATTCCTTTGAAAATCGATCTGTAATCTCTCATACTCTCACTTTGATCCAATCCCTTCT
TATCAAACCCGACCCCGGAAAAGCCATGAGAGTCCATCCAATTCTCAACAACAACACATT
GATCCACCACCACCACCATAACCACCACAACCCGACCCGGGAACCCGGAAAGAATCTCCG
TCGTTTACCGCACATCTTCAACCGCGTCCTCGAGCTTCCGCTGCGGTCCGAAGCAGGCGT
CTCCTTGGAGGAGAAACCCGACTGCTTCAGATTCGTGGCGGAGACGGACGGCGGCGGAGG
AGGGGAGATGACG*CGTATATGGTGGAGATCCAT

QA 1 394 1 394
DS 

RD RR3BT82JQ 719 0 0
GGATAAAAAAGAAGAAGAAGAGGAAGACGCAATCTTTTTTTTTGTTCTTTTAAAGGCTTT
TGATTCCTTTGAAAATCGATCTGTAATCTCTCATACTCTCACTTTGATCCAATCCCTTCT
TATCAAACCCGACCCCGGAAAAGCCATGAGAGTCCATCCAATTCTCAACAACAACACATT
GATCCACCACCACCACCATAACCACCACAACCCGACCCGGGAACCCGGAAAGAATTTCCG
TCGTTTACCGCACATCTTCAACCGCGTCCTCGAGCTTCCGCTGCGGTCCGAAGCAGGCGT
CTCCTTGGAGGAGAAACCCGACTGCTTCAGATTCGTGGCGGAGACGGACGGCGGCGGAGG
AGGGGAGATGACGGCGTATATGGTGGAGATCCATCCGGGTATCACGAAGATCGTGGTGAG
GACAAATGGGTTGTCTTTGGGTTTGTCGTTGGATGAGTTGGAGCTTGATGTCTGGCGTTT
TAGGCTTCCCGAGACGACAAGGCCTGAGCTTGTTACCGTGGCTTGTGTTGATGGGGCTTT
GGTTGTTACGGCTCCTAAGATGGTTTCAGAGGGAGATGATGATGATGGTGGAGGTTATGG
ACAAGGTGTGGGAAGTGGGAGGCTAGTTCTTGTTCTGTAAAATCGAGCATTGTCTGCTTT
GGGTTAAGACAGCTTTGTGTAACGATGGAATTCTAAATATGAACCGTTTTCATTCGAAA

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL6155Contig1 1014 2 2 U
GGAGTGGAGTACACGACGGACCAACAATCCCTCAACTCAACCAGACCTGTCTGTCCGTCA
CACGACGACAATGGAACTGCCATACTTTGAAAGTGGGACATATGTTGCATACAACAATGA
AGATGGAGGGGTGATTGAGAAGCTGAAGAAAGATGGGATTGTCAATCTTGACTCTCAGCT
CCAGTCTCTTCCTGAGTATCTATCCTTGAAGGCTCTTATCGTATCATGGCTTGATGAAGC
GCTTAGGTATGAGATATGGGTTGGTACCGAGGGGATATGTGCTTCCAAGATTTACTACTC
AGATCTTCCTTGGGTGATCGGCAAGGTCCTGTTTTATAAGCAGTCGTATTTGGCCAAGAA
CCGTCTAGGACTCACCAAAGAAAACGCAGAGCAAAGAGAAAAACTGAAACTAGCCCAGCT
TCCTTTTCAACTTGCCTTCAATTCCACCTTCTCTCACACATGCTTTTTACGATCCAAGTA
TTACCGGAAACATCAGTGCTTCGGTGCAAACTTCTGGAACGTAGTAATCTTGTCAGATAT
GCTGAGAAACTCAAGTCAGAGTTCCTAGAAGCGTCTTCATCATCTCCTTCCCCTCCGCTT
CACTCGTTCCCTTCCTCATTTTCAGGAAAGGGTTCGAAGCCAAAGAGCAAACCAAAGGCA
GAAAAGAGTGAAGAGGAGAAAAAATTCAAGAAGAGAGCGAGATTCTTCCTCGCTGCTCAG
TTTATAGCAGTTGTTATTTACGTATCCGTGATGGGAGGAGTTAGTTCCGATGAAGTGGAG
TATGAAGATGATGATTAGTACAAGCTAAAGCTTCTCCCTTATTATTATTGGACCAGTAAC
TCTTTTACTCTCTTCTTTGTAGACTCATAGACAAAAAGAACCAATCATCTCTCTCTCTCT
GCTTTTTCTTGAATTTTTTTTTTTGTTCTATTGCAAGACTCTTTGTTGTTCAACCACAAA
ATCAACTGAACTAACTCTGTTTTGTCTTGCTGATAATACAAATCTAATCCATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D852TF U 1
AF RR3D852JQ C 231
BS 1 619 RR3D852TF
BS 620 1014 RR3D852JQ

RD RR3D852TF 619 0 0
GGAGTGGAGTACACGACGGACCAACAATCCCTCAACTCAACCAGACCTGTCTGTCCGTCA
CACGACGACAATGGAACTGCCATACTTTGAAAGTGGGACATATGTTGCATACAACAATGA
AGATGGAGGGGTGATTGAGAAGCTGAAGAAAGATGGGATTGTCAATCTTGACTCTCAGCT
CCAGTCTCTTCCTGAGTATCTATCCTTGAAGGCTCTTATCGTATCATGGCTTGATGAAGC
GCTTAGGTATGAGATATGGGTTGGTACCGAGGGGATATGTGCTTCCAAGATTTACTACTC
AGATCTTCCTTGGGTGATCGGCAAGGTCCTGTTTTATAAGCAGTCGTATTTGGCCAAGAA
CCGTCTAGGACTCACCAAAGAAAACGCAGAGCAAAGAGAAAAACTGAAACTAGCCCAGCT
TCCTTTTCAACTTGCCTTCAATTCCACCTTCTCTCACACATGCTTTTTACGATCCAAGTA
TTACCGGAAACATCAGTGCTTCGGTGCAAACTTCTGGAACGTAGTAATCTTGTCAGATAT
GCTGAGAAACTCAAGTCAGAGTTCCTAGAAGCGTCTTCATCATCTCCTTCCCCTCCGCTT
CACTCGTTCCCTTCCTCAT

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3D852JQ 784 0 0
TTGATGAAGCGCTTAGGTATGAGATATGGGTTGGTACCGAGGGGATATGTGCTTCCAAGA
TTTACTACTCAGATCTTCCTTGGGTGATCGGCAAGGTCCTGTTTTATAAGCAGTCGTATT
TGGCCAAGAACCGTCTAGGACTCACCAAAGAAAACGCAGAGCAAAGAGAAAAACTGAAAC
TAGCCCAGCTTCCTTTTCAACTTGCCTTCAATTCCACCTTCTCTCACACATGCTTTTTAC
GATCCAAGTATTACCGGAAACATCAGTGCTTCGGTGCAAACTTCTGGAACGTAGTAATCT
TGTCAGATATGCTGAGAAACTCAAGTCAGAGTTCCTAGAAGCGTTTTCATCATCTCCTTC
CCCTCCGCTTCACTCGTTCCCTTCCTCATTTTCAGGAAAGGGTTCGAAGCCAAAGAGCAA
ACCAAAGGCAGAAAAGAGTGAAGAGGAGAAAAAATTCAAGAAGAGAGCGAGATTCTTCCT
CGCTGCTCAGTTTATAGCAGTTGTTATTTACGTATCCGTGATGGGAGGAGTTAGTTCCGA
TGAAGTGGAGTATGAAGATGATGATTAGTACAAGCTAAAGCTTCTCCCTTATTATTATTG
GACCAGTAACTCTTTTACTCTCTTCTTTGTAGACTCATAGACAAAAAGAACCAATCATCT
CTCTCTCTCTGCTTTTTCTTGAATTTTTTTTTTTGTTCTATTGCAAGACTCTTTGTTGTT
CAACCACAAAATCAACTGAACTAACTCTGTTTTGTCTTGCTGATAATACAAATCTAATCC
ATCT

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL6156Contig1 766 2 3 U
CTCTTATTATGGTTTAATACAACAAAGCAAAACACAAGACAAAATCTCAAAGTGAACAAC
ATAAGTTACATAGGTTCACATACGATGACCAAACTCAAAGATAGATCATTCAGGGAAGAG
ATGTCTAGTTGTTTAATTACCGTATACATACATATAAATGTGGATTGATGCATGTACTGT
GTAAATGTATTTGTGTGTTTATAATGTAGGAGGGATCCAGATGTAGCCATGAGTTTGAAG
GTAACCAGCTTTCTCCAGTAACTGATCAGCTTCTTTTGGTCCTCGGCTTCCTGGTTTGTA
TGGGATTGACTTCACTTCTCCTTTGTCAATCCTGTGCAGCAACGGTGTAAAGATCTCCCA
CGCAACCTTTAGTTCGTCTCTGCGAACGAAATGCTGTTGATCACCTTTAATTGTGCCAAG
AATTAAGCGCTCGTATGCCTCCGGGATGGAGACACCTTGATAACGTTGTCCGTATGACAA
GTCTAGTTCGCTTTGCACGGTTTGCATCTCCAGACCCGGTTGCTTAACAGTTAGTTTCAT
GTACATTGCCTCTGATGGTTGCAGGCGTATCACAAACTCGTTCCTCCCTTGTTTCTGACA
TCTGAATATGTCCCCTGGAACATCCTTGAACTGAATTCGAATTTCCGCCTTCCTCGAATT
TAGCGCCTTTCCCGCCTTTAGGATAAATGGAACACCTTCCCATCTTTCGTTGTGAATGCG
AAGAATTGTTGTGGCAAACGTAGGAGTGTTTGAGTCGTCTGGAACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GY79JQ U 32
AF RR3AD81JQ U 1
BS 1 415 RR3AD81JQ
BS 416 416 RR3GY79JQ
BS 417 766 RR3AD81JQ

RD RR3GY79JQ 394 0 0
G
CACAAGACAAAATCTCAAAGTGAACAACATAAGTTACATAGGTTCACATACGATGACCAA
ACTCAGAGATAGATCATTCAGGGAAGAGATGTCTAGTTGTTTAATTACCGTATACATACA
TATAAATGTGGATTGATGCATGTACTGTGTAAATGTATTTGTGTGTTTATAATGTAGGAG
GGATCCAGATGTAGCCATGAGTTTGAAGGTAACCAGCTTTCTCCAGTAACTGATCAGCTT
CTTTTGGTCCTCGGCTTCCTGGTTTGTATGGGATTGACTTCACTTCTCCTTTGTCAATCC
TGTGCAGCAACGGTGTAAAGATCTCCCACGCAACCTTTAGTTCGTCTCTGCGAACGAAAT
GCTGTTGATCACCTTTAATTGTGCCAAGAATTA

QA 2 394 2 394
DS 

RD RR3AD81JQ 766 0 0
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ATAAGTTACATAGGTTCACATACGATGACCAAACTCAAAGATAGATCATTCAGGGAAGAG
ATGTCTAGTTGTTTAATTACCGTATACATACATATAAATGTGGATTGATGCATGTACTGT
GTAAATGTATTTGTGTGTTTATAATGTAGGAGGGATCCAGATGTAGCCATGAGTTTGAAG
GTAACCAGCTTTCTCCAGTAACTGATCAGCTTCTTTTGGTCCTCGGCTTCCTGGTTTGTA
TGGGATTGACTTCACTTCTCCTTTGTCAATCCTGTGCAGCAACGGTGTAAAGATCTCCCA
CGCAACCTTTAGTTCGTCTCTGCGAACGAAATGCTGTTGATCACCTTTAATTGTGTCAAG
AATTAAGCGCTCGTATGCCTCCGGGATGGAGACACCTTGATAACGTTGTCCGTATGACAA
GTCTAGTTCGCTTTGCACGGTTTGCATCTCCAGACCCGGTTGCTTAACAGTTAGTTTCAT
GTACATTGCCTCTGATGGTTGCAGGCGTATCACAAACTCGTTCCTCCCTTGTTTCTGACA
TCTGAATATGTCCCCTGGAACATCCTTGAACTGAATTCGAATTTCCGCCTTCCTCGAATT
TAGCGCCTTTCCCGCCTTTAGGATAAATGGAACACCTTCCCATCTTTCGTTGTGAATGCG
AAGAATTGTTGTGGCAAACGTAGGAGTGTTTGAGTCGTCTGGAACA

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL6157Contig1 907 2 2 U
GGAAGCAGAGCCTTAACGGCGAATATGGAAGGGGTAGGACTTAGAGGCTGCGCTGGGGAG
ATTCTCCGTCTCGGATTTACAGTTCAACGTGGTGTCTCCGGCCGTAATCCGATCCTCCGG
CGAGCTATGGTGATAAAGATGAGAGACCGGAGCAAGAACAGGAAACCACTGCAGAGAGGT
CGGATGCTCAGCATCGAAGCGATTCAAGCCGTTCAAGCCCTGAAGCGAGCCAACACTCCT
CCTCCTCCTCCGTCTCCTTCCTCCTCCTCATCGATGCTAGATCGGGTAATCGATTCCAAA
ATCCGCCGGCTCTTGAAATTCGATATGGTCGCCGTTCTTCGGGAGCTGTTACGCCAGAAC
GAGTGCTCTCTATCTCTCAAGGTATTTGAAGAGATTCGGAAGGAGTATTGGTACAAGCCT
CACGTGAGACTATACGCAGATATGATCGCTGCGATGGCGGATAACAGTTTGCTCGAGGAG
GTCAACCATCTTTACGCAGCTATGAAATCAGAGAAGGGATTAACGGCTGAGATCGAGAGC
TTCGACACACTCTTGGTGATTCTTCTGAATCATAAGCTGTTTGAACTTGTCATGGACTGC
TACGGCTTTATGCAATCGATAGGGTACGAGCCTGATAGGTATTCCTTTAGGATCCTAGTC
CAAGGTCTCGAGTCGAATGGAGAAATGGGCTTGTCGGCTATTGTTAGGCAAGATGCTCTC
TAGTATTACGGCGAATCGTTAGAGTTTACTGAAGAAGTTGAAGACATCTCTAGTCTGTTG
ATCCCACAATGGAGGAGATAAAATTTGGAGCTTAATAATAGCTTGAAATTAATCATACTG
TATGATAATCTCTATAAAATTAGACCCAGTTTTCTATTTAGCCGCAACGCAAGGTTGTTT
GGTATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BU66TF U 1
AF RR3BU66JQ C 250
BS 1 642 RR3BU66TF
BS 643 907 RR3BU66JQ

RD RR3BU66TF 645 0 0
GGAAGCAGAGCCTTAACGGCGAATATGGAAGGGGTAGGACTTAGAGGCTGCGCTGGGGAG
ATTCTCCGTCTCGGATTTACAGTTCAACGTGGTGTCTCCGGCCGTAATCCGATCCTCCGG
CGAGCTATGGTGATAAAGATGAGAGACCGGAGCAAGAACAGGAAACCACTGCAGAGAGGT
CGGATGCTCAGCATCGAAGCGATTCAAGCCGTTCAAGCCCTGAAGCGAGCCAACACTCCT
CCTCCTCCTCCGTCTCCTTCCTCCTCCTCATCGATGCTAGATCGGGTAATCGATTCCAAA
ATCCGCCGGCTCTTGAAATTCGATATGGTCGCCGTTCTTCGGGAGCTGTTACGCCAGAAC
GAGTGCTCTCTATCTCTCAAGGTATTTGAAGAGATTCGGAAGGAGTATTGGTACAAGCCT
CACGTGAGACTATACGCAGATATGATCGCTGCGATGGCGGATAACAGTTTGCTCGAGGAG
GTCAACCATCTTTACGCAGCTATGAAATCAGAGAAGGGATTAACGGCTGAGATCGAGAGC
TTCGACACACTCTTGGTGATTCTTCTGAATCATAAGCTGTTTGAACTTGTCATGGACTGC
TACGGCTTTATGCAATCGATAGGGTACGAGCCTGATAGGTAT
CCT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3BU66JQ 658 0 0
CCGTCTCCTTCCTCCTCCTCATCGATGCTAGATCGGGTAATCGATTCCAAAATCCGCCGG
CTCTTGAAATTCGATATGGTCGCCGTTCTTCGGGAGCTGTTACGCCAGAACGAGTGCTCT
CTATCTCTCAAGGTATTTGAAGAGATTCGGAAGGAGTATTGGTACAAGCCTCACGTGAGA
CTATACGCAGATATGATCGCTGCGATGGCGGATAACAGTTTGCTCGAGGAGGTCAACCAT
CTTTACGCAGCTATGAAATCAGAGAAGGGATTAACGGCTGAGATCGAGAGCTTCGACACA
CTCTTGGTGATTTTTTTGAATCATAAGCTGTTTGAACTTGTCATGGACTGCTACGGCTTT
ATGCAATCGATAGGGTACGAGCCTGATAGGTATTCCTTTAGGATCCTAGTCCAAGGTCTC
GAGTCGAATGGAGAAATGGGCTTGTCGGCTATTGTTAGGCAAGATGCTCTCTAGTATTAC
GGCGAATCGTTAGAGTTTACTGAAGAAGTTGAAGACATCTCTAGTCTGTTGATCCCACAA
TGGAGGAGATAAAATTTGGAGCTTAATAATAGCTTGAAATTAATCATACTGTATGATAAT
CTCTATAAAATTAGACCCAGTTTTCTATTTAGCCGCAACGCAAGGTTGTTTGGTATCG

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL6158Contig1 385 2 1 U
GGCCTGAGGTTTCAATCCTAGTTTTCCCTAACCTTCTCGGCTTGCATTTGAGGAATGGTT
TTCTTTCTGGCTATATAAACATTATTCATGGAACCAAATATAAGATTAGTTCAAGTTCAT
GGTTCGTTCTTGTGATGAGATTACTCGAAGTTGCTACTGGCTCTTTTTCTTGCGGCAAGG
TTGAGCACGCCAGAGTACTTACTTGATTCATGCAGTGAAACTAGTCAGGATTTTTGAGGA
TGCAATTCAGAAAAGGAAACCGGATTGTCAGTCAGGTTGGAGAAGTCTCTCTTTCTCTCT
AGATATGTGTAAATTAATGTATGTCTCTTTCTCAGAGATTTGTAGTTGGATATAAAAAAC
TTGGTAAGAGTTGCTATTCTATGTT


BQ
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AF RR3CX82JQ C 1
AF RR3CX82TF U 1
BS 1 385 RR3CX82TF

RD RR3CX82JQ 385 0 0
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GGTTCGTTCTTGTGATGAGATTACTCGAAGTTGCTACTGGCTCTTTTTCTTGCGGCAAGG
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TGCAATTCAGAAAAGGAAACCGGATTGTCAGTCAGGTTGGAGAAGTCTCTCTTTCTCTCT
AGATATGTGTAAATTAATGTATGTCTCTTTCTCAGAGATTTGTAGTTGGATATAAAAAAC
TTGGTAAGAGTTGCTATTCTATGTT

QA 1 385 1 385
DS 

RD RR3CX82TF 385 0 0
GGCCTGAGGTTTCAATCCTAGTTTTCCCTAACCTTCTCGGCTTGCATTTGAGGAATGGTT
TTCTTTCTGGCTATATAAACATTATTCATGGAACCAAATATAAGATTAGTTCAAGTTCAT
GGTTCGTTCTTGTGATGAGATTACTCGAAGTTGCTACTGGCTCTTTTTCTTGCGGCAAGG
TTGAGCACGCCAGAGTACTTACTTGATTCATGCAGTGAAACTAGTCAGGATTTTTGAGGA
TGCAATTCAGAAAAGGAAACCGGATTGTCAGTCAGGTTGGAGAAGTCTCTCTTTCTCTCT
AGATATGTGTAAATTAATGTATGTCTCTTTCTCAGAGATTTGTAGTTGGATATAAAAAAC
TTGGTAAGAGTTGCTATTCTATGTT

QA 1 385 1 385
DS 



AS 1 2

CO CL6159Contig1 661 2 5 U
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ACAAATAACAAAAATACCCCACCCAACACATTTTGAAACTTAACATGTCGACTAAAGTGA
AAAATAATAGTACAACACTCCACTCAAAACTCCCTTGAACCCTCCCAAGGTCAGCAAAAA
AGAAAATTACAGAAAGCTTTTGTCCAAGTGACTAACAATAGTATTATACTAATGTAACAC
ACTTGTAAATATCCCCTAACTTTTATTTGGATTTCGAAATCCTTATCACTAGTAATAACC
ATACCATAACAATCACAGTTTATAACCTAAAACCACCAAACAACTTCTAACAAGGCTCCT
CCTTAAACAAAACAAACAGTTTCAGTACATCCAGTCCTGAGGAAGACGTCTCTCTTGATT
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GCACTCGTAATCGAACTGACTGTGTCTTGTTTTAATATCGATGAACTCATCAAAGTTTAC
TTTTGACCGCAACATAGCCGTTGTGTTGACTGGAACTGGTTTCTTGATGGGCTCTGAAGG
GGCGGTTGTTGGGTATCGCCGGGGAAGGAAAACTCCGGTGCCGGCAGAAGGACGTTTCGG
C


BQ
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10 

AF RR3FA84JQ U 10
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RD RR3FA84JQ 394 0 0
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AAAAATACCCCACCCAACACATTTTGAAACTTAACATGTCGACTAAAGTGAAAAATAATA
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CAGAAAGCTTTTGTCCAAGTGACTAACAATAGTATTATACTAATGTAACACACTTGTAAA
TATCCCCTAACTTTTATTTGGATTTCGAAATCCTTATCACTAGTAATAACCATACCATAA
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AAACAAACAGTTTCAGTACATCCAGTCCTGAGGA

QA 1 394 1 394
DS 

RD RR3FA84TF 661 0 0
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AAAATAATAGTACAACACTCCACTCAAAACTCCCTTGAACCCTCCCAAGGTCAGCAAAAA
AGAAAATTACAGAGAGCTTTTGTCCAAGTGACTAACAATAGTATTATACTAATGTAACAC
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ATACCATAACAATCACAGTTTATAACCTAAAACCACCAAACAACTTCTAACAAGGCTCCT
CCTTAAACAAAACAAACAGTTTCAGTACATCCAGTCCTGAGGAAGACGTCTCTCTTGATT
CAGACAACGAACTGCTCTGGAGTTTCCCTGACGAGCAAGTAGTCAACTTCTTGCTAGCAT
GCACTCGTAATCGAACTGACTGTGTCTTGTTTTAATATCGATGAACTCATCAAAGTTTAC
TTTTGACCGCAACATAGCCGTTGTGTTGACTGGAACTGGTTTCTTGATGGGCTCTGAAGG
GGCGGTTGTTGGGTATCGCCGGGGAAGGAAAACTCCGGTGCCGGCAGAAGGACGTTTCGG
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL6160Contig1 1169 2 6 U
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CTACACTGCGATTTCTGACTCAATACAACCCATTAATCCTCTGAAAATAAACACAGAAAA
TAAAAGCCTCAATGGCTTTCACTAAAACATTACTGTTTAGTAGTTTTCAGCTACAGGTCT
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TGACGCATCTTTCATCATAAACATCAGCCTCTGAACAAATGTGGCTGCTCTTGTCACCTG
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TTCAAGCTGAGCCTCCAAACCACGCTGAACCGCACATCCAACCAAGAACGGAAGGACAGC
AATCAACGCATCCATTCCGAGAGCTGGCCAAGTCATGTATACAGCAAACACAGGGACTAC
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CAGTGAGGATATCAAGACAGCAGGAGCCAAGACCACAAGAAGGAACCTTTGTCTTCTTCC
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GAAACAGAACCAGACTTTCCACGGAACAGCTCAGATCGAGGAGCATAACTATCAGGTTGA
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GATTCCATTTTTTTTTTTTGTTTTTTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H471JQ U 1
AF RR3E240TF C 402
BS 1 724 RR3H471JQ
BS 725 725 RR3E240TF
BS 726 803 RR3H471JQ
BS 804 804 RR3E240TF
BS 805 814 RR3H471JQ
BS 815 1169 RR3E240TF

RD RR3H471JQ 821 0 0
GACAGTTGCACTTGCAGCCAATTTCATCCCTCATAAATCAAACAACTCTCAAAAAGTGTC
CTACACTGCGATTTCTGACTCAATACAACCCATTAATCCTCTGAAAATAAACACAGAAAA
TAAAAGCCTCAATGGCTTTCACTAAAACATTACTGTTTAGTAGTTTTCAGCTACAGGTCT
CGAAGGAAAGAGGCGCATTAGAAAAGTGATCAGCGACCAGAGACACAGAACAGCTAGAAA
CTGCAAAGTCACAACCAAACCAACCAGCGCAACTCCTCGCTCTGTAATCTCTACAGTCGT
TGACGCATCTTTCATCATAAACATCAGCCTCTGAACAAATGTGGCTGCTCTTGTCACCTG
ATACAGCCTATACACCTCAAAGACTATTGGAACAATGGGCCAACAGGACGAGCCACGTCG
TTCAAGCTGAGCCTCCAAACCACGCTGAACCGCACATCCAACCAAGAACGGAAGGACAGC
AATCAACGCATCCATTCCGAGAGCTGGCCAAGTCATGTATACAGCAAACACAGGGACTAC
AACTTTCAAACCCATCATCAGAAATGTGGACATGAGGTATCCTCTAAGTCCAGTGATTAG
ACTCCATCTCTTGGTGCTGAAGTCTAAGTACGGCCTCTGCACTCTGTCCGTCACTGACAG
GAATATAGCCAGACCAGCATAAAACGCCGTCTCAAAGCAGAAAGAAGTAACAATCTCTGC
AACGGTCTCGTTTTTAAAGGTAGATTCAATGGCACCACTGAGAAAGAACTGAGGAAGAAT
CAGTGAGGATATCAAGACAGCAG*AGCCAAGACC
CACAAGA

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR3E240TF 768 0 0
CAACA
GACGAGCCACGTCGTTCAAGCTGAGC*TCGAAACCACGCTGAACCGCACATCCAACCAAG
AACGGAAGGACAGCAATCAACGCATCCATTCCGAGAGCTGGCCAAGTCATGTATACAGCA
AACACAGGGACTACAACTTTCAAACCCATCATCAGAAATGTGGACATGAGGTATCCTCTA
AGTCCAGTGATTAGACTCCATCTCTTGGTGCTGAAGTCTAAGTACGGCCTCTGCACTCTG
TCCGTCACTGACAGGAATATAGCCAGACCAGCATAAAACGCCGTCTCAAAGCAGAAAGAA
GTAACAATCTCTGCAACGCTTTCGTTTTTAAAGGTAGATTCAATGGCACCACTGAGAAAG
AACTGAGGAAGAATCAGTGAGGATATCAAGACGGCAGGAGCCAAGACCACAAGAAGGAAC
CTTTGTCTTCTTCCTGAAACGGAGCCGAGACAAGTTTACTTTCTTCAACCAGCTGGTGGG
TCAGACCGTTGAAAGAAACAGAACCAGACTTTCCACGGAACAGCTCAGATCGAGGAGCAT
AACTATCAGGTTGAGAAGAACATAGGACACGGCCTCGGCGGTTCAAGTAAACTCCACCTT
GTGGTTTGTTCCAGACAAGGGTTTGTCTGACGTCAGTTTTGGGAGATGTGGAAGAACCAC
GAGGAGGAGAGGAGAGTGAAACTCGAGATGAAAGTTGAAGTCTTGGAGGAAGAAACCCTA
AGCAAATAGCTTTTGATTCCATTTTTTTTTTTTGTTTTTTTCC

QA 6 768 6 768
DS 



AS 1 2

CO CL6161Contig1 406 2 1 U
GGGAGAAGAAACATTTTCTAGGGTTCACGCAGACGTGCTTGTTCTCTCCCTCTGTGATCA
GCAACCGACGAAATGGGTCATGACAACGTGTGGAACTCTCATCCGAAGAAGTACGGTCCT
GGCTCACGCACCTGCCGTGTGTGTGGAAACTCCCATGGGCTGATCAGGAAGTATGGTCTC
AACTGCTGCAGACAATGTTTCCGCAGCAATGCCAAGGAGATTGGATTCATCAAGTATCGT
TAATGAAAGCACCAGTTCTTGATCGATGCTTATGATATACACAAACATGATGGCGTCAAT
CAATTGGCTCTGAAGCTTTTTTAGTTTTTCTTTAATGCATTTCATTTTTTATATCGAATA
AGTTGGTGGACAAGGCCTATGTATTTGTCTTAAAAGCTTAAGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AY74TF U 1
AF RR3AY74JQ C 20
BS 1 406 RR3AY74TF

RD RR3AY74TF 406 0 0
GGGAGAAGAAACATTTTCTAGGGTTCACGCAGACGTGCTTGTTCTCTCCCTCTGTGATCA
GCAACCGACGAAATGGGTCATGACAACGTGTGGAACTCTCATCCGAAGAAGTACGGTCCT
GGCTCACGCACCTGCCGTGTGTGTGGAAACTCCCATGGGCTGATCAGGAAGTATGGTCTC
AACTGCTGCAGACAATGTTTCCGCAGCAATGCCAAGGAGATTGGATTCATCAAGTATCGT
TAATGAAAGCACCAGTTCTTGATCGATGCTTATGATATACACAAACATGATGGCGTCAAT
CAATTGGCTCTGAAGCTTTTTTAGTTTTTCTTTAATGCATTTCATTTTTTATATCGAATA
AGTTGGTGGACAAGGCCTATGTATTTGTCTTAAAAGCTTAAGTTTC

QA 1 406 1 406
DS 

RD RR3AY74JQ 387 0 0
AGGGTTCACGCAGACGTGCTTGTTCTCTCCCTCTGTGATCAGCAACCGACGAAATGGGTC
ATGACAACGTGTGGAACTCTCATCCGAAGAAGTACGGTCCTGGCTCACGCACCTGCCGTG
TGTGTGGAAACTCCCATGGGCTGATCAGGAAGTATGGTCTCAACTGCTGCAGACAATGTT
TCCGCAGCAATGCCAAGGAGATTGGATTCATCAAGTATCGTTAATGAAAGCACCAGTTCT
TGATCGATGCTTATGATATACACAAACATGATGGCGTCAATCAATTGGCTCTGAAGCTTT
TTTAGTTTTTCTTTAATGCATTTCATTTTTTATATCGAATAAGTTGGTGGACAAGGCCTA
TGTATTTGTCTTAAAAGCTTAAGTTTC

QA 1 387 1 387
DS 



AS 1 2

CO CL6162Contig1 1031 2 4 U
GGACTCTCGGCGGAGAGAGAGAGACCGCTATTTGTAGAGAGAGAAAAAGCTTTAAACTAA
ACTTTATTCACAAAAGATAGAAGGAGCTCAAAGAAGAAGAAGAAGCTTCCTCGTTTCGAG
GAAAGGAAGCAAGATTGTGCATTTATTCATCAATGGGGGAGCTCATCTTCTCCATTTCTC
TCCTGCTTCTGCTTCTGGACTGTTGCCACGGTGGTAAGGTCGGAGTATGTTACGGAAGAA
GCGCCGACGATCTCCCGACACCATCAAAAGTAGTCCAGCTGATAAAACAGCACAACATCA
AAAATCAGAATCTACGACTACAACTCCCAAGTCCTCAAAGCATTCGCCAACACAACCATC
GAGCTCATGATCGGAGTCCCAAACTCCGACCTCAAACCTTTCACCCAATCCCAATCAAAC
GTCGACACGTGGCTAAAGAACAGCGTCTTACCATTCTATCCAACCACCAAGATCACTTAC
ATAACAGTCGGAGCCGAATCCACCGACGATCCACACACCAACAACGCCTCGTCTCTCGTC
GTCCCCGCGATGCAGAACGTGTTAACCGCTCTCAAGAAAGTCGGCTTGAGCAGAAGGATC
AAAGTCTCCACGACTCTCTCCCTCGGCGTCCTCTCTAGATCTTTCCCTCCTTCAGCCGGA
GCCTTCAACAGCAGCTACGCGTATTTCTTGAGACCCATGCTCGAGTTCTTGGCGGAGAAT
CAGTCTCCCTTCATGGTCGATCTCTACCCTTACTACGCTTACAGAGATTCTCCCAGCAAC
GTGTCTTTGGATTACGTGCTGTTCGAGTCCTCCTCCGAAGTCATTGATCCCAACACCGGT
TTGCTCTACAAGAACATGTTCGACGCTCAAGTAGACGCGCTCTATTACGCGCTCACAGCT
CTAAACTTCAGGACGATCAAGATCATGGTCACCGAGACCGGATGGCCGACCAAAGCTCAC
CAAAAGGAGAAAGGTGCTGCGTCTCCCGACACGCAGAGACGTATAACGCTAACATTATAC
GCCACGCGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN24TF U 1
AF RR3GU15TF U 288
BS 1 339 RR3FN24TF
BS 340 340 RR3GU15TF
BS 341 695 RR3FN24TF
BS 696 1031 RR3GU15TF

RD RR3FN24TF 695 0 0
GGACTCTCGGCGGAGAGAGAGAGACCGCTATTTGTAGAGAGAGAAAAAGCTTTAAACTAA
ACTTTATTCACAAAAGATAGAAGGAGCTCAAAGAAGAAGAAGAAGCTTCCTCGTTTCGAG
GAAAGGAAGCAAGATTGTGCATTTATTCATCAATGGGGGAGCTCATCTTCTCCATTTCTC
TCCTGCTTCTGCTTCTGGACTGTTGCCACGGTGGTAAGGTCGGAGTATGTTACGGAAGAA
GCGCCGACGATCTCCCGACACCATCAAAAGTAGTCCAGCTGATAAAACAGCACAACATCA
AAAATCAGAATCTACGACTACAACTCCCAAGTCCTCAAATCATTCGCCAACACAACCATC
GAGCTCATGATCGGAGTCCCAAACTCCGACCTCAAACCTTTCACCCAATCCCAATCAAAC
GTCGACACGTGGCTAAAGAACAGCGTCTTACCATTCTATCCAACCACCAAGATCACTTAC
ATAACAGTCGGAGCCGAATCCACCGACGATCCACACACCAACAACGCCTCGTCTCTCGTC
GTCCCCGCGATGCAGAACGTGTTAACCGCTCTCAAGAAAGTCGGCTTGAGCAGAAGGATC
AAAGTCTCCACGACTCTCTCCCTCGGCGTCCTCTCTAGATCTTTCCCTCCTTCAGCCGGA
GCCTTCAACAGCAGCTACGCGTATTTCTTGAGACC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3GU15TF 744 0 0
GCACAACATCAAATACG
TCAGAATCTACGACTACAACTCCCAAGTCCTCAAAGCATTCGCCAACACAACCATCGAGC
TCATGATCGGAGTCCCAAACTCCGACCTCAAACCTTTCACCCAATCCCAATCAAACGTCG
ACACGTGGCTAAAGAACAGCGTCTTACCATTCTATCCAACCACCAAGATCACTTACATAA
CAGTCGGAGCCGAATCCACCGACGATCCACACACCAACAACGCGTCGTCTCTCGTCGTCC
CCGCGATGCAGAACGTGTTAACCGCTCTCAAGAAAGTCGGCTTGAGCAGAAGGATCAAAG
TCTCCACGACTCTCTCCCTCGGCGTCCTCTCTAGATCTTTCCCTCCTTCAGCCGGAGCCT
TCAACAGCAGCTACGCGTATTTCTTGAGACCCATGCTCGAGTTCTTGGCGGAGAATCAGT
CTCCCTTCATGGTCGATCTCTACCCTTACTACGCTTACAGAGATTCTCCCAGCAACGTGT
CTTTGGATTACGTGCTGTTCGAGTCCTCCTCCGAAGTCATTGATCCCAACACCGGTTTGC
TCTACAAGAACATGTTCGACGCTCAAGTAGACGCGCTCTATTACGCGCTCACAGCTCTAA
ACTTCAGGACGATCAAGATCATGGTCACCGAGACCGGATGGCCGACCAAAGCTCACCAAA
AGGAGAAAGGTGCTGCGTCTCCCGACACGCAGAGACGTATAACGCTAACATTATACGCCA
CGCGGTT

QA 18 744 18 744
DS 



AS 1 2

CO CL6163Contig1 772 2 1 U
GCGTGCAGAAAACTCAAAAAGGTACTAACATGCAGTGACTTTGATCACGAAGTAGCGTCA
AAGCAGGTCCTAGAAGCGCTCTTCTTCAAAGCAGAAGCCCCGCACAGGCAACGCATCCTA
GCCGCGGAAGGATCAGACTCAGTGAACCGCCGTTTCATAGAGAGGGCTTACAAATACAGA
CCTGTGAAAGTCGTCGAGTTCGAGCTTCCTCGTCCGCAGTGCGTAGTGTACCTGGACTTG
AAGCGAGAGGAATGCACAGGACTGTTCCCTTCGGGGAGAGTCTACTCTCAGGCCTTTCAC
TTAGGTGGTCAAGGCTTCTTCCTCTCTGCTCATTGTAACATGGACCAGCAAAGCTCGTTC
CACTGCTTTGGTCTCTTCCTTGGGATGCAAGAGAAAGGAGCTGTGAGCTTTGGTGTGGAC
TACGAGTTCGCGGCTAGAGAGAAGCCTTCTCAGGATTACGCTTGCAAATACAAAGGGAAC
TACACGTTCACTGGTGGCAAAGCTGTTGGTTACAGAAACCTCTTTGGGATTCCTTGGACT
TCGTTTATCGCTGAGGATAGTCAATACTTCATCAATGGCATTCTCCATCTCCGAGCTGAG
CTCACCATTAAAAGATCAACAGAAATTCACTGATCAACAACTCTCTACTCTCTCTCTCTC
TCCTCTTCATGTAGCAGCTCAAACCAAGAGTGTCTTTTGTAATTTGCTTACGAGCAGTAA
AAGAGTATCCACGCTGTAAATTTAATTGGAAGTTAACTTATCTATTTGCACT


BQ
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AF RR3AB92JQ C 1
AF RR3AB92TF U 1
BS 1 772 RR3AB92TF

RD RR3AB92JQ 772 0 0
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QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3AB92TF 772 0 0
GCGTGCAGAAAACTCAAAAAGGTACTAACATGCAGTGACTTTGATCACGAAGTAGCGTCA
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GCCGCGGAAGGATCAGACTCAGTGAACCGCCGTTTCATAGAGAGGGCTTACAAATACAGA
CCTGTGAAAGTCGTCGAGTTCGAGCTTCCTCGTCCGCAGTGCGTAGTGTACCTGGACTTG
AAGCGAGAGGAATGCACAGGACTGTTCCCTTCGGGGAGAGTCTACTCTCAGGCCTTTCAC
TTAGGTGGTCAAGGCTTCTTCCTCTCTGCTCATTGTAACATGGACCAGCAAAGCTCGTTC
CACTGCTTTGGTCTCTTCCTTGGGATGCAAGAGAAAGGAGCTGTGAGCTTTGGTGTGGAC
TACGAGTTCGCGGCTAGAGAGAAGCCTTCTCAGGATTACGCTTGCAAATACAAAGGGAAC
TACACGTTCACTGGTGGCAAAGCTGTTGGTTACAGAAACCTCTTTGGGATTCCTTGGACT
TCGTTTATCGCTGAGGATAGTCAATACTTCATCAATGGCATTCTCCATCTCCGAGCTGAG
CTCACCATTAAAAGATCAACAGAAATTCACTGATCAACAACTCTCTACTCTCTCTCTCTC
TCCTCTTCATGTAGCAGCTCAAACCAAGAGTGTCTTTTGTAATTTGCTTACGAGCAGTAA
AAGAGTATCCACGCTGTAAATTTAATTGGAAGTTAACTTATCTATTTGCACT

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL6164Contig1 1056 2 2 U
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ACCGCCGCGAGGTGGTCTACACGTATCTTCGCACATACGGAGAATGAGTCGTCACGGTCC
GATCAGCAACAGCTCAATCTCTCCGTCCTTCGCTTCACTTTCGGGATTCCTGGTCTAGAC
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TTACCTGAAGTGGGAGAACAGGTTTTTGTGATATCATCAAGTATTGGAGACTCTTTGAAG
GAGGATTTGGCTTGGGCTACTTATGTTTTATTAAGGAATACAAGTACCGTAGCTGTGATG
ATATCGCTTCAAGGTGAGCTTTGCGTTCGTGGGTACTGGAACTGCCCTGGTCAAATGTCA
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AAGGAGACCCTTTATTTCCCTCAATATGCAGGTTCTGGATTGTCGTGGGATATTCTTCCG
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GCCTGGATTGGAGCCATGGCTGATAAATTCAGAGAAAGAAGATAAGAGGCGGCAGCAGAG
TGATAAGTGATCAAGTGGATGAGGCAGTTACTTGATCAGTTGAGCTTCTTTTCATAACGG
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GTTGAGAGATAATACAAAGGAAATTACATTGTGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H992TF U 1
AF RR3H992JQ C 323
BS 1 709 RR3H992TF
BS 710 1056 RR3H992JQ

RD RR3H992TF 709 0 0
CGAATTTATAACTTCCCGTCCCACCCAAGGTTCTTGCTGCAACCCCGCTCCCAATCCCAA
ACCGCCGCGAGGTGGTCTACACGTATCTTCGCACATACGGAGAATGAGTCGTCACGGTCC
GATCAGCAACAGCTCAATCTCTCCGTCCTTCGCTTCACTTTCGGGATTCCTGGTCTAGAC
GAATCTTATCTACCGAGGTGGATCGGGTACGGGTTCGGTTCGCTTCTTCTCCTCAATCAC
TTCTCAGCTTCACCTCCAATCAGCGAATCGCAGCTGGGTTCTGAAGTTGAGAAGAGAAGC
TTACCTGAAGTGGGAGAACAGGTTTTTGTGATATCATCAAGTATTGGAGACTCTTTGAAG
GAGGATTTGGCTTGGGCTACTTATGTTTTATTAAGGAATACAAGTACCGTAGCTGTGATG
ATATCGCTTCAAGGTGAGCTTTGCGTTCGTGGGTACTGGAACTGCCCTGGTCAAATGTCA
AAGGCTCAACTACATGATTGGTTCAAGAGAAAGGTTGATGAGATAGACCTGGCTGATGTG
AAGGAGACCCTTTATTTCCCTCAATATGCAGGTTCTGGATTGTCGTGGGATATTCTTCCG
GATGGGACGCGTTCTGTTTTTGTGCACCCTCTCGTACAAAATGTAAATGAATCGGAGAAA
GTTGATGGGTTTTTGATGGTGGCTTCTACTGCTGGATATGCATATAGCG

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3H992JQ 734 0 0
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ATGTTTTATTAAGGAATACAAGTACCGTAGCTGTGATGATATCGCTTCAAGGTGAGCTTT
GCGTTCGTGGGTACTGGAACTGCCCTGGTCAAATGTCAAAGGCTCAACTACATGATTGGT
TCAAGAGAAAGGTTGATGAGATAGACCTGGCTGATGTGAAGGAGACCCTTTATTTCCCTC
AATATGCAGGTTCTGGATTGTCGTGGGATATTCTTCCGGATGGGACGCGTTCTGTTTTTG
TGCACCCTCTCGTACAAAATGTAAATGAATCGGAGAAAGTTGATGGGTTTTTGATGGTGG
CTTCTACTGCTGGATATGCATATAGCGATAAAGATAGAGCCTGGATTGGAGCCATGGCTG
ATAAATTCAGAGAAAGAAGATAAGAGGCGGCAGCAGAGTGATAAGTGATCAAGTGGATGA
GGCAGTTACTTGATCAGTTGAGCTTCTTTTCATAACGGCTTCGGCGGGAGTCAGTTGCGA
AGTCGTTACATTCTTAGAGTCCTTTACAAGCCATATAAATAAGTGATAGATGATTCATTT
GTACGTTGGCTAGAAACTGGATTGTAATCTTTGGGCTCTTGAGTATTTGCTCTTGAGATT
GGCTTAGTTTGTATTTCGCAAACTAAGATTTGTATTCAGTTGAGAGATAATACAAAGGAA
ATTACATTGTGCTC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL6165Contig1 911 2 2 U
GGAAATACACCAAAGAAGTTTTAAAAGAAAAACCTAAACAAACAAAAATAAATGGCTGGA
GAGGAGTTCTTGAAACTGTTCGAGCACAACTGTTCGGAGAGACTGATCTTCAAGAAAGAC
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AGTTCTGTTTCATCATCAGAAGGTTTCTTCTCATCTCCTAGATCGGTCTTAGCCGTTAAA
GCATCGCAGACGAAGCTCCAGACGATTCTCTCCGGGAAAGAAGTCAACGAGTTCTCAACT
GCGGAAAGAGACAGAGTACTTTCTGAAAAGTCAGAGAAGGAAGAACAGAGGAAGAAGAAG
CAGAACGATGTAAGAAGAAGAACTAGAAAGGGGAAGAGTATGTCGGATTTGGAGTTCGAG
GAGCTTAAAGGGTTTCTTGATCTTGGTTTTGTCTTCTCCGAGGAAGACCAAAGAGATTCA
GAGCTGGTCTCGATTCTTCCTGGATTGCAAAGGTTAGTGAAGAAAGATGGTGGAGTAGGG
GATGTAACAGAGGAAGAAGACATAAGCAACATAAACAGACTGTATTTGTCGGAAGCATGG
GATCATTGCGGAGGGAGAAAAGGGAAGAGGCATATAACGCCGGCGATAAAGTGGAAAGTT
GCAGCTGCGCCGGAGGTGAAAGAAGTTGAGTTGAAAGATCATTTGAAACAGTGGGCTCAT
GCGGTGGCTTCCACTATCAGATGATGCTAATAACAAAAAAGCTTGTATTCTCAATATGCT
GTACTTTGACCATTGGGTATCTGTCAGCTTTTGATTGGTTACTTACACTGAGAATAAAGA
TGACAATTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H184TF U 1
AF RR3H184JQ C 292
BS 1 678 RR3H184TF
BS 679 911 RR3H184JQ

RD RR3H184TF 678 0 0
GGAAATACACCAAAGAAGTTTTAAAAGAAAAACCTAAACAAACAAAAATAAATGGCTGGA
GAGGAGTTCTTGAAACTGTTCGAGCACAACTGTTCGGAGAGACTGATCTTCAAGAAAGAC
AAAGACCCTTTGAAACTCAACGAAGAAGTTGGAGAGAAAATGGAAGATAAGGAAGATGAA
GCTGTGAAGAATATTCTTGTGAAGAGGGCTATGAGTGATGAGACGATGATGATGATGACG
AGTTCTGTTTCATCATCAGAAGGTTTCTTCTCATCTCCTAGATCGGTCTTAGCCGTTAAA
GCATCGCAGACGAAGCTCCAGACGATTCTCTCCGGGAAAGAAGTCAACGAGTTCTCAACT
GCGGAAAGAGACAGAGTACTTTCTGAAAAGTCAGAGAAGGAAGAACAGAGGAAGAAGAAG
CAGAACGATGTAAGAAGAAGAACTAGAAAGGGGAAGAGTATGTCGGATTTGGAGTTCGAG
GAGCTTAAAGGGTTTCTTGATCTTGGTTTTGTCTTCTCCGAGGAAGACCAAAGAGATTCA
GAGCTGGTCTCGATTCTTCCTGGATTGCAAAGGTTAGTGAAGAAAGATGGTGGAGTAGGG
GATGTAACAGAGGAAGAAGACATAAGCAACATAAACAGACTGTATTTGTCGGAAGCATGG
GATCATTGCGGAGGGAGA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3H184JQ 620 0 0
GCCGTTAAAGCATCGCAGACGAAGCTCCAGACGATTCTCTCCGGGAAAGAAGTCAACGAG
TTCTCAACTGCGGAAAGAGACAGAGTACTTTCTGAAAAGTCAGAGAAGGAAGAACAGAGG
AAGAAGAAGCAGAACGATGTAAGAAGAAGAACTAGAAAGGGGAAGAGTATGTCGGATTTG
GAGTTCGAGGAGCTTAAAGGGTTTCTTGATCTTGGTTTTGTCTTCTCCGAGGAAGACCAA
AGAGATTCAGAGCTGGTCTCGATTCTTCCTGGATTGCAAAGGTTAGTGAAGAAAGATGGT
GGAGTAGGGGATGTAACAGAGGAAGAAGACATAAGCAACATAAACAGACTGTATTTGTCG
GAAGCATGGGATCATTGCGGAGGGAGAAAAGGGAAGAGGCATATAACGCCGGCGATAAAG
TGGAAAGTTGCAGCTGCGCCGGAGGTGAAAGAAGTTGAGTTGAAAGATCATTTGAAACAG
TGGGCTCATGCGGTGGCTTCCACTATCAGATGATGCTAATAACAAAAAAGCTTGTATTCT
CAATATGCTGTACTTTGACCATTGGGTATCTGTCAGCTTTTGATTGGTTACTTACACTGA
GAATAAAGATGACAATTTGC

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

CO CL6166Contig1 956 2 4 U
CAACGATACCATCCTTGCCCAAAAAATTCAAAACTCCGATAACCTCACTCGCCTCCGTAC
GCGCAACAACGATACCCATTTTTTTTTCTCGAAATCGAAGAAATCGGTGCATTGGAGCCC
CGAGTTGGTTTCCGGGTCTCAGGAACCGGATCAGAAGTCCTCCGCTTCGTCGTACCCGGC
CGGATCTAACCCGTATATCGCTCGTTCTCCGGCTGATACGTCTGATGCTTCGTTGAAAGA
TACGATGGAGTCTGTGAAAGGAGCGCTTGGGAGATGGGGAAGGAGGGTTGCTGAAGCTGC
TAAGAAGACTGAGAGCCTTGCCGGCAACACCTGGCAGCACCTGAGAACTGCTCCGAGTTT
TGCGGATGCCGCTATGGGAAGAATTGCGCAGAGCACTAAGGTCCTTGCAGAAGGAGGATA
TGAGAAGATCTTCCGACAAACCTTTGAGACCGTTCCAGAAGAGCAGCTTCTAAATTCTTT
TGCATGTTACTTGTCGACCTCAGCTGGGCCAGTTATGGGAGTTCTATATATATCCTCTGC
CAAGCTTGCTTACTGTAGTGACAACCCCCTCTCTTACAAGAATGGTGGTCAAACTGAATG
GAGCTACTACAAGGTAGTGATACCATTACATCAACTCAAAGCAGTGAATCCATCAACAAG
CATAGTGAATCCTGCAGAGAAGTACATACAGGTAATATCGGTAGACAATCATGAGTTCTG
GTTCATGGGTTTCTTAAACTACGAAGGTGCTGTGACATCTCTGCAAGAAGCTTTGCAAGC
CGGTGGTGGTTTACGGTCAGTGTGATTGTTTCACTTTGGAGGATTCTTTGATGACCATAT
GAAAAGCTTGTTTGATGAATTCTGAATTATTTTGATCTGTACTCTTGTTCTTCTTTTTTT
TGCTTAGCTATTATCATTTCAGTTAACATTATATGCATAAATATAATTTAATCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BS59TF U 1
AF RR3BS59JQ C 317
BS 1 613 RR3BS59TF
BS 614 614 RR3BS59JQ
BS 615 707 RR3BS59TF
BS 708 956 RR3BS59JQ

RD RR3BS59TF 715 0 0
CAACGATACCATCCTTGCCCAAAAAATTCAAAACTCCGATAACCTCACTCGCCTCCGTAC
GCGCAACAACGATACCCATTTTTTTTTCTCGAAATCGAAGAAATCGGTGCATTGGAGCCC
CGAGTTGGTTTCCGGGTCTCAGGAACCGGATCAGAAGTCCTCCGCTTCGTCGTACCCGGC
CGGATCTAACCCGTATATCGCTCGTTCTCCGGCTGATACGTCTGATGCTTCGTTGAAAGA
TACGATGGAGTCTGTGAAAGGAGCGCTTGGGAGATGGGGAAGGAGGGTTGCTGAAGCTGC
TAAGAAGACTGAGAGCCTTGCCGGCAACACCTGGCAGCACCTGAGAACTGCTCCGAGTTT
TGCGGATGCCGCTATGGGAAGAATTGCGCAGAGCACTAAGGTCCTTGCAGAAGGAGGATA
TGAGAAGATCTTCCGACAAACCTTTGAGACCGTTCCAGAAGAGCAGCTTCTAAATTCTTT
TGCATGTTACTTGTCGACCTCAGCTGGGCCAGTTATGGGAGTTCTATATATATCCTCTGC
CAAGCTTGCTTACTGTAGTGACAACCCCCTCTCTTACAAGAATGGTGGTCAAACTGAATG
GAGCTACTACAAG*TAGTGATACCATTACATCAACTCAAAGCAGTGAATCCATCAACAAG
CATAGTGAATCCTGCAGAGAAGTACATACAGGTAATATCGGTAGACA
TCATGAGT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3BS59JQ 640 0 0
CTTGCCGGCAACACCTGGCAGCACCTGAGAACTGCTCCGAGTTTTGCGGATGCCGCTATG
GGAAGAATTGCGCAGAGCACTAAGGTCCTTGCAGAAGGAGGATATGAGAAGATCTTCCGA
CAAACCTTTGAGACCGTTCCAGAAGAGCAGCTTCTAAATTCTTTTGCATGTTACTTGTCG
ACCTCAGCTGGGCCAGTTATGGGAGTTCTATATATATCTTCTGCCAAGCTTGCTTACTGT
AGTGACAACCCCCTCTCTTACAAGAATGGTGGTCAAACTGAATGGAGCTACTACAAGGTA
GTGATACCATTACATCAACTCAAAGCAGTGAATCCATCAACAAGCATAGTGAATCCTGCA
GAGAAGTACATACAGGTAATATCGGTAGACAATCATGAGTTCTGGTTCATGGGTTTCTTA
AACTACGAAGGTGCTGTGACATCTCTGCAAGAAGCTTTGCAAGCCGGTGGTGGTTTACGG
TCAGTGTGATTGTTTCACTTTGGAGGATTCTTTGATGACCATATGAAAAGCTTGTTTGAT
GAATTCTGAATTATTTTGATCTGTACTCTTGTTCTTCTTTTTTTTGCTTAGCTATTATCA
TTTCAGTTAACATTATATGCATAAATATAATTTAATCACC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL6167Contig1 1022 2 2 U
GGACTGCGTCTAGATCTAAGCAGATCACAAACCCAAAATACAAGCTAGAACAAACTATAA
CAATCATGGCGTGTCACAAAATTTTCCTTGTAATCTCTGTGATGCTCGTTGCCTCATCAT
TGGTCAAGGCAGTTGACTTCGCGGTCGTCGACAACACAGGCGACTCAGCTGGCGGAAGAA
AATTTCGCGAAGAGATCGGTGGCGAAAGCTACGGCACACAGTCACTAAGATCTGCCACGG
ACTTCGTCTGGGGTTTGTTCCAGCAAACCGACAACCCTTCGGACAGAAGAACCGTTACAA
AGATCACTCTGTTCATGGAGAACGGGAACGGCGTGGCGTACAACACCAACTCAGGAAGCG
AGATACACTTTAACGCGGGGTATCTCGCGGGCTTCTCGGGAGACGTGAAGAGGGAATTTA
CCGGCGTGATTTATCACGAGGTGGTTCATTCTTGGCAGTGGAACGGTCCAGGTGGCCTTA
TTGAAGGTATAGCGGACTATGTGAGGCTGAAAGCGGGTTATGCACCGGGTCACTGGGTAG
GGCCCGGTGGTGGTGATAGGTGGGACCAGGGCTATGACGTCACTGCGAGGTTCTTGGACT
ATTGTAACGATCTTCGGAATGGGTTTGTGGCGGAGCTGAATAAGAAGATGAGGAATGGCT
ATAGTGACGGCTTCCTTGTTGATCTGCTCGGCAAAGACGTGAACCAACTCTGGACAGAGT
ATAAGGCCAAGTATGGTCGGTAAACAGTTAAATACAAATTATAAAAGATAATCGTACGAG
TGTGACATCTATTCAAAACAAAAAGTGAGACGCCTAAAAAAACATATCAGCATCCCCTAT
ATATTAATCGAGGAACATTTCAGAAATTATAAACTTAATTTTGTATTAATTAACAAAAGT
CTCTATCCTATGTGTCAATCAATTAGATTGTTTAATTGTCCTACGTGTCAAGCTTATGTT
CAAATTGAAATAAATCCGAGGTACATTACCTTATTTAACTTACTGTCACGCGTCTACTAG
AG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3EL41TF U 1
AF RR3EL41JQ C 281
BS 1 666 RR3EL41TF
BS 667 1022 RR3EL41JQ

RD RR3EL41TF 666 0 0
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TGGTCAAGGCAGTTGACTTCGCGGTCGTCGACAACACAGGCGACTCAGCTGGCGGAAGAA
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AGATCACTCTGTTCATGGAGAACGGGAACGGCGTGGCGTACAACACCAACTCAGGAAGCG
AGATACACTTTAACGCGGGGTATCTCGCGGGCTTCTCGGGAGACGTGAAGAGGGAATTTA
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TTGAAGGTATAGCGGACTATGTGAGGCTGAAAGCGGGTTATGCACCGGGTCACTGGGTAG
GGCCCGGTGGTGGTGATAGGTGGGACCAGGGCTATGACGTCACTGCGAGGTTCTTGGACT
ATTGTAACGATCTTCGGAATGGGTTTGTGGCGGAGCTGAATAAGAAGATGAGGAATGGCT
ATAGTG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3EL41JQ 742 0 0
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CAACACCAACTCAGGAAGCGAGATACACTTTAACGCGGGGTATCTCGCGGGCTTCTCGGG
AGACGTGAAGAGGGAATTTACCGGCGTGATTTATCACGAGGTGGTTCATTCTTGGCAGTG
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TGCACCGGGTCACTGGGTAGGGCCCGGTGGTGGTGATAGGTGGGACCAGGGCTATGACGT
CACTGCGAGGTTCTTGGACTATTGTAACGATCTTCGGAATGGGTTTGTGGCGGAGCTGAA
TAAGAAGATGAGGAATGGCTATAGTGACGGCTTCCTTGTTGATCTGCTCGGCAAAGACGT
GAACCAACTCTGGACAGAGTATAAGGCCAAGTATGGTCGGTAAACAGTTAAATACAAATT
ATAAAAGATAATCGTACGAGTGTGACATCTATTCAAAACAAAAAGTGAGACGCCTAAAAA
AACATATCAGCATCCCCTATATATTAATCGAGGAACATTTCAGAAATTATAAACTTAATT
TTGTATTAATTAACAAAAGTCTCTATCCTATGTGTCAATCAATTAGATTGTTTAATTGTC
CTACGTGTCAAGCTTATGTTCAAATTGAAATAAATCCGAGGTACATTACCTTATTTAACT
TACTGTCACGCGTCTACTAGAG

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL6168Contig1 654 2 2 U
GGAAATACATAAACTCAAAGTCACCTCTCATCTTCACCCAACTATCTCACAGTCTCTCTA
TACGTTCTCTGGCAATTCAATTTCATCCGTAACCTCTTTTTCAATCAAAACACAACTATT
TTCGTCCTCCCCGAGTTTCTTCTCGAACAGCATTCCCAATACAACACCAATGGATAAGCT
ACAGAAGATGATTTCCGAGAAGTCAGTAGTGATCTTTAGCAAGAACTCGTGCTGCATGTC
TCACACAATCAAGACTCTCTTCATAGACTTTGGCGTGAACCCAACGATCTATGAACTCGA
CGAGATCAACAGAGGAAAGGAAATAGAGCAAGCATTGGCTCAGCTTGGCTGCAGCCCGAC
TGTTCCGGTGGTGTTCATTGGAGGGCAGCTCGTTGGTGGAGCCAATCAAGTCATGAGCCT
TCACCTTAATCGCTCTCTTGTTCCCATGCTTAAGCGAGCTGGTGCATTATGGCTTTAATA
ATGTAATGATGAAACTAAGTTTAGTGGACAAAACAAAAATAAATACATACATAAATGTGT
GTATGAGTTATTGATACGTCTATCTATGTTTTGAAAAGATAGATTATGCGAGTACCAATT
TTGTAATCTCTGGGTTTATATAAGAATAAAATCATTAACCATGATATTAACTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CZ59JQ C 1
AF RR3CZ59TF U 309
BS 1 308 RR3CZ59JQ
BS 309 654 RR3CZ59TF

RD RR3CZ59JQ 654 0 0
GGAAATACATAAACTCAAAGTCACCTCTCATCTTCACCCAACTATCTCACAGTCTCTCTA
TACGTTCTCTGGCAATTCAATTTCATCCGTAACCTCTTTTTCAATCAAAACACAACTATT
TTCGTCCTCCCCGAGTTTCTTCTCGAACAGCATTCCCAATACAACACCAATGGATAAGCT
ACAGAAGATGATTTCCGAGAAGTCAGTAGTGATCTTTAGCAAGAACTCGTGCTGCATGTC
TCACACAATCAAGACTCTCTTCATAGACTTTGGCGTGAACCCAACGATCTATGAACTCGA
CGAGATCAACAGAGGAAAGGAAATAGAGCAAGCATTGGCTCAGCTTGGCTGCAGCCCGAC
TGTTCCGGTGGTGTTCATTGGAGGGCAGCTCGTTGGTGGAGCCAATCAAGTCATGAGCCT
TCACCTTAATCGCTCTCTTGTTCCCATGCTTAAGCGAGCTGGTGCATTATGGCTTTAATA
ATGTAATGATGAAACTAAGTTTAGTGGACAAAACAAAAATAAATACATACATAAATGTGT
GTATGAGTTATTGATACGTCTATCTATGTTTTGAAAAGATAGATTATGCGAGTACCAATT
TTGTAATCTCTGGGTTTATATAAGAATAAAATCATTAACCATGATATTAACTTG

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3CZ59TF 346 0 0
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TGGTGTTCATTGGAGGGCAGCTCGTTGGTGGAGCCAATCAAGTCATGAGCCTTCACCTTA
ATCGCTCTCTTGTTCCCATGCTTAAGCGAGCTGGTGCATTATGGCTTTAATAATGTAATG
ATGAAACTAAGTTTAGTGGACAAAACAAAAATAAATACATACATAAATGTGTGTATGAGT
TATTGATACGTCTATCTATGTTTTGAAAAGATAGATTATGCGAGTACCAATTTTGTAATC
TCTGGGTTTATATAAGAATAAAATCATTAACCATGATATTAACTTG

QA 1 346 1 346
DS 



AS 1 2

CO CL6169Contig1 1114 2 6 U
GGAGGCCGCTATGTAATCTTACTAATGGCACTTTTTTCAATATATTGTGGGCTTATCTAC
AATGAGTTCTTTTCTGTTCCTTTCCACATCTTTGGTGGTTCAGCTTACAAATGCAGAGAT
ACTACTTGTAGTGATGCGTACACGGTTGGTTTAGTCAAGTACCGTGATCCGTACCCGTTT
GGCGTAGATCCTAGTTGGCGTGGAAGTCGTTCAGAATTGCCTTACTTAAACTCGCTTAAG
ATGAAGATGTCTATCCTGCTGGGAATCGCTCAGATGAATTTGGGACTAATATTAAGTTTC
TTCAATGCTCGATTCTTCGGCTCTTCGCTAGACATAAGGTACCAGTTTATACCTCAGATG
ATATTTCTGAACAGCTTATTCGGTTACCTGTCACTACTCATCATCATCAAGTGGTGCACT
GGATCTCAAGCAGACTTGTATCATGTCATGATCTACATGTTTCTAAGTCCAACCGAAGAA
CTTGGTGAAAATGAATTGTTCTGGGGCCAACGTCCACTTCAGATTTTGTTACTGCTTATG
GCATTCATCGCTGTCCCATCGATGCTTTTTCCTAAACCGTTTGCTCTCAGGAAAATTCAC
ATGGAGAGGTTTCAAGGTCGCACGTACGGTGTTCTTGGTACTTCTGAGGTGGATTTAGAT
GTAGAACCAGGCTCAGCTAGAGGAGGCCATCAGGAAGAAGAGTTTAACTTCAGCGAGATT
TTTGTACATCAATTGATTCACTCCATAGAGTTTGTTCTAGGTTCAGTTTCTAACACAGCA
TCTTACCTTCGTCTCTGGGCTCTCAGTTTGGCTCATTCGGAATTGTCGACGGTCTTCTAT
GAAAAAGTTCTTCTTCTTGCCTGGGGGTATGAGAACATTTTGATCAGGTTAATTGGATTA
GTGGTGTTTGCGTTTGCAACAGCGTTCATACTTCTGATGATGGAAACACTGAGTGCGTTT
CTTCATGCTCTGCGTCTTCACTGGGTTGAGTTCATGGGAAAGTTCTTCCATGGAGATGGT
TACAAGTTCAAGCCTTTCTCATTTGCTTTAATCTCAGATGACGATGATAAAGTATACACC
CCTAGATCTCCTAAGCCATTTGCACATCCCACTT


BQ
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AF RR3F478TF U 1
AF RR3FK49TF U 351
BS 1 698 RR3F478TF
BS 699 699 RR3FK49TF
BS 700 722 RR3F478TF
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BS 724 755 RR3F478TF
BS 756 1114 RR3FK49TF

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AATGAGTTCTTTTCTGTTCCTTTCCACATCTTTGGTGGTTCAGCTTACAAATGCAGAGAT
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GGCGTAGATCCTAGTTGGCGTGGAAGTCGTTCAGAATTGCCTTACTTAAACTCGCTTAAG
ATGAAGATGTCTATCCTGCTGGGAATCGCTCAGATGAATTTGGGACTAATATTAAGTTTC
TTCAATGCTCGATTCTTCGGCTCTTCGCTAGACATAAGGTACCAGTTTATACCTCAGATG
ATATTTCTGAACAGCTTATTCGGTTACCTGTCACTACTCATCATCATCAAGTGGTGCACT
GGATCTCAAGCAGACTTGTATCATGTCATGATCTACATGTTTCTAAGTCCAACCGAAGAA
CTTGGTGAAAATGAATTGTTCTGGGGCCAACGTCCACTTCAGATTTTGTTACTGCTTATG
GCATTCATCGCTGTCCCATCGATGCTTTTTCCTAAACCGTTTGCTCTCAGGAAAATTCAC
ATGGAGAGGTTTCAAGGTCGCACGTACGGTGTTCTTGGTACTTCTGAGGTGGATTTAGAT
GTAGAACCAGGCTCAGCTAGAGGAGGCCATCAGGAAGA*GAGTTTAACTTCAGCGAGATT
TT*GTACATCAATTGATTCACTCCATAGAGTTTGT

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DS 

RD RR3FK49TF 764 0 0
G
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ACCGAAGAACTTGGTGAAAATGAATTGTTCTGGGGCCAACGTCCACTTCAGATTTTGTTA
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AAAATTCACATGGAGAGGTTTCAAGGTCGCACGTACGGTGTTCTTGGTACTTCTGAGGTG
GATTTAGATGTAGAACCAGGCTCAGCTAGAGGAGGCCATCAGGATGAAGAGTTTAACTTC
AGCGAGATTTTTGTACATCAATTGATTCACTCCATAGAGTTTGTTCTAGGTTCAGTTTCT
AACACAGCATCTTACCTTCGTCTCTGGGCTCTCAGTTTGGCTCATTCGGAATTGTCGACG
GTCTTCTATGAAAAAGTTCTTCTTCTTGCCTGGGGGTATGAGAACATTTTGATCAGGTTA
ATTGGATTAGTGGTGTTTGCGTTTGCAACAGCGTTCATACTTCTGATGATGGAAACACTG
AGTGCGTTTCTTCATGCTCTGCGTCTTCACTGGGTTGAGTTCATGGGAAAGTTCTTCCAT
GGAGATGGTTACAAGTTCAAGCCTTTCTCATTTGCTTTAATCTCAGATGACGATGATAAA
GTATACACCCCTAGATCTCCTAAGCCATTTGCACATCCCACTT

QA 2 764 2 764
DS 



AS 1 2

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CGAGCTTGCTACGGTATAAAGAGAAACGGCAAAGTCGCCTTTTCTCCAAGCGGATTCGAT
ACCAAGTTCGTAAACTCAACGCTGAGAAACGTCCTCGTGTTAAAGGCCGGTTTGTGAAGA
GAGACGATTTGTAAACCACTAAAAACGGGTGGTTTAGACTTGTGGTTTGTGGACATACTA
GTCTTATAAAATAACCAAGTACTGGAGGATGTTTGGTGGTATAATAATGTTATTCTGTAA
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TATGGGTCTTGACCAG


BQ
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AF RR3DV44TF U 1
AF RR3DV44JQ C 373
BS 1 759 RR3DV44TF
BS 760 1036 RR3DV44JQ

RD RR3DV44TF 759 0 0
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TTCTCACGAGATCGACGAGAGTCATGTAGCCACGACGAACAAAAAGAAGGGCAAACAAAA
ACCATCGAAAGAAGGAGCTGGTACGACACCGTTTAAGGAGAAGAAGAAGAGAGTGGAGGA
GAGTACTGTGAGAGGAGGAGAGAAAGAAGAAGAGCAGTACGACACCGTCGCAGCTTACCT
CTTCAGTTCAACCACCGACAGCACAATATCATCGATCCACGATCTTCTCACATCCTCCGC
CGTCGATGTAGGAAGGAACATGTCTCCGTACGACCTTCAAGAGCACGGATCGACCTCTAC
TTCGCTCCTACGGACGGCCATGAGGAAAGGAGCGAGCAAGGAGGAGACTACGGCGGAGCG
GTGGGTGAGTTATTCGGAGGTTGTGGACGAGGTGATGAGTCGGAGCGGAACTCCGCGGTG
TTGCGGGGGAGATGGGAACGATATTGGAAGGCCTTCTTCGCTGGCTCTAGCTTTATTACG
AGCAGATCATGGAGGCTTGGCCGGGTAATGGTACTCTTTATGTCGACGGAGAACCGCCGC
AGACGGTCCCGGACTTGCATGCTTCCACTGATGTGTTTACGGGGGGCGGAGAGGCAGGGA
GATTATGGACGGTGCCGGAGATGGAGATGACGGAGAGGTCATGGATAGGGCATAGAGAAG
CGAGCTTGCTACGGTATAAAGAGAAACGGCAAAGTCGCC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3DV44JQ 664 0 0
GACGGCCATGAGGAAAGGAGCGAGCAAGGAGGAGACTACGGCGGAGCGGTGGGTGAGTTA
TTCGGAGGTTGTGGACGAGGTGATGAGTCGGAGCGGAACTCCGCGGTGTTGCGGGGGAGA
TGGGAACGATATTGGAAGGCCTTCTTCGCTGGCTCTAGCTTTATTACGAGCAGATCATGG
AGGCTTGGCCGGGTAATGGTACTCTTTATGTCGACGGAGAACCGCCGCAGACGGTCCCGG
ACTTGCATGCTTCCACTGATGTGTTTACGGGGGGCGGAGAGGCAGGGAGATTATGGACGG
TGCCGGAGATGGAGATGACGGAGAGGTCATGGATAGGGCATAGAGAAGCGAGCTTGCTAC
GGTATAAAGAGAAACGGCAAAGTCGCCTTTTCTCCAAGCGGATTCGATACCAAGTTCGTA
AACTCAACGCTGAGAAACGTCCTCGTGTTAAAGGCCGGTTTGTGAAGAGAGACGATTTGT
AAACCACTAAAAACGGGTGGTTTAGACTTGTGGTTTGTGGACATACTAGTCTTATAAAAT
AACCAAGTACTGGAGGATGTTTGGTGGTATAATAATGTTATTCTGTAAAATTTTGAGAAG
TTAAGGGCCTAACCGGAGTATACCGAAAATGAAAGGTGTTGGTCGATATATGGGTCTTGA
CCAG

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL6171Contig1 693 2 6 U
GGGATTGAAACAGCCAAAGGGTTCAGATGGCTTCTTCAGAGAAGAGCTTCTTCTTCTTCT
AAGGAGGAAAGAAACTCTTGTCTTCTTGAAGTTAACACCTTCAAGAGCCATATCGTGTCT
ATGACCTTGATGGTTGTGTTGCTTGTAGCTTTACTAACTGTGAGTGCCACCCAGCTTGTG
AAAGAGTTTGACAAAGGAACAAGCGAGGCTCAGCTTTGGTTAGGCTGCTTAGTTGCAGCC
CCTGGTGTCTGGCTCAGATGGTTTCTTGCTCGGCTCAACGGACGTGGATTGGGAAAAATG
GACAGTATTTGAGGTGGGTCCCGTTAGGCACCGTTATTGCGAGTGTTGTTGCAGCTTCTG
CCATGGCAGCTTTGGCCACATTAAAGAAATCGGTGGACACTACAACATGTAACACGGTTA
CTTCTAGTATACAGTTTGGTCTGTTGGGGTGTTTAAGCACAGTTTCAACCCTAATGGCTG
AGTTCAATGCCATGAGAGAAAGTGACTATCCATGGAGAGCATATGCGTATGTATCTTTCA
CTCTCGCAGTTTCTTTTGCCATTGGAATTGTTATATACTCTGTCCCTATTTGGGTAGTAG
GATTCAGTTAGTGAATATTCAAACTAGATATGACTTGTAAAAACAAAGAGTTTGGTGACA
ATCAAGTTACCCTTGTGCACAAGTTTTAAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT96TF U 1
AF RR3FT96JQ C 244
BS 1 614 RR3FT96TF
BS 615 615 RR3FT96JQ
BS 616 622 RR3FT96TF
BS 623 623 RR3FT96JQ
BS 624 642 RR3FT96TF
BS 643 693 RR3FT96JQ

RD RR3FT96TF 657 0 0
GGGATTGAAACAGCCAAAGGGTTCAGATGGCTTCTTCAGAGAAGAGCTTCTTCTTCTTCT
AAGGAGGAAAGAAACTCTTGTCTTCTTGAAGTTAACACCTTCAAGAGCCATATCGTGTCT
ATGACCTTGATGGTTGTGTTGCTTGTAGCTTTACTAACTGTGAGTGCCACCCAGCTTGTG
AAAGAGTTTGACAAAGGAACAAGCGAGGCTCAGCTTTGGTTAGGCTGCTTAGTTGCAGCC
CCTGGTGTCTGGCTCAGATGGTTTCTTGCTCGGCTCAACGGACGTGGATTGGGAAAAATG
GACAGTATTTGAGGTGGGTCCCGTTAGGCACCGTTATTGCGAGTGTTGTTGCAGCTTCTG
CCATGGCAGCTTTGGCCACATTAAAGAAATCGGTGGACACTACAACATGTAACACGGTTA
CTTCTAGTATACAGTTTGGTCTGTTGGGGTGTTTAAGCACAGTTTCAACCCTAATGGCTG
AGTTCAATGCCATGAGAGAAAGTGACTATCCATGGAGAGCATATGCGTATGTATCTTTCA
CTCTCGCAGTTTCTTTTGCCATTGGAATTGTTATATACTCTGTCCCTATTTGGGTAGTAG
GATTCAGTTAGTGA*TATTCAA*CTAGATATGACTTGTAAAA
CAAGAGTTTGGTGAC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3FT96JQ 450 0 0
GGTGTCTGGCTCAGATGGTTTCTTGCTCGGCTCAACGGACGTGGATTGGGAAAAATGGAC
AGTATTTGAGGTGGGTCCCGTTAGGCACCGTTATTGGGAGTGTTGTTGCAGCTTCTGCCA
TGGCAGCTTTGGCCACATTAAAGAAATCGGTGGACATTACAACATGTAACACGGTTACTT
TTAGTATACAGTTTGGTCTGTTGGGGTGTTTAAGCACAGTTTCAACCCTAATGGCTGAGT
TCAATGCCATGAGAGAAAGTGACTATCCATGGAGAGCATATGCGTATGTATCTTTCACTC
TCGCAGTTTCTTTTGCCATTGGAATTGTTATATACTCTGTCCCTATTTGGGTAGTAGGAT
TCAGTTAGTTAATATTCAAACTAGATATGACTTGTAAAAACAAAGAGTTTGGTGACAATC
AAGTTACCCTTGTGCACAAGTTTTAAGACC

QA 1 450 1 450
DS 



AS 1 2

CO CL6172Contig1 950 2 2 U
GGAACCCAAACGGTTTTGTAAAAACATTGATCTCTCCGGAACCGGAACATGTCTTCAAAC
TTTGTAGTGGAATCGTGTGAGGTTGATTCCGAGGAAGGGGTGAAGCTCCACACGAGAATC
TTCAAACCCAAAGACGAGCAAGTCAGCCACGAAGACGGGGATCTAGTGATAGTTTTGGTC
CACCCTTTCTCGCTCTTGGGTGGTTGTCAGGCACTGCTCAAAGGCATAGGTTCTGAGTTG
GCCTGTAAAGGCTTCAAGTCCGTCACTTTCGATACGAGAGGTGCTGGAAAATCAACGGGG
AGGGCTACTCTTACTGGGTTCGCTGAGGTTAAGGATGTGATCGCTGTTTGTCGGTGGGTT
TCTCAGAACCTCGGTGCTCATAGGATCCTCCTCGTTGGTTCTTCTGCAGGTGCACCAATC
GCAGGATCAGCAGTGGAGCAAGTAGAGCAAGTTGTTGGATATGTGAGTTTGGGATACCCA
TTTGGCCTAATGGCCTCGGTTCTGTTTGGGCGGCACCACAAGGCCATTCTCTCATCCCCT
AAACCCAAACTCTTCGTTATGGGAACACAAGACGGTTTCACTAGCGTTAGCCAGCTCAAG
AAGAAGCTGAAATCTGCAGCAGGACGCACCGAAACACACCTCCTCGAAGGCGTTAGCCAT
TTCCAGATGGAAGGACCTGAGTATGATTCTCAGATGGCGGATGTCATATCCAACTTTATT
TCATCCTTGTAATGATTTCATATGCAACCTCCTGATGTATTCATTACCCATGTTTGAGAG
TTAAAGACTTTATTTTGTAACACATCATACACAAAAGAGGATAGTAAACGTAGACATTGT
GCAAGAACTTGTGGTGGTGCGTGTTGATGATGTTCCACAGAAACTTGAAAATATTGCCCC
TTCGTCAAAAGGATAAGCCATTTCCTGATGAAGAGATTTGGCATTTACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F162TF U 1
AF RR3F162JQ C 189
BS 1 570 RR3F162TF
BS 571 950 RR3F162JQ

RD RR3F162TF 570 0 0
GGAACCCAAACGGTTTTGTAAAAACATTGATCTCTCCGGAACCGGAACATGTCTTCAAAC
TTTGTAGTGGAATCGTGTGAGGTTGATTCCGAGGAAGGGGTGAAGCTCCACACGAGAATC
TTCAAACCCAAAGACGAGCAAGTCAGCCACGAAGACGGGGATCTAGTGATAGTTTTGGTC
CACCCTTTCTCGCTCTTGGGTGGTTGTCAGGCACTGCTCAAAGGCATAGGTTCTGAGTTG
GCCTGTAAAGGCTTCAAGTCCGTCACTTTCGATACGAGAGGTGCTGGAAAATCAACGGGG
AGGGCTACTCTTACTGGGTTCGCTGAGGTTAAGGATGTGATCGCTGTTTGTCGGTGGGTT
TCTCAGAACCTCGGTGCTCATAGGATCCTCCTCGTTGGTTCTTCTGCAGGTGCACCAATC
GCAGGATCAGCAGTGGAGCAAGTAGAGCAAGTTGTTGGATATGTGAGTTTGGGATACCCA
TTTGGCCTAATGGCCTCGGTTCTGTTTGGGCGGCACCACAAGGCCATTCTCTCATCCCCT
AAACCCAAACTCTTCGTTATGGGAACACAA

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3F162JQ 762 0 0
CTCGCTCTTGGGTGGTTGTCAGGCACTGCTCAAAGGCATAGGTTCTGAGTTGGCCTGTAA
AGGCTTCAAGTCCGTCACTTTCGATACGAGAGGTGCTGGAAAATCAACGGGGAGGGCTAC
TCTTACTGGGTTCGCTGAGGTTAAGGATGTGATCGCTGTTTGTCGGTGGGTTTCTCAGAA
CCTCGGTGCTCATAGGATCCTCCTCGTTGGTTCTTCTGCAGGTGCACCAATCGCAGGATC
AGCAGTGGAGCAAGTAGAGCAAGTTGTTGGATATGTGAGTTTGGGATACCCATTTGGCCT
AATGGCCTCGGTTCTGTTTGGGCGGCACCACAAGGCCATTCTCTCATCCCCTAAACCCAA
ACTCTTCGTTATGGGAACACAAGACGGTTTCACTAGCGTTAGCCAGCTCAAGAAGAAGCT
GAAATCTGCAGCAGGACGCACCGAAACACACCTCCTCGAAGGCGTTAGCCATTTCCAGAT
GGAAGGACCTGAGTATGATTCTCAGATGGCGGATGTCATATCCAACTTTATTTCATCCTT
GTAATGATTTCATATGCAACCTCCTGATGTATTCATTACCCATGTTTGAGAGTTAAAGAC
TTTATTTTGTAACACATCATACACAAAAGAGGATAGTAAACGTAGACATTGTGCAAGAAC
TTGTGGTGGTGCGTGTTGATGATGTTCCACAGAAACTTGAAAATATTGCCCCTTCGTCAA
AAGGATAAGCCATTTCCTGATGAAGAGATTTGGCATTTACTC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6174Contig1 720 2 4 U
GGACCCCACGCCGCGTGAAACGAAATGACGAACTACGGCTCGATCCCGACGTCGTCTCAT
CCATCTCCGCCGATCGATCTCGAGTACATCTCACTCGCCAAACACCGCATCAAAGCAGGT
CTCGCCACGCGCCGGCCATGGAAAACGATGTTCGATCTCCAATCGATGAACCTCCCGCAC
GGCTTCTTCGACGCGATCTCAAGGATCAAGACGAACCTCGTCTACTTCAGAGCCAACTAC
GCCGTCGTCGTCCTCTTAATCCTCTTCCTAAGCCTTCTCTACCACCCGACGTCGCTCCTC
GTCTTGGCCGTCCTGGTCGTGTTCTGGATCTTCCTCTACTTCCTCCGCGACGAGCCTCTC
GTGGTCTTCGGTCACCAGATCGATGATCGGACGGTCATGATCTGCTTATCGGTTTTGACG
ATTGTGATGCTTTTGTTCACGCACGCGACGGCGAATATTCTAGGGGGGGTGTTGACGGCT
CTAGTGTTGGTTGTGATCCACGCAGCGGTTAGGAGGAGCGATAATTTGTATCTTGATGAG
GATGCTGCGGCCGTGACTGAAGCTTCAGGGCTGACGTCATATCCATAACCGAATCAATTT
GTTATTTTATCTTTTTGAATGTTAGTGTGTTTGATTGAGTGGCTTTTGAAAAAAATGATC
GTTTCTAGTCTGTACAATTTGTACTACTCTGTTTATTTCTCTTCTCAACGATAATCTTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3ES48TF U 1
AF RR3ES48JQ C 329
BS 1 654 RR3ES48TF
BS 655 655 RR3ES48JQ
BS 656 716 RR3ES48TF
BS 717 720 RR3ES48JQ

RD RR3ES48TF 716 0 0
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CCATCTCCGCCGATCGATCTCGAGTACATCTCACTCGCCAAACACCGCATCAAAGCAGGT
CTCGCCACGCGCCGGCCATGGAAAACGATGTTCGATCTCCAATCGATGAACCTCCCGCAC
GGCTTCTTCGACGCGATCTCAAGGATCAAGACGAACCTCGTCTACTTCAGAGCCAACTAC
GCCGTCGTCGTCCTCTTAATCCTCTTCCTAAGCCTTCTCTACCACCCGACGTCGCTCCTC
GTCTTGGCCGTCCTGGTCGTGTTCTGGATCTTCCTCTACTTCCTCCGCGACGAGCCTCTC
GTGGTCTTCGGTCACCAGATCGATGATCGGACGGTCATGATCTGCTTATCGGTTTTGACG
ATTGTGATGCTTTTGTTCACGCACGCGACGGCGAATATTCTAGGGGGGGTGTTGACGGCT
CTAGTGTTGGTTGTGATCCACGCAGCGGTTAGGAGGAGCGATAATTTGTATCTTGATGAG
GATGCTGCGGCCGTGACTGAAGCTTCAGGGCTGACGTCATATCCATAACCGAATCAATTT
GTTATTTTATCTTTTTGAATGTTAGTGTGTTTGATTGAGTGGCTTTTGAAAAAA*TGATC
GTTTCTAGTCTGTACAATTTGTACTACTCTGTTTATTTCTCTTCTCAACGATAATC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3ES48JQ 392 0 0
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GGACGGTCATGATCTGCTTATCGGTTTTGACGATTGTGATGCTTTTGTTCACGCACGCGA
CGGCGAATATTCTAGGGGGGGTGTTGACGGCTCTAGTGTTGGTTGTGATCCACGCAGCGG
TTAGGAGGAGCGATAATTTGTATCTTGATGAGGATGCTGCGGCCGTGACTGAAGCTTCAG
GGCTGACGTCATATCCATAACCGAATCAATTTGTTATTTTATCTTTTTGAATGTTAGTGT
GTTTGATTGAGTGGCTTTTGAAAAAAATGATCGTTTCTAGTCTGTACAATTTGTACTACT
CTGTTTATTTCTCTTCTCAACGATAATCTTGA

QA 1 392 1 392
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGGGAATTCAAAAATGCCTCTTTCCTTGATTACTGCTGGCTCAATTCTTATCTGCCCCGA
TCTTCGTCTCCGTCAATCTCCCTCGTCTTTGACAATCTCTTCATCGCGATCGCTTTCTCT
CTCTTCCAGTAGTCACCGCGAGATATCATCACGTCTGATCAAAGTCACCGCCATGGAGAC
GACGGCGGAGACAATTTCCGGTGGTGTGCCCAACAACACGATGAAGCTACTGTTCGTCGA
GATGGGTGTGGGTTACGATCAGCACGGGCAGGACGTGACATCTGCGGCGATGAAGGCTTG
TAAGAATGCAATTTCTTCCAATTCGATTCCTGCTTTTAGAAGAGGTTCGATTCCTGGAGT
TTCATTTGGAGAAATGAAGTTACAGATCAAGCTTGGAGTGCCTCGTTCTCTTCACCACCA
ACTGGATCTCGACAAGGTCAAGTCTATCTTCCCCTATGGGAAGATTGTAAACGTGGAGGT
GGTGGATGGAGGACTGATCTGCTCAAGTGGCGTTCTAGTTGAAGAAATGGGTGATAAAAA
CGAGGACTGCTACATTGTGAATGTCGCCGTTTACGTTGGCTACTAGTGTCTCTTGTTCTT
TGGGTAATTGACACCCAAGTTAAGAAATGAGAAGAAGAAGAAGACAACCTTGTAGTCACT
TTTAGTTGTATGTTTTGGTTACAGAACAAAGCTTTTTGTTTGTAGACTATGCAGCAATAA
TTCAATGTTTAGTTTAAGGGAAAATTTGCTTTTATGCCATAAATTGAGTCTTTAATTAAA
ACATTGTAGTCACTTTGTATGTTTTGGTTACAGAACAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GU85TF U 1
AF RR3GU85JQ C 155
BS 1 539 RR3GU85TF
BS 540 821 RR3GU85JQ

RD RR3GU85TF 539 0 0
GGGGAATTCAAAAATGCCTCTTTCCTTGATTACTGCTGGCTCAATTCTTATCTGCCCCGA
TCTTCGTCTCCGTCAATCTCCCTCGTCTTTGACAATCTCTTCATCGCGATCGCTTTCTCT
CTCTTCCAGTAGTCACCGCGAGATATCATCACGTCTGATCAAAGTCACCGCCATGGAGAC
GACGGCGGAGACAATTTCCGGTGGTGTGCCCAACAACACGATGAAGCTACTGTTCGTCGA
GATGGGTGTGGGTTACGATCAGCACGGGCAGGACGTGACATCTGCGGCGATGAAGGCTTG
TAAGAATGCAATTTCTTCCAATTCGATTCCTGCTTTTAGAAGAGGTTCGATTCCTGGAGT
TTCATTTGGAGAAATGAAGTTACAGATCAAGCTTGGAGTGCCTCGTTCTCTTCACCACCA
ACTGGATCTCGACAAGGTCAAGTCTATCTTCCCCTATGGGAAGATTGTAAACGTGGAGGT
GGTGGATGGAGGACTGATCTGCTCAAGTGGCGTTCTAGTTGAAGAAATGGGTGATAAAA

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR3GU85JQ 667 0 0
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AACACGATGAAGCTACTGTTCGTCGAGATGGGTGTGGGTTACGATCAGCACGGGCAGGAC
GTGACATCTGCGGCGATGAAGGCTTGTAAGAATGCAATTTCTTCCAATTCGATTCCTGCT
TTTAGAAGAGGTTCGATTCCTGGAGTTTCATTTGGAGAAATGAAGTTACAGATCAAGCTT
GGAGTGCCTCGTTCTTTTCACCACCAACTGGATCTCGACAAGGTCAAGTCTATCTTCCCC
TATGGGAAGATTGTAAACGTGGAGGTGGTGGATGGAGGACTGATCTGCTCAAGTGGCGTT
CTAGTTGAAGAAATGGGTGATAAAAACGAGGACTGCTACATTGTGAATGTCGCCGTTTAC
GTTGGCTACTAGTGTCTCTTGTTCTTTGGGTAATTGACACCCAAGTTAAGAAATGAGAAG
AAGAAGAAGACAACCTTGTAGTCACTTTTAGTTGTATGTTTTGGTTACAGAACAAAGCTT
TTTGTTTGTAGACTATGCAGCAATAATTCAATGTTTAGTTTAAGGGAAAATTTGCTTTTA
TGCCATAAATTGAGTCTTTAATTAAAACATTGTAGTCACTTTGTATGTTTTGGTTACAGA
ACAAAGC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL6177Contig1 912 2 2 U
GGACACAAACCCTTCCCATTTCTTCGCTGCAGACAAAGAGAGAAAGATTCAAAATGCTTC
TCAAAGCTGCTTCTACGTTCTCGCTCATGAACGTTCACGGTGTGAAGAAGGACATCTCTC
CTTCTTCACCTCCGGGAAAAACCTCTCCTTCTCTGTTCGCGCCTCAACGCAGCCACTAAG
CGGCGTCGTTTTCGAGCCGTTTGTGGAAGTGAAGAGGGAACTCGATCTCGTCCCTTCGAG
TCCGCAGATCTCGCTTGCTCGACATATGTACTCCCCTGAGTGCGAAGCCGCCGTGAATGA
GCAGATCAATGTTAAATACAACGTGTCTTATGTGTATCACGCTTTGTACGCTTACTTTGA
CCGTGACAACGTTGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTTTTCAAGGACTCGAGTGTGGAAGA
ACGAGACCACGCTGAGATGTTGATGGAGTATCAGAACAAACGTGGTGGGAGGGTTAAGCT
ACAGCCTATGGTGATGCCTCAGTCTGAGTTTGACCACGCTGAGAAAGGAGATGCTCTCTA
TGCCATGGAGTTGGCTCTATCATTGGAAAAACTGGTCAATGAAAAACTCCTAAACCTGCA
CAGTGTGGCTTCCAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCTGATTTCATTGAGAGCGAGTTTTT
GAACGAACAGGTTGAAGCAATTAAGAAAATCTCTGAATATGTCTCTCAGCCCAGAAGACT
CGGCAAAGGACATGGGACATGGCATTTCGATCAGGAGCTTCTCTAATAAACTGCTGCTGC
TTAAGCTATTTTTGGTTGTATCTCTAATAAACTGCTGCTGCTGCTTAATCTATGGTTGTT
GTACTCTCTTTAGAAACTGGTGTTGCCTAACCACTTTTGGCTGAGGGTATTTTTAAGCGT
TTAGTTTTGTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO79TF U 1
AF RR3EO79JQ C 280
BS 1 659 RR3EO79TF
BS 660 912 RR3EO79JQ

RD RR3EO79TF 661 0 0
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CGGCGTCGTTTTCGAGCCGTTTGTGGAAGTGAAGAGGGAACTCGATCTCGTCCCTTCGAG
TCCGCAGATCTCGCTTGCTCGACATATGTACTCCCCTGAGTGCGAAGCCGCCGTGAATGA
GCAGATCAATGTTAAATACAACGTGTCTTATGTGTATCACGCTTTGTACGCTTACTTTGA
CCGTGACAACGTTGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTTTTCAAGGACTCGAGTGTGGAAGA
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CAGTGTGGCTTCCAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCTGATTTCATTGAGAGCGAGTTTT
GA

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3EO79JQ 633 0 0
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CGCTTTGTACGCTTACTTTGACCGTGACAACGTTGCTCTCAAAGGTCTTGCCAAGTTTTT
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TGAAAAACTCCTAAACCTGCACAGTGTGGCTTCCAAGAACGATGATGTCCAGTTGGCTGA
TTTCATTGAGAGCGAGTTTTTGAACGAACAGGTTGAAGCAATTAAGAAAATCTCTGAATA
TGTCTCTCAGCCCAGAAGACTCGGCAAAGGACATGGGACATGGCATTTCGATCAGGAGCT
TCTCTAATAAACTGCTGCTGCTTAAGCTATTTTTGGTTGTATCTCTAATAAACTGCTGCT
GCTGCTTAATCTATGGTTGTTGTACTCTCTTTAGAAACTGGTGTTGCCTAACCACTTTTG
GCTGAGGGTATTTTTAAGCGTTTAGTTTTGTTT

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL6178Contig1 1075 2 2 U
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AGCAAGTTTGTGTGTCTCGTTTTGTTACGGTTGAATTGGTTCTCTTATTCCTCTGTTTTT
ACCGATTGGTTTAGTCTTTATAGAGGAGGCAGGGGTTGTGGTAGCTAGTGGGTTGACTTT
CCGATCTTTTGAGCTCCTTCCTTAGTGTTCCTCTCGTCTGTGTTCCTTGCTTGTGGAGGG
TCTCCTGCACTTTTGTTTAGTTTCAGACGAAGCTTAGTCCGGAGAGTTGGGTTCTGTGGT
GAGTCGGGCGCCATATGTCAGGTCGAGGATCTGTTGACGGTGCAGTGTAGCTGCTTGGGG
GCAGTGCACGTGCTTTCGCTGACGTCGTCTCAGGATCTTCTTCAACTCTAGTTTTTATGC
TGAGCGTTTGTTCTTCGGAGTGTTATATTCTCGGTTGGATCGTTGATACGATTGGTGCTT
ATTGTGGGCTCGGTTCTGAGCATCTTCCCCGAGTTTGGCGTCTCTCCTCTTGTTATGGCT
CTTCAGATGGTGGTTTTGTCTGTCATGACTTTCTCCAATTTGTTCATGTTTAGTTTGGAA
GCTTTTGGTTCCTTGGCCCTTGAACAACAACGGCGAAAACGTTTCGAGGATCTTTGGTTT
GCTTTTGACTCTTTTCGGTGAGAAGGTTTGTCGTTGAGGCATGTGTTCCCTCGGTCTGCT
GCTCAGTTTAGCGGATGGACCTTCTCTGTTTTTCGTCCTGGTTGTCAAGCTTCTCAAGTG
TTTTGGGATCGTCCTGATTGGTATCCCGTCCTCGTCTCGTCTGGTTGTCCCTTTTGAAAC
TTCCGGTTATCATGGGTTCTTGGTTTCTCTGCTCTTCTATTATCTTGGACTTCTTTTAAC
TTGGGAATTTGAGTTCTGTCTTTTTCAATCTTTTCTTTAGGTGCCCGTGTGTATTTGGGT
TTAAGCTTCCCTTCATGGGATTTAGTTTCCGGGGATATATTCATGTTCCGCCGGCTTCAG
TGCCTGTTCTTGGGCTGTAAAACTTTGTTAATGTTCTAATATAATCCAATTTGGG


BQ
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AF RR3G829TF U 1
AF RR3G829JQ C 304
BS 1 683 RR3G829TF
BS 684 1075 RR3G829JQ

RD RR3G829TF 683 0 0
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ACCGATTGGTTTAGTCTTTATAGAGGAGGCAGGGGTTGTGGTAGCTAGTGGGTTGACTTT
CCGATCTTTTGAGCTCCTTCCTTAGTGTTCCTCTCGTCTGTGTTCCTTGCTTGTGGAGGG
TCTCCTGCACTTTTGTTTAGTTTCAGACGAAGCTTAGTCCGGAGAGTTGGGTTCTGTGGT
GAGTCGGGCGCCATATGTCAGGTCGAGGATCTGTTGACGGTGCAGTGTAGCTGCTTGGGG
GCAGTGCACGTGCTTTCGCTGACGTCGTCTCAGGATCTTCTTCAACTCTAGTTTTTATGC
TGAGCGTTTGTTCTTCGGAGTGTTATATTCTCGGTTGGATCGTTGATACGATTGGTGCTT
ATTGTGGGCTCGGTTCTGAGCATCTTCCCCGAGTTTGGCGTCTCTCCTCTTGTTATGGCT
CTTCAGATGGTGGTTTTGTCTGTCATGACTTTCTCCAATTTGTTCATGTTTAGTTTGGAA
GCTTTTGGTTCCTTGGCCCTTGAACAACAACGGCGAAAACGTTTCGAGGATCTTTGGTTT
GCTTTTGACTCTTTTCGGTGAGA

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3G829JQ 772 0 0
TCGGGCGCCATATGTCAGGTCGAGGATCTGTTGACGGTGCAGTGTAGCTGCTTGGGGGCA
GTGCACGTGCTTTCGCTGACGTCGTCTCAGGATCTTCTTCAACTCTAGTTTTTATGCTGA
GCGTTTGTTCTTCGGAGTGTTATATTCTCGGTTGGATCGTTGATACGATTGGTGCTTATT
GTGGGCTCGGTTCTGAGCATCTTCCCCGAGTTTGGCGTCTCTCCTCTTGTTATGGCTCTT
CAGATGGTGGTTTTGTCTGTCATGACTTTCTCCAATTTGTTCATGTTTAGTTTGGAAGCT
TTTGGTTCCTTGGCCCTTGAACAACAACGGCGAAAACGTTTCGAGGATCTTTGGTTTGCT
TTTGACTCTTTTCGGTGAGAAGGTTTGTCGTTGAGGCATGTGTTCCCTCGGTCTGCTGCT
CAGTTTAGCGGATGGACCTTCTCTGTTTTTCGTCCTGGTTGTCAAGCTTCTCAAGTGTTT
TGGGATCGTCCTGATTGGTATCCCGTCCTCGTCTCGTCTGGTTGTCCCTTTTGAAACTTC
CGGTTATCATGGGTTCTTGGTTTCTCTGCTCTTCTATTATCTTGGACTTCTTTTAACTTG
GGAATTTGAGTTCTGTCTTTTTCAATCTTTTCTTTAGGTGCCCGTGTGTATTTGGGTTTA
AGCTTCCCTTCATGGGATTTAGTTTCCGGGGATATATTCATGTTCCGCCGGCTTCAGTGC
CTGTTCTTGGGCTGTAAAACTTTGTTAATGTTCTAATATAATCCAATTTGGG

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL6179Contig1 1144 2 4 U
GGACCGGCACCACAGACGATTTCTAGAGAGGTTAGGATTCAAGGGTTTGGGGGTTTCGGG
TTCGTTCGTGTTTCTTGTGTCCTCTGTTCGTTCGATTGCTAGGGGAAATAAATAAGAAGA
GCAGGCGAAGTGAAGAGCTTTTGTGATTTAGGATTTTTTTTTTTTGCGTGGGTCTGATTC
CGAAATCAAGAAGCTCGATTTCATTTAGTTCCTAAGGTCAACAATACATGGCAATAGCGC
GAACTGGAGTTTATGTTGATGATTACCTTGAGTATGCTAGCACTTTCCCTGCGGAGCTTC
AGAGATTGCTGAATACAGTTCGCGAACTGGACGAGAGATCTCAATCGCTCATAAACCAGA
CGAGGCAGCAAACTAAGTATTGCTTAGGGCTTGCCTCACAAAGTTCCAAGAGGGGCAGTG
GCAATAATCATTACAACACTGGTCTTGATGAAGAAGAAACCATTGATAAAATGCGTAAAG
AGATTGAGTCCAGCCAGGAAAATGCGTTAAGTTTGTGTACGGAGAAGGTCTTATTGGCCC
GGCAAGCTTATGATCTTATTGACAGTCACATAAAACGACTTGATGAAGATCTCAATAATT
TTGCTGAAGATTTGAAGCAAGAGGGGAAAATTCCACCAGACGAGCCCTCTGTTCTTCCTC
CACTACCTATAGCTCCTAAGCAGGAAAAGCGCAAGTCTTTTTATGGCACACCACAGCCTA
AGAAGATTGATTACAGAGATAGAGAGTGGGATCGTGACAGGGACTTCGAGCTCATGCCTC
CTCCAGGAAGCCATCGGAAAGACTTCACCCTTATTGATGAGCAGCCAATCGATCCAAACG
AACCGACGTACTGTGTCTGCCATCAGGTGTCCTTTGGGGACATGATTGCCTGTGACAATG
AGAATTGTCAAGGAGGTGAATGGTTTCACTATACATGCGTTGGCCTCACCCCCGAAACCA
GATTCAAAGGGAAATGGTATTGCCCTACCTGCAGGATCCTCCCACAGTCACATTAGTATC
ATTCGTTCTTGTTGTGACAAGGTGGCAGTGACATCTTCTTTCGTACCTTCTCTTCTAGAC
CGGTCTCCATCTTTATTGCAATTATGTCATGTTTAATACAACCTCGGATTAATCCTAATT
TCTC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3G913TF U 1
AF RR3G913JQ C 375
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BS 760 1144 RR3G913JQ

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CGAAATCAAGAAGCTCGATTTCATTTAGTTCCTAAGGTCAACAATACATGGCAATAGCGC
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CGAGGCAGCAAACTAAGTATTGCTTAGGGCTTGCCTCACAAAGTTCCAAGAGGGGCAGTG
GCAATAATCATTACAACACTGGTCTTGATGAAGAAGAAACCATTGATAAAATGCGTAAAG
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GGCAAGCTTATGATCTTATTGACAGTCACATAAAACGACTTGATGAAGATCTCAATAATT
TTGCTGAAGATTTGAAGCAAGAGGGGAAAATTCCACCAGACGAGCCCTCTGTTCTTCCTC
CACTACCTATAGCTCCTAAGCAG*AAAAGCGCAAGTCTTTTTATGGCACACCACAGCCTA
AGAAGATTGATTACAGAGATAGAGAGTGGGATCGTGACA

QA 1 759 1 759
DS 

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AACACTGGTCTTGATGAAGAAGAAACCATTGATAAAATGCGTAAAGAGATTGAGTCCAGC
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CTTATTGACAGTCACATAAAACGACTTGATGAAGATCTCAATAATTTTGCTGAAGATTTG
AAGCAAGAGGGGAAAATTCCACCAGACGAGCCCTCTGTTCTTCCTCCACTACCTATAGCT
CCTAAGCAGGAAAAGCGCAAGTCTTTTTATGGCACACCACAGCCTAAGAAGATTGATTAC
AGAGATAGAGAGTGGGATCGTGACAGGGACTTCGAGCTCATGCCTCCTCCAGGAAGCCAT
CGGAAAGACTTCACCCTTATTGATGAGCAGCCAATCGATCCAAACGAACCGACGTACTGT
GTCTGCCATCAGGTGTCCTTTGGGGACATGATTGCCTGTGACAATGAGAATTGTCAAGGA
GGTGAATGGTTTCACTATACATGCGTTGGCCTCACCCCCGAAACCAGATTCAAAGGGAAA
TGGTATTGCCCTACCTGCAGGATCCTCCCACAGTCACATTAGTATCATTCGTTCTTGTTG
TGACAAGGTGGCAGTGACATCTTCTTTCGTACCTTCTCTTCTAGACCGGTCTCCATCTTT
ATTGCAATTATGTCATGTTTAATACAACCTCGGATTAATCCTAATTTCTC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

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AGATCTACAGTGAAATATGCGGTAACTCGAGCCCTAGGATTTGGTATCCTAGGATATGCT
ACGGGACTTTACATTGGCCATCGTCTATCTCTGGAGGGAGGCTGACGAACCATTTAAGAA
ATCCGAAAAGTTGTCTGGGTGGTCTATGTAATAACTATGTCTCCGTGTAAGCTGAAAAAC
TCTTATTTGATATTGTTTCCC


BQ
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AF RR3AF69JQ C 1
AF RR3AF69TF U 1
BS 1 381 RR3AF69TF

RD RR3AF69JQ 381 0 0
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TCAATGGTGTCTCGCCGCAATTTTTCGTCACCCGCAGTTGACGGCAAAGATCCAAAGAAA
AGATCTACAGTGAAATATGCGGTAACTCGAGCCCTAGGATTTGGTATCCTAGGATATGCT
ACGGGACTTTACATTGGCCATCGTCTATCTCTGGAGGGAGGCTGACGAACCATTTAAGAA
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TCTTATTTGATATTGTTTCCC

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR3AF69TF 381 0 0
AAACAAAAATATTCTAGGAACTAGCGTGTAGAGAGATAGAAAAAGCGAACCCTAAATTTC
TTCACGACCATGCCGCCAAATATGAGATCAATCCTTGCTAAGGTACATCGAACATCGATG
TCAATGGTGTCTCGCCGCAATTTTTCGTCACCCGCAGTTGACGGCAAAGATCCAAAGAAA
AGATCTACAGTGAAATATGCGGTAACTCGAGCCCTAGGATTTGGTATCCTAGGATATGCT
ACGGGACTTTACATTGGCCATCGTCTATCTCTGGAGGGAGGCTGACGAACCATTTAAGAA
ATCCGAAAAGTTGTCTGGGTGGTCTATGTAATAACTATGTCTCCGTGTAAGCTGAAAAAC
TCTTATTTGATATTGTTTCCC

QA 1 381 1 381
DS 



AS 1 2

CO CL6181Contig1 971 2 2 U
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GGCTTTCTAAGATTCCTCCAGCTTTGTATGATGATCAAGGCAAGTCCATAAACAAAGGTT
GTGTTAACATCTGCTCCTCGAGCCCTGAAGCTGTTTCCAAAGCTTACTACAGTCAGTTCA
AGGAAGATTTCTCCATGTTCCTCCGGTTTAGATCAAAAGAGGTGGTTGCTTCAGGCAGAA
TGGTCCTCATAATGCTTGGAAGGGAAGGTCCGGATCACGTGGATAGAGGAAACTCTTTTT
TCTGGGAACTTCTTGCTAGATCCATAGCTGATCTTGTTGCACAGGGAGTAACTGAGGAAG
AGAAGCTTGATTCTTACGAAATGCACTTCTATGCCCCGAGTGCTGCTGAGATAGAAAATG
AAGTGAACAAAGAAGGGTCTTTTGAAATAGAGAAGTTAGAGATGTTAGAAGTTGACAAGG
AGAAAGGCGACGAGGATGGTGTCAGTTATGGTAAGGCGGCCGCAAAGACGGTAAGAGCGG
TTCAAGAGTCAATGCTTGCTCCACACTTTGGGGAAGACATTCTTGACAAGCTGTTTGATA
TATATGGTAGAATGGTCGACGAGGAGTTGGCTAAAGAAGACATAAGACCCATCACATTTG
TTGTTGTCCTGAAAAGGAAACCTTGAAACATTGAAATAAAACTTCTATATGTGTATCAAA
TGTTGGATATATGATAATAAAACCAGAAAAATCAATTAAACAGAAGGAACACTATTGTTC
ATTGTCGCTTGTTGTAGCATTTACAATGTTTAGGATCAATCAAACTGCAACTACTTTTCT
GCTAATGAAAAATAGAGTAGTGTTATATATGTACAATAAACATATTTATGTTATAAATTA
GTTAAAAGCGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD80TF U 1
AF RR3DD80JQ C 209
BS 1 588 RR3DD80TF
BS 589 971 RR3DD80JQ

RD RR3DD80TF 588 0 0
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ATGGAAGGATCTTCCCTGAAAACACCATCCACTTTATCTATGCCTCTTACAGCTTACACT
GGCTTTCTAAGATTCCTCCAGCTTTGTATGATGATCAAGGCAAGTCCATAAACAAAGGTT
GTGTTAACATCTGCTCCTCGAGCCCTGAAGCTGTTTCCAAAGCTTACTACAGTCAGTTCA
AGGAAGATTTCTCCATGTTCCTCCGGTTTAGATCAAAAGAGGTGGTTGCTTCAGGCAGAA
TGGTCCTCATAATGCTTGGAAGGGAAGGTCCGGATCACGTGGATAGAGGAAACTCTTTTT
TCTGGGAACTTCTTGCTAGATCCATAGCTGATCTTGTTGCACAGGGAGTAACTGAGGAAG
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AAGTGAACAAAGAAGGGTCTTTTGAAATAGAGAAGTTAGAGATGTTAGAAGTTGACAAGG
AGAAAGGCGACGAGGATGGTGTCAGTTATGGTAAGGCGGCCGCAAAGA

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3DD80JQ 763 0 0
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TCCGGATCACGTGGATAGAGGAAACTCTTTTTTCTGGGAACTTCTTGCTAGATCCATAGC
TGATCTTGTTGCACAGGGAGTAACTGAGGAAGAGAAGCTTGATTCTTACGAAATGCACTT
CTATGCCCCGAGTGCTGCTGAGATAGAAAATGAAGTGAACAAAGAAGGGTCTTTTGAAAT
AGAGAAGTTAGAGATGTTAGAAGTTGACAAGGAGAAAGGCGACGAGGATGGTGTCAGTTA
TGGTAAGGCGGCCGCAAAGACGGTAAGAGCGGTTCAAGAGTCAATGCTTGCTCCACACTT
TGGGGAAGACATTCTTGACAAGCTGTTTGATATATATGGTAGAATGGTCGACGAGGAGTT
GGCTAAAGAAGACATAAGACCCATCACATTTGTTGTTGTCCTGAAAAGGAAACCTTGAAA
CATTGAAATAAAACTTCTATATGTGTATCAAATGTTGGATATATGATAATAAAACCAGAA
AAATCAATTAAACAGAAGGAACACTATTGTTCATTGTCGCTTGTTGTAGCATTTACAATG
TTTAGGATCAATCAAACTGCAACTACTTTTCTGCTAATGAAAAATAGAGTAGTGTTATAT
ATGTACAATAAACATATTTATGTTATAAATTAGTTAAAAGCGT

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL6182Contig1 1164 2 12 U
GGAGGTATCGTGCTTCAGACTTGTAAGGGCCAGGTAGATCAATGTGTGGAGCCTTACTTG
AGAATCACATTAGATCGGCTACGAGGTGCTGAGAAATCTTCCTTTAAATGTCTTCTGATT
GAAGTGGTTGCAAATGCCTTCTACTACAATGCCCCTTTGACACTTGCCATATTGCAACGC
GCCGGTTTTGCAACGGAAATTTTGACCATATGGCTCCAGATGCTGCAAAAAAAGAAGAAG
AGTGGTGCACATGCTAACTTCAAGGGAGAGCATGATAAGAAAGTTTGCATCTTGGGTTTG
ACATCAATTCTCAGTCTTCCTGCTGGTCAATTGCCCGGAGAAGTCTTGCCACCTGTATTC
AGGGCTCTTCTTGAGCTTTTGGTGGCATACAAGGATCAACTTGCTGAAGCTGCAAAGGCA
GAAGAGGAAGAAGATGAAGAAGATGGCGATGACGACAACATGGATGACTTTGAGACAGAT
GATGAAGATGATGAGGAGAATCCAGATGAAACTGATGAAAGTACACTCCGCAAGTTAGCA
GCACAGGCAAAGGACTTCCGCTCTTACAGCGATGATGATGAATTTTCGGAAGATGACTAT
AGTGATGATGAGGAATTAGACTCTCCAATTGATGAAGTGGATCCTTTCATACTCTTCGTG
GATGCAGTCACAGCAATGCAAGCAACAGACTCGCTCAGGTTCCAAAGCCTTAGGCAGACA
CTAGACCCGCACTACGAAGGGCTCGCAAACAATATCGCTCAGCACACGGAGCAGAGAAGA
GCTGAGATACTGAAGGAGCAACTTGAGAAGCAGCAATCTTCCACAACAGTTGCTTCTTGA
GTACACATGGCTGCACCTTTTTTTTTTGCTTTTGTAAGCCTTAAGGAAGTAGAGAGGCTT
ATCTTAGGTGAGTCTGGTCGACTCTCAATCATGTCTCAGAGATATTAATCTCTGGCATCT
CCAGTTTTTCATTTCATCTCATTTTTTTTTGTTTTATCATCCAATAGACCAAAAAACAAG
ATCATATTTTTTTTCCTTTTCAAACAGAACAGATTAACCCTTTGAAGGGTTTCATGTTCT
CCAATTGGGATGGAGGCATATATTTTTTAAACTATGGGTTTGTTTGTTGAATTATCATTT
ATCTTTATTGGCTGATTTTATCGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D421TF U 1
AF RR3D421JQ C 382
BS 1 698 RR3D421TF
BS 699 699 RR3D421JQ
BS 700 713 RR3D421TF
BS 714 714 RR3D421JQ
BS 715 740 RR3D421TF
BS 741 741 RR3D421JQ
BS 742 748 RR3D421TF
BS 749 751 RR3D421JQ
BS 752 777 RR3D421TF
BS 778 778 RR3D421JQ
BS 779 791 RR3D421TF
BS 792 1164 RR3D421JQ

RD RR3D421TF 791 0 0
GGAGGTATCGTGCTTCAGACTTGTAAGGGCCAGGTAGATCAATGTGTGGAGCCTTACTTG
AGAATCACATTAGATCGGCTACGAGGTGCTGAGAAATCTTCCTTTAAATGTCTTCTGATT
GAAGTGGTTGCAAATGCCTTCTACTACAATGCCCCTTTGACACTTGCCATATTGCAACGC
GCCGGTTTTGCAACGGAAATTTTGACCATATGGCTCCAGATGCTGCAAAAAAAGAAGAAG
AGTGGTGCACATGCTAACTTCAAGGGAGAGCATGATAAGAAAGTTTGCATCTTGGGTTTG
ACATCAATTCTCAGTCTTCCTGCTGGTCAATTGCCCGGAGAAGTCTTGCCACCTGTATTC
AGGGCTCTTCTTGAGCTTTTGGTGGCATACAAGGATCAACTTGCTGAAGCTGCAAAGGCA
GAAGAGGAAGAAGATGAAGAAGATGGCGATGACGACAACATGGATGACTTTGAGACAGAT
GATGAAGATGATGAGGAGAATCCAGATGAAACTGATGAAAGTACACTCCGCAAGTTAGCA
GCACAGGCAAAGGACTTCCGCTCTTACAGCGATGATGATGAATTTTCGGAAGATGACTAT
AGTGATGATGAGGAATTAGACTCTCCAATTGATGAAGTGGATCCTTTCATACTCTTCGTG
GATGCAGTCACAGCAATGCAAGCAACAGACTCGCTCAG*TTCCAAAGCCTTAG*CAGACA
CTAGACCCGCACTACGAAGG*CTCGCAA**CATATCGCTCAGCACACGGAGCAGAGA*GA
GCTGAGATACT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3D421JQ 783 0 0
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GATGGCGATGACGACAACATGGATGACTTTGAGACAGATGATGAAGATGATGAGGAGAAT
CCAGATGAAACTGATGAAAGTACACTCCGCAAGTTAGCAGCACAGGCAAAGGACTTCCGC
TCTTACAGCGATGATGATGAATTTTCGGAAGATGACTATAGTGATGATGAGGAATTAGAC
TCTCCAATTGATGAAGTGGATCCTTTCATACTCTTCGTGGATGCAGTCACAGCAATGCAA
GCAACAGACTCGCTCAGGTTCCAAAGCCTTAGGCAGACACTAGACCCGCACTACGAAGGG
CTCGCAAACAATATCGCTCAGCACACGGAGCAGAGAAGAGCTGAGATACTGAAGGAGCAA
CTTGAGAAGCAGCAATCTTCCACAACAGTTGCTTCTTGAGTACACATGGCTGCACCTTTT
TTTTTTGCTTTTGTAAGCCTTAAGGAAGTAGAGAGGCTTATCTTAGGTGAGTCTGGTCGA
CTCTCAATCATGTCTCAGAGATATTAATCTCTGGCATCTCCAGTTTTTCATTTCATCTCA
TTTTTTTTTGTTTTATCATCCAATAGACCAAAAAACAAGATCATATTTTTTTTCCTTTTC
AAACAGAACAGATTAACCCTTTGAAGGGTTTCATGTTCTCCAATTGGGATGGAGGCATAT
ATTTTTTAAACTATGGGTTTGTTTGTTGAATTATCATTTATCTTTATTGGCTGATTTTAT
CGC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL6183Contig1 980 2 4 U
GGGGGAAAATCTTAGATCTAGAGTATAAAAAAAAAAAGATGAATCTTTCTCCTCAAGACG
AGTTCATCATCCTCTACTTTGCGACCGTTGTTCCGTCCTTCCTATGGCAAAGTTGACCTC
TGTTTCAACCCGTCCATCTCTTCTCTCTTTCGCTCGGCCGGATCTCTGCAACAAAGTCAA
GAACTTTTTCGCCTAAGATCCACAATCACGACCCCTGCTTTGACACAAAGCTTCTCCTCT
GATCCCTTAAAGAGAAGTCCGCCTCTGAAGCTACCGTTAGGGTGTGTGAGATCGTGAAGA
AGGAAGAGTGGGGTGACTAAGAGTTTGGAATTCTTAAAGGGAGAAGGAGAGAGAATACAT
AGCAGAGGGAAGAAGAAGAAAGGAGCCAAGAACCTCAGAGACAGCTCACGGCGAGGAGGA
TCCACAAGACGACGAGCTGGTACCCTAACTCCCCCGTTTTCTCCACAAAGGAAACAGCTT
CAGCATCTTCTCTGCCCGACCACGAGTTAACCACAACCAAAGGCGTTGCGGTGAGGGGGT
TGGAGTCCAATATGGAGAAAAGTTTCAAACTTCAGCTCGTTTCGGTCCCGTACAAGCCTA
GAGAGAATCCATCTGAGGACAAAACAGTAGAAGAGAAGATTGGATCAGCATCTCTTGATT
ATCTTCTCTAGAAACACTCTGTTCATGAGTTTGTGAAGAAAGTTATGGAGTTATGATCGT
TTCCTTCCACAACCTGCGGTCCAGAGTCGTTGCTGGAAGTTATCAGCTTTCCTCTCCGTG
GCTCTTCGTTAGCTACCAGATGGGAACAACTGAAGCTCAGTCATGACCTCTAGAGCAGCT
CAAAGGTTTGAGGACGCCAACACCGAGAAGCCCGAGCTTGCCATCACAAATACAGTTCTT
TTCTCGCCTTGGAAGTATGAGACACAGCCTTACCTTCATCGCTATACGTTGTCAGCAGCT
TCAAGCTCTGTTCAAGCTTC


BQ
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AF RR3C459TF U 1
AF RR3C459JQ C 397
BS 1 723 RR3C459TF
BS 724 724 RR3C459JQ
BS 725 786 RR3C459TF
BS 787 980 RR3C459JQ

RD RR3C459TF 786 0 0
GGGGGAAAATCTTAGATCTAGAGTATAAAAAAAAAAAGATGAATCTTTCTCCTCAAGACG
AGTTCATCATCCTCTACTTTGCGACCGTTGTTCCGTCCTTCCTATGGCAAAGTTGACCTC
TGTTTCAACCCGTCCATCTCTTCTCTCTTTCGCTCGGCCGGATCTCTGCAACAAAGTCAA
GAACTTTTTCGCCTAAGATCCACAATCACGACCCCTGCTTTGACACAAAGCTTCTCCTCT
GATCCCTTAAAGAGAAGTCCGCCTCTGAAGCTACCGTTAGGGTGTGTGAGATCGTGAAGA
AGGAAGAGTGGGGTGACTAAGAGTTTGGAATTCTTAAAGGGAGAAGGAGAGAGAATACAT
AGCAGAGGGAAGAAGAAGAAAGGAGCCAAGAACCTCAGAGACAGCTCACGGCGAGGAGGA
TCCACAAGACGACGAGCTGGTACCCTAACTCCCCCGTTTTCTCCACAAAGGAAACAGCTT
CAGCATCTTCTCTGCCCGACCACGAGTTAACCACAACCAAAGGCGTTGCGGTGAGGGGGT
TGGAGTCCAATATGGAGAAAAGTTTCAAACTTCAGCTCGTTTCGGTCCCGTACAAGCCTA
GAGAGAATCCATCTGAGGACAAAACAGTAGAAGAGAAGATTGGATCAGCATCTCTTGATT
ATCTTCTCTAGAAACACTCTGTTCATGAGTTTGTGAAGAAAGTTATGGAGTTATGATCGT
TTC*TTCCACAACCTGCGGTCCAGAGTCGTTGCTGGAAGTTATCAGCTTTCCTCTCCGTG
GCTCTT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3C459JQ 584 0 0
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TTTTCTCCACAAAGGAAACAGCTTCAGCATCTTCTCTGCCCGACCACGAGTTAACCACAA
CCAAAGGCGTTGCGGTGAGGGGGTTGGAGTCCAATATGGAGAAAAGTTTCAAACTTCAGC
TCGTTTCGGTCCCGTACAAGCCTAGAGAGAATCCATCTGAGGACAAAACAGTAGAAGAGA
AGATTGGATCAGCATCTCTTGATTATCTTCTCTAGAAACACTCTGTTCATGAGTTTGTGA
AGAAAGTTATGGAGTTATGATCGTTTCCTTCCACAACCTGCGGTCCAGAGTCGTTGCTGG
AAGTTATCAGCTTTCCTCTCCGTGGCTCTTCGTTAGCTACCAGATGGGAACAACTGAAGC
TCAGTCATGACCTCTAGAGCAGCTCAAAGGTTTGAGGACGCCAACACCGAGAAGCCCGAG
CTTGCCATCACAAATACAGTTCTTTTCTCGCCTTGGAAGTATGAGACACAGCCTTACCTT
CATCGCTATACGTTGTCAGCAGCTTCAAGCTCTGTTCAAGCTTC

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

CO CL6184Contig1 539 2 3 U
GGTCCAAATCAATTTCTTACAAAATAAAACTTTACGTAATCAAATGGCTAAAACATTCAT
AAGCAACACAACGAATCCAAGACATATCACAATTCCAACTGTCTCCATTATTTGCGAATA
CATAAAACTTATAAAAATTGAATTCATTTCCTTTGGAATCAAACCTAAAAGGTAGCCAGG
TTTACTTGGGATCACGTCTTAAAAGTCGGAGCATCGACCACGTTGTTCCCAATCGCCGTA
CCGAGTGGGCTCAGGACCTCTAGGACCTCCTATCTCACCCGTATCTTCGTTAACAAACTC
TCCGCCTCCTCCTTCTTCTTCCTCTTCCTCTTCCTTGGGCATCTCTTGAAGTTTCGCATC
TGGCTTCACAACCTGGTCCTGATTCGGAAACGGGGATGGTGACTGAGGCGGAGGAGGAGG
AGGAGCACCGGAGCTTAGAAATCGGGATACAGGCTCCAGGAATCTAGAGGAGGCGGATCG
GCTCGGTGCGATCAGACGGACGATTTTGTTTGTAGCCATTGTTAAATTGTCTCGACTCC


BQ
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AF RR3DU58JQ U 40
AF RR3DU58TF C 1
BS 1 39 RR3DU58TF
BS 40 431 RR3DU58JQ
BS 432 539 RR3DU58TF

RD RR3DU58JQ 392 0 0
TCAAATGGCTAAAACATTCATAAGCAACACAACGAATCCAAGACATATCACAATTCCAAC
TGTCTCCATTATTTGCGAATACATAAAACTTATAAAAATTGAATTCATTTCCTTTGGAAT
CAAACCTAAAAGGTAGCCAGGTTTACTTGGGATCACGTCTTAAAAGTCGGAGCATCGACC
ACGTTGTTCCCAATCGCCGTACCGAGTGGGCTCAGGACCTCTAGGACCTCCTATCTCACC
CGTATCTTCGTTAACAAACTCTCCGCCTCCTCCTTCTTCTTCCTCTTCCTCTTCCTTGGG
CATCTCTTGAAGTTTCGCATCTGGCTTCACAACCTGGTCCTGATTCGGAAACGGGGATGG
TGACTGAGGCGGAGGAGGAGGAGGAGCACCGG

QA 1 392 1 392
DS 

RD RR3DU58TF 539 0 0
GGTCCAAATCAATTTCTTACAAAATAAAACTTTACGTAATCAAATGGCTAAAACATTCAT
AAGCAACACAACGAATCCAAGACATATCACAATTCCAACTGTCTCCATTATTTGCGAATA
CATAAAACTTATAAAAATTGAATTCATTTCCTTTGGAATCAAACCTAAAAGGTAGCCAGG
TTTACTTGGGATCACGTCTTAGAAGTCGGAGCATCGACCACGTTGTTCCCAATCGCCGTA
CCGAGTGGGCTCAGGACCTCTAGGACCTCCTATCTCACCCGTATCTTCGTTAACAAACTC
TCCGCCTCCTCCTTCTTCTTCCTCTTCCTCTTCCTTGGGCATCTCTTGAAGTTTCGCATC
TGGCTTCACAACCTGGTCCTGATTCGGAGACGGGGATGGTGACTGAGGCGGAGGAGGAGG
AGGAGCACCGGAGCTTAGAAATCGGGATACAGGCTCCAGGAATCTAGAGGAGGCGGATCG
GCTCGGTGCGATCAGACGGACGATTTTGTTTGTAGCCATTGTTAAATTGTCTCGACTCC

QA 1 539 1 539
DS 



AS 1 2

CO CL6185Contig1 385 2 1 U
GGGTGAAAGAAAACAAGAGAAAGAGAGATGCGTAGAGGCTTTAAAACAAAAGATGAGTGA
GCTTGAATCATCTCTGACTGTGCTTGAATATGAAATGAAAGCAAAAGACAGCAAGACAAT
GGAGATGGTGAGAGAGATTGAAGCGATGAGAATGGAGATGGAAATGAAGAGGACAAAGAT
GATTTTGGAGTCGCAACAACGGATTGTGGAGACATTTGCTAAAACTATGTCGGAGATGAG
GAAGAAGAAAGCAACAAGAGTATCTTCTCCAATGGAGTAATTAATTGTGTGTATGTTGTT
GAGCTTAGTGTGTGTAAAGTATCATCCACCTTTTAGTTTCCGCATGAATGTTGTTATGTG
GCATTAATGGAGTATGAACTTCTCC


BQ
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AF RR3B965JQ C 1
AF RR3B965TF U 1
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GCTTGAATCATCTCTGACTGTGCTTGAATATGAAATGAAAGCAAAAGACAGCAAGACAAT
GGAGATGGTGAGAGAGATTGAAGCGATGAGAATGGAGATGGAAATGAAGAGGACAAAGAT
GATTTTGGAGTCGCAACAACGGATTGTGGAGACATTTGCTAAAACTATGTCGGAGATGAG
GAAGAAGAAAGCAACAAGAGTATCTTCTCCAATGGAGTAATTAATTGTGTGTATGTTGTT
GAGCTTAGTGTGTGTAAAGTATCATCCACCTTTTAGTTTCCGCATGAATGTTGTTATGTG
GCATTAATGGAGTATGAACTTCTCC

QA 1 385 1 385
DS 

RD RR3B965TF 385 0 0
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GCTTGAATCATCTCTGACTGTGCTTGAATATGAAATGAAAGCAAAAGACAGCAAGACAAT
GGAGATGGTGAGAGAGATTGAAGCGATGAGAATGGAGATGGAAATGAAGAGGACAAAGAT
GATTTTGGAGTCGCAACAACGGATTGTGGAGACATTTGCTAAAACTATGTCGGAGATGAG
GAAGAAGAAAGCAACAAGAGTATCTTCTCCAATGGAGTAATTAATTGTGTGTATGTTGTT
GAGCTTAGTGTGTGTAAAGTATCATCCACCTTTTAGTTTCCGCATGAATGTTGTTATGTG
GCATTAATGGAGTATGAACTTCTCC

QA 1 385 1 385
DS 



AS 1 2

CO CL6186Contig1 385 2 1 U
GGGCCGTGGACTCCAGAGAGTGTTGGTGATTACGCGAGCGGGACAAACCACGTTCTTCCA
ACGTACGGGTATGCGAGGATGTACAGTGGCGTCTCCCTAGACTCTTTCCTGAAGTTCATG
ACTGTACAATCCTTGACAGAAGAAGGTCTGCGTAACCTTGGTCCGTATGTGGCCACTATG
GCTGAAATTGAAGGTCTAGATGCACACAAGAGAGCCGTCACTCTCAGACTCAAGGATATT
GAAGCCAAACAGACCCAAACAAAGTGAGCATGAATGCCTGTTTTCAGATTCAAACGAGGT
GAACTTTGTTTAAAGTGTTTGAAGATGTAATAATAAGAATAATGTAAGAGATGTTACACT
CTTGTCATAATCTGGATTTTCTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AV90JQ C 1
AF RR3AV90TF U 1
BS 1 385 RR3AV90TF

RD RR3AV90JQ 385 0 0
GGGCCGTGGACTCCAGAGAGTGTTGGTGATTACGCGAGCGGGACAAACCACGTTCTTCCA
ACGTACGGGTATGCGAGGATGTACAGTGGCGTCTCCCTAGACTCTTTCCTGAAGTTCATG
ACTGTACAATCCTTGACAGAAGAAGGTCTGCGTAACCTTGGTCCGTATGTGGCCACTATG
GCTGAAATTGAAGGTCTAGATGCACACAAGAGAGCCGTCACTCTCAGACTCAAGGATATT
GAAGCCAAACAGACCCAAACAAAGTGAGCATGAATGCCTGTTTTCAGATTCAAACGAGGT
GAACTTTGTTTAAAGTGTTTGAAGATGTAATAATAAGAATAATGTAAGAGATGTTACACT
CTTGTCATAATCTGGATTTTCTTCC

QA 1 385 1 385
DS 

RD RR3AV90TF 385 0 0
GGGCCGTGGACTCCAGAGAGTGTTGGTGATTACGCGAGCGGGACAAACCACGTTCTTCCA
ACGTACGGGTATGCGAGGATGTACAGTGGCGTCTCCCTAGACTCTTTCCTGAAGTTCATG
ACTGTACAATCCTTGACAGAAGAAGGTCTGCGTAACCTTGGTCCGTATGTGGCCACTATG
GCTGAAATTGAAGGTCTAGATGCACACAAGAGAGCCGTCACTCTCAGACTCAAGGATATT
GAAGCCAAACAGACCCAAACAAAGTGAGCATGAATGCCTGTTTTCAGATTCAAACGAGGT
GAACTTTGTTTAAAGTGTTTGAAGATGTAATAATAAGAATAATGTAAGAGATGTTACACT
CTTGTCATAATCTGGATTTTCTTCC

QA 1 385 1 385
DS 



AS 1 2

CO CL6187Contig1 853 2 4 U
GGGAGAACATAAAAAACAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAATGAGCGAGAGAGATCCT
AACTGCAAGCGTGATGCGGGAGAGCTTGAAGCTTCGAGCGCAAGTGTCTCACCACTCAAG
AAGAAGAAGCTCGATGATGATTCGTCAACGGACTACTCTCATGGCGTCGTCTTGGCGATT
CCTTCCGTTGCTTCATCGGATGATTCATCTCGAGGCGGATGCTCTGATAACTCCGCCGGA
GAAGACGATGACAAGAGCTCGATCATCTGTTTGAGTACTGAATCGAAGAGGAGCACTCCG
ACTGTTGCCGTTGTAGATCTACAGGTGATTTTTTTTTCGAAATCTGAAATTTGAAACAAA
CATTAAATGACTCAAAATCTGTGAATCTCTGTTGATTTTTTTTATTTACTTTCCGTTATG
TTTAGGCTCATCAAATCTCCGAGACGGAAACTTCAACATCTACCACCAGCAGTAGTATCA
GAAAAGCGGTAAATCCAGTGAGTGAAGAAGCTTTGGGAGAAACAACAGAGATGGAGTCCT
CATCATCATCGGCGCAAAAAGTGAGTAAGAGTCCGACGCCCGGAGAGATTGAAGAGTTCT
TATCGGAGCTAGAGAATAAAGATCAGAAACGATTCATAGAGAAGTACAACTTCGATATCG
TTAATGACAAACCGCTCCAAGGTCGCTACAAGTGGGGATCGATTTAAGGGCCATAAAAGG
AATTAAAATAGTATGCGGAAGAAGATATCTTCTTTTTCTCCTAATTACATTCCACTTGTA
CAGCTTTCTTTTTCTCTAATCAGTTTAGCCTATGTTAGTTGTACAAACAAAAAAAAATAC
AAGCTTTATGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A921TF U 1
AF RR3A921JQ C 13
BS 1 681 RR3A921TF
BS 682 682 RR3A921JQ
BS 683 787 RR3A921TF
BS 788 853 RR3A921JQ

RD RR3A921TF 787 0 0
GGGAGAACATAAAAAACAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAATGAGCGAGAGAGATCCT
AACTGCAAGCGTGATGCGGGAGAGCTTGAAGCTTCGAGCGCAAGTGTCTCACCACTCAAG
AAGAAGAAGCTCGATGATGATTCGTCAACGGACTACTCTCATGGCGTCGTCTTGGCGATT
CCTTCCGTTGCTTCATCGGATGATTCATCTCGAGGCGGATGCTCTGATAACTCCGCCGGA
GAAGACGATGACAAGAGCTCGATCATCTGTTTGAGTACTGAATCGAAGAGGAGCACTCCG
ACTGTTGCCGTTGTAGATCTACAGGTGATTTTTTTTTCGAAATCTGAAATTTGAAACAAA
CATTAAATGACTCAAAATCTGTGAATCTCTGTTGATTTTTTTTATTTACTTTCCGTTATG
TTTAGGCTCATCAAATCTCCGAGACGGAAACTTCAACATCTACCACCAGCAGTAGTATCA
GAAAAGCGGTAAATCCAGTGAGTGAAGAAGCTTTGGGAGAAACAACAGAGATGGAGTCCT
CATCATCATCGGCGCAAAAAGTGAGTAAGAGTCCGACGCCCGGAGAGATTGAAGAGTTCT
TATCGGAGCTAGAGAATAAAGATCAGAAACGATTCATAGAGAAGTACAACTTCGATATCG
TTAATGACAAACCGCTCCAAG*TCGCTACAAGTGGGGATCGATTTAAGGGCCATAAAAGG
AATTAAAATAGTATGCGGAAGAAGATATCTTCTTTTTCTCCTAATTACATTCCACTTGTA
CAGCTTT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3A921JQ 841 0 0
AAAACAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAAATGAGCGAGAGAGATCCTAACTGCAAGCGT
GATGCGGGAGAGCTTGAAGCTTCGAGCGCAAGTGTCTCACCACTCAAGAAGAAGAAGCTC
GATGATGATTCGTCAACGGACTACTCTCATGGCGTCGTCTTGGCGATTCCTTCCGTTGCT
TCATCGGATGATTCATCTCGAGGCGGATGCTCTGATAACTCCGCCGGAGAAGACGATGAC
AAGAGCTCGATCATCTGTTTGAGTACTGAATCGAAGAGGAGCACTCCGACTGTTGCCGTT
GTAGATCTACAGGTGATTTTTTTTTCGAAATCTGAAATTTGAAACAAACATTAAATGACT
CAAAATCTGTGAATCTCTGTTGATTTTTTTTATTTACTTTCCGTTATGTTTAGGCTCATC
AAATCTCCGAGACGGAAACTTCAACATCTACCACCAGCAGTAGTATCAGAAAAGCGGTAA
ATCCAGTGAGTGAAGAAGCTTTGGGAGAAACAACAGAGATGGAGTCCTCATCATCATCGG
CGCAAAAAGTGAGTAAGAGTCCGACGCCCGGAGAGATTGAAGAGTTCTTATCGGAGCTAG
AGAATAAAGATCAGAAACGATTCATAGAGAAGTACAACTTCGATATCGTTAATGACAAAC
CGCTCCAAGGTCGCTACAAGTGGGGATCGATTTAAGGGCCATAAAAGGAATTAAAATAGT
ATGCGGAAGAAGATATCTTCTTTTTCTCCTAATTACATTCCACTTGTACAGCTTTCTTTT
TCTCTAATCAGTTTAGCCTATGTTAGTTGTACAAACAAAAAAAAATACAAGCTTTATGTC
G

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 2

CO CL6188Contig1 384 2 1 U
GGACCGTAGCGATATCTAAAACAAGGGTTTATCATCTTCTTCGGCTTTGACAACCTAAGC
CATTAATAGAGTTTCATGAGGTTGAGTGAGATGAATCGTCATGAAGAATTTATGGTCCAG
TTCGACTGCGTCGTTCCATCTTATGACCCTCTCCTCTAGAACGTTACGTGATTCATTGAA
TCATTGCCTTTAACAGCCTTCTCAACTCAGCAAGATAAAACATTCAATGCTTCTTATATC
CCTTCTAGGAGGTGGATCTCCATCTATAAAAAGGTCCGAATGTGAAGAGGAGGTGCGCTC
AAGGGTGTTAAGCTCACCAATGTTTGACAAGAAGACATTGAAGAAGAATCGTATAGAATT
GGATTTCAGAATTGCAGAACACAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FS57JQ C 1
AF RR3FS57TF U 1
BS 1 384 RR3FS57TF

RD RR3FS57JQ 384 0 0
GGACCGTAGCGATATCTAAAACAAGGGTTTATCATCTTCTTCGGCTTTGACAACCTAAGC
CATTAATAGAGTTTCATGAGGTTGAGTGAGATGAATCGTCATGAAGAATTTATGGTCCAG
TTCGACTGCGTCGTTCCATCTTATGACCCTCTCCTCTAGAACGTTACGTGATTCATTGAA
TCATTGCCTTTAACAGCCTTCTCAACTCAGCAAGATAAAACATTCAATGCTTCTTATATC
CCTTCTAGGAGGTGGATCTCCATCTATAAAAAGGTCCGAATGTGAAGAGGAGGTGCGCTC
AAGGGTGTTAAGCTCACCAATGTTTGACAAGAAGACATTGAAGAAGAATCGTATAGAATT
GGATTTCAGAATTGCAGAACACAG

QA 1 384 1 384
DS 

RD RR3FS57TF 384 0 0
GGACCGTAGCGATATCTAAAACAAGGGTTTATCATCTTCTTCGGCTTTGACAACCTAAGC
CATTAATAGAGTTTCATGAGGTTGAGTGAGATGAATCGTCATGAAGAATTTATGGTCCAG
TTCGACTGCGTCGTTCCATCTTATGACCCTCTCCTCTAGAACGTTACGTGATTCATTGAA
TCATTGCCTTTAACAGCCTTCTCAACTCAGCAAGATAAAACATTCAATGCTTCTTATATC
CCTTCTAGGAGGTGGATCTCCATCTATAAAAAGGTCCGAATGTGAAGAGGAGGTGCGCTC
AAGGGTGTTAAGCTCACCAATGTTTGACAAGAAGACATTGAAGAAGAATCGTATAGAATT
GGATTTCAGAATTGCAGAACACAG

QA 1 384 1 384
DS 



AS 1 2

CO CL6189Contig1 1333 2 4 U
GGGTTCAGAAACTGAAAAGTCAGGTACAGATAAGTTGCAAAGTGGTTCGACTGGTCCAGT
TATAATCATAAGAGGTTTGACATCTGTGAAAGGCCTTGAGGGTGTTGAATTGCTTGACAC
GCTTATCACGTATCTCTGGCGTGTTCATGGTGTGGACTATTACGGAAAGCTTGAAACAAG
CGAAGCTAAGGGTCTGCGGCATGTGAGAGCGGAAGGAAAAGGCTCTGATGCAAAAGGAGA
TGAGGGTGAAGATAAATTTGATTCTCATTGGCAACAGAGGTTGAAAGGTCAAGACCCCCT
GGAAGTTATGGCTACCAAAGAGAAGCTAGATGCCGCTGCTATTGAAGCTTTAGATCCACA
TGTCCGAAAGATTAGGGATGAGAAGTATGGTTGGAAATATGGTTGTGGAGCCAAAGGATG
CACGAAACTGTTTCATGCTGCTGAATTTGTGCACAAGCATCTCAAGCTGAAGCACACTGA
GCTTATAGTGGATCTGACTGTTAAAGTGCGGGAAGAATTGTATTTTCAAAACTATATGAA
TGATCCTAATGCTCCAGGAGGACAACCAGCCACTCAGCAACCTGGCCCGAGAGATAGACC
TATGATGAGACGTAAACCAAGCATGGAGAGCAGATTGAGGGATGATCGAGGTGGACGCAT
AGAGCGTGACAGAATTGATCGGTCAGAGGATCAGCAGAGAGGTGATGGTAACGGTTCTAA
TCCGGAGGAAGGTGGTTACGATGCATTTGGTGGACAAGGCGGTGTTCATGTTCCTTCCTA
CTCTGCCGATATGAACGCACCACCAGTGCTGATGCCTGTTCCCGGTGCCGGGCCACTAGG
ACCATTTGTACCAGCACCACCTGAGTTTGCGATGCAGATGTTCAGGGACCCAAGCGGTGG
ACCCAACCCTCCTTTAGAAGGTGGTGGCAGAGGTGGACCAGCCCCTTTTCTTTTGTCTCC
AGCTTTTAGACAGGATCCTAGACGGTTACGCAGCTACCAAGACCTAGATGCTCCAGAGGA
AGAGGTAACCGTTATTGATTATAGGAGCTTGTAGGCAAAGGGAGAAAGCTAGAGAGAGAT
GTGAGGTCTTGGGAAATATAACTAATGAGACTTTCCCAATATTTGCAACTCTTTGCGACC
ATCAATCTAAACTATCTTCTACATGCCAAATTTGTACTCTAACAATAAACAAATTTGTGT
TTTACGAATATTATATGGAATGTTACAGGTTTACTTATTTTCAAGTTTTATTTGTTTAAA
AAATTTTTACTTGGTTTCAAATTAAAATATATTATTTTTTCTTCTTATGATATGAAATTG
TATCAATCTGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B134TF U 1
AF RR3B134JQ C 432
BS 1 758 RR3B134TF
BS 759 759 RR3B134JQ
BS 760 820 RR3B134TF
BS 821 1333 RR3B134JQ

RD RR3B134TF 820 0 0
GGGTTCAGAAACTGAAAAGTCAGGTACAGATAAGTTGCAAAGTGGTTCGACTGGTCCAGT
TATAATCATAAGAGGTTTGACATCTGTGAAAGGCCTTGAGGGTGTTGAATTGCTTGACAC
GCTTATCACGTATCTCTGGCGTGTTCATGGTGTGGACTATTACGGAAAGCTTGAAACAAG
CGAAGCTAAGGGTCTGCGGCATGTGAGAGCGGAAGGAAAAGGCTCTGATGCAAAAGGAGA
TGAGGGTGAAGATAAATTTGATTCTCATTGGCAACAGAGGTTGAAAGGTCAAGACCCCCT
GGAAGTTATGGCTACCAAAGAGAAGCTAGATGCCGCTGCTATTGAAGCTTTAGATCCACA
TGTCCGAAAGATTAGGGATGAGAAGTATGGTTGGAAATATGGTTGTGGAGCCAAAGGATG
CACGAAACTGTTTCATGCTGCTGAATTTGTGCACAAGCATCTCAAGCTGAAGCACACTGA
GCTTATAGTGGATCTGACTGTTAAAGTGCGGGAAGAATTGTATTTTCAAAACTATATGAA
TGATCCTAATGCTCCAGGAGGACAACCAGCCACTCAGCAACCTGGCCCGAGAGATAGACC
TATGATGAGACGTAAACCAAGCATGGAGAGCAGATTGAGGGATGATCGAGGTGGACGCAT
AGAGCGTGACAGAATTGATCGGTCAGAGGATCAGCAGAGAGGTGATGGTAACGGTTCTAA
TCCGGAGGAAGGTGGTTACGATGCATTTGGTGGACAAG*CGGTGTTCATGTTCCTTCCTA
CTCTGCCGATATGAACGCACCACCAGTGCTGATGCCTGTT

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3B134JQ 902 0 0
TTCATGCTGCTGAATTTGTGCACAAGCATCTCAAGCTGAAGCACACTGAGCTTATAGTGG
ATCTGACTGTTAAAGTGCGGGAAGAATTGTATTTTCAAAACTATATGAATGATCCTAATG
CTCCAGGAGGACAACCAGCCACTCAGCAACCTGGCCCGAGAGATAGACCTATGATGAGAC
GTAAACCAAGCATGGAGAGCAGATTGAGGGATGATCGAGGTGGACGCATAGAGCGTGACA
GAATTGATCGGTCAGAGGATCAGCAGAGAGGTGATGGTAACGGTTCTAATCCGGAGGAAG
GTGGTTACGATGCATTTGGTGGACAAGGCGGTGTTCATGTTCCTTCCTACTCTGCCGATA
TGAACGCACCACCAGTGCTGATGCCTGTTCCCGGTGCCGGGCCACTAGGACCATTTGTAC
CAGCACCACCTGAGTTTGCGATGCAGATGTTCAGGGACCCAAGCGGTGGACCCAACCCTC
CTTTAGAAGGTGGTGGCAGAGGTGGACCAGCCCCTTTTCTTTTGTCTCCAGCTTTTAGAC
AGGATCCTAGACGGTTACGCAGCTACCAAGACCTAGATGCTCCAGAGGAAGAGGTAACCG
TTATTGATTATAGGAGCTTGTAGGCAAAGGGAGAAAGCTAGAGAGAGATGTGAGGTCTTG
GGAAATATAACTAATGAGACTTTCCCAATATTTGCAACTCTTTGCGACCATCAATCTAAA
CTATCTTCTACATGCCAAATTTGTACTCTAACAATAAACAAATTTGTGTTTTACGAATAT
TATATGGAATGTTACAGGTTTACTTATTTTCAAGTTTTATTTGTTTAAAAAATTTTTACT
TGGTTTCAAATTAAAATATATTATTTTTTCTTCTTATGATATGAAATTGTATCAATCTGA
GT

QA 1 902 1 902
DS 



AS 1 2

CO CL6190Contig1 541 2 1 U
GACTCTGCAACCATGTCGAAGCGAGGAAGAGGAGGAACCTCTGGTAACAAGTTTAGGATG
TCACTTGGTCTTCCAGTGGCAGCCACAGTGAACTGTGCTGACAACACTGGTGCCAAGAAC
CTTTACATCATTTCCGTAAAGGGTATCAAGGGTCGTCTTAACCGTTTGCCATCTGCATGT
GTTGGTGACATGGTTATGGCTACAGTCAAGAAAGGTAAACCTGATCTCCGTAAGAAGGTT
ATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGAAAGCCTTGGCGCCGAAAGGATGGTGTCTTCATG
TACTTCGAGGACAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGGATCTGCT
ATTACTGGACCAATCGGGAAGGAGTGTGCTGACCTGTGGCCGAGGATCGCAAGTGCTGCA
AATGCCATCGTTTGAGTTATCTCTTGAACGTTTAATCTCTCCTCTGTTGAGTATACTTTG
TTTTCTTTTGTATTAAGACATTGATCTTGATTCTAGTTCCTATATAAGAACTTTGTTTCC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 

AF RR3BI57TF U 1
AF RR3BI57JQ C 159
BS 1 541 RR3BI57TF

RD RR3BI57TF 541 0 0
GACTCTGCAACCATGTCGAAGCGAGGAAGAGGAGGAACCTCTGGTAACAAGTTTAGGATG
TCACTTGGTCTTCCAGTGGCAGCCACAGTGAACTGTGCTGACAACACTGGTGCCAAGAAC
CTTTACATCATTTCCGTAAAGGGTATCAAGGGTCGTCTTAACCGTTTGCCATCTGCATGT
GTTGGTGACATGGTTATGGCTACAGTCAAGAAAGGTAAACCTGATCTCCGTAAGAAGGTT
ATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGAAAGCCTTGGCGCCGAAAGGATGGTGTCTTCATG
TACTTCGAGGACAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCAAGGGTGAAATGAAAGGATCTGCT
ATTACTGGACCAATCGGGAAGGAGTGTGCTGACCTGTGGCCGAGGATCGCAAGTGCTGCA
AATGCCATCGTTTGAGTTATCTCTTGAACGTTTAATCTCTCCTCTGTTGAGTATACTTTG
TTTTCTTTTGTATTAAGACATTGATCTTGATTCTAGTTCCTATATAAGAACTTTGTTTCC
C

QA 1 541 1 541
DS 

RD RR3BI57JQ 383 0 0
TAACCGTTTGCCATCTGCATGTGTTGGTGACATGGTTATGGCTACAGTCAAGAAAGGTAA
ACCTGATCTCCGTAAGAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGAAAGCCTTGGCG
CCGAAAGGATGGTGTCTTCATGTACTTCGAGGACAATGCTGGTGTCATTGTCAATCCCAA
GGGTGAAATGAAAGGATCTGCTATTACTGGACCAATCGGGAAGGAGTGTGCTGACCTGTG
GCCGAGGATCGCAAGTGCTGCAAATGCCATCGTTTGAGTTATCTCTTGAACGTTTAATCT
CTCCTCTGTTGAGTATACTTTGTTTTCTTTTGTATTAAGACATTGATCTTGATTCTAGTT
CCTATATAAGAACTTTGTTTCCC

QA 1 383 1 383
DS 



AS 1 2

CO CL6191Contig1 1316 2 10 U
GCGGTCCGAGACGGCGGACGTTAGAGAGTTCTCGAGGGCTCATGGTTACGCTGTGACCAT
GAGAATGATGTTTGGAAGGAGACATGTCACGAAAGAAAATGTTTTCTCCGACGAGGGAAG
GCTAGGAGAAGCGGAGAAAGATCATCTTGATGCGATCTTCGAAACCTTAAACTGTTTGCC
GAGTTTCTCTCCGGCTGATTACTTGGAAAAATGGTTTAGAGGTTGGAACATTGATGGTCA
AGAGGAGAGGGTGGTAATGTACGTTAATAAAGTTCGCAGTTACAACAATCCGATCATTGA
CGAGAGGGTGGAGTTATGGAGGGAAAAAGGTGGTAAGGCAGCTGTTGAAGATGATTGATA
CTTTCATTACGCTAAAAGATGAAAACGGAAAGTATTATATCACGCCGGATGAAGTCAAAG
GTCAATGCGTTGAATTTTGCATAGCAGCGATCGATAATCCGGCGAATAACATGGAATGGA
CGCTTGCGGAAATGTTAAAGAACCCGGAGATTCTCAAAAAAGCTTTGAAGGAGTTAGACG
AAGTGGTGGGAAGAGACAGGCTAGTTCAGGAATCTGACATACCAAATCTAAACTACTTAA
AAGCTTGTTGCAGAGAAACATTCAGGATTCACCCGAGTGCTCATTATGTTCCTACTCATG
TGGCTCGTCAAGATACCACCCTCGGGGGTTATTTCATTCCCAAAGGTAGCCACATTCATG
TAGCCCGTCCTGGAATAGGCCGGAGCTCCAGAGTATGGAAAGACCCTTTGGTATGCAAAC
CAGAGCGTCACCTAGAAGTAGATGGAGTCTCGAAGGAGCTTTCTCTGGTCGAAACGGAAT
TGCGTTTCGTGTCGTTTGGTACCGGTCGGCGTGGCTGCATCGGTGTTAAAGTCGGGACGA
TCATGATGGTTATAATGTTGGCTAGGTTTCTTCAAGCGTTTAACTGGAAACTCCATCCTG
GTTATGGACCGTTAAGCCTAGAGGAAGATGATGCGTTGCTTATGGCTAAGCCTCTTCTCT
TGTCCCTTGAGCCACGCTTGGCACCCAACCTTTATCCAAAATTCTGCCCTTGAGAAGAAG
AAAAAAAAACACAAAAGAAAATAAAAGAAAAAGGAAACAAGACGCCGTTGTTTCTCTGTT
ATGTCTTACAATGGTTCATCTTTTCTATGTTATATTCACTTTGGTGTCAGTTTGTTGTTG
TTTTAGACTATCCTTGGCCAAATATCGCCGTTGTTTCATGTGTGTGTTTTTATGCAGGTC
TTTTTATCTATTTCGTGTATCTCTGTTTACTTAATAACAACTAAACATTTCGAGTC


BQ
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AF RR3D442TF U 1
AF RR3D442JQ C 544
BS 1 676 RR3D442TF
BS 677 677 RR3D442JQ
BS 678 738 RR3D442TF
BS 739 739 RR3D442JQ
BS 740 748 RR3D442TF
BS 749 749 RR3D442JQ
BS 750 760 RR3D442TF
BS 761 761 RR3D442JQ
BS 762 775 RR3D442TF
BS 776 1316 RR3D442JQ

RD RR3D442TF 775 0 0
GCGGTCCGAGACGGCGGACGTTAGAGAGTTCTCGAGGGCTCATGGTTACGCTGTGACCAT
GAGAATGATGTTTGGAAGGAGACATGTCACGAAAGAAAATGTTTTCTCCGACGAGGGAAG
GCTAGGAGAAGCGGAGAAAGATCATCTTGATGCGATCTTCGAAACCTTAAACTGTTTGCC
GAGTTTCTCTCCGGCTGATTACTTGGAAAAATGGTTTAGAGGTTGGAACATTGATGGTCA
AGAGGAGAGGGTGGTAATGTACGTTAATAAAGTTCGCAGTTACAACAATCCGATCATTGA
CGAGAGGGTGGAGTTATGGAGGGAAAAAGGTGGTAAGGCAGCTGTTGAAGATGATTGATA
CTTTCATTACGCTAAAAGATGAAAACGGAAAGTATTATATCACGCCGGATGAAGTCAAAG
GTCAATGCGTTGAATTTTGCATAGCAGCGATCGATAATCCGGCGAATAACATGGAATGGA
CGCTTGCGGAAATGTTAAAGAACCCGGAGATTCTCAAAAAAGCTTTGAAGGAGTTAGACG
AAGTGGTGGGAAGAGACAGGCTAGTTCAGGAATCTGACATACCAAATCTAAACTACTTAA
AAGCTTGTTGCAGAGAAACATTCAGGATTCACCCGAGTGCTCATTATGTTCCTACTCATG
TGGCTCGTCAAGATAC*ACCCTCGGGGGTTATTTCATTCCCAAAGGTAGCCACATTCATG
TAGCCCGTCCTGGAATAG*CCGGAGCTC*AGAGTATGGAA*GACCCTTTGGTATG

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3D442JQ 773 0 0
TGGTGGGAAGAGACAGGCTAGTTCAGGAATCTGACATACCAAATCTAAACTACTTAAAAG
CTTGTTGCAGAGAAACATTCAGGATTCACCCGAGTGCTCATTATGTTCCTACTCATGTGG
CTCGTCAAGATACCACCCTCGGGGGTTATTTCATTCCCAAAGGTAGCCACATTCATGTAG
CCCGTCCTGGAATAGGCCGGAGCTCCAGAGTATGGAAAGACCCTTTGGTATGCAAACCAG
AGCGTCACCTAGAAGTAGATGGAGTCTCGAAGGAGCTTTCTCTGGTCGAAACGGAATTGC
GTTTCGTGTCGTTTGGTACCGGTCGGCGTGGCTGCATCGGTGTTAAAGTCGGGACGATCA
TGATGGTTATAATGTTGGCTAGGTTTCTTCAAGCGTTTAACTGGAAACTCCATCCTGGTT
ATGGACCGTTAAGCCTAGAGGAAGATGATGCGTTGCTTATGGCTAAGCCTCTTCTCTTGT
CCCTTGAGCCACGCTTGGCACCCAACCTTTATCCAAAATTCTGCCCTTGAGAAGAAGAAA
AAAAAACACAAAAGAAAATAAAAGAAAAAGGAAACAAGACGCCGTTGTTTCTCTGTTATG
TCTTACAATGGTTCATCTTTTCTATGTTATATTCACTTTGGTGTCAGTTTGTTGTTGTTT
TAGACTATCCTTGGCCAAATATCGCCGTTGTTTCATGTGTGTGTTTTTATGCAGGTCTTT
TTATCTATTTCGTGTATCTCTGTTTACTTAATAACAACTAAACATTTCGAGTC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL6192Contig1 799 2 2 U
GTGTACTTCATCGAATACAGGTCTATGGAAATTGCCAACTGGATTTATTAATGAATCAGA
AGAGATCTTCTCTGGAGCTGTAAGAGAAGTCAAGGAAGAAACTGGGGTAACTAAATTAAA
AAAAGAAAAACATTAGAATGATTTCAATTAAAAATTTGCAAGATCATAACCATATATTGG
TTATTGTGTTGTGTACTTAAGGTAGATACAGATTTCTTAGAGGTTATAGCTTTCAGACAT
GCACACAACGTCGCATTTGAGAAGTCTGATCTGTTCTTCATCTGTATGTTAAGCCACTCT
CTGATAAGATCAGCATCGACAACCTTGAGATCAAAGCCGCTAAGGTAATCATCATAATAG
GAATCTTGCAGTCAGATCACACGTATTATATAAAAACAGGATAATTCGTAATTCGTCCCA
AATCTGATATGTTCTTCATGTGTTATGCTTTGTTGTTGTTTCAGTGGATGCCATTGACGG
AGTTTGTGGAGCAACCAATGATAAAAGGAGACAAAATGTTTAAGAGAGTAATTGAAATAT
GTGAAGCAAGATTAAGACATCGTTACTGTGGTCTTTCTCCTCATCGACTCGTCTCTGCTT
TTGATGGCAGACCTTCTTCTCTCTACTACAACGTTGTTGATGATGATGATCCTTCCCACT
CCAACTGTACAGCTGAATTTTATTAATAACCGGATCAAACCGGACGGGAACAAAAGTCAA
GTGGTAAGATTCTGTGTATATATAATTCCATGTAATGAATGTTGTTATTTGAACACTCTT
CAGTAAAGTAAATACTAGC


BQ
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AF RR3GE47TF U 1
AF RR3GE47JQ C 303
BS 1 686 RR3GE47TF
BS 687 799 RR3GE47JQ

RD RR3GE47TF 686 0 0
GTGTACTTCATCGAATACAGGTCTATGGAAATTGCCAACTGGATTTATTAATGAATCAGA
AGAGATCTTCTCTGGAGCTGTAAGAGAAGTCAAGGAAGAAACTGGGGTAACTAAATTAAA
AAAAGAAAAACATTAGAATGATTTCAATTAAAAATTTGCAAGATCATAACCATATATTGG
TTATTGTGTTGTGTACTTAAGGTAGATACAGATTTCTTAGAGGTTATAGCTTTCAGACAT
GCACACAACGTCGCATTTGAGAAGTCTGATCTGTTCTTCATCTGTATGTTAAGCCACTCT
CTGATAAGATCAGCATCGACAACCTTGAGATCAAAGCCGCTAAGGTAATCATCATAATAG
GAATCTTGCAGTCAGATCACACGTATTATATAAAAACAGGATAATTCGTAATTCGTCCCA
AATCTGATATGTTCTTCATGTGTTATGCTTTGTTGTTGTTTCAGTGGATGCCATTGACGG
AGTTTGTGGAGCAACCAATGATAAAAGGAGACAAAATGTTTAAGAGAGTAATTGAAATAT
GTGAAGCAAGATTAAGACATCGTTACTGTGGTCTTTCTCCTCATCGACTCGTCTCTGCTT
TTGATGGCAGACCTTCTTCTCTCTACTACAACGTTGTTGATGATGATGATCCTTCCCACT
CCAACTGTACAGCTGAATTTTATTAA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3GE47JQ 497 0 0
GATAAGATCAGCATCGACAACCTTGAGATCAAAGCCGCTAAGGTAATCATCATAATAGGA
ATCTTGCAGTCAGATCACACGTATTATATAAAAACAGGATAATTCGTAATTCGTCCCAAA
TCTGATATGTTCTTCATGTGTTATGCTTTGTTGTTGTTTCAGTGGATGCCATTGACGGAG
TTTGTGGAGCAACCAATGATAAAAGGAGACAAAATGTTTAAGAGAGTAATTGAAATATGT
GAAGCAAGATTAAGACATCGTTACTGTGGTCTTTCTCCTCATCGACTCGTCTCTGCTTTT
GATGGCAGACCTTCTTCTCTCTACTACAACGTTGTTGATGATGATGATCCTTCCCACTCC
AACTGTACAGCTGAATTTTATTAATAACCGGATCAAACCGGACGGGAACAAAAGTCAAGT
GGTAAGATTCTGTGTATATATAATTCCATGTAATGAATGTTGTTATTTGAACACTCTTCA
GTAAAGTAAATACTAGC

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 2

CO CL6193Contig1 867 2 4 U
GACACATCACCAACTGGTCTCTCTCATACCAATCTAACCAAATGGGTTCTTATTCTACAC
CTCAAGAAGAGCCTCAACTAGTAGATACACCTGATATTGTTCCTTCTCCGATAGCTCAGG
AACCGGACAACGATGTACCGGCCCCGGGAAATCAGTTTGCTGAGTTCGCCGCCGGTTGTT
TCTGGGGGGTGGAGCTTGCTTTCCAGAGGATCCCTGGTGTGACAGAGACTGAGGTTGGGT
ACACTCAGGGGATCTCTCACAATCCTTCTTACAAGGATGTCTGCACCAACACAACGAACC
ATGCAGAGGTTGTAAAGGTCCAGTATGATCCCAACGAGTGCATCTATGAGACTCTGCTTG
ACTTGTTCTGGTCTAGGCATGATCCCACCACCTTAAATCGTCAGGGAAAACTTGTGGGAG
CTCAGTACAGATCAGGTATATACTTCTACACACCAGAGCAAGAGAGGCTAGCACGTGAAT
CTCTGGAGACTCAGCAGAAGAAACTAGAGAAGAAGATTGTGACTGAGATATTACCGGCCA
AGAAATTCTACAAAGCTGAGGAATACCATCAGCATTACCTCTCTAAAGGTGGGACGAGTG
GCCATGCACAGTCCCCTGCAAAGAGCTGCAAAGACCCTATCAGCTGCTTTGGCTAAGGAA
AAACATTTGTTCCTCTTCACCCAAACAGAGGATTCTCTGAGGTTTCGTATCAGTTTTTTT
TGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGCCTGCGTGTGTGTGTGTGTTGATTTTTAAGTCTCAGTT
AGTAATAAAGATGCATGTGGGATCATCTCAACTGTGTAAGTGTAACTTGTCTTAGTTTCT
AAACTTTGAACTGATGTTTGTTTGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BE70TF U 1
AF RR3BE70JQ C 20
BS 1 701 RR3BE70TF
BS 702 702 RR3BE70JQ
BS 703 768 RR3BE70TF
BS 769 867 RR3BE70JQ

RD RR3BE70TF 768 0 0
GACACATCACCAACTGGTCTCTCTCATACCAATCTAACCAAATGGGTTCTTATTCTACAC
CTCAAGAAGAGCCTCAACTAGTAGATACACCTGATATTGTTCCTTCTCCGATAGCTCAGG
AACCGGACAACGATGTACCGGCCCCGGGAAATCAGTTTGCTGAGTTCGCCGCCGGTTGTT
TCTGGGGGGTGGAGCTTGCTTTCCAGAGGATCCCTGGTGTGACAGAGACTGAGGTTGGGT
ACACTCAGGGGATCTCTCACAATCCTTCTTACAAGGATGTCTGCACCAACACAACGAACC
ATGCAGAGGTTGTAAAGGTCCAGTATGATCCCAACGAGTGCATCTATGAGACTCTGCTTG
ACTTGTTCTGGTCTAGGCATGATCCCACCACCTTAAATCGTCAGGGAAAACTTGTGGGAG
CTCAGTACAGATCAGGTATATACTTCTACACACCAGAGCAAGAGAGGCTAGCACGTGAAT
CTCTGGAGACTCAGCAGAAGAAACTAGAGAAGAAGATTGTGACTGAGATATTACCGGCCA
AGAAATTCTACAAAGCTGAGGAATACCATCAGCATTACCTCTCTAAAGGTGGGACGAGTG
GCCATGCACAGTCCCCTGCAAAGAGCTGCAAAGACCCTATCAGCTGCTTTGGCTAAGGAA
AAACATTTGTTCCTCTTCACCCAAACAGAGGATTCTCTGAG*TTTCGTATCAGTTTTTTT
TGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGCCTGCGTGTGTGTGTGTGTTGATTTT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3BE70JQ 848 0 0
TCTCTCATACCAATCTAACCAAATGGGTTCTTATTCTACACCTCAAGAAGAGCCTCAACT
AGTAGATACACCTGATATTGTTCCTTCTCCGATAGCTCAGGAACCGGACAACGATGTACC
GGCCCCGGGAAATCAGTTTGCTGAGTTCGCCGCCGGTTGTTTCTGGGGGGTGGAGCTTGC
TTTCCAGAGGATCCCTGGTGTGACAGAGACTGAGGTTGGGTACACTCAGGGGATCTCTCA
CAATCCTTCTTACAAGGATGTCTGCACCAACACAACGAACCATGCAGAGGTTGTAAAGGT
CCAGTATGATCCCAACGAGTGCATCTATGAGACTCTGCTTGACTTGTTCTGGTCTAGGCA
TGATCCCACCACCTTAAATCGTCAGGGAAAACTTGTGGGAGCTCAGTACAGATCAGGTAT
ATACTTCTACACACCAGAGCAAGAGAGGCTAGCACGTGAATCTCTGGAGACTCAGCAGAA
GAAACTAGAGAAGAAGATTGTGACTGAGATATTACCGGCCAAGAAATTCTACAAAGCTGA
GGAATACCATCAGCATTACCTCTCTAAAGGTGGGACGAGTGGCCATGCACAGTCCCCTGC
AAAGAGCTGCAAAGACCCTATCAGCTGCTTTGGCTAAGGAAAAACATTTGTTCCTCTTCA
CCCAAACAGAGGATTCTCTGAGGTTTCGTATCAGTTTTTTTTGTGTGTGTGTGTGTGTAT
GTGCCTGCGTGTGTGTGTGTGTTGATTTTTAAGTCTCAGTTAGTAATAAAGATGCATGTG
GGATCATCTCAACTGTGTAAGTGTAACTTGTCTTAGTTTCTAAACTTTGAACTGATGTTT
GTTTGAAT

QA 1 848 1 848
DS 



AS 1 2

CO CL6194Contig1 1099 2 2 U
GATTCCATATTCAAAACATGTCATCTCATATTATTTTTTTTGTGTGGCCGGCCAACACAA
ATATCTAATTTTTATTGCGATTAACTAAATTTATCTGTACTTTGTATGATATTGGTGTAT
ATTTTTTCAAAGGTTAATCGGTTGAGTCTCGATTCACCGACCAATTCTAAATTATTAAAA
ATAATTTTTTATCGATCTCAAACAAAGAGAAAAAAAGGTTTTCACTAATTGACTCAGAGC
TCGTAGGTAAAACAATTAAGAATCGTGGTTTTATACCAATCAGCAATTGAGCTCTCTCTC
TCCTCTCTCTAGTGAGAGAAAATTCTCTCCTCTTACCACATCTACATCTTTCAGAGGAGG
AGAATTTTCGAGAGGAGAGGAGACTTTATTTTGTCTGTATAATACTTCGATCGTATGATC
GATCTTGTCTTCCTTTAGAGGAACTTCTTTTTCGCTATGGCGACTTTTGTTTTCTGTTTG
CAGAATAATCTTCCGATTCAATTCGGATTTTCTTTTTTTTGTTGTGATAAAGCTTTATCC
TTCCTTGATTCTACATCTATGCCGATCAATTTTCAGGATATCTTTCTCTCTTTGCTAGTA
AAGCTTAGTACTTAAATTAGTGGGAATCAATCTTCACTTCATGGTGTATAAGTGGAGTCT
CCTCAAAGATCAAAGTCTAAGATTTATAATAGGCTAAGATGATTCGCTGCAGATCCAGAT
GAGACGGAGTTTCTCCACCGAGAAACGTTCCGACAAGGCTCTGTGTAGGTTTTATCTGAA
GCTATTTACGCATCAAACTCTGGTAATTGGAGAAGAAATCTTTGGTGAATTGACGGAAGT
TAAAGGAAGGAAAAGCAAGCTGACAGATTCAAGCGAGATGAGGATGGGGATCAATGTTCT
TGCCGGCGATGAAGTTCCGGCGCCGCTTTCTTTCGTCCGTCTCTGGAAAAGCAAAGCCAC
GTTAGTAGACACGTGTATTTCATGCATTCAAGCTTATCTGTGTATTTTGGGCTTTGTTTT
GGGCTGAACGAATTTAAGTTTAGGCTTGATTCTGTTTGTATCAAATTGGCCTTCGGGCTT
GGAATATAAAAAGGTTGAC


BQ
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AF RR3AB13TF U 1
AF RR3AB13JQ C 311
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BS 689 1099 RR3AB13JQ

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ATATCTAATTTTTATTGCGATTAACTAAATTTATCTGTACTTTGTATGATATTGGTGTAT
ATTTTTTCAAAGGTTAATCGGTTGAGTCTCGATTCACCGACCAATTCTAAATTATTAAAA
ATAATTTTTTATCGATCTCAAACAAAGAGAAAAAAAGGTTTTCACTAATTGACTCAGAGC
TCGTAGGTAAAACAATTAAGAATCGTGGTTTTATACCAATCAGCAATTGAGCTCTCTCTC
TCCTCTCTCTAGTGAGAGAAAATTCTCTCCTCTTACCACATCTACATCTTTCAGAGGAGG
AGAATTTTCGAGAGGAGAGGAGACTTTATTTTGTCTGTATAATACTTCGATCGTATGATC
GATCTTGTCTTCCTTTAGAGGAACTTCTTTTTCGCTATGGCGACTTTTGTTTTCTGTTTG
CAGAATAATCTTCCGATTCAATTCGGATTTTCTTTTTTTTGTTGTGATAAAGCTTTATCC
TTCCTTGATTCTACATCTATGCCGATCAATTTTCAGGATATCTTTCTCTCTTTGCTAGTA
AAGCTTAGTACTTAAATTAGTGGGAATCAATCTTCACTTCATGGTGTATAAGTGGAGTCT
CCTCAAAGATCAAAGTCTAAGATTTATA

QA 1 688 1 688
DS 

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AGAGGAGAGGAGACTTTATTTTGTCTGTATAATACTTCGATCGTATGATCGATCTTGTCT
TCCTTTAGAGGAACTTCTTTTTCGCTATGGCGACTTTTGTTTTCTGTTTGCAGAATAATC
TTCCGATTCAATTCGGATTTTCTTTTTTTTGTTGTGATAAAGCTTTATCCTTCCTTGATT
CTACATCTATGCCGATCAATTTTCAGGATATCTTTCTCTCTTTGCTAGTAAAGCTTAGTA
CTTAAATTAGTGGGAATCAATCTTCACTTCATGGTGTATAAGTGGAGTCTCCTCAAAGAT
CAAGGTCTAAGATTTATAATAGGCTAAGATGATTCGCTGCAGATCCAGATGAGACGGAGT
TTCTCCACCGAGAAACGTTCCGACAAGGCTCTGTGTAGGTTTTATCTGAAGCTATTTACG
CATCAAACTCTGGTAATTGGAGAAGAAATCTTTGGTGAATTGACGGAAGTTAAAGGAAGG
AAAAGCAAGCTGACAGATTCAAGCGAGATGAGGATGGGGATCAATGTTCTTGCCGGCGAT
GAAGTTCCGGCGCCGCTTTCTTTCGTCCGTCTCTGGAAAAGCAAAGCCACGTTAGTAGAC
ACGTGTATTTCATGCATTCAAGCTTATCTGTGTATTTTGGGCTTTGTTTTGGGCTGAACG
AATTTAAGTTTAGGCTTGATTCTGTTTGTATCAAATTGGCCTTCGGGCTTGGAATATAAA
AAGGTTGAC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CCTGTAGGGAGAAACAAAGACGTGATAGGCTAAATGACAAGTTTACGGAATTTGAGTTCC
GTATTTGGGACCTGGGAGAGCTCCAAAAACAGACAAGGTTGCTATCATCAATGACGCCAT
TCGCATGGTGAATCAAGCAAGAGACGAAGCACAGAGATTGAAAGACTTGAACTCAAGCCT
CCAGGAGAAAATCAGGGAGTTGAAGGAGGAGAAGAACGCGCTGCGTGACGAGAAACAGAA
GCTGAAGATTGAGAAAGAGAGAATCGAGCAGCAACTCAAAGCAGCTATTAACACGTCACA
GCCTTGTTTCTTACCAAACCCGCCAACACTCTCTCAAGCTCAAACTCCTGCTCCTGGAAG
CAAGCTTGTTCCTTTCACAACTTACCCCGGTTTTGCCATGTGGCAGTTCATGCCTCCTGC
TACTGTTGATACCTCACAGGACCATGTCCTTCGTCCTCCGGTTGCTTAGAAAAGCTGCCC
TTTTTGTTCACTTTTTTTTTTTTTGATATAATGGTTCTCCCATTCTGGAGACAATCCTAT
GCAAACTTGTATTGTGATTTATGATCATCATGCGATTAATTTGCATGTAAAAATGGAAAT
AAGCATATGCACTAACTGTGCAAAATGTTGTAAACATTGAAAACTATGGTTTTTACAGAT
TGTGAATTTTATGATCGATCATAGATGCTGAAGAATATGTAAATGAGTAGCAAGTTTCGG
ACATTTAGTAGAGTTTG


BQ
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AF RR3AJ58TF U 1
AF RR3AJ58JQ C 54
BS 1 437 RR3AJ58TF
BS 438 797 RR3AJ58JQ

RD RR3AJ58TF 437 0 0
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GTATTTGGGACCTGGGAGAGCTCCAAAAACAGACAAGGTTGCTATCATCAATGACGCCAT
TCGCATGGTGAATCAAGCAAGAGACGAAGCACAGAGATTGAAAGACTTGAACTCAAGCCT
CCAGGAGAAAATCAGGGAGTTGAAGGAGGAGAAGAACGCGCTGCGTGACGAGAAACAGAA
GCTGAAGATTGAGAAAGAGAGAATCGAGCAGCAACTCAAAGCAGCTATTAACACGTCACA
GCCTTGTTTCTTACCAAACCCGCCAACACTCTCTCAAGCTCAAACTCCTGCTCCTGGAAG
CAAGCTTGTTCCTTTCA

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR3AJ58JQ 744 0 0
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GAGTTCCGTATT*GGGACCTGGGAGAGCTCCAAAAACAGACAAGGTTGCTATCATCAATG
ACGCCATTCGCATGGTGAATCAAGCAAGAGACGAAGCACAGAGATTGAAAGACTTGAACT
CAAGCCTCCAGGAGAAAATCAGGGAGTTGAAGGAGGAGAAGAACGCGCTGCGTGACGAGA
AACAGAAGCTGAAGATTGAGAAAGAGAGAATCGAGCAGCAACTCAAAGCAGCTATTAACA
CGTCACAGCCTTGTTTTTTACCAAACCCGCCAACACTTTTTCAAGCTCAAACTCCTGCTC
CTGGAAGCAAGCTTGTTCCTTTCACAACTTACCCCGGTTTTGCCATGTGGCAGTTCATGC
CTCCTGCTACTGTTGATACCTCACAGGACCATGTCCTTCGTCCTCCGGTTGCTTAGAAAA
GCTGCCCTTTTTGTTCACTTTTTTTTTTTTTGATATAATGGTTCTCCCATTCTGGAGACA
ATCCTATGCAAACTTGTATTGTGATTTATGATCATCATGCGATTAATTTGCATGTAAAAA
TGGAAATAAGCATATGCACTAACTGTGCAAAATGTTGTAAACATTGAAAACTATGGTTTT
TACAGATTGTGAATTTTATGATCGATCATAGATGCTGAAGAATATGTAAATGAGTAGCAA
GTTTCGGACATTTAGTAGAGTTTG

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL6197Contig1 813 2 4 U
GGAAAAACGCAGAGGTGGCTCTAGATGCACTTGCGATCTGCATCAACATAAATGGACTGG
AGATGATGATAGCACTAGGGTTTTTGGCAGCAGCAAGTGTAAGAGTGTCGAACGAGCTCG
GTAGGGGAAACTCGAAAGGAGCTAAGTTTGCAACACTCAACGCGGTTTTTACGTCACTAT
CAATAGGAATTGTTCTATTCTTCGTCTTCTTGTTCTTAAGAGGAAGAGTTTCCTACATTT
TCACTACAAGTGAAGCTGTCGCAGCAGAAGTTGCTGATCTTTCTCCACTTTTAGCATTTT
CCATCCTCATGAACAGTGTTCAACCTGTTCTCTCAGGTGTTGCTGTTGGAGCAGGATGGC
AAGGATATGTTACATACGTCAACCTTGGTTGTTATTACCTTATTGGAATTCCTTGTGGTG
TTATCCTTGGCTACGTCGTCGGTTTGCAAGTCAAAGGTGTCTGGATCGGAATGCTCTTTG
GAGTATTCGTTCAAACTTGCGTGCTTACTATCATGACTCTGAGAACAGATTGGGATCAAC
AGGTGTCAACATCGTTGAGCCGTTTGAACCGGTGGGTTGTACTAGACGAATCTAGTGCCG
TAAACAAAACTTCTTCAGTGGAGTAATTATTTAGGTTCTGAAAATTCTCATATAAGAAGT
CATAACTTAATATAATCAATGCAACTCTTAAGACAAGACTGCAACAATTATGATCCAGCA
TGGTCTCTCGTGGCTAACCTGTAATAAGAGGATACCCACGATATAAAACTCAATTCTAGC
TGTGTTACAAAAACTGGTTGTGTTTATATCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DE63TF U 1
AF RR3DE63JQ C 87
BS 1 441 RR3DE63TF
BS 442 442 RR3DE63JQ
BS 443 454 RR3DE63TF
BS 455 813 RR3DE63JQ

RD RR3DE63TF 454 0 0
GGAAAAACGCAGAGGTGGCTCTAGATGCACTTGCGATCTGCATCAACATAAATGGACTGG
AGATGATGATAGCACTAGGGTTTTTGGCAGCAGCAAGTGTAAGAGTGTCGAACGAGCTCG
GTAGGGGAAACTCGAAAGGAGCTAAGTTTGCAACACTCAACGCGGTTTTTACGTCACTAT
CAATAGGAATTGTTCTATTCTTCGTCTTCTTGTTCTTAAGAGGAAGAGTTTCCTACATTT
TCACTACAAGTGAAGCTGTCGCAGCAGAAGTTGCTGATCTTTCTCCACTTTTAGCATTTT
CCATCCTCATGAACAGTGTTCAACCTGTTCTCTCAGGTGTTGCTGTTGGAGCAGGATGGC
AAGGATATGTTACATACGTCAACCTTGGTTGTTATTACCTTATTGGAATTCCTTGTGGTG
TTATCCTTGGCTACGTCGTCG*TTTGCAAGTCAA

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR3DE63JQ 727 0 0
GCAGCAGCAAGTGTAAGAGTGTCGAACGAGCTCGGTAGGGGAAACTCGAAAGGAGCTAAG
TTTGCAACACTCAACGCGGTTTTTACGTCACTATCAATAGGAATTGTTCTATTCTTCGTC
TTCTTGTTCTTAAGAGGAAGAGTTTCCTACATTTTCACTACAAGTGAAGCTGTCGCAGCA
GAAGTTGCTGATCTTTCTCCACTTTTAGCATTTTCCATCCTCATGAACAGTGTTCAACCT
GTTCTCTCAGGTGTTGCTGTTGGAGCAGGATGGCAAGGATATGTTACATACGTCAACCTT
GGTTGTTATTACCTTATTGGAATTCCTTGTGGTGTTATCCTTGGCTACGTCGTCGGTTTG
CAAGTCAAAGGTGTCTGGATCGGAATGCTCTTTGGAGTATTCGTTCAAACTTGCGTGCTT
ACTATCATGACTCTGAGAACAGATTGGGATCAACAGGTGTCAACATCGTTGAGCCGTTTG
AACCGGTGGGTTGTACTAGACGAATCTAGTGCCGTAAACAAAACTTCTTCAGTGGAGTAA
TTATTTAGGTTCTGAAAATTCTCATATAAGAAGTCATAACTTAATATAATCAATGCAACT
CTTAAGACAAGACTGCAACAATTATGATCCAGCATGGTCTCTCGTGGCTAACCTGTAATA
AGAGGATACCCACGATATAAAACTCAATTCTAGCTGTGTTACAAAAACTGGTTGTGTTTA
TATCAAA

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL6198Contig1 367 2 1 U
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GGACTGAAACTCTCGAATTCCACACTGGTTACTCTGAACATGAGCTCATGGAGTGCTCGA
AGCTATTAGCATTATTTCACTCGAGAGTTGGGGAGAGCAAGCTGCGAGCTGTGTTCAAGA
AGTATTCGAAAGCTGAAAGATGTGCTGTTGCTTTGGTTTCACCAGCAAAGTCTGTATTGT
CTTCTACGCCTGCTCCTTGAAGACGTCTTGAAAGAATGTGTTTTTAGATCTCTCTCTGAT
CTTTTGGATGTGTAGTATATGTTTTCCTGTTGAGAATCTGATATCAATATTAATGAATTC
TTATTGT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FC63JQ C 1
AF RR3FC63TF U 1
BS 1 367 RR3FC63TF

RD RR3FC63JQ 367 0 0
GGATGCTGGCTGCTTCAGCAGTCTACACCGCGAGATGCTGCTTGAACAAGACCCCGGTCT
GGACTGAAACTCTCGAATTCCACACTGGTTACTCTGAACATGAGCTCATGGAGTGCTCGA
AGCTATTAGCATTATTTCACTCGAGAGTTGGGGAGAGCAAGCTGCGAGCTGTGTTCAAGA
AGTATTCGAAAGCTGAAAGATGTGCTGTTGCTTTGGTTTCACCAGCAAAGTCTGTATTGT
CTTTTACGCCTGCTCCTTGAAGACGTCTTGAAAGAATGTGTTTTTAGATCTCTCTCTGAT
CTTTTGGATGTGTAGTATATGTTTTCCTGTTGAGAATCTGATATCAATATTAATGAATTC
TTATTGT

QA 1 367 1 367
DS 

RD RR3FC63TF 367 0 0
GGATGCTGGCTGCTTCAGCAGTCTACACCGCGAGATGCTGCTTGAACAAGACCCCGGTCT
GGACTGAAACTCTCGAATTCCACACTGGTTACTCTGAACATGAGCTCATGGAGTGCTCGA
AGCTATTAGCATTATTTCACTCGAGAGTTGGGGAGAGCAAGCTGCGAGCTGTGTTCAAGA
AGTATTCGAAAGCTGAAAGATGTGCTGTTGCTTTGGTTTCACCAGCAAAGTCTGTATTGT
CTTCTACGCCTGCTCCTTGAAGACGTCTTGAAAGAATGTGTTTTTAGATCTCTCTCTGAT
CTTTTGGATGTGTAGTATATGTTTTCCTGTTGAGAATCTGATATCAATATTAATGAATTC
TTATTGT

QA 1 367 1 367
DS 



AS 1 2

CO CL6199Contig1 1073 2 2 U
GGATCTGTTCTTGGGCTTCGAAGCAGCTCTCTCCTCTCCTCCTCGACTTGAAGTATCTGT
TTCCCCATTCGTCGTCGTCGTCCAGATTGTAAGAATGACTCAATCATCCGTAGATGTACC
GGCAAAGGGAGGGTTCAGCTTCGATCTGTGCAAGCGTAACAATATGCTTATCGAAAAGGG
TCTTAAAGCTCCTTCCTTTTTGAAGACCGGTACTACCATCGTCGGTTTGATCTTCAAGGA
TGGTGTGATACTAGGCGCTGATACACGAGCAACTGAGGGACCTATCGTTGCTGATAAGAA
CTGCGAGAAGATTCACTACATGGCACCCAACATATATTGCTGTGGTGCTGGAACCGCTAC
TGATACTGAAGCTGTAACTGATATGGTCAGCTCACAGCTGAGGTTGCATCGTTACCAGAC
TGGCCGAGACTCTCGTGTCATCACTGCCTTGACCCTTCTCAAAAAGCACCTTTTCAGCTA
TCAAGGTCATGTCTCAGCTGCTCTTGTCCTTGGTGGAGTGGATATCACCGGTCCTCATCT
GCATACTATATACCCTCATGGTTCAACTGACACTCTACCATTCGCAACAATGGGTTCTGG
TTCTCTTGCTGCTATGTCTGTCTTTGAGGCAAAGTATAAAGAAGGTCTAACTAGAGATGA
AGGAATCAAGCTGGTCGCTGAAGCCATATGCTCGGGAATATTTAACGACCTGGGTAGTGG
TAGCAACGTGGACATCTGCGTGATCACAAAGGGTAACAAGGAATATCTCAGGAACTACAT
GGAACCAAACCCAAGAACCTATGTCAGCAGCAAAGGCTATTCATTCACCAAGAAAACCGA
GATTCTTCGCACGAAAATCACCCCATTGATGGAGCGAGTTGAGATTACAGAAGTGGGTGA
AGCTATGGAAGAATGAATGAATCTCGCTCAAGTCTCTTTGCTTTTGTACTCATCTTTACC
AAGATCAAAACTTAGTGTGCGTGAGACATATTAGTCTTGTCTTTCTTTACCAATGTGAAG
GATTATTCCGAATCTTTTTTTTTTACCAATCTTAAAGGATATCAACGGAATTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CY41TF U 1
AF RR3CY41JQ C 319
BS 1 681 RR3CY41TF
BS 682 1073 RR3CY41JQ

RD RR3CY41TF 681 0 0
GGATCTGTTCTTGGGCTTCGAAGCAGCTCTCTCCTCTCCTCCTCGACTTGAAGTATCTGT
TTCCCCATTCGTCGTCGTCGTCCAGATTGTAAGAATGACTCAATCATCCGTAGATGTACC
GGCAAAGGGAGGGTTCAGCTTCGATCTGTGCAAGCGTAACAATATGCTTATCGAAAAGGG
TCTTAAAGCTCCTTCCTTTTTGAAGACCGGTACTACCATCGTCGGTTTGATCTTCAAGGA
TGGTGTGATACTAGGCGCTGATACACGAGCAACTGAGGGACCTATCGTTGCTGATAAGAA
CTGCGAGAAGATTCACTACATGGCACCCAACATATATTGCTGTGGTGCTGGAACCGCTAC
TGATACTGAAGCTGTAACTGATATGGTCAGCTCACAGCTGAGGTTGCATCGTTACCAGAC
TGGCCGAGACTCTCGTGTCATCACTGCCTTGACCCTTCTCAAAAAGCACCTTTTCAGCTA
TCAAGGTCATGTCTCAGCTGCTCTTGTCCTTGGTGGAGTGGATATCACCGGTCCTCATCT
GCATACTATATACCCTCATGGTTCAACTGACACTCTACCATTCGCAACAATGGGTTCTGG
TTCTCTTGCTGCTATGTCTGTCTTTGAGGCAAAGTATAAAGAAGGTCTAACTAGAGATGA
AGGAATCAAGCTGGTCGCTGA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3CY41JQ 755 0 0
CATGGCACCCAACATATATTGCTGTGGTGCTGGAACCGCTACTGATACTGAAGCTGTAAC
TGATATGGTCAGCTCACAGCTGAGGTTGCATCGTTACCAGACTGGCCGAGACTCTCGTGT
CATCACTGCCTTGACCCTTCTCAAAAAGCACCTTTTCAGCTATCAAGGTCATGTCTCAGC
TGCTCTTGTCCTTGGTGGAGTGGATATCACCGGTCCTCATCTGCATACTATATACCCTCA
TGGTTCAACTGACACTCTACCATTCGCAACAATGGGTTCTGGTTCTCTTGCTGCTATGTC
TGTCTTTGAGGCAAAGTATAAAGAAGGTCTAACTAGAGATGAAGGAATCAAGCTGGTCGC
TGAAGCCATATGCTCGGGAATATTTAACGACCTGGGTAGTGGTAGCAACGTGGACATCTG
CGTGATCACAAAGGGTAACAAGGAATATCTCAGGAACTACATGGAACCAAACCCAAGAAC
CTATGTCAGCAGCAAAGGCTATTCATTCACCAAGAAAACCGAGATTCTTCGCACGAAAAT
CACCCCATTGATGGAGCGAGTTGAGATTACAGAAGTGGGTGAAGCTATGGAAGAATGAAT
GAATCTCGCTCAAGTCTCTTTGCTTTTGTACTCATCTTTACCAAGATCAAAACTTAGTGT
GCGTGAGACATATTAGTCTTGTCTTTCTTTACCAATGTGAAGGATTATTCCGAATCTTTT
TTTTTTACCAATCTTAAAGGATATCAACGGAATTA

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL6200Contig1 1200 2 8 U
GCAACTGTGAAGAACAGAAACAGAGATTGACAAACAGGTTGCAGGTGTTTGAGGAGAATG
TCGGTAGACTAGAAGAAATGTTAAGGAAGAAGGCTGACGAGCTCGAGGTTTCGCAGGGTA
AGCTCAGCCTGACAGAGAGAGAAGTGTTGAAGTGTAAACAGAAGATTGCAGATCATGAGA
TTGTGGGGAAAGCAAAGGCCTTGGGAAAAGAACATGGTGGTATGAATATGCAGGTTAAAG
ATAAAAGCTACTTGGCTGAGTTAGAAGCTTTACGCTGCCAGAGTGAGGAGAAATCTGTAG
AGTTAGCTACGGAGATAAAGAAGAAAAACGAAGCGATCAGTGCTTTCAAAAAACTCAAGT
CTCAATATAACTATCTCCGCAAAAGGTTCGGGCTTACTACTGACAGTGATCTACAACAAA
GCCAACTTGAGAATGAGAGTAACCAACATGAGAGACCAGCCATCTCTAAGTCTCTTGAAA
GGAAACACCCAGAAGCAGACAAAGTGAGAATTGGTACTGGCTCAAGAATCAACAATGAGA
AAGAAAGTATAACCAATACGTTGCGGACACCTACTACTTCCATTTCACCCATTGCGCGGT
CACCTAGTGTGAGAAGTGACCCTTCTGGTGCAAAATCTATACAGCTAAGTGGATCAAAGC
GTCCAGCTTCCATTTGGAGAGACACAAGGTCACGCCAATCCCCTGGAGGCAATGACCCTC
ATGATGATTTTCTAGACACTCCCATCGAGAACATCAAAAGGGTCGCTGTGGAAGAAAAAC
ATGTCCCCGTTGCTGCTGCTGCTGAAAAAAATGCTGATTCAGACGATGAGACGCAGGACA
TGAACCCCAGACCGAGTCCCTCAAGGCAGAGAATTCAAGTGGCGGAAACGAGTAAAAAAG
GTTTCAAGCATGTGGAATCTGTGAGGAAGAAAGCTGAGAGGGAGAATCTGAAAGGGATAG
AGTGTAAGCAGTGCAAGAAGTTCTATGACGCTGTTCATCCTGAGGAGAATGAAGGGGATG
GTAAAAACTTGAGATGTGAGCATCATGAAGGTGTGTCGAGGCATCGTTACAAATACGCTC
CTCCAATGACTCCTGAAGGGTTTTGGAACATCGGGTTTGAATCCGAAATGTGATATGATT
ATCTTTAGTTATTTGGTCTTGTAGTCAAACAAGATTTAAGCCCATTGTTTAGATGGCCTT


BQ
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AF RR3E127TF U 1
AF RR3E127JQ C 396
BS 1 688 RR3E127TF
BS 689 689 RR3E127JQ
BS 690 711 RR3E127TF
BS 712 712 RR3E127JQ
BS 713 750 RR3E127TF
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BS 752 775 RR3E127TF
BS 776 1200 RR3E127JQ

RD RR3E127TF 775 0 0
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TTGTGGGGAAAGCAAAGGCCTTGGGAAAAGAACATGGTGGTATGAATATGCAGGTTAAAG
ATAAAAGCTACTTGGCTGAGTTAGAAGCTTTACGCTGCCAGAGTGAGGAGAAATCTGTAG
AGTTAGCTACGGAGATAAAGAAGAAAAACGAAGCGATCAGTGCTTTCAAAAAACTCAAGT
CTCAATATAACTATCTCCGCAAAAGGTTCGGGCTTACTACTGACAGTGATCTACAACAAA
GCCAACTTGAGAATGAGAGTAACCAACATGAGAGACCAGCCATCTCTAAGTCTCTTGAAA
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AAGAAAGTATAACCAATACGTTGCGGACACCTACTACTTCCATTTCACCCATTGCGCGGT
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GTCCAGCTTCCATTTGGAGAGACACAAG*TCACGCCAATCCCCTGGAGGCA*TGACCCTC
ATGATGATTTTCTAGACACTCCCATCGAGA*CATCAAAAGGGTCGCTGTGGAAGA

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3E127JQ 805 0 0
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ACTTCCATTTCACCCATTGCGCGGTCACCTAGTGTGAGAAGTGACCCTTTTGGTGCAAAA
TCTATACAGCTAAGTGGATCAAAGCGTCCAGCTTCCATTTGGAGAGACACAAGGTCACGC
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AAAAGGGTCGCTGTGGAAGAAAAACATGTCCCCGTTGCTGCTGCTGCTGAAAAAAATGCT
GATTCAGACGATGAGACGCAGGACATGAACCCCAGACCGAGTCCCTCAAGGCAGAGAATT
CAAGTGGCGGAAACGAGTAAAAAAGGTTTCAAGCATGTGGAATCTGTGAGGAAGAAAGCT
GAGAGGGAGAATCTGAAAGGGATAGAGTGTAAGCAGTGCAAGAAGTTCTATGACGCTGTT
CATCCTGAGGAGAATGAAGGGGATGGTAAAAACTTGAGATGTGAGCATCATGAAGGTGTG
TCGAGGCATCGTTACAAATACGCTCCTCCAATGACTCCTGAAGGGTTTTGGAACATCGGG
TTTGAATCCGAAATGTGATATGATTATCTTTAGTTATTTGGTCTTGTAGTCAAACAAGAT
TTAAGCCCATTGTTTAGATGGCCTT

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL6201Contig1 985 2 2 U
GGCCGCAGAAGCTGGAGTGGTGTGGGTTTGTGTTGAACTCGAGGATGCTTTGGGATGACG
CTGAGAGTAAGCCGGAGTGGGTTAAGGAGTTTGGTTTGTTGAATGAGAACGATGGTGTGG
AGAGTCCTTTGTCTCTCTTGAATGATCCTTCCATGGTGGAGCCTCTTGGAAGCTGTGGAA
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GATGGATAATTGATCCTCCGTTAGAAATCACAGTGGCGGCTAAACGAACTCCATGGCCAG
ATGTTCCTCCTGAGCCACCTACTAAAAAGAAAGATCAAATGCCATTATCACAAGGCGACA
ATGTGGTGGTGATACCAAAGCACCAGCAGCAGCAACAACAACGTTCTAGCAAAGTCCGGA
AACCGAAACGCAGAAGCAAGAGAAATAAACACGAAGCTAAACCAACCGATACGACAACAC
AAGTTTCTTCTTCCACTAAACATCACCAAGAAAGAAACTGAGGAAGAATAGAGATGATTG
ACAAGAAGAAGATCCTTTCTACTATTTTATTATCATTCATTTGTTTGCCAAAGTGTTTTT
TTTTTTAGAGAAATGTCAGAAGAGATCATCTTATTCTCCTCCAGATACCGCAAATATAAA
GAATCAACGGAGAAGAAGAAGCAAGAACCAAGAATTATCAGATTTATGATGATGGAGCTA
CCACAACAAAAGGGTATACGGGTTTTTCGGGGAATGAATGATGATCATTCGTTTATTTTC
ATTATCTTTTCTTTTCGGGTCTTATAAGAACTTATCTGTATTTTAGTAACAAAGGATTGC
TTGTTTCAATGTTCTTGAAGTGACAACAAAAGGCTTTAAGAAACAAAAAAAACTTTGGGT
TGTATAGTTTTTTAATTTGTAAGCATATCCCTCGATCCATTTCTGTTTTATCACTCCCAC
TAATTCGAAGCCTCTGATTCATCTT


BQ
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AF RR3GQ62TF U 1
AF RR3GQ62JQ C 312
BS 1 673 RR3GQ62TF
BS 674 985 RR3GQ62JQ

RD RR3GQ62TF 673 0 0
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CTGAGAGTAAGCCGGAGTGGGTTAAGGAGTTTGGTTTGTTGAATGAGAACGATGGTGTGG
AGAGTCCTTTGTCTCTCTTGAATGATCCTTCCATGGTGGAGCCTCTTGGAAGCTGTGGAA
GACAGGTTCTGCTCTGGTGGCTTCGCGTTGAAGCACGCGCTGATAGCAAGTTCCCTCCCG
GATGGATAATTGATCCTCCGTTAGAAATCACAGTGGCGGCTAAACGAACTCCATGGCCAG
ATGTTCCTCCTGAGCCACCTACTAAAAAGAAAGATCAAATGCCATTATCACAAGGCGACA
ATGTGGTGGTGATACCAAAGCACCAGCAGCAGCAACAACAACGTTCTAGCAAAGTCCGGA
AACCGAAACGCAGAAGCAAGAGAAATAAACACGAAGCTAAACCAACCGATACGACAACAC
AAGTTTCTTCTTCCACTAAACATCACCAAGAAAGAAACTGAGGAAGAATAGAGATGATTG
ACAAGAAGAAGATCCTTTCTACTATTTTATTATCATTCATTTGTTTGCCAAAGTGTTTTT
TTTTTTAGAGAAATGTCAGAAGAGATCATCTTATTCTCCTCCAGATACCGCAAATATAAA
GAATCAACGGAGA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3GQ62JQ 674 0 0
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ATACCAAAGCACCAGCAGCAGCAACAACAACGTTCTAGCAAAGTCCGGAAACCGAAACGC
AGAAGCAAGAGAAATAAACACGAAGCTAAACCAACCGATACGACAACACAAGTTTCTTCT
TCCACTAAACATCACCAAGAAAGAAACTGAGGAAGAATAGAGATGATTGACAAGAAGAAG
ATCCTTTCTACTATTTTATTATCATTCATTTGTTTGCCAAAGTGTTTTTTTTTTTAGAGA
AATGTCAGAAGAGATCATCTTATTCTCCTCCAGATACCGCAAATATAAAGAATCAACGGA
GAAGAAGAAGCAAGAACCAAGAATTATCAGATTTATGATGATGGAGCTACCACAACAAAA
GGGTATACGGGTTTTTCGGGGAATGAATGATGATCATTCGTTTATTTTCATTATCTTTTC
TTTTCGGGTCTTATAAGAACTTATCTGTATTTTAGTAACAAAGGATTGCTTGTTTCAATG
TTCTTGAAGTGACAACAAAAGGCTTTAAGAAACAAAAAAAACTTTGGGTTGTATAGTTTT
TTAATTTGTAAGCATATCCCTCGATCCATTTCTGTTTTATCACTCCCACTAATTCGAAGC
CTCTGATTCATCTT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL6202Contig1 554 2 12 U
TTTTTCTTCTTCTTTCAATTTCGTTGTCTGGATTCTTCTTCAAACCTTAGGAGATCCGAG
TTATGTTTTGATTTCGCGTAGATGGCATCGAATCCTTACAGAGGCGGTGCGGCTCCGTAC
AGATCCGGAGATGGGCTTAGCACTAGACGATGAGATCACTGGTCTCCATGGTCAAGTCAG
GCAATTGAAAAATATTGCTCAAGAAATTGGGTCAGAAGCAAAGTTTCAGAGGGACTTCTT
AGATGAGCTGCAAATGACATTGATGAGAGCGCAAGCCGGAGTGAAGAACAACATACGGAA
ACTAAACTTGAGCATCATACAGAGTGGCAACAATCATATCATGCATGTGGTCCTTTTCGC
GCTATTCTGCTTCTTTATCCTCTACCTGTGGTCCAAGATGTTCAAAAGATGAAAGACTCA
TCATCGTATTTGATGCTCTACCCCCCGGAAGAATACTTGATGAAAACGTTGGAAAGCTGT
AGAGATATCTTTTACTTGCAGACATTCTTGTGTGATTCTTCTCGTTCGCTGTTATATATA
TAGTGCCTATTTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX55TF U 1
AF RR3DX55JQ C 1
BS 1 22 RR3DX55TF
BS 23 23 RR3DX55JQ
BS 24 327 RR3DX55TF
BS 328 328 RR3DX55JQ
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BS 371 385 RR3DX55TF
BS 386 554 RR3DX55JQ

RD RR3DX55TF 385 0 0
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TTATGTTTTGATTTCGCGTAGATGGCATCGAATCCTTACAGAGGCGGTGCGGCTCCGTAC
AGATCCGGAGATGGGCTTAGCACTAGACGATGAGATCACTGGTCTCCATGGTCAAGTCAG
GCAATTGAAAAATATTGCTCAAGAAATTGGGTCAGAAGCAAAGTTTCAGAGGGACTTCTT
AGATGAGCTGCAAATGACATTGATGAGAGCGCAAGCCGGAGTGAAGAACAACATACGGAA
ACTAAACTTGAGCATCATACAGAGTGG*AACAATCATATCATGCATGTGG*CCTTTTC*C
GCTATTCTG*TTCTTTATCCTCTAC

QA 1 385 1 385
DS 

RD RR3DX55JQ 554 0 0
TTTTTCTTCTTCTTTCAATTTCGTTGTCTGGATTCTTCTTCAAACCTTAGGAGATCCGAG
TTATGTTTTGATTTCGCGTAGATGGCATCGAATCCTTACAGAGGCGGTGCGGCTCCGTAC
AGATCCGGAGATGGGCTTAGCACTAGACGATGAGATCACTGGTCTCCATGGTCAAGTCAG
GCAATTGAAAAATATTGCTCAAGAAATTGGGTCAGAAGCAAAGTTTCAGAGGGACTTCTT
AGATGAGCTGCAAATGACATTGATGAGAGCGCAAGCCGGAGTGAAGAACAACATACGGAA
ACTAAACTTGAGCATCATACAGAGTGGCAACAATCATATCATGCATGTGGTCCTTTTCGC
GCTATTCTGCTTCTTTATCCTCTACCTGTGGTCCAAGATGTTCAAAAGATGAAAGACTCA
TCATCGTATTTGATGCTCTACCCCCCGGAAGAATACTTGATGAAAACGTTGGAAAGCTGT
AGAGATATCTTTTACTTGCAGACATTCTTGTGTGATTCTTCTCGTTCGCTGTTATATATA
TAGTGCCTATTTTG

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 2

CO CL6203Contig1 896 2 2 U
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GCCCAAGAACTTAGTCTAAAGCTAGTCAGCAGCGAGAAACTTGTGGATAAATTGTCGCTA
AAAGTTAGAGAATTTGAAGATAAACTTCAAAGCAAATCTATTCAGCCTGATGTCGTTCTT
GAAAGGAGCATCTTCGAAGCACCTTCTACCTCAGAGATATCCGAGATTGAGGACAAGGGA
GCCCTGGTGAAAAAATCAATGTCACCTGTGCCTACAGCAGCGCAAGTGAGAACAGTGAGG
AAAGGATCAGCGGATCATCTTTCAATCAACATAGATTCAGAGTCCGAGCATCTGATGAAC
AACAACGAAACAGATGAAGATAAAGGACATGTTTTCAAGTCTCTCAACATGTCTGGTCTG
ATTCCAGCGAAAGGAAAGATGATAGCAGATAGGGTCGATGGGATATGGGTCTCAGGTGGA
AGAGTATTAATGAGCCGTCCTCAAGCAAGGCTTGGCGTTATTGTATACAGTCTCTTATTG
CATCTGTGGCTCCTAGCTTCCATCCTATAGCAAGACAGGTGATTGATATCTTTTAGGCCT
CTCACATGAAACTATATACAACAGGAACACACAAATTTCTCTTTCTCTGTCTCCCTTTCC
CTATTTTTCCATTCTTTGTCGACCCGTAAACAGAGAAAGATAGGTGTCATCTTGTATATA
TACCCTTGAATAATGTTTCGATTATCCGCGAACTTGTCTTCATCTAGTTCTTCAGTTTCG
TAGTCCTAGAATGTTTTGGTTAGGACTCAGTACGTTATTACAGGTGGTTTTGTCTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DA83TF U 1
AF RR3DA83JQ C 273
BS 1 634 RR3DA83TF
BS 635 896 RR3DA83JQ

RD RR3DA83TF 634 0 0
GTGTTGGCGGGCAATGATCCTGTAAAAGACTCAGACTTCTCTGAGTCATGGTCACTTTTA
CAAGCACTAGAGAGAAAAATAGCTTCACTTCTCCTAGAGTCTGAGAGTTCGAAGTCTAGA
GCCCAAGAACTTAGTCTAAAGCTAGTCAGCAGCGAGAAACTTGTGGATAAATTGTCGCTA
AAAGTTAGAGAATTTGAAGATAAACTTCAAAGCAAATCTATTCAGCCTGATGTCGTTCTT
GAAAGGAGCATCTTCGAAGCACCTTCTACCTCAGAGATATCCGAGATTGAGGACAAGGGA
GCCCTGGTGAAAAAATCAATGTCACCTGTGCCTACAGCAGCGCAAGTGAGAACAGTGAGG
AAAGGATCAGCGGATCATCTTTCAATCAACATAGATTCAGAGTCCGAGCATCTGATGAAC
AACAACGAAACAGATGAAGATAAAGGACATGTTTTCAAGTCTCTCAACATGTCTGGTCTG
ATTCCAGCGAAAGGAAAGATGATAGCAGATAGGGTCGATGGGATATGGGTCTCAGGTGGA
AGAGTATTAATGAGCCGTCCTCAAGCAAGGCTTGGCGTTATTGTATACAGTCTCTTATTG
CATCTGTGGCTCCTAGCTTCCATCCTATAGCAAG

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3DA83JQ 624 0 0
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TACAGCAGCGCAAGTGAGAACAGTGAGGAAAGGATCAGCGGATCATCTTTCAATCAACAT
AGATTCAGAGTCCGAGCATCTGATGAACAACAACGAAACAGATGAAGATAAAGGACATGT
TTTCAAGTCTCTCAACATGTCTGGTCTGATTCCAGCGAAAGGAAAGATGATAGCAGATAG
GGTCGATGGGATATGGGTCTCAGGTGGAAGAGTATTAATGAGCCGTCCTCAAGCAAGGCT
TGGCGTTATTGTATACAGTCTCTTATTGCATCTGTGGCTCCTAGCTTCCATCCTATAGCA
AGACAGGTGATTGATATCTTTTAGGCCTCTCACATGAAACTATATACAACAGGAACACAC
AAATTTCTCTTTCTCTGTCTCCCTTTCCCTATTTTTCCATTCTTTGTCGACCCGTAAACA
GAGAAAGATAGGTGTCATCTTGTATATATACCCTTGAATAATGTTTCGATTATCCGCGAA
CTTGTCTTCATCTAGTTCTTCAGTTTCGTAGTCCTAGAATGTTTTGGTTAGGACTCAGTA
CGTTATTACAGGTGGTTTTGTCTT

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL6204Contig1 430 2 1 U
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TTCAGTGCTATATCAACGAGAAGGGAGAAAAGGTTTACACCACCAAGAAGGAATCACCGC
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AGGAGAGAGTTTTGTTGAAGAAACGGTTTGGTCTTTTACCCACCCAGGGCGCACCTGTCA
AGTACTGAAAGGCTAAAACACTCGAGCCTCTTTTGGTTTTGATGTTTTCTCTATTATTAA
ATGCTATGTTGTCTCTTTAATGAAATGTTTGACTTAAACCGCCAATACTGGCTATGTTCC
ATATTGTCAATCTTCGTGAACCTTAAAAGAATGATGAAGACTTAATGAGAGTTGTTAATT
TTCAAATTTT


BQ
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AF RR3E329JQ C 1
AF RR3E329TF U 1
BS 1 430 RR3E329TF

RD RR3E329JQ 430 0 0
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AGTACTGAAAGGCTAAAACACTCGAGCCTTTTTTGGTTTTGATGTTTTTTTTATTATTAA
ATGTTATGTTGTTTTTTTAATGAAATGTTTGACTTAAACCGCCAATACTGGCTATGTTCC
ATATTGTCAATTTTCGTGAACCTTAAAAGAATGATGAAGACTTAATGAGAGTTGTTAATT
TTCAAATTTT

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR3E329TF 430 0 0
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TTCAGTGCTATATCAACGAGAAGGGAGAAAAGGTTTACACCACCAAGAAGGAATCACCGC
TCGGGTCAGCCACTGAATCTGCCCATCCAGCCCGATTCTCTCCTGATGATAAATATTCAA
AGGAGAGAGTTTTGTTGAAGAAACGGTTTGGTCTTTTACCCACCCAGGGCGCACCTGTCA
AGTACTGAAAGGCTAAAACACTCGAGCCTCTTTTGGTTTTGATGTTTTCTCTATTATTAA
ATGCTATGTTGTCTCTTTAATGAAATGTTTGACTTAAACCGCCAATACTGGCTATGTTCC
ATATTGTCAATCTTCGTGAACCTTAAAAGAATGATGAAGACTTAATGAGAGTTGTTAATT
TTCAAATTTT

QA 1 430 1 430
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6206Contig1 1044 2 2 U
ACGTGAAAATTTGGATTGCAGATTGGTTTGCTCAGCTGAACAACAAGTTGGGAGGTGACT
TGGTGAGAATAAAAGTGGTTGGAGAATACTTCAAGGAGATTTGGCAAGCTGGTGGTATGA
ACACCGACAAAGTAGGGTTTCTTTGGGCTTCAGACGAAATTAATGGTAGAGGCGGTAAGT
ATTGGCCTCTTGTGATGGACATTGCTCGCAGAAACAACCTCCGTCGAATCTTGAGGTGTG
GGCAGATCATGGGACGTAGTGAGACTGAGGTGCTGAGTGCAACGCAAATTCTTTACCCTT
GTATGCAGTGTGCGGATATTTTCTTACTGGAGGCTGATATTTGCCAGCTGGGGATGGATC
AGAGAAAAGTAAACATGTTAGCAAGAAAATACTGTGATGACATTAAGAGAAAGAACAAGC
CAATCATCTTGTCCCACCATATGCTTCCTGGTCTTCAACAAGGACAAGAGAAGATGTCCA
AAAGTAATCCATCATCTGCCATATTTATGGAAGATGAGGAGGCTGATGTTAGTGAGAAGA
TCAGCCAAGCTTATTGCCCACCAAGAACTGTGGAAGGCAATCCATGTCTTGAATACGTCA
AATACTTAGTTCTACCTCGATTCAATGAGTTCAAGGTTGAATTTGATGGCGGTAACAAGA
CCTTCAAAATCTTTGAAGATATTTGTGCTGACTACGAGAGCGGCGAGTTGGCTCCTGAAG
ATTTGAAGAAAGCCTTGGTGAAAGCATTGAATATAATGCTGCAACCTGTTCGTGACCACT
TCAAAACCAACGAGCGTGCCAAAAATCTACTGGAACAGGTCAAGGCTTTTAGAGTCACCA
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GGACTTTGGTTACTTGCAAATCTATTTTAAGTTCTTTTTTTTTTTGAAAAGAGCTGAGCC
TCAGAGATTGGTGATTAAGAAACCAAGCAGAGAAGAATTTTAAATTACAATGATAAGTGA
AAAAGGACTAGAGTTTTTATACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G957TF U 1
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BS 631 1044 RR3G957JQ

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TCAGCCAAGCTTATTGCCCACCAAGAACTGTGGAAGGCAATCCATGTCTTGAATACGTCA
AATACTTAGTTCTACCTCGATTCAATGAGT

QA 1 630 1 630
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AATACTGTGATGACATTAAGAGAAAGAACAAGCCAATCATCTTGTCCCACCATATGCTTC
CTGGTCTTCAACAAGGACAAGAGAAGATGTCCAAAAGTAATCCATCATCTGCCATATTTA
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CTGTGGAAGGCAATCCATGTCTTGAATACGTCAAATACTTAGTTCTACCTCGATTCAATG
AGTTCAAGGTTGAATTTGATGGCGGTAACAAGACCTTCAAAATCTTTGAAGATATTTGTG
CTGACTACGAGAGCGGCGAGTTGGCTCCTGAAGATTTGAAGAAAGCCTTGGTGAAAGCAT
TGAATATAATGCTGCAACCTGTTCGTGACCACTTCAAAACCAACGAGCGTGCCAAAAATC
TACTGGAACAGGTCAAGGCTTTTAGAGTCACCAGATGAAGATGCAAACGCAGAGAAGCAA
AACTTGTGTTCATCGTTGCAAACTTTCTTTTAAGGACTTTGGTTACTTGCAAATCTATTT
TAAGTTCTTTTTTTTTTTGAAAAGAGCTGAGCCTCAGAGATTGGTGATTAAGAAACCAAG
CAGAGAAGAATTTTAAATTACAATGATAAGTGAAAAAGGACTAGAGTTTTTATACTG

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

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ATTCTTTAGTCCGTTCTTTATTTCAGTTTTTCATTGAATAATCCACTCCTCCCACTTGAA
GATTTCGTTTTACCTCTTCGTTTCCACTGTATCACGCTGGAGATTGATTTTCTTCAGGCC
CTAACCAGCAATCGAGCACTATATCGGGTGTCCTTCTTAAATCTAGTACCCACCGCTCTA
CACTTCATTCCGTCGACACCCTTTCCAGTGTTTCTGTTTCGTTGTGTGATCATGAGACTC
AAGAGATTGAAGGTTTTCAGATCAAACCACCTTTCTCGAGGTTACATAGACCGTCAACTC
TATACCATCAGAGGTCTTCATGTTCCGCAACTATGAGCAAATGATTTTAATTGCTAAACA
CGAACATCCACTTACCAGGCCTGTCTCTAAACTTAAACTCAATAGTGGTTTAATTGAATA
CATTTCCTAAACAATTAATAATTCCTAACTCATCGCTCTTTGATGCAAGATATTGTTGGG
GAAGTTTTCGTCATGAAAAGCACATACAAGACAGTTCAGAGGATTATGGTCAACATACGG
ATTGAATGAGGCCAAATGTCGATGTCAGTGTTTTGGATGGATTCACCAACTTATATGGTT
CCTTTAGTAGATCGCAAGCTACTGGGAAGGGATAACAAGCCTGCTGATCACATGCTTGGA
GCTGGAGCGGTTAAAACCAATCCTACTGATAGGTTTAACAGTGCATCGCCTGAGAAAATA
TCTGATAGTGACAACGCTGGAATGCTTGACGAAAGTGCTGTCGGCCCTGCTTTACCAACT
GTTCTGACTCGATAAATCAACAGATAAGAATGAACCACTTATGGAGAAGCGTGAAGGGAA
GAACCCACACGTGGCTTAAAGCTTAACTTCACAGGCTAAAGGAGAGCCAAAGCTCAGAAT
GGACAACTTCTACTCTTTCGCTTTTCTGTTTTTAAATGTTTCCACTTTGATTTTGTCTAC
CGTTTCCTGAAATTAAACCAGCTGCTGGTTGTGTTTTAAATCTTTCTTTTTGTTGTCGTT
GTTTTAAGGGAAAAGTCTTCGTTGTATGTTTATA


BQ
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AF RR3G603TF U 1
AF RR3G603JQ C 356
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BS 721 1114 RR3G603JQ

RD RR3G603TF 720 0 0
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ATTCTTTAGTCCGTTCTTTATTTCAGTTTTTCATTGAATAATCCACTCCTCCCACTTGAA
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CTAACCAGCAATCGAGCACTATATCGGGTGTCCTTCTTAAATCTAGTACCCACCGCTCTA
CACTTCATTCCGTCGACACCCTTTCCAGTGTTTCTGTTTCGTTGTGTGATCATGAGACTC
AAGAGATTGAAGGTTTTCAGATCAAACCACCTTTCTCGAGGTTACATAGACCGTCAACTC
TATACCATCAGAGGTCTTCATGTTCCGCAACTATGAGCAAATGATTTTAATTGCTAAACA
CGAACATCCACTTACCAGGCCTGTCTCTAAACTTAAACTCAATAGTGGTTTAATTGAATA
CATTTCCTAAACAATTAATAATTCCTAACTCATCGCTCTTTGATGCAAGATATTGTTGGG
GAAGTTTTCGTCATGAAAAGCACATACAAGACAGTTCAGAGGATTATGGTCAACATACGG
ATTGAATGAGGCCAAATGTCGATGTCAGTGTTTTGGATGGATTCACCAACTTATATGGTT
CCTTTAGTAGATCGCAAGCTACTGGGAAGGGATAACAAGCCTGCTGATCACATGCTTGGA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3G603JQ 759 0 0
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AAACACGAACATCCACTTACCAGGCCTGTCTCTAAACTTAAACTCAATAGTGGTTTAATT
GAATACATTTCCTAAACAATTAATAATTCCTAACTCATCGCTCTTTGATGCAAGATATTG
TTGGGGAAGTTTTCGTCATGAAAAGCACATACAAGACAGTTCAGAGGATTATGGTCAACA
TACGGATTGAATGAGGCCAAATGTCGATGTCAGTGTTTTGGATGGATTCACCAACTTATA
TGGTTCCTTTAGTAGATCGCAAGCTACTGGGAAGGGATAACAAGCCTGCTGATCACATGC
TTGGAGCTGGAGCGGTTAAAACCAATCCTACTGATAGGTTTAACAGTGCATCGCCTGAGA
AAATATCTGATAGTGACAACGCTGGAATGCTTGACGAAAGTGCTGTCGGCCCTGCTTTAC
CAACTGTTCTGACTCGATAAATCAACAGATAAGAATGAACCACTTATGGAGAAGCGTGAA
GGGAAGAACCCACACGTGGCTTAAAGCTTAACTTCACAGGCTAAAGGAGAGCCAAAGCTC
AGAATGGACAACTTCTACTCTTTCGCTTTTCTGTTTTTAAATGTTTCCACTTTGATTTTG
TCTACCGTTTCCTGAAATTAAACCAGCTGCTGGTTGTGTTTTAAATCTTTCTTTTTGTTG
TCGTTGTTTTAAGGGAAAAGTCTTCGTTGTATGTTTATA

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL6208Contig1 877 2 2 U
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TTTATCTTTGTCTTGGATGTTGTTGTGAGCAGTGCACACACAGACTGTATTGTGACAGAG
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GTGCTGAGGTAAGCAAGCACCGGACATACAAACAATCTTATAATAGTAAAACGGTGAAAA
TGGAGGAGTGTGAAGTTTTTGGTTTGGTGTATAGGTTGGGATAAGCACAGGCAGGATCCA
TGCCCGTGGTCCAGTGGGAGTCGAGGGATTACTTACAACCAGATGGTAACAGTTTTGGTT
TCATTCACACCTTTTCTATAAATTCTTTTGTTTGTGAAATGGTTTTGTAAGGAATAATGG
TTTTGTGGTTTGCAGGATAATGAGAGGAAAAGGACAAGTTGTGGATGGAGACAATGGGAT
TGCTTACACCCATCAAGACATTCCCATCCAAGCTTAAAAGACTTTGTGTCAAGGTCTAGG
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TTGTAAGCTACACTTTTCTTATTTATCAGTTATCTTT


BQ
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AF RR3BC65TF U 1
AF RR3BC65JQ C 1
BS 1 777 RR3BC65TF
BS 778 877 RR3BC65JQ

RD RR3BC65TF 777 0 0
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TGCCCGTGGTCCAGTGGGAGTCGAGGGATTACTTACAACCAGATGGTAACAGTTTTGGTT
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TTTTGTGGTTTGCAGGATAATGAGAGGAAAAGGACAAGTTGTGGATGGAGACAATGGGAT
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QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3BC65JQ 877 0 0
GAAGCTCGACACAACCAACACTGATGGGGCTGTAATCTTTTGCTGGAAATGTTAACTCTC
TTTATCTTTGTCTTGGATGTTGTTGTGAGCAGTGCACACACAGACTGTATTGTGACAGAG
GATCCTGAAGTCGCAGAGCTATTCCTTCGCCCAGTAGACAGGTAAAAATATAGAATGATG
AACTCGCTTAGCCACGTTATCATGTTGGAGACTAACTTATAGGCTGCGTGTCTTTGAACA
GTGCTGCTGTGTTTCACAATGCAAGCACAAGATTCTCTGATGGTTTTCGATTTGGACTTG
GTGCTGAGGTAAGCAAGCACCGGACATACAAACAATCTTATAATAGTAAAACGGTGAAAA
TGGAGGAGTGTGAAGTTTTTGGTTTGGTGTATAGGTTGGGATAAGCACAGGCAGGATCCA
TGCCCGTGGTCCAGTGGGAGTCGAGGGATTACTTACAACCAGATGGTAACAGTTTTGGTT
TCATTCACACCTTTTCTATAAATTCTTTTGTTTGTGAAATGGTTTTGTAAGGAATAATGG
TTTTGTGGTTTGCAGGATAATGAGAGGAAAAGGACAAGTTGTGGATGGAGACAATGGGAT
TGCTTACACCCATCAAGACATTCCCATCCAAGCTTAAAAGACTTTGTGTCAAGGTCTAGG
AGAGGATGGGCTTTTTGTTTCCTCTCTGTCTAATATCATATCCTATATTATAATTGTTAT
TGAAACCCTCTCTTATGAAGTGAAGTGGTTTTGATTTTAGAGTTTAGGGATTGCACCAAA
AAATAAGTTCCTTTGTTCTGTTTGTTTTTACCACTTGGTCTTTGGCTCATAAGTAAGATA
TTGTAAGCTACACTTTTCTTATTTATCAGTTATCTTT

QA 1 877 1 877
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL6211Contig1 681 2 8 U
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C651JQ U 1
AF RR3E487JQ U 1
BS 1 83 RR3C651JQ
BS 84 84 RR3E487JQ
BS 85 168 RR3C651JQ
BS 169 169 RR3E487JQ
BS 170 366 RR3C651JQ
BS 367 367 RR3E487JQ
BS 368 387 RR3C651JQ
BS 388 681 RR3E487JQ

RD RR3C651JQ 390 0 0
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TATCATTATAACTTAGTCTAATTTAACACAACACCTTTTAACTACTTAGTAGAATCAAAA
AGCAAGAAACAGAATGAGAACGGTAACTGTACTTTTTGCATCAAGCTCTGTTTCACTTTG
AGTAAACACAGATGCTCCACTTCGTAGCATTCAATCTCATTGAATCCTCTGGATTCTCTT
CAAGAAACTTCCACACTCTCTTCTCCTTATCATCAGTTATCCTCGCAAACACCTTTGTCA
TCTCCAGCTTAACATTGGTTTCATCAACATACTCTTCCTCAGGAGGATACACAACGGTTC
CCAAGGGGTGTCTTCTCATCCAAGGAA
AAA

QA 1 387 1 387
DS 

RD RR3E487JQ 681 0 0
GCAAATCAACAAAACTTTTTTT*ATATATCGAAATTCGTATACAAAATCATAACCTGTTT
TATCATTATAACTTAGTCTAATTCAACACAACACCTTTTAACTACTTAGTAGAATCAAAA
AGCAAGAAACAGAATGAGAACGGTAACTGTACTTTTTGCATCAAGCTCCGTTTCACTTTG
AGTAAACACAGATGCTCCACTTCGTAGCATTCAATCTCATTGAATCCTCTGGATTCTCTT
CAAGAAACTTCCACACTCTCTTCTCCTTATCATCAGTTATCCTCGCAAACACCTTTGTCA
TCTCCAGCTTAGCATTGGTTTCATCAACATACTCTTCCTCAGGAGGATACACAACGGTTC
CCAAGGCGTGTCTTCTCATCCAAGGAAGAACTCCGACAACATTGGCTCTTGCTCTGCCTA
CGAATCTCTGCTTTGCAGGTGTGGAAACTTATGCACCTTCTTTTTCTGCAGGATGATCTT
CAGTGAGAGACTGCTTTATCCTTGTTCACAATCAGAGCATGTTCATGTAACGTCTAATCA
GAGCCTGTTCATGGCTTGAGATGTCACAGCTAATGTAAAAGCCCTGCAACTTCAGTGGAA
AAAGGAGATGGTTGGGCGATTTACCTGCAACTTTGCAGTAAAGTTTCACAAGTAATCTCC
CCAAGAAGAGGACCTTCAGCA

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL6212Contig1 830 2 6 U
GGAGAACTCACATTAGAAGCTTGAACCCTAAACCCCTCTCCCGATCCAGTTTCAGAATCC
GGACCTGGTTCGGTGCCTTTTGTCTGAGACATGAGATGGCTGAGATACCTTAACCAATGG
CGTGGAACCGCGAAGGAGGCATTCGAGCAAGTATCAATCGTAGCCAAGTTTCTCTGTTCG
ATCCACGTCACCGATCGTTACATAACCTCATCCACTCACGTTCAAGGTCCTAGCATGCTT
CCGACGCTTAACCTCACGGGGGATGTCATTTTAGCGGAACATTTATCGCACCGGTTCGGT
AAGATTGGTCTGGGTGACATTGTGTTGGTTCGATCTCCGACAGACCCGACTAGGATGGTG
ACGAAGAGGATCTTGGGTTTAGAAGGGCATAGACTCTCTTTCTCTGCTGACCCTTTGGTT
GGTGATAGCTCAGTCAGCGTTGTGGTTCCAAAAGGACATGTTTGGATTCAGGGAGATAAC
TTGTATGCTTCAACTGATTCGCGTAATTTCGGACCTGTACCTTACAATCTCATCGAAGGA
AAAGCTCTTCTGCGTGTCTGGCCACCACGATTCTTTGGGTCATTGAGGTGACGATCTCAA
TCCGGGCTGTTTCACTTTCAGTTGTTTATGTGTGTAATTCAAGCGGTTTTATTGCAATGT
TGATCATACTCATTGGAGTAATGTTATGTATCAATCAGATTTAGATAAAACCACAGTAGG
ATAAATATTAGAGGAAGCCATGGACCTGACTTTGTTTTTATACCTCAAGCTATCTCTAAT
GTTAAGATTCATTTTGTGAGATCTAAAAAGTTGGTGAGGTTTTGGTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D388TF U 1
AF RR3D388JQ C 566
BS 1 719 RR3D388TF
BS 720 720 RR3D388JQ
BS 721 735 RR3D388TF
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BS 737 776 RR3D388TF
BS 777 830 RR3D388JQ

RD RR3D388TF 776 0 0
GGAGAACTCACATTAGAAGCTTGAACCCTAAACCCCTCTCCCGATCCAGTTTCAGAATCC
GGACCTGGTTCGGTGCCTTTTGTCTGAGACATGAGATGGCTGAGATACCTTAACCAATGG
CGTGGAACCGCGAAGGAGGCATTCGAGCAAGTATCAATCGTAGCCAAGTTTCTCTGTTCG
ATCCACGTCACCGATCGTTACATAACCTCATCCACTCACGTTCAAGGTCCTAGCATGCTT
CCGACGCTTAACCTCACGGGGGATGTCATTTTAGCGGAACATTTATCGCACCGGTTCGGT
AAGATTGGTCTGGGTGACATTGTGTTGGTTCGATCTCCGACAGACCCGACTAGGATGGTG
ACGAAGAGGATCTTGGGTTTAGAAGGGCATAGACTCTCTTTCTCTGCTGACCCTTTGGTT
GGTGATAGCTCAGTCAGCGTTGTGGTTCCAAAAGGACATGTTTGGATTCAGGGAGATAAC
TTGTATGCTTCAACTGATTCGCGTAATTTCGGACCTGTACCTTACAATCTCATCGAAGGA
AAAGCTCTTCTGCGTGTCTGGCCACCACGATTCTTTGGGTCATTGAGGTGACGATCTCAA
TCCGGGCTGTTTCACTTTCAGTTGTTTATGTGTGTAATTCAAGCGGTTTTATTGCAATGT
TGATCATACTCATTGGAGTAATGTTATGTATCAATCAGATTTAGATAAAACCACAGTAG*
ATAAATATTAGAGGA*GCCATGGACCTGACTTTGTTTTTATACCTCAAGCTATCTC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3D388JQ 265 0 0
CACGATTCTTTGGGTCATTGAGGTGACGATCTCAATCCGGGCTGTTTCACTTTCAGTTGT
TTATGTGTGTAATTCAAGCGGTTTTATTGCAATGTTGATCATACTCATTGGAGTAATGTT
ATGTATCAATCAGATTTAGATAAAACCACAGTAGGATAAATATTAGAGGAAGCCATGGAC
CTGACTTTGTTTTTATACCTCAAGCTATCTCTAATGTTAAGATTCATTTTGTGAGATCTA
AAAAGTTGGTGAGGTTTTGGTTGAC

QA 1 265 1 265
DS 



AS 1 2

CO CL6213Contig1 492 2 2 U
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ACAATGATAACGATGAGTTTTGGACATCATTTGATATTTTCATATGTCAAAAAAAAAGAA
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AAAGCCCACTAACTTAAAATAGTTCTGCAGTTATTGCTACACCTCATATGGGTTTATACG
ATCATGACTGCATGATCATTCAAAAAACCCGACCCGGATTTTTTTACAACACATCTAATT
GGGTCACCACGACGGGGCTCCGAACCACGTGTTTCCCACCATCAAACCACGTGACGGACC
CAAACGCAGCACCCGTTTCTCCCAACACCACGTTCCTCGTATCCACCGTCACCGTCACCG
CATAGCTCCGTCTCTTAACGGCCGAACTAAACACTAGCCTCGGCGGTTTCACCGTTATCG
TCACTCCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AV37TF C 1
AF RR3AV37JQ U 120
BS 1 124 RR3AV37TF
BS 125 492 RR3AV37JQ

RD RR3AV37TF 492 0 0
GAGCAACAGGTTAGATCGAAACTTAACATCTGCAGATCTGTGGTCTTTAATCGATGTAGT
ACAATGATAACGATGAGTTTTGGACATCATTTGATATTTTCATATGTCAAAAAAAAAGAA
GAAGATAAAAGTCTCATTCAGAAAGAAAAAGAAACGACACACAAAACATTAAAATAAGAA
AAAGCCCACTAACTTAAAATAGTTCTGCAGTTATTGCTACACCTCATATGGGTTTATACG
ATCATGACTGCATGATCATTCAAAAAACCCGACCCGGATTTTTTTACAACACATCTAATT
GGGTCACCACGACGGGGCTCCGAACCACGTGTTTCCCACCATCAAACCACGTGACGGACC
CAAACGCAGCACCCGTTTCTCCCAACACCACGTTCCTCGTATCCACCGTCACCGTCACCG
CATAGCTCCGTCTCTTAACGGCCGAACTAAACACTAGCCTCGGCGGTTTCACCGTTATCG
TCACTCCTCTCC

QA 1 492 1 492
DS 

RD RR3AV37JQ 373 0 0
AAAAA
ATAAAAGTCTCATTCAAAAAGAAAAAGAAACGACACACAAAACATTAAAATAAGAAAAAG
CCCACTAACTTAAAATAGTTCTGCAGTTATTGCTACACCTCATATGGGTTTATACGATCA
TGACTGCATGATCATTCAAAAAACCCGACCCGGATTTTTTTACAACACATCTAATTGGGT
CACCACGACGGGGCTCCGAACCACGTGTTTCCCACCATCAAACCACGTGACGGACCCAAA
CGCAGCACCCGTTTCTCCCAACACCACGTTCCTCGTATCCACCGTCACCGTCACCGCATA
GCTCCGTCTCTTAACGGCCGAACTAAACACTAGCCTCGGCGGTTTCACCGTTATCGTCAC
TCCTCTCC

QA 6 373 6 373
DS 



AS 1 2

CO CL6214Contig1 1197 2 2 U
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GTCACGGCGAAGTCCTGTCTGCATCCCGGAGTTGTCACTCTCCGGTGCAAATCATCGAAG
AAAGGAAGCGACTTTCTGTAATCGAGAGACATTTTGGGGGGGGGGCTAATTGATGGCGGC
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TGCTGCTGTGAATTCGGTGGATAACGGTGGGGATACTACGAAAGTGGATAATAACTCAGA
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ATCGTTACTCGAAGATTTGCTCGCCAAGTACGCGTCAGAGCCTACGATTGTTCGTTATGC
GAAGATTGCGATGAAGATGAAGGATAAAACCGTCAGAGATGTTGCTCTCCGTTGTAGATG
GATGACTAAAAAGGAAAATGGAAAGCTTAGGAAAGAAGAGCATTCCTTAAGGAAGAGTAA
AGATAAGAAAGAAAAAACTACGGATTCTTCAGCAGCCAAGTCCACATCTCATTTGAATGT
GCATCCGAATGGTCCTTCATACGCTCCTCCTCCAATGATGCCATTAGACACTGATGATGG
CATTTCATATAAAGCTATTGGTGGTGTGAGTGGAGATCTTCTCGAACAAAATGCTCAAAT
GTTCAACCAAGTTTCATCTAATTTCTCAGCTTTCCAGATGCATGAGAACGTCAATATCTT
GTGCAAAGCTAGGGACAACATCCTGGCAATCTTAAACGACTTGAATGACTTGCCTGAGGT
TATGAAGCAGATGCCACCTCTTCCGGTGAAGGTGAACCAAGAGCTGGCGGACTCCATCCT
CCCTCGCCCGCCCCATCAAATGAAGTCGTGATCGATCTTATAGAAGCCTATTTTGATGGT
TTCATTCTTATCAAAGAAGAAAAGGGAAATAAATGGCGTGGATGTAGAGTGTGTCCACTG
GTAATGATTATAGAAACAGACACGGGGTTTTGTCTCTTTCGCAGTTTCAATTGTTTCTCA
ATGTTTCAGCAAACGGTTAGGGTTGTATTCTTGTTTAGGATGTGAATAGATTTCAATTGT
TTATGGTAAATGTCTTTGTATAAAATTTGGTTTTCAAGCTGAAAGGTTTGAGATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GU54TF U 1
AF RR3GU54JQ C 406
BS 1 767 RR3GU54TF
BS 768 1197 RR3GU54JQ

RD RR3GU54TF 772 0 0
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GAGCGCGAATCCGACAGAAGGCTCATCGGCGGCAGAGAAGATATCGAACGGTGGTGCTGC
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ATCGTTACTCGAAGATTTGCTCGCCAAGTACGCGTCAGAGCCTACGATTGTTCGTTATGC
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GATGACTAAAAAGGAAAATGGAAAGCTTAGGAAAGAAGAGCATTCCTTAAGGAAGAGTAA
AGATAAGAAAGAAAAAACTACGGATTCTTCAGCAGCCAAGTCCACATCTCATTTGAATGT
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CATTTCATATAAAGCTATTGGTGGTGTGAGTGGAGATCTTCTCGAACAAAATGCTCAAAT
GTTCAACCAAGTTTCATCTAATTTCTCAGCTTTCCAGATGCATGAGA
CGTCA

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3GU54JQ 792 0 0
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TCTCCGTTGTAGATGGATGACTAAAAAGGAAAATGGAAAGCTTAGGAAAGAAGAGCATTC
CTTAAGGAAGAGTAAAGATAAGAAAGAAAAAACTACGGATTCTTCAGCAGCCAAGTCCAC
ATCTCATTTGAATGTGCATCCGAATGGTCCTTCATACGCTCCTCCTCCAATGATGCCATT
AGACACTGATGATGGCATTTCATATAAAGCTATTGGTGGTGTGAGTGGAGATCTTCTCGA
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GGCGGACTCCATCCTCCCTCGCCCGCCCCATCAAATGAAGTCGTGATCGATCTTATAGAA
GCCTATTTTGATGGTTTCATTCTTATCAAAGAAGAAAAGGGAAATAAATGGCGTGGATGT
AGAGTGTGTCCACTGGTAATGATTATAGAAACAGACACGGGGTTTTGTCTCTTTCGCAGT
TTCAATTGTTTCTCAATGTTTCAGCAAACGGTTAGGGTTGTATTCTTGTTTAGGATGTGA
ATAGATTTCAATTGTTTATGGTAAATGTCTTTGTATAAAATTTGGTTTTCAAGCTGAAAG
GTTTGAGATTAC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL6215Contig1 1027 2 2 U
GGATTCACAAAGTCAAGGATTTTCCCCACATGGATTCTCTCAACTTACCTCAGACTTCAT
CTTTCAAGGGAGGAAGCGAATTATTTCTTCGGGATGTGTTTGAGAATATATTGAAGACGT
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AAGCCCTTCTGTCAAGTATTCTTGGGTCCTTAATATGGGAGAAGCCAACATGGAGCGAAT
TTAAGCAAATTGCCGTAGAAAACGAATTGGCGGCTTGGGCGTTCATCAACGGCTACACAA
TGAATCATCTGGCATTCGCTGTTCATCGACTAAAACACCGTTTCAGTGACATCAATTGCA
TCATACAGTATCTAGAGGAAAATGGATTTGATCTCAACCAGGACGGAGGAGTTCTGAAAG
TGAGTACTGATGGGCTACTGCTGCAAGCGTCGTCACTCTCGGAGCAGCTTCCGGTAGAAT
TTTCAGGCGGTGTAGTCAAATCGGTCCCTGCTTCATACATTGAGTTCACTGAACGTCTTG
TTTTGCCACAGTTCAAAGATCTGCCTCATGATCAGATTAAAGAGATCCATAGACGTGAAG
ACTTTGCGCTCAATAACGCGGACAACATTTTAGAAAGCTCCCGTTTTACGTCAGATGTTT
AGAATCACTTTGGTTTGGTCCAATCTGTATGAAACAAAAGAGTATTAAGTACTATATATG
TTCACGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AS81TF U 1
AF RR3AS81JQ C 455
BS 1 701 RR3AS81TF
BS 702 1027 RR3AS81JQ

RD RR3AS81TF 701 0 0
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CTTTCAAGGGAGGAAGCGAATTATTTCTTCGGGATGTGTTTGAGAATATATTGAAGACGT
ACTTGAAGAAGAACCCAACAACGAAAAGGATATGGGAACTGGTTCAGTCGGTGGACAATG
AGAAGATTTGCTACGACCATTTCACTTTCATGACACTTAAGATCGATGGTTATGGAATAG
ACTCAATGTCAAGTTTCTTCATGGATAATGGGTATAAAATAGGAGGTGGTCTTGATTTTC
CAAATAAGAACCTGCGAGGTCTCTGGTTTTCTCCTCCCGATATTAACATCCCTGAGGATG
GCCACGGCCTAAGCAATGGACCCTTACCCCGACTTGTTATGGGAGAGATTCTTGTGGACG
AATTGAGCCCTGCATCACAGGAAATAATAAGGAAGTATCTGAAACCAGTAGGAGGCAAGC
AAGCCCTTCTGTCAAGTATTCTTGGGTCCTTAATATGGGAGAAGCCAACATGGAGCGAAT
TTAAGCAAATTGCCGTAGAAAACGAATTGGCGGCTTGGGCGTTCATCAACGGCTACACAA
TGAATCATCTGGCATTCGCTGTTCATCGACTAAAACACCGTTTCAGTGACATCAATTGCA
TCATACAGTATCTAGAGGAAAATGGATTTGATCTCAACCAG

QA 1 701 1 701
DS 

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TTGGGCGTTCATCAACGGCTACACAATGAATCATCTGGCATTCGCTGTTCATCGACTAAA
ACACCGTTTCAGTGACATCAATTGCATCATACAGTATCTAGAGGAAAATGGATTTGATCT
CAACCAGGACGGAGGAGTTCTGAAAGTGAGTACTGATGGGCTACTGCTGCAAGCGTCGTC
ACTCTCGGAGCAGCTTCCGGTAGAATTTTCAGGCGGTGTAGTCAAATCGGTCCCTGCTTC
ATACATTGAGTTCACTGAACGTCTTGTTTTGCCACAGTTCAAAGATCTGCCTCATGATCA
GATTAAAGAGATCCATAGACGTGAAGACTTTGCGCTCAATAACGCGGACAACATTTTAGA
AAGCTCCCGTTTTACGTCAGATGTTTAGAATCACTTTGGTTTGGTCCAATCTGTATGAAA
CAAAAGAGTATTAAGTACTATATATGTTCACGC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

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AGTCGTCCTCATCACTTGTCGACTTGAGAATCCAAATCTTGACATTGTCAGCGGGAACGT
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GGCTCAGCTTCTCAGAAGAAACTATCCGCATCTTCAAATCATTTCCCCAGAATCAACGAG
TGCTACACTGGAAAGAAAAGTAGATATGTATATGGTTATGGAACATTTCTGGACGGCGTT
TCAAAGGTTAAAGGAATTATCAAGTTTGATCTTCATGGGAAAAGCATGCTGCAGGTAGGA
GGCAATATCAACGGAATATATAAGCTGGGGCAAGGAATTTATGGCTCGGACGCTATCTAT
GTCCCGCGCGAGTCAGCGGAGGAAGAAGACGACGGTTACTTGATATTCTTTGTTCATGAC
GAAAACACAGGAAAATCATGCGTTCATTTGATAGACGCAACAACAATGTCAGCTGAGCCA
GTCGCAATAGTGGAACTGCCACATAGGGTCCCATACGGCTTTCACGCCCTGTTTGTTACA
GAGAGACAACTGCAGGAACAAACTCTTATATAAGCCAAACTGGTGCATATGTTCCCGAGA
TGTCGAAGTTATAAAGCTCTCAACCAATTTTTGTTTCTTTTTGGACAGCGTTTTCCATTT
TACTGATTAAGTTATTCCAAGTTATGAAATTAGGCAAGTTATGTAACGTTTGGT


BQ
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AF RR3FJ87TF U 1
AF RR3FJ87JQ C 47
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BS 361 834 RR3FJ87JQ

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GTTTGAGCTTCCCAACTGCTTTATATTCCACAACGTCAATGCTTGGGAAGAAGAAGATGA
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GGAAGAAATACTGAAAGTTTTAGCAACGAACTGTACGAAATGAGATTCAACATGAAAACG
GGCTCAGCTTCTCAGAAGAAACTATCCGCATCTTCAAATCATTTCCCCAGAATCAACGAG
TGCTACACTGGAAAGAAAAGTAGATATGTATATGGTTATGGAACATTTCTGGACGGCGTT

QA 1 360 1 360
DS 

RD RR3FJ87JQ 788 0 0
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GAAGAAGAAGATGAAGTCGTCCTCATCACTTGTCGACTTGAGAATCCAAATCTTGACATT
GTCAGCGGGAACGTGGAAGAAATACTGAAAGTTTTAGCAACGAACTGTACGAAATGAGAT
TCAACATGAAAACGGGCTCAGCTTCTCAGAAGAAACTATCCGCATCTTCAAATCATTTCC
CCAGAATCAACGAGTGCTACACTGGAAAGAAAAGTAGATATGTATATGGTTATGGAACAT
TTCTGGACGGCGTTTCAAAGGTTAAAGGAATTATCAAGTTTGATCTTCATGGGAAAAGCA
TGCTGCAGGTAGGAGGCAATATCAACGGAATATATAAGCTGGGGCAAGGAATTTATGGCT
CGGACGCTATCTATGTCCCGCGCGAGTCAGCGGAGGAAGAAGACGACGGTTACTTGATAT
TCTTTGTTCATGACGAAAACACAGGAAAATCATGCGTTCATTTGATAGACGCAACAACAA
TGTCAGCTGAGCCAGTCGCAATAGTGGAACTGCCACATAGGGTCCCATACGGCTTTCACG
CCCTGTTTGTTACAGAGAGACAACTGCAGGAACAAACTCTTATATAAGCCAAACTGGTGC
ATATGTTCCCGAGATGTCGAAGTTATAAAGCTCTCAACCAATTTTTGTTTCTTTTTGGAC
AGCGTTTTCCATTTTACTGATTAAGTTATTCCAAGTTATGAAATTAGGCAAGTTATGTAA
CGTTTGGT

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL6217Contig1 767 2 3 U
ATGAAACCCAAATTGGGAGAAGATCATATAAAAGAAACGTTGGCTGTCTCATGGTCCTAA
CAAGCCCCCAGCAACAAGGAGAAGCAAAACCAAAACAAAATATGGAGTTACCATCAATTC
TTTATGGATCCTATAACCGGATCAACTGATGGTCCTAAAAGAGACGATCAACTTTGATTC
TTTGGTGAAACGATAACAAAAAGAATGAACCGGGAAGAAGTTTCTTCATGCATTGATGGG
ATTTGATTCTTTAAACCTCATGATCTTGGCTTGTAGTTTCTGCATAAAAGCTGGATTAGC
TTGGAGCCTCTGTTTAACATAAGCAGTTCTTATGTCCTCTGCGATCTTGTTAGCCTTCGC
AGCTTCCTCTATCAACCCGTAAAGCGTCCTCAAGCAGTCTTTCCTGTTTTCCTCTCGATG
TTCAAACCTCTCGCTTGTGATTGTAAGCTCGTCTTTCCCTGAATCGTATCTTTTTCCAAC
GAGTTCCCTTAGCCTTCGAGCCTGATGCTTAGAGAGTCCAAGCTCTTTAACTGTAACAGA
CAGTTTAACTTTCCTGTTCTTTGGATGCCAAGCATCGCTTCCAGGAGCAAAAACAATCCT
CGATTGCCACCTTAGGATTGGGCCTTCACCGGGAGGGTCATCCAAGTTTGTGTTCCTATA
GGAAGGATCTGTTTCATCAAACTCAAGAGGCCCTGCAGCTTCCATCTGATCTCCATATTG
AATCACCATCTCATCTTCGAATTCCTTAAACAGCTCAAAAGCTGCCC


BQ
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AF RR3ES68JQ U 170
AF RR3ES68TF C 1
BS 1 169 RR3ES68TF
BS 170 537 RR3ES68JQ
BS 538 767 RR3ES68TF

RD RR3ES68JQ 368 0 0
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GCATTGATGGGATTTGATTCTTTAAACCTCATGATCTTGGCTTGTAGTTTCTGCATAAAA
GCTGGATTAGCTTGGAGCCTCTGTTTAACATAAGCAGTTCTTATGTCCTCTGCGATCTTG
TTAGCCTTCGCAGCTTCCTCTATCAACCCGTAAAGCGTCCTCAAGCAGTCTTTCCTGTTT
TCCTCTCGATGTTCAAACCTCTCGCTTGTGATTGTAAGCTCGTCTTTCCCTGAATCGTAT
CTTTTTCCAACGAGTTCCCTTAGCCTTCGAGCCTGATGCTTAGAGAGTCCAAGCTCTTTA
ACTGTAAC

QA 1 368 1 368
DS 

RD RR3ES68TF 767 0 0
ATGAAACCCAAATTGGGAGAAGATCATATAAAAGAAACGTTGGCTGTCTCATGGTCCTAA
CAAGCCCCCAGCAACAAGGAGAAGCAAAACCAAAACAAAATATGGAGTTACCATCAATTC
TTTATGGATCCTATAACCGGATCAACTGATGGTCCTAAAAGAGACGATCAACTTTGATTC
TTTGGTGAAACGATAACAAAAAGAATGAACCGGGAAGAAGTTTCTTCATGCATTGATGGG
ATTTGATTCTTTAGACCTCATGATCTTGGCTTGTAGTTTCTGCATAAAAGCTGGATTAGC
TTGGAGCCTCTGTTTAACATAAGCAGTTCTTATGTCCTCTGCGATCTTGTTAGCCTTCGC
AGCTTCCTCTATCAACCCGTAAAGCGTCCTCAAGCAGTCTTTCCTGTTTTCCTCTCGATG
TTCAAACCTCTCGCTTGTGATTGTAAGCTCGTCTTTCCCTGAATCGTATCTTTTTCCAAC
GAGTTCCCTTAGCCTTCGAGCCTGATGCTTAGAGAGTCCAAGCTCTTTAACTGTAACAGA
CAGTTTAACTTTCCTGTTCTTTGGATGCCAAGCATCGCTTCCAGGAGCAAAAACAATCCT
CGATTGCCACCTTAGGATTGGGCCTTCACCGGGAGGGTCATCCAAGTTTGTGTTCCTATA
GGAAGGATCTGTTTCATCAAACTCAAGAGGCCCTGCAGCTTCCATCTGATCTCCATATTG
AATCACCATCTCATCTTCGAATTCCTTAAACAGCTCAAAAGCTGCCC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL6218Contig1 1010 2 4 U
CTCTTCTTCCTCTGTATTATTAACCGATTGAGAGACGTGCGTCAGAAACAAACCCCCAAA
AAAGAAATGAGCAACAACGTTTGTTTCCTTGTGTTCTTGAGTTGTCTAGGTGTTACTTCC
GCCACCAACCTGGAACAAACCACTATTGTAATAGACGGTACACGCCAAATCGCTGAGATC
GATGAGAACTTTGTCTGCGCAACACTTGATTGGTGGCCACCTGAAAAATGCAATTATGAT
CGGTGTCCCTGGGGCTACGCCTCTCTCATCAACTTGAACTTGTCTTCTCCTCTTCTTGCT
AAAGCCATTCAAGCTTTCAAGACGCTGAGGATAAGAATAGGTGGCTCCTTGCAAGACCAA
GTGATCTACGACGTAGGTGACTTGAAGACTCCTTGCAGTGGGTTCAAGAAGACTGGCGAT
GGCTTGTTCGGATTCTCTGAAGGATGTTTGTATATGGAACGTTGGGACAAACTTAACCGT
TTCTTCCACGCAACCGGGGCAATTGTGACTTTCGGTTTGAATGCGTTATACGGTAGAGAG
AAACTCAGTGGAAATGCATGGGGAGGGGAATGGGATCACACCAACACTCAAGATTTCATG
AACTATACAGTCTCTAAGGGTTACGCTATAGACTCATGGGAGTTTGGTAATGAGCTTAGT
GGAAGCGGGATTGGTACAAGTGTGAGTGTAGAGCTCTACGGTAACGACTTGATAGTACTG
AAAGATGTAATCAATAACGTTTACAAGAGTTCTGGGACCAAACCTTTGCTTCTAGCTCCT
GGAGGGTTCTATGAAGAAAAATGGTACTCTGAGCTTTTTCGTCTCTCTGGACCTGGTGTT
CTTGATGTCATGACTCATCATATATACAATCTTGGTCCAGGGAATGATCCAAAGCTTGGG
AGTAGGATACTAGATCCAAACTACTTGAGCGGAACAGTTTCAGGAACATTCAAGAACGTT
GACAGAACGATTCAAGAACATGGACCTTGGGCTTCTGCTTGGGTTGGAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW34TF U 1
AF RR3BX11TF U 329
BS 1 390 RR3CW34TF
BS 391 391 RR3BX11TF
BS 392 696 RR3CW34TF
BS 697 1010 RR3BX11TF

RD RR3CW34TF 696 0 0
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AAAGAAATGAGCAACAACGTTTGTTTCCTTGTGTTCTTGAGTTGTCTAGGTGTTACTTCC
GCCACCAACCTGGAACAAACCACTATTGTAATAGACGGTACACGCCAAATCGCTGAGATC
GATGAGAACTTTGTCTGCGCAACACTTGATTGGTGGCCACCTGAAAAATGCAATTATGAT
CGGTGTCCCTGGGGCTACGCCTCTCTCATCAACTTGAACTTGTCTTCTCCTCTTCTTGCT
AAAGCCATTCAAGCTTTCAAGACGCTGAGGATAAGAATAGGTGGCTCCTTGCAAGACCAA
GTGATCTACGACGTAGGTGACTTGAAGACTTCTTGCAGTGGGTTCAAGAAGACTGGCGAT
GGCTTGTTCGGATTCTCTGAAGGATGTTTGTATATGGAACGTTGGGACAAACTTAACCGT
TTCTTCCACGCAACCGGGGCAATTGTGACTTTCGGTTTGAATGCGTTATACGGTAGAGAG
AAACTCAGTGGAAATGCATGGGGAGGGGAATGGGATCACACCAACACTCAAGATTTCATG
AACTATACAGTCTCTAAGGGTTACGCTATAGACTCATGGGAGTTTGGTAATGAGCTTAGT
GGAAGCGGGATTGGTACAAGTGTGAGTGTAGAGCTC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3BX11TF 682 0 0
GGATAAGAATAGGTGGCTCCTTGCAAGACCAAGTGATCTACGACGTAGGTGACTTGAAGA
CTCCTTGCAGTGGGTTCAAGAAGACTGGCGATGGCTTGTTCGGATTCTCTGAAGGATGTT
TGTATATGGAACGTTGGGACAAACTTAACCGTTTCTTCCACGCAACCGGGGCAATTGTGA
CTTTCGGTTTGAATGCGTTATACGGTAGAGAGAAACTCAGTGGAAATGCATGGGGAGGGG
AATGGGATCACACCAACACTCAAGATTTCATGAACTATACAGTCTCTAAGGGTTACGCTA
TAGACTCATGGGAGTTTGGTAGTGAGCTTAGTGGAAGCGGGATTGGTACAAGTGTGAGTG
TAGAGCTCTACGGTAACGACTTGATAGTACTGAAAGATGTAATCAATAACGTTTACAAGA
GTTCTGGGACCAAACCTTTGCTTCTAGCTCCTGGAGGGTTCTATGAAGAAAAATGGTACT
CTGAGCTTTTTCGTCTCTCTGGACCTGGTGTTCTTGATGTCATGACTCATCATATATACA
ATCTTGGTCCAGGGAATGATCCAAAGCTTGGGAGTAGGATACTAGATCCAAACTACTTGA
GCGGAACAGTTTCAGGAACATTCAAGAACGTTGACAGAACGATTCAAGAACATGGACCTT
GGGCTTCTGCTTGGGTTGGAGA

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL6219Contig1 863 2 3 U
GGAAACATTGGGTTTATTCATGGAGAAGATGAATAAGAAAGAATAGGTATGAAGGGGAAG
AGATCCCCACTCAAGGGTATGTTTTCAGGACATTGGCATCGGTTTGTTCTCTAAAAACGC
TCTGAAAATAATAAAGGCTTGACGAGGACGATGTAGAGGCACTTCATGACCAGCTCCTGT
CACTGTTACTAACGTAAGCCCTTTGTACACTTGACTCCATCCGCCAACCTTGCCATGATC
ATACCATGGGTACCAGTTTGTGATGGTTGCCAACTTCAGTGCATCTATAGAGTATCGGGT
TGCAGTTATAGGAACCACCGCATCTGTATCTCCACTGAAGACCCATATTTTGAGACCTGC
AGCAATCAATTCTCTGTATATTGGTAGCATAGAAACAGGGGAATCTGTCCAATAGTTTCC
TACAATGTCACTGCATGATTTCCAAGGGTAAGATAAGCGAGTGACATTTGCATGTAGAGC
CTTCTGAACCTCCACACGGTTAAAATACACATTTGAATACCTCTCTGTACAAGGATCATA
AGCTCTTGACATCCACGGATAGCGACTCTTTAAGAAGCTCTTGAGCTGCACAGTATTGTT
GCAAGGTTTGGTGAAAATGCTGTAAGGATCGATATTCCCTTGCTCTAGTTCAGCACTTCT
CAAAGCTTCCATACACTGCAGGGAAGGATGCTGGGAGGATACAGAGTAGCAGGCTGTCTT
CAGTTGGTGATAAGTGGAGTCAGATATGAGACCATGATTCCACCAGTACTCGAATGTTCC
TATGTAATCATGATAGTCATCTGTAACAGCATTTCCCACCATAAAACCTTTGAGTTTATA
GCTGGGTTCTTGAATCCTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BD26JQ U 70
AF RR3AX82JQ U 1
BS 1 156 RR3AX82JQ
BS 157 157 RR3BD26JQ
BS 158 863 RR3AX82JQ

RD RR3BD26JQ 364 0 0
CTCAAGGGTATGTTTTCAGGACATTGGCATCGGTTTGTTCTCTAAAAACGCTCTGAAAAT
AATAAAGGCTTGACGAGGACGATGTAGAGGCACTTCATGACCAGCTCCTGTCACTGTTAC
TAACGTAAGCCCTTTGTACACTTGACTCCATCCGCCAACCTTGCCATGATCATACCATGG
GTACCAGTTTGTGATGGTTGCCAACTTCAGTGCATCTATAGAGTATCGGGTTGCAGTTAT
AGGAACCACCGCATCTGTATCTCCACTGAAGACCCATATTTTGAGACCTGCAGCAATCAA
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ACTG

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DS 



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CAAAAACTTCGAAAACTTAGATTCCTTCGAGAACATAGAGTACATTGTACTTTACCTCCG
AAAAAGTACTTTTTGGTTTTGAATACGAATAGCTGAATACAACGATCTTAGTTTCTATAT
ATAAAGATTCGAGTCGGGCAACCTCGGAACCGGCAAGGCAACAAGAGGGGTCTTGAGCTT
CAAGACAATCCCAAACTTCTCTTCCAAATCCAACACACGTCCTTCCGGAATCTTCCAGTT
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ACCGCCCACCACGGCAGTTTCAGCAGGACGGTGAGGGACTAACAAAGGAATGGTTGGATG
AAGTCTAAGTGTTTCTTTCATAATGGCTAGTATGTAAGGAAGTTTAGTGATGTGTGATTC
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CTTTGGGTTGCTTATAAGCTCGGCCATCGCAAACTCTATCGTGTTTGTAGATGTATCAGT
ACCACCAACCACCATATCCTTCACATAAACGATATATGACAGACACATTAATCACTCTCA
TAAACATAAACTAAGTAACATAGAAATACAATTATGTATAATATTACAATTATGCATTCT
TTTGTCCGAAGGTCGTGGAATAATCCAGCATAAATCTGCCATCTAAATTTTGAAGTAGCC
AAAGCTCTAACTGACAATATGCGAACATACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FL21TF U 1
AF RR3FL21JQ C 406
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TTCA
CATGTTTTCTT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3FL21JQ 706 0 0
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AGTGATGTGTGATTCTTCAACAATGTTTTCTTTTCCTACAACTTCGTCTAGCTCTTGTTG
CGCTCTGTTCATCAACTTTGGGTTGCTTATAAGCTCGGCCATCGCAAACTCTATCGTGTT
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ACAATTATGCATTCTTTTGTCCGAAGGTCGTGGAATAATCCAGCATAAATCTGCCATCTA
AATTTTGAAGTAGCCAAAGCTCTAACTGACAATATGCGAACATACC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

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ATGGTAGACCCGGGTATAGCAGCTTCAGCTGATCCAGAACAAGTGAGACTCTGCGTTCAG
ATCGGACTTCTATGTGTACAAGGCGATCCCCACCAGAGACCAGCAATGAGGAGAGTGTCT
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TCTAGATACCGACGTAGAACGCATCATCGTCCATCAGGAGGAGCATCCTCGGTTGGGACA
TTGTCGACGACGGGATCGAGTTCAGATTCGTTTGGTTCGAACTTGAACACAAACAGTGGA
ACCCGAACAGGTGGAGCTACCACTCCAGCGTCTTTTAGGACGCCGACAAGGGCTCACAAC
GCAACTAGAAGTGCAGGTGTCAGCTCTAGCTCGGACCCTCATGGTAAACGACCTATGACG
AGTTATTAAAGAGTAGATGATATCTTTGTTACATGTTTGATTTTGTATATATAGCGAGCC
CTTTTTTTTTTGTTTTGAATTATTGTTGTTATTATAGGAGAGGGTGATGAGTAGTGTGTG
AGAAAGAAGAAGAAAAGTTCATTCATTTGTTATTACATTGTTAGTATATATTAAAAAAAT
AAAATCCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EW94TF U 1
AF RR3EW94JQ C 146
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BS 514 909 RR3EW94JQ

RD RR3EW94TF 513 0 0
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AGGCTCTTTCAGGAGGATGCGACACACGTCAACACTCGTGTCGCTGGAACCAATGGCTAC
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GGTGTTGTGGTTCTAGAGCTCATCAGTGGCCAGAAGAACTCGAGTTTTAGTCTGAAACAC
GCTGATCAGACTCTTCTTGAATAGGCATATAAGTTGTACAAGAAAGGGAGGACCATGGAG
ATGGTAGACCCGGGTATAGCAGCTTCAGCTGATCCAGAACAAGTGAGACTCTGCGTTCAG
ATCGGACTTCTATGTGTACAAGGCGATCCCCACCAGAGACCAGCAATGAGGAGAGTGTCT
TTGCTCCTCTCGAGAAAACCAGGGAATCTGGAAGAACCAGAGCGTCCTGGTGTCCCGGGG
TCTAGATACCGACGTAGAACGCATCATCGTCCA

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3EW94JQ 764 0 0
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GTGGCCAGAAGAACTCGAGTTTTAGTCTGAAACACGCTGATCAGACTCTTCTTGAATAGG
CATATAAGTTGTACAAGAAAGGGAGGACCATGGAGATGGTAGACCCGGGTATAGCAGCTT
CAGCTGATCCAGAACAAGTGAGACTCTGCGTTCAGATCGGACTTCTATGTGTACAAGGCG
ATCCCCACCAGAGACCAGCAATGAGGAGAGTGTCTTTGCTCCTCTCGAGAAAACCAGGGA
ATTTGGAAGAACCAGAGCGTCCTGGTGTCCCGGGGTTTAGATACCGACGTAGAACGCATC
ATCGTCCATCAGGAGGAGCATCCTCGGTTGGGACATTGTCGACGACGGGATCGAGTTCAG
ATTCGTTTGGTTCGAACTTGAACACAAACAGTGGAACCCGAACAGGTGGAGCTACCACTC
CAGCGTCTTTTAGGACGCCGACAAGGGCTCACAACGCAACTAGAAGTGCAGGTGTCAGCT
CTAGCTCGGACCCTCATGGTAAACGACCTATGACGAGTTATTAAAGAGTAGATGATATCT
TTGTTACATGTTTGATTTTGTATATATAGCGAGCCCTTTTTTTTTTGTTTTGAATTATTG
TTGTTATTATAGGAGAGGGTGATGAGTAGTGTGTGAGAAAGAAGAAGAAAAGTTCATTCA
TTTGTTATTACATTGTTAGTATATATTAAAAAAATAAAATCCCT

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL6222Contig1 985 2 10 U
GAAGTATGATACGGCAACAGAGTTCGAGTTCAAAGGTGAAAATGGAGGCAAGCTTATTGG
ATTCCATGGACGTGGTGGGAATGCTATTGATGCCATCGGAGCTTACTTCGACACTGGCTC
TAAACCTGGTGGCCCTGACGGCAGTGGAAGTGGATCCAGCAATGGTTCTAGTCCTCAAAA
ACTTGACGCACAAGGAGGAAAGGGCGGCAACCAATGGGACGACAGTGGTGACCACGATGA
TGTGACTAAGATAGTTGTTGCATCTAGTCGAGTGATTGAGCAAATCAGGTTCGATTATGT
CAAGAAGGGACAGACAAAGGAAGGACCCGCACATGGTGTGAAAGGAGCTAGACCTTCCAT
CAAAACTTTTGAGATAAATCATCCCGACGAGTATCTCCTGTCCGTGAAAGGTTGGTCCAA
TTCATCCAACAAGATTGTCGGAATTGAGTTCATAACCAACACAAGGACTTCAGAATATTA
TGGGTTTGAAAAACTTCCCGGAGAAGAAGGTACAGATATTTTACTCGAAGTGAAAGACAA
GAAGATTGTCGGCTTTCATGGGTTCGCAGACACTCATCTCAACTCTCTCGGAGCTTACTT
CGCTCCCATCGCCTCAACTCCATTGAAACCAAGCAAGAAGCTAACAGCAGTAGGTGGTGA
TGAAGGAGCTTCATGGGGATGATGGTGCTTTCGACGGAGTTAAGAAAATACAAGTAGGAC
AGAACAATGATGGTGTATCTTTCGTGGCGGTCGAGTACGAGAATGGCTCTCAGAAAGTTG
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GTGAGTACATTACGTCTGTGGGTGTCTACTATGATAAAATCCATGCAGAGGGACGCGGTG
TGACAGTGGTGACGTCTTTGGTATTCAAGACTAACAAGCTAGTATCACAACCATTTGGAA
TGACCGGTGGAGAATATGTTGAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BI47TF U 1
AF RR3FT33TF U 359
BS 1 397 RR3BI47TF
BS 398 398 RR3FT33TF
BS 399 450 RR3BI47TF
BS 451 451 RR3FT33TF
BS 452 624 RR3BI47TF
BS 625 625 RR3FT33TF
BS 626 715 RR3BI47TF
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BS 717 751 RR3BI47TF
BS 752 985 RR3FT33TF

RD RR3BI47TF 755 0 0
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ATTCCATGGACGTGGTGGGAATGCTATTGATGCCATCGGAGCTTACTTCGACACTGGCTC
TAAACCTGGTGGCCCTGACGGCAGTGGAAGTGGATCCAGCAATGGTTCTAGTCCTCAAAA
ACTTGACGCACAAGGAGGAAAGGGCGGCAACCAATGGGACGACAGTGGTGACCACGATGA
TGTGACTAAGATAGTTGTTGCATCTAGTCGAGTGATTGAGCAAATCAGGTTCGATTATGT
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CAAAACTTTTGAGATAAATCATCCCGACGAGTATCTCGTGTCCGTGAAAGGTTGGTCCAA
TTCATCCAACAAGATTGTCGGAATTGAGTTTATAACCAACACAAGGACTTCAGAATATTA
TGGGTTTGAAAAACTTCCCGGAGAAGAAGGTACAGATATTTTACTCGAAGTGAAAGACAA
GAAGATTGTCGGCTTTCATGGGTTCGCAGACACTCATCTCAACTCTCTCGGAGCTTACTT
CGCTCCCATCGCCTCAACTCCATTTAAACCAAGCAAGAAGCTAACAGCAGTAGGTGGTGA
TGAAGGAGCTTCATGGGGATGATGGTGCTTTCGACGGAGTTAAGAAAATACAAGTCGGAC
AGAACAATGATGGTGTATCTTTCGTGGCGGT
TGAG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3FT33TF 627 0 0
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AATTCATCCAACAAGATTGTCGGAATTGAGTTCATAACCAACACAAGGACTTCAGAATAT
TATGGGTTTGAAAAACTTCCCGGAGAAGAAGGTACAGATATTTTACTCGAAGTGAAAGAC
AAGAAGATTGTCGGCTTTCATGGGTTCGCAGACACTCATCTCAACTCTCTCGGAGCTTAC
TTCGCTCCCATCGCCTCAACTCCGTTGAAACCAAGCAAGAAGCTAACAGCAGTAGGTGGT
GATGAAGGAGCTTCATGGG*ATGATGGTGCTTTCGACGGCGTTAAGAAAATACAAGTAGG
ACAGAACAATGATGGTGTATCTTTCGTGGCGGTCGAGTACGAGAATGGCTCTCAGAAAGT
TGTTGGCGATGGTCATGGGAAACAATCGGCGCTTGGAGTTGAAACGTTTGAGCTTACGGA
TGGTGAGTACATTACGTCTGTGGGTGTCTACTATGATAAAATCCATGCAGAGGGACGCGG
TGTGACAGTGGTGACGTCTTTGGTATTCAAGACTAACAAGCTAGTATCACAACCATTTGG
AATGACCGGTGGAGAATATGTTGAGCT

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL6223Contig1 459 2 1 U
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TGTTATTGCTCCTTTGATGAGAATTGCTGGAAGATGATGAATTAATGTAAGGTTTGGCTG
CTTTGTTTTATTGTAATGCTATTCTAGATTATGTTCTTAAGTTTTGTTTTATCTCAATTG
CTGGGAGATGATATGAATCAATGCAAGTTTTGTTTGTTT


BQ
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AF RR3FP79JQ C 1
AF RR3FP79TF U 1
BS 1 459 RR3FP79TF

RD RR3FP79JQ 459 0 0
GGAAGTCTCAAGTTCTTACAGCAGCAAAAGCAATGGAGGAGGAGTTGGTGGCGAGGAGGA
AGATGGTCAAGTGCGTGTCGAATCTGGAGGAAGGTGAGCTGGGATTGCTGCTTGGGTTCT
TGCAGAGGTACTGTACCGTGGAGAGGTATTCGAAGTTGTTGATGGCGTTGACGAAGAAGG
TTTTGGAGACTAGAGGTGAGGATATCAACGGTAAGAGGAGTTTAAAGGGATTCTCAGGAA
CCTGAAGAGGGAGGTAAACAACGAGATTAAGATTCAACAGTCTCTCTTGGAGATTCAGGG
TGTTATTGCTCCTTTGATGAGAATTGCTGGAAGATGATGAATTAATGTAAGGTTTGGCTG
CTTTGTTTTATTGTAATGCTATTCTAGATTATGTTCTTAAGTTTTGTTTTATCTCAATTG
CTGGGAGATGATATGAATCAATGCAAGTTTTGTTTGTTT

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR3FP79TF 459 0 0
GGAAGTCTCAAGTTCTTACAGCAGCAAAAGCAATGGAGGAGGAGTTGGTGGCGAGGAGGA
AGATGGTCAAGTGCGTGTCGAATCTGGAGGAAGGTGAGCTGGGATTGCTGCTTGGGTTCT
TGCAGAGGTACTGTACCGTGGAGAGGTATTCGAAGTTGTTGATGGCGTTGACGAAGAAGG
TTTTGGAGACTAGAGGTGAGGATATCAACGGTAAGAGGAGTTTAAAGGGATTCTCAGGAA
CCTGAAGAGGGAGGTAAACAACGAGATTAAGATTCAACAGTCTCTCTTGGAGATTCAGGG
TGTTATTGCTCCTTTGATGAGAATTGCTGGAAGATGATGAATTAATGTAAGGTTTGGCTG
CTTTGTTTTATTGTAATGCTATTCTAGATTATGTTCTTAAGTTTTGTTTTATCTCAATTG
CTGGGAGATGATATGAATCAATGCAAGTTTTGTTTGTTT

QA 1 459 1 459
DS 



AS 1 2

CO CL6224Contig1 1002 2 2 U
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CGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATAAGAAAAAAGATGACTTTTACCATTCCGATCGAGAAC
GGAGATTCCGTGAAGAACGCAGAAGCTGATTCACAAATAACACTGTACCCATATGTTACT
GGGACTTCGATCGTCGCAATCAAGTACAAAGATGGGGTTTTAATGGCTTCCGACATGGGA
GGTTCATATGGATCCACCTTAAGATACAAGAACATTGAGAGAATGAAGGCTATTGGTAAG
CATTCTCTTCTCGGTGCCAGTGGAGAAATCAGTGACTTTCAGGAGATTCTCCGTTATCTT
GATGAGCTCGTGTTGAATGATAGCATGTGGGACGATGGTAACTCTTTGGGACCAAAAGAG
GTGCACAACTATCTGACCCGAGTTATGTACAACCGTCGCAACAAGTTTAACCCTCTCTGG
AACACTCTCGTCCTTGGAGGTGTCAAGAATGGCGAAACTTACCTTGGCATGGTGTCAATG
ATTGGTGTTAGTTTCGAGGACAATCATGTTGCCACCGGATTTGGAAACCATCTCGCTAGG
CCAATTCTTCGTGATGAGTGGCATGCGGATCTAAGCTTTGAAGATGGTGTCAAGCTCCTT
GGGAAATGCATGCGTGTGCTTCTCTACCGTGACAGATCTGCTATTAACAAGCTTCAGATA
GCGAAGATCACAGAAGAAGGTGTGACGGTTTCTCAGCCATACTCATTGAAGACATTCTGG
GAATTCAAGGCGTTCAACAATCCGACTGCTGGTGCTGAAGGCTCCTGGTAAAGAAGCCTA
ATCAACCACATGCTGCCTGGAGATCTTTCAAGAAGGCTTTCTTTTTATGTTATTTCGTGT
GATGTTAACTTACTTTGTACTCTAGTGGATTTCCTAGCAACAGCTGTTGTTATTTCATGA
AATTTCGGGGTTGGATCGATAGCAATTTATGGATATTTCTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AU67TF U 1
AF RR3AU67JQ C 440
BS 1 814 RR3AU67TF
BS 815 1002 RR3AU67JQ

RD RR3AU67TF 814 0 0
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CGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATAAGAAAAAAGATGACTTTTACCATTCCGATCGAGAAC
GGAGATTCCGTGAAGAACGCAGAAGCTGATTCACAAATAACACTGTACCCATATGTTACT
GGGACTTCGATCGTCGCAATCAAGTACAAAGATGGGGTTTTAATGGCTTCCGACATGGGA
GGTTCATATGGATCCACCTTAAGATACAAGAACATTGAGAGAATGAAGGCTATTGGTAAG
CATTCTCTTCTCGGTGCCAGTGGAGAAATCAGTGACTTTCAGGAGATTCTCCGTTATCTT
GATGAGCTCGTGTTGAATGATAGCATGTGGGACGATGGTAACTCTTTGGGACCAAAAGAG
GTGCACAACTATCTGACCCGAGTTATGTACAACCGTCGCAACAAGTTTAACCCTCTCTGG
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ATTGGTGTTAGTTTCGAGGACAATCATGTTGCCACCGGATTTGGAAACCATCTCGCTAGG
CCAATTCTTCGTGATGAGTGGCATGCGGATCTAAGCTTTGAAGATGGTGTCAAGCTCCTT
GGGAAATGCATGCGTGTGCTTCTCTACCGTGACAGATCTGCTATTAACAAGCTTCAGATA
GCGAAGATCACAGAAGAAGGTGTGACGGTTTCTCAGCCATACTCATTGAAGACATTCTGG
GAATTCAAGGCGTTCAACAATCCGACTGCTGGTG

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR3AU67JQ 563 0 0
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ACAATCATGTTGCCACCGGATTTGGAAACCATCTCGCTAGGCCAATTTTTCGTGATGAGT
GGCATGCGGATTTAAGCTTTGAAGATGGTGTCAAGCTCCTTGGGAAATGCATGCGTGTGC
TTCTCTACCGTGACAGATCTGCTATTAACAAGCTTCAGATAGCGAAGATCACAGAAGAAG
GTGTGACGGTTTTTCAGCCATACTCATTGAAGACATTCTGGGAATTCAAGGCGTTCAACA
ATCCGACTGCTGGTGCTGAAGGCTCCTGGTAAAGAAGCCTAATCAACCACATGCTGCCTG
GAGATCTTTCAAGAAGGCTTTCTTTTTATGTTATTTCGTGTGATGTTAACTTACTTTGTA
CTCTAGTGGATTTCCTAGCAACAGCTGTTGTTATTTCATGAAATTTCGGGGTTGGATCGA
TAGCAATTTATGGATATTTCTGG

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 2

CO CL6225Contig1 358 2 1 U
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ATTCCCTCATTAATCACAAACCTCTTCTTCCCGTGCCCAGAACCTCAGTTTCATCTTTGT
CTCAATCCAAAAAAAAGAGTCAATTCGAATTCTCATCTTTCTTCTGTGTTTGAATTTGAT
TACCCCATCAATCAAAAACATCTTCTCTCCCGTGCCCAAGAGCTCAACAAATCTCTCCGA
ATTTGATCTAAATCACAAGTTTTATTACTCTCTCTATATGATCTTTTCATGTCTTCTTGT
CTTTTGTCTCGACAGCTCTTGTCTCGATAGCTAATGATTGAAGATTTTACTTTCTCGG


BQ
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AF RR3HB17JQ C 1
AF RR3HB17TF U 1
BS 1 358 RR3HB17TF

RD RR3HB17JQ 358 0 0
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ATTCCCTCATTAATCACAAACCTCTTCTTCCCGTGCCCAGAACCTCAGTTTCATCTTTGT
CTCAATCCAAAAAAAAGAGTCAATTCGAATTCTCATCTTTCTTCTGTGTTTGAATTTGAT
TACCCCATCAATCAAAAACATCTTCTCTCCCGTGCCCAAGAGCTCAACAAATCTCTCCGA
ATTTGATCTAAATCACAAGTTTTATTACTCTCTCTATATGATCTTTTCATGTCTTCTTGT
CTTTTGTCTCGACAGCTCTTGTCTCGATAGCTAATGATTGAAGATTTTACTTTCTCGG

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR3HB17TF 358 0 0
GGACATCTTCTCACAAAAAGAAAATTTCAAAAATTTCTCCAGATCATGGAATAAATTCCG
ATTCCCTCATTAATCACAAACCTCTTCTTCCCGTGCCCAGAACCTCAGTTTCATCTTTGT
CTCAATCCAAAAAAAAGAGTCAATTCGAATTCTCATCTTTCTTCTGTGTTTGAATTTGAT
TACCCCATCAATCAAAAACATCTTCTCTCCCGTGCCCAAGAGCTCAACAAATCTCTCCGA
ATTTGATCTAAATCACAAGTTTTATTACTCTCTCTATATGATCTTTTCATGTCTTCTTGT
CTTTTGTCTCGACAGCTCTTGTCTCGATAGCTAATGATTGAAGATTTTACTTTCTCGG

QA 1 358 1 358
DS 



AS 1 2

CO CL6226Contig1 1130 2 2 U
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TCTCTCTCTCTAGATCCATCAATGGCGTCCCTCGTCGAATCCGGTTGGCAGTACCTTGTG
ACACATTTTAGCGACTTTCAACTGGCCTGCATCGGGAGTTTTCTCCTCCATGAAAGCGTC
TTCTTCTTATCTGGCCTCCCTTTCATTTATCTAGAAAGGCAAGGCTTTCTCACCAAGTAC
AAGATTCAGGCAAAAAATAACACACCTGCAGCTCAAGAAAAATGTATAACTCGCTTGTTG
CTTTATCATTTCTGCGTAAACTTGCCTCTGATGATGGCCTCCTATCCTGTCTTCAGAGCC
ATGGGAATGCGAAGCAGTTTTCCTCTACCCTCCTGGAAAGAAGTGTCTGCCCAGATATTA
TTCTACTTCATCATTGAGGATTTTGTTTTCTATTGGGGTCATCGGATCTTGCATACAAAA
TGGCTGTACAAGACCGTGCACAGTGTTCATCATGAATATGCCACACCATTTGGTTTGACA
TCGGAATATGCTCACCCCGCTGAGATTCTGTTCCTGGGATTTGCTACCATAGTCAGGCCA
GCTCTCACCGGCCCCCACCTAATTACTCTCTGGTTATGGATGGTGCCGAGAGTGCTTGAG
ACAGTTGAGGCACATTGTGGTTATCATTTCCCTTGGAGCCTCTCAAATTTTCTTCCTCTA
TATGGAGGTTCTGACTTCCATGACTACCATCACCGCCTCCTCTACACAAAATCTGGAAAT
TACTCCTCAACTTTTGTGTACATGGACTGGATCTTTGGTACCGATAAGGGCTACAGAAGA
CTGAAGTCTCTTAAAGAAAACAGTGACTTGAAACAAACTTGAACTCACCGGTTTGATGGT
TTGCGGAGAACAAAATGTCGTTGGAATTGTGGATTTGCGAGTGTCCGTTTGCATCTCTGT
GGAGGTCTTATTCTTCAACCTTGTTTTCTTTTCCATTTTTAGTTTGTTATGTGTCTAGAA
CTGCTACAAATACATTTGGTACCTCAACTCTCGGAGTAGCTAAAATTAACATGCGTTTGG
GTTGGGCTTTTGAAGCATTTGATATGGGTCATCTATTTAATTTGTTGCTC


BQ
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AF RR3AR81TF U 1
AF RR3AR81JQ C 365
BS 1 723 RR3AR81TF
BS 724 1130 RR3AR81JQ

RD RR3AR81TF 723 0 0
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TCTCTCTCTCTAGATCCATCAATGGCGTCCCTCGTCGAATCCGGTTGGCAGTACCTTGTG
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AAGATTCAGGCAAAAAATAACACACCTGCAGCTCAAGAAAAATGTATAACTCGCTTGTTG
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TTCTACTTCATCATTGAGGATTTTGTTTTCTATTGGGGTCATCGGATCTTGCATACAAAA
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ACAGTTGAGGCACATTGTGGTTATCATTTCCCTTGGAGCCTCTCAAATTTTCTTCCTCTA
TAT

QA 1 723 1 723
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RD RR3AR81JQ 766 0 0
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AATATGCTCACCCCGCTGAGATTCTGTTCCTGGGATTTGCTACCATAGTCAGGCCAGCTC
TCACCGGCCCCCACCTAATTACTCTCTGGTTATGGATGGTGCCGAGAGTGCTTGAGACAG
TTGAGGCACATTGTGGTTATCATTTCCCTTGGAGCCTCTCAAATTTTCTTCCTCTATATG
GAGGTTCTGACTTCCATGACTACCATCACCGCCTCCTCTACACAAAATCTGGAAATTACT
CCTCAACTTTTGTGTACATGGACTGGATCTTTGGTACCGATAAGGGCTACAGAAGACTGA
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TACAAATACATTTGGTACCTCAACTCTCGGAGTAGCTAAAATTAACATGCGTTTGGGTTG
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QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

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AAAGAGAAACCAGCGTCTGTGATCTCGGCTTTCAACAGTCAGTTACCGGGTACTCAATCT
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BQ
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AF RR3G864TF U 252
AF RR3G864JQ C 1
BS 1 251 RR3G864JQ
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QA 1 368 1 368
DS 

RD RR3G864JQ 752 0 0
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GGATCGGTAAACCAGCCGTCGTCAACAACACTGCCGGATCCGCCGTCACGGGAGCTAATG
TCGAGAAGATCGCAGGGCTTAACACGCTCGGAGTCTCCCTCGCGCGCATCGACTACGCTC
CGGGAGGTTTAAACCCGCCGCACACACACCCTCGCGCC*ACAGAAGTCATCTTCGTGTTG
GAAGGCGAGCTTGACGTCGGATTCATCACGACGGCCAACAAGCTATTCGCTAAGACGGTG
AAGAAAGGAGAAGTGTTCGTCTTCCCGAGAGGACTGATTCATTACCAGAAGAACAACGAC
AAAGAGAAACCAGCGTCTGTGATCTCGGCTTTCAACAGTCAGTTACCGGGTACTCAATCT
ATGGCCGCCACGCTTTTCACGGCGACTCCGGCGATTCCAGATCACGTTTTAACGACAACG
TTTCAGATCGGGACGAAAGAAATCGAGAAGATCAAATCTAAATTTGCTCCGAAGAAAGGC
TAAAAATCGAGCATCTTATTATAAATTGCATTGTTATATATTTTTCATTATTTGATATTT
TTGAATAAAGTAAAAAAAAAAGTTTATTGACC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL6228Contig1 483 2 3 U
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TGTCGTAAAAAAACAAAACTAATGGGTATTTGATCTAATGTGATCGTCAAAAACTTTTTC
TTCTTTCATTTTTTCAGTATAATGGAAATTAACAAAAAAAAAAATAATAATCTTAATCTT
GTGTGAAAATGCGTTCGTAAAACAAGATGTACGCTTCTGAATGCATAACCTTGTCCAACG
AAACCTGACGGACATGTGCATCGCTTACGTTATACCACACACTCTCTTTTCCTTTCTGAC
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GGC


BQ
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10 10 10 

AF RR3CX18JQ U 49
AF RR3CX18TF C 1
BS 1 48 RR3CX18TF
BS 49 423 RR3CX18JQ
BS 424 483 RR3CX18TF

RD RR3CX18JQ 375 0 0
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AAAAACTTTTTCTTCTTTCATTTTTTCAGTATAATGGAAATTAACAAAAAAAAAAATAAT
AATCTTAATCTTGTGTGAAAATGCGTTCGTAAAACAAGATGTACGCTTCTGAATGCATAA
CCTTGTCCAACGAAACCTGACGGACATGTGCATCGCTTACGTTATACCACACACTCTCTT
TTCCTTTCTGACCTCCTCCTCTAACATAGGCCACATAGTGACCTCCTCTCATCGTCCCTG
AATGCTCCACAAGTCCAGCCAATCTATAAACTGGCGGCGCTTCTCCGCTGCACCTTGAGT
CCATATACTGTCCAA

QA 1 375 1 375
DS 

RD RR3CX18TF 483 0 0
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TGTCGTAAAAAAACAAAACTAATGGGTATTTGATCTAATGTGATCGTCAAAAACTTTTTC
TTCTTTCATTTTTTCAGTATAATGGAAATTAACAAAAGAAAAAATAATAATCTTAGTCTT
GTGTGAAGATGCGTTCGTAGAACAAGATGTACGCTTCTGAATGCATAACCTTGTCCAACG
AAACCTGACGGACATGTGCATCGCTTACGTTATACCACACACTCTCTTTTCCTTTCTGAC
CTCCTCCTCTAACATAGGCCACATAGTGACCTCCTCTCATCGTCCCTGAATGCTCCACAA
GTCCAGCCAATCTATAAACTGGCGGCGCTTCTCCGCTGCACCTTGAGTCCATATACTGTC
CAAGATCGATCACTTCTTTGAAAGCAACATGACCATTTAACTTACTTAGCCTACCACGCA
GGC

QA 1 483 1 483
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTTCGAACCCAAGGCTCTCTTTTGGAGCTTTTAATTAGTCGAAAGTAAAAAAGGTATGAC
GTCGAAGAAAAGCAACAACGATGACTTGTATGCTGTTCTTGGTCTGAACAAGGAATGTAC
CACCACCGAACTACGTACTGCTTATAAGAAGCTTGCTCTTAGATGGCATCCAGATCGTTG
TTCATCGATGGGGAACTTGGAGTTTGTAGACCAAGCAAAGAAGAAATTTCGGGCTATCCA
AGAAGCCTACTCTGTTCTGTCTGACTCCAACAAGAGTTTCCTCTATGATGTTGGAGCTTA
TAATAGTGATGATGATGAAGCTGACCAAAACGGAACGGGTGATTTCTTGAGCGAGATGGC
TGCCATGATGAATCAATCCAAGCCTAGTGAGAATAATAATTCAGGGGACAGTTTCGAACA
GCTACAGGATCTGTTCAACGAGATGTTTCAAGGAGACCCTACAGCATTCTCATCATCATC
GTCATCTTCAACTTTCACTTCCTCTTGTAGCTTTGTCTTTGACACGAATGGTCAGCAGTC
ACCGTTTGGGAGAAGCAATCCTTTCGGATTTGACTCAAGATCTCACACTTTCTCTCTAGG
GGTGGAACATCAGCAGGATTTCAAGAAAGGGAAGAACAATGGTGGTGGAAGAAGAAACAG
ACGGAAGACTCAATCTTCTAACAACTATGGAGTCTCCTCCACTTCATAGCCCTTTTTTTC
AGACCGTATTTTTTTATTTGTCGACTTAGTCACACACACAAGAGGACTACTAGTTCTGGT
CTTCTTCTTAACGGCGATGCCCATCACAAAATACTCAAAAGCATTGTCGTTTGTAAACTA
CACATTTTCTCGAAGCTTCTTTTTCCTCTCTCTAATTGTTGTCTCCTAAGCAAAGAGTTG
TTAAGATCATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EM26TF U 1
AF RR3EM26JQ C 311
BS 1 672 RR3EM26TF
BS 673 971 RR3EM26JQ

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GGTGGAACATCA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3EM26JQ 661 0 0
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AGAAGCAATCCTTTCGGATTTGACTCAAGATCTCACACTTTCTCTCTAGGGGTGGAACAT
CAGCAGGATTTCAAGAAAGGGAAGAACAATGGTGGTGGAAGAAGAAACAGACGGAAGACT
CAATCTTCTAACAACTATGGAGTCTCCTCCACTTCATAGCCCTTTTTTTCAGACCGTATT
TTTTTATTTGTCGACTTAGTCACACACACAAGAGGACTACTAGTTCTGGTCTTCTTCTTA
ACGGCGATGCCCATCACAAAATACTCAAAAGCATTGTCGTTTGTAAACTACACATTTTCT
CGAAGCTTCTTTTTCCTCTCTCTAATTGTTGTCTCCTAAGCAAAGAGTTGTTAAGATCAT
T

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

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TTCTTGGTACGAACGCTTTGTGGCTCAAGAACTCATCTCCCAAAGCTCATCAGAGCAACA
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CTCGACCCTAAACGACACAAAGGCCAAGCTGGGAAGATAGCTGTGATTGGAGGTTGCCGT
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ATTGTTCACCCTCTTCTTGAGGAATCTTACACCATCAGTCAGTTCAGTGAGGAAGAGAAG
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CTTGTCATTGGTCCTGGTCTCGGAAGGGATCCATTCCTCCTCGAATGTGTGAGTAAGATC
ATGCTTCTCGCCAAGAAGTCCAATGTACCTTTTGTTGTTGATGGGGATGGGCTGTTTCTT
GTAACAAATTCAATTGATCTTGTCAAGAGCTATCCGCTTGCTGTCTTGACTCCAAATGTG
AACGAGTATAAGCGCCTGGTTCAGAAAGTGCTCAACTGTGAAGTGGATGAAGAGAATGCT
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AGGCGATGTGGTGGACAAGGTGATATTCTCTCTGGGGGTGTTGCAGTGTTTCTTTCATGG
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ATAGCTGCATCTGGCCTGTTGAGAAAGGCTGCAGCTCTGGCTTTTACAAAACATAAGAGA
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GCATCTTAATCTGCAGAACTGGTCTTGCCTTCTACTACATCTTCTTGTCTGTGAAAAAAC
TTAAAAAGCTGTTCCTTTTTCTGTTCTTTTGTGTGTGTTTTTTTCCATCCGTACTGTTGT
TCTTCTTAATAATAAAAACATGAATGTTGTGATTACCAAAT


BQ
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AF RR3AD63TF U 1
AF RR3AD63JQ C 408
BS 1 769 RR3AD63TF
BS 770 1241 RR3AD63JQ

RD RR3AD63TF 769 0 0
GGGATAATATTATAAATGTTGGTGAAGCATTCTTCTTCAACTGTGCTGAGAGGGCAACAG
TTCTTGGTACGAACGCTTTGTGGCTCAAGAACTCATCTCCCAAAGCTCATCAGAGCAACA
ATGGGTTCCAAATCGGAGGCCGCCGATGCTGAGAGTGTTCTTAGAACCGTCACACCACCG
CTCGACCCTAAACGACACAAAGGCCAAGCTGGGAAGATAGCTGTGATTGGAGGTTGCCGT
GAATACACTGGAGCTCCTTACTTTGCCGCCATTTCAGCTCTCAAAATCGGTGCTGATTTG
TCTCATGTGTTCTGCACGAAAGACGCAGCTCCTGTTATTAAGAGCTATAGTCCTGAGCTC
ATTGTTCACCCTCTTCTTGAGGAATCTTACACCATCAGTCAGTTCAGTGAGGAAGAGAAG
AGAAAAGTGGAGGACAAAGTGATAGGAGAAGTGGATAAATGGATGGAAAGATTTGATTGC
CTTGTCATTGGTCCTGGTCTCGGAAGGGATCCATTCCTCCTCGAATGTGTGAGTAAGATC
ATGCTTCTCGCCAAGAAGTCCAATGTACCTTTTGTTGTTGATGGGGATGGGCTGTTTCTT
GTAACAAATTCAATTGATCTTGTCAAGAGCTATCCGCTTGCTGTCTTGACTCCAAATGTG
AACGAGTATAAGCGCCTGGTTCAGAAAGTGCTCAACTGTGAAGTGGATGAAGAGAATGCT
GGAGATCAGCTACGTTGTTTGGCTAAACAGATTGGTGGTGTAACGATTC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3AD63JQ 834 0 0
TGAGGAAGAGAAGAGAAAAGTGGAGGACAAAGTGATAGGAGAAGTGGATAAATGGATGGA
AAGATTTGATTGCCTTGTCATTGGTCCTGGTCTCGGAAGGGATCCATTCCTCCTCGAATG
TGTGAGTAAGATCATGCTTCTCGCCAAGAAGTCCAATGTACCTTTTGTTGTTGATGGGGA
TGGGCTGTTTCTTGTAACAAATTCAATTGATCTTGTCAAGAGCTATCCGCTTGCTGTCTT
GACTCCAAATGTGAACGAGTATAAGCGCCTGGTTCAGAAAGTGCTCAACTGTGAAGTGGA
TGAAGAGAATGCTGGAGATCAGCTACGTTGTTTGGCTAAACAGATTGGTGGTGTAACGAT
TCTGAGGAAAGGAAAAACTGATCTTATAAGCAATGGGGAGATAGTAAAATCAGTAAGCAT
ATATGGTTCACCAAGGCGATGTGGTGGACAAGGTGATATTCTCTCTGGGGGTGTTGCAGT
GTTTCTTTCATGGGCGCAACAGCTTAAGTCAGATCCTGAAAGTCACTCTGAAAGTCCAGC
CATCTTGGGGTGCATAGCTGCATCTGGCCTGTTGAGAAAGGCTGCAGCTCTGGCTTTTAC
AAAACATAAGAGATCAACTCTCACAAGCGACATCATCGAATGTTTAGGGGAGAGCTTGGA
GGATATCTGCCCTGCATCTTAATCTGCAGAACTGGTCTTGCCTTCTACTACATCTTCTTG
TCTGTGAAAAAACTTAAAAAGCTGTTCCTTTTTCTGTTCTTTTGTGTGTGTTTTTTTCCA
TCCGTACTGTTGTTCTTCTTAATAATAAAAACATGAATGTTGTGATTACCAAAT

QA 1 834 1 834
DS 



AS 1 2

CO CL6232Contig1 1089 2 2 U
GGGATCCACATTAGTGGCTTAGCTTATCTTGTTTTGTCTTATTACTAGCTTTCGCGAATC
TGCGCGTGGAGAGTGAGTGGTCGATCATGGAATCTCCGTTCAAGCCTGATGTGCTCAAAG
GCAAGGTTGCTCTCATCACCGGAGGCGGATCCGGCATCGGTTTCGAGATCTCCTCTCAGT
TCGGCAAACACGGTGCTTCCATCGCCATCATGGGACGCCGCAAGCAAGTCCTCGACGCCG
CCGTCTCTGATCTCCGATCTCTCGGGATTTCGGCTATTGGATTTGAAGGCGATGTTCGTA
AACCAGAGGATGCGAAGAGAGTCGTGGAATCTACTTTTCAGCGTTTCGGTAGGGTTGATA
TTCTCGTTAACGCCGCCGCCGGAAATTTCCTCTCGGCGGCTGAGGATTTGTCTACCAATG
GTTTCCGAACAGTTTTAGATATTGATGCGGTAGGAACATTCAACATGTGCCATGAAGCAC
TTAAGTACCTTAAGAAAGGAGGGCCTGGTAGAGACTCATCAAGCAGCGGTGGTTCGATTC
TCAACATTAGTGCTACTTTGCACTACACTGCTTCTTGGTACCAGATACATGTTTCTGCTG
CCAAAGCAGCAGTTGATGCTACGACAAGGAACTTGGCATTGGAGTGGGGAACTGACTACG
AGATTAGAGTCAACGGGATTGCACCAGGCCCGATCGGAGGCACACCTGGGATGAGTAAGC
TTGTACCTGACGAGATTGAAAACAAAACCCGAGAGTACATGCCTCTGTATAAACTTGGGG
AGAAGTGGGATATCGCTATGGCTGCAATCTACCTCAGCTGTGATACTGGGAAATATGTGA
ATGGACTAACAATGGTGGTTGATGGAGGATTGTTTCTTAGTAAGCCTCGCCATTTGGCAA
AAGAAGCTGTGAAGGAACTATCACGTGTTGTGGAGAAGAGGTCTAGGGCCAAGCCTGTTG
GTCTGCCGACCAGTAAACTTTGAAGAGCATTTTGAGTTTCTCATCTCAAACATTAAGTGT
GTGTTGTTGGGTTATTTGATTGTTTTACATTGAAGACAATAAATGGTGGTACTAAGATTC
CACCTTCAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DA52TF U 1
AF RR3DA52JQ C 279
BS 1 625 RR3DA52TF
BS 626 1089 RR3DA52JQ

RD RR3DA52TF 625 0 0
GGGATCCACATTAGTGGCTTAGCTTATCTTGTTTTGTCTTATTACTAGCTTTCGCGAATC
TGCGCGTGGAGAGTGAGTGGTCGATCATGGAATCTCCGTTCAAGCCTGATGTGCTCAAAG
GCAAGGTTGCTCTCATCACCGGAGGCGGATCCGGCATCGGTTTCGAGATCTCCTCTCAGT
TCGGCAAACACGGTGCTTCCATCGCCATCATGGGACGCCGCAAGCAAGTCCTCGACGCCG
CCGTCTCTGATCTCCGATCTCTCGGGATTTCGGCTATTGGATTTGAAGGCGATGTTCGTA
AACCAGAGGATGCGAAGAGAGTCGTGGAATCTACTTTTCAGCGTTTCGGTAGGGTTGATA
TTCTCGTTAACGCCGCCGCCGGAAATTTCCTCTCGGCGGCTGAGGATTTGTCTACCAATG
GTTTCCGAACAGTTTTAGATATTGATGCGGTAGGAACATTCAACATGTGCCATGAAGCAC
TTAAGTACCTTAAGAAAGGAGGGCCTGGTAGAGACTCATCAAGCAGCGGTGGTTCGATTC
TCAACATTAGTGCTACTTTGCACTACACTGCTTCTTGGTACCAGATACATGTTTCTGCTG
CCAAAGCAGCAGTTGATGCTACGAC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3DA52JQ 811 0 0
GGATTTGAAGGCGATGTTCGTAAACCAGAGGATGCGAAGAGAGTCGTGGAATCTACTTTT
CAGCGTTTCGGTAGGGTTGATATTCTCGTTAACGCCGCCGCCGGAAATTTCCTCTCGGCG
GCTGAGGATTTGTCTACCAATGGTTTCCGAACAGTTTTAGATATTGATGCGGTAGGAACA
TTCAACATGTGCCATGAAGCACTTAAGTACCTTAAGAAAGGAGGGCCTGGTAGAGACTCA
TCAAGCAGCGGTGGTTCGATTCTCAACATTAGTGCTACTTTGCACTACACTGCTTCTTGG
TACCAGATACATGTTTCTGCTGCCAAGGCAGCAGTTGATGCTACGACAAGGAACTTGGCA
TTGGAGTGGGGAACTGACTACGAGATTAGAGTCAACGGGATTGCACCAGGCCCGATCGGA
GGCACACCTGGGATGAGTAAGCTTGTACCTGACGAGATTGAAAACAAAACCCGAGAGTAC
ATGCCTCTGTATAAACTTGGGGAGAAGTGGGATATCGCTATGGCTGCAATCTACCTCAGC
TGTGATACTGGGAAATATGTGAATGGACTAACAATGGTGGTTGATGGAGGATTGTTTCTT
AGTAAGCCTCGCCATTTGGCAAAAGAAGCTGTGAAGGAACTATCACGTGTTGTGGAGAAG
AGGTCTAGGGCCAAGCCTGTTGGTCTGCCGACCAGTAAACTTTGAAGAGCATTTTGAGTT
TCTCATCTCAAACATTAAGTGTGTGTTGTTGGGTTATTTGATTGTTTTACATTGAAGACA
ATAAATGGTGGTACTAAGATTCCACCTTCAT

QA 1 811 1 811
DS 



AS 1 2

CO CL6233Contig1 935 2 4 U
GGATCATCATTACAACCATCGAAACGGTATCGTAGTTAGTCTCTGCAACCGTTTCGTTTC
ATCAAGAGAGAATCGGTGAGAGATAAAGAGACGATGCAGAGATTCGCGGCGAAAAGAAGG
TTCCAAAACATTCCCATTTCCCTCTGGCGACGACGACAACGATGCATGATCTCGTCGACG
TCTCAAACAGCAACAACGGCTGCTTCCGACGAATTTACGGCCAGGCTTCCGCCGTTTGAG
TACATTCCGCCATCGTATACAGGTCCATCAGCCGATGTCATCCTTACCAAAAGGAAAGAG
TTTCTCAGCTCTTCCATGTCTTGTCTCTACAAAAAACCGTTGAACATAGTGGATGGGAAA
ATGCGTCCTTGGTTGGAACTTATCTCAAAGGAAAACTTAACCAGCTGAAAGAGAAACACG
AAATTATTGGGGATGTACGGGGAAGAGGACCGATGCTTGGAGTAGAACTGGTGAGTGATC
GCAAGCTTAAGACTCCTGCAACTGCTGAGATTCTACACATCATGGATCAAATGAAAGAGT
TGGGTGTCTTGGTTGGAAAAGGAGGCTACTATGGAAACGTCTTTAGAATAACACCACCTC
TCTGCTTCACTAAGGACGACGCAGATTATCTCGTCGAAGCCATGGACTACTCAATGTCCA
AGATGTGAAGAAGAGAAACAGACACACAATATTAGCTTACTTGTAATTTTGCTTTGAACT
ACCAAAATGATTGATGAACCAACATCTCGTTGATTCTCAATCAATATATTTTTCTTAATG
TAAAACCTTTTCTATCTTACGCTGCAAAAATGAAGACATTGATACAAACATATCAGGTCG
TTGTCGGACCTGCTCATACCCCCAGAAATATTATCATCAAGTAGATTCATCCTGGACTTC
CATTAACATCCTTACTCATGTTCTGTTCCACTATC


BQ
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AF RR3H542TF U 1
AF RR3H542JQ C 75
BS 1 653 RR3H542TF
BS 654 654 RR3H542JQ
BS 655 713 RR3H542TF
BS 714 935 RR3H542JQ

RD RR3H542TF 713 0 0
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TTCCAAAACATTCCCATTTCCCTCTGGCGACGACGACAACGATGCATGATCTCGTCGACG
TCTCAAACAGCAACAACGGCTGCTTCCGACGAATTTACGGCCAGGCTTCCGCCGTTTGAG
TACATTCCGCCATCGTATACAGGTCCATCAGCCGATGTCATCCTTACCAAAAGGAAAGAG
TTTCTCAGCTCTTCCATGTCTTGTCTCTACAAAAAACCGTTGAACATAGTGGATGGGAAA
ATGCGTCCTTGGTTGGAACTTATCTCAAAGGAAAACTTAACCAGCTGAAAGAGAAACACG
AAATTATTGGGGATGTACGGGGAAGAGGACCGATGCTTGGAGTAGAACTGGTGAGTGATC
GCAAGCTTAAGACTCCTGCAACTGCTGAGATTCTACACATCATGGATCAAATGAAAGAGT
TGGGTGTCTTGGTTGGAAAAGGAGGCTACTATGGAAACGTCTTTAGAATAACACCACCTC
TCTGCTTCACTAAGGACGACGCAGATTATCTCGTCGAAGCCATGGACTACTCA*TGTCCA
AGATGTGAAGAAGAGAAACAGACACACAATATTAGCTTACTTGTAATTTTGCT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3H542JQ 861 0 0
TCGTGAGAGA
AAAGAGACGATGCAGAGAT*CGCGGCGAAAAGAAGGTTCCAAAACATTCCCATT*CCCTC
TGGCGACGACGACAACGATGCATGATCTCGTCGACGTCTCAAACAGCAACAACGGCTGCT
TCCGACGAATTTACGGCCAGGCTTCCGCCGTTTGAGTACATTCCGCCATCGTATACAGGT
CCATCAGCCGATGTCATCCTTACCAAAAGGAAAGAGTTTCTCAGCTCTTCCATGTCTTGT
CTCTACAAAAAACCGTTGAACATAGTGGATGGGAAAATGCGTCCTTGGTTGGAACTTATC
TCAAAGGAAAACTTAACCAGCTGAAAGAGAAACACGAAATTATTGGGGATGTACGGGGAA
GAGGACCGATGCTTGGAGTAGAACTGGTGAGTGATCGCAAGCTTAAGACTCCTGCAACTG
CTGAGATTCTACACATCATGGATCAAATGAAAGAGTTGGGTGTCTTGGTTGGAAAAGGAG
GCTACTATGGAAACGTCTTTAGAATAACACCACCTCTCTGCTTCACTAAGGACGACGCAG
ATTATCTCGTCGAAGCCATGGACTACTCAATGTCCAAGATGTGAAGAAGAGAAACAGACA
CACAATATTAGCTTACTTGTAATTTTGCTTTGAACTACCAAAATGATTGATGAACCAACA
TCTCGTTGATTCTCAATCAATATATTTTTCTTAATGTAAAACCTTTTCTATCTTACGCTG
CAAAAATGAAGACATTGATACAAACATATCAGGTCGTTGTCGGACCTGCTCATACCCCCA
GAAATATTATCATCAAGTAGATTCATCCTGGACTTCCATTAACATCCTTACTCATGTTCT
GTTCCACTATC

QA 11 861 11 861
DS 



AS 1 2

CO CL6234Contig1 475 2 1 U
GGGCTTATTGTTGTCGTTGCCTGCTATCTTCCGCCGTCTCTTGAGATTCTTTCGAAGATG
GTTCTTCAAAACGATATCGATCTGCTCAACCCACCAGCTGAGCTTGAGAAGAGGAAGCAC
AAGCTCAAGCGTCTTGTTCAGTCCCCCAACTCATTTTTCATGGATGTGAAATGCCAAGGC
TGCTTCAACATCACTACTGTGTTCAGTCACTCTCAGACCGTTGTTGTATGCGGAAACTGT
CAGACAGTTCTGTGCCAGCCTACAGGAGGAAAAGCTAGGCTCACAGAAGGATGCTCTTTC
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TTGTTTTTTTTTTTTTTGATGTTGTGTATCTTGCATGCCTGTTCTGAAAAGCAACTCGTT
GGAGTTTAGCGGAAGAGACCTTTGTTGATTTTGGATTTTAAGCTTGGTTATTACC


BQ
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AF RR3EP03TF U 1
AF RR3EP03JQ C 102
BS 1 475 RR3EP03TF

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GTTCTTCAAAACGATATCGATCTGCTCAACCCACCAGCTGAGCTTGAGAAGAGGAAGCAC
AAGCTCAAGCGTCTTGTTCAGTCCCCCAACTCATTTTTCATGGATGTGAAATGCCAAGGC
TGCTTCAACATCACTACTGTGTTCAGTCACTCTCAGACCGTTGTTGTATGCGGAAACTGT
CAGACAGTTCTGTGCCAGCCTACAGGAGGAAAAGCTAGGCTCACAGAAGGATGCTCTTTC
AGGAAGAAGTGAGATTGATTTGAAGCTTGAATCAATCAAGACCAGCTTCTTTCTTTCTTT
TTGTTTTTTTTTTTTTTGATGTTGTGTATCTTGCATGCCTGTTCTGAAAAGCAACTCGTT
GGAGTTTAGCGGAAGAGACCTTTGTTGATTTTGGATTTTAAGCTTGGTTATTACC

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR3EP03JQ 374 0 0
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GGATGTGAAATGCCAAGGCTGCTTCAACATCACTACTGTGTTCAGTCACTCTCAGACCGT
TGTTGTATGCGGAAACTGTCAGACAGTTTTGTGCCAGCCTACAGGAGGAAAAGCTAGGCT
CACAGAAGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGATTGATTTGAAGCTTGAATCAATCAAGA
CCAGCTTCTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTGATGTTGTGTATCTTGCATGCCTG
TTCTGAAAAGCAACTCGTTGGAGTTTAGCGGAAGAGACCTTTGTTGATTTTGGATTTTAA
GCTTGGTTATTACC

QA 1 374 1 374
DS 



AS 1 2

CO CL6235Contig1 618 2 1 U
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ACGTCGATAGGTTACGGTGTTCCTTACAAGTTTCTCGATGGGATGGCGAGGCCTAGTGTT
AGTGACGATGGTGAGCTTATCGATGGTGGGTTCGACATGAGCACTGGTGGTATTTGTGGA
TACTTGCACGATGTGCTCTACATCACTTGCTTTGTCCAGTTAGCATCTATCATCTCTGGA
AAGTTTTGGTACACCTATCTAGTGATTCCTGCATTTGGAGCGTACAAAGCTTCTGGGTTT
ATTAAAGGATTCATGTCACAAGGTTCAGAGGGAGGTGTAGAGGATGAGAAAACTCGCAAA
AAGAGGGAGAAGATGGGGAGAAAAGCTTCGAGAGGGCAAGCCGTCAGGACAAGATCACGA
TGAATGTGTTTATCATCATCTTTAGCAGCAACTTAACTTGGGAAAATCTGTCCTCAAAAC
ATACAAAATGCAAATCAACGGGCAACAACACTCACTCTTGGCTTTGAAAAATCATTTTGT
TGTACCGATGTAGCTGTCTTTTTTACACTGTTTGAATTGAATGGATGTTGTTGATGTTAA
GATTGAAGGTTTTTAGTT


BQ
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AF RR3AN44JQ C 1
AF RR3AN44TF U 1
BS 1 618 RR3AN44TF

RD RR3AN44JQ 618 0 0
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QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3AN44TF 618 0 0
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AGTGACGATGGTGAGCTTATCGATGGTGGGTTCGACATGAGCACTGGTGGTATTTGTGGA
TACTTGCACGATGTGCTCTACATCACTTGCTTTGTCCAGTTAGCATCTATCATCTCTGGA
AAGTTTTGGTACACCTATCTAGTGATTCCTGCATTTGGAGCGTACAAAGCTTCTGGGTTT
ATTAAAGGATTCATGTCACAAGGTTCAGAGGGAGGTGTAGAGGATGAGAAAACTCGCAAA
AAGAGGGAGAAGATGGGGAGAAAAGCTTCGAGAGGGCAAGCCGTCAGGACAAGATCACGA
TGAATGTGTTTATCATCATCTTTAGCAGCAACTTAACTTGGGAAAATCTGTCCTCAAAAC
ATACAAAATGCAAATCAACGGGCAACAACACTCACTCTTGGCTTTGAAAAATCATTTTGT
TGTACCGATGTAGCTGTCTTTTTTACACTGTTTGAATTGAATGGATGTTGTTGATGTTAA
GATTGAAGGTTTTTAGTT

QA 1 618 1 618
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TAACC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 

AF RR3D627JQ C 1
AF RR3D627TF U 1
BS 1 365 RR3D627TF

RD RR3D627JQ 365 0 0
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TAACC

QA 1 365 1 365
DS 

RD RR3D627TF 365 0 0
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TGCTCCCGTGCTTGCTACCGATAATCAATCCTCCACAGCCTCCGACTACAGGCTGTTGCC
AAACATTGAGAGATCAGGCGCCTTGTATGTGTTATTTCCTCACAAAGTCCTGGCTTCAGT
GGACTATGATATCTCCAAAGGGTCACAAACTTTTCGCAGATTGTAATATTCCCTTTCCTA
GTTGCTGAAACTGAACCCCCTCAATAATAAAATATATTTACAAATAAATTACTATTTGTA
TAACC

QA 1 365 1 365
DS 



AS 1 2

CO CL6238Contig1 1070 2 2 U
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CCAATGTCATACATTAGCTTCCACTTCTGGGCGTTACAAGGTCAATACCAGAATGATCTG
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AGCATGATAATCATCTACCGTATCATTTTCTTCATAATGATAAAGACCAACGAGGATGTA
ACTCCTTGGGTTAGAGGTTACGTAGCACGGAGAAGGATGAAGCAGAAGAATGGTACTCAG
AACACCACGGTTGCACCAGATGGTCTTACACAGTCTCCTTCTCTGAGAAACTATATTGCT
ACACGAACCAATGGTGGAGCTCGCAGATGGTAGAGTTATGAGTTCGTCAAAGTGTTTGAC
TACACGACTTCAAGAAAGTTTCACTTGGCGTGCAATACCAAATCACAATGTAACGTGAGA
GGAGACAAACTTCACACATTTCTCATGAATAAGAGAGATTAAAGCAACCG


BQ
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AF RR3GB60TF U 1
AF RR3GB60JQ C 361
BS 1 721 RR3GB60TF
BS 722 1070 RR3GB60JQ

RD RR3GB60TF 721 0 0
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TCATGTGCGTCTTTTGTCTTTGGCTTTGTAACGTTCATGTCAATTGGTGGATTTCCTTCG
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TCGTTTGTGATAGCCAACACACTAGCTGCAACGCCGTTTCTGATCATCATAACTTTCATC
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ATGCTGGTTTCTGGATTCTTCAGGCTACCAAATGACATCCCAAAACCTTTCTGGCGTTAC
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AGAGGCTTGATGTTTGACAGCCAAGGGAGTGCTTTCAAGATTCCAGTTGAATACGTTCTG
GAGAACGTCTTCCAGATCAACTTGCACCGATCAAAATGGATTAACCTCAGTGTGATTCTT
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3GB60JQ 710 0 0
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AGTATTGTTCCCAACTTCCTCATGGGTATCATCATTGGAGCTGGTATTCAGGGGATCTTC
ATGCTGGTTTCTGGATTCTTCAGGCTACCAAATGACATCCCAAAACCTTTCTGGCGTTAC
CCAATGTCATACATTAGCTTCCACTTCTGGGCGTTACAAGGTCAATACCAGAATGATCTG
AGAGGCTTGATGTTTGACAGCCAAGGGAGTGCTTTCAAGATTCCAGTTGAATACGTTCTG
GAGAACGTCTTCCAGATCAACTTGCACCGATCAAAATGGATTAACCTCAGTGTGATTCTT
AGCATGATAATCATCTACCGTATCATTTTCTTCATAATGATAAAGACCAACGAGGATGTA
ACTCCTTGGGTTAGAGGTTACGTAGCACGGAGAAGGATGAAGCAGAAGAATGGTACTCAG
AACACCACGGTTGCACCAGATGGTCTTACACAGTCTCCTTCTCTGAGAAACTATATTGCT
ACACGAACCAATGGTGGAGCTCGCAGATGGTAGAGTTATGAGTTCGTCAAAGTGTTTGAC
TACACGACTTCAAGAAAGTTTCACTTGGCGTGCAATACCAAATCACAATGTAACGTGAGA
GGAGACAAACTTCACACATTTCTCATGAATAAGAGAGATTAAAGCAACCG

QA 1 710 1 710
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6240Contig1 941 2 2 U
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ATATTGTAGCCTTTTGATTCCAAATGTCGAAGAAGACTTGAGAGCCCAGTTGCCTGTGAG
ATGGTTTCGGAGATTACCATCAAATTTGATGGTGCAGGATTGTCCAATGCCCATAAAAGG
ATGTCCACAAACATTGAATCAAGTTTCATAAAATGATCACCTGACACTATACCAACGAAA
AACACGTGTTTTTTACATACATAGACATTATCAAAGAGAAAGAAGCGATTTTGATAAAGA
AACTCACATCTCTTTTCTAAGGTGATGGTTCCGTGGAGCCATTGATATAAGCCACTTGTC
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TTCCAAAAGATGCATGTTTTGATATCTATGAAGCACACAGAACACATAACCAGATTACAA
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GTCCGATCTTGTACAAATGGGAAACTTTGTTAGGTATTGTAGTAGGCGTGGATAGAGCCA
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ACTCAATATATTAAGAACGCGGGCAAATTCAATGTTTCTTGAGATTTTTGAGATAACCAT
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GTCCCTAAGCATTTTCTTGAATCTCGCAGTTTCATCGCCTAAAACCACATAGATCTCTTA
GCTTGCATACATAAATATAAAATGAAATAAAGACGTTGCTC


BQ
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AF RR3DY93TF U 1
AF RR3DY93JQ C 160
BS 1 285 RR3DY93TF
BS 286 941 RR3DY93JQ

RD RR3DY93TF 285 0 0
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ATGTCCACAAACATTGAATCAAGTTTCATAAAATGATCACCTGACACTATACCAACGAAA
AACACGTGTTTTTTACATACATAGACATTATCAAAGAGAAAGAAG

QA 1 285 1 285
DS 

RD RR3DY93JQ 782 0 0
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C*TGACACTATACCAACGAAAAACACGTGTTTTTTACATACATAGACATTATCAAAGAGA
AAGAAGCGATTTTGATAAAGAAACTCACATCTCTTTTCTAAGGTGATGGTTCCGTGGAGC
CATTGATATAAGCCACTTGTCCCATGCCAATAAGCCTTGATTGACACTTCGCCATGATGA
CCTTGATTTTTAATAGCTAATTTGATGTTCTGATTTATCTCATCGAGACGAATATCATTG
GGGATTGCGCAGCCCGTAATGTTCCAAAAGATGCATGTTTTGATATCTATGAAGCACACA
GAACACATAACCAGATTACAATACGAAGTTTAGAAAAGTAAACAAAAGGGAGGGAGATAA
GATGTTACCGTGCAGGCTCTTGTCCGATCTTGTACAAATGGGAAACTTTGTTAGGTATTG
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GAGCACATTGTAATCTCTCGCACTCAATATATTAAGAACGCGGGCAAATTCAATGTTTCT
TGAGATTTTTGAGATAACCATCAAGCTGGGTACTGTTGTTCTCGGACGTTGGATAGGATT
TTGCAGCGTCCAGACAAGAATGTCCCTAAGCATTTTCTTGAATCTCGCAGTTTCATCGCC
TAAAACCACATAGATCTCTTAGCTTGCATACATAAATATAAAATGAAATAAAGACGTTGC
TC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL6241Contig1 1055 2 6 U
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CCTGAGCTCAAGACCAGTGATGTGTTTATTGGCATGGTTAAAACTGAGGCGGAAAGGTAC
ACTACATATGACGGATCTTGCAAAATGGAGAAGATATTGGAGTTTCTAGGCAAGAACAAG
TTTCCGTTGATTACAAAATTGAGTGAAAGCAATACTGCTTGGGTTTACTCTAGTCCTGTT
AAGCTTCAGGTTATGATCTTTGCCAAGGCTGATGACTTTCAGAATATGGCTCAGCCTCTT
GAAGATTTTGCAAGAAGATTTAAATCGAAGCTTATGTTTATACATATTGATATAACAAAT
GAGAACCTTGCGATGCCATTCTTGACCTTATTCGGAATAGAGGATGCCAACAAAACTGTT
GTTGCTGCTTTCGATAACAAACTCAACTCCAAGTATTTGCTCGAGTCAGATCCTTCACAA
AGCAATATAGAAGAGTTTTGTTCAGGACTTGCAGATGGAACCGTTCCACGCTACTACAGG
TCAGAGCCAGTTCCAGATAATGAAAATGCAAGCATAGTGACTGTGGGTGGGGAAGACTTT
TGATGAGTTGGTATTGAACAGTCAAGAAAATGTTATTCTTGAGGTACATACACCATGGTG
TGTGAACTGCGAGGCAATGAGCAAACAGGTCGTGAAGTTAGCTAAGCATTTCAAAGGCTT
TGAGAATCTTGTTTTTGCAAGAATTGATGCGTCTACAAATGAGCATGCTAAACTACAGGT
TGATGATTATCCGACGATCTTGCTCTACAAATCTGGTGAAAAAGAGAAGCCGTTAAAGCT
ATCAACTAAATTGAGCGCTAAAGACATGGTTGTTTCGATCAATGAAGAGTTGAAACCAAG
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GAGACAGAGAGAAAGATCACAATGTGATGACATTACATGTTTTTAATATATTGTCTGGAA
TTGGAAAACAATTCATTTCAACGAACTGACATTAC


BQ
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AF RR3GO18TF U 1
AF RR3GO18JQ C 332
BS 1 676 RR3GO18TF
BS 677 677 RR3GO18JQ
BS 678 698 RR3GO18TF
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BS 700 711 RR3GO18TF
BS 712 1055 RR3GO18JQ

RD RR3GO18TF 711 0 0
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CCTGAGCTCAAGACCAGTGATGTGTTTATTGGCATGGTTAAAACTGAGGCGGAAAGGTAC
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TTTCCGTTGATTACAAAATTGAGTGAAAGCAATACTGCTTGGGTTTACTCTAGTCCTGTT
AAGCTTCAGGTTATGATCTTTGCCAAGGCTGATGACTTTCAGAATATGGCTCAGCCTCTT
GAAGATTTTGCAAGAAGATTTAAATCGAAGCTTATGTTTATACATATTGATATAACAAAT
GAGAACCTTGCGATGCCATTCTTGACCTTATTCGGAATAGAGGATGCCAACAAAACTGTT
GTTGCTGCTTTCGATAACAAACTCAACTCCAAGTATTTGCTCGAGTCAGATCCTTCACAA
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TCAGAGCCAGTTCCAGATAATGAAAATGCAAGCATAGTGACTGTGGGTGGGGAAGACTTT
TGATGAGTTGGTATTGAACAGTCAAGAAAATGTTATTCTTGAGGTACATACACCATGGTG
TGTGAACTGCGAGGCA*TGAGCAAACAGGTCGTGAAGT*AGCTAAGCATTT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3GO18JQ 724 0 0
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AGTATTTGCTCGAGTCAGATCCTTCACAAAGCAATATAGAAGAGTTTTGTTCAGGACTTG
CAGATGGAACCGTTCCACGCTACTACAGGTCAGAGCCAGTTCCAGATAATGAAAATGCAA
GCATAGTGACTGTGG*TGGGGAAGACTTTTGATGAGTTGGTATTGAACAGTCAAGAAAAT
GTTATTCTTGAGGTACATACACCATGGTGTGTGAACTGCGAGGCAATGAGCAAACAGGTC
GTGAAGTTAGCTAAGCATTTCAAAGGCTTTGAGAATCTTGTTTTTGCAAGAATTGATGCG
TCTACAAATGAGCATGCTAAACTACAGGTTGATGATTATCCGACGATCTTGCTCTACAAA
TCTGGTGAAAAAGAGAAGCCGTTAAAGCTATCAACTAAATTGAGCGCTAAAGACATGGTT
GTTTCGATCAATGAAGAGTTGAAACCAAGAGGTGGTTCTGTTAAGGATGAGTTGTAGTCA
AGTTTTTTAAGGATATGTAGACAAAAGAAGAGACAGAGAGAAAGATCACAATGTGATGAC
ATTACATGTTTTTAATATATTGTCTGGAATTGGAAAACAATTCATTTCAACGAACTGACA
TTAC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL6242Contig1 372 2 1 U
GACAGAAAGGAGAAGAACAAGGACGAAGACGAAGACGACGACGACGAACAAGGATAAATC
TGAGATTTTGCTCGAGTAAGTCCACTCAAGAGAGAGAGAGAGAGAAGCTCGTGAGTAGAG
AAAAAAAAATCTTATCTTTTCTCTTTTTTCCTGGATCAGATCGGGAAAGCTAAAGATTCC
TTTTTTGAAGCTCTGCTCTGTGATGTTCTTCTCTCGAGCTGAGGTTTGATGCCGCTTGAA
GAAGCTGCGATTAGATTCCCCTGTTTACTTGAATTGGAGCTAAAGCGTAGAGATATGTTT
AGATACGTTGCTGATTCGTGCTTCCCGTAGATTGATTCTCTTGGTGAAAAAAAAGTCTGA
ATCTTTATTTGG


BQ
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AF RR3DQ94JQ C 1
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ATCTTTATTTGG

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR3DQ94TF 372 0 0
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TGAGATTTTGCTCGAGTAAGTCCACTCAAGAGAGAGAGAGAGAGAAGCTCGTGAGTAGAG
AAAAAAAAATCTTATCTTTTCTCTTTTTTCCTGGATCAGATCGGGAAAGCTAAAGATTCC
TTTTTTGAAGCTCTGCTCTGTGATGTTCTTCTCTCGAGCTGAGGTTTGATGCCGCTTGAA
GAAGCTGCGATTAGATTCCCCTGTTTACTTGAATTGGAGCTAAAGCGTAGAGATATGTTT
AGATACGTTGCTGATTCGTGCTTCCCGTAGATTGATTCTCTTGGTGAAAAAAAAGTCTGA
ATCTTTATTTGG

QA 1 372 1 372
DS 



AS 1 2

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ATGACTTTTGTTACCAAATTTCTATCTATAAAAAGCACTTCGTAC


BQ
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AF RR3EB14JQ C 1
AF RR3EB14TF U 1
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QA 1 345 1 345
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3G229JQ U 96
AF RR3G229TF C 1
BS 1 95 RR3G229TF
BS 96 495 RR3G229JQ
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ATTCACCACTTGAAACAACGATCCAACCAACTTCTCGTACCAACTCATTCCTTCAAGAGA
CTCTGAACTCCACTCAAAAGTGCAAAAGAGAAGAAATTGCAACAAAAGAAAACCTAACAC
CGTCAATCCAAGAAGAATACAAACACGAATGGAGAGTAAATGATAGTATCCCATCTTCTT
GTGGTTCTTGAGAATATAACCAAACTCGTTGCGCTTTGTAATCTTAGAAAGACCCCATAT
GATCAGCACCAAAAAGCAAGGGAACAAAGTGTTTCCCATCAGACCTTGAGGGATAAGGAG
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QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AU05TF U 1
AF RR3AU05JQ C 293
BS 1 664 RR3AU05TF
BS 665 937 RR3AU05JQ

RD RR3AU05TF 664 0 0
GGGAGACACACACACAGCTTTATAAAGAGAAGACAGAGAAACCAAACAAAACACAAACTG
TGAATTTATTTATTTTTTTAATTGAAAAAGAAATGGGAAGCGAAGGGACGACGATTGTGA
GGAAGCCAAGGTTTCTGTGTCTACATGGATTCCGTACGAGCGGAGAGATAATGAAGATAC
AGCTTCACAAGTGGCCTAAATCTGTTATTGACCGACTCGATCTCGTGTTTCTCGACGCGC
CTTTTCCTTGTCAAGGCAAATCTGATGTCGAAGGCATCTTCGATCCTCCCTTACGAGTGG
TTCCAGTTTAACAAGGAATTTAATGAGTATACGAATTTCGAGAAATGTTTGGAGTATATA
GAGGATAGTATGATCAAGCTTGGCCCTTTTGATGGTCTCATTGGCTTTTCTCAGGGTGCA
ATTTTGTCTGGAGGATTACCAGGACTGCAAGCTAGGGGAATTGCACTCCAGAAAGTACCA
AATATCAAGTTCATCATCATTATTGGAGGAGCTATGTTCAAATCCACCAAGGTCGCCAAG
GATGCGTATTCATCTACCATGGATACTCCCTCCCTCCACTTTCTAGGAGAGACTGATTTC
TTGAAACCTTACGGAACTGAGCTGATAGATTCCTTCAAGAATCCGGTGGTAGTTAATCAT
CCTA

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3AU05JQ 645 0 0
ACGAGTGGTTCCAGTTTAACAAGGAATTTAATGAGTATACGAATTTCGAGAAATGTTTGG
AGTATATAGAGGATAGTATGATCAAGCTTGGCCCTTTTGATGGTCTCATTGGCTTTTCTC
AGGGTGCAATTTTGTCTGGAGGATTACCAGGACTGCAAGCTAGGGGAATTGCACTCCAGA
AAGTACCAAATATCAAGTTCATCATCATTATTGGAGGAGCTATGTTCAAATCCACCAAGG
TCGCCAAGGATGCGTATTCATCTACCATGGATACTCCCTCCCTCCACTTTCTAGGAGAGA
CTGATTTCTTGAAACCTTACGGAACTGAGCTGATAGATTCCTTCAAGAATCCGGTGGTAG
TTAATCATCCTAAAGGCCATACGGTCCCAAGGCTTGATGAGAAGAGCTTAGAGAAAGTTA
CTGCATTCATCGACACCATTGAGCATCTGCTAATGGAGGAACTCAAGATTGGTGAAGAAG
CCACTACTAATAAGCCAGAATAGAACAAACACCTTATAGTGGTAATGCATACACCAATAA
TTCACAAATAATTTTGAAATGGCTGTAAAATCATATTCTTGATTACACACTCTTTTAACT
CTACTACACAAGACAAAATAATAAACGTTTCATTCTTTAATTCTC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL6246Contig1 372 2 1 U
GGTATTTGGCGAATCAAATATCATGGTATAAGAAAGAATCATTCTGATTAGTTGATAATT
TTGTGAAAGATTCCTGTGAAAAAGGTTAATTAAATCTATTCCTAATTTATGTCGAGTAGA
CCTTGTTGTTTTGTTTTATTGCAAGAATTCTAAATTCATGACTTGTAGGGAGGGACTTAT
GTCACCACAAACAGAGACCAAAGCTAAGGAGAGGGTTCTTGCCAAGGAGGCTGCCCAGAG
AATGAACTAAGCTAAGCAGAAACTTAATTATGATTGTGGTTTTGTTTAGCGGTTTCATGA
AATACTCTAAAACTTTATGCTCTTACTATCAATGTTGCACACTTGAGGATATTATGCAGT
TTTGTTATACAG


BQ
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AF RR3CK16JQ C 1
AF RR3CK16TF U 1
BS 1 372 RR3CK16TF

RD RR3CK16JQ 372 0 0
GGTATTTGGCGAATCAAATATCATGGTATAAGAAAGAATCATTCTGATTAGTTGATAATT
TTGTGAAAGATTCCTGTGAAAAAGGTTAATTAAATCTATTCCTAATTTATGTCGAGTAGA
CCTTGTTGTTTTGTTTTATTGCAAGAATTCTAAATTCATGACTTGTAGGGAGGGACTTAT
GTCACCACAAACAGAGACCAAAGCTAAGGAGAGGGTTCTTGCCAAGGAGGCTGCCCAGAG
AATGAACTAAGCTAAGCAGAAACTTAATTATGATTGTGGTTTTGTTTAGCGGTTTCATGA
AATACTCTAAAACTTTATGCTCTTACTATCAATGTTGCACACTTGAGGATATTATGCAGT
TTTGTTATACAG

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR3CK16TF 372 0 0
GGTATTTGGCGAATCAAATATCATGGTATAAGAAAGAATCATTCTGATTAGTTGATAATT
TTGTGAAAGATTCCTGTGAAAAAGGTTAATTAAATCTATTCCTAATTTATGTCGAGTAGA
CCTTGTTGTTTTGTTTTATTGCAAGAATTCTAAATTCATGACTTGTAGGGAGGGACTTAT
GTCACCACAAACAGAGACCAAAGCTAAGGAGAGGGTTCTTGCCAAGGAGGCTGCCCAGAG
AATGAACTAAGCTAAGCAGAAACTTAATTATGATTGTGGTTTTGTTTAGCGGTTTCATGA
AATACTCTAAAACTTTATGCTCTTACTATCAATGTTGCACACTTGAGGATATTATGCAGT
TTTGTTATACAG

QA 1 372 1 372
DS 



AS 1 2

CO CL6247Contig1 1010 2 10 U
GGGTGACACGTCAGCAGCTCTATCAGCTTACTGCGCCTCCGCGGGGATACCGTCGATCGT
CTTCTTGCCTGCGAACAAGATCTCGATGGCTCAGCTTGTTCAGCCGATAGCTAACGGTGC
GTTTGTTCTGAGTATCGACACTGATTTCGACGGCTGTATGAAGCTATCAGGGAGATAACC
GCTGAGTTGCCTATTTACTTGGCGAACTCGTTGAATAGTTTGAGGTTAGAAGGGCAGAAG
ACTGCGGCGATTGAGATTCTTCAGCAGTTTGATTGGCAAGTTCCTGATTGGGTGATTGTT
CCCGGTGGCAATCTCGGTAACATCTACGCTTTCTACAAAGGTTTCAAGATGTGTCAAGAG
CTCGGACTCGTTGATAGGATCCCGAGGATGGTTTGTGCTCAAGCGGCTAATGCGAATCCT
CTTTACTTGCATTACAAGTCTGGTTGGAAGGACTTCAAGCCCATGACCGCGAGTACCACT
TTCGCCTCCGCGATTCAGATCGGTGACCCTGTGTCCATCGATAGAGCTGTGTACGCTCTC
AAGAAGTGTGATGGGATTGTGGAAGAAGCTACGGAGGAGGAGCTGATGGATGCGATGGCT
CACGCGGATTCTACTGGGATGTTTATCTGTCCTCATACGGGTGTGGCTTTGACTGCTTTG
TTTAAGCTGAGGAACAGAGGAGTGATTGCGCCGACTGATAGGACTGTGGTTGTGAGTACT
GCTCATGGGTTGAAGTTTACTCAGTCGAAGATTGATTATCACTCCAAGGCCATCCCTGAC
ATGGCTTGCAGATTCTCTAATCCTCCTGTTGAAGTGAAAGCTGATTTTGGAGCTGTTATG
GATGTTCTCAAGAGTTACTTAGGAAGCCAGACACTTAGGTCATAAGAAAGAGACCAATCT
TGTTTCGTTTTGTTCTTTTTTTTTTTTGAAAACTGTTAGTTGTTGTTTGTGTACTCATAA
ACTGCTCGTTATCTCAGTTTTATAATAAGCTCTCAAGCAAAGTTTGACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG31TF U 1
AF RR3CG31JQ C 205
BS 1 671 RR3CG31TF
BS 672 672 RR3CG31JQ
BS 673 733 RR3CG31TF
BS 734 734 RR3CG31JQ
BS 735 756 RR3CG31TF
BS 757 757 RR3CG31JQ
BS 758 768 RR3CG31TF
BS 769 769 RR3CG31JQ
BS 770 787 RR3CG31TF
BS 788 1010 RR3CG31JQ

RD RR3CG31TF 787 0 0
GGGTGACACGTCAGCAGCTCTATCAGCTTACTGCGCCTCCGCGGGGATACCGTCGATCGT
CTTCTTGCCTGCGAACAAGATCTCGATGGCTCAGCTTGTTCAGCCGATAGCTAACGGTGC
GTTTGTTCTGAGTATCGACACTGATTTCGACGGCTGTATGAAGCTATCAGGGAGATAACC
GCTGAGTTGCCTATTTACTTGGCGAACTCGTTGAATAGTTTGAGGTTAGAAGGGCAGAAG
ACTGCGGCGATTGAGATTCTTCAGCAGTTTGATTGGCAAGTTCCTGATTGGGTGATTGTT
CCCGGTGGCAATCTCGGTAACATCTACGCTTTCTACAAAGGTTTCAAGATGTGTCAAGAG
CTCGGACTCGTTGATAGGATCCCGAGGATGGTTTGTGCTCAAGCGGCTAATGCGAATCCT
CTTTACTTGCATTACAAGTCTGGTTGGAAGGACTTCAAGCCCATGACCGCGAGTACCACT
TTCGCCTCCGCGATTCAGATCGGTGACCCTGTGTCCATCGATAGAGCTGTGTACGCTCTC
AAGAAGTGTGATGGGATTGTGGAAGAAGCTACGGAGGAGGAGCTGATGGATGCGATGGCT
CACGCGGATTCTACTGGGATGTTTATCTGTCCTCATACGGGTGTGGCTTTGACTGCTTTG
TTTAAGCTGAG*AACAGAGGAGTGATTGCGCCGACTGATAGGACTGTGGTTGTGAGTACT
GCTCATGGGTTGA*GTTTACTCAGTCGAAGATTGAT*ATCACTCCAAG*CCATCCCTGAC
ATGGCTT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3CG31JQ 806 0 0
AACTCGTTGAATAGTTTGAGGTTAGAAGGGCAGAAGACTGCGGCGATTGAGATTCTTCAG
CAGTTTGATTGGCAAGTTCCTGATTGGGTGATTGTTCCCGGTGGCAATCTCGGTAACATC
TACGCTTTCTACAAAGGTTTCAAGATGTGTCAAGAGCTCGGACTCGTTGATAGGATCCCG
AGGATGGTTTGTGCTCAAGCGGCTAATGCGAATCCTCTTTACTTGCATTACAAGTCTGGT
TGGAAGGACTTCAAGCCCATGACCGCGAGTACCACTTTCGCCTCCGCGATTCAGATCGGT
GACCCTGTGTCCATCGATAGAGCTGTGTACGCTCTCAAGAAGTGTGATGGGATTGTGGAA
GAAGCTACGGAGGAGGAGCTGATGGATGCGATGGCTCAGGCGGATTCTACTGGGATGTTT
ATCTGTCCTCATACGGGTGTGGCTTTGACTGCTTTGTTTAAGCTGAGGAACAGAGGAGTG
ATTGCGCCGACTGATAGGACTGTGGTTGTGAGTACTGCTCATGGGTTGAAGTTTACTCAG
TCGAAGATTGATTATCACTCCAAGGCCATCCCTGACATGGCTTGCAGATTCTCTAATCCT
CCTGTTGAAGTGAAAGCTGATTTTGGAGCTGTTATGGATGTTCTCAAGAGTTACTTAGGA
AGCCAGACACTTAGGTCATAAGAAAGAGACCAATCTTGTTTCGTTTTGTTCTTTTTTTTT
TTTGAAAACTGTTAGTTGTTGTTTGTGTACTCATAAACTGCTCGTTATCTCAGTTTTATA
ATAAGCTCTCAAGCAAAGTTTGACCC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL6248Contig1 518 2 3 U
GAGAACCAACACAAATTGATGCTTTGGATAAGACAAATAGACATGACGCAGCAAGTCTTG
CACTATCGTTCCAAGGACACAAACATAAACAAAATTGTATATAGTTTACATCCCCCAATA
AAAATTATATATGTATTAAATGAAGGTATTGAAAATATTGGCACCACCACACATATCATT
CTTCAGGGTTCTTGCGACTTGGACATCATGATGATGATTATGATGGGGATGATGATCTCC
CCCTGCGTGGAAGTAACAAAAGCTGGTAGCCAAATATATTCACAGCTTCAGGTCAATACC
CTCTGACCATTCAAATATACCAAAATGGACCTGGTCAAGCCCTATATCCGACCCGTTGCC
ACCTGTGGCAACCCTCATGATATCTTCTATCAACGCAAAGTTCCCCATGATATCAACGTG
CGCCCCGCTCTGCGTCCCGCGCCCTTCCAGCAAGTTAGCCGGCGGAGAGTGGTTGTACTC
TCTGACGTAAGTCTTGATTCCCGAAGGGTTGAATCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AS56JQ U 53
AF RR3AS56TF C 1
BS 1 52 RR3AS56TF
BS 53 455 RR3AS56JQ
BS 456 518 RR3AS56TF

RD RR3AS56JQ 403 0 0
AAGTCTTGCACTATCGTTCCAAGGACACAAACATAAACAAAATTGTATATAGTTTACATC
CCCCAATAAAAATTATATATGTATTAAATGAAGGTATTGAAAATATTGGCACCACCACAC
ATATCATTCTTCAGGGTTCTTGCGACTTGGACATCATGATGATGATTATGATGGGGATGA
TGATCTCCCCCTGCGTGGAAGTAACAAAAGCTGGTAGCCAAATATATTCACAGCTTCAGG
TCAATACCCTCTGACCATTCAAATATACCAAAATGGACCTGGTCAAGCCCTATATCCGAC
CCGTTGCCACCTGTGGCAACCCTCATGATATCTTCTATCAACGCAAAGTTCCCCATGATA
TCAACGTGCGCCCCGCTCTGCGTCCCGCGCCCTTCCAGCAAGT

QA 1 403 1 403
DS 

RD RR3AS56TF 518 0 0
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CACTATCGTTCCAAGGACACAAACATAAACAAGATTGTATATAGTTTACATCCCCCAATA
AGAATTATATATGTATTAAATGAAGGTATTGAGAATATTGGCACCACCACACATATCATT
CTTCAGGGTTCTTGCGACTTGGACATCATGATGATGATTATGATGGTGATGATGATCTCT
CCCTGCGTGGAAGTAACAAAAGCTGGTAGCCAAATATATTCACAGCTTCAGGTCAATACG
CTCTGACCATTCAAATATACCAGAGTGGACCTGGTCAAGCCCTATATCCGACCCGTTGCC
ACCTGTGGCAACCCTCATGATATCTTCTATCAACGCAAAGTTCCCCATGATATCAACGTG
CGCCCCGCTCTGCGTCCCGCGCCCTTCCAGCAAGTTAGCCGGCGGAGAGTGGTTGTACTC
TCTGACGTAAGTCTTGATTCCCGAAGGGTTGAATCTCC

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 2

CO CL6249Contig1 1135 2 4 U
GGAGAAGAGAAGAAAAACACAGAGAAAGAAAGAACGGAGAGAAAGAGAAGTGATAAGACT
CTCTAGTTTATCCCGAAGGTTTAAGATAAATCATGGACGCTTTTGATGCGATTCCTAATC
ATTTGGTCATCGACATTTTGAACAGAGTTGGTGACGTCAAAACGCTGATACGATGCCGTT
CCGTCTCGAGACGATTCAACTCGCTCGCTACTCAGTCAGACTCCCTCCTTCTCCAGCTCG
ATCAGATCCTCGGCGCCGCCGAGCCGGAACCGGAGAATAATTCTCCAGTGTCTAGCTTCT
TCCGTTCGATCTTCAAATCCATCAACGGACTCCTCCCGATCTTCTCCAGATCCGCTAAAC
CGGCGGAAACACCGAAATCTCCGGCTCAGATTCTCGCCGGATTCAACCGGATCCGGAACC
TGGACGTGGAGCTATACGGCGGAGACGCCAATCTCGAGAAAGGCGCCGCCGTTAAGTGGA
AGGCGGAGTTCGGAAAAACTCTCAAGAGCTCCGTCATCGTCGCTTTCCGATCGGCGACGG
TCAACGAATCCGCCACGGAATCTCCGGTCAACGCCGTGGAGACCGATTCGGAGTTCGTCT
GCGGATTGAAAACGCGCGTTGTGTGGACGATCAACGCGCTGATGGCGGCCTCGACGCGTC
ACCACCTGATGAGAGATGCGGTGAAAGAGCACAGGGAGATGGAGAGGCTAACCGTGCGCG
ATAGAGAGGGGGAAAGGCACGGTGGTGATGGACGCGGCGGGGATGAAAGAGCACAGAGAA
ACGGAGGCGCGTGTGGAGGAGAACGGTTTCGAACGCGTGAAGGAGCGCACGGAGGTGCCT
AACGTGAGGATGAGTATGAGACACGCGCCGTTGCTGAAGCTGAAGAGCGGGATTTGTCTC
GAGGCTGCGACGCTCGTGGTCGTGAGGCCGAGTGGCGTGACTTCCGATGACAACGATGCT
GAGCTGGCGACGGAAGCGTTTGCCGCCGATTGTATGTATGGTGAAGCTGTTACGGCATTG
CTGAAACGTAGGAGAAATGTGTTAGAGATGAATTCCTTCTAGAATGGATGATAAGGCCCA
ATGGGCTTTTATTTGTTTGGCCTTTTTATGTATAGTGTATACAGACAACCCCGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B343TF U 1
AF RR3B343JQ C 422
BS 1 786 RR3B343TF
BS 787 787 RR3B343JQ
BS 788 801 RR3B343TF
BS 802 1135 RR3B343JQ

RD RR3B343TF 801 0 0
GGAGAAGAGAAGAAAAACACAGAGAAAGAAAGAACGGAGAGAAAGAGAAGTGATAAGACT
CTCTAGTTTATCCCGAAGGTTTAAGATAAATCATGGACGCTTTTGATGCGATTCCTAATC
ATTTGGTCATCGACATTTTGAACAGAGTTGGTGACGTCAAAACGCTGATACGATGCCGTT
CCGTCTCGAGACGATTCAACTCGCTCGCTACTCAGTCAGACTCCCTCCTTCTCCAGCTCG
ATCAGATCCTCGGCGCCGCCGAGCCGGAACCGGAGAATAATTCTCCAGTGTCTAGCTTCT
TCCGTTCGATCTTCAAATCCATCAACGGACTCCTCCCGATCTTCTCCAGATCCGCTAAAC
CGGCGGAAACACCGAAATCTCCGGCTCAGATTCTCGCCGGATTCAACCGGATCCGGAACC
TGGACGTGGAGCTATACGGCGGAGACGCCAATCTCGAGAAAGGCGCCGCCGTTAAGTGGA
AGGCGGAGTTCGGAAAAACTCTCAAGAGCTCCGTCATCGTCGCTTTCCGATCGGCGACGG
TCAACGAATCCGCCACGGAATCTCCGGTCAACGCCGTGGAGACCGATTCGGAGTTCGTCT
GCGGATTGAAAACGCGCGTTGTGTGGACGATCAACGCGCTGATGGCGGCCTCGACGCGTC
ACCACCTGATGAGAGATGCGGTGAAAGAGCACAGGGAGATGGAGAGGCTAACCGTGCGCG
ATAGAGAGGGGGAAAGGCACGGTGGTGATGGACGCGGCGGGGATGAAAGAGCACAGAGAA
ACGGAG*CGCGTGTGGAGGAG

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3B343JQ 714 0 0
GGACGTGGAGCTATACGGCGGAGACGCCAATCTCGAGAAAGGCGCCGCCGTTAAGTGGAA
GGCGGAGTTCGGAAAAACTCTCAAGAGCTCCGTCATCGTCGCTTTCCGATCGGCGACGGT
CAACGAATCCGCCACGGAATCTCCGGTCAACGCCGTGGAGACCGATTCGGAGTTCGTCTG
CGGATTGAAAACGCGCGTTGTGTGGACGATCAACGCGCTGATGGCGGCCTCGACGCGTCA
CCACCTGATGAGAGATGCGGTGAAAGAGCACAGGGAGATGGAGAGGCTAACCGTGCGCGA
TAGAGAGGGGGAA*GGCACGGTGGTGATGGACGCGGCGGGGATGAAAGAGCACAGAGAAA
CGGAGGCGCGTGTGGAGGAGAACGGTTTCGAACGCGTGAAGGAGCGCACGGAGGTGCCTA
ACGTGAGGATGAGTATGAGACACGCGCCGTTGCTGAAGCTGAAGAGCGGGATTTGTCTCG
AGGCTGCGACGCTCGTGGTCGTGAGGCCGAGTGGCGTGACTTCCGATGACAACGATGCTG
AGCTGGCGACGGAAGCGTTTGCCGCCGATTGTATGTATGGTGAAGCTGTTACGGCATTGC
TGAAACGTAGGAGAAATGTGTTAGAGATGAATTCCTTCTAGAATGGATGATAAGGCCCAA
TGGGCTTTTATTTGTTTGGCCTTTTTATGTATAGTGTATACAGACAACCCCGTA

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL6250Contig1 899 2 8 U
GGATATACTTCACTATTAAACTTCGCTCACGCATACTAAATCAGTAAATCCTTACAATAC
GCACCATGTGCACATTAGAGAAGCGCGGAGATCTCTTTCTCCTAACCCTAACCGGCGACG
ACGAGCACAGATTCCACCCCGACACGATCGCTTCCGTTCTCTCACTTCTCGAACAAGCCA
AATCTCAATCCACACGTGGTTCCGTCCTCATCACCACAGCTCAAGGAAAATTCTTCTCTA
ACGGCTTTGACCTTGCCTGGGCCCAAGCCGCTGGATCCCAAACCGGGGCAGTAAACCGGA
TGCACCAAATGGTCGAATCCTTCAAACCTGTGATAGCAGCACTCTTCGAGCTCCCAATGC
CGACCATTGCCGCCTTAAACGGGCACGCTGCGGCCTCCGGGCTGATGTTTGCGTTTGAGC
CATGACTACGTTTTTATGAGGAACGACCGCGGTGTTTTGTACATGAGCGAAGTGGATCTT
GGGCTTGCCGTTACCTGACTACTTTTGCGGCAATGTTCGCGGCCAAGATCGGGACGAGTA
TTGCGAGGAGAGAGCTGTTGCTGAGCGGGAAGAAGATCAAAGGAGAGGAAGCGGTGGCTT
TGGGGATCGTTGACTCTGCGGCGCATGATAGTGTGGAAGGCGTTGTGGAGGCTACGGTGA
GCCTTGGAGAGAGTTTGGCGGCTAAGAAATGGAATGGTGAAGTTTATGCGTCAATAAGAA
AGAGTTTGTATCCGGGGCTTTGTGCGATGCTGAGTTTAACGGCCAAGATCGCTGCAAGTC
CTTAATCTTTAGTGTCTTCTTAATTAAGCGGCAACTTTTTGTAAAATGCATTCCAACAGA
TTTTACAAAAATGATAAGAAAAATAAGAAATGTAACACTTATGTTTTTATATCCTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB30TF U 1
AF RR3CF62TF U 436
BS 1 483 RR3AB30TF
BS 484 484 RR3CF62TF
BS 485 550 RR3AB30TF
BS 551 551 RR3CF62TF
BS 552 759 RR3AB30TF
BS 760 760 RR3CF62TF
BS 761 829 RR3AB30TF
BS 830 899 RR3CF62TF

RD RR3AB30TF 829 0 0
GGATATACTTCACTATTAAACTTCGCTCACGCATACTAAATCAGTAAATCCTTACAATAC
GCACCATGTGCACATTAGAGAAGCGCGGAGATCTCTTTCTCCTAACCCTAACCGGCGACG
ACGAGCACAGATTCCACCCCGACACGATCGCTTCCGTTCTCTCACTTCTCGAACAAGCCA
AATCTCAATCCACACGTGGTTCCGTCCTCATCACCACAGCTCAAGGAAAATTCTTCTCTA
ACGGCTTTGACCTTGCCTGGGCCCAAGCCGCTGGATCCCAAACCGGGGCAGTAAACCGGA
TGCACCAAATGGTCGAATCCTTCAAACCTGTGATAGCAGCACTCTTCGAGCTCCCAATGC
CGACCATTGCCGCCTTAAACGGGCACGCTGCGGCCTCCGGGCTGATGTTTGCGTTTGAGC
CATGACTACGTTTTTATGAGGAACGACCGCGGTGTTTTGTACATGAGCGAAGTGGATCTT
GGGTTTGCCGTTACCTGACTACTTTTGCGGCAATGTTCGCGGCCAAGATCGGGACGAGTA
TTGCGAGGAGGGAGCTGTTGCTGAGCGGGAAGAAGATCAAAGGAGAGGAAGCGGTGGCTT
TGGGGATCGTTGACTCTGCGGCGCATGATAGTGTGGAAGGCGTTGTGGAGGCTACGGTGA
GCCTTGGAGAGAGTTTGGCGGCTAAGAAATGGAATGGTGAAGTTTATGCGTCAATAAGAA
AGAGTTTGTATCCGGGGCTTTGTGCGATGCTGAGTTTAA*GGCCAAGATCGCTGCAAGTC
CTTAATCTTTAGTGTCTTCTTAATTAAGCGGCAACTTTTTGTAAAATGC

QA 1 829 1 829
DS 

RD RR3CF62TF 464 0 0
G
TGAGGAACGACCGCGGTGTTTTGTACATGAGCGAAGTGGATCTTGGGCT*GCCGTTACCT
GACTACTTT*GCGGCAATGTTCGCGGCCAAGATCGGGACGAGTATTGCGAGGAGAGAGCT
GTTGCTGAGCGGGAAGAAGATCAAAGGAGAGGAAGCGGTGGCTTTGGGGATCGTTGACTC
TGCGGCGCATGATAGTGTGGAAGGCGTTGTGGAGGCTACGGTGAGCCTTGGAGAGAGTTT
GGCGGCTAAGAAATGGAATGGTGAAGTTTATGCGTCAATAAGAAAGAGTTTGTATCCGGG
GCTTTGTGCGATGCTGAGTTTAACGGCCAAGATCGCTGCAAGTCCTTAATCTTTAGTGTC
TTCTTAATTAAGCGGCAACTTTTTGTAAAATGCATTCCAACAGATTTTACAAAAATGATA
AGAAAAATAAGAAATGTAACACTTATGTTTTTATATCCTTTAT

QA 2 464 2 464
DS 



AS 1 2

CO CL6251Contig1 768 2 1 U
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TCAGCAGCAGAATCTGAGACTGCTGTTCAAAAGGAGATGGTGCTTTTGGGAGAGGAAGAG
CTTTGTAAGAAGACAGTCCAGATCGAGAATCTGGCGGTGAAGTTACAGGAGATGGAGCGG
TTTGCTCACGGGACGAATAGTGTTCTGAGCGAAATGAGGGAAAGGATTGAGGAATTAGTT
GAAGAGACGATGAGACAGAGGGAGAAAGCTGTGGAGAATGAAGAGGAGCTGTGTCGTGTG
AAGAGAGAGTTCGAGTCGCTTAAAAGCTATGTCAGTACTTTCACCAATGTCAGAGAGACA
CTCCTTTCGTCCGAGAGACAGTTCAAAACCATCGAAGAGCTCTTTGAACGGTTGGTGAGT
AAGACCACACAGCTAGAGGGGGAGAAGGCGCAGAAGGAGGTTGAAGTACAGAAACTGATG
GAAGAGAATGTGAAGTTGACGGCACTTCTTGACAAGAAAGAAGCTCAGCTTCTAGCTTTG
AATGAACAATGCAAAGTTATGGCTTTAAGTGCATCCAACATCTGAACATTTGCTTTTTAT
CTTCGCCTCATCTCTTGTTATTATTTTTTTTTTGAGACAAAGACAATGCTTTCGCAGAAG
AGAAGATCTTCCAGATTGTTGCAAAGCTGCGCTTACTCTATTGTTCTTTTGTTTCAGATA
AAAGAAACATTCTTGTAACTTTCTCATGGCTTATAGAGTCTTCTAGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3B546JQ C 1
AF RR3B546TF U 1
BS 1 768 RR3B546TF

RD RR3B546JQ 768 0 0
GGGATGCTCCAGTCGATAGAGATGGTTACCAACGTGCTTGAGTTTCTTGTGAAGAGGGTT
TCAGCAGCAGAATCTGAGACTGCTGTTCAAAAGGAGATGGTGCTTTTGGGAGAGGAAGAG
CTTTGTAAGAAGACAGTCCAGATCGAGAATCTGGCGGTGAAGTTACAGGAGATGGAGCGG
TTTGCTCACGGGACGAATAGTGTTCTGAGCGAAATGAGGGAAAGGATTGAGGAATTAGTT
GAAGAGACGATGAGACAGAGGGAGAAAGCTGTGGAGAATGAAGAGGAGCTGTGTCGTGTG
AAGAGAGAGTTCGAGTCGCTTAAAAGCTATGTCAGTACTTTCACCAATGTCAGAGAGACA
CTCCTTTCGTCCGAGAGACAGTTCAAAACCATCGAAGAGCTCTTTGAACGGTTGGTGAGT
AAGACCACACAGCTAGAGGGGGAGAAGGCGCAGAAGGAGGTTGAAGTACAGAAACTGATG
GAAGAGAATGTGAAGTTGACGGCACTTCTTGACAAGAAAGAAGCTCAGCTTCTAGCTTTG
AATGAACAATGCAAAGTTATGGCTTTAAGTGCATCCAACATCTGAACATTTGCTTTTTAT
CTTCGCCTCATCTCTTGTTATTATTTTTTTTTTGAGACAAAGACAATGCTTTCGCAGAAG
AGAAGATCTTCCAGATTGTTGCAAAGCTGCGCTTACTCTATTGTTCTTTTGTTTCAGATA
AAAGAAACATTCTTGTAACTTTCTCATGGCTTATAGAGTCTTCTAGCC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3B546TF 768 0 0
GGGATGCTCCAGTCGATAGAGATGGTTACCAACGTGCTTGAGTTTCTTGTGAAGAGGGTT
TCAGCAGCAGAATCTGAGACTGCTGTTCAAAAGGAGATGGTGCTTTTGGGAGAGGAAGAG
CTTTGTAAGAAGACAGTCCAGATCGAGAATCTGGCGGTGAAGTTACAGGAGATGGAGCGG
TTTGCTCACGGGACGAATAGTGTTCTGAGCGAAATGAGGGAAAGGATTGAGGAATTAGTT
GAAGAGACGATGAGACAGAGGGAGAAAGCTGTGGAGAATGAAGAGGAGCTGTGTCGTGTG
AAGAGAGAGTTCGAGTCGCTTAAAAGCTATGTCAGTACTTTCACCAATGTCAGAGAGACA
CTCCTTTCGTCCGAGAGACAGTTCAAAACCATCGAAGAGCTCTTTGAACGGTTGGTGAGT
AAGACCACACAGCTAGAGGGGGAGAAGGCGCAGAAGGAGGTTGAAGTACAGAAACTGATG
GAAGAGAATGTGAAGTTGACGGCACTTCTTGACAAGAAAGAAGCTCAGCTTCTAGCTTTG
AATGAACAATGCAAAGTTATGGCTTTAAGTGCATCCAACATCTGAACATTTGCTTTTTAT
CTTCGCCTCATCTCTTGTTATTATTTTTTTTTTGAGACAAAGACAATGCTTTCGCAGAAG
AGAAGATCTTCCAGATTGTTGCAAAGCTGCGCTTACTCTATTGTTCTTTTGTTTCAGATA
AAAGAAACATTCTTGTAACTTTCTCATGGCTTATAGAGTCTTCTAGCC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL6252Contig1 741 2 3 U
GGGGTTAAAACGAACTTTTTTTTATTATTACAATCTCAAATGAGTTCAAATCAGGCTTGG
TTCCAATAATACTTACATTACATAAACGACTAACGAGGGGAGCAATCAATCACCTGAGAC
CAACAAACTGCTAATTCTAAGACATGCCATACCCAACAGTGCCTATGCTCCTATGTGCTG
CTACTGCAACCGCGGCGGCTCCAGCAGGACCATACTGGGATTGTGCCTGCAACAGCTTGG
CATCAATACCCACCTTGTGCTGTGATTGGACATAAGGGTTTGGGTTCAGCTCAGCTGGCT
TTGAGGAGTTGCATTGGGTTGGGACAACAAACTGCGGTTTTGGCTGGGAAGCAGCAGCTT
CTTGGTTCATGGAGTTAGGATGGAAGAAACAGTTGGGAGATGCGGCCTGTGGAGGGGGTA
CTACCGTGCTTCTGTAATAAGAAGTCCTTGCATCATGAGACGACTCTTTGAGGTTCCTGG
CATTCTCATAACTTACAGATGTTTCCACAGCACGGCCTGGTCTAGCTGATGGTACTCTTG
GAGGAGGTCCTAAAGGTTTAGTTGAAGCTGATGGAGCTACACCGTTTCTTGAAGGTTCGA
ACGAAACACGTCTACTGTCTGGTGCATTCAAGCCAGGCTGAGCATTGGAGGCTACTACAC
TGGAGTGAACTGTAGACCGTGGAAGTGAAGTATGCTTTCTCTCTGGAGGTATGACTGGCC
CACTTTTGCCACTATTTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG11JQ U 7
AF RR3CA18JQ U 1
BS 1 38 RR3CA18JQ
BS 39 39 RR3CG11JQ
BS 40 741 RR3CA18JQ

RD RR3CG11JQ 109 0 0
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TAATACTTACATTACATAAACGACTAACGAGGGGAGCAATCAATC
CCCT

QA 1 105 1 105
DS 

RD RR3CA18JQ 741 0 0
GGGGTTAAAACGAACTTTTTTTTATTATTACAATCTCAGATGAGTTCAAATCAGGCTTGG
TTCCAATAATACTTACATTACATAAACGACTAACGAGGGGAGCAATCAATCACCTGAGAC
CAACAAACTGCTAATTCTAAGACATGCCATACCCAACAGTGCCTATGCTCCTATGTGCTG
CTACTGCAACCGCGGCGGCTCCAGCAGGACCATACTGGGATTGTGCCTGCAACAGCTTGG
CATCAATACCCACCTTGTGCTGTGATTGGACATAAGGGTTTGGGTTCAGCTCAGCTGGCT
TTGAGGAGTTGCATTGGGTTGGGACAACAAACTGCGGTTTTGGCTGGGAAGCAGCAGCTT
CTTGGTTCATGGAGTTAGGATGGAAGAAACAGTTGGGAGATGCGGCCTGTGGAGGGGGTA
CTACCGTGCTTCTGTAATAAGAAGTCCTTGCATCATGAGACGACTCTTTGAGGTTCCTGG
CATTCTCATAACTTACAGATGTTTCCACAGCACGGCCTGGTCTAGCTGATGGTACTCTTG
GAGGAGGTCCTAAAGGTTTAGTTGAAGCTGATGGAGCTACACCGTTTCTTGAAGGTTCGA
ACGAAACACGTCTACTGTCTGGTGCATTCAAGCCAGGCTGAGCATTGGAGGCTACTACAC
TGGAGTGAACTGTAGACCGTGGAAGTGAAGTATGCTTTCTCTCTGGAGGTATGACTGGCC
CACTTTTGCCACTATTTTCTT

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL6253Contig1 1059 2 8 U
GGCAATCAAGAAGTCCCAAATACATATCATTGCTCAACCATCTTAGAATATATCCACCAG
AGCTGTTTCCAAACTTGGACAAGGTAGTGTTCTTAGATGATGATATAGTGATTCAGCGAG
ATCTGTCTCCTCTGTGGGATATTGATCTTCACGGGAATGTAAATGGAGCTGTGGAGACTT
GTAGAGGAGAAGACGAATGGGTTATGTCAAAGCGTCTTAGGAACTACTTCAACTTCTCTC
ACCCGCTCATCTCACAGCATTTGGATCCGGAAGAATGTGCTTGGGCCTATGGAATGAATA
TATTTGATCTACGGACTTGGAGAAAGACAAATATCAGAGAAACTTATCATTCTTGGCTAA
AAGCGAATCTGAAGTCGAATCTAACAATGTGGAAGCTTGGGACATTGCCTCCAGCTCTGA
TTGCATTTAAAGGGCATGTCCAGGCAATAGATTCGTCTTGGCATATGCTTGGATTAGGAT
ACCAGAGCGATACCAACATATAAAATGCGAAGAAAGCTGCAGTGATTCACTACAATGGCC
AATCAAAGCCGTGGCTGGAGATAGGTTTCGAGCATCTGAGGCCTTTCTGGACAAAATATG
TGAACTACTCCAATGATTTCATTAAGAGTTGTCATATCTTGGAGTAGCAAAAAACAGAAA
GCTCTCAGATTATCTTGAAGCGGGCTGGAGATTCAGGACGGTGAAACCAGTTACATAGCT
ACAGGAGAGAGAGATTCATTCTTTTGTAAAGATAGAAGGTACCCTTTTGTTGATATTCAT
TTCGGTTTCGATTAGAGATTCCAAATTCTTGGATCTGTTACAAGGAAAAAAAAAAAGAAG
GTTTATGGGACACACCAGAAGAGGATTTTTGGTGATGATCAATCAAAGTACTACCAAGTC
CAAAGGAGAGCAATTACAACAACACTGTTACATTTGTTCCTTATTTTTTTTTGACAGTTA
CTATTTGATTTCATTGGTTGTTACTGTTTAGTGAATTTATAAGAACAATTATTGCTTTGT
TAAGGACCATTTAAGACATCAATCATGAGACTTTTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C334TF U 1
AF RR3C334JQ C 298
BS 1 580 RR3C334TF
BS 581 581 RR3C334JQ
BS 582 641 RR3C334TF
BS 642 642 RR3C334JQ
BS 643 653 RR3C334TF
BS 654 654 RR3C334JQ
BS 655 692 RR3C334TF
BS 693 1059 RR3C334JQ

RD RR3C334TF 692 0 0
GGCAATCAAGAAGTCCCAAATACATATCATTGCTCAACCATCTTAGAATATATCCACCAG
AGCTGTTTCCAAACTTGGACAAGGTAGTGTTCTTAGATGATGATATAGTGATTCAGCGAG
ATCTGTCTCCTCTGTGGGATATTGATCTTCACGGGAATGTAAATGGAGCTGTGGAGACTT
GTAGAGGAGAAGACGAATGGGTTATGTCAAAGCGTCTTAGGAACTACTTCAACTTCTCTC
ACCCGCTCATCTCACAGCATTTGGATCCGGAAGAATGTGCTTGGGCCTATGGAATGAATA
TATTTGATCTACGGACTTGGAGAAAGACAAATATCAGAGAAACTTATCATTCTTGGCTAA
AAGCGAATCTGAAGTCGAATCTAACAATGTGGAAGCTTGGGACATTGCCTCCAGCTCTGA
TTGCATTTAAAGGGCATGTCCAGGCAATAGATTCGTCTTGGCATATGCTTGGATTAGGAT
ACCAGAGCGATACCAACATATAAAATGCGAAGAAAGCTGCAGTGATTCACTACAATGGCC
AATCAAAGCCGTGGCTGGAGATAGGTTTCGAGCATCTGAG*CCTTTCTGGACAAAATATG
TGAACTACTCCAATGATTTCATTAAGAGTTGTCATATCTTG*AGTAGCAAAAA*CAGAAA
GCTCTCAGATTATCTTGAAGCGGGCTGGAGAT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3C334JQ 762 0 0
ATATATTTGATCTACGGACTTGGAGAAAGACAAATATCAGAGAAACTTATCATTCTTGGC
TAAAAGCGAATCTGAAGTCGAATCTAACAATGTGGAAGCTTGGGACATTGCCTCCAGCTC
TGATTGCATTTAAAGGGCATGTCCAGGCAATAGATTCGTCTTGGCATATGCTTGGATTAG
GATACCAGAGCGATACCAACATATAAAATGCGAAGAAAGCTGCAGTGATTCACTACAATG
GCCAATCAAAGCCGTGGCTGGAGATAGGTTTCGAGCATTTGAGGCCTTTCTGGACAAAAT
ATGTGAACTACTCCAATGATTTCATTAAGAGTTGTCATATCTTGGAGTAGCAAAAAACAG
AAAGCTTTCAGATTATCTTGAAGCGGGCTGGAGATTCAGGACGGTGAAACCAGTTACATA
GCTACAGGAGAGAGAGATTCATTCTTTTGTAAAGATAGAAGGTACCCTTTTGTTGATATT
CATTTCGGTTTCGATTAGAGATTCCAAATTCTTGGATCTGTTACAAGGAAAAAAAAAAAG
AAGGTTTATGGGACACACCAGAAGAGGATTTTTGGTGATGATCAATCAAAGTACTACCAA
GTCCAAAGGAGAGCAATTACAACAACACTGTTACATTTGTTCCTTATTTTTTTTTGACAG
TTACTATTTGATTTCATTGGTTGTTACTGTTTAGTGAATTTATAAGAACAATTATTGCTT
TGTTAAGGACCATTTAAGACATCAATCATGAGACTTTTCTTG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL6254Contig1 755 2 4 U
TGTCGGCCTCTCGCGACCGCACGATCAAGCTCTTGAACACTCTCGGGGAGTGCAAGTACA
CGATCTCTGAAGCTGATGGGCACAAGGATTGGATCAGCTGCTGAGGTTCAGCCCCAACAC
GCTGGTCCCCACCATTGTCTCCGCTTCGTGGGATCAGACCGTGAAGGTGTGGAATTTGCA
GAACTGTAAGCTGAAGAGCTCTCTTGCGGGCCACTCTGGTTATCTCAACACTGTGGCGGT
TTCGCCTGATGGTTCTTTGTGTGCGAGTGGTGGGAAAGATGGTGTGATCTTGTTGTGGGA
TTTGGCTGAAGGGAAGAAGTTGTACTCGCTTGAGGGTGGATCGATTATTCACTCGCTTTG
TTTTAGTCCGAATAGGTACTGGCTGTGTGCTGCCACGGAGAGTAGTATCAAGATTTGGGA
TCTTGAGAGTAAGAGTGTTGTTGATGAGTTGAAGGTTGACCTTAAGGCTGAGGCTGAGAA
GTGTGATGGTGGTGTCGGAACTGGTAACCAGAAGAAGGTGAACTACTGCACAAGCTTGAA
CTGGAGTGCAGATGGAAGCACATTGTCCAGTGGTTACACTGATGGAGTTGTCAGGGTCTG
GGGCATTGGTCGTTACTAGATACATGAGTGTCACAGAGAACTTGGCTGTCTTTGTTTTTT
CCAATTTTTTTAGGCTCTCGATTGTTTCGGAGTTGTTTTATTTATAAACCTTTTCCGGAC
CTTTATTTTTGTAATTTTTGTTCAATTCCAGAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX29TF U 1
AF RR3BX29JQ C 269
BS 1 593 RR3BX29TF
BS 594 594 RR3BX29JQ
BS 595 657 RR3BX29TF
BS 658 755 RR3BX29JQ

RD RR3BX29TF 660 0 0
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GAACTGTAAGCTGAAGAGCTCTCTTGCGGGCCACTCTGGTTATCTCAACACTGTGGCGGT
TTCGCCTGATGGTTCTTTGTGTGCGAGTGGTGGGAAAGATGGTGTGATCTTGTTGTGGGA
TTTGGCTGAAGGGAAGAAGTTGTACTCGCTTGAGGGTGGATCGATTATTCACTCGCTTTG
TTTTAGTCCGAATAGGTACTGGCTGTGTGCTGCCACGGAGAGTAGTATCAAGATTTGGGA
TCTTGAGAGTAAGAGTGTTGTTGATGAGTTGAAGGTTGACCTTAAGGCTGAGGCTGAGAA
GTGTGATGGTGGTGTCGGAACTGGTAACCAGAAGAAGGTGAACTACTGCACAAGCTTGAA
CTGGAGTGCAGATGGAAGCACATTGTCCAGTGGTTACACTGATGGAGTTGTCATGGTCTG
GGGCATTGGTCGTTACTAGATACATGAGTGTCACAGAGAACTTGGCTGTCTTTGTTT
CTC

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3BX29JQ 487 0 0
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CTTGAGGGTGGATCGATTATTCACTCGCTTTGTTTTAGTCCGAATAGGTACTGGCTGTGT
GCTGCCACGGAGAGTAGTATCAAGATTTGGGATCTTGAGAGTAAGAGTGTTGTTGATGAG
TTGAAGGTTGCCCTTAAGGCTGAGGCTGAGAAGTGTGATGGTGGTGTCGGAACTGGTAAC
CAGAAGAAGGTGAACTACTGCACAAGCTTGAACTGGAGTGCAGATGGAAGCACATTGTCC
AGTGGTTACACTGATGGAGTTGTCAGGGTTTGGGGCATTGGTCGTTACTAGATACATGAG
TGTCACAGAGAACTTGGCTGTTTTTGTTTTTTCCAATTTTTTTAGGCTCTCGATTGTTTC
GGAGTTGTTTTATTTATAAACCTTTTCCGGACCTTTATTTTTGTAATTTTTGTTCAATTC
CAGAAGG

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 2

CO CL6255Contig1 1137 2 4 U
GGAAATAAACGGCCAATCAAAAAAAACAATCTGAAAAAAATCAGAAATCCATAAGATTTG
ATCTCCGGTGAACCCGACGTTCGATATTCCGATCACCGTTGAAAAATGGATTCTCGAGTT
TCCTTGTCTGAGTAAACTCACACGGAGAAGAAGAAAGCTTAAAATGGATTCGGAAGATAC
GAAGAAGAAGCAAAAGAGGGTTTTCTCTTTGTTAGCTTTACGATTCTGTACAGTGATAGG
ATTCTCGATCATCGTCTTCTTCGTCTTGTCGTTTCTGTTAGGAGTGTTGGTGATTATACT
CGGTGAATTGTGGGTTTCTTCTTCCTCCGCCTCTCTTGCTTCCCGCTGCAAGATTCTTTC
CAGCTCTGTTGATCTAAGGTCTTCTAAAGTGTGCGGCATTGTACTTTTGAACAGTAAAGC
ACAACATGTGTTTCACCCTTTTGAGAGAGATAAATTCAGATGTCGCTATGATTACTATTG
GGCTTCTGTCTTCAAGGTAGAATATAAAGATCACTTAATGGGTCAAACGAGGCTAGCGTT
CTCAGAAGCACCTAATGAAGCCCTTCCTCCTGAGTGCAGACCTAACTTTGGTGCTGCTTT
GCTTACCAAAGATAACTTCAAGGTGAATGAGACTTATGATTGCTGGTACACATTAGGGAT
TCCAAAAATCAAGCTTTATCAGGACGGCTTTTTCGGCTGCCAACCAAATGATCTTTCTTT
CACCGACATTTTTAAACAATACGCTGTCTTAGTCTCCAAGTTAATACAGTCCTGGTTCAA
TGGAAAAGGAAGACCAAAGTTCTGGAGATATGATGTGATCGCTGGCGTTGTATCTGGCTT
CTCAACTTCCATCATCGCAGTCTTCATCGTCCGGATCTTAAGTGATGCAAAATCTTGGTT
CCCTCGAGCTTGTTGTTCGGTTAAGAGCCAGCTGTCTAAAGTGAATCTCTTGGTACAAGT
GAAGCGTGCGTGTTTGTTCATTGTTTACTTCTACATTCTCGGATGGATGGCTACACAGTA
CTTGAAAATTCTGTTTCCACAGGCTTAGAAGAAACACATGTATAAAGAGTTGTGTGATGT
AATCTTTAAACCATTTACAGCAAAAGTAAGCAATGCAGAGGAACAGTTTTAGAATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AS12TF U 1
AF RR3AS12JQ C 407
BS 1 682 RR3AS12TF
BS 683 683 RR3AS12JQ
BS 684 784 RR3AS12TF
BS 785 1137 RR3AS12JQ

RD RR3AS12TF 784 0 0
GGAAATAAACGGCCAATCAAAAAAAACAATCTGAAAAAAATCAGAAATCCATAAGATTTG
ATCTCCGGTGAACCCGACGTTCGATATTCCGATCACCGTTGAAAAATGGATTCTCGAGTT
TCCTTGTCTGAGTAAACTCACACGGAGAAGAAGAAAGCTTAAAATGGATTCGGAAGATAC
GAAGAAGAAGCAAAAGAGGGTTTTCTCTTTGTTAGCTTTACGATTCTGTACAGTGATAGG
ATTCTCGATCATCGTCTTCTTCGTCTTGTCGTTTCTGTTAGGAGTGTTGGTGATTATACT
CGGTGAATTGTGGGTTTCTTCTTCCTCCGCCTCTCTTGCTTCCCGCTGCAAGATTCTTTC
CAGCTCTGTTGATCTAAGGTCTTCTAAAGTGTGCGGCATTGTACTTTTGAACAGTAAAGC
ACAACATGTGTTTCACCCTTTTGAGAGAGATAAATTCAGATGTCGCTATGATTACTATTG
GGCTTCTGTCTTCAAGGTAGAATATAAAGATCACTTAATGGGTCAAACGAGGCTAGCGTT
CTCAGAAGCACCTAATGAAGCCCTTCCTCCTGAGTGCAGACCTAACTTTGGTGCTGCTTT
GCTTACCAAAGATAACTTCAAGGTGAATGAGACTTATGATTGCTGGTACACATTAGGGAT
TCCAAAAATCAAGCTTTATCAG*ACGGCTTTTTCGGCTGCCAACCAAATGATCTTTCTTT
CACCGACATTTTTAAACAATACGCTGTCTTAGTCTCCAAGTTAATACAGTCCTGGTTCAA
TGGA

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3AS12JQ 731 0 0
TTGAACAGTAAAGCACAACATGTGTTTCACCCTTTTGAGAGAGATAAATTCAGATGTCGC
TATGATTACTATTGGGCTTCTGTCTTCAAGGTAGAATATAAAGATCACTTAATGGGTCAA
ACGAGGCTAGCGTTCTCAGAAGCACCTAATGAAGCCCTTCCTCCTGAGTGCAGACCTAAC
TTTGGTGCTGCTTTGCTTACCAAAGATAACTTCAAGGTGAATGAGACTTATGATTGCTGG
TACACATTAGGGATTCCAAAAATCAAGCTTTATCAGGACGGCTTTTTCGGCTGCCAACCA
AATGATCTTTCTTTCACCGACATTTTTAAACAATACGCTGTCTTAGTCTCCAAGTTAATA
CAGTCCTGGTTCAATGGAAAAGGAAGACCAAAGTTCTGGAGATATGATGTGATCGCTGGC
GTTGTATCTGGCTTCTCAACTTCCATCATCGCAGTCTTCATCGTCCGGATCTTAAGTGAT
GCAAAATCTTGGTTCCCTCGAGCTTGTTGTTCGGTTAAGAGCCAGCTGTCTAAAGTGAAT
CTCTTGGTACAAGTGAAGCGTGCGTGTTTGTTCATTGTTTACTTCTACATTCTCGGATGG
ATGGCTACACAGTACTTGAAAATTCTGTTTCCACAGGCTTAGAAGAAACACATGTATAAA
GAGTTGTGTGATGTAATCTTTAAACCATTTACAGCAAAAGTAAGCAATGCAGAGGAACAG
TTTTAGAATCG

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL6256Contig1 892 2 2 U
GGCAGTTATGAACCAAAGAAACCCGAAATCGATCCTGAGAAACAGAGACTCGCTGCATCC
TTGTTTGGTGGATCATCAACGTCAAGATCTGATAGAAAGTCATCTTCTGGTGGCCATAAA
CCGGCAAAAGGAACAGCTAACAGAGCTGCAACCGTCCCCAAGGAAAATCCAATCCCTGTA
CCAGACTTGCTCGACTTTGACGAGCCAACTGCCACAAGTGGTGTTGCAGCGACGGATCCT
TTTAAAGAGTTGGAAGGGCTTATGGAGTCTTCGAGCCAAGATGGTGGTGGTTCAACCGAT
GTGATGGGACTTTACGGTGCACCTGTGAAGACAAGCACAAGTGTTGACTCTCTCTTATCA
GAGCTGTCTGATAGCTCCAGAGGCACATATCATCAATCTCAAACCACAAAAGGACCAAAC
TCAAAGGAAGCTCTGGAGAAAGATGCTCTTGTTAGACAGATGGGTGTGAACCCAACAAGT
CAGAACCCTACACTGTTCAAAGATCTTCTCGGCTAGCAGAACTATTCTCCCAACCAAACC
AAAACATCCATTGACTCACATAATTATCATCATCAACATCGCCAGACATTCCCATATTTG
GTAATGCACTGTGGAGTTTGTTGGTAATGCTTCTGATTTCACATTCTTAAGTCTCAACAT
CGTCACATTCACGTATATTGCTGATGCGTTGGGGATAAGTAATGTTTCTGGTTCAAGAAC
AGCTTTTTGTTGTACCTATGTTCCTTGGAGATTTTTTTGTTTTCAAAGGTTTTTCTTTTT
TTTTTTTTTTTTCATATCAGTGAATGGTTGCTGTTGGATTTTGGAGCTTTTCTTGTTTGT
ATCTATAGAAACATTGGTACTATTATAGTCGTGGTGGATACAAAGTTATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BH81TF U 1
AF RR3BH81JQ C 381
BS 1 765 RR3BH81TF
BS 766 892 RR3BH81JQ

RD RR3BH81TF 765 0 0
GGCAGTTATGAACCAAAGAAACCCGAAATCGATCCTGAGAAACAGAGACTCGCTGCATCC
TTGTTTGGTGGATCATCAACGTCAAGATCTGATAGAAAGTCATCTTCTGGTGGCCATAAA
CCGGCAAAAGGAACAGCTAACAGAGCTGCAACCGTCCCCAAGGAAAATCCAATCCCTGTA
CCAGACTTGCTCGACTTTGACGAGCCAACTGCCACAAGTGGTGTTGCAGCGACGGATCCT
TTTAAAGAGTTGGAAGGGCTTATGGAGTCTTCGAGCCAAGATGGTGGTGGTTCAACCGAT
GTGATGGGACTTTACGGTGCACCTGTGAAGACAAGCACAAGTGTTGACTCTCTCTTATCA
GAGCTGTCTGATAGCTCCAGAGGCACATATCATCAATCTCAAACCACAAAAGGACCAAAC
TCAAAGGAAGCTCTGGAGAAAGATGCTCTTGTTAGACAGATGGGTGTGAACCCAACAAGT
CAGAACCCTACACTGTTCAAAGATCTTCTCGGCTAGCAGAACTATTCTCCCAACCAAACC
AAAACATCCATTGACTCACATAATTATCATCATCAACATCGCCAGACATTCCCATATTTG
GTAATGCACTGTGGAGTTTGTTGGTAATGCTTCTGATTTCACATTCTTAAGTCTCAACAT
CGTCACATTCACGTATATTGCTGATGCGTTGGGGATAAGTAATGTTTCTGGTTCAAGAAC
AGCTTTTTGTTGTACCTATGTTCCTTGGAGATTTTTTTGTTTTCA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3BH81JQ 512 0 0
AGGCACATATCATCAATCTCAAACCACAAAAGGACCAAACTCAAAGGAAGCTCTGGAGAA
AGATGCTCTTGTTAGACAGATGGGTGTGAACCCAACAAGTCAGAACCCTACACTGTTCAA
AGATTTTTTCGGCTAGCAGAACTATTCTCCCAACCAAACCAAAACATCCATTGACTCACA
TAATTATCATCATCAACATCGCCAGACATTCCCATATTTGGTAATGCACTGTGGAGTTTG
TTGGTAATGCTTCTGATTTCACATTCTTAAGTCTCAACATCGTCACATTCACGTATATTG
CTGATGCGTTGGGGATAAGTAATGTTTTTGGTTCAAGAACAGCTTTTTGTTGTACCTATG
TTCCTTGGAGATTTTTTTGTTTTCAAAGGTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTCATATCAG
TGAATGGTTGCTGTTGGATTTTGGAGCTTTTCTTGTTTGTATCTATAGAAACATTGGTAC
TATTATAGTCGTGGTGGATACAAAGTTATTAC

QA 1 512 1 512
DS 



AS 1 2

CO CL6257Contig1 719 2 2 U
GGGCACTTACGGATACGCTGCTCCTGAGTATGTAATGACAGGACACTTGACATCCAGAAG
TGATGTTTATGGATACGGGGTACTCCTCCTTGAGATGCTCCTTGGGAAGAGGGCGATGGA
CAAAAGCAGACCTTGCCGGGAGCATAACTTGGTCGAATGGGCACGACCGCTATTGAATCA
CAACAAAAAGCTTTTGAGGATCATAGACCCTCGAATGGATGGGCAATACACCACCAAGGC
GTTGATGAAAGTAGCCGATTTGGCGTACCAATGCTTAAGCCAAACCCAAAAGGAAGGCCC
CTCATGAGTCACGCGGTAGAAGTCCTCGAGACCCTCAAGGAAGATGGCGATTCTCAGGGG
GAAGTCATGGCTAGTCTCCATAGCAGGGGCAAGTCCGTAACCTTGTATGAAGCTGCTCCT
AGTGATTCCCAAGGGGCAAGAAACGTGGATGGGGATGGGCAGAGGAGGAGAAGACCAGTA
AGTGGTAGAAGCAAGAGCGAAGCCTCGGTTGACACTGACCTTTATGTTACTGCTCTCGTT
TCATCTGATCCGAACGCTACAAAGACTTGAAATGATTCACAAGTGATTACAAGTGATTTA
AGAATATAAGATTAAGAAAGTAACAGAGGTGGCTTAAGTGTATACATAAGTTGAGTCTTC
GTTTTGGGATATTTATTTTGTTTATGGGATTAAAAATACTAGTGCAATTATTTTTGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FT01TF U 1
AF RR3FT01JQ C 90
BS 1 462 RR3FT01TF
BS 463 719 RR3FT01JQ

RD RR3FT01TF 462 0 0
GGGCACTTACGGATACGCTGCTCCTGAGTATGTAATGACAGGACACTTGACATCCAGAAG
TGATGTTTATGGATACGGGGTACTCCTCCTTGAGATGCTCCTTGGGAAGAGGGCGATGGA
CAAAAGCAGACCTTGCCGGGAGCATAACTTGGTCGAATGGGCACGACCGCTATTGAATCA
CAACAAAAAGCTTTTGAGGATCATAGACCCTCGAATGGATGGGCAATACACCACCAAGGC
GTTGATGAAAGTAGCCGATTTGGCGTACCAATGCTTAAGCCAAACCCAAAAGGAAGGCCC
CTCATGAGTCACGCGGTAGAAGTCCTCGAGACCCTCAAGGAAGATGGCGATTCTCAGGGG
GAAGTCATGGCTAGTCTCCATAGCAGGGGCAAGTCCGTAACCTTGTATGAAGCTGCTCCT
AGTGATTCCCAAGGGGCAAGAAACGTGGATGGGGATGGGCAG

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR3FT01JQ 630 0 0
TTGAGATGCTCCTTGGGAAGAGGGCGATGGACAAAAGCAGACCTTGCCGGGAGCATAACT
TGGTCGAATGGGCACGACCGCTATTGAATCACAACAAAAAGCTTTTGAGGATCATAGACC
CTCGAATGGATGGGCAATACACCACCAAGGCGTTGATGAAAGTAGCCGATTTGGCGTACC
AATGCTTAAGCCAAACCCAAAAGGAAGGCCCCTCATGAGTCACGCGGTAGAAGTCCTCGA
GACCCTCAAGGAAGATGGCGATTCTCAGGGGGAAGTCATGGCTAGTCTCCATAGCAGGGG
CAAGTCCGTAACCTTGTATGAAGCTGCTCCTAGTGATTCCCAAGGGGCAAGAAACGTGGA
TGGGGATGGGCAGAGGAGGAGAAGACCAGTAAGTGGTAGAAGCAAGAGCGAAGCCTCGGT
TGACACTGACCTTTATGTTACTGCTCTCGTTTCATCTGATCCGAACGCTACAAAGACTTG
AAATGATTCACAAGTGATTACAAGTGATTTAAGAATATAAGATTAAGAAAGTAACAGAGG
TGGCTTAAGTGTATACATAAGTTGAGTCTTCGTTTTGGGATATTTATTTTGTTTATGGGA
TTAAAAATACTAGTGCAATTATTTTTGGGC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

CO CL6258Contig1 1119 2 4 U
GAGAGGACAAAAACCTTCTCCTGTCACCTATGGCCTCGTCATGGAGGTGATGCTAGCATG
CGAGAAATACAACTTAGTTCATGAATTCTTCAGGAAGATGCAGAAATCCTCTATCCCAAA
TGCTCTAGCATATAGAGTTCTTGTTAATACTCTGTGGAAAGAAGGCAAAACCGATGAGGC
CATACAGACGGTTGAGGATATGGTAAGCCGTGGTATTGTTGGATCAGCTGCTCTTTACTA
CGACCTTGCTCGCTGTCTATGTAGCGCAGGAAGGTGTGATGAAGGACTTAATACGATTAA
GAAGATATGCAGAGTTGCAAATAAGCCTCTCGTGGTGACTTACACTGGCCTTATCCAAGC
ATGCCTCGACGCGGGAAACGTAAAGAACGCAGCTTACATTTTCGATCAGATGAAGGAGGT
CTGCAACCCGAACCTAGTCACTTGCAACATAATGCTAAAAGCTTATCTACAAGAGGGGTT
GTTTGAAGAAGGCAGAGAACTTTTCCAGAAGACGTTGGAAGATGGAAGTAATATAGAAAG
CAGCTCAGATTTTGAATCAAGAGTGTTGCCGGACACGTACACGTTCAACACAATGCTAGA
AGCGTGCGCTGAACAAAAGAAGTGGGACGATTTTGGTTATGCTTATCAAGAGATGTTGCG
TCACGGATACCATTTCAATGCCAAACGCCATCTCAAAATGGTCCTTGAAGCTAGCAGAGC
AGGACAGGAAGAAGTGATGGAAGTGACATGGGAACATCTGAGACGGAGTAATAGGATGCC
ACCTTCGCCTCTAATCAAAGAAAGATTCTGCAGGAAGCTCGAGAAAGGCGATCATGCAAC
GGCCATATCGTCTCTTGCTGTCCTTAATGGCAAGATAGAGGAGACTGAGCAACGTTCATT
TTCAACGGACGCATGGTCCAAGGTCTTGTACCGGTTTGAGAAAGATTCAGTTTTGAGGTT
AATGGACGATGTGAACAGACGTGTGGGTTTGAGAAGTGAGTCTTCGGATTCGGTTTTGGG
GAATCTGTTGAGTTCTTGTAAAGAGTTTCTGAAGAACAGAACACAAGTGTTGTAAGTTAT
TGACAACATCATTAAGCAAAGGCTGTGATTGTTGTACGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G420TF U 1
AF RR3G420JQ C 355
BS 1 722 RR3G420TF
BS 723 723 RR3G420JQ
BS 724 732 RR3G420TF
BS 733 1119 RR3G420JQ

RD RR3G420TF 732 0 0
GAGAGGACAAAAACCTTCTCCTGTCACCTATGGCCTCGTCATGGAGGTGATGCTAGCATG
CGAGAAATACAACTTAGTTCATGAATTCTTCAGGAAGATGCAGAAATCCTCTATCCCAAA
TGCTCTAGCATATAGAGTTCTTGTTAATACTCTGTGGAAAGAAGGCAAAACCGATGAGGC
CATACAGACGGTTGAGGATATGGTAAGCCGTGGTATTGTTGGATCAGCTGCTCTTTACTA
CGACCTTGCTCGCTGTCTATGTAGCGCAGGAAGGTGTGATGAAGGACTTAATACGATTAA
GAAGATATGCAGAGTTGCAAATAAGCCTCTCGTGGTGACTTACACTGGCCTTATCCAAGC
ATGCCTCGACGCGGGAAACGTAAAGAACGCAGCTTACATTTTCGATCAGATGAAGGAGGT
CTGCAACCCGAACCTAGTCACTTGCAACATAATGCTAAAAGCTTATCTACAAGAGGGGTT
GTTTGAAGAAGGCAGAGAACTTTTCCAGAAGACGTTGGAAGATGGAAGTAATATAGAAAG
CAGCTCAGATTTTGAATCAAGAGTGTTGCCGGACACGTACACGTTCAACACAATGCTAGA
AGCGTGCGCTGAACAAAAGAAGTGGGACGATTTTGGTTATGCTTATCAAGAGATGTTGCG
TCACGGATACCATTTCAATGCCAAACGCCATCTCAAAATGGTCCTTGAAGCTAGCAGAGC
AG*ACAGGAAGA

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3G420JQ 765 0 0
CCAAGCATGCCTCGACGCGGGAAACGTAAAGAACGCAGCTTACATTTTCGATCAGATGAA
GGAGGTCTGCAACCCGAACCTAGTCACTTGCAACATAATGCTAAAAGCTTATCTACAAGA
GGGGTTGTTTGAAGAAGGCAGAGAACTTTTCCAGAAGACGTTGGAAGATGGAAGTAATAT
AGAAAGCAGCTCAGATTTTGAATCAAGAGTGTTGCCGGACACGTACACGTTCAACACAAT
GCTAGAAGCGTGCGCTGAACAAAAGAAGTGGGACGATTTTGGTTATGCTTATCAAGAGAT
GTTGCGTCACGGATACCATTTCAATGCCAAACGCCATCTCAAAATGGTCCTTGAAGCTAG
CAGAGCAGGACAGGAAGAAGTGATGGAAGTGACATGGGAACATCTGAGACGGAGTAATAG
GATGCCACCTTCGCCTCTAATCAAAGAAAGATTCTGCAGGAAGCTCGAGAAAGGCGATCA
TGCAACGGCCATATCGTCTCTTGCTGTCCTTAATGGCAAGATAGAGGAGACTGAGCAACG
TTCATTTTCAACGGACGCATGGTCCAAGGTCTTGTACCGGTTTGAGAAAGATTCAGTTTT
GAGGTTAATGGACGATGTGAACAGACGTGTGGGTTTGAGAAGTGAGTCTTCGGATTCGGT
TTTGGGGAATCTGTTGAGTTCTTGTAAAGAGTTTCTGAAGAACAGAACACAAGTGTTGTA
AGTTATTGACAACATCATTAAGCAAAGGCTGTGATTGTTGTACGT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL6259Contig1 847 2 2 U
GGATGGTTAAATCAGCGAGAAATCATTTACCAAAAGTTTTCAAAAAAGCAAAACTCTCTC
TCCTTGTGATATTTATTTCTCCGCCTCCCTTACCATCTAGACCTGTAACTGCTCCGGTGA
CCGGTACGTGGCGGCTCCGTTAGCGCCACCGCCGGTCAGATCTGTCACGGTTTCCTTTCC
TTTTTGTTCTGCATTTTTTATTTGTCTGTTTTGTGGAGATTTGGTGGTTGGTGAGATTGA
GAGTTTGCGGCTTGGAGTTGTTTTGTCTTCACCTATCGGGAAATTTGTGGCTTACTTATG
GTCTCTTGGTTCCTAAGTTTGTAATGTATTCGGGTCTTGATGATGTGAATGCTTTCCTGT
CGCAACTACCGGTCTCTTTCAGTTGCCGGTGAGTTTGGTGGGTTAGACCTCGTTTTCCAG
TCCTTTTGAGGTTGGAGTGTGCAGGCTTTTATCGAGGCTAGTTTGGTCGCATGAAGTGCG
TCGCTGCCGTATCCGGAAGAGGGTGTGACCCTAGAGTGGATCTTGCCAGGTTATAAAGTC
TGGGCTGGTTGGGTTCGAGAGGAGTGCTCTCGGTGTGTCGTTAGAGGTTAAGGTTATCGT
TCGGTGGGCCGTGGGACAACGATAAATCTCGTTCACAAGCGCTTGGAGTTATTGTATTGT
TGCAAGTTTGGTGTTCTAATATCACTGTGAGTTCCATTTAATTTTCTCAAGTTAGTTGTG
GAGTTCTATTTGGTCTTGTAAGAAGCCCCTGCGTGGGTTTAAGTTGTCTGTTCATGGGTT
CTTATTGTTGTGGTTTCAGCTGATGTATCAAACCTTGATTTCTTTCTATGAATAAATTTT
ATCAGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E483TF U 1
AF RR3E483JQ C 267
BS 1 576 RR3E483TF
BS 577 847 RR3E483JQ

RD RR3E483TF 576 0 0
GGATGGTTAAATCAGCGAGAAATCATTTACCAAAAGTTTTCAAAAAAGCAAAACTCTCTC
TCCTTGTGATATTTATTTCTCCGCCTCCCTTACCATCTAGACCTGTAACTGCTCCGGTGA
CCGGTACGTGGCGGCTCCGTTAGCGCCACCGCCGGTCAGATCTGTCACGGTTTCCTTTCC
TTTTTGTTCTGCATTTTTTATTTGTCTGTTTTGTGGAGATTTGGTGGTTGGTGAGATTGA
GAGTTTGCGGCTTGGAGTTGTTTTGTCTTCACCTATCGGGAAATTTGTGGCTTACTTATG
GTCTCTTGGTTCCTAAGTTTGTAATGTATTCGGGTCTTGATGATGTGAATGCTTTCCTGT
CGCAACTACCGGTCTCTTTCAGTTGCCGGTGAGTTTGGTGGGTTAGACCTCGTTTTCCAG
TCCTTTTGAGGTTGGAGTGTGCAGGCTTTTATCGAGGCTAGTTTGGTCGCATGAAGTGCG
TCGCTGCCGTATCCGGAAGAGGGTGTGACCCTAGAGTGGATCTTGCCAGGTTATAAAGTC
TGGGCTGGTTGGGTTCGAGAGGAGTGCTCTCGGTGT

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3E483JQ 581 0 0
CTTCACCTATCGGGAAATTTGTGGCTTACTTATGGTCTCTTGGTTCCTAAGTTTGTAATG
TATTCGGGTCTTGATGATGTGAATGCTTTCCTGTCGCAACTACCGGTCTCTTTCAGTTGC
CGGTGAGTTTGGTGGGTTAGACCTCGTTTTCCAGTCCTTTTGAGGTTGGAGTGTGCAGGC
TTTTATCGAGGCTAGTTTGGTCGCATGAAGTGCGTCGCTGCCGTATCCGGAAGAGGGTGT
GACCCTAGAGTGGATCTTGCCAGGTTATAAAGTCTGGGCTGGTTGGGTTCGAGAGGAGTG
CTCTCGGTGTGTCGTTAGAGGTTAAGGTTATCGTTCGGTGGGCCGTGGGACAACGATAAA
TCTCGTTCACAAGCGCTTGGAGTTATTGTATTGTTGCAAGTTTGGTGTTCTAATATCACT
GTGAGTTCCATTTAATTTTCTCAAGTTAGTTGTGGAGTTCTATTTGGTCTTGTAAGAAGC
CCCTGCGTGGGTTTAAGTTGTCTGTTCATGGGTTCTTATTGTTGTGGTTTCAGCTGATGT
ATCAAACCTTGATTTCTTTCTATGAATAAATTTTATCAGAC

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 2

CO CL6260Contig1 798 2 2 U
GGGAGCATTCGATTTTGAAGGCTTAAGCTTTGTAACTCTGTCGCAGAGGAGAAATCGCCA
TGTGGCCTTCTTCTGGAAACTCTTCGCAGCCTCAAGCTAAGAAACAGGAGGGGAAGTCGA
TATCTGGGAGTTTTAAGGTGGAGAATCTGATACCAGGGGTTGTGATAGGTTTCATCATTG
GTATGTTGTTGGATTTTTCACAGCAAGTCAAGTTACCTGTGAAAAAGAGCAGACTTTTGT
CAAGTAAGACCCAGAACCAGACTTCTCTGACCAGCAGTGGCAGTGAGAAAGAGCTCAAAA
TGGTTTTAGTAGTTAGGCAAGACTTAAAGATGAGAACAGGCAAAATTGCTTCACAGTGTG
CACATGCTGCCACTGGCATGTATGCAGAGTTGATGAATAGCGACCGGTACCGTCTGAGGC
AATGGGAGGAATGCGGGCAACCAAAGATAGTCGTCACTTGCAAAAACCAGCAAGAAATGA
ATAAGATTGCAGAAGCGGCTGAGAGCGTTGGCCTTCCGACTTTTGTTGTGGCTGATGCGG
GAAGAACAGAGGTTGCAGCTGGATCAAGAACGGTTCTTGCAGTTGGACCAGGACCAAAAC
AGTTGGTTGATTCCATAACCGGTAAGCTGGCGTTACTCTGATGCCGGAGCTTTCTCCTGG
ATAATGTTGGTGCAGGGAAGGTAATTGTTGTTCTGTAGTGACTAAACTTAAGGCATCTTG
TTGGTTAATTTTAGATATAGTTTTGTAAATCATTCGATTGAGTTATGATATTATCAAGTT
TTTTTTACCGTGGTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B443TF U 1
AF RR3B443JQ C 13
BS 1 780 RR3B443TF
BS 781 798 RR3B443JQ

RD RR3B443TF 780 0 0
GGGAGCATTCGATTTTGAAGGCTTAAGCTTTGTAACTCTGTCGCAGAGGAGAAATCGCCA
TGTGGCCTTCTTCTGGAAACTCTTCGCAGCCTCAAGCTAAGAAACAGGAGGGGAAGTCGA
TATCTGGGAGTTTTAAGGTGGAGAATCTGATACCAGGGGTTGTGATAGGTTTCATCATTG
GTATGTTGTTGGATTTTTCACAGCAAGTCAAGTTACCTGTGAAAAAGAGCAGACTTTTGT
CAAGTAAGACCCAGAACCAGACTTCTCTGACCAGCAGTGGCAGTGAGAAAGAGCTCAAAA
TGGTTTTAGTAGTTAGGCAAGACTTAAAGATGAGAACAGGCAAAATTGCTTCACAGTGTG
CACATGCTGCCACTGGCATGTATGCAGAGTTGATGAATAGCGACCGGTACCGTCTGAGGC
AATGGGAGGAATGCGGGCAACCAAAGATAGTCGTCACTTGCAAAAACCAGCAAGAAATGA
ATAAGATTGCAGAAGCGGCTGAGAGCGTTGGCCTTCCGACTTTTGTTGTGGCTGATGCGG
GAAGAACAGAGGTTGCAGCTGGATCAAGAACGGTTCTTGCAGTTGGACCAGGACCAAAAC
AGTTGGTTGATTCCATAACCGGTAAGCTGGCGTTACTCTGATGCCGGAGCTTTCTCCTGG
ATAATGTTGGTGCAGGGAAGGTAATTGTTGTTCTGTAGTGACTAAACTTAAGGCATCTTG
TTGGTTAATTTTAGATATAGTTTTGTAAATCATTCGATTGAGTTATGATATTATCAAGTT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3B443JQ 786 0 0
TTTTGAAGGCTTAAGCTTTGTAACTCTGTCGCAGAGGAGAAATCGCCATGTGGCCTTCTT
CTGGAAACTCTTCGCAGCCTCAAGCTAAGAAACAGGAGGGGAAGTCGATATCTGGGAGTT
TTAAGGTGGAGAATCTGATACCAGGGGTTGTGATAGGTTTCATCATTGGTATGTTGTTGG
ATTTTTCACAGCAAGTCAAGTTACCTGTGAAAAAGAGCAGACTTTTGTCAAGTAAGACCC
AGAACCAGACTTCTCTGACCAGCAGTGGCAGTGAGAAAGAGCTCAAAATGGTTTTAGTAG
TTAGGCAAGACTTAAAGATGAGAACAGGCAAAATTGCTTCACAGTGTGCACATGCTGCCA
CTGGCATGTATGCAGAGTTGATGAATAGCGACCGGTACCGTCTGAGGCAATGGGAGGAAT
GCGGGCAACCAAAGATAGTCGTCACTTGCAAAAACCAGCAAGAAATGAATAAGATTGCAG
AAGCGGCTGAGAGCGTTGGCCTTCCGACTTTTGTTGTGGCTGATGCGGGAAGAACAGAGG
TTGCAGCTGGATCAAGAACGGTTCTTGCAGTTGGACCAGGACCAAAACAGTTGGTTGATT
CCATAACCGGTAAGCTGGCGTTACTCTGATGCCGGAGCTTTCTCCTGGATAATGTTGGTG
CAGGGAAGGTAATTGTTGTTCTGTAGTGACTAAACTTAAGGCATCTTGTTGGTTAATTTT
AGATATAGTTTTGTAAATCATTCGATTGAGTTATGATATTATCAAGTTTTTTTTACCGTG
GTAACC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL6261Contig1 1048 2 2 U
GGGTCCGATCTCCTTTCTCTCTCTCTCTCCTCTCTACAACAAAGTCAACTCTTCCATCTG
TCGGAAAATTGCATGTCCTAACTGCGACAAAGAGATGACTATGACGACGACAACGGAGGA
GAAACCAGGTTCCGATGGCCGAGGAGGTTGGGGTTTCTTCAAGATCCCGTTTCGAAACTC
CAGCGGCCGCGGAAACGCAGCATCAAGTGTCGCCGCCACGTCTTCTTCTTCTTCTACTAC
ATCTTCTCATCTCCATAACCACAACCAACACCAACATCATCATCACCACCACCATCATCA
TCATCAGCTTGGCTATAACGGGCCCCACGGTGATGGATCGGGTCAAAACCAGCACCCGAC
TCCTTCTCCTTCGGTATCATCGGTAGCTAAGTCGTTTCTCCCTACGAAACGTAGATTGAA
GCTTGATCCGTCGGAGAAACTCTATTTTCCTTATGAGCCTGGGAAGCAAGTGAGAAGCGC
TATTAAAATTAAAAATACCAGCAAATCACATGTAGCATTTAAGTTTTAAACAACAGCACC
GAAGAGTTGCTTTATGCGTCCACCAGGTGCTATTCTTGCTCCTGGAGAAACTATCATCGC
CACTGTGTTCAAATTTGTTGAGCCTCCTGAGAATAATGAGAAGCCAATGGATCAAAGGAG
CAGAGTTAAGTTTAAGATCATGAGCCTGAAGGTGAAAGGTCCAATGGACTATGTGCCTGA
GCTGTTTGATGAACAAAAGGATGATGTGTCTAAGGAGCAAATATTGCGTGTTATCTTTCT
GGACCCAGAACGCCCCAACCCTGCACTGGAGAAACTGAAGCGCCAGTTAGCTGAAGCAGA
TGCAGCAGTGGAGGCAAGAAAGAAACCACCAGAGGAAACAGGTCCAAAGATGATTGGCGA
AGGACTTGTGATCGATGAATGGAAGGAGCGCAGAGAGAGATATCTTGCACAGCAACAAGG
CGAAGGAGTTGACTCTGTCTAAGAAGAACTAAGAAGATCCTTCTCAGGACAACAACAAAA
ACTAAGTGTGTGCTTGTGAAGAAGGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AC47TF U 1
AF RR3AC47JQ C 314
BS 1 690 RR3AC47TF
BS 691 1048 RR3AC47JQ

RD RR3AC47TF 694 0 0
GGGTCCGATCTCCTTTCTCTCTCTCTCTCCTCTCTACAACAAAGTCAACTCTTCCATCTG
TCGGAAAATTGCATGTCCTAACTGCGACAAAGAGATGACTATGACGACGACAACGGAGGA
GAAACCAGGTTCCGATGGCCGAGGAGGTTGGGGTTTCTTCAAGATCCCGTTTCGAAACTC
CAGCGGCCGCGGAAACGCAGCATCAAGTGTCGCCGCCACGTCTTCTTCTTCTTCTACTAC
ATCTTCTCATCTCCATAACCACAACCAACACCAACATCATCATCACCACCACCATCATCA
TCATCAGCTTGGCTATAACGGGCCCCACGGTGATGGATCGGGTCAAAACCAGCACCCGAC
TCCTTCTCCTTCGGTATCATCGGTAGCTAAGTCGTTTCTCCCTACGAAACGTAGATTGAA
GCTTGATCCGTCGGAGAAACTCTATTTTCCTTATGAGCCTGGGAAGCAAGTGAGAAGCGC
TATTAAAATTAAAAATACCAGCAAATCACATGTAGCATTTAAGTTTTAAACAACAGCACC
GAAGAGTTGCTTTATGCGTCCACCAGGTGCTATTCTTGCTCCTGGAGAAACTATCATCGC
CACTGTGTTCAAATTTGTTGAGCCTCCTGAGAATAATGAGAAGCCAATGGATCAAAGGAG
CAGAGTTAAGTTTAAGATCATGAGCCTGAA
AGTG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3AC47JQ 735 0 0
TATAACGGGCCCCACGGTGATGGATCGGGTCAAAACCAGCACCCGACTCCTTCTCTTTCG
GTATCATCGGTAGCTAAGTCGTTTCTCCCTACGAAACGTAGATTGAAGCTTGATCCGTCG
GAGAAACTCTATTTTCCTTATGAGCCTGGGAAGCAAGTGAGAAGCGCTATTAAAATTAAA
AATACCAGCAAATCACATGTAGCATTTAAGTTTTAAACAACAGCACCGAAGAGTTGCTTT
ATGCGTCCACCAGGTGCTATTCTTGCTCCTGGAGAAACTATCATCGCCACTGTGTTCAAA
TTTGTTGAGCCTCCTGAGAATAATGAGAAGCCAATGGATCAAAGGAGCAGAGTTAAGTTT
AAGATCATGAGCCTGAAGGTGAAAGGTCCAATGGACTATGTGCCTGAGCTGTTTGATGAA
CAAAAGGATGATGTGTCTAAGGAGCAAATATTGCGTGTTATCTTTCTGGACCCAGAACGC
CCCAACCCTGCACTGGAGAAACTGAAGCGCCAGTTAGCTGAAGCAGATGCAGCAGTGGAG
GCAAGAAAGAAACCACCAGAGGAAACAGGTCCAAAGATGATTGGCGAAGGACTTGTGATC
GATGAATGGAAGGAGCGCAGAGAGAGATATCTTGCACAGCAACAAGGCGAAGGAGTTGAC
TCTGTCTAAGAAGAACTAAGAAGATCCTTCTCAGGACAACAACAAAAACTAAGTGTGTGC
TTGTGAAGAAGGAAG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL6262Contig1 912 2 2 U
GCTCACACCATTCTAGATCGTGCTTGCTTTAAGTGCATATCTTCCAAGAGAGATGAGATA
AGCCGTGGGACTAATAATATTGGTTCCAAAGATTTGCTGACGTCTTACTTGAATGTGGAC
ACGACCAAGTACAAGCTGTTGAATCCTAATGATGACAGGTTCCTTAGGGACACGATCTTG
AGCTTCATGTTAGCGGGTAGAGACACAACAGGCTCAGCACTCACTTGGTTCTTCTGGCTT
CTCTGTAAGAACGAAGAAGCCATAACAAAGATTCTTCAAGAAATCAACAAAAATATATCT
CCAGGAACCAAGACAGATGCTGCAAACTCCAAAGATGATTATGATTCATTCAATCCCCAG
GAGCTGAAGAAGTTAGTTTATTTACATGGTGCAATTTGTGAAGCCCTAAGGCTCTATCCA
CCTGTTCCCTTCCAACACAAGTCTCCAACTAAAACCGATGTTCTTCCAAGCGGACACAAA
GTCGATGCCGGCTCAAAGATTTTGTTCTGTCTCTATTCATTAGGGAGAATGAAGTCGGTT
TGGGGAGAAGATGCATTGGAGTTTAAACCGGAGAGATGGATTACTGATAATGGAACTTTT
GTACATGAGCCATCTTATAAATTCTTATCATTTAACGCAGGTCCAAGAACTTGTCTGGGG
AAAGAAGTGGCTATGATGCAAATGAAGACGGTGGCTGTGAAAATCATACAAAACTATGAT
ATTAAAGTCGTTGAAGGGTACAAGGTGGAGCCAGCTCCTTCTGTTATCCTCCACATGAAG
CATGGTCTTAAAGTCACGGTTTTTAAGAGATGTTTGGTTTGAATGTTTTATGACGTAGAT
GATTTCCTTATCTTCTCATGGAACGTGAAAATCTCACGTCAGCTTGAAAGTTATCCAATA
AAATAAGTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI79TF U 1
AF RR3CI79JQ C 153
BS 1 521 RR3CI79TF
BS 522 912 RR3CI79JQ

RD RR3CI79TF 521 0 0
GCTCACACCATTCTAGATCGTGCTTGCTTTAAGTGCATATCTTCCAAGAGAGATGAGATA
AGCCGTGGGACTAATAATATTGGTTCCAAAGATTTGCTGACGTCTTACTTGAATGTGGAC
ACGACCAAGTACAAGCTGTTGAATCCTAATGATGACAGGTTCCTTAGGGACACGATCTTG
AGCTTCATGTTAGCGGGTAGAGACACAACAGGCTCAGCACTCACTTGGTTCTTCTGGCTT
CTCTGTAAGAACGAAGAAGCCATAACAAAGATTCTTCAAGAAATCAACAAAAATATATCT
CCAGGAACCAAGACAGATGCTGCAAACTCCAAAGATGATTATGATTCATTCAATCCCCAG
GAGCTGAAGAAGTTAGTTTATTTACATGGTGCAATTTGTGAAGCCCTAAGGCTCTATCCA
CCTGTTCCCTTCCAACACAAGTCTCCAACTAAAACCGATGTTCTTCCAAGCGGACACAAA
GTCGATGCCGGCTCAAAGATTTTGTTCTGTCTCTATTCATT

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR3CI79JQ 760 0 0
TGACAGGTTCCTTAGGGACACGATCTTGAGCTTCATGTTAGCGGGTAGAGACACAACAGG
CTCAGCACTCACTTGGTTCTTCTGGCTTCTCTGTAAGAACGAAGAAGCCATAACAAAGAT
TCTTCAAGAAATCAACAAAAATATATCTCCAGGAACCAAGACAGATGCTGCAAACTCCAA
AGATGATTATGATTCATTCAATCCCCAGGAGCTGAAGAAGTTAGTTTATTTACATGGTGC
AATTTGTGAAGCCCTAAGGCTCTATCCACCTGTTCCCTTCCAACACAAGTCTCCAACTAA
AACCGATGTTCTTCCAAGCGGACACAAAGTCGATGCCGGCTCAAAGATTTTGTTCTGTCT
CTATTCATTAGGGAGAATGAAGTCGGTTTGGGGAGAAGATGCATTGGAGTTTAAACCGGA
GAGATGGATTACTGATAATGGAACTTTTGTACATGAGCCATCTTATAAATTCTTATCATT
TAACGCAGGTCCAAGAACTTGTCTGGGGAAAGAAGTGGCTATGATGCAAATGAAGACGGT
GGCTGTGAAAATCATACAAAACTATGATATTAAAGTCGTTGAAGGGTACAAGGTGGAGCC
AGCTCCTTCTGTTATCCTCCACATGAAGCATGGTCTTAAAGTCACGGTTTTTAAGAGATG
TTTGGTTTGAATGTTTTATGACGTAGATGATTTCCTTATCTTCTCATGGAACGTGAAAAT
CTCACGTCAGCTTGAAAGTTATCCAATAAAATAAGTTTAC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL6263Contig1 1102 2 6 U
GATTGTCGGAGTAATGACATCAACTGTGAATGGCTACGATGGCGGTTGGGTGAACGCACA
CGCTACATTCTACGGCGGTGGTGATGCATCCGGCACCATGGGTGGTGCTTGTGGGTACGG
AAACCTTTATAGCCAAGGCTATGGAACCAGCACTGCAGCACTGAGCACGGCTCTATTTAA
CAACGGGCTGAGCTGTGGCGCTTGCTTCGAGATAAGATGTCAGAACGACGGGAAATGGTG
TCTCCCTGGCTCAATCGTCGTCACAGCGGCTAACTTTTGCCCTCCAAACAACGCTTTACC
TAACAACGCGGGAGGCTGGTGTAACCCTCCTCAGCAGCATTTCGATCTCTCCCAGCCCGT
ATTTCAACGCATCGCTCAATACAAAGCTGGCATTGTCCCCGTCGCGTACAGAAGAGTGCC
ATGCGTGAGAAGGGGAGGAATAAGGTTTACGATAAACGGACATTCTTACTTCAACCTTGT
TCTGATTACGAACGTAGGAGGAGCCGGGGATGTTCACTCCGCGTGGGTTAAAGGGTCGAG
AACAGGATGGCAAGCCATGTCTAGAAACTGGGGACAAAACTGGCAGAGCAACTCTTACCT
AAACGGACAAGCTCTCTCTTTCAAAGTCACAACGAGCGATGGTCGCACCATCGTATCTAA
CAACGTAGCTTCCGCAGGCTGGTCCTTCGGCCAGACCTTCACCGGAGCACAGATATAAGA
TTTGACTACGTGAAAACAAACGGTTCTTGTGTGGTGTTTGCAGTAGTAGAAAGCTTAGAG
GGTCATATTAGTAATTTGGTACGTTGTTTCAGTTTAAGGGTTCACCTAAAAAGACGGTGG
TGCTTCGAGTGCTTGATTTTCCACAAGGCCTTGATGACGTCATCTTTTGGGACATGTGTT
TCATTTGTTTGGTAAGGTTTGGTTTAAAGTTTTACTGATGCAGAGGTGGAGTTAAGTACC
ACCCGCTAGTAGTAAAGTGCCGTTTGTCATCCCCCTCTTGAAGCAAGAGGGAGAGTTTCA
TGTTTCAAGAATTGTTCGATTTGCATTCTTTTTTCTAGTCATCTATGTTGTAAATTTTCA
ACTTTTATAAAGATCGTTGGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DA08TF U 1
AF RR3DA08JQ C 354
BS 1 677 RR3DA08TF
BS 678 678 RR3DA08JQ
BS 679 691 RR3DA08TF
BS 692 692 RR3DA08JQ
BS 693 735 RR3DA08TF
BS 736 1102 RR3DA08JQ

RD RR3DA08TF 736 0 0
GATTGTCGGAGTAATGACATCAACTGTGAATGGCTACGATGGCGGTTGGGTGAACGCACA
CGCTACATTCTACGGCGGTGGTGATGCATCCGGCACCATGGGTGGTGCTTGTGGGTACGG
AAACCTTTATAGCCAAGGCTATGGAACCAGCACTGCAGCACTGAGCACGGCTCTATTTAA
CAACGGGCTGAGCTGTGGCGCTTGCTTCGAGATAAGATGTCAGAACGACGGGAAATGGTG
TCTCCCTGGCTCAATCGTCGTCACAGCGGCTAACTTTTGCCCTCCAAACAACGCTTTACC
TAACAACGCGGGAGGCTGGTGTAACCCTCCTCAGCAGCATTTCGATCTCTCCCAGCCCGT
ATTTCAACGCATCGCTCAATACAAAGCTGGCATTGTCCCCGTCGCGTACAGAAGAGTGCC
ATGCGTGAGAAGGGGAGGAATAAGGTTTACGATAAACGGACATTCTTACTTCAACCTTGT
TCTGATTACGAACGTAGGAGGAGCCGGGGATGTTCACTCCGCGTGGGTTAAAGGGTCGAG
AACAGGATGGCAAGCCATGTCTAGAAACTGGGGACAAAACTGGCAGAGCAACTCTTACCT
AAACGGACAAGCTCTCTCTTTCAAAGTCACAACGAGCGATGGTCGCACCATCGTATCTAA
CAACGTAGCTTCCGCAG*CTGGTCCTTCGGC*AGACCTTCACCGGAGCACAGATATAAGA
TTTGACTACGTGAAA
C

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3DA08JQ 749 0 0
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GAGTGCCATGCGTGAGAAGGGGAGGAATAAGGTTTACGATAAACGGACATTCTTACTTCA
ACCTTGTTCTGATTACGAACGTAGGAGGAGCCGGGGATGTTCACTCCGCGTGGGTTAAAG
GGTCGAGAACAGGATGGCAAGCCATGTCTAGAAACTGGGGACAAAACTGGCAGAGCAACT
CTTACCTAAACGGACAAGCTCTCTCTTTCAAAGTCACAACGAGCGATGGTCGCACCATCG
TATCTAACAACGTAGCTTCCGCAGGCTGGTCCTTCGGCCAGACCTTCACCGGAGCACAGA
TATAAGATTTGACTACGTGAAAACAAACGGTTCTTGTGTGGTGTTTGCAGTAGTAGAAAG
CTTAGAGGGTCATATTAGTAATTTGGTACGTTGTTTCAGTTTAAGGGTTCACCTAAAAAG
ACGGTGGTGCTTCGAGTGCTTGATTTTCCACAAGGCCTTGATGACGTCATCTTTTGGGAC
ATGTGTTTCATTTGTTTGGTAAGGTTTGGTTTAAAGTTTTACTGATGCAGAGGTGGAGTT
AAGTACCACCCGCTAGTAGTAAAGTGCCGTTTGTCATCCCCCTCTTGAAGCAAGAGGGAG
AGTTTCATGTTTCAAGAATTGTTCGATTTGCATTCTTTTTTCTAGTCATCTATGTTGTAA
ATTTTCAACTTTTATAAAGATCGTTGGGG

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL6264Contig1 957 2 6 U
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AGACTTTTCTCTCGAACTTCCCTCTTACCAAATACCCATCTTTCAAAGGGATTCGAGTTT
TAATCTTTTGTTGTATCATATTTCGATCATTTGATCGATTTTCTATTTCGTTGCGGATTT
TTGTTTTTCGTTATGGCGGTTTTGTAGTGTTTCTTCGATCTCAAACTGATCAGCTTCTTC
ATGGTTTCATCTTCTATCAGTTTTCTCGAAGATAAAATAAAGTCCGGACCTTATAATTCC
GGTTGTGTCTTACTCTTTCGCGATTCTAAATCAAGATTCCGGTGTGTCTGTTATATGATT
TATCTTCATTGAAAGATAATTTTGGATTCCTTTTCCTTAGAAATCAGTCTTACCCGAAGC
CTGCCGAAAATCGGCTTTGGGTTCAGCTTTCTTCAGGTAAAGGATGAAGAGGGGTTAGAT
TAATTTCAATCACTCCAGAGGTGATTCAGTAGAGTTTGCGTTCATTGAACGGTCCAACGA
AGAGTCTACTTTTAGATTGATTGAATAATCCTTGAATTAATAACATCTGGAGATGCAAGA
TGCTCAGGTACAGGCGACGGCGAAAGACGAAAGAGAATATACAAGCATTGGGCTTGGATT
AATGTTGAGGCTGAAGGAAGAACATGAAGATCGACTCTGGTAAAGATACGGCGGTGACGA
TGTAACTCGGCGAAGTTACAGCTTCGGTAAAGTCTTTGTGTAGGCTCGACGCGTGTCCAA
CCACGTGTAAACAAACGAGATAGTGGATAGCACGTGGCAAAGGTTGAAACTAGAGCCGGT
TTTATTGTTTTTGGGCTAATATTTTAAATGATGTAATGTTTTTTGGGTCTTATCGTTGAA
GTCTGAATACTTGTAATTTTGCCCATAGGCTTCACTTTAATAGTGAATCAATTTGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B267TF U 1
AF RR3B267JQ C 457
BS 1 763 RR3B267TF
BS 764 764 RR3B267JQ
BS 765 822 RR3B267TF
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BS 824 838 RR3B267TF
BS 839 957 RR3B267JQ

RD RR3B267TF 839 0 0
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TTGTTTTTCGTTATGGCGGTTTTGTAGTGTTTCTTCGATCTCAAACTGATCAGCTTCTTC
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TATCTTCATTGAAAGATAATTTTGGATTCCTTTTCCTTAGAAATCAGTCTTACCCGAAGC
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T

QA 1 838 1 838
DS 

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ATATACAAGCATTGGGCTTGGATTAATGTTGAGGCTGAAGGAAGAACATGAAGATCGACT
CTGGTAAAGATACGGCGGTGACGATGTAACTCGGCGAAGTTACAGCTTCGGTAAAGTCTT
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TGTTTTTTGGGTCTTATCGTTGAAGTCTGAATACTTGTAATTTTGCCCATAGGCTTCACT
TTAATAGTGAATCAATTTGAC

QA 1 501 1 501
DS 



AS 1 2

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CTATTTCGGTGTTTGAAGGAGCTAACCACGGGACGGTGGCTAGGGATTTTACTTACATTG
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GTGGTAAGAAGCGTGGTGCGGCTCAGTTGAGGGTTTTTAATCTGGGGAACACTTCGCCTG
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TTTCCCCTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP52TF U 1
AF RR3BP52JQ C 334
BS 1 700 RR3BP52TF
BS 701 909 RR3BP52JQ

RD RR3BP52TF 700 0 0
GGGCCGGTGTCAGGTACGCTATGGAGAACCCTAGCTCCTACGTTCACAGCAACATCGCTG
GGTTCGTTAACCTCCTCGAGGTTTGTAAATCGGCGAATCCGCAGCCTTCGATCGTTTGGG
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CTGATCAGCCTGCTTCTTTGTATGCAGCTACTAAGAAAGCTGGGGAGGAGATTGCTCATA
CTTACAATCATATATATGGATTGTCGTTAACCGGTTTACGGTTTTTCACGGTTTACGGTC
CATGGGGGAGACCGGACATGGCGTACTTCTTTTTCACGAGGGATATTCTCAAAGGGAAAG
CTATTTCGGTGTTTGAAGGAGCTAACCACGGGACGGTGGCTAGGGATTTTACTTACATTG
ACGATATTGTGAAAGGGTGTTTGGGGGCTTTGGACACGGCGGAGAAGAGCACTGGGAGTG
GTGGTAAGAAGCGTGGTGCGGCTCAGTTGAGGGTTTTTAATCTGGGGAACACTTCGCCTG
TTCCTGTGACTGATCTCGTTACTATACTGGAGAGGCTTTTGAAAGTGAAGGCGAAGAGGA
ACGTTGTGAAGATGCCTAGGAATGGGGACGTGCCGTTCACTCATGCTAACATCAGTTCTG
CGCAGAGGGAGCTTGGTTATAAGCCTACCACTGATCTTCA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3BP52JQ 576 0 0
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CGGTGGCTAGGGATTTTACTTACATTGACGATATTGTGAAAGGGTGTTTGGGGGCTTTGG
ACACGGCGGAGAAGAGCACTGGGAGTGGTGGTAAGAAGCGTGGTGCGGCTCAGTTGAGGG
TTTTTAATCTGGGGAACACTTCGCCTGTTCCTGTGACTGATCTCGTTACTATACTGGAGA
GGCTTTTGAAAGTGAAGGCGAAGAGGAACGTTGTGAAGATGCCTAGGAATGGGGACGTGC
CGTTCACTCATGCTAACATCAGTTCTGCGCAGAGGGAGCTTGGTTATAAGCCTACCACTG
ATCTTCAGACGGGTCTTAAGAAGTTTGCTAGATGGTATTTGGGTTACTACAATGGCGGAA
AGAAAGCTGCAAGCTGATTTTGATTCATTATCGATGATGCGATGCGATCCTCTTCTTCTT
CTTCACTTGTGTTTGTTGTAGCTGTGTAAGCCCCTCTTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTT
GTTCTGATTCTGAGATTCTTGTGATTGTTTCCCCTT

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

CO CL6266Contig1 981 2 4 U
TTTTTCATCTTTCAAGAGATAGACAGAACTAATTAAAGAATAGCAAAAGAAAGCAAAAAA
AAAATGCCAACGTCGCTACAGTTTCAAAGATCTTCCTCCGCCGCAGAAACAGCCAACACC
ACCATCAGCACCTATCACCACAACCACCACAAACAGGTTCAGAAAGTGACCCTCACGCGC
GAGATGGCTGACGTGCCGGATCACGTTGAGATTTTCCACACCCACGTGGTTGGTTCCTCT
CAGTGCTTCTCCGTCGTGGTGCAAGACGTGGACGCCTCGGCTTCCGCCGTGTGGTCGATC
CTTAGCCGCTTCGAACACCCTCAAGCGTACAAACACTTCGCTAGGAGTTGTCACGTGGCT
GTTGGAGACGGCCGAGAGGTTGGGTCGGTGAGAGAGATCCGAGTTGTCTCCGGTCTCCCA
GCCGCGTTCAGCTTAGAGAGACTCGAGATCATGGACGACGATCGCCACGTCATCAGCTTC
AGCGTCGTGGGTGGGGACCACAGGCTTCAGAACTACAGGTCGGTGACGACGGTGCACGAA
TGTTCGTCGTCGGATGACGGTAGAAAGAGGGCACGTGTTGTGGAGTCATACGTCGTTGAC
GTACCGGCAGGTAACGATAAAGAAGAGACTTGCAGCTTCGCAGATACTATCGTACGTTGC
AACTTGCGATCGCTGGCTAAACTCGCCGAGAACCTACCTAAGTTATCATAGTTACATTTG
TTTAATTAGTTATTTTGTTTTGTTTTCTATAATTCTCTCTTTCAAAATTTATCATCTTTT
TTTTTCCTCGAGGAGGGTTTGGGTTCTGGATTAGTTAATGTGCCCATGTGGTTTTTAGAG
ACTACAAAAATAGTGGTTTTGGTTTTTCGAAGTTAGGGTTTTTGGGTTTGTTAAGTGTTC
GTGTACTACTGTACTTGTTTACCCTTAAGACCATTTTTTCTTGATGAACTCTTTTGTATA
GTCTCTTGTAGCTTTAACAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DD35TF U 1
AF RR3DD35JQ C 604
BS 1 691 RR3DD35TF
BS 692 692 RR3DD35JQ
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BS 728 981 RR3DD35JQ

RD RR3DD35TF 727 0 0
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AAAATGCCAACGTCGCTACAGTTTCAAAGATCTTCCTCCGCCGCAGAAACAGCCAACACC
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GAGATGGCTGACGTGCCGGATCACGTTGAGATTTTCCACACCCACGTGGTTGGTTCCTCT
CAGTGCTTCTCCGTCGTGGTGCAAGACGTGGACGCCTCGGCTTCCGCCGTGTGGTCGATC
CTTAGCCGCTTCGAACACCCTCAAGCGTACAAACACTTCGCTAGGAGTTGTCACGTGGCT
GTTGGAGACGGCCGAGAGGTTGGGTCGGTGAGAGAGATCCGAGTTGTCTCCGGTCTCCCA
GCCGCGTTCAGCTTAGAGAGACTCGAGATCATGGACGACGATCGCCACGTCATCAGCTTC
AGCGTCGTGGGTGGGGACCACAGGCTTCAGAACTACAGGTCGGTGACGACGGTGCACGAA
TGTTCGTCGTCGGATGACGGTAGAAAGAGGGCACGTGTTGTGGAGTCATACGTCGTTGAC
GTACCGGCAGGTAACGATAAAGAAGAGACTTGCAGCTTCGCAGATACTATCGTACGTTGC
AACTTGCGATCGCTGGCTAAACTCGCCGAGA*CCTACCTAAGTTATCATAGTTACATTTG
TTTAATT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3DD35JQ 378 0 0
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TTGCGATCGCTGGCTAAACTCGCCGAGAACCTACCTAAGTTATCATAGTTACATTTGTTT
AATTAGTTATTTTGTTTTGTTTTCTATAATTCTCTCTTTCAAAATTTATCATCTTTTTTT
TTCCTCGAGGAGGGTTTGGGTTCTGGATTAGTTAATGTGCCCATGTGGTTTTTAGAGACT
ACAAAAATAGTGGTTTTGGTTTTTCGAAGTTAGGGTTTTTGGGTTTGTTAAGTGTTCGTG
TACTACTGTACTTGTTTACCCTTAAGACCATTTTTTCTTGATGAACTCTTTTGTATAGTC
TCTTGTAGCTTTAACAAA

QA 1 378 1 378
DS 



AS 1 2

CO CL6267Contig1 371 2 1 U
GGGGGGGAGGAGGAAGCTGATCCTGAGGACGACCCAGCGACCAATGGTGGAGCAGGAAGC
GATGATGACGACGACGATGACGGTGATGATGAGAGCGATAGTGATGATGATGATGACGAC
GAGGATGAGGAGGACGAAGATGATGAGGAGGAGGAAGATGACGAAGATGTTCGCCAGCCA
CCTGCTAAGAAGAGGAAATGAAACATGGGATTAAGTGGGGAGTGTTTTTTATGTGTGGGT
TAAAAGACTTGAAGAGGATCTCGTATGTGTTGGTTTTAAGTAGTTCAGTGAAACCTCCTC
TTATTATTCAGTTTCATCTTGTTGTGTTACTACCATTTATTGTTATCTCAGACTTTTCGA
CCTTGGATCTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FB64JQ C 1
AF RR3FB64TF U 1
BS 1 371 RR3FB64TF

RD RR3FB64JQ 371 0 0
GGGGGGGAGGAGGAAGCTGATCCTGAGGACGACCCAGCGACCAATGGTGGAGCAGGAAGC
GATGATGACGACGACGATGACGGTGATGATGAGAGCGATAGTGATGATGATGATGACGAC
GAGGATGAGGAGGACGAAGATGATGAGGAGGAGGAAGATGACGAAGATGTTCGCCAGCCA
CCTGCTAAGAAGAGGAAATGAAACATGGGATTAAGTGGGGAGTGTTTTTTATGTGTGGGT
TAAAAGACTTGAAGAGGATCTCGTATGTGTTGGTTTTAAGTAGTTCAGTGAAACCTCCTC
TTATTATTCAGTTTCATCTTGTTGTGTTACTACCATTTATTGTTATTTCAGACTTTTCGA
CCTTGGATCTT

QA 1 371 1 371
DS 

RD RR3FB64TF 371 0 0
GGGGGGGAGGAGGAAGCTGATCCTGAGGACGACCCAGCGACCAATGGTGGAGCAGGAAGC
GATGATGACGACGACGATGACGGTGATGATGAGAGCGATAGTGATGATGATGATGACGAC
GAGGATGAGGAGGACGAAGATGATGAGGAGGAGGAAGATGACGAAGATGTTCGCCAGCCA
CCTGCTAAGAAGAGGAAATGAAACATGGGATTAAGTGGGGAGTGTTTTTTATGTGTGGGT
TAAAAGACTTGAAGAGGATCTCGTATGTGTTGGTTTTAAGTAGTTCAGTGAAACCTCCTC
TTATTATTCAGTTTCATCTTGTTGTGTTACTACCATTTATTGTTATCTCAGACTTTTCGA
CCTTGGATCTT

QA 1 371 1 371
DS 



AS 1 2

CO CL6268Contig1 782 2 3 U
GGGTTACTTCAGTTGAGATGCCGAAAGCAGACCCCATGGGTAATCTTTGCAGTTCTCTCC
ACAGTGGTTGGTTATTGTGCCAAAACATACTTCACGTTAAGTGTTTTCCATTCGTCCTTC
CCCTTCATTCATTCTTTTGTGTGTTTGTTAGGCTTATCGCAAAGTTGTTTTACCTCAGTT
TCCAGCAGAACATGGCAACGTACCAGAACTTGATAACACAATCCATGTATGATAAACAAC
TAGACAGCGGGAAGGGAACGCTATTACACTTGTGCGATGACGTTATTCAGCAAGAAGTAA
AGTTCCTGCCTGCATGAATCTAGTCTTTTATTCATATTGGGGGGCGTGAATGCCTTTAGA
ATAGGAACACTCCCTAATTCGGGTTACACGCGCAGGTAAAAGAGGTGATGATTTCCTTCT
ACATACTAATGGAGCAGGGGAAAGCTACCTTGGAGGATCTGGATCTGAGATGTGAGGAAC
TGATAAAGGAAGAGTTAGGTGAGAGGTGTAACTTTGATGTGGATGATGCAGTCCAGAAGC
TAGAGAAGTTGGGGATCGTTGCCCGTGACACCATTGGAAGGTACTACTGCATGGGGCTGA
AGCGAGCCAACGAGATCATAGGGACCACCACCGAGGAGCTTGTCCTGAAGGCCAAACAGG
GCGTCACTCCTTCTTGAACTTACCACCTTTTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTTTAACATTT
GTTCTCTCATTTCAGTAAAACTCTAAATGACGAAAGTGATATCGGTTGTTTACAAAATCC
AT


BQ
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20 20 

AF RR3A877JQ C 1
AF RR3A877TF U 1
BS 1 34 RR3A877TF
BS 35 35 RR3A877JQ
BS 36 782 RR3A877TF

RD RR3A877JQ 782 0 0
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CCCTTCATTCATTCTTTTGTGTGTTTGTTAGGCTTATCGCAAAGTTGTTTTACCTCAGTT
TCCAGCAGAACATGGCAACGTACCAGAACTTGATAACACAATCCATGTATGATAAACAAC
TAGACAGCGGGAAGGGAACGCTATTACACTTGTGCGATGACGTTATTCAGCAAGAAGTAA
AGTTCCTGCCTGCATGAATCTAGTCTTTTATTCATATTGGGGGGCGTGAATGCCTTTAGA
ATAGGAACACTCCCTAATTCGGGTTACACGCGCAGGTAAAAGAGGTGATGATTTCCTTCT
ACATACTAATGGAGCAGGGGAAAGCTACCTTGGAGGATCTGGATCTGAGATGTGAGGAAC
TGATAAAGGAAGAGTTAGGTGAGAGGTGTAACTTTGATGTGGATGATGCAGTCCAGAAGC
TAGAGAAGTTGGGGATCGTTGCCCGTGACACCATTGGAAGGTACTACTGCATGGGGCTGA
AGCGAGCCAACGAGATCATAGGGACCACCACCGAGGAGCTTGTCCTGAAGGCCAAACAGG
GCGTCACTCCTTCTTGAACTTACCACCTTTTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTTTAACATTT
GTTCTCTCATTTCAGTAAAACTCTAAATGACGAAAGTGATATCGGTTGTTTACAAAATCC
AT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3A877TF 782 0 0
GGGTTACTTCAGTTGAGATGCCGAAAGCAGACCC*ATGGGTAATCTTTGCAGTTCTCTCC
ACAGTGGTTGGTTATTGTGCCAAAACATACTTCACGTTAAGTGTTTTCCATTCGTCCTTC
CCCTTCATTCATTCTTTTGTGTGTTTGTTAGGCTTATCGCAAAGTTGTTTTACCTCAGTT
TCCAGCAGAACATGGCAACGTACCAGAACTTGATAACACAATCCATGTATGATAAACAAC
TAGACAGCGGGAAGGGAACGCTATTACACTTGTGCGATGACGTTATTCAGCAAGAAGTAA
AGTTCCTGCCTGCATGAATCTAGTCTTTTATTCATATTGGGGGGCGTGAATGCCTTTAGA
ATAGGAACACTCCCTAATTCGGGTTACACGCGCAGGTAAAAGAGGTGATGATTTCCTTCT
ACATACTAATGGAGCAGGGGAAAGCTACCTTGGAGGATCTGGATCTGAGATGTGAGGAAC
TGATAAAGGAAGAGTTAGGTGAGAGGTGTAACTTTGATGTGGATGATGCAGTCCAGAAGC
TAGAGAAGTTGGGGATCGTTGCCCGTGACACCATTGGAAGGTACTACTGCATGGGGCTGA
AGCGAGCCAACGAGATCATAGGGACCACCACCGAGGAGCTTGTCCTGAAGGCCAAACAGG
GCGTCACTCCTTCTTGAACTTACCACCTTTTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTTTAACATTT
GTTCTCTCATTTCAGTAAAACTCTAAATGACGAAAGTGATATCGGTTGTTTACAAAATCC
AT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL6269Contig1 367 2 1 U
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TTCAACAGCCGCTGCTGCTTCTTCTATCATGGGTACTCGGGTGGTTTCCGACGTCAACTC
CGGTTCAGGCCGGTTCACAGCCCTTCTTGGGACTTGCGGTTCAGGCGGCTGCAACGGGTA
AAGGACCGCTCAACAACTGGGCGACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACACCACCATCATCG
ACACCTTCTCGTCCTCTTGATCTGGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTAATGTAATGATG
TAATGATGTCCATCTTTAAGACAAGTTTGTATAACTATAAACTAACTTCTTGAAAGGTTT
AGTGCTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D418JQ C 1
AF RR3D418TF U 1
BS 1 367 RR3D418TF

RD RR3D418JQ 367 0 0
GGATCACAACTCAACAAACGTGTGACAAAACGTACAAACAGCTCTCGAGATGGCCGCCAC
TTCAACAGCCGCTGCTGCTTCTTCTATCATGGGTACTCGGGTGGTTTCCGACGTCAACTC
CGGTTCAGGCCGGTTCACAGCCCTTCTTGGGACTTGCGGTTCAGGCGGCTGCAACGGGTA
AAGGACCGCTCAACAACTGGGCGACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACACCACCATCATCG
ACACCTTCTCGTCCTCTTGATCTGGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTAATGTAATGATG
TAATGATGTCCATCTTTAAGACAAGTTTGTATAACTATAAACTAACTTCTTGAAAGGTTT
AGTGCTG

QA 1 367 1 367
DS 

RD RR3D418TF 367 0 0
GGATCACAACTCAACAAACGTGTGACAAAACGTACAAACAGCTCTCGAGATGGCCGCCAC
TTCAACAGCCGCTGCTGCTTCTTCTATCATGGGTACTCGGGTGGTTTCCGACGTCAACTC
CGGTTCAGGCCGGTTCACAGCCCTTCTTGGGACTTGCGGTTCAGGCGGCTGCAACGGGTA
AAGGACCGCTCAACAACTGGGCGACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACACCACCATCATCG
ACACCTTCTCGTCCTCTTGATCTGGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTAATGTAATGATG
TAATGATGTCCATCTTTAAGACAAGTTTGTATAACTATAAACTAACTTCTTGAAAGGTTT
AGTGCTG

QA 1 367 1 367
DS 



AS 1 2

CO CL6270Contig1 956 2 2 U
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GCACTTAGGTCTCCCTGTTTTCAACTCTGTTGCTGAAGCAAAAGCTGAGACCAAAGCCAA
TGCTTCCGTGATTTACGTCCCTGCGCCTTTCGCTGCTGCTGCTATTATGGAGGGTATACA
AGCTGAGTTGGATCTTGTTGTCTGCATTACCGAAGGAATCCCTCAACATGACATGGTACG
CGTAAAGCATGCTCTTAACAGTCAGTCAAAAACTAGGCTGATTGGTCCAAACTGCCCTGG
GATTATCAAGCCTGGTGAATGCAAGATTGGAATTATGCCTGGTTACATCCACAAGCCTGG
CAAGATTGGGATTGTCTCTCGTTCTGGAACCTTGACTTATGAAGCTGTTTTCCAAACAAC
TGCAGTAGGTCTAGGCCAGTCTACTTTTGTAGGAATTGGTGGGGATCCTTTTAACGGTAC
CAACTTTGTCGACTGCTTGGAGAAGTTCTTTGTTGATCCTCAGACAGAAGGTATCGTTCT
CATTGGAGAAATTGGAGGCACTGCGGAAGAAGATGCTGCAGCTTTGATAAAGGCAAGTGG
TACTGAGAAGCCTGTTGTTGCTTTTATTGCTGGACTCACTGCACCACCTGGTCGTCGAAT
GGGGCATGCAGGAGCTATTGTTTCTGGTGGCAAAGGTACGGCTCAGGACAAGATTAAGAG
TCTAAATGATGCTGGGGTGAAGGTTGTTGAATCTCCGGCCAAGATAGGAGCGGCAATGTA
TGATCTCTTTAAAGAAAGAGGTCTTTTGAAGCACTGAAGTGAATTTTCACTAGCTCACGC
TATCTTCCATCTTGAAACATTCAAGAAAACAAAAGAAAAACCCTAATTCCTCACTTCTCT
TCTTGAGGTTGTTTTTCTAAATCGATATTTTTTTTTCAATTGAAGAGTTGATTAGC


BQ
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AF RR3GS23TF U 1
AF RR3GS23JQ C 222
BS 1 588 RR3GS23TF
BS 589 956 RR3GS23JQ

RD RR3GS23TF 588 0 0
GGCCATTGAGTACGGCACCAAAATGGTGGCAGGAGTGACACCAAAGAAGGGTGGAACAGA
GCACTTAGGTCTCCCTGTTTTCAACTCTGTTGCTGAAGCAAAAGCTGAGACCAAAGCCAA
TGCTTCCGTGATTTACGTCCCTGCGCCTTTCGCTGCTGCTGCTATTATGGAGGGTATACA
AGCTGAGTTGGATCTTGTTGTCTGCATTACCGAAGGAATCCCTCAACATGACATGGTACG
CGTAAAGCATGCTCTTAACAGTCAGTCAAAAACTAGGCTGATTGGTCCAAACTGCCCTGG
GATTATCAAGCCTGGTGAATGCAAGATTGGAATTATGCCTGGTTACATCCACAAGCCTGG
CAAGATTGGGATTGTCTCTCGTTCTGGAACCTTGACTTATGAAGCTGTTTTCCAAACAAC
TGCAGTAGGTCTAGGCCAGTCTACTTTTGTAGGAATTGGTGGGGATCCTTTTAACGGTAC
CAACTTTGTCGACTGCTTGGAGAAGTTCTTTGTTGATCCTCAGACAGAAGGTATCGTTCT
CATTGGAGAAATTGGAGGCACTGCGGAAGAAGATGCTGCAGCTTTGAT

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3GS23JQ 735 0 0
CTCAACATGACATGGTACGCGTAAAGCATGCTCTTAACAGTCAGTCAAAAACTAGGCTGA
TTGGTCCAAACTGCCCTGGGATTATCAAGCCTGGTGAATGCAAGATTGGAATTATGCCTG
GTTACATCCACAAGCCTGGCAAGATTGGGATTGTCTCTCGTTCTGGAACCTTGACTTATG
AAGCTGTTTTCCAAACAACTGCAGTAGGTCTAGGCCAGTCTACTTTTGTAGGAATTGGTG
GGGATCCTTTTAACGGTACCAACTTTGTCGACTGCTTGGAGAAGTTCTTTGTTGATCCTC
AGACAGAAGGTATCGTTCTCATTGGAGAAATTGGAGGCACTGCGGAAGAAGATGCTGCAG
CTTTGATAAAGGCAAGTGGTACTGAGAAGCCTGTTGTTGCTTTTATTGCTGGACTCACTG
CACCACCTGGTCGTCGAATGGGGCATGCAGGAGCTATTGTTTCTGGTGGCAAAGGTACGG
CTCAGGACAAGATTAAGAGTCTAAATGATGCTGGGGTGAAGGTTGTTGAATCTCCGGCCA
AGATAGGAGCGGCAATGTATGATCTCTTTAAAGAAAGAGGTCTTTTGAAGCACTGAAGTG
AATTTTCACTAGCTCACGCTATCTTCCATCTTGAAACATTCAAGAAAACAAAAGAAAAAC
CCTAATTCCTCACTTCTCTTCTTGAGGTTGTTTTTCTAAATCGATATTTTTTTTTCAATT
GAAGAGTTGATTAGC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL6271Contig1 1038 2 4 U
GGACTGAACAGTCTCACAAGAGCAAAGTGAAAGATCGTTGCTTGATTAATGTCACTCTCT
TCCTCTTCATCATCATCCTCGTCTTCTCAGAAGACATGGATTATACACGGAATCTTAGCT
GGAACAGCGATCGCAGCAGCGATTGGCGCACGTGCGTATCTGGGTAGATCCAGGAAATTC
CGGAGCCGGGTCTTCGGAATCATCCCCGCCCGTTACGCCTCCTCTCGATTCGAAGGCAAG
CCTCTCGTGAAAATCCTCGGCAAACCCATGATCCAGAGAACTTGGGAGAGGTCGAAGTTA
GCTTCTACGCTTGATCACGTTGTTGTAGCAACGGATGATGAAAGGATTGCGGATTGCTGT
CGTGGGTTTGGTGCTGATGTCATCATGACTTCAGAGTCTTGCAGAAACGGTACTGAGCGG
TGCAATGAAGCACTAGAAAAGCTGGAGAAGAAGTATGATGTGGTTGTTAACATTCAAGGA
GATGAACCACTCATCGAGCCTGAGATTATAGACGGTGTTGTCAAAGCACTTCAGTTAGCA
CCTGATGCAGTGTTTAGCACAGCCGTGACTTCATTGAAACCAGAAGACGGACTTGATCCT
AACCGAGTCAAGTGTGTGGTGGACAACCGTGGCTACGCTATCTATTTTTCTCGGGGTTTG
ATTCCTTATAACAAGAGTGGTAAAGTCAATCCAGACTTCCCTTACATGCTTCATCTTGGA
ATACAGAGCTTTGATTCGAAGTTTCTCAAAGTATATTCGGAGCTTCAACCAACGCCACTG
CAGCTAGAAGAGGATCTAGAGCAGCTCAAAGTCCTTGAAAATGGCTACAGAATGAATGTT
ATAAAGGTGGATCATGAAGCTCATGGAGTTGATACACCTGATGATGTCGAAAAAATTGAA
TCTTTAATGCGGGAAAGAAACCTCCCCTAGTCCACATGATACAGAGATCTTATGCATAAT
GTCTCCACTATGTACAAATATTAACGTTCCACATAATACTTGTTTGTAACATATGCAAGT
ATGGCGACTAAGTTTGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CH85TF U 1
AF RR3CF13TF U 265
BS 1 548 RR3CH85TF
BS 549 549 RR3CF13TF
BS 550 648 RR3CH85TF
BS 649 1038 RR3CF13TF

RD RR3CH85TF 648 0 0
GGACTGAACAGTCTCACAAGAGCAAAGTGAAAGATCGTTGCTTGATTAATGTCACTCTCT
TCCTCTTCATCATCATCCTCGTCTTCTCAGAAGACATGGATTATACACGGAATCTTAGCT
GGAACAGCGATCGCAGCAGCGATTGGCGCACGTGCGTATCTGGGTAGATCCAGGAAATTC
CGGAGCCGGGTCTTCGGAATCATCCCCGCCCGTTACGCCTCCTCTCGATTCGAAGGCAAG
CCTCTCGTGAAAATCCTCGGCAAACCCATGATCCAGAGAACTTGGGAGAGGTCGAAGTTA
GCTTCTACGCTTGATCACGTTGTTGTAGCAACGGATGATGAAAGGATTGCGGATTGCTGT
CGTGGGTTTGGTGCTGATGTCATCATGACTTCAGAGTCTTGCAGAAACGGTACTGAGCGG
TGCAATGAAGCACTAGAAAAGCTGGAGAAGAAGTATGATGTGGTTGTTAACATTCAAGGA
GATGAACCACTCATCGAGCCTGAGATTATAGACGGTGTTGTCAAAGCACTTCAGTTAGCA
CCTGATGCGGTGTTTAGCACAGCCGTGACTTCATTGAAACCAGAAGACGGACTTGATCCT
AACCGAGTCAAGTGTGTGGTGGACAACCGTGGCTACGCTATCTATTTT

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3CF13TF 774 0 0
G
CCATGATCCAGAGAACTTGGGAGAGGTCGAAGTTAGCTTCTACGCTTGATCACGTTGTTG
TAGCAACGGATGATGAAAGGATTGCGGATTGCTGTCGTGGGTTTGGTGCTGATGTCATCA
TGACTTCAGAGTCTTGCAGAAATGGTACTGAGCGGTGCAATGAAGCACTAGAAAAGCTGG
AGAAGAAGTATGATGTGGTTGTTAACATTCAAGGAGATGAACCACTCATTGAGCCTGAGA
TTATAGACGGTGTTGTCAAAGCACTTCAGTTGGCACCTGATGCAGTGTTTAGCACAGCCG
TGACTTCATTGAAACCAGAAGACGGACTTGATCCTAACCGAGTCAAGTGTGTGGTGGACA
ACCGTGGCTACGCTATCTATTTTTCTCGGGGTTTGATTCCTTATAACAAGAGTGGTAAAG
TCAATCCAGACTTCCCTTACATGCTTCATCTTGGAATACAGAGCTTTGATTCGAAGTTTC
TCAAAGTATATTCGGAGCTTCAACCAACGCCACTGCAGCTAGAAGAGGATCTAGAGCAGC
TCAAAGTCCTTGAAAATGGCTACAGAATGAATGTTATAAAGGTGGATCATGAAGCTCATG
GAGTTGATACACCTGATGATGTCGAAAAAATTGAATCTTTAATGCGGGAAAGAAACCTCC
CCTAGTCCACATGATACAGAGATCTTATGCATAATGTCTCCACTATGTACAAATATTAAC
GTTCCACATAATACTTGTTTGTAACATATGCAAGTATGGCGACTAAGTTTGAA

QA 2 774 2 774
DS 



AS 1 2

CO CL6272Contig1 383 2 1 U
GGGTGATGCGATGGAACAAGAAGAACGTCATCAACCTCGTCTCCAACTCAACCAACCTCC
TCCCTTCCCCTCTAACCCCGCCGCCACCTGAGATCTACAGACTACCACAACATCATCAGC
GTCATTCTCAGCCACAAATCATTCCTACGCCTGTGACTAACAACGACGTTGCTCAGGCGA
CATCACCACCTGTCTCGGTGAAACCGGAGAACTAAAACACAGCGAAACTCAACACTCATT
GTACAATATCTGTAAAACTGATAAGTAGTTATATATAAAAAAAACTACCTGTTTTTTTTT
TTGTGACAAAGAGCTTTAGCGGTAAATTTGTACTGATGGTGTACCGGTTTTGGTAATACC
AAATGTAGGATTACTTTTTAAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AQ06JQ C 1
AF RR3AQ06TF U 1
BS 1 383 RR3AQ06TF

RD RR3AQ06JQ 383 0 0
GGGTGATGCGATGGAACAAGAAGAACGTCATCAACCTCGTTTCCAACTCAACCAACCTCC
TCCCTTCCCCTCTAACCCCGCCGCCACCTGAGATTTACAGACTACCACAACATCATCAGC
GTCATTTTCAGCCACAAATCATTCCTACGCCTGTGACTAACAACGACGTTGCTCAGGGGA
CATCACCACCTGTCTCGGTGAAACCGGAGAACTAAAACACAGCGAAACTCAACACTCATT
GTACAATATCTGTAAAACTGATAAGTAGTTATATATAAAAAAAACTACCTGTTTTTTTTT
TTGTGACAAAGAGCTTTAGCGGTAAATTTGTACTGATGGTGTACCGGTTTTGGTAATACC
AAATGTAGGATTACTTTTTAAAC

QA 1 383 1 383
DS 

RD RR3AQ06TF 383 0 0
GGGTGATGCGATGGAACAAGAAGAACGTCATCAACCTCGTCTCCAACTCAACCAACCTCC
TCCCTTCCCCTCTAACCCCGCCGCCACCTGAGATCTACAGACTACCACAACATCATCAGC
GTCATTCTCAGCCACAAATCATTCCTACGCCTGTGACTAACAACGACGTTGCTCAGGCGA
CATCACCACCTGTCTCGGTGAAACCGGAGAACTAAAACACAGCGAAACTCAACACTCATT
GTACAATATCTGTAAAACTGATAAGTAGTTATATATAAAAAAAACTACCTGTTTTTTTTT
TTGTGACAAAGAGCTTTAGCGGTAAATTTGTACTGATGGTGTACCGGTTTTGGTAATACC
AAATGTAGGATTACTTTTTAAAC

QA 1 383 1 383
DS 



AS 1 2

CO CL6273Contig1 370 2 1 U
GGAGACATTTGCGATTCCCAAATCCCCTCAACCCCTTGATTTCCTTTAACCACTCCTATT
TCCTTTCTTTAATTATCAAAACTGGAAACCCAATATACTCTGCCCTCTGCGACGTCGAGA
AGGCAATCACAGATGGGTTCATCATCATCTCCCATTGAAGAAAATGTCAACCGAGGGTCA
CATGAATATGAAGATGAAGATGATTTCATGACTCTTGATAGTGATCAAAGAGGCAAAAGG
AAACAGAATGTTTCAGTTTGTTTGGATTTGTTTGCTTAAACTATGAGACTGAGATTATTT
GTTTCAAGTTGTTTGGATTTGTTTGGATTTGTTTGCTTAAACTATGTGACTAAGATTATT
TGTTTCAAGT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3BN30TF U 1
AF RR3E647TF U 2
BS 1 370 RR3BN30TF

RD RR3BN30TF 370 0 0
GGAGACATTTGCGATTCCCAAATCCCCTCAACCCCTTGATTTCCTTTAACCACTCCTATT
TCCTTTCTTTAATTATCAAAACTGGAAACCCAATATACTCTGCCCTCTGCGACGTCGAGA
AGGCAATCACAGATGGGTTCATCATCATCTCCCATTGAAGAAAATGTCAACCGAGGGTCA
CATGAATATGAAGATGAAGATGATTTCATGACTCTTGATAGTGATCAAAGAGGCAAAAGG
AAACAGAATGTTTCAGTTTGTTTGGATTTGTTTGCTTAAACTATGAGACTGAGATTATTT
GTTTCAAGTTGTTTGGATTTGTTTGGATTTGTTTGCTTAAACTATGTGACTAAGATTATT
TGTTTCAAGT

QA 1 370 1 370
DS 

RD RR3E647TF 369 0 0
GG
GACATTTGCGATTCCCAAATCCCCTCAACCCCTTGATTTCCTTTAACCACTCCTATTTCC
TTTCTTTAATTATCAAAACTGGAAACCCAATATACTCTGCCCTCTGCGACGTCGAGAAGG
CAATCACAGATGGGTTCATCATCATCTCCCATTGAAGAAAATGTCAACCGAGGGTCACAT
GAATATGAAGATGAAGATGATTTCATGACTCTTGATAGTGATCAAAGAGGCAAAAGGAAA
CAGAATGTTTCAGTTTGTTTGGATTTGTTTGCTTAAACTATGAGACTGAGATTATTTGTT
TCAAGTTGTTTGGATTTGTTTGGATTTGTTTGCTTAAACTATGTGACTAAGATTATTTGT
TTCAAGT

QA 3 369 3 369
DS 



AS 1 2

CO CL6274Contig1 1090 2 6 U
GGCTATTGCTTGGTGAAGAAGAGGGTCTTTTGATTGGTTTTTTCTTTCTCAACGGTAGCT
AATCGAATCAAAAAGATTTGGCCTTTCGTCGTCTCTGTTTGCAACCCTAAACTCTCTCTC
CGACACGTTTGTTTTCGGTAATAATGCGACCGTTTATGTCTGGCTCGAGAGCTTTGTTCA
GCTTAATTTCATGTCGAAACGCAATCAGGAGCCCGATTAATCGCTCCGGGATCGTTCCGA
GCAGTTTTAAATGGAATCGATTTCGCCGATTTGGCTCTCTTTCGGGGGTAGGTAGATGCT
CTTCTCACGGGTTGATGTCCGATAATGATGGTAGAAGAGTCTCTTTCGGTACTGGGAGCT
TAAATCAAAGACGGCATTTTCTGGGTTGTGGAGATGGGGAAGAAGGTGGTGGTGAATTAT
CAAAGATCTACGAAGAGAGACGTGTCTTGGGGTATTCTCAGGAGCAATTGTTTAATGTAG
TTCTAGCTGTAGACTTGTACCACGGCTTTGTTCCTTGGTGTCAACGCTCCGAGGTTCTTA
AAGAATACTCTGATGGCTCTTTCGACGCTGAGCTCGAGATTGGTTTCAAGTTTCTTGTTG
AGAGTTACATCTCCCATGTTGAGTTCGAAAGACCCAAATGGATTAAGACAACAGCGAGAG
ACACCGGCCTGTTTGACCATTTGATCAACCTCTGGCATTTCAAACCAGGTCCCATTCCAG
GAACCTGCGAGCTTTCTATTCTTGTCGATTTCAAATTCAACTCACCTCTCTATCGCCAGG
TGGCTTCGATGTTCTTAAAGGAGGTAGCAACAAGGCTCATTGGGGCGTTTAGTGACCGAT
GCCGACTTGTGTATGGTCCTGGAATTCCTGTGGATGCAAACTCATATGAACAAAAAGCTT
GATACATATAATCCTATTAAATGAAACTAACAATTATCAGGTTAGTTTGCATGTTGTTTG
CTAGAAAGAGCGATTACCCCATAGCTTTTTGTTGCAATTTTTTTCCATATATGAATTGCT
TTTGCATTATCAACACATTAGATGTTTGTTTAAATGTAAAAGCTGAATTTAATTACATCC
GTTTCTCCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB40TF U 1
AF RR3FB40JQ C 315
BS 1 664 RR3FB40TF
BS 665 665 RR3FB40JQ
BS 666 677 RR3FB40TF
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BS 679 687 RR3FB40TF
BS 688 1090 RR3FB40JQ

RD RR3FB40TF 694 0 0
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GCTTAATTTCATGTCGAAACGCAATCAGGAGCCCGATTAATCGCTCCGGGATCGTTCCGA
GCAGTTTTAAATGGAATCGATTTCGCCGATTTGGCTCTCTTTCGGGGGTAGGTAGATGCT
CTTCTCACGGGTTGATGTCCGATAATGATGGTAGAAGAGTCTCTTTCGGTACTGGGAGCT
TAAATCAAAGACGGCATTTTCTGGGTTGTGGAGATGGGGAAGAAGGTGGTGGTGAATTAT
CAAAGATCTACGAAGAGAGACGTGTCTTGGGGTATTCTCAGGAGCAATTGTTTAATGTAG
TTCTAGCTGTAGACTTGTACCACGGCTTTGTTCCTTGGTGTCAACGCTCCGAGGTTCTTA
AAGAATACTCTGATGGCTCTTTCGACGCTGAGCTCGAGATTGGTTTCAAGTTTCTTGTTG
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ACAC*GGCCTGTTTGAC*ATTTGATCA
CCTCTGG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3FB40JQ 776 0 0
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CATTTTCTGGGTTGTGGAGATGGGGAAGAAGGTGGTGGTGAATTATCAAAGATCTACGAA
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TTGTACCACGGCTTTGTTCCTTGGTGTCAACGCTCCGAGGTTCTTAAAGAATACTCTGAT
GGCTCTTTCGACGCTGAGCTCGAGATTGGTTTCAAGTTTCTTGTTGAGAGTTACATCTCC
CATGTTGAGTTCGAAAGACCCAAATGGATTAAGACAACAGCGAGAGACACCGGCCTGTTT
GACCATTTGATCAACCTCTGGCATTTCAAACCAGGTCCCATTCCAGGAACCTGCGAGCTT
TCTATTCTTGTCGATTTCAAATTCAACTCACCTCTCTATCGCCAGGTGGCTTCGATGTTC
TTAAAGGAGGTAGCAACAAGGCTCATTGGGGCGTTTAGTGACCGATGCCGACTTGTGTAT
GGTCCTGGAATTCCTGTGGATGCAAACTCATATGAACAAAAAGCTTGATACATATAATCC
TATTAAATGAAACTAACAATTATCAGGTTAGTTTGCATGTTGTTTGCTAGAAAGAGCGAT
TACCCCATAGCTTTTTGTTGCAATTTTTTTCCATATATGAATTGCTTTTGCATTATCAAC
ACATTAGATGTTTGTTTAAATGTAAAAGCTGAATTTAATTACATCCGTTTCTCCTT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL6275Contig1 1158 2 6 U
GGGGGATTTGTAGAAGAGAGATGACAAGTGTCAAGAGGAAACTAGACGATGAACTGTCGT
CTCCTTGGTTCTACACCGTTTGCACCATGGGAGGAATGCTCAGTGCTGGAACAACACATC
TTGCTATCACTCCTCTTGATGTCCTTAAAGTCAACATGCAGGTGAATCCTGTGAAGTACA
ATAGCATTCCCTCAGGTTTCTCCACTCTCTTAAGAGAACATGGCCGATCCTATCTCTGGA
GAGGTTGGTCAGGGAAGCTCTTAGGCTACGGTGTTCAAGGCGGATGCAGATTCGGTCTCT
ACGAGTACTTCAAGACACTCTACACCACTGTCTTGCCTAACAACAACAGAACTTCCATTT
ATTTTCTCAGTAGCGCTTCTGCTCAGATATTCGCAGATATGGCCTTGTGTCCTTTCGAAG
CCATTAAAGTTAGAGTACAGACGCAGCCCATGTTTGCAAAAGGGTTGCTTGATGGGTTTC
CACGAGTATATAGAAACGAAGGTCTTGCTGGCTTTCACAGGGGGCTTTTCCCGCTCTGGT
GTCGCAATCTTCCATTTTCTATGGTGATGTTCTCAACGTTTGAGCAGTCGGTGGAGTTTA
TATATGAGAACATCATCCAGAAAAGGAAGCAAGATTGCTCCAAAGCTCAGCAACTCGGTG
TCACATGTCTTGCTGGCTACACTACTGGAGCCGTTGGTACAATTATCTCTAACCCCGCAG
ATGTGGTTGTTTCGTCTCTCTACAACAACAAAGCCAAAAATGTGTTGCAGGCTGTGAGGA
ACATTGGGTTTGTTGGTCTTTTCACTAGAAGTCTTCCTGTTCGAATCACCATCGTTGGGC
CTGTCATAACCTTGCAATGGTTCTTTTATGACGCCATCAAAGTCTTGAGTGGATTCCCTA
CAAGTGGAGGAGTTGAGAAACCGGTGGATGCAACTAAGTTAGCAGTCTGAGGCTTAGAAG
AGTAGATTTATAAGTATCTGTCAACATCAGAACCAGAAACTCAAATACATATTATGCAAG
TAGAATACCACATCCTGCGGGTGTGTTGTGTAGCGATTCAAATGAGCGTTTTGATCTGTT
TTTTTTTAATTTCTTTTTCACTTGTTCAAACCGCTGGATTTGGATTGTAAGTAAAGTGCC
AATAATGATATTTTTGCG


BQ
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AF RR3CF89TF U 1
AF RR3CF89JQ C 365
BS 1 715 RR3CF89TF
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BS 733 744 RR3CF89TF
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RD RR3CF89TF 750 0 0
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CTCCTTGGTTCTACACCGTTTGCACCATGGGAGGAATGCTCAGTGCTGGAACAACACATC
TTGCTATCACTCCTCTTGATGTCCTTAAAGTCAACATGCAGGTGAATCCTGTGAAGTACA
ATAGCATTCCCTCAGGTTTCTCCACTCTCTTAAGAGAACATGGCCGATCCTATCTCTGGA
GAGGTTGGTCAGGGAAGCTCTTAGGCTACGGTGTTCAAGGCGGATGCAGATTCGGTCTCT
ACGAGTACTTCAAGACACTCTACACCACTGTCTTGCCTAACAACAACAGAACTTCCATTT
ATTTTCTCAGTAGCGCTTCTGCTCAGATATTCGCAGATATGGCCTTGTGTCCTTTCGAAG
CCATTAAAGTTAGAGTACAGACGCAGCCCATGTTTGCAAAAGGGTTGCTTGATGGGTTTC
CACGAGTATATAGAAACGAAGGTCTTGCTGGCTTTCACAGGGGGCTTTTCCCGCTCTGGT
GTCGCAATCTTCCATTTTCTATGGTGATGTTCTCAACGTTTGAGCAGTCGGTGGAGTTTA
TATATGAGAACATCATCCAGAAAAGGAAGCAAGATTGCTCCAAAGCTCAGCAACTCGGTG
TCACATGTCTTGCTGGCTACACTACTGGAGCCGTTGGTACAATTATCTCTAACCC*GCAG
ATGTGGTTGTT*CGTCTCTCTACA
CACAAG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3CF89JQ 794 0 0
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TAAAGTTAGAGTACAGACGCAGCCCATGTTTGCAAAAGGGTTGCTTGATGGGTTTCCACG
AGTATATAGAAACGAAGGTCTTGCTGGCTTTCACAGGGGGCTTTTCCCGCTCTGGTGTCG
CAATCTTCCATTTTCTATGGTGATGTTCTCAACGTTTGAGCAGTCGGTGGAGTTTATATA
TGAGAACATCATCCAGAAAAGGAAGCAAGATTGCTCCAAAGCTCAGCAACTCGGTGTCAC
ATGTCTTGCTGGCTACACTACTGGAGCCGTTGGTACAATTATCTCTAACCCCGCAGATGT
GGTTGTTTCGTCTCTCTACAACAACAAAGCCAAAAATGTGTTGCAGGCTGTGAGGAACAT
TGGGTTTGTTGGTCTTTTCACTAGAAGTCTTCCTGTTCGAATCACCATCGTTGGGCCTGT
CATAACCTTGCAATGGTTCTTTTATGACGCCATCAAAGTCTTGAGTGGATTCCCTACAAG
TGGAGGAGTTGAGAAACCGGTGGATGCAACTAAGTTAGCAGTCTGAGGCTTAGAAGAGTA
GATTTATAAGTATCTGTCAACATCAGAACCAGAAACTCAAATACATATTATGCAAGTAGA
ATACCACATCCTGCGGGTGTGTTGTGTAGCGATTCAAATGAGCGTTTTGATCTGTTTTTT
TTTAATTTCTTTTTCACTTGTTCAAACCGCTGGATTTGGATTGTAAGTAAAGTGCCAATA
ATGATATTTTTGCG

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL6276Contig1 744 2 2 U
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AAGCTCAATCCTTTCCTCATCTTCCCCAACTCTCACCTCCTCCCACGCCTTCCTCTCCCG
ACCCACCACACTCGAATTCCCATCTCGCTTCCTCTCTTCCTCCTCCTCCACGACCATCAG
CCACCGCGCGACCCACCTCCGCCCCATCGCCGCCGTCGAAGCCCCCGAAAAAATCGAGAA
AATCGGATCCGAGATCTCCTCCCTCACCCTCGAGGAGGCCCGCATCCTCGTCGACTACCT
CCAGGACAAGTTCGGCGTCTCCCCCCTCTCCCTGGCTCCCGCCGCGGCGGCTGTCGCCGC
TCCGGGAGACGGCGGAGGCGCGGCGGCCGCGGTGGAGGAGCAGACCGAGTTCGACGTGGT
GATCAACGAGGTGCCCAGCAGCTCGCGTATCGCGGTGATTAAGGCCGTGAGGGCTTTGAC
TAGCTTGGCGTTGAAGGAGGCGAAGGGGCTTATCGAAGGTCTGCCGAAGAAGTTTAAGGA
AGGTGTGACTAAGGATGAAGCTGAGGAGGCTAAGAAGCAGCTTGAAGAAGCTGGTGCTAA
GGTTTCCATTGCTTAAATGTGTTTTAACAATCTCAACTTTTTTTAATATAAAAATTGTGT
TTTTATTTCCGGAGTTTATGGGTTTTTTTGTTTGAATTGTTGGTTAAGCTTTGAGAAAGT
ATTGTAATTTGAATCAGTTTCGTT


BQ
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AF RR3FA04TF U 1
AF RR3FA04JQ C 599
BS 1 654 RR3FA04TF
BS 655 744 RR3FA04JQ

RD RR3FA04TF 654 0 0
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AAGCTCAATCCTTTCCTCATCTTCCCCAACTCTCACCTCCTCCCACGCCTTCCTCTCCCG
ACCCACCACACTCGAATTCCCATCTCGCTTCCTCTCTTCCTCCTCCTCCACGACCATCAG
CCACCGCGCGACCCACCTCCGCCCCATCGCCGCCGTCGAAGCCCCCGAAAAAATCGAGAA
AATCGGATCCGAGATCTCCTCCCTCACCCTCGAGGAGGCCCGCATCCTCGTCGACTACCT
CCAGGACAAGTTCGGCGTCTCCCCCCTCTCCCTGGCTCCCGCCGCGGCGGCTGTCGCCGC
TCCGGGAGACGGCGGAGGCGCGGCGGCCGCGGTGGAGGAGCAGACCGAGTTCGACGTGGT
GATCAACGAGGTGCCCAGCAGCTCGCGTATCGCGGTGATTAAGGCCGTGAGGGCTTTGAC
TAGCTTGGCGTTGAAGGAGGCGAAGGGGCTTATCGAAGGTCTGCCGAAGAAGTTTAAGGA
AGGTGTGACTAAGGATGAAGCTGAGGAGGCTAAGAAGCAGCTTGAAGAAGCTGGTGCTAA
GGTTTCCATTGCTTAAATGTGTTTTAACAATCTCAACTTTTTTTAATATAAAAA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3FA04JQ 146 0 0
AAGGTTTCCATTGCTTAAATGTGTTTTAACAATTTCAACTTTTTTTAATATAAAAATTGT
GTTTTTATTTCCGGAGTTTATGGGTTTTTTTGTTTGAATTGTTGGTTAAGCTTTGAGAAA
GTATTGTAATTTGAATCAGTTTCGTT

QA 1 146 1 146
DS 



AS 1 2

CO CL6277Contig1 1124 2 2 U
GAATGTCTACAGAGGGAAGCTTGGGGACGGAACCATGGTTGCGGTGAAACTTTTGAAAGA
TGTGAATGGAACCTCAGGGAACTCTCAGTTCCGTACCGAGCTTGAGATGATCAGCTTAGC
TGTTCACAGGGACTTGCTTCGGTTAATCGGTTACTGCGTGAGTTCTAGCGAAAGGCTTCT
TGTCTATCCTTACATGTCCAATGGCAGCGTCGCCTCTAGGCTTAAAGCTAAGCCTGCGTT
GGATTGGAGCACAAGGAAGAAGATAGCGATAGGAGCTGCGAGAGGTTTGTTTTATCTACA
CGAGCAGTGTGATCCCAAGATCATTCACCGTGATGTCAAGGCGGCGAATGTGCTTCTAGA
CGAGTGTTTTGAAGCTGTCGTTGGGGATTTTGGTCTCGCTAAGCTGCTCAACCACGAGGA
TTCTCATGTCACAACCGCGGTCAGAGGCACGGTTGGTCACATTGCGCCTGAGTATCTCTC
CACTGGTCAGTCATCTGAGAAAACCGATGTCTTTGGGTTCGGTATACTCTTGCTTGAGCT
CATCACGGGCATGAGAGCTCTCGAGTTTGGCAAAACCGTTAGCCAGAAAGGAGCCATGCT
TGAATGGGTGAGGAAGCTGCACAAAGAAATGAAAGTAGAGGAGCTTGTGGACAGAGAGCT
TGGGACGACGTACGATAAGATAGAAGTTGGAGAGATGCTGCAAGTGGCTTTGCTCTGCAC
TCAGTTCCTTCCAGCGCACAGACCGAAAATGTCTGAAGTGGTTCAGATGCTTGAAGGAGA
TGGATTAGCTGAGAGATGGGCTGCTTCACATAACCATTCACATTTCTACCATGCCAACAT
GTCTTACAGAAGTATTACCTCTACTGATGCTAATGGAGACAACCAAACCAAACATCTGTT
TGGATCCTCAGGGTTTGATGATGAAGATGATAATCATGCATTAGATTCTTTTGTCATGGA
ACTATCTGGTCCAAGGTAGAGAAAGAAAGAAAGATCATATCCCTCATGAGTTCAATTTTT
TTTTTTTTGGAGATGATATAGACATGTAAATTGTATGGAAATTTGAGATTATGGGGTCTA
ATGTTTACTATTTTGGATGTATATATTATTTATTTTGGAAGGTG


BQ
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AF RR3G551TF U 1
AF RR3G551JQ C 425
BS 1 742 RR3G551TF
BS 743 1124 RR3G551JQ

RD RR3G551TF 742 0 0
GAATGTCTACAGAGGGAAGCTTGGGGACGGAACCATGGTTGCGGTGAAACTTTTGAAAGA
TGTGAATGGAACCTCAGGGAACTCTCAGTTCCGTACCGAGCTTGAGATGATCAGCTTAGC
TGTTCACAGGGACTTGCTTCGGTTAATCGGTTACTGCGTGAGTTCTAGCGAAAGGCTTCT
TGTCTATCCTTACATGTCCAATGGCAGCGTCGCCTCTAGGCTTAAAGCTAAGCCTGCGTT
GGATTGGAGCACAAGGAAGAAGATAGCGATAGGAGCTGCGAGAGGTTTGTTTTATCTACA
CGAGCAGTGTGATCCCAAGATCATTCACCGTGATGTCAAGGCGGCGAATGTGCTTCTAGA
CGAGTGTTTTGAAGCTGTCGTTGGGGATTTTGGTCTCGCTAAGCTGCTCAACCACGAGGA
TTCTCATGTCACAACCGCGGTCAGAGGCACGGTTGGTCACATTGCGCCTGAGTATCTCTC
CACTGGTCAGTCATCTGAGAAAACCGATGTCTTTGGGTTCGGTATACTCTTGCTTGAGCT
CATCACGGGCATGAGAGCTCTCGAGTTTGGCAAAACCGTTAGCCAGAAAGGAGCCATGCT
TGAATGGGTGAGGAAGCTGCACAAAGAAATGAAAGTAGAGGAGCTTGTGGACAGAGAGCT
TGGGACGACGTACGATAAGATAGAAGTTGGAGAGATGCTGCAAGTGGCTTTGCTCTGCAC
TCAGTTCCTTCCAGCGCACAGA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3G551JQ 700 0 0
CATGTCACAACCGCGGTCAGAGGCACGGTTGGTCACATTGCGCCTGAGTATCTCTCCACT
GGTCAGTCATCTGAGAAAACCGATGTCTTTGGGTTCGGTATACTCTTGCTTGAGCTCATC
ACGGGCATGAGAGCTCTCGAGTTTGGCAAAACCGTTAGCCAGAAAGGAGCCATGCTTGAA
TGGGTGAGGAAGCTGCACAAAGAAATGAAAGTAGAGGAGCTTGTGGACAGAGAGCTTGGG
ACGACGTACGATAAGATAGAAGTTGGAGAGATGCTGCAAGTGGCTTTGCTCTGCACTCAG
TTCCTTCCAGCGCACAGACCGAAAATGTCTGAAGTGGTTCAGATGCTTGAAGGAGATGGA
TTAGCTGAGAGATGGGCTGCTTCACATAACCATTCACATTTCTACCATGCCAACATGTCT
TACAGAAGTATTACCTCTACTGATGCTAATGGAGACAACCAAACCAAACATCTGTTTGGA
TCCTCAGGGTTTGATGATGAAGATGATAATCATGCATTAGATTCTTTTGTCATGGAACTA
TCTGGTCCAAGGTAGAGAAAGAAAGAAAGATCATATCCCTCATGAGTTCAATTTTTTTTT
TTTTGGAGATGATATAGACATGTAAATTGTATGGAAATTTGAGATTATGGGGTCTAATGT
TTACTATTTTGGATGTATATATTATTTATTTTGGAAGGTG

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL6278Contig1 872 2 3 U
GGATTCCCAGTCCTACATGTGCATCTTTGTCCGGTGTTGCAGTGGTTGGTCCTAATATAT
ACGTCATTGGCGGTGGATCAAAGAATAATGCTTGGTCCAGCGTTATGGTCATGGACAGTC
GTTTTTACACATGGCGTGAGGCTCCAAGCATGCGTGTAGCCCGTGTGCTCCCATCTGCTT
GCGTCGTTGATGAGAAAATATATGTTGCGGGAGGCTATGATAATCTCGATTCAACGAACT
GGATGGAGGTTTTTGATACGAAGACTCAAACTTGGGAGTTTCTACATATCCCGAGCGAGG
AGATATGCTTAGGGTCTGAGTACCAAAGCGCAAAGTATGAAGGAACCGTCTATGTGAGGT
CTCGGAAGAAACGTGCGACTTACAAGTTGCATAAAGGTAGATGGAGAGCGGCAGACATAG
GGATGGATGGAGGATGGGCTTTGTCGCGATACTCTTATTGTGTGATAGAGAACGTGTTCT
ATCGTTACAGTGATAGGAAGATGCATTGGTATGACGTCCGAAAAAAAGTATGGACAACTG
TTAAGGGTTTGGAAAGATTCTCTATGTTGCTTTTTTCTAAGGGTAACGTTCAGTTGGCCG
ATCATGGTGGGAAAATAGTGATTTTGTGCGAGGAGTATGTGTTTGCTGATAAGAGTATAA
CGATTTGGTGTGCAGAAATTATCCTTGAAAAACGCCAAAATCAGGAAATTTGGGGGACAC
TCGAATGCTTTGAGAATGTGTTAATATCCAATGATAATCCCTATATATCCAATAAAGCAG
ACGGTACAGTGGGTTTAGTGCATGCTTTTACTTCTACGGTTTGGTGAACTGAACCCATTC
ACCAATGCAATGGATATTATAATGTTTTGTTC


BQ
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AF RR3AY06TF U 2
AF RR3AY06JQ C 1
BS 1 1 RR3AY06JQ
BS 2 781 RR3AY06TF
BS 782 872 RR3AY06JQ

RD RR3AY06TF 780 0 0
GATTCCCAGTCCTACATGTGCATCTTTGTCCGGTGTTGCAGTGGTTGGTCCTAATATATA
CGTCATTGGCGGTGGATCAAAGAATAATGCTTGGTCCAGCGTTATGGTCATGGACAGTCG
TTTTTACACATGGCGTGAGGCTCCAAGCATGCGTGTAGCCCGTGTGCTCCCATCTGCTTG
CGTCGTTGATGAGAAAATATATGTTGCGGGAGGCTATGATAATCTCGATTCAACGAACTG
GATGGAGGTTTTTGATACGAAGACTCAAACTTGGGAGTTTCTACATATCCCGAGCGAGGA
GATATGCTTAGGGTCTGAGTACCAAAGCGCAAAGTATGAAGGAACCGTCTATGTGAGGTC
TCGGAAGAAACGTGCGACTTACAAGTTGCATAAAGGTAGATGGAGAGCGGCAGACATAGG
GATGGATGGAGGATGGGCTTTGTCGCGATACTCTTATTGTGTGATAGAGAACGTGTTCTA
TCGTTACAGTGATAGGAAGATGCATTGGTATGACGTCCGAAAAAAAGTATGGACAACTGT
TAAGGGTTTGGAAAGATTCTCTATGTTGCTTTTTTCTAAGGGTAACGTTCAGTTGGCCGA
TCATGGTGGGAAAATAGTGATTTTGTGCGAGGAGTATGTGTTTGCTGATAAGAGTATAAC
GATTTGGTGTGCAGAAATTATCCTTGAAAAACGCCAAAATCAGGAAATTTGGGGGACACT
CGAATGCTTTGAGAATGTGTTAATATCCAATGATAATCCCTATATATCCAATAAAGCAGA

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3AY06JQ 872 0 0
GGATTCCCAGTCCTACATGTGCATCTTTGTCCGGTGTTGCAGTGGTTGGTCCTAATATAT
ACGTCATTGGCGGTGGATCAAAGAATAATGCTTGGTCCAGCGTTATGGTCATGGACAGTC
GTTTTTACACATGGCGTGAGGCTCCAAGCATGCGTGTAGCCCGTGTGCTCCCATCTGCTT
GCGTCGTTGATGAGAAAATATATGTTGCGGGAGGCTATGATAATCTCGATTCAACGAACT
GGATGGAGGTTTTTGATACGAAGACTCAAACTTGGGAGTTTCTACATATCCCGAGCGAGG
AGATATGCTTAGGGTCTGAGTACCAAAGCGCAAAGTATGAAGGAACCGTCTATGTGAGGT
CTCGGAAGAAACGTGCGACTTACAAGTTGCATAAAGGTAGATGGAGAGCGGCAGACATAG
GGATGGATGGAGGATGGGCTTTGTCGCGATACTCTTATTGTGTGATAGAGAACGTGTTCT
ATCGTTACAGTGATAGGAAGATGCATTGGTATGACGTCCGAAAAAAAGTATGGACAACTG
TTAAGGGTTTGGAAAGATTCTCTATGTTGCTTTTTTCTAAGGGTAACGTTCAGTTGGCCG
ATCATGGTGGGAAAATAGTGATTTTGTGCGAGGAGTATGTGTTTGCTGATAAGAGTATAA
CGATTTGGTGTGCAGAAATTATCCTTGAAAAACGCCAAAATCAGGAAATTTGGGGGACAC
TCGAATGCTTTGAGAATGTGTTAATATCCAATGATAATCCCTATATATCCAATAAGGCAG
ACGGTACAGTGGGTTTAGTGCATGCTTTTACTTCTACGGTTTGGTGAACTGAACCCATTC
ACCAATGCAATGGATATTATAATGTTTTGTTC

QA 1 872 1 872
DS 



AS 1 2

CO CL6279Contig1 871 2 2 U
GAATGTGTTGGAGAATCGTGTGGATGATCAGGATAGTCATATTGCGCAGCTTGAGGAGGA
GAACTTGACGTTGAAGGAGAGGCTGTTCTTGATGGAGAGGGAGCTGGGTGACTTGAGGAG
GAGGTTGCAGTATCTGGAGAGGAGGAACATGGTTGCTGGAGATGTTAATGAAGAGGTTGT
TGAGAATGAGTCTGAGAGTGAGGGTGATGACACAGGAGGGTCTGATGCACGTACTAGTGG
GGATACAAAGGAGAACCATGTTGTGCGGAAGACACTTGTATGCAGGATGTTTTGGTGAAA
GAGATGAATGACGACAAGACCAATGCGGATCAAGCAAAAGAGACCCATCAACATACTATT
GGTAAGGAACAAGGTGAAAAGGATTCTAGGGAAGTTTCAGGTGAACAATGTCAGGAAGCC
AACCCTGTTGATCAGAGTAAGGAAAATGAAATGGCGATTGAGAAGGTTGAAGAGGCATCA
GAGAATGATTCTATTGGAGAACAAGGAACAACCATGTGATATGATACTTAGACATGCGTT
TAGTAATGGATCTCTGGAGCTCTATGATGTATATGTCAAAGTGTGCTCGTCTTAGTGGGC
GTAGACCCGTAGTCTTTGTTATCTCATCGCTGATGGTATCAGATTCAGGAGAGTTGCTTT
CCCCCGGTGAAGTTCCTATGAAGACATGGTAAGCTTTCTTTTCTGTTTCAGATTGTTTTA
TACATCTGTGACCTGGTTGGCTCAAATTGTTGATTATAAGTTCCTCGGTTAATAATAAGA
TTGTAGTAAAAGTGATGTTCATTGTAGTGAAAGAACTTATGGATGATATAGTTTTCAAGT
TTCTTCTTTTTAATGCATTGTATGTTTCATT


BQ
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AF RR3FI91TF U 1
AF RR3FI91JQ C 80
BS 1 625 RR3FI91TF
BS 626 871 RR3FI91JQ

RD RR3FI91TF 625 0 0
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GAACTTGACGTTGAAGGAGAGGCTGTTCTTGATGGAGAGGGAGCTGGGTGACTTGAGGAG
GAGGTTGCAGTATCTGGAGAGGAGGAACATGGTTGCTGGAGATGTTAATGAAGAGGTTGT
TGAGAATGAGTCTGAGAGTGAGGGTGATGACACAGGAGGGTCTGATGCACGTACTAGTGG
GGATACAAAGGAGAACCATGTTGTGCGGAAGACACTTGTATGCAGGATGTTTTGGTGAAA
GAGATGAATGACGACAAGACCAATGCGGATCAAGCAAAAGAGACCCATCAACATACTATT
GGTAAGGAACAAGGTGAAAAGGATTCTAGGGAAGTTTCAGGTGAACAATGTCAGGAAGCC
AACCCTGTTGATCAGAGTAAGGAAAATGAAATGGCGATTGAGAAGGTTGAAGAGGCATCA
GAGAATGATTCTATTGGAGAACAAGGAACAACCATGTGATATGATACTTAGACATGCGTT
TAGTAATGGATCTCTGGAGCTCTATGATGTATATGTCAAAGTGTGCTCGTCTTAGTGGGC
GTAGACCCGTAGTCTTTGTTATCTC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3FI91JQ 792 0 0
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AGGAGGAACATGGTTGCTGGAGATGTTAATGAAGAGGTTGTTGAGAATGAGTCTGAGAGT
GAGGGTGATGACACAGGAGGGTCTGATGCACGTACTAGTGGGGATACAAAGGAGAACCAT
GTTGTGCGGAAGACACTTGTATGCAGGATGTTTTGGTGAAAGAGATGAATGACGACAAGA
CCAATGCGGATCAAGCAAAAGAGACCCATCAACATACTATTGGTAAGGAACAAGGTGAAA
AGGATTCTAGGGAAGTTTCAGGTGAACAATGTCAGGAAGCCAACCCTGTTGATCAGAGTA
AGGAAAATGAAATGGCGATTGAGAAGGTTGAAGAGGCATCAGAGAATGATTCTATTGGAG
AACAAGGAACAACCATGTGATATGATACTTAGACATGCGTTTAGTAATGGATCTCTGGAG
CTCTATGATGTATATGTCAAAGTGTGCTCGTCTTAGTGGGCGTAGACCCGTAGTCTTTGT
TATCTCATCGCTGATGGTATCAGATTCAGGAGAGTTGCTTTCCCCCGGTGAAGTTCCTAT
GAAGACATGGTAAGCTTTCTTTTCTGTTTCAGATTGTTTTATACATCTGTGACCTGGTTG
GCTCAAATTGTTGATTATAAGTTCCTCGGTTAATAATAAGATTGTAGTAAAAGTGATGTT
CATTGTAGTGAAAGAACTTATGGATGATATAGTTTTCAAGTTTCTTCTTTTTAATGCATT
GTATGTTTCATT

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL6280Contig1 984 2 2 U
TCCTTCGTACTTGACCAGTTTCGATGTCAGAGGGAAGCGCCGCTTCGCGTTACGTGAAAT
TGAGGAAAGAGCAGGCTCCTGTGGAAGATATCACCCCCGGCGAACTCAACCAGCCCATAG
ATGTTCCTCAGTTGAACGTTCGCAAGTGCCATGAATGTATGCAAGTTCTTCCTGAAACCT
ATGAACCTCCTTCTGATGAAAACTGGACCACTGGCATCTTTGCTTGCGCTGAAGACCCCG
ACAGCTGCAGGACTGGTCTCTTTTGCCCCTGTGTACTCTATGGGCGTAACATCGAAGCTG
TGAGGGAAGAGATTCCTTGGACTCAACCATGTGTGTGCCATGCTGTCTGTGTTGAGGGAG
GAATGGCACTTGCAGCCGTAACCGCACTGTTTAGTGGCTACATTGATCCTCAAACAACAG
TCGTCATATGCGAAGGCCTCTTCTTTGCGTGGTGGATGTGTGGAATCTACTCTGGCTTGT
TCCGCCAAGAACTCCAGAAGAAGTATCATCTCAAGAATGCGCCGTGTGATCACTGCATGG
TTCACTGCTGCTTGCATTGGTGCGCTCTGTGTCAAGAACACAGGGAGATGAGGAATCATC
TCTCTGATGCAGATGCTTCGTCTTCAACTACTATGGATCCTCCTCCCGTTCAAGCAATGA
ACACGGAAGGGAACAAAGACGCTTCGTCTTCTTCATCATCGTCATCGTCTCCATCATCTG
CCAAAAGCCAACACAATGATCTCGAGACGGTCCCTCTTTAGAAAACATTCCTTTGTCATT
TCTGCTGCGTATCCTCGCTAAGCTGTTAACGTTTTTTGTGCAGAGAAGTTTTCTTACCAG
CTGATTAATGTTGGTTTTACAGATGCAAGTTTGTCCTAAGACAAGTTCATTAGTACTTTT
TTTTTTTTACATTTCACTAAACTTAACTTTTGAGGTCACTGAATGTCTTTGGATATGGAA
GTAAATTATTTATTTTAGTTAACC


BQ
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AF RR3AG82TF U 1
AF RR3AG82JQ C 287
BS 1 661 RR3AG82TF
BS 662 984 RR3AG82JQ

RD RR3AG82TF 661 0 0
TCCTTCGTACTTGACCAGTTTCGATGTCAGAGGGAAGCGCCGCTTCGCGTTACGTGAAAT
TGAGGAAAGAGCAGGCTCCTGTGGAAGATATCACCCCCGGCGAACTCAACCAGCCCATAG
ATGTTCCTCAGTTGAACGTTCGCAAGTGCCATGAATGTATGCAAGTTCTTCCTGAAACCT
ATGAACCTCCTTCTGATGAAAACTGGACCACTGGCATCTTTGCTTGCGCTGAAGACCCCG
ACAGCTGCAGGACTGGTCTCTTTTGCCCCTGTGTACTCTATGGGCGTAACATCGAAGCTG
TGAGGGAAGAGATTCCTTGGACTCAACCATGTGTGTGCCATGCTGTCTGTGTTGAGGGAG
GAATGGCACTTGCAGCCGTAACCGCACTGTTTAGTGGCTACATTGATCCTCAAACAACAG
TCGTCATATGCGAAGGCCTCTTCTTTGCGTGGTGGATGTGTGGAATCTACTCTGGCTTGT
TCCGCCAAGAACTCCAGAAGAAGTATCATCTCAAGAATGCGCCGTGTGATCACTGCATGG
TTCACTGCTGCTTGCATTGGTGCGCTCTGTGTCAAGAACACAGGGAGATGAGGAATCATC
TCTCTGATGCAGATGCTTCGTCTTCAACTACTATGGATCCTCCTCCCGTTCAAGCAATGA
A

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3AG82JQ 698 0 0
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CTGTGTTGAGGGAGGAATGGCACTTGCAGCCGTAACCGCACTGTTTAGTGGCTACATTGA
TCCTCAAACAACAGTCGTCATATGCGAAGGCCTCTTCTTTGCGTGGTGGATGTGTGGAAT
CTACTCTGGCTTGTTCCGCCAAGAACTCCAGAAGAAGTATCATCTCAAGAATGCGCCGTG
TGATCACTGCATGGTTCACTGCTGCTTGCATTGGTGCGCTCTGTGTCAAGAACACAGGGA
GATGAGGAATCATCTTTCTGATGCAGATGCTTCGTCTTCAACTACTATGGATCCTCCTCC
CGTTCAAGCAATGAACACGGAAGGGAACAAAGACGCTTCGTCTTCTTCATCATCGTCATC
GTCTCCATCATCTGCCAAAAGCCAACACAATGATCTCGAGACGGTCCCTCTTTAGAAAAC
ATTCCTTTGTCATTTCTGCTGCGTATCCTCGCTAAGCTGTTAACGTTTTTTGTGCAGAGA
AGTTTTCTTACCAGCTGATTAATGTTGGTTTTACAGATGCAAGTTTGTCCTAAGACAAGT
TCATTAGTACTTTTTTTTTTTTACATTTCACTAAACTTAACTTTTGAGGTCACTGAATGT
CTTTGGATATGGAAGTAAATTATTTATTTTAGTTAACC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL6281Contig1 778 2 2 U
GGAAACACAAACGCAATCGCTCTACTCTTTCTCTGCACACATAACAAAAGATAGAACTCT
TTTTGTGAGACCATGTCAGGCGTTTGGGTGTTCAAAAACGGAGTAATACGCCTAGTAGAA
AACCCAAACCAGTCCGGTGGAGTGACGCATGGCCGAAGGAATGTGTTGGTTTACTTGCCG
ACCGGTGAAGTAGTCTCTTCTTACTCGTCACTCGAACAGATCCTAATGAGTCTCGGGTGG
GAGAGATACTTCAATGGAGACCCTGATCTCATTCAATACCACAAACGTTCCTCCGTCGAC
CTCATCTCATTACCAAGAGACTTCTCCAAGTTCAACTCCGTTTACATGTACGACATCGTC
ATCAAGAACCCTAATACCTTCCACGTCCGTGATTTCCACTAAAATCCACGCATTAATTTT
GGACCAATCCGTTTGTTTTGTTCCAACCGAGAAATTCCAGACGTAAACTCATATGTAATG
TAAATTACGTACTGGTCAGAAGAGAATATGTGTGCAGCTTCAAGAAACAAAGAGATGGCT
ATTGGAGTATCATCCCTAGTTTGTGTTTATCTGTTAATATGTACTTAATTTTCGGGATTG
GTTTTAATTATTTGTCCAAGTTTGTTGCATATGGTTCTATCTTCATCTTTTGTGAGGCTT
GTGTGGACGTTTAAGAGCAGTGTTGTCAAAAGGTGGCACGTTACTTGTAGCCGTCGTTGA
TTAATTAGTTTGTTTTGTAGCTTTGAAATTGTGGTGATGGGTGTAAGTTGTGTTAAAG


BQ
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AF RR3AO33JQ C 1
AF RR3AO33TF U 1
BS 1 775 RR3AO33TF
BS 776 778 RR3AO33JQ

RD RR3AO33JQ 778 0 0
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TTTTGTGAGACCATGTCAGGCGTTTGGGTGTTCAAAAACGGAGTAATACGCCTAGTAGAA
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ACCGGTGAAGTAGTCTCTTCTTACTCGTCACTCGAACAGATCCTAATGAGTCTCGGGTGG
GAGAGATACTTCAATGGAGACCCTGATCTCATTCAATACCACAAACGTTCCTCCGTCGAC
CTCATCTCATTACCAAGAGACTTCTCCAAGTTCAACTCCGTTTACATGTACGACATCGTC
ATCAAGAACCCTAATACCTTCCACGTCCGTGATTTCCACTAAAATCCACGCATTAATTTT
GGACCAATCCGTTTGTTTTGTTCCAACCGAGAAATTCCAGACGTAAACTCATATGTAATG
TAAATTACGTACTGGTCAGAAGAGAATATGTGTGCAGCTTCAAGAAACAAAGAGATGGCT
ATTGGAGTATCATCCCTAGTTTGTGTTTATCTGTTAATATGTACTTAATTTTCGGGATTG
GTTTTAATTATTTGTCCAAGTTTGTTGCATATGGTTCTATCTTCATCTTTTGTGAGGCTT
GTGTGGACGTTTAAGAGCAGTGTTGTCAAAAGGTGGCACGTTACTTGTAGCCGTCGTTGA
TTAATTAGTTTGTTTTGTAGCTTTGAAATTGTGGTGATGGGTGTAAGTTGTGTTAAAG

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3AO33TF 775 0 0
GGAAACACAAACGCAATCGCTCTACTCTTTCTCTGCACACATAACAAAAGATAGAACTCT
TTTTGTGAGACCATGTCAGGCGTTTGGGTGTTCAAAAACGGAGTAATACGCCTAGTAGAA
AACCCAAACCAGTCCGGTGGAGTGACGCATGGCCGAAGGAATGTGTTGGTTTACTTGCCG
ACCGGTGAAGTAGTCTCTTCTTACTCGTCACTCGAACAGATCCTAATGAGTCTCGGGTGG
GAGAGATACTTCAATGGAGACCCTGATCTCATTCAATACCACAAACGTTCCTCCGTCGAC
CTCATCTCATTACCAAGAGACTTCTCCAAGTTCAACTCCGTTTACATGTACGACATCGTC
ATCAAGAACCCTAATACCTTCCACGTCCGTGATTTCCACTAAAATCCACGCATTAATTTT
GGACCAATCCGTTTGTTTTGTTCCAACCGAGAAATTCCAGACGTAAACTCATATGTAATG
TAAATTACGTACTGGTCAGAAGAGAATATGTGTGCAGCTTCAAGAAACAAAGAGATGGCT
ATTGGAGTATCATCCCTAGTTTGTGTTTATCTGTTAATATGTACTTAATTTTCGGGATTG
GTTTTAATTATTTGTCCAAGTTTGTTGCATATGGTTCTATCTTCATCTTTTGTGAGGCTT
GTGTGGACGTTTAAGAGCAGTGTTGTCAAAAGGTGGCACGTTACTTGTAGCCGTCGTTGA
TTAATTAGTTTGTTTTGTAGCTTTGAAATTGTGGTGATGGGTGTAAGTTGTGTTA

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL6282Contig1 978 2 2 U
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TTCCGTTAGACGCAGATACTGTACTCTGAATTGCGAGATTGACCTCTGTAGAAGCTTCCT
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GGACGAGCTTTTTCGCGACGGAGGGTTCGTATTCGGATACAGAAAGAAGAAGAGGCCGTG
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TGAGGTGTTCAGGACTTTAAGTTGGATGCTTGCACCCATCGGCATATCTTTGCTTCTTGG
AACAGAGTCAGACGCTGGTTTAATGGCATTAGCTGTTCCTCTAGTTCAGTCTTTATTGTC
ATTTGTGTTTAGTAAGGTCTTGAGCAGGCCGAGTGTTGTTAGACCTATAGAGAGAAGCAG
AAGAAGAGGAACGTTTTCAAGAACTAGGAAAGCTAAAAACATGGGTGGTGGTGGTAGTGT
GGATAAGGAAGGATACAAGTCATGGATGGTAGGAGATGCTGGTGATTATAATAACAGCAC
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GAATGTTCGTTTTAAGGAACAGTTCAAGAGAGGAAACGCTACTCGGCGGTGGAGAGTTAA
GGAGAAGCCATTGCTCTTGAGGATGCTATTCGCTGCTTTCCCCTTTCTGAGTTCATGGAC
CAGATTGTTATTTTGATGAGCTCTTTATAGCTGTATGTATATTCCATGCGGTTGGTCTTT
CAAATGAAACCAATCTTCTTGGAATCCGAAAAGGTTAGCTTCCATTCATCTTGAAACATA
GAATACATGCCTTAGTTGTGATCAATAAACAATACATATTCTGTAAGTTTGAGAATATAT
ATGCCTGTCAGTTTATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GH06TF U 1
AF RR3GH06JQ C 150
BS 1 519 RR3GH06TF
BS 520 978 RR3GH06JQ

RD RR3GH06TF 519 0 0
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TTCCGTTAGACGCAGATACTGTACTCTGAATTGCGAGATTGACCTCTGTAGAAGCTTCCT
AAGCCGCGGCTCCGTACAGTGCCGCGCTTCTCGCGGCGGACGGTTCAGATTCCGTGCGGA
GGACGAGCTTTTTCGCGACGGAGGGTTCGTATTCGGATACAGAAAGAAGAAGAGGCCGTG
GTGGTGGCTCGACGAAGATGATGAAGATGACGATGACGATGAAGACTGGAGTATGGTCTT
TGAGGTGTTCAGGACTTTAAGTTGGATGCTTGCACCCATCGGCATATCTTTGCTTCTTGG
AACAGAGTCAGACGCTGGTTTAATGGCATTAGCTGTTCCTCTAGTTCAGTCTTTATTGTC
ATTTGTGTTTAGTAAGGTCTTGAGCAGGCCGAGTGTTGTTAGACCTATAGAGAGAAGCAG
AAGAAGAGGAACGTTTTCAAGAACTAGGAAAGCTAAAAA

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR3GH06JQ 829 0 0
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ACGATGACGATGAAGACTGGAGTATGGTCTTTGAGGTGTTCAGGACTTTAAGTTGGATGC
TTGCACCCATCGGCATATCTTTGCTTCTTGGAACAGAGTCAGACGCTGGTTTAATGGCAT
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CGAGTGTTGTTAGACCTATAGAGAGAAGCAGAAGAAGAGGAACGTTTTCAAGAACTAGGA
AAGCTAAAAACATGGGTGGTGGTGGTAGTGTGGATAAGGAAGGATACAAGTCATGGATGG
TAGGAGATGCTGGTGATTATAATAACAGCACAGGTTCTATGTATGGAGGTTGGGATGATC
TAGATAAGAGAAATGAGATTCCGTTTGAAGAGAATGTTCGTTTTAAGGAACAGTTCAAGA
GAGGAAACGCTACTCGGCGGTGGAGAGTTAAGGAGAAGCCATTGCTCTTGAGGATGCTAT
TCGCTGCTTTCCCCTTTCTGAGTTCATGGACCAGATTGTTATTTTGATGAGCTCTTTATA
GCTGTATGTATATTCCATGCGGTTGGTCTTTCAAATGAAACCAATCTTCTTGGAATCCGA
AAAGGTTAGCTTCCATTCATCTTGAAACATAGAATACATGCCTTAGTTGTGATCAATAAA
CAATACATATTCTGTAAGTTTGAGAATATATATGCCTGTCAGTTTATAT

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 2

CO CL6283Contig1 415 2 1 U
GGATCTCTGGAAATTAGGGCTCTTGCTTCTTCGCTTTGCCGCCGCTAAGCTCTTCACCTT
CGTCTACAGAATGGATTCTCAGATTAAGCATGCCGTGGTGGTGAAGGTGATGGGACGTAC
GGGGTCAAGGGGTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTGAAGTTCACAGACTCTGATCGTTTCAT
TATGCGCAATGTTAAAGGACCTGTGAGGGAGGGAGACATCCTCACCTTGCTCGAGTCCGA
GAGAGAAGCCAGGAGACTTCGTTGATCCCCCTTCCTCCTCCACTGGTGGAAGCAAGAACA
CAGAACCAAATGTTTGCTTAGTTCTCTTCTTTTTTTTTTCCTTCTTGTTACTGGATTAGT
AATTGTTCTCTTGAATCGTGTTTGGTTGTTGCTATAAGACAGTTCCTGGATTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AW62TF U 1
AF RR3AW62JQ C 46
BS 1 415 RR3AW62TF

RD RR3AW62TF 415 0 0
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GGGGTCAAGGGGTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTGAAGTTCACAGACTCTGATCGTTTCAT
TATGCGCAATGTTAAAGGACCTGTGAGGGAGGGAGACATCCTCACCTTGCTCGAGTCCGA
GAGAGAAGCCAGGAGACTTCGTTGATCCCCCTTCCTCCTCCACTGGTGGAAGCAAGAACA
CAGAACCAAATGTTTGCTTAGTTCTCTTCTTTTTTTTTTCCTTCTTGTTACTGGATTAGT
AATTGTTCTCTTGAATCGTGTTTGGTTGTTGCTATAAGACAGTTCCTGGATTGAC

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR3AW62JQ 370 0 0
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GGTGATGGGACGTACGGGGTCAAGGGGTCAGGTGACTCAGGTTCGAGTGAAGTTCACAGA
CTCTGATCGTTTCATTATGCGCAATGTTAAAGGACCTGTGAGGGAGGGAGACATCCTCAC
CTTGCTCGAGTCCGAGAGAGAAGCCAGGAGACTTCGTTGATCCCCCTTCCTCCTCCACTG
GTGGAAGCAAGAACACAGAACCAAATGTTTGCTTAGTTCTCTTCTTTTTTTTTTCCTTCT
TGTTACTGGATTAGTAATTGTTCTCTTGAATCGTGTTTGGTTGTTGCTATAAGACAGTTC
CTGGATTGAC

QA 1 370 1 370
DS 



AS 1 2

CO CL6284Contig1 1158 2 2 U
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TGATCCAAAATATGAAGTTGACCTCCTTAATGTTAGCTTTGATGGTCCTAATGCTCCTGA
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GAAGCTTGTCGAGATTGATGCTGATCTGCCAAAGTTAACCTTGGAGACAAAGCGCGTTAT
GTCACTCATAAATCCCGCAGATACTTACATGGACCTTAACATAGGAACAGCACTATGGCT
AGCTGCGCGTGGTGATGGTTGGATTAACGAAGAAAGTGACAATCAAGAAGATAGCCGACG
AACTAGATATAAGTCTGATGCTAGAATATTGCTTGTTGGCGCTGGAGCTGATGAACAATG
TGCTGGTTATGGTAGACATAGAACAAAATATCGAAATGGGAGGTATATATATGTCTGCAT
GATTTTCTCTATGGATGTGTAAACTAATTTCATAAACTCATCTTTGCTAAATCGTTTAGC
TGGGCTGCTTTGGATCGAGAAATGAAATTGGATATGCAGAGGATATGGAAAAGAAATTTG
TGTCGAGATGATCGATGCATTGCAGATAATGGTAAAGAGGCGCGTTTCCCATTCTTAGAT
GAGGATGTGATAAAGACTCTTCTTGACATTCCCTTGTGGGAAATAGCTGATCTTGAGCAG
CCAAGTGGAAAGGGAGATAAGAAGATTCTTGGACAGGTTGCAAAGTTGCTTGGTTTACGT
GAAGTAGCAAAGATGCCCAAGAGAGCAATACAGTTTGGTTCGAGAATAGCTCGTGAATCA
AATAGGAAGAATTTTGGGAGTAACCGAGCGGCTAACCAGGCCTCTGCTGGGAGCATAAGA
TTCAACGCACCGTGAGAATCAAAGAAAGGCTTATTTTATCGATAGACAAACTGTTGTCAG
ATCACAATTTTGTGTTGTACTGTATACAAAGGACTACTAGTCTTTGATGAGTTTCCCGTT
TAAAAACTTGATTTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G203TF U 1
AF RR3G203JQ C 376
BS 1 749 RR3G203TF
BS 750 1158 RR3G203JQ

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TGATCCAAAATATGAAGTTGACCTCCTTAATGTTAGCTTTGATGGTCCTAATGCTCCTGA
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GAAGCTTGTCGAGATTGATGCTGATCTGCCAAAGTTAACCTTGGAGACAAAGCGCGTTAT
GTCACTCATAAATCCCGCAGATACTTACATGGACCTTAACATAGGAACAGCACTATGGCT
AGCTGCGCGTGGTGATGGTTGGATTAACGAAGAAAGTGACAATCAAGAAGATAGCCGACG
AACTAGATATAAGTCTGATGCTAGAATATTGCTTGTTGGCGCTGGAGCTGATGAACAATG
TGCTGGTTATGGTAGACATAGAACAAAATATCGAAATGGGAGGTATATATATGTCTGCAT
GATTTTCTCTATGGATGTGTAAACTAATTTCATAAACTCATCTTTGCTAAATCGTTTAGC
TGGGCTGCTTTGGATCGAGAAATGAAATTGGATATGCAGAGGATATGGAAAAGAAATTTG
TGTCGAGATGATCGATGCATTGCAGATAA

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3G203JQ 783 0 0
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TGATGCTAGAATATTGCTTGTTGGCGCTGGAGCTGATGAACAATGTGCTGGTTATGGTAG
ACATAGAACAAAATATCGAAATGGGAGGTATATATATGTCTGCATGATTTTCTCTATGGA
TGTGTAAACTAATTTCATAAACTCATCTTTGCTAAATCGTTTAGCTGGGCTGCTTTGGAT
CGAGAAATGAAATTGGATATGCAGAGGATATGGAAAAGAAATTTGTGTCGAGATGATCGA
TGCATTGCAGATAATGGTAAAGAGGCGCGTTTCCCATTCTTAGATGAGGATGTGATAAAG
ACTCTTCTTGACATTCCCTTGTGGGAAATAGCTGATCTTGAGCAGCCAAGTGGAAAGGGA
GATAAGAAGATTCTTGGACAGGTTGCAAAGTTGCTTGGTTTACGTGAAGTAGCAAAGATG
CCCAAGAGAGCAATACAGTTTGGTTCGAGAATAGCTCGTGAATCAAATAGGAAGAATTTT
GGGAGTAACCGAGCGGCTAACCAGGCCTCTGCTGGGAGCATAAGATTCAACGCACCGTGA
GAATCAAAGAAAGGCTTATTTTATCGATAGACAAACTGTTGTCAGATCACAATTTTGTGT
TGTACTGTATACAAAGGACTACTAGTCTTTGATGAGTTTCCCGTTTAAAAACTTGATTTT
TCT

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL6285Contig1 424 2 2 U
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CTTTGGGGATGACAGGAATCCATGCTAAAAACGGAGTTGAGGGAGATGGAAAGAAAACAG
AAAAGAGAAGGTGTAGATATGACATACCTAAAGAATGTAATTTTAAAGCTGTTAGAAACA
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TGGGATGTCTGCAGGTGAAGTGGAAGCTTTACTACCGGTAGTGGGAATGTTGCTCCAGTT
CAGTCCGGAGGAGGTTAAATCTTAGGCTTGGAACTTGCTGAATCTTTAATGTTGTTGTTA
AACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR3CX16JQ C 1
AF RR3CX16TF U 51
BS 1 50 RR3CX16JQ
BS 51 424 RR3CX16TF

RD RR3CX16JQ 424 0 0
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CTTTGGGGATGACAGGAATCCATGCTAAAAACGGAGTTGAGGGAGATGGAAAGAAAACAG
AAAAGAGAAGGTGTAGATATGACATACCTAAAGAATGTAATTTTAAAGCTGTTAGAAACA
GGTAAAAAGAAAACAAAGCTGTGGGGACATAAAAGTTGTTGATGTAAGGAAAAATTAACG
TGGGATGTCTGCAGGTGAAGTGGAAGCTTTACTACCGGTAGTGGGAATGTTGCTCCAGTT
CAGTCCGGAGGAGGTTAAATTTTAGGCTTGGAACTTGCTGAATCTTTAATGTTGTTGTTA
AACT

QA 1 424 1 424
DS 

RD RR3CX16TF 374 0 0
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TTGTTTTGACCTTTGGGGATGACAGGAATCCATGCTAAAAACGGAGTTGAGGGAGATGGA
AAGAAAACAGAAAAGAGAAGGTGTAGATATGACATACCTAAAGAATGTAATTTTAAAGCT
GTTAGAAACAGGTAAAAAGAAAACAAAGCTGTGGGGACATAAAAGTTGTTGATGTAAGGA
AAAATTAACGTGGGATGTCTGCAGGTGAAGTGGAAGCTTTACTACCGGTAGTGGGAATGT
TGCTCCAGTTCAGTCCGGAGGAGGTTAAATCTTAGGCTTGGAACTTGCTGAATCTTTAAT
GTTGTTGTTAAACT

QA 1 374 1 374
DS 



AS 1 2

CO CL6286Contig1 992 2 4 U
CTCATCATCATCTTTCTCTGTCTATAGCTTCTTCCTCTCCAATGGCAGACTCCAAGGAAC
TCGGCACAGCGAGCCGCCGTATCTCCGTCGTCTCAAATCATCTCATCCCCGTCGAACCGG
TTCCAACTGGCGTTGACTCAGTGAAACTCTCAACTGCTTCGTCGATGAATGACAAGTACC
ATAAGGTCCACGGTGAAGTGTCGACTCACCAAGTCGTTTGGAGAAAAGCCGATCTCGTCG
GTGACGACGGAGAAACAAAAGAGTTCGTTGACATCATATACGAGAAAGCCGTCGGTGAAG
ATATTGCAAAGATTACTATAAACCGGCCGGAGAGAAGAAACGCGCTCCGGCCTCAGACTG
TGAAGGAGCTTATGCGCGCGTTTAACGACGCCAGAGACGATAGCTCTGTAGGTGTCACCA
TACTCACCGGCAAGGGAACGAAAGCGTTTTGCAGTGGTGGTGATCAAGCGTTGAGGACAT
CAGATGGTTATGCTGATCCCAATGATGTTGGTCGACTTAATGTCCTTGATCTCCAGGTTC
AAATCCGGAGACTGCCAAAACCAGTAATTGCAATGGTTGCTGGTTATGCTGTTGGAGGAG
GACATATCTTGCACATGGGTCTGTGATCTAACCATTGCAGCTGACAATGCTATTTTTGGT
CAGACGGGTCCCAAGGTTGGAAGTTTTGATGCTGGTTATGGAAGCTCAATCATGTCTCGT
CTGGTTGGTCCTAAAAAGGCACGAGAAATGTGGTTCATGACGAGATTCTACACAGCTTCG
GAAGCAGATAAAATGGGACTCATCAATACAGTTGTACCGCTAGAGGATTTAGAGAAAGAA
ACTGTGAAATGGTGCAGAGAAATCTTGAGGAACAGCCCTACTGCAATTCGTGTGCTTAAG
GCAGCACTCAATGCGGTCGATGATGGTCATGCTGGACTTCAGGAGCTAGGAGGTAATGCG
ACGCTCTTATTCTATGGAACCGAAGAAGGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3G061TF U 1
AF RR3AM47TF U 287
BS 1 417 RR3G061TF
BS 418 418 RR3AM47TF
BS 419 670 RR3G061TF
BS 671 992 RR3AM47TF

RD RR3G061TF 670 0 0
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TCGGCACAGCGAGCCGCCGTATCTCCGTCGTCTCAAATCATCTCATCCCCGTCGAACCGG
TTCCAACTGGCGTTGACTCAGTGAAACTCTCAACTGCTTCGTCGATGAATGACAAGTACC
ATAAGGTCCACGGTGAAGTGTCGACTCACCAAGTCGTTTGGAGAAAAGCCGATCTCGTCG
GTGACGACGGAGAAACAAAAGAGTTCGTTGACATCATATACGAGAAAGCCGTCGGTGAAG
ATATTGCAAAGATTACTATAAACCGGCCGGAGAGAAGAAACGCGCTCCGGCCTCAGACTG
TGAAGGAGCTTATGCGCGCGTTTAACGACGCCAGAGACGATAGCTCTGTAGGTGTCATCA
TACTCACCGGCAAGGGAACGAAAGCGTTTTGCAGTGGTGGTGATCAAGCGTTGAGGACAT
CAGATGGTTATGCTGATCCCAATGATGTTGGTCGACTTAATGTCCTTGATCTCCAGGTTC
AAATCCGGAGACTGCCAAAACCAGTAATTGCAATGGTTGCTGGTTATGCTGTTGGAGGAG
GACATATCTTGCACATGGGTCTGTGATCTAACCATTGCAGCTGACAATGCTATTTTTGGT
CAGACGGGTC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3AM47TF 706 0 0
G
GCCGTCGGTGAAGATATTGCAAAGATTACTATAAACCGGCCGGAGAGAAGAAACGCGTTC
CGGCCTCAGACTGTGAAGGAGCTTATGCGCGCGTTTAACGACGCCAGAGACGATAGCTCT
GTAGGTGTCACCATACTCACCGGCAAGGGAACGAAAGCGTTTTGCAGTGGTGGTGATCAA
GCGTTGAGGACATCAGATGGTTATGCTGATCCCAATGATGTTGGTCGACTTAATGTCCTT
GATCTCCAGGTTCAAATCCGGAGACTGCCAAAACCAGTAATTGCAATGGTTGCTGGTTAT
GCTGTTGGAGGAGGACATATCTTGCACATGG*TCTGTGATCTAACCATTGCAGCTGACAA
TGCTATTTTTGGTCAGACGGGTCCCAAGGTTGGAAGTTTTGATGCTGGTTATGGAAGCTC
AATCATGTCTCGTCTGGTTGGTCCTAAAAAGGCACGAGAAATGTGGTTCATGACGAGATT
CTACACAGCTTCGGAAGCAGATAAAATGGGACTCATCAATACAGTTGTACCGCTAGAGGA
TTTAGAGAAAGAAACTGTGAAATGGTGCAGAGAAATCTTGAGGAACAGCCCTACTGCAAT
TCGTGTGCTTAAGGCAGCACTCAATGCGGTCGATGATGGTCATGCTGGACTTCAGGAGCT
AGGAGGTAATGCGACGCTCTTATTCTATGGAACCGAAGAAGGTAT

QA 2 706 2 706
DS 



AS 1 2

CO CL6287Contig1 1058 2 2 U
GGAAGCTTGAACTTTCTTTCTACTTCTTCCTTCTTCAATTCGTCCTCTGTTATCATTCTC
TCCTATCAGTTACGAAAAACACCAAAAATCTATTTCGTTATTATTCTCGTACAAAAATAC
ATAATCCAATATCATCAAAAATGTCTTGCCTAGAGATATATAACAAAGATGTAAGTACTT
TATAAGCTTTTACCGTCAGTTGTTTCTTTTGCTTACTCAGAGTTTGAATTAATGGGCCTT
CACTTTTCATTCTTCCTTATAAGATTTTGTTTATATGATTAAGGTTCTTGTTTCTTGAAT
TACATATGTGTTAGAAAAAGACGTAATTAATAGTATAACTTCTCTTTGCTGGCTCAAGAA
GAGCATATCAAAGGGCAGGCTTAATGCAATAGACAGTCACGATCTTTATGTGCAAAATGC
ATTTAGCTCAACATCTTTTCTTTTATTTTATTTTTTCCTTCAAACCCTTGTTTTAATCGA
AAGCTTTTAATTAAGCTCGATAATAGCTAATCATCTTTGGTAACAGTTCTCTTTTTTTGT
GCTGCAAATTAAAGTCGAGAATAAATCCAAAGAATCTAAGAAACTGTGTCTACGAAACGA
GAATACGTGGCAGTGCACAAAAAGTGCGACTCTATAATAATCACCTCAAAATACAGATTC
AAATTGAAATTAAAACAAGAAAAGGTGGAAATACAAAAAGCTATCGAACTTATGAATCTT
CTCCATATCAACATGGGAAAAAGTGGTAGATAATAGATACTACGAGTGGGTTAAAACATA
TATATGCATATTTCTATCTATGTTTATATAAAATGATATAATTTTTGTCAAGTAGTAAAT
TGGTATAAATAAAAATGCAGATGATGAAGAAGAAAGAAGGACAAGAAGAAGAAGAAACAA
GAGATGGAACTGTGGATTATTATGGTCGTCCCTCTGTCCGTTCCAACTCAGGCAAATGGG
TTGCTGGCATCATCATTCTCGGTATGTATCTCTTCTCTAATCACGATTTAAATAGTATAA
AACAAAAAAGGACTAAAAACAAAACAATATTTTTTAGC


BQ
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AF RR3GU86TF U 1
AF RR3GU86JQ C 291
BS 1 660 RR3GU86TF
BS 661 1058 RR3GU86JQ

RD RR3GU86TF 660 0 0
GGAAGCTTGAACTTTCTTTCTACTTCTTCCTTCTTCAATTCGTCCTCTGTTATCATTCTC
TCCTATCAGTTACGAAAAACACCAAAAATCTATTTCGTTATTATTCTCGTACAAAAATAC
ATAATCCAATATCATCAAAAATGTCTTGCCTAGAGATATATAACAAAGATGTAAGTACTT
TATAAGCTTTTACCGTCAGTTGTTTCTTTTGCTTACTCAGAGTTTGAATTAATGGGCCTT
CACTTTTCATTCTTCCTTATAAGATTTTGTTTATATGATTAAGGTTCTTGTTTCTTGAAT
TACATATGTGTTAGAAAAAGACGTAATTAATAGTATAACTTCTCTTTGCTGGCTCAAGAA
GAGCATATCAAAGGGCAGGCTTAATGCAATAGACAGTCACGATCTTTATGTGCAAAATGC
ATTTAGCTCAACATCTTTTCTTTTATTTTATTTTTTCCTTCAAACCCTTGTTTTAATCGA
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DS 

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TTTTAATCGAAAGCTTTTAATTAAGCTCGATAATAGCTAATCATCTTTGGTAACAGTTCT
CTTTTTTTGTGCTGCAAATTAAAGTCGAGAATAAATCCAAAGAATCTAAGAAACTGTGTC
TACGAAACGAGAATACGTGGCAGTGCACAAAAAGTGCGACTCTATAATAATCACCTCAAA
ATACAGATTCAAATTGAAATTAAAACAAGAAAAGGTGGAAATACAAAAAGCTATCGAACT
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GGCAAATGGGTTGCTGGCATCATCATTCTCGGTATGTATCTCTTCTCTAATCACGATTTA
AATAGTATAAAACAAAAAAGGACTAAAAACAAAACAATATTTTTTAGC

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DS 



AS 1 2

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TTCTCCAGTCCCGCAACAATGTCAAGCTAGTCTCCGCTCGTGTCCTTCCTTGTGACACCG
TCGAGCTCAGTTTCTCCAAAAACCCTATGCTGATGTATAGCCCGACGAGTATATTGTTCG
TGAACATACCGAGTATTTCCAAGCTTCAGTGGCATCCATTTACGATAACTTCTAGTAGTA
AACTCGAACCAGAGAAGCTAAGTGTTATGATCAAGGGTCAAGGCAAATGGTCCACTAAGC
TTTACCAGATGCTTTCTTCTCCTGATCAGATCGACCGCCTTACTGTTTCCACTGAAGGAC
CATACGGGCCTTGTTCCACTGATTTCTTACGACATGACTCTCTGGTTATGGTTAGTGGAG
GCAGTGGGATTACACCGTTCATATCAATAATCCGAGACCTGATCTACTTAAGCTCGACTA
GCACTTGTCAAATCCCCAAAATGACGCTAATCTGCGCGTTTAAGAACTCCTCTGACCTCT
CCATGCTCGACCTAATCTTACCCATCTCCGGTGAAATGGTCTCCTCGTTTTTAGATATAC
AGATCAAAGCCTTCGTCACCCGAGAGACAGAACTAACTCACAACAGGAACATCATCAAAC
CTCTATGTTTCAAACCATATGTCTCAGACCAACCCATCTCACCGATCCTTGGACCCAACT
CCTGGCTCTGTCTTGCCACCATCCTCTCTTCTTCATTCGTGATCTTTATTATCATTATTG
GAATCATCACGAGATATCACATTTACCCAATTGATCAAGGCTTGAATAAGTACACATCGG
CTTATAAATCTATCATTTACCTTTTAGTAATCTCCGTTAGCGTGGTGGCTACGTCTTCAA
TCGCTGTGTTGTGTAACAAAAAGAAGTATAATTATACAAAAAATAACCAAGCCGTCGAAG
GTTTGTCTCCGTTGGTGACCGAAAGCTCGCCACAACAGTTGCTGTCGCAATCCACCAGCA
TTCATTACGGAGAAAGGCCTAATCTTAACAAGCTTCTCGTGGGTTTAAGAGGTTCGAGCG
TGGGAGTTCTCGTGTGTGGTCCAAGGAAGATGAGACAAGAGGTTGCAAAGATATGCTCCT
TACGTTCGCCTAAGAATCTTCAGTTTGAATGTGTTAGCTTCAGCTGGTGAATGATTTCAA
TTCAGATTGATATTATGCAACAGTTGTTTTGCTTGCAAAAATAAGTAAAGGGGTTTAGAT
AGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3A339TF U 1
AF RR3A339JQ C 501
BS 1 879 RR3A339TF
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TTTACCAGATGCTTTCTTCTCCTGATCAGATCGACCGCCTTACTGTTTCCACTGAAGGAC
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GCACTTGTCAAATCCCCAAAATGACGCTAATCTGCGCGTTTAAGAACTCCTCTGACCTCT
CCATGCTCGACCTAATCTTACCCATCTCCGGTGAAATGGTCTCCTCGTTTTTAGATATAC
AGATCAAAGCCTTCGTCACCCGAGAGACAGAACTAACTCACAACAGGAACATCATCAAAC
CTCTATGTTTCAAACCATATGTCTCAGACCAACCCATCTCACCGATCCTTGGACCCAACT
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CTTATAAATCTATCAT

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DS 

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ATGACGCTAATCTGCGCGTTTAAGAACTCCTCTGACCTCTCCATGCTCGACCTAATCTTA
CCCATCTCCGGTGAAATGGTCTCCTCGTTTTTAGATATACAGATCAAAGCCTTCGTCACC
CGAGAGACAGAACTAACTCACAACAGGAACATCATCAAACCTCTATGTTTCAAACCATAT
GTCTCAGACCAACCCATCTCACCGATCCTTGGACCCAACTCCTGGCTCTGTCTTGCCACC
ATCCTCTCTTCTTCATTCGTGATCTTTATTATCATTATTGGAATCATCACGAGATATCAC
ATTTACCCAATTGATCAAGGCTTGAATAAGTACACATCGGCTTATAAATCTATCATTTAC
CTTTTAGTAATCTCCGTTAGCGTGGTGGCTACGTCTTCAATCGCTGTGTTGTGTAACAAA
AAGAAGTATAATTATACAAAAAATAACCAAGCCGTCGAAGGTTTGTCTCCGTTGGTGACC
GAAAGCTCGCCACAACAGTTGCTGTCGCAATCCACCAGCATTCATTACGGAGAAAGGCCT
AATCTTAACAAGCTTCTCGTGGGTTTAAGAGGTTCGAGCGTGGGAGTTCTCGTGTGTGGT
CCAAGGAAGATGAGACAAGAGGTTGCAAAGATATGCTCCTTACGTTCGCCTAAGAATCTT
CAGTTTGAATGTGTTAGCTTCAGCTGGTGAATGATTTCAATTCAGATTGATATTATGCAA
CAGTTGTTTTGCTTGCAAAAATAAGTAAAGGGGTTTAGATAGC

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DS 



AS 1 2

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GGATCGATGTAAATAGAATATAACAAATGTCTGTCTCTCTACATGAGTGCATAAGTACAT
ATCAACAGTTTTGTATTAATCTCTCTTTGTAAAAGCAGTGTCTCCTTCTCTAGCGTATGT
TTGCATCAAAATTATCAGCTTGATCATTGAAGAACACTGCATAGTTGCCTGAATGAAAAC
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GCCCAACTTTGACGGGTTTCACGACCCTAAATGTTCTTCTTGCATACTCATAAACCAGAA
CCAGAAGCCCGAAGAGGAAAAGTAGACAGCGATGAAACTTTTCCACCATGAAATATGAGG
GAGAAGCCGCACTCTTGCCTTCTGATGAGCTTCTAATAATTGCTATTCTCCTCTGGAAAT
GACCAGGATCTTCCATGGTGAGGTTAGTCCAATCAGTTGCTGTTTTCTTCACTCCTGACG
CTTTGATCAACTCTAGAAGAGATTTATTAACCTCCTCTGTTCTCTCGTGGCTTACAAGAT
GACCTCCAAGAAGATCAACCATTCTAGCAACAGGATACAGCCTCTGTGCCAGTCTTCTTG
CGTGACACATCTGAGCAATGACATCATGTCTTCCATGAATGACTGAGACAAGGAACCCAG
CAGAGCGTATCCGTTCAATCTCTGGTTTTGTGATCTTGTGTAACCAACAAGCGTTGAGTT
GTCCATCAAGCCCGTCCTTTGACTGCATTCCAGTTTC


BQ
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AF RR3B124JQ U 1
AF RR3B204JQ U 1
BS 1 817 RR3B124JQ

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GTCCATCAAGCCCGTCCTTTGACTGCATTCCAGTTTC

QA 1 817 1 817
DS 

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GGATCGATGTAAATAGAATATAACAAATGTCTGTCTCTCTACATGAGTGCATAAGTACAT
ATCAACAGTTTTGTATTAATCTCTCTTTGTAAAAGCAGTGTCTCCTTCTCTAGCGTATGT
TTGCATCAAAATTATCAGCTTGATCATTGAAGAACACTGCATAGTTGCCTGAATGAAAAC
TTTGTTCAAAGCAGTGGACGAATTGACGTGTGAGGAGGTTTGTTGGTTATGTAAGAGAAG
GCCCAACTTTGACGGGTTTCACGACCCTAAATGTTCTTCTTGCATACTCATAAACCAGAA
CCAGAAGCCCGAAGAGGAAAAGTAGACAGCGATGAAACTTTTCCACCATGAAATATGAGG
GAGAAGCCGCACTCTTGCCTTCTGATGAGCTTCTAATAATTGCTATTCTCCTCTGGAAAT
GACCAGGATCTTCCATGGTGAGGTTAGTCCAATCAGTTGCTGTTTTCTTCACTCCTGACG
CTTTGATCAACTCTAGAAGAGATTTATTAACCTCCTCTGTTCTCTCGTGGCTTACAAGAT
GACCTCCAAGAAGATCAACCATTCTAGCAACAGGATACAGCCTCTGTGCCAGTCTTCTTG
CGTGACACATCTGAGCAATGACATCATGTCTTCCATGAATGACTGAGACAAGGAACCCAG
CAGAGCGTATCCGTTCAATCTCTGGTTTTGTGATCTTGTGTAACCAACAAGCGTTGAGTT
GTCCATC

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

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TCCTCAACTCGATAGAAAGCAAGATCGTTCTGTCAACGAAGTTGACTGTTGAGGGACCTC
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CAAGAACCAACTTCCAAGTTGAGTCTGTAAATGTTTAAAATGGTACCTTAAATATCTGAT
TTTATTTTAATCCTTCAAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H681TF U 1
AF RR3H681JQ C 243
BS 1 662 RR3H681TF
BS 663 1041 RR3H681JQ

RD RR3H681TF 662 0 0
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CGAAGATGAGTCATCAAGTGGTTGTTCCTATGGTGAAAGGTTGGACTTGGATGATGAAGG
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GACCAACTACGTCTCCTTGTTTCGAAGGGAGATGGAACTTCGAGTGGTTTGGCTCTGGAA
GCCCTGGTTTACTCGCTGCTCGAGTTATATTCGAGAGGTTTCCTCCAACGTTGGTTAACC
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TCCTCAACTCGATAGAAAGCAAGATCGTTCTGTCAACGAAGTTGACTGTTGAGGGACCTC
TGAGACTGAGAGAAGAATATGTGGAAGGTATGGTTGAATCCCCAACGGTCATTGAAGAAG
CA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3H681JQ 799 0 0
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CTCAACTCGATAGAAAGCAAGATCGTTCTGTCAACGAAGTTGACTGTTGAGGGACCTCTG
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GATGTTATCAAGGATGCTTTATCCAGTGGTCTAAGGATTCCCTTGAGTGGATCGTTTGAA
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AGAACCAACTTCCAAGTTGAGTCTGTAAATGTTTAAAATGGTACCTTAAATATCTGATTT
TATTTTAATCCTTCAAATC

QA 1 799 1 799
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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GGGGAATCACCAAGCCGGCGATTCGGAGGTTGGCTCGTAGAGGTGGAGTCAAGCGTATCA
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GTGATGCAGTCACATACACCGAGCACGCTAGGAGGAAGACTGTGACCGCCATGGACGTTG
TCTATGCTCTGAAGAGGCAAGGGAGGACCCTCTACGGATTCGGCGGTTAAGGGGCGTTTT
AGATTCGCGTTTGCGTTTCTGTGTTTATTTTCTGGGAATTTCTTATCAAATCATGTTTCT
CATTAGCGTTTGCGTTTTGAATTATGTTTGGGTACGGGCGTTTATGTGTTGCGGTAGCGT
TTCGTTTTATATGTAATTAGGCCTTTTAATGTCAAATCAATCCATGGTTAAGTTTCTGGA
G


BQ
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20 

AF RR3DC35JQ C 1
AF RR3DC35TF U 1
BS 1 421 RR3DC35TF

RD RR3DC35JQ 421 0 0
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GTGGTCTCATCTACGAGGAGACACGTGGCGTCCTCAAGATCTTTTTGGAGGACGTCATCC
GTGATGCAGTCACATACACCGAGCACGCTAGGAGGAAGACTGTGACCGCCATGGACGTTG
TCTATGCTCTGAAGAGGCAAGGGAGGACCCTCTACGGATTCGGCGGTTAAGGGGCGTTTT
AGATTCGCGTTTGCGTTTCTGTGTTTATTTTCTGGGAATTTCTTATCAAATCATGTTTCT
CATTAGCGTTTGCGTTTTGAATTATGTTTGGGTACGGGCGTTTATGTGTTGCGGTAGCGT
TTCGTTTTATATGTAATTAGGCCTTTTAATGTCAAATCAATCCATGGTTAAGTTTCTGGA
G

QA 1 421 1 421
DS 

RD RR3DC35TF 421 0 0
GGGGAATCACCAAGCCGGCGATTCGGAGGTTGGCTCGTAGAGGTGGAGTCAAGCGTATCA
GTGGTCTCATCTACGAGGAGACACGTGGCGTCCTCAAGATCTTTTTGGAGGACGTCATCC
GTGATGCAGTCACATACACCGAGCACGCTAGGAGGAAGACTGTGACCGCCATGGACGTTG
TCTATGCTCTGAAGAGGCAAGGGAGGACCCTCTACGGATTCGGCGGTTAAGGGGCGTTTT
AGATTCGCGTTTGCGTTTCTGTGTTTATTTTCTGGGAATTTCTTATCAAATCATGTTTCT
CATTAGCGTTTGCGTTTTGAATTATGTTTGGGTACGGGCGTTTATGTGTTGCGGTAGCGT
TTCGTTTTATATGTAATTAGGCCTTTTAATGTCAAATCAATCCATGGTTAAGTTTCTGGA
G

QA 1 421 1 421
DS 



AS 1 2

CO CL6294Contig1 779 2 2 U
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CTCCCAAGATACTAAACAGAAAATGGGTGTTTAGTTCCCTCTTGTTACAACCCAAAAACC
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CAACACAGCCAAAGCAATCAACAGAGACTCCTAGAATCTGGCCCTGAGATTTCATCTGAT
AGCTGGTTTGGTGTTGTCTGCGGAGATCTTACCATGGTTCTCTCTTGCTGCTTCTGTTGT
TTCTTCTGCGGAGCTTGCATTGATGAGGAAGAGAGTTGATGCTAAGCTGCGCCAGAGCTC
CCTCCCACTGGAGGAAGTAAGTGACCATATAGTTATATCTCTTATAAAGTATACAGTCTC
TTCTCAAAATGTAACATATGGTGATTCCTATCTTTAGCTTTTCAACAATCAACTATTATA
TTATACTATATTAAAGTTGTCTGATTAGTGTTATTAGTGGAATGTTTTTTTAATATTTGA
CACCATACTTGTAATCAAAACTCAAAAAACACATTTGTTAACTTGTTGGTGATTAACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV06TF U 1
AF RR3EV06JQ C 266
BS 1 705 RR3EV06TF
BS 706 779 RR3EV06JQ

RD RR3EV06TF 705 0 0
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CAACACAGCCAAAGCAATCAACAGAGACTCCTAGAATCTGGCCCTGAGATTTCATCTGAT
AGCTGGTTTGGTGTTGTCTGCGGAGATCTTACCATGGTTCTCTCTTGCTGCTTCTGTTGT
TTCTTCTGCGGAGCTTGCATTGATGAGGAAGAGAGTTGATGCTAAGCTGCGCCAGAGCTC
CCTCCCACTGGAGGAAGTAAGTGACCATATAGTTATATCTCTTATAAAGTATACAGTCTC
TTCTCAAAATGTAACATATGGTGATTCCTATCTTTAGCTTTTCAACAATCAACTATTATA
TTATACTATATTAAAGTTGTCTGATTAGTGTTATTAGTGGAATGT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3EV06JQ 514 0 0
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ATCTTACCATGGTTCTCTCTTGCTGCTTCTGTTGTTTCTTTTGCGGAGCTTGCATTGATG
AGGAAGAGAGTTGATGCTAAGCTGCGCCAGAGCTCCCTCCCACTGGAGGAAGTAAGTGAC
CATATAGTTATATTTTTTATAAAGTATACAGTCTCTTCTCAAAATGTAACATATGGTGAT
TCCTATCTTTAGCTTTTCAACAATCAACTATTATATTATACTATATTAAAGTTGTCTGAT
TAGTGTTATTAGTGGAATGTTTTTTTAATATTTGACACCATACTTGTAATCAAAACTCAA
AAAACACATTTGTTAACTTGTTGGTGATTAACTG

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 2

CO CL6295Contig1 741 2 2 U
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AGTGTGGAACCATTTCTCAGCAAGCTTCGGTGTCTTCTCCCCTTCCCCTGCATGGTCCGG
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CACTTGGCAAGCGACGATCTACACCCTCTGGTGGGAACGAAATGAGCGGCTTCATAGAGG
ATCTCATCGGCCCCCTCGTCTCCTCATCAAGAGAATCGCATCTATAATCAAGAACAGGAT
CTCAGCACTAAGACCTCAGCAAAACGCGCTGGCCAGTGAGCTTCACCAAACCTGGTTCTC
TCTGTTTCGCTCATGATCATCATCTCTGTTTTCATCTGGTTTGGTTGGCCTCTGTTTAAG
ATCGAACTAGGGATTGCTCGTCTCGTCGCTATACTCGTTTCCATCGGTCTTGTCCCTTTT
TTAGAATAATGCTTGTTTGGGCTTGGGCTTTTAAAATAGAAAGGTATTAGGTTCCATGGG
TTTCTAATTAGGATTGTATTATAGTGGGCTCTATACCACTATTGCTACTCTCAAATTTTA
TATTAATGCAAAAAAGTTCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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AF RR3GE82TF U 1
AF RR3GE82JQ C 120
BS 1 539 RR3GE82TF
BS 540 741 RR3GE82JQ

RD RR3GE82TF 539 0 0
GTGGATCAAAAGAGGAATCCCGAAGCACCAAATGCTAACTTGGCTTATGATACTCAACAG
AAGCCCAACAAGAGACAGACTTCTCTCTTGGGGACTGCAAACTGATCCCCGATGCCTACT
CTGTAATCAGGAGAACGAATCGCGCGATCATCTCTTCTTCTCATGCGTCTACTCTACAGA
AGTGTGGAACCATTTCTCAGCAAGCTTCGGTGTCTTCTCCCCTTCCCCTGCATGGTCCGG
CATTAATCTCGCCCTATTGTCTCAAGTTGGAGACAGTAAGCTCCGATACCTCACTGCTGT
CACTTGGCAAGCGACGATCTACACCCTCTGGTGGGAACGAAATGAGCGGCTTCATAGAGG
ATCTCATCGGCCCCCTCGTCTCCTCATCAAGAGAATCGCATCTATAATCAAGAACAGGAT
CTCAGCACTAAGACCTCAGCAAAACGCGCTGGCCAGTGAGCTTCACCAAACCTGGTTCTC
TCTGTTTCGCTCATGATCATCATCTCTGTTTTCATCTGGTTTGGTTGGCCTCTGTTTAA

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR3GE82JQ 622 0 0
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AAGTGTGGAACCATTTCTCAGCAAGCTTCGGTGTCTTCTCCCCTTCCCCTGCATGGTCCG
GCATTAATCTCGCCCTATTGTCTCAAGTTGGAGACAGTAAGCTCCGATACCTCACTGCTG
TCACTTGGCAAGCGACGATCTACACCCTCTGGTGGGAACGAAATGAGCGGCTTCATAGAG
GATCTCATCGGCCCCCTCGTCTCCTCATCAAGAGAATCGCATCTATAATCAAGAACAGGA
TCTCAGCACTAAGACCTCAGCAAAACGCGCTGGCCAGTGAGCTTCACCAAACCTGGTTCT
CTCTGTTTCGCTCATGATCATCATCTCTGTTTTCATCTGGTTTGGTTGGCCTCTGTTTAA
GATCGAACTAGGGATTGCTCGTCTCGTCGCTATACTCGTTTCCATCGGTCTTGTCCCTTT
TTTAGAATAATGCTTGTTTGGGCTTGGGCTTTTAAAATAGAAAGGTATTAGGTTCCATGG
GTTTCTAATTAGGATTGTATTATAGTGGGCTCTATACCACTATTGCTACTCTCAAATTTT
ATATTAATGCAAAAAAGTTCGC

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

CO CL6296Contig1 420 2 1 U
GGGGGTACTGGGAAGATGAGAAAGTGAGGTTGGAGTATAGGCCTGTTCACATGGACACTC
TCGACGATGAGATTGACACTTTCCCTCCCAAAGCTCGCGTCTATTGATTTTATTTTCCCT
CAAACAAGCAAGCAAGCAAGCAGCAGCCCGTATGATTTCTTTAGGTGCATCGGAATAATA
ATATCAGGTGAAAAAAGGAGGGAATTAGGAGAGGACACAAAGAACCGTTCCTCGTCTTCT
GAGTTTTTCATTTTTACACCATTAAGGTTGTGAGTAATAAAATAAAATGAGAAAAACCCG
TTAATTTGGTTGGTGTAATTCTGAATTCTCTTTAACCATTTCCTGATCCTCTTCTTATTA
TAATAACGAGGAGAACTTTTGCAAATAAATCTTACATTCATGTGGGATTAACCACTTTGC


BQ
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AF RR3FL77JQ C 1
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ATATCAGGTGAAAAAAGGAGGGAATTAGGAGAGGACACAAAGAACCGTTCCTCGTCTTCT
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QA 1 420 1 420
DS 



AS 1 2

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BQ
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QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3DN56TF U 1
AF RR3DN56JQ C 240
BS 1 604 RR3DN56TF
BS 605 605 RR3DN56JQ
BS 606 672 RR3DN56TF
BS 673 903 RR3DN56JQ

RD RR3DN56TF 672 0 0
GGGACTGTTGGATACAGCGTAAAGACGCTCTTCGGAAAGCGACCTTTCTTTTCTCTCAAC
AACAATGGTTGGTTCTTCCTTCTTCTCTCCCCTATACACCTAACCTTCTCTGTATACCAA
CGGTTTCATATCTGACTCAGTAATGTTTTACCATTGAGACTGAACTTGTCGTATCATGGG
GTAGTTGGAGGAGTAAGAACATCTCGTCTTCCGCGAAACAAGTGGATAGTGCTCTGTTCA
ACAACACAAGTGGAAACCTCTGGTGATGAGCCAAAGACATGGGAAGAATGCAAAGAAGCT
TTGTGTTGTTTTGATTTCAGCGTAGAGGAGCAAGACAAGATACTAGGAAAGGCGTTTGGT
CATATCCACTCGCCGTACTGGACAGAAGAACGAGTGAAAGAGAATCCAAAGGTGGAAACT
TTGAATCATGTAGTCGAGTTCCTTAGAAGTCTCGGTTTGTCTGACGAAGATCTTCACAAA
GTGCTGAAGAAGTTCCCGGAAGTACTCGGTTGCAGCCTAGAAGAAGAGATGAAACCCAAC
ATCGGGATCTTGGAAAGTCAATGGGGGATTACGGGTAAGTCGCTGCGAAGTCTGGTGCTT
CGGA*TCCCAAAGTGTTGGGGTACAATGTGGATTGTAAAGGAGATTGTATTGCTCAGTGC
ACTCGGTTTGGG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3DN56JQ 664 0 0
AACAACACAAGTGGAAACCTCTGGTGATGAGCCAAAGACATGGGAAGAATGCAAAGAAGC
TTTGTGTTGTTTTGATTTCAGCGTAGAGGAGCAAGACAAGATACTAGGAAAGGCGTTTGG
TCATATCCACTCGCCGTACTGGACAGAAGAACGAGTGAAAGAGAATCCAAAGGTGGAAAC
TTTGAATCATGTAGTCGAGTTCCTTAGAAGTCTCGGTTTGTCTGACGAAGATTTTCACAA
AGTGCTGAAGAAGTTCCCGGAAGTACTCGGTTGCAGCCTAGAAGAAGAGATGAAACCCAA
CATCGGGATCTTGGAAAGTCAATGGGGGATTACGGGTAAGTCGCTGCGAAGTTTGGTGCT
TCGGAATCCCAAAGTGTTGGGGTACAATGTGGATTGTAAAGGAGATTGTATTGCTCAGTG
CACTCGGTTTGGGTTCGGTTTTAGTCTTTCACTAGTTCGTTTGTTCCTCAAGGAGAAGAG
TTGGTTTGTATTTAGTTTACAGCTACTGAAATAAACAAGCACTAGAACACCCGCTCATTT
TATAAATATATAACTAAATGTTTTAAATATGTGATTTATCTTTAGTATTATATATTGCAC
AACTTTGTAATTTTATTCTTTCAATTTTTTTATTCAACGTTATTAATATATAATGAATTT
TTAT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL6299Contig1 835 2 2 U
GGACAACTTCAAATCTCCAAAACTACAATCAATTGTTTCGAAAATGAAGCTGCTTCATGC
ATCACTGTGTTTGATCAGTTTTCTCCTGATCTTGCCTTCGATCCTCGCTGCTTCTTCCTC
TAAAGATTTCGATTTCTTCTACTTCGTCCAACAATGGCCAGGATCATACTGTGACACAGA
GAAGAGTTGTTGCTTTCCAACTTCGGGCAAACCAGCCGCTGATTTTGGAATCCACGGTCT
TTGGCCTAATTACGAAGATGGAACTTATCCTTCTAACTGTGACAACACTAAACCATTTGA
TTCATCATCGATATCGGATCTGATCAGCTCAATGGAGAAGAGCTGGCCGACACTGGCTTG
CCCGAGCGGTTCAGGTGAAGCCTTTTGGGAACATGAATGGGAGAAGCATGGTACTTGCTC
CGAGTCAGTTATTGACCAACATGACTATTTCCAAACCGCTCTAAACCTTAAGCAGAAAAC
CGATCTTCTTGGAGCTCTAACTAAAGCCGGAATCAATCCGGATGGAAAATCTTACAGTAT
AGAGAGCATTAGAGACGCAATTAAAGAGTCAACGGGTTTCACTCCATGGATTCAATGTAA
CAGAGATGGGTCTGGCAATAGCCAATTGTACCAAGTCTATCTTTGTGTTGATCGGTCTGG
TTCCGGTTTAATTGAATGTCCGGTTTTCCCTCATGGGAAATGTGGAGCCGATATTGAATT
CCCTACTTTCTAATACTTTTTTTCTAATTTCTTAATCTATTGAATCGAAGATTGGCTTCG
TTATTATAGTTGATGCTGTAATAAAATCTATGGAATTGGAGACTGTTCTCTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G124TF U 1
AF RR3G124JQ C 208
BS 1 627 RR3G124TF
BS 628 835 RR3G124JQ

RD RR3G124TF 627 0 0
GGACAACTTCAAATCTCCAAAACTACAATCAATTGTTTCGAAAATGAAGCTGCTTCATGC
ATCACTGTGTTTGATCAGTTTTCTCCTGATCTTGCCTTCGATCCTCGCTGCTTCTTCCTC
TAAAGATTTCGATTTCTTCTACTTCGTCCAACAATGGCCAGGATCATACTGTGACACAGA
GAAGAGTTGTTGCTTTCCAACTTCGGGCAAACCAGCCGCTGATTTTGGAATCCACGGTCT
TTGGCCTAATTACGAAGATGGAACTTATCCTTCTAACTGTGACAACACTAAACCATTTGA
TTCATCATCGATATCGGATCTGATCAGCTCAATGGAGAAGAGCTGGCCGACACTGGCTTG
CCCGAGCGGTTCAGGTGAAGCCTTTTGGGAACATGAATGGGAGAAGCATGGTACTTGCTC
CGAGTCAGTTATTGACCAACATGACTATTTCCAAACCGCTCTAAACCTTAAGCAGAAAAC
CGATCTTCTTGGAGCTCTAACTAAAGCCGGAATCAATCCGGATGGAAAATCTTACAGTAT
AGAGAGCATTAGAGACGCAATTAAAGAGTCAACGGGTTTCACTCCATGGATTCAATGTAA
CAGAGATGGGTCTGGCAATAGCCAATT

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3G124JQ 628 0 0
CAAACCAGCCGCTGATTTTGGAATCCACGGTCTTTGGCCTAATTACGAAGATGGAACTTA
TCCTTCTAACTGTGACAACACTAAACCATTTGATTCATCATCGATATCGGATCTGATCAG
CTCAATGGAGAAGAGCTGGCCGACACTGGCTTGCCCGAGCGGTTCAGGTGAAGCCTTTTG
GGAACATGAATGGGAGAAGCATGGTACTTGCTCCGAGTCAGTTATTGACCAACATGACTA
TTTCCAAACCGCTCTAAACCTTAAGCAGAAAACCGATCTTCTTGGAGCTCTAACTAAAGC
CGGAATCAATCCGGATGGAAAATCTTACAGTATAGAGAGCATTAGAGACGCAATTAAAGA
GTCAACGGGTTTCACTCCATGGATTCAATGTAACAGAGATGGGTCTGGCAATAGCCAATT
GTACCAAGTCTATCTTTGTGTTGATCGGTCTGGTTCCGGTTTAATTGAATGTCCGGTTTT
CCCTCATGGGAAATGTGGAGCCGATATTGAATTCCCTACTTTCTAATACTTTTTTTCTAA
TTTCTTAATCTATTGAATCGAAGATTGGCTTCGTTATTATAGTTGATGCTGTAATAAAAT
CTATGGAATTGGAGACTGTTCTCTGTTT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL6300Contig1 569 2 1 U
GGAAAGAGAGAGGCGCAGAAGATTCAGATTCAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGATCGG
AGGAGAAAAAGGAAGGCGATGGACGAGCAAGAGTTCCGTAGCATCCTCAATCTATTCCCC
GTCGTACGCTCTCGCGACCACCGTTCTGAATTAGATTCTTCAAGTCCAGCGCAATCAACT
TCACAGTCAATTGTTGAGCGAGAGCTAAGTGTTGATGAGCCCAAAGACTTTAAAGATTTG
AAGACTGATCAAGATACGTTTACATTCTGGGATAAACTCAGAACGGCTGCTGCGAATAAG
GTTGGTGAGGTTGAAGCAGAGAGGTTTTGCAAGGCTTTCGAGAAACTCCACAAGAAACTT
GTTTATGAAGAGTTGGATCCTGAAACTGCAAAGCGATACTTATTAAACTCTTAAAACTTC
ATGTCTTCATTACAATATGCCACCAAAGGTTTGAGATTATGTGGAGATATTTCGACTCTC
TTTTTGCTTTTTGGATTATCGTAATTATGTATGAGAGTGGTCAACAATACATTCTATTCT
CGTGTTCACCTAATGATGATTCTCATCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EO45TF U 1
AF RR3EO45JQ C 149
BS 1 569 RR3EO45TF

RD RR3EO45TF 569 0 0
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AGGAGAAAAAGGAAGGCGATGGACGAGCAAGAGTTCCGTAGCATCCTCAATCTATTCCCC
GTCGTACGCTCTCGCGACCACCGTTCTGAATTAGATTCTTCAAGTCCAGCGCAATCAACT
TCACAGTCAATTGTTGAGCGAGAGCTAAGTGTTGATGAGCCCAAAGACTTTAAAGATTTG
AAGACTGATCAAGATACGTTTACATTCTGGGATAAACTCAGAACGGCTGCTGCGAATAAG
GTTGGTGAGGTTGAAGCAGAGAGGTTTTGCAAGGCTTTCGAGAAACTCCACAAGAAACTT
GTTTATGAAGAGTTGGATCCTGAAACTGCAAAGCGATACTTATTAAACTCTTAAAACTTC
ATGTCTTCATTACAATATGCCACCAAAGGTTTGAGATTATGTGGAGATATTTCGACTCTC
TTTTTGCTTTTTGGATTATCGTAATTATGTATGAGAGTGGTCAACAATACATTCTATTCT
CGTGTTCACCTAATGATGATTCTCATCTG

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3EO45JQ 421 0 0
AATTAGATTCTTCAAGTCCAGCGCAATCAACTTCACAGTCAATTGTTGAGCGAGAGCTAA
GTGTTGATGAGCCCAAAGACTTTAAAGATTTGAAGACTGATCAAGATACGTTTACATTCT
GGGATAAACTCAGAACGGCTGCTGCGAATAAGGTTGGTGAGGTTGAAGCAGAGAGGTTTT
GCAAGGCTTTCGAGAAACTCCACAAGAAACTTGTTTATGAAGAGTTGGATCCTGAAACTG
CAAAGCGATACTTATTAAACTCTTAAAACTTCATGTCTTCATTACAATATGCCACCAAAG
GTTTGAGATTATGTGGAGATATTTCGACTCTCTTTTTGCTTTTTGGATTATCGTAATTAT
GTATGAGAGTGGTCAACAATACATTCTATTCTCGTGTTCACCTAATGATGATTCTCATCT
G

QA 1 421 1 421
DS 



AS 1 2

CO CL6301Contig1 993 2 4 U
GGCCAATATATTCAACTAATTATTTAGAACTTTCTCTCTCATCTAGAGAGAGATTTATCT
CTTCCCATCCCTCTTATCAAAATTCAATCTTTCAGAGGGAGGATGAGACTTGTTCTGCTT
TTGCTGTAAGATAATTTCAATCGAGAGATTGAATCTGTTGTTTCGCTTTGGCGATTTCCT
TTTTCCTTTGAGGATCAAGTTTAGCTTTATGCGTTTTTTTCTTGTGTGTTTTCAAGACAG
GATTAGTTTGCTCTTCATGTTCTTCAAGTTTTATCTTCTCCTACCCTGTTTTTGAAATCA
AATAAAGTTAACCTCTCCTATTTCACAACAAAATATAGATCCCGTTTGTTCTGTGTTTGA
GTTTCTCTTCCTCCATGGATTTCACTTACTCCTTTCTAATTAGAGTCAATCTATACTCTC
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GTTGGATTTGTTCTCGGTTGAATCTTATAGAGATTTAGATAAGTCGGCATCTCTTTGATG
GTCCGACAAAAGTCTCTTATTGATCTGTCGAGCTCTCCCTGAGTTATCATCTATTGGAGG
CTGAGTTCTCAAGCATAAACGACGGTTTGAGTGAATGATGGAGTTCGATTGGTATCGGGT
CTCAAGCCTTGCAGAGAAAACATCACCGGCAGAGAAAACTTATTTCGGCGAGTTTGCCGT
TTACGGTGAGAAAATCATGAAGATAGAGAAACGTTTTGGATGTTCATGGTGGCAGAAGCT
TCACGAAGGCCGAGGATTGCAGTTTCAGGCATGAAGAGCGTCGACAAGACACGAGTCCTG
GCGAAGAAGAACTTGTCAACACGTGGACAGAATACTCATCACTTGCACAGTTTCTCTATT
TGGGCTTTTCATTTTGTCAATTTTAATAGGCTTGTATTCGAGACCAATGTAATATTTGCC
CTTTTGGGCTGTTTCAATGGAAATAATGTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CI10TF U 1
AF RR3CI10JQ C 301
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BS 698 698 RR3CI10JQ
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TTACG
TGAG

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TGGGCTTTTCATTTTGTCAATTTTAATAGGCTTGTATTCGAGACCAATGTAATATTTGCC
CTTTTGGGCTGTTTCAATGGAAATAATGTTGAC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL6302Contig1 1084 2 2 U
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TCCAAGATGGACCACGAAGAAATACCATCAATGCCCTCAACGCCGGCGACAGCACCGGGG
ACTCCAGGAGCACCGCTCTTTGGAGGTTTCGACGGGAAGAGGAATGGCCATAATGGTAAT
ACACACCAAAGTCAATTCTAAAAAGCTGCAAATGTTTCAGTGTTGATAATGAGTGGGCTC
TTGAAGAAGGAAGACTCCCTCCAGTCTCTTGCGCTCTACCTCCTCCTAACGTCTCCCTCT
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CCGGTCTAGCCGTTATGATCGTTATACTATCTACCGGTCACATCTCCGGGGCACATCTCA
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TCATAGCTGGACCTGCAACTTCAGCTTCGATGAATCCCGTAAGAACACTTGGTCCAGCCA
TTGCAGCTAACAATTACATAGCCATTTGGGTTTACCTTACTGCACCAATTCTTGGAGTGT
TGATCGGAGCAGGAACATACACTATCGTGAAGCTGCCAGAGGAAGACGAAGCACCCAAAG
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TGCG


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3BT96TF U 1
AF RR3BT96JQ C 307
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BS 728 1084 RR3BT96JQ

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TCCAAGATGGACCACGAAGAAATACCATCAATGCCCTCAACGCCGGCGACAGCACCGGGG
ACTCCAGGAGCACCGCTCTTTGGAGGTTTCGACGGGAAGAGGAATGGCCATAATGGTAAT
ACACACCAAAGTCAATTCTAAAAAGCTGCAAATGTTTCAGTGTTGATAATGAGTGGGCTC
TTGAAGAAGGAAGACTCCCTCCAGTCTCTTGCGCTCTACCTCCTCCTAACGTCTCCCTCT
ACCGTAAGTTGGGAGCAGAGTTTGTGGGAATATTGATACTGATCTTCGCTGGAACAGCCA
CGGCAATTGTGAATCAGAAGACAGATGGAGCGGTGACGCTTATTGGCAGCGCAGCCTCTG
CCGGTCTAGCCGTTATGATCGTTATACTATCTACCGGTCACATCTCCGGGGCACATCTCA
ACCCGGCTGTAACCATTGCATTTGCCGCTCTTAAACACTTCCCATGGAAACACGTGCCGG
TGTATATAGGAGCGCAGGTGATAGCCTCGTTGTGTGCGGCGTTTGCATTGAAAGCAGTGT
TTGAACCAACGATGAGCGGTGGCGTGACGGTGCCAACGGTGGGTCTCAGCCAAGCTTTCG
CTTTGGAGTTCATAATCAGCTTCAACCTTATGTTTGTTGTCACTGCCGTCGCCACCGACA
CTAGAGC

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3BT96JQ 778 0 0
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TAGCCGTTATGATCGTTATACTATCTACCGGTCACATCTCCGGGGCACATCTCAACCCGG
CTGTAACCATTGCATTTGCCGCTCTTAAACACTTCCCATGGAAACACGTGCCGGTGTATA
TAGGAGCGCAGGTGATAGCCTCGTTGTGTGCGGCGTTTGCATTGAAAGCAGTGTTTGAAC
CAACGATGAGCGGTGGCGTGACGGTGCCAACGGTGGGTCTCAGCCAAGCTTTCGCTTTGG
AGTTCATAATCAGCTTCAACCTTATGTTTGTTGTCACTGCCGTCGCCACCGACACTAGAG
CGGTGGGAGAGTTGGCGGGAATAGCGGTTGGAGCAACGGTCATGCTTAACATACTCATAG
CTGGACCTGCAACTTCAGCTTCGATGAATCCCGTAAGAACACTTGGTCCAGCCATTGCAG
CTAACAATTACATAGCCATTTGGGTTTACCTTACTGCACCAATTCTTGGAGTGTTGATCG
GAGCAGGAACATACACTATCGTGAAGCTGCCAGAGGAAGACGAAGCACCCAAAGAGAAGA
GGAGCTTCAGGAGATAAATCTTCAAATCCCATCCGCCATGTCTCTCTGTTTGCGTCACTA
TGTGTATAATATAATCCGTATCATTATAGTATAAGCTCTGAAATCCAAAAATATTGCG

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL6303Contig1 425 2 1 U
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CTGATGAAGATAGAGAGAGGCGTGAGGAGGCATTTCCACGATGACATCACTGTGGTAGTC
ATCTACCTTGATACCAATGTAGTCAGCTCTGCCAAAGGACCCTCTCTTTCTATCCGAGGC
CGCGGTATGACTTTCCCCAAGAAACTCTAAAGCTACTCACTCCCACGCTTTAGGTTCCCC
ATCTTTTGTAGTTATTTACAAAAATATTTATATATCTATCTATCACTCCTTGTTGGTATA
AAAGAATGTATAATTTTAACGTGAAAGCCACACACACGTTTGGAACCGTACCCATTCCGG
TAATTATTGATTTTTATTTGTTCAGCAAGACTTGTGTGTAATGATGTAATTGTTGTTGAT
GGACG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 

AF RR3BC08JQ C 1
AF RR3BC08TF U 1
BS 1 425 RR3BC08TF

RD RR3BC08JQ 425 0 0
GGACTGGTGAAGATGGCAATGCAAGCGGCAGCGAAGAAGAGAGAAATGAGATACTCTGAT
TTGATGAAGATAGAGAGAGGCGTGAGGAGGCATTTCCACGATGACATCACTGTGGTAGTC
ATCTACCTTGATACCAATGTAGTCAGCTCTGCCAAAGGACCCTCTCTTTCTATCCGAGGC
CGCGGTATGACTTTCCCCAAGAAACTCTAAAGCTACTCACTCCCACGCTTTAGGTTCCCC
ATCTTTTGTAGTTATTTACAAAAATATTTATATATCTATCTATCACTCCTTGTTGGTATA
AAAGAATGTATAATTTTAACGTGAAAGCCACACACACGTTTGGAACCGTACCCATTCCGG
TAATTATTGATTTTTATTTGTTCAGCAAGACTTGTGTGTAATGATGTAATTGTTGTTGAT
GGACG

QA 1 425 1 425
DS 

RD RR3BC08TF 425 0 0
GGACTGGTGAAGATGGCAATGCAAGCGGCAGCGAAGAAGAGAGAAATGAGATACTCTGAT
CTGATGAAGATAGAGAGAGGCGTGAGGAGGCATTTCCACGATGACATCACTGTGGTAGTC
ATCTACCTTGATACCAATGTAGTCAGCTCTGCCAAAGGACCCTCTCTTTCTATCCGAGGC
CGCGGTATGACTTTCCCCAAGAAACTCTAAAGCTACTCACTCCCACGCTTTAGGTTCCCC
ATCTTTTGTAGTTATTTACAAAAATATTTATATATCTATCTATCACTCCTTGTTGGTATA
AAAGAATGTATAATTTTAACGTGAAAGCCACACACACGTTTGGAACCGTACCCATTCCGG
TAATTATTGATTTTTATTTGTTCAGCAAGACTTGTGTGTAATGATGTAATTGTTGTTGAT
GGACG

QA 1 425 1 425
DS 



AS 1 2

CO CL6304Contig1 833 2 4 U
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TATTCCCTAAAGGCGTGACGGAGTTCAACCTCGACGTCAAAACGGGACGGTTCTCTGTTT
ATTTGAACCGCCCCTGCGATGCCAAGTACGAAACAGAGCTGCGCTACGAGGCGAATGTTG
CGGGGACGATAAGCGACGCTCACATCGGTGATTTGTCGGGGATATCGGCGCAAGACCTGT
TCCTGTGGTTTCCGGTTAAAGGAATCAGAGTCGACGTGCCGAGCTCTGGCCTTATATACT
TCGACGTTGGTGTTGTTCGCAAGCAATACTCGCTGTCCTTGTTCGATACTCCTAGAGATT
GCGTTGCGGTTCGCGTTGGAAATGAGGTTCAGGCTTCTATGTCGTCATTGTATCAAGTAG
ATGAAACTACTGGGGAGAAACATTATCTAGCCGGAGAGTTTTAAGAAATGTTTCATATAC
TATACCAGAAAGATAGACAGATGTTCTCATCAATTCTTGAAAATACTTTGTACTGTTTTT
TTTGGTCTCAAATCTTAAAGCATGATTCAAGGTCAAATGCTTCCCATTCCAGTTCTGTTT
TCTGTATTGTATTTTTCAGATCGTGAGGGGGACTGAACCAAGAGAATCTGTGAGCGGAAG
TAAGATGGGAAGAAAAAAAAAACATTATTTGGTTTGTTTGGAAAAGATGTTGAAGGACTG
GTCCATATGTGGTTGAAGTGATTGATGATAACAGTGATGTGAGGTGATGAATGTTTTTCT
TTATTGTATTTATGTGCCTGTGTATTCGCAGATATTATCCTACATATAGCCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AZ46TF U 1
AF RR3AZ46JQ C 231
BS 1 324 RR3AZ46TF
BS 325 325 RR3AZ46JQ
BS 326 672 RR3AZ46TF
BS 673 833 RR3AZ46JQ

RD RR3AZ46TF 672 0 0
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TATTCCCTAAAGGCGTGACGGAGTTCAACCTCGACGTCAAAACGGGACGGTTCTCTGTTT
ATTTGAACCGCCCCTGCGATGCCAAGTACGAAACAGAGCTGCGCTACGAGGCGAATGTTG
CGGGGACGATAAGCGACGCTCACATCGGTGATTTGTCGGGGATATCGGCGCAAGACCTGT
TCCTGTGGTTTCCGGTTAAAGGAATCAGAGTCGACGTGCCGAGCTCTGGCCTTATATACT
TCGACGTTGGTGTTGTTCGCAAGCCATACTCGCTGTCCTTGTTCGATACTCCTAGAGATT
GCGTTGCGGTTCGCGTTGGAAATGAGGTTCAGGCTTCTATGTCGTCATTGTATCAAGTAG
ATGAAACTACTGGGGAGAAACATTATCTAGCCGGAGAGTTTTAAGAAATGTTTCATATAC
TATACCAGAAAGATAGACAGATGTTCTCATCAATTCTTGAAAATACTTTGTACTGTTTTT
TTTGGTCTCAAATCTTAAAGCATGATTCAAGGTCAAATGCTTCCCATTCCAGTTCTGTTT
TCTGTATTGTATTTTTCAGATCGTGAGGGGGACTGAACCAAGAGAATCTGTGAGCGGAAG
TAAGATGGGAAG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3AZ46JQ 603 0 0
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CTTATATACTTCGACGTTGGTGTTGTTCGCAAGCAATACTCGCTGTCTTTGTTCGATACT
CCTAGAGATTGCGTTGCGGTTCGCGTTGGAAATGAGGTTCAGGCTTTTATGTCGTCATTG
TATCAAGTAGATGAAACTACTGGG*AGAAACATTATCTAGCCGGAGAGTTTTAAGAAATG
TTTCATATACTATACCAGAAAGATAGACAGATGTTTTCATCAATTCTTGAAAATACTTTG
TACTGTTTTTTTTGGTCTCAAATCTTAAAGCATGATTCAAGGTCAAATGCTTCCCATTCC
AGTTCTGTTTTCTGTATTGTATTTTTCAGATCGTGAGGGGGACTGAACCAAGAGAATCTG
TGAGCGGAAGTAAGATGGGAAGAAAAAAAAAACATTATTTGGTTTGTTTGGAAAAGATGT
TGAAGGACTGGTCCATATGTGGTTGAAGTGATTGATGATAACAGTGATGTGAGGTGATGA
ATGTTTTTCTTTATTGTATTTATGTGCCTGTGTATTCGCAGATATTATCCTACATATAGC
CAA

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 2

CO CL6305Contig1 1109 2 4 U
GGCTCTCTCTCTCATTTCAGTTTCTCCCAATACGCAGCAAGCGAGAAAGAGAGAGATGGC
GCCGCCGGCAAAGGAGCGGTGGTGCTGGGCATTGATTATTGTTTTGCTTTCTCTGTTCGT
CCAATCCTCGACGGCCATTTATTGCGGCGAAGACGATTGCTATGCTCTCCTCGGAGTGGC
TCAAGATGCAAACGCATCGGATATAAAGAGATCTTACTACAAGCTTTCTCTCGAACATCA
TCCAGATAAGAATCCAGATCCTGAATCCAAGAAGCTCTTTGTCAAAATCGCCACTGCTTA
CGAGATATTGAAAGATAACGAGACGCGTTCACAGTATGATTATGCTATTGAGCATCCAAG
TGAGGTGTTTTACAACACTGCTCAATACTACCGAGCCAAATATGGACATAAGTCGGATCC
TCGTGCTGTTCTTGTTGGTCTTCTGGTAGTTTTGTCTGCGTTTCAGTATCTGAACAACGT
TGCGAGGTATAATGAGGCTTTGGCAACAGTTAAGCGAACTCCTGCTTACAAAAACAGGCT
CAAGGCCTTGGAACTCGAACGCACTGGTGGAGTATCTAGCAAGAAGAAGGGTCCAAAGCA
GATCGACCAGAAACTACAGGAAGAGCTAAGCAATGAACTCGACCTACAAATCAAAGGAGC
TGAAAAACCATCAGTCTGGGATCTTCTCGGTGTTCGATTCGTTCTCCTCCCTTACACTAT
CATTAAGCTTCTAGTATGGTACAGCAGTTGGGTATGGAGATATAAGGTTAAGAAAGCTCC
TTATTCATGGGAAGACGCATCTTACCTAACACGAAGATCACTTGGGGTGCCTCTTGACGC
ATGGACTAATCTCGATGAATATAAGAAGGAAGATCTGGTGCAGAGAAGGCTATGGGAGAA
GCAGAATCTTGAGAACTACTATGCAGAAATGCGTAAAGAATCAAAGCGGAGAAGATAGAT
CCACTTATCACTTACCATGCAAGGAAGGATACACATGGGAACTCGAGTTCCAGAAGCACT
TTTGTTACCTTTATTACTTTTAATGTTATTAAGATATTTTGAACAAACAAACCAGTTACA
AGAAGAGACGGTATAATTTGTATGGTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H953TF U 1
AF RR3H953JQ C 313
BS 1 666 RR3H953TF
BS 667 667 RR3H953JQ
BS 668 738 RR3H953TF
BS 739 1109 RR3H953JQ

RD RR3H953TF 738 0 0
GGCTCTCTCTCTCATTTCAGTTTCTCCCAATACGCAGCAAGCGAGAAAGAGAGAGATGGC
GCCGCCGGCAAAGGAGCGGTGGTGCTGGGCATTGATTATTGTTTTGCTTTCTCTGTTCGT
CCAATCCTCGACGGCCATTTATTGCGGCGAAGACGATTGCTATGCTCTCCTCGGAGTGGC
TCAAGATGCAAACGCATCGGATATAAAGAGATCTTACTACAAGCTTTCTCTCGAACATCA
TCCAGATAAGAATCCAGATCCTGAATCCAAGAAGCTCTTTGTCAAAATCGCCACTGCTTA
CGAGATATTGAAAGATAACGAGACGCGTTCACAGTATGATTATGCTATTGAGCATCCAAG
TGAGGTGTTTTACAACACTGCTCAATACTACCGAGCCAAATATGGACATAAGTCGGATCC
TCGTGCTGTTCTTGTTGGTCTTCTGGTAGTTTTGTCTGCGTTTCAGTATCTGAACAACGT
TGCGAGGTATAATGAGGCTTTGGCAACAGTTAAGCGAACTCCTGCTTACAAAAACAGGCT
CAAGGCCTTGGAACTCGAACGCACTGGTGGAGTATCTAGCAAGAAGAAGGGTCCAAAGCA
GATCGACCAGAAACTACAGGAAGAGCTAAGCAATGAACTCGACCTACAAATCAAAGGAGC
TGAAAA*CCATCAGTCTGGGATCTTCTCGGTGTTCGATTCGTTCTCCTCCCTTACACTAT
CATTAAGCTTCTAGTATG

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3H953JQ 797 0 0
AGATAACGAGACGCGTTCACAGTATGATTATGCTATTGAGCATCCAAGTGAGGTGTTTTA
CAACACTGCTCAATACTACCGAGCCAAATATGGACATAAGTCGGATCCTCGTGCTGTTCT
TGTTGGTCTTCTGGTAGTTTTGTCTGCGTTTCAGTATCTGAACAACGTTGCGAGGTATAA
TGAGGCTTTGGCAACAGTTAAGCGAACTCCTGCTTACAAAAACAGGCTCAAGGCCTTGGA
ACTCGAACGCACTGGTGGAGTATCTAGCAAGAAGAAGGGTCCAAAGCAGATCGACCAGAA
ACTACAGGAAGAGCTAAGCAATGAACTCGACCTACAAATCAAAGGAGCTGAAAAACCATC
AGTCTGGGATCTTCTCGGTGTTCGATTCGTTCTCCTCCCTTACACTATCATTAAGCTTCT
AGTATGGTACAGCAGTTGGGTATGGAGATATAAGGTTAAGAAAGCTCCTTATTCATGGGA
AGACGCATCTTACCTAACACGAAGATCACTTGGGGTGCCTCTTGACGCATGGACTAATCT
CGATGAATATAAGAAGGAAGATCTGGTGCAGAGAAGGCTATGGGAGAAGCAGAATCTTGA
GAACTACTATGCAGAAATGCGTAAAGAATCAAAGCGGAGAAGATAGATCCACTTATCACT
TACCATGCAAGGAAGGATACACATGGGAACTCGAGTTCCAGAAGCACTTTTGTTACCTTT
ATTACTTTTAATGTTATTAAGATATTTTGAACAAACAAACCAGTTACAAGAAGAGACGGT
ATAATTTGTATGGTACG

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL6306Contig1 1053 2 2 U
GGGCCACAAATACAAAATATGGCTCTCACAGAAATCTCTCTAGTCCTTCTCCTCTGCCTC
TTAGGTTTCTACTCCGAAACAGTCAACTCTCAGAACTGCGGCTGCGCCTCAAACTTATGC
TGCAGTCAGTACGGTTATTGTGGTACCACTGATGCTTACTGCGGTGCTGGGTGTCGGTCA
GGTCCTTGTAAAGGCAGTGGAACCCCTTCTAGTGGTGGATCGGTCGGTAGCATTGTGACA
TATGGCTTCTTTAACAACATTATCAACCAAGCCAGTAATGGCTGCGCCGGAAAAAGCTTC
TACACCCGCGACTCTTTCGTCAACGCTGCTAACACATTCCCAAACTTTGGTAGTTCCGTT
ACTAGGCGTGAAATTGCAACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGAGACAGGACACTTCTGC
TATATAGAAGAAATAAACGGAGCGTCACGAGACTACTGCGACGAGAACAACAGGCAATAC
CCATGTGCACCGGGTAAAGGCTACTACGGTCGTGGACCGATCCAGCTATCATGGAACTAC
AATTACGGAGCATGCGGCCAGAGTCTCGGCCTTAATCTCCTACGCCAGCCAGAACTAGTG
GGCAGCAACCCAACTGTGGCTTTCAGGACAGGTCTCTGGTTTTGGATGAATAGCGTAAGA
CCGGTACTGAACCAAAGGGTTTGGAGCGACCATTAGAGCTATCAATGGAATGGAATGTAA
CGGTGGGAACCCGGGTGCCGTCAATGCAAGGATTAGTTACTATAGAAACTATTGTGGACA
GCTTGGTGTCGACCCTGGTTCTAACCTTGGCTGCTAAGAAACTCTACGCACACACATGTA
AGGTTGCAAATTATATGTGGCGTTTGTGTTTTAAGTTGAAATAATAAGTGTCTAAGTGAG
ATGGTAAAGTTATACTTCACGTATGTACTTTGCGTTGTTTTTCAATGTTCTTTGCTCGCA
AGCAAATGTTGTTGTAATAATCTTGTGAAAAGTGATTTTCTTTTGTACCGTCTTGTGGAC
GTGAATTTAAGATTGAAAAGTGTGTTGAGTGAT


BQ
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AF RR3GB59TF U 1
AF RR3GB59JQ C 330
BS 1 755 RR3GB59TF
BS 756 1053 RR3GB59JQ

RD RR3GB59TF 755 0 0
GGGCCACAAATACAAAATATGGCTCTCACAGAAATCTCTCTAGTCCTTCTCCTCTGCCTC
TTAGGTTTCTACTCCGAAACAGTCAACTCTCAGAACTGCGGCTGCGCCTCAAACTTATGC
TGCAGTCAGTACGGTTATTGTGGTACCACTGATGCTTACTGCGGTGCTGGGTGTCGGTCA
GGTCCTTGTAAAGGCAGTGGAACCCCTTCTAGTGGTGGATCGGTCGGTAGCATTGTGACA
TATGGCTTCTTTAACAACATTATCAACCAAGCCAGTAATGGCTGCGCCGGAAAAAGCTTC
TACACCCGCGACTCTTTCGTCAACGCTGCTAACACATTCCCAAACTTTGGTAGTTCCGTT
ACTAGGCGTGAAATTGCAACCATGTTTGCTCATTTCACTCACGAGACAGGACACTTCTGC
TATATAGAAGAAATAAACGGAGCGTCACGAGACTACTGCGACGAGAACAACAGGCAATAC
CCATGTGCACCGGGTAAAGGCTACTACGGTCGTGGACCGATCCAGCTATCATGGAACTAC
AATTACGGAGCATGCGGCCAGAGTCTCGGCCTTAATCTCCTACGCCAGCCAGAACTAGTG
GGCAGCAACCCAACTGTGGCTTTCAGGACAGGTCTCTGGTTTTGGATGAATAGCGTAAGA
CCGGTACTGAACCAAAGGGTTTGGAGCGACCATTAGAGCTATCAATGGAATGGAATGTAA
CGGTGGGAACCCGGGTGCCGTCAATGCAAGGATTA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3GB59JQ 724 0 0
TAACACATTCCCAAACTTTGGTAGTTCCGTTACTAGGCGTGAAATTGCAACCATGTTTGC
TCATTTCACTCACGAGACAGGACACTTCTGCTATATAGAAGAAATAAACGGAGCGTCACG
AGACTACTGCGACGAGAACAACAGGCAATACCCATGTGCACCGGGTAAAGGCTACTACGG
TCGTGGACCGATCCAGCTATCATGGAACTACAATTACGGAGCATGCGGCCAGAGTCTCGG
CCTTAATCTCCTACGCCAGCCAGAACTAGTGGGCAGCAACCCAACTGTGGCTTTCAGGAC
AGGTCTCTGGTTTTGGATGAATAGCGTAAGACCGGTACTGAACCAA*GGGTTTGGAGCGA
CCATTAGAGCTATCAATGGAATGGAATGTAACGGTGGGAACCCGGGTGCCGTCAATGCAA
GGATTAGTTACTATAGAAACTATTGTGGACAGCTTGGTGTCGACCCTGGTTCTAACCTTG
GCTGCTAAGAAACTCTACGCACACACATGTAAGGTTGCAAATTATATGTGGCGTTTGTGT
TTTAAGTTGAAATAATAAGTGTCTAAGTGAGATGGTAAAGTTATACTTCACGTATGTACT
TTGCGTTGTTTTTCAATGTTCTTTGCTCGCAAGCAAATGTTGTTGTAATAATCTTGTGAA
AAGTGATTTTCTTTTGTACCGTCTTGTGGACGTGAATTTAAGATTGAAAAGTGTGTTGAG
TGAT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6308Contig1 755 2 2 U
GCTACGACTTGAACTTCAAAGAAGAGAACAACAATGGCTCTCAGAAGATTTCTGGTGATG
CACTCAAGTACCTCTACAAGTCCTTTGTTTCCGAGTACCCAATCGTGTCTATCGAGGATC
CATTTGACCAAGATGACTGGGAGCACTACGCTAAGATGACCGCTGAGTGTGGAGACAATG
TTCAGATTGTCGGTGATGACTTGTTGGTCACCAACCCCAAGAGGGTTGCAAAGGCAATCG
CAGAAAAGTCTTGCAATGCTCTTCTCTTGAAGGTTAACCAAATCGGGTCAGTGACAGAGA
GTATTGAGGCAGTGAGGATGTCGAGGAAAGCAGGATGGGGAGTGATGACCAGCCACAGAA
GTGGTGAAACCGAGGACACATTCATTGCTGACCTAGCTGTTGGCTTGTCTACTGGACAAA
TCAAGACTGGAGCTCCTTGCAGGTCCGAGCGTCTTGCCAAGTACAACCAGCTTTTGCGTA
TTGAGGAGGAGTTGGGATCAGAGGCAGTTTACGCTGGAGCCAACTTCCGCAAACCTGTGG
AGCCCTACTAGACAAAATGCCATCTTTGTGACGATAAGATGAAGATCAGAGTTGTGTTTT
CTCGCTTTGCTTAAATAAATGTTTTTGCTACGTTGTTGTTTTTTTTCCTTCTGTTTATGG
TTTGAACCCTTTTTGGGGAGAAAGTTGCTTTAAATTTTGTAAGAGAAACCTAAGATAGCT
CTGGCCTTTTTCTATGGAAGACAACAGCTTTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO59TF U 1
AF RR3EO59JQ C 260
BS 1 680 RR3EO59TF
BS 681 755 RR3EO59JQ

RD RR3EO59TF 680 0 0
GCTACGACTTGAACTTCAAAGAAGAGAACAACAATGGCTCTCAGAAGATTTCTGGTGATG
CACTCAAGTACCTCTACAAGTCCTTTGTTTCCGAGTACCCAATCGTGTCTATCGAGGATC
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TTCAGATTGTCGGTGATGACTTGTTGGTCACCAACCCCAAGAGGGTTGCAAAGGCAATCG
CAGAAAAGTCTTGCAATGCTCTTCTCTTGAAGGTTAACCAAATCGGGTCAGTGACAGAGA
GTATTGAGGCAGTGAGGATGTCGAGGAAAGCAGGATGGGGAGTGATGACCAGCCACAGAA
GTGGTGAAACCGAGGACACATTCATTGCTGACCTAGCTGTTGGCTTGTCTACTGGACAAA
TCAAGACTGGAGCTCCTTGCAGGTCCGAGCGTCTTGCCAAGTACAACCAGCTTTTGCGTA
TTGAGGAGGAGTTGGGATCAGAGGCAGTTTACGCTGGAGCCAACTTCCGCAAACCTGTGG
AGCCCTACTAGACAAAATGCCATCTTTGTGACGATAAGATGAAGATCAGAGTTGTGTTTT
CTCGCTTTGCTTAAATAAATGTTTTTGCTACGTTGTTGTTTTTTTTCCTTCTGTTTATGG
TTTGAACCCTTTTTGGGGAG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3EO59JQ 496 0 0
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GTCGAGGAAAGCAGGATGGGGAGTGATGACCAGCCACAGAAGTGGTGAAACCGAGGACAC
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CAGGTCCGAGCGTCTTGCCAAGTACAACCAGCTTTTGCGTATTGAGGAGGAGTTGGGATC
AGAGGCAGTTTACGCTGGAGCCAACTTCCGCAAACCTGTGGAGCCCTACTAGACAAAATG
CCATCTTTGTGACGATAAGATGAAGATCAGAGTTGTGTTTTCTCGCTTTGCTTAAATAAA
TGTTTTTGCTACGTTGTTGTTTTTTTTCCTTCTGTTTATGGTTTGAACCCTTTTTGGGGA
GAAAGTTGCTTTAAATTTTGTAAGAGAAACCTAAGATAGCTCTGGCCTTTTTCTATGGAA
GACAACAGCTTTTCTT

QA 1 496 1 496
DS 



AS 1 2

CO CL6309Contig1 958 2 2 U
GTGCGACAAGAGACGAAGACAATGCTCTCATGGCTGTACAGTTAACCATAGACTTAAAAC
CTGATTTGCCAAGTGAATCTGCAAGAATCCAGAAATGTAAAGGTAGAGTGTTTGCCTTAC
AAGATGAGCCTGAGGTTGCACGTGTGTGGTTACCAAACAGCGATTCACCTGGTCTGGCAA
TGGCTCGAGCTTTTGGTGACTTCTGTCTTAAAGATTACGGTCTAATCTCTGTTCCGGATA
TCAACTACCGCCGTCTCACTGAAAGAGATCAGTTCATTATTCTAGCCACAGATGGGGTCT
GGGATGTTTTGTCGAACAAAGAGGCTGTTGATATTGTGGCTTCAGCTCCAAGTCGAAGCA
CTGCAGCTCGTGCTTTAGTATGCACTGCTGTTCGAGCGTGGAGGCTCAAGTATCCTACTT
CCAAGAACGATGACTGCGCTGTAGTATGTCTCTTTCTCGAAGATTCCTCGGCGGAAGCAT
CCATGGAAGCTTCGGAAACCGTTGTTCATTCACGCAAAGAGTCTATAGAGAGTGTCACCA
TCACATCAAGCAAAGATGGAGAGAAGAAAGAAGAGGCTTTACCAGAGACCGATGAGATTG
TACCTGTTTTAGAGATCAAGGAAGAAAAAACGTCTGAGAGGATTGAGTCCAAGAAGACAA
CACTTGCCGAATGTATATCTGTCAAGGATGATGAAGAGTGGTCGGCGTTGGAAGGCTTGA
CAAGAGTCAACAGTCTCTTGAGCATTCCTAGGTTCTTGTCTGGTGAGCTAAGATCAGGTA
GCTGGAGAAAATGGTTGTGAGTATGCATGCAACACTCAGAGAAGTGATCAAACAAACAAA
CAAACAATCACTGATTTTCATTTCATGATTGGTTTTTTCTTTTCCAACGATGACATTAAA
ATCAGTGTTAGCAAATGTCACAGACGAGTTTATTGTGGAAGATGTCTTTTAGATATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BS31TF U 1
AF RR3BS31JQ C 134
BS 1 553 RR3BS31TF
BS 554 958 RR3BS31JQ

RD RR3BS31TF 558 0 0
GTGCGACAAGAGACGAAGACAATGCTCTCATGGCTGTACAGTTAACCATAGACTTAAAAC
CTGATTTGCCAAGTGAATCTGCAAGAATCCAGAAATGTAAAGGTAGAGTGTTTGCCTTAC
AAGATGAGCCTGAGGTTGCACGTGTGTGGTTACCAAACAGCGATTCACCTGGTCTGGCAA
TGGCTCGAGCTTTTGGTGACTTCTGTCTTAAAGATTACGGTCTAATCTCTGTTCCGGATA
TCAACTACCGCCGTCTCACTGAAAGAGATCAGTTCATTATTCTAGCCACAGATGGGGTCT
GGGATGTTTTGTCGAACAAAGAGGCTGTTGATATTGTGGCTTCAGCTCCAAGTCGAAGCA
CTGCAGCTCGTGCTTTAGTATGCACTGCTGTTCGAGCGTGGAGGCTCAAGTATCCTACTT
CCAAGAACGATGACTGCGCTGTAGTATGTCTCTTTCTCGAAGATTCCTCGGCGGAAGCAT
CCATGGAAGCTTCGGAAACCGTTGTTCATTCACGCAAAGAGTCTATAGAGAGTGTCACCA
TCACATCAAGCAA
GATGG

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3BS31JQ 825 0 0
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TGGTGACTTCTGTCTTAAAGATTACGGTCTAATCTCTGTTCCGGATATCAACTACCGCCG
TCTCACTGAAAGAGATCAGTTCATTATTCTAGCCACAGATGGGGTCTGGGATGTTTTGTC
GAACAAAGAGGCTGTTGATATTGTGGCTTCAGCTCCAAGTCGAAGCACTGCAGCTCGTGC
TTTAGTATGCACTGCTGTTCGAGCGTGGAGGCTCAAGTATCCTACTTCCAAGAACGATGA
CTGCGCTGTAGTATGTCTCTTTCTCGAAGATTCCTCGGCGGAAGCATCCATGGAAGCTTC
GGAAACCGTTGTTCATTCACGCAAAGAGTCTATAGAGAGTGTCACCATCACATCAAGCAA
AGATGGAGAGAAGAAAGAAGAGGCTTTACCAGAGACCGATGAGATTGTACCTGTTTTAGA
GATCAAGGAAGAAAAAACGTCTGAGAGGATTGAGTCCAAGAAGACAACACTTGCCGAATG
TATATCTGTCAAGGATGATGAAGAGTGGTCGGCGTTGGAAGGCTTGACAAGAGTCAACAG
TCTCTTGAGCATTCCTAGGTTCTTGTCTGGTGAGCTAAGATCAGGTAGCTGGAGAAAATG
GTTGTGAGTATGCATGCAACACTCAGAGAAGTGATCAAACAAACAAACAAACAATCACTG
ATTTTCATTTCATGATTGGTTTTTTCTTTTCCAACGATGACATTAAAATCAGTGTTAGCA
AATGTCACAGACGAGTTTATTGTGGAAGATGTCTTTTAGATATAC

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 2

CO CL6310Contig1 862 2 3 U
TCTCCTCCGGGATCTCATTCTCTGTGTATTTTGCTGAGCTACTGGTGGAGTACACGACAG
CTCTCGCTAAACTCACAGCCGGGATTCTTCCGCTGCGGCGGTGGCAAGACGACGGAAACT
TCATAAGGATTGGCAATTTCTCCATTTATTGTTCTCTTAGATCCTCGCTCTTTCCAGATT
TATCTTCGCATCTGGTCGATTTCTGATCTTGTCAATATGTTTTTCTCTTCTTCTATTCTT
TTGATCGAGTAGATGAGTCACAGCCGAGGATTTTTCTAATTAACCCTCTATTTATTTTCT
TTTAACTTTTTGCCCTAACTCTTTCTCCATGTTATAATTAATAGTCGGTTATTAGCTTTC
TTTACAATAATTTTGATTTTTGTATTTATTGAATTATAAGTACAACAAAAATGATGACTT
TGTTTTCTTGGTGGCTTCTTGCTTTTCTTTTCTTAATGTATGATAATTGATAATCTGTTA
TGATAATTGACATTCTGTTATATTCCGTCCAACTGACAAATTGTCCCGGCCAATGATTTT
GAGGCGGATTGGTCTCATTTTAGTTATGAGAACTATATTTGGCTTTTGTTTTTTTGAAAA
ATAATTATATAGGCTTTAATAATATTTTTTGCCGAATGGCAAATAAAACATACATGTTTA
ATGAACCATATTAACCAAAAAAATTCTTGAATTTTTATATTGTTATCTAATCTATTAATT
TAGGGTCCTATTTTTATCTACTATTAGAAGTTGTTATTAGTTTTTGGACCTATTCCTTTC
TCTAAATTTAACACACACGTCAGTTACCTAAAACCACGTTACATAATATTTACATTATAT
AGTCAGTAAGTCCCCGTCGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ19TF U 165
AF RR3CQ19JQ C 1
BS 1 164 RR3CQ19JQ
BS 165 594 RR3CQ19TF
BS 595 862 RR3CQ19JQ

RD RR3CQ19TF 432 0 0
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CTCTTCTTCTATTCTTTTGATCGAGTAGATGAGTCACAGCCGAGGATTTTTCTAATTAAC
CCTCTATTTATTTTCTTTTAACTTTTTGCCCTAACTCTTTCTCCATGTTATAATTAATAG
TCGGTTATTAGCTTTCTTTACAATAATTTTGATTTTTGTATTTATTGAATTATAAGTACA
ACAAAAATGATGACTTTGTTTTCTTGGTGGCTTCTTGCTTTTCTTTTCTTAATGTATGAT
AATTGATAATCTGTTATGATAATTGACATTCTGTTATATTCCGTCCAACTGACAAATTGT
CCCGGCCAATGATTTTGAGGCGGATTGGTCTCATTTTAGTTATGAGAACTATATTTGGCT
TTTGTTTTTT
GA

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR3CQ19JQ 862 0 0
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CTCTCGCTAAACTCACAGCCGGGATTCTTCCGCTGCGGCGGTGGCAAGACGACGGAAACT
TCATAAGGATTGGCAATTTCTCCATTTATTGTTCTCTTAGATCCTCGCTCTTTCCAGATT
TATCTTCGCATCTGGTCGATTTCTGATCTTGTCAATATGTTTTTCTCTTCTTCTATTCTT
TTGATCGAGTAGATGAGTCACAGCCGAGGATTTT*CTAATTAACC*TCTATTTATTTTCT
TTTAACTTTTTGCCCTAACTCTTTCTCCATGTTATAATTAATAGTCGGTTATTAGCTTTC
TTTACAATAATTTTGATTTTTGTATTTATTGAATTATAAGTACAACAAAAATGATGACTT
TGTTTTCTTGGTGGCTTCTTGCTTTTCTTTTCTTAATGTATGATAATTGATAATCTGTTA
TGATAATTGACATTCTGTTATATTCCGTCCAACTGACAAATTGTCCCGGCCAATGATTTT
GAGGCGGATTGGTCTCATTTTAGTTATGAGAACTATATTTGGCTTTTGTTTTTTTGAAAA
ATAATTATATAGGCTTTAATAATATTTTTTGCCGAATGGCAAATAAAACATACATGTTTA
ATGAACCATATTAACCAAAAAAATTCTTGAATTTTTATATTGTTATCTAATCTATTAATT
TAGGGTCCTATTTTTATCTACTATTAGAAGTTGTTATTAGTTTTTGGACCTATTCCTTTC
TCTAAATTTAACACACACGTCAGTTACCTAAAACCACGTTACATAATATTTACATTATAT
AGTCAGTAAGTCCCCGTCGTCC

QA 1 862 1 862
DS 



AS 1 2

CO CL6311Contig1 1045 2 2 U
AAGGCTCTCGGTCAACTCTCTGACGCTATTGCAGACTGCAGTCTTGCCATTGCTCTCGAC
CAAAATTACTCAAAGGCTATTTCTAGACGGGCCACGTTGTTCGAGATGCTGAAGGATTAT
GGACAGGCTGCGAGTGACATGCATAGATTTGTTAATATTCTAACCAAGCAAATGGAAGAG
AAGACCTCTGGGATTCACGACAGATTCACTAATTTGGCCAATGACATTAGGCAAGCTCGT
ATGCGACTTTCTGAACTGGAAGAAAAATCAAGGAAAGACGCTTCTTTGGATATGTACCTC
GTCTTGGGTGTAGTGCCATCATGCTCTGCTTCAGATATCAGAAAGGCATATAGGAAGGCC
GCACTTAAGCATCATCCCGACAAGGCTGGTCAGTCATTGACAAGAAACGAGAGTAAAGAT
GTTAATTATCCTTTCAGTAACAGTAGAAGAAACTGGAGAGAAGGATGGAGTTCACGTAGG
GAACCATCAGCTCCGAGATGGAATGAACAAAACCGATCAAATAGATACCCGTTGTAACTG
CAGAGCGTCTCCAAGATATCTCTTGATCAAAAATTCATCACCAACAGAAGTTTTTGTGGC
CTCCTATGCAAAATTACCCAGGCTGGTAAGGGTGTGGAGCAGATGCTCATATTCATGGAA
CACACGATGATAAACATGGAAAGGCTTGAGATGCAGAGAATTTTAACCCAGGGAGTGAAG
AAAAAGGAAACTCTCTCTATTTGTATAATCGTTTTGTTCGTGAGGTAGAGACTTCTCCAT
TGTCCAGTACGTTGAAGCAACGTTGTACAGATCACGGGAAACGTGAATTTGAGTGGTTGA
AAGAGACTTTGCATATAACAGATTTCATGTTATATCTTTTCTTTTATTCTTCTTTGGTGG
TGTTCAAAATGGTGTGTCACAGTCACAGGGTCGTGAGAAGGACAGCTTGGTCTCTCTCGT
TTGCAGTTCTTGTTGTTTAGTCCTTTTGATTGTAGATTCTTTTAATTCATTGGCTTCTAA
CAAAAAGTAACTGATTTGATCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3ER86TF U 1
AF RR3ER86JQ C 282
BS 1 702 RR3ER86TF
BS 703 1045 RR3ER86JQ

RD RR3ER86TF 702 0 0
AAGGCTCTCGGTCAACTCTCTGACGCTATTGCAGACTGCAGTCTTGCCATTGCTCTCGAC
CAAAATTACTCAAAGGCTATTTCTAGACGGGCCACGTTGTTCGAGATGCTGAAGGATTAT
GGACAGGCTGCGAGTGACATGCATAGATTTGTTAATATTCTAACCAAGCAAATGGAAGAG
AAGACCTCTGGGATTCACGACAGATTCACTAATTTGGCCAATGACATTAGGCAAGCTCGT
ATGCGACTTTCTGAACTGGAAGAAAAATCAAGGAAAGACGCTTCTTTGGATATGTACCTC
GTCTTGGGTGTAGTGCCATCATGCTCTGCTTCAGATATCAGAAAGGCATATAGGAAGGCC
GCACTTAAGCATCATCCCGACAAGGCTGGTCAGTCATTGACAAGAAACGAGAGTAAAGAT
GTTAATTATCCTTTCAGTAACAGTAGAAGAAACTGGAGAGAAGGATGGAGTTCACGTAGG
GAACCATCAGCTCCGAGATGGAATGAACAAAACCGATCAAATAGATACCCGTTGTAACTG
CAGAGCGTCTCCAAGATATCTCTTGATCAAAAATTCATCACCAACAGAAGTTTTTGTGGC
CTCCTATGCAAAATTACCCAGGCTGGTAAGGGTGTGGAGCAGATGCTCATATTCATGGAA
CACACGATGATAAACATGGAAAGGCTTGAGATGCAGAGAATT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3ER86JQ 764 0 0
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AAAGGCATATAGGAAGGCCGCACTTAAGCATCATCCCGACAAGGCTGGTCAGTCATTGAC
AAGAAACGAGAGTAAAGATGTTAATTATCCTTTCAGTAACAGTAGAAGAAACTGGAGAGA
AGGATGGAGTTCACGTAGGGAACCATCAGCTCCGAGATGGAATGAACAAAACCGATCAAA
TAGATACCCGTTGTAACTGCAGAGCGTCTCCAAGATATCTCTTGATCAAAAATTCATCAC
CAACAGAAGTTTTTGTGGCCTCCTATGCAAAATTACCCAGGCTGGTAAGGGTGTGGAGCA
GATGCTCATATTCATGGAACACACGATGATAAACATGGAAAGGCTTGAGATGCAGAGAAT
TTTAACCCAGGGAGTGAAGAAAAAGGAAACTCTCTCTATTTGTATAATCGTTTTGTTCGT
GAGGTAGAGACTTCTCCATTGTCCAGTACGTTGAAGCAACGTTGTACAGATCACGGGAAA
CGTGAATTTGAGTGGTTGAAAGAGACTTTGCATATAACAGATTTCATGTTATATCTTTTC
TTTTATTCTTCTTTGGTGGTGTTCAAAATGGTGTGTCACAGTCACAGGGTCGTGAGAAGG
ACAGCTTGGTCTCTCTCGTTTGCAGTTCTTGTTGTTTAGTCCTTTTGATTGTAGATTCTT
TTAATTCATTGGCTTCTAACAAAAAGTAACTGATTTGATCTTGC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL6312Contig1 859 2 2 U
GGAAGAAGAAATATTTAGAAATTCAAAAATTTGAAAACAAAATTCGAAGTTCACCCGAGA
GCATCAAATTGAAATTGATTTCTTCCCAGCGTATCGTCTCTTTGATCAAATGTCGTCTAA
GCAATCGCTCGGTGAAGATCTCGGCGGACTCTCAGGTCTCGAGCTAATAGCGTACAGCTA
CGGGAAGAAGATGGAAGGAAGCAGTATCTCGTCTCTTTCATCAAAGACGTCTTCTCAGAA
ATCGCTCAGTGAAGAATGTATGGTCCCTCTTAACCAAAGGGCTTCTCCGTAATCAATTTT
CTGCAACTTGGGGTGCTCTTTTCCAACTGATAATGGGCACGACACTGGATTTAAAAGCAA
GATTTTTGCTGCATTACGCGCTGCAGGTTACAGTCCACTCCATATGGAGGGAGAGAAACG
ATCGACCATGGAGCAACGCCATTGATCAATTTGATTCTTGGAATGTTCTTGTTTGTTGGA
TATATAATCAGAAAAATATATATGCTCCATATTATTAGGAAACAATCGACAAAACTAAGG
TTACATATTATTAACTGTCGTAAATATCGTGGTAAAGTCCAGAAATAGATGTTCCCTACA
TATTCGCTGTGATTACGATGTGGTGGTGGTTACCTTAGTTTTGTTACTTTAAAAAAAGAT
ATGCTCAAACTATTAAGGAGTGGTGGTTACTTTCGAAAATTATGGATACATGTATTGTTG
AGATAATTGTTGGAGCCTACTTTTATCAATGGGTCATACTTCAGAATTAATAGTATTGAT
GACTAGATTCCGGCCCGCCTTTTCATAGCGCGGATATATTTTTGTTTTTAATTTAATTTT
TTAGCAATTTAATTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER39TF U 1
AF RR3ER39JQ C 240
BS 1 656 RR3ER39TF
BS 657 859 RR3ER39JQ

RD RR3ER39TF 656 0 0
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GCATCAAATTGAAATTGATTTCTTCCCAGCGTATCGTCTCTTTGATCAAATGTCGTCTAA
GCAATCGCTCGGTGAAGATCTCGGCGGACTCTCAGGTCTCGAGCTAATAGCGTACAGCTA
CGGGAAGAAGATGGAAGGAAGCAGTATCTCGTCTCTTTCATCAAAGACGTCTTCTCAGAA
ATCGCTCAGTGAAGAATGTATGGTCCCTCTTAACCAAAGGGCTTCTCCGTAATCAATTTT
CTGCAACTTGGGGTGCTCTTTTCCAACTGATAATGGGCACGACACTGGATTTAAAAGCAA
GATTTTTGCTGCATTACGCGCTGCAGGTTACAGTCCACTCCATATGGAGGGAGAGAAACG
ATCGACCATGGAGCAACGCCATTGATCAATTTGATTCTTGGAATGTTCTTGTTTGTTGGA
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TTACATATTATTAACTGTCGTAAATATCGTGGTAAAGTCCAGAAATAGATGTTCCCTACA
TATTCGCTGTGATTACGATGTGGTGGTGGTTACCTTAGTTTTGTTACTTTAAAAAA

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3ER39JQ 620 0 0
AATCGCTCAGTGAAGAATGTATGGTCCCTCTTAACCAAAGGGCTTCTCCGTAATCAATTT
TCTGCAACTTGGGGTGCTCTTTTCCAACTGATAATGGGCACGACACTGGATTTAAAAGCA
AGATTTTTGCTGCATTACGCGCTGCAGGTTACAGTCCACTCCATATGGAGGGAGAGAAAC
GATCGACCATGGAGCAACGCCATTGATCAATTTGATTCTTGGAATGTTCTTGTTTGTTGG
ATATATAATCAGAAAAATATATATGCTCCATATTATTAGGAAACAATCGACAAAACTAAG
GTTACATATTATTAACTGTCGTAAATATCGTGGTAAAGTCCAGAAATAGATGTTCCCTAC
ATATTCGCTGTGATTACGATGTGGTGGTGGTTACCTTAGTTTTGTTACTTTAAAAAAAGA
TATGCTCAAACTATTAAGGAGTGGTGGTTACTTTCGAAAATTATGGATACATGTATTGTT
GAGATAATTGTTGGAGCCTACTTTTATCAATGGGTCATACTTCAGAATTAATAGTATTGA
TGACTAGATTCCGGCCCGCCTTTTCATAGCGCGGATATATTTTTGTTTTTAATTTAATTT
TTTAGCAATTTAATTTTTAT

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

CO CL6313Contig1 889 2 8 U
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TCTCTCACACCGCCAACGCTAACAACAATGGGTGCTAAAGCTAAGAAAGCTCTAAAGAAG
AACATGAAGAAGATCTCAGCTTCGGCTGCTGCTTCTTCTTCCTCTCAGCTGGCTGTTCCC
CAGAACACGAAACCATCTGCTGATTTCTTGCCACTAGGAGGAGGTCCAGCTCGAAAAGCA
CCAGTGAGCAAACCTGTCGAGAGCAAAGCCACGGTGTTATACATTGGTCGTCTCCCTCAT
GGCTTCTACGAGACTGAGATTGAAGCTTTCTTCACGCAGTTTGGAACAGTCAAGAGAGTT
AGAGTCGCCCGAAACAAAAAGACAGGGAAGTCAAAGCATTTTGGGTTCATACAGTTTGAG
GACCCTGAGGTGGCTGAAATTGCAGCGGGTGCAATGAATGACTATCTGTTGCTCGAGCAC
ATGCTTCAAGTCCGTGTCATTCCACCAGAGCATGTTAAACCCAATCTGTGGAAAGGGTTT
AAAAGTCAGTACAAACCAGTGGATTGGGTTCAGATCGAGCGTAAACAACATAACAAGGAA
AGGACATTGGAAGAGCATAGGAAAATGTTGCACAAAGTTGTGAAACGGGATCAGAAAAGG
AAGAAGAGAATTGAAGCTGCTGGAATAGAATATCAATGCCCTGAGCTTGTTGGAAATACT
CAGCCATTACCTAAGAAGATCAAGTTTAGTGAAGAAGACTAGGCTGTGGAAAACACACAT
TTTCGATAAGCAATTTTGGAATAGGATCTTGTTTGATGTACTTCTGACGTGGGATCCAAA
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BQ
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AF RR3GF32TF U 1
AF RR3GF32JQ C 297
BS 1 659 RR3GF32TF
BS 660 661 RR3GF32JQ
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RD RR3GF32TF 721 0 0
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TCTCTCACACCGCCAACGCTAACAACAATGGGTGCTAAAGCTAAGAAAGCTCTAAAGAAG
AACATGAAGAAGATCTCAGCTTCGGCTGCTGCTTCTTCTTCCTCTCAGCTGGCTGTTCCC
CAGAACACGAAACCATCTGCTGATTTCTTGCCACTAGGAGGAGGTCCAGCTCGAAAAGCA
CCAGTGAGCAAACCTGTCGAGAGCAAAGCCACGGTGTTATACATTGGTCGTCTCCCTCAT
GGCTTCTACGAGACTGAGATTGAAGCTTTCTTCACGCAGTTTGGAACAGTCAAGAGAGTT
AGAGTCGCCCGAAACAAAAAGACAGGGAAGTCAAAGCATTTTGGGTTCATACAGTTTGAG
GACCCTGAGGTGGCTGAAATTGCAGCGGGTGCAATGAATGACTATCTGTTGCTCGAGCAC
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AGGACATTGGAAGAGCATAGGAAAATGTTGCACAAAGTTGTGAAACGGGATCAGAAAAG*
*AGAAGAGAATTGAAGCTGCTGGAATAGA*TATCA*TGCCCTGAGCTTGTTGGAAATACT
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3GF32JQ 593 0 0
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AGTTAGAGTCGCCCGAAACAAAAAGACAGGGAAGTCAAAGCATTTTGGGTTCATACAGTT
TGAGGACCCTGAGGTGGCTGAAATTGCAGCGGGTGCAATGAATGACTATCTGTTGCTCGA
GCACATGCTTCAAGTCCGTGTCATTCCACCAGAGCATGTTAAACCCAATCTGTGGAAAGG
GTTTAAAAGTCAGTACAAACCAGTGGATTGGGTTCAGATCGAGCGTAAACAACATAACAA
GGAAAGGACATTGGAAGAGCATAGGAAAATGTTGCACAAGGTTGTGAAACGGGATCAGAA
AAGGAGGAAGAGAATTGAAGCTGCTGGAATAGAATATCAATGCCCTGAGCTTGTTGGAAA
TACTCAGCCATTACCTAAGAAGATCAAGTTTAGTGAAGAAGACTAGGCTGTGGAAAACAC
ACATTTTCGATAAGCAATTTTGGAATAGGATCTTGTTTGATGTACTTCTGACGTGGGATC
CAAATCTAAACTTTTTCTAAAGTATCTGTTATTGCAATGAAAATTTCTGTTTG

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

CO CL6314Contig1 497 2 3 U
ATGTATTTATATTCTTAAAGGCAGTATCAGTAGACTAGACTAGATTATCAAAAGCAGATC
ATCAACAGAGGACGAAATCTACAAGATAGCTCGAGCTTTACTTGTGGCCAATCCAAACTA
GACCAAAGTTCCTAAAAACCCGAACAAAAGAAAAGTAGACATCATCATTCATAGGTAAAG
ACTTGACTATTGCTCTTGCTCATCTGTTATTGGTAATAGCAATCTTTTAATTGGCATCAG
ATTTCTCGAGAGTGTTGTAGTTAAGAAGCTTTTCAATAAGATCGACGTGAGTCATAAGCA
TACGCCTGCAGCAGTAACGGACTAAACCAATCGCATCAAGAGCATCCCCTTCGGTGTAAT
CAGCCTGGAGAAGATCAAGGTATGTGTCCCATTTGTTCCCAATCACCTTTCCACAAGTAA
AGCAACGAACTGGAATGATCATCGTGCCACGAACTAGGGCTCTTGTGTCGCCGCTCTTGC
GATTTCTTCTTATTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G701JQ U 31
AF RR3G701TF C 1
BS 1 30 RR3G701TF
BS 31 447 RR3G701JQ
BS 448 497 RR3G701TF

RD RR3G701JQ 417 0 0
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TCGAGCTTTACTTGTGGCCAATCCAAACTAGACCAAAGTTCCTAAAAACCCGAACAAAAG
AAAAGTAGACATCATCATTCATAGGTAAAGACTTGACTATTGCTCTTGCTCATCTGTTAT
TGGTAATAGCAATCTTTTAATTGGCATCAGATTTCTCGAGAGTGTTGTAGTTAAGAAGCT
TTTCAATAAGATCGACGTGAGTCATAAGCATACGCCTGCAGCAGTAACGGACTAAACCAA
TCGCATCAAGAGCATCCCCTTCGGTGTAATCAGCCTGGAGAAGATCAAGGTATGTGTCCC
ATTTGTTCCCAATCACCTTTCCACAAGTAAAGCAACGAACTGGAATGATCATCGTGC

QA 1 417 1 417
DS 

RD RR3G701TF 497 0 0
ATGTATTTATATTCTTAAAGGCAGTATCAGTAGACTAGACTAGATTATCAAAAGCAGATC
ATCAACAGAGGACGAAATCTACAAGATAGCTCGAGCTTTACTTGTGGCCAATCCAAACTA
GACCAAAGTTCCTAAAAACCCGAACAAAAGAAAAGTAGACATCATCATTCATAGGTAAAG
ACTTGACTATTGCTCTTGCTCATCTGTTATTGGTAATAGCAATCTTTTAATTGGCATCAG
ATTTCTCGAGAGTGTTGTAGTTAAGAAGCTTTTCAATAAGATCGACGTGAGTCATAAGCA
TACGCCTGCAGCAGTAACGGACTAAACCAATCGCATCAAGAGCATCCCCTTCGGTGTAAT
CAGCCTGGAGAAGATCAAGGTATGTGTCCCATTTGTTCCCAATCACCTTTCCACAAGTAA
AGCAACGAACTGGAATGATCATCGTGCCACGAACTAGGGCTCTTGTGTCGCCGCTCTTGC
GATTTCTTCTTATTTCC

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 2

CO CL6315Contig1 995 2 2 U
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TTGTTGTTTTGAACCTTTTTCATGTATCATCCAACGAGAGGCGGTGTTCGTGGTGGTCGA
GATCAGTTTAGCTGGGATGAAGTCAAGGCTGATAAACATAGGGAGAACTACTTGGGTCAC
AGTGTCAAGGCCCCTGTTGGACGATGGCAAAAAGGCAAAGATCTTAACTGGTATGCTAGA
GATAAGAAACAAGGGGGTCCCAACACGGATGCTATTAAAGAGGAGATTCAAAGGGTTAAG
GAACAAGAGGAACAAGCCATGAGGGAGGCTCTGGGTTTGGCACCAAAGTCCTCTACAAGA
CCACAAGGCAATCGCCTTGACAAGCAAGAGTATACTGAACTTATCAAAAGGGGTTCAACT
GCCGAGGACCTGGGTGCAGGGAAGGCTGATGCCGTTTGGGTTCACGGCATTGGCTATGCA
AAGGCACCACGACCTTGGGAAGATCCTACCACCCTTGCACCAACTCAGACAGAAGATGCA
GGGCCTGTACGTCTACCAGCAGAGGCACCAACGATCAAAACTGTTGAAGTTGTACCTAAT
GATACTGAGAGGAACCAAGAGAAGGATAAGCGCGAGGAAAAGAAACCTACGAAGAGAGAT
AGGGAAGAGAGACATGAGAGGCACGAAAAACATGAAAGGCGCGAGAAACGTGAGAGGCAT
GAAAAGCGACACAGTCGTGATTCAGATGACAGGAAGAAGCACAAGAGAGAGAAGAAGGAT
AGGAAGAGGAGACATGACTCTGATTCCGATTGAATTGAAATCTACCAGTGTGTGTCCTGT
CCTTTTACGGAGGGGAGAAGTGTTCTGCAAGATTTGAAACTTTCTTAGCTCATTTTCGTT
TACAAATCATGGAGTAAAAGAACTATCAATATGTTTTGTGTTGAACGTTGATGTAATCCA
CTTGAAAAAGATAAAAAATGATCTCTGTTTGTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C274TF U 1
AF RR3C274JQ C 259
BS 1 680 RR3C274TF
BS 681 995 RR3C274JQ

RD RR3C274TF 683 0 0
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TTGTTGTTTTGAACCTTTTTCATGTATCATCCAACGAGAGGCGGTGTTCGTGGTGGTCGA
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GATAAGAAACAAGGGGGTCCCAACACGGATGCTATTAAAGAGGAGATTCAAAGGGTTAAG
GAACAAGAGGAACAAGCCATGAGGGAGGCTCTGGGTTTGGCACCAAAGTCCTCTACAAGA
CCACAAGGCAATCGCCTTGACAAGCAAGAGTATACTGAACTTATCAAAAGGGGTTCAACT
GCCGAGGACCTGGGTGCAGGGAAGGCTGATGCCGTTTGGGTTCACGGCATTGGCTATGCA
AAGGCACCACGACCTTGGGAAGATCCTACCACCCTTGCACCAACTCAGACAGAAGATGCA
GGGCCTGTACGTCTACCAGCAGAGGCACCAACGATCAAAACTGTTGAAGTTGTACCTAAT
GATACTGAGAGGAACCAAGAGAAGGATAAGCGCGAGGAAAAGAAACCTACGAAGAGAGAT
AGGGAAGAGAGACATGAGAG
CAC

QA 1 680 1 680
DS 

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CCCAACACGGATGCTATTAAAGAGGAGATTCAAAGGGTTAAGGAACAAGAGGAACAAGCC
ATGAGGGAGGCTCTGGGTTTGGCACCAAAGTCCTCTACAAGACCACAAGGCAATCGCCTT
GACAAGCAAGAGTATACTGAACTTATCAAAAGGGGTTCAACTGCCGAGGACCTGGGTGCA
GGGAAGGCTGATGCCGTTTGGGTTCACGGCATTGGCTATGCAAAGGCACCACGACCTTGG
GAAGATCCTACCACCCTTGCACCAATTCAGACAGAAGATGCAGGGCCTGTACGTCTACCA
GCAGAGGCACCAACGATCAAAACTGTTGAAGTTGTACCTAATGATACTGAGAGGAACCAA
GAGAAGGATAAGCGCGAGGAAAAGAAACCTACGAAGAGAGATAGGGAAGAGAGACATGAG
AGGCACGAAAAACATGAAAGGCGCGAGAAACGTGAGAGGCATGAAAAGCGACACAGTCGT
GATTCAGATGACAGGAAGAAGCACAAGAGAGAGAAGAAGGATAGGAAGAGGAGACATGAC
TCTGATTCCGATTGAATTGAAATCTACCAGTGTGTGTCCTGTCCTTTTACGGAGGGGAGA
AGTGTTCTGCAAGATTTGAAACTTTCTTAGCTCATTTTCGTTTACAAATCATGGAGTAAA
AGAACTATCAATATGTTTTGTGTTGAACGTTGATGTAATCCACTTGAAAAAGATAAAAAA
TGATCTCTGTTTGTTAC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL6316Contig1 545 2 1 U
GGAAAACAGCGGCCGTGAGATCAGAGTTTGTTTCCGTCTGTAATCGAAACCATCTGAGAA
GTTTCACACACAATGTCCGGCGCGGAAGACGCCACCGTAAGGGAGCCACTAGATCTGATT
CGTCTGAGTCTCGACGAGAGAATCTATGTCAAGCTCCGCTCAGACCGCGAACTTCGCGGC
AAGCTTCACGCGTTTGATCAGCATTTGAATATGGTTCTGGGTGATGTTGAAGAAGTTATC
ACAACTGTAGAAATCGATGACGAGACCTACGAAGAGATTGTCAGGACGATAAAGCGCAAT
ATTCAGTATCTGTTTGTGAGAGGAGATGGAGTGATATTGGTGTCTCCACCTCTGAGGACA
ACTTGAGTTTAACAACTCAAATCTGAAGTCTTAACTTTAAGGAAGACTCTTTTTTTTTTT
TATACAAAAAAAAACGCCTCGTATGTCCTCATATGAAGGAAGGCCTTTGTTGACCAGTGG
TGTATTTATTCAGTCGCTTGTTGTTTAAAAACTCAGAAAACATCTATTATATTACTTCGA
TTCAC


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR3AR16TF U 1
AF RR3AR16JQ C 117
BS 1 545 RR3AR16TF

RD RR3AR16TF 545 0 0
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GTTTCACACACAATGTCCGGCGCGGAAGACGCCACCGTAAGGGAGCCACTAGATCTGATT
CGTCTGAGTCTCGACGAGAGAATCTATGTCAAGCTCCGCTCAGACCGCGAACTTCGCGGC
AAGCTTCACGCGTTTGATCAGCATTTGAATATGGTTCTGGGTGATGTTGAAGAAGTTATC
ACAACTGTAGAAATCGATGACGAGACCTACGAAGAGATTGTCAGGACGATAAAGCGCAAT
ATTCAGTATCTGTTTGTGAGAGGAGATGGAGTGATATTGGTGTCTCCACCTCTGAGGACA
ACTTGAGTTTAACAACTCAAATCTGAAGTCTTAACTTTAAGGAAGACTCTTTTTTTTTTT
TATACAAAAAAAAACGCCTCGTATGTCCTCATATGAAGGAAGGCCTTTGTTGACCAGTGG
TGTATTTATTCAGTCGCTTGTTGTTTAAAAACTCAGAAAACATCTATTATATTACTTCGA
TTCAC

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3AR16JQ 429 0 0
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CGGCAAGCTTCACGCGTTTGATCAGCATTTGAATATGGTTCTGGGTGATGTTGAAGAAGT
TATCACAACTGTAGAAATCGATGACGAGACCTACGAAGAGATTGTCAGGACGATAAAGCG
CAATATTCAGTATCTGTTTGTGAGAGGAGATGGAGTGATATTGGTGTCTCCACCTCTGAG
GACAACTTGAGTTTAACAACTCAAATCTGAAGTCTTAACTTTAAGGAAGATTCTTTTTTT
TTTTTATACAAAAAAAAACGCCTCGTATGTCCTCATATGAAGGAAGGCCTTTGTTGACCA
GTGGTGTATTTATTCAGTCGCTTGTTGTTTAAAAACTCAGAAAACATCTATTATATTACT
TCGATTCAC

QA 1 429 1 429
DS 



AS 1 2

CO CL6317Contig1 803 2 6 U
TTTTTAAACGAACCTCCTCCTAGAAAAGGAAGAAACTTTCCAAGGAGCTTGAAATAGATT
TGTCTTTCCATGACGAAATCTCTAAAATCAAATATTTTTTTTGAGAAAGAAAGAGAGATT
GTGAAGAGGAGAAGATGTCTAGTAGATCTCTGGCGAAACGTTTTGTCCCATATGTATCTG
CTCGTATAAGAGAGAACCATCGGATGCTTAATTATTGTTCTTCCGCTTCTTCTGCTCTCA
AAGAAGCTTCTTCTTCTGAATCTCCTTCTCTCGAAGCTGTTCACCTTAGCGACAATTGTA
TCCGGAGAATGAAAGAGTTGCAATCGAGTGAGCCGGAGAAGAAGCTGCTTCGATTGGGTG
TAGAAACAGGAGGTTGTTCTGGTTTCCAGTATGTCTTTGAGCTTGATCACACAACCAACC
CCGATGACAGGGTGTTCGAGAAAAACGGTGTTAAATTGGTTGTGGATAATGTCTCTTATG
ACTTTGTCAAAGGCGCTACTGTTGATTACGTCGAGGAGCTCATCCGTTCTGCTTTCGTGG
TAGCTGAAAACCCGGCCGCAGTGGGAGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCATGGTGAAAC
AGTGAAGCTTTCTTCTTTTACATGACTAGAAAACCAAATTTGATCCCTTTTTTTGTTATT
TACTTGTACAATGTCTCACAAGGTTTTGCTATGTATCATCAAAAAGGTATAACTAGGGAA
AGATAACAAACCGTGTAGGCTTGTACCTCAACAAAATCATATAAGTTCATCCTATTTTTA
TACAATAATGGAATGTTTTACAC


BQ
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AF RR3DK96TF U 1
AF RR3DK96JQ C 266
BS 1 653 RR3DK96TF
BS 654 654 RR3DK96JQ
BS 655 682 RR3DK96TF
BS 683 683 RR3DK96JQ
BS 684 703 RR3DK96TF
BS 704 803 RR3DK96JQ

RD RR3DK96TF 703 0 0
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TGTCTTTCCATGACGAAATCTCTAAAATCAAATATTTTTTTTGAGAAAGAAAGAGAGATT
GTGAAGAGGAGAAGATGTCTAGTAGATCTCTGGCGAAACGTTTTGTCCCATATGTATCTG
CTCGTATAAGAGAGAACCATCGGATGCTTAATTATTGTTCTTCCGCTTCTTCTGCTCTCA
AAGAAGCTTCTTCTTCTGAATCTCCTTCTCTCGAAGCTGTTCACCTTAGCGACAATTGTA
TCCGGAGAATGAAAGAGTTGCAATCGAGTGAGCCGGAGAAGAAGCTGCTTCGATTGGGTG
TAGAAACAGGAGGTTGTTCTGGTTTCCAGTATGTCTTTGAGCTTGATCACACAACCAACC
CCGATGACAGGGTGTTCGAGAAAAACGGTGTTAAATTGGTTGTGGATAATGTCTCTTATG
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TAGCTGAAAACCCGGCCGCAGTGGGAGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCATGGTGAAAC
AGTGAAGCTTTCTTCTTTTACATGACTAGAAAACCAAATTTGATCCCTTTTTT*GTTATT
TACTTGTACAATGTCTCACAAG*TTTTGCTATGTATCATCAAA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3DK96JQ 538 0 0
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CCAGTATGTCTTTGAGCTTGATCACACAACCAACCCCGATGACAGGGTGTTCGAGAAAAA
CGGTGTTAAATTGGTTGTGGATAATGTCTCTTATGACTTTGTCAAAGGCGCTACTGTTGA
TTACGTCGAGGAGCTCATCCGTTCTGCTTTCGTGGTAGCTGAAAACCCGGCCGCAGTGGG
AGGATGCAGTTGTAAGAGCTCCTTCATGGTGAAACAGTGAAGCTTTTTTTTTTTACATGA
CTAGAAAACCAAATTTGATCCCTTTTTTTGTTATTTACTTGTACAATGTCTCACAAGGTT
TTGCTATGTATCATCAAAAAGGTATAACTAGGGAAAGATAACAAACCGTGTAGGCTTGTA
CCTCAACAAAATCATATAAGTTCATCCTATTTTTATACAATAATGGAATGTTTTACAC

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 2

CO CL6318Contig1 1100 2 8 U
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TCTCCGGAGCCGGAAGCTGTTTCTGAGAAAGCAACAGGAGAAGATGATGTAGGGGCTACT
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GTAGGGGCTACCCAAGAAGAGAACAAGAAGGTTGAAGAGGATGCGGATGATGTTGATGAC
AATGGGCAGTCAGGAAAAACCTATGCTTCCGTTGTCGCTGCCCCTGCACCCGCCAGTGAG
GACAGTGGGGCTGTGAGTAGTGAGAAGGAGTTTGCATCCTCACCAGAGGCTGTGTCTGGA
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CGGGAGCCGGAAGCTGTTCCGGAGAAAACAATCGAAGAGAACAAGAAGGTTGCAGAGGGT
GTGGATGATGTTGAAGACAATGAGCAGTCAGGAAAAACCAATGCTTCTGTTGTTGAAGAG
GGTGTGAATGATGTTGAAGACGATGGTGACCGTAACCTTCAAAACAAGAGTGTTGATGTT
GCAGAGAAACAAACTTCCACTAAAGTAGTGGTTGATGAGAATCCGGATTTGGCGAACCTT
GTGGTTGATCCCGAGTTTGCTAAAGAGATGGTTCAGAGACAAGCTGCTTGGAGGAGAGTG
GTGGGTTTGGCCGTCTTTGCTGGGATTAGCACCCCTGGAATGTGTGCGAGTCTTGCGTAT
TTTGATACGTATAGGCGTGCGAGATTGCCGGCGAATCTGGTGCAGGCGCAGAGAGATCTG
TTTGGAGCTCATACTTACGAGAGGATTGATCGTTTTGGTGCGTACCACACGGAGTGGACT
AAGCTTGCTAGGAAGAGCAATTGAGGTTTTTTGTATTCTTGGAAACCGTTCTCTTTGATT
ATGGCTTTTTTAAACCCAAATTGTTTCAAGAGCATTTTGTTAAGATTTCAAAAATAAGAA
ATGCACTACATTGATCTTAG


BQ
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AF RR3D751TF U 1
AF RR3D751JQ C 266
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BS 644 644 RR3D751JQ
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AATGGGCAGTCAGGAAAAACCTATGCTTCCGTTGTCGCTGCCCCTGCACCCGCCAGTGAG
GACAGTGGGGCTGTGAGTAGTGAGAAGGAGTTTGCATCCTCACCAGAGGCTGTGTCTGGA
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CGGGAGCCGGAAGCTGTTCCGGAGAAAACAATCGAAGAGAACAAGAAGGTTGCAGAGGGT
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T

QA 1 700 1 700
DS 

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TTAGCACCCCTGGAATGTGTGCGAGTCTTGCGTATTTTGATACGTATAGGCGTGCGAGAT
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TCAAGAGCATTTTGTTAAGATTTCAAAAATAAGAAATGCACTACATTGATCTTAG

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3H592JQ C 1
AF RR3H592TF U 1
BS 1 732 RR3H592TF
BS 733 745 RR3H592JQ

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QA 1 745 1 745
DS 

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GCTAGAGCCATTGTGGAGGTGAAAGTTGAACCGGAGGCAACTGCTACAAACGGGCAGCAA
CAGCAACAGCAACATCCAGAAGATGAATTTAGGAAACTGAAGCTAAGATTTGAGACATGA
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CGTCACCGGAAATGGTGGGGCAAATGAGAGTAAAGCACTCGCTTAGGTTTGTTGTATTTT
AGATTGAGAGCATTGTAGATTCAGCTGAGAGATATGGATTTTTGTTCTTTATAACTTTTT
TTTCTGTGCATAGCTAATAGAGAGTGTTGTAACTTGAGAGGAACAAGAAAGACTATGTCC
ATATATCATTTC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL6320Contig1 929 2 2 U
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AATCTCTTTCCATTTCTGTTAAGCTAGTACAACATCTCTTTCTTTCTCTTTGATTAAAAC
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CCTATCCAAACTAAATTAATTATTACTGG


BQ
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AF RR3BF66TF U 1
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BS 802 929 RR3BF66JQ

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GTCGGTTTATAATAACGGGTCGGGGTTTTGTTATTTGGTTAATTATCCGATCCGGACGAT
GCTGGGCGTTGCGGATCCGAGTAAAATGGGTTATTTTAAGGTGCGTGAAGGTGTAGGGAA
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QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3BF66JQ 929 0 0
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AATCTCTTTCCATT*CTGTTAAGCTAGTACAACATCTCTTTCTTTCTCTTTGATTAAAAC
TTCCAAAAATGGAAGGTTTGTGTTTTCGCCTCCTCTTGTTATTCGTTTTTTAGTTTGTTC
TCATACATGGCATAGAGTCAACGCGACCGAACCGGTTCTAGAGTTAACTAAAGGCTTCGA
AGCTAGACCGGACTCGTTGATCAACTCGTTCCAGCCACTCCTCACTGACCCGAGCGGAAA
CTTCTCATTCGGGTTCTTACGGTTAAACGGTTCACGACTCTCCCTCGCTGTAACCCACCC
GAACTTAACTGATCCCCTCTGGGTCTTCGACCCGACCCGGACAGCGAGCTGGTCACACAA
AACGACGTCGTCAGTTGGAGAGTGTGAGGAGATGTGTGTGGAGGATTGCAAGTGTTTCGG
GTCGGTTTATAATAACGGGTCGGGGTTTTGTTATTTGGTTAATTATCCGATCCGGACGAT
GCTGGGCGTTGCGGATCCGAGTAAAATGGGTTATTTTAAGGTGCGTGAAGGTGTAGGGAA
GAAGAAGAGTCGAGTGGGTTTAACGGTTGGG*ATGTCTGTGCTCGCTGTGATAGCGTTGG
CTTTAACGGTGGCGATGGTTTATGTTGCGTTTAGGATATGGAGTAGAGAGAAACATGCAC
TAGAGGGGGAAGATGGTGGGTTATCACCCGGCCCTTATAAAAATCTCGGGTCGGATAGTT
TTAGATCTGTTGAAATGAGCCGTAGGTGATAGCTTTTTAGTTTACACATATATAAAATTA
ATTAACTTTTTTTTTTGCTTTATGCAATTTGAATATTGTCTTCTTGCTGATAACTTTTTA
CCTATCCAAACTAAATTAATTATTACTGG

QA 1 929 1 929
DS 



AS 1 2

CO CL6321Contig1 1274 2 4 U
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TTTCCTTCACTACTACTCTAAACCCTTGGTTGATTGAATCCATTTTAGCAATCATGATCA
TCATCGTCGTCAGAGTAGAAAGTTTAGATCTTTTTTTTAATATTCTCATTTTCCCCCAGT
CGGTGCGGTGCTTCTGAGATCTCTCGCTTATCTTTTATAGAGCAAAACAAGACAAGAATG
GCGGATCGGATCGAGATCTCGTTCCTTGAAACTTTCATCTGCAGCGCTTTCGCTGCTTGT
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AAATCCCCACGGGTGACGGCGATAGTTTGCCCAAGTACAGAGGCTCTTTTGCTACTCTAT
CCACCATTGCTAGAGAAGAAGGTATCTCTGGTCTTTGGAAAGGTGTTATCGCTGGTCTCC
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TTGGTCGGAAGTGACTTTATTGGGGATATTCCACTCTATCAAAAGATTCTTGCAGCTTTG
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CAGTCAGAAGGAAAGTTACCGGCTGGGGTTCCTAGGCGTTATGCTGGAGCTGTTGATGCT
TATTACACCATTGTCAAGCTTGTTAGAAAGGAGTTGGTGCGCTTTGGACAGGGCTTGGTC
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AGGAGCTGCAGGATTCTTTGCTGTCTGTATCGGTTCCCCAATTGATGTGGTGAAATCTAG
AATGATGGGAGACTCTACTTACCGAAACACAATCGATTGCTTCATCAAAACCATGAAGAC
TGAGGGAATCATGGCCTTTTACAAAGGATTCCTCCCGAATTTTACACGACTTGGAACTTG
GAATGTTGTTATGTTCCTCACACTAGAACAAGTGAAGAAAGTGTTTCTAAGAGAAGCGTT
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AATTGATTCTAAAAAAACCTCGAATTGTTAGAGCATATATATTATACATACTGAATGAGA
CAGCAGGGGGTTACATGTTCCCACTACGCCGAGATGTAAGGTGCATGATGTGAAATATAG
AATCATTCTTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AY16TF U 1
AF RR3AY16JQ C 370
BS 1 480 RR3AY16TF
BS 481 481 RR3AY16JQ
BS 482 795 RR3AY16TF
BS 796 1274 RR3AY16JQ

RD RR3AY16TF 795 0 0
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TTTCCTTCACTACTACTCTAAACCCTTGGTTGATTGAATCCATTTTAGCAATCATGATCA
TCATCGTCGTCAGAGTAGAAAGTTTAGATCTTTTTTTTAATATTCTCATTTTCCCCCAGT
CGGTGCGGTGCTTCTGAGATCTCTCGCTTATCTTTTATAGAGCAAAACAAGACAAGAATG
GCGGATCGGATCGAGATCTCGTTCCTTGAAACTTTCATCTGCAGCGCTTTCGCTGCTTGT
TTCGCTGAGTTATTTACTGTACCTTTGGACACAGCCAAAGTAAGGCTTCAGCTCCAAAAA
AAATCCCCACGGGTGACGGCGATAGTTTGCCCAAGTACAGAGGCTCTTTTGCTACTCTAT
CCACCATTGCTAGAGAAGAAGGTATCTCTGGTCTTTGGAAAGGTGTTATCGCTGGTCTCC
*ATCGTCAGTGTATCTACGGTGGTTTAAGGATTGGTTTATATGACCCTGTCAAGACGATT
TTGGTCGGAAGTGACTTTATTGGGGATATTCCACTCTATCAAAAGATTCTTGCAGCTTTG
CTAACCGGAGCAATAGCTATTATAGTAGCTAATCCAACTGATCTTGTGAAAGTTCGGCTT
CAGTCAGAAGGAAAGTTACCGGCTGGGGTTCCTAGGCGTTATGCTGGAGCTGTTGATGCT
TATTACACCATTGTCAAGCTTGTTAGAAAGGAGTTGGTGCGCTTTGGACAGGGCTTGGTC
CTAATATAGCAAGGA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3AY16JQ 905 0 0
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CTAGAGAAGAAGGTATCTCTGGTCTTTGGAAAGGTGTTATCGCTGGTCTCCCATCGTCAG
TGTATCTACGGTGGTTTAAGGATTGGTTTATATGACCCTGTCAAGACGATTTTGGTCGGA
AGTGACTTTATTGGGGATATTCCACTCTATCAAAAGATTCTTGCAGCTTTGCTAACCGGA
GCAATAGCTATTATAGTAGCTAATCCAACTGATCTTGTGAAAGTTCGGCTTCAGTCAGAA
GGAAAGTTACCGGCTGGGGTTCCTAGGCGTTATGCTGGAGCTGTTGATGCTTATTACACC
ATTGTCAAGCTTGTTAGAA*GGAGTTGGTGCGCTTTGGACAGGGCTTGGTCCTAATATAG
CAAGGAACGCTATTGTGAACGCTGCAGAGCTAGCTAGTTATGATCAAATCAAGGAGCTGC
AGGATTCTTTGCTGTCTGTATCGGTTCCCCAATTGATGTGGTGAAATCTAGAATGATGGG
AGACTCTACTTACCGAAACACAATCGATTGCTTCATCAAAACCATGAAGACTGAGGGAAT
CATGGCCTTTTACAAAGGATTCCTCCCGAATTTTACACGACTTGGAACTTGGAATGTTGT
TATGTTCCTCACACTAGAACAAGTGAAGAAAGTGTTTCTAAGAGAAGCGTTGTACGGTTG
ATTCCGTAATTCCTCGTTTTTTAAAAAAATATACATTTGTTGTTACATATAAATTGATTC
TAAAAAAACCTCGAATTGTTAGAGCATATATATTATACATACTGAATGAGACAGCAGGGG
GTTACATGTTCCCACTACGCCGAGATGTAAGGTGCATGATGTGAAATATAGAATCATTCT
TATCC

QA 1 905 1 905
DS 



AS 1 2

CO CL6322Contig1 783 2 2 U
GAATCTCTTTCTTCTTCGTCTTCGTCTTCGTCTTCGTCACAGAGACTTTAATGGCGGCTT
CGTTCTCACTCACGAGCTTCATATCCTTCATCTCCCCATTCAAATCCCACACCAAACCAA
CCCCGCCTCCCAACCTCACTCTCCCCACCCCAACAACAGTCTCCCACAGACGTAGAAACG
ATCTTGCCATCGAATCAACGGCAACGGCCGTGGACGAGGCTCATTCTTCCAACGCTTCAC
TTTCCTCCTCCGAGCTCGCCTCAGTGATATGCCCGTCGCTCGCTTACTCGAACACGCTCC
TCTTCAGCAGCTCGGGGTACAACGTGCAGGTGTTCGTGGAGGACAACGAGTCCGAGGAGA
GGCTGGTGAATCTGTTCAGAAGGGAGGTGATGAGGACGGGGGTTATACAGGAATGCAAGA
GGAGGAGGTACTTTGAGAACAAGCAGGACGAGAAGAAGCGGAGGACTCGTGATGCTGCTA
AGCGTAACAAGAAAAGGCGTCCGTTTGCAAAGTTTACTCAAGAGACCAGAGAAGAAGCAG
CAGCGGCAGCAACCAAGGGTAAGAAGAAGGATGAACAAGAAGATAACTGGGACTGGGAGA
TGCCTGGTGGAGATGTACCTTCTTGAACCACGGTTTCAGTACATAGATCTCCCCTTCCTT
TTCTGTCTATTTTGATTACTCGGTGACATTGTATGTTCAAATTGCGTGTAACTTGCCTCT
CTGGTAATGAGTTCTTGTCAATGTTAAAGACATCTTTTTATTTTGACTAAAAATTTTCAT
TTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3D364TF U 1
AF RR3D364JQ C 119
BS 1 535 RR3D364TF
BS 536 783 RR3D364JQ

RD RR3D364TF 535 0 0
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CGTTCTCACTCACGAGCTTCATATCCTTCATCTCCCCATTCAAATCCCACACCAAACCAA
CCCCGCCTCCCAACCTCACTCTCCCCACCCCAACAACAGTCTCCCACAGACGTAGAAACG
ATCTTGCCATCGAATCAACGGCAACGGCCGTGGACGAGGCTCATTCTTCCAACGCTTCAC
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QA 1 535 1 535
DS 

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CGATCTTGCCATCGAATCAACGGCAACGGCCGTGGACGAGGCTCATTCTTCCAACGCTTC
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CCTCTTCAGCAGCTCGGGGTACAACGTGCAGGTGTTCGTGGAGGACAACGAGTCCGAGGA
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GAGGAGGAGGTACTTTGAGAACAAGCAGGACGAGAAGAAGCGGAGGACTCGTGATGCTGC
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AGCAGCGGCAGCAACCAAGGGTAAGAAGAAGGATGAACAAGAAGATAACTGGGACTGGGA
GATGCCTGGTGGAGATGTACCTTCTTGAACCACGGTTTCAGTACATAGATCTCCCCTTCC
TTTTCTGTCTATTTTGATTACTCGGTGACATTGTATGTTCAAATTGCGTGTAACTTGCCT
CTCTGGTAATGAGTTCTTGTCAATGTTAAAGACATCTTTTTATTTTGACTAAAAATTTTC
ATTTC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

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GATGATGAGGAAGATGGGTTGGTGATGCAAGTGAAGCAAGCACTCGATGAGTCTTCCACG
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BQ
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AF RR3H973TF U 1
AF RR3H973JQ C 302
BS 1 807 RR3H973TF
BS 808 1012 RR3H973JQ

RD RR3H973TF 807 0 0
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TCGAGGGAACAAGTCAGCGAGATTGTCTCTTTGCTGAACTTTGAATCAGACCCGTCCAAG
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QA 1 807 1 807
DS 

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ATGATGAGGAAGATGGGTTGGTGATGCAAGTGAAGCAAGCACTCGATGAGTCTTCCACGG
TCCAGCTACCCAATGTTGATGATCATGTTGTTGTGGAGAAGAGTTATATCGATGATCTGA
TAGCTGGGATAACGGATCTGTCTCTCACAGAAACGTTTGAGTGAAGAAACTATGAAGTCA
AATGTATTTGTTAATTTTTACATCAGTAAACTCTCTTTTGTTTTTACATCTCTAGTTGAC
CAACAAAACCTTCTAGATAATTCGGAAGGTTCTCTAAATGGTCTATTTGGTTGTTTCCAC
GACCCACTTGGCCACCTGTTGTGTGCAATGGTGATGATGAGATTGCTCTCT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL6324Contig1 937 2 2 U
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GCAGCAGCACTTCGTGCTAGTACATGGTGCATGCCACGGCGCCTGGTGCTGGTACAAGGT
TAAGCCGCTTCTAGAGGCCGCCGGCCACCGCGTAACCGCCTTAGACCTTGCTGCTTCGGG
TATAGACACAACCAGGTCTATCACTGAAATCTCCACATGCGAACAATACTCTGAGCCATT
GATACAGCTAATCGCCTCATTACCAAGTGATGAGAAGGTTGTGCTCGTTGGTCATAGCTT
CGGAGGGTACAGCTTAGCAATGGCCATGGATAAGTTTCCAGACAAAATCTCTGTCTCAGT
CTTCGTGACTGCTTTCATGCCCGATACCAAACACTCACCATCGTTCGTCGTAGATAAGTT
TGCACGGGAGACGCCACCAGAAGCATGGTTGGGCTCGGAGTTAAAACCGTATGGCTCAGA
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TAATTATCCGGCGAAAGTAGTGAAGGAGATGGAAGACACAGATCATATGCCAATGTTCAG
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CTTGTTATGAAAATGTATTTGGATACAAATAAGTGTTGTCCTGCAAATGGGTCTTTCTAA
AGATCAGGACTTTTATCGCGTTCAATGTTTGACATCT


BQ
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AF RR3DM54TF U 1
AF RR3DM54JQ C 161
BS 1 578 RR3DM54TF
BS 579 937 RR3DM54JQ

RD RR3DM54TF 578 0 0
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GCAGCAGCACTTCGTGCTAGTACATGGTGCATGCCACGGCGCCTGGTGCTGGTACAAGGT
TAAGCCGCTTCTAGAGGCCGCCGGCCACCGCGTAACCGCCTTAGACCTTGCTGCTTCGGG
TATAGACACAACCAGGTCTATCACTGAAATCTCCACATGCGAACAATACTCTGAGCCATT
GATACAGCTAATCGCCTCATTACCAAGTGATGAGAAGGTTGTGCTCGTTGGTCATAGCTT
CGGAGGGTACAGCTTAGCAATGGCCATGGATAAGTTTCCAGACAAAATCTCTGTCTCAGT
CTTCGTGACTGCTTTCATGCCCGATACCAAACACTCACCATCGTTCGTCGTAGATAAGTT
TGCACGGGAGACGCCACCAGAAGCATGGTTGGGCTCGGAGTTAAAACCGTATGGCTCAGA
CAATTCCGGTGTGTCAATGTTTTTCAGCACTGAGTGCATGAAGCACGCTCTCTATCAACT
TTCTCCTGTTGAGGATATTGAGCTTGGATTGCTTCTAA

QA 1 578 1 578
DS 

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GTGCTCGTTGGTCATAGCTTCGGAGGGTACAGCTTAGCAATGGCCATGGATAAGTTTCCA
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TCGTTCGTCGTAGATAAGTTTGCACGGGAGACGCCACCAGAAGCATGGTTGGGCTCGGAG
TTAAAACCGTATGGCTCAGACAATTCCGGTGTGTCAATGTTTTTCAGCACTGAGTGCATG
AAGCACGCTCTCTATCAACTTTCTCCTGTTGAGGATATTGAGCTTGGATTGCTTCTAAAG
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TATGGATCTGTTCATCGAGCTTACATTGTGTGCAAAGAGGACAAAATAATTACAAAAGAA
CTTCAATGGTGGATGATTGATAATTATCCGGCGAAAGTAGTGAAGGAGATGGAAGACACA
GATCATATGCCAATGTTCAGCAAGCCTCAGTTACTAAGTGACTTTCTCTTGGAAATCGCG
GAAAAGTTCTCTTAAATTATCTTGTTATGAAAATGTATTTGGATACAAATAAGTGTTGTC
CTGCAAATGGGTCTTTCTAAAGATCAGGACTTTTATCGCGTTCAATGTTTGACATCT

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

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TCCTGTTTGAGACTGCCCTTCTCACTTCAGGTTTCAGCTTAGACGAGCCCAACACCTTCG
GGAGCAGAATCCACAGGATGTTGAAGCTGGGATTGAGCATTGATGGCGATGATGCAGTGG
AAGCCGATGCAGAGATGCCTCCGCTTGAGGATGATGCCGATGCTGAAGGTAGCAAGATGG
AGGAGGTCGACTAAATCCTGCCTAGTTGCTGCAGATGATGGTTTTTCTGGACTTCTCTGA
TCCTTTTTTATCGTTTGAACCTTTTATTTCAGTATTTTTTTCCTTCTCTTCTAGAGTATT
ATCTGCTTTTTTGTACGAACTATTATCTTTGGCTTTTGAGTAAGAAGAGGGGTTTTGC


BQ
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AF RR3DZ88JQ C 1
AF RR3DZ88TF U 1
BS 1 418 RR3DZ88TF

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AGGAGGTCGACTAAATCCTGCCTAGTTGCTGCAGATGATGGTTTTTCTGGACTTCTCTGA
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ATCTGCTTTTTTGTACGAACTATTATCTTTGGCTTTTGAGTAAGAAGAGGGGTTTTGC

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR3DZ88TF 418 0 0
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TCCTGTTTGAGACTGCCCTTCTCACTTCAGGTTTCAGCTTAGACGAGCCCAACACCTTCG
GGAGCAGAATCCACAGGATGTTGAAGCTGGGATTGAGCATTGATGGCGATGATGCAGTGG
AAGCCGATGCAGAGATGCCTCCGCTTGAGGATGATGCCGATGCTGAAGGTAGCAAGATGG
AGGAGGTCGACTAAATCCTGCCTAGTTGCTGCAGATGATGGTTTTTCTGGACTTCTCTGA
TCCTTTTTTATCGTTTGAACCTTTTATTTCAGTATTTTTTTCCTTCTCTTCTAGAGTATT
ATCTGCTTTTTTGTACGAACTATTATCTTTGGCTTTTGAGTAAGAAGAGGGGTTTTGC

QA 1 418 1 418
DS 



AS 1 2

CO CL6326Contig1 1221 2 2 U
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CATCAATCTCGATTGATTTTGCACCTGTGAGAGCCCAGATCCGAAGTTTCTTTCTTCTCG
AACGAAGAAAATGCAAGCAAGGCATGTGCAATCGTCGTATCGAGATCGGACGGACGAGTT
CTCTGGTATCGTTGAAAGCCATCGGAGATCGATTGCTCCAGCGGCGGCGAATAGTGCGCC
TTATGGTGGTGGGGGAAGAAGAAGAGAGGATCCGAGATCTGCGGCGGCAAGTCAATCAGA
GTTCAGTAAGAGAGCTTCTCTGATCGGTTTAGCTATCCACCAGACCTCCCAGAAGCTATC
CAAGCTCGCTCAACTGGCGAAGAGGTCATCAGTGTTTGATGATCCAACGCGGGAGATACA
AGAGCTGACGGTTGTGATCAAACAAGAGATCTCTGGTTTAAACGGCGCTTTACTCGACCT
CCAAGCTGTACGCAACAACAACTCCCATGATAACGATGAAAGGAGCATCTCTAGAGACAC
CACTAGTCACTCTGCAACTGTTGTTGACGATCTCAAGAATCGCTTGATGGACACTACCAA
GGAGTTTAAGGATGTTCTTACTTTGAGAACTGAGAACATGAAGATCCAAGAAGATCGAAT
GAAAAAATTCTCTAAAATCTCTTCGAAAGAATCAGCAAATCCGTTTGTTCGCCAGCGTCC
TTTGGCTTCTAAGCCTTCACCTAGTCAACCTGCTCCTCTTCCATGGGCAAATGGTTCTTC
TTCTTCATCGTCTCAGTTAGTCCCAAGTAGGCAGGGAGAGGCCGAATCCTCACCACTATT
GCAACAGAGTCAACAACAACAACAGCAGCAGCAGATGGTCCCGTTGCAAGACACATATAT
GCAAAACCGAGCAGAAGCTCTACACAATGTAGAATCAACAATCCATGAGCTAAGCAATAT
CTTCACACAACTAGCGACCATGGTTTCTCAGCAAGGGGAGATCGCTATCAGAATCGATCA
GGACGTGGAAGATACATTGGCGAATGTGGAAGGCGCACAGAGCCAACTGGCTAGGTATCT
CAACAGTATATCGTCTAACCGATGGCTCATGATTAAGATTTTCTTTGTACTGATTGCTTT
TCTCATGGTTTTCCTCTTCTTCGTTGCGTGATATTGAAATAGATAAAGAAAATGATTCTT
AACGAGTTTAAACATTATTCT


BQ
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AF RR3C072TF U 1
AF RR3C072JQ C 425
BS 1 708 RR3C072TF
BS 709 1221 RR3C072JQ

RD RR3C072TF 708 0 0
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CTCTGGTATCGTTGAAAGCCATCGGAGATCGATTGCTCCAGCGGCGGCGAATAGTGCGCC
TTATGGTGGTGGGGGAAGAAGAAGAGAGGATCCGAGATCTGCGGCGGCAAGTCAATCAGA
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AGAGCTGACGGTTGTGATCAAACAAGAGATCTCTGGTTTAAACGGCGCTTTACTCGACCT
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CACTAGTCACTCTGCAACTGTTGTTGACGATCTCAAGAATCGCTTGATGGACACTACCAA
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GAAAAAATTCTCTAAAATCTCTTCGAAAGAATCAGCAAATCCGTTTGT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3C072JQ 797 0 0
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GCTGTACGCAACAACAACTCCCATGATAACGATGAAAGGAGCATCTCTAGAGACACCACT
AGTCACTCTGCAACTGTTGTTGACGATCTCAAGAATCGCTTGATGGACACTACCAAGGAG
TTTAAGGATGTTCTTACTTTGAGAACTGAGAACATGAAGATCCAAGAAGATCGAATGAAA
AAATTCTCTAAAATCTCTTCGAAAGAATCAGCAAATCCGTTTGTTCGCCAGCGTCCTTTG
GCTTCTAAGCCTTCACCTAGTCAACCTGCTCCTCTTCCATGGGCAAATGGTTCTTCTTCT
TCATCGTCTCAGTTAGTCCCAAGTAGGCAGGGAGAGGCCGAATCCTCACCACTATTGCAA
CAGAGTCAACAACAACAACAGCAGCAGCAGATGGTCCCGTTGCAAGACACATATATGCAA
AACCGAGCAGAAGCTCTACACAATGTAGAATCAACAATCCATGAGCTAAGCAATATCTTC
ACACAACTAGCGACCATGGTTTCTCAGCAAGGGGAGATCGCTATCAGAATCGATCAGGAC
GTGGAAGATACATTGGCGAATGTGGAAGGCGCACAGAGCCAACTGGCTAGGTATCTCAAC
AGTATATCGTCTAACCGATGGCTCATGATTAAGATTTTCTTTGTACTGATTGCTTTTCTC
ATGGTTTTCCTCTTCTTCGTTGCGTGATATTGAAATAGATAAAGAAAATGATTCTTAACG
AGTTTAAACATTATTCT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL6327Contig1 1215 2 4 U
GGACCGGGCACCAGGACGACTTCGTGTAACTCCTGTGACTGTAGCAAATGGGCAAATAAT
TCGAGTGGCTGCTGTTGGTATTAGCGACTCCGGAGAAGCTTTTTCAAACTCCTCAATTCT
TTCACTCAGGTGGGAACTGAGTAGTTGCGACAATTTGGCATCTTGGGACGATGATTATAA
TTTAAAAATGACAAAGACTAGCTGGGAGAGATTTCTAGCTCTTCATAATGAATCTGGATT
GTGCACTGTCCGGGCTACAGTTTCTGGTATTGATCATTCTGGAAAACACCAATACTCATC
TCTACTTCCAGAAGTGTCCAAAAGTACTCTTACAGATGCTGTACGATTACAGTTGGTTTC
GACACTAAGAGTGACGCCAGAGTTCAATCTGGTTTTCCTCAATCCTAATGCCAAGGTTAA
TTTGTCAATGACTGGAGGAAGCTGTTTGTGGGAAGCAGTTGTGAATGATCCTCATGTAGC
AGAAGTGGTTAAACCCCCATCTGGCCTGCAATGCTCGCAAATGACCCTGTCTCCAAAAGG
GTTAGGGACTACACTTGTGACAGTATATGATATTGGGGTCTCTCCTCCACTTTCAGCTCT
TGCGGTGATTAAAGTTGCAGACATAGACTGGATAAAATTGCATCTGGGGACGAGATAAGT
ATAATGGAAGGAAGTACACACTCCTTTGATCTATTGACTGGCATTAACGATGGGATAACC
TTTGATTCTTCCCAGTACCCGCTAATGGATATTATGGTGCATATTGAGGATGATCTCGCG
GAGCATGTTTCTGTCGATGATAATCCACTTTCTGTTGGTGAACACGTGGCAACTTTTTCA
TTCAAAGTAGCTGCTAGACGCCTGGGAATCACAACACTATATGTTAGCGCAAGACGCCAA
TCAGGAGATAAAGTTGAGCCAAACCATTAAAGTGGAAGTTTATGCCCCACCAAGACTTCA
TCCACCTGGAACACCAGAAAGAAGAAGTGGTGCAGTGATATACCATGAGGAATCTCCAAG
AACACCATCACCATTTATGGAGTATGTGAAGAGGACTGTGGATGAGACTCCTTACTACAG
AAGAGAAGGAAGGAGGAGGTTTAATCCTCAAAACACTATGTAGAATTTGTTTGTTATGAC
TTATGAGTAGTAAACTCTGTTTTTGTTTGTAAACCACCAAACCTTGAGAAATGTTTATAT
CATTTGTGCATTGTT


BQ
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AF RR3GE59TF U 1
AF RR3GE59JQ C 646
BS 1 670 RR3GE59TF
BS 671 671 RR3GE59JQ
BS 672 711 RR3GE59TF
BS 712 1215 RR3GE59JQ

RD RR3GE59TF 711 0 0
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TCGAGTGGCTGCTGTTGGTATTAGCGACTCCGGAGAAGCTTTTTCAAACTCCTCAATTCT
TTCACTCAGGTGGGAACTGAGTAGTTGCGACAATTTGGCATCTTGGGACGATGATTATAA
TTTAAAAATGACAAAGACTAGCTGGGAGAGATTTCTAGCTCTTCATAATGAATCTGGATT
GTGCACTGTCCGGGCTACAGTTTCTGGTATTGATCATTCTGGAAAACACCAATACTCATC
TCTACTTCCAGAAGTGTCCAAAAGTACTCTTACAGATGCTGTACGATTACAGTTGGTTTC
GACACTAAGAGTGACGCCAGAGTTCAATCTGGTTTTCCTCAATCCTAATGCCAAGGTTAA
TTTGTCAATGACTGGAGGAAGCTGTTTGTGGGAAGCAGTTGTGAATGATCCTCATGTAGC
AGAAGTGGTTAAACCCCCATCTGGCCTGCAATGCTCGCAAATGACCCTGTCTCCAAAAGG
GTTAGGGACTACACTTGTGACAGTATATGATATTGGGGTCTCTCCTCCACTTTCAGCTCT
TGCGGTGATTAAAGTTGCAGACATAGACTGGATAAAATTGCATCTGGGGACGAGATAAGT
ATAATGGAAG*AAGTACACACTCCTTTGATCTATTGACTGGCATTAACGAT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3GE59JQ 570 0 0
GGGGACGAGATAAGTATAATGGAAGGAAGTACACACTCCTTTGATCTATTGACTGGCATT
AACGATGGGATAACCTTTGATTCTTCCCAGTACCCGCTAATGGATATTATGGTGCATATT
GAGGATGATCTCGCGGAGCATGTTTCTGTCGATGATAATCCACTTTCTGTTGGTGAACAC
GTGGCAACTTTTTCATTCAAAGTAGCTGCTAGACGCCTGGGAATCACAACACTATATGTT
AGCGCAAGACGCCAATCAGGAGATAAAGTTGAGCCAAACCATTAAAGTGGAAGTTTATGC
CCCACCAAGACTTCATCCACCTGGAACACCAGAAAGAAGAAGTGGTGCAGTGATATACCA
TGAGGAATCTCCAAGAACACCATCACCATTTATGGAGTATGTGAAGAGGACTGTGGATGA
GACTCCTTACTACAGAAGAGAAGGAAGGAGGAGGTTTAATCCTCAAAACACTATGTAGAA
TTTGTTTGTTATGACTTATGAGTAGTAAACTCTGTTTTTGTTTGTAAACCACCAAACCTT
GAGAAATGTTTATATCATTTGTGCATTGTT

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 2

CO CL6328Contig1 869 2 2 U
GGGGGGCTTCCACCTGATAGGAACAGTCTCAACAAGCTAATGGCCTTGCGCAATAACAAC
AACAACAACATGAACAACGGTCAGGGCTCTGCACAAGCTGCCGCCTTTGCTCTTACCAAC
TACCAGACCATGCTAATGAAACAGAATCACCCGGAGCAAACCACCAGCGGCGGACTACTA
CAACAAGAATCATCAAGAAACATGAGCCCATCTCCGAGCTATAATGGAGCTGCTGCTGGT
TCTTTGTTGACTGGTTTTGCGCAGAGCCCATCGATGAGCGGTGTTTCTTCTCCTCAGAGG
CAAATGCCAAGCTCCAGTTATAATAGCTCAGCTCATCAGCAATACCAACAACCTTCCTGT
AGTGGCAGTAACCAAGCGATGGAACAACAACAGCTGATTCACCAGATATGGCAACAGATG
GCAAACACCAACGGTGGCTCCGGGCAGCAGCAGTCGCTCTCTGGTCAGAACATGGGAAGA
AACAGAACAGATTATGTGCCCACAGCGGAAACGCCAAGCAGTTCCAACAGGTTCAGAGGC
ATGAAAGGGCTAGACCAGAGCCAGAGCCAGAACCAGGAAGCTATGGTCTCTTCTAACAAC
ACATCATCACTCAACTTTGGTGATAACAACGGTTTCTTTAGCAATGGGGTTGATGAAAGC
ATGGAGTATCCTTGGAAGGCATGATGAGGAGGAGAAGTTGGTAGTTTAGTCTATGTTTGT
CTTTTTTGTAAAGAACTGAGAGTACTAAAAGACTTAGAGACCATCTTTAGGTTATGTGAA
TCTCTTGAGGAGAGTTCTCATCAAATGTTACCTTTGTCCACCTGGTGGTGTTGCTGAACT
CTTAGAGAAAAGCCTCTGTTTTTATGAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EX51TF U 1
AF RR3EX51JQ C 108
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BS 527 869 RR3EX51JQ

RD RR3EX51TF 526 0 0
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AACAACAACATGAACAACGGTCAGGGCTCTGCACAAGCTGCCGCCTTTGCTCTTACCAAC
TACCAGACCATGCTAATGAAACAGAATCACCCGGAGCAAACCACCAGCGGCGGACTACTA
CAACAAGAATCATCAAGAAACATGAGCCCATCTCCGAGCTATAATGGAGCTGCTGCTGGT
TCTTTGTTGACTGGTTTTGCGCAGAGCCCATCGATGAGCGGTGTTTCTTCTCCTCAGAGG
CAAATGCCAAGCTCCAGTTATAATAGCTCAGCTCATCAGCAATACCAACAACCTTCCTGT
AGTGGCAGTAACCAAGCGATGGAACAACAACAGCTGATTCACCAGATATGGCAACAGATG
GCAAACACCAACGGTGGCTCCGGGCAGCAGCAGTCGCTCTCTGGTCAGAACATGGGAAGA
AACAGAACAGATTATGTGCCCACAGCGGAAACGCCAAGCAGTTCCA

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR3EX51JQ 762 0 0
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CGGCGGACTACTACAACAAGAATCATCAAGAAACATGAGCCCATCTCCGAGCTATAATGG
AGCTGCTGCTGGTTCTTTGTTGACTGGTTTTGCGCAGAGCCCATCGATGAGCGGTGTTTC
TTCTCCTCAGAGGCAAATGCCAAGCTCCAGTTATAATAGCTCAGCTCATCAGCAATACCA
ACAACCTTCCTGTAGTGGCAGTAACCAAGCGATGGAACAACAACAGCTGATTCACCAGAT
ATGGCAACAGATGGCAAACACCAACGGTGGCTCCGGGCAGCAGCAGTCGCTCTCTGGTCA
GAACATGGGAAGAAACAGAACAGATTATGTGCCCACAGCGGAAACGCCAAGCAGTTCCAA
CAGGTTCAGAGGCATGAAAGGGCTAGACCAGAGCCAGAGCCAGAACCAGGAAGCTATGGT
CTCTTCTAACAACACATCATCACTCAACTTTGGTGATAACAACGGTTTCTTTAGCAATGG
GGTTGATGAAAGCATGGAGTATCCTTGGAAGGCATGATGAGGAGGAGAAGTTGGTAGTTT
AGTCTATGTTTGTCTTTTTTGTAAAGAACTGAGAGTACTAAAAGACTTAGAGACCATCTT
TAGGTTATGTGAATCTCTTGAGGAGAGTTCTCATCAAATGTTACCTTTGTCCACCTGGTG
GTGTTGCTGAACTCTTAGAGAAAAGCCTCTGTTTTTATGAGG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL6329Contig1 499 2 16 U
GGGATCAATCGAAACACATCAAAATTCATAAAAACAAAAATATATGCTTAAGAAAAATGG
CAGACAACAAGCAAAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGAAGAAGTCTA
ATGTGCTGATGGACAAGGTCAAGGATGCTGCTACCGCTGCTGGAGCGACTGCTCAAACCG
CAGGACAGAAGATATCGGAGACCGCAGGAGGAACTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAGACTG
GCATGAACAAGTAGTGGACTCAAAATCAAATTGGCAGCTATTTAATATCCCTTCCTAATT
AATTGTTATGGTTTAAAATAAAATTGGGAGTTCATATTGATTCTCATCTACATCATAGTT
GTTGTTGTTGGTTGTTGTTGTTGTTGTGTTTAGTGTTTTAAATACTTGAATTGATGTTTC
TCCCCTTAGGTTTGTACGTTTGGATGTTTGTGTATTTAGTTTTCCCAGTAATAAAAACAA
ATGTATAATTTTAAGTTCC


BQ
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AF RR3EF71TF U 1
AF RR3CS21JQB C 4
BS 1 30 RR3EF71TF
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BS 372 477 RR3EF71TF
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RD RR3EF71TF 477 0 0
GGGATCAATCGAAACACATCAAAATTCATATAAACAAAAATATCTGCTTAAGAAAAATGG
CAGACAACAAGCAAAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGGAGAAGTCTA
ATGTGCTGGTGGACAAGGTCAAGGATGCTGCTACCGCTGCTGGAGCGTCTGCTCAAACCG
CAGGACAGAAGATATCGGAGACCGCAGGAGGAACTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAGACTG
GCATGAACAAGTAGTGGACTCAAAATCAAATTGGCAGCTATTTAATATCCCTTCCTAATT
AATTGTTATGGTTTAAAATAAATTTGGGAGTTCATATTGATTCTCATCTACATCATAGTT
GTTGTTGTTGTTTGTTGTTGTTGTTGTGTTTAGTGTTTTAAATACTTGAATTGATGTTTC
TCCCCTTAGGTTTGTACGTTTGGATGTTTGTGTATTTAGTTTTCCCAGTAATAAAAA

QA 1 477 1 477
DS 

RD RR3CS21JQB 496 0 0
GGAAAACA
AAACACATCCAAATTCATAAAAACAAAAATATATTCTTAAGAAAAATGGCAGACAACAAG
CAAAGCTTCCAAGCCGGTCAAGCCGCTGGTCGTGCTGAGAAGAAGTCTAATGTGCTGATG
GACAAGGTCAAGGATGCTGCTACCGCTGCTGGAGCGACTGCTCAAACCGCAGGACAGAAG
ATATCGGAGACCGCAGGAGGAGCTGTTAATCTTGTGAAGGAGAAGACTGGCATGAACAAG
TAGTGGACTCAAAATCAAATTGGCAGCTATTTAATATCCCTTCCTAATTAATTGTTATGG
TTTTAAATAAAATTGGGAGTTCATATTGATTCTCATCTACATCATAGTTGTTGTTGTTTG
TTGTTGTTGTTGTTGTGTTTAGTGTTTTAAATACTTGAATTGATGTTTCTCCCCTTAGGT
TTGTACGTTTGGATGTTTGTGTATTTAGTTTTCCCAGTAATAAAAACAAATGTATAATTT
TAAGTTCC

QA 9 496 9 496
DS 



AS 1 2

CO CL6330Contig1 1042 2 2 U
CTTCAAGATTTTCTTTCAAAAAAAGAAGAGCACACCTAGCTATGTCGTCGACAAACGGAG
GTGGTTTCAAGTGTTTTTCACCGGAGAATACAAACTGGATTTTTCAAGAAGTCAAAGATG
TCGTGTGGACGGTGGAGGAAAACAAACGTTTCGAGAAAGCCCTCGCCTTTATTGACGACA
AAGAAGACGTAGAGAGCTGGTCGAAGATCGCCGCTTTGATCCCGGGGAAAACCGTATATG
GCGTCATTAAAAGATACAAGAAACTGCTGGATGACGTCAGTGACATCGAGGCCGGTCTTG
TCCCCGATCCGCGCTACGGCTACGACGCCTCCTCAGAGACCACTTGTGATTACTTCTTTG
GGCTAGAGAACTCGGGTTTGCGGTTACGGTTACGATTATGTCGTGGGAGGAAAGAGAAGT
ACGCCGGCGATGACTGATGGTTTCGGGGCTCCAATACCGGAGAAAGAACGGAAGAAAGGA
GTTCCATGGACCGAGGAAGAGCACCGACGATTTCTAATGGGTCTGAAGAAATATGGAAAA
GGAGATTGGCGAAACATTGCAAGAAACTTTGTGACAACTCGAACGCCGACGCAAGTTGCT
TCTCACGCTCAAAAATATTTCATTCGACAGCTTACGGATTGTAAAGACAAACGGCGGTCA
AGCATTCACGACATCACAACCGTTAACGTCCCCGACGCAAACGCGTCAACAACCACCACA
CCCGCTGCTGCAACAGTCTCTCCTACTCCAGCCAATCCTTTTGACGTTTTCCTTCCAAAG
CCTCATCACAGTTTCGCGTTTTCGCCTGCGTCTAGTTATCATAACGCGTTTCCGCAGTGG
AGTTAAAAAACATATATAAATCTAGAGTTTGCCTCATATATTGTTATATATGTTTTCTAC
GCCTATCCAATTATTCATGCAGGATTTTGTAAATATTTGTAAAGAACTTTTAAAGTTTGT
GTGATCATGCAAATATAGGTTTTGATTGATTGTAATTTCCAGTTAAGCAAGTTTATATTA
TAAAATGTATGTGGCTTATCCG


BQ
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AF RR3BH23TF U 1
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BS 1 747 RR3BH23TF
BS 748 1042 RR3BH23JQ

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AAGAAGACGTAGAGAGCTGGTCGAAGATCGCCGCTTTGATCCCGGGGAAAACCGTATATG
GCGTCATTAAAAGATACAAGAAACTGCTGGATGACGTCAGTGACATCGAGGCCGGTCTTG
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GGCTAGAGAACTCGGGTTTGCGGTTACGGTTACGATTATGTCGTGGGAGGAAAGAGAAGT
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TCTCACGCTCAAAAATATTTCATTCGACAGCTTACGGATTGTAAAGACAAACGGCGGTCA
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CCCGCTGCTGCAACAGTCTCTCCTACT

QA 1 747 1 747
DS 

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AACGTCCCCGACGCAAACGCGTCAACAACCACCACACCCGCTGCTGCAACAGTCTCTCCT
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TTTTGTAAATATTTGTAAAGAACTTTTAAAGTTTGTGTGATCATGCAAATATAGGTTTTG
ATTGATTGTAATTTCCAGTTAAGCAAGTTTATATTATAAAATGTATGTGGCTTATCCG

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

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ACGACTGGTTTTCCAATTACGGGTAAGCTAGGACTCATCTTTCTTATCTCGTTGCACTTT
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TGTATAGGTAGCAAATGCGACGCCGGGATCGTCTTCGTCGATGACGGAAACTGGCTCATC
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AAA


BQ
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10 10 10 

AF RR3BU21JQ U 81
AF RR3BU21TF C 1
BS 1 80 RR3BU21TF
BS 81 502 RR3BU21JQ
BS 503 543 RR3BU21TF

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CATTCAACCAGTTTCTTGCTCGAATTCTTCACCATCTGATTCCTCTGCATTGTCTGCATC
ATCATCTGCTTCATTATCGTCTTCTTCTTGATGGTTGTCAACGACTGGTTTTCCAATTAC
GGGTAAGCTAGGACTCATCTTTCTTATCTCGTTGCACTTTTCTTCGAACTCAGCTTCTTC
CATGGCGAGAAAAATCTCTTCGTTCTGAGGCTGGGGCCACTGTATAGGTAGCAAATGCGA
CGCCGGGATCGTCTTCGTCGATGACGGAAACTGGCTCATCAACGTCGGAAACTGCAACAT
TA

QA 1 422 1 422
DS 

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TTTAACGAGAAGGTTTAGACTAGTATCCTCAAAAATCAAGCTAATGCCATCAACAAACTT
TTCTTTTTATATGGAGAGATCATTCAACCAGTTTCTTGCTCGAATTCTTCACCATCTGAT
TCCTCTGCATTGTCTGCATCATCATCTGCTTCATTATCGTCTTCTTCTTGATGGTTGTCA
ACGACTGGTTTTCCAATTACGGGTAAGCTAGGACTCATCTTTCTTATCTCGTTGCACTTT
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TGTATAGGTAGCAAATGCGACGCCGGGATCGTCTTCGTCGATGACGGAAACTGGCTCATC
AACGTCGGAAACTGCAACATTATTTTTATTCTCTCGCAGAAGACGAAAAAAAAACGGGAA
AAA

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 2

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TTTAGCCAATGCACATTATGTATGCTCAGCAAAACAACAGTACTATTCAAACATGAAAAG
AAGGAAGCAAAAAAACGTACGTAACAATGGACCATATCACCAGGATTCGCCATAGTGCAA
TTGACGCAACTCCATTTCACAAAATCAACGGGCGTCGTCTGCTGCACAGGCTCCCAATCA
CTATCATCCTCCTCATCTTCTTCATTCAGCAATGTCTCTGCACCGTAGATATCCTGAAAC
GTCATTTCTCCTCTTGAAACCCTAGCTCTCTTCTGCATAAAGACATTTGACAGAGACACA
TGAATCAAACAAACAAACAAAAAAAAGACAGTGGCAAATCAATGGTTTAAGCTTACGGAT
GATGAAACCCCAGTGTCTCCATTGCTAAGCTCATCGAGGTGAGTTTCTTCACAACCGTTT
TCATGTTTCCTCTTTGAATCCTCGAGGTGAGTTTCTACAACCATTCTTACCTCAGTAGTC
ACTCAAACTACTAACCAGCAATCTTCTCTGGGACAAAGTAGAAGAGAAAAAAAGTTAGTT
TTTTTAATAATTAATGTGGAGAGAGAGATAAATCAAAACTGGACCTAATGTAAGAAAACT
ATACAAGAGCTAGGTCAACACAACTGAACCCTAAACTAATCTTTAACTTACTTTCCTTTG
TGTATCTTTAAAAATCGATCTCCTATATTGATTTATAGTCAGCAATCTAAATTTCACTAC
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TCAATTTAGTATTTAG


BQ
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AF RR3GP93TF U 1
AF RR3GP93JQ C 308
BS 1 725 RR3GP93TF
BS 726 1096 RR3GP93JQ

RD RR3GP93TF 725 0 0
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TTTAGCCAATGCACATTATGTATGCTCAGCAAAACAACAGTACTATTCAAACATGAAAAG
AAGGAAGCAAAAAAACGTACGTAACAATGGACCATATCACCAGGATTCGCCATAGTGCAA
TTGACGCAACTCCATTTCACAAAATCAACGGGCGTCGTCTGCTGCACAGGCTCCCAATCA
CTATCATCCTCCTCATCTTCTTCATTCAGCAATGTCTCTGCACCGTAGATATCCTGAAAC
GTCATTTCTCCTCTTGAAACCCTAGCTCTCTTCTGCATAAAGACATTTGACAGAGACACA
TGAATCAAACAAACAAACAAAAAAAAGACAGTGGCAAATCAATGGTTTAAGCTTACGGAT
GATGAAACCCCAGTGTCTCCATTGCTAAGCTCATCGAGGTGAGTTTCTTCACAACCGTTT
TCATGTTTCCTCTTTGAATCCTCGAGGTGAGTTTCTACAACCATTCTTACCTCAGTAGTC
ACTCAAACTACTAACCAGCAATCTTCTCTGGGACAAAGTAGAAGAGAAAAAAAGTTAGTT
TTTTTAATAATTAATGTGGAGAGAGAGATAAATCAAAACTGGACCTAATGTAAGAAAACT
ATACAAGAGCTAGGTCAACACAACTGAACCCTAAACTAATCTTTAACTTACTTTCCTTTG
TGTAT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3GP93JQ 789 0 0
CTCCTCTTGAAACCCTAGCTCTCTTCTGCATAAAGACATTTGACAGAGACACATGAATCA
AACAAACAAACAAAAAAAAGACAGTGGCAAATCAATGGTTTAAGCTTACGGATGATGAAA
CCCCAGTGTCTCCATTGCTAAGCTCATCGAGGTGAGTTTCTTCACAACCGTTTTCATGTT
TCCTCTTTGAATCCTCGAGGTGAGTTTCTACAACCATTCTTACCTCAGTAGTCACTCAAA
CTACTAACCAGCAATCTTCTCTGGGACAAAGTAGAAGAGAAAAAAAGTTAGTTTTTTTAA
TAATTAATGTGGAGAGAGAGATAAATCAAAACTGGACCTAATGTAAGAAAACTATACAAG
AGCTAGGTCAACACAACTGAACCCTAAACTAATCTTTAACTTACTTTCCTTTGTGTATCT
TTAAAAATCGATCTCCTATATTGATTTATAGTCAGCAATCTAAATTTCACTACGGAGAGA
AAGCGAACTCTTTTATACCTGAAGAAATCACGGCAGAGCGATGAACCAAGGAGGCTGGGT
CGGGAGCGTGACTTTACGAGCTACCACGGTGGCGCAACGGAGCAGATTGAGAGAGACGAG
GAGAGGACGATGTCATTATTACATGGTAAGATTATTTGGGCTAAATAGTACTGTTGAGCT
ATACGATGATGATCCAATAATAAAAAGGCCCAAGCCCATTATCGAAGACGAGACAACAAA
TTGATTTGCTCTTTCTAACTCGTTTTATAACAATTTTCTGTTTTGGAGTATATTCAATTT
AGTATTTAG

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL6333Contig1 970 2 2 U
GGACACATCAAAGCATCACACACACAAACAAACACTTTCTCTTCTCTTCTTTGATCTTTC
CTCTTTTCTACACATTCAAATGGCCACTGCTGATGTTGAACAAGTGACTCCAGCCGCAGC
TGAGCACGTCGAGGTGACACCACCAAAGACAGTGGAGCCTGAGGAAACCGTAGCTGCCGT
TGTGGCTGACTCTACTCCAGCTGCGGTAACAGAACCTGAAGCTCCAGTGGAAGAAACAGT
GGAAACCAAGACAGAGACGGAGGAGATCAAGAAAGAGGAAGAAGCTCACGTCGAAGTAAC
CACTAAAGACGTCCCTGTGGAAGAAGCTCCAGTGGAAACTCCGGCCGCTGTGGAGGAAGA
GAGCAAGACAGAGGAAGTCGTAGAGCCTAAGAAAGAGGAAGAAGTAGAGCCCAAGAAAGA
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GAAAGAGGAAGAAACTCCGGCGGTTGTTGAGGAAGAGAGCAAAACAGAGGAAGTTGTAGA
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GCCCAAGAAAGAGGAAGAAGCTCCGGTGGTTGTGGAAAAAGAGACCAAAGCAGAGGAAGA
AGTGAAGACAGAGGAAACTCCAGCTGTTGTGGAGGAAGAGAAGAAGCCAGAAGCAGAGGA
GGAGAAAACCACTGAAGTAGCAGCCGTGGAAGCCCCCGCCGCAGCTCCAGCAGAAGTTGC
CGTGGAGAAGGCTGATGAGTAAATCTGAAAGAAGAAGAAGTACACTATTTGCTACTTTTT
TTTTTTTTTAAAGTACGTTGCGTCTTTGCTTTGTTGTTCTGATTCTGTCACTATTGTCCC
TTTTTGCATCACCCTCTCTTTTTAAGTATCTATCTTCATATGTTTAATATAAAATGAAAA
ACCATCTTTA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C837TF U 1
AF RR3C837JQ C 280
BS 1 696 RR3C837TF
BS 697 970 RR3C837JQ

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CTCTTTTCTACACATTCAAATGGCCACTGCTGATGTTGAACAAGTGACTCCAGCCGCAGC
TGAGCACGTCGAGGTGACACCACCAAAGACAGTGGAGCCTGAGGAAACCGTAGCTGCCGT
TGTGGCTGACTCTACTCCAGCTGCGGTAACAGAACCTGAAGCTCCAGTGGAAGAAACAGT
GGAAACCAAGACAGAGACGGAGGAGATCAAGAAAGAGGAAGAAGCTCACGTCGAAGTAAC
CACTAAAGACGTCCCTGTGGAAGAAGCTCCAGTGGAAACTCCGGCCGCTGTGGAGGAAGA
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GAAAGAGGAAGAAACTCCGGCGGTTGTTGAGGAAGAGAGCAAAACAGAGGAAGTTGTAGA
GCCCAAGAAAGAGGAAGAAACTCCGGCGGTTGTCGAGGAAGAGAGCAAAGAAGTCGTAGA
GCCCAAGAAAGAGGAAGAAGCTCCGGTGGTTGTGGAAAAAGAGACCAAAGCAGAGGAAGA
AGTGAAGACAGAGGAAACTCCAGCTGTTGTGGAGGA
GAGAA

QA 1 696 1 696
DS 

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AGAAGTAGAGCCCAAGAAAGAGGAAGAAACTCCAGCGGTTGTTGAGGAAGAGAGCAAAAC
AGAGGATGTTGTAGAGCCCAAGAAAGAGGAAGAAACTCCGGCGGTTGTTGAGGAAGAGAG
CAAAACAGAGGAAGTTGTAGAGCCCAAGAAAGAGGAAGAAACTCCGGCGGTTGTCGAGGA
AGAGAGCAAAGAAGTCGTAGAGCCCAAGAAAGAGGAAGAAGCTCCGGTGGTTGTGGAAAA
AGAGACCAAAGCAGAGGAAGAAGTGAAGACAGAGGAAACTCCAGCTGTTGTGGAGGAAGA
GAAGAAGCCAGAAGCAGAGGAGGAGAAAACCACTGAAGTAGCAGCCGTGGAAGCCCCCGC
CGCAGCTCCAGCAGAAGTTGCCGTGGAGAAGGCTGATGAGTAAATCTGAAAGAAGAAGAA
GTACACTATTTGCTACTTTTTTTTTTTTTTAAAGTACGTTGCGTCTTTGCTTTGTTGTTC
TGATTCTGTCACTATTGTCCCTTTTTGCATCACCCTCTCTTTTTAAGTATCTATCTTCAT
ATGTTTAATATAAAATGAAAAACCATCTTTA

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL6334Contig1 882 2 2 U
GGGTGGCCGGTGGTTTAAGCCGCCGGTTACCAACTCTTTCTTTTTGTTTTGTTTTATAAA
GAAGGCTTTCGATCTTTTAGATCAAATATAGTTTTCCGGTTAGCGGATCTTTCCTTTCCC
TTGGGGATTTTGTCGTGCTTTCAATCCATGGTCAGAGCTGTTGGATCAAATCAATTCTTA
TCTCTTTGATATTGGATTGAGTAAAAAGTTTTTCCGGTCTCCTCTTCTGCATCAAATCAC
TAAATCCCTTTTGTTTGTGTTGGTTGCTTTCTCTATTCAAGGATATGCGTTTAATACTAC
CCTCTGATAATCGATCTTTGCTCTTGTAAAAGCTGATGAGCTTTAAGTAAAGTATCTTAG
CGGATAGGAAGAGACGATGTTAGATTGATATCGGCTGATTTAACCGGATGTTTAGCAGAG
TTGGCGTCTTTGGACGGTCCAGCAAAAGACTTCTTGTTGGTCAATCGAACTATCTCTGGT
TTATAATCTGCTGTAGTTTAAGGTTTCCAGAACACAAACAAAGGCTGTAAAGAAGAAGGA
GAAAGAAGGTGTTGGAGTTTACTACAAGGCTTCTATTGATTCTAAGGTTTCGAGAAGATG
TGAAGCTAAGAATCTTTCTATGACGGGGATGAATCAGACATGGTGGCGATAACGGAGGTT
GCGCGGTGGTGAAGCAAAGCGGTGGGCCATGATTGCCTTTAACGAGAAGAAGACGTGTGG
GTCCTTACGTGTCTTGACATCTATCATGCGTGACATGTTTTAATTTTTGAATGTTTATCT
CTACCACTTAAAATTTCAATATTAATCTATGTTGTATATGTGTCTTGTTTTAAGTCCACC
CCTTATAAGCCTTTTTGTGCCTTTAATGAAAACTTAGTTGAC


BQ
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AF RR3FU37TF U 1
AF RR3FU37JQ C 188
BS 1 605 RR3FU37TF
BS 606 882 RR3FU37JQ

RD RR3FU37TF 605 0 0
GGGTGGCCGGTGGTTTAAGCCGCCGGTTACCAACTCTTTCTTTTTGTTTTGTTTTATAAA
GAAGGCTTTCGATCTTTTAGATCAAATATAGTTTTCCGGTTAGCGGATCTTTCCTTTCCC
TTGGGGATTTTGTCGTGCTTTCAATCCATGGTCAGAGCTGTTGGATCAAATCAATTCTTA
TCTCTTTGATATTGGATTGAGTAAAAAGTTTTTCCGGTCTCCTCTTCTGCATCAAATCAC
TAAATCCCTTTTGTTTGTGTTGGTTGCTTTCTCTATTCAAGGATATGCGTTTAATACTAC
CCTCTGATAATCGATCTTTGCTCTTGTAAAAGCTGATGAGCTTTAAGTAAAGTATCTTAG
CGGATAGGAAGAGACGATGTTAGATTGATATCGGCTGATTTAACCGGATGTTTAGCAGAG
TTGGCGTCTTTGGACGGTCCAGCAAAAGACTTCTTGTTGGTCAATCGAACTATCTCTGGT
TTATAATCTGCTGTAGTTTAAGGTTTCCAGAACACAAACAAAGGCTGTAAAGAAGAAGGA
GAAAGAAGGTGTTGGAGTTTACTACAAGGCTTCTATTGATTCTAAGGTTTCGAGAAGATG
TGAAG

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3FU37JQ 695 0 0
GATATTGGATTGAGTAAAAAGTTTTTCCGGTCTCCTCTTCTGCATCAAATCACTAAATCC
CTTTTGTTTGTGTTGGTTGCTTTCTCTATTCAAGGATATGCGTTTAATACTACCCTCTGA
TAATCGATCTTTGCTCTTGTAAAAGCTGATGAGCTTTAAGTAAAGTATCTTAGCGGATAG
GAAGAGACGATGTTAGATTGATATCGGCTGATTTAACCGGATGTTTAGCAGAGTTGGCGT
CTTTGGACGGTCCAGCAAAAGACTTCTTGTTGGTCAATCGAACTATCTCTGGTTTATAAT
CTGCTGTAGTTTAAGGTTTCCAGAACACAAACAAAGGCTGTAAAGAAGAAGGAGAAAGAA
GGTGTTGGAGTTTACTACAAGGCTTCTATTGATTCTAAGGTTTCGAGAAGATGTGAAGCT
AAGAATCTTTCTATGACGGGGATGAATCAGACATGGTGGCGATAACGGAGGTTGCGCGGT
GGTGAAGCAAAGCGGTGGGCCATGATTGCCTTTAACGAGAAGAAGACGTGTGGGTCCTTA
CGTGTCTTGACATCTATCATGCGTGACATGTTTTAATTTTTGAATGTTTATCTCTACCAC
TTAAAATTTCAATATTAATCTATGTTGTATATGTGTCTTGTTTTAAGTCCACCCCTTATA
AGCCTTTTTGTGCCTTTAATGAAAACTTAGTTGAC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

CO CL6335Contig1 870 2 2 U
GGGATCTTATTTTCCCAATTATCAATGATGGTTCATATCTTTCTTTATTTCTCTCTCTTT
TTCCCACTCTCAGATTCAGATCTGACTTCATGATTTGAATCCGATTTTTTTGGTAAAATT
TGCCAAAATCATCACTGTTGCTCACCACCAATCTATCCGACATCGTGTTATCAGTTTAAT
CTTAGCTGTAGCGACTTTGCTTGTGTCAAAACCGAAGCTCCTCCGACAATAGAAACAATC
ATCTATTTTGCATCAAAACAGAGAAGAGAGAAAAGTTCAGAAATTTTGATTTATCTGTTT
TACAGAAAGAGATATCTCTTGGGTTTTTGGTCATCTCACGAGATTTTACAAAGAACTCAT
GATCCTTCAAAGGAGAGTGAGTTGGCTGGTTTTCTGGAGTCAGAATCTCTTGATTTGATA
TAGCAGAGAGATGGGCACATCATATGCAACTTGACATTGACCAGAACTCGAAAATATAGA
TGATCAATTTTTTCAGGACATTGCATTCTACTGTGCATTCTTCCATTTAAGCTCAGAAGA
TTGGGTGTGGGTCTTAGCGCAGAAGACATTGCGTTGATGAGCACATAGTTCTGCACCAAG
ACATAGAGGGATCCACAAGATTAATTTTTTTTCTCTGTTTCACGCGTGTCCACATGGTCC
TTATGCTCAGTCTGCACTCAAAGTGCTTGCTCGTTAAGGCATGAAAACTGGTCGCATTGG
TCAAGAAGCAAATTCTTCATATACAATGTGTTTATGCAAATGTATATAAAAATTATCCAG
CGTACACCTAAGCTTTTGTGAATTAATGTACATGTGGACTGTCAAAATTATGTGTAGCAA
GTTTCACAAACGATTGGAATTTTTTATAAG


BQ
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AF RR3GP73TF U 1
AF RR3GP73JQ C 246
BS 1 657 RR3GP73TF
BS 658 870 RR3GP73JQ

RD RR3GP73TF 657 0 0
GGGATCTTATTTTCCCAATTATCAATGATGGTTCATATCTTTCTTTATTTCTCTCTCTTT
TTCCCACTCTCAGATTCAGATCTGACTTCATGATTTGAATCCGATTTTTTTGGTAAAATT
TGCCAAAATCATCACTGTTGCTCACCACCAATCTATCCGACATCGTGTTATCAGTTTAAT
CTTAGCTGTAGCGACTTTGCTTGTGTCAAAACCGAAGCTCCTCCGACAATAGAAACAATC
ATCTATTTTGCATCAAAACAGAGAAGAGAGAAAAGTTCAGAAATTTTGATTTATCTGTTT
TACAGAAAGAGATATCTCTTGGGTTTTTGGTCATCTCACGAGATTTTACAAAGAACTCAT
GATCCTTCAAAGGAGAGTGAGTTGGCTGGTTTTCTGGAGTCAGAATCTCTTGATTTGATA
TAGCAGAGAGATGGGCACATCATATGCAACTTGACATTGACCAGAACTCGAAAATATAGA
TGATCAATTTTTTCAGGACATTGCATTCTACTGTGCATTCTTCCATTTAAGCTCAGAAGA
TTGGGTGTGGGTCTTAGCGCAGAAGACATTGCGTTGATGAGCACATAGTTCTGCACCAAG
ACATAGAGGGATCCACAAGATTAATTTTTTTTCTCTGTTTCACGCGTGTCCACATGG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3GP73JQ 625 0 0
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AAAGAGATATCTCTTGGGTTTTTGGTCATCTCACGAGATTTTACAAAGAACTCATGATCC
TTCAAAGGAGAGTGAGTTGGCTGGTTTTCTGGAGTCAGAATCTCTTGATTTGATATAGCA
GAGAGATGGGCACATCATATGCAACTTGACATTGACCAGAACTCGAAAATATAGATGATC
AATTTTTTCAGGACATTGCATTCTACTGTGCATTCTTCCATTTAAGCTCAGAAGATTGGG
TGTGGGTCTTAGCGCAGAAGACATTGCGTTGATGAGCACATAGTTCTGCACCAAGACATA
GAGGGATCCACAAGATTAATTTTTTTTCTCTGTTTCACGCGTGTCCACATGGTCCTTATG
CTCAGTCTGCACTCAAAGTGCTTGCTCGTTAAGGCATGAAAACTGGTCGCATTGGTCAAG
AAGCAAATTCTTCATATACAATGTGTTTATGCAAATGTATATAAAAATTATCCAGCGTAC
ACCTAAGCTTTTGTGAATTAATGTACATGTGGACTGTCAAAATTATGTGTAGCAAGTTTC
ACAAACGATTGGAATTTTTTATAAG

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

CO CL6336Contig1 1138 2 2 U
GGCCATCTTCGTCTCTCCATCACCTCCGCGTTGAATCCTCAGACGAAGAAAGCTTCAACG
GGTGGTAGTAACGGGAACGGTGGTAGTACCAACAAGAAACGGAAGAAAAAGGGTAAAAGT
TCGAATCTTAAGGAGAATTGGGAAGTGAGAGATGCCTTTGTTCTTAAAGAGGAAGAAGAT
TATAATGATGACGATGATGATGCTTCTCTTGCAAACTCTCCTCCCACCATACCCAAACCA
CCTGCTGGGTTCGTCATTGAAAACCGGTAGAGTTCTTATGGCCTCCAAGAAGCGAATCGC
CACTGTGGTTGATCCGACAAACAATAGCCCTTTGGATTGTGTAATAAGAAGAGTGTTTAC
AAGTAGTAAAGGAGAGGATTGTATGCTTCTTTGCCCTGTTGATACGCCAGTTCAGATTTT
GAAGAGCACAAACATAGATGGATGGTCAGCTGTCAGTGATGAAGAGGTTGAATCTCTTCT
TCCTGCTGCTGCTTACGCTCTTGCAAAGATCCATATGCATCTTGTACACAGCGGATTCTG
TTACACTGCAAGGGGAGGCTTTTGCTACACTGAAGATAATGTCTTCGATTTTCGCACAGA
TGATGGCCAAGATGTTGAAGGTTTGCCAACGGAAGGGGTTGAGATTACATGTTTTCATCT
GGATGGATCACACTATATGGTCTACACGCCTTCAGATCCACTTCTCTTTGTTGCTGCTAA
GGATCCGAATGGGCTGCTTCAAATTGCTGATGATGAGCTCCTAGACGACCCAGCCGTGAT
CAGCGCCATAGACGAGGAAACCGAATTCAATGCCTTGGTGGAGGAAGAGGCGGCTCTTCT
TGAATCATTGCTTGGGGAAGAAATTTAAAAGCTTTCATAGGGAGACCGACCTACTTACTT
AGCTTTCTTTCTTTCTTTTTTATATGTTTCATGTCAATGCTATCTATTCCTTATGATGTT
TTCCTGTTTATCATGAAAGAAAAAAAAAGTTTTTCCTAATGCAAATCTTCCATCTTTGGG
AAAGGAATGTTAATTGAGTTCGATCATTTTGTATGCTTTTACAGAGATGTATGGTTCAAA
CACCAAAGCAGAAAACTCCATTTGACTAGCTCTGCCTCAGATGGACAATTATATACCC


BQ
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AF RR3DQ43TF U 1
AF RR3DQ43JQ C 585
BS 1 717 RR3DQ43TF
BS 718 1138 RR3DQ43JQ

RD RR3DQ43TF 717 0 0
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GGTGGTAGTAACGGGAACGGTGGTAGTACCAACAAGAAACGGAAGAAAAAGGGTAAAAGT
TCGAATCTTAAGGAGAATTGGGAAGTGAGAGATGCCTTTGTTCTTAAAGAGGAAGAAGAT
TATAATGATGACGATGATGATGCTTCTCTTGCAAACTCTCCTCCCACCATACCCAAACCA
CCTGCTGGGTTCGTCATTGAAAACCGGTAGAGTTCTTATGGCCTCCAAGAAGCGAATCGC
CACTGTGGTTGATCCGACAAACAATAGCCCTTTGGATTGTGTAATAAGAAGAGTGTTTAC
AAGTAGTAAAGGAGAGGATTGTATGCTTCTTTGCCCTGTTGATACGCCAGTTCAGATTTT
GAAGAGCACAAACATAGATGGATGGTCAGCTGTCAGTGATGAAGAGGTTGAATCTCTTCT
TCCTGCTGCTGCTTACGCTCTTGCAAAGATCCATATGCATCTTGTACACAGCGGATTCTG
TTACACTGCAAGGGGAGGCTTTTGCTACACTGAAGATAATGTCTTCGATTTTCGCACAGA
TGATGGCCAAGATGTTGAAGGTTTGCCAACGGAAGGGGTTGAGATTACATGTTTTCATCT
GGATGGATCACACTATATGGTCTACACGCCTTCAGATCCACTTCTCTTTGTTGCTGC

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3DQ43JQ 554 0 0
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TTACATGTTTTCATCTGGATGGATCACACTATATGGTCTACACGCCTTCAGATCCACTTC
TCTTTGTTGCTGCTAAGGATCCGAATGGGCTGCTTCAAATTGCTGATGATGAGCTCCTAG
ACGACCCAGCCGTGATCAGCGCCATAGACGAGGAAACCGAATTCAATGCCTTGGTGGAGG
AAGAGGCGGCTCTTCTTGAATCATTGCTTGGGGAAGAAATTTAAAAGCTTTCATAGGGAG
ACCGACCTACTTACTTAGCTTTCTTTCTTTCTTTTTTATATGTTTCATGTCAATGCTATC
TATTCCTTATGATGTTTTCCTGTTTATCATGAAAGAAAAAAAAAGTTTTTCCTAATGCAA
ATCTTCCATCTTTGGGAAAGGAATGTTAATTGAGTTCGATCATTTTGTATGCTTTTACAG
AGATGTATGGTTCAAACACCAAAGCAGAAAACTCCATTTGACTAGCTCTGCCTCAGATGG
ACAATTATATACCC

QA 1 554 1 554
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL6339Contig1 691 2 1 U
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TGACCATACAAGTAATCAGTGTTAAGATGGAAGGCAAAACTGTGATTTTAAGTGTGCTAA
TAATGATTTTTGTCATGGCCCATAATCAAGTCGAAGCGAGGGTTTGTTGCCCGAGCAAGG
AAGCCAGATTAGCATTTTATGTATGTAATCGTACTAAAGCGACGACGACTTGTGCACAAC
TTAATGGATGCAAAATCGTTCCTGAGACGATATGTCCTTCAGGATATCCATATGGCCATT
TCGGAAACTCTGGTAATACTGTCAATGAATACTGCAAGCTGGGTTGTGCATCCTCTGTGT
GCAGTGACTTAGCCACTCTCCAGGACTTCGCTGCAAGTGAAATTGTGAATGGTGCGGTTG
TACAATGCACCAACGCATGTTCTGATTTCTGCACCAAGGACTCAGCTAATGCAGTTGACA
CTGCCTAAGAAGCATATCCACGATCTATGTATTGTATGTGTTGTTGTTCTCCTTGTTTTC
AATAATTGTTGTGTATGTCACATACAGTATGTGACAAAATGCTAGACTCTTGCTCTGTTT
CCTGGTTTTCTATGTGACGTAGAAGGTCATCGATCCCTAGATTGTTTATCCCTTCTACTT
GTTATATATCTAAATAAAGAATAATGTTTCC


BQ
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AF RR3DV91TF U 1
AF RR3DV91JQ C 266
BS 1 691 RR3DV91TF

RD RR3DV91TF 691 0 0
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TGACCATACAAGTAATCAGTGTTAAGATGGAAGGCAAAACTGTGATTTTAAGTGTGCTAA
TAATGATTTTTGTCATGGCCCATAATCAAGTCGAAGCGAGGGTTTGTTGCCCGAGCAAGG
AAGCCAGATTAGCATTTTATGTATGTAATCGTACTAAAGCGACGACGACTTGTGCACAAC
TTAATGGATGCAAAATCGTTCCTGAGACGATATGTCCTTCAGGATATCCATATGGCCATT
TCGGAAACTCTGGTAATACTGTCAATGAATACTGCAAGCTGGGTTGTGCATCCTCTGTGT
GCAGTGACTTAGCCACTCTCCAGGACTTCGCTGCAAGTGAAATTGTGAATGGTGCGGTTG
TACAATGCACCAACGCATGTTCTGATTTCTGCACCAAGGACTCAGCTAATGCAGTTGACA
CTGCCTAAGAAGCATATCCACGATCTATGTATTGTATGTGTTGTTGTTCTCCTTGTTTTC
AATAATTGTTGTGTATGTCACATACAGTATGTGACAAAATGCTAGACTCTTGCTCTGTTT
CCTGGTTTTCTATGTGACGTAGAAGGTCATCGATCCCTAGATTGTTTATCCCTTCTACTT
GTTATATATCTAAATAAAGAATAATGTTTCC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3DV91JQ 426 0 0
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TGAATACTGCAAGCTGGGTTGTGCATCCTCTGTGTGCAGTGACTTAGCCACTCTCCAGGA
CTTCGCTGCAAGTGAAATTGTGAATGGTGCGGTTGTACAATGCACCAACGCATGTTCTGA
TTTCTGCACCAAGGACTCAGCTAATGCAGTTGACACTGCCTAAGAAGCATATCCACGATC
TATGTATTGTATGTGTTGTTGTTCTCCTTGTTTTCAATAATTGTTGTGTATGTCACATAC
AGTATGTGACAAAATGCTAGACTCTTGCTCTGTTTCCTGGTTTTCTATGTGACGTAGAAG
GTCATCGATCCCTAGATTGTTTATCCCTTCTACTTGTTATATATCTAAATAAAGAATAAT
GTTTCC

QA 1 426 1 426
DS 



AS 1 2

CO CL6340Contig1 784 2 1 U
GGATAGAGAAGACGAAGACAGAGAGTGAGAAACAGAGATTGTTTTAAGAGAGAGAGAGAT
GGCTAGTGGAATCGCTCGAGGTCGTTTGGCAGAGGAGAGGAAGTCGTGGAGGAAGAATCA
TCCTCATGGTTTTGTGGCGAAGCCGGAGACTGGGGCTGATGGTTCTGTGAATCTAATGGT
GTGGCATTGCACTATTCCTGGTAAAGCCGGTACTGATTGGGAAGGTGGATTCTTTCCATT
GACGATGCACTTTAGCGAGGACTATCCGAGCAAGCCTCCCAAATGCAAATTCCCACAAGG
CTTTTTCCACCCTAATGTTTATCCATCGGGGACTGTCTGTCTCTCCATCCTTAATGAGGA
TTCGGGATGGAGACCAGCCATCACAGTGAAGCAGATTCTTGTCGGTATCCAGGATTTACT
GGACACCCCTAATCCCGCTGACCCTGCACAGACTGATGGTTATCATCTCTTCATCCAGGA
TGCAGTTGAGTACAAGAAAAGGGTTAAGCTTCAGTCCAAGCAGTATCCTCCCATTGTCTA
AAAACATCACCAAAACTGATGACAAACCTCTGAATCTTTTGTGGTCTTTTGTGATTGTGT
TTAAATGTAATCGGGTGATTAAAAAAAACTCCTCATTTTGGCACCTTTTGAGACACTACT
AGAATCTCTTTTATTTCCACAAAACAAAAATTATCCTTTTCTGTGTTAACTGTTAATATT
CTTGTTACTACTACTATTGTACTGATTCAGTTGGGGTCTGCTTCTGTTTTATACAACATT
ACCT


BQ
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20 20 20 20 

AF RR3A906JQ C 1
AF RR3A906TF U 1
BS 1 784 RR3A906TF

RD RR3A906JQ 784 0 0
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GGCTAGTGGAATCGCTCGAGGTCGTTTGGCAGAGGAGAGGAAGTCGTGGAGGAAGAATCA
TCCTCATGGTTTTGTGGCGAAGCCGGAGACTGGGGCTGATGGTTCTGTGAATCTAATGGT
GTGGCATTGCACTATTCCTGGTAAAGCCGGTACTGATTGGGAAGGTGGATTCTTTCCATT
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TTCGGGATGGAGACCAGCCATCACAGTGAAGCAGATTCTTGTCGGTATCCAGGATTTACT
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TGCAGTTGAGTACAAGAAAAGGGTTAAGCTTCAGTCCAAGCAGTATCCTCCCATTGTCTA
AAAACATCACCAAAACTGATGACAAACCTCTGAATCTTTTGTGGTCTTTTGTGATTGTGT
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CTTGTTACTACTACTATTGTACTGATTCAGTTGGGGTCTGCTTCTGTTTTATACAACATT
ACCT

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DS 

RD RR3A906TF 784 0 0
GGATAGAGAAGACGAAGACAGAGAGTGAGAAACAGAGATTGTTTTAAGAGAGAGAGAGAT
GGCTAGTGGAATCGCTCGAGGTCGTTTGGCAGAGGAGAGGAAGTCGTGGAGGAAGAATCA
TCCTCATGGTTTTGTGGCGAAGCCGGAGACTGGGGCTGATGGTTCTGTGAATCTAATGGT
GTGGCATTGCACTATTCCTGGTAAAGCCGGTACTGATTGGGAAGGTGGATTCTTTCCATT
GACGATGCACTTTAGCGAGGACTATCCGAGCAAGCCTCCCAAATGCAAATTCCCACAAGG
CTTTTTCCACCCTAATGTTTATCCATCGGGGACTGTCTGTCTCTCCATCCTTAATGAGGA
TTCGGGATGGAGACCAGCCATCACAGTGAAGCAGATTCTTGTCGGTATCCAGGATTTACT
GGACACCCCTAATCCCGCTGACCCTGCACAGACTGATGGTTATCATCTCTTCATCCAGGA
TGCAGTTGAGTACAAGAAAAGGGTTAAGCTTCAGTCCAAGCAGTATCCTCCCATTGTCTA
AAAACATCACCAAAACTGATGACAAACCTCTGAATCTTTTGTGGTCTTTTGTGATTGTGT
TTAAATGTAATCGGGTGATTAAAAAAAACTCCTCATTTTGGCACCTTTTGAGACACTACT
AGAATCTCTTTTATTTCCACAAAACAAAAATTATCCTTTTCTGTGTTAACTGTTAATATT
CTTGTTACTACTACTATTGTACTGATTCAGTTGGGGTCTGCTTCTGTTTTATACAACATT
ACCT

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL6341Contig1 1136 2 4 U
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GTGCTCCCTGTCTCTGTTTTTAGTTCAATCGAAGATAAAATCGAGAGATCTGGTTTGGTA
CTTCCTGTCCCGTAGAGAAAAGAACGTGGGGAGTCGACAGAGCAGGAGGACGCCTTCAGG
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ATTTCGAGGTAATATTGGTTATAAGAGGGTTTTAACGTTCGGCAAAGGGAAAAGCAGCAG
CTCCAAATCAGACTGGGTGATGCACGAGCTTCACTACACCCTCTTGCCTGAACACAAGAG
GACCTATGTCATCTGCAGATTGGAATATAAAGGTGATGACGTGAACATCTTGTCTGCAGA
TCCCACTCCCACTTTTGCTCCCACTATGGACAATAGTGCCAGCTCTGTGGTGGACCAATC
ATCTCATGGGAATTCAGGATATTACAACACTTTGTCCTAGTATGAATCAGGGGTATCAGG
GACATCAGTTAAACGGAGACTATGACGCGCAGCCATCATTTCAAGGATATTCAGAATATT
TCAACTCTACCTCGGAGTATGATTTAGCTAATGGAAGCCACTGGTTTAGCAACCTACAAC
AACAACAACAAGCTCCTTACTCTGCCCCATATCAAGATGATTCTGATTTGTGGAAGCAGG
TTGTTGAAGAAAACTGGACCTCTTTGGTCGATGAAAGGACATACATGCGAGAAGATTCCA
GCCATTACCGTCCTAAAACTCCTGTCACTGGGATTTTTCCTGATGATAGCAGTGATGATG
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ATGTACAATACCATACTCCTAAAGATAATACTCCATCATTGAGTTCTGTTGTGCCTTTGC
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AGAAAAGCGAATGCGAGTGGAAAATGGCGGAAGACTCGACCAAGAAGGTTCCATCAACCA
CTGAAGTGAAGCAGAGCTGGATTGTTCTAGAGGAGATGAGTCAGAGGAATTCACGG


BQ
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AF RR3A492TF U 1
AF RR3A492JQ C 604
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BS 721 851 RR3A492TF
BS 852 1136 RR3A492JQ

RD RR3A492TF 865 0 0
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GTGCTCCCTGTCTCTGTTTTTAGTTCAATCGAAGATAAAATCGAGAGATCTGGTTTGGTA
CTTCCTGTCCCGTAGAGAAAAGAACGTGGGGAGTCGACAGAGCAGGAGGACGCCTTCAGG
GTTCTGGAAACTCACCGGAGACCCCGTTGATGTCAACGATCGGTGGGGACACCTGTCTGG
ATTTCGAGGTAATATTGGTTATAAGAGGGTTTTAACGTTCGGCAAAGGGAAAAGCAGCAG
CTCCAAATCAGACTGGGTGATGCACGAGCTTCACTACACCCTCTTGCCTGAACACAAGAG
GACCTATGTCATCTGCAGATTGGAATATAAAGGTGATGACGTGAACATCTTGTCTGCAGA
TCCCACTCCCACTTTTGCTCCCACTATGGACAATAGTGCCAGCTCTGTGGTGGACCAATC
ATCTCATGGGAATTCAGGATATTACAACACTTTGTCCTAGTATGAATCAGGGGTATCAGG
GACATCAGTTAAACGGAGACTATGACGCGCAGCCATCATTTCAAGGATATTCAGAATATT
TCAACTCTACCTCGGAGTATGATTTAGCTAATGGAAGCCACTGGTTTAGCAACCTACAAC
AACAACAACAAGCTCCTTACTCTGCCCCATATCAAGATGATTCTGATTTGTGGAAGCAG*
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ACACTGACTCA
CGATGGGAGAGACA

QA 1 851 1 851
DS 

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AACAACAAGCTCCTTACTCTGCCCCATATCAAGATGATTCTGATTTGTGGAAGCAGGTTG
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ATTACCGTCCTAAAACTCCTGTCACTGGGATTTTTCCTGATGATAGCAGTGATGATGACA
CTGACTCAACGATTGGGAGAGACACTTGGAGCTCGACCGGTAGTGTTGGTAGTAAAGATG
TACAATACCATACTCCTAAAGATAATACTCCATCATTGAGTTCTGTTGTGCCTTTGCACA
ATCCTGAGCCACAAGAGCAGCCAAAGCAGCTGGAGTTGCAGTTGCAGGGCAAAGAAAAGA
AAAGCGAATGCGAGTGGAAAATGGCGGAAGACTCGACCAAGAAGGTTCCATCAACCACTG
AAGTGAAGCAGAGCTGGATTGTTCTAGAGGAGATGAGTCAGAGGAATTCACGG

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 2

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GTTACAATAACAATGTATTGGAAGTATTGCATCATGATATAGTAATATGTGTCAATTTGT
ATCCATGTGTTCGTTTCCTTCCTGTCTATCTGACTCAATAAGCATGAGAACAACTTGTCG
CATCGATGGCCTCGCGACGGGACC


BQ
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AF RR3EJ82TF C 1
AF RR3EJ82JQ U 2
BS 1 1 RR3EJ82TF
BS 2 264 RR3EJ82JQ

RD RR3EJ82TF 264 0 0
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TAGAATTTACAGTAGTTATCCGACATGATTACATAGAAAAAATATCTCAAGTGAAAAGAA
GTTACAATAACAATGTATTGGAAGTATTGCATCATGATATAGTAATATGTGTCAATTTGT
ATCCATGTGTTCGTTTCCTTCCTGTCTATCTGACTCAATAAGCATGAGAACAACTTGTCG
CATCGATGGCCTCGCGACGGGACC

QA 1 264 1 264
DS 

RD RR3EJ82JQ 263 0 0
ACCAAAACTAGCTCCTTTTTTAATCCACGAAGAGATATATCTTTAGATATAGCTGGGTAT
AGAATTTACAGTAGTTATCCGACATGATTACATAGAAAAAATATCTCAAGTGAAAAGAAG
TTACAATAACAATGTATTGGAAGTATTGCATCATGATATAGTAATATGTGTCAATTTGTA
TCCATGTGTTCGTTTCCTTCCTGTCTATCTGACTCAATAAGCATGAGAACAACTTGTCGC
ATCGATGGCCTCGCGACGGGACC

QA 1 263 1 263
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6344Contig1 833 2 2 U
GGAAAGAGCGAGAGACAATGGCTTCAACAAGAATAAACTCATTAACAACAATCTACACAT
CCCCAAGAAGATACAGTTCTAACCACAAATCACCAAACCAAATCAAACTAGTTTCAAACT
CCCTAAGCTCTAAACCCAACACAACACAGCTCTCAAGTAACCTCTACACTGTCAGTTTCA
AGACTATTGGAACAGGTAAGCTTAGCATCTCAAGATACCCCGATTTCGAATATTCTCCTC
AAGGAGGCTCCGGCTCCGGAACTGCCCGGCGCGTCGACGTCGACGGTGGTGAAAAGAACC
GAACACCAAACTCTGAACTGTCCGTTAGTTTTGATGTGGACACTCTTTACATTCCTTCTC
TTACAAACCAAACCACGAAGTTTCTTGGCTTACCATTACCGCCGTTTCTTAAAATCGACA
TAGCTCCGGAGATCTTCCAAGGAACCATCGACCAAGATTCCGGCAAGGTGGAGCTGGAGT
TCACAGCTAAGTTCTGTTTCACGGCGGGAGGTAGCATATACAGAGCTCCGCCATTGGTGG
TGAAAACGGTGTTGACGACGGAGGAGTCTATAGGAGAGAAGAAGAGAGGGAGAGGAGAGA
GGATGGACGGAGAAGGAAAGTGTAGGCTCGTGGGCGTTGCGAGAGTTGAGACTGTCGACG
ATTTGTTTATGAACACGTTCCTCTCTCTCCCGTCGGAGTGTCTCGCCGATCTGCAAGCTG
TTATTTCAGTCGCCGGTTCTTGATGATAATCATTTTAGACATTTTCTGTTTTAATCAAAT
TAAATGTAAGTAAACAATGTTTTAAAATCTTATACTAGTAAACAATGTTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GC15TF U 1
AF RR3GC15JQ C 178
BS 1 621 RR3GC15TF
BS 622 833 RR3GC15JQ

RD RR3GC15TF 621 0 0
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CCCCAAGAAGATACAGTTCTAACCACAAATCACCAAACCAAATCAAACTAGTTTCAAACT
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AGACTATTGGAACAGGTAAGCTTAGCATCTCAAGATACCCCGATTTCGAATATTCTCCTC
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GAACACCAAACTCTGAACTGTCCGTTAGTTTTGATGTGGACACTCTTTACATTCCTTCTC
TTACAAACCAAACCACGAAGTTTCTTGGCTTACCATTACCGCCGTTTCTTAAAATCGACA
TAGCTCCGGAGATCTTCCAAGGAACCATCGACCAAGATTCCGGCAAGGTGGAGCTGGAGT
TCACAGCTAAGTTCTGTTTCACGGCGGGAGGTAGCATATACAGAGCTCCGCCATTGGTGG
TGAAAACGGTGTTGACGACGGAGGAGTCTATAGGAGAGAAGAAGAGAGGGAGAGGAGAGA
GGATGGACGGAGAAGGAAAGT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3GC15JQ 656 0 0
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CTCTTACAAACCAAACCACGAAGTTTCTTGGCTTACCATTACCGCCGTTTCTTAAAATCG
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TGGTGAAAACGGTGTTGACGACGGAGGAGTCTATAGGAGAGAAGAAGAGAGGGAGAGGAG
AGAGGATGGACGGAGAAGGAAAGTGTAGGCTCGTGGGCGTTGCGAGAGTTGAGACTGTCG
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CTGTTATTTCAGTCGCCGGTTCTTGATGATAATCATTTTAGACATTTTCTGTTTTAATCA
AATTAAATGTAAGTAAACAATGTTTTAAAATCTTATACTAGTAAACAATGTTTTAG

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL6345Contig1 433 2 1 U
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AAGGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAACCAGCGGGAAGGATCGTGATGGAGTTG
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GATAAGTTCGAGGAAGCCGTCGAAGCAGGTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTA
GATGATCTCAGCTCTCTCTCCCTCTATCCTCATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCCTATG
TTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGTAGTCAAAAACTTAGTCTCTGTGTTCTCATGGC
AGTCTTTTGGATTGACAGAGAGAAACTCGTCAGTCACCCTTATTACCTTACTACCATAAA
TAATGAGAGCTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D253JQ C 1
AF RR3D253TF U 1
BS 1 433 RR3D253TF

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AAGGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAACCAGCGGGAAGGATCGTGATGGAGTTG
TATACCGATAAGACTCCGAAGACGGCTGAAAACGGGACAGGAGGTGAGTCCATTTACGGG
GATAAGTTCGAGGAAGCCGTCGAAGCAGGTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTA
GATGATTTCAGCTCTCTCTCCCTCTATCCTCATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCCTATG
TTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGTAGTCAAAAACTTAGTCTCTGTGTTCTCATGGC
AGTCTTTTGGATTGACAGAGAGAAACTCGTCAGTCACCCTTATTACCTTACTACCATAAA
TAATGAGAGCTTT

QA 1 433 1 433
DS 

RD RR3D253TF 433 0 0
GGAAGAATATCTCAAAGCTTTCGATTTGATCAAATACATCAATCAACAATGGCGTTCCCT
AAGGTTTTCTTCGACATAACCATCGGCGGGCAACCAGCGGGAAGGATCGTGATGGAGTTG
TATACCGATAAGACTCCGAAGACGGCTGAAAACGGGACAGGAGGTGAGTCCATCTACGGG
GATAAGTTCGAGGAAGCCGTCGAAGCAGGTGGTTATCGCCGATTGTGGACAGCTCTCTTA
GATGATCTCAGCTCTCTCTCCCTCTATCCTCATTTTAATTATGGCGTCTCCCCCCCTATG
TTATGTTTGGTGTCTCGTTTGTATAAGTAGTCAAAAACTTAGTCTCTGTGTTCTCATGGC
AGTCTTTTGGATTGACAGAGAGAAACTCGTCAGTCACCCTTATTACCTTACTACCATAAA
TAATGAGAGCTTT

QA 1 433 1 433
DS 



AS 1 2

CO CL6346Contig1 568 2 2 U
AATTGATAATACTTGCATCATTTTTATTCAACATAAGCAGCAGCAACAACACTCTTTAGT
AATCATAAGTTCATCAAACGAGAACGCATACTTTCTGTTTTTTTTGTTAAAAGTCCCATG
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ATTCAGTATACATAATCATTACTTTTATTTTGAACTGGCAGAGTAGTTGGTTGCAGCTAG
AGTCCCTTACTCCCCCACCCCGCCTTGTAATGGCCGCCACCGCTGTTGCTGACTGGCCAG
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TTATAGAATTCCTCTACATCTGAGTCGTTTTCATCAAAGAGAGGCATGTGAGCCATGGGT
GGACGGCCGTGGTTGGCCGGAAGCCTCACGCGGTGGTCGTAGCGGGCTTGACGGTCAAAG
TAGCCTCCTTCTGACTCCATATGAGACTTGTCAAGCATTTATTTATTTATAAATATACTT
GGCTTAGTTCTCTTAAATACAAGTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH34TF C 1
AF RR3BH34JQ U 131
BS 1 130 RR3BH34TF
BS 131 568 RR3BH34JQ

RD RR3BH34TF 559 0 0
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AATCATAAGTTCATCAAACGAGAACGCATACTTTCTGTTTTTTTTGTTAAAAGTCCCATG
TTTGGTCTTAGTACGATACTGAAACATGTTCATCACACACGTCTTAGTTATAATATTATT
ATTCAGTATACATAATCATTACTTTTATTTTGAACTGGCAGAGTAGTTGGTTGCAGCTAG
AGTCCCTTACTCCCCCACCCCGCCTTGTAATGGCCGCCACCGCTGTTGCTGACTGGCCAG
TTTTCCGAAGCATTGACCACTACAGCATGGCCACTGCCAGTGTGGTGGCTTCGGCTGCTC
TTATAGAATTCCTCTACATCTGAGTCGTTTTCATCAAAGAGAGGCATGTGAGCCATGGGT
GGACGGCCGTGGTTGGCCGGAAGCCTCACGCGGTGGTCGTAGCGGGCTTGACGGTCAAAG
TAGCCTCCTTCTGACTCCATATGAGACTTGTCAAGCATTTATTTATTTATAAATATACTT
GGCTTAGTTCTCTTA
GATA

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3BH34JQ 438 0 0
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CATAATCATTACTTTTATTTTGAACTGGCAGAGTAGTTGGTTGCAGCTAGAGTCCCTTAC
TCCCCCACCCCGCCTTGTAATGGCCGCCACCGCTGTTGCTGACTGGCCAGTTTTCCGAAG
CATTGACCACTACAGCATGGCCACTGCCAGTGTGGTGGCTTCGGCTGCTCTTATAGAATT
CCTCTACATCTGAGTCGTTTTCATCAAAGAGAGGCATGTGAGCCATGGGTGGACGGCCGT
GGTTGGCCGGAAGCCTCACGCGGTGGTCGTAGCGGGCTTGACGGTCAAAGTAGCCTCCTT
CTGACTCCATATGAGACTTGTCAAGCATTTATTTATTTATAAATATACTTGGCTTAGTTC
TCTTAAATACAAGTACCC

QA 1 438 1 438
DS 



AS 1 2

CO CL6347Contig1 796 2 2 U
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CACCATTGTGAGACCTTTTAACTGGATTGGACCTAGGATGGATTTCATCCCCGGCATTGA
TGGTCCTAGCGAAGGTGTCCCTCGTGTTCTCGCCTGCTTTAGTAATAATCTTCTTCGCCG
TGAGCCTTTGAAGCTTGTGGATGGTGGAGAATCGCAGAGAACTTTTATCTACATCAAGGA
TGCTATCGAAGCTGTTCTTTTGATGATCGAAAACCCGGAGAGGGCCAATGGGCATATATT
CAATGTAGGCAACCCGAACAACGAAGTCACAGTACGACAGCTTGCTGAAATGATGACTCA
GGTTTACGCAAAAGTGAGTGGAGAGGGAGCTATAGAGAGCCCGACGGTTGATGTAAGCTC
AAAAGAGTTTTACGGGGAAGGTTATGACGACAGTGACAAGAGAATCCCAGACATGACCAT
CATAAACCGCCAACTGGGATGGAACCCGAAGACATCTCTGTGGGACTTGCTGGAATTGAC
CTTAACCTATCAGCACAGGACTTACGCAGAAGCTGTGAAGAAGGCAACATCCAAACCAGT
AGCTTCCTAAGATGTTACAAGTCCAACAGTTATCATCAACACACTCATTAAAGACGCCCT
GATTTTGGCATTTTTAAAAACTTTATTCGATTTTTTTTTTTTTACATCCCATAGACTTTT
TTTTTTACCTTTCTTTTTAAGAAAACAACTTTGTTACGCTGGTCCGTTGTTCCAAATATA
CCGTTTATTTTTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT23TF U 1
AF RR3FT23JQ C 249
BS 1 679 RR3FT23TF
BS 680 796 RR3FT23JQ

RD RR3FT23TF 690 0 0
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CACCATTGTGAGACCTTTTAACTGGATTGGACCTAGGATGGATTTCATCCCCGGCATTGA
TGGTCCTAGCGAAGGTGTCCCTCGTGTTCTCGCCTGCTTTAGTAATAATCTTCTTCGCCG
TGAGCCTTTGAAGCTTGTGGATGGTGGAGAATCGCAGAGAACTTTTATCTACATCAAGGA
TGCTATCGAAGCTGTTCTTTTGATGATCGAAAACCCGGAGAGGGCCAATGGGCATATATT
CAATGTAGGCAACCCGAACAACGAAGTCACAGTACGACAGCTTGCTGAAATGATGACTCA
GGTTTACGCAAAAGTGAGTGGAGAGGGAGCTATAGAGAGCCCGACGGTTGATGTAAGCTC
AAAAGAGTTTTACGGGGAAGGTTATGACGACAGTGACAAGAGAATCCCAGACATGACCAT
CATAAACCGCCAACTGGGATGGAACCCGAAGACATCTCTGTGGGACTTGCTGGAATTGAC
CTTAACCTATCAGCACAGGACTTACGCAGAAGCTGTGAAGAAGGCAACATCCAAACCAGT
AGCTTCCTAAGATGTTACAAGTCCAACAGTTATCATCAACACACTCATTAAAGACGCCCT
GATTTTGGCATTTTTAAAA
CTCTATTCGAT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3FT23JQ 548 0 0
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GCAACCCGAACAAGGAAGTCACAGTACGACAGCTTGCTGAAATGATGACTCAGGTTTACG
CAAAAGTGAGTGGAGAGGGAGCTATAGAGAGCCCGACGGTTGATGTAAGCTCAAAAGAGT
TTTACGGGGAAGGTTATGACGACAGTGACAAGAGAATCCCAGACATGACCATCATAAACC
GCCAACTGGGATGGAACCCGAAGACATTTCTGTGGGACTTGCTGGAATTGACCTTAACCT
ATCAGCACAGGACTTACGCAGAAGCTGTGAAGAAGGCAACATCCAAACCAGTAGCTTCCT
AAGATGTTACAAGTCCAACAGTTATCATCAACACACTCATTAAAGACGCCCTGATTTTGG
CATTTTTAAAAACTTTATTCGATTTTTTTTTTTTTACATCCCATAGACTTTTTTTTTTAC
CTTTCTTTTTAAGAAAACAACTTTGTTACGCTGGTCCGTTGTTCCAAATATACCGTTTAT
TTTTTGCC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

CO CL6348Contig1 649 2 4 U
ATCAAATCAAAGTTTTCAAACAAATCATTCTAAGTTTGAAGGTTTGAGGTAGAAGCACAA
ACCAAGTCAAAGAATCCTACAGAAAGAGAAAGAAAGAAAGGGTCTCCAATAGTGTGTATG
GAGAAGACAAAAGCCACACTTTAAATATTTGTAGTTTTTCTTCAAATCGAACAGAAAGAC
AAGAGAACATTTAAGAGACAAGGTTGTCGTTGAGGTTCAAGGAGGCAAGTTGCTCGGCTG
CACCACCAGCAGCAACACTTCTGAGAACGTCCATAGCCTCGGCTACTTTAGCCTTGAGAG
CTTCAGGTGACTCCAAGAGATGTAGCACTTCGGTCTGATCCATCTCCAAAAGCATCCCAG
TCACTTTGGCTGCAGACTCTGCCTCTAGCTGCTACACAAGCGGGTACAGATTCTCACCCA
GCATCGTCCTTTGGTGTTCTGGAGAAGCATTGGCAAGGGAAGTAGCCAAAGCTCCAATAG
GAACATGCTGAGGAAGTAGAGGCATCTCATATGGAAGCCTTCCAGGAACATCAGGGGGAC
CACCACTCCCACGGCCTTGCGGATAGCGGAACATTCGTACCCTCGGGTGCATCTGGTGAT
GCTGAGGTTGCTGCTGGATCCCACCAGGGCGTCTCCCTCCAGGACGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV35TF C 1
AF RR3AE49JQ U 100
BS 1 99 RR3AV35TF
BS 100 393 RR3AE49JQ
BS 394 394 RR3AV35TF
BS 395 649 RR3AE49JQ

RD RR3AV35TF 531 0 0
ATCAAATCAAAGTTTTCAAACAAATCATTCTAAGTTTGAAGGTTTGAGGTAGAAGCACAA
ACCAAGTCAAAGAATCCTACAGAAAGAGAAAGAAAGAAAGGGTCTCCAATAGTGTGTATG
GAGAAGACAAAAGCCACACTTTAAATATTTGTAGTTTTTCTTCAAATCGAACAGAAAGAC
AAGAGAACATTTAAGAGACAAGGTTGTCGTTGAGGTTCAAGGAGGCAAGTTGCTCGGCTG
CACCACCAGCAGCAACACTTCTGAGAACGTCCATAGCCTCGGCTACTTTAGCCTTGAGAG
CTTCAGGTGACTCCAAGAGATGTAGCACTTCGGTCTGATCCATCTCCAAAAGCATCCCAG
TCACTTTGGCTGCAGACTCTGCCTCTAGCTGCTACACAAGCGGGTACAGATTCTCACCCA
GCATCGTCCTTTGGTGTTCTGGAGAAGCATTGGCAAGGGAAGTAGCCAAAGCTCCAATAG
GAACATGCTGAGGAAGTAGAGGCATCTCATATGGAAGCCTTCCAGGAACA
C

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR3AE49JQ 550 0 0
GGGTCTCCAATAGTGTGTATGGAGAAGACAAAAGCCACACTTTAAATATTTGTAGTTTTT
CTTCAAATCGAACAGAAAGACAAGAGAACATTTAAGAGACAAGGTTGTCGTTGAGGTTCA
AGGAGGCAAGTTGCTCGGCTGCACCACCAGCAGCAACACTTCTGAGAACGTCCATAGCCT
CGGCTACTTTAGCCTTGAGAGCTTCAGGTGACTCCAAGAGATGTAGCACTTCGGTCTGAT
CCATCTCCAAAAGCATCCCAGTCACTTTGGCTGCAGACTCTGCCTCTAGCTGCTCCACAA
GCGGGTACAGATTCTCACCCAGCATCGTCCTTTGGTGTTCTGGAGAAGCATTGGCAAGGG
AAGTAGCCAAAGCTCCAATAGGAACATGCTGAGGAAGTAGAGGCATCTCATATGGAAGCC
TTCCAGGAACATCAGGGGGACCACCACTCCCACGGCCTTGCGGATAGCGGAACATTCGTA
CCCTCGGGTGCATCTGGTGATGCTGAGGTTGCTGCTGGATCCCACCAGGGCGTCTCCCTC
CAGGACGTTC

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 2

CO CL6349Contig1 712 2 2 U
GAACAACAACAGCAGCAGCAGCCAGCTGCAGTTGCTGCGCTGTTCGTTCACCAGCAGCAA
CAGCAACAAGCAGCGATGGGTGAAGCTTCGGCAGCTAGAGTCGGGAACTATCTTCCGGGT
CATCTTAATTTGCTTGCTTCTTTATCTGGTGGAGCTCCCGGGTCGGGTCGGAGAGAGGAT
GACCAGCGTTGATGAAGTTAAGCTCTTATTTAGTTTGGTATATATATAAAATATTAAACT
CTATTGTCATCGATCAATCTCTTGCATTGTTTTACTCTAGTGGTCTCTCTATGGGTGTGT
TTTTTTTTTCTTTAGAGATTGGTTGAATGAATGATTCCAGGAGTGATTTAGTGTTTTTAA
GTTAAGATTAGGGTTAGGGTTTAAGAACCTGGTCTTAACTAAAGATTTGTGTCAGAGAGT
TTTTGTTTTTTTTTGTGGAAGATCGATATCTCATCGGAACCAAGATTTTACTTTAAGTAC
CTCGTGTAGGGTAATGAAGAAACCGCGGAGGTTTTTTTTTGGCCCCCCCTTCTTGTCTGG
TTTTTCCGGCGAAACAAAGCCCTTCGTCTAAAATTCCAGATACTATATTATATTGTTTTT
TTTCTTTTGTTGCTAATTGTGTAATGTGTGTTACAACAACTGTGGCGAGCAAATTGCGCA
AGCTGTTAACCACATTATTATTTTAATAAATGTTTCCCGAACTTGGTGTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F948TF U 1
AF RR3F948JQ C 149
BS 1 595 RR3F948TF
BS 596 712 RR3F948JQ

RD RR3F948TF 595 0 0
GAACAACAACAGCAGCAGCAGCCAGCTGCAGTTGCTGCGCTGTTCGTTCACCAGCAGCAA
CAGCAACAAGCAGCGATGGGTGAAGCTTCGGCAGCTAGAGTCGGGAACTATCTTCCGGGT
CATCTTAATTTGCTTGCTTCTTTATCTGGTGGAGCTCCCGGGTCGGGTCGGAGAGAGGAT
GACCAGCGTTGATGAAGTTAAGCTCTTATTTAGTTTGGTATATATATAAAATATTAAACT
CTATTGTCATCGATCAATCTCTTGCATTGTTTTACTCTAGTGGTCTCTCTATGGGTGTGT
TTTTTTTTTCTTTAGAGATTGGTTGAATGAATGATTCCAGGAGTGATTTAGTGTTTTTAA
GTTAAGATTAGGGTTAGGGTTTAAGAACCTGGTCTTAACTAAAGATTTGTGTCAGAGAGT
TTTTGTTTTTTTTTGTGGAAGATCGATATCTCATCGGAACCAAGATTTTACTTTAAGTAC
CTCGTGTAGGGTAATGAAGAAACCGCGGAGGTTTTTTTTTGGCCCCCCCTTCTTGTCTGG
TTTTTCCGGCGAAACAAAGCCCTTCGTCTAAAATTCCAGATACTATATTATATTG

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3F948JQ 564 0 0
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TTTAGTTTGGTATATATATAAAATATTAAACTCTATTGTCATCGATCAATCTCTTGCATT
GTTTTACTTTAGTGGTCTCTCTATGGGTGTGTTTTTTTTTTCTTTAGAGATTGGTTGAAT
GAATGATTCCAGGAGTGATTTAGTGTTTTTAAGTTAAGATTAGGGTTAGGGTTTAAGAAC
CTGGTTTTAACTAAAGATTTGTGTCAGAGAGTTTTTGTTTTTTTTTGTGGAAGATCGATA
TTTCATCGGAACCAAGATTTTACTTTAAGTACCTCGTGTAGGGTAATGAAGAAACCGCGG
AGGTTTTTTTTTGGCCCCCCCTTCTTGTTTGGTTTTTCCGGCGAAACAAAGCCCTTCGTT
TAAAATTCCAGATACTATATTATATTGTTTTTTTTCTTTTGTTGCTAATTGTGTAATGTG
TGTTACAACAACTGTGGCGAGCAAATTGCGCAAGCTGTTAACCACATTATTATTTTAATA
AATGTTTCCCGAACTTGGTGTTCG

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL6350Contig1 435 2 5 U
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CAAAGTTCCGAAAGTGGATATCTCTGGAAAAACCGCAGACAATCCAGGATACCCTCCACA
AGGCGACGGACTTCATCATCATGGAGGAAGAGATGAAAGTCCTATCTCAAAAGCATGGTC
CGCAGAAACAATCTTCCAAGAAGAAATCCTCTCGTAACGACAAATATGTCCATCACGAAG
GGGAAGACGTCCAAGGCGAGCATAACTACACCGTCAACTCGGAACAGGGTAAAACCTCCG
GGAACACTTGGACTAGGAACCCGTACAAGGATAATTCCTACTGTGAGTTCCATCAGACCA
GAGGTCACTCCACCACAAGTTTAAGTACCAAAGAAATATTGTAATGATGATTTTAATCCA
TATTTGCAATGCTTC


BQ
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AF RR3GM34JQ C 1
AF RR3GM34TF U 1
BS 1 100 RR3GM34TF
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BS 154 435 RR3GM34TF

RD RR3GM34JQ 435 0 0
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CAAAGTTCCGAAAGTGGATATCTCTGGAAAAACCGCAGACAATCCAGGATACCCTCCACA
AGGCGACGGACTTCATCATCATGGAGGAAGAGATGAAAGTCCTATCTCAAAAGCATGGTC
CGCAGAAACAATCTTCCAAGAAGAAATCCTCTCGTAACGACAAATATGTCCATCACGAAG
GGGAAGACGTCCAAGGCGAGCATAACTACACCGTCAACTCGGAACAGGGTAAAACCTCCG
GGAACACTTGGACTAGGAACCCGTACAAGGATAATTCCTACTGTGAGTTCCATCAGACCA
GAGGTCACTCCACCACAAGTTTAAGTACCAAAGAAATATTGTAATGATGATTTTAATCCA
TATTTGCAATGCTTC

QA 1 435 1 435
DS 

RD RR3GM34TF 435 0 0
GAACGGGTATCAGCGACAAAGTCGCAATCGACGCCCTAAGAAAATCCCTCTGGTACAAAT
CAAAGTTCCGAAAGTGGATATCTCTGGAAAAACCGCAGACGATCCAGGATACCCTCCACA
AGGCGACGGACTTCATCATCATGGAGGAAGAGGTGAAAGTCCTATCTCAAAAGCATGGTC
CGCAGAAACAATCTTCCAAGAAGAAATCCTCTCGTAACGACAAATATGTCCATCACGAAG
GGGAAGACGTCCAAGGCGAGCATAACTACACCGTCAACTCGGAACAGGGTAAAACCTCCG
GGAACACTTGGACTAGGAACCCGTACAAGGATAATTCCTACTGTGAGTTCCATCAGACCA
GAGGTCACTCCACCACAAGTTTAAGTACCAAAGAAATATTGTAATGATGATTTTAATCCA
TATTTGCAATGCTTC

QA 1 435 1 435
DS 



AS 1 2

CO CL6351Contig1 1003 2 8 U
GCAGTGGTTGCAACATGCCAAAACAAGAATTGCAAGACACAAGATTATGAGAGTATGTTA
CTTTTATTTGCTTATGTTATGCTAATTGGTTCACTATTACTAATTGATGCCTCTAACTTC
TTGCAGTTCCTAAGGGAGCAAGCTGCGCAATGTGCTGCAGAAATAACCCAGGATCGAGTG
AATGGCTTTGTGGCGGACTCTGACAGTGACGTGGAAGATCTCACAGAAGATTCAAGAAAG
AGCCTACAGTGGTGGGAGAAAATTCTCGTTAATGTTAAGCAGTTCCAGTCACAAGACAAA
AGCAGAAACGCAACACCCGCTTCTCAAAACGGAAGCGTTTGGGTCCCAAAAGTGAATGGG
AAACACAACAAAGCCATCAAGAACTCAAGTTTGGAGAATACAGAGTTTTTCTCACCTGGA
GATGGAATTGCCAAGATTTTTCCTGCTAACATCCCTGCTTACAAAGAAGTGTTGCCCGGT
TTAGAGAGTTGGCGAGCCAGTAAAATCGACTCGTGGCATCATCTGGAAGGTCACTCCATC
GAGTGGTTATGTGTTGTATCCATGGCTCGTAAAGGCATAATCGCAGAGGTTACAACAGTC
CTTGCAGCTGAAGGCATCACAGTATGTTCTTGCGTGGCCGAGATTGACAGAGGAAGAGGA
TTAGCAGTAATGTTGTTTCAAATAGAAGCAATCACTGAAAGTTTGGTTAGCGTTTGCGCA
AAGGTGGATCTGATCTCGGGTGTGTTGGGGTGGTCCAGTGGTTGCAGCTGGCCAAGATCA
GCAGATAATGCTCAAGTTCTTGAGTGTTAAAGCCAAAGGAGTCATGTTCTTGGCCATGAA
GTTTTGTCATGTTCTCTGCAAACTTGATAAGAGACCAGAGTGGGATGAACATACAAATGT
AATATGTAGATACTCCTGTAAAACCTTATACTTGCACATAGAGAAACATGAAGAATGTAT
TTCCGTAAACGGTTTATAAAGGTTTGATATATCGATTAGATAC


BQ
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AF RR3GY50TF U 1
AF RR3GY50JQ C 166
BS 1 661 RR3GY50TF
BS 662 662 RR3GY50JQ
BS 663 690 RR3GY50TF
BS 691 691 RR3GY50JQ
BS 692 723 RR3GY50TF
BS 724 724 RR3GY50JQ
BS 725 734 RR3GY50TF
BS 735 1003 RR3GY50JQ

RD RR3GY50TF 734 0 0
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CTTTTATTTGCTTATGTTATGCTAATTGGTTCACTATTACTAATTGATGCCTCTAACTTC
TTGCAGTTCCTAAGGGAGCAAGCTGCGCAATGTGCTGCAGAAATAACCCAGGATCGAGTG
AATGGCTTTGTGGCGGACTCTGACAGTGACGTGGAAGATCTCACAGAAGATTCAAGAAAG
AGCCTACAGTGGTGGGAGAAAATTCTCGTTAATGTTAAGCAGTTCCAGTCACAAGACAAA
AGCAGAAACGCAACACCCGCTTCTCAAAACGGAAGCGTTTGGGTCCCAAAAGTGAATGGG
AAACACAACAAAGCCATCAAGAACTCAAGTTTGGAGAATACAGAGTTTTTCTCACCTGGA
GATGGAATTGCCAAGATTTTTCCTGCTAACATCCCTGCTTACAAAGAAGTGTTGCCCGGT
TTAGAGAGTTGGCGAGCCAGTAAAATCGACTCGTGGCATCATCTGGAAGGTCACTCCATC
GAGTGGTTATGTGTTGTATCCATGGCTCGTAAAGGCATAATCGCAGAGGTTACAACAGTC
CTTGCAGCTGAAGGCATCACAGTATGTTCTTGCGTGGCCGAGATTGACAGAGGAAGAGGA
T*AGCAGTAATGTTGTTTCAAATAGAAGCA*TCACTGAAAGTTTGGTTAGCGTTTGCGCA
AAG*TGGATCTGAT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3GY50JQ 838 0 0
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GAAGATTCAAGAAAGAGCCTACAGTGGTGGGAGAAAATTCTCGTTAATGTTAAGCAGTTC
CAGTCACAAGACAAAAGCAGAAACGCAACACCCGCTTCTCAAAACGGAAGCGTTTGGGTC
CCAAAAGTGAATGGGAAACACAACAAAGCCATCAAGAACTCAAGTTTGGAGAATACAGAG
TTTTTCTCACCTGGAGATGGAATTGCCAAGATTTTTCCTGCTAACATCCCTGCTTACAAA
GAAGTGTTGCCCGGTTTAGAGAGTTGGCGAGCCAGTAAAATCGACTCGTGGCATCATCTG
GAAGGTCACTCCATCGAGTGGTTATGTGTTGTATCCATGGCTCGTAAAGGCATAATCGCA
GAGGTTACAACAGTCCTTGCAGCTGAAGGCATCACAGTATGTTCTTGCGTGGCCGAGATT
GACAGAGGAAGAGGATTAGCAGTAATGTTGTTTCAAATAGAAGCAATCACTGAAAGTTTG
GTTAGCGTTTGCGCAAAGGTGGATCTGATCTCGGGTGTGTTGGGGTGGTCCAGTGGTTGC
AGCTGGCCAAGATCAGCAGATAATGCTCAAGTTCTTGAGTGTTAAAGCCAAAGGAGTCAT
GTTCTTGGCCATGAAGTTTTGTCATGTTCTCTGCAAACTTGATAAGAGACCAGAGTGGGA
TGAACATACAAATGTAATATGTAGATACTCCTGTAAAACCTTATACTTGCACATAGAGAA
ACATGAAGAATGTATTTCCGTAAACGGTTTATAAAGGTTTGATATATCGATTAGATAC

QA 1 838 1 838
DS 



AS 1 2

CO CL6352Contig1 427 2 1 U
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TGAGATCACTGATAAGCTTGGTCTCCACTCTCTCCGTCAGCGTCACTGGTACATCCAGAG
CACCTGTGCCACTTCAGGCGAGGGGCTTTACGAAGGTCTTGACTGGTTGTCCAACAACAT
CGCCGGCAAGGCGTAGAGGAGAAGTTTGTGGTTGAGTTTATTTTGCTGGGCAGATCTGGA
TGCAGGGGCAAACATTATCTGATTTTTTCTTCTTTATTGTTCTCTTCTTTTTCTTTTTTG
TTTGTTTCGGGTATGTGGATTTGATTTTGTGATCGTTGTTCTGATCTGTGCAAGGAGGAG
TCTCTTGCACGTAAAACATAGAAACTACCTTTTTATATAGTTTGTAATCGAAGATTTATA
CTCTACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C487JQ C 1
AF RR3C487TF U 1
BS 1 427 RR3C487TF

RD RR3C487JQ 427 0 0
TGATGCTGTTCTTCTCGTGTTTGCTAACAAACAGGATCTTCCAAATGCCATGAACGCAGC
TGAGATCACTGATAAGCTTGGTCTCCACTCTCTCCGTCAGCGTCACTGGTACATCCAGAG
CACCTGTGCCACTTCAGGCGAGGGGCTTTACGAAGGTCTTGACTGGTTGTCCAACAACAT
CGCCGGCAAGGCGTAGAGGAGAAGTTTGTGGTTGAGTTTATTTTGCTGGGCAGATCTGGA
TGCAGGGGCAAACATTATCTGATTTTTTCTTCTTTATTGTTCTCTTCTTTTTCTTTTTTG
TTTGTTTCGGGTATGTGGATTTGATTTTGTGATCGTTGTTCTGATCTGTGCAAGGAGGAG
TCTCTTGCACGTAAAACATAGAAACTACCTTTTTATATAGTTTGTAATCGAAGATTTATA
CTCTACT

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR3C487TF 427 0 0
TGATGCTGTTCTTCTCGTGTTTGCTAACAAACAGGATCTTCCAAATGCCATGAACGCAGC
TGAGATCACTGATAAGCTTGGTCTCCACTCTCTCCGTCAGCGTCACTGGTACATCCAGAG
CACCTGTGCCACTTCAGGCGAGGGGCTTTACGAAGGTCTTGACTGGTTGTCCAACAACAT
CGCCGGCAAGGCGTAGAGGAGAAGTTTGTGGTTGAGTTTATTTTGCTGGGCAGATCTGGA
TGCAGGGGCAAACATTATCTGATTTTTTCTTCTTTATTGTTCTCTTCTTTTTCTTTTTTG
TTTGTTTCGGGTATGTGGATTTGATTTTGTGATCGTTGTTCTGATCTGTGCAAGGAGGAG
TCTCTTGCACGTAAAACATAGAAACTACCTTTTTATATAGTTTGTAATCGAAGATTTATA
CTCTACT

QA 1 427 1 427
DS 



AS 1 2

CO CL6353Contig1 1081 2 2 U
GGAAGCCTCATGTCTTCTTCTTCAACTCCCTAAGTCTCATCTCTCTCTCTCTCTATACAC
TTTTTACCCTCAAATTCATTTTCACTATCTTCAATTCTTATTCTCTTTTTCGTTTCAACC
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CTTCTTTTAGCTTTCCGAGAGAGATGATGAATCCGAGTCAAGGAAGAGGACTCGGATCGG
GCGGTGGGTCGAGCTCGTGTAGAAAGCAAGGAGGTGAAGCCGTGGTGGAGATGTTTCCGT
CGGGACTCAGAGTACTAGTGGTTGACGATGACCCTACTTGTCTTATGATCTTAGAGAGGA
TGCTCAGGACTTTTCTTTACGAAGTAACGAAATGCAACAGAGCAGAGATGGCATTGTCTC
TGCTCCGGAAGAACAAACACGGATTCGATATTGTCATCAGCGACGTTCACATGCCTGACA
TGGACGGCTTCAAGCTCCTTGAACATGTCGGTCTTGAGATGGACTTACCCGTTATCATGA
TGTCTGCGGATGATTCAAAGAGCGTGGTTCTAAAAGGAGTAACGCACGGTGCGGTTGATT
ATCTCATCAAACCGGTACGCACGGAGGCACTTAAGAACATATGGCAGCACGTTGTTCGTA
AGAGGAGGAGCGAGTGGAGCGTGCCTGAACATTCCCGGTAGCGTTGAGGAGACCGGACAG
CAGCAGCATCAGCAGCAGAGAGGAGGTCCAGGTGTTTCTGGTGGAGAGGATGCGGAGATG
ATAATGCTTCCTCTGTTAACAACGAAGGGAACAACAACAACTGGAGGAGCAGCAGCAACA
ACTCGAGGAAACGAAAAGAAGAGGAAGGGGAAGAGCAAGGAGGGGACGAAGATGCTTCTA
ATCTGAAGAAACCTCGTGTTGTCTGGTCTGTTGAATTGCATCAGCAGTTTGTTGCTGCTG
TTAATCAGCTCGGTGTTGAAAGTATTAAGACTTTTTTAAAAGCTTCCTTTACAATTTAAC
TTTTGTGAGATATGTTTTTGGGAATCTAACTGATCTTTTTAAAAGCGCAGAGGCTGTTCC
T


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
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10 

AF RR3AR43TF U 1
AF RR3AR43JQ C 375
BS 1 717 RR3AR43TF
BS 718 1081 RR3AR43JQ

RD RR3AR43TF 717 0 0
GGAAGCCTCATGTCTTCTTCTTCAACTCCCTAAGTCTCATCTCTCTCTCTCTCTATACAC
TTTTTACCCTCAAATTCATTTTCACTATCTTCAATTCTTATTCTCTTTTTCGTTTCAACC
CAAATCGAATAAATTTCCCCTTATTTCTGGGTATATATTCCTTTGTTCCAAAAGCCTTTC
CTTCTTTTAGCTTTCCGAGAGAGATGATGAATCCGAGTCAAGGAAGAGGACTCGGATCGG
GCGGTGGGTCGAGCTCGTGTAGAAAGCAAGGAGGTGAAGCCGTGGTGGAGATGTTTCCGT
CGGGACTCAGAGTACTAGTGGTTGACGATGACCCTACTTGTCTTATGATCTTAGAGAGGA
TGCTCAGGACTTTTCTTTACGAAGTAACGAAATGCAACAGAGCAGAGATGGCATTGTCTC
TGCTCCGGAAGAACAAACACGGATTCGATATTGTCATCAGCGACGTTCACATGCCTGACA
TGGACGGCTTCAAGCTCCTTGAACATGTCGGTCTTGAGATGGACTTACCCGTTATCATGA
TGTCTGCGGATGATTCAAAGAGCGTGGTTCTAAAAGGAGTAACGCACGGTGCGGTTGATT
ATCTCATCAAACCGGTACGCACGGAGGCACTTAAGAACATATGGCAGCACGTTGTTCGTA
AGAGGAGGAGCGAGTGGAGCGTGCCTGAACATTCCCGGTAGCGTTGAGGAGACCGGA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3AR43JQ 707 0 0
CTTTACGAAGTAACGAAATGCAACAGAGCAGAGATGGCATTGTCTCTGCTCCGGAAGAAC
AAACACGGATTCGATATTGTCATCAGCGACGTTCACATGCCTGACATGGACGGCTTCAAG
CTCCTTGAACATGTCGGTCTTGAGATGGACTTACCCGTTATCATGATGTCTGCGGATGAT
TCAAAGAGCGTGGTTCTAAAAGGAGTAACGCACGGTGCGGTTGATTATCTCATCAAACCG
GTACGCACGGAGGCACTTAAGAACATATGGCAGCACGTTGTTCGTAAGAGGAGGAGCGAG
TGGAGCGTGCCTGAACATTCC*GGTAGCGTTGAGGAGACCGGACAGCAGCAGCATCAGCA
GCAGAGAGGAGGTCCAGGTGTTTCTGGTGGAGAGGATGCGGAGATGATAATGCTTCCTCT
GTTAACAACGAAGGGAACAACAACAACTGGAGGAGCAGCAGCAACAACTCGAGGAAACGA
AAAGAAGAGGAAGGGGAAGAGCAAGGAGGGGACGAAGATGCTTCTAATCTGAAGAAACCT
CGTGTTGTCTGGTCTGTTGAATTGCATCAGCAGTTTGTTGCTGCTGTTAATCAGCTCGGT
GTTGAAAGTATTAAGACTTTTTTAAAAGCTTCCTTTACAATTTAACTTTTGTGAGATATG
TTTTTGGGAATCTAACTGATCTTTTTAAAAGCGCAGAGGCTGTTCCT

QA 1 707 1 707
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6355Contig1 734 2 3 U
GCAAGAACACTAGAGACAATAATCCGTCTTGCAACGGCACATGCCAAAATGAAGCTAAGC
AGAAAGGTTACTAAAGCTGATGCAGAGGCTGCCTTGAAGCTGATGAACTTTGCAATTTAT
CATCAAGAACTGACAGAGATGGATGAACGCGAGCAAGAAGAACGTCAAAGGGAACAAACA
GAACAAGATAGAACACCAAGTGGTAATCAACGCAGGAATAATGATAATGGACAAGAGAAT
GTCTCTGCAACTGTCGAAAGTGAAACAGCAGATCCAATGGACGTAGATGAACCTCCCGTA
GAGCAATTTAGTGGCACGGTCTCTGCAGCAAGGATTGAGGCGTTTGAGCGAGTGTTTGGG
CAGCACATGAGGACAAACAGGCTGGACGACATTTCTATTGCAGATATAGAGACTATAGTG
AACAACAATGGAGTTGGAGCTTCTCGTTACTCTGCAGATGAGATTATGACTCTACTAGAG
AAACTGCAAGATGGTAACAAGGTGATGATCAGCGACGGAAAAGTCCATATTATTTGATCC
ATCATGAAGAAATGCACCTAAAAGAAGTAGTAATTCATTTATTATATTAGAACTAAAAGT
AGTGTAATGTGAGAAGAGAAACTCTTGGGAGACCAAAGCATCTATTTGTATCATACTTTT
TAAGTTGTGTTTGCATCTACTACTAGAGATGTAAGAAACGAAATTTTTTTTTTTGAGCAA
CGTAAGAAACGTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY94TF U 276
AF RR3DY94JQ C 1
BS 1 275 RR3DY94JQ
BS 276 705 RR3DY94TF
BS 706 734 RR3DY94JQ

RD RR3DY94TF 430 0 0
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TGAGGCGTTTGAGCGAGTGTTTGGGCAGCACATGAGGACAAACAGGCTGGACGACATTTC
TATTGCAGATATAGAGACTATAGTGAACAACAATGGAGTTGGAGCTTCTCGTTACTCTGC
AGATGAGATTATGACTCTACTAGAGAAACTGCAAGATGGTAACAAGGTGATGATCAGCGA
CGGAAAAGTCCATATTATTTGATCCATCATGAAGAAATGCACCTAAAAGAAGTAGTAATT
CATTTATTATATTAGAACTAAAAGTAGTGTAATGTGAGAAGAGAAACTCTTGGGAGACCA
AAGCATCTATTTGTATCATACTTTTTAAGTTGTGTTTGCATCTACTACTAGAGATGTAAG
AAACGAAATT

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR3DY94JQ 734 0 0
GCAAGAACACTAGAGACAATAATCCGTCTTGCAACGGCACATGCCAAAATGAAGCTAAGC
AGAAAGGTTACTAAAGCTGATGCAGAGGCTGCCTTGAAGCTGATGAACTTTGCAATTTAT
CATCAAGAACTGACAGAGATGGATGAACGCGAGCAAGAAGAACGTCAAAGGGAACAAACA
GAACAAGATAGAACACCAAGTGGTAATCAACGCAGGAATAATGATAATGGACAAGAGAAT
GTCTCTGCAACTGTCGAAAGTGAAACAGCAGATCCAATGGACGTAGATGAACCTCCCGTA
GAGCAATTTAGTGGCACGGTCTCTGCAGCAAGGATTGAGGCGTTTGAGCGAGTGTTTGGG
CAGCACATGAGGACAAACAGGCTGGACGACATTTTTATTGCAGATATAGAGACTATAGTG
AACAACAATGGAGTTGGAGCTTCTCGTTACTCTGCAGATGAGATTATGACTCTACTAGAG
AAACTGCAAGATGGTAACAAGGTGATGATCAGCGACGGAAAAGTCCATATTATTTGATCC
ATCATGAAGAAATGCACCTAAAAGAAGTAGTAATTCATTTATTATATTAGAACTAAAAGT
AGTGTAATGTGAGAAGAGAAACTCTTGGGAGACCAAAGCATCTATTTGTATCATACTTTT
TAAGTTGTGTTTGCATCTACTACTAGAGATGTAAGAAACGAAATTTTTTTTTTTGAGCAA
CGTAAGAAACGTAA

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL6356Contig1 1087 2 2 U
TTTGGTGAACGGAATACAGAACTCATGAGAGATGCCATACACACTCGTTACACGCTGCTC
CCATACTTTTACACGTTATTTAGAGAAGCCAATGTCACAGGTGTGCCAGTTGTGCGTCCA
TTATGGATGGAATTCCCACAAGACGAAGCTACTTTTAGCAACGATGAAGCTTTCATGGTC
GGTAATGCTCTATTAGTGCAAGGAGTTTACACTAAGGGAACAACACATGCTTCCGTGTAT
TTGCCTGGCAAAGAATCATGGTATGACCTGAGAAACGGAAAAACATACGTTGGAGGCAAG
ACTCACAAGATGGATGCTCCGGAAGAAAGCATTCCTGCGTTTCAAAGGGCGGGAACGATT
ATCCCGAGGAAAGACCGGTTCAGGCGAAGTTCTTCTCAAATGGACAATGATCCTTATACT
CTGGTGGTAGCTTTGAACAGTACTCAAGAAGCAGATGGTGAACTCTACATTGACGATGGA
AAAAGCTTCGAATTCAGACGAGGCTCTTACATCCACCGCCGCTTCATCTTCTCCAATGGT
GTTCTTACATCAACGAACTTAGCTCCTTCACAAGGTAGCCTCTCTTCCCGATGTTTGATC
GACAGAATTATCCTCTTGGGACACACCTCTGGTCCGAAATCTGCACTGGTCGAACCTTTG
AATCAGAAGGCTGAGATTGAGATGGGACCATTGCGAATGGGTGGTCTAGTGGCTTCCTCC
GGTACAAAGGTCTTGACTATCCGCAAACCAGGTGTCCGAGTGGACCAAGACTGGACCGTT
AAGGTTCTGTGATTGACGAACCATTTTTCCTTGTGGCCGACGGAGTTTGCATACCTTTTC
TTATAATATTTTGGGAGTTCTAGACTTAAGTAGTTGCAAGAGCTAACAGACTGAGAGTCG
TTTGCATGGTTGTTTAAGAGTTTAGCGTTTTGATAATGTCATGGTTTCGTACTTAAACAC
ACTCACCCTATAAGGAGTTGGGAATTATAAAACGAATTGTCTTGTAGTCAGACCGGTCTA
TCCAAAGCCATCTTTCGTTTTGCTCAAAACATCTACTTCTAAATTACCATGTATTTCACT
GCTGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D428TF U 1
AF RR3D428JQ C 224
BS 1 663 RR3D428TF
BS 664 1087 RR3D428JQ

RD RR3D428TF 663 0 0
TTTGGTGAACGGAATACAGAACTCATGAGAGATGCCATACACACTCGTTACACGCTGCTC
CCATACTTTTACACGTTATTTAGAGAAGCCAATGTCACAGGTGTGCCAGTTGTGCGTCCA
TTATGGATGGAATTCCCACAAGACGAAGCTACTTTTAGCAACGATGAAGCTTTCATGGTC
GGTAATGCTCTATTAGTGCAAGGAGTTTACACTAAGGGAACAACACATGCTTCCGTGTAT
TTGCCTGGCAAAGAATCATGGTATGACCTGAGAAACGGAAAAACATACGTTGGAGGCAAG
ACTCACAAGATGGATGCTCCGGAAGAAAGCATTCCTGCGTTTCAAAGGGCGGGAACGATT
ATCCCGAGGAAAGACCGGTTCAGGCGAAGTTCTTCTCAAATGGACAATGATCCTTATACT
CTGGTGGTAGCTTTGAACAGTACTCAAGAAGCAGATGGTGAACTCTACATTGACGATGGA
AAAAGCTTCGAATTCAGACGAGGCTCTTACATCCACCGCCGCTTCATCTTCTCCAATGGT
GTTCTTACATCAACGAACTTAGCTCCTTCACAAGGTAGCCTCTCTTCCCGATGTTTGATC
GACAGAATTATCCTCTTGGGACACACCTCTGGTCCGAAATCTGCACTGGTCGAACCTTTG
AAT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3D428JQ 864 0 0
CACATGCTTCCGTGTATT*GCCTGGCAAAGAATCATGGTATGAC*TGAGAAACGGAAAA*
CATACGTTGGAGGCAAGACTCACAAGATGGATGCTCCGGAAGAAAGCATTCCTGCGTTTC
AAAGGGCGGGAACGATTATCCCGAGGAAAGACCGGTTCAGGCGAAGTTCTTCTCAAATGG
ACAATGATCCTTATACTCTGGTGGTAGCTTTGAACAGTACTCAAGAAGCAGATGGTGAAC
TCTACATTGACGATGGAAAAAGCTTCGAATTCAGACGAGGCTCTTACATCCACCGCCGCT
TCATCTTCTCCAATGGTGTTCTTACATCAACGAACTTAGCTCCTTCACAAGGTAGCCTCT
CTTCCCGATGTTTGATCGACAGAATTATCCTCTTGGGACACACCTCTGGTCCGAAATCTG
CACTGGTCGAACCTTTGAATCAGAAGGCTGAGATTGAGATGGGACCATTGCGAATGGGTG
GTCTAGTGGCTTCCTCCGGTACAAAGGTCTTGACTATCCGCAAACCAGGTGTCCGAGTGG
ACCAAGACTGGACCGTTAAGGTTCTGTGATTGACGAACCATTTTTCCTTGTGGCCGACGG
AGTTTGCATACCTTTTCTTATAATATTTTGGGAGTTCTAGACTTAAGTAGTTGCAAGAGC
TAACAGACTGAGAGTCGTTTGCATGGTTGTTTAAGAGTTTAGCGTTTTGATAATGTCATG
GTTTCGTACTTAAACACACTCACCCTATAAGGAGTTGGGAATTATAAAACGAATTGTCTT
GTAGTCAGACCGGTCTATCCAAAGCCATCTTTCGTTTTGCTCAAAACATCTACTTCTAAA
TTACCATGTATTTCACTGCTGCTT

QA 1 864 1 864
DS 



AS 1 2

CO CL6357Contig1 891 2 6 U
GGACACTTTCCAGATTGGGAAGAGAAACGACGCTCCTCTATACTTCCACAGATTCAGCAA
CTCTCCGTTCACTTTGCGCCAATGAAGGACGCCGACGCCTTACCTCTCAGCACTTCTTCC
GCAGCCGCGGCGTCGAACGTCAAGAAGGAAAACGGTTACTCCGCGCTCTTCGCGAAAGGC
CGGTACAAGTTCTGGGCCTTGGCCGCGATTCTGTTCCTCGCCTTCTGGTCAATGCTCACC
GGCACCGTGAATCTCCGGTGGTCGGCCGGGAACATTAGCCATTTCACCGACGATCTGGTC
TTTCCGATCCACGAGGATCTCGATGTTCTCGAAATGGAGGAGAGGGAGAAAGTGGTGAAG
CACATGTGGGATGTGTACAACAATGGGCGTCGTATCAGGTTGCCTAGGTTCTGGCAGGAG
GCGTTCGAGGCTGCTTACGAGGAGCTTACGAGCGATGCACCTGATGTGGTTGAAGCTGCT
ATTTCTGAGATCGCGAGGATGTCTATTCGCTCCGTCGTCATAGATCCGCCTCCTGTGCAT
TCTACGAACGTACGGGAATTGACAAAGACTCTGAAACTTGCGGACAAAGGAACAACGACT
CAAACATCCAAACGAAGCGGCCGTCGATTGGAGTAGGCTTCTTGTGTGTGTTTTATATAT
AATACGCCGGAGCTTTATCAAAGGTAGTGTAGTCGCCGGCCGGCGTGGGGTAACCATACT
TATACTTCATGTCAGAAAGATCACTCTTCCTCCCCCTCCAAAAAAAAAATATGTCCACGA
TTAGTGTTATTGTGTTCGTTTCCACTCGAGGATGAATCATTTCGCTAAAAACAAAAAATT
TTGAGACTTTATATTTTTTTGGCTTTGAATGGTAATGTTCCTTTTTATATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GM82TF U 1
AF RR3GM82JQ C 312
BS 1 636 RR3GM82TF
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BS 699 699 RR3GM82JQ
BS 700 750 RR3GM82TF
BS 751 891 RR3GM82JQ

RD RR3GM82TF 750 0 0
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CTCTCCGTTCACTTTGCGCCAATGAAGGACGCCGACGCCTTACCTCTCAGCACTTCTTCC
GCAGCCGCGGCGTCGAACGTCAAGAAGGAAAACGGTTACTCCGCGCTCTTCGCGAAAGGC
CGGTACAAGTTCTGGGCCTTGGCCGCGATTCTGTTCCTCGCCTTCTGGTCAATGCTCACC
GGCACCGTGAATCTCCGGTGGTCGGCCGGGAACATTAGCCATTTCACCGACGATCTGGTC
TTTCCGATCCACGAGGATCTCGATGTTCTCGAAATGGAGGAGAGGGAGAAAGTGGTGAAG
CACATGTGGGATGTGTACAACAATGGGCGTCGTATCAGGTTGCCTAGGTTCTGGCAGGAG
GCGTTCGAGGCTGCTTACGAGGAGCTTACGAGCGATGCACCTGATGTGGTTGAAGCTGCT
ATTTCTGAGATCGCGAGGATGTCTATTCGCTCCGTCGTCATAGATCCGCCTCCTGTGCAT
TCTACGAACGTACGGGAATTGACAAAGACTCTGAAACTTGCGGACAAAGGAACAACGACT
CAAACATCCAAACGAAGCGGCCGTCGATTGGAGTAG*CTTCTTGTGTGTGTTTTATATAT
AATACGCCGGAGCTTTATCAAAGGTAGTGTAGTCGCCG*CCGGCGTGGGGTAACCATACT
TATACTTCATGTCAGAAAGATCACTCTTCC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3GM82JQ 580 0 0
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TGTGTACAACAATGGGCGTCGTATCAGGTTGCCTAGGTTTTGGCAGGAGGCGTTCGAGGC
TGCTTACGAGGAGCTTACGAGCGATGCCCCTGATGTGGTTGAAGCTGCTATTTTTGAGAT
CGCGAGGATGTTTATTCGCTCCGTCGTCATAGATCCGCCTCCTGTGCATTTTACGAACGT
ACGGGAATTGACAAAGACTTTGAAACTTGCGGACAAAGGAACAACGACTCAAACATCCAA
ACGAAGCGGCCGTCGATTGGAGTAGGCTTTTTGTGTGTGTTTTATATATAATACGCCGGA
GCTTTATCAAAGGTAGTGTAGTCGCCGGCCGGCGTGGGGTAACCATACTTATACTTCATG
TCAGAAAGATCACTTTTCCTCCCCCTCCAAAAAAAAAATATGTCCACGATTAGTGTTATT
GTGTTCGTTTCCACTCGAGGATGAATCATTTCGCTAAAAACAAAAAATTTTGAGACTTTA
TATTTTTTTGGCTTTGAATGGTAATGTTCCTTTTTATATG

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 2

CO CL6358Contig1 592 2 1 U
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TATTTTTATTTACCGGAAGTTTGGTGGTGTGGTGGTGTTACTTATAAGTTAGTTGCAAAT
GACAACGGAATCAGGAAGAAAGAAGAGGACTCCACAGATTCTAAAGACACATACGATGGC
ACTGAAACTTGCTGAGAAGTGGGTTGCCAATATGACAACTGCAGAGGATGATTTTATTGA
GGCTGAACAAGAAGTTCGACCACGCAGGCTTGCACTTGGTGCTAACGTGTCACTGTCGCG
GCAAATGAAGCGTAGACCTTCAGACGACCCTCTTGATCAAAAGCTACAAGCCAAGTTTGA
TGCAGGGAGAACAAAACATGCAAGATTTGAAGTACAGTCCGCTGGTGATGACAGTGAGGA
TGACTACGAATCAGAAAGCAAAAGCCAAGCGTTCGGAAAGAAAAGACATAACACAAGTAC
GCCTCGTTAGAATCATGGGCTTTTTTTGTATTTGGTTCATTATTGGAACATGATTGTTAA
AATAAGCATAATCTTTATAGTATTTAAAGTTCAAGCCTCGTGTTATTACCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3B725TF U 1
AF RR3B725JQ C 68
BS 1 592 RR3B725TF

RD RR3B725TF 592 0 0
GGAACCAAGGGAGCTTCTTTTGACGGAGGCTCAAGCTTGTGTAACGGCGCGGCAACTCAA
TATTTTTATTTACCGGAAGTTTGGTGGTGTGGTGGTGTTACTTATAAGTTAGTTGCAAAT
GACAACGGAATCAGGAAGAAAGAAGAGGACTCCACAGATTCTAAAGACACATACGATGGC
ACTGAAACTTGCTGAGAAGTGGGTTGCCAATATGACAACTGCAGAGGATGATTTTATTGA
GGCTGAACAAGAAGTTCGACCACGCAGGCTTGCACTTGGTGCTAACGTGTCACTGTCGCG
GCAAATGAAGCGTAGACCTTCAGACGACCCTCTTGATCAAAAGCTACAAGCCAAGTTTGA
TGCAGGGAGAACAAAACATGCAAGATTTGAAGTACAGTCCGCTGGTGATGACAGTGAGGA
TGACTACGAATCAGAAAGCAAAAGCCAAGCGTTCGGAAAGAAAAGACATAACACAAGTAC
GCCTCGTTAGAATCATGGGCTTTTTTTGTATTTGGTTCATTATTGGAACATGATTGTTAA
AATAAGCATAATCTTTATAGTATTTAAAGTTCAAGCCTCGTGTTATTACCAC

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3B725JQ 525 0 0
ATTTCCCGGAAGTTTGGTGGTGTGGTGGTGTTACTTATAAGTTAGTTGCAAATGACAACG
GAATCAGGAAGAAAGAAGAGGACTCCACAGATTCTAAAGACACATACGATGGCACTGAAA
CTTGCTGAGAAGTGGGTTGCCAATATGACAACTGCAGAGGATGATTTTATTGAGGCTGAA
CAAGAAGTTCGACCACGCAGGCTTGCACTTGGTGCTAACGTGTCACTGTCGCGGCAAATG
AAGCGTAGACCTTCAGACGACCCTCTTGATCAAAAGCTACAAGCCAAGTTTGATGCAGGG
AGAAGAAAACATGCAAGATTTGAAGTAGAGTCCGCTGGTGATGACAGTGAGGATGACTAC
GAATCAGAAAGCAAAAGCCAAGCGTTCGGAAAGAAAAGACATAACACAAGTACGCCTCGT
TAGAATCATGGGCTTTTTTTGTATTTGGTTCATTATTGGAACATGATTGTTAAAATAAGC
ATAATCTTTATAGTATTTAAAGTTCAAGCCTCGTGTTATTACCAC

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

CO CL6359Contig1 667 2 2 U
GGGAGGAGAAAAAGGTAGATGAAGCGGCGTTGAGAGAGATGAGAAAGCAAGAGGAGATTG
CTAAAGCCAAGCAAGCCATGGAAAGGAAAAAGAAGCTGACAGAGAAAGCTGCTGCTAAGG
CTGCTAAAAGAGCTCAACTGGAAGCTGAGAAGAAAGAGAAAAAGGAGAGAGAGAAGAAGG
CCAAGAAGAACGGAGGCGAGGCTGTATCTGAGGAAGTTCCAGAAGCTTCTGAGGCTGAGA
GGAGGAGATTGAAGCACCAGTGGAGGAGAAACCACAAAAGGAGAAACAAGTGAGGAGCAG
GATCCGCACTAGAGGAGGACCAGAAACACTCCCGAGAGCTATCCTCAAGCGTAAGAAGGC
GACTAACTACTGGATTTATGCTGCTCCAGCCGCTCTTGTGGCACTGATGCTTCTGGTCTT
GGGCTACTACTACGTTCTCTAGATGAAACGTAGTGATCAAGCGAGGCCTGCGTTTGTTGT
AGTTTGGGATAATCTTTAAAAGCATCTTTTTGAGGATGAGACTCTTTAAGCTTATACCTC
TTTTACATACAGAGTAGCGACTCCTCCCTTTATAAGTACTTTCACATTTCACTTCTTTGT
TCTTTTCTCTTTTGTTGTTGAGGGCTTTTAACTTTGAAGTATGAGAACAGTTTTTGTTAC
ATTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3C841TF U 1
AF RR3C841JQ C 200
BS 1 665 RR3C841TF
BS 666 667 RR3C841JQ

RD RR3C841TF 665 0 0
GGGAGGAGAAAAAGGTAGATGAAGCGGCGTTGAGAGAGATGAGAAAGCAAGAGGAGATTG
CTAAAGCCAAGCAAGCCATGGAAAGGAAAAAGAAGCTGACAGAGAAAGCTGCTGCTAAGG
CTGCTAAAAGAGCTCAACTGGAAGCTGAGAAGAAAGAGAAAAAGGAGAGAGAGAAGAAGG
CCAAGAAGAACGGAGGCGAGGCTGTATCTGAGGAAGTTCCAGAAGCTTCTGAGGCTGAGA
GGAGGAGATTGAAGCACCAGTGGAGGAGAAACCACAAAAGGAGAAACAAGTGAGGAGCAG
GATCCGCACTAGAGGAGGACCAGAAACACTCCCGAGAGCTATCCTCAAGCGTAAGAAGGC
GACTAACTACTGGATTTATGCTGCTCCAGCCGCTCTTGTGGCACTGATGCTTCTGGTCTT
GGGCTACTACTACGTTCTCTAGATGAAACGTAGTGATCAAGCGAGGCCTGCGTTTGTTGT
AGTTTGGGATAATCTTTAAAAGCATCTTTTTGAGGATGAGACTCTTTAAGCTTATACCTC
TTTTACATACAGAGTAGCGACTCCTCCCTTTATAAGTACTTTCACATTTCACTTCTTTGT
TCTTTTCTCTTTTGTTGTTGAGGGCTTTTAACTTTGAAGTATGAGAACAGTTTTTGTTAC
ATTTT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3C841JQ 468 0 0
GGCTGTATTTGAGGAAGTTCCAGAAGCTTTTGAGGCTGAGAGGAGGAGATTGAAGCACCA
GTGGAGGGGAAACCCCAAAAGGAGAAACAAGTGAGGAGCAGGATCCGCACTAGAGGAGGA
CCAGAAACACTCCCGAGAGCTATCCTCAAGCGTAAGAAGGGGACTAACTACTGGATTTAT
GCTGCTCCAGCCGCTCTTGTGGCACTGATGCTTTTGGTCTTGGGCTACTACTACGTTCTT
TAGATGAAACGTAGTGATCAAGCGAGGCCTGCGTTTGTTGTAGTTTGGGATAATCTTTAA
AAGCATCTTTTTGAGGATGAGACTCTTTAAGCTTATACCTTTTTTACATACAGAGTAGCG
ACTCCTCCCTTTATAAGTACTTTCACATTTCACTTTTTTGTTTTTTTTTCTTTTGTTGTT
GAGGGCTTTTAACTTTGAAGTATGAGAACAGTTTTTGTTACATTTTTT

QA 1 468 1 468
DS 



AS 1 2

CO CL6360Contig1 860 2 2 U
GGCTCTTTCTCCGTCACGAAAAAAAAATCTCTCTCGACTTCTCTCGAAGGCGATGGCGTC
TGAGAAAAACCAGAGGAGAATTTGCCGAGGGTCGAAGCAGTAAACGGGCAAAAGGGAGAG
GGACTCGTTGTTGGCGGAGTTGAGACACTCGTTGTCGTGGACGCAGAGGTCTGATCGAGT
CCGTCTCTGAGCTCCGGAAGAATCTTGAGGCGAGAGGGTCCAATCTCGTTGCCAGGGTGG
GGAGACCAGAATCTGTTCTGGTGGAATTGGCTAAGAAGATCGGAGCAGACGCGATTTACG
CACACAGGGAAGTGTCTCACGACGGAGCGTTCAAGGAGGGTGATTCAATCTTTTTTTGGT
TCAAGGAGGTTGAGAAATGTGGTGGGAAAGTCTCGAGCTCTGTTAAAGGGGTAACATTTT
GGTGGTTTCACCGGCTGAAAGAGAGAGAGGTGGTTCCTCAAAACTGGTGGAAGCCATGGA
ACAAAGTCTACCGGTTGTGAGCGAGGCGTGGTTGATTGATAGCATTGAAAAACAAGAAGC
TCAGCCACTTGAAGCATATGACGTGGTCAGTGATCTCTCAGTGGAAGGGAAAGGAATCCC
ATGGGACAAGCAAGATCCAAGCGAGGAAGCAATTGAGTCCTTATCAGCTGAGTGGAGACT
GAAGTCATGAGTTCTACAAGAAGACAAGTGTTCATTGTTCTCACTGTTTTAGCTTTGGCA
ATGCCATTAAACTGCTTGATTCCTCTTTCTCCAGGTTTTAATGTCCCTGATTTTTTTTGT
GCTTGCCTTCTTTGGTTTTTATGTATTGCTATAAGCTATCAACACTTGTTTTCTCAGATC
AGTGAATGTAGCGAATTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EZ72TF U 1
AF RR3EZ72JQ C 158
BS 1 583 RR3EZ72TF
BS 584 860 RR3EZ72JQ

RD RR3EZ72TF 583 0 0
GGCTCTTTCTCCGTCACGAAAAAAAAATCTCTCTCGACTTCTCTCGAAGGCGATGGCGTC
TGAGAAAAACCAGAGGAGAATTTGCCGAGGGTCGAAGCAGTAAACGGGCAAAAGGGAGAG
GGACTCGTTGTTGGCGGAGTTGAGACACTCGTTGTCGTGGACGCAGAGGTCTGATCGAGT
CCGTCTCTGAGCTCCGGAAGAATCTTGAGGCGAGAGGGTCCAATCTCGTTGCCAGGGTGG
GGAGACCAGAATCTGTTCTGGTGGAATTGGCTAAGAAGATCGGAGCAGACGCGATTTACG
CACACAGGGAAGTGTCTCACGACGGAGCGTTCAAGGAGGGTGATTCAATCTTTTTTTGGT
TCAAGGAGGTTGAGAAATGTGGTGGGAAAGTCTCGAGCTCTGTTAAAGGGGTAACATTTT
GGTGGTTTCACCGGCTGAAAGAGAGAGAGGTGGTTCCTCAAAACTGGTGGAAGCCATGGA
ACAAAGTCTACCGGTTGTGAGCGAGGCGTGGTTGATTGATAGCATTGAAAAACAAGAAGC
TCAGCCACTTGAAGCATATGACGTGGTCAGTGATCTCTCAGTG

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3EZ72JQ 703 0 0
TGGACGCAGAGGTCTGATCGAGTCCGTCTCTGAGCTCCGGAAGAATCTTGAGGCGAGAGG
GTCCAATCTCGTTGCCAGGGTGGGGAGACCAGAATCTGTTCTGGTGGAATTGGCTAAGAA
GATCGGAGCAGACGCGATTTACGCACACAGGGAAGTGTCTCACGACGGAGCGTTCAAGGA
GGGTGATTCAATCTTTTTTTGGTTCAAGGAGGTTGAGAAATGTGGTGGGAAAGTCTCGAG
CTCTGTTAAAGGGGTAACATTTTGGTGGTTTCACCGGCTGAAAGAGAGAGAGGTGGTTCC
TCAAAACTGGTGGAAGCCATGGAACAAGGTCTACCGGTTGTGAGCGAGGCGTGGTTGATT
GATAGCATTGAAAAACAAGAAGCTCAGCCACTTGAAGCATATGACGTGGTCAGTGATCTC
TCAGTGGAAGGGAAAGGAATCCCATGGGACAAGCAAGATCCAAGCGAGGAAGCAATTGAG
TCCTTATCAGCTGAGTGGAGACTGAAGTCATGAGTTCTACAAGAAGACAAGTGTTCATTG
TTCTCACTGTTTTAGCTTTGGCAATGCCATTAAACTGCTTGATTCCTCTTTCTCCAGGTT
TTAATGTCCCTGATTTTTTTTGTGCTTGCCTTCTTTGGTTTTTATGTATTGCTATAAGCT
ATCAACACTTGTTTTCTCAGATCAGTGAATGTAGCGAATTAGC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL6361Contig1 1040 2 2 U
GGATCAACAATAGACATCAGATATCTACAAATAAAAATGAAGTTTTCTTACGGTACAAGG
TTCGCTTTCTTGGCTCTCTTCCTCTTTGCGCTACAATCTGTGTGCGTCTATGCGGGTAGC
TTCCACAAAGACGTTCAGATACATTGGGGTGATGGCCGTGGAAAGGTTCAAGACAATGAA
GGAAAACTTCTTTCTCTTTCGCTTGACAAATCCTCCGGATCCGGTTTTCAATCCAATCAA
GAGTTTCTTTATGGCAAAGCTGAGGTTCAAATGAAGCTTGTCCCTGGTAACTCTGCTGGA
ACTGTCACAACTTTCTATCTTAAAGCGCCTGGAACTATGTGGGATGAGATCGATTTCGAG
TTCTTGGGAAACATAAGTGGTCATCCTGTTACACTTCATACTAATGTTTACACAAAAGGC
ACAGGAGACAAAGAACAACAGTTTCATTTATGGTTCGACCCAACCGCTGGCTTTCACACT
TACTGCATCACATGGAATCCCCAAAGGATTATCTTTACCTTAGATGGCATTCCAATTAGA
GAATTCAGGAACTCTGAGCCTATTGGAATTCCATTCCCAAAAGACCAACCAATGAGAGTC
TACGCGAGCCTTTGGGAGGCCGAGCATTGGGCTACAAGAGGAGGATTAGAGAAAACAGAT
TGGTCCAAGGCTCCTTTTACTGCTTTCTACAGAAACTACAATGTGGAAGGATGTGTTTGG
GCTAATGGAAAATCATCTTGCCCGGCGAATTCCCCATGGTTCACTCAGAAATTGGACCAG
AGCGGCATAGATAAAGTGAAATGGGCGCAGAGTAAGTACATGGTCTATAACTATTGCACC
GATACAAAGAGGTTTCCCAAAGGTGTTCCTAAAGTGTGCACTTAACAATTGATTCTTTGA
TTCGTCAATAAGTTACTGGCATTGTCTTTATAATTCAAATAAGTTTTATTTATTCTGTTT
CATTCATTTGTTTCTCATGTATGTGTGTGTGCTGGTGTATGTACAAGATTTTTAAATTAA
ATAAGTGAATAATAAATTAC


BQ
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AF RR3G022TF U 1
AF RR3G022JQ C 268
BS 1 665 RR3G022TF
BS 666 1040 RR3G022JQ

RD RR3G022TF 665 0 0
GGATCAACAATAGACATCAGATATCTACAAATAAAAATGAAGTTTTCTTACGGTACAAGG
TTCGCTTTCTTGGCTCTCTTCCTCTTTGCGCTACAATCTGTGTGCGTCTATGCGGGTAGC
TTCCACAAAGACGTTCAGATACATTGGGGTGATGGCCGTGGAAAGGTTCAAGACAATGAA
GGAAAACTTCTTTCTCTTTCGCTTGACAAATCCTCCGGATCCGGTTTTCAATCCAATCAA
GAGTTTCTTTATGGCAAAGCTGAGGTTCAAATGAAGCTTGTCCCTGGTAACTCTGCTGGA
ACTGTCACAACTTTCTATCTTAAAGCGCCTGGAACTATGTGGGATGAGATCGATTTCGAG
TTCTTGGGAAACATAAGTGGTCATCCTGTTACACTTCATACTAATGTTTACACAAAAGGC
ACAGGAGACAAAGAACAACAGTTTCATTTATGGTTCGACCCAACCGCTGGCTTTCACACT
TACTGCATCACATGGAATCCCCAAAGGATTATCTTTACCTTAGATGGCATTCCAATTAGA
GAATTCAGGAACTCTGAGCCTATTGGAATTCCATTCCCAAAAGACCAACCAATGAGAGTC
TACGCGAGCCTTTGGGAGGCCGAGCATTGGGCTACAAGAGGAGGATTAGAGAAAACAGAT
TGGTC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3G022JQ 773 0 0
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CCTGGAACTATGTGGGATGAGATCGATTTCGAGTTCTTGGGAAACATAAGTGGTCATCCT
GTTACACTTCATACTAATGTTTACACAAAAGGCACAGGAGACAAAGAACAACAGTTTCAT
TTATGGTTCGACCCAACCGCTGGCTTTCACACTTACTGCATCACATGGAATCCCCAAAGG
ATTATCTTTACCTTAGATGGCATTCCAATTAGAGAATTCAGGAACTCTGAGCCTATTGGA
ATTCCATTCCCAAAAGACCAACCAATGAGAGTCTACGCGAGCCTTTGGGAGGCCGAGCAT
TGGGCTACAAGAGGAGGATTAGAGAAAACAGATTGGTCCAAGGCTCCTTTTACTGCTTTC
TACAGAAACTACAATGTGGAAGGATGTGTTTGGGCTAATGGAAAATCATCTTGCCCGGCG
AATTCCCCATGGTTCACTCAGAAATTGGACCAGAGCGGCATAGATAAAGTGAAATGGGCG
CAGAGTAAGTACATGGTCTATAACTATTGCACCGATACAAAGAGGTTTCCCAAAGGTGTT
CCTAAAGTGTGCACTTAACAATTGATTCTTTGATTCGTCAATAAGTTACTGGCATTGTCT
TTATAATTCAAATAAGTTTTATTTATTCTGTTTCATTCATTTGTTTCTCATGTATGTGTG
TGTGCTGGTGTATGTACAAGATTTTTAAATTAAATAAGTGAATAATAAATTAC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL6362Contig1 1077 2 2 U
GGGGAAGAAGCGATCCCCATTCCTAATCAGACTGCCATTACTAAAGACAACGTCAGCATA
CACATCGACGGCGTTCTCTATGTCAAGATAGTGGATCCTAAGTTAGCTTCTTATGGCGTT
GAGAGTCCTATCTATGCTGTTGTCCAGCTGGCTCGGACCACCATGCGTAGTGAACTTGGT
AAGATCACGCTTGATAAGACCTTTGAGGAACGAGATACTCTCAACGAGAAGATTGTGGAA
GCCATCAATGTTGCTGCAAGAGACTGGGGTCTTCAGCGTCTTCGTTACGAGATAAGGGAT
ATTATGCCCCCTCATGGAGTGAGGGTTGCTATGGAGATGCAAGCTGAAGCTGAACGTAAA
AAGAGAGCCCAGATTCTTGAGTCTGAAGGAGAAAGGCAAGCCCATATCAATATTGCTGAT
GGTAAGAAAAGTTCTGTAATCTTGGCATCTGAAGCTGCAAAGATGGACCAAGTGAATCGA
GCACAGGGTGAGGCTGAAGCAATACTGGCTAGAGCACAAGCAACTGCTAGAGGCCTTGCC
ATGTTATCTCAGTCTCTCAAAGAAACTGGGGGAGTAGAGGCTGCGAGTTTGAGAGTTGCA
GAGCAATACATTCAAGCCTTCAGTAACATTGCCAAGGAGGGTACGACAATGTTGCTACCA
AGTACGGCTTCAAATCCTGCTAGCATGATTGCTCAAGCTTTAACAATGTACAAAAGCCTT
GTGAACCAAGGTCCAAAGAGCGATGACCAAGAAACATCAGCAGTGGAGGGTGACTGGGAA
GACATAGGTGAGAAAGATATATCAGAAGGGTCTAAAAACCGATCAGGCTCGACATCATTT
GAAACAGAGAAACCAGGTCACACCGGTGAACCAGTATTTTCTCTCCAGAGTCGCAACAAG
GAGCCATAGTAGCCCACCCAAACCAAGAGTGAGATAATTGTATGTGCCGGAGAGAACAGA
AAATCCATCTTTTTCCAGTTTTCAAAAAAATGAGACGTCTTCCCTGTTTGAGCGGTGGCA
TGAATATCATATGCCATTTGGCAAAATAGAAAACATATCTTAAACATCTATTCTCTG


BQ
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AF RR3AK73TF U 1
AF RR3B856TF U 575
BS 1 662 RR3AK73TF
BS 663 1077 RR3B856TF

RD RR3AK73TF 662 0 0
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GAGAGTCCTATCTATGCTGTTGTCCAGCTGGCTCGGACCACCATGCGTAGTGAACTTGGT
AAGATCACGCTTGATAAGACCTTTGAGGAACGAGATACTCTCAACGAGAAGATTGTGGAA
GCCATCAATGTTGCTGCAAGAGACTGGGGTCTTCAGCGTCTTCGTTACGAGATAAGGGAT
ATTATGCCCCCTCATGGAGTGAGGGTTGCTATGGAGATGCAAGCTGAAGCTGAACGTAAA
AAGAGAGCCCAGATTCTTGAGTCTGAAGGAGAAAGGCAAGCCCATATCAATATTGCTGAT
GGTAAGAAAAGTTCTGTAATCTTGGCATCTGAAGCTGCAAAGATGGACCAAGTGAATCGA
GCACAGGGTGAGGCTGAAGCAATACTGGCTAGAGCACAAGCAACTGCTAGAGGCCTTGCC
ATGTTATCTCAGTCTCTCAAAGAAACTGGGGGAGTAGAGGCTGCGAGTTTGAGAGTTGCA
GAGCAATACATTCAAGCCTTCAGTAACATTGCCAAGGAGGGTACGACAATGTTGCTACCA
AG

QA 1 662 1 662
DS 

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AGGAGGGTACGACAATGTTGCTACCAAGTACGGCTTCAAATCCTGCTAGCATGATTGCTC
AAGCTTTAACAATGTACAAAAGCCTTGTGAACCAAGGTCCAAAGAGCGATGACCAAGAAA
CATCAGCAGTGGAGGGTGACTGGGAAGACATAGGTGAGAAAGATATATCAGAAGGGTCTA
AAAACCGATCAGGCTCGACATCATTTGAAACAGAGAAACCAGGTCACACCGGTGAACCAG
TATTTTCTCTCCAGAGTCGCAACAAGGAGCCATAGTAGCCCACCCAAACCAAGAGTGAGA
TAATTGTATGTGCCGGAGAGAACAGAAAATCCATCTTTTTCCAGTTTTCAAAAAAATGAG
ACGTCTTCCCTGTTTGAGCGGTGGCATGAATATCATATGCCATTTGGCAAAATAGAAAAC
ATATCTTAAACATCTATTCTCTG

QA 1 503 1 503
DS 



AS 1 2

CO CL6363Contig1 1014 2 4 U
GGCAAAACGAGAAATTCGTGAAAACTACGATCTTCCTCCGCTTCTTCACCATGTGGAACA
GATCTAGAATCCTCCCAAGCGAATTTCTCGAATTTTCTCTCCCATCTCCAGAGATCTAAG
TTTGATCCAAAGATCGATTTGGTAAAGAATCTACCTATCTCCCTTCAAATACCCGTTTCG
ATTTCCTCTATATTTTTTTACTGGAAAGAGCCATTCAAATTTATAAAACAAGGATGCATC
GTGTGCCGGTTTATCGACAGATTGATCATGAAGTTCTGAACCTGAGAAGGAGAGGAATAA
ATATGATGGAAGACGTGTGTTTATGGATGAGGGAAACTGGAGAGTTCAGAAGGGGGTTCA
GTACTTCTCACACTTGGAATCTTACTCGAGTCCATTCGCCTAAGATTTTATGGAGTAAGG
GCATATGGATCAAGGAAGCCACCCCGAAATTTGCTTTCATTTCTTGGTTAGCAATGAGAA
ATAGGTTGGCAACTGGAGATAGGATCCTTCATTGGAATCCTCTTGCAAAAGCTACTTGTT
GGTTGTGTAAAGAGGATTTGGAAACAAGGGATCATCTATTTTTCGATTGCTCTTATTCGA
AGTTAGTTTGGAAGGAGACTATTGGAAGTTTGGCAGGTCCTGGAGAGGAATATAAATGGG
AACATGTAACTCAGGAAGTGATACGGGGGAGGCAGGGGAAAGATGTCACTTTCCTTTTGA
GATACTGTTTTCAGGCAGTTTTATATGCTTTGTGGCTTGAGAGAAATACGAGAAGAGTGG
GAGAACCTGACCAGCCAGCTGTGTGTTTGATTGCAAGATTGGACAAGTTGGTGAGAAACA
GAATTACATCTCTTAGGAAGAAGAAAGGAGATAAATATGAAGGGACCATGAGAGTTTGGT
TTGGAAGAAGATAAAAAGACTGTTATGTTTTCTGTTTTGTTATCTTTTGGAACATTAGCA
GTTTTCTCACTGTAACAAGGTTTTTTTGATATGAATAAATTTAAAATTCCTTTC


BQ
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AF RR3DV77TF U 1
AF RR3DV77JQ C 297
BS 1 636 RR3DV77TF
BS 637 637 RR3DV77JQ
BS 638 667 RR3DV77TF
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TTTGATCCAAAGATCGATTTGGTAAAGAATCTACCTATCTCCCTTCAAATACCCGTTTCG
ATTTCCTCTATATTTTTTTACTGGAAAGAGCCATTCAAATTTATAAAACAAGGATGCATC
GTGTGCCGGTTTATCGACAGATTGATCATGAAGTTCTGAACCTGAGAAGGAGAGGAATAA
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GTACTTCTCACACTTGGAATCTTACTCGAGTCCATTCGCCTAAGATTTTATGGAGTAAGG
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ATAGGTTGGCAACTGGAGATAGGATCCTTCATTGGAATCCTCTTGCAAAAGCTACTTGTT
GGTTGTGTAAAGAGGATTTGGAAACAAGGGATCATCTATTTTTCGATTGCTCTTATTCGA
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AACATGT

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DS 

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TTCAGTACTTCTCACACTTGGAATCTTACTCGAGTCCATTCGCCTAAGATTTTATGGAGT
AAGGGCATATGGATCAAGGAAGCCACCCCGAAATTTGCTTTCATTTCTTGGTTAGCAATG
AGAAATAGGTTGGCAACTGGAGATAGGATCCTTCATTGGAATCCTCTTGCAAAAGCTACT
TGTTGGTTGTGTAAAGAGGATTTGGAAACAAGGGATCATCTATTTTTCGATTGCTCTTAT
TCGAAGTTAGTTTGGAAGGAGACTATTGGAAGTTTGGCAGGTCCTGGAGAGGAATATAAA
TGGGAACATGTAACTCAGGAAGTGATACGGGGGAGGCAGGGGAAAGATGTCACTTTCCTT
TTGAGATACTGTTTTCAGGCAGTTTTATATGCTTTGTGGCTTGAGAGAAATACGAGAAGA
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AACAGAATTACATCTCTTAGGAAGAAGAAAGGAGATAAATATGAAGGGACCATGAGAGTT
TGGTTTGGAAGAAGATAAAAAGACTGTTATGTTTTCTGTTTTGTTATCTTTTGGAACATT
AGCAGTTTTCTCACTGTAACAAGGTTTTTTTGATATGAATAAATTTAAAATTCCTTTC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GATCGCAACCTGAGAGTAGTAGTCTACTCGTTTCTTTCGCAATGGCAGAGTCTCCTCTAA
AAGAAAGAGATTCTCGATCTCCTTCACCACGAAAACAACGGTCCATTTCTAGGTCCAGAT
CCAGATCCATGCCGAGGTCCAAGTCCAGGTCCAGATCCAGATCTTTGCCAAGGGCTAGGT
CTAGGTCTAAGTCTAGATCTTTGCCACGGGCTAGGTCTAGGTCTAGGTCAGGATCTTTGC
CAAGGCATATATCTCCATCAAGAACCCGTGGAAGGACCGAAGTTGAAAACCCTGGTACCA
CTCTCTATGTGACTGGCCTATCCACAAGAGTCACTGACAAGGATCTTGAATCACATTTCT
CCAAGGAAGGCAAGGTAGCTTCTTGCTTTCTTGTAATAGAGCCGCGCACCCGCGAGTCTC
GTGGTTTTGGCTTTGTTACAATGGATACCCTTTAAAGACGCTGACCGTTGCATCAAGTAT
CTCAACCAATCTGTACTTGAAGGCCGTTACATCACTGTCGAAAGGAAAAAAGATTGCATC
AAGTTAGTGTTGGCAACAATCAAAGATGATATTCATCCTTACCCAACATCATTAAGTCAA
CACACAGCTTGATCATTCCAAATCATCTGATCCAACTAAATCAACTATATTGCTTCAACT
CTCTCTCTCAACTAATCAAAGGACATTATCAAGTATCAACAACTATTAGTCAATCTCGAA
GAAAGCGTCCCAGAACTCCCACCCCAGGCCACTATCTTGGCTTGAAAAGCTCCAGAGACA
GTGACCGAGATGGACGTAGCAGTCGAGGGAGGCACTATGATCGTGATGATTATGGGCACC
GTAGGTCGCCAAGACGTGACTATTCACCTCGTGGTGGTGGAAGGAGGTCACCAAGACGTG
AGTATTCACCTCGTGGTGGTGGCGGAAGAAGTTCTAGAAGAGATCGATCTTACTCTCCTT
ATGGAAGAAGAAGCCCAGAGAGAAGGTCCGAGAGAAGGTATTAAACCTGTCTGTGGTTGG
CTCGAGATGACCTGTTTAGCTCTCTTGACGAAAAAAACTTCATTGTTGATTTAGGTTTGT
GTGATTGATCGTCTTTCTTTAAAATATTACAGAGATTCTGTTTGGATGACATTGACAACT
ATGATTCTATGTGTCTTTTTATCTTATGTATGCCGCAGAACGAAGTGAAACTTGCAATGT
ATGCTACTTTTGTTATTTGAGTGAATCAGAATCTCCTAT


BQ
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AF RR3A520TF U 1
AF RR3A520JQ C 452
BS 1 512 RR3A520TF
BS 513 513 RR3A520JQ
BS 514 792 RR3A520TF
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AAGAAAGAGATTCTCGATCTCCTTCACCACGAAAACAACGGTCCATTTCTAGGTCCAGAT
CCAGATCCATGCCGAGGTCCAAGTCCAGGTCCAGATCCAGATCTTTGCCAAGGGCTAGGT
CTAGGTCTAAGTCTAGATCTTTGCCACGGGCTAGGTCTAGGTCTAGGTCAGGATCTTTGC
CAAGGCATATATCTCCATCAAGAACCCGTGGAAGGACCGAAGTTGAAAACCCTGGTACCA
CTCTCTATGTGACTGGCCTATCCACAAGAGTCACTGACAAGGATCTTGAATCACATTTCT
CCAAGGAAGGCAAGGTAGCTTCTTGCTTTCTTGTAATAGAGCCGCGCACCCGCGAGTCTC
GTGGTTTTGGCTTTGTTACAATGGATACCCTT*AAAGACGCTGACCGTTGCATCAAGTAT
CTCAACCAATCTGTACTTGAAGGCCGTTACATCACTGTCGAAAGGAAAAAAGATTGCATC
AAGTTAGTGTTGGCAACAATCAAAGATGATATTCATCCTTACCCAACATCATTAAGTCAA
CACACAGCTTGATCATTCCAAATCATCTGATCCAACTAAATCAACTATATTGCTTCAACT
CTCTCTCTCAACTAATCAAAGGACATTATCAAGTATCAACAACTATTAGTCAATCTCGAA
GAAAGCGTCCCA

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3A520JQ 848 0 0
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TTAAAGACGCTGACCGTTGCATCAAGTATCTCAACCAATCTGTACTTGAAGGCCGTTACA
TCACTGTCGAAAGGAAAAAAGATTGCATCAAGTTAGTGTTGGCAACAATCAAAGATGATA
TTCATCCTTACCCAACATCATTAAGTCAACACACAGCTTGATCATTCCAAATCATCTGAT
CCAACTAAATCAACTATATTGCTTCAACTCTCTCTCTCAACTAATCAAAGGACATTATCA
AGTATCAACAACTATTAGTCAATCTCGAAGAAAGCGTCCCAGAACTCCCACCCCAGGCCA
CTATCTTGGCTTGAAAAGCTCCAGAGACAGTGACCGAGATGGACGTAGCAGTCGAGGGAG
GCACTATGATCGTGATGATTATGGGCACCGTAGGTCGCCAAGACGTGACTATTCACCTCG
TGGTGGTGGAAGGAGGTCACCAAGACGTGAGTATTCACCTCGTGGTGGTGGCGGAAGAAG
TTCTAGAAGAGATCGATCTTACTCTCCTTATGGAAGAAGAAGCCCAGAGAGAAGGTCCGA
GAGAAGGTATTAAACCTGTCTGTGGTTGGCTCGAGATGACCTGTTTAGCTCTCTTGACGA
AAAAAACTTCATTGTTGATTTAGGTTTGTGTGATTGATCGTCTTTCTTTAAAATATTACA
GAGATTCTGTTTGGATGACATTGACAACTATGATTCTATGTGTCTTTTTATCTTATGTAT
GCCGCAGAACGAAGTGAAACTTGCAATGTATGCTACTTTTGTTATTTGAGTGAATCAGAA
TCTCCTAT

QA 1 848 1 848
DS 



AS 1 2

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GGCGACATGGGTTGCGTTTTGGGCAGCCGGACCAAACTCGATGACTGCTCATCTCTATAC
AGATCGCATCAGAGATGCCATAGGTGTGAATGAAGTAGATGGGTGTATGGAGGAGACACT
AGGGTTTATCCCAGGGATGGAGAAGTACAGAGTCAAGGACACACCAGACGGAGTTGTGGT
TGGGAACTTAGACTCTGCTTTCTCAGACACGTTGCACCGAATGGGTCTTGCTTTACCTCG
TGCCGATGCAGTTTTCGTCACTTCATTTGAAGAGTTGGATCCTACATTAACCAATAACCT
CAAGTCAGAGTTCAAACGTTTCTTTAGCATTGGTCCTCTCGCGTTGTTATCATCTACATC
TCAAACGGAGACACCGGTGCAAGATCCTTATAACAGCTTGGCTTGGATCAAGAAGCAGGG
GACTGCTTCTGTAGCGTACATTAGCTTTGGTACAGTCATGACGCCGCCTCCTGGAGAGCT
TGCGGCGATAGCGGAAGGATTGGAATCAAGCAATGTTCCGTTTGTCTGGTCGCTCAAGGA
GAAGAACATGGTTCAGTTACCAAAAGGGTTTTTGGAACGGACAAGAGAGCAAGGGATAGT
GGTTCCATGGGTTCCGCAAGTTGAACTGCTGAAACACGAATCAACGGGTGTGTATGTGAC
GCATTGTGGATGGAACTCCATGTTGGAGAGTGTGTCCGGAGGTGTGCCGATGATTTGCAG
GCCGTGTATTGGTGATAATGGACTCAACGGAAGAGCAGTGGAGGTTATCTGGGAGATTGG
AATGATGATTATCGGTGGAGTCTTTACGAGAGATGGATTCGTGAAATGTTTGGATCAAGT
TTTGGTTCAAGATGATGGTAAGAAGATGAAGAGCAATGTTGAGAAGCTTAGAGAACAAGC
CCACCAAGCTGTCTCTGCGAAAGGAAGTTCCGTTGAGAATTTCAAAGGACTGTTGGATGT
AGTTGTGAGCACTTTAAATTAAAAACATATTTGTATTGATGGTAATAACAGTAACAGACT
TAAAACTGTTACAAAGAATTGTATGGATGTCCACCATAGCTGCTTAATCCTATGTTCTAG
AAAGGTTCTTAATCTTATCATTGTATTTCTATATAAGTATTGTTGTCCATGAAATAATAT
T


BQ
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10 

AF RR3CH79TF U 1
AF RR3CH79JQ C 340
BS 1 633 RR3CH79TF
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BS 680 695 RR3CH79TF
BS 696 1141 RR3CH79JQ

RD RR3CH79TF 695 0 0
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AGGGTTTATCCCAGGGATGGAGAAGTACAGAGTCAAGGACACACCAGACGGAGTTGTGGT
TGGGAACTTAGACTCTGCTTTCTCAGACACGTTGCACCGAATGGGTCTTGCTTTACCTCG
TGCCGATGCAGTTTTCGTCACTTCATTTGAAGAGTTGGATCCTACATTAACCAATAACCT
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TCAAACGGAGACACCGGTGCAAGATCCTTATAACAGCTTGGCTTGGATCAAGAAGCAGGG
GACTGCTTCTGTAGCGTACATTAGCTTTGGTACAGTCATGACGCCGCCTCCTGGAGAGCT
TGCGGCGATAGCGGAAGGATTGGAATCAAGCAATGTTCCGTTTGTCTGGTCGCTCAAGGA
GAAGAACATGGTTCAGTTACCAAAAGGGTTTTTGGAACGGACAAGAGAGCAAGGGATAGT
GGTTCCATGGGTTCCGCAAGTTGAACTGCTGAA*CACGAATCAACGGGTGTGTATGTGAC
GCATTGTGGATGGAACTC*ATGTTGGAGAGTGTGT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3CH79JQ 802 0 0
CGCGTTGTTATCATCTACATCTCAAACGGAGACACCGGTGCAAGATCCTTATAACAGCTT
GGCTTGGATCAAGAAGCAGGGGACTGCTTCTGTAGCGTACATTAGCTTTGGTACAGTCAT
GACGCCGCCTCCTGGAGAGCTTGCGGCGATAGCGGAAGGATTGGAATCAAGCAATGTTCC
GTTTGTCTGGTCGCTCAAGGAGAAGAACATGGTTCAGTTACCAAAAGGGTTTTTGGAACG
GACAAGAGAGCAAGGGATAGTGGTTCCATGGGTTCCGCAAGTTGAACTGCTGAAACACGA
ATCAACGGGTGTGTATGTGACGCATTGTGGATGGAACTCCATGTTGGAGAGTGTGTCCGG
AGGTGTGCCGATGATTTGCAGGCCGTGTATTGGTGATAATGGACTCAACGGAAGAGCAGT
GGAGGTTATCTGGGAGATTGGAATGATGATTATCGGTGGAGTCTTTACGAGAGATGGATT
CGTGAAATGTTTGGATCAAGTTTTGGTTCAAGATGATGGTAAGAAGATGAAGAGCAATGT
TGAGAAGCTTAGAGAACAAGCCCACCAAGCTGTCTCTGCGAAAGGAAGTTCCGTTGAGAA
TTTCAAAGGACTGTTGGATGTAGTTGTGAGCACTTTAAATTAAAAACATATTTGTATTGA
TGGTAATAACAGTAACAGACTTAAAACTGTTACAAAGAATTGTATGGATGTCCACCATAG
CTGCTTAATCCTATGTTCTAGAAAGGTTCTTAATCTTATCATTGTATTTCTATATAAGTA
TTGTTGTCCATGAAATAATATT

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL6367Contig1 788 2 2 U
GGACAGCCAGCGTCAGCGACTTCGTCGTCCTCGAAACAGCTCCGACACCTGCGCACGAAG
TCGTCTCCAGCTTCTACGCAGCCATCAACGTCCACGACTTATCCTCCGTCACAGACCTCA
TCGCTCAGGACTGCGTCTACTAGGATCTCGTCTTCTCTTCCCCTTTCGTCGGCCGAACGG
CGATTCTTGACTTCTTCGGGAAGTTCATCGAAGCAACAAGCACGGACCTTCAGTTCGTGA
TCGATGACATTTCGAAAGAGGACACGTCAGCTGTTGGGGTTTCGTGGCATTTAGAGTGGA
AAGGCAAGAACTTCCCGTTTAGTAAAGGTTGCAGCTTTTACAAGCTACAAGTTATTGATG
GCGAGAGACAGATTGTATATGGAAGGGACTGCGTCGAGCCTGCAATCAAACCTGGAGACA
CTGTTCTGGCTGCTATAAAGGGAGTTACCTGGCTGCTGCAGAAGTTTCCTCAATTAGCTG
ACCAGTTCTGATGTAATTATAAAGCTCCTACTGCCTGATGAAGTTTATCACCTTGCAAAT
ATAAGTTGTCATTGTGGTATATAGGAAATATGCTTCCACAGCAAGTCCCACCGTTGTCCA
AATTGTGTTAATGGCAGGAAAATATATACTAGTAGTGCCATACGATTCTACTCTAAGTAG
TCTGTCATGTGTATACGGATTGTTTCCGGTCGGGTGATATAGAGGCGTATATATTATGTG
TGTTATTGACTAAATAGAGCTCTGTCATATGAATAAGATAATAAGATTCGCGAGTGTCAC
GTTCATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D512TF U 1
AF RR3D512JQ C 109
BS 1 534 RR3D512TF
BS 535 788 RR3D512JQ

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TCGCTCAGGACTGCGTCTACTAGGATCTCGTCTTCTCTTCCCCTTTCGTCGGCCGAACGG
CGATTCTTGACTTCTTCGGGAAGTTCATCGAAGCAACAAGCACGGACCTTCAGTTCGTGA
TCGATGACATTTCGAAAGAGGACACGTCAGCTGTTGGGGTTTCGTGGCATTTAGAGTGGA
AAGGCAAGAACTTCCCGTTTAGTAAAGGTTGCAGCTTTTACAAGCTACAAGTTATTGATG
GCGAGAGACAGATTGTATATGGAAGGGACTGCGTCGAGCCTGCAATCAAACCTGGAGACA
CTGTTCTGGCTGCTATAAAGGGAGTTACCTGGCTGCTGCAGAAGTTTCCTCAATTAGCTG
ACCAGTTCTGATGTAATTATAAAGCTCCTACTGCCTGATGAAGTTTATCACCTT

QA 1 534 1 534
DS 

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TCGGCCGAACGGCGATTCTTGACTTCTTCGGGAAGTTCATCGAAGCAACAAGCACGGACC
TTCAGTTCGTGATCGATGACATTTCGAAAGAGGACACGTCAGCTGTTGGGGTTTCGTGGC
ATTTAGAGTGGAAAGGCAAGAACTTCCCGTTTAGTAAAGGTTGCAGCTTTTACAAGCTAC
AAGTTATTGATGGCGAGAGACAGATTGTATATGGAAGGGACTGCGTCGAGCCTGCAATCA
AACCTGGAGACACTGTTCTGGCTGCTATAAAGGGAGTTACCTGGCTGCTGCAGAAGTTTC
CTCAATTAGCTGACCAGTTCTGATGTAATTATAAAGCTCCTACTGCCTGATGAAGTTTAT
CCCCTTGCAAATATAAGTTGTCATTGTGGTATATAGGAAATATGCTTCCACAGCAAGTCC
CACCGTTGTCCAAATTGTGTTAATGGCAGGAAAATATATACTAGTAGTGCCATACGATTC
TACTCTAAGTAGTCTGTCATGTGTATACGGATTGTTTCCGGTCGGGTGATATAGAGGCGT
ATATATTATGTGTGTTATTGACTAAATAGAGCTCTGTCATATGAATAAGATAATAAGATT
CGCGAGTGTCACGTTCATCC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

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AGGTTGGTGATGGAGATAAGGAGATAGTGGTGAGCAATAGAAGCTGATCATTACTTCTCG
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CGGCTAAGGACTTTTTTTGTCCTACCAATAATCTACTTGTAAAATATGCTAAGAACTTTT
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CTTATGTTTTATGGTTTAATACTTTATAACG


BQ
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AF RR3AZ71TF U 1
AF RR3AZ71JQ C 10
BS 1 795 RR3AZ71TF
BS 796 811 RR3AZ71JQ

RD RR3AZ71TF 795 0 0
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TTTCAAAGAGACTCCAAAAGGAAGCAACATCACTTCGAGTGCTCTCCTTCAGGTCCTTAC
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AGAAAGACGCAGAAGAGACGCAAGAAAATGATCAATCTAATGCCAGTAATGATGACGAAG
AAATTGTTGATGCATCATTTGTGAAACAGAGGAACCTGCGTGATGACTCTTCTTCTTCGC
CGGCTAAGGACTTTTTTTGTCCTACCAATAATCTACTTGTAAAATATGCTAAGAACTTTT
TTTATCCTACCAATAATCTACAACATCAGAAAAGTCCTTAAACTTTGTCCATAACTTAAA
AATATTACTAAAATATGCTAAGGACATTTTATTTGTCCCACCAATAATGTTGCTCTTATG
TTTCTTCCTTTCCCTGATCTGCAAACCATTTGTTCTTTCTTTTTCTTCTGTGTATGAAAA
CTTATGTTTTATGGT

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3AZ71JQ 802 0 0
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AAATTGTCCTGTGTGCAAAATCGATTGGAACAGAAGAAGAGAGATCGGCTGAGGTTGGTG
ATGGAGATAAGGAGATAGTGGTGAGCAATAGAAGCTGATCATTACTTCTCGCCGATTTGA
TTCTCGCCGTTGTGAAGAAGCGGCGGCGGTGGTGCGTAGGCTCCTTCTAGGTTTCAAAGA
GACTCCAAAAGGAAGCAACATCACTTCGAGTGCTCTCCTTCAGGTCCTTACGTCTCCTGC
AATTCCTCCGAAAAGAGAAAAGAGAAGTATGTTGTAGTGAAACTGGTTATCGAATTCCTT
TCAAATGTAGAGAAGTGAGAGGAGGAGGAGGAGAGGAAGCTTCTTCACACAAGAAAGACG
CAGAAGAGACGCAAGAAAATGATCAATCTAATGCCAGTAATGATGACGAAGAAATTGTTG
ATGCATCATTTGTGAAACAGAGGAACCTGCGTGATGACTCTTCTTCTTCGCCGGCTAAGG
ACTTTTTTTGTCCTACCAATAATCTACTTGTAAAATATGCTAAGAACTTTTTTTATCCTA
CCAATAATCTACAACATCAGAAAAGTCCTTAAACTTTGTCCATAACTTAAAAATATTACT
AAAATATGCTAAGGACATTTTATTTGTCCCACCAATAATGTTGCTCTTATGTTTCTTCCT
TTCCCTGATCTGCAAACCATTTGTTCTTTCTTTTTCTTCTGTGTATGAAAACTTATGTTT
TATGGTTTAATACTTTATAACG

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

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AGATTAATAGGACACACACATTCATTAAGACAAATTAAGGGACCATGAAATAGATAGTAG
ATGGGTTATGAGCTTGCAAATCTTGATGATCAGTCGATGACCAAAGACATAATCTTTTCC
TGAAGATTTGGTTGAATCGGCTGAACTCTATATCCAAATTGCTCATCTTGATCTCTCATC
ATCATTCCTCTTGTGTTGCTAGCTATAGCCATCTCTTGTTGTTGCAGCTGGAAACTGAGT
TGCCGATTCTCCTCCACCAACATTTTCTCATTTCTCCTCTTTGTCATGAGGAACTCCATC
TGGTGGTCTCGGACTTTGTCGAGGCCATGTTCAATGGCATGCTCTACGGCCATCAGGTTT
TTTAAGTTGAGAGATTGTAAATCTTCCCCCTTCAAATGCCTGAGTTCCAGTTGTAAGCTG
TCATTCTCTTTTTTGATCCTATCAATTTCATTGTTGAGGTTCTCATGCTTAGTATCCCAT
AGTTTCTTGCCAGATAACTTCTGGTATTGGTCCAACATAGCACCAAGATCCATGGAAGGA
CAACAATAGTCAGTCATCTTACCATTACTTGCAAAGATTATGAGAGCAACTTTTGCATCG
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ACCACTCTGTTGTTTGCGTTTTCTATCCTTTTTATCTCTATCTTCCCTCTTCCCATCTTT
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BQ
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AF RR3AG87TF C 1
AF RR3AG87JQ U 3
BS 1 2 RR3AG87TF
BS 3 788 RR3AG87JQ
BS 789 820 RR3AG87TF

RD RR3AG87TF 820 0 0
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AGATTAATAGGACACACACATTCATTAAGACAAATTAAGGGACCATGAAATAGATAGTAG
ATGGGTTATGAGCTTGCAAATCTTGATGATCAGTCGATGACCAAAGACATAATCTTTTCC
TGAAGATTTGGTTGAATCGGCTGAACTCTATATCCAAATTGCTCATCTTGATCTCTCATC
ATCATTCCTCTTGTGTTGCTAGCTATAGCCATCTCTTGTTGTTGCAGCTGGAAACTGAGT
TGCCGATTCTCCTCCACCAACATTTTCTCATTTCTCCTCTTTGTCATGAGGAACTCCATC
TGGTGGTCTCGGACTTTGTCGAGGCCATGTTCAATGGCATGCTCTACGGCCATCAGGTTT
TTTAAGTTGAGAGATTGTAAATCTTCCCCCTTCAAATGCCTGAGTTCCAGTTGTAAGCTG
TCATTCTCTTTTTTGATCCTATCAATTTCATTGTTGAGGTTCTCATGCTTAGTATCCCAT
AGTTTCTTGCCAGATAACTTCTGGTATTGGTCCAACATAGCACCAAGATCCATGGAAGGA
CAACAATAGTCAGTCATCTTACCATTACTTGCAAAGATTATGAGAGCAACTTTTGCATCG
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ACCACTCTGTTGTTTGCGTTTTCTATCCTTTTTATCTCTATCTTCCCTCTTCCCATCTTT
CTCTCTCTAGCTCTCTTTTCTCAATTTTAGGGTTTGCTCC

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3AG87JQ 786 0 0
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GGGTTATGAGCTTGCAAATCTTGATGATCAGTCGATGACCAAAGACATAATCTTTTCCTG
AAGATTTGGTTGAATCGGCTGAACTCTATATCCAAATTGCTCATCTTGATCTCTCATCAT
CATTCCTCTTGTGTTGCTAGCTATAGCCATCTCTTGTTGTTGCAGCTGGAAACTGAGTTG
CCGATTCTCCTCCACCAACATTTTCTCATTTCTCCTCTTTGTCATGAGGAACTCCATCTG
GTGGTCTCGGACTTTGTCGAGGCCATGTTCAATGGCATGCTCTACGGCCATCAGGTTTTT
TAAGTTGAGAGATTGTAAATCTTCCCCCTTCAAATGCCTGAGTTCCAGTTGTAAGCTGTC
ATTCTCTTTTTTGATCCTATCAATTTCATTGTTGAGGTTCTCATGCTTAGTATCCCATAG
TTTCTTGCCAGATAACTTCTGGTATTGGTCCAACATAGCACCAAGATCCATGGAAGGACA
ACAATAGTCAGTCATCTTACCATTACTTGCAAAGATTATGAGAGCAACTTTTGCATCGCA
GAGAACAGTGATCTCTTTAGCCTTCTTCACCAACCCATTCCTCCTCTTTGAGAAAGTCAC
CACTCTGTTGTTTGCGTTTTCTATCCTTTTTATCTCTATCTTCCCTCTTCCCATCTTTCT
CTCTCT

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL6370Contig1 422 2 1 U
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GGTGTTTCCAGGAGAGAAAAGTTTGCCAAGTTTGCGAGATTAAGTGTGTGATTACTTAAA
AGATAATAATAATTGATTTCTCCATGGTGATGGTATCAATGCACTCAACTAAGTGCTGCA
ATGTACGTGTTATTCGTTTTTGGCCAAATCGCTTTATGGATCGCTCTAAAAATCAACACT
CTTTTTTTTCTGTTGGTTCCCTTTACTGTACTAGCAAAATGTTATAACTCATATACATAC
AAAGCTTCAAAATTTCGAAATAAGGGTTTACATGTAAACAATTAATTAAGCCGTTACCAC
AC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 

AF RR3H170JQ C 1
AF RR3H170TF U 1
BS 1 422 RR3H170TF

RD RR3H170JQ 422 0 0
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CACATATTTTCTTTGATCCATTTCATCCGACTCAGCTGGCGAATTTCATGTATGCGATTG
GGTGTTTCCAGGAGAGAAAAGTTTGCCAAGTTTGCGAGATTAAGTGTGTGATTACTTAAA
AGATAATAATAATTGATTTCTCCATGGTGATGGTATCAATGCACTCAACTAAGTGCTGCA
ATGTACGTGTTATTCGTTTTTGGCCAAATCGCTTTATGGATCGCTCTAAAAATCAACACT
CTTTTTTTTCTGTTGGTTCCCTTTACTGTACTAGCAAAATGTTATAACTCATATACATAC
AAAGCTTCAAAATTTCGAAATAAGGGTTTACATGTAAACAATTAATTAAGCCGTTACCAC
AC

QA 1 422 1 422
DS 

RD RR3H170TF 422 0 0
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CACATATTTTCTTTGATCCATTTCATCCGACTCAGCTGGCGAATTTCATGTATGCGATTG
GGTGTTTCCAGGAGAGAAAAGTTTGCCAAGTTTGCGAGATTAAGTGTGTGATTACTTAAA
AGATAATAATAATTGATTTCTCCATGGTGATGGTATCAATGCACTCAACTAAGTGCTGCA
ATGTACGTGTTATTCGTTTTTGGCCAAATCGCTTTATGGATCGCTCTAAAAATCAACACT
CTTTTTTTTCTGTTGGTTCCCTTTACTGTACTAGCAAAATGTTATAACTCATATACATAC
AAAGCTTCAAAATTTCGAAATAAGGGTTTACATGTAAACAATTAATTAAGCCGTTACCAC
AC

QA 1 422 1 422
DS 



AS 1 2

CO CL6371Contig1 846 2 6 U
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TTGTATTCATTGGGAGCTAGTAAGTTCGTTGTATATATGTTAGCGCCACTAGGTTGCTTA
CCTATCGTGAGACAAGACTTTAACACTGGTAACGAGTGTTACGAGAAATTCAACGATTTG
GCTAAACTACACAACGCTAAAATCGGACCGATGCTTAATGATCTAGCGACATCCAAATCG
GGTTTCCAGTTCACCGTTTTCGATTTCTACAATGTCATTCTTCGCAGGACACAGAGAAAC
ATGAATTTCCGTTACTCCGTTACGAGTGTATCGTGTTGCGGTACTGGGACGCACAACGCG
TATGGTTGCGGTTTACCCAACGTGCACTCCAAGCTATGCGAGTATCAAAGGTCTTACCTC
TACTTCGATGGACGTCACAACTCAGAGAAGGCACAAGAATCATTCGCTCATCTTCTATTC
GGAGCCGACCCAAACGTTATCCAACCCATGAACATTCGTGAACTTATTACCTATCCTGTT
AATACAAATATGTCTGAGTTTTGGAAAGAACCAGTGGAGAATGATTTATCGGTAGTCCAT
GAGAATGACGTCTATGCGAGTGCAACTTTGTAGCTCGTCTAGTTTCGAGCATTATAGTTT
CTCTCTAGTTCACGCACGAGCTTAGCGGCCTGACTGTTGAAACTCTAAATAAAATGTTAT
CTTTTTTTAACGGCTAACACCATGTTTTATTAAGCTGGTTCGGTAAGGTTAGTCTGTAGA
GCTAACCCCGAGAAAACCAAATCGTTTACATGGGAAAATTCATAGGCTTTTGTTATCACA
TGTGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3BI66TF U 1
AF RR3BI66JQ C 20
BS 1 767 RR3BI66TF
BS 768 768 RR3BI66JQ
BS 769 795 RR3BI66TF
BS 796 796 RR3BI66JQ
BS 797 817 RR3BI66TF
BS 818 846 RR3BI66JQ

RD RR3BI66TF 820 0 0
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GCTAAACTACACAACGCTAAAATCGGACCGATGCTTAATGATCTAGCGACATCCAAATCG
GGTTTCCAGTTCACCGTTTTCGATTTCTACAATGTCATTCTTCGCAGGACACAGAGAAAC
ATGAATTTCCGTTACTCCGTTACGAGTGTATCGTGTTGCGGTACTGGGACGCACAACGCG
TATGGTTGCGGTTTACCCAACGTGCACTCCAAGCTATGCGAGTATCAAAGGTCTTACCTC
TACTTCGATGGACGTCACAACTCAGAGAAGGCACAAGAATCATTCGCTCATCTTCTATTC
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AATACAAATATGTCTGAGTTTTGGAAAGAACCAGTGGAGAATGATTTATCGGTAGTCCAT
GAGAATGACGTCTATGCGAGTGCAACTTTGTAGCTCGTCTAGTTTCGAGCATTATAGTTT
CTCTCTAGTTCACGCACGAGCTTAGCGGCCTGACTGTTGAAACTCTAAATAAAATGTTAT
CTTTTTTTAACGGCTAACACCATGTTTTATTAAGCTGGTTCGGTAAG*TTAGTCTGTAGA
GCTAACCCCGAGAAA*CCAAATCGTTTACATGGGAAA
TTC

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3BI66JQ 827 0 0
TCACTTCAGTCATTAGCAGACTAAAATACAATATTGAGATGTTGTATTCATTGGGAGCTA
GTAAGTTCGTTGTATATATGTTAGCGCCACTAGGTTGCTTACCTATCGTGAGACAAGACT
TTAACACTGGTAACGAGTGTTACGAGAAATTCAACGATTTGGCTAAACTACACAACGCTA
AAATCGGACCGATGCTTAATGATCTAGCGACATCCAAATCGGGTTTCCAGTTCACCGTTT
TCGATTTCTACAATGTCATTCTTCGCAGGACACAGAGAAACATGAATTTCCGTTACTCCG
TTACGAGTGTATCGTGTTGCGGTACTGGGACGCACAACGCGTATGGTTGCGGTTTACCCA
ACGTGCACTCCAAGCTATGCGAGTATCAAAGGTCTTACCTCTACTTCGATGGACGTCACA
ACTCAGAGAAGGCACAAGAATCATTCGCTCATCTTCTATTCGGAGCCGACCCAAACGTTA
TCCAACCCATGAACATTCGTGAACTTATTACCTATCCTGTTAATACAAATATGTCTGAGT
TTTGGAAAGAACCAGTGGAGAATGATTTATCGGTAGTCCATGAGAATGACGTCTATGCGA
GTGCAACTTTGTAGCTCGTCTAGTTTCGAGCATTATAGTTTCTCTCTAGTTCAGGCACGA
GCTTAGCGGCCTGACTGTTGAAACTCTAAATAAAATGTTATCTTTTTTTAACGGCTAACA
CCATGTTTTATTAAGCTGGTTCGGTAAGGTTAGTCTGTAGAGCTAACCCCGAGAAAACCA
AATCGTTTACATGGGAAAATTCATAGGCTTTTGTTATCACATGTGTA

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

CO CL6372Contig1 432 2 1 U
GGATTTCCGGTGTTTGAAAGATGCGATCGCGGTTCAGCTGAAACACAGCTGTGAGCTTCT
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GTTGCGTTTGCTAGAGCAGAGTTTGCGTCAGCAACGAGCGTTTCATCATATGGGTATGAT
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CI26JQ C 1
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GGCTCGGCAGACTGGTCTATCCAGAAATCAGGTGTCGAATTGGTTTATAAATGCTAGGGT
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QA 1 432 1 432
DS 



AS 1 2

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AAAGAAACATCTGCAGTTACAGTTGCCTCCACATCTTAGCATGTCACATGTTTCTTCTTC
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BQ
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AF RR3A215JQ C 1
AF RR3A215TF U 424
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BS 424 764 RR3A215TF

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QA 1 341 1 341
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FM90TF U 1
AF RR3FM90JQ C 322
BS 1 680 RR3FM90TF
BS 681 681 RR3FM90JQ
BS 682 750 RR3FM90TF
BS 751 999 RR3FM90JQ

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AGACAGACAGAGGTGGTGGTGCACAAGAATCCTCCCCTACACAAGTCTTGTGCTGATATA
TAAGCATTGAGAATGGGAAGAGAAGTAGTTATGAACCGAAACGCTGACGTTTCAAGCGGT
AGGGTTCACGTTGCTCCTAAGATAGCTGCAGCCGCTGGGTCTGAGACTGAGGAAGAGTTC
GAAGTCAAGGAATGCACCGAGGAGGATTCTCATTCTGAGAATGCACCAAGCCTTGAAACT
GGAGCTCAAAACTCGCCTAAAACCCCTAAAGTTTCAAAGCGTGATGCTCCGCTTCTCGTG
GGGAGGAAGCCATTGCAACCTGATAACAAGAAGCATATGGATGATGAGGATGATAGCTTC
TCCATCGCTTCTTCCTTGAGGAGGGCTAAGTCAGGAGTGACACATGGAAGTGCACCAACG
TTTAAGAGTGCTCAGCGTGCTGAGAAGCGCAGAGAGTATTACCAAAAGCTTGAGGAGAAG
AACCAAGCGCTTGAAGCCGAAAGGAACGAGCTTGAACAAAGGCAAAAAGAAGAACAAGAA
GCAGCGTTGAAACAGCTCAGAAAGAATCTCAAGTTCAAGGCTAAACCTGTCCCTAACTTC
TACTACGAAGCCTCTAACAG*AACCGACACAGCACCGGAACAGTCCAGAACAAGAACACC
AATGCTGCCCATGACAGCCCTCGTTTCAGA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3FM90JQ 678 0 0
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GATAACAAGAAGCATATGGATGATGAGGATGATAGCTTCTCCATCGCTTCTTCCTTGAGG
AGGGCTAAGTCAGGAGTGACACATGGAAGTGCACCAACGTTTAAGAGTGCTCAGCGTGCT
GAGAAGCGCAGAGAGTATTACCAAAAGCTTGAGGAGAAGAACCAAGCGCTTGAAGCCGAA
AGGAACGAGCTTGAACAAAGGCAAAAAGAAGAACAAGAAGCAGCGTTGAAACAGCTCAGA
AAGAATCTCAAGTTCAAGGCTAAACCTGTCCCTAACTTCTACTACGAAGCCTCTAACAGG
AACCGACACAGCACCGGAACAGTCCAGAACAAGAACACCAATGCTGCCCATGACAGCCCT
CGTTTCAGATCAGGCAAGGGTAAAGGTTGTCTGAAACCAGTCAACGAGTCCTTGGAAGAA
GCTTGTGAGGCTTAAACCGATGATTGGTAGTCTGTTGTTGGTCTGTGTTTATCTCTCAAA
TCTAACTTTGATCTTTGTCGGAGAAAATTTTAAAAATCTGTTCGGTTATTTCTGGTATAT
GGTTGGTTCACAATGTAGTAACCGTCTTTCTCGGGTTTACTTGTAAGGTGAAACTTTTTT
TATGTTGATTGTTGAACC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GACGTTGGAGCAGAGCTCGATCCGCAGAAGTTGCTAGCGTTTTTCTCCAAGTTTGGTGAG
ATTGAGGAAGGTCCTTTGGGTCTTGATAAGTATACGGGGAGACCTAAAGGCTTCTGTCTC
TTTGTTTATAAGTCAGCTGAGAGCGCCAAGAGGGCTTTAGAAGTGCCGCACAAGACCTTC
GAGGGCCACGTCTTGCATTGCCAGAAGGCCATAGATGGTCCTAAACCTGGCAAGCAGCAA
CAACAGTTTAACAACAATCCTCGTTTCCCGAGGAATGATAACAGTGGTGGTTACGGAACT
CCTACTGGTCATGGACATCTCATGGCTGGTAACCAAGCCGGGATGGGTACTCCAGCTCAA
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GCGTTTAACCCAGCACTTGGGCAGGCTTTGTTGGGTTCGCTGGGGACAGCTGCAGGTGTA
AACCCAGGGGCTGGGGTTGGAATGCCTACTGGTTATGGTACTCAACCTATGACACCTGGG
AGTATTCCTGGGTACGGTGGACAACCTGGGTTGCAAGGTGGATATCAGACCCCTCCACCT
GGTCAGGGTGGTACAGGAAGAGGGCAACATGGTGTCGGGCATTATCCTTACATGGGCCAG
TAGATGTATCATGTAGCAACTCAGATATCAGAAATCAGTGTTTTAATATTGGCCTGGTGA
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TGGTCGCTCATAAGGCCAAACTCATAAAACCTTTTAAGGAGTTCTAGTTTTCATCTACTT
GTTTTTTTTTCTCTCTCTTTTCACCAACTACTCTCTTTATGCTATTCCTTAAAAAACAAT
GTACTATTTTCAGAGATATGTCTTTGTTTTCAGT


BQ
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AF RR3AR13TF U 1
AF RR3AR13JQ C 224
BS 1 734 RR3AR13TF
BS 735 934 RR3AR13JQ

RD RR3AR13TF 734 0 0
GACGTTGGAGCAGAGCTCGATCCGCAGAAGTTGCTAGCGTTTTTCTCCAAGTTTGGTGAG
ATTGAGGAAGGTCCTTTGGGTCTTGATAAGTATACGGGGAGACCTAAAGGCTTCTGTCTC
TTTGTTTATAAGTCAGCTGAGAGCGCCAAGAGGGCTTTAGAAGTGCCGCACAAGACCTTC
GAGGGCCACGTCTTGCATTGCCAGAAGGCCATAGATGGTCCTAAACCTGGCAAGCAGCAA
CAACAGTTTAACAACAATCCTCGTTTCCCGAGGAATGATAACAGTGGTGGTTACGGAACT
CCTACTGGTCATGGACATCTCATGGCTGGTAACCAAGCCGGGATGGGTACTCCAGCTCAA
GCGATGAACCCAGCCTTTGGACAGGCCTTGACAGCTTTGTTAGCAACGCAGGGAGGTTTG
GCGTTTAACCCAGCACTTGGGCAGGCTTTGTTGGGTTCGCTGGGGACAGCTGCAGGTGTA
AACCCAGGGGCTGGGGTTGGAATGCCTACTGGTTATGGTACTCAACCTATGACACCTGGG
AGTATTCCTGGGTACGGTGGACAACCTGGGTTGCAAGGTGGATATCAGACCCCTCCACCT
GGTCAGGGTGGTACAGGAAGAGGGCAACATGGTGTCGGGCATTATCCTTACATGGGCCAG
TAGATGTATCATGTAGCAACTCAGATATCAGAAATCAGTGTTTTAATATTGGCCTGGTGA
TTCTTCTGAAGTTT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3AR13JQ 711 0 0
AACCTGGCAAGCAGCAACAACAGTTTAACAACAATCCTCGTTTCCCGAGGAATGATAACA
GTGGTGGTTACGGAACTCCTACTGGTCATGGACATCTCATGGCTGGTAACCAAGCCGGGA
TGGGTACTCCAGCTCAAGCGATGAACCCAGCCTTTGGACAGGCCTTGACAGCTTTGTTAG
CAACGCAGGGAGGTTTGGCGTTTAACCCAGCACTTGGGCAGGCTTTGTTGGGTTCGCTGG
GGACAGCTGCAGGTGTAAACCCAGGGGCTGGGGTTGGAATGCCTACTGGTTATGGTACTC
AACCTATGACACCTGGGAGTATTCCTGGGTACGGTGGACAACCTGGGTTGCAAGGTGGAT
ATCAGACCCCTCCACCTGGTCAGGGTGGTACAGGAAGAGGGCAACATGGTGTCGGGCATT
ATCCTTACATGGGCCAGTAGATGTATCATGTAGCAACTCAGATATCAGAAATCAGTGTTT
TAATATTGGCCTGGTGATTCTTCTGAAGTTTATAAGGAGCCTGATGCAAATGAAGTCTTT
ATGAAATGTTTACTCTTTGGTCGCTCATAAGGCCAAACTCATAAAACCTTTTAAGGAGTT
CTAGTTTTCATCTACTTGTTTTTTTTTCTCTCTCTTTTCACCAACTACTCTCTTTATGCT
ATTCCTTAAAAAACAATGTACTATTTTCAGAGATATGTCTTTGTTTTCAGT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL6377Contig1 989 2 2 U
GGGGAGATTCCTGCGAACATGGTTAGTCCTCTCACTTGCTTATCTTTCAATTTCAATTCA
TGATTCTTTTTGGTTATAGATATATGAATCTCTTAATGAAATTTCGCGAAAGTCTTATGA
TTCATATGAAAATAGATTCTGATTTGATCTCTTATACCAGATCGTAAAACTAATTTGAAA
GCTTGATTCTTAGGTTTTAAATCACATTTACTTAAGGCAGAATATTGTTAATTTCGTGTT
TTGATAAATCTAAACTAAGTTAACAGGTTCATCGAAACAATATCGATCTGCTTAACCCAC
CAGGTCACCAGCAGCAGCAGAGGTTAAGAAGAGTTATAATAGTTTATATACTAACCAGTA
ACCAACAAGTTGTAGCTTTTTTAAAATCATCCTCACGTATTGCATATACGTTAATTAAAC
TTCTGTATTTCAACCCAAAGTTAGCAGTTTGGGCATTATTATAGAACTTTACGTCAATCA
TGAGCTCTCATGAGTTATTTATTGTTTCAATAACTTTTCTGAAGAGGCTCGATGAAAACT
TGAATGTTAGATAGTACTGAACAGTTTTGGCATTTAGGCCCACAGGTGTGCTCTTTGCCT
TGCTTTCCTTTTTTTTTAAGTTTCTGATGAAACAATCCGTACGAAAACTGAAGTACGTTT
TCATTTTGGACTTGCTCCGAGAAGATAGGTCAACAACTTGATCTGATAAAGCCAACTCCA
AGGGGGAAAGCTACAATTTACGCTGTTCCATATAGTGAGCATTCTAGCTTGAAGGATGAT
TGTTTCCTTTTAGAAAAAAAGCCAGCCAAATCAAAGAAATCAGCGAGCTGGGTCTTTACT
CATTTTCATGAAGATCTTATGTGCTTCTTAAACTGCTAGAATATGTAGGGAAATGTACCA
GACATAACAGTTTTGTTCTTGCCATTGTAAAAACAAATAATATAGTATAGTTCCAATACA
ATTCCTTGGCTCATAATGTCTAGATAACT


BQ
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AF RR3G383TF U 1
AF RR3G383JQ C 342
BS 1 720 RR3G383TF
BS 721 989 RR3G383JQ

RD RR3G383TF 720 0 0
GGGGAGATTCCTGCGAACATGGTTAGTCCTCTCACTTGCTTATCTTTCAATTTCAATTCA
TGATTCTTTTTGGTTATAGATATATGAATCTCTTAATGAAATTTCGCGAAAGTCTTATGA
TTCATATGAAAATAGATTCTGATTTGATCTCTTATACCAGATCGTAAAACTAATTTGAAA
GCTTGATTCTTAGGTTTTAAATCACATTTACTTAAGGCAGAATATTGTTAATTTCGTGTT
TTGATAAATCTAAACTAAGTTAACAGGTTCATCGAAACAATATCGATCTGCTTAACCCAC
CAGGTCACCAGCAGCAGCAGAGGTTAAGAAGAGTTATAATAGTTTATATACTAACCAGTA
ACCAACAAGTTGTAGCTTTTTTAAAATCATCCTCACGTATTGCATATACGTTAATTAAAC
TTCTGTATTTCAACCCAAAGTTAGCAGTTTGGGCATTATTATAGAACTTTACGTCAATCA
TGAGCTCTCATGAGTTATTTATTGTTTCAATAACTTTTCTGAAGAGGCTCGATGAAAACT
TGAATGTTAGATAGTACTGAACAGTTTTGGCATTTAGGCCCACAGGTGTGCTCTTTGCCT
TGCTTTCCTTTTTTTTTAAGTTTCTGATGAAACAATCCGTACGAAAACTGAAGTACGTTT
TCATTTTGGACTTGCTCCGAGAAGATAGGTCAACAACTTGATCTGATAAAGCCAACTCCA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3G383JQ 648 0 0
GTTTATATACTAACCAGTAACCAACAAGTTGTAGCTTTTTTAAAATCATCCTCACGTATT
GCATATACGTTAATTAAACTTCTGTATTTCAACCCAAAGTTAGCAGTTTGGGCATTATTA
TAGAACTTTACGTCAATCATGAGCTCTCATGAGTTATTTATTGTTTCAATAACTTTTCTG
AAGAGGCTCGATGAAAACTTGAATGTTAGATAGTACTGAACAGTTTTGGCATTTAGGCCC
ACAGGTGTGCTCTTTGCCTTGCTTTCCTTTTTTTTTAAGTTTCTGATGAAACAATCCGTA
CGAAAACTGAAGTACGTTTTCATTTTGGACTTGCTCCGAGAAGATAGGTCAACAACTTGA
TCTGATAAAGCCAACTCCAAGGGGGAAAGCTACAATTTACGCTGTTCCATATAGTGAGCA
TTCTAGCTTGAAGGATGATTGTTTCCTTTTAGAAAAAAAGCCAGCCAAATCAAAGAAATC
AGCGAGCTGGGTCTTTACTCATTTTCATGAAGATCTTATGTGCTTCTTAAACTGCTAGAA
TATGTAGGGAAATGTACCAGACATAACAGTTTTGTTCTTGCCATTGTAAAAACAAATAAT
ATAGTATAGTTCCAATACAATTCCTTGGCTCATAATGTCTAGATAACT

QA 1 648 1 648
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6379Contig1 1043 2 8 U
TTTTTGGTGAACAGCATACAGGAGATGTTGGAAATGTTGGCATCGATCTCTTCTTTGAAA
TGCTTTTTGAGAGTCTATCCAAGGTGGAGGAACTCCGTATTTTTTCAATTCCATACAATC
TGGTGCAGATAGACATAAATATAAATCCTCGGCTGCCGTCCGAGTATGTAAATTATCTGG
AAAATCCGATGGAGATCATCAATGAAGCTGAGAAAGCAGCTGAGAAAGATATGTGGAGTC
TGATGCAATTCACAGAGAACTTACGTCGCCAATATGGGAAAGAACCTTACTCCATGGAGA
TCATTTTGAAGAAGCTGTATGTGAGACGCATGGCGGCTGATCTTGGAGTAAACAGAATTT
ATGCATCAGGGAAGATGGTTGTGATGAAAACAAATATGAGTAAGAAGGTGTTCAAGCTGA
TCACAGATTCCATGACTTGTGACGCTTACCGAAGCTCCTTAATATACGAAGGAGATCAAA
TAATGGCGGAACTTCTGTTGGAGCTACCAAGAGAACAGTTACTGAACTGGATGTTCCAGT
GCTTGTCAGAACTGCATGCATCACTCCCTGCTCTTATCAAATACTAAGCCAGTCTCTCTT
GCACCTAGGATGTTTTAGAAAGAGAGCTAGGGGTACCTCAGCACTCACTTATGGAGTTTT
CTTCATAGAATATAGAACACAGAAGAGTAATGATTTTGTGTATAAATATATACAAAGGGG
AGCATTTTAATCAGGCAGCTAGCTACTCGAACTTAAATTTGTTAAGGATTTCATGACGAA
GCAGTGATGAAAACTGTCCATCTCTCTGGGCATGTTTTGCGTTGAGATCATCAACCAAAT
GCGAGTTGGTGAAGTTTTGTTGGGAGTTGAATATTGTGTAAAATGTAGTTTTCTGGTATT
CTCTATTTTTTTGGGTTCGCTCGCTGCCAAAATCACTCTGAACCGATCGTGTATGGCCCA
ATAAAAGGCCCACTTGTGTGTATACTTTAAATAATATTGACGGCCCATTTATGTGTATAC
TAGTCCATATGTATCTACGCGCC


BQ
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AF RR3E176TF U 1
AF RR3E176JQ C 299
BS 1 705 RR3E176TF
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RD RR3E176TF 747 0 0
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TGCTTTTTGAGAGTCTATCCAAGGTGGAGGAACTCCGTATTTTTTCAATTCCATACAATC
TGGTGCAGATAGACATAAATATAAATCCTCGGCTGCCGTCCGAGTATGTAAATTATCTGG
AAAATCCGATGGAGATCATCAATGAAGCTGAGAAAGCAGCTGAGAAAGATATGTGGAGTC
TGATGCAATTCACAGAGAACTTACGTCGCCAATATGGGAAAGAACCTTACTCCATGGAGA
TCATTTTGAAGAAGCTGTATGTGAGACGCATGGCGGCTGATCTTGGAGTAAACAGAATTT
ATGCATCAGGGAAGATGGTTGTGATGAAAACAAATATGAGTAAGAAGGTGTTCAAGCTGA
TCACAGATTCCATGACTTGTGACGCTTACCGAAGCTCCTTAATATACGAAGGAGATCAAA
TAATGGCGGAACTTCTGTTGGAGCTACCAAGAGAACAGTTACTGAACTGGATGTTCCAGT
GCTTGTCAGAACTGCATGCATCACTCCCTGCTCTTATCAAATACTAAGCCAGTCTCTCTT
GCACCTAGGATGTTTTAGAAAGAGAGCTAGGGGTACCTCAGCACTCACTTATGGAGTTTT
CTTCATAGAATATAGAACACAGAAGAGTAATGATTTTGTGTATAA*TATATACAAAGGG*
AGCATTTTAATCAG*CAGCTAGCTACT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3E176JQ 745 0 0
GATCATTTTGAAGAAGCTGTATGTGAGACGCATGGCGGCTGATCTTGGAGTAAACAGAAT
TTATGCATCAGGGAAGATGGTTGTGATGAAAACAAATATGAGTAAGAAGGTGTTCAAGCT
GATCACAGATTCCATGACTTGTGACGCTTACCGAAGCTCCTTAATATACGAAGGAGATCA
AATAATGGCGGAACTTCTGTTGGAGCTACCAAGAGAACAGTTACTGAACTGGATGTTCCA
GTGCTTGTCAGAACTGCATGCATCACTCCCTGCTCTTATCAAATATTAAGCCAGTCTTTC
TTGCACCTAGGATGTTTTAGAAGGAGAGCTAGGGGTACCTCAGCACTCACTTATGGAGTT
TTCTTCATAGAATATAGAACACAGAAGAGTAATGATTTTGTGTATAAATATATACAAAGG
GGAGCATTTTAATCAGGCAGCTAGCTACTCGAACTTAAATTTGTTAAGGATTTCATGACG
AAGCAGTGATGAAAACTGTCCATCTCTCTGGGCATGTTTTGCGTTGAGATCATCAACCAA
ATGCGAGTTGGTGAAGTTTTGTTGGGAGTTGAATATTGTGTAAAATGTAGTTTTCTGGTA
TTCTCTATTTTTTTGGGTTCGCTCGCTGCCAAAATCACTCTGAACCGATCGTGTATGGCC
CAATAAAAGGCCCACTTGTGTGTATACTTTAAATAATATTGACGGCCCATTTATGTGTAT
ACTAGTCCATATGTATCTACGCGCC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL6380Contig1 1024 2 2 U
GGCATCCTCTGTTTCCTCTTTTCCTAATTTTCTTTCCTTCTTCTCACTGTTTTTCCCTTA
CTTATTAAAAAGTCTAAAACTTTGCTTCAAATTCAACCCATCTCACCTTCCCCCCTTGCA
ATCAAATCTCCAATCTGTGATCAATGGAAGGCGTTTCCGCTAGTGTGTCGGCATCGACCT
TGTCAAACGATGAAAACCTCGTCGTCTCTTGTCAGGATTCTTCTTCTCCGGCAGAGAATG
AGCTCGAGCTCGGTCTCACGTTGAGCATAGGTCGAGAACGTAGGGTTTCTTACGCTGATG
ATTCTTCTTCGTCGTCATCTTCTTCCTTGAGTAGCAGAGCTAGCGTGACTGCTGGGATCA
AGAGAACAGCTGATTCGATGGCCGCAACTAGTGGTCAAGTTGTGGGGTGGCCACCGATAA
GGACTTACAGAATGAACAGTATGGTTAACCAAGCCAAGACATTGGCAATGGAAGAGATCT
GTCAAGAAGTAAACAAAAACAGAACCGATGCAACAAAGATGAGAATGTTTGTGAAGGTGA
CTATGGATGGTATTCCCATTGGAAGGAAAATCGACCTGAACGCTCATAGATGTTATGAAT
CATTGTCCAACACTCTCGAAGATATGTTTCTGTAAGCAGGGGTCATCAAGATACTACCAG
ATGGGTCTTCTGGATTAGTACTAACGTATGAAGACAAGGAAGGAGATTGGATGCTTGTTG
GTGACGTTCCCTGGGGGATGTTTATTGGTTCTGTCAAAAGACTCCGGATAATGAAAACAT
CAGAGGCTACTGGTACAGCTCAAATGATCTTATGAAGCATATAGTATACTCTACAAGAAC
CCCTTCATGTTTGAAACAGTATAATAATACATATCACAAGATCAAGGAGAAGACAAAAAC
AATTTAAGAATCTTCTTCTTCTTGCTTTTACAGTTTTTGGCTCTGCCATTTCTTTTTAGT
TAGTTATATGTTCTCATTGTAAATCATACACTTGACAAGTTATAACAAAAGTTACAAAAC
TCTC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3GR01TF U 1
AF RR3GR01JQ C 213
BS 1 635 RR3GR01TF
BS 636 1024 RR3GR01JQ

RD RR3GR01TF 635 0 0
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CTTATTAAAAAGTCTAAAACTTTGCTTCAAATTCAACCCATCTCACCTTCCCCCCTTGCA
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TGTCAAACGATGAAAACCTCGTCGTCTCTTGTCAGGATTCTTCTTCTCCGGCAGAGAATG
AGCTCGAGCTCGGTCTCACGTTGAGCATAGGTCGAGAACGTAGGGTTTCTTACGCTGATG
ATTCTTCTTCGTCGTCATCTTCTTCCTTGAGTAGCAGAGCTAGCGTGACTGCTGGGATCA
AGAGAACAGCTGATTCGATGGCCGCAACTAGTGGTCAAGTTGTGGGGTGGCCACCGATAA
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GTCAAGAAGTAAACAAAAACAGAACCGATGCAACAAAGATGAGAATGTTTGTGAAGGTGA
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QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3GR01JQ 812 0 0
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GCCAAGACATTGGCAATGGAAGAGATCTGTCAAGAAGTAAACAAAAACAGAACCGATGCA
ACAAAGATGAGAATGTTTGTGAAGGTGACTATGGATGGTATTCCCATTGGAAGGAAAATC
GACCTGAACGCTCATAGATGTTATGAATCATTGTCCAACACTCTCGAAGATATGTTTCTG
TAAGCAGGGGTCATCAAGATACTACCAGATGGGTCTTCTGGATTAGTACTAACGTATGAA
GACAAGGAAGGAGATTGGATGCTTGTTGGTGACGTTCCCTGGGGGATGTTTATTGGTTCT
GTCAAAAGACTCCGGATAATGAAAACATCAGAGGCTACTGGTACAGCTCAAATGATCTTA
TGAAGCATATAGTATACTCTACAAGAACCCCTTCATGTTTGAAACAGTATAATAATACAT
ATCACAAGATCAAGGAGAAGACAAAAACAATTTAAGAATCTTCTTCTTCTTGCTTTTACA
GTTTTTGGCTCTGCCATTTCTTTTTAGTTAGTTATATGTTCTCATTGTAAATCATACACT
TGACAAGTTATAACAAAAGTTACAAAACTCTC

QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 2

CO CL6381Contig1 1107 2 4 U
GGGAGCCGTTCTGTTTCCCCTCCTCCTCATGCCATTCAACTGAGAAACTGCAGTCGTTAT
GGCACTCAAGCCTCAACCCACTTCTTCATCTTCAATGCTTCTTTACTTCTTCTTAAAGCT
GACACATGATGTATATATAAAGAGGATTTGACGATTTCGCATTCATCTATTTGGTCCTCT
TTTAATAGTAGAACCCTAAATCTCTATCACCACTATCCGTTAATGGCTAAGCAACAACTC
CATTCTCGGAGCTCAAGCCAGTCCTGTGTAGAAACTTTGTTGCGACAAGGATCCGTCGTT
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CTGATGGAGTTCTTCCGCTTCTGCAGTCACTACTAGCTCATGTTGATGGCCAGTCGGTCT
TTAATTCATTGACAGTGTCAGAACATAATTCCTATGTTCTCAACTTCCAATCGTACTAAA
ATTCTAAGTCAGTTCCTTCCTTTAAATATTTTCTTGCTAATTTTTACTAACTCACATCTG
TTTTTTCTAAAGAAGATACCGTGTTGAGATGATATGTCAGATACATCTGATGTGTTTGTT
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CTGCTGGACAGGAAGACCCCCAGAACATGGCCTTCCACAATGCCTCACAGATGGTGGGGA
AGACCTTCACTTTCCAGCTCAAGCTTACAGACTTTAATTTGTCAGCAAGCATCAGTCTTT
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TCACGACAACTCAAGCGATGACATGCCAGGAGCTGGTTTTGATTCGAAAATCTGCACAAG
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ATTATGAATTTCTCACGAATGTTTTAAGTTCAGGCCTTAACTTCTTACTGAGCTTAGACG
AGTTAATAATAGTCCCGTTTACCAGCG


BQ
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AF RR3DT39TF U 1
AF RR3DT39JQ C 300
BS 1 712 RR3DT39TF
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BS 732 1107 RR3DT39JQ

RD RR3DT39TF 731 0 0
GGGAGCCGTTCTGTTTCCCCTCCTCCTCATGCCATTCAACTGAGAAACTGCAGTCGTTAT
GGCACTCAAGCCTCAACCCACTTCTTCATCTTCAATGCTTCTTTACTTCTTCTTAAAGCT
GACACATGATGTATATATAAAGAGGATTTGACGATTTCGCATTCATCTATTTGGTCCTCT
TTTAATAGTAGAACCCTAAATCTCTATCACCACTATCCGTTAATGGCTAAGCAACAACTC
CATTCTCGGAGCTCAAGCCAGTCCTGTGTAGAAACTTTGTTGCGACAAGGATCCGTCGTT
TCTGGGAAACTCGCAATCGATCTGGTTATGCTGATGGAAAGTCAACTATGGTCCAGGGGT
CAATCAGCAGGCACTGACTTAATAAAGCTCCACGAGTGGGCTGAAAGCAGGGACCTTATC
CTGATGGAGTTCTTCCGCTTCTGCAGTCACTACTAGCTCATGTTGATGGCCAGTCGGTCT
TTAATTCATTGACAGTGTCAGAACATAATTCCTATGTTCTCAACTTCCAATCGTACTAAA
ATTCTAAGTCAGTTCCTTCCTTTAAATATTTTCTTGCTAATTTTTACTAACTCACATCTG
TTTTTTCTAAAGAAGATACCGTGTTGAGATGATATGTCAGATACATCTGATGTGTTTGTT
TTGACGCTGAAATGAGCAAGTTGACAAATGTACCTGCTGCTGCAGAATCAAA*CTCATGG
CTGCTGGACAG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3DT39JQ 808 0 0
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CCTGATGGAGTTCTTCCGCTTCTGCAGTCACTACTAGCTCATGTTGATGGCCAGTCGGTC
TTTAATTCATTGACAGTGTCAGAACATAATTCCTATGTTCTCAACTTCCAATCGTACTAA
AATTCTAAGTCAGTTCCTTCCTTTAAATATTTTCTTGCTAATTTTTACTAACTCACATCT
GTTTTTTCTAAAGAAGATACCGTGTTGAGATGATATGTCAGATACATTTGATGTGTTTGT
TTTGACGCTGAAATGAGCAAGTTGACAAATGTACCTGCTGCTGCAGAATCAAAACTCATG
GCTGCTGGACAGGAAGACCCCCAGAACATGGCCTTCCACAATGCCTCACAGATGGTGGGG
AAGACCTTCACTTTCCAGCTCAAGCTTACAGACTTTAATTTGTCAGCAAGCATCAGTCTT
TCACGATTTCATGCATATTTGATCCCAACCATCACCCACCACTTCCTAATTTTGTTTCAG
GTCACGACAACTCAAGCGATGACATGCCAGGAGCTGGTTTTGATTCGAAAATCTGCACAA
GAAAACTTTTTTGTCAACCTCAAACAATATTGATATTGAACCAATTTACTATATCCTTCA
GATTATGAATTTCTCACGAATGTTTTAAGTTCAGGCCTTAACTTCTTACTGAGCTTAGAC
GAGTTAATAATAGTCCCGTTTACCAGCG

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL6382Contig1 1146 2 2 U
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CATCCCCCGCGACTACTTCTCATTTCTCATCATCGCCTGAAGAATGTCAACAACCCGTAG
GATCCGCGGCGAGAATCGGTTCTACAACCCTCCCCCGATCAGGAAACTTCAACAGGAGCG
CGAGAAGAAGAGACTCGAGCAAGAGAAGGCCGAGGCCAAGGAGTGCTTACGGTGTTGGGG
TTCCTCTTCTCTTGAATGGGATCGATTCGGTTGTTCAGTACTATGTTCCTTATCTCTCTG
GAATCCAGCTTTACGAGGACCCATCAAGAAGAGCTTGTGTGACTAGGAGGAGAGCTGGAG
AAGAAAGTGATGGTGATTCTTCGCCTATAGACATGAGTAGCGATGGAGGAGACATTTCTC
GGAACTTGTACAGAGTCTCTTTGGAGGAGGAGAAACCTTGCTTTGGCTCTTCCAGTGATG
AGAGTGAAGACTCTACTGGTGATCTCGTCTTTGAGTATCTTGAGGCTGCCATGCCATTTG
GCCGTGAACCATTGACTGACAAGATATCAAACCTGTCATCGCAGTTTCCAGCACTCAGAA
CATACAGGAGCTGTGATCTATCGCCTTCCAGTTGGGTCTCTGTTGCTTGGTACCCGATCT
ACCGTATACCATTAGGTCAATCTTTACAAAACCTCGACGCATGCTTCTTAACGTTCCACT
CTTTATCAACACCCTCTCGAGGTACTACAAGCAGCAATGAGAACGGTGAAAGCTCAAGCA
AATCTGTTGGACCATCGAAGAAGAAGCTTACGTTGCCCACTTTCGGTCTAGCGTCTTACA
AGTTTAAGATGTCGGTGTGGAGTCCAGAGAGCGACGTGGAAGAGAATCAGAGAGTCGTGG
CTTTGCTACGAGAAGCTGAAGAGCGGCTGAGGCGGTTGAAGGTTATGTTGCCGGACTTTA
GACACTTCGTATCGCATAGTGGTGGTTCGGCTTGGAGATGATGACTACTTTTATTATAAG
TCATTTCTAAAATCTGAACTAACTAAAAATAAAAAAAAGAGTGATACTTTTGAAGGGACG
TGAGAGTTTTGTACAGACATCAATATTACATTTGTTATGTTACTGTGGAGGCTTTTTTTG
TTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3G002TF U 1
AF RR3G002JQ C 306
BS 1 721 RR3G002TF
BS 722 1146 RR3G002JQ

RD RR3G002TF 721 0 0
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CGAGAAGAAGAGACTCGAGCAAGAGAAGGCCGAGGCCAAGGAGTGCTTACGGTGTTGGGG
TTCCTCTTCTCTTGAATGGGATCGATTCGGTTGTTCAGTACTATGTTCCTTATCTCTCTG
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ACCGTATACCATTAGGTCAATCTTTACAAAACCTCGACGCATGCTTCTTAACGTTCCACT
C

QA 1 721 1 721
DS 

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GAACCATTGACTGACAAGATATCAAACCTGTCATCGCAGTTTCCAGCACTCAGAACATAC
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GTTGGACCATCGAAGAAGAAGCTTACGTTGCCCACTTTCGGTCTAGCGTCTTACAAGTTT
AAGATGTCGGTGTGGAGTCCAGAGAGCGACGTGGAAGAGAATCAGAGAGTCGTGGCTTTG
CTACGAGAAGCTGAAGAGCGGCTGAGGCGGTTGAAGGTTATGTTGCCGGACTTTAGACAC
TTCGTATCGCATAGTGGTGGTTCGGCTTGGAGATGATGACTACTTTTATTATAAGTCATT
TCTAAAATCTGAACTAACTAAAAATAAAAAAAAGAGTGATACTTTTGAAGGGACGTGAGA
GTTTTGTACAGACATCAATATTACATTTGTTATGTTACTGTGGAGGCTTTTTTTGTTATG
C

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 2

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TGGAGAGCGTGGCAGTGACATGGAGCAGAGAAGAAGAGAAATCATTCGAGAACTCAATTG
CGTTACATTGTGTAAAAGAAGAGGTAACAGAGGATCAATGGATGAAAATGGCGTCAATGG
TTCCAACCAAATCATTACAAGAAGTCAAGAAACATTACCAAATGCTATTGGAAGATGTCA
AGGCAATCGAGAGTGGACAAGTCCCATTGCCTCGCTATCAAAGAACAGGCGAGGAAGCAG
CAGCAACTTCTCCCGCGAACAGAGACTGTCATTCCTCCGGCGGAGGCGGATCAACGGAGA
AGAAACCAAACCATGGGATAAGTAGCTCCAATGGTGGCGGAAGAAGTAGTTCCAGACAAG
AACAAGGGAGGAAGAAAGGGATTCCATGGACACAAGAGGAGCATCGGTTGTTTCTATTGG
GTCTGGAAAAATTTGGGAAAGGAGATTGGAGAAGCATCTCAAGGAACTATGTGATCACAA
GAACACCAACTCAAGTAGCAAGTCATGCTCAAAAATACTTCATCAGACTTAACTCGATGA
ACCTAGATCGAAGAAGGTCTAGCATTCACGACATCACTTCTGTGAACAATCAAGCTGCTG
CCTTTACAGGACAACAACAACAACAAGTGGTTAAGCATAGACCAGTTCAGCCTCAGACTC
AGCCTCAGCCACAACATCACACAATGGCTGGATTAGGGATGTATGGTGGTGCCCCTGTGG
GACAACCCATCATCGCACCGCCTGATCATATGGGTTCAGCTGTTGGAACACCTGTGATGC
TTCCACCTCCAATGGGAACTCATCATCATCTTGGAGTTGCTCCTTATGCTGTACCTTCTT
ATCCGGTTCCACCATTACCTCAACAACGTCCAGCTCCATCTACTATGCATTGACAACAAC
AAGTGGTGAAAACTAACGCCACATTGTACTGAATACTTGTGTAAATTTTCTCAAATTGAA
CAGTGAGAGAAAAAACAATAACGGAGACTGAGACGCGCAATAATAATGTATAGCAGAGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AL80TF U 1
AF RR3AL80JQ C 344
BS 1 753 RR3AL80TF
BS 754 1080 RR3AL80JQ

RD RR3AL80TF 753 0 0
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TGGAGAGCGTGGCAGTGACATGGAGCAGAGAAGAAGAGAAATCATTCGAGAACTCAATTG
CGTTACATTGTGTAAAAGAAGAGGTAACAGAGGATCAATGGATGAAAATGGCGTCAATGG
TTCCAACCAAATCATTACAAGAAGTCAAGAAACATTACCAAATGCTATTGGAAGATGTCA
AGGCAATCGAGAGTGGACAAGTCCCATTGCCTCGCTATCAAAGAACAGGCGAGGAAGCAG
CAGCAACTTCTCCCGCGAACAGAGACTGTCATTCCTCCGGCGGAGGCGGATCAACGGAGA
AGAAACCAAACCATGGGATAAGTAGCTCCAATGGTGGCGGAAGAAGTAGTTCCAGACAAG
AACAAGGGAGGAAGAAAGGGATTCCATGGACACAAGAGGAGCATCGGTTGTTTCTATTGG
GTCTGGAAAAATTTGGGAAAGGAGATTGGAGAAGCATCTCAAGGAACTATGTGATCACAA
GAACACCAACTCAAGTAGCAAGTCATGCTCAAAAATACTTCATCAGACTTAACTCGATGA
ACCTAGATCGAAGAAGGTCTAGCATTCACGACATCACTTCTGTGAACAATCAAGCTGCTG
CCTTTACAGGACAACAACAACAACAAGTGGTTAAGCATAGACCAGTTCAGCCTCAGACTC
AGCCTCAGCCACAACATCACACAATGGCTGGAT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3AL80JQ 737 0 0
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AAGTAGTTCCAGACAAGAACAAGGGAGGAAGAAAGGGATTCCATGGACACAAGAGGAGCA
TCGGTTGTTTCTATTGGGTCTGGAAAAATTTGGGAAAGGAGATTGGAGAAGCATCTCAAG
GAACTATGTGATCACAAGAACACCAACTCAAGTAGCAAGTCATGCTCAAAAATACTTCAT
CAGACTTAACTCGATGAACCTAGATCGAAGAAGGTCTAGCATTCACGACATCACTTCTGT
GAACAATCAAGCTGCTGCCTTTACAGGACAACAACAACAACAAGTGGTTAAGCATAGACC
AGTTCAGCCTCAGACTCAGCCTCAGCCACAACATCACACAATGGCTGGATTAGGGATGTA
TGGTGGTGCCCCTGTGGGACAACCCATCATCGCACCGCCTGATCATATGGGTTCAGCTGT
TGGAACACCTGTGATGCTTCCACCTCCAATGGGAACTCATCATCATCTTGGAGTTGCTCC
TTATGCTGTACCTTCTTATCCGGTTCCACCATTACCTCAACAACGTCCAGCTCCATCTAC
TATGCATTGACAACAACAAGTGGTGAAAACTAACGCCACATTGTACTGAATACTTGTGTA
AATTTTCTCAAATTGAACAGTGAGAGAAAAAACAATAACGGAGACTGAGACGCGCAATAA
TAATGTATAGCAGAGGA

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL6384Contig1 893 2 2 U
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AGCTTGAAAAAAAACACAATGGAACGTAACTCCCTCTTAACGGTTGCATTGCTCTGCATT
GTCGTCGCCGGTGTCGGTGGCCAATCTCCTGCCTCCTCTCCTACTAAATCTCCCGCCTCT
CCTTCTGCTCCAACTACTTCCCCTGCCAAGCCTCCCGCCGCTACTTCTCCCTCCTCTCCC
GTGGCTAAAACGCCGGCTTCCTCACCAGTGGAAGCACCAAAATCTCCGGCTCCTGTAGTA
TCGACTCCACCGCCGACTCCAGTTCCCGAGAGCTCTCCTCCGTCTCCTTCACCAAAGGCT
TCCGCTCCAGTTAGCTCTCCACCAGCTCCAGCACCAGAAGCAATTACTCCTCCGGCTCCG
GTAGCCGCTCCAGTAGCCGCTCCGGCCGCTGATGTACCGGCTCCTGCTCCAAAAAAGCAT
AAGAAGACGAAGAAGCATCAAGCACCGGCCCCAGCACCCGAACTTGACAGCCCACCTGCA
CCACCGACAGAAGCTCCTGGCCCTAGCTCCGACGCAAGCTCTCCCGGTCCAGCCGCATCC
GCCGACGATCAGAGCGGAGCAGAGAGCACAAGAGTGTTGCGGAATGTAGCGGTTGGAGCG
GCTGCAACCGCCTGGGCCGTTCTCGTTATGGCCTTTTAAGTTATTTGTATTTATTTTTTC
GCCCTTAATTCTTTAGTTTTGTTCTTTTAACCCTTCGATTGTCTCTTTCTTTTCACGTTT
GAGTAATGAGTATTTATTTCATTGATTATACCGTTTGTTTTATTTTTATTTGTGTGGAAA
TAATAATTTTTATTTACTGAAAATAAAATAAAATTCAGATTTGTCAGTGATGC


BQ
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AF RR3FG37TF U 1
AF RR3FG37JQ C 330
BS 1 739 RR3FG37TF
BS 740 893 RR3FG37JQ

RD RR3FG37TF 743 0 0
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AGCTTGAAAAAAAACACAATGGAACGTAACTCCCTCTTAACGGTTGCATTGCTCTGCATT
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CCTTCTGCTCCAACTACTTCCCCTGCCAAGCCTCCCGCCGCTACTTCTCCCTCCTCTCCC
GTGGCTAAAACGCCGGCTTCCTCACCAGTGGAAGCACCAAAATCTCCGGCTCCTGTAGTA
TCGACTCCACCGCCGACTCCAGTTCCCGAGAGCTCTCCTCCGTCTCCTTCACCAAAGGCT
TCCGCTCCAGTTAGCTCTCCACCAGCTCCAGCACCAGAAGCAATTACTCCTCCGGCTCCG
GTAGCCGCTCCAGTAGCCGCTCCGGCCGCTGATGTACCGGCTCCTGCTCCAAAAAAGCAT
AAGAAGACGAAGAAGCATCAAGCACCGGCCCCAGCACCCGAACTTGACAGCCCACCTGCA
CCACCGACAGAAGCTCCTGGCCCTAGCTCCGACGCAAGCTCTCCCGGTCCAGCCGCATCC
GCCGACGATCAGAGCGGAGCAGAGAGCACAAGAGTGTTGCGGAATGTAGCGGTTGGAGCG
GCTGCAACCGCCTGGGCCGTTCTCGTTATGGCCTTTTAAGTTATTTGTATTTATTTTTTC
GCCCTTAATTCTTTAGTTT
GTTC

QA 1 739 1 739
DS 

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AGCACCAGAAGCAATTACTCCTCCGGCTCCGGTAGCCGCTCCAGTAGCCGCTCCGGCCGC
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CCCAGCACCCGAACTTGACAGCCCACCTGCACCACCGACAGAAGCTCCTGGCCCTAGCTC
CGACGCAAGCTCTCCCGGTCCAGCCGCATCCGCCGACGATCAGAGCGGAGCAGAGAGCAC
AAGAGTGTTGCGGAATGTAGCGGTTGGAGCGGCTGCAACCGCCTGGGCCGTTCTCGTTAT
GGCCTTTTAAGTTATTTGTATTTATTTTTTCGCCCTTAATTCTTTAGTTTTGTTCTTTTA
ACCCTTCGATTGTCTCTTTCTTTTCACGTTTGAGTAATGAGTATTTATTTCATTGATTAT
ACCGTTTGTTTTATTTTTATTTGTGTGGAAATAATAATTTTTATTTACTGAAAATAAAAT
AAAATTCAGATTTGTCAGTGATGC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

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CTCAGGTCCTAGAGTTCAGTGTGTATGACTGGGAACAGGTTGGGAAGCACGACAAGATGG
GTATGAATGTATTACCGCTGAAAGAAATGGTGCCTAACGAACACAAAAGCTTCACTTTGG
AACTGCGGAAGACTCTGGAGGGTGCTGAAGAAGGAGCGCAGCCTGACAAGGATAGAGGGA
GGCTGGAGGTTGAGCTACTGTATAAGCCGTTCACAGAAGAAGAAATGCCAAAGGGCTTCG
AAGAATCGCAATCAGTGCAGAAGGCTCCAGAAGGCACACCGGCTGGTGAAGGAGTGCTTG
CGGTGATAGTGCATTCAACTGAAGACGTTGAAGGGAAGCACCATACCAACCCTTACGTCC
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TGGAAGTACTCAGCACCTCTTCAAGGATAGGTCTCTTGCATCCCAAGGAAACACTGGGGT
ACGTGGACATTCCGGTGGTGGACGTGGTGAACAACAAAAGGATGAACCAAAAGTTTCA


BQ
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AF RR3GW43TF U 1
AF RR3GW43JQ C 198
BS 1 611 RR3GW43TF
BS 612 658 RR3GW43JQ

RD RR3GW43TF 611 0 0
GCAAGAATCTGAACCCTGAATGGAATGAGGAACATAAATTCTCTGTCAGAGATCCCCAGA
CTCAGGTCCTAGAGTTCAGTGTGTATGACTGGGAACAGGTTGGGAAGCACGACAAGATGG
GTATGAATGTATTACCGCTGAAAGAAATGGTGCCTAACGAACACAAAAGCTTCACTTTGG
AACTGCGGAAGACTCTGGAGGGTGCTGAAGAAGGAGCGCAGCCTGACAAGGATAGAGGGA
GGCTGGAGGTTGAGCTACTGTATAAGCCGTTCACAGAAGAAGAAATGCCAAAGGGCTTCG
AAGAATCGCAATCAGTGCAGAAGGCTCCAGAAGGCACACCGGCTGGTGAAGGAGTGCTTG
CGGTGATAGTGCATTCAACTGAAGACGTTGAAGGGAAGCACCATACCAACCCTTACGTCC
GCATCTACTTCAAAGGAGAGGAGAGGAAAACCAAGCACGTGAAGAAGTACAGAGACCCCA
GGTGGGAGGAGGAGTTCACCTTCGTGCTCGAGGAGCCTCCAGTGCGCGAGAAGCTGCACG
TGGAAGTACTCAGCACCTCTTCAAGGATAGGTCTCTTGCATCCCAAGGAAACACTGGGGT
ACGTGGACATT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3GW43JQ 461 0 0
GAGGGTGCTGAAGAAGGAGCGCAGCCTGACAAGGATAGAGGGAGGCTGGAGGTTGAGCTA
CTGTATAAGCCGTTCACAGAAGAAGAAATGCCAAAGGGCTTCGAAGAATCGCAATCAGTG
CAGAAGGCTCCAGAAGGCACACCGGCTGGTGAAGGAGTGCTTGCGGTGATAGTGCATTCA
ACTGAAGACGTTGAAGGGAAGCACCATACCAACCCTTACGTCCGCATTTACTTCAAAGGA
GAGGAGAGGAAAACCAAGCACGTGAAGAAGTACAGAGACCCCAGGTGGGAGGAGGAGTTC
ACCTTCGTGCTCGAGGAGCCTCCAGTGCGCGAGAAGCTGCACGTGGAAGTACTCAGCACC
TCTTCAAGGATAGGTCTCTTGCATCCCAAGGAAACACTGGGGTACGTGGACATTCCGGTG
GTGGACGTGGTGAACAACAAAAGGATGAACCAAAAGTTTCA

QA 1 461 1 461
DS 



AS 1 2

CO CL6386Contig1 410 2 1 U
GGTATTTGGCGAATCAAATATCATGGTATAAGAAAGAATCATTCTGATTAGTTGATAATT
TTGTGAAAGATTCCTGTGAAAAAGGTTAATTAAATCTATTCCTAATTTATGTCGAGCAGA
CCTTGTTGTTTTGTTTTATTGCAAGAATTCTAAATTCATGACTTGTAGGGAGGGACTTAT
GTCACCACAAACAGAGGCCTAAAGATGAAGTATTTGTAGATTAGGTTAGTCATATTTTTC
TCTTACCTTGAAAAAGAAACAATGAAGAGGGTGAACCAGAGATTCCTAAGAGCTGTTTAA
TGTTGTGGAATTATTATGTGTACAATCCACTTTTTCTAACTTTTGTATGAACCATATGAA
CACGTTCATGGTCTCTTAGGATTTTGGTAAATCTACGCAGCTTTGAAACC


BQ
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AF RR3G224JQ C 1
AF RR3G224TF U 1
BS 1 410 RR3G224TF

RD RR3G224JQ 410 0 0
GGTATTTGGCGAATCAAATATCATGGTATAAGAAAGAATCATTCTGATTAGTTGATAATT
TTGTGAAAGATTCCTGTGAAAAAGGTTAATTAAATCTATTCCTAATTTATGTCGAGCAGA
CCTTGTTGTTTTGTTTTATTGCAAGAATTCTAAATTCATGACTTGTAGGGAGGGACTTAT
GTCACCACAAACAGAGGCCTAAAGATGAAGTATTTGTAGATTAGGTTAGTCATATTTTTC
TCTTACCTTGAAAAAGAAACAATGAAGAGGGTGAACCAGAGATTCCTAAGAGCTGTTTAA
TGTTGTGGAATTATTATGTGTACAATCCACTTTTTCTAACTTTTGTATGAACCATATGAA
CACGTTCATGGTCTCTTAGGATTTTGGTAAATCTACGCAGCTTTGAAACC

QA 1 410 1 410
DS 

RD RR3G224TF 410 0 0
GGTATTTGGCGAATCAAATATCATGGTATAAGAAAGAATCATTCTGATTAGTTGATAATT
TTGTGAAAGATTCCTGTGAAAAAGGTTAATTAAATCTATTCCTAATTTATGTCGAGCAGA
CCTTGTTGTTTTGTTTTATTGCAAGAATTCTAAATTCATGACTTGTAGGGAGGGACTTAT
GTCACCACAAACAGAGGCCTAAAGATGAAGTATTTGTAGATTAGGTTAGTCATATTTTTC
TCTTACCTTGAAAAAGAAACAATGAAGAGGGTGAACCAGAGATTCCTAAGAGCTGTTTAA
TGTTGTGGAATTATTATGTGTACAATCCACTTTTTCTAACTTTTGTATGAACCATATGAA
CACGTTCATGGTCTCTTAGGATTTTGGTAAATCTACGCAGCTTTGAAACC

QA 1 410 1 410
DS 



AS 1 2

CO CL6387Contig1 1363 2 4 U
GATAACAAAGATAGAGAGAGAGAAAGCCTTGGTGGGTTCAATAGATTCTTTCTCTTGTCT
TGTCTCTTCAAAGCCACGCCCCGTTGGTAAAGATGGAGGAACAGTTCATACTTAGGGTTC
CACAGTCTGTTTCAGAGCGAATCGATCGCCTTTTGAGCGACGAGGCTTCTTCTACTTCCG
ACGAGATCCCTTTAGATTTATGCTTTTCAGGTTTGAGAGTTTTGTCTCTCTTTCAGCTCA
TTAAATTGGGTTTAATCCTCCAAAGTTTCAACCTTTTTTCTTTCTTTAAAGCTTATGTCT
CTGATGCGTTCTTGAATCTGTTTTAAGATTTGAGGTGTGTCTAGAATATCAATTTAACAG
CACAGCATCTCTTTAGAGGAACTTGATTTGTGTAAATTCAATGTTTTATTTTATCAGATA
AGCCTGAAAGCCATTCTTGTGGCATCATTCTTGAATCTGGTTTATTGATTTCGAAGTGTG
TCTAGAGATCCACTTAAACATTTGTATATATGAATCAAGCTTGTTGTTAAAGGGGTTTGT
GTGACTTGTGCAGAGGATGGGAGAAGCGGGACGTTTGTAATTGGAAACGAAGAGTTCCCG
GCTTCTCTGCTGGACCTTCCTGCTGTTGTTGAGTCTTTCAAAACTTATGATGACTCTGCA
CTTGTCAAAACTGCTGACATTGGCCAGGTTAAAATATCAAAATTTTTACTCCCACTTTTG
ATCGTTGTGCATTACTACTCAAAATCTACATTTTTTGATTTGGCTATATGATGCACAGAT
GATCATGGTTAGAGAGCACGGAGATCCTGCGCCTAATACAGTTGGATACAGACATGGTCT
AACTCCTCCTATGAAGGATGCTCGTAAGAGAAGATTTCGTCGAGAGCCTGATCTTAATCC
GGAGCTTGTACAGCGCGTTGAGAGGGACTTGCTGAACATCTTGAGTGGCAGAACTGTCGA
AAACGTACATTTTCTTTTTTAAGTCTGATGATTAGTTAATTAAATTTGATTTCAATGTAG
TTCCAGTTTATTATTTTACCTGAACTTGTTGGTGTGTAGGGAAATGAGCAGCAAGAGACA
GTTGCGGAGGAGAATACAAATAAGAAAGTTTCTTCTACTTCTTCACCTGCTGCTACACCT
GTTGAAAAGCCTGAAGAAGCTCCTGAGGCAGGGACTAATAATAACAATCATAATACCCCA
GCAGAAGTTGAGCAGGAGAGAAGTGAATCAGAAGATTCTGATGATTCTATGTGAAAGGTT
GGTTATGTATGTATCACGTTTGAAGAAACGAATGCAGCTATGTTTACCACTTTTATCATT
TATTGGTTCGTGGTCAGGAAGAGTAGAGCGTTACGATCTGGTA


BQ
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AF RR3B839TF U 1
AF RR3B839JQ C 474
BS 1 856 RR3B839TF
BS 857 857 RR3B839JQ
BS 858 876 RR3B839TF
BS 877 1363 RR3B839JQ

RD RR3B839TF 876 0 0
GATAACAAAGATAGAGAGAGAGAAAGCCTTGGTGGGTTCAATAGATTCTTTCTCTTGTCT
TGTCTCTTCAAAGCCACGCCCCGTTGGTAAAGATGGAGGAACAGTTCATACTTAGGGTTC
CACAGTCTGTTTCAGAGCGAATCGATCGCCTTTTGAGCGACGAGGCTTCTTCTACTTCCG
ACGAGATCCCTTTAGATTTATGCTTTTCAGGTTTGAGAGTTTTGTCTCTCTTTCAGCTCA
TTAAATTGGGTTTAATCCTCCAAAGTTTCAACCTTTTTTCTTTCTTTAAAGCTTATGTCT
CTGATGCGTTCTTGAATCTGTTTTAAGATTTGAGGTGTGTCTAGAATATCAATTTAACAG
CACAGCATCTCTTTAGAGGAACTTGATTTGTGTAAATTCAATGTTTTATTTTATCAGATA
AGCCTGAAAGCCATTCTTGTGGCATCATTCTTGAATCTGGTTTATTGATTTCGAAGTGTG
TCTAGAGATCCACTTAAACATTTGTATATATGAATCAAGCTTGTTGTTAAAGGGGTTTGT
GTGACTTGTGCAGAGGATGGGAGAAGCGGGACGTTTGTAATTGGAAACGAAGAGTTCCCG
GCTTCTCTGCTGGACCTTCCTGCTGTTGTTGAGTCTTTCAAAACTTATGATGACTCTGCA
CTTGTCAAAACTGCTGACATTGGCCAGGTTAAAATATCAAAATTTTTACTCCCACTTTTG
ATCGTTGTGCATTACTACTCAAAATCTACATTTTTTGATTTGGCTATATGATGCACAGAT
GATCATGGTTAGAGAGCACGGAGATCCTGCGCCTAATACAGTTGGATACAGACATGGTCT
AACTCCTCCTATGAAG*ATGCTCGTAAGAGAAGATT

QA 1 876 1 876
DS 

RD RR3B839JQ 890 0 0
AAGTGTGTCTAGAGATCCACTTAAACATTTGTATATATGAATCAAGCTTGTTGTTAAAGG
GGTTTGTGTGACTTGTGCAGAGGATGGGAGAAGCGGGACGTTTGTAATTGGAAACGAAGA
GTTCCCGGCTTCTCTGCTGGACCTTCCTGCTGTTGTTGAGTCTTTCAAAACTTATGATGA
CTCTGCACTTGTCAAAACTGCTGACATTGGCCAGGTTAAAATATCAAAATTTTTACTCCC
ACTTTTGATCGTTGTGCATTACTACTCAAAATCTACATTTTTTGATTTGGCTATATGATG
CACAGATGATCATGGTTAGAGAGCAGGGAGATCCTGCGCCTAATACAGTTGGATACAGAC
ATGGTCTAACTCCTCCTATGAAGGATGCTCGTAAGAGAAGATTTCGTCGAGAGCCTGATC
TTAATCCGGAGCTTGTACAGCGCGTTGAGAGGGACTTGCTGAACATCTTGAGTGGCAGAA
CTGTCGAAAACGTACATTTTCTTTTTTAAGTCTGATGATTAGTTAATTAAATTTGATTTC
AATGTAGTTCCAGTTTATTATTTTACCTGAACTTGTTGGTGTGTAGGGAAATGAGCAGCA
AGAGACAGTTGCGGAGGAGAATACAAATAAGAAAGTTTCTTCTACTTCTTCACCTGCTGC
TACACCTGTTGAAAAGCCTGAAGAAGCTCCTGAGGCAGGGACTAATAATAACAATCATAA
TACCCCAGCAGAAGTTGAGCAGGAGAGAAGTGAATCAGAAGATTCTGATGATTCTATGTG
AAAGGTTGGTTATGTATGTATCACGTTTGAAGAAACGAATGCAGCTATGTTTACCACTTT
TATCATTTATTGGTTCGTGGTCAGGAAGAGTAGAGCGTTACGATCTGGTA

QA 1 890 1 890
DS 



AS 1 2

CO CL6388Contig1 288 2 1 U
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CTGCGGATACACGGCCGGTTGATGAAGATGAGAGTTACGAGCAGTCTTCTAGAGAAATTG
GAGACTCAACCGTTTGATGGAGATATATAAGTTACTTACAGAACAAGAAAAGTTGTCTCT
CTGTTTTTTATTTTTTGCCTCGCGGAATATTTTTGTTGGGACTTGGGAGTTTCCTGAGTC
TTGTTTTGTATTTCTCGCTCAAAATAATGGTTGTCATCATCATCATAC


BQ
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AF RR3DW07JQ C 1
AF RR3DW07TF U 1
BS 1 288 RR3DW07TF

RD RR3DW07JQ 288 0 0
GGTCGTCTTCGGAGTTTTCGACTACTGCGTCGGTGCTTGTTGTTCAGGGATATGATTCGG
CTGCGGATACACGGCCGGTTGATGAAGATGAGAGTTACGAGCAGTCTTCTAGAGAAATTG
GAGACTCAACCGTTTGATGGAGATATATAAGTTACTTACAGAACAAGAAAAGTTGTCTCT
CTGTTTTTTATTTTTTGCCTCGCGGAATATTTTTGTTGGGACTTGGGAGTTTCCTGAGTC
TTGTTTTGTATTTCTCGCTCAAAATAATGGTTGTCATCATCATCATAC

QA 1 288 1 288
DS 

RD RR3DW07TF 288 0 0
GGTCGTCTTCGGAGTTTTCGACTACTGCGTCGGTGCTTGTTGTTCAGGGATATGATTCGG
CTGCGGATACACGGCCGGTTGATGAAGATGAGAGTTACGAGCAGTCTTCTAGAGAAATTG
GAGACTCAACCGTTTGATGGAGATATATAAGTTACTTACAGAACAAGAAAAGTTGTCTCT
CTGTTTTTTATTTTTTGCCTCGCGGAATATTTTTGTTGGGACTTGGGAGTTTCCTGAGTC
TTGTTTTGTATTTCTCGCTCAAAATAATGGTTGTCATCATCATCATAC

QA 1 288 1 288
DS 



AS 1 2

CO CL6389Contig1 957 2 6 U
AATCGTGTGATGATGAATACATTAATTATACATGTCTAGTAGCAAATATCCGGCTTCTTT
AACAATAGAGGCCTTCACAGTTCTCAAAATCCTGACCAACTAACTCATACCCACCCAAAA
AAATAAAAACATTTGGTGCACGAGATACATACGAATGGGGACTATTGGCCAAAAACAGAA
TGATATATGATCCGATTCATCAGTAGTTATAGGGAGAGACATTGTACCCTGACTGGAATA
TTCTGAGGCATTGGAGCTATAGTAACATATCTTTGTGGGTTTAACCTAAGTGAACTCACG
GTCCGGTCCGTAAATGAGGATGTTGGGTGGAACTTGGCAAAACGATTGATCACTGCAAAC
TTCTCTAAATCCTGGACTTCCACGCTCAGGTCTGCAATTGTAGTTCCGTTTTGTAGTCCT
GCAAAGTTAGTCTCTAGTTTATGTGACCTGCTAATGAAATCTTCGGCAGCTTTGGAGGTG
TACTGGTCACTGATTGGTTCAGTTTTCCTTCTCTCAAACAACAAGTTTGATCCGTGTAGG
AGGCGCTCGTTCCTATCAGTAGAAGTGGAGCTACATGCATCTCCAAGTGCAGTTCTTGCA
GCAGTATATGCAACAAACTCATAATTTGAGCTAGCAAGCGAAAATATCACACTAGCAGAA
GGTGGGACAAATAGCTGTTGCATGAGTTGTGTTGTATATATAAGCCTTCTCTTTGCTATG
ATTGGTGAGCCATCTTCAAGTGAAGTCTCAAATTCCACTTTTTCAGGGAATCGATTAGTC
GCTCTTCCCCAATCAACCTCGGCCTCACTGAGAGTCTTGAGCCTTTGAGGACACTGCGTG
AATTGTTTATTCCAAGATAGGAGTTCTGATGTGGCGGTTTTGCGCTTCTTTGGTTTATCA
AACTTCAGAAGTTTGTCAGTGGCACCATGAGGCAATGACTCAGATGAGGGAGTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AP28JQ U 1
AF RR3A867TF C 125
BS 1 184 RR3AP28JQ
BS 185 185 RR3A867TF
BS 186 186 RR3AP28JQ
BS 187 188 RR3A867TF
BS 189 557 RR3AP28JQ
BS 558 957 RR3A867TF

RD RR3AP28JQ 557 0 0
AATCGTGTGATGATGAATACATTAATTATACATGTCTAGTAGCAAATATCCGGCTTCTTT
AACAATAGAGGCCTTCACAGTTCTCAAAATCCTGACCAACTAACTCATACCCACCCAAAA
AAATAAAAACATTTGGTGCACGAGATACATACGAATGGGGACTATTGGCCAAAAACAGAA
TGATGT**GATCCGATTCATCAGTAGTTATAGGGAGAGACATTGTACCCTGACTGGAATA
TTCTGAGGCATTGGAGCTATAGTAACATATCTTTGTGGGTTTAACCTAAGTGAACTCACG
GTCCGGTCCGTAAATGAGGATGTTGGGTGGAACTTGGCAAAACGATTGATCACTGCAAAC
TTCTCTAAATCCTGGACTTCCACGCTCAGGTCTGCAATTGTAGTTCCGTTTTGTAGTCCT
GCAAAGTTAGTCTCTAGTTTATGTGACCTGCTAATGAAATCTTCGGCAGCTTTGGAGGTG
TACTGGTCACTGATTGGTTCAGTTTTCCTTCTCTCAAACAACAAGTTTGATCCGTGTAGG
AGGCGCTCGTTCCTATC

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3A867TF 833 0 0
AG
AAACATTTGGTGCACGAGATACATACGAATGGGGACTATTGGCCAAAAACAGAATGATAT
ATGATCCGATTCATCAGTAGTTATAGGGAGAGACATTGTACCCTGACTGGAATATTCTGA
GGCATTGGAGCTATAGTAACATATCTTTGTGGGTTTAACCTAAGTGAACTCACGGTCCGG
TCCGTAGATGAGGATGTTGGGTGGAACTTGGCAAAACGATTGATCACTGCAAACTTCTCT
AAATCCTGGACTTCCACGCTCAGGTCTGCAATTGTAGTTCCGTTTTGTAGTCCTGCAAAG
TTAGTCTCTAGTTTATGTGACCTGCTAATGAAATCTTCGGCAGCTTTGGAGGTGTACTGG
TCACTGATTGGTTCAGTTTTCCTTCTCTCAGACAACAAGTTTGATCCGTGTAGGAGGCGC
TCGTTCCTATCAGTAGAAGTGGAGCTACATGCATCTCCAAGTGCAGTTCTTGCAGCAGTA
TATGCAACAAACTCATAATTTGAGCTAGCAAGCGAAAATATCACACTAGCAGAAGGTGGG
ACAAATAGCTGTTGCATGAGTTGTGTTGTATATATAAGCCTTCTCTTTGCTATGATTGGT
GAGCCATCTTCAAGTGAAGTCTCAAATTCCACTTTTTCAGGGAATCGATTAGTCGCTCTT
CCCCAATCAACCTCGGCCTCACTGAGAGTCTTGAGCCTTTGAGGACACTGCGTGAATTGT
TTATTCCAAGATAGGAGTTCTGATGTGGCGGTTTTGCGCTTCTTTGGTTTATCAAACTTC
AGAAGTTTGTCAGTGGCACCATGAGGCAATGACTCAGATGAGGGAGTCTCC

QA 3 833 3 833
DS 



AS 1 2

CO CL6390Contig1 437 2 1 U
GGATAGCAAAACAAGATTTAGAAGTAAAAGAACATATATAAAAAACGTACCAACAAAATT
AGAAAATGATCAAAGGGCTCTTGTTGATTTTGTTCTTTTTAATTACTGTCAAGACTTCCG
TTTCTCGTCCATTAGCATGGTCAAAAGGTAACATGTCACCAGGCCAAAACACCCAAGGGG
AAAGTGGGTCGGGTCGTGGGCCTAACTGGGAGTACAACTGGGGTTGGGGTTCTGCTCCTG
GATCCGGATGGGGTTACGGGTCAGGCTCAGGTAGATCTCCCACGGGTTGGGGAAGAGGAT
CCGGATATGGGTATGGGTCTGGATCTGGATCAGGTAGCGGATATGGGTACGGTTCCGGAG
GTGGAGGAGCACGTGGTGGTGGGTATGGTTATGGAAGCGGAAATGGTCGGTCTGGAGGTG
GTGGTGGTGGTAGTGGT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN43TF U 2
AF RR3CO01TF U 1
BS 1 437 RR3CO01TF

RD RR3EN43TF 414 0 0
GATAGCAAAACAAGATTTAGAAGTAAAAGAACATATATAAAAAACGTACCAACAAAATTA
GAGAATGATCAAAGGGCTCTTGTTGATTTTGTTCTTTTTAATTACTGTCAAGACTTCCGT
TTCTCGTCCATTAGCATGGTCAAAAGGTAACATGTCACCAGGCCAAAACACCCAAGGGGA
AAGTGGGTCGGGTCGTGGGCCTAACTGGGAGTACAACTGGGGTTGGGGTTCTGCTCCTGG
ATCCGGATGGGGTTACGGGTCAGGCTCAGGTAGATCTCCCACGGGTTGGGGAAGAGGATC
CGGATATGGGTATGGGTCTGGATCTGGATCAGGTAGCGGATATGGGTACGGTTCCGGAGG
TGGAGGAGCACGTGGTGGTGGGTATGGTTATGGAAGCGGAAATGGTCGGTCTGG

QA 1 414 1 414
DS 

RD RR3CO01TF 437 0 0
GGATAGCAAAACAAGATTTAGAAGTAAAAGAACATATATAAAAAACGTACCAACAAAATT
AGAAAATGATCAAAGGGCTCTTGTTGATTTTGTTCTTTTTAATTACTGTCAAGACTTCCG
TTTCTCGTCCATTAGCATGGTCAAAAGGTAACATGTCACCAGGCCAAAACACCCAAGGGG
AAAGTGGGTCGGGTCGTGGGCCTAACTGGGAGTACAACTGGGGTTGGGGTTCTGCTCCTG
GATCCGGATGGGGTTACGGGTCAGGCTCAGGTAGATCTCCCACGGGTTGGGGAAGAGGAT
CCGGATATGGGTATGGGTCTGGATCTGGATCAGGTAGCGGATATGGGTACGGTTCCGGAG
GTGGAGGAGCACGTGGTGGTGGGTATGGTTATGGAAGCGGAAATGGTCGGTCTGGAGGTG
GTGGTGGTGGTAGTGGT

QA 1 437 1 437
DS 



AS 1 2

CO CL6391Contig1 910 2 2 U
GCACGCATCTTCTGATGAACATGTAAACGGATTACCAGGAGATGGGAACTATATGGGATC
TTTGCAGCGTAATAACTCATTGCTTTCTGGAAGTATCGATGGTGGAAGAAAACACGAAAC
TAAAGACTTCAGTAATATGTTGAACAATGTACCACCAAAAGTGGAAGGAGCGGGATTGAT
GTCATTTGAAGCACAAGTCAGAATGGGAAAGCAAGCAGTAATGGACTCCTTGGTTCAAGG
GGAGGTTCCTGTTGCTACGCTTGGCAAGCAGTCTTCTCTCGGTATCTCAGAGTCATATAG
TGACAACTTGGTTGGAGAAGTTAGAAATGATAGGTTGGTAGTTCCATCACATGGGCAGGT
ATCAGTTTTGTTAAAAAGGCCTCCCTCATCGCATTCGTCATCATCGCATGAGGGGCTGCT
CGAGCATATTTCCGATACAGCTAACAGAACAGCAGTGGGAAACAAGGGGTCAAAGGCGTC
GTTCAGTGAGATGTTGAAGAATAGTAGTAGCAGTAGCGGCATGAAGAAAGTGTCAGCAGA
GCCATCATCTGATCCAAACGAAGGAAACAAAGGCGGTGGTGGGAAGAGGAAAGGGAAGAA
ATGGAGGCAGCTTGATCCAGCTCTTCTCGGTTTCAAAGTCACTAGCAATCGCCTCATGGG
TGAAATTCACCGCGCTGATGACTTTTAGTCTATTCTGATACCCTTGAGCTCCTTTCAAGC
GTTTCTTCTTCTCCCGCGTAATCATGAAAACTTCAAAGCTGACTCGCATACAGGAAAGTT
GAGAAGTTTGGCAAAAACATTACAGGGAGATGTTTTGTACCTGAGACAACTACCTCTCTC
TTCCAGATCATGAGGGACTGTAACCAGCGGAGATACGGCATAAACCGAAGAATCAAGTTT
AGAATTGAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C279TF U 1
AF RR3C279JQ C 259
BS 1 668 RR3C279TF
BS 669 910 RR3C279JQ

RD RR3C279TF 668 0 0
GCACGCATCTTCTGATGAACATGTAAACGGATTACCAGGAGATGGGAACTATATGGGATC
TTTGCAGCGTAATAACTCATTGCTTTCTGGAAGTATCGATGGTGGAAGAAAACACGAAAC
TAAAGACTTCAGTAATATGTTGAACAATGTACCACCAAAAGTGGAAGGAGCGGGATTGAT
GTCATTTGAAGCACAAGTCAGAATGGGAAAGCAAGCAGTAATGGACTCCTTGGTTCAAGG
GGAGGTTCCTGTTGCTACGCTTGGCAAGCAGTCTTCTCTCGGTATCTCAGAGTCATATAG
TGACAACTTGGTTGGAGAAGTTAGAAATGATAGGTTGGTAGTTCCATCACATGGGCAGGT
ATCAGTTTTGTTAAAAAGGCCTCCCTCATCGCATTCGTCATCATCGCATGAGGGGCTGCT
CGAGCATATTTCCGATACAGCTAACAGAACAGCAGTGGGAAACAAGGGGTCAAAGGCGTC
GTTCAGTGAGATGTTGAAGAATAGTAGTAGCAGTAGCGGCATGAAGAAAGTGTCAGCAGA
GCCATCATCTGATCCAAACGAAGGAAACAAAGGCGGTGGTGGGAAGAGGAAAGGGAAGAA
ATGGAGGCAGCTTGATCCAGCTCTTCTCGGTTTCAAAGTCACTAGCAATCGCCTCATGGG
TGAAATTC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3C279JQ 652 0 0
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AGTTAGAAATGATAGGTTGGTAGTTCCATCACATGGGCAGGTATCAGTTTTGTTAAAAAG
GCCTCCCTCATCGCATTCGTCATCATCGCATGAGGGGCTGCTCGAGCATATTTCCGATAC
AGCTAACAGAACAGCAGTGGGAAACAAGGGGTCAAAGGCGTCGTTCAGTGAGATGTTGAA
GAATAGTAGTAGCAGTAGCGGCATGAAGAAAGTGTCAGCAGAGCCATCATCTGATCCAAA
CGAAGGAAACAAAGGCGGTGGTGGGAAGAGGAAAGGGAAGAAATGGAGGCAGCTTGATCC
AGCTCTTCTCGGTTTCAAAGTCACTAGCAATCGCCTCATGGGTGAAATTCACCGCGCTGA
TGACTTTTAGTCTATTCTGATACCCTTGAGCTCCTTTCAAGCGTTTCTTCTTCTCCCGCG
TAATCATGAAAACTTCAAAGCTGACTCGCATACAGGAAAGTTGAGAAGTTTGGCAAAAAC
ATTACAGGGAGATGTTTTGTACCTGAGACAACTACCTCTCTCTTCCAGATCATGAGGGAC
TGTAACCAGCGGAGATACGGCATAAACCGAAGAATCAAGTTTAGAATTGAAT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL6392Contig1 414 2 1 U
AGGACCAAACTCACATCCACATTTTAAACTTATCTCACATACTCTCTCTCTCTCTCTCTA
CTTTCATAACCAACAAGTAATCATGTATTTAGTCGCACACTTGGTCATTAAGAGCTTTGA
CGGTGATTCTGCAGTGTATGTTGAAGATGTGGTGGATTCGTCTCGAGCGGCGAATATTGA
AAATGGTGGTGATGACGATGATGGTGGCTACGATTATGCTCCTGCTGCATAATTTGCTTC
CTATTAGTATAAAATGTAAATTAGGAGGGGAAAGGGTGGTACTTATATACCTAGCTAGGC
CATGTAGGTACAAGATAGTGTGGCGAGTCTTCTTAATTAGATAAAACATGGCTTCTCATA
ATGTAGAAGGGCATCTCTTTGTTAATCAGAATCACTTTGTATTTCTTAATTTAA


BQ
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AF RR3F871JQ C 1
AF RR3F871TF U 1
BS 1 414 RR3F871TF

RD RR3F871JQ 414 0 0
AGGACCAAACTCACATCCACATTTTAAACTTATCTCACATACTCTCTCTCTCTCTCTCTA
CTTTCATAACCAACAAGTAATCATGTATTTAGTCGCACACTTGGTCATTAAGAGCTTTGA
CGGTGATTTTGCAGTGTATGTTGAAGATGTGGTGGATTCGTCTCGAGCGGCGAATATTGA
AAATGGTGGTGATGACGATGATGGTGGCTACGATTATGCTCCTGCTGCATAATTTGCTTC
CTATTAGTATAAAATGTAAATTAGGAGGGGAAAGGGTGGTACTTATATACCTAGCTAGGC
CATGTAGGTACAAGATAGTGTGGCGAGTCTTCTTAATTAGATAAAACATGGCTTCTCATA
ATGTAGAAGGGCATCTCTTTGTTAATCAGAATCACTTTGTATTTCTTAATTTAA

QA 1 414 1 414
DS 

RD RR3F871TF 414 0 0
AGGACCAAACTCACATCCACATTTTAAACTTATCTCACATACTCTCTCTCTCTCTCTCTA
CTTTCATAACCAACAAGTAATCATGTATTTAGTCGCACACTTGGTCATTAAGAGCTTTGA
CGGTGATTCTGCAGTGTATGTTGAAGATGTGGTGGATTCGTCTCGAGCGGCGAATATTGA
AAATGGTGGTGATGACGATGATGGTGGCTACGATTATGCTCCTGCTGCATAATTTGCTTC
CTATTAGTATAAAATGTAAATTAGGAGGGGAAAGGGTGGTACTTATATACCTAGCTAGGC
CATGTAGGTACAAGATAGTGTGGCGAGTCTTCTTAATTAGATAAAACATGGCTTCTCATA
ATGTAGAAGGGCATCTCTTTGTTAATCAGAATCACTTTGTATTTCTTAATTTAA

QA 1 414 1 414
DS 



AS 1 2

CO CL6393Contig1 840 2 2 U
ACCGTACAATGGCGCCGGTGAAGAGTAAGGGAGATGGAGAGGAAAAGGCACCAACTTCGT
CGAGAGTGACTCGGAGCATGGATCGCCGAACTCGAAGTGCGACTCAACAAAACGGCGCTA
AAGTTGCTGGATCCGTCGCAAAGCAGGTGAAGAAGCTCGCGTCGCCGCCTAAGAGGAAGA
AACCATCGACTGAGACTGGGAGAGGAGCTAAGAAGGCGAAGAAGGAAGAGAAAGCATCTC
AGGAAGTTGAGAAGGATGAGGAAGAGGAGGAAGAAGCTGCTGCGGAGGAGGAGGTTGGAG
ACTCGACGAAGCCCAAGATTGTTATAGAGCACTGTAAACAATGCAATGCGTTCAAGACAA
GGGCCATTCAGGTGAAGGAAGGTCTGGAGGGAGCTGTTCCTGGCGTCACCGTGACTCTCA
ACCCTGAAAAGCCAAGGCGCGGTTGCTTTGAGATCCGAGAGGAAGGTGGTGAAACATTCA
TCAGTCTTTTGGAGATGAAACGTCCATTTGCTCCAATGAAGGCTCTTGATATGGAAGAAG
TCATCGAGGACATCGTTAAGAAGATTAAATGAGAGACATCTACAGACCTGCAAATAGGCT
CTTCTTTAGCCTAATCTGTCCTTTGTTCTTACCAATCAGAATTATGTAGAAGACTTTCTA
GAGCAACTTCGGATTTGTTAGGCTCCATTTATTTTTTCGGTATTAGCACTGTAAGTGCTG
TCTGGCTGTTTTTGCAATGCATGATTGGCTTAGTTTGATCTGTTCTGTTTGTGGGATTAA
CTCGTATGTGTAAGGCTACTTTGATTCATCTCGTTGCTTGAAGCAAAACCGATTCGTGTC


BQ
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AF RR3G684TF U 1
AF RR3G684JQ C 193
BS 1 564 RR3G684TF
BS 565 840 RR3G684JQ

RD RR3G684TF 564 0 0
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AACCATCGACTGAGACTGGGAGAGGAGCTAAGAAGGCGAAGAAGGAAGAGAAAGCATCTC
AGGAAGTTGAGAAGGATGAGGAAGAGGAGGAAGAAGCTGCTGCGGAGGAGGAGGTTGGAG
ACTCGACGAAGCCCAAGATTGTTATAGAGCACTGTAAACAATGCAATGCGTTCAAGACAA
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ACCCTGAAAAGCCAAGGCGCGGTTGCTTTGAGATCCGAGAGGAAGGTGGTGAAACATTCA
TCAGTCTTTTGGAGATGAAACGTCCATTTGCTCCAATGAAGGCTCTTGATATGGAAGAAG
TCATCGAGGACATCGTTAAGAAGA

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3G684JQ 648 0 0
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AGGATGAGGAAGAGGAGGAAGAAGCTGCTGCGGAGGAGGAGGTTGGAGACTCGACGAAGC
CCAAGATTGTTATAGAGCACTGTAAACAATGCAATGCGTTCAAGACAAGGGCCATTCAGG
TGAAGGAAGGTCTGGAGGGAGCTGTTCCTGGCGTCACCGTGACTCTCAACCCTGAAAAGC
CAAGGCGCGGTTGCTTTGAGATCCGAGAGGAAGGTGGTGAAACATTCATCAGTCTTTTGG
AGATGAAACGTCCATTTGCTCCAATGAAGGCTCTTGATATGGAAGAAGTCATCGAGGACA
TCGTTAAGAAGATTAAATGAGAGACATCTACAGACCTGCAAATAGGCTCTTCTTTAGCCT
AATCTGTCCTTTGTTCTTACCAATCAGAATTATGTAGAAGACTTTCTAGAGCAACTTCGG
ATTTGTTAGGCTCCATTTATTTTTTCGGTATTAGCACTGTAAGTGCTGTCTGGCTGTTTT
TGCAATGCATGATTGGCTTAGTTTGATCTGTTCTGTTTGTGGGATTAACTCGTATGTGTA
AGGCTACTTTGATTCATCTCGTTGCTTGAAGCAAAACCGATTCGTGTC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL6394Contig1 538 2 1 U
GGCTCTCCCTCCCTCTAAGCAAACTAAAACACAACAAGAAAAGCTATGGCTGAGTATGCT
TCCTGGAGTTGAGTGCGCGAGGAGGCGGCGCTTCCACGGCGGTGCTTCACCGATTGACTT
ATCCAACACGGTTTCTGTGGCGGCAGCGACAGGACAGGTATGGACTCGGCGACCATCGTT
CTCTCTCTACACTACCAGTCACGAGTGTCACCAAGCCTATGTCTCCTTCTCGGAGAGAAA
TGTTAGCAACAAATCGTACGGTGATGATAACGATGAGAAGCTCTTCGGAGCAGCCAAAGA
AGCTAAGGAGAGGCTGGACAAGCGGCTGAGGAACCCGCGAAGAAGGTTCGGTTTGGTTAA
ACTAGCGTATGGTAGCAAATGAAGTACTAATTCACCTTAAAATGCGCCGAACCAGCTCAA
GTCTTTTGCTTTTATTCCATGATAATGATGCATGATGATGTATTATTTACTTTCAACATG
TGGTATCACATGAGCATATAATTGTGAGATTGCCTTTTGTCGGACAATTATTTTATCC


BQ
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AF RR3FR44TF U 1
AF RR3FR44JQ C 240
BS 1 538 RR3FR44TF

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TCCTGGAGTTGAGTGCGCGAGGAGGCGGCGCTTCCACGGCGGTGCTTCACCGATTGACTT
ATCCAACACGGTTTCTGTGGCGGCAGCGACAGGACAGGTATGGACTCGGCGACCATCGTT
CTCTCTCTACACTACCAGTCACGAGTGTCACCAAGCCTATGTCTCCTTCTCGGAGAGAAA
TGTTAGCAACAAATCGTACGGTGATGATAACGATGAGAAGCTCTTCGGAGCAGCCAAAGA
AGCTAAGGAGAGGCTGGACAAGCGGCTGAGGAACCCGCGAAGAAGGTTCGGTTTGGTTAA
ACTAGCGTATGGTAGCAAATGAAGTACTAATTCACCTTAAAATGCGCCGAACCAGCTCAA
GTCTTTTGCTTTTATTCCATGATAATGATGCATGATGATGTATTATTTACTTTCAACATG
TGGTATCACATGAGCATATAATTGTGAGATTGCCTTTTGTCGGACAATTATTTTATCC

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3FR44JQ 299 0 0
ATGTTAGCAACAAATCGTACGGTGATGATAACGATGAGAAGCTTTTCGGAGCAGCCAAAG
AAGCTAAGGAGAGGCTGGACAAGCGGCTGAGGAACCCGCGAAGAAGGTTCGGTTTGGTTA
AACTAGCGTATGGTAGCAAATGAAGTACTAATTCACCTTAAAATGCGCCGAACCAGCTCA
AGTCTTTTGCTTTTATTCCATGATAATGATGCATGATGATGTATTATTTACTTTCAACAT
GTGGTATCACATGAGCATATAATTGTGAGATTGCCTTTTGTCGGACAATTATTTTATCC

QA 1 299 1 299
DS 



AS 1 2

CO CL6395Contig1 973 2 4 U
GCTTTCTCAGACAATATTATAGAGATATTCTTTATTTATCAACAAAACGTTATTTGTTCC
TCACAAGTCTCACCACAAGCAAACATTAGAATCTCTTTTTACTTGGAAAGTAAGCGACCG
AGGGAAGAAGAGTCAAACACAGGAGGACTACAAGTGAAGTGTTGACAAAGAAGAGCCACC
ACTTTCTCAGAGTCTCTGTTCCTCTTAGCCATCTCAGCTACATTACTGTTATTCTCTTCC
CAAAACTCCATCTCGTCAGAACTCCAAGGATCTATGTGAATCACCGTTTTATTGGGATCA
TAGACCGAGTGTGCTGCAGAAAGCATGTTGTTGAGCTCTGCAGAAGACTTAGAACCAACC
AACACAACTTGTTTCCTCGACGGAACAGAGATCATATCGGCCGCACAGCACATCAAAGGT
ACCGCCACTGCCAGTTCTTTCAACCTCAACTCGAAAACTGCCAGCAGACGCTGTGCAGTG
GTTAAGTAAGAGTCAGCTTTCTCTCCCGCAACAATGGAAGCTAACCTCACAAGGTTAATA
GCAGAAACAGAGTTCCCTGAAGGCTCTGCACCATCGTGATCCTCTTTTACACGGAGGAGA
ACAGATGGGTCTTGTCCTTCAGTGTTGAAGTAGGCTCCTCCTTCTCGGTCCAGATATAAC
TCATCCTGAGTCTCTTGAAGTTCAATGGCCCATTTAAGCCAGTTGATCCCACCTCCATTC
TCGTAGAGATCAAGCAAACCAGAGATCAAGAAAGCATAATCGTCTAGAAACGCAGGAGCT
TTGGAAGGTCCCTGTCTGTAACTATGTTGTAGTCTGTGTGATTGCTCATCATACAGATTC
CCTCTTATAAACAAAGCTGCTTTCTCTGCAACGTCTATGTAATCCTCTGGCTGACTATTC
ACCACAGGGAAACAGTACTTGGTGCCTTGAGGCTCAGCCCTAAGAATCAGAAGCTCTTGC
TAAAGCCGAGATA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH89JQ U 1
AF RR3A088TF C 169
BS 1 269 RR3FH89JQ
BS 270 270 RR3A088TF
BS 271 592 RR3FH89JQ
BS 593 973 RR3A088TF

RD RR3FH89JQ 592 0 0
GCTTTCTCAGACAATATTATAGAGATATTCTTTATTTATCAACAAAACGTTATTTGTTCC
TCACAAGTCTCACCACAAGCAAACATTAGAATCTCTTTTTACTTGGAAAGTAAGCGACCG
AGGGAAGAAGAGTCAAACACAGGAGGACTACAAGTGAAGTGTTGACAAAGAAGAGCCACC
ACTTTCTCAGAGTCTCTGTTCCTCTTAGCCATCTCAGCTACATTACTGTTATTCTCTTCC
CAAAACTCCATCTCGTCAGAACTCCAAGGGTCTATGTGAATCACCGTTTTATTGGGATCA
TAGACCGAGTGTGCTGCAGAAAGCATGTTGTTGAGCTCTGCAGAAGACTTAGAACCAACC
AACACAACTTGTTTCCTCGACGGAACAGAGATCATATCGGCCGCACAGCACATCAAAGGT
ACCGCCACTGCCAGTTCTTTCAACCTCAACTCGAAAACTGCCAGCAGACGCTGTGCAGTG
GTTAAGTAAGAGTCAGCTTTCTCTCCCGCAACAATGGAAGCTAACCTCACAAGGTTAATA
GCAGAAACAGAGTTCCCTGAAGGCTCTGCACCATCGTGATCCTCTTTTACAC

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3A088TF 805 0 0
AGAAGAGCCACCACTTTCTCAGAGTCTCTGT**CTCTTAGCCATCTCAGCTACATTACTG
TTATTCTCTTCCCAAAACTCCATCTCGTCAGAACTCCAAGGATCTATGTGAATCACCGTT
TTATTGGGATCATAGACCGAGTGTGCTGCAGAAAGCATGTTGTTGAGCTCTGCAGAAGAC
TTAGAACCAACCAACACAACTTGTTTCCTCGACGGAACAGAGATCATATCGGCCGCACAG
CACATCAAAGGTACCGCCACTGCCAGTTCTTTCAACCTCAACTCGAAAACTGCCAGCAGA
CGCTGTGCAGTGGTTAAGTAAGAGTCAGCTTTCTCTCCCGCAACAATGGAAGCTAACCTC
ACAAGGTTAATAGCAGAAACAGAGTTCCCTGAAGGCTCTGCACCATCGTGATCCTCTTTT
ACACGGAGGAGAACAGATGGGTCTTGTCCTTCAGTGTTGAAGTAGGCTCCTCCTTCTCGG
TCCAGATATAACTCATCCTGAGTCTCTTGAAGTTCAATGGCCCATTTAAGCCAGTTGATC
CCACCTCCATTCTCGTAGAGATCAAGCAAACCAGAGATCAAGAAAGCATAATCGTCTAGA
AACGCAGGAGCTTTGGAAGGTCCCTGTCTGTAACTATGTTGTAGTCTGTGTGATTGCTCA
TCATACAGATTCCCTCTTATAAACAAAGCTGCTTTCTCTGCAACGTCTATGTAATCCTCT
GGCTGACTATTCACCACAGGGAAACAGTACTTGGTGCCTTGAGGCTCAGCCCTAAGAATC
AGAAGCTCTTGCTAAAGCCGAGATA

QA 1 805 1 805
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6397Contig1 460 2 2 U
GGAGAAAGATGCTCTTGTTAGACAAATGGGTGTGAACCCAACAAGTCAGAACCCTACACT
GTTCAAGGATCTCCTCGGCTAGCAGAACCATTCTCCGACCAAACCATCCATTGACTCACA
TCATCATCAACAACGTCGCCACCTTCTCATATTTGGTAATGCGCTGTGGAGTTTGGGGAT
TAGTGATGTTTCTGATTCAAGAACAGCTTTTTGTTGTACCTATGTTTCTTCTCAATAGAA
ACTTTCAGTTTACAAAACAGAAAGAGAGAGAGGTAAGTCACGTTTCAAGTTTTTTTTTTC
TTTCGATGGTTTCTCTTTTTTTTTCTGGAGTATCATCAGTGAATGGTTACCGTACGGCCG
TTGAGTTTGAGCTTCTCTTGTTGTGTTTATAGAACATTTGTATTGTATTTTTACTTCTTA
GAGGTGTTTGATTTTTCTTATAAAATATACACTTCCTTCC


BQ
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AF RR3C608JQ C 1
AF RR3C608TF U 42
BS 1 41 RR3C608JQ
BS 42 460 RR3C608TF

RD RR3C608JQ 460 0 0
GGAGAAAGATGCTCTTGTTAGACAAATGGGTGTGAACCCAACAAGTCAGAACCCTACACT
GTTCAAGGATCTCCTCGGCTAGCAGAACCATTCTCCGACCAAACCATCCATTGACTCACA
TCATCATCAACAACGTCGCCACCTTTTCATATTTGGTAATGCGCTGTGGAGTTTGGGGAT
TAGTGATGTTTTTGATTCAAGAACAGCTTTTTGTTGTACCTATGTTTCTTCTCAATAGAA
ACTTTCAGTTTACAAAACAGAAAGAGAGAGAGGTAAGTCACGTTTCAAGTTTTTTTTTTC
TTTCGATGGTTTCTCTTTTTTTTTCTGGAGTATCATCAGTGAATGGTTACCGTACGGCCG
TTGAGTTTGAGCTTCTCTTGTTGTGTTTATAGAACATTTGTATTGTATTTTTACTTCTTA
GAGGTGTTTGATTTTTCTTATAAAATATACACTTCCTTCC

QA 1 460 1 460
DS 

RD RR3C608TF 419 0 0
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AACCATCCATTGACTCACATCATCATCAACAACGTCGCCACCTTCTCATATTTGGTAATG
CGCTGTGGAGTTTGGGGATTAGTGATGTTTCTGATTCAAGAACAGCTTTTTGTTGTACCT
ATGTTTCTTCTCAATAGAAACTTTCAGTTTACAAAACAGAAAGAGAGAGAGGTAAGTCAC
GTTTCAAGTTTTTTTTTTCTTTCGATGGTTTCTCTTTTTTTTTCTGGAGTATCATCAGTG
AATGGTTACCGTACGGCCGTTGAGTTTGAGCTTCTCTTGTTGTGTTTATAGAACATTTGT
ATTGTATTTTTACTTCTTAGAGGTGTTTGATTTTTCTTATAAAATATACACTTCCTTCC

QA 1 419 1 419
DS 



AS 1 2

CO CL6398Contig1 579 2 2 U
GGGACACCACAAATCATAGAACTCGCTGCTTCTATACTACAAAAATGCAATACTACGGAA
CCCATGAAAAAGAATACTACGACGTGGCTCACGGCCAGAGCCGCCAGAGCAATAGCCAGA
ACCACCAGGGATATGACCAGAGCCAAAGTCGTCCAGTATATGGCCATAGCCCTACTCTGA
ACTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTATTCAAGGGTCGAAATGGCCAAAAGG
GTCAGAACGGCCTAGGATCGTTTCTAGGGAAACACAAGAGCCAAGAGGCTAACAAGGGCC
ATGGACATGGGAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGACAAATCATGAGACAAACAAAGTTA
CCAATGGCCTAGGTCTGTTCATAAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAAATGAAG
AAAAGAAGAAGAAGAACAAGGATGGGCATGAGAGTGGAAGCAGCAGCGGTAGCGACAGCG
ACTAAATAAAATGCTTTCATAAATGTTATGCTTCTATGGCAGACTATATAAAGTAAATAG
ACGTACTACTTTTAATAAAACAACTTAGGTTGTTGTTGT


BQ
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AF RR3CK40TF U 1
AF RR3DO85TF U 1
BS 1 411 RR3CK40TF
BS 412 579 RR3DO85TF

RD RR3CK40TF 411 0 0
GGGACACCACAAATCATAGAACTCGCTGCTTCTATACTACAAAAATGCAATACTACGGAA
CCCATGAAAAAGAATACTACGACGTGGCTCACGGCCAGAGCCGCCAGAGCAATAGCCAGA
ACCACCAGGGATATGACCAGAGCCAAAGTCGTCCAGTATATGGCCATAGCCCTACTCTGA
ACTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTATTCAAGGGTCGAAATGGCCAAAAGG
GTCAGAACGGCCTAGGATCGTTTCTAGGGAAACACAAGAGCCAAGAGGCTAACAAGGGCC
ATGGACATGGGAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGACAAATCATGAGACAAACAAAGTTA
CCAATGGCCTAGGTCTGTTCATAAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGC

QA 1 411 1 411
DS 

RD RR3DO85TF 579 0 0
GGGACACCACAAATCATAGAACTCGCTGCTTCTATACTACAAAAATGCAATACTACGGAA
CCCATGAAAAAGAATACTACGACGTGGCTCACGGCCAGAGCCGCCAGAGCAATAGCCAGA
ACCACCAGGGATATGACCAGAGCCAAAGTCGTCCAGTATATGGCCATAGCCCTACTCTGA
ACTACCGTAGCCACGGTGGGTTTCTTGATGGGCTATTCAAGGGTCGAAATGGCCAAAAGG
GTCAGAACGGCCTAGGATCGTTTCTAGGGAAACACAAGAGCCAAGAGGCTAACAAGGGCC
ATGGACATGGGAAGCTCTTAGGACAGCACCAGAAGACAAATCATGAGACAAACAAAGTTA
CCAATGGCCTAGGTCTGTTCATAAACAATGGAGAGAAGAAACATAAGAAGCAAAATGAAG
AAAAGAAGAAGAAGAACAAGGATGGGCATGAGAGTGGAAGCAGCAGCGGTAGCGACAGCG
ACTAAATAAAATGCTTTCATAAATGTTATGCTTCTATGGCAGACTATATAAAGTAAATAG
ACGTACTACTTTTAATAAAACAACTTAGGTTGTTGTTGT

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 2

CO CL6399Contig1 411 2 1 U
TTTTTCGTGGCTAGGGATCCTGGTGATCCGGAGGCGGAGGAGGATTACGGTTACGTGGTG
ACGTATGTTCATGATGAGGTGGCGGGAGAGTCGAAGTTTCTTGTGATGGACGCGAAGTCT
CCGGAGCTTGAAGTCGTGGCCGCAGTGAGGTTGCCGCGGAGGGTTCCGTACGGATTCCAT
GGTCTATTTGTTAAGGAGAGTGACCTTAATAAGCTTTAAGTTAACTATAGTGTATAGGTA
AACTAAAAACAAAGGATTGAGTTCTTAATCACGTTCCGTATAATGGAAACAAAACATATA
TAGTGTTTGTTGTTGCATTTTAAACATTATAGTATAGATATAGTTTGGTAGTGGTCGAAT
GTATATAAAAGTATCAAAGACTGTTAATAATAAAACGTATTATGCTTCTCT


BQ
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AF RR3GT62JQ C 1
AF RR3GT62TF U 1
BS 1 411 RR3GT62TF

RD RR3GT62JQ 411 0 0
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QA 1 411 1 411
DS 

RD RR3GT62TF 411 0 0
TTTTTCGTGGCTAGGGATCCTGGTGATCCGGAGGCGGAGGAGGATTACGGTTACGTGGTG
ACGTATGTTCATGATGAGGTGGCGGGAGAGTCGAAGTTTCTTGTGATGGACGCGAAGTCT
CCGGAGCTTGAAGTCGTGGCCGCAGTGAGGTTGCCGCGGAGGGTTCCGTACGGATTCCAT
GGTCTATTTGTTAAGGAGAGTGACCTTAATAAGCTTTAAGTTAACTATAGTGTATAGGTA
AACTAAAAACAAAGGATTGAGTTCTTAATCACGTTCCGTATAATGGAAACAAAACATATA
TAGTGTTTGTTGTTGCATTTTAAACATTATAGTATAGATATAGTTTGGTAGTGGTCGAAT
GTATATAAAAGTATCAAAGACTGTTAATAATAAAACGTATTATGCTTCTCT

QA 1 411 1 411
DS 



AS 1 2

CO CL6400Contig1 762 2 4 U
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TTTTGTCAGAGATGGAACAGGGTGAAGGAGAAGTCAAAAAGAGAGTTGCTTTTGTCCTGA
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TTGATGGAATGAAGCTTCCTTCTTTCCCTGAGTATGAAGTGAGAGTCAGATACGCAACGG
AACACAGATGTGGAGTTGTTGTAAAAGGGCCAAAGCTTAGTGGGAACATCTCAGGAACAG
ACCCTTTGAAGGATAACCGTTTGCTTCTCCAAGCAAAACCTCTGGATGAATCAGAAGAAG
CCAAACACACAGCTAACGTCGTCAACGAACTATCCAAGAGATATCACGCATTCTTGTTTC
CCACCCTGTTAACGCAAGAGACTCTCGCAAGGCAAGAGCATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BL84TF U 1
AF RR3CI71TF U 39
BS 1 170 RR3BL84TF
BS 171 171 RR3CI71TF
BS 172 472 RR3BL84TF
BS 473 762 RR3CI71TF

RD RR3BL84TF 472 0 0
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TGGAAGTTGGATTGGGATGCGGCAGTGACACGGCTCACCTCTCTCTCATGGGTTATGACC
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CACCAGGTGATATAGCTTTCAAGTCTAACTTTGCGACGTTGGATGAGGAAACTGGCGTTG
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QA 1 472 1 472
DS 

RD RR3CI71TF 724 0 0
GG
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CAACGGTCTGATGGATCCAGTGGAAGTTGGATTG**ATGCGGCAGTGACACGGCTCACCT
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GGGTGCAGGGTTAGCAATGTCACCAGGTGATATAGCTTTCAAGTCTAACTTTGCGACGTT
GGATGAGGAAACTGGCGTTGTTGTTAGCCGAAGAGCCGACCGTCATTTCGAAGAAGAAGG
GCCTATACTTTGTGCAGCTCTTGATGGAATGAAGCTTCCTTCTTTCCCTGAGTATGAAGT
GAGAGTCAGATACGCAACGGAACACAGATGTGGAGTTGTTGTAAAAGGGCCAAAGCTTAG
TGGGAACATCTCAGGAACAGACCCTTTGAAGGATAACCGTTTGCTTCTCCAAGCAAAACC
TCTGGATGAATCAGAAGAAGCCAAACACACAGCTAACGTCGTCAACGAACTATCCAAGAG
ATATCACGCATTCTTGTTTCCCACCCTGTTAACGCAAGAGACTCTCGCAAGGCAAGAGCA
TA

QA 3 724 3 724
DS 



AS 1 2

CO CL6401Contig1 411 2 1 U
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TAGTTATCATTTGTTACAAAATGTTTGTTGAGGGAAGCATCTATGTGTTTAGTCTTTGAT
CCTTGTTCTGCCTTATGTTTGTTTATTAGAGAAGAAAACATTTTAAAACTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3A951TF U 1
AF RR3A981TF U 1
BS 1 411 RR3A951TF

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TGCCATATGATGTAACATGCCTTACTCTTTGGTTAGATCAGATTTGTTGGTTAAGTCAAG
ACTTTGGTTATCTTAGGCGCAGGTTAGCCTCTTCTTTTCTCCATTCTTAGGAAAGACAAT
TAGTTATCATTTGTTACAAAATGTTTGTTGAGGGAAGCATCTATGTGTTTAGTCTTTGAT
CCTTGTTCTGCCTTATGTTTGTTTATTAGAGAAGAAAACATTTTAAAACTT

QA 1 411 1 411
DS 

RD RR3A981TF 411 0 0
GGTGGTGAGAGCTATGCAGCTGATGAGTTCTGGATCTGCCGTGATCTCTGTGAGAACTGG
TTCCACGGGAAGTGTGTGATGATAACACCAGCCAGAGCCGAGCACATCAAGCAGTATAAA
TGCCCATCTTGCAGCAACAAGAGGGCTCGGTCCTAAAAATTCAATTCTGTGTATTTGCTT
TGCCATATGATGTAACATGCCTTACTCTTTGGTTAGATCAGATTTGTTGGTTAAGTCAAG
ACTTTGGTTATCTTAGGCGCAGGTTAGCCTCTTCTTTTCTCCATTCTTAGGAAAGACAAT
TAGTTATCATTTGTTACAAAATGTTTGTTGAGGGAAGCATCTATGTGTTTAGTCTTTGAT
CCTTGTTCTGCCTTATGTTTGTTTATTAGAGAAGAAAACATTTTAAAACTT

QA 1 411 1 411
DS 



AS 1 2

CO CL6402Contig1 497 2 5 U
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CCAACTGTATCTCAGAAATTTTCGGATCAATAATAAGTGGACATATCGGGACTGTTGGTC
ACTCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGTTCTTAATGCAGATTGTATTACGCAGACGTTTGCCT
TTGCTCCCCTCTTTCCTCCGAGTCTAAGGGATCATTGTTCCAAACAATCTTTGCCATAAT
TATTCTACATGTTCTAGGTCATAATTATCAAACAGTGTTATGTTTCTGCTTAAATAACAA
CTCTTAATTTCCATGTAAACCCATGTGACCATCGTTATCCATATTTCATGTTGATATAAC
CATCTTGCGTACTAAAT


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BJ09TF U 3
AF RR3A848TF U 1
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BS 80 80 RR3BJ09TF
BS 81 158 RR3A848TF
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RD RR3BJ09TF 434 0 0
GG
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CTACATGTTCTAGGTCATAATTATCAAATAGTGTTATGTTTCTGCTTAAATAACAACTCT
TAATTTCCATGT

QA 3 434 3 434
DS 

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CGTTGCCTTCGATACCTGGACAGGACCCAGCAGACTGTTTGTCATCGTTGGAAGTTATTC
CCAACTGTATCTCAGAAATTTTCGGATCAATAATAAGTGGACATATCGGGACTGTTGGTC
ACTCTTGCTGCCATGCCTTTTTGGTTCTTAATGCAGATTGTATTACGCAGACGTTTGCCT
TTGCTCCCCTCTTTCCTCCGAGTCTAAGGGATCATTGTTCCAAACAATCTTTGCCATAAT
TATTCTACATGTTCTAGGTCATAATTATCAAACAGTGTTATGTTTCTGCTTAAATAACAA
CTCTTAATTTCCATGTAAACCCATGTGACCATCGTTATCCATATTTCATGTTGATATAAC
CATCTTGCGTACTAAAT

QA 1 497 1 497
DS 



AS 1 2

CO CL6403Contig1 1189 2 2 U
GGAGGCACCGAGGAAAAAAAAACCTCATCTTTAATCATTCAATCACAAAATCTCTGTTCT
GTTTTTTTGTTTGTTTGTTCTCCTCTGTTTCGAGGTCACGGCTAAATCTAGTCTTCAGTA
TCTTCACGACAAGCTTCTATAGCATTTGAGTTGTCTCTCTTTCCCCTAAAGAGTCTGAGA
TGGGTTCTGGGAATTTTTTCAAGGCAATAATTGGATCGAAGAAAGGGAAACAAACAAAGG
GGCTTTCTCCTGCTGTGAAATTAAAAGCTTCCAAGAAGAAGGGTACTCATGCTTCTTCAC
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AGGCTAGAAAAATGCTAAGGCGTCTAAAAGGGATAGCAAGAGCAAAGATGTTAGCTGAAA
AGCATCCAGTGAAGAAGCAAGCGGCGGTTACATTGAAGTATCTTCACTCATGGAGTAATA
TACAGTCTCAAATAAAGGCTCGCCGAGTTGGCATGGTCATGGAAAGCCTAATGATGCATA
AAAGGTTAGAGAATCAGCAGAAGCTTGAGGCTAAGCTTCACGATATTGAGGTTGAATGGA
ATGGTGGGGCAGAGACAAAAGATGAAATATTAGGGAGGATACATCAAAGGGAAGAAGCAA
CGATCAAGCGGGAAAGAGCCTTGGCTTACGCCTTCTCTCATCAGTGGAAAGCAGATGGTA
AGACTCAGTGGCTGGGGGGTTATGAGCTGGGGAATACTAATTGGGGTTGGAGCTGGAAAG
AGCGTTGGGATTGCCGTTCGGCCTTGGGAAGTAAGATATTCTTTTGACTCCTAAGAAACC
AAAGAGCTTAAAGCCAGTTTGCTGCAAGAGTGAAACTAAATCAAACTCACCTGCAAAGAG
AGTATCATCAGTTTCAGCCAAAGCTCCGTCTTCTGGAGCTAGAAACGCGGTGAAACCACG
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AGTATACGAATACCTTGATCATTTATAATAGGAATGAGAGATTGCAAGATTCGAAGGAGT
ATATTTATTTTGATTATGTGTTCTATCTTTGCTATGATGTGATGTAATGTAAATACATGT
AATTTGATATGTAGGCGGCAGTGATGGTGGTTTCTTGGTTTGTTTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BC86TF U 1
AF RR3BC86JQ C 421
BS 1 840 RR3BC86TF
BS 841 1189 RR3BC86JQ

RD RR3BC86TF 840 0 0
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GTTTTTTTGTTTGTTTGTTCTCCTCTGTTTCGAGGTCACGGCTAAATCTAGTCTTCAGTA
TCTTCACGACAAGCTTCTATAGCATTTGAGTTGTCTCTCTTTCCCCTAAAGAGTCTGAGA
TGGGTTCTGGGAATTTTTTCAAGGCAATAATTGGATCGAAGAAAGGGAAACAAACAAAGG
GGCTTTCTCCTGCTGTGAAATTAAAAGCTTCCAAGAAGAAGGGTACTCATGCTTCTTCAC
TAGTTGTTCGTAGCGAGGACTGGGCTGCTACTCGAATTCAGTCTGCTTTTAGAGCCTATA
AGGCTAGAAAAATGCTAAGGCGTCTAAAAGGGATAGCAAGAGCAAAGATGTTAGCTGAAA
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QA 1 840 1 840
DS 

RD RR3BC86JQ 769 0 0
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TACAGTCTCAAATAAAGGCTCGCCGAGTTGGCATGGTCATGGAAAGCCTAATGATGCATA
AAAGGTTAGAGAATCAGCAGAAGCTTGAGGCTAAGCTTCACGATATTGAGGTTGAATGGA
ATGGTGGGGCAGAGACAAAAGATGAAATATTAGGGAGGATACATCAAAGGGAAGAAGCAA
CGATCAAGCGGGAAAGAGCCTTGGCTTACGCCTTCTCTCATCAGTGGAAAGCAGATGGTA
AGACTCAGTGGCTGGGGGGTTATGAGCTGGGGAATACTAATTGGGGTTGGAGCTGGAAAG
AGCGTTGG*ATTGCCGTTCGGCCTTGGGAAGTAAGATATTCTTT*GACTCCTAAGAAACC
AAAGAGCTTAAAGCCAGTTTGCTGCAAGAGTGAAACTAAATCAAACTCACCTGCAAAGAG
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AGTATACGAATACCTTGATCATTTATAATAGGAATGAGAGATTGCAAGATTCGAAGGAGT
ATATTTATTTTGATTATGTGTTCTATCTTTGCTATGATGTGATGTAATGTAAATACATGT
AATTTGATATGTAGGCGGCAGTGATGGTGGTTTCTTGGTTTGTTTTTCT

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL6404Contig1 1002 2 2 U
GCATGGCCGTTAAGCAATCACCAGCCAAATTGGCTAAAGCCAAGGTCTTCTTCTTCTCAT
GAATCATCCAAAGACTTTACCTTTTTTGATCGTGATGCAGCAGAGAGCCTACAGAGTGAG
CTTGCGCGGATGCAGTTACCAGAAACCATTAGATGGCGGATTCAAGCAGCGATGCCAACC
CTCCTTCCGTCTCTGCGTTGCTCTCTCTCGTGTCAGCCACATTCGGTTCCGCCAACGGCT
CTCACACTTGTTCAACCATCGGGATCTTCTGGTCTCAATCAAAGAAACTCCCCTGCCATA
CCAAAAACCGTAACAGCAGCAGGGCAAGGAAAGTTGAAGCAGACGATGTTGTCACAGTCT
CAGCAGCAAGAAGCAGAAAACACGGATGTGGTTGTTGACCCATGGACGCTTTTGGAAGAC
GGGACGAGCTCAGGTCCATCAAGCAGCAATCCTTCAAACAGCAGTGACATGGGCAATGTT
CGAGCCACATGTTGGCTAAAAGGTGCAGTTAGGGTCAGGCGTACTGATCTGACATACATT
GGTTCAGTGGATGACGACAGCTGAGAATGAGTATATAGTTTCTTTTGATGATCATCAGAG
AGAGAGTGAGAGAGCTCTGGGAAGTAGTGACAAGTAAAGAAGCTTTTGGATCTTCGGTGC
CCTTAGAAGACTGTATCTCTCATTTTATTGAGGGGGCTCATCATAAGAAGACTGAAGCAG
GCAAAGTCCATACTTATTGAGAGAGATCTCTATGAGTCTATCTGTCTGTGTTCTTCAGTT
CTCTTTGTATTTTAACTACCACTACTAACTAACCCTTTTTTTTTTGCTTACACCACCCGG
ACCCAATGTTGGTTCGGAACCCTGTTGTATATAAAATAGGGATTCATCATTCGATATTTA
GTTGTCTCGAGTTTCTTGTTCCATTATTATTATTAGTATTATTGTCTAGCCTCTGAAAAT
ATTATTCCCCTTGGAACTTTTTATATTGTAGCTTTCCTTCTC


BQ
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AF RR3BF83TF U 1
AF RR3BF83JQ C 278
BS 1 688 RR3BF83TF
BS 689 1002 RR3BF83JQ

RD RR3BF83TF 688 0 0
GCATGGCCGTTAAGCAATCACCAGCCAAATTGGCTAAAGCCAAGGTCTTCTTCTTCTCAT
GAATCATCCAAAGACTTTACCTTTTTTGATCGTGATGCAGCAGAGAGCCTACAGAGTGAG
CTTGCGCGGATGCAGTTACCAGAAACCATTAGATGGCGGATTCAAGCAGCGATGCCAACC
CTCCTTCCGTCTCTGCGTTGCTCTCTCTCGTGTCAGCCACATTCGGTTCCGCCAACGGCT
CTCACACTTGTTCAACCATCGGGATCTTCTGGTCTCAATCAAAGAAACTCCCCTGCCATA
CCAAAAACCGTAACAGCAGCAGGGCAAGGAAAGTTGAAGCAGACGATGTTGTCACAGTCT
CAGCAGCAAGAAGCAGAAAACACGGATGTGGTTGTTGACCCATGGACGCTTTTGGAAGAC
GGGACGAGCTCAGGTCCATCAAGCAGCAATCCTTCAAACAGCAGTGACATGGGCAATGTT
CGAGCCACATGTTGGCTAAAAGGTGCAGTTAGGGTCAGGCGTACTGATCTGACATACATT
GGTTCAGTGGATGACGACAGCTGAGAATGAGTATATAGTTTCTTTTGATGATCATCAGAG
AGAGAGTGAGAGAGCTCTGGGAAGTAGTGACAAGTAAAGAAGCTTTTGGATCTTCGGTGC
CCTTAGAAGACTGTATCTCTCATTTTAT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3BF83JQ 725 0 0
ATCAAAGAAACTCCCCTGCCATACCAAAAACCGTAACAGCAGCAGGGCAAGGAAAGTTGA
AGCAGACGATGTTGTCACAGTCTCAGCAGCAAGAAGCAGAAAACACGGATGTGGTTGTTG
ACCCATGGACGCTTTTGGAAGACGGGACGAGCTCAGGTCCATCAAGCAGCAATCCTTCAA
ACAGCAGTGACATGGGCAATGTTCGAGCCACATGTTGGCTAAAAGGTGCAGTTAGGGTCA
GGCGTACTGATCTGACATACATTGGTTCAGTGGATGACGACAGCTGAGAATGAGTATATA
GTTTCTTTTGATGATCATCAGAGAGAGAGTGAGAGAGCTCTGGGAAGTAGTGACAAGTAA
AGAAGCTTTTGGATCTTCGGTGCCCTTAGAAGACTGTATCTCTCATTTTATTGAGGGGGC
TCATCATAAGAAGACTGAAGCAGGCAAAGTCCATACTTATTGAGAGAGATCTCTATGAGT
CTATCTGTCTGTGTTCTTCAGTTCTCTTTGTATTTTAACTACCACTACTAACTAACCCTT
TTTTTTTTGCTTACACCACCCGGACCCAATGTTGGTTCGGAACCCTGTTGTATATAAAAT
AGGGATTCATCATTCGATATTTAGTTGTCTCGAGTTTCTTGTTCCATTATTATTATTAGT
ATTATTGTCTAGCCTCTGAAAATATTATTCCCCTTGGAACTTTTTATATTGTAGCTTTCC
TTCTC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL6405Contig1 885 2 2 U
GGAAGGAGAACCAGAAGGTGGAGATCCCTTAACTGCTGAAGAAGTAGAAGAAAAGGAGGC
TTTACTGGAGGAGGGTTTCTCAACATGGAACAGAAGAGACTTCAATAGTTTCCTAAGGGC
TTGTGAGAAGTACGGCCGCAACGACATCAAAAGCATTGCCTCTGAGATGGAAGGTAAAAC
AGAGGAAGAAGTTGAAAGATATGCCCAAGTATTCAAGGAGCGATACAAGGAGCTGAACGA
TTACGATAGAATCATTAAGAACATTGAGAGGGGGGAGGCAAGAATCTCCAGGAAAGATGA
AATCATGAAAGCGTTAGGGAAGAAACTGGATCGCTACAGAAACCCTTGGCTGGAAATGAA
GATTCAGTATGGTCAGAACAAAGGGAAACTGTACAATGAAGAGTGCGACCGTTTCATGAT
CTGCATGATTCACAAACTTGGGTACGGGAACTGGGATGAGCTAAAGGCAGCATACAGGAC
ATCGCCTTTGTTTAGGTTTGACTGGTTTGTGAAATCCCGCACCAGTCAGGAACTTGCAAG
AAGATGCGACACTCTGATCCGACTGATTGAAAAGGAGAACCAAGAGTTTGATGAGAGAGA
GAGGCAAGCCCGTAAAGAGAAGAAGCTCGCAAAGAGTGCAACACCATCAAAGCGACCTTT
AGGAGGACAACCAAGTGAGAGCCCTTCATCGTTGAAGAAGCGAAAGCATTTTAGATGATC
ATCTATCGTAGCCCTTTGGCCTCATTATCCAAGAACAACAGTTTGCTTAACTTTTGTTGT
TAAACATAATTAAACTTAAACATAGTAGGTGAATTTCATTCTGGTTTGATGATTGTTGTC
CTGGTTAGACTTGAATGTTAAGTTTATATTTAGAACATAATTTGC


BQ
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AF RR3D859TF U 1
AF RR3D859JQ C 192
BS 1 658 RR3D859TF
BS 659 885 RR3D859JQ

RD RR3D859TF 658 0 0
GGAAGGAGAACCAGAAGGTGGAGATCCCTTAACTGCTGAAGAAGTAGAAGAAAAGGAGGC
TTTACTGGAGGAGGGTTTCTCAACATGGAACAGAAGAGACTTCAATAGTTTCCTAAGGGC
TTGTGAGAAGTACGGCCGCAACGACATCAAAAGCATTGCCTCTGAGATGGAAGGTAAAAC
AGAGGAAGAAGTTGAAAGATATGCCCAAGTATTCAAGGAGCGATACAAGGAGCTGAACGA
TTACGATAGAATCATTAAGAACATTGAGAGGGGGGAGGCAAGAATCTCCAGGAAAGATGA
AATCATGAAAGCGTTAGGGAAGAAACTGGATCGCTACAGAAACCCTTGGCTGGAAATGAA
GATTCAGTATGGTCAGAACAAAGGGAAACTGTACAATGAAGAGTGCGACCGTTTCATGAT
CTGCATGATTCACAAACTTGGGTACGGGAACTGGGATGAGCTAAAGGCAGCATACAGGAC
ATCGCCTTTGTTTAGGTTTGACTGGTTTGTGAAATCCCGCACCAGTCAGGAACTTGCAAG
AAGATGCGACACTCTGATCCGACTGATTGAAAAGGAGAACCAAGAGTTTGATGAGAGAGA
GAGGCAAGCCCGTAAAGAGAAGAAGCTCGCAAAGAGTGCAACACCATCAAAGCGACCT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3D859JQ 694 0 0
TTGAAAGATATGCCCAAGTATTCAAGGAGCGATACAAGGAGCTGAACGATTACGATAGAA
TCATTAAGAACATTGAGAGGGGGGAGGCAAGAATCTCCAGGAAAGATGAAATCATGAAAG
CGTTAGGGAAGAAACTGGATCGCTACAGAAACCCTTGGCTGGAAATGAAGATTCAGTATG
GTCAGAACAAAGGGAAACTGTACAATGAAGAGTGCGACCGTTTCATGATCTGCATGATTC
ACAAACTTGGGTACGGGAACTGGGATGAGCTAAAGGCAGCATACAGGACATCGCCTTTGT
TTAGGTTTGACTGGTTTGTGAAATCCCGCACCAGTCAGGAACTTGCAAGAAGATGCGACA
CTCTGATCCGACTGATTGAAAAGGAGAACCAAGAGTTTGATGAGAGAGAGAGGCAAGCCC
GTAAAGAGAAGAAGCTCGCAAAGAGTGCAACACCATCAAAGCGACCTTTAGGAGGACAAC
CAAGTGAGAGCCCTTCATCGTTGAAGAAGCGAAAGCATTTTAGATGATCATCTATCGTAG
CCCTTTGGCCTCATTATCCAAGAACAACAGTTTGCTTAACTTTTGTTGTTAAACATAATT
AAACTTAAACATAGTAGGTGAATTTCATTCTGGTTTGATGATTGTTGTCCTGGTTAGACT
TGAATGTTAAGTTTATATTTAGAACATAATTTGC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL6406Contig1 993 2 2 U
GAATTCCAAGCATTTCTGGATAAGAAAGCGAAGAAAGCACGACCCTTAAAGAATAACTCT
CTTAGGGCAGCAATTCTGGCTGATAACGCAAAGCATCAGCTGGAGAGTGAGAATCCTGAT
CTTCACTTGACCGGGATTTATGGCGATCGGTACTTAAAGAGTATCGATAGTAAGTTCCAG
GCTTTGGATAAGAAAATCCTGCCTGAATATCTTAGCGACGCTATGGAAGCAGACATCGCT
AAACAACGCCTCAAAGCTCTGAAAGCTGCTGAGGAATACACCCCCCATCGAATCAATCGA
GAGGCGAGGGAAATTTCGGGAACCAATTATGCGATTCCTGAATGGATGATAGTTCGCGAC
GAAGAAGTCGAGAACATCACTACGCCTGAGATAAGTCTTCTGACTTTCCCCAAGCAATTC
CATACTCCGACTCCTCCGGATCTGAGTATAACATCACTGATTGAGTCCTGCAAGGACCCA
TACAGAGCAAGCTTCTCGGAGCCAAAACTCCAAGGGTTTTCGAATAGTGAGCCTACAATC
GCTCACTTTCCTATAGATCCTGAAAAGACCCCAAAGGGCTTTTTCACGAATTACATGGAG
GCGGCACGTCTGTGCTCCTCTAATCCATTCTATGCTTGGGCGGAAGCCCAGAATAGGGAA
CATTACCCGATTGCCATGTTGACGAACCGGGGGAAAAAGCTCGACCCCATCTTTAGGATG
GGCCGGACCTATAGCCCCTACCCGGTTGAATTCGGGGGGGTGACGTACTTCTGCGACGGT
GCCGTCGCCGAAGACATGTACTTCCGATTGGGAAAATCCCATAGGAAGCTATTCCTACAA
TGCTGCATAGTCGCAGCATGTAGACCTGAGTATTCACCAGAGGAAATAGTGAATACCAAC
GTGGAGATCGGGCTGTTCACTGAACAGGAACTACCCGAACCAATCGCGCCAGGGGAAGTA
GATACGCCCCTGTCTTCATGATCTGTTCACGGG


BQ
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AF RR3CD47TF U 1
AF RR3CD47JQ C 291
BS 1 698 RR3CD47TF
BS 699 993 RR3CD47JQ

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CTTAGGGCAGCAATTCTGGCTGATAACGCAAAGCATCAGCTGGAGAGTGAGAATCCTGAT
CTTCACTTGACCGGGATTTATGGCGATCGGTACTTAAAGAGTATCGATAGTAAGTTCCAG
GCTTTGGATAAGAAAATCCTGCCTGAATATCTTAGCGACGCTATGGAAGCAGACATCGCT
AAACAACGCCTCAAAGCTCTGAAAGCTGCTGAGGAATACACCCCCCATCGAATCAATCGA
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CATACTCCGACTCCTCCGGATCTGAGTATAACATCACTGATTGAGTCCTGCAAGGACCCA
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GCTCACTTTCCTATAGATCCTGAAAAGACCCCAAAGGGCTTTTTCACGAATTACATGGAG
GCGGCACGTCTGTGCTCCTCTAATCCATTCTATGCTTGGGCGGAAGCCCAGAATAGGGAA
CATTACCCGATTGCCATGTTGACGAACCGGGGGAAAAA

QA 1 698 1 698
DS 

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CAAGGACCCATACAGAGCAAGCTTCTCGGAGCCAAAACTCCAAGGGTTTTCGAATAGTGA
GCCTACAATCGCTCACTTTCCTATAGATCCTGAAAAGACCCCAAAGGGCTTTTTCACGAA
TTACATGGAGGCGGCACGTCTGTGCTCCTCTAATCCATTCTATGCTTGGGCGGAAGCCCA
GAATAGGGAACATTACCCGATTGCCATGTTGACGAACCGGGGGAAAAAGCTCGACCCCAT
CTTTAGGATGGGCCGGACCTATAGCCCCTACCCGGTTGAATTCGGGGGGGTGACGTACTT
CTGCGACGGTGCCGTCGCCGAAGACATGTACTTCCGATTGGGAAAATCCCATAGGAAGCT
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QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

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AGATCTTAACCATTTCAGCATTGAAAATCCTGATCAATTTATTGAAGACTATGCGTCAAA
CATTGCTAGTACTCCAATGGATATGTCCAGACCTTTATGGGAATTTCATGTGCTGAATAT
AAAGACATCAAACGCAAAATCTGTAGGCATAGGAAAACTACATCATTCACTAGGCGATGG
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TCCAACTACAACGGCTACGAAAAAACATGCTGATTCTAATGCTAAGGTTTGGTGGTGTAT
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BQ
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AF RR3AZ48TF U 1
AF RR3AZ48JQ C 29
BS 1 808 RR3AZ48TF
BS 809 833 RR3AZ48JQ

RD RR3AZ48TF 808 0 0
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GCCAGCAGCAAATGAGCCGCTAAGTCCTGTTTCGCAGTTGTTTGTTTTACCAGGCCTTTA
CTGCGTCATTGTTTTAACTCTAGGGTTTAAAACTAGATGCAACCCATCTGCCATTGTTGA
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AAATGGGCAAGCGGTTTGGGTCCCTGTTACTGTTCGAGTAGAAGATCATGTTATTGTACC
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CATTGCTAGTACTCCAATGGATATGTCCAGACCTTTATGGGAATTTCATGTGCTGAATAT
AAAGACATCAAACGCAAAATCTGTAGGCATAGGAAAACTACATCATTCACTAGGCGATGG
GGTGTCTCTGATGTCTCTTCTACTCGCTAGTTCACGAAAAGTATCAGACCCGAAGGCTCC
TCCAACTACAACGGCTACGAAAAAACATGCTGATTCTAATGCTAAGGTTTGGTGGTGTAT
TAGGAGATTTTGGTTGATGATAAATATCATTTTTCACAACTCTTATTGAATTGCTCAAGT
TTTGGCTTACTTTATGTTTTATGCGGGATACGAAAACTCCTCTCATGAGCCGGGAGATAT
AATTCGACCTAGAAAGTATATCAATAGGATAATAAACTTGGATGATGTCAAAATGATAAA
GAACACAATGGAAATGGTAAACATATTA

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3AZ48JQ 805 0 0
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ACTGTTCGAGTAGAAGATCATGTTATTGTACCAGATCTTAACCATTTCAGCATTGAAAAT
CCTGATCAATTTATTGAAGACTATGCGTCAAACATTGCTAGTACTCCAATGGATATGTCC
AGACCTTTATGGGAATTTCATGTGCTGAATATAAAGACATCAAACGCAAAATCTGTAGGC
ATAGGAAAACTACATCATTCACTAGGCGATGGGGTGTCTCTGATGTCTCTTCTACTCGCT
AGTTCACGAAAAGTATCAGACCCGAAGGCTCCTCCAACTACAACGGCTACGAAAAAACAT
GCTGATTCTAATGCTAAGGTTTGGTGGTGTATTAGGAGATTTTGGTTGATGATAAATATC
ATTTT*CACAACTCTTATTGAATTGCTCAAGTTTTGGCTTACTTTATGTTTTATGCGGGA
TACGAAAACTCCTCTCATGAGCCGGGAGATATAATTCGACCTAGAAAGTATATCAATAGG
ATAATAAACTTGGATGATGTCAAAATGATAAAGAACACAATGGAAATGGTAAACATATTA
ATATTTAATGTCGTGTTTCTTTAAG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL6408Contig1 762 2 2 U
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TAAAAAAGAAAAATGGGAGGAGGTAAAGACAAGCATCATGATGAGCAAGACAAAGGGTTA
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TCATGCATCACACAACCCTTACGGGCATGTAGGGCACGGAGGGTTTGGCCACGTTGGTCA
TGCATCTCATGGGTATGGTCATGGTGGTCATGGTAAGTTCAAGCACGGGAAGCATGGAGG
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AACTATATCGGTTTAGAGATTACTGGTTCGGAGAAAATAAATGGAGACTGGTAGTATAAT
GTAAAACTTATGGCATCTGCAGAAGAGGTTTCTTCAATCTCTTTGTAACAGATGCCCTGA
AACTTATCTATAATTTGGTTTTATAATTGACATTCTGTGTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DW76TF U 1
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BS 671 762 RR3DW76JQ

RD RR3DW76TF 670 0 0
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AACTATATCGGTTTAGAGATTACTGGTTCGGAGAAAATAAATGGAGACTGGTAGTATAAT
GTAAAACTTA

QA 1 670 1 670
DS 

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TAAAAAAGAAAAATGGGAGGAGGTAAAGACAAGCATCATGATGAGCAAGACAAAGGGTTA
CCCACCCGGTGCTTACCCTCCTGGACCTGGTGGTTATCCTCCTGCTCCAGGCCACGGTGG
TTATCCTCCTGCAGGCTATCCTGCCCCTCACCACTCAGGACATTCTAGTGGTGGACTCGG
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GTAGTCTCATTTACTTGACCGATGTTTTCTAATAATCCTCTCTACAACTCTTTATATTTT
AACTATATCGGTTTAGAGATTACTGGTTCGGAGAAAATAAATGGAGACTGGTAGTATAAT
GTAAAACTTATGGCATCTGCAGAAGAGGTTTCTTCAATCTCTTTGTAACAGATGCCCTGA
AACTTATCTATAATTTGGTTTTATAATTGACATTCTGTGTTC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL6409Contig1 899 2 6 U
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GTGCTCTTGTGTGGCATCATCAAGATGCTGATCCGGACTTTGGATCTTGTCAAGCTAAGG
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BQ
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AF RR3E315TF U 1
AF RR3E315JQ C 305
BS 1 647 RR3E315TF
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TCAGAGGAATGGTTGAACGTGGGGAACCGCCAGAGATGGTGATATGCATAGGAGATGATA
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QA 1 720 1 720
DS 

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AATAACCAGAGTTAAATTTACTTAACATCAAAATGTAAAAAAAGAAAATGAGAAATGGTA
TTTAATCTGCTTTTGAAGGATTTATTGTTTCTTGGTTTTAACTATTGTTTTGGGG

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

CO CL6410Contig1 602 2 8 U
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TG


BQ
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10 10 

AF RR3GH54TF U 1
AF RR3C554JQ C 73
BS 1 125 RR3GH54TF
BS 126 126 RR3C554JQ
BS 127 399 RR3GH54TF
BS 400 400 RR3C554JQ
BS 401 431 RR3GH54TF
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BS 433 505 RR3GH54TF
BS 506 602 RR3C554JQ

RD RR3GH54TF 505 0 0
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TTCTTACCACTTGTCTATACAACATTCTTTCAACACATTAACCCGATAAAAACATTCTTT
CATCGTTTAAAATAATGGGAGGAGCAACATTAGAAGGACAAAGAAAGGAATCAATTTGGG
TTTTGATGAGAAAACAAAGAGCTCGAAGGGCACTTGCGAAGAAGATCATGATCCGACCCA
AGAAGAGTCTGGAAGCTACTAGAAGACCTTCTCGTGCCATTCATAAACGAGTCAAGACGC
TGAAAAAGCTTGTTCCCAACACTAAATCATCTTCAGAAGGTTTGGAAGGACTGTTTATGC
AAACGGCGGATTATATTTTGGCTTTGGAAAGGAAAGTGAGAGTTATGCAAACTATGGTTC
AGGTTTTGACCTAAACTGATTGTGTTTAACGACCTTATTAATTTTTGTATATCTTGCTGG
GGTTTTAAACTTTATTACAATTATA

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR3C554JQ 530 0 0
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TAATGGGAGGAGCAACATTAGAAGGACAAAGAAAGGAATCAATTTGGGTTTTGATGAGAA
AACAAAGAGCTCGAAGGGCACTTGCGAAGAAGATCATGATCCGACCCAAGAAGAGTTTGG
AAGCTACTAGAAGACCTTCTCGTGCCATTCATAAACGAGTCAAGACGCTGAAAAAGCTTG
TTCCCAACACTAAATCATTTTCAGAAGGTTTGGAAGGACTGTTTATGCAAACGGCGGATT
ATATTTTGGCTTTGGAAAGGAAAGTGAAAGTTATGCAAACTATGGTTCAGGTTTTGACCG
AAACTGATTGTGTTTAACGACCT*ATTAATTTTTGTATATCTTGCTGGGGTTTTAAACTT
TATTACAATTATAAAATACGTGTTTTTAGTTGGTATTTGTTCGTGTTTATTTTTATTATC
TTGAGTGATTATATTGTGCTATATAGAAACAAAATTGGGATGTGTTGTTG

QA 1 530 1 530
DS 



AS 1 2

CO CL6411Contig1 1042 2 4 U
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GCATCCTATTGGATATCTTCTTTGCAGTGGGAGCAACGATCACACAACCAAGTTTTGGTG
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TGAACAAGGTTTTGGCAATCGCATGCCTGATAATTTCCAGCCATCTGAGGCATCGCCAAC
TCCTGGAGCATTTGTTCCTGGGCTGACACGTAATGAGGGGACCATCCCGGGAATCGGGAT
AGCAATGCCATTTGATGCATCCTCTCAAGGAGAACATAAACAGCCTCTCATGGCTCCTCC
CCTGCCACCTGGTCCCCACCCATCGCTTATTGGAAGTGGCCAGCAGCAAGGGTATCAGCA
ACAACAGCACCACCAAGGTCATCCCCAGCAAATCCCTCCAATGCCCAATATGCCTCATCT
TCAGCGACCACCATCGTCTCATATGCCACTGCATCCTCATCCTCATCATCCCCGGCCTAT
GCAGATGCCTCCTCACGGTCACATGCCACCTTCCTCAATGCCTATGTCTCATCAGATGCC
GGGACCAATGGGAACGCATGGGGGCATGAATCCGCAGATGTCGCAAGGCCATTATATGGG
TCCTCCTTCTGGAGCATTTCAAGGACCACCAAGCAGTGGTGGACCCCAAATGTATCCCCA
AGGACGTGGTTTCAACCGTCCACAGATGATGCCAGGGTACAACAACCCTTTCCAACAGCA
GCCTCAACCGCCTTTACCTGGAGGCCCTCCACCAAACACCAATCAACAACATCAGTAGAC
CACCGTTGTAACAGTACATATTCTGTTTGTAGACCAATTCTTACAGGGAGTTGGTTTTAA
GATTAGTTAACGCTGTGAAATGGTTTTGCTGTTTATGTTTGATTCTTTTTAGCTGAACAA
GTTACTGTAAGGAAGTTTAGTGACTTCACATGTCAAGTACTCCAGATTGGTTTTCGTAAC
AAACTTAAGGAAAACTTCTTTT


BQ
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AF RR3D395TF U 1
AF RR3D395JQ C 388
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GCATCCTATTGGATATCTTCTTTGCAGTGGGAGCAACGATCACACAACCAAGTTTTGGTG
CAGAAACAGGCCTGGAGATAATCCTCGAGATGCGCTTACTATGCAGAACCAAGGCTATAA
TGAACAAGGTTTTGGCAATCGCATGCCTGATAATTTCCAGCCATCTGAGGCATCGCCAAC
TCCTGGAGCATTTGTTCCTGGGCTGACACGTAATGAGGGGACCATCCCGGGAATCGGGAT
AGCAATGCCATTTGATGCATCCTCTCAAGGAGAACATAAACAGCCTCTCATGGCTCCTCC
CCTGCCACCTGGTCCCCACCCATCGCTTATTGGAAGTGGCCAGCAGCAAGGGTATCAGCA
ACAACAGCACCACCAAGGTCATCCCCAGCAAATCCCTCCAATGCCCAATATGCCTCATCT
TCAGCGACCACCATCGTCTCATATGCCACTGCATCCTCATCCTCATCATCCCCGGCCTAT
GCAGATGCCTCCTCACGGTCACATGCCACCTTCCTCAATGCCTATGTCTCATCAGATGCC
GGGACCAATGGGAACGCATGGGGGCATGAATCCGCAGATGTCGCAAGGCCATTATATGGG
TCCTCCTTCTGGAGCATTTCAAGGACCACCAAGCAGTGGTGGACCC*AAATGTATC

QA 1 716 1 716
DS 

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GCAAATCCCTCCAATGCCCAATATGCCTCATCTTCAGCGACCACCATCGTCTCATATGCC
ACTGCATCCTCATCCTCATCATCCCCGGCCTATGCAGATGCCTCCTCACGGTCACATGCC
ACCTTCCTCAATGCCTATGTCTCATCAGATGCCGGGACCAATGGGAACGCATGGGGGCAT
GAATCCGCAGATGTCGCAAGGCCATTATATGGGTCCTCCTTCTGGAGCATTTCAAGGACC
ACCAAGCAGTGGTGGACCCCAAATGTATCCCCAAGGACGTGGTTTCAACCGTCCACAGAT
GATGCCAGGGTACAACAACCCTTTCCAACAGCAGCCTCAACCGCCTTTACCTGGAGGCCC
TCCACCAAACACCAATCAACAACATCAGTAGACCACCGTTGTAACAGTACATATTCTGTT
TGTAGACCAATTCTTACAGGGAGTTGGTTTTAAGATTAGTTAACGCTGTGAAATGGTTTT
GCTGTTTATGTTTGATTCTTTTTAGCTGAACAAGTTACTGTAAGGAAGTTTAGTGACTTC
ACATGTCAAGTACTCCAGATTGGTTTTCGTAACAAACTTAAGGAAAACTTCTTTT

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL6412Contig1 1052 2 2 U
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TGTAGGATTCTCTGATTAGATTCTTTTGTAACGTAGGGTCTGGAATTGAACGACGGTAGT
GATGCAGAGATTCGAAAAAGCAGCATTAGGAGAATTTCCGTTGAAGGATACGACACCTCG
CTTCGTATGGAGGATGTCGATGAGGCTTTGAGAAAACATTTTGCTTCATGTGGAAAAATA
ATTCATGTTTCTATTCCCAGAAACAATGAAGAGACGATTCTCTGCAAATACGCCTTCGTT
TATTTTAATGAAGAAGATGAAGAAAAGGCGTTGAGGCTTGATGGACGTGACATGGGAGGA
CAGATTTTACAAATTACCCGTTTCACGAAACTTACCTTAATGATGTCTTGGACCCGATGA
AAGATGATCATTTCATTATGTACCAATTCAAGGCCATGGTTGCGGGTTATGACAATTCCC
TTCCTCTCGATGTTGTCGAGAAGGAGATAGAAGAATATTTCTCTGCAAATGGTTCTATTG
CTTACCACCACAAAACCTCTTCTGCTGCTACCAAAATCAAATCTTACATTTATCTCTGTG
GTCAAGAGGCTGTAGACAAGGCTCTGGAACGTAGTGGAAGTTCTGTGGGAGGCTTGAGTC
TTGTAGTTACTGAGGTTGAGCCAATTGAATACAACCCACAGCCGACTGGCTACATTCCCC
CACGTATCTTCAACGCCTTCACTCAGGAGCAGATAGATGATCCTAATCTATATTTCATTA
TTGAGAGACAGCAGAAAAAGAGTGAGACGAAGAAGAAGAAGAAGACTAAGACCAGGGAAG
GAAATCAGAAGAAGAAGAGCAAGACCAAGGAGGGAAATCAGAAGAAGAAGAGCAAGACCA
AGGGAGTAGAAATCTCTTTCTGAGGAGAAGACATGCTTTTTTTGATATAACTTGTGTGCG
TGCAATGCGACCCTTCTTTATCTTGTCTGCATACTTAAATGTTTTATGCTTGTATTTGTG
TTGATCTTTAATAACCTAAGACGGATCAGATT


BQ
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AF RR3CC33TF U 1
AF RR3CC33JQ C 336
BS 1 616 RR3CC33TF
BS 617 1052 RR3CC33JQ

RD RR3CC33TF 616 0 0
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TGTAGGATTCTCTGATTAGATTCTTTTGTAACGTAGGGTCTGGAATTGAACGACGGTAGT
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CTTCGTATGGAGGATGTCGATGAGGCTTTGAGAAAACATTTTGCTTCATGTGGAAAAATA
ATTCATGTTTCTATTCCCAGAAACAATGAAGAGACGATTCTCTGCAAATACGCCTTCGTT
TATTTTAATGAAGAAGATGAAGAAAAGGCGTTGAGGCTTGATGGACGTGACATGGGAGGA
CAGATTTTACAAATTACCCGTTTCACGAAACTTACCTTAATGATGTCTTGGACCCGATGA
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GTCAAGAGGCTGTAGA

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3CC33JQ 717 0 0
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CTTAATGATGTCTTGGACCCGATGAAAGATGATCATTTCATTATGTACCAATTCAAGGCC
ATGGTTGCGGGTTATGACAATTCCCTTCCTCTCGATGTTGTCGAGAAGGAGATAGAAGAA
TATTTCTCTGCAAATGGTTCTATTGCTTACCACCACAAAACCTCTTCTGCTGCTACCAAA
ATCAAATCTTACATTTATCTCTGTGGTCAAGAGGCTGTAGACAAGGCTCTGGAACGTAGT
GGAAGTTCTGTGGGAGGCTTGAGTCTTGTAGTTACTGAGGTTGAGCCAATTGAATACAAC
CCACAGCCGACTGGCTACATTCCCCCACGTATCTTCAACGCCTTCACTCAGGAGCAGATA
GATGATCCTAATCTATATTTCATTATTGAGAGACAGCAGAAAAAGAGTGAGACGAAGAAG
AAGAAGAAGACTAAGACCAGGGAAGGAAATCAGAAGAAGAAGAGCAAGACCAAGGAGGGA
AATCAGAAGAAGAAGAGCAAGACCAAGGGAGTAGAAATCTCTTTCTGAGGAGAAGACATG
CTTTTTTTGATATAACTTGTGTGCGTGCAATGCGACCCTTCTTTATCTTGTCTGCATACT
TAAATGTTTTATGCTTGTATTTGTGTTGATCTTTAATAACCTAAGACGGATCAGATT

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL6413Contig1 842 2 5 U
AAACCACAAGCTGTGCTACTACTACTCGTACAACTACTACTTATTAAGTGATTGATCTCC
TCCATTCCATAATCTTGCATTGATCTCTCTTCATGATGATGATCATGTTGTTCCATCTTC
ACTCTTGTTACTGTACTTGTTGTGCTTGACCCACTTCTTACATCACTCAACAACATTATT
CCTTTGTTTGTACTTTGCCCATGGCTGTCTTCTTGATGGCTCATTATAAGCTTGTTGCTA
TTTGGAAAATTTACCAAACTGTCCATGGCTTCTTTGTATAATAGTTGTTGTTGTTGGTCC
ATCATTGTCATCATCATCTCCTGATGAGGTGAGAGATGAGGTGAGATCAGCTGGTTTGTA
GATATTGTTGGGTTATACGGAGGAAGATTATTGGTCATGTTGTAGTGTGATGATGATGGT
GATGATGATGATGAGGCAATGGCTACGAGTTGATGAGGTGGTGGAGGAGCCATAGTGGCA
ATGAGCTTCTTCTTGAGCTTAGTGTTCCAATGGAGGCAAAGAGGCTGCAGATAATATTGT
CTTCTTCCTCAGAGAAATCTCCATGTCTTATGTTTGGCCTCAAATAGTTTAACCACCTCA
GTCTACAACTCTTCCCACATCTCCTTAAACCAGCTTTGTGAGGGAGAGCAATCCAGTTGC
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GACCTCTCTTCACATTTGCTTTGTCACAACATGGAGCCCTCCCCATCTCTCTACGATCTC
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GA


BQ
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10 10 

AF RR3A704JQ U 59
AF RR3A704TF C 1
BS 1 61 RR3A704TF
BS 62 120 RR3A704JQ
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BS 122 281 RR3A704JQ
BS 282 842 RR3A704TF

RD RR3A704JQ 223 0 0
CCC
CCATTCCATAATCTTGCATTGATCTCTCTTCATGATGATGATCATGTTGTTCCATCTTCC
CTCTTGTTACTGTACTTGTTGTGCTTGACCCACTTCTTACATCACTCAACAACATTATTC
CTTTGTTTGTACTTTGCCCATGGCTGTCTTCTTGATGGCTCATTATAAGCTTGTTGCTAT
TTGGAAAATTTACCAAACTGTCCATGGCTTCTTTGTATAA

QA 4 223 4 223
DS 

RD RR3A704TF 842 0 0
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TCCATTCCATAATCTTGCATTGATCTCTCTTCATGATGATGATCATGTTGTTCCATCTTC
ACTCTTGTTACTGTACTTGTTGTGCTTGACCCACTTCTTACATCACTCAACAACATTATT
CCTTTGTTTGTACTTTGCGCATGGCTGTCTTCTTGATGGCTCATTATAAGCTTGTTGCTA
TTTGGAGAATTTACCAAACTGTCCATGGCTTCTTTGTATAATAGTTGTTGTTGTTGGTCC
ATCATTGTCATCATCATCTCCTGATGAGGTGAGAGATGAGGTGAGATCAGCTGGTTTGTA
GATATTGTTGGGTTATACGGAGGAAGATTATTGGTCATGTTGTAGTGTGATGATGATGGT
GATGATGATGATGAGGCAATGGCTACGAGTTGATGAGGTGGTGGAGGAGCCATAGTGGCA
ATGAGCTTCTTCTTGAGCTTAGTGTTCCAATGGAGGCAAAGAGGCTGCAGATAATATTGT
CTTCTTCCTCAGAGAAATCTCCATGTCTTATGTTTGGCCTCAAATAGTTTAACCACCTCA
GTCTACAACTCTTCCCACATCTCCTTAAACCAGCTTTGTGAGGGAGAGCAATCCAGTTGC
CACCAGTGCCTTGTTTCTCTATGTAATCTTTAAGCTTTGCATCTTCTTCCGGAGACCATG
GACCTCTCTTCACATTTGCTTTGTCACAACATGGAGCCCTCCCCATCTCTCTACGATCTC
TCTCGGTCCTTATAGCTACTCTGTGTGTTCTGTTTGAGGAATCTTGGTTTCGTTTTTGAA
GA

QA 1 842 1 842
DS 



AS 1 2

CO CL6414Contig1 407 2 1 U
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TTGGTATGAAATCCAGTTTGCTGTAAATCAAAGGTACGATTCTTAAACTCAAGAATCTGA
GTTCAGTACGAGGAACATTCGATGGCTCGGAGCGATGAAGTTAACCTTATTGAGAGCAAG
TGGATTACTAGCACTAGCAGACAGAAGATGTAAAGTAGCTGAGCACATACGAAGCATATA
ACAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGTTGGACTTTTGTTTCAACTTTCCAACCCATTAAA
AAACATTTTAATTTTTTTTCAGCATACTTGCAAATTTCTTGTTAACATGACTCTGTTTCT
TTATATTATATATAAACTTATAATAAACTTTACGTTTTTTTTGTTGT


BQ
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AF RR3H680JQ C 1
AF RR3H680TF U 1
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RD RR3H680JQ 407 0 0
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TGGATTACTAGCACTAGCAGACAGAAGATGTAAAGTAGCTGAGCACATACGAAGCATATA
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AAACATTTTAATTTTTTTTCAGCATACTTGCAAATTTCTTGTTAACATGACTCTGTTTCT
TTATATTATATATAAACTTATAATAAACTTTACGTTTTTTTTGTTGT

QA 1 407 1 407
DS 

RD RR3H680TF 407 0 0
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TTGGTATGAAATCCAGTTTGCTGTAAATCAAAGGTACGATTCTTAAACTCAAGAATCTGA
GTTCAGTACGAGGAACATTCGATGGCTCGGAGCGATGAAGTTAACCTTATTGAGAGCAAG
TGGATTACTAGCACTAGCAGACAGAAGATGTAAAGTAGCTGAGCACATACGAAGCATATA
ACAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGTTGGACTTTTGTTTCAACTTTCCAACCCATTAAA
AAACATTTTAATTTTTTTTCAGCATACTTGCAAATTTCTTGTTAACATGACTCTGTTTCT
TTATATTATATATAAACTTATAATAAACTTTACGTTTTTTTTGTTGT

QA 1 407 1 407
DS 



AS 1 2

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ACCCGCTATATTGCTAATCCAGCTGGCTATGGGCTGTTGGGCCTCTTAAGTCAATGGCTG
TTCCTATTGGACCCTACTTGATTTATTCGTACGTTACTATCTGGTGTTAGTATATACTAT
TGTATATTCTTCTAATGTGTTTTTGTTTTTGGTAAGTGGATTTAATTAATACTATGTTAT
TTTTTTCTGGTTAACTGTAGATGAAAACTTATTGCAACTATGGAAAAAACACTCATGATT
CATGAATATCGTGGCAAAAATGAGTAAGTATTCTAAAATGTTGACATG


BQ
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AF RR3A719JQ C 1
AF RR3A719TF U 1
BS 1 408 RR3A719TF

RD RR3A719JQ 408 0 0
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CACGTGGGGAAGGAGCGAGAGATCACGTGAGTATTGAGAGTACGGAGTCGAAAGAGTGGG
ACCCGCTATATTGCTAATCCAGCTGGCTATGGGCTGTTGGGCCTCTTAAGTCAATGGCTG
TTCCTATTGGACCCTACTTGATTTATTCGTACGTTACTATCTGGTGTTAGTATATACTAT
TGTATATTCTTCTAATGTGTTTTTGTTTTTGGTAAGTGGATTTAATTAATACTATGTTAT
TTTTTTCTGGTTAACTGTAGATGAAAACTTATTGCAACTATGGAAAAAACACTCATGATT
CATGAATATCGTGGCAAAAATGAGTAAGTATTCTAAAATGTTGACATG

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3A719TF 408 0 0
GGAGAGATATCGGAGAGATGAAGACCAAGACGAGAAGAGAAGAGAAGAGAGAGCGGAGGT
CACGTGGGGAAGGAGCGAGAGATCACGTGAGTATTGAGAGTACGGAGTCGAAAGAGTGGG
ACCCGCTATATTGCTAATCCAGCTGGCTATGGGCTGTTGGGCCTCTTAAGTCAATGGCTG
TTCCTATTGGACCCTACTTGATTTATTCGTACGTTACTATCTGGTGTTAGTATATACTAT
TGTATATTCTTCTAATGTGTTTTTGTTTTTGGTAAGTGGATTTAATTAATACTATGTTAT
TTTTTTCTGGTTAACTGTAGATGAAAACTTATTGCAACTATGGAAAAAACACTCATGATT
CATGAATATCGTGGCAAAAATGAGTAAGTATTCTAAAATGTTGACATG

QA 1 408 1 408
DS 



AS 1 2

CO CL6416Contig1 1062 2 2 U
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TCGACATTCTGACTAGAGTTGACTCGATCTGTAAGAAGTACGACAAGTACGATGTCGACA
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AAGAACAAATCGAGACTGCTCTCGAGAAAGCTGAACTTGTTACCAAGGAGAAGAACAGGG
CTTCTGCTGTTGCGATGAACGCTGAAATACGCAGGACTAAGGCTAGGTTGTCTGAGGAAG
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CAGCTGGTGGTCCTAAAGCCACCAGTGCTTGGGCTCCCTCAACAGCATCTCGTCCTGATA
TCAAATTTGACTCAGATGGGCGTTTTGATGATGATTACTTTCAAGAATCACATGAATCCA
GCCAATTCAGACAGGAGTATGAGATGCGGAGAATCAAGCAGGAGCAAGGTCTGGACATGA
TCTCCGAAGGTTTAGATGCTTTGAAGAATATGGCGTTTGATATGAACGAGGAGCTGGATA
GGCAAGTTCCTCTGATGGATGAAATCGACTCCAAGGTGGACAGAGCAACCTCGGATCTTA
AGAACACCAATGTTAGACTTAAAGATACTGTGAACCAGTTGAGGTCAAGCCGGAACTTCT
GCATCGATATTGTTTTGTTGTGTATTGTGTTGGGTATCGCTGCATACTTATACAATGTAC
TGAAGTAATGAGATGAAGACGAAAGGAACTCTCTTTCTTGCCCCTCTGCTATTACCGTTT
CTTACCCTGAGTCAGTGTGTGTGTATGCACTTGTTTCTTGCTGTATTTGTGTGAATAACA
TTGAAGGATGATCCTAATAGTGAATGAATCAAGATGACTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AJ10TF U 1
AF RR3AJ10JQ C 230
BS 1 637 RR3AJ10TF
BS 638 1062 RR3AJ10JQ

RD RR3AJ10TF 637 0 0
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TCGACATTCTGACTAGAGTTGACTCGATCTGTAAGAAGTACGACAAGTACGATGTCGACA
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AAGAACAAATCGAGACTGCTCTCGAGAAAGCTGAACTTGTTACCAAGGAGAAGAACAGGG
CTTCTGCTGTTGCGATGAACGCTGAAATACGCAGGACTAAGGCTAGGTTGTCTGAGGAAG
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CTGCTAGAAATGATTTGGTCCTTGCGCTTCCGGCCAGGATTGACGCCATACCTGATGGAA
CAGCTGGTGGTCCTAAAGCCACCAGTGCTTGGGCTCCCTCAACAGCATCTCGTCCTGATA
TCAAATTTGACTCAGATGGGCGTTTTGATGATGATTACTTTCAAGAATCACATGAATCCA
GCCAATTCAGACAGGAGTATGAGATGCGGAGAATCAA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3AJ10JQ 833 0 0
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CGAAGAGCTTGCTGCTAGAAATGATTTGGTCCTTGCGCTTCCGGCCAGGATTGACGCCAT
ACCTGATGGAACAGCTGGTGGTCCTAAAGCCACCAGTGCTTGGGCTCCCTCAACAGCATC
TCGTCCTGATATCAAATTTGACTCAGATGGGCGTTTTGATGATGATTACTTTCAAGAATC
ACATGAATCCAGCCAATTCAGACAGGAGTATGAGATGCGGAGAATCAAGCAGGAGCAAGG
TCTGGACATGATCTCCGAAGGTTTAGATGCTTTGAAGAATATGGCGTTTGATATGAACGA
GGAGCTGGATAGGCAAGTTCCTCTGATGGATGAAATCGACTCCAAGGTGGACAGAGCAAC
CTCGGATCTTAAGAACACCAATGTTAGACTTAAAGATACTGTGAACCAGTTGAGGTCAAG
CCGGAACTTCTGCATCGATATTGTTTTGTTGTGTATTGTGTTGGGTATCGCTGCATACTT
ATACAATGTACTGAAGTAATGAGATGAAGACGAAAGGAACTCTCTTTCTTGCCCCTCTGC
TATTACCGTTTCTTACCCTGAGTCAGTGTGTGTGTATGCACTTGTTTCTTGCTGTATTTG
TGTGAATAACATTGAAGGATGATCCTAATAGTGAATGAATCAAGATGACTTTG

QA 1 833 1 833
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6418Contig1 1055 2 2 U
GGAGCCTAGACAGATCCTAAATCTCGGCGACGGGAGCTGTCTGAAGAGATTCGAAAGCTA
AAGTATCTACCTAGGTCCAAGATCGGAGCTTCGGAAAATTCAGAATCGTCTCCAATTCTT
ATCAAACCTTTCACAGCTTCAGTTAATCTCCCAATGGAACCTTCTCCACCATCACCCATC
ATATGGCCAAACGAAGGGACTCTCACCAACGAGTGGGTCCACGGCCTCATGTCATCTTTC
GAGTGGTCTTCATGGAACCTCCCTCCTTCTCAGCTACCTTCGGTGCTGCCCGTCAACGTC
TTTGACTCCCTCATCCTCACCGCTTCCAAAATCCTCCACAAAGAACGTAACATCGTCCAC
GTCGATGATCTCGACTCTGATTCCAAAGTTGTTGTCGTTGGTGACGTTCACGGTCAGCTC
CATGACCTTCTCTTCTTGTTGAAAGACGCTGGCTTTCCGTCTCGGAACCAGTTCTACGTC
TTCAATGGTGACTATGTTGATCGTAGTGCTTGGGGTCTCGAGACTTTCCTCGTCCTCTTG
TCCTGGAAGGTTCTGATGCCTGATAGAGTCTTCCTTCTCCGTGGCAACCATGAATCCAAA
TACTGCACATCTATGTACGGTTTCGAGAAAGAAGTGCTCACAAAATACGGAGACAAGGGA
AAACACGTGTACCGCAAATGCTTAGGCTGCTTCGAAGCTCTTCCTCTGGCTTCCCTGATC
TCAGGACGTGTTTACACAGCACACGGAGGACTTTTCCGCAGCCCGGTGTTGCCCAAGAGA
ACGAGGGGCAAAAAGAACCGCCGGGTGCGTCTTCTTGAGCCTGAGACGAGCTCGTTGAAA
CTCGGTACTTTGGAAGATTTGATGCAAGCGAGAAGATCGGTTCTTGATCCTCCTTGGGAG
GGTTCTAACTTGATCCCCGGAGATGTTCTGTGGTCTGATCCTTCCATGAGTCCTGGACTT
GCGCCGATGACAAGAGCATTGGTCTTTTGGGGTCTGATGTACAGAGGAGTTTTGAGAGTA
TGACTAAGTATCATAGATCACATGAGTCAGATGCT


BQ
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AF RR3GE62TF U 1
AF RR3DA79TF U 233
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AAGTATCTACCTAGGTCCAAGATCGGAGCTTCGGAAAATTCAGAATCGTCTCCAATTCTT
ATCAAACCTTTCACAGCTTCAGTTAATCTCCCAATGGAACCTTCTCCACCATCACCCATC
ATATGGCCAAACGAAGGGACTCTCACCAACGAGTGGGTCCACGGCCTCATGTCATCTTTC
GAGTGGTCTTCATGGAACCTCCCTCCTTCTCAGCTACCTTCGGTGCTGCCCGTCAACGTC
TTTGACTCCCTCATCCTCACCGCTTCCAAAATCCTCCACAAAGAACGTAACATCGTCCAC
GTCGATGATCTCGACTCTGATTCCAAAGTTGTTGTCGTTGGTGACGTTCACGGTCAGCTC
CATGACCTTCTCTTCTTGTTGAAAGACGCTGGCTTTCCGTCTCGGAACCAGTTCTACGTC
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TCCTGGAAGGTTCTGATGCCTGATAGAGTCTTCCTTCTCCGTGGCAACCATGAATCCAAA
TACTGCACATCTATGTACGGTTTCGAGAAAGAAGTGCTCACAAAAT

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DS 

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G
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CTACGTCTTCAATGGTGACTATGTTGATCGTGGTGCTTGGGGTCTCGAGACTTTCCTCGT
CCTCTTGTCCTGGAAGGTTCTGATGCCTGATAGAGTCTTCCTTCTCCGTGGCAACCATGA
ATCCAAATACTGCACATCTATGTACGGTTTCGAGAAAGAAGTGCTCACAAAATACGGAGA
CAAGGGAAAACACGTGTACCGCAAATGCTTAGGCTGCTTCGAAGCTCTTCCTCTGGCTTC
CCTGATCTCAGGACGTGTTTACACAGCACACGGAGGACTTTTCCGCAGCCCGGTGTTGCC
CAAGAGAACGAGGGGCAAAAAGAACCGCCGGGTGCGTCTTCTTGAGCCTGAGACGAGCTC
GTTGAAACTCGGTACTTTGGAAGATTTGATGCAAGCGAGAAGATCGGTTCTTGATCCTCC
TTGGGAGGGTTCTAACTTGATCCCCGGAGATGTTCTGTGGTCTGATCCTTCCATGAGTCC
TGGACTTGCGCCGATGACAAGAGCATTGGTCTTTTGGGGTCTGATGTACAGAGGAGTTTT
GAGAGTATGACTAAGTATCATAGATCACATGAGTCAGATGCT

QA 2 823 2 823
DS 



AS 1 2

CO CL6419Contig1 1007 2 4 U
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AGAGATCTGTGTTGTTCTCTCTCTACATCTCCGGAGCTTCTTCATTCATTCATTCTTTCG
TTGAACAAATTCGGCTAATCGAGTTTTAAAAAAATGGAGACTCTGGCAAGTGATGATGAT
TCTGGATTGATTGATTCGGGAGTGTATCTCAGGCTAGGGCTTCTTATTGTAGAGAAGGGA
AACAAGCGTTTGCAGAAGCAGCCACCACCCGCACTTCTCTCACGTCTCGCTTCATCTCTC
GAGAGATCTATGTCGTCTCCCCCAGAGTCTTCTGCTGCTGCTTCTGTCACCACCGTCTTT
GACGGTAGATGTCCCCCTGAGATCACCATTTCAGACTACTTGAATCGCATTTTCAACTAC
TCTCGCTGCAGCCCTTCTTGCTTCGTCGTCGCCTACATCTACATTCATCAGTTTCTCCAC
CTCACCCGATCTCACCTCACCCCACTTAATGTCCACCGCCTTCTCGTTACAAGTGTCATG
TTAGCTGCTAAAGTCTTCGATGACAGGTATTACAACAATGCTTACTACGCCAGAGTAGGA
GGTGTGAGCACGAGAGAGCTTAACAGATTGGAGATGAAGCTCCTGTTCGCCCTTGATTTC
AAGCTTCAGGTTGATCCTCATACGTTTCACTCCCACTGTTGTCATTTAGAGGAACACAAC
AGCAGCGACGACGACAGCTTCCACGTCGAGTGGCCTATAAAAGAAGCATGCCGACTCAGC
AAAGAGTCTTGGCGTAAGACCACGCCAGAGCCTGTCTGCTCTCAAACCACTGCACGCTGA
TCAGCGAGGATTTCATTCGTGTGGCGACTGTAAGAATAGGGGTTTTTGGTTTGTATGTTT
TTGGTAGTGTGATCAATCATTCTTTTGCACAATTTGATTCTTGTGAGCAAGCAAAAATTC
ACAATACTTTAAATTTTTGTCTAGTATAAAGTTTCTAAAATTCTCAC


BQ
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AF RR3CR32TF U 1
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AGAGATCTGTGTTGTTCTCTCTCTACATCTCCGGAGCTTCTTCATTCATTCATTCTTTCG
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TCTGGATTGATTGATTCGGGAGTGTATCTCAGGCTAGGGCTTCTTATTGTAGAGAAGGGA
AACAAGCGTTTGCAGAAGCAGCCACCACCCGCACTTCTCTCACGTCTCGCTTCATCTCTC
GAGAGATCTATGTCGTCTCCCCCAGAGTCTTCTGCTGCTGCTTCTGTCACCACCGTCTTT
GACGGTAGATGTCCCCCTGAGATCACCATTTCAGACTACTTGAATCGCATTTTCAACTAC
TCTCGCTGCAGCCCTTCTTGCTTCGTCGTCGCCTACATCTACATTCATCAGTTTCTCCAC
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TTAGCTGCTAAAGTCTTCGATGACAGGTATTACAACAATGCTTACTACGCCAGAGTAGGA
GGTGTGAGCACGAGAGAGCTTAACAGATTGGAGATGAAGCTCCTGTTCGCCCTTGATTTC
AAGCTTCAG*TTGATCCTCATACGTTTCACTCCCACTGTTGTCATTTAGAGGAACACAAC
AGCAGCGACGACGACAGCTTCCACGT

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DS 

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ACCATTTCAGACTACTTGAATCGCATTTTCAACTACTCTCGCTGCAGCCCTTCTTGCTTG
GTCGTCGCCTACATCTACATTCATCAGTTTCTCCACCTCACCCGATCTCACCTCACCCCA
CTTAATGTCCACCGCCTTCTCGTTACAAGTGTCATGTTAGCTGCTAAAGTCTTCGATGAC
AGGTATTACAACAATGCTTACTACGCCAGAGTAGGAGGTGTGAGCACGAGAGAGCTTAAC
AGATTGGAGATGAAGCTCCTGTTCGCCCTTGATTTCAAGCTTCAGGTTGATCCTCATACG
TTTCACTCCCACTGTTGTCATTTAGAGGAACACAACAGCAGCGACGACGACGGCTTCCAC
GTCGAGTGGCCTATAAAAGAAGCATGCCGACTCAGCAAAGAGTCTTGGCGTAAGACCACG
CCAGAGCCTGTCTGCTCTCAAACCACTGCACGCTGATCAGCGAGGATTTCATTCGTGTGG
CGACTGTAAGAATAGGGGTTTTTGGTTTGTATGTTTTTGGTAGTGTGATCAATCATTCTT
TTGCACAATTTGATTCTTGTGAGCAAGCAAAAATTCACAATACTTTAAATTTTTGTCTAG
TATAAAGTTTCTAAAATTCTCAC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

CO CL6420Contig1 1031 2 2 U
GGAGTTACAAACGATTAACTTTACTTCCTTTTGAAGATAACTCACGAAACAAAGTACGAG
TAAACAAGTCAATCATTGTTAATTAACTAATTATAAATTTATATGATCAGAGAGACCTTA
GAAAAATCGAAAATACATTCCCGGATTAAGCTTGACCAAGAAAAAAAAAACATTCCCGGA
TTAAGGTAAATAAAATGAGTTGTTAAAATGACTCCAAATGCAAAAGTAAAGAAGGTAATA
CACGTGAATAAGATGGTGAATCGCACCATTTAATAGATGAGAGGAAGAAAATCAGTATCA
TAATCTGTTGCTGATGTAAATGCTATTACCCCCACAAGGGCACATGAACCAGGGAAGCCC
ACTAAGGGCTCCATACCAATAAAGAAAAAAAGAAAGAAAGAGACACCACTTTATTGTTCC
ATAGTGGATCCTCTTGTCTAACAACATTTCTCCTTGATCATATATTTACCACGTTTCCTT
GCCTACTTATATTTGCTTCTCTAACTACTTTTTGTTTGTTTGTCCAGAGAAGCTTAATAA
TATGTATAACTCGGTATAGTGTTTAAGGCGCTTCATTTCGGTTAGCAATTCCTATGTATG
TTTTGTGACTCCTTTGGACCACCCAATCAAAAAGCTTCATTTTAAAATAAATGTGGTTAA
TAAGAAAAAAATGAAAAAATAATCTAACATAACTGTGAATAAAATCGATTTTATGATTTT
TACTATTTTTAACATCCAAACAAACTGTAACTAAATCAAAATGGCAGAAAATTACCGGTG
GTTGAAAAATTTTTGTGAACAGTTTAAAGTTAGGTCTCCCAGAACACTGATTTCTCTCAT
TAATTCGATTGCATGAACAGATGAAAACAAGACAAAGCTCAACAGTTATATATTTCGAAG
TCACTTACCAATCATTCATATTACACAACTTCCGCAACTGTTTCTTACCAAATCAGCCAA
TCAGGTACCAGAGTTTTGTCATTGGTTCCAAGATAAAAAGACATCTCTATTTTCACCTGA
TAGTTCGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS14TF U 1
AF RR3FS14JQ C 262
BS 1 670 RR3FS14TF
BS 671 1031 RR3FS14JQ

RD RR3FS14TF 670 0 0
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TAAACAAGTCAATCATTGTTAATTAACTAATTATAAATTTATATGATCAGAGAGACCTTA
GAAAAATCGAAAATACATTCCCGGATTAAGCTTGACCAAGAAAAAAAAAACATTCCCGGA
TTAAGGTAAATAAAATGAGTTGTTAAAATGACTCCAAATGCAAAAGTAAAGAAGGTAATA
CACGTGAATAAGATGGTGAATCGCACCATTTAATAGATGAGAGGAAGAAAATCAGTATCA
TAATCTGTTGCTGATGTAAATGCTATTACCCCCACAAGGGCACATGAACCAGGGAAGCCC
ACTAAGGGCTCCATACCAATAAAGAAAAAAAGAAAGAAAGAGACACCACTTTATTGTTCC
ATAGTGGATCCTCTTGTCTAACAACATTTCTCCTTGATCATATATTTACCACGTTTCCTT
GCCTACTTATATTTGCTTCTCTAACTACTTTTTGTTTGTTTGTCCAGAGAAGCTTAATAA
TATGTATAACTCGGTATAGTGTTTAAGGCGCTTCATTTCGGTTAGCAATTCCTATGTATG
TTTTGTGACTCCTTTGGACCACCCAATCAAAAAGCTTCATTTTAAAATAAATGTGGTTAA
TAAGAAAAAA

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3FS14JQ 770 0 0
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GCTATTACCCCCACAAGGGCACATGAACCAGGGAAGCCCACTAAGGGCTCCATACCAATA
AAGAAAAAAAGAAAGAAAGAGACACCACTTTATTGTTCCATAGTGGATCCTCTTGTCTAA
CAACATTTCTCCTTGATCATATATTTACCACGTTTCCTTGCCTACTTATATTTGCTTCTC
TAACTACTTTTTGTTTGTTTGTCCAGAGAAGCTTAATAATATGTATAACTCGGTATAGTG
TTTAAGGCGCTTCATTTCGGTTAGCAATTCCTATGTATGTTTTGTGACTCCTTTGGACCA
CCCAATCAAAAAGCTTCATTTTAAAATAAATGTGGTTAATAAGAAAAAAATGAAAAAATA
ATCTAACATAACTGTGAATAAAATCGATTTTATGATTTTTACTATTTTTAACATCCAAAC
AAACTGTAACTAAATCAAAATGGCAGAAAATTACCGGTGGTTGAAAAATTTTTGTGAACA
GTTTAAAGTTAGGTCTCCCAGAACACTGATTTCTCTCATTAATTCGATTGCATGAACAGA
TGAAAACAAGACAAAGCTCAACAGTTATATATTTCGAAGTCACTTACCAATCATTCATAT
TACACAACTTCCGCAACTGTTTCTTACCAAATCAGCCAATCAGGTACCAGAGTTTTGTCA
TTGGTTCCAAGATAAAAAGACATCTCTATTTTCACCTGATAGTTCGATCC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL6421Contig1 600 2 4 U
GAAGTATTCAACAGCAGTGCCTGTGATCTTTCTTTCTGCGCTTAAATACCACGTGATGCC
TGAGAGCTGGACATCATTTTACCGACCTCTCTGGCTTTTCTCAAGTGTCATCAACTCACT
CTACTCATTCTACTGGGATGTAACTCGAGATTGGGACTTGAGCGGTTTCACTAAGATATT
CAAGTTTAACCGTCCAAGTAACATATCATATCTCTTATATGGCCGACAATGGGTGTATTT
CTGGGTGATAGGGAGCAATCTGGTGCTGAGGTGCGCATGGACATATAAGTTATCGGCACA
TTTGAGGCACAACTACATAACGGTGTTCGCAGTGACAGCCATGGAGATGTTTAGACGCTT
TCAGTGGGTATTTTTCAGAGTAGAGAACGAGTGGAACAAGATCACTAAATCGCATCCATT
GGCTGAGATTTCACTTGAAGAAGACAAACTACTTGGTTCTACTACAACCCATGATGTCTA
GTTTTTTTTCCTCTAGTCCTATGCAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAGATTCTTGTTTTCG
TTTCGTACATTCAGCCTCTATACACTTTCTCGGAATATAATGCACTTTTTTTAAGAATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 

AF RR3EX89JQ C 1
AF RR3D026TF U 173
BS 1 173 RR3EX89JQ
BS 174 441 RR3D026TF
BS 442 442 RR3EX89JQ
BS 443 600 RR3D026TF

RD RR3EX89JQ 596 0 0
GAAGTATTCAACAGCAGTGCCTGTGATCTTTCTTTCTGCGCTTAAATACCACGTGATGCC
TGAGAGCTGGACATCATTTTACCGACCTCTCTGGCTTTTCTCAAGTGTCATCAACTCACT
CTACTCATTCTACTGGGATGTAACTCGAGATTGGGACTTGAGCGGTTTCACTAAGATATT
CAAGTTTAACCGTCCAAGTAACATATCATATCTCTTATATGGCCGACAATGGGTGTATTT
CTGGGTGATAGGGAGCAATCTGGTGCTGAGGTGCGCATGGACATATAAGTTATCGGCACA
TTTGAGGCACAACTACATAACGGTGTTCGCAGTGACAGCCATGGAGATGTTTAGACGCTT
TCAGTGGGTATTTTTCAGAGTAGAGAACGAGTGGAACAAGATCACTAAATCGCATCCATT
GGCTGAGATTTCACTTGAAGAAGACGAACTACTTGGTTCTACTACAACCCATGATGTCTA
GTTTTTTTTCCTCTGGTCCTATGCAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAGATTCTTGTTTTCG
TTTCGTACATTCAGCCTCTATACACTTTCTCGGAATATAATGCACTTTTTTTAAG
G

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3D026TF 428 0 0
G
AGATATTCAAGTTTAACCGTCCAAGTAACATATCATATCTCTTATATGGCCGACAATGGG
TGTATTTCTGGGTGATAGGGAGCAATCTGGTGCTGAGGTGCGCATGGACATATAAGTTAT
CGGCACATTTGAGGCACAACTACATAACGGTGTTCGCAGTGACAGCCATGGAGATGTTTA
GACGCTTTCAGTGGGTATTTTTCAGAGTAGAGAACGAGTGGAACAAGATCACTAAATCGC
ATCCATTGGCTGAGATTTCACTTGAAGAGGACAAACTACTTGGTTCTACTACAACCCATG
ATGTCTAGTTTTTTTTCCTCTAGTCCTATGCAAAAGAAAAAGAAAAAAAGAAAGATTCTT
GTTTTCGTTTCGTACATTCAGCCTCTATACACTTTCTCGGAATATAATGCACTTTTTTTA
AGAATTG

QA 2 428 2 428
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6423Contig1 919 2 2 U
GGGCGATCGGCGTCGAGTTCGAGTTCAAAGGCTTAGCGGCGGAGTCTCTATCGGATCTCG
AACCGGAGATGTTCCAAACCCGTCCCGAATCGGAAACGCTAGTGGTTAACTCGGTTTTCG
AGCTCCACAGGCTTCTAAACCGGTCCGGTTCGATCGAGAAAGTTCTAACCACGGTAAAGG
CCGTTAAGCCGAGTATCGTTACTATGGTGGAGCAGGAAGCGAACCACAACGGCGTCGTTT
TTCTCGACAGGTTTAACGAAGCGCTTCACTACTACTCGAGCCTGTTCGACTCGCTGGAAG
ACAGCTACGGCTTACTGAGTCAAGACCGAGTCATGTCGGAGGTGTACTTAGGTAGACAGA
TAGTCAACGTGGTGGCGGCGGAGGGAACCGATCGGGTCGAGAGGCACGAGACGCTGGTGC
AGTGGAAAGTCCGGATGGGATCCGTCGGGTTTGACCCGGTGCCTCTCGGATCCAGCGCGT
TTAAGCAAGCGAGCATGCTCTTATCGGTTTTCGCCGGCGGGGATGGATACAGAGTCGAGG
AGAACGACGGCTGTTTGATGCTAGGGTGGCAGACACGACCACTTATTACCACCTCGGCGT
GGAAACTCGCCGGAGCGTAGAGATGTGACACACGGTTGGAACCGGGAAAAAAAGTGAAAA
GAGAAAATAAATGTTTAAAAATAGGGGACCGTAACTTTTAGCTGTGTTTTTACTGTTTTA
ACCCAAACTTTTTGTGTGTTTTAAATTTTAGCCTAAATGTTTACTTCTTTATCTTGTTGG
ACCCTGTGCGTATGTATCGTAGAAAGGGAAGGAGAGAACCGAGTAAAAAACCTTTGTATC
GTAGCTCGAGCTAGTAGTTCATTTCAAAGCTTTCAATAAATGGAAGGATAACGTTTTCTA
TGAGTTCATAATTTCACCC


BQ
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AF RR3FR18TF U 1
AF RR3FR18JQ C 244
BS 1 652 RR3FR18TF
BS 653 919 RR3FR18JQ

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TTCTCGACAGGTTTAACGAAGCGCTTCACTACTACTCGAGCCTGTTCGACTCGCTGGAAG
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DS 

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AAAATAAATGTTTAAAAATAGGGGACCGTAACTTTTAGCTGTGTTTTTACTGTTTTAACC
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GTTCATAATTTCACCC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AF RR3CN01TF U 1
AF RR3CN01JQ C 1
BS 1 408 RR3CN01TF
BS 409 744 RR3CN01JQ

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AAATCCAGGACAAGGAGGGAATACCACCGGATCAACAGAGGCTGATATTCGCTGGCAAAC
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TGGTCTTGAGGCTTAGGGGTGGGACCATGATCAAGGTCAAGACTCTCACTGGCAAAGAAA
TTGAGATTGATATCGAACCTACCGACACCATTGATCGTATCAAGGAAC

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3CN01JQ 744 0 0
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CCGGGAAAACCATAACCCTAGAGGTTGAAAGCAGCGACACCATCGACAATGTCAAAGCCA
AAATCCAGGACAAGGAGGGAATACCACCGGATCAACAGAGGCTGATATTCGCTGGCAAAC
AACTTGAAGATGGTAGAACCCTTGCGGACTACAACATCCAGAAAGAGTCAACTCTTCACC
TGGTCTTGAGGCTTAGGGGTGGGACCATGATCAAGGTCAAGACTCTCACTGGCAAAGAAA
TTGAGATTGATATCGAACCTACCGACACCATTGATCGTATCAAGGAACGTGTTGAGGAGA
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TAATCTGTTCAATCTCGTATGATGCATAATTACATATGATTTTTTTTTTGGATTTGGTTA
TTTTTGATGAATATCTTTCATTGC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL6426Contig1 1054 2 4 U
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TTTTTTATTTAAAAAATATTTTTTCTAATTACGG


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AF RR3B681TF U 1
AF RR3B681JQ C 438
BS 1 835 RR3B681TF
BS 836 836 RR3B681JQ
BS 837 859 RR3B681TF
BS 860 1054 RR3B681JQ

RD RR3B681TF 859 0 0
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CTTCTCCAGAGGTTTCAAAGCTTGATGATGCTTCTCCTTTGATGGCTACTAATGTAAAAG
CTCCAGAATCCTCTGACGTTCAAACCCGAAATGATCTTGAAGTCAAGATTCCAAAAGATT
CCGAGGTTAAGACTCCTGAAACGCCTAAAGCTAAGGAAGCTGAAGAACAGGAAGGTCATT
TCTCAGAGAATTGGGAGGTTAAGTTTCCAGAGGAATTGGAAGCTAACAAAACATCTGAAG
TTGTTAAGTATGCTAAGGTTTCTGCTCCTGTGTTGTCTGACGTGAAGGTTACGAAAGACT
TAGATGTTCCTGAGGTCTTGGAGGATAAGAATGTTGAAGAGGTTTCTGAGGTTCCGGCTC
CACCTGAATTGTCTGAGGTGAAGGTGACAAAAGAGACAAATGTTCCTAAGGTCTTTGAGG
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TTACAAAAGAGTCAAATGTTCCTGAGGTCTCGGAAGATAAGAACGTTCTCAAGACTGATG
AAGTTAAAGCTGCAGAGTCAGAACTTCTAAAGGTTTCAGAAGTTAAATCTTTAGAGGATT
TAGAGATTAAAGTTCCAAAAGTTTTTGAAGTCAAAACTCCTGGAGAGGTTAAGACTGATA
AAGAAGCATCTCAAGCTAATATTGCAGAAGAAACAGAGGTTCCAGAGTTTCTAGATGCTC
GAGAGAAGATTGATAAAGCGGAAGCTCAGATTCTTGAGGACATTAAAGTGACAGA*GATA
AAGAGATTGTGATGCATAA

QA 1 859 1 859
DS 

RD RR3B681JQ 617 0 0
GTGAAGGTGACAAAAGAGACAAATGTTCCTAAGGTCTTTGAGGATAAGAAAGTTCCAGAA
GATCCTGAGGTTCGTGCTCCTCCTGCATTGTCTGATATTAAGGTTACAAAAGAGTCAAAT
GTTCCTGAGGTCTCGGAAGATAAGAACGTTCTCAAGACTGATGAAGTTAAAGCTGCAGAG
TCAGAACTTTTAAAGGTTTCAGAAGTTAAATCTTTAGAGGATTTAGAGATTAAAGTTCCA
AAAGTTTTTGAAGTCAAAACTCCTGGAGAGGTTAAGACTGATAAAGAAGCATCTCAAGCT
AATATTGCAGAAGAAACAGAGGTTCCAGAGTTTTTAGATGCTCGAGAGAAGATTGATAAA
GCGGAAGCTCAGATTCTTGAGGACATTAAAGTGACAGAAGATAAAGAGATTGTGATGCAT
AAAAAAGAAGAGGAAGAAAAAGGTTTGTTTATTGAGAAGAAAGTCAAGGAGTTTACCCCA
TCTGGTTTAGATAGCAAATGAGTTACAAGAGAGACAGAGAGAAGGGTTTAGCATATTCTT
ATCGGAAATTTCAATTTATGTGTTTGAAACCTCCTTTGTTTTTTTTTTTATTTAAAAAAT
ATTTTTTCTAATTACGG

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL6427Contig1 990 2 2 U
GGCTGGGACTACCAGTCCTTCATCACCGCCGCTGCTCTCTTTGAGCCTCTCGGGTTTGGT
ACCACCGGTGGAAAACTCATGGGACAGAAAGAAATGGCTGCCTTTCTCGGTCATGTCGCC
AGCAAAACCTCCTGTGGATACGGAGTCGCAACGGGAGGGCCTTTAGCTTGGGGTCTTTGC
TACAACAGGGAGATGAGTCCAATGCAATCTTACTGTGACGAGACGTGGAAATACAAGTAC
CCTTGCAGCCCTGGAGCTGAGTACTACGGACGTGGTGCTTTACCCATTTACTGGAACTTC
AACTACGGTGCAGCTGGGGAAGCCTTAAAGGCCGATCTCTTGAACCACCCCGAGTACATC
GAGCAGAACGCAACACTTGCCTTCCAAGCTGCTATCTGGAGATGGATGACGCCGATCAAG
AAAGCTCAGCCCTCTGCTCACGACATCTTTGTTGGTAACTGGAAACCAACGAAGAATGAT
ACGTTGTCCAAGCGTGGACCGACTTTTGGCACAACCATGAATGTCTTGTATGGAGAGTAC
ACATGTGGTCAAGGTGACATTGAGCCGATGAACAATATAGTCTCGCACTACTTGTACTTC
CTGGACCTCTTGGGTATCGGAAGAGAAGACGCGGGTCCAAACGAGGAGCTCAGTTGCGCT
GAGCAGAAAGCATTCAACCCTGCAACTGCACCTACTTCTTCCACTTCGTAAGTCTCTCTC
CTCCGTATTTGCGGTTGTTCTCAAGATCGTTTGCTTCTTCACTCGACAAGTGTTTACGTA
ATAAGTGTGCTATTTTTCTTTAGGGGTTGTCCTCCCTGACTCCCTGTAGAACTTATACAA
ACGAAATTTTATATCTGTATGTATGTCGTATTGAATGAATTGTTGTATTTGCAGAGTGTG
TAAAAGTAACTGAAAGCATGTAAACCATTAATGTGTGTTTGCAAATGATGTTTCTATTCA
TTTTTATTATATAATTTTAAGTTTTGTCCG


BQ
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AF RR3FQ35TF U 1
AF RR3FQ35JQ C 287
BS 1 695 RR3FQ35TF
BS 696 990 RR3FQ35JQ

RD RR3FQ35TF 695 0 0
GGCTGGGACTACCAGTCCTTCATCACCGCCGCTGCTCTCTTTGAGCCTCTCGGGTTTGGT
ACCACCGGTGGAAAACTCATGGGACAGAAAGAAATGGCTGCCTTTCTCGGTCATGTCGCC
AGCAAAACCTCCTGTGGATACGGAGTCGCAACGGGAGGGCCTTTAGCTTGGGGTCTTTGC
TACAACAGGGAGATGAGTCCAATGCAATCTTACTGTGACGAGACGTGGAAATACAAGTAC
CCTTGCAGCCCTGGAGCTGAGTACTACGGACGTGGTGCTTTACCCATTTACTGGAACTTC
AACTACGGTGCAGCTGGGGAAGCCTTAAAGGCCGATCTCTTGAACCACCCCGAGTACATC
GAGCAGAACGCAACACTTGCCTTCCAAGCTGCTATCTGGAGATGGATGACGCCGATCAAG
AAAGCTCAGCCCTCTGCTCACGACATCTTTGTTGGTAACTGGAAACCAACGAAGAATGAT
ACGTTGTCCAAGCGTGGACCGACTTTTGGCACAACCATGAATGTCTTGTATGGAGAGTAC
ACATGTGGTCAAGGTGACATTGAGCCGATGAACAATATAGTCTCGCACTACTTGTACTTC
CTGGACCTCTTGGGTATCGGAAGAGAAGACGCGGGTCCAAACGAGGAGCTCAGTTGCGCT
GAGCAGAAAGCATTCAACCCTGCAACTGCACCTAC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3FQ35JQ 704 0 0
TTTACTGGAACTTCAACTACGGTGCAGCTGGGGAAGCCTTAAAGGCCGATCTCTTGAACC
ACCCCGAGTACATCGAGCAGAACGCAACACTTGCCTTCCAAGCTGCTATCTGGAGATGGA
TGACGCCGATCAAGAAAGCTCAGCCCTCTGCTCACGACATCTTTGTTGGTAACTGGAAAC
CAACGAAGAATGATACGTTGTCCAAGCGTGGACCGACTTTTGGCACAACCATGAATGTCT
TGTATGGAGAGTACACATGTGGTCAAGGTGACATTGAGCCGATGAACAATATAGTCTCGC
ACTACTTGTACTTCCTGGACCTCTTGGGTATCGGAAGAGAAGACGCGGGTCCAAACGAGG
AGCTCAGTTGCGCTGAGCAGAAAGCATTCAACCCTGCAACTGCACCTACTTCTTCCACTT
CGTAAGTCTCTCTCCTCCGTATTTGCGGTTGTTCTCAAGATCGTTTGCTTCTTCACTCGA
CAAGTGTTTACGTAATAAGTGTGCTATTTTTCTTTAGGGGTTGTCCTCCCTGACTCCCTG
TAGAACTTATACAAACGAAATTTTATATCTGTATGTATGTCGTATTGAATGAATTGTTGT
ATTTGCAGAGTGTGTAAAAGTAACTGAAAGCATGTAAACCATTAATGTGTGTTTGCAAAT
GATGTTTCTATTCATTTTTATTATATAATTTTAAGTTTTGTCCG

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL6428Contig1 1018 2 6 U
GGACAACAACACTTCCAAATCCAACTCATCATCATCCTTCCTCCTCGTTCTCTCCGCAAT
CAATCTCACATTTGGTAATATCGAAATGGCGACGGCTTTCTCTGCCACCCTTCCTCTCCA
TGGATCTCAAGAGAATCGTCTCTTGCTTCCTCCCACCCGATTGGCTCCTCCTCCTCCTTC
TTCTTCTTTCCTCGGATCCACCCGTTCACTTCCAAGTACAAGAGGGAAGTCTTGAAACAG
GACTGCGAAGACGTCACTGTTGCGTTTTTTGGAGATGGGACTTGTAACAACGGGCAGTTC
TATGAGTGTCTCAACATGGCTGCGCTTTATAAGTTGCCTATTATCTTCGTTGTTGAGAAT
AACTTGTGGGCGATTGGGATGTCTCATTTGAGGTCGACTTCTGATCCCGAGATATGGAAG
AAAGGACCTGCGTTTGGGATGCCTGGTGTTCATGTCGACGGTATGGATGTGCTGAAGGTG
AGGGAAGTGGCTAAAGAGGCAGTGGGAAGAGCTAGAAGAGGTGAAGGTCCAACCTTGGTG
GAGTGTGAGACTTACAGGTTCAGAGGACACTCCTTGGCTGATCCTGATGAGCTCCGTGAT
GCTGCTGAGAAAGCCAAGTACGCGGCTAGAGACCCGATCACAGCGCTGAAGAAGTATCTG
GTAGAGAACAAGCTTGCTAATGAAGGGGAGCTTAAGTCGATAGAGAAGAAGATAGACGAG
TTGGTTGAGGAAGCGGTTGAGTTTGCGGACGCGAGTCCACAGCCTGGTCGGAGTCAGTTG
CTAGAGAATGTGTTTGCTGATCCCAAAGGGTTTGGAATTGGACCTGATGGACGTTACAGA
TGCGAGGATCCCAAGTTTACTGAAGGCACTGCTCAAGTTTGAGACAAGAGATAAAAGAGA
GAGAGTTAAATTATAACGTCTTTGGCTTCTGTTTGATGTTCTCTTACATATTATGAAGTT
AAAATGCCACAGAGAAACAGTTTGTATCGTCTGAAGTTTTTTTTTTCCTGGCTGGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CW96TF U 1
AF RR3CW96JQ C 349
BS 1 687 RR3CW96TF
BS 688 688 RR3CW96JQ
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BS 732 732 RR3CW96JQ
BS 733 766 RR3CW96TF
BS 767 1018 RR3CW96JQ

RD RR3CW96TF 766 0 0
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CAATCTCACATTTGGTAATATCGAAATGGCGACGGCTTTCTCTGCCACCCTTCCTCTCCA
TGGATCTCAAGAGAATCGTCTCTTGCTTCCTCCCACCCGATTGGCTCCTCCTCCTCCTTC
TTCTTCTTTCCTCGGATCCACCCGTTCACTTCCAAGTACAAGAGGGAAGTCTTGAAACAG
GACTGCGAAGACGTCACTGTTGCGTTTTTTGGAGATGGGACTTGTAACAACGGGCAGTTC
TATGAGTGTCTCAACATGGCTGCGCTTTATAAGTTGCCTATTATCTTCGTTGTTGAGAAT
AACTTGTGGGCGATTGGGATGTCTCATTTGAGGTCGACTTCTGATCCCGAGATATGGAAG
AAAGGACCTGCGTTTGGGATGCCTGGTGTTCATGTCGACGGTATGGATGTGCTGAAGGTG
AGGGAAGTGGCTAAAGAGGCAGTGGGAAGAGCTAGAAGAGGTGAAGGTCCAACCTTGGTG
GAGTGTGAGACTTACAGGTTCAGAGGACACTCCTTGGCTGATCCTGATGAGCTCCGTGAT
GCTGCTGAGAAAGCCAAGTACGCGGCTAGAGACCCGATCACAGCGCTGAAGAAGTATCTG
GTAGAGAACAAGCTTGCTAATGAAGGG*AGCTTAAGTCGATAGAGAAGAAGATAGACGAG
TTGGTTGAGGA*GCGGTTGAGTTTGCGGACGCGAGTCCACAGCCTG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3CW96JQ 670 0 0
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CCAACCTTGGTGGAGTGTGAGACTTACAGGTTCAGAGGACACTCCTTGGCTGATCCTGAT
GAGCTCCGTGATGCTGCTGAGAAAGCCAAGTACGCGGCTAGAGACCCGATCACAGCGCTG
AAGAAGTATCTGGTAGAGAACAAGCTTGCTAATGAAGGGGAGCTTAAGTCGATAGAGAAG
AAGATAGACGAGTTGGTTGAGGAAGCGGTTGAGTTTGCGGACGCGAGTCCACAGCCTGGT
CGGAGTCAGTTGCTAGAGAATGTGTTTGCTGATCCCAAAGGGTTTGGAATTGGACCTGAT
GGACGTTACAGATGCGAGGATCCCAAGTTTACTGAAGGCACTGCTCAAGTTTGAGACAAG
AGATAAAAGAGAGAGAGTTAAATTATAACGTCTTTGGCTTCTGTTTGATGTTCTCTTACA
TATTATGAAGTTAAAATGCCACAGAGAAACAGTTTGTATCGTCTGAAGTTTTTTTTTTCC
TGGCTGGATG

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL6429Contig1 616 2 3 U
GATGATCATCATTCATCAATCTATCATCACACTCATTCTGGCTTCCGGGCCAAGAAAAAA
TACATTGGCGTGAATATCTCTCTCCTTCCACCGTCGACTAATCCTTCCGCGGCCTTCTCC
AAAAAATCTGAAACCCTTTGGCTTCCTTTAGGTGCCAGTCTTATGTACTCAAGGAGCTTC
ACCATGTTTTTGGTTATGGATCGTCCAACAGCTGTTAGGCGGAAGCTACTGAGCGAAAAG
TGGTTTTTGTCTAGAGGTAAGTACCATGGGACTGGCGAGTCCTTGGCCAGATCCTTTTCC
CATATTACTTCAAAACCGGCCTGCTTCAGAGCTTCTAGGCACTTTGAAGTCAGCCTAATG
TCAGGGAGACCATCTCCAATCTCTATCTCTGCCTTTATCTTCTGATGTTGGGCGTTATCA
GGGTCAAACGCATCAGTCATGCACCACTCATAGGCAGCAAAACATTGCCCAGGCTTTGGC
ACTCTGTAGATCTCTTTGTAGCATCCATATGCATCAGGTGTGTGGCAGGTTGCCTCTATA
GCATAAACTGCATCAAAAGTGTTTTCAGGGAATGGCATCTTCATGAAGTCAGCCTTGACA
AAGCCACATGTCTTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F689JQ U 3
AF RR3F689TF C 1
BS 1 2 RR3F689TF
BS 3 417 RR3F689JQ
BS 418 616 RR3F689TF

RD RR3F689JQ 415 0 0
TGATCATCATTCATCAATCTATCATCACACTCATTCTGGCTTCCGGGCCAAGAAAAAATA
CATTGGCGTGAATATCTCTCTCCTTCCACCGTCGACTAATCCTTCCGCGGCCTTCTCCAA
AAAATCTGAAACCCTTTGGCTTCCTTTAGGTGCCAGTCTTATGTACTCAAGGAGCTTCAC
CATGTTTTTGGTTATGGATCGTCCAACAGCTGTTAGGCGGAAGCTACTGAGCGAAAAGTG
GTTTTTGTCTAGAGGTAAGTACCATGGGACTGGCGAGTCCTTGGCCAGATCCTTTTCCCA
TATTACTTCAAAACCGGCCTGCTTCAGAGCTTCTAGGCACTTTGAAGTCAGCCTAATGTC
AGGGAGACCATCTCCAATCTCTATCTCTGCCTTTATCTTCTGATGTTGGGCGTTA

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR3F689TF 616 0 0
GATGATCATCATTCATCAATCTATCATCACACTCATTCTGGCTTCCGGGCCAAGAAAAAA
TACATTGGCGTGAATATCTCTCTCCTTCCACCGTCGACTAATCCTTCCGCGGCCTTCTCC
AGAAAATCTGAAACCCTTTGGCTTCCTTTAGGTGCCAGTCTTATGTACTCAAGGAGCTTC
ACCATGTTTTTGGTTATGGATCGTCCAACAGCTGTTAGGCGGAAGCTACTGAGCGAAAAG
TGGTTTTTGTCTAGAGGTAAGTACCATGGGACTGGCGAGTCCTTGGCCAGATCCTTTTCC
CATATTACTTCAAAACCGGCCTGCTTCAGAGCTTCTAGGCACTTTGAAGTCAGCCTAATG
TCAGGGAGACCATCTCCAATCTCTATCTCTGCCTTTATCTTCTGATGTTGGGCGTTATCA
GGGTCAAACGCATCAGTCATGCACCACTCATAGGCAGCAAAACATTGCCCAGGCTTTGGC
ACTCTGTAGATCTCTTTGTAGCATCCATATGCATCAGGTGTGTGGCAGGTTGCCTCTATA
GCATAAACTGCATCAAAAGTGTTTTCAGGGAATGGCATCTTCATGAAGTCAGCCTTGACA
AAGCCACATGTCTTAC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL6430Contig1 1152 2 2 U
GCTCTTGTTAGAGCTGGTTGTCTTCGGAGTAGGGTTCATAGGAGTGTGGTCGCACCATTT
CTGTTCAAAGCACAGCACATTCCATGCATACTCCAAACCAAACTTCTTCTTGTACAGCAA
AGTGAAGAGTTGGTGAGCATTCTGCAGAATGCCCAAATCATTCATGCCACTAGCCTTCTC
ACTCTTTGCATCTGCATAAGTTCTACAGAACCTGCTCACTTCCCGGGAAATCTTTTGCCA
CCTATGTCTACAATGGTCCGGACTTCTTGGCTGAGCACCATCAAGTACATGAGTACTCGA
TGCATAATAGTCTCCTATACGCTTCCAAAAGCTCCCAGCCCTTTGGTCATTCCCAACTAT
GGAATCCTTCGATGTGTTTAACCAGCCACTTATTAGGACTAAGTCATCTTCTGTGGACCA
TATCCTTCTCTCCCTACGCTCTTCTGGTGTGTCTTCTGATTGACTCGGTTGGGAACTCAG
TTGTGGACTAAGAAAAGGGGTTTCGGTTTGAGAAGAGGAGAAGTTTACACTGGGAGAGAA
TCTATCATAAGGGAAGTTAAGAAGACTAAAGTAAGGTTGAGACTGACTATTAGGATTATT
GTTTGAATCCATAGGAAACAGATTCATACAAAGAAGAATATGATGAAGAGAGATTGAGTA
TTGGTGTCGGGTATAAATGGGAGTAGTTGTAGTTAATTCTTACCTAATAACCATTACCTA
CTTCCATCAACTCAGACACTTATTACAGACATTAGAGTGTTTTATAGCATTTACAATATC
AGTAAAGTCAAAGTGTTGTTGCTAAGCTTTCATATCAATTTATAGTTTGATAACTAAACC
ATGTAACTAGGAAACAAAAAGTAAACCAGTAGTTAACTAAATCCAAACTGATATTTGAGA
ACTAAACCAATAGTGACTAACCAAAATACACTATTCAACTAAAAAAAAATGGCTAACCTT
TTACTTTGGATAAAGGCTTGTTTGTTGTTGCTTCCCGAGAACACTCGTCTCAACGAAGGT
ATTGCTGGTGATCTTGACGATGATGAGGAGAATGGCGCTGATGATGTTATTGATTTTGAG
GACGAGGATATCTATAGGATCTAAGGTGTTTGTTTGGTTTTTGTTTTTGCTTTGAACCTT
TTCTGGCAGCTT


BQ
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AF RR3AC34TF U 1
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BQ
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A

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ATTTTCTCTTTTTTTCTTT

QA 1 379 1 379
DS 



AS 1 2

CO CL6432Contig1 690 2 2 U
GGGTTTCACTGCGCTGTTCTAAAAGGGTTTCGTTGGAAGAAGATAAGAGGAAGATGCCAG
GCCCTGTTGTTGAAGAAGTTAAGATTGAGGAATCCATCAAAGAGCAAATGAAGCTCGAGA
AGGAAGATGATGTTGTCGTTGAGGATGTCAAAGACGGAGATGAAGACGACGATGTGGATG
ACGATGACGATGACAACGTCGATGAAGCTGGTGGCAATGAGAGCTCTAAACAAAGCAGAA
GTTAGAAGAAAAGCCGCAAAGCTATGCTGAAACTCGGAATGAAACCTGTCACAGATGTTA
GCAGAGTGACTATCAAGAGATCAAAGAATGTTTTGTTCGTCATCTCGAAGCCGGATGTGT
TCAAGAGTCCCAACTCTGAGACCTATGTGATATTCGGTGAGGCCAAGATTGATGATATGA
GCTCTCAGCTACAAGCTCAAGCTGCTCAGAGGTTCAAGATGCCCGACGTTGAGCTCGTGA
TGACTCAGGCTGGTGTTTCCAAGGCCAAAGCCACTAAGGCTCTTAAAGCCAATGATGGAG
ATATCGTTTCCGCCATCATGGAACTCACTACATAGTAGGTTGAGTTGCAGAGTCAGGCAA
TTGTCCTCTTTTTTAATGAATGTCTCGTTTCTCGAACATTGTTTGTGTTTCGCCACTTTA
GAGGCTATTTTTCTCTTCTATAAACCATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D006TF U 1
AF RR3D006JQ C 210
BS 1 592 RR3D006TF
BS 593 690 RR3D006JQ

RD RR3D006TF 592 0 0
GGGTTTCACTGCGCTGTTCTAAAAGGGTTTCGTTGGAAGAAGATAAGAGGAAGATGCCAG
GCCCTGTTGTTGAAGAAGTTAAGATTGAGGAATCCATCAAAGAGCAAATGAAGCTCGAGA
AGGAAGATGATGTTGTCGTTGAGGATGTCAAAGACGGAGATGAAGACGACGATGTGGATG
ACGATGACGATGACAACGTCGATGAAGCTGGTGGCAATGAGAGCTCTAAACAAAGCAGAA
GTTAGAAGAAAAGCCGCAAAGCTATGCTGAAACTCGGAATGAAACCTGTCACAGATGTTA
GCAGAGTGACTATCAAGAGATCAAAGAATGTTTTGTTCGTCATCTCGAAGCCGGATGTGT
TCAAGAGTCCCAACTCTGAGACCTATGTGATATTCGGTGAGGCCAAGATTGATGATATGA
GCTCTCAGCTACAAGCTCAAGCTGCTCAGAGGTTCAAGATGCCCGACGTTGAGCTCGTGA
TGACTCAGGCTGGTGTTTCCAAGGCCAAAGCCACTAAGGCTCTTAAAGCCAATGATGGAG
ATATCGTTTCCGCCATCATGGAACTCACTACATAGTAGGTTGAGTTGCAGAG

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3D006JQ 481 0 0
GGTGGCAATGAGAGCTCTAAACAAAGCAGAAGTTAGAAGAAAAGCCGCAAAGCTATGCTG
AAACTCGGAATGAAACCTGTCACAGATGTTAGCAGAGTGACTATCAAGAGATCAAAGAAT
GTTTTGTTCGTCATCTGGAAGCCGGATGTGTTCAAGAGTCCCAACTTTGAGACCTATGTG
ATATTCGGTGAGGCCAAGATTGATGATATGAGCTTTCAGCTACAAGCTCAAGCTGCTCAG
AGGTTCAAGATGCCCGACGTTGAGCTCGTGATGACTCAGGCTGGTGTTTCCAAGGCCAAA
GCCACTAAGGCTCTTAAAGCCAATGATGGAGATATCGTTTCCGCCATCATGGAACTCACT
ACATAGTAGGTTGAGTTGCAGAGTCAGGCAATTGTCCTCTTTTTTAATGAATGTCTCGTT
TCTCGAACATTGTTTGTGTTTCGCCACTTTAGAGGCTATTTTTCTCTTCTATAAACCATA
A

QA 1 481 1 481
DS 



AS 1 2

CO CL6433Contig1 1001 2 2 U
GGTGCTTACAGAGGCGTGCTTGCGTATCTTCTGATCACCATATCTATGTGGTTCATGGTC
GGGACTTGGCTATTCGCTCCCTTCCTCTTCAATCCATCTGGTTTTGAATGGCAGAAAATC
GTCGATGATTGGACTGATTGGAACAAGTGGATAAACAACATTGGTGGTATTGGTGTCCCG
GCAGAGAAGAGTTGGGAGTCGTGGTGGGAGGAAGAGCAAGAGCATCTCAGACATTCGGGA
AAGCGTGGCATAGTTGTTGAGATTTTGTTGGCGCTGCGGTTCTTTATCTATCAATACGGT
CTTGTTTATCATCTCACCATTACTGAGAGGACTAAAAACTTTCTGGTTTATGGAGTGTCG
TGGCTGGCGATTTTCTTGATATTGTTTGTGATGAAGACTATCTCGGTGGGAAGGAGGAAG
TTCAGTGCGAGTTTCCAGCTGATGTTCCGGTTGATAAAGGGGCTAATATTCATGACATTT
ATTGCAATCATTGTGATATTGATCACACTTGCTCACATGACGATTCAAGATATTATTGTG
TGCATCCTTGCGTTTATGCCTACAGGCTGGGGTATGCTCTTGATTGCGCAAGCGTGTAAG
CCAGTGGTGCATAGAGCAGGGTTCTGGGGATCAGTGAGGACACTAGCTCGTGGATATGAG
ATAGTGATGGGACTGTTGCTGTTCACACCAGTGGCGTTCTTGGCTTGGTTTCCTTTTGTG
TCGGAGTTTCAGACGCGTATGCTCTTCAATCAAGCGTTCAGTAGAGGTCTTCAGATCTCT
CGTATCCTTGGAGGACATAGGAAGGATCGTTCTTCTCGAAACAAGGAGTGAAACATCATC
GTCGTCATCACTTGTTCTCCACTTCATGTAATGCAGAGGGATGTCTAGTCAGTAAAACAT
ATCTAGTTCTTTGATCTTTCTATTGTTGTTGTTGTTGTTGGTACAAGTAGTGAATCGTAT
GAGTTGGGTTAAAAAACAATACAATGTTGAATGTGTTATGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F794TF U 1
AF RR3F794JQ C 271
BS 1 684 RR3F794TF
BS 685 1001 RR3F794JQ

RD RR3F794TF 684 0 0
GGTGCTTACAGAGGCGTGCTTGCGTATCTTCTGATCACCATATCTATGTGGTTCATGGTC
GGGACTTGGCTATTCGCTCCCTTCCTCTTCAATCCATCTGGTTTTGAATGGCAGAAAATC
GTCGATGATTGGACTGATTGGAACAAGTGGATAAACAACATTGGTGGTATTGGTGTCCCG
GCAGAGAAGAGTTGGGAGTCGTGGTGGGAGGAAGAGCAAGAGCATCTCAGACATTCGGGA
AAGCGTGGCATAGTTGTTGAGATTTTGTTGGCGCTGCGGTTCTTTATCTATCAATACGGT
CTTGTTTATCATCTCACCATTACTGAGAGGACTAAAAACTTTCTGGTTTATGGAGTGTCG
TGGCTGGCGATTTTCTTGATATTGTTTGTGATGAAGACTATCTCGGTGGGAAGGAGGAAG
TTCAGTGCGAGTTTCCAGCTGATGTTCCGGTTGATAAAGGGGCTAATATTCATGACATTT
ATTGCAATCATTGTGATATTGATCACACTTGCTCACATGACGATTCAAGATATTATTGTG
TGCATCCTTGCGTTTATGCCTACAGGCTGGGGTATGCTCTTGATTGCGCAAGCGTGTAAG
CCAGTGGTGCATAGAGCAGGGTTCTGGGGATCAGTGAGGACACTAGCTCGTGGATATGAG
ATAGTGATGGGACTGTTGCTGTTC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3F794JQ 731 0 0
GCGCTGCGGTTCTTTATCTATCAATACGGTCTTGTTTATCATCTCACCATTACTGAGAGG
ACTAAAAACTTTCTGGTTTATGGAGTGTCGTGGCTGGCGATTTTCTTGATATTGTTTGTG
ATGAAGACTATCTCGGTGGGAAGGAGGAAGTTCAGTGCGAGTTTCCAGCTGATGTTCCGG
TTGATAAAGGGGCTAATATTCATGACATTTATTGCAATCATTGTGATATTGATCACACTT
GCTCACATGACGATTCAAGATATTATTGTGTGCATCCTTGCGTTTATGCCTACAGGCTGG
GGTATGCTCTTGATTGCGCAAGCGTGTAAGCCAGTGGTGCATAGAGCAGGGTTCTGGGGA
TCAGTGAGGACACTAGCTCGTGGATATGAGATAGTGATGGGACTGTTGCTGTTCACACCA
GTGGCGTTCTTGGCTTGGTTTCCTTTTGTGTCGGAGTTTCAGACGCGTATGCTCTTCAAT
CAAGCGTTCAGTAGAGGTCTTCAGATCTCTCGTATCCTTGGAGGACATAGGAAGGATCGT
TCTTCTCGAAACAAGGAGTGAAACATCATCGTCGTCATCACTTGTTCTCCACTTCATGTA
ATGCAGAGGGATGTCTAGTCAGTAAAACATATCTAGTTCTTTGATCTTTCTATTGTTGTT
GTTGTTGTTGGTACAAGTAGTGAATCGTATGAGTTGGGTTAAAAAACAATACAATGTTGA
ATGTGTTATGA

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL6434Contig1 958 2 2 U
GGCACTCAAAAAGATGGATAAGCGATGGAGTCTTCAAGGTATGACTGCTCTTGTAACTGG
TGGAGCCAGCGGAATCGGGTATGCCATAGTAGAGGAGTTAGCTGGTTTTGGAGCTAAAAT
CCATGTTTGCGACATATCCGAAGTTCTGCTTAATAAAAGTTTAACCGAATGGGAAAGGAA
AGGGTTTCACGTGAGTGGCTCAGTCTGTGATGTTACCTCTCTTTCTGAGAGAGAAACATT
AGTACAAACTGTCTCCTCGCTGTTCGATGGCAAGCTCAACATTCTTGTGAACAATGTGGG
AGTAATTCGTGGAAAGCGAACGTTAGAATATGTGAAAGAGGATTTTGATTTCCACATCTC
AACAAATTTGGAACCTGCTTTACATTTTTGTCAGCTTTCACATCCTTTACTCAAGGCTTC
AGGCTATGGAAGTATCATCTTCATGTCCTCTGTTACAGGCATTTTATCATTTACCGCTGG
ATCCATTTATAACTTAACAAAAGGAGCTCTGAATCAGCTAGCAAGAAATCTGGCATGTGA
ATGGGCAAAAGACGGCATAAGAGCCAATGCTGTTGCACCTAATGTTATCAAGACTCCTCT
GTCTCAACCTTATCTTGATGACGTCAAGTTCAAGGAAGAATTATGCGGAAGAACTCCACT
CGGGCGGGCTGGTGAGCTGAATGAAGTTGCATCACTAGTGGTATTCTTGTGTCTACCTGC
AGCTTCCTATATCACAGGTCAAACTATTTGTGTTGATGGAGGCCTCACGGTCAACGGTTT
CTCCTATCAAACACATGCTTAAAAAGACCTTGTCGCGTTTTGTCTGTTTGCCTTCAGTTC
TCTCTCTAATAAAAAAACTCTCATTTTCACGTTTTGTCACTTTGTCAAAATAAATGAGTT
CTTACTTTCATTGTTGAGATGCTACTTCTGAAGTTAATACATCTTAAATGTCCTATCT


BQ
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AF RR3E429TF U 1
AF RR3E429JQ C 218
BS 1 631 RR3E429TF
BS 632 958 RR3E429JQ

RD RR3E429TF 631 0 0
GGCACTCAAAAAGATGGATAAGCGATGGAGTCTTCAAGGTATGACTGCTCTTGTAACTGG
TGGAGCCAGCGGAATCGGGTATGCCATAGTAGAGGAGTTAGCTGGTTTTGGAGCTAAAAT
CCATGTTTGCGACATATCCGAAGTTCTGCTTAATAAAAGTTTAACCGAATGGGAAAGGAA
AGGGTTTCACGTGAGTGGCTCAGTCTGTGATGTTACCTCTCTTTCTGAGAGAGAAACATT
AGTACAAACTGTCTCCTCGCTGTTCGATGGCAAGCTCAACATTCTTGTGAACAATGTGGG
AGTAATTCGTGGAAAGCGAACGTTAGAATATGTGAAAGAGGATTTTGATTTCCACATCTC
AACAAATTTGGAACCTGCTTTACATTTTTGTCAGCTTTCACATCCTTTACTCAAGGCTTC
AGGCTATGGAAGTATCATCTTCATGTCCTCTGTTACAGGCATTTTATCATTTACCGCTGG
ATCCATTTATAACTTAACAAAAGGAGCTCTGAATCAGCTAGCAAGAAATCTGGCATGTGA
ATGGGCAAAAGACGGCATAAGAGCCAATGCTGTTGCACCTAATGTTATCAAGACTCCTCT
GTCTCAACCTTATCTTGATGACGTCAAGTTC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3E429JQ 741 0 0
TCTCTTTCTGAGAGAGAAACATTAGTACAAACTGTCTCCTCGCTGTTCGATGGCAAGCTC
AACATTCTTGTGAACAATGTGGGAGTAATTCGTGGAAAGCGAACGTTAGAATATGTGAAA
GAGGATTTTGATTTCCACATCTCAACAAATTTGGAACCTGCTTTACATTTTTGTCAGCTT
TCACATCCTTTACTCAAGGCTTCAGGCTATGGAAGTATCATCTTCATGTCCTCTGTTACA
GGCATTTTATCATTTACCGCTGGATCCATTTATAACTTAACAAAAGGAGCTCTGAATCAG
CTAGCAAGAAATCTGGCATGTGAATGGGCAAAAGACGGCATAAGAGCCAATGCTGTTGCA
CCTAATGTTATCAAGACTCCTCTGTCTCAACCTTATCTTGATGACGTCAAGTTCAAGGAA
GAATTATGCGGAAGAACTCCACTCGGGCGGGCTGGTGAGCTGAATGAAGTTGCATCACTA
GTGGTATTCTTGTGTCTACCTGCAGCTTCCTATATCACAGGTCAAACTATTTGTGTTGAT
GGAGGCCTCACGGTCAACGGTTTCTCCTATCAAACACATGCTTAAAAAGACCTTGTCGCG
TTTTGTCTGTTTGCCTTCAGTTCTCTCTCTAATAAAAAAACTCTCATTTTCACGTTTTGT
CACTTTGTCAAAATAAATGAGTTCTTACTTTCATTGTTGAGATGCTACTTCTGAAGTTAA
TACATCTTAAATGTCCTATCT

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL6435Contig1 1006 2 4 U
GGGACACCCATCCCTTTAATACAGCGTTCTGATCAAAGCCCCAAAGAAAAAAAAAGACCA
AACAGAGAAAAAAAAAAGACATGAATGCTTTAGCAGCAACTAACAGAAACTTCAAGCTTG
CCTCTAGGCTTCTAGGTTTAGATTCTAAGCTTGAGAAGAGTCTTCTCATCCCCTTCAGAG
AGATCAAGGTGGAGTGTACCATACCGAAAGACGATGGGACACTAGCATCGTTTGTTGGGT
TCAGAGTCCAACACGACAATGCAAGAGGTCCTATGAAAGGTGGAATCAGATATCATCCCG
AGGTTGAACCGGACGAAGTGAACGCATTGGCTCAGCTCATGACGTGGAAAACAGCAGTGG
CAAAGATTCCGTACGGAGGTGCCAAAGGAGGGATTGGCTGTGATCCGAGCAAGCTCAGCG
TCTCTGAGCTTGAGAGACTGACTAGAGTCTTCACTCAGAAGATTCATGATCTCATTGGGA
TTCACACTGATGCTCCAGCTCCTGATATGGGCACTGGTCCTCAGACAATGGCTTGGATTC
TTGATGAGTACTCTAAGTTCCATGGATACTCTCCTGCAGTTGTCACTGGAAAACCCATCG
ATCTTGGTGGATCACTCGGGAGGGACGCGGCTACTGGAAGAGGAGTGATGTTTGGAACCG
AAGCTTTGCTTAACGAACACGGAAAGAGCATCTCAGGTCAACGTTTTGTCATCCAGGGGT
TTGGGAATGTAGACTCATGGGCGGCGAAGCTGATAAGTGAGCAAGGTGGGAAGATAGTTG
CGGTGAGCGACATTACCGGAGCTATCAAGAACAAGGATGGTATTGATATCGAGAGCTTGC
TTAACTATACTAAAGAACACAGAGGTGTTAAAGGGTTTGACGTGCGCATCCGATTGATGC
AACTCGATACTGGTCGAGGATTGTGATATCCTCATCCTGCAGCACTTGGTGGTGTCATCA
ACAGGAGATGCTAATGAGATAGAGCAAAGTCATCATTGAAGCTGCT


BQ
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AF RR3FE83TF U 1
AF RR3DJ57TF U 235
BS 1 492 RR3FE83TF
BS 493 493 RR3DJ57TF
BS 494 623 RR3FE83TF
BS 624 1006 RR3DJ57TF

RD RR3FE83TF 623 0 0
GGGACACCCATCCCTTTAATACAGCGTTCTGATCAAAGCCCCAAAGAAAAAAAAAGACCA
AACAGAGAAAAAAAAAAGACATGAATGCTTTAGCAGCAACTAACAGAAACTTCAAGCTTG
CCTCTAGGCTTCTAGGTTTAGATTCTAAGCTTGAGAAGAGTCTTCTCATCCCCTTCAGAG
AGATCAAGGTGGAGTGTACCATACCGAAAGACGATGGGACACTAGCATCGTTTGTTGGGT
TCAGAGTCCAACACGACAATGCAAGAGGTCCTATGAAAGGTGGAATCAGATATCATCCCG
AGGTTGAACCGGACGAAGTGAACGCATTGGCTCAGCTCATGACGTGGAAAACAGCAGTGG
CAAAGATTCCGTACGGAGGTGCCAAAGGAGGGATTGGCTGTGATCCGAGCAAGCTCAGCG
TCTCTGAGCTTGAGAGACTGACTAGAGTCTTCACTCAGAAGATTCATGATCTCATTGGGA
TTCACACTGATGTTCCAGCTCCTGATATGGGCACTGGTCCTCAGACAATGGCTTGGATTC
TTGATGAGTACTCTAAGTTCCATGGATACTCTCCTGCAGTTGTCACTGGAAAACCCATCG
ATCTTGGTGGATCACTCGGGAGG

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3DJ57TF 772 0 0
GG
GGGTTCAGAGTCCAACACGACAATGCAAGAGGTCCTATGAAAGGTGGAATCAGATATCAT
CCCGAGGTTGAACCGGACGAAGTGAACGCATTGGCTCAGCTCATGACGTGGAAAACAGCA
GTGGCAAAGATTCCGTACGGAGGTGCCAAAGGAGGGATTGGCTGTGATCCGAGCAAGCTC
AGCGTCTCTGAGCTTGAGAGACTGACTAGAGTCTTCACTCAGAAGATTCATGATCTCATT
GGGATTCACACTGATGCTCCAGCTCCTGATATGGGCACTGGTCCTCAGACAATGGCTTGG
ATTCTTGATGAGTACTCTAAGTTCCATGGATACTCTCCTGCAGTTGTCACTGGAAAACCC
ATCGATCTTGGTGGATCACTCGGGAGGGACGCGGCTACTGGAAGAGGAGTGATGTTTGGA
ACCGAAGCTTTGCTTAACGAACACGGAAAGAGCATCTCAGGTCAACGTTTTGTCATCCAG
GGGTTTGGGAATGTAGACTCATGGGCGGCGAAGCTGATAAGTGAGCAAGGTGGGAAGATA
GTTGCGGTGAGCGACATTACCGGAGCTATCAAGAACAAGGATGGTATTGATATCGAGAGC
TTGCTTAACTATACTAAAGAACACAGAGGTGTTAAAGGGTTTGACGTGCGCATCCGATTG
ATGCAACTCGATACTGGTCGAGGATTGTGATATCCTCATCCTGCAGCACTTGGTGGTGTC
ATCAACAGGAGATGCTAATGAGATAGAGCAAAGTCATCATTGAAGCTGCT

QA 3 772 3 772
DS 



AS 1 2

CO CL6436Contig1 802 2 2 U
GGGCGGTCGTCTTCTGCAAGCTAAGCTCCTCTTTCAATTTCAGCAGAGAGATGTCAGCGT
ACGAAAATGTTATTGGTGGGAGCTAAAGCTGAAAGGGAAGGCTTTAGATGTGAAAGCAGG
TGGAGTGAAGAAGAAGAAGAAGAAACAGGAAGAGCAAGCTCTTAAAATTACTGAACATGA
ACACATAGAAGGAGAAAACGAAGAAGCATTGGGTAAATTGATTGAAGGAGGAGAAGAAGA
AGATGAGGAGGGTAGGAGTGAAAAGGAGGATGGAAAAGTGCAACCTGATGATGATGATCT
GTTAACGCCTGCGGAAAGACGGTACATAGAGCAGAAGCAGAAACTGGATGTGCAGAAACT
AGCCAAGGAAGCGAACAAGTCTCACCGTAACAGGATTGAGGATTTCAATCAGTATCTGGC
TAACATGAGTGAGCATTACGATATCCCTAAAGTCGGACCTGGTTAAATCAACTTCTTCCT
TGTCTCTCTCTGCTTATTTCAGTTTGGCATTGTCGAACAGCTACTGTTGTTGGATCTCTC
GCGTTATTCCCATAACTTTGATATTATATGGCCTCTGCTCTTTTCTATGATGGACACATT
TTCGTGGAATGTTCACTCTTCCTCCTTCCTCCTGTATCTTTCAGTTTCCAAACTTTTTCT
ATTTTCTCAATCACAAAACAATTTTTTTCAACAGCTGGAATATACTCGAGACACCTCACG
AGAGGTTTATTTTTTTGTACACATCGCAGAGACTCTTCTGAGTTTTGTCTTTGAGAAATG
GAAGGAAAATATCTGTGTTCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B257JQ C 1
AF RR3B257TF U 1
BS 1 782 RR3B257TF
BS 783 802 RR3B257JQ

RD RR3B257JQ 802 0 0
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QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3B257TF 782 0 0
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AGATGAGGAGGGTAGGAGTGAAAAGGAGGATGGAAAAGTGCAACCTGATGATGATGATCT
GTTAACGCCTGCGGAAAGACGGTACATAGAGCAGAAGCAGAAACTGGATGTGCAGAAACT
AGCCAAGGAAGCGAACAAGTCTCACCGTAACAGGATTGAGGATTTCAATCAGTATCTGGC
TAACATGAGTGAGCATTACGATATCCCTAAAGTCGGACCTGGTTAAATCAACTTCTTCCT
TGTCTCTCTCTGCTTATTTCAGTTTGGCATTGTCGAACAGCTACTGTTGTTGGATCTCTC
GCGTTATTCCCATAACTTTGATATTATATGGCCTCTGCTCTTTTCTATGATGGACACATT
TTCGTGGAATGTTCACTCTTCCTCCTTCCTCCTGTATCTTTCAGTTTCCAAACTTTTTCT
ATTTTCTCAATCACAAAACAATTTTTTTCAACAGCTGGAATATACTCGAGACACCTCACG
AGAGGTTTATTTTTTTGTACACATCGCAGAGACTCTTCTGAGTTTTGTCTTTGAGAAATG
GA

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL6437Contig1 977 2 2 U
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CGCAATCTCAAATGCTACTTTGAGTACGCCAGTAACTTGTAGCCTTGTAGCAGAAGCCCC
ATCAGTTACCGGAAATGGAGACAGCAGCTCAAGCGCCTCTGGTACTACTGACCATTGTAT
GCGAAAAACCGAGGTTACTACTCCAGTGCAGGCATTGACCGTTACTTCAAGTGGCAATTC
TCAACCGGAAGTGTCACAATCTGAGACTGCAAAACCAACTGAAGATGCAGCTATAGGTCA
ATCATTGAATGCTGATGATGGACTCCAAGCTCCTATGGAAAATGTTTCTAGGTGTGGGAG
TCCATCAGAGTCTCTGAATGATAAAACAACGCCAGTGAACGGCCAAGGATCAAGCAAGGA
TGCCACTGAGGAAGTTGCTTCTGAAACTTGCCAGAACCACTCAACAGAAACCCCAACGGC
AGTTGAATCAGATCATGACTTGAAGATGACTGCCGAACCATCCATGCCAAAAGAGAATCC
AGCTTACCAGACAGAGGAAACAGCGTCCCAGCCTCCTTCAGTGTCATCTAACTGTCAGTC
ACAAACCGAGAAAGAAACAGCAAATGCTCGAGATACTGTACAGAATGCCCCGGGAGATTC
GCAAGAAGGCAAAGTGTTGAATGGTTTAGATGCTAGACATAATGAACAGCCTTCAGATCC
TTAGTTTGATAAATGAGATTCGATTAAGGAAGCAAACGCTGCGTAAAATTTTTGAGCAAT
TAACATGGGCTCAAACTTCACCAGCAACTGTTATCTTCTTTCAACTTTAGTTGTCGATGA
TATAAAAGTGAACAAAAAAAGTTGTCGATGATAGGAATATACATCTCATCTGTTAGGTAA
AAGCAGAGGAATGCTCAGAACATTTGGAGCAATGAACTTGCGAAAGCAATAGCAATAATA
GATATGATGGTTTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E444TF U 1
AF RR3E444JQ C 250
BS 1 666 RR3E444TF
BS 667 977 RR3E444JQ

RD RR3E444TF 666 0 0
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CGCAATCTCAAATGCTACTTTGAGTACGCCAGTAACTTGTAGCCTTGTAGCAGAAGCCCC
ATCAGTTACCGGAAATGGAGACAGCAGCTCAAGCGCCTCTGGTACTACTGACCATTGTAT
GCGAAAAACCGAGGTTACTACTCCAGTGCAGGCATTGACCGTTACTTCAAGTGGCAATTC
TCAACCGGAAGTGTCACAATCTGAGACTGCAAAACCAACTGAAGATGCAGCTATAGGTCA
ATCATTGAATGCTGATGATGGACTCCAAGCTCCTATGGAAAATGTTTCTAGGTGTGGGAG
TCCATCAGAGTCTCTGAATGATAAAACAACGCCAGTGAACGGCCAAGGATCAAGCAAGGA
TGCCACTGAGGAAGTTGCTTCTGAAACTTGCCAGAACCACTCAACAGAAACCCCAACGGC
AGTTGAATCAGATCATGACTTGAAGATGACTGCCGAACCATCCATGCCAAAAGAGAATCC
AGCTTACCAGACAGAGGAAACAGCGTCCCAGCCTCCTTCAGTGTCATCTAACTGTCAGTC
ACAAACCGAGAAAGAAACAGCAAATGCTCGAGATACTGTACAGAATGCCCCGGGAGATTC
GCAAGA

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3E444JQ 728 0 0
AGTGTCACAATCTGAGACTGCAAAACCAACTGAAGATGCAGCTATAGGTCAATCATTGAA
TGCTGATGATGGACTCCAAGCTCCTATGGAAAATGTTTCTAGGTGTGGGAGTCCATCAGA
GTCTCTGAATGATAAAACAACGCCAGTGAACGGCCAAGGATCAAGCAAGGATGCCACTGA
GGAAGTTGCTTCTGAAACTTGCCAGAACCACTCAACAGAAACCCCAACGGCAGTTGAATC
AGATCATGACTTGAAGATGACTGCCGAACCATCCATGCCAAAAGAGAATCCAGCTTACCA
GACAGAGGAAACAGCGTCCCAGCCTCCTTCAGTGTCATCTAACTGTCAGTCACAAACCGA
GAAGGAAACAGCAAATGCTCGAGATACTGTACAGAATGCCCCGGGAGATTCGCAAGAAGG
CAAAGTGTTGAATGGTTTAGATGCTAGACATAATGAACAGCCTTCAGATCCTTAGTTTGA
TAAATGAGATTCGATTAAGGAAGCAAACGCTGCGTAAAATTTTTGAGCAATTAACATGGG
CTCAAACTTCACCAGCAACTGTTATCTTCTTTCAACTTTAGTTGTCGATGATATAAAAGT
GAACAAAAAAAGTTGTCGATGATAGGAATATACATCTCATCTGTTAGGTAAAAGCAGAGG
AATGCTCAGAACATTTGGAGCAATGAACTTGCGAAAGCAATAGCAATAATAGATATGATG
GTTTTGAT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6439Contig1 811 2 2 U
GGGCATCCTATTTCATATCCCTAAACCTATAACCAACCTCTATATCTTTCTTCTTCTCAG
CCGTCGTTCACATCGCTCATTGACAACATGGCCGTCACAGAAGGACAACAAGTCATGGCT
CTCATTAGCAAGCGTCTCCGCGCTCACCGCAAGAAGTACAACCGTATTACCGAGATGGAA
GAGTCGGTTTCTCAGGGAAAAACGCTAAACAAGGAGCAAAAAGAAGCCATCCGCTCGAAG
CCAATCGTCATCGCCCTTATCGAAGAACTCGAAAAGCTCCGTCTTCCTCCTTCTCCTCCT
CCTTCCGCGGCTGGTTCAGAAGAGATCAGCCTCCCCGCTAAGAAAAACAAAAAGAAAAAG
GAACGTAAGGAGGTAGCCGAGGAGAAAGACGTGACCCTCAAGGAGGATATCGAGGAGTGC
AAGATCTCTGATGGTCTTGATGCTGTTGAGGTTACGAAGGATGATGTTTCTCCGTGTAGC
GTAAGCTCACAAGATGGGACGTCGTCACCACCCCCAGCGAGTAGTGGAAAGCCACGACGT
AAACGGAAGGCGAAGAAACCTCTGACTTCGAACTGATCGTGTCTCCAACTGTTGTACGAA
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CCTTTTAGTATTCTTCCGCTCGTTCACAAGAGCTTTTTTTTTTTCCGTTTGAGCTTTCTT
TCTTTCTACTATTTTTGGTATTGTTTGGTCACCTTGAGTTTTTTGATTCCTATGAAAGTC
GATTAATATTTTGCTAAGATTTGTTTACCGC


BQ
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AF RR3CG05TF U 1
AF RR3CG05JQ C 282
BS 1 699 RR3CG05TF
BS 700 811 RR3CG05JQ

RD RR3CG05TF 699 0 0
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CCTTCCGCGGCTGGTTCAGAAGAGATCAGCCTCCCCGCTAAGAAAAACAAAAAGAAAAAG
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CCTTTTAGTATTCTTCCGCTCGTTCACAAGAGCTTTTTT

QA 1 699 1 699
DS 

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TAGTGGAAAGCCACGACGTAAACGGAAGGCGAAGAAACCTCTGACTTCGAACTGATCGTG
TCTCCAACTGTTGTACGAAGCGGAAGTCAGTGCAATTATAAGTGCCATGAATTGCTTTGG
TCACAATCCTTGGCAGTTTCCTTTTAGTATTCTTCCGCTCGTTCACAAGAGCTTTTTTTT
TTTCCGTTTGAGCTTTCTTTCTTTCTACTATTTTTGGTATTGTTTGGTCACCTTGAGTTT
TTTGATTCCTATGAAAGTCGATTAATATTTTGCTAAGATTTGTTTACCGC

QA 1 530 1 530
DS 



AS 1 2

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TGATATTTTGTTCCACAAGGGAAAAAGTGTATATTCCTATTCAAAATGCGCATAAATTTG
TCTTTTTACTCCTTGTACTAATAACTTATCAATTGTAGAATAAGGAGATATGCATTATAG
GAGGAATAATGTTTGTGGTTTTCTCTCCCAAGCACAGTTATCGAGAATTCAAATCTGAAT
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TTGGACTTGATGTCGCCACCACCGTTGAAGTTCTGCGTGCACTCGTGGTCGTCACTCTCG
TCCGGAACAGTCCTCTTCTCCGGGGGTTCCCGGAAAGTCAGGTCCCGGTTTAACTTGACT
CGCTGTTATCGTCGTACCATCATCTCCTCTCCCGTGCATCCCAGATCTATGAACTTGTAC
TCTTCAAAATCAAGCTATGCCGTCAAGAAGGCACTACGTACAGATCTGGTCCATCTTCTC
CGTACCCCTCGACTGCAGTACCACTTCCTCTCTGATCCCGGAATTCTGACGTCACTTGTC
GGTGGGGCTCCACGTATGACCCGACGAACAGATCCGGCAGTTCGAAGTGTGTTGAAGTCG
AGAGCACATCGTCTCTTTCCCACCGTCGCCACCCCGACAGATCTCGCGGCCATTTTTCCG
ATCTGTCTCACCATCCACCACTGCTACTCCGGTGGAACTAGTACCTCAACGACACACACC
TTCTCTCAAGGTAGCATATCAACTAAGATTCCAAGGCTCAATGAACTGAAATTATTGTTA
CAATCACATGTGGTCTTGGCTAGTTTAAAGATTTCCGATGGGTTCACCGGGATCTATAGT
TCGAGCATACTGTTATATCTTGCTTTTGTGAAGAATTTATCGGTGGGTTCACCGAGTGCT
TCCCTGTCTCAATTCATGTTTGTATCATCTTCCTCAACCGAGGAATGGATTTCGCCACCA
TGCCTCTTTTCTTTGAAAGGAGATGATTTCCCGGACTTGGTATCAAGTTTCGGCTTCAGC
TTCCTCATTCGTGAGGACTGGTTTTCAACGTCACCATATGTGACTATTTTTCTGCTGTCT
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TCTCATGAAGAATTATCTCTTTTATTTTACATTGTTGTAGTTTATGCTTTCAATCAAAGA
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TTGTGTCC


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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS19TF U 1
AF RR3GS19JQ C 612
BS 1 709 RR3GS19TF
BS 710 1388 RR3GS19JQ

RD RR3GS19TF 709 0 0
GGGAGATTAGAAAGCATTAACGCAAGACACTTACTTGCATGATTGATTCTCCGTTTTGGA
TGATATTTTGTTCCACAAGGGAAAAAGTGTATATTCCTATTCAAAATGCGCATAAATTTG
TCTTTTTACTCCTTGTACTAATAACTTATCAATTGTAGAATAAGGAGATATGCATTATAG
GAGGAATAATGTTTGTGGTTTTCTCTCCCAAGCACAGTTATCGAGAATTCAAATCTGAAT
CTGATTTCCGACGCCGGCGGCGGAGGAGCTCGCCGGCGTCGCCACTTCTTTTCCCTTTAT
TTGTCTCTCTCTATCACTCTCTTCAACTTTTGTTACTCTCTCTTTCGTATTGCTTCTGTT
TTGGACTTGATGTCGCCACCACCGTTGAAGTTCTGCGTGCACTCGTGGTCGTCACTCTCG
TCCGGAACAGTCCTCTTCTCCGGGGGTTCCCGGAAAGTCAGGTCCCGGTTTAACTTGACT
CGCTGTTATCGTCGTACCATCATCTCCTCTCCCGTGCATCCCAGATCTATGAACTTGTAC
TCTTCAAAATCAAGCTATGCCGTCAAGAAGGCACTACGTACAGATCTGGTCCATCTTCTC
CGTACCCCTCGACTGCAGTACCACTTCCTCTCTGATCCCGGAATTCTGACGTCACTTGTC
GGTGGGGCTCCACGTATGACCCGACGAACAGATCCGGCAGTTCGAAGTG

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3GS19JQ 777 0 0
ACTGCAGTACCACTTCCTCTCTGATCCCGGAATTCTGACGTCACTTGTCGGTGGGGCTCC
ACGTATGACCCGACGAACAGATCCGGCAGTTCGAAGTGTGTTGAAGTCGAGAGCACATCG
TCTCTTTCCCACCGTCGCCACCCCGACAGATCTCGCGGCCATTTTTCCGATCTGTCTCAC
CATCCACCACTGCTACTCCGGTGGAACTAGTACCTCAACGACACACACCTTCTCTCAAGG
TAGCATATCAACTAAGATTCCAAGGCTCAATGAACTGAAATTATTGTTACAATCACATGT
GGTCTTGGCTAGTTTAAAGATTTCCGATGGGTTCACCGGGATCTATAGTTCGAGCATACT
GTTATATCTTGCTTTTGTGAAGAATTTATCGGTGGGTTCACCGAGTGCTTCCCTGTCTCA
ATTCATGTTTGTATCATCTTCCTCAACCGAGGAATGGATTTCGCCACCATGCCTCTTTTC
TTTGAAAGGAGATGATTTCCCGGACTTGGTATCAAGTTTCGGCTTCAGCTTCCTCATTCG
TGAGGACTGGTTTTCAACGTCACCATATGTGACTATTTTTCTGCTGTCTGACTCTGTCGG
AAAAGCTACATCGACGCATTCAAGCTTAGCCTCGAATCCGCTGTCATCTTCTCATGAAGA
ATTATCTCTTTTATTTTACATTGTTGTAGTTTATGCTTTCAATCAAAGAGGATGGAAAAT
TCCCTCTAGTTATTGTAATCGATCAAGTTGAGAAGTAATGAAAAGTAATTTGTGTCC

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL6441Contig1 958 2 2 U
AGGGGAGAAAAGATCAGAACATGGACCACCAAGTTGGCGAAGAAGCTAAATGTTTGTGGG
CTGATGAACTGTCAGTACGCAATCACATCATCTGGTGATGTTTACTTGCTGGAAGCAAAT
CCACGAGCTTCACGTACTGTCCCTTTTGTCTCAAAGGCCATTGGACACCCTCTCGCCAAG
TATGCAGCTCTGGTCATGTCTGGAAAATCTCTCAAAGATCTGAATTTCGAAGAAGAAGTT
ATCCCTAAACACATCTCTGTGAAAGAAGCTGTTTTCCCATTTGAGAAGTTCCAAGGTTGT
GATGTGATACTCGGGCCAGAGATGAGAAGCACAGGGGAAGTGATGAGCATCAGTTCCGAG
TTCCCAAGTGCCTTTGCAATGGCTCAGATTGCTGCAGGTCAAAAGCTACCTTTAAATGGT
ACCGTCTTCCTCAGCTTAAACGATATGACCAAACCGCACCTGGAGAAAATTGCAGTGTCC
TTCCTAGATCTTGGGTTCAAGATCGTTGCCACATCGGGAACAGCTCATTTCCTGGAACTG
AAAGGCATTCCAGTGGAGAGAGTGTTGAAGTTGCATGAAGGAAGACCACATGCTGCTGAT
ATGGTGGCTAATGGTCAGATTCATCTGATGTTGATCACAAGCTCAGGTGATGCTCTTGAT
CAGAAGGATGGGAGGCAGCTCAGACAGATGGCTCTGGCCTACAAGGTCCCGGTTATCACC
ACTGTTGCTGGAGCACTGGCCACGGCTGAGGGAATCAAGAGCTTGAAGTCAAGTGCTATT
AAAATGACTGCTCTTCAGGACTTCTTTGAGATTAAGAATGCATCTTCTTTACTCGTCTGA
GTCAAGTTTTTATTTCTGTGTTTGTTTGTTTTGTGTGGAACTCTTTATGACTTCAATGTT
AGACGGATTTTGTTTTCTTATAAGCATTTCTATGAATAATCTTCACAGGTTGATTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F487TF U 1
AF RR3F487JQ C 225
BS 1 638 RR3F487TF
BS 639 958 RR3F487JQ

RD RR3F487TF 638 0 0
AGGGGAGAAAAGATCAGAACATGGACCACCAAGTTGGCGAAGAAGCTAAATGTTTGTGGG
CTGATGAACTGTCAGTACGCAATCACATCATCTGGTGATGTTTACTTGCTGGAAGCAAAT
CCACGAGCTTCACGTACTGTCCCTTTTGTCTCAAAGGCCATTGGACACCCTCTCGCCAAG
TATGCAGCTCTGGTCATGTCTGGAAAATCTCTCAAAGATCTGAATTTCGAAGAAGAAGTT
ATCCCTAAACACATCTCTGTGAAAGAAGCTGTTTTCCCATTTGAGAAGTTCCAAGGTTGT
GATGTGATACTCGGGCCAGAGATGAGAAGCACAGGGGAAGTGATGAGCATCAGTTCCGAG
TTCCCAAGTGCCTTTGCAATGGCTCAGATTGCTGCAGGTCAAAAGCTACCTTTAAATGGT
ACCGTCTTCCTCAGCTTAAACGATATGACCAAACCGCACCTGGAGAAAATTGCAGTGTCC
TTCCTAGATCTTGGGTTCAAGATCGTTGCCACATCGGGAACAGCTCATTTCCTGGAACTG
AAAGGCATTCCAGTGGAGAGAGTGTTGAAGTTGCATGAAGGAAGACCACATGCTGCTGAT
ATGGTGGCTAATGGTCAGATTCATCTGATGTTGATCAC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3F487JQ 734 0 0
TTTCGAAGAAGAAGTTATCCCTAAACACATCTCTGTGAAAGAAGCTGTTTTCCCATTTGA
GAAGTTCCAAGGTTGTGATGTGATACTCGGGCCAGAGATGAGAAGCACAGGGGAAGTGAT
GAGCATCAGTTCCGAGTTCCCAAGTGCCTTTGCAATGGCTCAGATTGCTGCAGGTCAAAA
GCTACCTTTAAATGGTACCGTCTTCCTCAGCTTAAACGATATGACCAAACCGCACCTGGA
GAAAATTGCAGTGTCCTTCCTAGATCTTGGGTTCAAGATCGTTGCCACATCGGGAACAGC
TCATTTCCTGGAACTGAAAGGCATTCCAGTGGAGAGAGTGTTGAAGTTGCATGAAGGAAG
ACCACATGCTGCTGATATGGTGGCTAATGGTCAGATTCATCTGATGTTGATCACAAGCTC
AGGTGATGCTCTTGATCAGAAGGATGGGAGGCAGCTCAGACAGATGGCTCTGGCCTACAA
GGTCCCGGTTATCACCACTGTTGCTGGAGCACTGGCCACGGCTGAGGGAATCAAGAGCTT
GAAGTCAAGTGCTATTAAAATGACTGCTCTTCAGGACTTCTTTGAGATTAAGAATGCATC
TTCTTTACTCGTCTGAGTCAAGTTTTTATTTCTGTGTTTGTTTGTTTTGTGTGGAACTCT
TTATGACTTCAATGTTAGACGGATTTTGTTTTCTTATAAGCATTTCTATGAATAATCTTC
ACAGGTTGATTTCT

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL6442Contig1 996 2 2 U
GAGATGAGCGAGCGGGCGTTAAGAGCTGGGAAACCTGAAGCTGCATCAGATGTTGCTAAA
CACATTATTTCTATTGTCAAACCCGAAGATTTAAGTAAGTAGTAGATTCGTTTATAAGAA
TAAACATTTGTGTGTGTTAGACCAGACCACTTGGTCTTGGACTTGGGGGCATGAGTGATT
TATCTGTTGTGGACTTGCAAAACATTGTTTATTAAGGAGTTTTGCTCACTTCCGAGATTG
ATCTACCGGTCCTCAATGCAGTAAGTAAAAATAGACATTTATTTATTCACGTGTAAGAGT
TTTGATTCAGTTTCCCGCAGCTCAAAAAACTCCGGTCCATCTTTTCGAGTTAGCTTAAAA
TGTGTTGTGAAACAAAAATACAAGTGTATGATTACATTGATTAGTGATGAGCATTTGAAG
ATTTTGAAGAAGTATTGTTGATTTCTGTTGGACCAACTTGGACTTGTGAACCTTGCAAAT
GAGAGTGTGAGTCAGATGTCCAACTCTTTGATTAGTATATGATATTTATATCCGTTTGGT
CAAAACTTTCGCAAATTTGTTATGTTTCTATCCAGAAAACCACTGGACCACACTTATACT
GAGATTTTTTTGGTCCTTTTTGCTAATCTACATTTTGTGTATACATGTTTGAGACAATCT
CTTGCTGTATTGTTAGATTCATAAAAGATACCTTTACTCAAATTAGAAGAAGAATGCATA
CGACTCCGACTACTAGGTCGTTCCTCTATTTATGAGTAATCCTGAACACAACCACACAAC
CATGTAAACAGCTGTTTGCTCTTTTTTTCTACAGACAAAAACTAATTGATTCAGAAAACA
CCATGTTTGGTTACTTGAAGCTCAACCACCAACCAAGAAATTGCTTATATCTTTATTATA
CGCAACTGTTTCCGTGTACAAATAAAACACTAGTTTTGGTCCATTTTTTTCTATATTTGT
GGCAGGCAAATGATTTAAATTAAAAATCCTGACCAC


BQ
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AF RR3C257TF U 1
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BS 671 996 RR3C257JQ

RD RR3C257TF 670 0 0
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CACATTATTTCTATTGTCAAACCCGAAGATTTAAGTAAGTAGTAGATTCGTTTATAAGAA
TAAACATTTGTGTGTGTTAGACCAGACCACTTGGTCTTGGACTTGGGGGCATGAGTGATT
TATCTGTTGTGGACTTGCAAAACATTGTTTATTAAGGAGTTTTGCTCACTTCCGAGATTG
ATCTACCGGTCCTCAATGCAGTAAGTAAAAATAGACATTTATTTATTCACGTGTAAGAGT
TTTGATTCAGTTTCCCGCAGCTCAAAAAACTCCGGTCCATCTTTTCGAGTTAGCTTAAAA
TGTGTTGTGAAACAAAAATACAAGTGTATGATTACATTGATTAGTGATGAGCATTTGAAG
ATTTTGAAGAAGTATTGTTGATTTCTGTTGGACCAACTTGGACTTGTGAACCTTGCAAAT
GAGAGTGTGAGTCAGATGTCCAACTCTTTGATTAGTATATGATATTTATATCCGTTTGGT
CAAAACTTTCGCAAATTTGTTATGTTTCTATCCAGAAAACCACTGGACCACACTTATACT
GAGATTTTTTTGGTCCTTTTTGCTAATCTACATTTTGTGTATACATGTTTGAGACAATCT
CTTGCTGTAT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3C257JQ 741 0 0
ATGCAGTAAGTAAAAATAGACATTTATTTATTCACGTGTAAGAGTTTTGATTCAGTTTCC
CGCAGCTCAAAAAACTCCGGTCCATCTTTTCGAGTTAGCTTAAAATGTGTTGTGAAACAA
AAATACAAGTGTATGATTACATTGATTAGTGATGAGCATTTGAAGATTTTGAAGAAGTAT
TGTTGATTTCTGTTGGACCAACTTGGACTTGTGAACCTTGCAAATGAGAGTGTGAGTCAG
ATGTCCAACTCTTTGATTAGTATATGATATTTATATCCGTTTGGTCAAAACTTTCGCAAA
TTTGTTATGTTTCTATCCAGAAAACCACTGGACCACACTTATACTGAGATTTTTTTGGTC
CTTTTTGCTAATCTACATTTTGTGTATACATGTTTGAGACAATCTCTTGCTGTATTGTTA
GATTCATAAAAGATACCTTTACTCAAATTAGAAGAAGAATGCATACGACTCCGACTACTA
GGTCGTTCCTCTATTTATGAGTAATCCTGAACACAACCACACAACCATGTAAACAGCTGT
TTGCTCTTTTTTTCTACAGACAAAAACTAATTGATTCAGAAAACACCATGTTTGGTTACT
TGAAGCTCAACCACCAACCAAGAAATTGCTTATATCTTTATTATACGCAACTGTTTCCGT
GTACAAATAAAACACTAGTTTTGGTCCATTTTTTTCTATATTTGTGGCAGGCAAATGATT
TAAATTAAAAATCCTGACCAC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL6443Contig1 1096 2 10 U
GGACTTACCTTCCGCGCCGCATCCTCTCTGTTTTCTCCTTCGCCGTTCGTCGTTTCGTCC
AACACTATCTCATCTTCGAGATTGAAGACTAGACTCAATGAGGGGAAGGAGCTACACACC
GTCACCACCGAGGGGTTATGGGAGGAGGGGCAGGAGTCCTAGCCCCCGTGGTGGTGGCCG
TTACGGTGGGGGTCGTGACAGGGATCTACCTACCAGTCTTTTGGTTCGCAACCTTCGTCA
TGATTACAGGCAAGAAGACCTTAGGAGGCCATTTGAGCAGTTCGGTCCTGTCAAGGACAT
CTACCTTCCAAGGGATTATTATACCGGAGATCCAAGGGGGTTTGGTTTCATTCAGTATGT
AGATCCTGCTGATGCTGCTGAGGCTAAACACCACATGGAAGGCTATCTTCTTCTTGGTCG
TGAGCTGACTGTCGTATTTGCAGAAGAGAACAGGAAGAAGCCAACCGAGATGAGAACAAG
GGATCGAGGTGGCAGGAGCAACAGATTCAATGACAGAAGACGTTCTCCTCCTCGCTACTC
TCGTTCTCCACCCCCTCGTCGTGGTGGCAGAACACGATCACGTAGCCGTGACTATAACTC
TCCTCCCCCTAAAAGACATCAATCTAGGTCTGTCTCACCACAGGAGAGACGATACGAGAA
GGAGGGGTCATACTCTCGTTCACCACCACGTAATGGCTCAAGGGCTCGCAGTGGAAGTCG
TGAGAAGGTGAAGAAAAGCTACAGCAGGAGCAGGAGCCCAAGAAGAAGCGTGAGCCCCAG
AAGAAACAGGAGCTACACTCCTGAACAAGCCAGGAGTCCTGTCCCCAGGCAGAGCAGGAG
CCCAAGCCCTCGTGGGGAACGAAATGGAGACCGTTCTCCAAGCCAGTGATTCTCTCTACT
CATCTGTTATGCAGCAGTCTTGTTTGTTAGCTATGGCGTTATCAGATATTTGTTTGCAAC
TAGGTTGAAACCTCTTGCTTTATTTCTTTGTTTAAACAAGTTTTAAGACGGTTCTCTTGA
TGCTTTTGCTTTATGTTTAATCCTTGGATGATGTTAGGACATGACAATGATGTTGCGTAT
GCGTTTTTGTCGTCTG


BQ
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AF RR3ES32TF U 1
AF RR3ES32JQ C 312
BS 1 700 RR3ES32TF
BS 701 701 RR3ES32JQ
BS 702 715 RR3ES32TF
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BS 748 1096 RR3ES32JQ

RD RR3ES32TF 751 0 0
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AACACTATCTCATCTTCGAGATTGAAGACTAGACTCAATGAGGGGAAGGAGCTACACACC
GTCACCACCGAGGGGTTATGGGAGGAGGGGCAGGAGTCCTAGCCCCCGTGGTGGTGGCCG
TTACGGTGGGGGTCGTGACAGGGATCTACCTACCAGTCTTTTGGTTCGCAACCTTCGTCA
TGATTACAGGCAAGAAGACCTTAGGAGGCCATTTGAGCAGTTCGGTCCTGTCAAGGACAT
CTACCTTCCAAGGGATTATTATACCGGAGATCCAAGGGGGTTTGGTTTCATTCAGTATGT
AGATCCTGCTGATGCTGCTGAGGCTAAACACCACATGGAAGGCTATCTTCTTCTTGGTCG
TGAGCTGACTGTCGTATTTGCAGAAGAGAACAGGAAGAAGCCAACCGAGATGAGAACAAG
GGATCGAGGTGGCAGGAGCAACAGATTCAATGACAGAAGACGTTCTCCTCCTCGCTACTC
TCGTTCTCCACCCCCTCGTCGTGGTGGCAGAACACGATCACGTAGCCGTGACTATAACTC
TCCTCCCCCTAAAAGACATCAATCTAGGTCTGTCTCACCACAGGAGAGACGATACGAGAA
GGAGGGGTCATACTCTCGTTCACCACCACGTAATGGCTCA*GGGCTCGCAGTGGA*GTCG
TGAGAAG*TGAAGAAA*GCTACAGCAG
AGCA

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3ES32JQ 785 0 0
AGGGATT
TTATACCGGAGATCCAAGGGGGTTTGGTTTCATTCAGTATGTAGATCCTGCTGATGCTGC
TGAGGCTAAACACCACATGGAAGGCTATCTTCTTCTTGGTCGTGAGCTGACTGTCGTATT
TGCAGAAGAGAACAGGAAGAAGCCAACCGAGATGAGAACAAGGGATCGAGGTGGCAGGAG
CAACAGATTCAATGACAGAAGACGTTCTCCTCCTCGCTACTCTCGTTCTCCACCCCCTCG
TCGTGGTGGCAGAACACGATCACGTAGCCGTGACTATAACTCTCCTCCCCCTAAAAGACA
TCAATCTAGGTCTGTCTCACCACAGGAGAGACGATACGAGAAGGAGGGGTCATACTCTCG
TTCACCACCACGTAATGGCTCAAGGGCTCGCAGTGGAAGTCGTGAGAAGGTGAAGAAAAG
CTACAGCAGGAGCAGGAGCCCAAGAAGAAGCGTGAGCCCCAGAAGAAACAGGAGCTACAC
TCCTGAACAAGCCAGGAGTCCTGTCCCCAGGCAGAGCAGGAGCCCAAGCCCTCGTGGGGA
ACGAAATGGAGACCGTTCTCCAAGCCAGTGATTCTCTCTACTCATCTGTTATGCAGCAGT
CTTGTTTGTTAGCTATGGCGTTATCAGATATTTGTTTGCAACTAGGTTGAAACCTCTTGC
TTTATTTCTTTGTTTAAACAAGTTTTAAGACGGTTCTCTTGATGCTTTTGCTTTATGTTT
AATCCTTGGATGATGTTAGGACATGACAATGATGTTGCGTATGCGTTTTTGTCGTCTG

QA 8 785 8 785
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6445Contig1 1057 2 2 U
TTGAATTCATATAGACAAAAAAAGAAAATAAAGATCAGGGACTCATATATATATCATCCA
ATCTTTTATCTATGGGGGCAGCTTCATCGAGCCTCGCCGGATCCGAGGCTTATGCTGGAA
AGTTATGCGGTCTCGAAGACGTGCCTGAGAACTGTATAACTGCAATGTTCATGTACATGG
AGCCACCGGAGATATGCATACTTGCAAGGGTGAATAGGTCATTTCATAGGGCGTCGAGAT
CCGACACCGCGTGGGAACACAAGCTTCCCCTTAACTACAAGTTTTTGGTCCGAAGAATCC
TTGAAGATCAACAAGTAGGAGAAAAAGACAAAGTTATTAGCCGCACGAAAGAGATCTATG
CAAGGCTGTGCCGACCAAACCTCTTCGACGCCGGCACAAAGGAAGCATGTTTGGACAAGA
GAAGTGGGAAAATGTGTTTGGCGATATCACCAAAGGCAATGAAGATAACCGGCTTTGATG
ATCGCCGATATTGGGAACGTATTTCTTCCGACGAGTCCAGATTTGGATCTATAGCTTATC
TCCGGCAAGTATGGTGGTTAGAAGTAGTGGGAAGTGTCAGATTTGAATTTGCACCAGGAA
AATACAGTATATTTTTCAAGATACATTTAGGCAAACCTTTGAGAAAGTGCGGGAGAAAAA
CATGCAACTTAGACCAAGTGCACGGTTGGGATATCAAACCAGTGAGGTTTCAACTGTCTA
CATCGGACGGCCAAGGTGCGATGTCTGAACGACATCTGAACGAACCAGGGAGGTGGTTTT
ATCATCACGTGGGTGATTTCGTCGTAGAGAATCAGAACTCACCAGTTTGGGTCAAATTCT
CTATGCTCCAGATAGACTGTACACATACCAAAGGTGGTCTATGTTTAGATTATGTGATTA
TATGTCCATTTGAGTATAGAGGGAAATACACATATTTAGATTAATTTTTGTTTGAAAGGT
TTTGTTTTGATATATTAGTTTGTAGGATATTTGTTGCTTGTAAATATATAAAGTCTGTTT
ATATTATTGTAAGATAATTAATATAATTAGAATCTGC


BQ
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AF RR3H960TF U 1
AF RR3H960JQ C 382
BS 1 730 RR3H960TF
BS 731 1057 RR3H960JQ

RD RR3H960TF 730 0 0
TTGAATTCATATAGACAAAAAAAGAAAATAAAGATCAGGGACTCATATATATATCATCCA
ATCTTTTATCTATGGGGGCAGCTTCATCGAGCCTCGCCGGATCCGAGGCTTATGCTGGAA
AGTTATGCGGTCTCGAAGACGTGCCTGAGAACTGTATAACTGCAATGTTCATGTACATGG
AGCCACCGGAGATATGCATACTTGCAAGGGTGAATAGGTCATTTCATAGGGCGTCGAGAT
CCGACACCGCGTGGGAACACAAGCTTCCCCTTAACTACAAGTTTTTGGTCCGAAGAATCC
TTGAAGATCAACAAGTAGGAGAAAAAGACAAAGTTATTAGCCGCACGAAAGAGATCTATG
CAAGGCTGTGCCGACCAAACCTCTTCGACGCCGGCACAAAGGAAGCATGTTTGGACAAGA
GAAGTGGGAAAATGTGTTTGGCGATATCACCAAAGGCAATGAAGATAACCGGCTTTGATG
ATCGCCGATATTGGGAACGTATTTCTTCCGACGAGTCCAGATTTGGATCTATAGCTTATC
TCCGGCAAGTATGGTGGTTAGAAGTAGTGGGAAGTGTCAGATTTGAATTTGCACCAGGAA
AATACAGTATATTTTTCAAGATACATTTAGGCAAACCTTTGAGAAAGTGCGGGAGAAAAA
CATGCAACTTAGACCAAGTGCACGGTTGGGATATCAAACCAGTGAGGTTTCAACTGTCTA
CATCGGACGG

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3H960JQ 676 0 0
TCTTCGACGCCGGCACAAAGGAAGCATGTTTGGACAAGAGAAGTGGGAAAATGTGTTTGG
CGATATCACCAAAGGCAATGAAGATAACCGGCTTTGATGATCGCCGATATTGGGAACGTA
TTTCTTCCGACGAGTCCAGATTTGGATCTATAGCTTATCTCCGGCAAGTATGGTGGTTAG
AAGTAGTGGGAAGTGTCAGATTTGAATTTGCACCAGGAAAATACAGTATATTTTTCAAGA
TACATTTAGGCAAACCTTTGAGAAAGTGCGGGAGAAAAACATGCAACTTAGACCAAGTGC
ACGGTTGGGATATCAAACCAGTGAGGTTTCAACTGTCTACATCGGACGGCCAAGGTGCGA
TGTCTGAACGACATCTGAACGAACCAGGGAGGTGGTTTTATCATCACGTGGGTGATTTCG
TCGTAGAGAATCAGAACTCACCAGTTTGGGTCAAATTCTCTATGCTCCAGATAGACTGTA
CACATACCAAAGGTGGTCTATGTTTAGATTATGTGATTATATGTCCATTTGAGTATAGAG
GGAAATACACATATTTAGATTAATTTTTGTTTGAAAGGTTTTGTTTTGATATATTAGTTT
GTAGGATATTTGTTGCTTGTAAATATATAAAGTCTGTTTATATTATTGTAAGATAATTAA
TATAATTAGAATCTGC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

CO CL6446Contig1 945 2 2 U
GCACTACAGACTGCTAAAATAGATTCATATTTTTTATCAAAAGGAATCACCTTTTTCGTA
GTTGTTGATTTGATATTCTCGTGGGTTTTTTTTTCTCTGCAATTACAGATCGAGAAAGTA
TCTGGGTGAGAGAGATAAAAAGATCATTCAAAGCTTTTTTTTTGTTAAGAGAATGGGATC
GTCTTCTGGGCAAAGTGGATACGATCTGTCGTTTAAGATATTGTTGATAGGAGATTCTGG
TGTTGGTAAAAGCAGTTTGCTTGTCAGCTTCATCTCCAACGCCGTTGAAGATCTTGCTCC
TACCATCGGTGTTGATTTCAAGATCAAACAAATGACAGTAGGAGACAAAAGACTTAAACT
CACAATCTGGGACACAGCGGGACAGGAACGGTTTAGAACACTGACGAGCTCTTACTACAG
AGGCGCCCAGGGAATCATTCTCGTTTATGATGTGACGAGAAGAGAGACATTTACAAACTT
AGTAGATGTGTGGAGTAAGGAGATTGAGCTTTATTCCACTAACCAAAATTGCGTCACGAT
GCTCGTTGGGAACAAAGTCGATAGAGAATCTGAGAGAGGAGTAAGCAGAGAAGAAGGGAT
TGCGCTAGCAAAAGAACCCAAGTGCATGTTTCTTGAGTGTAGTGCTAGAACTCGACAAAA
CGTAGAGCAGTGTTTCGAAGAGCTGGCTTTGAAGATAATGGAGGTACCTAGTCTTTTGGA
AGAAGGATCAACTGCTGTGAGAGAAACATCTTGAAGCAAAACTCATCGGAACACCAGACT
ACTTCTCAAGCAGGCTGTTGCAGCTCTTGAGGCGAGGTTGCCTCGTCTGTTTGTAACACA
TAATGTTAGTTTGTTTCTCTGTAAATTTGTGGGATTTCTACTGCTCTTCTTTTTGCTTCT
GAAATGAGATTTGTAATAACAATCATAATAGAGTGATTCAATCAT


BQ
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AF RR3FV46TF U 1
AF RR3FV46JQ C 177
BS 1 592 RR3FV46TF
BS 593 945 RR3FV46JQ

RD RR3FV46TF 592 0 0
GCACTACAGACTGCTAAAATAGATTCATATTTTTTATCAAAAGGAATCACCTTTTTCGTA
GTTGTTGATTTGATATTCTCGTGGGTTTTTTTTTCTCTGCAATTACAGATCGAGAAAGTA
TCTGGGTGAGAGAGATAAAAAGATCATTCAAAGCTTTTTTTTTGTTAAGAGAATGGGATC
GTCTTCTGGGCAAAGTGGATACGATCTGTCGTTTAAGATATTGTTGATAGGAGATTCTGG
TGTTGGTAAAAGCAGTTTGCTTGTCAGCTTCATCTCCAACGCCGTTGAAGATCTTGCTCC
TACCATCGGTGTTGATTTCAAGATCAAACAAATGACAGTAGGAGACAAAAGACTTAAACT
CACAATCTGGGACACAGCGGGACAGGAACGGTTTAGAACACTGACGAGCTCTTACTACAG
AGGCGCCCAGGGAATCATTCTCGTTTATGATGTGACGAGAAGAGAGACATTTACAAACTT
AGTAGATGTGTGGAGTAAGGAGATTGAGCTTTATTCCACTAACCAAAATTGCGTCACGAT
GCTCGTTGGGAACAAAGTCGATAGAGAATCTGAGAGAGGAGTAAGCAGAGAA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3FV46JQ 769 0 0
GATCGTCTTCTGGGCAAAGTGGATACGATCTGTCGTTTAAGATATTGTTGATAGGAGATT
CTGGTGTTGGTAAAAGCAGTTTGCTTGTCAGCTTCATCTCCAACGCCGTTGAAGATCTTG
CTCCTACCATCGGTGTTGATTTCAAGATCAAACAAATGACAGTAGGAGACAAAAGACTTA
AACTCACAATCTGGGACACAGCGGGACAGGAACGGTTTAGAACACTGACGAGCTCTTACT
ACAGAGGCGCCCAGGGAATCATTCTCGTTTATGATGTGACGAGAAGAGAGACATTTACAA
ACTTAGTAGATGTGTGGAGTAAGGAGATTGAGCTTTATTCCACTAACCAAAATTGCGTCA
CGATGCTCGTTGGGAACAAAGTCGATAGAGAATCTGAGAGAGGAGTAAGCAGAGAAGAAG
GGATTGCGCTAGCAAAAGAACCCAAGTGCATGTTTCTTGAGTGTAGTGCTAGAACTCGAC
AAAACGTAGAGCAGTGTTTCGAAGAGCTGGCTTTGAAGATAATGGAGGTACCTAGTCTTT
TGGAAGAAGGATCAACTGCTGTGAGAGAAACATCTTGAAGCAAAACTCATCGGAACACCA
GACTACTTCTCAAGCAGGCTGTTGCAGCTCTTGAGGCGAGGTTGCCTCGTCTGTTTGTAA
CACATAATGTTAGTTTGTTTCTCTGTAAATTTGTGGGATTTCTACTGCTCTTCTTTTTGC
TTCTGAAATGAGATTTGTAATAACAATCATAATAGAGTGATTCAATCAT

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL6447Contig1 1001 2 6 U
GTACCCACTGAGTCTAGCAATGAAGTTGTGCTGCTAGCGAAGTTGAACAAGATTCACTCT
GGTTACGAACGGCAAATGAAAGAAATAGCTGAAGAGGTAAAAAAGTTCAGCCTAGAGGCA
AGTTTGTTGAAGGCAGAGTTCGAGGGAGAGCAAAACTCATTCTCTCCGTCATGTGACAAC
GGAGTCAACCAGACCCCTATAGACTCGGAACTAAAGGAGCTTAAAGAGGAATTTAGCAAA
CTAAGTACTCTAGTCAGCCAGATGGAAATGGCCAAACCTCAATTCAGTCAAACAGATAGA
GTTCAGACCGGACCAGTTGAATACTCTGTTCCCAGTAAGGATAAAGATGAATCAAACTTA
ATTCTCTCTCAGGAGAGAACTTCAGTCTATGGTACCAGTGATGAATCAAGAAGCATAGAG
CCATCTGAAGTGAAAGAGTCTGGGGAAACGCTCTCGTCTGAGGAAGCGCATAGCAAAAAA
GAGCAGAGCAAAGCTGAGATGTGTTGCTCTTGCACCAAAAAATCTCTGTGCAAGACGAAA
AGCTGCAAATGCAGAGCAAATGGAAGTGGGGTGCGGTATCTCTTGTGGCTGCATAGCCTC
CAAATGTAGCAACAGAGGAGAAAACGTAAGATCTGACAAAGCAATGCAAGCAGTTGTAGA
TGGTAAGAAGCCCGTTGACGACACTAAAGTTGCAAACAAACAACCATTACGTGATATAGG
GAATATACAAGAAGCTGGGAAAGTTGGTAAGTTGAGAAAAGTGCAGAAGCCAGTTGCTAA
GAAGTAATGAAAATGACAAAGCTCCAAGACTCCAGAGATGTGAGAGGTAGACAAAGTTAA
GATTGCCAGAAGCTTGATTGGTTTTGTTTTGTTTGACTATCTATTTTTTCTTCAGAACTA
TCGTATAGTAGTTCTACATTTGGATCTTGATCTCCATCGGTTAATAGTTGGCAACATTAA
GAAAAAAATCACCAAAATATAGTTTAAAACTTATATTATCC


BQ
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AF RR3EK81TF U 1
AF RR3EK81JQ C 287
BS 1 668 RR3EK81TF
BS 669 669 RR3EK81JQ
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BS 697 715 RR3EK81TF
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RD RR3EK81TF 715 0 0
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QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3EK81JQ 715 0 0
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CAAGCAGTTGTAGATGGTAAGAAGCCCGTTGACGACACTAAAGTTGCAAACAAACAACCA
TTACGTGATATAGGGAATATACAAGAAGCTGGGAAAGTTGGTAAGTTGAGAAAAGTGCAG
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GTAGACAAAGTTAAGATTGCCAGAAGCTTGATTGGTTTTGTTTTGTTTGACTATCTATTT
TTTCTTCAGAACTATCGTATAGTAGTTCTACATTTGGATCTTGATCTCCATCGGTTAATA
GTTGGCAACATTAAGAAAAAAATCACCAAAATATAGTTTAAAACTTATATTATCC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

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TGGACTTCACGTATGAAAGATATTCGCTATAATGCATGCTGAATAATGTACTCTGGTAAC
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AATATGTGGCGTTTCGCCTTTTATTAATCACGGGTTCAGTGAACTCAATGATTATACCAT
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BQ
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AF RR3AE89JQ U 48
AF RR3AE89TF C 1
BS 1 47 RR3AE89TF
BS 48 477 RR3AE89JQ
BS 478 745 RR3AE89TF

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GTACTCTGGTAACGTGTTAAATGGATTCTCCTACCCACTGATTCAGTTATGTCACCGTTG
TATCCTGCTTTGCGCACCAGTGAATCTATTGCCTCTATCTTTGTCCAGCCTTCATGAGCT
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ATGATTATACCATGCTTTCCCACCTCCCAATCAAGATAATCATCTGCAGTTTCATAATCA
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CTACGATCCC

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR3AE89TF 745 0 0
ACAAAGATAAATGAGGGAGGAGGTGCACCCATTAGCAGCAGCTTTATGGTGCAAATCAAG
ACAAGGCCATGGCGGGCTTGCTGGTCCCGTTAATAGCAGGGACAACACCGCCGCCTCTCG
TGGACTTCACGTATGAAAGATATTCGCTATAATGCATGCTGAATAATGTACTCTGGTAAC
GTGTTAGATGGATTCTCCTACGCACTGATTCAGTTATGTCACCGTTGTATCCTGCTTTGC
GCACCAGTGAATCTATTGCCTCTATCTTTGTCCAGCCTTCATGAGCTGGCACCTCAGGCA
AATATGTGGCGTTTCGCCTTTTATTAGTCACGGGTTCAGTGAACTCAATGATTATACCAT
GCTTTCCCACCTCCCAATCAAGATAATCATCTGCAGTTTCATAATCAGTCAGGACAGAGA
CTGTACATTGCAAAAAGGGCAGTTCTTTGGACTGTATTGGCGGGAACCTACGATCCCTCA
GGGCACTGGTCAAGGCATAATCCTTGAAGCCACTGATCAAGCGGCGTGTTTCCAGTGTAC
CAATACATCCACGCAATCGAGGCTCCCCACCATTCACTATTTTCTTCCACGTCACAAACA
ATGGATGATTGGCGTCGTCAAAGGCAGGTGGAGGAGTGTCATCGTTGTTGTAGTGAGAGA
CCAAAGTGTCGAAACAGTACACGGCCATCTCTCTCTTCGCCATCTTTTGCTGAAGGAATC
GAAGAAGATGGCGTGGTGAAATTCC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL6449Contig1 1056 2 2 U
GGGGGTTGCGTAAACCCTAAATCAGAAACTTGGATTCTTCTCCTTCGACAAAAAGGCTCC
GTAAATGGCAGACACCAATGCATCTGTAGAAACCACCATTGATGCTTCTCAGAAGCAACA
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AGAGCTCGCCTCACAAGGTTTTAGCAGCAGCGGTAGCAGCAGCAGCGGCACCAACATCTC
CAAGGCCGAAACGAATGAGAAGAAAGGAGATATCGACACTCTAGTGAGAGCCATCGCTGG
AGTCTCGGTCACTGCTCAGCAAGAACACTCGAAGCCGCCGAGCAAGAGCGTGAAGAGACG
GGAGAAACGAGCTAAAGAAGAAGCTGAGAGAAATGGCTGCTGCTTACATGAGGGAGCACA
GAGCAGACTTCATCCCGTTTTTCTTAACGGAGACCACCGAGTCTGAATCTGATGAGTCTG
CAGAGGAGCGGTTTGAGAGATACTGCAGGGAAGTGGAGTCAACAGCTGCTTGGGGAGGTC
AGCTGGAGCTAGGAGCGTTGACGCATTGCTTGAGGAAACACATAATGGTGTTTTCAGGAT
CGTTCCCTGATGTTGAAATGGGGAAAGAGTATAAATCATCCGGCAATGACGACAGCCTCA
AGTTATCGTATCACAGGCATGCTTTTGGGCTCGGTGAACATTATAACTCTGTTGTTGTCG
TCAACGACATCACCGAATGATGATGGGACTTTCTGTCAAGCTCTTAAGACGTTCATGCTT
TTGTTTGTATCACAAGCTTTCAAGATTTACCTAAATTTTTTTTAAGATTGGTTTTCAAAG
AACCTCTGTAACTTTAAATCTATTTAATTCAAATATCTAGTTGCAAGTTTTCATTACAGG
ACATGGATGTAGCAGTTTTAATGTATGACCTTTGGG


BQ
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AF RR3FN27TF U 1
AF RR3FN27JQ C 290
BS 1 711 RR3FN27TF
BS 712 1056 RR3FN27JQ

RD RR3FN27TF 711 0 0
GGGGGTTGCGTAAACCCTAAATCAGAAACTTGGATTCTTCTCCTTCGACAAAAAGGCTCC
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GGAGACGGAGCTGAAAAAGGCAGCTGCTAAAGGAAGCAAAGCCGAGCAGAAAGCTAAGAA
GAAGCAAGTCGAAGAAGACATTTCGAAACTCTCCACCAAGCTTAAGGAGAAACAGCTCAA
AGAGCTCGCCTCACAAGGTTTTAGCAGCAGCGGTAGCAGCAGCAGCGGCACCAACATCTC
CAAGGCCGAAACGAATGAGAAGAAAGGAGATATCGACACTCTAGTGAGAGCCATCGCTGG
AGTCTCGGTCACTGCTCAGCAAGAACACTCGAAGCCGCCGAGCAAGAGCGTGAAGAGACG
GGAGAAACGAGCTAAAGAAGAAGCTGAGAGAAATGGCTGCTGCTTACATGAGGGAGCACA
GAGCAGACTTCATCCCGTTTTTCTTAACGGAGACCACCGAGTCTGAATCTGATGAGTCTG
CAGAGGAGCGGTTTGAGAGATACTGCAGGGAAGTGGAGTCAACAGCTGCTTGGGGAGGTC
AGCTGGAGCTAGGAGCGTTGACGCATTGCTTGAGGAAACACATAATGGTGT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3FN27JQ 767 0 0
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ACCAACATCTCCAAGGCCGAAACGAATGAGAAGAAAGGAGATATCGACACTCTAGTGAGA
GCCATCGCTGGAGTCTCGGTCACTGCTCAGCAAGAACACTCGAAGCCGCCGAGCAAGAGC
GTGAAGAGACGGGAGAAACGAGCTAAAGAAGAAGCTGAGAGAAATGGCTGCTGCTTACAT
GAGGGAGCACAGAGCAGACTTCATCCCGTTTTTCTTAACGGAGACCACCGAGTTTGAATT
TGATGAGTCTGCAGAGGAGCGGTTTGAGAGATACTGCAGGGAAGTGGAGTCAACAGCTGC
TTGGGGAGGTCAGCTGGAGCTAGGAGCGTTGACGCATTGCTTGAGGAAACACATAATGGT
GTTTTCAGGATCGTTCCCTGATGTTGAAATGGGGAAAGAGTATAAATCATCCGGCAATGA
CGACAGCCTCAAGTTATCGTATCACAGGCATGCTTTTGGGCTCGGTGAACATTATAACTC
TGTTGTTGTCGTCAACGACATCACCGAATGATGATGGGACTTTCTGTCAAGCTCTTAAGA
CGTTCATGCTTTTGTTTGTATCACAAGCTTTCAAGATTTACCTAAATTTTTTTTAAGATT
GGTTTTCAAAGAACCTCTGTAACTTTAAATCTATTTAATTCAAATATCTAGTTGCAAGTT
TTCATTACAGGACATGGATGTAGCAGTTTTAATGTATGACCTTTGGG

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL6450Contig1 1033 2 2 U
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AACAAAAATTGACAAGACTCTAAAGAAATATCTTTTATATATAAAGAAGAAAGAATAATC
GAATTAATTAATCTAATATCTTTTTTCTCTAGAAATCTAGATCTTTGAGAAAATTTATAA
AAAGACAAGAATTCGTGGAGATATATAGCAACATGACGGACACCAACACTGCCCGGACGA
TCGTCGGAATCATCGGAAACGTGATCGCCTTCGGCTTGTTCTCGGCTCCAATACCAACGA
TGGTGAAGATATGGAAGATGAAATCGGTATCTGAATTTAAGCCAGATCCTTACGTAGCTA
CTGTTTTAAACTGCATGATGTGGACCTTTTACGGACTTCCTTTCGTCCAACCCGACAGTC
TCCTCGTCATCACCATTAACGGAGCTGGTCTTGTCATGGAACTCGTTTATGTCATCATCT
TCTTCATCTTCGCTACCTCGCCTGTCCGTAAAAGGATCGCAATAGCTATGGTAATTGAGG
TGATATTCATGGCTGTGGTCGTCTTCTGCACATTGTATTTTTTGCATACAACAAAACAGA
GATCTATGCTTGTTGGGATCTTGTGCATTATTTTCAATATTATCATGTATGCTTCGCCTT
TAACCGTCATGGCACTTGTGATAAAGACAAAGAGCGTGAAGTACATGCCGTTCTTCTTGT
CTTTAGCCAACTTCATGAACGGAGCCATTTGGATCGTTTATGCATGTCTTAAATTCGACC
TCTATATTTTGATCCCAAATGCTCTTGGATGCCTATCAGGAACAATACAATTTATATTAT
ACGCACTTTACTATAAAACAACTAACTGGAAAGACGATGATGAAGATAAAGAAAGGAGCA
ATTTGAATGCTGAAATCGAGCTTTCCCAAGCTTGATATTGCAACTACGGATTGCACTTCC
CCATTTTTTTCTTCTGTTTTACAAGAAGCACCATCATCGAGTGGTGAGATCAGCTTCATC
GTTAGGATTAGTA


BQ
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AF RR3EK67TF U 1
AF RR3EK67JQ C 271
BS 1 684 RR3EK67TF
BS 685 1033 RR3EK67JQ

RD RR3EK67TF 685 0 0
GGAGGAAAAAACAAAAAAGGAGTTGTTTCATCAATCAAACCTAACTTATCACATATCAGA
AACAAAAATTGACAAGACTCTAAAGAAATATCTTTTATATATAAAGAAGAAAGAATAATC
GAATTAATTAATCTAATATCTTTTTTCTCTAGAAATCTAGATCTTTGAGAAAATTTATAA
AAAGACAAGAATTCGTGGAGATATATAGCAACATGACGGACACCAACACTGCCCGGACGA
TCGTCGGAATCATCGGAAACGTGATCGCCTTCGGCTTGTTCTCGGCTCCAATACCAACGA
TGGTGAAGATATGGAAGATGAAATCGGTATCTGAATTTAAGCCAGATCCTTACGTAGCTA
CTGTTTTAAACTGCATGATGTGGACCTTTTACGGACTTCCTTTCGTCCAACCCGACAGTC
TCCTCGTCATCACCATTAACGGAGCTGGTCTTGTCATGGAACTCGTTTATGTCATCATCT
TCTTCATCTTCGCTACCTCGCCTGTCCGTAAAAGGATCGCAATAGCTATGGTAATTGAGG
TGATATTCATGGCTGTGGTCGTCTTCTGCACATTGTATTTTTTGCATACAACAAAACAGA
GATCTATGCTTGTTGGGATCTTGTGCATTATTTTCAATATTATCATGTATGCTTCGCCTT
TAACCGTCATGGCACTTGTGATAA
G

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3EK67JQ 763 0 0
TCGGCTTGTTCTCGGCTCCAATACCAACGATGGTGAAGATATGGAAGATGAAATCGGTAT
CTGAATTTAAGCCAGATCCTTACGTAGCTACTGTTTTAAACTGCATGATGTGGACCTTTT
ACGGACTTCCTTTCGTCCAACCCGACAGTCTCCTCGTCATCACCATTAACGGAGCTGGTC
TTGTCATGGAACTCGTTTATGTCATCATCTTCTTCATCTTCGCTACCTCGCCTGTCCGTA
AAAGGATCGCAATAGCTATGGTAATTGAGGTGATATTCATGGCTGTGGTCGTCTTCTGCA
CATTGTATTTTTTGCATACAACAAAACAGAGATCTATGCTTGTTGGGATCTTGTGCATTA
TTTTCAATATTATCATGTATGCTTCGCCTTTAACCGTCATGGCACTTGTGATAAAGACAA
AGAGCGTGAAGTACATGCCGTTCTTCTTGTCTTTAGCCAACTTCATGAACGGAGCCATTT
GGATCGTTTATGCATGTCTTAAATTCGACCTCTATATTTTGATCCCAAATGCTCTTGGAT
GCCTATCAGGAACAATACAATTTATATTATACGCACTTTACTATAAAACAACTAACTGGA
AAGACGATGATGAAGATAAAGAAAGGAGCAATTTGAATGCTGAAATCGAGCTTTCCCAAG
CTTGATATTGCAACTACGGATTGCACTTCCCCATTTTTTTCTTCTGTTTTACAAGAAGCA
CCATCATCGAGTGGTGAGATCAGCTTCATCGTTAGGATTAGTA

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL6451Contig1 1140 2 2 U
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GAAGTCATTCCGACAATAGACTTGAAAGAGGTTCCAGATGAGAAGTTGAACCAGCAAATA
CGTGAGGCGAGTGAGAGATGGGGATGTTTCAAGGTGATCAACCATGGAGTTTCTTCGTTT
TTGTTGTCTGAGATGAAGAAAACTGTTACAGATCTCCATGAACGTCCACACGAGGTGAAA
ATACGAAACACTGCTGTGATACTATCAAGTGGTTACATACCTAGAAGTGAGTTAAATCCT
CTTTATGAATCATTCGGTCTTTTTGACGTCGCCTCTCCTCAAGCGATCAATAACTTTTGT
GACAAACTTGAGGCCTCTGCTGAACAAAGAGAGATCATAATGAAGTATGGCAAAGCTATG
AATGGTCTTGCAAAAGATTTAACGAGGATGTTAGCAAAGAGTTATGAATTAGAGGATCCT
GATATATGCAAAGAATGGCCGAGCCAGTTTCGGATGAACAAATATCATTTCAATCCTGAA
ACTGTTGGTCAAAGTGGTGCTATAACACACACGGATCCTGGATTTTTAACAATTGTTCAC
GGTGATGACAATGTTTGTGGACTTGAGGCCATGGACCATTCTTCACGAACCTATTTCCCC
ATAAACACGTCACCAAACACACTTACTGTCAACCTTGGTGACATGGCTAAGATATGGAGC
AATGGGAGGTTGTGCAATGTGAAGCATAGAGTGAAATGCAAAGAAGCAAAAATGAGGATT
AGTATCGTCACCTTCCTATTAGTACCAATGGATGAAGTTGTTGAGCCTCCGAGTAAATTT
GTTGATGCTGAACATCCACGTCTATACAAGCCTATCAGCGTTGGAGAACTAAGAAAGATT
AGGCTCAGCAGCAACATGCATGACGGCGAATCTCTCCAGTTTATAACCCTCAAATAATTA
TATGACCTTTATGCAATAAGGAGGTTGTCATAACTCATACAAATCAAAACCTATATGGGT
CATGGGTGGTGGCTCCAAGAAATGTTTTGTTTTCCCTAATAAGAGTTACAAATAGAGATG
AATCTCTTATGATTATTATTGTGTAATATAATGATTATATGAGAATCTTTAAAAATCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G694TF U 1
AF RR3G694JQ C 379
BS 1 719 RR3G694TF
BS 720 1140 RR3G694JQ

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TTGTTGTCTGAGATGAAGAAAACTGTTACAGATCTCCATGAACGTCCACACGAGGTGAAA
ATACGAAACACTGCTGTGATACTATCAAGTGGTTACATACCTAGAAGTGAGTTAAATCCT
CTTTATGAATCATTCGGTCTTTTTGACGTCGCCTCTCCTCAAGCGATCAATAACTTTTGT
GACAAACTTGAGGCCTCTGCTGAACAAAGAGAGATCATAATGAAGTATGGCAAAGCTATG
AATGGTCTTGCAAAAGATTTAACGAGGATGTTAGCAAAGAGTTATGAATTAGAGGATCCT
GATATATGCAAAGAATGGCCGAGCCAGTTTCGGATGAACAAATATCATTTCAATCCTGAA
ACTGTTGGTCAAAGTGGTGCTATAACACACACGGATCCTGGATTTTTAACAATTGTTCAC
GGTGATGACAATGTTTGTGGACTTGAGGCCATGGACCATTCTTCACGAACCTATTTCCCC
ATAAACACGTCACCAAACACACTTACTGTCAACCTTGGTGACATGGCTAAGATATGGAG

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3G694JQ 762 0 0
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TTAACGAGGATGTTAGCAAAGAGTTATGAATTAGAGGATCCTGATATATGCAAAGAATGG
CCGAGCCAGTTTCGGATGAACAAATATCATTTCAATCCTGAAACTGTTGGTCAAAGTGGT
GCTATAACACACACGGATCCTGGATTTTTAACAATTGTTCACGGTGATGACAATGTTTGT
GGACTTGAGGCCATGGACCATTCTTCAGGAACCTATTTCCCCATAAACACGTCACCAAAC
ACACTTACTGTCAACCTTGGTGACATGGCTAAGATATGGAGCAATGGGAGGTTGTGCAAT
GTGAAGCATAGAGTGAAATGCAAAGAAGCAAAAATGAGGATTAGTATCGTCACCTTCCTA
TTAGTACCAATGGATGAAGTTGTTGAGCCTCCGAGTAAATTTGTTGATGCTGAACATCCA
CGTCTATACAAGCCTATCAGCGTTGGAGAACTAAGAAAGATTAGGCTCAGCAGCAACATG
CATGACGGCGAATCTCTCCAGTTTATAACCCTCAAATAATTATATGACCTTTATGCAATA
AGGAGGTTGTCATAACTCATACAAATCAAAACCTATATGGGTCATGGGTGGTGGCTCCAA
GAAATGTTTTGTTTTCCCTAATAAGAGTTACAAATAGAGATGAATCTCTTATGATTATTA
TTGTGTAATATAATGATTATATGAGAATCTTTAAAAATCTAG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

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AGATGACGCTTAACGATGAGCAAGAGCATGAGGTGTACGGTGGAGAGATCCCAGAGGGGG
AAGGAGAGATGGAGACGGATGAGTACGAGGAACACGTCGGCGAAGAAGAAGGCGCCGCCG
CCGCCGGAGGAGACGAGGAGCTTGAACCAGGCTCTAGCTCTAAGGATCTGGAGGATATGA
AGAAGCGAATCAAGGAGATCGAGGAAGAAGCTGGAGCTTTGCGTGAAATGCAAGCCAAAG
CTGAGAAAGAAATGGGCGCTGATCAAGATCCATCAGGTGCTATTAGTTCTGCTGAGAAGG
AGGAAGTTGATTCCCGTTCAATCTATGTTGGCAATGTGGACTACGCATGTACCCCAGAAG
AAGTCCAGCAACATTTCCAGTCATGTGGAACAGTCAATAGGGTTACGATTCTGACAGATA
AGTTTGGCCAACCCAAAGGTTTTGCATATGTCGAATTCGTGGAAGAAGATGCTGTTCAGA
ATTCTCTTATCTTGAACGAGTCAGAGCTGCATGGTCGCCAAATTAAGGTATCAGCAAAGA
GAACTAACGTCCCTGGAATGAGACGGTTCCGAGGAAGGCGTCCCTTTAGACCCATGAGAG
GATTCATGCCTGGAATTCCATTTTATGCTCCATATGGTTATGGGAGAGTTCCCAGGTTCA
GACGGCCAATGCGCTACAGACCATACTGATTTAAAGTAAAAACGCTGGTAAAAGTAGCAG
CTGCCTTTTACTTTCAGTAAGGCTGTTATCATCAATCCGTGTTTCATTAGGCCGCACACA
CGTTGCTTCGATTAGACAGAGGTGGGTTGAAGAATCTTATGGCAGAAGAGAGAGAGGCGA
AGAAAGAAAAAATATGTTTTAGATTTTATGTACAATGTTTCATGGGATAAGAGCAACAAT
TTGAATTCGTTTCTGTTTTTATCTTTTGCAAACTCATAAAGCTTTATATTGAGAATGACC
TTTCCACATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E006TF U 1
AF RR3E006JQ C 196
BS 1 611 RR3E006TF
BS 612 1030 RR3E006JQ

RD RR3E006TF 611 0 0
GGACAAGCCCTAAGATTTCTCGATTAACGACAGTCGCCGAGTGAGATAAGAGAGAGAGAG
AGATGACGCTTAACGATGAGCAAGAGCATGAGGTGTACGGTGGAGAGATCCCAGAGGGGG
AAGGAGAGATGGAGACGGATGAGTACGAGGAACACGTCGGCGAAGAAGAAGGCGCCGCCG
CCGCCGGAGGAGACGAGGAGCTTGAACCAGGCTCTAGCTCTAAGGATCTGGAGGATATGA
AGAAGCGAATCAAGGAGATCGAGGAAGAAGCTGGAGCTTTGCGTGAAATGCAAGCCAAAG
CTGAGAAAGAAATGGGCGCTGATCAAGATCCATCAGGTGCTATTAGTTCTGCTGAGAAGG
AGGAAGTTGATTCCCGTTCAATCTATGTTGGCAATGTGGACTACGCATGTACCCCAGAAG
AAGTCCAGCAACATTTCCAGTCATGTGGAACAGTCAATAGGGTTACGATTCTGACAGATA
AGTTTGGCCAACCCAAAGGTTTTGCATATGTCGAATTCGTGGAAGAAGATGCTGTTCAGA
ATTCTCTTATCTTGAACGAGTCAGAGCTGCATGGTCGCCAAATTAAGGTATCAGCAAAGA
GAACTAACGTC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3E006JQ 835 0 0
GA
GAGCTTGAACCAGGCTCTAGCTCTAAGGATCTGGAGGATATGAAGAAGCGAATCAAGGAG
ATCGAGGAAGAAGCTGGAGCTTTGCGTGAAATGCAAGCCAAAGCTGAGAAAGAAATGGGC
GCTGATCAAGATCCATCAGGTGCTATTAGTTCTGCTGAGAAGGAGGAAGTTGATTCCCGT
TCAATCTATGTTGGCAATGTGGACTACGCATGTACCCCAGAAGAAGTCCAGCAACATTTC
CAGTCATGTGGAACAGTCAATAGGGTTACGATTCTGACAGATAAGTTTGGCCAACCCAAA
GGTTTTGCATATGTCGAATTCGTGGAAGAAGATGCTGTTCAGAATTCTCTTATCTTGAAC
GAGTCAGAGCTGCATGGTCGCCAAATTAAGGTATCAGCAAAGAGAACTAACGTCCCTGGA
ATGAGACGGTTCCGAGGAAGGCGTCCCTTTAGACCCATGAGAGGATTCATGCCTGGAATT
CCATTTTATGCTCCATATGGTTATGGGAGAGTTCCCAGGTTCAGACGGCCAATGCGCTAC
AGACCATACTGATTTAAAGTAAAAACGCTGGTAAAAGTAGCAGCTGCCTTTTACTTTCAG
TAAGGCTGTTATCATCAATCCGTGTTTCATTAGGCCGCACACACGTTGCTTCGATTAGAC
AGAGGTGGGTTGAAGAATCTTATGGCAGAAGAGAGAGAGGCGAAGAAAGAAAAAATATGT
TTTAGATTTTATGTACAATGTTTCATGGGATAAGAGCAACAATTTGAATTCGTTTCTGTT
TTTATCTTTTGCAAACTCATAAAGCTTTATATTGAGAATGACCTTTCCACATT

QA 3 835 3 835
DS 



AS 1 2

CO CL6453Contig1 412 2 1 U
GCAAGTTTCAGGACCCAGCTGAGGCGGATAAGCTGTTGAAAATCCAGAGGGAGTTGGATG
AGACCAAGATTATCCTTCATAAGACCATTGATAGCGTTCTAGCCCGTGGTGAGAAGCTGG
ACAGCCTAGTCGAGAAAAGCTCTGATTTGAGCATGGCATCCCAGATGTTCTACAAGCAAG
CAAAGAAAACGAATTCATGCTGCACTATCCTGTGAGCTACAACTCTCTCTGGATGTCTTG
GGTATATATAGTCAACCAAACTTTTGCTGGGGGCAGAGGCGAGACTACAGTTTATCATTT
TATATATATATATTTGAATCCTTTCTCTCGTTTGCATGCACTTTGAAACTCATGTCGTGT
GGCGTGTTATACTCTCTACCAATATTATATGATTGCTTTTGTTTATGTTCCT


BQ
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AF RR3DE14JQ C 1
AF RR3DE14TF U 1
BS 1 412 RR3DE14TF

RD RR3DE14JQ 412 0 0
GCAAGTTTCAGGACCCAGCTGAGGCGGATAAGCTGTTGAAAATCCAGAGGGAGTTGGATG
AGACCAAGATTATCCTTCATAAGACCATTGATAGCGTTCTAGCCCGTGGTGAGAAGCTGG
ACAGCCTAGTCGAGAAAAGCTCTGATTTGAGCATGGCATCCCAGATGTTCTACAAGCAAG
CAAAGAAAACGAATTCATGCTGCACTATCCTGTGAGCTACAACTCTCTCTGGATGTCTTG
GGTATATATAGTCAACCAAACTTTTGCTGGGGGCAGAGGCGAGACTACAGTTTATCATTT
TATATATATATATTTGAATCCTTTCTCTCGTTTGCATGCACTTTGAAACTCATGTCGTGT
GGCGTGTTATACTCTCTACCAATATTATATGATTGCTTTTGTTTATGTTCCT

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR3DE14TF 412 0 0
GCAAGTTTCAGGACCCAGCTGAGGCGGATAAGCTGTTGAAAATCCAGAGGGAGTTGGATG
AGACCAAGATTATCCTTCATAAGACCATTGATAGCGTTCTAGCCCGTGGTGAGAAGCTGG
ACAGCCTAGTCGAGAAAAGCTCTGATTTGAGCATGGCATCCCAGATGTTCTACAAGCAAG
CAAAGAAAACGAATTCATGCTGCACTATCCTGTGAGCTACAACTCTCTCTGGATGTCTTG
GGTATATATAGTCAACCAAACTTTTGCTGGGGGCAGAGGCGAGACTACAGTTTATCATTT
TATATATATATATTTGAATCCTTTCTCTCGTTTGCATGCACTTTGAAACTCATGTCGTGT
GGCGTGTTATACTCTCTACCAATATTATATGATTGCTTTTGTTTATGTTCCT

QA 1 412 1 412
DS 



AS 1 2

CO CL6454Contig1 563 2 10 U
GAAACACAACAACATCAGTAGAATTATCAATTAAATACAGAAGTTTCAAATACAGGAGGT
TTGAATTTTGTAGTTTTTTTTTGTTTCCAGTTGAAAGCTACAAACAAGCAAAAATACAAC
ATTTTGATTAAGTTCCAGACAAAAACCAAAGAATGTTCTTGGTCATTTGAAGAAACTGAA
ACTCTCAGACTGTAATCAGTGTAGTTCAGGAGATGGATCATGTCTACAAATGTCTCCACG
ACACAGCGGACATACTCTGTGAATCTCTTTAAGCCATTTATCAACACATGTTCTATGGAA
TTCATGATGACAAGGAAGTGTCCTTATAGTGTCTCCTTCTTCATACTCGACAAGACATAT
ATAACATTGTGATGAATCTTCGGTTTGTGATTTAGTATACTGTTTTATAGGTAGCAAGTC
CACAACGTCGTTAGGTGCAGGAACAGATCCTATCGATGATACTGATGGTTGTTGAGAGGA
TAATACAACAGACTGCTGATGTATTTCATCAAGAACCTCGAAAAGAGCTTCAGCTAGCAG
AACTATCCTTGAGATGCTAGCTC


BQ
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AF RR3DY39JQ U 1
AF RR3GG79JQ U 1
BS 1 179 RR3DY39JQ
BS 180 180 RR3GG79JQ
BS 181 186 RR3DY39JQ
BS 187 187 RR3GG79JQ
BS 188 210 RR3DY39JQ
BS 211 211 RR3GG79JQ
BS 212 282 RR3DY39JQ
BS 283 283 RR3GG79JQ
BS 284 438 RR3DY39JQ
BS 439 563 RR3GG79JQ

RD RR3DY39JQ 438 0 0
GAAACACAACAACATCAGTAGAATTATCAATTAAATACAGAAGTTTCAAATACAGGAGGT
TTGAATTTTGTAGTTTTTTTTTGTTTCCAGTTGAAAGCTACAAACAAGCAAAAATACAAC
ATTTTGATTAAGTTCCAGACAAAAACCAAAGAATGTTCTTGGTCATTTGAAGAAACTGAC
ACTCTCCGACTGTAATCAGTGTAGTTCAGGTGATGGATCATGTCTACAAATGTCTCCACG
ACACAGCGGACATACTCTGTGAATCTCTTTAAGCCATTTATCCACACATGTTCTATGGAA
TTCATGATGACAAGGAAGTGTCCTTATAGTGTCTCCTTCTTCATACTCGACAAGACATAT
ATAACATTGTGATGAATCTTCGGTTTGTGATTTAGTATACTGTTTTATAGGTAGCAAGTC
CACAACGTCGTTAGGTGC

QA 1 438 1 438
DS 

RD RR3GG79JQ 563 0 0
GG
AACACAACAACATCAGTAGAATTATCAATTAAATACAGAAGTTTCAAATACAGGAGGTTT
GAATTTTGTAGTTTTTTTTTGTTTCCAGTTGAAAGCTACAAACAAGCAAAAATACAACAT
TTTGATTAAGTTCCAGACAAAAACCAAAGAATGTTCTTGGTCATTTGAAGAAACTGAAAC
TCTCAGACTGTAATCAGTGTAGTTCAGGAGATGGATCATGTCTACAAATGTCTCCACGAC
ACAGCGGACATACTCTGTGAATCTCTTTAAGCCATTTATCAACACATGTTCTATGGAATT
CATGATGACAAGGAAGTGTCCTTATAGTGTCTCCTTCTTCATACTCTACAAGACATATAT
AACATTGTGATGAGTCTTCGGTTTGTGATTTAGTATACTGTTTTATAGGTAGCAAGTCCA
CAACGTCGTTAGGTGCAGGAACAGATCCTATCGATGATACTGATGGTTGTTGAGAGGATA
ATACAACAGACTGCTGATGTATTTCATCAAGAACCTCGAAAAGAGCTTCAGCTAGCAGAA
CTATCCTTGAGATGCTAGCTC

QA 3 563 3 563
DS 



AS 1 2

CO CL6455Contig1 877 2 4 U
TCTGATTTGGTGTGTTCTTTCTCCGATTTATTTTCTAATTTTGTTCTCTGATTTGGTATA
TATAGACATGCCGTCACAGCAGTCAAGCGAACGCTTACCAAATTTTCTTCAATAATTGTG
CTCTCATCTATGATGTTTGAGGATTTTAGGGGCATGTGGTCTTTTGTTCTGTAGTGAAAT
CTCCTTTTTCGTTTTAAGTACTCCTCTTCATCATAGGAAATCTTTTTTTTGTTCTATAAA
TCTCCCAAAAACAATTAAGTTGCATCCTTTATTTTTTTCTGCAGATGGTACTCCAAGAAG
TTCGTTAAAGCAAAATGGGATAAGGAAGACTGTGTTCCTGAGTTAAGCAATACATAGACC
GTTCCTCGGTAACTCACCACTCTTCTTCTCTATTTCAGCTCTATTCATGTTTTTCTGATG
ATCATAATCAATTAATAGGCCGTCTTTTTCAGTTCTGTTGTTTTCTGTTTCTCATTTATT
AAAATAGGAACTTCTCATTTACTTCCTCACACATCTGTTCATTGCGACGAACACAATCAT
TTATGCAAAGTTGGTAGCTTCTGAATGTGTTGAAAGATTTACTCCTGCCAGCAGCAGCGG
ACCCAATACTCATGTCATGGTGAAAGGTGTGCACTCTGCGAAGCCACGCATTGGTTAAGG
TTATTGGAGTCCATTAGACTGTTGCTAAGTCCCATAGCTGTTGCTGATTCCCATTAGACT
GTTACTGAAATAAATAAGTGGAACTTGAGCGATTTTACTGTCTTCCAGTAAGATTTTCCT
TTTCTATACTATAGCTATTGGGTCTCCTTGAGCGAAACTATGTTTTTGTTACCAACTTTA
AAGTGTGTTAGCTGAATAATTTGTTCCAGAGTCAATT


BQ
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AF RR3G886TF U 1
AF RR3G886JQ C 410
BS 1 626 RR3G886TF
BS 627 627 RR3G886JQ
BS 628 638 RR3G886TF
BS 639 877 RR3G886JQ

RD RR3G886TF 638 0 0
TCTGATTTGGTGTGTTCTTTCTCCGATTTATTTTCTAATTTTGTTCTCTGATTTGGTATA
TATAGACATGCCGTCACAGCAGTCAAGCGAACGCTTACCAAATTTTCTTCAATAATTGTG
CTCTCATCTATGATGTTTGAGGATTTTAGGGGCATGTGGTCTTTTGTTCTGTAGTGAAAT
CTCCTTTTTCGTTTTAAGTACTCCTCTTCATCATAGGAAATCTTTTTTTTGTTCTATAAA
TCTCCCAAAAACAATTAAGTTGCATCCTTTATTTTTTTCTGCAGATGGTACTCCAAGAAG
TTCGTTAAAGCAAAATGGGATAAGGAAGACTGTGTTCCTGAGTTAAGCAATACATAGACC
GTTCCTCGGTAACTCACCACTCTTCTTCTCTATTTCAGCTCTATTCATGTTTTTCTGATG
ATCATAATCAATTAATAGGCCGTCTTTTTCAGTTCTGTTGTTTTCTGTTTCTCATTTATT
AAAATAGGAACTTCTCATTTACTTCCTCACACATCTGTTCATTGCGACGAACACAATCAT
TTATGCAAAGTTGGTAGCTTCTGAATGTGTTGAAAGATTTACTCCTGCCAGCAGCAGCGG
ACCCAATACTCATGTCATGGTGAAAG*TGTGCACTCTG

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3G886JQ 468 0 0
TTTTTCTGATGATCATAATCAATTAATAGGCCGTCTTTTTCAGTTCTGTTGTTTTCTGTT
TCTCATTTATTAAAATAGGAACTTTTCATTTACTTCCTCACACATCTGTTCATTGCGACG
AACACAATCATTTATGCAAAGTTGGTAGCTTCTGAATGTGTTGAAAGATTTACTCCTGCC
AGCAGCAGCGGACCCAATACTCATGTCATGGTGAAAGGTGTGCACTCTGCGAAGCCACGC
ATTGGTTAAGGTTATTGGAGTCCATTAGACTGTTGCTAAGTCCCATAGCTGTTGCTGATT
CCCATTAGACTGTTACTGAAATAAATAAGTGGAACTTGAGCGATTTTACTGTCTTCCAGT
AAGATTTTCCTTTTCTATACTATAGCTATTGGGTCTCCTTGAGCGAAACTATGTTTTTGT
TACCAACTTTAAAGTGTGTTAGCTGAATAATTTGTTCCAGAGTCAATT

QA 1 468 1 468
DS 



AS 1 2

CO CL6456Contig1 416 2 1 U
GCATCGTCGGTGCCAACATCTTAGCAGGAGGAGCATTCAGCGGAGCCTCCATGAACCCCG
CCGTGGCCTTCGGACCAGCTGTGGTAAGCTGGTCGTGGAACAACCACTGGGTCTACTGGG
CCGGACCTCTTATTGGCGGTGGAATCGCTGGACTCATCTACGAGGTTTTCTTCATCAACA
CCACCCACGAACAGCTCCCCACCACCGACTACTGAATCAATCTCTCTGTTTCTCTCATGT
GTAATTTGATTTGTCGTCTTTGAGTTTTAATGCTTTTTCCGTTTTGTGTACTTTCGCATC
AGCATGGCTTTATGACCGTTGGATCTTTCCAGATTAATCATTTTTCTGTTGATTTCCAGA
GTTGTAATTGCAGATATTGTGAATTATGTATCTATCTCATCTTAAGCTTTGTGCCT


BQ
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AF RR3GL48JQ C 1
AF RR3GL48TF U 1
BS 1 416 RR3GL48TF

RD RR3GL48JQ 416 0 0
GCATCGTCGGTGCCAACATCTTAGCAGGAGGAGCATTCAGCGGAGCCTCCATGAACCCCG
CCGTGGCCTTCGGACCAGCTGTGGTAAGCTGGTCGTGGAACAACCACTGGGTCTACTGGG
CCGGACCTCTTATTGGCGGTGGAATCGCTGGACTCATCTACGAGGTTTTTTTCATCAACA
CCACCCACGAACAGCTCCCCACCACCGACTACTGAATCAATCTCTCTGTTTCTCTCATGT
GTAATTTGATTTGTCGTCTTTGAGTTTTAATGCTTTTTCCGTTTTGTGTACTTTCGCATC
AGCATGGCTTTATGACCGTTGGATCTTTCCAGATTAATCATTTTTCTGTTGATTTCCAGA
GTTGTAATTGCAGATATTGTGAATTATGTATCTATCTCATCTTAAGCTTTGTGCCT

QA 1 416 1 416
DS 

RD RR3GL48TF 416 0 0
GCATCGTCGGTGCCAACATCTTAGCAGGAGGAGCATTCAGCGGAGCCTCCATGAACCCCG
CCGTGGCCTTCGGACCAGCTGTGGTAAGCTGGTCGTGGAACAACCACTGGGTCTACTGGG
CCGGACCTCTTATTGGCGGTGGAATCGCTGGACTCATCTACGAGGTTTTCTTCATCAACA
CCACCCACGAACAGCTCCCCACCACCGACTACTGAATCAATCTCTCTGTTTCTCTCATGT
GTAATTTGATTTGTCGTCTTTGAGTTTTAATGCTTTTTCCGTTTTGTGTACTTTCGCATC
AGCATGGCTTTATGACCGTTGGATCTTTCCAGATTAATCATTTTTCTGTTGATTTCCAGA
GTTGTAATTGCAGATATTGTGAATTATGTATCTATCTCATCTTAAGCTTTGTGCCT

QA 1 416 1 416
DS 



AS 1 2

CO CL6457Contig1 688 2 11 U
GGAAATCGCAGCTTGTTTCACAATCGAAGCGAAAGGGAGGAAGAAGATGAAGCTAAAATG
GGAATCAATCTCTACTCTCCACCAAAACGTCTTCCTCGCCAAGGTCCTCGCTGCCATTTT
CATAACCGGTCTCGCTTTCCGCTTCTACGCCGTCCGCTTCGGCCAAGTGTCGGTGAACGG
AATCTCCGATCCTCAGATCTCTCCGCCGCCGTCGGTTATCATATCGGAGAACGAGGATCC
TTTCCCCATCGATATTGAGGTGGAGAAGTGTGATCTGTTCACGGGGAAATGGATCAGAGA
CCCTTTGGGACCAATCTATACGAATGGCTCATGTGGTGTGGTGGTGGATAGTCACCAGAA
TTGCATCACCAATGGCCGTCCTGACTCTGGTTTTCTCTACTGGAAATGGAAGCCTAACGA
CTGCTCCTTGCCTCGCTTCGACCCTCTTAGGTTTCTCCACCTTATGTCCAACAAGTCTTG
GGCTTTCATTGGTGACTCCATTTCCCGTAACCATGTCGAGTCTTTGCTTTGCATCCTCTC
CACTGTTGAGAAGCCAGTTGAAGTGTACCACGACGAGGAATACAGATCAAAGCGTTGGGT
TTTTCCTTCTTACAATATGACAGTCTCCAACATTTGGTCACCGTTTCTTGTTCAAGCCGC
TATTTTCGAGGACTCGAGAGGTGTCTCG


BQ
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AF RR3EH68TF U 6
AF RR3GA60TF U 1
BS 1 21 RR3GA60TF
BS 22 22 RR3EH68TF
BS 23 121 RR3GA60TF
BS 122 122 RR3EH68TF
BS 123 239 RR3GA60TF
BS 240 240 RR3EH68TF
BS 241 309 RR3GA60TF
BS 310 310 RR3EH68TF
BS 311 330 RR3GA60TF
BS 331 331 RR3EH68TF
BS 332 688 RR3GA60TF

RD RR3EH68TF 442 0 0
GG
GCAGCTTGTTTCACAATCGAAGCGAAAGGGAGGAAGAAGATGAAGCTAAAATGGGAATCA
ATCTCTACTCTCCACCAAAACGTCTTCCTCGCCAAGGTCCTCGCTGCCATTTTCATAACC
GGTCTCGCTTTCCGCTTCTACGCCGTCCGCTTCGGCCAAGTGTCGGTGAACGGAATCTCC
GATCCTCAGATCTCTCCGCCGCCGTCGGTTATCATATCGGAGAACGAGGATCCTTTCCCC
ATCGATATTGAGGTGGAGAAGTGTGATCTGTTCACGGGGAAATGGATCAGAGACCCTTTG
GGACCAATCTATACGAATGGCTCATGTGGTGTGGTGGTGGATAGTCACCAGAATTGCATC
ACCAATGGCCGTCCTGACTCTGGTTT*CTCTACTGGAAATGGAAGCCTAACGACTGCTCC
TTGCCTCGCTTCG
CCCTCTT

QA 3 435 3 435
DS 

RD RR3GA60TF 688 0 0
GGAAATCGCAGCTTGTTTCACGATCGAAGCGAAAGGGAGGAAGAAGATGAAGCTAAAATG
GGAATCAATCTCTACTCTCCACCAAAACGTCTTCCTCGCCAAGGTCCTCGCTGCCATTTT
CGTAACCGGTCTCGCTTTCCGCTTCTACGCCGTCCGCTTCGGCCAAGTGTCGGTGAACGG
AATCTCCGATCCTCAGATCTCTCCGCCGCCGTCGGTTATCATATCGGAGAACGAGGATCT
TTTCCCCATCGATATTGAGGTGGAGAAGTGTGATCTGTTCACGGGGAAATGGATCAGAGA
CCCTTTGGGTCCAATCTATACGAATGGCTCGTGTGGTGTGGTGGTGGATAGTCACCAGAA
TTGCATCACCAATGGCCGTCCTGACTCTGGTTTTCTCTACTGGAAATGGAAGCCTAACGA
CTGCTCCTTGCCTCGCTTCGACCCTCTTAGGTTTCTCCACCTTATGTCCAACAAGTCTTG
GGCTTTCATTGGTGACTCCATTTCCCGTAACCATGTCGAGTCTTTGCTTTGCATCCTCTC
CACTGTTGAGAAGCCAGTTGAAGTGTACCACGACGAGGAATACAGATCAAAGCGTTGGGT
TTTTCCTTCTTACAATATGACAGTCTCCAACATTTGGTCACCGTTTCTTGTTCAAGCCGC
TATTTTCGAGGACTCGAGAGGTGTCTCG

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL6458Contig1 614 2 2 U
GGAACCACAATGAATATAGCTGGGAGGATTCGACGAAGTTTCTTCGGAGATGAGAAGAAG
GAACTTCCCAGTGTAAATGGATCATCGAGCGGGAACGAAGATGATTTGCTAGGAGTGACT
GATGGACTAATCGATCACTTCAGGTCCTTCACCATTGACACGTTTAAGAACTTCTCTCTC
TACGACGAAGAAGCGTGTGTATATCCTTTGGCAGAAGTGAAGAAGGATTTGTCTGATTGG
CAGCAGAGACACGCGGTTCTTGTACTATCCAAATCCAAGGAACTCTCACAGCTGAGATTT
AAGTTATGCCCACGTCTCTTAAAGGAAGATCAGTTTTGGAAGATATACTTCAAACTTGTC
AGGAACATTGTTGCCAAATATGAGGTGCTAGCAATCCAACAGGCTTTAATCAGGACGGTA
GCCATGGAAGCTTCTGAAACCAAGGGTGTTTATGAAGTTGAAATGTCAGAAACCAGGCCA
CAAGGTTGAGTAGTACTGGACCTGCAACTCCATGAAATTTTAGTAGCTTAGGACATGTGT
TGTAACTTTTACAGACTAGTAAACTCTTCTTGTAATCTAACTGTGGCTGCAATTATTTTA
AAAACATTTAGATT


BQ
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AF RR3DK17TF U 1
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BS 441 614 RR3DK17JQ

RD RR3DK17TF 440 0 0
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TACGACGAAGAAGCGTGTGTATATCCTTTGGCAGAAGTGAAGAAGGATTTGTCTGATTGG
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GCCATGGAAGCTTCTGAAAC

QA 1 440 1 440
DS 

RD RR3DK17JQ 614 0 0
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GAACTTCCCAGTGTAAATGGATCATCGAGCGGGAACGAAGATGATTTGCTAGGAGTGACT
GATGGACTAATCGATCACTTCAGGTCCTTCACCATTGACACGTTTAAGAACTTCTCTCTT
TACGACGAAGAAGCGTGTGTATATCCTTTGGCAGAAGTGAAGAAGGATTTGTTTGATTGG
CAGCAGAGACACGCGGTTTTTGTACTATCCAAATCCAAGGAACTTTCACAGCTGAGATTT
AAGTTATGCCCACGTTTTTTAAAGGAAGATCAGTTTTGGAAGATATACTTCAAACTTGTC
AGGAACATTGTTGCCAAATATGAGGTGCTAGCAATCCAACAGGCTTTAATCAGGACGGTA
GCCATGGAAGCTTTTGAAACCAAGGGTGTTTATGAAGTTGAAATGTCAGAAACCAGGCCA
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TGTAACTTTTACAGACTAGTAAACTCTTCTTGTAATCTAACTGTGGCTGCAATTATTTTA
AAAACATTTAGATT

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL6459Contig1 1066 2 4 U
GGGTGAGTCCTCGAATCGAAGACAGATCAAATGATGAAACATGGATTATGGAGGGTTTGA
TCTAGCAGATCTATTGGCGCTTTGTTTGGCCAAATTCAATTTATTGACCGGTTTAGTCTG
GCCATCGATCCGACCTAAGTTCATATCACCAGTACAACGTTAAAGTGTGGATTGCAAAGT
TTTAGAACCCAATGTTCCTGCATCAATAGTCTCCGAATTGTACTTAGGAAAAGATGAGTA
GCCACAGAATCTGACATATAATATGTGTTCGCAGGGCTTGGTATGTGTCTTATGCAAAGT
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GTTTAAAATTTCTGCTATAATATGCACTTACCTAACAAGAGCAACAAAAACGGTTGTTTT
GTCAGGAAGTTACTTGGCAAGTCTTTCTCTTTGCCCTGGGAGATCAGAGCTACCATTTCT
ACATTCAAATACACAGCCGTTTGGTGATTAAGGAATCACGTTATTGGTGGAAACACGATT
AGATGCTTCAAGTCTTCAGACCAGGTTATGAATTTTTTTAACTTCTTTATATTTTTTGTA
GCTTACAAAACTAATAGGACAAGTAAAAGAGTTGGCTTGCTCATTATGCCTAGGCTTAAA
TCTAGATGCAAAACTGGGGAAGTGTTTTATTGGTTCAGCTTTTATTTCCTAAGAAACAGA
TCGCAGTAAGTAACCAGGTCCGTAAAGCGGGAAAAATTCTTCACAAGCATCTATCAGTTC
AAAGAACTTATCAATGCATGATCATGCGGTTACACGAAGTGGAAATGTAAAAGTAGCTTC
AAGGAGTCATCAACTAAACACTTATACCTAAGCGTAGAGTACATATTTTTCAATATAAGC
CAGTAATTTTCTTCACAGGATAAACTTCAAAGTGTTGTCTTAGTGTACTTCTGTAAGCTT
ATTATTCTCAGTTATTATGCTGTTTGAACAAATGGTGCCTTTTTCC


BQ
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AF RR3BY92TF U 1
AF RR3BY92JQ C 294
BS 1 677 RR3BY92TF
BS 678 678 RR3BY92JQ
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BS 710 1066 RR3BY92JQ

RD RR3BY92TF 709 0 0
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TCTAGCAGATCTATTGGCGCTTTGTTTGGCCAAATTCAATTTATTGACCGGTTTAGTCTG
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TTTAGAACCCAATGTTCCTGCATCAATAGTCTCCGAATTGTACTTAGGAAAAGATGAGTA
GCCACAGAATCTGACATATAATATGTGTTCGCAGGGCTTGGTATGTGTCTTATGCAAAGT
GGGATGGTTGCTAGGTCTCCAGAAGATATCAAAGCAGTCGTAGTAAAAACTGATAAGATG
ATCAAAGGATCAGTTTACCTAGGCGTAATGAAATCTAAATCAGTCGTAGTACCAATTTCA
GTTTAAAATTTCTGCTATAATATGCACTTACCTAACAAGAGCAACAAAAACGGTTGTTTT
GTCAGGAAGTTACTTGGCAAGTCTTTCTCTTTGCCCTGGGAGATCAGAGCTACCATTTCT
ACATTCAAATACACAGCCGTTTGGTGATTAAGGAATCACGTTATTGGTGGAAACACGATT
AGATGCTTCAAGTCTTCAGACCAGGTTATGAATTTTTTTAACTTCTTTATATTTTTTGTA
GCTTACAAAACTAATAG*ACAAGTAAAAGAGTTGGCTTGCTCATTATGC

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DS 

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CATTTCTACATTCAAATACACAGCCGTTTGGTGATTAAGGAATCACGTTATTGGTGGAAA
CACGATTAGATGCTTCAAGTCTTCAGACCAGGTTATGAATTTTTTTAACTTCTTTATATT
TTTTGTAGCTTACAAAACTAATAGGACAAGTAAAAGAGTTGGCTTGCTCATTATGCCTAG
GCTTAAATCTAGATGCAAAACTGGGGAAGTGTTTTATTGGTTCAGCTTTTATTTCCTAAG
AAACAGATCGCAGTAAGTAACCAGGTCCGTAAAGCGGGAAAAATTCTTCACAAGCATCTA
TCAGTTCAAAGAACTTATCAATGCATGATCATGCGGTTACACGAAGTGGAAATGTAAAAG
TAGCTTCAAGGAGTCATCAACTAAACACTTATACCTAAGCGTAGAGTACATATTTTTCAA
TATAAGCCAGTAATTTTCTTCACAGGATAAACTTCAAAGTGTTGTCTTAGTGTACTTCTG
TAAGCTTATTATTCTCAGTTATTATGCTGTTTGAACAAATGGTGCCTTTTTCC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

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GGAAACACTGCAAAAGGAACTGGAACTCCTGCAGCGACAAAAGGCTGCCTCTGAACAAGC
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CCCTCAGGATACGGATGATGATGATTCGCTATAACTTTCTTTTGTCAGAGTCATGGTTTC
TTCTTCCAATAAGATCTTTTATTACCCTTCCTTTTTGAGCTTTATATTAGCTTTTTTTCT
ATATTACTTAGATTCATGTTATATCTCTGTTATACAAACAACTTATCACTAGAATAGTGT
ATTTGTAAGAAAATATTTTGTATACAACTTTCCTATTTTTCAAACAAACCT


BQ
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AF RR3EH26JQ C 1
AF RR3EH26TF U 1
BS 1 411 RR3EH26TF

RD RR3EH26JQ 411 0 0
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TTCTTCCAATAAGATCTTTTATTACCCTTCCTTTTTGAGCTTTATATTAGCTTTTTTTCT
ATATTACTTAGATTCATGTTATATCTCTGTTATACAAACAACTTATCACTAGAATAGTGT
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QA 1 411 1 411
DS 

RD RR3EH26TF 411 0 0
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GGAAACACTGCAAAAGGAACTGGAACTCCTGCAGCGACAAAAGGCTGCCTCTGAACAAGC
CGCAATGAAGAACTCTAAACGACAGAGCTCTGGTGGTGTCTGGGGCTGGCTCGCTGGAAG
CCCTCAGGATACGGATGATGATGATTCGCTATAACTTTCTTTTGTCAGAGTCATGGTTTC
TTCTTCCAATAAGATCTTTTATTACCCTTCCTTTTTGAGCTTTATATTAGCTTTTTTTCT
ATATTACTTAGATTCATGTTATATCTCTGTTATACAAACAACTTATCACTAGAATAGTGT
ATTTGTAAGAAAATATTTTGTATACAACTTTCCTATTTTTCAAACAAACCT

QA 1 411 1 411
DS 



AS 1 2

CO CL6461Contig1 713 2 5 U
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ATCTTGGACAAGGCCACCAATCCAAATGGAATTTCAAGTGCCAATGTTCACAGCCTCTGG
TTTGCGAGTTCGTTTCCTCAAGGTGTGGGAGAAGAGCGGTTACAACACGGTGGAGTGGGT
TCGCTACATAACAAAAGCTGGATCTTATGAGATCAGATGCTGAAGTTAAAGATCACACTT
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AGTTTAAATTAATTTGTAGTTTGCGTCATCGTATTTGTGAAAGAAATATTAATCGGGCTT
ATATGTTAAATAAATTGTATTTTCGTATGACATAGGAAATAACGCAATTAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H684JQ C 1
AF RR3EH56TF U 270
BS 1 270 RR3H684JQ
BS 271 282 RR3EH56TF
BS 283 283 RR3H684JQ
BS 284 689 RR3EH56TF
BS 690 713 RR3H684JQ

RD RR3H684JQ 713 0 0
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TTTGCGAGTTCGTTTCCTCAAGGTGTGGGAGAAGAGCGGTTACAACACGGTGGAGTGGGT
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AGTTTAAATTAATTTGTAGTTTGCGTCATCGTATTTGTGAAAGAAATATTAATCGGGCTT
ATATGTTAAATAAATTGTATTTTCGTATGACATAGGAAATAACGCAATTAGTC

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3EH56TF 420 0 0
G
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ATTTCAAGTGCCAATGTTCACAGCCTCTGGTTTGCGAGTTCGTTTCCTCAAGGTGTGGGA
GAAGAGCGGTTACAACACGGTGGAGTGGGTTCGCTACATAACAAAAGCTGGATCTTATGA
GATCAGATGCTGAAGTTAAAGATCACACTTCAGGTTAAGTCACATCAAACTCCGAGGCTC
ATGGCTTCTAGCTTTTGTTCCTTGTTCAAACAAGAGTTAAATATCATTGAATTGGTTTTC
TCTTCTCTTTTGTGGTTTTCTACGAGTTATAGTTTAAATTAATTTGTAGTTTGCGTCATC
GTATTTGTGAAAGAAATATTAATCGGGCTTATATGTTAAATAAATTGTATTTTCGTATG

QA 2 420 2 420
DS 



AS 1 2

CO CL6462Contig1 949 2 6 U
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GGTGGAGGAATACAAAGCCGACCCGTACTTAGCCACCGTGCTGAACTGCGCATTATGGGT
CTTTTATGGCTTACCAATAGTCCATCCAGACAGCCTTCTTGTGATCACTATTAATGTCAC
TGGTCTTGCCATTGAGCTCTTCTATCTCTCCGTCTTCTTCTACTTTGCTCCCACCCCGCG
CAAGGTGAAAGTGGGGATATGGCTTATAGGAGAGATGGTGTTTGTAGGAATAGTAGCCAC
ATTGACATTGCTATTGTTCCACACACATAACCAGAGATCTACTTTTGTTGGAATCATTTG
TGTCATTTTTATTAGCATCATGTATATTGCACCTCTCACCATCATGAGTAAAGTGATCAA
GACTAAAAGTGCGAAGTACTTGCCGTTCTCTCTCTCACTAGCCAACTTTCTCAACGGAGT
CATTTGGGTTATTTATGCCCTTATTAAATTCGATCTTTTCATTTTGATTGGAAATGGATT
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AATAGATGAAGAAGAAGAGGAGAATCTTTCTAAGGCTAACTCTCAGTTGCAACTCAGTGG
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GATATTATATTTCGTGCTTAATCTGTGAAAGTCAAACTCCTTTTTCGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E732TF U 1
AF RR3E732JQ C 298
BS 1 662 RR3E732TF
BS 663 663 RR3E732JQ
BS 664 674 RR3E732TF
BS 675 675 RR3E732JQ
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BS 686 949 RR3E732JQ

RD RR3E732TF 685 0 0
GGATACATCTCTCTTTCTCTTCTGTTCTTGCTTCTTATCATTTAGAATTTGCTAATTTTA
ACGTAAAATGGTTAGCGCGACAGTGGCGAGAAACATTGTCGGCATTTTTGGAAATGTCAT
CTCCTTATTCTTGTTCCTCTCTCCCATACCAACATTCATAAAAATATACAAAATGAAGAA
GGTGGAGGAATACAAAGCCGACCCGTACTTAGCCACCGTGCTGAACTGCGCATTATGGGT
CTTTTATGGCTTACCAATAGTCCATCCAGACAGCCTTCTTGTGATCACTATTAATGTCAC
TGGTCTTGCCATTGAGCTCTTCTATCTCTCCGTCTTCTTCTACTTTGCTCCCACCCCGCG
CAAGGTGAAAGTGGGGATATGGCTTATAGGAGAGATGGTGTTTGTAGGAATAGTAGCCAC
ATTGACATTGCTATTGTTCCACACACATAACCAGAGATCTACTTTTGTTGGAATCATTTG
TGTCATTTTTATTAGCATCATGTATATTGCACCTCTCACCATCATGAGTAAAGTGATCAA
GACTAAAAGTGCGAAGTACTTGCCGTTCTCTCTCTCACTAGCCAACTTTCTCAACGGAGT
CATTTGGGTTATTTATGCCCTTATTAAATTCGATCTTTTCATTTTGATTGGAAATGGATT
AG*AACAATATCAG*AGCAGTACAG

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3E732JQ 652 0 0
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GCGCAAGGTGAAAGTGGGGATATGGCTTATAGGAGAGATGGTGTTTGTAGGAATAGTAGC
CACATTGACATTGCTATTGTTCCACACACATAACCAGAGATCTACTTTTGTTGGAATCAT
TTGTGTCATTTTTATTAGCATCATGTATATTGCACCTCTCACCATCATGAGTAAGGTGAT
CAAGACTAAAAGTGCGAAGTACTTGCCGTTCTCTCTCTCACTAGCCAACTTTCTCAACGG
AGTCATTTGGGTTATTTATGCCCTTATTAAATTCGATCTTTTCATTTTGATTGGAAATGG
ATTAGGAACAATATCAGGAGCAGTACAGCTTATATTATATGCTTGTTATTACAAGACAAC
ACCAATAGATGAAGAAGAAGAGGAGAATCTTTCTAAGGCTAACTCTCAGTTGCAACTCAG
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TTCAGTTAGTTATCTTTTTCTAATTTAAGCTTGCGTGTGACTTATCTAAAAGTACCAAGA
TGCGATATTATATTTCGTGCTTAATCTGTGAAAGTCAAACTCCTTTTTCGTC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

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TGACCTTTTGGGGAAAACCGTGGAAGAAAGAGGACAAGTTGAGCAATGGCTTGACGTGGA
GGCGACCACTTACCACCCACCGCTACTGAACCTGACACTTCACATTATGTTCGCGTCAGT
CATGGGATTCCCATCTGATGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAAGAGAAACTCTCGGCTGT
TCTCGATGTGTACGAGGCACATCTATCAAAGAGCAAGTACTTGGCCGGTGACTTTGTGAG
TTTGGCTGATTTGACTCACCTCCCGTTCACTGATTACTTGGTCGGTCCGATCGGGAAGGC
TTACATGATCAAAGATAGGAAGCACGTGAGCGCGTGGTGGAACGAGATCAGCAGCCGTCC
TGCGTGGAAGCAGACTCTTGAGAAGTATTCATTCCCGGCTTAAAGACAATGATGTTCTTG
TTGTTGTTGTTGTCTTTTGTATGCGTTTATATGAGGTTTTAATAACTGTATGTCTCCTCT
TATGTTATGTTACCTCTCTGTTCTGTTTCCTTTTGTAACTCCAACTCTTTTGTGTGGTTT
CAGTGAGGCTTTTAATTAGAGGAACTTAATTATCACACTTTCATTAAGGATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B306TF U 1
AF RR3B306JQ C 1
BS 1 161 RR3B306TF
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BS 163 174 RR3B306TF
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BS 176 755 RR3B306TF
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BS 787 811 RR3B306TF
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RD RR3B306TF 811 0 0
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TTGTTGTTGTTGTCTTTTGTATGCGTTTATATGAG*TTTTAATAACTGTATGTCTCCTCT
TATGT*ATGTTACCTCTCTGTTCTGTTTCCT

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3B306JQ 892 0 0
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AGGGCGTTGCCTTCGAGACCGTCCCCGTCGATCTCATGAAAAGGAGAACACAAAACAGCC
TGCTTATCTCGCATTACAGCCTTTCGGTACCGTCCCTGCTGTTGTCGACGGCGACTACAA
AATCTTCGAGTCACGTGCCGTCATGAGGTACGTTGCTGAGAAGTACAGATCACAAGGACC
TGACCTTTTGGGGAAAACCGTGGAAGAAAGAGGACAAGTTGAGCAATGGCTTGACGTGGA
GGCGACCACTTACCACCCACCGCTACTGAACCTGACACTTCACATTATGTTCGCGTCAGT
CATGGGATTCCCATCTGATGAGAAGCTGATCAAGGAGAGCGAAGAGAAACTCTCGGCTGT
TCTCGATGTGTACGAGGCACATCTATCAAAGAGCAAGTACTTGGCCGGTGACTTTGTGAG
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TTGTTGTTGTTGTCTTTTGTATGCGTTTATATGAGGTTTTAATAACTGTATGTCTCCTCT
TATGTTATGTTACCTCTCTGTTCTGTTTCCTTTTGTAACTCCAACTCTTTTGTGTGGTTT
CAGTGAGGCTTTTAATTAGAGGAACTTAATTATCACACTTTCATTAAGGATC

QA 1 892 1 892
DS 



AS 1 2

CO CL6464Contig1 412 2 1 U
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BQ
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AF RR3ED77JQ C 1
AF RR3ED77TF U 1
BS 1 412 RR3ED77TF

RD RR3ED77JQ 412 0 0
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ACAGGGGGAGAAGTAGTGGTCATGGATTATCCTCAGCCTCATCGTAAGCCTCCCATCCAC
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QA 1 412 1 412
DS 

RD RR3ED77TF 412 0 0
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TCTTCAGTACAAGACGCCGTCAATGGTGGAGAGAGTAAGAGAGTACTGGGTGGTGCCGAG
ACAGGGGGAGAAGTAGTGGTCATGGATTATCCTCAGCCTCATCGTAAGCCTCCCATCCAC
AACGAGAAAGCCTAAATTACTCAATCTCTATACATCACACTGTTATATGCATATGCATTA
ACCATGTTAGTGATTGTAATGGCACTCTTGAATTATTCGTTACATCGTTACC

QA 1 412 1 412
DS 



AS 1 2

CO CL6465Contig1 810 2 2 U
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TCCCGGCGATACCTAACGGCACAGCTAAAGGAAGAGATAAAGAAGATTGAGAGTGATGAA
GAAGGAGAGTTGTACGTTAAGATCAACATGGAAGGAGTTCCCATCGGAAGAAAAGTCAAC
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AAAGATTCGTCGGATCTAAACAGACAATACACTTTGGTCTACGAAGACACTGAAGGAGAT
AAAGTTCTGGTCGGAGATGTTCCTTGGGAGATGTTTGTATCAACTGTCAAGAGGCTGCAT
GTTTTAAAGAGCTCCCACGTTTCCATGCTCTCACCTAGGAAACACGGCAAGGAATAGAGT
GAGGTTCGCCACAATCATCAGTTCGATGATTTGTTTTAAAAATGTAATTTATGGAAACCA
TGGGGCTTGGCTTGATTTACCGAGTTTTTTTTTTGTTCGTTAGAATTTGTTTTTCAACTT
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TGTAAACAAAAGTTGAGTATTGCTTCTAGT


BQ
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AF RR3AQ45JQ C 1
AF RR3AQ45TF U 1
BS 1 789 RR3AQ45TF
BS 790 810 RR3AQ45JQ

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CTTGTTTCCAGTAACAGGGTGGAGGCAGCTCCTGTGGTGGGATGGCCGCCGGTAAGATCT
TCCCGGCGATACCTAACGGCACAGCTAAAGGAAGAGATAAAGAAGATTGAGAGTGATGAA
GAAGGAGAGTTGTACGTTAAGATCAACATGGAAGGAGTTCCCATCGGAAGAAAAGTCAAC
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AAAGATTCGTCGGATCTAAACAGACAATACACTTTGGTCTACGAAGACACTGAAGGAGAT
AAAGTTCTGGTCGGAGATGTTCCTTGGGAGATGTTTGTATCAACTGTCAAGAGGCTGCAT
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GAGGTTCGCCACAATCATCAGTTCGATGATTTGTTTTAAAAATGTAATTTATGGAAACCA
TGGGGCTTGGCTTGATTTACCGAGTTTTTTTTTTGTTCGTTAGAATTTGTTTTTCAACTT
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TGTAAACAA

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DS 



AS 1 2

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TTATATATTACTACCTTTTAGTGTTTTTTTCTATATGAGGTAAACAAAAGGAGGAACCTA
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GTTAATTATTGTCCTCATGATTTATTCTTCCACCAATCTTAGACTTCATAACACTGGTAA
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TGTGTTTTAGTATCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI73TF U 1
AF RR3DI73JQ C 576
BS 1 710 RR3DI73TF
BS 711 711 RR3DI73JQ
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RD RR3DI73TF 827 0 0
GCTATCGGATACCACCGATCGATATCATCAATCTGTCATTGATCGACACTACCACTGGTT
CATCGATCGATACCAGACGCGAATCAGAGCAGAATGAGTATGAAGTGTATCAAAATCTTT
TTTATGGAGATACCACCACGCGATCAGACAAGTCTGGGGGAAAGAAGAGGAGAAATTGGA
AGAAGAGGAAACGAACAAATAGAGATTCTCAGTTACCATTGACTTCTTACTTCTCAGCTG
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CACTCCTTATTGCTGAGATGATAGACAAAGGAGAGAAGTCTATGGAGGAGGCTTTCACAC
AAGAATGATAATGCCTCAAAGATTGGACATTGAGATTTGTTTGGAGCATATTCTCATTCT
CATCCGGACCAAATCGGATCTCCAAAAGTCAAGCTAATGACTAAAAATAAGCGCTGAGTG
GGAGGCAACCTACTGTTAGGTTTGTTTTAAATTAGGTTTAATTTTCATATACTACTGATT
TTCGTTTTTATTGATTGCAGATAAAAAAAAAAAGGAGATGAACAGTACGCAGGTTACTGT
AGCTACAGTTCCGAGCGACACTGTAGCACGAATATCGATCGATACTGTAGCAAGCAAATC
GATCGACACTGTAGCAACGTTACTGTAGCAGAGTCACTGTTAATCGAAAA*TAATTATAT
TTATATATTACTACCTTTTAGTGTTTTTTTCTATATGAG*TAAACAAAAGG*GGAACCTA
AG*AAGAAACTTGATCTACCAACATCGACCGATGACTGCGCATCATT

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR3DI73JQ 760 0 0
AGATGAACAGTACGCAGGTTACTGTAGCTACAGTTCCGAGCGACACTGTAGCACGAATAT
CGATCGATACTGTAGCAAGCAAATCGATCGACACTGTAGCAACGTTACTGTAGCAGAGTC
ACTGTTAATCGAAAAATAATTATATTTATATATTACTACCTTTTAGTGTTTTTTTCTATA
TGAGGTAAACAAAAGGAGGAACCTAAGGAAGAAACTTGATCTACCAACATCGACCGATGA
CTGCGCATCATTGGTCGACAGAGCATTAATAGCATCGATCGATCGCCACTTAATTGTGTT
AGTCGATAGAGCATCAAGAGTATCGATCGCCACTTAACTGTGTTGGTCAATATTCACACC
AAAGCTAGGTATACTATTTTTCCTTGTTAATTATTGTCCTCATGATTTATTCTTCCACCA
ATCTTAGACTTCATAACACTGGTAACAGTGTTGTTTAAGTCTGGGGGAGGTCGTACTAAT
ATTATAAATTAGATTAGCTATTTAGAATAGGGACCCGAGTAAACGATTGCCATAATATCA
ACCGACGAGAAGAAGTCGATATCGATCGACATAACCAAATCTGCCACGATCGATGACAAC
ACATTTACGTTGATCAACAACTATTCCGGTCAGGTATTTCGTTCTAACTTGTTAAATTGA
GTACTTATGGTTTATTTCTCACCAATCTCCGACTTGATAACACCATTATAGTGTTATTTA
AGTCTGGGGGAGGTTCTACTGATACTGTGTTTTAGTATCG

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL6467Contig1 890 2 4 U
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TGTTCACTTCATATGCTCATCTATTGGAGCTTACATTGTGATTAAAGTTCTGAAGCTTAA
GCCTTTGATCGTGGTTGAGCCAGAGGATCGATGAAGGAGGATCTTCCCAATGTCTTTCAT
GTTCTGTATCAACATCTGTGTTGGGAAATGTCAGCCTTATAGATACATCCCTGTTTCTTT
CATACAGACGATTAAGTCCTTCACTCCAGCTACTACAGTGGCTTGTGTTTACGAAGTGCT
TTGACTGGTGTATTTGAGCGTCTCTTGTCCCCATTGTTGGAGGGATTCTTCTGATCTCTA
ACAGAGCTTAGCTTTAACTTGTTTGGGTTCTGTGCTGCTCTGTTTGGGTGTTTAGCTACT
TCCAAAGACCATTCTTGTTGTGTACAACGGGAAACTTGATAACCAAAGACGTATTGCTGT
CAAGAGGCTTAACAGGAAAGCTTGGCCTGATTCTTGATGAAGCTAAAGCTGTTGGGCAGT
TAAGGAACTATAGGATGGGAAGTCTGCTTGGATGTTGCTATGAAGGTGAAGAGAGACTTC
TTGTTCCTGAGTTTATGCCTAACAAAACTCTGGCTAAGCATCTTTTCCACTGGGAGTCGC
AACCTATGAAGTGGTAGCTTTACATATTGCTCTGGCTCGTAATCCTGGTGGTGTTTGCCG
TGGAACTGCTGATATGAGTGACTTAACTATGTTGTGGACTAGATTGTGGTTGTGATTGTG
TGTATTTTGGATGGTAAAACTGCTAGAGCTTAAGTGATTGTTGTTCCTTCTCTGCCTAAA
CAGACATATTTTTTTTTCTCTGCCTAAAATAAAGTTTGAAGTTCGTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS40TF U 1
AF RR3GS40JQ C 364
BS 1 752 RR3GS40TF
BS 753 753 RR3GS40JQ
BS 754 781 RR3GS40TF
BS 782 890 RR3GS40JQ

RD RR3GS40TF 781 0 0
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GTTCTGTATCAACATCTGTGTTGGGAAATGTCAGCCTTATAGATACATCCCTGTTTCTTT
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TGGAACTGCTGATATGAGTGACTTAACTATGT*GTGGACTAGATTGTGGTTGTGATTGTG
T

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3GS40JQ 527 0 0
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AAAGACCATTCTTGTTGTGTACAACGGGAAACTTGATAACCAAAGACGTATTGCTGTCAA
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GGAACTATAGGATGGGAAGTCTGCTTGGATGTTGCTATGAAGGTGAAGAGAGACTTCTTG
TTCCTGAGTTTATGCCTAACAAAACTCTGGCTAAGCATCTTTTCCACTGGGAGTCGCAAC
CTATGAAGTGGTAGCTTTACATATTGCTCTGGCTCGTAATCCTGGTGGTGTTTGCCGTGG
AACTGCTGATATGAGTGACTTAACTATGTTGTGGACTAGATTGTGGTTGTGATTGTGTGT
ATTTTGGATGGTAAAACTGCTAGAGCTTAAGTGATTGTTGTTCCTTCTCTGCCTAAACAG
ACATATTTTTTTTTCTCTGCCTAAAATAAAGTTTGAAGTTCGTCTTT

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 2

CO CL6468Contig1 817 2 5 U
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AAGTTCCTGGTAGGGATGCTTGTGAGATCCACATGTTTCACCAGGAAGATGCTGGGTTAA
ATGTTGAGATGGCGAAGCTTGCTTTCTCAAGAGGCATATGGAGTTACGTTTGTAAGATGG
ACAGTGCGCTTCGTAAGTACATTGCAACCAGTCATAGACCCCAAGGGCCCACTGTATCTG
CTGTTAGCTTAATGAAAAAGATTCCATCAGAGTTAGAGAATCAGACAGATGACATCACAA
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AGCCTTCAAAGAAACAGTTAGCAAAGGGTCTGTTACTCGTGGGCGGTGCGGTTGGTAGTG
CAGTTTGCCTGTCTCGTGGTCACTCCGCCTTAGGTGCAAAGGTTGTATTGGCTTACTTCT
TGACAAAGCTGAGAAAGCGTGGAGCTCAGCAGAGTCAGACTTCCCAGAACGCTGGTATTT
AACTCGTGTATAGATTTTGTTTGATGAAACATCTGTGACTACTCCTAAGCTTGTGTGATA
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ATGCAATGGCTCTGACAATCTGAGCTCTGGATCTTCAAAGTTTTGTACACCTTTCCTGGA
AGACACTACAAGTGTGTGTAAAGGATTTTAAAACACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AX55JQ C 1
AF RR3AX55TF U 17
BS 1 16 RR3AX55JQ
BS 17 780 RR3AX55TF
BS 781 781 RR3AX55JQ
BS 782 807 RR3AX55TF
BS 808 817 RR3AX55JQ

RD RR3AX55JQ 817 0 0
GGTTGTGGGAGGGGAAGGATAAGTTTTATTGTTTCATCAAGGAATGTGATCACAATATGG
TGCCGCAGCAGAGGAAGTATGTACGTGTAAGTTATTTCAGATCGGGTTGGCGAATCAAGA
AAGTTCCTGGTAGGGATGCTTGTGAGATCCACATGTTTCACCAGGAAGATGCTGGGTTAA
ATGTTGAGATGGCGAAGCTTGCTTTCTCAAGAGGCATATGGAGTTACGTTTGTAAGATGG
ACAGTGCGCTTCGTAAGTACATTGCAACCAGTCATAGACCCCAAGGGCCCACTGTATCTG
CTGTTAGCTTAATGAAAAAGATTCCATCAGAGTTAGAGAATCAGACAGATGACATCACAA
ACTCCTCGGGAACTACTATCATTACAGGTGGAGAAGCCAAAAGGAAGAAACTGTTGAGGA
AGCCTTCAAAGAAACAGTTAGCAAAGGGTCTGTTACTCGTGGGCGGTGCGGTTGGTAGTG
CAGTTTGCCTGTCTCGTGGTCACTCCGCCTTAGGTGCAAAGGTTGTATTGGCTTACTTCT
TGACAAAGCTGAGAAAGCGTGGAGCTCAGCAGAGTCAGACTTCCCAGAACGCTGGTATTT
AACTCGTGTATAGATTTTGTTTGATGAAACATCTGTGACTACTCCTAAGCTTGTGTGATA
GGAGAGTTGTTTGTAGAA*GGGATTGACGTGTGAATACTGTCATATAGAAAAGTTATATT
ATGCAATGGCTCTGACAATCTGAGCTCTGGATCTTCAAAGTTTTGTACACCTTTCCTGGA
AGACACTACAAGTGTGTGTAAAGGATTTTAAAACACA

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3AX55TF 791 0 0
GGATAAGTTTTATTGTTTCATCAAGGAATGTGATCACAATATGGTGCCGCAGCAGAGGAA
GTATGTACGTGTAAGTTATTTCAGATCGGGTTGGCGAATCAAGAAAGTTCCTGGTAGGGA
TGCTTGTGAGATCCACATGTTTCACCAGGAAGATGCTGGGTTAAATGTTGAGATGGCGAA
GCTTGCTTTCTCAAGAGGCATATGGAGTTACGTTTGTAAGATGGACAGTGCGCTTCGTAA
GTACATTGCAACCAGTCATAGACCCCAAGGGCCCACTGTATCTGCTGTTAGCTTAATGAA
AAAGATTCCATCAGAGTTAGAGAATCAGACAGATGACATCACAAACTCCTCGGGAACTAC
TATCATTACAGGTGGAGAAGCCAAAAGGAAGAAACTGTTGAGGAAGCCTTCAAAGAAACA
GTTAGCAAAGGGTCTGTTACTCGTGGGCGGTGCGGTTGGTAGTGCAGTTTGCCTGTCTCG
TGGTCACTCCGCCTTAGGTGCAAAGGTTGTATTGGCTTACTTCTTGACAAAGCTGAGAAA
GCGTGGAGCTCAGCAGAGTCAGACTTCCCAGAACGCTGGTATTTAACTCGTGTATAGATT
TTGTTTGATGAAACATCTGTGACTACTCCTAAGCTTGTGTGATAGGAGAGTTGTTTGTAG
AAAGGGATTGACGTGTGAATACTGTCATATAGAAAAGTTATATTATGCAATGGCTCTGAC
AATCTGAGCTCTGGATCTTCAAAGTTTTGTACACCTTTCCTGGA*GACACTACAAGTGTG
TGTAAAGGATT

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL6469Contig1 631 2 2 U
GAGAAGCTGAACCAAAAACGTGAAAGGTGATTATCGGGGATGGCATCGAAACGGATATTG
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GAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGTCCTTCCGACAGCCCTTACTCTGGC
GGTGTTTTTCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGATTATCCTTTTAAACCTCCCAAGGTG
GCTTTTAGGACGAAGGTGTTCCATCCAAACATCAACAGCAATGGGAGCATCTGCCTCGAC
ATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTGCTGTCAACCTGT
TCGTTGTTGACGGATCCGAACCCGGATGATCCTTTGGTTCCGGAGATTGCTCACATGTAC
AAGACTGACAAGAACAAGTACGAGTCTACTGCCCGTACCTGGACTCAAAAGTATGGAATG
GGCTGACCACTCTCCCCCTCAAGGACTTTCCCTTTTTAATAACCTAAAAGAACTCTTCTC
ATTTCTGTGTAATCATATTTATAAACTTTTCTGTCTTATTAAAAAAAAAATTGTGAAGAC
TGAGATCAGTAAGAAATCGCATGATCTCCCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EB25TF U 1
AF RR3EB25JQ C 1
BS 1 417 RR3EB25TF
BS 418 631 RR3EB25JQ

RD RR3EB25TF 417 0 0
GAGAAGCTGAACCAAAAACGTGAAAGGTGATTATCGGGGATGGCATCGAAACGGATATTG
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GAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGTCCTTCCGACAGCCCTTACTCTGGC
GGTGTTTTTCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGATTATCCTTTTAAACCTCCCAAGGTG
GCTTTTAGGACGAAGGTGTTCCATCCAAACATCAACAGCAATGGGAGCATCTGCCTCGAC
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TCGTTGTTGACGGATCCGAACCCGGATGATCCTTTGGTTCCGGAGATTGCTCACATG

QA 1 417 1 417
DS 

RD RR3EB25JQ 631 0 0
GAGAAGCTGAACCAAAAACGTGAAAGGTGATTATCGGGGATGGCATCGAAACGGATATTG
AAGGAATTGAAGGATCTGCAGAAGGATCCTCCTACTTCATGCAGCGCAGGACCGGTGGCG
GAAGACATGTTCCATTGGCAAGCGACGATAATGGGTCCTTCCGACAGCCCTTACTCTGGC
GGTGTTTTTCTTGTTACCATTCATTTCCCTCCTGATTATCCTTTTAAACCTCCCAAGGTG
GCTTTTAGGACGAAGGTGTTCCATCCAAACATCAACAGCAATGGGAGCATCTGCCTCGAC
ATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACCATTTCCAAGGTGCTGCTGTCGACCTGT
TCGTTGTTGACGGATCCGAACCCGGATGATCCTTTGGTTCCGGAGATTGCTCACATGTAC
AAGACTGACAAGAACAAGTACGAGTCTACTGCCCGTACCTGGACTCAAAAGTATGGAATG
GGCTGACCACTCTCCCCCTCAAGGACTTTCCCTTTTTAATAACCTAAAAGAACTCTTCTC
ATTTCTGTGTAATCATATTTATAAACTTTTCTGTCTTATTAAAAAAAAAATTGTGAAGAC
TGAGATCAGTAAGAAATCGCATGATCTCCCG

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

CO CL6470Contig1 809 2 2 U
CTAAAAAGAACTCGTCGATCACAAAATGCCGCGAAATTATCACAGCCGGGGATCCAACGT
TGCAGTCATCATCTTCACGGTGACGATCACGTTGTTGACCTGTCCAATAATCATCAACGC
TTCATCAGATTCTTCTTCAGCCAACATGAGGAAGCTCGACGAGGTAGATCCCATAAAGTG
TTCTCCAAGCTGCGTCCAAAATCCTCCTCCGCCCTCTCCTCCACCACCGTCTCCACCGCC
TCCCGCATGTCCTCCTCCCCCGGCTCTCCCTCCACCGCCGAAGAAAGTCTCACCCAACTG
TCCACCGCCTCCGCCGGCTAATTTCTTGTACACAACGGGTCCGCCGGGAAATCTATACCC
CGTTGATGAGTAGTTTGGTGCCGCCGCCGGAAAAAGCTTTACGGTGGTGAAGCTCGCCGG
TCTAATGGGGTTCGGAGTTCTGGGGTTGTTGATTCTTTAAGACATGATCGGAGAAACGAG
AAATGGAATATTTGTTGGTATGTTCTTTCTGATACTTGTGATCAGTTTATTGAAGAACGT
TACTGATCTTTGGTTAATAATAAATTTTCTAGCTAGGATCATATCTGTTTCATCATATTT
TCGTGTATCCAATTTTCTAATGAGGTTTTAAACAATAAGGTGCGTAGACCAAAAATTATG
TTAAGGGAAATATGTAAATTTCTAGAATGTATTTTCTTTATGTGATATGTTCTTTCACCT
CTTTATCAACTTGCCGTTGGCATTGATTCTTAAACAAAAAAAAATTGTACTTTATGTGGA
ATAATTTTTTAGAAAAGCAATTTACTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E986TF U 1
AF RR3E986JQ C 104
BS 1 516 RR3E986TF
BS 517 809 RR3E986JQ

RD RR3E986TF 516 0 0
CTAAAAAGAACTCGTCGATCACAAAATGCCGCGAAATTATCACAGCCGGGGATCCAACGT
TGCAGTCATCATCTTCACGGTGACGATCACGTTGTTGACCTGTCCAATAATCATCAACGC
TTCATCAGATTCTTCTTCAGCCAACATGAGGAAGCTCGACGAGGTAGATCCCATAAAGTG
TTCTCCAAGCTGCGTCCAAAATCCTCCTCCGCCCTCTCCTCCACCACCGTCTCCACCGCC
TCCCGCATGTCCTCCTCCCCCGGCTCTCCCTCCACCGCCGAAGAAAGTCTCACCCAACTG
TCCACCGCCTCCGCCGGCTAATTTCTTGTACACAACGGGTCCGCCGGGAAATCTATACCC
CGTTGATGAGTAGTTTGGTGCCGCCGCCGGAAAAAGCTTTACGGTGGTGAAGCTCGCCGG
TCTAATGGGGTTCGGAGTTCTGGGGTTGTTGATTCTTTAAGACATGATCGGAGAAACGAG
AAATGGAATATTTGTTGGTATGTTCTTTCTGATACT

QA 1 516 1 516
DS 

RD RR3E986JQ 706 0 0
CCAATAATCATCAACGCTTCATCAGATTCTTCTTCAGCCAACATGAGGAAGCTCGACGAG
GTAGATCCCATAAAGTGTTCTCCAAGCTGCGTCCAAAATCCTCCTCCGCCCTCTCCTCCA
CCACCGTCTCCACCGCCTCCCGCATGTCCTCCTCCCCCGGCTCTCCCTCCACCGCCGAAG
AAAGTCTCACCCAACTGTCCACCGCCTCCGCCGGCTAATTTCTTGTACACAACGGGTCCG
CCGGGAAATCTATACCCCGTTGATGAGTAGTTTGGTGCCGCCGCCGGAAAAAGCTTTACG
GTGGTGAAGCTCGCCGGTCTAATGGGGTTCGGAGTTCTGGGGTTGTTGATTCTTTAAGAC
ATGATCGGAGAAACGAGAAATGGAATATTTGTTGGTATGTTCTTTCTGATACTTGTGATC
AGTTTATTGAAGAACGTTACTGATCTTTGGTTAATAATAAATTTTCTAGCTAGGATCATA
TCTGTTTCATCATATTTTCGTGTATCCAATTTTCTAATGAGGTTTTAAACAATAAGGTGC
GTAGACCAAAAATTATGTTAAGGGAAATATGTAAATTTCTAGAATGTATTTTCTTTATGT
GATATGTTCTTTCACCTCTTTATCAACTTGCCGTTGGCATTGATTCTTAAACAAAAAAAA
ATTGTACTTTATGTGGAATAATTTTTTAGAAAAGCAATTTACTTAC

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL6471Contig1 572 2 3 U
AACAACGAGATAATTCTTTATTGTTTGTTGGTCTGAGAAACATGGCGTCTTTTGCAACCG
TCGCCGCCGCTCAACCCTCCACCGCCATCAAAGGACTCGGAGGAAGCTCTCTGGCCGGAG
CTAAGCTCTTTATCAAGCCTTCTCGCCAAAGCTTCAAACTCAAATCCTCAAGAGCTGGTG
CCGTGGTGGCTAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTTAGAAGATTTGGGTAACA
CAACAGGACAATGGGACTTGTATGGATCTGACGCTCCTTCTCCTTATAACCCACTTCAGA
GCAAGTTCTTTGAGACGTTTGCTGCTCCTTTCACAAAGGGAGGTTTGCTTCTCAAGTTCT
TGATTCTTGGAGGGGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTTCCTCGACCGGTGATGTTC
TTCCTATCAAGAGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTCGGTCCTAGGGGCAAGCTTTAAA
TTAGCTTTCAAAAATCCATTCAAAATGTCATGAAACTTTCTATTCAAAAATTATGAGAAT
CAGATATAATGAATCAATGAAAATTGTCTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EK20TF U 1
AF RR3EK20JQ C 127
BS 1 373 RR3EK20TF
BS 374 374 RR3EK20JQ
BS 375 572 RR3EK20TF

RD RR3EK20TF 572 0 0
AACAACGAGATAATTCTTTATTGTTTGTTGGTCTGAGAAACATGGCGTCTTTTGCAACCG
TCGCCGCCGCTCAACCCTCCACCGCCATCAAAGGACTCGGAGGAAGCTCTCTGGCCGGAG
CTAAGCTCTTTATCAAGCCTTCTCGCCAAAGCTTCAAACTCAAATCCTCAAGAGCTGGTG
CCGTGGTGGCTAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTTAGAAGATTTGGGTAACA
CAACAGGACAATGGGACTTGTATGGATCTGACGCTCCTTCTCCTTATAACCCACTTCAGA
GCAAGTTCTTTGAGACGTTTGCTGCTCCTTTCACAAAGGGAGGTTTGCTTCTCAAGTTCT
TGATTCTTGGAGGTGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTTCCTCGACCGGTGATGTTC
TTCCTATCAAGAGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTCGGTCCTAGGGGCAAGCTTTAAA
TTAGCTTTCAAAAATCCATTCAAAATGTCATGAAACTTTCTATTCAAAAATTATGAGAAT
CAGATATAATGAATCAATGAAAATTGTCTTTC

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3EK20JQ 446 0 0
TT
TTTATCAAGCCTTTTCGCCAAAGCTTCAAACTCAAATCCTCAAGAGCTGGTGCCGTGGTG
GCTAAGTATGGAGACAAAAGTGTATACTTTGATTTAGAAGATTTGGGTAACACAACAGGA
CAATGGGACTTGTATGGATTTGACGCTCCTTCTCCTTATAACCCACTTCAGAGCAAGTTT
TTTGAGACGTTTGCTGCTCCTTTCACAAAGGGAGGTTTGCTTCTCAAGTTCTTGATTTTT
GGAGGGGGCTCTTTGCTTACTTATGTCAGTGCTTCCTCGACCGGTGATGTTTTTCCTATC
AAGAGAGGTCCTCAAGAGAAGCCTAAGCTCGGTCCTAGGGGCAAGCTTTAAATTAGCTTT
CAAAAATCCATTCAAAATGTCATGAAACTTTTTATTCAAAAATTATGAGAATCAGATATA
ATGAATCAATGAAAATTGTTTTTC

QA 3 446 3 446
DS 



AS 1 2

CO CL6472Contig1 412 2 1 U
GGTGGGACAGGTAAAGCTTGTGGGGACAGGCACCCCAAGATTGGTGACGGCTGCTTGATC
GGAGTTGGAGCGACTATTCTCGGGAACGTCAAGATCGGGGGGAGCTAAAGTAGGGGCTGG
CTCTGTTGTTCTGATTGATATCCCTCCGCGAGCGACGGCGGTTGGGAACCCGGCGAGGCT
TGTCGGTGGAAAAGAGAAACCGACGATTCATGATGAGGAGTGTCCTGGAGAATCGATGGA
TCACACTTCATTCATCTCGGAATGGTCAGATTACATCATTTGAAGTAATATTATAATTGT
TAAATGTGTTTTTCTTAGAGAGACAACCTCGTTGATTGTTCGGTTTTGTGTGATCGAGCT
TTGTTAAGGACTGAGTTTTGTTGGATTTATAAACTATCAAGATGTTCAATGC


BQ
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AF RR3CN78JQ C 1
AF RR3CN78TF U 1
BS 1 412 RR3CN78TF

RD RR3CN78JQ 412 0 0
GGTGGGACAGGTAAAGCTTGTGGGGACAGGCACCCCAAGATTGGTGACGGCTGCTTGATC
GGAGTTGGAGCGACTATTCTCGGGAACGTCAAGATCGGGGGGAGCTAAAGTAGGGGCTGG
CTCTGTTGTTCTGATTGATATCCCTCCGCGAGCGACGGCGGTTGGGAACCCGGCGAGGCT
TGTCGGTGGAAAAGAGAAACCGACGATTCATGATGAGGAGTGTCCTGGAGAATCGATGGA
TCACACTTCATTCATCTCGGAATGGTCAGATTACATCATTTGAAGTAATATTATAATTGT
TAAATGTGTTTTTCTTAGAGAGACAACCTCGTTGATTGTTCGGTTTTGTGTGATCGAGCT
TTGTTAAGGACTGAGTTTTGTTGGATTTATAAACTATCAAGATGTTCAATGC

QA 1 412 1 412
DS 

RD RR3CN78TF 412 0 0
GGTGGGACAGGTAAAGCTTGTGGGGACAGGCACCCCAAGATTGGTGACGGCTGCTTGATC
GGAGTTGGAGCGACTATTCTCGGGAACGTCAAGATCGGGGGGAGCTAAAGTAGGGGCTGG
CTCTGTTGTTCTGATTGATATCCCTCCGCGAGCGACGGCGGTTGGGAACCCGGCGAGGCT
TGTCGGTGGAAAAGAGAAACCGACGATTCATGATGAGGAGTGTCCTGGAGAATCGATGGA
TCACACTTCATTCATCTCGGAATGGTCAGATTACATCATTTGAAGTAATATTATAATTGT
TAAATGTGTTTTTCTTAGAGAGACAACCTCGTTGATTGTTCGGTTTTGTGTGATCGAGCT
TTGTTAAGGACTGAGTTTTGTTGGATTTATAAACTATCAAGATGTTCAATGC

QA 1 412 1 412
DS 



AS 1 2

CO CL6473Contig1 1043 2 8 U
GATGTAGGACAAGGCCAAGATGGTGTATCGTTTATCAATGCCGTGTACGAGAAGGGTTCT
CAGGAGGTTGAAGGAGGTGAACATGGAAATAAGACACTACTTGGATTCGAAACGGTATAG
TGTTTGCGTCCATTCTTATGTATTTTATTTGCTCAACTTATCATTTGCAATCTTTAAACT
ACTCAAGACTCGATTCTAGGGATGTATTACTTCCCTACGAACGAGAGGTTTATTTCTTGC
TAACCCTAGAATGATTTGCATGACAACACTAGCAGTCTACCAAGCAAGACTTAAATCTCA
AAAATGAGAATGAAGCAAGTCTAAAATTTATGAAAGAACTTATACAGACAAGTTACCAAA
TTTGTAAAAAATATATACTCCCTCTGTTTTTTAAAGATAGATATTTTAGAAAAAAAATTG
TTTCACAAAGATGTATTTTTTATGTTTCCTATACAAAAATTGCAAATTTCAATAAAATTG
ATTGAATTTATTGAAAGACTATTGGTTAAAATGCATTAGAATTTGATAATTTCTAAAAAT
GATGTATAGTTAATGTGTTTTCTTAATATGTGTGAAAACACCAAAACATACATCTTAAAA
AAACAGAGGGAGTATGTATTATTAAAACATACTAAAATGTTTATATTCCTCAAAATCTTA
ATTAGGACTGATTCTTACCTAAGACTTAGGAATGTTAACATGGGTGATTGCCTATGGGTT
TACCCAAACCCACTAATATTGGGTTGGGTTTTTACCCATTCAAAATTAATTGGGTCAATT
ATGGATATAAATTTTAAAACCTATATTCATAGTGGGTAGAACAAAAAGGTAATGGGTACC
CACGAGTTTTTATATATGATTATATTTTCCACTATTTTAATTAAATAAGAAAATTTTCAA
AAACTTTTTTCTGTCAATAACAAAAAAAAATTCCGACAAATTAAAACACATGTTTTTCAA
CCAAAATCGGAAAATCGAATTTTCTCGCCAAAACTCAAAAACCAAGTTTTCCCGCCAAAA
ACAGAAAACCAAATTTTTCCGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR51TF U 1
AF RR3GR51JQ C 259
BS 1 602 RR3GR51TF
BS 603 603 RR3GR51JQ
BS 604 654 RR3GR51TF
BS 655 655 RR3GR51JQ
BS 656 665 RR3GR51TF
BS 666 666 RR3GR51JQ
BS 667 684 RR3GR51TF
BS 685 1043 RR3GR51JQ

RD RR3GR51TF 684 0 0
GATGTAGGACAAGGCCAAGATGGTGTATCGTTTATCAATGCCGTGTACGAGAAGGGTTCT
CAGGAGGTTGAAGGAGGTGAACATGGAAATAAGACACTACTTGGATTCGAAACGGTATAG
TGTTTGCGTCCATTCTTATGTATTTTATTTGCTCAACTTATCATTTGCAATCTTTAAACT
ACTCAAGACTCGATTCTAGGGATGTATTACTTCCCTACGAACGAGAGGTTTATTTCTTGC
TAACCCTAGAATGATTTGCATGACAACACTAGCAGTCTACCAAGCAAGACTTAAATCTCA
AAAATGAGAATGAAGCAAGTCTAAAATTTATGAAAGAACTTATACAGACAAGTTACCAAA
TTTGTAAAAAATATATACTCCCTCTGTTTTTTAAAGATAGATATTTTAGAAAAAAAATTG
TTTCACAAAGATGTATTTTTTATGTTTCCTATACAAAAATTGCAAATTTCAATAAAATTG
ATTGAATTTATTGAAAGACTATTGGTTAAAATGCATTAGAATTTGATAATTTCTAAAAAT
GATGTATAGTTAATGTGTTTTCTTAATATGTGTGAAAACACCAAAACATACATCTTAAAA
AA*CAGAGGGAGTATGTATTATTAAAACATACTAAAATGTTTATATTCCTCAAA*TCTTA
ATTAG*ACTGATTCTTACCTAAGA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3GR51JQ 785 0 0
CATGACAACACTAGCAGTCTACCAAGCAAGACTTAAATCTCAAAAATGAGAATGAAGCAA
GTCTAAAATTTATGAAAGAACTTATACAGACAAGTTACCAAATTTGTAAAAAATATATAC
TCCCTCTGTTTTTTAAAGATAGATATTTTAGAAAAAAAATTGTTTCACAAAGATGTATTT
TTTATGTTTCCTATACAAAAATTGCAAATTTCAATAAAATTGATTGAATTTATTGAAAGA
CTATTGGTTAAAATGCATTAGAATTTGATAATTTCTAAAAATGATGTATAGTTAATGTGT
TTTCTTAATATGTGTGAAAACACCAAAACATACATCTTAAAAAAACAGAGGGAGTATGTA
TTATTAAAACATACTAAAATGTTTATATTCCTCAAAATCTTAATTAGGACTGATTCTTAC
CTAAGACTTAGGAATGTTAACATGGGTGATTGCCTATGGGTTTACCCAAACCCACTAATA
TTGGGTTGGGTTTTTACCCATTCAAAATTAATTGGGTCAATTATGGATATAAATTTTAAA
ACCTATATTCATAGTGGGTAGAACAAAAAGGTAATGGGTACCCACGAGTTTTTATATATG
ATTATATTTTCCACTATTTTAATTAAATAAGAAAATTTTCAAAAACTTTTTTCTGTCAAT
AACAAAAAAAAATTCCGACAAATTAAAACACATGTTTTTCAACCAAAATCGGAAAATCGA
ATTTTCTCGCCAAAACTCAAAAACCAAGTTTTCCCGCCAAAAACAGAAAACCAAATTTTT
CCGCC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL6474Contig1 373 2 1 U
GGCTTCTAAAAGATCTTTTATACTGTGTCCGATTCCAAAGTTAGTTCTATACATATGACC
CGCAATGAGGAAAAGAATTGCGATAGCTAGATGATGGTGGGCCATATCGGTTAGCCATAA
ACTTTGCGTTTGTGGATGGAATCCCCCAAGAAGGGTTAGAATGGCAGTTCCTGATCCTTG
GGAGGTACCAAATAAATGACTACTTGAATCGGGGTTTTGAGCATACAGATTCCACTGACC
CGTAAAAAGTGGGCCTAACCCTTGGGGATGCGGTAATACACTTAAGAAATTATTCCATCG
AACATATTCCCCCCTGGATGCAGGAATAGCGACATGTACTAAATGACCTGTCCAAGCCAA
GGAGCTTACCCCC


BQ
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AF RR3CI62JQ C 1
AF RR3CI62TF U 1
BS 1 373 RR3CI62TF

RD RR3CI62JQ 373 0 0
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CGCAATGAGGAAAAGAATTGCGATAGCTAGATGATGGTGGGCCATATCGGTTAGCCATAA
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GGAGGTACCAAATAAATGACTACTTGAATCGGGGTTTTGAGCATACAGATTCCACTGACC
CGTAAAAAGTGGGCCTAACCCTTGGGGATGCGGTAATACACTTAAGAAATTATTCCATCG
AACATATTCCCCCCTGGATGCAGGAATAGCGACATGTACTAAATGACCTGTCCAAGCCAA
GGAGCTTACCCCC

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR3CI62TF 373 0 0
GGCTTCTAAAAGATCTTTTATACTGTGTCCGATTCCAAAGTTAGTTCTATACATATGACC
CGCAATGAGGAAAAGAATTGCGATAGCTAGATGATGGTGGGCCATATCGGTTAGCCATAA
ACTTTGCGTTTGTGGATGGAATCCCCCAAGAAGGGTTAGAATGGCAGTTCCTGATCCTTG
GGAGGTACCAAATAAATGACTACTTGAATCGGGGTTTTGAGCATACAGATTCCACTGACC
CGTAAAAAGTGGGCCTAACCCTTGGGGATGCGGTAATACACTTAAGAAATTATTCCATCG
AACATATTCCCCCCTGGATGCAGGAATAGCGACATGTACTAAATGACCTGTCCAAGCCAA
GGAGCTTACCCCC

QA 1 373 1 373
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6476Contig1 1355 2 6 U
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CGCTTCCTACCTCAAACCATTCACCACAAAGGTCCTTATGCTAGGCCCGGGCCAAACCAC
AGACGTACTTCTAACTGCCAACCAACCGCCCAAACGCTACTACATAGCAGCAAGAGCTTA
CCAAAGCGCCCAAAACGCACCGTTTGATAACACCACAACTACAGCCATTCTCCAATATAC
AAAGAGGACAACAACTTCTCCACCAATCATGCCACCTTTGCCTGCCTTCAACCACACGAA
AATCGTGACGTCATTCTCGAGAAAATTCAAATCGCTTCGAAACGTCGTTGTACCGAAAAC
AATTGACGAAAATTTGTTCTTCACCATCGGTTTAGGTCTCGATAAATGTCCCAAGAATTT
TCCTAAAAACCGGTGCCAGGCTTAAACGGGACCCGGTTTACCGCCTCCATGAACAACGTA
TCGTTTGTTCTACCGTCGAATTTCTCACTCTTGCAAGCACATTCCAACGGGATTCCCGGC
GTTTTCACGACGGATTTTCCAGCTAAACCACCGGTTAAATTCGATTATACCGGAAACAAC
ATAAGCCGGGGTCTGTTTCAGCCGGTTAAGGGTACTAAGCTGTATAAACTCAAGTATGGA
ACGAGAGTTCAGATTGTTTTACAGGACACGAATATTGTTACGTCGGAGAATCATCCCATT
CATCTTCATGGTTACGATTTCTACATCGTCGCAGAAGGGTTTGGTAACTTCAACCCCAAG
AAAGATAGCTCTAAGTTTAACCTAGTTGATCCTCCACTTAGAAACACTGTGGCTGTTCCC
GTCAACGGATGGGCTGTTATCAGATTCGTTGCTGATAATCCAGGGGTTTGGTTGATGCAT
TGTCACTTAGATGTTCATATCAAGTGGGGCCTTGGTATGGCGTTTTTGGTCGAGAACGGT
GTTGGGAAGTTGGAAACTCTTGAAGCTGCTCCCCATGATCTACCTGTGTGCTAGTATTAT
CCAGACTCGAGAGTGAAAGTCACTTGCTACTTTTAGAAGAATATTCAAATCTTTGTATTT
GTTTTGGTTTAAATGTGTTTGTGGGAGAAAATCATGTTTGTGTAGTTAAATGTCAGTAAG
TGTCGATGTCTGTCATAGTTCATAATATCTGTCTTTACCAATTGTTGTAGTTTTGAGGAA
ATTCAAAATTATGAAAAGAATATTGATTTTTGAAC


BQ
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AF RR3A640TF U 1
AF RR3A640JQ C 621
BS 1 804 RR3A640TF
BS 805 805 RR3A640JQ
BS 806 811 RR3A640TF
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BS 813 867 RR3A640TF
BS 868 1355 RR3A640JQ

RD RR3A640TF 867 0 0
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GACTGTTGTAGTACCGGTAAACTCAGGTGAAACAAGTCTGTTACGAGTGATCAACGCAGC
TTTAAACCAACCGCTATTTTTCGCTGTGGCTAACCACAAACTCACGGTGGTCGGAGCCGA
CGCTTCCTACCTCAAACCATTCACCACAAAGGTCCTTATGCTAGGCCCGGGCCAAACCAC
AGACGTACTTCTAACTGCCAACCAACCGCCCAAACGCTACTACATAGCAGCAAGAGCTTA
CCAAAGCGCCCAAAACGCACCGTTTGATAACACCACAACTACAGCCATTCTCCAATATAC
AAAGAGGACAACAACTTCTCCACCAATCATGCCACCTTTGCCTGCCTTCAACCACACGAA
AATCGTGACGTCATTCTCGAGAAAATTCAAATCGCTTCGAAACGTCGTTGTACCGAAAAC
AATTGACGAAAATTTGTTCTTCACCATCGGTTTAGGTCTCGATAAATGTCCCAAGAATTT
TCCTAAAAACCGGTGCCAGGCTTAAACGGGACCCGGTTTACCGCCTCCATGAACAACGTA
TCGTTTGTTCTACCGTCGAATTTCTCACTCTTGCAAGCACATTCCAACGGGATTCCCGGC
GTTTTCACGACGGATTTTCCAGCTAAACCACCGGTTAAATTCGATTATACCGGAAACAAC
ATAAGCCGGGGTCTGTTTCAGCCGGTTAAGGGTACTAAGCTGTATAAACTCAAGTATGGA
ACGAGAGTTCAGATTGTTTTACAG*ACACGA*TATTGTTACGTCGGAGAATCATCCCATT
CATCTTCATGGTTACGATTTCTACATC

QA 1 867 1 867
DS 

RD RR3A640JQ 735 0 0
TTTCTCACTCTTGCAAGCACATTCCAACGGGATTCCCGGCGTTTTCACGACGGATTTTCC
AGCTAAACCACCGGTTAAATTCGATTATACCGGAAACAACATAAGCCGGGGTCTGTTTCA
GCCGGTTAAGGGTACTAAGCTGTATAAACTCAAGTATGGAACGAGAGTTCAGATTGTTTT
ACAGGACACGAATATTGTTACGTCGGAGAATCATCCCATTCATCTTCATGGTTACGATTT
CTACATCGTCGCAGAAGGGTTTGGTAACTTCAACCCCAAGAAAGATAGCTCTAAGTTTAA
CCTAGTTGATCCTCCACTTAGAAACACTGTGGCTGTTCCCGTCAACGGATGGGCTGTTAT
CAGATTCGTTGCTGATAATCCAGGGGTTTGGTTGATGCATTGTCACTTAGATGTTCATAT
CAAGTGGGGCCTTGGTATGGCGTTTTTGGTCGAGAACGGTGTTGGGAAGTTGGAAACTCT
TGAAGCTGCTCCCCATGATCTACCTGTGTGCTAGTATTATCCAGACTCGAGAGTGAAAGT
CACTTGCTACTTTTAGAAGAATATTCAAATCTTTGTATTTGTTTTGGTTTAAATGTGTTT
GTGGGAGAAAATCATGTTTGTGTAGTTAAATGTCAGTAAGTGTCGATGTCTGTCATAGTT
CATAATATCTGTCTTTACCAATTGTTGTAGTTTTGAGGAAATTCAAAATTATGAAAAGAA
TATTGATTTTTGAAC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL6477Contig1 1140 2 2 U
GGACCTCTTGTATCTTATGCTTCTGCACAGCAGAGAAGAGGAAGAAGTTGGTTTTCTGAA
GACTATGTTCAGTGCCTTCTCTTCAACTGACGATCCACTTGACTATCATATGATCTGGCA
CCACCGGGGAATCTTGGAAGCAGTTGGAGCTTTCACTTCAGATGACCTTCACGCTATCGA
TATGGGATTTGTTGCGCAGCTTCTCTCTCAGGGCCTTTGCCATTGGGCTATCTACGTTGT
TCTTCACATACCCTACCGCAGAGATCATCCATATCTACACGTCATTGTCATTCGAGAAAT
CCTGTTTCAGTTCTGTGAAACTTGGAGTTCTATGGAATCGCAGCGGCAATTTATCAAGGA
TTTGGGTATCCCTTCTGAATGGATGCACGAAGCTATGGCAGTTTATTACAATTACCATGG
GGACTTCGTAAAGGCTCTTGACCACTTCATCGAATGCGCAAACTGGCAAAGAGCTCATTC
CATTTTTATCACATCAGTTGCTCACTCATTGTTTTTGTCAGCTAACCATTCAGAAATATG
GAGAATTGCTACTTCGATGGACGATCGCAAGTCTGAGATTGAAAACTGGGACTTGGGTGC
TGGGATTTACATGTCTTTCTATTTACTAAAGAGTTCACTGGAAGAAGATGCTGATACAAT
GCTGGAACTGGATTCCCCTGAGAGCAGAAACGAGGCGTGCAGAAGTTTTGTCGGTCGTTT
AAACGAGTCATTGGCTGTTTGGGGTGATAGATTACCAGTTGAAGCCAGAGTCGCATACTC
GAAGGTGACAGAGGAAATCTGCGAGTTGCTTCTGTCAGGTCTGAGTGAGTATCCTGATCG
AGAGTTTCAGCTGAGCTGTTTTATGACAGCCTTCAAACTCCTTTACCAGAAGATGTAAGA
TCTTCACATCTGCAAGATGCTGTCTCTCTCTTCTCTCTATATCTCTCGGAGACAGGCCAA
ACACCAGCATAGTGACCCATTCATTTCGTTGAGGAGGGTCTTGTTTTTTTTACTTGTGGT
GAGTGGAACATATTCAGTTTGCTTTGTCGTGTGTACGTTATATTTAGAAGCGTGAATGAT
TTTGATTTGTTCTTGTTTAAAAACTTGCCAAAAATCTTATAAATATTGTGTGTTCAGGCC


BQ
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10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C864TF U 1
AF RR3C864JQ C 306
BS 1 627 RR3C864TF
BS 628 1140 RR3C864JQ

RD RR3C864TF 627 0 0
GGACCTCTTGTATCTTATGCTTCTGCACAGCAGAGAAGAGGAAGAAGTTGGTTTTCTGAA
GACTATGTTCAGTGCCTTCTCTTCAACTGACGATCCACTTGACTATCATATGATCTGGCA
CCACCGGGGAATCTTGGAAGCAGTTGGAGCTTTCACTTCAGATGACCTTCACGCTATCGA
TATGGGATTTGTTGCGCAGCTTCTCTCTCAGGGCCTTTGCCATTGGGCTATCTACGTTGT
TCTTCACATACCCTACCGCAGAGATCATCCATATCTACACGTCATTGTCATTCGAGAAAT
CCTGTTTCAGTTCTGTGAAACTTGGAGTTCTATGGAATCGCAGCGGCAATTTATCAAGGA
TTTGGGTATCCCTTCTGAATGGATGCACGAAGCTATGGCAGTTTATTACAATTACCATGG
GGACTTCGTAAAGGCTCTTGACCACTTCATCGAATGCGCAAACTGGCAAAGAGCTCATTC
CATTTTTATCACATCAGTTGCTCACTCATTGTTTTTGTCAGCTAACCATTCAGAAATATG
GAGAATTGCTACTTCGATGGACGATCGCAAGTCTGAGATTGAAAACTGGGACTTGGGTGC
TGGGATTTACATGTCTTTCTATTTACT

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3C864JQ 835 0 0
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GTATCCCTTCTGAATGGATGCACGAAGCTATGGCAGTTTATTACAATTACCATGGGGACT
TCGTAAAGGCTCTTGACCACTTCATCGAATGCGCAAACTGGCAAAGAGCTCATTCCATTT
TTATCACATCAGTTGCTCACTCATTGTTTTTGTCAGCTAACCATTCAGAAATATGGAGAA
TTGCTACTTCGATGGACGATCGCAAGTCTGAGATTGAAAACTGGGACTTGGGTGCTGGGA
TTTACATGTCTTTCTATTTACTAAAGAGTTCACTGGAAGAAGATGCTGATACAATGCTGG
AACTGGATTCCCCTGAGAGCAGAAACGAGGCGTGCAGAAGTTTTGTCGGTCGTTTAAACG
AGTCATTGGCTGTTTGGGGTGATAGATTACCAGTTGAAGCCAGAGTCGCATACTCGAAGG
TGACAGAGGAAATCTGCGAGTTGCTTCTGTCAGGTCTGAGTGAGTATCCTGATCGAGAGT
TTCAGCTGAGCTGTTTTATGACAGCCTTCAAACTCCTTTACCAGAAGATGTAAGATCTTC
ACATCTGCAAGATGCTGTCTCTCTCTTCTCTCTATATCTCTCGGAGACAGGCCAAACACC
AGCATAGTGACCCATTCATTTCGTTGAGGAGGGTCTTGTTTTTTTTACTTGTGGTGAGTG
GAACATATTCAGTTTGCTTTGTCGTGTGTACGTTATATTTAGAAGCGTGAATGATTTTGA
TTTGTTCTTGTTTAAAAACTTGCCAAAAATCTTATAAATATTGTGTGTTCAGGCC

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 2

CO CL6478Contig1 868 2 2 U
GGAGATTCACCTTCAAACATCAAACATCACATCTCTTAAAAGAGTTTCTTTGTAATCAAA
AATCAATGGCAGGAATCAAAGTTTTCGGACACGCTGCTTCCATTTCCACCAGGAGAGTCC
TCCTCACCCTCCACGAGAAAAACCTCGACTTTGAGCTCGTCCATGTCGACCTCAAGGACG
GTGAACACAAGAAAGAGCCTTTCCTATCCCGCAACCCTTTTGGTAAAGTTCCAGCCTTTG
AAGATGGAGACCTCAAGCTCTTCGAATCAAGAGCGATTACTCAGTACATAGCTCACCGGT
ACGAAGGCCAAGGAACTAACCTTCTCCAGGGCGACTCCAAGAACCTAGCTCACTATGCAA
TCATGGCCATTGGAATGCAAGTAGAAGCTCACCAGTTCGACCCAGTGGCTTCAAAGCTTG
CTTGGGAACACGTATTTAAACTCATCTATGGCTTGACCACAGACCAAGCCGTTGTTGCCG
AAGAAGAGGCTAAGTTAGCCAAGGTCCTTGACGTCTACGAGGCTCGGCTCAAGGAGTTCA
AGTACTTGGCTGGTAACACTTTTACTTTGACCGATCTTCACCACGTTCCTGCTATTCAAT
ACTTGCTTGAAACTCCCACCAAGAAGCTCTTCACCGAGCGTCCACGTGTCAACGAGTGGG
TGGCAGAGATCACCAAGAGGCCAGCTTCCAAGAAGATCCTTCAGTGATAAGTTTTTAAAA
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GAGTTTTCTGTTTTTTCTCTGTTTTTTTTTCTGTTTTTATTCAAAGTTATGTGTGTGTGT
TTTCCAGAGATCTTTGTTGACTCAAAAA


BQ
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AF RR3EP26TF U 1
AF RR3EP26JQ C 337
BS 1 669 RR3EP26TF
BS 670 868 RR3EP26JQ

RD RR3EP26TF 669 0 0
GGAGATTCACCTTCAAACATCAAACATCACATCTCTTAAAAGAGTTTCTTTGTAATCAAA
AATCAATGGCAGGAATCAAAGTTTTCGGACACGCTGCTTCCATTTCCACCAGGAGAGTCC
TCCTCACCCTCCACGAGAAAAACCTCGACTTTGAGCTCGTCCATGTCGACCTCAAGGACG
GTGAACACAAGAAAGAGCCTTTCCTATCCCGCAACCCTTTTGGTAAAGTTCCAGCCTTTG
AAGATGGAGACCTCAAGCTCTTCGAATCAAGAGCGATTACTCAGTACATAGCTCACCGGT
ACGAAGGCCAAGGAACTAACCTTCTCCAGGGCGACTCCAAGAACCTAGCTCACTATGCAA
TCATGGCCATTGGAATGCAAGTAGAAGCTCACCAGTTCGACCCAGTGGCTTCAAAGCTTG
CTTGGGAACACGTATTTAAACTCATCTATGGCTTGACCACAGACCAAGCCGTTGTTGCCG
AAGAAGAGGCTAAGTTAGCCAAGGTCCTTGACGTCTACGAGGCTCGGCTCAAGGAGTTCA
AGTACTTGGCTGGTAACACTTTTACTTTGACCGATCTTCACCACGTTCCTGCTATTCAAT
ACTTGCTTGAAACTCCCACCAAGAAGCTCTTCACCGAGCGTCCACGTGTCAACGAGTGGG
TGGCAGAGA

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3EP26JQ 532 0 0
CCAAGAACCTAGCTCACTATGCAATCATGGCCATTGGAATGCAAGTAGAAGCTCACCAGT
TCGACCCAGTGGCTTCAAAGCTTGCTTGGGAACACGTATTTAAACTCATTTATGGCTTGA
CCACAGACCAAGCCGTTGTTGCCGAAGAAGAGGCTAAGTTAGCCAAGGTCCTTGACGTTT
ACGAGGCTCGGCTCAAGGAGTTCAAGTACTTGGCTGGTAACACTTTTACTTTGACCGATT
TTCACCACGTTCCTGCTATTCAATACTTGCTTGAAACTCCCACCAAGAAGCTTTTCACCG
AGCGTCCACGTGTCAACGAGTGGGTGGCAGAGATCACCAAGAGGCCAGCTTCCAAGAAGA
TCCTTCAGTGATAAGTTTTTAAAAGGTGCTGCTTCAGTCACAGTAATAATACTAAATAAG
TGGCTGCCACATTGCCCAATTTTTGAGTTTTCTGTTTTTTCTCTGTTTTTTTTTCTGTTT
TTATTCAAAGTTATGTGTGTGTGTTTTCCAGAGATCTTTGTTGACTCAAAAA

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 2

CO CL6479Contig1 520 2 2 U
GAGCGGATCGCATAACAAAGGCTTGAAGAAGAAAGCTCTTCAGTCTCTTCCTAGATCCAC
TTTCACCGCCGCGGAATTAAACTCCGGAGGTGCCGCTGAAGACGGCGGAGATTCAACGGA
GTGCGCGATTTGTCTCACTGAGTTCGCCGACGGCGAAGGAATCAGAGTGCTTCCTCTCTG
TCGCCATTCATTCCACGTCGCGTGTATTGACAAATGGCTTGTGTCTAGGTCTTCGTGTCC
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TCCTACGTTTCTTCCTTAACACAATCTTTTTATTGTCGGAATAATTAATTTTAAGAGTCT
TGTAAAGTAGTTTAATTAGAAACTAGAGATCTTAAGTTTTTTTTTCTTCCTGTCATTTTA
GATGTAATTCCACTGTGTTTAAATCAAATAGATGGGATTC


BQ
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AF RR3EY27TF U 1
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GGGGAGGCAAAGCAAAG

QA 1 317 1 317
DS 

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TTTCACCGCCGCGGAATTAAACTCCGGAGGTGCCGCTGAAGACGGCGGAGATTCAACGGA
GTGCGCGATTTGTCTCACTGAGTTCGCCGACGGCGAAGGAATCAGAGTGCTTCCTCTCTG
TCGCCATTCATTCCACGTCGCGTGTATTGACAAATGGCTTGTGTCTAGGTCTTCGTGTCC
TTCTTGTCGCCGGATTCTTACGCCGGTGAGATGTGACCGGTGCGGCCATTCTTCAACGGC
GGGGAGGCAAAGCAAAGACCATCAGCATCACCAACTCTCCTCGCAGCCCGCTTCCTCTGT
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TGTAAAGTAGTTTAATTAGAAACTAGAGATCTTAAGTTTTTTTTTCTTCCTGTCATTTTA
GATGTAATTCCACTGTGTTTAAATCAAATAGATGGGATTC

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 2

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TCTTAATGAAGCCAAAGAATCCGTCACAGCCACTGCTGAATCCGTTGGGGCTTCTCTAAC
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TCAGGCAACCGTTGCAGCCACAACTGAAACGGTCAAGACCGAGGCCGAAGCTGCGCCAGG
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TATAGAAGGAGCCAAATCCTTATTTCATGGTTTGGAGGAGAAGAAGACCGAAATTTCCTC
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TGATACAACGCCATGGTGGAAAAACTGTTGTGGAGTTCTTGATCTTCTCAAGACATCTAC
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TTTTTGAAACAAAGTTTGAGATTGTGTCCATGTCTTTGTTTTTATTTGTATTTTGATATG
TTGATTGTTCCCATGAACTTGTGTAAAAAGTAAGAACCGATAAATCCAAAACAAGTAATT
TCTTTTTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C210TF U 1
AF RR3C210JQ C 258
BS 1 578 RR3C210TF
BS 579 849 RR3C210JQ

RD RR3C210TF 578 0 0
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TGATACAACGCCATGGTGGAAAAACTGTTGTGGAGTTC

QA 1 578 1 578
DS 

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TTACTAATGTCGTTGGTGGAGCATCGAGCAGCACCACCGTGGCAAGCCGAGACCTTCCCA
TATCCACAGACAATCAGCCTTTGTTAACTGGTGAGCGCGGGGTTGATACAACGCCATGGT
GGAAAAACTGTTGTGGAGTTCTTGATCTTCTCAAGACATCTACTACAAAATAAAAGGCCA
AGCTGATGAAGAACAGAGAGAGCACTAGAACAATATGTAAAAGCCTTTTGATTATTTATT
TCCTTCCTTTTTCTTATTTTGGTTTGAGATTGTGTCTTTTCTTTTTTTGAAACAAAGTTT
GAGATTGTGTCCATGTCTTTGTTTTTATTTGTATTTTGATATGTTGATTGTTCCCATGAA
CTTGTGTAAAAAGTAAGAACCGATAAATCCAAAACAAGTAATTTCTTTTTGT

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

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TACCGATGGATCTGATTTCTCCTACCGGATGGTCGTTGACTCTCGTTACGCGAAGGTCAC
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TGCATCTGCTGCTGTTGGCTTACTCTTTTCATTCATTGCAGATTTTGCTTGCAAACGCAG
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CAAGCTTGAGCTTTTAGGCTTCATTTCTGCTCAATTAGGAGCGGTGCTGCAGATATTAGC
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AAAGACAAGAGAGTTTGTGTATTGTCATCTGTGATTTTCCTACATGAGGAAGACATTTAG
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BQ
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TTATTTAGTTATTCGAAAGAGACGTTTTTTGAC

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DS 



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CTTCTCCGTCACCGGCTTACGGTGGTGCCGGGACACAAGGTGGAGCAGAAGATGTCGTTG
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ATACAACTGTGGTTCACTTCTGTTCGATATGAAACTGTAAGCATATACATACATTCCAAT
TAGTAATTACTCGCTTTATCT


BQ
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AF RR3B379TF U 1
AF RR3B379JQ C 484
BS 1 774 RR3B379TF
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BS 776 804 RR3B379TF
BS 805 1341 RR3B379JQ

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GCTCCGGTTCTGTCCAATTCTTGAATCGGCTCAAGCCAAATCGGAGCCGATCGATCTCCA
GGACTTGGTACTCCGGCTCACATTTGATAACATTTGCGGATTGGCGTTTGGTAAGGACAC
AAGAACCTGTGCACCGGGGCTTCCGGAGAACGGTTTTGCCACGGCTTTCGATCGAGCCAC
TGAAGCCTCGCTTCAACGGTTTATCATGCCGGAGCTTCTGTGGAAGCTGAAGAA*TGGCT
AGGACTCGGCTTAGAAGTCAGTTT

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3B379JQ 858 0 0
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GACGGCAAATTCATCAGCCACGATCAGTACCGATTTGTGGCATTCAACGCCGGACCGAGA
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CTCCGTCACCGGCTTACGGTGGTGCCGGGACACAAGGTGGAGCAGAAGATGTCGTTGACG
CTTTTTATGAAGAATGGACTTGTGGTTAATCTGCATAAGAGGGACCTCCAAGGAATCATC
AAGAGTCTAGTGGTCGACAAAAGTGACCGTGTCGTTAACGGCAATTGTACCGGCGTCACT
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CTCATTCATATACACCTTTATTTTTTTAATTCCAAAACCATAACATTTTGGACAGAAATA
CAACTGTGGTTCACTTCTGTTCGATATGAAACTGTAAGCATATACATACATTCCAATTAG
TAATTACTCGCTTTATCT

QA 1 858 1 858
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3FZ01JQ C 1
AF RR3FZ01TF U 1
BS 1 315 RR3FZ01TF

RD RR3FZ01JQ 315 0 0
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CGGTTCGAGCTAGAATTGTCAACGTGGGCCACGAAACCAGCAATGCCTTGCCCTTGATTA
ATGCATTTGCTAAAAAGTATTAATTTAAAACTAGTTTTAAGAAATATTTTGTGGCATCTC
ATATATAAATAATATATATAATGGTCTCCGTAAATGTAATATATATATATGTCGAGTTGG
TTAGATTTTTTTATGTGGTTTGTACTATTGTTCATTTGTATTTTGAGATATTAAAGTTTA
AGAAAGAAGTTGAGG

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR3FZ01TF 315 0 0
GTGAGAACACTTGCTCCGATTGTTTCTCGGGTCGGGTCATGGATGGAAGGATCAAGAACT
CGGTTCGAGCTAGAATTGTCAACGTGGGCCACGAAACCAGCAATGCCTTGCCCTTGATTA
ATGCATTTGCTAAAAAGTATTAATTTAAAACTAGTTTTAAGAAATATTTTGTGGCATCTC
ATATATAAATAATATATATAATGGTCTCCGTAAATGTAATATATATATATGTCGAGTTGG
TTAGATTTTTTTATGTGGTTTGTACTATTGTTCATTTGTATTTTGAGATATTAAAGTTTA
AGAAAGAAGTTGAGG

QA 1 315 1 315
DS 



AS 1 2

CO CL6484Contig1 683 2 12 U
CCAACACTTCAACTGTATCAGTTCTGGCACCGGAGAGACGTCGATGTGTCGTACTCTCCG
TTATTGGAATCAGTCAACGTGGAGACCATCAATCCTTTCTTTTCCAGCAATATGTTTTGG
TGGTTGATGGAACAATTCCACTTTAAGCACTCTACACTTAATCCCATAGATTTTTCATGG
ATGGAAAAATCTAATCAACCTTCCTCTTGTTGGGACCAAGAGAGATCAATTTGCCCCCAT
TCTTCCTTTGAGGAAAGAACACTTCCATCAAAATTCATCTCTTCGAAAAGGGTCCCTTTG
TGGGATACAATTTCAGAGAAGAAAATCTTTATCCTAACCATCTTGCATTCTTGTGTGAAG
GTTCGTTTGGAACCGATAGATGCAGCGAGATTCATTTCGATGAACTTCGAGGTTACGGAC
TTGTATTCAAAGCCGCATGAAAAGCTGGCTCATCAGAAGTCGTTTGAAGAGACTAAAGTG
AGATTGTTCTCCTTTTCAAGTTTAATACTTGGCCTTTTAGGCATGTCTTTAAATGCATTA
TCAAACTCTGCTGAGTTTGTGTCTCTATCCCTTTATTGCTCTATTAGTATTGTTAAAGTT
TTAAACTTGGCTACTCGGGTTTGTCCGGAAGAGCTTATTTGCTATGTAGTGTTTTAACTA
TGAATGAAAGTAACTGGTTGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G209TF U 1
AF RR3H287TF U 248
BS 1 286 RR3G209TF
BS 287 287 RR3H287TF
BS 288 363 RR3G209TF
BS 364 364 RR3H287TF
BS 365 453 RR3G209TF
BS 454 454 RR3H287TF
BS 455 578 RR3G209TF
BS 579 579 RR3H287TF
BS 580 585 RR3G209TF
BS 586 586 RR3H287TF
BS 587 617 RR3G209TF
BS 618 683 RR3H287TF

RD RR3G209TF 617 0 0
CCAACACTTCAACTGTATCAGTTCTGGCACCGGAGAGACGTCGATGTGTCGTACTCTCCG
TTATTGGAATCAGTCAACGTGGAGACCATCAATCCTTTCTTTTCCAGCAATATGTTTTGG
TGGTTGATGGAACAATTCCACTTTAAGCACTCTACACTTAATCCCATAGATTTTTCATGG
ATGGAAAAATCTAATCAACCTTCCTCTTGTTGGGACCAAGAGAGATCAATTTGCCCCCAT
TCTTCCTTTGAGGAAAGAACACTTCCATCAAAATTCATCTCTTCGAGAAGGGTCCCTTTG
TGGGATACAATTTCAGAGAAGAAAATCTTTATCCTAACCATCTTGCATTCTTGTGTGAAG
GTTTGTTTGGAACCGATAGATGCAGCGAGATTCATTTCGATGAACTTCGAGGTTACGGAC
TTGTATTCAAAGCCGCATGAAAAGCTGGCTCATTAGAAGTCGTTTGAAGAGACTAAAGTG
AGATTGTTCTCCTTTTCAAGTTTAATACTTGGCCTTTTAGGCATGTCTTTAAATGCATTA
TCAAACTCTGCTGAGTTTGTGTCTCTATCCCTTTATTGTTCTATTTGTATTGTTAAAGTT
TTAAACTTGGCTACTCG

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3H287TF 436 0 0
G
TGAGGAAAGAACACTTCCATCAAAATTCATCTCTTCGAAAAGGGTCCCTTTGTGGGATAC
AATTTCAGAGAAGAAAATCTTTATCCTAACCGTCTTTCATTCTTGTGTGAAGGTTCGTTT
GGAACCGGTAGATGCAGC*AGATTCATTTCGATGAACTTCGAGGTTACGGACTTGTATTC
AAAGCCGCATGACAAGCTGGCTCATCAGAAGTCGTTTGAAGAGATTAAAGTGAGATTGTT
CTCCTTTTCAAGTTTAATACTTGGCCTTTTAGGCATGTCTTTAGATGCATTATCAAACTC
TGCTGAGTTTGTGTCTCTATCCCTTTATTGCTCTATTAGTATTGTTAATGTTTTAAACTT
GGCTACTCGGGTTTGTCCGGAAGAGCTTATTTGCTATGTAGTGTTTTAACTATGAATGAA
AGTAACTGGTTGCAC

QA 2 436 2 436
DS 



AS 1 2

CO CL6485Contig1 805 2 2 U
GACCGTACCGTCAAATTCACCAACGAGATTCGGTCTGTTCGTTATCAAGATCGAAACTTT
TTTACTTCGTTTCTGCTCTGCTTGAATCTGAGAGACCCCATCATCACTGTGCTTAAATTG
ATCTCCATCATTGTTTTTTCGTAGCTTCAGCAATAATGCAGGCATGAAAGAAAAAAACTC
AGCCACCACCGCCTCTACACTTGGAAGGATTCTAGCTACTTGTTCTAAGCAGGCCAAAGA
CTACGGGAGCTGCGTTGCATCTAAAGTCCACGAGGTTGAAAAAGACTTGTGCTTAAAAGA
GTTTCTTGCTCTGAAGAACTGTATGCAACATACGATCCGAGGAAAGGGTTGAATTCGATT
ATATCTTTCTTTTCTTCAGAGGCATTTATCAGCACTGATTAACATGCCTTCAAGTTCACA
GACAAGTGTCGGCTCTGGTGCTTTGTCACATGCGTATATACAACAGAAATATTCCATAAG
AAAAAAAAAGAAATATAACAAATAAGAAGAAAAATAAACATGGCGAAACATGGAAATGTC
GTTGATTTCACCTATCTTTTGTTGATTTTCTTGTTGGTTTTGACAGGAGAAGCTCAGGCT
CAAAGTAAGTATACTAAAGCCAAAAGTGCGCCGGTTGAAGTCTGTCTGGATCGTAATTCT
GGTGATGCTGTATGCACTCAGCATTGCGTTGCAGAAAAAAATCCTAAAAGATGTTCTGGA
AAATGTTTCCCATATAAAATGTCAGGAAGGAAGGAATGCTACTGTCATCCATGCTAATAA
ATGACAATAGCTGGTTTTGATTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GE30TF U 1
AF RR3GE30JQ C 65
BS 1 372 RR3GE30TF
BS 373 805 RR3GE30JQ

RD RR3GE30TF 372 0 0
GACCGTACCGTCAAATTCACCAACGAGATTCGGTCTGTTCGTTATCAAGATCGAAACTTT
TTTACTTCGTTTCTGCTCTGCTTGAATCTGAGAGACCCCATCATCACTGTGCTTAAATTG
ATCTCCATCATTGTTTTTTCGTAGCTTCAGCAATAATGCAGGCATGAAAGAAAAAAACTC
AGCCACCACCGCCTCTACACTTGGAAGGATTCTAGCTACTTGTTCTAAGCAGGCCAAAGA
CTACGGGAGCTGCGTTGCATCTAAAGTCCACGAGGTTGAAAAAGACTTGTGCTTAAAAGA
GTTTCTTGCTCTGAAGAACTGTATGCAACATACGATCCGAGGAAAGGGTTGAATTCGATT
ATATCTTTCTTT

QA 1 372 1 372
DS 

RD RR3GE30JQ 741 0 0
CTTCGTTTCTGCTCTGCTTGAATCTGAGAGACCCCATCATCACTGTGCTTAAATTGATCT
CCATCATTGTTTTTTCGTAGCTTCAGCAATAATGCAGGCATGAAAGAAAAAAACTCAGCC
ACCACCGCCTCTACACTTGGAAGGATTCTAGCTACTTGTTCTAAGCAGGCCAAAGACTAC
GGGAGCTGCGTTGCATCTAAAGTCCACGAGGTTGAAAAAGACTTGTGCTTAAAAGAGTTT
CTTGCTCTGAAGAACTGTATGCAACATACGATCCGAGGAAAGGGTTGAATTCGATTATAT
CTTTCTTTTCTTCAGAGGCATTTATCAGCACTGATTAACATGCCTTCAAGTTCACAGACA
AGTGTCGGCTCTGGTGCTTTGTCACATGCGTATATACAACAGAAATATTCCATAAGAAAA
AAAAAGAAATATAACAAATAAGAAGAAAAATAAACATGGCGAAACATGGAAATGTCGTTG
ATTTCACCTATCTTTTGTTGATTTTCTTGTTGGTTTTGACAGGAGAAGCTCAGGCTCAAA
GTAAGTATACTAAAGCCAAAAGTGCGCCGGTTGAAGTCTGTCTGGATCGTAATTCTGGTG
ATGCTGTATGCACTCAGCATTGCGTTGCAGAAAAAAATCCTAAAAGATGTTCTGGAAAAT
GTTTCCCATATAAAATGTCAGGAAGGAAGGAATGCTACTGTCATCCATGCTAATAAATGA
CAATAGCTGGTTTTGATTGTT

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL6486Contig1 1168 2 6 U
GGTATCGGAACAAAAACAAAAAGGCTAAGCGTTTCTTCCTTGCGACTTTTTGAGCGATCG
TCACAACTTACCGTTATTTCGTGATTTCCGGCCGGCGTCGGCTCCGACGTCGGCTGTACT
CTTCTTTCTAGTTTGTTATCTCTTTGCTTTTATGTTTGTTTTCTAATTAGCGATAAAATG
TCGTTTTCTTCTTCAATCATCATTCTCTTTGTTTCTTCAAATGAGAGTTTATGTCCGACC
ATGATCCAACAAACTTTGAATTATTGTGTCGGTTTAATTCCGCTATCACCCTCTGTATGC
GGCTGTCACCTTACTCTTGAAACCTTTTGGTTTCAATTGAGATCTGCTTTTCATGGATGG
AATTGGGATCCAGGGATAGTTGATTTTGATTTCACAAACGGTGGGATAGAAGTTTGGCAC
GACATCTGTAATTTCAGAGTGGAAGAGACGACGTTTAGTTCTGGTGGAATTTATGGCAAA
TATGTAGAGGTCTTTTTCTTATTGGCTACCCAAAATCACCAAGAATGGAGTACTGCAAAT
GTTATGGCGTGGCGTTCACAAAAAGCAAAGAAGGCATCTCAAACAGAAAACTTTGAGGAT
GTGGATGTGGGCCCATATGATGTGGCGTCATCTTGCTATTATTTTGCTAAGTGGGCGATT
TTGGTATCGAGGTTAGTGAAATATGATAAAAAAGAGTGTTATTCAATGTTCTTACTACCA
ATAAAGAATCATAAGACGATCAAGAATCATTATTTGAAGAGGAATGAAGAATTTCTGATA
TACTTAAGAGATGAAGATATGCTGAAGACATGGTTTTATTGGGTTCAAATCAAAAGAATT
TTAATGTCATGGATAGTTACAACAATACATGTTATCTCCTGCAGCGGGAGTGTTTGGGAT
GGATTGCGATGTAACAGATGGATCGCATCTAATGATCTTCTTAAAGAAAAAAGGCATTTA
CTCATAAAAATTGAGAGCCACAAGCAAGATCTTACAAGACCAAAAACGAAATGGAGGAAA
GCTAGCGAATCAGCCTGTCCTACGAATGCGTTAGGAAGCATCGTGTTACTGCTATCTCTG
TTAAAAGTTTTTAATAACAACATGTTTTATGTAATTTATGATTCATGTAATATGTTACAT
TGATTTGATACTAATAAAGTTAAGATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H043TF U 1
AF RR3H043JQ C 368
BS 1 661 RR3H043TF
BS 662 662 RR3H043JQ
BS 663 680 RR3H043TF
BS 681 681 RR3H043JQ
BS 682 692 RR3H043TF
BS 693 1168 RR3H043JQ

RD RR3H043TF 692 0 0
GGTATCGGAACAAAAACAAAAAGGCTAAGCGTTTCTTCCTTGCGACTTTTTGAGCGATCG
TCACAACTTACCGTTATTTCGTGATTTCCGGCCGGCGTCGGCTCCGACGTCGGCTGTACT
CTTCTTTCTAGTTTGTTATCTCTTTGCTTTTATGTTTGTTTTCTAATTAGCGATAAAATG
TCGTTTTCTTCTTCAATCATCATTCTCTTTGTTTCTTCAAATGAGAGTTTATGTCCGACC
ATGATCCAACAAACTTTGAATTATTGTGTCGGTTTAATTCCGCTATCACCCTCTGTATGC
GGCTGTCACCTTACTCTTGAAACCTTTTGGTTTCAATTGAGATCTGCTTTTCATGGATGG
AATTGGGATCCAGGGATAGTTGATTTTGATTTCACAAACGGTGGGATAGAAGTTTGGCAC
GACATCTGTAATTTCAGAGTGGAAGAGACGACGTTTAGTTCTGGTGGAATTTATGGCAAA
TATGTAGAGGTCTTTTTCTTATTGGCTACCCAAAATCACCAAGAATGGAGTACTGCAAAT
GTTATGGCGTGGCGTTCACAAAAAGCAAAGAAGGCATCTCAAACAGAAAACTTTGAGGAT
GTGGATGTGGGCCCATATGATGTGGCGTCATCTTGCTATTATTTTGCTAAGTGGGCGATT
T*GGTATCGAGGTTAGTGAA*TATGATAAAAA

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3H043JQ 801 0 0
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CGTGGCGTTCACAAAAAGCAAAGAAGGCATCTCAAACAGAAAACTTTGAGGATGTGGATG
TGGGCCCATATGATGTGGCGTCATCTTGCTATTATTTTGCTAAGTGGGCGATTTTGGTAT
CGAGGTTAGTGAAATATGATAAAAAAGAGTGTTATTCAATGTTCTTACTACCAATAAAGA
ATCATAAGACGATCAAGAATCATTATTTGAAGAGGAATGAAGAATTTCTGATATACTTAA
GAGATGAAGATATGCTGAAGACATGGTTTTATTGGGTTCAAATCAAAAGAATTTTAATGT
CATGGATAGTTACAACAATACATGTTATCTCCTGCAGCGGGAGTGTTTGGGATGGATTGC
GATGTAACAGATGGATCGCATCTAATGATCTTCTTAAAGAAAAAAGGCATTTACTCATAA
AAATTGAGAGCCACAAGCAAGATCTTACAAGACCAAAAACGAAATGGAGGAAAGCTAGCG
AATCAGCCTGTCCTACGAATGCGTTAGGAAGCATCGTGTTACTGCTATCTCTGTTAAAAG
TTTTTAATAACAACATGTTTTATGTAATTTATGATTCATGTAATATGTTACATTGATTTG
ATACTAATAAAGTTAAGATGT

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 2

CO CL6487Contig1 561 2 5 U
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GCATTATCTTGCTCCTCAAGTCACCGTCTTTTGGTCTCAAGTGATACTCTTCTCTGTTCA
AATATCCATCAAAAGCTTTGTTTCCTACCCAAGAAACCTTGTTCTTGATCGTTTCCAAAA
AAGATCTCCTCTTCGTAAATTCTGCTTGCAGAACCACCTTCACGCCATTGCTGACTGCTA
CCGTAAACGTCGTTTGCTGACTCAAATTAATCAAAAAAATCGTTATCCCCGCTCTTCCTT
TGGAACAATGAACGTATGTCCGTAAATACTCTGATGCATTTGTCTGAACGCCGAAAACGC
CTTTACCCATCAAACGATGCCAAAGAAGCGCACTATAGTAATCTGGATTAGGAACAAACG
TTTCCTTCTCTAGCAGACCGT


BQ
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AF RR3CW34JQ U 1
AF RR3BX11JQ U 1
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AAGATCTCCTCTTCGTAAATTCTGCTTGCA
AAAC

QA 1 330 1 330
DS 

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CCGGTTCAAGCTTTGGGATATCTCCAGCGACCGTTGGTTCCAAAGGGTTACCGTTCAAGA
GCATTATCTTGCTCCTCAAGTCACCGTCTTTTGGTCTCAAGTGATACTCTTCTCTGTTCA
AATATCCATCAAAAGCTTTGTTTCCTACCCAAGAAACCTTGTTCTTGATCGTTTCCAAAA
AAGATCTCCTCTTCGTAAATTCTGCTTGCAGAACCACCTTCACGCCATTGCTGACTGCTA
CCGTAAACGTCGTTTGCTGACTCAAATTAATCAAAAAAATCGTTATCCCCGCTCTTCCTT
TGGAACAATGAACGTATGTCCGTAAATACTCTGATGCATTTGTCTGAACGCCGAAAACGC
CTTTACCCATCAAACGATGCCAAAGAAGCGCACTATAGTAATCTGGATTAGGAACAAACG
TTTCCTTCTCTAGCAGACCGT

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

CO CL6488Contig1 473 2 4 U
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GGTCAAGGCCGGTGGTGCCTACACCATGAACACCGCCAGTGCCGTCACCGTTAGAAGCAC
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TTGAGTTCTTTGTTTTTTGGATTTGTGTTTAGGAGTACTATTATGCTTGTGGTGTCTTTG
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BQ
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AF RR3GD36TF U 1
AF RR3GD36JQ C 270
BS 1 390 RR3GD36TF
BS 391 391 RR3GD36JQ
BS 392 418 RR3GD36TF
BS 419 473 RR3GD36JQ

RD RR3GD36TF 418 0 0
GGCTTCTTAGCGTATTCACATCTTCGGCGGCAAGTGCTCTTCTTCGGTTTAGGAAATGGC
GAAGAGAACGAAGAAGGTCGGAATCGTCGGCAAGTACGGTACTCGTTATGGAGCGAGTAT
CAGGAAGCAGATTAAGAAGATGGAGGTCAGCCAACACAGCAAGTACTTCTGTGAGTTCTG
CGGCAAGTACGGAGTCAAGCGAAAGGCTGTTGGTATCTGGGGATGCAAGGACTGTGGCAA
GGTCAAGGCCGGTGGTGCCTACACCATGAACACCGCCAGTGCCGTCACCGTTAGAAGCAC
TATCAGGAGGTTGAGAGAGCAGATCGAGGGTTAAAAAAAAATCTACTTTTAATAACTTTT
TTGAGTTCTTTGTTTTTTGGATTTGTGTTTTGGAGTACTATTATGCTTGTGGTGTCTT

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR3GD36JQ 204 0 0
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GTTAAAAAAAAATCTACTTTTAATAACTTTTTTGAGTTCTTTGTTTTTTGGATTTGTGTT
TAGGAGTACTATTATGCTTGTGGTGTCTTTGAAGACACAAAGACGTTGTTACATTTGGCC
GTTAATCAATGGTTTATTCGAGTT

QA 1 204 1 204
DS 



AS 1 2

CO CL6489Contig1 896 2 4 U
GGGTCACTAGCGACACTGGTCTCCCATCTGTTGCACTGCTGCTGAAAGCATATGCAAAGG
TTGAGCCACTGTTTATTCCATATGCAGATGGCTCATCTGCCGCTGCGTTTTTGGCTTCGC
CGCTGCATATCTGAACTATCCCTCTCAGATGAATCTCCTAGGCGTCACGAAAAGTTAACC
GAAGGCGTCAATCTTAAACCGGTTTACATCTTTGGTGCTTATCTTCCGTTTGATTGTAGA
GCGTTGCGCTGGTGGGGGCACTGCTATTTTTCATTGGACTGAAAAATTCGAGGATGACCT
CTTCAAAGTGCAGCAACCTGAAGAAGAGACCACCCAAGCCTAAGGCTGCTTAGAGTTGTT
CTCTTTTCTTCCACACACGCTTATTAGGCTTTAGAACAGCCTCTGATGTGTTCAAGCTTT
GTCGTCATTTGTCTTCCTTACAAGATATATCACCACTTAATTGCTCAAAGCTGCAACCAC
ATGACTTTCTGGTGTGGGCACGAGTTCTGCTACTGTTGTGGAACAGAGTACAGTGAAGGA
CAACCGAGTTACTTTTGTGTTGTGTGGTGGATTGTTACAAGAAGTTTACAGAGGAAAGCA
ACTCCAATATCTTATCTACAAGACGGGTGCCGCAGACGTTTCGAGGAGTTTTGAGTCTTA
TTGTTACTCCTTTGTGAGTGTTGGTCCTGTGGCTGAGGTATGGTGATGACGTGATATGTG
TTAAAGCTTCAGCGTTTCATTTTTGGTTCATCGTTTTTAGGAGACCCAAGGGCAACGAGC
CTGATGGTATGAGTGTCTCAGATAGGGTGGTTGGTGTGTGTGTGTGTTTTGTATGCTGAA
CTTGAATAATGATTTTTTTTTTTTGAATAATGACTTCTACTTATGATTTTTAACGC


BQ
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AF RR3G069TF U 1
AF RR3G069JQ C 407
BS 1 697 RR3G069TF
BS 698 698 RR3G069JQ
BS 699 738 RR3G069TF
BS 739 896 RR3G069JQ

RD RR3G069TF 738 0 0
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TTGAGCCACTGTTTATTCCATATGCAGATGGCTCATCTGCCGCTGCGTTTTTGGCTTCGC
CGCTGCATATCTGAACTATCCCTCTCAGATGAATCTCCTAGGCGTCACGAAAAGTTAACC
GAAGGCGTCAATCTTAAACCGGTTTACATCTTTGGTGCTTATCTTCCGTTTGATTGTAGA
GCGTTGCGCTGGTGGGGGCACTGCTATTTTTCATTGGACTGAAAAATTCGAGGATGACCT
CTTCAAAGTGCAGCAACCTGAAGAAGAGACCACCCAAGCCTAAGGCTGCTTAGAGTTGTT
CTCTTTTCTTCCACACACGCTTATTAGGCTTTAGAACAGCCTCTGATGTGTTCAAGCTTT
GTCGTCATTTGTCTTCCTTACAAGATATATCACCACTTAATTGCTCAAAGCTGCAACCAC
ATGACTTTCTGGTGTGGGCACGAGTTCTGCTACTGTTGTGGAACAGAGTACAGTGAAGGA
CAACCGAGTTACTTTTGTGTTGTGTGGTGGATTGTTACAAGAAGTTTACAGAGGAAAGCA
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TTGTTACTCCTTTGTGAGTGTTGGTCCTGTGGCTGAG*TATGGTGATGACGTGATATGTG
TTAAAGCTTCAGCGTTTC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3G069JQ 490 0 0
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AAAGCTGCAACCACATGACTTTTTGGTGTGGGCACGAGTTCTGCTACTGTTGTGGAACAG
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TACAGAGGAAAGCAACTCCAATATTTTATCTACAAGACGGGTGCCGCAGACGTTTCGAGG
AGTTTTGAGTCTTATTGTTACTCCTTTGTGAGTGTTGGTCCTGTGGCTGAGGTATGGTGA
TGACGTGATATGTGTTAAAGCTTCAGCGTTTCATTTTTGGTTCATCGTTTTTAGGAGACC
CAAGGGCAACGAGCCTGATGGTATGAGTGTCTCAGATAGGGTGGTTGGTGTGTGTGTGTG
TTTTGTATGCTGAACTTGAATAATGATTTTTTTTTTTTGAATAATGACTTCTACTTATGA
TTTTTAACGC

QA 1 490 1 490
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6491Contig1 980 2 6 U
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GAGTGAGATCCACGAAAACCAGGCCAAGAAGACTACCTTCTCCAAGTCTCTTTCTCCAGG
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CGCGGCTTTTGAGCACAGAGTGGTGTTCACTGTTCCGTGGAAGAACTCCTGGCAGCTCTG
GCTCCAGCGAGACAACAAGAATTGTCTGTTCATGATAAAAGAAGATTGGGATGAGTTCGT
TGATGACAACCTTTTGGGTTCGGATGATACTTTGGCCTTCACGCATCAAGGCACTATGTA
TTTCCAAGTGCGTATCTTTAAGAAAGATGGTAAAGAGGTCGTCTCCGCTCCTCTTAAAGT
TACTGAACCGGAAACTAAACCGGTTCTTCATCCTAAGCCCGAGAGTTCTCACCAGGAGGA
GACAACCCCTGCCTCTGCGACTGAACAACTTTCAGCAAGTGGAGGGAGGGAGAGTTTTGC
TGAGCGACACCTCTTGAATCCCAACAACCCTTACTTTGAGAAGACGCTGAGTAAAAGTAA
CAAAATTCTGTATGTGAGTCCTTTGGTGATTAAGAAGTATGACTTGGAGTTTGGTCCCCA
TAATTCCTCCATCGACTTCCTTCTCCCTGATGGAGACAAACTCGAGGGCTTCACTAAGAG
TTACAGCGGTTTGTATGCTTTCTCTGGCTGGGAAGATGTCTGTCAAAAGTATAACCTCAA
ACAAGGAGACACTGTGGTTTGTGAATTTGAACTCTCTGGACGTGTGGTTACTGCTGTTAG
AGTGCATTTGGTGAGTGGAATGAATTGAGTCATTGTTTCTGAACATAGTTTTTACCAACC
TATTATTTTAATGCTAGATGTGACCTCTATGTTGATTTAACAAATTTGTAGCAATAAAGG
TAACTTTATGTTGGTTTCGC


BQ
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AF RR3E716TF U 1
AF RR3E716JQ C 402
BS 1 692 RR3E716TF
BS 693 693 RR3E716JQ
BS 694 699 RR3E716TF
BS 700 700 RR3E716JQ
BS 701 731 RR3E716TF
BS 732 980 RR3E716JQ

RD RR3E716TF 731 0 0
GGAATCTGCGGAATCCATCGCTCCAGAGAGATAGAGTATGAAGAGAAAAGTATCGCCGGA
GAGTGAGATCCACGAAAACCAGGCCAAGAAGACTACCTTCTCCAAGTCTCTTTCTCCAGG
ACAAAACTGGAAGTCCAAATCAATGAGGATTATTCCTCAAGAGATTGCGAGAAGCAACCA
CGCGGCTTTTGAGCACAGAGTGGTGTTCACTGTTCCGTGGAAGAACTCCTGGCAGCTCTG
GCTCCAGCGAGACAACAAGAATTGTCTGTTCATGATAAAAGAAGATTGGGATGAGTTCGT
TGATGACAACCTTTTGGGTTCGGATGATACTTTGGCCTTCACGCATCAAGGCACTATGTA
TTTCCAAGTGCGTATCTTTAAGAAAGATGGTAAAGAGGTCGTCTCCGCTCCTCTTAAAGT
TACTGAACCGGAAACTAAACCGGTTCTTCATCCTAAGCCCGAGAGTTCTCACCAGGAGGA
GACAACCCCTGCCTCTGCGACTGAACAACTTTCAGCAAGTGGAGGGAGGGAGAGTTTTGC
TGAGCGACACCTCTTGAATCCCAACAACCCTTACTTTGAGAAGACGCTGAGTAAAAGTAA
CAAAATTCTGTATGTGAGTCCTTTGGTGATTAAGAAGTATGACTTGGAGTTTGGTCCCCA
TAATTCCTCCATCGACTTCCTTCTCCCTGATG*AGACAA*CTCGAGGGCTTCACTAAGAG
TTACAGCGGTT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3E716JQ 579 0 0
TCTCCGCTCCTCTTAAAGTTACTGAACCGGAAACTAAACCGGTTCTTCATCCTAAGCCCG
AGAGTTCTCACCAGGAGGAGACAACCCCTGCCTCTGCGACTGAACAACTTTCAGCAAGTG
GAGGGAGGGAGAGTTTTGCTGAGCGACACCTCTTGAATCCCAACAACCCTTACTTTGAGA
AGACGCTGAGTAAAAGTAACAAAATTCTGTATGTGAGTCCTTTGGTGATTAAGAAGTATG
ACTTGGAGTTTGGTCCCCATAATTCCTCCATCGACTTCCTTCTCCCTGATGGAGACAAAC
TCGAGGGCTTCACTAAGAGTTACAGCGGTTTGTATGCTTTCTCTGGCTGGGAAGATGTCT
GTCAAAAGTATAACCTCAAACAAGGAGACACTGTGGTTTGTGAATTTGAACTCTCTGGAC
GTGTGGTTACTGCTGTTAGAGTGCATTTGGTGAGTGGAATGAATTGAGTCATTGTTTCTG
AACATAGTTTTTACCAACCTATTATTTTAATGCTAGATGTGACCTCTATGTTGATTTAAC
AAATTTGTAGCAATAAAGGTAACTTTATGTTGGTTTCGC

QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 2

CO CL6492Contig1 800 2 2 U
GGAAGGTGGATTTTCAACATAGTCCTCTGCCTTGTGATCCAAGTGCCAGACCGATCAGGC
ACAGATTTAGCGAGTTTGCTAAACCTGTTTCATCTAAAGGGTTATGCATAGAGGATATAC
ATCTAACTTCAGATGATTTAGAGATGTACATAGATCTTGCTCCGTTTCTAAACCCGTCTC
CATACGTTGTTCCTGAAGATATGTCGTTGACAAAGGTATACAACCTTTTCCGGCAACTTG
GATTGAGACATCTATTTGTTGTTCCCCGTCCTTCTCGTGTGATAGGTCTGATCACAAGAA
AGGATCTGCTAATTGAGGAAAACGGGGAATCATCAGCTGTTGAACTCCAACAGTCAACTA
GTAGGTCGGTACAGTGAGACAGCAACGCGGACGGACGCGGCACGTCCGCTTCTAGACGAT
CTTTTAGGCTAGATAAAACAGTTAAACGTATACAAGCATTTGAAGTTGGTTGGATCTTTA
CTTGGACTAGTGATTAGTCCACACTACGAAACGACATGCTTTTCTTCGTTTTGAATTTGA
GGAGCTTTGCCTCAAAACCAGTCTGAAGGATATATGATGATCATATCTCGTGAGCTGGGA
ATTGTGTTAACAGTCTCATTGGCTGTTCACAGAGAGTAGAAAGATGTGTGTAGTGAGTTT
GATTGTTGTAATTATGCAAACTTCGATTATTTCTTGGTCATTGTAAAATTATCTAGCCTT
TGACGTATACCTGATTAAGTTAAACCCATATCGGGAAAAACAATAAATAATATGCGTTGA
GCTCACTGGTGATTTGATCT


BQ
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AF RR3C393TF U 1
AF RR3C393JQ C 35
BS 1 355 RR3C393TF
BS 356 800 RR3C393JQ

RD RR3C393TF 355 0 0
GGAAGGTGGATTTTCAACATAGTCCTCTGCCTTGTGATCCAAGTGCCAGACCGATCAGGC
ACAGATTTAGCGAGTTTGCTAAACCTGTTTCATCTAAAGGGTTATGCATAGAGGATATAC
ATCTAACTTCAGATGATTTAGAGATGTACATAGATCTTGCTCCGTTTCTAAACCCGTCTC
CATACGTTGTTCCTGAAGATATGTCGTTGACAAAGGTATACAACCTTTTCCGGCAACTTG
GATTGAGACATCTATTTGTTGTTCCCCGTCCTTCTCGTGTGATAGGTCTGATCACAAGAA
AGGATCTGCTAATTGAGGAAAACGGGGAATCATCAGCTGTTGAACTCCAACAGTC

QA 1 355 1 355
DS 

RD RR3C393JQ 766 0 0
TGATCCAAGTGCCAGACCGATCAGGCACAGATTTAGCGAGTTTGCTAAACCTGTTTCATC
TAAAGGGTTATGCATAGAGGATATACATCTAACTTCAGATGATTTAGAGATGTACATAGA
TCTTGCTCCGTTTCTAAACCCGTCTCCATACGTTGTTCCTGAAGATATGTCGTTGACAAA
GGTATACAACCTTTTCCGGCAACTTGGATTGAGACATCTATTTGTTGTTCCCCGTCCTTC
TCGTGTGATAGGTCTGATCACAAGAAAGGATCTGCTAATTGAGGAAAACGGGGAATCATC
AGCTGTTGAACTCCAACAGTCAACTAGTAGGTCGGTACAGTGAGACAGCAACGCGGACGG
ACGCGGCACGTCCGCTTCTAGACGATCTTTTAGGCTAGATAAAACAGTTAAACGTATACA
AGCATTTGAAGTTGGTTGGATCTTTACTTGGACTAGTGATTAGTCCACACTACGAAACGA
CATGCTTTTCTTCGTTTTGAATTTGAGGAGCTTTGCCTCAAAACCAGTCTGAAGGATATA
TGATGATCATATCTCGTGAGCTGGGAATTGTGTTAACAGTCTCATTGGCTGTTCACAGAG
AGTAGAAAGATGTGTGTAGTGAGTTTGATTGTTGTAATTATGCAAACTTCGATTATTTCT
TGGTCATTGTAAAATTATCTAGCCTTTGACGTATACCTGATTAAGTTAAACCCATATCGG
GAAAAACAATAAATAATATGCGTTGAGCTCACTGGTGATTTGATCT

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL6493Contig1 1164 2 2 U
GCAAATATATTGAAGAGAAATTGGTCACTAAGGTCGAAAAGCTTGGGAAAGCTCCATTGA
TAAACTGTGCTAAAACCAGCATGTCCTCCAAACTGATCTCTGGTGACAGCGACTTCTTTG
CCAATTTGGTTTTGGATGCAGTTCTGTCAGTTAAGATGACAAATCTACGAGGGGAGATTA
AATACCCTATCAAGGGGATTAATATTCTGAAAGCTCATGGTCAAAGTGCAAAAGACAGCT
ATTTGCTGAATGGATATGCGCTCAATACTGGCCGTGCTGCTAAGGTTCTGGTGGAGTTAG
CTGAACTCCAGGATAGAGAAGTTGGTGATGGGACTACTTCTGTTGTTATTGTTGCTGCTG
AGTTGCTCAAGAGGGCAAATGATCTTGTCAGGAACAAAATACATCCTACTTCAATTATCA
GTGGATACAGACTAGCGATGAGGAAAAATCCGTCAAAGAGAAGCTGACATGACCAAGGGA
ACCAAAACGAGCAGTGCCGTCTCCTTGATCTTGAGAGGTGCCAATGACTACATGCTTGAT
GAGATGGAGAGAGCACTCCACGATTCTTTGTGTATTGTCAAGAGAACCCTCGAGTCCAAC
ACGGTGGTTGCAGGCGGAGGTGCAGTTGAATCAGCCTTGTCTGTGTATCTGGAGCACCTT
GCTACGACCTTGGGATCTCGCGAGCAATTGGCAATTGCTGAATTTACAGATGCGCTGTTG
ATCATACCAAAGGTGCTTGCAGTAAACGCTGCGAAGGATGCAACTGAGTTGGTAGCTAAA
CTAAGAGCTTACCACCACACCGCACAAACGAAGGCTGATAAGAAGCACTATTCAAGCATG
GGACTTGACCTTGTAAACGGAACCATCCGTAACAATTTGGAAGCTGGAGTGATCGAACCA
GCGATGAGCAAAGTTAAAATTATCCAGTTTGCAACAGAGGCAGCCATAACGATTCTGAGA
ATCGATGACATGATCAAACTGGTGAAGGAAGATGGCCAAGGCGATGAGTAACCAAAGCCC
CCAAGCTTCTCTTTTGTCCGTTTTATCTTTTAGTGGTATTATTTTGTCCGCATTTTCAAC
ACCCACCGGCTCTTTCGAGCTTCTCTGTTCGCTGTGTAACAAAAACAATATAAGCATCTG
AAACAGCAGTTTCTGTTTTTTTCC


BQ
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AF RR3AI01TF U 1
AF RR3AI01JQ C 410
BS 1 728 RR3AI01TF
BS 729 1164 RR3AI01JQ

RD RR3AI01TF 728 0 0
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TAAACTGTGCTAAAACCAGCATGTCCTCCAAACTGATCTCTGGTGACAGCGACTTCTTTG
CCAATTTGGTTTTGGATGCAGTTCTGTCAGTTAAGATGACAAATCTACGAGGGGAGATTA
AATACCCTATCAAGGGGATTAATATTCTGAAAGCTCATGGTCAAAGTGCAAAAGACAGCT
ATTTGCTGAATGGATATGCGCTCAATACTGGCCGTGCTGCTAAGGTTCTGGTGGAGTTAG
CTGAACTCCAGGATAGAGAAGTTGGTGATGGGACTACTTCTGTTGTTATTGTTGCTGCTG
AGTTGCTCAAGAGGGCAAATGATCTTGTCAGGAACAAAATACATCCTACTTCAATTATCA
GTGGATACAGACTAGCGATGAGGAAAAATCCGTCAAAGAGAAGCTGACATGACCAAGGGA
ACCAAAACGAGCAGTGCCGTCTCCTTGATCTTGAGAGGTGCCAATGACTACATGCTTGAT
GAGATGGAGAGAGCACTCCACGATTCTTTGTGTATTGTCAAGAGAACCCTCGAGTCCAAC
ACGGTGGTTGCAGGCGGAGGTGCAGTTGAATCAGCCTTGTCTGTGTATCTGGAGCACCTT
GCTACGACCTTGGGATCTCGCGAGCAATTGGCAATTGCTGAATTTACAGATGCGCTGTTG
ATCATACC

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3AI01JQ 755 0 0
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TGACCAAGGGAACCAAAACGAGCAGTGCCGTCTCCTTGATCTTGAGAGGTGCCAATGACT
ACATGCTTGATGAGATGGAGAGAGCACTCCACGATTCTTTGTGTATTGTCAAGAGAACCC
TCGAGTCCAACACGGTGGTTGCAGGCGGAGGTGCAGTTGAATCAGCCTTGTCTGTGTATC
TGGAGCACCTTGCTACGACCTTGGGATCTCGCGAGCAATTGGCAATTGCTGAATTTACAG
ATGCGCTGTTGATCATACCAAAGGTGCTTGCAGTAAACGCTGCGAAGGATGCAACTGAGT
TGGTAGCTAAACTAAGAGCTTACCACCACACCGCACAAACGAAGGCTGATAAGAAGCACT
ATTCAAGCATGGGACTTGACCTTGTAAACGGAACCATCCGTAACAATTTGGAAGCTGGAG
TGATCGAACCAGCGATGAGCAAAGTTAAAATTATCCAGTTTGCAACAGAGGCAGCCATAA
CGATTCTGAGAATCGATGACATGATCAAACTGGTGAAGGAAGATGGCCAAGGCGATGAGT
AACCAAAGCCCCCAAGCTTCTCTTTTGTCCGTTTTATCTTTTAGTGGTATTATTTTGTCC
GCATTTTCAACACCCACCGGCTCTTTCGAGCTTCTCTGTTCGCTGTGTAACAAAAACAAT
ATAAGCATCTGAAACAGCAGTTTCTGTTTTTTTCC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6495Contig1 998 2 2 U
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TCTTCTCCATCTACTGTACCTTGTTCGCTTAGAGGTTTTCAGACAGATCAGAGAGAATGG
CTTCAGGTTCAGAGAAAACTCTTCCTTGTCCAGCAAGTAAAACTACCTCGCCTGCCCTTG
CCCTTAAATTCGATGCCTTAGATTTCCCAGCCATGAAGGCTATGGAAGATTTCCAGACTT
GTATCAGTGAACTTGGTGAGAAAATGCGTGAGGATCCTGCATATATCCAGGAGCTTCACA
GATGTAATCCAGCCGCCAAGTTTGACCAAGAACAGGTGAAAAATACAATGCAAATGTTTC
AGCGCCTTCGGGATAACGCACGGCAGGATCCTCGTGCGTCTCTGGAAAATCTCGTGAAAC
CTGGAGCACTGGAGGAATTTGCTGAGCGTGTTACCCAACTGAGAAAAGATCCTGAAGTTG
AGCTCATTCTAGCCGAGTTAAACGCTTGTCCTGCTGCTCTCTTGAAGTTTGCGGATGACA
AACAAGTTTTGAGGTTTGCGGATGACAAACAAGTTTTGAAAAAACTTGGAAACTCAATGC
TTAGATCTCAATTCTCAGGGTCTGAACTATGATGCTGATGATGAAGAACTTTTCTCTGAG
GGAAGAAAAGCCCTCGAGATTGCTTTCGGATATGCCAAGATGAAATGCTACAAAATTCTT
GTGGATGCTCAAAGAAAAAAGGCTAATAAGGTTGAGGGGAAAAAGAAAGACAAGTGGAAA
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AACAAATAACACTCTGTTTCAAACCGCTCTGTTTTTCGTTCCATACTCTCGAAAGATTGT
TTCTCTCTCTTTTTTTTATCAATATTATGTGAGAATTTTGTTTTTACAAATCGAATTCAT
GTTAACTTTTATAAACTTTATCGTATATAAATGAAACC


BQ
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AF RR3C760TF U 1
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BS 1 669 RR3C760TF
BS 670 998 RR3C760JQ

RD RR3C760TF 669 0 0
GGAGTTTATGTGCGTGTTTGGCTTTTCTTATAGTATATTCTTTTTATTCCTCTGCAAATC
TCTTCTCCATCTACTGTACCTTGTTCGCTTAGAGGTTTTCAGACAGATCAGAGAGAATGG
CTTCAGGTTCAGAGAAAACTCTTCCTTGTCCAGCAAGTAAAACTACCTCGCCTGCCCTTG
CCCTTAAATTCGATGCCTTAGATTTCCCAGCCATGAAGGCTATGGAAGATTTCCAGACTT
GTATCAGTGAACTTGGTGAGAAAATGCGTGAGGATCCTGCATATATCCAGGAGCTTCACA
GATGTAATCCAGCCGCCAAGTTTGACCAAGAACAGGTGAAAAATACAATGCAAATGTTTC
AGCGCCTTCGGGATAACGCACGGCAGGATCCTCGTGCGTCTCTGGAAAATCTCGTGAAAC
CTGGAGCACTGGAGGAATTTGCTGAGCGTGTTACCCAACTGAGAAAAGATCCTGAAGTTG
AGCTCATTCTAGCCGAGTTAAACGCTTGTCCTGCTGCTCTCTTGAAGTTTGCGGATGACA
AACAAGTTTTGAGGTTTGCGGATGACAAACAAGTTTTGAAAAAACTTGGAAACTCAATGC
TTAGATCTCAATTCTCAGGGTCTGAACTATGATGCTGATGATGAAGAACTTTTCTCTGAG
GGAAGAAAA

QA 1 669 1 669
DS 

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AAATGTTTCAGCGCCTTCGGGATAACGCACGGCAGGATCCTCGTGCGTCTCTGGAAAATC
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CTGAAGTTGAGCTCATTCTAGCCGAGTTAAACGCTTGTCCTGCTGCTCTCTTGAAGTTTG
CGGATGACAAACAAGTTTTGAGGTTTGCGGATGACAAACAAGTTTTGAAAAAACTTGGAA
ACTCAATGCTTAGATCTCAATTCTCAGGGTCTGAACTATGATGCTGATGATGAAGAACTT
TTCTCTGAGGGAAGAAAAGCCCTCGAGATTGCTTTCGGATATGCCAAGATGAAATGCTAC
AAAATTCTTGTGGATGCTCAAAGAAAAAAGGCTAATAAGGTTGAGGGGAAAAAGAAAGAC
AAGTGGAAAAAAGACAAAGCGTTCAAGCCTTCTCTCCAACAAGTGTGATGCTGTGTAAGA
TTGCAACATAACAAATAACACTCTGTTTCAAACCGCTCTGTTTTTCGTTCCATACTCTCG
AAAGATTGTTTCTCTCTCTTTTTTTTATCAATATTATGTGAGAATTTTGTTTTTACAAAT
CGAATTCATGTTAACTTTTATAAACTTTATCGTATATAAATGAAACC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

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CGAGTGTGGTTTGCGAGAGTACTCGTCCTTACACAGCTCATCCACGGAGCTTTGAGCTGG
GGCAAAGAAGGTCACTACACCGTCTGCAAAATAGCCGAGAGCTACTTTGAGGAAGAAACT
GTAGCTGCAGTGAAGAGACTGTTACCTGAATCAGCTGAAGGAGACTTAGCATCTGTTTGT
TCATGGCCTGATGAGATTAAACACCATTGCCAATGGCGTTGGACTAGTCCTTTACACTAT
GTTGACACTCCTGATTACAGATGCAACTACCACTATTGTCGGGATTGCCATGATACTCAT
AAGCATCAGGACCGGTGTGTGACTGGAGCTATTTTTAACTACACGATGCAGCTTATGTCT
GCTTCTGAAAACTCGCGGAGGATAGTCCACTACAACTTGACAGAGGCTCTCATGTTCTTA
TCTCATTATATCGGAGATGTTCACCAGCCGTTGCATGTTGGTTTCCTGGGAGATGAAGGT
GGAAACACGATAATAGTGCGGTGGTACCGTCGCAAAACAAATTTGCACCATGTGTGGGAT
AACATGATAATTGAGTCTGCTCTTAAGACATACTACAATAAAAGTCTTCCGCTCATGATT
CAAGCACTTCAAGCCAATCTCACGCATGGCTGGTCAAACGATGTTCCGTCGTGGGAATCA
TGTCAACTTAACCAAACGGCCTGTCCAAATTCGTATGCATCTGAAAGCATAAGTCTGGCT
TGCAAGTATGCTTACAGAAACGCTACCCCAGGGACTACTTTAGGAGATGACTATTTTCTC
TCTCGGTTGCCTGTTGTGGAGAAGAGACTTGCACAAGGTGGGATTCGCTTGGCGGCCACT
CTTAACCGTATATTTTCTTCAAAACCTAAGCTTGCTGGAGCTTGAAAACTAAGTAAAAGG
GATGCTCAGTATGATGCAGTCACACTCTATTAGCACATTAACTCAAAAAAATGTTTTTAA
TTACGTTTTGTGCCATGGCTTTTGTTTTAGTTTAGTTTAACTAGAATAAGAAGTAGTCGA
TAGCATGCATCAAGTAACTTTGTAGAAAACAGCATATTTCACTGAAATCAAAAATCTTGA
TTAC


BQ
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10 10 10 10 

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AAGCATCAGGACCGGTGTGTGACTGGAGCTATTTTTAACTACACGATGCAGCTTATGTCT
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QA 1 710 1 710
DS 

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GCATGTTGGTTTCCTGGGAGATGAAGGTGGAAACACGATAATAGTGCGGTGGTACCGTCG
CAAAACAAATTTGCACCATGTGTGGGATAACATGATAATTGAGTCTGCTCTTAAGACATA
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GTATGCATCTGAAAGCATAAGTCTGGCTTGCAAGTATGCTTACAGAAACGCTACCCCAGG
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TAGTTTAACTAGAATAAGAAGTAGTCGATAGCATGCATCAAGTAACTTTGTAGAAAACAG
CATATTTCACTGAAATCAAAAATCTTGATTAC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL6497Contig1 1031 2 2 U
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CTTTGGTCTCTCGAACCGGAAGAGATCTGCAACGTTACAACACCAATGGGTATCGTCAAG
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AATTATTTCTTTTTTTTTTTTTGGCAAAAGAATTTGATTTATTTTAAATTGAATCTGATT
CTTGTTTCTTGCAGATGTATACCGTACCGATACAAGAACCACAGTGGTGGAAAGATCGAA
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TTGTGTTATAT


BQ
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AF RR3D665TF U 1
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GAGATTGATGAATCAATTGAAGAATCAGCTTTGAGAGAGACCATCGAGGAAGCTGGTGTT
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T

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DS 

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AGCGATCGAGTTGTGTCGGAATGGGTGGATGAGAGAAGCTTTGGAAGTGTTCATTAACCG
GAAATGCCAAGGATAATGGCAACATTTCATCTTCGTTTATTGAAGCTAGAGAGTTTAATC
AGAGATAAAGATGATGATTGCACACACAACAAAAGACTTTTAAATTTTTCTTAAGAGCTT
AATGGGAGTTATAAGAGAAGATCAAAGTTTAGTCTTGTGATTCGATTTATTCATTTGTTG
GATAGGGTATTTGGTTAGATAGAAATCCTTCGAGATCCACTAATTGTTTGAAACCTTTGG
CTTTCATGTAAATAACCTTTAATTGTGTTATAT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL6498Contig1 1378 2 2 U
GGGACTGAAGTGATGGATACTTTACTCAAAGCTCTTGATGACTATTCAGTTGATAACAGA
GGTGATGTAGGTTCTTGGGTCCGTGAAGCTGCAATCCATGGACTTGAGAAATGTACATAT
ATTCTCTGTAAGAAAATGGGAGATCATACCAATGATTCATCTTCGCTTTTTGATTCAAAT
CTCGCAAACCGTTTGATTGGGGGTATTGTGAAGCAAGGAGTGGAGAAAATGGATAAGTTG
AGAGAAACAGCTGCAAAAGCTCTTCAAAGGATTCTGTATCACGAAACAGTAACCGTCCCC
TACATACCTTATAGAGAAAAACTTGAAGAAGTTATTCCCAACCAAGAAGGCATACGATGG
GCAGTGCCGACTCTCTCTTTCCCACGTTTCGTTCAGCTGTTAGGCTTCCCTTGTTACAAC
AAAGGGGTGACGTCCGGATTAGTAATTTCGACTGGGGGATTACAAAAATCACTTAAAGAG
GCTTCATTCTCTGCACTGCTACAGTACCTGGGGGAAGGTGAAGCTAATGAACAACGAGCA
AAAGAGTCTGGTATGTGTGACGATATCCTCTGGATACTTCAAGAGTACAAGAAATGTGAC
TGAGTGATCGTTCTCTGTCTGAAGACAATTGAGGAGCTCTTTGACGAAAAGATGTTTCTG
AATCAAGAGGCTTATACGTTGAGTTTCTATAAGGGAGTCGTGGATTCGTTAGCCATCGAA
CTCAGAGCGTCAAAGATCTTCGCAAAGTTGGAGGCAGGGGTTGTGATACTTGGGTATATT
GCTTCAGTCTCGGAGCCCATCAGCAAACAAGCCTTCTCTCAGCTTCTATCATTCCTTGCC
CACCGATACCCAAAGATCAGAGAGAAGGCGGCTGAAGAAGCATGTCTTGCGCTCGTTCGA
AACAAAACCTTAGTAACAGAGAAGAAGAGTGAGAGAGTGAAAGATATAATAACTACGCCT
TGTTGGGAAGCTGGTATGGAACTAACCCAATCTCAGAAGTTGGAGTTGTGTGAATTGGCT
GGTTTAGAGCATGGAGTAGTGTTCAGGACCAGAAGCAGAACCGTGACTAAGACCATCACG
GCTTCGGACGAGAATGCGTCTTACTCAGCTCTGGTCGATTCCTCTGGCTTCTGATTGATT
AAGCATATGCATGCCTTGTCCTCGACTCCTCGAGACGATTTTGAGTACTATGTTTTTGTT
TTGTTTCGTTTCCAAGGTGATGGAATTTAGTAAATTAAATTTATTATGATGTAACATTCA
AAATATATTATGAAGTCAGATGTAATGTGGTGCGCTTAGCTTCTGTCTTTTGTAATTGTG
TGGTATAAAAAGAGATGATTCTTTTTAATTTGTTGTGATATAAGGAATCAGTTCTTAT


BQ
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AF RR3C737TF U 1
AF RR3C737JQ C 620
BS 1 692 RR3C737TF
BS 693 1378 RR3C737JQ

RD RR3C737TF 692 0 0
GGGACTGAAGTGATGGATACTTTACTCAAAGCTCTTGATGACTATTCAGTTGATAACAGA
GGTGATGTAGGTTCTTGGGTCCGTGAAGCTGCAATCCATGGACTTGAGAAATGTACATAT
ATTCTCTGTAAGAAAATGGGAGATCATACCAATGATTCATCTTCGCTTTTTGATTCAAAT
CTCGCAAACCGTTTGATTGGGGGTATTGTGAAGCAAGGAGTGGAGAAAATGGATAAGTTG
AGAGAAACAGCTGCAAAAGCTCTTCAAAGGATTCTGTATCACGAAACAGTAACCGTCCCC
TACATACCTTATAGAGAAAAACTTGAAGAAGTTATTCCCAACCAAGAAGGCATACGATGG
GCAGTGCCGACTCTCTCTTTCCCACGTTTCGTTCAGCTGTTAGGCTTCCCTTGTTACAAC
AAAGGGGTGACGTCCGGATTAGTAATTTCGACTGGGGGATTACAAAAATCACTTAAAGAG
GCTTCATTCTCTGCACTGCTACAGTACCTGGGGGAAGGTGAAGCTAATGAACAACGAGCA
AAAGAGTCTGGTATGTGTGACGATATCCTCTGGATACTTCAAGAGTACAAGAAATGTGAC
TGAGTGATCGTTCTCTGTCTGAAGACAATTGAGGAGCTCTTTGACGAAAAGATGTTTCTG
AATCAAGAGGCTTATACGTTGAGTTTCTATAA

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3C737JQ 759 0 0
TGAAGACAATTGAGGAGCTCTTTGACGAAAAGATGTTTCTGAATCAAGAGGCTTATACGT
TGAGTTTCTATAAGGGAGTCGTGGATTCGTTAGCCATCGAACTCAGAGCGTCAAAGATCT
TCGCAAAGTTGGAGGCAGGGGTTGTGATACTTGGGTATATTGCTTCAGTCTCGGAGCCCA
TCAGCAAACAAGCCTTCTCTCAGCTTCTATCATTCCTTGCCCACCGATACCCAAAGATCA
GAGAGAAGGCGGCTGAAGAAGCATGTCTTGCGCTCGTTCGAAACAAAACCTTAGTAACAG
AGAAGAAGAGTGAGAGAGTGAAAGATATAATAACTACGCCTTGTTGGGAAGCTGGTATGG
AACTAACCCAATCTCAGAAGTTGGAGTTGTGTGAATTGGCTGGTTTAGAGCATGGAGTAG
TGTTCAGGACCAGAAGCAGAACCGTGACTAAGACCATCACGGCTTCGGACGAGAATGCGT
CTTACTCAGCTCTGGTCGATTCCTCTGGCTTCTGATTGATTAAGCATATGCATGCCTTGT
CCTCGACTCCTCGAGACGATTTTGAGTACTATGTTTTTGTTTTGTTTCGTTTCCAAGGTG
ATGGAATTTAGTAAATTAAATTTATTATGATGTAACATTCAAAATATATTATGAAGTCAG
ATGTAATGTGGTGCGCTTAGCTTCTGTCTTTTGTAATTGTGTGGTATAAAAAGAGATGAT
TCTTTTTAATTTGTTGTGATATAAGGAATCAGTTCTTAT

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL6499Contig1 1191 2 4 U
GGAATCGCGAGAGATCACCTCAAAATAATGTTTTCGCAAAAGCTTCATGAAGCATTCAAA
GGCACGGTGGAGAGGATCACAGGTCCTCGCACGATCACAGCGTTCAAGGAGAAGGGAGTA
CTCAGCGTCAGCGAGTTCGTCCTCGCCGGAGACAATCTCGTCTCCAAGTGCCCCACTTGG
TCCTGGGAATCTGGTGACCCAAGCAAGAGGAAGCCATACTTACCCTTGGAGAAACAGTTT
TTGATTACTAGAAACGTACCTTGTCTACGGAGAGCTGCATCTGTGGCAGAGGAGTACGAA
GCTGCTGGAGTGAAGTGTTGGTTGATGATGAAGATAATGATGGTTGGCTCGCTACTCATG
GGAAACCTCAAGATAAAGACAATGAAGATGAGAACCTGCCGTCCATGGATGCCTTGGATA
TAAACGAGAAAAGTGGTATACGGTCGATACCTACGTATTTCGGAGCTGGGGAGGATGATG
ATGATATTCCAGATATGGAAGAGTTTGATGAGGCTGACAATGTGGTGGAAAATGATCCGG
CAACTCTTCAGTCAACTTATCTTGTGGCTCATGAACCTGATGACGATAACATTCTCCGAA
CTCGTACGTATGATATCAGCATAACGTATGATAAGTATTACCAAACTCCTCGTGTTTGGC
TGACCGGTTATGATGAGTCAAGGATGCTGCTGCAACCTGAACTTGTGATGGAGGATGTAA
GCCAAGACCATGCTCGTAAGACGGTCACAATTGAAGATCATCCACACTTGCCTGGGAAAC
ATGCTTCAGTCCATCCATGTCGACATGGAGCTGTTATGAAGAAGATCATTGATGTATTAA
TGTCCCGTGGAGTAGAACCTGAAGTTGACAAGTACCTTTTCCTGTTCTTGAAGTTCATGG
CATCAGTTATTCCAACAATCGAGTATGATTACACAATGGACTTTGATCTCGGTAGCTCAA
GCACCTAATTACTTGTGTCATGGATGGGCTTGGTGGCTCTCTGCACACTGTACATAAGAA
CTGTCATCATTTTCTTTTCTCTTCAAAAGGAACTGTAAGGTGTTGTTGTGTTTTGATCAC
ACGTTTATCTGCTGATGTTTATGCAGATCAATAGTAATTTACCATTGATCAGAAAACAAA
ATTGTGAAGGTAACTTTGTTCTCACATCTAATTTAATAGTGTGTTTTTGAT


BQ
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AF RR3DI94TF U 1
AF RR3DI94JQ C 419
BS 1 724 RR3DI94TF
BS 725 725 RR3DI94JQ
BS 726 738 RR3DI94TF
BS 739 1191 RR3DI94JQ

RD RR3DI94TF 738 0 0
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TCCTGGGAATCTGGTGACCCAAGCAAGAGGAAGCCATACTTACCCTTGGAGAAACAGTTT
TTGATTACTAGAAACGTACCTTGTCTACGGAGAGCTGCATCTGTGGCAGAGGAGTACGAA
GCTGCTGGAGTGAAGTGTTGGTTGATGATGAAGATAATGATGGTTGGCTCGCTACTCATG
GGAAACCTCAAGATAAAGACAATGAAGATGAGAACCTGCCGTCCATGGATGCCTTGGATA
TAAACGAGAAAAGTGGTATACGGTCGATACCTACGTATTTCGGAGCTGGGGAGGATGATG
ATGATATTCCAGATATGGAAGAGTTTGATGAGGCTGACAATGTGGTGGAAAATGATCCGG
CAACTCTTCAGTCAACTTATCTTGTGGCTCATGAACCTGATGACGATAACATTCTCCGAA
CTCGTACGTATGATATCAGCATAACGTATGATAAGTATTACCAAACTCCTCGTGTTTGGC
TGACCGGTTATGATGAGTCAAGGATGCTGCTGCAACCTGAACTTGTGATGGAGGATGTAA
GCCA*GACCATGCTCGTA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3DI94JQ 773 0 0
ATAT
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GATATTCCAGATATGGAAGAGTTTGATGAGGCTGACAATGTGGTGGAAAATGATCCGGCA
ACTCTTCAGTCAACTTATCTTGTGGCTCATGAACCTGATGACGATAACATTCTCCGAACT
CGTACGTATGATATCAGCATAACGTATGATAAGTATTACCAAACTCCTCGTGTTTGGCTG
ACCGGTTATGATGAGTCAAGGATGCTGCTGCAACCTGAACTTGTGATGGAGGATGTAAGC
CAAGACCATGCTCGTAAGACGGTCACAATTGAAGATCATCCACACTTGCCTGGGAAACAT
GCTTCAGTCCATCCATGTCGACATGGAGCTGTTATGAAGAAGATCATTGATGTATTAATG
TCCCGTGGAGTAGAACCTGAAGTTGACAAGTACCTTTTCCTGTTCTTGAAGTTCATGGCA
TCAGTTATTCCAACAATCGAGTATGATTACACAATGGACTTTGATCTCGGTAGCTCAAGC
ACCTAATTACTTGTGTCATGGATGGGCTTGGTGGCTCTCTGCACACTGTACATAAGAACT
GTCATCATTTTCTTTTCTCTTCAAAAGGAACTGTAAGGTGTTGTTGTGTTTTGATCACAC
GTTTATCTGCTGATGTTTATGCAGATCAATAGTAATTTACCATTGATCAGAAAACAAAAT
TGTGAAGGTAACTTTGTTCTCACATCTAATTTAATAGTGTGTTTTTGAT

QA 5 773 5 773
DS 



AS 1 2

CO CL6500Contig1 1068 2 2 U
TTTTTCATTTGGTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTTTGCTCTTTCTAGTTCATATGAATTTC
TTGAAAGAAATAATTTTTTGGATCTAACCAATTTGTCGACTTCACTACTTTTGTTTTCTG
AGTGTGTAAGATTTAGGGTTCAAGGTTTAATCTTTTGATTTTCAAAATTATAAAACAAAG
AAACTGACCAAGATGTTGAGCTAAAGAGTAGAGTTCTGACTGAAGGATCATCAAGGCAGT
TTAGATTAAGCAGTAATGAAGAGCGAACAGGAACTACAATCTTCCACTCAAGCTTCACAA
GAGTCCCAAGGTGAACAGAAAATTAACCAATCAATAGATGCTCCTCCTATACAAGATGCC
GTTTCTGCATCTGCTTCAAGCAATGATAGTAGGAAAGTCTCAAGACAAGATATTGAACTC
GTCCAGAATTTGATAGAAAGGTGTCTTCAGTTGTACATGAACAAAGAAGAGGTCGTGAAG
ACCCTCTTGACCCGGGCAAGGATAGAACCTGCCTTTACTAGCTTGGTTTGGCAGAAGCTT
GAAGAAGGAAACGCAGAGTTTTTCAGGGCTTATTACATAAGGTTGAAGCTGAAGAAGCAA
ATAGTTATATTCAATCAGATTCCCTGGGATTTTAGCCTTTCTGATCTCACTGCAGATCTG
TCAAACTTGGGAGATGTGTATGTTGAAGATTTAGGAAACTATACAGGCTCTCCCTTTCTT
CCATCTGACTCAGAGATTTTGCTGGATTCTCCTGACCAAGAGGACATAGAGGAGTTTTTC
TCGGATTCCGTGCATGTGCCTCCCTGTTCTAATTTAGACGAAGAGAAGCCTTGAATAATA
ATAACCTTTTTCAGAGAAAACAAGCAGCATTGTTTTTTTTTTACTTAAATAACAAATATA
ACTACTGCTGTTAGAGTATTTATGAATAAGAAAGAGGGTTAGAATGAACAAAAGCAGTTG
TTACTTGATGATGGGTGTCTTCTTGTAATCCTCTACTATTACATTCTGCAAACGGCTTCT
TCGGCATTTTTAAGTTAGTCCTCTCTTTGCCAATGCTTACTTGGCTCC


BQ
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AF RR3D691TF U 1
AF RR3D691JQ C 375
BS 1 686 RR3D691TF
BS 687 1068 RR3D691JQ

RD RR3D691TF 689 0 0
TTTTTCATTTGGTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTTTGCTCTTTCTAGTTCATATGAATTTC
TTGAAAGAAATAATTTTTTGGATCTAACCAATTTGTCGACTTCACTACTTTTGTTTTCTG
AGTGTGTAAGATTTAGGGTTCAAGGTTTAATCTTTTGATTTTCAAAATTATAAAACAAAG
AAACTGACCAAGATGTTGAGCTAAAGAGTAGAGTTCTGACTGAAGGATCATCAAGGCAGT
TTAGATTAAGCAGTAATGAAGAGCGAACAGGAACTACAATCTTCCACTCAAGCTTCACAA
GAGTCCCAAGGTGAACAGAAAATTAACCAATCAATAGATGCTCCTCCTATACAAGATGCC
GTTTCTGCATCTGCTTCAAGCAATGATAGTAGGAAAGTCTCAAGACAAGATATTGAACTC
GTCCAGAATTTGATAGAAAGGTGTCTTCAGTTGTACATGAACAAAGAAGAGGTCGTGAAG
ACCCTCTTGACCCGGGCAAGGATAGAACCTGCCTTTACTAGCTTGGTTTGGCAGAAGCTT
GAAGAAGGAAACGCAGAGTTTTTCAGGGCTTATTACATAAGGTTGAAGCTGAAGAAGCAA
ATAGTTATATTCAATCAGATTCCCTGGGATTTTAGCCTTTCTGATCTCACTGCAGATCTG
TCAAACTTGGGAGATGTGTATGTTGA
GAT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3D691JQ 694 0 0
TTCAAGCAATGATAGTAGGAAAGTCTCAAGACAAGATATTGAACTCGTCCAGAATTTGAT
AGAAAGGTGTCTTCAGTTGTACATGAACAAAGAAGAGGTCGTGAAGACCCTCTTGACCCG
GGCAAGGATAGAACCTGCCTTTACTAGCTTGGTTTGGCAGAAGCTTGAAGAAGGAAACGC
AGAGTTTTTCAGGGCTTATTACATAAGGTTGAAGCTGAAGAAGCAAATAGTTATATTCAA
TCAGATTCCCTGGGATTTTAGCCTTTCTGATCTCACTGCAGATCTGTCAAACTTGGGAGA
TGTGTATGTTGAAGATTTAGGAAACTATACAGGCTCTCCCTTTCTTCCATCTGACTCAGA
GATTTTGCTGGATTCTCCTGACCAAGAGGACATAGAGGAGTTTTTCTCGGATTCCGTGCA
TGTGCCTCCCTGTTCTAATTTAGACGAAGAGAAGCCTTGAATAATAATAACCTTTTTCAG
AGAAAACAAGCAGCATTGTTTTTTTTTTACTTAAATAACAAATATAACTACTGCTGTTAG
AGTATTTATGAATAAGAAAGAGGGTTAGAATGAACAAAAGCAGTTGTTACTTGATGATGG
GTGTCTTCTTGTAATCCTCTACTATTACATTCTGCAAACGGCTTCTTCGGCATTTTTAAG
TTAGTCCTCTCTTTGCCAATGCTTACTTGGCTCC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL6501Contig1 1086 2 4 U
CCTCAAAGTACGATGGCCACGGGAGATCGCAAGAAAATCATCATCGATACTGATCCTGGA
ATCGATGATGCAATGGCGATATTCGTGGCTTTGAAATCACCAGAAGTTGATGTGATTGGT
CTCACTACTATCTATGGGAACGTTTACACCACTCTCGCCACTCGAAACGCCTTGCATTTG
TTGGAGGTTGCTGGTCGGACTGATATTCCTGTGGCTGAAGGAACACATAAAACTATCCTG
AATGGCACAAAACTTCGAGTTGCTGACTTCTTTCATGGGAAAGATGGGCTTGGCAACCAA
AACTTCCCACCACCTAACGGAAAGCCCATTGAGCAATCTGCACCTGAGTTCCTAGTTGAA
CAAGCTAAGCTTCACCCTGGTGAAATCACTGTTGTTGCTTTGGGAGCTATGACAAACATC
GCACTGGCTGTTCAGCTTGATCCTGAGTTCTCAAAAAATGTCGAACAAATTGTTCTTCTT
GGTGGATCATTTGCCGTCAACGGAAATGTAAATCCAGCATCTGAAGCTAATATTTTTGGA
GATCCAGAAGCTGCAGATATTGTCTTCACATGTGGGGCTGATATAATTGCTGTGGGGCTC
AACGTGACTCATCAAGTTGTTATGACAGCTGATGACATGGACGAACTGGCATCATCAAAC
GGGAAATTAGCTCAATACCTCTGTAAAATCCTTGGTTTATACTATTCTTACCATCTTGAT
GCTTATGAGATCAAAGGTGTTTATTTTCATGATCCTACAACGATCATTGCAGCTTTCCTT
CCTTCGTTGTTCACTTATACTGAAGGAGTTGTTAGAGTGCAAACAGACGGCATCACTAGA
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BQ
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GCTTATGA

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DS 

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GGCATCATCAAACGGGAAATTAGCTCAATACCTCTGTAAAATCCTTGGTTTATACTATTC
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TGCCACATTTTCAAGACTC

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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CC91TF U 1
AF RR3CC91JQ C 380
BS 1 689 RR3CC91TF
BS 690 1133 RR3CC91JQ

RD RR3CC91TF 697 0 0
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CAAAAGCAGGCCATTCTTCTGGTTCCGAAACCATCTTCACCAATTGAGAACAATCTGTCG
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CTATACACTTGATTTCTATTCAAATTTGGTTATTTCGCAAATTTTACCTTTATTTAAAAG
GTTCAATTTTTTTCACAATAAGGCCATGCTTATTTTTTTGAAACTTACAGTAAGGCCATG
TTGTAATGACCCAAAATCTAATTCTCAAATGTTTAGAAAAGTTTAAGCAACTCCAAACAG
AGTATATAATTACAAGAGTTGAAGCCAAAGACAGCATATTACATATACAACACTTTCTAA
TAAAGTCTATCTAAAACAGAGCTTCCATGAAGATATGGTCTCATCATATTTCCTCCTTCA
ACCTCAACGGCGTTGGAACTCACCTTTACCATCTTTGATCCATATCGTTGACCTGGTTCT
CCTAACATGGTCAGTGAAGAGACGGTACCTAACAAAGTACAAGATTCACAAAGGGACATG
CATGAGAGTCTGAGACGAGACAAAAGCCTTTGTTTGAAACAAATATGTAGGATAACAGTA
CTAACCTCTCGTACTCTAGTTTCTGAGTA
CTATCCAT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3CC91JQ 754 0 0
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AGCTTCCATGAAGATATGGTCTCATCATATTTCCTCCTTCAACCTCAACGGCGTTGGAAC
TCACCTTTACCATCTTTGATCCATATCGTTGACCTGGTTCTCCTAACATGGTCAGTGAAG
AGACGGTACCTAACAAAGTACAAGATTCACAAAGGGACATGCATGAGAGTCTGAGACGAG
ACAAAAGCCTTTGTTTGAAACAAATATGTAGGATAACAGTACTAACCTCTCGTACTCTAG
TTTCTGAGTAACTATCCCATTCAGCACTAACTCAGAGCTATACACCTCAGCCCCTGTACA
GAATAAAGAAGAAAAAAAAACTTGAATTTCTCGTGTAATTTACGACATATAAATAGGTAG
GAGTTACATAGATCAAAGTATGATTCACCTCTTTCTAGAAATGGAATGCTGATATCTCGA
TCCTCTTCACATGATAAAACTAGAAGATTCTCTGGGACCCTATCGTCGCTTAAAACAGAT
CTTCCCACTCTTTCCACAGGCTGCAGTATTTCAGGATGAATCAGATTGGGGAAGAAAATA
CAATTGAAGATCATGGATAACCACATGAAAGTGAAAAAAAGACTTACCTGTCCATGAACT
GCCTTAACCAAAGTTGTGATTGTGTTCAAACCAGGCTTTGTATTTGGGGTTATAAAGACC
CTTCTCCCCTGAAGTAGTGTAACACGAATGAGGG

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL6504Contig1 1088 2 6 U
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TCTCTCTTTAGTGAAATCCAATAAGGTGAAGATCCTGCGGTTAGGAATCGTCTCGCTGTT
GATCGACGTTCTCAAATTCGGTTAGTCGGAGGCGCAGGGCGGAAAGAGACAATTTGCTTG
AGGAGAATTTTGCAAACTTCTTAATCAACATCTCAGTGACTTTCGAGATCTTTGTTTTGA
GACGGGTCGCACCACCGTCTGAGAACAATGACCGGCTGACCATTGTTGTAGGCTGTGTTT
CTAAAGAATTTGATCAGAAAAAGGAGAGAGAAGAAAAAAAGGAACAAACTTTACGTCGCC
CATGAAACAATGGAGATCGGAGAAGATCATCATCCTTCATGATTATTGACCCTTCAAGAA
GAGTTGTGAAGTGAGAGGATTGATGTGTTCTGGTGGAGGAGAGGTAAAACAATGGAGCTG
TGTCAAAGCGGGTGTAGTGAGTTTGCAGAAAGTTAGATCTTTTGTTCGATATTTGACGAG
CCTTGTCTTTCACAGTCACACATTCAGGTTGTTATCACTATTGGCAAAATGCTTAAGCCA
GAGAAGTGGCAGGCGTCTTTTGATAGTGAAGGAAGAGTTTCTGGTTTCCAAAAAGCCCTC
AAGGCATCGATCCGTCTATTAGAGCTGAAGTTTGGGAATTTCTACTTGGTTGTTATGAGT
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CAAGCAATGCCAGACGATGCATTCAAGCGTGGGAACTGGTTTGCTTGCCTATGTTGTGGG
GTCTAAAGTCATGGATATGCGGAAATCTTATAGAGATGAGTCGGTAAAGGTTGCTACTAC
TACAGATGAAAACATAGAAGAAGCTTGTCTAGATGATGATCATGAGAATCATCACAGTGA
TTGGAGTAATAATGGTACTGATGCGCCTCATGTACACGGAAGGGGAAGCTAATTAGACTC
TTTTCATAACACTTTTACTTCTAAATGACGTGGTTTGTTTTTCACATGCATTTTAATGTT
AATATTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H971TF U 1
AF RR3H971JQ C 413
BS 1 663 RR3H971TF
BS 664 664 RR3H971JQ
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BS 699 732 RR3H971TF
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RD RR3H971TF 732 0 0
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GACGGGTCGCACCACCGTCTGAGAACAATGACCGGCTGACCATTGTTGTAGGCTGTGTTT
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TGTCAAAGCGGGTGTAGTGAGTTTGCAGAAAGTTAGATCTTTTGTTCGATATTTGACGAG
CCTTGTCTTTCACAGTCACACATTCAGGTTGTTATCACTATTGGCAAAATGCTTAAGCCA
GAGAAGTGGCAGGCGTCTTTTGATAGTGAAGGAAGAGTTTCTGGTTTCCAAAAAGCCCTC
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TGAGCAGCACCT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3H971JQ 676 0 0
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TGGAGCTGTGTCAAAGCGGGTGTAGTGAGTTTGCAGAAAGTTAGATCTTTTGTTCGATAT
TTGACGAGCCTTGTCTTTCACAGTCACACATTCAGGTTGTTATCACTATTGGCAAAATGC
TTAAGCCAGAGAAGTGGCAGGCGTCTTTTGATAGTGAAGGAAGAGTTTCTGGTTTCCAAA
AAGCCCTCAAGGCATCGATCCGTCTATTAGAGCTGAAGTTTGGGAATTTCTACTTGGTTG
TTATGAGTTGAGCAGCACCTCTGAGCACCGTAACCAACTCAGGCTTGCCCGAAGTACAAT
GACTTGCTCAAGCAATGCCAGACGATGCATTCAAGCGTGGGAACTGGTTTGCTTGCCTAT
GTTGTGGGGTCTAAAGTCATGGATATGCGGAAATCTTATAGAGATGAGTCGGTAAAGGTT
GCTACTACTACAGATGAAAACATAGAAGAAGCTTGTCTAGATGATGATCATGAGAATCAT
CACAGTGATTGGAGTAATAATGGTACTGATGCGCCTCATGTACACGGAAGGGGAAGCTAA
TTAGACTCTTTTCATAACACTTTTACTTCTAAATGACGTGGTTTGTTTTTCACATGCATT
TTAATGTTAATATTAG

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

CO CL6505Contig1 400 2 10 U
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AGATATATAACTATGGCTGGTGAGTACGAACTCAGACTCATGTAATATGAGAAACTGTGT
TGTTTTTTTTGTTTTTATTTAAGCCATTTGTCAAGAAAACAAAGCAGAGGAAGATCAAAG
AAAAGGAAAAAGATTTGAAAAATTTTAGATTATGAAAATTACGGTGAAATGTTGTTTTAG
AGATCTGTATTTCTTGTGAATTGTTTCATGGCGTCTCTTGTCTATTTTTCATTGTAAGCT
TTTTATGACACTTTTCTTTGTTTAAAATTGTTAAACAAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DP66TF U 1
AF RR3DP66JQ C 1
BS 1 189 RR3DP66TF
BS 190 190 RR3DP66JQ
BS 191 261 RR3DP66TF
BS 262 262 RR3DP66JQ
BS 263 283 RR3DP66TF
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BS 299 319 RR3DP66TF
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RD RR3DP66TF 334 0 0
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ATACAGGTTCGATACCTGAAGATCATTGAGAAGAGTGGGTACCAAGCTCTTCCGTGGGTG
AGATATATAACTATGGCTGGTGAGTACGAACTCAGACTCATGTAATATGAGAAACTGTGT
TGTTTTTTT*GTTTTTATTTAAGCCATTTGTCAAGAAAACAAAGCAGAGGAAGATCAAAG
AAAAGGAAAAAGATTTGAAAA*TTTTAGATTATGAAAATTACG*TGAAATGTTGTTT*AG
AGATCTGTATTTCTTGTGA
TTGTTCATGGCGTCT

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR3DP66JQ 400 0 0
GCTGAGAGAAAAGCTCCTATCCGTGTCAAATTCGAGATCCCATATTTCACTGTTTCAGGA
ATACAGGTTCGATACCTGAAGATCATTGAGAAGAGTGGGTACCAAGCTCTTCCGTGGGTG
AGATATATAACTATGGCTGGTGAGTACGAACTCAGACTCATGTAATATGAGAAACTGTGT
TGTTTTTTTTGTTTTTATTTAAGCCATTTGTCAAGAAAACAAAGCAGAGGAAGATCAAAG
AAAAGGAAAAAGATTTGAAAAATTTTAGATTATGAAAATTACGGTGAAATGTTGTTTTAG
AGATCTGTATTTCTTGTGAATTGTTTCATGGCGTCTCTTGTCTATTTTTCATTGTAAGCT
TTTTATGACACTTTTCTTTGTTTAAAATTGTTAAACAAGC

QA 1 400 1 400
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6507Contig1 1291 2 2 U
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GCCGATCATGCACGATAGCGATAGGTACGAGCTTGTCAAAGATATTGGCTCCGGAAACTT
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GCCAAAATCAACAGTTGGAACCCCTGCTTATATCACTCCTGAGGTTTTGCTAAAGAAAGA
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CGTTGCAGAAGCAACAGTTCCTCCAGCAGGCACTCAGAGTTTAAACCATTATCTCACAGA
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GAATAACAATGTGTACTTGTCTGCTATGTTGTACGTGGCCCTAACTTTGTCACAGTGGTC
ACAGTTTGAATATTTGACATGCAAAAGAGACCCCCTCCAAAAAAAAATATTAGTGTTTCT
CTATATTTGAAATGAAAAAAAAAGTTTCATT


BQ
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AF RR3BD41JQ C 527
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DS 

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ATCGACAGTAGCGGAGAGATTGTGTACGCAATGTGATGCGGTCTTGCTATGGTTTTTGAT
ACAAACATGAACAAGAATAACAATGTGTACTTGTCTGCTATGTTGTACGTGGCCCTAACT
TTGTCACAGTGGTCACAGTTTGAATATTTGACATGCAAAAGAGACCCCCTCCAAAAAAAA
ATATTAGTGTTTCTCTATATTTGAAATGAAAAAAAAAGTTTCATT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

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GCTCCTCCCTCGATCTCCGTTACCGTCAAGATCGAATCTTTTTTCGCAGTGAGGTTTCTC
GAGTAAGAAAGGGAAAATGAGTTTTCAGGATTTAGAGGCAGGAAGAGGAGGAAGACCGTT
AGCTTCTTCTTCCAGTAGTTACATCAACGGAGGAGGAGGGAGACAAGACACGACGCAAGC
CGTGGCTTCCGGTGTATTCCAGATCAACACAGCCGTCTCTAGCTTCCACCGTCTGGTCAA
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ACATATCGGAGAGTTGGTGAAAGACACGTCAGTTAAACTTAGAGAAGCTAGCGAAACTGA
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AAAGAGAGCAAGGGATACAAGAGATCCAGCAGCAAATTGGCGAGGTGCACGAGATCTTCA
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AATATATTTTGTTAAAGATCTCCTTTATCTGTGTGTTTTGAAAGTG


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EJ43TF U 1
AF RR3EJ43JQ C 451
BS 1 722 RR3EJ43TF
BS 723 723 RR3EJ43JQ
BS 724 727 RR3EJ43TF
BS 728 728 RR3EJ43JQ
BS 729 741 RR3EJ43TF
BS 742 742 RR3EJ43JQ
BS 743 747 RR3EJ43TF
BS 748 748 RR3EJ43JQ
BS 749 779 RR3EJ43TF
BS 780 1246 RR3EJ43JQ

RD RR3EJ43TF 779 0 0
GGGATCCTGTCGGAGAGAGAGAGAATTCCGCCGCCGAATCGAAAATTCACCGTCACGTTC
GCTCCTCCCTCGATCTCCGTTACCGTCAAGATCGAATCTTTTTTCGCAGTGAGGTTTCTC
GAGTAAGAAAGGGAAAATGAGTTTTCAGGATTTAGAGGCAGGAAGAGGAGGAAGACCGTT
AGCTTCTTCTTCCAGTAGTTACATCAACGGAGGAGGAGGGAGACAAGACACGACGCAAGC
CGTGGCTTCCGGTGTATTCCAGATCAACACAGCCGTCTCTAGCTTCCACCGTCTGGTCAA
CACTCTCGGTACTCCCAAAGACACCCCGGAGCTCCGAGATAAGCTGCATAAGACAAGACT
ACATATCGGAGAGTTGGTGAAAGACACGTCAGTTAAACTTAGAGAAGCTAGCGAAACTGA
TCATCAAAGAGGTGTCGATCAAAGGAAGAAGATTGTGGATGCTAAGCTTGCGAAGGACTT
TCAATCTGTATTGAAAGAGTTTCAAAAAGCTCAGCGTCTCGCTGCTGAAAGAGAAACTGT
CTATGCTCCTCTTTTCACCAATCCTTCTCCTCCATCTAGGTAATCGAAAATGGCTTATGT
TTTGTTTTTGTGGTTTTGTGTATTGAGTTCTTGGCTTTGGTTAATATAGCTATACATCCA
GTGAGATAGATGTGAGTGGAGATAAGCATCCAGAGCAGCGTGCGCTTCTTGTGGAATCCA
AA*GACA*GAACTTGTACTGT*GGACA*TGAGATTGTATTTAATGAAGCTATAATCGAG

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3EJ43JQ 796 0 0
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TCAGCGTCTCGCTGCTGAAAGAGAAACTGTCTATGCTCCTCTTTTCACCAATCCTTCTCC
TCCATCTAGGTAATCGAAAATGGCTTATGTTTTGTTTTTGTGGTTTTGTGTATTGAGTTC
TTGGCTTTGGTTAATATAGCTATACATCCAGTGAGATAGATGTGAGTGGAGATAAGCATC
CAGAGCAGCGTGCGCTTCTTGTGGAATCCAAAAGACAAGAACTTGTACTGTTGGACAATG
AGATTGTATTTAATGAAGCTATAATCGAGGAAAGAGAGCAAGGGATACAAGAGATCCAGC
AGCAAATTGGCGAGGTGCACGAGATCTTCAAAGACTTGGCTGTTTTGGTACATGATCAAG
GCACCATGATCGATGATATTAGCACTCATATCGATAACTCCCACGCTGCAACGGCACAAG
GAAGATCTCATCTCGCAAAAGCTTCGAAGACACAAAGATCGAGTTCTACTCTGATGTGCT
TGCTCATGGTGATTTTTGGTATCGTACTCCTGATTGTTATCATAGTGCTGGCGATATGAT
TTTCAAGAACTCACTAAACCATGCAGAAGTGCTTTCACCATCAATCTGGAGATCTTAATG
GGGTCTCTTGTTTTGGAGTATATGGAGTAGTTTGGTTTGGTTCGAGGGTGTCAGAGTGCG
TTAAAAGTGTGTTATTGCTTTGACTCTTGTAATATATTTTGTTAAAGATCTCCTTTATCT
GTGTGTTTTGAAAGTG

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

CO CL6509Contig1 761 2 5 U
CGGACGAGATGTGTATGCTAGGGACAGTCGGTATTCCGGCGGTTTACAACGAGATACGGC
TTGAGGAGGTGGCTGAAATGGGCTACGACCCACTTGGTGAAAATCCAGCAGGCGAGATCT
GTATAAGAGGAAAATGCCTGTTTTCTGGTTATTACAAGAATCCTGAGCTTACTCAAGAAG
TCATGAAAGACGGATGGTTCCATACAGGAGATATTGGTGAGATTCAATCAAATGGAGTAC
TTAAGATAATTGATCGTAAAAAGAATCTTATCAAACTCTCTCAAGGAGAATACGTTGCTC
TTGAGAACTTGGAAAATATCTACGGTCAAAACTCTCTTGTCCAAGATATATGGGTTTATG
GAGACAGCTTCAAATCGATGCTTGTCGCGGTGATTGTTCCAAACCAAGAAACCGTTAAAC
GTTGGGCTAAAGAACTTGGTTTTACTAAACCATTCGAAGAACTATGTTCTCTCTCTGAGT
TACAAGAGCACATCATTTCAGAACTGAAGTCCACGGCAGAGAAGAACAAGCTAAGAAAGT
TTGAGTACATCAAAGCAGTGACGGTGGAGACAAAACCTTTCGATGTAGCGAGAGACTTAG
TTACTGCAACGCTCAAGAACCGGAGGAACAACCTGCTCAAGTATTATCAGGTACACGTCG
AGGAGATGTACCGAAAATTGGCGTCAGAGAAATCTGAAGTGTTGCGATGAGTGTGTGCGC
TATATTGATATTATGTATATATATACAATAATGATAGACAT


BQ
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AF RR3EE69TF U 349
AF RR3C840TF U 1
BS 1 630 RR3C840TF
BS 631 631 RR3EE69TF
BS 632 650 RR3C840TF
BS 651 651 RR3EE69TF
BS 652 761 RR3C840TF

RD RR3EE69TF 348 0 0
GGG
GGGTTTATGGAGACAGCTTCAAATCGATGCTTGTCGCGGTGATTGTTCCAAACCAAGAAA
CCGTTAAACGTTGGGCTAAAGAACTTGGTTTTACTAAACCATTCGAAGAACTATGTTCTC
TCTCTGAGTTACAAGAGCACATCATTTCAGAACTGAAGTCCACGGCAGAGAAGAACAAGC
TAAGAAAGTT*GAGTACATCAAAGCAGTGACGGTGGAGACAAAACCTTTCGATGTA*CGA
GAGACTTA*TTACTGCAACGCTCAAGAACCGGAGGAACAACCTGCTCAAGTATTATCAGG
TACACGTCGAGGAGATG*ACCGAAAATTGGCG
CAGAGAAAATCTG

QA 4 335 4 335
DS 

RD RR3C840TF 761 0 0
CGGACGAGATGTGTATGCTAGGGACAGTCGGTATTCCGGCGGTTTACAACGAGATACGGC
TTGAGGAGGTGGCTGAAATGGGCTACGACCCACTTGGTGAAAATCCAGCAGGCGAGATCT
GTATAAGAGGAAAATGCCTGTTTTCTGGTTATTACAAGAATCCTGAGCTTACTCAAGAAG
TCATGAAAGACGGATGGTTCCATACAGGAGATATTGGTGAGATTCAATCAAATGGAGTAC
TTAAGATAATTGATCGTAAAAAGAATCTTATCAAACTCTCTCAAGGAGAATACGTTGCTC
TTGAGAACTTGGAAAATATCTACGGTCAAAACTCTCTTGTCCAAGATATATGGGTTTATG
GAGACAGCTTCAAATCGATGCTTGTCGCGGTGATTGTTCCAAACCAAGAAACCGTTAAAC
GTTGGGCTAAAGAACTTGGTTTTACTAAACCATTCGAAGAACTATGTTCTCTCTCTGAGT
TACAAGAGCACATCATTTCAGAACTGAAGTCCACGGCAGAGAAGAACAAGCTAAGAAAGT
TTGAGTACATCAAAGCAGTGACGGTGGAGACAAAACCTTTCGATGTAGCGAGAGACTTAG
TTACTGCAACGCTCAAGAACCGGAGGAACA*CCTGCTCAAGTATTATCAG*TACACGTCG
AGGAGATGTACCGAAAATTGGCGTCAGAGAAATCTGAAGTGTTGCGATGAGTGTGTGCGC
TATATTGATATTATGTATATATATACAATAATGATAGACAT

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL6510Contig1 1025 2 2 U
GGATAAACCACCTTCAGAGAAAATCAATACAATTAAACCTAAAACTTTCGAAAAGTTACT
GTTACACAACCCTTTCGTTCAAATGTGCGGAGGAGCAGTTATTTCCGAGTACATAACGCC
GTCGCGATCCGGCAGATCGTCCTGGAGACGCGAAAACGTCGTCGACTTGACACTCGACGA
TTTCGAGGGAGAAATCGATGAATTCGAGTGGGAGAACGATGAAATCTACAGATTCTCAAC
GGCCAAGCCTGCTTCTCTTCTCCGTCGCTCTTCTTCTCCACAAGAAGATGTGAGGGGGAA
GAAGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGTAGCGAGTATAGAGGAATCAGGAGAAGGCCATG
GGGAGATGGGCGGCTGAGATTCGCGATCCGATAAAAGGAGTTCGAGTTTGGCTGGGGACG
TTCAACACTGCAGAAGATGCTGCGAGAGCTTATGACCTTGAAGCTAAGAGGATCCGTGGA
GCCAAAGCTAAGCTCAATTTCCCTAACGAATCACCTTCAAGAAAACGTAAAGCTTCTTCT
TCTTCACCAAAACAGCCTCCTCAGGTTAAGGTAGAGGAGAAGCGTGAGGAGGTTGGAGTG
GCGTGTAGTAGCCTGTGGGAAGGGGACACGATTCAGGTCGATACGCAGTGGCTTGAAGAT
GCCATCAAGGGCGGTGAGAAGGGGGAGAAGAGACACAAGGGCTATGATGGTGATGGGGAA
GGTGACGACGTGAATGCTCAGCTTTCGGAGGAGCTTCTTGCTTTTGAGAAAGAGACGGAG
TGTTTCTTCCAGATGCCGTTTATGGAGGGGGCAAACTGAGGTTCGTCGTCGTCTGCGACC
AGTGTCTTTGAGGGAGATGATCTCTTGGATCTTTGGTTTTGAATGGTTCTTTTGTATTCT
AATGATCATGAGTCTTTTGGTGTTGTATTTGTACAAGTCAGATTCTTGTTCGGCTTGTGT
GTGTGTATTGACTTATTGTAACTGTGATTCTTCTCCCTTTCAATGTAAAATAGCTTAAGT
TTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3H333TF U 1
AF RR3H333JQ C 253
BS 1 564 RR3H333TF
BS 565 1025 RR3H333JQ

RD RR3H333TF 565 0 0
GGATAAACCACCTTCAGAGAAAATCAATACAATTAAACCTAAAACTTTCGAAAAGTTACT
GTTACACAACCCTTTCGTTCAAATGTGCGGAGGAGCAGTTATTTCCGAGTACATAACGCC
GTCGCGATCCGGCAGATCGTCCTGGAGACGCGAAAACGTCGTCGACTTGACACTCGACGA
TTTCGAGGGAGAAATCGATGAATTCGAGTGGGAGAACGATGAAATCTACAGATTCTCAAC
GGCCAAGCCTGCTTCTCTTCTCCGTCGCTCTTCTTCTCCACAAGAAGATGTGAGGGGGAA
GAAGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGTAGCGAGTATAGAGGAATCAGGAGAAGGCCATG
GGGAGATGGGCGGCTGAGATTCGCGATCCGATAAAAGGAGTTCGAGTTTGGCTGGGGACG
TTCAACACTGCAGAAGATGCTGCGAGAGCTTATGACCTTGAAGCTAAGAGGATCCGTGGA
GCCAAAGCTAAGCTCAATTTCCCTAACGAATCACCTTCAAGAAAACGTAAAGCTTCTTCT
TCTTCACCAAAACAGCCTCCTCAG
T

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3H333JQ 773 0 0
TTCTCTTCTCCGTCGCTCTTCTTCTCCACAAGAAGATGTGAGGGGGAAGAAGGAGAAGAA
GAAGAAGAAGAAGAGTAGCGAGTATAGAGGAATCAGGAGAAGGCCATGGGGAGATGGGCG
GCTGAGATTCGCGATCCGATAAAAGGAGTTCGAGTTTGGCTGGGGACGTTCAACACTGCA
GAAGATGCTGCGAGAGCTTATGACCTTGAAGCTAAGAGGATCCGTGGAGCCAAAGCTAAG
CTCAATTTCCCTAACGAATCACCTTCAAGAAAACGTAAAGCTTCTTCTTCTTCACCAAAA
CAGCCTCCTCAGGTTAAGGTAGAGGAGAAGCGTGAGGAGGTTGGAGTGGCGTGTAGTAGC
CTGTGGGAAGGGGACACGATTCAGGTCGATACGCAGTGGCTTGAAGATGCCATCAAGGGC
GGTGAGAAGGGGGAGAAGAGACACAAGGGCTATGATGGTGATGGGGAAGGTGACGACGTG
AATGCTCAGCTTTCGGAGGAGCTTCTTGCTTTTGAGAAAGAGACGGAGTGTTTCTTCCAG
ATGCCGTTTATGGAGGGGGCAAACTGAGGTTCGTCGTCGTCTGCGACCAGTGTCTTTGAG
GGAGATGATCTCTTGGATCTTTGGTTTTGAATGGTTCTTTTGTATTCTAATGATCATGAG
TCTTTTGGTGTTGTATTTGTACAAGTCAGATTCTTGTTCGGCTTGTGTGTGTGTATTGAC
TTATTGTAACTGTGATTCTTCTCCCTTTCAATGTAAAATAGCTTAAGTTTTGT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL6511Contig1 586 2 2 U
CAGTGGTGTCGTATTCGCTTCTAATGATAAGAACATTGCTCTTCAAGCTAAGGTGGATAA
CTTGTTGGACCGAATCAAATGGGATGAGAAAGGATTAGCTGTGGCAATAGCACAAAACGT
TGACACTGGAGCTGTGTTAATGCAAGGCTTTGCTAACAGAGAGGCTCTCTCCACAACCCT
CACTTCTCGTAAAGCTACATTCTTCAGCCGATCAAGATCAACCTTATGGACTAAGGGAGA
GACATCCAAAAACTTCATCAATGTCCTCGATGTTTATCTTGACTGCGACCGTGATTCGAT
AATCTACCTTGGAACACCTGATGGGCCTACTTGTCACACAGGAGCAGAGACTTGTTACTA
CACAAGCTAGCATTAACAACACTGTATTCACTAGAATCAATCATTTCAAAGAGGAAAGAA
GAATCAACAGTTCCTCAGGAAGGCAAACCATCGTGGACTAGACGGTTATTGACGGATGAC
GCTCTGCTTTGCTCAAAGATCAGGGAAGAAGCTGACGAGTTATGCAGAACACTGGAGGAT
ACGGAGGACGTTTCAAGAACAGCATCGGAGATGGCTGATGTGTTGT


BQ
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AF RR3CW25TF U 1
AF RR3CW25JQ C 157
BS 1 470 RR3CW25TF
BS 471 586 RR3CW25JQ

RD RR3CW25TF 470 0 0
CAGTGGTGTCGTATTCGCTTCTAATGATAAGAACATTGCTCTTCAAGCTAAGGTGGATAA
CTTGTTGGACCGAATCAAATGGGATGAGAAAGGATTAGCTGTGGCAATAGCACAAAACGT
TGACACTGGAGCTGTGTTAATGCAAGGCTTTGCTAACAGAGAGGCTCTCTCCACAACCCT
CACTTCTCGTAAAGCTACATTCTTCAGCCGATCAAGATCAACCTTATGGACTAAGGGAGA
GACATCCAAAAACTTCATCAATGTCCTCGATGTTTATCTTGACTGCGACCGTGATTCGAT
AATCTACCTTGGAACACCTGATGGGCCTACTTGTCACACAGGAGCAGAGACTTGTTACTA
CACAAGCTAGCATTAACAACACTGTATTCACTAGAATCAATCATTTCAAAGAGGAAAGAA
GAATCAACAGTTCCTCAGGAAGGCAAACCATCGTGGACTAGACGGTTATT

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR3CW25JQ 430 0 0
CAGAGAGGCTCTCTCCACAACCCTCACTTCTCGTAAAGCTACATTCTTCAGCCGATCAAG
ATCAACCTTATGGACTAAGGGAGAGACATCCAAAAACTTCATCAATGTCCTCGATGTTTA
TCTTGACTGCGACCGTGATTCGATAATCTACCTTGGAACACCTGATGGGCCTACTTGTCA
CACAGGAGCAGAGACTTGTTACTACACAAGCTAGCATTAACAACACTGTATTCACTAGAA
TCAATCATTTCAAAGAGGAAAGAAGAATCAACAGTTCCTCAGGAAGGCAAACCATCGTGG
ACTAGACGGTTATTGACGGATGACGCTCTGCTTTGCTCAAAGATCAGGGAAGAAGCTGAC
GAGTTATGCAGAACACTGGAGGATACGGAGGACGTTTCAAGAACAGCATCGGAGATGGCT
GATGTGTTGT

QA 1 430 1 430
DS 



AS 1 2

CO CL6512Contig1 765 2 2 U
GATGGGTGGTTCAGCTGCTGTCCTTGGCGCTGCCAAAGCCATTGGCGAGATTAAGCCTCC
TGGTGTTGAGGTTCATTTCATCGTTGCAGCCTGTGAGAATATGATTAGTGGAACTGGAAT
GAGACCTGGAGATGTCATCACAGCCTCAAACGGAAAGACCATTGAGGTGAACAACACAGA
TGCTGAAGGACGTTTAACACTTGCTGATGCTCTAGTGTATGCTTGTAACCAAGGCGTTGA
CAAGATTGTTGACCTCGCTACATTGACCGGAGCCTGTGTTATTGCTCTTGGAACATCAGT
GGCAGGGATCTACACACCTAACGACGAGCTTACTAAGGAAGTGATTGCTGCGTCAGAGAA
GAGTGGAGAGAAGCTTTGGAGGATGCCATTAGAAGAGAGCTACTGGGAGATGATGAAGTC
TGGATGTGCTGATATGGTCAACACAGGTGGGCGTGCAGGAGGTTCCATCACCGCAGCTCT
TTTCTTGAAGCAGTTTGTGAGCGAGAAGGTGCAATGGATGCATATAGACATGGCTGGACC
GGTGTGGAACGAGAAAAAGAAGTCTGGAACTGGGTTTGGTGTTGGGACGCTTGTCGAATG
GGTGCAGACGAATTTTTTTTCGTAGAGGATGAGATAAAGTGTTTCGGGTGTCGAAGTGGT
TGTTGGTTTTAATAAGGTTGTCAAAAGTTGTTGTGTTTTGGATTGTCTTTTACTTGTTCC
GAACAGTAACATTATCAGATGCTGAATAAAAGAAGTCTTTTGATT


BQ
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AF RR3E496TF U 1
AF RR3E496JQ C 141
BS 1 454 RR3E496TF
BS 455 765 RR3E496JQ

RD RR3E496TF 454 0 0
GATGGGTGGTTCAGCTGCTGTCCTTGGCGCTGCCAAAGCCATTGGCGAGATTAAGCCTCC
TGGTGTTGAGGTTCATTTCATCGTTGCAGCCTGTGAGAATATGATTAGTGGAACTGGAAT
GAGACCTGGAGATGTCATCACAGCCTCAAACGGAAAGACCATTGAGGTGAACAACACAGA
TGCTGAAGGACGTTTAACACTTGCTGATGCTCTAGTGTATGCTTGTAACCAAGGCGTTGA
CAAGATTGTTGACCTCGCTACATTGACCGGAGCCTGTGTTATTGCTCTTGGAACATCAGT
GGCAGGGATCTACACACCTAACGACGAGCTTACTAAGGAAGTGATTGCTGCGTCAGAGAA
GAGTGGAGAGAAGCTTTGGAGGATGCCATTAGAAGAGAGCTACTGGGAGATGATGAAGTC
TGGATGTGCTGATATGGTCAACACAGGTGGGCGT

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR3E496JQ 625 0 0
CAGCCTCAAACGGAAAGACCATTGAGGTGAACAACACAGATGCTGAAGGACGTTTAACAC
TTGCTGATGCTCTAGTGTATGCTTGTAACCAAGGCGTTGACAAGATTGTTGACCTCGCTA
CATTGACCGGAGCCTGTGTTATTGCTCTTGGAACATCAGTGGCAGGGATCTACACACCTA
ACGACGAGCTTACTAAGGAAGTGATTGCTGCGTCAGAGAAGAGTGGAGAGAAGCTTTGGA
GGATGCCATTAGAAGAGAGCTACTGGGAGATGATGAAGTCTGGATGTGCTGATATGGTCA
ACACAGGTGGGCGTGCAGGAGGTTCCATCACCGCAGCTCTTTTCTTGAAGCAGTTTGTGA
GCGAGAAGGTGCAATGGATGCATATAGACATGGCTGGACCGGTGTGGAACGAGAAAAAGA
AGTCTGGAACTGGGTTTGGTGTTGGGACGCTTGTCGAATGGGTGCAGACGAATTTTTTTT
CGTAGAGGATGAGATAAAGTGTTTCGGGTGTCGAAGTGGTTGTTGGTTTTAATAAGGTTG
TCAAAAGTTGTTGTGTTTTGGATTGTCTTTTACTTGTTCCGAACAGTAACATTATCAGAT
GCTGAATAAAAGAAGTCTTTTGATT

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

CO CL6513Contig1 314 2 1 U
GGAGGTGATCATAACCAACACGATTCCACTGTCGGAGCAAAACTACTTTCCTCAGCTTAC
AGTTCTCTCAGTAGCAAACCTTCTCGCGGAGACCATATGGCGTGTTCATGATGATTGTTC
TGGAGACATTGAGCCATTTTCGACACTGGGGATTGATTGACTGATGCATGCAACAATGAT
CAAGAATCGACTCAACCTCTCCCAATAATAATGGATTTTTCTGATAATGTACAACTTCCT
TTTTGGCGCTTGTAAATGTTAGACATGTATGTGTGGCTGTGTGTGAATGATAAGAGGAAC
CAACTTGTAAGATC


BQ
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AF RR3EF94JQ C 1
AF RR3EF94TF U 1
BS 1 314 RR3EF94TF

RD RR3EF94JQ 314 0 0
GGAGGTGATCATAACCAACACGATTCCACTGTCGGAGCAAAACTACTTTCCTCAGCTTAC
AGTTCTCTCAGTAGCAAACCTTCTCGCGGAGACCATATGGCGTGTTCATGATGATTGTTC
TGGAGACATTGAGCCATTTTCGACACTGGGGATTGATTGACTGATGCATGCAACAATGAT
CAAGAATCGACTCAACCTCTCCCAATAATAATGGATTTTTCTGATAATGTACAACTTCCT
TTTTGGCGCTTGTAAATGTTAGACATGTATGTGTGGCTGTGTGTGAATGATAAGAGGAAC
CAACTTGTAAGATC

QA 1 314 1 314
DS 

RD RR3EF94TF 314 0 0
GGAGGTGATCATAACCAACACGATTCCACTGTCGGAGCAAAACTACTTTCCTCAGCTTAC
AGTTCTCTCAGTAGCAAACCTTCTCGCGGAGACCATATGGCGTGTTCATGATGATTGTTC
TGGAGACATTGAGCCATTTTCGACACTGGGGATTGATTGACTGATGCATGCAACAATGAT
CAAGAATCGACTCAACCTCTCCCAATAATAATGGATTTTTCTGATAATGTACAACTTCCT
TTTTGGCGCTTGTAAATGTTAGACATGTATGTGTGGCTGTGTGTGAATGATAAGAGGAAC
CAACTTGTAAGATC

QA 1 314 1 314
DS 



AS 1 2

CO CL6514Contig1 314 2 1 U
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GATGAAGATGAAGCGGCTGAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTAGGTTTAGGTTTTTTTCTTT
CTTTTTAGATTTGGTTCACTGTAAACCAAATTGTACTGGTCTGAGTTTATTTTTGAATTT
CTGGTTTAGTTTTGTAAACCAGGAATAATTTGTAAACCAATTTAAATTTATAAATAAAAT
TTATTTATTTTTCC


BQ
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AF RR3GG25JQ C 1
AF RR3GG25TF U 1
BS 1 314 RR3GG25TF

RD RR3GG25JQ 314 0 0
GATAGCAGCTCACGGCGGCGACATACTGACGAAGCTGGGAGTGGAGTGTGAGCCACAACG
ATTTGCCGGAGGGAGTTGAAGAGACACCACTCAATCTTTCTGTTTTGGTGGTTGAAGGTG
GATGAAGATGAAGCGGCTGAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTAGGTTTAGGTTTTTTTCTTT
CTTTTTAGATTTGGTTCACTGTAAACCAAATTGTACTGGTCTGAGTTTATTTTTGAATTT
CTGGTTTAGTTTTGTAAACCAGGAATAATTTGTAAACCAATTTAAATTTATAAATAAAAT
TTATTTATTTTTCC

QA 1 314 1 314
DS 

RD RR3GG25TF 314 0 0
GATAGCAGCTCACGGCGGCGACATACTGACGAAGCTGGGAGTGGAGTGTGAGCCACAACG
ATTTGCCGGAGGGAGTTGAAGAGACACCACTCAATCTTTCTGTTTTGGTGGTTGAAGGTG
GATGAAGATGAAGCGGCTGAGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTAGGTTTAGGTTTTTTTCTTT
CTTTTTAGATTTGGTTCACTGTAAACCAAATTGTACTGGTCTGAGTTTATTTTTGAATTT
CTGGTTTAGTTTTGTAAACCAGGAATAATTTGTAAACCAATTTAAATTTATAAATAAAAT
TTATTTATTTTTCC

QA 1 314 1 314
DS 



AS 1 2

CO CL6515Contig1 1109 2 2 U
GGCTTTCCTGTCAACCATAGCTTGCCAGAAGCAGCCAGCTTTCCAGTCAAAAGATTCTCA
TGTGAAACTTGGAATCAAGTCCTTCAAAGTTCCTGAACTTTTCATTGACATTCCAGAGAC
TGCTACTATTGGTTCCCTTAAGAGGACAGTCTTGGAAGCTGTGACCACCATACTTGAAGG
TGGATTACGCATAGGTGTTCATGTTCATGGGAAAAAGGTTAGAGACGACAATAAAATGCT
TGTTCAAACTGGAATCTCTCTAGACACTCTTTCAGATACCTTAAGCTTTTGTCTTGAGCC
CAATCCTCCACAGTCCACAAAACCACTTTGTCCTAAAGAGTATGATTCTGTGCGTCTATG
TAATGTACCTCACACTCTAACTAGGTGTCTCCCATCACTGGGGAAACATGCTAAGCCAAG
TGACTCTGCCGAAAGTGACCTTGACTCCAAACCTACTGCACCATTTGGGGCTAAACCATT
CTACTCCAGGGCTTTGGTTCCTGTCTCTCCTCCTCTGCATGCTCAGGCTTTAAACGTAGT
CCCACCTCGGAAACCTAAGCGATCCGAGGTGGCACAGCGCAGAATCCGTCGACCTTTCTC
TGTTGCAGAAGTAGAGGCGCTGGTTCAAGCTGTGGAAAGACTTGGGACCGGAAGGTGGCG
TGACGTAAAGCTGAGAGCTTTTGATAATGCAAAGCACCGGACTTATGTTGATTTGAAGGA
CAAATGGAAGACGCTGGTGCATACAGCGAGAATATCACCGCAGCAAAGGAGAGGTGAGCC
AGTTCCACAGGAGCTCTTGGACCGAGTACTATTGGCTCATGCCTACTGGTCCCAACAACA
GGGGAAACAACAGTTGCTAGAGGGACCTCAGAATCTTGAGACTAGTCTTGGTCTATAGAC
CGGGGAAAAAGTGCTAGAGGGATGAGCCTGGAATTTTTACTATCATATTATACCTTTTGT
TTATTTGTTTATTTGTTTTGTTATGTATTTGAAACGAGTCATTGTATAAGAAGAAGAAAA
AGGAACTAAAGGTGGTGAAGAGAAGAGGATAGAGATGAAGATATGTGTAATTGTCACAGT
GCTTGGTTATATAATAACATGCTTATTCC


BQ
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TGGATTACGCATAGGTGTTCATGTTCATGGGAAAAAGGTTAGAGACGACAATAAAATGCT
TGTTCAAACTGGAATCTCTCTAGACACTCTTTCAGATACCTTAAGCTTTTGTCTTGAGCC
CAATCCTCCACAGTCCACAAAACCACTTTGTCCTAAAGAGTATGATTCTGTGCGTCTATG
TAATGTACCTCACACTCTAACTAGGTGTCTCCCATCACTGGGGAAACATGCTAAGCCAAG
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CCCACCTCGGAAACCTAAGCGATCCGAGGTGGCACAGCGCAGAATCCGTCGACCTTTCTC
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DS 

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GCGCAGAATCCGTCGACCTTTCTCTGTTGCAGAAGTAGAGGCGCTGGTTCAAGCTGTGGA
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ACCGCAGCAAAGGAGAGGTGAGCCAGTTCCACAGGAGCTCTTGGACCGAGTACTATTGGC
TCATGCCTACTGGTCCCAACAACAGGGGAAACAACAGTTGCTAGAGGGACCTCAGAATCT
TGAGACTAGTCTTGGTCTATAGACCGGGGAAAAAGTGCTAGAGGGATGAGCCTGGAATTT
TTACTATCATATTATACCTTTTGTTTATTTGTTTATTTGTTTTGTTATGTATTTGAAACG
AGTCATTGTATAAGAAGAAGAAAAAGGAACTAAAGGTGGTGAAGAGAAGAGGATAGAGAT
GAAGATATGTGTAATTGTCACAGTGCTTGGTTATATAATAACATGCTTATTCC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

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TAACTCTCGGAGTTCGGTTAGGGAAGATGAACATCGCGGCTTGGGCAAGTAAAGAAGAAG
AAGAGGAGAACAAGAAAAACAAGATAGATGCAGAGGAGACACAGAGGATTGAGTTTGATA
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AGGAGATCAGAATCCAAGCTTGGGAAAGTCAGGAAAAAGCCAAACTCGAAGCAGAAATGC
GACGAATTGAGGCTAAAGTTGAGCAGATGAAAGCTGAAGCTGAAGCAAGGATAGTGAAGA
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CGGCTTCAGGTTACAAGATATGCTGTGGTTGGTTTTCATGAGGCACTGGAAATGTTTTTT
TTTGACTTTTGAGAACCTTTTGTGTAATATATAAATGGAATGCATTCTGTG


BQ
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AF RR3G347TF U 1
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DS 

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AAATGTTTTTTTTTGACTTTTGAGAACCTTTTGTGTAATATATAAATGGAATGCATTCTG
TG

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 2

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AGCGAGTATGTTCACAAATTTCACCAAGCTCTGCAAAGGACTCGCTCTCGTGCTTGTGAT
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ACCACCGAAGACCATGGTTATACTACCAGCGGTGCTCCATTACCCGGCTCTGACTCTGCT
GAAGCTTCCAGGAGGAGAGAAAGAGGAGCAAGAGCTCTAGAGGAGAGACTTGCAACGGAA
AGGTTAGTTCCTCCAAGGAACAAAGATGAGTTGCAGAGTGATGCTTTGGATAGCGTTTAA
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CTGTTTGTTTATGAAACTGGCTTTATACAGACAGAACCGATCAGCTTCTCCGTAAATTCT
TATGACAGCTAAAAAAAATTAGTGCATTTCCTTAACCAG


BQ
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AF RR3E942TF U 1
AF RR3E942JQ C 364
BS 1 676 RR3E942TF
BS 677 1059 RR3E942JQ

RD RR3E942TF 676 0 0
GGGACGAGATCCGTCGTTACGATCTCAGATTTGATACTCCGGCGACATGAGTTCCCCGGG
AGCGAGTATGTTCACAAATTTCACCAAGCTCTGCAAAGGACTCGCTCTCGTGCTTGTGAT
CGGTCACGTCTTGGTTCACTTCATTCCCTCCACCGTCACGTACCTCGCTCTCATCCCAGC
GAGGTTGTCTTCAGCGTTGTTTCTCTCCTCTTTATGGGAAAGTTCCTTGAACCTGTATGG
GGTTCCAAGGAGTTCCTTAAGTTCATCTTCGTAGTGAACTTCCTTACCTATCTCTGCGTT
TTCGTCACAGCCATTGCTTTATACTTCATTACCAGGCTCGAAATCTACCTATATATGCCC
TTCGCAGGTTTTCATGGTGTCTTGGCAGGCCTTCTTGTCGGGATTAAGCAGATAATACCT
GACCAGGAGGTACTACTCGTAAAGATAAAAGCAAAGTGGTTGCCCTCTATTATGCTTGTT
TTGTCAATAGCCTCAAGCTTCTTCACACTTAATTCAGCAGCATACCTTCCCACTTTGATT
TTTGGTACGTATATGGGCTGGTTATACCTCAGATACTTGCAGAGGAGGCCAGAGACAAAG
CTCAGAGGTGATCCGAGTGACGACTTTGCCTTCTCCACTTTCTTTCCTGAATTCCTCAGA
CCGATTATTGATCCTA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3E942JQ 696 0 0
GCAGGTTTTCATGGTGTCTTGGCAGGCCTTCTTGTCGGGATTAAGCAGATAATACCTGAC
CAGGAGGTACTACTCGTAAAGATAAAAGCAAAGTGGTTGCCCTCTATTATGCTTGTTTTG
TCAATAGCCTCAAGCTTCTTCACACTTAATTCAGCAGCATACCTTCCCACTTTGATTTTT
GGTACGTATATGGGCTGGTTATACCTCAGATACTTGCAGAGGAGGCCAGAGACAAAGCTC
AGAGGTGATCCGAGTGACGACTTTGCCTTCTCCACTTTCTTTCCTGAATTCCTCAGACCG
ATTATTGATCCTATAGCTTCAATATTTCACCGGATGCTTTGTGGACGATCAAATGCGACC
ACCGAAGACCATGGTTATACTACCAGCGGTGCTCCATTACCCGGCTCTGACTCTGCTGAA
GCTTCCAGGAGGAGAGAAAGAGGAGCAAGAGCTCTAGAGGAGAGACTTGCAACGGAAAGG
TTAGTTCCTCCAAGGAACAAAGATGAGTTGCAGAGTGATGCTTTGGATAGCGTTTAAGTG
GAGACTGCAACTAGTTTTGTTGAAGAAGTTGTGTGGGTTCTTGTTTTTTTTCTTTTTCTG
TTTGTTTATGAAACTGGCTTTATACAGACAGAACCGATCAGCTTCTCCGTAAATTCTTAT
GACAGCTAAAAAAAATTAGTGCATTTCCTTAACCAG

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL6518Contig1 1080 2 2 U
GGGAAGATTCCAGGAAAAAAAAAGCTAAAGCTTCCTATCTCCCCCAGATTTCCTCATAAT
TGGTGAAAAAGATGGTTTTACTCCATACCCAGATTTCCTCATAATTTACAACTCCCATGA
TCTTCCTTTTTCTCAACGTTTGGGCGTGAGACTTCTGGACAACAGAAAGTACTACCAACA
CCTCTCCCTCAGACAGCTGTTCTCCGGAAGCCAGAAGGAAACTTCTGGACTGTCAAATGG
AAAATAAGCCAAGACGAGACGATTAGCTTCGAAGATGGTTGGTCTAAGTTCATCACAGAC
AACGCTCCCTTGGACAGAGACTTCCTCCTGTTCTCCTACGTTGGTTCCCGAACCTTCTTG
GTAAGCATTTTCCGAGATGGTGATGTTAATCAAGACATGGAGAAAGAGGATGCTGATACA
ACGGGTGGTGAAGCTAACAAAGCTCATGGACGTTCAAGGAAAGGATGGTCTTTGCGAAAG
AAACGTGCTGAAGCTATTGGTGATCCAGAAATGTATCTTGATGATCCCTCTAACCCTTGC
TTTATCGTAACTTCCTCGAGTAGTCATTTGTTGGTAAAAATCCTCATCTTTAAGTTACAT
CAACTATCTTTTTGATTTAATAATCTGTTTTTGTATTGCTTCTAGGTTATTTCTATGCAA
GTAATTAACGACTATGGCTTGAAGTTTGGTGGCACAATCAAGTTCATTGATGGATTTGGT
GAACTAAAGGCAAATATTGGAAACGGGAAAGGTCGTGTTGTGGTTTACAAGTGGAAAGAA
ATCTATAAAAGAAATGGTGCAAAGCCTGAAGATGTAATCATCTGTGAGATTTTATGTGAA
GGTTGCGTTGTTCGATCCATCAAGGTTCATTTCGTTAAGAATAGATGTGTAACCTAGCAT
CTTATGCAAACCTTAAATCTTTTATTTTAGAGGCTCTTGTTTTCTCCTTATGTCTCTTAT
TAGGTTCTTATGTTGAAACTTGATGTCTGAGTTTGAGTCTGAAGTTGTGATCATTTTAAT
ATCGTGTCACATGTGTAACAGAAACAATGGAGTGTAACTGATCAATTTTCTTCATGTTAC


BQ
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AF RR3C862TF U 1
AF RR3C862JQ C 329
BS 1 641 RR3C862TF
BS 642 1080 RR3C862JQ

RD RR3C862TF 641 0 0
GGGAAGATTCCAGGAAAAAAAAAGCTAAAGCTTCCTATCTCCCCCAGATTTCCTCATAAT
TGGTGAAAAAGATGGTTTTACTCCATACCCAGATTTCCTCATAATTTACAACTCCCATGA
TCTTCCTTTTTCTCAACGTTTGGGCGTGAGACTTCTGGACAACAGAAAGTACTACCAACA
CCTCTCCCTCAGACAGCTGTTCTCCGGAAGCCAGAAGGAAACTTCTGGACTGTCAAATGG
AAAATAAGCCAAGACGAGACGATTAGCTTCGAAGATGGTTGGTCTAAGTTCATCACAGAC
AACGCTCCCTTGGACAGAGACTTCCTCCTGTTCTCCTACGTTGGTTCCCGAACCTTCTTG
GTAAGCATTTTCCGAGATGGTGATGTTAATCAAGACATGGAGAAAGAGGATGCTGATACA
ACGGGTGGTGAAGCTAACAAAGCTCATGGACGTTCAAGGAAAGGATGGTCTTTGCGAAAG
AAACGTGCTGAAGCTATTGGTGATCCAGAAATGTATCTTGATGATCCCTCTAACCCTTGC
TTTATCGTAACTTCCTCGAGTAGTCATTTGTTGGTAAAAATCCTCATCTTTAAGTTACAT
CAACTATCTTTTTGATTTAATAATCTGTTTTTGTATTGCTT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3C862JQ 752 0 0
TGTTCTCCTACGTTGGTTCCCGAACCTTCTTGGTAAGCATTTTCCGAGATGGTGATGTTA
ATCAAGACATGGAGAAAGAGGATGCTGATACAACGGGTGGTGAAGCTAACAAAGCTCATG
GACGTTCAAGGAAAGGATGGTCTTTGCGAAAGAAACGTGCTGAAGCTATTGGTGATCCAG
AAATGTATCTTGATGATCCCTCTAACCCTTGCTTTATCGTAACTTCCTCGAGTAGTCATT
TGTTGGTAAAAATCCTCATCTTTAAGTTACATCAACTATCTTTTTGATTTAATAATCTGT
TTTTGTATTGCTTCTAGGTTATTTCTATGCAAGTAATTAACGACTATGGCTTGAAGTTTG
GTGGCACAATCAAGTTCATTGATGGATTTGGTGAACTAAAGGCAAATATTGGAAACGGGA
AAGGTCGTGTTGTGGTTTACAAGTGGAAAGAAATCTATAAAAGAAATGGTGCAAAGCCTG
AAGATGTAATCATCTGTGAGATTTTATGTGAAGGTTGCGTTGTTCGATCCATCAAGGTTC
ATTTCGTTAAGAATAGATGTGTAACCTAGCATCTTATGCAAACCTTAAATCTTTTATTTT
AGAGGCTCTTGTTTTCTCCTTATGTCTCTTATTAGGTTCTTATGTTGAAACTTGATGTCT
GAGTTTGAGTCTGAAGTTGTGATCATTTTAATATCGTGTCACATGTGTAACAGAAACAAT
GGAGTGTAACTGATCAATTTTCTTCATGTTAC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL6519Contig1 915 2 2 U
CGTGAAAGGTATTGATCTCTCTTTCTCGATGATCTCAACAAACCTTCTCATCGATCATCC
CTTTCTCCCTTACGTGAGCGGCTCACGGTGAGCCTAGATACTCCTCTCCAAAGGTGTGAG
TCAAAACTCATCGATCAGCAACTCATCTTCCTTGTTCTGGGTCGCAACTTGAGTCCAAAC
CCGTTTGAAGCTCTTCCGCAATCAAACTTTGTGAAACAAAGCTCGTTCCTGGCTCAAAGC
TCGTTCCTGGCTCAAAGCTTCGGACTGGAAGGAGAAGCTGGACCGTGATACAGAGCTTTT
GAAGGTTCAGGCTAATATAACAAGCATCCTAGCTGTCCTCACTAAAAATCGTCTGGACTG
TCCTGACCTTGTAATCTTAAGCATCAAAGATCAAACCCTTCCTTCTGAAAGTGTTGAGAA
AGTAGTTGGCTGGGCTTTGAGCCACCATCTTATGAACTGCGCAGAACCTACAGTCAAAGA
CAACAAGCTTGTTATCTCAGCAGATAGACAAATATAGGAGCAGGTTGTTGCCTAGTAACG
TCGAAGCTCTGTTGTGTACTCGTTCTTGGATACATGGTTACACGCTTGATGATGAAGATG
ATAATGGCGAAGGTGAAACGGTGGTTATTAGACCGGGTCCAAATGATGTGGAAGAAGCGG
TCACACATGCACCAAAGGAGAGGATTTCCACAAGAAAGTAAAGACAAAAATAGGAGAGGA
CATGATTAAGTATCAGCCTGAAGATATCAGAGTCTGTCATTTTTCTTTTGTTGAAAACTA
CGAGAGTATGACAAATGATATGGTTACGTACTGCTGCTTTAATTTTTCTTTGCGTTCATG
TTTATAGAACCATTCTCGATCTGAGACTACCATGAAAACTTTTTGCTTTTCTTATATATA
AACATATCATTTTAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GJ16TF U 1
AF RR3GJ16JQ C 285
BS 1 597 RR3GJ16TF
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RD RR3GJ16TF 597 0 0
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QA 1 597 1 597
DS 

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CTTTTGTTGAAAACTACGAGAGTATGACAAATGATATGGTTACGTACTGCTGCTTTAATT
TTTCTTTGCGTTCATGTTTATAGAACCATTCTCGATCTGAGACTACCATGAAAACTTTTT
GCTTTTCTTATATATAAACATATCATTTTAA

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3DN23JQ C 1
AF RR3DN23TF U 1
BS 1 314 RR3DN23TF

RD RR3DN23JQ 314 0 0
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QA 1 314 1 314
DS 

RD RR3DN23TF 314 0 0
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AAGCGTTTAGGGTT

QA 1 314 1 314
DS 



AS 1 2

CO CL6521Contig1 851 2 2 U
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AAAGGAGTTACTACAACAACAGAGGAAGAGGACGTGGTGGTGGTGGTGGTGGGAGGGAAT
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TTGCTGCCTCTTTATGGCTTTTGAGTGCGTGCGGTCTCTCCTTGTTTTCCGCTATAACTC
AGCCTTATCTCGGAGTTTGGAACTTTTGTGAATTGCTCTTTTGCTATGTATGAACTTTTG
CGGCCATCAGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B332TF U 1
AF RR3B332JQ C 1
BS 1 801 RR3B332TF
BS 802 851 RR3B332JQ

RD RR3B332TF 801 0 0
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AGCCTTATCTCGGAGTTTGGA

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3B332JQ 851 0 0
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TGGAGCATGCTAAGCTCTGGTTGGCTAACTCTGATCAGAAGATTGCGTCTAACTGTGACG
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TTACACCGGAGATGGTTGTGGCACCGGTTGAAGCAGCGGCGGAAGCTGGTCACTTCGGTG
GTTCGTTCCAAGTTGCTGGTGACAGTGAGCAAAAGGAAGGAGACGCATCAAACTTCAAAG
AACAAGAATCTGTTGGTAATGATCAATATGAGCAACCAAAGGATGAGTCAGTAGTGACGG
AAGGAGAGGTGGTACAGGGGCAGCAGGAACAAGGCTATACTCAGGTGGAAGGAGGGAGGT
CAAAGAGAGATTATCAACAACAACAACAGTATGTGCCTCGTGGAACACACCAGAACCAGA
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GTGGTGGATACTCGAATGGGAGGTTTGAATCTTATGATAATGCCGGTGGAAACGGTTACC
AAAGGAGTTACTACAACAACAGAGGAAGAGGACGTGGTGGTGGTGGTGGTGG*AGGGAAT
GGCCATTCATACAACAACAACAACCACCAAGACTCTAATGTTAGTGCTGCGTCTTAGCTT
TTGCTGCCTCTTTATGGCTTTTGAGTGCGTGCGGTCTCTCCTTGTTTTCCGCTATAACTC
AGCCTTATCTCGGAGTTTGGAACTTTTGTGAATTGCTCTTTTGCTATGTATGAACTTTTG
CGGCCATCAGT

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 2

CO CL6522Contig1 1014 2 2 U
GGAACGCGATGCCTTTAGAGGCACTGCTCCTATTAACTTGACGGATAGGCTCCACCAGGT
TCTCCGCTGGGCTACTGGCTCGGTGGAGATCTTCTTTTCGCGTAACAACGCGCTTTTTGC
TACCTCTAAGATGAAGTTCCTTCAGAGGATCGCTTACTTGAACGTTGGTATCTACCCGTT
CACCTCCATCTTCTTGATCGTCTACTGTTTCCTTCCGGCGCTCTCGCTCTTCTCGGGTCA
GTTCATCGTCCAGACGCTCAACATCACTTTCCTAGTCTACCTTCTCATCATCTCCATCAC
TCTCTGCTTGCTCGCATTGCTGGAGATCAAATGGTCTGGGATCTCGCTGGAGGAGTGGTG
GAGAAACGAGCAGTTCTGGCTCATCGGTGGGACCAGCGCCCACCTCGCGGCGGTTATCCA
AGGCCTTCTTAAGGTCGTGGGTGGAATTGAGATCCAGTTCACGCTCACGTCAAAGTCGGG
AGGAGACGACGTGGACGACGAGTTCGCGGATCTGTACATGGTGAAATGGACCTCGCTTAT
GATCCCACCGATAACGATCATGATGGTGAACTTGGTAGCCATCGCGGTGGGGTTCAGCAG
GACGATATACGCGGTGATACCTCAGTGGAGTAAGCTGATAGGAGGAGTGTTCTTTAGCTT
CTGGGTGTTGGCTCATCTCTATCCTTTTGCTAAAGGGTTGATGGGGAGGAGAGGGAGGAG
CCGACGATTGTTTATGTTTGGTCTGGTCTTATTGCTATTACGATATCTCTTCTTTGGGTT
TCTGTTAGTCCGCCTCCTGGGACTACTGGTATTGGAGGATTCAGTTTTCCATGATAGGTT
TTGTTGGTTCGTTGAGTTCCTTCTTCTTCTCACAAAACATTGGTCTTTTTATTTTGCTGT
AGTAAAATAACGTTCGTTTATTAGATTTTTTGTTTCTATGTCTGGTAAGAATATTGATGA
TGGGTGGTCATGTTTAGAACAGAGATCAGCTTAATATAGAACTTAGTAGTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CQ88TF U 1
AF RR3CQ88JQ C 276
BS 1 596 RR3CQ88TF
BS 597 1014 RR3CQ88JQ

RD RR3CQ88TF 596 0 0
GGAACGCGATGCCTTTAGAGGCACTGCTCCTATTAACTTGACGGATAGGCTCCACCAGGT
TCTCCGCTGGGCTACTGGCTCGGTGGAGATCTTCTTTTCGCGTAACAACGCGCTTTTTGC
TACCTCTAAGATGAAGTTCCTTCAGAGGATCGCTTACTTGAACGTTGGTATCTACCCGTT
CACCTCCATCTTCTTGATCGTCTACTGTTTCCTTCCGGCGCTCTCGCTCTTCTCGGGTCA
GTTCATCGTCCAGACGCTCAACATCACTTTCCTAGTCTACCTTCTCATCATCTCCATCAC
TCTCTGCTTGCTCGCATTGCTGGAGATCAAATGGTCTGGGATCTCGCTGGAGGAGTGGTG
GAGAAACGAGCAGTTCTGGCTCATCGGTGGGACCAGCGCCCACCTCGCGGCGGTTATCCA
AGGCCTTCTTAAGGTCGTGGGTGGAATTGAGATCCAGTTCACGCTCACGTCAAAGTCGGG
AGGAGACGACGTGGACGACGAGTTCGCGGATCTGTACATGGTGAAATGGACCTCGCTTAT
GATCCCACCGATAACGATCATGATGGTGAACTTGGTAGCCATCGCGGTGGGGTTCA

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3CQ88JQ 739 0 0
TCTACCTTCTCATCATCTCCATCACTCTCTGCTTGCTCGCATTGCTGGAGATCAAATGGT
CTGGGATCTCGCTGGAGGAGTGGTGGAGAAACGAGCAGTTCTGGCTCATCGGTGGGACCA
GCGCCCACCTCGCGGCGGTTATCCAAGGCCTTCTTAAGGTCGTGGGTGGAATTGAGATCC
AGTTCACGCTCACGTCAAAGTCGGGAGGAGACGACGTGGACGACGAGTTCGCGGATCTGT
ACATGGTGAAATGGACCTCGCTTATGATCCCACCGATAACGATCATGATGGTGAACTTGG
TAGCCATCGCGGTGGGGTTCAGCAGGACGATATACGCGGTGATACCTCAGTGGAGTAAGC
TGATAGGAGGAGTGTTCTTTAGCTTCTGGGTGTTGGCTCATCTCTATCCTTTTGCTAAAG
GGTTGATGGGGAGGAGAGGGAGGAGCCGACGATTGTTTATGTTTGGTCTGGTCTTATTGC
TATTACGATATCTCTTCTTTGGGTTTCTGTTAGTCCGCCTCCTGGGACTACTGGTATTGG
AGGATTCAGTTTTCCATGATAGGTTTTGTTGGTTCGTTGAGTTCCTTCTTCTTCTCACAA
AACATTGGTCTTTTTATTTTGCTGTAGTAAAATAACGTTCGTTTATTAGATTTTTTGTTT
CTATGTCTGGTAAGAATATTGATGATGGGTGGTCATGTTTAGAACAGAGATCAGCTTAAT
ATAGAACTTAGTAGTTTCT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL6523Contig1 952 2 2 U
GGAGAAAAAACAGAGTATTTGAAAGAAGGAGAAGCAGAGAAAGAAATGGGGAGACAACCA
TGCCGTGACAAAGTAGGGTTGAAGAAAGGACCATGGACTGCAGATGAAGACAGGAAGCTC
ATGAACTTCATCCTCACCCATGGACAATGTTGTTGGAGAGCTGTCCCTAAGCTTGCTGGT
CTTCTCAGGTGTGGCAAGAGTTGTAGACTTCGCTGGACAAATTATCTTCGACCAGACCTT
AAAAGAGGTCTTCTCTCGGATTACGAGGAGAAGATGGTCATTGACCTTCACTCCCAGCTC
GGCAACAGGTGGTCAAAGATAGCTTCTCATTTACCAGGAAGAACAGACAATGAAATCAAG
AACCACTGGAACACTCACATCAAGAAGAAGTTAAGGAAAATGGGGATCGATCCTCTCACT
CATAAACCACTCTCTATAGTTGAACAAGAAGAAGAAAAACCTTTAAAGAAGCTGCAGAAA
CCAATGGTGCTGACTGTGGAGGAACCACCTAATTATTCTCTTACCAAAGACAGCAACAAC
AAGAACATGCTTGTAAATTACGATGATCAGCTTATGGCGATGAATCTTGAGTATTGCGTC
CAAGAAGTCCCTATGATTGATCCAGAGTGTTTAGAGCTTATCTGCAACAACTCTTCAATG
TCTTCATCTACATCCACGTCTTCCAGTTCATCTAATGAATCAAGTATCTTGAAGGATTTG
CAGTTTCCAGATTTCGATTGGCCGGACTATGGTATTCATAATAATAATATTAATGGTGTG
GGCAACATTATGGAGAACAATTGATGAGCCTGTGGGATGTTGATGACTTTAGCAGTTGGG
ATTTGCTGTTAAATGATGATATTCCTCAGAGTTCTTCTACGTTCGGGTTATTTTGAATTT
ATTTGAAGTCTTTGTAAATGGAAATTATGAGTGGACAGAAAACCCTTTATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AT34TF U 1
AF RR3AT34JQ C 46
BS 1 834 RR3AT34TF
BS 835 952 RR3AT34JQ

RD RR3AT34TF 834 0 0
GGAGAAAAAACAGAGTATTTGAAAGAAGGAGAAGCAGAGAAAGAAATGGGGAGACAACCA
TGCCGTGACAAAGTAGGGTTGAAGAAAGGACCATGGACTGCAGATGAAGACAGGAAGCTC
ATGAACTTCATCCTCACCCATGGACAATGTTGTTGGAGAGCTGTCCCTAAGCTTGCTGGT
CTTCTCAGGTGTGGCAAGAGTTGTAGACTTCGCTGGACAAATTATCTTCGACCAGACCTT
AAAAGAGGTCTTCTCTCGGATTACGAGGAGAAGATGGTCATTGACCTTCACTCCCAGCTC
GGCAACAGGTGGTCAAAGATAGCTTCTCATTTACCAGGAAGAACAGACAATGAAATCAAG
AACCACTGGAACACTCACATCAAGAAGAAGTTAAGGAAAATGGGGATCGATCCTCTCACT
CATAAACCACTCTCTATAGTTGAACAAGAAGAAGAAAAACCTTTAAAGAAGCTGCAGAAA
CCAATGGTGCTGACTGTGGAGGAACCACCTAATTATTCTCTTACCAAAGACAGCAACAAC
AAGAACATGCTTGTAAATTACGATGATCAGCTTATGGCGATGAATCTTGAGTATTGCGTC
CAAGAAGTCCCTATGATTGATCCAGAGTGTTTAGAGCTTATCTGCAACAACTCTTCAATG
TCTTCATCTACATCCACGTCTTCCAGTTCATCTAATGAATCAAGTATCTTGAAGGATTTG
CAGTTTCCAGATTTCGATTGGCCGGACTATGGTATTCATAATAATAATATTAATGGTGTG
GGCAACATTATGGAGAACAATTGATGAGCCTGTGGGATGTTGATGACTTTAGCA

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR3AT34JQ 907 0 0
ATGGGGAGACAACCATGCCGTGACAAAGTAGGGTTGAAGAAAGGACCATGGACTGCAGAT
GAAGACAGGAAGCTCATGAACTTCATCCTCACCCATGGACAATGTTGTTGGAGAGCTGTC
CCTAAGCTTGCTGGTCTTCTCAGGTGTGGCAAGAGTTGTAGACTTCGCTGGACAAATTAT
CTTCGACCAGACCTTAAAAGAGGTCTTCTCTCGGATTACGAGGAGAAGATGGTCATTGAC
CTTCACTCCCAGCTCGGCAACAGGTGGTCAAAGATAGCTTCTCATTTACCAGGAAGAACA
GACAATGAAATCAAGAACCACTGGAACACTCACATCAAGAAGAAGTTAAGGAAAATGGGG
ATCGATCCTCTCACTCATAAACCACTCTCTATAGTTGAACAAGAAGAAGAAAAACCTTTA
AAGAAGCTGCAGAAACCAATGGTGCTGACTGTGGAGGAACCACCTAATTATTCTCTTACC
AAAGACAGCAACAACAAGAACATGCTTGTAAATTACGATGATCAGCTTATGGCGATGAAT
CTTGAGTATTGCGTCCAAGAAGTCCCTATGATTGATCCAGAGTGTTTAGAGCTTATCTGC
AACAACTCTTCAATGTCTTCATCTACATCCACGTCTTCCAGTTCATCTAATGAATCAAGT
ATCTTGAAGGATTTGCAGTTTCCAGATTTCGATTGGCCGGACTATGGTATTCATAATAAT
AATATTAATGGTGTGGGCAACATTATGGAGAACAATTGATGAGCCTGTGGGATGTTGATG
ACTTTAGCAGTTGGGATTTGCTGTTAAATGATGATATTCCTCAGAGTTCTTCTACGTTCG
GGTTATTTTGAATTTATTTGAAGTCTTTGTAAATGGAAATTATGAGTGGACAGAAAACCC
TTTATAC

QA 1 907 1 907
DS 



AS 1 2

CO CL6524Contig1 1133 2 2 U
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TTTTCCAAGGTAACATCAGTTTCTATAAGAAAATCAGATCTGATCTGAAAGCTACTGTTT
AACCATGGACAAAGGCATAGGTCTTTACCCACTCCATCGTTGCAAAACCATTCACCTGGT
GAGACATGCTCAGGGGATTCATAATGTTGCTGGAGAAATAGACCATAGTGCTTACTCTTC
TGAGGATTATTTTGATGCTCATATCACCCCACTTGGTTGGCAACAGGTGGATCATCTACG
GAACCATGTTCTAGAAACTCAACTCTTAAACAAAGTTGAACTTGTCATTGTCTCTCCCTT
GCTTAGAACTATACAAACTGCTGTCGGTGCTTTTGGAGGCGGAGAAGATACTAATGGAGC
AGATGCAACACCGCTAATGGTGGCCAATGCTGGGAGCAGCGACCGTCCTGCCATTTCAAG
CTTAAACAGCCCACCTTTCCTTGCTGTTGAGCTATGCAGAGAAACTATGGGTGATCATCC
CTGTGACAGGCGAAGAAGCGTTACAGAGTACAAGGCTATGTTTCCTGCAATCGATTTTTC
AATTATTGAAAGCGACAAGGATGTTTTGTGGAAGTCTAGTCCAAGAGAGACCCCAGATGA
AGTTGCAGTTAGAGGTGTAGAGTTCATTAACTGGCTATGGACGAGGAAAGAAAGGGAGAT
TGCAATTGTATCTCACAGTGGCTTCTTGCACGGTTTCTTGAGCTCTTATGGGAAGGATTG
TGTCGACGACATAAAGAAAGAATTGTCTATACACTTCAAGAACTGTGAGCTTCGTTCAAT
GGTTATCGTTGATCAAGGAAACCTGGGGACTAATTATACAGAGACTACAAACTATTCTGG
CAAGGTTCCTCAAGGACTTGATCATCCAAGCGACTAATCGATGACGAGTAAGAGATATAA
ATAAGAAGGGAACACCTGATGGCTCGGCTCCATTGGAATATTATTTGGCATTTTCAGCTC
GTATTATTGTATTTTGATAAACATAATTTAAATTTTCGTATTTATGTCAGCTACTAAATG
AATTTACTGATTATGGTTGTTATTTGGGGAAAATGAATCAATTTCAGAAGTCT


BQ
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AF RR3FN45TF U 1
AF RR3FN45JQ C 634
BS 1 708 RR3FN45TF
BS 709 1133 RR3FN45JQ

RD RR3FN45TF 709 0 0
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TTTTCCAAGGTAACATCAGTTTCTATAAGAAAATCAGATCTGATCTGAAAGCTACTGTTT
AACCATGGACAAAGGCATAGGTCTTTACCCACTCCATCGTTGCAAAACCATTCACCTGGT
GAGACATGCTCAGGGGATTCATAATGTTGCTGGAGAAATAGACCATAGTGCTTACTCTTC
TGAGGATTATTTTGATGCTCATATCACCCCACTTGGTTGGCAACAGGTGGATCATCTACG
GAACCATGTTCTAGAAACTCAACTCTTAAACAAAGTTGAACTTGTCATTGTCTCTCCCTT
GCTTAGAACTATACAAACTGCTGTCGGTGCTTTTGGAGGCGGAGAAGATACTAATGGAGC
AGATGCAACACCGCTAATGGTGGCCAATGCTGGGAGCAGCGACCGTCCTGCCATTTCAAG
CTTAAACAGCCCACCTTTCCTTGCTGTTGAGCTATGCAGAGAAACTATGGGTGATCATCC
CTGTGACAGGCGAAGAAGCGTTACAGAGTACAAGGCTATGTTTCCTGCAATCGATTTTTC
AATTATTGAAAGCGACAAGGATGTTTTGTGGAAGTCTAGTCCAAGAGAGACCCCAGATGA
AGTTGCAGTTAGAGGTGTAGAGTTCATTAACTGGCTATGGACGAGGAA
G

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3FN45JQ 500 0 0
GC
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TATGGACGAGGAAAGAAAGGGAGATTGCAATTGTATCTCACAGTGGCTTCTTGCACGGTT
TCTTGAGCTCTTATGGGAAGGATTGTGTCGACGACATAAAGAAAGAATTGTCTATACACT
TCAAGAACTGTGAGCTTCGTTCAATGGTTATCGTTGATCAAGGAAACCTGGGGACTAATT
ATACAGAGACTACAAACTATTCTGGCAAGGTTCCTCAAGGACTTGATCATCCAAGCGACT
AATCGATGACGAGTAAGAGATATAAATAAGAAGGGAACACCTGATGGCTCGGCTCCATTG
GAATATTATTTGGCATTTTCAGCTCGTATTATTGTATTTTGATAAACATAATTTAAATTT
TCGTATTTATGTCAGCTACTAAATGAATTTACTGATTATGGTTGTTATTTGGGGAAAATG
AATCAATTTCAGAAGTCT

QA 3 500 3 500
DS 



AS 1 2

CO CL6525Contig1 324 2 1 U
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TTTCTTGCAACGTGCCTGGTTATAGAACCACCACGGATCAAGTCGTGTTTAAGTCTAAAC
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TTGCCTTGTGTGGCAAGAAATAGATGTTTTAAATAATTATCTTCGACTGTTATTGACTAT
GTTGCTTCTGCTTAGAGATGTTGTCTAGCAGCACGAAGAAGATATCGTTTTTATTTAATC
AATAACTGAAAATGCGTTTCTGCC


BQ
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AF RR3EB08JQ C 1
AF RR3EB08TF U 1
BS 1 324 RR3EB08TF

RD RR3EB08JQ 324 0 0
GGGAAAGTCTCGCGAGTTCTTGTCAAGCGAGTTTGGTCGGGAGAAAAAGCTCTTCGGATA
TTTCTTGCAACGTGCCTGGTTATAGAACCACCACGGATCAAGTCGTGTTTAAGTCTAAAC
GGTCTAATCTCTGTATCTATGGTTTCAATGCTTTGAATTTCAGACCCTTCAAGAGGGATC
TTGCCTTGTGTGGCAAGAAATAGATGTTTTAAATAATTATCTTCGACTGTTATTGACTAT
GTTGCTTCTGCTTAGAGATGTTGTCTAGCAGCACGAAGAAGATATCGTTTTTATTTAATC
AATAACTGAAAATGCGTTTCTGCC

QA 1 324 1 324
DS 

RD RR3EB08TF 324 0 0
GGGAAAGTCTCGCGAGTTCTTGTCAAGCGAGTTTGGTCGGGAGAAAAAGCTCTTCGGATA
TTTCTTGCAACGTGCCTGGTTATAGAACCACCACGGATCAAGTCGTGTTTAAGTCTAAAC
GGTCTAATCTCTGTATCTATGGTTTCAATGCTTTGAATTTCAGACCCTTCAAGAGGGATC
TTGCCTTGTGTGGCAAGAAATAGATGTTTTAAATAATTATCTTCGACTGTTATTGACTAT
GTTGCTTCTGCTTAGAGATGTTGTCTAGCAGCACGAAGAAGATATCGTTTTTATTTAATC
AATAACTGAAAATGCGTTTCTGCC

QA 1 324 1 324
DS 



AS 1 2

CO CL6526Contig1 955 2 4 U
GGATCATCTTCTTCATTAAGCAAAACAAAAAACTTCAACCACTTCCTCTTCTTCAGTTTT
CATCGAAAACAATGGCTGGAGTTGCCTTTGGTTCTTTTGATGATTCTTTCAGCTTGGCTT
CTCTAAGAGCTTACCTGGCTGAGTTCATCTCCACTTTGCTCTTTGTTTTCGCTGGTGTTG
GTTCCGCCATTGCCTACGCGAAGCTGACGTCAGATGCGGCTCTTGATACCCCGGGGCTTG
TCGCCATCGCGGTATGCCATGGTTTCGCCCTCTTCGTGGCGGTTGCAATCGGAGCCAACA
TCTCCGGTGGCCATGTGAACCCAGCCGTCACTTTTGGCCTTGCTGTCGGTGGTCAAATCA
CACTAATCACCGGAGTTTTCTACTGGGTGGCTCAGCTTCTCGGCTCTACCGCCGCTTGCT
TCCTTCTTAAATACGTCACCGGTGGTTTGGCGGTTCCAACCCACAGTGTTGCTGCGGGAG
TAGGAGCGATAGAAGGAGTAGTGATGGAGATCATCATCACTTTCGCTTTAGTCTACACGG
TCTACGCCACCGCCGCTGATCCCAAGAAAGGTTCTCTCGGAACCATCGCTCCTCTCGCCA
TTGGTCTCATCGTCGGTGCCAACATCCTAGCCGCGGGTCCATTCTCCGGTGGATCCATGA
ACCCAGCACGTTCCTTTGGACCAGCTGTTGCAGCTGGAGACTTCTCTGGTCACTGGGTCT
ACTGGGTTGGACCACTCATCGGTGGTGGACTCGCTGGAGTTACCTACGGAAATGTCTTCA
TGACTTCCGAACATGTTCCTCTTGCTTCTGAGTTCTAAGCAAGAAAATGTGATGATTCTG
TGTTTGGTTTCTTTGTCTCTCGATCGATCTGTTGCTTTGTTCGGAGTTTGGTCAGGTTTC
ATTGTATCTTATATCCAATTTGTATGAGTATCATTTAATGGAATCAGTTCGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FL14TF U 1
AF RR3FL14JQ C 393
BS 1 681 RR3FL14TF
BS 682 682 RR3FL14JQ
BS 683 723 RR3FL14TF
BS 724 955 RR3FL14JQ

RD RR3FL14TF 723 0 0
GGATCATCTTCTTCATTAAGCAAAACAAAAAACTTCAACCACTTCCTCTTCTTCAGTTTT
CATCGAAAACAATGGCTGGAGTTGCCTTTGGTTCTTTTGATGATTCTTTCAGCTTGGCTT
CTCTAAGAGCTTACCTGGCTGAGTTCATCTCCACTTTGCTCTTTGTTTTCGCTGGTGTTG
GTTCCGCCATTGCCTACGCGAAGCTGACGTCAGATGCGGCTCTTGATACCCCGGGGCTTG
TCGCCATCGCGGTATGCCATGGTTTCGCCCTCTTCGTGGCGGTTGCAATCGGAGCCAACA
TCTCCGGTGGCCATGTGAACCCAGCCGTCACTTTTGGCCTTGCTGTCGGTGGTCAAATCA
CACTAATCACCGGAGTTTTCTACTGGGTGGCTCAGCTTCTCGGCTCTACCGCCGCTTGCT
TCCTTCTTAAATACGTCACCGGTGGTTTGGCGGTTCCAACCCACAGTGTTGCTGCGGGAG
TAGGAGCGATAGAAGGAGTAGTGATGGAGATCATCATCACTTTCGCTTTAGTCTACACGG
TCTACGCCACCGCCGCTGATCCCAAGAAAGGTTCTCTCGGAACCATCGCTCCTCTCGCCA
TTGGTCTCATCGTCGGTGCCAACATCCTAGCCGCGGGTCCATTCTCCGGTGGATCCATGA
ACCCAGCACGTTCCTTTGGAC*AGCTGTTGCAGCTGGAGACTTCTCTGGTCACTGGGTCT
ACT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3FL14JQ 563 0 0
CAGCTTCTCGGCTCTACCGCCGCTTGCTTCCTTCTTAAATACGTCACCGGTGGTTTGGCG
GTTCCAACCCACAGTGTTGCTGCGGGAGTAGGAGCGATAGAAGGAGTAGTGATGGAGATC
ATCATCACTTTCGCTTTAGTCTACACGGTCTACGCCACCGCCGCTGATCCCAAGAAAGGT
TCTCTCGGAACCATCGCTCCTCTCGCCATTGGTCTCATCGTCGGTGCCAACATCCTAGCC
GCGGGTCCATTCTCCGGTGGATCCATGAACCCAGCACGTTCCTTTGGACCAGCTGTTGCA
GCTGGAGACTTCTCTGGTCACTGGGTCTACTGGGTTGGACCACTCATCGGTGGTGGACTC
GCTGGAGTTACCTACGGAAATGTCTTCATGACTTCCGAACATGTTCCTCTTGCTTCTGAG
TTCTAAGCAAGAAAATGTGATGATTCTGTGTTTGGTTTCTTTGTCTCTCGATCGATCTGT
TGCTTTGTTCGGAGTTTGGTCAGGTTTCATTGTATCTTATATCCAATTTGTATGAGTATC
ATTTAATGGAATCAGTTCGTTGC

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 2

CO CL6527Contig1 326 2 1 U
GGGCTGCGTCCTCCATGGAATGTCGAGAGAGCGTGTGGATCCGTGATTTTCAATTCGAGG
AAGAAGAAGAAGAAGAAGCATCATCGCCTTCTCTCACCGCGTAATCCACGATTATTACAT
ATCCGTTCAATCCAGATCGTAACGCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCCATTGTGTCTTTT
CTTCGCACGGATGTGATCGTTTCGATTCGTTCGTTCAATGCACAATCTGCCTGGGATCAT
TTGCTTCCGCTTTGATTTTATTCACATTCGTATTCGTTTTCTTTACTTGGACTCATCCTG
TTTAAGGCTCGTTTCAGGACTCATTA


BQ
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AF RR3BL73JQ C 1
AF RR3BL73TF U 1
BS 1 326 RR3BL73TF

RD RR3BL73JQ 326 0 0
GGGCTGCGTCCTCCATGGAATGTCGAGAGAGCGTGTGGATCCGTGATTTTCAATTCGAGG
AAGAAGAAGAAGAAGAAGCATCATCGCCTTCTCTCACCGCGTAATCCACGATTATTACAT
ATCCGTTCAATCCAGATCGTAACGCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCCATTGTGTCTTTT
CTTCGCACGGATGTGATCGTTTCGATTCGTTCGTTCAATGCACAATCTGCCTGGGATCAT
TTGCTTCCGCTTTGATTTTATTCACATTCGTATTCGTTTTCTTTACTTGGACTCATCCTG
TTTAAGGCTCGTTTCAGGACTCATTA

QA 1 326 1 326
DS 

RD RR3BL73TF 326 0 0
GGGCTGCGTCCTCCATGGAATGTCGAGAGAGCGTGTGGATCCGTGATTTTCAATTCGAGG
AAGAAGAAGAAGAAGAAGCATCATCGCCTTCTCTCACCGCGTAATCCACGATTATTACAT
ATCCGTTCAATCCAGATCGTAACGCTCTCTCTCTCTCTCCCTCTCTCCATTGTGTCTTTT
CTTCGCACGGATGTGATCGTTTCGATTCGTTCGTTCAATGCACAATCTGCCTGGGATCAT
TTGCTTCCGCTTTGATTTTATTCACATTCGTATTCGTTTTCTTTACTTGGACTCATCCTG
TTTAAGGCTCGTTTCAGGACTCATTA

QA 1 326 1 326
DS 



AS 1 2

CO CL6528Contig1 1116 2 2 U
GGGCTGCAACACTCAACGATGATCCATCAAACTCTGGCTCTCCCTCGTCTTGCTCACCCA
TTTTTCACTAGAGTAGGATTTGGGTGTAATGGAGGCGTGTTTGTGCATCAGTCCCGAACA
AAGAACCAAGGAGTAGCATTTTCAGCTGCTGGTGATGATCAAATCTCCAGTTCCAAGTCG
GTTCAGACAAGGTTTCCTCTGTTTTTAAAGCTCCTTGTGTGAATGCTTATGTATGTGTGT
GAAGTTCTGAGAAAGCTTATGACTTTAGTTATGTATTAAACCTACTGCTCTTATAGGAAA
GTAGTGGAGCATGTGTGTTTACTCAAAGCCAAAGAGAGTTTGTTGTCTGAGGAGAAAGAA
AAAGATATGCTTGACTATCTTTACACTTCTCAGTACCAGATGAGAGGCATTGTCGCTATC
TCTGTAGGTAGCATTGGTGATAGCAAGAATGGAGATTACACGCACGCTCTCTTTGCCGGT
TCCAGAGGAAGGAAGATCTTGACAAGTTCTATGAGAACCCTCTCTTCTTGAAAGTTCTTG
ATGAACATGTAACTCCATTCTGCCATGTATGTCCCCTCACATGGGCTAACTAATGTGGAC
TATGAATTAGAGGTTGAAGATGACATCCTTTCCATATTTCGAAAAGGCGAGGAGTACAAC
TACGGCGAGGAGTTTGTTCTTCTTGTTACTTTTGCCAAGAATGCTTCAGACAAGAACATT
AAAGATGCAATGGATTCTTTTGCACAGCTAACTTCATCTCTTCCATCATTAATTGTTCAG
TCTACACAAGGTTCAAACTTTAACGAGAGCAGTAAGGAATTCACACATGCAGCAGTAGTT
CGATTCCGTTCCTTTGACGCCATGGAGATTTTCATTGAGGGCAGAGAGTATAAAGATATG
TGGAGGTCTCGGTTTGAGCCGTTCATAGAGAAATCAGTAGCTCTTCATTTCTCTGTGGAT
CCTGTTGGTACAGACGTCATGTGAGTCCATATCACACAACATATCAAAGTTTCAACCAGA
CATGTAAAGATTGGTTTCTTGCAACAAGTTCTCACTGTTTCTTCTAATACAACAAAACTT
ACTGGTTGCAGTAAGATTCATAAATAATTTGTTGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV85TF U 1
AF RR3BV85JQ C 332
BS 1 660 RR3BV85TF
BS 661 1116 RR3BV85JQ

RD RR3BV85TF 660 0 0
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TTTTTCACTAGAGTAGGATTTGGGTGTAATGGAGGCGTGTTTGTGCATCAGTCCCGAACA
AAGAACCAAGGAGTAGCATTTTCAGCTGCTGGTGATGATCAAATCTCCAGTTCCAAGTCG
GTTCAGACAAGGTTTCCTCTGTTTTTAAAGCTCCTTGTGTGAATGCTTATGTATGTGTGT
GAAGTTCTGAGAAAGCTTATGACTTTAGTTATGTATTAAACCTACTGCTCTTATAGGAAA
GTAGTGGAGCATGTGTGTTTACTCAAAGCCAAAGAGAGTTTGTTGTCTGAGGAGAAAGAA
AAAGATATGCTTGACTATCTTTACACTTCTCAGTACCAGATGAGAGGCATTGTCGCTATC
TCTGTAGGTAGCATTGGTGATAGCAAGAATGGAGATTACACGCACGCTCTCTTTGCCGGT
TCCAGAGGAAGGAAGATCTTGACAAGTTCTATGAGAACCCTCTCTTCTTGAAAGTTCTTG
ATGAACATGTAACTCCATTCTGCCATGTATGTCCCCTCACATGGGCTAACTAATGTGGAC
TATGAATTAGAGGTTGAAGATGACATCCTTTCCATATTTCGAAAAGGCGAGGAGTACAAC

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3BV85JQ 785 0 0
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AGTACCAGATGAGAGGCATTGTCGCTATCTCTGTAGGTAGCATTGGTGATAGCAAGAATG
GAGATTACACGCACGCTCTCTTTGCCGGTTCCAGAGGAAGGAAGATCTTGACAAGTTCTA
TGAGAACCCTCTCTTCTTGAAAGTTCTTGATGAACATGTAACTCCATTCTGCCATGTATG
TCCCCTCACATGGGCTAACTAATGTGGACTATGAATTAGAGGTTGAAGATGACATCCTTT
CCATATTTCGAAAAGGCGAGGAGTACAACTACGGCGAGGAGTTTGTTCTTCTTGTTACTT
TTGCCAAGAATGCTTCAGACAAGAACATTAAAGATGCAATGGATTCTTTTGCACAGCTAA
CTTCATCTCTTCCATCATTAATTGTTCAGTCTACACAAGGTTCAAACTTTAACGAGAGCA
GTAAGGAATTCACACATGCAGCAGTAGTTCGATTCCGTTCCTTTGACGCCATGGAGATTT
TCATTGAGGGCAGAGAGTATAAAGATATGTGGAGGTCTCGGTTTGAGCCGTTCATAGAGA
AATCAGTAGCTCTTCATTTCTCTGTGGATCCTGTTGGTACAGACGTCATGTGAGTCCATA
TCACACAACATATCAAAGTTTCAACCAGACATGTAAAGATTGGTTTCTTGCAACAAGTTC
TCACTGTTTCTTCTAATACAACAAAACTTACTGGTTGCAGTAAGATTCATAAATAATTTG
TTGCT

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL6529Contig1 749 2 5 U
AGGATAAAGATAAGACAATAACATTCAAATAAAATAAAAGGAACTTGTCAACCCAGACTT
CATGTTATTATACATTCTTCAGGTAACTCATCCCTGAATTGTCTCCTTTAAAGAAAAGGA
TAAATGGACATAATAAACAAACACTTAGTTTTCTTCTACAACACTGATTTTGAATCTCTG
ATATGTTCTCTTCTCTAAAACCTCCCTCCTTTCTTCATTTCACTTGTACTGAGACTAGAA
CTAGTTTCTTTGCCAAAGCTAATTCTCCGGGTCAGGTTGATCAGGTCCCTGTTGCTGCCA
CATGGGTTGACCAATATACGGGTTAGGTGGGTATGCACCACCGGGGTTGCCCATAACCAT
TCCCGGGTTCCCTATCGGTCCAGTTCCTGGAGGCAAGTATCCATAAGGGTAGCCAGCAGC
AGCAGCCTCAGGGACAGTCCCCCTTCCCAAGACCTCATCCCTGAAATCCTCTCGAGGAAC
AATGTCCACAAGAAAATCAAAAATATCGGTTCTAGTCACAGCAGCTGCTATATCATTCTT
CTGAAGCGTCCTCCTCTTGTTCTCCTCGGTGTGGTTCCACGACCTCAGCAGAGATCATGC
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TGAAATCGGTTGTTTTCTCAATCTCTTTGAATTGGTTCTCCCAGAAGACTTGAAGCTGCT
GAGTTAGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTCC


BQ
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AF RR3G092JQ U 334
AF RR3G092TF C 1
BS 1 333 RR3G092TF
BS 334 647 RR3G092JQ
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BS 666 749 RR3G092TF

RD RR3G092JQ 332 0 0
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GTTCCACGACCTCAGCAGAGATCATGCGGACGTCCTCGTCCGCTTTCATGATCTTCTTGA
TCCTCGCGAGGGGA*GGCTGTGGTTCTTGAAA

QA 1 332 1 332
DS 

RD RR3G092TF 749 0 0
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ATATGTTCTCTTCTCTAAAACCTCCCTCCTTTCTTCATTTCACTTGTACTGAGACTAGAA
CTAGTTTCTTTGCCAAAGCTAATTCTCCGGGTCAGGTTGATCAGGTCCCTGTTGCTGCCA
CATGGGTTGACCAATATACGGGTTAGGTGGGTATGCACCACCGGGGTTGCCCATAACCAT
TCCCGGGTTCCCTATCGGTCCAGTTCCTGGAGGCAAGTATCCATAAGGGTAGCCAGCAGC
AGCAGCCTCAGGGACAGTCCCCCTTCCCAAGACCTCATCCCTGAGATCCTCTCGAGGAAC
AATGTCCACAAGAAAATCAAAAATATCGGTTCTAGTCACAGCAGCTGCTATATCATTCTT
CTGAAGCGTCCTCCTCTTGTTCTCCTCGGTGTGGTTCCACGACCTCAGCAGAGATCATGC
GGACGTCCTCGTCCGCTTTCATGATCTTCTTGATCCTCGCGAGGGGAAGGCTGTGGTTCT
TGAAATCGGTTGTTTTCTCAATCTCTTTGAATTGGTTCTCCCAGAAGACTTGAAGCTGCT
GAGTTAGCTGTTGTTGCTGCTGCTGTTCC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

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GGTCCGAAACATTTACTTCCCGTTTGACATAGAGACAGACACAGCACTGAGCGTTGCAAC
AGAGATGGTAGTTGAGCTGGACATGGACGATCATGGAGTCACAAAGATAGCCAACATGAT
AGACGGTGAGATATCTAGGCTTGTGCCTAGTTGGAGACCAGGTCCTGAGTTTGAAGAATC
TCTTGCGGCTGCTGCTGCAGCGGCTGCAAATGCAAGCATCTGCAGCAACTGCGTGTCGAA
CCGTACCTCAATGGGGTCCGTGATGGATTTCTTGAGGACAAACCCTGGAGCAAACGTTGC
AATGTTGCAGAAACGGGTGCGGTGAGACTCACGGTAGGTTTGAGGAGATTACAATAAGAG
AAACCGAGGTTCGTCTTAGAGAGATATGGAGGCTGCAGCAACAGCAGGAAAGCAGAGAGC
TTAGCTCGATAGATTCAGGACAAAACCATTCAGAAGAAGAGGAGGAAGAAGAAGTGTATG
AAAACCCTGAAATCACGTTTCCGTGTGAAGCAAGTAACACGCTAAACCATTTAACAGGCT
CTGGATCGTTCTCGTTTTTGCCTTCTTTATACTGCGATGATGAGGTAGCTGAGAAGACTG
AACATCAGGTTCAACAAGGGTTGAGATGGCTTAAAGCCAAGTGCCAAATCGAGGTCAGAG
ATGAGCAGTTAAAATCTAGGTGGCGGCCGGGACAAAACCACTCGGAAGATGAGGTGAAAG
AGAAGATGTGTGGGGAGAGATTGCTACCAAAATGTCTTAAAAGGCCAACTTCTCTTCATG
TTGATGACATTGAATCTTGATTACGTTGTGTTTTTTGTCTATGTATACATATTGTTTCGT
GTTACAAGACTGTTACAGGGTAACCAGATGAGCATACTTAAGAGAGAGCCTCGTTAATTC


BQ
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AF RR3CG50TF U 1
AF RR3CG50JQ C 198
BS 1 520 RR3CG50TF
BS 521 900 RR3CG50JQ

RD RR3CG50TF 520 0 0
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AGACGGTGAGATATCTAGGCTTGTGCCTAGTTGGAGACCAGGTCCTGAGTTTGAAGAATC
TCTTGCGGCTGCTGCTGCAGCGGCTGCAAATGCAAGCATCTGCAGCAACTGCGTGTCGAA
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TTAGCTCGATAGATTCAGGACAAAACCATTCAGAAGAAGAGGAGGAAGAAGAAGTGTATG
AAAACCCTGAAATCACGTTTCCGTGTGAAGCAAGTAACAC

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3CG50JQ 703 0 0
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CCGTGATGGATTTCTTGAGGACAAACCCTGGAGCAAACGTTGCAATGTTGCAGAAACGGG
TGCGGTGAGACTCACGGTAGGTTTGAGGAGATTACAATAAGAGAAACCGAGGTTCGTCTT
AGAGAGATATGGAGGCTGCAGCAACAGCAGGAAAGCAGAGAGCTTAGCTCGATAGATTCA
GGACAAAACCATTCAGAAGAAGAGGAGGAAGAAGAAGTGTATGAAAACCCTGAAATCACG
TTTCCGTGTGAAGCAAGTAACACGCTAAACCATTTAACAGGCTCTGGATCGTTCTCGTTT
TTGCCTTCTTTATACTGCGATGATGAGGTAGCTGAGAAGACTGAACATCAGGTTCAACAA
GGGTTGAGATGGCTTAAAGCCAAGTGCCAAATCGAGGTCAGAGATGAGCAGTTAAAATCT
AGGTGGCGGCCGGGACAAAACCACTCGGAAGATGAGGTGAAAGAGAAGATGTGTGGGGAG
AGATTGCTACCAAAATGTCTTAAAAGGCCAACTTCTCTTCATGTTGATGACATTGAATCT
TGATTACGTTGTGTTTTTTGTCTATGTATACATATTGTTTCGTGTTACAAGACTGTTACA
GGGTAACCAGATGAGCATACTTAAGAGAGAGCCTCGTTAATTC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL6531Contig1 1099 2 2 U
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CACCGACAGTTTTAATCCCGATAATATGATTGGGAAAGGAGGACATGCGGAGGTGTACAA
AGGAGTTTTACCTGACGGAGAGACGGTGGCGATCAAGAAGCTGATGAGACACGACACGGA
AGAAGAAGAAAGAGTCAGCGACTTCTTGTCAGAGTTAGGGATGATCGCACACGTCAACCA
CCCAAACGCAGCTAGGCTTCGCGGTTTCAGCAGCGATCGCGGTTTGCATTTTGTGCTTGA
GTACGCTACTCACGGCAGTCTCGCTTCTCTACTCTTTGGGTCTGAGGAGGAGTGTTTGGA
TTGGAAGAAACGGTATAAAGTGGCTTTGGGTGTAGCTGATGGTTTGAGTTATCTTCATAA
TGATTGTCCTAGACGGATTATACACCGTGACATCAAAGCTTCCAACATTTTGCTAAGTCA
AGATTACGAAGCTCAGATATCTGATTTTGGACTTGCTAAGTGGCTCCCAGAGAATTGTCC
TCATCAAATTGTTTTCCCTATCGAAGGCACATTCGGGTATCTAGCTCCAGAGTACTTTAT
GCATGGGATTGTTGATGAGAAGACGGATGTGTTTGCGTTTGGTGTATTGCTTCTAGAGAT
CATAACTGGTCGTCGTGCTGTTGATACAGCTAGCAGGCAAAGCATTGTGATGCGAAACCG
CTTCTGGAGAAGAGCAGTGTGGAGGAAATAGTTGATCCTAAGCTAGGAAATGACTTTGAT
GAAACCGAGATGAAAAGAGTTGCGCAAACAGCTTCAATGTGTATACACCATGTAGCCACT
ATGCGTCCTGATATGAACCGGTTGGTGCAGCTATTGCGTGGGGATGACCGGTTAGCTGAG
CCGCAAGGCGTAGCAAGAACACTGAGTCTAGACGGGTGTGACTTACAAGACCATACGTCT
TCCTCATACCTTAATGATCTCACCCGGCATAGACAACTCTTGATGGAGTGAAACAAGCAA
TCCAACAACAACAGCAAACTGTTACCCTCCTCTTTATTGCATGTGATTTTCCTTCATCTT
ATCCATTGTAAAGATCTCC


BQ
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AF RR3AC81TF U 1
AF RR3AC81JQ C 369
BS 1 692 RR3AC81TF
BS 693 1099 RR3AC81JQ

RD RR3AC81TF 692 0 0
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CCCAAACGCAGCTAGGCTTCGCGGTTTCAGCAGCGATCGCGGTTTGCATTTTGTGCTTGA
GTACGCTACTCACGGCAGTCTCGCTTCTCTACTCTTTGGGTCTGAGGAGGAGTGTTTGGA
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AGATTACGAAGCTCAGATATCTGATTTTGGACTTGCTAAGTGGCTCCCAGAGAATTGTCC
TCATCAAATTGTTTTCCCTATCGAAGGCACATTCGGGTATCTAGCTCCAGAGTACTTTAT
GCATGGGATTGTTGATGAGAAGACGGATGTGTTTGCGTTTGGTGTATTGCTTCTAGAGAT
CATAACTGGTCGTCGTGCTGTTGATACAGCTA

QA 1 692 1 692
DS 

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GATGAAAAGAGTTGCGCAAACAGCTTCAATGTGTATACACCATGTAGCCACTATGCGTCC
TGATATGAACCGGTTGGTGCAGCTATTGCGTGGGGATGACCGGTTAGCTGAGCCGCAAGG
CGTAGCAAGAACACTGAGTCTAGACGGGTGTGACTTACAAGACCATACGTCTTCCTCATA
CCTTAATGATCTCACCCGGCATAGACAACTCTTGATGGAGTGAAACAAGCAATCCAACAA
CAACAGCAAACTGTTACCCTCCTCTTTATTGCATGTGATTTTCCTTCATCTTATCCATTG
TAAAGATCTCC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL6532Contig1 1197 2 2 U
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ACTCATGTCCTCCAGATCGATTTACCGTACTCTACGACCGGTGCTATCCTCCGGTTTAGG
TACTGGACATGGAATAAAGGGACATGTCATGAGCCACTTGCCCATTATTCGGTTTTTGAG
CTCCGACACGTCACCTTCGGCAACTGGGAATAGCCAGTCGGAAAATCCCGTCCGAACCAC
CGACGGCAAAGTCATATCCACTTATTGGGGTATACCTCCGACTAAGATTACTAAACCGGA
CGGTTCAGCTTGGAAGTGGAATTGTTTTCAACCATGGGATTCATACAAACCGGACGTGTC
CATTGATGTAACCAAACATCACAAACCGTCCAATTTCACTGACAAATTCGCATATTGGAC
CGTCCAAACTCTGAAAATACCGGTTCAACTATTTTTTCAGAGGAAGCATATGTGCCATGC
AATGTTGCTGGAGACCGTGGCGGCGGTGCCTGGAATGGTGGGAGGGATGCTTTTGCACTT
GAAATCTCTACGGAGGTTCGAACATAGTGGCGGATGGATCAAAGCTTTGCTCGAAGAGGC
CGAGAACGAGCGTATGCATCTCATGACCTTCATCGAACTCTCACAACCCAAATGGTACGA
ACGGGCGATTGTGTTTGCGGTCCAAGGTGTTTTCTTCAACGCATATTTCTTGTCTTATGT
AATTTCTCCCAAACTTGCTCACCGTATCACTGGATACTTAGAAGAAGAAGCTGTCAATTC
TTATATCGAATTTCTCAATGACATTGATGCCGGAAAGTTCGAAAACTCACCAGCTCCGGC
CATCGCGATTGATTACTGGCGGTTGCCTAAAGATGCGACGCTGAGGGACGTGGTTTTTGT
TATCCGAGCTGACGAAGCTCACCACCGAGACATTAACCATTATGCTTCGGACATACAATT
TCAAGGACGCGAACTCAAGGAAGCTCCAGCTCCGATTGGATATCACTAAGATCATGCGAC
ACAAATTTGAATAGATCGATGTATGACAAATATATGTGGTTGAGTTTATCCAGAAACAAA
TATCTGGTCGATACATATGTATAGTTATAAATAAATTTACACGATATTACATTGTCG


BQ
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AF RR3AU91TF U 1
AF RR3AU91JQ C 417
BS 1 740 RR3AU91TF
BS 741 1197 RR3AU91JQ

RD RR3AU91TF 740 0 0
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TCAACAAAAAAAAGACCCCCTTTCTCATTTTTGAAATTACATCCAAACCCAACTGTTGGT
ACTCATGTCCTCCAGATCGATTTACCGTACTCTACGACCGGTGCTATCCTCCGGTTTAGG
TACTGGACATGGAATAAAGGGACATGTCATGAGCCACTTGCCCATTATTCGGTTTTTGAG
CTCCGACACGTCACCTTCGGCAACTGGGAATAGCCAGTCGGAAAATCCCGTCCGAACCAC
CGACGGCAAAGTCATATCCACTTATTGGGGTATACCTCCGACTAAGATTACTAAACCGGA
CGGTTCAGCTTGGAAGTGGAATTGTTTTCAACCATGGGATTCATACAAACCGGACGTGTC
CATTGATGTAACCAAACATCACAAACCGTCCAATTTCACTGACAAATTCGCATATTGGAC
CGTCCAAACTCTGAAAATACCGGTTCAACTATTTTTTCAGAGGAAGCATATGTGCCATGC
AATGTTGCTGGAGACCGTGGCGGCGGTGCCTGGAATGGTGGGAGGGATGCTTTTGCACTT
GAAATCTCTACGGAGGTTCGAACATAGTGGCGGATGGATCAAAGCTTTGCTCGAAGAGGC
CGAGAACGAGCGTATGCATCTCATGACCTTCATCGAACTCTCACAACCCAAATGGTACGA
ACGGGCGATTGTGTTTGCGG

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3AU91JQ 781 0 0
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GGACCGTCCAAACTCTGAAAATACCGGTTCAACTATTTTTTCAGAGGAAGCATATGTGCC
ATGCAATGTTGCTGGAGACCGTGGCGGCGGTGCCTGGAATGGTGGGAGGGATGCTTTTGC
ACTTGAAATCTCTACGGAGGTTCGAACATAGTGGCGGATGGATCAAAGCTTTGCTCGAAG
AGGCCGAGAACGAGCGTATGCATCTCATGACCTTCATCGAACTCTCACAACCCAAATGGT
ACGAACGGGCGATTGTGTTTGCGGTCCAAGGTGTTTTCTTCAACGCATATTTCTTGTCTT
ATGTAATTTCTCCCAAACTTGCTCACCGTATCACTGGATACTTAGAAGAAGAAGCTGTCA
ATTCTTATATCGAATTTCTCAATGACATTGATGCCGGAAAGTTCGAAAACTCACCAGCTC
CGGCCATCGCGATTGATTACTGGCGGTTGCCTAAAGATGCGACGCTGAGGGACGTGGTTT
TTGTTATCCGAGCTGACGAAGCTCACCACCGAGACATTAACCATTATGCTTCGGACATAC
AATTTCAAGGACGCGAACTCAAGGAAGCTCCAGCTCCGATTGGATATCACTAAGATCATG
CGACACAAATTTGAATAGATCGATGTATGACAAATATATGTGGTTGAGTTTATCCAGAAA
CAAATATCTGGTCGATACATATGTATAGTTATAAATAAATTTACACGATATTACATTGTC
G

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL6533Contig1 957 2 4 U
GGACTCACAACATACTCATCAACGATCTCTGGTATCTATTACTAATGGCGACAACAACAA
CAAGAACGTTCTGCTTCGTGCTCGTGATGGTTCTAATGGGAAGTTGCTGCTCAGCAAAAA
TATACAAAGTGGGAGACTCGAAGGGATGGAGAGCGAAGGAAGGGACCTATTATGAATGGG
CTAAGCGTAAGGAATTCCAAGTGGGGGATTCTCTGATGTTCGAATACGATGGCCACGTCA
ATGACGTCACTCAAGTTTCCAGTCGTTTGGAATACCAATTCTGCAACTCTCTTTCTCCCA
AAGCTGTATACAACACAGGACACGATGTCGTGACTCTCACGGAACCAGGTTATCACTTCT
TCATCAGCTCAAATCATTCTCAATGCCTAGCCGGACAGAAACTAGTCGTTTTTGTCGTCC
ATGACCATCCGATTCCTCCACCGCCGCCACCGAGAAAGATGCTTCCTTTCGGAAAAGATT
ACAAGGTCGGTGACTCCAACGAAGGGAGGGTTCCTGAAGAGAGTGACTTCTATCCAAGTG
GAGTGAGGAGAAACAGTTTCATGTAGGAGACAATCTTCTTTTCTACTACAACGACCAAGT
CGATGACGTCCTAGAAATCAACAGTGATCTTGAGTTCAAATCTTGCGACACTACTTCTCC
TGTTGCCGTCCACAACGGAGACAAGATCTCATAAGGCTAACGAAACCAGGAATCTACTAT
TTTATTACCTCAAAGATTGGTCATTGTGAGGCTGGGCTTAAGCTTCGAGTTGTGGTGCGA
CCACTATCCAAAAGTGTTCCGAAGAAGACGCAGTTGTCACCTTTCGACCGTCTCATCAAG
TGGCTACATGATTCCTTCAGACCCCACCCCCATCACTAAGAATTTCGTTCCTTTTTTTTT
GTTTGAGCTTAATTTAGCTTATCTGTGTTTTTGTTTTCTCACTCGTTTTTGTTCTTT


BQ
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AF RR3AI09TF U 1
AF RR3AI09JQ C 364
BS 1 503 RR3AI09TF
BS 504 504 RR3AI09JQ
BS 505 691 RR3AI09TF
BS 692 957 RR3AI09JQ

RD RR3AI09TF 691 0 0
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CAAGAACGTTCTGCTTCGTGCTCGTGATGGTTCTAATGGGAAGTTGCTGCTCAGCAAAAA
TATACAAAGTGGGAGACTCGAAGGGATGGAGAGCGAAGGAAGGGACCTATTATGAATGGG
CTAAGCGTAAGGAATTCCAAGTGGGGGATTCTCTGATGTTCGAATACGATGGCCACGTCA
ATGACGTCACTCAAGTTTCCAGTCGTTTGGAATACCAATTCTGCAACTCTCTTTCTCCCA
AAGCTGTATACAACACAGGACACGATGTCGTGACTCTCACGGAACCAGGTTATCACTTCT
TCATCAGCTCAAATCATTCTCAATGCCTAGCCGGACAGAAACTAGTCGTTTTTGTCGTCC
ATGACCATCCGATTCCTCCACCGCCGCCACCGAGAAAGATGCTTCCTTTCGGAAAAGATT
ACAAGGTCGGTGACTCCAACGAATGGAGGGTTCCTGAAGAGAGTGACTTCTATCCAAGTG
GAGTGAGGAGAAACAGTTTCATGTAGGAGACAATCTTCTTTTCTACTACAACGACCAAGT
CGATGACGTCCTAGAAATCAACAGTGATCTTGAGTTCAAATCTTGCGACACTACTTCTCC
TGTTGCCGTCCACAACGGAGACAAGATCTCA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3AI09JQ 594 0 0
TCAGCTCAAATCATTCTCAATGCCTAGCCGGACAGAAACTAGTCGTTTTTGTCGTCCATG
ACCATCCGATTCCTCCACCGCCGCCACCGAGAAAGATGCTTCCTTTCGGAAAAGATTACA
AGGTCGGTGACTCCAACGAAGGGAGGGTTCCTGAAGAGAGTGACTTCTATCCAAGTGGAG
TGAGGAGAAACAGTTTCATGTAGGAGACAATCTTCTTTTCTACTACAACGACCAAGTCGA
TGACGTCCTAGAAATCAACAGTGATCTTGAGTTCAAATCTTGCGACACTACTTCTCCTGT
TGCCGTCCACAACGGAGACAAGATCTCATAAGGCTAACGAAACCAGGAATCTACTATTTT
ATTACCTCAAAGATTGGTCATTGTGAGGCTGGGCTTAAGCTTCGAGTTGTGGTGCGACCA
CTATCCAAAAGTGTTCCGAAGAAGACGCAGTTGTCACCTTTCGACCGTCTCATCAAGTGG
CTACATGATTCCTTCAGACCCCACCCCCATCACTAAGAATTTCGTTCCTTTTTTTTTGTT
TGAGCTTAATTTAGCTTATCTGTGTTTTTGTTTTCTCACTCGTTTTTGTTCTTT

QA 1 594 1 594
DS 



AS 1 2

CO CL6534Contig1 639 2 4 U
CGGCTTGCGACAAGACTAACGCATATGTTCTAAGTTGCGTTTGATTTGTGAGTATAAGTT
TGGATTTCAAATGCGCTACTCTACCAGTAGTGATAAACCACAGGTGCGATGACCATTCTT
TAGTCTTGTCCCTTGGTGAGAAGGTGTCTGGGTAAATATTGGTGTACGGTCTGTGAAGCT
GAGACTAATCCCTGAGAAATGGTTCTATACATGTTATGATTGTGGGGGTCGTGTGCCATG
TTTGATTGTGTGATTGGGAGACTCGTTGAAAATTAAGCCAGGATTATTAATCGTGGAACA
TGGAATGAAGATAGAAGCTGTTCTCAACAGTTCCAATTCTAGGCCATTGTGCTCTACTTG
TGGCTCTCGTTGTCGGTTCCCTATGGTTTATAGGCTTTCTAGCAACAGTTTTGAGAATCT
CCATTGCTCATTAGAATGTGTTTTAGGCTATTGTACACAGCTACAATTTTTTTAGGATGT
GTGGGCTTGAGGATGTAATTTAGCACGTTTGCTAAATCTCGTTGAGTTGTGTGTTCATGT
TGATTTTTTTAGGTTTATGTGTTGTGTCAAATTATGTTCCGACAATAAGCTTCAACCATA
TATATATTTTATTATTATAAACTCAGGTAGCACTTTAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BB80TF U 1
AF RR3BB80JQ C 11
BS 1 377 RR3BB80TF
BS 378 378 RR3BB80JQ
BS 379 389 RR3BB80TF
BS 390 639 RR3BB80JQ

RD RR3BB80TF 389 0 0
CGGCTTGCGACAAGACTAACGCATATGTTCTAAGTTGCGTTTGATTTGTGAGTATAAGTT
TGGATTTCAAATGCGCTACTCTACCAGTAGTGATAAACCACAGGTGCGATGACCATTCTT
TAGTCTTGTCCCTTGGTGAGAAGGTGTCTGGGTAAATATTGGTGTACGGTCTGTGAAGCT
GAGACTAATCCCTGAGAAATGGTTCTATACATGTTATGATTGTGGGGGTCGTGTGCCATG
TTTGATTGTGTGATTGGGAGACTCGTTGAAAATTAAGCCAGGATTATTAATCGTGGAACA
TGGAATGAAGATAGAAGCTGTTCTCAACAGTTCCAATTCTAGGCCATTGTGCTCTACTTG
TGGCTCTCGTTGTCGGT*CCCTATGGTTT

QA 1 389 1 389
DS 

RD RR3BB80JQ 629 0 0
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ATGCGCTACTCTACCAGTAGTGATAAACCACAGGTGCGATGACCATTCTTTAGTCTTGTC
CCTTGGTGAGAAGGTGTTTGG*TAAATATTGGTGTACGGTCTGTGAAGCTGAGACTAATC
C*TGAGAAATGGTTCTATACATGTTATGATTG*GGGGGTCGTGTGCCATGTT*GATTGTG
TGATTGG*AGACTCGTTGAAAATTAAGCCAGGATTATTAATCGTGGAACATGGAATGAAG
ATAGAAGCTGTTTTCAACAGTTCCAATTTTAGGCCATTGTGCTCTACTTGTGGCTCTCGT
TGTCGGTTCCCTATGGTTTATAGGCTTTCTAGCAACAGTTTTGAGAATCTCCATTGCTCA
TTAGAATGTGTTTTAGGCTATTGTACACAGCTACAATTTTTTTAGGATGTGTGGGCTTGA
GGATGTAATTTAGCACGTTTGCTAAATCTCGTTGAGTTGTGTGTTCATGTTGATTTTTTT
AGGTTTATGTGTTGTGTCAAATTATGTTCCGACAATAAGCTTCAACCATATATATATTTT
ATTATTATAAACTCAGGTAGCACTTTAAT

QA 1 629 1 629
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6536Contig1 327 2 1 U
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GAAGGACAAATCTCCTGCGAGGGGGACAAGGGGAAAGAAGGACAAATCTCCTGTTAGAAG
AGATCGTCGTGAATCTGAACATACAGATTGATTGGTGACTTAAAAAACAAAGCATTTTGG
GTTGTGTTTGAATTCTGTTTTATGTTCTTTTCTTATCTAAATAATCAGAAAAGTGGTGCA
TGACAAAGCACTTTACTTTCTCTTCAAACTGGTTGTTTTCACTTGAGTTTATCATCAAAA
ACTTTTTTTATATACAGTCTATTCTCG


BQ
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AF RR3E665JQ C 1
AF RR3E665TF U 1
BS 1 327 RR3E665TF

RD RR3E665JQ 327 0 0
GATCTCGGGCGATGTGGAGAAGCCTTCGATGAAGGCACCTGCGAGGGGGACAAGGGGAAA
GAAGGACAAATCTCCTGCGAGGGGGACAAGGGGAAAGAAGGACAAATCTCCTGTTAGAAG
AGATCGTCGTGAATCTGAACATACAGATTGATTGGTGACTTAAAAAACAAAGCATTTTGG
GTTGTGTTTGAATTCTGTTTTATGTTCTTTTCTTATCTAAATAATCAGAAAAGTGGTGCA
TGACAAAGCACTTTACTTTCTCTTCAAACTGGTTGTTTTCACTTGAGTTTATCATCAAAA
ACTTTTTTTATATACAGTCTATTCTCG

QA 1 327 1 327
DS 

RD RR3E665TF 327 0 0
GATCTCGGGCGATGTGGAGAAGCCTTCGATGAAGGCACCTGCGAGGGGGACAAGGGGAAA
GAAGGACAAATCTCCTGCGAGGGGGACAAGGGGAAAGAAGGACAAATCTCCTGTTAGAAG
AGATCGTCGTGAATCTGAACATACAGATTGATTGGTGACTTAAAAAACAAAGCATTTTGG
GTTGTGTTTGAATTCTGTTTTATGTTCTTTTCTTATCTAAATAATCAGAAAAGTGGTGCA
TGACAAAGCACTTTACTTTCTCTTCAAACTGGTTGTTTTCACTTGAGTTTATCATCAAAA
ACTTTTTTTATATACAGTCTATTCTCG

QA 1 327 1 327
DS 



AS 1 2

CO CL6537Contig1 465 2 2 U
GACTTGCTGCTTATATATTCACAAACAGTGTGCAACGATCGTGGCGTGTCTCAGAAGCAC
TTGAATACGGACTTGTAGGGGTGAACGAAGGAATCATATCAACAGAGGTGGCTCCATTCG
GGGGAGTGAAGCAGTCTGGTCTTGGAAGGGAAGGATCCAAGTACGGTATGGACGAATACC
ATGAGATCAAATACATATGCTTGGGAGATATGAACAGACAGTGATTTGGTTTGTTAAATA
GCGCTTGGAAATGGTCAGTTACTCACCGTCGCTGTTTGAAACATAATAAGGGTTTAGAGT
GTGCTTATTTGAAAAATAAAGAATTGGTCTACTTCGACCAATATGTTTTAGCATGGTTCT
TGAATAATATTCTGAGCTTCTTAAGTTGTTTTTTTGTGTGTAATATTCTGACAATTTTTG
GTTCGTATGTAGTATATACTAAAAAGAGAGCGGTCTTGTTCTTGG


BQ
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AF RR3GB41TF U 1
AF RR3G674TF U 179
BS 1 463 RR3GB41TF
BS 464 465 RR3G674TF

RD RR3GB41TF 465 0 0
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TTGAATACGGACTTGTAGGGGTGAACGAAGGAATCATATCAACAGAGGTGGCTCCATTCG
GGGGAGTGAAGCAGTCTGGTCTTGGAAGGGAAGGATCCAAGTACGGTATGGACGAATACC
ATGAGATCAAATACATATGCTTGGGAGATATGAACAGACAGTGATTTGGTTTGTTAAATA
GCGCTTGGAAATGGTCAGTTACTCACCGTCGCTGTTTGAAACATAATAAGGGTTTAGAGT
GTGCTTATTTGAAAAATAAAGAATTGGTCTACTTCGACCAATATGTTTTAGCATGGTTCT
TGAATAATATTCTGAGCTTCTTAAGTTGTTTTTTTGTGTGTAATATTCTGACAATTTTTG
GTTCGTATGTAGTATATACTAAAAAGAGAGCGGTCTTGTTCTT
AG

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR3G674TF 287 0 0
G
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AGCGCTTGGAAATGGTCAGTTACTCACCGTCGCTGTTTGAAACATAATAAGGGTTTAGAG
TGTGCTTATTTGAAAAATAAAGAATTGGTCTACTTCGACCAATATGTTTTAGCATGGTTC
TTGAATAATATTCTGAGCTTCTTAAGTTGTTTTTTTGTGTGTAATATTCTGACAATTTTT
GGTTCGTATGTAGTATATACTAAAAAGAGAGCGGTCTTGTTCTTGG

QA 2 287 2 287
DS 



AS 1 2

CO CL6538Contig1 791 2 7 U
AAATGAAAACAAGCCGAAACTTATTTATTTATAGAAAGTACAAAGAAATACATACATCGA
AAGACATACTCAACGATGAGAGAAAATTACATGATTGATGGTTACTATAATATACCATTT
ATTTAATCCGTCACACACTCGAATGGTGTTCATTATTTATTCATAAAAGCAAACCACCCC
ATTAATTATTATAGCATATAAAAAGACTTAGCTTTTGGAACCCTTTAGTTGCACCATTGA
CGTCATTGAGTTAAGCTTCAGTTATGGCGTTCACAGAAGCATTTCAGTCTTGTAAATGCA
TCCTCCAATATCGATGTATCCATGTCAATAGAATGCCTTAACCAGTTCTTCTGACCAAAT
GCAATCCCTGGTAAAACGACGAGGTTTTCTTCCTTAGCAAGCTTATTGCAGAAGTCTTGA
TCGTCTTCAATGTCCACAAAATGTGATGGGTCTAGCTCGGTCCATAAGAAGGTGCATGCT
TCAGGTTTCATGTAACAGGTGAGGTAGGTATCTCCTTGAGCTTAGCATATGCAATATCAA
CTTTGTCTTTAAGAAAACTCTGCCTCCTATCAAAGAATTCTTGAGGAGTTTTCTCCAAGA
TGGTGGGAATAGCTGCCTGGATAACAGTTGGTGGTTTAGAATTTATCTCCAAAAATTCGT
TAGCAGCTTTTAAGACCTTGGTGGATTTAAAGACACCGTTTAGATCGTGCATAGCGAGCC
AGCCTGTTCGCCATCCTGGGACACTCCATCCTTTCGATATGGAGCCGTGTGTAATAACGG
GTACAATCGAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G103JQ U 56
AF RR3C892JQ U 1
BS 1 253 RR3C892JQ
BS 254 254 RR3G103JQ
BS 255 296 RR3C892JQ
BS 297 297 RR3G103JQ
BS 298 317 RR3C892JQ
BS 318 318 RR3G103JQ
BS 319 791 RR3C892JQ

RD RR3G103JQ 352 0 0
CCTC
AAAGACATACTCAACGATGAGAGAAAATTACATGATTGATGGTTACTATAATATACCATT
TATTTAATCCGTCACACACTC*AATGGTGTTCATTATTTATTCATAAAAGCAAACCACCC
CATTAATTATTATAGCATATAAAAAGACTTAGCTTTTGGAACCCTTTAGTTGCACCATTG
ACGTCATTGAGTTAAGCTTCAGTTATGGCGTTCACAGAAGCATTTCAGTCTTGTAAATGC
ATCCTCCAATATCGATGTATCCATGTCAATAGAATGCCTTAACCAGTTCTTCTGATCAAA
TGCAATCCCTGGTAAAACGACGAGGTTTTCTTCCTTAGCAAGCTTATT

QA 5 352 5 352
DS 

RD RR3C892JQ 791 0 0
AAATGAAAACAAGCCGAAACTTATTTATTTATAGAAAGTACAAAGAAATACATACATCGA
AAGACATACTCAACGATGAGAGAAAATTACATGATTGATGGTTACTATAATATACCATTT
ATTTAATCCGTCACACACTCGAATGGTGTTCATTATTTATTCATAAAAGCAAACCACCCC
ATTAATTATTATAGCATATAAAAAGACTTAGCTTTTGGAACCCTTTAGTTGCACCATTGA
CGTCATTGAGTTACGCTTCAGTTATGGCGTTCACAGAAGCATTTCAGTCTTGTAAA*GCA
TCCTCCAATATCGATGTCTCCATGTCAATAGAATGCCTTAACCAGTTCTTCTGACCAAAT
GCAATCCCTGGTAAAACGACGAGGTTTTCTTCCTTAGCAAGCTTATTGCAGAAGTCTTGA
TCGTCTTCAATGTCCACAAAATGTGATGGGTCTAGCTCGGTCCATAAGAAGGTGCATGCT
TCAGGTTTCATGTAACAGGTGAGGTAGGTATCTCCTTGAGCTTAGCATATGCAATATCAA
CTTTGTCTTTAAGAAAACTCTGCCTCCTATCAAAGAATTCTTGAGGAGTTTTCTCCAAGA
TGGTGGGAATAGCTGCCTGGATAACAGTTGGTGGTTTAGAATTTATCTCCAAAAATTCGT
TAGCAGCTTTTAAGACCTTGGTGGATTTAAAGACACCGTTTAGATCGTGCATAGCGAGCC
AGCCTGTTCGCCATCCTGGGACACTCCATCCTTTCGATATGGAGCCGTGTGTAATAACGG
GTACAATCGAG

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL6539Contig1 900 2 2 U
TCTCTCAATCTCTCAAATGGCGTCACCTCGTGGCCTTCCGATCTCCTCCTTCATCCTCCT
CACTCTATTCACCTTCTTACCAAATCCCGCAGCCTCTCTTCGCACCTCCTTCATCAAGCT
CCCTGGAAGCGACGGATCTCGCTCCTCCGCCGCAGATACCTACTGCGAGAGCTGGAGATT
GGCCGCGGAGACAAACAACGCCGGAACCTGGGATGTCATCCCGTCAACGTGCGTCGATTC
CGTCGCCTGTTACCTCAACGGAGACCAGTACGGATCCGATTACGGTGTCATCGCCGATTA
CGCGCTCGCCTTCGCTAAAACGGTTCAGGTTTCCGGCGACGGCAAGGACGCGTGGATCTT
CGATATCGACGAGACGCTCCTCACGAATTTAGACTACTACAAGGCTCATGGTTACGGGTC
TGAACCGTTTGAGTCTAATAGCTTCAATGAGTGGGTGGTAGGAGGTACAGCTCCAGCTTT
TGAAGCGAGCTTGAGACTGTACAATGCTCTCAAGGAACTCGGTTTCACTATCGTTCTCCT
AACCGGCCGGGACGAACACCAAAGAAGTGCCACCGAGACTAATCTCCGAGACGCCGGTTA
CTCCGGTTGGGAGAGGCTCCTCTTGAGAGGTCCAGAAGATCAAGGGAAGTCAGCTACGAA
CTACAAATCGGAGCAGCGGTCCAAGCTGATCGAGGAAGGCTTCAAGATCCGTGGCAATAC
TGGAGATCAATGGAGCGATCTTCTCGGCTTCGCCGTGGCTGATCGTTCTTTCAAAGTCCC
CAATCCAATGTACTGCATTCCTTGATCATTAGTGTTCTCATTCATGTACTTGAGTAACAA
CAACAACAATCATGTGTGATTTATTTAAACTTGATTAATTCACTAATCACCAGTTCATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GB58TF U 1
AF RR3GB58JQ C 132
BS 1 458 RR3GB58TF
BS 459 900 RR3GB58JQ

RD RR3GB58TF 461 0 0
TCTCTCAATCTCTCAAATGGCGTCACCTCGTGGCCTTCCGATCTCCTCCTTCATCCTCCT
CACTCTATTCACCTTCTTACCAAATCCCGCAGCCTCTCTTCGCACCTCCTTCATCAAGCT
CCCTGGAAGCGACGGATCTCGCTCCTCCGCCGCAGATACCTACTGCGAGAGCTGGAGATT
GGCCGCGGAGACAAACAACGCCGGAACCTGGGATGTCATCCCGTCAACGTGCGTCGATTC
CGTCGCCTGTTACCTCAACGGAGACCAGTACGGATCCGATTACGGTGTCATCGCCGATTA
CGCGCTCGCCTTCGCTAAAACGGTTCAGGTTTCCGGCGACGGCAAGGACGCGTGGATCTT
CGATATCGACGAGACGCTCCTCACGAATTTAGACTACTACAAGGCTCATGGTTACGGGTC
TGAACCGTTTGAGTCTAATAGCTTCAATGAGTGGGTGG
GTA

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR3GB58JQ 769 0 0
ACGGATCTCGCTCCTCCGCCGCAGATACCTACTGCGAGAGCTGGAGATTGGCCGCGGAGA
CAAACAACGCCGGAACCTGGGATGTCATCCCGTCAACGTGCGTCGATTCCGTCGCCTGTT
ACCTCAACGGAGACCAGTACGGATCCGATTACGGTGTCATCGCCGATTACGCGCTCGCCT
TCGCTAAAACGGTTCAGGTTTCCGGCGACGGCAAGGACGCGTGGATCTTCGATATCGACG
AGACGCTCCTCACGAATTTAGACTACTACAAGGCTCATGGTTACGGGTCTGAACCGTTTG
AGTCTAATAGCTTCAATGAGTGGGTGGTAGGAGGTACAGCTCCAGCTTTTGAAGCGAGCT
TGAGACTGTACAATGCTCTCAAGGAACTCGGTTTCACTATCGTTCTCCTAACCGGCCGGG
ACGAACACCAAAGAAGTGCCACCGAGACTAATCTCCGAGACGCCGGTTACTCCGGTTGGG
AGAGGCTCCTCTTGAGAGGTCCAGAAGATCAAGGGAAGTCAGCTACGAACTACAAATCGG
AGCAGCGGTCCAAGCTGATCGAGGAAGGCTTCAAGATCCGTGGCAATACTGGAGATCAAT
GGAGCGATCTTCTCGGCTTCGCCGTGGCTGATCGTTCTTTCAAAGTCCCCAATCCAATGT
ACTGCATTCCTTGATCATTAGTGTTCTCATTCATGTACTTGAGTAACAACAACAACAATC
ATGTGTGATTTATTTAAACTTGATTAATTCACTAATCACCAGTTCATGT

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL6540Contig1 1091 2 2 U
GGGTTATCCATCGGAGACAGAAGACTTCTTCAAGAGTCAACAGGGGTGAATGCAGACGCC
ACAGTGGCGACTGATGGAAGCGGTGATTTTACGACGGTTGCGGCGGCTGTAGAAGCTGCG
CCGGAGAAGAGTAACAAAAGGTATGTGATACATATAAAAGCAGGAGTTTACAGAGAGAAT
GTGGAAGTGTCCAAGAAGAAGAAGAATATAATGTTTTTGGGAGATGGTCGAGGAAAGACT
ATTATCACCGGAAAGAGAAACGTCGTTTACGGAAGCACCACTTTCCACTCAGCTACCGTT
GCTGCTGTCGGTGAAAGATTCTTAGCGCGTGACATCACATTCCAAAACACGGCGGGTCCG
TCAAAGCATCAGGCGGTAGCTCTTCGGGTCGGATCAGACTTCTCCGCTTTCTACAACTGT
GACATGTTAGCATATCAAGACACACTCTACGTCCATTCTAACCGTCAATTCTTCGTCAAA
TGTCACATAGCCGGGACCGTTGATTTCATCTTCGGAAATGCAGCTGCGATTTTACAAAAC
TGCGTTATAAACGCACGCCGACCAAACTCCAACCAGAAAAACATGGTCACGGCTCAAGGC
CGGTCGGACCCAAACCAGAACACTGGAATTGTGATTCAGAACTGTAAGATTGGTGCCACG
TCAGATCTTCTGGCTGTAAAAGGAAGTTTTTCGACGTATCTTGGTCGTCCTTGGAAACAA
TATTCAAGAACGGTGATAATGCAATCAGATATTTCCGACGTGATCCGACCCGAAGGATGG
CTTGAGTGGAGCGGGGATTTTGCGTTGGATACTTTAACTTATAGAGAGTATTTGAATAGA
GGAGCAGGGGCTGGAACTGCAAATAGAGTAAAGTGGAAGGGCTATGAGGTGATTACGAAT
GTTACAGAGGCTCAGCAGTATACGGCTGGTCAGTTTATTGGTGGTGAAGGCTGGTTAGGT
TCGACCGGTTTCCCTTTCTCGCTAAGTCTTTGATTTTTTGATAATTTGAATTATTAATTT
ATCTTCCATTATTAATCAATAAAGTATGAATTTGATAAAATTATAATGTTACTCTTATGA
GGTTTTAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH17TF U 1
AF RR3EH17JQ C 255
BS 1 581 RR3EH17TF
BS 582 1091 RR3EH17JQ

RD RR3EH17TF 581 0 0
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ACAGTGGCGACTGATGGAAGCGGTGATTTTACGACGGTTGCGGCGGCTGTAGAAGCTGCG
CCGGAGAAGAGTAACAAAAGGTATGTGATACATATAAAAGCAGGAGTTTACAGAGAGAAT
GTGGAAGTGTCCAAGAAGAAGAAGAATATAATGTTTTTGGGAGATGGTCGAGGAAAGACT
ATTATCACCGGAAAGAGAAACGTCGTTTACGGAAGCACCACTTTCCACTCAGCTACCGTT
GCTGCTGTCGGTGAAAGATTCTTAGCGCGTGACATCACATTCCAAAACACGGCGGGTCCG
TCAAAGCATCAGGCGGTAGCTCTTCGGGTCGGATCAGACTTCTCCGCTTTCTACAACTGT
GACATGTTAGCATATCAAGACACACTCTACGTCCATTCTAACCGTCAATTCTTCGTCAAA
TGTCACATAGCCGGGACCGTTGATTTCATCTTCGGAAATGCAGCTGCGATTTTACAAAAC
TGCGTTATAAACGCACGCCGACCAAACTCCAACCAGAAAAA

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3EH17JQ 837 0 0
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AAGATTCTTAGCGCGTGACATCACATTCCAAAACACGGCGGGTCCGTCAAAGCATCAGGC
GGTAGCTCTTCGGGTCGGATCAGACTTCTCCGCTTTCTACAACTGTGACATGTTAGCATA
TCAAGACACACTCTACGTCCATTCTAACCGTCAATTCTTCGTCAAATGTCACATAGCCGG
GACCGTTGATTTCATCTTCGGAAATGCAGCTGCGATTTTACAAAACTGCGTTATAAACGC
ACGCCGACCAAACTCCAACCAGAAAAACATGGTCACGGCTCAAGGCCGGTCGGACCCAAA
CCAGAACACTGGAATTGTGATTCAGAACTGTAAGATTGGTGCCACGTCAGATCTTCTGGC
TGTAAAAGGAAGTTTTTCGACGTATCTTGGTCGTCCTTGGAAACAATATTCAAGAACGGT
GATAATGCAATCAGATATTTCCGACGTGATCCGACCCGAAGGATGGCTTGAGTGGAGCGG
GGATTTTGCGTTGGATACTTTAACTTATAGAGAGTATTTGAATAGAGGAGCAGGGGCTGG
AACTGCAAATAGAGTAAAGTGGAAGGGCTATGAGGTGATTACGAATGTTACAGAGGCTCA
GCAGTATACGGCTGGTCAGTTTATTGGTGGTGAAGGCTGGTTAGGTTCGACCGGTTTCCC
TTTCTCGCTAAGTCTTTGATTTTTTGATAATTTGAATTATTAATTTATCTTCCATTATTA
ATCAATAAAGTATGAATTTGATAAAATTATAATGTTACTCTTATGAGGTTTTAAGCC

QA 1 837 1 837
DS 



AS 1 2

CO CL6541Contig1 330 2 1 U
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TATCCAAATTTCCGAAGGAGACTAACGCGTCGTATTCTCTGCAAGAGCCTCATGAGGTTA
TGGGTTTCTTGCAACGTTTAGTGGAATGGAAACAACTGATATCTGGCGCATGATGGGAGC
TATGAGTACATTATAAGGATCTTTTTTTAATAACTTGTTAATCTAGTTTTTTCCTTATCT
CATTGTACTCACCGCATCTTTGACAAACAAAGAAAAAAGTGTATTCAACGCGTATGTAAA
AAATCTTAATAGTAATTGTTTCCAATTCCC


BQ
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AF RR3F507JQ C 1
AF RR3F507TF U 1
BS 1 330 RR3F507TF

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TATCCAAATTTCCGAAGGAGACTAACGCGTCGTATTTTCTGCAAGAGCCTCATGAGGTTA
TGGGTTTCTTGCAACGTTTAGTGGAATGGAAACAACTGATATCTGGCGCATGATGGGAGC
TATGAGTACATTATAAGGATCTTTTTTTAATAACTTGTTAATCTAGTTTTTTCCTTATCT
CATTGTACTCACCGCATCTTTGACAAACAAAGAAAAAAGTGTATTCAACGCGTATGTAAA
AAATCTTAATAGTAATTGTTTCCAATTCCC

QA 1 330 1 330
DS 

RD RR3F507TF 330 0 0
GCACAGACGAAGATGCGTTTAAGGTATTAAGAGACAAAAGACAAGGTCTTGGCATTCTTG
TATCCAAATTTCCGAAGGAGACTAACGCGTCGTATTCTCTGCAAGAGCCTCATGAGGTTA
TGGGTTTCTTGCAACGTTTAGTGGAATGGAAACAACTGATATCTGGCGCATGATGGGAGC
TATGAGTACATTATAAGGATCTTTTTTTAATAACTTGTTAATCTAGTTTTTTCCTTATCT
CATTGTACTCACCGCATCTTTGACAAACAAAGAAAAAAGTGTATTCAACGCGTATGTAAA
AAATCTTAATAGTAATTGTTTCCAATTCCC

QA 1 330 1 330
DS 



AS 1 2

CO CL6542Contig1 1057 2 2 U
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CTTCTTCGCCGGCCCATACTCATCATCGTTGGTGAGTGCAAGGCTTCGAAATATTGCATT
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GAGGGAGACCACGTTGGGAAGGAACCTCTCCTTCTGATAAAACAAGGAGCTGAAGCTAGG
GTGTTCGAGTCTACATTTGTGGGAAGAAGATCCATCGTGAAAGAGCGGTTCTCGAAGAAG
TATAGACACCCGATTCTTGATGCGAAACTCACACTCAAACGCTTGAATGCTGAGGCAAGG
TGTATGACGAAAGCAAGGAAGCTCGGGGTTTGTACTCCAGTCCTCTATGCGGTGGATCCT
CTGCTTCATTCCTTGACCCTCGAGTACATCGAAGGCGTCTCTGTCAAAGACATCTTTCTA
GAGTTTGGTGCCAATGGGATAGTGGAGGAACGGTTGGATGATATCGCTGCTCAGATTGGT
GAGGCCATCGCTAAGCTCCATGATGGTGGCTTGTCTCACGGTGACTTGACAACTTCAAAC
ATGTTAGTCCGAACCGGTACAAATCAGCTGGTACTAACTGATTTCGGGTTGAGTTTCACG
TCGACCTTGCCGGAAGACAAAGCTGTTGATCTATATGTACTTGAAAGAGCCTTGCTCTCA
ATGCATTCTTCTTGCGGAAACGTGATGGATCGTATACTGACAGCATATAGGAAGTCCTCA
AAGCAATGGTCAGCTACCTTCAACAAGCTTGCGCAAGTGAGGCAACGAGGAAGAAAGCGT
ACTATGATTGGATGAGCCAAGATCTCCAGTAACTTGTGGCTATAAAAGCTACTCCAAAAC
TTGCTATTTGGTCTAATAGAGGTAGGAAGATTATGCCTTTGAATGTTTAGCACATGTGCA
CTGCCTCTGTCTTAGTATTTTGATTACAATCCAAACAGACTATCATTGTTGTTTCTCAGC
CACTGTGACTCATTATATAACGTAGCTACTTTTCTTT


BQ
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AF RR3EM64TF U 1
AF RR3EM64JQ C 314
BS 1 639 RR3EM64TF
BS 640 1057 RR3EM64JQ

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CTTCTTCGCCGGCCCATACTCATCATCGTTGGTGAGTGCAAGGCTTCGAAATATTGCATT
AAGTGTGTTTTGGCTTTCTAGTTTGTGGAAGTTGCTTCCAAGAAACTTAGGATGGATAGT
GAGGGAGACCACGTTGGGAAGGAACCTCTCCTTCTGATAAAACAAGGAGCTGAAGCTAGG
GTGTTCGAGTCTACATTTGTGGGAAGAAGATCCATCGTGAAAGAGCGGTTCTCGAAGAAG
TATAGACACCCGATTCTTGATGCGAAACTCACACTCAAACGCTTGAATGCTGAGGCAAGG
TGTATGACGAAAGCAAGGAAGCTCGGGGTTTGTACTCCAGTCCTCTATGCGGTGGATCCT
CTGCTTCATTCCTTGACCCTCGAGTACATCGAAGGCGTCTCTGTCAAAGACATCTTTCTA
GAGTTTGGTGCCAATGGGATAGTGGAGGAACGGTTGGATGATATCGCTGCTCAGATTGGT
GAGGCCATCGCTAAGCTCCATGATGGTGGCTTGTCTCACGGTGACTTGACAACTTCAAAC
ATGTTAGTCCGAACCGGTACAAATCAGCTGGTACTAACT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3EM64JQ 744 0 0
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TGACCCTCGAGTACATCGAAGGCGTCTCTGTCAAAGACATCTTTCTAGAGTTTGGTGCCA
ATGGGATAGTGGAGGAACGGTTGGATGATATCGCTGCTCAGATTGGTGAGGCCATCGCTA
AGCTCCATGATGGTGGCTTGTCTCACGGTGACTTGACAACTTCAAACATGTTAGTCCGAA
CCGGTACAAATCAGCTGGTACTAACTGATTTCGGGTTGAGTTTCACGTCGACCTTGCCGG
AAGACAAAGCTGTTGATCTATATGTACTTGAAAGAGCCTTGCTCTCAATGCATTCTTCTT
GCGGAAACGTGATGGATCGTATACTGACAGCATATAGGAAGTCCTCAAAGCAATGGTCAG
CTACCTTCAACAAGCTTGCGCAAGTGAGGCAACGAGGAAGAAAGCGTACTATGATTGGAT
GAGCCAAGATCTCCAGTAACTTGTGGCTATAAAAGCTACTCCAAAACTTGCTATTTGGTC
TAATAGAGGTAGGAAGATTATGCCTTTGAATGTTTAGCACATGTGCACTGCCTCTGTCTT
AGTATTTTGATTACAATCCAAACAGACTATCATTGTTGTTTCTCAGCCACTGTGACTCAT
TATATAACGTAGCTACTTTTCTTT

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL6543Contig1 1108 2 4 U
GGAAGCAAACGTCCCAAATGGAACCTCAAGAAACAGAGCCACCACCTAGAAAACAACTTA
GACAGCCTCCTTCTGTGCCTTTTGTTTGGGAAGAACGCCCTGGCTTCCCTAAGAAGAACT
GGCAACCTTCACTAGCCACCTTCGTGCCTTCTCCTCCTCCTCTTCCTCCCCCTATACCAG
TCCCGGTTAAGCTGGTCACTTCGGTTCCTTTTCGTTGGGAAGAGACTCCTGGTAAACCGG
TCCCTTATTCCACAACCGACCCACCTAAGCTTCCACAGCCACCTTCAGAAACCGTCACGA
CTCCTCATCCGTTACCACCTCCGGTTCCAGTTCCGGTTAAGCTGGTTACCTCGGTTCCAT
TCGACTGGGAACAAACTCCTGGACAACCATACCCTTGCTTTGTTGATTTCAACCCACGTG
ACCCGATGGATCAACCGCTACCACCACCTCCCATGTACGATACTGGTGAGGTTGAAACCA
GCAGCAATACTTACGATGACGCAAGCAGTGACTCCTTCAGCTCTGTACCCATATCAGGTG
CTATTCCTGTGGATGACAACCTGACATCTCCAGGTTATGAATCTGATGACAGTGCGAGCA
GTTACATGACAGGAGCTTCCAGCCTCGTGGGAGCTTCCTTCTTGGAAAAGATCTTTCCAC
GTCTTCTTCCACAGCCACAGGAAAAGGTCGAAGCGGCTGGTTTTGAGGATGTTCAGGATT
CTACTCGTCCATTGCATGAAGAGGTGAAGCTTACTGAAGAATCTAGTAACATGAAGATTG
GCTTACCTGTGAAGATACCGCAGACACTCGGGGAGCTGATAATGCTGAGTAGAAAGAGAA
GCTATATGAGAAGAGCTGTTGCAATGAGAAAATACAATCCTTCCATGGAATTTACAAAGA
GTGGAGCTGAGAGATTCTGCAACCAAATGATACAAGGACATGAATGGAAAAAATACCAAC
CGAGGCTGAAGCTTCTTTAGAAGAAAACTCTTGTTAAAACTATAGTACTTGTATTGTACA
AATAGATGCGATATTGAACTCCCATTCTCTTTCTTATGCAAAACGATACTTGTAACTATT
TCGTATTCTCCAAACTTATAACTTCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G928TF U 1
AF RR3G928JQ C 352
BS 1 648 RR3G928TF
BS 649 649 RR3G928JQ
BS 650 682 RR3G928TF
BS 683 1108 RR3G928JQ

RD RR3G928TF 682 0 0
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GACAGCCTCCTTCTGTGCCTTTTGTTTGGGAAGAACGCCCTGGCTTCCCTAAGAAGAACT
GGCAACCTTCACTAGCCACCTTCGTGCCTTCTCCTCCTCCTCTTCCTCCCCCTATACCAG
TCCCGGTTAAGCTGGTCACTTCGGTTCCTTTTCGTTGGGAAGAGACTCCTGGTAAACCGG
TCCCTTATTCCACAACCGACCCACCTAAGCTTCCACAGCCACCTTCAGAAACCGTCACGA
CTCCTCATCCGTTACCACCTCCGGTTCCAGTTCCGGTTAAGCTGGTTACCTCGGTTCCAT
TCGACTGGGAACAAACTCCTGGACAACCATACCCTTGCTTTGTTGATTTCAACCCACGTG
ACCCGATGGATCAACCGCTACCACCACCTCCCATGTACGATACTGGTGAGGTTGAAACCA
GCAGCAATACTTACGATGACGCAAGCAGTGACTCCTTCAGCTCTGTACCCATATCAGGTG
CTATTCCTGTGGATGACAACCTGACATCTCCAGGTTATGAATCTGATGACAGTGCGAGCA
GTTACATGACAGGAGCTTCCAGCCTCGTGGGAGCTTCCTTCTTGGAAA*GATCTTTCCAC
GTCTTCTTCCACAGCCACAGGA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3G928JQ 757 0 0
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ACCCACGTGACCCGATGGATCAACCGCTACCACCACCTCCCATGTACGATACTGGTGAGG
TTGAAACCAGCAGCAATACTTACGATGACGCAAGCAGTGACTCCTTCAGCTCTGTACCCA
TATCAGGTGCTATTCCTGTGGATGACAACCTGACATCTCCAGGTTATGAATCTGATGACA
GTGCGAGCAGTTACATGACAGGAGCTTCCAGCCTCGTGGGAGCTTCCTTCTTGGAAAAGA
TCTTTCCACGTCTTCTTCCACAGCCACAGGAAAAGGTCGAAGCGGCTGGTTTTGAGGATG
TTCAGGATTCTACTCGTCCATTGCATGAAGAGGTGAAGCTTACTGAAGAATCTAGTAACA
TGAAGATTGGCTTACCTGTGAAGATACCGCAGACACTCGGGGAGCTGATAATGCTGAGTA
GAAAGAGAAGCTATATGAGAAGAGCTGTTGCAATGAGAAAATACAATCCTTCCATGGAAT
TTACAAAGAGTGGAGCTGAGAGATTCTGCAACCAAATGATACAAGGACATGAATGGAAAA
AATACCAACCGAGGCTGAAGCTTCTTTAGAAGAAAACTCTTGTTAAAACTATAGTACTTG
TATTGTACAAATAGATGCGATATTGAACTCCCATTCTCTTTCTTATGCAAAACGATACTT
GTAACTATTTCGTATTCTCCAAACTTATAACTTCCTC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL6544Contig1 1077 2 2 U
GGTAAAGTTTTGATTTTGGTTGTGGTGATTGTCTTTTTAGCTCCTCTCTGTGCTTTGAAC
AAGATCGATTCCTTGAGCGTCACGTCAGCTGCTTCAGTGGCGCTCGCTGTTGTGTTTGTT
GTTGTTTGTTTTATCGTCGCGGCGGTTAAGCTTGTTGAAGGCACTGTTGATGATGCGCCG
AGGATGAGTCCTGATTTTGGTTCTAAAGAAGCGGTTTTGGATCTTCTCGTGGTGATACCG
ATAATGACGAACGCTTACGTTTGTCATTTCAATGTCCAGCCGATTTCCAACGAGCTGGAA
GGTCGGACGCCTGAGAAGATGAACCGTGTTGGGAGGATCACCACGGCTGTTTGCGTTGTT
GTCTATGCTTCCACTGCTGTCTCTGGTTATCTTCTCTTTGGTAAGGATACTGAGTCGGAT
ATTTTGACCAACTTTGACCGAGATCTAGGCATCCGTTTCAGCTCCGCGGTGAACTATATT
GTCAGAGTGGGGTACGTTCTTCATTTAGTTCTCGTCTTCCCTGTGATCCATTTCTCGTTG
AGAGAAACGGTGGATACCTTGTTGTTCGAAAGCTCGCCTCCTCTGTGCGAAAGCAAGAAG
AGATCTTTGGGGATTACAGTGGCCTTGCTGGCTCTTATTTACATTGGCTCCACGATGATT
CCAAATATTTGGACCGCGTTCAAGTTCACAGGCGCAACGTCGGCGGTTTCGCTTGGTTTT
ACGTTCCCTGCTCTTATAGCGTTGAGGTTAGGGAAGCAGAGCAATTCGCTAAGCGCGGCA
GAGAGATATGTCTCGTGGTTGATGCTCATCTTGGCGGTGGTGGTTAGTGTTGTGGGAACG
CTTGGCAACGTTTATAGTCTCAGAAGCAAATCAGATTGATGGTTTTCGTTTAGCGGGTTT
TCAAGATCTTGTTAGATTTATACAAATCGGAGATTCTTAGTCCAATACCGAACCGGAAGT
CTTGAGTTTTGTGACTGCTGCATGCATGCACCTTTAGGGTCCATAGATTTTCATCATACC
AATGCTGATGTATACAGACCACGATTCTTATTGATATATATATACGCAATTTTGCTG


BQ
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AF RR3F447TF U 1
AF RR3F447JQ C 321
BS 1 646 RR3F447TF
BS 647 1077 RR3F447JQ

RD RR3F447TF 646 0 0
GGTAAAGTTTTGATTTTGGTTGTGGTGATTGTCTTTTTAGCTCCTCTCTGTGCTTTGAAC
AAGATCGATTCCTTGAGCGTCACGTCAGCTGCTTCAGTGGCGCTCGCTGTTGTGTTTGTT
GTTGTTTGTTTTATCGTCGCGGCGGTTAAGCTTGTTGAAGGCACTGTTGATGATGCGCCG
AGGATGAGTCCTGATTTTGGTTCTAAAGAAGCGGTTTTGGATCTTCTCGTGGTGATACCG
ATAATGACGAACGCTTACGTTTGTCATTTCAATGTCCAGCCGATTTCCAACGAGCTGGAA
GGTCGGACGCCTGAGAAGATGAACCGTGTTGGGAGGATCACCACGGCTGTTTGCGTTGTT
GTCTATGCTTCCACTGCTGTCTCTGGTTATCTTCTCTTTGGTAAGGATACTGAGTCGGAT
ATTTTGACCAACTTTGACCGAGATCTAGGCATCCGTTTCAGCTCCGCGGTGAACTATATT
GTCAGAGTGGGGTACGTTCTTCATTTAGTTCTCGTCTTCCCTGTGATCCATTTCTCGTTG
AGAGAAACGGTGGATACCTTGTTGTTCGAAAGCTCGCCTCCTCTGTGCGAAAGCAAGAAG
AGATCTTTGGGGATTACAGTGGCCTTGCTGGCTCTTATTTACATTG

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3F447JQ 757 0 0
GAACCGTGTTGGGAGGATCACCACGGCTGTT*GCGTTGT*GTCTATGCTTCCACTGCTGT
CTCTGGTTATCTTCTCTTTGGTAAGGATACTGAGTCGGATATTTTGACCAACTTTGACCG
AGATCTAGGCATCCGTTTCAGCTCCGCGGTGAACTATATTGTCAGAGTGGGGTACGTTCT
TCATTTAGTTCTCGTCTTCCCTGTGATCCATTTCTCGTTGAGAGAAACGGTGGATACCTT
GTTGTTCGAAGGCTCGCCTCCTCTGTGCGAAAGCAAGAAGAGATCTTTGGGGATTACAGT
GGCCTTGCTGGCTCTTATTTACATTGGCTCCACGATGATTCCAAATATTTGGACCGCGTT
CAAGTTCACAGGCGCAACGTCGGCGGTTTCGCTTGGTTTTACGTTCCCTGCTCTTATAGC
GTTGAGGTTAGGGAAGCAGAGCAATTCGCTAAGCGCGGCAGAGAGATATGTCTCGTGGTT
GATGCTCATCTTGGCGGTGGTGGTTAGTGTTGTGGGAACGCTTGGCAACGTTTATAGTCT
CAGAAGCAAATCAGATTGATGGTTTTCGTTTAGCGGGTTTTCAAGATCTTGTTAGATTTA
TACAAATCGGAGATTCTTAGTCCAATACCGAACCGGAAGTCTTGAGTTTTGTGACTGCTG
CATGCATGCACCTTTAGGGTCCATAGATTTTCATCATACCAATGCTGATGTATACAGACC
ACGATTCTTATTGATATATATATACGCAATTTTGCTG

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL6545Contig1 1061 2 2 U
GACTTCATCGCACAGTTCCATTTCAGTGTTTGCTTCTGGTTCAACCCCTCAACTGGGCTC
GACAAATTCGTCTTCAAGCTCTAGTGGTACAACTAGCTCTCCTCTGTTTGGGACGAACTG
GCAAGCTCCCAAACCTGCTCCAGCCTTTACTTCCTCATTCACCCCTTCCTCATCTCCAAC
ATTTTCGTTTGGAGGATCATCTGCTGCTACCGCTTCAAGCGCTTCTGCTCCCATGACCTT
TGGTTTCAACTCAACCGCTCCTGCCATTCCTCAGCAGTCAGTATTTGGTAACTCAGCCCC
CTCAGCGACTCCTCCCTCACCCTTTGGAAACTCAACCCCCTCGTTTGCGTTTGGTGCGAC
TGCTACACCACCAAATACTGCAAACGGTTTCAACAATAATAACCAGCAAATGAGCATGGA
GGACAGTATGGCAGAAGACACAGACCAAGCCAACAAAACATCCATGGTACAACAACCAGT
GTTTGGACAACAGCCTGTCTCAATGCCTCAACCAAGCTTTACCTTTGGAGGAGCACCACC
AGCAACGCCTCCAACAATGGCTAACCCGTTCCAGTTTGGTAGGCAGCCGATTGCAAGCAC
AGCGCCACAGAACGCATCACCTTTCCAGGCATCACAGAGTCTAGAGTTCCAAGGAGGTGG
GAGCTTCTCACTGGGCAGCACTGGAGGCGGCGACAAGTCCGGGGGCAGAATCATCAAACC
AAGGAAAAGCAACAGAAAAAAGTAAAAGCGGTATGGATCATCATCACCAGTATACAAGTC
ATGAAGAGTCTCATTTTATTACAGTCAAAACTTGGATTCAGAGGAAGGTTGTGTTTTGAT
GGAAGAGGTAAAATGTGGGTTTTCTTTTTATGCTTGTCTGTCATTTCCGTGTTAAAGAGT
CGGGATTTGTTGGGGGTTAAAATGTTGAGACTTATAAAGTTGGTTGGAAAGTTTTGTAAT
TTTTCAGAAAATACGGGAGTTTGTAAGAGTAGTAGTTTCTGTCTAAAACTTTATTGTACT
TGTGTTTTTGTAAGGCACAACAAATAGTCGAACTTTTCTTT


BQ
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AF RR3FH01TF U 1
AF RR3FH01JQ C 366
BS 1 691 RR3FH01TF
BS 692 1061 RR3FH01JQ

RD RR3FH01TF 691 0 0
GACTTCATCGCACAGTTCCATTTCAGTGTTTGCTTCTGGTTCAACCCCTCAACTGGGCTC
GACAAATTCGTCTTCAAGCTCTAGTGGTACAACTAGCTCTCCTCTGTTTGGGACGAACTG
GCAAGCTCCCAAACCTGCTCCAGCCTTTACTTCCTCATTCACCCCTTCCTCATCTCCAAC
ATTTTCGTTTGGAGGATCATCTGCTGCTACCGCTTCAAGCGCTTCTGCTCCCATGACCTT
TGGTTTCAACTCAACCGCTCCTGCCATTCCTCAGCAGTCAGTATTTGGTAACTCAGCCCC
CTCAGCGACTCCTCCCTCACCCTTTGGAAACTCAACCCCCTCGTTTGCGTTTGGTGCGAC
TGCTACACCACCAAATACTGCAAACGGTTTCAACAATAATAACCAGCAAATGAGCATGGA
GGACAGTATGGCAGAAGACACAGACCAAGCCAACAAAACATCCATGGTACAACAACCAGT
GTTTGGACAACAGCCTGTCTCAATGCCTCAACCAAGCTTTACCTTTGGAGGAGCACCACC
AGCAACGCCTCCAACAATGGCTAACCCGTTCCAGTTTGGTAGGCAGCCGATTGCAAGCAC
AGCGCCACAGAACGCATCACCTTTCCAGGCATCACAGAGTCTAGAGTTCCAAGGAGGTGG
GAGCTTCTCACTGGGCAGCACTGGAGGCGGC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3FH01JQ 696 0 0
CACCACCAAATACTGCAAACGGTTTCAACAATAATAACCAGCAAATGAGCATGGAGGACA
GTATGGCAGAAGACACAGACCAAGCCAACAAAACATCCATGGTACAACAACCAGTGTTTG
GACAACAGCCTGTCTCAATGCCTCAACCAAGCTTTACCTTTGGAGGAGCACCACCAGCAA
CGCCTCCAACAATGGCTAACCCGTTCCAGTTTGGTAGGCAGCCGATTGCAAGCACAGCGC
CACAGAACGCATCACCTTTCCAGGCATCACAGAGTCTAGAGTTCCAAGGAGGTGGGAGCT
TCTCACTGGGCAGCACTGGAGGCGGCGACAAGTCCGGGGGCAGAATCATCAAACCAAGGA
AAAGCAACAGAAAAAAGTAAAAGCGGTATGGATCATCATCACCAGTATACAAGTCATGAA
GAGTCTCATTTTATTACAGTCAAAACTTGGATTCAGAGGAAGGTTGTGTTTTGATGGAAG
AGGTAAAATGTGGGTTTTCTTTTTATGCTTGTCTGTCATTTCCGTGTTAAAGAGTCGGGA
TTTGTTGGGGGTTAAAATGTTGAGACTTATAAAGTTGGTTGGAAAGTTTTGTAATTTTTC
AGAAAATACGGGAGTTTGTAAGAGTAGTAGTTTCTGTCTAAAACTTTATTGTACTTGTGT
TTTTGTAAGGCACAACAAATAGTCGAACTTTTCTTT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL6546Contig1 1082 2 4 U
GGGAGGTCAGAAAGAAAAACACAAAGAAGGGACTATGAGGAAGAAGAGTAAACGAGAGAA
CTTGCTTTCTACTTCATCTTCATGGCGGGAGAATCATAACCCTCCTCGGAGAAACTCAAG
CTCCTCCGCCGTATCCTCCGGCTGCCTCCCTGGATTCTTCAACTTCTTCCTCTGCACCTT
CAACTTCTCCTCCAGCCGCCGCAAATCTATCACCTTAGGAACTAAGAAACAAGAGCAAAC
AACCGTCGTGTACGCCTCTCCTCCAGAAGATACATCAAACGGCGGAGGAACCGTCGACGT
CCTCAAAACAACTTACCTTCTTCAAAAGAAGGTTTCACCGGAGACGTTGGCGCGTGAAAT
TACAAAGTCTCCGGCACTGTGGTAGGAGATGCCGTCGTGGGGACGCAAACCAATAAAAAC
ACGAAGTCGACACTACACGAAACGGACACTGACACAACAATGCTGTCAACGATGATGAAC
GATCACGAGTACAAAGACAACACAACCTACAAAGTCAACCACATTAATCTAATCACTAGA
CCCGACGGCGACCATTACGCCATGCACGACGTCATTTCCAATAAAGCAACGACAGAGTCA
CGTGACACGATGCCAACTATGGTGCAGAAAGTAAGACACAGCTTGATGGAGAGCGTGAAC
CAGGTTTGCGAGGACGTAGCATCTGGTCAACGAAGAGAACTGGCTAAGATCGGTTTGGCA
CTTCATGACCATATCTGTCGGGATTTGATTTCGGAGACCGTTCACGAGCTATCTTCATTC
TCCGATTACGACAAGGACGAGTGTCATAAGTTAACAGTGGATTCTGCTAATTGTTACGGA
CGAGGAAGTGGTCGTGGACACATCAGACGTGGAAGTATCGACTCACTCCCGCTCGACGCA
TGTAGAAGAAGATTAGTGTTCTGATGTGATCAATCTCTGAGGTTCTTAGTATGTCTTCGA
GGTTTTGATGTGATGTAACACGTTTTGCAGCTCATATTTTCTATTTTCTTGGATCAACCT
TCTATGTAACATTGATTTTGTAAATTATTTACATCCCAATTTGCTGATGTGCCATTTTCT
CG


BQ
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10 10 

AF RR3DU10TF U 1
AF RR3DU10JQ C 438
BS 1 753 RR3DU10TF
BS 754 754 RR3DU10JQ
BS 755 768 RR3DU10TF
BS 769 1082 RR3DU10JQ

RD RR3DU10TF 768 0 0
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CTTGCTTTCTACTTCATCTTCATGGCGGGAGAATCATAACCCTCCTCGGAGAAACTCAAG
CTCCTCCGCCGTATCCTCCGGCTGCCTCCCTGGATTCTTCAACTTCTTCCTCTGCACCTT
CAACTTCTCCTCCAGCCGCCGCAAATCTATCACCTTAGGAACTAAGAAACAAGAGCAAAC
AACCGTCGTGTACGCCTCTCCTCCAGAAGATACATCAAACGGCGGAGGAACCGTCGACGT
CCTCAAAACAACTTACCTTCTTCAAAAGAAGGTTTCACCGGAGACGTTGGCGCGTGAAAT
TACAAAGTCTCCGGCACTGTGGTAGGAGATGCCGTCGTGGGGACGCAAACCAATAAAAAC
ACGAAGTCGACACTACACGAAACGGACACTGACACAACAATGCTGTCAACGATGATGAAC
GATCACGAGTACAAAGACAACACAACCTACAAAGTCAACCACATTAATCTAATCACTAGA
CCCGACGGCGACCATTACGCCATGCACGACGTCATTTCCAATAAAGCAACGACAGAGTCA
CGTGACACGATGCCAACTATGGTGCAGAAAGTAAGACACAGCTTGATGGAGAGCGTGAAC
CAGGTTTGCGAGGACGTAGCATCTGGTCAACGAAGAGAACTGGCTAAGATCGGTTTGGCA
CTTCATGACCATATCTGTCGGGATTTGATTTCG*AGACCGTTCACGAG

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3DU10JQ 645 0 0
CGAAACGGACACTGACACAACAATGCTGTCAACGATGATGAACGATCACGAGTACAAAGA
CAACACAACCTACAAAGTCAACCACATTAATCTAATCACTAGACCCGACGGCGACCATTA
CGCCATGCACGACGTCATTTCCAATAAAGCAACGACAGAGTCACGTGACACGATGCCAAC
TATGGTGCAGAAGGTAAGACACAGCTTGATGGAGAGCGTGAACCAGGTTTGCGAGGACGT
AGCATCTGGTCAACGAAGAGAACTGGCTAAGATCGGTTTGGCACTTCATGACCATATCTG
TCGGGATTTGATTTCGGAGACCGTTCACGAGCTATCTTCATTCTCCGATTACGACAAGGA
CGAGTGTCATAAGTTAACAGTGGATTCTGCTAATTGTTACGGACGAGGAAGTGGTCGTGG
ACACATCAGACGTGGAAGTATCGACTCACTCCCGCTCGACGCATGTAGAAGAAGATTAGT
GTTCTGATGTGATCAATCTCTGAGGTTCTTAGTATGTCTTCGAGGTTTTGATGTGATGTA
ACACGTTTTGCAGCTCATATTTTCTATTTTCTTGGATCAACCTTCTATGTAACATTGATT
TTGTAAATTATTTACATCCCAATTTGCTGATGTGCCATTTTCTCG

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL6547Contig1 1152 2 2 U
GGATCCAACCTCTCCGGTAACAATGGGTTGCGTCTCATCAAACCTCCTAAATCACGACGA
CGATTTCCCTCAGATCGGCGGCAGCTCCGCCTTCGGCCACCACATCGTCAAGCTAACCTC
CACTACTTACGGTCTTCTCACTCTCGATCCTCCTCCTACGACGCCTCCTCAGAAAACCAC
CACCGGTACGGACACAAAAAAGTCACTCTTGTCTGAGCCGGAGGTTATCAACTCATGGGA
GCTTATGTCTGGTCTCGACGGCGAGAGTTTCCGCTTCACTCCTCTCCCGAAGACTCCTCC
GGTGAAGTACAAAGTCTTCGGCGGAGAAGACAAAGAGAATTCAGATCCTAACCGGCAAAA
AATTCCGACAAAGGCATTAAGCAAAGAGGTTCTGAAACCGTTGGATCCGACACTGTCGGA
GAGATTCGAGAGGATATGTCCTCCAGGCGGAGAGAATCGAGTTGTGATCTACACGACGTC
GTTGCGCGGCGTGCGTCGGACGTTCGAGGAATGTAACGCCGTGAGATCGGCGGTGGAGGG
GTCCGGTGTAGTGATCTGCGAGAGAGACGTGTCGATGGATAGAGGGTTCAGAGAAGAGCT
GACAACTCTGATGGCGAAGAGGATCAGTAACGGTAACGGTAACGGTAACGGTAACGGTAA
GGGTTCTGCATTGCCGCCTAGGGTGTTTGTGAAGGGAATGTACATTGGTGGAGCAGAGGA
AGTGTTGAGATTAGTGGAGGAAGGTGTTTTCGGGGAGATGATTCGTGGGTTGCCGAGTAA
GAAAGCGGGAGGATGTGGTGATGGAGATGGTGCTTGTGATGGATGCGGCGGATTGTTTTT
CTTGCCGTGCTTTCGGTGTAACGGAAGCTGTAAAGTTGTGAAAGGATGGGGTAGCTCGGC
CGTTGTTGTGAGGTGTACGGAGTGTAATGAGAACGGTCTTGTTCCATGTCCGATTTGCAG
CTGAGAGAGAGAGACCGAGTGAGAATACTATGTCTTGATTTACTCTGTTTATCTCTTTTA
AGTCTCTGAAAGCTATGGTGTGAAACAGAGCAAAATCTTGTTCTCATAGAGAAAATGAAT
GTGTAACAGTTATGTATAATTCAATACAAGCCCTTTTAATTTCTATGGTGTGTTCTTAAG
ACCTGTTCAATC


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A622TF U 1
AF RR3A622JQ C 370
BS 1 691 RR3A622TF
BS 692 1152 RR3A622JQ

RD RR3A622TF 691 0 0
GGATCCAACCTCTCCGGTAACAATGGGTTGCGTCTCATCAAACCTCCTAAATCACGACGA
CGATTTCCCTCAGATCGGCGGCAGCTCCGCCTTCGGCCACCACATCGTCAAGCTAACCTC
CACTACTTACGGTCTTCTCACTCTCGATCCTCCTCCTACGACGCCTCCTCAGAAAACCAC
CACCGGTACGGACACAAAAAAGTCACTCTTGTCTGAGCCGGAGGTTATCAACTCATGGGA
GCTTATGTCTGGTCTCGACGGCGAGAGTTTCCGCTTCACTCCTCTCCCGAAGACTCCTCC
GGTGAAGTACAAAGTCTTCGGCGGAGAAGACAAAGAGAATTCAGATCCTAACCGGCAAAA
AATTCCGACAAAGGCATTAAGCAAAGAGGTTCTGAAACCGTTGGATCCGACACTGTCGGA
GAGATTCGAGAGGATATGTCCTCCAGGCGGAGAGAATCGAGTTGTGATCTACACGACGTC
GTTGCGCGGCGTGCGTCGGACGTTCGAGGAATGTAACGCCGTGAGATCGGCGGTGGAGGG
GTCCGGTGTAGTGATCTGCGAGAGAGACGTGTCGATGGATAGAGGGTTCAGAGAAGAGCT
GACAACTCTGATGGCGAAGAGGATCAGTAACGGTAACGGTAACGGTAACGGTAACGGTAA
GGGTTCTGCATTGCCGCCTAGGGTGTTTGTG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3A622JQ 783 0 0
AAAGGCATTAAGCAAAGAGGTTCTGAAACCGTTGGATCCGACACTGTCGGAGAGATTCGA
GAGGATATGTCCTCCAGGCGGAGAGAATCGAGTTGTGATCTACACGACGTCGTTGCGCGG
CGTGCGTCGGACGTTCGAGGAATGTAACGCCGTGAGATCGGCGGTGGAGGGGTCCGGTGT
AGTGATCTGCGAGAGAGACGTGTCGATGGATAGAGGGTTCAGAGAAGAGCTGACAACTCT
GATGGCGAAGAGGATCAGTAACGGTAACGGTAACGGTAACGGTAACGGTAAGGGTTCTGC
ATTGCCGCCTAGGGTGTTTGTGAAGGGAATGTACATTGGTGGAGCAGAGGAAGTGTTGAG
ATTAGTGGAGGAAGGTGTTTTCGGGGAGATGATTCGTGGGTTGCCGAGTAAGAAAGCGGG
AGGATGTGGTGATGGAGATGGTGCTTGTGATGGATGCGGCGGATTGTTTTTCTTGCCGTG
CTTTCGGTGTAACGGAAGCTGTAAAGTTGTGAAAGGATGGGGTAGCTCGGCCGTTGTTGT
GAGGTGTACGGAGTGTAATGAGAACGGTCTTGTTCCATGTCCGATTTGCAGCTGAGAGAG
AGAGACCGAGTGAGAATACTATGTCTTGATTTACTCTGTTTATCTCTTTTAAGTCTCTGA
AAGCTATGGTGTGAAACAGAGCAAAATCTTGTTCTCATAGAGAAAATGAATGTGTAACAG
TTATGTATAATTCAATACAAGCCCTTTTAATTTCTATGGTGTGTTCTTAAGACCTGTTCA
ATC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL6548Contig1 322 2 1 U
GGAGAGAGACCCTGAGATCCCATTACTTTGTTCTGTATAATTCGCTTCTGGTCCCTGGAG
ATCTGATCCTTTCCCATCGATTCCGTCCCTACGAAACGATGATCGATGACCAAGACTTGG
GGTTTATAGTCAACTCCCTTGGCATCTTCATCTTCGGGTTGGTAATTGCTTATCATTACG
TAGCTGCTGATCCCAAGTTCGAATCCATTTGAGTAATGATGTACTTTTAGATGATGTAAT
GCGTCTTTTTTTTTACTTTATAATAACTGTATTTTGCTAAGATGAATATGTTGTCAAGAT
GCTCGTAAGCCCGTTTCACATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FW24JQ C 1
AF RR3FW24TF U 1
BS 1 322 RR3FW24TF

RD RR3FW24JQ 322 0 0
GGAGAGAGACCCTGAGATCCCATTACTTTGTTCTGTATAATTCGCTTCTGGTCCCTGGAG
ATCTGATCCTTTCCCATCGATTCCGTCCCTACGAAACGATGATCGATGACCAAGACTTGG
GGTTTATAGTCAACTCCCTTGGCATCTTCATCTTCGGGTTGGTAATTGCTTATCATTACG
TAGCTGCTGATCCCAAGTTCGAATCCATTTGAGTAATGATGTACTTTTAGATGATGTAAT
GCGTCTTTTTTTTTACTTTATAATAACTGTATTTTGCTAAGATGAATATGTTGTCAAGAT
GCTCGTAAGCCCGTTTCACATC

QA 1 322 1 322
DS 

RD RR3FW24TF 322 0 0
GGAGAGAGACCCTGAGATCCCATTACTTTGTTCTGTATAATTCGCTTCTGGTCCCTGGAG
ATCTGATCCTTTCCCATCGATTCCGTCCCTACGAAACGATGATCGATGACCAAGACTTGG
GGTTTATAGTCAACTCCCTTGGCATCTTCATCTTCGGGTTGGTAATTGCTTATCATTACG
TAGCTGCTGATCCCAAGTTCGAATCCATTTGAGTAATGATGTACTTTTAGATGATGTAAT
GCGTCTTTTTTTTTACTTTATAATAACTGTATTTTGCTAAGATGAATATGTTGTCAAGAT
GCTCGTAAGCCCGTTTCACATC

QA 1 322 1 322
DS 



AS 1 2

CO CL6549Contig1 857 2 8 U
GGATCCAGGTAACATTCAAATCCCATCGACTAAATAAACTCGAAAAAAAGAGATGAATCC
TATGTTTTACTTCCTTCTTGCCCTAACAGCTGTTTTGGCTACCACCGCAAACGCCGGGCC
AGTTCTCGACGTGAATGGTGATATCATATTCGGTGGCAGTTACTACGTTCTCCCCCTCAT
ATGGGGCCCTACAGGTGGCGGCCTAACTCTCACCCCCCGTAATGGCAACCAGTGTCCCCT
CTTTGTCGGACTGGAGAGTTCAGAGGTCAACAGGGGCATTCCCGTGAAATTCTCAAACTG
GATGTCTAGAGTTGGGTTCGTTCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCAAGATGGATGTCGA
ACCTACGATCTGCGCTAAGTCAACTTATTGGTGGGTTACTACAGCCCCCAGTCACTGGAG
ATCGTCGTTCATAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAG
TTTCTTCCAGATCAAGAAAACTAGAGCAAACCTTAACGCTTACAAGTTTGTATTTTGTAG
GGACGGTAACGATTGCACCGATGTCGGTAAAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGGTTTGGT
TATAGGCTCTACCCCCCCATTCGGTAACCCATTCGAGATTGTGTTCGTGAAAGCTACTGA
GACAGAGAGTTCACCCAAGATTATGTCTATTATCTAAGAGAAATAAAGACCCCTTAATAA
AGAGGATAAGAGTTATAACTTACGTCTAATAATAAAACTCTATCCGTTTATGCTGTTTTC
TTTGTTGGTCAATCATCATCATCATCGTATCTGGAATAAAAACATCTTTACTTTGTTTCT
TTGTTTTTTTAGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD90TF U 1
AF RR3DD90JQ C 372
BS 1 581 RR3DD90TF
BS 582 582 RR3DD90JQ
BS 583 617 RR3DD90TF
BS 618 618 RR3DD90JQ
BS 619 696 RR3DD90TF
BS 697 697 RR3DD90JQ
BS 698 716 RR3DD90TF
BS 717 857 RR3DD90JQ

RD RR3DD90TF 716 0 0
GGATCCAGGTAACATTCAAATCCCATCGACTAAATAAACTCGAAAAAAAGAGATGAATCC
TATGTTTTACTTCCTTCTTGCCCTAACAGCTGTTTTGGCTACCACCGCAAACGCCGGGCC
AGTTCTCGACGTGAATGGTGATATCATATTCGGTGGCAGTTACTACGTTCTCCCCCTCAT
ATGGGGCCCTACAGGTGGCGGCCTAACTCTCACCCCCCGTAATGGCAACCAGTGTCCCCT
CTTTGTCGGACTGGAGAGTTCAGAGGTCAACAGGGGCATTCCCGTGAAATTCTCAAACTG
GATGTCTAGAGTTGGGTTCGTTCCCGAATCAGAGAACCTCAACATCAAGATGGATGTCGA
ACCTACGATCTGCGCTAAGTCAACTTATTGGTGGGTTACTACAGCCCCCAGTCACTGGAG
ATCGTCGTTCATAGCGGTTGGTCCTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAG
TTTCTTCCAGATCAAGAAAACTAGAGCAAACCTTAACGCTTACAAGTTTGTATTTTGTAG
GGACGGTAACGATTGCACCGATGTCGGTAAAAACGAGGAAG*TGGCGTTCGGGGTTTGGT
TATAGGCTCTACCCCCC*ATTCGGTAACCCATTCGAGATTGTGTTCGTGAAAGCTACTGA
GACAGAGAGTTCACCCAAGATTATGTCTATTATCTA*GAGAAATAAAGACCCCTTA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3DD90JQ 486 0 0
GCGCTAAGTCAACTTATTGGTGGGTTACTACAGCCCCCAGTCACTGGAGATCGTCGTTCA
TAGCGGTTGGTCTTAAGCCAGAAGCTGGAGGAGAAGATTCGTCGAGGAGTTTCTTCCAGA
TCAAGAAAACTAGAGCAAACCTTAACGCTTACAAGTTTGTATTTTGTAGGGACGGTAACG
ATTGCACCGATGTCGGTAAAAACGAGGAAGGTGGCGTTCGGGGTTTGGTTATAGGCTCTA
CCCCCCCATTCGGTAACCCATTCGAGATTGTGTTCGTGAAAGCTACTGAGACAGAGAGTT
CACCCAAGATTATGTCTATTATTTAAGAGAAATAAAGACCCCTTAATAAAGAGGATAAGA
GTTATAACTTACGTCTAATAATAAAACTCTATCCGTTTATGCTGTTTTCTTTGTTGGTCA
ATCATCATCATCATCGTATCTGGAATAAAAACATCTTTACTTTGTTTCTTTGTTTTTTTA
GTTCCC

QA 1 486 1 486
DS 



AS 1 2

CO CL6550Contig1 1263 2 2 U
GATCATGGGGCTCTACTACTGGCCTTGTATTAGAGATCCTTCAAAGGAACATCCCCTGAA
CCGAAAGTTGGGTTTGGTCATAGCGGCTTTAGCATGTGCCATAAGACCAACAAGTGCTAT
CATATGGTTATATGTTGGGACGCTTGAGCTGTTTTTGACGCCTAATAAAGTCAAATTCAT
CGTCCTAGAGGTGATCCCTGTTGGGTCTTTGGTCCTTGGCCTCACCTGTTTGTTGGACCG
TTTGATGTACGGGTCATGGGTCATTGTGCCTCTTAACTTTCTGAAGTTCAATTTCCTTTC
ATCTGGTGGAGACTATTACGGAACTCACCCATGGCACTGGTACTTCCCCCAGGGATTTCT
TGTCATGCTTTTCACTTTCACACCACTCTCCGTTGCTGGAATGATCAAGTCTAAGAATCA
CAAGCTTTCAGCTCTCATTTTATGGGTTTTAACGATTTACAGCCTACTCGGCCACAAGGA
ATTCAGGTTTGTGCTGCCTGTGCTACCCATTGCTTTGATATTCTCTGGCTATGCACTTGC
TCAAATGGAGGCATCACCATCATCAATAACTAAAAAGAAGCAAGTCCCTCGAAAGAAGTG
GTCTCCTAAACTAACACTTTCAGTCTTATTTTTACTTGTGACCAATATCCCAATGGCACT
ATACATGAGTTTACTCCATCAGATAGGGACCGAGGATGCGATGAACTATCTATCGGAAGA
AGCATATAAAGGGAGAGTAAAGAGCATTCTCTTTCTCATGCCATGCCATTCTACTCCTTA
CTATTCTACTCTCCATACCAACATTCCAATGCAATTTCTGGACTGCACGCCAAGTGAAGA
GAAGGGACAAGTTGACGAGTCAGACCGATTCATGATGGATCCTTTAGGTTTCGTTTCAGA
GTTAGCTGGAAACTGGTCAGTGCGGCCTAGCCACATTGTGATGTTTGCATCAGAAGAAAG
AAAACTCAGAGATTTCATAATCCAACATTCCTTCAGAGAGGTGAAAAGATTCTTCCACGC
GCATTTCAAGGTTGATAGAGATCTTCAGTCCTCAGTGGTCGTCTATGCTAATATATAGAA
GACTGATTTTCTTGCTTCGTGTCGTTTTTGGTTTGGGTTTAGCTTTGCAGCCCTTAAAAG
ACGCCTTGATGTTTTGTATGAACGACACGAATCTACAATTTTCTTGTTTTTTTGTTCCTT
ATTGTAAGGCGTTAGACGTACCAGTAATTATGTCATTTTTAAGCGGGCTATTTATAGTTG
TTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3D308TF U 1
AF RR3D308JQ C 405
BS 1 747 RR3D308TF
BS 748 1263 RR3D308JQ

RD RR3D308TF 747 0 0
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CCGAAAGTTGGGTTTGGTCATAGCGGCTTTAGCATGTGCCATAAGACCAACAAGTGCTAT
CATATGGTTATATGTTGGGACGCTTGAGCTGTTTTTGACGCCTAATAAAGTCAAATTCAT
CGTCCTAGAGGTGATCCCTGTTGGGTCTTTGGTCCTTGGCCTCACCTGTTTGTTGGACCG
TTTGATGTACGGGTCATGGGTCATTGTGCCTCTTAACTTTCTGAAGTTCAATTTCCTTTC
ATCTGGTGGAGACTATTACGGAACTCACCCATGGCACTGGTACTTCCCCCAGGGATTTCT
TGTCATGCTTTTCACTTTCACACCACTCTCCGTTGCTGGAATGATCAAGTCTAAGAATCA
CAAGCTTTCAGCTCTCATTTTATGGGTTTTAACGATTTACAGCCTACTCGGCCACAAGGA
ATTCAGGTTTGTGCTGCCTGTGCTACCCATTGCTTTGATATTCTCTGGCTATGCACTTGC
TCAAATGGAGGCATCACCATCATCAATAACTAAAAAGAAGCAAGTCCCTCGAAAGAAGTG
GTCTCCTAAACTAACACTTTCAGTCTTATTTTTACTTGTGACCAATATCCCAATGGCACT
ATACATGAGTTTACTCCATCAGATAGGGACCGAGGATGCGATGAACTATCTATCGGAAGA
AGCATATAAAGGGAGAGTAAAGAGCAT

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DS 

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GATCAAGTCTAG
ATCACAAGCTTTCAGCTCTCATTTTATGGGTTT*AACGATTTACA*CCTACTCGGCCACA
AGGAATTCAGGTT*GTGCTGCCTGTGCTACCCATTGCTTTGATATTCTCTGGCTATGCAC
TTGCTCAAATGGAGGCATCACCATCATCAATAACTAAAAAGAAGCAAGTCCCTCGAAAGA
AGTGGTCTCCTAAACTAACACTTTCAGTCTTATTTTTACTTGTGACCAATATCCCAATGG
CACTATACATGAGTTTACTCCATCAGATAGGGACCGAGGATGCGATGAACTATCTATCGG
AAGAAGCATATAAAGGGAGAGTAAAGAGCATTCTCTTTCTCATGCCATGCCATTCTACTC
CTTACTATTCTACTCTCCATACCAACATTCCAATGCAATTTCTGGACTGCACGCCAAGTG
AAGAGAAGGGACAAGTTGACGAGTCAGACCGATTCATGATGGATCCTTTAGGTTTCGTTT
CAGAGTTAGCTGGAAACTGGTCAGTGCGGCCTAGCCACATTGTGATGTTTGCATCAGAAG
AAAGAAAACTCAGAGATTTCATAATCCAACATTCCTTCAGAGAGGTGAAAAGATTCTTCC
ACGCGCATTTCAAGGTTGATAGAGATCTTCAGTCCTCAGTGGTCGTCTATGCTAATATAT
AGAAGACTGATTTTCTTGCTTCGTGTCGTTTTTGGTTTGGGTTTAGCTTTGCAGCCCTTA
AAAGACGCCTTGATGTTTTGTATGAACGACACGAATCTACAATTTTCTTGTTTTTTTGTT
CCTTATTGTAAGGCGTTAGACGTACCAGTAATTATGTCATTTTTAAGCGGGCTATTTATA
GTTGTTC

QA 13 859 13 859
DS 



AS 1 2

CO CL6551Contig1 1147 2 4 U
GTCAGACAAAGTTCATAATGGTGATGGAGAACTTGAACTTTAACCGGGTCATAGCTATGC
AGTACGATCTCAAAGGATTGGTTCATGGTCGTTTTGCACCACACTCAGCTCAAGTACTTT
TAGATCAGAATTTCTTGAGTGATATGGAGAGATTAAGACTCCATATCAACCCATACTCGA
AACAACAAGACTTGGAAACAGCTATTAGGAAGGACACAGAATTCCTAAGTGTGAGTTTTG
GTTTATTCCCTGACATTGATTTCATTCTTTTTGATTATCGAAACTATTAAACTTTTCATC
AATAGGGGATAAACGTGATGGACTACTCGTTGTTGGTGGGATTTGATATGGACAAGCGTG
AAATCGTTTGTGGCATCATTGATTACCTGGCACCATACTCGCTGAAGAAGAAGCTCGAGA
CGGTTGGTAAATCATTGCTTTTGCTTGGTAAAGAGACGCGACCAACCGTGATAAGGCCGA
GAGAATACAAAAAGAGATTTGTGGATTTCATGGTTAAGCACTTTTTGGTAACTTCTGAGT
TCTGTTCTGATGGTCATAGCTGGGAATTTCTGATATCCATTATATCATATAACATCTCTG
AAATCTTTTTGCTTAGGGGGAGATTAGCCTGAGAGAAATAGTGAAAGAGCTGGAGCAGCT
ACTGCGTAAAGAGCGAGATGCAAAGTTAGATGCCGAGAAAAGGTTGGAATTATTGACCAA
GAAGCAACCCATAGGAAGATGGAGAAGCATCTGACAGGAGAGCTGCAACTCAACTCCATT
CTTTTCATGGAAAGCTGTGAATATGATTCTTTTCTGTGGCTCCACGATCTATGTGAGGAT
TTAGCATTGTGCTATGTGTAGTGGAAGGTACTCCCTTTAGTGCTGCAGCTTTGGTAAATG
AGGTGTATATCTCATTCCAGTTACAAACGTTGCTTACTCATTCCAGTTACAAACGTTGCT
TACTGTTTCAAATTTCCGAAAATTTGTATAGATAGCAGTTGAAACATTGACCTGCTTTAG
GAGCCTTTGCAATGAGCTCCATTGTCTTTGACCGAGAAGAGTATACTGTGATTAAGTTCT
AGCAGAAGCGGGTTGTCATGTCTCTGCAAACTGTCAAAAATATATGTCCATTGCGAGACA
GAAATTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

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GTTTATTCCCTGACATTGATTTCATTCTTTTTGATTATCGAAACTATTAAACTTTTCATC
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AAATCGTTTGTGGCATCATTGATTACCTGGCACCATACTCGCTGAAGAAGAAGCTCGAGA
CGGTTGGTAAATCATTGCTTTTGCTTGGTAAAGAGACGCGACCAACCGTGATAAGGCCGA
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TCTGTTCTGATGGTCATAGCTGGGAATTTCTGATATCCATTATATCATATAACATCTCTG
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GAAGCAACCC

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DS 

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AGAGACGCGACCAACCGTGATAAGGCCGAGAGAATACAAAAAGAGATTTGTGGATTTCAT
GGTTAAGCACTTTTTGGTAACTTCTGAGTTCTGTTCTGATGGTCATAGCTGGGAATTTCT
GATATCCATTATATCATATAACATTTCTGAAATCTTTTTGCTTAGGGGGAGATTAGCCTG
AGAGAAATAGTGAAGGAGCTGGAGCAGCTACTGCGTAAAGAGCGAGATGCAAGGTTAGAT
GCCGAGAAAAGGTTGGAATTATTGACCAAGAAGCAACCCATAGGAAGATGGAGAAGCATC
TGACAGGAGAGCTGCAACTCAACTCCATTCTTTTCATGGAAAGCTGTGAATATGATTCTT
TTCTGTGGCTCCACGATCTATGTGAGGATTTAGCATTGTGCTATGTGTAGTGGAAGGTAC
TCCCTTTAGTGCTGCAGCTTTGGTAAATGAGGTGTATATCTCATTCCAGTTACAAACGTT
GCTTACTCATTCCAGTTACAAACGTTGCTTACTGTTTCAAATTTCCGAAAATTTGTATAG
ATAGCAGTTGAAACATTGACCTGCTTTAGGAGCCTTTGCAATGAGCTCCATTGTCTTTGA
CCGAGAAGAGTATACTGTGATTAAGTTCTAGCAGAAGCGGGTTGTCATGTCTCTGCAAAC
TGTCAAAAATATATGTCCATTGCGAGACAGAAATTC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

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GGTGGAAGGATCTCTCTGCTCCACAAGAACCAAACCTCTCCGTCCAAAAAGCATCCCACT
TTCTCCAAACCCTCGAGAGTACAAGTCATATCCGCGGTCCAGTTCCGACCTTGCATCGAC
ATCCACAAGAGGAAAGTGAAACAAATAGTTGGATCCACTCTAAGTGACTTGAAGGAAGAT
GGTTCTGTCCTCGTTACAAACTTCGAATCATACAAATCCGCGGAAGAGTATGCGAAGATG
TACAGAGAAGATGGGCTCACGGGTGGTCACGTGATCATGCTTGGAGCTGACCCTTTAAGC
CAATCTGCAGCTTTAGGAGCGTTACATGCTTATCCCGAACGAATGAAATTCTAGGCGGTT
TGCAAGTTGGAGGTGGAATCAATGCAGAGAATTGCTTGAGTTATATAGAGGAGGGAGCAA
GTCATGTCATTGTCACTTCGTATGTGTTTAACAATGGGAAGCTTGATCTTGAAAGACTAA
AAGATCTTGTGAAGATTGTTGGGAAGCAAAGACTGATCTTAGACCTTAGCTGCAGAAAGA
AGGATGGAAGAAGATACGCCATAGTTACTGATAGATGGCAGAAGTTCAGCGACGTCTTGC
TTGATGAGGAATCACTGGAGTTTCTTGGAGGGTTTGCAGATGAGTTTCTCGTGCATGGTG
TTGATGTTGAAGGAAAAAAGCTAGGGATCGATGAAGAGCTTGTAGCATTGCTTGGCAACT
ATTCTCCGATTCCAGTAACGTATGCGGGAGGAGTGACGGTGATGGATGATATAGAGAGGA
TCAAAGATGCTGGAAAGGGACGTGTGGATGTAACAGTAGGGAGTGCCTTGGACATATTTG
GGGGAAATCTACCTTACAAAGACGTTGTCGCTTGGCATCACGAGCAAGCAGAACCCTCCT
CAACTCTCCACTAAAGTCACCACCCTATTTTTCAATTTCTATGTGTTTCAGTAAAAAAGC
GAATTTCTATCATCAAAAGAGTAATTGTTTGTTGGATATAACTTGCATGACGGCTTCTCT
TCTTCCATTTTATAACTGAAACGGAATAATATGATGATAATAACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C371TF U 1
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BS 1 687 RR3C371TF
BS 688 1127 RR3C371JQ

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TACAGAGAAGATGGGCTCACGGGTGGTCACGTGATCATGCTTGGAGCTGACCCTTTAAGC
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GTCATGTCATTGTCACTTCGTATGTGTTTAACAATGGGAAGCTTGATCTTGAAAGACTAA
AAGATCTTGTGAAGATTGTTGGGAAGCAAAGACTGATCTTAGACCTTAGCTGCAGAAAGA
AGGATGGAAGAAGATACGCCATAGTTACTGATAGATGGCAGAAGTTCAGCGACGTCTTGC
TTGATGAGGAATCACTGGAGTTTCTTG

QA 1 687 1 687
DS 

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GTTGGAGGTGGAATCAATGCAGAGAATTGCTTGAGTTATATAGAGGAGGGAGCAAGTCAT
GTCATTGTCACTTCGTATGTGTTTAACAATGGGAAGCTTGATCTTGAAAGACTAAAAGAT
CTTGTGAAGATTGTTGGGAAGCAAAGACTGATCTTAGACCTTAGCTGCAGAAAGAAGGAT
GGAAGAAGATACGCCATAGTTACTGATAGATGGCAGAAGTTCAGCGACGTCTTGCTTGAT
GAGGAATCACTGGAGTTTCTTGGAGGGTTTGCAGATGAGTTTCTCGTGCATGGTGTTGAT
GTTGAAGGAAAAAAGCTAGGGATCGATGAAGAGCTTGTAGCATTGCTTGGCAACTATTCT
CCGATTCCAGTAACGTATGCGGGAGGAGTGACGGTGATGGATGATATAGAGAGGATCAAA
GATGCTGGAAAGGGACGTGTGGATGTAACAGTAGGGAGTGCCTTGGACATATTTGGGGGA
AATCTACCTTACAAAGACGTTGTCGCTTGGCATCACGAGCAAGCAGAACCCTCCTCAACT
CTCCACTAAAGTCACCACCCTATTTTTCAATTTCTATGTGTTTCAGTAAAAAAGCGAATT
TCTATCATCAAAAGAGTAATTGTTTGTTGGATATAACTTGCATGACGGCTTCTCTTCTTC
CATTTTATAACTGAAACGGAATAATATGATGATAATAACTTT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ACCACAAGGAGTCCATATTAAACGCTTCCTCTTGCGGTTGCGGCTGAGATGAACTCGAAC
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GACTTGTTGTCCAAGCTGGAAGATTAGTGGCCATGTTCATATTGAGACCAGCCGTACTTG
TAGTATTGTCTGAATAAACGTTGTTTTGTGAATATTGTTGATGAATATGATTGTAATCGA
CGGTTGATGAGTTTGAGTTCAGATTGGGAAGCTCGATATCTTCAAACTCATTTGCCATGG
GTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 

AF RR3A509TF C 1
AF RR3A509JQ U 163
BS 1 162 RR3A509TF
BS 163 484 RR3A509JQ

RD RR3A509TF 484 0 0
GCTTGACCTCGTTTGAAGATCTATGTGTGTATAATTAGTGATACACAATTGAAATTGATG
GAGATTACATAAGAACAAGTTTATAAGAATTTCAAATATATATGTGGTTTGAATCTCTTC
ACCACAAGGAGTCCATATTAAACGCTTCCTCTTGCGGTTGCGGCTGAGATGAACTCGAAC
CATCTTGCATAACATTGGAGATTCCTTGTTGAAGAAGAGAAGGATTAATATTATAAGAGT
TCCTAATTTGGAAAGCCTTGAGCAACAAAGAGTTGATTGGAGATAAAGGCGGACCAAGTA
GACTTGTTGTCCAAGCTGGAAGATTAGTGGCCATGTTCATATTGAGACCAGCCGTACTTG
TAGTATTGTCTGAATAAACGTTGTTTTGTGAATATTGTTGATGAATATGATTGTAATCGA
CGGTTGATGAGTTTGAGTTCAGATTGGGAAGCTCGATATCTTCAAACTCATTTGCCATGG
GTGC

QA 1 484 1 484
DS 

RD RR3A509JQ 322 0 0
GCTGAGATGAACTCGAACCATCTTGCATAACATTGGAGATTCCTTGTTGAAGAAGAGAAG
GATTAATATTATAAGAGTTCCTAATTTGGAAAGCCTTGAGCAACAAAGAGTTGATTGGAG
ATAAAGGCGGACCAAGTAGACTTGTTGTCCAAGCTGGAAGATTAGTGGCCATGTTCATAT
TGAGACCAGCCGTACTTGTAGTATTGTCTGAATAAACGTTGTTTTGTGAATATTGTTGAT
GAATATGATTGTAATCGACGGTTGATGAGTTTGAGTTCAGATTGGGAAGCTCGATATCTT
CAAACTCATTTGCCATGGGTGC

QA 1 322 1 322
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6556Contig1 768 2 2 U
CAAAAGGAGCTATTGATCTCTCAAAATGAATTACTCATTTGATAGTTCATCTTTTGGCTT
CAGCAAGTAGAAATGAGCTTAGGATTATATGTAGTAAATGTGTGTTACAAGTATATCATC
AGCCTAGCTACTTGCTGCTGGCTTGTGTAGAATCTTCTTGAAGCTTCTTCCCAGTTCCCT
TGCGCTCATTGATCGGGTAGGAGTTGGATCAAGAGAAATTTTCTGAGCCACCGACATCTT
GGCGATTTCAGAAATTGCAGCGTCTCTAACCCCAGGAACATCACTGGTAAGTTCTTCGTA
AGCAGCAACAAACGCCTTTTGCCAGAACTCAGGCAACTTGATCCGACGACTGTTAGTGTA
CACATCCCAAATATGCTTCACCACTTTCTCCCTCTCCTCCATTTCCAGAACGTCGAGATT
CTCATGGTTTGTTGGGGTCCCGATATCTTCCGATAACCGGTCTAGATTCTCAGTAGATAA
CCGGAGAGTGACTGTACCGGTGAACATAGACCAAAAAGCAAGAAGCATAAGAGCAGCAAA
GGCACAGAACTTGTAACGTCCTCTTCCAAACAAGACCGAATCGGAGCTATCCTTCTTCGG
ATTTGTCGCCGTCGTCGCCGGCAAGACATCGTCCTCCTTCATCTCGATCTCAATGGTTTT
ATGGGGTTTTATTTAACACACTCAATCACTTTGCGTGGGGGATTAGAACAAAAACCTGAG
CTCAGTTTCAGTACATTCAGTGTCGGCTCGATTTTGATCTGAGCACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BG44TF C 1
AF RR3BG44JQ U 442
BS 1 441 RR3BG44TF
BS 442 768 RR3BG44JQ

RD RR3BG44TF 768 0 0
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CAGCAAGTAGAAATGAGCTTAGGATTATATGTAGTAAATGTGTGTTACAAGTATATCATC
AGCCTAGCTACTTGCTGCTGGCTTGTGTAGAATCTTCTTGAAGCTTCTTCCCAGTTCCCT
TGCGCTCATTGATCGGGTAGGAGTTGGATCAAGAGAAATTTTCTGAGCCACCGACATCTT
GGCGATTTCAGAAATTGCAGCGTCTCTAACCCCAGGAACATCACTGGTAAGTTCTTCGTA
AGCAGCAACAAACGCCTTTTGCCAGAACTCAGGCAACTTGATCCGACGACTGTTAGTGTA
CACATCCCAAATATGCTTCACCACTTTCTCCCTCTCCTCCATTTCCAGAACGTCGAGATT
CTCATGGTTTGTTGGGGTCCCGATATCTTCCGATAACCGGTCTAGATTCTCAGTAGATAA
CCGGAGAGTGACTGTACCGGTGAACATAGACCAAAAAGCAAGAAGCATAAGAGCAGCAAA
GGCACAGAACTTGTAACGTCCTCTTCCAAACAAGACCGAATCGGAGCTATCCTTCTTCGG
ATTTGTCGCCGTCGTCGCCGGCAAGACATCGTCCTCCTTCATCTCGATCTCAATGGTTTT
ATGGG*TTTTATTTAACACACTCAATCACTTTGCGTGGGGGATTAGAACAAAAACCTGAG
CTCAGTTTCAGTACATTCAGTGTCGGCTCGATTTTGATCTGAGCACCC

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3BG44JQ 327 0 0
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GAACATAGACCAAAAAGCAAGAAGCATAAGAGCAGCAAAGGCACAGAACTTGTAACGTCC
TCTTCCAAACAAGACCGAATCGGAGCTATCCTTCTTCGGATTTGTCGCCGTCGTCGCCGG
CAAGACATCGTCCTCCTTCATCTCGATCTCAATGGTTTTATGGGGTTTTATTTAACACAC
TCAATCACTTTGCGTGGGGGATTAGAACAAAAACCTGAGCTCAGTTTCAGTACATTCAGT
GTCGGCTCGATTTTGATCTGAGCACCC

QA 1 327 1 327
DS 



AS 1 2

CO CL6557Contig1 335 2 1 U
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TGTTGATACACTTCTCGAAGCCTTTCTATTTCCCTCTTCAATGCTTCTTGATGCGCTGCA
ATTGATATATTTAAAAAGAGATATTTGGGGTGTGCTCATATATTATCAGTGATAATTGAA
TATCTCGACGAAAAAATGAAGAAAAACATATTTTAAAATATTATATACTGACACATATAA
TAATCCAAAAAGTCACACGATTATGTATAGACAGATTTTTTTTGTAACACAGATAATTAA
CTGTTTTGTCATTAATTTCTAATAAAAGTTATAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D007JQ C 1
AF RR3D007TF U 1
BS 1 335 RR3D007TF

RD RR3D007JQ 335 0 0
GGAGCTCCGGTCCCTTTCACCTGTGAATGATTTGCATTCTCCATTTTCTCGAGGCTTTGT
TGTTGATACACTTCTGGAAGCCTTTCTATTTCCCTTTTCAATGCTTCTTGATGCGCTGCA
ATTGATATATTTAAAAAGAGATATTTGGGGTGTGCTCATATATTATCAGTGATAATTGAA
TATCTCGACGAAAAAATGAAGAAAAACATATTTTAAAATATTATATACTGACACATATAA
TAATCCAAAAAGTCACACGATTATGTATAGACAGATTTTTTTTGTAACACAGATAATTAA
CTGTTTTGTCATTAATTTTTAATAAAAGTTATAAA

QA 1 335 1 335
DS 

RD RR3D007TF 335 0 0
GGAGCTCCGGTCCCTTTCACCTGTGAATGATTTGCATTCTCCATTTTCTCGAGGCTTTGT
TGTTGATACACTTCTCGAAGCCTTTCTATTTCCCTCTTCAATGCTTCTTGATGCGCTGCA
ATTGATATATTTAAAAAGAGATATTTGGGGTGTGCTCATATATTATCAGTGATAATTGAA
TATCTCGACGAAAAAATGAAGAAAAACATATTTTAAAATATTATATACTGACACATATAA
TAATCCAAAAAGTCACACGATTATGTATAGACAGATTTTTTTTGTAACACAGATAATTAA
CTGTTTTGTCATTAATTTCTAATAAAAGTTATAAA

QA 1 335 1 335
DS 



AS 1 2

CO CL6558Contig1 304 2 1 U
GGCATTTGGAGGCAAGCGAGAGAGAGAGAAAGTGTGTTGCTGCCATGGATGAAGCTTTCA
AAGGGAAAAGGCAGAGCGAGTCTCTTTGAGGATGGACAAGGCAAATAATCATCATCAACA
TTTACCGTTACATAATAAGTTTCTTTCTCTATTTAACTTTTTATTGGCTTTTTTTTTTGT
TAATTTGATGAATGTTTTTTTGGTTTCTTCTCTATAGAACCAACCAAATATGATTTTTGT
AGTTTTGGCCTTTTTCAGTTTTCAGAGAGAACATGTTAAAAAGTGTGATCATGGGGTTCC
ACTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR3C984JQ C 1
AF RR3C984TF U 1
BS 1 304 RR3C984TF

RD RR3C984JQ 304 0 0
GGCATTTGGAGGCAAGCGAGAGAGAGAGAAAGTGTGTTGCTGCCATGGATGAAGCTTTCA
AAGGGAAAAGGCAGAGCGAGTCTCTTTGAGGATGGACAAGGCAAATAATCATCATCAACA
TTTACCGTTACATAATAAGTTTCTTTCTCTATTTAACTTTTTATTGGCTTTTTTTTTTGT
TAATTTGATGAATGTTTTTTTGGTTTCTTCTCTATAGAACCAACCAAATATGATTTTTGT
AGTTTTGGCCTTTTTCAGTTTTCAGAGAGAACATGTTAAAAAGTGTGATCATGGGGTTCC
ACTC

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR3C984TF 304 0 0
GGCATTTGGAGGCAAGCGAGAGAGAGAGAAAGTGTGTTGCTGCCATGGATGAAGCTTTCA
AAGGGAAAAGGCAGAGCGAGTCTCTTTGAGGATGGACAAGGCAAATAATCATCATCAACA
TTTACCGTTACATAATAAGTTTCTTTCTCTATTTAACTTTTTATTGGCTTTTTTTTTTGT
TAATTTGATGAATGTTTTTTTGGTTTCTTCTCTATAGAACCAACCAAATATGATTTTTGT
AGTTTTGGCCTTTTTCAGTTTTCAGAGAGAACATGTTAAAAAGTGTGATCATGGGGTTCC
ACTC

QA 1 304 1 304
DS 



AS 1 2

CO CL6559Contig1 933 2 2 U
GGGACACAAAGAAGATGGATTGGTTCTCGTGGCTATCAAAAACCAACCTTGACCCGACCA
TAAGCTACGAGTACGGACTCATCTTCGCCCAGAAGAAGCAGGAGTGAAGACATCGCACTT
TTCAACCACAATTTTCTCAAGCGACATGGCATTAATGTGGCCGAACACCGCCAAGAGATT
CTAAAGCTCTCCAAGAGAGAAACAAAAACAGTTAGCAACTATCACAGTCGTCCAGCCTCA
GCCAACTCATCTCTGTCCTCACTAAGGCGACCAAAAGTATTGGCAACCGCTTCAACAAGT
GGCTTTTCCTCGTAGGAACCGCTGTGGTTGAACCGATGAAGGAGAAGCAGTCGCCAGAAC
CTGCCAGCCGTGGAGTAGCGTTTGTGAGTGGAAATAATAAAGCTAACGACGACAAAGCTG
AGCTCCAAGTGGAGAGATTACCAGTGATAAGGAAAAGGAGGATCGCCAAATCTGGACCGT
TGGATTTAAAGCACCGAATGCAAGAGAAAACAACATTTCCAACTAACCGGAGCATGAACC
TATCTGGACCGTTGGATCAAAGTGTCCAAGAAAGACTCGTATTAGCATACAGAAGCCCTG
TTGTCTCGGGACAGTTGGATGGACCCCGAAACTTAAACGAACGGCTGAAATTATCAGGGC
CGTTGAATGCAAGACCACCGAGCCCAAGTGTGTATGTGGAGTACAGTAAAAGAGACGATG
ACACACGATGGGCTGCTCTGTTTCACAACTTGAAGCCAACATAGATCTCAAGTTTTAGTG
GTTTTTGTTTAGTGTTGGGAAAACGGTATGTAGCCAGGGGTACTCAATTTTGGGGTATCC
GTTGTGCTGAATATACAAACTATTTTCTTATGCTCTTACTTATGGGGCTATATGTCTATT
TTATCATTCAATTCAAGAATTGCTCGTTCTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BZ22TF U 1
AF RR3BZ22JQ C 422
BS 1 654 RR3BZ22TF
BS 655 933 RR3BZ22JQ

RD RR3BZ22TF 654 0 0
GGGACACAAAGAAGATGGATTGGTTCTCGTGGCTATCAAAAACCAACCTTGACCCGACCA
TAAGCTACGAGTACGGACTCATCTTCGCCCAGAAGAAGCAGGAGTGAAGACATCGCACTT
TTCAACCACAATTTTCTCAAGCGACATGGCATTAATGTGGCCGAACACCGCCAAGAGATT
CTAAAGCTCTCCAAGAGAGAAACAAAAACAGTTAGCAACTATCACAGTCGTCCAGCCTCA
GCCAACTCATCTCTGTCCTCACTAAGGCGACCAAAAGTATTGGCAACCGCTTCAACAAGT
GGCTTTTCCTCGTAGGAACCGCTGTGGTTGAACCGATGAAGGAGAAGCAGTCGCCAGAAC
CTGCCAGCCGTGGAGTAGCGTTTGTGAGTGGAAATAATAAAGCTAACGACGACAAAGCTG
AGCTCCAAGTGGAGAGATTACCAGTGATAAGGAAAAGGAGGATCGCCAAATCTGGACCGT
TGGATTTAAAGCACCGAATGCAAGAGAAAACAACATTTCCAACTAACCGGAGCATGAACC
TATCTGGACCGTTGGATCAAAGTGTCCAAGAAAGACTCGTATTAGCATACAGAAGCCCTG
TTGTCTCGGGACAGTTGGATGGACCCCGAAACTTAAACGAACGGCTGAAATTAT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3BZ22JQ 512 0 0
GCTCCAAGTGGAGAGATTACCAGTGATAAGGAAAAGGAGGATCGCCAAATCTGGACCGTT
GGATTTAAAGCACCGAATGCAAGAGAAAACAACATTTCCAACTAACCGGAGCATGAACCT
ATTTGGACCGTTGGATCAAAGTGTCCAAGAAAGACTCGTATTAGCATACAGAAGCCCTGT
TGTCTCGGGACAGTTGGATGGACCCCGAAACTTAAACGAACGGCTGAAATTATCAGGGCC
GTTGAATGCAAGACCACCGAGCCCAAGTGTGTATGTGGAGTACAGTAAAAGAGACGATGA
CACACGATGGGCTGCTCTGTTTCACAACTTGAAGCCAACATAGATCTCAAGTTTTAGTGG
TTTTTGTTTAGTGTTGGGAAAACGGTATGTAGCCAGGGGTACTCAATTTTGGGGTATCCG
TTGTGCTGAATATACAAACTATTTTCTTATGCTCTTACTTATGGGGCTATATGTCTATTT
TATCATTCAATTCAAGAATTGCTCGTTCTTAC

QA 1 512 1 512
DS 



AS 1 2

CO CL6560Contig1 1079 2 2 U
AGAATACTGACTTTATCTCCTGAATCATTTTCTTTTCTTTTTTTGCTTGCTTGTGATAGA
TTTTCTTAGGCGGTGGAAGAGGTGAAACTTTTGAAATTTTAGTTAACTTTGCAGCTCCAC
AGAACCTTCTAGGAAGCTACCTCACTAGTAAGTGGTAAAGATATGCTTCTGTAGAAAGGG
AGGTATTGTAGCAATAACACGAGGAGATGGCTTTTTATTCTGAGGAGAACAAGAGTGAAG
ACTACCTCTTCAAGATTGTTCTCATAGGTGATTCTGCAGTCGGGAAATCAAATTTGCTCG
CAAGGTTTGCTAGAGATGAGTTCTATCCCAACTCAAAGTCGACCATTGGAGTGGAGTTTC
AGACGCAGAAGATGGATATCAACGGGAAGGAGATCAAAGCACAGATATGGGACACGTCAG
GGCAAGAACGTTTCAGAGCAGTCACTTCTGCTTACTACAGAGGTGCTGTTGGAGCTCTTC
TTGTTTACGACATCAGCAGAGTGCAGACTTTTCAAAGCATTGGTAGATGGCTCAACGAGC
TCCACACGCACTCTGATATGAACGTTGTGACGATCCTGGTGGGGGAACAAGTCTGATCTG
AAGGACATAAGAGAAGTACCAACATCAGAAGGGAAGGCGTTGGCAGAAGCGCAGGGGCTC
TTCTTTATGGAGACGTCAGCGTTGGACTCGTCTAACGTGGCAGCTGCCTTCGAGACGGTT
GTGAAGGAGATATACAACATACTGAGCAGGAAAGTGATAAGCTCACAGGAGCTAAACAAG
CAAGATCCTGCCTCGCTTAGCAATGGCAAGAAAGTTGTGATTCCATCCGAGGGTGAGTCC
AAGAAAGGTGGGTGTTGCTCTAGGTGATAGACGCTGATATTTGTAGAAAGCTTAAAAAGG
GAATCTGTTTGATTGTTTCTTTGTCCATGCTGGCCTGCCTGCCATGAATGTTGAAAATTT
GAGCTGTGTCTTGTGGTGTGGAAGTGTTTAGGTGTAGCAAGAAATCTGTAAATTTTCAAC
TGCAGAAGCTTTATGAAAACTCAACACTCCTTATCTATAAAGTTTTCCACTTTCTTGTT


BQ
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AF RR3FI28TF U 1
AF RR3FI28JQ C 299
BS 1 634 RR3FI28TF
BS 635 1079 RR3FI28JQ

RD RR3FI28TF 634 0 0
AGAATACTGACTTTATCTCCTGAATCATTTTCTTTTCTTTTTTTGCTTGCTTGTGATAGA
TTTTCTTAGGCGGTGGAAGAGGTGAAACTTTTGAAATTTTAGTTAACTTTGCAGCTCCAC
AGAACCTTCTAGGAAGCTACCTCACTAGTAAGTGGTAAAGATATGCTTCTGTAGAAAGGG
AGGTATTGTAGCAATAACACGAGGAGATGGCTTTTTATTCTGAGGAGAACAAGAGTGAAG
ACTACCTCTTCAAGATTGTTCTCATAGGTGATTCTGCAGTCGGGAAATCAAATTTGCTCG
CAAGGTTTGCTAGAGATGAGTTCTATCCCAACTCAAAGTCGACCATTGGAGTGGAGTTTC
AGACGCAGAAGATGGATATCAACGGGAAGGAGATCAAAGCACAGATATGGGACACGTCAG
GGCAAGAACGTTTCAGAGCAGTCACTTCTGCTTACTACAGAGGTGCTGTTGGAGCTCTTC
TTGTTTACGACATCAGCAGAGTGCAGACTTTTCAAAGCATTGGTAGATGGCTCAACGAGC
TCCACACGCACTCTGATATGAACGTTGTGACGATCCTGGTGGGGGAACAAGTCTGATCTG
AAGGACATAAGAGAAGTACCAACATCAGAAGGGA

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3FI28JQ 781 0 0
CGCAAGGTTTGCTAGAGATGAGT*CTATCCCAACTCAAAGTCGACCATTGGAGTGGAGTT
TCAGACGCAGAAGATGGATATCAACGGGAAGGAGATCAAAGCACAGATATGGGACACGTC
AGGGCAAGAACGTTTCAGAGCAGTCACTTCTGCTTACTACAGAGGTGCTGTTGGAGCTCT
TCTTGTTTACGACATCAGCAGAGTGCAGACTTTTCAAAGCATTGGTAGATGGCTCAACGA
GCTCCACACGCACTTTGATATGAACGTTGTGACGATCCTGGTGGGG*AACAAGTCTGATC
TGAAGGACATAAGAGAAGTACCAACATCAGAAGGGAAGGCGTTGGCAGAAGCGCAGGGGC
TCTTCTTTATGGAGACGTCAGCGTTGGACTCGTCTAACGTGGCAGCTGCCTTCGAGACGG
TTGTGAAGGAGATATACAACATACTGAGCAGGAAAGTGATAAGCTCACAGGAGCTAAACA
AGCAAGATCCTGCCTCGCTTAGCAATGGCAAGAAAGTTGTGATTCCATCCGAGGGTGAGT
CCAAGAAAGGTGGGTGTTGCTCTAGGTGATAGACGCTGATATTTGTAGAAAGCTTAAAAA
GGGAATCTGTTTGATTGTTTCTTTGTCCATGCTGGCCTGCCTGCCATGAATGTTGAAAAT
TTGAGCTGTGTCTTGTGGTGTGGAAGTGTTTAGGTGTAGCAAGAAATCTGTAAATTTTCA
ACTGCAGAAGCTTTATGAAAACTCAACACTCCTTATCTATAAAGTTTTCCACTTTCTTGT
T

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL6561Contig1 883 2 2 U
GTGGTGGCTCTTCTTCTTCTCTCAACCCTGCTTCTCTGCCCTTCTACGCTAGTGGAGGAA
GAAGATCTTTGACCAGCGAACTCGAGTTCATGGATGATGTGGACTCGAGAGCTAACCTTT
TGGACTCTGTGCGTGCGAGAAGCAGCGGTAGCTGCGTGTTGGACAGTTTAGGGTTTGGTG
ATTCTGATTTAGGGTTTGGAGGTGTACTACCCTGTTCTTACTTCGCTAGAGGCTTCTGCA
AGAACGGAAGCGGCTGCAGATTCGTCCACAGTGATGGAGGAGGAGACGAGTTGGTTGGCC
CTCCAAGAAGATTCGAGCTTCTTAGGCCTAACTCCGTACCTCCGAGACTTGCTCACCACT
TCATCACTCGCTCTTCTTTCATGATGGGAGACGGGTTACATAAGCTTGGAAGATGGTGGA
GGCCTGAGAGGATTGATCTCTCTGCTATGTCTTGTCCAGCTTCGAGACAGATCTATCTGA
CGTTTCCTGCCGACAGTAGGTTCAGGGAGGAAGATGTGTCTAATTATTTCAGTACTTTTG
GACCACTTCTGTTTGCTGAGTCTGCAGACAATAATAACGGATTAGATTTGTGGTCACCTT
CTTCTGATAATGACGATAACTCTACTCCTTCTACACTCTCTGACTCCTCCAACTCTTTCA
ACTGCCAAATGCCTAGGTTGCTGCCGATTGAGATGTTATCCGGTAGGGGTGGACCGACCT
GTCGTGTCGGTATATAAACAGGTGGGAAATAAAATAAACAGAGGAAGTTAAAGAAACTGA
TAATATAGACTCAAAGTAACCAAAAGATGCAGAGATGTAAAAAATAAAGCAGTATAATTG
ATGTAAGAGATAGAGAAGAGAAGGAAAGGAAGATTGTTGTACC


BQ
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AF RR3C050TF U 1
AF RR3C050JQ C 342
BS 1 672 RR3C050TF
BS 673 883 RR3C050JQ

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GAAGATCTTTGACCAGCGAACTCGAGTTCATGGATGATGTGGACTCGAGAGCTAACCTTT
TGGACTCTGTGCGTGCGAGAAGCAGCGGTAGCTGCGTGTTGGACAGTTTAGGGTTTGGTG
ATTCTGATTTAGGGTTTGGAGGTGTACTACCCTGTTCTTACTTCGCTAGAGGCTTCTGCA
AGAACGGAAGCGGCTGCAGATTCGTCCACAGTGATGGAGGAGGAGACGAGTTGGTTGGCC
CTCCAAGAAGATTCGAGCTTCTTAGGCCTAACTCCGTACCTCCGAGACTTGCTCACCACT
TCATCACTCGCTCTTCTTTCATGATGGGAGACGGGTTACATAAGCTTGGAAGATGGTGGA
GGCCTGAGAGGATTGATCTCTCTGCTATGTCTTGTCCAGCTTCGAGACAGATCTATCTGA
CGTTTCCTGCCGACAGTAGGTTCAGGGAGGAAGATGTGTCTAATTATTTCAGTACTTTTG
GACCACTTCTGTTTGCTGAGTCTGCAGACAATAATAACGGATTAGATTTGTGGTCACCTT
CTTCTGATAATGACGATAACTCTACTCCTTCTACACTCTCTGACTCCTCCAACTCTTTCA
ACTGCCAAATGC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3C050JQ 542 0 0
CCGAGACTTGCTCACCACTTCATCACTCGCTCTTCTTTCATGATGGGAGACGGGTTACAT
AAGCTTGGAAGATGGTGGAGGCCTGAGAGGATTGATCTTTCTGCTATGTCTTGTCCAGCT
TCGAGACAGATCTATCTGACGTTTCCTGCCGACAGTAGGTTCAGGGAGGAAGATGTGTCT
AATTATTTCAGTACTTTTGGACCACTTCTGTTTGCTGAGTCTGCAGACAATAATAACGGA
TTAGATTTGTGGTCACCTTCTTCTGATAATGACGATAACTCTACTCCTTCTACACTTTCT
GACTCCTCCAACTCTTTCAACTGCCAAATGCCTAGGTTGCTGCCGATTGAGATGTTATCC
GGTAGGGGTGGACCGACCTGTCGTGTCGGTATATAAACAGGTGGGAAATAAAATAAACAG
AGGAAGTTAAAGAAACTGATAATATAGACTCAAAGTAACCAAAAGATGCAGAGATGTAAA
AAATAAAGCAGTATAATTGATGTAAGAGATAGAGAAGAGAAGGAAAGGAAGATTGTTGTA
CC

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 2

CO CL6562Contig1 457 2 3 U
TTATTTGGGTCACTATCAGTGAGATCTATACAGAGGAGAAAGAGAAGATCCCCTTTATGT
CACCAACCACACTCTCCAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTCATAGTCCCAGAGGAAGTGG
AACCAGCCAAGGAAGAACCTGCCAAGGAGAAGAGCAGTGAAGCCACCGAGGAGGCTGCCA
AGGAAGAACCTGCCAAGGAAGAACCTGCCAAGGAAGAACCTACCAAGGAGGCTGTTGCCG
TCAAAGAGGCCTAATCAAGCTTCTCACTACTTCTACAGTTAAGGGATACCTAAATCTTTT
GAAGTGTGCTTCAACCATTTAAACCGACCATTGAGAGTTAGTGTTTCTCACTGCTCTTAC
TCTCATCTATTACCTACCACTCATTGCTGCTTGTTTTTACCTGTAATAACATGTCAACAT
CATCCTGTTCTACAAATATTACCGTATAATTATTTAT


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AF RR3BL05TF U 52
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BS 1 51 RR3BL05JQ
BS 52 378 RR3BL05TF
BS 379 457 RR3BL05JQ

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AGGAAGTGGAACCAGCCAAGGAAGAACCTGCCAAGGAGAAGAGCAGTGAAGCCACCGAGG
AGGCTGCCAAGGAAGAACCTGCCAAGGAAGAACCTGCCAAGGAAGAACCTACCAAGGAGG
CTGTTGCCGTCAAAGAGGCCTAATCAAGCTTCTCACTACTTCTACAGTTAAGGGATACCT
AAATCTTTTGAAGTGTGCTTCAACCATTTAAACCGACCATTGAGAGTTAGTGTTTCTCAC
TGCTCTTACTCTCATCTATTACCTACC

QA 1 327 1 327
DS 

RD RR3BL05JQ 457 0 0
TTATTTGGGTCACTATCAGTGAGATCTATACAGAGGAGAAAGAGAAGATCCCCTTTATGT
CACCAACCACACTCTCCAGGACTTTCCCTGTTTCAGCTTTCATAGTCCCAGAGGAAGTGG
AACCAGCCAAGGAAGAACCTGCCAAGGAGAAGAGCAGTGAAGCCACCGAGGAGGCTGCCA
AGGAAGAACCTGCCAAGGAAGAACCTGCCAAGGAAGAACCTACCAAGGAGGCTGTTGCCG
TCAAAGAGGCCTAATCAAGCTTCTCACTACTTCTACAGTTAAGGGATACCTAAATCTTTT
GAAGTGTGCTTCAACCATTTAAACCGACCATTGAGAGTTAGTGTTTCTCACTGCTCTTAC
TCTCATCTATTACCTACCACTCATTGCTGCTTGTTTTTACCTGTAATAACATGTCAACAT
CATCCTGTTCTACAAATATTACCGTATAATTATTTAT

QA 1 457 1 457
DS 



AS 1 2

CO CL6563Contig1 1126 2 2 U
GGAAAATAGTTTCAAAAGAACAAATATGGAGATCGACTCTTACAACGAGCGCAAAACTTT
CGACGAGACCAAGGCAGGCGTTAAAGGTCTCGTCGACGCTCACATCACTGAGGTTCCTAG
TATCTTCCGTCTCCCTCAAGGTGCCTTATTCGACAAGAAACCCTCTGTTTCAGCCTCCGC
GATCCCTATCATCGACTTAGCAGACGTAGACGTGTCACATGAAGACATTGCTAAGAAGAT
CAAAGATGCTGCAGAGACTTGGGGATTCTTCCAGGTGATCAATCATGGTGTTCCTTTAAG
CGTGATTGAAGAGATCCAAGATGGAGTTCGTAGGTTTCATGAGCAAGATCTCCAAGTTAA
GGCATCTTACTTCACTCGTGACCCCACCAAGACTGTTGTCTACAATAGTAATTTTGATCT
GTACAATCCTTCTTCTCTATGTGTTAACTGGAGAGACACCTTCGTTTGTTGTATGGCTCC
TGATCGTCCAAACCCTGAAGAGATCCCATTGGCTTGCAGGGATGCTATGATTGAGTACTC
GAAGCATGTGATGACTTTAGGTGGTTTACTCTTTGAGCTTCTCTCAGAAGCTCTTGGTTT
ACACTCGGAGACGCTTAAGAGCATGGATTGCATGAAGGCTTTGAATGTGCTCGGCCATTA
TTATCCTCCTTGTCCACAACCCGACCTAACTTTTGGCACAAGTCAGCATTCCGACAGCTC
TTTCATCACCATTTTTTTTCAGGACCAAATCGGTGGTCTTCAAATTCTTCACAAGGACTC
TTGGGTCGATGTCTCACCTATTCCTGGAGCACTCGTCATCAACATAGGAGATTATTTACA
GGGTGCTTGCAAACAGAGCTGGACCAAGGATTTCTGTCGCGGCCTTTTTCAGCACAAATA
TGCTTCCCAGTTCAACCGTTTACGGACCAATCAAAGAGTTTCTCTCTGAAGAAAACCCTC
CAAAATACAAAGACTTCACTTTAGAAGAATACAACAAGGGATACTTTGAGAAAGGCCTTG
ATGGAACATCGCATCTGTCCAGGTTCAAGATATGAGGAACACTTAAAAGAGTAAGTCTTT
TGTTTGAGTTAAAATATATGTACATATGTTGAGTCAGTCCTTGTCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GI70TF U 1
AF RR3GI70JQ C 398
BS 1 720 RR3GI70TF
BS 721 1126 RR3GI70JQ

RD RR3GI70TF 720 0 0
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CGACGAGACCAAGGCAGGCGTTAAAGGTCTCGTCGACGCTCACATCACTGAGGTTCCTAG
TATCTTCCGTCTCCCTCAAGGTGCCTTATTCGACAAGAAACCCTCTGTTTCAGCCTCCGC
GATCCCTATCATCGACTTAGCAGACGTAGACGTGTCACATGAAGACATTGCTAAGAAGAT
CAAAGATGCTGCAGAGACTTGGGGATTCTTCCAGGTGATCAATCATGGTGTTCCTTTAAG
CGTGATTGAAGAGATCCAAGATGGAGTTCGTAGGTTTCATGAGCAAGATCTCCAAGTTAA
GGCATCTTACTTCACTCGTGACCCCACCAAGACTGTTGTCTACAATAGTAATTTTGATCT
GTACAATCCTTCTTCTCTATGTGTTAACTGGAGAGACACCTTCGTTTGTTGTATGGCTCC
TGATCGTCCAAACCCTGAAGAGATCCCATTGGCTTGCAGGGATGCTATGATTGAGTACTC
GAAGCATGTGATGACTTTAGGTGGTTTACTCTTTGAGCTTCTCTCAGAAGCTCTTGGTTT
ACACTCGGAGACGCTTAAGAGCATGGATTGCATGAAGGCTTTGAATGTGCTCGGCCATTA
TTATCCTCCTTGTCCACAACCCGACCTAACTTTTGGCACAAGTCAGCATTCCGACAGCTC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3GI70JQ 729 0 0
GTCTACAATAGTAATTTTGATCTGTACAATCCTTCTTCTCTATGTGTTAACTGGAGAGAC
ACCTTCGTTTGTTGTATGGCTCCTGATCGTCCAAACCCTGAAGAGATCCCATTGGCTTGC
AGGGATGCTATGATTGAGTACTCGAAGCATGTGATGACTTTAGGTGGTTTACTCTTTGAG
CTTCTCTCAGAAGCTCTTGGTTTACACTCGGAGACGCTTAAGAGCATGGATTGCATGAAG
GCTTTGAATGTGCTCGGCCATTATTATCCTCCTTGTCCACAACCCGACCTAACTTTTGGC
ACAAGTCAGCATTCCGACAGCTCTTTCATCACCATTTTTTTTCAGGACCAAATCGGTGGT
CTTCAAATTCTTCACAAGGACTCTTGGGTCGATGTCTCACCTATTCCTGGAGCACTCGTC
ATCAACATAGGAGATTATTTACAGGGTGCTTGCAAACAGAGCTGGACCAAGGATTTCTGT
CGCGGCCTTTTTCAGCACAAATATGCTTCCCAGTTCAACCGTTTACGGACCAATCAAAGA
GTTTCTCTCTGAAGAAAACCCTCCAAAATACAAAGACTTCACTTTAGAAGAATACAACAA
GGGATACTTTGAGAAAGGCCTTGATGGAACATCGCATCTGTCCAGGTTCAAGATATGAGG
AACACTTAAAAGAGTAAGTCTTTTGTTTGAGTTAAAATATATGTACATATGTTGAGTCAG
TCCTTGTCT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL6564Contig1 617 2 13 U
AGGAACATCAATTATTTATTGATTATTATTACACAACTGGCATTAGCCCAAACCCAATGT
TCTTTTACAACTGAAATGCAAAGCTGTCAACAGATATACAACCAATGGCCCAAACTGAGA
ACAAACAAAAAAGTTAAAACAGAACATAACCAAATGAGAAGAGTGGGGAAGGAGGGAGAG
ATAGATGACTTCAGCTTATTTCCAGTTGCAAACTCCAGCCCCCTTTTTTTTTAATCTGCT
ACTAAAAAAAAATGATGATTCTGCTGAATTATTTTTTAAATGATGTGAATGGGCGATAAA
TTACTTGAAACTATTGCACACAGGTGATCAGACAGCTACTTGAGAAGTCGCTGAAATTCA
AGAGGATTGGAAACTTTGAATGGATTCAAAATTATTTCCCCCAACCCCTAAAAAAATCAA
GTTGCTCATCTATGAGGAGGATCAATAGTCCTGACATTTGCACCTGTCATCCCATCAATC
TTATCTTTGGTGATCTCCACAAAGTGACCAACTACTTCATGAAACTGTCTTAGACCAGAT
AACGGTAGAATGATCGATGACCTGTCAGAACCTGCCACCTCGGAGATCCTGAGGAAATGG
CCCCTGTTGTTGTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI47JQ U 186
AF RR3D986JQ U 1
BS 1 210 RR3D986JQ
BS 211 211 RR3DI47JQ
BS 212 247 RR3D986JQ
BS 248 248 RR3DI47JQ
BS 249 249 RR3D986JQ
BS 250 250 RR3DI47JQ
BS 251 278 RR3D986JQ
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BS 280 354 RR3D986JQ
BS 355 355 RR3DI47JQ
BS 356 413 RR3D986JQ
BS 414 414 RR3DI47JQ
BS 415 617 RR3D986JQ

RD RR3DI47JQ 347 0 0
TGACTTCAGCTTATTTCCAGTTGCAAACTCCAGCCCCCTTTTTTTTTAATCTGCTACTAA
AAAAAAATGATGATTCTGCTGAATTATTTTTTAAATGATGTGAATGGGCGATAAATTACT
TGAAACTATTGCACACAGGTGATCAGACAGCTACTTGAGAAGTCGCTGAAATTCAAGAGG
ATTGGAAACTTTGAATGGATTCAAAATTATTTCCCCCAACCCCTAAAAAAATCAAGTTGC
TCATCTATGAGGAGGATCAATAGTCCTGACATTTGCACCTGTCATCCCATCAATCTTATC
TTTGGTGATCTCCACAAAGTGACCAACTACTTCATGAAACTGTCTTA

QA 1 347 1 347
DS 

RD RR3D986JQ 617 0 0
AGGAACATCAATTATTTATTGATTATTATTACACAACTGGCATTAGCCCAAACCCAATGT
TCTTTTACAACTGAAATGCAAAGCTGTCAACAGATATACAACCAATGGCCCAAACTGAGA
ACAAACAAAAAAGTTAAAACAGAACATAACCAAATGAGAAGAGTGGGGAAGGAGGGAGAG
ATAGATGACTTCAGCTTATTTCCAGTTGCAGACTCCAGCCCCCTTTTTTTTTAATCTGCT
ACTAAAAGACAATGATGATTCTGCTGAATTATTTTTTAGATGATGTGAATGGGCGATAAA
TTACTTGAAACTATTGCACACAGGTGATCAGACAGCTACTTGAGAAGTCGCTGAGATTCA
AGAGGATTGGAAACTTTGAATGGATTCAAAATTATTTCCCCCAACCCCTAAAAGAATCAA
GTTGCTCATCTATGAGGAGGATCAATAGTCCTGACATTTGCACCTGTCATCCCATCAATC
TTATCTTTGGTGATCTCCACAAAGTGACCAACTACTTCATGAAACTGTCTTAGACCAGAT
AACGGTAGAATGATCGATGACCTGTCAGAACCTGCCACCTCGGAGATCCTGAGGAAATGG
CCCCTGTTGTTGTTCCC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL6565Contig1 551 2 3 U
TCAACAAATGATACACACTCACTCTTTGGCATAACCTTTTTGAATATAATATAGGATGTT
TCAGAAATGAGTGAGAGACAAAAGACTCAACAGTAAAGAGTGGGGGAAAGGTATTGTTGT
TCCACACCGCAGCAAACAAGAATTACAAAAGCGAAAAAAATAGATAGAAAGAGTAGTGAC
TCAAGTTTGTGCATTTGGTTGAGTTTGAATAAAGATGAGTGTGTCTACTCTACCTCGCTT
AGGATGGGAACAATGAGAGGCTTCATCTGCCCAATGTATACAATTGCCCACATCATCCAA
CAGCAAACAGTGGCTGTAATGACCAATGTAAAATGTAGCAAATTGGTGGAGGGGCCTTGG
TTGAAACAAATTCTTGTGAAAATCGAAGCAATGATGCCGACCACAGCGAATATTACAGAT
GTTACTAGAAAAGCCATGTCTGATCCTGATCCTGATCCTGATCCTGATCCCAAACAGAGT
AATCAGATTCAAATTGAAGCTCCTGATCGCCAATGGCCGGCCGATCGTATAAGGTCCAGA
TTTTGCGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CO35JQ U 128
AF RR3CO35TF C 1
BS 1 127 RR3CO35TF
BS 128 482 RR3CO35JQ
BS 483 551 RR3CO35TF

RD RR3CO35JQ 355 0 0
CGCAGCAAACAAGAATTACAAAAGCGAAAAAAATAGATAGAAAGAGTAGTGACTCAAGTT
TGTGCATTTGGTTGAGTTTGAATAAAGATGAGTGTGTCTACTCTACCTCGCTTAGGATGG
GAACAATGAGAGGCTTCATCTGCCCAATGTATACAATTGCCCACATCATCCAACAGCAAA
CAGTGGCTGTAATGACCAATGTAAAATGTAGCAAATTGGTGGAGGGGCCTTGGTTGAAAC
AAATTCTTGTGAAAATCGAAGCAATGATGCCGACCACAGCGAATATTACAGATGTTACTA
GAAAAGCCATGTCTGATCCTGATCCTGATCCTGATCCTGATCCCAAACAGAGTAA

QA 1 355 1 355
DS 

RD RR3CO35TF 551 0 0
TCAACAAATGATACACACTCACTCTTTGGCATAACCTTTTTGAATATAATATAGGATGTT
TCAGAAATGAGTGAGAGACAAAAGACTCAACAGTAAAGAGTGGGGGAAAGGTATTGTTGT
TCCACACCGCAGCAAACAAGAATTACAAAAGCGAAGAAGATAGATAGAAAGAGTAGTGAC
TCAAGTTTGTGCATTTGGTTGAGTTTGAATAGAGATGAGTGTGTCTACTCTACCTCGCTT
AGGATGGGAACAATGAGAGGCTTCATCTGCGCAATGTATACGATTGCCCACATCATCCAA
CAGCAGACAGTGGCTGTAATGACCAATGTAAAATGTAGCAGATTGGTGGAGGGGCCTTGG
TTGAAACAGATTCTTGTGAAAATCGAAGCAATGATGCCGACCACAGCGAATATTACAGAT
GTTACTAGAAAAGCCATGTCTGATCCTGATCCTGATCCTGATCCTGATCCCAAACAGAGT
AATCAGATTCAAATTGAAGCTCCTGATCGCCAATGGCCGGCCGATCGTATAAGGTCCAGA
TTTTGCGAGCC

QA 1 551 1 551
DS 



AS 1 2

CO CL6566Contig1 992 2 4 U
GGAATGGCGAGACCCAACAACAAAAACACCTCCCTTAACCACAACCACATCCTCCAAAAA
GATCCTTCTTCTTCTTACTCCTCTGTTGCTCGTTCCAAAGGCCGTATGCTCGTCCTCACC
AAACCTTCCCCCAAACCCCTCAAGTCTTACGCCGCTGCGTCCACGACTACCGCCACTGCC
CCTCCTCCCCTCTCTCCAGCTCCGAGGACTCCGGATCAAGCAAACTCTGATCCAGATCCA
AATCAGATCTCTCTCCGTCCCTTAGGTCATACCGGGCCTGCTTCCTCGCTGTCCTTTCCA
TCTCGGACTCAGGAATCCGACAAAAACATATCTTCTCCGGCTTGACGTCCGTTTCCTCGA
AACCTGACCGGTTCGTACCTCCGCATCTTAGGCTAGGGTTTGTCCGGAAAGACGACAAAC
CTGTACCCGCTTCTTCTTCTTCGATTCTGGGATTGCCTCACCAAGAACAGCATCAACCGC
GGCAGGGATATTCAGGGTATGGACACACCGGGCGACCGAAATCGGGTGGGTATGAGAGGA
TTCGATCCGATCCAGATTACTTGGGCCGACCAAGATCGAGCGGGAACCGACCCGGCACCT
CCGGATGATGATGAGCTTGCTGGGTTGATGTCACTTGATGATGAAGATGGAAACTACCTA
TGTTTCTGTGTTAACATCTCATTCTCGAGGAGGATTATAAACCGTGACTTTTAGTTTTCC
ATTTCTTTTGATCAAAGACCACCCAAGATTCAGTAGATTTGTAGAAGATGTTGTTTAGGA
GGGCGATACTATCGTAAACAAGGCCTGACACAAAACCAATTCTGTTCTCACTTCAAGTTT
CAAAACTTTGTTAATGTACCTATAATTCAATCTATAGTACATGATGTTTATTAGATTTTA
ATTGAGATTCTATCCAGATTTAAAGTGTTTCGTTTTTATTTTATCAAGACACATTGTTTA
TGATTTTGGTTAGTGGAGATTTGTTTCAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CB67TF U 1
AF RR3CB67JQ C 440
BS 1 745 RR3CB67TF
BS 746 746 RR3CB67JQ
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BS 766 992 RR3CB67JQ

RD RR3CB67TF 772 0 0
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GATCCTTCTTCTTCTTACTCCTCTGTTGCTCGTTCCAAAGGCCGTATGCTCGTCCTCACC
AAACCTTCCCCCAAACCCCTCAAGTCTTACGCCGCTGCGTCCACGACTACCGCCACTGCC
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AATCAGATCTCTCTCCGTCCCTTAGGTCATACCGGGCCTGCTTCCTCGCTGTCCTTTCCA
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CTGTACCCGCTTCTTCTTCTTCGATTCTGGGATTGCCTCACCAAGAACAGCATCAACCGC
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QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3CB67JQ 553 0 0
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CTGGGTTGATGTCACTTGATGATGAAGATGGAAACTACCTATGTTTCTGTGTTAACATCT
CATTCTCGAGGAGGATTATAAACCGTGACTTTTAGTTTTCCATTTCTTTTGATCAAAGAC
CACCCAAGATTCAGTAGATTTGTAGAAGATGTTGTTTAGGAGGGCGATACTATCGTAAAC
AAGGCCTGACACAAAACCAATTCTGTTCTCACTTCAAGTTTCAAAACTTTGTTAATGTAC
CTATAATTCAATCTATAGTACATGATGTTTATTAGATTTTAATTGAGATTCTATCCAGAT
TTAAAGTGTTTCGTTTTTATTTTATCAAGACACATTGTTTATGATTTTGGTTAGTGGAGA
TTTGTTTCAAACT

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

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ATAGCTTAGCTTTATGTCAACATCTCTAGGATTCTTCTTGTTATAGGAAACAGACATGCT
TCCAGTGATCGTCTCACCCTCGCATATGGTTAACACATCTTCAAGGTACATGACTGTTTG
TTTCCAGTGTGTAGCCCGGGATCTCGGTCCTGTTGAGAAACCAAGGAGCTTGTGGCACAT
GGTGAATGATACATCAAAGTAGGCTACAAGGGCGTGGATGTAGTCATTGCGTTGCGCAAC
AAGTTTAAAGGGAGCTGTGAAGGAAGCATCACCAGAAGACATCTTCGAGATATCCATTGT
CTTAAGCAGCTTACTATCGGTGACAATCTGGTTTTGGTCGACTGTGTCAACAAGTGGTTC
CATCATAGCTTTTTTCTTGATGCATGACATGTCAAAACCATACACACTGTTCCAAAATTC
AATTTTGTCTTCTTTATACTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 
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AF RR3E344JQ U 36
AF RR3DB23JQ U 1
BS 1 133 RR3DB23JQ
BS 134 134 RR3E344JQ
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BS 168 168 RR3E344JQ
BS 169 178 RR3DB23JQ
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BS 180 213 RR3DB23JQ
BS 214 214 RR3E344JQ
BS 215 682 RR3DB23JQ

RD RR3E344JQ 206 0 0
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GAAAAAAATACAAAAACTAATATCACATCACAATTTGAAAATGGCATCTTCTCATTTTCA
GCTGCAAATTTAAAGTTTTGCGAAAACTTCAACGCATTTTGTAGTGTTGGGTCCTTGAAA
CCTTGTAGTGCTGGCCATTCAAA
AAA

QA 1 203 1 203
DS 

RD RR3DB23JQ 682 0 0
AACACAAGAAATAGCTTATAGCAAAATCATAAATTCAACTCGGAAAAAAAAGTTTTGTAG
TGTGAAGCAAAGGGAATGTTGCAAAACTGGAAAAGGAAAAAAATACAAAAACTAATATCA
CATCACAATTTGAGAATGGCATCTTCTCAGTTTCAGCTGCAAATTTAGAGTTTTGCGAGA
ACTTCAACGCATTTTGTAGTGTTGGGTCCTTGAGACCTTGGAGTGCTGGCCATTCAAAGA
ATAGCTTAGCTTTATGTCAACATCTCTAGGATTCTTCTTGTTATAGGAAACAGACATGCT
TCCAGTGATCGTCTCACCCTCGCATATGGTTAACACATCTTCAAGGTACATGACTGTTTG
TTTCCAGTGTGTAGCCCGGGATCTCGGTCCTGTTGAGAAACCAAGGAGCTTGTGGCACAT
GGTGAATGATACATCAAAGTAGGCTACAAGGGCGTGGATGTAGTCATTGCGTTGCGCAAC
AAGTTTAAAGGGAGCTGTGAAGGAAGCATCACCAGAAGACATCTTCGAGATATCCATTGT
CTTAAGCAGCTTACTATCGGTGACAATCTGGTTTTGGTCGACTGTGTCAACAAGTGGTTC
CATCATAGCTTTTTTCTTGATGCATGACATGTCAAAACCATACACACTGTTCCAAAATTC
AATTTTGTCTTCTTTATACTCT

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL6568Contig1 1014 2 2 U
GATGGCTGGATTTAGAAAGGGAAAGTTCTCTACATTGGTTGCTACAAACGTCGCCGCTCG
TGGTCTAGATATCAACGACGTGCAGCTAATCATCCAGTGTGAGCCTCCACGTGATGTTGA
AGACTATATCCACCGTTCAGGCAGAACAGGAAGAGCAGGCAACACTGGAGTCGCGGTCAT
GCTATACGACTCTAGAAAGTCTGGAGTGTCCAGGATCGAAAAGCAGGCTGGAATCAAATT
CGAGCACGTTTCTGCACCGCAGCCTAACGATATCGCCAGAGCTGTTGGCATGGAAGCAGC
CCAAGATCACGCAGGTCTGTGACAGTGTGGTTCCTGCTTTTATGGCTGCGGCCAAGGAGC
TCTTGGAAAGCTCCGGTGTGTCAGCTGAAGTCCTCCTCGCTAAAGCACTTGCAAAAACCG
CGGGCTTCACTGAGATAAAGAAAAGGTCGCTTTTAACATCGATGGAGAATCATGTCACGT
TGCTTTTTGAAGCAGGGAAACCTATTTACACTCCATCATTTGTATGTGGTGTACTGAAGA
GAATCTTACCGGACGACAAGGCTAATTCGATCGAAGGGTTGACTCTAACAGCAGATGGAC
AAGCTGCTGTGTTCGATGTTGCACAGTCGGATGTAGACCAGTTCGTTGCAGCTGCGCGGA
AGAATGCGAGTGTGAGCTTGGAGGTTGTCAAGGAGTTGCCTAAGCTTCAAGAGAGGGAGC
CTGCGCAGAGAAGATTTGGCCGCCCAGGTGGTGGTGGCCAAGGGTTTAATAACCGTGGCA
GAGGAGGTAGTAGATTTGGTCGTGGTGGTGGTCGTGGTGGTGGTGGTGGAGGCCAGAGAT
GGTGAAAAACTTCTTAACACAACAACACCTAGTCAAAAACTCTTTTACAATTTCTACTTT
ATAATAGTGTTTTATGTGTGTTATTATGAACAACTTAAGAGGGAAGCAAGCGTTCTTGTG
TGTGTTTCCTTTCAGTTTTGTGTAATTTTGATGACAATGATGATACAATTTCTC


BQ
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AF RR3FE39TF U 1
AF RR3FE39JQ C 361
BS 1 683 RR3FE39TF
BS 684 1014 RR3FE39JQ

RD RR3FE39TF 687 0 0
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TGGTCTAGATATCAACGACGTGCAGCTAATCATCCAGTGTGAGCCTCCACGTGATGTTGA
AGACTATATCCACCGTTCAGGCAGAACAGGAAGAGCAGGCAACACTGGAGTCGCGGTCAT
GCTATACGACTCTAGAAAGTCTGGAGTGTCCAGGATCGAAAAGCAGGCTGGAATCAAATT
CGAGCACGTTTCTGCACCGCAGCCTAACGATATCGCCAGAGCTGTTGGCATGGAAGCAGC
CCAAGATCACGCAGGTCTGTGACAGTGTGGTTCCTGCTTTTATGGCTGCGGCCAAGGAGC
TCTTGGAAAGCTCCGGTGTGTCAGCTGAAGTCCTCCTCGCTAAAGCACTTGCAAAAACCG
CGGGCTTCACTGAGATAAAGAAAAGGTCGCTTTTAACATCGATGGAGAATCATGTCACGT
TGCTTTTTGAAGCAGGGAAACCTATTTACACTCCATCATTTGTATGTGGTGTACTGAAGA
GAATCTTACCGGACGACAAGGCTAATTCGATCGAAGGGTTGACTCTAACAGCAGATGGAC
AAGCTGCTGTGTTCGATGTTGCACAGTCGGATGTAGACCAGTTCGTTGCAGCTGCGCGGA
AGAATGCGAGTGTGAGCTTGGAG
TTGT

QA 1 683 1 683
DS 

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TCTTGGAAAGCTCCGGTGTGTCAGCTGAAGTCCTCCTCGCTAAAGCACTTGCAAAAACCG
CGGGCTTCACTGAGATAAAGAAAAGGTCGCTTTTAACATCGATGGAGAATCATGTCACGT
TGCTTTTTGAAGCAGGGAAACCTATTTACACTCCATCATTTGTATGTGGTGTACTGAAGA
GAATCTTACCGGACGACAAGGCTAATTCGATCGAAGGGTTGACTCTAACAGCAGATGGAC
AAGCTGCTGTGTTCGATGTTGCACAGTCGGATGTAGACCAGTTCGTTGCAGCTGCGCGGA
AGAATGCGAGTGTGAGCTTGGAGGTTGTCAAGGAGTTGCCTAAGCTTCAAGAGAGGGAGC
CTGCGCAGAGAAGATTTGGCCGCCCAGGTGGTGGTGGCCAAGGGTTTAATAACCGTGGCA
GAGGAGGTAGTAGATTTGGTCGTGGTGGTGGTCGTGGTGGTGGTGGTGGAGGCCAGAGAT
GGTGAAAAACTTCTTAACACAACAACACCTAGTCAAAAACTCTTTTACAATTTCTACTTT
ATAATAGTGTTTTATGTGTGTTATTATGAACAACTTAAGAGGGAAGCAAGCGTTCTTGTG
TGTGTTTCCTTTCAGTTTTGTGTAATTTTGATGACAATGATGATACAATTTCTC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL6569Contig1 1117 2 2 U
GGCAGAAGTCTCTTTGAAAGGTTTCAGTTAGCAGGCTGTCCAACTTTGTTGTTAACTCTT
CAGTATAGGATGCATCCTCAAATACGTGATTTCCCTTCACGATATTTCTACCAAGGACGC
CTCACTGACAGCGAAAGTGTTACCACTGCTCCTGATGAGATTTACTACAAAGATTCTGTC
CTCAAGCCTTATCCTTTCTTTAATATCAGCCATGGACGGGAGTCTCATAGAGGTGGCTCA
GTGTCTTACGAGAACATTGATGAAGCTCGCTTTTGTGTTGGACTTTACATGCATCTTCAG
AGAACTCTCAAGTCATTGGGTGGGGGTAAAGTCTCTGTTGGGGTGATAACTCCATATAAA
CTGCAGCTAAAATGCCTGAAAATGGAATTTGGAAATGCTTTGGGACCAGATGAAGTGAAA
GAGATTTATATCAACACTGTAGACGCGTTTCAAGGTCAAGAACGTGATGTTATAATCATG
TCATGTGTGCGTGCTTCCGGTCACGGGGTTGGGTTTGTTGCTGATATTAGGCGGATGAAT
GTTGCTCTCACACGTGCCAGAAGAGCTCTATGGGTGATGGGAAACGCATCTGCTCTGATG
AAGTCTGAGGATTGGGCAGCACTGATCACCGACGCCAGAGAAAGGAACTGTTTTATGGAG
ATGGAATCTCTTCCCAAGGATTTCCCGGTACCTAGCTTCATCCCTAAAGCGCCTAATGCT
AGAGGTTTTAGGCCAGGTGGGTCAAGGATCAGACCCATCGATATGCAGCACAGTGAGACA
AGGTCAGGGACACCATCGGAAGACGACGAGAAGCTTAGCACGAGGACAACGACGTTTCCA
AGAAATGGTAATTTTCGAAGGGAGAACTCAGTAGTTGATGATTCTGATCAGTCTTGGCAA
CATGGGATGATCCAGAGGCGGCAAAATTTTGGACGGCCTTTTGGGAGAAGAGACTAATTT
GTAAGTACCAAAAGTAAGTTTGGGATGATTTGTTTAGTCTTACAATAGTTCTTACCGAGT
AATCTCCATACCCCACACTGGCCAGTTCAATGTGTTGGCGTTTTGTACATAATAATCTTA
TTTTTATATCATGTGCTGGAATCACGAAACTTGGTTC


BQ
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AF RR3FV09TF U 1
AF RR3FV09JQ C 327
BS 1 640 RR3FV09TF
BS 641 1117 RR3FV09JQ

RD RR3FV09TF 640 0 0
GGCAGAAGTCTCTTTGAAAGGTTTCAGTTAGCAGGCTGTCCAACTTTGTTGTTAACTCTT
CAGTATAGGATGCATCCTCAAATACGTGATTTCCCTTCACGATATTTCTACCAAGGACGC
CTCACTGACAGCGAAAGTGTTACCACTGCTCCTGATGAGATTTACTACAAAGATTCTGTC
CTCAAGCCTTATCCTTTCTTTAATATCAGCCATGGACGGGAGTCTCATAGAGGTGGCTCA
GTGTCTTACGAGAACATTGATGAAGCTCGCTTTTGTGTTGGACTTTACATGCATCTTCAG
AGAACTCTCAAGTCATTGGGTGGGGGTAAAGTCTCTGTTGGGGTGATAACTCCATATAAA
CTGCAGCTAAAATGCCTGAAAATGGAATTTGGAAATGCTTTGGGACCAGATGAAGTGAAA
GAGATTTATATCAACACTGTAGACGCGTTTCAAGGTCAAGAACGTGATGTTATAATCATG
TCATGTGTGCGTGCTTCCGGTCACGGGGTTGGGTTTGTTGCTGATATTAGGCGGATGAAT
GTTGCTCTCACACGTGCCAGAAGAGCTCTATGGGTGATGGGAAACGCATCTGCTCTGATG
AAGTCTGAGGATTGGGCAGCACTGATCACCGACGCCAGAG

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3FV09JQ 791 0 0
TAAAGTCTCTGTTGGGGTGATAACTCCATATAAACTGCAGCTAAAATGCC*GAAAATGGA
ATTTGGAAATGCTTTGGGACCAGATGAAGTGAAAGAGATTTATATCAACACTGTAGACGC
GTTTCAAGGTCAAGAACGTGATGTTATAATCATGTCATGTGTGCGTGCTTCCGGTCACGG
GGTTGGGTTTGTTGCTGATATTAGGCGGATGAATGTTGCTCTCACACGTGCCAGAAGAGC
TCTATGGGTGATGGGAAACGCATCTGCTCTGATGAAGTCTGAGGATTGGGCAGCACTGAT
CACCGACGCCAGAGAAAGGAACTGTTTTATGGAGATGGAATCTCTTCCCAAGGATTTCCC
GGTACCTAGCTTCATCCCTAAAGCGCCTAATGCTAGAGGTTTTAGGCCAGGTGGGTCAAG
GATCAGACCCATCGATATGCAGCACAGTGAGACAAGGTCAGGGACACCATCGGAAGACGA
CGAGAAGCTTAGCACGAGGACAACGACGTTTCCAAGAAATGGTAATTTTCGAAGGGAGAA
CTCAGTAGTTGATGATTCTGATCAGTCTTGGCAACATGGGATGATCCAGAGGCGGCAAAA
TTTTGGACGGCCTTTTGGGAGAAGAGACTAATTTGTAAGTACCAAAAGTAAGTTTGGGAT
GATTTGTTTAGTCTTACAATAGTTCTTACCGAGTAATCTCCATACCCCACACTGGCCAGT
TCAATGTGTTGGCGTTTTGTACATAATAATCTTATTTTTATATCATGTGCTGGAATCACG
AAACTTGGTTC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL6570Contig1 504 2 2 U
GGTATGGAGGAAGCGTGAGGTGGAGTTCGAGAAGCAGGTTGATGAAAAGCAAGATGCCTG
ACGAGCCTTGTTACCCGAAGCTGGCGTTGCATGAAGGCCAGCTTTTTTTTTCGATGAATG
ACTCTATCTCTGTGTTTTGTTGACCTGATTGGGTTTTGACTTCTAGGCTGAGGAGGAGCT
ATGGTGGTTCGATCTGTGATTTCTCCATTGGTGGTGATCGGCTTTTCGCGTTGCATAGCG
AAGAGAATGTGTTTGATGTGTGGGAGACTCCTCCTTCTCCCATCATCTGATTTGATTCGT
TAATGCTCTTGTCTGTTCTTTTTTCATGTTTGCTTTGTTTTGGTTTGTGTTTTTTATTTA
CAGTTCTTAGAGAAGTACTGAAATATAGCTATAGACAAAGAATACTACAGCCTTAGACTG
ATCCTAGTTTTGTTCTATACAAAATATATTGTTTCTTGTGACCTCACACGACTATTCAAA
AGAACAAACCATACTGATTTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FH79JQ C 1
AF RR3FH79TF U 209
BS 1 208 RR3FH79JQ
BS 209 504 RR3FH79TF

RD RR3FH79JQ 504 0 0
GGTATGGAGGAAGCGTGAGGTGGAGTTCGAGAAGCAGGTTGATGAAAAGCAAGATGCCTG
ACGAGCCTTGTTACCCGAAGCTGGCGTTGCATGAAGGCCAGCTTTTTTTTTCGATGAATG
ACTCTATCTCTGTGTTTTGTTGACCTGATTGGGTTTTGACTTCTAGGCTGAGGAGGAGCT
ATGGTGGTTCGATCTGTGATTTCTCCATTGGTGGTGATCGGCTTTTCGCGTTGCATAGCG
AAGAGAATGTGTTTGATGTGTGGGAGACTCCTCCTTCTCCCATCATCTGATTTGATTCGT
TAATGCTCTTGTCTGTTCTTTTTTCATGTTTGCTTTGTTTTGGTTTGTGTTTTTTATTTA
CAGTTCTTAGAGAAGTACTGAAATATAGCTATAGACAAAGAATACTACAGCCTTAGACTG
ATCCTAGTTTTGTTCTATACAAAATATATTGTTTCTTGTGACCTCACACGACTATTCAAA
AGAACAAACCATACTGATTTTATC

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR3FH79TF 296 0 0
TGGTGGTGATCGGCTTTTCGCGTTGCATAGCGAAGAGAATGTGTTTGATGTGTGGGAGAC
TCCTCCTTCTCCCATCATCTGATTTGATTCGTTAATGCTCTTGTCTGTTCTTTTTTCATG
TTTGCTTTGTTTTGGTTTGTGTTTTTTATTTACAGTTCTTAGAGAAGTACTGAAATATAG
CTATAGACAAAGAATACTACAGCCTTAGACTGATCCTAGTTTTGTTCTATACAAAATATA
TTGTTTCTTGTGACCTCACACGACTATTCAAAAGAACAAACCATACTGATTTTATC

QA 1 296 1 296
DS 



AS 1 2

CO CL6571Contig1 1051 2 2 U
GGACATCTCTGTGGAGAGGAGTGGATGGTTACGGAAATAGAGTTTATAGTATGTCGATGG
AGTACGCAGCTGGTGGAAGTTTATCTTCTTTTATCAAAAAAAGGTTGTTGACCGACAGAA
TGATCAGAGACTTCACTCGAATGATTCTTCAAGGACTTGTCTCTGTTCATGCTAAGGGAT
ACGTGCACTGCGATCTCAAACCGGACAATCTTCTTGTGTTCCCGCGTTATGAAGAAGCTG
CTGTTGGTGGTGGTGGTGTAATGAAAGAAGCTTCGTACGAGTTGAAGCTTTCTGATTTTG
GGATGTCGACAGAAGCTGGAGAGGAGTCAGTGTTTTGGGAGTTTGATTCTCCATACTTGG
GAACGCCTCTTTACATGTCTCCCGAGTCTGTTAACTACGGCGTCGCGGAGAAGTCGTTAG
ACTTGTGGTCGTTAGGTTGCGTTGTGTTGGAGATGTACACAGGAGAGTCTCCGTGGGCGT
TACAAGATTCTCATGAGATTTTGCGTCATCTCTTGGATGGGAAGTCGCCAGAGATTCCAG
ACTCTCTTCCTTGGGACGCAAAGGCAGTTCCTACAAACGTGTTTCGCAAGGAATCCTGCA
AGGAGAGGAAGCGCTACGGGTCTGTTGAAGCATCCGTTTCTTCTTTCTGATCAGAAGAAA
TTGATGGTTACCGGCGCCGGAAATAGGAGGAAGTCTGTTATGAAGAAGCCAGTAAGAGTG
AAGATTATTCCACCAAAGCCGCCACAGTTTAAGAAAATAGCGAATAAACCCTTGAGGCTG
AAGATTATACTTCCTAAACCACCAGGATGCAGTCTCGTTTCTGTTCAGTAGAGTGTGTGT
CAGTGTGTTCTGTCGTTTTGTTACTTGGTGATAGATGGTGTAGATCAAGTTAATACACAG
TTGTGAAGATAATTGCATAGGAAACATCAAGGAGCAGCCAAGACCCTGTTAGCACTGCAC
TTGGCAGAACCATCTCGTAACTTTTGTTTTATTAGTTCTTCTCTGTTTATAACGTAACTT
TGTAACAAGCCTTGCAGATTTTATTCTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F973TF U 1
AF RR3F973JQ C 382
BS 1 675 RR3F973TF
BS 676 1051 RR3F973JQ

RD RR3F973TF 675 0 0
GGACATCTCTGTGGAGAGGAGTGGATGGTTACGGAAATAGAGTTTATAGTATGTCGATGG
AGTACGCAGCTGGTGGAAGTTTATCTTCTTTTATCAAAAAAAGGTTGTTGACCGACAGAA
TGATCAGAGACTTCACTCGAATGATTCTTCAAGGACTTGTCTCTGTTCATGCTAAGGGAT
ACGTGCACTGCGATCTCAAACCGGACAATCTTCTTGTGTTCCCGCGTTATGAAGAAGCTG
CTGTTGGTGGTGGTGGTGTAATGAAAGAAGCTTCGTACGAGTTGAAGCTTTCTGATTTTG
GGATGTCGACAGAAGCTGGAGAGGAGTCAGTGTTTTGGGAGTTTGATTCTCCATACTTGG
GAACGCCTCTTTACATGTCTCCCGAGTCTGTTAACTACGGCGTCGCGGAGAAGTCGTTAG
ACTTGTGGTCGTTAGGTTGCGTTGTGTTGGAGATGTACACAGGAGAGTCTCCGTGGGCGT
TACAAGATTCTCATGAGATTTTGCGTCATCTCTTGGATGGGAAGTCGCCAGAGATTCCAG
ACTCTCTTCCTTGGGACGCAAAGGCAGTTCCTACAAACGTGTTTCGCAAGGAATCCTGCA
AGGAGAGGAAGCGCTACGGGTCTGTTGAAGCATCCGTTTCTTCTTTCTGATCAGAAGAAA
TTGATGGTTACCGGC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3F973JQ 670 0 0
CCGAGTCTGTTAACTACGGCGTCGCGGAGAAGTCGTTAGACTTGTGGTCGTTAGGTTGCG
TTGTGTTGGAGATGTACACAGGAGAGTCTCCGTGGGCGTTACAAGATTCTCATGAGATTT
TGCGTCATCTCTTGGATGGGAAGTCGCCAGAGATTCCAGACTCTCTTCCTTGGGACGCAA
AGGCAGTTCCTACAAACGTGTTTCGCAAGGAATCCTGCAAGGAGAGGAAGCGCTACGGGT
CTGTTGAAGCATCCGTTTTTTCTTTCTGATCAGAAGAAATTGATGGTTACCGGCGCCGGA
AATAGGAGGAAGTCTGTTATGAAGAAGCCAGTAAGAGTGAAGATTATTCCACCAAAGCCG
CCACAGTTTAAGAAAATAGCGAATAAACCCTTGAGGCTGAAGATTATACTTCCTAAACCA
CCAGGATGCAGTCTCGTTTCTGTTCAGTAGAGTGTGTGTCAGTGTGTTCTGTCGTTTTGT
TACTTGGTGATAGATGGTGTAGATCAAGTTAATACACAGTTGTGAAGATAATTGCATAGG
AAACATCAAGGAGCAGCCAAGACCCTGTTAGCACTGCACTTGGCAGAACCATCTCGTAAC
TTTTGTTTTATTAGTTCTTCTCTGTTTATAACGTAACTTTGTAACAAGCCTTGCAGATTT
TATTCTCTCC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL6572Contig1 598 2 2 U
GGACACAAATCTCAAAACACTCTTTCATTCATGAACAGAGCTTATCTCTTCTAGTCTCTC
TTTCCTTTTTCTTCCGAGCTATCTAACAAAAAGGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGAA
CAAGGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTCG
GCTCTAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCTGCCTTG
AAGGGTGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACAGTGATGATGATGATGACAAT
GGGAACAATGATGATGATGATGAGGAAGAGGAGGATGAAGATGGTGGTGAAGAAGATGAA
GAAGAGGTGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGACGAAGAGGCGCTACAG
CCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACCGCTTTGATCTTCTAACATTTTAGAT
TCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCCGAAGAGAATCTTAAGGCATCACCAG
CTTCTTTAGCTTTCCACTGTAATCTCTGTTGTTCCATGAATCAAAAAGACCTTTGTTC


BQ
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AF RR3ER11TF U 1
AF RR3ER11JQ C 1
BS 1 297 RR3ER11TF
BS 298 598 RR3ER11JQ

RD RR3ER11TF 297 0 0
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TTTCCTTTTTCTTCCGAGCTATCTAACAAAAAGGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGAA
CAAGGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTCG
GCTCTAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCTGCCTTG
AAGGGTGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACAGTGATGATGATGATGAC

QA 1 297 1 297
DS 

RD RR3ER11JQ 598 0 0
GGACACAAATCTCAAAACACTCTTTCATTCATGAACAGAGCTTATCTCTTCTAGTCTCTC
TTTCCTTTTTCTTCCGAGCTATCTAACAAAAAGGGACATAACATAATGGAGTGGGAGGAA
CAAGGTTTGAGGATGTCCTTAGTGCTTGATAGCGCTTCGGTGCTAATGCTCACCGCTTCG
GCTCTAACGGCTACTGTGCTTTCCTCTTTGCTAGAGCTCCTCTCTCAGGTGGCTGCCTTG
AAGGGTGATGATGACGATGAACCTGAACAGGGTGACGACAGTGATGATGATGATGACAAT
GGGAACAATGATGATGATGATGAGGAAGAGGAGGATGAAGATGGTGGTGAAGAAGATGAA
GAAGAGGTGGAGGAGGAAGAAGAGGAAGAGGAAGAAGATGAGGACGAAGAGGCGCTACAG
CCACCAAAGAAGAGGAAGAAGTAAACAACCCAACCGCTTTGATCTTCTAACATTTTAGAT
TCAAAAAATCAAAAACTTCTTGTGGGTTTCTACCCGAAGAGAATCTTAAGGCATCACCAG
CTTCTTTAGCTTTCCACTGTAATCTCTGTTGTTCCATGAATCAAAAAGACCTTTGTTC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

CO CL6573Contig1 1083 2 4 U
GGGAGGGTCTTACAATCTCGGTCATCGTCGAAAGAGGCAAAACTGGGCGCAGAAAATCAA
TTCTACTATGATGATAAACTAAAGAGATGGGTGGAGAAAGGTGTGGAACCCCCAGCCGAG
GAAGCTGCACTGCCTCCTCCTCCAACATTAGGCACTTACAAAAACAACTCACTGAGTTAT
GAAAACAAATCTGAGATGAATCCACCTAGTGGGAACTGGAGTTCCAACGGCCCAACTCCG
TCAGAGAATTCTTCAGGAATGCCACCAGTCTCACAGAGTTCGAATCAATTCTCAGCTCGT
GGACGTATGGGTGTGCGTGCAAGATACGTTGACACCTTTAATCAAGGTCGTGGAAACTCT
CAGACTGTGTTTCAGTCACATCCTGCACAATCTGCTAAACCACCAATCCCTGCAAAAGCA
AAATTCTTCATCCCAGCAACACCTGCAGCGTCTTCAAACGGCCATGCATCGGAACCAGCT
GCTACTGAAACAAGACAGGAGGAGAACTCTGCAGAGGAAGTAGCAGCATCCTCAAGGGCT
CCACCACAAATGACGATGCAGAGATTTCCAAGTATGGACAACATCCAAGTAAATGGATTG
GGAATAAGCGCCAACGGGGATCATCCTCCTCCTGCTTCCAGAAGAACAGCTTCATGGAGC
GGAAACTTCAACACCTCGTTTACGTCTCCAACTAGTCCACCAACTTTCAAACCAGTCTTA
CTAAACGGTAGCAGCATAGTAGAGGAGCTTCGGGAAGTGGAACTTTAAAGTCACCATGTT
TTTGGTGAGTGTTGCAGGTAGGGAAGTTCTCGACACATAAACCAATCGATTCCTTATTGA
TCCATGAGGAAAATAGGGAGCCTCCTTCGTCTTCTTCAACTATAGGGTCATGCAGTATAT
TGCAGTTAGTATAGATGATTCATTGCTTCATTTGAGTTTTGAGAATGGAACCACGAGTTA
TTTTCAGAAACTTGCAAAATTATAGCCTTTTGTAATAAGGTCAAATCTGACCAATGTTTT
CCTGTATTTGGTATTCATTATTTTTTTTGTGAAGAGAGGTAAGGAGGAGTTGCAATGTTA
TGC


BQ
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10 10 10 

AF RR3C206TF U 1
AF RR3C206JQ C 488
BS 1 755 RR3C206TF
BS 756 756 RR3C206JQ
BS 757 784 RR3C206TF
BS 785 1083 RR3C206JQ

RD RR3C206TF 792 0 0
GGGAGGGTCTTACAATCTCGGTCATCGTCGAAAGAGGCAAAACTGGGCGCAGAAAATCAA
TTCTACTATGATGATAAACTAAAGAGATGGGTGGAGAAAGGTGTGGAACCCCCAGCCGAG
GAAGCTGCACTGCCTCCTCCTCCAACATTAGGCACTTACAAAAACAACTCACTGAGTTAT
GAAAACAAATCTGAGATGAATCCACCTAGTGGGAACTGGAGTTCCAACGGCCCAACTCCG
TCAGAGAATTCTTCAGGAATGCCACCAGTCTCACAGAGTTCGAATCAATTCTCAGCTCGT
GGACGTATGGGTGTGCGTGCAAGATACGTTGACACCTTTAATCAAGGTCGTGGAAACTCT
CAGACTGTGTTTCAGTCACATCCTGCACAATCTGCTAAACCACCAATCCCTGCAAAAGCA
AAATTCTTCATCCCAGCAACACCTGCAGCGTCTTCAAACGGCCATGCATCGGAACCAGCT
GCTACTGAAACAAGACAGGAGGAGAACTCTGCAGAGGAAGTAGCAGCATCCTCAAGGGCT
CCACCACAAATGACGATGCAGAGATTTCCAAGTATGGACAACATCCAAGTAAATGGATTG
GGAATAAGCGCCAACGGGGATCATCCTCCTCCTGCTTCCAGAAGAACAGCTTCATGGAGC
GGAAACTTCAACACCTCGTTTACGTCTCCAACTAGTCCACCAACTTTCAAACCAGTCTTA
CTAAACGGTAGCAGCATAGTAGAGGAGCTTCGGGA*GTGGAACTTTAAAGTCACCATGTT
TTTG
TGAGTGTT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3C206JQ 596 0 0
AAACAAGACAGGAGGAGAACTCTGCAGAGGAAGTAGCAGCATCCTCAAGGGCTCCACCAC
AAATGACGATGCAGAGATTTCCAAGTATGGACAACATCCAAGTAAATGGATTGGGAATAA
GCGCCAACGGGGATCATCCTCCTCCTGCTTCCAGAAGAACAGCTTCATGGAGCGGAAACT
TCAACACCTCGTTTACGTCTCCAACTAGTCCACCAACTTTCAAACCAGTCTTACTAAACG
GTAGCAGCATAGTAGAGGAGCTTCGGGAAGTGGAACTTTAAAGTCACCATGTTTTTGGTG
AGTGTTGCAGGTAGGGAAGTTCTCGACACATAAACCAATCGATTCCTTATTGATCCATGA
GGAAAATAGGGAGCCTCCTTCGTCTTCTTCAACTATAGGGTCATGCAGTATATTGCAGTT
AGTATAGATGATTCATTGCTTCATTTGAGTTTTGAGAATGGAACCACGAGTTATTTTCAG
AAACTTGCAAAATTATAGCCTTTTGTAATAAGGTCAAATCTGACCAATGTTTTCCTGTAT
TTGGTATTCATTATTTTTTTTGTGAAGAGAGGTAAGGAGGAGTTGCAATGTTATGC

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 2

CO CL6574Contig1 964 2 2 U
GACATCTTCTGATAAACCTCTCTCTTCTCACTTGCTTCACTGGCCTTCCCTCTCGAGTCT
CGGCGTCAGTAGCAGTTCAAAATCCGGCGGCGAGCCAGAGGAATCATCAATCAATGTCTT
CATTCTATCGTTGATTTCACTTCGATGGATTTCATTTCCGCTACTTCTTCGCCCGTTTTC
ACACAGTTGTCTCCGCTCTCTCTCAGCCCAGGTCTAGTATCGTTAAATCTCAAGTATCGG
GTCAAACACCGGGTATTCGGGTCTAGAGAATCCAATAAATCTAGGAAAATCGCGCCCGTT
AGAGGCTGTTACGGTCTTCCCGGCGTACATGGGAGTTTCGCGAGTTCGAACCACTCTAAA
GACGGAAGCAAAGTTGTTTCATCGTCTACGAGAGAGAGCGTGATACAGTTCGTATCCAAG
CCTTTAGTTTACGCCTTGTTCTGTATTGCAATCGGTTTTGCACCGGTTCGCTCGTTTCAA
GCTCCGGCTTTAGCTGTGCCTTTCCTCAGTGATGTGTTACGGAAGAGAAAGAAAGAGACT
TTGATTGAGAAAGAGGTTGTTTTGAAATCGATCGATCATGAGTTCTCCGGTTATACTCGG
AGACTGTTGGAGACGGTTTCGGTTCTGCTCAAGAGTGTTGAGAAGGTGAGGAAGGGAAAC
GGAGATGTTGCTGAGGTGGGGAAGGCTTTGGATGCGGTGAAGGCGGAGAAGGAGAAGCTT
GAGAATGAGATAATGAGTGGGTTGTATAGTGATTTGAGTCGGTTTAAGAAAGAGAGGGAA
GTGTTGATGGATCGAGCAGATGGGATTGTGGAAGATAGGGAGAGGGTGGAGAGTGTGGAT
GCAGTGGAGAGCGAGTACAACAAGATATGGGAGAGGATAGATGAGATTGATGATACAGTT
TTAAAGAGGGAGACGACGACTTTGAGTTTTGGGGTTAGGGAGCTTATGTCCATTGAAAGA
GAGT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3EI20TF U 1
AF RR3EI20JQ C 355
BS 1 651 RR3EI20TF
BS 652 964 RR3EI20JQ

RD RR3EI20TF 651 0 0
GACATCTTCTGATAAACCTCTCTCTTCTCACTTGCTTCACTGGCCTTCCCTCTCGAGTCT
CGGCGTCAGTAGCAGTTCAAAATCCGGCGGCGAGCCAGAGGAATCATCAATCAATGTCTT
CATTCTATCGTTGATTTCACTTCGATGGATTTCATTTCCGCTACTTCTTCGCCCGTTTTC
ACACAGTTGTCTCCGCTCTCTCTCAGCCCAGGTCTAGTATCGTTAAATCTCAAGTATCGG
GTCAAACACCGGGTATTCGGGTCTAGAGAATCCAATAAATCTAGGAAAATCGCGCCCGTT
AGAGGCTGTTACGGTCTTCCCGGCGTACATGGGAGTTTCGCGAGTTCGAACCACTCTAAA
GACGGAAGCAAAGTTGTTTCATCGTCTACGAGAGAGAGCGTGATACAGTTCGTATCCAAG
CCTTTAGTTTACGCCTTGTTCTGTATTGCAATCGGTTTTGCACCGGTTCGCTCGTTTCAA
GCTCCGGCTTTAGCTGTGCCTTTCCTCAGTGATGTGTTACGGAAGAGAAAGAAAGAGACT
TTGATTGAGAAAGAGGTTGTTTTGAAATCGATCGATCATGAGTTCTCCGGTTATACTCGG
AGACTGTTGGAGACGGTTTCGGTTCTGCTCAAGAGTGTTGAGAAGGTGAGG

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3EI20JQ 610 0 0
TCTAAAGACGGAAGCAAAGTTGTTTCATCGTCTACGAGAGAGAGCGTGATACAGTTCGTA
TCCAAGCCTTTAGTTTACGCCTTGTTCTGTATTGCAATCGGTTTTGCACCGGTTCGCTCG
TTTCAAGCTCCGGCTTTAGCTGTGCCTTTCCTCAGTGATGTGTTACGGAAGAGAAAGAAA
GAGACTTTGATTGAGAAAGAGGTTGTTTTGAAATCGATCGATCATGAGTTCTCCGGTTAT
ACTCGGAGACTGTTGGAGACGGTTTCGGTTCTGCTCAAGAGTGTTGAGAAGGTGAGGAAG
GGAAACGGAGATGTTGCTGAGGTGGGGAAGGCTTTGGATGCGGTGAAGGCGGAGAAGGAG
AAGCTTGAGAATGAGATAATGAGTGGGTTGTATAGTGATTTGAGTCGGTTTAAGAAAGAG
AGGGAAGTGTTGATGGATCGAGCAGATGGGATTGTGGAAGATAGGGAGAGGGTGGAGAGT
GTGGATGCAGTGGAGAGCGAGTACAACAAGATATGGGAGAGGATAGATGAGATTGATGAT
ACAGTTTTAAAGAGGGAGACGACGACTTTGAGTTTTGGGGTTAGGGAGCTTATGTCCATT
GAAAGAGAGT

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL6575Contig1 1001 2 2 U
GGAAAGCTTCGCCGGATAATCCTCCTCTTCCTTCCCGATAATGGCGACCATGGATTCGGG
GAAGATTCTGATCCACCTCTCTCTCCTCTTCCCACTTCTCCTCTCTCTCCACTTCAAAAC
CTCCGAATCCTCCGCCCACATCTACCCTTCCCAGCCCTTCCACGACGTCGGCAACTCTCT
CCTCCTCTACGGCGGCAGCGAAGGCATCTTCGCCTCTTCCCGATCCTTCATCAGATTCGA
GAACATCACTCTCTGGAGAACAAACGACTTACAGCGAAAAGGACGCAACGGCCTTGTCCA
AGCCGTGATCTTCGAGGCCTCAGATCGCAACAACATCGGCGGCTCAGCTTACGGCGGACA
GAGATCCAACTGCTGCACTCCAGATCTATCCAAGCTCCAGGGATGCAAGCAAGGCGAGAT
CATCAGGATCCCTTCTGCACACGATCCAAATTGGCCTATCCTCTTGCGCGCCAGATTCAA
AGGGAAGACTCTTTCTGCTAAGATGGAAGACGCTGAGATTCAAATCAAGAAGACTGGAAT
GTACAATCTCTTGTTTATATCGTGTGATTCGAAGCTCAAGGGGCTTAAGATGACAGGGAA
GACTGTTTGGAAGAATCCAGAAGGGTATCTTCCCGGTAGGATGGCTCCGTTGATGAGGTT
CTATGTGTACATGTCGTTTGCGTATTTGCTTCTCAGCGCCGTTTGGTTCTTCCAGTATTT
GAGGTTTAAGAAGGATATATTGCAGCTTCAGCATTGTATAACGGTTGTTATTGTTCTTGG
TTTGCTTGAGCTGGTGTTTTGGTACTTGGACTATGCGAATTTTAATAGTACCGGGAAGAG
GCCTTTGGCGCTTACTACGTGGGTTGTTACTATTGGTGCGTTTAGAAAGACTGTGTCTCG
GATTCTCATTCTCTGTGTTTCCATGGGGTTTGGGGTTGTCAAGTCAACTCTTGGTGGTCT
TACTTCTAAGTTCTCCTTGTTGGTGCTACTTACTTTGTGGC


BQ
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AF RR3F580TF U 1
AF RR3CN40TF U 279
BS 1 587 RR3F580TF
BS 588 1001 RR3CN40TF

RD RR3F580TF 587 0 0
GGAAAGCTTCGCCGGATAATCCTCCTCTTCCTTCCCGATAATGGCGACCATGGATTCGGG
GAAGATTCTGATCCACCTCTCTCTCCTCTTCCCACTTCTCCTCTCTCTCCACTTCAAAAC
CTCCGAATCCTCCGCCCACATCTACCCTTCCCAGCCCTTCCACGACGTCGGCAACTCTCT
CCTCCTCTACGGCGGCAGCGAAGGCATCTTCGCCTCTTCCCGATCCTTCATCAGATTCGA
GAACATCACTCTCTGGAGAACAAACGACTTACAGCGAAAAGGACGCAACGGCCTTGTCCA
AGCCGTGATCTTCGAGGCCTCAGATCGCAACAACATCGGCGGCTCAGCTTACGGCGGACA
GAGATCCAACTGCTGCACTCCAGATCTATCCAAGCTCCAGGGATGCAAGCAAGGCGAGAT
CATCAGGATCCCTTCTGCACACGATCCAAATTGGCCTATCCTCTTGCGCGCCAGATTCAA
AGGGAAGACTCTTTCTGCTAAGATGGAAGACGCTGAGATTCAAATCAAGAAGACTGGAAT
GTACAATCTCTTGTTTATATCGTGTGATTCGAAGCTCAAGGGGCTTA

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3CN40TF 723 0 0
G
AGGACGCAACGGCCTTGTCCAAGCCGTGATTTTCGAGGCCTCAGATCGCAACAACATCGG
CGGCTCAGCTTACGGCGGACAGAGATCTATCTGCTGCACTCCAGATCTATCCAAGCTCCA
GGGATGCAAGCAAGGCGAGATCATCAGGATCCCTTCTGCACACGATCCAAATTGGCCTAT
CCTCTTGCGCGCCAGATTCAAAGGGAAGACTCTTTCTGCTAAGATGGAAGACGCTGAGAT
TCAAATCAAGAAGACTGGAATGTACAATCTCTTGTTTATATCGTGTGATTCGAAGCTCAA
GGGGCTTAAGATGACAGGGAAGACTGTTTGGAAGAATCCAGAAGGGTATCTTCCCGGTAG
GATGGCTCCGTTGATGAGGTTCTATGTGTACATGTCGTTTGCGTATTTGCTTCTCAGCGC
CGTTTGGTTCTTCCAGTATTTGAGGTTTAAGAAGGATATATTGCAGCTTCAGCATTGTAT
AACGGTTGTTATTGTTCTTGGTTTGCTTGAGCTGGTGTTTTGGTACTTGGACTATGCGAA
TTTTAATAGTACCGGGAAGAGGCCTTTGGCGCTTACTACGTGGGTTGTTACTATTGGTGC
GTTTAGAAAGACTGTGTCTCGGATTCTCATTCTCTGTGTTTCCATGGGGTTTGGGGTTGT
CAAGTCAACTCTTGGTGGTCTTACTTCTAAGTTCTCCTTGTTGGTGCTACTTACTTTGTG
GC

QA 2 723 2 723
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6577Contig1 917 2 2 U
GATGATCAGAACGCCGCTTGGAATGTTCCACTCGAGGCGTGTATGCACAAGGTAACAGAA
GATTCGTCGAAACGCGGAGCAGTTTGGCCTGAAAAGTGGCCGGAGAGAGTAGAGACTGCT
CCTCAGTGGCTGGAATCTCAGGAAGGTGTATATGGTAAACCTGCAAATGAAGATTTCACG
GCGGATCATGAACGTTGGAAGAGTATTGTTTCAAAGTCATACCTAAACGGTATGGGAATC
GATTGGTCTTATGTGAGAAATGTGATGGACATGAGAGCAGTTTATGGAGGTTTTGCTGCT
GCGTTAAAGGATCTGAAACTGTGGGTGATGAATGTAGTTCCTATCGACTCAGCTGATACG
CTACCTATTATATACGAGCGTGGTTTGTTTGGAATCTACCATGATTGGTGTGAATCATTC
AGCACTTACCCTCGAACTTACGACCTTCTTCATGCTGATCATCTTTTCTCTGCACTAAAG
AAGAGGTGCAGCTTGGTTTCGGTAATGGCTGAAGTGGACCGGATTCTTAGACCACAAGGA
ACTTTTATAGTAAGAGACGACAGTAAAACAATAGGAGAAATTGAGAAGATGGTGAAATCT
ATGAAATGGGATGTTACAACGACAAATTCGAAAGATGGAGAAGGATTGCTCTCGGTTCAG
AAGTCATGGTGGCGTCCTACAGAGGTGGAGACGATTACATTTGCAATAGCCTGAGGTCAA
GGAAACAATTAAGAGAATATGGGTTAATTTTTGTTGTATGGTTAAGTTGTTTTTTTTGTG
ATCACATTGATTGTTTTACTTATATTAGTCCAAATATTTGTATCCTCCTGTCTTTCTTTT
TTTGAAGAAAATTGTATACTAGACAATTGTCTCAAAAGTGTAAACTTATAATAAGTATTT
TAGCTATGACCTGTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ25TF U 1
AF RR3CZ25JQ C 316
BS 1 638 RR3CZ25TF
BS 639 917 RR3CZ25JQ

RD RR3CZ25TF 638 0 0
GATGATCAGAACGCCGCTTGGAATGTTCCACTCGAGGCGTGTATGCACAAGGTAACAGAA
GATTCGTCGAAACGCGGAGCAGTTTGGCCTGAAAAGTGGCCGGAGAGAGTAGAGACTGCT
CCTCAGTGGCTGGAATCTCAGGAAGGTGTATATGGTAAACCTGCAAATGAAGATTTCACG
GCGGATCATGAACGTTGGAAGAGTATTGTTTCAAAGTCATACCTAAACGGTATGGGAATC
GATTGGTCTTATGTGAGAAATGTGATGGACATGAGAGCAGTTTATGGAGGTTTTGCTGCT
GCGTTAAAGGATCTGAAACTGTGGGTGATGAATGTAGTTCCTATCGACTCAGCTGATACG
CTACCTATTATATACGAGCGTGGTTTGTTTGGAATCTACCATGATTGGTGTGAATCATTC
AGCACTTACCCTCGAACTTACGACCTTCTTCATGCTGATCATCTTTTCTCTGCACTAAAG
AAGAGGTGCAGCTTGGTTTCGGTAATGGCTGAAGTGGACCGGATTCTTAGACCACAAGGA
ACTTTTATAGTAAGAGACGACAGTAAAACAATAGGAGAAATTGAGAAGATGGTGAAATCT
ATGAAATGGGATGTTACAACGACAAATTCGAAAGATGG

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3CZ25JQ 602 0 0
AAACTGTGGGTGATGAATGTAGTTCCTATCGACTCAGCTGATACGCTACCTATTATATAC
GAGCGTGGTTTGTTTGGAATTTACCATGATTGGTGTGAATCATTCAGCACTTACCCTCGA
ACTTACGACCTTTTTCATGCTGATCATTTTTTTTTTGCACTAAAGAAGAGGTGCAGCTTG
GTTTCGGTAATGGCTGAAGTGGACCGGATTTTTAGACCACAAGGAACTTTTATAGTAAGA
GACGACAGTAAAACAATAGGAGAAATTGAGAAGATGGTGAAATTTATGAAATGGGATGTT
ACAACGACAAATTCGAAAGATGGAGAAGGATTGCTCTCGGTTCAGAAGTCATGGTGGCGT
CCTACAGAGGTGGAGACGATTACATTTGCAATAGCCTGAGGTCAAGGAAACAATTAAGAG
AATATGGGTTAATTTTTGTTGTATGGTTAAGTTGTTTTTTTTGTGATCACATTGATTGTT
TTACTTATATTAGTCCAAATATTTGTATCCTCCTGTCTTTCTTTTTTTGAAGAAAATTGT
ATACTAGACAATTGTCTCAAAAGTGTAAACTTATAATAAGTATTTTAGCTATGACCTGTT
AC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 2

CO CL6578Contig1 952 2 2 U
GGTACGTTGGTGGACGTGAAGCCCCTCCATGCGAGAGTTGGAGCCGTGAATCCTATTCTA
TTCAAAAACGGTGAAGGATGTGGCGCTTGTTACAAGGTTCTGTGCTTGGACAGTAGTATC
TGTTCCCGGAGAGCCGTCACTGTCATTGTCACTGATGAGTGTCCCGGCTGCTCCAAAACC
AACACTCACTTTGATCTTAGTGGCGCTGCCTTTGGTCGATTGGCTATCACCGGAGAGTCT
GGTCCTCTTCGCAACCGTGGTCTCATCCCCGTTATTTACCGCCGGACGGCATGCAAATAT
AGACGGCAGAACATAGCGTTCCATGTGAACGAAGGATCAACTGATTTCTGGTTGTCTCTA
CTGGTCGAGTTTGAAGAAGGAGAAGGCGACATTGGCTCCATGCATATTCGCCAAGCAGGA
GCGAGGGAATGGTTAGAGATGAAACACGTATGGGGAGCCAACTGGTGCATCATTGGAGGG
CCACTCAGAGGACCATTCTCCGTCAAGATCACCACTTTGTCCGCCGGTAGAACACTGTCC
GCCACTGACGTCGTTCCTAGAAACTGGGTTCCTAAAGCGACTTACACTTCTCGCCTCAAC
TTCTCCCCCGTCCTCTGAAAGACTAATATATTCTTACTACTATTTATATGAACTTTATCT
TTTTTTTTGAAAGAGAGAAATAGAGAGTGACTGCTGGCCGTAGGATGGCAATTTTAAGTA
AGTCCATCTGAATCCAACGGCTCTTGCGTTCTCTCCTCTTCTTCCTTTGTGTTGTGGATT
TGTGTGTGTGTGTGGGTGAGTGTGTAGGAGCCATTGTAGCCATCTCCAAAGGGGAGATAG
AGCTTGGAGTAGTATTTGGTGGTTTCATATGTCTTCTTTTTCTATCTAATTGTTGTCATT
TCTTACTTCTATTATGGGACACTACATAATATATATCGTATGAATGTTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EP18TF U 1
AF RR3EP18JQ C 226
BS 1 520 RR3EP18TF
BS 521 952 RR3EP18JQ

RD RR3EP18TF 520 0 0
GGTACGTTGGTGGACGTGAAGCCCCTCCATGCGAGAGTTGGAGCCGTGAATCCTATTCTA
TTCAAAAACGGTGAAGGATGTGGCGCTTGTTACAAGGTTCTGTGCTTGGACAGTAGTATC
TGTTCCCGGAGAGCCGTCACTGTCATTGTCACTGATGAGTGTCCCGGCTGCTCCAAAACC
AACACTCACTTTGATCTTAGTGGCGCTGCCTTTGGTCGATTGGCTATCACCGGAGAGTCT
GGTCCTCTTCGCAACCGTGGTCTCATCCCCGTTATTTACCGCCGGACGGCATGCAAATAT
AGACGGCAGAACATAGCGTTCCATGTGAACGAAGGATCAACTGATTTCTGGTTGTCTCTA
CTGGTCGAGTTTGAAGAAGGAGAAGGCGACATTGGCTCCATGCATATTCGCCAAGCAGGA
GCGAGGGAATGGTTAGAGATGAAACACGTATGGGGAGCCAACTGGTGCATCATTGGAGGG
CCACTCAGAGGACCATTCTCCGTCAAGATCACCACTTTGT

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3EP18JQ 727 0 0
ATCACCGGAGAGTCTGGTCCTCTTCGCAACCGTGGTCTCATCCCCGTTATTTACCGCCGG
ACGGCATGCAAATATAGACGGCAGAACATAGCGTTCCATGTGAACGAAGGATCAACTGAT
TTCTGGTTGTCTCTACTGGTCGAGTTTGAAGAAGGAGAAGGCGACATTGGCTCCATGCAT
ATTCGCCAAGCAGGAGCGAGGGAATGGTTAGAGATGAAACACGTATGGGGAGCCAACTGG
TGCATCATTGGAGGGCCACTCAGAGGACCATTCTCCGTCAAGATCACCACTTTGTCCGCC
GGTAGAACACTGTCCGCCACTGACGTCGTTCCTAGAAACTGGGTTCCTAAAGCGACTTAC
ACTTCTCGCCTCAACTTCTCCCCCGTCCTCTGAAAGACTAATATATTCTTACTACTATTT
ATATGAACTTTATCTTTTTTTTTGAAAGAGAGAAATAGAGAGTGACTGCTGGCCGTAGGA
TGGCAATTTTAAGTAAGTCCATCTGAATCCAACGGCTCTTGCGTTCTCTCCTCTTCTTCC
TTTGTGTTGTGGATTTGTGTGTGTGTGTGGGTGAGTGTGTAGGAGCCATTGTAGCCATCT
CCAAAGGGGAGATAGAGCTTGGAGTAGTATTTGGTGGTTTCATATGTCTTCTTTTTCTAT
CTAATTGTTGTCATTTCTTACTTCTATTATGGGACACTACATAATATATATCGTATGAAT
GTTTGTC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL6579Contig1 966 2 2 U
GGATTGTGGAAGTCACCGCCTTCGTTGCTCTTACTATGCAAAGCACACCATTTTCATCTC
TTTGCCTTCCCCGACCTTCAATGAGATGGTTGAGGCTGTGATGATCGCTCGCAATCACTC
TCAGTTCAAATTTGTTCTTTCAGCTTCCAAAGAATCTCAGAAAGATGTCTTCCTTGGCGG
AGACATGGTCAGCAATAACAGGAGTGTGGCAAAATTCCTGAGAAGCCGTTTCTGGAGCAG
AGAGAGAAATGTGCAGAGGACGAACTCAGAAGGAAAGCGCAAGACTTTGATATGTCACAT
CTGGTTTCTCCGTTTGGTTCATCTTTGTGGGATTTATGGGTTTTCAAGTTCTGGAAACTC
TCTGAATTGATTTGATATTGGCAGTAAAGTGTTCTAGGTAAATATCTTTGCCAAGGCTGA
TGACTTTCAGAATCAGGCTCACTCTCATGAAGATTATGCAAGGAGTTTTAAACCCAAGCA
TTCGCATACCAGGAGCGTGGTTGTGTACCTATATTTTTGGGATGATGCTGCAAAAAAATT
TAGGGGTCTCACCAACTCAAAGTGACAGGACACAGTCTATCAGGGTGGTCACTACTGTCA
ATCCCAAAATCTTTGGAGGCAACCTATACCTCAACTCAATGCCAGAGATTTCGAGACCAG
TGAAAATCAATTTTTCCAGTCGAAGGTGGCGAACCATCAGGATCTGCCAGCAGAAAGGCT
ACAGCTGAAGTGAATGAACCAAATCCACTCGCTTGTGGAGTTGAGGAGAGTAGCTGTAAA
CGCTCCAACGCCCCCGTGAGTGAAGCTTAAAATTTGCCACAACGTCAACCTTCGTTTCCT
TCATTTTCCTAGAGTGAAGACATTTCCCTGCTGTTTCCTGCATTTTTTATTTTAGACTTT
GGACTTAATTTCATATTTCAAGGGTTTTGTATTGTTGGTTTTAATTATTATCAAAATGGG
TTGACG


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER46TF U 1
AF RR3ER46JQ C 287
BS 1 581 RR3ER46TF
BS 582 966 RR3ER46JQ

RD RR3ER46TF 581 0 0
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TTTGCCTTCCCCGACCTTCAATGAGATGGTTGAGGCTGTGATGATCGCTCGCAATCACTC
TCAGTTCAAATTTGTTCTTTCAGCTTCCAAAGAATCTCAGAAAGATGTCTTCCTTGGCGG
AGACATGGTCAGCAATAACAGGAGTGTGGCAAAATTCCTGAGAAGCCGTTTCTGGAGCAG
AGAGAGAAATGTGCAGAGGACGAACTCAGAAGGAAAGCGCAAGACTTTGATATGTCACAT
CTGGTTTCTCCGTTTGGTTCATCTTTGTGGGATTTATGGGTTTTCAAGTTCTGGAAACTC
TCTGAATTGATTTGATATTGGCAGTAAAGTGTTCTAGGTAAATATCTTTGCCAAGGCTGA
TGACTTTCAGAATCAGGCTCACTCTCATGAAGATTATGCAAGGAGTTTTAAACCCAAGCA
TTCGCATACCAGGAGCGTGGTTGTGTACCTATATTTTTGGGATGATGCTGCAAAAAAATT
TAGGGGTCTCACCAACTCAAAGTGACAGGACACAGTCTATC

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3ER46JQ 680 0 0
TTGATATGTCACATCTGGTTTCTCCGTTTGGTTCATCTTTGTGGGATTTATGGGTTTTCA
AGTTCTGGAAACTCTCTGAATTGATTTGATATTGGCAGTAAAGTGTTCTAGGTAAATATC
TTTGCCAAGGCTGATGACTTTCAGAATCAGGCTCACTCTCATGAAGATTATGCAAGGAGT
TTTAAACCCAAGCATTCGCATACCAGGAGCGTGGTTGTGTACCTATATTTTTGGGATGAT
GCTGCAAAAAAATTTAGGGGTCTCACCAACTCAAAGTGACAGGACACAGTCTATCAGGGT
GGTCACTACTGTCAATCCCAAAATCTTTGGAGGCAACCTATACCTCAACTCAATGCCAGA
GATTTCGAGACCAGTGAAAATCAATTTTTCCAGTCGAAGGTGGCGAACCATCAGGATCTG
CCAGCAGAAAGGCTACAGCTGAAGTGAATGAACCAAATCCACTCGCTTGTGGAGTTGAGG
AGAGTAGCTGTAAACGCTCCAACGCCCCCGTGAGTGAAGCTTAAAATTTGCCACAACGTC
AACCTTCGTTTCCTTCATTTTCCTAGAGTGAAGACATTTCCCTGCTGTTTCCTGCATTTT
TTATTTTAGACTTTGGACTTAATTTCATATTTCAAGGGTTTTGTATTGTTGGTTTTAATT
ATTATCAAAATGGGTTGACG

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL6580Contig1 297 2 2 U
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TGCAACAAGCGCATAGAATATTTTATTTATGAAGTATATAATGCATACTTCTGTGTGTGG
TAAATGCTCTATGTTTCTTCTTTAGCTGCTTGGGTTTGATTCTTTCGAGTGTATATCTAT
GTCCAATAACGGAAAAGGTGTGTATATATATAAATCTATATATATGTAAGAGAGTCTTAA
AGATGTCTTTGTCTGTAAAATAACATGTTTATGAAAATGATACTACTTTCAATTTAA


BQ
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AF RR3C171JQ C 1
AF RR3C171TF U 1
BS 1 295 RR3C171TF
BS 296 297 RR3C171JQ

RD RR3C171JQ 297 0 0
GGTGATCTACAACTATTGTACGGACCGTAAGAGGTTCCCACAGGGAATCCCTCGTGAATG
TGCAACAAGCGCATAGAATATTTTATTTATGAAGTATATAATGCATACTTCTGTGTGTGG
TAAATGCTCTATGTTTCTTCTTTAGCTGCTTGGGTTTGATTCTTTCGAGTGTATATCTAT
GTCCAATAACGGAAAAGGTGTGTATATATATAAATCTATATATATGTAAGAGAGTCTTAA
AGATGTCTTTGTCTGTAAAATAACATGTTTATGAAAATGATACTACTTTCAATTTAA

QA 1 297 1 297
DS 

RD RR3C171TF 295 0 0
GGTGATCTACAACTATTGTACGGACCGTAAGAGGTTCCCACAGGGAATCCCTCGTGAATG
TGCAACAAGCGCATAGAATATTTTATTTATGAAGTATATAATGCATACTTCTGTGTGTGG
TAAATGCTCTATGTTTCTTCTTTAGCTGCTTGGGTTTGATTCTTTCGAGTGTATATCTAT
GTCCAATAACGGAAAAGGTGTGTATATATATAAATCTATATATATGTAAGAGAGTCTTAA
AGATGTCTTTGTCTGTAAAATAACATGTTTATGAAAATGATACTACTTTCAATTT

QA 1 295 1 295
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6582Contig1 1163 2 2 U
GGACTCCCACTCTCTTCTTCGATCACCCACTCACTTCATTCTCTCTAAAATATTTCGTCT
TCCTTTCACTCTCTCTCTCTCCCTAAAACAATGGGCATAGTTGCTGACCATAGCAAGACA
CTATGGGGAAGCATGACCCCTGGACCTTCCTCACGTTACTCCCTCAACGGCAAGATCATG
CTCGCTTCCGTGATCATCCTCTTCGTCGCCGTCATTCTAATCCTCTGTTTCCACAGCTAC
GCCAGATGGTTGTTCCGTCGTCAAAACCGCCGTATTCGCCGCCGTATCAGTGCTCACCTC
CGATCTCTGTCAGCCGCTCGAGACCCCACACAGTCCTCCTCCCTCTCTCCTCTCTACCCG
ACGGTGCTCGAGAAGATCCCGATCTTCGTCTACTCCGTTAAAACCCATAAAACTCCGCTC
GAGGATTGCTCCGTTTGCTTGTCGGAATTCGAGGAAGAAGACGAAGGACGTGTCCTTCCA
AAATGTGGCCACGTGTTCCATGTGGAGTGTATTGACACATGGTTCCGGTCGAGATCTAGC
TGTCCGCTTTGCAGAGCTCCGGTTCAACCCGAGGAGTCGGTTACTGAATCCGGTTTGAGG
AATTCAGAACCGGTTGCTCCCGTGTTTCAATCGGTTAAGCCAATTGAGGATACCGAAGCT
GGAAGCTCGTCTTCGTCGGACGAATCAGAATCCTCCACGCCGTCTTCGTCCTCTGGTTCG
CCGGTGAGGTTTCCGACGGAAGCGTGTGATAGGGAACCGATTGATTTAGTCGGTATAGTT
GTTGAGATTCCCAGAGAATCGGACGCTTCTAACTCGGGTCTACCCGGAGAAAACGGGTCG
AATTTACCGAGAGGCTATGGAGTATTTGATTATTCAAAAAGAATTTTCGGATACTAAAGA
ATCCGACCGGGTAACCCGGGGAACCCGGAACTGCGTGGGCAAGAATTCGGAGTCTTCACG
ACCTGATATATGGCGGGGTGAAGACACGTGGCGTTTTTGAGTATCCACGCGGCGATCAAT
GCCAGATCCTTGGGACGTTTCTTTTATTACGAAGAGACGGCGTTTAAAAATGAACGGACG
TGAGGTAAAGAAAAAGTAACGGAGCTACTCTGTAATGTGAAATACAGACGGTGTCGTTTA
GGTAGAGAAGCAAAAGCTCCCCC


BQ
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AF RR3BG66TF U 1
AF RR3BG66JQ C 426
BS 1 724 RR3BG66TF
BS 725 1163 RR3BG66JQ

RD RR3BG66TF 724 0 0
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TCCTTTCACTCTCTCTCTCTCCCTAAAACAATGGGCATAGTTGCTGACCATAGCAAGACA
CTATGGGGAAGCATGACCCCTGGACCTTCCTCACGTTACTCCCTCAACGGCAAGATCATG
CTCGCTTCCGTGATCATCCTCTTCGTCGCCGTCATTCTAATCCTCTGTTTCCACAGCTAC
GCCAGATGGTTGTTCCGTCGTCAAAACCGCCGTATTCGCCGCCGTATCAGTGCTCACCTC
CGATCTCTGTCAGCCGCTCGAGACCCCACACAGTCCTCCTCCCTCTCTCCTCTCTACCCG
ACGGTGCTCGAGAAGATCCCGATCTTCGTCTACTCCGTTAAAACCCATAAAACTCCGCTC
GAGGATTGCTCCGTTTGCTTGTCGGAATTCGAGGAAGAAGACGAAGGACGTGTCCTTCCA
AAATGTGGCCACGTGTTCCATGTGGAGTGTATTGACACATGGTTCCGGTCGAGATCTAGC
TGTCCGCTTTGCAGAGCTCCGGTTCAACCCGAGGAGTCGGTTACTGAATCCGGTTTGAGG
AATTCAGAACCGGTTGCTCCCGTGTTTCAATCGGTTAAGCCAATTGAGGATACCGAAGCT
GGAAGCTCGTCTTCGTCGGACGAATCAGAATCCTCCACGCCGTCTTCGTCCTCTGGTTCG
CCGG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3BG66JQ 738 0 0
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TGGCCACGTGTTCCATGTGGAGTGTATTGACACATGGTTCCGGTCGAGATCTAGCTGTCC
GCTTTGCAGAGCTCCGGTTCAACCCGAGGAGTCGGTTACTGAATCCGGTTTGAGGAATTC
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CTCGTCTTCGTCGGACGAATCAGAATCCTCCACGCCGTCTTCGTCCTCTGGTTCGCCGGT
GAGGTTTCCGACGGAAGCGTGTGATAGGGAACCGATTGATTTAGTCGGTATAGTTGTTGA
GATTCCCAGAGAATCGGACGCTTCTAACTCGGGTCTACCCGGAGAAAACGGGTCGAATTT
ACCGAGAGGCTATGGAGTATTTGATTATTCAAAAAGAATTTTCGGATACTAAAGAATCCG
ACCGGGTAACCCGGGGAACCCGGAACTGCGTGGGCAAGAATTCGGAGTCTTCACGACCTG
ATATATGGCGGGGTGAAGACACGTGGCGTTTTTGAGTATCCACGCGGCGATCAATGCCAG
ATCCTTGGGACGTTTCTTTTATTACGAAGAGACGGCGTTTAAAAATGAACGGACGTGAGG
TAAAGAAAAAGTAACGGAGCTACTCTGTAATGTGAAATACAGACGGTGTCGTTTAGGTAG
AGAAGCAAAAGCTCCCCC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL6583Contig1 1237 2 2 U
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GTTCACACAGCTCTCAAGCCATCCACTTCACAAGACCAGCAGACCTGGTATTTTTTCGAT
GGACATCCTACATTCTAAGGATGTCATTGTGACCGGAGGAATCGATACAACTGCCGTTCT
CTTTGATCGTCCATCAGGACAAATCTTGTCAACGTTGACTGGTCATTCAAAGAAGGTTAC
AAGTATTAAGTTTGTAGGTGACACCGATCTTGTTTTGACTGCTTCATCAGACAAGACAGT
CCGTATCTGGGGGAGTTCCGAGGATGGGAACTATACCTGTAGACATACATTGAAAGATCA
CTCTGCAGAGGTGCGAGCTGTCACCGTCCATGCAACGAATAAATACTTTGTGTCGGCATC
GCTTGACAGTACGTGGTGCTTCTATGACATGTCCTCCGGTTTATGCCTGGCCCAGGTAAC
AGATGATTCCGAAAAGGTGGATTACACGGCTGCTGCTTTCCATCCTGATGGTCTCATTCT
TGGAACTGGTACTGCTCAATCTATTGTCAAAATCTGGAATGTAAAAAGTCAGGCAAACGT
GGCGAAGTTCGGTGGACACACTGGAGAAATCACATCTGTATCATTCTCTGAAAACGGCTA
TTTCCTCGTGACTGCTGCGCTGGATGGTGTAAGATTGTGGGACCTGCGCAAGCTAAAGAA
CTTCCGAACATTTGAATTTCCAGACGCAAACTCAGTGGAGTTTGACCATAGTGGATCTTA
TCTTGGCATTGCTGCTTCAGATATAAGAGTATTCCAAACGGCGAGTGTAAAAGCAGAGTG
GAACCCCGTAAAGACACTTCCTGATCTGTCCGGTACAGGTAAAGCAACATGTGTTAAGTT
TGGTCCTGACGCCAAATACGTAGCAGTCGGTTCAATGGACCGTGATCTCAGGATATTTGG
TTTACCTAGCACTGACAGCACTGAAGATTCTGCACAAGATTCATGAATAGAAGATGCCTC
TCAAGTCTCACCGTCAAGAGCAGAGCCTTGGCTTTCTTATAGAAACTTAAACCTTCCACT
AGGGCATCATTTGCTAGAAAATAACTAAATTCTTGTTTCAACAATAATATATTGTATTTA
TCTTTAATTTTACTATAATTTGCAATAATTTGTCACATCTCTCTACGCTGTTGTTTAATC
AATTTGATATAAGTGAAATAGATAGTATAACTAAGGC


BQ
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AF RR3FD35TF U 1
AF RR3FD35JQ C 409
BS 1 710 RR3FD35TF
BS 711 1237 RR3FD35JQ

RD RR3FD35TF 717 0 0
GCAGCAACGTAAAAAGAGACAGATCCCTCCAACATTGGCTTCAATTGATGATCTGGAGAA
GTTCACACAGCTCTCAAGCCATCCACTTCACAAGACCAGCAGACCTGGTATTTTTTCGAT
GGACATCCTACATTCTAAGGATGTCATTGTGACCGGAGGAATCGATACAACTGCCGTTCT
CTTTGATCGTCCATCAGGACAAATCTTGTCAACGTTGACTGGTCATTCAAAGAAGGTTAC
AAGTATTAAGTTTGTAGGTGACACCGATCTTGTTTTGACTGCTTCATCAGACAAGACAGT
CCGTATCTGGGGGAGTTCCGAGGATGGGAACTATACCTGTAGACATACATTGAAAGATCA
CTCTGCAGAGGTGCGAGCTGTCACCGTCCATGCAACGAATAAATACTTTGTGTCGGCATC
GCTTGACAGTACGTGGTGCTTCTATGACATGTCCTCCGGTTTATGCCTGGCCCAGGTAAC
AGATGATTCCGAAAAGGTGGATTACACGGCTGCTGCTTTCCATCCTGATGGTCTCATTCT
TGGAACTGGTACTGCTCAATCTATTGTCAAAATCTGGAATGTAAAAAGTCAGGCAAACGT
GGCGAAGTTCGGTGGACACACTGGAGAAATCACATCTGTATCATTCTCTGAAAACGGCTA
TTTCCTCGTGACTGCTGCGCTGGATGGTGTAAGATTGTGGGACCTGCGCA
GCTAAGA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3FD35JQ 829 0 0
TGTGTCGGCATCGCTTGACAGTACGTGGTGCTTCTATGACATGTC*TCCGGTTTATGCCT
GGCCCAGGTAACAGATGATTCCGAAAAGGTGGATTACACGGCTGCTGCTTTCCATCCTGA
TGGTCTCATTCTTGGAACTGGTACTGCTCAATCTATTGTCAAAATCTGGAATGTAAAAAG
TCAGGCAAACGTGGCGAAGTTCGGTGGACACACTGGAGAAATCACATCTGTATCATTCTC
TGAAAACGGCTATTTCCTCGTGACTGCTGCGCTGGATGGTGTAAGATTGTGGGACCTGCG
CAAGCTAAAGAACTTCCGAACATTTGAATTTCCAGACGCAAACTCAGTGGAGTTTGACCA
TAGTGGATCTTATCTTGGCATTGCTGCTTCAGATATAAGAGTATTCCAAACGGCGAGTGT
AAAAGCAGAGTGGAACCCCGTAAAGACACTTCCTGATCTGTCCGGTACAGGTAAAGCAAC
ATGTGTTAAGTTTGGTCCTGACGCCAAATACGTAGCAGTCGGTTCAATGGACCGTGATCT
CAGGATATTTGGTTTACCTAGCACTGACAGCACTGAAGATTCTGCACAAGATTCATGAAT
AGAAGATGCCTCTCAAGTCTCACCGTCAAGAGCAGAGCCTTGGCTTTCTTATAGAAACTT
AAACCTTCCACTAGGGCATCATTTGCTAGAAAATAACTAAATTCTTGTTTCAACAATAAT
ATATTGTATTTATCTTTAATTTTACTATAATTTGCAATAATTTGTCACATCTCTCTACGC
TGTTGTTTAATCAATTTGATATAAGTGAAATAGATAGTATAACTAAGGC

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 2

CO CL6584Contig1 1103 2 6 U
GGGCCATCGTCAAGGCGAGAGGTGAAGCTGTGGCGCAGCTCAAAGCTGCTAAAGCAAGCA
AGGAAGAGATCACCGCTTCCGTTGCTGAGCTCAACGAGGCAAAAGTGAGTTTAGCTAGGA
CGGAAGAGAGGTCAAGGCTCAAACCTGGGTTGCCTAAAGCTGATGGAAAGATCGATTACT
CGCAAGATTTCTTCGGTCGTCAAGCTTTCTTGACGGTGTCTGGTCAGTTACAAGTGGAGA
CTTACGCTTGCGGTCTCAGCGATGTGTATACGTTTGGTCCTACGTTCCGGGCAGAGAACT
CTCACACCTCGAGGCATCTTGCTGAGTTCTGGATGGTTGAGCCTGAGCTAGCTTTTGCTG
ATCTAGAGGACGATATGAACTGCGCAGAGGCGTATGTGAGATACATGTGCAAGTGGCTGC
TTGAGAAACGTTACGATGACATGGAGCTCATGGCGAAGAACTTCGACAAAGGCTGCATTG
ATAGGCTGAAACTGGTTGCGTCGACTCCGTTTGGTCGTTTAACGTACACCAAAGCGATAG
AAGTGCTTGAGGAAGCTGTGGCGAAAGGAAAGAAATTTGAGAACCCAGTGGAGTGGGGGA
TCGACTTAGCATCTGAGCACGAGAGATACTTGACAGAGGTTGTGTTTCAAAAGCCGCTGA
TTGTGTACAACTACCCGAAAGGAATCAAAGCATTCTACATGAGACTTAACGATGATGGAA
AGACAGTGGCTGCCATGGATGTCCTTGTTCCAAAGGTTGGAGAACTCATTGGTGGAAGCC
AAAGGGAAGAAAGGATTGACGTCATCATGGAAAGGATTGAGGAGATGGGATTGCCAGTGG
AGCCATACGAGTGGTACTTGGACTTGAGATGTTACGGAACAGCGAAGCATTCAGGGTTCG
GACTTGGATTCGAGCGTATGGTTCTGTTTGCGACAGGAATGGACAACATCAGAGACGTTA
TTCCCTTCCCTCGCTATCCAGGCAGAGCTGACCTTTAAGATTTACTTTGCACAAAACTCA
TCTTTTAATGTTTTTATGTTTGCTTTTGAGAACAGGTTTATGTTAATACGTTGCTAAATG
AATGATTTGGATATTTTACTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FK58TF U 1
AF RR3FK58JQ C 462
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CGCAAGATTTCTTCGGTCGTCAAGCTTTCTTGACGGTGTCTGGTCAGTTACAAGTGGAGA
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CTCACACCTCGAGGCATCTTGCTGAGTTCTGGATGGTTGAGCCTGAGCTAGCTTTTGCTG
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DS 

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GCGAAGCATTCAGGGTTCGGACTTGGATTCGAGCGTATGGTTCTGTTTGCGACAGGAATG
GACAACATCAGAGACGTTATTCCCTTCCCTCGCTATCCAGGCAGAGCTGACCTTTAAGAT
TTACTTTGCACAAAACTCATCTTTTAATGTTTTTATGTTTGCTTTTGAGAACAGGTTTAT
GTTAATACGTTGCTAAATGAATGATTTGGATATTTTACTTTT

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

CO CL6585Contig1 1185 2 2 U
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CAAAGACTCTCTATCCCAAAAGAAGATTGAAGAGTTATCAAATCTAAACAAAAGCCTTCT
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GAGCTGCAGGGTGTGTTCCATGAGAACGAGGAGCTTAAGGCCAAAGAGAAAGCATCTTTA
AAGAAGATTGACGAGTTGTTGCATCTTGAACAGAGTTGGCTTGATAAAGAAAGCGAATTT
CAAAGACTTCATCAAGAAAATGAAGAGCTTAGAGCGCAGGAAGCTTCAGCGGCAAAGAAG
ATAGAGGAGTTATCAATACTGCTTGACAAAGAAGCCGAGTTGCAGGATGTGATTCATGAT
AACGTCGAGCTGAAGGCCAGAGAGGCTTCCGCGCTTGAGAAGATCGAAGAGTTATCAAAG
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GCCATTGATAACCATTTGAATGGTGACACACCAATCAATTTGTTAGCTCACAAAGATGAA
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GAGTCAGATCACGAGTTTGCTGAAGAGGAAGAGGAATCAAAAGCAGAAGGCAGTGAAAAT
TTGATCAGTTGAGCAATGGCTTGTCTTCAGCAGAGCACATAGAATATTCTGGAAGTCTGA
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CTGTTATCATTTCTATTGCAACTGAACATTATTCCTTGGTTGATTTTGTCTAAATCTTTT
GAAGAGTATAGCTCCAAATTCAATTTTAAGGTGTTTTGATCTCCG


BQ
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AF RR3AJ96TF U 1
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TTGGTTCAGAAGATTGAAGAGTTGACAAACCTGAAACAGAGTTTACTTGATAAAGAGAAC
GAGCTGCAGGGTGTGTTCCATGAGAACGAGGAGCTTAAGGCCAAAGAGAAAGCATCTTTA
AAGAAGATTGACGAGTTGTTGCATCTTGAACAGAGTTGGCTTGATAAAGAAAGCGAATTT
CAAAGACTTCATCAAGAAAATGAAGAGCTTAGAGCGCAGGAAGCTTCAGCGGCAAAGAAG
ATAGAGGAGTTATCAATACTGCTTGACAAAGAAGCCGAGTTGCAGGATGTGATTCATGAT
AACGTCGAGCTGAAGGCCAGAGAGGCTTCCGCGCTTGAGAAGATCGAAGAGTTATCAAAG
TCGCTAGAAAACGGCAAGCCTA

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DS 

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ATCTTGAACAGAGTTGGCTTGATAAAGAAAGCGAATTTCAAAGACTTCATCAAGAAAATG
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AGGCTTCCGCGCTTGAGAAGATCGAAGAGTTATCAAAGTCGCTAGAAAACGGCAAGCCTA
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GTGACACACCAATCAATTTGTTAGCTCACAAAGATGAAGGAGACAAGGAGAAAGACTCCA
TGGAAGGGGAAGAAAAGAAAGAAGCTTCTTCAGAGAGGGAGTCAGATCACGAGTTTGCTG
AAGAGGAAGAGGAATCAAAAGCAGAAGGCAGTGAAAATTTGATCAGTTGAGCAATGGCTT
GTCTTCAGCAGAGCACATAGAATATTCTGGAAGTCTGAACTCAAAGGAACTAGAGCAGAA
GAAGAAGAAACCTTTGCTCCGGAAGTTTGGAAATTTACTGAAGAAGAAGAGTACAAGCAG
CAGCAGCCATAAATAGAGGGAAGATGTGATGGATGATACTGTTATCATTTCTATTGCAAC
TGAACATTATTCCTTGGTTGATTTTGTCTAAATCTTTTGAAGAGTATAGCTCCAAATTCA
ATTTTAAGGTGTTTTGATCTCCG

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

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CTCTCTCTCCCCATCAATTTTCTACAGCTACAAGTAGTCTACAAGGATTGCATTTCTGGA
GAATCTTATTTTGTCTTTCGTGCGCGATCCTCCCTGTCTCAATCTCTCTCTCCCCCTAAT
GATTGCCTGAGAGAGAGAAAGAGAGTCAACCATGGGCGTGTGCTGTCCTATTCTCCGACC
CTGGGATCGAACCCGAGACAGCTATCTCGATAACATCCCTTGTCTCTCTGATCCTGTGAA
AAGATCTTCTCTGTTAATGAAACTGGGACTAGTAGCTATACACCTCGTCTTCATCGGCTT
CCTCTTCGTTTGCGATGCTGACTTCATCGACAAAACTAAGCGAGATCCATGGTACACGGC
TTCTTACTTGTTGTTGTTTTCTCTAACGCTTCTTCAGTACTTTGTGACTTCTGGCTCTTC
ACCTGGGTATGTTATTGATGCAATGAGGGAGGTTTGCGGGAATGATGCAATTTACAGAAG
CGCACCTACCCCCTCAATACAACATGGTTCCAGAAAAAATGGGAGCTTTGTTATTAATGT
GGAAGGAGAATCAGCTTCAGGTGGTGGTAGTAGTAGAAAGACTCCAACTTCCTCCTGGGG
CAAGATGGTTCTTGACTTGTACCCTCCAGGGACATCCTTAAGAAATTTGACTTGCGGCTA
TTGTCATGTGGAGCAGCCTCCGCGAGCCAAGCACTGTCATGATTGTGATAGATGTGTTCT
TCAGTTTGATCATCACTGTGTTTGGCTGGGAACATGTGTAGGCCAGAAAAACCATTGTAA
ATTCTGGTGGTACATATGTGAAGAGAGTGCTCTATGCATCTGGACACTCATCATGTACAT
TGACTACCTCAGTAACGTAGCCAAGCCTTGGTGGAAGAATGCAATTACCATACTACTGCT
TCTCGTCTTGGTGATCTCCATGATATTTGTGCTGCTTCTATTACTTTTTCACAGCTACCT
CATTCTAACGAATCAGAGCACTTATGAACTTGTGAGACGAAAACGTATTCCCTACATGAG
GAATATTCCGGAAAGAGTGCATCCATTTAGCAGAGGCATAAAGAGGAATCTACACAACGT
CTGTTGCGGAAACGATACTCTAGACTCGCTGCCCCCCGCATTCGAACTCGAGGATAAAGC
AAGACCCTACACTTGCTTAGATATGTTGAAATGTCGTTATTGCTAAAAGTTTTTTTTTTT
TTTGTTTGGTTTGTTTAGTTATACAACTACCATTGTTTTAATCTATGAAACATGTTAAAA
AAATATAAGTGAATTTGTAT


BQ
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AF RR3CY25TF U 1
AF RR3CY25JQ C 498
BS 1 801 RR3CY25TF
BS 802 1340 RR3CY25JQ

RD RR3CY25TF 801 0 0
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CTCTCTCTCCCCATCAATTTTCTACAGCTACAAGTAGTCTACAAGGATTGCATTTCTGGA
GAATCTTATTTTGTCTTTCGTGCGCGATCCTCCCTGTCTCAATCTCTCTCTCCCCCTAAT
GATTGCCTGAGAGAGAGAAAGAGAGTCAACCATGGGCGTGTGCTGTCCTATTCTCCGACC
CTGGGATCGAACCCGAGACAGCTATCTCGATAACATCCCTTGTCTCTCTGATCCTGTGAA
AAGATCTTCTCTGTTAATGAAACTGGGACTAGTAGCTATACACCTCGTCTTCATCGGCTT
CCTCTTCGTTTGCGATGCTGACTTCATCGACAAAACTAAGCGAGATCCATGGTACACGGC
TTCTTACTTGTTGTTGTTTTCTCTAACGCTTCTTCAGTACTTTGTGACTTCTGGCTCTTC
ACCTGGGTATGTTATTGATGCAATGAGGGAGGTTTGCGGGAATGATGCAATTTACAGAAG
CGCACCTACCCCCTCAATACAACATGGTTCCAGAAAAAATGGGAGCTTTGTTATTAATGT
GGAAGGAGAATCAGCTTCAGGTGGTGGTAGTAGTAGAAAGACTCCAACTTCCTCCTGGGG
CAAGATGGTTCTTGACTTGTACCCTCCAGGGACATCCTTAAGAAATTTGACTTGCGGCTA
TTGTCATGTGGAGCAGCCTCCGCGAGCCAAGCACTGTCATGATTGTGATAGATGTGTTCT
TCAGTTTGATCATCACTGTGT

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3CY25JQ 843 0 0
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TACAACATGGTTCCAGAAAAAATGGGAGCTTTGTTATTAATGTGGAAGGAGAATCAGCTT
CAGGTGGTGGTAGTAGTAGAAAGACTCCAACTTCCTCCTGGGGCAAGATGGTTCTTGACT
TGTACCCTCCAGGGACATCCTTAAGAAATTTGACTTGCGGCTATTGTCATGTGGAGCAGC
CTCCGCGAGCCAAGCACTGTCATGATTGTGATAGATGTGTTCTTCAGTTTGATCATCACT
GTGTTTGGCTGGGAACATGTGTAGGCCAGAAAAACCATTGTAAATTCTGGTGGTACATAT
GTGAAGAGAGTGCTCTATGCATCTGGACACTCATCATGTACATTGACTACCTCAGTAACG
TAGCCAAGCCTTGGTGGAAGAATGCAATTACCATACTACTGCTTCTCGTCTTGGTGATCT
CCATGATATTTGTGCTGCTTCTATTACTTTTTCACAGCTACCTCATTCTAACGAATCAGA
GCACTTATGAACTTGTGAGACGAAAACGTATTCCCTACATGAGGAATATTCCGGAAAGAG
TGCATCCATTTAGCAGAGGCATAAAGAGGAATCTACACAACGTCTGTTGCGGAAACGATA
CTCTAGACTCGCTGCCCCCCGCATTCGAACTCGAGGATAAAGCAAGACCCTACACTTGCT
TAGATATGTTGAAATGTCGTTATTGCTAAAAGTTTTTTTTTTTTTTGTTTGGTTTGTTTA
GTTATACAACTACCATTGTTTTAATCTATGAAACATGTTAAAAAAATATAAGTGAATTTG
TAT

QA 1 843 1 843
DS 



AS 1 2

CO CL6587Contig1 1220 2 2 U
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TTAGTTTTCGTACAATTTCAATAAAAAAAGGAGTCTTTATGTCACGTTACCGAGGGCCTC
GTTTTAAAAAAATACGCCGTCTGGGGGCTTTACCGGGACTAACTAGTAAAAGGCCTAGGG
CAGGAAGCGGTCTTAGAAACCAATCACGCTCCGAAAAAAAATCTCAATATCGTATTCGTT
TAGAAGAAAAACAAAAATTGCGTTTTCATTATGGTCTTACAGAACGCCAATTACTTAAAT
ATGTTCGTATCGCCGGAAAAGCCAAGGGGTCAACGGGTCAAGTTTTATTACAATTACTTG
AAATGCGTTTGGATAACATCCTTTTTCGGTTGGGTATGGCTTTGACTATTCCTCAAGCGC
GCCAATTAGTTAACCATGGACATATTTTAGTTAATGGTTGTATAGTTGATATACCAAGTT
ATCGATGCAAACCCCGAGATATTATTACAGTGAAGGATGAACAAAACTCTAGAACTTTGG
TTCAAAATCTTCTTGAGTCATCTGCCCCCGAGGAATTGCCAAACCATCTGACTCTTCACA
CATTCCAATATGAAGGGTTAGTCAATCAAATAATAGATAGGAAATGCGTCGGTTTGAAAA
TAAATGAATTGCTTGTCGTAGAATATTACTCTCGCCAGACTTAAAAAACCTAAGTGAAGT
AAAAAAAAATCACTAAAAACAAGAGTTCGGACAACTCCCCTTTGCCCGCTTTTTTGATTA
AAACTAAAAAGGCACAAGGGAAGGGATTTTGTCGGGGAATCTTTTTCCTATTCATGTATC
ATAGATTGGTAGGGAGGTTTGGATCCCTTGTTTGCTCTTCCCAGCATTTTCCATAGCAAA
GAAATGTAGATTTTATATCGATTTTTTTATTTGATTTGATACGTTGTGGTCAATCACGTA
AGATTGGTTATTTAGTTGAAAGTACGGAAAGAGAGGGATTCGAACCCTCGGTAAACAAAA
GCCTACATAACAGTTCCAATGTTACGCCTTCAACCACTCGGCCATCTCTCCGACATCAGG
ATTATGACTGAGTACCTGGGTGAATAGCGAGTTATTCATCGTTTTTTAGATTATGGTTAA
TAGATACCTTTTTTGATCGG


BQ
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BS 744 1220 RR3FY06JQ

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AAATGCGTTTGGATAACATCCTTTTTCGGTTGGGTATGGCTTTGACTATTCCTCAAGCGC
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ATCGATGCAAACCCCGAGATATTATTACAGTGAAGGATGAACAAAACTCTAGAACTTTGG
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TAAATGAATTGCTTGTCGTAGAA

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DS 

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TTACAGTGAAGGATGAACAAAACTCTAGAACTTTGGTTCAAAATCTTCTTGAGTCATCTG
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ATCAAATAATAGATAGGAAATGCGTCGGTTTGAAAATAAATGAATTGCTTGTCGTAGAAT
ATTACTCTCGCCAGACTTAAAAAACCTAAGTGAAGTAAAAAAAAATCACTAAAAACAAGA
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TTTTATTTGATTTGATACGTTGTGGTCAATCACGTAAGATTGGTTATTTAGTTGAAAGTA
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CGCCTTCAACCACTCGGCCATCTCTCCGACATCAGGATTATGACTGAGTACCTGGGTGAA
TAGCGAGTTATTCATCGTTTTTTAGATTATGGTTAATAGATACCTTTTTTGATCGG

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

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TCAAGTGATGCAAACCGACCGTGTTCACTTGTGCTTGCTGGCCTCCATGCATGTGGAGAT
CTATCCGTAACAATGCTGAGGACATTTATGGAGTGCGAAGAAGTTAAAGCAGTAGTGAGC
ATTGGCTGCTGTTACAACTTATTATCTGAAAAGACTAGTAGTGAGGATTCTTTTTCCAAA
TGTGGGTTTCCAATGAGCGCTGGTCTCAAGTCTTTGGGCTTTTCGCTTGGCAAAAATGCA
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CAGAACTTCGAGTTGCATTCTTTTCGTGCTGCTTTCCAAATGGTTCTTTCGAAGCATTAT
CCAGAGGTTTTGGCGACGAGTCCCACTATTGGACGCCAAGGGAAAGCCTTCCGTCGTCAA
AAGCAAAGAAAAACTCTTGAAACTCCAGCAAAAGTAGATACAAGTAGGAAAGACAGCGAT
GTCAAGAAATCCATGAGGCATACAGTTTCGGATTCCAACAGTTATTCTTCTTTTGAGAAG
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GCCACTTGGAATGAAGCTGAATTTACGGAATTGATAGGGCCTTACTGGTCTATACGGGCT
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ACCGTTATTGCTTTC


BQ
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AF RR3DQ87TF U 1
AF RR3DQ87JQ C 423
BS 1 672 RR3DQ87TF
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BS 712 733 RR3DQ87TF
BS 734 1215 RR3DQ87JQ

RD RR3DQ87TF 733 0 0
GCCTCTCATCACGGGAATGTAACTGATGCACGAGCAGCTCGCATAAGAAAACATTTTGCT
TCACAAATGCGTAAATCTGGTTCAGGAAACAAGTGTCCAGATGCTCCAAAGACGATTACG
TGCCGCGTATTATCCACAGAGATGTTGAAATCCTTAACCAATGTTCCTCTGGAAGAAAAC
GACTTGGATATAATAAATGCAACTGCATTGAATGAAGAAGGTCCAAGGAGTTCACAATCG
TCAAGTGATGCAAACCGACCGTGTTCACTTGTGCTTGCTGGCCTCCATGCATGTGGAGAT
CTATCCGTAACAATGCTGAGGACATTTATGGAGTGCGAAGAAGTTAAAGCAGTAGTGAGC
ATTGGCTGCTGTTACAACTTATTATCTGAAAAGACTAGTAGTGAGGATTCTTTTTCCAAA
TGTGGGTTTCCAATGAGCGCTGGTCTCAAGTCTTTGGGCTTTTCGCTTGGCAAAAATGCA
CGTGATCTAGCTTGTCAGAGTGCTGAGAGATGGAGCAGCTTGGGAGAAGATGCTGGTCTG
CAGAACTTCGAGTTGCATTCTTTTCGTGCTGCTTTCCAAATGGTTCTTTCGAAGCATTAT
CCAGAGGTTTTGGCGACGAGTCCCACTATTGGACGCCAAGGGAAAGCCTTCCGTCGTCAA
AAGCAAAGAAAA*CTCTTGAAACTCCAGCAAAAGTAGATACAAGTAGGAA*GACAGCGAT
GTCAAGAAATCCA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3DQ87JQ 793 0 0
TGGGTTTCCAATGAGCGCTGGTCTCAAGTCTTTGGGCTTTTCGCTTGGCAAAAATGCACG
TGATCTAGCTTGTCAGAGTGCTGAGAGATGGAGCAGCTTGGGAGAAGATGCTGGTCTGCA
GAACTTCGAGTTGCATTCTTTTCGTGCTGCTTTCCAAATGGTTCTTTCGAAGCATTATCC
AGAGGTTTTGGCGACGAGTCCCACTATTGGACGCCAAGGGAAGGCCTTCCGTCGTCAAAA
GCAAAGAAAAACTCTTGAAACTCCAGCAAAAGTAGATACAAGTAGGAAAGACAGCGATGT
CAAGAAATCCATGAGGCATACAGTTTCGGATTCCAACAGTTATTCTTCTTTTGAGAAGTT
TTGCCTCTCAGCATTTTCCCGCCTGAATCTAGAACATCCTCAAGATCTCGACCTGAGTGC
CACTTGGAATGAAGCTGAATTTACGGAATTGATAGGGCCTTACTGGTCTATACGGGCTGC
ACTAGGACCAGTGCTTGAGACATTGATCTTGCTTGATAGACTTATGTTTCTCCAAGAACA
AGGAGACTCCATTGAAGTCACAATGCTTCCCATTTTCGACCCAACCATCTCACCTAGGAA
CGTCGCCATCATTGCTAAAAGGCTTTGACCGTAAAGCTTATTGAGCAGTTGAGAGAATCC
ACCTGAAGAATTTTACTTTTTTTTTCCGTCGTGTGAACACAGACCCATTTCTTCCTTGTT
GTTCGTGTTGTACAAGAAACGAATTAGGAAATGTATTAAGGTTTCTTTTGACATTTCCAC
CGTTATTGCTTTC

QA 1 793 1 793
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6590Contig1 1259 2 6 U
GAGGAGGAGAATCCGGATCTTGGAACTACTTCAGAGTCTTTTGGTAGGGACACAAGTTTT
GATGGTGATTTGGAATCTGTATGGGGTGTGGTGAAAGGAAAGCTTTTAGATTCTTTAGAC
GCCATTAAGAGTGAGAGTACACTTGGAAACAGAATCCTGAAACCTAAACCGCCCCAAGGG
AAGCCTCCGCTGAGCTTGTATGCGATATCTGAAAGGCCACAGTTGTACTTGCTTTGGTCT
TGCTTTCAGAAACTTGAAGAAGAGACAAATAAGATATCTAACACAATCAGTTCAGATGAG
TGGAAGGTTAGTTTTAATGATATTGTCTGTGAAGCATATCAAGGAGCATGCACAGCTTGG
CTAAAGAGGGAACTGTGTGTGGAAGACACTGATTCTGACAAGGCGATGACTCCTTTACTG
ATGAAAATGCTAAATGAAAAGGAAGCTATCTTTGATAAAATAAGAAAATCAGGCAAGGAG
GATCTGTTTGCAGAGTTCTTATACTTCCACAGATTTGGATCTTTAAGGAAAGCTTCCTGC
TACGACCTGAGCTTGTTTCGTACTCACGGAGTTGCCATTTTTGGAAGACTTGATGATAAC
ATTAGCAGATGGGGTCGCTAGCATCTATCTAGAGCTCATTTCTGTAGACAGCAAGTTCTC
TGATGAAATGAACAGCGGGAGGGGGGGTTAGATATCTGTAACCTTTCTAGTAGAGCACTT
CAAAAACTACGCAACGAGGTAGCTCTATACCAGTGGTTACATCAGAACATGGAAGCGGTT
GTGTCTATGTATGAGGATCGCTTTGACCTCTACATTCTTCAAACTCAGGTGATCAACAAC
CCTGATGGCGGTGATGATACAGAAAGCCGTAGTTGGTGGAGAAAGCTCACACCGGGAAAA
GCTAAAGCTGCCTCATCACCATCATCACCCTTGCGATACTCCATAATAAGTGATTTCTCA
TTGCCTGTTAAACGAACAAAGGAGCTGAAGGCTCTATCAGGATGGAGGTACTACTTCAGT
CTGTTTCTGGAGTTATCAGACATCGGAATGCCAATCATAAAAGTGGTGGTGGATAAAGTG
AGTAGCATCATATCCTTCTTTCTTGTCACCTTGATCGGTAGATCAGTGGGACTCATCTTC
ACCGGCATTAGACAATCTCTCCGGTGGAAATGAAACCTCATATGGGATTAGTAAATTCAT
TTCTTGGTGTGCACCTTTTGATGATTCTTGTTTTGGTAAGTGATGATAAGTTGGTTAAT


BQ
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AF RR3B158TF U 1
AF RR3B158JQ C 482
BS 1 766 RR3B158TF
BS 767 767 RR3B158JQ
BS 768 795 RR3B158TF
BS 796 796 RR3B158JQ
BS 797 814 RR3B158TF
BS 815 1259 RR3B158JQ

RD RR3B158TF 814 0 0
GAGGAGGAGAATCCGGATCTTGGAACTACTTCAGAGTCTTTTGGTAGGGACACAAGTTTT
GATGGTGATTTGGAATCTGTATGGGGTGTGGTGAAAGGAAAGCTTTTAGATTCTTTAGAC
GCCATTAAGAGTGAGAGTACACTTGGAAACAGAATCCTGAAACCTAAACCGCCCCAAGGG
AAGCCTCCGCTGAGCTTGTATGCGATATCTGAAAGGCCACAGTTGTACTTGCTTTGGTCT
TGCTTTCAGAAACTTGAAGAAGAGACAAATAAGATATCTAACACAATCAGTTCAGATGAG
TGGAAGGTTAGTTTTAATGATATTGTCTGTGAAGCATATCAAGGAGCATGCACAGCTTGG
CTAAAGAGGGAACTGTGTGTGGAAGACACTGATTCTGACAAGGCGATGACTCCTTTACTG
ATGAAAATGCTAAATGAAAAGGAAGCTATCTTTGATAAAATAAGAAAATCAGGCAAGGAG
GATCTGTTTGCAGAGTTCTTATACTTCCACAGATTTGGATCTTTAAGGAAAGCTTCCTGC
TACGACCTGAGCTTGTTTCGTACTCACGGAGTTGCCATTTTTGGAAGACTTGATGATAAC
ATTAGCAGATGGGGTCGCTAGCATCTATCTAGAGCTCATTTCTGTAGACAGCAAGTTCTC
TGATGAAATGAACAGCGGGAGGGGGGGTTAGATATCTGTAACCTTTCTAGTAGAGCACTT
CAAAAACTACGCAACGAGGTAGCTCTATACCAGTGGTTACATCAGA*CATGGAAGCGGTT
GTGTCTATGTATGAG*ATCGCTTTGACCTCTACA

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR3B158JQ 778 0 0
GATCTG
TTGCAGAGTTCTTATACTTCCACAGATT*GGATCTTTAAGGAAAGCTTC*TGCTACGAC*
TGAGCTTGTTTCGTACTCACGGAGTTGCCATTTT*GGAAGACTTGATGATAACATTAGCA
GATGGGGTCGCTAGCATCTATCTAGAGCTCATTTCTGTAGACAGCAAGTTCTCTGATGAA
ATGAACAGCGG*AGGGGGGGTTAGATATCTGTAACCTTTCTAGTAGAGCACTTCAAAAAC
TACGCAACGAGGTAGCTCTATACCAGTGGTTACATCAGAACATGGAAGCGGTTGTGTCTA
TGTATGAGGATCGCTTTGACCTCTACATTCTTCAAACTCAGGTGATCAACAACCCTGATG
GCGGTGATGATACAGAAAGCCGTAGTTGGTGGAGAAAGCTCACACCGGGAAAAGCTAAAG
CTGCCTCATCACCATCATCACCCTTGCGATACTCCATAATAAGTGATTTCTCATTGCCTG
TTAAACGAACAAAGGAGCTGAAGGCTCTATCAGGATGGAGGTACTACTTCAGTCTGTTTC
TGGAGTTATCAGACATCGGAATGCCAATCATAAAAGTGGTGGTGGATAAAGTGAGTAGCA
TCATATCCTTCTTTCTTGTCACCTTGATCGGTAGATCAGTGGGACTCATCTTCACCGGCA
TTAGACAATCTCTCCGGTGGAAATGAAACCTCATATGGGATTAGTAAATTCATTTCTTGG
TGTGCACCTTTTGATGATTCTTGTTTTGGTAAGTGATGATAAGTTGGTTAAT

QA 7 778 7 778
DS 



AS 1 2

CO CL6591Contig1 1057 2 2 U
GCAAAAGGAAGTGTCAACTGTGTGCTTCATTTGTTGGAGTACCATGCAGACCCTAACTGT
AGAGACGCGGAGGGGAACATACCACTATGGGAAGCAATGGTGGAAGGGCATGAGAAAGTT
GTAAAAGTACTGTTGGAACATGGTGCTACCATAGAGGCAGGGGATGTGGGTCATTTTGCA
TGCACGGCGGCTGAACAGGGCAACTTGAGGCTACTAAAAGAAATAGTTCTACATGGTGGA
GATGTTACCCGTCCAAGAGCCACGGGGACCACTGCACTCCATGCTGCTGTGTGCGAAGGG
AATATTGAAATGGTAAAGTATCTCCTCGAGCAAGGTGCGGACGTTAACAAACAAGATATG
CATAAATGGATGGCCAAGGATCTTGCTGAGCAACAAGGGCATGAGGAGATTAAAGCACTG
TTCCGAGAAAAAACACATGAGAGGGCGCATATTGACTCGAGTGCCTCGGTTCCTATACTC
AAAACCGCGATACGGTTCCTAGGAAGAGGCACTAGCGAACCTAACATCCGGCCCCCATCA
AGAGAGGTGTCTTTTAGGATCACGGAAACAAGGCCAAGACGGAAAACAAACAACTTCGAC
AACTCGTTGTTTGGGATATTAGCTAGTCAAAACGTGCAGAAGAATGGGCTAGCCACGGTG
GACGAAAGCAGAGCCGTAAACCCGGTGAGGGTGACGGTTAGTTGTAAAGGGAAAGATGAG
GTAGCAGGGAAGCTGGTGCTGCTTCCAGGGAGTTTCAAGGAGCTGCTAGAATTGGGTTCC
ATCAAGTTTGGTATTGTTGCTGCCAAAGTTATGAGCAAAGATCAGGACATGGCAGAGATT
GATGATGTAGATGTTATAAGAGATGGAGATCATCTCATCTTTGCAACTGATTCTAGCCAC
TCGTAGAAGACATCCAAGTTCTGTATGGCTAGTAATGAACAAATTGATAACTTTGCTTTC
ACAGCATTGTCAAAGAAAAAAAAAATATATGAATGAGCCTTGATAAAGAATACGTAAATG
TGGATCAACCATTGACATCTTGTTTCTATTAATGTGA


BQ
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AF RR3GV29TF U 1
AF RR3GV29JQ C 383
BS 1 680 RR3GV29TF
BS 681 1057 RR3GV29JQ

RD RR3GV29TF 680 0 0
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TGCACGGCGGCTGAACAGGGCAACTTGAGGCTACTAAAAGAAATAGTTCTACATGGTGGA
GATGTTACCCGTCCAAGAGCCACGGGGACCACTGCACTCCATGCTGCTGTGTGCGAAGGG
AATATTGAAATGGTAAAGTATCTCCTCGAGCAAGGTGCGGACGTTAACAAACAAGATATG
CATAAATGGATGGCCAAGGATCTTGCTGAGCAACAAGGGCATGAGGAGATTAAAGCACTG
TTCCGAGAAAAAACACATGAGAGGGCGCATATTGACTCGAGTGCCTCGGTTCCTATACTC
AAAACCGCGATACGGTTCCTAGGAAGAGGCACTAGCGAACCTAACATCCGGCCCCCATCA
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QA 1 680 1 680
DS 

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CGGAAACAAGGCCAAGACGGAAAACAAACAACTTCGACAACTCGTTGTTTGGGATATTAG
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CGGTGAGGGTGACGGTTAGTTGTAAAGGGAAAGATGAGGTAGCAGGGAAGCTGGTGCTGC
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CCAAAGTTATGAGCAAAGATCAGGACATGGCAGAGATTGATGATGTAGATGTTATAAGAG
ATGGAGATCATCTCATCTTTGCAACTGATTCTAGCCACTCGTAGAAGACATCCAAGTTCT
GTATGGCTAGTAATGAACAAATTGATAACTTTGCTTTCACAGCATTGTCAAAGAAAAAAA
AAATATATGAATGAGCCTTGATAAAGAATACGTAAATGTGGATCAACCATTGACATCTTG
TTTCTATTAATGTGA

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

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TGAATTT


BQ
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AF RR3GQ75TF U 194
AF RR3B811TF U 1
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TTTCTC

QA 1 306 1 306
DS 

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TCAAAATTGAGGCTATGAACGTCAAGGCCAGATGCCTTCCACAGGGATGCAAAAATCCTA
CATTCTCTGAAGAGTGCGGCCTGGAGCCGTTCACAGGTACAAACAATGATTGCTGTCATT
GTTGCGTAGCTAAATACGGGAGGCAAGCAGTCTGTAAAGGCGTTGTTGAGGGACCAGACA
AACACTGTCATTGCTACAAAGAACGTGTTTGAAACAACCACATACAATTACCAAGTGTAA
GTGTGTAACTTGTGTGTTTCATTTGGTGTGAGGACATTACATGTTTGTATGTGTATGCTC
AACTTTCTGTTGCTTCCAAATAAAACATCATGTGTGAAATTTTGCTTCAGTCTGAATTTT
CAACTTTTTTGTGTTTCTCATTTCATTGCTGTTCCAGAAGATAATGGATATGAGAGTATC
TGAATTT

QA 1 547 1 547
DS 



AS 1 2

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CTCGACCCAACTGATCAAGAAACCCACCGCACCTCCTCCATCTCCGCCGCCTCCGCCGCG
TAATTCCCAAAACAGAATAAACTCCCCGAAACCTCCTCCCCATACCACCACCACCACTCC
CTCGAGAAGAAACCCTTTCAAATCCCCAGACCTCTCCTCCGCCAAATCCCTCTTCAACTC
CATCGCCGCCACCTCGAAACTCCCCCTCGACCTCAAATTCCACAACGTTGGTGGAAATCA
TGAAGAAGATTTTTCAAAAAGGACAAGTGGTCAACATTCTTGTAGTAAAATCAATTATTT
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CCTTGTTCCTTCATCG


BQ
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AF RR3AR15TF U 1
AF RR3AR15JQ C 144
BS 1 436 RR3AR15TF

RD RR3AR15TF 436 0 0
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CTCGACCCAACTGATCAAGAAACCCACCGCACCTCCTCCATCTCCGCCGCCTCCGCCGCG
TAATTCCCAAAACAGAATAAACTCCCCGAAACCTCCTCCCCATACCACCACCACCACTCC
CTCGAGAAGAAACCCTTTCAAATCCCCAGACCTCTCCTCCGCCAAATCCCTCTTCAACTC
CATCGCCGCCACCTCGAAACTCCCCCTCGACCTCAAATTCCACAACGTTGGTGGAAATCA
TGAAGAAGATTTTTCAAAAAGGACAAGTGGTCAACATTCTTGTAGTAAAATCAATTATTT
GGCGAATAAACGCTTGTTGTTTATTTTCTTGTTTTCTGTCATGTTGATTGTATAGTGCTT
CCTTGTTCCTTCATCG

QA 1 436 1 436
DS 

RD RR3AR15JQ 293 0 0
CCCCGAAACCTCCTCCCCATACCACCACCACCACTCCCTCGAGAAGAAACCCTTTCAAAT
CCCCAGACCTCTCCTCCGCCAAATCCCTCTTCAACTCCATCGCCGCCACCTCGAAACTCC
CCCTCGACCTCAAATTCCACAACGTTGGTGGAAATCATGAAGAAGATTTTTCAAAAAGGA
CAAGTGGTCAACATTCTTGTAGTAAAATCAATTATTTGGCGAATAAACGCTTGTTGTTTA
TTTTCTTGTTTTCTGTCATGTTGATTGTATAGTGCTTCCTTGTTCCTTCATCG

QA 1 293 1 293
DS 



AS 1 2

CO CL6594Contig1 925 2 2 U
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CCTGCGCCAAACCCGATCTCCGCCCAGTTCCCTCCCATTTTCGTTCTTCTTCCCCGTCTC
CGTCTCCCCTTGTAAGTCAGCTCCGTGGCCGTAGCTTAACCTATGACCCGATTCCTCTGT
CGGGTCTCGTCGGAACCGGTTTGGTGGCTGCAACGTTCATGGCGGGAGGAGGACCTGGTA
GTTGCTATGGCTGCGGTTGATTCTCTTCAGCTAAGCGAGCCGGCTAATGCGTTGTCTTTA
CCCACTTGGGCTGTTCATGTTTCCAGCGTCGTCGAATGGATTACGGCGATGGCGTTGGTA
TGGAAATATGGAGAAAGAAAGGGTTACGAGTCATGGAAAGGTCTCTCATGGGGAATGGTG
CCTTTGCTAGGTGGAGCTCTTTGCGCACGCACATGGCATTTCTTTTACAATGCTGAATCT
CTTGAGGTGCTGGTCGCGCTTCAGGGAGCACTAACTGTGATTGGTAATATTACTTTGTGC
ATCGCTGCCTTTAGAATCAACAAGTCTGCATCCAAAATGGAAACCTCTGAAAAACCGTGA
GGGCTAAACACACATGCATCTTTGTGTTTTAAGATAAGGTCAAAGGGATGATGTGTTTTT
ATTAATTTCTGAAGGCAGGAATCTGAGTGTAGCGTTCTTGGAGAGTCGTGAGTTAGAGAA
GCAACTAATCTTTGGATGGGGTATTACGGGAAAGATGTTGCTTTATATCTCTAGTGATTA
CACTAAACATGTTTGTTGAGCGTGTGTATATATACTTTTATATTGTATTGTTATCCTGAT
TATATTCCGGCTGAGTGAGGCCAGTTCTTCATAACCTATTATGTAAACCTTCTTCTTTTT
CTCCAATCCTTGTAGTACTGAACGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GN77TF U 1
AF RR3GN77JQ C 207
BS 1 499 RR3GN77TF
BS 500 925 RR3GN77JQ

RD RR3GN77TF 499 0 0
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CGGGTCTCGTCGGAACCGGTTTGGTGGCTGCAACGTTCATGGCGGGAGGAGGACCTGGTA
GTTGCTATGGCTGCGGTTGATTCTCTTCAGCTAAGCGAGCCGGCTAATGCGTTGTCTTTA
CCCACTTGGGCTGTTCATGTTTCCAGCGTCGTCGAATGGATTACGGCGATGGCGTTGGTA
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CTTGAGGTGCTGGTCGCGC

QA 1 499 1 499
DS 

RD RR3GN77JQ 719 0 0
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CGTCGTCGAATGGATTACGGCGATGGCGTTGGTATGGAAATATGGAGAAAGAAAGGGTTA
CGAGTCATGGAAAGGTCTCTCATGGGGAATGGTGCCTTTGCTAGGTGGAGCTCTTTGCGC
ACGCACATGGCATTTCTTTTACAATGCTGAATCTCTTGAGGTGCTGGTCGCGCTTCAGGG
AGCACTAACTGTGATTGGTAATATTACTTTGTGCATCGCTGCCTTTAGAATCAACAAGTC
TGCATCCAAAATGGAAACCTCTGAAAAACCGTGAGGGCTAAACACACATGCATCTTTGTG
TTTTAAGATAAGGTCAAAGGGATGATGTGTTTTTATTAATTTCTGAAGGCAGGAATCTGA
GTGTAGCGTTCTTGGAGAGTCGTGAGTTAGAGAAGCAACTAATCTTTGGATGGGGTATTA
CGGGAAAGATGTTGCTTTATATCTCTAGTGATTACACTAAACATGTTTGTTGAGCGTGTG
TATATATACTTTTATATTGTATTGTTATCCTGATTATATTCCGGCTGAGTGAGGCCAGTT
CTTCATAACCTATTATGTAAACCTTCTTCTTTTTCTCCAATCCTTGTAGTACTGAACGC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL6595Contig1 1062 2 4 U
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AGAAACAGTTGGAGTGGTTGATCTTGGTGGGGGCTCTGTTCAAATGGCATATGCTATATC
GGAGGAAGATGCTGCAACTGCACCAAAACCACTACAAGGTGAGGATTCTTATGTCAGAGA
AATGTATCTCAAGGGACGGAAGTATTTCCTATATGTTCACAGCTACCTACACTATGGGTT
ATTGGCTGCCCGAGCGGAAATTCTGAAAGTTTCTGAGGGATCTAACAACCCCTGCATTGT
GACCGGCTATGATGGTACTTACAAGTATGGTGGAAAAGAGTTCAAAGCCGCAGCTTCTCC
ACCTGGTGCAAGTCTAGACGAATGCAGGCGAGTAGCTCTTAATTCACTCAAAGTCAATGA
TTCACTGTGTACACACTTGAAATGCACATTCGGTGGAGTATGGAACGGTGGAGGCGGTGG
TGGCCAAAAGAACATGTTTGTTGCATCCTTTTTCTTTGATAGAGCCGCAGAGGCTGGTTT
TGTTGACCGGACACAACCTGTGGCTACGGTTCATCCAGCCGACTTTGAGAAAGCAGCCAG
CCAAGCTTGTACCATGAAATTGGGAGATGGGAAAACGAAGTTCCCACTTGTGGAGGAAGA
CAATCTTCCTTACTTGTGCTTAGATCTCGTATACCAATATACTCTCCTCGTTGATGGATT
CGGATTGAAGCCATCACAGACAATAACGTTAGTGAAGAAAGTGAAGTACGGAGAACACGC
CGTGGAAGCTGCGTGGCCACTAGGAAGCGCCATTGAGGCCGTATCCTCACCATGAGTATA
GTGCCAAGTTTTGGGAATTTGCACAAAACCCATATTATTTTGGATTTCTCCCAGAATCTC
CCCCAATCTTTTCTTTTACTTCAAAATTTTGTTAATCATCATAATCCCTAATTGCTTACT
ATCGATTCGTATTAATATACTTTGGCTTACTATTTTTTTTTGTAAACTAAACTGCAAACG
TGTCGTCGGTTTCGTATAAATGATTCACTTTTTGAATGTTTT


BQ
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AF RR3FC58TF U 1
AF RR3FC58JQ C 404
BS 1 694 RR3FC58TF
BS 695 695 RR3FC58JQ
BS 696 709 RR3FC58TF
BS 710 1062 RR3FC58JQ

RD RR3FC58TF 709 0 0
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AGAAACAGTTGGAGTGGTTGATCTTGGTGGGGGCTCTGTTCAAATGGCATATGCTATATC
GGAGGAAGATGCTGCAACTGCACCAAAACCACTACAAGGTGAGGATTCTTATGTCAGAGA
AATGTATCTCAAGGGACGGAAGTATTTCCTATATGTTCACAGCTACCTACACTATGGGTT
ATTGGCTGCCCGAGCGGAAATTCTGAAAGTTTCTGAGGGATCTAACAACCCCTGCATTGT
GACCGGCTATGATGGTACTTACAAGTATGGTGGAAAAGAGTTCAAAGCCGCAGCTTCTCC
ACCTGGTGCAAGTCTAGACGAATGCAGGCGAGTAGCTCTTAATTCACTCAAAGTCAATGA
TTCACTGTGTACACACTTGAAATGCACATTCGGTGGAGTATGGAACGGTGGAGGCGGTGG
TGGCCAAAAGAACATGTTTGTTGCATCCTTTTTCTTTGATAGAGCCGCAGAGGCTGGTTT
TGTTGACCGGACACAACCTGTGGCTACGGTTCATCCAGCCGACTTTGAGAAAGCAGCCAG
CCAAGCTTGTACCATGAAATTGGGAGATGGGAAAACGAAGTTCCCACTTGTGGAGGAAGA
CAATCTTCCTTACTTGTGCTTAGATCTCGTATAC*AATATACTCTCCTC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3FC58JQ 659 0 0
TCACTCAAAGTCAATGATTCACTGTGTACACACTTGAAATGCACATTCGGTGGAGTATGG
AACGGTGGAGGCGGTGGTGGCCAAAAGAACATGTTTGTTGCATCCTTTTTTTTTGATAGA
GCCGCAGAGGCTGGTTTTGTTGACCGGACACAACCTGTGGGTACGGTTCATCCAGCCGAC
TTTGAGAAAGCAGCCAGCCAAGCTTGTACCATGAAATTGGGAGATGGGAAAACGAAGTTC
CCACTTGTGGAGGAAGACAATCTTCCTTACTTGTGCTTAGATCTCGTATACCAATATACT
CTCCTCGTTGATGGATTCGGATTGAAGCCATCACAGACAATAACGTTAGTGAAGAAAGTG
AAGTACGGAGAACACGCCGTGGAAGCTGCGTGGCCACTAGGAAGCGCCATTGAGGCCGTA
TCCTCACCATGAGTATAGTGCCAAGTTTTGGGAATTTGCACAAAACCCATATTATTTTGG
ATTTCTCCCAGAATCTCCCCCAATCTTTTCTTTTACTTCAAAATTTTGTTAATCATCATA
ATCCCTAATTGCTTACTATCGATTCGTATTAATATACTTTGGCTTACTATTTTTTTTTGT
AAACTAAACTGCAAACGTGTCGTCGGTTTCGTATAAATGATTCACTTTTTGAATGTTTT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL6596Contig1 1028 2 2 U
TATCTCAGCCTTGGCAAATGGCAGGAGAGTGCCCTGAAAACACTATTCCAATCAAAAGAA
TAACAAAAGAAGATCTTCTAAGAGTAGATGATATCAATAATTACGGGAAAAAATCGAATA
TCTCTCAGCCTCATCAATTCTATCACCCGAGATATCACTCAAGTTAATGGCCACGAGTAT
GCGATCACATATGTTAATGGTGGTCCTTTCGGCGGAGCCAAAGCACAGATAAACGTGTGG
AAACCACGGGTCCAAGAAGTAGGAGAATCCAGTTTCTCAGAGATATGGATCGTAGGAGGA
AAATTTGATGCTGGTTTGAACTCAATACAAGCTGGTTCGCATGTCCATCCGGGTCTATAT
GAGAGACAATTATCAGAATACAGGATGCTACAATCTCAGGGGCCCCGGCTTTGTTCAAAT
TAACAAAAGACTCACCCCTGGTTATTTGTTAACACCCATCTCCACCTATAATGGTCCGCA
ATATAAATTTACCATAAAAATATGGAAGGATCCAAAGACAGGAAACTGGTGGTTACAATT
GAATGATCAAGAGTTGATAGGGTATTGGCCAAAAGAGATATTCACAACCCTTGCAAATGG
AGGGGCAAGCGTGATTGAATGGGGTGGTGAAGTGGTGAACAATAAGAAAGACGGACAACA
CACAACCACTGAAATGGGAAGTGGACATTTTCCAAGTGAAGGATTTGGAAAAGCAAGTAC
CTTTGAATTCATCAAAACCATTGATATGAATGGTGGTATAAGAGATCCGGTTGCAGTTAA
AACCTTAGCGAGTCGGCCTACTTGTTACGATATCAAAACTGGTTATGATAATAAACAACA
CCAGTTTTTTTTTTACTATGGTGGTCCTGGTTTTAACCCGAAATGTCATTAGAGATCGAT
CGCATATCTATATATAATTTTAAATAAAATTTGTTAAAGTTGTATTGTGCTCCGGATGGT
TGTGAATGTAGACCAAGTTTACTTCATTCTCTAGAGTTTTTAGTTATATTTAAAAAATAA
CTTTGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX48TF U 1
AF RR3EX48JQ C 357
BS 1 649 RR3EX48TF
BS 650 1028 RR3EX48JQ

RD RR3EX48TF 649 0 0
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TAACAAAAGAAGATCTTCTAAGAGTAGATGATATCAATAATTACGGGAAAAAATCGAATA
TCTCTCAGCCTCATCAATTCTATCACCCGAGATATCACTCAAGTTAATGGCCACGAGTAT
GCGATCACATATGTTAATGGTGGTCCTTTCGGCGGAGCCAAAGCACAGATAAACGTGTGG
AAACCACGGGTCCAAGAAGTAGGAGAATCCAGTTTCTCAGAGATATGGATCGTAGGAGGA
AAATTTGATGCTGGTTTGAACTCAATACAAGCTGGTTCGCATGTCCATCCGGGTCTATAT
GAGAGACAATTATCAGAATACAGGATGCTACAATCTCAGGGGCCCCGGCTTTGTTCAAAT
TAACAAAAGACTCACCCCTGGTTATTTGTTAACACCCATCTCCACCTATAATGGTCCGCA
ATATAAATTTACCATAAAAATATGGAAGGATCCAAAGACAGGAAACTGGTGGTTACAATT
GAATGATCAAGAGTTGATAGGGTATTGGCCAAAAGAGATATTCACAACCCTTGCAAATGG
AGGGGCAAGCGTGATTGAATGGGGTGGTGAAGTGGTGAACAATAAGAAA

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3EX48JQ 672 0 0
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AAATTAACAAAAGACTCACCCCTGGTTATTTGTTAACACCCATCTCCACCTATAATGGTC
CGCAATATAAATTTACCATAAAAATATGGAAGGATCCAAAGACAGGAAACTGGTGGTTAC
AATTGAATGATCAAGAGTTGATAGGGTATTGGCCAAAAGAGATATTCACAACCCTTGCAA
ATGGAGGGGCAAGCGTGATTGAATGGGGTGGTGAAGTGGTGAACAATAAGAAAGACGGAC
AACACACAACCACTGAAATGGGAAGTGGACATTTTCCAAGTGAAGGATTTGGAAAAGCAA
GTACCTTTGAATTCATCAAAACCATTGATATGAATGGTGGTATAAGAGATCCGGTTGCAG
TTAAAACCTTAGCGAGTCGGCCTACTTGTTACGATATCAAAACTGGTTATGATAATAAAC
AACACCAGTTTTTTTTTTACTATGGTGGTCCTGGTTTTAACCCGAAATGTCATTAGAGAT
CGATCGCATATCTATATATAATTTTAAATAAAATTTGTTAAAGTTGTATTGTGCTCCGGA
TGGTTGTGAATGTAGACCAAGTTTACTTCATTCTCTAGAGTTTTTAGTTATATTTAAAAA
ATAACTTTGATT

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL6597Contig1 1425 2 6 U
GGGATTCTCTCCTCTCCTCTCCACTGCTCTCTCAACAAGAGACTGAAGAGCCAAAAGGAG
ACGACTTTCAATCACACACACACCTCTCTCTCTCTTGCATCCATGGCAATCGCTTCGTGC
TTCTTCTGTGTTCCCACCCCGAACACATCATCATCCATCTCTGCTGAATCGAACCTCTCA
CGTCCTCACCTTTCCTTCTCTCCGAGACTCTCCTCCTCTTCGTCCTTTACCGTAAAGTCC
ATCTCTTTCCACCGCCGCGTCACTGTTTCCCCTCTTTTCTCCTCCTCAATCGACAACGGC
GGCTCCGACAACAACAACAACGGAGGAGACGGAGGGAAGAACAACGGGGATGGAGACGGT
GGTGGTGGCGAGGACAGGGACAGGAACAGGAGCGAGGCGATGATGCTACTGGCCGAGTCC
GGGACGGAGTTGGAGAGTCTTCCCAAGGATCTAGCTGCGGCTATTGAGGCGGGTCGGATT
CCTGGTTCGGTTATCACCCGGTTCCTCGAGCTCCAGAGATCGGCTGTGATGAGGTGGCTG
ATGCAGTTCGCTGGGTTTAGGGAAAGGCTGTTGGCTGACGATCTTTTCTTGGCGAAACTC
GCCATGGAGTGTGGTGTTGGTATCTTCACTAAGACTGCTGCTGAGTATGAAAGGCGTAGA
GAAAACTTCTTCAATGAACTTGAAGTTGTCTTTGCTGATGTGGTGATGGCTATCATTGCC
GATTTCATGTTAGTTTATCTTCCTGCTCCTACTGTGTCTCTTAGACCACCTCTCGCACTT
TCTGCTGGTGGTATATCCAAGTTTTTCCACAACTGCCCAGACAATGCCTTCCAGATTGCT
ATGTCTGGAACCTCGTATTCTCTCTTGCAAAGGTTTGGTGCTATAGCGCGCAATGGGGCT
AAGCTGTTTGCCGTTGGCACCACATCATCGCTGGTGGGTACTGCTGTTACAAATGCATTT
ATAAAAGCAAGAGGAGCCGTGGACAAGACTTCTGATGGCGAAGTCGAGACTGTTCCAATA
CTCTCCACAAGTGTTGCATATGGTGTTTACATGGCAGTTTCTAGCAACCTAAGGTACCAA
GTTTTGGCTGGTGTGGTAGAACAACGTCTCCTGGAGCCAATGCTTCACCAACACAAACTT
GCACTCAGCGCCATGTGTTTCGCTGTTAGAACTGGCAACACTTTCTTGGGTTCCTTATTA
TGGGTGGATTATGCACGTCTCATAGGGATCCAGAAATCTCATTGATGTATCATCATCGTC
AGAAGAAGAAACATGATGAGCTCGATTCTACACATGATCTGCTTTCAACTTATGTATACG
AAACTACATGATTTTCATTTTCAATTGTTTCTGATTTTGATTGTTTGGTCATGTTTCTAC
AAAAACTAGTCAGATGATTCCATGCAAAACAAAGGCTATTTTCAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BI50TF U 1
AF RR3BI50JQ C 565
BS 1 823 RR3BI50TF
BS 824 824 RR3BI50JQ
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BS 850 850 RR3BI50JQ
BS 851 866 RR3BI50TF
BS 867 1425 RR3BI50JQ

RD RR3BI50TF 866 0 0
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CGTCCTCACCTTTCCTTCTCTCCGAGACTCTCCTCCTCTTCGTCCTTTACCGTAAAGTCC
ATCTCTTTCCACCGCCGCGTCACTGTTTCCCCTCTTTTCTCCTCCTCAATCGACAACGGC
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GGTGGTGGCGAGGACAGGGACAGGAACAGGAGCGAGGCGATGATGCTACTGGCCGAGTCC
GGGACGGAGTTGGAGAGTCTTCCCAAGGATCTAGCTGCGGCTATTGAGGCGGGTCGGATT
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ATGCAGTTCGCTGGGTTTAGGGAAAGGCTGTTGGCTGACGATCTTTTCTTGGCGAAACTC
GCCATGGAGTGTGGTGTTGGTATCTTCACTAAGACTGCTGCTGAGTATGAAAGGCGTAGA
GAAAACTTCTTCAATGAACTTGAAGTTGTCTTTGCTGATGTGGTGATGGCTATCATTGCC
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TCTGCTGGTGGTATATCCAAGTTTTTCCACAACTGCCCAGACA*TGCCTTCCAGATTGCT
ATGTCTGGA*CCTCGTATTCTCTCTT

QA 1 866 1 866
DS 

RD RR3BI50JQ 861 0 0
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TTCACTAAGACTGCTGCTGAGTATGAAAGGCGTAGAGAAAACTTCTTCAATGAACTTGAA
GTTGTCTTTGCTGATGTGGTGATGGCTATCATTGCCGATTTCATGTTAGTTTATCTTCCT
GCTCCTACTGTGTCTCTTAGACCACCTCTCGCACTTTCTGCTGGTGGTATATCCAAGTTT
TTCCACAACTGCCCAGACAATGCCTTCCAGATTGCTATGTCTGGAACCTCGTATTCTCTC
TTGCAAAGGTTTGGTGCTATAGCGCGCAATGGGGCTAAGCTGTTTGCCGTTGGCACCACA
TCATCGCTGGTGGGTACTGCTGTTACAAATGCATTTATAAAAGCAAGAGGAGCCGTGGAC
AAGACTTCTGATGGCGAAGTCGAGACTGTTCCAATACTCTCCACAAGTGTTGCATATGGT
GTTTACATGGCAGTTTCTAGCAACCTAAGGTACCAAGTTTTGGCTGGTGTGGTAGAACAA
CGTCTCCTGGAGCCAATGCTTCACCAACACAAACTTGCACTCAGCGCCATGTGTTTCGCT
GTTAGAACTGGCAACACTTTCTTGGGTTCCTTATTATGGGTGGATTATGCACGTCTCATA
GGGATCCAGAAATCTCATTGATGTATCATCATCGTCAGAAGAAGAAACATGATGAGCTCG
ATTCTACACATGATCTGCTTTCAACTTATGTATACGAAACTACATGATTTTCATTTTCAA
TTGTTTCTGATTTTGATTGTTTGGTCATGTTTCTACAAAAACTAGTCAGATGATTCCATG
CAAAACAAAGGCTATTTTCAC

QA 1 861 1 861
DS 



AS 1 2

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TCTACAAATCAGGCAGTAGTGATTATCGTCAAACTTGAACTACTCATCAGTTTCTTCTTC
TTTCTCCTGGGTTTGATTGGCGGACAAAAAGGGAGCTGGATTAGCTTTCTGAATTGAACT
TGGGACCTTTCATCTTGTTCCGGTGTAAGAAGAAGAATAATAGGCTTTTGGTGATTATGG
GATATCTGAATTCTGTTTTGTCATCTTCTAGCCAAGTTCACGCCGGCGACGGACCTGTCA
GCGGCGGCGGCCTCACTCAGAACGGTAAGTTCAGCTATGGATATGCAAGCTCTCCTGGTA
AAAGATCTTCGATGGAGGACTTTTATGAGACTAGAAAACTTTCTTCTTGTATGCGTTTTA
TACCGTTTACTTTAATTGGTATAATGCTAAAAGGAACATGGAGAGTTGGAGGAGTTCTTG
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GGGACGTTGTATCTAACGAGGAAGCTGTTGGGATGATCAAGGCGATAGAAGATCCCGAGG
AAGGTGCAAGAAGACTGATGACGGAAGCTTACCAAAGAGGGAGTGCAGACAACGTAACTT
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GATTTCCCTTTGTGTTTCGCTATTTCATATTTCACCCAAAATAACCAATGAATCTGGGAG
ATTATACATTGTTTTTAAAAATGTCCATCGGGTTCCCTTTTGTTGTTGTTATACATTTTG
GTTACTTGGGCATGTAAAGAAACATAATTCACGACAAGATCAAAAGTTCTCC


BQ
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AF RR3G413TF U 1
AF RR3G413JQ C 193
BS 1 496 RR3G413TF
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RD RR3G413TF 496 0 0
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TGGGACCTTTCATCTTGTTCCGGTGTAAGAAGAAGAATAATAGGCTTTTGGTGATTATGG
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AAAGATCTTCGATGGAGGACTTTTATGAGACTAGAAAACTTTCTTCTTGTATGCGTTTTA
TACCGTTTACTTTAATTGGTATAATGCTAAAAGGAACATGGAGAGTTGGAGGAGTTCTTG
CTGTCTCTCGTGCATT

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3G413JQ 820 0 0
ATC
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GTCAGAACGGTAAGTTCAGCTATGGATATGCAAGCTCTCCTGGTAAAAGATCTTCGATGG
AGGACTTTTATGAGACTAGAAAACTTTCTTCTTGTATGCGTTTTATACCGTTTACTTTAA
TTGGTATAATGCTAAAAGGAACATGGAGAGTTGGAGGAGTTCTTGCTGTTTCTCGTGCAT
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TCTTTTCAGACCAAACAGGAGGAGTAGGTTCCAGCAGCAACATCGATCAGGGTATTATAC
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TTCGCTATTTCATATTTCACCCAAAATAACCAATGAATCTGGGAGATTATACATTGTTTT
TAAAAATGTCCATCGGGTTCCCTTTTGTTGTTGTTATACATTTTGGTTACTTGGGCATGT
AAAGAAACATAATTCACGACAAGATCAAAAGTTCTCC

QA 4 820 4 820
DS 



AS 1 2

CO CL6599Contig1 1086 2 2 U
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CCTTCAAAAAAAGGTTTCAACTTTGTACATCTCCTCTGTATTTAACCTTCTGGGTAACAT
CATTTTCGATCAAAATCAACTGGGTTTCGATCAAATTTAGTTTTTATTTATTTTTTAAAT
AATCCCTACTCGTTCGTCTCTGCTCACTATTCTCGTCAAAGTTCTCTCCTTTAAGCTTGA
GACCATCATCAAACACGAAGGATGACGATTGAAGATGTTACTCCGATTCAGAAGAGAAAC
TCTTCTTCTGCTTCTTCCTCCTCAGACGACGTTGCTGCTCCGTTGCTGCCTAAATCTAAA
GGAGACGAAGTAGCTGCTTACGATGAGTTCAACGGAGCTTCGTTCAGTGGCGCGGTTTTC
AACCTCGCCACGACTATAATCGGTGCTGGCATCATGGCCTTGCCTGCAACGATGAAGATC
TTGGGGCTCGTCCTCGGGATCGCTATGATAGTTGTCATGGCTTTCTTGACCGATGCGTCG
ATCGAGTTCTTGCTTACGTTTAGTAAGATTAAGAGAAGCACGTCTTATGGTGGACTGATG
GGTGATTCTTTTGGGAGGCCTGGGAGGGTTTTGCTTCAGGTTGCTGTGTTGGTTAACAAC
ATTGGTGTTTTGATTGTTTACATGATCATCATTGGTGATGTGTTGGCTGGGAAGACAGAA
GATGGGACTCACCATTATGGTGTCCTTGAAGGTTGGTTCGGTCACCATTGGTGGAACGGG
AGAGCTGCTATTCTTCTCATTACAACTCTTGGTGTCTTTGCTCCCTTGGCTTGCTTCAAG
CGAATCGATTCTTTGAGATTTACATCTGCTTTATCAGTGGCTCTTGCGGTGGTGTTTCTC
GTCATCACAGCGGGTATTTCCATCATGAAGTTGATCAGTGGTGGCGTGGCGATGCCGAGG
TTGCTACCAGATGTTAGTGACCTAACATCCTTCTGGAACCTCTTCACTGTTGTACCTGTT
CTCGTCACCGCGTTCATTTGCCATTACAATGTTCACAGCATACGGACGAGCTTGACGACC
TGCTCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3G655TF U 1
AF RR3FN21TF U 313
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GGTGATTCTTTTG

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DS 

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G
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CTGCTTACGATGAGTTCAACGGAGCTTCGTTCAGTGGCGCGGTTTTCAACCTCGCCACGA
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TCATTTGCCATTACAATGTTCACAGCATACGGACGAGCTTGACGACCTGCTCA

QA 2 774 2 774
DS 



AS 1 2

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TGCTAGTCACTAACGTAGCCGGAGCCGGAAACGTCCAGATGGTCAGTGTTAAAGGAAGCA
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TTCCTAATATATATATTACGTACGTGTCTTTAAAATTAATTCGATACGATTTGGAATTGG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3BS96TF U 1
AF RR3BS96JQ C 413
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TGGCTGGCAAAGTAATGCCAGCAATGGCGGTTATAGTGGTTGCTGCTCTGATGGCGACCA
CAGTGAACGCCAAAATCCCCGGAGTTTACACCGGAGGTCCCTGGATCAACGCTCACGCCA
CTTTCTACGGCGAAGCTGACGCTTCAGGGACTATGGGTGGTGCGTGCGGGTACGGAAACT
TATATAGCCAAGGTTACGGTGTGAACACGGCGGCTTTAAGCACGGCCTTGTTCAACAATG
GTCTGAGTTGTGGTGCTTGCTTTGAGCTCAAATGTGTTAATGATCCAGGCTGGTGTCTTC
CAGGAAACCCATCAATCCTTATCACCGCTACTAATTTCTGTCCGCCTAACTTTGCTCAAT
CTAGCGACAATGGTGGTTGGTGTAACCCTCCGCGTGAGCACTTTGATCTCGCTATGCCTA
TGTTCCTATCCATTGCCAAGTATAAGGCCGGTATCGTCCCCGTCTCTTACCGCAGGGTTC
CATGTAGGAAGAAAGGAGGTATGAGATTCACTATTAATGGATCCAAGTACTTCAACTTGG
TGCTAGTCACTAACGTAGCCGGAGCCGGAAACGTCCAGATGGTCAGTGTTAAAGGAAGCA
AC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3BS96JQ 794 0 0
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TATGCCTATGTTCCTATCCATTGCCAAGTATAAGGCCGGTATCGTCCCCGTCTCTTACCG
CAGGGTTCCATGTAGGAAGAAAGGAGGTATGAGATTCACTATTAATGGATCCAAGTACTT
CAACTTGGTGCTAGTCACTAACGTAGCCGGAGCCGGAAACGTCCAGATGGTCAGTGTTAA
AGGAAGCAACACAGGTTGGTTAGGTCTTAGCCGTAATTGGGGACAAAACTGGCAATCAAA
CGCAATTCTGGTCGGCCAATCTCTTTCTTTCCGAGTCAAAACCTCCGATGGCCGAAGCTC
CACCTCCAACAACATCGTTCCCAGTAACTGGCAATTTGGTCAGACTTTCTCCGGCAAGAA
CTTCCGCGTCTGATTTCTAGAAGATAAAACAATAATCTGCTGAAGATATATTTGAAGATT
TTTTTTTCTTCCTAATATATATATTACGTACGTGTCTTTAAAATTAATTCGATACGATTT
GGAATTGGGATTCCTACCAATTTTCCCTTATTTTCTCAGGGGAAGTATTTGGGTTGCTTC
GTTTGGAAGTTAGGTTCTCTTTAAAAACATTTTTTAGACTTTGTGTTTTGTTTTTGGTGT
GTTATGTCTTGTTTGGTTCTGTAGAGAGGTTGAAGCGGCTTCAAAAAGAAAGGGTCGGAA
TAAAGATAATTGTAGCCCGCAGCTCTCTCTCTTTTACGCTCTGATCATTGTATTAAGTAT
ATATCTATGATATT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL6601Contig1 297 2 2 U
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CGCATAAATTAAGAAGATGAAAGAAAGAGATTCAGAGAGTTTTGAATCTCTCTCCCAAGT
TCTCCAAACACTTCAAATTCGGCACGCATGATCCAGATGTCCATTGCCAACTCAGGTTCA
GCTGCACCCGCACCTGCCGGTCAAGACCGGTCAAAGTGGCTGCTTGACTGCCCTGAACCA
CCAAGCCCGTGGAATGAGCTTAAGACCCAAGTCAAAGAATCTTACCTAACCAAAGCC


BQ
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AF RR3HB68JQ C 1
AF RR3HB68TF U 6
BS 1 5 RR3HB68JQ
BS 6 297 RR3HB68TF

RD RR3HB68JQ 297 0 0
GGATCCACACACTTTGAATGCTCAGTCATAGCTCTTCATAGGTATAGCCTTCCACGCAAC
CGCATAAATTAAGAAGATGAAAGAAAGAGATTCAGAGAGTTTTGAATCTCTCTCCCAAGT
TCTCCAAACACTTCAAATTCGGCACGCATGATCCAGATGTCCATTGCCAACTCAGGTTCA
GCTGCACCCGCACCTGCCGGTCAAGACCGGTCAAAGTGGCTGCTTGACTGCCCTGAACCA
CCAAGCCCGTGGAATGAGCTTAAGACCCAAGTCAAAGAATCTTACCTAACCAAAGCC

QA 1 297 1 297
DS 

RD RR3HB68TF 292 0 0
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AAATTAAGAAGATGAAAGAAAGAGATTCAGAGAGTTTTGAATCTCTCTCCCAAGTTCTCC
AAACACTTCAAATTCGGCACGCATGATCCAGATGTCCATTGCCAACTCAGGTTCAGCTGC
ACCCGCACCTGCCGGTCAAGACCGGTCAAAGTGGCTGCTTGACTGCCCTGAACCACCAAG
CCCGTGGAATGAGCTTAAGACCCAAGTCAAAGAATCTTACCTAACCAAAGCC

QA 1 292 1 292
DS 



AS 1 2

CO CL6602Contig1 1205 2 2 U
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GGACAGAGGGTATTTGATCGGATGCGTGAGCGTGATGTTGTATCTTGGAACTCCTTGATA
TCAAGCTATGGCGTTCATGGATATGGAAGGAAAGCAATTCAAATATTCGAAGAGATGCTC
GCCATTGGGGCTTCCCCAACCCCTGTAACATTTGTCAGCGTTTTGGGAGCTTGCAGCCAC
GAGGGACTTGTTGAGGAGGGAAAAAGGCTGTTTGAGTCGATGTGGAGAGACCATGGGATA
AAACCACAAGTCGAGCATTATGCTTGTATGGTTGATCTGTTAGGTCGGGCGAATAGGTTA
GACGAGGCAGCAAAGATGGTACAAGACATGAGGAGTGAGCCAGGGCCTAAGGTTTGGGGT
TCCCTTCTTGGATCTTGTAGAATTCACGGTAACGTTGAGCTGGCGGAGCGTGCGAGTAGA
AGGCTTTTTGCTCTTGAGCCGAAAAATGCAGGGAACTATGTGCTGTTGGCAGACATTTAC
GCAGAAGCTCAGATGTGGGATAAGGTTAAGAAAGTGAAGAAGCTTCTAGAATACAGAGGA
CTGCAGAAGCTGCCTGGTCGGTGCTGGATGGAAGTGAGGAGGAAAATGTACTCGTTTGTC
TCGGTGGATGAGTTCAATCCTCTAATGGAACAGATTCATGCTCTCTTGGTTAAGTTAGCA
GAAGATATGAAGGAGAAAGGGTACATACCGCAGACCAAAGGCGTGTTGTATGATCTTGAG
ACGGAAGAGAAAGAGCGGATAGTGTTGGGACACAGTGAGAAACTGGCGTTGGCGTTTGGG
CTGATAAATACAGCGAAAGGAGAACCGATAAGGATCACCAAGAACTTGCGTTTGTGTGAG
GACTGTCACTTGTTTACGAAGTTCATCTCAAAGTTTATGGAAAAAGAGATTTTGGTAAGA
GATGTGAACCGGTTTCATCGGTTTAAGAATGGTGTTTGTTCTTGTGGAGATTACTGGTAA
CACTTAGGGGTTTATACGTTTGCTTGTGAATAATGAGCAAGGGAGAGATGTCCACTTGAG
CTCCCTCTTGGACCTAATCAGGCCAAAGAAATGACAAGCAGGTTAGGCTTTACAAAATTT
TCATGTAATATATGCCAACAATATCTGTTGGGGATCATTGATTGTTATAGCATACGTATT
GTACC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3C812TF U 1
AF RR3C812JQ C 437
BS 1 729 RR3C812TF
BS 730 1205 RR3C812JQ

RD RR3C812TF 729 0 0
GTATTGCCTGTCATCAGTGCTCTTGTGACAATGTATGGTAGATGCGGTAGGCTCGAGGTG
GGACAGAGGGTATTTGATCGGATGCGTGAGCGTGATGTTGTATCTTGGAACTCCTTGATA
TCAAGCTATGGCGTTCATGGATATGGAAGGAAAGCAATTCAAATATTCGAAGAGATGCTC
GCCATTGGGGCTTCCCCAACCCCTGTAACATTTGTCAGCGTTTTGGGAGCTTGCAGCCAC
GAGGGACTTGTTGAGGAGGGAAAAAGGCTGTTTGAGTCGATGTGGAGAGACCATGGGATA
AAACCACAAGTCGAGCATTATGCTTGTATGGTTGATCTGTTAGGTCGGGCGAATAGGTTA
GACGAGGCAGCAAAGATGGTACAAGACATGAGGAGTGAGCCAGGGCCTAAGGTTTGGGGT
TCCCTTCTTGGATCTTGTAGAATTCACGGTAACGTTGAGCTGGCGGAGCGTGCGAGTAGA
AGGCTTTTTGCTCTTGAGCCGAAAAATGCAGGGAACTATGTGCTGTTGGCAGACATTTAC
GCAGAAGCTCAGATGTGGGATAAGGTTAAGAAAGTGAAGAAGCTTCTAGAATACAGAGGA
CTGCAGAAGCTGCCTGGTCGGTGCTGGATGGAAGTGAGGAGGAAAATGTACTCGTTTGTC
TCGGTGGATGAGTTCAATCCTCTAATGGAACAGATTCATGCTCTCTTGGTTAAGTTAGCA
GAAGATATG

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3C812JQ 769 0 0
GTAGAATTCACGGTAACGTTGAGCTGGCGGAGCGTGCGAGTAGAAGGCTTTTTGCTCTTG
AGCCGAAAAATGCAGGGAACTATGTGCTGTTGGCAGACATTTACGCAGAAGCTCAGATGT
GGGATAAGGTTAAGAAAGTGAAGAAGCTTCTAGAATACAGAGGACTGCAGAAGCTGCCTG
GTCGGTGCTGGATGGAAGTGAGGAGGAAAATGTACTCGTTTGTCTCGGTGGATGAGTTCA
ATCCTCTAATGGAACAGATTCATGCTCTCTTGGTTAAGTTAGCAGAAGATATGAAGGAGA
AAGGGTACATACCGCAGACCAAAGGCGTGTTGTATGATCTTGAGACGGAAGAGAAAGAGC
GGATAGTGTTGGGACACAGTGAGAAACTGGCGTTGGCGTTTGGGCTGATAAATACAGCGA
AAGGAGAACCGATAAGGATCACCAAGAACTTGCGTTTGTGTGAGGACTGTCACTTGTTTA
CGAAGTTCATCTCAAAGTTTATGGAAAAAGAGATTTTGGTAAGAGATGTGAACCGGTTTC
ATCGGTTTAAGAATGGTGTTTGTTCTTGTGGAGATTACTGGTAACACTTAGGGGTTTATA
CGTTTGCTTGTGAATAATGAGCAAGGGAGAGATGTCCACTTGAGCTCCCTCTTGGACCTA
ATCAGGCCAAAGAAATGACAAGCAGGTTAGGCTTTACAAAATTTTCATGTAATATATGCC
AACAATATCTGTTGGGGATCATTGATTGTTATAGCATACGTATTGTACC

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL6603Contig1 801 2 1 U
GGACGTGTCGGCTTACTCGCCACTCGCCCTCTCAGATTACATTTGAGTCAAGCTGCTGCT
GATCTGTGTGATTCCAAAGCGGGTGCTGAGCTTTTGGACATCATCCGTAGGAAGGAGGAG
AATGGTACAATAGGGCAGTTACTACTACCTTCATCGCCACCGTACTTTCCCGGTTCTCCC
CCGAGCAGAGCAGCGAACCCGTTAGCCCAAGATGCACGCTTTCGTGACGGCGAGAAGCTC
AACTACCCACTCGCTTCACCCAACTCTCCTTTCCTTCAGCCCGGTTCATCATCAACCGGC
TTCCCTTATCCATCACCATCAACATCTTCGTCGTCGTCTCGTGGTTGCGCTCGAATGAAA
TTTGGGCTCAAACCACCTGCAGTTAGAGTAGAAGGGTTCGATTGCTTGAACCGTGGCCGC
CAGAGCTCCAGCATCCCCGCCATGGCTTAGTAGACCAAAGCCAACAAAAAAAATAAGTGT
ATATAAAGAGAGATTCCGGAGTCGTTTCGTTCGTTCACAAAGGCCCTAACAGAGAGAGAA
GGATTTGATTACTAGTGTTACTACTACATTTTTGAATCAAATGAATATGTGATATCTATT
TAGTGTTTTCTTTTTTTCATCTTCTCCTGAGAGAGAGAGAGGGAGGATGAAGATGAAGAT
CAGTCACCGTTTTGTTTATACATTAATAATTAAAGAGAAGATTAGAAGAAGAATCTGTAA
AATTTTATCTTGGAAAAGAGGTCTGGTTTGTATCTTTTTCCTTTTGATTTCGTTGTAATA
TAAAATTATCTTCTTTACACC


BQ
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AF RR3BE81JQ C 1
AF RR3BE81TF U 1
BS 1 801 RR3BE81TF

RD RR3BE81JQ 801 0 0
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AACTACCCACTCGCTTCACCCAACTCTCCTTTCCTTCAGCCCGGTTCATCATCAACCGGC
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GGATTTGATTACTAGTGTTACTACTACATTTTTGAATCAAATGAATATGTGATATCTATT
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CAGTCACCGTTTTGTTTATACATTAATAATTAAGGAGAAGATTAGAAGAAGAATCTGTAA
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TAAAATTATCTTCTTTACACC

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3BE81TF 801 0 0
GGACGTGTCGGCTTACTCGCCACTCGCCCTCTCAGATTACATTTGAGTCAAGCTGCTGCT
GATCTGTGTGATTCCAAAGCGGGTGCTGAGCTTTTGGACATCATCCGTAGGAAGGAGGAG
AATGGTACAATAGGGCAGTTACTACTACCTTCATCGCCACCGTACTTTCCCGGTTCTCCC
CCGAGCAGAGCAGCGAACCCGTTAGCCCAAGATGCACGCTTTCGTGACGGCGAGAAGCTC
AACTACCCACTCGCTTCACCCAACTCTCCTTTCCTTCAGCCCGGTTCATCATCAACCGGC
TTCCCTTATCCATCACCATCAACATCTTCGTCGTCGTCTCGTGGTTGCGCTCGAATGAAA
TTTGGGCTCAAACCACCTGCAGTTAGAGTAGAAGGGTTCGATTGCTTGAACCGTGGCCGC
CAGAGCTCCAGCATCCCCGCCATGGCTTAGTAGACCAAAGCCAACAAAAAAAATAAGTGT
ATATAAAGAGAGATTCCGGAGTCGTTTCGTTCGTTCACAAAGGCCCTAACAGAGAGAGAA
GGATTTGATTACTAGTGTTACTACTACATTTTTGAATCAAATGAATATGTGATATCTATT
TAGTGTTTTCTTTTTTTCATCTTCTCCTGAGAGAGAGAGAGGGAGGATGAAGATGAAGAT
CAGTCACCGTTTTGTTTATACATTAATAATTAAAGAGAAGATTAGAAGAAGAATCTGTAA
AATTTTATCTTGGAAAAGAGGTCTGGTTTGTATCTTTTTCCTTTTGATTTCGTTGTAATA
TAAAATTATCTTCTTTACACC

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 2

CO CL6604Contig1 692 2 3 U
CTTGTGAAATGAATATAACTCGGTTTCTATGCACAACACATGCCTCAGCAAATGATACAA
AATAATTATGATTCTTTTGTTTGTGCAACTAAGTACTGCTGCAAATGGCTGTTTCTCTTC
TTGTTCTTGAGCTTCCTGAAAGCAGAAGACTCGATCTGCCTCACTCTCTCCCGGCTCACA
CCCATCGTCTCACCGATCTCTTGCAACGTCTTTATCCTCCCATCCTCCATCCCAAATCTC
CAGCGTATCACCTGCTTCTCCCTCGTACCCAACGAGTCCAGTACTTTGTCCAAGTCCTGC
CTCATGAACTGCTTCATCAGTATATCCTCTGAGGTTTCTGCCTCAGGGTCTGATATCACT
TCCGAAGGTTTGAGGTTTAAATTGATTCCGATCTTCTGGTCTAGCGACCTCGGAGGCTTA
GGAAAAAGTAAAACCGCCATGAGCCTCTTCATCGACAACCCAGTAGCCTCAGCAACTTCT
TCATTCTTTGGTTGCTTACCTGTTTCACTATACAGTTGCTTTCTTGCCTCTTTCACCCTG
TACGTTGCTTCCACCATGTGAAAAGGCAATCTTATCATTCTGGACTGATCAGAGAGAGAC
TTCCTCACTGCTTGCTTGATCCACCAATGTGCATAAGTTGAAAATTTAAATCCCTTCGTA
GCATCAAACTTCTCTGCTCCCCTCACCAGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AS07JQ U 157
AF RR3AS07TF C 1
BS 1 156 RR3AS07TF
BS 157 465 RR3AS07JQ
BS 466 692 RR3AS07TF

RD RR3AS07JQ 309 0 0
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CTCCCATCCTCCATCCCAAATCTCCAGCGTATCACCTGCTTCTCCCTCGTACCCAACGAG
TCCAGTACTTTGTCCAAGTCCTGCCTCATGAACTGCTTCATCAGTATATCCTCTGAGGTT
TCTGCCTCAGGGTCTGATATCACTTCCGAAGGTTTGAGGTTTAAATTGATTCCGATCTTC
TGGTCTAGCGACCTCGGAGGCTTAGGAAAAAGTAAAACCGCCATGAGCCTCTTCATCGAC
AACCCAGTA

QA 1 309 1 309
DS 

RD RR3AS07TF 692 0 0
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AATAATTATGATTCTTTTGTTTGTGCAACTAAGTACTGCTGCAAATGGCTGTTTCTCTTC
TTGTTCTTGAGCTTCCTGAAAGCAGAAGACTCGATCTGCCTCACTCTCTCCCGGCTCACA
CCCATCGTCTCACCGATCTCTTGCAACGTCTTTATCCTCCCATCCTCCATCCCAAATCTC
CAGCGTATCACCTGCTTCTCCCTCGTACCCAACGAGTCCAGTACTTTGTCCAAGTCCTGC
CTCATGAACTGCTTCATCAGTATATCCTCTGAGGTTTCTGCCTCAGGGTCTGATATCACT
TCCGAAGGTTTGAGGTTTAGATTGATTCCGATCTTCTGGTCTAGCGACCTCGGAGGCTTA
GGAGAGAGTAGAACCGCCATGAGCCTCTTCATCGACAACCCAGTAGCCTCAGCAACTTCT
TCATTCTTTGGTTGCTTACCTGTTTCACTATACAGTTGCTTTCTTGCCTCTTTCACCCTG
TACGTTGCTTCCACCATGTGAAAAGGCAATCTTATCATTCTGGACTGATCAGAGAGAGAC
TTCCTCACTGCTTGCTTGATCCACCAATGTGCATAAGTTGAAAATTTAAATCCCTTCGTA
GCATCAAACTTCTCTGCTCCCCTCACCAGCCC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL6605Contig1 1152 2 12 U
GATAAACCTGTGTTTCCACTTCGAAGTAGAACAGCAAGTGAACGGAGTGTTTCTCAACTT
CCTCGGTTTCAACGGAACCGCAGGAGTCTGGAGGATCAAAGCATTGGAAGAATCAGGCGG
GTGGCTCGAGAGAACCGCTGTTGAAGACATGGATATCGCGGTCAGAGTGCATCTCAACGG
TTGGAAATTCATTTACCTCAATGACGTTGAAGTCACTTGCGAGTTGCCTGAGTCTTATGA
AGCTTACAAGAAGCAGCAACATCGTTGGCATTCCGGTCCTATGCAACTTTTCCGGTTATG
CCTTCCTTCTATCATCAAATCAAAGATATCAGTAGGGAAGAAGGCAAATCTGATCTTCCT
CTTCTTTCTTCTAAGGAAGCTTATTCTGCCCTTTTACTCATTCACACTCTTCTGCATCAT
ACTTCCACTAACAATGTTCATACCTGAAGCTGAGCTTCCTTTGTGGATCATCTGTTATGT
TCCTATCTTCATTTCTCTCCTCAACATCCTCCCCTCACCAAAATCTTTCCCTTTCTTGAT
CCCTTACCTCCTTTTCGAGAACACAATGTCCATAACCAAGTTCAACGCCATGATCTCTGG
GTTGTTCCAGCTTGGATCGGCTTACGAGTGGGTCGTGACCAAGAAGACTGGAAGATCATC
TGAATCCGACTTGCTAGCGTTCGCTGAAAAGGAAGAGAAACTGCATAGGAGGAACTCTGA
GTCAGGTTTGGAGCTTCTGAGCAAACTCAAGGATCAAGAGATGAATCTTGCGGCACAAGA
AACAACGAAGAAGAGCATTGGAGGGCTAGTGAGGCCGAGTAACAAGATCAAGAAGAGGAA
CATGGTGTTCAAGAAAGAGCTCGGGCTTGCGTTCTTGCTTTTAACCGCAGCTGCAAGGAG
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GGTTGTAGGGCATTTGATCGGAGAACAGATCAACTAGACACACACAAACACAACGCAAAG
GCAGAGAAGAAGAAGAAGGGAGATAAACCCGTTTATATTCGCTTATTTTTTTGTTTGTTT
TTAAAATTCTTTTCCCTTTCTTACATGTGGGTTTTATACATAATTTTTCAAAAACTTATG
ATGTCCAGTTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DQ14TF U 1
AF RR3DQ14JQ C 425
BS 1 644 RR3DQ14TF
BS 645 645 RR3DQ14JQ
BS 646 693 RR3DQ14TF
BS 694 694 RR3DQ14JQ
BS 695 699 RR3DQ14TF
BS 700 700 RR3DQ14JQ
BS 701 713 RR3DQ14TF
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BS 726 726 RR3DQ14JQ
BS 727 741 RR3DQ14TF
BS 742 1152 RR3DQ14JQ

RD RR3DQ14TF 741 0 0
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CCTCGGTTTCAACGGAACCGCAGGAGTCTGGAGGATCAAAGCATTGGAAGAATCAGGCGG
GTGGCTCGAGAGAACCGCTGTTGAAGACATGGATATCGCGGTCAGAGTGCATCTCAACGG
TTGGAAATTCATTTACCTCAATGACGTTGAAGTCACTTGCGAGTTGCCTGAGTCTTATGA
AGCTTACAAGAAGCAGCAACATCGTTGGCATTCCGGTCCTATGCAACTTTTCCGGTTATG
CCTTCCTTCTATCATCAAATCAAAGATATCAGTAGGGAAGAAGGCAAATCTGATCTTCCT
CTTCTTTCTTCTAAGGAAGCTTATTCTGCCCTTTTACTCATTCACACTCTTCTGCATCAT
ACTTCCACTAACAATGTTCATACCTGAAGCTGAGCTTCCTTTGTGGATCATCTGTTATGT
TCCTATCTTCATTTCTCTCCTCAACATCCTCCCCTCACCAAAATCTTTCCCTTTCTTGAT
CCCTTACCTCCTTTTCGAGAACACAATGTCCATAACCAAGTTCAACGCCATGATCTCTGG
GTTGTTCCAGCTTGGATCGGCTTACGAGTGGGTCGTGACCAAGA*GACTGGAAGATCATC
TGAATCCGACTTGCTAGCGTTCGCTGAAAAGGA*GAGAA*CTGCATAGGAGGA*CTCTGA
GTCAG*TTTGGAGCTTCTGAG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3DQ14JQ 728 0 0
CCACTAACAATGTTCATACCTGAAGCTGAGCTTCCTTTGTGGATCATCTGTTATGTTCCT
ATCTTCATTTCTCTCCTCAACATCCTCCCCTCACCAAAATCTTTCCCTTTCTTGATCCCT
TACCTCCTTTTCGAGAACACAATGTCCATAACCAAGTTCAACGCCATGATCTCTGGGTTG
TTCCAGCTTGGATCGGCTTACGAGTGGGTCGTGACCAAGAAGACTGGAAGATCATCTGAA
TCCGACTTGCTAGCGTTCGCTGAAAAGGAAGAGAAACTGCATAGGAGGAACTCTGAGTCA
GGTTTGGAGCTTCTGAGCAAACTCAAGGATCAAGAGATGAATCTTGCGGCACAAGAAACA
ACGAAGAAGAGCATTGGAGGGCTAGTGAGGCCGAGTAACAAGATCAAGAAGAGGAACATG
GTGTTCAAGAAAGAGCTCGGGCTTGCGTTCTTGCTTTTAACCGCAGCTGCAAGGAGCTTC
CTGTCGGCGCATGGTCTTCACTTCTACTTCTTGCTGTTTCAGGGACTGTTTTTCTTGGTT
GTAGGGCATTTGATCGGAGAACAGATCAACTAGACACACACAAACACAACGCAAAGGCAG
AGAAGAAGAAGAAGGGAGATAAACCCGTTTATATTCGCTTATTTTTTTGTTTGTTTTTAA
AATTCTTTTCCCTTTCTTACATGTGGGTTTTATACATAATTTTTCAAAAACTTATGATGT
CCAGTTTC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL6606Contig1 947 2 4 U
GGGTGTGCTTCAGAACCGTTTTGGATTCTACAAACACTCTGATTGGATCGGGAAGCCGTT
AGGAGCCAAAGTGTTCAGCAACAAGGGAAAATTCGTGTACCTCCTGGCTCCCACTCCCGA
GCTGTGGACGCTGGTGTTGAGCCACAGGACTCAGATTCTCTACATTGCGGATATCAGCTT
CGTGGTGATGTATCTGGAAGTCGTGCCTGGATGTGTTGTTCTCGAGTCAGGGACGGGGAG
CGGTTCGCTTTCCACTTCGCTTGCTCGTGCTGTGGCTCCGACTGGTCATGTGTATTCGTT
TGATTTCCACGAGCAACGAGCTGTCTGTGCAAGGGAAGACTTTGAGAAGACGGGTATCAG
TAGTTTAGTAACTGTGGAGGTTAGAGATATTCAAGGACAAGGGTTTCCCGAGAAACTAGA
GGGTTTGGCTGATTCGGTGTTTCTAGACCTTCCACAGCCTTGGCTCGCGGTTCCTTCTGC
AGCCAAGATGTTAAAGGAGGATGGAGTTCTCTGCTCTTTCTCGCCTTGCATTGAGCAAGT
TCAACGTACTTGTGAAGTCCTCAGATCAGATTTCATTGAGATACGGACTTTTGAGGTGCT
TCTTAGAACATACGAAGTGAAGGAAACGAAAGTGGAGACTGGTGCTGTGATTGGTGAGAA
CCACGATGAGAAGGAGAATGGAGGACAGAGACCAAGCAAGAGAAAGCACGTTTCAAACGA
AGACGACTACGCCGTTTCACACGACAACAACTCTTCTACTGCTGCTACTTCTGTCGTTAT
GGCTCGGCCATGTAGCGAGGCGAGAGGTCACACAGGCTATTTAACGTTCGCTAGACTACA
GTGCCTATCTTAAGATACTTCCAAGATTTTTATCATGTTGTCACTCACTAGCACAATTGT
TTGTGATTTTGAATGTTGTAATGCAAATTTTGAATTTCAGTTTTGGC


BQ
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AF RR3E482TF U 1
AF RR3E482JQ C 341
BS 1 622 RR3E482TF
BS 623 623 RR3E482JQ
BS 624 639 RR3E482TF
BS 640 947 RR3E482JQ

RD RR3E482TF 639 0 0
GGGTGTGCTTCAGAACCGTTTTGGATTCTACAAACACTCTGATTGGATCGGGAAGCCGTT
AGGAGCCAAAGTGTTCAGCAACAAGGGAAAATTCGTGTACCTCCTGGCTCCCACTCCCGA
GCTGTGGACGCTGGTGTTGAGCCACAGGACTCAGATTCTCTACATTGCGGATATCAGCTT
CGTGGTGATGTATCTGGAAGTCGTGCCTGGATGTGTTGTTCTCGAGTCAGGGACGGGGAG
CGGTTCGCTTTCCACTTCGCTTGCTCGTGCTGTGGCTCCGACTGGTCATGTGTATTCGTT
TGATTTCCACGAGCAACGAGCTGTCTGTGCAAGGGAAGACTTTGAGAAGACGGGTATCAG
TAGTTTAGTAACTGTGGAGGTTAGAGATATTCAAGGACAAGGGTTTCCCGAGAAACTAGA
GGGTTTGGCTGATTCGGTGTTTCTAGACCTTCCACAGCCTTGGCTCGCGGTTCCTTCTGC
AGCCAAGATGTTAAAGGAGGATGGAGTTCTCTGCTCTTTCTCGCCTTGCATTGAGCAAGT
TCAACGTACTTGTGAAGTCCTCAGATCAGATTTCATTGAGATACGGACTTTTGAGGTGCT
TCTTAGAACATACGAAGTGAAG*AAACGAAAGTGGAGAC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3E482JQ 607 0 0
TTTGAGAAGACGGGTATCAGTAGTTTAGTAACTGTGGAGGTTAGAGATATTCAAGGACAA
GGGTTTCCCGAGAAACTAGAGGGTTTGGCTGATTCGGTGTTTCTAGACCTTCCACAGCCT
TGGCTCGCGGTTCCTTCTGCAGCCAAGATGTTAAAGGAGGATGGAGTTCTCTGCTCTTTC
TCGCCTTGCATTGAGCAAGTTCAACGTACTTGTGAAGTCCTCAGATCAGATTTCATTGAG
ATACGGACTTTTGAGGTGCTTCTTAGAACATACGAAGTGAAGGAAACGAAAGTGGAGACT
GGTGCTGTGATTGGTGAGAACCACGATGAGAAGGAGAATGGAGGACAGAGACCAAGCAAG
AGAAAGCACGTTTCAAACGAAGACGACTACGCCGTTTCACACGACAACAACTCTTCTACT
GCTGCTACTTCTGTCGTTATGGCTCGGCCATGTAGCGAGGCGAGAGGTCACACAGGCTAT
TTAACGTTCGCTAGACTACAGTGCCTATCTTAAGATACTTCCAAGATTTTTATCATGTTG
TCACTCACTAGCACAATTGTTTGTGATTTTGAATGTTGTAATGCAAATTTTGAATTTCAG
TTTTGGC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

CO CL6607Contig1 1394 2 2 U
GGACAGTCATTAGGCTCATAACTAAGTACAATATTGGTACACCATACAAACAAGAAAGAG
AAACCATTGAAAAAAAGAAAGAAAGAAAGGACAGATCAAATGGAGAGTGAGAAAATGTGG
GGAGGCCTAATGAATAGAGTGAAACCATACTTAGCAATGATATCTATGCAATTTGGTTAT
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ATCATCTTATAGTT


BQ
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BS 1 859 RR3B622TF
BS 860 1394 RR3B622JQ

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AAATTCGGTGGTGGTGGAGGAGGAGGCGGTGACGGTGCAGGAGGACCTCACGGTGGTGCA
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GCTTGGAAAATCGGCTTCGACTCCAATCTCTTCGCCGCCGCTTACTCCGGGGTTATATGT
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AS 0 0

AS 1 2

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GGATTCGAATAAAGGCAGAAAGCAAAAGATATTGATTTCTCTTTTGAGATCTAAAAGCAA
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BQ
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AF RR3EM04TF U 1
AF RR3EM04JQ C 501
BS 1 754 RR3EM04TF
BS 755 934 RR3EM04JQ

RD RR3EM04TF 754 0 0
GGACTCTTGAAAATGAATTAGCCGAAATTAGATTATAGAAATACAGATATGATAAAAATA
ATATTTAAAGGGTTCTCCGCATTCGAATCTCAACCATCAGAACAAAACATCTCAATTCTA
GGATTCGAATAAAGGCAGAAAGCAAAAGATATTGATTTCTCTTTTGAGATCTAAAAGCAA
AAGGAAGAAGGTAAAAAAAAAGAGAGAGAACAATGGCGTTTACAGGGACACTAGACAAAT
GCAAGGCATGTGACAAGACTGTATACCTTATGGATTTGATGACGTTGGAAGGAATGCCTT
ACCACAAGTCATGCTTCAGGTGCAGCCATTGCAATGGCACTCTCGTGATTAGCAACTACT
CATCCATGGATGGAGTTTTGTATTGCAAGCCACATTTTGAACAGCTCTTCAAAGAATCTG
GAAACTTCAGCAAGAATTTTCAGACAGGAAAGACCGAAAAATCAAATGAAGCGACGAGGG
CTCCAAGCAAGCTATCCTCCTTCTTTAGCGGAACACAAGACAAATGTGCGGCTTGTAAGA
AGACTGTTTATCCCCTAGAGAAGATCACACTGGAAGGAGAATCTTACCACGAGACTTGCT
TTAAATGTGCAACCGGTGGCTGTCCATTAACACACTCCTCATACGCTGCTCTCAATGGTA
TCCTTTACTGTAAAGTTCATTTCAGTCAGCTTTTCCTTGAGAAAGGTAACTACAATCATG
TCCTCCAAGCCGCTGCTAACCACCGACGCACACC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3EM04JQ 434 0 0
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AAGATCACACTGGAAGGAGAATCTTACCACGAGACTTGCTTTAAATGTGCAACCGGTGGC
TGTCCATTAACACACTCCTCATACGCTGCTCTCAATGGTATCCTTTACTGTAAGGTTCAT
TTCAGTCAGCTTTTCCTTGAGAAAGGTAACTACAATCATGTCCTCCAAGCCGCTGCTAAC
CACCGACGCACACCTGAGGAAGACAAAATCGAGCCTAACGAAAATGAAGCAACCCCTAAA
GAAGAAGAAGACACTTCCGATGCAGTCCCTGAAGAACATGAGTCCTAAAATAACCGGAGG
AAAAGAAAAGCTTTCTTTGTGAAATGTAAAATCATATAATCCTATATTTGTAAAGTATTT
ATTATAACATGTAG

QA 1 434 1 434
DS 



AS 1 2

CO CL6610Contig1 815 2 2 U
GGGTTGTCTTCTTCTCAAACATATCTCAACTTATCGTTTGAAACTAAAAAAGAAGAGACC
ACCAAACAAAAACAAAAATGGCGTCCAAAACCATCTTCTTCTCTTTCTTAGTCGTCTCCG
CCGTGTGTTTGTCCACTCTCGCCGGTTTAGCCGCCGCCGATGCTGACGATTTTGACCTCT
TCCAGATTCAGGGATCTGTTTACTGTGACACCTGCCGTGTCCAATTCGTTACCCGTCTCA
GCAAATTCCTCGAAGGTGCGAAAGTGAAGTTGGAGTGCAGGAGCAGAACAAACGGAACCC
TAACGTTGACTAAAGAAGCCATTACCGACAAATCAGGAAGCTACAAGATTGAAGTAACCG
GTGACCACGAAGAAGAACTTTGCGAGCTCGTGTTGGTCCAATCACCAGACAGTGGTTGCA
GTGACGTCAGCAAAGATGCCTACTTACGTAACGCCGCTAAGATCAGTTTAACAGCGAATG
ACGGAATTGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTAACCCTCTCGGTTTCATGGTTAAGACGC
CATTAGCCGATTGTCCCGCTGCTTTCAAGGAGCTCGGTATTGTCCCTGACGTCACCTTTT
AAGGGAAGAAAGAAAATATATTACGTCAGAGATATATATTTTTACTTGCTTAATCTTGAA
GGGTTTTCCGTCAAGTTTATCAATGATTTATTATTATGAATTAATATTTACATCATTTAT
TGAGGTTAAATTCTCGCTTTTTGTTTTTGTTTAATTTGAATTGTGAGCCATACTTGGGTT
GTTATACAATGATGAGGACATTATCATTTATTACT


BQ
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AF RR3EJ60TF U 1
AF RR3EJ60JQ C 268
BS 1 573 RR3EJ60TF
BS 574 815 RR3EJ60JQ

RD RR3EJ60TF 573 0 0
GGGTTGTCTTCTTCTCAAACATATCTCAACTTATCGTTTGAAACTAAAAAAGAAGAGACC
ACCAAACAAAAACAAAAATGGCGTCCAAAACCATCTTCTTCTCTTTCTTAGTCGTCTCCG
CCGTGTGTTTGTCCACTCTCGCCGGTTTAGCCGCCGCCGATGCTGACGATTTTGACCTCT
TCCAGATTCAGGGATCTGTTTACTGTGACACCTGCCGTGTCCAATTCGTTACCCGTCTCA
GCAAATTCCTCGAAGGTGCGAAAGTGAAGTTGGAGTGCAGGAGCAGAACAAACGGAACCC
TAACGTTGACTAAAGAAGCCATTACCGACAAATCAGGAAGCTACAAGATTGAAGTAACCG
GTGACCACGAAGAAGAACTTTGCGAGCTCGTGTTGGTCCAATCACCAGACAGTGGTTGCA
GTGACGTCAGCAAAGATGCCTACTTACGTAACGCCGCTAAGATCAGTTTAACAGCGAATG
ACGGAATTGTCTCTCACGAGACACGTATCGTTAACCCTCTCGGTTTCATGGTTAAGACGC
CATTAGCCGATTGTCCCGCTGCTTTCAAGGAGC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3EJ60JQ 548 0 0
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ACAAATCAGGAAGCTACAAGATTGAAGTAACCGGTGACCACGAAGAAGAACTTTGCGAGC
TCGTGTTGGTCCAATCACCAGACAGTGGTTGCAGTGACGTCAGCAAAGATGCCTACTTAC
GTAACGCCGCTAAGATCAGTTTAACAGGGAATGACGGAATTGTTTCTCACGAGACACGTA
TCGTTAACCCTTTCGGTTTCATGGTTAAGACGCCATTAGCCGATTGTCCCGCTGCTTTCA
AGGAGCTCGGTATTGTCCCTGACGTCACCTTTTAAGGGAAGAAAGAAAATATATTACGTC
AGAGATATATATTTTTACTTGCTTAATCTTGAAGGGTTTTCCGTCAAGTTTATCAATGAT
TTATTATTATGAATTAATATTTACATCATTTATTGAGGTTAAATTCTCGCTTTTTGTTTT
TGTTTAATTTGAATTGTGAGCCATACTTGGGTTGTTATACAATGATGAGGACATTATCAT
TTATTACT

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

CO CL6611Contig1 1038 2 2 U
GTGTGATGCAAAAGAAGCGACCGTGAGCTTCTTCAGTGATCATGTTGAGCAACCGCTGCT
TGCCATTAGGGATGAGCTTTTTGATACTTTCCGGAAAAGACACAAGGGTGTCATGGAGGC
TGAAGAAGTGCAGTTAACGCAAGACTCACTGCATAGAATGCTAAGGAATTTCTGCGAGCA
GGCTAAACCTGAAAAGGTATCAGATAATGCAACTGATCAGGAGATGCTGGAAGTTGTTAT
GCACCGGTATGAAAAGGAACTTGTGCACCCTATTCACAACCTCTTTAGCGGAGAGCTTGC
CCGTGGCATGCTAATCCAGGTCCAGAAGCTTAAACTGGATATAGAAACAGCCATGCTTGA
ACTAGAACAGATACTTCGTGCGAATGAAATAAACTTTGCCACTCTAGCTGCATTACCTGC
ATTCTTTCTCACCCTTGGTATACTCGCATTGCTTCGGACATGGGTTAAACAGGATAGCAA
AGCTCAAGGACGTGGAAGAATTGCACGTATCCACAGGAGGCTACTTGTCGTTGAAATTGA
AAAGAGAATTATGCAGTATCAGAGCTACATTGAACAAGGACGTGATAAGGATGCAGAAAC
CGTATTTGGTTTGCTAATATACAGCCTTGAGCGTTTGTACCGGGTTGTTGAGACTCCTGC
AAAAACAAGCGGCGAGTGGGATCTAGTGAAACAAGATCTGATCGAGTTAGGAAGACTACA
ACAGCAAACATCGTACAAGCTAACTGTGACACAGCGTTTGGTAACCGTTTACGATTGCTT
GCTCCCCTCTCTGAAGCTACAATAACCTATCACGGGTGCCTGATCTCCCTTTTGTGGAAA
CCAATTTTATTCAATTATTCCTCCACCAACTCTTGCTTGACTGCCTTTGTGGAATGCCTT
CCTTCTTTTTTTTTTTTTAACTTGAGAAATGGTAAAACAAAGTTACAGTTAGAAGATTGT
TATGAGCTCACCATCTCGTTTTCTCCTTTGTTGTAATTCAACATATCCAAACCTGTTTAT
ATTCTTTGTATTTGATCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO75TF U 1
AF RR3EO75JQ C 282
BS 1 574 RR3EO75TF
BS 575 1038 RR3EO75JQ

RD RR3EO75TF 574 0 0
GTGTGATGCAAAAGAAGCGACCGTGAGCTTCTTCAGTGATCATGTTGAGCAACCGCTGCT
TGCCATTAGGGATGAGCTTTTTGATACTTTCCGGAAAAGACACAAGGGTGTCATGGAGGC
TGAAGAAGTGCAGTTAACGCAAGACTCACTGCATAGAATGCTAAGGAATTTCTGCGAGCA
GGCTAAACCTGAAAAGGTATCAGATAATGCAACTGATCAGGAGATGCTGGAAGTTGTTAT
GCACCGGTATGAAAAGGAACTTGTGCACCCTATTCACAACCTCTTTAGCGGAGAGCTTGC
CCGTGGCATGCTAATCCAGGTCCAGAAGCTTAAACTGGATATAGAAACAGCCATGCTTGA
ACTAGAACAGATACTTCGTGCGAATGAAATAAACTTTGCCACTCTAGCTGCATTACCTGC
ATTCTTTCTCACCCTTGGTATACTCGCATTGCTTCGGACATGGGTTAAACAGGATAGCAA
AGCTCAAGGACGTGGAAGAATTGCACGTATCCACAGGAGGCTACTTGTCGTTGAAATTGA
AAAGAGAATTATGCAGTATCAGAGCTACATTGAA

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3EO75JQ 757 0 0
TCTTTAGCGGAGAGCTTGCCCGTGGCATGCTAATCCAGGTCCAGAAGCTTAAACTGGATA
TAGAAACAGCCATGCTTGAACTAGAACAGATACTTCGTGCGAATGAAATAAACTTTGCCA
CTCTAGCTGCATTACCTGCATTCTTTCTCACCCTTGGTATACTCGCATTGCTTCGGACAT
GGGTTAAACAGGATAGCAAAGCTCAAGGACGTGGAAGAATTGCACGTATCCACAGGAGGC
TACTTGTCGTTGAAATTGAAAAGAGAATTATGCAGTATCAGAGCTACATTGAACAAGGAC
GTGATAAGGATGCAGAAACCGTATTTGGTTTGCTAATATACAGCCTTGAGCGTTTGTACC
GGGTTGTTGAGACTCCTGCAAAAACAAGCGGCGAGTGGGATCTAGTGAAACAAGATCTGA
TCGAGTTAGGAAGACTACAACAGCAAACATCGTACAAGCTAACTGTGACACAGCGTTTGG
TAACCGTTTACGATTGCTTGCTCCCCTCTCTGAAGCTACAATAACCTATCACGGGTGCCT
GATCTCCCTTTTGTGGAAACCAATTTTATTCAATTATTCCTCCACCAACTCTTGCTTGAC
TGCCTTTGTGGAATGCCTTCCTTCTTTTTTTTTTTTTAACTTGAGAAATGGTAAAACAAA
GTTACAGTTAGAAGATTGTTATGAGCTCACCATCTCGTTTTCTCCTTTGTTGTAATTCAA
CATATCCAAACCTGTTTATATTCTTTGTATTTGATCT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL6612Contig1 882 2 2 U
GGACAAGACTGAAACTCCGTTTACCATAGAGAAGAGAGATTGAAATTTTGAAAGGAAGTC
GTCATGGATGTCTCGGGAAGCTTGACCTGCGTCGTCGTGGCGGTAGATGGAAGCGAGGTG
AGCATGGAAGCTCTGAAGTGGGGCTAGACAACCTCAAGCTCTCATCGTCTTCTCCCGATT
CATCATCATCATTCGTCGTCCTACACGTCCAGCCTTCGCCTTCTATCGCCGCCGGAGTCA
ACCCCGGCGCAATCCCCTTCGGTGGTCCCAGTTGAGTCTTCGTTACTACTAAGTTTATGG
ATCCGTTTGTTTGAATTGACTCTGGAAGATTTTGGATGAAGGTGATGTGGAGGTTCCTGC
TTTCGCAGCTGCGATCGAGCAACACCAGAAGAGGATCACGGATGCTATACTCGAGCACGC
TCGTCAAATCTATGCTGATAGATCGGTGAATGTGAAAACGCAAGTGGTTGTTGGAGATCC
CAAGGATAAGATCTGCGAGACTGTTGAGAATTTTAACGCTGATCTACTTGTCTTGGGTTC
TCGTGCTTATGGCCCTATTAAGAGGATGTTTTTGGGAAGTGTAAGCAACTACTGCACCAA
CCACGCTCAGTGTCCTGTTGTGATAATTAAACCCAAAGAGGATTCTCCTGAATGATCAGG
AGATATGTGTGCATATGCAAAGGGGATATCAAACCCATCTTTGTATGTTTGTGAAGCTAT
GGAAGCAAAGCGAAGTATCCAAGGTGTTTTTACATGTTAAGGCATTGGTGTGTGAATGTA
AAATTTAATATCTACAGAAACATTGGGTGCATCATCAGTCTCAGTCTCAGAATATTTGTT
GTACTCAAATACGTGTGTTGTATTCATATTGGTTGGATCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FT09TF U 1
AF RR3FT09JQ C 366
BS 1 678 RR3FT09TF
BS 679 882 RR3FT09JQ

RD RR3FT09TF 678 0 0
GGACAAGACTGAAACTCCGTTTACCATAGAGAAGAGAGATTGAAATTTTGAAAGGAAGTC
GTCATGGATGTCTCGGGAAGCTTGACCTGCGTCGTCGTGGCGGTAGATGGAAGCGAGGTG
AGCATGGAAGCTCTGAAGTGGGGCTAGACAACCTCAAGCTCTCATCGTCTTCTCCCGATT
CATCATCATCATTCGTCGTCCTACACGTCCAGCCTTCGCCTTCTATCGCCGCCGGAGTCA
ACCCCGGCGCAATCCCCTTCGGTGGTCCCAGTTGAGTCTTCGTTACTACTAAGTTTATGG
ATCCGTTTGTTTGAATTGACTCTGGAAGATTTTGGATGAAGGTGATGTGGAGGTTCCTGC
TTTCGCAGCTGCGATCGAGCAACACCAGAAGAGGATCACGGATGCTATACTCGAGCACGC
TCGTCAAATCTATGCTGATAGATCGGTGAATGTGAAAACGCAAGTGGTTGTTGGAGATCC
CAAGGATAAGATCTGCGAGACTGTTGAGAATTTTAACGCTGATCTACTTGTCTTGGGTTC
TCGTGCTTATGGCCCTATTAAGAGGATGTTTTTGGGAAGTGTAAGCAACTACTGCACCAA
CCACGCTCAGTGTCCTGTTGTGATAATTAAACCCAAAGAGGATTCTCCTGAATGATCAGG
AGATATGTGTGCATATGC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3FT09JQ 517 0 0
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AAATTTATGCTGATAGATCGGTGAATGTGAAAACGCAAGTGGTTGTTGGAGATCCCAAGG
ATAAGATTTGCGAGACTGTTGAGAATTTTAACGCTGATCTACTTGTCTTGGGTTTTCGTG
CTTATGGCCCTATTAAGAGGATGTTTTTGGGAAGTGTAAGCAACTACTGCACCAACCACG
CTCAGTGTCCTGTTGTGATAATTAAACCCAAGGAGGATTCTCCTGAATGATCAGGAGATA
TGTGTGCATATGCAAAGGGGATATCAAACCCATCTTTGTATGTTTGTGAAGCTATGGAAG
CAAAGCGAAGTATCCAAGGTGTTTTTACATGTTAAGGCATTGGTGTGTGAATGTAAAATT
TAATATCTACAGAAACATTGGGTGCATCATCAGTCTCAGTCTCAGAATATTTGTTGTACT
CAAATACGTGTGTTGTATTCATATTGGTTGGATCACC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6614Contig1 966 2 6 U
TTAACCTTTAGATCATTCAAAGCTAAGAGTACTGATAAGTGAGGCTAAGGTACTGCGACT
CATCAACAACTAAAGTTGTTTAAATTTTCTTCTATTTACTTGGGCAAAGAGTTGTAGAGA
GAATTTAAGAAAGGGAAAAAGAGGAAAGGAGTGATTATTAATTAATCGAAAGAGAGATAT
CAAAATAATGGTGAGGCCTCCTTGTTGTGACAAAGGAGGAGTGAAGAAAGGGCCATGGAC
TCCTGAAGAAGATATCATTTTAGTTACTTACATCCAACTCAAACATATCACGAGGTCAAT
GGGAAAGAAGACTTCAAACCGATATTCAGTTGGCAAAAAAGGCCCTCTCTGAGGCTTTGT
CGCCTGCCATAGAACCGAGCATTAACTCTACATTGGCCACTACGGCGACAACATCATCTT
CTTCTGAATCAAGACGTTCTACTTCCTCAGCTTGCGAGTTTCTTAGGACACAAGAAACAA
CTACAACATATGCCTCAAGCACCGAGAATATAGCGAAATTGCTAAAAGGGTGGGTAAAGA
CGTCACGAAAGACTCAGAACTCCGCTGATCAGAGGATTCATCCAGATTCTGAGACAAAAG
AAGTGATCAAGAGTGATGATGTTGAGATAGATTGTGCAGAGGCATTTCAAGCATTTTCAG
GGTTCGATCACTCGAAAGATTGTGGTTCACCTGATCATGAGACTAAACCAGACATAAATG
GATGTAGTAACCAAAGTCAATTGTACTTGTTCGAGAAATGGCTGTTTGAGGATTCTGGTG
GACAGATTGGTGATATTCTGTTGGATGAAAACTCTAATTTCTTCTGAATAATTTGGTTAA
TCAGATGGTTCTAATTTTAGGATCCTTTTTTTTTCTCTTTTTCTGATTTTTTTGGGAGGT
TTTACAAATGGCCTTCTGAATTCTGAAGGGGTCTGAAATATGTCCCACTTAATGATTTAT
TTAAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI29TF U 1
AF RR3GI29JQ C 448
BS 1 661 RR3GI29TF
BS 662 662 RR3GI29JQ
BS 663 706 RR3GI29TF
BS 707 707 RR3GI29JQ
BS 708 727 RR3GI29TF
BS 728 966 RR3GI29JQ

RD RR3GI29TF 727 0 0
TTAACCTTTAGATCATTCAAAGCTAAGAGTACTGATAAGTGAGGCTAAGGTACTGCGACT
CATCAACAACTAAAGTTGTTTAAATTTTCTTCTATTTACTTGGGCAAAGAGTTGTAGAGA
GAATTTAAGAAAGGGAAAAAGAGGAAAGGAGTGATTATTAATTAATCGAAAGAGAGATAT
CAAAATAATGGTGAGGCCTCCTTGTTGTGACAAAGGAGGAGTGAAGAAAGGGCCATGGAC
TCCTGAAGAAGATATCATTTTAGTTACTTACATCCAACTCAAACATATCACGAGGTCAAT
GGGAAAGAAGACTTCAAACCGATATTCAGTTGGCAAAAAAGGCCCTCTCTGAGGCTTTGT
CGCCTGCCATAGAACCGAGCATTAACTCTACATTGGCCACTACGGCGACAACATCATCTT
CTTCTGAATCAAGACGTTCTACTTCCTCAGCTTGCGAGTTTCTTAGGACACAAGAAACAA
CTACAACATATGCCTCAAGCACCGAGAATATAGCGAAATTGCTAAAAGGGTGGGTAAAGA
CGTCACGAAAGACTCAGAACTCCGCTGATCAGAGGATTCATCCAGATTCTGAGACAAAAG
AAGTGATCAAGAGTGATGATGTTGAGATAGATTGTGCAGAGGCATTTCAAGCATTTTCAG
G*TTCGATCACTCGAAAGATTGTGGTTCACCTGATCATGAGACTAA*CCAGACATAAATG
GATGTAG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3GI29JQ 519 0 0
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ATATAGCGAAATTGCTAAAAGGGTGGGTAAAGACGTCACGAAAGACTCAGAACTCCGCTG
ATCAGAGGATTCATCCAGATTCTGAGACAAAAGAAGTGATCAAGAGTGATGATGTTGAGA
TAGATTGTGCAGAGGCATTTCAAGCATTTTCAGGGTTCGATCACTCGAAAGATTGTGGTT
CACCTGATCATGAGACTAAACCAGACATAAATGGATGTAGTAACCAAAGTCAATTGTACT
TGTTCGAGAAATGGCTGTTTGAGGATTCTGGTGGACAGATTGGTGATATTCTGTTGGATG
AAAACTCTAATTTCTTCTGAATAATTTGGTTAATCAGATGGTTCTAATTTTAGGATCCTT
TTTTTTTCTCTTTTTCTGATTTTTTTGGGAGGTTTTACAAATGGCCTTCTGAATTCTGAA
GGGGTCTGAAATATGTCCCACTTAATGATTTATTTAAGC

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

CO CL6615Contig1 1132 2 2 U
GGAGGGAGGATCTCCTCGACCTCTTCAGTTTGATCTAAGTTTTATCTGGTATCATCGTTT
TGGGTGAAGGTTTCCATCTCAGTCTAGTGAGTTCTAGTTTGGTTCTGTCTCAAGTAGTCT
CAGAGTCTTTTGTGGTTGATTTGGTGCTTGAATCCCTTTAGTATTTGTCGATTGGGTGAG
TTACTGTAGTAGAGACCTCTGTGGTGGTAGCTGGTGCTTAATCGTCTTGATTCTCTTGCT
CCTCTTTGGTTTTTGCTTAGTCTGTGTTCTGCGCTTGGAGTGTGGTTCCTGCTCTCTTGC
TTGTTTCAGGTGGAGTTTCGGTTTGGAGAGTTGGGTTCAGTGATGAGTCTGGCGCCATAT
GTCAGGTCGAGGACCTGTTGACGGTGCGGTGTAGCTGCTTGGGGCAGTGCAGGTGCTTTC
GCTGACGTCGTCTTTGGACTTTCTTCAACTCTAATTCCTTTACTATTCATCGTTTCTGTA
AAGAGTTTTGGTTCTCGGTTGAGTCGTTGTGTCGACTTCGTGTTTCTGAGTGCGCTTTCA
GGTGCCTATATCCCGAGCTTGGTCTCGCTTCTCCTGTGTTGTTTCTTCAGATGGTGCTTT
CAAGATTATGGCTTTCTCCAATTGGTTCTTGTTTGGTGCGGAAGGGTATGTTTCTTTGAG
GTTTTTTCTGCAACGGTGAAGCGTCTCGAGGATACCTGGAGTGCTATTGGATTCTCTCCG
GTGAAAAGGTCTGATTTGAGGTGTGTGGTACTTCGCCCTGCTGTGTGTCGGCGGGTGGAC
CTGTTTCTGTTCTGTGGTTTGGTTGTCAAGCTCTCTTGTGTTGGTGGTCTGTCCTTATTG
GAGGCTCATTCTCGTTTTGCTTGGCTGTCTTCGCGTAAGCCTCCGGTGGTTCTAATGGTC
ATGGTTACTATTTCTTCCGTCCTCTCTTTTGAGCTCTCAGTACTGTGGGATTTAAGTTTC
AAATTTTATACCTTAGTTTGGTTGTTTATGTGTCCCGTGTGTGGGTTTAAGGGTCCCTTC
TTATGGGATTTAGTTTCCCTTCTTATGGGAGTTAGTTTCTGAGGATATCTTTCTTCCTTC
AGCTTGTGAAATAGATGTTGTATTACACTTTGCTGATCTAATATAATTCAAT


BQ
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AF RR3GJ44TF U 1
AF RR3GJ44JQ C 353
BS 1 640 RR3GJ44TF
BS 641 1132 RR3GJ44JQ

RD RR3GJ44TF 640 0 0
GGAGGGAGGATCTCCTCGACCTCTTCAGTTTGATCTAAGTTTTATCTGGTATCATCGTTT
TGGGTGAAGGTTTCCATCTCAGTCTAGTGAGTTCTAGTTTGGTTCTGTCTCAAGTAGTCT
CAGAGTCTTTTGTGGTTGATTTGGTGCTTGAATCCCTTTAGTATTTGTCGATTGGGTGAG
TTACTGTAGTAGAGACCTCTGTGGTGGTAGCTGGTGCTTAATCGTCTTGATTCTCTTGCT
CCTCTTTGGTTTTTGCTTAGTCTGTGTTCTGCGCTTGGAGTGTGGTTCCTGCTCTCTTGC
TTGTTTCAGGTGGAGTTTCGGTTTGGAGAGTTGGGTTCAGTGATGAGTCTGGCGCCATAT
GTCAGGTCGAGGACCTGTTGACGGTGCGGTGTAGCTGCTTGGGGCAGTGCAGGTGCTTTC
GCTGACGTCGTCTTTGGACTTTCTTCAACTCTAATTCCTTTACTATTCATCGTTTCTGTA
AAGAGTTTTGGTTCTCGGTTGAGTCGTTGTGTCGACTTCGTGTTTCTGAGTGCGCTTTCA
GGTGCCTATATCCCGAGCTTGGTCTCGCTTCTCCTGTGTTGTTTCTTCAGATGGTGCTTT
CAAGATTATGGCTTTCTCCAATTGGTTCTTGTTTGGTGCG

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3GJ44JQ 780 0 0
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GTGCTTTCGCTGACGTCGTCTTTGGACTTTCTTCAACTCTAATTCCTTTACTATTCATCG
TTTCTGTAAAGAGTTTTGGTTCTCGGTTGAGTCGTTGTGTCGACTTCGTGTTTCTGAGTG
CGCTTTCAGGTGCCTATATCCCGAGCTTGGTCTCGCTTCTCCTGTGTTGTTTCTTCAGAT
GGTGCTTTCAAGATTATGGCTTTCTCCAATTGGTTCTTGTTTGGTGCGGAAGGGTATGTT
TCTTTGAGGTTTTTTCTGCAACGGTGAAGCGTCTCGAGGATACCTGGAGTGCTATTGGAT
TCTCTCCGGTGAAAAGGTCTGATTTGAGGTGTGTGGTACTTCGCCCTGCTGTGTGTCGGC
GGGTGGACCTGTTTCTGTTCTGTGGTTTGGTTGTCAAGCTCTCTTGTGTTGGTGGTCTGT
CCTTATTGGAGGCTCATTCTCGTTTTGCTTGGCTGTCTTCGCGTAAGCCTCCGGTGGTTC
TAATGGTCATGGTTACTATTTCTTCCGTCCTCTCTTTTGAGCTCTCAGTACTGTGGGATT
TAAGTTTCAAATTTTATACCTTAGTTTGGTTGTTTATGTGTCCCGTGTGTGGGTTTAAGG
GTCCCTTCTTATGGGATTTAGTTTCCCTTCTTATGGGAGTTAGTTTCTGAGGATATCTTT
CTTCCTTCAGCTTGTGAAATAGATGTTGTATTACACTTTGCTGATCTAATATAATTCAAT

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL6616Contig1 979 2 6 U
GGATGAGAGCTCTGCTCCTCGCCGTCTATATTTCTCTGCGTCTCTACTCATCTTCGACTC
TCTCTCACTCTCCACGTCTTGCTTTTTTCTTTCTCAGATCTCTGCAGCATGTTGAAGAAT
GAAGGGTGAAGACAAACCAGTTGCGCAATGCGGTGATGGCAGAGGAAGAGGGGATTCGGT
TTCTAATGGTGGACGTTCGCCACAGATGTCTACTCGGCGGTGGAAAGAGGGATTAATGAG
TTTACTTTCCTATGTTCGCAACTCTCGAATCACCCCAGCTACCGTTACTAATCAGTACCG
TCAGGTCCTTCACTCTCTACCAACTGGTGCCATCGTCAAAGTTGATCGGTTTGGATTTGG
GCGCTGCACTAATATGTACAATATTACAGATTACCCTTTTGCTATATGTTTCATCGGCAC
CACCATTGACGAAGTCGTTACCACTGCCCTTGTCATCAACCTTCAGAAGTTCGACCATCT
CTCGGCTCTGGCAAACATTAACTTAGAACTTCCTGGTAACTAACTTTAGTAAATCTGGAA
TCTGGTGGAAGCAACTGGGGTTGGGAAGTTTAGAAACAAGAAATCAATATGTTCTATTGG
TTGTTGCGCAGAAGGAGACTAGAGATTGTTTGTAGCAGAGTATATGCCTAATGCTACTCT
CTCGAAGTATCTCTTTCACAGTTTCACTGAGAAAAGCAGCCACTAATACCAATCGCAGTC
TATATTGCACAAACACTTGATCACTGTTATAACGAAAACCGAAAGATCTCTTTGACGGGG
AAGGTGATCCTGATATTGTTGCTCTCAGAGTATTTAGCATGTTTTCATAATATTTAGGTC
CAATGAATAACAAATATGAGGATGGAACTTAATTGGCAAGGGAAGTTGTACTGAATTTTT
GTTCAATATCTTTGGATACCAAGTGCAATTGGTTGATTGTAAATAACTCTTGCTTATATA
CATTATAATAAGTTGACAC


BQ
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AF RR3BU44TF U 1
AF RR3BU44JQ C 434
BS 1 614 RR3BU44TF
BS 615 615 RR3BU44JQ
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BS 696 746 RR3BU44TF
BS 747 979 RR3BU44JQ

RD RR3BU44TF 746 0 0
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CTCGGCTCTGGCAAACATTAACTTAGAACTTCCTGGTAACTAACTTTAGTAAATCTGGAA
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DS 

RD RR3BU44JQ 546 0 0
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CACTTGATCACTGTTATAACGAAAACCGAAAGATCTCTTTGACGGGGAAGGTGATCCTGA
TATTGTTGCTCTCAGAGTATTTAGCATGTTTTCATAATATTTAGGTCCAATGAATAACAA
ATATGAGGATGGAACTTAATTGGCAAGGGAAGTTGTACTGAATTTTTGTTCAATATCTTT
GGATACCAAGTGCAATTGGTTGATTGTAAATAACTCTTGCTTATATACATTATAATAAGT
TGACAC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL6617Contig1 1082 2 4 U
ACCCACTTGATGATCCCCTTTCCTATAAAAAGCAAACCCTTTTCATCTTCTTCCTCAAAT
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TGAATTTCTCGATGTGTTTGATAATGGAAGCGGCGGAGGATGATCACGTCGTCGACGGTG
GTGTTTTAGCTGCGCCGTCTAATTTCTCGATGGTCGAAGACGGGATTTACCGGTCCGGGT
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TTTGTCCTGAACCATACCCGGAGGAGAATCTCATGTTCCTCGAGGCTAACAACATTAAGC
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ATGTGTCGTTACCACGGTTATGGCTTCAAGAGGAAAAGACTGGTCCACGAAGAAGAAAAC
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ATAGAAAGGCTACTCTACTCTTCATTAGAGGTTAATTAACTCAATGACCACTAATGCTTC
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CTAAATTGTAGTACAATAAATCAGGAATAATAGTTGCATAAGTGTGTACTACTTTCATTA
GG


BQ
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10 10 

AF RR3H005TF U 1
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TGAATTTCTCGATGTGTTTGATAATGGAAGCGGCGGAGGATGATCACGTCGTCGACGGTG
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TTTTCCAATTCGGAATCGAAGGCAAAACGGATCCTCC*AACTCCTATGCCAAAAGATACA
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ATGTGTCGTTAC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3H005JQ 720 0 0
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TTTGGATGCTCTCAGAGTCTTAGTTGATGTAAGAAACCATCCGATTCTCATTCATTGCAA
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TCTATCATCGGTGCTCGAGGAATACCAGAAGAACGCTGGTGTGAAGTGGAGGCAAAGGGA
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GTGTCGTTACCACGGTTATGGCTTCAAGAGGAAAAGACTGGTCCACGAAGAAGAAAACGT
ACAGACGCCGAAACCGCAGGCTACTAAAGTTTGAAAAAAAACGAGCGCTAACCAGTGTGG
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TTAGGATGATGAATTCAAGAAGTTTCATTTGGGTTGGTTTTAGCTAATAGTAAAGTGTAT
AGAAAGGCTACTCTACTCTTCATTAGAGGTTAATTAACTCAATGACCACTAATGCTTCTT
AAGTTGCTTTGTCTTTTTTTTTTCTTGTTAACTGGTCAGCTCAGAAAGTGGCTTTTAGCT
AAATTGTAGTACAATAAATCAGGAATAATAGTTGCATAAGTGTGTACTACTTTCATTAGG

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DS 



AS 1 2

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GGGTTAGGGTTTAGAGTTGTGTCGCTTGATCCGAGTTTCAAGAAGCTTTTGACAGAGCAC
ATTGTCTCGGCTTATAAGAGGACCAACAACAGAGCTATTCTTGTGGATTATGATGGGACG
ATGGTGCAGCCAGGTTCCATTAGGACCACGCCTAGCTTCTCGACGATTGAGACGTTGAAC
AAGCTGGCTAGTGACCCCAAGAATATCGTTTATCTCATCAGCGGGAAAGATAGAAAGACG
TTAACCGAATGGTTCTCTTCTTGTGGTGATCTAGGTTTGGCCGCAGAGCATGGTTACTTT
ATAAGGCCAAATGATGGAACGGAGTGGGAAACATCGAGTGTAGTGTCGGCTTTTGAGTGG
AAACAGATAGCGGAGCCAGTGATGAGACTCTACACTGAGACTACAGACGGGTCAACGATA
GAGACTAAAGAGACTGCTCTGGTTTGGAACTACCAGTTTGCTGATCCTGACTTTGGATCT
TGTCAAGCCAAAGAGCTTATGGAACACTTGGAAAGCGTGCTCACGAATGATCCTGTCTCT
GTCAAGACCGGACAGCAACTCGTTGAAGTTAAACCACAGGGTGTGAACAAGGGTCTTGTG
GCAGAGAGGCTTCTAACGACGATGCAAGAGCAAGGGAAGCTTTTGGACTTCATTCTATGC
GTGGGAGATGATCGGTTTGATGAGGATATTTTTGAGGTGATAATGGGTGCAAAAGACGGA
CCAGCTTTGTCTCCAGTGGCTGAGATATTCGCTTGCACCGTTGGACAAAAGCCAAGCAAA
GCTAAATACTATTTAGACGATACTGCAGAGATCATCGGGATGCTTGAAGGTCTATCCACC
TCCGCCGCCGCACCTGATCATCATCAAACCCCGGATGTTCCAACAACAAAAGATATCTTC
TAAGGATTTGTGTGAAACGTTGAGTTTTATTTAAGAGTGACTTTGTGTATGGTTTTTCAA
GTTTAGGAAATGTCTTTTTTTTTTCTCTTCTGTTGTTGGGATTAACGTAAAAACACATGA
TAAGTTTTAAGGTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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BS 1 788 RR3A859TF
BS 789 1277 RR3A859JQ

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GTCAAGAC

QA 1 788 1 788
DS 

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TATAAGGCCAAATGATGGAACGGAGTGGGAAACATCGAGTGTAGTGTCGGCTTTTGAGTG
GAAACAGATAGCGGAGCCAGTGATGAGACTCTACACTGAGACTACAGACGGGTCAACGAT
AGAGACTAAAGAGACTGCTCTGGTTTGGAACTACCAGTTTGCTGATCCTGACTTTGGATC
TTGTCAAGCCAAAGAGCTTATGGAACACTTGGAAAGCGTGCTCACGAATGATCCTGTTTC
TGTCAAGACCGGACAGCAACTCGTTGAAGTTAAACCACAGGGTGTGAACAAGGGTCTTGT
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CGTGGGAGATGATCGGTTTGATGAGGATATTTTTGAGGTGATAATGGGTGCAAAAGACGG
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AGCTAAATACTATTTAGACGATACTGCAGAGATCATCGGGATGCTTGAAGGTCTATCCAC
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AGTTTAGGAAATGTCTTTTTTTTTTCTCTTCTGTTGTTGGGATTAACGTAAAAACACATG
ATAAGTTTTAAGGTAAGC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

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GAATGCAGAAAATGCCACGACTGAGTTATGTCCACCGAACCCAAACGAGTTTGATATGGC
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TGGGTTAAATTGGTTGATAGAGGGGTGAAGCCATCCAGTGTTGACAGCCTTCACGGTGGC
GATGGCTTCAAGACCTCCAGCTGCACCTAGGCAGTGACCTATCATAAACTTGGTGGCATT
GATTTTGATCCCTGAAGTGCTTTTGAACACCTTTTTAATGGCATTTATCTCAGCAAGATC
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AGTCATATGATGAGCATCACAGTTAACAGCACCTCCAAGATACTCTGCTACAATTGGAGC
ACCACGTTTCATCGCATGTTCCAAGCTTTCCATCACCAGAACACCAGCTGGTGAGGGGTC
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ATGCGCAGAGGGAGGAGGATTGAAGAGCTTGCATGGCGGAGAGGAGAGGGAGGCGATAAG
TACGATGTTGTGCAAAATGTGATGTGCGTTTGCGAAGGGAGGCTTCGGTTCGTCCCCCT


BQ
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AF RR3FA40JQ U 24
AF RR3FA40TF C 1
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BS 32 349 RR3FA40JQ
BS 350 779 RR3FA40TF

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GCAACCGTGTCAAAGTCCACTGCTGGTTCTGGGTTAAATTGGTTGATAGAGGGGTGAAGC
CATCCAGTGTTGACAGCCTTCACGGTGGCGATGGCTTCAAGACCTCCAGCTGCACCTAGG
CAGTGACCTATCATAAACTTGGTGGCATTGATTTTGATCCCTGAAGTGCTTTTGAACACC
TTTTTAATGGCATTTATC

QA 9 326 9 326
DS 

RD RR3FA40TF 779 0 0
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GAATGCAGAGAATGCCACGACTGAGTTATGTCCACCGAACCCAAACGAGTTTGATATGGC
AACATTCACCTCATGCTGCTTCTTCTCGTTTGCAACCGTGTCAAAGTCCACTGCTGGTTC
TGGGTTAAATTGGTTGATAGAGGGGTGAAGCCATCCAGTGTTGACAGCCTTCACGGTGGC
GATGGCTTCAAGACCTCCAGCTGCACCTAGGCAGTGACCTATCATAGACTTGGTGGCATT
GATTTTGATCCCTGAAGTGCTTTTGAACACCTTTTTAATGGCATTTATCTCAGCAAGATC
ACCAGCAAGAGTGGAAGTTGCATGGGCATTGATGTAGTTTACCTCCTCGGGCGATACACC
AGCATCTTCAAGGCAGCTCTCAATGCAGGAAGAGACACCAAGCCCATCAGCTCTTGGATC
AGTCATATGATGAGCATCACAGTTAACAGCACCTCCAAGATACTCTGCTACAATTGGAGC
ACCACGTTTCATCGCATGTTCCAAGCTTTCCATCACCAGAACACCAGCTGGTGAGGGGTC
GAGCATTGGTGATCTGATGGGATTGGAGGTTGGAAGGTGTTCGGAGTGGGTTCGGCGGAG
ATGCGCAGAGGGAGGAGGATTGAAGAGCTTGCATGGCGGAGAGGAGAGGGAGGCGATAAG
TACGATGTTGTGCAAAATGTGATGTGCGTTTGCGAAGGGAGGCTTCGGTTCGTCCCCCT

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

CO CL6620Contig1 751 2 2 U
GGGATAGATTTAAATTTTAGAAACTTCGCCATTAACTCAAGAAATTGTGAATCTCAAAAT
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ATCATTTTCCTTTCCGTTTCGAATGATTCTCCACCCTCCGGTCCTCAGCCTGCTAATCAT
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CTCCACCATGGATTCTCAAGCCAGGCCGTGTCTTCAACTGTCGAGCTCCAGCTCCTCTCT
GACGCGTCCACCAGGAGATCTTTGGTCCAAGTCGTCTCCTCGCAGGGTTCTCGTCTCCTC
CGAGACACTACAACGACCTCCGCCGCGACGGCCCTCTTCACCGTCGAACTCCAATTCTCT
AGCTATCCTCCTTCGCGAATCAGTTATGGCAAGACCAGTCCCGAGCTCCAATTTCTGTCC
CACTGTAACGGACTCGACGTTGTTCGCGTTGAAGCCAAGCTCGAATCTCTTCCAATGGTG
ATTTCACAGATTATTGCAAAATAGGTCCCTGGGCTTTTGGTAATTTTATATTGGTCCACA
ACTTTGTAAATTGCAGACACGTCCTCAATTCATCCCTTTAACTTCTGATTGTGACAATTT
AGCCCAGGCAAAAGTTCTGAATTTGCAGCACTAGTCCCTGCATTCTTGAAATCTTTTGTT
TCGCGATTAATAATATGTTACTATATTTACG


BQ
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AF RR3BH86TF U 1
AF RR3BH86JQ C 1
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BS 314 751 RR3BH86JQ

RD RR3BH86TF 313 0 0
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QA 1 313 1 313
DS 

RD RR3BH86JQ 751 0 0
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ATCATTTTCCTTTCCGTTTCGAATGATTCTCCACCCTCCGGTCCTCAGCCTGCTAATCAT
GTCGATAGGAACAACCCAAATACCGGTGGTACTCCTCTCAATCCAGCCTTAGCCGTCGTC
CTCCACCATGGATTCTCAAGCCAGGCCGTGTCTTCAACTGTCGAGCTCCAGCTCCTTTTT
GACGCGTCCACCAGGAGATCTTTGGTCCAAGTCGTCTCCTCGCAGGGTTCTCGTCTCCTC
CGAGACACTACAACGACCTCCGCCGCGACGGCCCTCTTCACCGTCGAACTCCAATTCTCT
AGCTATCCTCCTTCGCGAATCAGTTATGGCAAGACCAGTCCCGAGCTCCAATTTCTGTCC
CACTGTAACGGACTCGACGTTGTTCGCGTTGAAGCCAAGCTCGAATCTCTTCCAATGGTG
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TCGCGATTAATAATATGTTACTATATTTACG

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL6621Contig1 315 2 2 U
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AGATGTATAATGTAC


BQ
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AF RR3C062TF C 1
AF RR3C062JQ U 11
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BS 11 315 RR3C062JQ

RD RR3C062TF 315 0 0
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GATTCCAAACATAGATTTCTACAATGAGTGAAGTCGGCAATGAGATTACACAGGAATATA
ACGAAAGAAAGCTCCATTAGCAGGTTGTCTTACAATAAACCAGTAAATTCCCATTGAGAA
TCGCCAATGGTGAGAACTCCACCCAGACACCATCACCCACGCCAACATTGTAACCAAAGC
ACTCAAACAGCAGAAAGAAGATGGAGACAATTCAAAGATTAGAACCTCGAATTAAAATTA
AGATGTATAATGTAC

QA 1 315 1 315
DS 

RD RR3C062JQ 305 0 0
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TGAGAACTCCACCCAGACACCATCACCCACGCCAACATTGTAACCAAAGCACTCAAACAG
CAGAAAGAAGATGGAGACAATTCAAAGATTAGAACCTCGAATTAAAATTAAGATGTATAA
TGTAC

QA 1 305 1 305
DS 



AS 1 2

CO CL6622Contig1 832 2 1 U
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CGGTACGATGGAGATTTTGGTACAATTAACAATTTTCGACTTGGGAGACTCCCTAAAGCA
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ATGTGTAACTATTTCCGACCAAAGTTTCAATGTCGAGTCAAAATACAGCCAATGGGAAGT
TATCCTAGAATTGTGGACAGCACCAACAGCACTTATGAGCTGTTTGGTCCTGTGAACTTG
TTCTGGAGCACTAGATACGACAAAGCCATGACGTTGTATCTGATATGTCTTAAAGACTTT
GCTGATTTCGCAAACGCAAAGGATCAAGAGAACAATATTCCACTAGAGAAATGCCTCAAA
CTCCCATTCAAAATCGAAAATGACAAAGTGGAGTCATATTCAATAACACAGAGCTTCAAC
AAGCAAGAAAATTGGACCAAAGCACTTAAGTATACTCTCTGCAACCTGAAATGGGCTCTC
TACTGGTTCGTTGGGAACACTAATTTCCAGCCTCTCTCTGCAACTGTCTCTTTGCCTTCT
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GGTAAAAACTTAAGAAACCCGTGAGGAGATAGATGGGAGATACTTAATGAAAACAGTGAC
TTTTGTGTGAAGCATTTACTGTTATAACATCGAATAATAAGAAACACTGATGCTTATAAC
TTATTGTACAGCCTCTTTTATATTGTGTGTATTATTATTATACTAGTTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AJ51TF U 1
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TATCCTAGAATTGTGGACAGCACCAACAGCACTTATGAGCTGTTTGGTCCTGTGAACTTG
TTCTGGAGCACTAGATACGACAAAGCCATGACGTTGTATCTGATATGTCTTAAAGACTTT
GCTGATTTCGCAAACGCAAAGGATCAAGAGAACAATATTCCACTAGAGAAATGCCTCAAA
CTCCCATTCAAAATCGAAAATGACAAAGTGGAGTCATATTCAATAACACAGAGCTTCAAC
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TACTGGTTCGTTGGGAACACTAATTTCCAGCCTCTCTCTGCAACTGTCTCTTTGCCTTCT
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TTTTGTGTGAAGCATTTACTGTTATAACATCGAATAATAAGAAACACTGATGCTTATAAC
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DS 

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ATGTCGAGTCAAAATACAGCCAATGGGAAGTTATCCTAGAATTGTGGACAGCACCAACAG
CACTTATGAGCTGTTTGGTCCTGTGAACTTGTTCTGGAGCACTAGATACGACAAAGCCAT
GACGTTGTATTTGATATGTCTTAAAGACTTTGCTGATTTCGCAAACGCAAAGGATCAAGA
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GGAGTCATATTCAATAACACAGAGCTTCAACAAGCAAGAAAATTGGACCAAAGCACTTAA
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TATTATTATTATACTAGTTTGTC

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

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CTCCG


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR3F716JQ C 1
AF RR3F716TF U 1
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GGATAACGGAGGTCATATCTACTTCTGTGGGCTTAAAGGAATGATGCCTGGGATTCAAGA
TACGCTTAAGAGAGTTGCTGAGAGCATCATTATCCCTAACACCCTTATGGAGCTCTTATT
CATTTTTTTAGTAATAAATATGTGTTAAAAACTTTATTTAAGAGACACATTTGTTTTTCA
CTCCG

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DS 

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GGATAACGGAGGTCATATCTACTTCTGTGGGCTTAAAGGAATGATGCCTGGGATTCAAGA
TACGCTTAAGAGAGTTGCTGAGAGCATCATTATCCCTAACACCCTTATGGAGCTCTTATT
CATTTTTTTAGTAATAAATATGTGTTAAAAACTTTATTTAAGAGACACATTTGTTTTTCA
CTCCG

QA 1 305 1 305
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TGTTTTGAAATGGACATTGTTGTTACGC


BQ
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AF RR3G949TF U 1
AF RR3G949JQ C 465
BS 1 689 RR3G949TF
BS 690 690 RR3G949JQ
BS 691 703 RR3G949TF
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RD RR3G949TF 791 0 0
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GCTTGCACATC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3G949JQ 524 0 0
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TCCTTTTAAAATTGAAAAGAATCAAATGACTTGTGTTATAAACAACATTACAATGATGTT
TGTTGAATATTCCTTGTTTTTGTATTTTGTAAGTCTTTAAATGGTTTCGTTTGTTGCAAT
AAATAGTTGTTCCCACTGTTTTGAAATGGACATTGTTGTTACGC

QA 1 524 1 524
DS 



AS 1 2

CO CL6626Contig1 728 2 2 U
ACTGTGAAGAAAGCTGTCTCAACTCATCCTACTTACGAAGAGATGATCAGAGATGCGATC
GTTACGCTGAAGGAGAGAACCGGATCGAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAG
AAGCATAAGGTGCTCTCACCTTCGTTCAGGAAACTGTTGCTTCTCAATCTGAAGAGACTC
GTTGCTTCCGAGAAGCTTGTCAAGGTCAAGGCCTCGTTTAAGATTCCGTTGGCTAAACCA
TCATCATCCCCCAAACGGGCGGCTGCGACTTCTGCTCCGGAGAAGAAGAAGAAACCTACC
ACCGCGGCGGCTTCCAAGCCGAAGGGGAAGAAGGTAACTGCAGCTTCCAGATCTAAGGGA
GCAAAGGTGTCTAACAAACCAACTGCTCGTAAGGCCACTGTTGCGCCCAAGAAGAAAGCT
GTTAAGGCTGAGGAGAGACCAGCCAAGGCAGCGAAAACATCGAAGGTAACATCTCCGGGG
AAAAAGGGTGTTCCTGCTAAGAAGAAGGCTCCCAAGAAGAAGACACCAGTGAAGAAGAGT
GTGAAGCCAAAGACGGTGAAGTCTCCAGTGAAGAGGGCTTCAAGGAAGGCCAAGAAGTGA
AATTAGGGCTTAGTGTTGACGAGACTCTCTAGGCGTTAATCTTGTATATTTGATCATGAA
GTGTTTTCTTTGCTTTTATCTCTAAAAGTTCGGTTGGTTCATATATAAATAGCTAAATCA
TTTTCATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV77TF U 1
AF RR3EV77JQ C 276
BS 1 580 RR3EV77TF
BS 581 728 RR3EV77JQ

RD RR3EV77TF 580 0 0
ACTGTGAAGAAAGCTGTCTCAACTCATCCTACTTACGAAGAGATGATCAGAGATGCGATC
GTTACGCTGAAGGAGAGAACCGGATCGAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAG
AAGCATAAGGTGCTCTCACCTTCGTTCAGGAAACTGTTGCTTCTCAATCTGAAGAGACTC
GTTGCTTCCGAGAAGCTTGTCAAGGTCAAGGCCTCGTTTAAGATTCCGTTGGCTAAACCA
TCATCATCCCCCAAACGGGCGGCTGCGACTTCTGCTCCGGAGAAGAAGAAGAAACCTACC
ACCGCGGCGGCTTCCAAGCCGAAGGGGAAGAAGGTAACTGCAGCTTCCAGATCTAAGGGA
GCAAAGGTGTCTAACAAACCAACTGCTCGTAAGGCCACTGTTGCGCCCAAGAAGAAAGCT
GTTAAGGCTGAGGAGAGACCAGCCAAGGCAGCGAAAACATCGAAGGTAACATCTCCGGGG
AAAAAGGGTGTTCCTGCTAAGAAGAAGGCTCCCAAGAAGAAGACACCAGTGAAGAAGAGT
GTGAAGCCAAAGACGGTGAAGTCTCCAGTGAAGAGGGCTT

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3EV77JQ 453 0 0
TCCGGAGAAGAAGAAGAAACCTACCACCGCGGCGGCTTCCAAGCCGAAGGGGAAGAAGGT
AACTGCAGCTTCCAGATCTAAGGGAGCAAAGGTGTCTAACAAACCAACTGCTCGTAAGGC
CACTGTTGCGCCCAAGAAGAAAGCTGTTAAGGCTGAGGAGAGACCAGCCAAGGCAGCGAA
AACATCGAAGGTAACATCTCCGGGGAAAAAGGGTGTTCCTGCTAAGAAGAAGGCTCCCAA
GAAGAAGACACCAGTGAAGAAGAGTGTGAAGCCAAAGACGGTGAAGTCTCCAGTGAAGAG
GGCTTCAAGGAAGGCCAAGAAGTGAAATTAGGGCTTAGTGTTGACGAGACTCTCTAGGCG
TTAATCTTGTATATTTGATCATGAAGTGTTTTCTTTGCTTTTATCTCTAAAAGTTCGGTT
GGTTCATATATAAATAGCTAAATCATTTTCATG

QA 1 453 1 453
DS 



AS 1 2

CO CL6627Contig1 304 2 1 U
GGACACAGGCGCGACTTCACTCCCTAGCTCCTATTGACATGATGCCGTTCATATCATCTT
GAAGAGATTAACCAATATATTTTAATCAGTAATATAATATATCCACACCAAAAAAGATAA
AAAATTTACCTTTATTTTACACCCATAAGCTTCAAAGTACGTGGCTTCTGTCTATGTACT
TCAAAATACAATTCACATTATGTTTGTAATCATTCTTAATGTATAACTAGACGATAATTT
GCACCCTGCGCGGATGAGTTTTTTAAAGTATGTTGTCTTTAAACATTATAAACAATATTA
AACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 

AF RR3CC19JQ C 1
AF RR3CC19TF U 1
BS 1 304 RR3CC19TF

RD RR3CC19JQ 304 0 0
GGACACAGGCGCGACTTCACTCCCTAGCTCCTATTGACATGATGCCGTTCATATCATCTT
GAAGAGATTAACCAATATATTTTAATCAGTAATATAATATATCCACACCAAAAAAGATAA
AAAATTTACCTTTATTTTACACCCATAAGCTTCAAAGTACGTGGCTTCTGTCTATGTACT
TCAAAATACAATTCACATTATGTTTGTAATCATTCTTAATGTATAACTAGACGATAATTT
GCACCCTGCGCGGATGAGTTTTTTAAAGTATGTTGTCTTTAAACATTATAAACAATATTA
AACT

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR3CC19TF 304 0 0
GGACACAGGCGCGACTTCACTCCCTAGCTCCTATTGACATGATGCCGTTCATATCATCTT
GAAGAGATTAACCAATATATTTTAATCAGTAATATAATATATCCACACCAAAAAAGATAA
AAAATTTACCTTTATTTTACACCCATAAGCTTCAAAGTACGTGGCTTCTGTCTATGTACT
TCAAAATACAATTCACATTATGTTTGTAATCATTCTTAATGTATAACTAGACGATAATTT
GCACCCTGCGCGGATGAGTTTTTTAAAGTATGTTGTCTTTAAACATTATAAACAATATTA
AACT

QA 1 304 1 304
DS 



AS 1 2

CO CL6628Contig1 691 2 2 U
GGACAAAGCAACTTCTCAACTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTACGTCTCCTACCCTCCTAT
TTTCTACTGAGATTAATTCAATCCGAGGTTTTAAGATTCCAGTTTTATAAATGGCTGAGG
AATTCGATGAAGCTGAGGTTGTATTCCTCGAAGATTCAAGCTCTGTTCTCCAGAGAGACG
ACGATAATGAGAATCGTTTGTTCGGTCTAAAGGAGAAGAACAAGACGAGTCGGATCATCA
AGAAGACGGAGAAGGTGACGTCGGCGTTATCAAGCTCTCTGCCGGTGAATATACCGGAGA
ACATGTTTCGTAGATATGTCGGAAAAGAAGAGAATGAATACACGGAGGAGGACGAGGAGG
AGTATACCGGTGAAAGAGGAGAGATCGTTCCGCCGCATGTTATCGTTGGACGGAGGATTC
AAGGAGAAGGAGGAGGACAAATGGCGTTTTCAGTTTGTTCAGGTAGTGGAAGGACTCTTA
AGGGGAGAGACCTTAGCCGGGTTCCAACTCGGTTCTCAGGTTAACCGGTTTTTTGGAGGC
TTGATGATGAACTCCTTTAGGTAGTTTCCGGTTTTGGCATGCATTTGATCATCTCTTTTT
ATTTTGCAATTTATGGATTTTTGTCTGTGTTGTTTTGTTAAGTGAAACTGGGGAAAATGT
TTCAAATATATATCAAAAAGATTGGTCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G582TF U 1
AF RR3G582JQ C 154
BS 1 458 RR3G582TF
BS 459 691 RR3G582JQ

RD RR3G582TF 458 0 0
GGACAAAGCAACTTCTCAACTCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTACGTCTCCTACCCTCCTAT
TTTCTACTGAGATTAATTCAATCCGAGGTTTTAAGATTCCAGTTTTATAAATGGCTGAGG
AATTCGATGAAGCTGAGGTTGTATTCCTCGAAGATTCAAGCTCTGTTCTCCAGAGAGACG
ACGATAATGAGAATCGTTTGTTCGGTCTAAAGGAGAAGAACAAGACGAGTCGGATCATCA
AGAAGACGGAGAAGGTGACGTCGGCGTTATCAAGCTCTCTGCCGGTGAATATACCGGAGA
ACATGTTTCGTAGATATGTCGGAAAAGAAGAGAATGAATACACGGAGGAGGACGAGGAGG
AGTATACCGGTGAAAGAGGAGAGATCGTTCCGCCGCATGTTATCGTTGGACGGAGGATTC
AAGGAGAAGGAGGAGGACAAATGGCGTTTTCAGTTTGT

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR3G582JQ 538 0 0
ATTCAAGCTCTGTTCTCCAGAGAGACGACGATAATGAGAATCGTTTGTTCGGTCTAAAGG
AGAAGAACAAGACGAGTCGGATCATCAAGAAGACGGAGAAGGTGACGTCGGCGTTATCAA
GCTCTCTGCCGGTGAATATACCGGAGAACATGTTTCGTAGATATGTCGGAAAAGAAGAGA
ATGAATACACGGAGGAGGACGAGGAGGAGTATACCGGTGAAAGAGGAGAGATCGTTCCGC
CGCATGTTATCGTTGGACGGAGGATTCAAGGAGAAGGAGGAGGACAAATGGCGTTTTCAG
TTTGTTCAGGTAGTGGAAGGACTCTTAAGGGGAGAGACCTTAGCCGGGTTCCAACTCGGT
TCTCAGGTTAACCGGTTTTTTGGAGGCTTGATGATGAACTCCTTTAGGTAGTTTCCGGTT
TTGGCATGCATTTGATCATCTCTTTTTATTTTGCAATTTATGGATTTTTGTCTGTGTTGT
TTTGTTAAGTGAAACTGGGGAAAATGTTTCAAATATATATCAAAAAGATTGGTCCATC

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 2

CO CL6629Contig1 1097 2 4 U
GGATCTATCTATCTATCTCTCTCACTAGTTAATTTTATCTCCGGCGAGAGAATGGCGATG
ATGCAAGCGAATCTTGGTTTCCTTAAATCTCAGACATTTCCGTTTCCTTCGTCGAATTTG
TATCCGAAGCTTTCAGTCAAGTCGACATCACTCTGTCTGGGCTTCAGCTGTCGTCCCTCT
GTTCAAAAAAATGGATTTTTCGAAAAGGGCTAGCAGAAGAGAACAGTCAGTCAAATGTTC
TTCATCGTCTGAGTTTGATAATAGTAATACAGTTGTGAAGGAGAAGAGTGTCTCAGTGAT
TCTCTTAGCTGTAGGTCAAGGGAAGAGAATGAAAATGACCATTCCAAAACAGTATATACC
ACTCCTTGGTCAGCCCATTGCTCTCTACAGCTTTTTCACGTTTTCACGTATGCCTGAAAT
GAAGGAGATTATAGTTGTGTGCGATCCATTTTTCCGAGATATTTTTGAAGAATATGAAGA
ATCAATAGATGTTGATCTTAAATTCGCTCTTCCTGGTAAAGAAAGGCAAGACTCTGTTCT
CAGTGGACTTCAGGAAATAGATGCGAACGCTGAACTTGTTTGCATCCACGACTCAGCCAG
ACCGTTGGTGGACACTGAAGATGTCGAGAAGGTACTTAAAGATGGTTTGGCGGTTGGAGC
AGCCGTTCTTGGTGTTCCAGCGAAAGCTACTATCAAAGAGGTCAATTCAGATTCACTCGT
GGTGAAAACTCTTGACAGGAAAACCCTTTGGGAAATGCAGACACCACAGGTGATCAAACC
CGAGCTGTTGAAGAGAGGTTTCGAGCTTGTGAAAAGAGAAGGTTTAGAGGTAACGGATGA
TGTTTCGATTGTTGAATACCTCAAGCATCCTGTTCATGTCACTCAAGGATCTTACACAAA
CATCAAGGTTACAACACCTGATGATTTACTGCTTGCTGAGAGAATCTTGAGCATGGACTC
ATGAGGATGTAGTACGACTTGGTAATTTGATATAATTTTCAGCCTTACTGTATTTGTAGA
CAATAATATTCTAAGATTTTACAAAAAGTGTTGAGACATTTGGAAAAGAAGAATCAAAAG
AATCATCTACATTTATC


BQ
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AF RR3BZ55TF U 1
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GTTCAAAAAAATGGATTTTTCGAAAAGGGCTAGCAGAAGAGAACAGTCAGTCAAATGTTC
TTCATCGTCTGAGTTTGATAATAGTAATACAGTTGTGAAGGAGAAGAGTGTCTCAGTGAT
TCTCTTAGCTGTAGGTCAAGGGAAGAGAATGAAAATGACCATTCCAAAACAGTATATACC
ACTCCTTGGTCAGCCCATTGCTCTCTACAGCTTTTTCACGTTTTCACGTATGCCTGAAAT
GAAGGAGATTATAGTTGTGTGCGATCCATTTTTCCGAGATATTTTTGAAGAATATGAAGA
ATCAATAGATGTTGATCTTAAATTCGCTCTTCCTGGTAAAGAAAGGCAAGACTCTGTTCT
CAGTGGACTTCAGGAAATAGATGCGAACGCTGAACTTGTTTGCATCCACGACTCAGCCAG
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GGTGAAA
CTCTTGA

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DS 

RD RR3BZ55JQ 680 0 0
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AGAATCAATAGATGTTGATCTTAAATTCGCTCTTCCTGGTAAAGAAAGGCAAGACTCTGT
TCTCAGTGGACTTCAGGAAATAGATGCGAACGCTGAACTTGTTTGCATCCACGACTCAGC
CAGACCGTTGGTGGACACTGAAGATGTCGAGAAGGTACTTAAAGATGGTTTGGCGGTTGG
AGCAGCCGTTCTTGGTGTTCCAGCGAAAGCTACTATCAAAGAGGTCAATTCAGATTCACT
CGTGGTGAAAACTCTTGACAGGAAAACCCTTTGGGAAATGCAGACACCACAGGTGATCAA
ACCCGAGCTGTTGAAGAGAGGTTTCGAGCTTGTGAAAAGAGAAGGTTTAGAGGTAACGGA
TGATGTTTCGATTGTTGAATACCTCAAGCATCCTGTTCATGTCACTCAAGGATCTTACAC
AAACATCAAGGTTACAACACCTGATGATTTACTGCTTGCTGAGAGAATCTTGAGCATGGA
CTCATGAGGATGTAGTACGACTTGGTAATTTGATATAATTTTCAGCCTTACTGTATTTGT
AGACAATAATATTCTAAGATTTTACAAAAAGTGTTGAGACATTTGGAAAAGAAGAATCAA
AAGAATCATCTACATTTATC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL6630Contig1 1233 2 2 U
GGAAAGACAATCTACGGGGAGAGGAGAATGATGAAACTCGTTTTGGTGGTTGCGATATCA
TTTGCCTTTCTCTTAAGCCTCTTCGATTCTTCCCGCGAGAGTCTAAAACATGGAGAGTCA
ATGTTGACTGTTCATTTCCCTGAGTTCCATTTGATTCCTACCACCGGAGCTTCTGGACCT
GAGAGTTTCGTCTTCGATATCTCCGGAGATGGTCCTTACACCGGTTTATCCGACGGTCGA
ATTGTTAAGTGGATAGCTAATGAGAGCCGTTGGATAGATTTCGCCGTCACCACCCCAGCA
AGAGAAGGTTGTGAGGGCCCGCACGAGCACCAACGAACGGAACACGAGTGTGGTCGACCA
TTGGGCCTGGCCTTTGAAAAATCTACTGGTGATCTTTATATTGCTGATGCTTACATGGGC
CTTCTTAAAGTTGGTCGAGAAGGTGGTTTAGCCAATCAAGTATTAACAGGTCAGTTGGAT
AAGCCCCTTGGGTTTGCCAACAGTGTTGAGATAGATCCAAGGACCGGAGTTATCTACTTC
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GAACCGGTAGAGTGATGAAATATGATCCAAGTACAAAACAAGTGACAACGCTTCTAAGCA
ACCTTGCGTTCGCAAACGGGATCGTACTAAGCCAAAACGCCGATTACCTTCTCGTGGCTG
AGACTGCCACGTCCCGAATCCTACGTTACTGGCTCAACGACACTTCGGTTTTTAAGTCTC
ACGAGAACTACGAGGTTTTTGCGGAGCAGCTCCCTGGGTTCCCCGACAATATAAAGAGGA
GTCAACGTGGTGGATTTTGGGTAGGCTTGAATACAAAACACTCAAAGCTGACCGAGTTCG
CTATGTCGAACGCGTGGCTAGGACGCGCCGCCTTGGGTTTGCCGGTGGACTGGATGAAAG
TCCACTCGTATTGGGCCAAGTACAAAGGGAACGGGATGGCAGTGAGGTTGAGCGAAGGTA
GTGGCTTAATATCAGAGGTTTTCGAGGGTACAAATGGAAATAAATGGATCTCCATAAGTG
AGGTGGAGGAGCGTGACGGAACTCTATGGGTTGGATCGGTGAATACTCCTTTCGCTGGAG
TGTACAAATCATTCGTACATTAACGATAAAAATAATTTAAATCAGCGATTTAAATTTATT
TTATATGTCAAGTTTTCATAATAAATGTTTAGG


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BC45TF U 1
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BS 768 1233 RR3BC45JQ

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ATGTTGACTGTTCATTTCCCTGAGTTCCATTTGATTCCTACCACCGGAGCTTCTGGACCT
GAGAGTTTCGTCTTCGATATCTCCGGAGATGGTCCTTACACCGGTTTATCCGACGGTCGA
ATTGTTAAGTGGATAGCTAATGAGAGCCGTTGGATAGATTTCGCCGTCACCACCCCAGCA
AGAGAAGGTTGTGAGGGCCCGCACGAGCACCAACGAACGGAACACGAGTGTGGTCGACCA
TTGGGCCTGGCCTTTGAAAAATCTACTGGTGATCTTTATATTGCTGATGCTTACATGGGC
CTTCTTAAAGTTGGTCGAGAAGGTGGTTTAGCCAATCAAGTATTAACAGGTCAGTTGGAT
AAGCCCCTTGGGTTTGCCAACAGTGTTGAGATAGATCCAAGGACCGGAGTTATCTACTTC
ACCGATAGTAGTACTGTTTATCAACGGAGGAATTATATAGGCGTGATTATGAGTGGGACA
GAACCGGTAGAGTGATGAAATATGATCCAAGTACAAAACAAGTGACAACGCTTCTAAGCA
ACCTTGCGTTCGCAAACGGGATCGTACTAAGCCAAAACGCCGATTACCTTCTCGTGGCTG
AGACTGCCACGTCCCGAATCCTACGTTACTGGCTCAACGACACTTCG

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3BC45JQ 775 0 0
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AAGGACCGGAGTTATCTACTTCACCGATAGTAGTACTGTTTATCAACGGAGGAATTATAT
AGGCGTGATTATGAGTGGGACAGAACCGGTAGAGTGATGAAATATGATCCAAGTACAAAA
CAAGTGACAACGCTTCTAAGCAACCTTGCGTTCGCAAACGGGATCGTACTAAGCCAAAAC
GCCGATTACCTTCTCGTGGCTGAGACTGCCACGTCCCGAATCCTACGTTACTGGCTCAAC
GACACTTCGGTTTTTAAGTCTCACGAGAACTACGAGGTTTTTGCGGAGCAGCTCCCTGGG
TTCCCCGACAATATAAAGAGGAGTCAACGTGGTGGATTTTGGGTAGGCTTGAATACAAAA
CACTCAAAGCTGACCGAGTTCGCTATGTCGAACGCGTGGCTAGGACGCGCCGCCTTGGGT
TTGCCGGTGGACTGGATGAAAGTCCACTCGTATTGGGCCAAGTACAAAGGGAACGGGATG
GCAGTGAGGTTGAGCGAAGGTAGTGGCTTAATATCAGAGGTTTTCGAGGGTACAAATGGA
AATAAATGGATCTCCATAAGTGAGGTGGAGGAGCGTGACGGAACTCTATGGGTTGGATCG
GTGAATACTCCTTTCGCTGGAGTGTACAAATCATTCGTACATTAACGATAAAAATAATTT
AAATCAGCGATTTAAATTTATTTTATATGTCAAGTTTTCATAATAAATGTTTAGG

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

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AAAATCAGAAACTAATAAAACTTGAAATGGAAGAAGTAGCATATGCTAATCAATAAAAAT
GGTTTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTCTTTATTGCTGATTGCTCTGTTGTCCAGGGTAAGCT
CCAAGTTCTTCAACATTCCAGCTTTCGTGGGATGCAACATGCTTATGCGAAGGAGTGTAC
TCCTCCATCTTCTCCATAAGCTCTTTGGCTGTTGGTGCAGAAACCACAATATTACGTGCC
CCTGGTTTGATAAAACCTTCTTGGACGCCAGTGTCAAACAAAGCAAGCAAATTGTTATAG
TACCCATCAACATTCAATAAACCAACCGTCTTCTTATGGATACCAAGTTGTGACCATGTT
ATCATCTCCAGCAGCTCCTCCATTGTTCCATAACCTCCAGGGAGAGCAATGAAGGCCTCA
GCTTCTTGTGCCATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV02JQ U 1
AF RR3CH39JQ U 152
BS 1 464 RR3EV02JQ
BS 465 496 RR3CH39JQ

RD RR3EV02JQ 464 0 0
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AAAATCAGAAACTAATAAAACTTGAAATGGAAGAAGTAGCATATGCTAATCAATAAAAAT
GGTTTTTTTTTGTTTTTTGTTTTTCTTTATTGCTGATTGCTCTGTTGTCCAGGGTAAGCT
CCAAGTTCTTCAACATTCCAGCTTTCGTGGGATGCAACATGCTTATGCGAAGGAGTGTAC
TCCTCCATCTTCTCCATAAGCTCTTTGGCTGTTGGTGCAGAAACCACAATATTACGTGCC
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TACCCATCAACATTCAATAAACCAACCGTCTTCTTATGGATACCAAGTTGTGACCATGTT
ATCATCTCCAGCAGCTCCTCCATTGTTCCATAACCTCCAGGGAG

QA 1 464 1 464
DS 

RD RR3CH39JQ 345 0 0
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ATGCAACATGCTTATGCGAAGGAGTGTACTCCTCCATCTTCTCCATAAGCTCTTTGGCTG
TTGGTGCAGAAACCACAATATTACGTGCCCCTGGTTTGATAAAACCTTCTTGGACGCCAG
TGTCAAACAAAGCAAGCAAATTGTTATAGTACCCATCAACATTCAATAGACCAACCGTCT
TCTTATGGATACCAAGTTGTGACCATGTTATCATCTCCAGCAGCTCCTCCATTGTTCCAT
AACCTCCAGGGAGAGCAATGAAGGCCTCAGCTTCTTGTGCCATTG

QA 1 345 1 345
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6633Contig1 1035 2 2 U
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GCTGGTTTTTATCACTGGTTTGAGTTTCATTTGTTATGTTCTTAAGGCATGGGGGAGATA
TTTGGAGCGATTGCGTCGAATCGAGGGTTTTATTTTCTCCACTTTGGAGCGTGATTATCC
GGCAAATCTCGTAGGTTGTCGATGTTCTTCCGGCAAATCTTCATGGTTTTGTCGGCGCCA
TCTCCGAGCACTTGATGCACGATGTTCTCTTTTCTCCTGTTAATTTTGGAGAGTTGCAAT
CATTCCTGAAGGCGCCTTGGCCGGGAGACTATAATATCACTCTTTTCTCAAATCAAATGT
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CGTACAAGAGTGGATGGATTTCACAGCAGACAAGATCATTTTATTGGAGCCACAAAAAGA
GTATTATAGAGTCTACTTCAATAACAAGAACGCATATACGGACTAATTGGTACCGTGTCG
AGTTTTCAAAGCATGTCTCGTATGCAATGGATTTTTTCTATACGATTTGGAAAAGGAATA
AAATGCCAAAATGGCATATACCAATCGTATCAGAGTGAGACGAATTCTGGAAAAGGAAAA
TAACAGAATATATGTTCTGTTAGCGTGTAAGGCTTCCTGCAAAAGAAAGCAACGTCAATA
TTCACTTCTACAAACGATTTGTCTTTAGCATATGTCGCATATTTCTGCTTATGTAATAAT
TTGTATTCTATTGCTTTGTATACGATTCTATTACTCGATTTGTACTTTGATCTACTAATA
AAATCTGTTTAGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E560TF U 1
AF RR3E560JQ C 347
BS 1 655 RR3E560TF
BS 656 1035 RR3E560JQ

RD RR3E560TF 655 0 0
GGGACAAAAAAACCGCTTTGTCTCTCTGAGTGCGATTTCTAGAACAACACAACTTTTCAC
TTTTCTGATCACGACCGGTGGTTTCGGCCGCCGGTTTCGTTACGCTTTCTGTTTTTATTT
CTACAGTGACCATATGTTCACTTTGATTCTGTTATATACGTTTGGGTTTATCACCAAACG
ACGTCTTCATCCATCTGTTCGTCGATATTGCTATCTTCACTCTCGACCATCGTCTCTTAG
GCTGGTTTTTATCACTGGTTTGAGTTTCATTTGTTATGTTCTTAAGGCATGGGGGAGATA
TTTGGAGCGATTGCGTCGAATCGAGGGTTTTATTTTCTCCACTTTGGAGCGTGATTATCC
GGCAAATCTCGTAGGTTGTCGATGTTCTTCCGGCAAATCTTCATGGTTTTGTCGGCGCCA
TCTCCGAGCACTTGATGCACGATGTTCTCTTTTCTCCTGTTAATTTTGGAGAGTTGCAAT
CATTCCTGAAGGCGCCTTGGCCGGGAGACTATAATATCACTCTTTTCTCAAATCAAATGT
TAATAGTTTTGTTTGGGAGTTGGACGATGCAGAAGCCACAATGGAAACACAATGCATCAT
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DS 

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TGGAGAGTTGCAATCATTCCTGAAGGCGCCTTGGCCGGGAGACTATAATATCACTCTTTT
CTCAAATCAAATGTTAATAGTTTTGTTTGGGAGTTGGACGATGCAGAAGCCACAATGGAA
ACACAATGCATCATCGTACAAGAGTGGATGGATTTCACAGCAGACAAGATCATTTTATTG
GAGCCACAAAAAGAGTATTATAGAGTCTACTTCAATAACAAGAACGCATATACGGACTAA
TTGGTACCGTGTCGAGTTTTCAAAGCATGTCTCGTATGCAATGGATTTTTTCTATACGAT
TTGGAAAAGGAATAAAATGCCAAAATGGCATATACCAATCGTATCAGAGTGAGACGAATT
CTGGAAAAGGAAAATAACAGAATATATGTTCTGTTAGCGTGTAAGGCTTCCTGCAAAAGA
AAGCAACGTCAATATTCACTTCTACAAACGATTTGTCTTTAGCATATGTCGCATATTTCT
GCTTATGTAATAATTTGTATTCTATTGCTTTGTATACGATTCTATTACTCGATTTGTACT
TTGATCTACTAATAAAATCTGTTTAGACG

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DS 



AS 1 2

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AGGAGATAACTTGGCTCTCATTTATGAATACATCGCCAATGGAGATTTAAAAGAGCATTT
GTCAGGAAGGCGTAACCGCTTTGTGTTAAATTGGGGAACTAGACTAAAAATAGTCATTGG
TCTGCACAAGGACTTGAGTATTTGCATAATGGATGCAAACCACCAATGATTCATAGAGAT
GTCAAACCCACAAATATATTGTTGAATTAACACTTTGAGGCCAAAATGGCTGATTTTGGG
CTTTCGAGGTCATTTCCAATGGAAGGAGACACTCATGTGTCAACAGTTGTTGCGGGAACT
CCAGGATACCTCGATCCTGAATACTACAGAACGAATTGGCTGACAGAGAAGAGTGATGTT
TATAGCTTTGGGGTTGTATTGTTGGAGATGATCACAAACCGACCCGTGATCGACCAAAGC
CGTGAAAAGCCACATATAGGAGAATGGGTGGGGTTAATGCTTACAAAAGGAGACATCATA
AGCATTATGGATCCAAGTATAAATGGAGATTATGATTCTGGTTCTGTGTGGAAAGCTGTT
GAACTAGCAATGTCTTGTTTGAATCCTTCTTCAATGAGAAGACCTACCATGGCTCAAGTT
GTTATTGGATTAAACGAGTGTCTTGCATCTGAAAATTCAAGGGGAGGTGCGAGTAGGGAC
ATGGACTCGACGAGTTCTATTGATGTGAGTTTGACCTTTGGTACTGACGTGACCCCAACG
TCTCGGTAGATCACATTAATTTCTCTTTGCTGTTTCTATATTATGGAACTATCTTCAGAC
TCGTAATATCTCTGATTGGTCAAGCCTTTATTAATGAGCAACGAGGTCCTGTCCTTGATG
CTCATTGACACTAAAGTAAAACAGGAAAATATAGAATGCAAGAATATAATATATATAGAT
ATTAAAGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E875TF U 1
AF RR3E875JQ C 385
BS 1 649 RR3E875TF
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BS 699 1088 RR3E875JQ

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AGGAGATAACTTGGCTCTCATTTATGAATACATCGCCAATGGAGATTTAAAAGAGCATTT
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TCTGCACAAGGACTTGAGTATTTGCATAATGGATGCAAACCACCAATGATTCATAGAGAT
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CTTTCGAGGTCATTTCCAATGGAAGGAGACACTCATGTGTCAACAGTTGTTGCGGGAACT
CCAGGATACCTCGATCCTGAATACTACAGAACGAATTGGCTGACAGAGAAGAGTGATGTT
TATAGCTTTGGGGTTGTATTGTTGGAGATGATCACAAACCGACCCGTGATCGACCAAAGC
CGTGAAAAGCCACATATAGGAGAATGGGTGGGGTTAATGCTTACAAAAG*AGACATCATA
AGCATTATGGATCCAAGTATAAATGGAGATTATGATTC

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DS 

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GGAGATTATGATTCTGGTTCTGTGTGGAAAGCTGTTGAACTAGCAATGTCTTGTTTGAAT
CCTTCTTCAATGAGAAGACCTACCATGGCTCAAGTTGTTATTGGATTAAACGAGTGTCTT
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GTGAGTTTGACCTTTGGTACTGACGTGACCCCAACGTCTCGGTAGATCACATTAATTTCT
CTTTGCTGTTTCTATATTATGGAACTATCTTCAGACTCGTAATATCTCTGATTGGTCAAG
CCTTTATTAATGAGCAACGAGGTCCTGTCCTTGATGCTCATTGACACTAAAGTAAAACAG
GAAAATATAGAATGCAAGAATATAATATATATAGATATTAAAGG

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

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ATTGGCCGCGAAAGACAATTCTGGAGTTCTCTCGCCTTTCCGTTTCTCTAGAAGGGAGAC
AGGAGAGAAGGATGTTAAGTTCAAAGTTTTGTTCTGTGGAATCTGTCACTCTGATTTGCA
TATGATCAAGAATGATTGGGGAGTATCTACTTACCCTCTCGTCCCCGGGCATGAGATTGT
TGGTGTGGTGACTGAAGTGGGAAGCAAAGTGACTAAATTCAAAACTGGAGACAAAGTGGG
AGTCGGGTGCATGGTCGGCTCGTGCGGATCATGTGACAGCTGCACCGAAGGTCTCGAGAA
CTACTGTCCAAAAACGATCCAAACGTACGGTTTTAAGTATTACGACGACACAATAACCTA
TGGTGGTTACTCAGACAACATGGTCTGCGACGAAGGTTTCATCATCCGTATTCCCGAAAA
TCTCCCACTGGACGCTGCTGCGCCGCTACTATGCGCGGGGATCACGGTCTACTCCCCGCT
GAAATACCACGGGCTCGACAAGCCTGGTATGCACATTGGTGTGGTTGGACTAGGCGGTTT
GGGCCATGTGGCGGTGAAATTTGCTAAGGCTATGGGTCTTAAGGTTACGGTTATTAGCAC
TTCGGATAGTAAGAGAGATGAAGCGATTAATAGGCTTGGTGCAGACTCGTTCGTGGTGAG
CCGTGACCAAAAGCAGATTAAGGATGCGATGAGGACGTTGGATGGTATTATTAATACCGT
ATTTGCGACTCATTCGCTTCTCCCATTGCTCGGTTTGTTAAAGCCTAAGGGAAAACTTGT
TATGGTTGGTGTACCAGAAAAGCCACTCGAGCTCCCGGTCATGCCTCTCATCTTCGAGAG
GAAGATGGTAATGGGAAGTATGATAGGAGGGATAAAGGAGACGCAAGAGATGGTGGATAT
GGCCGGAAAACACAACATCACTGCGGATATTGAGCTTATCTTTGCGGATTATGTCAACAC
TGCCATGGAACGGCTTGAGAAGGCCGACGTTAGATACCGTTTTGTGATTGATGTTGCCAA
CACATTGAAGCCTGCTCCTTAATTATAAATCTTAAGAACTGAAGTTCCACAATGATATTG
TTCTTGTTTGGTTTGTTTTAATAAGCTTTATGTTGTTTTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D467TF U 1
AF RR3D467JQ C 423
BS 1 628 RR3D467TF
BS 629 629 RR3D467JQ
BS 630 693 RR3D467TF
BS 694 694 RR3D467JQ
BS 695 727 RR3D467TF
BS 728 728 RR3D467JQ
BS 729 738 RR3D467TF
BS 739 1180 RR3D467JQ

RD RR3D467TF 752 0 0
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ATTGGCCGCGAAAGACAATTCTGGAGTTCTCTCGCCTTTCCGTTTCTCTAGAAGGGAGAC
AGGAGAGAAGGATGTTAAGTTCAAAGTTTTGTTCTGTGGAATCTGTCACTCTGATTTGCA
TATGATCAAGAATGATTGGGGAGTATCTACTTACCCTCTCGTCCCCGGGCATGAGATTGT
TGGTGTGGTGACTGAAGTGGGAAGCAAAGTGACTAAATTCAAAACTGGAGACAAAGTGGG
AGTCGGGTGCATGGTCGGCTCGTGCGGATCATGTGACAGCTGCACCGAAGGTCTCGAGAA
CTACTGTCCAAAAACGATCCAAACGTACGGTTTTAAGTATTACGACGACACAATAACCTA
TGGTGGTTACTCAGACAACATGGTCTGCGACGAAGGTTTCATCATCCGTATTCCCGAAAA
TCTCCCACTGGACGCTGCTGCGCCGCTACTATGCGCGGGGATCACGGTCTACTCCCCGCT
GAAATACCACGGGCTCGACAAGCCTGGTATGCACATTGGTGTGGTTGGACTAGGCGGTTT
GGGCCATGTGGCGGTGAAATTTGCTAAG*CTATGGGTCTTAAGGTTACGGTTATTAGCAC
TTCGGATAGTAAGAGAGATGAAGCGATTAATAG*CTTGGTGCAGACTCGTTCGTGGTGAG
CCGTGAC*AAAAGCAGAT
AAGATGCGATGAGG

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3D467JQ 758 0 0
GGTGG
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CTGGACGCTGCTGCGCCGCTACTATGCGCGGGGATCACGGTCTACTCCCCGCTGAAATAC
CACGGGCTCGACAAGCCTGGTATGCACATTGGTGTGGTTGGACTAGGCGGTTTGGGCCAT
GTGGCGGTGAAATTTGCTAAGGCTATGGGTCTTAAGGTTACGGTTATTAGCACTTCGGAT
AGTAAGAGAGATGAAGCGATTAATAGGCTTGGTGCAGACTCGTTCGTGGTGAGCCGTGAC
CAAAAGCAGATTAAGGATGCGATGAGGACGTTGGATGGTATTATTAATACCGTATTTGCG
ACTCATTCGCTTCTCCCATTGCTCGGTTTGTTAAAGCCTAAGGGAAAACTTGTTATGGTT
GGTGTACCAGAAAAGCCACTCGAGCTCCCGGTCATGCCTCTCATCTTCGAGAGGAAGATG
GTAATGGGAAGTATGATAGGAGGGATAAAGGAGACGCAAGAGATGGTGGATATGGCCGGA
AAACACAACATCACTGCGGATATTGAGCTTATCTTTGCGGATTATGTCAACACTGCCATG
GAACGGCTTGAGAAGGCCGACGTTAGATACCGTTTTGTGATTGATGTTGCCAACACATTG
AAGCCTGCTCCTTAATTATAAATCTTAAGAACTGAAGTTCCACAATGATATTGTTCTTGT
TTGGTTTGTTTTAATAAGCTTTATGTTGTTTTG

QA 6 758 6 758
DS 



AS 1 2

CO CL6636Contig1 407 2 2 U
GGCGAAGAGGACGAGGGACTACTATGATGAGGAGATCGGATGCTCTTCAGCTCAAGAGTC
AAACTGTTTTCGGCCGTTGAAGCGACCGACAAGAGAGGAACCAGCGTTCAAATCAACGGC
TGCGGTTAACTCTATCATTAGACTAGAAGGAGAGAGTCTCCAAAACATTGAGCGGCGCCG
TTGATTCATCTTCTTCGTCGTTGTCTCCTCTGTTCTTTGCCATCTCCAAAACGAGGAGAG
ATCTCAGCCGTTGATTCTCCCCTCCTTGCTCTTTGGGTAAATCACCACCGTTCGTTTTTT
TAAATTCTAACAATAGTCTTGTTTTAGTGATGAGATTAGTTCATTGTTTTGTAACTTTAA
ATGTTTGTATTTGATCGATCAATATCATTATCTGATTTTGTTTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FI40JQ C 1
AF RR3FI40TF U 102
BS 1 101 RR3FI40JQ
BS 102 407 RR3FI40TF

RD RR3FI40JQ 407 0 0
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AAACTGTTTTCGGCCGTTGAAGCGACCGACAAGAGAGGAACCAGCGTTCAAATCAACGGC
TGCGGTTAACTCTATCATTAGACTAGAAGGAGAGAGTCTCCAAAACATTGAGCGGCGCCG
TTGATTCATCTTCTTCGTCGTTGTCTCCTCTGTTCTTTGCCATCTCCAAAACGAGGAGAG
ATCTCAGCCGTTGATTCTCCCCTCCTTGCTCTTTGGGTAAATCACCACCGTTCGTTTTTT
TAAATTCTAACAATAGTCTTGTTTTAGTGATGAGATTAGTTCATTGTTTTGTAACTTTAA
ATGTTTGTATTTGATCGATCAATATCATTATCTGATTTTGTTTATCT

QA 1 407 1 407
DS 

RD RR3FI40TF 306 0 0
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AAAACATTGAGCGGCGCCGTTGATTCATCTTCTTCGTCGTTGTCTCCTCTGTTCTTTGCC
ATCTCCAAAACGAGGAGAGATCTCAGCCGTTGATTCTCCCCTCCTTGCTCTTTGGGTAAA
TCACCACCGTTCGTTTTTTTAAATTCTAACAATAGTCTTGTTTTAGTGATGAGATTAGTT
CATTGTTTTGTAACTTTAAATGTTTGTATTTGATCGATCAATATCATTATCTGATTTTGT
TTATCT

QA 1 306 1 306
DS 



AS 1 2

CO CL6637Contig1 969 2 2 U
GCTGCGCTGCCGCCGTTGCGCTTCGTGTGGGTACTGTGACGCCGGAATATTTGAGTGCAT
CGAAGCAGGTTTCTCCGGTTGGATCTGAAACTCAAGGTCCACAAATGTCGCCTGCTGTTT
CATCCGTTAGTGATGCTCCCTCATTGGACACCCAGAAACAACAGGATATTCAGTCCAGGC
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CAGTAGATGCTGATGATCCTACCGATGTTAAGCGTGCTAGGAGGATGCTTTCAAACCGAG
AGTCCGCTAGGCGCTCTAGAAGAAGGAAGCAAGAACATATGAGTGACCTTGCTTCACAGG
TTGGTCAATTACGTGATGAGTATTCAACTTTGCTTAAGCGTCTTGGTGCCATGAATCAGA
AGGTTAGCACCGCTGTTGTCGATAACAGAGTCTTAAAAGCTGAACTCGAGACAATGAGAA
CAAAGGTGAAGATGGCAGAAGACACTGTGAAAAGAATGACAGGAATCAACCCTATGCTTT
TGGCAACACCATACAGCGTACCATTCGATAGGACACTGATGGATTCTTCTCAGCCAAACT
TGAATCAACCCGATATGATTCCAAATCAAGGATCAGATAACGAGAGCTTTGCAAGCAACA
CGGTTGTTACTTTGGAAACCAGTTGCATTGTTTTTGAAACTCTGCCGCAGTGGGAGCTGG
AAGCAGGGAAAAATAAACCGCAAGAGTGAAATGAGCTGGATTTGTGATATGACTAGGATG
CAACTTGAACAAATGTGGTGGATGGAGGCAAAAAGTGGAAAAAGGTGTGTTGTTAAATGA
TTGTTGGACAATTTAATTATTGGAAACAGGAAAAAAAAACTAGAAGTGTTAAATGTTGTG
TAGCCTTTTACTTTGGGTATGATTATGACAAGCCTGATTTATATGGTACTTGGACTAGAG
TTTTACTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AQ13TF U 1
AF RR3AQ13JQ C 407
BS 1 721 RR3AQ13TF
BS 722 969 RR3AQ13JQ

RD RR3AQ13TF 721 0 0
GCTGCGCTGCCGCCGTTGCGCTTCGTGTGGGTACTGTGACGCCGGAATATTTGAGTGCAT
CGAAGCAGGTTTCTCCGGTTGGATCTGAAACTCAAGGTCCACAAATGTCGCCTGCTGTTT
CATCCGTTAGTGATGCTCCCTCATTGGACACCCAGAAACAACAGGATATTCAGTCCAGGC
TAGCTACCAGTGTTTCAGATGATTCTGATGACGAAGATCCTGATGGAGAGACGGTAACTA
CAGTAGATGCTGATGATCCTACCGATGTTAAGCGTGCTAGGAGGATGCTTTCAAACCGAG
AGTCCGCTAGGCGCTCTAGAAGAAGGAAGCAAGAACATATGAGTGACCTTGCTTCACAGG
TTGGTCAATTACGTGATGAGTATTCAACTTTGCTTAAGCGTCTTGGTGCCATGAATCAGA
AGGTTAGCACCGCTGTTGTCGATAACAGAGTCTTAAAAGCTGAACTCGAGACAATGAGAA
CAAAGGTGAAGATGGCAGAAGACACTGTGAAAAGAATGACAGGAATCAACCCTATGCTTT
TGGCAACACCATACAGCGTACCATTCGATAGGACACTGATGGATTCTTCTCAGCCAAACT
TGAATCAACCCGATATGATTCCAAATCAAGGATCAGATAACGAGAGCTTTGCAAGCAACA
CGGTTGTTACTTTGGAAACCAGTTGCATTGTTTTTGAAACTCTGCCGCAGTGGGAGCTGG
A

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3AQ13JQ 563 0 0
TGCCATGAATCAGAAGGTTAGCACCGCTGTTGTCGATAACAGAGTTTTAAAAGCTGAACT
CGAGACAATGAGAACAAAGGTGAAGATGGCAGAAGACACTGTGAAAAGAATGACAGGAAT
CAACCCTATGCTTTTGGCAACACCATACAGCGTACCATTCGATAGGACACTGATGGATTC
TTTTCAGCCAAACTTGAATCAACCCGATATGATTCCAAATCAAGGATCAGATAACGAGAG
CTTTGCAAGCAACACGGTTGTTACTTTGGAAACCAGTTGCATTGTTTTTGAAACTCTGCC
GCAGTGGGAGCTGGAAGCAGGGAAAAATAAACCGCAAGAGTGAAATGAGCTGGATTTGTG
ATATGACTAGGATGCAACTTGAACAAATGTGGTGGATGGAGGCAAAAAGTGGAAAAAGGT
GTGTTGTTAAATGATTGTTGGACAATTTAATTATTGGAAACAGGAAAAAAAAACTAGAAG
TGTTAAATGTTGTGTAGCCTTTTACTTTGGGTATGATTATGACAAGCCTGATTTATATGG
TACTTGGACTAGAGTTTTACTGC

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 2

CO CL6638Contig1 802 2 2 U
GGATTCCATTCATTTCCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTTCTCTTTTTAT
TCGACCCGTAAGCTTGCCGGAGGAGGTGAAATCTTGTATAGATGGCGCAGAGAGCGGAGA
AGGAAGAGACGGAGTTCAAGGTCCTCGAAACCTTGACGACCACCACCACGACGCTCTGCT
CCAATAACTGCGGCGTTACGGCGAATCCAGCGACCAACAACATGTGTCAGAAATGTTTCA
ACGCCTCCATCGCCGCCGCCGGTGTAGATTCCCCTTCGATCTTGAAGAGAACGTCGAGAT
CCGTCAATCTTAGGCCCACCACGCCAGCCAGAGTCGTGATCCGTCCCAGGGAGATCGATC
CGGTTAAAAGAGAACAGCAGACGGTAAACCGGTGTTCTGGTTGTCGGAAGAAGGTGGGGT
TGACCGGATTCAGGTGCCGGTGCGGAGACCTTTTCTGCTCCGACCACCGTTACTCGGATC
GGCACGACTGCAGCTACGACTATAAAACCGCCGGTCGCGAGGCGATCGCTAGAGAAAACC
CGGTCGTCAAGGCGGCGAAGATGGTTAAAGTTTAAAAAAGTTAAAAAAAATTCAAATTTG
GAAAAACAAAAAAAAAACAATCTTCAATCGTGGTTCAAGCTTCCGATCTGTAAAATTCGG
ACAGGGAAGATGCTCGCAGACATTGATTTGATGCTGTCTGTTTTGTAATGAAAATATCAG
AGAGATTCTCTTCTCGATTTGAATTTGGAACTAAATTTAATTATTTTTTACCTCTTGAAG
TATATTAGTGAATGATGATTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GF91TF U 1
AF RR3GF91JQ C 283
BS 1 601 RR3GF91TF
BS 602 802 RR3GF91JQ

RD RR3GF91TF 601 0 0
GGATTCCATTCATTTCCTCTCTCTCTCTTTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTTCTCTTTTTAT
TCGACCCGTAAGCTTGCCGGAGGAGGTGAAATCTTGTATAGATGGCGCAGAGAGCGGAGA
AGGAAGAGACGGAGTTCAAGGTCCTCGAAACCTTGACGACCACCACCACGACGCTCTGCT
CCAATAACTGCGGCGTTACGGCGAATCCAGCGACCAACAACATGTGTCAGAAATGTTTCA
ACGCCTCCATCGCCGCCGCCGGTGTAGATTCCCCTTCGATCTTGAAGAGAACGTCGAGAT
CCGTCAATCTTAGGCCCACCACGCCAGCCAGAGTCGTGATCCGTCCCAGGGAGATCGATC
CGGTTAAAAGAGAACAGCAGACGGTAAACCGGTGTTCTGGTTGTCGGAAGAAGGTGGGGT
TGACCGGATTCAGGTGCCGGTGCGGAGACCTTTTCTGCTCCGACCACCGTTACTCGGATC
GGCACGACTGCAGCTACGACTATAAAACCGCCGGTCGCGAGGCGATCGCTAGAGAAAACC
CGGTCGTCAAGGCGGCGAAGATGGTTAAAGTTTAAAAAAGTTAAAAAAAATTCAAATTTG
G

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3GF91JQ 520 0 0
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GTCCCAGGGAGATCGATCCGGTTAAAAGAGAACAGCAGACGGTAACCCGGTGTTCTGGTT
GTCGGAAGAAGGTGGGGTTGACCGGATTCAGGTGCCGGTGCGGAGACCTTTTTTGCTCCG
ACCACCGTTACTCGGATCGGCACGACTGCAGCTACGACTATAAAACCGCCGGTCGCGAGG
CGATCGCTAGAGAAAACCCGGTCGTCAAGGCGGCGAAGATGGTTAAAGTTTAAAAAAGTT
AAAAAAAATTCAAATTTGGAAAAACAAAAAAAAAACAATCTTCAATCGTGGTTCAAGCTT
CCGATCTGTAAAATTCGGACAGGGAAGATGCTCGCAGACATTGATTTGATGCTGTCTGTT
TTGTAATGAAAATATCAGAGAGATTCTCTTCTCGATTTGAATTTGGAACTAAATTTAATT
ATTTTTTACCTCTTGAAGTATATTAGTGAATGATGATTGT

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 2

CO CL6639Contig1 1201 2 14 U
GGAGGAGATTTACGCAAGAAGGAAAGAGAAAACTGTTTCCCTCTCTTTCTCTCTCTTCCT
TATCCCCCGCCGCCAACTCTTTCACCCAACTCTCGGTGATGGCCGGTCTACTCAAAACGC
CGTCTTTACACCTCACACCGTCTCTTCTTCATGCACCCTCTGTGCCCTTTAAGCCCTTTT
GCGTCTCCTTCGCCGGAGGAAGAAACATCAGCAGCGTCTCACTCTCTCGCCGAGCTTCTT
CTCTCCGCTCTGTCTCCGGTGGCTATCCTCTCCGCTTACTAAACCTCGTACCGTTCGCTT
CTGGAGAATCCGAGACGACGGAGACTGAGGTCGAATCCAACGAACCCAAAGTCCAGGAGA
AGGATGTTGGTGTTGAGAGTGAAGACACTAGCTCTGAGGAAGAAGCGGCGGTTACCGTGG
CATTGCTGAATTCGTATAAAGAAGCTTTAGCAGAGAACAACGAGGAGAAGATTGCTGAGA
TAGAAGCATCGTTGAAGTCCATTGAAGACGAAAAGTTTCACCTCGAGGATAAAGTAGCAT
CTTTAACCAATGAGCTGTCTGTGGAGAGGGATCGGCTGATAAGAATCAGTGCGGATTTCG
ACAACTTCAGGAAGAGGACAGAGAGGGAAAGGCTGAACCTTGTTTCCAATGCTCAGGGAG
AGGTTGTGGAGAATCTTTTGGCGGTTTTGGATAATTTCGAGAGAGCTAAGTCTCAGATTA
AAGTGGAGACTGAGGGAGAAGAGAAAGTCACTAACAGCTATCAGAGCATATACAAACAGT
TTGTGGAAATTCTGGGGTCGCTTGGTGTGGTCACTGTGGAGACAGTTGGCAAGCAGTTTG
ATCCAATGCTTCATGAGGCAATAATGAGGGAGGATTTTGCAGAATACGAAGAAGGTATAG
TACTTGAAGAATACAGGAAGGGTTTCTTGCTAGGGGGAAGGCTTTTGCGTCCTTCAATGG
TGAAAGTATCAGCTGGACCTGGACCAGAAAAGCCCAGTGAAGCTGAAGGAGAAGAAGCCA
CAGCACAAGGAAACGCAGAAGAAAAAGACGCAGAAGCGGCTTCATCTTGAATGAAAGACG
AGCAAGACTCGGTAGTTTTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGGTGGTTACGGTTAATTATTG
TGATTCTTGTTATTACATTATATCATTTCTACAGAGTTTAGAGAATAGAACAAGGTTTTC
G


BQ
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10 

AF RR3H341TF U 1
AF RR3H341JQ C 432
BS 1 672 RR3H341TF
BS 673 673 RR3H341JQ
BS 674 693 RR3H341TF
BS 694 694 RR3H341JQ
BS 695 718 RR3H341TF
BS 719 719 RR3H341JQ
BS 720 735 RR3H341TF
BS 736 736 RR3H341JQ
BS 737 739 RR3H341TF
BS 740 740 RR3H341JQ
BS 741 745 RR3H341TF
BS 746 746 RR3H341JQ
BS 747 765 RR3H341TF
BS 766 1201 RR3H341JQ

RD RR3H341TF 765 0 0
GGAGGAGATTTACGCAAGAAGGAAAGAGAAAACTGTTTCCCTCTCTTTCTCTCTCTTCCT
TATCCCCCGCCGCCAACTCTTTCACCCAACTCTCGGTGATGGCCGGTCTACTCAAAACGC
CGTCTTTACACCTCACACCGTCTCTTCTTCATGCACCCTCTGTGCCCTTTAAGCCCTTTT
GCGTCTCCTTCGCCGGAGGAAGAAACATCAGCAGCGTCTCACTCTCTCGCCGAGCTTCTT
CTCTCCGCTCTGTCTCCGGTGGCTATCCTCTCCGCTTACTAAACCTCGTACCGTTCGCTT
CTGGAGAATCCGAGACGACGGAGACTGAGGTCGAATCCAACGAACCCAAAGTCCAGGAGA
AGGATGTTGGTGTTGAGAGTGAAGACACTAGCTCTGAGGAAGAAGCGGCGGTTACCGTGG
CATTGCTGAATTCGTATAAAGAAGCTTTAGCAGAGAACAACGAGGAGAAGATTGCTGAGA
TAGAAGCATCGTTGAAGTCCATTGAAGACGAAAAGTTTCACCTCGAGGATAAAGTAGCAT
CTTTAACCAATGAGCTGTCTGTGGAGAGGGATCGGCTGATAAGAATCAGTGCGGATTTCG
ACAACTTCAGGAAGAGGACAGAGAGGGAAAGGCTGAACCTTGTTTCCAATGCTCAGGGAG
AGGTTGTGGAGA*TCTTTTGGCGGTTTTGGATA*TTTCGAGAGAGCTAAGTCTCAGAT*A
AAGTGGAGACTGAGG*AGA*GAGAA*GTCACTAACAGCTATCAGA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3H341JQ 770 0 0
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TTGAAGTCCATTGAAGACGAAAAGTTTCACCTCGAGGATAAAGTAGCATCTTTAACCAAT
GAGCTGTCTGTGGAGAGGGATCGGCTGATAAGAATCAGTGCGGATTTCGACAACTTCAGG
AAGAGGACAGAGAGGGAAAGGCTGAACCTTGTTTCCAATGCTCAGGGAGAGGTTGTGGAG
AATCTTTTGGCGGTTTTGGATAATTTCGAGAGAGCTAAGTCTCAGATTAAAGTGGAGACT
GAGGGAGAAGAGAAAGTCACTAACAGCTATCAGAGCATATACAAACAGTTTGTGGAAATT
CTGGGGTCGCTTGGTGTGGTCACTGTGGAGACAGTTGGCAAGCAGTTTGATCCAATGCTT
CATGAGGCAATAATGAGGGAGGATTTTGCAGAATACGAAGAAGGTATAGTACTTGAAGAA
TACAGGAAGGGTTTCTTGCTAGGGGGAAGGCTTTTGCGTCCTTCAATGGTGAAAGTATCA
GCTGGACCTGGACCAGAAAAGCCCAGTGAAGCTGAAGGAGAAGAAGCCACAGCACAAGGA
AACGCAGAAGAAAAAGACGCAGAAGCGGCTTCATCTTGAATGAAAGACGAGCAAGACTCG
GTAGTTTTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGGTGGTTACGGTTAATTATTGTGATTCTTGTT
ATTACATTATATCATTTCTACAGAGTTTAGAGAATAGAACAAGGTTTTCG

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL6640Contig1 1128 2 2 U
GGGGCGCAGAGAGATAGAAATGGAGGAAGCTCAGAAGATACAGTCTTTGTTCATCTATCC
AATCAAATCTTGCCGTGGAATCTCCGTCCCTCAGGCAACCGTAACTCAGACTGGATTTCA
ATGGGACCGGTATTGGTTAGTGGTGAACTACAAAGGAAGAGCATACACTCAAAGAGTTGA
GCCAAAGCTTGCTCTTGTCGAATCTGAGCTGCCTAAGGAAGCCTTCTTGGAAGATTGGGA
GCCAACAAAAGACTCATTTTTGGTGGTAAAAGCTCCAGGTATGAGTCCGTTAAAGATTCC
ATTGACTAAGCCGACCTCGATCGCAGAAGGTGTGTCTATGTGGGAGTGGTCTGGCTCTGC
GTTTGATGAGGGAGAAGAAGCTGCAAAATGGTTTTCAGATTATCTTGGCAAACAAAGCCG
TTTGGTTCGGTTTAACAAAGAAACTGAAACCAGGCCTTCACCTCCTGAGTTTGCAGCAGG
CTATTCTACAACGTTTACAGATATGTTCCCCTTCTTGTTTGCATCTCAGGCTTCTTTAGA
CCAGCTGAATACACTACTACCAGAACCGGTGCCTATTAACCGTTTTCGACCAAATTTTCT
TGTGGATAACTGTGATCCTTTTGGGGAAGATCTTTGGGATGAAATCAAGATTAACGAATT
AGTCTTCCAAGGAGTTAGGCTGTGTAGCCGCTGCAAGGTACCACTTGTGAATCAAGAAAC
CGGAGTTCCAGATGTAGCAGAACCAACTGAAACTCTGATGAAATTCAGATCAGACAAAGT
CTTAGTGCCAGACAAGAAGCCACGTGGAAAGGTTTTCTTTGGTAAGGAGATGGTTTGGAA
CTGGAACATAAGCAACAGTGAAGGCAAAGGCAATAAGACAATCAAAGTTGGTGATACCAT
CTCTGTTGTAAGGAAGATGCCTTCCAGAGCTGAAGCCGCTGTTTAACTCCCAACATATTT
GCTTTTCTTCCTTTTCTTCTTCTGTGTGTTATCTTCTTGTTATCTCTAAACTAAAGTTAT
CATCTAAATCAAACAAACTTCACTTGTTCTGAGAGATACATCTTGTTGAATGTGTGATCA
TGTTTTTCTGTTTTGGCTATTTTAAACTGTGCAATATTGCTACTATTT


BQ
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AF RR3D013TF U 1
AF RR3D013JQ C 376
BS 1 676 RR3D013TF
BS 677 1128 RR3D013JQ

RD RR3D013TF 676 0 0
GGGGCGCAGAGAGATAGAAATGGAGGAAGCTCAGAAGATACAGTCTTTGTTCATCTATCC
AATCAAATCTTGCCGTGGAATCTCCGTCCCTCAGGCAACCGTAACTCAGACTGGATTTCA
ATGGGACCGGTATTGGTTAGTGGTGAACTACAAAGGAAGAGCATACACTCAAAGAGTTGA
GCCAAAGCTTGCTCTTGTCGAATCTGAGCTGCCTAAGGAAGCCTTCTTGGAAGATTGGGA
GCCAACAAAAGACTCATTTTTGGTGGTAAAAGCTCCAGGTATGAGTCCGTTAAAGATTCC
ATTGACTAAGCCGACCTCGATCGCAGAAGGTGTGTCTATGTGGGAGTGGTCTGGCTCTGC
GTTTGATGAGGGAGAAGAAGCTGCAAAATGGTTTTCAGATTATCTTGGCAAACAAAGCCG
TTTGGTTCGGTTTAACAAAGAAACTGAAACCAGGCCTTCACCTCCTGAGTTTGCAGCAGG
CTATTCTACAACGTTTACAGATATGTTCCCCTTCTTGTTTGCATCTCAGGCTTCTTTAGA
CCAGCTGAATACACTACTACCAGAACCGGTGCCTATTAACCGTTTTCGACCAAATTTTCT
TGTGGATAACTGTGATCCTTTTGGGGAAGATCTTTGGGATGAAATCAAGATTAACGAATT
AGTCTTCCAAGGAGTT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3D013JQ 753 0 0
AGAAGCTGCAAAATGGTTTTCAGATTATCTTGGCAAACAAAGCCGTTTGGTTCGGTTTAA
CAAAGAAACTGAAACCAGGCCTTCACCTCCTGAGTTTGCAGCAGGCTATTCTACAACGTT
TACAGATATGTTCCCCTTCTTGTTTGCATCTCAGGCTTCTTTAGACCAGCTGAATACACT
ACTACCAGAACCGGTGCCTATTAACCGTTTTCGACCAAATTTTCTTGTGGATAACTGTGA
TCCTTTTGGGGAAGATCTTTGGGATGAAATCAAGATTAACGAATTAGTCTTCCAAGGAGT
TAGGCTGTGTAGCCGCTGCAAGGTACCACTTGTGAATCAAGAAACCGGAGTTCCAGATGT
AGCAGAACCAACTGAAACTCTGATGAAATTCAGATCAGACAAAGTCTTAGTGCCAGACAA
GAAGCCACGTGGAAAGGTTTTCTTTGGTAAGGAGATGGTTTGGAACTGGAACATAAGCAA
CAGTGAAGGCAAAGGCAATAAGACAATCAAAGTTGGTGATACCATCTCTGTTGTAAGGAA
GATGCCTTCCAGAGCTGAAGCCGCTGTTTAACTCCCAACATATTTGCTTTTCTTCCTTTT
CTTCTTCTGTGTGTTATCTTCTTGTTATCTCTAAACTAAAGTTATCATCTAAATCAAACA
AACTTCACTTGTTCTGAGAGATACATCTTGTTGAATGTGTGATCATGTTTTTCTGTTTTG
GCTATTTTAAACTGTGCAATATTGCTACTATTT

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL6641Contig1 1246 2 4 U
GGAATTCCGTGCAGATGCAAGTTTTCATTACACACGAACGAGATCGAGAAGAGTGATTAT
TGATCTTTAACTTAGAGAGGAGAGGAAGAATGTGTATCTCATCAATCTCGCAAGTCTCTA
GATTCAGAATCAACCTATTGGGAGGAACTTCTTTCCATGGCTGGTTCAAGAACAACTCAA
CACCCCCTAAGCTTCTCGACATTAGAGCCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCGGTTAATAATA
ATAGTAAGAGCAGATGGGTCAGGAGAAACGTGAGTACAACCACACAAGGAAGCAGGAGCA
ACTCCAAGAGCAGTATCCTTGGAGGAGCAGTTCCTCCCGTTACTACCAGGATAGTAGATG
CAGAAAGCACCACGACCAAGATACAACAACAGCCTTTCGGAAACATACAGCAACGTCTTG
CCGAAAACAAAGATCTGTCCAGTCTCCTCACTGTTATCGTCTCTGATCTCGAGACGACCG
GCTTGCATAGGGTGAAGGAGAGGATCATCGAGATCGCTGCTCAGGATCTAGCTGGTGGTG
AGAACAGTACGTTCCAGACTCTGATCAACCCTGGTGTTCCTATATTGAATGCTAGCATCC
ATGGGATCAGGAACGATATGGTTTGTAGACCTGAGGTTTCAAGAATGGAGGAGATGATAC
CGATATTTCTGAGGTATGTTCAGAGCAGACAGAAGCCTGGAGGATATGTGATGATTGTTG
CACATAACGGCAAAACATTTGATTTTCAGTTCTTGATCAACGAGTTTAACCGCTGCTCTT
ACGAGATTCCTCCTAACTGGCTCTTCTTTGACTCCCTCCCACTTGCCAGAGAGAGCATGA
AGTCTGTAGACGCAACAGTTAATCCAAAAGCGTCATTATCAGCTCTAGGGGATTACTATA
ACCTTGTAAGGGATGGTGAAGCTCACAGAGCATTGTCAGATGTATTACTTTTATCTCAGG
TGTTTCAGAGACTAACCATTGATCTCAAGCTCTCGCTATCTGATCTTGTCCTCCGCTCTC
ACACCACGTCCGACCTTATTGCTGCCATGGCAAAGAACAAGAAGGCATGAAAGATTTTTA
GAAACATTGGTCTCTTATTAGCAGGGTTTCTTTTCTCATTATTGATCTCTGATTCTATTG
TTTCTCTATATAGTGTATGTAACTCCGGAAAAAATCTCAAGTCATGTAACCTATTGTTTA
ATTTATCTTGGGATAAATTAAGTGAAAAAGCATATGTAATTTCACC


BQ
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AF RR3C263TF U 1
AF RR3C263JQ C 431
BS 1 635 RR3C263TF
BS 636 636 RR3C263JQ
BS 637 696 RR3C263TF
BS 697 1246 RR3C263JQ

RD RR3C263TF 698 0 0
GGAATTCCGTGCAGATGCAAGTTTTCATTACACACGAACGAGATCGAGAAGAGTGATTAT
TGATCTTTAACTTAGAGAGGAGAGGAAGAATGTGTATCTCATCAATCTCGCAAGTCTCTA
GATTCAGAATCAACCTATTGGGAGGAACTTCTTTCCATGGCTGGTTCAAGAACAACTCAA
CACCCCCTAAGCTTCTCGACATTAGAGCCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCGGTTAATAATA
ATAGTAAGAGCAGATGGGTCAGGAGAAACGTGAGTACAACCACACAAGGAAGCAGGAGCA
ACTCCAAGAGCAGTATCCTTGGAGGAGCAGTTCCTCCCGTTACTACCAGGATAGTAGATG
CAGAAAGCACCACGACCAAGATACAACAACAGCCTTTCGGAAACATACAGCAACGTCTTG
CCGAAAACAAAGATCTGTCCAGTCTCCTCACTGTTATCGTCTCTGATCTCGAGACGACCG
GCTTGCATAGGGTGAAGGAGAGGATCATCGAGATCGCTGCTCAGGATCTAGCTGGTGGTG
AGAACAGTACGTTCCAGACTCTGATCAACCCTGGTGTTCCTATATTGAATGCTAGCATCC
ATGGGATCAGGAACGATATGGTTTGTAGACCTGAG*TTTCAAGAATGGAGGAGATGATAC
CGATATTTCTGAGGTATGTTCAGAGCAGACAGAAGC
TG

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3C263JQ 816 0 0
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GGTGAAGGAGAGGATCATCGAGATCGCTGCTCAGGATCTAGCTGGTGGTGAGAACAGTAC
GTTCCAGACTCTGATCAACCCTGGTGTTCCTATATTGAATGCTAGCATCCATGGGATCAG
GAACGATATGGTTTGTAGACCTGAGGTTTCAAGAATGGAGGAGATGATACCGATATTTCT
GAGGTATGTTCAGAGCAGACAGAAGCCTGGAGGATATGTGATGATTGTTGCACATAACGG
CAAAACATTTGATTTTCAGTTCTTGATCAACGAGTTTAACCGCTGCTCTTACGAGATTCC
TCCTAACTGGCTCTTCTTTGACTCCCTCCCACTTGCCAGAGAGAGCATGAAGTCTGTAGA
CGCAACAGTTAATCCAAAAGCGTCATTATCAGCTCTAGGGGATTACTATAACCTTGTAAG
GGATGGTGAAGCTCACAGAGCATTGTCAGATGTATTACTTTTATCTCAGGTGTTTCAGAG
ACTAACCATTGATCTCAAGCTCTCGCTATCTGATCTTGTCCTCCGCTCTCACACCACGTC
CGACCTTATTGCTGCCATGGCAAAGAACAAGAAGGCATGAAAGATTTTTAGAAACATTGG
TCTCTTATTAGCAGGGTTTCTTTTCTCATTATTGATCTCTGATTCTATTGTTTCTCTATA
TAGTGTATGTAACTCCGGAAAAAATCTCAAGTCATGTAACCTATTGTTTAATTTATCTTG
GGATAAATTAAGTGAAAAAGCATATGTAATTTCACC

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL6642Contig1 639 2 3 U
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GTTAAATGGACAGTCGTATATAAAGAAAGACACGAAACACACAAATTTTAAAAACAGCAC
ACAACAGTAAAATGATACACTTACTAGTGACATCTTAATTATTCTTTAATACTCTGATCT
CAACGATTACATTAAAAGAAAAACCTTCAACGACGTCGATATACTCTCATGCTCACCTGA
CTTTGTTACAGTTGGTACTTGCGCTGATGGGGTAAGCGATCCTAACACGGCAAGCACCAG
GAAGACGAGCAGCACGTCCTGGGTTAAGTCTGGAACCCAAGGCTCTAGCTGCTCCTTGGA
TGCAGCGACAAGCTTGTTGGCGGTCACGGGTGGTACGAGCCATGCCGTTTAGCCTCCTAA
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TTTATCTCTTTTGCTTAAGTTAGTAATGAGTTTGGATCC


BQ
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AF RR3EU39JQ U 2
AF RR3EU39TF C 1
BS 1 1 RR3EU39TF
BS 2 302 RR3EU39JQ
BS 303 639 RR3EU39TF

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TTAAATGGACAGTCGTATATAAAGAAAGACACGAAACACACAAATTTTAAAAACAGCACA
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AACGATTACATTAAAAGAAAAACCTTCAACGACGTCGATATACTCTCATGCTCACCTGAC
TTTGTTACAGTTGGTACTTGCGCTGATGGGGTAAGCGATCCTAACACGGCAAGCACCAGG
A

QA 1 301 1 301
DS 

RD RR3EU39TF 639 0 0
TGGAACAATACATATCGTAATTCCATATATCATTGGAGGTATACATAAAACAGACGACGA
GTTAAATGGACAGTCGTATATAAAGAAAGACACGAAACACACAAATTTTAAAAACAGCAC
ACAACAGTAAAATGATACACTTACTAGTGACATCTTAATTATTCTTTAATACTCTGATCT
CAACGATTACATTAAAAGAAAAACCTTCAACGACGTCGATATACTCTCATGCTCACCTGA
CTTTGTTACAGTTGGTACTTGCGCTGATGGGGTAAGCGATCCTAACACGGCAAGCACCAG
GAAGACGAGCAGCACGTCCTGGGTTAAGTCTGGAACCCAAGGCTCTAGCTGCTCCTTGGA
TGCAGCGACAAGCTTGTTGGCGGTCACGGGTGGTACGAGCCATGCCGTTTAGCCTCCTAA
CGCCAGAACAGCACCCTCGAGGAACGAAACCACCTCGGGTCAGGTAGTTAATACATTGGC
CTAAGTTGCTCGCGACAGCGCCGCAAGAGATTGCTGCCTCGGAGGCCATTGGAGCTGACA
CTAACATGCACACAATCACCAACGTCGACAACTTTAAGAGCCCCTCCATAATCTTTAAGC
TTTATCTCTTTTGCTTAAGTTAGTAATGAGTTTGGATCC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL6643Contig1 1031 2 2 U
GGGGCAGTGGATAGAAGAAAACCAGCGAGTTTCAGCTGCTGTGAAGAGAGACAGAAACGT
GTGGTTTGTGCATTTTGAGCGTGAGAGACAATGGTTGGACCGTCGCGGCCTCAGATCGTT
CTGTTTGGATCCTCCATCGTTCAGATGAGCTTTGGCCATGGAGGTTGGGGCGCCATTCTC
TCCGAGGTCTATGCTCGTAAGGCCGACATCATTCTGCGAGGATATTATGGGTGGAACTCA
ACTCGTGCTTTGGAAGTTGTGGACCAAGTGTTTCCCAAGGATGCTGAGGTACAACCTTCT
CTGGTAGTTGTCTATTTTGGAGGAAACGACTCAATGGCGCCTCACCCTTCTGGTCTAGGA
CCTCACGTTCCACTTACCGAATACGTTGACAACATGAAGAACATCGCTCTTCATCTTCAG
AGCCTTTCGGACTCGACTCGTATCATATTTCTAAGCTGCCCTCCAGTGGACGAGGGCAAA
CTTCGTCAGAACCAAAGCCCATACTTGAGCGAGGTGATACGCACAAACGAGCTCTGCAAG
ACTTACTCAGACGCTTGCGTGGAGCTGTGCCAAGAGCTAGGTTTACAAGTAGTTGATCTC
TTCTCCACTCTTCAGAAATCAGATGACTGGGAAACCGTTTGCTTCACAGATGGGATTCAT
TTGTCAGCGCAAGGAAGCAAACTGGTGGCTGCAGAGATACTGAGAGTGGTGAAAGAAGCG
GAATGGACACCGTCGCTTCACTGGAAATCGATGCCAACTGAATTCTCTGAGGACTCACCT
TATGATCTTGTTTCAGCTGATGGCAAAAACACCGTCAACTCTCCAGAGTGGACCTACTTC
TGGGAACAACAATGGGACTAAACATTTACAACAACAAGACCTTTATAGAATGTGTTGTTT
TTGCCTTGGCCATTTTCGATTCTAAAATGTCGTACCGTTGCTTTGTTTTTGTTTTCTGAA
ACGTTATTATTATTTTTTCTTTCTCCAAGAACTACTGATAGGAATCAAAGACTCGAAGCT
TGTGCTTGGAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA96TF U 1
AF RR3CA96JQ C 368
BS 1 669 RR3CA96TF
BS 670 1031 RR3CA96JQ

RD RR3CA96TF 669 0 0
GGGGCAGTGGATAGAAGAAAACCAGCGAGTTTCAGCTGCTGTGAAGAGAGACAGAAACGT
GTGGTTTGTGCATTTTGAGCGTGAGAGACAATGGTTGGACCGTCGCGGCCTCAGATCGTT
CTGTTTGGATCCTCCATCGTTCAGATGAGCTTTGGCCATGGAGGTTGGGGCGCCATTCTC
TCCGAGGTCTATGCTCGTAAGGCCGACATCATTCTGCGAGGATATTATGGGTGGAACTCA
ACTCGTGCTTTGGAAGTTGTGGACCAAGTGTTTCCCAAGGATGCTGAGGTACAACCTTCT
CTGGTAGTTGTCTATTTTGGAGGAAACGACTCAATGGCGCCTCACCCTTCTGGTCTAGGA
CCTCACGTTCCACTTACCGAATACGTTGACAACATGAAGAACATCGCTCTTCATCTTCAG
AGCCTTTCGGACTCGACTCGTATCATATTTCTAAGCTGCCCTCCAGTGGACGAGGGCAAA
CTTCGTCAGAACCAAAGCCCATACTTGAGCGAGGTGATACGCACAAACGAGCTCTGCAAG
ACTTACTCAGACGCTTGCGTGGAGCTGTGCCAAGAGCTAGGTTTACAAGTAGTTGATCTC
TTCTCCACTCTTCAGAAATCAGATGACTGGGAAACCGTTTGCTTCACAGATGGGATTCAT
TTGTCAGCG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3CA96JQ 664 0 0
TTCCACTTACCGAATACGTTGACAACATGAAGAACATCGCTCTTCATCTTCAGAGCCTTT
CGGACTCGACTCGTATCATATTTCTAAGCTGCCCTCCAGTGGACGAGGGCAAACTTCGTC
AGAACCAAAGCCCATACTTGAGCGAGGTGATACGCACAAACGAGCTCTGCAAGACTTACT
CAGACGCTTGCGTGGAGCTGTGCCAAGAGCTAGGTTTACAAGTAGTTGATCTCTTCTCCA
CTCTTCAGAAATCAGATGACTGGGAAACCGTTTGCTTCACAGATGGGATTCATTTGTCAG
CGCAAGGAAGCAAACTGGTGGCTGCAGAGATACTGAGAGTGGTGAAAGAAGCGGAATGGA
CACCGTCGCTTCACTGGAAATCGATGCCAACTGAATTCTCTGAGGACTCACCTTATGATC
TTGTTTCAGCTGATGGCAAAAACACCGTCAACTCTCCAGAGTGGACCTACTTCTGGGAAC
AACAATGGGACTAAACATTTACAACAACAAGACCTTTATAGAATGTGTTGTTTTTGCCTT
GGCCATTTTCGATTCTAAAATGTCGTACCGTTGCTTTGTTTTTGTTTTCTGAAACGTTAT
TATTATTTTTTCTTTCTCCAAGAACTACTGATAGGAATCAAAGACTCGAAGCTTGTGCTT
GGAT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL6644Contig1 1075 2 2 U
GGAAGTAAGTGCCGTGGCTTACTCCGACGTTGGGTTGATCTTGGTCTACGCAACGTCAAA
GATCATGGAGAATTCATCCCTCTACGTGGCTAACCCGGTTTCACGTGAGTGCGTAGAAAT
ATTTATGGATCCTCTTCCTAAAGGGGTTGAAAGGAGTGAATTTTGTTTCTCGCAATGGGG
AATAGCCACACGAGTTGAGAACGGCATCGTTTTGGGTTACACAATTGTTGTCTTTAACCA
AAAGTGGCGTCACACTAAGCTAAGTTGTCTGATATATTCATCCGAGACAGGCCTGTGGAG
TCTGGATGATACTTCCTTTCCCAACTATCAATACTCTCTAGATTCGATTAGCTTGAACGG
TAGTCTTCACTGGTTCGCCCGGAACAGTGACAATCAAGAAGTTGTATTATCCATGGATTT
CAATACTAATAATACTGGCACCGGTTCTGATCGATGCTTCCGCGTTACGCCTTTTCCTGA
TTTAGGGAGAACTACCAAATTCAGTAGAGCTTGTACACCTTGTCGTGGGTCTCTCATGTA
TATGAACATAGTTTGTGCGAGCGTAGAAGAGAAGTTGTGTGTATGGAGGCTTCAGAGCGA
GGGATGGCAATTAATATCTGAAATATCCCCAGGTCCTATCTTGACGGGTTACGATCTCGA
GTATTCCCTGATGACCATAAACCCCATTGATGCGAACACAGCCTACTTTTGGAGCACGAA
ACATGAAAGCTTGCTATATATTAACTTACACAACGGTAAGTCTGTGATCTATAATCAGTT
CGAACTTACAAGCGACGGTCGGACTACTATGATTCCTGCTCACGGCCCGAGAACTGTTAT
TTCTCTCAAAAATGCATACTTCGAACAAGCAGACCTTATCCCGTTCGTTCTCCCGCAATG
GCTGTATCGAATCCGGAACACGTGAGAAGAGTTTAGACTTGGTATTTGCGAGTTTTATTT
TTGTTTACTTGTTTTGGCTGATTATTGTTATTTTGCAAGATGAATAAAATTGTAGGACGA
CTTTTTATTTTATTTTTTATTTTTGTCTAAATGCTTACTTTGTTTTGTAAACTCG


BQ
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AF RR3GQ76TF U 1
AF RR3GQ76JQ C 334
BS 1 642 RR3GQ76TF
BS 643 1075 RR3GQ76JQ

RD RR3GQ76TF 642 0 0
GGAAGTAAGTGCCGTGGCTTACTCCGACGTTGGGTTGATCTTGGTCTACGCAACGTCAAA
GATCATGGAGAATTCATCCCTCTACGTGGCTAACCCGGTTTCACGTGAGTGCGTAGAAAT
ATTTATGGATCCTCTTCCTAAAGGGGTTGAAAGGAGTGAATTTTGTTTCTCGCAATGGGG
AATAGCCACACGAGTTGAGAACGGCATCGTTTTGGGTTACACAATTGTTGTCTTTAACCA
AAAGTGGCGTCACACTAAGCTAAGTTGTCTGATATATTCATCCGAGACAGGCCTGTGGAG
TCTGGATGATACTTCCTTTCCCAACTATCAATACTCTCTAGATTCGATTAGCTTGAACGG
TAGTCTTCACTGGTTCGCCCGGAACAGTGACAATCAAGAAGTTGTATTATCCATGGATTT
CAATACTAATAATACTGGCACCGGTTCTGATCGATGCTTCCGCGTTACGCCTTTTCCTGA
TTTAGGGAGAACTACCAAATTCAGTAGAGCTTGTACACCTTGTCGTGGGTCTCTCATGTA
TATGAACATAGTTTGTGCGAGCGTAGAAGAGAAGTTGTGTGTATGGAGGCTTCAGAGCGA
GGGATGGCAATTAATATCTGAAATATCCCCAGGTCCTATCTT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3GQ76JQ 742 0 0
CTCTCTAGATTCGATTAGCTTGAACGGTAGTCTTCACTGGTTCGCCCGGAACAGTGACAA
TCAAGAAGTTGTATTATCCATGGATTTCAATACTAATAATACTGGCACCGGTTCTGATCG
ATGCTTCCGCGTTACGCCTTTTCCTGATTTAGGGAGAACTACCAAATTCAGTAGAGCTTG
TACACCTTGTCGTGGGTCTTTCATGTATATGAACATAGTTTGTGCGAGCGTAGAAGAGAA
GTTGTGTGTATGGAGGCTTCAGAGCGAGGGATGGCAATTAATATTTGAAATATCCCCAGG
TCCTATCTTGACGGGTTACGATCTCGAGTATTCCCTGATGACCATAAACCCCATTGATGC
GAACACAGCCTACTTTTGGAGCACGAAACATGAAAGCTTGCTATATATTAACTTACACAA
CGGTAAGTCTGTGATCTATAATCAGTTCGAACTTACAAGCGACGGTCGGACTACTATGAT
TCCTGCTCACGGCCCGAGAACTGTTATTTCTCTCAAAAATGCATACTTCGAACAAGCAGA
CCTTATCCCGTTCGTTCTCCCGCAATGGCTGTATCGAATCCGGAACACGTGAGAAGAGTT
TAGACTTGGTATTTGCGAGTTTTATTTTTGTTTACTTGTTTTGGCTGATTATTGTTATTT
TGCAAGATGAATAAAATTGTAGGACGACTTTTTATTTTATTTTTTATTTTTGTCTAAATG
CTTACTTTGTTTTGTAAACTCG

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL6645Contig1 1138 2 2 U
CATGTTAAGCGTTTGGTATGAAATATTGTCGGTTTTGCATCTAATGGCAATGCTACAAAT
GTCACAAGCCAATTTGCTGCTGCTTCCTAGAGGTTCTACTGATGGCTACCATCCAAAAGT
ATCCGAAGAAAACAGACGAGCTTCAATTGATATCTTCTTAAAGGCAGCTGGATATCTTGA
CTGCGCTGTCAAGCATGTCCTCCCTCAGTTTTCAGCCGAGCAAAGGAGAAGTTTACCTGT
TGACCTAGCAGAAGGAGCTCTACGGGCTCTTTGCCTGCAAGCATTAGGCCAGGGTGTTGA
TATCCAACTTGGTATTGCGATTGATAGCTCAAAAGCCACTCTCGCAGTGAAGCGAAGACT
TTCATGTGAAATGGTGAAATACTGGCAGCAGGCACAGGATAACTTGATGAATCTCCCATT
AGCAAATGGCTGGGGAGAAGAGCATATGCTCTTTGTCAAGTGGAAACATGTTGAAGCTAA
GGCTGCAGCGTACTACTACCATGAGTTGATTCTTGATGAAGGAAACACAGAGAAATCACA
TGGCATGGCGGTTGCTGCTTTACAAGCTGCAGATGAGTGTTTCAAAGAAAGTAAGAAAGC
AAGTGAGGCATTCAATGCATCTTCACCCACGTCAAGGACTCCACCGCTTTTCGGAACAAT
GAAGTATCTATCAGAGAAAATACCGAAAGAAACTTCAAGTAAAGTCAGGATAAACCGTGA
TCTGTACTCATATGAGAAAATCATGGAGACGGCACCAACTCTTCCTGATTTTGCCTTGGC
ATTGAAACCTGATGAGTACCAACTCCCTTCTGTAGATGCATCATGGTCCGAAGACAGGAC
TAAAAACTCATCAAATCACATTACAGGAAACCAAAGATAGAAGCAGTGGATAGAATGAAT
GTTGCCTTATAGAGTACAAAGCCACAGTGGCCGCCATATAAATACCAAATGGTATAGCTC
TCTCTATAAACTACTCTTGTGATTCTCCAAATGTTGATAATATATGTAAGAAAAGCTCCC
TTTGTGTGCAAACCTTCCAAATTGGATTTGTATAAGTTTCCAGAAAAAAAAAATCAAGGG
AACATGTTGTTTGTATTCTGTATGATTGTTTAGTGCAATAAAATCATATTCTTTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FG94TF U 1
AF RR3FG94JQ C 405
BS 1 704 RR3FG94TF
BS 705 1138 RR3FG94JQ

RD RR3FG94TF 704 0 0
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CTGCGCTGTCAAGCATGTCCTCCCTCAGTTTTCAGCCGAGCAAAGGAGAAGTTTACCTGT
TGACCTAGCAGAAGGAGCTCTACGGGCTCTTTGCCTGCAAGCATTAGGCCAGGGTGTTGA
TATCCAACTTGGTATTGCGATTGATAGCTCAAAAGCCACTCTCGCAGTGAAGCGAAGACT
TTCATGTGAAATGGTGAAATACTGGCAGCAGGCACAGGATAACTTGATGAATCTCCCATT
AGCAAATGGCTGGGGAGAAGAGCATATGCTCTTTGTCAAGTGGAAACATGTTGAAGCTAA
GGCTGCAGCGTACTACTACCATGAGTTGATTCTTGATGAAGGAAACACAGAGAAATCACA
TGGCATGGCGGTTGCTGCTTTACAAGCTGCAGATGAGTGTTTCAAAGAAAGTAAGAAAGC
AAGTGAGGCATTCAATGCATCTTCACCCACGTCAAGGACTCCACCGCTTTTCGGAACAAT
GAAGTATCTATCAGAGAAAATACCGAAAGAAACTTCAAGTAAAG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3FG94JQ 734 0 0
TGATGAATCTCCCATTAGCAAATGGCTGGGGAGAAGAGCATATGCTCTTTGTCAAGTGGA
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ACACAGAGAAATCACATGGCATGGCGGTTGCTGCTTTACAAGCTGCAGATGAGTGTTTCA
AAGAAAGTAAGAAAGCAAGTGAGGCATTCAATGCATCTTCACCCACGTCAAGGACTCCAC
CGCTTTTCGGAACAATGAAGTATCTATCAGAGAAAATACCGAAAGAAACTTCAAGTAAAG
TCAGGATAAACCGTGATCTGTACTCATATGAGAAAATCATGGAGACGGCACCAACTCTTC
CTGATTTTGCCTTGGCATTGAAACCTGATGAGTACCAACTCCCTTCTGTAGATGCATCAT
GGTCCGAAGACAGGACTAAAAACTCATCAAATCACATTACAGGAAACCAAAGATAGAAGC
AGTGGATAGAATGAATGTTGCCTTATAGAGTACAAAGCCACAGTGGCCGCCATATAAATA
CCAAATGGTATAGCTCTCTCTATAAACTACTCTTGTGATTCTCCAAATGTTGATAATATA
TGTAAGAAAAGCTCCCTTTGTGTGCAAACCTTCCAAATTGGATTTGTATAAGTTTCCAGA
AAAAAAAAATCAAGGGAACATGTTGTTTGTATTCTGTATGATTGTTTAGTGCAATAAAAT
CATATTCTTTCTGC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL6646Contig1 1188 2 2 U
GGAATGAATAGTGATGATGTGGAAGAGCTGAATAGCAATCTCTTTGAAAACATTTGCATG
ATTGCTGGAAGCCATGCGTCGACCCTAGACAGACTGTATGCATGGGAGCGGAAGCTCTAT
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AGAGAACTTGAATCAGAAGGCAAAGGTTCAAAAACAATAGACAAGACACGTGCAGTAGTC
AAGGACCTTCACTCCAGAATCAGAGTGGCTATTCACAGGATCGACTCAATATCGAGACGG
ATTGAAGAGCTCCGTGACAAAGAGCTACAACCTCAACTCGAAGAACTCATTGAAGGGTTG
AGTCGAATGTGGGAAGTGATGTTGGAATGCCACAAGGTGCAGTTTAGGTTAATCTCAGCG
TGTCACAGAAGCGGTAACATTAAACTCAACATGCAGTCAGAGTTGCGCAGACAAGTAACA
TGTCACCTAGAAGATGAACTCAGGGGGGTTGGCTTCAAGCTTCAAAAGTGGATCACAGGT
CAAAGATCGTACATTAAAGCTATAAACGAATGGCTGGAGAAATGTGTCACCTTACCACAA
AGATCCTCCAAGCGGAAAAGGCGCGTGCCAGAAATCTCTCCGAGGAACCATGGTCCTCCC
ATTTACGCAACATGTGGAATCTGGCTAGAGAAGCTCGAAGCTTTACCTACCAAAGAGGTT
TCGAGCTCCATCAAAGCGCTTGCTTCTGATGTCGCCAGGTTCTTGCCACGGCAGGAGAAG
AATCGCAACAAGAAACATCGGTCTGGCGAGAACCAAAACGATCACCTGTTGCAAGATGAG
ACGTTGGAAGATTGTGGTCCGGGATTTGATCGGTTTAGGACAAGCTTGGAAGGATTTGCT
GGCCAGCTCAACCAGTTTGCAGAACTGTCAGTGAAATTGTATGAGGAACTTAAGAAGGGT
ATCCAAGAAGCCAAGAACAAGTACGAGCATATGAAGGCTTATTCCCAGGGTAACTAAGAT
TTATTTTATTTTTTTCATTTTCTGGTAAGAATGGAGTTTGTGACAGGTCAAGGTTTTAAA
GAGACAAATTGGATTAAACATTTGTAAATGCTAGAGAGGTATCTATTATAAGAAAATTGC
TTCAAGCATGATGTGGAAGGTAGTTGGTTATAATAGTTGATGTAGCTC


BQ
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AF RR3EZ34TF U 1
AF RR3EZ34JQ C 400
BS 1 706 RR3EZ34TF
BS 707 1188 RR3EZ34JQ

RD RR3EZ34TF 712 0 0
GGAATGAATAGTGATGATGTGGAAGAGCTGAATAGCAATCTCTTTGAAAACATTTGCATG
ATTGCTGGAAGCCATGCGTCGACCCTAGACAGACTGTATGCATGGGAGCGGAAGCTCTAT
GATGAAGTTAAGGGGAGTCAAACTATGCGGAGAGAGTATGACGAAAAGTGCAGAGTTTTA
AGAGAACTTGAATCAGAAGGCAAAGGTTCAAAAACAATAGACAAGACACGTGCAGTAGTC
AAGGACCTTCACTCCAGAATCAGAGTGGCTATTCACAGGATCGACTCAATATCGAGACGG
ATTGAAGAGCTCCGTGACAAAGAGCTACAACCTCAACTCGAAGAACTCATTGAAGGGTTG
AGTCGAATGTGGGAAGTGATGTTGGAATGCCACAAGGTGCAGTTTAGGTTAATCTCAGCG
TGTCACAGAAGCGGTAACATTAAACTCAACATGCAGTCAGAGTTGCGCAGACAAGTAACA
TGTCACCTAGAAGATGAACTCAGGGGGGTTGGCTTCAAGCTTCAAAAGTGGATCACAGGT
CAAAGATCGTACATTAAAGCTATAAACGAATGGCTGGAGAAATGTGTCACCTTACCACAA
AGATCCTCCAAGCGGAAAAGGCGCGTGCCAGAAATCTCTCCGAGGAACCATGGTCCTCCC
ATTTACGCAACATGTGGAATCTGGCTAGAGAAGCTCGAAGCTTTAC
TACCAA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3EZ34JQ 789 0 0
CAGTTTAGGTTA*TCTCAGCGTGTCACAGAAGCGGTAACATTAAACTCAACATGCAGTCA
GAGTTGCGCAGACAAGTAACATGTCACCTAGAAGATGAACTCAGGGGG*TTGGCTTCAAG
CTTCAAAAGTGGATCACAGGTCAAAGATCGTACATTAAAGCTATAAACGAATGGCTGGAG
AAATGTGTCACCTTACCACAAAGATCCTCCAAGCGGAAAAGGCGCGTGCCAGAAATCTCT
CCGAGGAACCATGGTCCTCCCATTTACGCAACATGTGGAATCTGGCTAGAGAAGCTCGAA
GCTTTACCTACCAAAGAGGTTTCGAGCTCCATCAAAGCGCTTGCTTCTGATGTCGCCAGG
TTCTTGCCACGGCAGGAGAAGAATCGCAACAAGAAACATCGGTCTGGCGAGAACCAAAAC
GATCACCTGTTGCAAGATGAGACGTTGGAAGATTGTGGTCCGGGATTTGATCGGTTTAGG
ACAAGCTTGGAAGGATTTGCTGGCCAGCTCAACCAGTTTGCAGAACTGTCAGTGAAATTG
TATGAGGAACTTAAGAAGGGTATCCAAGAAGCCAAGAACAAGTACGAGCATATGAAGGCT
TATTCCCAGGGTAACTAAGATTTATTTTATTTTTTTCATTTTCTGGTAAGAATGGAGTTT
GTGACAGGTCAAGGTTTTAAAGAGACAAATTGGATTAAACATTTGTAAATGCTAGAGAGG
TATCTATTATAAGAAAATTGCTTCAAGCATGATGTGGAAGGTAGTTGGTTATAATAGTTG
ATGTAGCTC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL6647Contig1 1021 2 4 U
CTCTTCGTTGCCAAGCGAACCCAGAATCTTCCGAAGCCCAGGTTTCAGGAATTGGGCCAA
GGAGTAAAAAAGACAATTGAGGCCCATAAACAAGGAGAGTCGCAGCTGCTGCTTCTGTAA
TCGCCCGCTTTGGCCTTGTTTCTATCCACAAGGGCTTGATTCTCCTTGAAGGATTTAACC
GCCTCAGTAGTTGAGTTCTTCTATGCAGATTGGTGTGAGGTTTGTCGCTATTTGGATCGG
TGAAAGAAACTGAAAATATCTAATCTGGAGGAGTCTCATCATTTGTAAGCAGCTCCAGTT
GTTTTTGAAGAAGATTCTACTCGAGTTAGGTCATCATCAGTGGATGGATGGTAAAGCTGA
AACGCAACCTGAGATGCAGAGTGACTTATAAGTGCAGCCCCGCCTCCTGAGTCTGATCCA
ACACCTGAACGTTACACTTATATTTCGTCTAACCAACAAGACACACCTCAAGATAACCGC
TGAAGATGTGAGATTGAGAGCTGTACCAAAACCTGATGACAACACTGTTGTAAACTCCCA
GTCTAGTTCCGTTCATAGATGGAATCTGCTTCACCAAAGAATCTTGCCATTGAAAAGGCA
CCTGAGATACTAAAATTTTTTCCTATGAAGCTTGAATTGAAAGGCTGGCCATTGAGCATG
AATTAGAAAAGCCAGGTTCTCTCCTTCAGGAGTACAATTTACAAGGCAATGGTACTGAAA
CCACTGGATGACCATTAACAGGGTTTTTACTAACTAACTACAGATACTGAGGCACTTTCT
AACTCAACACTGAGGGGCTGAAAGATGGAAAGTTGGCACTTGATTTTTTGGATGCCATTC
ATGCTGCTAAGGAGAGACAGTCACATTTAGAATCCCAAGTTTTTACTGCAAAAACTACGA
GCCCTGAAGCCATTTTGATCTCAGGAGAAGTACGAAAGAAAGTGAGTTGAGAGATCTTAG
GGCCCGTGAGCTAATGCGTATAGGGAGGAGGCCGCGATATTGGATAAGGAGCTAAAATGA
G


BQ
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10 

AF RR3CO89TF U 1
AF RR3CO89JQ C 307
BS 1 597 RR3CO89TF
BS 598 598 RR3CO89JQ
BS 599 615 RR3CO89TF
BS 616 1021 RR3CO89JQ

RD RR3CO89TF 615 0 0
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GGAGTAAAAAAGACAATTGAGGCCCATAAACAAGGAGAGTCGCAGCTGCTGCTTCTGTAA
TCGCCCGCTTTGGCCTTGTTTCTATCCACAAGGGCTTGATTCTCCTTGAAGGATTTAACC
GCCTCAGTAGTTGAGTTCTTCTATGCAGATTGGTGTGAGGTTTGTCGCTATTTGGATCGG
TGAAAGAAACTGAAAATATCTAATCTGGAGGAGTCTCATCATTTGTAAGCAGCTCCAGTT
GTTTTTGAAGAAGATTCTACTCGAGTTAGGTCATCATCAGTGGATGGATGGTAAAGCTGA
AACGCAACCTGAGATGCAGAGTGACTTATAAGTGCAGCCCCGCCTCCTGAGTCTGATCCA
ACACCTGAACGTTACACTTATATTTCGTCTAACCAACAAGACACACCTCAAGATAACCGC
TGAAGATGTGAGATTGAGAGCTGTACCAAAACCTGATGACAACACTGTTGTAAACTCCCA
GTCTAGTTCCGTTCATAGATGGAATCTGCTTCACCAAAGAATCTTGCCATTGAAAAG*CA
CCTGAGATACTAAAA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3CO89JQ 715 0 0
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ACCTGAGATGCAGAGTGACTTATAAGTGCAGCCCCGCCTCCTGAGTCTGATCCAACACCT
GAACGTTACACTTATATTTCGTCTAACCAACAAGACACACCTCAAGATAACCGCTGAAGA
TGTGAGATTGAGAGCTGTACCAAAACCTGATGACAACACTGTTGTAAACTCCCAGTCTAG
TTCCGTTCATAGATGGAATTTGCTTCACCAAAGAATCTTGCCATTGAAAAGGCACCTGAG
ATACTAAAATTTTTTCCTATGAAGCTTGAATTGAAAGGCTGGCCATTGAGCATGAATTAG
AAAAGCCAGGTTCTCTCCTTCAGGAGTACAATTTACAAGGCAATGGTACTGAAACCACTG
GATGACCATTAACAGGGTTTTTACTAACTAACTACAGATACTGAGGCACTTTCTAACTCA
ACACTGAGGGGCTGAAAGATGGAAAGTTGGCACTTGATTTTTTGGATGCCATTCATGCTG
CTAAGGAGAGACAGTCACATTTAGAATCCCAAGTTTTTACTGCAAAAACTACGAGCCCTG
AAGCCATTTTGATCTCAGGAGAAGTACGAAAGAAAGTGAGTTGAGAGATCTTAGGGCCCG
TGAGCTAATGCGTATAGGGAGGAGGCCGCGATATTGGATAAGGAGCTAAAATGAG

QA 1 715 1 715
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6649Contig1 1211 2 2 U
GCCATGTACTTGCCTCTTACCCCCTTCCATTCGAGCAATCTACATACATTCAGCTTTCAA
GGTTCTTGTCTTCAGTGTCGGGGCATACTTCTCAGCGCAGGAGCCCACTTCCTCGCTCTT
GGCTCAGGAATCTACTAGCTCTGGCTCTTCAGTGGTGAATGGTTTCACATACGACTCCAT
CTCGAGTCTGGTGAGTATGATTGAGTTGGGATTGTGCTCGTTATCCGGTACCATTGACGT
GGAAGTGCAGGAGAGAACTAAGAACGTTCTAGGATTCATCGGTATGATAAAGCATGAAAT
AGCAGAGAAACCAACCTCGCAAGACAGTGAAACAGAAGCTCATAGAGCCATGGCATTCAT
GGAAGATGTCTTCTCAGAAGAGCTTGGCCCTGTTTCTTCAACTGCACAGGAAAAAGTTCC
TCTACCAAAGGGGTTAGAGCTGACTGAGAATCTTGAAGATCTGCAAGAGATTTGCAGAGA
AGTTCTCGAACCAGTTGCTGAATCAAACTCATCTTCTTTCCACACCTCAGACAAAGTCAG
CTTCTCTGTTGCCAAACTCACAATCAGAGATCAAGAAGAAGCCTCATCGTCTTTACCTCC
ACCGCCTGAATCTGCATCCTTACTAGCAGAACACAGGAAACGCCATGGCCTGTACTATCT
CTCCTCTCAGAAAAGCGACAACCACAACGATGGCGATGGCAACGATAACAACACGTCAAA
CGAATACCCACCAGCGAATGAGATATCCGTGGACTCGTTTAAACCCAAGAAAAAGATATC
AAAACCAAGACCTGTAGTGGTGAAACTGGACGAAGGAGATGATCCAAAGACGAAGCCAGA
CGCTAGTAGTAGTAACGACGAGCCTTTGTCACGTGCGATCCAAACCGCTCTTATGGGGAA
AGGCAAGGGGAAGGAAAGTGTAAAAGACAACCACGAGATAAATGTTGATACAGAGAACAT
CGGACAGAGCTCGAGAAGAGAGAAGAAGAAGAAGAAAAATGGTGAGAGAAGTAGTAAGCG
TAGTTCAAGAAGACGAAGAGACTAAGAAGCGAGTGTAACAAAACCAGTCGAAGTCCCAGA
TTTGCTCTTATGATGATACTAGTTGGAGTTTGCGTCTCTGATCAAACAAAATGGTGTGTT
CTTGTCCAGTGATTTTCATGTACCCATAATCTTATTCTTTTGTGTGTTTATGAAATATAT
TTTTTTCTTAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E072TF U 1
AF RR3E072JQ C 424
BS 1 723 RR3E072TF
BS 724 1211 RR3E072JQ

RD RR3E072TF 723 0 0
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GGTTCTTGTCTTCAGTGTCGGGGCATACTTCTCAGCGCAGGAGCCCACTTCCTCGCTCTT
GGCTCAGGAATCTACTAGCTCTGGCTCTTCAGTGGTGAATGGTTTCACATACGACTCCAT
CTCGAGTCTGGTGAGTATGATTGAGTTGGGATTGTGCTCGTTATCCGGTACCATTGACGT
GGAAGTGCAGGAGAGAACTAAGAACGTTCTAGGATTCATCGGTATGATAAAGCATGAAAT
AGCAGAGAAACCAACCTCGCAAGACAGTGAAACAGAAGCTCATAGAGCCATGGCATTCAT
GGAAGATGTCTTCTCAGAAGAGCTTGGCCCTGTTTCTTCAACTGCACAGGAAAAAGTTCC
TCTACCAAAGGGGTTAGAGCTGACTGAGAATCTTGAAGATCTGCAAGAGATTTGCAGAGA
AGTTCTCGAACCAGTTGCTGAATCAAACTCATCTTCTTTCCACACCTCAGACAAAGTCAG
CTTCTCTGTTGCCAAACTCACAATCAGAGATCAAGAAGAAGCCTCATCGTCTTTACCTCC
ACCGCCTGAATCTGCATCCTTACTAGCAGAACACAGGAAACGCCATGGCCTGTACTATCT
CTCCTCTCAGAAAAGCGACAACCACAACGATGGCGATGGCAACGATAACAACACGTCAAA
CGA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3E072JQ 788 0 0
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TCTCGAACCAGTTGCTGAATCAAACTCATCTTCTTTCCACACCTCAGACAAAGTCAGCTT
CTCTGTTGCCAAACTCACAATCAGAGATCAAGAAGAAGCCTCATCGTCTTTACCTCCACC
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CTCTCAGAAAAGCGACAACCACAACGATGGCGATGGCAACGATAACAACACGTCAAACGA
ATACCCACCAGCGAATGAGATATCCGTGGACTCGTTTAAACCCAAGAAAAAGATATCAAA
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TTCAAGAAGACGAAGAGACTAAGAAGCGAGTGTAACAAAACCAGTCGAAGTCCCAGATTT
GCTCTTATGATGATACTAGTTGGAGTTTGCGTCTCTGATCAAACAAAATGGTGTGTTCTT
GTCCAGTGATTTTCATGTACCCATAATCTTATTCTTTTGTGTGTTTATGAAATATATTTT
TTTCTTAG

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL6650Contig1 1060 2 4 U
GGATCATTTAACTGTCTTTGTTCTTCTTCCTGTTACCTTCTTCTCATTCTTTGTACAAAA
AAAAATAACAAACCCTTTAATTAAACTCTCTTTATTCTTTTGTTTTGTGGGGAAGACTAA
ATGGTTGTCTCCTCATCTCCAGGAAATCGTATTGAATCAAATCCAATAGTGGGGATTTTC
TAGTAACCAAATTAAATCAGAACAATATATATCAAGAAAACAAAGATGGTTTTGAAAGAG
GAGGAGAAGAAAGCTGAAGAAACTTCAGAAGACCAAAAGGGACAAGGGGCGTTAAGCAGA
AAGAACAGCCACAGCTCTTTTTGTCCGACAGATGATGACGACGAAGACGAAGAGAAGAAG
CTTGAACTTGGTCCCATGATCGCCCTCAAAGAACAGCTCGAGAAAGACAAGGATGATGAA
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ATGGTATTGACGGTGCCTGAAAACGGAAACCCGACATCGAAAGAACCATGGTTTACTCTC
AAAGAAGGCTCTAAGTACACTCTTGTATTTACTTTCCGTGTGACCAACAACATTGTGTCT
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ATGCTAGGAACGTTTAGTCCACAGGCGGAACCGTATAACCATGTCATGTTTGAAGAATCG
ACACCGTCTGGTATGCTTGTTAGAGGCTCCTATTCCGTTAAATCTAAGTTCGTGGACGAC
GACAATAAGTGCTACCTGGAGAACAACTACACCTTCGACATTCGCAAGAATTGGCTGTGA
TCCTTCCACATAAGTTAATGGAATAAAAAAACATACTTCATCTGTTTCAAGAAAAATGTC
ACTTTAGATTTTTTATTTTGTTTTCAAAATAAGTGTCATTCTACAATTTCAATATAATTT
TGTACATTAAATCTAATTTCTACTCTTTTAAATGACTAAT


BQ
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AF RR3GZ65TF U 1
AF RR3GZ65JQ C 374
BS 1 562 RR3GZ65TF
BS 563 563 RR3GZ65JQ
BS 564 678 RR3GZ65TF
BS 679 1060 RR3GZ65JQ

RD RR3GZ65TF 678 0 0
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AAAAATAACAAACCCTTTAATTAAACTCTCTTTATTCTTTTGTTTTGTGGGGAAGACTAA
ATGGTTGTCTCCTCATCTCCAGGAAATCGTATTGAATCAAATCCAATAGTGGGGATTTTC
TAGTAACCAAATTAAATCAGAACAATATATATCAAGAAAACAAAGATGGTTTTGAAAGAG
GAGGAGAAGAAAGCTGAAGAAACTTCAGAAGACCAAAAGGGACAAGGGGCGTTAAGCAGA
AAGAACAGCCACAGCTCTTTTTGTCCGACAGATGATGACGACGAAGACGAAGAGAAGAAG
CTTGAACTTGGTCCCATGATCGCCCTCAAAGAACAGCTCGAGAAAGACAAGGATGATGAA
AGCTTGAGGAGATGGAAAGAACAACTTCTAGGCAGTGTAGATATGGAGTAGGTTGGAGAG
ACTACGGATCCGGTGGTAAAGATAATGTACTTAACAATTAGGTCACCGGATAGAGAAGAC
ATGGTATTGACGGTGCCTGAAA*CGGAAACCCGACATCGAAAGAACCATGGTTTACTCTC
AAAGAAGGCTCTAAGTACACTCTTGTATTTACTTTCCGTGTGACCAACAACATTGTGTCT
GGCCTCCGGTACAGTAAT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3GZ65JQ 687 0 0
CCATGATCGCCCTCAAAGAACAGCTCGAGAAAGACAAGGATGATGAAAGCTTGAGGAGAT
GGAAAGAACAACTTCTAGGCAGTGTAGATATGGAGTAGGTTGGAGAGACTACGGATCCGG
TGGTAAAGATAATGTACTTAACAATTAGGTCACCGGATAGAGAAGACATGGTATTGACGG
TGCCTGAAAACGGAAACCCGACATCGAAAGAACCATGGTTTACTCTCAAAGAAGGCTCTA
AGTACACTCTTGTATTTACTTTCCGTGTGACCAACAACATTGTGTCTGGCCTCCGGTACA
GTAATTCGGTTTGGAAGACCGGACTCAAGGTGTATAGTAGAAAGGAGATGCTAGGAACGT
TTAGTCCACAGGCGGAACCGTATAACCATGTCATGTTTGAAGAATCGACACCGTCTGGTA
TGCTTGTTAGAGGCTCCTATTCCGTTAAATCTAAGTTCGTGGACGACGACAATAAGTGCT
ACCTGGAGAACAACTACACCTTCGACATTCGCAAGAATTGGCTGTGATCCTTCCACATAA
GTTAATGGAATAAAAAAACATACTTCATCTGTTTCAAGAAAAATGTCACTTTAGATTTTT
TATTTTGTTTTCAAAATAAGTGTCATTCTACAATTTCAATATAATTTTGTACATTAAATC
TAATTTCTACTCTTTTAAATGACTAAT

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL6651Contig1 828 2 2 U
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TCTTCCATTTCTTTTCTCTCCAGATCCGTACAATGAGTATTTTTGTCTTTTATTTTGGAA
ATTGATTCTCACATAGTCAAATCGGTGGATATGCAAATTGATATTAGTGAGTATTTTCAC
AAGGAGATCAAGATCCAAATCAGAAGCCAAGGGTTCAGGTGAATAAAGATAAGTAGAGAT
GCGAGAGGCGTGACCAACAGCCTCACCAAGAACGTGCATCAGTGTTGGAGTCGGAGATGG
GCCATGGGCAGACATGATCCATAAGCCTGAATTCAATAACTTTCAGAGTTAGCCAAAGAA
ACTGCATTTCCACCTTGGCGGTGTGATGTTTCTCATGTACAGACTTCCACGTTGAGTGTC
TCATTTTTGGCTCTCTAATTATCTCAGCCACTGATCCTGTCACCGTGTTGTCTATATTTC
AGAACTTGGACCGGATGTAAATTTATATACCCTGGTGTTTGTAAAATCAGTTTTGAATGA
TGCTGACAATATGTATTCGGTGAGAATTCACTCAATCTGTTCATCCTTACTGCGAGCTAA
TGTGTTTGGTTGTGGACCTAGCACGAACTGCACATAAGAAAATACCTATGACGCATCAGA
AAGCACTTTGGTACAGTGAGATCATAAATAGGGACTCATTCTCTCTGAAGCCAAACTTCA
TGGTCACCTCTCACCAGGCACCAATCCTCCTTGACGAACATGTGCCTCTATATAAAACTT
CAACAAATCAGTTTTTTCCCTTTTTGAGAAAATGTTTTGTTACAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GM26TF U 1
AF RR3GM26JQ C 268
BS 1 754 RR3GM26TF
BS 755 828 RR3GM26JQ

RD RR3GM26TF 754 0 0
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GCGAGAGGCGTGACCAACAGCCTCACCAAGAACGTGCATCAGTGTTGGAGTCGGAGATGG
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TGCTGACAATATGTATTCGGTGAGAATTCACTCAATCTGTTCATCCTTACTGCGAGCTAA
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AAGCACTTTGGTACAGTGAGATCATAAATAGGGACTCATTCTCTCTGAAGCCAAACTTCA
TGGTCACCTCTCACCAGGCACCAATCCTCCTTGA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3GM26JQ 561 0 0
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GTTTCTCATGTACAGACTTCCACGTTGAGTGTCTCATTTTTGGCTCTCTAATTATCTCAG
CCACTGATCCTGTCACCGTGTTGTCTATATTTCAGAACTTGGACCGGATGTAAATTTATA
TACCCTGGTGTTTGTAAAATCAGTTTTGAATGATGCTGACAATATGTATTCGGTGAGAAT
TCACTCAATCTGTTCATCCTTACTGCGAGCTAATGTGTTTGGTTGTGGACCTAGCACGAA
CTGCACATAAGAAAATACCTATGACGCATCAGAAAGCACTTTGGTACAGTGAGATCATAA
ATAGGGACTCATTCTCTCTGAAGCCAAACTTCATGGTCACCTCTCACCAGGCACCAATCC
TCCTTGACGAACATGTGCCTCTATATAAAACTTCAACAAATCAGTTTTTTCCCTTTTTGA
GAAAATGTTTTGTTACAAAAA

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

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TATG


BQ
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20 20 20 20 

AF RR3A989JQ C 1
AF RR3A989TF U 1
BS 1 304 RR3A989TF

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TAAAAACAATAAAAAAAAGAGAGGTTTAGGATTGATAATGATGTGTTTTTTTGGATGAAA
ATGTGCAAATATGTTCGAAATTTGGGTAATTTTTAAAAAGGACTGTAATATAAAATTTAG
GATTTTGGATCCAATTTGGGAATTTTTGTAAGTAAAAAAAGGCAAGAAAGAAAGGGGGTT
TATG

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR3A989TF 304 0 0
GTAGGAACAAAGCTCCTGTTCGTGTCGTGGGGTTCAATTGCGTTGACAGGGTGAGACGCA
GCAGCGTTCCGACTCTTGCTTAAGGGAAAGATTTAAGTGCAAATATATAACAGAGATGGA
TAAAAACAATAAAAAAAAGAGAGGTTTAGGATTGATAATGATGTGTTTTTTTGGATGAAA
ATGTGCAAATATGTTCGAAATTTGGGTAATTTTTAAAAAGGACTGTAATATAAAATTTAG
GATTTTGGATCCAATTTGGGAATTTTTGTAAGTAAAAAAAGGCAAGAAAGAAAGGGGGTT
TATG

QA 1 304 1 304
DS 



AS 1 2

CO CL6653Contig1 1186 2 12 U
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AGCCACTTCCATGGGAAATGCGTGTTCGAATCGCTGACTATATTGCACAAGCACTTGATC
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AAAGCTACAGTACCAACTTAGCTTATACTCCACCTGAGTTCTTAAGGACAGGCAGAGTCA
TTCCTGAAAGTGTGATCTTCAGTTATGGGACTATTCTTTTAGATCTTTTAAGTGGCAAAC
ACATTCCACCTACCCATGCTCTTGATATAATAAGGGGGAAGAACGCGTTGCTATTGATGG
ATTCATCTCTGGAAGGGCAATATGAGAGTGATGATGCGACTAAGCTAGTTGGGCTTGCTT
CAAAATGCCTTCAGTCTGAGGCGAAAGAACGACCTGACACCAAGTTTCTTCTCTCTGCAG
TGGCACCACTGCAAAAGAAAGAAGAGGTTGCCTCTCATGTGTTGATGGGCTTGCCAAAGA
ACGCTGTAATATTACCAACTATGCTTTCTCCTCTCGGAAAGGCTTGTTCAAAGATGGACC
TCGCAGCAGTACACGACATTTTGCTTAAAACTGGACACAACAAGTTCAGGAAATGCTCAA
CATGAAAAAGTTTGGGGACATTGCTTTCCGAGACAAGGATTTCAAGAACTCAATTGAATA
CTACTCAAAGTTGGTGGGGATAATGCCGGTTCCTTTTGCGACAGTTTTCGCCAGACGTGC
TTTCTCTTACTTAATGACAGACCAACAGGAGCTTGCGCTGAGAGATGCAATGCAGGCTCA
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ACAGAATAGTTGGCGCTGCTAAGCTAAAAATCCTCTAATATTTATAATAATAGCTGAGAG
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BQ
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AF RR3D581TF U 1
AF RR3D581JQ C 414
BS 1 641 RR3D581TF
BS 642 642 RR3D581JQ
BS 643 689 RR3D581TF
BS 690 690 RR3D581JQ
BS 691 709 RR3D581TF
BS 710 710 RR3D581JQ
BS 711 719 RR3D581TF
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BS 721 728 RR3D581TF
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BS 730 740 RR3D581TF
BS 741 1186 RR3D581JQ

RD RR3D581TF 740 0 0
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AGCCACTTCCATGGGAAATGCGTGTTCGAATCGCTGACTATATTGCACAAGCACTTGATC
ACTGCTACAACGAAAACCGAAAGATTTATCATGACCTGAATGCATACAGAATCCTCTTTG
ACGAGGAAGGTGATCCTCGTCTATCTACTTTTGGTCTTATGAAGAACAGTAGAGATGGTA
AAAGCTACAGTACCAACTTAGCTTATACTCCACCTGAGTTCTTAAGGACAGGCAGAGTCA
TTCCTGAAAGTGTGATCTTCAGTTATGGGACTATTCTTTTAGATCTTTTAAGTGGCAAAC
ACATTCCACCTACCCATGCTCTTGATATAATAAGGGGGAAGAACGCGTTGCTATTGATGG
ATTCATCTCTGGAAGGGCAATATGAGAGTGATGATGCGACTAAGCTAGTTGGGCTTGCTT
CAAAATGCCTTCAGTCTGAGGCGAAAGAACGACCTGACACCAAGTTTCTTCTCTCTGCAG
TGGCACCACTGCAAAAGAAAGAAGAGGTTGCCTCTCATGTGTTGATGGGCTTGCCAAAGA
ACGCTGTAATATTACCAACTATGCTTTCTCCTCTCGGAAAG*CTTGTTCAAAGATGGACC
TCGCAGCAGTACACGACATTTTGCTTAAA*CTGGACACAACAAGTTCAG*AAATGCTCA*
CATGAAAA*GTTTGGGGACA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3D581JQ 773 0 0
TTGATGGATTCATCTCTGGAAGGGCAATATGAGAGTGATGATGCGACTAAGCTAGTTGGG
CTTGCTTCAAAATGCCTTCAGTCTGAGGCGAAAGAACGACCTGACACCAAGTTTCTTCTC
TCTGCAGTGGCACCACTGCAAAAGAAAGAAGAGGTTGCCTCTCATGTGTTGATGGGCTTG
CCAAAGAACGCTGTAATATTACCAACTATGCTTTCTCCTCTCGGAAAGGCTTGTTCAAAG
ATGGACCTCGCAGCAGTACACGACATTTTGCTTAAAACTGGACACAACAAGTTCAGGAAA
TGCTCAACATGAAAAAGTTTGGGGACATTGCTTTCCGAGACAAGGATTTCAAGAACTCAA
TTGAATACTACTCAAAGTTGGTGGGGATAATGCCGGTTCCTTTTGCGACAGTTTTCGCCA
GACGTGCTTTCTCTTACTTAATGACAGACCAACAGGAGCTTGCGCTGAGAGATGCAATGC
AGGCTCAGGTGTGCATTCCGGAATGGCCCACAGCTTTTTACTTGCAGGCTTTAGCACTCT
CCAAGCTCGGAATGGAGAGTGATGCTCAGGATATGCTCAGCGATGGTGCAGCATATGATG
CAAAGCGACAGAATAGTTGGCGCTGCTAAGCTAAAAATCCTCTAATATTTATAATAATAG
CTGAGAGGTGTGTATGTGTGTGTGTAAGAGAGATTAGACTGATGGATATGTTGTTTACTT
TTGTGAGTTGAGAGCTTTTTGCATGAATCTTTGAGAAAAGTTCAAATCATTGG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL6654Contig1 1134 2 2 U
GGCAGAAGAAGACGAACAACTTCGACGCGTGTAGGGACATGAGTGGGCGGAGGCTGAGGC
ACGTGAACGCGGAGAAGAGGCTGGAGGAGTGGATGGAAGGCGAAGAGGAGAGGAAGCTTG
AGAAGTTGGCTCATGAGTTTCTGAAGAAGCAGGCGACTAAAGTGAAGGAAGGAGTTGGCA
ACGGAGCGACTCAGAAGTACGTGAAGAAGTATAAGGAGGAGTCTGATAAGTGTATTGAGG
CGGTTGATTTGGCGTTGGAAGAGTCTTTTAAGAACGGGAAGAGGAAGTTTTATGCTGAAT
CTGAAAAGTCTAAGAGACTCAAGATATGGAAGGGAAAGAGAGCTGTTGGAGATAGTGACA
GTGATGATAGCAGCGACGAGGAGGATGAGGAACCTATTGTTTTAAACAATGGTAACCAAG
TTGTTCCGGATAAGGGTACTGGTGAAAGCTCGGGCTCGGTTATGGATGGAGGTAAAGCTT
CCAGCAGTAGCGGTTCAGAGGAAGAGAAAGACATTGTGGTGAACCTAAGCTCAGATGTAC
CTAAGGGAGAGATCACCGGTGTTCAAGTGATGATTAACGAAGAAAAGATGGATGATTCTC
CTGTTGTTCAAACTGAAAAGGAGGAGAATTCAAGTGGAGACGTAGAGAAGAATATGCTCG
AAGCAGCTTCTGAAACGGCAGTTAGTTCTGTGCCTGCTAAGAATCAAGGTAATAATGATT
CTCAAGTAAAGACAGTAGGAGATGCGGGAGAAACAGAGTCTGCTGATGCAGCAGCAGTGT
GTTGCAAACCTGTGGAACCGCTTAACTTTGATGACTTCAACTCGGCAAAAGATATGGAGG
TTATGGGGATGGAGAGATTAAAGACGGAACTTCAGTCTCGTGGACTGAAATGCGGAGGGA
CATTGTCAGAGAGGGCTGGGAGGCTGTTCCTGCTTAAATCTACACCAATCGATAAGCTCC
CGAAGAAATTGCTGGCCAAGAAATGATTTAGTAAACTAAATGCGTCTCAAAAACTTCCTA
CTACCGTTTTCAAGCTCTCTGTTTGTTTGTAGTATTCGACACAATCTACATGTGTAATAT
ATAAAGATTTAAGCTTCAAGCTTTTTCAGGAATCCAACAAGGTTTTATCTATTT


BQ
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AF RR3FI84TF U 1
AF RR3FI84JQ C 399
BS 1 704 RR3FI84TF
BS 705 1134 RR3FI84JQ

RD RR3FI84TF 704 0 0
GGCAGAAGAAGACGAACAACTTCGACGCGTGTAGGGACATGAGTGGGCGGAGGCTGAGGC
ACGTGAACGCGGAGAAGAGGCTGGAGGAGTGGATGGAAGGCGAAGAGGAGAGGAAGCTTG
AGAAGTTGGCTCATGAGTTTCTGAAGAAGCAGGCGACTAAAGTGAAGGAAGGAGTTGGCA
ACGGAGCGACTCAGAAGTACGTGAAGAAGTATAAGGAGGAGTCTGATAAGTGTATTGAGG
CGGTTGATTTGGCGTTGGAAGAGTCTTTTAAGAACGGGAAGAGGAAGTTTTATGCTGAAT
CTGAAAAGTCTAAGAGACTCAAGATATGGAAGGGAAAGAGAGCTGTTGGAGATAGTGACA
GTGATGATAGCAGCGACGAGGAGGATGAGGAACCTATTGTTTTAAACAATGGTAACCAAG
TTGTTCCGGATAAGGGTACTGGTGAAAGCTCGGGCTCGGTTATGGATGGAGGTAAAGCTT
CCAGCAGTAGCGGTTCAGAGGAAGAGAAAGACATTGTGGTGAACCTAAGCTCAGATGTAC
CTAAGGGAGAGATCACCGGTGTTCAAGTGATGATTAACGAAGAAAAGATGGATGATTCTC
CTGTTGTTCAAACTGAAAAGGAGGAGAATTCAAGTGGAGACGTAGAGAAGAATATGCTCG
AAGCAGCTTCTGAAACGGCAGTTAGTTCTGTGCCTGCTAAGAAT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3FI84JQ 736 0 0
TG
TTTAAACAATGGTAACCAAGTTGTTCCGGATAAGGGTACTGGTGAAAGCTCGGGCTCGGT
TATGGATGGAGGTAAAGCTTCCAGCAGTAGCGGTTCAGAGGAAGAGAAAGACATTGTGGT
GAACCTAAGCTCAGATGTACCTAAGGGAGAGATCACCGGTGTTCAAGTGATGATTAACGA
AGAAAAGATGGATGATTCTCCTGTTGTTCAAACTGAAAAGGAGGAGAATTCAAGTGGAGA
CGTAGAGAAGAATATGCTCGAAGCAGCTTCTGAAACGGCAGTTAGTTCTGTGCCTGCTAA
GAATCAAGGTAATAATGATTCTCAAGTAAAGACAGTAGGAGATGCGGGAGAAACAGAGTC
TGCTGATGCAGCAGCAGTGTGTTGCAAACCTGTGGAACCGCTTAACTTTGATGACTTCAA
CTCGGCAAAAGATATGGAGGTTATGGGGATGGAGAGATTAAAGACGGAACTTCAGTCTCG
TGGACTGAAATGCGGAGGGACATTGTCAGAGAGGGCTGGGAGGCTGTTCCTGCTTAAATC
TACACCAATCGATAAGCTCCCGAAGAAATTGCTGGCCAAGAAATGATTTAGTAAACTAAA
TGCGTCTCAAAAACTTCCTACTACCGTTTTCAAGCTCTCTGTTTGTTTGTAGTATTCGAC
ACAATCTACATGTGTAATATATAAAGATTTAAGCTTCAAGCTTTTTCAGGAATCCAACAA
GGTTTTATCTATTT

QA 3 736 3 736
DS 



AS 1 2

CO CL6655Contig1 679 2 4 U
GGACCCATCTCCTTCTCTATAACGCTCTCTCCTTCCATACAGAACCAAAAGCTTTTCTCT
CTCAAGAACAAAAACCAAATGGCTATAATGAAGAAATCTTTAAAACTCACTCAAACAGCA
ATGCTGAAACAGATTCTTAAGAGATGCTCGAGCTTAGGAAAGAAGAACGGAGGAGGGTAC
GACCACGGTTGCCTCCCTCTCGATGTTCCAAAGGGACACTTTCCTGTCTATGTCGGAGAG
AACAGAAGCAGATACATTGTCCCAGTCTCCTTCTTGACTCACCCTGAGTTCCAGACTCTC
TTACGACGAGCTGAGGAAGAGTTTGGATTCGACCACGACATGGGTCTCACCATTCCCTGT
GATGAAGTCGTCTTCCAAAGCCTAACCTCCATGATTCGATGATATTTAAGCTAAATCTTT
TGAAGAAGAAGATGGTTGAAGAAGAAGCAGAAGCTTCACTTTACAAAAAAAATAGCATCT
CTTCTCTTTTCTTTTTAAGTTTTTTTCCTTCTATTTCAAGCCATCTAGGGTTTTTTTCAC
GAGTTAATAATTCACTCGTCTAACAAGAAAGGAACCCGTATGAGATATTCTATGGGTTTA
GATCTGTAAAAAAGGTTGTAATGTTTTCCTCTCAGATCTTGATTCTGCGAGAGAAGTTGA
GTACTGCTAGAAAGTATTT


BQ
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AF RR3EA37TF U 1
AF RR3EA37JQ C 22
BS 1 112 RR3EA37TF
BS 113 113 RR3EA37JQ
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BS 339 679 RR3EA37JQ

RD RR3EA37TF 338 0 0
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CTCAAGAACAAAAACCAAATGGCTATAATGAAGAAATCTTTAAAACTCACTCGAACAGCA
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QA 1 338 1 338
DS 

RD RR3EA37JQ 658 0 0
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GATGTTCCAAAGGGACACTTTCCTGTCTATGTCGGAGAGAACAGAAGCAGATACATTGTC
CCAGTCTCCTTCTTGACTCACCCTGAGTTCCAGACTCTCTTACGACGAGCTGAGGAAGAG
TTTGGATTCGACCACGACATGGGTCTCACCATTCCCTGTGATGAAGTCGTCTTCCAAAGC
CTAACCTCCATGATTCGATGATATTTAAGCTAAATCTTTTGAAGAAGAAGATGGTTGAAG
AAGAAGCAGAAGCTTCACTTTACAAAAAAAATAGCATCTCTTCTCTTTTCTTTTTAAGTT
TTTTTCCTTCTATTTCAAGCCATCTAGGGTTTTTTTCACGAGTTAATAATTCACTCGTCT
AACAAGAAAGGAACCCGTATGAGATATTCTATGGGTTTAGATCTGTAAAAAAGGTTGTAA
TGTTTTCCTCTCAGATCTTGATTCTGCGAGAGAAGTTGAGTACTGCTAGAAAGTATTT

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL6656Contig1 1249 2 6 U
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GAACTATCACCAAAAATTAGGATTCTGGGTCTGATCAAGAAGCTAAATAGACACTCGAAA
GTGTCTCTCTTTTCTCTTCTCACCTCCCAAAAACTCTTCCTTTTTTTCTTCCCCCTGATT
ACGATCAAAAAAGAAGTTCTGGGTTTTAGGGTAAGCTCGACCCATCTTATTTTTGTTTCG
ATTTATCCGCAGATTATATGGATTTCAATGATCCGATGCTGGTCCAAAGTTCCTGGATTG
GTCAAATTGTTGATTTTGGACTGGATTTACTATGGCGTTTCATACACATTATTGTGAGCT
TATGTCACATTGTCTCTGGCATCTTTGAGGCGATAGAAAGCTATGCAATCTCGTTAGGAT
TGATTCAAAGATACAGTTCTATCGATATCGAAAAGCTCAAGTGTCTAGCTGTTGTAGTGG
ACATCGAAGCAGCAGCTCGAGATGTTTCCAAGGTTATTGAGCTTTTGCAATGGCTAACGA
CCATTGGGGTGAAACAAGTTGGTCTTTTTGACTCCCAAGGTTTATTGAAGAAATCCAAGG
ATATGATCCTTGAAATGGTGCCACGTTCAGTGTTGTTACAGGAGACTGGTGAGAGGGATG
CTTCGTCTGACCGCATTGCTTTAGAATTCATTTCGTCTTCTAACAATAAAGAAGCTGTTG
TGAAAGCAGCCAACATACTACTTGAGAAGTACTTGAAATCCAGCCATCCTGACAAGGGTG
AAGAAGGGGAAAACGTTTTTACAGAGTCTCATCTGAACGAAGCATTAAAAGTTGTTGGTG
AGAATGTACAAGTTCCTGATCTGTTGCTGGTTTATGGACCTGTAAGGAGCCACCTCGGTT
TCCCGGCTTGGAGACTTCGATACACTGAGATAGTACATATGGGATCGTTGAAGTATATGA
GATATGGTTCCCTTTTGAAGGCAATCCACAAATTCACAGGCGTGCGCCAAAATTATGGGG
TTTGATGGTGATTACAGAGCGAGCAGAGCCTTCCAATAGAAATTTTTTGAATGTGATTCA
CATATTTGTCGTTCAAAGGAGAGACATTGTTGAAGAGCTGTTAACTCAGTGCACGCACCA
TTGTTGCCAATTTGTTCACATCTTGTTCTGACAAATTCCATGTTATACAGATTCACAACT
CATAGCTGACATTGTATATGATTTTAAGTACTTAGCAAAATACTAATGA


BQ
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AF RR3H577TF U 1
AF RR3H577JQ C 429
BS 1 702 RR3H577TF
BS 703 705 RR3H577JQ
BS 706 710 RR3H577TF
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BS 712 746 RR3H577TF
BS 747 1249 RR3H577JQ

RD RR3H577TF 746 0 0
GGGTCTCAGAAACAGAGTTAAAATTTCGCAACACACACGTAACTTTGCTAAGGTTTAAGC
GAACTATCACCAAAAATTAGGATTCTGGGTCTGATCAAGAAGCTAAATAGACACTCGAAA
GTGTCTCTCTTTTCTCTTCTCACCTCCCAAAAACTCTTCCTTTTTTTCTTCCCCCTGATT
ACGATCAAAAAAGAAGTTCTGGGTTTTAGGGTAAGCTCGACCCATCTTATTTTTGTTTCG
ATTTATCCGCAGATTATATGGATTTCAATGATCCGATGCTGGTCCAAAGTTCCTGGATTG
GTCAAATTGTTGATTTTGGACTGGATTTACTATGGCGTTTCATACACATTATTGTGAGCT
TATGTCACATTGTCTCTGGCATCTTTGAGGCGATAGAAAGCTATGCAATCTCGTTAGGAT
TGATTCAAAGATACAGTTCTATCGATATCGAAAAGCTCAAGTGTCTAGCTGTTGTAGTGG
ACATCGAAGCAGCAGCTCGAGATGTTTCCAAGGTTATTGAGCTTTTGCAATGGCTAACGA
CCATTGGGGTGAAACAAGTTGGTCTTTTTGACTCCCAAGGTTTATTGAAGAAATCCAAGG
ATATGATCCTTGAAATGGTGCCACGTTCAGTGTTGTTACAGGAGACTGGTGAGAGGGATG
CTTCGTCTGACCGCATTGCTTTAGAATTCATTTCGTCTTCTAC**ATAAA*AAGCTGTTG
TGAAAGCAGCCAACATACTACTTGAG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3H577JQ 821 0 0
AGATACAGTTCTATCGATATCGAAAAGCTCAAGTGTCTAGCTGTTGTAGTGGACATCGAA
GCAGCAGCTCGAGATGTTTCCAAGGTTATTGAGCTTTTGCAATGGCTAACGACCATTGGG
GTGAAACAAGTTGGTCTTTTTGACTCCCAAGGTTTATTGAAGAAATCCAAGGATATGATC
CTTGAAATGGTGCCACGTTCAGTGTTGTTACAGGAGACTGGTGAGAGGGATGCTTCGTCT
GACCGCATTGCTTTAGAATTCATTTCGTCTTCTAACAATAAAGAAGCTGTTGTGAAAGCA
GCCAACATACTACTTGAGAAGTACTTGAAATCCAGCCATCCTGACAAGGGTGAAGAAGGG
GAAAACGTTTTTACAGAGTCTCATCTGAACGAAGCATTAAAAGTTGTTGGTGAGAATGTA
CAAGTTCCTGATCTGTTGCTGGTTTATGGACCTGTAAGGAGCCACCTCGGTTTCCCGGCT
TGGAGACTTCGATACACTGAGATAGTACATATGGGATCGTTGAAGTATATGAGATATGGT
TCCCTTTTGAAGGCAATCCACAAATTCACAGGCGTGCGCCAAAATTATGGGGTTTGATGG
TGATTACAGAGCGAGCAGAGCCTTCCAATAGAAATTTTTTGAATGTGATTCACATATTTG
TCGTTCAAAGGAGAGACATTGTTGAAGAGCTGTTAACTCAGTGCACGCACCATTGTTGCC
AATTTGTTCACATCTTGTTCTGACAAATTCCATGTTATACAGATTCACAACTCATAGCTG
ACATTGTATATGATTTTAAGTACTTAGCAAAATACTAATGA

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 2

CO CL6657Contig1 609 2 3 U
CGGACGAAAATACCCCTTACGTCTCTCAGAAAGTCTATAATAAATCTGTTTTGATGAAAA
ATAAATAATAGAAGATAAAAAAAAATAAAGGACTAGCGAGGTCTCGCGTGAGCAGCACGA
AGAGTAACTCCATGCAAGAACTTAGTGAAGCCTAAGAAGCTCAGCTTCCCATCACAACTC
CTTACCCATTCTCTCAAGTGCCCGTACGCAGACGCACCCACATTCAGTTCCCTTGCTAGC
TCTTCGATGGGGATCACTCGGTTTCCCTCGGTCTCAAAATGCTCAAAACCGGCGGCTGCA
ATCTCATCCCAAGCTTCAACAGCTTCCAGTTGATGTATGCTTATTGCTGCTGCACAAAAC
TCTTCGAAATACATCTTCCTATACGCTAGAAATTCCATCATGTTGAGAATTTCAGGAACT
CTTGATTCTCTCATTGCGTCTGTTGCATTCTGCATAAGCGCCATCTTAAAGTTTTCGAGG
GAGATGCTTCCATCTTTGTTTGGTCCCAAGAGCATGAACTGTGATCTAAGATAGACTAGC
TCGTTCTCTGTCAATGCTTTTGCTAGAGCCTTTAAAGCAGCACGTCGAAGAGGTGTTGCG
TGCAAATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG23JQ U 218
AF RR3GG23TF C 1
BS 1 217 RR3GG23TF
BS 218 528 RR3GG23JQ
BS 529 609 RR3GG23TF

RD RR3GG23JQ 311 0 0
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TGCTTATTGCTGCTGCACAAAACTCTTCGAAATACATCTTCCTATACGCTAGAAATTCCA
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ACTGTGATCTA

QA 1 311 1 311
DS 

RD RR3GG23TF 609 0 0
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ATAAATAATAGAAGATAAAAAAAAATAAAGGACTAGCGAGGTCTCGCGTGAGCAGCACGA
AGAGTAACTCCATGCAAGAACTTAGTGAAGCCTAAGAAGCTCAGCTTCCCATCACAACTC
CTTACCCATTCTCTCAAGTGCCCGTACGCAGACGCACCCACATTCAGTTCCCTTGCTAGC
TCTTCGATGGTGATCACTCGGTTTCCCTCGGTCTCAAAATGCTCAAAACCGGCGGCTGCA
ATCTCATCCCAAGCTTCAACAGCTTCCAGTTGATGTATGCTTATTGCTGCTGCACAAAAC
TCTTCGAAATACATCTTCCTATACGCTAGAGATTCCATCATGTTGAGAATTTCAGGAACT
CTTGATTCTCTCATTGCGTCTGTTGCATTCTGCATAAGCGCCATCTTAAAGTTTTCGAGG
GAGATGCTTCCATCTTTGTTTGGTCCCAAGAGCATGAACTGTGATCTAAGATAGACTAGC
TCGTTCTCTGTCAATGCTTTTGCTAGAGCCTTTAAAGCAGCACGTCGAAGAGGTGTTGCG
TGCAAATAG

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL6658Contig1 1147 2 2 U
GGAACGTGACTATCGAGAATAACACAACCTCAACGACAGGCAATGTCACTACTGGAGCTG
CCTCTGACGAGAATTCACAAGAAAATAAAGATGAGCTACAAGCTGATGCTGGTAACAGCA
CTGCTGAAGAACCAGCTGTGGTAGACCTGGGGACAGAAAAAAAGCTGAAAAAGCGGACAT
TTAGGATTCCTCTGAAGGTAGTTGAGAAAACTGTTGGACCTGGAGCACCTTTTACGAAAG
AGTCTCTTGCTGAAGCTAAGACAAAATTAGAAGCCTTAGACAAGAAAGATAGGGAAAGAA
GAAGAACGGCTGAGTTAAAAAACAACCTTGAATCTTATATATATGCTACCAAAGAGAAGC
TAGAAACACCCGAGTTTGAAAAGATTTCCACCCAAGAAGAGCGCAAGGCGTTTGTTGAGA
AGCTTGATGAGGTGCAAGATTGGCTTTACATGGACGGTGAGGATGCTAATGCCACAGAGT
TTCAGGAGCGGCTTGACTCACTAAAAGCCATTGGCAGTCCCATATCTCTGCGATCGGATG
AACTTACAGCACGACCCGTAGCAGTTGAATACGCTAAAAAATACCTTACCGAAGTGAAGG
AGATCATAAAAGAATGGGAGACGAACAAAACTTGGCTTCCAAAAGAAAAAATCAACGAGG
TCTCAAAGGAAGCGGATAAAGTAAAAAGCTGGTTGGAGAAGAATGAAGCTGAGCAGAAAA
AGGCTGCTTTATGGAGCAAGCCAGTGTTCACGTCAGATGAAGTGTACGCTAAAGTATTCA
CTCTGCAAGACAAGGTGACCAAGGTGAATAGGATTCCGAAGCCGAAGCCAAAAATAGAGA
AAGCAACCAAGAAGGAGAATGCAACAGAGGAAAAATCAAAAGGCTCAGAAGACTCCACCA
ATTTTTTTGAATCTGAAGCTGCTGCCAAAGAAGAAGAGGGCCACGACGAGCTTTGATTAA
CGTTACATACATAATAATAGGGTTTTCATTGAGCTTTAACTTTTGTGTGTTTTAAGTGTC
AAATAGGAGGGTTGGTTAAGCTGAACTGAGCTGAGCAAAAGGATTTGATTTCTTTCTCAA
CTTCATCTATCAAGTTTTGTTTCCTTTTCTCTTCTTTCAATTGAACCCTTAAAATAGTTG
GGTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G169TF U 1
AF RR3G169JQ C 386
BS 1 687 RR3G169TF
BS 688 1147 RR3G169JQ

RD RR3G169TF 687 0 0
GGAACGTGACTATCGAGAATAACACAACCTCAACGACAGGCAATGTCACTACTGGAGCTG
CCTCTGACGAGAATTCACAAGAAAATAAAGATGAGCTACAAGCTGATGCTGGTAACAGCA
CTGCTGAAGAACCAGCTGTGGTAGACCTGGGGACAGAAAAAAAGCTGAAAAAGCGGACAT
TTAGGATTCCTCTGAAGGTAGTTGAGAAAACTGTTGGACCTGGAGCACCTTTTACGAAAG
AGTCTCTTGCTGAAGCTAAGACAAAATTAGAAGCCTTAGACAAGAAAGATAGGGAAAGAA
GAAGAACGGCTGAGTTAAAAAACAACCTTGAATCTTATATATATGCTACCAAAGAGAAGC
TAGAAACACCCGAGTTTGAAAAGATTTCCACCCAAGAAGAGCGCAAGGCGTTTGTTGAGA
AGCTTGATGAGGTGCAAGATTGGCTTTACATGGACGGTGAGGATGCTAATGCCACAGAGT
TTCAGGAGCGGCTTGACTCACTAAAAGCCATTGGCAGTCCCATATCTCTGCGATCGGATG
AACTTACAGCACGACCCGTAGCAGTTGAATACGCTAAAAAATACCTTACCGAAGTGAAGG
AGATCATAAAAGAATGGGAGACGAACAAAACTTGGCTTCCAAAAGAAAAAATCAACGAGG
TCTCAAAGGAAGCGGATAAAGTAAAAA

QA 1 687 1 687
DS 

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TTACATGGACGGTGAGGATGCTAATGCCACAGAGTTTCAGGAGCGGCTTGACTCACTAAA
AGCCATTGGCAGTCCCATATCTCTGCGATCGGATGAACTTACAGCACGACCCGTAGCAGT
TGAATACGCTAAAAAATACCTTACCGAAGTGAAGGAGATCATAAAAGAATGGGAGACGAA
CAAAACTTGGCTTCCAAAAGAAAAAATCAACGAGGTCTCAAAGGAAGCGGATAAAGTAAA
AAGCTGGTTGGAGAAGAATGAAGCTGAGCAGAAAAAGGCTGCTTTATGGAGCAAGCCAGT
GTTCACGTCAGATGAAGTGTACGCTAAAGTATTCACTCTGCAAGACAAGGTGACCAAGGT
GAATAGGATTCCGAAGCCGAAGCCAAAAATAGAGAAAGCAACCAAGAAGGAGAATGCAAC
AGAGGAAAAATCAAAAGGCTCAGAAGACTCCACCAATTTTTTTGAATCTGAAGCTGCTGC
CAAAGAAGAAGAGGGCCACGACGAGCTTTGATTAACGTTACATACATAATAATAGGGTTT
TCATTGAGCTTTAACTTTTGTGTGTTTTAAGTGTCAAATAGGAGGGTTGGTTAAGCTGAA
CTGAGCTGAGCAAAAGGATTTGATTTCTTTCTCAACTTCATCTATCAAGTTTTGTTTCCT
TTTCTCTTCTTTCAATTGAACCCTTAAAATAGTTGGGTTTAT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL6659Contig1 1038 2 2 U
GACAAGCAGCGAGTTCATCGGTCTCTACGAGGTTCCAGGCTTGAAGTCTACTATAAACGG
CAGTCGTAAAATCCCTCATACAGGCGATTTCAGATGGCTAGACAAGGCGGCGCTTCAGTT
GAAAGAAGATGGACTAGAGCCGTCACCATGGAAGCTGTGCACAGTAACACAAGTGGAGGA
AGTGAAGATTTTGATAAGACTGATCCCAATCCCAGCATGTACTGTAATGCTGAGTCTGGT
CCTCACAGAGTATCTAACACTCTCAGTGCAACAAGCTTATACACTCAACACACACATTCA
GCACCTCAAGCTTCCAGTGACATGCATGCCTGTCTTCCCAGGACTCAGCATTTTCCTCAT
TCTCTCCCTTTATTACTCTGTTTTCGTCCCTATCACCAGAAGAATCACTGGCAATCCCCA
TGGTGCTTCCCAGCTTCAAAGGGTGGGGATAGGGCTAGCAGTTTCAATCATATCAGTAGC
TTGGGCTGGACTATTCGAGAACTACAGGAGACATTACGCGATACAACATGGATTCCAGTT
CAACTTCTTGACCCAAATGCCTGATCTAACAGCATACTGGTTGTTAATCCAGTACTGTCT
CATCGGTATAGCAGAGGTTTTCTGCATCGTTGGGCTACTGGAGTTCCTCTACGAGGAAGC
ACCTGATGCTATGAAGAGTATTGGTTCAGCCTACGCAGCGCTAGCCGGCGGGTTAGGGTG
TTTTGCTGCCACCATCTTGAACAACATCGTGAAGGCTGCGACCAGGAACTCAGATGGGAA
CTCGTAGTTGTCACAGAACATAAACACGGGGAGATTCGACTGTTTGTACTGGCTCCTCAC
GCTTTTGAGCCTTTTGAACTTCTGTGTTTTCCTTTGGTCAGCTCATAGGTACAAGTACAG
GGCTCTTGAAACTGAGGATGACAAGAGTAGAGCATCTCTTTAAAGACACTAACTATGTGT
TCTGTTCTGTTCCTAATATTTGTTTGTTTGTAAGAAAACCATAAAAGTCATGTAAACGTA
TCTCTGCAATTTTCAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E882TF U 1
AF RR3E882JQ C 309
BS 1 610 RR3E882TF
BS 611 1038 RR3E882JQ

RD RR3E882TF 610 0 0
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GAAAGAAGATGGACTAGAGCCGTCACCATGGAAGCTGTGCACAGTAACACAAGTGGAGGA
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GCACCTCAAGCTTCCAGTGACATGCATGCCTGTCTTCCCAGGACTCAGCATTTTCCTCAT
TCTCTCCCTTTATTACTCTGTTTTCGTCCCTATCACCAGAAGAATCACTGGCAATCCCCA
TGGTGCTTCCCAGCTTCAAAGGGTGGGGATAGGGCTAGCAGTTTCAATCATATCAGTAGC
TTGGGCTGGACTATTCGAGAACTACAGGAGACATTACGCGATACAACATGGATTCCAGTT
CAACTTCTTGACCCAAATGCCTGATCTAACAGCATACTGGTTGTTAATCCAGTACTGTCT
CATCGGTATA

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3E882JQ 730 0 0
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CCCAGCTTCAAAGGGTGGGGATAGGGCTAGCAGTTTCAATCATATCAGTAGCTTGGGCTG
GACTATTCGAGAACTACAGGAGACATTACGCGATACAACATGGATTCCAGTTCAACTTCT
TGACCCAAATGCCTGATCTAACAGCATACTGGTTGTTAATCCAGTACTGTCTCATCGGTA
TAGCAGAGGTTTTCTGCATCGTTGGGCTACTGGAGTTCCTCTACGAGGAAGCACCTGATG
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CCACCATCTTGAACAACATCGTGAAGGCTGCGACCAGGAACTCAGATGGGAACTCGTAGT
TGTCACAGAACATAAACACGGGGAGATTCGACTGTTTGTACTGGCTCCTCACGCTTTTGA
GCCTTTTGAACTTCTGTGTTTTCCTTTGGTCAGCTCATAGGTACAAGTACAGGGCTCTTG
AAACTGAGGATGACAAGAGTAGAGCATCTCTTTAAAGACACTAACTATGTGTTCTGTTCT
GTTCCTAATATTTGTTTGTTTGTAAGAAAACCATAAAAGTCATGTAAACGTATCTCTGCA
ATTTTCAACG

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL6660Contig1 971 2 2 U
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AGCTCATCTGTGGTGACTCAGCAGAACCCAGAGGATGATAACTCCTCGGTGTGGTCGATG
CAAGTCAACGCAAGTACCAAAGACGAAGAGGATGATGAAGAGGAAGTGGTGTATTCTTAT
TCTTACAGGGAGGAAGAGGAATACTACGAGGAGGAGGAGGAGGAAGGAGATGTGGAAGGG
TTATGCGAGGGAATGAGGAAGATGAGGTTCGCAGGGAAGCACACTCGGTTTGTGTACGAC
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AACTTTTTCATTTAATTGTTTTTTTTTGTTTTGGGGCTGTTGTTACATGGTTCCCAGTTC
TGATTCTTGTGCCCGTTTACTTACATTGGTGTTATTTTTCAATAACTAAAAAAGTGTAAT
CGGAATATGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK18TF U 1
AF RR3AK18JQ C 432
BS 1 746 RR3AK18TF
BS 747 971 RR3AK18JQ

RD RR3AK18TF 746 0 0
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GCTCTGCCACCAATCATCTCCTATCATCAAAGAAACCAGAGGAGTCGAAGTCAAGTCAAA
AATCTGTTGCAGAAGGTTGAAGAAGGAGAAGCACATGTTATTACAAAGATATCAGTTGAA
TCTCGTCCCTTCATCCATCTCGTTACCTCTCCCATGGGACTCCTCGCCCCGACTCCGGCC
AACACCCCACAAGTTCTCGATGGAGTGCAGATTGTGATCGCATCTCCCGTTGTTTCGGAA
CAGCTGAGAGCAGCAGCAGAAGCATCTTCTCAGGTGGAGAAAGATGAGAGGTTGGACAAG
AGTCCGAGCATAACGAGGTCATTGCTGCTGGATTTTAGTGATAAATCAGAGCTATGGGAG
AGCTCATCTGTGGTGACTCAGCAGAACCCAGAGGATGATAACTCCTCGGTGTGGTCGATG
CAAGTCAACGCAAGTACCAAAGACGAAGAGGATGATGAAGAGGAAGTGGTGTATTCTTAT
TCTTACAGGGAGGAAGAGGAATACTACGAGGAGGAGGAGGAGGAAGGAGATGTGGAAGGG
TTATGCGAGGGAATGAGGAAGATGAGGTTCGCAGGGAAGCACACTCGGTTTGTGTACGAC
AGTGATCTTGAAGAGATGGTGGAGGCTGAAGAGCAAACTCCTCCTGGACTGTTGCGTTTG
AAAGTTTTCCCCACACCTACAGGCAA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3AK18JQ 540 0 0
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AATGAGGAAGATGAGGTTCGCAGGGAAGCACACTCGGTTTGTGTACGACAGTGATCTTGA
AGAGATGGTGGAGGCTGAAGAGCAAACTCCTCCTGGACTGTTGCGTTTGAAAGTTTTCCC
CACACCTACAGGCAAACATCATGTCAGATTTGACCAAGACGACGACGATGAGTGATATAA
CAACAACCCCCATTTTTTGAGTTGTGGACAAAAGCCTTTCAAATGTTTCAACTTTTTCAT
TTAATTGTTTTTTTTTGTTTTGGGGCTGTTGTTACATGGTTCCCAGTTCTGATTCTTGTG
CCCGTTTACTTACATTGGTGTTATTTTTCAATAACTAAAAAAGTGTAATCGGAATATGAC

QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 2

CO CL6661Contig1 1056 2 4 U
GGGACTCTTATTAGCTCATCTCCATTTGCTTTTCTAATCCAGAGAACACAGAGAAGAAGA
AGAAGAAGAAGATGGAGTCATCTTGTCTCAGAAGTTCACTCTTGTTTATGCTTCTCTCCT
CGGAGTTGGTGGGTTGATGGGTTACCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATA
CCGGGCTCTTTGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCC
ATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTT
AAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGATGGGTCGCCCGGTCCGCCTT
CGGCGAGCACCGGTCGGCTTGTCTCTTCTGTTGGCGATACGCTCCTGGTCTTAACTGGCC
GGGTCGTGCCTCCTTCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGC
TCTGTATACATTAGCATGGGATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGTTGGCCTTCG
GGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTG
AAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACGACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGAGCTTCCAGA
AAATCCTGTATTGGCATCCTCCATTGGTATAGTGGGGTCGGCAGCGTTGACAGGAATGAT
GGGATCGCGTTACTTAAGGACGAGGAAAGTAGTCCCGGCGGGAGTTGTATCGATGGTGTC
ACTCGTGATGACTGGGGCTTACTTGCACGGCCTTATTCGCTCAAGTTAAAGCCTTTCTGT
TACGTTCGGTTGGACCTATTCCCAATAGGGTTTGGGATAGCATTTCATATTTTGAAAGTT
GTTGAACAGTGTGCTTTGTGGTGATGTTTATCTACCTTCTTCCGTATCCATATATAGACT
CTCAGAAGGAATATGACTAATGGAATAACTGTAATTGAAGAGTCCGGATCATATATACAT
GGACTTGTGTGATGAAAATTTTACTTTCTTTGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BT14TF U 1
AF RR3BT14JQ C 440
BS 1 713 RR3BT14TF
BS 714 714 RR3BT14JQ
BS 715 738 RR3BT14TF
BS 739 1056 RR3BT14JQ

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AGAAGAAGAAGATGGAGTCATCTTGTCTCAGAAGTTCACTCTTGTTTATGCTTCTCTCCT
CGGAGTTGGTGGGTTGATGGGTTACCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATA
CCGGGCTCTTTGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCC
ATTGGAGGGCAAGTCTGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTT
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CGGCGAGCACCGGTCGGCTTGTCTCTTCTGTTGGCGATACGCTCCTGGTCTTAACTGGCC
GGGTCGTGCCTCCTTCGCTGTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGCCTACGC
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GGGATCGCGTTACTTAAG
ACGAGGAAGTAGTCCC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3BT14JQ 617 0 0
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GATAACATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGTTGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAA
CAGGGACAGTCGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAA
AGACGAACGACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGAGCTTCCAGAAAATCCTGTATTGGCATCC
TCCATTGGTATAGTGGGGTCGGCAGCGTTGACAGGAATGATGGGATCGCGTTACTTAAGG
ACGAGGAAAGTAGTCCCGGCGGGAGTTGTATCGATGGTGTCACTCGTGATGACTGGGGCT
TACTTGCACGGCCTTATTCGCTCAAGTTAAAGCCTTTCTGTTACGTTCGGTTGGACCTAT
TCCCAATAGGGTTTGGGATAGCATTTCATATTTTGAAAGTTGTTGAACAGTGTGCTTTGT
GGTGATGTTTATCTACCTTCTTCCGTATCCATATATAGACTCTCAGAAGGAATATGACTA
ATGGAATAACTGTAATTGAAGAGTCCGGATCATATATACATGGACTTGTGTGATGAAAAT
TTTACTTTCTTTGTTTC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL6662Contig1 1092 2 6 U
GGACGAGATACGTGGGCTTCGTTATGTGTTGTTAGTGCTCGATAATGTCCACAAGAATCC
AGCCCCTTATTGATAATTTAGGGTTCATCAAAATCTACGATCTCTGCCATCAGAGAGGCT
GAGGTCGGCGTGACGATTCCGTTCGTTGGGGTTTAGATCACGTCCTTTCACCTTCGTTCC
ATCCATCGAAACGAGACAGTTTCCAGATCGCATTAAACATGTTCCTAACTACCATAGCCA
CGAACTATGTGTGTGAATCTTCTTAGAGGCGGTATTTCTAAGATTATAAAAAGAATTCAA
AGCTAGATACAACGTGTTAGGCTGTTCCAGGATGCAAATAGGTCTTGAATTGATTCATCT
CGGCGGCGGCAGTTTCGGCAACTAACGATGCTAACTCTCGAGAACGTCGGTGGTTTCACG
TCGTTGCTTGAGCCTCCACTTGCCGTCATTGTATTTTCAAGTACTGGCCCTTACGGAATT
TTTTTTGATATCTCCACCGCCGCTTCACCATTACGGAACATTGACTAGCCCAAAACAATC
GGTCTCGCAAGAGAATAGAACTCAACAAAAAGGCTAAAAGCTTAACGAAGACGAAGAACA
AAGCTCGGAAGAGAACGAGAAGCTTCCATATGCCATGTTAGAGTTCGCTGTGGTGAAGCA
ACAGATAGCCATAGCAGAACGAATTATAGGCAAGAAGGGAGAAAATTAATACACGGATGA
AGCTGCTATAGGAACTGGTTCCAGGCTGTGATAAGTTGCCTTCAAAAGTGATGAAGCAGA
CAATACAGAAGAAGAAAACAATGATATTTTCTATGATTCCGAAAGTGACCATGTTTTTTG
TTTTTCTTATTTTTTTACTTTTGAGCCTCTGTTTCTATATCTGATAGAAAATTCATTTAT
GAGATTCAGTGAGTTTAGAGACATTGATGACTCTGAGTGACACTTCTGGATTGTTTGGAA
GGTCTCAACTTCTCGGATGGGGGTAATTTGTAATTCTCTTTTTTTTTGTTTTGTTTTTAT
GCTACAACTAACGTGTAATTCTCAATCTCTCAAACCTTCATATGCTTTTTATCAAGGAAA
CACAAGAAACTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET70TF U 1
AF RR3ET70JQ C 345
BS 1 609 RR3ET70TF
BS 610 610 RR3ET70JQ
BS 611 626 RR3ET70TF
BS 627 627 RR3ET70JQ
BS 628 656 RR3ET70TF
BS 657 1092 RR3ET70JQ

RD RR3ET70TF 656 0 0
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AGCCCCTTATTGATAATTTAGGGTTCATCAAAATCTACGATCTCTGCCATCAGAGAGGCT
GAGGTCGGCGTGACGATTCCGTTCGTTGGGGTTTAGATCACGTCCTTTCACCTTCGTTCC
ATCCATCGAAACGAGACAGTTTCCAGATCGCATTAAACATGTTCCTAACTACCATAGCCA
CGAACTATGTGTGTGAATCTTCTTAGAGGCGGTATTTCTAAGATTATAAAAAGAATTCAA
AGCTAGATACAACGTGTTAGGCTGTTCCAGGATGCAAATAGGTCTTGAATTGATTCATCT
CGGCGGCGGCAGTTTCGGCAACTAACGATGCTAACTCTCGAGAACGTCGGTGGTTTCACG
TCGTTGCTTGAGCCTCCACTTGCCGTCATTGTATTTTCAAGTACTGGCCCTTACGGAATT
TTTTTTGATATCTCCACCGCCGCTTCACCATTACGGAACATTGACTAGCCCAAAACAATC
GGTCTCGCAAGAGAATAGAACTCAACAAAAAGGCTAAAAGCTTAACGAAGACGAAGAACA
AAGCTCGGA*GAGAACGAGAAGCTTC*ATATGCCATGTTAGAGTTCGCTGTGGTGA

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3ET70JQ 748 0 0
TTGAATTGATTCATCTCGGCGGCGGCAGTTTCGGCAACTAACGATGCTAACTCTCGAGAA
CGTCGGTGGTTTCACGTCGTTGCTTGAGCCTCCACTTGCCGTCATTGTATTTTCAAGTAC
TGGCCCTTACGGAATTTTTTTTGATATCTCCACCGCCGCTTCACCATTACGGAACATTGA
CTAGCCCAAAACAATCGGTCTCGCAAGAGAATAGAACTCAACAAAAAGGCTAAAAGCTTA
ACGAAGACGAAGAACAAAGCTCGGAAGAGAACGAGAAGCTTCCATATGCCATGTTAGAGT
TCGCTGTGGTGAAGCAACAGATAGCCATAGCAGAACGAATTATAGGCAAGAAGGGAGAAA
ATTAATACACGGATGAAGCTGCTATAGGAACTGGTTCCAGGCTGTGATAAGTTGCCTTCA
AAAGTGATGAAGCAGACAATACAGAAGAAGAAAACAATGATATTTTCTATGATTCCGAAA
GTGACCATGTTTTTTGTTTTTCTTATTTTTTTACTTTTGAGCCTCTGTTTCTATATCTGA
TAGAAAATTCATTTATGAGATTCAGTGAGTTTAGAGACATTGATGACTCTGAGTGACACT
TCTGGATTGTTTGGAAGGTCTCAACTTCTCGGATGGGGGTAATTTGTAATTCTCTTTTTT
TTTGTTTTGTTTTTATGCTACAACTAACGTGTAATTCTCAATCTCTCAAACCTTCATATG
CTTTTTATCAAGGAAACACAAGAAACTG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL6663Contig1 1061 2 4 U
GGATTTTGGTTTGTGTTGCTTCGCTTTCCTCATTCCCATCATCATCTCCTCCTCTTCTCT
CTGCCTTGATAAAGTGGTTTGTTTTCTCCTTTCTCCTCTTTTCTCCGCAATCGGTTTCCT
CTTTCGTTGCTTTCTTCCCTTGCTACAAACCATATAGCTGCTCGTTCTTCTGCCCCTCCT
GCCTCTCTGGTTCAGCATGTCCTTCAATCTGGGGGAGGTACCACCTTTCAGCCGCAGAAT
CGGGCTTACTCGAGAGCAGTACCTCAATCTTTGCGGGGCTTAGCATTCACAAGTCGAGGA
AGAGGCAGACTCGCGGAGCTCCGCAATGTCTTGGAACAGATGCGTAGGACAGGGACCTTG
CGTTTAGAGGATGTTATGCTTCTCAATCAGTCGATGCTAGGTGCAGCTGGTATTCATGAC
CGTTATAGAGACATGCGACTCGATGTTGACAACATGTCGTATGAGGAGTTGTTGTCTCTA
GGAGAGCGGATTGGAGATGTTTGTACCGGTCTGAATGAGGAAACCATATCAAACCGATTG
AAGCAGCACAAATACACTAGTGACACCAGATGTCCACAAGAGATAGAGCCATGCTGTGTC
TGTCAGAAGGAATACAATGAGGGAGAAGAACTGGGAAAGCTGGAATGTGGGCATGGCTTC
CATAGCCAATGCATTAAAGAATGGCTGAAGCAAAAGAATATTTGTCCGATATGCAAAACG
ACAGGGTTAAACACTGTAGAGAAGCCAGGAATATTATGATGGAAAGACCTTGAGCTGTTC
TATACCATTGCAACCTCACCATAACACCCAAAGGCAAGTTTCGGTTATGCGTTTTTGTGC
ATTTGGTGTTCGAGTTTAAGGTTTGATGATTTGGAAGGTAGCGAGAAAATAGGAATCTAG
AGAAGTAACTGGGGGAGTATCTAAGAAAAACAAACTTAGGTTCTTCTGAATTTGTTTGGA
TGATTTAGTTTTTTTTCTTATGATTTACTCATTGAAAAACCTAAAAGGTTTGTGAGCCAA
TTCGGGAAGTTCGATAGATTTTATGGGTGATTGAGTTATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DR57TF U 1
AF RR3DR57JQ C 336
BS 1 607 RR3DR57TF
BS 608 609 RR3DR57JQ
BS 610 676 RR3DR57TF
BS 677 1061 RR3DR57JQ

RD RR3DR57TF 676 0 0
GGATTTTGGTTTGTGTTGCTTCGCTTTCCTCATTCCCATCATCATCTCCTCCTCTTCTCT
CTGCCTTGATAAAGTGGTTTGTTTTCTCCTTTCTCCTCTTTTCTCCGCAATCGGTTTCCT
CTTTCGTTGCTTTCTTCCCTTGCTACAAACCATATAGCTGCTCGTTCTTCTGCCCCTCCT
GCCTCTCTGGTTCAGCATGTCCTTCAATCTGGGGGAGGTACCACCTTTCAGCCGCAGAAT
CGGGCTTACTCGAGAGCAGTACCTCAATCTTTGCGGGGCTTAGCATTCACAAGTCGAGGA
AGAGGCAGACTCGCGGAGCTCCGCAATGTCTTGGAACAGATGCGTAGGACAGGGACCTTG
CGTTTAGAGGATGTTATGCTTCTCAATCAGTCGATGCTAGGTGCAGCTGGTATTCATGAC
CGTTATAGAGACATGCGACTCGATGTTGACAACATGTCGTATGAGGAGTTGTTGTCTCTA
GGAGAGCGGATTGGAGATGTTTGTACCGGTCTGAATGAGGAAACCATATCAAACCGATTG
AAGCAGCACAAATACACTAGTGACACCAGATGTCCACAAGAGATAGAGCCATGCTGTGTC
TGTCAGA**GAATACAATGAGGGAGAAGAACTGGGAAAGCTGGAATGTGGGCATGGCTTC
CATAGCCAATGCATTA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3DR57JQ 726 0 0
ACAGATGCGTAGGACAGGGACCT*GCGTTTAGAGGATGTTATGCTTCTCAATCAGTCGAT
GCTAGGTGCAGCTGGTATTCATGACCGTTATAGAGACATGCGACTCGATGTTGACAACAT
GTCGTATGAGGAGTTGTTGTCTCTAGGAGAGCGGATTGGAGATGTTTGTACCGGTCTGAA
TGAGGAAACCATATCAAACCGATTGAAGCAGCACAAATACACTAGTGACACCAGATGTCC
ACAAGAGATAGAGCCATGCTGTGTCTGTCAGGAGGAATACAATGAGGGAGAAGAACTGGG
AAAGCTGGAATGTGGGCATGGCTTCCATAGCCAATGCATTAAAGAATGGCTGAAGCAAAA
GAATATTTGTCCGATATGCAAAACGACAGGGTTAAACACTGTAGAGAAGCCAGGAATATT
ATGATGGAAAGACCTTGAGCTGTTCTATACCATTGCAACCTCACCATAACACCCAAAGGC
AAGTTTCGGTTATGCGTTTTTGTGCATTTGGTGTTCGAGTTTAAGGTTTGATGATTTGGA
AGGTAGCGAGAAAATAGGAATCTAGAGAAGTAACTGGGGGAGTATCTAAGAAAAACAAAC
TTAGGTTCTTCTGAATTTGTTTGGATGATTTAGTTTTTTTTCTTATGATTTACTCATTGA
AAAACCTAAAAGGTTTGTGAGCCAATTCGGGAAGTTCGATAGATTTTATGGGTGATTGAG
TTATGT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL6664Contig1 721 2 6 U
GGATGCCTGTTCCACCTGAAGAACTGAGATGCCCTATATCGTTGCAGCTTATGTGTGATC
CTGTCATTATTGCTTCAGGGCAGACTTATGAAAGGGTTTGTATTGAGAAATGGTTTAGTG
ATGGGCACAACACTTGCCCAAAGACTCAGCTGCAGCTCCCACATCTCTCCTTAACTCCTA
ATAACTGTGTTAAAGGTCTTATTGCTAGCTGGTGTGAACAGAACGGGACTCAAATCCCAA
CCGGACCGCCGGAGTCTCTAGACCTTGATTACTGGACACTAGCTCTCTCCGGCTCCGATT
CCACCAACTCAAAGAGAGATCATGAGGAGCCAGTGCCACCGTCACAGAAGGAAGCTCCTC
CCAGGAAATCAATGTCAGCACCTTTGTATGTCCATGAATCATCAGCTCAACCTTCAGCTT
CGGGTCCGGAATATGAACCAAGAGTCTTGTCGAAATCGATGTCGAGAAGAAAGTCGTTGG
CAAGGCCGTTTAGTTTCTTCTGGAAGAAAAGCTACTCAACTCGCCAGTGAGTGAGTGAAT
GATATGAACAGCCTTTGTATGTAAAGCTTTGTTTTTTTTCTCTTACAAGTTTACAAAACG
TCATCTATATAGAAGAAGTTATGTACAGGCCCCACAATGTGACTACACTCGATTTTGCTG
CTTTTTTTGGTTAGCCAAAAAAAAAGAATGTATATGAAAGTTAATAAATAATAAAAGTAT
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3EW80TF U 1
AF RR3EW80JQ C 294
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BS 617 617 RR3EW80JQ
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BS 630 655 RR3EW80TF
BS 656 721 RR3EW80JQ

RD RR3EW80TF 662 0 0
GGATGCCTGTTCCACCTGAAGAACTGAGATGCCCTATATCGTTGCAGCTTATGTGTGATC
CTGTCATTATTGCTTCAGGGCAGACTTATGAAAGGGTTTGTATTGAGAAATGGTTTAGTG
ATGGGCACAACACTTGCCCAAAGACTCAGCTGCAGCTCCCACATCTCTCCTTAACTCCTA
ATAACTGTGTTAAAGGTCTTATTGCTAGCTGGTGTGAACAGAACGGGACTCAAATCCCAA
CCGGACCGCCGGAGTCTCTAGACCTTGATTACTGGACACTAGCTCTCTCCGGCTCCGATT
CCACCAACTCAAAGAGAGATCATGAGGAGCCAGTGCCACCGTCACAGAAGGAAGCTCCTC
CCAGGAAATCAATGTCAGCACCTTTGTATGTCCATGAATCATCAGCTCAACCTTCAGCTT
CGGGTCCGGAATATGAACCAAGAGTCTTGTCGAAATCGATGTCGAGAAGAAAGTCGTTGG
CAAGGCCGTTTAGTTTCTTCTGGAAGAAAAGCTACTCAACTCGCCAGTGAGTGAGTGAAT
GATATGAACAGCCTTTGTATGTAAAGCTTTGTTTTTTTTCTCTTACAAGTTTACAAAACG
TCATCTATATAGAAGA*GTTATGTACAG*CCCCACAATGTGACTACACTCGATTT
GCTGCTT

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3EW80JQ 428 0 0
TCCGATTCCACCAACTCAAAGAGAGATCATGAGGAGCCAGTGCCACCGTCACAGAAGGAA
GCTCCTCCCAGGAAATCAATGTCAGCACCTTTGTATGTCCATGAATCATCAGCTCAACCT
TCAGCTTCGGGTCCGGAATATGAACCAAGAGTCTTGTCGAAATCGATGTCGAGAAGAAAG
TCGTTGGCAAGGCCGTTTAGTTTTTTCTGGAAGAAAAGCTACTCAACTCGCCAGTGAGTG
AGTGAATGATATGAACAGCCTTTGTATGTAAAGCTTTGTTTTTTTTTTCTTACAAGTTTA
CAAAACGTCATCTATATAGAAGAAGTTATGTACAGGCCCCACAATGTGACTACACTCGAT
TTTGCTGCTTTTTTTGGTTAGCCAAAAAAAAAGAATGTATATGAAAGTTAATAAATAATA
AAAGTATG

QA 1 428 1 428
DS 



AS 1 2

CO CL6665Contig1 1070 2 2 U
GCATTCTCGCCAAGGCGAGCGTCCGTTTCCCTTCAGCGCGGAGAGAGGGTTTGTTAGGTC
TCACAGGATGCCGAGGAAGCATTACAGGGGACTCTCTAACCCTCAGTGTCTTCACGGGAT
CGAGTTCGTGGCGTCCCCGAGTCTCTTGTGCGTCAGTGAGGATGATAAGAAGAGGTGGTT
TGAGCTGACGGGTCGAGATTTGAAGTTCACTATCCCTCCTGATGCTAGTGACTTCGGTTC
CTGGAGAAACCTTCCCAACACGGACTTCGAGCTGCCTCATGTTACAAAACAGGGTTTGAA
TTGCGCTAAGAAGATCCTTAACGGTTCGGGATTGCATTTGACGAGCAACGCTTCTTTCAG
CAGCAATGGCTCATCAGATCAGTCTCCAGGCAACAATAATAAGAAGAGGAAAGAGTTCTT
ATCTCCTGGAAGCAGCGAAGAAGAATGTTGCTTGACTGTTGTTAACAACCATGCCGCCAA
GGACCCGCCCGGTTGGGCTAACGACTTCACTGGAGTGATGAAGAACGTTCACGGGCCCGC
GACTGCGGCCAAAACAATCTACGAAGACGAAGAAGCTTACCTGGTCGTGGTAACTTTACC
GTTTGTGGATTTGAACAGCGTGAAGGTCTCATGGAGGAACGGTATCACCAACGGAATCGT
GAAGGTCACGGGGTCAAGCACGTCGAGGGCTCCCTTGGTGAAGAGGAGGGAGCGTACTTT
CAAGCTGGTTGTTGATCAGACGGCTGAGCATTGTCCTCCGGGGGAGTTCATGAGGGAGAT
ACAGTTGCCAAATCGGATTCCGGAGGAAGCCAACATCGAAGCATATTTTGATGGGACAGG
ACCGGTTCTAGAGATCCTGGTGCCGAAGCTGAAGGGAGGAGTGGAGGAAGAACACGAGGT
TAGAGTTTGTCTAAGGCCGCACCGCCTTGGAGGAGTTAGTTGAGGTTAAGTTGACCTGAT
GAAAGATGTAACCATGTTTTTATTTATGTATTTGTAGAAAAGATCATTTTGTACAATGGG
AAAAATAAGCCAAAGCAGATAAGTGTAATCCTAAGTGTAACCCTATTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AC85TF U 1
AF RR3AC85JQ C 273
BS 1 620 RR3AC85TF
BS 621 1070 RR3AC85JQ

RD RR3AC85TF 620 0 0
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TCACAGGATGCCGAGGAAGCATTACAGGGGACTCTCTAACCCTCAGTGTCTTCACGGGAT
CGAGTTCGTGGCGTCCCCGAGTCTCTTGTGCGTCAGTGAGGATGATAAGAAGAGGTGGTT
TGAGCTGACGGGTCGAGATTTGAAGTTCACTATCCCTCCTGATGCTAGTGACTTCGGTTC
CTGGAGAAACCTTCCCAACACGGACTTCGAGCTGCCTCATGTTACAAAACAGGGTTTGAA
TTGCGCTAAGAAGATCCTTAACGGTTCGGGATTGCATTTGACGAGCAACGCTTCTTTCAG
CAGCAATGGCTCATCAGATCAGTCTCCAGGCAACAATAATAAGAAGAGGAAAGAGTTCTT
ATCTCCTGGAAGCAGCGAAGAAGAATGTTGCTTGACTGTTGTTAACAACCATGCCGCCAA
GGACCCGCCCGGTTGGGCTAACGACTTCACTGGAGTGATGAAGAACGTTCACGGGCCCGC
GACTGCGGCCAAAACAATCTACGAAGACGAAGAAGCTTACCTGGTCGTGGTAACTTTACC
GTTTGTGGATTTGAACAGCG

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3AC85JQ 798 0 0
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TGACTGTTGTTAACAACCATGCCGCCAAGGACCCGCCCGGTTGGGCTAACGACTTCACTG
GAGTGATGAAGAACGTTCACGGGCCCGCGACTGCGGCCAAAACAATCTACGAAGACGAAG
AAGCTTACCTGGTCGTGGTAACTTTACCGTTTGTGGATTTGAACAGCGTGAAGGTCTCAT
GGAGGAACGGTATCACCAACGGAATCGTGAAGGTCACGGGGTCAAGCACGTCGAGGGCTC
CCTTGGTGAAGAGGAGGGAGCGTACTTTCAAGCTGGTTGTTGATCAGACGGCTGAGCATT
GTCCTCCGGGGGAGTTCATGAGGGAGATACAGTTGCCAAATCGGATTCCGGAGGAAGCCA
ACATCGAAGCATATTTTGATGGGACAGGACCGGTTCTAGAGATCCTGGTGCCGAAGCTGA
AGGGAGGAGTGGAGGAAGAACACGAGGTTAGAGTTTGTCTAAGGCCGCACCGCCTTGGAG
GAGTTAGTTGAGGTTAAGTTGACCTGATGAAAGATGTAACCATGTTTTTATTTATGTATT
TGTAGAAAAGATCATTTTGTACAATGGGAAAAATAAGCCAAAGCAGATAAGTGTAATCCT
AAGTGTAACCCTATTGAG

QA 1 798 1 798
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AAATCCGAAAAATAGATGACCCCTTCCAGTTTTATTTATGTATAACATCAAACGGAGTTC
AAATATATATCAAGGATTTAGATCATTAATATTACATATAAATTATATCCCCAAACCTCT
AAGCAACGAGGCAAAAACCATATACATGTCACTTACTAATTACAGTAATCCTAAAAATCA
CAAATCTCAAAGTAATATTCAATATTTCTGATCCATCTTTGACTAATCAATTACCATTGA
GTAAATGCATTGATGACCAAATATCATCCATGCCCCAATAGTTTTCACCGGTTTGATCAT
CAACAGTCATTGGAATTGAATAATCTGCCGTTGCAGTCGCAGTCCCAGTAGCCGCAAACG
CAAAGTAGTTACTATAGTTGAAATCCATGTTGGTATGTTGATAGGACGTAGTTGAAGGAA
AATATGTCTCCATCGCTTGATCTTGTGTACAAAAAACATTATGGTTCGACGTACTTGCAG
CTTGATCTTTGATTTCTGAGCTGTGATGAGATCCAACGGAGGACGTTGTTGTTGCTGTCA
CATCGGTTTGTTTAATGTATTTTTGGATTCTTGTCCTCCAGAAATTCTTGATTTCGTTGT
CGGTTCTTCCTGGAAGGTGTTTAGCGATTTTCGACCACCTGATCATATAATCAGATGTAA
TGTGACTGATTAAGACATAGTTACGATGTATACTTTCTTTATA


BQ
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AF RR3BW53JQ U 1
AF RR3FG09JQ U 5
BS 1 97 RR3BW53JQ
BS 98 98 RR3FG09JQ
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BS 202 219 RR3BW53JQ
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BS 234 266 RR3BW53JQ
BS 267 703 RR3FG09JQ

RD RR3BW53JQ 266 0 0
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AAATATATATCAAGGATTTAGATCATTAATATTACATTTAAATTATATCCCCAAACCTCT
AAGCAACGAGGCAAAAACCATATACATGTCACTTACTAATTACAGTAATCCTAAAAATCA
CAAATCTCAAAGTAATATTCCATATTTCTGATCCATCTT*GACTAATCAATTGCCATTGA
GTAAATGCATTGATGACCAAATATCA

QA 1 266 1 266
DS 

RD RR3FG09JQ 699 0 0
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ATATATCAAGGATTTAGATCATTAATATTACATATAAATTATATCCCCAAACCTCTAAGC
AACGAGGCAAAAACCATATACATGTCACTTACTAATTACAGTAATCCTAAAAATCACAAA
TCTCAAAGTAATATTCAATATTTCTGATCCATCTTTGACTAATCAATTACCATTGAGTAA
ATGCATTGATGACCAAATATCATCCATGCCCCAATAGTTTTCACCGGTTTGATCATCAAC
AGTCATTGGAATTGAATAATCTGCCGTTGCAGTCGCAGTCCCAGTAGCCGCAAACGCAAA
GTAGTTACTATAGTTGAAATCCATGTTGGTATGTTGATAGGACGTAGTTGAAGGAAAATA
TGTCTCCATCGCTTGATCTTGTGTACAAAAAACATTATGGTTCGACGTACTTGCAGCTTG
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GGTTTGTTTAATGTATTTTTGGATTCTTGTCCTCCAGAAATTCTTGATTTCGTTGTCGGT
TCTTCCTGGAAGGTGTTTAGCGATTTTCGACCACCTGATCATATAATCAGATGTAATGTG
ACTGATTAAGACATAGTTACGATGTATACTTTCTTTATA

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL6668Contig1 992 2 2 U
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CGGAGGAGCCTTGTTCAGAAACGTCGCCGCCCAGCTGATAAGACGGAACAGTGCGGCATC
AGATCCGCTTGGCAAAACCGGAGCAAGATTGCAATCGAGGCGGCCTTATTTTCCCGGGAG
AGCAAAAGAAACAAGAAACGATCAAACCGGACTCTCACCTCCTCCTCCTCCTTCTTCCTC
GTCTGTTCGTTTGGTGGGATGGTATCTTGGTATGGTGAAAGCACGCCCCGTTCTAACCAA
AGGAATCACTTCTTGCCTTATTTACATCGCCGCCGATTTGTCTTCCCAGACCATTACGAA
GGATAAAACTTCTTCAGAATCGTATGACCTGGTGAGAACAGCAAGGATGGGAGCATACGG
TCTACTTATCTTGGGTCCTGTACAGCACCAATGGTTCGGTCTCATGTCAAGACTCTTCCC
TAAACAAGATATCATCACAACGCTTAAAAAAATGGCCATGGGACAGACTGTCTACGGTCC
TACAATTATGGTGATTTTCTTATCATTCAACGCATTACTACAGGGTGAAGGCGGTTCTGA
TATAGTTGCTCGATTGAAAAGGGACCTTCTTCCCGTGATGTTAAACTGTGTCATGTATTG
GCCTGTTTGCGATTTTATAACATTCAAGTTCTTCCCTGTTCATTTACAGCCTCTTGTAAG
CAACTCGTTTTCATATGTGTGGTCCATCTACATGACTTACATGGGAAATCGTGAAAAACC
AGCCGCAATTTCAGGCTGAAACACTCCGCCATTGCCTGTGATTGAAGGTAGTGTATACAG
AACACATACATGGCCGATTTTGTATTGTACTATTATTTTTGTTCCGCTCAGTACGGGGCA
AACATTCTTAGTGTAAAGTCAACTTGGCTTTGTCCACAGTCATTATTTGAACCCAATAAT
GTACTTTGCATTCTACAAAGAGTGTAAAGAAG


BQ
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AF RR3AN56TF U 1
AF RR3AN56JQ C 426
BS 1 773 RR3AN56TF
BS 774 992 RR3AN56JQ

RD RR3AN56TF 773 0 0
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CGGAGGAGCCTTGTTCAGAAACGTCGCCGCCCAGCTGATAAGACGGAACAGTGCGGCATC
AGATCCGCTTGGCAAAACCGGAGCAAGATTGCAATCGAGGCGGCCTTATTTTCCCGGGAG
AGCAAAAGAAACAAGAAACGATCAAACCGGACTCTCACCTCCTCCTCCTCCTTCTTCCTC
GTCTGTTCGTTTGGTGGGATGGTATCTTGGTATGGTGAAAGCACGCCCCGTTCTAACCAA
AGGAATCACTTCTTGCCTTATTTACATCGCCGCCGATTTGTCTTCCCAGACCATTACGAA
GGATAAAACTTCTTCAGAATCGTATGACCTGGTGAGAACAGCAAGGATGGGAGCATACGG
TCTACTTATCTTGGGTCCTGTACAGCACCAATGGTTCGGTCTCATGTCAAGACTCTTCCC
TAAACAAGATATCATCACAACGCTTAAAAAAATGGCCATGGGACAGACTGTCTACGGTCC
TACAATTATGGTGATTTTCTTATCATTCAACGCATTACTACAGGGTGAAGGCGGTTCTGA
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GCCTGTTTGCGATTTTATAACATTCAAGTTCTTCCCTGTTCATTTACAGCCTCTTGTAAG
CAACTCGTTTTCATATGTGTGGTCCATCTACATGACTTACATGGGAAATCGTG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3AN56JQ 567 0 0
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TTGCTCGATTGAAAAGGGACCTTCTTCCCGTGATGTTAAACTGTGTCATGTATTGGCCTG
TTTGCGATTTTATAACATTCAAGTTCTTCCCTGTTCATTTACAGCCTCTTGTAAGCAACT
CGTTTTCATATGTGTGGTCCATCTACATGACTTACATGGGAAATCGTGAAAAACCAGCCG
CAATTTCAGGCTGAAACACTCCGCCATTGCCTGTGATTGAAGGTAGTGTATACAGAACAC
ATACATGGCCGATTTTGTATTGTACTATTATTTTTGTTCCGCTCAGTACGGGGCAAACAT
TCTTAGTGTAAAGTCAACTTGGCTTTGTCCACAGTCATTATTTGAACCCAATAATGTACT
TTGCATTCTACAAAGAGTGTAAAGAAG

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL6669Contig1 1030 2 2 U
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AGAATATCGTAGATGACTTGGTGGATAACTTGACGGAAGCAGTTCAGAAGAACAAACACA
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GTCGCGAGAAACCGATCCATCATGTCTTAGGCGGTGGCAGATCTGCTGATGTGTTGTTGT
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AGCTCACACAATGCCCGGTAGTGTATGAGAGATATGAAGACGAAGTGGATGGTTTTGTGG
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GAATCCCAAGTGGAAAGTTCGGGTTGAAGAAGCATGACTAAGATCAAACTATTTATCTCT
CTGTCTTTGATGTTTTTGTCTACTGACTAAATCAACTTTCTTGTCTTTCTTTCATTGTCA
TGTTAATGTGTTCTGTTCTTCTTCTATTCTCTCTGTATCGTCGAGACCTTTGAAAACAAA
ATTGACTGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AN64TF U 1
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BS 762 1030 RR3AN64JQ

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CTCGCCTTGTTCTTCCAAAAGATTTCTTTGCTGATGTGGGTGTGACCATTGGCACAGAGG
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DS 

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QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

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TAAGGAAGAACCGC


BQ
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AF RR3BQ53JQ U 134
AF RR3BQ53TF C 1
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QA 1 353 1 353
DS 

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QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

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AGTCGTTGGTAGGAACTGGAGTGGTGCTCCTAACAACCCGTGCCGTGTGAAGACAATCCC
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TCTCTTACCCTTTGGCAGCATCTTCATTGAAATGTACTTCGTCTTCACATCCTTCTGGAA
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AATGGAAGAGATTGTGTAGTGATTTTGAGGATCCAATTTATATTCTCCTTTTTTTGCTAG
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ATTC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3FP75TF U 1
AF RR3FP75JQ C 353
BS 1 683 RR3FP75TF
BS 684 684 RR3FP75JQ
BS 685 700 RR3FP75TF
BS 701 1144 RR3FP75JQ

RD RR3FP75TF 713 0 0
GGGGACACTTTATGTTGGGAGAGGAGCGATCGTCACAACTTTCATAGTTTGCTATGCTCT
AACGTCATTTATCTCTTGTTATGTGAGCGGTGGAATGTACTCAAGAAGTGGGGGAAAACA
TTGGATCAAGTGCATGATCCTCACGACTTCCCTCTTCCCATTCTTGTGCTTTGGGATCGG
ATTCATCCTAAACACAATTGCCATATTCTACGGATCTCTTGCCGCTATTCCCTTTGGAAC
AATGGTGGTTGTGTTCGTAATCTGGGGTTTCATTTCGTTCCCTCTCGCCCTCCTCGGGAC
AGTCGTTGGTAGGAACTGGAGTGGTGCTCCTAACAACCCGTGCCGTGTGAAGACAATCCC
ACGTCCAATCCCTGAGAAAAAGTGGTACTTGACTCCATCAGTAATCTCTCTTATGGGAGG
TCTCTTACCCTTTGGCAGCATCTTCATTGAAATGTACTTCGTCTTCACATCCTTCTGGAA
TTACAAGGTATACTATGTGTACGGGTTCATGCTGCTTGTGTTTTTGATTCTTGTTGTGGT
GACGGTCTGTGTGACGATCGTGGGAACATACTTTTTGCTGAATGCGGAAAACTATCACTG
GCAATGGACTTCGTTCTTCTCAGCTGCTTCGACCGCTGTTTATGTCTACTTATACTCCAT
CTATTACTACTACGTAAAGACCA*GATGTTTGGGTTTTTC
AGACAGCTTCTAC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3FP75JQ 792 0 0
ACAATCCCACGTCCAATCC*TGAGAAAAAGTGGTACTTGACTCCATCAGTAATCTCTCTT
ATGGGAGGTCTCTTACCCTTTGGCAGCATCTTCATTGAAATGTACTTCGTCTTCACATCC
TTCTGGAATTACAAGGTATACTATGTGTACGGGTTCATGCTGCTTGTGTTTTTGATTCTT
GTTGTGGTGACGGTCTGTGTGACGATCGTGGGAACATACTTTTTGCTGAATGCGGAAAAC
TATCACTGGCAATGGACTTCGTTCTTCTCAGCTGCTTCGACCGCTGTTTATGTCTACTTA
TACTCCATCTATTACTACTACGTAAAGACCAAGATGTTTGGGTTTTTCCAGACCAGCTTC
TACTTCGGATACCCCTTGATGTTCTGTCTTGGCCTCGGAATCCTTTGCGGAGCTGTTGGG
TCCTTAGGATCGAATCTGTTTGTTAGGAGGATCTACAGAAACATCAAGTGCGACTAGAGA
GATTTAGTGAACCAAAAGCGTAAAGGAAAAGCGGGAAAGATGAATGTTCTGGTTGGCAGT
TATTAAGTCTGTTAGAAAGAAGCTTCTTACGGGTTAGATTATTACAGAACAGTGGAAAGT
CTGAAATGAATGGAAGAGATTGTGTAGTGATTTTGAGGATCCAATTTATATTCTCCTTTT
TTTGCTAGGGTGAGGCTTTTTCTCCCCTTTCTGGTAAAATATAATCAACTTTTCTTTAGT
TTAGGACTCTCAAAGATACTCTTGTTTAGGCTTCCGCACATTTATCAAGAACCGAAGATC
ATGTTCAAATTC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL6672Contig1 991 2 10 U
GAGATCGAATCTGTGGCTGGAGATCTTAGCCTGAAGCTTAGTAAAAGCAAGAGTGAGCTA
GAAGAATGTGTTGCAGAGGAGACTAAAGCAAAGGCTGCTTTGGAAGATATGATGTCGACT
TTAAACCAGATATCTTCTGAGACAGAAGCTGCTAGACGAGGAGCTGAGGAGATGAGAAAC
AAAGCCGAGGGGTTAATGAAGGAAGCTGAAACCGCGCATCTCACGCTTGAAGAGACAGAG
CTAAACTTGAGGGTCGCTCTAGATGAAGCCGAGGAAGCAAAAGCTGCCGAGGCAAAGGCG
CTTGGACAGATAAAGTCGATGTCTGAGAAAACAGACGCTGCTCGTAAGTCGACATCATCC
GAGTCTGGGAGCTCAGAGCATCACACTGTCTCGGGGAGGAGTTTAACTCGCTGAGCAAGA
GAGCTGAGGTGTTCGATAAGTTGGCGGATATGAAAGTGGCGGCTGCACAGGCTCAGGTGG
AAGCAGTTAAAGCTAGCGAAAACGAGACACTAAAAAGGTTAGTGACGACGCAAGAGGAGA
TTAGAAGCTGAAGACCGCAACAGAAGAAGCACTGAAGAAAGCAGCCATGGCTGATGCTGC
TAAGAAAGCAGTCGAAGGAGAGCTCAGGAGGTGGGGGAAAGAGATCAGAAGAAAGCAGAG
GAAGTGGCATCGAGGATCCTCGCAGAGGCTGAGGCCAAGATATCCGCTGAGTCATCACCG
CAGCATCATTACAAAGCTACTACTAAGCAGAAGCCTATCCACAACAAACTGGAGAAGACA
AAAACCTCTGTGGTATCAAAGAAAGTGCTTTTACCTAATCTAAGTGGGATCTTTAGTAGA
AAGAAGAATCAAGTGGAGTGGGGTTCTCCTTCTTATCTCCCTGGAGAGAAACCCATTTGA
GATGTATGCTGTCTTTTCAAGATTTGAGAACTTTTATTGTTGTGAACAAAGAAAGCTTTG
TGATTTTAGATCAGAAGCAGTTGCAGCTAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B867TF U 1
AF RR3B867JQ C 139
BS 1 428 RR3B867TF
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BS 513 991 RR3B867JQ

RD RR3B867TF 512 0 0
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GAAGAATGTGTTGCAGAGGAGACTAAAGCAAAGGCTGCTTTGGAAGATATGATGTCGACT
TTAAACCAGATATCTTCTGAGACAGAAGCTGCTAGACGAGGAGCTGAGGAGATGAGAAAC
AAAGCCGAGGGGTTAATGAAGGAAGCTGAAACCGCGCATCTCACGCTTGAAGAGACAGAG
CTAAACTTGAGGGTCGCTCTAGATGAAGCCGAGGAAGCAAAAGCTGCCGAGGCAAAGGCG
CTTGGACAGATAAAGTCGATGTCTGAGAAAACAGACGCTGCTCGTAAGTCGACATCATCC
GAGTCTGGGAGCTCAGAGCATCACACTGTCTCGGGGAGGAGTTTAACTCGCTGAGCAAGA
GAGCTGAG*TGTTCGATAAGTTGGCGGATATGAAAGTGGCGGCTGCACAG*CTCAG*TGG
AAGCAGTTAAAGCTAGCGAAA*CGAGACACTA

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR3B867JQ 853 0 0
GAGACAGAAGCTGCTAGACGAGGAGCTGAGGAGATGAGAAACAAAGCCGAGGGGTTAATG
AAGGAAGCTGAAACCGCGCATCTCACGCTTGAAGAGACAGAGCTAAACTTGAGGGTCGCT
CTAGATGAAGCCGAGGAAGCAAAAGCTGCCGAGGCAAAGGCGCTTGGACAGATAAAGTCG
ATGTCTGAGAAAACAGACGCTGCTCGTAAGTCGACATCATCCGAGTCTGG*AGCTCAGAG
CATCACACTGTCTCGGG*AGGAGTTTAACTCGCTGAGCAAGAGAGCTGAGGTGTTCGATA
AGTTGGCGGATATGAAAGTGGCGGCTGCACAGGCTCAGGTGGAAGCAGTTAAAGCTAGCG
AAAACGAGACACTAAAAAGGTTAGTGACGACGCAAGAGGAGATTAGAAGCTGAAGACCGC
AACAGAAGAAGCACTGAAGAAAGCAGCCATGGCTGATGCTGCTAAGAAAGCAGTCGAAGG
AGAGCTCAGGAGGTGGGGGAAAGAGATCAGAAGAAAGCAGAGGAAGTGGCATCGAGGATC
CTCGCAGAGGCTGAGGCCAAGATATCCGCTGAGTCATCACCGCAGCATCATTACAAAGCT
ACTACTAAGCAGAAGCCTATCCACAACAAACTGGAGAAGACAAAAACCTCTGTGGTATCA
AAGAAAGTGCTTTTACCTAATCTAAGTGGGATCTTTAGTAGAAAGAAGAATCAAGTGGAG
TGGGGTTCTCCTTCTTATCTCCCTGGAGAGAAACCCATTTGAGATGTATGCTGTCTTTTC
AAGATTTGAGAACTTTTATTGTTGTGAACAAAGAAAGCTTTGTGATTTTAGATCAGAAGC
AGTTGCAGCTAAC

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 2

CO CL6673Contig1 930 2 2 U
GGTGGATAAGCCAAGTGTTGTCTTAGAGGAAAACAAAGTCAAGAAAGAAGAAAAGAACTA
CGCCTTCGAGGATGTTTCCCCTGAGGAAACTGCTAAGGAAAGTCCATTTAGTAACTATGC
AGAAGTGTCTGAAACCAGTGCCCCCAAAGAAGCTCGCTTATTTGAGGATGTTTTGCAAAA
TGGATCTGCTCCGGCGAATGGTGCTACTGCTTCGGAGGTTTTTCAATCTTTGGGCGCTGG
GAAAGGAGGGCCTGGTTTGTCTGTAGAAGCGTTAGAGAAAATGATGGAAGATCCAACAGT
TCAGAAGATGGTTTACCCACATTTGCCTGAGGAGATGAGGAACCCAGAAACTTTCAAATG
GATGCTTCAAAATCCTCAATACCGTCAACAGCTACAGGACATGCTGAATAATATGAGTGG
GAGTGGTGAATGGGACAAGAGAATGACGGAGACCTTAAAGAATTTTGATCTGAATAGTCC
TGAAGTGAAGCAACAGTTCGATCAAATAGGATTGACTCCAGAAGAAGCCATCTCTAAGAT
AATGCAGAACCCTGATGTTGCTATGGCATTCCAGAATCCTAGAGTCCAAGCAGCCTTAAT
GGAATGTTCAGAGAACCCAATGAACATCATGAAGTACCAAAACGACAAAGAGGTAATGGA
TGTGTTCAACAAGATTTCACAGCTCTTCCCAGGAATGACGGGTTGAGACAAAATGCTCAC
GACTCATGGTTTTGATCTCCATTGGATCAAAATCTCATGTCTTTTTTTAGCTTTTTAGGA
ACCAAAAAAAAAAGAGAAAACAAGAACATGTTTTTTTTTTTGGTTATCACAGACAAAGAT
GCTCAAGTTTTGCTCAGGCCATAGAGAGAGACGCTTGTACCTTGTAAACGCAGTCGTGAA
TTCGATACGTGTAAGAATATTGTTGGTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GS12TF U 1
AF RR3GS12JQ C 332
BS 1 682 RR3GS12TF
BS 683 930 RR3GS12JQ

RD RR3GS12TF 682 0 0
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GAAAGGAGGGCCTGGTTTGTCTGTAGAAGCGTTAGAGAAAATGATGGAAGATCCAACAGT
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GATGCTTCAAAATCCTCAATACCGTCAACAGCTACAGGACATGCTGAATAATATGAGTGG
GAGTGGTGAATGGGACAAGAGAATGACGGAGACCTTAAAGAATTTTGATCTGAATAGTCC
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GGAATGTTCAGAGAACCCAATGAACATCATGAAGTACCAAAACGACAAAGAGGTAATGGA
TGTGTTCAACAAGATTTCACAG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3GS12JQ 599 0 0
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ACCTTAAAGAATTTTGATCTGAATAGTCCTGAAGTGAAGCAACAGTTCGATCAAATAGGA
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CAGAATCCTAGAGTCCAAGCAGCCTTAATGGAATGTTCAGAGAACCCAATGAACATCATG
AAGTACCAAAACGACAAAGAGGTAATGGATGTGTTCAACAAGATTTCACAGCTCTTCCCA
GGAATGACGGGTTGAGACAAAATGCTCACGACTCATGGTTTTGATCTCCATTGGATCAAA
ATCTCATGTCTTTTTTTAGCTTTTTAGGAACCAAAAAAAAAAGAGAAAACAAGAACATGT
TTTTTTTTTTGGTTATCACAGACAAAGATGCTCAAGTTTTGCTCAGGCCATAGAGAGAGA
CGCTTGTACCTTGTAAACGCAGTCGTGAATTCGATACGTGTAAGAATATTGTTGGTGGG

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 2

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TTTCTTGGCTCAAGAGCGGCGTCGTATCCCTGTCTTTCCCAATAAAAGCGGATTCGGAGG
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CAAAAATAGTGAGAATTTTATCTTTTGGCTAAACTTCTTGTTGAGGAAAAGAGTTTCCAA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BQ65JQ U 59
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BS 406 675 RR3BQ65TF

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QA 1 347 1 347
DS 

RD RR3BQ65TF 675 0 0
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TTTCTTGGCTCAAGAGCGGCGTCGTATCCCTGTCTTTCCCAATAAAAGCGGATTCGGAGG
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AGGATCGTGGAGGAGAGTGTAACCAAACGCGAGCACCAAACACGTTTTGAGATGCCCCAA
GACTTGGTACGTCACCGGAGATGTCTTTCCAATCACTAAAAACGTGCTGAAGTTAACCGA
AACCGCTATTAAACATGACAGCGTTATGAACCCCACGACGATAGGAGAGTACTGGAAGGA
GAAGACATTGAGTCGAGTGAGGTATTTGTCGACAAACGGACCAGAGACGAAGAGTATTGC
GGCTTGAAACGGGGCCGATCGGTAAAGGAGTTGTGTTGATGTCACGTTCAGTTTCTTCTG
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AGAACCAACAAAGTTGAGCTGAAGATCTGTAATTGATGCTACTCCAACACCAACCAGCAG
CAAAAATAGTGAGAATTTTATCTTTTGGCTAAACTTCTTGTTGAGGAAAAGAGTTTCCAA
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QA 1 675 1 675
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3C753TF U 1
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CCAAGTCCAATCCATTTTAATATTCAATTTGGTGTTTTTTGCCTTTTCTGTATAAAAAGA
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QA 1 349 1 349
DS 

RD RR3C753TF 349 0 0
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TCTAAACCTTGAGGGCAAAGAAATAAAAATGTACCATTGTCTATCTATCGCCTGTGGTAA
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TTTTGACTTGAAACTGGTTTCAATTTTGTTGTGTTTCAGAATAAGAAAACAATTACTAAT
CCAAGTCCAATCCATTTTAATATTCAATTTGGTGTTTTTTGCCTTTTCTGTATAAAAAGA
AACTATACTCAATAATTTTCTATGCTTAGAATCAAAGTAAAGCCTCGGG

QA 1 349 1 349
DS 



AS 1 2

CO CL6677Contig1 349 2 1 U
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TCTGTTCCACCAATCGATCTTGTGAGTCTCTCTTTCGTTCATGCTCTTTGAATAACTTGT
ACAATGGACTAAGTAAGTAAATCAATAATGAGAAATCGATTCATCACCG


BQ
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AF RR3G721JQ C 1
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QA 1 349 1 349
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RD RR3G721TF 349 0 0
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TAAGCGTTGTGACTAAATTCGGAATCAGCAGTGTCTACTTGGGTTTCGCAGGAGTATGTG
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TCTGTTCCACCAATCGATCTTGTGAGTCTCTCTTTCGTTCATGCTCTTTGAATAACTTGT
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QA 1 349 1 349
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AS 0 0

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CGGTTGCTGAATGCACGAAGAGCGCTAGAGGGAGGACTGATTTCTGTGTCAGGCACGGTG
GAGGGAAGAGATGCAAGTCTGAAGGATGCGGGAAAAGCGCGCAAGGGAGTACTGACTTCT
GCAAGGCGCATGGAGGAGGGAAGCGTTGTGCGTGGGGTCATCCCGAGACTGAGTACGCGG
GACAATCTTCTTCTGGTCCTTGTAGTTCGTTTGCTAGAGGTAAGACTGGTCTCTGTGCGC
TTCATAACAGTCTGGTTGAGTTAACCGGGTTCACGGAGGAATGACTGTAACTTCGGAGAG
CCAAGAAGTGAGACGAAGCAGCAGCGAGACAGAGAACGAGGAAGAGTTTAGTGGTTCTCA
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TGTGTTTGTTCTTATTTAGGTTTGTGCTTAGAGACTACAAAAGGGATCAAAGTCTCTATT
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TGTTTGC


BQ
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AF RR3E617TF U 1
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GACAATCTTCTTCTGGTCCTTGTAGTTCGTTTGCTAGAGGTAAGACTGGTCTCTGTGCGC
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GAGTAGTATGTTGGCACGTGATAGTGAAGGTGTTACGAGTCTTGTGTTTGTTCTTATTTA
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ATGATGACGATAATGATGATGATGAGAATAAAGTCATGTCTTTGTTTGC

QA 1 769 1 769
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AS 1 2

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GAATTCAACTGCCCACCATGGTTCTCGCCAGGTGCCAAGAGTGTCATTAAGCGTATTCTT
GATCCCAGCCCTATAACCAGAATAAGTATCGCAGAGTTACTAGAAGATGAATGGTTCAAG
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GATGCTGCTTTCAGTAACTCCAAGGAATGTCTTGTAACAGAGAAGAAGGAGAAACCTGAA
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TATTTAAAAGCAAATTAAACTAAATGAAGAAAGAAAGAAAGAGCATTGAACA


BQ
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AF RR3GT25TF U 1
AF RR3GT25JQ C 279
BS 1 627 RR3GT25TF
BS 628 1012 RR3GT25JQ

RD RR3GT25TF 627 0 0
GGAGGGGTCTACCACAGAGATCTCAAGCCTGAAAATCTTCTCCTTGATTCAAATGGGGTT
TTAAAAGTTTCTGATTTTGGGTTAAGCGCTTTCTCACTACAAATTCGGGAAGATGGTTTG
CTTCACACAGCTTGTGGAACGCCCAACTATGTTGCTCCTGAGGTTCTGTCGGACAAAGGC
TATGACGGTGCAGCAGCAGATGTATGGTCATGTGGTGTTATTCTATTTGTTCTCATGGCT
GGTTACTTGCCCTTTGATGAGCCAAATCTCATGACATTATACAAACGTATATGCAAGGCT
GAATTCAACTGCCCACCATGGTTCTCGCCAGGTGCCAAGAGTGTCATTAAGCGTATTCTT
GATCCCAGCCCTATAACCAGAATAAGTATCGCAGAGTTACTAGAAGATGAATGGTTCAAG
CAAGGGTACAAGCCGCCATCTTTTGAGCAAGATGATGAGGACATAACCATTGATGATGTT
GATGCTGCTTTCAGTAACTCCAAGGAATGTCTTGTAACAGAGAAGAAGGAGAAACCTGAA
TCTATGAACGCTTTTGAACTTATCTCTAGCTCAAGCGAGTTCAGTCTTGAGAACTTGTTC
GAGAAGCAAGCCCAACTTGTGAAAAAA

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3GT25JQ 734 0 0
ATACAAACGTATATGCAAGGCTGAATTCAACTGCCCACCATGGTTCTCGCCAGGTGCCAA
GAGTGTCATTAAGCGTATTCTTGATCCCAGCCCTATAACCAGAATAAGTATCGCAGAGTT
ACTAGAAGATGAATGGTTCAAGCAAGGGTACAAGCCGCCATCTTTTGAGCAAGATGATGA
GGACATAACCATTGATGATGTTGATGCTGCTTTCAGTAACTCCAAGGAATGTCTTGTAAC
AGAGAAGAAGGAGAAACCTGAATCTATGAACGCTTTTGAACTTATCTCTAGCTCAAGCGA
GTTCAGTCTTGAGAACTTGTTCGAGAAGCAAGCCCAACTTGTGAAAAAAGAGACCCGGTT
TACTTCAAACAGACCTGCGAGCGAAATAATGTCCAAGATGGAAGAAACCGCAAAGCCATT
AGGTTTCAATGTCCGTAAAGACAAGTACAAGATAAAAATGAAAGGAGACAAAAGTGGTCG
TAAAGGCCAGCTCTCAGTTGCTACAGAGGTGTTTGAAGTGGCATCATCATTGCATGTGGT
AGAGCTTAGGAAAACCGGCGGTGATACCCTCGAGTTTCACAAGTTCTACAAAACCTTCTC
ATCTGGATTAAAGGATGTAGTCTGGAATACTGACGGAGCAGCTCAAGAACATAAAGTTTA
ATAAGTTCATTAGCAATTTTTCTATTTAAAAGCAAATTAAACTAAATGAAGAAAGAAAGA
AAGAGCATTGAACA

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL6681Contig1 963 2 4 U
GGGACACTTTGTCTGTCCTAAAGGGATCTAAAACCGCGTTAAATTCTCAATTCGAATCAT
CCTCGATCTCGTCGACTCCTTGTTTTCTGATCTCGTAGGTTAATCGGGAGAGAGGAGAGA
AGATGGTGGAGAGAACGATGAGTCTAGGGTTTGGAGCCAACGGAGAAACCACCTCAGGGG
TTAGAGAAACAATGTGGGCGCAGCAAGAGCTTCTCCAGAAGATCACTCAGGAGCTCGACG
ACGAACGAGAAGCCTCTTCATCGGCTGCTTCAGAGGCCTTGTCGATGATCTTGAGGCTTC
AGGGAGAGAAAGCAGCGCTGGAGATGGAGACTAGTCAGTACAAGAGGATGGCGGAGGAGA
AGATGTGCCATGCGGAGACCTCTCTGACGCTCTTCGAAGATCTGATTTACAACAAGGAGA
TGGAGATCGCGTCTCTCGAGTTTCAGGTTCAGGCTTACAGATGTAAACTGCTCAGCGTTG
GTTGCTCTGATCCTGCCGTCGTGGAGAACAAGTTTCCGGAGAATCTTGTCTTCTCTGGTG
ATACGAGGAAGATGAAGCGTGATCTATCGAGTCCTTTTGATGGCATGAGCAGTGAGAGAA
GGAGATTGCTTCTGTCTGATAGTAATGGCGAGAGTTTTGAGGAGAAGAGAGGTTCTTTAT
CTCCTGGTGAAGACTTGAGCGTTTACTGGGAAGAGATGAGGAGGATAGACGAACATGTTC
GAGAGATTTCAGATACGAGAGATGCTCCCAGGGAGTCTAAATGGCCTTTGCTTAGGCGCA
AGTCTATGTCACAAGCGTTGGTTTGACAGGTCAGCAGTACTATCCTCGAGTCCGCTAAGA
GTGATGTCAGTTCGATAATGGAGATGATGAAGAACCCTGATAGATTCTCTTATTCGTTGG
AGGAGTCACGGTCTCTAAATGTCTTTGAGGTTCCAAAGACAAAGGAAAGCCTTACAATCA
TCG


BQ
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10 10 10 

AF RR3E475TF U 1
AF RR3E475JQ C 329
BS 1 653 RR3E475TF
BS 654 654 RR3E475JQ
BS 655 682 RR3E475TF
BS 683 963 RR3E475JQ

RD RR3E475TF 682 0 0
GGGACACTTTGTCTGTCCTAAAGGGATCTAAAACCGCGTTAAATTCTCAATTCGAATCAT
CCTCGATCTCGTCGACTCCTTGTTTTCTGATCTCGTAGGTTAATCGGGAGAGAGGAGAGA
AGATGGTGGAGAGAACGATGAGTCTAGGGTTTGGAGCCAACGGAGAAACCACCTCAGGGG
TTAGAGAAACAATGTGGGCGCAGCAAGAGCTTCTCCAGAAGATCACTCAGGAGCTCGACG
ACGAACGAGAAGCCTCTTCATCGGCTGCTTCAGAGGCCTTGTCGATGATCTTGAGGCTTC
AGGGAGAGAAAGCAGCGCTGGAGATGGAGACTAGTCAGTACAAGAGGATGGCGGAGGAGA
AGATGTGCCATGCGGAGACCTCTCTGACGCTCTTCGAAGATCTGATTTACAACAAGGAGA
TGGAGATCGCGTCTCTCGAGTTTCAGGTTCAGGCTTACAGATGTAAACTGCTCAGCGTTG
GTTGCTCTGATCCTGCCGTCGTGGAGAACAAGTTTCCGGAGAATCTTGTCTTCTCTGGTG
ATACGAGGAAGATGAAGCGTGATCTATCGAGTCCTTTTGATGGCATGAGCAGTGAGAGAA
GGAGATTGCTTCTGTCTGATAGTAATGGCGAGAGTTTTGAGGAGAAGAGAGGT*CTTTAT
CTCCTGGTGAAGACTTGAGCGT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3E475JQ 635 0 0
GACTAGTCAGTACAAGAGGATGGCGGAGGAGAAGATGTGCCATGCGGAGACCTCTCTGAC
GCTCTTCGAAGATCTGATTTACAACAAGGAGATGGAGATCGCGTCTCTCGAGTTTCAGGT
TCAGGCTTACAGATGTAAACTGCTCAGCGTTGGTTGCTCTGATCCTGCCGTCGTGGAGAA
CAAGTTTCCGGAGAATCTTGTCTTCTCTGGTGATACGAGGAAGATGAAGCGTGATCTATC
GAGTCCTTTTGATGGCATGAGCAGTGAGAGAAGGAGATTGCTTCTGTCTGATAGTAATGG
CGAGAGTTTTGAGGAGAAGAGAGGTTCTTTATCTCCTGGTGAAGACTTGAGCGTTTACTG
GGAAGAGATGAGGAGGATAGACGAACATGTTCGAGAGATTTCAGATACGAGAGATGCTCC
CAGGGAGTCTAAATGGCCTTTGCTTAGGCGCAAGTCTATGTCACAAGCGTTGGTTTGACA
GGTCAGCAGTACTATCCTCGAGTCCGCTAAGAGTGATGTCAGTTCGATAATGGAGATGAT
GAAGAACCCTGATAGATTCTCTTATTCGTTGGAGGAGTCACGGTCTCTAAATGTCTTTGA
GGTTCCAAAGACAAAGGAAAGCCTTACAATCATCG

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

CO CL6682Contig1 801 2 2 U
GGTTCCCTTAACCGACAAGATAAAAGAGCTGGCTGAGAAATATCCGGGACTGATGACCTT
AAGGAGTGTCGATATGTCTCCTGCAAGTTGGATGGCTGTTGCATGGTACCCGATATATCA
CATCCCAAGCTGCAAGAACGAGAAGGACTTGACGACTAGGCTTCTTAACTTATCATACGT
TGTCTTCTTCTTTTCAAGATAATGTGGTGGAAGGAGATCTTAGCAACAACAGTTTCAAGG
AAGAAACAGAGTGTTGTGTTGCAAACAAGAGAATCCCATTGCCTCCGTTTGGGCTAGCTG
CTTACAAAATGCAAGGAGATCTTTGGGGAACAACAGGGTTTGACCAGGACCGGTTGGTTA
CCTTCGGAGTGCTGCAGATTCATGGCTGAAGCAGCTAAATGTTGATCACCATGACTATAA
CTTCTTCTTAAACTCCAACTTTTAAAGAAGTGGAGGGGTCCTCTCAAAGTTTTACCCTTT
CTTCAAACACTAAAAAAAAAACATAACACTGAGAACTGTTCTTTATTGTTCCAAGCTCCT
TGCTGTTTGTGTGTTTTCTTGGTTGTTGTTTGGCTCGTTGTGTTGCTTCAACACAACGGC
CATCGCGGAGTTTTTTTTTTCTCATGCTGCAAGCCATGGATGTTACTAAGAAGGTAACAG
AGTTTTTTTCTTGCATGAGACCATGTAAATGAAGTTGGCTACTCTTTTACTTTTCTTCTG
TTTTCTTTTTTACTAAATGGATCTGTGAACTCTGTTTTGTACTTTTCTGTCTGAATATAT
GAAAATCTGTGCCTTTCTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3B991TF U 1
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CTTCTTCTTAAACTCCAACTTTTAAAGAAGTGGAGGGGTCCTCTCAAAGTTTTACCCTTT
CTTCAAACACTAAAAAAAAAACATAACACTGAGAACTGTTCTTTATTGTTCCAAGCTCCT
TGCTGTTTGTGTGTTTTCTTGGTTGTTGT

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DS 

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TTTACTAAATGGATCTGTGAACTCTGTTTTGTACTTTTCTGTCTGAATATATGAAAATCT
GTGCCTTTCTTGT

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BB04JQ C 1
AF RR3BB04TF U 1
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BS 806 814 RR3BB04JQ

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QA 1 814 1 814
DS 

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TAAGCCCGACAGACATGATATTGCAGCAAGGGCATACCATACTTTTACTTGACAATGCTT
GATCCAACCACAAGAAACGCATTGAAAGACTCGAGGGCTTCATTCGCAATCAGTGAATCT
CCCATTGGAACTTGCAAGAGAGATCCAATGGACCCTACCTGCTCTAAGCTAACCCTCACC
GGAAATTTGTTGCAACTGAATGAAGGATCTGAGGAAGAGAACGTAGCCAAAAAAGCTCTA
TTCACTAAGCATCCAGAGATGATGGATTGGCCTGAGGGACATGAGTTCAGTGTCTTCAAA
CTGGAGATTATGAATATATTTCTGATCAATTGGTATGGTGGAGCTAAATCCATCACCGTA
GATGAATACCTTCGTTACAAGGAGAACAAAGTCGCTTCCTTTTTGTGAAAATCTCAGCTG
GAAATGAGCAAAAGGTGAAGAAAAAGCATATCATGAAACTTGTATATTGGTACCACAATA
AAATGTATTCAGCTCTTCTGTAAATGACTGTTGTTAATAGCCTTTCGATTACATTTATGT
GGACATGATGAATATAGAACTATTCATAAATTACCACAATACAAATTCAAATGTACAATA
TAAAA*GATATATATTGCTATGAAT

QA 1 805 1 805
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGGGTCATGAACCAAGTTATGCTGCAATCAGCAGCCATGATGCCTCAGTATGGTCATCAA
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CCCATGAACACATCGTTACAGCACAATCAAATGTCACAGAATGGTCAGATGTCTATGGTT
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BQ
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AF RR3G663TF U 1
AF RR3G663JQ C 379
BS 1 727 RR3G663TF
BS 728 946 RR3G663JQ

RD RR3G663TF 727 0 0
GATCCCGTTGTGGCGGAGAAGCTTCAAGTAGTGGCCAGTGAGGTGATCAACAAGGCCAGA
CAAACACGCAGAGGTAGAGAGACCGAGAAAAACTATCCTCAAGGAGAGAACTTACAGAAT
GGTGGCGCCAGCTATCCAAGTTCCCTTGAGCGGCCTTCTCAAACGCTTCCCACGTCAATG
GAACTTCATGGTAGGAGTTACCAAGAAGGAAATGTGAGTACTGGACAGGTTGCTGTGAAC
GGAAGTAAGGATTCATCTCAAGTTGCTGCGGCACAAAATGCATATCCTTACTATATGCAT
GGGGTCATGAACCAAGTTATGCTGCAATCAGCAGCCATGATGCCTCAGTATGGTCATCAA
CATCCTCATTATCCTCCGAATCATCTGAATGGAATGACAGGAGTTCCTTATTACCACCTT
CCCATGAACACATCGTTACAGCACAATCAAATGTCACAGAATGGTCAGATGTCTATGGTT
CATTATCATCCGTCTTCAAACGAGGTGAGAGTGAATAAACTTGACAGAAGAGAGGAAGCT
TTGCTCAAGTTTAGACGTAAGAGGAACCAAAGGTGTTTTGATAAGAAGATTAGGTATGTG
AATAGGAAGAAGCTTGCTGAGAGGAGGCCGCGTGTTAAGGGTCAGTTCGTTAGGAAAATG
AACGGCGTTAATGTTGACTTAAACGGGCAGCCTGAGCCTGACTCTGCTAACTATGATGAC
GAGGAAG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3G663JQ 568 0 0
AATCATCTGAATGGAATGACAGGAGTTCCTTATTACCACCTTCCCATGAACACATCGTTA
CAGCACAATCAAATGTCACAGAATGGTCAGATGTCTATGGTTCATTATCATCCGTCTTCA
AACGAGGTGAGAGTGAATAAACTTGACAGAAGAGAGGAAGCTTTGCTCAAGTTTAGACGT
AAGAGGAACCAAAGGTGTTTTGATAAGAAGATTAGGTATGTGAATAGGAAGAAGCTTGCT
GAGAGGAGGCCGCGTGTTAAGGGTCAGTTCGTTAGGAAAATGAACGGCGTTAATGTTGAC
TTAAACGGGCAGCCTGAGCCTGACTCTGCTAACTATGATGACGAGGAAGATGAGGATGAA
GAAGAAGATGAGAATAGGGACTCATCTCCTCAGGATGATGCTCAGGGAACTTAAGAAAAG
AAACATCAAGAACTGAAAACCGCTGTGTGTGGGCTTAGTTAGTTGATAAACATAAGATGT
GTTTGATCATGTTAACTCGCATTCAATGAGTAATATGTATAAACTTTTATCATTTTGCTC
GGACGGACAGAAGATTGCAAATTCAGGC

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL6686Contig1 349 2 1 U
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AAAGTGATTCCAAGGTCTTGATGCAGGCTGTAAAAGACCCACAACATGGCCAAGACTATA
CAAAGCTTCACAAGAGACATCATGGAGTCTTGAAGACATTCGTGGAAGACAAGCAAATGA
ATCTTGCTGCTGATCTTATTGACAAAACAACCTCCTTTGGCCTACTTCTTTTCGCTATTG
AATTCTTGTATCCCATTTTGGCTCGAGTCCCAACCAATGATTTGGAACTATAAAGGGAAA
GAAACTATGTTTGTTGTTGTCAGTTCCAACACAGCTAAAAATCCTATGT


BQ
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AF RR3BE56JQ C 1
AF RR3BE56TF U 1
BS 1 349 RR3BE56TF

RD RR3BE56JQ 349 0 0
TGCTCTTGTATGGGCAATGACTGTCTTAGATAGTCTTGGTTTTCAGAGAGGTTTGGCTCG
AAAGTGATTCCAAGGTCTTGATGCAGGCTGTAAAAGACCCACAACATGGCCAAGACTATA
CAAAGCTTCACAAGAGACATCATGGAGTCTTGAAGACATTCGTGGAAGACAAGCAAATGA
ATCTTGCTGCTGATCTTATTGACAAAACAACCTCCTTTGGCCTACTTCTTTTCGCTATTG
AATTCTTGTATCCCATTTTGGCTCGAGTCCCAACCAATGATTTGGAACTATAAAGGGAAA
GAAACTATGTTTGTTGTTGTCAGTTCCAACACAGCTAAAAATCCTATGT

QA 1 349 1 349
DS 

RD RR3BE56TF 349 0 0
TGCTCTTGTATGGGCAATGACTGTCTTAGATAGTCTTGGTTTTCAGAGAGGTTTGGCTCG
AAAGTGATTCCAAGGTCTTGATGCAGGCTGTAAAAGACCCACAACATGGCCAAGACTATA
CAAAGCTTCACAAGAGACATCATGGAGTCTTGAAGACATTCGTGGAAGACAAGCAAATGA
ATCTTGCTGCTGATCTTATTGACAAAACAACCTCCTTTGGCCTACTTCTTTTCGCTATTG
AATTCTTGTATCCCATTTTGGCTCGAGTCCCAACCAATGATTTGGAACTATAAAGGGAAA
GAAACTATGTTTGTTGTTGTCAGTTCCAACACAGCTAAAAATCCTATGT

QA 1 349 1 349
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL6689Contig1 413 2 3 U
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GAACTAGTGCTTAGTACAAAGAGATGATAACTGGATTGCATATACCAAAGCTAAGAAGAA
CTGCCCACTGGTTCAAGAGCTTCCACGGTGACAATGCTGTTTCCTCTAATCACCACCATG
CCGATGTCGGTTTTGTCATCACCGTTCACCTCAACAGTGTTGTCAACAACAAGATTCATG
AACTGGTCAAACCCACGAAGAGTTCCGACGACCATTCGGTTAGCATTAAGCTTGATTTGG
AGTTTCTTGTCCATGTACTTCTTGAGATCCGGAGGCTGACCTGACCGACTCATCGCTGCA
GAATCCGAATTGAGCCTGGTTTTCTTTCGTCGAAGAAGTTTGCAGTGCGGCCC


BQ
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AF RR3A202TF C 1
AF RR3A202JQ U 42
BS 1 41 RR3A202TF
BS 42 392 RR3A202JQ
BS 393 413 RR3A202TF

RD RR3A202TF 413 0 0
GATCAGTTCAAAATAACTGCCAATCTACCAACAAGTGTTGTCAAACAGAGAATAACAAAA
GAACTAGTGCTTAGTACAAAGAGATGATAACTGGATTGCATATACCAAAGCTAAGAAGAT
CTGCCCACTGGTTCAAGAGCTTCCACGGTGACAATGCTGTTTCCTCTAATCACCACCATG
CCGATGTCGGTTTTGTCATCACCGTTCACCTCAACAGTGTTGTCAACAACAAGATTCATG
AACTGGTCAAACCCACGAAGAGTTCCGACGACCATTCGGTTAGCATTAAGCTTGATTTGG
AGTTTCTTGTCCATGTACTTCTTGAGGTCCGGAGGCTGACCTGACCGACTCATCGCTGCA
GAATCCGAATTGAGCCTGGTTTTCTTTCGTCGAAGAAGTTTGCAGTGCGGCCC

QA 1 413 1 413
DS 

RD RR3A202JQ 351 0 0
CAAACAGAGAATAACAAAAGAACTAGTGCTTAGTACAAAGAGATGATAACTGGATTGCAT
ATACCAAAGCTAAGAAGAACTGCCCACTGGTTCAAGAGCTTCCACGGTGACAATGCTGTT
TCCTCTAATCACCACCATGCCGATGTCGGTTTTGTCATCACCGTTCACCTCAACAGTGTT
GTCAACAACAAGATTCATGAACTGGTCAAACCCACGAAGAGTTCCGACGACCATTCGGTT
AGCATTAAGCTTGATTTGGAGTTTCTTGTCCATGTACTTCTTGAGATCCGGAGGCTGACC
TGACCGACTCATCGCTGCAGAATCCGAATTGAGCCTGGTTTTCTTTCGTCG

QA 1 351 1 351
DS 



AS 1 2

CO CL6690Contig1 1011 2 2 U
GGGAATGTCTGTGATCTCTCAGCTCGCTTCGCAGGGAGTAGCTCCGAGAGTGTTCTCACA
CTGCTTGAAAGGAGAGAACGGAGGCGGAGGCATATTGGTTCTCGGAGAGATTGTGGAGCC
AAACATGGTCTTTACTCCACTCGTTCCCTCGCAGCCTCATTACAATGTGAATCTGCTGAG
CATCTCGGTGAATGGCCAAGCTTTACCTATCAATCCATCTGTTTTCTCCACATCAAACGG
TCAGGGGACTATCATAGATACTGGTACAACATTGGCCTACCTTTCTGAAGCAGCCTATGT
TCCTTTCGTTGAAGCTATCACAAATGCTGTTTCGCAGTCTGTGAGACCCGTTGTTTCAAA
AGGGAGCCAATGTTACGTGTTAACCACGAGTGTCGCAGACGTGTTTCCTACGGTAAGCTT
GAACTTTGCTGGTGGAGCATCCATGTTCTTGAATCCTCAGGATTACCTCATACAGCAAAA
CAACGTCGGAGGTACTGCAGTGTGGTGCATTGGTTTTCAGAGGTTACAGAATCAAGGGAT
AACTATCCTTGGAGATTTAGTTCTTAAAGACAAAATATTTGTCTATGATCTGGTCGGTCA
GAGAATCGGATGGGCAAACTACGACTGTTCAATGTCGGTGAATGTATCTGCGACTAGCAG
CAGTGGAAGAAGCGAGTACGTGAACGCAGGACAGTTTAGTGACAATGCGGCGCCACAAAA
GCTGTCTTTGGACATTGTTGGAAACATTGTAATGTTATTATTATTGGTGGTGATAAACAT
GTTTTTATAGCACACAGGTTTGCCTAGTTTGATGTACACTGGTTTATATGGTCAATGGTG
TGTTTGCTTGTGGTGGCTGGAGAGTAATTATCTCTCGACCGGCGAAGCCGAGCAGAAGAA
AAGTTAGCTTCTTTGTTTGTTTGTTACATTCTCTTGATATAGTTTCGGATGTAAATAATT
CGTTTCCTTTCTGTATCTCTTTGTTCTGATCCAAGGTACTATTTTGTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EM20TF U 1
AF RR3EM20JQ C 407
BS 1 755 RR3EM20TF
BS 756 1011 RR3EM20JQ

RD RR3EM20TF 755 0 0
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CTGCTTGAAAGGAGAGAACGGAGGCGGAGGCATATTGGTTCTCGGAGAGATTGTGGAGCC
AAACATGGTCTTTACTCCACTCGTTCCCTCGCAGCCTCATTACAATGTGAATCTGCTGAG
CATCTCGGTGAATGGCCAAGCTTTACCTATCAATCCATCTGTTTTCTCCACATCAAACGG
TCAGGGGACTATCATAGATACTGGTACAACATTGGCCTACCTTTCTGAAGCAGCCTATGT
TCCTTTCGTTGAAGCTATCACAAATGCTGTTTCGCAGTCTGTGAGACCCGTTGTTTCAAA
AGGGAGCCAATGTTACGTGTTAACCACGAGTGTCGCAGACGTGTTTCCTACGGTAAGCTT
GAACTTTGCTGGTGGAGCATCCATGTTCTTGAATCCTCAGGATTACCTCATACAGCAAAA
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AACTATCCTTGGAGATTTAGTTCTTAAAGACAAAATATTTGTCTATGATCTGGTCGGTCA
GAGAATCGGATGGGCAAACTACGACTGTTCAATGTCGGTGAATGTATCTGCGACTAGCAG
CAGTGGAAGAAGCGAGTACGTGAACGCAGGACAGTTTAGTGACAATGCGGCGCCACAAAA
GCTGTCTTTGGACATTGTTGGAAACATTGTAATGT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3EM20JQ 605 0 0
CT
TACGGTAAGCTTGAACTTTGCTGGTGGAGCATCCATGTTCTTGAATCCTCAGGATTACCT
CATACAGCAAAACAACGTCGGAGGTATTGCAGTGTGGTGCATTGGTTTTCAGAGGTTACA
GAATCAAGGGATAACTATCCTTGGAGATTTAGTTCTTAAAGACAAAATATTTGTCTATGA
TCTGGTCGGTCAGAGAATCGGATGGGCAAACTACGACTGTTCAATGTCGGTGAATGTATC
TGCGACTAGCAGCAGTGGAAGAAGCGAGTACGTGAACGCAGGACAGTTTAGTGACAATGC
GGCGCCACAAAAGCTGTCTTTGGACATTGTTGGAAACATTGTAATGTTATTATTATTGGT
GGTGATAAACATGTTTTTATAGCACACAGGTTTGCCTAGTTTGATGTACACTGGTTTATA
TGGTCAATGGTGTGTTTGCTTGTGGTGGCTGGAGAGTAATTATCTCTCGACCGGCGAAGC
CGAGCAGAAGAAAAGTTAGCTTCTTTGTTTGTTTGTTACATTCTCTTGATATAGTTTCGG
ATGTAAATAATTCGTTTCCTTTCTGTATCTCTTTGTTCTGATCCAAGGTACTATTTTGTT
ATC

QA 3 605 3 605
DS 



AS 1 2

CO CL6691Contig1 1113 2 4 U
GGACCACAATTCTGAAAATCAAGAAAATGGATCTAGACTCTCTTCTTCCTCTTCAGCTCC
CAATCATCAATTTCTCCGATCAGAACTTAACACCAGGAACCTCAAAGTGGGATGAAGTGA
AGTCTGATGTCCGTAAAGTGTTAGAAGACTACGGCTGTTTCCAAGCTTTCGTTGACAAAG
TGTCAAACATAGACCTTGACAAGTCTGTTTTTGAAGCCATGGAAGAGCTATTCGATTTGC
CGGTTCAGACCAAACAGAGAAACGTGTCGTCTAAACCGTTTCATGGGTATTTAAGTCACA
ATCTTTACCAGAGTTTAGGGATTGAAGAAGCTAATGTTGCAGAGAAAGTCAACGACTTTA
CTCGGCAGCTTTGGCCTGATCATGGAAACAAGAGTTTTAGTGAGACGATGCACAAGTTCT
CGAAGCAGTTAGTGGAGTTGGATGTGATGGTGAGAAGAATGATAATGGAGAGTTTTGGAG
TAGATAAGTACCTTGACGAACATCTGAACTCTACAAACTATCTTTTCCGAATGATGAAGT
ACACAGCACCTCCTGATGACGATGTAGAAGAGACAAAGTTAGGTTTACGTTCTCATACCG
ACAAGAACATCCTCACGATACTTCATCAGTATGAAGTTGATGGTTTGGAAATTAAGACCA
AAGACGAAAAATGGATCAAAGTGAAGCCATCTCAACATTCTTTCATCATCATGGTTGGAG
ATTCTCTATGTGCACTTTTGAATGGTAGATTGTATTCTCCATATCACAGAGTCTTGATGA
TGGCAAACAAAACAAGGTATTCGACAGCAATGTTCTCTATTCCAAATCCAGGAGTTATCA
TAGATTCACCCGAAGAACTTGTCAACGAAGATCATCCTCGTATGTTCAAACCCTTTGAGT
ATATTGATTTCCTTAACTTCTTTCACTCGGAAGCTGGTCGTAGAGTTGAATCTACTCTCC
ATGCTTTTTGTGCTTTCTGAAACATTTAAACTTTTATTCACAATAATTAATGTAATGACT
TCAAATTTTATGGTATAAGTTTTGCCCCTTTTTCTTTTCATGTTTTTGTAATTTGATATG
TTATCACATGCATATAAACATAATGTGACAGAC


BQ
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AF RR3CJ26TF U 1
AF RR3CJ26JQ C 298
BS 1 652 RR3CJ26TF
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BS 654 665 RR3CJ26TF
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RD RR3CJ26TF 665 0 0
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AGTCTGATGTCCGTAAAGTGTTAGAAGACTACGGCTGTTTCCAAGCTTTCGTTGACAAAG
TGTCAAACATAGACCTTGACAAGTCTGTTTTTGAAGCCATGGAAGAGCTATTCGATTTGC
CGGTTCAGACCAAACAGAGAAACGTGTCGTCTAAACCGTTTCATGGGTATTTAAGTCACA
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CTCGGCAGCTTTGGCCTGATCATGGAAACAAGAGTTTTAGTGAGACGATGCACAAGTTCT
CGAAGCAGTTAGTGGAGTTGGATGTGATGGTGAGAAGAATGATAATGGAGAGTTTTGGAG
TAGATAAGTACCTTGACGAACATCTGAACTCTACAAACTATCTTTTCCGAATGATGAAGT
ACACAGCACCTCCTGATGACGATGTAGAAGAGACAAAGTTAGGTTTACGTTCTCATACCG
ACAAGAACATCCTCACGATACTTCATCAGTATGAAGTTGATGGTTTGGAAAT*AAGACCA
AAGAC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3CJ26JQ 816 0 0
TCACATC
TTACCAGAGTTTAGGGAT*GAAGAAGCTAATGT*GCAGAGAAAGTCAACGACTTTACTCG
GCAGCTTTGGCCTGATCATGGAAACAAGAGTTTTAGTGAGACGATGCACAAGTTCTCGAA
GCAGTTAGTGGAGTTGGATGTGATGGTGAGAAGAATGATAATGGAGAGTTTTGGAGTAGA
TAAGTACCTTGACGAACATTTGAACTCTACAAACTATCTTTTCCGAATGATGAAGTACAC
AGCACCTCCTGATGACGATGTAGAAGAGACAAAGTTAGGTTTACGTTCTCATACCGACAA
GAACATCCTCACGATACTTCATCAGTATGAAGTTGATGGTTTGGAAATTAAGACCAAAGA
CGAAAAATGGATCAAAGTGAAGCCATCTCAACATTCTTTCATCATCATGGTTGGAGATTC
TCTATGTGCACTTTTGAATGGTAGATTGTATTCTCCATATCACAGAGTCTTGATGATGGC
AAACAAAACAAGGTATTCGACAGCAATGTTCTCTATTCCAAATCCAGGAGTTATCATAGA
TTCACCCGAAGAACTTGTCAACGAAGATCATCCTCGTATGTTCAAACCCTTTGAGTATAT
TGATTTCCTTAACTTCTTTCACTCGGAAGCTGGTCGTAGAGTTGAATCTACTCTCCATGC
TTTTTGTGCTTTCTGAAACATTTAAACTTTTATTCACAATAATTAATGTAATGACTTCAA
ATTTTATGGTATAAGTTTTGCCCCTTTTTCTTTTCATGTTTTTGTAATTTGATATGTTAT
CACATGCATATAAACATAATGTGACAGAC

QA 8 816 8 816
DS 



AS 1 2

CO CL6692Contig1 846 2 4 U
GGACTGAGGGAAATGGAGAGTACCGTGAGGAACAAGCAATACTTATAGATTACATTAAGG
GCTTCCCAAAAGAGTCTGATTTAATGATTTTACCGGTTGCAAACGCTGTAGAACTCAAGG
GTAAGGCTGGATCCAAGGCGATTCTGGTGAAAAATATTTACTTGTCTTGTGATCCTTACA
TAGGGATTCGCATGAAAGAACCAAATCCATCAAGTTCGGCATTTATGGATGCTTTCGTGC
CGGGCAAGGGTGATAGATTCTGATGATCCAACCTTGACAAGGAAGTGCCTAACCTTGACT
CTGCCTTAAAGAGGTGTTTTCCAAAGGGCATTGACATATACTTAGAGAACGTGGGAGGCA
AAATGCTTGACGCCGTGCTACTGAACATGAAAACGCATGGAAGAATTGCTGTATGCGGGA
TGATCTCTCAGTACCATCTTGAAACCAGAGAAGGGATTCAAAATCTACCGGTTGTTATCT
ACAAAAAGATCAAGATGCAAGGGTTTATGGGTGTTGACTTCATTGATACATTCTCTAAGT
TCTTGGAGTTTATGCTTCCATGTATAAAAGCGAGGAAGTTGATATATGTTGAAGACGTTG
TTGAAGGACTAGACAATGGTCCTTCTGCTCTTGTTGGACTCTTTCGTGGACTAAACTTTG
GGAAACAAGTTCTTAAGATCGCTCGTGAGTGAGATATAGATAGATTGCCTGTATATGATT
TATGTGAAGAGATTCATGTGGTTTGAACTAACTGAACTAGATAATGATGCAAAGCTAACA
ATAGGCACGACTGCTTACATATGTAATGTGGTTTGGGTTCTTTTGGGTTTAGTGATGATA
TATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3F703TF U 1
AF RR3F703JQ C 300
BS 1 606 RR3F703TF
BS 607 607 RR3F703JQ
BS 608 646 RR3F703TF
BS 647 846 RR3F703JQ

RD RR3F703TF 646 0 0
GGACTGAGGGAAATGGAGAGTACCGTGAGGAACAAGCAATACTTATAGATTACATTAAGG
GCTTCCCAAAAGAGTCTGATTTAATGATTTTACCGGTTGCAAACGCTGTAGAACTCAAGG
GTAAGGCTGGATCCAAGGCGATTCTGGTGAAAAATATTTACTTGTCTTGTGATCCTTACA
TAGGGATTCGCATGAAAGAACCAAATCCATCAAGTTCGGCATTTATGGATGCTTTCGTGC
CGGGCAAGGGTGATAGATTCTGATGATCCAACCTTGACAAGGAAGTGCCTAACCTTGACT
CTGCCTTAAAGAGGTGTTTTCCAAAGGGCATTGACATATACTTAGAGAACGTGGGAGGCA
AAATGCTTGACGCCGTGCTACTGAACATGAAAACGCATGGAAGAATTGCTGTATGCGGGA
TGATCTCTCAGTACCATCTTGAAACCAGAGAAGGGATTCAAAATCTACCGGTTGTTATCT
ACAAAAAGATCAAGATGCAAGGGTTTATGGGTGTTGACTTCATTGATACATTCTCTAAGT
TCTTGGAGTTTATGCTTCCATGTATAAAAGCGAGGAAGTTGATATATGTTGAAGACGTTG
TTGAAG*ACTAGACAATGGTCCTTCTGCTCTTGTTGGACTCTTTCG

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3F703JQ 547 0 0
TCTGCCTTAAAGAGGTGTTTTCCAAAGGGCATTGACATATACTTAGAGAACGTGGGAGGC
AAAATGCTTGACGCCGTGCTACTGAACATGAAAACGCATGGAAGAATTGCTGTATGCGGG
ATGATCTCTCAGTACCATCTTGAAACCAGAGAAGGGATTCAAAATCTACCGGTTGTTATC
TACAAAAAGATCAAGATGCAAGGGTTTATGGGTGTTGACTTCATTGATACATTCTCTAAG
TTCTTGGAGTTTATGCTTCCATGTATAAAAGCGAGGAAGTTGATATATGTTGAAGACGTT
GTTGAAGGACTAGACAATGGTCCTTCTGCTCTTGTTGGACTCTTTCGTGGACTAAACTTT
GGGAAACAAGTTCTTAAGATCGCTCGTGAGTGAGATATAGATAGATTGCCTGTATATGAT
TTATGTGAAGAGATTCATGTGGTTTGAACTAACTGAACTAGATAATGATGCAAAGCTAAC
AATAGGCACGACTGCTTACATATGTAATGTGGTTTGGGTTCTTTTGGGTTTAGTGATGAT
ATATTCC

QA 1 547 1 547
DS 



AS 1 2

CO CL6693Contig1 1036 2 4 U
AGAAGTTAACAAAAAAAAAGCGTCTCGGGCGTTAGAGAGAGAACCAGAAAGAAAAAGTAG
ATCTCCCTTTTGTCTCCGGCGTACGGCCGGCGCGTGAGCGAGCGTGCCGTCGCCGGAGAC
ACCATCCTTCCGTCTAATTCCTTTTCCTGCTTCCCCGTCGTCTATTCACATAGATCGCCT
TGTCCGAGTTCTGGTCCGGACTCACCTATCGTCGGTTGTCTCTTGGAGCGAACCGCCGGT
TGCGAGGGTTCTGCGTCTTGGAGTAAGGACGCGGTTGTGTGAAGGGCTTGGTGTTGGGAA
GGTAGCCGTCAGTTTCAATATTTCCGGGAGGCGGAGGCTTAGATAGCTCCGCCTCCGCCG
GCTCTTGCTTCCGTGAAAAGGAGGCTTTCTCAGATCCTTTGTCGCCGGCGTTTGTTCCTG
GGGGGTGAAGGCTTGTTTAGCTTTGCGTCGCCGGGTCTAGTTAGTTTCCTTATCGTTTTG
TTGTAGGGTTTGTGGTCTGATTATAGATCGGTTCTAGTTCGTGGCTTTTGGTTTTGGGGT
TTGCGTTTTGGTCTCTGTGGACAAAGCGTGAGTTAAGAGGTGGTTCCTGTGTCTTGAGAG
TGGTTCGTGGATTGTCTGTCTAGGGTTTGAAGCTTTGCGTAGTCGGATTAGATCTCGAGT
TTCGATGGAGATCTCCGACATGATGACAGTACGGTGATGAACAGAGATGGATCCGGTGGA
GGCTTCTCTGAATTGGAGCTCCGAGGGATTGAGTGTACCTGTGGTGATGGTACAGTGGTG
TTTAGTGACGGTGACGGTCTGGTGGAGGCAGGAGCAGAGCGTGTCGAGCTGACGGAGATG
GTTCTCCCATGTGGCTAGCTTCCTGGACGCGTGGATCGGTCACTGCTGCTAGGGTTTTCT
TTGAGTGGGCCGATGGGCTGTAGTAGTAGTTTTTTTGGTTGGTCCATTGGACTTTTGGGC
TTTGTCCCTGTATTTGTAATTTTTGGACCTTGGTTTTTGCTGGGCTTGGCCCGATTTATA
ATCCAAAACTTGACGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP20TF U 1
AF RR3BP20JQ C 368
BS 1 700 RR3BP20TF
BS 701 701 RR3BP20JQ
BS 702 714 RR3BP20TF
BS 715 1036 RR3BP20JQ

RD RR3BP20TF 717 0 0
AGAAGTTAACAAAAAAAAAGCGTCTCGGGCGTTAGAGAGAGAACCAGAAAGAAAAAGTAG
ATCTCCCTTTTGTCTCCGGCGTACGGCCGGCGCGTGAGCGAGCGTGCCGTCGCCGGAGAC
ACCATCCTTCCGTCTAATTCCTTTTCCTGCTTCCCCGTCGTCTATTCACATAGATCGCCT
TGTCCGAGTTCTGGTCCGGACTCACCTATCGTCGGTTGTCTCTTGGAGCGAACCGCCGGT
TGCGAGGGTTCTGCGTCTTGGAGTAAGGACGCGGTTGTGTGAAGGGCTTGGTGTTGGGAA
GGTAGCCGTCAGTTTCAATATTTCCGGGAGGCGGAGGCTTAGATAGCTCCGCCTCCGCCG
GCTCTTGCTTCCGTGAAAAGGAGGCTTTCTCAGATCCTTTGTCGCCGGCGTTTGTTCCTG
GGGGGTGAAGGCTTGTTTAGCTTTGCGTCGCCGGGTCTAGTTAGTTTCCTTATCGTTTTG
TTGTAGGGTTTGTGGTCTGATTATAGATCGGTTCTAGTTCGTGGCTTTTGGTTTTGGGGT
TTGCGTTTTGGTCTCTGTGGACAAAGCGTGAGTTAAGAGGTGGTTCCTGTGTCTTGAGAG
TGGTTCGTGGATTGTCTGTCTAGGGTTTGAAGCTTTGCGTAGTCGGATTAGATCTCGAGT
TTCGATGGAGATCTCCGACATGATGACAGTACGGTGATGA*CAGAGATGGATCC
CGT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3BP20JQ 669 0 0
CTTCCGTGAAAAGGAGGCTTTCTCAGATCCTTTGTCGCCGGCGTTTGTTCCTGGGGGGTG
AAGGCTTGTTTAGCTTTGCGTCGCCGGGTCTAGTTAGTTTCCTTATCGTTTTGTTGTAGG
GTTTGTGGTCTGATTATAGATCGGTTCTAGTTCGTGGCTTTTGGTTTTGGGGTTTGCGTT
TTGGTCTCTGTGGACAAAGCGTGAGTTAAGAGGTGGTTCCTGTGTCTTGAGAGTGGTTCG
TGGATTGTCTGTCTAGGGTTTGAAGCTTTGCGTAGTCGGATTAGATCTCGAGTTTCGATG
GAGATCTCCGACATGATGACAGTACGGTGATGAACAGAGATGGATCCGGTGGAGGCTTCT
CTGAATTGGAGCTCCGAGGGATTGAGTGTACCTGTGGTGATGGTACAGTGGTGTTTAGTG
ACGGTGACGGTCTGGTGGAGGCAGGAGCAGAGCGTGTCGAGCTGACGGAGATGGTTCTCC
CATGTGGCTAGCTTCCTGGACGCGTGGATCGGTCACTGCTGCTAGGGTTTTCTTTGAGTG
GGCCGATGGGCTGTAGTAGTAGTTTTTTTGGTTGGTCCATTGGACTTTTGGGCTTTGTCC
CTGTATTTGTAATTTTTGGACCTTGGTTTTTGCTGGGCTTGGCCCGATTTATAATCCAAA
ACTTGACGG

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL6694Contig1 1171 2 6 U
GAAACAATCTCTGAATCTCTCTCTCTCTCAAAATCAAATGACGACACTCTTAGGGTTCTC
TCATACCAAGTTACCCCACTGCAACGTCTCTATCACTTCTCCAACATGCTCATCTTCCTC
CACGGTGGTCTCAATGGTGGGGAGACGCTCCGATTCAAAGACTCTCCGGTCAGGCTTCCT
CGGCCGTATCACTCACCATGATCGCCTACCCTCGACTGGTCGGAGAAGCTCGTCCGCAGT
GAAAATGTCGTGGGACGGTTCTCTCGCTTCCGTCAAGCTGATCATCCAAGGCAAAAACCT
CGAGTTATCAGAGGCAATCAAGCAGCATGTTGAGGACAAAGTAGGAAAAGCTGTTCAGAA
GCACAGTCATCTCGTCAGAGAAGTTGATGTGAGACTCTCTGTTCGAGGTGGAGAGTTTGG
TAAAGGACCCAAGATCCGTAGATGCGAGGTAACACTGTTTACAAAGAAGCATGGTGTTGT
GCGCGGTGAGGAAGATGCTGAGACGGTATACGCTTGTATCGACTTGGTTTCAACGATAAT
ACAGAGGAAGCTGAGGAAGATCAAGGAGAAGGACTCTGACCATGGAAGGCACATGAAAGG
TTTCAACAGGTCGAAGGTGAGAGAGCCTGTGATTGAGCCCGTTGTGGAGGATCCTGAGGA
CGTTGCTGGAGAAAGAGAAGAGGATGATTTGGTCAAGGAGATTGTGCGTACCAAGTACTT
TGAGATGCCACCATTGATCGTCTCTGAGGCAGTGGAGCAGCTGGAGTTAGTAGCTCATGA
TTTCTATGGCTTCCAGAATGAAGAAACCGGTGAGATAAATATAGTGTACAAGAGAAAAGA
AGGAGGGTACGATCTGATAATCCCTAAGAAAGATGGCAAGGCTGAGAAAGTTGATCCGCT
TCCAACGGAGCAATTGAATGAGCACTCTTTTGCTGAGTAGACTTGTGCGTCTGTCTCAGA
ACCAAAACTGATCTTACTTCTCTCCCTACAGATGGTTTGCATGTATAAGGGTTCTTGAGA
GAAAACAGTGAAAGAACTTGAATCTGTTATGGTTCAGGAAACAGTGTACATAATAATAAA
AGGCTAGAGAATTTTTTTTTAAATGATTCTGTTTTACTCTATTTGAGGTAGAAAGAAAAT
TGAATCTGAAGTTATGATCTTGATCCTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A725TF U 1
AF RR3A725JQ C 441
BS 1 697 RR3A725TF
BS 698 698 RR3A725JQ
BS 699 748 RR3A725TF
BS 749 749 RR3A725JQ
BS 750 795 RR3A725TF
BS 796 1171 RR3A725JQ

RD RR3A725TF 795 0 0
GAAACAATCTCTGAATCTCTCTCTCTCTCAAAATCAAATGACGACACTCTTAGGGTTCTC
TCATACCAAGTTACCCCACTGCAACGTCTCTATCACTTCTCCAACATGCTCATCTTCCTC
CACGGTGGTCTCAATGGTGGGGAGACGCTCCGATTCAAAGACTCTCCGGTCAGGCTTCCT
CGGCCGTATCACTCACCATGATCGCCTACCCTCGACTGGTCGGAGAAGCTCGTCCGCAGT
GAAAATGTCGTGGGACGGTTCTCTCGCTTCCGTCAAGCTGATCATCCAAGGCAAAAACCT
CGAGTTATCAGAGGCAATCAAGCAGCATGTTGAGGACAAAGTAGGAAAAGCTGTTCAGAA
GCACAGTCATCTCGTCAGAGAAGTTGATGTGAGACTCTCTGTTCGAGGTGGAGAGTTTGG
TAAAGGACCCAAGATCCGTAGATGCGAGGTAACACTGTTTACAAAGAAGCATGGTGTTGT
GCGCGGTGAGGAAGATGCTGAGACGGTATACGCTTGTATCGACTTGGTTTCAACGATAAT
ACAGAGGAAGCTGAGGAAGATCAAGGAGAAGGACTCTGACCATGGAAGGCACATGAAAGG
TTTCAACAGGTCGAAGGTGAGAGAGCCTGTGATTGAGCCCGTTGTGGAGGATCCTGAGGA
CGTTGCTGGAGAAAGAGAAGAGGATGATTTGGTCAAG*AGATTGTGCGTACCAAGTACTT
TGAGATGCCACCATTGATCGTCTCTGAG*CAGTGGAGCAGCTGGAGTTAGTAGCTCATGA
TTTCTATGGCTTCCA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3A725JQ 731 0 0
GATGCGAGGTAACACTGTTTACAAAGAAGCATGGTGTTGTGCGCGGTGAGGAAGATGCTG
AGACGGTATACGCTTGTATCGACTTGGTTTCAACGATAATACAGAGGAAGCTGAGGAAGA
TCAAGGAGAAGGACTCTGACCATGGAAGGCACATGAAAGGTTTCAACAGGTCGAAGGTGA
GAGAGCCTGTGATTGAGCCCGTTGTGGAGGATCCTGAGGACGTTGCTGGAGAAGGAGAAG
AGGATGATTTGGTCAAGGAGATTGTGCGTACCAAGTACTTTGAGATGCCACCATTGATCG
TCTCTGAGGCAGTGGAGCAGCTGGAGTTAGTAGCTCATGATTTCTATGGCTTCCAGAATG
AAGAAACCGGTGAGATAAATATAGTGTACAAGAGAAAAGAAGGAGGGTACGATCTGATAA
TCCCTAAGAAAGATGGCAAGGCTGAGAAAGTTGATCCGCTTCCAACGGAGCAATTGAATG
AGCACTCTTTTGCTGAGTAGACTTGTGCGTCTGTCTCAGAACCAAAACTGATCTTACTTC
TCTCCCTACAGATGGTTTGCATGTATAAGGGTTCTTGAGAGAAAACAGTGAAAGAACTTG
AATCTGTTATGGTTCAGGAAACAGTGTACATAATAATAAAAGGCTAGAGAATTTTTTTTT
AAATGATTCTGTTTTACTCTATTTGAGGTAGAAAGAAAATTGAATCTGAAGTTATGATCT
TGATCCTCTCT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL6695Contig1 1042 2 2 U
GGAAGGCGGTGTTTGTGGATTTGACTCTACCACTCCTCCAAACGTCGCCGCTTCTATGTA
TCTTGTTTCTCCCTGAATACTCCCACATCCTCCGCCGCCTCCTCCGTTCACGCTCTCCGG
CAGCGACAACGTCGACGTTAAAGATGATGACGTCGACGAAGTGGAAATCAGACCAGTCTC
GTTGTAACTACCAAACTTTCCCGGCTTCTGCATCGGAACAACCCATCCCATAGAATTCTC
CGGCGACTGAGTCCGGTAAAGATTCTCCGGCGGAGACGGTGACGGTGAAATAACCCCAAA
GACTCTTCCGTTTTCTTCCTCCTCCTCTGACTTCACCGTGACACGACGCTTCTTCTTGTC
GGAGACTAGCTTGTCCGCTCTTCCTCGAGCATCATCCTCGGGAGGAGGTCGGGATCCTCA
ACGACCTTGTACAGAAACGCCATCATCTGCTCCGGCCGCTTCTCCGTAGCCTCGATCCTT
TGGTTCATCCTCTGAATCTCTAACTCAAGATCTCTCTGCTCATCTTTCAACCGTTCGATC
TCCCTCACGATCTCACCGTCCTCCATCTCCTGACCGTACATCATCCCACGCGCGTGTTTC
CTACGCGCTATGTTCTTGAGCAGGTGCTTCTGTCCTCTGAGAAAATGCTCGTTCGCAAAC
TCCCACCGGCAAGATTCGTTGAGAGAAGTCGAGAGGATCAACGACGATGAAGCTGTTGTG
CGCAGGCCCCCAAGTGATGAGCCAATCGGTCGAAGGGTCGTTGACCATTTGATATGTCTT
CGCAACGAAAGGTGCGATCACGTTTGTGTTGGTGTTATTATTATTGTCGTCCTCCATTTT
TTTTTCCTCTTCTCTCCTCTCTTCTTTTTTTTCGCTTATATGTTTGCTTTTGGTAAGAAA
TTAAAAGGAAGCTAGTGGGTTTATATAAGAAAATATAAGGTCAAGTGAAAATGGGAAATA
GTATAGTAGTAAGAAGTGTTGAGAGTGAGACATGTGTGATGTGGCTTACTTTTGTGGTAA
CGTGGCAAGGTCGTGTTTTGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AA48TF U 1
AF RR3AA48JQ C 380
BS 1 721 RR3AA48TF
BS 722 1042 RR3AA48JQ

RD RR3AA48TF 721 0 0
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TCTTGTTTCTCCCTGAATACTCCCACATCCTCCGCCGCCTCCTCCGTTCACGCTCTCCGG
CAGCGACAACGTCGACGTTAAAGATGATGACGTCGACGAAGTGGAAATCAGACCAGTCTC
GTTGTAACTACCAAACTTTCCCGGCTTCTGCATCGGAACAACCCATCCCATAGAATTCTC
CGGCGACTGAGTCCGGTAAAGATTCTCCGGCGGAGACGGTGACGGTGAAATAACCCCAAA
GACTCTTCCGTTTTCTTCCTCCTCCTCTGACTTCACCGTGACACGACGCTTCTTCTTGTC
GGAGACTAGCTTGTCCGCTCTTCCTCGAGCATCATCCTCGGGAGGAGGTCGGGATCCTCA
ACGACCTTGTACAGAAACGCCATCATCTGCTCCGGCCGCTTCTCCGTAGCCTCGATCCTT
TGGTTCATCCTCTGAATCTCTAACTCAAGATCTCTCTGCTCATCTTTCAACCGTTCGATC
TCCCTCACGATCTCACCGTCCTCCATCTCCTGACCGTACATCATCCCACGCGCGTGTTTC
CTACGCGCTATGTTCTTGAGCAGGTGCTTCTGTCCTCTGAGAAAATGCTCGTTCGCAAAC
TCCCACCGGCAAGATTCGTTGAGAGAAGTCGAGAGGATCAACGACGATGAAGCTGTTGTG
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3AA48JQ 663 0 0
CTTCCTCGAGCATCATCCTCGGGAGGAGGTCGGGATCCTCAACGACCTTGTACAGAAACG
CCATCATCTGCTCCGGCCGCTTCTCCGTAGCCTCGATCCTTTGGTTCATCCTCTGAATCT
CTAACTCAAGATCTCTCTGCTCATCTTTCAACCGTTCGATCTCCCTCACGATCTCACCGT
CCTCCATCTCCTGACCGTACATCATCCCACGCGCGTGTTTCCTACGCGCTATGTTCTTGA
GCAGGTGCTTCTGTCCTCTGAGAAAATGCTCGTTCGCAAACTCCCACCGGCAAGATTCGT
TGAGAGAAGTCGAGAGGATCAACGACGATGAAGCTGTTGTGCGCAGGCCCCCAAGTGATG
AGCCAATCGGTCGAAGGGTCGTTGACCATTTGATATGTCTTCGCAACGAAAGGTGCGATC
ACGTTTGTGTTGGTGTTATTATTATTGTCGTCCTCCATTTTTTTTTCCTCTTCTCTCCTC
TCTTCTTTTTTTTCGCTTATATGTTTGCTTTTGGTAAGAAATTAAAAGGAAGCTAGTGGG
TTTATATAAGAAAATATAAGGTCAAGTGAAAATGGGAAATAGTATAGTAGTAAGAAGTGT
TGAGAGTGAGACATGTGTGATGTGGCTTACTTTTGTGGTAACGTGGCAAGGTCGTGTTTT
GCT

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL6696Contig1 342 2 1 U
GGGGGACGATGGGAAGACGGAGTATCTTGTCAAATGGACTGATATGGCTGATGCCACGTG
GGAGCCTGAGGAGAACGTTGACACTAGCCTTGTGCAACTCTTTGAACAAGAAGAAGAGGC
TCAACTTGTTAATGGCCCGACCATTGTGTGAGCTTGATGAGCTTGGGAGCCATGATTTTT
GTTTTGTTTCTTTCTATTGAAATTTTATTTTTAACTAAATATTTCACAAAAAGGCATTTG
TCAGTGATGTGATAGAAAATTTGCTGAGATTGGAACACTTGGTGAATTCTAATTCCTCTG
CTGAGATTAGAACAAAACTAGCTCAATCCAAGCTCTGTTGGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EU41JQ C 1
AF RR3EU41TF U 1
BS 1 342 RR3EU41TF

RD RR3EU41JQ 342 0 0
GGGGGACGATGGGAAGACGGAGTATCTTGTCAAATGGACTGATATGGCTGATGCCACGTG
GGAGCCTGAGGAGAACGTTGACACTAGCCTTGTGCAACTCTTTGAACAAGAAGAAGAGGC
TCAACTTGTTAATGGCCCGACCATTGTGTGAGCTTGATGAGCTTGGGAGCCATGATTTTT
GTTTTGTTTCTTTCTATTGAAATTTTATTTTTAACTAAATATTTCACAAAAAGGCATTTG
TCAGTGATGTGATAGAAAATTTGCTGAGATTGGAACACTTGGTGAATTCTAATTCCTCTG
CTGAGATTAGAACAAAACTAGCTCAATCCAAGCTCTGTTGGC

QA 1 342 1 342
DS 

RD RR3EU41TF 342 0 0
GGGGGACGATGGGAAGACGGAGTATCTTGTCAAATGGACTGATATGGCTGATGCCACGTG
GGAGCCTGAGGAGAACGTTGACACTAGCCTTGTGCAACTCTTTGAACAAGAAGAAGAGGC
TCAACTTGTTAATGGCCCGACCATTGTGTGAGCTTGATGAGCTTGGGAGCCATGATTTTT
GTTTTGTTTCTTTCTATTGAAATTTTATTTTTAACTAAATATTTCACAAAAAGGCATTTG
TCAGTGATGTGATAGAAAATTTGCTGAGATTGGAACACTTGGTGAATTCTAATTCCTCTG
CTGAGATTAGAACAAAACTAGCTCAATCCAAGCTCTGTTGGC

QA 1 342 1 342
DS 



AS 1 2

CO CL6697Contig1 1103 2 8 U
GGAGAAATGAAGAAGGAAGGCATTCACAGGCGAATCACGCCCGGGCCCTAAGCGTAAGGA
GTAGAGATAAAGAGCTGCTTTCAACTTTCTATCTCTCTCTCTACACAGTTCTTCTTTCTC
TCTCTGAATCTGCCGTCACGAGGAAGCTTCTTTACATGCATTGTTCTTTCGTCTTCCTCC
TCTCTTGAAAAAAAAAACCGCTTCTCCGATTCTCTCTGCTGCGATGGCCGCCGCCACTGG
TGAAGGGAGGAAGCAGCAATTCACAAGCACGGCAGATAGTAACTCACCACTCAAGTATCC
AAGCCTCAAGCCACCACCTAAGCCTAGCCACTGCGCCATAGATGTTTCTCCTCTTCTTCT
TGTTAAGGAGGAGGAGGAGGCTGCATTCCCTTTGCAACAAGACACTTCACTAGTCCAAGA
CGTGTGTACTATCTCAGTCTTACCTGACCAAGGCAATACCCTCGTCCCTCACTTCACTCT
CTTGAGCTTCGTCAAGGCTCTTCTTCCTTCTAAAAACCAGATGTTCATCGATGCCCAACT
CAACTGTCAGAAGACTCAGAACCGCATCAATGTTCTGCTTGGTGGCACTGATTCCTACCA
GTCCTGCGTTGTAGACATTAACGTCGAGAAAAGCAACGGTGCTGAGGCCCACGACGGAGG
AGGAGTCCTTGGAAATGTCAAGTCCGAGACTGTTCATATGCAAAAGGTATTGCAGAGACA
AGCAAGCATGACCACTGACAAAACTAACTCCGAGAGATGCCATGATGCACCGATCAACAG
GTGGAGAAGATACAAGCGTGCTGCTTCATTTGATTCTAGAAAAGTCGTCATCCTTTTCTC
CATCTTATCAAGTGTGGGAACGCTGATATTGATCTACCTCACACTGAGAGTGAGGCAAAG
CGGAGACAATAGCTTCAATCATTTGTAGTCAAAACTGTCTGTAACACTGTCCTACTTTCT
TCTTATTCTTCTTCGCTGTCTCTGTTTTGAATCTCTTTCTCCCACAAAACTCAAGTCTTC
TGTTCCTACCTTCATAATGTTGATAAGTCAACACTTTCTCTGTGAATAACACTTGCGAGT
GCATCAATTGCATATGTTCCCCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR95TF U 1
AF RR3DO40TF U 393
BS 1 646 RR3GR95TF
BS 647 647 RR3DO40TF
BS 648 706 RR3GR95TF
BS 707 707 RR3DO40TF
BS 708 746 RR3GR95TF
BS 747 747 RR3DO40TF
BS 748 756 RR3GR95TF
BS 757 1103 RR3DO40TF

RD RR3GR95TF 756 0 0
GGAGAAATGAAGAAGGAAGGCATTCACAGGCGAATCACGCCCGGGCCCTAAGCGTAAGGA
GTAGAGATAAAGAGCTGCTTTCAACTTTCTATCTCTCTCTCTACACAGTTCTTCTTTCTC
TCTCTGAATCTGCCGTCACGAGGAAGCTTCTTTACATGCATTGTTCTTTCGTCTTCCTCC
TCTCTTGAAAAAAAAAACCGCTTCTCCGATTCTCTCTGCTGCGATGGCCGCCGCCACTGG
TGAAGGGAGGAAGCAGCAATTCACAAGCACGGCAGATAGTAACTCACCACTCAAGTATCC
AAGCCTCAAGCCACCACCTAAGCCTAGCCACTGCGCCATAGATGTTTCTCCTCTTCTTCT
TGTTAAGGAGGAGGAGGAGGCTGCATTCCCTTTGCAACAAGACACTTCACTAGTCCAAGA
CGTGTGTACTATCTCAGTCTTACCTGACCAAGGCAATACCCTCGTCCCTCACTTCACTCT
CTTGAGCTTCGTCAAGGCTCTTCTTCCTTCTAAAAACCAGATGTTCATCGATGCCCAACT
CAACTGTCAGAAGACTCAGAACCGCATCAATGTTCTGCTTGGTGGCACTGATTCCTACCA
GTCCTGCGTTGTAGACATTAACGTCGAGAAAAGCAACGGTGCTGAG*CCCACGACGGAGG
AGGAGTCCTTGGAAATGTCAAGTCCGAGACTGTTCATATGCAAAAG*TATTGCAGAGACA
AGCAAGCATGACCACTGACAAAACTATCTCCGAGAG

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3DO40TF 711 0 0
G
GCAACAAGACACTTCACTAGTCCAAGACGTGTGTACTATCTCAGTCTTACCTGACCAAGG
CAATACCCTCGTCCCTCACTTCACTCTCTTGAGCTTCGTCAAGGCTCTTCTTCCTTCTAA
AAACCAGATGTTCATCGATGCCCAACTCAACTGTCAGAAGACTCAGAACCGCATCAATGT
TCTGCTTGGTGGCACTGATTCCTACCAGTCCTGCGTTGTAGACATTAACGTCGAGAAAAG
CAACGGTGCTGAGGCCCACGACGGAGGAGGGGTCCTTGGAAATGTCAAGTCCGAGACTGT
TCATATGCAAAAGGTATTGCAGAGACAAGCAAGCATGACCACTGATAAAACTAACTCCGA
GAGATGCCATGATGCACCGATCAACAGGTGGAGAAGATACAAGCGTGCTGCTTCATTTGA
TTCTAGAAAAGTCGTCATCCTTTTCTCCATCTTATCAAGTGTGGGAACGCTGATATTGAT
CTACCTCACACTGAGAGTGAGGCAAAGCGGAGACAATAGCTTCAATCATTTGTAGTCAAA
ACTGTCTGTAACACTGTCCTACTTTCTTCTTATTCTTCTTCGCTGTCTCTGTTTTGAATC
TCTTTCTCCCACAAAACTCAAGTCTTCTGTTCCTACCTTCATAATGTTGATAAGTCAACA
CTTTCTCTGTGAATAACACTTGCGAGTGCATCAATTGCATATGTTCCCCA

QA 2 711 2 711
DS 



AS 1 2

CO CL6698Contig1 910 2 2 U
CAAGGGGATTGAAGAAACATCTCAAGAGGCTTAATGCCCCAAAGCATTGGATGCTTGACA
AACTTGGTGGTGCCTTTGCCCCCAAGCCATCTTCTGGACCACACAAGTCCAGGGAGTGCC
TTCCCCTTGTCCTTATCATCCGTAATAGGTTGAAGTATGCTTTGACATACCGTGAGGTGA
TTTCTATCTTGATGCAAAGGCATATCCAAGTTGATGGGAAAGTCAGAACTGACAAGACAT
ACCCTGCTGGTTTCATGGATGTTGTGTCTATCCCAAAGACAAATGAGAGCTTCCGTCTGC
TGTATGACACCAAGGGACGCTTCCGTCTTCACTCCATCAGAGACGAGGAAGCAAAGTTCA
AGCTGTGCAAAGTGGGAACTATCCAGCTTGGTCAGAAGGGAATCCCTTACCTGAACACAT
ACGATGGTCGCACCATCCGTTACCCCGACCCGCTCATCAAGCCCAACGACACCATCAAGC
TAGACCTCGAGGAGAACAAGGTTGTGGAGTTTATCAAGTTTGATGTACGAAACGTTGTGA
TGGTGACTGGAGGAAGAAACAGAGGTCGTGTTGGTGTGATCAAGAACCGGGAGAAACATA
AGGGAAGCTTCGAGACCATCCACATTCAAGACTTTACTGGACATGAGTTTGCAACGAGGT
TAGGGAATGTGTTCACGCTTGGGAAAGGAACAAAGCCGTGGGTGTCTCTTCCAAAGGGTA
AAGGTATTAAGCTTACCATCATTGAGGAAGCTAGGAAGAGGCTTTCTGCTCAACAAGCTG
CTTGAAACTTTTTTTTTTCCTCTGTTTCAGAAAACCTATGCTCTGTTTTTGTTTTGTATC
TTGCTATTGAGATCATTATTTTCAGACTCATGTCTTTGATTGCTGCTATTGAGTTCCTTG
TTTAATTCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY63TF U 1
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BS 1 532 RR3DY63TF
BS 533 910 RR3DY63JQ

RD RR3DY63TF 532 0 0
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TTCCCCTTGTCCTTATCATCCGTAATAGGTTGAAGTATGCTTTGACATACCGTGAGGTGA
TTTCTATCTTGATGCAAAGGCATATCCAAGTTGATGGGAAAGTCAGAACTGACAAGACAT
ACCCTGCTGGTTTCATGGATGTTGTGTCTATCCCAAAGACAAATGAGAGCTTCCGTCTGC
TGTATGACACCAAGGGACGCTTCCGTCTTCACTCCATCAGAGACGAGGAAGCAAAGTTCA
AGCTGTGCAAAGTGGGAACTATCCAGCTTGGTCAGAAGGGAATCCCTTACCTGAACACAT
ACGATGGTCGCACCATCCGTTACCCCGACCCGCTCATCAAGCCCAACGACACCATCAAGC
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QA 1 532 1 532
DS 

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TGCAAAGTGGGAACTATCCAGCTTGGTCAGAAGGGAATCCCTTACCTGAACACATACGAT
GGTCGCACCATCCGTTACCCCGACCCGCTCATCAAGCCCAACGACACCATCAAGCTAGAC
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AGCTTCGAGACCATCCACATTCAAGACTTTACTGGACATGAGTTTGCAACGAGGTTAGGG
AATGTGTTCACGCTTGGGAAAGGAACAAAGCCGTGGGTGTCTCTTCCAAAGGGTAAAGGT
ATTAAGCTTACCATCATTGAGGAAGCTAGGAAGAGGCTTTCTGCTCAACAAGCTGCTTGA
AACTTTTTTTTTTCCTCTGTTTCAGAAAACCTATGCTCTGTTTTTGTTTTGTATCTTGCT
ATTGAGATCATTATTTTCAGACTCATGTCTTTGATTGCTGCTATTGAGTTCCTTGTTTAA
TTCCT

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

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TTTGTCAATCCAGCTTATGGATAATATAATCGAAAAGCCTGAGGCTTGTGCAGTTTCCAT
GGATCCCACGTTTGCAAATTATCTGCAAAAAGAGTTTCTTTCCAACTCATCAGGGAAAAA
AGTAGTGCCGCAGTCCATTGTGTTAAAAAGGAACATGCGTGGATACTCTGGTCTAGATGA
TCTTGCAGTATCCTGCAAGGCAATGGAAAATGTAGAAGTAATTAATGGCCTCGAGTGCAA
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GAAGATAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGCGAGAACTCGTCACATGACAACTCATCATCCCA
GCAACGCAAGTTGTATAGAATAGAAAGATTCCACAAGTTTCTCTCAGCTTCAAGATGACA
GCAGCAAGAAGAGGATCAAAACGGATCTTTTATCATTTTACTTCAATACAAGGAAGGTTA
GAGGCTGACCAGGTTCTGTCTCTGCAACTTTCCCAGAAATAAAAAGAAGTTTCAATACTT
TCTCGTTAGTATTCTGTGAAGAAGTTACTTGCACAGTAGTGTGTGTGTATTTATCTAATT
TGTATCTTGATGATTTAGGTTTACGAAAAAAAAAGAAATGTGTGGATGTAAATATTGGAA
ACACATTCTTGGTTTGTTTGTATCTACAGACATAGTAAAGTTCCAAGGAGAGATTCTCTC
TTTTTATATATAAGTAAATGGTTTTTCAACGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FX75TF U 1
AF RR3FX75JQ C 392
BS 1 693 RR3FX75TF
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RD RR3FX75TF 764 0 0
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TTTGTCAATCCAGCTTATGGATAATATAATCGAAAAGCCTGAGGCTTGTGCAGTTTCCAT
GGATCCCACGTTTGCAAATTATCTGCAAAAAGAGTTTCTTTCCAACTCATCAGGGAAAAA
AGTAGTGCCGCAGTCCATTGTGTTAAAAAGGAACATGCGTGGATACTCTGGTCTAGATGA
TCTTGCAGTATCCTGCAAGGCAATGGAAAATGTAGAAGTAATTAATGGCCTCGAGTGCAA
GATGTCTTGCTCTTCCTACAAGATTTCGTATGTTTTGGACACGGAGGATTTCTTCCACAG
GAAGATAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGCGAGAACTCGTCACATGACAACTCATCATCCCA
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GCAGCAAGAAGAGGATCAAAACGGATCTTTTATCATTTTACTTCAATACAAGGAAGGTTA
GAGGCTGACCAGGTTCTGTCTCTGCAACTTTCCCAGAAATAAAAAGAAGTTTCAATACTT
TCTCGTTAGTATTCTGTGAAGAAGTTACTTGCACAGTAGTGTGTGTGTATTTATCTAATT
TGTATCTTGATGATTTAGGTTTACGAAAAAAAA*GAAATGTGTGGATGTAA*TAT*GGAA
ACACATTCTTGGTTTGTTTGTATCTACAGACATAGTAAAGT
CCA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3FX75JQ 421 0 0
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CACAAGTTTCTTTCAGCTTCAAGATGACAGCAGCAAGAAGAGGATCAAAACGGATCTTTT
ATCATTTTACTTCAATACAAGGAAGGTTAGAGGCTGACCAGGTTCTGTTTTTGCAACTTT
CCCAGAAATAAAAAGAAGTTTCAATACTTTCTCGTTAGTATTCTGTGAAGAAGTTACTTG
CACAGTAGTGTGTGTGTATTTATCTAATTTGTATCTTGATGATTTAGGTTTACGAAAAAA
AAAGAAATGTGTGGATGTAAATATTGGAAACACATTCTTGGTTTGTTTGTATCTACAGAC
ATAGTAAAGTTCCAAGGAGAGATTCTCTCTTTTTATATATAAGTAAATGGTTTTTCAACG
T

QA 1 421 1 421
DS 



AS 1 2

CO CL6700Contig1 1250 2 2 U
GGATGCTGACCTCCCACCACAGGTTGATAAAAAGTTCCAGAAGATGGAAGCTGTAATTGC
AACGGCAAAGTCTTTTCCAGTCGACTGTAACAATGTTGACAAGAAATTGGGACAGATCCT
GGATTTGACTGAGGATGAAGCTAGTTTCCACATGAAACAGAGTGTGTTCCTCTACCAGCT
TGCAGTACAGACAATGCCTAAGAGTCTTCACTGCTTGTCAATGAGACTAACTGTGGAGTA
TTTCAAGTCAGCTCCAGTTGAAACTGAGGATAGTGACAAATTTTCAGATCCCTCATTGCT
TCACTTTGTTATTATCTCCGACAATATACTTGCATCTTCCGTTGTGATCAACTCAACGGC
TTTACACGCAAGGGAAAGTAAAAACTTTGTTTTCCATGTAGTGACAGACGAGCAGAATTA
CTTTGCGATGAAACAATGGTTTATCAGGAATCCCTGCAAACAAGCAGCTATTCAAGTATT
GAACATCGATAAACTCGAGCTGGGCAATTCTGATATGATGAAGAAGCTGTCTTTGCCTGC
GGAGTTCCGTGTCTCCTTCACAGGTGGTGACAGTTTGGGGTCACAAGGGAATAGAACATA
CTACTTATCCCTTTTCTCTCAATCTCACTATCTTATTCCAAAGATATTTCACAAGTTGAA
AAAGGTTGTGGTCCTGGATCATGACGTTGTAGTCCAGCGAGACTTATCTCCTCTTTGGGA
GCTTGATATGGAAGGAAAAGTGAACGGCGCAGTGAAGTCGTGCTCTGTGAGATTGGGTCA
GCTGAAGAGTCTCAAGGGAGGAAGTTTTGATACTAATGCTTGTATCTGGATGTCTGGATT
GAATGTCATTGATCTTGCAAGATGGAGGCAATTGGGAGTTTCAGAAACCTACCTGAAATT
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AACTTTGCTTACGTTCCAAGACAAAGTTTATGGTCTTGACGACAAATGGGCAGTATCAGG
GCTTGGTTATGACTACTACATCAACACCCAAAGGATAAAAAACGCAGCCACATTGCACTA
CAATGGGAACATGAAGCCGTGGCTAGAGCTGGGAATCCCACAGTACAAAAACTATTGGAG
AAAGCATCTGAACAGGGAAGATCGGTTCTTGAGTGACTGTAACGTGAATCCCTGATGAGA
AGGTAAAAGAAACTACGCTGGGCCAATGCTTTAGAAGCATATTTACACGC


BQ
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AF RR3ED33TF U 1
AF RR3ED33JQ C 536
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BS 660 1250 RR3ED33JQ

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TTTACACGCAAGGGAAAGTAAAAACTTTGTTTTCCATGTAGTGACAGACGAGCAGAATTA
CTTTGCGATGAAACAATGGTTTATCAGGAATCCCTGCAAACAAGCAGCTATTCAAGTATT
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GGAGTTCCGTGTCTCCTTCACAGGTGGTGACAGTTTGGGGTCACAAGGGAATAGAACATA
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DS 

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CAAGCAACTTTGCTTACGTTCCAAGACAAAGTTTATGGTCTTGACGACAAATGGGCAGTA
TCAGGGCTTGGTTATGACTACTACATCAACACCCAAAGGATAAAAAACGCAGCCACATTG
CACTACAATGGGAACATGAAGCCGTGGCTAGAGCTGGGAATCCCACAGTACAAAAACTAT
TGGAGAAAGCATCTGAACAGGGAAGATCGGTTCTTGAGTGACTGTAACGTGAATCCCTGA
TGAGAAGGTAAAAGAAACTACGCTGGGCCAATGCTTTAGAAGCATATTTACACGC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL6701Contig1 936 2 2 U
CCACTGATGGTCTTGCTGCTAGCGCTTCCTCTTGATTCTTACTTCATTTTCCCAGAAATA
ATCAGGTAAAGGTTAGTGCTTCCATGAATCGATTCTCAGCTATTACTCTTTATGGGGAAT
ATATGACTAGGACTTTGGCTGCCTTCGGTCCAATTTCTTGCTTAGTAGTTTGATTTTCTA
GACATCTTAGATATTCAGATTTGAGGTCTTCTGATATTGAAGTTCACAACTTTATGCTAT
GTATGCACTATGTTGTTCGTATCTGGATTTGGGTCTTTGTGCGATTTTCAACTTGATTAG
TGTGTATGAATGAGTTCTCTTCCTGCTACAGATCTTGTTACATGTGTCTACAGCTCTAAA
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GTAGAACTGAATTGATTGTGATTATTGTTCAGCTTGCAATCTGCTTGTGCATGAGGAGAT
ATAATCTTACTTTATCCTTCATCTTGTTTTTTCAATCAGTTCTGGCTTCACTGGCTAACG
AAGACACCAGGGTCGAGCAAGGGATAAGGTTATTCTGAGGAGTTCTGTTTGTTGAGGCTG
AGACTAATTCCACAGACATAAAACTCTTCTTTAAGGCTGTGTGTGGAAAGGTGTACATAA
AGTAGCTAACTTTGATGATAAGTTTACAGGTCACTCAAAGTCGTCAAAGGTCCTCTTCAA
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AACTTGAGCTCTCTATGTATGAGTATTTATGTCTTAGATTTATATACAACATAAGAGTAT
GTTAGAAGTCTTTGGTTTTTTACTTTTTTCAGTTTCATCTGAGACAACTCTTGAGATTGT
TTGAATTGTGTATAGACATGAGCAATAGATGTATAT


BQ
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AF RR3AX60TF U 1
AF RR3AX60JQ C 114
BS 1 471 RR3AX60TF
BS 472 936 RR3AX60JQ

RD RR3AX60TF 471 0 0
CCACTGATGGTCTTGCTGCTAGCGCTTCCTCTTGATTCTTACTTCATTTTCCCAGAAATA
ATCAGGTAAAGGTTAGTGCTTCCATGAATCGATTCTCAGCTATTACTCTTTATGGGGAAT
ATATGACTAGGACTTTGGCTGCCTTCGGTCCAATTTCTTGCTTAGTAGTTTGATTTTCTA
GACATCTTAGATATTCAGATTTGAGGTCTTCTGATATTGAAGTTCACAACTTTATGCTAT
GTATGCACTATGTTGTTCGTATCTGGATTTGGGTCTTTGTGCGATTTTCAACTTGATTAG
TGTGTATGAATGAGTTCTCTTCCTGCTACAGATCTTGTTACATGTGTCTACAGCTCTAAA
GATTTGAACTTTATTTCGGTAGAGTATGATTGCAATCTTCAAAGCTAGCTCCCTTGTTAA
GTAGAACTGAATTGATTGTGATTATTGTTCAGCTTGCAATCTGCTTGTGCA

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR3AX60JQ 823 0 0
GGGGAATATATGACTAGGACTT*GGCTGCCTTCGGTCCAATT*CTTGCTTAGTAGTTTGA
TTT*CTAGACATCTTAGATATTCAGATTTGAGGTCTTCTGATATTGAAGTTCACAACTTT
ATGCTATGTATGCACTATGTTGTTCGTATCTGGATTTGGGTCTTTGTGCGATTTTCAACT
TGATTAGTGTGTATGAATGAGTTCTCTTCCTGCTACAGATCTTGTTACATGTGTCTACAG
CTCTAAAGATTTGAACTTTATTTCGGTAGAGTATGATTGCAATCTTCAAAGCTAGCTCCC
TTGTTAAGTAGAACTGAATTGATTGTGATTATTGTTCAGCTTGCAATCTGCTTGTGCATG
AGGAGATATAATCTTACTTTATCCTTCATCTTGTTTTTTCAATCAGTTCTGGCTTCACTG
GCTAACGAAGACACCAGGGTCGAGCAAGGGATAAGGTTATTCTGAGGAGTTCTGTTTGTT
GAGGCTGAGACTAATTCCACAGACATAAAACTCTTCTTTAAGGCTGTGTGTGGAAAGGTG
TACATAAAGTAGCTAACTTTGATGATAAGTTTACAGGTCACTCAAAGTCGTCAAAGGTCC
TCTTCAAAGTTGTGGAAATCTGAATATAAAAAGAAGAGACTAAGAAGAAGTGGTTTGTTT
CGGTCTGAACTTGAGCTCTCTATGTATGAGTATTTATGTCTTAGATTTATATACAACATA
AGAGTATGTTAGAAGTCTTTGGTTTTTTACTTTTTTCAGTTTCATCTGAGACAACTCTTG
AGATTGTTTGAATTGTGTATAGACATGAGCAATAGATGTATAT

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 2

CO CL6702Contig1 1248 2 4 U
GGACTCTCAAAACACATTCCTCTTTCTTCTTCATTTCCTTCGTCAGCTCCTTTTCATTCT
TATGCAAGATAGGAAACAAGTATCTGAGTTCTTTAATCAATTTGCTTTCTTGGAGAACTG
TTTTTTCGTTTCCACATAGAGGAACTCAAGATTTTCTTGACCTCCAATGGATTCTGTTTC
CCTTTCTGAGGTTACTGTCATGAGAAGAACACATTTGGGGTTTATGCACAGTTTCAGACA
ACCATTTTCTGGTGTTACAATATCTCCCAAGTTCTGCCACTCCAAAGGATCAAGGGCAAT
GTCTTCAAGTGTTTCCAGTACAAAGAGCTAATATGTTTATGGAGAAAGCTTAGCTGCAAC
TGCAGATTCGGATTATAAGATGAATGGATTAACCCTAAAAAACAGAATCAGTTCTGTTAA
AGAAAGATTATTACTTGATGCTTTTGATGATGAGTATGGTGGAGTAGTAGTTGATCATGA
CAAATTACCATCAAACCCTAACGCTTTCACAGCAATGCTTAGAAACTCTCTCTCGGATTG
GAGAAGAAAGGGAAAGAAGGGAGTTTGGTTGAAGTTACCTGTGGAACAATCTGAGTTAGT
CCCAGTTGCTGTAAAGGAAGGATTTGAATATCATCATGCAGAGAAAGGATATGTGATGTT
AACTTATTGGATACCAGAGGAGGAGCCTTGTATGCTCCCTGGAAATGCTTCACATCAAGT
TGGTGTTGGAGGCTTTGTCTTGAACCAATATAAAGAGGTGCTTGTGGTGCAAGAAAAGTA
TTGTACTTCATCGAATACAGGTCTATGGAAATTGCCAACTGGATTTATTAATGAATCAGA
AGAGATCTTCTCTGGAGCCGTAAGAGAAGTCAAGGAAGAAACTGGGGTGGATACAGATTT
CTTAGAGGTTATAGCTTTCAGACATGCACACAACGTCGCATTTGAGAAGTCTGATCTGTT
CTTCATCTGTATGTTGAAATATGTGAAGCGAGATTAAGACATCGTTACTGTGGTCTTTCT
CCTCATCGACTTGTCTCTGCTTTTGATGGCAGACCTTCTTCTCTCTACTACAACGTTGTT
GATGATGATCCTTCCCACTCCAACTGTACAGCTGAATTTTATTAATAACCGGATCAAACC
GGACCGGAACAAAAGTCAAGTGGTAAGATTCTGTGTATATATAATTCCATGTAATGAATG
TTGTTATTTGAACACTCTTCGGTAAAGTAAATACTAGTAATAGCGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP10TF U 1
AF RR3AP10JQ C 446
BS 1 776 RR3AP10TF
BS 777 777 RR3AP10JQ
BS 778 795 RR3AP10TF
BS 796 1248 RR3AP10JQ

RD RR3AP10TF 795 0 0
GGACTCTCAAAACACATTCCTCTTTCTTCTTCATTTCCTTCGTCAGCTCCTTTTCATTCT
TATGCAAGATAGGAAACAAGTATCTGAGTTCTTTAATCAATTTGCTTTCTTGGAGAACTG
TTTTTTCGTTTCCACATAGAGGAACTCAAGATTTTCTTGACCTCCAATGGATTCTGTTTC
CCTTTCTGAGGTTACTGTCATGAGAAGAACACATTTGGGGTTTATGCACAGTTTCAGACA
ACCATTTTCTGGTGTTACAATATCTCCCAAGTTCTGCCACTCCAAAGGATCAAGGGCAAT
GTCTTCAAGTGTTTCCAGTACAAAGAGCTAATATGTTTATGGAGAAAGCTTAGCTGCAAC
TGCAGATTCGGATTATAAGATGAATGGATTAACCCTAAAAAACAGAATCAGTTCTGTTAA
AGAAAGATTATTACTTGATGCTTTTGATGATGAGTATGGTGGAGTAGTAGTTGATCATGA
CAAATTACCATCAAACCCTAACGCTTTCACAGCAATGCTTAGAAACTCTCTCTCGGATTG
GAGAAGAAAGGGAAAGAAGGGAGTTTGGTTGAAGTTACCTGTGGAACAATCTGAGTTAGT
CCCAGTTGCTGTAAAGGAAGGATTTGAATATCATCATGCAGAGAAAGGATATGTGATGTT
AACTTATTGGATACCAGAGGAGGAGCCTTGTATGCTCCCTGGAAATGCTTCACATCAAGT
TGGTGTTGGAGGCTTTGTCTTGAACCAATATAAAGAGGTGCTTGTGGTGCAAGAAA*GTA
TTGTACTTCATCGAA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3AP10JQ 803 0 0
GATGATGAGTATGGTGGAGTAGTAGTTGATCATGACAAATTACCATCAAACCCTAACGCT
TTCACAGCAATGCTTAGAAACTCTCTCTCGGATTGGAGAAGAAAGGGAAAGAAGGGAGTT
TGGTTGAAGTTACCTGTGGAACAATCTGAGTTAGTCCCAGTTGCTGTAAAGGAAGGATTT
GAATATCATCATGCAGAGAAAGGATATGTGATGTTAACTTATTGGATACCAGAGGAGGAG
CCTTGTATGCTCCCTGGAAATGCTTCACATCAAGTTGGTGTTGGAGGCTTTGTCTTGAAC
CAATATAAAGAGGTGCTTGTGGTGCAAGAAAAGTATTGTACTTCATCGAATACAGGTCTA
TGGAAATTGCCAACTGGATTTATTAATGAATCAGAAGAGATCTTCTCTGGAGCCGTAAGA
GAAGTCAAGGAAGAAACTGGGGTGGATACAGATTTCTTAGAGGTTATAGCTTTCAGACAT
GCACACAACGTCGCATTTGAGAAGTCTGATCTGTTCTTCATCTGTATGTTGAAATATGTG
AAGCGAGATTAAGACATCGTTACTGTGGTCTTTCTCCTCATCGACTTGTCTCTGCTTTTG
ATGGCAGACCTTCTTCTCTCTACTACAACGTTGTTGATGATGATCCTTCCCACTCCAACT
GTACAGCTGAATTTTATTAATAACCGGATCAAACCGGACCGGAACAAAAGTCAAGTGGTA
AGATTCTGTGTATATATAATTCCATGTAATGAATGTTGTTATTTGAACACTCTTCGGTAA
AGTAAATACTAGTAATAGCGCCT

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

CO CL6703Contig1 349 2 2 U
CCAAAGTAAAATATTTTATATCATTTCAATTCTTTCTTTTTGTACAAATTTGTTTCCTCA
TCTTCGTAACCGACACTCCAACAGAAAAGAAAACTACAAACGAAAATACCCAAAATACCC
TCCTCTTCTATCTCCATCTCTTTACATAACCATAGAAGAGAACCTGACCTTCCGAATATT
AATACTTTACAAAATGACGACAAATACTACACTTAAGTAACTTAACCCAAGAAAACTGCG
TACTTCGTCACCTATTTACACTCTTAGAAGAAAAAAAAAACTCCAAATGATCGATCTCTT
GTACTTTCTCAACTTCACTCAAAGACTCGTTCCACACATCTCCATATCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C136TF C 1
AF RR3C136JQ U 6
BS 1 5 RR3C136TF
BS 6 349 RR3C136JQ

RD RR3C136TF 349 0 0
CCAAAGTAAAATATTTTATATCATTTCAATTCTTTCTTTTTGTACAAATTTGTTTCCTCA
TCTTCGTAACCGACACTCCAACAGAAAAGAAAACTACAAACGAAAATACCCAAAATACCC
TCCTCTTCTATCTCCATCTCTTTACATAACCATAGAAGAGAACCTGACCTTCCGAATATT
AATACTTTACAAAATGACGACAAATACTACACTTAAGTAACTTAACCCAAGAAAACTGCG
TACTTCGTCACCTATTTACACTCTTAGAAGAAAAAAAAAACTCCAAATGATCGATCTCTT
GTACTTTCTCAACTTCACTCAAAGACTCGTTCCACACATCTCCATATCC

QA 1 349 1 349
DS 

RD RR3C136JQ 344 0 0
GTAAAATATTTTATATCATTTCAATTCTTTCTTTTTGTACAAATTTGTTTCCTCATCTTC
GTAACCGACACTCCAACAGAAAAGAAAACTACAAACGAAAATACCCAAAATACCCTCCTC
TTCTATCTCCATCTCTTTACATAACCATAGAAGAGAACCTGACCTTCCGAATATTAATAC
TTTACAAAATGACGACAAATACTACACTTAAGTAACTTAACCCAAGAAAACTGCGTACTT
CGTCACCTATTTACACTCTTAGAAGAAAAAAAAAACTCCAAATGATCGATCTCTTGTACT
TTCTCAACTTCACTCAAAGACTCGTTCCACACATCTCCATATCC

QA 1 344 1 344
DS 



AS 1 2

CO CL6704Contig1 344 2 1 U
GGAATTTAACCGGTACGACCGGTGCTGGTGGTGGTGGTGGTGGCTCAAAAACTTCGGGGA
ACGCAGGGTGGATGACGACGAACGTAAATTTTGGGGTTAATTTGGGAGTTTTGGTTTTGT
TGGGGACTATATTTATTTTCTGAAAATCATTTTACTAGCAATAATGCAGGCCACCATATA
GTGTACTGGTTACCTTTTTTAGTAGAATCATTTACCTCTTTTCTAGCTATAGCATTGTTC
TGAGTTATTATTAGACTGTATGGGACCACCAAGCACTATTACTAGTATCATCTTACCTGT
TTTTGTAGCCGTACTTGGTAATGGAATGTTTCTGTAGATTCGCC


BQ
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AF RR3FW23JQ C 1
AF RR3FW23TF U 1
BS 1 344 RR3FW23TF

RD RR3FW23JQ 344 0 0
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DS 

RD RR3FW23TF 344 0 0
GGAATTTAACCGGTACGACCGGTGCTGGTGGTGGTGGTGGTGGCTCAAAAACTTCGGGGA
ACGCAGGGTGGATGACGACGAACGTAAATTTTGGGGTTAATTTGGGAGTTTTGGTTTTGT
TGGGGACTATATTTATTTTCTGAAAATCATTTTACTAGCAATAATGCAGGCCACCATATA
GTGTACTGGTTACCTTTTTTAGTAGAATCATTTACCTCTTTTCTAGCTATAGCATTGTTC
TGAGTTATTATTAGACTGTATGGGACCACCAAGCACTATTACTAGTATCATCTTACCTGT
TTTTGTAGCCGTACTTGGTAATGGAATGTTTCTGTAGATTCGCC

QA 1 344 1 344
DS 



AS 1 2

CO CL6705Contig1 1322 2 2 U
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TATCACCGATAAAATGAACTGTTTTGATGTTGTTCATGCTCGCTCCGTCAGCACCTTGTG
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TCCCGTCGAGAAGGATGGCTTGTGCTCCCTCGAGAAGATCCCTTTCGTCCTCGTGATTGT
CCCAACTCCTACTGGTGATGAGTCGGCTTCTGAGTTTTTCATGGGATTAGTAGGCCGAGA
TGAGGCTGCTGATTACATGGAGGCTCCATCTCCTCTTCAGTGCTCGCTAAAGATGAAGAT
GAAAAAATCTGATCCAAAATGGATAAACGTGATCGGCTCCCATACCTTATCTCTAAGCCA
TCAGTACAGAATGGTTTGTTGGGATCCTAATGGATTAAGAACAACTTACCGAAACGTGGC
TATTCTTCCACTAAACAGGGAGGGAGGAAGAGGAAGAGGAGAGTTCGTTGTGCTTCGTAG
CTGTAGCTACTGGGGAAGTTTTTTAGTGTTAACAAGTGGTAAAAGGAAGTGGGTGCCACT
TCCGGGCTTTCCAAGTTCTTCATGCACTGCTTTGGTCACGTTTAGAGGAAGGTTCTATGC
ATCTTTCTCTGACGAGCGCATTTACGTTATCCATCCTTATTCACTAGTAGCAGTACTTCT
CCTGATGCCTCCAAACTTTACTGATGGAAGCAATCATCTGATTACAGCTGGTGATGATGA
GCTTTTCCTGGTTAAGAAAAAAACACCTATTACTGGTCCGGTAACATGTAGAGTGTGTAG
GCTAGTGGGTTTAAAGTGGGTTTAGGTCGATGAACTGGGAGACCGTGTTTTGTTTGTTGG
GAAAGAAGCAAACGTCTGCTGCTCGGCTAACCAGCTTCCTGATGGTTGTGGTGTGACCGG
GGACTCGATTTTGTTCACCAAACGAGCAGGGGAAGATACTTACCTCTATAAGTATGGACC
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GAAATTCCTTGATTCTCAGGAGGCTTTTGCTTTCCGGGTTGAGTCTTGAAATCTAAGTCT
TTACTTTGGACATCTGTTGCTTTGTTATTGTCTGTCGTCTTTTCACTTCTACTTGACCTT
TCGCTTAATGAAAATTTACTCTGTCCTGGGAGTCCCCAGCCGTATCAATACTTTATTGGT
TT


BQ
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AF RR3B630TF U 1
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BS 1 709 RR3B630TF
BS 710 1322 RR3B630JQ

RD RR3B630TF 709 0 0
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TGTAAAAGAGAAGATGATGATACCAGACTGGACTAAGCTCCCTGAAGAGCTGTTTCAGAC
TATCACCGATAAAATGAACTGTTTTGATGTTGTTCATGCTCGCTCCGTCAGCACCTTGTG
GCGATCAACATTCCCGTATCCGGCTTCCCTGCTGCGCTCAAGTTACTCTCTACCCACTTA
TCCCGTCGAGAAGGATGGCTTGTGCTCCCTCGAGAAGATCCCTTTCGTCCTCGTGATTGT
CCCAACTCCTACTGGTGATGAGTCGGCTTCTGAGTTTTTCATGGGATTAGTAGGCCGAGA
TGAGGCTGCTGATTACATGGAGGCTCCATCTCCTCTTCAGTGCTCGCTAAAGATGAAGAT
GAAAAAATCTGATCCAAAATGGATAAACGTGATCGGCTCCCATACCTTATCTCTAAGCCA
TCAGTACAGAATGGTTTGTTGGGATCCTAATGGATTAAGAACAACTTACCGAAACGTGGC
TATTCTTCCACTAAACAGGGAGGGAGGAAGAGGAAGAGGAGAGTTCGTTGTGCTTCGTAG
CTGTAGCTACTGGGGAAGTTTTTTAGTGTTAACAAGTGGTAAAAGGAAGTGGGTGCCACT
TCCGGGCTTTCCAAGTTCTTCATGCACTGCTTTGGTCACGTTTAGAGGA

QA 1 709 1 709
DS 

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AAAAAATCTGATCCAAAATGGATAAACGTGATCGGCTCCCATAC*TTATCTCTAAGCCAT
CAGTACAGAATGGTTTGTTGGGATCCTAATGGATTAAGAACAACTTACCGAAACGTGGCT
ATTCTTCCACTAAACAGGGAGGGAGGAAGAGGAAGAGGAGAGTTCGTTGTGCTTCGTAGC
TGTAGCTACTGGGGAAGTTTTTTAGTGTTAACAAGTGGTAAAAGGAAGTGGGTGCCACTT
CCGGGCTTTCCAAGTTCTTCATGCACTGCTTTGGTCACGTTTAGAGGAAGGTTCTATGCA
TCTTTCTCTGACGAGCGCATTTACGTTATCCATCCTTATTCACTAGTAGCAGTACTTCTC
CTGATGCCTCCAAACTTTACTGATGGAAGCAATCATCTGATTACAGCTGGTGATGATGAG
CTTTTCCTGGTTAAGAAAAAAACACCTATTACTGGTCCGGTAACATGTAGAGTGTGTAGG
CTAGTGGGTTTAAAGTGGGTTTAGGTCGATGAACTGGGAGACCGTGTTTTGTTTGTTGGG
AAAGAAGCAAACGTCTGCTGCTCGGCTAACCAGCTTCCTGATGGTTGTGGTGTGACCGGG
GACTCGATTTTGTTCACCAAACGAGCAGGGGAAGATACTTACCTCTATAAGTATGGACCA
CCCGAAGTTCCAAACGAAAACGTGGTGGGTGAATGGAGAAGCTCAAGAGAGAGCCGTGTG
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TACTTTGGACATCTGTTGCTTTGTTATTGTCTGTCGTCTTTTCACTTCTACTTGACCTTT
CGCTTAATGAAAATTTACTCTGTCCTGGGAGTCCCCAGCCGTATCAATACTTTATTGGTT
T

QA 1 961 1 961
DS 



AS 1 2

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GGACCCCCATCTTTCCCAAATGGAGATCTGCACTTACTTCAAATCCCAACCCACATGGCT
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CTCCCTCTACATCTACTTCCTCCGCCCCGGCAAAAACCTCCGCCGCCGCTACGGCTCCTG
GGCCATCATCACCGGCCCCACCGACGGCATCGGCAAAGCCTTCGCCTTTCAGCTCGCCCA
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CACCATCAAATCCAAGCACCCCAACACCCAGATCAAGACCGTCCTCATGGACTTCTCCGG
AGACATCGACGGAGGCGTGGAGAGGATCAAGGAGGCCATCGAGGGTCTTGAGGTCGGGAT
CTTGATCAACAACGCTGGGGTCTCGTATCCGTACGCTAAGTATTTTCACGAGGTTGATGA
GGAGCTGCTTGGGAGTTTGATTAAGATTAATGTTGAAGGGACGACGAAGGTTACCAAGGC
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TGCTGCTCTTATCCCTTCTTATCCTTTCTACTCTGTTTATGCCGGCGCTAAAACGTATGT
GGATCAGTTCTCAAAGTGTCTCCATGTTGAGTACAAGAAGAGTGGGATTGATGTTCAATG
CCAGGTACCCTTGTACGTTGCGACAAAGATGACTAAGATTAGGAGAGCGTCTTTCTTAGT
TGCATCTCCAGAGGGTTACGCAAAGGCAGCACTGCGTTTTGTAGGCTACGAACCACGTTG
CACACCTTACTGGCCTCACGCACTCATGGGTTATATTGTCTCTGCATTGCCCGAAAGCGT
CTTTGAATCCTTCAACATTAAGAGGTGCCTCCAGATCCGGAAGAAGGGCATGCTTAAGGA
CTCCTCCAGTAAAAAAGAATGAAGCGTTTTTTGAGGGCTGCAAGATCTTCTTCTGCAGTT
GGTTTCTCCAAAGTTTATGGTCTAGATCTTTGTCAGACTTGTATGCTTTAGTTTCGATGT
TCCTTATTTTTAAATTAAAAACCCTAACGTGCACGTATCCTGCCTGTTTTTTTTCTTTTA
TTTAAATAAAATTGAATGTTGGAAAAAATGAATTGGAGAGCATTTGAATGTG


BQ
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AF RR3FW08TF U 1
AF RR3FW08JQ C 429
BS 1 762 RR3FW08TF
BS 763 763 RR3FW08JQ
BS 764 776 RR3FW08TF
BS 777 1192 RR3FW08JQ

RD RR3FW08TF 776 0 0
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CTCCCTCTACATCTACTTCCTCCGCCCCGGCAAAAACCTCCGCCGCCGCTACGGCTCCTG
GGCCATCATCACCGGCCCCACCGACGGCATCGGCAAAGCCTTCGCCTTTCAGCTCGCCCA
CAAAGGCCTCAACCTCGTCCTCGTCGCCCGCAATCCCGACAAGCTCAAACACGTCTCCGA
CACCATCAAATCCAAGCACCCCAACACCCAGATCAAGACCGTCCTCATGGACTTCTCCGG
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CTTGATCAACAACGCTGGGGTCTCGTATCCGTACGCTAAGTATTTTCACGAGGTTGATGA
GGAGCTGCTTGGGAGTTTGATTAAGATTAATGTTGAAGGGACGACGAAGGTTACCAAGGC
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TGCTGCTCTTATCCCTTCTTATCCTTTCTACTCTGTTTATGCCGGCGCTAAAACGTATGT
GGATCAGTTCTCAAAGTGTCTCCATGTTGAGTACAAGAAGAGTGGGATTGATGTTCAATG
CCAGGTACCCTTGTACGTTGCGACAAAGATGACTAAGATTAG*AGAGCGTCTTTCT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3FW08JQ 764 0 0
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TTGGGAGTTTGATTAAGATTAATGTTGAAGGGACGACGAAGGTTACCAAGGCTGTGTTGG
GGAATATGTTGAAGAGGAAGCGTGGGGCGATTGTTAATATGGGGTCTGGTGCTGCTGCTC
TTATCCCTTCTTATCCTTTCTACTCTGTTTATGCCGGCGCTAAAACGTATGTGGATCAGT
TCTCAAAGTGTCTCCATGTTGAGTACAAGAAGAGTGGGATTGATGTTCAATGCCAGGTAC
CCTTGTACGTTGCGACAAAGATGACTAAGATTAGGAGAGCGTCTTTCTTAGTTGCATCTC
CAGAGGGTTACGCAAAGGCAGCACTGCGTTTTGTAGGCTACGAACCACGTTGCACACCTT
ACTGGCCTCACGCACTCATGGGTTATATTGTCTCTGCATTGCCCGAAAGCGTCTTTGAAT
CCTTCAACATTAAGAGGTGCCTCCAGATCCGGAAGAAGGGCATGCTTAAGGACTCCTCCA
GTAAAAAAGAATGAAGCGTTTTTTGAGGGCTGCAAGATCTTCTTCTGCAGTTGGTTTCTC
CAAAGTTTATGGTCTAGATCTTTGTCAGACTTGTATGCTTTAGTTTCGATGTTCCTTATT
TTTAAATTAAAAACCCTAACGTGCACGTATCCTGCCTGTTTTTTTTCTTTTATTTAAATA
AAATTGAATGTTGGAAAAAATGAATTGGAGAGCATTTGAATGTG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL6707Contig1 936 2 2 U
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TATGGCCGCTTCTGAAGTTGCTTGGTTACAAAACTTACTAAAGATCATGGGATTACAACA
AAAAGTCACTCCCTTACTGCTCTGTGACAACTTGTCTGCGGTATATCTTACTGCCAATCC
TCGATTCCACAAAAGAACTAAACACTTCGAGGTTGATTATCACTACGTCCGTGAAAGAGT
TGCAATGAAGTTGCTTGAGGTGAAACACATTCCGGCTGCTCTTCGGAATGCTGATGTGTT
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TTGAATAACAATAAAAAGTTAAAAGTTATCTTCTCC


BQ
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AF RR3CE11TF U 1
AF RR3CE11JQ C 398
BS 1 741 RR3CE11TF
BS 742 936 RR3CE11JQ

RD RR3CE11TF 741 0 0
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TATGGCCGCTTCTGAAGTTGCTTGGTTACAAAACTTACTAAAGATCATGGGATTACAACA
AAAAGTCACTCCCTTACTGCTCTGTGACAACTTGTCTGCGGTATATCTTACTGCCAATCC
TCGATTCCACAAAAGAACTAAACACTTCGAGGTTGATTATCACTACGTCCGTGAAAGAGT
TGCAATGAAGTTGCTTGAGGTGAAACACATTCCGGCTGCTCTTCGGAATGCTGATGTGTT
CACTAAGCCCCTGTCTCACGAAGCCTTTTCTCGCTTGCGCAACAAACTAAGTGTGTCTTC
ACCGATCACACTAAGTTTGAGGGGGAGTAATAACAAGTTGGGCCTGTCTACTGAAGCCCA
GACGAATCAAGAAGATGTGAGGCCCATCAACTTGCAAACTTCAACGGTAACAATCAACTC
TCGACAAAGACAGAAGTGTAC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3CE11JQ 539 0 0
GCGGTATATCTTACTGCCAATCCTCGATTCCACAAAAGAACTAAACACTTCGAGGTTGAT
TATCACTACGTCCGTGAAAGAGTTGCAATGAAGTTGCTTGAGGTGAAACACATTCCGGCT
GCTCTTCGGAATGCTGATGTGTTCACTAAGCCCCTGTCTCACGAAGCCTTTTCTCGCTTG
CGCAACAAACTAAGTGTGTCTTCACCGATCACACTAAGTTTGAGGGGGAGTAATAACAAG
TTGGGCCTGTCTACTGAAGCCCAGACGAATCAAGAAGATGTGAGGCCCATCAACTTGCAA
ACTTCAACGGTAACAATCAACTCTCGACAAAGACAGAAGTGTACGATGGTTCCAGCTCAT
ACAATTAGTACGGCGAACAGATATGGCTGTCTAGCCTCTTGTGCTGTCGCTGTTAACTAG
AGGAGAGGATAAGAAGTTACTACACCATAGTTAAGCTTAACCATTATATAAAAGGAAATC
GTTGATGTAGTAAGAGAGTGGAGTTGAATAACAATAAAAAGTTAAAAGTTATCTTCTCC

QA 1 539 1 539
DS 



AS 1 2

CO CL6708Contig1 352 2 1 U
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GATCTTACTCCTCCACCTCCTGCACTTCCATACAAGACATGCAACCTGAAGGTTTCCATT
CACTGCGAAGGCTGTAAAAGAAAAGTGAAAAAATCCTTACCAGCATTGAAGGCGTTTATA
GAGTGGACATTGATGTGAAGCAGAACAATGTAACGGTGATGGAATTGTCTCACCAGAGAT
TCTGTTAAAGAAGCTCCACAAGTCAGGCAAAAACGCCGATCTACTGCCGGTGATACCCGA
CCCGGTAGAGAACAAACCCGTCGACCCTAAAGAGAACAAACCAGTCGACCAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E638JQ C 1
AF RR3E638TF U 1
BS 1 352 RR3E638TF

RD RR3E638JQ 352 0 0
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GATTTTACTCCTCCACCTCCTGCACTTCCATACAAGACATGCAACCTGAAGGTTTCCATT
CACTGCGAAGGCTGTAAAAGAAAAGTGAAAAAATCCTTACCAGCATTGAAGGCGTTTATA
GAGTGGACATTGATGTGAAGCAGAACAATGTAACGGTGATGGAATTGTCTCACCAGAGAT
TTTGTTAAAGAAGCTCCACAAGTCAGGCAAAAACGCCGATCTACTGCCGGTGATACCCGA
CCCGGTAGAGAACAAACCCGTCGACCCTAAAGAGAACAAACCAGTCGACCAG

QA 1 352 1 352
DS 

RD RR3E638TF 352 0 0
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GATCTTACTCCTCCACCTCCTGCACTTCCATACAAGACATGCAACCTGAAGGTTTCCATT
CACTGCGAAGGCTGTAAAAGAAAAGTGAAAAAATCCTTACCAGCATTGAAGGCGTTTATA
GAGTGGACATTGATGTGAAGCAGAACAATGTAACGGTGATGGAATTGTCTCACCAGAGAT
TCTGTTAAAGAAGCTCCACAAGTCAGGCAAAAACGCCGATCTACTGCCGGTGATACCCGA
CCCGGTAGAGAACAAACCCGTCGACCCTAAAGAGAACAAACCAGTCGACCAG

QA 1 352 1 352
DS 



AS 1 2

CO CL6709Contig1 1094 2 2 U
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CATTAAAGCTCATGGCGAAGGCTGCTGGAGATCTCTCCCCAAAGCCGCCGGCCTTCTTCG
GTGTGGCAAAAGCTGCCGTCTCCGGTGGATCAACTATCTCCGGCCTGACCTTAAGCGTGG
AAACTTCACCGAGGAAGAGGACGAGCTCATAATCAAGCTCCATAGCCTTCTTGGAAACAA
GTGAGTACTTATAGTCTATGGCTAGTGACTTAAAAAAAAAAAATTCATGCAAACAAAAAG
AATTATGCTAAACTTGTAGCTATATTATTTTTGTTGATATATAGATGGTCGCTTATTGCC
GGGAGATTACCGGGAAGAACAGATAACGAGATAAAGAATTATTGGAACACACATATACGA
AGAAAGCTTATAAACAGAGGGATCGATCCAACGACTCATAGACCAGTTCAAGAATCATCA
TCAGCTTCTCATGATTCTAAACCTACACAGCTAGAAGCAATAACGAATAACACCATTCAC
ATATCCTTCACTTCTACTCCAAAGATGGAAAGCACAAGTTTCCAAGTAAAGCCAGAGAAA
ATTGCAATGCTTACGTTCAAAGAGGAAAAAGACGAGTCCCCGATTGAAGCAAAGTTGCCA
GATTTGAATCTTGAGCTCAGAGTCAGTCTTCCTGATGTTGTTGATCATCGTCATCAAGTC
TTGGTCGTGGGAGAGGGAAAGTCAACAAGGGCGAGGTGTTTCAGGTGCAGTTTAGGGATG
ATAAACGGCATGGAGTGCAGGTGCGGAAGCATGAGGTGCGATGTAGTTGGAGGTAGCAGC
GGCAGTGGCAAGGGGAGTGACATCAGCAACGGATTCGATTTTTTAGGGTTGGCAACGAGA
GAGACTACTACTTCTCTTTTAGGTTTTCGAAGTTTGGAGATGATATAATATTTTGTCAAG
TTATGCTAAGTGCGTAACTGTACCCACTTTTCTTTTTTTTTGCCTAGAGAATTAATTTGA
AGGTAACCCTATTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BQ35TF U 1
AF RR3BQ35JQ C 337
BS 1 684 RR3BQ35TF
BS 685 1094 RR3BQ35JQ

RD RR3BQ35TF 684 0 0
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GAAAGCTCACACAAACAAAGGAGCATGGACGAAAGAAGAGGACGAGAGGCTCACAGCTTA
CATTAAAGCTCATGGCGAAGGCTGCTGGAGATCTCTCCCCAAAGCCGCCGGCCTTCTTCG
GTGTGGCAAAAGCTGCCGTCTCCGGTGGATCAACTATCTCCGGCCTGACCTTAAGCGTGG
AAACTTCACCGAGGAAGAGGACGAGCTCATAATCAAGCTCCATAGCCTTCTTGGAAACAA
GTGAGTACTTATAGTCTATGGCTAGTGACTTAAAAAAAAAAAATTCATGCAAACAAAAAG
AATTATGCTAAACTTGTAGCTATATTATTTTTGTTGATATATAGATGGTCGCTTATTGCC
GGGAGATTACCGGGAAGAACAGATAACGAGATAAAGAATTATTGGAACACACATATACGA
AGAAAGCTTATAAACAGAGGGATCGATCCAACGACTCATAGACCAGTTCAAGAATCATCA
TCAGCTTCTCATGATTCTAAACCTACACAGCTAGAAGCAATAACGAATAACACCATTCAC
ATATCCTTCACTTCTACTCCAAAGATGGAAAGCACAAGTTTCCAAGTAAAGCCAGAGAAA
ATTGCAATGCTTACGTTCAAAGAG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3BQ35JQ 758 0 0
AAAAAAATTCATGCAAACAAAAAGAATTATGCTAAACTTGTAGCTATATTATTTTTGTTG
ATATATAGATGGTCGCTTATTGCCGGGAGATTACCGGGAAGAACAGATAACGAGATAAAG
AATTATTGGAACACACATATACGAAGAAAGCTTATAAACAGAGGGATCGATCCAACGACT
CATAGACCAGTTCAAGAATCATCATCAGCTTCTCATGATTCTAAACCTACACAGCTAGAA
GCAATAACGAATAACACCATTCACATATCCTTCACTTTTACTCCAAAGATGGAAAGCACA
AGTTTCCAAGTAAAGCCAGAGAAAATTGCAATGCTTACGTTCAAAGAGGAAAAAGACGAG
TCCCCGATTGAAGCAAAGTTGCCAGATTTGAATCTTGAGCTCAGAGTCAGTCTTCCTGAT
GTTGTTGATCATCGTCATCAAGTCTTGGTCGTGGGAGAGGGAAAGTCAACAAGGGCGAGG
TGTTTCAGGTGCAGTTTAGGGATGATAAACGGCATGGAGTGCAGGTGCGGAAGCATGAGG
TGCGATGTAGTTGGAGGTAGCAGCGGCAGTGGCAAGGGGAGTGACATCAGCAACGGATTC
GATTTTTTAGGGTTGGCAACGAGAGAGACTACTACTTCTCTTTTAGGTTTTCGAAGTTTG
GAGATGATATAATATTTTGTCAAGTTATGCTAAGTGCGTAACTGTACCCACTTTTCTTTT
TTTTTGCCTAGAGAATTAATTTGAAGGTAACCCTATTA

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL6710Contig1 350 2 1 U
GCCCACACAGGTGGCATTGAACTGGTTGGTGGCACAAGGTAACGCGATACCGATCCCAGG
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CGATGAAGTGGCTGAGCTACGGTCTCTGGCCTCTGAGATTAACCCCGTCGTTGGTTTCCC
TGTTGAGTATCTCTGATCTCTTAAAGACTTGCTTGTAGCATTTGTAATAGCTCAGAAGCT
GTACAAATATATATATATTAAAAAGTGGCATATAGATGACGCTAAGTGTTGTAATACATG
TATACAAATAAAATATCTTTGCTTCTTGGAGCATTTCAAAATAGCCAAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GP02JQ C 1
AF RR3GP02TF U 1
BS 1 350 RR3GP02TF

RD RR3GP02JQ 350 0 0
GCCCACACAGGTGGCATTGAACTGGTTGGTGGCACAAGGTAACGCGATACCGATCCCAGG
AGCGAAGAATGCGGAACAAGCCAAGGAGTTTGCAGGAGCGATAGGTTGGAGTCTGACAGA
CGATGAAGTGGCTGAGCTACGGTCTCTGGCCTCTGAGATTAACCCCGTCGTTGGTTTCCC
TGTTGAGTATCTCTGATCTCTTAAAGACTTGCTTGTAGCATTTGTAATAGCTCAGAAGCT
GTACAAATATATATATATTAAAAAGTGGCATATAGATGACGCTAAGTGTTGTAATACATG
TATACAAATAAAATATCTTTGCTTCTTGGAGCATTTCAAAATAGCCAAGC

QA 1 350 1 350
DS 

RD RR3GP02TF 350 0 0
GCCCACACAGGTGGCATTGAACTGGTTGGTGGCACAAGGTAACGCGATACCGATCCCAGG
AGCGAAGAATGCGGAACAAGCCAAGGAGTTTGCAGGAGCGATAGGTTGGAGTCTGACAGA
CGATGAAGTGGCTGAGCTACGGTCTCTGGCCTCTGAGATTAACCCCGTCGTTGGTTTCCC
TGTTGAGTATCTCTGATCTCTTAAAGACTTGCTTGTAGCATTTGTAATAGCTCAGAAGCT
GTACAAATATATATATATTAAAAAGTGGCATATAGATGACGCTAAGTGTTGTAATACATG
TATACAAATAAAATATCTTTGCTTCTTGGAGCATTTCAAAATAGCCAAGC

QA 1 350 1 350
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6712Contig1 373 2 2 U
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TTGCATATCCATTGATGCCAAGATCAGACCGAGCATGAACGATATAGTCAAGACACTTGA
AGAACTTCATCATGTTCAAAAGGAAACCACACCAAAAGAGTAGGAGCAGAATCTTCAACC
CAGCAGTGATAACAATAACAACAACAAGAAGTCTCCGCAAGCTGTGAACTATCCTAGGCC
TTCAATCATGTAACAAAGGGATTTAGAGATGTATATACTCTTTGACCTTCTCTCTCTGCT
TAGGTGTTATGCTGTTTTATAGAAAAACAAAGGGTCTTTTAATTTTTGCCCACTTTCCTG
AGCAAATGTAAGG


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GR29JQ C 1
AF RR3GR29TF U 1
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BS 6 373 RR3GR29TF

RD RR3GR29JQ 373 0 0
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TTGCATATCCATTGATGCCAAGATCAGACCGAGCATGAACGATATAGTCAAGACACTTGA
AGAACTTCATCATGTTCAAAAGGAAACCACACCAAAAGAGTAGGAGCAGAATTTTCAACC
CAGCAGTGATAACAATAACAACAACAAGAAGTTTCCGCAAGCTGTGAACTATCCTAGGCC
TTCAATCATGTAACAAAGGGATTTAGAGATGTATATACTCTTTGACCTTCTCTTTCTGCT
TAGGTGTTATGCTGTTTTATAGAAAAACAAAGGGTCTTTTAATTTTTGCCCACTTTCCTG
AGCAAATGTAAGG

QA 1 373 1 373
DS 

RD RR3GR29TF 373 0 0
GCGTC
TCCAAGGTCAATACTCGCTAACCCGAGCTTTGAAAATCGCACTTCTTGCACTCGATTGCA
TATCCATTGATGCCAAGATCAGACCGAGCATGAACGATATAGTCAAGACACTTGAAGAAC
TTCATCATGTTCAAAAGGAAACCACACCAAAAGAGTAGGAGCAGAATCTTCAACCCAGCA
GTGATAACAATAACAACAACAAGAAGTCTCCGCAAGCTGTGAACTATCCTAGGCCTTCAA
TCATGTAACAAAGGGATTTAGAGATGTATATACTCTTTGACCTTCTCTCTCTGCTTAGGT
GTTATGCTGTTTTATAGAAAAACAAAGGGTCTTTTAATTTTTGCCCACTTTCCTGAGCAA
ATGTAAGG

QA 6 373 6 373
DS 



AS 1 2

CO CL6713Contig1 1141 2 10 U
GGACACAACTCTCTTCTGCCTTTCCTCTATCTTCTCCTCCCGTACTCACTCGCCTTCCTT
TTGCTCATACTTCCCTCACCTGCCTCCGATTCGTCTTGCTTTTAGGGTCTGGTGCTCGCT
CTTGGGTTCCGACGACGATTCTTCTCTCTCTGGTCTCTAACGGCGTGGGGGAGGTTGTAG
TCGGCGTTTAGGTTGAATTTTTTTATTTTTTACTCAGATTGCTCCTGGTTCTGAGTCTTC
TCCGTCGGCCTTGGTTTGGTTCAGCGGGTCGTCTGGCAGTGCCGGTGAGTGCTTTGGTCT
CTCTGTAAGGTCGGCGCTCCTGAGTTCCTTTAATCGGAGGCGATTATGGGTCGTTGTACT
ACGCAGGCGTGATGGTGCCTCGATCTGTTCTATGGATATTAAAGAACAGTGCTGAATCTG
AAAATATGAACTGGATCCTTGCCAATTCAAAGCCTTGTCCGAGATGCAAGCGACCAATTG
AAAAAAATCAGGGCTGTATGCATATGACATGCACACCGCCTTGTAAATATGAATTCTGTT
GGCTTTGTCTTGGTGCATGGATGGATCATGGGGAAAGAACTGGTGGGTTTTATGCTTGTA
ACCGGTACGAGGTGGTCAAGCAAGAAGGGCAGTATGATGAGGCTGAAAGGAGGAGAGAGA
TGGCAAAAAATTCACTAGAGAGATACACACATTATTATGAACGCTGGGCAAGCAATCAAA
CGTCGAGGCAAAAGGCTATGGCGGATCTGCAGCAACTGCAGACGCATAATCTTGAGAAGC
TTAGTGATAAACAGTGCACACCAGAATCTCAGCTCAAATTCATCTTAGAAGCTTGGCTTC
AGGTTAGCAGATAAAGGGGTTTAGATAACCAAGTGAAAGCTCCTGCTGTTGAATTTAAGC
GAATGTTTTGAAAAATAACAATGAAACGTGAATATGTGAGTACGTTAAAAACGTGACACG
TAAAGACTTTCTTTCAAAATTGTTAGAAGCCCCCTTAAAAAGCATAATAAGCATTTTCGA
AATTTTGCATGTAAATCATGAATCCTTGTAGCTTTTGGACATGTCTTCTTGCCTACAATT
GTAGCTTTTGATATCTGTATAACTAGTGTTTGGTTTGTATAACAGAAGTCCCAACTTTAG
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3CI35TF U 1
AF RR3CI35JQ C 341
BS 1 628 RR3CI35TF
BS 629 629 RR3CI35JQ
BS 630 649 RR3CI35TF
BS 650 650 RR3CI35JQ
BS 651 669 RR3CI35TF
BS 670 670 RR3CI35JQ
BS 671 700 RR3CI35TF
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BS 716 1141 RR3CI35JQ

RD RR3CI35TF 715 0 0
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TTGCTCATACTTCCCTCACCTGCCTCCGATTCGTCTTGCTTTTAGGGTCTGGTGCTCGCT
CTTGGGTTCCGACGACGATTCTTCTCTCTCTGGTCTCTAACGGCGTGGGGGAGGTTGTAG
TCGGCGTTTAGGTTGAATTTTTTTATTTTTTACTCAGATTGCTCCTGGTTCTGAGTCTTC
TCCGTCGGCCTTGGTTTGGTTCAGCGGGTCGTCTGGCAGTGCCGGTGAGTGCTTTGGTCT
CTCTGTAAGGTCGGCGCTCCTGAGTTCCTTTAATCGGAGGCGATTATGGGTCGTTGTACT
ACGCAGGCGTGATGGTGCCTCGATCTGTTCTATGGATATTAAAGAACAGTGCTGAATCTG
AAAATATGAACTGGATCCTTGCCAATTCAAAGCCTTGTCCGAGATGCAAGCGACCAATTG
AAAAAAATCAGGGCTGTATGCATATGACATGCACACCGCCTTGTAAATATGAATTCTGTT
GGCTTTGTCTTGGTGCATGGATGGATCATGGGGAAAGAACTGGTGGGTTTTATGCTTGTA
ACCGGTACGAGGTGGTCAAGCAAGAAGG*CAGTATGATGAGGCTGAAAG*AGGAGAGAGA
TGGCAAAAA*TTCACTAGAGAGATACACACATTATTATGA*CGCTGGGCAAGCAA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3CI35JQ 801 0 0
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AAAGAACAGTGCTGAATCTGAAAATATGAACTGGATCCTTGCCAATTCAAAGCCTTGTCC
GAGATGCAAGCGACCAATTGAAAAAAATCAGGGCTGTATGCATATGACATGCACACCGCC
TTGTAAATATGAATTCTGTTGGCTTTGTCTTGGTGCATGGATGGATCATGGGGAAAGAAC
TGGTGGGTTTTATGCTTGTAACCGGTACGAGGTGGTCAAGCAAGAAGGGCAGTATGATGA
GGCTGAAAGGAGGAGAGAGATGGCAAAAAATTCACTAGAGAGATACACACATTATTATGA
ACGCTGGGCAAGCAATCAAACGTCGAGGCAAAAGGCTATGGCGGATCTGCAGCAACTGCA
GACGCATAATCTTGAGAAGCTTAGTGATAAACAGTGCACACCAGAATCTCAGCTCAAATT
CATCTTAGAAGCTTGGCTTCAGGTTAGCAGATAAAGGGGTTTAGATAACCAAGTGAAAGC
TCCTGCTGTTGAATTTAAGCGAATGTTTTGAAAAATAACAATGAAACGTGAATATGTGAG
TACGTTAAAAACGTGACACGTAAAGACTTTCTTTCAAAATTGTTAGAAGCCCCCTTAAAA
AGCATAATAAGCATTTTCGAAATTTTGCATGTAAATCATGAATCCTTGTAGCTTTTGGAC
ATGTCTTCTTGCCTACAATTGTAGCTTTTGATATCTGTATAACTAGTGTTTGGTTTGTAT
AACAGAAGTCCCAACTTTAGT

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 2

CO CL6714Contig1 451 2 2 U
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GTTCGCTCCTTTCTCTTTCATTCTCACCGCAACCGAAGACGAGTGATGAATGGATGGATG
ATGATTGTTTCATTCCCTTCCCCCATTCTCTCCAATATTTGCATATATAAACTTTAAGGT
ACAAGACGGACCAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCAAAAATAATTTTCCCCCTTCTCTCCA
TACATTCAGGGTGGAATTAAATAATTTTATTCATTTGCCTGTGTGGAGATGAGATTCTTT
TACACAAAATAGAGGGGGAGGAGGGGATAATGGGATTTGTCTGAGGCAAAACCTATATGT
TGTTGTGTTTGTTTGCTATTAAATAAGTTGGAGGATTTGTCTCCCCTTTACTATATACAG
TTCATCTACTGAAAATTGTTTGTCAATAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D712TF U 1
AF RR3D712JQ C 10
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BS 385 451 RR3D712JQ

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ATGATTGTTTCATTCCCTTCCCCCATTCTCTCCAATATTTGCATATATAAACTTTAAGGT
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TACATTCAGGGTGGAATTAAATAATTTTATTCATTTGCCTGTGTGGAGATGAGATTCTTT
TACACAAAATAGAGGGGGAGGAGGGGATAATGGGATTTGTCTGAGGCAAAACCTATATGT
TGTTGTGTTTGTTTGCTATTAAAT

QA 1 384 1 384
DS 

RD RR3D712JQ 442 0 0
TT
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TTTCTTTCATTCTCACCGCAACCGAAGACGAGTGATGAATGGATGGATGATGATTGTTTC
ATTCCCTTCCCCCATTCTCTCCAATATTTGCATATATAAACTTTAAGGTACAAGACGGAC
CAAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTCGAAGATAATTTTCCCCCTTCTCTCCATACATTCAGGG
TGGAATTAAATAATTTTATTCATTTGCCTGTGTGGAGATGAGATTCTTTTACACAAAATA
GAGGGGGAGGAGGGGATAATGGGATTTGTCTGAGGCAAAACCTATATGTTGTTGTGTTTG
TTTGCTATTAAATAAGTTGGAGGATTTGTCTCCCCTTTACTATATACAGTTCATCTACTG
AAAATTGTTTGTCAATAACC

QA 3 442 3 442
DS 



AS 1 2

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CAGTGGAGATCGGAGAAACCATGGAACCACTATTACGGTTTACACTGCGCTCTCATTTGG
ATGAAACAGTTCCAAGTCTCGACCTTGAACTACCTCGAGATCTCTGCCTCCATCTCCTGG
AGGAGGAGGAAGATACAGATTCAACAGAAAAACCTGCGAGGTACAAGATTCTAGCAAGGG
CTTTGTCTGAGTGTCTTACTTCCGAGGAGAAGAGTTTATCCGTTGACAAAGGTTCAAACT
TTGAAAAGTATAGCAACTTGTTTCATGGTTTGGGACATGACTTGATGTTGAAGAAGGTAA
ACTTTGAGCTTCATGTCCAGGAGCCTTATTTCACACAGTTGAAAGATGGTCTCAAAACTA
CTGAAGGAAGGTGTGCAGTAGGAGACTACATGAGGATTAGTTCAGGAGCTTTTATTTTGT
TCAATAAATGCTTGCTGCTTGAAGTTCAGCAGGACGTTTGCTATTATACTTCATTCTCAG
AAATGCTGAGAGGTGAAGGTCTTGCAAAAGTTCTTCCTGGAGTTGAGACTATAGAAGAAG
GTGTCGGAGTTTACCGAAACTTTTACCCTGAAGAGAAGGAAAAAATGAACGGTGTTGTCG
CAATTCGTGTTGTAAAACCAGTTGATCAGCCGTATGCAGCTCTGGCAGTAGTATTGTCTG
AACTCAAGTTCACTGGGATCAAAGGTTTGTTGGATGACTATACAGGACGAGTTACATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BO90TF U 1
AF RR3BO90JQ C 368
BS 1 638 RR3BO90TF
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BS 764 779 RR3BO90JQ

RD RR3BO90TF 763 0 0
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AAATGCTGAGAGGTGAAGGTCTTGCAAAAGTTCTTCCTGGAGTTGAGACTATAGAAGAAG
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A*CTCA*GTTCACTGGGATCAAAGGTT*GTTGGATGACTATAC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3BO90JQ 412 0 0
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GAGAGGTGAAGGTCTTGCAAAAGTTCTTCCTGGAGTTGAGACTATAGAAGAAGGTGTCGG
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GTTCACTGGGTTCAAAGGTTTGTTGGATGACTATACAGGACGAGTTACATGT

QA 1 412 1 412
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATCTCATCTCAAGGAACTGCAACCATTTTTGCAATGAAGTTTGTGTTAAACTTACTCAGA
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TACCACCGCGCTTCAACGAGACAAAAGTGAGGCGGGTAGTTAATAAAGGAGAGCTTTCAG
AAGAAGAGAGGAAGAAAAGGAGAAACCGATCTAGATCAGGTCCTTTGCTCTCTACTTCTT
CGTCTTCTTCCACACCTGATAGTCATCGTTCGCATATGCGAGCAAAATCAATTGGTAACC
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GTGCACCACCACCTACTGCACCTAGAGCTCCAGACCAGAAGTCGCCGAGCGTAGGCGTCA
AGACTTGATTCTTATCATCATTATTTGAACAATTTAATTATTGTCTATGAAAAAAGGACA
AAAGAACAGAGGAAAATGCCAAGCAAAGTATCAATCATACATGGGCATGCTCGTGCTTTG
TTCTCAAGTCATTATGGACCTTTTGGGTGTAGATCACTGTTCTTGGTACAATTTACTTAT
AGAGGAGTGATGTTATGAGAATTGTACAAAGAGAAAATGAATTATATATTTGTATGTTTT
TATCTCTCATTTCAATACTAAAGTTCCTAAGCACTTTGTCTTTGTGTTAGTGGTTTTGTA
TTCCCCAGTGGATGAATGGAATGTTAAAATTGTCTGACG


BQ
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AF RR3C310TF U 1
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GGAAGGAGAAAACCGGTTTGCTTCCGGTTTACCTGAATGTCTACGATCTAACTCCTATGA
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TTGAATATGCATTTGGAGCACATGAGTCTCCAAGCACAGGCATCTTTGAAGTGGAGCCAA
AGAAGTGTCCCGGTTTCACGTTTAGGAAATCGATTCTTGTTGGGAAAACAGACATGGCTG
CGAAAGAAGTCAGAGTCTTTATGGAGAAACTAGCTGAAGAGTATCGAGGAAACAAGTACA
ATCTCATCTCAAGGAACTGCAACCATTTTTGCAATGAAGTTTGTGTTAAACTTACTCAGA
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TACCACCGCGCTTCAACGAG

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DS 

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CGGGTTCTAAGAAAAGTAAAAACCAATGTGCACCACCACCTACTGCACCTAGAGCTCCAG
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ATCATACATGGGCATGCTCGTGCTTTGTTCTCAAGTCATTATGGACCTTTTGGGTGTAGA
TCACTGTTCTTGGTACAATTTACTTATAGAGGAGTGATGTTATGAGAATTGTACAAAGAG
AAAATGAATTATATATTTGTATGTTTTTATCTCTCATTTCAATACTAAAGTTCCTAAGCA
CTTTGTCTTTGTGTTAGTGGTTTTGTATTCCCCAGTGGATGAATGGAATGTTAAAATTGT
CTGACG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

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CCACCAATATGCATCGCCACCACCTCCAATGTTTCAGGGCTACTAATTTTAGAGAGATAA
TACAAGTTGATGTTATGAATCATGTCGTGAGAAGAAAAAAGAAAACCGGGAAAAAATCGA
GGAAGACAGAAGAAGAACAAAGAAGGAGGGCAGTGTATCGTAGTGGATATTAACTCCTTA
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BQ
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AF RR3D753TF U 1
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TACAAGTTGATGTTATGAATCATGTCGTGAGAAGAAAAAAGAAAACCGGGAAAAAA

QA 1 356 1 356
DS 

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ACACCCAGTGGTTTCTCCTCCGTCTCCTGTTAACTCTCCACCACTGATATATTCTCCACC
ACCAGCACCGGTTCAATCTTTACCAGAAACACCTGCCAACTCTCCTCTCCCACAAGCACC
AACACGGACAGTAGAAGCATCACCTCCAAGTGAAGAATTCATCATGCCAACAATCATTGG
CCACCAATATGCATCGCCACCACCTCCAATGTTTCAGGGCTACTAATTTTAGAGAGATAA
TACAAGTTGATGTTATGAATCATGTCGTGAGAAGAAAAAAGAAAACCGGGAAAAAATCGA
GGAAGACAGAAGAAGAACAAAGAAGGAGGGCAGTGTATCGTAGTGGATATTAACTCCTTA
CAAAGAATTTTATAATGTTTGTGTAGTAATAACAGTTAACATCTTTTTTGGTTCGTGAAA
GATTTTTACACTTTCAAAAGAAAGAAGGTTTTTATGCTTCTTCTCTCGTGTTGTTTAAGG
CCCTTTTACGATGATGGTATCTTTGAATCT

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 2

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CTCCTTCTTTAAACTTCAAATGCGAACTCGAATCTCCCGCTAAAACGCGACTCTTCTCTC
CTGCGAGAGGGAAACATGTTGTCAGATCGTTAAAAGCATGTCGTATCCGTTGCTCCTCCC
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CCACTGTGCAGCTTCTGTCTCATTTGCTTCCTCCAAGTGGAAAGGCAGATGACATGTATC
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GTTTAGTGTTTCATGATGCTGGAACCTTTGAACTCGATGATAACACAGGTGGAATCAACG
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TTCTAGAGAAAGCAAAGATTAAGGTTGATGAGATACAAACAGTGTCTTGGGCGGATATGA
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TGGGAAGGCTTGAAAGAATGTTTCCAAAGAAAAGGATTCTCGACCCAAGAACTTGTTGCC
TTGTCTGGTGCACATACGATTGGGAGTAAAGGCTTTGGAGATCCATTTACTTTTGACAAT
GCATACTACAAAATCCTTCTTGAAAAGCCTTGGAGTTCAACGACATCCAAAATGACAAGT
ATGGTCGGGCTTCCTTCGGATCATGCCCTCGTGGAGGATGATGAGTGCTTAAGGTGGGTG
AAGCAGTATGCGGAAGATCAAGACAAGTTCTTCAGAGACTTCACTAATGCTTATATCAAA
CTAGTTAACTCTGGGGCCAAATGGAAAACATTATGATGTCTTATTTGATCTTATGTTAGT
TCATACTTCATAAACAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP35TF U 1
AF RR3BP35JQ C 275
BS 1 630 RR3BP35TF
BS 631 977 RR3BP35JQ

RD RR3BP35TF 630 0 0
GGGTCCCACCGTTAAAGATGACGACGACGACTACCTCTCTGTTTTCTCGGTGCCACTCTT
CTCCTTCTTTAAACTTCAAATGCGAACTCGAATCTCCCGCTAAAACGCGACTCTTCTCTC
CTGCGAGAGGGAAACATGTTGTCAGATCGTTAAAAGCATGTCGTATCCGTTGCTCCTCCC
ACGATCCTGGTTCACGTCATGTATACGTGTCCAGTAGAAGAAACATGGTTGTCATGTTGT
CCACTGTGCAGCTTCTGTCTCATTTGCTTCCTCCAAGTGGAAAGGCAGATGACATGTATC
CAATGATGAAAGATGAGATAAGGAGAGTGGTGACGAAGGGTAAAGCTGCTGGTGTGCTTC
GTTTAGTGTTTCATGATGCTGGAACCTTTGAACTCGATGATAACACAGGTGGAATCAACG
GGTCTATTGTTAATGAACTCGAAAGACCTGAAAACGCTGGTTTGAAGAGATCCTTAAAGG
TTCTAGAGAAAGCAAAGATTAAGGTTGATGAGATACAAACAGTGTCTTGGGCGGATATGA
TCGCTGTCGCTGGGTCTGAAGCAGTCTCAATGTGTGGAGGCCCAACAATTCCAGTAGTTT
TGGGAAGGCTTGAAAGAATGTTTCCAAAGA

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3BP35JQ 703 0 0
AAGTGGAAAGGCAGATGACATGTATCCAATGATGAAAGATGAGATAAGGAGAGTGGTGAC
GAAGGGTAAAGCTGCTGGTGTGCTTCGTTTAGTGTTTCATGATGCTGGAACCTTTGAACT
CGATGATAACACAGGTGGAATCAACGGGTCTATTGTTAATGAACTCGAAAGACCTGAAAA
CGCTGGTTTGAAGAGATCCTTAAAGGTTCTAGAGAAAGCAAAGATTAAGGTTGATGAGAT
ACAAACAGTGTCTTGGGCGGATATGATCGCTGTCGCTGGGTCTGAAGCAGTCTCAATGTG
TGGAGGCCCAACAATTCCAGTAGTTTTGGGAAGGCTTGAAAGAATGTTTCCAAAGAAAAG
GATTCTCGACCCAAGAACTTGTTGCCTTGTCTGGTGCACATACGATTGGGAGTAAAGGCT
TTGGAGATCCATTTACTTTTGACAATGCATACTACAAAATCCTTCTTGAAAAGCCTTGGA
GTTCAACGACATCCAAAATGACAAGTATGGTCGGGCTTCCTTCGGATCATGCCCTCGTGG
AGGATGATGAGTGCTTAAGGTGGGTGAAGCAGTATGCGGAAGATCAAGACAAGTTCTTCA
GAGACTTCACTAATGCTTATATCAAACTAGTTAACTCTGGGGCCAAATGGAAAACATTAT
GATGTCTTATTTGATCTTATGTTAGTTCATACTTCATAAACAT

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL6720Contig1 1038 2 2 U
GCATCATTACTTGGTACACACCAAGTTGTGCAGGAGCAATCTAGCGGTGGAAACCAAGGA
CTAAGGCAAAGGGCTGCTGCTCTGGCTGCCTTGACTTCCGCATTTAACTCTCCGTCTGGA
AAGACGAGCTCTCCGAACCGGGACAGATCAAATGGAAATCAAGGTGGTGCAAGACAAAGG
GCTGAAGCTTTAGCTGCATTATCATCCGCGTTCAACTCTTCACCATCATCAAATTCACCT
CCGCAAAGACCAGGATTGACAACTCGATCGTCACAAAGAGCAGCAGCACTGGCTGCTCTC
TCGCAAGTTCTCACTAATGAGAAGAAGAAATCATCTGATACCAGCCCTTCCGCTGAAGCT
AAAGATGAGAAAGCCTTCTCAGAAGTGGAGGCTTCCGAAGAATCTGCTGAAGCCAAGGAA
GAAGAGGAAGTTTCACCTGCAGCAGACGTGATTGCTGAGGAAGCAGGAACAACTGGAGCA
ACTTTCACCTACCAACAGCTACAAGCCAAATCTGACAAACCAGTGAAAGGAATTGACTTC
AAACGCAGAGAGGCTTACTTGTCTGAGGAAGAGTTCAAGACTGTATTTGGGATGGAGAAA
GAAGCATTCTACAAATTGCCTAGGTGGAAGCAAGATTTGCTGAAGAAGAAATTCAAATTG
TTCTGAGATATCTCCAGATTAGGTTCAGATAATTGAGAACAAAGGCAATATTTGTCATTG
TATTACAGGGTTATGTAGTGACCTCAATGCTGCAGCTTTGAAGACAACGACCAGTTCGTT
TTGTTTTTGTTTTTGTTTCTTCCTTTCTTATTGTTTTGGTTTTCTTGGGAGTTTCTTCGT
ATTGTTTTGTTTTTTCAGAAAGAAAAATATGCTCTTCATGGGTGGCTTTGGGTTTGATTC
TTCATGTTCTCATCACAGTGATGTGTTCTTGTAATCATTGATTGGTGTGCTTTCGCTTTT
TTTTTTTGTTGGTCACAATAGTTGTGTGGTGGTGGTTAGTAAATTCTTTGATTGGAATTT
CACATTTATTTGATTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM16TF U 1
AF RR3DM16JQ C 185
BS 1 549 RR3DM16TF
BS 550 1038 RR3DM16JQ

RD RR3DM16TF 549 0 0
GCATCATTACTTGGTACACACCAAGTTGTGCAGGAGCAATCTAGCGGTGGAAACCAAGGA
CTAAGGCAAAGGGCTGCTGCTCTGGCTGCCTTGACTTCCGCATTTAACTCTCCGTCTGGA
AAGACGAGCTCTCCGAACCGGGACAGATCAAATGGAAATCAAGGTGGTGCAAGACAAAGG
GCTGAAGCTTTAGCTGCATTATCATCCGCGTTCAACTCTTCACCATCATCAAATTCACCT
CCGCAAAGACCAGGATTGACAACTCGATCGTCACAAAGAGCAGCAGCACTGGCTGCTCTC
TCGCAAGTTCTCACTAATGAGAAGAAGAAATCATCTGATACCAGCCCTTCCGCTGAAGCT
AAAGATGAGAAAGCCTTCTCAGAAGTGGAGGCTTCCGAAGAATCTGCTGAAGCCAAGGAA
GAAGAGGAAGTTTCACCTGCAGCAGACGTGATTGCTGAGGAAGCAGGAACAACTGGAGCA
ACTTTCACCTACCAACAGCTACAAGCCAAATCTGACAAACCAGTGAAAGGAATTGACTTC
AAACGCAGA

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR3DM16JQ 854 0 0
AAGCTTTAGCTGCATTATCATCCGCGTTCAACTCTTCACCATCATCAAAT*CAC*TCCGC
AAAGACCAGGATTGACAACTCGATCGTCACAAAGAGCAGCAGCACTGGCTGCTCTCTCGC
AAGTTCTCACTAATGAGAAGAAGAAATCATCTGATACCAGCCCTTCCGCTGAAGCTAAAG
ATGAGAAAGCCTTCTCAGAAGTGGAGGCTTCCGAAGAATCTGCTGAAGCCAAGGAAGAAG
AGGAAGTTTCACCTGCAGCAGACGTGATTGCTGAGGAAGCAGGAACAACTGGAGCAACTT
TCACCTACCAACAGCTACAAGCCAAATCTGACAAACCAGTGAAAGGAATTGACTTCAAAC
GCAGAGAGGCTTACTTGTCTGAGGAAGAGTTCAAGACTGTATTTGGGATGGAGAAAGAAG
CATTCTACAAATTGCCTAGGTGGAAGCAAGATTTGCTGAAGAAGAAATTCAAATTGTTCT
GAGATATCTCCAGATTAGGTTCAGATAATTGAGAACAAAGGCAATATTTGTCATTGTATT
ACAGGGTTATGTAGTGACCTCAATGCTGCAGCTTTGAAGACAACGACCAGTTCGTTTTGT
TTTTGTTTTTGTTTCTTCCTTTCTTATTGTTTTGGTTTTCTTGGGAGTTTCTTCGTATTG
TTTTGTTTTTTCAGAAAGAAAAATATGCTCTTCATGGGTGGCTTTGGGTTTGATTCTTCA
TGTTCTCATCACAGTGATGTGTTCTTGTAATCATTGATTGGTGTGCTTTCGCTTTTTTTT
TTTGTTGGTCACAATAGTTGTGTGGTGGTGGTTAGTAAATTCTTTGATTGGAATTTCACA
TTTATTTGATTACT

QA 1 854 1 854
DS 



AS 1 2

CO CL6721Contig1 1055 2 4 U
GTTTGGAAAATGAGTAACAATGGATCGCTGGTGTGGCCTCGTGGCACACAGATATTCTGG
ATCGACGGGGACAAATTCAGCAACTCATTTTCAGTTGATTTACAGATCCAGCAGAGGGTG
TGCCTATCAACGGTGAGCTGGATGTGAAAGTTGATTTTGTTGCACCAGAGTTACCTGGTC
GATACACTTCTTATTGGATGATGGCTTCCCCTATTGGTGTTAGGTTTGGGCAACTTGTTT
GGGTGTCCATAAATGTTGATGCATCGTTGAAAGGAACTGTTGCGAATGAGTTTCATGGAC
TGAACTTGAATGGTTTTCCTGATGAAACATTTGCACGAGAGTTAACAGGGACCAACGTGA
ATTATGAGCCAGCTCAAACTGGCAGCTCCAGTGTTAACGGGACAGTGAAAGGCGCTGATC
TAGAACGAGAAGCTCCTGGGTCACAGATCCCGGGAAACGATGACCTGCTGGTTGGTGACG
TTCAGCCTGTTATACCCAACACTCTTACTCCATCTTCATCTTCTTCGTCATGCAACATAA
TTGAGGTCCCAAATATGCGTAATATTGAGACGTTGGGCGGTGCTTATTCATTTTCAATGG
ACATTCCTGCTCCTCTTGAAGAGGATATAGAGAATAACGAGGTGGAGATAGGCATGCTAA
AGGAGCTAGAGGAAATGGGATTCAAAGATATTGATTTGAACAAGGAGATCTTGAGGGAGA
ACGAGTACGACTTTGAGCAGTCTGTTGAGGCACTTTGTGGAGTAAGCGAGTGGGATCCTA
TGCTAGAGGAGCTTCAGGAAATGGGATTCTGTGATAATGCGACGAACAAGAGGCTGCTGA
AGAAGAACAATGGAAGCCTTAAAGGCGTGGTGATGGATCTCCTCACTGGGGATAAGAAGG
AGGCTTAATGTTTTTATTTTTATTTTAATTAAATAAAATCTGATGAATGATTATGTAGTG
TGGTTGTGTTTGCGTCGCTAGCATTGACCTACCAATGCTGTTTGTGTTGGATGGATGATA
TTTACTATCAGAAATTTAAGTATTAAGACTTGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BN12TF U 1
AF RR3BN12JQ C 367
BS 1 704 RR3BN12TF
BS 705 705 RR3BN12JQ
BS 706 727 RR3BN12TF
BS 728 1055 RR3BN12JQ

RD RR3BN12TF 727 0 0
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ATCGACGGGGACAAATTCAGCAACTCATTTTCAGTTGATTTACAGATCCAGCAGAGGGTG
TGCCTATCAACGGTGAGCTGGATGTGAAAGTTGATTTTGTTGCACCAGAGTTACCTGGTC
GATACACTTCTTATTGGATGATGGCTTCCCCTATTGGTGTTAGGTTTGGGCAACTTGTTT
GGGTGTCCATAAATGTTGATGCATCGTTGAAAGGAACTGTTGCGAATGAGTTTCATGGAC
TGAACTTGAATGGTTTTCCTGATGAAACATTTGCACGAGAGTTAACAGGGACCAACGTGA
ATTATGAGCCAGCTCAAACTGGCAGCTCCAGTGTTAACGGGACAGTGAAAGGCGCTGATC
TAGAACGAGAAGCTCCTGGGTCACAGATCCCGGGAAACGATGACCTGCTGGTTGGTGACG
TTCAGCCTGTTATACCCAACACTCTTACTCCATCTTCATCTTCTTCGTCATGCAACATAA
TTGAGGTCCCAAATATGCGTAATATTGAGACGTTGGGCGGTGCTTATTCATTTTCAATGG
ACATTCCTGCTCCTCTTGAAGAGGATATAGAGAATAACGAGGTGGAGATAGGCATGCTAA
AGGAGCTAGAGGAAATGGGATTCAAAGATATTGATTTGAACAAG*AGATCTTGAGGGAGA
ACGAGTA

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3BN12JQ 689 0 0
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GAGAAGCTCCTGGGTCACAGATCCCGGGAAACGATGACCTGCTGGTTGGTGACGTTCAGC
CTGTTATACCCAACACTCTTACTCCATCTTCATCTTCTTCGTCATGCAACATAATTGAGG
TCCCAAATATGCGTAATATTGAGACGTTGGGCGGTGCTTATTCATTTTCAATGGACATTC
CTGCTCCTCTTGAAGAGGATATAGAGAATAACGAGGTGGAGATAGGCATGCTAAAGGAGC
TAGAGGAAATGGGATTCAAAGATATTGATTTGAACAAGGAGATCTTGAGGGAGAACGAGT
ACGACTTTGAGCAGTCTGTTGAGGCACTTTGTGGAGTAAGCGAGTGGGATCCTATGCTAG
AGGAGCTTCAGGAAATGGGATTCTGTGATAATGCGACGAACAAGAGGCTGCTGAAGAAGA
ACAATGGAAGCCTTAAAGGCGTGGTGATGGATCTCCTCACTGGGGATAAGAAGGAGGCTT
AATGTTTTTATTTTTATTTTAATTAAATAAAATCTGATGAATGATTATGTAGTGTGGTTG
TGTTTGCGTCGCTAGCATTGACCTACCAATGCTGTTTGTGTTGGATGGATGATATTTACT
ATCAGAAATTTAAGTATTAAGACTTGACG

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL6722Contig1 1191 2 2 U
GGGTTTTCTACAATTTCCAAGAGCCTTGATCTGTTGTGTACATACGTACTACAGGCACGT
CGTGCTTCCTCCTGAAGTCGCTAAGCTTCTCCCGAAGAATCGTCTTCTCTCCGAAAACGA
GTGGCGTGCAATTGGGGTGCAGCAGAGCCGTGGATGGGTTCATTACGCCATTCATCGTCC
TGAGCCACACATCATGCTGTTCAGGAGGACTCTCAATTACCAGCAGCAGCAGGAGAACCA
AGCTCAAAACCCTGTCATCTCTGAGTTTGACTGGACAACTGGGGAATCTCCAAGGCGGTC
GTCTAGGATCAGCCAGAAGGTGAAGGCTACAACCCCCACTCCTGACAGAGAACCTCACAT
GAAGAAGAGAAGATCTTCTCTCACTAAGAAGGACATGAAAGAGGCTGCTGAGAAGGAGAA
CAAGGAGGGTGAAAAGACTGAGGGTGGAGCAGAAGTGGCAGAGGCTGAGAAAGAGAACAA
GGAGGGTGAAAAGGAAGACAGAGATTGTGTTCATGGCTCCAACGGGTGAGGAGATTAGCT
CACGCAAGCAGCTTGAGCAGTACCTCTGAGGTTGAGAAGAAGACTGAGAGTGGAGGAATA
GCTGAAGAGCCTCCCAAGGTTGAAGAACCACAGGAAGTTGTTACTGATGGGGAGAATAAG
CCTGCAGAGAAAGAGACTGAGAACAAGGAAAACGTGGCAGCAGCAGAAGCAAACGGAGAA
AAGAATGAGTCCAACCTTGATGCTGAAGCTAATAAGGGAGATGAAACCAAAGAAGCTGAA
GAGAAAAAGACAGATGGTGAGCCTAACCTTGACGCAGAAGTTAACAAGGGGAATGGAACG
CAAGAAGCTGATGAGAAGAAGGCAGAAGAAGCTGTAGCCGAGGAGAAAAGTAACGACGTG
AAGGGGGAAGACAGAGAGGTGAATCAAGTTCAACAGCAACAGGTTGCTGCAGCGTCAGTG
AGCTGTTAAAAGAGACCACCTATAGAGCACGTTACAGAACGTGCAAGAAGAGTTTGTTGT
TTGTATGATTTCAGGTGTAGTAGCCATTGACATTATGAGTGGTTGGTTGTTGTATGTGCT
TGTAGAAGAACTAGTGTGTCTCTCTATCTGTAGTTCAGTTCATAATTATCATCATTAGAC
TCGTGTACTTGTGTACTTTTGGTGTGGTGTTAATGTTTGGCATCTTAGTTC


BQ
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AF RR3DQ69TF U 1
AF RR3DQ69JQ C 400
BS 1 756 RR3DQ69TF
BS 757 1191 RR3DQ69JQ

RD RR3DQ69TF 756 0 0
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CGTGCTTCCTCCTGAAGTCGCTAAGCTTCTCCCGAAGAATCGTCTTCTCTCCGAAAACGA
GTGGCGTGCAATTGGGGTGCAGCAGAGCCGTGGATGGGTTCATTACGCCATTCATCGTCC
TGAGCCACACATCATGCTGTTCAGGAGGACTCTCAATTACCAGCAGCAGCAGGAGAACCA
AGCTCAAAACCCTGTCATCTCTGAGTTTGACTGGACAACTGGGGAATCTCCAAGGCGGTC
GTCTAGGATCAGCCAGAAGGTGAAGGCTACAACCCCCACTCCTGACAGAGAACCTCACAT
GAAGAAGAGAAGATCTTCTCTCACTAAGAAGGACATGAAAGAGGCTGCTGAGAAGGAGAA
CAAGGAGGGTGAAAAGACTGAGGGTGGAGCAGAAGTGGCAGAGGCTGAGAAAGAGAACAA
GGAGGGTGAAAAGGAAGACAGAGATTGTGTTCATGGCTCCAACGGGTGAGGAGATTAGCT
CACGCAAGCAGCTTGAGCAGTACCTCTGAGGTTGAGAAGAAGACTGAGAGTGGAGGAATA
GCTGAAGAGCCTCCCAAGGTTGAAGAACCACAGGAAGTTGTTACTGATGGGGAGAATAAG
CCTGCAGAGAAAGAGACTGAGAACAAGGAAAACGTGGCAGCAGCAGAAGCAAACGGAGAA
AAGAATGAGTCCAACCTTGATGCTGAAGCTAATAAG

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3DQ69JQ 792 0 0
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AGAGGCTGAGAAAGAGAACAAGGAGGGTGAAAAGGAAGACAGAGATTGTGTTCATGGCTC
CAACGGGTGAGGAGATTAGCTCACGCAAGCAGCTTGAGCAGTACCTCTGAGGTTGAGAAG
AAGACTGAGAGTGGAGGAATAGCTGAAGAGCCTCCCAAGGTTGAAGAACCACAGGAAGTT
GTTACTGATGGGGAGAATAAGCCTGCAGAGAAAGAGACTGAGAACAAGGAAAACGTGGCA
GCAGCAGAAGCAAACGGAGAAAAGAATGAGTCCAACCTTGATGCTGAAGCTAATAAGGGA
GATGAAACCAAAGAAGCTGAAGAGAAAAAGACAGATGGTGAGCCTAACCTTGACGCAGAA
GTTAACAAGGGGAATGGAACGCAAGAAGCTGATGAGAAGAAGGCAGAAGAAGCTGTAGCC
GAGGAGAAAAGTAACGACGTGAAGGGGGAAGACAGAGAGGTGAATCAAGTTCAACAGCAA
CAGGTTGCTGCAGCGTCAGTGAGCTGTTAAAAGAGACCACCTATAGAGCACGTTACAGAA
CGTGCAAGAAGAGTTTGTTGTTTGTATGATTTCAGGTGTAGTAGCCATTGACATTATGAG
TGGTTGGTTGTTGTATGTGCTTGTAGAAGAACTAGTGTGTCTCTCTATCTGTAGTTCAGT
TCATAATTATCATCATTAGACTCGTGTACTTGTGTACTTTTGGTGTGGTGTTAATGTTTG
GCATCTTAGTTC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL6723Contig1 700 2 2 U
GGTCGATGCTAATTATATTATACTGCGATTGGTTCTGGCTCTACATAAAACAGCTCATTT
CTCTATATTGATATCAACAACAAAATAAAACTTTCATATTTGGGATTTGCCATGTTGTCA
GAAAATGGCTTACGATAGAAATTAAATGGCTTATGTTTCGTAAATGACTCAAGCCAAGTA
CTTCTCCAGCTTCTCCACTTCTTCTTTGCTTCCAATGTAGAGTGGAACCCTCTGATGTAT
CTCCGTCGGTTGGATATCTAGGACTCTCTGGTGTCCATCTGATCCTTTCCCTCCCGCTTG
TTCAACAATGAAAGTCATCGGTGCACACTCATACAAAAGCCTAAGCTTTCCGTTTTTGCT
CTTGGCGTCTCGAGGGTACCCGTAAATCCCACCGTACAACAAAGTCCTGTGAAAATCTCC
GACCAAACTTCCAATGTACCTTGCCGAGTAAGGCTTCCCACTTGGACCAGGGTCCTTGAG
ATCATCAATGTAGATTTGGTTTTGATTTGGTTTTGATGCTTAAGCGGGAAGGCTTGAAGG
AGAGCTTGGCTCCGGCGAGTGGGCTGCCGCCAAGACCTTTTACGGCGACGGATGGTTTCA
CGACGGCGACGGTTGCAAGAGACGCCATGAGGTTTGATCACTATTCTCTGTTGTTGTGGC
TAACAATGGGTGATTAAGAATTTGTTTGAAGAGATCCCCT


BQ
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AF RR3A170TF C 1
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CTTCTCCAGCTTCTCCACTTCTTCTTTGCTTCCAATGTAGAGTGGAACCCTCTGATGTAT
CTCCGTCGGTTGGATATCTAGGACTCTCTGGTGTCCATCTGATCCTTTCCCTCCCGCTTG
TTCAACAATGAAAGTCATCGGTGCACACTCATACAAAAGCCTAAGCTTTCCGTTTTTGCT
CTTGGCGTCTCGAGGGTACCCGTAAATCCCACCGTACAACAAAGTCCTGTGAAAATCTCC
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T

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AE29JQ C 1
AF RR3AE29TF U 1
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RD RR3AE29JQ 805 0 0
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TGTTGTGAAATGTATTAATTATTTC

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TCAAGAAAAGAAGAAGAAGAAGGAAGCATGAGCTCCTCAATCATGAAAACCCTTCAGATT
CGTAAACCCGCTTCCCTCCCCGTGTCTTCAAGCACCGCCGAAGCTAGTGAACCTGGTCTT
CTCCGTCGTCGTCTTTCTTCGCTTTCCTTAAATCTCCCTCGTAACCAGCCTTCCACTGAC
GATTTACACAGATCCAAATCTGTCTCTGCCATGGCAGAGCAAAGAGGTAGTAGCTCTGTG
AAAGAATGGTGGGAATGGAGTTGGTCACTGATTCTATTTAAGAAACTACCAGTCTTCTTC
ACAGATCTCGAGTTTAACGAGAACCAAACCAAGTCATCGTTCGGGAAACAACAGAGAGGC
GGCTTTGCTCAGGTGTTCTTCAGGCTCCGATCTGAGATCCGCCGTCTCCTCCGTACTTCA
TCCTCTGACTCTCTCCCCCCTCCTGCAATCGATGATGTGGCAATCTTGCTCGTTGAAGGT
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TCGAATGTTTACTCATATTCTTTATAACCAAAAATGTCCTTCATATGTTCTTACTTCCAA
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TGTTGTGAAATGT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

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ATCTTTGAGATCAGAGAATGGGATAAATTCATGATAACCCCAACCAGATTCATCTCCATA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CU65JQB U 100
AF RR3ED48JQ U 1
BS 1 139 RR3ED48JQ
BS 140 140 RR3CU65JQB
BS 141 182 RR3ED48JQ
BS 183 183 RR3CU65JQB
BS 184 670 RR3ED48JQ

RD RR3CU65JQB 366 0 0
ATGACAAAGCAAACACACATGGAGTTGCAAGTTCCATCCAGGGTTAGAGAAAATCTAACT
AGGGAAGTACTTGGTTGAAGAAAGGGCTTCAATTTCGACTTGAACCATCAACACATCATT
CACAAGAAAACCCTTTGATGAATCTTTGAGATCAGAGAATGGGATAAATTCATGATAACC
CCAACCAGATTCATCTCCATATCCCGGACCATTGTACCAATTATCAATTGTCTTTTCGAC
GTTATTGAGGTTGCGTTGGTTAAGAACTCGAAGCTTGGCTCCAACATAAATTTTCTCATA
GGGTCTGAATTTCTCGTTCGCATTAAGGATTAGGTAGATGGACACAGCTTTTCCCTTCCC
CGTGGC

QA 1 366 1 366
DS 

RD RR3ED48JQ 670 0 0
CCATGAACACAATTAATATTTAAAAAGCATACATGCTGAGAATACAAACTTTAACTTATT
TGAAACGCAAACACAAACTTATTATTTTAGGTGGTTTTTATGACAAAGCAAACACACATG
GAGTTGCAAGTTCCATCCATGGTTAGAGAAAATCTAACTAGGGAAGTACTTGGTTGAAGA
AATGGCTTCAATTTCGACTTGAACCATCAACACATCATTCACAAGAAAACCCTTTGATGA
ATCTTTGAGATCAGAGAATGGGATAAATTCATGATAACCCCAACCAGATTCATCTCCATA
TCCCGGACCATTGTACCAATTATCAATTGTCTTTTCGACGTTATTGAGGTTGCGTTGGTT
AAGAACTCGAAGCTTGGCTCCAACATAAATTTTCTCATAGGGTCTGAATTTCTCGTTCGC
ATTAAGGATTAGGTAGATGGACACAGCTTTTCCCTTCCCCGTGGCAGAACCACCCGGATA
CACTTTTATATTCCATCTTCTTCCTCCGATGGAGAACACATCAGAGAGCTCACTATCTTT
GACCAAGGTGGAGAACTTCAGAATATTCCATGTGTACTTCGCGTTATAGAACTTGTCAGT
AACAGTGAAAAGTTCGGATTCTTTAAAGACAGTGGGAGTGGTCACATCAACACCAAACTC
GCAGTGATCT

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL6726Contig1 974 2 2 U
GGGATTTGCCAACAAAACTCTTTTCCTTTCCTCATCATCACAGCTCAGCCTGACCCCCCA
ACCCTCTGTTTCCGATCTCAGATCTCACGATCCCGTGAGATCTCTTCTTCCAAGCTGTTG
GGGTTTGTGTTGAATTGTCTAATCAAGCATTGAATTTCAGGCAAAAGGAATTGAAAGAGT
GTAGTTTGAGTCCTAGAAGATGAAGGCTCTCATTCTTGTCGGTGGGTTCGGGACTCGCTT
GAGACCGTTGACTCTCAGTTTCCCAAAGCCCCTTGTTGACTTTGCTAACAAACCCATGAT
CCTTCATCAGATAGAGGCACTCAAGGCAGTTGGAGTTGACGAAGTGGTTTTGGCCATCAA
TTACCAACCAGAGGTGATGCTTAACTTCTTGAAAGACTTTGAGGCAAAGTTCGAAATCAA
AATCACTTGCTCACAAGAGACTGAGCCTATGGGTACGGCTGGTCCTCTGGCTCTAGCTAG
AGACAAACTGGTTGATGGATCTGGAGAGCCCTTCTTTGTCCTCAACAGTGATGTGATCAG
TGAGTACCCTCTCAAAGAGATGATTGAGTTTCACGGTGCACGGTCATGCGTGGGGCAAGG
ATCAAGAAGCATGCGTGTGTCTCGAGCAGTATCGTAGGGTGGCACTCAACGGTTGGGCAG
TGGGCTAGGATTGAGAACATGACGATCTTGGGGGAAGATGTTCATGTTGGGGATGAGATA
TACACCAATGGAGGGGTAGTTTTGCCACACAAGGAGATCAAATCCAACATCTTGAAGCCA
GAGATAGTTATGTGATTATCTTATGTGGGATCTTCTTTTTTGTTTTTTTGTGTATTTTAT
CTCTCTCAAACTTTGTGCTTCTGTTATTCTTCTTTGGCTTTGAATAAAAGTATAAACAAA
ATGATGTATATCTTATCTTGTTTAGTCATTTGATGTTTGTCTCTATTTTTTGTTAACTTA
TCAAAACATTTCCC


BQ
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AF RR3AR92TF U 1
AF RR3AR92JQ C 276
BS 1 633 RR3AR92TF
BS 634 974 RR3AR92JQ

RD RR3AR92TF 633 0 0
GGGATTTGCCAACAAAACTCTTTTCCTTTCCTCATCATCACAGCTCAGCCTGACCCCCCA
ACCCTCTGTTTCCGATCTCAGATCTCACGATCCCGTGAGATCTCTTCTTCCAAGCTGTTG
GGGTTTGTGTTGAATTGTCTAATCAAGCATTGAATTTCAGGCAAAAGGAATTGAAAGAGT
GTAGTTTGAGTCCTAGAAGATGAAGGCTCTCATTCTTGTCGGTGGGTTCGGGACTCGCTT
GAGACCGTTGACTCTCAGTTTCCCAAAGCCCCTTGTTGACTTTGCTAACAAACCCATGAT
CCTTCATCAGATAGAGGCACTCAAGGCAGTTGGAGTTGACGAAGTGGTTTTGGCCATCAA
TTACCAACCAGAGGTGATGCTTAACTTCTTGAAAGACTTTGAGGCAAAGTTCGAAATCAA
AATCACTTGCTCACAAGAGACTGAGCCTATGGGTACGGCTGGTCCTCTGGCTCTAGCTAG
AGACAAACTGGTTGATGGATCTGGAGAGCCCTTCTTTGTCCTCAACAGTGATGTGATCAG
TGAGTACCCTCTCAAAGAGATGATTGAGTTTCACGGTGCACGGTCATGCGTGGGGCAAGG
ATCAAGAAGCATGCGTGTGTCTCGAGCAGTATC

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3AR92JQ 699 0 0
TTGACTTTGCTAACAAACCCATGATCCTTCATCAGATAGAGGCACTCAAGGCAGTTGGAG
TTGACGAAGTGGTTTTGGCCATCAATTACCAACCAGAGGTGATGCTTAACTTCTTGAAAG
ACTTTGAGGCAAAGTTCGAAATCAAAATCACTTGCTCACAAGAGACTGAGCCTATGGGTA
CGGCTGGTCCTCTGGCTCTAGCTAGAGACAAACTGGTTGATGGATCTGGAGAGCCCTTCT
TTGTCCTCAACAGTGATGTGATCAGTGAGTACCCTCTCAAAGAGATGATTGAGTTTCACG
GTGCACGGTCATGCGTGGGGCAAGGATCAAGAAGCATGCGTGTGTCTCGAGCAGTATCGT
AGGGTGGCACTCAACGGTTGGGCAGTGGGCTAGGATTGAGAACATGACGATCTTGGGGGA
AGATGTTCATGTTGGGGATGAGATATACACCAATGGAGGGGTAGTTTTGCCACACAAGGA
GATCAAATCCAACATCTTGAAGCCAGAGATAGTTATGTGATTATCTTATGTGGGATCTTC
TTTTTTGTTTTTTTGTGTATTTTATCTCTCTCAAACTTTGTGCTTCTGTTATTCTTCTTT
GGCTTTGAATAAAAGTATAAACAAAATGATGTATATCTTATCTTGTTTAGTCATTTGATG
TTTGTCTCTATTTTTTGTTAACTTATCAAAACATTTCCC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL6727Contig1 1119 2 4 U
GGAGAGATAGAAAGCTATGGCGGACGAAGAAGACGAGTTACAGGAGGCGGAACTAAGTTA
CGATCAGAAGAAGGAAATCGCGAAATGGTTTCTCCTCAACGCTCCCGCTGGCGAAATCAA
TTACGTTGCCAAAGATTTAAAGGCGGTTTTGAGCGATGAGGAAGTGTACAACGAGGCGGC
CATGGAGGCGTTTCCAGTGTACAACAAGTCTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTAG
CGCTGGTGATGTGATTATTTCATCTTACAGTGAAATTACTGAGAATGAGTACACTGATCC
AAGAACTGCCCAGGTTGCCATAGTTGATCACGTTAAACAGATTTGTACGAAAGTGCGACC
TGCTTATGATGAAGAGCTTCCATCTTCATATATTGAGGAGTTCAGATCTTCTCTTGATGC
TGAAGTCCAGAGATACGTCAGTGAATCTTACCCGAAAGGTGTGTCTACCGTTAACTGTGT
GAAAGGGAAAGATGCCGATGGTCCAGGGTCGGACTTTGAGCTCGTCGTTATAATTACTGC
TAGAAAACTCAGTCCTCGGAACTTCTGTAATGGAAGTTGGAGATCTGTATGGAACATTGA
GTTCCAGGATGAATCTCAGGTGCTTGACATAAAAGGGAAAGTGCAGGTAGGAGCCCATTA
CTTCGAAGAGGGGAATGTGGAGTTAGATGCAAAGAAAGAGTTCCAGGATTCGACAATATT
TCAGTCTGCGGATGACTGTGCGATAGCCATAGCCAATACCATCAGGCACCATGAGACAGA
GTACCTTGCAGCTCTAGAGGTAGCCTATTCTAAATTACCGGATAACACTTTCAAGGATCT
GGGGAGGAAACTTCCAGTGACAAGAACTCTGTTCCCATGGCAGAACACTTTACAGTTCAG
CCTAACCAGAGAGGTAGAGAAAGAACTTGGACTTGGTGGCAAGTGACTAATTATCAGACC
TCAACCTCATTTTTTTCCGTTTTGTTAGCAAGTTTCTGTGAAGGGGAATAGTATCATCGA
TTATGTTTCTGCTGTGTCTGTGTATTTGTTTCTTCCTTTGTCGGCTATGTACAAAACTGC
ATGCTAAGTGTTGAATCATTGATAATGTTAGTGGAGTTC


BQ
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AF RR3GW50TF U 1
AF RR3GW50JQ C 379
BS 1 646 RR3GW50TF
BS 647 647 RR3GW50JQ
BS 648 745 RR3GW50TF
BS 746 1119 RR3GW50JQ

RD RR3GW50TF 745 0 0
GGAGAGATAGAAAGCTATGGCGGACGAAGAAGACGAGTTACAGGAGGCGGAACTAAGTTA
CGATCAGAAGAAGGAAATCGCGAAATGGTTTCTCCTCAACGCTCCCGCTGGCGAAATCAA
TTACGTTGCCAAAGATTTAAAGGCGGTTTTGAGCGATGAGGAAGTGTACAACGAGGCGGC
CATGGAGGCGTTTCCAGTGTACAACAAGTCTCACATGATTTGCCTTGAAATGCCCAGTAG
CGCTGGTGATGTGATTATTTCATCTTACAGTGAAATTACTGAGAATGAGTACACTGATCC
AAGAACTGCCCAGGTTGCCATAGTTGATCACGTTAAACAGATTTGTACGAAAGTGCGACC
TGCTTATGATGAAGAGCTTCCATCTTCATATATTGAGGAGTTCAGATCTTCTCTTGATGC
TGAAGTCCAGAGATACGTCAGTGAATCTTACCCGAAAGGTGTGTCTACCGTTAACTGTGT
GAAAGGGAAAGATGCCGATGGTCCAGGGTCGGACTTTGAGCTCGTCGTTATAATTACTGC
TAGAAAACTCAGTCCTCGGAACTTCTGTAATGGAAGTTGGAGATCTGTATGGAACATTGA
GTTCCAGGATGAATCTCAGGTGCTTGACATAAAAGGGAAAGTGCAG*TAGGAGCCCATTA
CTTCGAAGAGGGGAATGTGGAGTTAGATGCAAAGAAAGAGTTCCAGGATTCGACAATATT
TCAGTCTGCGGATGACTGTGCGATA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3GW50JQ 741 0 0
TCCATCTTCATATATTGAGGAGTTCAGATCTTCTCTTGATGCTGAAGTCCAGAGATACGT
CAGTGAATCTTACCCGAAAGGTGTGTCTACCGTTAACTGTGTGAAAGGGAAAGATGCCGA
TGGTCCAGGGTCGGACTTTGAGCTCGTCGTTATAATTACTGCTAGAAAACTCAGTCCTCG
GAACTTCTGTAATGGAAGTTGGAGATCTGTATGGAACATTGAGTTCCAGGATGAATTTCA
GGTGCTTGACATAAAAGGGAAAGTGCAGGTAGGAGCCCATTACTTCGAAGAGGGGAATGT
GGAGTTAGATGCAAAGAAAGAGTTCCAGGATTCGACAATATTTCAGTCTGCGGATGACTG
TGCGATAGCCATAGCCAATACCATCAGGCACCATGAGACAGAGTACCTTGCAGCTCTAGA
GGTAGCCTATTCTAAATTACCGGATAACACTTTCAAGGATCTGGGGAGGAAACTTCCAGT
GACAAGAACTCTGTTCCCATGGCAGAACACTTTACAGTTCAGCCTAACCAGAGAGGTAGA
GAAAGAACTTGGACTTGGTGGCAAGTGACTAATTATCAGACCTCAACCTCATTTTTTTCC
GTTTTGTTAGCAAGTTTCTGTGAAGGGGAATAGTATCATCGATTATGTTTCTGCTGTGTC
TGTGTATTTGTTTCTTCCTTTGTCGGCTATGTACAAAACTGCATGCTAAGTGTTGAATCA
TTGATAATGTTAGTGGAGTTC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL6728Contig1 840 2 3 U
CGGGGAAGCCGAGCGATACGACGAGATGGTGGAGACGATGAAGAAAGTGGCCAAGGTGGA
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AGCAAGACGTGCCTCGTGGAGGATAATGTCGTCTATCGAGCAGAAAGAGAGTCCAAAGGC
AACGAATCTAACGTGAAACACATCAAGGGTTATCGCCAGAAAGTAGAAGACGAGCTCGCC
GACATCTGTCGGGACATTCTTACCATCATCGATGAGCATCTCATCCCTCACGCTACCTCA
GGAGAAGCCACCGTTTTCTATTACAAGATGAAAGGTGATTATTACCGTTACTTGGCCTTG
CTCTTAACTTCTCTGTTTTCTACTATGAGATCATGAACTCTCCTGAAAGAGCTTGCCATT
TGGCCAAGCAAGCCTTTGATGAGGCCATTGCTGAGTTGGATACTCTGAGTGAGGAGTCAT
ACAAGGACAGCACTTTGATCATGCAGCTCCTGAGAGACAACCTTACCCTCTGGACTTCTG
ATCTTCCTGAAGATGGAGGAGAAGACAACGTCAAGGCCGATGATTCCAAGCAAGAACCGG
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TTTGATGCCCAGAAAGGGGGAGGACAATTCCTTTGAATTCCAATAGCTTGGTTTTATCAA
GAAGCTATGATCAGAAACAATTTGAATTCAATCCTATATTCATTTTCTTTTATCACCTTT
TTGTTATTTATTTTGTTGTCAATCTCAGGATATCAAATATTTTATGATATGCATTTATCT


BQ
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AF RR3AB63JQ C 1
AF RR3AB63TF U 5
BS 1 4 RR3AB63JQ
BS 5 811 RR3AB63TF
BS 812 840 RR3AB63JQ

RD RR3AB63JQ 840 0 0
CGGGGAAGCCGAGCGATACGACGAGATGGTGGAGACGATGAAGAAAGTGGCCAAGGTGGA
CAGCGAGCTGACGGTCGAGGAGAGGAATCTGTTGTCGGTCGGTTACAAAAACGTGATCGG
AGCAAGACGTGCCTCGTGGAGGATAATGTCGTCTATCGAGCAGAAAGAGAGTCCAAAGGC
AACGAATCTAACGTGAAACACATCAAGGGTTATCGCCAGAAAGTAGAAGACGAGCTCGCC
GACATCTGTCGGGACATTCTTACCATCATCGATGAGCATCTCATCCCTCACGCTACCTCA
GGAGAAGCCACCGTTTTCTATTACAAGATGAAAGGTGATTATTACCGTTACTTGGCCTTG
CTCTTAACTTCTCTGTTTTTTACTATGAGATCATGAACTCTCCTGAAAGAGCTTGCCATT
TGGCCAAGCAAGCCTTTGATGAGGCCATTGCTGAGTTGGATACTCTGAGTGAGGAGTCAT
ACAAGGACAGCACTTTGATCATGCAGCTCCTGAGAGACAACCTTACCCTCTGGACTTCTG
ATCTTCCTGAAGATGGAGGAGAAGACAACGTCAAGGCCGATGATTCCAAGCAAGAACCGG
CTAAGCCTGCAGAAGCCACTGAGAACTGACCAAAAGCTGTGGAAGTTGAATGACTTTAGA
TTTGATGCCCAGAAGGGGGGAGGACAATTCCTTTGAATTCCAATAGCTTGGTTTTATCAA
GAAGCTATGATCAGAAACAATTTGAATTCAATCCTATATTCATTTTCTTTTATCACCTTT
TTGTTATTTATTTTGTTGTCAATCTCAGGATATCAAATATTTTATGATATGCATTTATCT

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR3AB63TF 807 0 0
GAAGCCGAGCGATACGACGAGATGGTGGAGACGATGAAGAAAGTGGCCAAGGTGGACAGC
GAGCTGACGGTCGAGGAGAGGAATCTGTTGTCGGTCGGTTACAAAAACGTGATCGGAGCA
AGACGTGCCTCGTGGAGGATAATGTCGTCTATCGAGCAGAAAGAGAGTCCAAAGGCAACG
AATCTAACGTGAAACACATCAAGGGTTATCGCCAGAAAGTAGAAGACGAGCTCGCCGACA
TCTGTCGGGACATTCTTACCATCATCGATGAGCATCTCATCCCTCACGCTACCTCAGGAG
AAGCCACCGTTTTCTATTACAAGATGAAAGGTGATTATTACCGTTACTTGGCCTTGCTCT
TAACTTCTCTGTTTTCTACTATGAGATCATGAACTCTCCTGAAAGAGCTTGCCATTTGGC
CAAGCAAGCCTTTGATGAGGCCATTGCTGAGTTGGATACTCTGAGTGAGGAGTCATACAA
GGACAGCACTTTGATCATGCAGCTCCTGAGAGACAACCTTACCCTCTGGACTTCTGATCT
TCCTGAAGATGGAGGAGAAGACAACGTCAAGGCCGATGATTCCAAGCAAGAACCGGCTAA
GCCTGCAGAAGCCACTGAGAACTGACCAAAAGCTGTGGAAGTTGAATGACTTTAGATTTG
ATGCCCAGAAAGGGGGAGGACAATTCCTTTGAATTCCAATAGCTTGGTTTTATCAAGAAG
CTATGATCAGAAACAATTTGAATTCAATCCTATATTCATTTTCTTTTATCACCTTTTTGT
TATTTATTTTGTTGTCAATCTCAGGAT

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

CO CL6729Contig1 740 2 10 U
GTTATGAAACATATTATATATCACAGGTAATTTTCCTGGATCAAGAATATATATTATACA
TTATCCTGGGTTTTACCACACATAAATATAAATGGTAATAAACATATGAGAACAACAACA
AATAGAATCATGAAGAAGACAAATGTAAGTCTTGCTTTTGTGACCAATGATCATATTGAA
TCATTGATCAGAGTTTTTTTCTTTGATTGCTTTCTGGTGGCAATACATGAAAGATGTTTG
GTGTTTTCATTGAGGAAGGACAGGAGGTGCGACGGCTCTGGTGTTGTAAGATCTACAGTG
TCCACATTTCTGACCGATTATATGGAAGTATACCTCTGTTGTGTCGTTACAGTCGTTGCA
CAGTATCCAAACCTTCTTATCGCGGTAATCGGAAGGCATAGAAGTAGCTTCAACCTCTTC
ATCCATTCTCTGCCATGTTTTTGACATATCAATCACTGACCTCGAGCAAATAGGACAACA
AAATTTATCACGCTTGAGCATCTCCTGATAGCATTCACAGTGCATTGTGTGTCCGCATTT
CATCACCGTTGTGTCTTTAAGAGAGTCAAAGAGATACTCGTAACAAATGGGACAGTGATG
CCGCATTGAATCCTCAACGCAGCGATGGTTGTTGCGCAGCCCAATCGCACAACAAGAACC
ACACTTCTTGCAATGAAAGAAGTTCTCACGCCCACCAACCCTGCAAATTCCACAGTCATC
ACAATGGAACTGTTCCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G543TF C 1
AF RR3CH42JQ U 205
BS 1 206 RR3G543TF
BS 207 390 RR3CH42JQ
BS 391 391 RR3G543TF
BS 392 477 RR3CH42JQ
BS 478 478 RR3G543TF
BS 479 486 RR3CH42JQ
BS 487 487 RR3G543TF
BS 488 546 RR3CH42JQ
BS 547 547 RR3G543TF
BS 548 740 RR3CH42JQ

RD RR3G543TF 609 0 0
GTTATGAAACATATTATATATCACAGGTAATTTTCCTGGATCAAGAATATATATTATACA
TTATCCTGGGTTTTACCACACATAAATATAAATGGTAATAAACATATGAGAACAACAACA
AATAGAATCATGAAGAAGACAAATGTAAGTCTTGCTTTTGTGACCAATGATCATATTGAA
TCATTGATCAGAGTTTTTTTCTTTGATTGCTTTCTGGTGGCAATACATGAAAGATGTTTG
GTGTTTTCATTGAGGAAGGACAGGAGGTGCGACGGCTCTGGTGTTGTAAGATCTACAGTG
TCCACATTTCTGACCGATTATATGGAAGTATACCTCTGTTGTGTCGTTACAGTCGTTGCA
CAGTATCCAAACCTTCTTGTCGCGGTAATCGGAAGGCATGGAAGTGGCTTCAATCTCTTC
GTCCATTCTCTGCCATGTTTTTGACATATCAATCACTGACCTCGAGCAAATCGGACAACA
AAATTTATCACGCTTGAGCATCTCCTGATAGCATTCACAGTGCATTGTGTGTCCGCATTT
CATCACCGTTGTGTCTTTAAGAGAGTCAAAGAGATACTCGTAACAAATGTGACAGTGATG
CCGCATTG
C

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3CH42JQ 536 0 0
GG
TTGCTTTCTGGTGGCAATACATGAAAGATGTTTGGTGTTTTCATTGAGGAAGGACAGGAG
GTGCGACGGCTCTGGTGTTGTAAGATCTACAGTGTCCACATTTCTGACCGATTATATGGA
AGTATACCTCTGTTGTGTCGTTACAGTCGTTGCACAGTATCCAAACCTTCTTATCGCGGT
AATCTGAAGGCATAGAAGTAGCTTCAACCTCTTCATCCATTCTCTGCCATGTTTTTGACA
TATCAATCACTGACCTCGAGCAAATAGGACAGCAAAATTTGTCACGCTTGAGCATCTCCT
GATAGCATTCACAGTGCATTGTGTGTCCGCATTTCATCACTGTTGTGTCTTTAAGAGAGT
CAAAGAGATACTCGTAACAAATGGGACAGTGATGCCGCATTGAATCCTCAACGCAGCGAT
GGTTGTTGCGCAGCCCAATCGCACAACAAGAACCACACTTCTTGCAATGAAAGAAGTTCT
CACGCCCACCAACCCTGCAAATTCCACAGTCATCACAATGGAACTGTTCCTTTT

QA 3 536 3 536
DS 



AS 1 2

CO CL6730Contig1 909 2 6 U
GGAGTTTATATCTCTCTCTAAACTCTCTACCATCTCACTAGGTTTCCAAATCTGAATTTG
TGTTCGGTGGCCGGTGTGCTTTTACGCCACCGGTCGCCACCCCTTTTTATTCCTTTTGTT
TTTTGTTGTAATATAAAAGTCCTTTCTTCGGGTTAGCCGATATCCTTTTCCGTTGCGGAA
CTTAAGCTTTCACTTTGGTGATGTATTTTGTTAGGTTGTAGTTGTTTCTTCATCGAAGCT
TATTTTCAATCAAACTCTTTTATCTTCGATGAAGAACGTTTTAAATCACTTTCCACTGAA
GCTTATATGAATCCCGATGACCAATTGATCGGATTTCTTTTTTTTACTGTTTCACTTCAA
ACAATTCTCAAGAGAATCAGTCTTCCTTGGTAATTTAGCCTCTTATGGCGCTAAAGGATA
GCATCTCTTGTAGGGAATTGGTTGAGTTTGATGGATTTTTGCAGTCACTTCGAAGGAGAT
CAAGAAGAGTTGGCGCTATAGCGGTCCAACAAATGTTCTCTCTTCAAGCGAACTGAAACT
TCCCTGGTCTTAATCAACGGTGAAAGAAAGTTTATTTGCTCAGGAGGTTGCGGTTGAAGT
GGAAAGTGCTTTCAGATTGGGGGAAACGAGGTGCCAAATCTAAAACGGATCGACACCATA
GTATCTCACGACGGAGGAGCAACGAAAGATTAGTGGCGGAGCGGTACCGGCGTTTCCAAC
TTGAATATGGAAGCCGCGTGTCCGACATACGTGTCACTAAGATAATAGAAACTAAACACG
TGTCTTGAGTAATTGTCGGTCTAAGAGCTTAATGTTGTAATTTTTTATTTTGCTATTGGA
CCTCTATAGCTAAAAGCCTGATCTATGTAAACACGTTTTTTTGGGCTGTTTTAATGAAAT
TTAGTTGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AX87TF U 1
AF RR3AX87JQ C 461
BS 1 621 RR3AX87TF
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BS 623 854 RR3AX87TF
BS 855 855 RR3AX87JQ
BS 856 870 RR3AX87TF
BS 871 909 RR3AX87JQ

RD RR3AX87TF 870 0 0
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TGTTCGGTGGCCGGTGTGCTTTTACGCCACCGGTCGCCACCCCTTTTTATTCCTTTTGTT
TTTTGTTGTAATATAAAAGTCCTTTCTTCGGGTTAGCCGATATCCTTTTCCGTTGCGGAA
CTTAAGCTTTCACTTTGGTGATGTATTTTGTTAGGTTGTAGTTGTTTCTTCATCGAAGCT
TATTTTCAATCAAACTCTTTTATCTTCGATGAAGAACGTTTTAAATCACTTTCCACTGAA
GCTTATATGAATCCCGATGACCAATTGATCGGATTTCTTTTTTTTACTGTTTCACTTCAA
ACAATTCTCAAGAGAATCAGTCTTCCTTGGTAATTTAGCCTCTTATGGCGCTAAAGGATA
GCATCTCTTGTAGGGAATTGGTTGAGTTTGATGGATTTTTGCAGTCACTTCGAAGGAGAT
CAAGAAGAGTTGGCGCTATAGCGGTCCAACAAATGTTCTCTCTTCAAGCGAACTGAAACT
TCCCTGGTCTTAATCAACGGTGAAAGAAAGTTTATTTGCTCAGGAGGTTGCGGTTGAAGT
GGAAAGTGCTTTCAGATTGGGTGAAACGAGGTGCCAAATCTAAAACGGATCGACACCATA
GTATCTCACGACGGAGGAGCAACGAAAGATTAGTGGCGGAGCGGTACCGGCGTTTCCAAC
TTGAATATGGAAGCCGCGTGTCCGACATACGTGTCACTAAGATAATAGAAACTAAACACG
TGTCTTGAGTAATTGTCGGTCTAAGAGCTTAATGTTGTAATTTTTTATTTTGCTATTGGA
CCTCTATAGCTAAA*GCCTGATCTATGTAA

QA 1 870 1 870
DS 

RD RR3AX87JQ 449 0 0
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TTTTCAAGGGAACTGAAACTTCCCTGGTTTTAATCAACGGTGAAAGAAAGTTTATTTGCT
CAGGAGGTTGCGGTTGAAGTGGAAAGTGCTTTCAGATTGGGGGAAACGAGGTGCCAAATC
TAAAACGGATCGACACCATAGTATTTCAGGACGGAGGAGCAACGAAGGATTAGTGGCGGA
GCGGTCCCGGCGTTTCCAACTTGAATATGGAAGCCGCGTGTCCGACATACGTGTCATTAA
GATAATAGAAACTAAACACGTGTCTTGAGTAATTGTCGGTTTAAGAGCTTAATGTTGTAA
TTTTTTATTTTGCTATTGGACCTTTATAGCTAAAAGCCTGATCTATGTAAACACGTTTTT
TTGGGCTGTTTTAATGAAATTTAGTTGGC

QA 1 449 1 449
DS 



AS 1 2

CO CL6731Contig1 358 2 1 U
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TAAGTCATCTTTACTCACTCATCACATCCGTACAGTAACATATATAGAACCATAAGTCTG
TGTTTCAAGTGTTGTAACTGTTATGTACTTTACTACATAGTTGGGAGTTATGATGGATGT
TGCTCCCGGATATATAAATGTAATTAATTATATACATATACGTAACTGAACCGTCCGGTT
AAGGGTTTTGCTATACCGACAGTAAGCATTGATTCAGATGTGGTCAAGTTGGAAATCG


BQ
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AF RR3CL65JQ C 1
AF RR3CL65TF U 1
BS 1 358 RR3CL65TF

RD RR3CL65JQ 358 0 0
GGAGACAGTGCACAGTCATGGCTGCTCACCACTTATCTCGACAAAGACCTTCGGATCTCT
AGAGGCGATGGTGGAAGCGTCTTTGTGCTCATCAGAGAGTGAAGCTCTCTCTTAAACCCT
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TGTTTCAAGTGTTGTAACTGTTATGTACTTTACTACATAGTTGGGAGTTATGATGGATGT
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DS 

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TGCTCCCGGATATATAAATGTAATTAATTATATACATATACGTAACTGAACCGTCCGGTT
AAGGGTTTTGCTATACCGACAGTAAGCATTGATTCAGATGTGGTCAAGTTGGAAATCG

QA 1 358 1 358
DS 



AS 1 2

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GCCGTTCCGAACCTCAACCTCCGTGGATTTGAAGTAATAGACAACGCCAAAACCCAGCTC
GAAGCTGCGTGCCCTGGAGTCGTCTCTTGTGCTGATATTTTTAGCTTTAGCCGCTCGTGA
CTCCGTTGTCCTCACAAGAGGAATAAGTTGGCCCGTACCAACCGGACGTAGAGATGGTCG
AGTTTCTTTGGCTTCGAACACTAATAATCTCCCTGGTCCTGGTGATTCTGTCGCCGTTCA
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ACACACGATCGGAACAGCGGGATGCGCTACATTCAGGAACAGACTATACAACAGCACCAC
AGGCCCTGCGGATCCAACCATTGACCCGACGTTTTTGGCGCAGCTTCAGACACAATGTCC
CCAAAACGGTGATGCCAGCGTACGCGTTGATCTCGACACCGGAAGTGCAACCACTTTTGA
CACATCCTATTTCAACAACCTAAGCCGTGACCGTGGAGTCCTCCAATCCGACCAGGTCCT
CTGGACCGACCCAGCAACTAGACCCCTTGTGCAACAGTTGATGAGTCCTAGAAGCACCTT
CAACGGTGATTTTGCCAGGGCAATGGTCAGGATGAGTAATATTGGTGTACTTACTGGGGC
TACTGGAGAAGTTCGTAGGGTTTGCTCCGCGGTTAATTAAGTAAATGATTAAAACAGTGG
TTAGCGATGGATAAACTTTTTCATTGCTGGCTAAGTACTTGTTTCAAGTGTGATTTTAGT
TTCAATAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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AF RR3AL76JQ C 335
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BS 693 1149 RR3AL76JQ

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CTCCGTTGTCCTCACAAGAGGAATAAGTTGGCCCGTACCAACCGGACGTAGAGATGGTCG
AGTTTCTTTGGCTTCGAACACTAATAATCTCCCTGGTCCTGGTGATTCTGTCGCCGTTCA
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QA 1 692 1 692
DS 

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AGTAATATTGGTGTACTTACTGGGGCTACTGGAGAAGTTCGTAGGGTTTGCTCCGCGGTT
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GTACTTGTTTCAAGTGTGATTTTAGTTTCAATAAT

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 2

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AATAGCATCATCAATCTTAAACCTAGCTGAAGTGAGCAACACACTCTTAACTCTGTACTT
ATTCCGTCTCTCCTTCAGCGCTCCTTCTAGTTTCTCCACTGGCAGCAACAACAACTCTTT
CTCTGAATCCGCCTAATGGATAAACCTGAGACTCAAGTTTAACGAAGCATGATACATCTC
ATCCAATATTTGCCTCGACACAATCGGCTTGTTTACCTTCCACAATAGGAACGGCATGTA
CACTCCCGTCACCGCCAATTTCTGCATATGTAAGTAACCATCTTTCCACATCTTCAAAAG
GACTTGCGGCGTGTCTTTCTTTTCAGTCAGTGCAGCATCAGCAATCTTATCGGTCTCAAC
AAAACGGTCTTCCTGTGATAAGTATCTGAACATTCTGAAAGCTTCTTTCCCATATCTTCT
CATAACTACTGATTCCATCTCATCTTTCTGTGCTACACTGATAATGGATTTAAAATCAAA
CTATGTATGACTCATCTGTTTTTATCACAAACGCTGGTAGATAAGAAGACGTTGCACTCA
AATGCTCAAGGCATTCTTCAACTCGCCCTTGTGTCATTTCGCGGCCTGCGTCTGTCTTTA
TAAGCTCGTCGTAGATGGAATCCACTGACATCGGAACGGACTCGTCAATTTTCGCCTTCT
TCTCCTGAGATCTTCCTACTTCCAACATTGCCTTCAACACATTGGCACATCGTTCATCTC
TCCGCTCTTTCACTATCTCCACACACGCCTTATGTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3AF61JQ U 1
AF RR3B165JQ U 13
BS 1 336 RR3AF61JQ
BS 337 337 RR3B165JQ
BS 338 599 RR3AF61JQ
BS 600 600 RR3B165JQ
BS 601 610 RR3AF61JQ
BS 611 611 RR3B165JQ
BS 612 762 RR3AF61JQ
BS 763 764 RR3B165JQ
BS 765 813 RR3AF61JQ
BS 814 814 RR3B165JQ
BS 815 831 RR3AF61JQ
BS 832 832 RR3B165JQ
BS 833 876 RR3AF61JQ

RD RR3AF61JQ 876 0 0
CTTTTAAAGTTCCGACTTGTGATTACCTCATACAAAATACGATAATGTAAAAAGACCAAC
CAACAAATTAAACAAAGGAAAATAGAAATGGTGTCTTCTTTAGAAGTCATGGAAAAGCAT
AATAGCATCATCAATCTTAAACCTAGCTGAAGTGAGCAACACACTCTTAACTCTGTACTT
ATTCCGTCTCTCCTTCAGCGCTCCTTCTAGTTTCTCCACTGGCAGCAACAACAACTCTTT
CTCTGAATCCGCCTAATGGATAAACCTGAGACTCAAGTTTAACGAAGCATGATACATCTC
ATCCAATATTTGCCTCGACACAATCGGCTTGTTTACTTTCCACAATAGGAACGGCATGTA
CACTCCCGTCACCGCCAATTTCTGCATATGTAAGTAACCATCTTTCCACATCTTCAAAAG
GACTTGCGGCGTGTCTTTCTTTTCAGTCAGTGCAGCATCAGCAATCTTATCGGTCTCAAC
AAAACGGTCTTCCTGTGATAAGTATCTGAACATTCTGAAAGCTTCTTTCCCATATCTTCT
CATAACTACTGATTCCATCTCATCTTTCTGTGCTACACTGATAATGGATTTAAAATCAA*
CTATGTATGATTCATCTGTTTTTATCACAAACGCTGGTAGATAAGAAGACGTTGCACTCA
AATGCTCAAGGCATTCTTCAACTCGCCCTTGTGTCATTTCGCGGCCTGCGTCTGTCTTTA
TAAGCTCGTCGTAGATGGAATCCACTGACATCGGAACGGACTTTTCAATTTTCGCCTTCT
TCTCCTGAGATCTTCCTACTTCCAACATTGCCT*CAACACATTGGCACATCTTTCATCTC
TCCGCTCTTTCACTATCTCCACACACGCCTTATGTC

QA 1 876 1 876
DS 

RD RR3B165JQ 864 0 0
CGACTTGTGATTACCTCATACAAAATACGATAATGTGAAAAGACCAACCAACAAATTAAA
TAAAGGAAAATAGAAATGGTGTCTTCTTTAGAAGTCATGGAAAAGCATAATAGCATCATC
AATCTTAAACCTAGCTGAAGTGAGCAACACACTCTTAACTCTGTACTTATTCCGTCTCTC
CTTCAGCGCTCCTTCTAGTTTCTCCACTGGCAGCAACAACGACTCTTTCTCTGAATCCGC
CTCATGGATAAACCTGAGACTCAAGTTTAACGAAGCATGATACATCTCATCCAATATTTG
CCTCGACACAATCGGCTTGTTTACCTTCCACAATAGGAACGGCATGTACACTCCCGTCAC
CGCCAATTTCTGCATATGTAAGTAACCATCTTTCCACATCTTCAAAAGGACTTGCGGCGT
GTCTTTCTTTTCAGTCAGTGCAGCATCAGCAATCTTATCGGTCTCAACAAAACGGTCTTC
CTGTGATAAGTATCTGAACATTCTGAAAGCTTCTTTCCCATATCTTCTCATAACTACTGA
TTCCATCTCATCTTTCTGTGCTACACTGATAATGGATTTAAAATCAAACTATGTATGACT
CATCTGTTTTTATCACAAACGCTGGTAGATAGGAAGACGTTGCACTCAATTGCTCAAGGC
ATTCTTCAACTCGCCCTTGTGTCATTTCGCGGCCTGCGTCTGTCTTTATAAGCTCGTCGT
AGATGGAATCCACTGACATCGGAACGGACTCGTCGGTTTTCGCCTTCTTCTCCTGAGATC
TTCCTACTTCCAACATTGCCTTCAAGACATTGGCACATCGTTCATCTCTCCGCTCTTTCA
CTATCTCCACACACGCCTTATGTC

QA 1 864 1 864
DS 



AS 1 2

CO CL6734Contig1 911 2 4 U
GGATTCTCTCATGTGGCAACAGCAGCAGCAACGCCACCACCAAAACGAAGTCGTGGAGGA
GAAGGAAGCTCTTTTCGAGAAACCCTTAACCCCAAGTGACGTCGGAAAACTAAACCGCCT
CGTCATCCCTAAACAGCACGCCGAGAGATACTTCCCTCTCGCCGCCGCGGCGGTAGACGC
CGTGGAGAAGGGATTGCTCCTCTGCTTCGAGGACGAGGAAGGTAAGCCATGGAGATTCAG
ATACTCGTATTGGAATAGTAGCCAGAGTTACGTCTTGACCAAAGGACGGAGCAGATATGT
TAAAGAGAAGCAACTTGACGCCGGCGACGTTGTTATCTTTCATCGCCACCGTGCTGACGG
TGGAAGATTCTTCATTGGCTGGAGAAGGCGCGGCGACTCTTCATCCTCCTCCGACTCTTA
TCGCCGTCTTCAATCCAATGCCTATCCTCATGCAGTTAACCGGATAGTAGGTGCTCAAGC
GGTGGAGAACCAGAGAGGTAACTCCAAGACATTGAGACTTTTCGGAGTGAACATGGAGTG
CCAGATAGATTCGGACTGTTCCGAGCCATCCACACCTGACGGTTTCACCACATGTCCAAC
CAATCACGACCAGTTTTCGTATCTAACCTGAACACTATCCTCCTCCGCACTACATGGACG
TAAGCTTTTACAGGAGATGCGCACCAGACGAGAAGCCAACAAGGGTAGAACAAATACTTC
ACATCTGGTCCCTGTGTTTTAGATGTTGATCCAATAAATTTACAAGCTTCATTTTGAATT
ATTTATAGCAAAATCGTATTGATATTCTTCTTTTAACCTTTCTCAGTTTTCACCCTCTTA
TTTTTATTCTTCTCTATGTATTAGATTCTTTTCTATTAGTTAACAATTGTATAGAATTCA
AAGTTCTGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD47TF U 1
AF RR3GD47JQ C 400
BS 1 731 RR3GD47TF
BS 732 732 RR3GD47JQ
BS 733 755 RR3GD47TF
BS 756 911 RR3GD47JQ

RD RR3GD47TF 755 0 0
GGATTCTCTCATGTGGCAACAGCAGCAGCAACGCCACCACCAAAACGAAGTCGTGGAGGA
GAAGGAAGCTCTTTTCGAGAAACCCTTAACCCCAAGTGACGTCGGAAAACTAAACCGCCT
CGTCATCCCTAAACAGCACGCCGAGAGATACTTCCCTCTCGCCGCCGCGGCGGTAGACGC
CGTGGAGAAGGGATTGCTCCTCTGCTTCGAGGACGAGGAAGGTAAGCCATGGAGATTCAG
ATACTCGTATTGGAATAGTAGCCAGAGTTACGTCTTGACCAAAGGACGGAGCAGATATGT
TAAAGAGAAGCAACTTGACGCCGGCGACGTTGTTATCTTTCATCGCCACCGTGCTGACGG
TGGAAGATTCTTCATTGGCTGGAGAAGGCGCGGCGACTCTTCATCCTCCTCCGACTCTTA
TCGCCGTCTTCAATCCAATGCCTATCCTCATGCAGTTAACCGGATAGTAGGTGCTCAAGC
GGTGGAGAACCAGAGAGGTAACTCCAAGACATTGAGACTTTTCGGAGTGAACATGGAGTG
CCAGATAGATTCGGACTGTTCCGAGCCATCCACACCTGACGGTTTCACCACATGTCCAAC
CAATCACGACCAGTTTTCGTATCTAACCTGAACACTATCCTCCTCCGCACTACATGGACG
TAAGCTTTTACAGGAGATGCGCACCAGACGAGAAGCCAACAAGGGTAGAACAAATACTTC
ACATCTGGTCC*TGTGTTTTAGATGTTGATCCAAT

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3GD47JQ 512 0 0
TTCATCCTCCTCCGACTCTTATCGCCGTCTTCAATCCAATGCCTATCCTCATGCAGTTAA
CCGGATAGTAGGTGCTCAAGCGGTGGAGAACCAGAGAGGTAACTCCAAGACATTGAGACT
TTTCGGAGTGAACATGGAGTGCCAGATAGATTCGGACTGTTCCGAGCCATCCACACCTGA
CGGTTTCACCACATGTCCAACCAATCACGACCAGTTTTCGTATCTAACCTGAACACTATC
CTCCTCCGCACTACATGGACGTAAGCTTTTACAGGAGATGCGCACCAGACGAGAAGCCAA
CAAGGGTAGAACAAATACTTCACATCTGGTCCCTGTGTTTTAGATGTTGATCCAATAAAT
TTACAAGCTTCATTTTGAATTATTTATAGCAAAATCGTATTGATATTCTTCTTTTAACCT
TTCTCAGTTTTCACCCTCTTATTTTTATTCTTCTCTATGTATTAGATTCTTTTCTATTAG
TTAACAATTGTATAGAATTCAAAGTTCTGGAT

QA 1 512 1 512
DS 



AS 1 2

CO CL6735Contig1 1130 2 2 U
GGGGAAAACAAAACACGAGTTTAAAGAGATTCATTTGAGCTTTAAGGATTCAAGAATTCG
AAAGAGCTGTCTCTCCTTCGATTCCAGAATCATTTGTAGATCAATAAGGTTGTATCACTG
GTGGCTAAGTTAAAATTATGTCCGATCATCTGAGTTTATGTACGGATCGTCTCATAACTG
CTGAGAGCCTGAAGTCAGAAAAAAATGCTGATTCTTCTGGAGAGACTTGCGCGAACTTGG
CTTCTTCTTCTTCATCTACGAATGAAGCTGAGGTAGTAGCGAGGCAGAACTATGCTGCCG
TTGAGGAAGAGGAACCACTTCTCCAGTCTGTTGAGTGCCGTATTTGCCAGGAGGAAGATA
CCACTAAGAACCTGGAGGCTCCTTGTAGTTGTAATGGCAGTTTGAAGTATGCCCATCGCA
AGTGTGTTCAGCGTTGGTGTAATGAGAAAGGCGACATAACTTGCGAAATATGCCACCAGG
CTTATCAACCTGGATATACAGCACCTCTGCCTCCTGATGAAACAATAATTCACATTGGTG
ACAACTGGGAGAATGGAGTTCCCTTGGACTTGAGTGACCCACGCATCCTGGCAATGGCTG
CAGCAGAACGCCATTTCTTGGAAGCTGACTATGACGACTACTCTGAGTCTAACTCTAGCG
GAGCTGCCTTTTGCCGCTCTGCTGCTCTCATCCTAATGACACTTTTACTGCTACGTGATG
CCCTAAACCTCACAGCTAACCCAGATGACGAGGACGACCCAACAGCCTTCTTCTCGCTTT
TTCTTTTTCGTGCTGCCGGATTTCTCCTGCCATGTTACATCATGGCATGTGCCATCGGTA
TGCTCCGACGCCGGAGGCAAAGACAGGAAGCAGCTGTAGCTGCGGCGGAAGTTGCTTTCA
TGATACACGGTGGTGTGCCTCCCCAACGCAGGGGACTTCACTTTGCTGTAGTACCACCAG
AGCAGCCGCCCATACCCAACCAAACACCTGTCTGATCTTTGAAGTCAGTTTGATTTTCCG
GTAAGACTATTTATTACTAAAGAAAGGAACTGTGAACTTGGTTTTTAAAAGAAAAGAATG
TCCCACCTACTTATGTTTATCATCATCTTCCTTATATGTTTGTGTTCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FE30TF U 1
AF RR3FE30JQ C 386
BS 1 736 RR3FE30TF
BS 737 1130 RR3FE30JQ

RD RR3FE30TF 736 0 0
GGGGAAAACAAAACACGAGTTTAAAGAGATTCATTTGAGCTTTAAGGATTCAAGAATTCG
AAAGAGCTGTCTCTCCTTCGATTCCAGAATCATTTGTAGATCAATAAGGTTGTATCACTG
GTGGCTAAGTTAAAATTATGTCCGATCATCTGAGTTTATGTACGGATCGTCTCATAACTG
CTGAGAGCCTGAAGTCAGAAAAAAATGCTGATTCTTCTGGAGAGACTTGCGCGAACTTGG
CTTCTTCTTCTTCATCTACGAATGAAGCTGAGGTAGTAGCGAGGCAGAACTATGCTGCCG
TTGAGGAAGAGGAACCACTTCTCCAGTCTGTTGAGTGCCGTATTTGCCAGGAGGAAGATA
CCACTAAGAACCTGGAGGCTCCTTGTAGTTGTAATGGCAGTTTGAAGTATGCCCATCGCA
AGTGTGTTCAGCGTTGGTGTAATGAGAAAGGCGACATAACTTGCGAAATATGCCACCAGG
CTTATCAACCTGGATATACAGCACCTCTGCCTCCTGATGAAACAATAATTCACATTGGTG
ACAACTGGGAGAATGGAGTTCCCTTGGACTTGAGTGACCCACGCATCCTGGCAATGGCTG
CAGCAGAACGCCATTTCTTGGAAGCTGACTATGACGACTACTCTGAGTCTAACTCTAGCG
GAGCTGCCTTTTGCCGCTCTGCTGCTCTCATCCTAATGACACTTTTACTGCTACGTGATG
CCCTAAACCTCACAGC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3FE30JQ 745 0 0
TAGTTGTAATGGCAGTTTGAAGTATGCCCATCGCAAGTGTGTTCAGCGTTGGTGTAATGA
GAAAGGCGACATAACTTGCGAAATATGCCACCAGGCTTATCAACCTGGATATACAGCACC
TCTGCCTCCTGATGAAACAATAATTCACATTGGTGACAACTGGGAGAATGGAGTTCCCTT
GGACTTGAGTGACCCACGCATCCTGGCAATGGCTGCAGCAGAACGCCATTTCTTGGAAGC
TGACTATGACGACTACTCTGAGTCTAACTCTAGCGGAGCTGCCTTTTGCCGCTCTGCTGC
TCTCATCCTAATGACACTTTTACTGCTACGTGATGCCCTAAACCTCACAGCTAACCCAGA
TGACGAGGACGACCCAACAGCCTTCTTCTCGCTTTTTCTTTTTCGTGCTGCCGGATTTCT
CCTGCCATGTTACATCATGGCATGTGCCATCGGTATGCTCCGACGCCGGAGGCAAAGACA
GGAAGCAGCTGTAGCTGCGGCGGAAGTTGCTTTCATGATACACGGTGGTGTGCCTCCCCA
ACGCAGGGGACTTCACTTTGCTGTAGTACCACCAGAGCAGCCGCCCATACCCAACCAAAC
ACCTGTCTGATCTTTGAAGTCAGTTTGATTTTCCGGTAAGACTATTTATTACTAAAGAAA
GGAACTGTGAACTTGGTTTTTAAAAGAAAAGAATGTCCCACCTACTTATGTTTATCATCA
TCTTCCTTATATGTTTGTGTTCTCG

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL6736Contig1 717 2 10 U
GGGCAGAAATCACCCCACTGGTTCGTTCGTGCATCTTTTTATAACCCCAAAATTATATTA
ATAAAATAAAAAAAAAAATGTAAATCACAGCCCAAATATGCTACCAATTTCAGCTAAAAA
ATGTGAAGATGTTGAATGAATAGAATAAATCAAACCCATAGCCTCTCATCCAGTCGCAGC
CAAACAAGATCTTCAATCGAGTTTGATTGTAAGACGACGAATCGGAGGGGTTATTCTCCG
GTAACTGCGTCATCCTCATCATGTTGGAGGCTCCGAGTTATCTGGTGTCAAGGGACTTAC
CATCTTCATGTGAGGAAGAGAGCAAATGGATATACAACGCTCACTGCGTCCTTCAGCTCT
CCTTGAAGAAGCGTTTGTTAGATCAAGAAGGAAGTTACACGAGAAAAAAAATGCTACGTC
TTGAGAGTTCTAACCAAACTCAGCAAGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGATCAACAGA
GTCCACCTGTAACTACGCTTGACCAAAACGCACTACTCAACTGCTTAGCTCACTGTTCCT
TATCTGACTTCCGCTCCATCGCCTCAACGAACAGAACCTTCCGCTCGCTCATCAAGAACA
GCGAGCTCTACAGGCTGAGACGAGCAAAGGGCATCGTGGAGCATTGGATATACTTCTCTT
GCGTGCTCTTGGAATGGGAAGCTTACGATCCAAACGGAGACCGTTGGCTGCGTGTAC


BQ
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AF RR3HB71TF U 1
AF RR3E712TF U 62
BS 1 187 RR3HB71TF
BS 188 188 RR3E712TF
BS 189 194 RR3HB71TF
BS 195 195 RR3E712TF
BS 196 254 RR3HB71TF
BS 255 255 RR3E712TF
BS 256 331 RR3HB71TF
BS 332 332 RR3E712TF
BS 333 453 RR3HB71TF
BS 454 717 RR3E712TF

RD RR3HB71TF 453 0 0
GGGCAGAAATCACCCCACTGGTTCGTTCGTGCATCTTTTTATAACCCCAAAATTATATTA
ATAAAATAAAAAAAAAAATGTAAATCACAGCCCAAATATGCTACCAATTTCAGCTAAAAA
ATGTGAAGATGTTGAATGAATAGAATAAATCAAACCCATAGCCTCTCATCCAGTCGCAGC
CAAACAA*ATCTTCTATCGAGTTTGATTGTAAGACGACGAATCGGAGGGGTTATTCTCCG
GTAACTGCGTCATCTTCATCATGTTGGAGGCTCCGAGTTATCTGGTGTCAAGGGACTTAC
CATCTTCATGTGAGGAAGAGAGCAAATGGATTTACAACGCTCACTGCGTCCTTCAGCTCT
CCTTGAAGAAGCGTTTGTTAGATCAAGAAGGAAGTTACACGAGAAAAAAAATGCTACGTC
TTGAGAGTTCTAACCAAACTCAGCAAGGTGGTA

QA 1 453 1 453
DS 

RD RR3E712TF 656 0 0
GAATAAAAT
AAAAAAAATGTAAATCACAGCCCAAATATGCTACCAATTTCAGCTAAAAAATGTGAAGAT
GTTGAATGAATAGAATAAATCAAACCCATAGCCTCTCATCCAGTCGCAGCCAAACAAGAT
CTTCAATCGAGTTTGATTGTAAGACGA***ATCGGAGGG*TTATTCTCCGGTTACTGCGT
CATCCTCATCATGTTGGAGGCTCCGAGTTATCTGGTGTCAAGGGACTTACCATCTTCATG
TGAGGAAGAGAGCAAGTGGATATACAACGCTCACTGCGTCCTTCAGCTCTCCTTGAAGAA
GCGTTTGTTAGATCAAGAAGGAAGTTACACGAGAAAAAAAATGCTACGTCTTGAGAGTTC
TAACCAAACTCAGCAAGGTGGTAGTGGTGGTGGTGGTGGTGATCAACAGAGTCCACCTGT
AACTACGCTTGACCAAAACGCACTACTCAACTGCTTAGCTCACTGTTCCTTATCTGACTT
CCGCTCCATCGCCTCAACGAACAGAACCTTCCGCTCGCTCATCAAGAACAGCGAGCTCTA
CAGGCTGAGACGAGCAAAGGGCATCGTGGAGCATTGGATATACTTCTCTTGCGTGCTCTT
GGAATGGGAAGCTTACGATCCAAACGGAGACCGTTGGCTGCGTGTAC

QA 10 656 10 656
DS 



AS 1 2

CO CL6737Contig1 1155 2 2 U
GATTTTCGATAAAACCAACTTCCCTCTGTCTCTTTTCTTCATTCTCTCTCTCTTCTGTAA
CTTGTCTTCTTCTCTCCTCTGATTCCCTTTTTCTTCGGGAGCTTTAGATTTGATTAGTTA
GCGTCGATGAAGAAAGTTAAATCGGCAGCAGCGGCTAAGATGGTGCTCAAAGATGAGTGG
GTGGCGACGGCGATGACAGACGACGAGATGGTGGTAGAGCTTCTAATACGTCTGAAGCAC
GCGGGAACGGTTGTTTCGGAAGATCCAGCGACGAGTCTGCCTCCGCTGCGGTGGGGAGGA
GTCCGTCAACGGCGGTCACGGACCTCAAGATTTGGCGTCGGCGTTGCTGCCGTTTCGTTG
AAGAAGGATGTGTATTCCGCTAGAGGCAGTCCGAAGACTCCGCTCTCCTGGAGCGGCGGA
TCCGGAAGCGGCGTCGGCGGTTCTGTGTCTCCCTCAGCCGATGGATTCGAGGACACCAGT
CTCCTAGCTAGCTGCTCCACGTCTACAGTATCCGGATCTAAGGCTTTTCCCACAAACGAA
ATCACCAGTTCTTTCTCCAAGAGATTGAAGATAAAGAAGTCCTCTGAGCTTAAATACCAA
GAGAAGTTGAAGTTGAAGGAAAGAGTCGACCTTGAAAAGGATATTGCAAGTCTCCGAGCA
ACGTTCGACGAACAAAACTTTAGGAACCACAGGTTGAAGAGGATCAAGCTTGATATGAGT
TCAGGCCGTGTCAAGAACGAGACTCCTCAGGTTGATCTGATTGCTAAACCACAGGGGGAA
TCAAAATCTTGCAGAGCAGAGGACAATAAAACCGATAGCTCGGAAAATAAGGACAGCTTT
TTCTTCCTCCCTGATTTGAACATGGTACCAACCGAGGACGAGATATTGTATGGAACTAGC
TAAGAGGCTTATCTGAAGACTTTCGATCTCGATCTGATTACAATCATGAAAGGAGCCAGA
GAGACTTGATGAACGTAATAAGAGGTTTCATTCATTGTTTTCTGTCTCCTTCTTTATCGT
GGGGGAAATTTTAGGTTCTTTAATTTTTTTCTCTCTTTTGTCCCTATTCGTTGTACTTAA
AGCTGTGTTGGAAATTGTGTTTTTTTTTGTCAACGAAAATTGTGTTAATGACAACTAATA
GACTTTAATCTTTCC


BQ
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AF RR3FN42TF U 1
AF RR3FN42JQ C 587
BS 1 683 RR3FN42TF
BS 684 1155 RR3FN42JQ

RD RR3FN42TF 687 0 0
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CTTGTCTTCTTCTCTCCTCTGATTCCCTTTTTCTTCGGGAGCTTTAGATTTGATTAGTTA
GCGTCGATGAAGAAAGTTAAATCGGCAGCAGCGGCTAAGATGGTGCTCAAAGATGAGTGG
GTGGCGACGGCGATGACAGACGACGAGATGGTGGTAGAGCTTCTAATACGTCTGAAGCAC
GCGGGAACGGTTGTTTCGGAAGATCCAGCGACGAGTCTGCCTCCGCTGCGGTGGGGAGGA
GTCCGTCAACGGCGGTCACGGACCTCAAGATTTGGCGTCGGCGTTGCTGCCGTTTCGTTG
AAGAAGGATGTGTATTCCGCTAGAGGCAGTCCGAAGACTCCGCTCTCCTGGAGCGGCGGA
TCCGGAAGCGGCGTCGGCGGTTCTGTGTCTCCCTCAGCCGATGGATTCGAGGACACCAGT
CTCCTAGCTAGCTGCTCCACGTCTACAGTATCCGGATCTAAGGCTTTTCCCACAAACGAA
ATCACCAGTTCTTTCTCCAAGAGATTGAAGATAAAGAAGTCCTCTGAGCTTAAATACCAA
GAGAAGTTGAAGTTGAAGGAAAGAGTCGACCTTGAAAAGGATATTGCAAGTCTCCGAGCA
ACGTTCGACGAACAAAACTTTAG
AACC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3FN42JQ 569 0 0
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CAAGTCTCCGAGCAACGTTCGACGAACAAAACTTTAGGAACCACAGGTTGAAGAGGATCA
AGCTTGATATGAGTTCAGGCCGTGTCAAGAACGAGACTCCTCAGGTTGATCTGATTGCTA
AACCACAGGGGGAATCAAAATCTTGCAGAGCAGAGGACAATAAAACCGATAGCTCGGAAA
ATAAGGACAGCTTTTTCTTCCTCCCTGATTTGAACATGGTACCAACCGAGGACGAGATAT
TGTATGGAACTAGCTAAGAGGCTTATCTGAAGACTTTCGATCTCGATCTGATTACAATCA
TGAAAGGAGCCAGAGAGACTTGATGAACGTAATAAGAGGTTTCATTCATTGTTTTCTGTC
TCCTTCTTTATCGTGGGGGAAATTTTAGGTTCTTTAATTTTTTTCTCTCTTTTGTCCCTA
TTCGTTGTACTTAAAGCTGTGTTGGAAATTGTGTTTTTTTTTGTCAACGAAAATTGTGTT
AATGACAACTAATAGACTTTAATCTTTCC

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

CO CL6738Contig1 1017 2 2 U
GGATAACATGTGATTAATTAAGAGAGAATATCTGTTTGAAACAGAGTAACTCTGTTCCAG
TGGTTATTCTTTGAAGGAATGAAGCACACCTCTGCATCGATGGCGACAGCTATGCCTAAT
CTGGCCCCTGCTTTCATTTTCGTCATCGCTTGGGCTACTGGGATGGAGAAAGTGAAGCTA
AGTTGTATGTACAGTAGAGTTAAGATGGGAGGGACGGTGTTATGTGTGATGGGAGCTCTC
ATCATGAGCTTAATGCACAGTAGTGCAGCCACATCTAGCTCGCTCAAGGCTCTGCCTATT
GTCCCTGACGATGTGGCTTTGGACAAGGAGAAGATCTTAGGTTGCCTCTGTCTCTTCCTT
TCCATCTGCTGCTTGTCCTCAAGTATTGTCCTCCAGGCATCCATACTAGTCGAGTTTCCG
GCGCCTGTTTCTATGTTCTCAGTGGTAACTTTGATCGGTGGGTTCACCACGGTAGCTTTG
CAGTATGTTGTTAAGGGGAGTATGGATATGGGAAGTGCATCAGTAATCGGTCTCAAGAAT
CTTGTGGGAGGGTTGGTGAGTGGAGGAGGTTTAACTTTTAATGCATGGGTGATTAAGAGA
AAAGGACCAGTGGTTGTGTCTCTCTTTAGCCCAATTGCAACTGTGGTGTGTGTTGTTGTC
TCTGCTTTCTCCAGGGATGACAGTTTCCACCTTGGAAGCTTTGCGGGAATGACCTTGATG
TTTGGAGGACTTTACTTAGTTATCTGGGCTAAAGGAAAAGAGGATTGCGTAGAAGGAGAT
GAAGTGAAAGTATATGAAGAAGAAAGTGTGCTTACAACAGAGTTTGATCTTGAGAAGCCT
CTCTTGCGTTAAAGTCTTGTTTTCTTAGTGTTCATGTTTATTTGGTTATGTTTAAAGAAG
TAAGATCAATTTTACTTTATAGAATAGAATTATGTATTTTATTTTGGATATACAACAGAA
CTATCAATTACTTATATATTTGTCAAGTAATATGGGTTGAACAGCCAAAGTTTGTAC


BQ
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AF RR3F515TF U 1
AF RR3F515JQ C 314
BS 1 593 RR3F515TF
BS 594 1017 RR3F515JQ

RD RR3F515TF 593 0 0
GGATAACATGTGATTAATTAAGAGAGAATATCTGTTTGAAACAGAGTAACTCTGTTCCAG
TGGTTATTCTTTGAAGGAATGAAGCACACCTCTGCATCGATGGCGACAGCTATGCCTAAT
CTGGCCCCTGCTTTCATTTTCGTCATCGCTTGGGCTACTGGGATGGAGAAAGTGAAGCTA
AGTTGTATGTACAGTAGAGTTAAGATGGGAGGGACGGTGTTATGTGTGATGGGAGCTCTC
ATCATGAGCTTAATGCACAGTAGTGCAGCCACATCTAGCTCGCTCAAGGCTCTGCCTATT
GTCCCTGACGATGTGGCTTTGGACAAGGAGAAGATCTTAGGTTGCCTCTGTCTCTTCCTT
TCCATCTGCTGCTTGTCCTCAAGTATTGTCCTCCAGGCATCCATACTAGTCGAGTTTCCG
GCGCCTGTTTCTATGTTCTCAGTGGTAACTTTGATCGGTGGGTTCACCACGGTAGCTTTG
CAGTATGTTGTTAAGGGGAGTATGGATATGGGAAGTGCATCAGTAATCGGTCTCAAGAAT
CTTGTGGGAGGGTTGGTGAGTGGAGGAGGTTTAACTTTTAATGCATGGGTGAT

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3F515JQ 704 0 0
TGGCTTTGGACAAGGAGAAGATCTTAGGTTGCCTCTGTCTCTTCCTTTCCATCTGCTGCT
TGTCCTCAAGTATTGTCCTCCAGGCATCCATACTAGTCGAGTTTCCGGCGCCTGTTTCTA
TGTTCTCAGTGGTAACTTTGATCGGTGGGTTCACCACGGTAGCTTTGCAGTATGTTGTTA
AGGGGAGTATGGATATGGGAAGTGCATCAGTAATCGGTCTCAAGAATCTTGTGGGAGGGT
TGGTGAGTGGAGGAGGTTTAACTTTTAATGCATGGGTGATTAAGAGAAAAGGACCAGTGG
TTGTGTCTCTCTTTAGCCCAATTGCAACTGTGGTGTGTGTTGTTGTCTCTGCTTTCTCCA
GGGATGACAGTTTCCACCTTGGAAGCTTTGCGGGAATGACCTTGATGTTTGGAGGACTTT
ACTTAGTTATCTGGGCTAAAGGAAAAGAGGATTGCGTAGAAGGAGATGAAGTGAAAGTAT
ATGAAGAAGAAAGTGTGCTTACAACAGAGTTTGATCTTGAGAAGCCTCTCTTGCGTTAAA
GTCTTGTTTTCTTAGTGTTCATGTTTATTTGGTTATGTTTAAAGAAGTAAGATCAATTTT
ACTTTATAGAATAGAATTATGTATTTTATTTTGGATATACAACAGAACTATCAATTACTT
ATATATTTGTCAAGTAATATGGGTTGAACAGCCAAAGTTTGTAC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL6739Contig1 752 2 2 U
GGAAGTGAAAAAACAGAGCAAATGGCAATATCTCATCTTCTTTCTCCTTTACCATCTCTA
ACCGGAAACCTAACCCTAACCGGTCGTTCTTCTTCATCTCTCCCTCTAAACCCTAATCCC
CACTTCCCAAAACCAATACTTTCAAGGGAAAGAGCCGCCACACTCGTCCTCCGATCAAAA
GGAGACGACTCCGTCGACGCATCCGATCGTCTCATCTCAGCCGTCTGTTACTTCTACCCG
TTCTTCGACGGCATTCAGTACGGTAAATTCATCATCACGCAGTACCAACCTTTCCAGATT
CTCATCCAACCTCTGTTTCCCGCCATCAAGGCCTTCAAGAGCTTCCCTTTCAACGGCTTC
CTCATCTTCATCACTCTCTACTTCGTCGTCGTCAGGAACCAGAACTTCAGCAGGTACGTT
AGGTTCAACACGATGCAGGCCATCGTCCTCGACGTGCTGTTGATTTTCCCGGATTTGCTC
GAGAGGAGCTTCAACCCCAGAGATGGGTTTGGTCTGGATGTGGTGATGAGTCTGGACAGC
ACTGTGTTCCTCTTCTTGCTTGTCTCTTTGATCTATGGTTTTTCTGCTTGCTTGTTTGGT
CTGATTCCGAGGTTGCCCATTGTCGCTGATGCTGCTGATAGGCAAGTCCTTTGAACAAAC
AACATATATGTATATGTGATTGAACCTCTCTATGTTGAATCTGTTTCTGATAATGTAACT
TTTTGATCAATGAAAGGTTTTTCTGTCGCTGC


BQ
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AF RR3B668TF U 1
AF RR3B668JQ C 382
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BS 733 752 RR3B668JQ

RD RR3B668TF 732 0 0
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TTCTTCGACGGCATTCAGTACGGTAAATTCATCATCACGCAGTACCAACCTTTCCAGATT
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TTTTGATCAATG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3B668JQ 371 0 0
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GTCGCTGATGCTGCTGATAGGCAAGTCCTTTGAACAAACAACATATATGTATATGTGATT
GAACCTCTCTATGTTGAATCTGTTTCTGATAATGTAACTTTTTGATCAATGAAAGGTTTT
TCTGTCGCTGC

QA 1 371 1 371
DS 



AS 1 2

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CGACACTGACTCTGACTCTGATCCTGAGCCTTCTCCTGAGGGTCTCCCTCCGAAGCGGGT
GAAGATGGATGAGTCTGGAGTTGGAGGTGTGGCGAAAGCGATACTTGGGTTCACCGAGGC
TTATGAGAAGGCGGAGACTGCGAAGCTTAAGCTGATGTTGGAGTTGGAGAAGGAGAGGAT
GGAGTTTGCTAAGGAGATGGAGTTGCAGAGGATGCAGTTCTTGAAAACTCAGATGGAGAT
AAGACAGAACAATCAAGAAGAAGAGAGGAGCAAGCGTGACGGTGATGATGATGATGATCG
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ATTTGCTATGATTAAAAAAACTTATTTAGATTGCTGGCTTAGGGTTTGTTGTTGTTGTTG
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TTTGTTGTTGTTATGTTATCTTGTCTGAATCATGAGTAAGCTTTCTGTTTTCTTAGAATC
AGAAACAAAGATACACACTTGTCTTGGTATAAACCTGAAAAGAGACAAAACTTAT


BQ
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AF RR3H145TF U 1
AF RR3H145JQ C 418
BS 1 670 RR3H145TF
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RD RR3H145TF 785 0 0
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GGTCGCCTCAGCGACGAAACCGCCTCCCTCCTCCTCCTCCTCTCAACAATCTCCGTTGAC
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CGGAGGAAGAGACGATTGCTGGAGCGAGGAAGCGACGAAGGTTCTAATCGAGGCGTGGGG
GGATCGATTCTCGGAGCCGGGGAAAGGAACGTTGAAGCAGCAACAGTGGCACCAAGTGGC
TGAGATCGTGAACGAGAGTGGTGAATGCAAGTACACCAAAACGGATGTTCAGTGTAAGAA
CAGGATCGATACGGTTAAGAAGAAGTATAAGCAAGAAAAGGCCAAGATTGGGCCTAGTAA
ATGGGTTTTCTTCAAAAAGCTCGAGGCTTTGATCAGTGGTGGTGGCGGGAAGGCTCCAGC
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CGACACTGACTCTGACTCTGATCCTGAGCCTTCTCCTGAGGGTCTCCCTCCGAAGCGGGT
GAAGATGGATGAGTCTGGAGTTGGAGGTGTGGCGAAAGCGATACTTGGGTTCACCGAGGC
TTATGAGAAG*CGGAGACTGCGAAGCTTAAGCTGATGTTGGAGTTGGAGAAG*AGAGGAT
GGAGTTTGCTAAGGAGATGGAGTTGCAGAGGATGCAGTTCTTGAAA*CTCAGATGGAGAT
AAGAC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3H145JQ 718 0 0
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GGCTTATGAGAAGGCGGAGACTGCGAAGCTTAAGCTGATGTTGGAGTTGGAGAAGGAGAG
GATGGAGTTTGCTAAGGAGATGGAGTTGCAGAGGATGCAGTTCTTGAAAACTCAGATGGA
GATAAGACAGAACAATCAAGAAGAAGAGAGGAGCAAGCGTGACGGTGATGATGATGATGA
TCGCAATGTTAAGATTAATGGCGATGTAAGTAGCTGACAATTGAACACAAATGTTTTATG
GTAATTTGCTATGATTAAAAAAACTTATTTAGATTGCTGGCTTAGGGTTTGTTGTTGTTG
TTGTACTTTGTGGGATATGTAAATGTAGAAGTTTATTGCTGGGGTTCAGACAACTGTGAT
GACTTTGTTGTTGTTATGTTATCTTGTCTGAATCATGAGTAAGCTTTCTGTTTTCTTAGA
ATCAGAAACAAAGATACACACTTGTCTTGGTATAAACCTGAAAAGAGACAAAACTTAT

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL6741Contig1 1160 2 4 U
GAGACTAGCTTTGGTGCAGACAGGATTGTTGAACCACATATACTTGAAAATGCAGAGAGA
TCTGCCAAAAATCAGAAACTGAAGATTTGGGAAAACTATGTTGAAGGACAGGAAGTCTCA
AACGGAAGTACAACCGTTGAGACCAGACGAAAGGAGACCTTAAAGGTTGCTGTTACTGAA
GTGCTCGGAGGTGGTCGGTTCTATGTTCAAACGGTTGGTGATCAGAGGATAGCTTCTGTT
CAGAACCAGCTTGCATCTTTGAGTGTTAAAGATGCTCCAATCATTGGATCTTTCAACCCT
AAGAGAGGTGACATTGTTCTTGCACAGTTTAGCCTTGACAACTCCTGGAACCGTGCAATG
ATTGTGAATGCGCCAAGAGCAGCTGTTGAGTCTCCAGATGAGAAGTTCGAAGTGTTCTAT
ATAGATTATGGAAACCAAGAGGAAGTCCCTTACAGCGCAATCCGACCAGTTGATCCTTCC
GTCTCCTCAGCACCAGGGCTTGCTCAGCTATGCAGACTCGCTTACATCAAGGTTCCTAGC
TTGGAAGAAGACTTTGGTCCTGAAGCAGGAGAGTATTTGCATACAATAACGCTAGGTAGT
GGCAAAGAGTTCAAAGCAGTCATAGAAGAAAGAGACGCATCTGGTGGCAAAGTCAAAGGA
CAAGGCACTGGAACTGAACTTGTTGTCACTCTCATTGCTGTCGATGATGAGATCTCTGTG
AACGCTGCAATGCTTCAGGGAGGAATAGCGAGGATGGAGAAACGTAGGAGATTTGAGCAC
AAGGACAAGAAAGCTGCTCTTGATGGTTTGGAGAAGTTCCAAGAGGAAGCTCGCAAGTCA
AGAACTGGAATCTGGCAGTACGGTGACGTGGAATCAGATGATGAGGACACTGCTCCGGCT
AGAAAGCCTGCCGGTGGTGGTCGCCGGTAAGTTATCATCGGAGATCGATATAAGTTGTGA
TATGGTGCAAAGGGACCATAAGGTAGTAGGAGGGAGAGAAGAAAGTGTCAGGTCGGTTTC
TTTAAAAAGTTTAAAGACATGTTCATCGAACTTTTTTGTAACGTTTTAGATTGTTCCTTC
TTTTTTTTCTAATTTATAGTTTTGACTTTGAAAGAGAGTTTTCTTTGTAGGACTTCAAAT
AAAAGGAAGAAGTTCGGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H903TF U 1
AF RR3H903JQ C 367
BS 1 664 RR3H903TF
BS 665 665 RR3H903JQ
BS 666 721 RR3H903TF
BS 722 1160 RR3H903JQ

RD RR3H903TF 724 0 0
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GTGCTCGGAGGTGGTCGGTTCTATGTTCAAACGGTTGGTGATCAGAGGATAGCTTCTGTT
CAGAACCAGCTTGCATCTTTGAGTGTTAAAGATGCTCCAATCATTGGATCTTTCAACCCT
AAGAGAGGTGACATTGTTCTTGCACAGTTTAGCCTTGACAACTCCTGGAACCGTGCAATG
ATTGTGAATGCGCCAAGAGCAGCTGTTGAGTCTCCAGATGAGAAGTTCGAAGTGTTCTAT
ATAGATTATGGAAACCAAGAGGAAGTCCCTTACAGCGCAATCCGACCAGTTGATCCTTCC
GTCTCCTCAGCACCAGGGCTTGCTCAGCTATGCAGACTCGCTTACATCAAGGTTCCTAGC
TTGGAAGAAGACTTTGGTCCTGAAGCAGGAGAGTATTTGCATACAATAACGCTAGGTAGT
GGCAAAGAGTTCAAAGCAGTCATAGAAGAAAGAGACGCATCTGGTGGCAAAGTCAAAGGA
CAAG*CACTGGAACTGAACTTGTTGTCACTCTCATTGCTGTCGATGATGAGATCTCTGTG
A
CGC

QA 1 721 1 721
DS 

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AATGCGCCAAGAGCAGCTGTTGAGTCTCCAGATGAGAAGTTCGAAGTGTTCTATATAGAT
TATGGAAACCAAGAGGAAGTCCCTTACAGCGCAATCCGACCAGTTGATCCTTCCGTCTCC
TCAGCACCAGGGCTTGCTCAGCTATGCAGACTCGCTTACATCAAGGTTCCTAGCTTGGAA
GAAGACTTTGGTCCTGAAGCAGGAGAGTATTTGCATACAATAACGCTAGGTAGTGGCAAA
GAGTTCAAAGCAGTCATAGAAGAAAGAGACGCATCTGGTGGCAAAGTCAAAGGACAAGGC
ACTGGAACTGAACTTGTTGTCACTCTCATTGCTGTCGATGATGAGATCTCTGTGAACGCT
GCAATGCTTCAGGGAGGAATAGCGAGGATGGAGAAACGTAGGAGATTTGAGCACAAGGAC
AAGAAAGCTGCTCTTGATGGTTTGGAGAAGTTCCAAGAGGAAGCTCGCAAGTCAAGAACT
GGAATCTGGCAGTACGGTGACGTGGAATCAGATGATGAGGACACTGCTCCGGCTAGAAAG
CCTGCCGGTGGTGGTCGCCGGTAAGTTATCATCGGAGATCGATATAAGTTGTGATATGGT
GCAAAGGGACCATAAGGTAGTAGGAGGGAGAGAAGAAAGTGTCAGGTCGGTTTCTTTAAA
AAGTTTAAAGACATGTTCATCGAACTTTTTTGTAACGTTTTAGATTGTTCCTTCTTTTTT
TTCTAATTTATAGTTTTGACTTTGAAAGAGAGTTTTCTTTGTAGGACTTCAAATAAAAGG
AAGAAGTTCGGACT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL6742Contig1 801 2 2 U
GTAGCAAGAATGGAGCCTGTTGCATCTAAGCACAGTTTCAACACATTTGCCGAGCTGGTA
AGTGCCTGCTACTTTCAACGGATAGACCTATCAGCTCATGGATTTCACATCGTTCCCGAT
ATTGGATTTGACTGGATATCTGGAAAAGGAAATGCGTTTAGATACTACACATATGGAGCT
GCCTTTGCTGAAGTTGAGATAGATACACTGACTGGTGATTTTCACACAAGAGCAGCTGAT
ATAATGTTGGACCTCGGATACTCTCTTAACCCTGCCATTGATGTTGGACAAATAGAAGGA
GCATTTGTACAAGGACTAGGTTGGGTAGCTCTAGAAGAACTCAAATGGGGAGATGCAGCT
CATAAATGGATTAAGCCGGGAACGTTACTGACTTGTGGACCTGGAAACTACAAGATACCT
TCCATTAACGACGTTCCATTCAGCCTCAATGTTTCTCTTCTCAAGGGGAATCCGAACTTA
AAGGCGATACATTCATCTAAAGCAGTGGGTGAGCCACCGTTCTTTCTTGCATCCTCAGTC
TTCTTTGCGATCAAGGAAGCGATCAAAGCTGCTAGAGCCGAGGTGGGTCTCACCAACTGG
TTCCCTCTGGAGACTCCAGCCACGCCAGAGCGTATAAGAATGGCTTGTTTTGATGAGTTT
TCAGCTCCTTTTATAAGCTCAGAGTTCTCCCCTAAGCTTAGTGTTTGAGCTTATATAAAC
TTAAAAAGGGAAAGACAAAAGATGGAACAGTGATAATGTTCTATGTAAGTTATTTCTAAT
CACCAAATAAATGTACATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EO27TF U 1
AF RR3EO27JQ C 202
BS 1 551 RR3EO27TF
BS 552 801 RR3EO27JQ

RD RR3EO27TF 551 0 0
GTAGCAAGAATGGAGCCTGTTGCATCTAAGCACAGTTTCAACACATTTGCCGAGCTGGTA
AGTGCCTGCTACTTTCAACGGATAGACCTATCAGCTCATGGATTTCACATCGTTCCCGAT
ATTGGATTTGACTGGATATCTGGAAAAGGAAATGCGTTTAGATACTACACATATGGAGCT
GCCTTTGCTGAAGTTGAGATAGATACACTGACTGGTGATTTTCACACAAGAGCAGCTGAT
ATAATGTTGGACCTCGGATACTCTCTTAACCCTGCCATTGATGTTGGACAAATAGAAGGA
GCATTTGTACAAGGACTAGGTTGGGTAGCTCTAGAAGAACTCAAATGGGGAGATGCAGCT
CATAAATGGATTAAGCCGGGAACGTTACTGACTTGTGGACCTGGAAACTACAAGATACCT
TCCATTAACGACGTTCCATTCAGCCTCAATGTTTCTCTTCTCAAGGGGAATCCGAACTTA
AAGGCGATACATTCATCTAAAGCAGTGGGTGAGCCACCGTTCTTTCTTGCATCCTCAGTC
TTCTTTGCGAT

QA 1 551 1 551
DS 

RD RR3EO27JQ 600 0 0
GATACACTGACTGGTGATTTTCACACAAGAGCAGCTGATATAATGTTGGACCTCGGATAC
TCTCTTAACCCTGCCATTGATGTTGGACAAATAGAAGGAGCATTTGTACAAGGACTAGGT
TGGGTAGCTCTAGAAGAACTCAAATGGGGAGATGCAGCTCATAAATGGATTAAGCCGGGA
ACGTTACTGACTTGTGGACCTGGAAACTACAAGATACCTTCCATTAACGACGTTCCATTC
AGCCTCAATGTTTCTCTTCTCAAGGGGAATCCGAACTTAAAGGCGATACATTCATCTAAA
GCAGTGGGTGAGCCACCGTTCTTTCTTGCATCCTCAGTCTTCTTTGCGATCAAGGAAGCG
ATCAAAGCTGCTAGAGCCGAGGTGGGTCTCACCAACTGGTTCCCTCTGGAGACTCCAGCC
ACGCCAGAGCGTATAAGAATGGCTTGTTTTGATGAGTTTTCAGCTCCTTTTATAAGCTCA
GAGTTCTCCCCTAAGCTTAGTGTTTGAGCTTATATAAACTTAAAAAGGGAAAGACAAAAG
ATGGAACAGTGATAATGTTCTATGTAAGTTATTTCTAATCACCAAATAAATGTACATTAC

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

CO CL6743Contig1 513 2 2 U
GATAAAACATATATAAAAATAACAATAACATTTCATTTTACATCAAATCAAAGCCAGGTT
CAGGATCCGCCATCATCAAATTCAAACACACACAAAATAAACATTGACGCAAGCACAACA
GCATGAAACACTAACACATACAATACAAACATATTTCCATAAAAAAAACATATTTCCATC
AGTAATCATAGCCCATGGGTAGATAAGAAGGTTCCCTCTCTTCCATGTTGGAGGCTTTTA
TCTTTCGTTTTAGATAATGGAGCTTACAATGATCTGGAAGTGCATAGAATATGCCGCGTG
AAACCTCCTCTTTTGCAAAGAATTCTATAGACTCCCAGTAAAGGGGGCTCTTATGAACCA
ACCCATTAACCTCCCCTACTCGCTTAACAAGTACGGCCATTCTCTCTTCAATCGATGGTT
GGGATCGAAAACTTTCATTAGTCACTGCGCTAGGCCTAGATGCCATGTCTGTCTAGTACA
AAATCCGATAAAGTGGACGCCAGAATGATAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A652TF C 1
AF RR3A652JQ U 13
BS 1 12 RR3A652TF
BS 13 513 RR3A652JQ

RD RR3A652TF 363 0 0
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CAGGATCCGCCATCATCAAATTCAAACACACACAAAATAAACATTGACGCAAGCACAACA
GCATGAAACACTAACACATACAATACAAACATATTTCCATAAAAAAAACATATTTCCATC
AGTAATCATAGCCCATGGGTAGATAAGAAGGTTCCCTCTCTTCCATGTTGGAGGCTTTTA
TCTTTCGTTTTAGATAATGGAGCTTACAATGATCTGGAAGTGCATAGAATATGCCGCGTG
AAACCTCCTCTTTTGCAAAGAATTCTATAGACTCCCAGTAAAGGGGGCTCTTATGAACCA
ACC

QA 1 363 1 363
DS 

RD RR3A652JQ 501 0 0
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TCATCAAATTCAAACACACACAAAATAAACATTGACGCAAGCACAACAGCATGAAACACT
AACACATACAATACAAACATATTTCCATAAAAAAAACATATTTCCATCAGTAATCATAGC
CCATGGGTAGATAAGAAGGTTCCCTCTCTTCCATGTTGGAGGCTTTTATCTTTCGTTTTA
GATAATGGAGCTTACAATGATCTGGAAGTGCATAGAATATGCCGCGTGAAACCTCCTCTT
TTGCAAAGAATTCTATAGACTCCCAGTAAAGGGGGCTCTTATGAACCAACCCATTAACCT
CCCCTACTCGCTTAACAAGTACGGCCATTCTCTCTTCAATCGATGGTTGGGATCGAAAAC
TTTCATTAGTCACTGCGCTAGGCCTAGATGCCATGTCTGTCTAGTACAAAATCCGATAAA
GTGGACGCCAGAATGATAGAG

QA 1 501 1 501
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGCACGAGCCATCGGTGTGGAGCTAGTCAGCTTTGAAGTAGCTATTTCGACTGCAGACTT
CATCTCTTTGCACCTTCCCCTCACCGCTGCTACGTCCAAGATGCTGAATGACGAGACCTT
TGCGAGGATGAAGAGAGGAGTACGTATTGTCAACGTTGCTCGGGGTGGAGTGATTGACGA
GGAAGCTCTCTTGAGGGCGCTTGACTCTGGTCTTGTCGCTCAGGCTGCTCTTGATGTTTT
CACTGTGGAGCCGCCTGTTAAAGACAACAAGTTGGTGTTGCATGAGAGTGTAACCGCCAC
GCCTCATCTTGGTGCCAGTACTATGGAGGCTCAGGAAGGAGTGGCGGTAGAAATCGCTGA
AGCTGTTGTTGGAGCTTTGAGAGGAGAACTTGCTGCTACTGCGGTCAATGCACCAATGGT
TCCACCAGAGGTGTTGAGGGAGCTGAAACCGTATGTTGTGCTAGCTGAAAAGCTTGGGAG
ATTGGCTGTACAACTTGTAACCGGTGGAAGCGGTGTGGATGCAGTGAAAGTGACTTACGC
TTCTTCAAGATGTCCTGATGATCTAGACACAAGACTACTCCGTGCCATGGTCATAAAGGG
ACTCATTGAACCCATTTCCAGCGTGTTCATAAACCTGGTTAACTCTGATTACGTTGCTAA
GCAACGCGGAGTCAAAATCTCAGAAGAACGAATGGTTCTAGACGGCTCACCTGAGGAACC
AATTGAGTACATAACTGTCCGGATAGCAAACGTTGAATCAAGATTTGCAAGCGCGTTATC
TGAGTCAGGAGAGATCAAAGTAGAAGGCAGAGTGAAACAAGGAGTTCCAAGTCTAACAAA
AGTGGGGTTATTTGGAGTGGATGTGAGTTTAGAAGGGAGCGTGATTCTGTGCAGGCAAGT
TGATCAGCCTGGGATGATTGGCAAAGTTGCTAGCATCTTAGGAGATGAAAACGTGAATGT
GAGCTTCATGAGCGTTGGAAGGATAGCTCCGGGGAAGCAAGCGGTGATGGCTATTGGTGT
AGATGAACAACCTAGCAAGGAAACTTTGAAGAAGATCGGTGACATTTCTGCCATTGAAGA
GTTTGTTTTTCTTAAACTATAGTTTAATACATTCCATTGATGCACATAAGAAAACTTCAA
ATGATATAATAATCTTATTGGATTATTGGATGATTCATTCTGTACTAATCATACAATCGA
GTGTATATGAAACAATTTACATAGTTTGGTTTAGTGATGTGCCAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BC55TF U 1
AF RR3BC55JQ C 331
BS 1 682 RR3BC55TF
BS 683 1247 RR3BC55JQ

RD RR3BC55TF 682 0 0
GGCACGAGCCATCGGTGTGGAGCTAGTCAGCTTTGAAGTAGCTATTTCGACTGCAGACTT
CATCTCTTTGCACCTTCCCCTCACCGCTGCTACGTCCAAGATGCTGAATGACGAGACCTT
TGCGAGGATGAAGAGAGGAGTACGTATTGTCAACGTTGCTCGGGGTGGAGTGATTGACGA
GGAAGCTCTCTTGAGGGCGCTTGACTCTGGTCTTGTCGCTCAGGCTGCTCTTGATGTTTT
CACTGTGGAGCCGCCTGTTAAAGACAACAAGTTGGTGTTGCATGAGAGTGTAACCGCCAC
GCCTCATCTTGGTGCCAGTACTATGGAGGCTCAGGAAGGAGTGGCGGTAGAAATCGCTGA
AGCTGTTGTTGGAGCTTTGAGAGGAGAACTTGCTGCTACTGCGGTCAATGCACCAATGGT
TCCACCAGAGGTGTTGAGGGAGCTGAAACCGTATGTTGTGCTAGCTGAAAAGCTTGGGAG
ATTGGCTGTACAACTTGTAACCGGTGGAAGCGGTGTGGATGCAGTGAAAGTGACTTACGC
TTCTTCAAGATGTCCTGATGATCTAGACACAAGACTACTCCGTGCCATGGTCATAAAGGG
ACTCATTGAACCCATTTCCAGCGTGTTCATAAACCTGGTTAACTCTGATTACGTTGCTAA
GCAACGCGGAGTCAAAATCTCA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3BC55JQ 917 0 0
TCAGGAAGGAGTGGCGGTAGAAATCGCTGAAGCTGTTGTTGGAGCTTTGAGAGGAGAACT
TGCTGCTACTGCGGTCAATGCACCAATGGTTCCACCAGAGGTGTTGAGGGAGCTGAAACC
GTATGTTGTGCTAGCTGAAAAGCTTGGGAGATTGGCTGTACAACTTGTAACCGGTGGAAG
CGGTGTGGATGCAGTGAAAGTGACTTACGCTTCTTCAAGATGTCCTGATGATCTAGACAC
AAGACTACTCCGTGCCATGGTCATAAAGGGACTCATTGAACCCATTTCCAGCGTGTTCAT
AAACCTGGTTAACTCTGATTACGTTGCTAAGCAACGCGGAGTCAAAATCTCAGAAGAACG
AATGGTTCTAGACGGCTCACCTGAGGAACCAATTGAGTACATAACTGTCCGGATAGCAAA
CGTTGAATCAAGATTTGCAAGCGCGTTATCTGAGTCAGGAGAGATCAAAGTAGAAGGCAG
AGTGAAACAAGGAGTTCCAAGTCTAACAAAAGTGGGGTTATTTGGAGTGGATGTGAGTTT
AGAAGGGAGCGTGATTCTGTGCAGGCAAGTTGATCAGCCTGGGATGATTGGCAAAGTTGC
TAGCATCTTAGGAGATGAAAACGTGAATGTGAGCTTCATGAGCGTTGGAAGGATAGCTCC
GGGGAAGCAAGCGGTGATGGCTATTGGTGTAGATGAACAACCTAGCAAGGAAACTTTGAA
GAAGATCGGTGACATTTCTGCCATTGAAGAGTTTGTTTTTCTTAAACTATAGTTTAATAC
ATTCCATTGATGCACATAAGAAAACTTCAAATGATATAATAATCTTATTGGATTATTGGA
TGATTCATTCTGTACTAATCATACAATCGAGTGTATATGAAACAATTTACATAGTTTGGT
TTAGTGATGTGCCAAAT

QA 1 917 1 917
DS 



AS 1 2

CO CL6746Contig1 970 2 14 U
GGAAGACAATGTCGTCGAACAGCAGAGAAGCGAGGAGGCGGAAGATCTTAGAAAGAGGAT
CCGATCGTCTGGCCTTTATCACTGGTCAGATCAACGGCGTTCCTCCTCCTTCTTCCGATC
CCACTTCCCTTACTCAATCTCATCCCCGCACTAGTGATTCCTCACCGGAGACGACTCCGC
CTCCCGATCAGATACCTACGAATCGAGAAACAGCTTTCACCACTCATCAGGAAAACATCT
CCGAGCCTGAAAATATGGATCGTATCATCCATCCAAGCGGTGCAGACTCTCTTCAGCCTC
TCAACTATACAGAAACGTTGGCTGAAGCCTCCGCTTCAGACACCAGAGAGACAAGGGTAC
AACAGTCTCTTGCAACCCCATCAGTGACAGATTTGGGTGCTTCTCAAGCTTTTACTCCTC
TGGTTAGTTTTGTGAACACCGTCACTTCAAAACACATTGGAGCCGCCATTGATGCTTCCG
AATACGGACGGATGTTCTCATCTCTTTTGATCGCCCTTCTCGTCCTACTATCTCATCTCG
GCTTCTCTTCCCTAGGCAGCATTGTAAGCTTCAGACCTGTCTTCTTGCTTCTCTTGACCG
ATGCCACCATTGTGCTGGGACGTGTTCTACTGACCCATCATCATGGAGAACCTTCCTCGG
CTTCAAGGCGAGAAAACTCAGTAATGAATGGACAACAAGGCATAGCGGAGCAAGTGGGCA
ACGCCCTGGAGATGGTCTTGACGATGAAGAAGATAATGAACGCTGTTTCTATGGATTTTA
GCTTGTACGCTGTGTTTCTCATATGCGGCCTCTTGTTCACATAAACCATCTTTGCTTAGC
TCCTCCTTGTAGGTTTCTGTTTTCTTATTTATTTCTGTTACTTTTTTTTATAGAGTACAC
TTGTGTGTGTCAAAACATATGTAATCCAGTATTTGGTTTGTTTGATAATAAAGACAAGCT
TTAATGTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH78TF U 1
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CCACTTCCCTTACTCAATCTCATCCCCGCACTAGTGATTCCTCACCGGAGACGACTCCGC
CTCCCGATCAGATACCTACGAATCGAGAAACAGCTTTCACCACTCATCAGGAAAACATCT
CCGAGCCTGAAAATATGGATCGTATCATCCATCCAAGCGGTGCAGACTCTCTTCAGCCTC
TCAACTATACAGAAACGTTGGCTGAAGCCTCCGCTTCAGACACCAGAGAGACAAGGGTAC
AACAGTCTCTTGCAACCCCATCAGTGACAGATTTGGGTGCTTCTCAAGCTTTTACTCCTC
TGGTTAGTTTTGTGAACACCGTCACTTCAAAACACATTGGAGCCGCCATTGATGCTTCCG
AATACGGACGGATGTTCTCATCTCTTTTGATCGCCCTTCTCGTCCTACTATCTCATCTCG
GCTTCTCTTCCCTAGGCAGCATTGTAAGCTTCAGACCTGTCTTCTTGCTTCTCTTGACCG
ATGCCACCATTGTGCTGGGACGTGTTCTACTGACCCATCATCATGGAGAACCTTCCTCGG
CTTCAAGGCGAGAAA*CTCAGTAATGAATGGACA*CAAGGCATAGCGGAGCAAGTGGGCA
*CGCCCTGGAGATGGTCTTGACGATGAAGA*GATA*TGAACGCTGTTTCTATGGATTT*A
GCTTGTACGCTGTGTTTCTCATATGCGGCCTCTTGTT

QA 1 817 1 817
DS 

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AGAAACGTTGGCTGAAGCCTCCGCTTCAGACACCAGAGAGACAAGGGTACAACAGTCTCT
TGCAACCCCATCAGTGACAGATTTGGGTGCTTCTCAAGCTTTTACTCCTCTGGTTAGTTT
TGTGAACACCGTCACTTCAAAACACATTGGAGCCGCCATTGATGCTTCCGAATACGGACG
GATGTTCTCATCTCTTTTGATCGCCCTTCTCGTCCTACTATCTCATCTCGGCTTCTCTTC
CCTAGGCAGCATTGTAAGCTTCAGACCTGTCTTCTTGCTTCTCTTGACCGATGCCACCAT
TGTGCTGGGACGTGTTCTACTGACCCATCATCATGGAGAACCTTCCTCGGCTTCAAGGCG
AGAAAACTCAGTAATGAATGGACAACAAGGCATAGCGGAGCAAGTGGGCAACGCCCTGGA
GATGGTCTTGACGATGAAGAAGATAATGAACGCTGTTTCTATGGATTTTAGCTTGTACGC
TGTGTTTCTCATATGCGGCCTCTTGTTCACATAAACCATCTTTGCTTAGCTCCTCCTTGT
AGGTTTCTGTTTTCTTATTTATTTCTGTTACTTTTTTTTATAGAGTACACTTGTGTGTGT
CAAAACATATGTAATCCAGTATTTGGTTTGTTTGATAATAAAGACAAGCTTTAATGTCTT

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL6747Contig1 992 2 2 U
GGATCTCTCCCCCGCCTACTGACTTTTATTCAAATTTACTGAGCAACACAATTAGGTTCA
ATCTTCGATCACGATGGAGATGGAGATGGAGGAAGGAGAGGGAACTACAGAGGAGAAGTA
CGACGTAGACATCGCGACCACGGCTTCTTCACTCGGCGGCTCCGGCGTCTTCCACATCAT
CAATGACATTATCGGTTTCGTCCTCTATATGCATCAGCAGATCCCTTCGGTATTGCAAGA
CATGACTCTTGACTTTGATGGATTGCAAACTGAGTTTACTGATCTGGAGGCGCATCTTAC
ACAGCCAGATGTGAAGCCACTGGTCAGGAGAAAACTATTGAGTAGGAAAAGAGAGGTGAA
GCTTGAAATTAAGAAACTCCAGAAACTGATGACCACCATCTCTACTCTCCGAGGCGCCCT
CCAGTTATTGATCCGTGAAGCTCCTCACATTCACAGAGTTGTGTTGATTCTTGGTGGTAG
TCCTTTACGTCCTCAAAAAGCTTATGAACTGTTCTTCACACACGGTGATAATGTTTTGAG
CTTTGAAGGTGACTTTTCCAAATGCAAAGCTACTGAAGCACTTTCCAAAAAGACTATCCG
AGCACTGATCTCGACGGGTGCTGGATCAACTTCGTGCCCAGGTCCAATGAGGCTCTTTAT
ATTGGTTCAAGCTCCACCTTCTCTGAATCTTCCCCAACATTTCCTTCCTAAACGTGACTT
CAGATACAACAGAAAGTTTGTGCCTCTAAAGCTGCGGTTCAAGTGCAAAACTCAAGATAA
TGAGACAAATGTTCCGTTCAACACTGACACAAATGATCTAATATGGTTTCAGTGTCGACA
TGTGATAAAGGGCATAGCTTTCCAGCAACCAGTCGAAGAATAATAAGACTTTTGAGTTTT
TGTTTCTGTCTGTTGCAACAACTACACTCTATCACTTGTCTTGTAATCCAGTCATGTACT
CTTTTATGGGTTTATTAACACCTTTCTAAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FO93TF U 1
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BS 592 992 RR3FO93JQ

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ATCTTCGATCACGATGGAGATGGAGATGGAGGAAGGAGAGGGAACTACAGAGGAGAAGTA
CGACGTAGACATCGCGACCACGGCTTCTTCACTCGGCGGCTCCGGCGTCTTCCACATCAT
CAATGACATTATCGGTTTCGTCCTCTATATGCATCAGCAGATCCCTTCGGTATTGCAAGA
CATGACTCTTGACTTTGATGGATTGCAAACTGAGTTTACTGATCTGGAGGCGCATCTTAC
ACAGCCAGATGTGAAGCCACTGGTCAGGAGAAAACTATTGAGTAGGAAAAGAGAGGTGAA
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CCAGTTATTGATCCGTGAAGCTCCTCACATTCACAGAGTTGTGTTGATTCTTGGTGGTAG
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CTTTGAAGGTGACTTTTCCAAATGCAAAGCTACTGAAGCACTTTCCAAAAA

QA 1 591 1 591
DS 

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TACACAGCCAGATGTGAAGCCACTGGTCAGGAGAAAACTATTGAGTAGGAAAAGAGAGGT
GAAGCTTGAAATTAAGAAACTCCAGAAACTGATGACCACCATCTCTACTCTCCGAGGCGC
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TAGTCCTTTACGTCCTCAAAAAGCTTATGAACTGTTCTTCACACACGGTGATAATGTTTT
GAGCTTTGAAGGTGACTTTTCCAAATGCAAAGCTACTGAAGCACTTTCCAAAAAGACTAT
CCGAGCACTGATCTCGACGGGTGCTGGATCAACTTCGTGCCCAGGTCCAATGAGGCTCTT
TATATTGGTTCAAGCTCCACCTTCTCTGAATCTTCCCCAACATTTCCTTCCTAAACGTGA
CTTCAGATACAACAGAAAGTTTGTGCCTCTAAAGCTGCGGTTCAAGTGCAAAACTCAAGA
TAATGAGACAAATGTTCCGTTCAACACTGACACAAATGATCTAATATGGTTTCAGTGTCG
ACATGTGATAAAGGGCATAGCTTTCCAGCAACCAGTCGAAGAATAATAAGACTTTTGAGT
TTTTGTTTCTGTCTGTTGCAACAACTACACTCTATCACTTGTCTTGTAATCCAGTCATGT
ACTCTTTTATGGGTTTATTAACACCTTTCTAAACC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL6748Contig1 982 2 8 U
GGAACGATGATGATGATGATGATGAGGATAACATACCGATTGCAACACTCAAGAACCTGA
AACCACAGAACCATGAGGAAGGAGAGAATCCTCTGGGGGGTTAAGGAGGCAGCGTCGAGT
GTCTTCAAGACTGAGAAAACAGAGAGATCTCGAAGAGATATTTACGTCTAGTGAAGGACA
TCAAACAGAGACTATAACTGGTAACGCTGAGGATGATGAGAATGAGACGGAAGAAGAGTC
AGAGAGCGAGAGTTTGAATGGGTTTATAGTTGATGATGATGAGTGTGCAAGCGAGGAGTA
GTTTGATGATACCGAGGACGGCGGCGGCAATGCCTGGAGGAGGAGGGATCTGATGGAGAA
GCCGATTACGCTGACGTCATTGCGAGACTGAGGAGGGACAAGAAACCCGGGGAACGTAAA
TGGGACCTCCAGGGAGATATGCTAGCAGCGTTCGGGAAAGACCCCGAGCTTTGCATGAGA
GCGGTTTGCGTTCTGTACAGGTTTCAGACGGAAGGCGAGAAGGCTACACGATCGAGTCAT
GTAGCTAACGGTCGCGGTTTCAGCATGTTTGACGCCGACAGGGGCACTCGCATAGGGCAG
TTCCTGACAGATGGAGATCCCGAGGGTGATTTGAAGAAATCGGTTGAGGAGTTGCGTAGT
TTCGAGTTCAACGCGGTTGAGATTTGCGAAGACTTGGCAAGACATTACTCGAAGCAGCTC
TTCGAGATCTATCACAACAGGGAAGATCCATTTTTCGCTGCTCCTCCATCTCCATGACTT
TGGTGAAACATGTTCGTTAATACCGGTAGTTACAAGTTATAACTAAGAAGCTAGCTTTTA
AAGGTTTTGTTTTCTTGTAAATTTCAGACCGTTTTGAGATGAAAACCGGAGCTTAATTAG
GGGACTTAATTCGCCTTTTTAGGTGTAAATTTAAGGGATTATCTGGATGGACCATGATGA
TAGACTGAAACTATTATTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX76TF U 1
AF RR3DX76JQ C 353
BS 1 689 RR3DX76TF
BS 690 690 RR3DX76JQ
BS 691 699 RR3DX76TF
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BS 701 705 RR3DX76TF
BS 706 706 RR3DX76JQ
BS 707 725 RR3DX76TF
BS 726 982 RR3DX76JQ

RD RR3DX76TF 725 0 0
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AACCACAGAACCATGAGGAAGGAGAGAATCCTCTGGGGGGTTAAGGAGGCAGCGTCGAGT
GTCTTCAAGACTGAGAAAACAGAGAGATCTCGAAGAGATATTTACGTCTAGTGAAGGACA
TCAAACAGAGACTATAACTGGTAACGCTGAGGATGATGAGAATGAGACGGAAGAAGAGTC
AGAGAGCGAGAGTTTGAATGGGTTTATAGTTGATGATGATGAGTGTGCAAGCGAGGAGTA
GTTTGATGATACCGAGGACGGCGGCGGCAATGCCTGGAGGAGGAGGGATCTGATGGAGAA
GCCGATTACGCTGACGTCATTGCGAGACTGAGGAGGGACAAGAAACCCGGGGAACGTAAA
TGGGACCTCCAGGGAGATATGCTAGCAGCGTTCGGGAAAGACCCCGAGCTTTGCATGAGA
GCGGTTTGCGTTCTGTACAGGTTTCAGACGGAAGGCGAGAAGGCTACACGATCGAGTCAT
GTAGCTAACGGTCGCGGTTTCAGCATGTTTGACGCCGACAGGGGCACTCGCATAGGGCAG
TTCCTGACAGATGGAGATCCCGAGGGTGATTTGAAGAAATCGGTTGAGGAGTTGCGTAGT
TTCGAGTTCAACGCGGTTGAGATTTGCGA*GACTTGGCA*GACAT*ACTCGAAGCAGCTC
TTCGA

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3DX76JQ 630 0 0
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AACGTAAATGGGACCTCCAGGGAGATATGCTAGCAGCGTTCGGGAAAGACCCCGAGCTTT
GCATGAGAGCGGTTTGCGTTCTGTACAGGTTTCAGACGGAAGGCGAGAAGGCTACACGAT
CGAGTCATGTAGCTAACGGTCGCGGTTTCAGCATGTTTGACGCCGACAGGGGCACTCGCA
TAGGGCAGTTCCTGACAGATGGAGATCCCGAGGGTGATTTGAAGAAATCGGTTGAGGAGT
TGCGTAGTTTCGAGTTCAACGCGGTTGAGATTTGCGAAGACTTGGCAAGACATTACTCGA
AGCAGCTTTTCGAGATCTATCACAACAGGGAAGATCCATTTTTCGCTGCTCCTCCATCTC
CATGACTTTGGTGAAACATGTTCGTTAATACCGGTAGTTACAAGTTATAACTAAGAAGCT
AGCTTTTAAAGGTTTTGTTTTCTTGTAAATTTCAGACCGTTTTGAGATGAAAACCGGAGC
TTAATTAGGGGACTTAATTCGCCTTTTTAGGTGTAAATTTAAGGGATTATCTGGATGGAC
CATGATGATAGACTGAAACTATTATTATTT

QA 1 630 1 630
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6750Contig1 971 2 2 U
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CGCGAGAAGTCCACTAAACCTTATCATTTAGAGGAGATAGAGAAGTCAGCAACGAAGGAA
GAAGAAGAAGAGCCACCTAAGTTAACCAAAGAGGAAGAGGAGTTAATTAAGAAAGAAGAG
GAGAAGAGGAAACAGAAGGAAGCCGCGAAGATGAAGGAGCAGCATCGCTTGGAGGAGATA
GCTAAAGCTAAAGAGGCAATGGAGAGGAAGAAGAAGAGAGAAGAAAAAGCAAAAGCAAGA
GCTGCTCTTAAGGCTCAGAAGGAAGCTGAAGAAAAGGAGAAGGAACGAGAACAGAAACTA
AGGAAGAAGGAGAGAAGAAAGGGAGTTGTTACACCAGAAGAGACGGCAGAAAACCCAACT
GAGACATCAGAAGCTGTAATCGAAACTCCGAGGGAGATTGAAACTCCAAAGAAACAAACC
ACTGAGGAGAGCCAACAAATCAAGAAGTCCCACAAAGCATCATCACAGTCTCTCAAACAA
AACAAGTCTAAATCTATTCCACTACCTTTAAGGAACCGTGCAAGCAAGAAAAAACTGAGG
CAGTGGATGTGGATTGGACTCATAGTTCTGGTCGCCTTCGCACTGTTCCTTCTCGGTAAC
GCAAATCTCTCCTTCTCTCCTGAAAATCTGTGGTTTATATAAAAAGAGTGGCACACTCTC
ACACACTTTCCCCTTCGTGCTTTTCTATAGTAAGTTTTGTGGGCTACTCTACTCATCTTT
ACCTAGTTTGGATTGTGTTTGGTGTTTTTTATTTATTTTGTTCTTAAAAGTGGAAGCTTT
GATTCATTGATTTCACACAGACAACAGACATTAGATTGGTTTTGCTTGCTGGGTATTGTC
TAAGAAACACGATTTTAAGTTTTGTTTTTATACCATAATATATTATTATAGCAATAATAA
TGTCTTCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A295TF U 1
AF RR3A295JQ C 437
BS 1 803 RR3A295TF
BS 804 971 RR3A295JQ

RD RR3A295TF 803 0 0
GGAATGATCCGGTGAAGTGTTCGGATCGCGGCGACGTGGGTGGTTCGCCGTCTGCGACGT
CGCGAGAAGTCCACTAAACCTTATCATTTAGAGGAGATAGAGAAGTCAGCAACGAAGGAA
GAAGAAGAAGAGCCACCTAAGTTAACCAAAGAGGAAGAGGAGTTAATTAAGAAAGAAGAG
GAGAAGAGGAAACAGAAGGAAGCCGCGAAGATGAAGGAGCAGCATCGCTTGGAGGAGATA
GCTAAAGCTAAAGAGGCAATGGAGAGGAAGAAGAAGAGAGAAGAAAAAGCAAAAGCAAGA
GCTGCTCTTAAGGCTCAGAAGGAAGCTGAAGAAAAGGAGAAGGAACGAGAACAGAAACTA
AGGAAGAAGGAGAGAAGAAAGGGAGTTGTTACACCAGAAGAGACGGCAGAAAACCCAACT
GAGACATCAGAAGCTGTAATCGAAACTCCGAGGGAGATTGAAACTCCAAAGAAACAAACC
ACTGAGGAGAGCCAACAAATCAAGAAGTCCCACAAAGCATCATCACAGTCTCTCAAACAA
AACAAGTCTAAATCTATTCCACTACCTTTAAGGAACCGTGCAAGCAAGAAAAAACTGAGG
CAGTGGATGTGGATTGGACTCATAGTTCTGGTCGCCTTCGCACTGTTCCTTCTCGGTAAC
GCAAATCTCTCCTTCTCTCCTGAAAATCTGTGGTTTATATAAAAAGAGTGGCACACTCTC
ACACACTTTCCCCTTCGTGCTTTTCTATAGTAAGTTTTGTGGGCTACTCTACTCATCTTT
ACCTAGTTTGGATTGTGTTTGGT

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3A295JQ 535 0 0
TAATCGAAACTCCGAGGGAGATTGAAACTCCAAAGAAACAAACCATTGAGGAGAGCCAAC
AAATCAAGAAGTCCCACAAAGCATCATCACAGTCTCTCAAACAAAACAAGTCTAAATCTA
TTCCACTACCTTTAAGGAACCGTGCAAGCAAGAAAAAACTGAGGCAGTGGATGTGGATTG
GACTCATAGTTCTGGTCGCCTTCGCACTGTTCCTTTTCGGTAACGCAAATCTCTCCTTCT
TTCCTGAAAATCTGTGGTTTATATAAAAAGAGTGGCACACTCTCACACACTTTCCCCTTC
GTGCTTTTCTATAGTAAGTTTTGTGGGCTACTCTACTCATCTTTACCTAGTTTGGATTGT
GTTTGGTGTTTTTTATTTATTTTGTTCTTAAAAGTGGAAGCTTTGATTCATTGATTTCAC
ACAGACAACAGACATTAGATTGGTTTTGCTTGCTGGGTATTGTCTAAGAAACACGATTTT
AAGTTTTGTTTTTATACCATAATATATTATTATAGCAATAATAATGTCTTCTCTT

QA 1 535 1 535
DS 



AS 1 2

CO CL6751Contig1 922 2 2 U
GGCCAGAAAATTGATGCGCCTTTCGGATATCCATAACGTCTCAACTTTCTATTAATCCGT
TCTTAACTCCAATTTCCTGCGTGATTAATCCACTCCTCTCACTGGAAGCATTCAATCGAC
CTCTTCGCATCTCCCTTCACTACTCCTATTTAAACGAATCCGTTCAATCCTCCATGCAAT
CAGAATCCCGTTCGTCTCTATAAGAAGAAGATAAAAGTCATTGCCATGAAATTTGTTAGA
TCCACCGGAAAATCTTGAATTTCTACGGTTCCAGAAGCAAAGAGATTTATCAGGGAGTCA
TACATGGAGATAAGATCCAAAGGAATGTTAGTTTAGAAGTGTAACCCGTGTTCCGATGAG
CTCCACCGCTGCCACTGAGGACCATAGTCAGAAACAAGTATAGTTCCGTCAAGATATCTA
TCTCGAACAACACGCTTCCACGGTTTGCTCAGGTGTGAAGCTAGAGAACATAAGGAAGAG
CTCCAAAGGCGTCATTATGCTCAAGTACGTTACTTGGGAAGTGAAAAGAGGAGAGAAAGC
AGGGTTAGTAGGCGTTAACGGAGCGGGGAAGACGACCCAGCTCAGGATCATCAAGAACGC
GTTCAGGTTACGTTATCAAGGCCAACCCAATATGAAAGTCACTTTCTTGAGCCTAGAGTT
CGAGGTTTCCATGAGCATTACTGTGAAGGAAAAGTTTATGGGTGCTTTCAAGGAAGAGAT
GGAGATAACCGAGAAGCTGGAGAAAATTCAGAAGGCTATTGGTGGGTCTGTTGATGGTTT
GGATCTTATGGGGAGGTTCTTAGACGAGATTGATATGTTGCAGAACTGTTGTATAGTGAA
AATATTATTCTTTCTGTCTCAAACAGAGGCTCTTAATCTGTAAGATATCTGTTGATTGAT
ATGAAGGGTATATTGCAGATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DU33TF U 1
AF RR3DU33JQ C 355
BS 1 708 RR3DU33TF
BS 709 922 RR3DU33JQ

RD RR3DU33TF 708 0 0
GGCCAGAAAATTGATGCGCCTTTCGGATATCCATAACGTCTCAACTTTCTATTAATCCGT
TCTTAACTCCAATTTCCTGCGTGATTAATCCACTCCTCTCACTGGAAGCATTCAATCGAC
CTCTTCGCATCTCCCTTCACTACTCCTATTTAAACGAATCCGTTCAATCCTCCATGCAAT
CAGAATCCCGTTCGTCTCTATAAGAAGAAGATAAAAGTCATTGCCATGAAATTTGTTAGA
TCCACCGGAAAATCTTGAATTTCTACGGTTCCAGAAGCAAAGAGATTTATCAGGGAGTCA
TACATGGAGATAAGATCCAAAGGAATGTTAGTTTAGAAGTGTAACCCGTGTTCCGATGAG
CTCCACCGCTGCCACTGAGGACCATAGTCAGAAACAAGTATAGTTCCGTCAAGATATCTA
TCTCGAACAACACGCTTCCACGGTTTGCTCAGGTGTGAAGCTAGAGAACATAAGGAAGAG
CTCCAAAGGCGTCATTATGCTCAAGTACGTTACTTGGGAAGTGAAAAGAGGAGAGAAAGC
AGGGTTAGTAGGCGTTAACGGAGCGGGGAAGACGACCCAGCTCAGGATCATCAAGAACGC
GTTCAGGTTACGTTATCAAGGCCAACCCAATATGAAAGTCACTTTCTTGAGCCTAGAGTT
CGAGGTTTCCATGAGCATTACTGTGAAGGAAAAGTTTATGGGTGCTTT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3DU33JQ 568 0 0
GATGAGCTCCACCGCTGCCACTGAGGACCATAGTCAGAAACAAGTATAGTTCCGTCAAGA
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GAAGAGCTCCAAAGGCGTCATTATGCTCAAGTACGTTACTTGGGAAGTGAAAAGAGGAGA
GAAAGCAGGGTTAGTAGGCGTTAACGGAGCGGGGAAGACGACCCAGCTCAGGATCATCAA
GAACGCGTTCAGGTTACGTTATCAAGGCCAACCCAATATGAAAGTCACTTTCTTGAGCCT
AGAGTTCGAGGTTTCCATGAGCATTACTGTGAAGGAAAAGTTTATGGGTGCTTTCAAGGA
AGAGATGGAGATAACCGAGAAGCTGGAGAAAATTCAGAAGGCTATTGGTGGGTCTGTTGA
TGGTTTGGATCTTATGGGGAGGTTCTTAGACGAGATTGATATGTTGCAGAACTGTTGTAT
AGTGAAAATATTATTCTTTCTGTCTCAAACAGAGGCTCTTAATCTGTAAGATATCTGTTG
ATTGATATGAAGGGTATATTGCAGATGG

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL6752Contig1 1077 2 2 U
GGGATCTTGGTGAAGCTCATTAACTATATCCTGTATGATCAACAATAAACCTAATTTTTC
TATATTCTCTCTCTCTCGTGATGAAAGGTGGAGGACCTTGGAATGAGCGAGGAGGCTGCT
CTCAGGTGGAAAATGCGAGTTCACCGAGAAATTCAGAGTCTCTTATCTCTCCCACGACAA
TTCTATTCAGTTCATGGAATGGGAAAAGCTTAGATTCACAAGAGAATAACACCGTTGATT
GATCGTACTAACATGGAAATGTATCCTCTCTGGTTTCACGGGAAACATCTCTGACTTTCA
AAGACCAAGCTTTTACCCAGCTGTCAGTAGGTTCACTTGGCGTAAGAATTCTCAAGTATC
TCGTAAAACTCTTTGTTATGTTGTTGATGAATACAATGTCTACATATTTTTGCTTATGGT
CAAATTGGACGGGGAAAAACATAAAATGGTAAGACTAGAGTAAACAATACTTTTGGAAGT
TTGTGACATTTTAAAGGTAGAAGATCTTATGTGTTCTCCTCTGTGTAATTCCTCTAGAGT
GGACCAAAAGATCTAATGAAAAAGAGTAAAGGAGTTAATTACAGAGCACTTGTAGATCTG
TTTCTTCTTCCTGAATAAAGAAAAGATACATTCTGTTATGATATTGATGTTCAGATGATT
AATATTTACAATGAGCAAGTCAAAGACTTCTGCTTATTGATGGAAGCAGTAGAAGATATC
CTTTTTTATTCATGAATCGTTTGCCTCTTAATGTTTGAGAGAAAGAGATAAAGAGCTCTG
TGCTGCCCGATGGTAAGGAACTCAAAGAACAGTTTTTTTTTTAATTTTACCGGAATCTCA
TGCTTTTAGTTTTGACTCATACTTGGCTTTGATTCGTTGACAGATTGCTACGCTTAAAGC
AACACTGGCAAGAGAAAAAAAGAATGGCCACAACCAAACAAGATCATAACATATTAACAT
CTCCTGGTGCCTGAGAAACATAAAGCCAAAACTGATTTATAACAGTTGCATCATGGCAAA
GAAACCAGACAGCTGCGAAGTGGATGAGACTACAGTGAACTCACCATCTTCGCCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A493TF U 1
AF RR3A493JQ C 412
BS 1 763 RR3A493TF
BS 764 1077 RR3A493JQ

RD RR3A493TF 763 0 0
GGGATCTTGGTGAAGCTCATTAACTATATCCTGTATGATCAACAATAAACCTAATTTTTC
TATATTCTCTCTCTCTCGTGATGAAAGGTGGAGGACCTTGGAATGAGCGAGGAGGCTGCT
CTCAGGTGGAAAATGCGAGTTCACCGAGAAATTCAGAGTCTCTTATCTCTCCCACGACAA
TTCTATTCAGTTCATGGAATGGGAAAAGCTTAGATTCACAAGAGAATAACACCGTTGATT
GATCGTACTAACATGGAAATGTATCCTCTCTGGTTTCACGGGAAACATCTCTGACTTTCA
AAGACCAAGCTTTTACCCAGCTGTCAGTAGGTTCACTTGGCGTAAGAATTCTCAAGTATC
TCGTAAAACTCTTTGTTATGTTGTTGATGAATACAATGTCTACATATTTTTGCTTATGGT
CAAATTGGACGGGGAAAAACATAAAATGGTAAGACTAGAGTAAACAATACTTTTGGAAGT
TTGTGACATTTTAAAGGTAGAAGATCTTATGTGTTCTCCTCTGTGTAATTCCTCTAGAGT
GGACCAAAAGATCTAATGAAAAAGAGTAAAGGAGTTAATTACAGAGCACTTGTAGATCTG
TTTCTTCTTCCTGAATAAAGAAAAGATACATTCTGTTATGATATTGATGTTCAGATGATT
AATATTTACAATGAGCAAGTCAAAGACTTCTGCTTATTGATGGAAGCAGTAGAAGATATC
CTTTTTTATTCATGAATCGTTTGCCTCTTAATGTTTGAGAGAA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3A493JQ 666 0 0
GCTTATGGTCAAATTGGACGGGGAAAAACATAAAATGGTAAGACTAGAGTAAACAATACT
TTTGGAAGTTTGTGACATTTTAAAGGTAGAAGATCTTATGTGTTCTCCTCTGTGTAATTC
CTCTAGAGTGGACCAAAAGATCTAATGAAAAAGAGTAAAGGAGTTAATTACAGAGCACTT
GTAGATCTGTTTCTTCTTCCTGAATAAAGAAAAGATACATTCTGTTATGATATTGATGTT
CAGATGATTAATATTTACAATGAGCAAGTCAAAGACTTCTGCTTATTGATGGAAGCAGTA
GAAGATATCCTTTTTTATTCATGAATCGTTTGCCTCTTAATGTTTGAGAGAAAGAGATAA
AGAGCTCTGTGCTGCCCGATGGTAAGGAACTCAAAGAACAGTTTTTTTTTTAATTTTACC
GGAATCTCATGCTTTTAGTTTTGACTCATACTTGGCTTTGATTCGTTGACAGATTGCTAC
GCTTAAAGCAACACTGGCAAGAGAAAAAAAGAATGGCCACAACCAAACAAGATCATAACA
TATTAACATCTCCTGGTGCCTGAGAAACATAAAGCCAAAACTGATTTATAACAGTTGCAT
CATGGCAAAGAAACCAGACAGCTGCGAAGTGGATGAGACTACAGTGAACTCACCATCTTC
GCCACC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL6753Contig1 934 2 2 U
GGATACAACTCCTCCTCCATCTCGTCGTCTCGTTTTCACTGAGCTCCGCCGGAAAAAGCT
CCTGAGCTATGAAGTTTCTCATTCAATCCATCGCTGGGAGGAATCGATCTCTGGTTCGAG
CTCTGGTTAGTCGTCGTTTCTTCGCTTCTTCTTCTTCATCGCCGGAGGAACTCGCGAAGA
GAAACTACGCCAACGGTCTGTCGGAGTACAACTCAGTTGTTAACTCCGTCACAGCTCAGC
GCAGGCACTATCTGTTGAGGGATGTGTATGATGATATGAAGCTAGATGGTGTGCAGCCTA
CAGCTGATATATTCCATTCGTTTGTCGTGGGAGTGATGAAGGGTGCTCGTTTAAGTGATG
CTTTCTTTTTCCGTGAAGAAATGAAGTCCATGGGAATTTCCCCAGATGTGAACTTGTACA
ACTTCTTGATTTCCACTTGTGGTAAATGCAAGAATGGGAAGGAGGCGATCCGAGTTTTCG
AGGAGATGAAGAGATATGATGTGAAACCAAATGGACAGACTTTTGTCTGCCTGCTGAATG
CCTGCGCTGTTTCTGGCCAGTTAGATCTTGTGTATGCGATTGTTAGAGATATGACTGCTG
CTGGTGTTGGTTTGAACCAGTTCTGCTATGCAGGACTCATAACTGCTCACCTAAACAAGG
AGCCTAGACCAGAAAATCTTTCCACCAAGATTCTCGAGTTGGTGGAGCAGTCAAAAGGCT
GGTCATCAATTGATTCATCAAGGAAGAGTGCAGAAGATATGATGTTTAACATCAGTGAAG
AAGAGCTGTACAATGTTCCGACCGCTGAATATTCCCACAGGAGCAGGTTTCTCCAGAGGA
ATTTGACCGTGTACCACGTAGCATTCAGTGCGCTCGCTGATATTAAGGATGTACAAGCAA
CGGAAGCTCTACTTGATATGCTTAAGAAAGACGG


BQ
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AF RR3EJ37TF U 1
AF RR3EJ37JQ C 223
BS 1 574 RR3EJ37TF
BS 575 934 RR3EJ37JQ

RD RR3EJ37TF 574 0 0
GGATACAACTCCTCCTCCATCTCGTCGTCTCGTTTTCACTGAGCTCCGCCGGAAAAAGCT
CCTGAGCTATGAAGTTTCTCATTCAATCCATCGCTGGGAGGAATCGATCTCTGGTTCGAG
CTCTGGTTAGTCGTCGTTTCTTCGCTTCTTCTTCTTCATCGCCGGAGGAACTCGCGAAGA
GAAACTACGCCAACGGTCTGTCGGAGTACAACTCAGTTGTTAACTCCGTCACAGCTCAGC
GCAGGCACTATCTGTTGAGGGATGTGTATGATGATATGAAGCTAGATGGTGTGCAGCCTA
CAGCTGATATATTCCATTCGTTTGTCGTGGGAGTGATGAAGGGTGCTCGTTTAAGTGATG
CTTTCTTTTTCCGTGAAGAAATGAAGTCCATGGGAATTTCCCCAGATGTGAACTTGTACA
ACTTCTTGATTTCCACTTGTGGTAAATGCAAGAATGGGAAGGAGGCGATCCGAGTTTTCG
AGGAGATGAAGAGATATGATGTGAAACCAAATGGACAGACTTTTGTCTGCCTGCTGAATG
CCTGCGCTGTTTCTGGCCAGTTAGATCTTGTGTA

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3EJ37JQ 712 0 0
ACTCCGTCACAGCTCAGCGCAGGCACTATCTGTTGAGGGATGTGTATGATGATATGAAGC
TAGATGGTGTGCAGCCTACAGCTGATATATTCCATTCGTTTGTCGTGGGAGTGATGAAGG
GTGCTCGTTTAAGTGATGCTTTCTTTTTCCGTGAAGAAATGAAGTCCATGGGAATTTCCC
CAGATGTGAACTTGTACAACTTCTTGATTTCCACTTGTGGTAAATGCAAGAATGGGAAGG
AGGCGATCCGAGTTTTCGAGGAGATGAAGAGATATGATGTGAAACCAAATGGACAGACTT
TTGTCTGCCTGCTGAATGCCTGCGCTGTTTCTGGCCAGTTAGATCTTGTGTATGCGATTG
TTAGAGATATGACTGCTGCTGGTGTTGGTTTGAACCAGTTCTGCTATGCAGGACTCATAA
CTGCTCACCTAAACAAGGAGCCTAGACCAGAAAATCTTTCCACCAAGATTCTCGAGTTGG
TGGAGCAGTCAAAAGGCTGGTCATCAATTGATTCATCAAGGAAGAGTGCAGAAGATATGA
TGTTTAACATCAGTGAAGAAGAGCTGTACAATGTTCCGACCGCTGAATATTCCCACAGGA
GCAGGTTTCTCCAGAGGAATTTGACCGTGTACCACGTAGCATTCAGTGCGCTCGCTGATA
TTAAGGATGTACAAGCAACGGAAGCTCTACTTGATATGCTTAAGAAAGACGG

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL6754Contig1 1063 2 2 U
GGAAAGCCCTTCTTCGTCTTCTCCATCTCACTCCTCGTGCCTTCCTCCAATGGAGTCACT
CCTGCACGCGTCTTCCTCTCTACTATCTCTCAGGCCCAGAATAGACGGCAGAGATTCGTT
CATCAACTCTCCCCGCGTGTGCCTCATACCTAGTCTCGCCCCCAGAGGATCAAAGTCTCT
TCCTTTGGTCATCGCCGCCGCTAAGAAGAAGAAAAGCAAGAAAGACGACAGCCACAGCTT
CTCCGCTAGACCTGACGAAGCCACCGGCCCATTTCCTGAATCCATTCTTCTCAAAGAGAA
GAAGATTGATGAGGAAGGTGATCTTCTTCCTGAGTTCGCTGATGATGAAGAAAAGGAGCT
ATACGAGTTTCTTGATCTTCAGCTTCAGAGTGACTTGAATGAAGAAAGGATGAGACACTA
TGAGGTGGTGTACTTGATTCATGAGAAACATGCAGAGGAGGTTGAAAGCGTCAATGAGAA
AGTTCAAGAGTTCTTGAAGGAGAAGAAGGGGAAAGTGTGGAGGTTTAGTGACTGGGGGAT
GCGTAGACTGGCGTATAAGATACAGAAGGCAGAGAACGCGCACTATATACTGATGAACTT
TGAGATGGAAGCCAAACACTTGAACGAGTTCAAAGGAATGTTGGATGGTGATGAGAGGGT
GATTAGGCATCTCGTGATGAAACGTGATGAGGCCATTACGGAAGACTGCCCTCCCCCTCC
CGAGTTTCACTCTGTTCGTGCAAGTATGGATGGGGATGATGACTTTTATGATGATGATGA
GGAGGAGGAAGAAGAGTTTGATGAAGAAGAGGAAGAAGGTGATGATGTAGAGTATGAAGT
AGATGATGATGGTAATGTTGTCATGGTGGTGTATGAAGATGATGAAGAAGAACAAGGACA
GGACCAGTCAAATAAAGCCATAAGAGAAAAAAAACGAACGACAGTTAACGTTTGATGAGG
TTTAGAGAGCTGTTTTGTAGACATGGAGTTTGTATAAACAATATCACATCATCGAAAGTA
CTTTTCTTTTTATTTAATTTTCATATTCATATCATATTCAACG


BQ
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AF RR3GN95TF U 1
AF RR3GN95JQ C 405
BS 1 756 RR3GN95TF
BS 757 1063 RR3GN95JQ

RD RR3GN95TF 756 0 0
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CCTGCACGCGTCTTCCTCTCTACTATCTCTCAGGCCCAGAATAGACGGCAGAGATTCGTT
CATCAACTCTCCCCGCGTGTGCCTCATACCTAGTCTCGCCCCCAGAGGATCAAAGTCTCT
TCCTTTGGTCATCGCCGCCGCTAAGAAGAAGAAAAGCAAGAAAGACGACAGCCACAGCTT
CTCCGCTAGACCTGACGAAGCCACCGGCCCATTTCCTGAATCCATTCTTCTCAAAGAGAA
GAAGATTGATGAGGAAGGTGATCTTCTTCCTGAGTTCGCTGATGATGAAGAAAAGGAGCT
ATACGAGTTTCTTGATCTTCAGCTTCAGAGTGACTTGAATGAAGAAAGGATGAGACACTA
TGAGGTGGTGTACTTGATTCATGAGAAACATGCAGAGGAGGTTGAAAGCGTCAATGAGAA
AGTTCAAGAGTTCTTGAAGGAGAAGAAGGGGAAAGTGTGGAGGTTTAGTGACTGGGGGAT
GCGTAGACTGGCGTATAAGATACAGAAGGCAGAGAACGCGCACTATATACTGATGAACTT
TGAGATGGAAGCCAAACACTTGAACGAGTTCAAAGGAATGTTGGATGGTGATGAGAGGGT
GATTAGGCATCTCGTGATGAAACGTGATGAGGCCATTACGGAAGACTGCCCTCCCCCTCC
CGAGTTTCACTCTGTTCGTGCAAGTATGGATGGGGA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3GN95JQ 659 0 0
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AAAGCGTCAATGAGAAAGTTCAAGAGTTCTTGAAGGAGAAGAAGGGGAAAGTGTGGAGGT
TTAGTGACTGGGGGATGCGTAGACTGGCGTATAAGATACAGAAGGCAGAGAACGCGCACT
ATATACTGATGAACTTTGAGATGGAAGCCAAACACTTGAACGAGTTCAAAGGAATGTTGG
ATGGTGATGAGAGGGTGATTAGGCATCTCGTGATGAAACGTGATGAGGCCATTACGGAAG
ACTGCCCTCCCCCTCCCGAGTTTCACTCTGTTCGTGCAAGTATGGATGGGGATGATGACT
TTTATGATGATGATGAGGAGGAGGAAGAAGAGTTTGATGAAGAAGAGGAAGAAGGTGATG
ATGTAGAGTATGAAGTAGATGATGATGGTAATGTTGTCATGGTGGTGTATGAAGATGATG
AAGAAGAACAAGGACAGGACCAGTCAAATAAAGCCATAAGAGAAAAAAAACGAACGACAG
TTAACGTTTGATGAGGTTTAGAGAGCTGTTTTGTAGACATGGAGTTTGTATAAACAATAT
CACATCATCGAAAGTACTTTTCTTTTTATTTAATTTTCATATTCATATCATATTCAACG

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL6755Contig1 407 2 1 U
GGATTGTTTCTTAGCTTCTTCTCACTCCCGATTTCTCTCAGCCGCCGTCTCGTAACCGTC
TGTCATAGTGTGAAAAAAATGGGGGACAAGAGGAAGAAGACGTTTCATGTTCATCCGTCT
AGTCTCAGCAGCTGGAACTGGGTTCTTCTATGTCAAGAGGAAGAGTAGCAAGGGCCTTCT
TGAGAAGCTTGAGTTCCGCAAGTACGATCCTCGTGTCAACCGCCATGTCCTCTTCACTGA
GCAGAAGATGAAGTGACTCAGAACTCACTTCTTTTCTTCTTTCTTTTGTGTGTGTTTATT
TCATTGCTTTTAAAGTGCCCCAGAACAAATCTTTCTGCAAGTAGTTTACACTTATCAATC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D269TF U 1
AF RR3D269JQ C 55
BS 1 407 RR3D269TF

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TGTCATAGTGTGAAAAAAATGGGGGACAAGAGGAAGAAGACGTTTCATGTTCATCCGTCT
AGTCTCAGCAGCTGGAACTGGGTTCTTCTATGTCAAGAGGAAGAGTAGCAAGGGCCTTCT
TGAGAAGCTTGAGTTCCGCAAGTACGATCCTCGTGTCAACCGCCATGTCCTCTTCACTGA
GCAGAAGATGAAGTGACTCAGAACTCACTTCTTTTCTTCTTTCTTTTGTGTGTGTTTATT
TCATTGCTTTTAAAGTGCCCCAGAACAAATCTTTCTGCAAGTAGTTTACACTTATCAATC
AAATAAGCTCGCAAGCTCCAGACTTTGTATGTCTGTTTTGAGGACGC

QA 1 407 1 407
DS 

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CCGTCTAGTCTCAGCAGCTGGAACTGGGTTCTTCTATGTCAAGAGGAAGAGTAGCAAGGG
CCTTCTTGAGAAGCTTGAGTTCCGCAAGTACGATCCTCGTGTCAACCGCCATGTCCTCTT
CACTGAGCAGAAGATGAAGTGACTCAGAACTCACTTCTTTTCTTCTTTCTTTTGTGTGTG
TTTATTTCATTGCTTTTAAAGTGCCCCAGAACAAATCTTTCTGCAAGTAGTTTACACTTA
TCAATCAAATAAGCTCGCAAGCTCCAGACTTTGTATGTCTGTTTTGAGGACGC

QA 1 353 1 353
DS 



AS 1 2

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CAAAATCAAGAAGAAGCTTGGGAAGAAGATGAGGCAAAGCAGGCCAATCCCTGTCTGGAT
CCGTCTCCGCACCGACAACAAGATCAGGTACAACGCTAAGCGTAGGCACTGGCGCCGTAC
CAAGCTAGGGTTCTAGATCATCCGAGTTCGCTGCTATGACTCTGTTTCGTTCGAGTTCTG
CTAATTTATTTTCGTTATTGTTGTTTTAAACCTAAAGTTTTAGTTTTTTTTTGCCTTCTT
AATGGTTAAAGACTTGCGCAATACATGAATATGAGAATCAAAAGTTAAAACCC


BQ
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AF RR3EY66JQ C 1
AF RR3EY66TF U 1
BS 1 353 RR3EY66TF

RD RR3EY66JQ 353 0 0
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CAAAATCAAGAAGAAGCTTGGGAAGAAGATGAGGCAAAGCAGGCCAATCCCTGTCTGGAT
CCGTCTCCGCACCGACAACAAGATCAGGTACAACGCTAAGCGTAGGCACTGGCGCCGTAC
CAAGCTAGGGTTCTAGATCATCCGAGTTCGCTGCTATGACTCTGTTTCGTTCGAGTTCTG
CTAATTTATTTTCGTTATTGTTGTTTTAAACCTAAAGTTTTAGTTTTTTTTTGCCTTCTT
AATGGTTAAAGACTTGCGCAATACATGAATATGAGAATCAAAAGTTAAAACCC

QA 1 353 1 353
DS 

RD RR3EY66TF 353 0 0
TTTTTGCAGCCGCGCCGTGTTCCTCGCCTGATCGTCAAAGATGCCGTCGCACAAGAGTTT
CAAAATCAAGAAGAAGCTTGGGAAGAAGATGAGGCAAAGCAGGCCAATCCCTGTCTGGAT
CCGTCTCCGCACCGACAACAAGATCAGGTACAACGCTAAGCGTAGGCACTGGCGCCGTAC
CAAGCTAGGGTTCTAGATCATCCGAGTTCGCTGCTATGACTCTGTTTCGTTCGAGTTCTG
CTAATTTATTTTCGTTATTGTTGTTTTAAACCTAAAGTTTTAGTTTTTTTTTGCCTTCTT
AATGGTTAAAGACTTGCGCAATACATGAATATGAGAATCAAAAGTTAAAACCC

QA 1 353 1 353
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6758Contig1 829 2 3 U
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CGTTCCTTACGAATACTTGGAGGAAGAACTGCCCAAAAAGACCCCTTTGCTTCTTGAGCT
AAACCCGGTTCACAAGAAGGTTCCGGTTTTTGTCCACAATGATAAAATATTATCCGAGTC
ACATGTGATCCTTGAATACATCGACCAGACATGGAGTAACAATCCAATTCTACCTCAAGA
TCCCTACGAGAAAGCCATGGCTCGATTCTGGGCCAAGTTCGTTGATGAACAGATCCTACC
AGCAGGGTTCATGCCCTTGGTTAAACCACAAAAGGGAATAGAAGCTGCTATAGAAGAGAC
TCGAGAACTGATTATGTTTCTTGAGAAGGAAGTTACTGGAAAAGACTTCTTTGGAGGCAA
GACGTTTGGATTTTTGGACATGGTCGCAGGAAGTATGATCCCGTTTTGTCTGGCTCGGGC
TTGGGAATGTATGAGAATTGATATGATTTCCGAGGAGAAGTTTCCAGGACTGAACAGATG
GATCGAAAAGTTGAATGAGGTTGAAATCGTGAGGGAATGTATACCTCCAAAAGAGAAACA
TATTGAGCGCATGAACAAAATTATAGAGAGAGCTATGTCTTCATAAATAAAGCCTACAAT
GACTGTTACTCCTTTTCTATCATGAACTTATGTTGTATGCGCTATGCTTGTATCGTTTGG
TAACTGAAATAAAAATAAACGAATATAGCTGCATCGGTTTCTATATTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FH08TF U 84
AF RR3FH08JQ C 1
BS 1 83 RR3FH08JQ
BS 84 414 RR3FH08TF
BS 415 829 RR3FH08JQ

RD RR3FH08TF 331 0 0
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AAGAACTGCCCAAAAAGACCCCTTTGCTTCTTGAGCTAAACCCGGTTCACAAGAAGGTTC
CGGTTTTTGTCCACAATGATAAAATATTATCCGAGTCACATGTGATCCTTGAATACATCG
ACCAGACATGGAGTAACAATCCAATTCTACCTCAAGATCCCTACGAGAAAGCCATGGCTC
GATTCTGGGCCAAGTTCGTTGATGAACAGATCCTACCAGCAGGGTTCATGCCCTTGGTTA
AACCACAAAAGGGAATAGAAGCTGCTATAGA

QA 1 331 1 331
DS 

RD RR3FH08JQ 829 0 0
AAAAGCTACAAGTGATAGACAAAGAGAGATCAAATGGCGAGAAGAAGGGAGTGTGAAGCT
ACTAGGGTTTTGGATAAGCCCTTTCAGTCGTAGAGTCGAGATGGCTCTCAAACTCAAAGG
CGTTCCTTACGAATACTTGGAGGAAGAACTGCCCAAAAAGACCCCTTTGCTTCTTGAGCT
AAACCCGGTTCACAAGAAGGTTCCGGTTTTTGTCCACAATGATAAAATATTATCCGAGTC
ACATGTGATCCTTGAATACATCGACCAGACATGGAGTAACAATCCAATTCTACCTCAAGA
TCCCTACGAGAAAGCCATGGCTCGATTCTGGGCCAAGTTCGTTGATGAACAGATCCTACC
AGCAGGGTTCATGCCCTTGGTTAAACCACAAAAGGGAATAGAAGCTGCTATAGAAGAGAC
TCGAGAACTGATTATGTTTCTTGAGAAGGAAGTTACTGGAAAAGACTTCTTTGGAGGCAA
GACGTTTGGATTTTTGGACATGGTCGCAGGAAGTATGATCCCGTTTTGTCTGGCTCGGGC
TTGGGAATGTATGAGAATTGATATGATTTCCGAGGAGAAGTTTCCAGGACTGAACAGATG
GATCGAAAAGTTGAATGAGGTTGAAATCGTGAGGGAATGTATACCTCCAAAAGAGAAACA
TATTGAGCGCATGAACAAAATTATAGAGAGAGCTATGTCTTCATAAATAAAGCCTACAAT
GACTGTTACTCCTTTTCTATCATGAACTTATGTTGTATGCGCTATGCTTGTATCGTTTGG
TAACTGAAATAAAAATAAACGAATATAGCTGCATCGGTTTCTATATTCT

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 2

CO CL6759Contig1 776 2 11 U
CCAGCTAGAGGGTTTACAAGGTACGAGACGGTCGCGGGACATGTGTGGAGTTGCGCTTCT
AAAGCACGTGGGCACTCCCCAGAGCAACCCACGTCTCTGGGAATCTGTGTAGATACTCGT
AGTCGGGTGCAGCCACCTCTACCACGCGGCTACTTTGGCAATGTCACTATTAATGCGGTC
GCAAGAAGCACCTCAGGTGAACTTATATCGAATGGGTTGGGTTTCGCCGCCGAAAAAATC
AGTGAAGCCATAAAAAGTGTGACAAACGAATACGTAATGAATGGGATAGAGTATCTAAAA
AACCACGAGGATCTGAAGACGTTTCAAGATATACATGCCTTGGGAAGCACGGAAGGTCCA
TTTTACGGAAACCCTAATCTTGGACTTGTGAGCTGGTTAACCCTACCGATGTACGGCCTT
GATTTCGGGTGGGGCAAGGAGGTCCACATGGGACCATGCACGCATGACGGAGACGGGGGC
TCTCTGCTACTGCCTGATAAAAATGATGACGGCTCACTGATTCTCGCCACGTGTCTACAG
GTAGCTCACATGGAGGCCCTCAAGAAACATTTATATGAAGATATCTAGGGTTCTCTTAGT
AAAAAAAAAAGAAGATATCTAGAGTTCTATATATACACACAAGTATTCATATATCTATGC
ATTTTCATTTCCATTTGAATAAGGATTCGAGTAAGGATTCTACTACTGTTGGTGTGATTC
TTGATTTGTATTAACAAATTTACACATATATAATTACACTTTATATTTTTGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AH79JQ C 1
AF RR3CO10TF U 398
BS 1 402 RR3AH79JQ
BS 403 515 RR3CO10TF
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BS 695 774 RR3CO10TF
BS 775 776 RR3AH79JQ

RD RR3AH79JQ 776 0 0
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AAAGCACGTGGGCACTCCCCAGAGCAACCCACGTCTCTGGGAATCTGTGTAGATACTCGT
AGTCGGGTGCAGCCACCTCTACCACGCGGCTACTTTGGCAATGTCACTATTAATGCGGTC
GCAAGAAGCACCTCAGGTGAACTTATATCGAATGGGTTGGGTTTCGCCGCCGAAAAAATC
AGTGAAGCCATAAAAAGTGTGACAAACGAATACGTAATGAATGGGATAGAGTATCTAAAA
AACCACGAGGATCTGAAGACGTTTCAAGATATACATGCCTTGGGAAGCACGGAAGGTCCA
TTTTACGGAAACCCTAATCTTGGACTTGTGAGCTGGTTAACCCTACCGATGTACGGCCTT
GATTTCGGGTGGGGCAAGTAGGTCCACATGGGACCATGCACGCATGACGGAGGCGGGGGC
TTTCTGCTACTGCCTGATAAAAATGATGACGGCTCACTGATTCTCGCCACGTGTCTACAG
GTAGCTCACATGGAGGCCCTCAAGAAACATTTATATGAAGATATCTAGGGTTCTCTTAGT
AAAAAAAAA*GAAGATATCTAGAGTTCTATATATACACACAAGTATTCATATATCTATGC
ATTTTCATTTCCATTTGAATAAGGATTCGAGTAAGGATTCTACTACTGTTGGTGTGATTC
TTGATTTGTATTAACAT*TTTACACATATATAATTACACTTTATATTTTTGCTTCC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3CO10TF 377 0 0
GGACT
CTACCGATGTACGGCCTTGATTTCGGGTGGGGCAAGGAGGTCCACATGGGACCATGCACG
CATGACGGAGACGGGGGCTCTCTGCTACTGCCTGATAAAAATGATGACGGCTCGCTGATT
CTCGCCACGTGTCTACAGGTAGCTCACATGGAGGCCTTCAAGAAACATTTATATGAAGAT
ATCTAGGGTTCTCTTAGTAAAAAAAAAAGAAGATATCTAGGGTTCTATATATACACACAA
GTATTCATATATCTATGCATTTTCATTTCCATTTGAATAAGGATTCGAGTAGGGATTCTA
CTACTGTTGGTGTGATTCTTGATTTGTATTAACAAATTTACACATATATAATTACACTTT
ATATTTTTGCTT

QA 6 377 6 377
DS 



AS 1 2

CO CL6760Contig1 1102 2 2 U
GGGAGCTTGCTATCCATCAAAGCGAAGAAACAAAAAGACTCAGTTTGGTGATACAAGGAG
ATTACTATCCTGACGACTTGCCTTTGAGTCAAAGGGAGTCTGCTCGCTTCCTCTCTATCT
CTACAGATGATTTGTTCTCGTCGAGTTGGGAGGAAATGGATTCATTTAAGTTCCCAAATG
TTGAGGCTTTACTTCTTAACATCTATTCATCAAACTATGCTCTACCAAGCTTCATTGCTA
CAGTGAAGAAACTCAAGGTTGTGATTATCATAAAACATGGTTCTGATCTTGCAACATTGA
CCAAATTGTCATATCTCAGCTCTTTACCGAAACTGAAACGGATCAGACTGGAGAAAGTTT
CAATCACTTTTCTGGACATTGTCCAGTTGCAGCTCGCCAGTCTGAAGAAGCTGTCTTTGT
TCATGTGTTGTTTCGGTGAGGTTTCTCATGACAAAAACGAAATAGACGTCTCTAAAGCTC
TATCAAGTTTACAAGAAATGGATCTAGACTACTGCTATGATCTCGAGAAGTTACCTAACT
GGATCGCTGAAGCTGTTTCGTTGGAGAAACTTAGCATCACAAACTGTCATAAGCTCTCTT
TGCTTCCTGAAGCTATAGGCAACTTGAGTAATTTGGAATCGCTGAGGTTGTCTTCTTGTA
TTAGTCTCTCAGAGCTACCTAAAACAAGTGCTGGACTCAACAACATGCAGTTTCTGGATA
TTTCTCATTGCTTAGGATTGAGAAAGTTGCCTCTAGAGATTGGGAGGCTGGAGAAGCTGA
AGAAGATATACATGAACAAGTGTTGGAAATGTGATCTGCCGGATTCAGTGAAGAAACTGA
AGAATCTGGAAGTGAAATGCGATGAAGAAACTGCGGTGGTCTTGTGGAAAGTTTTAGAGA
AAAAAATGAACAACTTAAACGTTCAAGTGGAGGAAATAGAGCACAACCTGAACTTGCTTC
GATTGTTGTAAGTTGTGAGTGAAAAGAACATTGTCACTAGCTTTTGTGTGTGGGTGTCTT
GTAATGTTGTTTATTCGTCTCATCATCCAAATGTATCAGTCATCACTCTTCTGTTTTTAC
TAATAAAACTGTCTACAATTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G484TF U 1
AF RR3G484JQ C 279
BS 1 614 RR3G484TF
BS 615 1102 RR3G484JQ

RD RR3G484TF 614 0 0
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ATTACTATCCTGACGACTTGCCTTTGAGTCAAAGGGAGTCTGCTCGCTTCCTCTCTATCT
CTACAGATGATTTGTTCTCGTCGAGTTGGGAGGAAATGGATTCATTTAAGTTCCCAAATG
TTGAGGCTTTACTTCTTAACATCTATTCATCAAACTATGCTCTACCAAGCTTCATTGCTA
CAGTGAAGAAACTCAAGGTTGTGATTATCATAAAACATGGTTCTGATCTTGCAACATTGA
CCAAATTGTCATATCTCAGCTCTTTACCGAAACTGAAACGGATCAGACTGGAGAAAGTTT
CAATCACTTTTCTGGACATTGTCCAGTTGCAGCTCGCCAGTCTGAAGAAGCTGTCTTTGT
TCATGTGTTGTTTCGGTGAGGTTTCTCATGACAAAAACGAAATAGACGTCTCTAAAGCTC
TATCAAGTTTACAAGAAATGGATCTAGACTACTGCTATGATCTCGAGAAGTTACCTAACT
GGATCGCTGAAGCTGTTTCGTTGGAGAAACTTAGCATCACAAACTGTCATAAGCTCTCTT
TGCTTCCTGAAGCT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3G484JQ 824 0 0
GGTTCTGATCT*GCAACATTGACCAAATTGTCATATCTCAGCTCTTTACCGAAACTGAAA
CGGATCAGACTGGAGAAAGTTTCAATCACTTTTCTGGACATTGTCCAGTTGCAGCTCGCC
AGTCTGAAGAAGCTGTCTTTGTTCATGTGTTGTTTCGGTGAGGTTTCTCATGACAAAAAC
GAAATAGACGTCTCTAAAGCTCTATCAAGTTTACAAGAAATGGATCTAGACTACTGCTAT
GATCTCGAGAAGTTACCTAACTGGATCGCTGAAGCTGTTTCGTTGGAGAAACTTAGCATC
ACAAACTGTCATAAGCTCTCTTTGCTTCCTGAAGCTATAGGCAACTTGAGTAATTTGGAA
TCGCTGAGGTTGTCTTCTTGTATTAGTCTCTCAGAGCTACCTAAAACAAGTGCTGGACTC
AACAACATGCAGTTTCTGGATATTTCTCATTGCTTAGGATTGAGAAAGTTGCCTCTAGAG
ATTGGGAGGCTGGAGAAGCTGAAGAAGATATACATGAACAAGTGTTGGAAATGTGATCTG
CCGGATTCAGTGAAGAAACTGAAGAATCTGGAAGTGAAATGCGATGAAGAAACTGCGGTG
GTCTTGTGGAAAGTTTTAGAGAAAAAAATGAACAACTTAAACGTTCAAGTGGAGGAAATA
GAGCACAACCTGAACTTGCTTCGATTGTTGTAAGTTGTGAGTGAAAAGAACATTGTCACT
AGCTTTTGTGTGTGGGTGTCTTGTAATGTTGTTTATTCGTCTCATCATCCAAATGTATCA
GTCATCACTCTTCTGTTTTTACTAATAAAACTGTCTACAATTAC

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

CO CL6761Contig1 1284 2 10 U
GGGAGAAAAGTGCAGGAGACATGTCACTTCGAGTGGCAAAACTTGTTAGCAGAAGCTGCT
AGAAAAGGACATAGAGGGGACGAACAAGAGTTTCAGTGGGATTCTTACAAGATCTTGGAC
CAGCAGAATCAGCTGGAATGGCTTGAGAGTATAGAGCAGAGAAAAGCCGTTAGAGCAGCT
AAAGGTAACAGAAGAGCTCCAAAGTCTCCTGAACAGAGAAGGAGAATCGCTGAAGCCATA
GCTGCTAAATGGGCTGATCCAGCTTACCGTGAAAGGGTGTGCTCTGGCTTGGCAAAGTAT
CACGGTATACCTGAAGGTGCTGAGAGACGTCGTAGAAGACCAAGTGGGAATGCAGAGCCC
AGGAAGAAGAATCCTACAAACAAAACTACAAGAGATTCAGAGACTGTACGCAAAGTTCAA
GTAGTGAAAGTAAGGAAGCGGAGAGGACCTGTGTATAAAGATCCTTTGGCTAGTTCAAAG
CTGGAGATGATAAAAAGCATCAGAGCAAAAAGAGTTGCTGAAGAATCTAAGAAGATGGAT
GCTGTGCAGCAAGCAAGGCTTTTGATCTCTGAAGCTGAGAAAGCTGCTAAGGTTCTTGAG
GTTGCTGCTATGACAAGCCCTGTGGCTCAAGCATCTTTGTTAGAGAGTAAAAAGCTTATA
GCAGAAGCAACGCAGCTGATTTAAATCTTTAGAAATTAGCCAGGCATCTTCAGGTGAAGA
TGGGACTTTCCATCAGCCTAATACCGAAGATTCAGATGATCAAGAACAGCCAGGAGAAGT
GAACGGAACACACACATTACCACCGATCAATGGAGAGAGTCTTCACTTGAGCTTGAGGTG
TAGTGATTTGCCGACATTCAACATAGAAGGTACCACCACACTTGGGGTGGTTCAACAGCC
AAACGGAACAAGAGTTGATCCTCCTCCACCAGAGTCTAATGGAGCTATCAAACTTCCAAA
TGGTTTTCATGCTCGCCATGGAGTGGATGAAAAGACGGAAGAATCTTTGGAATCAGGGAA
TGTAACTAAGAAGTGGATTCGTGGAAGGCTCGTAGAAGTCACAGAAGCAGCCTAAACTTT
TTTTTTTTTCAAGTGGACATGAGGTGATTGATGTTGTAGAGGTTTAGCAGAGAAAAAAAA
CATATTGTTCAATTAGTGATTCGAAGTTTTGGCTTCTTGTTTGGTCTCATGCGTGAGAGA
AGCAGTTTCCAGTTTGAGATGTGGCAGTTGTATCTATAATAACTCAATTGTATGTCAGAG
TTTCAGCTTAGTAAACAATTATCC


BQ
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AF RR3DT56TF U 1
AF RR3DT56JQ C 473
BS 1 713 RR3DT56TF
BS 714 714 RR3DT56JQ
BS 715 765 RR3DT56TF
BS 766 766 RR3DT56JQ
BS 767 787 RR3DT56TF
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BS 789 801 RR3DT56TF
BS 802 802 RR3DT56JQ
BS 803 823 RR3DT56TF
BS 824 1284 RR3DT56JQ

RD RR3DT56TF 823 0 0
GGGAGAAAAGTGCAGGAGACATGTCACTTCGAGTGGCAAAACTTGTTAGCAGAAGCTGCT
AGAAAAGGACATAGAGGGGACGAACAAGAGTTTCAGTGGGATTCTTACAAGATCTTGGAC
CAGCAGAATCAGCTGGAATGGCTTGAGAGTATAGAGCAGAGAAAAGCCGTTAGAGCAGCT
AAAGGTAACAGAAGAGCTCCAAAGTCTCCTGAACAGAGAAGGAGAATCGCTGAAGCCATA
GCTGCTAAATGGGCTGATCCAGCTTACCGTGAAAGGGTGTGCTCTGGCTTGGCAAAGTAT
CACGGTATACCTGAAGGTGCTGAGAGACGTCGTAGAAGACCAAGTGGGAATGCAGAGCCC
AGGAAGAAGAATCCTACAAACAAAACTACAAGAGATTCAGAGACTGTACGCAAAGTTCAA
GTAGTGAAAGTAAGGAAGCGGAGAGGACCTGTGTATAAAGATCCTTTGGCTAGTTCAAAG
CTGGAGATGATAAAAAGCATCAGAGCAAAAAGAGTTGCTGAAGAATCTAAGAAGATGGAT
GCTGTGCAGCAAGCAAGGCTTTTGATCTCTGAAGCTGAGAAAGCTGCTAAGGTTCTTGAG
GTTGCTGCTATGACAAGCCCTGTGGCTCAAGCATCTTTGTTAGAGAGTAAAAAGCTTATA
GCAGAAGCAACGCAGCTGATTTAAATCTTTAGAAATTAGCCAGGCATCTTCAG*TGAAGA
TGGGACTTTCCATCAGCCTAATACCGAAGATTCAGATGATCAAGA*CAGCCAGGAGAAGT
GAACGGA*CACACACATTACC*CCGATCAATGGAGAGAGTCTT

QA 1 823 1 823
DS 

RD RR3DT56JQ 812 0 0
AG
TCAAAGCTGGAGATGATAAAAAGCATCAGAGCAAAAAGAGTTGCTGAAGAATCTAAGAAG
ATGGATGCTGTGCAGCAAGCAAGGCTTTTGATCTCTGAAGCTGAGAAAGCTGCTAAGGTT
CTTGAGGTTGCTGCTATGACAAGCCCTGTGGCTCAAGCATCTTTGTTAGAGAGTAAAAAG
CTTATAGCAGAAGCAACGCAGCTGATTTAAATCTTTAGAAATTAGCCAGGCATCTTCAGG
TGAAGATGGGACTTTCCATCAGCCTAATACCGAAGATTCAGATGATCAAGAACAGCCAGG
AGAAGTGAACGGAACACACACATTACCACCGATCAATGGAGAGAGTCTTCACTTGAGCTT
GAGGTGTAGTGATTTGCCGACATTCAACATAGAAGGTACCACCACACTTGGGGTGGTTCA
ACAGCCAAACGGAACAAGAGTTGATCCTCCTCCACCAGAGTCTAATGGAGCTATCAAACT
TCCAAATGGTTTTCATGCTCGCCATGGAGTGGATGAAAAGACGGAAGAATCTTTGGAATC
AGGGAATGTAACTAAGAAGTGGATTCGTGGAAGGCTCGTAGAAGTCACAGAAGCAGCCTA
AACTTTTTTTTTTTTCAAGTGGACATGAGGTGATTGATGTTGTAGAGGTTTAGCAGAGAA
AAAAAACATATTGTTCAATTAGTGATTCGAAGTTTTGGCTTCTTGTTTGGTCTCATGCGT
GAGAGAAGCAGTTTCCAGTTTGAGATGTGGCAGTTGTATCTATAATAACTCAATTGTATG
TCAGAGTTTCAGCTTAGTAAACAATTATCC

QA 3 812 3 812
DS 



AS 1 2

CO CL6762Contig1 653 2 2 U
GGGACGCCATTTTCCACAAGCCACAAAGAAACCAACTCAAAAATGGCCTCAACAGCTCTC
TCAAGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCCTCCGCCGTCAAACATCTCCCATCAGCCTCCGT
TCCCTCCCCTTAGCCAACACGCAATCCCTCTTCGGTCTCAAATCAGGCACCGCACGCGGC
GGACGCGTCACCGCCATGGCCACATACAAGGTCAAGTTCGTCACTCCAGAAGGTGAGCAA
GAGGTCGAGTACGACGACGACGTTTACGTCCTCGACGCTGCGGAGGAAGCTGGGATCGAC
TTGCCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCCTGCTCGAGCTGTGCCGGTAAAGTTGTGTCTGGA
TCTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGATCAGATCGCTGAAGGGTCTGTT
CTCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAGAGAAGAAGAC
GTTGTTTAAAACAAAAGCTCCGTAAACATGCTTTTGATGCTCTCATAATCATTCATGTCT
TTACATTTTGGGTTGAGTTTATTGCTACTTGGTAAAATACATTGTTGTCTCTTGTAATTG
TTCTTGGTTTGGCCCACCCTTTTGGTAAGATCAATGGATAACAGTTTAAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CN75TF U 1
AF RR3CN75JQ C 275
BS 1 605 RR3CN75TF
BS 606 653 RR3CN75JQ

RD RR3CN75TF 605 0 0
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TCAAGCGCCATCGTCGGAACATCCTTCCTCCGCCGTCAAACATCTCCCATCAGCCTCCGT
TCCCTCCCCTTAGCCAACACGCAATCCCTCTTCGGTCTCAAATCAGGCACCGCACGCGGC
GGACGCGTCACCGCCATGGCCACATACAAGGTCAAGTTCGTCACTCCAGAAGGTGAGCAA
GAGGTCGAGTACGACGACGACGTTTACGTCCTCGACGCTGCGGAGGAAGCTGGGATCGAC
TTGCCTTACTCTTGCCGTGCTGGTTCCTGCTCGAGCTGTGCCGGTAAAGTTGTGTCTGGA
TCTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATGATGATCAGATCGCTGAAGGGTCTGTT
CTCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTACCATTGAGACCCACAGAGAAGAAGAC
GTTGTTTAAAACAAAAGCTCCGTAAACATGCTTTTGATGCTCTCATAATCATTCATGTCT
TTACATTTTGGGTTGAGTTTATTGCTACTTGGTAAAATACATTGTTGTCTCTTGTAATTG
TTCTT

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3CN75JQ 379 0 0
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GCTGTGCCGGTAAAGTTGTGTCTGGATCTGTTGACCAGTCTGACCAGAGTTTCCTCGATG
ATGATCAGATCGCTGAAGGGTCTGTTCTCACTTGTGCGGCTTATCCTACTTCTGATGTTA
CCATTGAGACCCACAGAGAAGAAGACGTTGTTTAAAACAAAAGCTCCGTAAACATGCTTT
TGATGCTCTCATAATCATTCATGTCTTTACATTTTGGGTTGAGTTTATTGCTACTTGGTA
AAATACATTGTTGTCTCTTGTAATTGTTCTTGGTTTGGCCCACCCTTTTGGTAAGATCAA
TGGATAACAGTTTAAACCC

QA 1 379 1 379
DS 



AS 1 2

CO CL6763Contig1 950 2 6 U
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GCTTCCACTGCTCTCTTCTCCGTCGCTCACAGAGTTGAGAAGGTTTATGGTGGAAAAGCA
TATGTAGGGCTTCGTATTCCAGATGCTGACACGTCTTCTAGGCAGCACATCGATCTTGTC
CTTCTCACTAAAGGACAAGTAGTGGTGATCGATGTGAAGAATCTATCTGGGGTTGTTATG
GTAACCAGCGATGGAAGCTGGGTTTGTCAATCTGGAAAGCATCACACTTACCCTGATCCT
CTGGTTGAGGTCAAAAAACAAGCTTCAGTTCTTGAATCATATCTTGAACAAAGGGGGCTT
ACTCTACTAGAAGGAAATCTGTCTTGCAAAGTTGTAATTCCCAATCCTAACTTTCGTACA
ATGCACGCGTTTCCGAGTGGGGTAATTACCTACGAAGAGTGGAAACATCTGAAACCAGTA
TCAAGAAACGTACTTTCTGGTTGGGTGAAAGGCGCATTGTGCACGGGCAAAGAGATGCAT
GAATCTTCGCATCAAAAACTCAACTTCATCCTTGGCACTGCACCAATGTGGGATAGGGTG
GAGCTTAAAAGTAGCAAGATTGTGTTTGGAGAGTTCCTTGAGTTCAAAGGAAAGCGGGAA
GATACTTTGGCTTTGAAACAAATCAAGAGATCAAAAGTTGACCGTATCTCTATTCAGCAT
ACAAGCATGTTTGGATTCGGTAGTTCTCTTTTTTTTAGACTTCAAAACAAATTTCATTAT
CTTCTTCCATTTTTTTCTTTGTTTTATGAAACACAAATGCAAACAGCTGATGTGATTTTG
ACTAATGAAGTGTAACTAAATATATTTATTAAAAAATTCTTGTTTGTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A104TF U 1
AF RR3A104JQ C 32
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RD RR3A104TF 845 0 0
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GCTTCCACTGCTCTCTTCTCCGTCGCTCACAGAGTTGAGAAGGTTTATGGTGGAAAAGCA
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ATGCACGCGTTTCCGAGTGGGGTAATTACCTACGAAGAGTGGAAACATCTGAAACCAGTA
TCAAGAAACGTACTTTCTGGTTGGGTGAAAGGCGCATTGTGCACGGGCAAAGAGATGCAT
GAATCTTCGCATCAAAAACTCAACTTCATCCTTGGCACTGCACCAATGTGGGATAGGGTG
GAGCTTAAAAGTAGCAAGATTGTGTTTGGAGAGTTCCTTGAGTTCAAAGGAAAGCGGGAA
GATACTTTGGCTTTGAAACAAATCAAGAGATCAAAAGTTGACCGTATCTCTATTCAGCAT
ACAAGCATGTTTGGATTCGGTAGTTCTCTTTTTTT*AGACTTCAAA*CAAATTTCATTAT
CTTCT

QA 1 845 1 845
DS 

RD RR3A104JQ 919 0 0
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ACGACGAGCTTTCCGATGACGAAACCTCCGCTTCCACTGCTCTCTTCTCCGTCGCTCACA
GAGTTGAGAAGGTTTATGGTGGAAAAGCATATGTAGGGCTTCGTATTCCAGATGCTGACA
CGTCTTCTAGGCAGCACATCGATCTTGTCCTTCTCACTAAAGGACAAGTAGTGGTGATCG
ATGTGAAGAATCTATCTGGGGTTGTTATGGTAACCAGCGATGGAAGCTGGGTTTGTCAAT
CTGGAAAGCATCACACTTACCCTGATCCTCTGGTTGAGGTCAAAAAACAAGCTTCAGTTC
TTGAATCATATCTTGAACAAAGGGGGCTTACTCTACTAGAAGGAAATCTGTCTTGCAAAG
TTGTAATTCCCAATCCTAACTTTCGTACAATGCACGCGTTTCCGAGTGGGGTAATTACCT
ACGAAGAGTGGAAACATCTGAAACCAGTATCAAGAAACGTACTTTCTGGTTGGGTGAAAG
GCGCATTGTGCACGGGCAAAGAGATGCATGAATCTTCGCATCAAAAACTCAACTTCATCC
TTGGCACTGCACCAATGTGGGATAGGGTGGAGCTTAAAAGTAGCAAGATTGTGTTTGGAG
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CAAAAGTTGACCGTATCTCTATTCAGCATACAAGCATGTTTGGATTCGGTAGTTCTCTTT
TTTTTAGACTTCAAAACAAATTTCATTATCTTCTTCCATTTTTTTCTTTGTTTTATGAAA
CACAAATGCAAACAGCTGATGTGATTTTGACTAATGAAGTGTAACTAAATATATTTATTA
AAAAATTCTTGTTTGTAGC

QA 1 919 1 919
DS 



AS 1 2

CO CL6764Contig1 1081 2 2 U
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ACCCATCTTGGAATTGAGCAAAGCAGGAGGGATGATCTAGAGTCTCTTGGCTATATGCTT
ATGTATTTTCTTCGAGGAAGCCTTCCTTGGCAAGGCCTTCGTGCAGGAACGAAAAAGGAA
AAGTATGACAGGATTAGTGAAAAGAAAAGACTTACACCAGTCGAGGTCCTCTGTAAAAAC
TATCCACCTGAGTTCACGTCGTATTTCCTCTACGTGCGTTCATTACGGTTTGAAGACAAA
CCAGATTATTCCTACTTGAAGAGGCTTTTCAGAGACCTATTCATCCGAGAAGGTTATCAG
TTCGACTATGTATTTGATTGGACGATATTGAAGTATCCTCAGTTCGGTTCCAGCTCCAGT
TCTAGTTCCAGTTCCAAGCCAAGACCGAGCCTAAGACCAGCTCTGAAAATTCCACCACCA
TCTGCTGAGAAAGCCGTTAAGCCTTCAACTGGGAAAGAGACTCGTGATAGATACTCGAGT
GTTTTCGAGGCCTACACCAGAAGAACTGGCTCAGGAAGCAACCTTCTAGCTGATCGGTCT
AGTAGACCAAGAACCTCAGAGAATGTTCTTGCGTCTAGAGACACGCTGAACCAGGAGAGA
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GTTCGTGCTACTTCATCTGCTGATTTCGCGGAGAACCGAACCAGCACCAGCAGACTCGTC
CCAAGCAATGGTCGGTCCTCCACAACTCAGAGGACACAGTTTGTGCCCTCTTCCTCCTCA
AAGGCTGCACCACCATCGAGAATCCCTCCTGACGTTACTCTCGAGTTCCTCACTCTTGGG
AACGGGAAGAGGAAGTGATGGATGATATAAATTATTTATCCATCTTTGTTTGACGAGTTA
TATTACTACCTGTTATTCTCGAACATGTTTTATTAGAGCCGTATAAACAACAACCCACTC
AATAATCATCATACACAAAAGTTGGAAATATTTATACCTTATATTATTTTGCTCTGTTCT
T


BQ
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10 

AF RR3A248TF U 1
AF RR3A248JQ C 330
BS 1 659 RR3A248TF
BS 660 1081 RR3A248JQ

RD RR3A248TF 659 0 0
GATATTCCTTACAGAGAAAACAAGAATCTTACAGGAACAGCTCGATATGCAAGTGTTAAC
ACCCATCTTGGAATTGAGCAAAGCAGGAGGGATGATCTAGAGTCTCTTGGCTATATGCTT
ATGTATTTTCTTCGAGGAAGCCTTCCTTGGCAAGGCCTTCGTGCAGGAACGAAAAAGGAA
AAGTATGACAGGATTAGTGAAAAGAAAAGACTTACACCAGTCGAGGTCCTCTGTAAAAAC
TATCCACCTGAGTTCACGTCGTATTTCCTCTACGTGCGTTCATTACGGTTTGAAGACAAA
CCAGATTATTCCTACTTGAAGAGGCTTTTCAGAGACCTATTCATCCGAGAAGGTTATCAG
TTCGACTATGTATTTGATTGGACGATATTGAAGTATCCTCAGTTCGGTTCCAGCTCCAGT
TCTAGTTCCAGTTCCAAGCCAAGACCGAGCCTAAGACCAGCTCTGAAAATTCCACCACCA
TCTGCTGAGAAAGCCGTTAAGCCTTCAACTGGGAAAGAGACTCGTGATAGATACTCGAGT
GTTTTCGAGGCCTACACCAGAAGAACTGGCTCAGGAAGCAACCTTCTAGCTGATCGGTCT
AGTAGACCAAGAACCTCAGAGAATGTTCTTGCGTCTAGAGACACGCTGAACCAGGAGAG

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3A248JQ 752 0 0
CAGAGACCTATTCATCCGAGAAGGTTATCAGTTCGACTATGTATTTGATTGGACGATATT
GAAGTATCCTCAGTTCGGTTCCAGCTCCAGTTCTAGTTCCAGTTCCAAGCCAAGACCGAG
CCTAAGACCAGCTCTGAAAATTCCACCACCATCTGCTGAGAAAGCCGTTAAGCCTTCAAC
TGGGAAAGAGACTCGTGATAGATACTCGAGTGTTTTCGAGGCCTACACCAGAAGAACTGG
CTCAGGAAGCAACCTTCTAGCTGATCGGTCTAGTAGACCAAGAACCTCAGAGAATGTTCT
TGCGTCTAGAGACACGCTGAACCAGGAGAGACCAATCACTTCATCATCTAGGAACCAGAG
TTCTTCGAGAAAAGCAGTTGCTGGGTCAAGTGTTCGTGCTACTTCATCTGCTGATTTCGC
GGAGAACCGAACCAGCACCAGCAGACTCGTCCCAAGCAATGGTCGGTCCTCCACAACTCA
GAGGACACAGTTTGTGCCCTCTTCCTCCTCAAAGGCTGCACCACCATCGAGAATCCCTCC
TGACGTTACTCTCGAGTTCCTCACTCTTGGGAACGGGAAGAGGAAGTGATGGATGATATA
AATTATTTATCCATCTTTGTTTGACGAGTTATATTACTACCTGTTATTCTCGAACATGTT
TTATTAGAGCCGTATAAACAACAACCCACTCAATAATCATCATACACAAAAGTTGGAAAT
ATTTATACCTTATATTATTTTGCTCTGTTCTT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL6765Contig1 963 2 2 U
GGAAGCGACGCAGTGACAAAAAAAAAAGAAAAAAACCCTAAGCGCCGTTGCTCTTTTTCT
CTCTCGGAGGTGGAGGACTGGAGGATTTCCATCGATTTCTTCACGCCGTTTCTGCTGCTT
TCGATCTGAGCCGCACCGTTGCCTATGTTCTCGTCCATCTCTATGCTTACGCTCGGCCTC
ATGGCGAAGGCGACAGGTAAACAGATTTTGGGGTGATTTCCAGTGAACCATAGCCCACAC
CGCTCCACCGGTCCGCCGCTCCGCTCCGATATCATCCTCTGATCTGAGCCTATTCTCGCC
GGCAAACGAACGGGGTTACACTGATCTGAGCAAGCGTAGTGTTCGCAAGGAGGATATTCA
GACTTGTGAAGAGAGGTGTAATAAGAGCAAGATTGTTCATCTATCATGCGTATGTTTCTT
AGAGTCTTTCTCTCGATTTAGAGGAATTATATATGAACATTCGTTGGCCTTTGTACCTAA
AGTATGGTCATGCTTTTGAGGATTGCTACCCGAATGTCAAACTCGTCTAACTCATGGAGT
GACAGTAACCACTGAGTGGCTGAAATGGAACCCAAGAATCGACTCTATCTTGTTTCTGTC
AAGACACAGAGTGGCGGTAAAATGGAGCTGCAATTGAACACTAGAGACTCGGTGATGATA
GAAGGCAGTTCCTTCTTGATGCCCCAGAAACATTTTGCCTCACTCGCTATGAGTTTTGCG
TAGTAGGGATGGGAAGACTCGCCATCTACATTATAATGAGACTCGCCAGCTGTGATTTGG
TGAGCTGGTCCACTGAGAGGTGTTTCTGTGGTTTTTGTCTAATGATACACAAAATTTCTG
AAAGTAGTTGTTGTTTGTTTGTAGTATTGTTACATGTATTTACTTCTGAGTTTCAGTTTA
CCATACTTGTTGTAACAAACATATGTAATTTGCTTGCATCAAGCTTCACTATAAGTCGAA
GAC


BQ
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10 10 10 

AF RR3FB89TF U 1
AF RR3FB89JQ C 330
BS 1 659 RR3FB89TF
BS 660 963 RR3FB89JQ

RD RR3FB89TF 659 0 0
GGAAGCGACGCAGTGACAAAAAAAAAAGAAAAAAACCCTAAGCGCCGTTGCTCTTTTTCT
CTCTCGGAGGTGGAGGACTGGAGGATTTCCATCGATTTCTTCACGCCGTTTCTGCTGCTT
TCGATCTGAGCCGCACCGTTGCCTATGTTCTCGTCCATCTCTATGCTTACGCTCGGCCTC
ATGGCGAAGGCGACAGGTAAACAGATTTTGGGGTGATTTCCAGTGAACCATAGCCCACAC
CGCTCCACCGGTCCGCCGCTCCGCTCCGATATCATCCTCTGATCTGAGCCTATTCTCGCC
GGCAAACGAACGGGGTTACACTGATCTGAGCAAGCGTAGTGTTCGCAAGGAGGATATTCA
GACTTGTGAAGAGAGGTGTAATAAGAGCAAGATTGTTCATCTATCATGCGTATGTTTCTT
AGAGTCTTTCTCTCGATTTAGAGGAATTATATATGAACATTCGTTGGCCTTTGTACCTAA
AGTATGGTCATGCTTTTGAGGATTGCTACCCGAATGTCAAACTCGTCTAACTCATGGAGT
GACAGTAACCACTGAGTGGCTGAAATGGAACCCAAGAATCGACTCTATCTTGTTTCTGTC
AAGACACAGAGTGGCGGTAAAATGGAGCTGCAATTGAACACTAGAGACTCGGTGATGAT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3FB89JQ 634 0 0
GCAAGCGTAGTGTTCGCAAGGAGGATATTCAGACTTGTGAAGAGAGGTGTAATAAGAGCA
AGATTGTTCATCTATCATGCGTATGTTTCTTAGAGTCTTTCTCTCGATTTAGAGGAATTA
TATATGAACATTCGTTGGCCTTTGTACCTAAAGTATGGTCATGCTTTTGAGGATTGCTAC
CCGAATGTCAAACTCGTCTAACTCATGGAGTGACAGTAACCACTGAGTGGCTGAAATGGA
ACCCAAGAATCGACTCTATCTTGTTTCTGTCAAGACACAGAGTGGCGGTAAAATGGAGCT
GCAATTGAACACTAGAGACTCGGTGATGATAGAAGGCAGTTCCTTCTTGATGCCCCAGAA
ACATTTTGCCTCACTCGCTATGAGTTTTGCGTAGTAGGGATGGGAAGACTCGCCATCTAC
ATTATAATGAGACTCGCCAGCTGTGATTTGGTGAGCTGGTCCACTGAGAGGTGTTTCTGT
GGTTTTTGTCTAATGATACACAAAATTTCTGAAAGTAGTTGTTGTTTGTTTGTAGTATTG
TTACATGTATTTACTTCTGAGTTTCAGTTTACCATACTTGTTGTAACAAACATATGTAAT
TTGCTTGCATCAAGCTTCACTATAAGTCGAAGAC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

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TACCGGCTTGCCTTTGCCTTTTAAATCCCCGCGTATGATGAGAAGCGCTATTCAACTCAT
CTCATCCAACTGGCCTTATTGGAATAAGACCGAAGGTGCTGATCACTTCTTTGTTGTGCC
CCATGACTTTGGAGCTTGCTTCCATTACCAGGAGGAAAAAGCTATTGAAAGAGGGATTCT
TCCGCTGCTCCAGCGTGCTACTTTGGTTCAGACGTTTGGTCAGAGGAACCATGTGTGTTT
GGACCAAGGCTCCATCACTATTCCCCCTTTTGCACCTCCACTGAAGATGCAGACCCATCT
TCTTCCTCCACACATTCCACGCTCTATCTTTGTCTACTTCCGTGGTCTCTTCTACGATGT
TAACAACGACCCAGAAGGTGGCTATTATGCAGGAGGCGCAAGAGCAGCGGTGTGGGAAAA
CTTCAAGAACAACCCTCTATTCGACATCTCAACAGACCACCCGACAACATACTACGAAGA
CATGCAAAGATCCATCTTCTGTCTATGTCCTCTAGGATGGGCTCCATGGACCCCCAGGCT
AGTTGAAGCGGTTGTGTTTGGGTGCATTCCGGTTATTATAGCGGATGACATTGTGCTGCC
TTTCGCAGACGCCATCCCCTGGGAAGAGATTGGAGTCTTTGTTGCTGAAAAAGACGTCCC
TGAACTAGACACGATCCTTACCTCAATACCAACAGAAGTGATCCTTAGGAAACAGAGACT
CCTGGCGAATCCTTCGATGAAACAAGCCATGCTCTTCCCTCAACCCGCGCAGCCAGGGGA
CGCATTCCATCAGATACTTAACGGGTTAGCTAGGAAGTTGCCCCATGACGGAAGCATATA
CTTGAAAGCAGGTGAGAAGGTACTGAACTGGACCGCTTGTCCGGTTGGTGACCTTAAGCC
TTGGTAAATTCAGAGAGCGGTGTCTTGTTTAATTGTCTTTGGTTTTCACCGATGAGTTGT
TTTTGAGATAAGAGCATATGTTATTGTTCTTTTCATCGCTTAAAAACACAGTAGCGCATA
CTTCTCTGGTGGATTACTTTTGTAGATATATGGGATCAAGATGAATGTACACCTTCTCTT
TGGTCGATCAAACTACACTATCTTTTATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DZ71TF U 1
AF RR3DZ71JQ C 383
BS 1 712 RR3DZ71TF
BS 713 1171 RR3DZ71JQ

RD RR3DZ71TF 712 0 0
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TACCGGCTTGCCTTTGCCTTTTAAATCCCCGCGTATGATGAGAAGCGCTATTCAACTCAT
CTCATCCAACTGGCCTTATTGGAATAAGACCGAAGGTGCTGATCACTTCTTTGTTGTGCC
CCATGACTTTGGAGCTTGCTTCCATTACCAGGAGGAAAAAGCTATTGAAAGAGGGATTCT
TCCGCTGCTCCAGCGTGCTACTTTGGTTCAGACGTTTGGTCAGAGGAACCATGTGTGTTT
GGACCAAGGCTCCATCACTATTCCCCCTTTTGCACCTCCACTGAAGATGCAGACCCATCT
TCTTCCTCCACACATTCCACGCTCTATCTTTGTCTACTTCCGTGGTCTCTTCTACGATGT
TAACAACGACCCAGAAGGTGGCTATTATGCAGGAGGCGCAAGAGCAGCGGTGTGGGAAAA
CTTCAAGAACAACCCTCTATTCGACATCTCAACAGACCACCCGACAACATACTACGAAGA
CATGCAAAGATCCATCTTCTGTCTATGTCCTCTAGGATGGGCTCCATGGACCCCCAGGCT
AGTTGAAGCGGTTGTGTTTGGGTGCATTCCGGTTATTATAGCGGATGACATTGTGCTGCC
TTTCGCAGACGCCATCCCCTGGGAAGAGATTGGAGTCTTTGTTGCTGAAAAA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3DZ71JQ 789 0 0
TCTATCTTTGTCTACTTCCGTGGTCTCTTCTACGATGTTAACAACGACCCAGAAGGTGGC
TATTATGCAGGAGGCGCAAGAGCAGCGGTGTGGGAAAACTTCAAGAACAACCCTCTATTC
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CTATGTCCTCTAGGATGGGCTCCATGGACCCCCAGGCTAGTTGAAGCGGTTGTGTTTGGG
TGCATTCCGGTTATTATAGCGGATGACATTGTGCTGCCTTTCGCAGACGCCATCCCCTGG
GAAGAGATTGGAGTCTTTGTTGCTGAAAAAGACGTCCCTGAACTAGACACGATCCTTACC
TCAATACCAACAGAAGTGATCCTTAGGAAACAGAGACTCCTGGCGAATCCTTCGATGAAA
CAAGCCATGCTCTTCCCTCAACCCGCGCAGCCAGGGGACGCATTCCATCAGATACTTAAC
GGGTTAGCTAGGAAGTTGCCCCATGACGGAAGCATATACTTGAAAGCAGGTGAGAAGGTA
CTGAACTGGACCGCTTGTCCGGTTGGTGACCTTAAGCCTTGGTAAATTCAGAGAGCGGTG
TCTTGTTTAATTGTCTTTGGTTTTCACCGATGAGTTGTTTTTGAGATAAGAGCATATGTT
ATTGTTCTTTTCATCGCTTAAAAACACAGTAGCGCATACTTCTCTGGTGGATTACTTTTG
TAGATATATGGGATCAAGATGAATGTACACCTTCTCTTTGGTCGATCAAACTACACTATC
TTTTATCTC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

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TTCATACGTATAAACACTGTTTCTTTCATTAACCAATAGTTTTTTTTTCTGGTAAGCTAA
CAGAACAGTTCTTAGGCCTATGTTGGAAATCTTCTTGACTGGAGAACCGTCGAGGTTTAG
GTTAGATTCTTCCTGTCTGTGTTAAAAATCGAGACTTTATATATTCTACCTCTTTGTACA
GCCAAGTAATATGCCGGTTGCTACGCACGTCTGGTTCGAACACAAGTTTTTTTTTCTCAA
CAAAACTTCTAACATTAGACATATTAGACACAAAGTGTCCCACATCGGAAGTTGGAACTA
ATATTCACTAGTATATAAGATAGATGGGTCAACCCACTTATCACCAATTGGTTTTAAGTG
TGGAACCCATCTAGCTTAACATGGTATCAGAGCCCGATCCACGCAGTCCAACCCGATCCA
CATCGATCTAGCCCAAAGTTGGCCCATCGATCCTTGCCCGAGAATTCCGAGATTGACGCT
CAAAGAACCATCATCTCGAGGGGGCGTATTAGACACATAGTTGTCCCACATCGGTAGTTG
GAAGAGATCCTTAGTAATATATAAGGTGGATGGGTCACTCCACTTATCACCAATTGGTTT
TAAGTGTGAAGTCCATCTAGCTTAACAAGACATACCTCGTTTTTAAACCACACATTACAC
TGAGTTGTTGATGTGTCCCATTTTTCCATCTGTAGTGATTTAAGCCTAGTATTCAATTAT
TAGTTCATCCTTTAGCTCGTATTCATTTGCTCTGTTTGTGTTTGTGTGTTATGCAGAAAA
GTGTGGCTAATGCTCCTCAACTTCTTCAAGATTGTGACAGCCACTGCACAGAGACACTCG
AAGAAGAAGCAAGCGAAAGAAGCAGCTGCTTTTACTCATTCAGATTGATTTTTCTTTCTA
ATGCTCCAACATCAGAAGGACCAAAGCAAAACAAGAAAACTGCAGCTTCTCTTCTCATTT
TCGCCTCGTTGACGCATTGTTTTGGTGGGATTTGTACGTTATAGAACAAAAAAGTGTTAG
GAGGAATTGGGATTATGACTTTATGAGTTGCTGGAGGCTTATTATGACCCTGTGATATTC
CAT


BQ
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10 10 10 

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BS 728 1143 RR3A055JQ

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TTCATACGTATAAACACTGTTTCTTTCATTAACCAATAGTTTTTTTTTCTGGTAAGCTAA
CAGAACAGTTCTTAGGCCTATGTTGGAAATCTTCTTGACTGGAGAACCGTCGAGGTTTAG
GTTAGATTCTTCCTGTCTGTGTTAAAAATCGAGACTTTATATATTCTACCTCTTTGTACA
GCCAAGTAATATGCCGGTTGCTACGCACGTCTGGTTCGAACACAAGTTTTTTTTTCTCAA
CAAAACTTCTAACATTAGACATATTAGACACAAAGTGTCCCACATCGGAAGTTGGAACTA
ATATTCACTAGTATATAAGATAGATGGGTCAACCCACTTATCACCAATTGGTTTTAAGTG
TGGAACCCATCTAGCTTAACATGGTATCAGAGCCCGATCCACGCAGTCCAACCCGATCCA
CATCGATCTAGCCCAAAGTTGGCCCATCGATCCTTGCCCGAGAATTCCGAGATTGACGCT
CAAAGAACCATCATCTCGAGGGGGCGTATTAGACACATAGTTGTCCCACATCGGTAGTTG
GAAGAGATCCTTAGTAATATATAAGGTGGATGGGTCACTCCACTTATCACCAATTGGTTT
TAAGTGTGAAGTCCATCTAGCTTAACAAGACATACCTCGTTTTTAAACCACACATTACAC
TGAGTTG

QA 1 727 1 727
DS 

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ATCCACGCAGTCCAACCCGATCCACATCGATCTAGCCCAAAGTTGGCCCATCGATCCTTG
CCCGAGAATTCCGAGATTGACGCTCAAAGAACCATCATCTCGAGGGGGCGTATTAGACAC
ATAGTTGTCCCACATCGGTAGTTGGAAGAGATCCTTAGTAATATATAAGGTGGATGGGTC
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TCGTTTTTAAACCACACATTACACTGAGTTGTTGATGTGTCCCATTTTTCCATCTGTAGT
GATTTAAGCCTAGTATTCAATTATTAGTTCATCCTTTAGCTCGTATTCATTTGCTCTGTT
TGTGTTTGTGTGTTATGCAGAAAAGTGTGGCTAATGCTCCTCAACTTCTTCAAGATTGTG
ACAGCCACTGCACAGAGACACTCGAAGAAGAAGCAAGCGAAAGAAGCAGCTGCTTTTACT
CATTCAGATTGATTTTTCTTTCTAATGCTCCAACATCAGAAGGACCAAAGCAAAACAAGA
AAACTGCAGCTTCTCTTCTCATTTTCGCCTCGTTGACGCATTGTTTTGGTGGGATTTGTA
CGTTATAGAACAAAAAAGTGTTAGGAGGAATTGGGATTATGACTTTATGAGTTGCTGGAG
GCTTATTATGACCCTGTGATATTCCAT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

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GGGGAAATGCAGAGATTAACAAAAATGGAGAAGAGAGAAGACGAAGCTCTTCACGTAGCC
ATGTTCCCATGGCTAGCTATGGGGCATCTTCTTCCTTTTCTCAATATCTCAAAGTTACTT
GCTCAAAAGGGTCATCTCCGGATTGGATCATATATGACTACACTTCTCACTGGCTTCCTC
CGGTCGCGACAGAGCTTGGAATCAAGAAAGCTTTCTTTAGCCTCTTTAACGCTTCAGCTC
TCTGTTTCATGGGACCACCTTCGTCGCTCATAGAGGATGCTAGAACTACGCCGGATGACT
TCACGGTGGTTCCGCCGTGGATCCCGTTTGAATCAGATATCGTCCTTCGTTACCATGAAG
TTGCAAGGTACGTTGAGAAGATGGAGGAAGATGTAACCGGAATCTCTGATTCGGTTCGGT
TCGGTTACTCGATTGGTGAGAGCGATGCTGTTTTCGTACGTAGCTGTCCGAAATTTGAAC
CGGAGTGGTTTGGTTTACTACGAGATTTGTATCAAAAACCGGTCTTTCCGACCGGTTTTC
TCCCTCCACCGGTTAGCGAAGACCATGGAGACGATGGTGATGCTACATGGGTTTTTATAA
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CGAGTCTTCCATGGACGTACCATACATCAACCAGCAGTCTCTCAAATCCGCCTTCGATCT
TCTTCAGCCAACAGTAACAGAGTTTCTCCGAAAATACTGAGTCACGAGTCAGTGGGTGGG
TTCTTGACGCATTGTGGTTGGAACTCGGTAGTGGAAGGGTTAGGGCTCGGACGAGTTCCT
ATCTTTCTTCCGGTGTTGAATGAGCAAGGACTGAATACGAGGTTGCTGCGGGGAAAGGGT
ATTGGTGTTGAGGTTCCAAGAAATGAGAGAGATGGAACGTTTGATTCTGACTCAGTGGCT
GACTCGGTTAGACTGGTGATGGTCGATGATGCAGGAGAAGTGAAAAGAACAAAGGCAAAG
ATGATGAAGGGTTTGTTTGGAAACAAGGACGAGAATATTCGTTATGTCCATGAACTTATA
GAGTATATGAAAAGTAAAGGATCATCTCATGTTAGATGAAATTATGTTTGTATTGCAAGA
TTTATATGAATATTAGCATCTTTTCTTGTT


BQ
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AF RR3F879TF U 1
AF RR3F879JQ C 404
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ATGTTCCCATGGCTAGCTATGGGGCATCTTCTTCCTTTTCTCAATATCTCAAAGTTACTT
GCTCAAAAGGGTCATCTCCGGATTGGATCATATATGACTACACTTCTCACTGGCTTCCTC
CGGTCGCGACAGAGCTTGGAATCAAGAAAGCTTTCTTTAGCCTCTTTAACGCTTCAGCTC
TCTGTTTCATGGGACCACCTTCGTCGCTCATAGAGGATGCTAGAACTACGCCGGATGACT
TCACGGTGGTTCCGCCGTGGATCCCGTTTGAATCAGATATCGTCCTTCGTTACCATGAAG
TTGCAAGGTACGTTGAGAAGATGGAGGAAGATGTAACCGGAATCTCTGATTCGGTTCGGT
TCGGTTACTCGATTGGTGAGAGCGATGCTGTTTTCGTACGTAGCTGTCCGAAATTTGAAC
CGGAGTGGTTTGGTTTACTACGAGATTTGTATCAAAAACCGGTCTTTCCGACCGGTTTTC
TCCCTCCACCGGTTAGCGAAGACCATGGAGACGATGGTGATGCTACATGGGTTTTTATAA
AGGAGTGGCTCGACAAGCAACGAGTTAACTCGGTTGTGTACGTGTCTTTAGGTACTGAAG
CGAGTCTTCCATGGACGTACCATACATCAACCAGCAGTCTCTCAA*TCCGCCTTCGATCT
TCTTCAGC**ACAGTAACAGAGTTTCTCCGAAAA
A

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DS 

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TCTCTGA
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GTTTTTATAAAGGAGTGGCTCGACAAGCAACGAGTTAACTCGGTTGTGTACGTGTCTTTA
GGTACTGAAGCGAGTCTTCCATGGACGTACCATACATCAACCAGCAGTCTCTCAAATCCG
CCTTCGATCTTCTTCAGCCACCAGTAACAGAGTTTTTCCGAAAATACTGAGTCACGAGTC
AGTGGGTGGGTTCTTGACGCATTGTGGTTGGAACTCGGTAGTGGAAGGGTTAGGGCTCGG
ACGAGTTCCTATCTTTCTTCCGGTGTTGAATGAGCAAGGACTGAATACGAGGTTGCTGCG
GGGAAAGGGTATTGGTGTTGAGGTTCCAAGAAATGAGAGAGATGGAACGTTTGATTCTGA
CTCAGTGGCTGACTCGGTTAGACTGGTGATGGTCGATGATGCAGGAGAAGTGAAAAGAAC
AAAGGCAAAGATGATGAAGGGTTTGTTTGGAAACAAGGACGAGAATATTCGTTATGTCCA
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TATTGCAAGATTTATATGAATATTAGCATCTTTTCTTGTT

QA 8 767 8 767
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CGAAGAAGCTTGGGAAGTTGAATCCGTTTAGACATGGGTCTAAGGATACTTCGAACATTG
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AGTAAAGAAAATCTATACCACC


BQ
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AF RR3GK27TF U 19
AF RR3GK27JQ C 1
BS 1 18 RR3GK27JQ
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BS 265 265 RR3GK27JQ
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RD RR3GK27TF 347 0 0
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QA 1 347 1 347
DS 

RD RR3GK27JQ 682 0 0
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GACAGGTTAAAGCTGATGCTTCGTTGGCTAAAGAGAACGAAGCTTTGAGGAGCGAGCTGA
TGAAGATGAAGATGTATGTTTCGGATCTTCAGAAGAACGGTGGTGCAGCTGGAGCTTCTT
CTTCGAATGCAGTGCCGAGCAATAAGAAGAGCGGCAAAAGTAGTTTCTTCTCGTCTGTTT
CGAAGAAGCTTGGGAAGTTGAATCCGTTTAGACATGGGTCTAAGGATACTTCGAACATTG
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AAATGGGGAACCAAAACGTTTGAGCAACTACTTTTGCGTTTTTGTTCCTTGCGTGTGTGT
GTGTCTGTCTAGCATAGTAGTGTACTACTCTTTTTTCAATTTTTTTCTTCTACTGATGAG
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AGTAAAGAAAATCTATACCACC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL6771Contig1 1165 2 4 U
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CGAGCTGGTCGACGAAGACCTCGTGGATGATCTTGACAAGGTCGTGTTCATGCACGGACA
CGACAGGGAAGGCCACCCGGTGTGTTACAATGTCTACGGTGAGTTCCAGAACAAGGAGCT
TTACAACAAGACGTTCTCCGATGAGGAGAAGAGGAAGCATTTCTTGAGGACGAGGATTCA
GTTCTTGGAGAGGAGTATAAGGAAGCTTGACTTCAGCTCCGGCGGTGTTTCCACCATTTT
TCAGATTAACGATATGAAGAACTCTCCCGGGTTGGGGAAGAAAGAGCTTAGATCCGCCAC
CAAGCAAGCCGTGCAGCTGCTTCAGGACAACTACCCTGAGTTTGTGTTCAAACAGGCCTT
CATCAATGTTCCTTGGTGGTACCTTGTGTTTTACACTGTGATTGGTCCGTTTATGACACC
AAGGTCAAAGAGCAAGTTGGTGTTTGCTGGTCCTTCAAGATCAGCCGAAACCCTTTTCAA
ATACATATCACCAGAACAAGTCCCTGTGCAATACGGAGGATTAAGTGTAGATCCTTGTGA
CTGCAACCCAGACTTCTCATTGGATGATCCAGCCTCTGAAGTCATTGTTAAGCCCGGAAC
AAAGCAAACTGTGGAGATCATAATCTATGAGAAATGTGAGATTGTGTGGGAGATAAGGGT
GATGGGATGGGAAGTGAGTTACAAGGCAGAGTTTGTGCCAGAAGAGAAAGATGCTTATAC
GGTGGTGGTTCAGAAACCGAGGAAGATGAAACCGGCCGATGAACCGGTGTTAACCCAAAG
CTTCAAAGTGAATGAGCTTGGCAAGGTTTTGCTCACAGTGGACAACCCAACCTCTAAGAA
GAAGAAGCTTGTTTACAGGTTTAATGTCAAACCCCTCTGATATTTACAAAGAAATGAAAG
TCTTTTAAACCTTTTTATAAAAGTTTTACAAACAATGTGGTTTCTGGTATGCTTGTGTTT
GTATATGTGAGTGTGTACTTTTTCATATTGTTATCATTTTGTGTGGTTTATACGATGGAG
CTTTCTACATCTTTTGCTCTTTGGGGAGAATATGTTTTACATAACTTTCTGTAATAAAAA
TTCTTTAATAAATCTCTCTTCCGTT


BQ
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AF RR3BR03TF U 1
AF RR3BR03JQ C 400
BS 1 718 RR3BR03TF
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RD RR3BR03TF 748 0 0
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CGACAGGGAAGGCCACCCGGTGTGTTACAATGTCTACGGTGAGTTCCAGAACAAGGAGCT
TTACAACAAGACGTTCTCCGATGAGGAGAAGAGGAAGCATTTCTTGAGGACGAGGATTCA
GTTCTTGGAGAGGAGTATAAGGAAGCTTGACTTCAGCTCCGGCGGTGTTTCCACCATTTT
TCAGATTAACGATATGAAGAACTCTCCCGGGTTGGGGAAGAAAGAGCTTAGATCCGCCAC
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CATCAATGTTCCTTGGTGGTACCTTGTGTTTTACACTGTGATTGGTCCGTTTATGACACC
AAGGTCAAAGAGCAAGTTGGTGTTTGCTGGTCCTTCAAGATCAGCCGAAACCCTTTTCAA
ATACATATCACCAGAACAAGTCCCTGTGCAATACGGAGGATTAAGTGTAGATCCTTGTGA
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AAAGCAAACTGTGGAGATCATAATCTATGAGAAATGTGAGATTGTGTGGGAGATAAGG*T
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ACAAGCAGA

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3BR03JQ 766 0 0
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GATTGGTCCGTTTATGACACCAAGGTCAAAGAGCAAGTTGGTGTTTGCTGGTCCTTCAAG
ATCAGCCGAAACCCTTTTCAAATACATATCACCAGAACAAGTCCCTGTGCAATACGGAGG
ATTAAGTGTAGATCCTTGTGACTGCAACCCAGACTTCTCATTGGATGATCCAGCCTCTGA
AGTCATTGTTAAGCCCGGAACAAAGCAAACTGTGGAGATCATAATCTATGAGAAATGTGA
GATTGTGTGGGAGATAAGGGTGATTGGATGGGAAGTGAGTTACAAGGCAGAGTTTGTGCC
AGAAGAGAAAGATGCTTATACGGTGGTGGTTCAGAAACCGAGGAAGATGAAACCGGCCGA
TGAACCGGTGTTAACCCAAAGCTTCAAAGTGAATGAGCTTGGCAAGGTTTTGCTCACAGT
GGACAACCCAACCTCTAAGAAGAAGAAGCTTGTTTACAGGTTTAATGTCAAACCCCTCTG
ATATTTACAAAGAAATGAAAGTCTTTTAAACCTTTTTATAAAAGTTTTACAAACAATGTG
GTTTCTGGTATGCTTGTGTTTGTATATGTGAGTGTGTACTTTTTCATATTGTTATCATTT
TGTGTGGTTTATACGATGGAGCTTTCTACATCTTTTGCTCTTTGGGGAGAATATGTTTTA
CATAACTTTCTGTAATAAAAATTCTTTAATAAATCTCTCTTCCGTT

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL6772Contig1 733 2 2 U
GGGGGAGTGGCCATTACGGCGGGGGGACGCTCTTTGTACACTCCGCCATCTTTCCCATCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGAGCAGATCTCTCTCGTGAACAACGACAATGGCGACCAC
TTTCCGCGCCTCTGTCTCCATGCAAGCCACTTCTCTGGCAACACCATCAAGGATTAGTTT
CCAGAAGCCAGCTTTGGCAAAGACTAATCTCTCCTTCAACCTACGCCGTTCAATCCCCAC
TCGTCTCTCAGTCTCTTGCGCGGCCAAACCAGAGACAGTAGCGAAAGTGTCTGAGATTGT
CAAGAAGCAACTATCACTCAAAGAAGATCAAAAAGTCGTTGCGGAAACCAAGTTTGCTGA
TCTTGGAGCAGATTCTCTCGACACGGTTGAGATAGTGATGGGTTTAGAGGAAGCGTTTGA
TATCGAAATGGCGGAAGAGAAAGCACAGAAGATTGCAACTGTGGAGCAAGCTGCTGAACT
CATTGAAGAGCTCGTGGGACTGAAGAAGTAATTTAGTATAATAGCACCTCTCAATGAAAG
TTAAAACCATAAAGCTTTGTGTTTGTTGTCTTCATATTTTTTCTGTCATTTTCTTTTAAT
GTCTCAAGAATCTTCTACTTTGTCCTTGTCCTAGTTGTTTTACTAGTATCTGTATCCACG
CATTGCTATTCTTCTCCTGAAACTTTTGGTGTTTGGAAAATTCAGAATAACATTGAATGA
AAATCTCATTTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL10TF U 1
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BS 582 733 RR3DL10JQ

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DS 

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AATCTTCTACTTTGTCCTTGTCCTAGTTGTTTTACTAGTATCTGTATCCACGCATTGCTA
TTCTTCTCCTGAAACTTTTGGTGTTTGGAAAATTCAGAATAACATTGAATGAAAATCTCA
TTTAC

QA 1 485 1 485
DS 



AS 1 2

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CTTCTTCTGAGTTTGTACTTACTTATGAAGATAAGGAAGGAGATTGGATGCTTGTTGGTG
ATGTCCCATGGAGAATGTTCATCACCTCAGTGAAAAGGCTTAGGGTGATGAAAACCTCTG
AAGCTACTGGACTTGCTGCAAGACATCAAGATCCGAAGGAGATGCAAAGAAACAAACCTG
TTTAGACTCTCTCTTTCCACATTACGTTATTACAGTTTTTTTTTGTTTGTGGGGTTTTGC
AAGTCTGAGTTACTTGTGAAGCAAGTATAAGGAAGAAGCAGAAGCTATATCGTTCTTATG
CAGTTTATGTATGCTTCTTGGTTCTTGTAATGTTTTTTTTCTCTCTAGGGCTTTCTTTTT
GGTTGCTGTCTTTTGTTTTATTGTTGCGGTTTCATCATATACTATGGGAGAGAATGCTCT
TTACTTCTTTTACTACACTGTAAATATTTGAAGCTTATCTAAAATCGTTTTATGGGTTTT
GT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3BQ08TF U 1
AF RR3BQ08JQ C 345
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AAAGATTTTCCTTCAGTTGGCTCTAAACGACCTGCCGACTCTGCTTCTCACGCTGGTGCA
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QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3BQ08JQ 798 0 0
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CTAGGGCTTTCTTTTTGGTTGCTGTCTTTTGTTTTATTGTTGCGGTTTCATCATATACTA
TGGGAGAGAATGCTCTTTACTTCTTTTACTACACTGTAAATATTTGAAGCTTATCTAAAA
TCGTTTTATGGGTTTTGT

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

CO CL6774Contig1 1094 2 2 U
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GCGATCATCTGCTTTGCGATATTTCTGTAATCTTCGAAATCGGGGTGATCGGAGGAACCA
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CTCTTCTTCATAGATTTCAAGATGCTATGAAGAAGGGAGATGAAGAATCAGAGGAGCTGC
AACAGAAGTATATGGAGAAGGAGATTGATACAGCGGCGTTTGTGCAGAAGTATAAGAAGC
TAAGAAGCCAGTATCATCGTCGCGCTTTAATCCATCTCTCTGCTAAAACTTCATTCACCG
GTTGAAAGCTCTTTTGGTTGTTTCCTTGAGCCATTGTGGAAGAAACTTAAAAAACAAGTT
CAGCTCTTTGGTTGTCTCCTTGAGCCGTTGTGTAAGTAAAAAGAAAAAAGAAAACAGCTG
TTCAGTTTGATATATATCCGAAAAAAATATTATTGGATCACAGAATCAATTTATTATGAT
CTCTGAATCTGAACCTTGTTATGTTCTTCGAATCTTTGTTTGTTATATACATGGTGGAGA
CTATATGTGTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EC51TF U 1
AF RR3EC51JQ C 364
BS 1 696 RR3EC51TF
BS 697 1094 RR3EC51JQ

RD RR3EC51TF 699 0 0
GGAAAAAGGAGAAAAGTATTCCTCGTTGATTAACCAAAAAAGAAAAAAAAAAAAACGATT
CTGCCTCGATCCTTCCTTCATCTGCTCTCAAGTAGGTTAAATCGATTTTGTTTCTTATCA
GCGATCATCTGCTTTGCGATATTTCTGTAATCTTCGAAATCGGGGTGATCGGAGGAACCA
TGTTCAATTTCTGGGGATCAAAGGAGCAACTTGGGGAGTCTCGTCCTTCTTCTTCTTCAG
AACCATCTCCACAACCATGGTATTCTCCGTCTCTGGTCACCTCTCCTAGCTTATCTCGGC
CTCAGTCATCATCAGGAGCGCACATCCCATCCCATGTTTCACCTACTGAAGCTGCCTCCA
TTATCTCTCTTTTGAAAGACAAAAGTGTGGATGAGCTCAGTAAGCTTCTGACTGACAAGG
ATGCGTACCAACACTTCTTGAACTCCCTTGAGCAGGTCTCTATTCAAAACAACATCAGAG
AAGAGCTTCGCAAAGAAACACTACATCTTGCTAGAGAAAACTTGGAGAAAGAACCACAGA
TTGTGGAGCTCAGAAACCAATGCAGAATAATCCGTACGAGTGAGCTTGCAACTGCTCAAG
AGAAGCTCAATGAGCTCGAGAATCAAAGAGACGAGATCCTCAAATTCTACTCTCCTGCTT
CTCTTCTTCATAGATTTCAAGATGCTATGAAGAAGG
AGA

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3EC51JQ 731 0 0
TCTCTCTTTTGAAAGACAAAAGTGTGGATGAGCTCAGTAAGCTTCTGACTGACAAGGATG
CGTACCAACACTTCTTGAACTCCCTTGAGCAGGTCTCTATTCAAAACAACATCAGAGAAG
AGCTTCGCAAAGAAACACTACATCTTGCTAGAGAAAACTTGGAGAAAGAACCACAGATTG
TGGAGCTCAGAAACCAATGCAGAATAATCCGTACGAGTGAGCTTGCAACTGCTCAAGAGA
AGCTCAATGAGCTCGAGAATCAAAGAGACGAGATCCTCAAATTCTACTCTCCTGCTTCTC
TTCTTCATAGATTTCAAGATGCTATGAAGAAGGGAGATGAAGAATCAGAGGAGCTGCAAC
AGAAGTATATGGAGAAGGAGATTGATACAGCGGCGTTTGTGCAGAAGTATAAGAAGCTAA
GAAGCCAGTATCATCGTCGCGCTTTAATCCATCTCTCTGCTAAAACTTCATTCACCGGTT
GAAAGCTCTTTTGGTTGTTTCCTTGAGCCATTGTGGAAGAAACTTAAAAAACAAGTTCAG
CTCTTTGGTTGTCTCCTTGAGCCGTTGTGTAAGTAAAAAGAAAAAAGAAAACAGCTGTTC
AGTTTGATATATATCCGAAAAAAATATTATTGGATCACAGAATCAATTTATTATGATCTC
TGAATCTGAACCTTGTTATGTTCTTCGAATCTTTGTTTGTTATATACATGGTGGAGACTA
TATGTGTTACG

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL6775Contig1 333 2 1 U
GCCAACCACTGGTGGTGTTGCTCCAGCGCCTGCCATCGTTGCTGCTGAAGCCAAAGCCCA
AAACTAAATGATGATGAAAAGGGTTATGATTTTTGTTTGACAAAAAATAAGAGAAACGTA
TTGCAGTGAGGAAGAGTGAGCTCATCCTCCCGATTCCAACTTTTTTTTTCTTCTTGTGTT
CCTGAATTCAGGATAGTGCCCTCTCCCTTTTCACACAATCTTTCCCTATTATTGTTTCTT
TCGTGGTTGTGGGATTGTATTTCTTTTGAAAGATGAGATGGACACACTGCACGATATAGA
GAGTGGGGCACACACCCACTTACTACTTTTGGT


BQ
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AF RR3C231JQ C 1
AF RR3C231TF U 1
BS 1 333 RR3C231TF

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AAACTAAATGATGATGAAAAGGGTTATGATTTTTGTTTGACAAAAAATAAGAGAAACGTA
TTGCAGTGAGGAAGAGTGAGCTCATCCTCCCGATTCCAACTTTTTTTTTCTTCTTGTGTT
CCTGAATTCAGGATAGTGCCCTCTCCCTTTTCACACAATCTTTCCCTATTATTGTTTCTT
TCGTGGTTGTGGGATTGTATTTCTTTTGAAAGATGAGATGGACACACTGCACGATATAGA
GAGTGGGGCACACACCCACTTACTACTTTTGGT

QA 1 333 1 333
DS 

RD RR3C231TF 333 0 0
GCCAACCACTGGTGGTGTTGCTCCAGCGCCTGCCATCGTTGCTGCTGAAGCCAAAGCCCA
AAACTAAATGATGATGAAAAGGGTTATGATTTTTGTTTGACAAAAAATAAGAGAAACGTA
TTGCAGTGAGGAAGAGTGAGCTCATCCTCCCGATTCCAACTTTTTTTTTCTTCTTGTGTT
CCTGAATTCAGGATAGTGCCCTCTCCCTTTTCACACAATCTTTCCCTATTATTGTTTCTT
TCGTGGTTGTGGGATTGTATTTCTTTTGAAAGATGAGATGGACACACTGCACGATATAGA
GAGTGGGGCACACACCCACTTACTACTTTTGGT

QA 1 333 1 333
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGAATTCTCAGATATTCTAGGGTTTGCCGTTCCCTTATCTGAATCCGAAATGATCACCAC
CGTACTTCGCCGATCTTGCCTCGATGCGTCAAGGCGGAGGACTCTCCCCTCATCCCTGAC
CTCCATCAGCGCGGCTCTATTCCACCATATCACTCCTGCTGCCGCCGCCAAAGTCTCCGA
TCTAGCCTCCGATGTCAAGCCTACCCTCGTTCTCCCGAATCAGTTTGGTGTCGTCAAATC
GAGAGGATTTCATTTTCAGTCTGGGCCGTCGGAGTTCAGATCGACGATGGTGTCACCTGC
GAGGTTTGCGATATCCGAGACTAGCGACAGAGCAATTGGAGATTCAGAGAGTGATGGGGG
GCTCGCGATAGCTGAGCTTGGGATATCTCCTGAGATCGTCAAAGCTTTAAGTGCTAAGGG
TATCGAGAAACTCTTCCCGATTCAGAAAGCTGTGCTTGAGCCAGCTATGCAAGGCCGTGA
CATGATTGGTCGTGCTAGGACAGGAACTGGAAAGACTCTCGCTTTTGGGATTCCCATCAT
TGACAAAATCATCAAATTCAACGCCAAACATGGACGTGGGAGGAATCCTCTTTGTTTGGT
TTTGGCACCGACAAGGGAGCTTGCTCGCCAAGTTGAGAAGGAGTTTAGGGAGTCTGCTCC
GAGCTTGGATACTATTTGTGTTTATGGAGGTACTCCCATGGAC


BQ
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AF RR3GM65TF U 1
AF RR3GM77TF U 27
BS 1 358 RR3GM65TF
BS 359 703 RR3GM77TF

RD RR3GM65TF 358 0 0
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CGTACTTCGCCGATCTTGCCTCGATGCGTCAAGGCGGAGGACTCTCCCCTCATCCCTGAC
CTCCATCAGCGCGGCTCTATTCCACCATATCACTCCTGCTGCCGCCGCCAAAGTCTCCGA
TCTAGCCTCCGATGTCAAGCCTACCCTCGTTCTCCCGAATCAGTTTGGTGTCGTCAAATC
GAGAGGATTTCATTTTCAGTCTGGGCCGTCGGAGTTCAGATCGACGATGGTGTCACCTGC
GAGGTTTGCGATATCCGAGACTAGCGACAGAGCAATTGGAGATTCAGAGAGTGATGGG

QA 1 358 1 358
DS 

RD RR3GM77TF 677 0 0
CCGTTCCCTTATCTGAATCCGAAATGATCACCACCGTACTTCGCCGATCTTGCCTCGATG
CGTCAAGGCGGAGGACTCTCCCCTCATCCCTGACCTCCATCAGCGCGGCTCTATTCCACC
ATATCACTCCTGCTGCCGCCGCCAAAGTCTCCGATCTAGCCTCCGATGTCAAGCCTACCC
TCGTTCTCCCGAATCAGTTTGGTGTCGTCAAATCGAGAGGATTTCATTTTCAGTCTGGGC
CGTCGGAGTTCAGATCGACGATGGTGTCACCTGCGAGGTTTGCGATATCCGAGACTAGCG
ACAGAGCAATTGGAGATTCAGAGAGTGATGGGGGGCTCGCGATAGCTGAGCTTGGGATAT
CTCCTGAGATCGTCAAAGCTTTAAGTGCTAAGGGTATCGAGAAACTCTTCCCGATTCAGA
AAGCTGTGCTTGAGCCAGCTATGCAAGGCCGTGACATGATTGGTCGTGCTAGGACAGGAA
CTGGAAAGACTCTCGCTTTTGGGATTCCCATCATTGACAAAATCATCAAATTCAACGCCA
AACATGGACGTGGGAGGAATCCTCTTTGTTTGGTTTTGGCACCGACAAGGGAGCTTGCTC
GCCAAGTTGAGAAGGAGTTTAGGGAGTCTGCTCCGAGCTTGGATACTATTTGTGTTTATG
GAGGTACTCCCATGGAC

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL6778Contig1 1360 2 8 U
GGATCGTCACTTGCTTACTCCGACCGTTTTCTCTCTTACCACAGTCCAATATGGCTCCGC
AACTCAGATCTTTTACTTATTCCCTTAGTTATCTCCTTTCACTTTCTCTCTTATTCTTCA
TATTCCACTGCTTATGTTTTCGTTTTTCATTTGTTACAGCTTGTTCAAACTCCACCGAAG
AGCAACACCATCGTCACCGGAAATGGGTGGGTCCATCAGGTCACAAAGTCATCACCGTCT
CACTTAATGGTCACTCTCAGTTTCGTTCCGTCCAAGACGTTGTGGATTCCATACCAAAGA
ACAATAACATGAGTATCGTTATCAAGATTGCTCCAGGATATTACAGTATACTTTTACAGA
GAGAAAGTGGTGGTTCCAGCTACAAAACCGTACATAACGTTTAAAGGAGCGGGTTGAGAC
GTGACGGTTATAGAGTGGCACGATCGTGCTTCCGACCGTGGTCCTGACGGTCAACAATTA
CGTACTTATCAAACCGCTTCCGTCACAGTCTACGCTAATTATTTCTCCGCTAGAAACATT
AGCTTCACGAATACTGCGCCCGGCGCCAATGCCAGGAATGCAAGGGTGGCAGGCGGTGGC
ATTTAGGATCTCTGGCGACAAAGCTTACTTTTCCGGCTGCGGTTTCTACGGTGCGCAAGA
TACTTTATGCGACGATGCTGGACGTCATTACTTCAAAGAGTGTTACATTGAAAGCTCTAT
CGATTTTATTTTCGGTAACGGCCGCTCCATGTATAAAGATTGTGAGTTGCATTCCATAGC
GTCGAGGTTCGGGTCGATAGCAGCGCACGGGAGGACATGCCCGGAGGAGAAAACGGGTTT
CACGTTCGTGGGTTGTCGGGTAACTGGTACTGGTCCTTTATACGTGGGCCGGGCCATGGG
ACAATACTCACGCATCGTCTATGCATACACTTACTTTGATGCTCTTGTTGCTCATGGTGG
CTGGGACGATTGGGACCATAAATCCAACAAAAGCAAGACGGCTTTTTTTGGAGTGTACAA
TTGTTATGGTCCAGGAGCAGCAGCGACGACAGGCGTATCATGGGCCAGAGCTTTGGACTA
TGAGTCCGCCCATCCTTTTATAGCTAAGAGCTTCGTCAATGGGAGACATTGGATTGCTCC
TCGAGATGCTTAAGTCAACTTCAAATGTTTGTCACTACACCACACGTTTTTTTCTTATTA
TCCTAGCTTAGTTACATTCTTTTATTTATTTCATTATTAATTTTTTTCAAAGCAAAATTA
ATTTCATTATTGTGATTTATTTGTAATACATGTCCGAGATTCTTGTCTAAATGCGTGAAC
TTATATTTATAACGAAAACATGTGGCTGGTATATATTAGC


BQ
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AF RR3B168TF U 1
AF RR3B168JQ C 499
BS 1 560 RR3B168TF
BS 561 561 RR3B168JQ
BS 562 826 RR3B168TF
BS 827 827 RR3B168JQ
BS 828 832 RR3B168TF
BS 833 833 RR3B168JQ
BS 834 848 RR3B168TF
BS 849 1360 RR3B168JQ

RD RR3B168TF 848 0 0
GGATCGTCACTTGCTTACTCCGACCGTTTTCTCTCTTACCACAGTCCAATATGGCTCCGC
AACTCAGATCTTTTACTTATTCCCTTAGTTATCTCCTTTCACTTTCTCTCTTATTCTTCA
TATTCCACTGCTTATGTTTTCGTTTTTCATTTGTTACAGCTTGTTCAAACTCCACCGAAG
AGCAACACCATCGTCACCGGAAATGGGTGGGTCCATCAGGTCACAAAGTCATCACCGTCT
CACTTAATGGTCACTCTCAGTTTCGTTCCGTCCAAGACGTTGTGGATTCCATACCAAAGA
ACAATAACATGAGTATCGTTATCAAGATTGCTCCAGGATATTACAGTATACTTTTACAGA
GAGAAAGTGGTGGTTCCAGCTACAAAACCGTACATAACGTTTAAAGGAGCGGGTTGAGAC
GTGACGGTTATAGAGTGGCACGATCGTGCTTCCGACCGTGGTCCTGACGGTCAACAATTA
CGTACTTATCAAACCGCTTCCGTCACAGTCTACGCTAATTATTTCTCCGCTAGAAACATT
AGCTTCACGAATACTGCGCC*GGCGCCAATGCCAGGAATGCAAGGGTGGCAGGCGGTGGC
ATTTAGGATCTCTGGCGACAAAGCTTACTTTTCCGGCTGCGGTTTCTACGGTGCGCAAGA
TACTTTATGCGACGATGCTGGACGTCATTACTTCAAAGAGTGTTACATTGAAAGCTCTAT
CGATTTTATTTTCGGTAACGGCCGCTCCATGTATAAAGATTGTGAGTTGCATTCCATAGC
GTCGAGGTTCGGGTCGATAGCAGCGCACGGGAGGACATGCCCGGAG*AGAAA*CGGGTTT
CACGTTCG

QA 1 848 1 848
DS 

RD RR3B168JQ 862 0 0
TCCGTCACAGTCTACGCTAATTATTTCTCCGCTAGAAACATTAGCTTCACGAATACTGCG
CCCGGCGCCAATGCCAGGAATGCAAGGGTGGCAGGCGGTGGCATTTAGGATCTCTGGCGA
CAAAGCTTACTTTTCCGGCTGCGGTTTCTACGGTGCGCAAGATACTTTATGCGACGATGC
TGGACGTCATTACTTCAAAGAGTGTTACATTGAAGGCTCTATCGATTTTATTTTCGGTAA
CGGCCGCTCCATGTATAAAGATTGTGAGTTGCATTCCATAGCGTCGAGGTTCGGGTCGAT
AGCAGCGCACGGGAGGACATGCCCGGAGGAGAAAACGGGTTTCACGTTCGTGGGTTGTCG
GGTAACTGGTACTGGTCCTTTATACGTGGGCCGGGCCATGGGACAATACTCACGCATCGT
CTATGCATACACTTACTTTGATGCTCTTGTTGCTCATGGTGGCTGGGACGATTGGGACCA
TAAATCCAACAAAAGCAAGACGGCTTTTTTTGGAGTGTACAATTGTTATGGTCCAGGAGC
AGCAGCGACGACAGGCGTATCATGGGCCAGAGCTTTGGACTATGAGTCCGCCCATCCTTT
TATAGCTAAGAGCTTCGTCAATGGGAGACATTGGATTGCTCCTCGAGATGCTTAAGTCAA
CTTCAAATGTTTGTCACTACACCACACGTTTTTTTCTTATTATCCTAGCTTAGTTACATT
CTTTTATTTATTTCATTATTAATTTTTTTCAAAGCAAAATTAATTTCATTATTGTGATTT
ATTTGTAATACATGTCCGAGATTCTTGTCTAAATGCGTGAACTTATATTTATAACGAAAA
CATGTGGCTGGTATATATTAGC

QA 1 862 1 862
DS 



AS 1 2

CO CL6779Contig1 482 2 7 U
TCCAGAAATGGAGTGAGACACGTTGGGAGAGAGACTAAAGAATGGCAACACATGGTGGGG
CGTCCTTTCTAGTCCCAACCACGGTTCTGTAAAGGTAAAGTCTATCAACCTTCTCTCTCT
CATCTTCTTCATTCCTCTCCATCCTCCCACTCTCATTCTCATTCTCATTGATGATCTCCA
CGTTAAGCCACGGCGCATTCCTCGCGAGCCTCTTGCATCCACCGAGCGTTACTTCACAAG
ACGACATCCAAAGGGACCGCATTGTTTCGTACTTACCAACATCAGCAAGAAGCGCAGCGT
TCCCAAACGGACTATCCCTAATCTCCAGCTTCCTCAGCTTCTTGCATCCGTTCAACACAT
CCAACATTCCTTTATCCGTGTCCCCAGCAAAGGCTATTGACAACATCTCAAGCTGTTCTG
CGTACATGCCGATGTAGAGGAAGACTTTATCTGTTAAAAGACCGGAAACAGAAAGTCTTC
TT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3D410JQ U 17
AF RR3FQ37JQ U 1
BS 1 58 RR3FQ37JQ
BS 59 59 RR3D410JQ
BS 60 149 RR3FQ37JQ
BS 150 150 RR3D410JQ
BS 151 385 RR3FQ37JQ
BS 386 386 RR3D410JQ
BS 387 482 RR3FQ37JQ

RD RR3D410JQ 377 0 0
TCCAAAAATGGAGTGAGT
CTAAAGAATGGTAACACATGGTGGGGCGTCCTTTCTAGTCCCAACCACGGTTCTGTAAAG
GTAAAGTCTATCAACCTTCTCTCTCTCATCTTCTTCATTCCTCTCCATCCTCCCACTCTC
ATTCTCATTTTCATTGATGATCTCCACGTTAAGCCACGGCGCATTCCTCGCGAGCCTCTT
GCATCCACCGAGCGTTACTTCACAAGACGACATCCAAAGGGACCGCATTGTTTCGTACTT
ACCGACATCAGCAAGAAGCGCAGCGTTCCCAAACGGACTATCCCTAATCTCCAGCTTCCT
CAGCTTCTTGCATCCGTTCAACACGTCCAACATTCCTTTATCCGTGTCCCCAGCAAAGG

QA 19 377 19 377
DS 

RD RR3FQ37JQ 482 0 0
TCCAGAAATGGAGTGAGACACGTTGGGAGAGAGACTAAAGAATGGCAACACATGGTGGTG
CGTCCTTTCTAGTCCCAACCACGGTTCTGTAAAGGTAAAGTCTATCAACCTTCTCTCTCT
CATCTTCTTCATTCCTCTCCATCCTCCCATTCTCATTCTCATTCTCATTGATGATCTCCA
CGTTAAGCCACGGCGCATTCCTCGCGAGCCTCTTGCATCCACCGAGCGTTACTTCACAAG
ACGACATCCAAAGGGACCGCATTGTTTCGTACTTACCAACATCAGCAAGAAGCGCAGCGT
TCCCAAACGGACTATCCCTAATCTCCAGCTTCCTCAGCTTCTTGCATCCGTTCAACACAT
CCAACATTCCTTTATCCGTGTCCCCCGCAAAGGCTATTGACAACATCTCAAGCTGTTCTG
CGTACATGCCGATGTAGAGGAAGACTTTATCTGTTAAAAGACCGGAAACAGAAAGTCTTC
TT

QA 1 482 1 482
DS 



AS 1 2

CO CL6780Contig1 923 2 4 U
GGGTATGACCCGAGACGATCTCTTCAACATCAACGCCGGGATAGTGAAGTCCCTCGTCGA
GGCTGTAGCTGATAACTGTCCTAACGCCTTCATCCACGTCATCAGCAACCCGGTTAACTC
CACCGTCCCCATCGCCGCGGAAGTGTTGAAGAAGAAAGGCGTCTACGATCCCAAGAAGCT
CTTCGGTGTCACCACTCTGGACGTTGTGAGGGCCAACACTTTCGTCTCTCAGAAAAAGAA
CTTGAAGCTCATCGACGTGGATGTCCCCGTCGTCGGCGGCCACGCTGGCATCACCATCCT
GCCTCTTCTCTCCAAGACCAAGCCTTCTGTCAGCTTCACCGACGAGGAGACCGAGAAACT
CACCGTTAGGATTCAGAACGCTGGCACTGAGGTTGTGGATGCTAAGGCCGGTGCTGGTTC
GGCTACTTTGTCGATGGCCTACGCTGCGGCGAGGTTCGTGGAGTCGTCTCTTCGTGCTCT
TGATGGAGATGGTGATGTTTACGGGTGCTCGTTCGTGGACTCGGCGCTTACTGATCTTCC
TTTCTTTGCGTCGAGGATTAAGCTCGGGAGGAGCGGAGTTGAAGCTGTGATTGAGTCTGA
CCTCCAGGGGTTGACTGAGTATGAGCAGAAGGCGTTGGAAGCTCTTAAGGTGGAGCTCAA
AGCTAGCATCGAAAAGGGTATTGCATTCGCGAACAAACCTGCTAACTAGATCTTTGAATC
TCATCCGAGAGAAACAATGCCTTTTATGTTCCAGAGGATAACATTTTCCTTCTGATCATT
TTGAGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTATCTTTTTTTTTTTTTCTGTTTGCATCGGCGAGACG
TTTCTGGTTGTAGAATAAAGAATGTATTAGCTTCTTCGGTTCTGAAGATGTTGGATACAT
ATATTGAAGCAGATTTTATGATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GI14TF U 1
AF RR3GI14JQ C 307
BS 1 631 RR3GI14TF
BS 632 632 RR3GI14JQ
BS 633 643 RR3GI14TF
BS 644 923 RR3GI14JQ

RD RR3GI14TF 643 0 0
GGGTATGACCCGAGACGATCTCTTCAACATCAACGCCGGGATAGTGAAGTCCCTCGTCGA
GGCTGTAGCTGATAACTGTCCTAACGCCTTCATCCACGTCATCAGCAACCCGGTTAACTC
CACCGTCCCCATCGCCGCGGAAGTGTTGAAGAAGAAAGGCGTCTACGATCCCAAGAAGCT
CTTCGGTGTCACCACTCTGGACGTTGTGAGGGCCAACACTTTCGTCTCTCAGAAAAAGAA
CTTGAAGCTCATCGACGTGGATGTCCCCGTCGTCGGCGGCCACGCTGGCATCACCATCCT
GCCTCTTCTCTCCAAGACCAAGCCTTCTGTCAGCTTCACCGACGAGGAGACCGAGAAACT
CACCGTTAGGATTCAGAACGCTGGCACTGAGGTTGTGGATGCTAAGGCCGGTGCTGGTTC
GGCTACTTTGTCGATGGCCTACGCTGCGGCGAGGTTCGTGGAGTCGTCTCTTCGTGCTCT
TGATGGAGATGGTGATGTTTACGGGTGCTCGTTCGTGGACTCGGCGCTTACTGATCTTCC
TTTCTTTGCGTCGAGGATTAAGCTCGGGAGGAGCGGAGTTGAAGCTGTGATTGAGTCTGA
CCTCCAGGGGTTGACTGAGTATGAGCAGAAG*CGTTGGAAGCT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3GI14JQ 617 0 0
TCTCTCCAAGACCAAGCCTTCTGTCAGCTTCACCGACGAGGAGACCGAGAAACTCACCGT
TAGGATTCAGAACGCTGGCACTGAGGTTGTGGATGCTAAGGCCGGTGCTGGTTCGGCTAC
TTTGTCGATGGCCTACGCTGCGGCGAGGTTCGTGGAGTCGTCTCTTCGTGCTCTTGATGG
AGATGGTGATGTTTACGGGTGCTCGTTCGTGGACTCGGCGCTTACTGATCTTCCTTTCTT
TGCGTCGAGGATTAAGCTCGGGAGGAGCGGAGTTGAAGCTGTGATTGAGTCTGACCTCCA
GGGGTTGACTGAGTATGAGCAGAAGGCGTTGGAAGCTCTTAAGGTGGAGCTCAAAGCTAG
CATCGAAAAGGGTATTGCATTCGCGAACAAACCTGCTAACTAGATCTTTGAATCTCATCC
GAGAGAAACAATGCCTTTTATGTTCCAGAGGATAACATTTTCCTTCTGATCATTTTGAGT
TTTGTTTTGTTTTGTTTTATCTTTTTTTTTTTTTCTGTTTGCATCGGCGAGACGTTTCTG
GTTGTAGAATAAAGAATGTATTAGCTTCTTCGGTTCTGAAGATGTTGGATACATATATTG
AAGCAGATTTTATGATT

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL6781Contig1 328 2 1 U
GGAATCCATATCAAATCCATCAAGCTTCGAGACGAATCTGCTGTGGGATCTCAAAGATCA
ACGTAATCCTCCTCCTCCATTGATTCTTCTCCGATCTCCTATTCCGGTGTTTCTAATCCT
ATATTGCTTTCTTAGATCTTCAATCGCAGTTCAAATTTTGGTTTTTGTGTTAGGATCAGC
TTAGGGTTGTGTGATGAAAGATCACCTTTTTCTTTTATTGAACTTTTGTTTTAGAGTGAT
TTGATATGTGGATCCATTTGGGGGAAGCTTAACTGTGCTATAAAAATCTTAGCTTTGATG
ATTGATTGTGGTTTAATCGCTTTTTATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DO42JQ C 1
AF RR3DO42TF U 1
BS 1 328 RR3DO42TF

RD RR3DO42JQ 328 0 0
GGAATCCATATCAAATCCATCAAGCTTCGAGACGAATCTGCTGTGGGATCTCAAAGATCA
ACGTAATCCTCCTCCTCCATTGATTCTTCTCCGATCTCCTATTCCGGTGTTTCTAATCCT
ATATTGCTTTCTTAGATCTTCAATCGCAGTTCAAATTTTGGTTTTTGTGTTAGGATCAGC
TTAGGGTTGTGTGATGAAAGATCACCTTTTTCTTTTATTGAACTTTTGTTTTAGAGTGAT
TTGATATGTGGATCCATTTGGGGGAAGCTTAACTGTGCTATAAAAATCTTAGCTTTGATG
ATTGATTGTGGTTTAATCGCTTTTTATT

QA 1 328 1 328
DS 

RD RR3DO42TF 328 0 0
GGAATCCATATCAAATCCATCAAGCTTCGAGACGAATCTGCTGTGGGATCTCAAAGATCA
ACGTAATCCTCCTCCTCCATTGATTCTTCTCCGATCTCCTATTCCGGTGTTTCTAATCCT
ATATTGCTTTCTTAGATCTTCAATCGCAGTTCAAATTTTGGTTTTTGTGTTAGGATCAGC
TTAGGGTTGTGTGATGAAAGATCACCTTTTTCTTTTATTGAACTTTTGTTTTAGAGTGAT
TTGATATGTGGATCCATTTGGGGGAAGCTTAACTGTGCTATAAAAATCTTAGCTTTGATG
ATTGATTGTGGTTTAATCGCTTTTTATT

QA 1 328 1 328
DS 



AS 1 2

CO CL6782Contig1 1090 2 2 U
AGGAACTCGAATCGAATCACTAACTCGTAGAGAAGAAAGGGATCGCCTTTCATCACTCTC
TGTGTCGTAATCTCGATTTCGTGACAAAGGTTGATTGCATTTGAGTCCTGAAGACCTGAA
AAGGAATTGATCACATTGGTGTCAGTTAGTTAGTTTACTTCTACGGAGTGTCGTCCTTTT
GCACTTATTATTCTCCATGGGAAGTAATGAGAATCTACCACCCAATGTTATCAGGCAGCT
CGCCAAGGAACTCAAGAGTCTTGACGAATCTCCTCCAGAAGGCATCAAGGTTGTTGTCAA
TGACGAGGATTTCTCACAGATATGTGCTGACATTGAAGGACCAGTTGGGACTCCTTATGA
GAATGGAGTTTTCCGTATGAAGTTAGCACTGTCCCATGATTTTCCACATTCCCCATCTAA
AGGCTACTTCATGACAAAGATATTCCATCCGAATATTGCTTCTAATGGAGAGATCTGCGT
TAACACGCTTAAGAAAGATTGGAATCCTAGTCTTGGATTAAGACATGTCCTCTCTGTTGT
GAGGTGCTTGCTGATCGAGCCGTTTCCAGAATCTGCATTAAACGAACAGGCTGGGAAGAT
GCTACTTGAGAACTATGAAGAGTATGCTAGGCATGCTCGGCTTTACACGGGTATCCATGC
TAAACCAAAACCTAAGTTCAAGACGGGAGCTATCTCAGAGTTTACGACGGCTCTAAACGT
TGGCCAGACTAACAACGAGACGCCTGGTGCTGCTTCTGCAATACCCTCCTCAGTGGCAGA
CATCAACAGAGTAACAACAATAACGAGTGGCCAAGACCAACAAGAGGTGGCTAACAATTC
TGTAGCAGCAGCAGGCTCTGCGAGTGTGGTCACTACGACGCAGAAAAGGGAAGCCGGTTT
GGCCAAGGTTCAGGCAGACAAGAAGAAGGTAGACGCCAGAAAGAAGAGCTTGAGGAGACT
GTGATGATGTTACTTTTCAAGAGCCATTGGAGGCTTTCATGTAATCAGGCATGTCTGGTT
ATGTTGATTTGTTGGACTATATAATCACTCTTTTGTAATCGGTTTACAGTAACCAAACCA
GGCTTGAGAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP16TF U 1
AF RR3EP16JQ C 351
BS 1 681 RR3EP16TF
BS 682 1090 RR3EP16JQ

RD RR3EP16TF 681 0 0
AGGAACTCGAATCGAATCACTAACTCGTAGAGAAGAAAGGGATCGCCTTTCATCACTCTC
TGTGTCGTAATCTCGATTTCGTGACAAAGGTTGATTGCATTTGAGTCCTGAAGACCTGAA
AAGGAATTGATCACATTGGTGTCAGTTAGTTAGTTTACTTCTACGGAGTGTCGTCCTTTT
GCACTTATTATTCTCCATGGGAAGTAATGAGAATCTACCACCCAATGTTATCAGGCAGCT
CGCCAAGGAACTCAAGAGTCTTGACGAATCTCCTCCAGAAGGCATCAAGGTTGTTGTCAA
TGACGAGGATTTCTCACAGATATGTGCTGACATTGAAGGACCAGTTGGGACTCCTTATGA
GAATGGAGTTTTCCGTATGAAGTTAGCACTGTCCCATGATTTTCCACATTCCCCATCTAA
AGGCTACTTCATGACAAAGATATTCCATCCGAATATTGCTTCTAATGGAGAGATCTGCGT
TAACACGCTTAAGAAAGATTGGAATCCTAGTCTTGGATTAAGACATGTCCTCTCTGTTGT
GAGGTGCTTGCTGATCGAGCCGTTTCCAGAATCTGCATTAAACGAACAGGCTGGGAAGAT
GCTACTTGAGAACTATGAAGAGTATGCTAGGCATGCTCGGCTTTACACGGGTATCCATGC
TAAACCAAAACCTAAGTTCAA

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3EP16JQ 740 0 0
ACT
CTTATGAGAATGGAGTTTTCCGTATGAAGTTAGCACTGTCCCATGATTTTCCACATTCCC
CATCTAAAGGCTACTTCATGACAAAGATATTCCATCCGAATATTGCTTCTAATGGAGAGA
TCTGCGTTAACACGCTTAAGAAAGATTGGAATCCTAGTCTTGGATTAAGACATGTCCTCT
CTGTTGTGAGGTGCTTGCTGATCGAGCCGTTTCCAGAATCTGCATTAAACGAACAGGCTG
GGAAGATGCTACTTGAGAACTATGAAGAGTATGCTAGGCATGCTCGGCTTTACACGGGTA
TCCATGCTAAACCAAAACCTAAGTTCAAGACGGGAGCTATCTCAGAGTTTACGACGGCTC
TAAACGTTGGCCAGACTAACAACGAGACGCCTGGTGCTGCTTCTGCAATACCCTCCTCAG
TGGCAGACATCAACAGAGTAACAACAATAACGAGTGGCCAAGACCAACAAGAGGTGGCTA
ACAATTCTGTAGCAGCAGCAGGCTCTGCGAGTGTGGTCACTACGACGCAGAAAAGGGAAG
CCGGTTTGGCCAAGGTTCAGGCAGACAAGAAGAAGGTAGACGCCAGAAAGAAGAGCTTGA
GGAGACTGTGATGATGTTACTTTTCAAGAGCCATTGGAGGCTTTCATGTAATCAGGCATG
TCTGGTTATGTTGATTTGTTGGACTATATAATCACTCTTTTGTAATCGGTTTACAGTAAC
CAAACCAGGCTTGAGAT

QA 4 740 4 740
DS 



AS 1 2

CO CL6783Contig1 928 2 4 U
GGGGCTCTTTCTTACTCTCCAATCTCTTCCCTCTTTTGCAAATTCTCCAGTCTCTGTTCC
TCTCTGTTAACAAAATAATCCCTTTTTCCGAAGACAGTTAACGCTCCATGACGAAGCAGC
ACGCGAACTGGTCTCCTTACGATAACAATGGAGGAACATGTGTGGCCATCGCTGGATCGG
ATTACTGCGTGATCGCCGCCGATACTCGAATGTCTACCGGTTACAGTATTCTTACTCGCG
ATTACTCCAAAATCCATAAACTAGCAGACAAAGCTGTACTCTCTTCCTCTGGCTTCCAAG
CTGATGTGAAGGCACTTCAGAAAGTACTTACATCAAGGCACTTGGTTTATCAGCATCAGC
ATAACAAGCAGATGAGCTGTCCCGCTATGGCTCAGCTTCTCTCCAACACGCTTTACTTCA
AGCGCTTTTTCCCTTACTACGCCTTTAATGTTCTCGGAGGGCTTGACGAGAATGGTAAAG
GGTGTGTGTTCACCTATGACGCTGTTGGTTCGTATGAGAAGTTTGGATACAGTGCTCAAG
GCTCTGGATCGACTCTAATTATGCCGTTTCTTGATAATCAGCTCAAGAGTCCCAGCCCTC
TTCTGCTTCCTGCCCAGAATGCTATCACGCCCCTTTCGGAACCTGAAGCCGTTGACTTGG
TGAAGACTGTTTTCGCATCTGCCACTGAGAGGGATATCTACACTGGAGACAAGCTTGAGA
TCATGATTCTCAAGGCCGATAGCATCAAGACTGAAGTCATGGACTTAAGGAAAGACTAAG
CTGACTTTCCGCGCATATGAGTGTTGTGTTGAGAACACACACCTTTGTTACTTTGTCGTT
GGTCATCATATCAACTGTCTTTGAAGTTTAAAACTGTTTCCTTATCTTGTTAACAGTAAC
AAATTCTCGTTGTCTCATTTATGAACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GE15TF U 1
AF RR3GE15JQ C 426
BS 1 734 RR3GE15TF
BS 735 735 RR3GE15JQ
BS 736 758 RR3GE15TF
BS 759 928 RR3GE15JQ

RD RR3GE15TF 758 0 0
GGGGCTCTTTCTTACTCTCCAATCTCTTCCCTCTTTTGCAAATTCTCCAGTCTCTGTTCC
TCTCTGTTAACAAAATAATCCCTTTTTCCGAAGACAGTTAACGCTCCATGACGAAGCAGC
ACGCGAACTGGTCTCCTTACGATAACAATGGAGGAACATGTGTGGCCATCGCTGGATCGG
ATTACTGCGTGATCGCCGCCGATACTCGAATGTCTACCGGTTACAGTATTCTTACTCGCG
ATTACTCCAAAATCCATAAACTAGCAGACAAAGCTGTACTCTCTTCCTCTGGCTTCCAAG
CTGATGTGAAGGCACTTCAGAAAGTACTTACATCAAGGCACTTGGTTTATCAGCATCAGC
ATAACAAGCAGATGAGCTGTCCCGCTATGGCTCAGCTTCTCTCCAACACGCTTTACTTCA
AGCGCTTTTTCCCTTACTACGCCTTTAATGTTCTCGGAGGGCTTGACGAGAATGGTAAAG
GGTGTGTGTTCACCTATGACGCTGTTGGTTCGTATGAGAAGTTTGGATACAGTGCTCAAG
GCTCTGGATCGACTCTAATTATGCCGTTTCTTGATAATCAGCTCAAGAGTCCCAGCCCTC
TTCTGCTTCCTGCCCAGAATGCTATCACGCCCCTTTCGGAACCTGAAGCCGTTGACTTGG
TGAAGACTGTTTTCGCATCTGCCACTGAGAGGGATATCTACACTGGAGACAAGCTTGAGA
TCATGATTCTCAAG*CCGATAGCATCAAGACTGAAGTC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3GE15JQ 503 0 0
TTTTTCCCTTACTACGCCTTTAATGTTCTCGGAGGGCTTGACGAGAATGGTAAAGGGTGT
GTGTTCACCTATGACGCTGTTGGTTCGTATGAGAAGTTTGGATACAGTGCTCAAGGCTCT
GGATCGACTCTAATTATGCCGTTTCTTGATAATCAGCTCAAGAGTCCCAGCCCTCTTCTG
CTTCCTGCCCAGAATGCTATCACGCCCCTTTCGGAACCTGAAGCCGTTGACTTGGTGAAG
ACTGTTTTCGCATCTGCCACTGAGAGGGATATCTACACTGGAGACAAGCTTGAGATCATG
ATTCTCAAGGCCGATAGCATCAAGACTGAAGTCATGGACTTAAGGAAAGACTAAGCTGAC
TTTCCGCGCATATGAGTGTTGTGTTGAGAACACACACCTTTGTTACTTTGTCGTTGGTCA
TCATATCAACTGTCTTTGAAGTTTAAAACTGTTTCCTTATCTTGTTAACAGTAACAAATT
CTCGTTGTCTCATTTATGAACAC

QA 1 503 1 503
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6785Contig1 956 2 2 U
CCCCACTCAGTCAGACTTGGATCCTCCTTTCGTCGACGACGTATCCTCGCCGCAAACTTC
AGCTAAGTGATATCTCTCGATTAAGAGTAAACAAGAATGGAGTACGTAAACCCTGAAGGT
CTTCGAATAGATGGTCGCCGATTCAATGAGATGAGGCAAATCGTAGCTGATGTTGGAGTG
GTGTCCAAGGCTGACGGCTCTGCTGTTTTCGAGATGGGTAACACAAAAGTAATAGCAGCT
GTTTATGGCCCTAGAGAGGTTCAAAACAAGAGCCGACAAAAGAATGGTCATGCATTGGTG
CTTTGTGAGTATAGTATGGCTCATTTTAGTACTGGTGATCGCAGAAGACAGAAAAACGAC
AGGCGATCAACAGAGCTATCTCTTGTCATCCGTCAAACAATGGAAGCTTGCATATTAACC
GAACTATTGCCTCATTCTCAGATTGACATTTTCCTTCAGGTCCTACAAGCTGATGGAGGA
ACAAGATCAGCTTGTATCAATGCTGCGACGCTAGCTCTTGCAGACGCTGGGATTCCGATG
CGTGATCTCGCTGTTTCCTGCAGTGCTGGATACTTGAACAGTACTCCACTTCTTGATCTC
AACTACGTCGAAGATAGCGCTGGAGGAGCTGATGTAACTGTCGGTATTCTACCTAAACTA
GACAAAGTCACACTCCTTCAGATGGATGCAAAGTTACCGATGGAAACATTTGAAACGGTG
TTTGCGTTGGCTTCTGAAGGCTGCAAGGCGATTGCAGAGAGAGTACGCGAGGTTCTTCAA
GAAAACACCAAACAGCTCGCGAGGTTCTTCAAGAAAACACCAAACAGCTAGAGTATCGTC
GTGCTTCATAAACTTCAGAGCTAGCTAGCTAGAGCAAAAAAAAAAAGATTAATGTACCAA
AAGATTTTTTGTTAAATGTTGCTTCTAACTTTCCCAAACTCAAAAGTTAGAAATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C523TF U 1
AF RR3C523JQ C 346
BS 1 674 RR3C523TF
BS 675 956 RR3C523JQ

RD RR3C523TF 674 0 0
CCCCACTCAGTCAGACTTGGATCCTCCTTTCGTCGACGACGTATCCTCGCCGCAAACTTC
AGCTAAGTGATATCTCTCGATTAAGAGTAAACAAGAATGGAGTACGTAAACCCTGAAGGT
CTTCGAATAGATGGTCGCCGATTCAATGAGATGAGGCAAATCGTAGCTGATGTTGGAGTG
GTGTCCAAGGCTGACGGCTCTGCTGTTTTCGAGATGGGTAACACAAAAGTAATAGCAGCT
GTTTATGGCCCTAGAGAGGTTCAAAACAAGAGCCGACAAAAGAATGGTCATGCATTGGTG
CTTTGTGAGTATAGTATGGCTCATTTTAGTACTGGTGATCGCAGAAGACAGAAAAACGAC
AGGCGATCAACAGAGCTATCTCTTGTCATCCGTCAAACAATGGAAGCTTGCATATTAACC
GAACTATTGCCTCATTCTCAGATTGACATTTTCCTTCAGGTCCTACAAGCTGATGGAGGA
ACAAGATCAGCTTGTATCAATGCTGCGACGCTAGCTCTTGCAGACGCTGGGATTCCGATG
CGTGATCTCGCTGTTTCCTGCAGTGCTGGATACTTGAACAGTACTCCACTTCTTGATCTC
AACTACGTCGAAGATAGCGCTGGAGGAGCTGATGTAACTGTCGGTATTCTACCTAAACTA
GACAAAGTCACACT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3C523JQ 611 0 0
AGACAGAAAAACGACAGGCGATCAACAGAGCTATCTCTTGTCATCCGTCAAACAATGGAA
GCTTGCATATTAACCGAACTATTGCCTCATTCTCAGATTGACATTTTCCTTCAGGTCCTA
CAAGCTGATGGAGGAACAAGATCAGCTTGTATCAATGCTGCGACGCTAGCTCTTGCAGAC
GCTGGGATTCCGATGCGTGATCTCGCTGTTTCCTGCAGTGCTGGATACTTGAACAGTACT
CCACTTCTTGATCTCAACTACGTCGAAGATAGCGCTGGAGGAGCTGATGTAACTGTCGGT
ATTCTACCTAAACTAGACAAAGTCACACTCCTTCAGATGGATGCAAAGTTACCGATGGAA
ACATTTGAAACGGTGTTTGCGTTGGCTTCTGAAGGCTGCAAGGCGATTGCAGAGAGAGTA
CGCGAGGTTCTTCAAGAAAACACCAAACAGCTCGCGAGGTTCTTCAAGAAAACACCAAAC
AGCTAGAGTATCGTCGTGCTTCATAAACTTCAGAGCTAGCTAGCTAGAGCAAAAAAAAAA
AGATTAATGTACCAAAAGATTTTTTGTTAAATGTTGCTTCTAACTTTCCCAAACTCAAAA
GTTAGAAATGC

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL6786Contig1 965 2 2 U
GGGCTGGCGAGTCAGATACTCTCCTCGTCGCGTCTACGACGCCGTCCTCTTCAGCAACGA
GAAAGACCTCTTGACCGTCCGCTGGAAAGAGCTCTACCCTTACGTGACTCAGTTCGTCCT
CCTCGAGTCCAACTCCACCTTCACCGGTTTGCCTAAACCGTTCGTGTTCAAAAACAACAA
GGACGAGTTCTCCTTCGTGGAGCCGAGGCTGACGTACGGGAACATAGGAGGACGGTTTAG
AAAAGGAGAGAATCCATTCGTCGAAGAGGCCTTTCAGCGTATGGCCTTGGACCAGCTTCT
TAGAATCGCCGGCATTGAGGAGGACGATCTTTTGATCATGTCTGATGTCGATGAGATCCC
AAGCGCTCACACCATCAACCTCCTGAGATGGTGTGATGACATCCCTCCTGTCCTCCACCT
GCAGCTCAAGAACTACCTCTACTCTTTCGAGTACTACGTCGACAGCAAGAGCTGGAGAGC
TTCCGTGCACCGTTACAGTCCCGGGAAGACTCGGTACGCGCATTTTCGACAGGGGGATGT
GTTGCTGTCTGACTCAGGGTGGCACTGCAGCTTCTGTTTCCGTTACATTAGCGATTTCGT
GTTCAAGATGAACGCGTACAGTCACTCCGACCGGGTCAGGTTCTCTCATTACCTGAATCC
TAACAGGATTCAAGATGTTATATGCAAAGGGACGGACTTGTTTGATATGTTGCCTGAGGA
GTACACTTTCAGGGAGATGATTGGGAAAATGGGACCTGTGCCTCGCTCTTATTCGGCTGT
TCATCTGCCTTCTTACCTGCTGGATAACGCTGAGAAGTACAAGTACTTGTTACCTGGTAA
CTGCGTAAGAGAAAGACAGACAGGGTGAAAAGTGTTCTTCTTGTCTTAGTCTTAGTCAAA
GCTTCGGAGGGCATTTATTGATCACTCTTAAGGCGTACAGTCTTTTGACCCAAAGAAGAG
AAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3H319TF U 1
AF RR3H319JQ C 297
BS 1 631 RR3H319TF
BS 632 965 RR3H319JQ

RD RR3H319TF 631 0 0
GGGCTGGCGAGTCAGATACTCTCCTCGTCGCGTCTACGACGCCGTCCTCTTCAGCAACGA
GAAAGACCTCTTGACCGTCCGCTGGAAAGAGCTCTACCCTTACGTGACTCAGTTCGTCCT
CCTCGAGTCCAACTCCACCTTCACCGGTTTGCCTAAACCGTTCGTGTTCAAAAACAACAA
GGACGAGTTCTCCTTCGTGGAGCCGAGGCTGACGTACGGGAACATAGGAGGACGGTTTAG
AAAAGGAGAGAATCCATTCGTCGAAGAGGCCTTTCAGCGTATGGCCTTGGACCAGCTTCT
TAGAATCGCCGGCATTGAGGAGGACGATCTTTTGATCATGTCTGATGTCGATGAGATCCC
AAGCGCTCACACCATCAACCTCCTGAGATGGTGTGATGACATCCCTCCTGTCCTCCACCT
GCAGCTCAAGAACTACCTCTACTCTTTCGAGTACTACGTCGACAGCAAGAGCTGGAGAGC
TTCCGTGCACCGTTACAGTCCCGGGAAGACTCGGTACGCGCATTTTCGACAGGGGGATGT
GTTGCTGTCTGACTCAGGGTGGCACTGCAGCTTCTGTTTCCGTTACATTAGCGATTTCGT
GTTCAAGATGAACGCGTACAGTCACTCCGAC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3H319JQ 669 0 0
TTT
TTAGAATCGCCGGCATTGAGGAGGACGATCTTTTGATCATGTCTGATGTCGATGAGATCC
CAAGCGCTCACACCATCAACCTCCTGAGATGGTGTGATGACATCCCTCCTGTCCTCCACC
TGCAGCTCAAGAACTACCTCTACTCTTTCGAGTACTACGTCGACAGCAAGAGCTGGAGAG
CTTCCGTGCACCGTTACAGTCCCGGGAAGACTCGGTACGCGCATTTTCGACAGGGGGATG
TGTTGCTGTCTGACTCAGGGTGGCACTGCAGCTTCTGTTTCCGTTACATTAGCGATTTCG
TGTTCAAGATGAAGGCGTACAGTCACTCCGACCGGGTCAGGTTCTCTCATTACCTGAATC
CTAACAGGATTCAAGATGTTATATGCAAAGGGACGGACTTGTTTGATATGTTGCCTGAGG
AGTACACTTTCAGGGAGATGATTGGGAAAATGGGACCTGTGCCTCGCTCTTATTCGGCTG
TTCATCTGCCTTCTTACCTGCTGGATAACGCTGAGAAGTACAAGTACTTGTTACCTGGTA
ACTGCGTAAGAGAAAGACAGACAGGGTGAAAAGTGTTCTTCTTGTCTTAGTCTTAGTCAA
AGCTTCGGAGGGCATTTATTGATCACTCTTAAGGCGTACAGTCTTTTGACCCAAAGAAGA
GAAGTT

QA 4 669 4 669
DS 



AS 1 2

CO CL6787Contig1 514 2 1 U
GGGTCAAACATTCAATTTCGGCAGCACAGACACACGAAAGAAGGAGAAGGGAGAAGAGAT
GAACGTGGTTCATGGATTGAAGAGGATTCCTCGCATTAAGTTCCCTCAGCGTCACCTCAA
ACCTTCAGAGGGAACGAAGCAGGTGGAAAATGAAGCAGTAGATACATTCTTCTTCTCCAA
CCTGAACACCCCAAAGACTATCGGCGGGAAGGTGTCGTTGCAGCCCAAGCGCACCCCTGT
TTCTAACGAAGAGATGGAGGCCATTTTGTTGGGAGGCTGCATTTGATCATAGAAATGGTG
GACCTCTTCTCTTTCTTCGCCATTCACAGAATATACTCACGACTCAAGATTTGGTTGATG
TCATTTTGACACAATAAGAAAAAACAGACTCAATTTGCAGTCTTCAAACCTTTTTACTTG
TATGCACTGATTGAGTGCATTTTTACTCCCTATTAATGCTTTATGGTTTGGAATTTTATT
GAATTTTTTTATATTACATGCTGAAGCTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D735TF U 1
AF RR3D735JQ C 183
BS 1 514 RR3D735TF

RD RR3D735TF 514 0 0
GGGTCAAACATTCAATTTCGGCAGCACAGACACACGAAAGAAGGAGAAGGGAGAAGAGAT
GAACGTGGTTCATGGATTGAAGAGGATTCCTCGCATTAAGTTCCCTCAGCGTCACCTCAA
ACCTTCAGAGGGAACGAAGCAGGTGGAAAATGAAGCAGTAGATACATTCTTCTTCTCCAA
CCTGAACACCCCAAAGACTATCGGCGGGAAGGTGTCGTTGCAGCCCAAGCGCACCCCTGT
TTCTAACGAAGAGATGGAGGCCATTTTGTTGGGAGGCTGCATTTGATCATAGAAATGGTG
GACCTCTTCTCTTTCTTCGCCATTCACAGAATATACTCACGACTCAAGATTTGGTTGATG
TCATTTTGACACAATAAGAAAAAACAGACTCAATTTGCAGTCTTCAAACCTTTTTACTTG
TATGCACTGATTGAGTGCATTTTTACTCCCTATTAATGCTTTATGGTTTGGAATTTTATT
GAATTTTTTTATATTACATGCTGAAGCTTTTTCC

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3D735JQ 332 0 0
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CTAACGAAGAGATGGAGGCCATTTTGTTGGGAGGCTGCATTTGATCATAGAAATGGTGGA
CCTCTTCTCTTTTTTCGCCATTCACAGAATATACTCACGACTCAAGATTTGGTTGATGTC
ATTTTGACACAATAAGAAAAAACAGACTCAATTTGCAGTCTTCAAACCTTTTTACTTGTA
TGCACTGATTGAGTGCATTTTTACTCCCTATTAATGCTTTATGGTTTGGAATTTTATTGA
ATTTTTTTATATTACATGCTGAAGCTTTTTCC

QA 1 332 1 332
DS 



AS 1 2

CO CL6788Contig1 332 2 1 U
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CGTGCTCACAAGAGATTGCAACACAACCGCCGTTTCGTCACCGCCGTTGTTGGCTTTGGC
AAGAAGAGAGGACCGAACTCATCTGAGAAGTAGACTGAAGCAATTTTTTACCTTTTGGTG
TTTTTTTGTTTTGATAATGTGTCTTTAGTTACGAAGCCAATGTTTCTTGTTGATTTCATT
TGTGTTACATTTTTTCTGTTCGGATAATAACTTACTTTCTTGTTGTATCAGATGTCTTTT
TTTCTTATAATGGATTAGAGGTGAAACCTTGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B128JQ C 1
AF RR3B128TF U 1
BS 1 332 RR3B128TF

RD RR3B128JQ 332 0 0
GAGGTGAGAGGTCAGACACCGAAAGTGGCTAAGCAGGACAAGAAGAAGAAGCCTCGTGGT
CGTGCTCACAAGAGATTGCAACACAACCGCCGTTTCGTCACCGCCGTTGTTGGCTTTGGC
AAGAAGAGAGGACCGAACTCATTTGAGAAGTAGACTGAAGCAATTTTTTACCTTTTGGTG
TTTTTTTGTTTTGATAATGTGTCTTTAGTTACGAAGCCAATGTTTCTTGTTGATTTCATT
TGTGTTACATTTTTTCTGTTCGGATAATAACTTACTTTCTTGTTGTATCAGATGTCTTTT
TTTCTTATAATGGATTAGAGGTGAAACCTTGG

QA 1 332 1 332
DS 

RD RR3B128TF 332 0 0
GAGGTGAGAGGTCAGACACCGAAAGTGGCTAAGCAGGACAAGAAGAAGAAGCCTCGTGGT
CGTGCTCACAAGAGATTGCAACACAACCGCCGTTTCGTCACCGCCGTTGTTGGCTTTGGC
AAGAAGAGAGGACCGAACTCATCTGAGAAGTAGACTGAAGCAATTTTTTACCTTTTGGTG
TTTTTTTGTTTTGATAATGTGTCTTTAGTTACGAAGCCAATGTTTCTTGTTGATTTCATT
TGTGTTACATTTTTTCTGTTCGGATAATAACTTACTTTCTTGTTGTATCAGATGTCTTTT
TTTCTTATAATGGATTAGAGGTGAAACCTTGG

QA 1 332 1 332
DS 



AS 1 2

CO CL6789Contig1 937 2 2 U
GGACACAGAAAAAATGGAAATGGCGATGAGTTTTGTGTATCCACCACCTCCGTCAATGTT
GCTCAACACTATGAGCGTCGTGGGTTTAGTCGCTCTTGCGCAGATAGGTTGGTCTGAAGT
GAGAGGAAACCATCTCAAATACTCCAAATTCGCATCATCATCACCACAACCACAAAAGCA
CCGACTCGGCAGCTTCTCCAGCCGAATCGGAATGCTTTTGCTCTACACACCAGCCTTCCT
AGCCGCCGCAGCTTCTTTCTTCGTCTTACCTTCCGATGATCTCAGGTTTCTTCTCCTCAA
ATCCGCACTCGCTCTCCATTTCCTCAAAAGAATCTTCGAGGTTCTGTTCATCCACAAGTA
CAGCGGAGAGATGGCTGTAGACTCAGCCTTCATCATAACCAGCAGCTACTTCTCATCCAC
GGTGTTGATGCTATACAGCCAGAACTTCACACTAGGACTAACCGAGCCAGCTTTCGATAC
GAAACTCATCGGGATTGTCATGTTTGTGGTGGGAATCGTTGGGAACCTGTATCACCATGT
TCTGCTAGCTAAGCTAAAGAACGAGGAAGGCGGGAAGAAAGTGTACAAGATACCAAAAGG
TGGTCTGTTCGACACGATCATATGCCCTCACTACCTGTTCGAGATCATTGTGTTTTGGAG
CTTCTTTATGGTTTCTCAGACCATTTACTCGTTTTCTTTCGCCATGGGAACCACTTTCTA
TCTCGTTGGTCGGAGCTACGCTACTAGAAGATGGTATCTTTCCAAGTTTGATGACTTCCC
GAAGCATGTCAAGGCTCTTATTCCTTTTGTATTCTAGACATATTTGTTGTATGTTTGTCT
CTATTACAAAATTCTTGTTGGTCTTTTGATTATTTTGTTGTCAAATTTACATTTTATTCG
TTCGTGATTTAAAATTTTAAATGAATAAAGGTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FK77TF U 1
AF RR3FK77JQ C 264
BS 1 595 RR3FK77TF
BS 596 937 RR3FK77JQ

RD RR3FK77TF 595 0 0
GGACACAGAAAAAATGGAAATGGCGATGAGTTTTGTGTATCCACCACCTCCGTCAATGTT
GCTCAACACTATGAGCGTCGTGGGTTTAGTCGCTCTTGCGCAGATAGGTTGGTCTGAAGT
GAGAGGAAACCATCTCAAATACTCCAAATTCGCATCATCATCACCACAACCACAAAAGCA
CCGACTCGGCAGCTTCTCCAGCCGAATCGGAATGCTTTTGCTCTACACACCAGCCTTCCT
AGCCGCCGCAGCTTCTTTCTTCGTCTTACCTTCCGATGATCTCAGGTTTCTTCTCCTCAA
ATCCGCACTCGCTCTCCATTTCCTCAAAAGAATCTTCGAGGTTCTGTTCATCCACAAGTA
CAGCGGAGAGATGGCTGTAGACTCAGCCTTCATCATAACCAGCAGCTACTTCTCATCCAC
GGTGTTGATGCTATACAGCCAGAACTTCACACTAGGACTAACCGAGCCAGCTTTCGATAC
GAAACTCATCGGGATTGTCATGTTTGTGGTGGGAATCGTTGGGAACCTGTATCACCATGT
TCTGCTAGCTAAGCTAAAGAACGAGGAAGGCGGGAAGAAAGTGTACAAGATACCA

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3FK77JQ 674 0 0
TCTTACCTTCCGATGATCTCAGGTTTCTTCTCCTCAAATCCGCACTCGCTCTCCATTTCC
TCAAAAGAATCTTCGAGGTTCTGTTCATCCACAAGTACAGCGGAGAGATGGCTGTAGACT
CAGCCTTCATCATAACCAGCAGCTACTTCTCATCCACGGTGTTGATGCTATACAGCCAGA
ACTTCACACTAGGACTAACCGAGCCAGCTTTCGATACGAAACTCATCGGGATTGTCATGT
TTGTGGTGGGAATCGTTGGGAACCTGTATCACCATGTTCTGCTAGCTAAGCTAAGGAACG
AGGAAGGCGGGAAGAAAGTGTACAAGATACCAAAAGGTGGTCTGTTCGACACGATCATAT
GCCCTCACTACCTGTTCGAGATCATTGTGTTTTGGAGCTTCTTTATGGTTTCTCAGACCA
TTTACTCGTTTTCTTTCGCCATGGGAACCACTTTCTATCTCGTTGGTCGGAGCTACGCTA
CTAGAAGATGGTATCTTTCCAAGTTTGATGACTTCCCGAAGCATGTCAAGGCTCTTATTC
CTTTTGTATTCTAGACATATTTGTTGTATGTTTGTCTCTATTACAAAATTCTTGTTGGTC
TTTTGATTATTTTGTTGTCAAATTTACATTTTATTCGTTCGTGATTTAAAATTTTAAATG
AATAAAGGTTTACC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL6790Contig1 1042 2 8 U
ACACCTACTCTCTTCTCGTCCTCAACATCACCTTCCGTACGACTGCAGATGACCTCTATC
CTCTATTCGCCAAGTACGGAAAGGTCGTGGATGTCTTCATCCCCAGAGATCGAAGGACTG
GTGATTCTCGTGGTTTTGCGTTTGTTCGATATAAGTACAAAGATGAAGCTCACAAAGCTG
TGGAGAGGCTTGATGGACGAGAGGTTGATGGTAGAGAAATTACTGTTCAGTTTGCAAAGT
ATGGCCCTAATGCTGAGAAGATTCCCAAAGGAAGAGTTGTGGAACCACCTCCAAGGTCAC
GAAGGTCAAGAAGCCGTAGTCCTCGAAGGAGCCGTAGCCCTTATAGACGCCGTAGTCCTA
GGAGAAGCCGCAGTCCCCGCAGGAGGTCCCGAGATGATTACAGGGAAAGAGACTACAGGA
AGAGGAGCAGAAGTAGAAGCAACGAAAGGCGTGATAGGCATCATGAGAAGGATAGAGATT
ATCGCCGTCGCAGTAGGTCTCGTAGTGCCAGCCCTGATGACAAACGCAGAGTCAGAGGCC
GTTATGATGATGACAGACGCAGTCGCAGCCGCTCCTTGAGTGCGTCTCCCCCTCGCCGCA
GCAGCCGTAGCCCTAGAAGTGCCTCCCCACTAAAAGCCTCTCCTGAAAGGCGAAGCAAAG
AGAGATCTCCAACTCCTGTTCCCCGCAGCCGTAGCCCAAGAAGTCCTTCCATGGAAAAGG
CCTCTCCTGAGAGGAAGAGCAATGATAGGTCCCCATCTCCTCGGGACACAGCTCGTAGTC
AATCTCCTAATGCGGAGGAATGACGGCATACTTGTGAAGGAGAGTGTGTATCAAACATGT
TTGCTTGAAATGATGATGTTTCATCCTCAAGCGTGGGAACTTCTATCCTCTGTAGTATTG
GTTAAATTTCCGTAGGTGCTCTAAAACTACTACTGTGTGTTTGTTTCCTGAGATCTTTCA
GAGTTTAGTATCTTGAGATTTCCTTAGTTGTCTATGTGCAAGATTATTATGTTTGAGATA
TTATATCTTTACTAGACTGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E428TF U 1
AF RR3E428JQ C 363
BS 1 653 RR3E428TF
BS 654 654 RR3E428JQ
BS 655 671 RR3E428TF
BS 672 672 RR3E428JQ
BS 673 683 RR3E428TF
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BS 685 704 RR3E428TF
BS 705 1042 RR3E428JQ

RD RR3E428TF 704 0 0
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CTCTATTCGCCAAGTACGGAAAGGTCGTGGATGTCTTCATCCCCAGAGATCGAAGGACTG
GTGATTCTCGTGGTTTTGCGTTTGTTCGATATAAGTACAAAGATGAAGCTCACAAAGCTG
TGGAGAGGCTTGATGGACGAGAGGTTGATGGTAGAGAAATTACTGTTCAGTTTGCAAAGT
ATGGCCCTAATGCTGAGAAGATTCCCAAAGGAAGAGTTGTGGAACCACCTCCAAGGTCAC
GAAGGTCAAGAAGCCGTAGTCCTCGAAGGAGCCGTAGCCCTTATAGACGCCGTAGTCCTA
GGAGAAGCCGCAGTCCCCGCAGGAGGTCCCGAGATGATTACAGGGAAAGAGACTACAGGA
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ATCGCCGTCGCAGTAGGTCTCGTAGTGCCAGCCCTGATGACAAACGCAGAGTCAGAGGCC
GTTATGATGATGACAGACGCAGTCGCAGCCGCTCCTTGAGTGCGTCTCCCCCTCGCCGCA
GCAGCCGTAGCCCTAGAAGTGCCTCCCCACTAAAAGCCTCTCCTGAAAGGCGA*GCAAAG
AGAGATCTCCA*CTCCTGTTCCC*GCAGCCGTAGCCCAAGAAGT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3E428JQ 680 0 0
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AGGAGCAGAAGTAGAAGCAACGAAAGGCGTGATAGGCATCATGAGAAGGATAGAGATTAT
CGCCGTCGCAGTAGGTCTCGTAGTGCCAGCCCTGATGACAAACGCAGAGTCAGAGGCCGT
TATGATGATGACAGACGCAGTCGCAGCCGCTCCTTGAGTGCGTCTCCCCCTCGCCGCAGC
AGCCGTAGCCCTAGAAGTGCCTCCCCACTAAAAGCCTCTCCTGAAAGGCGAAGCAAAGAG
AGATCTCCAACTCCTGTTCCCCGCAGCCGTAGCCCAAGAAGTCCTTCCATGGAAAAGGCC
TCTCCTGAGAGGAAGAGCAATGATAGGTCCCCATCTCCTCGGGACACAGCTCGTAGTCAA
TCTCCTAATGCGGAGGAATGACGGCATACTTGTGAAGGAGAGTGTGTATCAAACATGTTT
GCTTGAAATGATGATGTTTCATCCTCAAGCGTGGGAACTTCTATCCTCTGTAGTATTGGT
TAAATTTCCGTAGGTGCTCTAAAACTACTACTGTGTGTTTGTTTCCTGAGATCTTTCAGA
GTTTAGTATCTTGAGATTTCCTTAGTTGTCTATGTGCAAGATTATTATGTTTGAGATATT
ATATCTTTACTAGACTGGTC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL6791Contig1 1230 2 2 U
GGACACACACTTTTCTTTCTCTCTCTACCGAACCAACGCTCTCACCTCTCTGTACCACCA
GAAAACCCTAGCTCTACCATTCCCTTCTCTTCCCTTTCTTCTTTTCCTTTGCTCTCTCCC
TTCCTACCCTTTCCATGGTCGATTGCTGTTCTGTGCACACAGCGAATCAATCGGAGTCTC
GTCTCAAGCCAACTGTGTCAAGATCCAACGTGTTTTGGAGGAGCAGTGAGGTTTGTGGAA
GGCTGCAGAGGAGAGACTCGGCTTTTAGGGTTTTGGAGTGGTCAGATCTCCGGCGACTCC
GAGCTGACGGCGGCGCAACTTGTCGAGACACCCTCCACAGGCTTAATCCAAGTACTCTCT
TCGTCGCCGGATTTGCTCGAGTTTGTCAGATCTCCGCCTGTGATTGGTTAATTGATAATG
GTGTATTAGTGTATCACCCTAATGGCGTTGAAGCGAGGAGTTAACCGGACTAGAGGAGGA
GGAGGAGGTGGTGGATCTCGATCTGCACTAGTGATCCTCCTCGTTTTCTTCTGTGTGTTC
GCACCTCTCGTCGTCTTCGTTGGTCGTGGAGTATGAATCGATTCCTCTAACGTTATATTA
TGGAAGATGAGAAAGACGCGGCATACTACGACGAGCTCACGCGTAAAGGCAAAGGAGCTG
CTCGTGGATTTGGATTGTGTTTTTCTTTACGTGGCTTTGTGATAGTCATTTACGTTGATT
TTTAAGGGCTTGTTGTGTTGCTTTCTTGAACGGTCAGCTGCTGAAAAGTGAAGGCCAAGA
TTTTGATTTTTGAAGCTTCAGCTTGATGAAACTAAGGAGAATACAGAGAACGAAGTGAAA
GTGAAAGAGGTCAATATATCACCTAACCCTATAGATCGAAGTGAGCCAGTCACATTTACC
ATCTCTGCCACCACAGTGGATCCCGGTAGTTAGTGAAGAAGGTTTTTGTGATTTATAGGT
ACCATGCGGACTGGAGAAGTGAGACACAAGCAGTGGTCTCCCAGCTCGCTTTTATGCACT
GGCTAGAAACTGGAACTCCTCTTGTGCATACAGAAGCTGAAGCAAAACTTGGGTATCCTT
AAACTAAGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAATTTAGTTGTAGGTTTTTTC
TCTTACTTAGATTTTCTTAATTGGTGTTTAGTGTTGTAAACCAGAATTTGTAAACCAATT
TTTGTTTATAAATAAAATTTCTTTTTTTTT


BQ
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AF RR3B541TF U 1
AF RR3B541JQ C 443
BS 1 770 RR3B541TF
BS 771 1230 RR3B541JQ

RD RR3B541TF 770 0 0
GGACACACACTTTTCTTTCTCTCTCTACCGAACCAACGCTCTCACCTCTCTGTACCACCA
GAAAACCCTAGCTCTACCATTCCCTTCTCTTCCCTTTCTTCTTTTCCTTTGCTCTCTCCC
TTCCTACCCTTTCCATGGTCGATTGCTGTTCTGTGCACACAGCGAATCAATCGGAGTCTC
GTCTCAAGCCAACTGTGTCAAGATCCAACGTGTTTTGGAGGAGCAGTGAGGTTTGTGGAA
GGCTGCAGAGGAGAGACTCGGCTTTTAGGGTTTTGGAGTGGTCAGATCTCCGGCGACTCC
GAGCTGACGGCGGCGCAACTTGTCGAGACACCCTCCACAGGCTTAATCCAAGTACTCTCT
TCGTCGCCGGATTTGCTCGAGTTTGTCAGATCTCCGCCTGTGATTGGTTAATTGATAATG
GTGTATTAGTGTATCACCCTAATGGCGTTGAAGCGAGGAGTTAACCGGACTAGAGGAGGA
GGAGGAGGTGGTGGATCTCGATCTGCACTAGTGATCCTCCTCGTTTTCTTCTGTGTGTTC
GCACCTCTCGTCGTCTTCGTTGGTCGTGGAGTATGAATCGATTCCTCTAACGTTATATTA
TGGAAGATGAGAAAGACGCGGCATACTACGACGAGCTCACGCGTAAAGGCAAAGGAGCTG
CTCGTGGATTTGGATTGTGTTTTTCTTTACGTGGCTTTGTGATAGTCATTTACGTTGATT
TTTAAGGGCTTGTTGTGTTGCTTTCTTGAACGGTCAGCTGCTGAAAAGTG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3B541JQ 788 0 0
TGGCGTTGAAGCGAGGAGTTAACCGGACTAGAGGAGGAGGAGGAGGTGGTGGATCTCGAT
CTGCACTAGTGATCCTCCTCGTTTTCTTCTGTGTGTTCGCACCTCTCGTCGTCTTCGTTG
GTCGTGGAGTATGAATCGATTCCTCTAACGTTATATTATGGAAGATGAGAAAGACGCGGC
ATACTACGACGAGCTCACGCGTAAAGGCAAAGGAGCTGCTCGTGGATTTGGATTGTGTTT
TTCTTTACGTGGCTTTGTGATAGTCATTTACGTTGATTTTTAAGGGCTTGTTGTGTTGCT
TTCTTGAACGGTCAGCTGCTGAAAAGTGAAGGCCAAGATTTTGATTTTTGAAGCTTCAGC
TTGATGAAACTAAGGAGAATACAGAGAACGAAGTGAAAGTGAAAGAGGTCAATATATCAC
CTAACCCTATAGATCGAAGTGAGCCAGTCACATTTACCATCTCTGCCACCACAGTGGATC
CCGGTAGTTAGTGAAGAAGGTTTTTGTGATTTATAGGTACCATGCGGACTGGAGAAGTGA
GACACAAGCAGTGGTCTCCCAGCTCGCTTTTATGCACTGGCTAGAAACTGGAACTCCTCT
TGTGCATACAGAAGCTGAAGCAAAACTTGGGTATCCTTAAACTAAGAGGAAGAAGAAGAA
GAAGAAGAAGAAGAAGAAATTTAGTTGTAGGTTTTTTCTCTTACTTAGATTTTCTTAATT
GGTGTTTAGTGTTGTAAACCAGAATTTGTAAACCAATTTTTGTTTATAAATAAAATTTCT
TTTTTTTT

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL6792Contig1 1069 2 2 U
GGGGCTTAATACACTTTGCCAGCGAAGATTCATCGGTAAAATTTTCAGATCGGGCCTAGC
TCAATGAGAACAGATTGAAGAACTACAAGAGGAAGAAGCTAGGGTTAGCCACAGTCATCG
TCTTCTGTTCCCTCTGTTTCCTCATCGGCTTCTACGCTTCAGCTCTACTCTCTCAGAATG
TGCCTGGAGTACGACCCAGGTTGAGAATGGTGGAGATGGTGGAGAACGGTGAAGGAGAAG
GTTCATCGATGCCTCATGGTGTTACTGGAGATGAATCTGTTGGGTCGATTCCGTTTCAGG
TACTGAGTTGGAAACCGAGGGCTTTATATTTTCCGAATTTCGCAACTGCAGAACAATGCC
AAGCTATTATTGAGAGAGCAAAGGTTAATCTGAAACCTTCTGCTTTGGCTCTCCGGCTAG
GAGAGACTGCGGAGAGCACTCAGGGCACTAGAACAAGCTCAGGAACTTTTGTTAGTGTTT
CAGAAGAGAGTTCAGGTGCTTTGGAGTTTGTTGAAAAGAAAATCGCAAAAGCTACGATGA
TCCCAAGGACTCATGGAGAGGCATTCAATATTTTAAGGTATGAGCTTGGGCAAAAGTATG
ATTCCCACTATGATGTTTTCAACCCTACAGAATACGGACCACAAAAAAGCCAAAGGATTG
CTTCCTTCCTGCTCTACTTATCTGATGTAGAAGAAGGTGGTGAAACAATGTTCCCATTTG
AGAACGGTGCTAATATGGGTGCTGGATATGATTACAAGCAATGTATTGGGCTAAAAGTAA
AACCTCGGAAAGGAGATGGTCTTCTTTTTTATTCAGTGTTTCCTAATGGCACAATTGATC
AGACTTCGCTTCACGGGAGTTGCCCGGTGACCAAAGGAGAAAAATGGGTAGCGACCAAAT
GGATCAGAGACCAAGACCAAGAAGACTAAAATGATTTCATCTTTTACATATGTATCTCTC
ACAGCTTCTATCTTTTGCCTGAAAAAGGATTCTTGATCTGTTATGTACAGTTTATTCAAC
AAGACGGTGTAACTATTGGGGTTATTTATATACAATGTGACGCAGTCCT


BQ
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AF RR3DT68TF U 1
AF RR3DT68JQ C 320
BS 1 648 RR3DT68TF
BS 649 1069 RR3DT68JQ

RD RR3DT68TF 648 0 0
GGGGCTTAATACACTTTGCCAGCGAAGATTCATCGGTAAAATTTTCAGATCGGGCCTAGC
TCAATGAGAACAGATTGAAGAACTACAAGAGGAAGAAGCTAGGGTTAGCCACAGTCATCG
TCTTCTGTTCCCTCTGTTTCCTCATCGGCTTCTACGCTTCAGCTCTACTCTCTCAGAATG
TGCCTGGAGTACGACCCAGGTTGAGAATGGTGGAGATGGTGGAGAACGGTGAAGGAGAAG
GTTCATCGATGCCTCATGGTGTTACTGGAGATGAATCTGTTGGGTCGATTCCGTTTCAGG
TACTGAGTTGGAAACCGAGGGCTTTATATTTTCCGAATTTCGCAACTGCAGAACAATGCC
AAGCTATTATTGAGAGAGCAAAGGTTAATCTGAAACCTTCTGCTTTGGCTCTCCGGCTAG
GAGAGACTGCGGAGAGCACTCAGGGCACTAGAACAAGCTCAGGAACTTTTGTTAGTGTTT
CAGAAGAGAGTTCAGGTGCTTTGGAGTTTGTTGAAAAGAAAATCGCAAAAGCTACGATGA
TCCCAAGGACTCATGGAGAGGCATTCAATATTTTAAGGTATGAGCTTGGGCAAAAGTATG
ATTCCCACTATGATGTTTTCAACCCTACAGAATACGGACCACAAAAAA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3DT68JQ 750 0 0
GGCTTTATATTTTCCGAATTTCGCAACTGCAGAACAATGCCAAGCTATTATTGAGAGAGC
AAAGGTTAATCTGAAACCTTCTGCTTTGGCTCTCCGGCTAGGAGAGACTGCGGAGAGCAC
TCAGGGCACTAGAACAAGCTCAGGAACTTTTGTTAGTGTTTCAGAAGAGAGTTCAGGTGC
TTTGGAGTTTGTTGAAAAGAAAATCGCAAAAGCTACGATGATCCCAAGGACTCATGGAGA
GGCATTCAATATTTTAAGGTATGAGCTTGGGCAAAAGTATGATTCCCACTATGATGTTTT
CAACCCTACAGAATACGGACCACAAAAAAGCCAAAGGATTGCTTCCTTCCTGCTCTACTT
ATCTGATGTAGAAGAAGGTGGTGAAACAATGTTCCCATTTGAGAACGGTGCTAATATGGG
TGCTGGATATGATTACAAGCAATGTATTGGGCTAAAAGTAAAACCTCGGAAAGGAGATGG
TCTTCTTTTTTATTCAGTGTTTCCTAATGGCACAATTGATCAGACTTCGCTTCACGGGAG
TTGCCCGGTGACCAAAGGAGAAAAATGGGTAGCGACCAAATGGATCAGAGACCAAGACCA
AGAAGACTAAAATGATTTCATCTTTTACATATGTATCTCTCACAGCTTCTATCTTTTGCC
TGAAAAAGGATTCTTGATCTGTTATGTACAGTTTATTCAACAAGACGGTGTAACTATTGG
GGTTATTTATATACAATGTGACGCAGTCCT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL6793Contig1 890 2 10 U
AGGGGTGGAGAAAAGAAAAGATAACGAGACTCTCAGGAACCACTTCCATGGAGTCTACAA
CACTCGCCGCTCTCTCAACGGCTTCCGCAATACCGACGGCCAGAACTACTGGTCCTTCAT
TGCCTCGCCGCTTTTCCGGCGCCAGGCACCTCCACGTTGGCCGTCTCGGTGGCTCTCACG
CCAGCCGACCAAACACCTCATCCTCGAATTCGCTTTGTTATTCCTCCGCGTTGAGAGGCT
TGGGAGCTGCTGGCTCGCCGGTGAACGGGCGCCGTTTACAATGTTTGTCCAGCTCATCTC
CGTCCTTCAGTGGCGGCGGTGCTGGATTCGGCGGGTATAGCGGCGGAAGAAGCGGTGGAG
GCGGCGGAGGATCGGATAGTGGTGATTCGAAGTCGAAGTTGGGTGCTGGAGCAGGTGATG
GCGTCTCTGTTCCGTCTTCAGACATCATTGTTCTCAGTGTCGGAGGGATGACATGTGGTG
GTTGTTCAGCAAACGTGAAGAAGATCCTGGAAAGCCAACCACAAGTTGCTTCTGCTAGTG
TTAACCTCACCACCGAGACAGCTATAGTGTGGCCTGTACCTGAAGCCAGAAGTGTACCTG
ACTGGCAAAAAACTTTAGGGGAGACCCTTGCCAATCATCTCACCAACTGTGGTTTTCAGT
CCACTCCTCGAGATGAAGTTCCTGAAGATATTGCTGGAGAATTTGCACCTTGACAGCATG
AAAAAATGCGCCAGCAGCAAGCACTAAAGATATAGTGACTAAGAGCAGCTACTAGTGAGG
AATGGATTGTAAACATAGGTTTCTGGTTCTTGTGGTTCCGTTTATAAAGAATTTGTTGCC
AGTCTCATTTGTGATATATATTGGTTATCATAAGGCCATGTATTTATTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FV14TF U 1
AF RR3FV14JQ C 429
BS 1 679 RR3FV14TF
BS 680 680 RR3FV14JQ
BS 681 725 RR3FV14TF
BS 726 726 RR3FV14JQ
BS 727 731 RR3FV14TF
BS 732 732 RR3FV14JQ
BS 733 761 RR3FV14TF
BS 762 762 RR3FV14JQ
BS 763 779 RR3FV14TF
BS 780 890 RR3FV14JQ

RD RR3FV14TF 779 0 0
AGGGGTGGAGAAAAGAAAAGATAACGAGACTCTCAGGAACCACTTCCATGGAGTCTACAA
CACTCGCCGCTCTCTCAACGGCTTCCGCAATACCGACGGCCAGAACTACTGGTCCTTCAT
TGCCTCGCCGCTTTTCCGGCGCCAGGCACCTCCACGTTGGCCGTCTCGGTGGCTCTCACG
CCAGCCGACCAAACACCTCATCCTCGAATTCGCTTTGTTATTCCTCCGCGTTGAGAGGCT
TGGGAGCTGCTGGCTCGCCGGTGAACGGGCGCCGTTTACAATGTTTGTCCAGCTCATCTC
CGTCCTTCAGTGGCGGCGGTGCTGGATTCGGCGGGTATAGCGGCGGAAGAAGCGGTGGAG
GCGGCGGAGGATCGGATAGTGGTGATTCGAAGTCGAAGTTGGGTGCTGGAGCAGGTGATG
GCGTCTCTGTTCCGTCTTCAGACATCATTGTTCTCAGTGTCGGAGGGATGACATGTGGTG
GTTGTTCAGCAAACGTGAAGAAGATCCTGGAAAGCCAACCACAAGTTGCTTCTGCTAGTG
TTAACCTCACCACCGAGACAGCTATAGTGTGGCCTGTACCTGAAGCCAGAAGTGTACCTG
ACTGGCAAAAAACTTTAGGGGAGACCCTTGCCAATCATCTCACCAACTGTGGTTTTCAGT
CCACTCCTCGAGATGAAGT*CCTGAAGATATTGCTGGAGAATTTGCACCTTGACAGCATG
AAAAA*TGCGC*AGCAGCAAGCACTAAAGATATAGTGACTA*GAGCAGCTACTAGTGAG

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3FV14JQ 462 0 0
GTTCCGTCTTCAGACATCATTGTTCTCAGTGTCGGAGGGATGACATGTGGTGGTTGTTCA
GCAAACGTGAAGAAGATCCTGGAAAGCCAACCACAAGTTGCTTTTGCTAGTGTTAACCTC
ACCACCGAGACAGCTATAGTGTGGCCTGTACCTGAAGCCAGAAGTGTACCTGACTGGCAA
AAAACTTTAGGGGAGACCCTTGCCAATCATCTCACCAACTGTGGTTTTCAGTCCACTCCT
CGAGATGAAGTTCCTGAAGATATTGCTGGAGAATTTGCACCTTGACAGCATGAAAAAATG
CGCCAGCAGCAAGCACTAAAGATATAGTGACTAAGAGCAGCTACTAGTGAGGAATGGATT
GTAAACATAGGTTTCTGGTTCTTGTGGTTCCGTTTATAAAGAATTTGTTGCCAGTCTCAT
TTGTGATATATATTGGTTATCATAAGGCCATGTATTTATTTT

QA 1 462 1 462
DS 



AS 1 2

CO CL6794Contig1 500 2 2 U
GATATGGATCAGAACACGAGAGACATCATCATGCGCGAGTTCAGGTCTGGTTCTTCGCGT
GTGCTCATAACCACTGACCTTCTTGCACGCGGTATCGATGTTCAGCAGGTGTCTCTGGTC
ATTAACTTTGACCTGCCGACGCAGCCTGAGAACTACCTTCACCGTATTGGAAGAAGTGGG
AGGTTTGGGAGGAAGGGAGTGGCGATCAACTTCATGGCGAGTGATGATGAGAGGATGATG
TCTTATATTCAGAAGTTTTACAATGTGGTCGTTGAAGAGTTGCCAAACAATGTTGCTGAT
CTTCTCTGAGTCCTCCTGTTGTGTGGCAGCATGGTAACTTCTTTCTTTCTTTTTTCTTTT
ACCGAGAAACTGCTGAATTTTACCACCCTTTTACTATGTTTTGTTTCCAGTTTACTTTAG
AGTTTTTGGCAAAATGAGAAGAGAACTCATCTCATGCTTTATTGTTTTGTTGGCATTATG
TTATAACTTTCTTGTTAACG


BQ
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AF RR3AQ50JQ C 1
AF RR3AQ50TF U 181
BS 1 180 RR3AQ50JQ
BS 181 500 RR3AQ50TF

RD RR3AQ50JQ 500 0 0
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GTGCTCATAACCACTGACCTTCTTGCACGCGGTATCGATGTTCAGCAGGTGTCTCTGGTC
ATTAACTTTGACCTGCCGACGCAGCCTGAGAACTACCTTCACCGTATTGGAAGAAGTGGG
AGGTTTGGGAGGAAGGGAGTGGCGATCAACTTCATGGCGAGTGATGATGAGAGGATGATG
TCTTATATTCAGAAGTTTTACAATGTGGTCGTTGAAGAGTTGCCAAACAATGTTGCTGAT
CTTCTCTGAGTCCTCCTGTTGTGTGGCAGCATGGTAACTTCTTTCTTTCTTTTTTCTTTT
ACCGAGAAACTGCTGAATTTTACCACCCTTTTACTATGTTTTGTTTCCAGTTTACTTTAG
AGTTTTTGGCAAAATGAGAAGAGAACTCATCTCATGCTTTATTGTTTTGTTGGCATTATG
TTATAACTTTCTTGTTAACG

QA 1 500 1 500
DS 

RD RR3AQ50TF 320 0 0
AGGTTTGGGAGGAAGGGAGTGGCGATCAACTTCATGGCGAGTGATGATGAGAGGATGATG
TCTTATATTCAGAAGTTTTACAATGTGGTCGTTGAAGAGTTGCCAAACAATGTTGCTGAT
CTTCTCTGAGTCCTCCTGTTGTGTGGCAGCATGGTAACTTCTTTCTTTCTTTTTTCTTTT
ACCGAGAAACTGCTGAATTTTACCACCCTTTTACTATGTTTTGTTTCCAGTTTACTTTAG
AGTTTTTGGCAAAATGAGAAGAGAACTCATCTCATGCTTTATTGTTTTGTTGGCATTATG
TTATAACTTTCTTGTTAACG

QA 1 320 1 320
DS 



AS 1 2

CO CL6795Contig1 1147 2 4 U
GGGATATTTCATGATTTGGTGCCGGAGATTAGTGCAGAGGATCAGACCGACAGCTATGAG
ATTGAAGAGCAGCTGATCTGTCAAGTGCCGGTTCTTGATCCAATGGTGGCTGAGCAGTTC
TTAAACGATGTCGTTGAGCCAAAGATCGAGTTTCCTTTGATGAGAATCGATGATCAAGAG
GAGGAAGACAACGCTGAAAGTTGTCTGAATGGTTTTTTCCCGACCGACATGGAGCTTGAG
GAGTTTGCTGCTGACGTGGAGACTCTACTCGGCCACGGGTTAGACGTCACAGAGTCTTAT
GCGATGGAGGGGCTAGGGTTGTCTAATACAGAGATGTTCAAAATCGAAAAAGACGAGATA
GAAGAAGATGAAGGAGAAGAAACAAAAGCTATGAAGATGGGAATAGGCTGCGGTGAGGAT
CGGGACGATGGGGATGGAACTGTGGCGTTTGAGCTGAGGTTTGATCACGAGTCACACAAC
ACATACGAAGAAGAGGCAATAAAGAATGTTGAATGTATTAAAGTGAAGGAGGAAGAGCAA
AAGAATGTTCTAATGCTGAGCTTAAACTATGACTCGGTGATATCCACTTGGGGAGGCCAA
GGTCCACCGTGGACATCGGGAGAGCCACCAGAACGAGACATAGACATCAGTGACAAGCCA
GTTGTTTCCATGGAAATAAATGGAGGAGAAAGTCATCATAAGCATTACGTTGGTGGATGT
TTACCATCAACTGGGCTTGGGGATGGAGGAAGAGAAGCTAGGGTTTTCAGGTACAGAGAG
AAGAGGAGGACGAGATTGTTCTCGAAGAAGATAAGGTACGAGGTACGTAAACTGAATGCA
GAGAAACGACCTCGAATGAAAGAGAGATTCGTTAAGAGAGCTTCACTTGCTCTATCTGCT
GCAAATTCACCATTAGGTGTGAATTACTGAATATCCTAGCTATCTGTCAGGCTATATCTC
ACTTTACCTTTTAAATTGAACGTTTTTGTTGAACTTTTTTCTTCTGAACGCCAGAAGTTC
TTTTTGCACTTAATTGTGTTTTGTGGGCTTGGTATGTGCATAGAAAAGCCAATAATGTGA
CTTGTATGGATTAAGCTGATGTATATATTATCTGGTAATAAGAATGTGACAAGGCACTTT
GATTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY31TF U 1
AF RR3GY31JQ C 347
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BS 726 739 RR3GY31TF
BS 740 1147 RR3GY31JQ

RD RR3GY31TF 739 0 0
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ATTGAAGAGCAGCTGATCTGTCAAGTGCCGGTTCTTGATCCAATGGTGGCTGAGCAGTTC
TTAAACGATGTCGTTGAGCCAAAGATCGAGTTTCCTTTGATGAGAATCGATGATCAAGAG
GAGGAAGACAACGCTGAAAGTTGTCTGAATGGTTTTTTCCCGACCGACATGGAGCTTGAG
GAGTTTGCTGCTGACGTGGAGACTCTACTCGGCCACGGGTTAGACGTCACAGAGTCTTAT
GCGATGGAGGGGCTAGGGTTGTCTAATACAGAGATGTTCAAAATCGAAAAAGACGAGATA
GAAGAAGATGAAGGAGAAGAAACAAAAGCTATGAAGATGGGAATAGGCTGCGGTGAGGAT
CGGGACGATGGGGATGGAACTGTGGCGTTTGAGCTGAGGTTTGATCACGAGTCACACAAC
ACATACGAAGAAGAGGCAATAAAGAATGTTGAATGTATTAAAGTGAAGGAGGAAGAGCAA
AAGAATGTTCTAATGCTGAGCTTAAACTATGACTCGGTGATATCCACTTGGGGAGGCCAA
GGTCCACCGTGGACATCGGGAGAGCCACCAGAACGAGACATAGACATCAGTGACAAGCCA
GTTGTTTCCATGGAAATAAATGGAGGAGAAAGTCATCATAAGCATTACGTTGGTGGATGT
TTAC*ATCAACTGGGCTTG

QA 1 739 1 739
DS 

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G
AAAAGACGAGATAGAAGAAGATGAAGGAGAAGAAACAAAAGCTATGAAGATGGGAATAGG
CTGCGGTGAGGATCGGGACGATGGGGATGGAACTGTGGCGTTTGAGCTGAGGTTTGATCA
CGAGTCACACAACACATACGAAGAAGAGGCAATAAAGAATGTTGAATGTATTAAAGTGAA
GGAGGAAGAGCAAAAGAATGTTCTAATGCTGAGCTTAAACTATGACTCGGTGATATCCAC
TTGGGGAGGCCAAGGTCCACCGTGGACATCGGGAGAGCCACCAGAACGAGACATAGACAT
CAGTGACAAGCCAGTTGTTTCCATGGAAATAAATGGAGGAGAAAGTCATCATAAGCATTA
CGTTGGTGGATGTTTACCATCAACTGGGCTTGGGGATGGAGGAAGAGAAGCTAGGGTTTT
CAGGTACAGAGAGAAGAGGAGGACGAGATTGTTCTCGAAGAAGATAAGGTACGAGGTACG
TAAACTGAATGCAGAGAAACGACCTCGAATGAAAGAGAGATTCGTTAAGAGAGCTTCACT
TGCTCTATCTGCTGCAAATTCACCATTAGGTGTGAATTACTGAATATCCTAGCTATCTGT
CAGGCTATATCTCACTTTACCTTTTAAATTGAACGTTTTTGTTGAACTTTTTTCTTCTGA
ACGCCAGAAGTTCTTTTTGCACTTAATTGTGTTTTGTGGGCTTGGTATGTGCATAGAAAA
GCCAATAATGTGACTTGTATGGATTAAGCTGATGTATATATTATCTGGTAATAAGAATGT
GACAAGGCACTTTGATTGTT

QA 2 801 2 801
DS 



AS 1 2

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AGAAAATGATCAAAGGGCTCTTGTTGATTTTGTTCTTTTTAATTACTGTCAAGACTTCCG
TTTCTCGTCCATTAGCATGGTCAAAAGGTAACATGTCACTAGGCCAAAACACCCAAGGGG
AAAGTGGGTCGGGTCGTGGGCCTAACTGGGAGTACAACTGGGGGTTGGGGAAGAGGATCC
GGATATGGGTATGGGTATGGGTATGGTTATGGAAGCGGAAATGGTCGGTCTGGAGGTGGT
GGTGGTGGTAGTGGTGGTGATAATGGTGAAGTTGCCGCTTTGGGCCACGGTGGTAAGTCT
CATCCGTGATGATAAGCCTGTAATTCTCCCAACTTAAAAGGTTTTGGGAGTAGTTTAAGT
GTTTGAAATATCAAGGTTATTAGGCTTGGTACCCCTTTTACATGTAACTTCCTTTGTCTT
GTATGCTTAAAATATGGTATGGATTATGTGGTCGACATATCTTATGAATGTCTTTGCATG
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ACAAATTCTAGGTTAG


BQ
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AF RR3G171TF U 1
AF RR3G171JQ C 1
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AGAAAATGATCAAAGGGCTCTTGTTGATTTTGTTCTTTTTAATTACTGTCAAGACTTCCG
TTTCTCGTCCATTAGCATGGTCAAAAGGTAACATGTCACTAGGCCAAAACACCCAAGGGG
AAAGTGGGTCGGGTCGTGGGCCTAACTGGGAGTACAACTGGGGGTTGGGGAAGAGGATCC
GGATATGGGTATGGGTATGGGTATGGTTATGGAAGCGGAAATGGTCGGTCTGGAGGTGGT
GGTGGTGGTAGTGGTGGTGATAATGGTGAA

QA 1 330 1 330
DS 

RD RR3G171JQ 616 0 0
GGATAGCAAAACAAGATTTAGAAGTAAAAGAACATATATAAAAAACGTACCAACAAAATT
AGAAAATGATCAAAGGGCTCTTGTTGATTTTGTTCTTTTTAATTACTGTCAAGACTTCCG
TTTCTCGTCCATTAGCATGGTCAAAAGGTAACATGTCACTAGGCCAAAACACCCAAGGGG
AAAGTGGGTCGGGTCGTGGGCCTAACTGGGAGTACAACTGGGGGTTGGGGAAGAGGATCC
GGATATGGGTATGGGTATGGGTATGGTTATGGAAGCGGAAATGGTCGGTCTGGAGGTGGT
GGTGGTGGTAGTGGTGGTGATAATGGTGAAGTTGCCGCTTTGGGCCACGGTGGTAAGTCT
CATCCGTGATGATAAGCCTGTAATTCTCCCAACTTAAAAGGTTTTGGGAGTAGTTTAAGT
GTTTGAAATATCAAGGTTATTAGGCTTGGTACCCCTTTTACATGTAACTTCCTTTGTCTT
GTATGCTTAAAATATGGTATGGATTATGTGGTCGACATATCTTATGAATGTCTTTGCATG
TGTGATATCCTTTAGTGTATTTGTATGTATCCAGACGGTTGTTTAGATAATCAAAAGAAA
ACAAATTCTAGGTTAG

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL6797Contig1 958 2 2 U
TTTTTGTCAAATATAACATTCACTTTGCGGGACTGTCTAAAAACATACTTCGCTCGTTGG
ATAGCTCTACTTCCGGAGATCTTGTTTCTCAGATCAGCGCCATGAGTTTTGATTCCTCTA
GCTTGCATTGGAGGTACAACTTGATGGCTAACAGAGTGCTCCTTCTGTTAGCTATGTCCT
GTAGGATGGACCCAACCTTCTCCTTCAAAATCCTTAATGAAACTGCTGGACACTTCTTGA
AAAAACTTAAAGAGTCAACTGCCTCAGACGAGAATACTGGCAATTTCAGCTTTAAATACG
CTACTCAAAGAATCACCCCATAAGATGCAAGGCAAGGATCAACCTCCTGTGTCTTCTCAA
GAAAATGCCAACTCATCCCTTGATTTAGCATTGAGCCAAATTTTCCAAGAGGAAGGATTC
TTCAGGGAGACTTTCGAAAGTCTTTCTCATATTCATATCACTGACACTGATAGTTCCTCT
AGAGGTAATCATGGAAGTTCTTCCTTCCAGAGCATGGCGGACAAGTCAATCACTCGATCC
AAAAGAAAAGAAACCGGAGGAAATCAAGTTCAACTCAGTCCACAGCGGAGGTGCATGGAG
CCGTTCTTGGTTTGGTAGCTTCAGTTTTGTCTGTTCCTTATGACATGCCCAGCTGGTTAC
CGGATCACGTGACACTACTGGCTCGTTTCGCTGGTGAACCCGCGCCTATAAAATCTACTG
TGACTAAAGCAGTGGCTGAGTTCAGGCGAACCCATGCAGATACATGGAACATCCAGAAAG
ACTCCTTCACTGAAGAACAACTTGAGGTTTTGGCTGATACATCATCCTCGTCCTCGTACT
TTGCTTGATTCTGTGTTGCAGAAATTCAGTTTGACAATAAGAATAATACTCTTTAGAATG
AGCCAAATACATCTTTTGTACTCTTACATTTGTTATATACTATTTTTTATTTTATGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CF43TF U 1
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BS 690 958 RR3CF43JQ

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ATAGCTCTACTTCCGGAGATCTTGTTTCTCAGATCAGCGCCATGAGTTTTGATTCCTCTA
GCTTGCATTGGAGGTACAACTTGATGGCTAACAGAGTGCTCCTTCTGTTAGCTATGTCCT
GTAGGATGGACCCAACCTTCTCCTTCAAAATCCTTAATGAAACTGCTGGACACTTCTTGA
AAAAACTTAAAGAGTCAACTGCCTCAGACGAGAATACTGGCAATTTCAGCTTTAAATACG
CTACTCAAAGAATCACCCCATAAGATGCAAGGCAAGGATCAACCTCCTGTGTCTTCTCAA
GAAAATGCCAACTCATCCCTTGATTTAGCATTGAGCCAAATTTTCCAAGAGGAAGGATTC
TTCAGGGAGACTTTCGAAAGTCTTTCTCATATTCATATCACTGACACTGATAGTTCCTCT
AGAGGTAATCATGGAAGTTCTTCCTTCCAGAGCATGGCGGACAAGTCAATCACTCGATCC
AAAAGAAAAGAAACCGGAGGAAATCAAGTTCAACTCAGTCCACAGCGGAGGTGCATGGAG
CCGTTCTTGGTTTGGTAGCTTCAGTTTTGTCTGTTCCTTATGACATGCCCAGCTGGTTAC
CGGATCACGTGACACTACTGGCTCGTTTC

QA 1 689 1 689
DS 

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CTTCAGGGAGACTTTCGAAAGTCTTTCTCATATTCATATCACTGACACTGATAGTTCCTC
TAGAGGTAATCATGGAAGTTCTTCCTTCCAGAGCATGGCGGACAAGTCAATCACTCGATC
CAAAAGAAAAGAAACCGGAGGAAATCAAGTTCAACTCAGTCCACAGCGGAGGTGCATGGA
GCCGTTCTTGGTTTGGTAGCTTCAGTTTTGTCTGTTCCTTATGACATGCCCAGCTGGTTA
CCGGATCACGTGACACTACTGGCTCGTTTCGCTGGTGAACCCGCGCCTATAAAATCTACT
GTGACTAAAGCAGTGGCTGAGTTCAGGCGAACCCATGCAGATACATGGAACATCCAGAAA
GACTCCTTCACTGAAGAACAACTTGAGGTTTTGGCTGATACATCATCCTCGTCCTCGTAC
TTTGCTTGATTCTGTGTTGCAGAAATTCAGTTTGACAATAAGAATAATACTCTTTAGAAT
GAGCCAAATACATCTTTTGTACTCTTACATTTGTTATATACTATTTTTTATTTTATGCC

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 2

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ACTAACCAAAGATTCATTTTAAGAGTTACGTTGAAGCCACTCTTGAATGGCGGAACGAAG
GGCGTGGTTAGGAACAAGGTTATTGGGGGTGAGCTTAAGGTTCGTCATTGGTGACGTCTC
GTGACCATTGTCGAGCCATTCTTTTAAGGCTTCACCCTCGTAGGTGAATCCATCGGCTGC
AACACGAGGCTCTCTCATTACTTCCTGCGATATTGGGCAAATGAAATACAACGGAGGCTG
ACGGGTAACGGAATCCTCATCGGAAAATCCAAAAGGTATTCCATGGCGGCGAGTGTAGCT
CTGTGATGACATTTGTAAACAATGCTCAAAAAGCTTTATTAGGACATAAAAAAAATGGCT
TGTTAAAGACTTATTGAAATGTAAATAACAACAAAGGGAGAAGCTTTAAGTTTGTCTGCA
AGAGCTAAAAAGACACGATTGTATTTCACTCAAAATAAGATCAGAGAAGCTGCTTGTAGC
AGCCAAGGTTATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER14JQ U 92
AF RR3ER14TF C 1
BS 1 99 RR3ER14TF
BS 100 468 RR3ER14JQ
BS 469 555 RR3ER14TF

RD RR3ER14JQ 377 0 0
TGAACCCC
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GTTCGTCATTGGTGACGTCTCGTGACCATTGTCGAGCCATTCTTTTAAGGCTTCACCCTC
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AATGAAATACAACGGAGGCTGACGGGTAACGGAATCCTCATCGGAAAATCCAAAAGGTAT
TCCATGGCGGCGAGTGTAGCTCTGTGATGACATTTGTAAACAATGCTCAAAAAGCTTTAT
TAGGACATAAAAAAAATGGCTTGTTAAAGACTTATTGAAATGTAAATAACAACAAAGGGA
GAAGCTTTA

QA 9 377 9 377
DS 

RD RR3ER14TF 555 0 0
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GGCGTGGTTAGGAACAAGGTTATTGTGGGTGAGCTTAAGGTTCGTCATTGGTGACGTCTC
GTGACCATTGTCGAGCCATTCTTTTAAGGCTTCAGCCTCGTAGGTGAATCCATCGGCTGC
AACACGAGGCTCTCTCATTACTTCCTGCGATATTGGGCAGATGAAATACGACGGAGGCTG
ACGGGTAACGGAATCCTCATCGGAGAATCCAGAAGGTATTCCATGGCGGCGAGTGTAGCT
CTGTGATGACATTTGTAGACAATGCTCAAAGAGCTTTATTAGGACATAAAGAGAATGGCT
TGTTAAAGACTTATTGAAATGTAAATAACAACAAAGGGAGAAGCTTTAAGTTTGTCTGCA
AGAGCTAAAAAGACACGATTGTATTTCACTCAAAATAAGATCAGAGAAGCTGCTTGTAGC
AGCCAAGGTTATTCC

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 2

CO CL6799Contig1 985 2 2 U
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GATGAAAATGCAACAGAATGCTGCCATTGAAGAGAAGAAACGCATGTCATATCAACCGAC
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CAAGAGAGTACAGCAGCAAGAAATGAGGGAACCAGTTACGGTGATGCAACAACAACATCA
ACGATCTCAATCCGCTAAAGCAAATGTGTTACCTGTCTCTACCATTAATTCATCCTTTAC
GGTAGCAGCTACAGCAGCAGCAGGAGGCAGCGGTTGGTACCCTGCAAATAGATCTGAGGT
GGCTCAATCCAACGGGTACTTGCCCACAAGAACTCTGCCTCCTACTGATCTTAACCCAAA
CCTAATGTACCAGCAGCAACTTCAGTATCAACAATATCAAGGCCAAATGAACAATGGACA
CAGAATGGCAGGGGCTTCTTCACCGCATACTGTGGCTCCAGCTGCTTCTCTTGGGCTCTT
CTCGGGCTATGGATCAACACCTTCATCTTGACTGGAGTGGAGTACAGATGGGTCAGCAGC
CAAATCTGATTACAACAACATTGATTGGAGTTTAGACAGAGGCCTAGCTTGTCCGAGACC
AAACCAACAGCAGTACATGGAAGCATCCCCATATGAAACAAACATGAATGGAAGGACAAG
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AGGGAATGGGAGAGAATGGACATCACCGTTTGAGGGTAAAGATCTGTTTAGTTTGTCTAG
ACAGTATGTACCTCCTTCTCTTTGAATATGAAAGTTGCTTCTAGAATAATGAAAAATGCA
AGGGGTGAGAGAGAGAGAGAGTAAGATGATGGATGGATGGAATGTTATGAGTTTGTGGTT
ACTAGTGTTTCTTGCTTGTTTGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G512TF U 1
AF RR3G512JQ C 348
BS 1 676 RR3G512TF
BS 677 985 RR3G512JQ

RD RR3G512TF 676 0 0
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GATGAAAATGCAACAGAATGCTGCCATTGAAGAGAAGAAACGCATGTCATATCAACCGAC
ACCGCTGCAACGGCCAACGGAAGGGCCCCATTATGTGGCGGCTCTAGGTGATCATCATTT
CAAGAGAGTACAGCAGCAAGAAATGAGGGAACCAGTTACGGTGATGCAACAACAACATCA
ACGATCTCAATCCGCTAAAGCAAATGTGTTACCTGTCTCTACCATTAATTCATCCTTTAC
GGTAGCAGCTACAGCAGCAGCAGGAGGCAGCGGTTGGTACCCTGCAAATAGATCTGAGGT
GGCTCAATCCAACGGGTACTTGCCCACAAGAACTCTGCCTCCTACTGATCTTAACCCAAA
CCTAATGTACCAGCAGCAACTTCAGTATCAACAATATCAAGGCCAAATGAACAATGGACA
CAGAATGGCAGGGGCTTCTTCACCGCATACTGTGGCTCCAGCTGCTTCTCTTGGGCTCTT
CTCGGGCTATGGATCAACACCTTCATCTTGACTGGAGTGGAGTACAGATGGGTCAGCAGC
CAAATCTGATTACAACAACATTGATTGGAGTTTAGACAGAGGCCTAGCTTGTCCGAGACC
AAACCAACAGCAGTAC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3G512JQ 638 0 0
ATAGATCTGAGGTGGCTCAATCCAACGGGTACTTGCCCACAAGAACTCTGCCTCCTACTG
ATCTTAACCCAAACCTAATGTACCAGCAGCAACTTCAGTATCAACAATATCAAGGCCAAA
TGAACAATGGACACAGAATGGCAGGGGCTTCTTCACCGCATACTGTGGCTCCAGCTGCTT
CTCTTGGGCTCTTCTCGGGCTATGGATCAACACCTTCATCTTGACTGGAGTGGAGTACAG
ATGGGTCAGCAGCCAAATCTGATTACAACAACATTGATTGGAGTTTAGACAGAGGCCTAG
CTTGTCCGAGACCAAACCAACAGCAGTACATGGAAGCATCCCCATATGAAACAAACATGA
ATGGAAGGACAAGGATGATGGGGAACGGGAATGGGATGAGCATGGCAATGGGAGCTCAGG
AAGCTGCTTTAGTAGGGAATGGGAGAGAATGGACATCACCGTTTGAGGGTAAAGATCTGT
TTAGTTTGTCTAGACAGTATGTACCTCCTTCTCTTTGAATATGAAAGTTGCTTCTAGAAT
AATGAAAAATGCAAGGGGTGAGAGAGAGAGAGAGTAAGATGATGGATGGATGGAATGTTA
TGAGTTTGTGGTTACTAGTGTTTCTTGCTTGTTTGCTC

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

CO CL6800Contig1 866 2 2 U
GAATTAGAGACCAAATAAAAAAATGGGAGAGACAGAGGAAGTGACACTGTTGGGAGTATG
GTTCAGTCCGTATGCCATAAGACCAAAGATCGCTCTTCGTCTCAAATCAGTCGATTATGA
TTACTTTGAAGAAGATCTGTTCGGTTCCAAGAGTGAGTTTCTTCTCAAATCAAATCCGGT
TCACAAGAAAGTCCCGGTTCTCATCCACAACAACAAACCGATTCTAGAGTCTCTCAACAT
CGTTGAGTACATTGATGAGACATGGCACGCATCTGGACCGTCCATACTTCCTTCACATCC
CTATGATCGCGCTCAAGCTCGCTTCTGGTCTGCCTTCGTTGATGACAAGGTGTTTTCTAT
GGCTTTTTTTTGTTGACCAAATATTTACTTTCTTTTATCCATGGGTTTTATTCTGCGTGA
GAATTTTATTTGCGATGGATTTTTGTATTCTTAAGAGGATTACGAATTTGATCTTCATCT
GTGAGTGACCAAAAAGTTAATTTTATGCATCTATGGCTATATTATTGAAAACAAATGAAA
AGTTAGACATGCATTGGTGAAGTTAGACTATAATTGTAACTGTGTTGAAAAAAGACTAGT
TGTAACTAAATCCCTTTTTAATGGATAAAACAACATTCAACTACAAAATATTTTGTTGCA
TGACATTGTTTTAGATTTTCTAAGTTCCTTTGAAATACATGATAAATTGGTGACAGTAAC
ACAAAAAGTATTTTAAAAATCTATTATTAAACTCTTATAAAAAGACATATAGTGATTGAA
CAAATCTAAGTTACTAAACCAATATAGAAGTAGTGTCTAGTCATAAAGCTATTCATATTT
TCTATGTTTCTATGTTGCTGCCAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH70TF U 1
AF RR3DH70JQ C 353
BS 1 685 RR3DH70TF
BS 686 866 RR3DH70JQ

RD RR3DH70TF 685 0 0
GAATTAGAGACCAAATAAAAAAATGGGAGAGACAGAGGAAGTGACACTGTTGGGAGTATG
GTTCAGTCCGTATGCCATAAGACCAAAGATCGCTCTTCGTCTCAAATCAGTCGATTATGA
TTACTTTGAAGAAGATCTGTTCGGTTCCAAGAGTGAGTTTCTTCTCAAATCAAATCCGGT
TCACAAGAAAGTCCCGGTTCTCATCCACAACAACAAACCGATTCTAGAGTCTCTCAACAT
CGTTGAGTACATTGATGAGACATGGCACGCATCTGGACCGTCCATACTTCCTTCACATCC
CTATGATCGCGCTCAAGCTCGCTTCTGGTCTGCCTTCGTTGATGACAAGGTGTTTTCTAT
GGCTTTTTTTTGTTGACCAAATATTTACTTTCTTTTATCCATGGGTTTTATTCTGCGTGA
GAATTTTATTTGCGATGGATTTTTGTATTCTTAAGAGGATTACGAATTTGATCTTCATCT
GTGAGTGACCAAAAAGTTAATTTTATGCATCTATGGCTATATTATTGAAAACAAATGAAA
AGTTAGACATGCATTGGTGAAGTTAGACTATAATTGTAACTGTGTTGAAAAAAGACTAGT
TGTAACTAAATCCCTTTTTAATGGATAAAACAACATTCAACTACAAAATATTTTGTTGCA
TGACATTGTTTTAGATTTTCTAAGT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3DH70JQ 514 0 0
TTTTTTATGGCTTTTTTTTGTTGACCAAATATTTACTTTCTTTTATCCATGGGTTTTATT
CTGCGTGAGAATTTTATTTGCGATGGATTTTTGTATTCTTAAGAGGATTACGAATTTGAT
CTTCATCTGTGAGTGACCAAAAAGTTAATTTTATGCATCTATGGCTATATTATTGAAAAC
AAATGAAAAGTTAGACATGCATTGGTGAAGTTAGACTATAATTGTAACTGTGTTGAAAAA
AGACTAGTTGTAACTAAATCCCTTTTTAATGGATAAAACAACATTCAACTACAAAATATT
TTGTTGCATGACATTGTTTTAGATTTTCTAAGTTCCTTTGAAATACATGATAAATTGGTG
ACAGTAACACAAAAAGTATTTTAAAAATCTATTATTAAACTCTTATAAAAAGACATATAG
TGATTGAACAAATCTAAGTTACTAAACCAATATAGAAGTAGTGTCTAGTCATAAAGCTAT
TCATATTTTCTATGTTTCTATGTTGCTGCCAAAA

QA 1 514 1 514
DS 



AS 1 2

CO CL6801Contig1 1064 2 2 U
GGATTAACATACATTTATAGATATAATTTGTTCACAAGAAACACTCATCAACTAAACTAG
TTAATTAATGCTTGTTTGGTTATGGCTGATCAGCAGCGATCTGGCCACAACTCTTCAGAT
TCTCGCCGGAAATCAGCAGCCGGGAGACGAAACTCACAACATACTACGACGTCATCGTTA
GCTTCCAGCGGAGGAGCAATGGCGACAGCTGCAACGACGGGGACGGGAACGGTTTCGCCT
TGTGGGGCTTGCAAGTTCTTGAGAAGGAAATGTGTTAGTGGATGCATTTTCGCTCCACAT
TTTGGGTCGGACCAAGGAGCGGCTAGGTTCGCGGCGGTCCATAAGGTTTTTGGAGCTAGC
AATGTGTCGAGACTGTTGCATCATATTCCGGTGAACCGTCGTCATGACGCTGTAGTTACG
ATTTCATATGAGGCTCAAGCTAGGCTCTCTGATCCTGTATATGGATGCGTCTCAACTATC
CTTGCTCTCCAACAACAGGTGGCCTCGCTACAGGCGGAGTTATCAGTGGTGCAATCACAG
CTAATAAACAGCAGAGTAGCAATGGCTAACGTTATGCAACAACAACAAAATCATCACCAA
CAACAACTGGTCGTCATGCAACAACCCGAATACTCCAACAACTCAACAGCCTCCACCACT
CTTGCCGGAGCCGCCATGAACAGTTTCACTGCGACGGCAGAAGCAGCCGCAGCCGTCAGC
TATGACGTCATGGCTCCTGCTAATTTAGAACATTCGTTGCAGCCTGTGCCACGGCATCAG
CTAGGTAGCGGAAATCAACATGAAGACGAGGAAGAGAGCGGTACTGATTTTTCGGTGGCT
GTTGGATCGACGGCGTTGGCTGCGGAGGTTATATTTCCGGCGGAGGGTTTTCACCGGATA
TGAATGTATAACTGGCATGTTTAAGTATATATCTTCCTCTTTATAATGTATTATGGTATC
TACATACGCACGTATACAGTGTAGTGGTATACTACCAGATATATGAAGACTTGATGTGAA
ATATTTTAATGAGATATATAACTAGATTATTGTTTTAAAGGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CO67TF U 1
AF RR3CO67JQ C 354
BS 1 663 RR3CO67TF
BS 664 1064 RR3CO67JQ

RD RR3CO67TF 663 0 0
GGATTAACATACATTTATAGATATAATTTGTTCACAAGAAACACTCATCAACTAAACTAG
TTAATTAATGCTTGTTTGGTTATGGCTGATCAGCAGCGATCTGGCCACAACTCTTCAGAT
TCTCGCCGGAAATCAGCAGCCGGGAGACGAAACTCACAACATACTACGACGTCATCGTTA
GCTTCCAGCGGAGGAGCAATGGCGACAGCTGCAACGACGGGGACGGGAACGGTTTCGCCT
TGTGGGGCTTGCAAGTTCTTGAGAAGGAAATGTGTTAGTGGATGCATTTTCGCTCCACAT
TTTGGGTCGGACCAAGGAGCGGCTAGGTTCGCGGCGGTCCATAAGGTTTTTGGAGCTAGC
AATGTGTCGAGACTGTTGCATCATATTCCGGTGAACCGTCGTCATGACGCTGTAGTTACG
ATTTCATATGAGGCTCAAGCTAGGCTCTCTGATCCTGTATATGGATGCGTCTCAACTATC
CTTGCTCTCCAACAACAGGTGGCCTCGCTACAGGCGGAGTTATCAGTGGTGCAATCACAG
CTAATAAACAGCAGAGTAGCAATGGCTAACGTTATGCAACAACAACAAAATCATCACCAA
CAACAACTGGTCGTCATGCAACAACCCGAATACTCCAACAACTCAACAGCCTCCACCACT
CTT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3CO67JQ 711 0 0
AGCTAGCAATGTGTCGAGACTGTTGCATCATATTCCGGTGAACCGTCGTCATGACGCTGT
AGTTACGATTTCATATGAGGCTCAAGCTAGGCTCTCTGATCCTGTATATGGATGCGTCTC
AACTATCCTTGCTCTCCAACAACAGGTGGCCTCGCTACAGGCGGAGTTATCAGTGGTGCA
ATCACAGCTAATAAACAGCAGAGTAGCAATGGCTAACGTTATGCAACAACAACAAAATCA
TCACCAACAACAACTGGTCGTCATGCAACAACCCGAATACTCCAACAACTCAACAGCCTC
CACCACTCTTGCCGGAGCCGCCATGAACAGTTTCACTGCGACGGCAGAAGCAGCCGCAGC
CGTCAGCTATGACGTCATGGCTCCTGCTAATTTAGAACATTCGTTGCAGCCTGTGCCACG
GCATCAGCTAGGTAGCGGAAATCAACATGAAGACGAGGAAGAGAGCGGTACTGATTTTTC
GGTGGCTGTTGGATCGACGGCGTTGGCTGCGGAGGTTATATTTCCGGCGGAGGGTTTTCA
CCGGATATGAATGTATAACTGGCATGTTTAAGTATATATCTTCCTCTTTATAATGTATTA
TGGTATCTACATACGCACGTATACAGTGTAGTGGTATACTACCAGATATATGAAGACTTG
ATGTGAAATATTTTAATGAGATATATAACTAGATTATTGTTTTAAAGGTTT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6803Contig1 985 2 2 U
TTTTTATTTGATAAAAACTTCCAATTTTCGCGAGGAAATTTTCTCGATCGATTCAACCAC
CACACCAAAACCAAAGACGAGAGAGCTCGCTCTAGAGTTCCTTGTCCTTTCGTTGATTTT
TTCTCAGAATTTTGGTTTGATCGAAGAAGAGAAAGAAAAATGGGGCAACAGCAATCGAAA
GGGGAATTGCTGTTTCAGCAAGTGAGCTACGGTAACGCTGAAGGGATTCGATCTCTTCGT
CGCGACGGAGCTGACCTCGAGTGGATGGATAGAGAAGGCAAAACGCCTTTGATAATGGCC
GACAACATCAATCACCATTCCATTGGTGAAGCAAGCTCATCAACGGCACCCCCTCCTCCT
CCTCACATTCCACCTCCCTCAGGAAAAGCGAGCCATGAAAGTGTTATTGTCCACGAACCA
TCACCTTCAGCTCCTCCGTTAGCAGATGAGGATATAGAAACCGTAGAGGAAGGCCCTGTT
CATTACCCAACAATCGATTCAACACCTGTCGATGTCCCATCTCCTTCTCATCTACCAGCT
TCAATAGATGGTGAAAAGAAAGATGACGGAAGCTCTGGACAGTGTTCGATATGTCTTGAC
GCTCCATCTGAAGCTGTTTGTGTTCCGTGTGGACATGTTGCGGGATGCATGTCTTGCTTA
ACCGAGATCAAAGCCAAGAATTGGGGATGTCCGGTTTGTCGTGCCAAGATTGATCAGATC
ATTAAACTTTACCGTGTCTGAAATAGACAGGTACTACTACTTATACTCCATGGGGAGTAT
CTCTCTCCTTCATTGTGTTGTGGGATTAAAGTTTCTCAACCATTGAAACTATCTCTCTGT
TAAGCTTGTGTTTTCTTGACAAAACGTTTTATACTTGGAATTTGAACACAGTACCTATGT
TTTGTATATATGGTTTTTGACGAAGGAAGAATGTTAAAAGTATTCATACAATATATATAT
GCGTATTTCAATTTATAGTTCATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ37TF U 1
AF RR3GZ37JQ C 360
BS 1 688 RR3GZ37TF
BS 689 985 RR3GZ37JQ

RD RR3GZ37TF 688 0 0
TTTTTATTTGATAAAAACTTCCAATTTTCGCGAGGAAATTTTCTCGATCGATTCAACCAC
CACACCAAAACCAAAGACGAGAGAGCTCGCTCTAGAGTTCCTTGTCCTTTCGTTGATTTT
TTCTCAGAATTTTGGTTTGATCGAAGAAGAGAAAGAAAAATGGGGCAACAGCAATCGAAA
GGGGAATTGCTGTTTCAGCAAGTGAGCTACGGTAACGCTGAAGGGATTCGATCTCTTCGT
CGCGACGGAGCTGACCTCGAGTGGATGGATAGAGAAGGCAAAACGCCTTTGATAATGGCC
GACAACATCAATCACCATTCCATTGGTGAAGCAAGCTCATCAACGGCACCCCCTCCTCCT
CCTCACATTCCACCTCCCTCAGGAAAAGCGAGCCATGAAAGTGTTATTGTCCACGAACCA
TCACCTTCAGCTCCTCCGTTAGCAGATGAGGATATAGAAACCGTAGAGGAAGGCCCTGTT
CATTACCCAACAATCGATTCAACACCTGTCGATGTCCCATCTCCTTCTCATCTACCAGCT
TCAATAGATGGTGAAAAGAAAGATGACGGAAGCTCTGGACAGTGTTCGATATGTCTTGAC
GCTCCATCTGAAGCTGTTTGTGTTCCGTGTGGACATGTTGCGGGATGCATGTCTTGCTTA
ACCGAGATCAAAGCCAAGAATTGGGGAT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3GZ37JQ 626 0 0
TCCTCACATTCCACCTCCCTCAGGAAAAGCGAGCCATGAAAGTGTTATTGTCCACGAACC
ATCACCTTCAGCTCCTCCGTTAGCAGATGAGGATATAGAAACCGTAGAGGAAGGCCCTGT
TCATTACCCAACAATCGATTCAACACCTGTCGATGTCCCATCTCCTTCTCATCTACCAGC
TTCAATAGATGGTGAAAAGAAAGATGACGGAAGCTCTGGACAGTGTTCGATATGTCTTGA
CGCTCCATCTGAAGCTGTTTGTGTTCCGTGTGGACATGTTGCGGGATGCATGTCTTGCTT
AACCGAGATCAAAGCCAAGAATTGGGGATGTCCGGTTTGTCGTGCCAAGATTGATCAGAT
CATTAAACTTTACCGTGTCTGAAATAGACAGGTACTACTACTTATACTCCATGGGGAGTA
TCTCTCTCCTTCATTGTGTTGTGGGATTAAAGTTTCTCAACCATTGAAACTATCTCTCTG
TTAAGCTTGTGTTTTCTTGACAAAACGTTTTATACTTGGAATTTGAACACAGTACCTATG
TTTTGTATATATGGTTTTTGACGAAGGAAGAATGTTAAAAGTATTCATACAATATATATA
TGCGTATTTCAATTTATAGTTCATGG

QA 1 626 1 626
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6805Contig1 682 2 4 U
GGATTTCACGATCAAAACAATGGCGGCGGCTGCGAAAGACACCGCGACACGGCGAGCTGT
AGCTGCGACGATCAAGCTGACCGTCCCAGCCGGAGGAGCACGACCAGCCCCACCCGTAGG
TCCGGCGCTAGGTCAGTACAGGCTGAACCTGATGGCGTTCTGCAAGGACTTCAACGCCAG
GACGCAGAAGTACAAACCGGACACTCCGATGGCCGTGAAGATAACGGCGTACAAGGACAA
CTCGTTCGAGTTCACCGTCAAGTCTCCGTCGGTGTCGTGGTACATCAAGAAAGCGGCGGG
GGTTGACAAAGGGAGCACGCGTCCGGGGCATTTGACGGTGACGACGCTGTCGGTGAGGCA
CGTGTACGAGATCGCGAAGGTGAAGCAGACGGATCCGTTCTGTCAGTATATGCCTTTGGA
GTCGATCTGCAAATCGATTATTGGTACTGCTAACTCCATGGGGATCAAGATTGTTCAGGA
TTTGGAGTGATTCGAAATGGTCTTTTCGTTTTCTCTAATAAACATGAATGTCAGATTACT
CTGTTTTTACTCTGTTTTCTTACTTTGTTTCAATGGATGGTCGAACTCCAAGTCCAAAGC
ATTGCAATAATCATTAGAGATTCAGTTTGTTATTGAATGTTGTCGCTTTGATCGTTTTTG
AAAGGAACGAAAATGTTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FV68TF U 1
AF RR3FV68JQ C 251
BS 1 606 RR3FV68TF
BS 607 607 RR3FV68JQ
BS 608 618 RR3FV68TF
BS 619 682 RR3FV68JQ

RD RR3FV68TF 618 0 0
GGATTTCACGATCAAAACAATGGCGGCGGCTGCGAAAGACACCGCGACACGGCGAGCTGT
AGCTGCGACGATCAAGCTGACCGTCCCAGCCGGAGGAGCACGACCAGCCCCACCCGTAGG
TCCGGCGCTAGGTCAGTACAGGCTGAACCTGATGGCGTTCTGCAAGGACTTCAACGCCAG
GACGCAGAAGTACAAACCGGACACTCCGATGGCCGTGAAGATAACGGCGTACAAGGACAA
CTCGTTCGAGTTCACCGTCAAGTCTCCGTCGGTGTCGTGGTACATCAAGAAAGCGGCGGG
GGTTGACAAAGGGAGCACGCGTCCGGGGCATTTGACGGTGACGACGCTGTCGGTGAGGCA
CGTGTACGAGATCGCGAAGGTGAAGCAGACGGATCCGTTCTGTCAGTATATGCCTTTGGA
GTCGATCTGCAAATCGATTATTGGTACTGCTAACTCCATGGGGATCAAGATTGTTCAGGA
TTTGGAGTGATTCGAAATGGTCTTTTCGTTTTCTCTAATAAACATGAATGTCAGATTACT
CTGTTTTTACTCTGTTTTCTTACTTTGTTTCAATGGATGGTCGAACTCCAAGTCCAAAGC
ATTGCA*TAATCATTAGA

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3FV68JQ 432 0 0
TTCC
CCGTCAAGTTTCCGTCGGTGTCGTGGTACATCAAGAAAGCGGCGGGGGTTGACAAAGGGA
GCACGCGTCCGGGGCATTTGACGGTGACGACGCTGTCGGTGAGGCACGTGTACGAGATCG
GGAAGGTGAAGCAGACGGATCCGTTCTGTCAGTATATGCCTTTGGAGTCGATTTGCAAAT
CGATTATTGGTACTGCTAACTCCATGGGGATCAAGATTGTTCAGGATTTGGAGTGATTCG
AAATGGTCTTTTCGTTTTTTTTAATAAACATGAATGTCAGATTACTCTGTTTTTACTCTG
TTTTCTTACTTTGTTTCAATGGATGGTCGAACTCCAAGTCCAAAGCATTGCAATAATCAT
TAGAGATTCAGTTTGTTATTGAATGTTGTCGCTTTGATCGTTTTTGAAAGGAACGAAAAT
GTTTTGTT

QA 5 432 5 432
DS 



AS 1 2

CO CL6806Contig1 1065 2 2 U
GATCTATGACCAGACAGAAGCTGAGGATGGTTATGTCTCCGTTGAAGTCTCGCCTAGGCT
TGCTGATGACACCAATGGCACTGTTGAAGCTGCTAAATATCTCCACAAGGTTGTTAACCG
TCGCAACGTCTACATCAAGATCCCTGCCACTGCTCCTTGCATTCCTTCCATCAGGGATGT
CATTGCTTCTGGGATTAGTGTCAATGTCACTCTTATATTCTCAATAGCCAGATACGAGGC
GGCGATCGATGCATATTTGGATGGGCTTGAGGCCTCTGGACTTGATGACCTCTCAAAAGT
TACCAGTGTTGCATCCTTCTTTGTCAGTAGAGTGGATACTCTTATGGACAAGATGCTTGA
GAAAATAGGTACCCCAGAAGCACTAGACCTCCGTGGCAAGGCAGCTGTGGCTCAAGCTGC
ATTAGCATACAAGCTGCACCAGAAGAAATTCTCAGGACCAAGATGGGAGGCTCTCGTGAA
GAAAGGTGCCAAGAAGCAGAGGCTTCTCTGGGCATCAACTAGTGTTAAGAACCCAGCTTA
CTCTGACACCTTATATGTTGCTCCTCTCATTGGACCTGACACTGTGTCAACCATGCCTGA
TCAAGCACTGGAAGCATTCATAGATCATGGAACTGTGAAGAGAACCATAGATGCGAATGT
GTCTGAAGCAGAAGGCATTTACAGTGCACTAGAGAAGCTGGGAATAGACTGGAACAAAGT
GGGAGAACAGTTGGAAGAAGAAGGTGTGGACTCGTTCAAAAAGAGTTTCGAGAGTCTGCT
TGGTACACTACAAGACAAGGCCAACACTCTCAAATTAGCCAGCCATTGAAGAGAGAGAGA
AAAAGAAGCTTGTCCTCACGGTTTGAGTTTGTGCGTTCATTTTGTTTACGGTGGTATAAT
AAAATAAAAAGAACCTTTGTTGTGCTTTTGTTCTTCGGACACTATGCTTTCTAGAGATGT
TGTAATGGCTTTTGTTTCATGTTCCACAATATGGATTCTTGTCTTATCTGTTCTTGTATG
ATGTTTAATTTTCAAATACTAAAAAAAACTACTATCGATGTCATC


BQ
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GTC

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DS 

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TGTGCTTTTGTTCTTCGGACACTATGCTTTCTAGAGATGTTGTAATGGCTTTTGTTTCAT
GTTCCACAATATGGATTCTTGTCTTATCTGTTCTTGTATGATGTTTAATTTTCAAATACT
AAAAAAAACTACTATCGATGTCATC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

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AGAGATCTGATTAGATCCAATGGTTTGCATATGCAGAAGAACGAGCTCAGGAAGGGGATT
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GGACTCGAGAGGCTGGTGGAGAAGTTGAAGCCTTACGATGGGAGGATCTTCGTGTCGCAT
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GATGACTGTATGTCTGTATCTTACTTTTTTTGTGTTTACTTGGCTGGGAGATC


BQ
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AF RR3FD82TF U 1
AF RR3FD82JQ C 387
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BS 747 1133 RR3FD82JQ

RD RR3FD82TF 746 0 0
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AGCGTGCCTATACTTGTCCTCTCCCTCTCATTCGCAGCTGCTGTCTTCTTCCTCCTCTCC
TCTTCTCTCTCCACCTCCTCCTGCTCCTGTCCTCCATCTGCATCTTCTTCTCCGAACGTC
GTTAGTGACGTGAGATTACAAGAGAAGATATCCCCGACGCGAGATGATATAGAGTGGGTC
AGAGATCTGATTAGATCCAATGGTTTGCATATGCAGAAGAACGAGCTCAGGAAGGGGATT
AATCCTCGCACTAGAGATCAACAGCTCGCAGATCTGAAACAGTACAAGGGTATATCTCAT
TACGAAGGAGACAACAACCACACAGCTCTCCCCTGCCCCGGCGAGTTACTAGTCGAGCAG
CATCACAGCAACTATGGTGAGCCTTGGGCAGGCGGACGCGACGTGTTCGAGTTCTTAGCC
GAATCCTCCAATCTCAGACCAAACTCTCGTGTCCTCGAAATCGGGTGTGGCACCTTACGC
GTGGGTCTGCATTTCATACGCTATCTCAACCCAAGTCACTTCCACTGCCTCGAAAAGGAC
GAGCTCTCTCTGATGGCTGCTTTGAGATACGAGCTCCCATCTCAAGGTCTTCTCCACAAA
CGTCCTCTTATACTCAGAGGAGA*GACATGGAGTTCAGCAAGTTCGG*TTAGATACA*CG
TATGATCTGATCTACGCGAGTGCTGT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3FD82JQ 747 0 0
CTCT
CCCTGCCCGGGCGAGTTACTAGTCGAGCAGCATCACAGCAACTATGGTGAGCCTTGGGCA
GGCGGACGCGACGTGTTCGAGTTCTTAGCCGAATCCTCCAATCTCAGACCAAACTCTCGT
GTCCTCGAAATCGGGTGTGGCACCTTACGCGTGGGTCTGCATTTCATACGCTATCTCAAC
CCAAGTCACTTCCACTGCCTCGAAAAGGACGAGCTCTCTCTGATGGCTGCTTTGAGATAC
GAGCTCCCATCTCAAGGTCTTCTCCACAAACGTCCTCTTATACTCAGAGGAGAAGACATG
GAGTTCAGCAAGTTCGGGTTAGATACAACGTATGATCTGATCTACGCGAGTGCTGTGTTC
CTCCACATGCCTGATAAGCTAGTGTGGGCTGGACTCGAGAGGCTGGTGGAGAAGTTGAAG
CCTTACGATGGGAGGATCTTCGTGTCGCATAACGTGAAGTTTTGCTCGAGATTAGGTGGG
GACGAGTGTGCGAAGAGGCTAGCGAGTTTGGGACTTGAGTATCTTGGCAAACAGACGCGT
GATAGCTTGCTGTTTAATCACTACGAGATCTGGTTCGGGTTTAGACGGTTTAAGACGTAA
AAGATTGTTTGAAGTATCTGTTTTCTTCACACGTCATGTGGGATTTTAAAGAGTCCTAAG
AGATTGTTTCTGTAGAGATGCCAGTGCAGAGATGACTGTATGTCTGTATCTTACTTTTTT
TGTGTTTACTTGGCTGGGAGATC

QA 5 747 5 747
DS 



AS 1 2

CO CL6808Contig1 838 2 2 U
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TATCTGACTTTGGACTCGCTAAAGACGGTCCTGTAGGAGATAAATCTCACGTTTCCACAC
GTATAATGGGAACCTACGGTTATGCAGCTCCTGAATACATCATGACAGGTAAGTTTCTAA
GAGATACCATTTTTAGTATTGTGATATCTTATCTTTATGATCATATATATGTGACAACTT
TCTTGGTGCAAAGGCCATTTGACACCAGGGAGTGATGTGTACAGCTTCGGTGTAGTTCTT
CTAGAGCTTCTCACAGGGAGAAAATCATTAGACAAGTCACGGCCTACACGTGAGCAAAAC
CTCATAGACTGGGCTCTTCCTCTGCTGAAAGAGAAGAAGAAAGTATTGAACATTGTAGAC
CCGAGAATGAACTGTGAATACCCTGTTAGGTCGGTTCAGAAGGCTGCGATGTTAGCTTAC
CATTGCCTTAACCGGAACCCTAAGGCTCGGCCATTGATGCGTGACATTGTGGATTCTTTG
GAGCCTCTTCAGGCAACAGAAGATGAAGCCTTACTTGTCCCCACTGTTCAGAAAGCAGTT
ATCACCATTATAGACGAATTTCCTAAGAATGGGTTGAAGAAAGTTGAAGAACTGAAGAAG
GTTGAAGAACTGAAGAAGGTTGAAGATGTGAAGAAGGTTATTGAAGTTGATGATAAGTAA
CAGTGTAACTAGAACACTTGGTTTCTTTTATTTTTCTTTAACATACAGATTCAAAAGTCA
AAACTAGATTGTGTTTGTGTGTATCTTACAAAATACAGATTAAAGGTTTGATTGGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FK79TF U 1
AF RR3FK79JQ C 302
BS 1 644 RR3FK79TF
BS 645 838 RR3FK79JQ

RD RR3FK79TF 644 0 0
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TCTTGGTGCAAAGGCCATTTGACACCAGGGAGTGATGTGTACAGCTTCGGTGTAGTTCTT
CTAGAGCTTCTCACAGGGAGAAAATCATTAGACAAGTCACGGCCTACACGTGAGCAAAAC
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ATCACCATTATAGACGAATTTCCTAAGAATGGGTTGAAGAAAGT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3FK79JQ 537 0 0
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TCATAGACTGGGCTCTTCCTTTGCTGAAAGAGAAGAAGAAAGTATTGAACATTGTAGACC
CGAGAATGAACTGTGAATACCCTGTTAGGTCGGTTCAGAAGGCTGCGATGTTAGCTTACC
ATTGCCTTAACCGGAACCCTAAGGCTCGGCCATTGATGCGTGACATTGTGGATTCTTTGG
AGCCTCTTCAGGCAACAGAAGATGAAGCCTTACTTGTCCCCACTGTTCAGAAAGCAGTTA
TCACCATTATAGACGAATTTCCTAAGAATGGGTTGAAGAAAGTTGAAGAACTGAAGAAGG
TTGAAGAACTGAAGAAGGTTGAAGATGTGAAGAAGGTTATTGAAGTTGATGATAAGTAAC
AGTGTAACTAGAACACTTGGTTTCTTTTATTTTTCTTTAACATACAGATTCAAAAGTCAA
AACTAGATTGTGTTTGTGTGTATCTTACAAAATACAGATTAAAGGTTTGATTGGTTG

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 2

CO CL6809Contig1 808 2 3 U
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GCTTCTTCTTCTTTGATGTTCTTGCATAAGAAAAGCCTGATCATCTCGCTGGATTGAAGC
CTGATGTCTGAACAAAACTAAACTCTTTGTTTGACTAACCAAACAAATCGTTTCGCCTGC
AATAAATGTGTTATATAGTATACAGAAAGTTTCTTTATATATGTTTTTTCCTCTTTCTAT
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TCAGGTCTTTAACAATGAGTTTCTCGGTTAGCTTCTGGTGGAGCAACGAAACAGAGTCCT
CTGATTCTTAGCAAATGGAGTATTTTTAATCTCTGTTTCTGTTTCTATGTTCACTGTCTT
TTACACCAATTATGTTAGACCCTAAAAGTAAGTAGAGAAGAAAACAATTGCTCTGAGACT
CAGCATGAAGATCGTTTCTTTTGTCTAAGCCTATGTTGTAAAAGACAATTGAGAGCTTTT
AAGTCTTTATCACAGACATTTTTGTGCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BB91JQ C 1
AF RR3BB91TF U 1
BS 1 767 RR3BB91TF
BS 768 768 RR3BB91JQ
BS 769 808 RR3BB91TF

RD RR3BB91JQ 808 0 0
GTATACTTGCTCAGGTATTTATGGTCTCATATCTTTTTTCCTTAAATGAGCATGGCTTCT
TGTCTGTGCTCACTGTCATTTAAGAGGTGCAGTGTATGTTCTTCTCTAAGTGTTTAACGA
GCTTCTTCTTCTTTGATGTTCTTGCATAAGAAAAGCCTGATCATCTCGCTGGATTGAAGC
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TGAAGTTTTTGGTGTCATCTGTTCTTCAGGTTGTTGGTAAGAAGTATATAAGGCTTTACC
CATCCTCATTGCAAGACGAACTTTACCCTTATTTTGAGACAATGCTTTGCAACTCTAGCC
AGGTTGATCTTGACAACATTGACAAGAACGAGTTCCCAAAGGCTGCGGAGCTAGAGTTTA
TGGATTGTATCCTAGAGGAAGGCGAGATGCTGTACATCCCTCCCAAATGGTGGCACTATG
TCAGGTCTTTAACAATGAGTTTCTCGGTTAGCTTCTGGTGGAGCAACGAAACAGAGTCCT
CTGATTCTTAGCAAATGGAGTATTTTTAATCTCTGTTTCTGTTTCTATGTTCACTGTCTT
TTACACCAATTATGTTAGACCCTAAAAGTAAGTAGAGAAGAAAACAATTGCTCTGAGACT
CAGCATGAAGATCGTTTCTTTTGTCTAAGCCTATGTTGTAAAAGACAATTGAGAGCTTTT
AAGTCTTTATCACAGACATTTTTGTGCG

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3BB91TF 808 0 0
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TGTCTGTGCTCACTGTCATTTAAGAGGTGCAGTGTATGTTCTTCTCTAAGTGTTTAACGA
GCTTCTTCTTCTTTGATGTTCTTGCATAAGAAAAGCCTGATCATCTCGCTGGATTGAAGC
CTGATGTCTGAACAAAACTAAACTCTTTGTTTGACTAACCAAACAAATCGTTTCGCCTGC
AATAAATGTGTTATATAGTATACAGAAAGTTTCTTTATATATGTTTTTTCCTCTTTCTAT
TGAAGTTTTTGGTGTCATCTGTTCTTCAGGTTGTTGGTAAGAAGTATATAAGGCTTTACC
CATCCTCATTGCAAGACGAACTTTACCCTTATTCTGAGACAATGCTTTGCAACTCTAGCC
AGGTTGATCTTGACAACATTGACAAGAACGAGTTCCCAAAGGCTGCGGAGCTAGAGTTTA
TGGATTGTATCCTAGAGGAAGGCGAGATGCTGTACATCCCTCCCAAATGGTGGCACTATG
TCAGGTCTTTAACAATGAGTTTCTCGGTTAGCTTCTGGTGGAGCAACGAAACAGAGTCCT
CTGATTCTTAGCAAATGGAGTATTTTTAATCTCTGTTTCTGTTTCTATGTTCACTGTCTT
TTACACCAATTATGTTAGACCCTAAAAGTAAGTAGAGAAGAAAACAATTGCTCTGAGACT
CAGCATGAAGATCGTTTCTTTTGTCTAAGCCTATGTTGTAAAAGACA*TTGAGAGCTTTT
AAGTCTTTATCACAGACATTTTTGTGCG

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL6810Contig1 1205 2 2 U
AGGATCCTCTGAAGCTGGATATTGTTATTAGCTTTCCCGATCATGGTTTTCATCTTCGCT
TTGATCCATGGTCTCAGAGGTTACGCCTTGTTGAGATATATGATGTCAAGCGGCTTCAGA
TGCGTTACGCCACTTCTACCATTGGGGGTCCATCATCTCTGGCGACGTTTGTGGCTGTTT
ATGCACTTTTTGGACCCACCTTTCCTGGGATTTATGATAAAGAAAGAGGGGTTTATTCTC
TCTTCTACCCGGGGCTATCCTTTCAGTTTCCAATTCCTAACCAGTACACGGACTGCTGTC
ATGATGGAGAAGCGGCGCTACCATTGGAGTTTCCAGATGGCACCACGCCAGTAGCATGCC
GGGTCTCTATCTATGACAACTCAAGCGACAAAAAAGTTGGTGTAGGAAAGCTGATGGATA
GAGCTTCTGTCCCTCCTTTGCCTCCTGGCAGCCTTTATATGGAGGAGGTTCTTGTCAAGC
TTGGCAAGGAGTTATACTTTACTGTTGGAGGCCAGCATATGCCTTTTGGTGCATCGCCAC
AGGATGTATGGACCGACTTAGGACGACCATGTGGGATACACCCAAAGCAGGTAGATCAAA
TGGTTATTCATTCTGCATCAGATCCACGACCAAAAACAACTCTTTGTGGTGATTACTTTT
ACAACTATTTTACGCGTGGCATGGACATCCTGTTTGACGGCGAGACTCACAGAGCTAAGA
AGTTTGTTCTTCACACCAACTATCCTGGTCATGCTGATTTCAACTCGTACATAAAGTGCA
ACTTTGTGATCTCTGTTGGAGAGAGTGAAGCAGAAGCAAACAGAGGTGGAAACAAGATCA
CTCCAAGAACGAATTGGGAGCAAGTTAAGGAAATACTTGGGGAGTGTGGACCAGCAGCTA
TACAGACACAGGGCTCAACGAGCAACCCTTTTGGATCGACATACGTGTATGGCTATCAGA
ATGTTGCTTTTGAGGTGATGAAGAACGGTCATATAGCCACTATTACTTTGTTCCAGTCAT
GATGTGTCTACCGTCCGAGGGGGCTTTTATGCTTCGGGTGGAGAGGCTATCTTCTACAAA
AGTGTCTGTAAATCTAACGTCATGATATTAAACTACAATTGTAAATGCTGTACAGTCATT
TGTTAAGTCGATATCAAGCTTTGTAATGACAGATGCTACTTATTATATTCCATTGTTTCA
GTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3B960TF U 1
AF RR3B960JQ C 456
BS 1 794 RR3B960TF
BS 795 1205 RR3B960JQ

RD RR3B960TF 794 0 0
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TTGATCCATGGTCTCAGAGGTTACGCCTTGTTGAGATATATGATGTCAAGCGGCTTCAGA
TGCGTTACGCCACTTCTACCATTGGGGGTCCATCATCTCTGGCGACGTTTGTGGCTGTTT
ATGCACTTTTTGGACCCACCTTTCCTGGGATTTATGATAAAGAAAGAGGGGTTTATTCTC
TCTTCTACCCGGGGCTATCCTTTCAGTTTCCAATTCCTAACCAGTACACGGACTGCTGTC
ATGATGGAGAAGCGGCGCTACCATTGGAGTTTCCAGATGGCACCACGCCAGTAGCATGCC
GGGTCTCTATCTATGACAACTCAAGCGACAAAAAAGTTGGTGTAGGAAAGCTGATGGATA
GAGCTTCTGTCCCTCCTTTGCCTCCTGGCAGCCTTTATATGGAGGAGGTTCTTGTCAAGC
TTGGCAAGGAGTTATACTTTACTGTTGGAGGCCAGCATATGCCTTTTGGTGCATCGCCAC
AGGATGTATGGACCGACTTAGGACGACCATGTGGGATACACCCAAAGCAGGTAGATCAAA
TGGTTATTCATTCTGCATCAGATCCACGACCAAAAACAACTCTTTGTGGTGATTACTTTT
ACAACTATTTTACGCGTGGCATGGACATCCTGTTTGACGGCGAGACTCACAGAGCTAAGA
AGTTTGTTCTTCACACCAACTATCCTGGTCATGCTGATTTCAACTCGTACATAAAGTGCA
ACTTTGTGATCTCT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3B960JQ 750 0 0
TATATGGAGGAGGTTCTTGTCAAGCTTGGCAAGGAGTTATACTTTACTGTTGGAGGCCAG
CATATGCCTTTTGGTGCATCGCCACAGGATGTATGGACCGACTTAGGACGACCATGTGGG
ATACACCCAAAGCAGGTAGATCAAATGGTTATTCATTCTGCATCAGATCCACGACCAAAA
ACAACTCTTTGTGGTGATTACTTTTACAACTATTTTACGCGTGGCATGGACATCCTGTTT
GACGGCGAGACTCACAGAGCTAAGAAGTTTGTTCTTCACACCAACTATCCTGGTCATGCT
GATTTCAACTCGTACATAAAGTGCAACTTTGTGATCTCTGTTGGAGAGAGTGAAGCAGAA
GCAAACAGAGGTGGAAACAAGATCACTCCAAGAACGAATTGGGAGCAAGTTAAGGAAATA
CTTGGGGAGTGTGGACCAGCAGCTATACAGACACAGGGCTCAACGAGCAACCCTTTTGGA
TCGACATACGTGTATGGCTATCAGAATGTTGCTTTTGAGGTGATGAAGAACGGTCATATA
GCCACTATTACTTTGTTCCAGTCATGATGTGTCTACCGTCCGAGGGGGCTTTTATGCTTC
GGGTGGAGAGGCTATCTTCTACAAAAGTGTCTGTAAATCTAACGTCATGATATTAAACTA
CAATTGTAAATGCTGTACAGTCATTTGTTAAGTCGATATCAAGCTTTGTAATGACAGATG
CTACTTATTATATTCCATTGTTTCAGTCTT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL6811Contig1 338 2 1 U
GTGGATAATCCATGTGTAGCTTCTGATGGATATACATACGAGAAGAGAGCCATTATGGAA
TGGCTTGAGAAGAATCATAAATCTCCAATGACGGATTTGCCCTTCACCAACCAAACTCTC
CTTCCTAATCAGTCTCTTCTTTCTGCTATTAAGGAGTGGAGATCAAATCTAATTAAATAG
AAAGAAGGTTACAAGATACAAATCTAAACTCCTCTATTAACATGCATCATTGTGTTTTCC
TTTTCCTCACCACTTATGTGCTCACATACACACACGACCACACAATTAGATAAATGTTGA
TGTTTATACATACTGAAAATATTTGAGTTTTTGGACGT


BQ
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AF RR3DR25JQ C 1
AF RR3DR25TF U 1
BS 1 338 RR3DR25TF

RD RR3DR25JQ 338 0 0
GTGGATAATCCATGTGTAGCTTCTGATGGATATACATACGAGAAGAGAGCCATTATGGAA
TGGCTTGAGAAGAATCATAAATCTCCAATGACGGATTTGCCCTTCACCAACCAAACTCTC
CTTCCTAATCAGTCTCTTCTTTCTGCTATTAAGGAGTGGAGATCAAATCTAATTAAATAG
AAAGAAGGTTACAAGATACAAATCTAAACTCCTCTATTAACATGCATCATTGTGTTTTCC
TTTTCCTCACCACTTATGTGCTCACATACACACACGACCACACAATTAGATAAATGTTGA
TGTTTATACATACTGAAAATATTTGAGTTTTTGGACGT

QA 1 338 1 338
DS 

RD RR3DR25TF 338 0 0
GTGGATAATCCATGTGTAGCTTCTGATGGATATACATACGAGAAGAGAGCCATTATGGAA
TGGCTTGAGAAGAATCATAAATCTCCAATGACGGATTTGCCCTTCACCAACCAAACTCTC
CTTCCTAATCAGTCTCTTCTTTCTGCTATTAAGGAGTGGAGATCAAATCTAATTAAATAG
AAAGAAGGTTACAAGATACAAATCTAAACTCCTCTATTAACATGCATCATTGTGTTTTCC
TTTTCCTCACCACTTATGTGCTCACATACACACACGACCACACAATTAGATAAATGTTGA
TGTTTATACATACTGAAAATATTTGAGTTTTTGGACGT

QA 1 338 1 338
DS 



AS 1 2

CO CL6812Contig1 912 2 2 U
GGGAAGAAGCAAACTAAATGAACCACAGGGTATGGAAAAGACGAGAAGTGATGCTTTTGG
TAAGACTGGTCAACAACATGCAAGGGAAGACATCTGGAACAACATTGGACAGGGAAGACG
AGCACTGAGCCAGATCTGGAAAAGTTCTGAAAGCGTAACAAAGCATTATGCAGAGGTGAT
GAGTGGAACAGGTGGTTCTTGTGAAGATGCGGTTGAATCACTATGTAGAAGTGCTTTCTG
GTGGTGATGAGCTAGCACTTGTTGAGCTTCTTGACAGAACCGGCCCCGTGCTGGACAGTT
TGTCGCCAAATACCGTGAATGAGCTTCTGAGTATACTTCTCTCCTACCTCCTCGAGCGAA
GATTCATGAATTCAATACTTCCTTGGCTGCATCAGGTTGCAGACTTGAGCACTACAAATG
GAGCTAATTATCTGATTCCATCAGCAAGAAAGAGAGCTCAAGTGTTGTCTGCAATTCAGG
AGACTTCGTGCATGGGCTTTTCGAATCTTGTTGAGAGAAGAGCTGTTACTCAATTAGCAA
TGAAGTTGCGCAAACTTTGGGGAAAGTGCTCATGATCATTAGGTGTGCTGAAGTAGACAA
GACGCTGACAAGAAAGTTGAGAGAAAACACAGTGAGAGAGAGTTTTTAAGAAATTTCCAC
GCTGGAACGTGTATTTCATTTCTTTGGTATCTGCTAAACTGGTGTTCGTTCGTGAGCCGA
TTGAGCTCGATGTTCTTGATTTGATTGGTGTTGTTCTGCTCGTTGGTTTCTAAGCGATGA
TTTGATTCGTGTAGTGTAAAGAGTGTTTCATTTCTTGGGTTTATGCCAAACTGGTGTTCA
TGAGGGGATATTTTGCTCTGTTCATTGTCTTGGATTCTAATTCTATGTTCGTTTCGAAAA
TTTTGTATCACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A767TF U 1
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BS 805 912 RR3A767JQ

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GAGTGGAACAGGTGGTTCTTGTGAAGATGCGGTTGAATCACTATGTAGAAGTGCTTTCTG
GTGGTGATGAGCTAGCACTTGTTGAGCTTCTTGACAGAACCGGCCCCGTGCTGGACAGTT
TGTCGCCAAATACCGTGAATGAGCTTCTGAGTATACTTCTCTCCTACCTCCTCGAGCGAA
GATTCATGAATTCAATACTTCCTTGGCTGCATCAGGTTGCAGACTTGAGCACTACAAATG
GAGCTAATTATCTGATTCCATCAGCAAGAAAGAGAGCTCAAGTGTTGTCTGCAATTCAGG
AGACTTCGTGCATGGGCTTTTCGAATCTTGTTGAGAGAAGAGCTGTTACTCAATTAGCAA
TGAAGTTGCGCAAACTTTGGGGAAAGTGCTCATGATCATTAGGTGTGCTGAAGTAGACAA
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DS 



AS 1 2

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ATACACTTTCTT


BQ
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AF RR3GV57TF U 1
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BS 657 972 RR3GV57JQ

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TATATTTTAGAGATAATGATGTACTTTATATTAGTAGTTATCTTAAGTACGTCGGTTGTG
ACCACCACTTGTATATATACTCTGTTTCTATGTTAATACAAGATACACTTTCTT

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

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ATGGCCTGCAAAAACTAAGAAATCCGAGAGTTTTAAAGCCTCTAAAGGGCTGGAGTCTTA
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GCTTTTTGCCTGTCACATTGTTTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTTTCAGCTTCTCTTGG
AAGTATTTGTTATTTTATATATCCACGAGATTACATGACGATCTACGTTTGATTGC


BQ
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AF RR3CI78TF U 1
AF RR3CI78JQ C 376
BS 1 655 RR3CI78TF
BS 656 1076 RR3CI78JQ

RD RR3CI78TF 655 0 0
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CAACAGAGTGCTTTAAAGTCATCTATCCATGGCTGAGACCAAACCTGAAATAGAGATGGC
AGAGGAGGAGAGGAAGATAGTAAAGATGTGCTCACCAATTTCAGAAGATGAACACAATCA
TGTTGACCAAGGAAGAACAACTTCAGTTCCAGAAAGTCTTGAGAGAAACAATAAGAAAAG
GGATGAAGACAATGCACATGAGAAGCAAATTGCAACCATTGACAAGTCTATGGATATGGC
ATGGCCTGCAAAAACTAAGAAATCCGAGAGTTTTAAAGCCTCTAAAGGGCTGGAGTCTTA
CGTGAGGAAGGGGGTACCAAAGAAAGGGGAGGGATTACTTGTGGGAGGGGTCATGGCCTT
TGTGATGGGAATCGTTGCAATGGTTAGGCTATCTAAAGACGTTCCACGCAAACTCACTGA
GGCTGCTTTATATGGAAACTCAGTTTGTTATGAGGAATCTATGTCTAAGCAAAACAAAGC
TCAATTTGCAGCACCAGTCTCAAGCTCGGAGTATATGTTGATGGTGAAACGCATGGCTGA
ATTGGAAGACAAGTGCATGTTCCTTGATTTGAAACCGGCTAATGTTGAATCTGAA

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3CI78JQ 701 0 0
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TGCAATGGTTAGGCTATCTAAAGACGTTCCACGCAAACTCACTGAGGCTGCTTTATATGG
AAACTCAGTTTGTTATGAGGAATCTATGTCTAAGCAAAACAAAGCTCAATTTGCAGCACC
AGTCTCAAGCTCGGAGTATATGTTGATGGTGAAACGCATGGCTGAATTGGAAGACAAGTG
CATGTTCCTTGATTTGAAACCGGCTAATGTTGAATCTGAAAAGGAGGAGAAACTTCAGGC
TGCGCTTAACCGTGTTCAAGTGCTTGAGCAAGAATTGACTGAGACCAAAAAGGCTTTGGA
GGAAGCCCTTGTGAGCCAGAAGGAGATTTTGGCATACATTGAGAAAAAGAAGAAGAAGAA
GAAGCTGTTTTTCGGCTTCTAAATGTGCAAAAGGAAAGAAGAAGAGATCGTGAAACAAGA
GGCTGAATCAGAGAGAGTTTGTTTGTGATTTTTTTTCTCAATTGAAGAATAGATTCATCT
TAAAAGCATCTGACTTGTACATTACTTGAAGTGAAAACTATTTGTGCTTTTTGCCTGTCA
CATTGTTTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTTTCAGCTTCTCTTGGAAGTATTTGTTATTT
TATATATCCACGAGATTACATGACGATCTACGTTTGATTGC

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

CO CL6815Contig1 775 2 2 U
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CTTCAGCAGCAGCAGCAGCAATAGGAGTAGGAGGCAGCGGTTGGTACCCTGCAAATAGTC
AATCTAACGGGTACTTGCCCACAAGAACACTGCCTCCTAGTGATCTGAACTCGAACCTGA
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CAATGGGAGGAGGGGTTTCTGCACCACCACCGCATACTGTGGCTCCAGCTGCTTCTCTTG
GGCTCTTCTCCGGGTATGGATCAGCTTCCTCGTCAGGGATAGACTGGAGCGCGGATGGGT
CGATAGGGAAATATGATTATAACAAAATTGATTGGAGTTTAGACAGAGGCCTAGCTTGTC
CGAGACAAGACCAACAAGAGTATGTGGCTGCTTCTGCATCCCCTTATGAAGCAGAGATGA
ATGGAAGGACAAGAATGAATGGGATGGGAGTAGTGCAGGAAGCTGCTTTAGTTGGGAACG
GTGGGAGGGAATGGACATCGCCGTTTGAGGGTAAAGATCTGTTTGGTTTGTCTAGACAGT
ATGTGCCTCCTTCTCTTTGAAGGTGAATGTTTGCTTCTAGAATAATAATTAAAAAAAAAA
ATGCAAGGGGAGAGAGAGAGAGATAATGGATGAATGGTATGAGTTTGTGGTTACTAGCTT
TTATCAAAAGTGTTTTCTTGCTTATTTGCTCAAATTTGGATCTTTCAAATTTCCC


BQ
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AF RR3GI20TF U 1
AF RR3GI20JQ C 303
BS 1 650 RR3GI20TF
BS 651 775 RR3GI20JQ

RD RR3GI20TF 650 0 0
GTCAGTCCGCTAATACAAATGTGTTACCTGTCTCTTCCGTGAATCCATCCTTCACCGTAG
CTTCAGCAGCAGCAGCAGCAATAGGAGTAGGAGGCAGCGGTTGGTACCCTGCAAATAGTC
AATCTAACGGGTACTTGCCCACAAGAACACTGCCTCCTAGTGATCTGAACTCGAACCTGA
TGTACCAGCAACTTCAGTATCAGCAGCAGCAATATCAAGGCCAAGGGAGCAACGGACACA
CAATGGGAGGAGGGGTTTCTGCACCACCACCGCATACTGTGGCTCCAGCTGCTTCTCTTG
GGCTCTTCTCCGGGTATGGATCAGCTTCCTCGTCAGGGATAGACTGGAGCGCGGATGGGT
CGATAGGGAAATATGATTATAACAAAATTGATTGGAGTTTAGACAGAGGCCTAGCTTGTC
CGAGACAAGACCAACAAGAGTATGTGGCTGCTTCTGCATCCCCTTATGAAGCAGAGATGA
ATGGAAGGACAAGAATGAATGGGATGGGAGTAGTGCAGGAAGCTGCTTTAGTTGGGAACG
GTGGGAGGGAATGGACATCGCCGTTTGAGGGTAAAGATCTGTTTGGTTTGTCTAGACAGT
ATGTGCCTCCTTCTCTTTGAAGGTGAATGTTTGCTTCTAGAATAATAATT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3GI20JQ 473 0 0
TTTTTT
TCCGGGTATGGATCAGCTTCCTCGTCAGGGATAGACTGGAGCGCGGATGGGTCGATAGGG
AAATATGATTATAACAAAATTGATTGGAGTTTAGACAGAGGCCTAGCTTGTCCGAGACAA
GACCAACAAGAGTATGTGGCTGCTTCTGCATCCCCTTATGAAGCAGAGATGAATGGAAGG
ACAAGAATGAATGGGATGGGAGTAGTGCAGGAAGCTGCTTTAGTTGGGAACGGTGGGAGG
GAATGGACATCGCCGTTTGAGGGTAAAGATCTGTTTGGTTTGTCTAGACAGTATGTGCCT
CCTTTTCTTTGAAGGTGAATGTTTGCTTCTAGAATAATAATTAAAAAAAAAAATGCAAGG
GGAGAGAGAGAGAGATAATGGATGAATGGTATGAGTTTGTGGTTACTAGCTTTTATCAAA
AGTGTTTTCTTGCTTATTTGCTCAAATTTGGATCTTTCAAATTTCCC

QA 7 473 7 473
DS 



AS 1 2

CO CL6816Contig1 759 2 4 U
GGATTCTCAATAGGCAAAATAAATAAAACAAACGCAAAACAATTCTGAGATGTCTCCGTT
GCCGTTGAAAGCTAATCAAGTATTGCAACATTTTACCCATATCCACCCTTTAACAAAAGT
TGACGGGGTTGGCACGTACATATGCGATGGCTGTAAAACCTTCGGCTCTGGGAGGACCTA
CCGTTGCGCCGCTTGCAACTACGATCTTCACGAGTACTGTGCCATCTGTCCCCCTACACT
CCTCAGCACTCTACATCCACACCACGAGCTCAGGTTAGTACACCAGGACAGACGTGCTTG
CGACATCTGCAAAGAATCAATCAACGGGCTGTTTTACCAATGCAAGACTTGCGGCTTCGA
CGTCCATCCACTCTGCACGCAGCTGCCTAATGAAATGATCCACAATCACGAATATACAAA
ACAAGTTCCGGTTCAAGAATCCCGTACAGTTTCGACTAGTAAAACGGTTCGGGTAATGGT
TCTAGGCGCTGGTGTTGCATGGCTTTGCATGACTGGGGATGTCTCTGGGGTCGTTTCTGC
CTTCCTTTGAAATGGCATGTTTCTTACTTCCTGCCATTATATACATGTCCCTTATTCAAT
ATAAATTTTGTACTCTACTGTTTTATACAAAGTTAATAAAAAATGTAAAGCAAAAACACC
TAAAAATAGTTTTGTGTTTATTCCGTTTTGCTTCGCCATGTGAAGCGTGAGTAACACAGA
TCATGTATTTTAAAGTTATGAATTTTAAGAGTTTTTAGC


BQ
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AF RR3EQ25TF U 1
AF RR3EQ25JQ C 359
BS 1 665 RR3EQ25TF
BS 666 666 RR3EQ25JQ
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DS 

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AAACAAGTTCCGGTTCAAGAATCCCGTACAGTTTCGACTAGTAAAACGGTTCGGGTAATG
GTTTTAGGCGCTGGTGTTGCATGGCTTTGCATGACTGGGGATGTCTCTGGGGTCGTTTCT
GCCTTCCTTTGAAATGGCATGTTTCTTACTTCCTGCCATTATATACATGTCCCTTATTCA
ATATAAATTTTGTACTCTACTGTTTTATACAAAGTTAATAAAAAATGTAAAGCAAAAACA
CCTAAAAATAGTTTTGTGTTTATTCCGTTTTGCTTCGCCATGTGAAGCGTGAGTAACACA
GATCATGTATTTTAAAGTTATGAATTTTAAGAGTTTTTAGC

QA 1 401 1 401
DS 



AS 1 2

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GCCGCCGCGAAACCAACACCACTCTCTCCTCCCCTCACTCCGATTCTCAAACAGAGGCTA
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CCGTTAACTTTCCCGACGGGTCAAACATTCCGGTGGAAGCAAACCGGACCGGCTCAGTAC
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TCGTACTGCCTCCACTGCAGCGCCGCGAGCCCTAACTCCGCCGCAGAGCTGGCGCTGCTC
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CCTCGTTTCGGTGAGGTGGCGAAGCGTCTCCGCGGCGCGCGCGTGCTGAGGCAGGATCCG
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ATGGTTGATTTCGTCTCGTCTTTGGGGTTGTATCTGGGTGAGGTTGAAGGGTTTGAGTTT
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GCTTTGTGTACGTTGCCTGATGTTGGTCCAAAGGTAGCAGCTTGCATAGCTCTGTTTTCT
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CTTGTGCCAGACCTTGCTGGTGCCAAACTGACGAATAAACTCTGCAGCCGAGTGGCAGAA
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GAGTTACCCGCACAGAAAGCTCTCTTGCAGTCCTCCAAGTCCGCCGTCCAACTGGTTAAA
TCTGCGGAGAAGAAAAAGTAACGAAGCTAGCTATGAAGCGCTTCCATAGAACATTGTATC
GCTTGACCATTTTCTCTTAGGGCATTCAAACCTTGATTTGTACTTTTTAACTCTTCTCAT
TCATGCATGTGATTGGTTTGTACTCTAAGATCTTGTGTAAGACTGCATAACTAATGATAC
CTCGCATTTTCTATGG


BQ
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AF RR3BD51TF U 1
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BS 1 740 RR3BD51TF
BS 741 1276 RR3BD51JQ

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GCCGCCGCGAAACCAACACCACTCTCTCCTCCCCTCACTCCGATTCTCAAACAGAGGCTA
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CCGTTAACTTTCCCGACGGGTCAAACATTCCGGTGGAAGCAAACCGGACCGGCTCAGTAC
AGCGGATCGATCGGTCCTCACCTCGTCTCTCTCCGCCAGCGTCCAGGAGACGACACGGTT
TCGTACTGCCTCCACTGCAGCGCCGCGAGCCCTAACTCCGCCGCAGAGCTGGCGCTGCTC
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CCTCGTTTCGGTGAGGTGGCGAAGCGTCTCCGCGGCGCGCGCGTGCTGAGGCAGGATCCG
TTGGAGTGTTTGATGCAGTTCCTGTGCTCGTCGAACAATAACATAGGGAGGATTACGAAG
ATGGTTGATTTCGTCTCGTCTTTGGGGTTGTATCTGGGTGAGGTTGAAGGGTTTGAGTTT
CATCAGTTCCCGTCGTTGGAACGGTTGTCTAGGGTTTCTGAGGATGAGCTTAGGAAGGCT
GGTTTTGGATACAGAGCGAAGTACATAACGGGTACAGTAAGTGCTTTGCAATCAAAGCCA
GGTGGTGGGGATGAATGGCT

QA 1 740 1 740
DS 

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GGTGAGGTGGCGAAGCGTCTCCGCGGCGCGCGCGTGCTGAGGCAGGATCCGTTGGAGTGT
TTGATGCAGTTCCTGTGCTCGTCGAACAATAACATAGGGAGGATTACGAAGATGGTTGAT
TTCGTCTCGTCTTTGGGGTTGTATCTGGGTGAGGTTGAAGGGTTTGAGTTTCATCAGTTC
CCGTCGTTGGAACGGTTGTCTAGGGTTTCTGAGGATGAGCTTAGGAAGGCTGGTTTTGGA
TACAGAGCGAAGTACATAACGGGTACAGTAAGTGCTTTGCAATCAAAGCCAGGTGGTGGG
GATGAATGGCTTATATCTCTACGCAAGGTGGATCTTCAAGATGCGATTGCTGCTTTGTGT
ACGTTGCCTGATGTTGGTCCAAAGGTAGCAGCTTGCATAGCTCTGTTTTCTCTTGATCAG
CATAGTGCCATTCCCGTTGACACACACGTCTGGCAGATCGCAACAAGGTACCTTGTGCCA
GACCTTGCTGGTGCCAAACTGACGAATAAACTCTGCAGCCGAGTGGCAGAAGCGTTTGTG
AGTAAATATGGGGAATATGCTGGTTGGGCTCAAACATTGCTTTTCGTTGCTGAGTTACCC
GCACAGAAAGCTCTCTTGCAGTCCTCCAAGTCCGCCGTCCAACTGGTTAAATCTGCGGAG
AAGAAAAAGTAACGAAGCTAGCTATGAAGCGCTTCCATAGAACATTGTATCGCTTGACCA
TTTTCTCTTAGGGCATTCAAACCTTGATTTGTACTTTTTAACTCTTCTCATTCATGCATG
TGATTGGTTTGTACTCTAAGATCTTGTGTAAGACTGCATAACTAATGATACCTCGCATTT
TCTATGG

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 2

CO CL6818Contig1 781 2 3 U
GATAAAAGAGACTTTTAGCTACTACTTAATAACGACACAGGGTCATTGTCTCCAACGGGA
GATGGTCGCTAATTACTCACACATTATTCCCTTTTCCCTGTACTTGCTTCTCCTCTGAAA
GAATGACTTGAGCTGTTCAACCCAATCTTTCCTGCTGGCTCCTGTTGGCCTCAAGACACT
AAAATTCGACAGAGCTCTAACAATCTCTTTGATTCTACTCTGAAGTGGAGGTAGATCTGG
TGGCCCACGAGCTTCTTCTTCTGTTAGGTATTGTTTCATTCTCACAATGGAACAGAGCAC
TGTACAATGAAAGTTTATGTACCTCGTCAGTTGGTAACCAAAACGCATCGTCTCCAGCTT
CCTTCTTGAAATCAGATTCTGAATATCGCCTTCGTCCGAGTGGGAACCCGAATCTAAATG
TTCCTCATCATCGCCGCTACCGTCCAGAAATTCATCACCCAAGAGCTCTTCACCGTCTTC
GTTCTCTTCTCCATCATCATCGGACCTTCCTCTCCATCATCAGACTCTTCGCAAATGAGT
CAAGCGAAATGCCATTACATAGCACCAGAGATCTGATTTGACTGAAAGTCATCAACTTGA
CATCTTAAAATCAAAACCTAGAACAGAAAAGTACACATAAAATCTTATTCGACTCAATGA
CGACGGCGGAGCTGATGGTGGATGGGCTCGATTCTAGCTGCAGTGACGGGGGCTGCGAGC
CTGCGATTCAGAGACTTATCAAAGTCGTTGGGGAATCAAAGCTTCGGAGACGATGATATC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3C068JQ U 67
AF RR3C068TF C 1
BS 1 74 RR3C068TF
BS 75 420 RR3C068JQ
BS 421 781 RR3C068TF

RD RR3C068JQ 354 0 0
GCTAATTA
ACTCACACATTATTCCCTTTTCCCTGTACTTGCTTCTCCTCTGAAAGAATGACTTGAGCT
GTTCAACCCAATCTTTCCTGCTGGCTCCTGTTGGCCTCAAGACACTAAAATTCGACAGAG
CTCTAACAATCTCTTTGATTCTACTCTGAAGTGGAGGTAGATCTGGTGGCCCACGAGCTT
CTTCTTCTGTTAGGTATTGTTTCATTCTCACAATGGAACAGAGCACTGTACAATGAAAGT
TTATGTACCTCGTCAGTTGGTAACCAAAACGCATCGTCTCCAGCTTCCTTCTTGAAATCA
GATTCTGAATATCGCCTTCGTCCGAGTGGGAACCCGAATCTAAATG

QA 9 354 9 354
DS 

RD RR3C068TF 781 0 0
GATAAAAGAGACTTTTAGCTACTACTTAATAACGACACAGGGTCATTGTCTCCAACGGGA
GATGGTCGCTAATTACTCACACATTAT*CCCTTTTCCCTGTACTTGCTTCTCCTCTGAAA
GAATGACTTGAGCTGTTCAACCCAATCTTTCGTGCTGGCTCCTGTTGGCCTCAAGACACT
AAAATTCGACAGAGCTCTAACAATCTCTTTGATTCTACTCTGAAGTGGAGGTAGATCTGG
TGGCCCACGAGCTTCTTCTTCTGTTAGGTATTGTTTCATTCTCACAATGGAACAGAGCAC
TGTACAATGAAAGTTTATGTACCTCGTCAGTTGGTAACCAAAACGCATCGTCTCCAGCTT
CCTTCTTGAAATCAGATTCTGAATATCGCCTTCGTCCGAGTGGGAACCCGAATCTAAATG
TTCCTCATCATCGCCGCTACCGTCCAGAAATTCATCACCCAAGAGCTCTTCACCGTCTTC
GTTCTCTTCTCCATCATCATCGGACCTTCCTCTCCATCATCAGACTCTTCGCAAATGAGT
CAAGCGAAATGCCATTACATAGCACCAGAGATCTGATTTGACTGAAAGTCATCAACTTGA
CATCTTAAAATCAAAACCTAGAACAGAAAAGTACACATAAAATCTTATTCGACTCAATGA
CGACGGCGGAGCTGATGGTGGATGGGCTCGATTCTAGCTGCAGTGACGGGGGCTGCGAGC
CTGCGATTCAGAGACTTATCAAAGTCGTTGGGGAATCAAAGCTTCGGAGACGATGATATC
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL6819Contig1 1256 2 2 U
TTGTAAGAGATTGTCTTGTCTTCCGTCTCTACCTTCCATCTCACCCGATCTTTTCGGAGA
ATCAACTTCCAATTTGCCTCTGATTCGTTCCTCGAATCAATAATCAATCACCTGGAGCCA
ATCTCCAAGCTCATGATCTCCAATTTAGACTGGTGATGGCTTGTAAAGAAGATACTAATG
CAGCAGCAGCACAAGATGAAGAAGCCACTGAGATATGGAAGGGTGAATTGGAATCTCGTC
GGTGTCAGGTAGATAGTTTAGAAGCTGAGCTTTTGGATGTCAAAGCTGCTTACCTTGACT
TTGGTTCAGAAGATGACGCCAGGAAGGAGTTAGGTCTTCTTTCCGGTAGGGTGAGAGCTA
CTGCAGTAATGTTGCGCTATTTGAGATCAAAAGCTAGACTCTTGGCCATTCCTGATCATC
TACCTCAAGTGGAACTGAAAGGACTAGACTTTCTTGGTTCTTCGTCTTCTTGTGAAGAGG
ATGGAGCTTATACCAGCGAGATGCTCCAGTCCATAGATATGGTTACCGGTGTGCTGGAGT
CTCTTGTTGGGAGAGTTACAGCTGCAGAGTCCGAGACGGCTGTTCAGAAGGAGATGGCAC
TTCTGGGAGAGGAGGAACTTAGTAGGAAGGCAGTCCAGATCGAGAATCTGTCTTTGAAAC
TACAGGAGATGGAGAGATTTGCTCACGGGACTAACGGTGTTCTGAGCGAAATGAGGGAAA
GGATCGAGGAACTAGTTGAAGAGACGATGAGACAGAGGGAAAAAGCTGTTGAAAATGAAG
AGGAGCTGTGTCGTGTGAAGAGAGAGTTCGAGTCTCTTAAAAGCTATGTCAGTACTTTTA
CCAGCGTTAGAGAAACACTTCTTTCTTCCGAGAGACAATTCAAAACCATCGAAGAGCTCT
TTGAACGGTTGGTGACTAAGACGACACAACTAGAGGGGGAGAAGGCGCAAAAGGAGGTTG
AAGTTCAGAAACTGATGGAAGAGAATGTGAAGCTGACGGCACTTCTTGACAAGAAAGAAG
CTCAGCTTCTAGCTTTGAATGAACAATGCAAAGTCATGGCTTTAAGTGCATCAGACATCT
GAAACAATTGGCTTATATCTTGTCCAGCGTTGTTTTTTTTTGGCTCTTCAGATTGTTGCA
AAGCTTCTTAACTTTAATGGTCTTTTGTTTCAGAGAGAACATTCTTGTGAGACTTTTATC
TGTAAATTTATTAAGGCTTGTGCAAAAGCAAAGATAAACCCACCAAAGGTTGAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A011TF U 1
AF RR3A011JQ C 533
BS 1 753 RR3A011TF
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ATCTCCAAGCTCATGATCTCCAATTTAGACTGGTGATGGCTTGTAAAGAAGATACTAATG
CAGCAGCAGCACAAGATGAAGAAGCCACTGAGATATGGAAGGGTGAATTGGAATCTCGTC
GGTGTCAGGTAGATAGTTTAGAAGCTGAGCTTTTGGATGTCAAAGCTGCTTACCTTGACT
TTGGTTCAGAAGATGACGCCAGGAAGGAGTTAGGTCTTCTTTCCGGTAGGGTGAGAGCTA
CTGCAGTAATGTTGCGCTATTTGAGATCAAAAGCTAGACTCTTGGCCATTCCTGATCATC
TACCTCAAGTGGAACTGAAAGGACTAGACTTTCTTGGTTCTTCGTCTTCTTGTGAAGAGG
ATGGAGCTTATACCAGCGAGATGCTCCAGTCCATAGATATGGTTACCGGTGTGCTGGAGT
CTCTTGTTGGGAGAGTTACAGCTGCAGAGTCCGAGACGGCTGTTCAGAAGGAGATGGCAC
TTCTGGGAGAGGAGGAACTTAGTAGGAAGGCAGTCCAGATCGAGAATCTGTCTTTGAAAC
TACAGGAGATGGAGAGATTTGCTCACGGGACTAACGGTGTTCTGAGCGAAATGAGGGAAA
GGATCGAGGAACTAGTTGAAGAGACGATGAGAC

QA 1 753 1 753
DS 

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TACTTTTACCAGCGTTAGAGAAACACTTCTTTCTTCCGAGAGACAATTCAAAACCATCGA
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GGAGGTTGAAGTTCAGAAACTGATGGAAGAGAATGTGAAGCTGACGGCACTTCTTGACAA
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AGACATCTGAAACAATTGGCTTATATCTTGTCCAGCGTTGTTTTTTTTTGGCTCTTCAGA
TTGTTGCAAAGCTTCTTAACTTTAATGGTCTTTTGTTTCAGAGAGAACATTCTTGTGAGA
CTTTTATCTGTAAATTTATTAAGGCTTGTGCAAAAGCAAAGATAAACCCACCAAAGGTTG
AACG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

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TACCACAGTTGGATGCAGGATCCTGCGCTTCTCGAAGCTACTGGATCTGAGCCGTTGAGT
CTGGAGCAGGAGTATGAGATGCAAATCTCTTGGACCCAAGATCCCAATAGTACTATGAAC
TACCCTTGACTCTTTATTTACATCTCTTACCTATTCCATATTCTTTTATTAAAAGTTGAT
CACTTTCATGTGTTAAACTCAATTAGCGTTTTAGGTTTTCTTTCCAGAATCTCAATGTTG
ACTTTGTTATCATCTGGGTTTTGATTATTACTCATGATTCTGTATTTTGAGTTTTGTACT
CTTTAGTCTTTAGTAAGTTTGATGTCACTAATCCTCCAAGTGTGTTGACTGTTCTGATGT
TAGCCATATAGCTTCTTATCAAGTACATTTAGTAGATAGATTCATGACGTTATTATGTAC
ATGTAAAAGTTCGTAATGCTTCTGTTGTCGTTGTTTCTTATGATTGCAGAGCGGACTTTC
ATTGTGTTGGACAAAGATTTCATAGAGGGAGACTTGGCTCATGGCGAACCTCATGTAGAA
GCCATGACGGGTGATGTGAACATTTACATGAACGATGTGGATGATCCTAAAGTTGCAGAG
GTGGAAATAATGATAGCTGAGCCCACAAGCCGTGGTAAAGGAATAGGAAAGGAATCTGTG
TTGATGATGATGGCTTATGCTGTCAAGAACTTGGAGATTCACAAGTTTACAGCCAAGATT
GGGGACTCAAACACGGCTTCCCTCACCTTATTCCGCAAACTGGGTTTCGAGGACACTTCT
CACAGTGAAATCTTCAAAGAGGTTACACTAGAGTACACGGTGACAAATCTCCATAGAGCA
GAGCTTTTGAAGTCATTGGATGATGTCATCACGCACACTCGTTCATCTGACAGTCCATCA
GATTCGCTGCCAGCAGGGAAAGCTATTGCATAGAGCCTTGGTTCAATGCTTATTATTGTT
GAAAGAAAAGACAATATAATTTACCGTGTCTGAGCCTAAACAAAATGATGGTAGCACAAT
AATATATATGGACTTTTATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV65TF U 1
AF RR3AV65JQ C 409
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DS 

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AAGGTTGCAGAGGTGGAAATAATGATAGCTGAGCCCACAAGCCGTGGTAAAGGAATAGGA
AAGGAATCTGTGTTGATGATGATGGCTTATGCTGTCAAGAACTTGGAGATTCACAAGTTT
ACAGCCAAGATTGGGGACTCAAACACGGCTTCCCTCACCTTATTCCGCAAACTGGGTTTC
GAGGACACTTCTCACAGTGAAATCTTCAAAGAGGTTACACTAGAGTACACGGTGACAAAT
CTCCATAGAGCAGAGCTTTTGAAGTCATTGGATGATGTCATCACGCACACTCGTTCATCT
GACAGTCCATCAGATTCGCTGCCAGCAGGGAAAGCTATTGCATAGAGCCTTGGTTCAATG
CTTATTATTGTTGAAAGAAAAGACAATATAATTTACCGTGTCTGAGCCTAAACAAAATGA
TGGTAGCACAATAATATATATGGACTTTTATGG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

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TTTTTTTTTTTTTGAGCCGAAAGAAGGAAATGATTTTCAAAAGGGTAAAAAAAAGTTTCT
TCTCTACTACTCTAAGCTCTTGTGTTGTTGCTTGTTCTTGATAGCAAGTTCTTTCACCAG
CTTCCTTAGTTGCCTCATGCTTATGTCTTTAAGGCTCTCTTCATCAATCGTGTTCTTCTT
CTTCTTAGTCTCGGCCTCTGCTTCTCTCTCTCCATTGGACTCAAAAACCATCTCCTCCTC
CTCAACATCCTCCTTGTTCTTCGTGTTCTTGTCTTCAACAAGATTCAGTGAGGTATTTGT
CTCTTTACCCGCAAGAACTGAAACAGGAGCCTCTTCCGATTCAGAATCTATCATCTCACC
AGTTGTCAAACTCTTTTCATCTATCTCGCTTATCTCATAATCGGACCATTCATCGCTGTC
TGATTCTTGAGGTGAGGAAGCCCGAGTCTTCTTGTCTGAAACTATAGCCACCTCTGATTC
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TGCTGGGACAATAGTGTCTACCTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CY06JQ U 151
AF RR3CY06TF C 1
BS 1 152 RR3CY06TF
BS 153 394 RR3CY06JQ
BS 395 395 RR3CY06TF
BS 396 513 RR3CY06JQ
BS 514 805 RR3CY06TF

RD RR3CY06JQ 363 0 0
AA
AAATAGAAATTTGATTTGAAACTCTGTTTAGGTTTCTTGAAAGAAGAAAAAACAGAATAT
AATGTAATAAAACAAAAGAAGCTAACAGTTTTTTTTTTTTTGAGCCGAAAGAAGGAAATG
ATTTTCAAAAGGGTAAAAAAAAGTTTCTTCTCTACTACTCTAAGCTCTTGTGTTGTTGCT
TGTTCTTGATAGCAAGTTCTTTCACCAGCTTCCTTAGTTGCCTCATGCTTATGTCTTTAA
GGGTCTCTTCATCAATCGTGTTCTTCTTCTTCTTAGTCTCGGCCTCTGCTTCTCTCTCTC
CATTGGACTCAAAAACCATCTCCTCCTCCTCAACATCCTCCTTGTTCTTCGTGTTCTTGT
C

QA 3 363 3 363
DS 

RD RR3CY06TF 805 0 0
TCCAAAGTTACTTTACAAACCTGATTCCAAATTTTAAAAAACAACAGATACTAATGTGCC
CGTGAAACACCAACAGGAGATCCTTGCGGTTTCTTGTGAGATGAGGTGATTGAACAGACA
GCTCAAATCGAGATTCAAACAAAGTAGAGAAGAAATAGAAATTTGATTTGAAACTCTGTT
TAGGTTTCTTGAAAGAAGAAAAAACAGAATATAATGTAATAAAACAAAAGAAGCTAACAG
TTTTTTTTTTTTTGAGCCGAGAGAAGGAAATGATTTTCAAAAGGGTAAAAAATAGTTTCT
TCTCTACTACTCTAAGCTCTTGTGTTGTTGCTTGTTCTTGATAGCAAGTTCTTTCACCAG
CTTCGTTAGTTGCCTCATGCTTATGTCTTTAAGGCTCTCTTCATCAATCGTGTTCTTCTT
CTTCTTAGTCTCGGCCTCTGCTTCTCTCTCTCCATTGGACTCAAGAACCATCTCCTCCTC
CTCAACATCCTCCTTGTTCTTCGTGTTCTTGTCTTCAACAAGATTCAGTGAGGTATTTGT
CTCTTTACCCGCAAGAACTGAAACAGGAGCCTCTTCCGATTCAGAATCTATCATCTCACC
AGTTGTCAAACTCTTTTCATCTATCTCGCTTATCTCATAATCGGACCATTCATCGCTGTC
TGATTCTTGAGGTGAGGAAGCCCGAGTCTTCTTGTCTGAAACTATAGCCACCTCTGATTC
ATCATCATCCATCAGTTCATCAGTCTCGCTACTTTCTTCTGATTCTTCAGCCTGCAGAAC
TGCTGGGACAATAGTGTCTACCTTC

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL6822Contig1 883 2 2 U
GGACTCACTCCTCTCCTACAAAACCTAAACGTTTTCTTTTCTCAAAGCAAGCAAAAAAGT
CATGGCAGAAGCGTCTACTTTGGCGGGGAAGCTTGAGACAGATGTGGAGATCAAAGCTTC
TGCTGGAAAGTTCCATCACATGTTCGCAGGAAGACCACACCATGTGTCAAAAGCAACTCC
AGGGAACATTCAGAATTGTGAGCTACATGAAGGCGACTGGGGCAAAGTCGGTTCAGTTGT
CATCTGGAAATACGTTCATGGCAAGCCAACTTTAAATATATAATCTATTTTTACAATACA
TACAATGGATTTCGTACTAATGAAAAGAAATTGTTTAAGACAGAAATTACGTTATATATA
CGTATACGTTTATGATTTTGAAAATAACATTCATGTTGATTCGTAAAAGACCAAACCTAT
ACAAATAAAGTTTAAACAATTGGTGCAGATGGAGAGGCAAAGGTGGCTAAGGAGAGGGTC
GAGGCGGTGGAGCCAGAGAAGAACCTGATCGCGTTCAGGGTTATAGAAGGAGATTTGTTG
AAAGAGTACAAAAGCTTTGTGATCACCATCCAGGTGACCCCTAAGCATGGAGGGCCCGGT
AGTGTTGTGCATTGGCACCTTGTACGAAAAAATTAGCGATGAGGTTTTTCACCCTGAAAC
TTTCCTCCAGTTTTGTGTTGAAATCTCAAAAGAGATCGATGAACATTTCTTGAACGAAGA
ATAAAGGACCACTCCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCAGTGTGGCCTCTTTCAGTAT
TTGATGAAACCAAAATATATAATGTGCTGGTGTCCTAGTTTGGGTAAGAGATATATGTTG
GCGTGTGTCACGCGTGTATGCATAATACTATTATGGTCGAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C550TF U 1
AF RR3C550JQ C 156
BS 1 496 RR3C550TF
BS 497 883 RR3C550JQ

RD RR3C550TF 496 0 0
GGACTCACTCCTCTCCTACAAAACCTAAACGTTTTCTTTTCTCAAAGCAAGCAAAAAAGT
CATGGCAGAAGCGTCTACTTTGGCGGGGAAGCTTGAGACAGATGTGGAGATCAAAGCTTC
TGCTGGAAAGTTCCATCACATGTTCGCAGGAAGACCACACCATGTGTCAAAAGCAACTCC
AGGGAACATTCAGAATTGTGAGCTACATGAAGGCGACTGGGGCAAAGTCGGTTCAGTTGT
CATCTGGAAATACGTTCATGGCAAGCCAACTTTAAATATATAATCTATTTTTACAATACA
TACAATGGATTTCGTACTAATGAAAAGAAATTGTTTAAGACAGAAATTACGTTATATATA
CGTATACGTTTATGATTTTGAAAATAACATTCATGTTGATTCGTAAAAGACCAAACCTAT
ACAAATAAAGTTTAAACAATTGGTGCAGATGGAGAGGCAAAGGTGGCTAAGGAGAGGGTC
GAGGCGGTGGAGCCAG

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3C550JQ 728 0 0
CACACCATGTGTCAAAAGCAACTCCAGGGAACATTCAGAATTGTGAGCTACATGAAGGCG
ACTGGGGCAAAGTCGGTTCAGTTGTCATCTGGAAATACGTTCATGGCAAGCCAACTTTAA
ATATATAATCTATTTTTACAATACATACAATGGATTTCGTACTAATGAAAAGAAATTGTT
TAAGACAGAAATTACGTTATATATACGTATACGTTTATGATTTTGAAAATAACATTCATG
TTGATTCGTAAAAGACCAAACCTATACAAATAAAGTTTAAACAATTGGTGCAGATGGAGA
GGCAAAGGTGGCTAAGGAGAGGGTCGAGGCGGTGGAGCCAGAGAAGAACCTGATCGCGTT
CAGGGTTATAGAAGGAGATTTGTTGAAAGAGTACAAAAGCTTTGTGATCACCATCCAGGT
GACCCCTAAGCATGGAGGGCCCGGTAGTGTTGTGCATTGGCACCTTGTACGAAAAAATTA
GCGATGAGGTTTTTCACCCTGAAACTTTCCTCCAGTTTTGTGTTGAAATCTCAAAAGAGA
TCGATGAACATTTCTTGAACGAAGAATAAAGGACCACTCCTCGTGTGTGTGTGTGTGTGT
GTGTCAGTGTGGCCTCTTTCAGTATTTGATGAAACCAAAATATATAATGTGCTGGTGTCC
TAGTTTGGGTAAGAGATATATGTTGGCGTGTGTCACGCGTGTATGCATAATACTATTATG
GTCGAGAT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL6823Contig1 1226 2 12 U
GGGCGAAGAGATCGTTTCTTTGTGATTCATTGATGAATTGAAGGAACCTGATTTCAAAAT
TCGAAGATCTACAAAACTTAGAGATGATGGAGGGAGACAAGGAAAGGGTGTTTCATTCAT
CATCTTCTTTTTCGTCCTCTGCCGCGTCGTCGCTCGCAGCGAAGGCGATTAGAGCATCTT
CTGCGCATAGAGACTCCTCTCTTTCCTCCGCCTACTCTTCTCCTCCCGTTCCCACTCCCC
CAAAGGAGGTGGTGAAGAAGGCTCATGAGTATACTTCTATGAAAAGTTTGAACGAACAAC
CAAAAAGAGGCTTTTGGGGAAGTCTAGCTAGTAAAGCAAAGGCTCTCTTAGATGAGGATC
ATCCTCAACAACCACCCACGAGAACAGAGGATCACAGCAACATGCCTTCTTCTTCCACTT
CAGAAACTAAGGAAGGTGGTAGGAAAACAGAGAACCCTTCATTACAGAGAAGCTTAGATG
CCATCACTTCTTCCTTTAACTACATTGGCACTGCTGTTGAGGAGGGTATCACAGCTGTGG
AGAATCGTACGGCTGGCATCATTCAAGAAACTCGTAAAAAGATTAAGAAAAAGCCTAGTC
TTCCGCGGAAGAACCCTGAGATCCAAGCCGATTTGGAGATTCAACTCAAGGCTTCTCGCG
ACGTAAGGTTGCAATGGCCATGGCTGCCAAGGCAAAGCTTCTCCTTAGGGAGTTGAAGAT
GGTGAAATCCGATCTGGCCTTCGCAAAGCAACGATGCGCTCAGCTCGAAGAAGAGAACAA
GGTTCTGAGGGAGAATCACAACGGCGAAAACAGCCAAACGGATAACGATGATCTGGTACG
ACTTCAACTAGAGACGTTATTGGCTGAGAAGGCTCGGTTAGCTCACGAGAACTCGATATA
CACACGCGAAAATCTCTATCTGAGAGGTGTGGTCGAATACCACCAGCTCACGATGCAAGA
TGTGGTCTATTTCGATGAGAGGACTGAAGAAGTAACTGAGGTATATCCCGTTAGTTTCAC
TTCAGTGTCTTCTTCATCAGATATCTCTCGCACTCCTCCAAACCCACAAGTCTTGGAGTT
CAAGTGAGACCCACTGTTTACTCTCTTCTTGTAGTGATTCAGACAACAAAGACAGATCGT
TTGTCTGTAACCGCTCTGTAGAAACATATGTACATTGTATTCTCTTCTCATTCAGGGTGG
GGGTAGTTATGAATGTTATTTATACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E162TF U 1
AF RR3E162JQ C 572
BS 1 650 RR3E162TF
BS 651 651 RR3E162JQ
BS 652 667 RR3E162TF
BS 668 668 RR3E162JQ
BS 669 691 RR3E162TF
BS 692 692 RR3E162JQ
BS 693 709 RR3E162TF
BS 710 710 RR3E162JQ
BS 711 750 RR3E162TF
BS 751 751 RR3E162JQ
BS 752 769 RR3E162TF
BS 770 1226 RR3E162JQ

RD RR3E162TF 773 0 0
GGGCGAAGAGATCGTTTCTTTGTGATTCATTGATGAATTGAAGGAACCTGATTTCAAAAT
TCGAAGATCTACAAAACTTAGAGATGATGGAGGGAGACAAGGAAAGGGTGTTTCATTCAT
CATCTTCTTTTTCGTCCTCTGCCGCGTCGTCGCTCGCAGCGAAGGCGATTAGAGCATCTT
CTGCGCATAGAGACTCCTCTCTTTCCTCCGCCTACTCTTCTCCTCCCGTTCCCACTCCCC
CAAAGGAGGTGGTGAAGAAGGCTCATGAGTATACTTCTATGAAAAGTTTGAACGAACAAC
CAAAAAGAGGCTTTTGGGGAAGTCTAGCTAGTAAAGCAAAGGCTCTCTTAGATGAGGATC
ATCCTCAACAACCACCCACGAGAACAGAGGATCACAGCAACATGCCTTCTTCTTCCACTT
CAGAAACTAAGGAAGGTGGTAGGAAAACAGAGAACCCTTCATTACAGAGAAGCTTAGATG
CCATCACTTCTTCCTTTAACTACATTGGCACTGCTGTTGAGGAGGGTATCACAGCTGTGG
AGAATCGTACGGCTGGCATCATTCAAGAAACTCGTAAAAAGATTAAGAAAAAGCCTAGTC
TTCCGCGGAAGAACCCTGAGATCCAAGCCGATTTGGAGATTCAACTCAAG*CTTCTCGCG
ACGTAAG*TTGCAATGGCCATGGCTGCCAAG*CAAAGCTTCTCCTTAGG*AGTTGAAGAT
GGTGAAATCCGATCTGGCCTTCGCAAAGCA*CGATGCGCTCAGCTCGAA
AAGA

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3E162JQ 655 0 0
TCGTAAAAAGATTAAGAAAAAGCCTAGTCTTCCGCGGAAGAACCCTGAGATCCAAGCCGA
TTTGGAGATTCAACTCAAGGCTTCTCGCGACGTAAGGTTGCAATGGCCATGGCTGCCAAG
GCAAAGCTTCTCCTTAGGGAGTTGAAGATGGTGAAATCCGATCTGGCCTTCGCAAAGCAA
CGATGCGCTCAGCTCGAAGAAGAGAACAAGGTTCTGAGGGAGAATCACAACGGCGAAAAC
AGCCAAACGGATAACGATGATCTGGTACGACTTCAACTAGAGACGTTATTGGCTGAGAAG
GCTCGGTTAGCTCACGAGAACTCGATATACACACGCGAAAATCTCTATCTGAGAGGTGTG
GTCGAATACCACCAGCTCACGATGCAAGATGTGGTCTATTTCGATGAGAGGACTGAAGAA
GTAACTGAGGTATATCCCGTTAGTTTCACTTCAGTGTCTTCTTCATCAGATATCTCTCGC
ACTCCTCCAAACCCACAAGTCTTGGAGTTCAAGTGAGACCCACTGTTTACTCTCTTCTTG
TAGTGATTCAGACAACAAAGACAGATCGTTTGTCTGTAACCGCTCTGTAGAAACATATGT
ACATTGTATTCTCTTCTCATTCAGGGTGGGGGTAGTTATGAATGTTATTTATACC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL6824Contig1 816 2 3 U
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TCGCGCGGGAGACAAGTCACGAGGAAGAGAGGAAGGCAGGATGACGATAAGTGGGAGCAT
GATCTTTTTGATGATGACAACAAGCCTCGAGTTTCAAATCGCAAGGTTGACCCTAGAGAT
CTCCGCTTGAAGCTCCAGAAGAAAAATCATGGCTTGCAGAGTCGGCTTGGTGGAGCTAGT
TTGGGGGAGCGTGATCTGCGTGAGAAGCTATCCGGGGCAAAGAATGCACCACTAAGGAAC
AGTAACTTACAAAAATCTACAAGGGAGGCTATTAGTCCAGCCGTAAAGAACGGTTCAGGT
GAAACCAAATCTGAGACCAGAGCAGCTTTGAACGGAGCTACCAAGAAGAAACCACAGCAG
GCTGGTACCTCAGTGGATAGCTTCCTGGAATCATTGGGTCTCGAGAAATATTCAACCTCG
TTTCAAGTGGAAGAAGTTGATATGGATGCTCTGATGCATATGACAGATGATGACCTCAAA
GCTATGCTCATACCAATGGGGACCCAGGAAGAAGATACTTCTTGCTTTGGGATCTAAACG
TTGATAGATTTGCTTCTTGCTTCAAAGCTCTTAGGTGAATGATTGTCAGAAAGACCCTGA
ACTTTTCTTTTTCAATGTCCCTTTTTGGTTTCTCTTATGTATCTCAAGAGACGAAAGTAG
GTCGCGTTTTGAGATTAAAACAGTTGTAACAGAGAAAAAGCACTGATGTTGAAAGACTGA
AAAAGTAAGTTGGAATGGGGAAAAAGCGTTCTGAGC


BQ
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AF RR3BI29JQ C 1
AF RR3BI29TF U 1
BS 1 758 RR3BI29TF
BS 759 759 RR3BI29JQ
BS 760 816 RR3BI29TF

RD RR3BI29JQ 816 0 0
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TCGCGCGGGAGACAAGTCACGAGGAAGAGAGGAAGGCAGGATGACGATAAGTGGGAGCAT
GATCTTTTTGATGATGACAACAAGCCTCGAGTTTCAAATCGCAAGGTTGACCCTAGAGAT
CTCCGCTTGAAGCTCCAGAAGAAAAATCATGGCTTGCAGAGTCGGCTTGGTGGAGCTAGT
TTGGGGGAGCGTGATCTGCGTGAGAAGCTATCCGGGGCAAAGAATGCACCACTAAGGAAC
AGTAACTTACAAAAATCTACAAGGGAGGCTATTAGTCCAGCCGTAAAGAACGGTTCAGGT
GAAACCAAATCTGAGACCAGAGCAGCTTTGAACGGAGCTACCAAGAAGAAACCACAGCAG
GCTGGTACCTCAGTGGATAGCTTCCTGGAATCATTGGGTCTCGAGAAATATTCAACCTCG
TTTCAAGTGGAAGAAGTTGATATGGATGCTCTGATGCATATGACAGATGATGACCTCAAA
GCTATGCTCATACCAATGGG*ACCCAGGAAGAAGATACTTCTTGCTTTGGGATCTAAACG
TTGATAGATTTGCTTCTTGCTTCAAAGCTCTTAGGTGAATGATTGTCAGAAAGACCCTGA
ACTTTTCTTTTTCAATGTCCCTTTTTGGTTTTTCTTATGTATCTCAAGAGACGAAAGTAG
GTCGCGTTTTGAGATTAAAACAGTTGTAACAGAGAAAAAGCACTGATGTTGAAAGACTGA
AAAAGTAAGTTGGAATGGGGAAAAAGCGTTCTGAGC

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3BI29TF 816 0 0
GGGAATGTAAGCAAGAATACGGTGAAGAACCGTCTCAATGGCGGCTCTGGAGACTTGTCT
TCGCGCGGGAGACAAGTCACGAGGAAGAGAGGAAGGCAGGATGACGATAAGTGGGAGCAT
GATCTTTTTGATGATGACAACAAGCCTCGAGTTTCAAATCGCAAGGTTGACCCTAGAGAT
CTCCGCTTGAAGCTCCAGAAGAAAAATCATGGCTTGCAGAGTCGGCTTGGTGGAGCTAGT
TTGGGGGAGCGTGATCTGCGTGAGAAGCTATCCGGGGCAAAGAATGCACCACTAAGGAAC
AGTAACTTACAAAAATCTACAAGGGAGGCTATTAGTCCAGCCGTAAAGAACGGTTCAGGT
GAAACCAAATCTGAGACCAGAGCAGCTTTGAACGGAGCTACCAAGAAGAAACCACAGCAG
GCTGGTACCTCAGTGGATAGCTTCCTGGAATCATTGGGTCTCGAGAAATATTCAACCTCG
TTTCAAGTGGAAGAAGTTGATATGGATGCTCTGATGCATATGACAGATGATGACCTCAAA
GCTATGCTCATACCAATGGGGACCCAGGAAGAAGATACTTCTTGCTTTGGGATCTAAACG
TTGATAGATTTGCTTCTTGCTTCAAAGCTCTTAGGTGAATGATTGTCAGAAAGACCCTGA
ACTTTTCTTTTTCAATGTCCCTTTTTGGTTTCTCTTATGTATCTCAAGAGACGAAAGTAG
GTCGCGTTTTGAGATTAAAACAGTTGTAACAGAGAAAA*GCACTGATGTTGAAAGACTGA
AAAAGTAAGTTGGAATGGGGAAAAAGCGTTCTGAGC

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL6825Contig1 340 2 1 U
GGAGGCCTGCAAGAACTTTAGAACACACACAAAAAAAACTAAGTAAAAAGAAGAAAAAGC
CTTCCAGGTCTCAACAATGGAGATGAAGAAGATCGCTTGTGGTGTGCTTTTCGCTGCTGC
CTCCATGACCGCCGTCATGGCTATTGAGGAAGCCGGAGCTCCGGCTCCAGGACCCTCATC
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ATTCAGCTACTACTTGCACTAAGCTATATCTTCATTATGTAATAATACTATTTATGTGAT
CTTTTTCATTTCCTACCTATTTCCATTTCACTTGTTTATT


BQ
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AF RR3DG38JQ C 1
AF RR3DG38TF U 1
BS 1 340 RR3DG38TF

RD RR3DG38JQ 340 0 0
GGAGGCCTGCAAGAACTTTAGAACACACACAAAAAAAACTAAGTAAAAAGAAGAAAAAGC
CTTCCAGGTCTCAACAATGGAGATGAAGAAGATCGCTTGTGGTGTGCTTTTCGCTGCTGC
CTCCATGACCGCCGTCATGGCTATTGAGGAAGCCGGAGCTCCGGCTCCAGGACCCTCATC
CGCCGCCTCGGTTTCATTGCCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGTGTCCCT
ATTCAGCTACTACTTGCACTAAGCTATATCTTCATTATGTAATAATACTATTTATGTGAT
CTTTTTCATTTCCTACCTATTTCCATTTCACTTGTTTATT

QA 1 340 1 340
DS 

RD RR3DG38TF 340 0 0
GGAGGCCTGCAAGAACTTTAGAACACACACAAAAAAAACTAAGTAAAAAGAAGAAAAAGC
CTTCCAGGTCTCAACAATGGAGATGAAGAAGATCGCTTGTGGTGTGCTTTTCGCTGCTGC
CTCCATGACCGCCGTCATGGCTATTGAGGAAGCCGGAGCTCCGGCTCCAGGACCCTCATC
CGCCGCCTCGGTTTCATTGCCGGCTCTTGGCTCTTTGGTTGGGGCTTCCCTTGTGTCCCT
ATTCAGCTACTACTTGCACTAAGCTATATCTTCATTATGTAATAATACTATTTATGTGAT
CTTTTTCATTTCCTACCTATTTCCATTTCACTTGTTTATT

QA 1 340 1 340
DS 



AS 1 2

CO CL6826Contig1 845 2 2 U
ATGTGGTTACGAAAGCTTCGATCGAAATGTCGCAATCGAACTCGACACCTTCTTCGGTTG
TTGTTGTCAATTCATCAAGTAAGCAGCAAAAGGGTCCCATCATCGTGATTGATAACTACG
ACAGCTTCACCTACAATCTCTGCCAGTATATGGGAGAGCTAGGATGCCATTTTGAGGTTT
ACCGCAATGATGAACTTACCGTAGAGGAGCTGAAAAGCAAAAATCCAAGAGGGGTTCTGA
TTTCTCCTGGGCCTGGAACCCCACAAGACTCTGGGATTTCCTTACAAACTGTTTTGGAAC
TCGGTCCACATGTTCCTTTGTTTGGAGTATGTAAGGGTTTGCAGTGTATAGGAGAAGCAT
TTGGAGGAAAGATCGTGCGGTCACCATATGGTGTAATGCATGGGGAAAAGCTCCATGGTT
CACTATGATGAGAAAGGAGAAGATGGCTTGTTCTCTGGATTATCCAACCCTTTCCTTGTA
GGTAGATATCACAGTCTCGTGATCGAAAAAGATACGTTTCCTAGTGATGAACCAGAGGTT
ACTGCGTGGACAGAAGATGGTTTGGTTATGGCAGCCCGACACAGGAAGCACAAGCATATA
CAGGGAGTTCAGTTCCATCCGGAGAGTATTATAACAACTGAAGGAAAGACAATTGTCCGC
AACTTCATCAAACTTGTAGAGAAGAAAGAGACTGAGAAGTTGACTTGAGGGATTTCCTCA
GTCAGAAAACATGAAGTTGTGTTCCTGTAATAAAGTTTGCCAGTGCAAAATGTTCCTTGT
CATCTTCACATTATTTCTATCACAGAGTTTCGATTGATGCAACTTCTTTAGCAAAATTTG
TATTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR3A573TF U 1
AF RR3A573JQ C 135
BS 1 479 RR3A573TF
BS 480 845 RR3A573JQ

RD RR3A573TF 479 0 0
ATGTGGTTACGAAAGCTTCGATCGAAATGTCGCAATCGAACTCGACACCTTCTTCGGTTG
TTGTTGTCAATTCATCAAGTAAGCAGCAAAAGGGTCCCATCATCGTGATTGATAACTACG
ACAGCTTCACCTACAATCTCTGCCAGTATATGGGAGAGCTAGGATGCCATTTTGAGGTTT
ACCGCAATGATGAACTTACCGTAGAGGAGCTGAAAAGCAAAAATCCAAGAGGGGTTCTGA
TTTCTCCTGGGCCTGGAACCCCACAAGACTCTGGGATTTCCTTACAAACTGTTTTGGAAC
TCGGTCCACATGTTCCTTTGTTTGGAGTATGTAAGGGTTTGCAGTGTATAGGAGAAGCAT
TTGGAGGAAAGATCGTGCGGTCACCATATGGTGTAATGCATGGGGAAAAGCTCCATGGTT
CACTATGATGAGAAAGGAGAAGATGGCTTGTTCTCTGGATTATCCAACCCTTTCCTTGT

QA 1 479 1 479
DS 

RD RR3A573JQ 711 0 0
AATCTCTGCCAGTATATGGGAGAGCTAGGATGCCATTTTGAGGTTTACCGCAATGATGAA
CTTACCGTAGAGGAGCTGAAAAGCAAAAATCCAAGAGGGGTTCTGATTTCTCCTGGGCCT
GGAACCCCACAAGACTCTGGGATTTCCTTACAAACTGTTTTGGAACTCGGTCCACATGTT
CCTTTGTTTGGAGTATGTAAGGGTTTGCAGTGTATAGGAGAAGCATTTGGAGGAAAGATC
GTGCGGTCACCATATGGTGTAATGCATGGG*AAAAGCTCCATGGTTCACTATGATGAGAA
AGGAGAAGATGGCTTGTTCTCTGGATTATCCAACCCTTTCCTTGTAGGTAGATATCACAG
TCTCGTGATCGAAAAAGATACGTTTCCTAGTGATGAACCAGAGGTTACTGCGTGGACAGA
AGATGGTTTGGTTATGGCAGCCCGACACAGGAAGCACAAGCATATACAGGGAGTTCAGTT
CCATCCGGAGAGTATTATAACAACTGAAGGAAAGACAATTGTCCGCAACTTCATCAAACT
TGTAGAGAAGAAAGAGACTGAGAAGTTGACTTGAGGGATTTCCTCAGTCAGAAAACATGA
AGTTGTGTTCCTGTAATAAAGTTTGCCAGTGCAAAATGTTCCTTGTCATCTTCACATTAT
TTCTATCACAGAGTTTCGATTGATGCAACTTCTTTAGCAAAATTTGTATTA

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL6827Contig1 617 2 6 U
GGGTGCGTAGGTGTATGTCGGTTCAGTTCTATTCTATTCTTTAAAAAACTTTCTCTCTCT
CTACACTCTTCTTCACTCTCCTCTGCTTTTTTAAATTTTCTGATCTCTCTGTTTCCCGAA
GAGACGCGATCAATCTCAAACCCTAGCGATTCTGATCATAGGAAGTGGAGAAATGCTAGA
TCACAGCGAGAAGGATTCGGAGAGAAGAAGAGGTGGAGAGGATGTGATCGAACAGAACAA
GGCTTGTTGTAACGACAAGAAGACTTGCGCCGATTGTGGTACAAGCAAAACTCCTCTCTG
GCGTGGCGGTCCCGCCGGTCCAAAGTCGCTTTGTAACGCGTGTGGGATCAGAAACAGGAA
GAAAAGAAGAGGAGGAGGGGAAGACAAGAAGCAGCCGAAGAAACCAAACTCCTGCGGCGG
CGGCGATCTGAAAAGAAACCCTAAATTTGGTGAATCACTGAGGATGATGGATTTGGGGAT
GACGAAACGATCGACGGTGGAGAAGCAGCTGCGGAAGCTCGGGGAGGAAGAGCAAGCGGC
GGTGCTTCTCATGGCTCTCTCTTATGGTTCAGTTTACGCTTAGGTGGTTTTGAGAGCAGT
TATGATTGATGATAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E440TF U 1
AF RR3GW47TF U 281
BS 1 351 RR3E440TF
BS 352 352 RR3GW47TF
BS 353 402 RR3E440TF
BS 403 403 RR3GW47TF
BS 404 425 RR3E440TF
BS 426 617 RR3GW47TF

RD RR3E440TF 444 0 0
GGGTGCGTAGGTGTATGTCGGTTCAGTTCTATTCTATTCTTTAAAAAACTTTCTCTCTCT
CTACACTCTTCTTCACTCTCCTCTGCTTTTTTAAATTTTCTGATCTCTCTGTTTCCCGAA
GAGACGCGATCAATCTCAAACCCTAGCGATTCTGATCATAGGAAGTGGAGAAATGCTAGA
TCACAGCGAGAAGGATTCGGAGAGAAGAAGAGGTGGAGAGGATGTGATCGAACAGAACAA
GGCTTGTTGTAACGACAAGAAGACTTGCGCCGATTGTGGTACAAGCAAAACTCCTCTCTG
GCGTGGCGGTCCCGCCGGTCCAAAGTCGCTTTGTAACGCGTGTGGGATCAGTAACAGGAA
GAAAAGAAGAGGAGGAGGGGAAGACAAGAAGCAGCCGAAGAA*CCAAACTCCTGCGGCGG
CGGCG
GCGGCGGCGATCTGAAAAG

QA 1 425 1 425
DS 

RD RR3GW47TF 337 0 0
ACAAGCAAAACTCCTCTCTGGCGTGGCGGTCCCGCCGGTCCAAAGTCGCTTTGTAACGCG
TGTGGGATCAGAAACAGGAAGAAAAGAAGAGGAGGAGGGGAAGACAAGAAGCAGCCGAAG
AAACCAAACTCCTGCGGCGGCGGCGATCTGAAAAGAAACCCTAAATTTGGTGAATCACTG
AGGATGATGGATTTGGGGATGACGAAACGATCGACGGTGGAGAAGCAGCTGCGGAAGCTC
GGGGAGGAAGAGCAAGCGGCGGTGCTTCTCATGGCTCTCTCTTATGGTTCAGTTTACGCT
TAGGTGGTTTTGAGAGCAGTTATGATTGATGATAACT

QA 1 337 1 337
DS 



AS 1 2

CO CL6828Contig1 1061 2 2 U
GGGCCTCTCGCTCCGACGGCGAATCCGTCTTCTCCCGCCGATGTCAGCATACAATAACAG
AGTAAATCCGTGATTCTCCAAATCCAGGAGGCAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGAGTTT
CGTATTCCGAGGAGGTAGAGGAGATTTAGAGAGCGGATTCTCAGGATTCATATCCGATAG
ACGAGCTATGCGTGTTCATGGAGCTCGACCTGTGAACTCTAACTCCCTCGCTTTTCTTGT
CACTGTTCTTTTGCTGTTCATGATTCTCAACTCGCATCAGATGCCTCCTAATTTCCTGCT
CTGGCTTGTGCTTGGGGTGTTTTTGATGGCGACGACTCTTCGGATGTATGCGACTTGCCA
GCAACTTCAAGCTCAGGCACAGGCTCATGTTGCCGCAGCTAGTGGTCTCTTCAGCCACAC
TGAGCTCAGGCTGCATGTGCCTCCCTCCATTGCTCTTGCTACCAGAGGGCGTCTTCAAGG
ACTTAGGCTTCAGCTGGCTCTTCTTGATCGGGAGTTTGATGACTTAGATTATGAAACTCT
AAGAGCACTTGATTCTGATAATGTCCCCACAAATTCTATGAGCGAGGAAGAGATAAATGC
ACTTCCTGTACACAAGTACAAGGTGTTGGATCCTGAAAATGGTTCCTCTTTGACAAAGCA
GGCATCAACCTCATACTCAGCGGAGAAGAAGCAAGATTCTGTCAGTGCGAGTAAAATAGG
GACGGAAGACGAGCTCACTTGTAGTGTTTGCCTCGAACAAGTTACCGTTGGGGAGGTTGT
TCGCACCCTGCCGTGCCTGCATCAGTTTCATGCAGTCTGTATCGATCCATGGCTTAGACA
GCAAGGAACATGTCCTGTCTGTAAATTCAAGGCGCACTCAGGATGGCAAGAACAAGACGA
CGGGACAGATGATGATGATGATGATGAAGCCTCCCTCATGGTTTGAGAGTTCGGTTTTTG
GACACTTGTTATGTTATTAGTGTGTGTATTGAAAAATGGAGACCCCAAAACAAATCATGT
AATGGTTGATGAGTTTTTAACTGTTTGATTAGATTCAAAAC


BQ
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AF RR3AB81TF U 1
AF RR3AB81JQ C 323
BS 1 657 RR3AB81TF
BS 658 1061 RR3AB81JQ

RD RR3AB81TF 657 0 0
GGGCCTCTCGCTCCGACGGCGAATCCGTCTTCTCCCGCCGATGTCAGCATACAATAACAG
AGTAAATCCGTGATTCTCCAAATCCAGGAGGCAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGAGTTT
CGTATTCCGAGGAGGTAGAGGAGATTTAGAGAGCGGATTCTCAGGATTCATATCCGATAG
ACGAGCTATGCGTGTTCATGGAGCTCGACCTGTGAACTCTAACTCCCTCGCTTTTCTTGT
CACTGTTCTTTTGCTGTTCATGATTCTCAACTCGCATCAGATGCCTCCTAATTTCCTGCT
CTGGCTTGTGCTTGGGGTGTTTTTGATGGCGACGACTCTTCGGATGTATGCGACTTGCCA
GCAACTTCAAGCTCAGGCACAGGCTCATGTTGCCGCAGCTAGTGGTCTCTTCAGCCACAC
TGAGCTCAGGCTGCATGTGCCTCCCTCCATTGCTCTTGCTACCAGAGGGCGTCTTCAAGG
ACTTAGGCTTCAGCTGGCTCTTCTTGATCGGGAGTTTGATGACTTAGATTATGAAACTCT
AAGAGCACTTGATTCTGATAATGTCCCCACAAATTCTATGAGCGAGGAAGAGATAAATGC
ACTTCCTGTACACAAGTACAAGGTGTTGGATCCTGAAAATGGTTCCTCTTTGACAAA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3AB81JQ 739 0 0
TTGATGGCGACGACTCTTCGGATGTATGCGACTTGCCAGCAACTTCAAGCTCAGGCACAG
GCTCATGTTGCCGCAGCTAGTGGTCTCTTCAGCCACACTGAGCTCAGGCTGCATGTGCCT
CCCTCCATTGCTCTTGCTACCAGAGGGCGTCTTCAAGGACTTAGGCTTCAGCTGGCTCTT
CTTGATCGGGAGTTTGATGACTTAGATTATGAAACTCTAAGAGCACTTGATTCTGATAAT
GTCCCCACAAATTCTATGAGCGAGGAAGAGATAAATGCACTTCCTGTACACAAGTACAAG
GTGTTGGATCCTGAAAATGGTTCCTCTTTGACAAAGCAGGCATCAACCTCATACTCAGCG
GAGAAGAAGCAAGATTCTGTCAGTGCGAGTAAAATAGGGACGGAAGACGAGCTCACTTGT
AGTGTTTGCCTCGAACAAGTTACCGTTGGGGAGGTTGTTCGCACCCTGCCGTGCCTGCAT
CAGTTTCATGCAGTCTGTATCGATCCATGGCTTAGACAGCAAGGAACATGTCCTGTCTGT
AAATTCAAGGCGCACTCAGGATGGCAAGAACAAGACGACGGGACAGATGATGATGATGAT
GATGAAGCCTCCCTCATGGTTTGAGAGTTCGGTTTTTGGACACTTGTTATGTTATTAGTG
TGTGTATTGAAAAATGGAGACCCCAAAACAAATCATGTAATGGTTGATGAGTTTTTAACT
GTTTGATTAGATTCAAAAC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL6829Contig1 1059 2 2 U
GAAAACGAAGCCGTGAACACTCTCGAGGTGGAAGAAGAAGAAGCGGAGAAGTTGGAGGAT
TTGGTGAATCTGTTGTACTTTGGGTCCCTCTTCGACGTGAGGTCGCAGAGCGAGTTGGCT
TCGATCATGCTGACGAGGACGCACGAGAGGGGTTGCTGTTTGGTTTACGATACGGTTACG
GATGAATCCACTGATCTGCTCTGTGATAAGGATCTGGATTTGATCTCGGAGCTGTGGACC
TTGATGGTGTCTAGGCCTGCGGATTCGTTCTTGTCTCATAAGAACGCCTTGGAGCGTTGC
GTCGAGCATGCTAAGCTTTGGTTGGCTAATTCCGACCAGCCGATTGCTTCCAACTGCAAT
GTTTCATATGCTGGATTGAGAGAGAAGTTGAAGAAGATTATGGGTTCTAATTACTTCACT
ATCACTCCTGAGATGGTAGCTCCCGTTGAAGCAGCAGGTGGTAACTACGGTTCTTTCCAA
GTCGCTGCTGACAATGAGCAAAAGGAAGAAGACGCATCAAACTTTAAAGAGCAAGAATCC
GCTGTAAACGATCAATCTGAGCAACCAAAGGATGAGTCGGTGACTGAAGGAGGGGTGGTC
CAAGAACAGCAGGAGCAAGGCTATACTCAGGTGGAAGGAGGGAGGTCGAGGAGAGATTAT
CAGCAACAGTATGTGCCTCGTGGGACCCACCAGAACCAGAGAGGTCATAGAGGTCGAAGA
GGTCATTTCAATGTCCCCCGAGGTCGAGGTGGTGGCGGTGGCGGTGGAGGCTACTCGAAT
GGGCGGTATGAATCTTATGATAACGCCGGTGGAAACGGTCACCAAAGGAGCTACTACAAC
AACAGAGGAAGGGGACGTGGTGGTGGTGGAGGAAATGGTCATTCATACAACAACCACCAA
GACTCAAATGTAACTGTTGCGTCTTAGCCTTACTACCTTTTTTAGCTTTTGGGTTGCGTC
TCTTTGTTTTCCGCTATAACTCATATAAAGCCTTATCTCGTGGTTTGGAACCTTTGTCAA
TTGCTCTTTTGTTTATGTATGAACTTTTGTTTTCTTTTC


BQ
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AF RR3GU62TF U 1
AF RR3GU62JQ C 293
BS 1 630 RR3GU62TF
BS 631 1059 RR3GU62JQ

RD RR3GU62TF 634 0 0
GAAAACGAAGCCGTGAACACTCTCGAGGTGGAAGAAGAAGAAGCGGAGAAGTTGGAGGAT
TTGGTGAATCTGTTGTACTTTGGGTCCCTCTTCGACGTGAGGTCGCAGAGCGAGTTGGCT
TCGATCATGCTGACGAGGACGCACGAGAGGGGTTGCTGTTTGGTTTACGATACGGTTACG
GATGAATCCACTGATCTGCTCTGTGATAAGGATCTGGATTTGATCTCGGAGCTGTGGACC
TTGATGGTGTCTAGGCCTGCGGATTCGTTCTTGTCTCATAAGAACGCCTTGGAGCGTTGC
GTCGAGCATGCTAAGCTTTGGTTGGCTAATTCCGACCAGCCGATTGCTTCCAACTGCAAT
GTTTCATATGCTGGATTGAGAGAGAAGTTGAAGAAGATTATGGGTTCTAATTACTTCACT
ATCACTCCTGAGATGGTAGCTCCCGTTGAAGCAGCAGGTGGTAACTACGGTTCTTTCCAA
GTCGCTGCTGACAATGAGCAAAAGGAAGAAGACGCATCAAACTTTAAAGAGCAAGAATCC
GCTGTAAACGATCAATCTGAGCAACCAAAGGATGAGTCGGTGACTGAAGGAGGGGTGGTC
CAAGAACAGCAGGAGCAAGGCTATACTCAG
TGGA

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3GU62JQ 767 0 0
GAGCG
TGCGTCGAGCATGCTAAGCTTTGGTTGGCTAATTCCGACCAGCCGATTGCTTCCAACTGC
AATGTTTCATATGCTGGATTGAGAGAGAAGTTGAAGAAGATTATGGGTTCTAATTACTTC
ACTATCACTCCTGAGATGGTAGCTCCCGTTGAAGCAGCAGGTGGTAACTACGGTTCTTTC
CAAGTCGCTGCTGACAATGAGCAAAAGGAAGAAGACGCATCAAACTTTAAAGAGCAAGAA
TCCGCTGTAAACGATCAATCTGAGCAACCAAAGGATGAGTCGGTGACTGAAGGAGGGGTG
GTCCAAGAACAGCAGGAGCAAGGCTATACTCAGGTGGAAGGAGGGAGGTCGAGGAGAGAT
TATCAGCAACAGTATGTGCCTCGTGGGACCCACCAGAACCAGAGAGGTCATAGAGGTCGA
AGAGGTCATTTCAATGTCCCCCGAGGTCGAGGTGGTGGCGGTGGCGGTGGAGGCTACTCG
AATGGGCGGTATGAATCTTATGATAACGCCGGTGGAAACGGTCACCAAAGGAGCTACTAC
AACAACAGAGGAAGGGGACGTGGTGGTGGTGGAGGAAATGGTCATTCATACAACAACCAC
CAAGACTCAAATGTAACTGTTGCGTCTTAGCCTTACTACCTTTTTTAGCTTTTGGGTTGC
GTCTCTTTGTTTTCCGCTATAACTCATATAAAGCCTTATCTCGTGGTTTGGAACCTTTGT
CAATTGCTCTTTTGTTTATGTATGAACTTTTGTTTTCTTTTC

QA 6 767 6 767
DS 



AS 1 2

CO CL6830Contig1 654 2 13 U
TCAAACTTATCCTCTCCTCTCCTCCTATGTTCATCACCGGGGGATCTGAGACTTGGATTC
AACCTGATTTCGTCCCACACAAGGAATGGATCAATACGGCTTGCCAGTACAGAGAAGGGA
GATGAAACATAAAGGGAGAAACGTTGTATGGTCCGTTGGTATGGATAAGTGTCTCATCGA
AGCTTTGGCTTTCCAGGCCAAAAACGGCAACAAGGTTGACAAATGCTTCAACGAGAACGC
ATACACTGCTGCTTGTCTTGCCGTTAACACTCGTTTCAACCTTAACCTCAATAGCCAAAA
AGTCATCAATCGCCTCAAGACAATCAAGAAAAGGTACAGAGTTATGAGAGACATACTTAG
TCGAGATGGGTTCTGGTGGAACGCAACCACAAAGATGATCGATTCTCAGAGTGATGACCT
CTGGAAAAGATATATTGCAGTACACCCAGACGCGAAAGCATTCAAGGGAAAGCAAATTGA
GATGTATGAAGAACTTAGAATAGTATGTGGCGACCATCACCAAGCCCCAGGTCGATATGC
CAAGGTGAAAGCTGAAAGCAATCATCATCAGAACGACTTTAAACACTTTGAAGAAGACTC
TGTTTCGTTCCCTTTACCAAGCTCTGAAGACAATAATAGCGATACAGATGGAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH46TF U 12
AF RR3FJ80TF U 1
BS 1 74 RR3FJ80TF
BS 75 75 RR3BH46TF
BS 76 202 RR3FJ80TF
BS 203 203 RR3BH46TF
BS 204 240 RR3FJ80TF
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BS 245 245 RR3BH46TF
BS 246 326 RR3FJ80TF
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BS 328 335 RR3FJ80TF
BS 336 336 RR3BH46TF
BS 337 654 RR3FJ80TF

RD RR3BH46TF 379 0 0
TCCTTTC
CTCCTCCTATGTTCATCACCGGGGGATCTGAGACTTGGATTCAATCTGATTTCGTCCCAC
ACAAGGAATGGATCAATACGGCTTGCCAGTACAGAGAAGGGAGATGAAACATAAAGGGAG
AAACGTTGTATGGTCCGTTGGTATGGATAAGTGTCTC*TCGAAGCTTTGGCTTTCCAGGC
CAAAAACGGCAACAAGGTTGACAAATGCTTCAACGAGAACGCATACACTGCTGCTTGTCT
TGCCGTTAACACTCGTTTCAACCTTAACCTCAATAGCCAAAAAGTCATCAATCGCCTCAA
GACAATCAAGAAAAGGTACAGAGTTATGAGAGACATACTTGGTCGAGATGGGTTCTGGTG
GAACGCAACCAC

QA 8 379 8 379
DS 

RD RR3FJ80TF 654 0 0
TCAAACTTATCCTCTCCTCTCCTCCTATGTTCATCACCGGGGGATCTGAGACTTGGATTC
AACCTGATTTCGTCTCACACAAGGAATGGATCAATACGGCTTGCCAGTACAGAGAAGGGA
GATGAAACATAAAGGGAGAAACGTTGTATGGTCCGTTGGTATGGATAAGTGTCTCATCGA
AGCTTTGGCTTTCCAGGCCAAAGACGGCAACAAGGTTGACAAATGCTTCAACGAGAACGC
GTACTCTGCTGCTTGTCTTGCCGTTAACACTCGTTTCAACCTTAACCTCAATAGCCAAAA
AGTCATCAATCGCCTCAAGACAATCAGGAAAAGGTGCAGAGTTATGAGAGACATACTTAG
TCGAGATGGGTTCTGGTGGAACGCAACCACAAAGATGATCGATTCTCAGAGTGATGACCT
CTGGAAAAGATATATTGCAGTACACCCAGACGCGAAAGCATTCAAGGGAAAGCAAATTGA
GATGTATGAAGAACTTAGAATAGTATGTGGCGACCATCACCAAGCCCCAGGTCGATATGC
CAAGGTGAAAGCTGAAAGCAATCATCATCAGAACGACTTTAAACACTTTGAAGAAGACTC
TGTTTCGTTCCCTTTACCAAGCTCTGAAGACAATAATAGCGATACAGATGGAAC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL6831Contig1 1056 2 2 U
GGACAATAAACCCTAATCTTCTTCTTTAGTTCAGTACTCTTCTTGTAAAAAAATATCTAG
CCTAACTCTCCAATGGACCGCAAAGTCCCTCTTCCACCACAACATCAGGTTTTCATCAAT
TTCCGTGGGGATGAGCTGCGAAAAAACTCATCAGCCTTCTCGTGGAGGCCCTTCAAAGAA
ATGAGATCAACTTCTTCACAGACAAGCAGGAGAAAAAAGGTGAAGATTTAAGCAATCTTT
TTAATAGAATCGAGGAGTCAAAGATAGCACTAGCCGTTTTCTCGAAAAGGTACACGGAAT
CAAGATGGTGCTTAGATGAGCTTGTGAAGATTAAAGAACGTGCAGATCTAGGCAAGCTCA
AGGTGCTTCCCATCTTCTACAATGTGACTACAGACAATGTGAAATATCTTACTGAAGAAT
TTGGCTCCAATCTTGAGCGTCATCAATCTCCGCATGAGCAAAACAAGATCGGTAAATGGA
AAGAGGCGTTAGCATGTATCTCTTGTAAGCTTGGGTGTCCGTTCATAGATAATAACGGTT
TTAGCAGCGGCACAGAGAGGGAGTTCATCGACAGTATCGTCAAGAACGTATTGGAAATGC
TGCAAGACATTTCTTCGGCGCGAACCCCAAATTCTTCTAGAAGCAAGCCTGTCGAAAGAG
GAGAAGTTTCTTCAAAGACAACAAAGAGTTCTAAGAAAGCCTTGAAGGACGACTCAAAGG
GAAACATAGTGATCAGTCCACCTAATGAGTACGTAGGCTTTAACGGTTTTCCAATTAGAT
ATGGAAACCAGGAATCTGCGAGAAGGGGGGGAGATTCTACATCTCTGACTAAAAACTCTA
AACCCCTCAAGCCTTCTAAGAAAGACCTCTCTTGCTCGGAACTTCGACTTAGTCATGGCT
CAGATTCCACCGAGACGAGACCGACATATAACGGCTTTCCGATTAGATATGGCAAACCAT
GAATCTGCTGGAAAGGGGAGATTCTTCGTCTATGGTTTAATTTGCAACATGTTTTGAGAT
TTCCCAGTTATTAATAATCAACGTTGGTCTGATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G025TF U 1
AF RR3G025JQ C 331
BS 1 654 RR3G025TF
BS 655 1056 RR3G025JQ

RD RR3G025TF 654 0 0
GGACAATAAACCCTAATCTTCTTCTTTAGTTCAGTACTCTTCTTGTAAAAAAATATCTAG
CCTAACTCTCCAATGGACCGCAAAGTCCCTCTTCCACCACAACATCAGGTTTTCATCAAT
TTCCGTGGGGATGAGCTGCGAAAAAACTCATCAGCCTTCTCGTGGAGGCCCTTCAAAGAA
ATGAGATCAACTTCTTCACAGACAAGCAGGAGAAAAAAGGTGAAGATTTAAGCAATCTTT
TTAATAGAATCGAGGAGTCAAAGATAGCACTAGCCGTTTTCTCGAAAAGGTACACGGAAT
CAAGATGGTGCTTAGATGAGCTTGTGAAGATTAAAGAACGTGCAGATCTAGGCAAGCTCA
AGGTGCTTCCCATCTTCTACAATGTGACTACAGACAATGTGAAATATCTTACTGAAGAAT
TTGGCTCCAATCTTGAGCGTCATCAATCTCCGCATGAGCAAAACAAGATCGGTAAATGGA
AAGAGGCGTTAGCATGTATCTCTTGTAAGCTTGGGTGTCCGTTCATAGATAATAACGGTT
TTAGCAGCGGCACAGAGAGGGAGTTCATCGACAGTATCGTCAAGAACGTATTGGAAATGC
TGCAAGACATTTCTTCGGCGCGAACCCCAAATTCTTCTAGAAGCAAGCCTGTCG

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3G025JQ 726 0 0
TTAAAGAACGTGCAGATCTAGGCAAGCTCAAGGTGCTTCCCATCTTCTACAATGTGACTA
CAGACAATGTGAAATATCTTACTGAAGAATTTGGCTCCAATCTTGAGCGTCATCAATCTC
CGCATGAGCAAAACAAGATCGGTAAATGGAAAGAGGCGTTAGCATGTATCTCTTGTAAGC
TTGGGTGTCCGTTCATAGATAATAACGGTTTTAGCAGCGGCACAGAGAGGGAGTTCATCG
ACAGTATCGTCAAGAACGTATTGGAAATGCTGCAAGACATTTTTTCGGCGCGAACCCCAA
ATTCTTCTAGAAGCAAGCCTGTCGAAAGAGGAGAAGTTTCTTCAAAGACAACAAAGAGTT
CTAAGAAAGCCTTGAAGGACGACTCAAAGGGAAACATAGTGATCAGTCCACCTAATGAGT
ACGTAGGCTTTAACGGTTTTCCAATTAGATATGGAAACCAGGAATCTGCGAGAAGGGGGG
GAGATTCTACATCTCTGACTAAAAACTCTAAACCCCTCAAGCCTTCTAAGAAAGACCTCT
CTTGCTCGGAACTTCGACTTAGTCATGGCTCAGATTCCACCGAGACGAGACCGACATATA
ACGGCTTTCCGATTAGATATGGCAAACCATGAATCTGCTGGAAAGGGGAGATTCTTCGTC
TATGGTTTAATTTGCAACATGTTTTGAGATTTCCCAGTTATTAATAATCAACGTTGGTCT
GATATT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL6832Contig1 419 2 3 U
GGACACCGATCATCACGAATGTGATGCGGAGAAGAAAGAATATCTAGGCTGTCTCAAGTC
TTCAGGTAACAAATCTGAGCAATGCAGACATCTCTCCAAGCAATATCTCCAGTGTCGAAT
GGCCAAGAACTTGATGGCAAAGCAGGATATGTCTGAACTTGGATTTAATGGTGTTAAAGA
ATTGGATTCCACTGAAGAAAAAAATAAAGAAAGTATCGAACATTGAAGACTGGACCAAAC
TTCGAACCTCTGTTTTTTCTTTTGTGATTTGTCATTGGTTCACTTGAGTCACATCTTCAA
GGTTATAGGTTAGAACATTACTTCCTCATAAAACCAAACTATTTATACACACTGTGTTTC
AGCTTTCACCATTTCTCATCGTTACAGATGATGGTATACGTATCTGTGATTTTTGTGTG


BQ
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AF RR3D636TF U 50
AF RR3D636JQ C 1
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BS 50 196 RR3D636TF
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CAGTGTCGAATGGCCAAGAACTTGATGGCAAAGCAGGATATGTCTGAACTTGGATTTAAT
GGTGTTAAAGAATTGGATTCCACTGAA
CAAA

QA 1 147 1 147
DS 

RD RR3D636JQ 419 0 0
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GGCCAAGAACTTGATGGCAAAGCAGGATATGTCTGAACTTGGATTTAGTGGTGTTAAAGA
ATTGGATTCCACTGAAGAAAAAAATAAAGAAAGTATCGAACATTGAAGACTGGACCAAAC
TTCGAACCTCTGTTTTTTCTTTTGTGATTTGTCATTGGTTCACTTGAGTCACATCTTCAA
GGTTATAGGTTAGAACATTACTTCCTCATAAAACCAAACTATTTATACACACTGTGTTTC
AGCTTTCACCATTTCTCATCGTTACAGATGATGGTATACGTATCTGTGATTTTTGTGTG

QA 1 419 1 419
DS 



AS 1 2

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CTGGTTCAAACAGCTTCAGCTGAAGGAGCTGTGTGTCTGGACGGGTCAGTGCCTGGATAT
CATTTGTATCGTGGGTACGGTTCAGGAGCAAACAACTGGATCATTCAGTTGCAGGGGGGT
GCGTGGTGTGACAGCATAGAAGATTGTCAGAACCTTAAAAGGAGTCGTGTTGGTTCGTCT
ACTCTAATGGAAACACCGATAGAGTTTAAAGGAATACTAAGCAATAAAGCCGCTGAAAAT
CCAGACTTTTACAATTGGAATAAAGCAGTAGTTCGGTATTGTGATGGCGCATCCTTTAGC
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GTCATGGAAGATTTGATGGCAAAGGGAATGTGTCATGCCAAGCAGGCTTTGCTCAGCGGA
TGTTCTTCTGGGGGTCTTGCAGCGATTTTACGCTGCGATGATTTCAGTAGCCTGTTTCCT
CCTACCACCAAAGTTAAATGCATGAGCGATGCTGGTTTCTTCCTCGATGAGGTTGATATA
TCTGGAGCTCGTTCTATAGGCGTATGTATTCTGGTGTCGTAACACCCAGGGTTTACAAAA
TACGCTTCCTCGCACATGTACAAGCCATCTTGATCCAACTTCGTGCTTTTTCCCTCAAAA
CATAATCAACCAAGTCAAGACACCGTTGTTTGTTTTCAACTCGGCATTTGATTCGTGGCA
GATTGAAAATAGCATAGCTCCACCATTTGCTGATCCGAGTGACAGTTGGCATAATTGCAG
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GTTAGATGCCTTAAAGACCTTTTCAATGTCAAACAAGAACGGATTGTTTATTATCTCGCG
CTGGGCTCATTGTCTAGCGCAGAGAAAAGATACTTGGTTTCCTGGAAACTTTCAACCGGG
TGAAGATAAGGGGATTGCTGTAGTTGTTGGAGATTGGTATTTCGAAAGAGCAAAAGAGTA
AAGTTAACAGACTGATTATCACTGATTCACTGTGATAACAAGATACATTGTTAAGGAGAT
GTCTGTTTCACTTTATTCCCATAGATAATTGTTGAGTTTTTCATTGGAAGGCTGTGAAGG
GATTCCATAAATGTATTTGTATTCATTTACTCAGCCAACAAATAATAAAAATATGTTCTT
TGATTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B083TF U 1
AF RR3B083JQ C 759
BS 1 779 RR3B083TF
BS 780 780 RR3B083JQ
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RD RR3B083TF 837 0 0
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GGCACAAATATGTTTCAGAAACAAGATGATGGTGCAGATGTTCTGATGGTAGGACTCACT
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CATTTGTATCGTGGGTACGGTTCAGGAGCAAACAACTGGATCATTCAGTTGCAGGGGGGT
GCGTGGTGTGACAGCATAGAAGATTGTCAGAACCTTAAAAGGAGTCGTGTTGGTTCGTCT
ACTCTAATGGAAACACCGATAGAGTTTAAAGGAATACTAAGCAATAAAGCCGCTGAAAAT
CCAGACTTTTACAATTGGAATAAAGCAGTAGTTCGGTATTGTGATGGCGCATCCTTTAGC
GGTGATAGCGAAAACAAGACGGCACAACTTCAGTTTAGAGGAAAGCGTATATTTTTAGCC
GTCATGGAAGATTTGATGGCAAAGGGAATGTGTCATGCCAAGCAGGCTTTGCTCAGCGGA
TGTTCTTCTGGGGGTCTTGCAGCGATTTTACGCTGCGATGATTTCAGTAGCCTGTTTCCT
CCTACCACCAAAGTTAAATGCATGAGCGATGCTGGTTTCTTCCTCGATGAGGTTGATATA
TCTGGAGCTCGTTCTATAGGCGTATGTATTCTGGTGTCGTAACACCCAGGGTTTACAAA*
TACGCTTCCTCGCACATGTACA*GCCATCTTGATCCAACTTCGTGCTTTT
CCCTCAA

QA 1 830 1 830
DS 

RD RR3B083JQ 629 0 0
TA
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TCGGCATTTGATTCGTGGCAGATTGAAAATAGCATAGCTCCACCATTTGCTGATCCGAGT
GACAGTTGGCATAATTGCAGGTCGAACTTCACGTGCAACGCCTTTCAGATGGAATTCTTG
GAAGGTTTCAGAATGAGCATGTTAGATGCCTTAAAGACCTTTTCAATGTCAAACAAGAAC
GGATTGTTTATTATCTCGCGCTGGGCTCATTGTCTAGCGCAGAGAAAAGATACTTGGTTT
CCTGGAAACTTTCAACCGGGTGAAGATAAGGGGATTGCTGTAGTTGTTGGAGATTGGTAT
TTCGAAAGAGCAAAAGAGTAAAGTTAACAGACTGATTATCACTGATTCACTGTGATAACA
AGATACATTGTTAAGGAGATGTCTGTTTCACTTTATTCCCATAGATAATTGTTGAGTTTT
TCATTGGAAGGCTGTGAAGGGATTCCATAAATGTATTTGTATTCATTTACTCAGCCAACA
AATAATAAAAATATGTTCTTTGATTTT

QA 3 629 3 629
DS 



AS 1 2

CO CL6834Contig1 1185 2 6 U
GGCTCTCTGAAATCTTGCTAGTCTCTTCACCATCGACCTTATCTCTCTGTGTGCCTTCTT
CTCTCACGGCTATCCTCTATGTTTATCTCTCCCACTGAAATCTCTGACCGTCGTCGACCT
CTCCCCTAAGCTTGAACCTTCCTGAAACAAGGATGAGAGAAACAAAGATGATAGAAGCAA
ATTACGTCATAGCAAATTACGTCATAGCGTTCTCTTTCTCAGGGTTTACCCCCACCTCCA
CCTCTACCCCCTAACATCGTTCCACATTCTATGGCCTCTAAAGATTTTCTTTTTGTGGAT
GGTGATACAGGTTTCAGGTTTATATCTTCCTTGTGCTTTCAATTTCTAGATCTTGTTTGT
GTAGTCTCTCCAATGATTTGCTTTGTTCAAGAGCAGGAAAGTTCTCACCTTTTGAAGGAA
TTTCGATCAGAACACTGGCTTGTTACTCTCCTCTTCTCTGTGGTTTCTCTCTGTTTCTTC
TTCCTTGTGTATGTTTCTTTTTAAATTTCCTAAATTTTTCTCTCTTTTTTTTGTGAAAGC
AAAGTGTCTGGATCTCATAAAAAAAACAATTCTTTTTTATGCTCTGAGTTGTCTCAAGTT
CCCTTCATGTTTCTGTAAAAGATTCGAACTGTTTTGGAGTTTTGGTGTTGTGAGGTTTGT
TCCTAAGGCTTGGCTTTTTCTGGGTTTTTGGTTTGGTCAAGTTTTGAGAATCTTCTTGTA
GCTTCTTTAGTTTGTTTCATATCCTTTCTGATTCTTTGTGTGTTTACAGGTTGAGTTCAT
AGTTAAAGGAGGAACTATATAAACGGATGGCTACACTTCAAGATATTGTTGAATCAGTTA
GAAGTTCTTGGCTCATACAAAACGGGGCTTTATCTTCCAACAAGTGATATCGATCTTATA
TCACTGGTCTTAACCAAGCTGGATCTGATGGTCTCAACGCTAAGTCCAAGGACGATGAAG
ACTGTGTATGAACAACCTTACTCTTTTACACTTCAATCGTGGAAGTCTGAGTATTGGAGG
ATGTGAGTGCAATCTTTGGGTAACATGTAACAAATCAACTTAGTTTAGGTCAAGTGAGCT
CAAGACTTCTGTCCATTGTTGGTTTTAGATTTAGTTTTGTTTTATAGGTTTTGTTATTTT
GTAAACAATTTTGATATATTAAATTTTAAAATATTTTTATTTTGT


BQ
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AF RR3GK41TF U 1
AF RR3GK41JQ C 416
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RD RR3GK41TF 762 0 0
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CTCTCACGGCTATCCTCTATGTTTATCTCTCCCACTGAAATCTCTGACCGTCGTCGACCT
CTCCCCTAAGCTTGAACCTTCCTGAAACAAGGATGAGAGAAACAAAGATGATAGAAGCAA
ATTACGTCATAGCAAATTACGTCATAGCGTTCTCTTTCTCAGGGTTTACCCCCACCTCCA
CCTCTACCCCCTAACATCGTTCCACATTCTATGGCCTCTAAAGATTTTCTTTTTGTGGAT
GGTGATACAGGTTTCAGGTTTATATCTTCCTTGTGCTTTCAATTTCTAGATCTTGTTTGT
GTAGTCTCTCCAATGATTTGCTTTGTTCAAGAGCAGGAAAGTTCTCACCTTTTGAAGGAA
TTTCGATCAGAACACTGGCTTGTTACTCTCCTCTTCTCTGTGGTTTCTCTCTGTTTCTTC
TTCCTTGTGTATGTTTCTTTTTAAATTTCCTAAATTTTTCTCTCTTTTTTTTGTGAAAGC
AAAGTGTCTGGATCTCATAAAAAAAACAATTCTTTTTTATGCTCTGAGTTGTCTCAAGTT
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GCTTCTTTAGTTTGTTTCATATCCTTTCTGATTCTTTGTGTG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3GK41JQ 770 0 0
AAGGAA
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TCCTTGTGTATGTTTCTTTTTAAATTTCCTAAATTTTTCTCTCTTTTTTTTGTGAAAGCA
AAGTGTCTGGATCTCATAAAAAAAACAATTCTTTTTTATGCTCTGAGTTGTCTCAAGTTC
CCTTCATGTTTCTGTAAAAGATTCGAACTGTTTTGGAGTTTTGGTGTTGTGAGGTTTGTT
CCTAAGGCTTGGCTTTTTCTGGGTTTTTGGTTTGGTCAAGTTTTGAGAATCTTCTTGTAG
CTTCTTTAGTTTGTTTCATATCCTTTCTGATTCTTTGTGTGTTTACAGGTTGAGTTCATA
GTTAAAGGAGGAACTATATAAACGGATGGCTACACTTCAAGATATTGTTGAATCAGTTAG
AAGTTCTTGGCTCATACAAAACGGGGCTTTATCTTCCAACAAGTGATATCGATCTTATAT
CACTGGTCTTAACCAAGCTGGATCTGATGGTCTCAACGCTAAGTCCAAGGACGATGAAGA
CTGTGTATGAACAACCTTACTCTTTTACACTTCAATCGTGGAAGTCTGAGTATTGGAGGA
TGTGAGTGCAATCTTTGGGTAACATGTAACAAATCAACTTAGTTTAGGTCAAGTGAGCTC
AAGACTTCTGTCCATTGTTGGTTTTAGATTTAGTTTTGTTTTATAGGTTTTGTTATTTTG
TAAACAATTTTGATATATTAAATTTTAAAATATTTTTATTTTGT

QA 7 770 7 770
DS 



AS 1 2

CO CL6835Contig1 1092 2 4 U
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CGCTGTGAAAAGAGTCTCGCATGAGTCGAGACAAGGGATGAAAGAGTTCGTGGCGGAGAT
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GAGAGGTGAGCTTCTTCTCGTGTACGACTTCATGCCTAACGGAAGCTTGGACAAGTACTT
GTACAACACTCCGGAGGTGACGCTAAACTGGAAACAGAGGATCAAGGTGATTCTAGGCGT
TGCTTCGGGATTGTTCTACCTTCACGAGGAATGGGAACAAGTGGTGATTCATCGAGATGT
TAAAGCTAGCAATGTCTTGTTAGACGGAGAGCTCAACGGGAGACTCGGAGATTTCGGTTT
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ATACTTGGCTCCTGAACACACTCGGACAGGACGTGCAACAACGGCTACCGATGTTTTCGC
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GACAGATGAGACGTTCTTGCTCGTGGAGTGGGTTTTCGCGTTATGGAACAAGGGAAACAT
CTTGGATGCTAAGGACCCTAACATGGGTTATGAGTGTGATGAAAAGGAGGTGGAAATGGT
TTTGAAGCTAGGTCTCTTGTGCTCTCACCCGGACCCAAGGGCTAGACCAAGTATGAGACA
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CGGGAGTGGGATGATAGTTGGGCTCCAAGACGGATTTAGCGAACTAGGCATGTCGTATTC
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GAGATGATATGTTTTGAATATTAAGATGGTTTTGTGTGTTTTGCATTTCATATGTAGTTC
TTGACGGTAGGGGACTGATGTGTAAACTATATTTCGGTGTATGTTGAGGTAATATAATTT
AAACTTTTATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV18TF U 1
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DS 

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TACTTGGCTCCTGAACACACTCGGACAGGACGTGCAACAACGGCTACCGATGTTTTCGCG
TTTGGAGCGTTCTTGCTAGAAGTCACGTGCGGGAGACGTCCGATCGAGATCAAGCACGAG
ACAGATGAGACGTTCTTGCTCGTGGAGTGGGTTTTCGCGTTATGGAACAAGGGAAACATC
TTGGATGCTAAGGACCCTAACATGGGTTATGAGTGTGATGAAAAGGAGGTGGAAATGGTT
TTGAAGCTAGGTCTCTTGTGCTCTCACCCGGACCCAAGGGCTAGACCAAGTATGAGACAA
GTGTTACACTATCTAAGAGGAGATGCAATGTTACCGGACTTGTCTCCTTTAGATTTCTCC
GGGAGTGGGATGATAGTTGGGCTCCAAGACGGATTTAGCGAACTAGGCATGTCGTATTCT
TCCTCTGTCTTTAACGGGTTTACTGGTGGATCTATAGCTGATTCTCTACTCTCCGGTGGG
AGATGATATGTTTTGAATATTAAGATGGTTTTGTGTGTTTTGCATTTCATATGTAGTTCT
TGACGGTAGGGGACTGATGTGTAAACTATATTTCGGTGTATGTTGAGGTAATATAATTTA
AACTTTTATCC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

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TCACTTTCGAGATTCCTTGAAAGACACTCAGCTTAATCTCGACCACATCCTCTTCAAGAC
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CTTCTCTAAAAGCTGGCTTCCTGATCTTCTAAGCCCAGAGCACTGGTTTGTTTCTGCCAT
GGTTATGGAGATACTTGCACGTTCTTCTTTGAAGGCATTGCAAGGAGGTTGGCATTGTCG
GGATATGGAGTTTTTGCAATGGACTATCCGGGGTTCGGCTTATCGGAAGGCTTGCACGGC
TACATCCCTAGCTTTGATCTTCTTGTTGCTGATGTCATTGAGCGTTACTCCAACATCAAA
GAGAATAATCCTGAGTTCAGTCCTCTACCGAGCTTTCTCTTTGGACAGTCGATGGGTGGA
GCCGTGTCACTCAAAATACATTTCAAGCAACCATGCGTGGACCGGTGCAGTCTTGGTAGC
ACCAATGTGCAAAATTGCAGATGATATGGTTCCACCACCAGTATTAAAACAGATTTTGAT
CGTTTTAGCTAACGTTCTACCGAAACACAAGTTGGTTCCACAAAAGGATTTAGCAGAAGC
AGCTTTTAGAGATGTCAGGAAGAGAAACATGACACAATACAATGTCATCTGCTACCACGG
CAAACCGCGTTTACGAACTGCTTTAGAAATGCTTAGAACAACTCAGGAGATTGAGCAACA
GTTGGAAAAGGTGTCTTTACCAATACTGATTCTACACGGAGAGGCTGATACAGTGACGGA
TCCATCAGTGAGCAGAGAGCTTTCAGAAAGCGAAAAGTTCAGACAAGAAGATAGTTTTGT
ATAAAGATGCTTATCATTCTCTGCTTGAAGGCGAACCAGACGAGATGATCCTCCGTGTCT
TGTCTGATATCATCTCGTGGCTTGATGACCATAGCTCTTCAAGTTGACTCTCATCATTAG
TTACTACTCCTATGTAGATTCTGATTATATTGTTTACCTGTTTTTACCTAGTGAAAAGTA
CTTTCTTTTTTACAGTGGATTAGCAGTACAGATGGTTAATATATGCAAATACATTTTT


BQ
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AF RR3G088TF U 1
AF RR3G088JQ C 431
BS 1 738 RR3G088TF
BS 739 739 RR3G088JQ
BS 740 756 RR3G088TF
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BS 758 773 RR3G088TF
BS 774 1198 RR3G088JQ

RD RR3G088TF 773 0 0
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TCACTTTCGAGATTCCTTGAAAGACACTCAGCTTAATCTCGACCACATCCTCTTCAAGAC
ATCAGGAGATGTAATCAAGACAAAGGAGTCTTATGAGGTGAATTCAAGAGGAATTGAGAT
CTTCTCTAAAAGCTGGCTTCCTGATCTTCTAAGCCCAGAGCACTGGTTTGTTTCTGCCAT
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GGATATGGAGTTTTTGCAATGGACTATCCGGGGTTCGGCTTATCGGAAGGCTTGCACGGC
TACATCCCTAGCTTTGATCTTCTTGTTGCTGATGTCATTGAGCGTTACTCCAACATCAAA
GAGAATAATCCTGAGTTCAGTCCTCTACCGAGCTTTCTCTTTGGACAGTCGATGGGTGGA
GCCGTGTCACTCAAAATACATTTCAAGCAACCATGCGTGGACCGGTGCAGTCTTGGTAGC
ACCAATGTGCAAAATTGCAGATGATATGGTTCCACCACCAGTATTAAAACAGATTTTGAT
CGTTTTAGCTAACGTTCTACCGAAACACAAGTTGGTTCCACAAAAGGATTTAGCAGAAGC
AGCTTTTAGAGATGTCAG*AAGAGAAACATGACACA*TACAATGTCATCTGCT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3G088JQ 768 0 0
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CTGAGTTCAGTCCTCTACCGAGCTTTCTCTTTGGACAGTCGATGGGTGGAGCCGTGTCAC
TCAAAATACATTTCAAGCAACCATGCGTGGACCGGTGCAGTCTTGGTAGCACCAATGTGC
AAAATTGCAGATGATATGGTTCCACCACCAGTATTAAAACAGATTTTGATCGTTTTAGCT
AACGTTCTACCGAAACACAAGTTGGTTCCACAAAAGGATTTAGCAGAAGCAGCTTTTAGA
GATGTCAGGAAGAGAAACATGACACAATACAATGTCATCTGCTACCACGGCAAACCGCGT
TTACGAACTGCTTTAGAAATGCTTAGAACAACTCAGGAGATTGAGCAACAGTTGGAAAAG
GTGTCTTTACCAATACTGATTCTACACGGAGAGGCTGATACAGTGACGGATCCATCAGTG
AGCAGAGAGCTTTCAGAAAGCGAAAAGTTCAGACAAGAAGATAGTTTTGTATAAAGATGC
TTATCATTCTCTGCTTGAAGGCGAACCAGACGAGATGATCCTCCGTGTCTTGTCTGATAT
CATCTCGTGGCTTGATGACCATAGCTCTTCAAGTTGACTCTCATCATTAGTTACTACTCC
TATGTAGATTCTGATTATATTGTTTACCTGTTTTTACCTAGTGAAAAGTACTTTCTTTTT
TACAGTGGATTAGCAGTACAGATGGTTAATATATGCAAATACATTTTT

QA 1 768 1 768
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL6839Contig1 931 2 2 U
GGGATCTCTTCGATTCCTCTACCGATCTAAACGGACGAAACGACTCATCTTCACCTAAAG
CGTTCTCCATCCTCCTATATGTATATAGCCACAGTATCACCGGAGATTACGCCGGAACGG
CGAATGCGGCGTCAATTGGCGCGTAGTTCAATCCAATATTCCGGAGTCGGGTCATTGGAA
TCATCACTCCCTCTCGACTCATGAGCAAGCACACATGCAAATCATAGGCAAACCCATGAT
AAGATAAGAAGATTAACTGGAAGATGGACATGAGGCGTAAGAGCAACACCAGCGTAGAAG
ATCTGAAGAAAGTTTCCACGGCCACCACTTCTGTCATTTATGACTCAGCAAACTTCTCCA
CCTTATTTGTGACTCTTTACCTATCTTTACTTTTTGCCTCCTTGGAGGTCGTTTCATCAT
AGTGGCTGCTCATTTGAACGCTACGGTTGACCGCTGCGGCAATAGACACCGCGAGTAGTT
CCCGGTAGCAAGAACTGAAGAAAGTTGCGGAGTATTCAGTGAAATATCTTTTGGGCGTAG
GCTGCTGTCACAGACTAACAGGAGCATTTAGATCACATAAGATTCAATGTTACATATGTA
AGCTTGGGAAAGTTTCCGTGAGAAGATCAAGATTGAAAACATGGCGGTACCTACAAATGG
TGTTTGAGAGTACAACAAAAGTTACAAGAGAGACCCGGACCTTTTCCTCAATGACATCAC
CAAAGCAATGCAATGGCACATTTGGGACATCCAAATTTGGTTTCAAGACACAAAATTTTG
AACCAAACCGTATCTGCTGTTGGTGTCCATGAAGCTAAGTCCATTCAACTTTTTTTTTTT
TTCAATTGGAGTACAATTAAGGAAATGTTTTATTCTGGAAATGAACCTATGTATTTTACA
TGTGTGTATACTTAGAAGCGATATTGAGCAC


BQ
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AF RR3D613TF U 1
AF RR3D613JQ C 358
BS 1 693 RR3D613TF
BS 694 931 RR3D613JQ

RD RR3D613TF 693 0 0
GGGATCTCTTCGATTCCTCTACCGATCTAAACGGACGAAACGACTCATCTTCACCTAAAG
CGTTCTCCATCCTCCTATATGTATATAGCCACAGTATCACCGGAGATTACGCCGGAACGG
CGAATGCGGCGTCAATTGGCGCGTAGTTCAATCCAATATTCCGGAGTCGGGTCATTGGAA
TCATCACTCCCTCTCGACTCATGAGCAAGCACACATGCAAATCATAGGCAAACCCATGAT
AAGATAAGAAGATTAACTGGAAGATGGACATGAGGCGTAAGAGCAACACCAGCGTAGAAG
ATCTGAAGAAAGTTTCCACGGCCACCACTTCTGTCATTTATGACTCAGCAAACTTCTCCA
CCTTATTTGTGACTCTTTACCTATCTTTACTTTTTGCCTCCTTGGAGGTCGTTTCATCAT
AGTGGCTGCTCATTTGAACGCTACGGTTGACCGCTGCGGCAATAGACACCGCGAGTAGTT
CCCGGTAGCAAGAACTGAAGAAAGTTGCGGAGTATTCAGTGAAATATCTTTTGGGCGTAG
GCTGCTGTCACAGACTAACAGGAGCATTTAGATCACATAAGATTCAATGTTACATATGTA
AGCTTGGGAAAGTTTCCGTGAGAAGATCAAGATTGAAAACATGGCGGTACCTACAAATGG
TGTTTGAGAGTACAACAAAAGTTACAAGAGAGA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3D613JQ 574 0 0
CCACCTTATTTGTGACTCTTTACCTATCTTTACTTTTTGCCTCCTTGGAGGTCGTTTCAT
CATAGTGGCTGCTCATTTGAACGCTACGGTTGACCGCTGCGGCAATAGACACCGCGAGTA
GTTCCCGGTAGCAAGAACTGAAGAAAGTTGCGGAGTATTCAGTGAAATATCTTTTGGGCG
TAGGCTGCTGTCACAGACTAACAGGAGCATTTAGATCACATAAGATTCAATGTTACATAT
GTAAGCTTGGGAAAGTTTCCGTGAGAAGATCAAGATTGAAAACATGGCGGTACCTACAAA
TGGTGTTTGAGAGTACAACAAAAGTTACAAGAGAGACCCGGACCTTTTCCTCAATGACAT
CACCAAAGCAATGCAATGGCACATTTGGGACATCCAAATTTGGTTTCAAGACACAAAATT
TTGAACCAAACCGTATCTGCTGTTGGTGTCCATGAAGCTAAGTCCATTCAACTTTTTTTT
TTTTTCAATTGGAGTACAATTAAGGAAATGTTTTATTCTGGAAATGAACCTATGTATTTT
ACATGTGTGTATACTTAGAAGCGATATTGAGCAC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

CO CL6840Contig1 940 2 6 U
GCAAGAGTGTTTGCGCTCCAAGGATTTGGGTCTCTACGCATAGCAACGAAACAACAAGAG
AAGGAGAGGACAAGAAGATATCTGTGTTGAAGAGGCTCTTGAAGGATCTTGGAGTTGAAG
ATGAGATGTTAAGATCCATCCATGAGGCTGCTGTAGAAGAATTTTCAACGGAGATGGAGC
GTGGGGGAGCTGGTGGAGAGACGGTGGAAGAGAAGGAGCGTTCTGCTCTACTGTACGCGC
TTCACTTGAATTTGAGGTGGAAGAAGTATCTGATTGTGTTTGACGATGTTAGAGAAGAGG
ACGAGTGGGACGAGAAGCTGGATGAGAAGCTCAAGGAGGATGTGAAATGGGGAAAGCATC
TTTCAGATGGGTTCCCTAAAGGGTCTGGTGGGAGAGTCATATACACGACCAGGGATAAGA
CGGTGGCGGAGAAGCTGGTTGCGGAGAGACATGAGATCCATCGTCTTTGGCCTTTGTCTG
ATCATAAGAATGTCTGGGATATATATCAAGCAGTGGTCGATGAGAAAGGGAAAGAGCCTC
CGAGGAACGACAAGAAATGCATAGATGAGCTGATGAACAAGTCTCGCGGTCTTCCTCTGG
CTGTAAGACTGATTGCTGAGCTTGATCCTGTGTTTCTTGATGATGAAAATGTTGCGGCTC
AGGACGGTTCTAATAATGGAACAACCGAGGAGTCACACAACCCGGCCGACCAGTCCAACC
AATCCAACCCCTGAGAAGTGGATTAGCCTCATCCGGACTCTCTTGGCTCATGTTTCCAGA
GCTGTTTCAATGCTATTATCATCATCATCAAACCTTGCTTATGTTTTCTTGAATTCTTGT
ATGTGTTTCTTGTTTCATGTTGTTTGTTTGTCACTTTGTTGTATCAATAAACAAGAATCT
TTGAGATGTGTTTCTTTAATGGAATGGAACCATCTTTCTT


BQ
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AF RR3FK48TF U 1
AF RR3FK48JQ C 458
BS 1 648 RR3FK48TF
BS 649 649 RR3FK48JQ
BS 650 662 RR3FK48TF
BS 663 663 RR3FK48JQ
BS 664 710 RR3FK48TF
BS 711 940 RR3FK48JQ

RD RR3FK48TF 721 0 0
GCAAGAGTGTTTGCGCTCCAAGGATTTGGGTCTCTACGCATAGCAACGAAACAACAAGAG
AAGGAGAGGACAAGAAGATATCTGTGTTGAAGAGGCTCTTGAAGGATCTTGGAGTTGAAG
ATGAGATGTTAAGATCCATCCATGAGGCTGCTGTAGAAGAATTTTCAACGGAGATGGAGC
GTGGGGGAGCTGGTGGAGAGACGGTGGAAGAGAAGGAGCGTTCTGCTCTACTGTACGCGC
TTCACTTGAATTTGAGGTGGAAGAAGTATCTGATTGTGTTTGACGATGTTAGAGAAGAGG
ACGAGTGGGACGAGAAGCTGGATGAGAAGCTCAAGGAGGATGTGAAATGGGGAAAGCATC
TTTCAGATGGGTTCCCTAAAGGGTCTGGTGGGAGAGTCATATACACGACCAGGGATAAGA
CGGTGGCGGAGAAGCTGGTTGCGGAGAGACATGAGATCCATCGTCTTTGGCCTTTGTCTG
ATCATAAGAATGTCTGGGATATATATCAAGCAGTGGTCGATGAGAAAGGGAAAGAGCCTC
CGAGGAACGACAAGAAATGCATAGATGAGCTGATGAACAAGTCTCGCGGTCTTCCTCTGG
CTGTAAGACTGATTGCTGAGCTTGATCCTGTGTTTCTTGATGATGAAA*TGTTGCGGCTC
AG*ACGGTTCTAATAATGGAACAACCGAGGAGTCACACAACCCGGCCGAC
AGTCCACCAAT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3FK48JQ 483 0 0
CCATCGTCTTTGGCCTTTGTCTGATCATAAGAATGTCTGGGATATATATCAAGCAGTGGT
CGATGAGAAAGGGAAAGAGCCTCCGAGGAACGACAAGAAATGCATAGATGAGCTGATGAA
CAAGTCTCGCGGTCTTCCTCTGGCTGTAAGACTGATTGCTGAGCTTGATCCTGTGTTTCT
TGATGATGAAAATGTTGCGGCTCAGGACGGTTTTAATAATGGAACAACCGAGGAGTCACA
CAACCCGGCCGACCAGTCCAACCAATCCAACCCCTGAGAAGTGGATTAGCCTCATCCGGA
CTCTCTTGGCTCATGTTTCCAGAGCTGTTTCAATGCTATTATCATCATCATCAAACCTTG
CTTATGTTTTCTTGAATTCTTGTATGTGTTTCTTGTTTCATGTTGTTTGTTTGTCACTTT
GTTGTATCAATAAACAAGAATCTTTGAGATGTGTTTCTTTAATGGAATGGAACCATCTTT
CTT

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 2

CO CL6841Contig1 997 2 2 U
GGACCACACTCGGCGCCCTAAAAGCTTTAATCGCTCTCTCGTCTTCTTCTCTTCTCCGTC
GCAACCGTCACCGTCAGCTCGTTACCGATTGTATCAATGGAGTTCTGGGGTGTTGAAGTT
AAGGGTGGTGAGCCACTTAGGGTGGATCCTGGGAAGGATATGATTGTGCACATCTCACTG
GCTGCTCTAGGCGAGAAGAAGAACGGTGGGAACGAGCCTGTCAGGCTCTACACGAAAGTT
GAAGATCAAAAGCTTCTGATTGGGACGCTCTCACATGATAAGTTTCCTCAGCTGTGCACG
GAGATTGTGTTGCCAAGGTCTTTTGAGCTGTCTCATAGCTGGAAGGATGGGAGTGTTTTC
TTCACCGGCTACATAGTTGATGCTCATGAATCTGATTCTGAGTCTGATGACGAGGAGCCT
GCTGAGCCAGCTGTTGCGAAATCAGGTGTGAAACAGGTGAACTTTCAGTTGCCTAATGAT
GATGCCAAGGCCGAGCAAGATGATGATGATGATGAGGATGAAGATGATAGTGATGATGAG
GATGCTGACTCTGAAGATGCGGAAGCCAACACCTCGAAGACTGCTTCAAACAAGAAGGCT
AAATTCGTAACTCCTCAGAAATCAGAATCGAAGAAGCCACACGTCCACGTTGCGACTCCG
CATCCATCAAAGGGAGTAAAGAGCTCGGGAAGTAATGGAGAGACCTCGAAGCTGCAACAG
AACGTTTAACTCGGAGATGGGCTTGCAGTCTCACACGAAGGCCAAACACAGTGCAGCTGC
TTGAAGTCTGATGAAGAAGAAAGAGACTATCCATAATCCTCTTTAGACTTTTGATGTTTT
TGGTTTTCAAAACTTGAGTTTGCGAGTGAACCAGTTTTAGTTATCTTTTTCCTAATCGTC
AGGGTAGACGAAACTTTTCTGAACTCTATGTTTAGTGCTAATATGGTGGATATTATATTA
TGTTGGCTTTTGCCGAGAAAACAAAAATTTCGTGGGC


BQ
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AF RR3C922TF U 1
AF RR3C922JQ C 279
BS 1 615 RR3C922TF
BS 616 997 RR3C922JQ

RD RR3C922TF 615 0 0
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GCAACCGTCACCGTCAGCTCGTTACCGATTGTATCAATGGAGTTCTGGGGTGTTGAAGTT
AAGGGTGGTGAGCCACTTAGGGTGGATCCTGGGAAGGATATGATTGTGCACATCTCACTG
GCTGCTCTAGGCGAGAAGAAGAACGGTGGGAACGAGCCTGTCAGGCTCTACACGAAAGTT
GAAGATCAAAAGCTTCTGATTGGGACGCTCTCACATGATAAGTTTCCTCAGCTGTGCACG
GAGATTGTGTTGCCAAGGTCTTTTGAGCTGTCTCATAGCTGGAAGGATGGGAGTGTTTTC
TTCACCGGCTACATAGTTGATGCTCATGAATCTGATTCTGAGTCTGATGACGAGGAGCCT
GCTGAGCCAGCTGTTGCGAAATCAGGTGTGAAACAGGTGAACTTTCAGTTGCCTAATGAT
GATGCCAAGGCCGAGCAAGATGATGATGATGATGAGGATGAAGATGATAGTGATGATGAG
GATGCTGACTCTGAAGATGCGGAAGCCAACACCTCGAAGACTGCTTCAAACAAGAAGGCT
AAATTCGTAACTCCT

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3C922JQ 719 0 0
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CTGGAAGGATGGGAGTGTTTTCTTCACCGGCTACATAGTTGATGCTCATGAATCTGATTC
TGAGTCTGATGACGAGGAGCCTGCTGAGCCAGCTGTTGCGAAATCAGGTGTGAAACAGGT
GAACTTTCAGTTGCCTAATGATGATGCCAAGGCCGAGCAAGATGATGATGATGATGAGGA
TGAAGATGATAGTGATGATGAGGATGCTGACTCTGAAGATGCGGAAGCCAACACCTCGAA
GACTGCTTCAAACAAGAAGGCTAAATTCGTAACTCCTCAGAAATCAGAATCGAAGAAGCC
ACACGTCCACGTTGCGACTCCGCATCCATCAAAGGGAGTAAAGAGCTCGGGAAGTAATGG
AGAGACCTCGAAGCTGCAACAGAACGTTTAACTCGGAGATGGGCTTGCAGTCTCACACGA
AGGCCAAACACAGTGCAGCTGCTTGAAGTCTGATGAAGAAGAAAGAGACTATCCATAATC
CTCTTTAGACTTTTGATGTTTTTGGTTTTCAAAACTTGAGTTTGCGAGTGAACCAGTTTT
AGTTATCTTTTTCCTAATCGTCAGGGTAGACGAAACTTTTCTGAACTCTATGTTTAGTGC
TAATATGGTGGATATTATATTATGTTGGCTTTTGCCGAGAAAACAAAAATTTCGTGGGC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL6842Contig1 1112 2 2 U
GTACTATTGAAGGGTGGAAAGGAGGCCAGGCGATCAAATGCTATCTTACACAAGGTGATC
ACTGATGCAATTCCAGAGACTGTGGGTGGTAAACTCATTGGACTTGTGACTTCAAGGGAA
GAGATTCCTGATTTGCTCAAGCTTGATGACGTTATTGATCTTGTGATCCCAAGAGGCAGC
AACCAGCTTGTTTCCCAGATTAAAAACACTACAAAAATACCTGTTCTTGGTCATGCTGAT
GGAATCTGTCATGTATATATCGACAAGGCTTGTAATGTGGATATGGCTAAGCGCATAGTT
TCTGATGCAAAGTTGGATTATCCAGCAGCTTGTAACGCCATGGAAACTCTTCTTGTGCAT
AAGGATCTGGAGCAGAATGCTGTGCTCAATGAGCTTATATTTGCTCTGCAGAGCAATGGA
GTCACTTTATACGGTGGACCAAAGGCAAGTAAAATACTTAACCTACCAGAAGCACGGTCT
TTCAATCATGAGTACTGTTCCAAGGCGTGCACTGTTGAAGTTGTAGAAGACGTTTATGGT
GCTATAGATCACATTCACAGACATGGGAGTGCACACACAGACTGTATTGTGACGGAGGAT
CCTGAAGCTGCAGAGCTATTCCTTCGCCAAGTAGACAGTGCTGCTGTGTTCCACAACGCA
AGCACAAGATTCTCTGATGGTTTTCGATTTGGACTTGGTGCTGAGGTTGGGATAAGCACA
GGCAGGATCCATGCCCGTGGTCCAGTGGGAGTCGAGGGATTACTTACAACCAGATGGATA
ATGAGAGGAAAAGGACAAGTTGTGGATGGAGACAATGGGATTGCTTACACCCATCAAGAC
ATTCCCATCCAAGCTTAATATCATATCTCTCTGCTTTGTGTCAAAGTCTAGGAGAGGATG
GGCTTTTTGTTTCCTCTCTGCTTAATATCATATCCTATATTATAATCGTTATTGAAACCC
TCTCTTATGAAGTGAAGTGGTTTTGATTTTAGAGTTTAGGAATTGCACCAAAAATAAGTT
CCTTTGTTCTGTTTGTTTTTACCACTTGGTCTTTGGCTCATAAGTAAGATATTGTAAGCT
ACACTTTTCTTATTTATCAATTATTTGTTTGG


BQ
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AF RR3BZ70TF U 1
AF RR3BZ70JQ C 344
BS 1 680 RR3BZ70TF
BS 681 1112 RR3BZ70JQ

RD RR3BZ70TF 680 0 0
GTACTATTGAAGGGTGGAAAGGAGGCCAGGCGATCAAATGCTATCTTACACAAGGTGATC
ACTGATGCAATTCCAGAGACTGTGGGTGGTAAACTCATTGGACTTGTGACTTCAAGGGAA
GAGATTCCTGATTTGCTCAAGCTTGATGACGTTATTGATCTTGTGATCCCAAGAGGCAGC
AACCAGCTTGTTTCCCAGATTAAAAACACTACAAAAATACCTGTTCTTGGTCATGCTGAT
GGAATCTGTCATGTATATATCGACAAGGCTTGTAATGTGGATATGGCTAAGCGCATAGTT
TCTGATGCAAAGTTGGATTATCCAGCAGCTTGTAACGCCATGGAAACTCTTCTTGTGCAT
AAGGATCTGGAGCAGAATGCTGTGCTCAATGAGCTTATATTTGCTCTGCAGAGCAATGGA
GTCACTTTATACGGTGGACCAAAGGCAAGTAAAATACTTAACCTACCAGAAGCACGGTCT
TTCAATCATGAGTACTGTTCCAAGGCGTGCACTGTTGAAGTTGTAGAAGACGTTTATGGT
GCTATAGATCACATTCACAGACATGGGAGTGCACACACAGACTGTATTGTGACGGAGGAT
CCTGAAGCTGCAGAGCTATTCCTTCGCCAAGTAGACAGTGCTGCTGTGTTCCACAACGCA
AGCACAAGATTCTCTGATGG

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3BZ70JQ 769 0 0
AAACTCTTCTTGTGCATAAGGATCTGGAGCAGAATGCTGTGCTCAATGAGCTTATATTTG
CTCTGCAGAGCAATGGAGTCACTTTATACGGTGGACCAAAGGCAAGTAAAATACTTAACC
TACCAGAAGCACGGTCTTTCAATCATGAGTACTGTTCCAAGGCGTGCACTGTTGAAGTTG
TAGAAGACGTTTATGGTGCTATAGATCACATTCACAGACATGGGAGTGCACACACAGACT
GTATTGTGACGGAGGATCCTGAAGCTGCAGAGCTATTCCTTCGCCAAGTAGACAGTGCTG
CTGTGTTCCACAACGCAAGCACAAGATTCTCTGATGGTTTTCGATTTGGACTTGGTGCTG
AGGTTGGGATAAGCACAGGCAGGATCCATGCCCGTGGTCCAGTGGGAGTCGAGGGATTAC
TTACAACCAGATGGATAATGAGAGGAAAAGGACAAGTTGTGGATGGAGACAATGGGATTG
CTTACACCCATCAAGACATTCCCATCCAAGCTTAATATCATATCTCTCTGCTTTGTGTCA
AAGTCTAGGAGAGGATGGGCTTTTTGTTTCCTCTCTGCTTAATATCATATCCTATATTAT
AATCGTTATTGAAACCCTCTCTTATGAAGTGAAGTGGTTTTGATTTTAGAGTTTAGGAAT
TGCACCAAAAATAAGTTCCTTTGTTCTGTTTGTTTTTACCACTTGGTCTTTGGCTCATAA
GTAAGATATTGTAAGCTACACTTTTCTTATTTATCAATTATTTGTTTGG

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL6843Contig1 973 2 2 U
GTCCAGATGCGCGTGCTGATTCTAAGGATGACGCTGCGCCCAAAACTTGGAAAGCATGTG
GTTCTGGTGAGCTATTGGTTGGCAAAGTTGATGGGACTGAGAACTTCGCCTTGTTTGGAG
GCAAACGTGTTGAAGTCAATATATGGGATCTTGAACAATGTACCAAGATCTGGAGCGCAA
AATCTCCTCCCAAAGACAATCTAGGGATCTTCACGCCTACCTGGTTCACTTGTGCTGCAT
TCATGAGCAACGACGATCACCGTAAATTTGTCACTGGAACTAAGTCTCACCAGGTTCGTC
TTTATGATGTTTCTGCTCAACGTAGACCTGTCCTGTCCTTTGATTTCCAAGAGACTGCTA
TTACAGCGATCACTGAGGACCCAGATGGTCATACTGTCTATGTCGGCAATGCTTCTGCTG
ACCTCGCCGCCTTTGATATACGAACAGGAAAGCTGTTGGGAAGCTTTTTAGGAAAGTGTT
CTGTAAGCATAAGATCTGTGGTTAGACATCCACATCATCAAGTGATAGCTTCTTGCGGGT
TAGACCGATATTTACGAGTTTATGACGTGAAGACACGACAGCTCCTCTCTGCGGTTTTCT
TGAAGCAGCATCTTACAGGTCTTGTTTTCGACTCGGGCTTTAATGGAGAAGAAATAGCTG
CCTCAAACACAGTGGTTGAGGTTGAAACAGAAGAGAACATGACAATCATGGAACAGGAAG
AGAATGAAGATGAAACAGAGGAGGCTCCTGTGAAGAAAAAGAAGTCAAAGAAAGAGAAAC
GCAGCAGAGAAAAAGTCTCTGAGGTTGAAGAGATAGACGAGGTAAGAAGCAAGAAGACAC
GAGACCACAAGAAGAAAACCAAGAAAGTAAAACAGACTCAACAAGACCAATTTTAAGTTT
TTTTCACCAAAGACTGCTGTTGTACTTTTGCTCTTGTAATCTGAGCTACAGTTTTGAACA
ACGCTTCAACGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG56TF U 1
AF RR3EG56JQ C 278
BS 1 614 RR3EG56TF
BS 615 973 RR3EG56JQ

RD RR3EG56TF 614 0 0
GTCCAGATGCGCGTGCTGATTCTAAGGATGACGCTGCGCCCAAAACTTGGAAAGCATGTG
GTTCTGGTGAGCTATTGGTTGGCAAAGTTGATGGGACTGAGAACTTCGCCTTGTTTGGAG
GCAAACGTGTTGAAGTCAATATATGGGATCTTGAACAATGTACCAAGATCTGGAGCGCAA
AATCTCCTCCCAAAGACAATCTAGGGATCTTCACGCCTACCTGGTTCACTTGTGCTGCAT
TCATGAGCAACGACGATCACCGTAAATTTGTCACTGGAACTAAGTCTCACCAGGTTCGTC
TTTATGATGTTTCTGCTCAACGTAGACCTGTCCTGTCCTTTGATTTCCAAGAGACTGCTA
TTACAGCGATCACTGAGGACCCAGATGGTCATACTGTCTATGTCGGCAATGCTTCTGCTG
ACCTCGCCGCCTTTGATATACGAACAGGAAAGCTGTTGGGAAGCTTTTTAGGAAAGTGTT
CTGTAAGCATAAGATCTGTGGTTAGACATCCACATCATCAAGTGATAGCTTCTTGCGGGT
TAGACCGATATTTACGAGTTTATGACGTGAAGACACGACAGCTCCTCTCTGCGGTTTTCT
TGAAGCAGCATCTT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3EG56JQ 696 0 0
AACTAAGTCTCACCAGGTTCGTCTTTATGATGTTTCTGCTCAACGTAGACCTGTCCTGTC
CTTTGATTTCCAAGAGACTGCTATTACAGCGATCACTGAGGACCCAGATGGTCATACTGT
CTATGTCGGCAATGCTTCTGCTGACCTCGCCGCCTTTGATATACGAACAGGAAAGCTGTT
GGGAAGCTTTTTAGGAAAGTGTTCTGTAAGCATAAGATCTGTGGTTAGACATCCACATCA
TCAAGTGATAGCTTCTTGCGGGTTAGACCGATATTTACGAGTTTATGACGTGAAGACACG
ACAGCTCCTCTCTGCGGTTTTCTTGAAGCAGCATCTTACAGGTCTTGTTTTCGACTCGGG
CTTTAATGGAGAAGAAATAGCTGCCTCAAACACAGTGGTTGAGGTTGAAACAGAAGAGAA
CATGACAATCATGGAACAGGAAGAGAATGAAGATGAAACAGAGGAGGCTCCTGTGAAGAA
AAAGAAGTCAAAGAAAGAGAAACGCAGCAGAGAAAAAGTCTCTGAGGTTGAAGAGATAGA
CGAGGTAAGAAGCAAGAAGACACGAGACCACAAGAAGAAAACCAAGAAAGTAAAACAGAC
TCAACAAGACCAATTTTAAGTTTTTTTCACCAAAGACTGCTGTTGTACTTTTGCTCTTGT
AATCTGAGCTACAGTTTTGAACAACGCTTCAACGAA

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL6844Contig1 950 2 2 U
CTCTCTTTTCTCCTCGTTTCTGCTCCCATCTTTCTCGCCCTCGCCGACGCTCTCCTCCCT
TCCGCCCTCCTCCACCGCCTCTCTGCGCCGACGAACCTCTCTTCTCATCTCACAAACTAC
GATTTCCGCCACTCCCTCACCGATATTCCACTACTCTCCATCGTTAGATCCGCCGTTATA
CTCTGCGTTTACGGGCTTTTGCGATGGACCCAAGTTTATCGAGGGGTCCGTATCTGATGA
TAACGATGATTCTGCTCTGTTTCTTCTCTGATTCTACGTTTCGTTAAAAGCCGCGTTCGT
GTTCGGCGTACCGGCGAACGGAGACGGCGGAGGTAGTTACTTCAGAGCTGCGGAAGTTGC
TCTGTTTCTATGCTCGTCGGTCTTAGCCATCGGTCATATAGTCGTGGCGTATCGAACAAG
TTGTCGAGAGAGGCGAAAGCTCCTCGTCTTCAAGATCGACATCGAAGCCGTTTCGGCATG
TAAAAACGTGTATCCAAGATATCAAAAGATCCTCCAACAAGAGAGACTCAAGTAGATACG
TATTTCAAGGAGACTCGAATACTTGTTGTAAATATGCATACACACATGACACGTACCCTA
ACGTAGTAACGTATGTATAAATATATAAAAAATACGACGTGTAAATTTAGCAGCTTATTC
TCCTGCCTTTCGGTGTTCACCCATCAACTCCTTCGCTTTTAAGTTTGAGAAAGATCCAAA
GGGCAAAAGATAGTCTGTAAAAGAGGGAGGAACAGATGGCGGGGGCGTATATATATCACT
TAATGAGAATTATACATATTTTAATGCAAGACAACTCCGATGAATTGGCAGTTGTTAGCT
TTGATATTAGATTAGTTAAGTGAGATCTGTATATAATATAGTTTTCTTTGTTTTGTAATA
ACCTAGAGTTCATAGATGAGAAAAGTAGCCCGAGGCATCTTTTTTATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C574TF U 1
AF RR3C574JQ C 175
BS 1 538 RR3C574TF
BS 539 950 RR3C574JQ

RD RR3C574TF 538 0 0
CTCTCTTTTCTCCTCGTTTCTGCTCCCATCTTTCTCGCCCTCGCCGACGCTCTCCTCCCT
TCCGCCCTCCTCCACCGCCTCTCTGCGCCGACGAACCTCTCTTCTCATCTCACAAACTAC
GATTTCCGCCACTCCCTCACCGATATTCCACTACTCTCCATCGTTAGATCCGCCGTTATA
CTCTGCGTTTACGGGCTTTTGCGATGGACCCAAGTTTATCGAGGGGTCCGTATCTGATGA
TAACGATGATTCTGCTCTGTTTCTTCTCTGATTCTACGTTTCGTTAAAAGCCGCGTTCGT
GTTCGGCGTACCGGCGAACGGAGACGGCGGAGGTAGTTACTTCAGAGCTGCGGAAGTTGC
TCTGTTTCTATGCTCGTCGGTCTTAGCCATCGGTCATATAGTCGTGGCGTATCGAACAAG
TTGTCGAGAGAGGCGAAAGCTCCTCGTCTTCAAGATCGACATCGAAGCCGTTTCGGCATG
TAAAAACGTGTATCCAAGATATCAAAAGATCCTCCAACAAGAGAGACTCAAGTAGATA

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3C574JQ 776 0 0
GTTATACTCTGCGTT*ACGGGCTTT*GCGATG*ACCCAAGTT*ATCGAGGGGTCCGTATC
TGATGATAACGATGAT*CTGCTCTGTTTCTTCTCTGAT*CTACGTTTCGTTAAAAGCCGC
GTTCGTGTTCGGCGTACCGGCGAACGGAGACGGCGGAGGTAGTTACTTCAGAGCTGCGGA
AGTTGCTCTGTTTCTATGCTCGTCGGTCTTAGCCATCGGTCATATAGTCGTGGCGTATCG
AACAAGTTGTCGAGAGAGGCGAAAGCTCCTCGTCTTCAAGATCGACATCGAAGCCGTTTC
GGCATGTAAAAACGTGTATCCAAGATATCAAAAGATCCTCCAACAAGAGAGACTCAAGTA
GATACGTATTTCAAGGAGACTCGAATACTTGTTGTAAATATGCATACACACATGACACGT
ACCCTAACGTAGTAACGTATGTATAAATATATAAAAAATACGACGTGTAAATTTAGCAGC
TTATTCTCCTGCCTTTCGGTGTTCACCCATCAACTCCTTCGCTTTTAAGTTTGAGAAAGA
TCCAAAGGGCAAAAGATAGTCTGTAAAAGAGGGAGGAACAGATGGCGGGGGCGTATATAT
ATCACTTAATGAGAATTATACATATTTTAATGCAAGACAACTCCGATGAATTGGCAGTTG
TTAGCTTTGATATTAGATTAGTTAAGTGAGATCTGTATATAATATAGTTTTCTTTGTTTT
GTAATAACCTAGAGTTCATAGATGAGAAAAGTAGCCCGAGGCATCTTTTTTATTCC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL6845Contig1 964 2 2 U
GAGGAAGTGCTAGAACTCTTGTAACATTATCAAAAAGACCATGGAAAGAAAATAGATCCC
ACCTGAATAAACAGCTCGGAAGACTAGCCATGCCCCCTGTTCTTCCCGGAAACTGTTCTC
TAAAGTATTTCAGACAAACTTCCAAACATTGCTTGCAATCTTGGGAAGTTATGTCTGGCG
TGCATTGCGCCAGCATGTAAACATTCGGAAACGCTGTGAACTCGGCTTTAACGGCACTAT
AGTACTTATGTACAGAGGATGTATCAGGTTTTGTGGCAGCCTCGAGGGTCATATTAACGG
TGTATTCCCACTGTTGCCTGAAAAGGGTCATGTTTATAGATGGCCCGATATGATCTGGAC
TTATCCCTGTAACAGGAGGACTAAGCTCGAGGTTCCCAAAAGAGTGGTTTGACGAACGTA
GAAGACAAGAAACACGGTCTTCATCGTCACTGCCCCATATGAACGAATCCATGATGTTTG
GACAATCCCTTTGTGTTTCAAGGGTCATTCTTTCGAGACAACTGAGACAAGCTTTTGGCT
TGAAGCCTCTTGCGCAGAGGCCAAGAGCATAGACTCTGTTGGGATATTGGCCGAGTGAAG
CGTTGTAGAATCCGCCGTTAGTGAGGACTTTATTAGTAAGAGTAGAGAAGAGATTGAGGC
GATTCTGAGCGTAGCTGCTGTTGCTGGCTAAGCTTCCATAACACTTGACGCCATTTACAA
CTTGGAGGGTTTGAAGGAAAAAGAGAAGAAAAGAAACGAGGATCATACAAGCTGGGAATT
TCACCATATTTTTATGTACTAAAACAAAATTTTCTTTTTAATGTAAGTTCGCAAATGTTT
TCTTTTCTTGTACTTCTACGTTAGAAATTGTTATATTTGTAGGTCTCTTTCTTTATTCCA
TTCCATGGTAGGGGGAGAAGATGTGTATTGTGTATTTTAATGATGAAAGTTTGTTGATTA
TTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3GE11TF U 1
AF RR3GE11JQ C 319
BS 1 654 RR3GE11TF
BS 655 964 RR3GE11JQ

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TAAAGTATTTCAGACAAACTTCCAAACATTGCTTGCAATCTTGGGAAGTTATGTCTGGCG
TGCATTGCGCCAGCATGTAAACATTCGGAAACGCTGTGAACTCGGCTTTAACGGCACTAT
AGTACTTATGTACAGAGGATGTATCAGGTTTTGTGGCAGCCTCGAGGGTCATATTAACGG
TGTATTCCCACTGTTGCCTGAAAAGGGTCATGTTTATAGATGGCCCGATATGATCTGGAC
TTATCCCTGTAACAGGAGGACTAAGCTCGAGGTTCCCAAAAGAGTGGTTTGACGAACGTA
GAAGACAAGAAACACGGTCTTCATCGTCACTGCCCCATATGAACGAATCCATGATGTTTG
GACAATCCCTTTGTGTTTCAAGGGTCATTCTTTCGAGACAACTGAGACAAGCTTTTGGCT
TGAAGCCTCTTGCGCAGAGGCCAAGAGCATAGACTCTGTTGGGATATTGGCCGAGTGAAG
CGTTGTAGAATCCGCCGTTAGTGAGGACTTTATTAGTAAGAGTAGAGAAGAGAT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3GE11JQ 646 0 0
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GACTAAGCTCGAGGTTCCCAAAAGAGTGGTTTGACGAACGTAGAAGACAAGAAACACGGT
CTTCATCGTCACTGCCCCATATGAACGAATCCATGATGTTTGGACAATCCCTTTGTGTTT
CAAGGGTCATTCTTTCGAGACAACTGAGACAAGCTTTTGGCTTGAAGCCTCTTGCGCAGA
GGCCAAGAGCATAGACTCTGTTGGGATATTGGCCGAGTGAAGCGTTGTAGAATCCGCCGT
TAGTGAGGACTTTATTAGTAAGAGTAGAGAAGAGATTGAGGCGATTCTGAGCGTAGCTGC
TGTTGCTGGCTAAGCTTCCATAACACTTGACGCCATTTACAACTTGGAGGGTTTGAAGGA
AAAAGAGAAGAAAAGAAACGAGGATCATACAAGCTGGGAATTTCACCATATTTTTATGTA
CTAAAACAAAATTTTCTTTTTAATGTAAGTTCGCAAATGTTTTCTTTTCTTGTACTTCTA
CGTTAGAAATTGTTATATTTGTAGGTCTCTTTCTTTATTCCATTCCATGGTAGGGGGAGA
AGATGTGTATTGTGTATTTTAATGATGAAAGTTTGTTGATTATTTG

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL6846Contig1 1047 2 2 U
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CCTCCTCCTCCTCGCCGCACTATCACCTCCGGCGACTTCCCACTACTCCTCCTCAACCTC
ATCTCCTTCCTCTTCCACCGTCTCTACCTCCGCCTCCGAATGGCGTCCCGCGCGAGCCAC
CTACTACGCCGCGACCAACCCTCGAGACGCGGTAGGCGGTGCGTGCGGATACGGAGATCT
CGTCAAATCCGGGTACGGCATGGCCACGGTCGGTCTGAGCGAGACGCTGTTCGAGCGGGG
ACAGATCTGCGGCGCTTGCTTCGAGCTCAGATGCGTCGATGATCTGCGCTGGTGTATCCC
CGGGACTTCCATCATCCTCACCGCCACGAACTTCTGCGCTCCTAATTACGGTTTTGACCC
CGACGGTGGCGGTCACTGTAACCCTCCCAACAAACACTTCGTGTTGCCCATTGAGGCGTT
CGAGAAGATCGCTATTTGGAAAGCTGGGAACATGCCGGTGCAGTATCGAAGGATCAACTG
TAGAAGGGAAGGAAGCATTAGGTTTACAATAGATGGTGGAGGCATTTTCATTTCGGTTCT
GATCACCAATGTTGCTGGGTCCGGTGATATAGCTGCTGTGAAAGTTAAAGGGCCTAGAAC
CGGGTGGTTACCAATGGGTCGTAATTGGGGACAGAACTGGCATATCAACGCTGATCTCAA
GAACCAAGCTCTCTCGTTTGAAGTGACTGCTAGTGACAGATCAACCGTGACAGCTTACAA
TGTTGCTCCTAGAAACTGGGATTACGGACAAACCTTTGAAGGGAAACAGTTCGAGACTCC
GTGACACACAGAGAAGGGTACACATCGAGATATAAGAATTTTTGATGGCACGTGACTAAG
GAGTGTTCTTTTGCATTTTATAGTTTCGCTCTCCCACGAATAGGTACAAGGAGAAGTCAC
CCATGTTGTACTAAGAATAGTGATCACACAAACATCACTATTGTATCTTTACATTGCTAA
GGAGCAAAAGCTTCTTCTCAAATGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EE79TF U 1
AF RR3EE79JQ C 397
BS 1 648 RR3EE79TF
BS 649 1047 RR3EE79JQ

RD RR3EE79TF 648 0 0
GAAACAAAACAAAAAAAAACAAATCTCTCCTACACTCTCGCCGGAGATGCAACTCTTCCT
CCTCCTCCTCCTCGCCGCACTATCACCTCCGGCGACTTCCCACTACTCCTCCTCAACCTC
ATCTCCTTCCTCTTCCACCGTCTCTACCTCCGCCTCCGAATGGCGTCCCGCGCGAGCCAC
CTACTACGCCGCGACCAACCCTCGAGACGCGGTAGGCGGTGCGTGCGGATACGGAGATCT
CGTCAAATCCGGGTACGGCATGGCCACGGTCGGTCTGAGCGAGACGCTGTTCGAGCGGGG
ACAGATCTGCGGCGCTTGCTTCGAGCTCAGATGCGTCGATGATCTGCGCTGGTGTATCCC
CGGGACTTCCATCATCCTCACCGCCACGAACTTCTGCGCTCCTAATTACGGTTTTGACCC
CGACGGTGGCGGTCACTGTAACCCTCCCAACAAACACTTCGTGTTGCCCATTGAGGCGTT
CGAGAAGATCGCTATTTGGAAAGCTGGGAACATGCCGGTGCAGTATCGAAGGATCAACTG
TAGAAGGGAAGGAAGCATTAGGTTTACAATAGATGGTGGAGGCATTTTCATTTCGGTTCT
GATCACCAATGTTGCTGGGTCCGGTGATATAGCTGCTGTGAAAGTTAA

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DS 

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TGTGAAGGTTAAAGGGCCTAGAACCGGGTGGTTACCAATGGGTCGTAATTGGGGACAGAA
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CAGATCAACCGTGACAGCTTACAATGTTGCTCCTAGAAACTGGGATTACGGACAAACCTT
TGAAGGGAAACAGTTCGAGACTCCGTGACACACAGAGAAGGGTACACATCGAGATATAAG
AATTTTTGATGGCACGTGACTAAGGAGTGTTCTTTTGCATTTTATAGTTTCGCTCTCCCA
CGAATAGGTACAAGGAGAAGTCACCCATGTTGTACTAAGAATAGTGATCACACAAACATC
ACTATTGTATCTTTACATTGCTAAGGAGCAAAAGCTTCTTCTCAAATGTTT

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

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GTTCAAGCGTTGCCACAATACAGTGAACAAATTGACAAGCTGTCGCTCCATGTGGAGATT
GCTAGAAAAATCAACGACCTTATCAGAGAGCAGGGACTGCGGGAGCTTGGACAACTTGAA
TAAGACCTGGTCTTTGGTGATGCTGGGATGAAGGATGTGATTAAATATTTGAGTATCAAG
AGGAGGCAAGTCGTGAAGGTAAGTTACGCCTGCTGATGATCCTCGCAACAATTTACCCTG
AAAAGTTCGAAGGTGAAAAAGGTCAAAATCTAATGAAGCTGGCAAAACTCTCATGTGATG
ACATGAGCGCTGTGAATAATATGAGATTGCTTGGTTCAGCCGTTGATGCTAAAAAGAATA
CTCCGGGAGTTTTCACTTTGAAGTTTGATCTTCACAAGAAGAAGCGAACTGTCAGGAAAG
AGCGCCAAGAGGAAGCAGCATGGCAGCTATCTCGTTTTTACCCCATGGTTGAGGAACTCA
TCGAGAAGCTTAGCAAAGGAGAATTGCCAAAAGAGGATTTCCCATGCATGAACGACCCAA
GCCCGAGCTTCCACGGATCAACTTCGCTTTCTTCATCAGCAAGTAGTAATCAAGGTCAAG
CTGCTGCTCAGTCCATGAGATCAAGTCGCACACCAACATGGGCTAAACCTCGAGGTTCAG
ATGATGGATACTCAAGTGATTCGGTGTTGAGACATGCGTCTAGTGATTTCAGAAAGATGG
GACAGCGAATATTTGTGTTTATTGTTGGTGGAGCGACAAGATCAGAGTTAAAAGTATGCC
ACAAACTAACCACGAAACTTAAAAGAGAAGTTATCCTCGGGTCTACAAGCCTCGATGATC
CTCCACAGTTCATAACGAAACTGAAGCTTCTGTCTGCAAATGAGCTATCTATAGACGATC
TCCAAATATAAGAATTCAGATCTCAGTTCAAATCATTGTCCTTGCTCTTTGATCTCCCAT
TCTAATTTGTAACCAAGTTGAAGGCATGTAAAAGGGATAAAAAAAACAATCAGATTTTGA
GGTCATGACTGTAAGTTTACCCTTATTGTTTGTCGTCTTGAGATGTAAAAGCAACTCATA
ACGTTGACTTCTATATCTTTGGCTATTGTCTTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CY40TF U 1
AF RR3CY40JQ C 436
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ACAGCGATA

QA 1 780 1 780
DS 

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TGAGATCAAGTCGCACACCAACATGGGCTAAACCTCGAGGTTCAGATGATGGATACTCAA
GTGATTCGGTGTTGAGACATGCGTCTAGTGATTTCAGAAAGATGGGACAGCGAATATTTG
TGTTTATTGTTGGTGGAGCGACAAGATCAGAGTTAAAAGTATGCCACAAACTAACCACGA
AACTTAAAAGAGAAGTTATCCTCGGGTCTACAAGCCTCGATGATCCTCCACAGTTCATAA
CGAAACTGAAGCTTCTGTCTGCAAATGAGCTATCTATAGACGATCTCCAAATATAAGAAT
TCAGATCTCAGTTCAAATCATTGTCCTTGCTCTTTGATCTCCCATTCTAATTTGTAACCA
AGTTGAAGGCATGTAAAAGGGATAAAAAAAACAATCAGATTTTGAGGTCATGACTGTAAG
TTTACCCTTATTGTTTGTCGTCTTGAGATGTAAAAGCAACTCATAACGTTGACTTCTATA
TCTTTGGCTATTGTCTTGCT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

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TTATGAACATGGCTGGTTCTTGCACCTCTTGCTATGTCACAACAGGGTCTTTCTCAAGAT
CTGCTGTAAACTACAATGCTGGAGCCAAAACTGCGGTTTCCAACATTGTGATGGCCTCGG
CAGTTCTTGTCACCCTCTTGTTTCTGATGCCACTCTTCTACTACACTCCTAACTTGATCC
TGGCTGCTATTATCTTAACCGCGGTGATAGGCCTCATTGATTATCAAGCAGCTTACAAGC
TCTGGAAAGTTGTTAAATTTGATTTCTTCACTTGCATGTGTTCTTTCTTTGGCGTTCTCC
TCGTCTCTGTACCTCTTGGCCTAGCAATAGCAGTGGGAGTTTCAGTTCTCAAGATCTTGT
TGCATGTAACCCGGCCAAACACTTTAGAATTTGGAAACATCCAAGGGACTCATATATATC
AGAGTGTTAAAAGATACAGAGAAGCTTCAAGAGTCCCTGGTTTCTTGATTCTTGCTGTTG
AATCTCCAATATACTTTGCCAATAGCACTTATCTGCAAGAAAGAATCTTGAGATGGACCA
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ACATGACAGCTGTGTCTTCTATAGACACATGCGGTATTGAAGCGGTGTTTGAACTTAGGA
GGAGACTGGAGAAGCAATCACTTCAGCTTGTGCTGGTGAATCCTGTGGGGAGTGTCATGG
AGAAGCTGCACAAGTCCAAGATCATTGAGTCATCGGGGCTGAGTGGACTTTATCTAACAG
TTGGTGAAGCTGTGGCTGATCTCTCTTCAACTTGGAAAGCTCATGGCCAGCCATGAAATA
AAGCAAGTCTCTTATGAACTTGAAGAGACTTTGAACTTCTACTAGAGAACTTGTTGTGGA
TGGTTGTTTCTGAAGACAAGGCCAGCCTCTTTAGAAACAATTTTTGGTGCTATTTAACTG
TGTAATAAATGTTACTTCATCTTTAACTTATCTATATAACAAATCATAATTTCAGGCATG
AATATCCTGATAATCTATATTACCTATTATCATTGATGAAATGATCTCAATGATGAAACT
TTGGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB92TF U 1
AF RR3CB92JQ C 379
BS 1 714 RR3CB92TF
BS 715 1148 RR3CB92JQ

RD RR3CB92TF 714 0 0
GCTTTGCATCTCTTAAGAACTATCAAGTTAATGGGAACAAAGAGATGATGGCTATAGGTT
TTATGAACATGGCTGGTTCTTGCACCTCTTGCTATGTCACAACAGGGTCTTTCTCAAGAT
CTGCTGTAAACTACAATGCTGGAGCCAAAACTGCGGTTTCCAACATTGTGATGGCCTCGG
CAGTTCTTGTCACCCTCTTGTTTCTGATGCCACTCTTCTACTACACTCCTAACTTGATCC
TGGCTGCTATTATCTTAACCGCGGTGATAGGCCTCATTGATTATCAAGCAGCTTACAAGC
TCTGGAAAGTTGTTAAATTTGATTTCTTCACTTGCATGTGTTCTTTCTTTGGCGTTCTCC
TCGTCTCTGTACCTCTTGGCCTAGCAATAGCAGTGGGAGTTTCAGTTCTCAAGATCTTGT
TGCATGTAACCCGGCCAAACACTTTAGAATTTGGAAACATCCAAGGGACTCATATATATC
AGAGTGTTAAAAGATACAGAGAAGCTTCAAGAGTCCCTGGTTTCTTGATTCTTGCTGTTG
AATCTCCAATATACTTTGCCAATAGCACTTATCTGCAAGAAAGAATCTTGAGATGGACCA
GGGAAGAGGAAGCTCGGATAAAAGAAAACAATGGCAGTATTTTAAAATGCGTCATTCTCG
ACATGACAGCTGTGTCTTCTATAGACACATGCGGTATTGAAGCGGTGTTTGAAC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3CB92JQ 770 0 0
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ACACTTTAGAATTTGGAAACATCCAAGGGACTCATATATATCAGAGTGTTAAAAGATACA
GAGAAGCTTCAAGAGTCCCTGGTTTCTTGATTCTTGCTGTTGAATCTCCAATATACTTTG
CCAATAGCACTTATCTGCAAGAAAGAATCTTGAGATGGACCAGGGAAGAGGAAGCTCGGA
TAAAAGAAAACAATGGCAGTATTTTAAAATGCGTCATTCTCGACATGACAGCTGTGTCTT
CTATAGACACATGCGGTATTGAAGCGGTGTTTGAACTTAGGAGGAGACTGGAGAAGCAAT
CACTTCAGCTTGTGCTGGTGAATCCTGTGGGGAGTGTCATGGAGAAGCTGCACAAGTCCA
AGATCATTGAGTCATCGGGGCTGAGTGGACTTTATCTAACAGTTGGTGAAGCTGTGGCTG
ATCTCTCTTCAACTTGGAAAGCTCATGGCCAGCCATGAAATAAAGCAAGTCTCTTATGAA
CTTGAAGAGACTTTGAACTTCTACTAGAGAACTTGTTGTGGATGGTTGTTTCTGAAGACA
AGGCCAGCCTCTTTAGAAACAATTTTTGGTGCTATTTAACTGTGTAATAAATGTTACTTC
ATCTTTAACTTATCTATATAACAAATCATAATTTCAGGCATGAATATCCTGATAATCTAT
ATTACCTATTATCATTGATGAAATGATCTCAATGATGAAACTTTGGAGCC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL6849Contig1 986 2 2 U
GGACCTGAAACAAATTAAGAGATAAACTGAATACATGTACAGTTGAAGGAACTTTTTACA
GATCTTATGAGTTAAACATACTAATCAATTAGGATATGACTTACTCTGTGCCAAGGCACC
CATTTTCGTTTGAACCCCATGTGTAAAGTTCCCCACTTCCTTACAAAAACGAAGGAAACA
ACAGAGACTGAGTTCCTATCGACCATCAAGCAAAAAGGTACTAAAGTAGAGAATTACTTG
TGACAACACATGTGTGGTAACCACCACATGCAACTTCTTCTGCGTATGGCACATCACTGA
TAATGGATGGTGTTGTAGCATTTCTTACTCCTCCAAATCCCTATAATCTCCCACCAGATA
GCTTTAGATGACTATAATATAACTATAGATAGTCTAGGAAAACGAAACATTTTATTTACC
ATCTTATTTATAGATCTCTCTCCGAACATGAAGGCAGAGCCATTCTCTGCATTATTTGGA
AAACAAAACTCAGACAGTCAGTAACTGCCAGTCTGGCACAACATTCAAAATTTAAGAAAG
TAACTCAGTACCATCAGTGCATGCTGTATGCAGTAGACCAGCAGCAACGTTGTTAACCTA
TTGTTCGATCAAAAGAACAGATAAACAGAAGCAATAAAGTCTAAAGATTAAAACCATCAC
TAGGTAAATAGAAGTTCTTCATCTAAGAAGTTACCTTAATCCCCTCAAGTTCCTTGATAA
GCCTGGGAGTAAACTCACTACAAGCGCAGTACAGGAAAACTATGAAGGAATCATATGATA
AAGTTCACCAATGAGGAAACATGAAAATTCATGTGAGTAAAAACTGCATGAGAAAGAAAC
AAGTATAAGAATTAAGCAAAAAGAGAACAAACCTTTTACTTTTTAAGATGCCAAAAAAAC
TGGACTCGTGACCGTGGCCAAGTCTCCCAGATCCTCCTCCACCCCAACTCAGGACTTCAC
CTCCTTTTTCTCCAGAAAGATACTTT


BQ
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AF RR3D459TF U 1
AF RR3D459JQ C 678
BS 1 768 RR3D459TF
BS 769 986 RR3D459JQ

RD RR3D459TF 768 0 0
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GATCTTATGAGTTAAACATACTAATCAATTAGGATATGACTTACTCTGTGCCAAGGCACC
CATTTTCGTTTGAACCCCATGTGTAAAGTTCCCCACTTCCTTACAAAAACGAAGGAAACA
ACAGAGACTGAGTTCCTATCGACCATCAAGCAAAAAGGTACTAAAGTAGAGAATTACTTG
TGACAACACATGTGTGGTAACCACCACATGCAACTTCTTCTGCGTATGGCACATCACTGA
TAATGGATGGTGTTGTAGCATTTCTTACTCCTCCAAATCCCTATAATCTCCCACCAGATA
GCTTTAGATGACTATAATATAACTATAGATAGTCTAGGAAAACGAAACATTTTATTTACC
ATCTTATTTATAGATCTCTCTCCGAACATGAAGGCAGAGCCATTCTCTGCATTATTTGGA
AAACAAAACTCAGACAGTCAGTAACTGCCAGTCTGGCACAACATTCAAAATTTAAGAAAG
TAACTCAGTACCATCAGTGCATGCTGTATGCAGTAGACCAGCAGCAACGTTGTTAACCTA
TTGTTCGATCAAAAGAACAGATAAACAGAAGCAATAAAGTCTAAAGATTAAAACCATCAC
TAGGTAAATAGAAGTTCTTCATCTAAGAAGTTACCTTAATCCCCTCAAGTTCCTTGATAA
GCCTGGGAGTAAACTCACTACAAGCGCAGTACAGGAAAACTATGAAGG

QA 1 768 1 768
DS 

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CTACAAGCGCAGTACAGGAAAACTATGAAGGAATCATATGATAAAGTTCACCAATGAGGA
AACATGAAAATTCATGTGAGTAAAAACTGCATGAGAAAGAAACAAGTATAAGAATTAAGC
AAAAAGAGAACAAACCTTTTACTTTTTAAGATGCCAAAAAAACTGGACTCGTGACCGTGG
CCAAGTCTCCCAGATCCTCCTCCACCCCAACTCAGGACTTCACCTCCTTTTTCTCCAGAA
AGATACTTT

QA 1 309 1 309
DS 



AS 1 2

CO CL6850Contig1 868 2 2 U
GGAGCCTCTCTTTGCTTCTCTCTATGTTCCGAGGAACGATGGGCTTGTGAAGATCGGCGG
GAACTTGATTATTCATTCTGTTCTGGCTAGTGAGAAAGCTAAGAAGAATATCTCTGAGAC
AATAAAAAAAGGCAAGGAACCTGATTTGACTGTTTCTCTGTCTTCTGCATTAGCTGTCCC
TGATGTGCGAGGAAACGGAGCGATGCTTCCACATTCTTCAAAGGCTCTCTCTTCTGGTTC
GCCAGATGGGAAAAGACTTCACCAGTGGTTTCATGAAGGTGGCGCAGGGACGCTAATGGA
TTATAGCATGTGCACCGAAGTCTTCCAGTTCGATATTTCACCAGGGGCTATAGTCCCATC
ATCAGTCTCCAACATTACAAGGGAGCATCTCCAGAATGTCACCACCACCCAGGACAAGAG
AATGAAGAACAGGAGGATTCTCGAGGGGCTTCCGGTTTCACGTTTGGCATCTGAGCTCAA
CAACATCACGGAAGCCCAGGCGAGCAAAGACGCCCAAAACAAGAGCTTTCATGGGAAAGC
TAATACAAAACCCACATCGTCATCATCCTCAATGGTTGTTTCAGTGTTGCTTGATCCAAG
GGAGGTGGTTGACTCTGAAACAGTCATGCCCTCAAACCCGAAATCACTTTCCCGGATCTT
CGTGGTGGTGCTTCTAGACAGCGTCAAGTACGTTACATACTCATGTGTTCTTCCCCGGTC
AGGTCTCCACCTTGTGGCTACCTGATCCGAGACTAGCTCGTTTTTTTACTCATGTTGACC
CAAAGTAGACGAACAATGACTTGTTTATATACAAATACATTTATGACTTTTTTGTCCGTG
TTGTAGTAAAACTCGGTGTTTTTAAGGT


BQ
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AF RR3CL02TF U 1
AF RR3CL02JQ C 325
BS 1 660 RR3CL02TF
BS 661 868 RR3CL02JQ

RD RR3CL02TF 660 0 0
GGAGCCTCTCTTTGCTTCTCTCTATGTTCCGAGGAACGATGGGCTTGTGAAGATCGGCGG
GAACTTGATTATTCATTCTGTTCTGGCTAGTGAGAAAGCTAAGAAGAATATCTCTGAGAC
AATAAAAAAAGGCAAGGAACCTGATTTGACTGTTTCTCTGTCTTCTGCATTAGCTGTCCC
TGATGTGCGAGGAAACGGAGCGATGCTTCCACATTCTTCAAAGGCTCTCTCTTCTGGTTC
GCCAGATGGGAAAAGACTTCACCAGTGGTTTCATGAAGGTGGCGCAGGGACGCTAATGGA
TTATAGCATGTGCACCGAAGTCTTCCAGTTCGATATTTCACCAGGGGCTATAGTCCCATC
ATCAGTCTCCAACATTACAAGGGAGCATCTCCAGAATGTCACCACCACCCAGGACAAGAG
AATGAAGAACAGGAGGATTCTCGAGGGGCTTCCGGTTTCACGTTTGGCATCTGAGCTCAA
CAACATCACGGAAGCCCAGGCGAGCAAAGACGCCCAAAACAAGAGCTTTCATGGGAAAGC
TAATACAAAACCCACATCGTCATCATCCTCAATGGTTGTTTCAGTGTTGCTTGATCCAAG
GGAGGTGGTTGACTCTGAAACAGTCATGCCCTCAAACCCGAAATCACTTTCCCGGATCTT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3CL02JQ 544 0 0
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GCATCTCCAGAATGTCACCACCACCCAGGACAAGAGAATGAAGAACAGGAGGATTCTCGA
GGGGCTTCCGGTTTCACGTTTGGCATCTGAGCTCAACAACATCACGGAAGCCCAGGCGAG
CAAAGACGCCCAAAACAAGAGCTTTCATGGGAAAGCTAATACAAAACCCACATCGTCATC
ATCCTCAATGGTTGTTTCAGTGTTGCTTGATCCAAGGGAGGTGGTTGACTCTGAAACAGT
CATGCCCTCAAACCCGAAATCACTTTCCCGGATCTTCGTGGTGGTGCTTCTAGACAGCGT
CAAGTACGTTACATACTCATGTGTTCTTCCCCGGTCAGGTCTCCACCTTGTGGCTACCTG
ATCCGAGACTAGCTCGTTTTTTTACTCATGTTGACCCAAAGTAGACGAACAATGACTTGT
TTATATACAAATACATTTATGACTTTTTTGTCCGTGTTGTAGTAAAACTCGGTGTTTTTA
AGGT

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

CO CL6851Contig1 988 2 8 U
GCTGAGCCAGGCCTTTAGATATGGCGTTTACAGCAATGATGACATGGATGAGACCCAAGG
CTCTATGGAACGCGGCGATGATGAGGATGTCTACTTTGATGACGAATCTGCAGAAGTTGT
CATATCTTCTTTGCGCCTTGGAGATGATCAGGAGAGTTCTTCTTCACAAATTCGAACTGG
TTTGCTTTCGATGATGAAAAAGTTGCGAATGAGCACTCAATGGCTTCCCCATCACCCAAT
GCTAATGAGGATGATGATGATGATGTCGTCATAGGTGAAGCGGCCGATGACTTCAAGGAC
AGTGTAGCCTCCCCTTCTTCCCCGCCTGTTGATATGGAAACAGAGGAGGATTCTACATCA
AAGAATCCTTCTGAAACCCCGAGTGAACCAGAAGCCGAAAAATCACCAGCTTGGGTCGAA
TGGAGAGAGACATCCGAGTCCACTGCGCCTTCTTCGAACCCAGAGGAAGCTAGCATGTTA
CCCAATGGTGATGTTCAAAACGAGAAAGAGGATAATGATGATGATATCGATATAGAAGGT
GCAAAGGATTCACCACCAGGTGCATGTGGCGATGAAACCACAGAGAAGTCATCAGATGCA
AGTGGCGATGAAACCACTGAGAAGTCATCAGAAGGTGCGAGTGAGACTGAAATAACGGAG
AAGTTGAAAGATTCGATTGATGATGGTGCCTTAAAGCAACCTACTGAATCGGATGAGAAC
GCTCAAAGCTCAGAACCTGCAATCTCGTAGGAGACGGACAAGAGGCAGGAAGCAGATGAC
AAAGAAAGCGAAGAAGCTGTCAAGGAACCAGAGAAGGTAGTTTAAGCTTTACTCAACGTA
ACTAGTAATACAAATTCTCATGCTGATGCTTTCTATGGTTTATATAGTTTGCTACGATTT
TATTAGTCTTTCTTTTTCCTTTCGGACATATTGTCTACTTATTACTTAGCTTATCATTTT
TTTTCAGTTAAAAAAGTTTTTATACCTC


BQ
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AF RR3GR62TF U 1
AF RR3GR62JQ C 213
BS 1 651 RR3GR62TF
BS 652 652 RR3GR62JQ
BS 653 698 RR3GR62TF
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BS 700 726 RR3GR62TF
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BS 728 741 RR3GR62TF
BS 742 988 RR3GR62JQ

RD RR3GR62TF 760 0 0
GCTGAGCCAGGCCTTTAGATATGGCGTTTACAGCAATGATGACATGGATGAGACCCAAGG
CTCTATGGAACGCGGCGATGATGAGGATGTCTACTTTGATGACGAATCTGCAGAAGTTGT
CATATCTTCTTTGCGCCTTGGAGATGATCAGGAGAGTTCTTCTTCACAAATTCGAACTGG
TTTGCTTTCGATGATGAAAAAGTTGCGAATGAGCACTCAATGGCTTCCCCATCACCCAAT
GCTAATGAGGATGATGATGATGATGTCGTCATAGGTGAAGCGGCCGATGACTTCAAGGAC
AGTGTAGCCTCCCCTTCTTCCCCGCCTGTTGATATGGAAACAGAGGAGGATTCTACATCA
AAGAATCCTTCTGAAACCCCGAGTGAACCAGAAGCCGAAAAATCACCAGCTTGGGTCGAA
TGGAGAGAGACATCCGAGTCCACTGCGCCTTCTTCGAACCCAGAGGAAGCTAGCATGTTA
CCCAATGGTGATGTTCAAAACGAGAAAGAGGATAATGATGATGATATCGATATAGAAGGT
GCAAAGGATTCACCACCAGGTGCATGTGGCGATGAAACCACAGAGAAGTCATCAGATGCA
AGTGGCGATGAAACCACTGAGAAGTCATCAGAAGGTGCGAGTGAGACTGAA*TAACGGAG
AAGTTGAAAGATTCGATTGATGATGGTGCCTTAAAGCA*CCTACTGAATCGGATGAGAAC
GCTCAA*GCTCAGAACCTGCA
TCTCGTAGAGACGACAGAG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3GR62JQ 776 0 0
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AGGTGAAGCGGCCGATGACTTCAAGGACAGTGTAGCCTCCCCTTCTTCCCCGCCTGTTGA
TATGGAAACAGAGGAGGATTCTACATCAAAGAATCCTTCTGAAACCCCGAGTGAACCAGA
AGCCGAAAAATCACCAGCTTGGGTCGAATGGAGAGAGACATCCGAGTCCACTGCGCCTTC
TTCGAACCCAGAGGAAGCTAGCATGTTACCCAATGGTGATGTTCAAAACGAGAAAGAGGA
TAATGATGATGATATCGATATAGAAGGTGCAAAGGATTCACCACCAGGTGCATGTGGCGA
TGAAACCACAGAGAAGTCATCAGATGCAAGTGGCGATGAAACCACTGAGAAGTCATCAGA
AGGTGCGAGTGAGACTGAAATAACGGAGAAGTTGAAAGATTCGATTGATGATGGTGCCTT
AAAGCAACCTACTGAATCGGATGAGAACGCTCAAAGCTCAGAACCTGCAATCTCGTAGGA
GACGGACAAGAGGCAGGAAGCAGATGACAAAGAAAGCGAAGAAGCTGTCAAGGAACCAGA
GAAGGTAGTTTAAGCTTTACTCAACGTAACTAGTAATACAAATTCTCATGCTGATGCTTT
CTATGGTTTATATAGTTTGCTACGATTTTATTAGTCTTTCTTTTTCCTTTCGGACATATT
GTCTACTTATTACTTAGCTTATCATTTTTTTTCAGTTAAAAAAGTTTTTATACCTC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL6852Contig1 959 2 4 U
GGAAACTCTTTTAAGTAAACAAAACAATCTCTCTTTTTTTTCTGTCGCACAAGAAACGGT
CGAGATCGATCCATTAATGTCAGATACGATCTCAACCCCAAGCATGGAACCTCTGTTCTT
CTCTGTTGATCCAATGTCTCTCATTCTCTCTCAAAACTCCGACACACATCAGCTTAAACT
CTTGTTAGACTGTTTCCACGGATTCGAGAGGGGACCAAGATACGACGAGTACTCTCGACT
CCGTGAATCGAAGCTTCGCATGAAACGAGATTCCCAGAGATTTCTCGACGAAGAAGAAGA
AAAAGAAGAGCCGAAGAAGAAACAAGTGAGGTTCGAGGGTGATTCCGTAATTTCACGAGA
AGACGAAGTAGTAGTAGTTACACCGGAGAAGATAAAGAAGCAGACTCGGTTCGGGTTTTC
TCCGATGTCGAATCATATAAAAGCTGCTCCTCCCACTTCTTCTTTGGCTCAGTCGGTTCC
TGATTTCTCCGCCGTTATACGTAAAGAAAACCGCCGTCCGGTTAACTACAACACTACTCC
TCCGCCGCCGTCTTCTAAGACCAGAAACGGCGGCGTTTTGACGGGATCTTCGGCATCTTC
GGCGAGAGGGAGCAAGTCGGCGAATGCGGGGGAGAAGAAGAGTAAAGGTTTTATGGGAAT
GGCGCGGAAGAGCTACGCGAACGTTGAGGATCTTAAGAAGATATCAATGGCTGCCGCTTC
GGCTATTAACGGCGTCGGAGTCGGAGGGAGAAAAGCCGTTGGCGGAGGCCGGAGCATTTT
GGATTACCGACATGTCTACTGATTTCGCTTCCAATGCTTTGAATTGATTTTCCCACGAGT
TTTCGTTCTTTTTTCATTTGTGTGTATTTTGATTGATGAGATTGAATTCTTGATTTGGTT
TTCCCTTCTTTTTACTATTTTTTTTTGTTGTGTTTGTGATTGATTTGTTTGTAAAAAAT


BQ
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AF RR3A076TF U 1
AF RR3A076JQ C 147
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CTCTGTTGATCCAATGTCTCTCATTCTCTCTCAAAACTCCGACACACATCAGCTTAAACT
CTTGTTAGACTGTTTCCACGGATTCGAGAGGGGACCAAGATACGACGAGTACTCTCGACT
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TCCGCCGCCGTCTTCTAAGACCAGAAACGGCGGCGTTTTGACGGGATCTTCGGCATCTTC
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G*CTATTAACGGCGT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3A076JQ 813 0 0
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GAGATTCCCAGAGATTTCTCGACGAAGAAGAAGAAAAAGAAGAGCCGAAGAAGAAACAAG
TGAGGTTCGAGGGTGATTCCGTAATTTCACGAGAAGACGAAGTAGTAGTAGTTACACCGG
AGAAGATAAAGAAGCAGACTCGGTTCGGGTTTTCTCCGATGTCGAATCATATAAAAGCTG
CTCCTCCCACTTCTTCTTTGGCTCAGTCGGTTCCTGATTTTTCCGCCGTTATACGTAAAG
AAAACCGCCGTCCGGTTAACTACAACACTACTCCTCCGCCGCCGTCTTTTAAGACCAGAA
ACGGCGGCGTTTTGACGGGATTTTCGGCATTTTCGGCGAGAGGGAGCAAGTCGGCGAATG
CGGGGGAGAAGAAGAGTAAAGGTTTTATGGGAATGGCGCGGAAGAGCTACGCGAACGTTG
AGGATCTTAAGAAGATATCAATGGCTGCCGCTTCGGCTATTAACGGCGTCGGAGTCGGAG
GGAGAAAAGCCGTTGGCGGAGGCCGGAGCATTTTGGATTACCGACATGTCTACTGATTTC
GCTTCCAATGCTTTGAATTGATTTTCCCACGAGTTTTCGTTCTTTTTTCATTTGTGTGTA
TTTTGATTGATGAGATTGAATTCTTGATTTGGTTTTCCCTTCTTTTTACTATTTTTTTTT
GTTGTGTTTGTGATTGATTTGTTTGTAAAAAAT

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL6853Contig1 994 2 2 U
GGAGGGCCGTGAAGTCAGAGAGACAGAGGGAGAGAGACACACAAAGAGAATTTCGCCGGA
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GTCGTCGTTAGAACAAGAAATGTTCTTACAGTGGGGAAACAAGAAGAGAATGAGACGCCT
AAGAGCCGCCAACAAGGACAAACACATCTCACGCCGCGAATCTAATTCCTCATCAGCTCC
TCAAGAGCCCTTCCTCTTCCAGTCCTCAAGGTTCTCCAGAGGATCACAAGGGGCAATACT
CAGATCTGGAGGACTAGCAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGGAGAGGTATTACAC
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TCTAGAAAATCTTTGCATATTGACTTTTTAGATTAACTTTTGCTTTGTGGTGTTCACTTA
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ATTTCTTTGTGGGCAATGTATGCGCTTGTGGTTGTTGTAACTTGCACACAATCTTGTTGT
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BQ
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AF RR3AC57TF U 1
AF RR3AC57JQ C 163
BS 1 758 RR3AC57TF
BS 759 994 RR3AC57JQ

RD RR3AC57TF 758 0 0
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GAAATTAGCGGTTACGGTGGTCTTACTCAGTAACGAGACATCAGAATCTCCAGTCCCTTC
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AAGAGCCGCCAACAAGGACAAACACATCTCACGCCGCGAATCTAATTCCTCATCAGCTCC
TCAAGAGCCCTTCCTCTTCCAGTCCTCAAGGTTCTCCAGAGGATCACAAGGGGCAATACT
CAGATCTGGAGGACTAGCAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGAGGAGAGGTATTACAC
TACGAGAGGTGTAGTTGATACAATTGGGAAAGCTTGCTTATTAGATGGAGAAGACAGCAA
TAGCAAGGGAGAGGAGAGTAATATGTGGCCGAAGCTGTTTGTGACTCTGTCGAGCAAAGA
GAAGGAAGAAGATTTCATGGCTATGAAGGGTTGCAAACCTTCGCACAGGCCTAAGAAGAG
AGCCAAACTCATCCAGAAAAGCTTACTTTTGGTGAGTCCTGGAACATGGTTGGCTGATAT
GTGTCCTGATAGATATGATGTCCGGGTCAAGAAGAGCTCCAAGAAGAGGCGAGCAAGAGG
ATTAAAAGCAATGGGGGAATGTTGAGAGCGATTCAGAT

QA 1 758 1 758
DS 

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AGAGGAGAGGTATTACACTACGAGAGGTGTAGTTGATACAATTGGGAAAGCTTGCTTATT
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CTTTGTGGTGTTCACTTAAGCAATCTTATAAAAGTAGTTTCTTTCAGTTGATCATTTTGA
ACTACAAAGGAAACATTTATTTCTTTGTGGGCAATGTATGCGCTTGTGGTTGTTGTAACT
TGCACACAATCTTGTTGTAACTTACTGTTTCAAATAATGGATTTTTGGTCCC

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL6854Contig1 545 2 2 U
GGTTTTACGGCGGGTTGCAGTTTCAGCTCGAGCATCATTTGTTCCCCAGGCTGCCGCGTT
GTAACCTGCGGAGAGTGTCTCCCGTGGTTCAGGAGCTTTGCAAGAAGCATAAGCTTCCGT
ACAGGACTATGTCGTGGTGGGAGGCGAATAAGCTGACGGTTAGGACTTTGAAGAATGCGG
CTTATCAGGCTAGAGATAAGGCTAATCCTGTTGTTAAGAACTTGGTCTGGGAAGCTTTGA
ATACCCATGGTTAAAATCAACACAAATAGCTTTTTTTTGTTTTTGTTTGATTATCATTAT
GTGTTTTATTTTTTGCCTTTGAATCTTTTGAAAATTTCGTTTTGTTACTGTGGAAGAGAT
GTTAGATTGAATTGAATTGAATCGAGATTTAATTTGCTTAGATAACTCTTTCGTATGGGA
CTCAATATATTGTTATTTTAATTTTTTTGTTCTTGTGTAGGTTTTGTTATGGTCCTTTTC
ACATGCCTCTTTTTGATACTTGTGGATTGTGACTTTTGTGGTTTTGCTTTGTTCAATGTT
TTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR3G448TF U 1
AF RR3G448JQ C 136
BS 1 513 RR3G448TF
BS 514 545 RR3G448JQ

RD RR3G448TF 513 0 0
GGTTTTACGGCGGGTTGCAGTTTCAGCTCGAGCATCATTTGTTCCCCAGGCTGCCGCGTT
GTAACCTGCGGAGAGTGTCTCCCGTGGTTCAGGAGCTTTGCAAGAAGCATAAGCTTCCGT
ACAGGACTATGTCGTGGTGGGAGGCGAATAAGCTGACGGTTAGGACTTTGAAGAATGCGG
CTTATCAGGCTAGAGATAAGGCTAATCCTGTTGTTAAGAACTTGGTCTGGGAAGCTTTGA
ATACCCATGGTTAAAATCAACACAAATAGCTTTTTTTTGTTTTTGTTTGATTATCATTAT
GTGTTTTATTTTTTGCCTTTGAATCTTTTGAAAATTTCGTTTTGTTACTGTGGAAGAGAT
GTTAGATTGAATTGAATTGAATCGAGATTTAATTTGCTTAGATAACTCTTTCGTATGGGA
CTCAATATATTGTTATTTTAATTTTTTTGTTCTTGTGTAGGTTTTGTTATGGTCCTTTTC
ACATGCCTCTTTTTGATACTTGTGGATTGTGAC

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3G448JQ 410 0 0
GGTGGGAGGGGAATAAGCTGACGGTTAGGACTTTGAAGAATGCGGCTTATCAGGCTAGAG
ATAAGGCTAATCCTGTTGTTAAGAACTTGGTTTGGGAAGCTTTGAATACCCATGGTTAAA
ATCAACACAAATAGCTTTTTTTTGTTTTTGTTTGATTATCATTATGTGTTTTATTTTTTG
CCTTTGAATTTTTTGAAAATTTTGTTTTGTTACTGTGGAAGAGATGTTAGATTGAATTGA
ATTGAATCGAGATTTAATTTGCTTAGATAACTCTTTTGTATGGGACTCAATATATTGTTA
TTTTAATTTTTTTGTTTTTGTGTAGGTTTTGTTATGGTCCTTTTCACATGCCTCTTTTTG
ATACTTGTGGATTGTGACTTTTGTGGTTTTGCTTTGTTCAATGTTTTGTG

QA 1 410 1 410
DS 



AS 1 2

CO CL6855Contig1 604 2 2 U
TTTTTAAAGTCTCGAATCCAAACCGAATTAAACCGGTCGGCTATTTGAATTAAACCAAAC
GGTTAAGCTTCAGAATAAGCGATTCGTTTTGGATCAATACACGAGAGAATGTAAACCAAG
AACCAAACGTGTTTACACAATGGCTTCTTTTACTTTCTTCGGTTTGTTGTTTGTAAGAAA
AGAAGAGAGAAAAGAATAAGCTTTCCATTGTTGTAGATAGAATGCGTTTGGGTTGGCTTT
GATACAGCTTTGCAATGCCACGAATGGATGAACACAGTCTGATCCCTTTTCTTCAGCAGT
GCTCATGAAAAAGCAACGGAAAGCCTCGGTGAACTGAGACCCACAAGATCCATTACGCAG
ATCTGCAATGCAAGGACAATCCAGGGCTTTCTGTGCCTTGGCTTCAAGCGACTCATTCTC
ATTGTCACCCTCACCAAATGCTGCAGCTTCTGCAAGGAGAGACCCCATCGGAGAAGACGA
AGTATCATCAGAATCCCGCGGCGAATTCGTGGAAGGAGGAGGAGTATTACTACTAGTCGA
CGCAGAGTTCTCGTTACTCAGAGCTTGACCCATCTCTTCCTTTCTCCTCCGTCGGACCCA
AAAA


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 

AF RR3BY70TF C 1
AF RR3BY70JQ U 6
BS 1 5 RR3BY70TF
BS 6 604 RR3BY70JQ

RD RR3BY70TF 604 0 0
TTTTTAAAGTCTCGAATCCAAACCGAATTAAACCGGTCGGCTATTTGAATTAAACCAAAC
GGTTAAGCTTCAGAATAAGCGATTCGTTTTGGATCAATACACGAGAGAATGTAAACCAAG
AACCAAACGTGTTTACACAATGGCTTCTTTTACTTTCTTCGGTTTGTTGTTTGTAAGAGA
AGAAGAGAGAAAAGAATAAGCTTTCCATTGTTGTAGATAGAATGCGTTTGGGTTGGCTTT
GATACAGCTTTGCAATGCCACGAATGGATGAACACAGTCTGATCCCTTTTCTTCAGCAGT
GCTCATGAGAAAGCAACGGAAAGCCTCGGTGAACTGAGACCCACAAGATCCATTACGCAG
ATCTGCAATGCAAGGACAATCCAGGGCTTTCTGTGCCTTGGCTTCAAGCGACTCATTCTC
ATTGTCACCCTCACCAAATGCTGCAGCTTCTGCAAGGAGAGACCCCATCGGAGAAGACGA
AGTATCATCAGAATCCCGCGGCGAATTCGTGGAAGGAGGAGGAGTATTACTACTAGTCGA
CGCAGAGTTCTCGTTACTCAGAGCTTGACCCATCTCTTCCTTTCTCCTCCGTCGGACCCA
AAAA

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3BY70JQ 599 0 0
AAAGTCTCGAATCCAAACCGAATTAAACCGGTCGGCTATTTGAATTAAACCAAACGGTTA
AGCTTCAGAATAAGCGATTCGTTTTGGATCAATACACGAGAGAATGTAAACCAAGAACCA
AACGTGTTTACACAATGGCTTCTTTTACTTTCTTCGGTTTGTTGTTTGTAAGAAAAGAAG
AGAGAAAAGAATAAGCTTTCCATTGTTGTAGATAGAATGCGTTTGGGTTGGCTTTGATAC
AGCTTTGCAATGCCACGAATGGATGAACACAGTCTGATCCCTTTTCTTCAGCAGTGCTCA
TGAAAAAGCAACGGAAAGCCTCGGTGAACTGAGACCCACAAGATCCATTACGCAGATCTG
CAATGCAAGGACAATCCAGGGCTTTCTGTGCCTTGGCTTCAAGCGACTCATTCTCATTGT
CACCCTCACCAAATGCTGCAGCTTCTGCAAGGAGAGACCCCATCGGAGAAGACGAAGTAT
CATCAGAATCCCGCGGCGAATTCGTGGAAGGAGGAGGAGTATTACTACTAGTCGACGCAG
AGTTCTCGTTACTCAGAGCTTGACCCATCTCTTCCTTTCTCCTCCGTCGGACCCAAAAA

QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 2

CO CL6856Contig1 1381 2 4 U
GGTGATAGGTTGTTTTAGATTTGATACTAGAGTCTCTTTATAGTGTTGAGGATGCAGACT
AGGGTTATACAAATGGAAGACGGAAAAGAGAACGGAATCTTGGTTAGATCAGGGAAGACT
AAGCCGTTTCCAGCGAAACTGCTTCTCATACTAGGCCTTTTCCTTGCGTTTGCTCTCACA
GTCTTCATCATTAGTGTATCTACAATCAAGTATACTGGACTACAGACTGTAATGACCACG
GTCACTTCAGGCTTTGTGACATGCCGCGAGGACGAGCCGAATAGTTTGAGTAAATGGATA
GAGCCTCCTTCTGTTATGATGCATAACATGACCGACGAGGAGCTTCTTTGGCGCGCTTCT
TTCTCGCCTCGGAGGAAAGAGTATCCGTTTCGAAGGGTTCCGAAGATTGCGTTTATGTTC
TTGACTAAAGGTCCATTGCCGCTTGCTCTGCTCTGGGAGAGGTTTTTGAAAGGTCACAGG
GGGCTTTACTCGGTTTATGTTCATCCTCATCCGTCTTTTACAGCCAAGTTTCCGGCTAGT
TCTGTTTTCCACCAGAGGCAGATACCTAGTCAGGTTGCAGAATGGGGGGAGAATGACCAT
GTGCGATGCGGAGAAGCGGCTTCTCGCCAACGCACTTCTCGATATCTCCAATGAATGGTT
TGTTCTCGTATCGGAGTCATGCATACCACTCTACAACTTCACCACCATCTACAGCTACTT
AAGCCGATCAAAACACAGCTTCATGGGTGCTTTTGATGACCCTGGACCGTTCGGCCGCGG
CCGCTACAACGACAACATGGAGCCTGAAGTTCCCATCACCAAATGGCGGAAAGGGTCTCA
GTGGTTTGAGATTAACCGGGAACTCGCAGCTACCATTGTCAAAGACACATTGTATTACCC
CAAATTCAAAGAGTTTTGTAGGCCTGCTTGTTATGTTGACGAGCATTACTTCCCTACGAT
GTTGACGATTGAGAAACCAATGGCGCTGGCTAACCGGAGCTTGACGTGGGTGGATTGGTC
TAGAGGCGGCCCCCACCCGGCTACGTTTTGGCGATCGGACATTACGGAGAAGTTCTTCGA
GAAGATCTTTGATGGAAAGAATTGCGCTTACAATGGTCGCAACACTTCCATGTGTTATCT
CTTTGCGAGGAAGTTTGCTCCAAGTGCTTTGGAGCCTTTGCTTCACATAGCTCCCAAGAT
TATGGGATTTTGAGTTAGAGAGGAGTGTCTCTGAACCTCTTGAAAATCATATAGAGATAA
TGAAATGGATGTGATATGGATTCTGTCCAAGAAATTACTGTGATATTGTTTTATTTTGTT
TGTTTTTTATACTAGTTTGGAAGAACATGACATATTAGAAGAGACAACGTTGCACACCAG
G


BQ
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10 

AF RR3FF68TF U 1
AF RR3FF68JQ C 651
BS 1 732 RR3FF68TF
BS 733 733 RR3FF68JQ
BS 734 759 RR3FF68TF
BS 760 1381 RR3FF68JQ

RD RR3FF68TF 759 0 0
GGTGATAGGTTGTTTTAGATTTGATACTAGAGTCTCTTTATAGTGTTGAGGATGCAGACT
AGGGTTATACAAATGGAAGACGGAAAAGAGAACGGAATCTTGGTTAGATCAGGGAAGACT
AAGCCGTTTCCAGCGAAACTGCTTCTCATACTAGGCCTTTTCCTTGCGTTTGCTCTCACA
GTCTTCATCATTAGTGTATCTACAATCAAGTATACTGGACTACAGACTGTAATGACCACG
GTCACTTCAGGCTTTGTGACATGCCGCGAGGACGAGCCGAATAGTTTGAGTAAATGGATA
GAGCCTCCTTCTGTTATGATGCATAACATGACCGACGAGGAGCTTCTTTGGCGCGCTTCT
TTCTCGCCTCGGAGGAAAGAGTATCCGTTTCGAAGGGTTCCGAAGATTGCGTTTATGTTC
TTGACTAAAGGTCCATTGCCGCTTGCTCTGCTCTGGGAGAGGTTTTTGAAAGGTCACAGG
GGGCTTTACTCGGTTTATGTTCATCCTCATCCGTCTTTTACAGCCAAGTTTCCGGCTAGT
TCTGTTTTCCACCAGAGGCAGATACCTAGTCAGGTTGCAGAATGGGGGGAGAATGACCAT
GTGCGATGCGGAGAAGCGGCTTCTCGCCAACGCACTTCTCGATATCTCCAATGAATGGTT
TGTTCTCGTATCGGAGTCATGCATACCACTCTACAACTTCACCACCATCTACAGCTACTT
AAGCCGATCAAA*CACAGCTTCATGGGTGCTTTTGATGA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3FF68JQ 731 0 0
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TCGGCCGCGGCCGCTACAACGACAACATGGAGCCTGAAGTTCCCATCACCAAATGGCGGA
AAGGGTCTCAGTGGTTTGAGATTAACCGGGAACTCGCAGCTACCATTGTCAAAGACACAT
TGTATTACCCCAAATTCAAAGAGTTTTGTAGGCCTGCTTGTTATGTTGACGAGCATTACT
TCCCTACGATGTTGACGATTGAGAAACCAATGGCGCTGGCTAACCGGAGCTTGACGTGGG
TGGATTGGTCTAGAGGCGGCCCCCACCCGGCTACGTTTTGGCGATCGGACATTACGGAGA
AGTTCTTCGAGAAGATCTTTGATGGAAAGAATTGCGCTTACAATGGTCGCAACACTTCCA
TGTGTTATCTCTTTGCGAGGAAGTTTGCTCCAAGTGCTTTGGAGCCTTTGCTTCACATAG
CTCCCAAGATTATGGGATTTTGAGTTAGAGAGGAGTGTCTCTGAACCTCTTGAAAATCAT
ATAGAGATAATGAAATGGATGTGATATGGATTCTGTCCAAGAAATTACTGTGATATTGTT
TTATTTTGTTTGTTTTTTATACTAGTTTGGAAGAACATGACATATTAGAAGAGACAACGT
TGCACACCAGG

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL6857Contig1 814 2 4 U
GGAATCTCATTCTTAATCATCTTATACAACAATCAGAAAGAAGAAGAAAAAGAGAGAGTT
TCAATATGGCGATCGTGAACCCTAACTTTTGTGCACCGTACCCGGTAGAATTGGGAATCG
TACGAAAGGTGATGACGATCACAGATGGTAACTTCGCTGTCACAGACGTCAACGGCAATC
TCCTTTTCAAAGCCAAAGAACCAATGTTTAGCCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTCGACG
CATCAGACACTCCAATTTTGACTTTGAAAGAAAATAAGGTGAATCTTCACGATAGGTGGC
AAGTGTTTAGAGGAAAGAGTACAGACCAAAATGATTTGGTATACACATTGAAACGATCGT
CGATGTTTCAGCTGATTAAGCCAAAGCTAGATGTTTTCTTGGCTCCTAATAAGGAAATGA
AGGAATGCGACTTCCATGTCAAAGGAAGTTGGATCGACCGGTCCTCTACCATCTATGCTG
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TAGGGAAGAGTAGTTTCTCGGTTACAGTTTATCCGAATGTTGATTATGCGTTTATAGTCT
CTCTCATTGTAATTCTCGATGACATTAACCGAGAAGATTCTGGAGAGTAAACACAATTTT
CTTGTGAATGATTCTTGATATTTCTTTTGCTACATTTTAGATGGTGTTTTAAATTAGTTA
TTATGTTTCATAATAATTCTCATTTTAGATTTTTTATTTTGTTTCAAAATAAATGTCATT
CTACAATTCTAATGTAATTTTATACATTAAATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FS32TF U 1
AF RR3FS32JQ C 86
BS 1 625 RR3FS32TF
BS 626 626 RR3FS32JQ
BS 627 684 RR3FS32TF
BS 685 814 RR3FS32JQ

RD RR3FS32TF 684 0 0
GGAATCTCATTCTTAATCATCTTATACAACAATCAGAAAGAAGAAGAAAAAGAGAGAGTT
TCAATATGGCGATCGTGAACCCTAACTTTTGTGCACCGTACCCGGTAGAATTGGGAATCG
TACGAAAGGTGATGACGATCACAGATGGTAACTTCGCTGTCACAGACGTCAACGGCAATC
TCCTTTTCAAAGCCAAAGAACCAATGTTTAGCCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTCGACG
CATCAGACACTCCAATTTTGACTTTGAAAGAAAATAAGGTGAATCTTCACGATAGGTGGC
AAGTGTTTAGAGGAAAGAGTACAGACCAAAATGATTTGGTATACACATTGAAACGATCGT
CGATGTTTCAGCTGATTAAGCCAAAGCTAGATGTTTTCTTGGCTCCTAATAAGGAAATGA
AGGAATGCGACTTCCATGTCAAAGGAAGTTGGATCGACCGGTCCTCTACCATCTATGCTG
GAAAATCTGACGTCATTGTTGCACAGATGCACAAGAAACATACCGCGCAGAGCATATTGA
TAGGGAAGAGTAGTTTCTCGGTTACAGTTTATCCGAATGTTGATTATGCGTTTATAGTCT
CTCTCATTGTAATTCTCGATGACAT*AACCGAGAAGATTCTGGAGAGTAAACACAATTTT
CTTGTGAATGATTCTTGATATTTC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3FS32JQ 729 0 0
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TGGTAACTTCGCTGTCACAGACGTCAACGGCAATCTCCTTTTCAAAGCCAAAGAACCAAT
GTTTAGCCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTCGACGCATCAGACACTCCAATTTTGACTTT
GAAAGAAAATAAGGTGAATCTTCACGATAGGTGGCAAGTGTTTAGAGGAAAGAGTACAGA
CCAAAATGATTTGGTATACACATTGAAACGATCGTCGATGTTTCAGCTGATTAAGCCAAA
GCTAGATGTTTTCTTGGCTCCTAATAAGGAAATGAAGGAATGCGACTTCCATGTCAAAGG
AAGTTGGATCGACCGGTCCTCTACCATCTATGCTGGAAAATCTGACGTCATTGTTGCACA
GATGCACAAGAAACATACCGCGCAGAGCATATTGATAGGGAAGAGTAGTTTCTCGGTTAC
AGTTTATCCGAATGTTGATTATGCGTTTATAGTCTCTCTCATTGTAATTCTCGATGACAT
TAACCGAGAAGATTCTGGAGAGTAAACACAATTTTCTTGTGAATGATTCTTGATATTTCT
TTTGCTACATTTTAGATGGTGTTTTAAATTAGTTATTATGTTTCATAATAATTCTCATTT
TAGATTTTTTATTTTGTTTCAAAATAAATGTCATTCTACAATTCTAATGTAATTTTATAC
ATTAAATCT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL6858Contig1 807 2 2 U
GGAAAGAATAAAGTAATGGTGCGTGTGGATTACCTAGCGATGAAGTCCGACGACGTCGAC
ACGGTTGCTTTGGTCAACTCCGACGTGGAGGAGCTCAAGATCGCTGCCAAGAAGTTCTTC
AGCGGTGTCTCGAAGCTTGGTGGATCAGCCTTTGGTGTTTCTTTCGTCAAATGGATGGCT
TGCTTCGCTGCCATTTACTTGTTGATATTGGATCGTACCAATTGGAGAAGCAAGATGCTT
ACATCACTCTTGATACCATACATCTTCCTTAGCCTTCCTGGTGTGATTTTCAACTTCCTC
AGTGGAGACGTTGGGAAATGGATTGCGTTCGTTGCAGTTGTGCTCAGACTTTTCTTCCCT
AAGCATTTCCCAGACTGGCTAGAGATGCCTGGTTCTCTGATCCTTCTGCTAGTAGTGTCT
CCACATTTTCTAGCTCACCATATACGTGGAACCTGGATTGGCTCTGTCATCGGTCTTTTC
ATAGGCTGTTGCCTTCTTCAAGAACATATCCGAGTCTCAGGTGGGTTCAGGAATTCGTTC
ACTCAGCCGCGTGGAGTATCCAACACTCTAGGGATCATCCTTATTCTTGTCTACCCTGTT
TGGGCTCTAATCGTTCGTGTCACAAAATAGACATTGCCTCTTCCATATCCCTCAAGTTGT
ATATGTCTTGTCCAATAACCTCCGTATTGCTCTGCTTCTCTTACATACCCTTATACTACT
GTCTCAAGCTCAAACTCAATCAATGTTCCATATTAGAAAAAAATAAACGAAGAATCTCAT
TTTTTCAACTATTTATTTGTACTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EP52TF U 1
AF RR3EP52JQ C 85
BS 1 674 RR3EP52TF
BS 675 807 RR3EP52JQ

RD RR3EP52TF 674 0 0
GGAAAGAATAAAGTAATGGTGCGTGTGGATTACCTAGCGATGAAGTCCGACGACGTCGAC
ACGGTTGCTTTGGTCAACTCCGACGTGGAGGAGCTCAAGATCGCTGCCAAGAAGTTCTTC
AGCGGTGTCTCGAAGCTTGGTGGATCAGCCTTTGGTGTTTCTTTCGTCAAATGGATGGCT
TGCTTCGCTGCCATTTACTTGTTGATATTGGATCGTACCAATTGGAGAAGCAAGATGCTT
ACATCACTCTTGATACCATACATCTTCCTTAGCCTTCCTGGTGTGATTTTCAACTTCCTC
AGTGGAGACGTTGGGAAATGGATTGCGTTCGTTGCAGTTGTGCTCAGACTTTTCTTCCCT
AAGCATTTCCCAGACTGGCTAGAGATGCCTGGTTCTCTGATCCTTCTGCTAGTAGTGTCT
CCACATTTTCTAGCTCACCATATACGTGGAACCTGGATTGGCTCTGTCATCGGTCTTTTC
ATAGGCTGTTGCCTTCTTCAAGAACATATCCGAGTCTCAGGTGGGTTCAGGAATTCGTTC
ACTCAGCCGCGTGGAGTATCCAACACTCTAGGGATCATCCTTATTCTTGTCTACCCTGTT
TGGGCTCTAATCGTTCGTGTCACAAAATAGACATTGCCTCTTCCATATCCCTCAAGTTGT
ATATGTCTTGTCCA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3EP52JQ 723 0 0
GTGGAGGAGCTCAAGATCGCTGCCAAGAAGTTCTTCAGCGGTGTCTCGAAGCTTGGTGGA
TCAGCCTTTGGTGTTTCTTTCGTCAAATGGATGGCTTGCTTCGCTGCCATTTACTTGTTG
ATATTGGATCGTACCAATTGGAGAAGCAAGATGCTTACATCACTCTTGATACCATACATC
TTCCTTAGCCTTCCTGGTGTGATTTTCAACTTCCTCAGTGGAGACGTTGGGAAATGGATT
GCGTTCGTTGCAGTTGTGCTCAGACTTTTCTTCCCTAAGCATTTCCCAGACTGGCTAGAG
ATGCCTGGTTCTCTGATCCTTCTGCTAGTAGTGTCTCCACATTTTCTAGCTCACCATATA
CGTGGAACCTGGATTGGCTCTGTCATCGGTCTTTTCATAGGCTGTTGCCTTCTTCAAGAA
CATATCCGAGTCTCAGGTGGGTTCAGGAATTCGTTCACTCAGCCGCGTGGAGTATCCAAC
ACTCTAGGGATCATCCTTATTCTTGTCTACCCTGTTTGGGCTCTAATCGTTCGTGTCACA
AAATAGACATTGCCTCTTCCATATCCCTCAAGTTGTATATGTCTTGTCCAATAACCTCCG
TATTGCTCTGCTTCTCTTACATACCCTTATACTACTGTCTCAAGCTCAAACTCAATCAAT
GTTCCATATTAGAAAAAAATAAACGAAGAATCTCATTTTTTCAACTATTTATTTGTACTT
ATC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6860Contig1 928 2 2 U
GGTCATCTAATTTAGGGACTGTTGCAATGCCAACGGCGTCACAGCCTCCTCCGATGTATA
GTCTCTTCCCTAAGCTCCGACCTCTCCTTTCTCACTCGCCCTCGCCCTCGCTTTTCACTG
CTCCGTTCCGGCGGCGCCAGAGTCTGGCGTTTAGCGCTCTTCCTACAAAGACGAAAGCCA
CGGACGCAGCGTTGATGAAAGAGAAGTGGTTGGAGTCTCTCACTCTTCTTCCCTCCCCAG
AAGAACACGTGGGGAATACAGAGTCGAGTTATATCATTGGGGTAGACCCAGACTTGTCCG
GTGCTTTGGCTCTCTTGAAATTTAACCACCTCTTGGGTTCTTCCGAAGCTCAGGTCTTTG
ATACTCCTCACCTGCCGGTTTTAGTTGGAAATAGAGTGCGGAAACGTTTGGATGCAAAGT
CAATAGTTCAATTGATTCGAAGTCTAGATATACCCTCTGGAAGTACGGCATATATAGAGC
AATCAACTCCCTATCCTAAAGATGGGAAACAGGGTTGGTATAGCGGAGGTTTTGGATTTG
GATTTTGGTTAGGAACACTTGTTACCTCAGGCTTTTCGGTTGTTCCCGTTTCTTCAGCCT
TGTGGAAGAGGCATTTTCAACTTGCTGGTGGAAACTGCACAAAGGATGATAGTAGACGAG
TTGCATCGGAGTTGTTTCCTTTGCTTAGTTCGCAACTCAAGAGAAAAAAAAGACCATGGT
CGAGCTGAAGCGTTGCTCATTGCGGCATATGGTGAAACTCTTAAAACCTCCAAACTGTTG
ATCACGCCTCAAGAGTTTGTATCTGAGGTTCACTCTTTAGAAAGCTAGTCATTTTGATGT
TTTTCACTCTCAACTCATTAGTTTCTTATCAAACAATTCTGATTTGTACTCGATACTTAC
CATTGCTAACTTGTTAGTTTAGATTTCC


BQ
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AF RR3EX47TF U 1
AF RR3EX47JQ C 202
BS 1 262 RR3EX47TF
BS 263 928 RR3EX47JQ

RD RR3EX47TF 262 0 0
GGTCATCTAATTTAGGGACTGTTGCAATGCCAACGGCGTCACAGCCTCCTCCGATGTATA
GTCTCTTCCCTAAGCTCCGACCTCTCCTTTCTCACTCGCCCTCGCCCTCGCTTTTCACTG
CTCCGTTCCGGCGGCGCCAGAGTCTGGCGTTTAGCGCTCTTCCTACAAAGACGAAAGCCA
CGGACGCAGCGTTGATGAAAGAGAAGTGGTTGGAGTCTCTCACTCTTCTTCCCTCCCCAG
AAGAACACGTGGGGAATACAGA

QA 1 262 1 262
DS 

RD RR3EX47JQ 727 0 0
AGAAGTGGTTGGAGTCTCTCACTCTTCTTCCCTCCCCAGAAGAACACGTGGGGAATACAG
AGTCGAGTTATATCATTGGGGTAGACCCAGACTTGTCCGGTGCTTTGGCTCTCTTGAAAT
TTAACCACCTCTTGGGTTCTTCCGAAGCTCAGGTCTTTGATACTCCTCACCTGCCGGTTT
TAGTTGGAAATAGAGTGCGGAAACGTTTGGATGCAAAGTCAATAGTTCAATTGATTCGAA
GTCTAGATATACCCTCTGGAAGTACGGCATATATAGAGCAATCAACTCCCTATCCTAAAG
ATGGGAAACAGGGTTGGTATAGCGGAGGTTTTGGATTTGGATTTTGGTTAGGAACACTTG
TTACCTCAGGCTTTTCGGTTGTTCCCGTTTCTTCAGCCTTGTGGAAGAGGCATTTTCAAC
TTGCTGGTGGAAACTGCACAAAGGATGATAGTAGACGAGTTGCATCGGAGTTGTTTCCTT
TGCTTAGTTCGCAACTCAAGAGAAAAAAAAGACCATGGTCGAGCTGAAGCGTTGCTCATT
GCGGCATATGGTGAAACTCTTAAAACCTCCAAACTGTTGATCACGCCTCAAGAGTTTGTA
TCTGAGGTTCACTCTTTAGAAAGCTAGTCATTTTGATGTTTTTCACTCTCAACTCATTAG
TTTCTTATCAAACAATTCTGATTTGTACTCGATACTTACCATTGCTAACTTGTTAGTTTA
GATTTCC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL6861Contig1 1228 2 2 U
GATTGAATGGCATGTACCACCAGGAATGGTACTTGACGAACTCTGGAGAGTAGCTGCTGG
TGCTAATAGCAAGGAGGCTGATGTTCAGAAAAACCGAAACCGGCGAGAAAAAGAAACAAC
ATATCAATCTCTTCAAACTATACCGCTGAATCCTAAAGAACCATGGGACAGGGAATCGGA
CTTTGATGACAGTTTGACACCTGAAATTCCATCTCAACAGCCACAAGAAGAAAGTATAAC
AGAACCACAGGATTCACTTGATGAACGGAGAACTGCTGCTGGTGCTGCCTCAACCTCTTC
ATCTCAAAGTAGTTCCGTTGAACCTGATTATGAGTTATTGGCCGCGTTACTTAAGAACCC
GGATCTTCTACATGCGCTGACTTCTGGTCAGCCCGGTAATTTAGCCGGTCAAGATATGGT
AAAACTGCTTGATGTGATTAAAACTGGTGCACCAAATTTAAGCAGTAGCTCAAATATGAA
GGTTGACGAACAGGTCGAAGTTTCCCTCCCATCTCCAACACCATCAACCAATCCTGGAAT
GAGCGGGTGGGGACAAGAAGTGACTCGGAATCCATTTTCAAGACAAACCCAAGTTGGTGC
CTCAGTTGCTAGAATGAGTACTCGGCTTCCTGTTGCTTCAATGCAATGGCAACCATCAAA
CGGACAATCGATCCCTCAACCATCAGCATATAACTCATTCACATTGCCTCACACAGAAAG
ACAAAACCAACAACACATGCAACCAAGGCTTCATCAAAATCAACATTTTCAACAGCAACC
AATCTCGACAACCTTGTATGTGGTCAGGGAATCAGTAGGAAAGATGGACATAGGTACATC
GGCTTCATGGAGGTCCCAGCAGAGTCAGAATAGTTACTACTCTCATCAAGCAAACGGGAT
TGGGTCAGATGTTTCCTACCAAGGGAATGAGCAGTACATGACTAGTAGTAATCCAGGATA
TGAATCATGGAGTCCTGATAATAGCCCAAGTAGGAACCACCCTAACATGAGGGGACAACA
ACAACCATCGAGGAAACATGACCCTTATCGGAACCAAAACAAAAGATGGCGTTAAAACAT
ATATCAAAACTTTTTGTTCTTTCGATGCCTGTTTTAACTGTTCAGTTAGCATCATGCTGT
CATGAGACACACATGTGCTTTTAACTCACAAAAGATTCATAAGAGATGACAAAACAAAAG
ATTCAGTAAGATAAGCAAATTCAATTTT


BQ
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AF RR3A087TF U 1
AF RR3A087JQ C 512
BS 1 743 RR3A087TF
BS 744 1228 RR3A087JQ

RD RR3A087TF 743 0 0
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CTTTGATGACAGTTTGACACCTGAAATTCCATCTCAACAGCCACAAGAAGAAAGTATAAC
AGAACCACAGGATTCACTTGATGAACGGAGAACTGCTGCTGGTGCTGCCTCAACCTCTTC
ATCTCAAAGTAGTTCCGTTGAACCTGATTATGAGTTATTGGCCGCGTTACTTAAGAACCC
GGATCTTCTACATGCGCTGACTTCTGGTCAGCCCGGTAATTTAGCCGGTCAAGATATGGT
AAAACTGCTTGATGTGATTAAAACTGGTGCACCAAATTTAAGCAGTAGCTCAAATATGAA
GGTTGACGAACAGGTCGAAGTTTCCCTCCCATCTCCAACACCATCAACCAATCCTGGAAT
GAGCGGGTGGGGACAAGAAGTGACTCGGAATCCATTTTCAAGACAAACCCAAGTTGGTGC
CTCAGTTGCTAGAATGAGTACTCGGCTTCCTGTTGCTTCAATGCAATGGCAACCATCAAA
CGGACAATCGATCCCTCAACCATCAGCATATAACTCATTCACATTGCCTCACACAGAAAG
ACAAAACCAACAACACATGCAAC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3A087JQ 717 0 0
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CCATTTTCAAGACAAACCCAAGTTGGTGCCTCAGTTGCTAGAATGAGTACTCGGCTTCCT
GTTGCTTCAATGCAATGGCAACCATCAAACGGACAATCGATCCCTCAACCATCAGCATAT
AACTCATTCACATTGCCTCACACAGAAAGACAAAACCAACAACACATGCAACCAAGGCTT
CATCAAAATCAACATTTTCAACAGCAACCAATCTCGACAACCTTGTATGTGGTCAGGGAA
TCAGTAGGAAAGATGGACATAGGTACATCGGCTTCATGGAGGTCCCAGCAGAGTCAGAAT
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CAGTACATGACTAGTAGTAATCCAGGATATGAATCATGGAGTCCTGATAATAGCCCAAGT
AGGAACCACCCTAACATGAGGGGACAACAACAACCATCGAGGAAACATGACCCTTATCGG
AACCAAAACAAAAGATGGCGTTAAAACATATATCAAAACTTTTTGTTCTTTCGATGCCTG
TTTTAACTGTTCAGTTAGCATCATGCTGTCATGAGACACACATGTGCTTTTAACTCACAA
AAGATTCATAAGAGATGACAAAACAAAAGATTCAGTAAGATAAGCAAATTCAATTTT

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

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TAAAATTGCGATTTACTACTATACTAATTTAGAATGGACCTACGACAATCTGATAGGCCC
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TACTTTTCTTTTTTCTTTTGGTTGACTTTTGTCTAGTCAAGTGTGAGCATACAACAGTTG
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AACAAAAGGGTCTTTCAAGGAGAAGAGAGACACGAGACAGTTAGTGTAGAAGTCTGCCTC
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GGTCGTGGTCGTGGTCATCGTGATCATGGTCATCATGATCGTGGTCGTGGTCATCGTCAT
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CATCATGGTCGTGGTCATCATCATCATCGTGGTCATGGTCATCACC


BQ
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AF RR3C205TF C 1
AF RR3C205JQ U 10
BS 1 9 RR3C205TF
BS 10 706 RR3C205JQ

RD RR3C205TF 706 0 0
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TAAAATTGCGATTTACTACTATACTAATTTAGAATGGACCTACGACAATCTGATAGGCCC
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TACTTTTCTTTTTTCTTTTGGTTGACTTTTGTCTAGTCAAGTGTGAGCATACAACAGTTG
AACTCAAGAGCGCGAAATAAAACAAACGTAGTACATCTAAGATATATATAAAAAAGGATA
AACAAAAGGGTCTTTCAAGGAGAAGAGAGACACGAGACAGTTAGTGTAGAAGTCTGCCTC
CACAAGTGAATGTGACGATGCATGAGTCATCCACAAAGACTGTATAGTTATGAGCAGGTT
TTGATAGCAATGGCGGAAGCGTAACCAGAAGGTCGCACACGCACTCGTTGTCTATTTGCC
TCAACCACTTGCAGCAGTCTTGTTGACCATAGGTCTCATCTCCGTGTCGGTGATGGTGGT
GGTCGTGGTCGTGGTCATCGTGATCATGGTCATCATGATCGTGGTCGTGGTCATCGTCAT
CATGACCGTGGTCATCGTCATCATGGTGGTGGTGGTGGTCATCATCATCATGGTCATCGT
CATCATGGTCGTGGTCATCATCATCATCGTGGTCATGGTCATCACC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3C205JQ 697 0 0
GACTCACCCACCTGCAGGGTAAATACAATATACGGGCCTGAAGTTAATTTATAAAATTGC
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GAAGATGAGGCGTGCGTCGATTGAGTGTGCCTCACGCTACGATAATTAGCTTACTTTTCT
TTTTTCTTTTGGTTGACTTTTGTCTAGTCAAGTGTGAGCATACAACAGTTGAACTCAAGA
GCGCGAAATAAAACAAACGTAGTACATCTAAGATATATATAAAAAAGGATAAACAAAAGG
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ATGTGACGATGCATGAGTCATCCACAAAGACTGTATAGTTATGAGCAGGTTTTGATAGCA
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GGTCATCGTCATCATGGTGGTGGTGGTGGTCATCATCATCATGGTCATCGTCATCATGGT
CGTGGTCATCATCATCATCGTGGTCATGGTCATCACC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL6863Contig1 985 2 4 U
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TTGTTTGGTCTGTTGGTTTCAGCGTTTGTGCTCGGTGGGTTTGTGATAAACCGTGTAGCC
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GAGGTGTTTGTGCCCATAACGTCATGTGCTGGTGTTGGCTGCAAGGAGAGTAATGAGGTG
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TCCTTGACGTTACCTGAGTCCTATTACAATAAAAATCTCGGCATGTTTCAGGTTCGGGTG
GATTTCTTATCTGCGGATGGTCAAACGCTTGACACCATAAGGCGTCCGTGCATGTTAAGA
TTCAGAAGCGAGCCTATCCGTCTCGTCCAGACGTTCTTCAAAGTGGTTCCTTTAGTGACG
GGATACGTCTCTGAGATCCAAACCTTGACCTTGAAGTTGAAAGGCTTTGCGGAAAAGGAC
CCCCCCACCGCTTGCTTAAAGGTGATGATCGAACAACGTGCGGAGTTTCGACCAGGGGCG
GCGGGTATTCCGGAGCTGTACGACGCGTCCCTCTCGCTCCAATCCGATCTTCCTTTCTTC
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TTCACCGAACTGCTTTTCGCGTTGGTCTTTTGCAGACCTCTCATCATCCCAAGAGCACGA
CTTAGAGACGTACCGGCTTCTTATCCAACCGAAAGTAGATGATAATGGTGAAGTAATAGT
TGCTGTACATCATGTTCTGTAACACTCCTGAAAGTTCTTTGAGTAAAATGTAAATCTTAT
AGTATATGGTAGTTTTGGTTCAAGATATGTACTTTAAAACGAGTGTTAAAAATGGTTTAT
GAATATCAGAGAGGAGCAAAAACTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ04TF U 1
AF RR3EZ04JQ C 441
BS 1 686 RR3EZ04TF
BS 687 687 RR3EZ04JQ
BS 688 718 RR3EZ04TF
BS 719 985 RR3EZ04JQ

RD RR3EZ04TF 718 0 0
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TTGTTTGGTCTGTTGGTTTCAGCGTTTGTGCTCGGTGGGTTTGTGATAAACCGTGTAGCC
GATAAACCGTTTGTGATCAAGGAGGGGGTCTTGAATTTCGATTACACCAAGAACAGTCCT
GAGGTGTTTGTGCCCATAACGTCATGTGCTGGTGTTGGCTGCAAGGAGAGTAATGAGGTG
GTGAAGAAGATCAGGGGACTGCGAGCTATCCCTCGTGACCACAAGTTAGAGATCACTCTT
TCCTTGACGTTACCTGAGTCCTATTACAATAAAAATCTCGGCATGTTTCAGGTTCGGGTG
GATTTCTTATCTGCGGATGGTCAAACGCTTGACACCATAAGGCGTCCGTGCATGTTAAGA
TTCAGAAGCGAGCCTATCCGTCTCGTCCAGACGTTCTTCAAAGTGGTTCCTTTAGTGACG
GGATACGTCTCTGAGATCCAAACCTTGACCTTGAAGTTGAAAGGCTTTGCGGAAAAGGAC
CCCCCCACCGCTTGCTTAAAGGTGATGATCGAACAACGTGCGGAGTTTCGACCAGGGGCG
GCGGGTATTCCGGAGCTGTACGACGCGTCCCTCTCGCTCCAATCCGATCTTCCTTTCTTC
AAAAGAGTTGTTTGGAAATGGCGGAG*ACTTTGTTCGTTTGGATCAGCATGAGTTTGT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3EZ04JQ 545 0 0
TCTCGTCCAGACGTTCTTCAAAGTGGTTCCTTTAGTGACGGGATACGTCTCTGAGATCCA
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GGTGATGATCGAACAACGTGCGGAGTTTCGACCAGGGGCGGCGGGTATTCCGGAGCTGTA
CGACGCGTCCCTCTCGCTCCAATCCGATCTTCCTTTCTTCAAAAGAGTTGTTTGGAAATG
GCGGAGGACTTTGTTCGTTTGGATCAGCATGAGTTTGTTCTTCACCGAACTGCTTTTCGC
GTTGGTCTTTTGCAGACCTCTCATCATCCCAAGAGCACGACTTAGAGACGTACCGGCTTC
TTATCCAACCGAAAGTAGATGATAATGGTGAAGTAATAGTTGCTGTACATCATGTTCTGT
AACACTCCTGAAAGTTCTTTGAGTAAAATGTAAATCTTATAGTATATGGTAGTTTTGGTT
CAAGATATGTACTTTAAAACGAGTGTTAAAAATGGTTTATGAATATCAGAGAGGAGCAAA
AACTG

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

CO CL6864Contig1 926 2 4 U
GGAATCTCACTGTGTATAGATACCGTGAAGTAGAAAATGGCATTGGGAAAGAAGAGAATC
GTTGCCCAGAAATCGAACTTGAAGCATCGTCGTGGTGTGGAAGAAAGAGGATTAGGGTTA
GAGTTAGAGTTGGCTCAGTACAAGAAAGGTTTTGGGATGAATAGGACTCTGGTTTCAGAC
ACTGGTGATTCGATTTTCACTTCACCAGTCAGGAAAATCTCATCGAAGAAGCTTTCGTCT
GCAAGTTGTCAAAGTGGAGAGCTTGAAGATCTTCATCTAGATATTCTGGTGAGAATCATA
TGGGGCGTCGAGCATGAAGACTTGAAACAACTGTTTCATGTTTCAAAAACAGTAAGAGAA
GCTACATTAATCGCAAAGCAGTTACATTTCGCGTATAGTACGCCTCGGAAAACCTCTGTT
TTTCAACATAGCAAATTCGGTTTAGATAAACCGTTTGGTTTAGGTGATGGCTATGCTTAT
GAGATAGAAGCCCCGGGAGCCCCATTGCAGAAAAGGTACCGTTTCCGTAACAAGGACGAT
TCTGGAGTCTCAGTGGCTTTATTCAAGTAATCAAACAGCTTGGTTTGAGGCTAATACCAA
TCTACTTGGTTTCTTCAAGATTCTTGATTGAAGAAACAGTATTATAAGTTATGTTCGTAA
GCTTTGGTGTGGATAGGTCTCTGTAAATTGTTGTTAGATAAAAAGAAAGATAGGGTTTTG
GAGAGGCTAGCTTGTTTAGAAGGTCAGAAGTGTTTTTGTTATGTAAGGTAAATATAGTAT
ATTTGGATTTATTTATGAAGTTGTAAAATATATATAGTAAGCAACATAGCATATTTGCAA
TATTTTTTATTGCAATTTAATGGTATTAGTGCAACAAAATGTATATAATTATTCTGGTAT
AATTATGAGTTACAACGCAGTTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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AF RR3AJ40TF U 1
AF RR3AJ40JQ C 57
BS 1 740 RR3AJ40TF
BS 741 741 RR3AJ40JQ
BS 742 753 RR3AJ40TF
BS 754 926 RR3AJ40JQ

RD RR3AJ40TF 753 0 0
GGAATCTCACTGTGTATAGATACCGTGAAGTAGAAAATGGCATTGGGAAAGAAGAGAATC
GTTGCCCAGAAATCGAACTTGAAGCATCGTCGTGGTGTGGAAGAAAGAGGATTAGGGTTA
GAGTTAGAGTTGGCTCAGTACAAGAAAGGTTTTGGGATGAATAGGACTCTGGTTTCAGAC
ACTGGTGATTCGATTTTCACTTCACCAGTCAGGAAAATCTCATCGAAGAAGCTTTCGTCT
GCAAGTTGTCAAAGTGGAGAGCTTGAAGATCTTCATCTAGATATTCTGGTGAGAATCATA
TGGGGCGTCGAGCATGAAGACTTGAAACAACTGTTTCATGTTTCAAAAACAGTAAGAGAA
GCTACATTAATCGCAAAGCAGTTACATTTCGCGTATAGTACGCCTCGGAAAACCTCTGTT
TTTCAACATAGCAAATTCGGTTTAGATAAACCGTTTGGTTTAGGTGATGGCTATGCTTAT
GAGATAGAAGCCCCGGGAGCCCCATTGCAGAAAAGGTACCGTTTCCGTAACAAGGACGAT
TCTGGAGTCTCAGTGGCTTTATTCAAGTAATCAAACAGCTTGGTTTGAGGCTAATACCAA
TCTACTTGGTTTCTTCAAGATTCTTGATTGAAGAAACAGTATTATAAGTTATGTTCGTAA
GCTTTGGTGTGGATAGGTCTCTGTAAATTGTTGTTAGATAAAAAGAAAGATAGGGTTTTG
GAGAGGCTAGCTTGTTTAGA*GGTCAGAAGTGT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3AJ40JQ 870 0 0
AATCGTTGCCCAGAAATCGAACTTGAAGCATCGTCGTGGTGTGGAAGAAAGAGGATTAGG
GTTAGAGTTAGAGTTGGCTCAGTACAAGAAAGGTTTTGGGATGAATAGGACTCTGGTTTC
AGACACTGGTGATTCGATTTTCACTTCACCAGTCAGGAAAATCTCATCGAAGAAGCTTTC
GTCTGCAAGTTGTCAAAGTGGAGAGCTTGAAGATCTTCATCTAGATATTCTGGTGAGAAT
CATATGGGGCGTCGAGCATGAAGACTTGAAACAACTGTTTCATGTTTCAAAAACAGTAAG
AGAAGCTACATTAATCGCAAAGCAGTTACATTTCGCGTATAGTACGCCTCGGAAAACCTC
TGTTTTTCAACATAGCAAATTCGGTTTAGATAAACCGTTTGGTTTAGGTGATGGCTATGC
TTATGAGATAGAAGCCCCGGGAGCCCCATTGCAGAAAAGGTACCGTTTCCGTAACAAGGA
CGATTCTGGAGTCTCAGTGGCTTTATTCAAGTAATCAAACAGCTTGGTTTGAGGCTAATA
CCAATCTACTTGGTTTCTTCAAGATTCTTGATTGAAGAAACAGTATTATAAGTTATGTTC
GTAAGCTTTGGTGTGGATAGGTCTCTGTAAATTGTTGTTAGATAAAAAGAAAGATAGGGT
TTTGGAGAGGCTAGCTTGTTTAGAAGGTCAGAAGTGTTTTTGTTATGTAAGGTAAATATA
GTATATTTGGATTTATTTATGAAGTTGTAAAATATATATAGTAAGCAACATAGCATATTT
GCAATATTTTTTATTGCAATTTAATGGTATTAGTGCAACAAAATGTATATAATTATTCTG
GTATAATTATGAGTTACAACGCAGTTATGC

QA 1 870 1 870
DS 



AS 1 2

CO CL6865Contig1 624 2 1 U
GAAGGGAGAGTAGGACCAGATCATGTTGACATGTCCCCTAAGAAAGTATCAGCTGCGCAT
AATGTTTATGTTTCTCCCTTAAGAGGATCAAAGATGGATGCTCTTATTTCACACAGCTCA
AAGAGTTACTACGCTTGTGTTGGAGAGAGCACACATGCTTACCAGAGCCCTTCAAAAGAC
CTGTCTGCAATCAACAACCGCTTGAACAACAGCAACAACAGCGGGAACCGCAAGAGGACG
CTTAAGTTCGACGTAGAAGCAGGACTGGTTAGCGATTCCATGGTAGGAAACAGTCTTTAC
CAAAACCAAAATGAGACCGATGCTTCAAACCAAAACCAAAATGGAAGCGATGCAGCGTCT
TCAGGTGGTACTCCCTTTAAAACCGAGCCGCAAGATTGATAAAGAGAGTATCAAACAAAC
GCCAGCTTCTCTTGAAACTATATGTACATTATCTTCCATATAGAGTTTGTTTTTTTCTAC
GTTTAGTTTTCTAGTGATGATCACCTCAGGCTATGAGCGGATGGATCTTTTTTTATTATT
GTTTTTCTTCTCTTTCTCATTAATCAACTTTAACTCTGTTTTAATAAGCGTTAATAAATA
TGTTATCAAAAGTGGTGTCACTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AT03JQ C 1
AF RR3AT03TF U 1
BS 1 624 RR3AT03TF

RD RR3AT03JQ 624 0 0
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AAGAGTTACTACGCTTGTGTTGGAGAGAGCACACATGCTTACCAGAGCCCTTCAAAAGAC
CTGTTTGCAATCAACAACCGCTTGAACAACAGCAACAACAGCGGGAACCGCAAGAGGACG
CTTAAGTTCGACGTAGAAGCAGGACTGGTTAGCGATTCCATGGTAGGAAACAGTCTTTAC
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TCAGGTGGTACTCCCTTTAAAACCGAGCCGCAAGATTGATAAAGAGAGTATCAAACAAAC
GCCAGCTTTTCTTGAAACTATATGTACATTATTTTCCATATAGAGTTTGTTTTTTTTTAC
GTTTAGTTTTTTAGTGATGATCACCTCAGGCTATGAGCGGATGGATCTTTTTTTATTATT
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QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3AT03TF 624 0 0
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AATGTTTATGTTTCTCCCTTAAGAGGATCAAAGATGGATGCTCTTATTTCACACAGCTCA
AAGAGTTACTACGCTTGTGTTGGAGAGAGCACACATGCTTACCAGAGCCCTTCAAAAGAC
CTGTCTGCAATCAACAACCGCTTGAACAACAGCAACAACAGCGGGAACCGCAAGAGGACG
CTTAAGTTCGACGTAGAAGCAGGACTGGTTAGCGATTCCATGGTAGGAAACAGTCTTTAC
CAAAACCAAAATGAGACCGATGCTTCAAACCAAAACCAAAATGGAAGCGATGCAGCGTCT
TCAGGTGGTACTCCCTTTAAAACCGAGCCGCAAGATTGATAAAGAGAGTATCAAACAAAC
GCCAGCTTCTCTTGAAACTATATGTACATTATCTTCCATATAGAGTTTGTTTTTTTCTAC
GTTTAGTTTTCTAGTGATGATCACCTCAGGCTATGAGCGGATGGATCTTTTTTTATTATT
GTTTTTCTTCTCTTTCTCATTAATCAACTTTAACTCTGTTTTAATAAGCGTTAATAAATA
TGTTATCAAAAGTGGTGTCACTTT

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL6866Contig1 1178 2 2 U
GGAGATACACAGTTTTGTTGAGCGTTCCCTCCCTCCCTCTTGGCGATTTTGCAGATTCTG
CATTCAAAAAATCTCTAATGTATCAATCAGACGAAGACGACGACGATTTCCTCGCTGCCC
TTTGCTTCGATCAAAGGCATGGAGGTGAAGATCCTTACGCATTTATACAGACAGAACAGG
GGAACCTCTTTCAGGATTTCGGGTCATCATCTGGTGTGAATCTGCAGGCAGAGCAAGAAC
AAGTAGTATGTAACAGCGACATTGGTGGAGCTCAGTTCGATTCTTTTAGTGGAAACCTTC
CTCAAGTCTGTAGCTTTACTTGTGAAAACAACGGTTTAGCAAATTTTGGTGGAGACTCCG
TTGGATTTGGATCATCTTGTAGTGGATTTTTGCAGCAAGGGCAACATCAAGTCTGTAGCT
TTAGAGGGAGAAACAAGGATTCAGTGCCTCATGTGGACAAGGAACAAGTGTGTTGCGGTG
TGGTGGAAATCAATTCTTCTTCATCTGTTAAGGAAGAGTTGGAGGAAGAATGCTCAAGAA
AGAGGGGACGAAGTGGGTCATGTAGCAAGGCAGGAACCAAAGCCTGTCGTGAGAAAAAGA
GAAGGGAAATGCTAAATGACAAGTTCATGGATTTGAGCTCTTTTCTGGAACCTACAAGAA
CTCCAAAGACGGATAAACCAGCTACACTAGATGATGCAATCCGGGTGGTGAACCAGCTCA
GAGGTGAAACTCACGAGCTTAAAGAAACCAACCAGAAGCTTTTAGAAGAGATCAAGACTC
TCAAGGCGGAGAAGAATGAGCTAAGGGAAGAGAAGCTGGTGTTGAAGGCTGATAAAGAGA
AGATGGAGCAACAGTTGAAATTTATTCCATCACCAGGGTTCATGCCTTTTCATCCAGCAG
CTTTCCATCAAAACAAAATGGCTGTTTACGCCGCGAGTTACGGTTACTATCCAAACATGC
CAATGATGCCATACTTACTACCACCTTCGCAGCGTGATACTTTTCAAGATCAGCAAAACT
GCTCTTTTGCTGCTTGACCTTCCTTTTCTTTTTTTGGTATCATACTATCAAAAAATTACT
TTGAAGCTTATTTTTAGGTTTCTATTTTTGAATAAATTGTTTGAGAAACATTTTTTGTAC
GATTGCCATTGATCAATGTCAAATGTACAAGCTGTTTT


BQ
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AF RR3AX94TF U 1
AF RR3AX94JQ C 505
BS 1 752 RR3AX94TF
BS 753 1178 RR3AX94JQ

RD RR3AX94TF 752 0 0
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CATTCAAAAAATCTCTAATGTATCAATCAGACGAAGACGACGACGATTTCCTCGCTGCCC
TTTGCTTCGATCAAAGGCATGGAGGTGAAGATCCTTACGCATTTATACAGACAGAACAGG
GGAACCTCTTTCAGGATTTCGGGTCATCATCTGGTGTGAATCTGCAGGCAGAGCAAGAAC
AAGTAGTATGTAACAGCGACATTGGTGGAGCTCAGTTCGATTCTTTTAGTGGAAACCTTC
CTCAAGTCTGTAGCTTTACTTGTGAAAACAACGGTTTAGCAAATTTTGGTGGAGACTCCG
TTGGATTTGGATCATCTTGTAGTGGATTTTTGCAGCAAGGGCAACATCAAGTCTGTAGCT
TTAGAGGGAGAAACAAGGATTCAGTGCCTCATGTGGACAAGGAACAAGTGTGTTGCGGTG
TGGTGGAAATCAATTCTTCTTCATCTGTTAAGGAAGAGTTGGAGGAAGAATGCTCAAGAA
AGAGGGGACGAAGTGGGTCATGTAGCAAGGCAGGAACCAAAGCCTGTCGTGAGAAAAAGA
GAAGGGAAATGCTAAATGACAAGTTCATGGATTTGAGCTCTTTTCTGGAACCTACAAGAA
CTCCAAAGACGGATAAACCAGCTACACTAGATGATGCAATCCGGGTGGTGAACCAGCTCA
GAGGTGAAACTCACGAGCTTAAAGAAACCAAC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3AX94JQ 674 0 0
CTGTTAAGGAAGAGTTGGAGGAAGAATGCTCAAGAAAGAGGGGACGAAGTGGGTCATGTA
GCAAGGCAGGAACCAAAGCCTGTCGTGAGAAAAAGAGAAGGGAAATGCTAAATGACAAGT
TCATGGATTTGAGCTCTTTTTTGGAACCTACAAGAACTCCAAAGACGGATAAACCAGCTA
CACTAGATGATGCAATCCGGGTGGTGAACCAGCTCAGAGGTGAAACTCACGAGCTTAAAG
AAACCAACCAGAAGCTTTTAGAAGAGATCAAGACTCTCAAGGCGGAGAAGAATGAGCTAA
GGGAAGAGAAGCTGGTGTTGAAGGCTGATAAAGAGAAGATGGAGCAACAGTTGAAATTTA
TTCCATCACCAGGGTTCATGCCTTTTCATCCAGCAGCTTTCCATCAAAACAAAATGGCTG
TTTACGCCGCGAGTTACGGTTACTATCCAAACATGCCAATGATGCCATACTTACTACCAC
CTTCGCAGCGTGATACTTTTCAAGATCAGCAAAACTGCTCTTTTGCTGCTTGACCTTCCT
TTTCTTTTTTTGGTATCATACTATCAAAAAATTACTTTGAAGCTTATTTTTAGGTTTCTA
TTTTTGAATAAATTGTTTGAGAAACATTTTTTGTACGATTGCCATTGATCAATGTCAAAT
GTACAAGCTGTTTT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL6867Contig1 1313 2 4 U
GGATGTAAATTTTAATCCACAAAGTCCACCCCAATGTCTTCCAAAGCCAGATCTCCAACC
GCCGCTAGCGGCAGAGATCCACCGCCAAACAAAAAGCCGAAGCCTTCATCGCCGGCGACG
TCAGAACCGACGTCGATATCCATCTCGTCGCTTCCTGATGATTTGCTTCTAAACTGCCTA
GCACGCGTCTCTAGACAGCACTATCACATCCTCTCCCGCGTCTCCAAACGTTTCCGATCC
ATCATCGCCTCACCGGAGCTTTACGCAACCCGATCGCGAATGAACCGCACCGAGAAGTGT
CTCTACCTTTACCTAAGCTTCCGTTGTGATTCTAGAACATTCTTGTACACTCTAATCCGA
AACGTAGCCAACAACGAGCCAAGCGGCTATTCTTTGGCGACGATCCCGTCTCCAGACTCT
TCGCTTCCTGAGCAGTCCTCGTCGACGATTGTAGCCGTTGGATCTGATATCTACAAGATC
GGTGGCGGTTTTAATTCCAAATGCAAATTCTGGAAACGGTACTATTCTTCAAGCGTATCG
GTGCTTGATTGTCGCACTCACACGTGGCGTCAGGCTCCGAGCATGGGACTGGAGCGGGAC
TCATCCTCCACAGCGACCTTGTTTGATGGGAAGATATACGTAGGCGGAGGCTGTGATGAC
AGATACGTCAGTACCCTCAGGTTTATGGAAGTGTTTGATTTAGAGACACATACTTGGGGC
TTTGGTATGAGGAACCCTTGTGTTTTCAGGTGGAGCGAGGAGGTTAGGGTTAAGCCCTAT
GTAGCCAAAAGCTCAGTGCTTGAAGGGAAGCTCTACATTTTCGGGGATGATGGCTCTGTG
TACAACCCCGAGGATAACAGATGGTGGGATTTAGGATGGGCTAATTCTCGTATGCGTTGG
GCAGCAAAAGAGTGTCACTGCGTGATTGATGATGTCTTGTATTTTTGGGATAAAGGAGTG
TTCAAATGGTATGATTTTAAGACAGATTCATCGAAGGAACTGAATGGTATTGAAGGGTTG
CCTGATCTTGGCAGCAACGGTGAGAAATGTAAAAAGGCAATGGTGGATCTTGGTGGAAAG
ATGGTGTTTTTGTGGAATGAGGATCTGGGTTATGAGGAGTGTAGGATCTGGTGTGCTGAG
ATTACGCTTGAAAGGCGCGCTGAAGATGAGATTTGGGGGAAGGTTGAGTGGTTTGATTCC
CTTCTTAGAACCCACCCGTCTTGTTCCGTGTTGGATGTTGTTTCTGTTTCTGTTTAATGG
ATTGTCATGAGAACATGCTTTTTAGCGGTTATCGCTGTGGTTCGTTTTCTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GH23TF U 1
AF RR3GH23JQ C 554
BS 1 680 RR3GH23TF
BS 681 681 RR3GH23JQ
BS 682 728 RR3GH23TF
BS 729 1313 RR3GH23JQ

RD RR3GH23TF 728 0 0
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GCCGCTAGCGGCAGAGATCCACCGCCAAACAAAAAGCCGAAGCCTTCATCGCCGGCGACG
TCAGAACCGACGTCGATATCCATCTCGTCGCTTCCTGATGATTTGCTTCTAAACTGCCTA
GCACGCGTCTCTAGACAGCACTATCACATCCTCTCCCGCGTCTCCAAACGTTTCCGATCC
ATCATCGCCTCACCGGAGCTTTACGCAACCCGATCGCGAATGAACCGCACCGAGAAGTGT
CTCTACCTTTACCTAAGCTTCCGTTGTGATTCTAGAACATTCTTGTACACTCTAATCCGA
AACGTAGCCAACAACGAGCCAAGCGGCTATTCTTTGGCGACGATCCCGTCTCCAGACTCT
TCGCTTCCTGAGCAGTCCTCGTCGACGATTGTAGCCGTTGGATCTGATATCTACAAGATC
GGTGGCGGTTTTAATTCCAAATGCAAATTCTGGAAACGGTACTATTCTTCAAGCGTATCG
GTGCTTGATTGTCGCACTCACACGTGGCGTCAGGCTCCGAGCATGGGACTGGAGCGGGAC
TCATCCTCCACAGCGACCTTGTTTGATGGGAAGATATACGTAGGCGGAGGCTGTGATGAC
AGATACGTCAGTACCCTCAG*TTTATGGAAGTGTTTGATTTAGAGACACATACTTGGGGC
TTTGGTAT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3GH23JQ 760 0 0
GCACTCACACGTGGCGTCAGGCTCCGAGCATGGGACTGGAGCGGGACTCATCCTCCACAG
CGACCTTGTTTGATGGGAAGATATACGTAGGCGGAGGCTGTGATGACAGATACGTCAGTA
CCCTCAGGTTTATGGAAGTGTTTGATTTAGAGACACATACTTGGGGCTTTGGTATGAGGA
ACCCTTGTGTTTTCAGGTGGAGCGAGGAGGTTAGGGTTAAGCCCTATGTAGCCAAAAGCT
CAGTGCTTGAAGGGAAGCTCTACATTTTCGGGGATGATGGCTCTGTGTACAACCCCGAGG
ATAACAGATGGTGGGATTTAGGATGGGCTAATTCTCGTATGCGTTGGGCAGCAAAAGAGT
GTCACTGCGTGATTGATGATGTCTTGTATTTTTGGGATAAAGGAGTGTTCAAATGGTATG
ATTTTAAGACAGATTCATCGAAGGAACTGAATGGTATTGAAGGGTTGCCTGATCTTGGCA
GCAACGGTGAGAAATGTAAAAAGGCAATGGTGGATCTTGGTGGAAAGATGGTGTTTTTGT
GGAATGAGGATCTGGGTTATGAGGAGTGTAGGATCTGGTGTGCTGAGATTACGCTTGAAA
GGCGCGCTGAAGATGAGATTTGGGGGAAGGTTGAGTGGTTTGATTCCCTTCTTAGAACCC
ACCCGTCTTGTTCCGTGTTGGATGTTGTTTCTGTTTCTGTTTAATGGATTGTCATGAGAA
CATGCTTTTTAGCGGTTATCGCTGTGGTTCGTTTTCTTTG

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL6868Contig1 891 2 4 U
GAGCCATCATATGGGCAAGGACCTCTTCTCCGTGGAATAGTCAGCCTGCACAGCAGTTGC
AACAACCACAGCAGCCATCTTATGAAGGTGCCCAAGACAATATGGCATTTCCACCTCCCC
CGTGGGAAGCTCAACATCAAGACTTCAGTTCCACTGCAGAGTCAGGAAGTCCGTTTTCTC
CTCAAATGCATCAGACACAATTTGCCTTCGCACATGCTCAACAATATCCTCAGATGCCCC
AAACCAGCCAACCTGTTAACAATCCATATCCTCAGATGCCGAGCGGTAGCGGTATGTATA
TGCAACAGCCAATGCCAAACCAAGCCAATCAAGCTCTAGGGCCAGGCTATCCACCCCAAC
AGCAGCAGCAGCAACAGCAGATGATGATGGCTCAGTTCTATGCCCAACAGCAACAGCAAC
AGCAACAGGCGTATGGAAACCAGATGGGAGGATACGGATATGGATATAATCAACAGCAAC
ACGGAAGCAGCCCATATCTGGAGCAGCAAATGCATGGCATGTCCATCAGAGAACAGGCTT
CGCATCAAGTACCACCATCATCATCGTCTTATCTTCCTCCTATGAAACCCAAGAATAAAC
CGGAGGATAAGCTATTTGGGGGATCTCGTTGACATCTCCAAATTCAAGCCTAGTACAAAA
CCGACATCCGGAAGAGCTGGTACCATGTGAAAAAAAAACCTTCATCGATTCATGATTTAT
GAGGAGTATTCATCTCTCTGTTTTCTTTACTCAGCTAACTCTATTTCTTCGCTTGTTCTC
AAAGCTTTTGATCAATTTGATTTGACCCTCTTGGGAGAGACACACATATACATAAATTCT
ACATGTTATCTTCTTCCTTGCTTATGATTATGATGGGTAATGCATTTGTAT


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AF RR3DQ76TF U 1
AF RR3DQ76JQ C 118
BS 1 697 RR3DQ76TF
BS 698 698 RR3DQ76JQ
BS 699 769 RR3DQ76TF
BS 770 891 RR3DQ76JQ

RD RR3DQ76TF 769 0 0
GAGCCATCATATGGGCAAGGACCTCTTCTCCGTGGAATAGTCAGCCTGCACAGCAGTTGC
AACAACCACAGCAGCCATCTTATGAAGGTGCCCAAGACAATATGGCATTTCCACCTCCCC
CGTGGGAAGCTCAACATCAAGACTTCAGTTCCACTGCAGAGTCAGGAAGTCCGTTTTCTC
CTCAAATGCATCAGACACAATTTGCCTTCGCACATGCTCAACAATATCCTCAGATGCCCC
AAACCAGCCAACCTGTTAACAATCCATATCCTCAGATGCCGAGCGGTAGCGGTATGTATA
TGCAACAGCCAATGCCAAACCAAGCCAATCAAGCTCTAGGGCCAGGCTATCCACCCCAAC
AGCAGCAGCAGCAACAGCAGATGATGATGGCTCAGTTCTATGCCCAACAGCAACAGCAAC
AGCAACAGGCGTATGGAAACCAGATGGGAGGATACGGATATGGATATAATCAACAGCAAC
ACGGAAGCAGCCCATATCTGGAGCAGCAAATGCATGGCATGTCCATCAGAGAACAGGCTT
CGCATCAAGTACCACCATCATCATCGTCTTATCTTCCTCCTATGAAACCCAAGAATAAAC
CGGAGGATAAGCTATTTGGGGGATCTCGTTGACATCTCCAAATTCAAGCCTAGTACAAAA
CCGACATCCGGAAGAGCTGGTACCATGTGAAAAAAAA*CCTTCATCGATTCATGATTTAT
GAGGAGTATTCATCTCTCTGTTTTCTTTACTCAGCTAACTCTATTTCTT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3DQ76JQ 774 0 0
CCCCGTGGGAAGCTCAACATCAAGACTTCAGTTCCACTGCAGAGTCAGGAAGTCCGTTTT
CTCCTCAAATGCATCAGACACAATTTGCCTTCGCACATGCTCAACAATATCCTCAGATGC
CCCAAACCAGCCAACCTGTTAACAATCCATATCCTCAGATGCCGAGCGGTAGCGGTATGT
ATATGCAACAGCCAATGCCAAACCAAGCCAATCAAGCTCTAGGGCCAGGCTATCCACCCC
AACAGCAGCAGCAGCAACAGCAGATGATGATGGCTCAGTTTTATGCCCAACAGCAACAGC
AACAGCAACAGGCGTATGGAAACCAGATGGGAGGATACGGATATGGATATAATCAACAGC
AACACGGAAGCAGCCCATATCTGGAGCAGCAAATGCATGGCATGTCCATCAGAGAACAGG
CTTCGCATCAAGTACCACCATCATCATCGTCTTATCTTCCTCCTATGAAACCCAAGAATA
AACCGGAGGATAAGCTATTTGGGG*ATCTCGTTGACATCTCCAAATTCAAGCCTAGTACA
AAACCGACATCCGGAAGAGCTGGTACCATGTGAAAAAAAAACCTTCATCGATTCATGATT
TATGAGGAGTATTCATCTCTCTGTTTTCTTTACTCAGCTAACTCTATTTCTTCGCTTGTT
CTCAAAGCTTTTGATCAATTTGATTTGACCCTCTTGGGAGAGACACACATATACATAAAT
TCTACATGTTATCTTCTTCCTTGCTTATGATTATGATGGGTAATGCATTTGTAT

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL6869Contig1 754 2 24 U
CAATAAAATGCGAATATATAGTAAGCAAAAAAGGCAAGAATGAATCTGATTCAAGAATTC
TTACAAAAGTAAAACAACGGTTGTAAGAGTTTAGGCATCTTGACAACTTCCGATACCGAA
ATGTTGCGTTCTAAAAGTCTCAAAAACATTTTCAACTGTGTTACACCAGCGGCATGTATA
TATATTTATTCCAATCAAAAAAAAAAATCTAAAAATATTTAAAGAAAGTGAAAACAGAAA
GCAAAACTCGGTGCCGGAGTCAGTGGTGGTGCTCATGGTCTTCATCACCGTGACCATCCG
GAGGCCCACCAGGACCAACCACTTCCAGCTCAAAGTACTGAGTGCAAACAGAGCATTCAA
AAGACTTTCCTTTCTCCAGCCAGAACCACACAACATCGTGTTCATCCTCGCCTTCGCCAC
CAGGGCATCCCACAATTCGCTTGTCATAGTAGGACTTCACAACAGCTGGAGCTTCCTTAG
TTCCAAAAGGACCTTCAGGGAAGTCGATATCAAGCAGCCTCCTCCCCTCGAGTTCAGCTT
CAAGCTCTTCCTTCTCATGTCCAGTAGCGATGGGCATTACATCCTCCACATTCTTATTCA
CAGAAGTCTCTGCTACTGGTTCGGAGCTGAAATGGCAAGGGGTGACGGAAGAAGAAGCAG
AAATGGCTGATCGATTGGCAGCGAGGTAGAAGCCAGCGGGTCTCGCGGTGGCGGCTATCG
ATCGACAAGATGAGAGCAGCGGCGACATCAGCGG


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E771TF C 1
AF RR3CF40JQ U 5
BS 1 4 RR3E771TF
BS 5 118 RR3CF40JQ
BS 119 119 RR3E771TF
BS 120 138 RR3CF40JQ
BS 139 139 RR3E771TF
BS 140 234 RR3CF40JQ
BS 235 235 RR3E771TF
BS 236 238 RR3CF40JQ
BS 239 239 RR3E771TF
BS 240 361 RR3CF40JQ
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BS 363 394 RR3CF40JQ
BS 395 395 RR3E771TF
BS 396 462 RR3CF40JQ
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BS 464 520 RR3CF40JQ
BS 521 521 RR3E771TF
BS 522 556 RR3CF40JQ
BS 557 557 RR3E771TF
BS 558 586 RR3CF40JQ
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BS 588 589 RR3CF40JQ
BS 590 590 RR3E771TF
BS 591 754 RR3CF40JQ

RD RR3E771TF 645 0 0
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TTACAAAAGTAAAACAACGGTTGTAAGAGTTTAGGCATCTTGACAACTTCCGATACCGAA
ATGTTGCGTTCTAAAAGTCTCAAAAACATTTTCAACTGTGTTATACCAGCGGCATGTATA
TATATTTATTCCAAT**AAAAAAAAAATCTAAAAATATTTAAAGAAAGTGAAAACAGAAA
GCAAAACTCGGTGCCGGAGTCAGTGGTGGTGCTCATGGTCTTCATCACCGTGACCATCCG
GAGGCCCACCAGGACCAACCACTTCCAGCTCAAAGTACTGAGTGCAAACAGGGCATTCAA
AAGACTTTCCTTTCTCCAGCCAGAACCACACAACATCGTGTTCGTCCTCGCCTTCGCCAC
CAGGGCATCCCACAATTCGCTTGTCATAGTAGGACTTCACAACAGCTGGAGCTTCCTTAG
TTCCAAAAGGACCTTCAGGGAAGTCGATATCAAGCAGCCTCCTCCCCTCGAGTTCAGCTT
CAAGCTCTTCCTTCTCATGTCCAGTAGCGATGGGCATTACATCCTCCACATTCTTCTTTG
CAGAAGTCTCTGCTACTGGTTCGGAGCTGAAATGGCGAGGG
ATCC

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3CF40JQ 750 0 0
AAAATGCGAATATATAGTAAGCAAAAAAGGCAAGAATGAATCTGATTCAAGAATTCTTAC
AAAAGTAAAACAACGGTTGTAAGAGTTTAGGCATCTTGACAACTTCCGATACCGTAATGT
TGCGTTCTAAAAGTTTCAAAAACATTTTCAACTGTGTTACACCAGCGGCATGTATATATA
TTTATTCCAATCAAAAAAAAAAATCTAAAAATATTTAAAGAAAGTGAAAAGAGAGAGCAA
AACTCGGTGCCGGAGTCAGTGGTGGTGCTCATGGTCTTCATCACCGTGACCATCCGGAGG
CCCACCAGGACCAACCACTTCCAGCTCAAAGTACTGAGTGCAAACAGAGCATTCAAAGGA
CTTTCCTTTCTCCAGCCAGAACCACACAACGTCGTGTTCATCCTCGCCTTCGCCACCAGG
GCATCCCACAATTCGCTTGTCATAGTAGGACTTCACAATAGCTGGAGCTTCCTTAGTTCC
AAAAGGACCTTCAGGGAAGTCGATATCAAGCAGCCTTCTCCCCTCGAGTTCAGCTTCAAG
CTCTTCCTTCTCGTGTCCAGTAGCGATGGGCATTACATCCTCTACCTTCTTATTCACAGA
AGTCTCTGCTACTGGTTCGGAGCTGAAATGGCAAGGGGTGACGGAAGAAGAAGCAGAAAT
GGCTGATCGATTGGCAGCGAGGTAGAAGCCAGCGGGTCTCGCGGTGGCGGCTATCGATCG
ACAAGATGAGAGCAGCGGCGACATCAGCGG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL6870Contig1 1315 2 4 U
GTACTCGCGACGATCATTGAGGAGAGGATATGGCTGCCGTAGGAGTGGAGTCGGTGCGTC
CGGAGTACTATCTCCAGCACATCCATGAGCTCCAGCGCCAGCTCCGCCAGAAAACTAACA
ACCTCAATCGCCTTGAAGCTCAGAGGAACGAACTAAATTCTCGAGTACGAATGCTCAGAG
AAGAGTTGCAGCTACTTCAGGAACCTGGTTCCTATCTCGGTGAAGTGGTCAAAGTGATGG
GAAAAAACAAGGTCTTGGTTAAGGTTCATCTAGAGGGGAAGTATGTCGTTGATATTGACA
AAAGCATAGACATTACGAAAATCACACCATCAACAAGAGTTGCTCTTCGTAACGATAGCT
ATGTTCTCCACCTCGTCCTGCCGAGTAAAGTTGATCCGCTAGTCAACCTTATGAAGGTTG
AGAAGGTTCCCGACTCCACGTATGACATGATTGGTGGTCTTGACCAGCAAAGTAAGGAAA
TAAAGGAGGTCATTGAGCTGCCAATCAAGCATCCTGAACTGTTCGAGTCTCTTGGAATTG
CGCAGCCAAAGGGTGTGTTGTTATATGGTCCACCTGGAACCGGGAAGACACTTTTGGCTC
GAGCTGTGGCACATCACACTGATTGTACGTTCATCAGAGTTTCTGGTTCAGAGCTGGTCC
AGAAGTACATTGGAGAAGGTTCTCGAATGGTCCGAGAACTTTTCGTGATGGCAAGGGAGC
ATGCACCATCAATCATCTTCATGGATGAGATCGATAGTATCGGGTCTGCTCGTATGGAAT
CTGGAAGTGGAAACTGTGACAGTGAGGTGCAAAGGACTATGCTTGAGCTTCTCAATTAAC
TTGACGGATTCGAAGCGTCAAACAAAATCAAGGTTCTGATGGCGACTAATCGTATTGATA
TTCTGGATCAAGCTCTTCTCAGGCCAGGAAGGATTGATAGGAAAATCGAATTCCCCAATC
CTAATGAAGATTCACGTTTTGATATCTTGAAGATTCACTCGAGGAAGATGAATTTGATGC
GTGGAATTGATCTGAAGAAGATTGCCGAGAAGATGAATGGTGCTTCAGGTGCTGAGCTGA
AGGCGGTGTGCACGGAGGCGGGCATGTTTGCGCTGCGGGAGAGGAGAGTACACGTGACAC
AGGAAGACTTTGAGATGGCAGTGGGGAAGGTTATGAAGAAAGACACAGAGAAGAACATGT
CTTTGCGTAAGCTCTGGAAGTAGGAATATATCTCTGTTTATTGCATGTGGTTTTTCTCTG
AAATAATTTATGTTTGCTCTCTTTAAGCATTTGAAAACAAAGTTGTTTACTGCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E090TF U 1
AF RR3E090JQ C 520
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BS 772 1315 RR3E090JQ

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CGGAGTACTATCTCCAGCACATCCATGAGCTCCAGCGCCAGCTCCGCCAGAAAACTAACA
ACCTCAATCGCCTTGAAGCTCAGAGGAACGAACTAAATTCTCGAGTACGAATGCTCAGAG
AAGAGTTGCAGCTACTTCAGGAACCTGGTTCCTATCTCGGTGAAGTGGTCAAAGTGATGG
GAAAAAACAAGGTCTTGGTTAAGGTTCATCTAGAGGGGAAGTATGTCGTTGATATTGACA
AAAGCATAGACATTACGAAAATCACACCATCAACAAGAGTTGCTCTTCGTAACGATAGCT
ATGTTCTCCACCTCGTCCTGCCGAGTAAAGTTGATCCGCTAGTCAACCTTATGAAGGTTG
AGAAGGTTCCCGACTCCACGTATGACATGATTGGTGGTCTTGACCAGCAAAGTAAGGAAA
TAAAGGAGGTCATTGAGCTGCCAATCAAGCATCCTGAACTGTTCGAGTCTCTTGGAATTG
CGCAGCCAAAGGGTGTGTTGTTATATGGTCCACCTGGAACCGGGAAGACACTTTTGGCTC
GAGCTGTGGCACATCACACTGATTGTACGTTCATCAGAGTTTCTGGTTCAGAGCTGGTCC
AGAAGTACATTGGAGAAG*TTCTCGAATGGTCCGAGAACTTTTCGTGATGGCAAGGGAGC
ATGCACCATCAATCATCTTCATGGATGAGATCGATAGTATCGGGTCTGCTC

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3E090JQ 796 0 0
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CCGGGAAGACACTTTTGGCTCGAGCTGTGGCACATCACACTGATTGTACGTTCATCAGAG
TTTCTGGTTCAGAGCTGGTCCAGAAGTACATTGGAGAAGGTTCTCGAATGGTCCGAGAAC
TTTTCGTGATGGCAAGGGAGCATGCACCATCAATCATCTTCATGGATGAGATCGATAGTA
TCGGGTCTGCTCGTATGGAATCTGGAAGTGGAAACTGTGACAGTGAGGTGCAAAGGACTA
TGCTTGAGCTTCTCAATTAACTTGACGGATTCGAAGCGTCAAACAAAATCAAGGTTCTGA
TGGCGACTAATCGTATTGATATTCTGGATCAAGCTCTTCTCAGGCCAGGAAGGATTGATA
GGAAAATCGAATTCCCCAATCCTAATGAAGATTCACGTTTTGATATCTTGAAGATTCACT
CGAGGAAGATGAATTTGATGCGTGGAATTGATCTGAAGAAGATTGCCGAGAAGATGAATG
GTGCTTCAGGTGCTGAGCTGAAGGCGGTGTGCACGGAGGCGGGCATGTTTGCGCTGCGGG
AGAGGAGAGTACACGTGACACAGGAAGACTTTGAGATGGCAGTGGGGAAGGTTATGAAGA
AAGACACAGAGAAGAACATGTCTTTGCGTAAGCTCTGGAAGTAGGAATATATCTCTGTTT
ATTGCATGTGGTTTTTCTCTGAAATAATTTATGTTTGCTCTCTTTAAGCATTTGAAAACA
AAGTTGTTTACTGCCT

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

CO CL6871Contig1 353 2 1 U
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GCCGCTCAGGAGGCCTTGTATGTGAGGTGCAAGGCTAACTCTGAAGCCACACTCGGAACG
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AAGTACTGAGAATCGTGTCATTATCAAACACCCTCGATATATTTCTATGGGTTTCTTCTA
CTTTTTGCTTGACATTATCGGCTTTTCGATTTGTGTTTTGATTTCTGTTGCGTGTTCAAT
TTTAGAATGATGAGTGGTTTTAAAAACGCCCAAATAAAAGACCATTTGAGGTT


BQ
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AF RR3DU71JQ C 1
AF RR3DU71TF U 1
BS 1 353 RR3DU71TF

RD RR3DU71JQ 353 0 0
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GCCGCTCAGGAGGCCTTGTATGTGAGGTGCAAGGCTAACTCTGAAGCCACACTCGGAACG
TACAAAGGTGATGCTAAGCTTGGTGATGGTGCCGCGGAGAGCCTTCACGTGAAGGACTAC
AAGTACTGAGAATCGTGTCATTATCAAACACCCTCGATATATTTCTATGGGTTTCTTCTA
CTTTTTGCTTGACATTATCGGCTTTTCGATTTGTGTTTTGATTTCTGTTGCGTGTTCAAT
TTTAGAATGATGAGTGGTTTTAAAAACGCCCAAATAAAAGACCATTTGAGGTT

QA 1 353 1 353
DS 

RD RR3DU71TF 353 0 0
GGACGTGCGTTGCGACAGAGCACCTTGAAGACATGGGCAGGGAAAGAAGAGAATGTTAAG
GCCGCTCAGGAGGCCTTGTATGTGAGGTGCAAGGCTAACTCTGAAGCCACACTCGGAACG
TACAAAGGTGATGCTAAGCTTGGTGATGGTGCCGCGGAGAGCCTTCACGTGAAGGACTAC
AAGTACTGAGAATCGTGTCATTATCAAACACCCTCGATATATTTCTATGGGTTTCTTCTA
CTTTTTGCTTGACATTATCGGCTTTTCGATTTGTGTTTTGATTTCTGTTGCGTGTTCAAT
TTTAGAATGATGAGTGGTTTTAAAAACGCCCAAATAAAAGACCATTTGAGGTT

QA 1 353 1 353
DS 



AS 1 2

CO CL6872Contig1 758 2 5 U
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GCGGATCTAGCGAAATTCTCCCCACTACTCCCTCTATTCCCATCATCCCCGAAACTCCGT
CGGAAATCTCCGCATCATCGAACTCCCTTCAACCGCCTCCTTCCTCTTCCGATTGCATCT
ACATACCTAGCTACTCTCGTTGGGTTTCATGGACCGAGATCAGCGAATGCGAAACCCGAT
CCCTACCGGAGTTCTTCGATTCGAGATCTACGTCCAAAAACCCTAGGTTTTACATGTACT
TGAGGAACTCGATCATCAAGCAGTACAGAGACGAGCATCCTAACAAGATCAGCTTCACCG
ACGTTAGGAGGACTCTCGTCGGGGACGTTGTCTCTATTCGCCGCGTGTTTGATTTCCTCG
ACGCTTGGGGGCTTATCAACTACTCTAGCTCCGCCTCCTCTGCTAAGCCTCTCAAGTGGG
ATGACAAGGAGGCCGTTGCTTCTTCTGAGCCTCCCTCGGCGGTTAAAGAATCCGCCAAGA
GGATCTGTAACGGATGCAAGTCTGTTTGCAGCGTTGCTTGTTTCGCCTCGGATAAGTATG
AGTTGACATTGTGTGCGAGGTGCTATGTTCGTGGAAACTATCGTGTTGGTATTAACTCCT
CGGAGTTTAAGCGACTTGAGCTTAGCGAGGAGTCGAAGATGGGGTGGTCTGAGAAGAGAC
TCTGCTTCTGTTGGAAGCTGTTATGCACTATGGAGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EM35TF U 86
AF RR3CF70TF U 1
BS 1 203 RR3CF70TF
BS 204 204 RR3EM35TF
BS 205 221 RR3CF70TF
BS 222 222 RR3EM35TF
BS 223 758 RR3CF70TF

RD RR3EM35TF 609 0 0
G
ACTCCCTCTATTCCCATCATCCCCGAAACTCCGTCGGAAATCTCCGCATCATCGAAC*CC
CTTCAACCGCCTCCTTCCTCTTCCGATTGCATCTACATACCTAGCTACTCTCGTTGGGTT
TCATGGACCGAGATCAGCGAATGCGAAACCCGATCCCTACCGGAGTTCTTCGATTCGAGA
TCTACGTCCAAAAACCCTAGGTTTTACATGTACTTGAGGAACTCGATCATCAAGCAGTAC
AGAGACGAGCATCCTAACAAGATCAGCTTCACCGACGTTAGGAGGACTCTCGTCGGGGAC
GTTGTCTCTATTCGCCGCGTGTTTGATTTCCTCGACGCTTGGGGGCTTATCAACTACTCT
AGCTCCGCCTCCTCTGCTAAGCCTCTCAAGTGGGATGACAAGGAGGCCGTTGCTTCTTCT
GAGCCTCCCTCGGCGGTTAAAGAATTCGCCAAGAGGATCTGTAACGGATGCAAGTCTGTT
TGCAGCGTTGCTTGTTTCGCCTCGGATAAGTATGAGTTGACATTGTGTGCGAGGTGCTAT
GTTCGTGGAAACTATCGTGTTGGTATTAACTCCTCGGAGTTTAAGCGACTTGAGCTTAGC
GAGGAGTC

QA 2 609 2 609
DS 

RD RR3CF70TF 758 0 0
CGGCGAAGTGACCTTCCTTTGTGGAACGAACGCTCATGGCCACGGACGCTCCAATTCCCG
GCGGATCTAGCGAAATTCTCCCCACTACTCCCTCTATTCCCATCATCCCCGAAACTCCGT
CGGAAATCTCCGCATCATCGAACTCCCTTCAACCGCCTCCTTCCTCTTCCGATTGCATCT
ACATACCTAGCTACTCTCGTTGGTTTTCATGGACCGAGATCGGCGAATGCGAAACCCGAT
CCCTACCGGAGTTCTTCGATTCGAGATCTACGTCCAAAAACCCTAGGTTTTACATGTACT
TGAGGAACTCGATCATCAAGCAGTACAGAGACGAGCATCCTAACAAGATCAGCTTCACCG
ACGTTAGGAGGACTCTCGTCGGGGACGTTGTCTCTATTCGCCGCGTGTTTGATTTCCTCG
ACGCTTGGGGGCTTATCAACTACTCTAGCTCCGCCTCCTCTGCTAAGCCTCTCAAGTGGG
ATGACAAGGAGGCCGTTGCTTCTTCTGAGCCTCCCTCGGCGGTTAAAGAATCCGCCAAGA
GGATCTGTAACGGATGCAAGTCTGTTTGCAGCGTTGCTTGTTTCGCCTCGGATAAGTATG
AGTTGACATTGTGTGCGAGGTGCTATGTTCGTGGAAACTATCGTGTTGGTATTAACTCCT
CGGAGTTTAAGCGACTTGAGCTTAGCGAGGAGTCGAAGATGGGGTGGTCTGAGAAGAGAC
TCTGCTTCTGTTGGAAGCTGTTATGCACTATGGAGACG

QA 1 758 1 758
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6874Contig1 844 2 2 U
GGGAGAAGCAGTTTCGCGATGAGGCCGCAGATAGTTCTGTTCGGAGATTCAATAACTGCG
CAGTCGTTCAGATCGGGCGGATGGGGATCTGCTCTCGCCGACGCCTACTCTCGCAAAGCT
GATGTCGTTGTGCGTGGCTATGGAGGCTACAACACCAGATGGGCTCTCTTCTTGCTTCAT
CACATTTTCCCTCTCGGATCTTTGACTCCACCTGTTGCTACGACCATATTCTTCGGTGCA
AACGATGCAGCTCTCAAAGGAAGGACCAGTGATAGGCAGCATGTGCCCGTGGAGGAGTAC
ACGGATAACATCAGAACAATTGTTCAGCATCTCAAGAAATGTTCACCTACCATGCTAATT
GTGCTTGTAACTCCACCACCAATTGATGAAGCTGGACGCCAGAGCTATGCAGAATCAATC
TATGGTGAGAAAGCTATGAAGGAGCCTGAGAGAACAAACGAAACCACAGGAATCTACGCA
CAACATTGTGTTGCACTAGCCGAGGAACTCGGTCTCCGATCTATCAACCTTTGGTCCAAA
ATGCAGGAAACTGATGATTGGCAGAAAAAATACCTCAGTGATGGACTCCATCTCACGCCT
GAAGGCAATGGAGTTGTTTATGAAGAAGTTTCGAGAGTGTTCAGAGAAGCTTGGCTCTCT
CCTGAAGAAATGCCTTTTGATTTCCCTCACCATTCTCAGATCGACGGTGATAACCCATCC
AAAGCTTTCCAAGAGCGTTGCTTATAAGAGATTTGATCGAATTACAGCTCTTCTTTTGAG
TTTTTATGCCACGTTTTTATTACACCGACACATTTATAACTCTGTTAATAAATTCTTCTG
TTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR3FF24TF U 1
AF RR3FF24JQ C 109
BS 1 601 RR3FF24TF
BS 602 844 RR3FF24JQ

RD RR3FF24TF 601 0 0
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CAGTCGTTCAGATCGGGCGGATGGGGATCTGCTCTCGCCGACGCCTACTCTCGCAAAGCT
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CACATTTTCCCTCTCGGATCTTTGACTCCACCTGTTGCTACGACCATATTCTTCGGTGCA
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ATGCAGGAAACTGATGATTGGCAGAAAAAATACCTCAGTGATGGACTCCATCTCACGCCT
G

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3FF24JQ 736 0 0
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TTCTTGCTTCATCACATTTTCCCTCTCGGATCTTTGACTCCACCTGTTGCTACGACCATA
TTCTTCGGTGCAAACGATGCAGCTCTCAAAGGAAGGACCAGTGATAGGCAGCATGTGCCC
GTGGAGGAGTACACGGATAACATCAGAACAATTGTTCAGCATCTCAAGAAATGTTCACCT
ACCATGCTAATTGTGCTTGTAACTCCACCACCAATTGATGAAGCTGGACGCCAGAGCTAT
GCAGAATCAATTTATGGTGAGAAAGCTATGAAGGAGCCTGAGAGAACAAACGAAACCACA
GGAATTTACGCACAACATTGTGTTGCACTAGCCGAGGAACTCGGTTTCCGATCTATCAAC
CTTTGGTCCAAAATGCAGGAAACTGATGATTGGCAGAAAAAATACCTCAGTGATGGACTC
CATCTCACGCCTGAAGGCAATGGAGTTGTTTATGAAGAAGTTTCGAGAGTGTTCAGAGAA
GCTTGGCTCTCTCCTGAAGAAATGCCTTTTGATTTCCCTCACCATTCTCAGATCGACGGT
GATAACCCATCCAAAGCTTTCCAAGAGCGTTGCTTATAAGAGATTTGATCGAATTACAGC
TCTTCTTTTGAGTTTTTATGCCACGTTTTTATTACACCGACACATTTATAACTCTGTTAA
TAAATTCTTCTGTTTC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL6875Contig1 807 2 2 U
AGCAAAGAGTGTTTCACACAATTCTGATAAAAAGACATATAACAACAAAAGCAAAGAGTG
TTTCACACAATTCTGATAAAAAGACATATAACAACAAAAGCAAAGAGTGTTTCACACAAT
TCTCTTTCTCTGATAAGATCGAGACATGCGTTTCCGTTTGCGTTTGTGGACAAGAGGAGG
TTGGTTGAGTTGGACTAAGCTTGGACGATAAGGGGAAGAGCAAACAAGTGGGGGACGAGC
AACCATACTGACGCAGTTGGTGAAGGGGCAACGGTTTTCGAGTATGAGAGCTTCTCCGAG
GTCGACGGATGATTTGAAGCGGCGGCAGTCTTGCCCAAACACAAAAGCCTTGTGAACAGG
CTTGTGGTTAAACAGTTCAAACAAGACAGCAACTTTGTTGTCCTCATCAACAAAGAAGCT
CCCACCAGAAAGTGGGGTACAGAGCTGAAAACCGTAGGTAGAGAAGGGCCCCGGATCCAT
TCGCAAAAACTTGCTCCAGGACGCACGGTTGGGGTCGACAGTAAGGGTAACCCAAATCTC
AAAAAAGCCAGATTCATAACCACCAAAGAGAACCGCAAGCTGCTCATCATCACCTCTTCT
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AAGAGAGAGGCGTGGTCCAAACGTCTCTTGGGTAAAATCGAAAGAGAGTAAGAAAATTTC
GTCTCTTTGGTAACCATATAGACCATCTATTAAATGATGAGCAAGAAGGTAGGCGTTTCC
CTTGACAGACACGCCTCCCTGATTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EX02JQ U 1
AF RR3DO91TF C 89
BS 1 728 RR3EX02JQ
BS 729 807 RR3DO91TF

RD RR3EX02JQ 728 0 0
AGCAAAGAGTGTTTCACACAATTCTGATAAAAAGACATATAACAACAAAAGCAAAGAGTG
TTTCACACAATTCTGATAAAAAGACATATAACAACAAAAGCAAAGAGTGTTTCACACAAT
TCTCTTTCTCTGATAAGATCGAGACATGCGTTTCCGTTTGCGTTTGTGGACAAGAGGAGG
TTGGTTGAGTTGGACTAAGCTTGGACGATAAGGGGAAGAGCAAACAAGTGGGGGACGAGC
AACCATACTGACGCAGTTGGTGAAGGGGCAACGGTTTTCGAGTATGAGAGCTTCTCCGAG
GTCGACGGATGATTTGAAGCGGCGGCAGTCTTGCCCAAACACAAAAGCCTTGTGAACAGG
CTTGTGGTTAAACAGTTCAAACAAGACAGCAACTTTGTTGTCCTCATCAACAAAGAAGCT
CCCACCAGAAAGTGGGGTACAGAGCTGAAAACCGTAGGTAGAGAAGGGCCCCGGATCCAT
TCGCAAAAACTTGCTCCAGGACGCACGGTTGGGGTCGACAGTAAGGGTAACCCAAATCTC
AAAAAAGCCAGATTCATAACCACCAAAGAGAACCGCAAGCTGCTCATCATCACCTCTTCT
AAGGAAGTTTGAGAGGAACATACAGTCACCACTGAAACCATCGAAAGAGTCATGAAAAGG
AAGAGAGAGGCGTGGTCCAAACGTCTCTTGGGTAAAATCGAAAGAGAGTAAGAAAATTTC
GTCTCTTT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3DO91TF 719 0 0
TAACAACAAAAGCAAAGAGTGTTTCACACAATTCTCTTTCTCTGATAAGATCGAGACATG
CGTTTCCGTTTGCGTTTGTGGACAAGAGGAGGTTGGTTGAGTTGGACTAAGCTTGGACGA
TAAGGGGAAGAGCAAACAAGTGGGGGACGAGCAGCCATACTGACGCGGTTGGTGAAGGGG
CAACGGTTTTCGAGTATGAGAGCTTCTCCGAGGTCGACGGATGATTTGAAGCGGCGGCAG
TCTTGTCCAAACACAAAAGCCTTGTGAACAGGCTTGTGGTTAAACAGTTCAAACAAGACA
GCAACTTTGTTGTCCTCATCAACAAAGAAGCTCCCACCAGAAAGTGGGGTACAGAGCTGA
AAACCGTAGGTAGAGAAGGGCCCCGGATCCATTCGCAAAAACTTGCTCCAGGACGCACGG
TTGGGGTCGACAGTAAGGGTAACCCAAATCTCAAAAAAGCCAGATTCATAACCACCAAAG
AGAACCGCAAGCTGCTCATCATCACCTCTTCTAAGGAAGTTTGAGAGGAACATACAGTCA
CCACTGAAACCATCGAAAGAGTCATGAAAAGGAAGAGAGAGGCGTGGTCCAAACGTCTCT
TGGGTAAAATCGAAAGAGAGTAAGAAAATTTCGTCTCTTTGGTAACCATATAGACCATCT
ATTAAATGATGAGCAAGAAGGTAGGCGTTTCCCTTGACAGACACGCCTCCCTGATTATC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL6876Contig1 692 2 1 U
AGGGACACCTGACTTGAAGTCATCATTAAATATATGAGATACCCACTTCTTTTCCTTGTC
TTTAGTTAATCTGCAGCTAAGGAAGACGGACGAAAAGAGAAACCCTAACATGGCACAAGC
TGAACAAACCAAGAATGATTCTCCATTACATCAGTATGAAAATTTTGTTGAGATAGAGAA
AGAGAAGACTCTTGCGTTGATAAATGCATGAGAAGAGAACGAGAAGGCCAAAGCTCAAAC
CAAAGCGTACAAAGAACTTTGCTCCATTGAAGCATGGGAAAACAACATGAAGACATCTCT
AGAGTTAGACTTGAAGAAAATGGAGGAAAATTTAGAAGTGGGGAAAGATGAATATTCAAA
AATATTCAAGAAAAAAATACCAGAAATTGAAAAAATTGCAGAAGCGAAAAGAGAAAAAAT
TGAGAAACAAAAAGAGCAAAAATCTATCAACCTGAAAAAAATGAGTGAGAAGTTAAGTGC
AACTCCAAACGCTTATCCACCCAAAACCAAAACCTGTGGATTTCTCTAGAACATGTCTTA
TGAATCAATTACCGGCCCGTTAAATCATCTATTAGACTTCGCTCGTGGCTAAAGGGGATA
TATATATTAAACGAATAAAGGGAAATCTATGTACGACGCTTTCAAGTATCGATGTATTGT
TCATGCGTATATAATATGGTTTTACCTATGGC


BQ
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AF RR3GG88JQ C 1
AF RR3GG88TF U 1
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AATATTCAAGAAAAAAATACCAGAAATTGAAAAAATTGCAGAAGCGAAAAGAGAAAAAAT
TGAGAAACAAAAAGAGCAAAAATCTATCAACCTGAAAAAAATGAGTGAGAAGTTAAGTGC
AACTCCAAACGCTTATCCACCCAAAACCAAAACCTGTGGATTTCTCTAGAACATGTCTTA
TGAATCAATTACCGGCCCGTTAAATCATCTATTAGACTTCGCTCGTGGCTAAAGGGGATA
TATATATTAAACGAATAAAGGGAAATCTATGTACGACGCTTTCAAGTATCGATGTATTGT
TCATGCGTATATAATATGGTTTTACCTATGGC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3G342TF U 1
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BS 1 709 RR3G342TF
BS 710 740 RR3G342JQ

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GTTTCTTCATTCTCATTCTTTGATTCATTTAACTATCAGAAAAGTGTATATTGCGTTGAT
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DS 

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ACAAATCTGTTATTCTACGCGAGAAACTCTGAAAAATTATCGAATAGCAACGGTTTATAG
GGT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATCGGTTTCCTCTGTGGCTCCCTTCCCGTTCTCCCCGATAACTCCTTCCCAACTTTCACC
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AAGACAGATCTCAATCGACCTCCTCTGCTAACGGATTTTCCCGAGCAAGTATTACCCCTC
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GCCCCGGTCGACATTCTTAAGCAGATTTTTAAGATACCTTACTCCAAGGCTCGAGTCTCC
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GGAGAGAAACTGATTAGGAGGCACAAGAATCAACCCAAATGTACAAAAAACTTGGATGAG
TCTTTGTTTCTCAACTTTGCTATGCATTCTGTGAGGATGGAGGCCTGTGATTGCCCTCCA
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GAGACTGCTCCTGCTCCTGACGACAGACTTGACAACGCCGGAGGTAGTAAACAACTGGAG
CATGATGGTCTTATTTGTGAAGATGACAAGAGGAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AC96TF U 1
AF RR3AC96JQ C 84
BS 1 776 RR3AC96TF
BS 777 876 RR3AC96JQ

RD RR3AC96TF 776 0 0
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AACTCAATTATGGATCAATCAACTGCTGCTCCTCCAAAGTCGCCTAGTCTCCCGAACACT
ATCGAAAGCTCGAGAGATTTGCAATGCGTGGGAACTATGGAGATCGCCGCCTCCAAACCG
ATCGGTTTCCTCTGTGGCTCCCTTCCCGTTCTCCCCGATAACTCCTTCCCAACTTTCACC
TCCGCTCTCTTACCTTCCCTCGAAACAGTTAGTGCTCCAAGGTACCAGAAGATTCCGCTC
AAGACAGATCTCAATCGACCTCCTCTGCTAACGGATTTTCCCGAGCAAGTATTACCCCTC
GCCGTTGTCAAGTCTAGAATCACCGGAGATATATCTAAAGAGGCTAATGTTATAAACAAG
AAATGTGAAGCACTTGCTGTATCGGGTTTAGCCGAATATGGAGATGAGATAGACGTCATT
GCCCCGGTCGACATTCTTAAGCAGATTTTTAAGATACCTTACTCCAAGGCTCGAGTCTCC
ATTGCTGTCCAACGTGTTGGACAGACTCTCGTTTTGAACCCTGGACCTGATGTTGAAGAA
GGAGAGAAACTGATTAGGAGGCACAAGAATCAACCCAAATGTACAAAAAACTTGGATGAG
TCTTTGTTTCTCAACTTTGCTATGCATTCTGTGAGGATGGAGGCCTGTGATTGCCCTCCA
ACACATCCCGTACATGCAGAGGGACAGTCTAGTTCTTCTTCTTCTGCTCTCCCCGC

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3AC96JQ 793 0 0
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ATGCGTGGGAACTATGGAGATCGCCGCCTCCAAACCGATCGGTTTCCTCTGTGGCTCCCT
TCCCGTTCTCCCCGATAACTCCTTCCCAACTTTCACCTCCGCTCTCTTACCTTCCCTCGA
AACAGTTAGTGCTCCAAGGTACCAGAAGATTCCGCTCAAGACAGATCTCAATCGACCTCC
TCTGCTAACGGATTTTCCCGAGCAAGTATTACCCCTCGCCGTTGTCAAGTCTAGAATCAC
CGGAGATATATCTAAAGAGGCTAATGTTATAAACAAGAAATGTGAAGCACTTGCTGTATC
GGGTTTAGCCGAATATGGAGATGAGATAGACGTCATTGCCCCGGTCGACATTCTTAAGCA
GATTTTTAAGATACCTTACTCCAAGGCTCGAGTCTCCATTGCTGTCCAACGTGTTGGACA
GACTCTCGTTTTGAACCCTGGACCTGATGTTGAAGAAGGAGAGAAACTGATTAGGAGGCA
CAAGAATCAACCCAAATGTACAAAAAACTTGGATGAGTCTTTGTTTCTCAACTTTGCTAT
GCATTCTGTGAGGATGGAGGCCTGTGATTGCCCTCCAACACATCCCGTACATGCAGAGGG
ACAGTCTAGTTCTTCTTCTTCTGCTCTCCCCGCGGAAGAGACTGCTCCTGCTCCTGACGA
CAGACTTGACAACGCCGGAGGTAGTAAACAACTGGAGCATGATGGTCTTATTTGTGAAGA
TGACAAGAGGAAA

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

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CAGGTTTCTTGGGGGGGAAGAAACTGAGGCTGAACAAGAAGTTGAGTGTTCCAGCTGGTT
CCAGATCGGCTGCGTCCGTGCGCTCGCCGCAGCTGATCCGGATAGACCAATCTGGTTCCC
TGGAAGCACTCCTCCAGAGTGGCTCGATGGTAGCCTCCCCGGTGACTTCGGGTTTGATCC
TCTTGGTCTTTCATCTGACCCGGATAGTCTAAAGTGGAACGCACAAGCAGAGCTAGTCCA
CTGCCGGTGGGCGATGTTAGGCGCCGCCGGGATTTTTATCCCGGAGTTTCTAACCAAGAT
AGGAGTCCTCAACACGCCGTCGTGGTACACGGCAGGAGAGCAAGAGTACTTCACGGACAA
AACCACACTCTTCGTCGTTGAGCTCATCTTAATAGGATGGGCCGAGGGACGTAGATGGGC
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TTGAACTTAGAAGCATTATGTATTTATACAAAACTGTGGTCGAGTGCAAATTAGGGTTCG
TCGTAACAATGCTCCTTTCCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AC70TF U 1
AF RR3AC70JQ C 93
BS 1 651 RR3AC70TF
BS 652 652 RR3AC70JQ
BS 653 794 RR3AC70TF
BS 795 922 RR3AC70JQ

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CCAGATCGGCTGCGTCCGTGCGCTCGCCGCAGCTGATCCGGATAGACCAATCTGGTTCCC
TGGAAGCACTCCTCCAGAGTGGCTCGATGGTAGCCTCCCCGGTGACTTCGGGTTTGATCC
TCTTGGTCTTTCATCTGACCCGGATAGTCTAAAGTGGAACGCACAAGCAGAGCTAGTCCA
CTGCCGGTGGGCGATGTTAGGCGCCGCCGGGATTTTTATCCCGGAGTTTCTAACCAAGAT
AGGAGTCCTCAACACGCCGTCGTGGTACACGGCAGGAGAGCAAGAGTACTTCACGGACAA
AACCACACTCTTCGTCGTTGAGCTCATCTTAATAGGATGGGCCGAGGGACGTAGATGGGC
TGACATCATTAAGCCAGGGAGCGTCAACACTGACCCAATCTTCCCAAACAACAAACTGAC
GGGGACAGACGTTGGATACCCGGGTGGTTTATGGTTCGACCCGTTGGGTTGGGGATCCGG
TAGCCCGGCAAAGATCAAGGAGCTGAGGACTAAGGAGATAAAGAATGGAAG*TTGGCTAT
GTTGGCAGTGATGGGTGCCTGGTTCCAACATATCTACACTGGGACTGGTCCTATTGATAA
CCTTTTTGCACATCTTGCTGATCCTGGCCACGCCACTATCTTCGCTGCTTTCACACCCAA
GTGAGACACGTCAA

QA 1 794 1 794
DS 

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CTGATCCGGATAGACCAATCTGGTTCCCTGGAAGCACTCCTCCAGAGTGGCTCGATGGTA
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AGTGGAACGCACAAGCAGAGCTAGTCCACTGCCGGTGGGCGATGTTAGGCGCCGCCGGGA
TTTTTATCCCGGAGTTTCTAACCAAGATAGGAGTCCTCAACACGCCGTCGTGGTACACGG
CAGGAGAGCAAGAGTACTTCACGGACAAAACCACACTCTTCGTCGTTGAGCTCATCTTAA
TAGGATGGGCCGAGGGACGTAGATGGGCTGACATCATTAAGCCAGGGAGCGTCAACACTG
ACCCAATCTTCCCAAACAACAAACTGACGGGGACAGACGTTGGATACCCGGGTGGTTTAT
GGTTCGACCCGTTGGGTTGGGGATCCGGTAGCCCGGCAAAGATCAAGGAGCTGAGGACTA
AGGAGATAAAGAATGGAAGGTTGGCTATGTTGGCAGTGATGGGTGCCTGGTTCCAACATA
TCTACACTGGGACTGGTCCTATTGATAACCTTTTTGCACATCTTGCTGATCCTGGCCACG
CCACTATTTTCGCTGCTTTCACACCCAAGTGAGACACGTCAAAAAGGAAGGATGGGTTTG
TGTGATCATGTTTGTACAAATATATCTTTTGAACTTAGAAGCATTATGTATTTATACAAA
ACTGTGGTCGAGTGCAAATTAGGGTTCGTCGTAACAATGCTCCTTTCCTG

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 2

CO CL6882Contig1 929 2 4 U
GGAAGATAGAACATTCTGCTACATACATTCTATTACTAGTTTACTACTACTTTTGCACCG
TATCAGTCAAAAACGATAAGAGATTACGAAAATGGAGACGTCACTTGTACTCCCGATCGT
TGATATTTCTTCGCCAGATAAAATCACCACTGCACAGTTGATTCGCCGGGTTCTCTTCAC
CTCTCTCTCTTTGTAATCTGTTTACAACAGTAGAAACTGTACTTCTTATTCTCAGTAATA
GTAAGCTATGGTGATTATAGGTCTAGCACGTATAGCATCAATTGACGAAATCTGGATTAT
ATCTTTTTGTTTAATCGCTCTACGTGGTACGTTTTACGGAATTGAGATCATGTCTCTATA
CTAATAACTGTTTGATGTTATTGTCTGTGGTTGCATATGGCATGTGTGGAACATGGATTC
TTCTATGTTAAATATCATGGCATCCCGGAAGAATTGATCGAAGGGGTTTTCAGGGAGAGC
AAAAGATTCTTCAACCTCCCACTAGAGGATAAGACGGTTTCACTACACCGTGATTTTCTC
GGTTATACTCCTTTGTATGCTGAGAAACTCGACACGTCCTTAACCACCATAGGTGATTCC
AAGGAAAGCTTTTTTCTTGGTTCTTCAGAAGGAGTTCGTGCTCAACGTTACCCAAATCAG
TGGCCTTCTGAAAATCTCTTGCCATCATGGAGGCAAACCATGGAATGTTACTACAAGAAT
GTCCTGTAAGCAACAGACCTGCTCTTTTGTCCTTCTTCTGCAAAGTTAATCTTAAACAAA
ACATTGCCCCCGCGTCTCGGTCCCCATATATCAAAAGTTAGTTAGATTTGGACCTAGATG
GTAAGGCTAAAATATAGTCAACTATAGCCACTTAGATCGCTGGTTTCCGTGTATTCTTGA
AATAATATTCTTATAACCTTATTTTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BI81TF U 1
AF RR3BI81JQ C 194
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BS 816 816 RR3BI81JQ
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BS 827 929 RR3BI81JQ

RD RR3BI81TF 826 0 0
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ATCTTTTTGTTTAATCGCTCTACGTGGTACGTTTTACGGAATTGAGATCATGTCTCTATA
CTAATAACTGTTTGATGTTATTGTCTGTGGTTGCATATGGCATGTGTGGAACATGGATTC
TTCTATGTTAAATATCATGGCATCCCGGAAGAATTGATCGAAGGGGTTTTCAGGGAGAGC
AAAAGATTCTTCAACCTCCCACTAGAGGATAAGACGGTTTCACTACACCGTGATTTTCTC
GGTTATACTCCTTTGTATGCTGAGAAACTCGACACGTCCTTAACCACCATAGGTGATTCC
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ACATTGCCCCCGCGTCTCGGTCCCCATATATCAAA*GTTAGTTAGA

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DS 

RD RR3BI81JQ 736 0 0
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ATCGCTCTACGTGGTACGTTTTACGGAATTGAGATCATGTCTCTATACTAATAACTGTTT
GATGTTATTGTCTGTGGTTGCATATGGCATGTGTGGAACATGGATTCTTCTATGTTAAAT
ATCATGGCATCCCGGAAGAATTGATCGAAGGGGTTTTCAGGGAGAGCAAAAGATTCTTCA
ACCTCCCACTAGAGGATAAGACGGTTTCACTACACCGTGATTTTCTCGGTTATACTCCTT
TGTATGCTGAGAAACTCGACACGTCCTTAACCACCATAGGTGATTCCAAGGAAAGCTTTT
TTCTTGGTTCTTCAGAAGGAGTTCGTGCTCAACGTTACCCAAATCAGTGGCCTTCTGAAA
ATCTCTTGCCATCATGGAGGCAAACCATGGAATGTTACTACAAGAATGTCCTGTAAGCAA
CAGACCTGCTCTTTTGTCCTTCTTCTGCAAAGTTAATCTTAAACAAAACATTGCCCCCGC
GTCTCGGTCCCCATATATCAAAAGTTAGTTAGATTTGGACCTAGATGGTAAGGCTAAAAT
ATAGTCAACTATAGCCACTTAGATCGCTGGTTTCCGTGTATTCTTGAAATAATATTCTTA
TAACCTTATTTTATCT

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CE63TF U 1
AF RR3CE63JQ C 112
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TTTGCTAGAACGGGTGCGGCGAAAAGAGCTGTAGAGATGTTTGAAGCTATGAAGCGTTCT
TCTGGTGGTGTTAAGCCTGATGGTGTCACTTATAATACTCTTCTCGGATGTTTTGCGCAT
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QA 1 747 1 747
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATCTCCCTCTTCTTCCCTCCATCCTCAACCCTATCCCAAATCCCACTCACTGTAGACTCA
TCCAAACCCAAAACACTCACATTCTCCGCCTTGAAGAACAGCCCCATCTCTCTACTCTCC
GAGAGATGATGAGTGTCCACCACAACAGCATTCATCACCTTCTGTGTTTTTTCCACCTTT
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TTAGCAGGAAGCACACCGTCGCTTCCCCAAATCTTTCTCGACAACTCGAAGGCTTTCTGG
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ACTATATTCGCAAACTTCTTCTTACACCTCTGGAGCTTGGTAACGATCTGGGCCTTGGAA
GCGTTGAAGTCGATCAAGGTCTTGACGTAATCGCAGAAGGCGTCCATGTTCT


BQ
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AF RR3E902JQ U 1
AF RR3FK38JQ U 1
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QA 1 696 1 696
DS 



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BQ
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AF RR3AS80JQ C 1
AF RR3AS80TF U 1
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QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BX80JQ U 1
AF RR3EL78JQ U 6
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BS 629 629 RR3EL78JQ
BS 630 643 RR3BX80JQ
BS 644 644 RR3EL78JQ
BS 645 679 RR3BX80JQ
BS 680 680 RR3EL78JQ
BS 681 699 RR3BX80JQ
BS 700 701 RR3EL78JQ

RD RR3BX80JQ 699 0 0
CAAATGGTCTTAAGGCAATTCACTGCTTATTCATATAAACACAACAGTACCGCATAAATA
GCTACATGATACATAATGTAAAACAACAAACAATAGTTCTTCAAGTTTTCCAAAGAAGCA
TATTGGATGGCTAGTAATTGACAGTGGACTTGATTGCATCCAATATCTTGTTCTTGGTGG
GCATGTAAAACGGCTCAAACACAAGAGGGAATGGAGTGTCTAGACCACAAGCTCTGCTTA
CTGGCGCTTCTAACTTCAAGAAGCAACGTTCGAGGACTGTTGCAAAGATCTCTGCTCCAA
AACCTCCCGTCACAGGAGCTTCACGGCTTATAAAAAGCCTGCCAGTCTTTTTAACAGAGG
TCTCCACTGTTTCTTTGTCCCAAGGTAGTAAAGTCTTGAGATCTATCAGTTCACATGATA
TTCCTTCCTTCTCCGCGTCTAGACAAGCTTGTTCCATAACGGTAAGCTGAGCTCCCCATC
CAACAAGTGTTATGTCATTGCCTTGTCTAATAACCTCCGCTTCTGATAAAGGTATCATAT
AGTCATGCTTTGGAACTTCTTCTACCGCTTGACGATATAGCCACTTTGGTTCGAAGAAGA
CAACAGGATTTGGATCACGGATAGAGGATAACAACAGTCCCTTTGCTTCTCGTGGACTCC
GAGGGATAACAACCTTAATGCCAGGGACATGGCAGAAGA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3EL78JQ 696 0 0
GGTCTTAAGGCAATTCATTGCTTATTCATATAAACGCAACAGTACCGCATAAATAGCTAC
ATGATACACAATGTAAAACAACAAACAATAGTTCTTCAAGTTTTCCAAAGAAGCATATTG
GATGGCTAGTAATTGACAGTGGACTTGATTGCATCCAATATCTTGTTCTTGGTAGGCATG
TAGAACGGCTCAAACACAAGAGGGAATGGAGTGTCCAGACCACAAACTCTGCTTACTGGC
GCCTCTAACTTCAAGAAGCAACGTTCGAGGATTGTTGCAGAAATCTCTGCTCCAAAACCT
CCTGTCACAGGAGCTTCATGGCTTATAAGAAGCCTGCCAGTCTTTTTAACAGAGGCCTCC
ACTGTTTCTTTGTCCCAAGGTAGTAGAGTCTTGAGATCTATCAGTTCACATGATATTCCT
TCCTTCTCCGCGTCTAGACAAGCTTGTTCCATAACGGTGAGCTGAGCTCCCCATCCAACA
AGTGTTATGTCATTGCCTTGTCTAATAACCTCAGCTTCTGACAAAGGTATCATATAGTCA
TGCTCTGGAACTTCTTCTACCGCTTGACGATATAGCCACTTTGGTTCGAAGAAGACAACA
GGATTTGGATCACGGATAGAGGACAACAGTAGTCCCTTAGCTTCTCGTGGACTCCGAGGG
ATAACAACCTTAATACCGGGGACATGGCAGAAGAAA

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL6888Contig1 707 2 2 U
GCTAGCTCGGTAGGGGAAACCCGAAAGGAGCCAAATTTGCAACATTGACAGCGGTTTTCA
CGTCACTCTCTATAGGAATAGTTCTACTCTTCGTCTTTTTGTTTCTAAGAGGAAAAGTTT
CCTATATTTTCACTACAAGTGAAGCTGTAGCAGCAGAAGTTGCCGATCTTTCTCCACTTT
TAGCCTTTTCCATCCTCATGAACAGTGTTCAACCTGTTCTCTCAGGAGTTGCTGTTGGAG
CAGGATGGCAAGGATATGTTACTTACGTTAACCTTGCTTGCTATTACCTTGTCGGAATTC
CTACTGGTGTAATCCTTGGTTACGTTGTCGGTTTGCAAGTCAAAGGTGTCTGGATAGGAA
TGCTCTTTGGAGTATTCGTTCAAACTTGCGTGCTTACCATCATGACTCTGAGAACAGATT
GGGATCAACAGGTGTATACATCGTTGAGACGTTTAAACCGGTGGGTTGTACCAGAATCTA
GTGCCGTGAACAAAACTTCATCAGAGGAATAACTAATTTGGATTCTGCAAATTCACATGA
GATGTTCCTACCATTATACATAAAAATCCGTGCAATCTTTTAAGCCTCTGAAAACAAGAT
TGTAAGACATTATTATCCCTAGCACCTCTAGTGGGACTCTTAATCATTTTTAGTAATAAA
TGTGTCTTAAGAATTTTACTTAAGAGACCTCTAAATTTTTGTCCTCC


BQ
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AF RR3GT19JQ C 1
AF RR3GT19TF U 1
BS 1 692 RR3GT19TF
BS 693 707 RR3GT19JQ

RD RR3GT19JQ 707 0 0
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TAGCCTTTTCCATCCTCATGAACAGTGTTCAACCTGTTCTCTCAGGAGTTGCTGTTGGAG
CAGGATGGCAAGGATATGTTACTTACGTTAACCTTGCTTGCTATTACCTTGTCGGAATTC
CTACTGGTGTAATCCTTGGTTACGTTGTCGGTTTGCAAGTCAAAGGTGTCTGGATAGGAA
TGCTCTTTGGAGTATTCGTTCAAACTTGCGTGCTTACCATCATGACTCTGAGAACAGATT
GGGATCAACAGGTGTATACATCGTTGAGACGTTTAAACCGGTGGGTTGTACCAGAATCTA
GTGCCGTGAACAAAACTTCATCAGAGGAATAACTAATTTGGATTCTGCAAATTCACATGA
GATGTTCCTACCATTATACATAAAAATCCGTGCAATCTTTTAAGCCTCTGAAAACAAGAT
TGTAAGACATTATTATCCCTAGCACCTCTAGTGGGACTCTTAATCATTTTTAGTAATAAA
TGTGTCTTAAGAATTTTACTTAAGAGACCTCTAAATTTTTGTCCTCC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3GT19TF 692 0 0
GCTAGCTCGGTAGGGGAAACCCGAAAGGAGCCAAATTTGCAACATTGACAGCGGTTTTCA
CGTCACTCTCTATAGGAATAGTTCTACTCTTCGTCTTTTTGTTTCTAAGAGGAAAAGTTT
CCTATATTTTCACTACAAGTGAAGCTGTAGCAGCAGAAGTTGCCGATCTTTCTCCACTTT
TAGCCTTTTCCATCCTCATGAACAGTGTTCAACCTGTTCTCTCAGGAGTTGCTGTTGGAG
CAGGATGGCAAGGATATGTTACTTACGTTAACCTTGCTTGCTATTACCTTGTCGGAATTC
CTACTGGTGTAATCCTTGGTTACGTTGTCGGTTTGCAAGTCAAAGGTGTCTGGATAGGAA
TGCTCTTTGGAGTATTCGTTCAAACTTGCGTGCTTACCATCATGACTCTGAGAACAGATT
GGGATCAACAGGTGTATACATCGTTGAGACGTTTAAACCGGTGGGTTGTACCAGAATCTA
GTGCCGTGAACAAAACTTCATCAGAGGAATAACTAATTTGGATTCTGCAAATTCACATGA
GATGTTCCTACCATTATACATAAAAATCCGTGCAATCTTTTAAGCCTCTGAAAACAAGAT
TGTAAGACATTATTATCCCTAGCACCTCTAGTGGGACTCTTAATCATTTTTAGTAATAAA
TGTGTCTTAAGAATTTTACTTAAGAGACCTCT

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL6889Contig1 590 2 1 U
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TTTCACGGTGTCTGGGATAATAGATGCGTTTATATATCATGGTCAAAAAGCAATCAAGAA
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GATTCCAATTTTACTGGAATTGGTATTGGGGTATTGGTTCTGATGAAAATTGGGTAGTGG
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CTTTTGTTTCTTCTTGTTTTGAGTCTGGCACTTGGTTTGTTTCTTTACCGTTTCATTTAC
TCAAAATTATGTACTTGTGATCAGCTTAATTACAATGCCAACTTTTTTTT


BQ
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AF RR3DF68JQ C 1
AF RR3DF68TF U 1
BS 1 590 RR3DF68TF

RD RR3DF68JQ 590 0 0
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GATTCCAATTTTACTGGAATTGGTATTGGGGTATTGGTTCTGATGAAAATTGGGTAGTGG
TTGTCCTCACTACAAAGACACCGGAAGGTAGCTTTTCTCCTGCCGTTACTTACCATTATG
CAGGAGGTTTCACACTCGGCATTAATGGTTTTGTTATCAGTTTCTTTTGTTGGTTCTTCT
CTTTTGTTTCTTCTTGTTTTGAGTCTGGCACTTGGTTTGTTTCTTTACCGTTTCATTTAC
TCAAAATTATGTACTTGTGATCAGCTTAATTACAATGCCAACTTTTTTTT

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3DF68TF 590 0 0
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GCAATCCTTACCAGGAGTTTTCTTCTTCTATGATCTCTCTCCAATCAAGGTAACATTCAC
AGAGGAACATATATCGTTCTTGCACTTCTTGACGAATGTCTGTGCCATAGTCGGAGGTGT
TTTCACGGTGTCTGGGATAATAGATGCGTTTATATATCATGGTCAAAAAGCAATCAAGAA
GAAGATGGAAATTGGGTTTAGTGTTTAACCAATTACACAAAGTACTTAAAAGACCTGAAC
GATTCCAATTTTACTGGAATTGGTATTGGGGTATTGGTTCTGATGAAAATTGGGTAGTGG
TTGTCCTCACTACAAAGACACCGGAAGGTAGCTTTTCTCCTGCCGTTACTTACCATTATG
CAGGAGGTTTCACACTCGGCATTAATGGTTTTGTTATCAGTTTCTTTTGTTGGTTCTTCT
CTTTTGTTTCTTCTTGTTTTGAGTCTGGCACTTGGTTTGTTTCTTTACCGTTTCATTTAC
TCAAAATTATGTACTTGTGATCAGCTTAATTACAATGCCAACTTTTTTTT

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

CO CL6890Contig1 771 2 2 U
GGGACTCACAAGTTACAATATACCACTCTTCAAAAAAAACAATACACAATGAAAATGTTG
ATGTACACTGTTATGTTTGTTCTTCTCTTCAATGGTTGCATGGCTAACAAAGTGGCTGAT
TCGCTGATTCAAAAATCTTGCAAAAACATTTCAGTTTCCATAATAGTGGAAACCATTCCA
CATTTCGAAAAGGATTGCATTGCATCCTTCAAAGAGAATCCGGAGAGCCAAAAAGCAAGA
AATGTCGATGATTTGATCATGTTAGGAGCGAATAACGCCTTATCATACTTGATGAACGTG
AAAGGAATTGTGGAGAAGATTATAAAAGAGAGGAAATATAAGAGTAGCCTTAGTAAGAAG
TCGTTGGAAGATTGCCTTCAGCTTTATTCCAAGAGTGCTCACATGTTAACCTCAGGTTTG
AAATACCTCAAAAAGAGGAATTTTGAGAAGGCTCAATATGAAATTATTGATGCAGATGAA
GCACCAATATTTTGCGAGTTGAAATTCAACGGCGACAATAAACAAATATCTCCCGTGAAA
AAGGAGAATAATCTTCTCTTAACAATGATCTACGTTCCTTATTGTTTACTTGATTTATAG
TCTAGTGGGATGATAGGCCAGAATTTTAAAAGAGGTGTTAAAGTGATTTTTACTGAAAAT
GAAATATAAATAGTTCTCACTAATAATTTTATTTTGTGTGTTAAATTCTTCTTTGTTTGA
ATAATGTAATCAAATTATATTTTCAGGTTCTTAGGAAATAATTTATATCAG


BQ
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AF RR3EK72TF U 1
AF RR3EK72JQ C 2
BS 1 627 RR3EK72TF
BS 628 771 RR3EK72JQ

RD RR3EK72TF 627 0 0
GGGACTCACAAGTTACAATATACCACTCTTCAAAAAAAACAATACACAATGAAAATGTTG
ATGTACACTGTTATGTTTGTTCTTCTCTTCAATGGTTGCATGGCTAACAAAGTGGCTGAT
TCGCTGATTCAAAAATCTTGCAAAAACATTTCAGTTTCCATAATAGTGGAAACCATTCCA
CATTTCGAAAAGGATTGCATTGCATCCTTCAAAGAGAATCCGGAGAGCCAAAAAGCAAGA
AATGTCGATGATTTGATCATGTTAGGAGCGAATAACGCCTTATCATACTTGATGAACGTG
AAAGGAATTGTGGAGAAGATTATAAAAGAGAGGAAATATAAGAGTAGCCTTAGTAAGAAG
TCGTTGGAAGATTGCCTTCAGCTTTATTCCAAGAGTGCTCACATGTTAACCTCAGGTTTG
AAATACCTCAAAAAGAGGAATTTTGAGAAGGCTCAATATGAAATTATTGATGCAGATGAA
GCACCAATATTTTGCGAGTTGAAATTCAACGGCGACAATAAACAAATATCTCCCGTGAAA
AAGGAGAATAATCTTCTCTTAACAATGATCTACGTTCCTTATTGTTTACTTGATTTATAG
TCTAGTGGGATGATAGGCCAGAATTTT

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3EK72JQ 770 0 0
GGACTCACAAGTTACAATATACCACTCTTCAAAAAAA*CAATACACAATGAAAATGTTGA
TGTACACTGTTATGTTTGTTCTTCTCTTCAATGGTTGCATGGCTAACAAAGTGGCTGATT
CGCTGATTCAAAAATCTTGCAAAAACATTTCAGTTTCCATAATAGTGGAAACCATTCCAC
ATTTCGAAAAGGATTGCATTGCATCCTTCAAAGAGAATCCGGAGAGCCAAAAAGCAAGAA
ATGTCGATGATTTGATCATGTTAGGAGCGAATAACGCCTTATCATACTTGATGAACGTGA
AAGGAATTGTGGAGAAGATTATAAAAGAGAGGAAATATAAGAGTAGCCTTAGTAAGAAGT
CGTTGGAAGATTGCCTTCAGCTTTATTCCAAGAGTGCTCACATGTTAACCTCAGGTTTGA
AATACCTCAAAAAGAGGAATTTTGAGAAGGCTCAATATGAAATTATTGATGCAGATGAAG
CACCAATATTTTGCGAGTTGAAATTCAACGGCGACAATAAACAAATATCTCCCGTGAAAA
AGGAGAATAATCTTCTCTTAACAATGATCTACGTTCCTTATTGTTTACTTGATTTATAGT
CTAGTGGGATGATAGGCCAGAATTTTAAAAGAGGTGTTAAAGTGATTTTTACTGAAAATG
AAATATAAATAGTTCTCACTAATAATTTTATTTTGTGTGTTAAATTCTTCTTTGTTTGAA
TAATGTAATCAAATTATATTTTCAGGTTCTTAGGAAATAATTTATATCAG

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL6891Contig1 1108 2 2 U
GGGAGAAACTACTTCACTCTCTCCTTCTCTTTTCTCCACCAGAAAGTAGGAATGGATTCT
TCAAATCCATTTACTCAGTCTTCAGGCTTTCTGGATCCGTTAAGTAGCCAACAGTGTGAT
CCTGTCTCACAAAGCATAGCTCTTGGATCTTCAGAAGTTCCTCTTTTTAGTTCCCAGGGA
CTAATGCTCCAACTCAAGCTGTAGAGACAACTGAAGACATAAGAGGCGGAAGGAATTGGT
CACAGAAGGAAGATGTGGTGCTCATACGTGCTTGGCTTAACACAAGCAAGGATCCGATCA
TAGGGTATGATCGAAGGCCTGGCTCCTTTTGGAAAAGAGTTGGAGCTTACTTCAATGCAA
GTCCTCATCTTGTCGGTATGCCAGATAGAGAGGTTGGCAACTGTAAGCAAAGGTGGTCCA
AGATCGATGACCAAGTCAACGAGTTTGTTGGCTCGTTATGTGCTGCAACAAGAATGCAGT
CAAGTGGGCAGAATGACAATGATGTAATGAAGCTTGCTAATGAAATCTATCACAATGATT
ACGGTGCCAAGTTCACACTTGAACATTGTTGGAGGGAGCTCAAAAATGAACAGAAATGGC
GGCTAAATTTTGGGACAGAAGAGGCTCGTCCTGAAAGTGTGAAGAAGGCAAAGGCAAGGT
TGAAGGCTCAAAGGAGTGCCAAAGAGATGGAAGCAACCAGCAGAAAGCGTATGGAGAAGT
TGCAAGAGATGTTTGAGAAAAAGAAGCATGACTATGAAATGAAGGAGAAGCTTATTAAGC
AAAATATGTTGGAGACTCTCCTTGCAAGAAAAGAGCCTCTTAGTGAGATTGAACTGGCTT
TTAAGAACAAACTAATAAAAGATATGTTGTCATAAGCATCTATGATGTCTATAGAGTCAG
TCTGCTTCTGCTTATGTATTTGTTTATGGAGTCAGTTTGTTTATGTTTTTCAGGTCAGTT
TGTTGTGGTTTGTTGAGTCAGTTTGCTTGTCTATGTTTTGATTATGTCTTACGTTTTAAA
AGTCGGATGAATGATGTATTTTCACTATCTATGAACTTGTTTTAGTAATGGTTTAAAACT
AAATCATGAAAAGCTTTGGTTTAGTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE89TF U 1
AF RR3DE89JQ C 375
BS 1 646 RR3DE89TF
BS 647 1108 RR3DE89JQ

RD RR3DE89TF 649 0 0
GGGAGAAACTACTTCACTCTCTCCTTCTCTTTTCTCCACCAGAAAGTAGGAATGGATTCT
TCAAATCCATTTACTCAGTCTTCAGGCTTTCTGGATCCGTTAAGTAGCCAACAGTGTGAT
CCTGTCTCACAAAGCATAGCTCTTGGATCTTCAGAAGTTCCTCTTTTTAGTTCCCAGGGA
CTAATGCTCCAACTCAAGCTGTAGAGACAACTGAAGACATAAGAGGCGGAAGGAATTGGT
CACAGAAGGAAGATGTGGTGCTCATACGTGCTTGGCTTAACACAAGCAAGGATCCGATCA
TAGGGTATGATCGAAGGCCTGGCTCCTTTTGGAAAAGAGTTGGAGCTTACTTCAATGCAA
GTCCTCATCTTGTCGGTATGCCAGATAGAGAGGTTGGCAACTGTAAGCAAAGGTGGTCCA
AGATCGATGACCAAGTCAACGAGTTTGTTGGCTCGTTATGTGCTGCAACAAGAATGCAGT
CAAGTGGGCAGAATGACAATGATGTAATGAAGCTTGCTAATGAAATCTATCACAATGATT
ACGGTGCCAAGTTCACACTTGAACATTGTTGGAGGGAGCTCAAAAATGAACAGAAATGGC
GGCTAAATTTTGGGACAGAAGAGGCTCGTCCTGAAAGTGTGAAGAA
AGC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3DE89JQ 734 0 0
GGTATGCCAGATAGAGAGGTTGGCAACTGTAAGCAAAGGTGGTCCAAGATCGATGACCAA
GTCAACGAGTTTGTTGGCTCGTTATGTGCTGCAACAAGAATGCAGTCAAGTGGGCAGAAT
GACAATGATGTAATGAAGCTTGCTAATGAAATCTATCACAATGATTACGGTGCCAAGTTC
ACACTTGAACATTGTTGGAGGGAGCTCAAAAATGAACAGAAATGGCGGCTAAATTTTGGG
ACAGAAGAGGCTCGTCCTGAAGGTGTGAAGAAGGCAAAGGCAAGGTTGAAGGCTCAAAGG
AGTGCCAAAGAGATGGAAGCAACCAGCAGAAAGCGTATGGAGAAGTTGCAAGAGATGTTT
GAGAAAAAGAAGCATGACTATGAAATGAAGGAGAAGCTTATTAAGCAAAATATGTTGGAG
ACTCTCCTTGCAAGAAAAGAGCCTCTTAGTGAGATTGAACTGGCTTTTAAGAACAAACTA
ATAAAAGATATGTTGTCATAAGCATCTATGATGTCTATAGAGTCAGTCTGCTTCTGCTTA
TGTATTTGTTTATGGAGTCAGTTTGTTTATGTTTTTCAGGTCAGTTTGTTGTGGTTTGTT
GAGTCAGTTTGCTTGTCTATGTTTTGATTATGTCTTACGTTTTAAAAGTCGGATGAATGA
TGTATTTTCACTATCTATGAACTTGTTTTAGTAATGGTTTAAAACTAAATCATGAAAAGC
TTTGGTTTAGTTCT

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL6892Contig1 851 2 4 U
GGGGAAGCTAGCTCAGAGAGTACTATCCTCAAATCTCAATCAATGTCAGCTTCTGTGGCT
GCAGCATCAGTATCAACAACAACAACAGATACAACGTTTATAAAGTGCGTCACTGTTGGG
GATGGAGCTGTGGGCAAAACTTGTCTCCTTATCTCCTACACCAGCAACACTTTTCCCACT
GATTATGTCCCAACGGTATTTGACAACTTCAGTGCAAATGTTTTAGTCGATGGCAAAACC
GTCAATCTTGGTCTTTGGGATACTGCTGGTCAAGAAGATTACAATAGGCTTAGACCATTG
AGTTACAGAGCAGCAGATGTTTTCATTCTCGCCTTTTCTCTTATTAGCAGGCCTAGCTTT
GAGAATATTGCTAAAAAGTGGGTCCCGGAGCTGCGACATTATGCCCCTAACGTGCCTATT
GTTCTAGTGGGAACTAAATTAGATCTTAGAGAAGATAAGAAGTTCCCAATGAATTATCCA
GGTGCTTGCACAGTCTCTACAGAACAAGGTCAAGAGCTGAGAAAGGAGATAGGAGCATTA
GCATATATAGAATGTAGCTCCAAAATGCAACAGAACGTGAAAGCGGTGTTTGATGCAGCT
ATAAAAGTAGTTTTACAGCCTCCTTCGAAAACCAAGAAGCAGAAGAGAAGATTTGGTTTC
TGCCATGCTCTTTGATCTCAGGCTTCTCTTGCTTGCTTTAAAAAATATGTTATATGTTTA
TAGTGTGTTGGTATCTTCTTAAGTGTGATTTTGTTATCTTCTTTATGAGGTGTGTTGTAA
GAACAAGCCAAGTCTCTTATACGTAAAAAATAATATGTACATAAACCAATCTTCAAAAAA
TGCTAATTAGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G114TF U 1
AF RR3G114JQ C 36
BS 1 681 RR3G114TF
BS 682 682 RR3G114JQ
BS 683 736 RR3G114TF
BS 737 851 RR3G114JQ

RD RR3G114TF 736 0 0
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GCAGCATCAGTATCAACAACAACAACAGATACAACGTTTATAAAGTGCGTCACTGTTGGG
GATGGAGCTGTGGGCAAAACTTGTCTCCTTATCTCCTACACCAGCAACACTTTTCCCACT
GATTATGTCCCAACGGTATTTGACAACTTCAGTGCAAATGTTTTAGTCGATGGCAAAACC
GTCAATCTTGGTCTTTGGGATACTGCTGGTCAAGAAGATTACAATAGGCTTAGACCATTG
AGTTACAGAGCAGCAGATGTTTTCATTCTCGCCTTTTCTCTTATTAGCAGGCCTAGCTTT
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GTTCTAGTGGGAACTAAATTAGATCTTAGAGAAGATAAGAAGTTCCCAATGAATTATCCA
GGTGCTTGCACAGTCTCTACAGAACAAGGTCAAGAGCTGAGAAAGGAGATAGGAGCATTA
GCATATATAGAATGTAGCTCCAAAATGCAACAGAACGTGAAAGCGGTGTTTGATGCAGCT
ATAAAAGTAGTTTTACAGCCTCCTTCGAAAACCAAGAAGCAGAAGAGAAGATTTGGTTTC
TGCCATGCTCTTTGATCTCAG*CTTCTCTTGCTTGCTTTAAAAAATATGTTATATGTTTA
TAGTGTGTTGGTATCT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3G114JQ 816 0 0
TCAATCAATGTCAGCTTCTGTGGCTGCAGCATCAGTATCAACAACAACAACAGATACAAC
GTTTATAAAGTGCGTCACTGTTGGGGATGGAGCTGTGGGCAAAACTTGTCTCCTTATCTC
CTACACCAGCAACACTTTTCCCACTGATTATGTCCCAACGGTATTTGACAACTTCAGTGC
AAATGTTTTAGTCGATGGCAAAACCGTCAATCTTGGTCTTTGGGATACTGCTGGTCAAGA
AGATTACAATAGGCTTAGACCATTGAGTTACAGAGCAGCAGATGTTTTCATTCTCGCCTT
TTTTCTTATTAGCAGGCCTAGCTTTGAGAATATTGCTAAAAAGTGGGTCCCGGAGCTGCG
ACATTATGCCCCTAACGTGCCTATTGTTCTAGTGGGAACTAAATTAGATCTTAGAGAAGA
TAAGAAGTTCCCAATGAATTATCCAGGTGCTTGCACAGTCTCTACAGAACAAGGTCAAGA
GCTGAGAAAGGAGATAGGAGCATTAGCATATATAGAATGTAGCTCCAAAATGCAACAGAA
CGTGAAAGCGGTGTTTGATGCAGCTATAAAAGTAGTTTTACAGCCTCCTTCGAAAACCAA
GAAGCAGAAGAGAAGATTTGGTTTCTGCCATGCTCTTTGATCTCAGGCTTCTCTTGCTTG
CTTTAAAAAATATGTTATATGTTTATAGTGTGTTGGTATCTTCTTAAGTGTGATTTTGTT
ATCTTCTTTATGAGGTGTGTTGTAAGAACAAGCCAAGTCTCTTATACGTAAAAAATAATA
TGTACATAAACCAATCTTCAAAAAATGCTAATTAGT

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL6893Contig1 926 2 12 U
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TACAAGTGTACGAATCCCGCGTGCCCTGTCAAGAAGAAAGTCGAGAGGTCGGTCGATGGA
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CGCGGCAGGGACATTAACGGGAGTTGTAACAGTCTCAACAAGAGTAAGAGAGACCAGGAG
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AATGTAGAGACTAGTTTGGGAGGAACACACGAGGACGAGCCTGATCCCAAGAGAAGAAAC
ACAGAAGTTCGGGTTTCGGAACCAGTTTCTTCAACCAATAGGACCGTGACAGAGCCTAGA
ATTATAGTACAAACGAGGAGTGAAGTTGATCTCTTAGATGATGGGTATAGATGGCGCAAG
TATGGCCAAAAAGTAGTCAAAGGGAATCCTTATCCAAGGAGCTACTATAAGTGTACAACA
GCGGGATGCGGAGTGAGGAAACATGTAGAAAGAGCAGCAAATGACCCGAAAGCCGTTGTA
ACAACATATGAAGGGAAACATAACCACGATGTTCCAGCTGGTAGAACCAGCAGCCATCAG
TTAAGACCGAACAACAATCCCTCGACGGTTAACTTGAACCAACAACAGACCGTTGCGCGT
TTAAGGCTCAAAGAAGAGCAAATCACTTGAGAAAAGAAGAATACTTTTATTTTGGTTAAT
GAACTTGTTTAGTTTCACATTACCACATGTTTCTACAAAAGAAACTTTCATAATAGGTTA
CATTTTGTGAAGTAAGTTTCTTCTTGTTATAACTATGTTTGTAAGTTCATGGAAGATGAA
TAAATCTTTACCAAAAAAATTCAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DB06TF U 1
AF RR3DB06JQ C 142
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BS 755 926 RR3DB06JQ

RD RR3DB06TF 763 0 0
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CGCGGCAGGGACATTAACGGGAGTTGTAACAGTCTCAACAAGAGTAAGAGAGACCAGGAG
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AATGTAGAGACTAGTTTGGGAGGAACACACGAGGACGAGCCTGATCCCAAGAGAAGAAAC
ACAGAAGTTCGGGTTTCGGAACCAGTTTCTTCAACCAATAGGACCGTGACAGAGCCTAGA
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TATGGCCAAAAAGTAGTCAAAGGGAATCCTTATCCAAGGAGCTACTATAAGTGTACAACA
GCGGGATGCGGAGTGAGGAAACATGTAGAAAGAGCAGCAAATGACCCGAAAGCCGTTGTA
ACAACATATGAAGGGAAACATAACCACGATGTTCCAGCTGGTAGAACCAGCAGCCATCAG
TTAAGACCGAACAACAATCCCTCGACG*TTAACTTGAAC*AACA*CAGACCGTTGCGCGT
TTAAG*CTCAAAGA*GAGCAAATCACTTGAGAAA
GAGATACTT

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3DB06JQ 785 0 0
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GGAACACACGAGGACGAGCCTGATCCCAAGAGAAGAAACACAGAAGTTCGGGTTTCGGAA
CCAGTTTCTTCAACCAATAGGACCGTGACAGAGCCTAGAATTATAGTACAAACGAGGAGT
GAAGTTGATCTCTTAGATGATGGGTATAGATGGCGCAAGTATGGCCAAAAAGTAGTCAAA
GGGAATCCTTATCCAAGGAGCTACTATAAGTGTACAACAGCGGGATGCGGAGTGAGGAAA
CATGTAGAAAGAGCAGCAAATGACCCGAAAGCCGTTGTAACAACATATGAAGGGAAACAT
AACCACGATGTTCCAGCTGGTAGAACCAGCAGCCATCAGTTAAGACCGAACAACAATCCC
TCGACGGTTAACTTGAACCAACAACAGACCGTTGCGCGTTTAAGGCTCAAAGAAGAGCAA
ATCACTTGAGAAAAGAAGAATACTTTTATTTTGGTTAATGAACTTGTTTAGTTTCACATT
ACCACATGTTTCTACAAAAGAAACTTTCATAATAGGTTACATTTTGTGAAGTAAGTTTCT
TCTTGTTATAACTATGTTTGTAAGTTCATGGAAGATGAATAAATCTTTACCAAAAAAATT
CAATC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL6894Contig1 868 2 4 U
AACAGATCTCTATAATCGTGTTCTTGATTTCGTGACAAACAAGAAACTAAAAACAGAAAG
TAGATTCTTATATCGAAGCACGAGAGACATGGGAGGTGCGGTGACGAAATCTGGTGCTCA
AGAATGGGTTCCAGAGACAAAGCTAGAGGCCAAGATCAAAGAAGCCGTGCAACGCAGGGC
ATCTAAAGGCACCACAATGAAATCTTTCAACAGTATTATCCTCAAGTTCCCAAAGATTGA
CGAGGGTCTAAGAAACTGCAAAGCCATTTTCCAAGAGTTTGATGAGGATTCGAACGGGTC
CATTGATCACTCGGAGCTAAAGAACTGTTTCAGGAAGCTAGAGATCATGTTTGAAGAAGA
AGAGATAAATGATTTGTTCCAGGCTTGTGATATCAACGAGGATAAGGAGATTGCGTTTAC
TGAGTTCATTGTGCTTCTCTGCCTTGTCTACCTTCTTAAGGACGACTCATCCACTCTCCA
AAAGAAGGGAGACTGGGAATGCCGAAGCTGGAGCCAACGTTTGAGACGCTAGTGGACACG
TTCGTGTTCCTAGACGAGAACAAGGATGGACATGTGAGCCGGGAGGAGATGTTCATAGCC
ATTGATGAATCTGGAGGACGTTCCTCCGGGAGGATTGCAATGAAGAGATTCGAGGAAATG
GACTGGGACAGGAATGGAATGGTGAACTTTAAAGAGTTTCCGTTCGCATTAACTCAGTGG
GTTGGGATTGATGAGAATGAAGATGATGATGGTGACGACGATAACAATGACAAGGCTTGA
TGTTGTAGGGGTTTCTATGACTATATGTATGAGTTTGCATAATGTACTAGTAACAAACTT
GTATGTTTAATCAGAATAATTCATTACC


BQ
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AF RR3BW33TF U 1
AF RR3BW33JQ C 169
BS 1 736 RR3BW33TF
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BS 764 868 RR3BW33JQ

RD RR3BW33TF 766 0 0
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CAT

QA 1 763 1 763
DS 

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AGTAACAAACTTGTATGTTTAATCAGAATAATTCATTACC

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3D825JQ C 1
AF RR3D825TF U 1
BS 1 592 RR3D825TF

RD RR3D825JQ 592 0 0
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GGTTTGCTGTTTTCTCAAAAGTTATGAATAAAAATGTCAAAATTGTTTGGAC

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3D825TF 592 0 0
GGATATTAGGCTATTAGCTACAAGCAATTAAGTGCAAATCATATATCTACACACACATTC
GGTTGATAATGGGTTCCAACGTTTCATCTGTGCATGATGTTCCTTCATCAACTGAAACCA
AGAATGGTTTGGTTGTGGAAATGGAATCAAGAAGACAGTGGAGATCTCTCTTTGATTCCA
TGAAAGGCTCAAATAAATTGCTAGTGATTGATTTCACGGCTGCATGGTGTGGACCTTGTA
AAGCAATGGAACCCAAAGTTAAGGAGATCGTTTCTAGGTACCCAGAAGCTGTTTTTGCGA
GGGTTGATGTGGATAGATTCATGGATGTGGCTGGAACATATAGAGCAAATACACTTCCAG
CTTTTGTTTTTGTGAAGAGAGGAGAAGAGATTGATAGGGTTGTTGGAGCCAAACCTGATG
AACTTGTGTACAAGATTGAAACGCATAGAGTTTAAGTTTTGTTTATTTTTAATTTGAAGA
ACAAAAGATTATACATTTGAATGTTTGTGTGTGTGTTTCACTGATTGAAATTGTGTTTTT
GGTTTGCTGTTTTCTCAAAAGTTATGAATAAAAATGTCAAAATTGTTTGGAC

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

CO CL6896Contig1 806 2 2 U
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AAAATTATTCAAGTAATGTACTCTTCATCGTCTGTATCAAAACACCTCATTTTGATCTAT
ATCTTTGCCATACAACTACTCCTTATAAACAGCGAATTGTCCGTAAACACGACCAATGAG
TATCTCAGCCACACATGTTTGGTTAGTCAGGGAAAATACAAGACGGGAAGTGAGTACGAG
AAACGTTCAAAAAATATCATGAAAATGTTCTATAAAAACAGTATTAGAGGTTACGACTTT
TTTGGCGATTCTAATTTTACCGCTGTCCTCCAGTGTCGCGGCGACTCCTACGGGCCCAAG
TGCCACGACTGCTTTGTCACCGCCCTCGCTGCGCTTCGTAGGAGATGTCCGTGGTACAAG
GGGAGAATAATATGAAGGTGGTAGACAATGGAGTCCCCCTCGGATTTATAAAAGTTTGGA
ATATTCTCGTTGACGATCTGACGGAATTAGCCACCACTGGAGATAATTCTACATTGTACT
CTGTGGGGGAGAAGCGGTACAAGGGTGAGATGGTATACGGAATGGTGCAGTGTGCGAGAG
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GCGTGGATAATTTTCGAGGAGCGAGGGTTGTAGGTAGGAGCTGTACTTTTAGGCTTGAAT
TTTACCCTTTTATTACCAAGTCGGTCCGTAATATTTAAGAACTAAAAGTATAAAAAAACA
ATTTATGTAAAATTAATTCAATCATA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G522TF U 1
AF RR3G522JQ C 188
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AAACGTTCAAAAAATATCATGAAAATGTTCTATAAAAACAGTATTAGAGGTTACGACTTT
TTTGGCGATTCTAATTTTACCGCTGTCCTCCAGTGTCGCGGCGACTCCTACGGGCCCAAG
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GGGAGAATAATATGAAGGTGGTAGACAATGGAGTCCCCCTCGGATTTATAAAAGTTTGGA
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CTGTGGGGGAGAAGCGGT

QA 1 558 1 558
DS 

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ATTCTAATTTTACCGCTGTCCTCCAGTGTCGCGGCGACTCCTACGGGCCCAAGTGCCACG
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TAATATGAAGGTGGTAGACAATGGAGTCCCCCTCGGATTTATAAAAGTTTGGAATATTCT
CGTTGACGATCTGACGGAATTAGCCACCACTGGAGATAATTTTACATTGTACTCTGTGGG
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TAAAATTAATTCAATCATA

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DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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ATGTATTGGTGTGTGCTTTTGGTTTATTAATATTATAAATTATGAATTTGAATGTT


BQ
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AF RR3E249TF U 1
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ATGTATTGGTGTGTGCTTTTGGTTTATTAATATTATAAATTATGAATTTGAATGTT

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3A669JQ C 1
AF RR3A669TF U 1
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AATCCTAATAATTAATTAAATTTAACTGCTTAAACT

QA 1 696 1 696
DS 

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AATCC*AATAATTAATTAAATTTAACTGCTTAAACT

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL6901Contig1 600 2 2 U
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GCAAAAGCCAGAGAAGAAGGAAGAGGAATGTACATCTTATCTTCCTAGTTTATGTATATT
ACATAAAGATCAAAGTTTATTTAATGAGCGATAAGAGAACCAAAAGTGTTCTCTCCACTG
TAAGTCATGTAGAGGAACCCATCTTCATCCTTGTGCTCTTCATAGATTGCAGACATCAAT
GCAGCAGTTGGAGGCAATGTGTTCTTGACAAAGACGAAGATTGCTTTCTCAGCACCAAGC
TTGATTCTTTTGCGAACCACGTACACAAATTGACCAACCGTTAGGTCTGCTGGGACGAGA
TACTTCCTTTTGTCAATGTCAGGAACATCACTTTGTCCAGCCTTTTCAACAATCACAGGG
ACTCTGTCAGGGTACTTCTCTCTGATTCTAGTAGCTTCACCAATCCTTGCTTCGAGAGGA
TGAGAAAGCTTGAAGGAACTCTTAGCCATGGCCATTCGATTGGACTCCGGAGAAGGAACT
GTATGCGATTCGTCGAAACTTAGGGTTTGCTAGGAAAACAAATCGATTTGATAAGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EF24TF C 1
AF RR3EF24JQ U 8
BS 1 7 RR3EF24TF
BS 8 600 RR3EF24JQ

RD RR3EF24TF 600 0 0
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GCAGCAGTTGGAGGCAATGTGTTCTTGACAAAGACGAAGATTGCTTTCTCAGCACCAAGC
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TACTTCCTTTTGTCAATGTCAGGAACATCACTTTGTCCAGCCTTTTCAACAATCACAGGG
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TGAGAAAGCTTGAAGGAACTCTTAGCCATGGCCATTCGATTGGACTCCGGAGAAGGAACT
GTATGCGATTCGTCGAAACTTAGGGTTTGCTAGGAAAACAAATCGATTTGATAAGGATCC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3EF24JQ 593 0 0
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TGTAGAGGAACCCATCTTCATCCTTGTGCTCTTCATAGATTGCAGACATCAATGCAGCAG
TTGGAGGCAATGTGTTCTTGACAAAGACGAAGATTGCTTTCTCAGCACCAAGCTTGATTC
TTTTGCGAACCACGTACACAAATTGACCAACCGTTAGGTCTGCTGGGACGAGATACTTCC
TTTTGTCAATGTCAGGAACATCACTTTGTCCAGCCTTTTCAACAATCACAGGGACTCTGT
CAGGGTACTTCTCTCTGATTCTAGTAGCTTCACCAATCCTTGCTTCGAGAGGATGAGAAA
GCTTGAAGGAACTCTTAGCCATGGCCATTCGATTGGACTCCGGAGAAGGAACTGTATGCG
ATTCGTCGAAACTTAGGGTTTGCTAGGAAAACAAATCGATTTGATAAGGATCC

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

CO CL6902Contig1 847 2 4 U
GGCGCATGGTGCTGGTACAAGGTGAAACCGATTCTCGAGGCTGCAGGTCACATTGTGACA
GCAGTAGACCTAGCTGCGTCCGGCATAAACACAACCAGATTGGAAGAGATTCAAACACTA
GAGGATTACTGCAAACCGTTGCTTGATGTTCTGAGCTCGCCTGATGAAGATAAGGTGGTT
CTCGTTGCTCATAGCATGGGAGGAATATGCGCAGCGTTTGCAGCTGACACCTTCCCTCAT
AAGATCGCTGCTATGGTCTTTGTGACATCGTTCATGCCTGACACAACAAACCCACCTGCT
TATGTTCTCAAAAATATCATGCCGAGCATGTCACCGCAAGATTGGTTGGATACCGTGCTG
GGAAGCTATGGGAGACCTGATCATCCGTTACAGTCTGCTCTCTTTGGACCAAAGTTCTTG
GCCAAGAATTTGTATCAACTTTCACCAGTCGAGGATCTTGAATTGGCGAAAACGCTGGTG
AGGGTAAACCCATCAGTTACGGACAACCTGGCAGGGACAGGAAGCTTCACTGAGGAAGGG
TACGGATCTGTTACGCGTATCTACATCACATGCGGAAAGGATAATGTGATACGTAATGAT
TACCAGCGTTGGATGATCAACAACTTTCCGGTAAAAGAAGTAATGGAAATCAAAGCTGCG
GATCATATGCCAATGAACTCCAAGCCTCGAGAACTCTGTGCTCGTTTCTTGGAGATTGCA
CATAGATATGCATGAATAAAAAAACATGAGATTGATTGCACATATATATGCATGCTAAAG
ACTTTATGCACAATGTAGATATTACACTTTTTATAATGCTACAATAAACGATTTACTACG
AAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G943TF U 1
AF RR3G943JQ C 51
BS 1 630 RR3G943TF
BS 631 631 RR3G943JQ
BS 632 672 RR3G943TF
BS 673 847 RR3G943JQ

RD RR3G943TF 672 0 0
GGCGCATGGTGCTGGTACAAGGTGAAACCGATTCTCGAGGCTGCAGGTCACATTGTGACA
GCAGTAGACCTAGCTGCGTCCGGCATAAACACAACCAGATTGGAAGAGATTCAAACACTA
GAGGATTACTGCAAACCGTTGCTTGATGTTCTGAGCTCGCCTGATGAAGATAAGGTGGTT
CTCGTTGCTCATAGCATGGGAGGAATATGCGCAGCGTTTGCAGCTGACACCTTCCCTCAT
AAGATCGCTGCTATGGTCTTTGTGACATCGTTCATGCCTGACACAACAAACCCACCTGCT
TATGTTCTCAAAAATATCATGCCGAGCATGTCACCGCAAGATTGGTTGGATACCGTGCTG
GGAAGCTATGGGAGACCTGATCATCCGTTACAGTCTGCTCTCTTTGGACCAAAGTTCTTG
GCCAAGAATTTGTATCAACTTTCACCAGTCGAGGATCTTGAATTGGCGAAAACGCTGGTG
AGGGTAAACCCATCAGTTACGGACAACCTGGCAGGGACAGGAAGCTTCACTGAGGAAGGG
TACGGATCTGTTACGCGTATCTACATCACATGCGGAAAGGATAATGTGATACGTAATGAT
TACCAGCGTTGGATGATCAACAACTTTCCG*TAAAAGAAGTAATGGAAATCAAAGCTGCG
GATCATATGCCA

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3G943JQ 797 0 0
CATTGTGACAGCAGTAGACCTAGCTGCGTCCGGCATAAACACAACCAGATTGGAAGAGAT
TCAAACACTAGAGGATTACTGCAAACCGTTGCTTGATGTTCTGAGCTCGCCTGATGAAGA
TAAGGTGGTTCTCGTTGCTCATAGCATGGGAGGAATATGCGCAGCGTTTGCAGCTGACAC
CTTCCCTCATAAGATCGCTGCTATGGTCTTTGTGACATCGTTCATGCCTGACACAACAAA
CCCACCTGCTTATGTTTTCAAAAATATCATGCCGAGCATGTCACCGCAAGATTGGTTGGA
TACCGTGCTGGGAAGCTATGGGAGACCTGATCATCCGTTACAGTTTGCTCTCTTTGGACC
AAAGTTTTTGGCCAAGAATTTGTATCAACTTTCACCAGTCGAGGATCTTGAATTGGGGAA
AACGCTGGTGAGGGTAAACCCATCAGTTACGGACAACCTGGCAGGGACAGGAAGCTTCAC
TGAGGAAGGGTACGGATTTGTTACGCGTATTTACATCACATGCGGAAAGGATAATGTGAT
ACGTAATGATTACCAGCGTTGGATGATCAACAACTTTCCGGTAAAAGAAGTAATGGAAAT
CAAAGCTGCGGATCATATGCCAATGAACTCCAAGCCTCGAGAACTCTGTGCTCGTTTCTT
GGAGATTGCACATAGATATGCATGAATAAAAAAACATGAGATTGATTGCACATATATATG
CATGCTAAAGACTTTATGCACAATGTAGATATTACACTTTTTATAATGCTACAATAAACG
ATTTACTACGAAAAAAA

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL6903Contig1 603 2 2 U
TTTTTTGCAACTGAAACCATTACAAATATTAGATTATCCAAACAAAACATCTAATATGTT
AGCATCCGGATGTTTCATCCAAATGTAATTTGTTTTTAAAGAAAAGATAACAAAAACAAA
CATGTACATAACTTCGGATTAGCTACAATCACTGATTAAGCGATTAAACTCAGCATTTTC
CAATCAATTCACCAAAAACATTAATCAATCTCAGGGATGCTCTGTAACGCTGGTCTCCAC
GGCCGTTGGTGATCATTGGATATATCAGCGGCGGTTCCGATTTGATCTCCACCGTCGGAA
AGAAAATTAAAAAAAACCTCTTCCGCCGTCAAACCCTCCAAACTAATGTTTCTCATGAGA
TCTTCAAATTCTTTCCTCGTCATCTTTATCTTAATCTCTCTTCCTCCACACGTGGAAGAA
GAGCCTGATGACGACGCGTTACTTGTTTCTCCGAGCAGCTTCTCTTCTACCACGTCATCA
TCATGGAACACGGTGGATCCTCTTCTCCTTCTTCTCTCTGTCGTTGTTTTGTTTATTACA
CATATGCAGTTTCCCATTTTGTGTTGTTTTATTTGTCTGATTGATTTGGTTGCTGAGATT
CCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 

AF RR3EG62TF C 1
AF RR3EG62JQ U 7
BS 1 6 RR3EG62TF
BS 7 603 RR3EG62JQ

RD RR3EG62TF 603 0 0
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AGCATCCGGATGTTTCATCCAAATGTAATTTGTTTTTAAAGAAAAGATAACAAAAACAAA
CATGTACATAACTTCGGATTAGCTACAATCACTGATTAAGCGATTAAACTCAGCATTTTC
CAATCAATTCACCAAAAACATTAATCAATCTCAGGGATGCTCTGTAACGCTGGTCTCCAC
GGCCGTTGGTGATCATTGGATATATCAGCGGCGGTTCCGATTTGATCTCCACCGTCGGAA
AGAAAATTAGAAAAAACCTCTTCCGCCGTCAAACCCTCCAAACTAATGTTTCTCATGAGA
TCTTCAAATTCTTTCCTCGTCATCTTTATCTTAATCTCTCTTCCTCCACACGTGGAAGAA
GAGCCTGATGACGACGCGTTACTTGTTTCTCCGAGCAGCTTCTCTTCTACCACGTCATCA
TCATGGAACACGGTGGATCCTCTTCTCCTTCTTCTCTCTGTCGTTGTTTTGTTTATTACA
CATATGCAGTTTCCCATTTTGTGTTGTTTTATTTGTCTGATTGATTTGGTTGCTGAGATT
CCC

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3EG62JQ 597 0 0
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CGGATGTTTCATCCAAATGTAATTTGTTTTTAAAGAAAAGATAACAAAAACAAACATGTA
CATAACTTCGGATTAGCTACAATCACTGATTAAGCGATTAAACTCAGCATTTTCCAATCA
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TGGTGATCATTGGATATATCAGCGGCGGTTCCGATTTGATCTCCACCGTCGGAAAGAAAA
TTAAAAAAAACCTCTTCCGCCGTCAAACCCTCCAAACTAATGTTTCTCATGAGATCTTCA
AATTCTTTCCTCGTCATCTTTATCTTAATCTCTCTTCCTCCACACGTGGAAGAAGAGCCT
GATGACGACGCGTTACTTGTTTCTCCGAGCAGCTTCTCTTCTACCACGTCATCATCATGG
AACACGGTGGATCCTCTTCTCCTTCTTCTCTCTGTCGTTGTTTTGTTTATTACACATATG
CAGTTTCCCATTTTGTGTTGTTTTATTTGTCTGATTGATTTGGTTGCTGAGATTCCC

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 2

CO CL6904Contig1 1208 2 8 U
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TTACTGCTGAGATACGTTGTTTCTACTGACACTGATACCAAAGTGGCTAAACGGTATATC
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TCTCACTGGAACCAAGCAGTGCATGGTCTAACTACAAACATCAAGAAGATGTTCATGGAG
ATGGATCCTGATCTCTTTGAAGAATGCCAGAGACAGTATGAAGAGAAACAAGCGAAATCC
AAAGAAGTGGAAGAACAACGCTTATTATCATGGAAGAGATTAGCCGAAGCAGCAGCAAAG
CGAGATGGAGTTGGAGGAGAAGATCATATGATCACATCCTAGATGGATAAACATATAGTA
CTTATTCTTTCACCTCTTTTTTTGTTCTCTCAGTTTATAAACTTATAATTGTTTTTGTCT
TGAGATTTATCGATTCTGATTCTGGTTGCTCCGAGGATAGTAGAGGAAGTGAGGTAATCA
CTATCAGAGACTATGTTTTTTTGTATGTACGGAATTGGCTTTAGTACTAAGAATGTGTTT
TGTGATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CN50TF U 1
AF RR3CN50JQ C 418
BS 1 666 RR3CN50TF
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BS 750 769 RR3CN50TF
BS 770 1208 RR3CN50JQ

RD RR3CN50TF 784 0 0
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CACCATTCTTTTGTCTTGAAGCTGCTTGACTTGTTTGACTCTGAAGACCCGAGAGAGAGG
GATTATTTGAAAACCATTCTTCATAGAATCTACGGGAAGTTTATGGTACACAGGCCCTTT
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GGGATCGGTGAACTCCTGGAGATTCTAGGTAGTATCATTAACGGGTTTGCGTTGCCTATG
AAGGAGGAGCACAAGCTGTTTCTAATCAGGGTTTTGATACCATTGCATAAGCCTAAACCA
ATAGCTATATATCATCAGCAGTTATCTTATTGCATCGTTCAGTTTGTGGAAAAGGATTAT
AAGCTAGCGGATACGGTTATCAGGGGGTTGTTGAAGTATTGGCCTGTGACAAACTGTACA
AAGGAGAATCTCTTCCTTGGGGAACTTGAAGAAGTTCTCGAGGCAACACAGCCTGTCGAG
TTCCAGCGTTGCATGGTTCCGTTGTTCCAGCAGATTGGTCGTTCCCTCAATAGCTCTCAC
TTTCAG*TTGCAGAGAGAGCACTGTTTT*GTGGAACAACGAGCACATAGTGGGTCTTATC
GCGCAGAACCGAACCGTGATCCTTCCA**TATATACCCTGCACTGGAGA
GACATCCAGTCTCAC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3CN50JQ 791 0 0
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TATAAGCTAGCGGATACGGTTATCAGGGGGTTGTTGAAGTATTGGCCTGTGACAAACTGT
ACAAAGGAGAATCTCTTCCTTGGGGAACTTGAAGAAGTTCTCGAGGCAACACAGCCTGTC
GAGTTCCAGCGTTGCATGGTTCCGTTGTTCCAGCAGATTGGTCGTTCCCTCAATAGCTCT
CACTTTCAGGTTGCAGAGAGAGCACTGTTTTTGTGGAACAACGAGCACATAGTGGGTCTT
ATCGCGCAGAACCGAACCGTGATCCTTCCAATTATATACCCTGCACTGGAGAAGAACATC
CAGTCTCACTGGAACCAAGCAGTGCATGGTCTAACTACAAACATCAAGAAGATGTTCATG
GAGATGGATCCTGATCTCTTTGAAGAATGCCAGAGACAGTATGAAGAGAAACAAGCGAAA
TCCAAAGAAGTGGAAGAACAACGCTTATTATCATGGAAGAGATTAGCCGAAGCAGCAGCA
AAGCGAGATGGAGTTGGAGGAGAAGATCATATGATCACATCCTAGATGGATAAACATATA
GTACTTATTCTTTCACCTCTTTTTTTGTTCTCTCAGTTTATAAACTTATAATTGTTTTTG
TCTTGAGATTTATCGATTCTGATTCTGGTTGCTCCGAGGATAGTAGAGGAAGTGAGGTAA
TCACTATCAGAGACTATGTTTTTTTGTATGTACGGAATTGGCTTTAGTACTAAGAATGTG
TTTTGTGATCT

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL6905Contig1 796 2 2 U
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CTCCAGAAGGCAACTACTCAGGGAAGTTTTCATGGACTTCGATCCTGTTGCTGTTTCCAA
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AATCCTCGATAACGCACGCCAGGTGCGCAAGATCATAGCTGAGTATGGATCATTTAAGAA
GTACATGTGGAACTTTGTGAGCAACAAGCCTACACAGAGCCAGTTCAGGTATCAGCGACA
AGTCCCTGTGAAGACATCAAAGGCCGAGTTTATAAGCAAAGATCTTGTACGCAGAGGCTT
TCGCAGCGTGAGTCCAACGGTTATTTACTCCTTCATGCAAGCAGCTGGCCTTACGAACGA
CCACCTCATAGGCTGCTTCAGATACCAAGACTGTTGCGTAGTTGCAGAGACAACGACAAC
CAAGGCCAAGAAGACTGAACGAGAGTGATAAATAAGTTTTTAAGTGCAAATTCTGAAAGC
TAATTGACGTGTTTGAGTAGTTCAATGTATTTGCTTGCAAAGTTGTTTGACGCAATGAGA
TTTTGCTACCGTACCGTGATGTGTTCTTGTGTTAGCGTTGTATAGATGTTTTTGGTTATT
GGTTTATGTTTAGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GTACATGTGGAACTTTGTGAGCA

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DS 

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CGACATTCTCTCCAGAAGGCAACTACTCAGGGAAGTTTTCATGGACTTCGATCCTGTTGC
TGTTTCCAAACTCAACGAGAAAACGGTAACCTCTGCCATTTCCTTACTCTCAGAGGTCAA
GCTAAGGTCAATCCTCGATAACGCACGCCAGGTGCGCAAGATCATAGCTGAGTATGGATC
ATTTAAGAAGTACATGTGGAACTTTGTGAGCAACAAGCCTACACAGAGCCAGTTCAGGTA
TCAGCGACAAGTCCCTGTGAAGACATCAAAGGCCGAGTTTATAAGCAAAGATCTTGTACG
CAGAGGCTTTCGCAGCGTGAGTCCAACGGTTATTTACTCCTTCATGCAAGCAGCTGGCCT
TACGAACGACCACCTCATAGGCTGCTTCAGATACCAAGACTGTTGCGTAGTTGCAGAGAC
AACGACAACCAAGGCCAAGAAGACTGAACGAGAGTGATAAATAAGTTTTTAAGTGCAAAT
TCTGAAAGCTAATTGACGTGTTTGAGTAGTTCAATGTATTTGCTTGCAAAGTTGTTTGAC
GCAATGAGATTTTGCTACCGTACCGTGATGTGTTCTTGTGTTAGCGTTGTATAGATGTTT
TTGGTTATTGGTTTATGTTTAGTAC

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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AACGGCTCTGCGTCTTCGATCATCTGGCTAACACGCTCCTTCTGGGCTTCATCCGAGATG
TCAACCTTTGTCAACTCGTACAGCTCCATGTCGTACACCTCGTCCATTATGAACTTTGGG
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BQ
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AF RR3E895JQ U 18
AF RR3H809JQ U 1
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AAGCATTTGGCGTCCAAGAGAGCTTCACCTTCAAACGGCTCTGCGTCTTCGATCATCTGG
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TTGGGCTTTGGTGCCTCTTCTTCCTCT

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DS 

RD RR3H809JQ 755 0 0
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TAAAACCACTGTATTAGACATAAGCGACTAATAGTATATCAAACCAAAAACTAATTGTCA
**CCAAGCCAA*TTATCTTTTCACTTGAAGCACTTGGCGTCCAAGAGAGCTTCACCTTCA
AATGGCTCTGCGTCTTCGATCATCTGGCTAACACGCTCCTTCTGTGCTTCATCCGAGATG
TCAACCTTTGTCCATTCGTACAGCTCCATGTCGTACACCTCGTCCATTATGAACTTTGGG
ATCTCTGGCCCTCTGAACAACCACAAACCCTTCACCTTGAACGGAGCCTCTGACCCGCAG
ATCAGCATCTTTCCAAAGGCGTACTTACGAGCCAAGTCCATTCTCTGAAGAAACCCACCA
ACCTTGTTGAGCGTCACAAAGGACACCATGTTCTCGTCGTTGTACTTGTAGTCACAGAAC
CATAGTGAGTATCCCTCTGGGTCATACATATCCCAGAATCCTTTAATAGCAACCTCACGG
AAGTTAGATTTGGTGTTCGAGTAAAGCCTCTTCCACTCATCGAGAACCATTGGGCTTGGT
GGTAGCAAGTCAAGAGGGTTCTTTGCTTTGGGCTTTGGTGCCTCTTCTTCCTCTTCAACA
ACCTTAGGTGCCTCTGGTGCAGGGCAGCCTTTTTC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

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ACTACAAACTCATTGTCAAAGTCATGGACCATGATACTTTCTCCGCCGATGATCCCATCG
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TCCTCGGAGTTTCTTACTCTGTTATGCAAGACAGAGGAATGGATGCAGAAGAGTTTGGTG
GATGGAAGCATAGCCAGTTTGATTAATTTCTCCTTTATTAGACGCTCGTTTATACTTTCC
AGGTTTTACATTTAGTGTGAACACATTAAGCATTTCTTATTTTCGACTAAAAAATTCTTA
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TCTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3AM32TF U 1
AF RR3AM32JQ C 197
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BS 799 844 RR3AM32JQ

RD RR3AM32TF 798 0 0
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GATGGAAGCATAGCCAGTTTGATTAATTTCTCCTTTATTAGACGCTCGTTTATACTTTCC
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GTGTGAACACAGTAAGCA

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3AM32JQ 648 0 0
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CTCTGTTATGCAAGACAGAGGAATGGATGCAGAAGAGTTTGGTGGATGGAAGCATAGCCA
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CATTTTTTATTCAAGAAAGTGTAAAACGCTGAGGCAAAGATGACTCTG

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

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TAGGGTTGAT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX01TF U 1
AF RR3GW04TF U 1
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QA 1 350 1 350
DS 

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TTCAGTCAAGGAGGAGATCGAGGCGTTGCCGAAAGATATCGAGGAGAGATCTATGCGGTG
TAGTAGCAATTTCGAGGATCACAGCTTCGATAATGTAGAGGATCAGAGTGAAGGTGATGT
GATCAAGGAGGGGGAGGAGGAGGTTGATGTTGTGGAATGCTCGGTTGTAAATGGTAACAA
TAGGGTTGAT

QA 1 370 1 370
DS 



AS 1 2

CO CL6910Contig1 816 2 16 U
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GGATTAGTAGCATTGGTATTTGACCACGGTCAACGAAGTCAATCTGGCTCAGCCTCAGAC
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TGAACCGATGGACATCCAAATCAATCTCAAAGTAGTTTGGACCCTTAAAGAAGTTGTGTT
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AAAGTACAATGCTCATGCCTTCTCATCACTATCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AF70JQ U 1
AF RR3DD16JQ U 31
BS 1 92 RR3AF70JQ
BS 93 93 RR3DD16JQ
BS 94 218 RR3AF70JQ
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BS 220 225 RR3AF70JQ
BS 226 226 RR3DD16JQ
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BS 440 440 RR3DD16JQ
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BS 590 590 RR3DD16JQ
BS 591 605 RR3AF70JQ
BS 606 606 RR3DD16JQ
BS 607 698 RR3AF70JQ
BS 699 699 RR3DD16JQ
BS 700 782 RR3AF70JQ
BS 783 816 RR3DD16JQ

RD RR3AF70JQ 782 0 0
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GAAATATACAGTATTTTGATGAATTAACACACTTTTATTATTTGATTTTCTTCATCCAAA
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GGATTAGTAGCATTGGTATTTGACCACGGTCAACGAAGTCAATCTGGCTCAGCCTCAGAC
AACACAAGACTTGTTCCGGCAGCTCTTCTGGTTTTTGAGCCTGGATGGCTAAACCGAGAT
CAAGAATTCCATTCTTCAGTCGATCTCTGAATGCTTCAAGTCCTTTCCTTGATATGTAGC
TGAACCGATGGACATCCAAATCAATCTCAAAGTAGTTTGGACCCTTAAAGAAGTTGTGTT
GAGGACGAGAAAGGACAGGCTTTTCATTGTAAGCCTGTACAAGCTTCTTTTCAGTCGAGC
CTAGAGCTAGATCTTCGGGGTTAACAAGTCCAGCCACGATCTTAAGCCTTTCACGGAAAG
CAACAGTGCTGTCTTTCGCAAACCCTTTCACCTTCTCCGTCTCATCATCCACAAGTTTCT
TGATGCTGTCCTGATACTGCTGAGAGGTTTCTTTTTCGAAATTTTCTTGTAATTTAAAGT
AA

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3DD16JQ 786 0 0
ACCATTGAGGTAACAGAGTACAAAGTTACAACAGAAAGGCCAAACTCCAGAAGATGAACT
TCAAAGAGTTTTGCATTATGACCGTTTTTACATATATAAGTTATAGCATAAATAAATAAA
ATAGAAATAGAGAGAAGTCCACATAATTTGGAAATATACAGTATTTTGATGAATTAACAC
ACTTTTATCATTTTGGTTTCTTCATCCAAAGGAGTTGTTGAGTAATACAAGATGATAGCA
*TGCTTACACCAGAGTTTCCCCTTCATCAGGGATTAGTAGCATTGGTATTTGACCATGGT
CAACGAAGTCAATCTGGCTCAGCCTCAGACAACACAAGACTTGTTCCGGCAGCTCTTCTG
GTTTTTGAGCCTGGATGGCTAAACCGAGATCAAGAATTCCATTCTTCAGCCGATCTCTGA
ATGCTTCAAGTCCTTTCCTTGATATGTAGCTGAATCGATGGACATCCAAATCAATCTCAA
AGTAGTTTGGACCCTTAAAGAAGTTGTGTTGAGGACGAGAGAGGACGGGTTTTTCATTGT
AAGCCTGTACAAGCTTCTTCTCAGTCGAGCCTAGACTTAGATCTTCGGGGTTAACAAGTC
CAGCCACGATCTTAAGCCTTTCACGGAAAGCAACAGTGCTGTCTTTCGCAAACCCTTTCA
CCTTCTCCATCTCATCATCCACAAGTTTCTTGATGCTGTCCTGATACTGCTGAGAG*TTT
CTTTTTCGAAATTTTCTTGTAATTTAAAGTAAAGTACAATGCTCATGCCTTCTCATCACT
ATCTCC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL6911Contig1 675 2 2 U
CAATCTCTTTTCGCTTGTATCTCGATCGGTAATTAGTGTTTAGGGTCTCTCTGCTTCCCG
GGGGATTCTGAATCTCCACCGTTTTGGTTCCATACAGATTCTCTTCTTGTTTTTTTTTTA
ATTTTTAATTTTCACACAGAATCCTAAAAAAAACCCTAATTTTGATACATTAGCTGTAGA
ACCTTCTGGATAGAAGAAGTTTGTGTCTTTTTGATTTGAAAGAAGATGCCTCCAAAGCAA
CAACCAAAGGCCGATTTGGCGAAAAAGCAGAAGCAAGTGGAAGACAAAACATTCGGTCTG
AAAAACAAGAACAAGAGCAAGAATGTTCAGGAGTATGTCCAGAGTCTAAAGCAATCTGTT
CAGCCTAAACCCGATGCCTCCAAAGTTGCTGCCAAGAAAAAGAAAGAGGAAGAGAAAGCG
AGAGAACAGGAGTTGAATGAGTTGTTCAAGGTTGCCATTAGTCAGCCTAAAGTTCCTGTA
GGTGTGGATCCGAAGTCCATCCTGTGTGAGTTTTTCAAGGCAGGGCAGTGTCAGAAGGGA
TTCAAGTGTAAATTCTCTCATGACTTGAACATTCAGAGGAAGGGTGAGAAGATCGATATT
TACAGCGATAAGCGTGATGAAGATGGAGATATGGAGGAATGGGATCAAGAAACCCTTGAA
AAGGTTGTAGAATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E952TF U 1
AF RR3E952JQ C 66
BS 1 659 RR3E952TF
BS 660 675 RR3E952JQ

RD RR3E952TF 659 0 0
CAATCTCTTTTCGCTTGTATCTCGATCGGTAATTAGTGTTTAGGGTCTCTCTGCTTCCCG
GGGGATTCTGAATCTCCACCGTTTTGGTTCCATACAGATTCTCTTCTTGTTTTTTTTTTA
ATTTTTAATTTTCACACAGAATCCTAAAAAAAACCCTAATTTTGATACATTAGCTGTAGA
ACCTTCTGGATAGAAGAAGTTTGTGTCTTTTTGATTTGAAAGAAGATGCCTCCAAAGCAA
CAACCAAAGGCCGATTTGGCGAAAAAGCAGAAGCAAGTGGAAGACAAAACATTCGGTCTG
AAAAACAAGAACAAGAGCAAGAATGTTCAGGAGTATGTCCAGAGTCTAAAGCAATCTGTT
CAGCCTAAACCCGATGCCTCCAAAGTTGCTGCCAAGAAAAAGAAAGAGGAAGAGAAAGCG
AGAGAACAGGAGTTGAATGAGTTGTTCAAGGTTGCCATTAGTCAGCCTAAAGTTCCTGTA
GGTGTGGATCCGAAGTCCATCCTGTGTGAGTTTTTCAAGGCAGGGCAGTGTCAGAAGGGA
TTCAAGTGTAAATTCTCTCATGACTTGAACATTCAGAGGAAGGGTGAGAAGATCGATATT
TACAGCGATAAGCGTGATGAAGATGGAGATATGGAGGAATGGGATCAAGAAACCCTTGA

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3E952JQ 610 0 0
TTCTGAATCTCCACCGTTTTGGTTCCATACAGATTCTCTTCTTGTTTTTTTTTTAATTTT
TAATTTTCACACAGAATCCTAAAAAAAACCCTAATTTTGATACATTAGCTGTAGAACCTT
CTGGATAGAAGAAGTTTGTGTCTTTTTGATTTGAAAGAAGATGCCTCCAAAGCAACAACC
AAAGGCCGATTTGGCGAAAAAGCAGAAGCAAGTGGAAGACAAAACATTCGGTCTGAAAAA
CAAGAACAAGAGCAAGAATGTTCAGGAGTATGTCCAGAGTCTAAAGCAATCTGTTCAGCC
TAAACCCGATGCCTCCAAAGTTGCTGCCAAGAAAAAGAAAGAGGAAGAGAAAGCGAGAGA
ACAGGAGTTGAATGAGTTGTTCAAGGTTGCCATTAGTCAGCCTAAAGTTCCTGTAGGTGT
GGATCCGAAGTCCATCCTGTGTGAGTTTTTCAAGGCAGGGCAGTGTCAGAAGGGATTCAA
GTGTAAATTCTCTCATGACTTGAACATTCAGAGGAAGGGTGAGAAGATCGATATTTACAG
CGATAAGCGTGATGAAGATGGAGATATGGAGGAATGGGATCAAGAAACCCTTGAAAAGGT
TGTAGAATCG

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL6912Contig1 947 2 4 U
GGGAGCTCCTAACATGGAGACTCTTCTCTCTCCTCGCTCTCTCTCACCTCCTCTCACCAA
ACCCGCTTCAAATCCCTCTTCTTTCTTCAGACCCATCTCTTCCCAGTCCACCAAGTTCAC
TAAACCAGAATCTCTAGTTCTCCAAAACTTGTCAACCAATGCCAAACAGGCATGTGCAGT
TGGGAGGAGAAACATGTTGATGAGTGGCTTGCTCATGTCTGGTTTAATGATTTCAGAAGC
CAATCTTCCAACAGCAGCAATTGCTTTGACGCCTGTGTTTAGAGAGTACATTGATACATT
TGATGGATATTCTTTCAAGTACCCTCAAAACTGGATCCAAGTCAGAGGAGCAGGGGCAGA
CATATTCTTTAGAGACCCTATTGTCCTCGACGAGAACCTCTCGGTGGAGTTTTCTTCGCC
TTCTTCCTCGAAATACAAGTCTCTTTAGGACTTGGGCTCACCTGAAGAAGCAGGAAAGAA
AGTACTTAGACAGTACTTGACTGAGTTCATGTCCACTAGACTCGGTGTCAAGCGCGAGTC
TAACATCCTTACAACTTCCTCCAGAGTTGCGGATGATGGTAAACTCTACTACCAAGTTGA
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CTACTCACTGAGACTCCAAACACCTGAGAAAGTTTTCCAGGAAGAAGAAAAAGATCTGAG
AAGAGTTATGGATTCGTTCAGAGTCGAGAAGATCTAGAGAGATGTGTAGCCATTGGTTTA
GAAAAAAATCTTGTTGCTGGTTAAGTGGTTATGTTCCTCCTCTCTTTTTACTCTTTTTTA
AACTTAAAGCATAAGACAAGTTAAGCTAAACGCTTTTTTTTTACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A105TF U 1
AF RR3A105JQ C 223
BS 1 809 RR3A105TF
BS 810 810 RR3A105JQ
BS 811 841 RR3A105TF
BS 842 947 RR3A105JQ

RD RR3A105TF 841 0 0
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ACCCGCTTCAAATCCCTCTTCTTTCTTCAGACCCATCTCTTCCCAGTCCACCAAGTTCAC
TAAACCAGAATCTCTAGTTCTCCAAAACTTGTCAACCAATGCCAAACAGGCATGTGCAGT
TGGGAGGAGAAACATGTTGATGAGTGGCTTGCTCATGTCTGGTTTAATGATTTCAGAAGC
CAATCTTCCAACAGCAGCAATTGCTTTGACGCCTGTGTTTAGAGAGTACATTGATACATT
TGATGGATATTCTTTCAAGTACCCTCAAAACTGGATCCAAGTCAGAGGAGCAGGGGCAGA
CATATTCTTTAGAGACCCTATTGTCCTCGACGAGAACCTCTCGGTGGAGTTTTCTTCGCC
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AGTACTTAGACAGTACTTGACTGAGTTCATGTCCACTAGACTCGGTGTCAAGCGCGAGTC
TAACATCCTTACAACTTCCTCCAGAGTTGCGGATGATGGTAAACTCTACTACCAAGTTGA
GGTGAACATAAAGTCATACGCAAACAACAACGAGCTGGCTGTGATGCCGCAAGATAGAGT
GGCTCGTTTGGAATGGGACAGGCGTTACCTCGCGGTTCTAGGAGTTGAGAACAATAGACT
CTACTCACTGAGACTCCAAACACCTGAGAAAGTTTTCCAGGAAGAAGAAAAAGATCTGAG
AAGAGTTATGGATTCGTTCAGAGTCGAGA*GATCTAGAGAGATGTGTAGCCATTGGTTTA
G

QA 1 841 1 841
DS 

RD RR3A105JQ 725 0 0
TTTAATGATTTCAGAAGCCAATCTTCCAACAGCAGCAATTGCTTTGACGCCTGTGTTTAG
AGAGTACATTGATACATTTGATGGATATTCTTTCAAGTACCCTCAAAACTGGATCCAAGT
CAGAGGAGCAGGGGCAGACATATTCTTTAGAGACCCTATTGTCCTCGACGAGAACCTCTC
GGTGGAGTTTTTTTCGCCTTCTTCCTCGAAATACAAGTCTCTTTAGGACTTGGGCTCACC
TGAAGAAGCAGGAAAGAAAGTACTTAGACAGTACTTGACTGAGTTCATGTCCACTAGACT
CGGTGTCAAGCGCGAGTCTAACATCCTTACAACTTCCTCCAGAGTTGCGGATGATGGTAA
ACTTTACTACCAAGTTGAGGTGAACATAAAGTCATACGCAAACAACAACGAGCTGGCTGT
GATGCCGCAAGATAGAGTGGCTCGTTTGGAATGGGACAGGCGTTACCTCGCGGTTTTAGG
AGTTGAGAACAATAGACTTTACTCACTGAGACTCCAAACACCTGAGAAAGTTTTCCAGGA
AGAAGAAAAAGATTTGAGAAGAGTTATGGATTCGTTCAGAGTCGAGAAGATCTAGAGAGA
TGTGTAGCCATTGGTTTAGAAAAAAATCTTGTTGCTGGTTAAGTGGTTATGTTCCTCCTC
TCTTTTTACTCTTTTTTAAACTTAAAGCATAAGACAAGTTAAGCTAAACGCTTTTTTTTT
ACATG

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL6913Contig1 521 2 1 U
GGCCACTTTCTCGATCTGAAATATATCTGAGAAAATTTGAGAAATGATGGCTAGAAGAAG
AAGCGGTGGCGTGACGAAGTCACCTCGTCGGAGGTGTTAGCGTGATGAAGCGGAGTCGCC
GGAAGTGGACGCGTGACGATTCGGAGTCCCAGAGTCACTCGTCACCACAACCTTCAGTCT
CTCTCTCAGTCATAGTATGGTAAACAGATTTAGTAGCCTGAGGAGACGAAGCAAAAGGCT
GACGGCGGTGGTCTAGGACCCCGTGGTTCTCTCCGCCGAGAGGGAGAAGAAAGAAGATGT
GGACGACATCGTTGGCAGATCCCGAGCTCTCTCCGCTGCGTCTCCAGTCACGCTCTTTGA
GGGCGCCGCTGCTCACCTAGCCGGCTTTGACGGAAAAGACACATGCGGCTGAGAAGATTA
GATCTAGGTTTTTCTTTTGTGTTTAGGCTTCTTTTCTTTTTAAAAAATTGGGTTTAATCT
TTTGTAATACAATTTTAATTTATAAATCAAGTTTAATTTAT


BQ
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AF RR3EU07JQ C 1
AF RR3EU07TF U 1
BS 1 521 RR3EU07TF

RD RR3EU07JQ 521 0 0
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QA 1 521 1 521
DS 

RD RR3EU07TF 521 0 0
GGCCACTTTCTCGATCTGAAATATATCTGAGAAAATTTGAGAAATGATGGCTAGAAGAAG
AAGCGGTGGCGTGACGAAGTCACCTCGTCGGAGGTGTTAGCGTGATGAAGCGGAGTCGCC
GGAAGTGGACGCGTGACGATTCGGAGTCCCAGAGTCACTCGTCACCACAACCTTCAGTCT
CTCTCTCAGTCATAGTATGGTAAACAGATTTAGTAGCCTGAGGAGACGAAGCAAAAGGCT
GACGGCGGTGGTCTAGGACCCCGTGGTTCTCTCCGCCGAGAGGGAGAAGAAAGAAGATGT
GGACGACATCGTTGGCAGATCCCGAGCTCTCTCCGCTGCGTCTCCAGTCACGCTCTTTGA
GGGCGCCGCTGCTCACCTAGCCGGCTTTGACGGAAAAGACACATGCGGCTGAGAAGATTA
GATCTAGGTTTTTCTTTTGTGTTTAGGCTTCTTTTCTTTTTAAAAAATTGGGTTTAATCT
TTTGTAATACAATTTTAATTTATAAATCAAGTTTAATTTAT

QA 1 521 1 521
DS 



AS 1 2

CO CL6914Contig1 1039 2 2 U
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GCAGGTGATTCTTGATCTCATGGCGCTTGGAAAGGCCATAAAGAAAGTTCCAGTGGTGGT
TTGAAACTGCATAGGCTTTGCAGTGAACAGAACATTCTTTCCTTATGGACAAGCTGCACA
TATGTTGGTCAATCTCGGTGTTGACTTGTTCAGGGTGGACAGTGTTATTACCTCTTTCGG
CTTGCCGTTGGGTCCTTTCCAGCTAGGTGATTTGACTGGACATGGTATTGCAATAGCAAC
TAAGGATATATATGACAAGGCCTTTGGTGACCGGATGTTCAGGTCTCCATTGACTGAGCT
TCTGCTTAAGAGCGGGAGAAATGGAAAAACCAACGGGAGAGGATACTATATATACCAAAA
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TACCAATGTCATGCCTGGTGGGAAGCCTATAACAGTAACTGATGAAGAGATTGTAGAGAT
GATCTTGTTCCCTGTAGTTAATGAGGCGTGTCGTGTACTAGAAGAAGGAGTTGTGATCAG
AGCCTCAGACTTGGACGTTGCGTCTGTTCTAGGAATGAGTTTCCCTTCTTACCGCGGGGG
AGTTCTTTTCTGGGCAGACACGGTTGGACCCAAGTACATATATGAAAGGCTCAAGAGATT
ATCAGAGACTTATGGAGGCTTTTTCAAACCGTCCAAGTATCTGGAGGAAAGGGCAATGAG
AGGAATGCTTTTGAGTGATCCGGAATCATCAAGGTCTCGGCTGTAAATTCACAAAAAGGG
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GACTTACTTGTAATATTCTCATAATTGTTTCAAATATAAATTTTGGGTTATTAAACACTT
GAAAACAGAATTTTATGTT


BQ
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AF RR3AJ39TF U 1
AF RR3AJ39JQ C 170
BS 1 763 RR3AJ39TF
BS 764 1039 RR3AJ39JQ

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CTTGCCGTTGGGTCCTTTCCAGCTAGGTGATTTGACTGGACATGGTATTGCAATAGCAAC
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TCTGCTTAAGAGCGGGAGAAATGGAAAAACCAACGGGAGAGGATACTATATATACCAAAA
AGGAAGCAAACCAAGACCTGATTCATCAGTGCTATCAGTTGTTGAGGAATCAAGGAAGCT
TACCAATGTCATGCCTGGTGGGAAGCCTATAACAGTAACTGATGAAGAGATTGTAGAGAT
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AGTTCTTTTCTGGGCAGACACGGTTGGACCCAAGTACATATATGAAAGGCTCAAGAGATT
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QA 1 763 1 763
DS 

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ATTGTAGAGATGATCTTGTTCCCTGTAGTTAATGAGGCGTGTCGTGTACTAGAAGAAGGA
GTTGTGATCAGAGCCTCAGACTTGGACGTTGCGTCTGTTCTAGGAATGAGTTTCCCTTCT
TACCGCGGGGGAGTTCTTTTCTGGGCAGACACGGTTGGACCCAAGTACATATATGAAAGG
CTCAAGAGATTATCAGAGACTTATGGAGGCTTTTTCAAACCGTCCAAGTATCTGGAGGAA
AGGGCAATGAGAGGAATGCTTTTGAGTGATCCGGAATCATCAAGGTCTCGGCTGTAAATT
CACAAAAAGGGAGCTTAAAAGCAGTAAGCAAAAGATGCTTTTGAACAAAGTTTATGCAGA
AAGAGAGGCTGAAGGTGTTACTCATTAGATGAGAATAAACAAGTCTTTATTCTTAATAAA
GTGTTTGTATTGACTTACTTGTAATATTCTCATAATTGTTTCAAATATAAATTTTGGGTT
ATTAAACACTTGAAAACAGAATTTTATGTT

QA 1 870 1 870
DS 



AS 1 2

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TTCTGCTGCTTCGGTTATTGCTGCTGGGTTGGCTGTTGGGCTTGCTTCTATTGGACCTGG
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TTATGGCCTGGTTGTAGCATTAGCGCTTTTATTTGCGAATCCTTTTGTTTAATCCTAGAA
ATAAGAAAATTATGAATTTTTTTTTCGTAGTTTTTTTTTATTCTATCAAGATTTAACTCC
TACAATTATTCATTGAGACAACAACCCTTGGGAAGGACTAATTTGAGGATGGGGAATTAA
CACATCGATTCGCTTTCTTCCTTCCCCTTATTCTTTTTAGTTTAATGGAAACTTTTTTTT
AAGGAGTGTTGCGCAAAAAGGAGGTTTAAGTTTTTTAAAATTTATATAAAACTTGGTCTC
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ATTAAATTATAAATTATTAAACGAAATTTTCTTTTTATTG


BQ
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TTATGGCCTGGTTGTAGCATTAGCGCTTTTATTTGCGAATCCTTTTGTTTAATCCTAGAA
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TACAATTATTCATTGAGACAACAACCCTTGGGAAGGACTAATTTGAGGATGGGGAATTAA
CACATCGATTCGCTTTCTTCCTTCCCCTTATTCTTTTTAGTTTAATGGAAACTTTTTTTT
AAGGAGTGTTGCGCAAAAAGGAGGTTTAAGTTTTTTAAAATTTATATAAAACTTGGTCTC
AAATTCTAGCTTAATTCTAATTAAGTCTCATTATTATTATTGAAAATTCAAAATTTTTGG
AAAATAAATTTGTAAATAGAATAG*TTTTTGATTCTGTTTATAAATAT

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DS 

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CAACCCGAGGCAGAAGGAAAAATACGAGGTACTTTATTGCTTAGTTTGGCTTTTATGGAA
GCTTTAACAATTTATGGCCTGGTTGTAGCATTAGCGCTTTTATTTGCGAATCCTTTTGTT
TAATCCTAGAAATAAGAAAATTATGAATTTTTTTTTCGTAGTTTTTTTTTATTCTATCAA
GATTTAACTCCTACAATTATTCATTGAGACAACAACCCTTGGGAAGGACTAATTTGAGGA
TGGGGAATTAACACATCGATTCGCTTTCTTCCTTCCCCTTATTCTTTTTAGTTTAATGGA
AACTTTTTTTTAAGGAGTGTTGCGCAAAAAGGAGGTTTAAGTTTTTTAAAATTTATATAA
AACTTGGTCTCAAATTCTAGCTTAATTCTAATTAAGTCTCATTATTATTATTGAAAATTC
AAAATTTTTGGAAAATAAATTTGTAAATAGAATAGGTTTTTGATTCTGTTTATAAATATC
CAAATAGGTAAATTAAATTATAAATTATTAAACGAAATTTTCTTTTTATTG

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

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CCTTACTGTGGGGCTGGGAAAAATTCAAAACTATCTTATGATACTCGTACCAGCTTTGCG
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ATGACAGCCCCTGTAATACCTCCTGACGCTCTGAAAAATGGAGAAACTAATTTTCAAGTG
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GTACCCGTTGGGTATGATAAGGAAGGGCTTCCAATAGGATTACAAATAATGGGAAGACCT
TGGGCCGAAGCTACCGTCCTTGCTTTAGCTGCTGCTGTTGAGGAACTTGCTCCAGTTACC
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TAAAAAGAGATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BN49TF U 1
AF RR3BN49JQ C 187
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ATCTTCCGGTCATTCTCTGCTTCAGATTATATTTCTGCTCAATGTATAAGGCGAAGGTTG
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ATGACAGCCCCTGTAATACCTCCTGACGCTCTGAAAAATGGAGAAACTAATTTTCAAGTG
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GTACCCGTTGGGTATGATAAGGAAGGGCTTCCAATAGGATTACAAATAATGGGAAGACCT
TGGGCCGAAGCTACCGTCCTTGCTTTAGCTGCTGCTGTTGAGGAACTTGCTCCAGTTACC
AAGAAGCCTGCTGTATTTCACGATGTTCTCAATACAAACAGAGTCCATACTGATTTGTCA
CAGAAGTGAAAGATCTTCTCTGAATGCAATGATCTTCTCTGCATGCAATGGGATAATATC
ATTTATCTCTCTTATTATTACATTTTCATTGATTGTGTGTATTTTCAG*TTAACTAACCT
AACATCATT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3BN49JQ 667 0 0
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TATTTAATGCGCTTTGTTTTAGCTGCAAATCTCCTGGGCTTCCCGGCCATATCTGTACCC
GTTGGGTATGATAAGGAAGGGCTTCCAATAGGATTACAAATAATGGGAAGACCTTGGGCC
GAAGCTACCGTCCTTGCTTTAGCTGCTGCTGTTGAGGAACTTGCTCCAGTTACCAAGAAG
CCTGCTGTATTTCACGATGTTCTCAATACAAACAGAGTCCATACTGATTTGTCACAGAAG
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CTCTCTTATTATTACATTTTCATTGATTGTGTGTATTTTCAGGTTAACTAACCTAACATC
ATTTATAAAGATTAAAAGAAATAAAACGTGTTGTATTTATGATTGATAAATTTTTAAAAA
GAGATGT

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

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AAGCTGTGAGAATGGCTGTTATGGACCAGCAAGCTGCAGTAGCTGAATCTCGTTTACTGA
AGCTCCCATTCACAACCATATATGAGTATCTTCAGATGTTGCGGTTGATTGCAACGGCAT
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TGCCCTGGAATAGCATGACAGAGCACAAAATAGAATCAGGATCTGGTCCTTTGGACATAA
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TCTGCATATCATTCAAGCTTGAGACAGACTCAAAGATTCTGATAGAGAAGGCTACAAATG
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AAGTTGTGGTTGTTTCAAGCAGCGGTAATGTTGTGGTTAGGCGTGATAGCGATAAGCCTG
AATCTATCGTAGAAGACAATCTTATTCGCCTCATTGTAGATCGGCACTCAACATACATCA
AAGAATCTCACACTTGATTTCTTAAATGCTTCCAAGTCAAAAACATGTGTGAATCTTTCA
TCCACTCAACAAAAACAATCTATATAGGTTCCTCCTCTCTCTCTCTTTATTTGTGTACGC
TATGTGAACAAATGATGATGATTGGGTTTTTGACCATTGATCAGTAATTTCAGATTTTAT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3GE06TF U 1
AF RR3GE06JQ C 533
BS 1 667 RR3GE06TF
BS 668 668 RR3GE06JQ
BS 669 689 RR3GE06TF
BS 690 1201 RR3GE06JQ

RD RR3GE06TF 694 0 0
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TGTACTAATTAATTTACTGTTAGCTAGAGATAATGAGTTCGATCTCTGGGTTGGGGGAAG
ATGAAGTGAGCTCTTTTTTTGAATCGTCACCACCTCTGAAGAACAAGGAAGGTATACTGG
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CTTCAGGCGGAACTACGGTTCCACTGGAGCAACGCTGCGTAAGATATATCGATAACTTCA
GTTCTGGAAACAGAGGTGCTGCTTCTACTGAGAATTTCGTCAAGGCTGGATATGCTGTAG
TGTTTCTGTATAGGAGTGGAACTTGCCAGCCGTATTGCCAGTCTCTTCCTGATGATCCAT
TCCTTGATTGTTTTGAGTTTCCGGATAAGACCAACATTCAAGTTCATCCATCACATGTGG
AAGCTGTGAGAATGGCTGTTATGGACCAGCAAGCTGCAGTAGCTGAATCTCGTTTACTGA
AGCTCCCATTCACAACCATATATGAGTATCTTCAGATGTTGCGGTTGATTGCAACGGCAT
TGAAAGACGTCGGTCCATGTTCAATGTTTTATCTTGCTGCTGCTGTCTCTGACTTTTTTG
TGCCCTG*AATAGCATGACAGAGCACAAA
TAGAA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3GE06JQ 669 0 0
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AACGGCATTGAAAGACGTCGGTCCATGTTCAATGTTTTATCTTGCTGCTGCTGTTTCTGA
CTTTTTTGTGCCCTGGAATAGCATGACAGAGCACAAAATAGAATCAGGATCTGGTCCTTT
GGACATAAGACTTGCTCAAGTCCCTAAAATGCTTTCAATATTGAGAACAACTTGGGCTCC
AAAGGCTTTCTGCATATCATTCAAGCTTGAGACAGACTCAAAGATTCTGATAGAGAAGGC
TACAAATGCTCTAGGAAAGTATAAAGTGCACGCTGTTGTAGCCAATGAGCTGTCAACACG
TAAGGAAGAAGTTGTGGTTGTTTCAAGCAGCGGTAATGTTGTGGTTAGGCGTGATAGCGA
TAAGCCTGAATCTATCGTAGAAGACAATCTTATTCGCCTCATTGTAGATCGGCACTCAAC
ATACATCAAAGAATCTCACACTTGATTTCTTAAATGCTTCCAAGTCAAAAACATGTGTGA
ATCTTTCATCCACTCAACAAAAACAATCTATATAGGTTCCTCCTCTCTCTCTCTTTATTT
GTGTACGCTATGTGAACAAATGATGATGATTGGGTTTTTGACCATTGATCAGTAATTTCA
GATTTTATT

QA 1 669 1 669
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6919Contig1 709 2 2 U
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AAATGGAGAAAAAAGCTGAAGAACCACAAGTGAAAAAAACTGATGATAAGAAAGAAGAAG
AGAAGAAGAAAGAGCCTCAAGAGATTGTTCTTAAGATCTTTATGCATTGTGAAGGTTGTG
CTAAAAAGATTCAAAGATGTCTTAAAGGCTTTGAAGGAGTGGAGGATGTAACAACTGATT
GTAAAACTAGTAAAGTTGTGGTGAAAGGAGATAAGGCAGATCCACTAAAAGTGTTGCAGA
GATTGCAAAGAAAGAGCCACCGTCCAGTGGAGCTCCTTTCTCCTATTCCAGAGCCTAAAC
CGGTTTCAGATGAACCGGAGAAAAAGGAGGAGAAACCAAAACCTCAAGAGAAAAAAGAAG
AGGTAGTGACAGTGGTACTGAGAGTTCACATGCATTGTGAAGCATGTGCCATGGAGATCC
AAAAGAGAATCATGAGAATGAAAGGAGTGGAGTCTGTGGAACCAGATTTTAAAGCATCAC
AAGTGAGTGTGAAAGGAGTTTTTACACCGGAAAAGCTAGTTGAGTACGTTAACAAGAAAA
TCGGGAAGCATGCTGCGGTTGTCAATCAAGATCCGTCCCCAAAACCACC


BQ
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AF RR3GK94TF U 1
AF RR3GK94JQ C 14
BS 1 703 RR3GK94TF
BS 704 709 RR3GK94JQ

RD RR3GK94TF 708 0 0
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AACAGTCAACACTGACACTAAAATCAATGGGAGAGGAAGATAAGAAGAAAACAGAAGAGA
AAATGGAGAAAAAAGCTGAAGAACCACAAGTGAAAAAAACTGATGATAAGAAAGAAGAAG
AGAAGAAGAAAGAGCCTCAAGAGATTGTTCTTAAGATCTTTATGCATTGTGAAGGTTGTG
CTAAAAAGATTCAAAGATGTCTTAAAGGCTTTGAAGGAGTGGAGGATGTAACAACTGATT
GTAAAACTAGTAAAGTTGTGGTGAAAGGAGATAAGGCAGATCCACTAAAAGTGTTGCAGA
GATTGCAAAGAAAGAGCCACCGTCCAGTGGAGCTCCTTTCTCCTATTCCAGAGCCTAAAC
CGGTTTCAGATGAACCGGAGAAAAAGGAGGAGAAACCAAAACCTCAAGAGAAAAAAGAAG
AGGTAGTGACAGTGGTACTGAGAGTTCACATGCATTGTGAAGCATGTGCCATGGAGATCC
AAAAGAGAATCATGAGAATGAAAGGAGTGGAGTCTGTGGAACCAGATTTTAAAGCATCAC
AAGTGAGTGTGAAAGGAGTTTTTACACCGGAAAAGCTAGTTGAGTACGTTAACAAGAAAA
TCGGGAAGCATGCTGCGGTTGTCAATCAAGATCCGTCCCCAAA
CCACC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3GK94JQ 696 0 0
AAAAAACTTAAATAAGTGAGCCACTAAAAAAACTCTCTCAACGTCTCAACAGTCAACACT
GACACTAAAATCAATGGGAGAGGAAGATAAGAAGAAAACAGAAGAGAAAATGGAGAAAAA
AGCTGAAGAACCACAAGTGAAAAAAACTGATGATAAGAAAGAAGAAGAGAAGAAGAAAGA
GCCTCAAGAGATTGTTCTTAAGATCTTTATGCATTGTGAAGGTTGTGCTAAAAAGATTCA
AAGATGTCTTAAAGGCTTTGAAGGAGTGGAGGATGTAACAACTGATTGTAAAACTAGTAA
AGTTGTGGTGAAAGGAGATAAGGCAGATCCACTAAAAGTGTTGCAGAGATTGCAAAGAAA
GAGCCACCGTCCAGTGGAGCTCCTTTCTCCTATTCCAGAGCCTAAACCGGTTTCAGATGA
ACCGGAGAAAAAGGAGGAGAAACCAAAACCTCAAGAGAAAAAAGAAGAGGTAGTGACAGT
GGTACTGAGAGTTCACATGCATTGTGAAGCATGTGCCATGGAGATCCAAAAGAGAATCAT
GAGAATGAAAGGAGTGGAGTCTGTGGAACCAGATTTTAAAGCATCACAAGTGAGTGTGAA
AGGAGTTTTTACACCGGAAAAGCTAGTTGAGTACGTTAACAAGAAAATCGGGAAGCATGC
TGCGGTTGTCAATCAAGATCCGTCCCCAAAACCACC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL6920Contig1 723 2 2 U
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TTCCTTTTTCTTATAAAATGTTATTTGATCTTCTATACACTTACGAAACTTACATGCATA
CAGAATATATATAGAAAATTTAGGGGTTCAATTTTGTCCTTGATTGATCATATTTGACAA
GAGACTTTGTAATATAGTATGAAGTTGTGTTTATTACATCACAACGATAATTTTAGTTAA
AAATTCTCAAGTTTTAGTTAAAGTTACATTTTTAATGCTCTCAGGCAACTGTTGTGCCCA
TGAGACGCAAGGGGAATGGAGCTTTGGGTGCAAAGTGTGACTTCATTGGTTCATCAACAA
ATCTGGTAACTAAAACAAATATGAAAAAACCTTAATTAAGTATCAGCAGCAATAAATAGA
TTATTATGCTCTCTAATTAGATAATGGTAACGTCGACGACTCTGATGTTGTTCGCTGGGA
GATTCGGACTAGCACCATCAGCCAATAGGAAGGCGACAGCTGGGCTTAAGTTAGAGGCAC
GTGACTCGGGTCTACAAACGGGTGACCCAGCCGGGTTCACTCTCGCCGACACTTTGGCTT
GTGGTACCGTTGGTCATATCATCGGCGTCGGAGTTGTCCTTGGTCTCAAAAACATTGGTG
CTATTTAAAAACATGTTCATTTGTATTCTGTCAACTTGTAGATTTTTAAAAAACGAAGTT
CTC


BQ
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10 10 10 

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TCATTGGTTCATCAACAAATCTGGTAATTAAAACAAATATGAAAAAACCTTAATTAAGTA
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AS 1 2

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BQ
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GAGACAGCGAAATCAAGCTCTGCAATCGAGAAGACTAATGAGCTCCCTGATGGTCAGGTG
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ATAGAAGCACCAGGGTTTATATTGTGATCTAGACCGTTGTTGCTAATTTAGATTTACATA
AATTGACATAACTCCTACCGTTTAGTTCCAGAGATATCGCAGGTGAAGTCATGGGAATGA
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TAGTGTTTT

QA 1 789 1 789
DS 

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AGGCTCGACTGGTTTTAAGCCAAAGGTCATAGTTGTGACAAACATTAATACGAAAATGGT
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TCTCCTTCGACAAGGAGAGTAGCACAGGCGTCGGTTACCTGAAAGTGCTGATGCAGACTG
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AGTTACTCTAATCTCCTTAAAAAAAATCGTTGCATCAATAAGATCGGGTGCAAGTCTATG
TGGTGTTTTGACTACATTTAGCTGTTTAAAACATTTTCGTATCCATCTATAAACCTATGT
TTGTTTCCT

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

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ATCTAGCTGGTCAAAGTAAACAACAACTCCAGCAGGTCAGCCATATCCTACGACGTTTGC
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AAGTCTCGGAGCTCAAGGTATAACTCCAGGAGGTCAAGCCTATCCCGCTCATGGTTTAAC
TCTCCCATTCGCCGCCATGAGTCTGCAGTAATTGCTCCTCGCTCTGCATCAAACTCGTGT
CTTTTATCTTGTAGTTCTAAGGTCTTTGTTTTCCCTTAAAAAGAGTCATAAACCAAGCGT
CGTCCAACTTTGTGATTTTCAGCTATCATGAATGTAAACAAGTCTCGTGAAACATCACTA
TTTTGAGTTTATCAAAGTTCCTTTTCCTTTTATTGTAATAATTCTATTTCCTTTTGTTTT
AATAAACAACTAGATTTTGACCAGCCCTTAAAAAGGCGGGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GY95TF U 1
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BS 632 643 RR3GY95JQ

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CTTTTATCTTGTAGTTCTAAGGTCTTTGTTTTCCCTTAAAAAGAGTCATAAACCAAGCGT
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TTTTGAGTTTATCAAAGTTCCTTTTCCTTTTATTGTAATAATTCTATTTCCTTTTGTTTT
AATAAACAACTAGATTTTGACCAGCCCTTAA

QA 1 631 1 631
DS 

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TTGCTCCTCGCTTTGCATCAAACTCGTGTCTTTTATCTTGTAGTTCTAAGGTCTTTGTTT
TCCCTTAAAAAGAGTCATAAACCAAGCGTCGTCCAACTTTGTGATTTTCAGCTATCATGA
ATGTAAACAAGTTTCGTGAAACATCACTATTTTGAGTTTATCAAAGTTCCTTTTCCTTTT
ATTGTAATAATTCTATTTCCTTTTGTTTTAATAAACAACTAGATTTTGACCAGCCCTTAA
AAAGGCGGGTAT

QA 1 612 1 612
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTTACTATTTGTCTAAATAGATTTTTTTTTATCAAACACATGCATTCATTCATTCATAAA
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GCTAAAGTGGTAGATATCAAATAGAATACCAAACAATCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DA02TF C 1
AF RR3DA02JQ U 3
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BS 3 699 RR3DA02JQ

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TTTACTATTTGTCTAAATAGATTTTTTTTTATCAAACACATGCATTCATTCATTCATAAA
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QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3DA02JQ 697 0 0
GAGAACTACAGTAGTAAAAAAAGTGTCTATAGTCTGTGATTTGATGCAAGCCATAGTGTC
CAATATAGGCTAGCATTATGTATACCACGTGATTTACCAAACCTTTCTACATTGAAAATC
ATTACTCTCACAATACCGCCTTTCGATTGATTATGTTAACTGACTTTAGCAGTTGTTAAC
GAAACTCAACTCAAGAATAATTTAGAAAAAGACTCAGCTCAAAACGATTGTATTATTTGG
ACGGTGGTTATTTCAGCTAAAAGCCTAAAACCTATTGCATTTCGAATACGATGATGAACA
ATGTTGGATGCAGAAAGACACGTGTGAGAATAAGGACGGTTGGATGAAGGAAGCTCCACT
GGATCCGATGAGAACGCGTAAGAATGAAAGTGAGCACACACGTGAATCATGTCGGTAACT
CGTTTATCAGTACAAGTGCCTTTTCATATTGTTCGGATCTCTGCTCTCTTCTTCTTCTTT
TACTATTTGTCTAAATAGATTTTTTTTTATCAAACACATGCATTCATTCATTCATAAAGG
TCTAAACTCCATTAGAGAAGGATACGTTTAGCAACAAGAAGGCTGATTTTGCCACTGAAT
CAGCAGAAACATTACGCAACCGGGAAACATAGACGGAATAAACAGAAACAAAAGTAGAGC
TAAAGTGGTAGATATCAAATAGAATACCAAACAATCC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TACGAATCTCATTCTCCTCTTTATTCTCTGTTAGTGCAAGGTGTAGTCTTCTCTACGTTC
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GTCGACTCCTCGGTGGTCGCAGACTCGCAGTCCATTTTCTTTTCTTCTCCTCTGTAGTCC
TGGCTTCTCTCTGCTCTTCCACAGTCTAAGCTTCTCACTGATTCACGGTGGTAGTTATGC
CTCGTCCATCTCAGCATTCCCCACACAAAATCTCCAACAGAAGTTTTTCTTATGCCTTTT
AGTTTTCACTTTTAGATCTAGCTTTTTGTTTGGAAACTAGAAGTTTCAGACTGACATTTT
TGTTATACTCGGGAATTTCAGAATTGTTCTTATAATACTGTAATGTTGTATAATCAGTTT
GTATAGATCTGTATTCAAAAAAAAAATCTCTCTAACGCAACAATAAATTTGTTGCTAAAT
GTACTGCTAAATCATTATTTTACTACTAAAACATGTTTGTTGCTGAATATAATCCAACAT
TTAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 

AF RR3EK46JQ C 1
AF RR3EK46TF U 1
BS 1 586 RR3EK46TF
BS 587 587 RR3EK46JQ
BS 588 601 RR3EK46TF
BS 602 604 RR3EK46JQ

RD RR3EK46JQ 604 0 0
TATTCCTCATCTCTTCTTTCACCTCTGTTGAATCTCATCTCCTCAGCTATTATTCCCCTA
TACGAATCTCATTCTCCTCTTTATTCTCTGTTAGTGCAAGGTGTAGTCTTCTCTACGTTC
TGCTCCTGTTCGGTCTTATCCTCTCCGGTGGTGCAAGGCAGTGTGGCAGTCCAGTCTCCG
GTCGACTCCTCGGTGGTCGCAGACTCGCAGTCCATTTTCTTTTCTTCTCCTCTGTAGTCC
TGGCTTCTCTCTGCTCTTCCACAGTTTAAGCTTCTCACTGATTCACGGTGGTAGTTATGC
CTCGTCCATCTCAGCATTCCCCACACAAAATCTCCAACAGAAGTTTTTCTTATGCCTTTT
AGTTTTCACTTTTAGATCTAGCTTTTTGTTTGGAAACTAGAAGTTTCAGACTGACATTTT
TGTTATACTCGGGAATTTCAGAATTGTTCTTATAATACTGTAATGTTGTATAATCAGTTT
GTATAGATCTGTATTCAAAAAAAAAATCTCTCTAACGCAACAATAAATTTGTTGCTAAAT
GTACTGCTAAATCATTATTTTACTACTAAAACATGTTTGTTGCTGAATATAATCCAACAT
TTAG

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3EK46TF 601 0 0
TATTCCTCATCTCTTCTTTCACCTCTGTTGAATCTCATCTCCTCAGCTATTATTCCCCTA
TACGAATCTCATTCTCCTCTTTATTCTCTGTTAGTGCAAGGTGTAGTCTTCTCTACGTTC
TGCTCCTGTTCGGTCTTATCCTCTCCGGTGGTGCAAGGCAGTGTGGCAGTCCAGTCTCCG
GTCGACTCCTCGGTGGTCGCAGACTCGCAGTCCATTTTCTTTTCTTCTCCTCTGTAGTCC
TGGCTTCTCTCTGCTCTTCCACAGTCTAAGCTTCTCACTGATTCACGGTGGTAGTTATGC
CTCGTCCATCTCAGCATTCCCCACACAAAATCTCCAACAGAAGTTTTTCTTATGCCTTTT
AGTTTTCACTTTTAGATCTAGCTTTTTGTTTGGAAACTAGAAGTTTCAGACTGACATTTT
TGTTATACTCGGGAATTTCAGAATTGTTCTTATAATACTGTAATGTTGTATAATCAGTTT
GTATAGATCTGTATTCAAAAAAAAAATCTCTCTAACGCAACAATAAATTTGTTGCTAAAT
GTACTGCTAAATCATTATTTTACTACTAAAACATGTTTGTTGCTGA*TATAATCCAACAT
T

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL6927Contig1 757 2 8 U
GCGCCAAGTTCTGCCTCGCTCCTCGTGGGGAATCATCATGGACTCTTCGCTTTTATGAAT
CATTCTTTGTGGAATGTGTCCCGGTTCTCTTATCCGACCACGCCGAGCTGCCTTTCCAGA
ATGTCATCGACTACGCTCAAGTATCCATCAAATGGCCATCATCTCGAATAGGAGCAGAGC
TTCTTGATTACCTGGCTTCAATACCGGATAGAGACATAGAAGCAATGATATCCCGTGGTC
GGAAAATCAGATGTTTGTTTGTGTACGGTCCCGATTCTGCACCTTGCAGTGCGGTTAAAG
GGATTCTATGGGAGCTTCAACGCAAAGTGAGACATTTCCAGCAATCGACCGAGACGTTTT
GGCTGCACAATGGCAGTTTTGTGAATAGAGAACTGGTCCACTTCAGTAGCTGGAGACCTC
CTATGCCTCTGCCTTGAGTTTTCAACATCCCACCCACAAGAATCTCTTGTTTTCACAATG
ATGAAGTCGAGTTTTCTTATGGTTCTTTACACAGATAGCTTAAAAAGTTTTTGTGAACTT
GATTATTGTGTACATACCAGGAAACAAAATTTAGTTTAAGAATGTTTAAGAACAGATTAA
TCTGTAAATTTCTAGCATCTTGTGCATGTATGTACAAATACCTAGCCTTGTGTACTTAAT
TCTCATTCGGTTCCTAACCGAAGGTGCTAGGAACTAACTATTGTACATATGACTTGGATC
AATCCATTCATTATTAATATAAGAGAAATTAGTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA29TF U 1
AF RR3EA29JQ C 58
BS 1 259 RR3EA29TF
BS 260 260 RR3EA29JQ
BS 261 295 RR3EA29TF
BS 296 296 RR3EA29JQ
BS 297 325 RR3EA29TF
BS 326 326 RR3EA29JQ
BS 327 359 RR3EA29TF
BS 360 757 RR3EA29JQ

RD RR3EA29TF 360 0 0
GCGCCAAGTTCTGCCTCGCTCCTCGTGGGGAATCATCATGGACTCTTCGCTTTTATGAAT
CATTCTTTGTGGAATGTGTCCCGGTTCTCTTATCCGACCACGCCGAGCTGCCTTTCCAGA
ATGTCATCGACTACGCTCAAGTATCCATCAAATGGCCATCATCTCGAATAGGAGCAGAGC
TTCTTGATTACCTGGCTTCAATACCGGATAGAGACATAGAAGCAATGATATCCCGTGGTC
GGAAAATCAGATGTTTGTT*GTGTACGGTCCCGATTCTGCACCTTGCAGTGCGGT*AAAG
GGATTCTATGGGAGCTTCAACGCAA*GTGAGACATTTCCAGCAATCGACCGAGACGTTT
G

QA 1 359 1 359
DS 

RD RR3EA29JQ 700 0 0
AATCATTCTTTGTGGAATGTGTCCCGGTTCTCTTATCCGACCACGCCGAGCTGCCTTTCC
AGAATGTCATCGACTACGCTCAAGTATCCATCAAATGGCCATCATCTCGAATAGGAGCAG
AGCTTCTTGATTACCTGGCTTCAATACCGGATAGAGACATAGAAGCAATGATATCCCGTG
GTCGGAAAATCAGATGTTTGTTTGTGTACGGTCCCGATTCTGCACCTTGCAGTGCGGTTA
AAGGGATTCTATGGGAGCTTCAACGCAAAGTGAGACATTTCCAGCAATCGACCGAGACGT
TTTGGCTGCACAATGGCAGTTTTGTGAATAGAGAACTGGTCCACTTCAGTAGCTGGAGAC
CTCCTATGCCTCTGCCTTGAGTTTTCAACATCCCACCCACAAGAATCTCTTGTTTTCACA
ATGATGAAGTCGAGTTTTCTTATGGTTCTTTACACAGATAGCTTAAAAAGTTTTTGTGAA
CTTGATTATTGTGTACATACCAGGAAACAAAATTTAGTTTAAGAATGTTTAAGAACAGAT
TAATCTGTAAATTTCTAGCATCTTGTGCATGTATGTACAAATACCTAGCCTTGTGTACTT
AATTCTCATTCGGTTCCTAACCGAAGGTGCTAGGAACTAACTATTGTACATATGACTTGG
ATCAATCCATTCATTATTAATATAAGAGAAATTAGTTTTG

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL6928Contig1 839 2 4 U
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TTGCTGATCAGTGAAAAAGAGTTTTTTTTTTTGATTTATCTGGTTCTCACCTGCGTCTCA
AAGCTGCCAATACCATGAACAGGGTGCTTGCAAGGAAACAACTCAGGACTAATGTCTGTG
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ATGAGGAGAGCAATGTGAAAACGAATTCCATTGAAGATAGTCCACAACATGACATTGCTA
TTGTTGGTGGTGGAATGGTTGGAATTGCTTTAGCTGCTTCCTTAGCTAGCAAGCCATTGA
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TAGAGAAAGGTCACCCACCTGATCCTAGAGTCAGTACTGTCACACCTGCAACTATATCCT
TCCTCAAAGGTATTGGTGCCTGGAAATACATCGAAGAGCAGCGACATGCGTATTTTGACA
AAATGCAGGTATGGGACTACACAGGTCTTGGATATACAAGATACAATGCTAAAGATGTCG
ATCAAGATATTTTGGGGTGTGTTGTGGAGAATAAAGTTCTTCAGAGTTCTCAGCTATCTT
GTGTACAGGAATCAGATCTCCAGAGGACTATCTATCCAGCGAGGTTAAACTCAATGAATA
TGTTACCTAGTTCCTCGTTGACTGGTCTTGGTGAAGTACCATCCACAACAGATTTGTTCA
TGCGAGGACGCCTTGCCAAGCTGGAGCTAAGCGACGGAAACAACGTCTATGCAAACTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H696TF U 1
AF RR3BJ65TF U 93
BS 1 128 RR3H696TF
BS 129 129 RR3BJ65TF
BS 130 648 RR3H696TF
BS 649 839 RR3BJ65TF

RD RR3H696TF 648 0 0
GGACACTTCCTCTCTAGCCACACAAAAGACCCCCTGCTTTTCCAAATATGATTTTCTCTG
TTGCTGATCAGTGAAAAAGAGTTTTTTTTTTTGATTTATCTGGTTCTCACCTGCGTCTCA
AAGCTGCCGATACCATGAACAGGGTGCTTGCAAGGAAACAACTCAGGACTAATGTCTGTG
GAACAACAAAGATCTTCCGGAGGACTTTTTCAACACACCCAGTCTCTACTTCTGGTTCCA
ATGAGGAGAGCAATGTGAAAACGAATTCCATTGAAGATAGTCCACAACATGACATTGCTA
TTGTTGGTGGTGGAATGGTTGGAATTGCTTTAGCTGCTTCCTTAGCTAGCAAGCCATTGA
CAAAGCACTTGAATGTTGCTATTATTGACAACAATCCTCTTTTGGGGAGAAAAATTACCA
TAGAGAAAGGTCACCCACCTGATCCTAGAGTCAGTACTGTCACACCTGCAACTATATCCT
TCCTCAAAGGTATTGGTGCCTGGAAATACATCGAAGAGCAGCGACATGCGTATTTTGACA
AAATGCAGGTATGGGACTACACAGGTCTTGGATATACAAGATACAATGCTAAAGATGTCG
ATCAAGATATTTTGGGGTGTGTTGTGGAGAATAAAGTTCTTCAGAGTT

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3BJ65TF 747 0 0
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AGGAAACAACTCAGGACTAATGTCTGTGGAACAACAAAGATCTTCCGGAGGACTTTTTCA
ACACACCCAGTCTCTACTTCTGGTTCCAATGAGGAGAGCAATGTGAAAACGAATTCCATT
GAAGATAGTCCGCAACATGACATTGCTATTGTTGGTGGTGGAATGGTTGGAATTGCTTTA
GCTGCTTCCTTAGCTAGCAAGCCATTGACAAAGCACTTGAATGTTGCTATTATTGACAAC
AATCCTCTTTTGGGGAGAAAAATTACCATAGAGAAAGGTCACCCACCTGATCCTAGAGTC
AGTACTGTCACACCTGCAACTATATCCTTCCTCAAAGGTATTGGTGCCTGGAAATACGTC
GAAGAGCAGCGACATGCGTATTTTGACAAAATGCAGGTATGGGACTACACAGGTCTTGGA
TATACAAGATACAATGCTAAAGATGTCGATCGAGATATTTTGGGGTGTGTTGTGGAGAAT
AAAGTTCTTCAGAGTTCTCAGCTATCTTGTGTACAGGAATCAGATCTCCAGAGGACTATC
TATCCAGCGAGGTTAAACTCAATGAATATGTTACCTAGTTCCTCGTTGACTGGTCTTGGT
GAAGTACCATCCACAACAGATTTGTTCATGCGAGGACGCCTTGCCAAGCTGGAGCTAAGC
GACGGAAACAACGTCTATGCAAACTGG

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL6929Contig1 961 2 2 U
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AAAACGTGTAAACTGGGCGGAGCTTCCATCGGAGTTGATATATACGATTCTTCTCCGTCT
CAGCGTGCCTGATAGACTACGAAACGCTCGGAGCGTCTGCAGATCGTGGCGACGCGTCTG
TCAAGACCCCTTGATGTGGCGAAAAATCGAGATGCGAGACATGGGAGACTACCAAGAAGC
CATGGATTATTACGATGCGGCGGAGGCCATGTGCCGTAGCGCCGTAGATCTAAGCCAGGG
CGGCTTGCTGGAGATCAAGATCAAGTACTTCGGCTCCGATTCTCTCCTCGCCTACATCGC
CGACAGGTGAAACCAAACCCTAAAACTCTGATTCTTGATTCTTGATTCTTGATTTGATTC
TAAGTGTTTGTGAGAGATAACAGTTTGTGTTGTTGACTTTTGGTGTGGAGGTCAAGTAAC
CTGAAACGCCTCGTGCTTACTGAGTGCGATCACGTGACGGGTATGGGAATTTCGGAAACA
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GGGTACTACTACAAAGAGGACGAGTGTGATGATGAAGCTTTGGCGATTGCTGGAACAATG
CCCGGTCTTCACCACCTCCAGCTTGTTGGGAACATGTTGACAAACGCCGGCTTAAACGCC
ATTGTTGAGAATTGTCATCACCCCAAGTGCCTTGGTTTACGCAACTGTGGCCACGTCAAC
CTTGCCGCCCCCCAATGATTTTTCATAAGTTATATGAAAGAGTGGGTCGAAGATGTAGTT
GATTTTACATTTGCATTTTGTTGATGAGGTTACACTCCTACAAACCATACTCTTTTTTTC
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3BI53TF U 1
AF RR3BI53JQ C 92
BS 1 842 RR3BI53TF
BS 843 961 RR3BI53JQ

RD RR3BI53TF 844 0 0
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CT
GC

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR3BI53JQ 870 0 0
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GGCTCCGATTCTCTCCTCGCCTACATCGCCGACAGGTGAAACCAAACCCTAAAACTCTGA
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GTTGACTTTTGGTGTGGAGGTCAAGTAACCTGAAACGCCTCGTGCTTACTGAGTGCGATC
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ATATGAAAGAGTGGGTCGAAGATGTAGTTGATTTTACATTTGCATTTTGTTGATGAGGTT
ACACTCCTACAAACCATACTCTTTTTTTCT

QA 1 870 1 870
DS 



AS 1 2

CO CL6930Contig1 538 2 6 U
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BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3BK69TF U 1
AF RR3BR28TF U 3
BS 1 412 RR3BK69TF
BS 413 413 RR3BR28TF
BS 414 438 RR3BK69TF
BS 439 439 RR3BR28TF
BS 440 535 RR3BK69TF
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RD RR3BK69TF 535 0 0
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ATCGGGGTTTTTTTTATAAAGTATTTATTTATTTAATTTATTTGGAAAATAACAACACAA
ATAATTAACAATAATATGGGGATATCTAAAACTATTAAAGTTATTTTTTCTCTGGCTCTT
GTGGTGTTCTTGGCTCTAGCAGCAACCAAGATAGAGGCAAGATACATAGATTATGGTGCC
CTTCATCATGGAGATCCCAGTTTCGGTTGTAGTAAACTACACCCTCAATTCTGCAAGAAG
CAAGAAGCCAATCCATATGCGAGAGGTTGCGAGACTGAAGAACGTTGCCGTGGCCAGAAA
AAGTGAATCAACCAAGTTAGAGCACCACTTTTTGGTTTATTTTAAAAATGGCGTCCCTAT
ATTATCAAATGATTAATTTCATTTTTTATTATTTTAAACTCTGTTATTGGTTGTATAAAT
GATTGTTACCATATTAGTAATAATCAATAAAATAATAAAATTTATTATTTGTTCT

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3BR28TF 536 0 0
GG
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TTAACAATAATATGGGGATATCTAAAACTATTAAAGTTATTTTTTCTCTGGCTCTTGTGG
TGTTCTTGGCTCTAGCAGCAACCAAGATAGAGGCAAGATACATAGATTATGGTGCCCTTC
ATCATGGAGATCCCAGTTTCGGTTGTAGTAAACTACACCCTCAATTCTGCAAGAAGCAAG
AAGCCAATCCATATGCGAGAGGTTGCGAGACTGAAGAACGTTGCCGTGGCCAGAAAAAGT
GAATCAACCAAGTTAGAGCACCACTTTTTGGTTTATTTTAAAAATGGCATCCCTATATTA
TCAAATGATTAATTCCATTTTTTATTATTTTAAACTCTGTTATTGGTTGTATAAATGATT
GTTACCATATTAGTAATAATCAATAAAATAATAAAATTTATTATTTGTTCTTCC

QA 3 536 3 536
DS 



AS 1 2

CO CL6931Contig1 593 2 1 U
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ATTGGGAATAGAAAAAGAAAAGGGTAAAACGCAAACGCACCAGCCAAGAAACGCAAACGC
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CGACGGCTTGGTGGCGGGACGAGGCGATCTTTGACCGGATGGAGTTAGAATCTCCGGAGT
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CACTCTATTTTCTAGCCTACATAGGGGTTGGGGATATATTGCGACTTGCGAGGTCTCTGT
CTTTTTTTTTTCTTTAGGATTCCGACAAAACAAGAAAAAATTAGGACTACTTT


BQ
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CTTTTTTTTTTCTTTAGGATTCCGACAAAACAAGAAAAAATTAGGACTACTTT

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DS 



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BQ
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T

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BQ
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AF RR3FC44TF U 1
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TCATCCACCAGTGCTTCCAGGGTGAATTAGAAGTTGTGAGAGAGTATCAAGGTAATGAAA
ACAAAGAGATCTCCAAGATGCCTTTTCTGATGCTTGGCCTAGATCTGCCATCGCCTCCTC
TTTAAAGATGTCATGGAGAAAAACATAATTCCTCTGTTCGATCTACTGAAGAAGTTTGAT
GGAGAAACGGTGACAGAGGTGGTGCGCCCAAGGCTAGCCAGAATGAGATATCGAGTAACG
AAATCTCCTCCTTACTTGATGTTCCATATGGTTCGGTTCAAGAAGAACAACTTCTTCAAG
GAGAAGAACCCTACCTTGGCTAACTTCCCAGTGAAAGACATGGAGCTGAGGGATTACATA
CCATCATTGCCCACTGCCGCAGAAGGGGAGAAGGCTTGTACAAAGTATAACTTAATCGCC
AACATTGTACATGATGGGAAGCCAGAGGATGGGTATTTCAGAGTGTTTGTGCAGCGGAAG
TCGCAAGAACTATGGTACGAGATGCAGGATCTGCATGTTGCAGAGACGCTTCTACAGATG
GTAGAACTATCGGAAGCATACATGCAGATATATGAGCTGCGGGAGGACTAGA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3FC44JQ 844 0 0
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TAATGAAAACAAAGAGATCTCCAAGATGC*TTTTCTGATGCTTGGCCTAGATCTGCCATC
GCCTCCTCTTTAAAGATGTCATGGAGAAAAACATAATTCCTCTGTTCGATCTACTGAAGA
AGTTTGATGGAGAAACGGTGACAGAGGTGGTGCGCCCAAGGCTAGCCAGAATGAGATATC
GAGTAACGAAATCTCCTCCTTACTTGATGTTCCATATGGTTCGGTTCAAGAAGAACAACT
TCTTCAAGGAGAAGAACCCTACCTTGGCTAACTTCCCAGTGAAAGACATGGAGCTGAGGG
ATTACATACCATCATTGCCCACTGCCGCAGAAGGGGAGAAGGCTTGTACAAAGTATAACT
TAATCGCCAACATTGTACATGATGGGAAGCCAGAGGATGGGTATTTCAGAGTGTTTGTGC
AGCGGAAGTCGCAAGAACTATGGTACGAGATGCAGGATCTGCATGTTGCAGAGACGCTTC
TACAGATGGTAGAACTATCGGAAGCATACATGCAGATATATGAGCTGCGGGAGGACTAGA
GCAGGCAGGAAACAAAGCTTTTACTCATCGGCGTTTTAAGAGTTAGTTTCCAGGTTTTAT
TTCTTGGATTGAGGATAGAAGAGATTAAAGATTTGTTCTTCAACAACTCTTTAGGGTGAT
AGATGATAATCTTGAACCTCTTAAATATACAGGCTGGATGTGACCCAAGTGAAAACGAAT
ATATGGAACACCCTTCTCAATCATTTTGAGGTTTTTTTTATAAATCTATTGATGATTTTA
CGTT

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 2

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GGGCTCTTTTCCGTCATAGCTGTAACAGGGATCCTAGAGATGCAATGGAGTAAGGAGGGA
TCCATGACTGGTGGAGAAACGAGCAGTTTTGGGTGATAGGAGGCGTATCAGCTCATCTCT
TCGCTCTCTTCCAAGGTCTCCTCAAGGTTTTAGCCGGAGTCGAAACAAACTTCACCGTCA
TGTCAAAGGCGGCGGACGACGGGGAGTTCTCGGAGCTCTATATTTTCAAATGGACGTCAC
TCCTGATCCCTCCGACCACGCTGTTCATCATCAACGTGATCGGAGTCGTCGTGGGAATCT
CTGACGCCATCAGCAACGGGTATGACTCGTGGGGACCGTTGTTCGGGAGACTGTTCTTTG
CTCTTTGGGTGATTCTTCATCTTTATCCTTTCTTTAAAGGGTTGCTTGGGAAGCAAGACA
GGATGCCTACTATTATTCTTGTTTGGTCGATTCTTCTGTCCTCTATCTTGACGCTTCTTT
GGGTCAGAGTTAATCCGTTTGTGGCTAAAGGTGGTCCGGTGCTAGAGATATGCGGTTTGG
ACTGTCTTTGGTTGATTTACATTTAAAAAAAAACGTTTTTTCTTTCCACAGGTTTAAGTA
GAGAGGAGTGTCTCGCAGATTTGTGTTAATGTGTTGTATTATTTATTGGGGAGAAGAAAA
AAATAGTAGATTGGAGAAGAAAATGGATTTAGATATGTAATGCTTTTTTTTTCTTCTTTT
GAAAGGTGTTGTATTGTAGATATAGTAGATGTTGTTTCTATTTGTTCTTGTTATACATAT
ATTTTTTTTTTGTGGCG


BQ
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AF RR3E715TF U 1
AF RR3E715JQ C 216
BS 1 336 RR3E715TF
BS 337 797 RR3E715JQ

RD RR3E715TF 336 0 0
GGGCTCTTTTCCGTCATAGCTGTAACAGGGATCCTAGAGATGCAATGGAGTAAGGAGGGA
TCCATGACTGGTGGAGAAACGAGCAGTTTTGGGTGATAGGAGGCGTATCAGCTCATCTCT
TCGCTCTCTTCCAAGGTCTCCTCAAGGTTTTAGCCGGAGTCGAAACAAACTTCACCGTCA
TGTCAAAGGCGGCGGACGACGGGGAGTTCTCGGAGCTCTATATTTTCAAATGGACGTCAC
TCCTGATCCCTCCGACCACGCTGTTCATCATCAACGTGATCGGAGTCGTCGTGGGAATCT
CTGACGCCATCAGCAACGGGTATGACTCGTGGGGAC

QA 1 336 1 336
DS 

RD RR3E715JQ 582 0 0
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GTGATCGGAGTCGTCGTGGGAATCTCTGACGCCATCAGCAACGGGTATGACTCGTGGGGA
CCGTTGTTCGGGAGACTGTTCTTTGCTCTTTGGGTGATTCTTCATCTTTATCCTTTCTTT
AAAGGGTTGCTTGGGAAGCAAGACAGGATGCCTACTATTATTCTTGTTTGGTCGATTCTT
CTGTCCTCTATCTTGACGCTTCTTTGGGTCAGAGTTAATCCGTTTGTGGCTAAAGGTGGT
CCGGTGCTAGAGATATGCGGTTTGGACTGTCTTTGGTTGATTTACATTTAAAAAAAAACG
TTTTTTCTTTCCACAGGTTTAAGTAGAGAGGAGTGTCTCGCAGATTTGTGTTAATGTGTT
GTATTATTTATTGGGGAGAAGAAAAAAATAGTAGATTGGAGAAGAAAATGGATTTAGATA
TGTAATGCTTTTTTTTTCTTCTTTTGAAAGGTGTTGTATTGTAGATATAGTAGATGTTGT
TTCTATTTGTTCTTGTTATACATATATTTTTTTTTTGTGGCG

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 2

CO CL6935Contig1 847 2 2 U
GGACCGAGAAAGATTGTTCCCGTCTCCGACGACAAAGCAGACCTACGTGCGACACCCCTT
GAGATAGAGAGATAGAGAGAGAGAGGGAAAAATGGGTTTCTTCTCGTTTCTCGGAAGAGT
TCTCTTCGCTTCTCTATTTATCCTCTCCGCTTGGCAAATGTTCAGTGACTTTGGATCTGA
CGGTGGTCCAGCAGCTAAAGAGTTGGCTCCAAAGCTTCACCTGACCAAAGCACAGGTCTC
TTCCAGATTAGGAGTAGCATTGCCGGACATTGAGGTGAAACAAGTCGTATGGGCAATTGT
TGCTCTGAAAGGACTCGGAGGCTTACTCTTTGTTGTTGGGAACGTCTTTGGTGCTTATCT
TCTGGCTTTCTACTTGGTGATCGTTAGCCCCATCTTATATGATTTCTACAACTATGGACC
TCAGGACCGCGAGTTCTCTCTTCTCTTTACTGAGTTTTTGCAGAGCGTTGCACTTCTTGG
GGCATTGCTGTTTTTTATCGGAATGAAGAATGCAACGACAACCTCCTCCTCCTCCTCCTC
CCAGAGGAACCTGAAGAAGAGGATACCCAAGCCTAAAGCTGCTTAGAGTTCTTCTTCTGG
TCTCTTCCGCACAAATGTGTTGAGGCTTTTAGAACAACAGCTTCTGATGTCTTCAAAAGC
TCTACCTTCTGCTTTTTTTTCTTCCTTACAACCTTTGCTTCTTTTTCTACTGTGGGATTC
TAGAGTTAGCCACATTTTGTAATTTCTCTTCTGGTTTTTATTTTATTTTGGAATCTAAGA
GTTTTCTTTTGTTGGAGGATCATACAATTCTTTCTCGTTTTTTAATATTAATTTTGGTTC
ATCTGCT


BQ
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AF RR3FX94TF U 1
AF RR3FX94JQ C 62
BS 1 653 RR3FX94TF
BS 654 847 RR3FX94JQ

RD RR3FX94TF 653 0 0
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DS 

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DS 



AS 1 2

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GCTTACACCTACTTCGATGCTCTTGTTGCTCATGGTGGCTGGGATGATTGGGACCATAAA
TCCAATAAAAGCAAGACGGCGTTTTTCGGAGTGTACAATTGCTATGGGCCAGGAGCAGCA
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AGCAAAAATGCTGGATTACAATC


BQ
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AF RR3AD96TF U 1
AF RR3AD96JQ C 547
BS 1 687 RR3AD96TF
BS 688 1343 RR3AD96JQ

RD RR3AD96TF 687 0 0
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GACCGTGCCTCCGACCTTGGCCCTGATGGTCAACAGTTACGTACTTACCAAACAGCTTCC
GTCACAGTCTTCGCTAATTATTTCTCCGCTAGAAACATTACCTTCACGAATACTGCGCCG
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GCTTACTTTTCCGGCTGCGGATTTTACGGTGCACAGGACACTTTATGCGACGACGCAGGT
CGTCACTACTTCAAGGAGTGTTACATT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3AD96JQ 797 0 0
TGCCG
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CGGCTGCGGATTTTACGGTGCACAGGACACTTTATGCGACGACGCAGGTCGTCACTACTT
CAAGGAGTGTTACATTGAAGGCTCTATCGACTTTATCTTCGGTAATGGCCGCTCCATGTA
TAAAGACTGTGAATTGCATTCGATAGCGTCAAGGTTCGGGTCGATAGCGGCGCACGGGAG
GACATGCCCGGAGGAGAAAACGGGTTTCACGTTCGTGGGTTGTCGGGTAACGGGGACGGG
TCCTTTATACGTGGGCCGTGCCATGGGCCAATACTCACGCATCGTCTACGCTTACACCTA
CTTCGATGCTCTTGTTGCTCATGGTGGCTGGGATGATTGGGACCATAAATCCAATAAAAG
CAAGACGGCGTTTTTCGGAGTGTACAATTGCTATGGGCCAGGAGCAGCAGCGACGACAGG
CGTATCATGGGCCAGAGCTTTGGACTACGAGTCGGCCCATCCTTTTATAGCTAAGAGCTT
CGTAAATGGGAGACATTGGATAGCTCCACGAGATGCTTGATAGGAACGAACTTCAAATGC
TTTTCCACTTACATGCTCCCCCACTACACTACTACACTTTGTTCTCATTCTTTACATAGC
TTATTTATCATTCGTTAATTTATTTCATTATTGTGATTCATTTGTAATACATGTCCAAGA
TTCTTGTCAAAATGTGTAACTTATATTTATAAAGAATTCAATATATACTAGCAAAAATGC
TGGATTACAATC

QA 6 797 6 797
DS 



AS 1 2

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CGCTCCGGGAGGTTTAAACCCGCCGCACACACACCCTCGCGCCACAGAAGTCATCTTCGT
GTTGGAAGGCGAGCTTGACGTCGGATTCATCACGACGGCCAACAAGCTATTCGCTAAGAC
GGTGAAGAAAGGAGAAGTGTTCGTCTTCCCGAGAGGACTGATTCATTACCAGAAGAACAA
CGACAAAGAGAAACCAGCGTCTGTGATCTCGGCTTTCAACAGTCAGTTACCGGGTACTCA
ATCTATGGCCGCCACGCTTTTCACGGCGACTCCGGCGATTCCAGATCACGTTTTAACGAC
AACGTTTCAGATCGGGACGAAAGAAATCGAGAAGATCAAATCTAAATTTGCTCCGAAGAA
AGGCTAAAAATCGAGCATCTTATTATAAATTGCATTGTTATATATTTTTCATTATTTGAT
ATTTTTGAATAAAGTAAAAAAAAAAGTTTATTGATCAGAGC


BQ
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AF RR3H456JQ C 1
AF RR3H456TF U 1
BS 1 521 RR3H456TF

RD RR3H456JQ 521 0 0
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GTTGGAAGGCGAGCTTGACGTCGGATTCATCACGACGGCCAACAAGCTATTCGCTAAGAC
GGTGAAGAAAGGAGAAGTGTTCGTCTTCCCGAGAGGACTGATTCATTACCAGAAGAACAA
CGACAAAGAGAAACCAGCGTCTGTGATCTCGGCTTTCAACAGTCAGTTACCGGGTACTCA
ATCTATGGCCGCCACGCTTTTCACGGCGACTCCGGCGATTCCAGATCACGTTTTAACGAC
AACGTTTCAGATCGGGACGAAAGAAATCGAGAAGATCAAATCTAAATTTGCTCCGAAGAA
AGGCTAAAAATCGAGCATCTTATTATAAATTGCATTGTTATATATTTTTCATTATTTGAT
ATTTTTGAATAAAGTAAAAAAAAAAGTTTATTGATCAGAGC

QA 1 521 1 521
DS 

RD RR3H456TF 521 0 0
GGGCGCACACTAGAGTTTAAGAAAAAAAACTTTCTAAAAATATATACAGTGCATCGACTA
CGCTCCGGGAGGTTTAAACCCGCCGCACACACACCCTCGCGCCACAGAAGTCATCTTCGT
GTTGGAAGGCGAGCTTGACGTCGGATTCATCACGACGGCCAACAAGCTATTCGCTAAGAC
GGTGAAGAAAGGAGAAGTGTTCGTCTTCCCGAGAGGACTGATTCATTACCAGAAGAACAA
CGACAAAGAGAAACCAGCGTCTGTGATCTCGGCTTTCAACAGTCAGTTACCGGGTACTCA
ATCTATGGCCGCCACGCTTTTCACGGCGACTCCGGCGATTCCAGATCACGTTTTAACGAC
AACGTTTCAGATCGGGACGAAAGAAATCGAGAAGATCAAATCTAAATTTGCTCCGAAGAA
AGGCTAAAAATCGAGCATCTTATTATAAATTGCATTGTTATATATTTTTCATTATTTGAT
ATTTTTGAATAAAGTAAAAAAAAAAGTTTATTGATCAGAGC

QA 1 521 1 521
DS 



AS 1 2

CO CL6938Contig1 601 2 2 U
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GCAGCAATGTCTTTTCTTCGAGTTATCTCCGGCATCGAGTGATCGACGAGCAGCCTCGAC
TGTAAGGATGCACAGGACCTCTGGCTCTGAAGCAGTTGTGAGTGTAGTACGATCTCCCAG
ATCTTGGAGGACAGGGGACTCTGTTCGCAGACAATGCACCGTACGATATGTAGTATCTCT
TCCTATGCCAGTACAATGACCGTCTATACCCGACACCGACGTCGTCGCCATCTTCGAGGC
TTTCTCCTTCTTCGTCGATGTCGAATGCGTCGATATGAGAGATCGGCCAGTCGAATCCGT
CGCCTCGAAGAATGAGGGATGGGTTCACGGGGAGAGATTCAGATCTCGGGAGTGAAATGA
AGAGAAGAGAGAGAGTGACGAGGAGAACAAGGGACGGAGCTGCCATGGCGATGTTGGAGA
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 

AF RR3CH23TF C 1
AF RR3CH23JQ U 9
BS 1 8 RR3CH23TF
BS 9 601 RR3CH23JQ

RD RR3CH23TF 601 0 0
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GCAGCAATGTCTTTTCTTCGAGTTATCTCCGGCATCGAGTGATCGACGAGCAGCCTCGAC
TGTAAGGATGCACAGGACCTCTGGCTCTGAAGCAGTTGTGAGTGTAGTACGATCTCCCAG
ATCTTGGAGGACAGGGGACTCTGTTCGCAGACAATGCACCGTACGATATGTAGTATCTCT
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AGAGAAGAGAGAGAGTGACGAGGAGAACAAGGGACGGAGCTGCCATGGCGATGTTGGAGA
C

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3CH23JQ 593 0 0
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CACTACAAACAGAGTTCGTTGATACGAAATTACGAAAACACCCTTGGATGATGCAGCAAT
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TGCACAGGACCTCTGGCTCTGAAGCAGTTGTGAGTGTAGTACGATCTCCCAGATCTTGGA
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TCTTCGTCGATGTCGAATGCGTCGATATGAGAGATCGGCCAGTCGAATCCGTCGCCTCGA
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GAGAGAGTGACGAGGAGAACAAGGGACGGAGCTGCCATGGCGATGTTGGAGAC

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

CO CL6939Contig1 802 2 14 U
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GGGGAGTTTATGCTGCTGCAGAAAATTATCCAACCCACGCTGATCAACCTGCCATTACCC
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TGGAACAAGAGTCTGAGCAGGTAGCAGAAGAAAATGGTCATGAAGAGAATGAAGAGGAGC
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GTATTGTGGTTTTCTCGTATAATTAATCATTATAAAGTACATTAGAGAGTTTCTTTCGAA
CAAGTTACTGCTTTAGATTTCACAGCTCATGTTTACAGATTGCTAGTGCATATATAATTC
TTTCGGAGACCCTTACTTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H103TF U 1
AF RR3H103JQ C 52
BS 1 649 RR3H103TF
BS 650 650 RR3H103JQ
BS 651 711 RR3H103TF
BS 712 712 RR3H103JQ
BS 713 719 RR3H103TF
BS 720 720 RR3H103JQ
BS 721 725 RR3H103TF
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BS 740 740 RR3H103JQ
BS 741 753 RR3H103TF
BS 754 754 RR3H103JQ
BS 755 772 RR3H103TF
BS 773 802 RR3H103JQ

RD RR3H103TF 772 0 0
GGGGCAGATTGGAAGATTGTCTGCAATTATTGGTGGAGAGCAACCGGATACCAGAAGCTG
CTCTGATGGCACGTTCTTATCTTCCAAGCAAAGTTTCAGAGATAGTTGCTCTTTGGAGGA
AAGATCTCAGCAAGGTTAATTCGAAAGCAGCAGAATCTTTGGCTGATCCTGAAGAGTACC
CAAATCTTTTTGAGGATTGGCAAATTGCTCTTTCTGTTGAAGCGAAAGCTGTAGAGACGA
GGGGAGTTTATGCTGCTGCAGAAAATTATCCAACCCACGCTGATCAACCTGCCATTACCC
TCGTGGAAGCCTTCAGAAACCCGCAAGTTGAAGCAGAGGAAACACTTGAAAATGGACACA
TGGAACAAGAGTCTGAGCAGGTAGCAGAAGAAAATGGTCATGAAGAGAATGAAGAGGAGC
AGCAACATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTGAATCAAGAAGAGGGAGTTGTTGTTGATGGAG
ACTCAACGGATGGTGGCGCTGTACTTGTTAATGGAAGTGAGGGTGAGGAAGAGTGGGGTA
CGAATAACAAAGGAAACCAACCAGCCTAATAAAGCAAAGCTTACGCCACGTCAATAGCCA
GTTACAGTACTTGGGATGCGTTCCGGAGCAGGAAGTGGTGGTCTTTTTT*CTTCAAAGTG
GTATTGTGGTTTTCTCGTATAATTAATCATTATAAAGTACATTAGAGAGTT*CTTTCGA*
CAAGT*ACTGCTTTAGATT*CACAGCTCATGTT*ACAGATTGCTAGTGCATA

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3H103JQ 751 0 0
CAGAAGCTGCTCTGATGGCACGTTCTTATCTTCCAAGCAAAGTTTCAGAGATAGTTGCTC
TTTGGAGGAAAGATCTCAGCAAGGTTAATTCGAAAGCAGCAGAATCTTTGGCTGATCCTG
AAGAGTACCCAAATCTTTTTGAGGATTGGCAAATTGCTCTTTCTGTTGAAGCGAAAGCTG
TAGAGACGAGGGGAGTTTATGCTGCTGCAGAAAATTATCCAACCCACGCTGATCAACCTG
CCATTACCCTCGTGGAAGCCTTCAGAAACCCGCAAGTTGAAGCAGAGGAAACACTTGAAA
ATGGACACATGGAACAAGAGTCTGAGCAGGTAGCAGAAGAAAATGGTCATGAAGAGAATG
AAGAGGAGCAGCAACATGAAGAAGAAGAAGAAGAAGTGAATCAAGAAGAGGGAGTTGTTG
TTGATGGAGACTCAACGGATGGTGGCGCTGTACTTGTTAATGGAAGTGAGGGTGAGGAAG
AGTGGGGTACGAATAACAAAGGAAACCAACCAGCCTAATAAAGCAAAGCTTACGCCACGT
CAATAGCCAGTTACAGTACTTGGGATGCGTTCCGGAGCAGGAAGTGGTGGTCTTTTTTTC
TTCAAAGTGGTATTGTGGTTTTCTCGTATAATTAATCATTATAAAGTACATTAGAGAGTT
TCTTTCGAACAAGTTACTGCTTTAGATTTCACAGCTCATGTTTACAGATTGCTAGTGCAT
ATATAATTCTTTCGGAGACCCTTACTTTTGC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL6940Contig1 844 2 2 U
AATACTCACAGCTCTGGTTATAAAGCTACGTAGAAGACATCCAAGTTGCAGAAGAAAGCC
GCCATTGTCACCATCATGGGAAGCATCTCCCTGGAAGGAATCAGTCCAGAATGGACCCTT
ATGTCATGGCCTCGTCCGAGATATTCTGGTATGTCCTTCAAAGGCAGAAGCTTTTAGGTC
TCTTCAAGGGATGAACATTCGTTTGTCATAGCTTAAGAGGGATATTAGTTGGCTGTTTGT
AGATTCATGGTTTTGGAAGCTTGACAGTGAATGAGTAGGAGACGATTGGTTTTGATAACT
ATGGGCTGTGGTTGCAAGTTTCTGATTTTTTTTTATGGCTCACAAGGTGCTTGTTAAATT
GCCAAAGAGAATGTTAGATTGCTTAGAAGCAAAGTCTTTGGTGGTATAGATAAGAAGCGG
AGAAACAGTAAAGTTTGGTTAGCTGTGGGAAGCAAATTTTATCAGCCATGAAATAGCTTA
GTTGAGTTAAGAGGGCAAAAGACCCCAACTCATTGTGAGACAAATAGGTCAAAAGAACCT
GAAAATGTTCTCACACTAGTGACTATTCTCCTAGGCGATTAGAGTTGTCTACCTGCTTCA
GATGGATTTTCTACTTCCCACGTTTCTCTCCAAGCCATCATCATCTGCATTCAAACTTGG
CATCTTAGCTTTCACCCGATCCCAAGTTTGCGGGGGAGTATTAGAGCCCAAGCCCAAGGC
CCATTTACTTATGCAAGTAGGGTTTTCAGATGATAGATTTCTTATATATCTGTGTATTGA
CATTGTGCTTGTGTAACTTTGGCTGCTCATAAACGCAGCCTTTCATAAACCCTTGTATGA
GACT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3GK93TF U 1
AF RR3GK93JQ C 50
BS 1 677 RR3GK93TF
BS 678 844 RR3GK93JQ

RD RR3GK93TF 677 0 0
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GCCATTGTCACCATCATGGGAAGCATCTCCCTGGAAGGAATCAGTCCAGAATGGACCCTT
ATGTCATGGCCTCGTCCGAGATATTCTGGTATGTCCTTCAAAGGCAGAAGCTTTTAGGTC
TCTTCAAGGGATGAACATTCGTTTGTCATAGCTTAAGAGGGATATTAGTTGGCTGTTTGT
AGATTCATGGTTTTGGAAGCTTGACAGTGAATGAGTAGGAGACGATTGGTTTTGATAACT
ATGGGCTGTGGTTGCAAGTTTCTGATTTTTTTTTATGGCTCACAAGGTGCTTGTTAAATT
GCCAAAGAGAATGTTAGATTGCTTAGAAGCAAAGTCTTTGGTGGTATAGATAAGAAGCGG
AGAAACAGTAAAGTTTGGTTAGCTGTGGGAAGCAAATTTTATCAGCCATGAAATAGCTTA
GTTGAGTTAAGAGGGCAAAAGACCCCAACTCATTGTGAGACAAATAGGTCAAAAGAACCT
GAAAATGTTCTCACACTAGTGACTATTCTCCTAGGCGATTAGAGTTGTCTACCTGCTTCA
GATGGATTTTCTACTTCCCACGTTTCTCTCCAAGCCATCATCATCTGCATTCAAACTTGG
CATCTTAGCTTTCACCC

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3GK93JQ 795 0 0
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AATGGACCCTTATGTCATGGCCTCGTCCGAGATATTCTGGTATGTCCTTCAAAGGCAGAA
GCTTTTAGGTCTCTTCAAGGGATGAACATTCGTTTGTCATAGCTTAAGAGGGATATTAGT
TGGCTGTTTGTAGATTCATGGTTTTGGAAGCTTGACAGTGAATGAGTAGGAGACGATTGG
TTTTGATAACTATGGGCTGTGGTTGCAAGTTTCTGATTTTTTTTTATGGCTCACAAGGTG
CTTGTTAAATTGCCAAAGAGAATGTTAGATTGCTTAGAAGCAAAGTCTTTGGTGGTATAG
ATAAGAAGCGGAGAAACAGTAAAGTTTGGTTAGCTGTGGGAAGCAAATTTTATCAGCCAT
GAAATAGCTTAGTTGAGTTAAGAGGGCAAAAGACCCCAACTCATTGTGAGACAAATAGGT
CAAAAGAACCTGAAAATGTTCTCACACTAGTGACTATTTTCCTAGGCGATTAGAGTTGTC
TACCTGCTTCAGATGGATTTTCTACTTCCCACGTTTCTCTCCAAGCCATCATCATCTGCA
TTCAAACTTGGCATCTTAGCTTTCACCCGATCCCAAGTTTGCGGGGGAGTATTAGAGCCC
AAGCCCAAGGCCCATTTACTTATGCAAGTAGGGTTTTCAGATGATAGATTTCTTATATAT
CTGTGTATTGACATTGTGCTTGTGTAACTTTGGCTGCTCATAAACGCAGCCTTTCATAAA
CCCTTGTATGAGACT

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL6941Contig1 586 2 1 U
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ACGGTAAGCCGAAGCTGAGAATGTACGGCTTTACTTACCTTCGGTTGTCCGATACGGTCT
TTCAAGAAAACAACTTTCAACTCTTCAAGAGGTTTGTGAGGAAAATGCACGCTGACCAAG
ATTACTGTGGAGATGCGGAGAAGTACGGGCATGAGATTGTGCCGTTGAAGACACCGAACT
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ACTCTGAAACCGACATGAAGGTTGATGGTTGACCATCTTATCGTCAAACAAAATAAGAGA
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GTGTGAAGTGAACGGTGATAAAGTTTGTGTAATTATGCTTGAATTAAAGCTTATGTAATT
TTGTGTAATTGTTGATGAATAAAGTGTTTAATAATAATAGATTACG


BQ
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AF RR3DI29JQ C 1
AF RR3DI29TF U 1
BS 1 586 RR3DI29TF

RD RR3DI29JQ 586 0 0
GGGGAACCAAAGGTTACAATCAGATTCTACTTAATGCGAGGCCTAACGGGGTTAACCATA
ACGGTAAGCCGAAGCTGAGAATGTACGGCTTTACTTACCTTCGGTTGTCCGATACGGTCT
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ATTACTGTGGAGATGCGGAGAAGTACGGGCATGAGATTGTGCCGTTGAAGACACCGAACT
CGCATCTGACGATGGAGGATATCGCAGACGCGGCTCAGCCAAGTGGAGCATTCAAGTGGG
ACTCTGAAACCGACATGAAGGTTGATGGTTGACCATCTTATCGTCAAACAAAATAAGAGA
AGGAAGTGGTAATAAAGGGTTTTTGCAACTTCTACTGCAAAACTGTTATATGGTGGCTAC
AAACTTATATTTGTCGTATGTTTTCGGTTACGGAATAAAGAAACCGTTTTGGTTTGTATT
GTGTGAAGTGAACGGTGATAAAGTTTGTGTAATTATGCTTGAATTAAAGCTTATGTAATT
TTGTGTAATTGTTGATGAATAAAGTGTTTAATAATAATAGATTACG

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3DI29TF 586 0 0
GGGGAACCAAAGGTTACAATCAGATTCTACTTAATGCGAGGCCTAACGGGGTTAACCATA
ACGGTAAGCCGAAGCTGAGAATGTACGGCTTTACTTACCTTCGGTTGTCCGATACGGTCT
TTCAAGAAAACAACTTTCAACTCTTCAAGAGGTTTGTGAGGAAAATGCACGCTGACCAAG
ATTACTGTGGAGATGCGGAGAAGTACGGGCATGAGATTGTGCCGTTGAAGACACCGAACT
CGCATCTGACGATGGAGGATATCGCAGACGCGGCTCAGCCAAGTGGAGCATTCAAGTGGG
ACTCTGAAACCGACATGAAGGTTGATGGTTGACCATCTTATCGTCAAACAAAATAAGAGA
AGGAAGTGGTAATAAAGGGTTTTTGCAACTTCTACTGCAAAACTGTTATATGGTGGCTAC
AAACTTATATTTGTCGTATGTTTTCGGTTACGGAATAAAGAAACCGTTTTGGTTTGTATT
GTGTGAAGTGAACGGTGATAAAGTTTGTGTAATTATGCTTGAATTAAAGCTTATGTAATT
TTGTGTAATTGTTGATGAATAAAGTGTTTAATAATAATAGATTACG

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL6942Contig1 694 2 1 U
GGATCAAAAGACAAGAGTTTTCTAGTAACTCGGAAAGCGTGACTCGCTCTGAAGACTCAG
TTCGACTTGTGAATCAGCGAGAGTATTGTGATCGGAGGTGGAAAAATGTCGACGGTGGTA
GATGGGAGTGTATCGACGCTGAATCCAAACGCGCCGGTGTTCGATCCGGTGGGGTTCCGT
GAGGTAGAGGATTTCTCGCCCAAGTGGTGGGAGCTCGTGACGACATCCAAGTGGTTCCGT
GACTTCTGGCTCAGTTCCAACTCGGAGTATGAGTTCTCAGATATGGAGGACGAGTTCGAG
GAGCTAACCATGACCGAGGCTGAGATGGGTGGATCTACAGTTACAGGTAACGAGTCAGAT
GTTGGTAGGTACTTGAAGGTGCTTCTGAGCATGGCGGAGTCTAGGAAAGGGAAGCTCTAC
AGATCTAATGTGTCTTATTCTACAAAGTATAACCAGAAGAAGATGAACCCGAATTTATAC
TGTCGCCGGAACCATCTCATCTATCAGCCTCGGAGTCGCACAAAAAAGAAAACAAAAAAA
CAAAAAAAAAATCTATCAGCCTCGGTGAAAAAAGGTTGTAGAAGCGTCTGGAGAAAGAAT
AAAAGCTCATCTTTATGTTTTCGTGAATGAGAAACTTATCTTTGCTTCTTGTTCTGTACT
ACTTTCTTCCTCTGATTATGTGAATGTTCTTCCG


BQ
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AF RR3GD55JQ C 1
AF RR3GD55TF U 1
BS 1 694 RR3GD55TF

RD RR3GD55JQ 694 0 0
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GAGCTAACCATGACCGAGGCTGAGATGGGTGGATCTACAGTTACAGGTAACGAGTCAGAT
GTTGGTAGGTACTTGAAGGTGCTTCTGAGCATGGCGGAGTCTAGGAAAGGGAAGCTCTAC
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QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3GD55TF 694 0 0
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TTCGACTTGTGAATCAGCGAGAGTATTGTGATCGGAGGTGGAAAAATGTCGACGGTGGTA
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GAGGTAGAGGATTTCTCGCCCAAGTGGTGGGAGCTCGTGACGACATCCAAGTGGTTCCGT
GACTTCTGGCTCAGTTCCAACTCGGAGTATGAGTTCTCAGATATGGAGGACGAGTTCGAG
GAGCTAACCATGACCGAGGCTGAGATGGGTGGATCTACAGTTACAGGTAACGAGTCAGAT
GTTGGTAGGTACTTGAAGGTGCTTCTGAGCATGGCGGAGTCTAGGAAAGGGAAGCTCTAC
AGATCTAATGTGTCTTATTCTACAAAGTATAACCAGAAGAAGATGAACCCGAATTTATAC
TGTCGCCGGAACCATCTCATCTATCAGCCTCGGAGTCGCACAAAAAAGAAAACAAAAAAA
CAAAAAAAAAATCTATCAGCCTCGGTGAAAAAAGGTTGTAGAAGCGTCTGGAGAAAGAAT
AAAAGCTCATCTTTATGTTTTCGTGAATGAGAAACTTATCTTTGCTTCTTGTTCTGTACT
ACTTTCTTCCTCTGATTATGTGAATGTTCTTCCG

QA 1 694 1 694
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6944Contig1 725 2 2 U
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TTCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR3H804TF U 1
AF RR3H804JQ C 1
BS 1 698 RR3H804TF
BS 699 725 RR3H804JQ

RD RR3H804TF 700 0 0
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AT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3H804JQ 725 0 0
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CGCTGAGCAGATGATTCATAGGGGAAGTAGTTCAGATCAAAGCTTATTCTCTGTTCTCTC
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TTCTT

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL6945Contig1 810 2 14 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FD20TF U 1
AF RR3AQ94TF U 22
BS 1 76 RR3FD20TF
BS 77 77 RR3AQ94TF
BS 78 153 RR3FD20TF
BS 154 154 RR3AQ94TF
BS 155 238 RR3FD20TF
BS 239 239 RR3AQ94TF
BS 240 300 RR3FD20TF
BS 301 301 RR3AQ94TF
BS 302 389 RR3FD20TF
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BS 391 465 RR3FD20TF
BS 466 466 RR3AQ94TF
BS 467 699 RR3FD20TF
BS 700 810 RR3AQ94TF

RD RR3FD20TF 699 0 0
GGGCGAACATTGAATCGGATACCATTCCCAATCCGAATCTGCAACTCTCTTACCTTCACT
GCGTATGTAGTAGTAGTAGTAGTAGTGGCCCCCTCACTTATCACAGCTTCCCTTTCGAAG
ATTTCAACTCTACCCTCACTCTTCCGCATCGTTTGGGTTTCCAACTTTCTCTAAATAGAT
TATGGAAGGAAGACGGATTACAGCTAGCCCTAGACCTTGCAGTGGAAGAAGAAGAGTCTC
CGTCGCGGCTAAAAAGAGACCTCGTCCCGATGGGTTCGTCAGCAGCGTCAAAAAGCTTCA
GCGAAGAGAAATCTCGTCTCGTAAAGATCGAGCTTTCTCCATCAGCACTGCCCAGGAGAG
ATTCCGCAACATGCGTCTCGTGGAACAATGTGATACTCATGATCCCAAGGGACATTGTTT
AGTTGCATTGCCGTTTTTGATGAAGAGAACTAAAGTTATTGAGATTGTTACTGCGAGGGA
CATTGTCTTTGCGCTTGCTCACTCTGGTGTCTGTGCAGCTTTCAGTAGAGAAACGAATAC
AAGGGTATGCTTTTTGAATGTGAGTCCAGACGAAGTCATTAGGAGCTTGTTCTACAACAA
GAACAATGATTCTCTCATCACTGTTTCGGTTTATGCTTCTGACAATTTCAGCTCTCTGAA
ATGCAGATCCACTAGAATAGAGTATATTCTGAGAGGTCA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3AQ94TF 789 0 0
GG
ATTCCCAATCTGAATCTGCAACTCTCTTACCTTCACTGCGTATGTAGTAGTAGCAGTAGT
A****CCCCCTCACTTCTCACAGCTTCCCTTTCGAAGATTTCAACTCTACCCTCACTCTT
CCGCATCGTTAGGGTTTCCAACTTTCTCTAAATAGATTATGGAAGGAAGACGGATTACAG
CTAGCCCTAGACCTTGCAGTGGAAGAAGAAGAGTCGCCGTCGCGGCTAAAAAGAGACCTC
GTCCCGATGGGTTCGTCAGCAGCGTCAAAAAGCTTCAACGAAGAGAGATCTCGTCTCGTA
AAGATCGAGCTTTCTCCATCAGCACTGCCCAGGAGAGATTCCGCAACATGCGTCTCGTGG
AACAATATGATACTCATGATCCCAAGGGACATTGTTTAGTTGCATTGCCGTTTTTGATGA
AGAGAACTAAAGTTATTGAGATAGTTGCTGCGAGGGACATTGTCTTTGCGCTTGCTCACT
CTGGTGTCTGTGCAGCTTTCAGTCGAGAGACGAATACAAGGGTATGCTTTTTGAATGTGA
GTCCAGACGAAGTCATTAGGAGCTTGTTCTACAACAAGAACAATGATTCTCTCATCACTG
TTTCGGTTTATGCTTCTGACAATTTCAGCTCTCTGAAATGCAGATCCACTAGAATAGAGT
ATATTCTGAGAGGTCAGCCGGATGCAGGGTTTGCCCTTTTTGAGTCTGAGTCGTTGAAGT
GGCCTGGTTTTGTAGAGTTTGATGATGTAAATGGGAAGTTCTTACGTATTCTGCGCACGA
CAGTGTG

QA 3 789 3 789
DS 



AS 1 2

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CTTGTGTTGTGCATATACTTCATCTGTTTTAGCTGTATAAATATGAAGAAGCAGATTATG
GATGATTCCGAGAATTTTTGTTTCAAGAAGCCACTGATGTCGCCTCCTCCTCCTCCACCG
TTTCCTCCATCTCCAGGATATGGATCAAGAAAGATCGATGGAGACAGCATAACCAATATA
CAGATCAAGAAGTTCTGGAGGCAGAAGCAGATCATTGAAGAGGAGCATCTTTTTGCTGCT
ATTAAGGCCGCAGCTCGTGTCAGAGCCCGTAATCTCTCTGATGAGGACTACAAACGCTTT
GAAGAAACCATGAAATACAAGATCTGAATATGTCTTTATCCTACAAATAAGTCTTTTATT
ATCAATGATGCTTTGAACTTCCATGTAATGTATAGAACATACATGTACTCTATGTTATGA
TATTATGCGAAACATACTCACCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BG61JQ C 1
AF RR3BG61TF U 1
BS 1 624 RR3BG61TF

RD RR3BG61JQ 624 0 0
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GTTCATTTAATTGTTTGGTAGACTCTTTAAGAATCTCAGGTGTATCTCTTTAGTTTGAAG
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CTTGTGTTGTGCATATACTTCATCTGTTTTAGCTGTATAAATATGAAGAAGCAGATTATG
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ATTAAGGCCGCAGCTCGTGTCAGAGCCCGTAATCTCTCTGATGAGGACTACAAACGCTTT
GAAGAAACCATGAAATACAAGATCTGAATATGTCTTTATCCTACAAATAAGTCTTTTATT
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TATTATGCGAAACATACTCACCCC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3BG61TF 624 0 0
GGATTGCAACAAGTTGGCAGAGTAGACGTAGACGTTCATTTAATTGTTTGGTAGACTCAC
GTTCATTTAATTGTTTGGTAGACTCTTTAAGAATCTCAGGTGTATCTCTTTAGTTTGAAG
GTTAGATTCAGAATCTGTAGGTTCAGTAGCTTTTTTCTCCTCTTTGTGATCTTTGAGCTA
CTTGTGTTGTGCATATACTTCATCTGTTTTAGCTGTATAAATATGAAGAAGCAGATTATG
GATGATTCCGAGAATTTTTGTTTCAAGAAGCCACTGATGTCGCCTCCTCCTCCTCCACCG
TTTCCTCCATCTCCAGGATATGGATCAAGAAAGATCGATGGAGACAGCATAACCAATATA
CAGATCAAGAAGTTCTGGAGGCAGAAGCAGATCATTGAAGAGGAGCATCTTTTTGCTGCT
ATTAAGGCCGCAGCTCGTGTCAGAGCCCGTAATCTCTCTGATGAGGACTACAAACGCTTT
GAAGAAACCATGAAATACAAGATCTGAATATGTCTTTATCCTACAAATAAGTCTTTTATT
ATCAATGATGCTTTGAACTTCCATGTAATGTATAGAACATACATGTACTCTATGTTATGA
TATTATGCGAAACATACTCACCCC

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL6947Contig1 779 2 4 U
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ATGAGAACATGCGCAGACGCATAGGAGCGGCGGTGCTTGGCTTGCTTGCAGCTTGCCTTT
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TCACTCTCTCTTCTCGAAATCCTAATGACAAGATCGGAATCTTCTATGACCGCCTTGACA
TTTACGCCTCCTACCGCAACCAGCAGGTGACGTTGGTAACTTTACTGCCGGCCACTTACC
AAGGTCACCTTGATGTGACGTTATGGTCGCCGATTCTCTACGGAACATCCGTGCCGGTGG
CACCGTTCTTTTCGCCTGCTTTAAGCCAAGATCTAATGGCAGGGATGGTGCTTCTGAACA
TCAAGATCGACGGTTGGGTTCGATGGAAAGTGGGGACGTGGATCTCCGGAAGGTACCGCC
TACATGTCAATTGTCCAGCTTACATTACTCTTGCCGGTCATTTTTCCGGTGAAGGTCCAG
CTGTTAAGTACCAGCTCGTCCAGCGATGTGGTGTTGACGTTTAAGCAAAGGGATGATCAT
TATTCTTTACAAAGACTAGAGTCTAGACTACGATTCCTGTGCTTTTATTTCTTTAGTTAA
CTGTAATATGCTTATAAATGTTTTGTACTGCGTTTTTATGATGGAGATTTATGTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ57TF U 1
AF RR3GZ57JQ C 135
BS 1 725 RR3GZ57TF
BS 726 726 RR3GZ57JQ
BS 727 763 RR3GZ57TF
BS 764 779 RR3GZ57JQ

RD RR3GZ57TF 763 0 0
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ATGAGAACATGCGCAGACGCATAGGAGCGGCGGTGCTTGGCTTGCTTGCAGCTTGCCTTT
TTGTGGTTTTCTTGGTGTGGGCTATTCTTCACCCGCACGGACCGCGTTTTGTTCTTCAAG
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TCACTCTCTCTTCTCGAAATCCTAATGACAAGATCGGAATCTTCTATGACCGCCTTGACA
TTTACGCCTCCTACCGCAACCAGCAGGTGACGTTGGTAACTTTACTGCCGGCCACTTACC
AAGGTCACCTTGATGTGACGTTATGGTCGCCGATTCTCTACGGAACATCCGTGCCGGTGG
CACCGTTCTTTTCGCCTGCTTTAAGCCAAGATCTAATGGCAGGGATGGTGCTTCTGAACA
TCAAGATCGACGGTTGGGTTCGATGGAAAGTGGGGACGTGGATCTCCGGAAGGTACCGCC
TACATGTCAATTGTCCAGCTTACATTACTCTTGCCGGTCATTTTTCCGGTGAAGGTCCAG
CTGTTAAGTACCAGCTCGTCCAGCGATGTGGTGTTGACGTTTAAGCAAAGGGATGATCAT
TATTCTTTACAAAGACTAGAGTCTAGACTACGATTCCTGTGCTTTTATTTCTTTAGTTAA
CTGTA*TATGCTTATAAATGTTTTGTACTGCGTTTTTATGATG

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3GZ57JQ 645 0 0
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GCGTTTAACATCTCCGAGCCCAATTTTCTGACCTCCAATCTCCAGGTCACTCTCTCTTCT
CGAAATCCTAATGACAAGATCGGAATCTTCTATGACCGCCTTGACATTTACGCCTCCTAC
CGCAACCAGCAGGTGACGTTGGTAACTTTACTGCCGGCCACTTACCAAGGTCACCTTGAT
GTGACGTTATGGTCGCCGATTCTCTACGGAACATCCGTGCCGGTGGCACCGTTCTTTTCG
CCTGCTTTAAGCCAAGATCTAATGGCAGGGATGGTGCTTCTGAACATCAAGATCGACGGT
TGGGTTCGATGGAAAGTGGGGACGTGGATCTCCGGAAGGTACCGCCTACATGTCAATTGT
CCAGCTTACATTACTCTTGCCGGTCATTTTTCCGGTGAAGGTCCAGCTGTTAAGTACCAG
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TAAATGTTTTGTACTGCGTTTTTATGATGGAGATTTATGTTTACC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL6948Contig1 686 2 2 U
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CGGTTTCTTCTCTTCCTTCTCTCTTCTCAGATAATCAGATCATCCAAACCCTACTTTTCG
AATCAGGTCTCAGTTTCTCCGTAGTTTGCCCATCAGATCAACAAAGTTTCATGTCTGAGC
TTGATTCCCAGATCCCTACTGCCTTCGACCCGTTTGCTGATGCGAGTGTTGAGGACTCAG
GTGCAGGAACAAAAGAGTACGTCCACATCCGTGTGCAGCAGCGCAATGGTAGGAAAAGCT
TGACAACTGTCCAGGGGTTGAAGAAAGAGTATAGTTACAGCAAGATACTTAAGGATCTCA
AGAAAGAGTTTTGTTGCAACGGAACAGTCGTTCAAGACTCTGAACTCGGACAGGTTATTC
AGCTTCAAGGTGACCAGAGGAGGAACGTCTCCACGTTCCTAGTCCAGGCTGGGCCAGTGA
AGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTTCTGAGCTGCATTGTCCCTAAGTCTGTTTGCCT
TATTCTGTTATAAAGTGTGTATCACTCTTGTTATCCTTCCCATTCCAAAACATTTCCTCG
AACTTCTGCTTGGTTTGTTTCGATTTAAGACTCGGTATGATATTAAGAGAATAGCTTTAT
GTACTTGTGTGACTCTTGCTGCTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E885TF U 1
AF RR3E885JQ C 8
BS 1 631 RR3E885TF
BS 632 686 RR3E885JQ

RD RR3E885TF 631 0 0
GGCCTGTCAATTATTTTGTCTCCACCGAAACAAAAAAGTTCCAGACTTTATCCGAATCTA
CGGTTTCTTCTCTTCCTTCTCTCTTCTCAGATAATCAGATCATCCAAACCCTACTTTTCG
AATCAGGTCTCAGTTTCTCCGTAGTTTGCCCATCAGATCAACAAAGTTTCATGTCTGAGC
TTGATTCCCAGATCCCTACTGCCTTCGACCCGTTTGCTGATGCGAGTGTTGAGGACTCAG
GTGCAGGAACAAAAGAGTACGTCCACATCCGTGTGCAGCAGCGCAATGGTAGGAAAAGCT
TGACAACTGTCCAGGGGTTGAAGAAAGAGTATAGTTACAGCAAGATACTTAAGGATCTCA
AGAAAGAGTTTTGTTGCAACGGAACAGTCGTTCAAGACTCTGAACTCGGACAGGTTATTC
AGCTTCAAGGTGACCAGAGGAGGAACGTCTCCACGTTCCTAGTCCAGGCTGGGCCAGTGA
AGAAGGACAACATCAAGATCCATGGTTTCTGAGCTGCATTGTCCCTAAGTCTGTTTGCCT
TATTCTGTTATAAAGTGTGTATCACTCTTGTTATCCTTCCCATTCCAAAACATTTCCTCG
AACTTCTGCTTGGTTTGTTTCGATTTAAGAC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3E885JQ 679 0 0
CAATTATTTTGTCTCCACCGAAACAAAAAAGTTCCAGACTTTATCCGAATCTACGGTTTC
TTCTCTTCCTTCTCTCTTCTCAGATAATCAGATCATCCAAACCCTACTTTTCGAATCAGG
TCTCAGTTTCTCCGTAGTTTGCCCATCAGATCAACAAAGTTTCATGTCTGAGCTTGATTC
CCAGATCCCTACTGCCTTCGACCCGTTTGCTGATGCGAGTGTTGAGGACTCAGGTGCAGG
AACAAAAGAGTACGTCCACATCCGTGTGCAGCAGCGCAATGGTAGGAAAAGCTTGACAAC
TGTCCAGGGGTTGAAGAAAGAGTATAGTTACAGCAAGATACTTAAGGATCTCAAGAAAGA
GTTTTGTTGCAACGGAACAGTCGTTCAAGACTCTGAACTCGGACAGGTTATTCAGCTTCA
AGGTGACCAGAGGAGGAACGTCTCCACGTTCCTAGTCCAGGCTGGGCCAGTGAAGAAGGA
CAACATCAAGATCCATGGTTTCTGAGCTGCATTGTCCCTAAGTCTGTTTGCCTTATTCTG
TTATAAAGTGTGTATCACTCTTGTTATCCTTCCCATTCCAAAACATTTCCTCGAACTTCT
GCTTGGTTTGTTTCGATTTAAGACTCGGTATGATATTAAGAGAATAGCTTTATGTACTTG
TGTGACTCTTGCTGCTTGT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL6949Contig1 995 2 2 U
GGGGACGTCGACGACGATAACAAACAATGGCCTCCTCTCCTAATCCTCTCTCTCTAAGCG
TTCCCGATCCTGCTTTCGAATCCTGGCTCCGTGACTCCGGCTACCTCGACCTCCTCGATC
ACCGCACCTCCGCCGCAGCAGCCGCAGCCGCTGCTCCCGCCTCATCCTCATCATCATCCT
CAGCCGCCGCCGCCGCGCCTTCTTCGGCCTCAGACGACGTCGTCTCCTCCATAACCGGCG
GCTTCTTCGCCTCTCTCTTGTCCCGTCTCGTCACCGTCTCTTCTCTTCTGACCATCAACC
CCTTCTCAAAGCTCTCCGCCGATGACTTCTCAGGCGACACGCCTCCGTGGACCACGGGCT
TCTTCGGCGCGTGTGGCTCCTACTCGTTCCCATCGTCTTCTCAGCAGGCGAGGATGAGGG
TTCATGAGATTATCAAGAGATTCGCTAGGAATTGCGCTACGCTCTTCATCGTCTTCTTCG
CTTGTGCATTATATCAGATGCCACTTGCATTGGTGGGGTTGTTAGCAAGTTTAGCACTTT
GGGAGCTCTTCAAGTACTGTAGTGACAGGTGGAAGTTTGATCGTCACCCTTCTGCTCGGA
GACTCGTCATTGGTATTGGACAGTGCGCGACTGCGGTTCTTCTGACGTTTCTGAATGTAC
AAATGGCTCTTTTCTCTGCTCTTGCTGTCAGTTATTCAGTTATGCTATTACACGCCGGGT
TCAGGAAGCTCACTCCCTCCAAGAAACCTTCTCGAGGAAGATAAAAGACTGTATCAAGAC
AATAGTTTTGTATTTGGCAATGAGATTCTTTAGTAGTTTTGGTAGCTCAAAACCTGCGAG
AGACAAACAAGAGACAGAACAGCAGCAAAGCTAAGATGGTGGATTAAGCAAGTTCGAATG
TTAGACATCACACAACTTGTAATAAGTAAAAGACAGACTTTATGATTGGTGAGGATATAT
AGTTTACTTTAGTAAATGATATATTGTTTTAACCC


BQ
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AF RR3H104TF U 1
AF RR3H104JQ C 306
BS 1 745 RR3H104TF
BS 746 995 RR3H104JQ

RD RR3H104TF 745 0 0
GGGGACGTCGACGACGATAACAAACAATGGCCTCCTCTCCTAATCCTCTCTCTCTAAGCG
TTCCCGATCCTGCTTTCGAATCCTGGCTCCGTGACTCCGGCTACCTCGACCTCCTCGATC
ACCGCACCTCCGCCGCAGCAGCCGCAGCCGCTGCTCCCGCCTCATCCTCATCATCATCCT
CAGCCGCCGCCGCCGCGCCTTCTTCGGCCTCAGACGACGTCGTCTCCTCCATAACCGGCG
GCTTCTTCGCCTCTCTCTTGTCCCGTCTCGTCACCGTCTCTTCTCTTCTGACCATCAACC
CCTTCTCAAAGCTCTCCGCCGATGACTTCTCAGGCGACACGCCTCCGTGGACCACGGGCT
TCTTCGGCGCGTGTGGCTCCTACTCGTTCCCATCGTCTTCTCAGCAGGCGAGGATGAGGG
TTCATGAGATTATCAAGAGATTCGCTAGGAATTGCGCTACGCTCTTCATCGTCTTCTTCG
CTTGTGCATTATATCAGATGCCACTTGCATTGGTGGGGTTGTTAGCAAGTTTAGCACTTT
GGGAGCTCTTCAAGTACTGTAGTGACAGGTGGAAGTTTGATCGTCACCCTTCTGCTCGGA
GACTCGTCATTGGTATTGGACAGTGCGCGACTGCGGTTCTTCTGACGTTTCTGAATGTAC
AAATGGCTCTTTTCTCTGCTCTTGCTGTCAGTTATTCAGTTATGCTATTACACGCCGGGT
TCAGGAAGCTCACTCCCTCCAAGAA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3H104JQ 690 0 0
TCAAAGCTCTCCGCCGATGACTTCTCAGGCGACACGCCTCCGTGGACCACGGGCTTCTTC
GGCGCGTGTGGCTCCTACTCGTTCCCATCGTCTTCTCAGCAGGCGAGGATGAGGGTTCAT
GAGATTATCAAGAGATTCGCTAGGAATTGCGCTACGCTCTTCATCGTCTTCTTCGCTTGT
GCATTATATCAGATGCCACTTGCATTGGTGGGGTTGTTAGCAAGTTTAGCACTTTGGGAG
CTCTTCAAGTACTGTAGTGACAGGTGGAAGTTTGATCGTCACCCTTCTGCTCGGAGACTC
GTCATTGGTATTGGACAGTGCGCGACTGCGGTTCTTCTGACGTTTCTGAATGTACAAATG
GCTCTTTTCTCTGCTCTTGCTGTCAGTTATTCAGTTATGCTATTACACGCCGGGTTCAGG
AAGCTCACTCCCTCCAAGAAACCTTCTCGAGGAAGATAAAAGACTGTATCAAGACAATAG
TTTTGTATTTGGCAATGAGATTCTTTAGTAGTTTTGGTAGCTCAAAACCTGCGAGAGACA
AACAAGAGACAGAACAGCAGCAAAGCTAAGATGGTGGATTAAGCAAGTTCGAATGTTAGA
CATCACACAACTTGTAATAAGTAAAAGACAGACTTTATGATTGGTGAGGATATATAGTTT
ACTTTAGTAAATGATATATTGTTTTAACCC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL6950Contig1 565 2 1 U
GGAAGCGTACATGAACCAATTGGGTCACAGACAAGACCGAAGCAATCAGATTGATCTAAG
AGATCGTCATGATTCTTACAAAATGCTTGACATTGATATGGCTATCTCTGCTCACTGTGT
GTGCTGGAAGGACATTATACCCACTCCCTGGTAAAGGAGGTCAAGGCGCGAAGCTGCCGA
TTCAGACTTCACTTCCTTACAACATCGCACACAGAGGTTCCAATGGAGAGATTCCAGAAG
AAACTGCAGCTGCATACTTGAGAGCAATTGAAGAGGGTGCAGACTTCATAGAAACAGATG
TCTTATCAACCAAAGATGGTGTGCTTATCTGTTTCCATGATGTCATCCTTGACGAAACCA
CCAATGTTGCGAGCCACAAGGAGTTTGCTGATCGTAATAGGACATACGAGGTCCAAGGAT
TCAACATCACTGGCTTTTTCACTTTTGATTTTACTCTCGAAGAACTCAAGAAACTAAGGA
CAAAGCAGAGATACTCTTTCCGGGACCAACAGTTCAATGGTTAGCTAGACTGTCTTTACT
GGACGTAGCTGTTGGAAGAAACAAC


BQ
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AF RR3AE48JQ C 1
AF RR3AE48TF U 1
BS 1 565 RR3AE48TF

RD RR3AE48JQ 565 0 0
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QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3AE48TF 565 0 0
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AGATCGTCATGATTCTTACAAAATGCTTGACATTGATATGGCTATCTCTGCTCACTGTGT
GTGCTGGAAGGACATTATACCCACTCCCTGGTAAAGGAGGTCAAGGCGCGAAGCTGCCGA
TTCAGACTTCACTTCCTTACAACATCGCACACAGAGGTTCCAATGGAGAGATTCCAGAAG
AAACTGCAGCTGCATACTTGAGAGCAATTGAAGAGGGTGCAGACTTCATAGAAACAGATG
TCTTATCAACCAAAGATGGTGTGCTTATCTGTTTCCATGATGTCATCCTTGACGAAACCA
CCAATGTTGCGAGCCACAAGGAGTTTGCTGATCGTAATAGGACATACGAGGTCCAAGGAT
TCAACATCACTGGCTTTTTCACTTTTGATTTTACTCTCGAAGAACTCAAGAAACTAAGGA
CAAAGCAGAGATACTCTTTCCGGGACCAACAGTTCAATGGTTAGCTAGACTGTCTTTACT
GGACGTAGCTGTTGGAAGAAACAAC

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

CO CL6951Contig1 1049 2 2 U
GGACTTGTAACATTTCTACAACTGTAGCCAAACAGACCATTCTCTTATGGTGGTGATGAT
CATCATCATGTGATATTATCTCTCATTACCTTCTTCTTCTTCTTAGTACTGTGATAAAAT
GGGAAGATCACCGTGCTGTGACAAATTGGGTTTAAAGAAAGGGCCATGGACACAAGAAGA
AGATCAGAAACTTTTGGCTTATATTGAAGAACATGGACATGGAAGTTGGCGTTCATTGCC
TGAGAAAGCTGGTCTTCACCGATGCGGCAAAAGCTGCAGACTAAGATGGACTAACTACCT
AAGACCTGACATCAAAAGAGGCAAATTCAACTTACAAGAAGAACAACCCAAAAACGAAAC
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GGAAAGTGCTAGACTTGAAGCTGAAGCAAGGTTAGCTAGAGAATCAAAGCTTCTTCATTA
CCAAACCAAACCATCATCACATCATCATCATGGTTTCACCCATAAGACATTGTTAACCAC
TTGGACAAGTAAAACAAGCCAAGACCAGCAACAGCAGCAGCTTGAGTCTCCGACATCTAC
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CACGTGTCTAAACTCGATCAAAGAACCTGAAAACGATTGGTTCAACTCAACGGTCCACGA
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TATATGCTCTTTGACCAATCAACTTTCAT


BQ
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AF RR3FQ46TF U 1
AF RR3FQ46JQ C 277
BS 1 697 RR3FQ46TF
BS 698 1049 RR3FQ46JQ

RD RR3FQ46TF 697 0 0
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CATCATCATGTGATATTATCTCTCATTACCTTCTTCTTCTTCTTAGTACTGTGATAAAAT
GGGAAGATCACCGTGCTGTGACAAATTGGGTTTAAAGAAAGGGCCATGGACACAAGAAGA
AGATCAGAAACTTTTGGCTTATATTGAAGAACATGGACATGGAAGTTGGCGTTCATTGCC
TGAGAAAGCTGGTCTTCACCGATGCGGCAAAAGCTGCAGACTAAGATGGACTAACTACCT
AAGACCTGACATCAAAAGAGGCAAATTCAACTTACAAGAAGAACAACCCAAAAACGAAAC
TCCTCTGTCTTCTCTCGGTTTAACCAAGAACGCAGCCATACTTAGCCACATGGCTCAATG
GGAAAGTGCTAGACTTGAAGCTGAAGCAAGGTTAGCTAGAGAATCAAAGCTTCTTCATTA
CCAAACCAAACCATCATCACATCATCATCATGGTTTCACCCATAAGACATTGTTAACCAC
TTGGACAAGTAAAACAAGCCAAGACCAGCAACAGCAGCAGCTTGAGTCTCCGACATCTAC
AGTGTCGTTCTCGGAGATGAAGGAACCGTTGGCGGCGAAGACTGAGTTCGTTGGATCATC
CACGTGTCTAAACTCGATCAAAGAACCTGAAAACGAT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3FQ46JQ 773 0 0
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CATACTTAGCCACATGGCTCAATGGGAAAGTGCTAGACTTGAAGCTGAAGCAAGGTTAGC
TAGAGAATCAAAGCTTCTTCATTACCAAACCAAACCATCATCACATCATCATCATGGTTT
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AGGGTTCACCGGTGTAATGCTCGCCGGAGATTCACTAGGCCAGAGCTTATCCGACGAGAA
ACACGAAACGGTGAAAGAGAGAAGTGGTGGTGACTGCAGCAACTACTACGAGGAGGACAA
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CAACGGTCTATTGCTTGGAAGGCAATAATCCTAACCGTTGGACTACAGACGCTTCGATGT
TTTTATTCTTTAGTTGTGTTCAATTATATGCTCTTTGACCAATCAACTTTCAT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL6952Contig1 654 2 4 U
GAGAACACTATGTTCAACATCTCCCATCGTGTTTCGAGCTTTTTAGCTACTTGATATTTT
CATAATATTACCCAACAAAAAGGGTTTTTTTCTATTTGTGGAAAACAGCTAAAAAGCTGT
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AAGTATCGGATCGGATTCTAAAAGTGTGAACTGTTTTATGTTCTTTGACAGTTACGATGT
ACTGGAAGACAGTAATAGAGATGAGGAATTACAGAGATGGCATGAGAGATGATCCAAACG
AAAATCTGGTGTGTATGACTTTCGCTTGAATCATCCAAGTTGTTTTCCATGGCCTAATCT
CATCAAGAGCAGCATGCTGTTGATAAGCTTGCAATCGATTGTAATTAAATGATACTTTAA
GAAAAATGAACTGAATGTATAGTTCACCGTTGAAGAAATGTTTTGAAGTTTGATGGATGA
AGAACACAACATTGTTGATGGATAGTGATGGTATAAGTTTTATAAAAAAAACTGGTACAT
TTATTTTTTGAGCTATGAAAATCAGTGTATTCAAGAAATTGTCTTGATGGTTTTAATTAC
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BQ
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AF RR3DP33JQ C 1
AF RR3DP33TF U 1
BS 1 530 RR3DP33TF
BS 531 531 RR3DP33JQ
BS 532 630 RR3DP33TF
BS 631 654 RR3DP33JQ

RD RR3DP33JQ 654 0 0
GAGAACACTATGTTCAACATCTCCCATCGTGTTTCGAGCTTTTTAGCTACTTGATATTTT
CATAATATTACCCAACAAAAAGGGTTTTTTTCTATTTGTGGAAAACAGCTAAAAAGCTGT
AAAATGAACTTTTACTAATATATTATTGCAGCTGCAGCTACTATTTTTTCCGTTTCTTGC
AAGTATCGGATCGGATTCTAAAAGTGTGAACTGTTTTATGTTCTTTGACAGTTACGATGT
ACTGGAAGACAGTAATAGAGATGAGGAATTACAGAGATGGCATGAGAGATGATCCAAACG
AAAATCTGGTGTGTATGACTTTCGCTTGAATCATCCAAGTTGTTTTCCATGGCCTAATCT
CATCAAGAGCAGCATGCTGTTGATAAGCTTGCAATCGATTGTAATTAAATGATACTTTAA
GAAAAATGAACTGAATGTATAGTTCACCGTTGAAGAAATGTTTTGAAGTTTGATGGATGA
AGAACACAACATTGTTGATGGATAGTGATGGTATAAGTTTTATAAAAAAAACTGGTACAT
TTATTTTTTGAGCTATGAAAATCAGTGTATTCAAGAAATTGTCTTGATGGTTTTAATTAC
TTGTACAGATTTGGTTGTATACATGTGATCATTTATAAATGTTTGTTACTGCAG

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3DP33TF 630 0 0
GAGAACACTATGTTCAACATCTCCCATCGTGTTTCGAGCTTTTTAGCTACTTGATATTTT
CATAATATTACCCAACAAAAAGGGTTTTTTTCTATTTGTGGAAAACAGCTAAAAAGCTGT
AAAATGAACTTTTACTAATATATTATTGCAGCTGCAGCTACTATTTTTTCCGTTTCTTGC
AAGTATCGGATCGGATTCTAAAAGTGTGAACTGTTTTATGTTCTTTGACAGTTACGATGT
ACTGGAAGACAGTAATAGAGATGAGGAATTACAGAGATGGCATGAGAGATGATCCAAACG
AAAATCTGGTGTGTATGACTTTCGCTTGAATCATCCAAGTTGTTTTCCATGGCCTAATCT
CATCAAGAGCAGCATGCTGTTGATAAGCTTGCAATCGATTGTAATTAAATGATACTTTAA
GAAAAATGAACTGAATGTATAGTTCACCGTTGAAGAAATGTTTTGAAGTTTGATGGATGA
AGAACACAACATTGTTGATGGATAGTGATGGTATAAGTTTTATAAAAAAA*CTGGTACAT
TTATTTTTTGAGCTATGAAAATCAGTGTATTCAAGAAATTGTCTTGATGGTTTTAATTAC
TTGTACAGATTTGGTTGTATACATGTGATC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

CO CL6953Contig1 788 2 2 U
GGAAAGAAAGCAAAAACCAGACAGATAAATTTAAAAGAAAACTGATGATGAAGGGTCTTC
ATTTCAATCTCTTCCTGGTCACCATGACGGTTGTTGCATCCATCTCCGCGGCTACACCAG
CAGCTCCGGCGGCAGGGGGAGCTTTGGCAGACGAGTGCAGCCAAGATTTTCAAAAGGTGA
CATTATGTTTGGATTTCGCGACCGGGAAGGCACCAAATCCGTCCAAGAAGTGTTGTGACG
CTATCGAAGATACAAAAGAGAGGGATCCAAAGTTTTGTGTTACGTGATACAGCAAGCGAA
GACAGGAGGACAAGCTTTGAAGGATCTTGGTGTCCAAGAAGATAAACTTATTCAGCTTCC
AACTTCTTGTCAGCTCCACAACGCTAGCATCTCCGACTGTCCAAAGCTTCTCGGGATTTC
ACCGAGCTCACCAGACGCAGCCGTATTCACAAGCAATGCCACATCAACAACAACACCAGC
GGCTCCAGTAGGGAAGTCTCCTGCAACTCCAACGACGTCTACGGGTACAGGAGGATCACC
TTCCATAAGAGATGGTCACGCCACCGTGGCTCTAGCTCTCGCTTTGATGATCTTCTCCTT
TGTCTCGATCTTGCCTAGGATGCGTTTGGCCTAGATGGTAGGCACGTAAAACATTAGGGA
TGTAACCTTTCTTTATTATGTGGTGCTTTTGTTTCAAAAATTTCAAGACTATCGTTTCAA
CTGTGTTTCTTGGTTCGGACCATTTGTTGTAATGAGGGAACATTCCACTTAATCGAATCT
CTTTCCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY80TF U 1
AF RR3EY80JQ C 4
BS 1 430 RR3EY80TF
BS 431 788 RR3EY80JQ

RD RR3EY80TF 430 0 0
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ATTTCAATCTCTTCCTGGTCACCATGACGGTTGTTGCATCCATCTCCGCGGCTACACCAG
CAGCTCCGGCGGCAGGGGGAGCTTTGGCAGACGAGTGCAGCCAAGATTTTCAAAAGGTGA
CATTATGTTTGGATTTCGCGACCGGGAAGGCACCAAATCCGTCCAAGAAGTGTTGTGACG
CTATCGAAGATACAAAAGAGAGGGATCCAAAGTTTTGTGTTACGTGATACAGCAAGCGAA
GACAGGAGGACAAGCTTTGAAGGATCTTGGTGTCCAAGAAGATAAACTTATTCAGCTTCC
AACTTCTTGTCAGCTCCACAACGCTAGCATCTCCGACTGTCCAAAGCTTCTCGGGATTTC
ACCGAGCTCA

QA 1 430 1 430
DS 

RD RR3EY80JQ 785 0 0
GAAGAAAGC
AAAACCAGACAGATAAATTTAAA*GAAAACTGATGATGAAGGGTCTTCATTTCAATCTCT
TCCTGGTCACCATGACGGTTGTTGCATCCATCTCCGCGGCTACACCAGCAGCTCCGGCGG
CAGGGGGAGCTTTGGCAGACGAGTGCAGCCAAGATTTTCAAAAGGTGACATTATGTTTGG
ATTTCGCGACCGGGAAGGCACCAAATCCGTCCAAGAAGTGTTGTGACGCTATCGAAGATA
CAAAAGAGAGGGATCCAAAGTTTTGTGTTACGTGATACAGCAAGCGAAGACAGGAGGACA
AGCTTTGAAGGATCTTGGTGTCCAAGAAGATAAACTTATTCAGCTTCCAACTTCTTGTCA
GCTCCACAACGCTAGCATCTCCGACTGTCCAAAGCTTCTCGGGATTTCACCGAGCTCACC
AGACGCAGCCGTATTCACAAGCAATGCCACATCAACAACAACACCAGCGGCTCCAGTAGG
GAAGTCTCCTGCAACTCCAACGACGTCTACGGGTACAGGAGGATCACCTTCCATAAGAGA
TGGTCACGCCACCGTGGCTCTAGCTCTCGCTTTGATGATCTTCTCCTTTGTCTCGATCTT
GCCTAGGATGCGTTTGGCCTAGATGGTAGGCACGTAAAACATTAGGGATGTAACCTTTCT
TTATTATGTGGTGCTTTTGTTTCAAAAATTTCAAGACTATCGTTTCAACTGTGTTTCTTG
GTTCGGACCATTTGTTGTAATGAGGGAACATTCCACTTAATCGAATCTCTTTCCGC

QA 10 785 10 785
DS 



AS 1 2

CO CL6954Contig1 1427 2 2 U
GTAACGGAGGGGGCGTAGGATCTCCCATGAATCAAAGCTCCCGCCGCCCTAACCCTAACT
TGTGGAGCAACTCTAATACTCAGCAACATAACCCGTCAAATGGCATGATGTGGCCTAACT
CGCCATCTCACATCAACAGCATTCCTACTCAGCGCCCACCTGTTACTGTATTCCCTAGAG
CACCTCCTATTATGGTGAATATGGCATCTTCTCCTGTGCACCACCACATTGGATCTGCGC
CGGTAGTGAACTCGCCTTTCTGGGATAGAAGACAAGCCTATGCAGCTGAGTCTCTAGAAT
CTCCTGGCTTCCACATAGGTTCTCATGGTAGCATAGGGTTTCCTGGCTCTTCACCCTCAC
ATCCAATGGAAATCGGTTCTCACAAGTCTTTTTCCCATGTTGTTGGGAATCGCATGGATG
TAAATTCCCCAAATGCTGTACTGAGACCTCCACAACAGTTGTCTCATCTCTTCCCCGGGA
GGAGCCCAATGGCTTCAATGCCTGGCTCGTATGACTCGCCGAATGAACGATACAGGAATC
TCTCTCACCGTAGAAGCGAGTCTAGCTCTAGTAACGCTGACAAGAAACTTTATGAGCTTG
ATGTTGACCGTATATTACGTGGGGATGATAACAGGACAACATTGATGGTTAAAAACATTC
CTAACAAGTACACTTCTAAGATGCTTCTATCTGCCATTGACGAGCACTGTAAAGGAACAT
ATGATTTCCTTTATTTGCCAATTGACTTCAAGAACAAATGCAATGTTGGATATGCTTTTA
TCAACCTTACCGAACCTGAAAAGATTGTCCCGTTTTATAAGGCGTTTAATGGAAAAAAGT
GGGAGAAGTTTAACAACGAGAAGGTCGCTGAGGTTTACAGACAGACTACTTGGAAGCCGA
AGTTCGATGTTGAGAAAGAGAAACAAAAGGCGGAAGAGGAGGCTGCTAGCTCTGCAGGTG
GTCTCAAGAGCTACCAGAAGATTGTGTTCGACCTCTTGAACAAGGTTGCAGACATATCTT
TCCTAAGTGCCTACAAGTCTAAGATCACCGAGCTGATCGAGAAAGCTGAGGAACAACCAA
ACCTAACCATTGGTGTTCTTGTCTCCATTGTCGTAGTATTCTTCTCGCTCTTCATCAAGC
TTATCTTCGGTGGCAAAAAGGCGGCGCCGGCAGCAACTGTGGAGAAGAAGAAGAAGAAAT
CAGAAGTAGGAGAGAGCTCAAGCTCAAAGAGTGAAGATGAGACGGAGAAGAAGGAAGAAA
CCGCTGCTCCTCGCAAAAGGCAACCGAGACGTGATAATTAAAAATAGTTTGTTTTTAGAA
CGTTTTCGAGATGTTGAAATTATTTTTGATTTTTCACTTGTGTTATGGTCGAATTTTCTT
TTCTGCTGTAAAACCAAGTTGGGATTAGATAAATTGTAGTTTCTGTT


BQ
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AF RR3BV16TF U 1
AF RR3BV16JQ C 657
BS 1 712 RR3BV16TF
BS 713 1427 RR3BV16JQ

RD RR3BV16TF 712 0 0
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TGTGGAGCAACTCTAATACTCAGCAACATAACCCGTCAAATGGCATGATGTGGCCTAACT
CGCCATCTCACATCAACAGCATTCCTACTCAGCGCCCACCTGTTACTGTATTCCCTAGAG
CACCTCCTATTATGGTGAATATGGCATCTTCTCCTGTGCACCACCACATTGGATCTGCGC
CGGTAGTGAACTCGCCTTTCTGGGATAGAAGACAAGCCTATGCAGCTGAGTCTCTAGAAT
CTCCTGGCTTCCACATAGGTTCTCATGGTAGCATAGGGTTTCCTGGCTCTTCACCCTCAC
ATCCAATGGAAATCGGTTCTCACAAGTCTTTTTCCCATGTTGTTGGGAATCGCATGGATG
TAAATTCCCCAAATGCTGTACTGAGACCTCCACAACAGTTGTCTCATCTCTTCCCCGGGA
GGAGCCCAATGGCTTCAATGCCTGGCTCGTATGACTCGCCGAATGAACGATACAGGAATC
TCTCTCACCGTAGAAGCGAGTCTAGCTCTAGTAACGCTGACAAGAAACTTTATGAGCTTG
ATGTTGACCGTATATTACGTGGGGATGATAACAGGACAACATTGATGGTTAAAAACATTC
CTAACAAGTACACTTCTAAGATGCTTCTATCTGCCATTGACGAGCACTGTAA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3BV16JQ 771 0 0
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ACATATGATTTCCTTTATTTGCCAATTGACTTCAAGAACAAATGCAATGTTGGATATGCT
TTTATCAACCTTACCGAACCTGAAAAGATTGTCCCGTTTTATAAGGCGTTTAATGGAAAA
AAGTGGGAGAAGTTTAACAACGAGAAGGTCGCTGAGGTTTACAGACAGACTACTTGGAAG
CCGAAGTTCGATGTTGAGAAAGAGAAACAAAAGGCGGAAGAGGAGGCTGCTAGCTCTGCA
GGTGGTCTCAAGAGCTACCAGAAGATTGTGTTCGACCTCTTGAACAAGGTTGCAGACATA
TCTTTCCTAAGTGCCTACAAGTCTAAGATCACCGAGCTGATCGAGAAAGCTGAGGAACAA
CCAAACCTAACCATTGGTGTTCTTGTCTCCATTGTCGTAGTATTCTTCTCGCTCTTCATC
AAGCTTATCTTCGGTGGCAAAAAGGCGGCGCCGGCAGCAACTGTGGAGAAGAAGAAGAAG
AAATCAGAAGTAGGAGAGAGCTCAAGCTCAAAGAGTGAAGATGAGACGGAGAAGAAGGAA
GAAACCGCTGCTCCTCGCAAAAGGCAACCGAGACGTGATAATTAAAAATAGTTTGTTTTT
AGAACGTTTTCGAGATGTTGAAATTATTTTTGATTTTTCACTTGTGTTATGGTCGAATTT
TCTTTTCTGCTGTAAAACCAAGTTGGGATTAGATAAATTGTAGTTTCTGTT

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL6955Contig1 1250 2 2 U
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TTGACGCGCCGCTTCTAACTGAAAAAATTGCAACAAATAGATCTATAATCGTCGATATTG
AAGGGAAGGGAGACTACACTTCGGTTCAAAAAGCCATTGATGCTGTCCCTGCTGGTAACT
CTAATTGGATCATCGTCCATGTCCGTAAAGGAATCTACAAGGAGAGAGTGCACATTCCAG
AGAACAAGCCTTTCATATTCATGAGAGGTAACGGGAGAGGAAAGACAGTCATCGAATCAT
CGCAAAGTTCGATAGACAATGTTGCTTCAGCCACTTTCAAAGTCGAAGCTAATCACTTCG
TTGCTTTTGGTATCAGCATCAGGAATGATGCACCGGTCGGACAGGCGTTCACGTCTGACA
ATCAATCGGTGGCAGCGTTTGTGGCAGCTGATAAAGTTGCGTTTTACCATTGTGCGTTCT
ACAGCTTGCACAACACTTTGTTTGATAACAAAGGTAGACATTACTACCACGAGACTTACA
TCCAAGGCTCCATCGACTTCATCTTCGGTCGTGCAACTTCCATTTTCAACAATTGTGAGA
TATTTGTGATATCGGACAAGAGGGTGAAACCGTATGGGTCAATCACAGCACACCACAGGG
AACACCCAGAGGAAAACACGGGTTATGTGTTCATAAGAGGCAAAGTGTACGGAATCGATG
AGGTTTACCTAGGCAGAGCCAAAGGACCTTATTCTCGGGTCATCTTTGCCAAGACTTACT
TTTCCAAGACCGTTGTCCCTAGCGGTTGGACCAACTGGAGCTACGATGGCTCGACCAAGG
ATTTATACCATGCGGAGTATAAGTGTCATGGACCAGGTGCTGAGAGACAAGGTAGATCAG
ATTGGGCGAAAGAACTTACCAAACAAGAAGTTGAGTCTTTCTTGTCCATTGATTTTATTG
ATGGAACTTCTTGGCCCCCTGTTTGGCTTCAGCAAAAGTCTTAGAGCTCCTTCATCTGTT
CGTGTCTCCCGTTTGTCTTGGAAAAAGAAAACATATGAAGAAAGAAGAACCCATTCTTTT
CTTCACTATACGAAATAGTTTTCTCTCTCTTTTTGTTCTACTCAATGATTGTAGACTGAT
TGGAAAATTCTTATGTCGTTTGCACACATTATATAAGATAATTTCCATTTTTATAATATA
TGTAACCTGAAGTAAATCATATCTCGTAAATTAAAATATTTCCCCTGACC


BQ
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AF RR3GW24TF U 1
AF RR3GW24JQ C 435
BS 1 707 RR3GW24TF
BS 708 1250 RR3GW24JQ

RD RR3GW24TF 707 0 0
GAGCCCTTGTTGTAATGTCCGTATGGGGTTCGGACGCATCGGCACTGGAAAGTATGAAGT
TTGACGCGCCGCTTCTAACTGAAAAAATTGCAACAAATAGATCTATAATCGTCGATATTG
AAGGGAAGGGAGACTACACTTCGGTTCAAAAAGCCATTGATGCTGTCCCTGCTGGTAACT
CTAATTGGATCATCGTCCATGTCCGTAAAGGAATCTACAAGGAGAGAGTGCACATTCCAG
AGAACAAGCCTTTCATATTCATGAGAGGTAACGGGAGAGGAAAGACAGTCATCGAATCAT
CGCAAAGTTCGATAGACAATGTTGCTTCAGCCACTTTCAAAGTCGAAGCTAATCACTTCG
TTGCTTTTGGTATCAGCATCAGGAATGATGCACCGGTCGGACAGGCGTTCACGTCTGACA
ATCAATCGGTGGCAGCGTTTGTGGCAGCTGATAAAGTTGCGTTTTACCATTGTGCGTTCT
ACAGCTTGCACAACACTTTGTTTGATAACAAAGGTAGACATTACTACCACGAGACTTACA
TCCAAGGCTCCATCGACTTCATCTTCGGTCGTGCAACTTCCATTTTCAACAATTGTGAGA
TATTTGTGATATCGGACAAGAGGGTGAAACCGTATGGGTCAATCACAGCACACCACAGGG
AACACCCAGAGGAAAACACGGGTTATGTGTTCATAAGAGGCAAAGTG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3GW24JQ 816 0 0
GCGTTTGTGGCAGCTGATAAAGTTGCGTTTTACCATTGTGCGTTCTACAGCTTGCACAAC
ACTTTGTTTGATAACAAAGGTAGACATTACTACCACGAGACTTACATCCAAGGCTCCATC
GACTTCATCTTCGGTCGTGCAACTTCCATTTTCAACAATTGTGAGATATTTGTGATATCG
GACAAGAGGGTGAAACCGTATGGGTCAATCACAGCACACCACAGGGAACACCCAGAGGAA
AACACGGGTTATGTGTTCATAAGAGGCAAAGTGTACGGAATCGATGAGGTTTACCTAGGC
AGAGCCAAAGGACCTTATTCTCGGGTCATCTTTGCCAAGACTTACTTTTCCAAGACCGTT
GTCCCTAGCGGTTGGACCAACTGGAGCTACGATGGCTCGACCAAGGATTTATACCATGCG
GAGTATAAGTGTCATGGACCAGGTGCTGAGAGACAAGGTAGATCAGATTGGGCGAAAGAA
CTTACCAAACAAGAAGTTGAGTCTTTCTTGTCCATTGATTTTATTGATGGAACTTCTTGG
CCCCCTGTTTGGCTTCAGCAAAAGTCTTAGAGCTCCTTCATCTGTTCGTGTCTCCCGTTT
GTCTTGGAAAAAGAAAACATATGAAGAAAGAAGAACCCATTCTTTTCTTCACTATACGAA
ATAGTTTTCTCTCTCTTTTTGTTCTACTCAATGATTGTAGACTGATTGGAAAATTCTTAT
GTCGTTTGCACACATTATATAAGATAATTTCCATTTTTATAATATATGTAACCTGAAGTA
AATCATATCTCGTAAATTAAAATATTTCCCCTGACC

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

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AACCATGTTTGGCAAGGTTTGTTCCGAAAAAGAGTTGAAATAAGGCACTAAGAGCTACTC
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GTTCTTTCTCACGCTCCTCCATGAGTTTATACATTGCCTTTTGGGTCCGCCTTTCGAGCT
TGTCAAGCTTCTTCTGCACATCTCTTCGGAGGTCCCAGTTGGGTTTCTTTGGAGCAATGT
TGACAAATGGGTCCTCTTTCTTCTCCACAGCAGGTGGAAGTGCAGCGATTGGATCTTCGA
ATTTGGGCAGCTCTGGTGGTGCAACTTTACTGTTCTGAAGCTCCTCAGCTTGGGGAACAT
AATTTCTAAACTTCATGGCTGGACCATCTTCTTCAACAGAAGCAGCAGCAGCATCACCTT
CTCCCTCTTCTTTGCTCTCAGTAAGTTCCCGAGCTGCCCTTAAAGCTCTAAGCGCCTCTT
TACGAGCAGCAGACTTCTGCTCTATCGATTCATCTTCGCCACCCATTGATATTACTTCCT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GR27TF C 1
AF RR3GR27JQ U 10
BS 1 24 RR3GR27TF
BS 25 716 RR3GR27JQ

RD RR3GR27TF 716 0 0
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TGTCAAGCTTCTTCTGCACATCTCTTCGGAGGTCCCAGTTGGGTTTCTTTGGAGCAATGT
TGACAAATGGGTCCTCTTTCTTCTCCACAGCAGGTGGAAGTGCAGCGATTGGATCTTCGA
ATTTGGGCAGCTCTGGTGGTGCAACTTTACTGTTCTGAAGCTCCTCAGCTTGGGGAACAT
AATTTCTAAACTTCATGGCTGGACCATCTTCTTCAACAGAAGCAGCAGCAGCATCACCTT
CTCCCTCTTCTTTGCTCTCAGTAAGTTCCCGAGCTGCCCTTAAAGCTCTAAGCGCCTCTT
TACGAGCAGCAGACTTCTGCTCTATCGATTCATCTTCGCCACCCATTGATATTACTTCCT
GGAAGCTCCGAGATCTGAATTTTTCTTTTTCCGGGGAAAGAATCTGTGTAACACCC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3GR27JQ 707 0 0
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TTTAGATCAAACCGGTTATAAACTGAAGTTCAATCAAACCATGTTTGGCAAGGTTTGTTC
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TTTCTATTGCGTTTTCATCAGCTTCGGCCGTCCCACGTTCTTTCTCACGCTCCTCCATGA
GTTTATACATTGCCTTTTGGGTCCGCCTTTCGAGCTTGTCAAGCTTCTTCTGCACATCTC
TTCGGAGGTCCCAGTTGGGTTTCTTTGGAGCAATGTTGACAAATGGGTCCTCTTTCTTCT
CCACAGCAGGTGGAAGTGCAGCGATTGGATCTTCGAATTTGGGCAGCTCTGGTGGTGCAA
CTTTACTGTTCTGAAGCTCCTCAGCTTGGGGAACATAATTTCTAAACTTCATGGCTGGAC
CATCTTCTTCAACAGAAGCAGCAGCAGCATCACCTTCTCCCTCTTCTTTGCTCTCAGTAA
GTTCCCGAGCTGCCCTTAAAGCTCTAAGCGCCTCTTTACGAGCAGCAGACTTCTGCTCTA
TCGATTCATCTTCGCCACCCATTGATATTACTTCCTGGAAGCTCCGAGATCTGAATTTTT
CTTTTTCCGGGGAAAGAATCTGTGTAACACCC

QA 16 707 16 707
DS 



AS 1 2

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CTCTTTCTTTGAGCCTAGCTTGACGAAATACTCACTCCTGCTGCTTGCGAGATCGTTTCT
TCTCTCTCTAACGATCACTTGGACTCTTACGTCCTCTCTGAGTCCAGCTTCTTCGTCTAC
CCTTACAAAGTCATCATCAAGACTTGTGGCACCACCAAGCTCCTCCTCTCTATCCCGCCT
CTTCTTAAGCTGGCCGGTGAGCTCTCTCTGAGTGTCAAGTCTGTCAAGTACACTCGTGGC
TCCTTCCTCTGCCCTGGCGGCCAGCCTTTTCCTCACCGGAGCTTCTCTGAAGAAGTCTCT
GTTCTTGATGGTCACTTCTCTAAGCTGGGTTTGAACAGCGTTGCCTACTTGATGGGTAAT
GATGATGAGACTAAGAAATGGCATGTCTATGCTGCCTCTGCCGAGACCTCCGGCAACTGC
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GTCTTTTACAAGAATGAAACCGGCGACAATGGATCGATGACTGACAACTCTGGAATCAGA
AAGATCCTCCCCAAGTCCCAGATCTGTGACTTTGAGTTCGAGCCATGTGGCTACTCTATG
AACTCCATTGAAGGAGATGCAATCTCCACTATCCATGTGACCCCTGAGGATGGGTTTAGC
TACGCTAGCTTCGAAGCTGTGGGTTATGACTTCAGCACACTCGACCTGAGCCAGCTGGTG
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AGGACATTTGAGTCTCTAGGAGAAGAGAGTGGGACTGTGATGTATCAGACGTTTGAGAAG
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CCTTCACAAGCATGTGTGTTGTGTGTTTCGTACTTTATAAGTTTGGGTTTTATTATATGA
AAGACTATTATGTTTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ30TF U 1
AF RR3EQ30JQ C 475
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BS 789 1218 RR3EQ30JQ

RD RR3EQ30TF 807 0 0
GCAAGGCATCATGGCCTTATCTGCAATCGGTTTTGAAGGTTACGAGAAGCGCCTCGAGGT
CTCTTTCTTTGAGCCTAGCTTGACGAAATACTCACTCCTGCTGCTTGCGAGATCGTTTCT
TCTCTCTCTAACGATCACTTGGACTCTTACGTCCTCTCTGAGTCCAGCTTCTTCGTCTAC
CCTTACAAAGTCATCATCAAGACTTGTGGCACCACCAAGCTCCTCCTCTCTATCCCGCCT
CTTCTTAAGCTGGCCGGTGAGCTCTCTCTGAGTGTCAAGTCTGTCAAGTACACTCGTGGC
TCCTTCCTCTGCCCTGGCGGCCAGCCTTTTCCTCACCGGAGCTTCTCTGAAGAAGTCTCT
GTTCTTGATGGTCACTTCTCTAAGCTGGGTTTGAACAGCGTTGCCTACTTGATGGGTAAT
GATGATGAGACTAAGAAATGGCATGTCTATGCTGCCTCTGCCGAGACCTCCGGCAACTGC
AACAACAATGTCTACACGCTCGAGATGTGCATGACTGGTCTTGACAGGGAGAAGGCTTCT
GTCTTTTACAAGAATGAAACCGGCGACAATGGATCGATGACTGACAACTCTGGAATCAGA
AAGATCCTCCCCAAGTCCCAGATCTGTGACTTTGAGTTCGAGCCATGTGGCTACTCTATG
AACTCCATTGAAG*AGATGCAATCTCCACTATCCATGTGACCCCTGAG*ATGGGTTTAGC
TACGCTAGCTTCGAAGCTGTGG*TTATGACTTCAGCACACTCGAC*TGAGC*AGCTGGTG
ACGAGGGT
CTGTCTGCTTTGAGCAAAG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3EQ30JQ 744 0 0
AACTGCAACAACAATGTCTACACGCTCGAGATGTGCATGACTGGTCTTGACAGGGAGAAG
GCTTCTGTCTTTTACAAGAATGAAACCGGCGACAATGGATCGATGACTGACAACTCTGGA
ATCAGAAAGATCCTCCCCAAGTCCCAGATCTGTGACTTTGAGTTCGAGCCATGTGGCTAC
TCTATGAACTCCATTGAAGGAGATGCAATCTCCACTATCCATGTGACCCCTGAGGATGGG
TTTAGCTACGCTAGCTTCGAAGCTGTGGGTTATGACTTCAGCACACTCGACCTGAGCCAG
CTGGTGACGAGGGTTCTGTCTTGCTTTGAGCCAAAGCAATTCTCTGTGGCCGTGCACTCG
AGCGTTGGAGCGAACGCGTACAAGCCAGAGATCAGTGTAGACTTGGAAGATTATGGGTGC
AGAGAGAGGACATTTGAGTCTCTAGGAGAAGAGAGTGGGACTGTGATGTATCAGACGTTT
GAGAAGTTTGGTAAGTACTGTGGATCGCCTAGATCTACCTTGAAGTGTGAGTGGAGCAGC
AACAATAGCTGCAGCAGCGAGGACGAGAAGGACGAGGGAATCTAGCAGAAGTATTTATGA
GCTTTCTGTTTTATGCATCTTTTTCTTATTAGTAATGAATAAGGGCTTGTGAAGTTGAGG
TGCTCTCCTTCACAAGCATGTGTGTTGTGTGTTTCGTACTTTATAAGTTTGGGTTTTATT
ATATGAAAGACTATTATGTTTGCT

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL6958Contig1 771 2 6 U
GGTAACTAAATTCCTTTGTCTTCTTAATAGTGAAAGATTCAACAATATCATATTACACCA
AATATCGAGACGAATTATTTTATTAATTGGATAGGGTTATCTACTTAAATCATCTTCATT
CTCCAAGTGCTTAATCGTGATGTGAATACGGATGAAATCTTTCTTTCCACCAACTTTCCT
TGGAAAGCTCATCAAGGCAGTGAAAGTAAAATTTTCCCTGTGCATGTTCCAAATCCGACC
TTGTAACCATCTCCCTTGCATACACCTGAAAAGGTCACTTGATCACCATCTTGAAAAAAC
GTCTGAATTGTTCCGTTCATTGATAAAGGCTTCTGTCCATTCCAAGTTAACTCAAGTAGG
CACCCGTACGAATCTGGCTCGGGTCCGCTTATGGTTCCGGTTCCAAGGAGATCACCAGGC
CTCAAATTACAACCATTAACTGTATGGTGCGCTAGCTGCTGCGTTATGGTCCAATATAAG
TTTTGGAAGTTGCTCTTTGTTATTACAGAAAATTCATCCTTGCCAGAAGGTTTGAGTTGA
ACCTCCAAGGAGATATCGTAATTTACAGACTCCTTCTCAGCCAGATATGGCAATGGAGGA
GGATCCTGCTTGGGAGCTTGACAACCGAAAGGTTCAAGCGCATCTAAGGTAACAATCCAA
GGGGATACCGTAGTCCCGAAACTCTTTCCTAGGAAAGGCCCAAGAGGTACGTACTCCCAC
GCTTGAATGTCCCTAGCACTCCAGTCATTCATCAGTACAAGACAAATATAT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CU56JQB U 1
AF RR3CY18JQ U 2
BS 1 204 RR3CU56JQB
BS 205 205 RR3CY18JQ
BS 206 572 RR3CU56JQB
BS 573 573 RR3CY18JQ
BS 574 751 RR3CU56JQB
BS 752 771 RR3CY18JQ

RD RR3CU56JQB 751 0 0
GGTAACTAAATTCCTTTGTCTTCTTAATAGTGAAAGATTCAACAATATCATATTACACCA
AATATCGAGACGAATTATTTTATTAATTGGATAGGGTTATCTACTTAAATCATCTTCATT
CTCCAAGTGCTTAATCGTGATGTGAATACGGATGAAATCTTTCTTTCCACCAACTTTCCT
TGGAAAGCTCATCAAGGCAGTGAAGGTAAAATTTTCCCTGTGCATGTTCCAAATCCGACC
TTGTAACCATCTCCCTTGCATACACCTGAAAAGGTCACTTGATCACCATCTTGAAAAAAC
GTCTGAATTGTTCCGTTCATTGATAAAGGCTTCTGTCCATTCCAAGTTAACTCAAGTAGG
CACCCGTACGAATCTGGCTCGGGTCCGCTTATGGTTCCGGTTCCAAGGAGATCACCAGGC
CTCAAATTACAACCATTAACTGTATGGTGCGCTAGCTGCTGCGTTATGGTCCAATATAAG
TTTTGGAAGTTGCTCTTTGTTATTACAGAAAATTCATCCTTGCCAGAAGGTTTGAGTTGA
ACCTCCAAGGAGATATCGTAATTTACAGACTCTTTCTCAGCCAGATATGGCAATGGAGGA
GGATCCTGCTTGGGAGCTTGACAACCGAAAGGTTCAAGCGCATCTAAGGTAACAATCCAA
GGGGATACCGTAGTCCCGAAACTCTTTCCTAGGAAAGGCCCAAGAGGTACGTACTCCCAC
GCTTGAATGTCCCTAGCACTCCAGTCATTCA

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3CY18JQ 770 0 0
GTAACTAAATTCCTTTGTCTTCTTAATAGTGAAAGATTCAACAATATCATATTACACCAA
ATATCGAGATGACTTATTTTATTAATTGGATAGGGTTATCTACTTAAATCATCTTCATTC
TCCAAGTGCTTAATCGTGATGTGAATACGGATGAGATCTTTCTTTCCACCAACTTTCCTT
GGAAAGCTCATCAAGGCAGTGAAAGTAAAATTTTCCCTGTGCATGTTCCAAATCCGACCT
TGTAACCATCTCCCTTGCATACACCTGAGAAGGTCACTTGATCACCATCTTGAAAAAACG
TCTGAGTTGTTCCGTTCATTGATAAAGGCTTCTGTCCATTCTAAGTTAGCTCAAGTAGGC
ACCCGTACGAATCTGGCTCGGGTCCGCTTATGGTTCCGGTTCCAAGGAGATCACCAGGCC
TCAAATTACAACCATTAACTGTATGGTGCGCTAGCTGCTGCGTTATGGTCCAATATAAGT
TTTGGAAGTTGCTCTTTGTTATTACAGAAGATTCATCCTTGCCAGAAGGTTTGAGTTGAA
CCTCCAAGGAGATATCGTAGTTTACAGACTCCTTCTCAGCCAGATATGGCAATGGAGGTG
GATCCTGCTTGGGGGCTTGACAACTGAAAGGTTCAAGCGCATCTAAGGTAACAATCCAAG
GGGATACCGTAGTCCCGAAACTCTTTCCTAGGAAAGGCCCAAGAGGTACGTACTCCCACG
CTTGAATGTCCCTAGCACTCCAGTCATTCATCAGTACAAGACAAATATAT

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL6959Contig1 719 2 1 U
GCCTCGGTTCAAGATGAAGCTAGTGGAGTTCAGCTTCTCCAAGATATTCGGAGAAGACGC
TGGGAAGAACATCAAGACCGTGGACGATGGGATCCACGAGCTCTTCAACGAGTACATGGC
ACTCCCTGCACCGTTAAAACCAGCATCCGAGGCAGACGGGCTGTCTGATTTCGACAACTA
TATTCTGGAGACAACAGGGCAGAACCTCAAGTCAGAGCTGGACCAGTACCTTGACGAAAC
GCTGCTTCCTCGTGTTCAGGAGTTTGATGTTCTAGACTGGTGGAAACAGAATAAGCTCAA
GTACCCGACACTGTGCAAGATGGCTAGAGACATCCTCTCCATCCCGGTCTCAGCTGCGGC
CTTCGACTATGTGTTTGACATGGAACCGAGGGAGATGGATGAGTACAAGACGACGCTGAG
GCCTGAGACTGTGGAGGCTCTGATTTGCGCCAGGGAGTGGCTTCTTGAGAGTGAAGCAGC
ATCTTCTCAGCAAATGTCGAGTGCTGTTGTCAACGCTGAAGCCTAGGGTGGTGAGACTTT
GGTTTGTGTATCTATAATCCGTGTTGTTTTCTACTACTTAAAAGCATTTGGACGTTGCTT
TGTTTATCTCTAATCCTTGCTATTTCCTACTACTACTTAAGCATTGGGACTTTGCGTCGT
TTTATCTCTAATCCTTGTTGTATTATTCTACTACTTAGTTGTGCGGTTAGTCTTAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FR90TF U 1
AF RR3FR90JQ C 22
BS 1 719 RR3FR90TF

RD RR3FR90TF 719 0 0
GCCTCGGTTCAAGATGAAGCTAGTGGAGTTCAGCTTCTCCAAGATATTCGGAGAAGACGC
TGGGAAGAACATCAAGACCGTGGACGATGGGATCCACGAGCTCTTCAACGAGTACATGGC
ACTCCCTGCACCGTTAAAACCAGCATCCGAGGCAGACGGGCTGTCTGATTTCGACAACTA
TATTCTGGAGACAACAGGGCAGAACCTCAAGTCAGAGCTGGACCAGTACCTTGACGAAAC
GCTGCTTCCTCGTGTTCAGGAGTTTGATGTTCTAGACTGGTGGAAACAGAATAAGCTCAA
GTACCCGACACTGTGCAAGATGGCTAGAGACATCCTCTCCATCCCGGTCTCAGCTGCGGC
CTTCGACTATGTGTTTGACATGGAACCGAGGGAGATGGATGAGTACAAGACGACGCTGAG
GCCTGAGACTGTGGAGGCTCTGATTTGCGCCAGGGAGTGGCTTCTTGAGAGTGAAGCAGC
ATCTTCTCAGCAAATGTCGAGTGCTGTTGTCAACGCTGAAGCCTAGGGTGGTGAGACTTT
GGTTTGTGTATCTATAATCCGTGTTGTTTTCTACTACTTAAAAGCATTTGGACGTTGCTT
TGTTTATCTCTAATCCTTGCTATTTCCTACTACTACTTAAGCATTGGGACTTTGCGTCGT
TTTATCTCTAATCCTTGTTGTATTATTCTACTACTTAGTTGTGCGGTTAGTCTTAATCC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3FR90JQ 698 0 0
AGTGGAGTTCAGCTTCTCCAAGATATTCGGAGAAGACGCTGGGAAGAACATCAAGACCGT
GGACGATGGGATCCACGAGCTCTTCAACGAGTACATGGCACTCCCTGCACCGTTAAAACC
AGCATCCGAGGCAGACGGGCTGTCTGATTTCGACAACTATATTCTGGAGACAACAGGGCA
GAACCTCAAGTCAGAGCTGGACCAGTACCTTGACGAAACGCTGCTTCCTCGTGTTCAGGA
GTTTGATGTTCTAGACTGGTGGAAACAGAATAAGCTCAAGTACCCGACACTGTGCAAGAT
GGCTAGAGACATCCTCTCCATCCCGGTTTCAGCTGCGGCCTTCGACTATGTGTTTGACAT
GGAACCGAGGGAGATGGATGAGTACAAGACGACGCTGAGGCCTGAGACTGTGGAGGCTCT
GATTTGCGCCAGGGAGTGGCTTCTTGAGAGTGAAGCAGCATCTTCTCAGCAAATGTCGAG
TGCTGTTGTCAACGCTGAAGCCTAGGGTGGTGAGACTTTGGTTTGTGTATCTATAATCCG
TGTTGTTTTCTACTACTTAAAAGCATTTGGACGTTGCTTTGTTTATCTCTAATCCTTGCT
ATTTCCTACTACTACTTAAGCATTGGGACTTTGCGTCGTTTTATCTCTAATCCTTGTTGT
ATTATTCTACTACTTAGTTGTGCGGTTAGTCTTAATCC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL6960Contig1 630 2 1 U
ATCTCCTCTTTCCGGCTCTAGCGTTCTGCAAACTCCTCTGTCGATTTCAGCTGAGAGAGA
TGTCGGCATACGACAACGTTATTGGTGGGAAGCTAAAGCTAAAAGGGAAGGCTTTAGATG
TGAAAGCAGGTGGAGTCAAGAAGAAGAAGAAACAGAAGAAACACGAAGAGCAAGCTCTCA
AAATTACCGAACATGAACTCATAGAAGGAGAAAACACTGAAGCTTTGGGTAAACTGATTG
AAGAAGGAGAAGAAGATGAAGCCGGTATGAGTGAATTGGCGAAATACAACGATGATCAGT
TAACGCCTGCAGAAAGAAGGTACATAGAGCAGAAGCAGAGACTTGATGTGCAGAAACTAG
CCAAGGAAGCAAACAAGTCTCACCGTGACAGGATTGAGGATTTCAATCAGTATCTTGCTA
ATATGAGTGAGCACTATGATATCCCTAAAGTTGGACCTGGTTAATCTTACTCTTCATTGG
CTTTCTTCAACTCTACTGATCGATTTGTCATTGTTAAAATAACTTATGTTGGATCTATAT
TGTGTTATTCCCTTAAAACATTTCAATTATGTGATCTCGACTCTCTTTATGAGAAAAAAT
AAAAAACACATTGGAATCTTGTATCAACCC


BQ
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ATATGAGTGAGCACTATGATATCCCTAAAGTTGGACCTGGTTAATCTTACTCTTCATTGG
CTTTCTTCAACTCTACTGATCGATTTGTCATTGTTAAAATAACTTATGTTGGATCTATAT
TGTGTTATTCCCTTAAAACATTTCAATTATGTGATCTCGACTCTCTTTATGAGAAAAAAT
AAAAAACACATTGGAATCTTGTATCAACCC

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TCAACTCTACTGATCGATTTGTCATTGTTAAAATAACTTATGTTGGATCTATATTGTGTT
ATTCCCTTAAAACATTTCAATTATGTGATCTCGACTCTCTTTATGAGAAAAAATAAAAAA
CACATTGGAATCTTGTATCAACCC

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AI10JQ C 1
AF RR3AI10TF U 1
BS 1 632 RR3AI10TF

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DS 

RD RR3AI10TF 632 0 0
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TCAGATCACAGACCAGTCTACAGTTTGTTCTCTGTAGAGATTGAATCGGTATATAGAAAC
TACAATATCAAGAAAAGCTCTAGGATAGAAGTTGAGGAACTTCTTCCTCAACCGTATGGA
TACGCTGAGCTTAACCCTTACTGATTCATTATCACGAGACAGGGGAGAGGATTTCAACAT
TTCTAAAGCCTGAAAAGAAAAGAAAAAATGGGGTTGGGAACAGGGGAAGAAGAAGATTCG
AGTGAAAAGCGAAGTGAGTAATTAATATAGCTTTTTAGCTGAACAGTTCCTTATCTTTAG
GATTATAGAGAATTGACCAGTTTTGTGCACTTTGAACCATTAGTTTCTCAACAGGATGTA
GTGTATAGATATGTGTTTGCATGTACACCTTATTGATTCTTTTGTAAGGACCAATGTGTA
TCAAATTGGAAAACCACACCGATATGATGTTG

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL6962Contig1 1003 2 6 U
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TTATGTCTATTAATTTAACTTGTTTTTCGAACAAGTTTATATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CF61TF U 1
AF RR3CF61JQ C 279
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BS 750 1003 RR3CF61JQ

RD RR3CF61TF 749 0 0
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CGGTTTCCGTTCTATTTCCAACAAGATCCACAACCTCCTAGGTCATGCAGATCAAGACCA
AGACACCGACCATGACCAAGACGAGAGCAAGGCTATAATCCTATACAATAATGGAGTACC
CACAGTGGCTAACCATGAGAGTTACGACGTACAAGAGGAGGGAAACGACAAGTATCCTGA
TATGACTCACAAGTTGTTCGAAGGAGAAGAGGATTTTGAGGAGTTGGAGGAATGTCAAGG
AAGTTCTGTGATAGATATGGTGAGGAGCTCGAAGGAAGAAGAAGGAGCGAGTTTCAAGCT
AGAAGATGAGATCGACCATGTCGCAGATCTCTTCATTTCAAGATTTCATAAGCAGATGAA
GCTTCAAAAACTCTTGTCATTCAAGAG*TATCAG*AAATGCTAGCCAGAGGCACTTAAAA
ATCATATCTATATGTACACACGTGCATGCTGTTGTCACACAGATATGAAGAAAAGATTCA
TATTACGGTCTTTGCTAACGTCATATTGTGTGTTCTTGATCATAAATCCTTCGTGCCTCT
TATTTGCTAGGATCAAATATTATGATCTA

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3CF61JQ 725 0 0
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AAGAAGGAGCGAGTTTCAAGCTAGAAGATGAGATCGACCATGTCGCAGATCTCTTCATTT
CAAGATTTCATAAGCAGATGAAGCTTCAAAAACTCTTGTCATTCAAGAGGTATCAGGAAA
TGCTAGCCAGAGGCACTTAAAAATCATATCTATATGTACACACGTGCATGCTGTTGTCAC
ACAGATATGAAGAAAAGATTCATATTACGGTCTTTGCTAACGTCATATTGTGTGTTCTTG
ATCATAAATCCTTCGTGCCTCTTATTTGCTAGGATCAAATATTATGATCTATTAATGTTC
TTGTCAGTTATCAAGTTGGGGTTGAAAGAAAGATCTTTGATGTGTTACAAATCAGACATT
ATCCTTGTTTTCCTATTTGGCTTCACATACCCAAGGTCTTAAATATTACCCGTCCTTGGT
TTCATTGACTCAACAGTTGTATATCATATCATGATGTGTATGTTTGTTTTCTTGGTCTGC
CTAAGTCGCTGTAAATTCAGATTTATGTCTATTAATTTAACTTGTTTTTCGAACAAGTTT
ATATC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

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CAAAAGTACAGAAAATGCATATATTATAATACGTATCTTGTAGTGGAGTAAAACAAACGA
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TGTTCATGACAAGCCA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F409JQ U 1
AF RR3CB75JQ U 3
BS 1 147 RR3F409JQ
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BS 199 199 RR3CB75JQ
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BS 310 350 RR3F409JQ
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BS 562 770 RR3F409JQ
BS 771 796 RR3CB75JQ

RD RR3F409JQ 772 0 0
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AAATCCTGAGGTACAGAAGGGTATAAACGCAGCGTTTCAGCTAAAGCAGCTTTAAGGTAA
ACCAGCCTATCTGCCTCGTCGAACTCCAGCGGCTTCTCCGTCCACTTTCCCTGATCATGA
CCACGTGTCTCCTTCAGAACCGTCGATAACTCTTCAACGATCTTCTTCTC
AC

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3CB75JQ 794 0 0
CGA
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TATCCTTA*CATAAATCACGCACTAACCACCTCACCACGAGGTTGCAAGTAGACATGTAG
CCCGTTCTTCATGAAGAGCGACAGCGACATCTTCTGCTCGACGCGGTGACCGGGAACTGG
AAACAGCCGGTAACGGAGGAGAACGGCTGAAGCCACCGACTTCATCTGGAGATAAGCCAA
GTCTTTGCCCAAGCAGGTCCTTGGTCCGGCGTTAAACGCTACGAACTTGTAACCATCATT
AGGAGTCTCGAACCGGTCACCTTCGGCCGTGAGCCACCGTTCTGGACGGAACTCAAGACA
ATCTTGGCCCCAAATTGTTTTCATTCGTCCGATCGAGTAAATCGAGTAGGTTACCGTCGA
GCCTTTTGGCACGAAAGTTCCGTCAGGCAAAACGTCGTCGGCGATGACGTACTTGAAATC
CTGAGGTACAGAAGGGTATAAACGCAGCGTTTCAGCTAAAGCAGCTTTAAGGTAAACCAG
CCTATCTGCCTCGTCGAACTCCAGCGGCTTCTCCGTCCACTTTCCCTGATCATGACCACG
TGTCTCCTTCAGAACCGTCGATAACTCTTCAACGATCTTCTTCTCCACTTCAGGTTGTTC
ATGACAAGCCA

QA 4 794 4 794
DS 



AS 1 2

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ATCCCATCTCGATCAGATCCTCTCTCATCTTTCTTTCCAAACAATCCCACTTGTTCCTCT
CCTTCTAAACCCTCTCGTTTCTCCTCGTTATCGGTCTCGTCGATCGGGAGAGTAGGTGAG
TGTGGGAGAAAGTTGTCGGAAGTGAGGAGCATGGCTATGAAGAAGAGAGTCGAGATTTAC
GACACCGAGGAGAATCTGGCGATTGATTTGGCCAAATACACAGCGGATCTCTCCGACAAG
TTCTGCAAGGAGAGAGGCGCTTTCACTGTCGTTGTCTCTGGCGGCTCCTTAATCAAATCT
CTCCCGGAAGTTAGTAGAGGAGGTTGATTCAATCGATTGGTCAAGGTGGCATTTTTTCTG
GGTCGACGAGAGGGTTGTTCCCAAGCATCATGAAGACAGCAACTACAAACTTGCTTATGA
TAACTTCCTTTCCAAGGTTCCAATTCCTCCTGGAAACGTATACGCAATCAATTATTCTCC
TTCCGCCGAGGCAGCAGCGGATGACTACGAGACATGCCTCAAACACTTGGTCAACACCAA
CGTCCTCCGCGTATCTGAATCAACCGGCTTCCCCAAATTCGACCTCGTGCTTCTCGGTAT
GGGCCCTGACGGTCACGTAGCGTCGCTCTTCCCAGGACACGGTCTCTGCAACGAGAACAA
GAAATGGGTGGCTTCCATCACCGACTCTCCAAAGCCTCCGTCTGAGAGAATCACCTTCAC
GTTCCCGGTTATCAACTCCTCTGCGCATGTAGCTCTAGTGGTTTGCGGTTCTGGGAAAGC
CGAGCCTGTGCAGATGGCTCTGAACAAGACTGGGAGTGTGCCTGCGGGTTCTGTTTCTGC
TGAAGAGGAACTTGTTTGGTTTCTTGATAAACCAGCTTCTTCCAAGCTTTAAACTTTATC
AATGTGAGAGTGTGGGACTACTCTGGTTTGGTTTGCCTTTTTTGGTTTGTTTCGTCGAGT
GGTTAACTCGCTGGTTATCTCCATTGGGTTGAATGCAAATCTAATCTGAACTTTTTTTTG
GATTCTGCAACCGTATGATCGCCTGTAATCTAATAAGAAAATGTTTGAAAACC


BQ
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AF RR3A226TF U 1
AF RR3A226JQ C 249
BS 1 364 RR3A226TF
BS 365 365 RR3A226JQ
BS 366 767 RR3A226TF
BS 768 1133 RR3A226JQ

RD RR3A226TF 767 0 0
GGGGCTTCTTCCTGTTTCCTTCGCTCGATTCTCTTCTCTTCCCCCACCACCACCACCAAC
ATCCCATCTCGATCAGATCCTCTCTCATCTTTCTTTCCAAACAATCCCACTTGTTCCTCT
CCTTCTAAACCCTCTCGTTTCTCCTCGTTATCGGTCTCGTCGATCGGGAGAGTAGGTGAG
TGTGGGAGAAAGTTGTCGGAAGTGAGGAGCATGGCTATGAAGAAGAGAGTCGAGATTTAC
GACACCGAGGAGAATCTGGCGATTGATTTGGCCAAATACACAGCGGATCTCTCCGACAAG
TTCTGCAAGGAGAGAGGCGCTTTCACTGTCGTTGTCTCTGGCGGCTCCTTAATCAAATCT
CTCC*GGAAGTTAGTAGAGGAGGTTGATTCAATCGATTGGTCAAGGTGGCATTTTTTCTG
GGTCGACGAGAGGGTTGTTCCCAAGCATCATGAAGACAGCAACTACAAACTTGCTTATGA
TAACTTCCTTTCCAAGGTTCCAATTCCTCCTGGAAACGTATACGCAATCAATTATTCTCC
TTCCGCCGAGGCAGCAGCGGATGACTACGAGACATGCCTCAAACACTTGGTCAACACCAA
CGTCCTCCGCGTATCTGAATCAACCGGCTTCCCCAAATTCGACCTCGTGCTTCTCGGTAT
GGGCCCTGACGGTCACGTAGCGTCGCTCTTCCCAGGACACGGTCTCTGCAACGAGAACAA
GAAATGGGTGGCTTCCATCACCGACTCTCCAAAGCCTCCGTCTGAGA

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3A226JQ 885 0 0
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GGAGAGAGGCGCTTTCACTGTCGTTGTCTCTGGCGGCTCTTTAATCAAATCTCTCCCGGA
AGTTAGTAGAGGAGGTTGATTCAATCGATTGGTCAAGGTGGCATTTTTTCTGGGTCGACG
AGAGGGTTGTTCCCAAGCATCATGAAGACAGCAACTACAAACTTGCTTATGATAACTTCC
TTTCCAAGGTTCCAATTCCTCCTGGAAACGTATACGCAATCAATTATTCTCCTTCCGCCG
AGGCAGCAGCGGATGACTACGAGACATGCCTCAAACACTTGGTCAACACCAACGTCCTCC
GCGTATCTGAATCAACCGGCTTCCCCAAATTCGACCTCGTGCTTCTCGGTATGGGCCCTG
ACGGTCACGTAGCGTCGCTCTTCCCAGGACACGGTCTCTGCAACGAGAACAAGAAATGGG
TGGCTTCCATCACCGACTCTCCAAAGCCTCCGTCTGAGAGAATCACCTTCACGTTCCCGG
TTATCAACTCCTCTGCGCATGTAGCTCTAGTGGTTTGCGGTTCTGGGAAAGCCGAGCCTG
TGCAGATGGCTCTGAACAAGACTGGGAGTGTGCCTGCGGGTTCTGTTTCTGCTGAAGAGG
AACTTGTTTGGTTTCTTGATAAACCAGCTTCTTCCAAGCTTTAAACTTTATCAATGTGAG
AGTGTGGGACTACTCTGGTTTGGTTTGCCTTTTTTGGTTTGTTTCGTCGAGTGGTTAACT
CGCTGGTTATCTCCATTGGGTTGAATGCAAATCTAATCTGAACTTTTTTTTGGATTCTGC
AACCGTATGATCGCCTGTAATCTAATAAGAAAATGTTTGAAAACC

QA 1 885 1 885
DS 



AS 1 2

CO CL6965Contig1 907 2 2 U
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TCACCGTCTCCATCGCCCTCTACTGCAGCCTCGACCCCTTCAACCACTGCGCCATCTCCG
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AGAGAGACTCACAGAACTCTCTCCAGAGATCGGAGATTCTGTTTCAGAACCAAGTCCAGG
GTCCTGAGAGCGTCGCCTTTGATCCTCTAGGACGCGGTCCATACACCGGCGTTGCTGATG
GTAGGGTTTTGTTCTGGAATGGCCACAACTGGACTGACTTCGCATACACGTCAAGCAATA
GATCGGAGATTTGTGATCCGAAGCCATCTGCTTTGAGTTACTCGAGGAACGCGCATATAT
GTGGGCGTCCTCTGGGTCTCCGTTTCGACAAGAGAACCGGTGATTTGTACATAGCCGACG
CTTATATGGGACTTTTGAAAGTAGGTCCTGAAGGTGGCTTAGCAATGCCGCTTGTAACTG
AAGCTGAAGGCGTCCCGTTGGGGTTTACTAACGATCTTGACATTGATGATGATGGAACTG
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TAGTCTCAGATGTTCAGTTTCCTAACGGTGTGTCTATCAGCAAAGACGGTTCTTTCTTTG
TTTTCTGCGAGGGTGATATTGGAAGGTGAGTTAGTAGTAGTACTAGTAGTAGTAGTGAAT
CTGCTTCAAAATCTTGTAACCAATGTCGGGTCATGTTTTAAACTTTTCATATATATCATG
AAATATA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AA08TF U 1
AF RR3AA08JQ C 123
BS 1 746 RR3AA08TF
BS 747 907 RR3AA08JQ

RD RR3AA08TF 746 0 0
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TCACCGTCTCCATCGCCCTCTACTGCAGCCTCGACCCCTTCAACCACTGCGCCATCTCCG
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AGAGAGACTCACAGAACTCTCTCCAGAGATCGGAGATTCTGTTTCAGAACCAAGTCCAGG
GTCCTGAGAGCGTCGCCTTTGATCCTCTAGGACGCGGTCCATACACCGGCGTTGCTGATG
GTAGGGTTTTGTTCTGGAATGGCCACAACTGGACTGACTTCGCATACACGTCAAGCAATA
GATCGGAGATTTGTGATCCGAAGCCATCTGCTTTGAGTTACTCGAGGAACGCGCATATAT
GTGGGCGTCCTCTGGGTCTCCGTTTCGACAAGAGAACCGGTGATTTGTACATAGCCGACG
CTTATATGGGACTTTTGAAAGTAGGTCCTGAAGGTGGCTTAGCAATGCCGCTTGTAACTG
AAGCTGAAGGCGTCCCGTTGGGGTTTACTAACGATCTTGACATTGATGATGATGGAACTG
TTTACTTTACTGATAGCAGTATCAATTACCAGAGAAGAAACTTTTTGCAGCTTGTCTTCT
CTGGAGACAATACTGGGAGGGTTCTTAAGTATGATCCAATAGCAAAGAAAGCTGTTGTTC
TAGTCTCAGATGTTCAGTTTCCTAAC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3AA08JQ 785 0 0
TTCCCAAACTTCGTAGCTCACGAGGTTGTCTCTCCACGCCCCGATCAAGTGCCATGGGAG
AGAGACTCACAGAACTCTCTCCAGAGATCGGAGATTCTGTTTCAGAACCAAGTCCAGGGT
CCTGAGAGCGTCGCCTTTGATCCTCTAGGACGCGGTCCATACACCGGCGTTGCTGATGGT
AGGGTTTTGTTCTGGAATGGCCACAACTGGACTGACTTCGCATACACGTCAAGCAATAGA
TCGGAGATTTGTGATCCGAAGCCATCTGCTTTGAGTTACTCGAGGAACGCGCATATATGT
GGGCGTCCTCTGGGTCTCCGTTTCGACAAGAGAACCGGTGATTTGTACATAGCCGACGCT
TATATGGGACTTTTGAAAGTAGGTCCTGAAGGTGGCTTAGCAATGCCGCTTGTAACTGAA
GCTGAAGGCGTCCCGTTGGGGTTTACTAACGATCTTGACATTGATGATGATGGAACTGTT
TACTTTACTGATAGCAGTATCAATTACCAGAGAAGAAACTTTTTGCAGCTTGTCTTCTCT
GGAGACAATACTGGGAGGGTTCTTAAGTATGATCCAATAGCAAAGAAAGCTGTTGTTCTA
GTCTCAGATGTTCAGTTTCCTAACGGTGTGTCTATCAGCAAAGACGGTTCTTTCTTTGTT
TTCTGCGAGGGTGATATTGGAAGGTGAGTTAGTAGTAGTACTAGTAGTAGTAGTGAATCT
GCTTCAAAATCTTGTAACCAATGTCGGGTCATGTTTTAAACTTTTCATATATATCATGAA
ATATA

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL6966Contig1 485 2 1 U
GAGCTGGGGGACTTGCACTACGCATTTAAAAAGAGAGGTTGAAGTTGCATGGGAATCAGA
TGATTCAGAAGAGAATGGTAATGGAAATAGCAGCAGCAAGAGACAAGCGAAACTAAGCAA
ATTCGGGTTCACAACATGCGAGAGTAGAAGCGAAGAAGTCGAACCAAGTGGAAAAGGGCG
TTGCAAGTTTTTCCAGGCTCGCAAAATCCAACAAATCACTCAGTTTTAGCCTCATTAATA
AGGGCCCTAATCCTACTAGGATTAGTCCTTCACTCTTGTGGTCGCTGAAGTTTTATTGTT
TTGAATCTTGTGATTTACATGATTCTTGTTTGGTTTGTTTTCCTTAGTTCTTTGAGAATC
TCTCTAAGTTTGTAAACTGGGTTGTATCCCGTCAACTAGCCCCTAAGCCAGGCCGGCCTG
CACTTAACCATTTGTTTTGTAGAAGAATTTTTTTTTTTTCATTCTGATTTTGAAGTTTTC
TATCC


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR3FR94JQ C 1
AF RR3FR94TF U 1
BS 1 485 RR3FR94TF

RD RR3FR94JQ 485 0 0
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AGGGCCCTAATCCTACTAGGATTAGTCCTTCACTCTTGTGGTCGCTGAAGTTTTATTGTT
TTGAATCTTGTGATTTACATGATTCTTGTTTGGTTTGTTTTCCTTAGTTCTTTGAGAATC
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CACTTAACCATTTGTTTTGTAGAAGAATTTTTTTTTTTTCATTCTGATTTTGAAGTTTTC
TATCC

QA 1 485 1 485
DS 

RD RR3FR94TF 485 0 0
GAGCTGGGGGACTTGCACTACGCATTTAAAAAGAGAGGTTGAAGTTGCATGGGAATCAGA
TGATTCAGAAGAGAATGGTAATGGAAATAGCAGCAGCAAGAGACAAGCGAAACTAAGCAA
ATTCGGGTTCACAACATGCGAGAGTAGAAGCGAAGAAGTCGAACCAAGTGGAAAAGGGCG
TTGCAAGTTTTTCCAGGCTCGCAAAATCCAACAAATCACTCAGTTTTAGCCTCATTAATA
AGGGCCCTAATCCTACTAGGATTAGTCCTTCACTCTTGTGGTCGCTGAAGTTTTATTGTT
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TCTCTAAGTTTGTAAACTGGGTTGTATCCCGTCAACTAGCCCCTAAGCCAGGCCGGCCTG
CACTTAACCATTTGTTTTGTAGAAGAATTTTTTTTTTTTCATTCTGATTTTGAAGTTTTC
TATCC

QA 1 485 1 485
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL6969Contig1 996 2 2 U
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CCAGCTGTGGAGATCGTGGAGAGGGAATCGTTGATGGACAAGATAACGGAGAAGATCCAC
CACGGTGGCGATTCCTCCTCGTCGTCTTCATCGTCTGATGACGAGGACGATAAGAAGAAG
AAGAAGGAGAAGAAGCCGGAGTCTCCGTCTTCTGTGAAATCGAAAGTCTTCCGCTTGTTC
GGAAGGGAGAAGCCTGTGCATAAGGTTCTCGGCGGTGGATAGCCGGCGGATATATTCATG
TGGAAGGAATCAAAGATACCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTATCCTTCAGCTCGCA
TCTGGGCTCAGAATCGAGATCAACCGTGGACTCTCCTCTCTTCGTGAGATTGCTTCTGGC
AGGGATCTCAAGAAATTCCTCTGTGCTATAGCCGGCTTGTGGGTTCTATCCATCATGGGC
GGCTGGTTCAATTTCTTGACATTGGCATACATAGGTAATTGCTTAATCTTTCGATAACGT
TTTAGTGGGTTTGCTTCTCTCGTCTTACTGAACCCCTCTCTGATGACTAAGTCTCTTTTG
TCTGCTGCAACAGCTCTTGTGCTGCTCTTCACGGTTCCTCTTGTATACGACGAGTACGAA
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TTGGACGAGAAAGTGTTGAGCAAGATCCCCATGGGCCCGTTGAAGAACAAGAAGAAAGAT
TAGGGTTTACAAAATGGTGATCGTGTTCGTCAGATAGCAAGAAAAAAGGGTGTTGTGAAA
TGGTGTTGAAGCTTTATGTTAGATCGTTTAATATGTTATGTGAATGAACGTGGATTTTCC
TCGTTTTGTTTGTTTTTTCGTTTATGCCTATTGTTGGTGAACGTGGAAGGGATACAATTA
GTGTTGGGTTCTTTTTCTCTCTAAACCTACTATATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A135TF U 1
AF RR3A135JQ C 125
BS 1 764 RR3A135TF
BS 765 996 RR3A135JQ

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CCAGCTGTGGAGATCGTGGAGAGGGAATCGTTGATGGACAAGATAACGGAGAAGATCCAC
CACGGTGGCGATTCCTCCTCGTCGTCTTCATCGTCTGATGACGAGGACGATAAGAAGAAG
AAGAAGGAGAAGAAGCCGGAGTCTCCGTCTTCTGTGAAATCGAAAGTCTTCCGCTTGTTC
GGAAGGGAGAAGCCTGTGCATAAGGTTCTCGGCGGTGGATAGCCGGCGGATATATTCATG
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TCTGGGCTCAGAATCGAGATCAACCGTGGACTCTCCTCTCTTCGTGAGATTGCTTCTGGC
AGGGATCTCAAGAAATTCCTCTGTGCTATAGCCGGCTTGTGGGTTCTATCCATCATGGGC
GGCTGGTTCAATTTCTTGACATTGGCATACATAGGTAATTGCTTAATCTTTCGATAACGT
TTTAGTGGGTTTGCTTCTCTCGTCTTACTGAACCCCTCTCTGATGACTAAGTCTCTTTTG
TCTGCTGCAACAGCTCTTGTGCTGCTCTTCACGGTTCCTCTTGTATACGACGAGTACGAA
GACAAGGTCGACCCGTTAGGTGAGAAGGCAATGATCGAGATCAAGAAGCAGTATGCAGTG
TTGGACGAGAAAGTGTTGAGCAAGATCCCCATGGGCCCGTTGAA

QA 1 764 1 764
DS 

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TGTGCATAAGGTTCTCGGCGGTGGATAGCCGGCGGATATATTCATGTGGAAGGAATCAAA
GATACCTGAAGTTCATATCCCTGAGGAGCCTATCCTTCAGCTCGCATCTGGGCTCAGAAT
CGAGATCAACCGTGGACTCTCCTCTCTTCGTGAGATTGCTTCTGGCAGGGATCTCAAGAA
ATTCCTCTGTGCTATAGCCGGCTTGTGGGTTCTATCCATCATGGGCGGCTGGTTCAATTT
CTTGACATTGGCATACATAGGTAATTGCTTAATCTTTCGATAACGTTTTAGTGGGTTTGC
TTCTCTCGTCTTACTGAACCCCTCTCTGATGACTAAGTCTCTTTTGTCTGCTGCAACAGC
TCTTGTGCTGCTCTTCACGGTTCCTCTTGTATACGACGAGTACGAAGACAAGGTCGACCC
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GTTGAGCAAGATCCCCATGGGCCCGTTGAAGAACAAGAAGAAAGATTAGGGTTTACAAAA
TGGTGATCGTGTTCGTCAGATAGCAAGAAAAAAGGGTGTTGTGAAATGGTGTTGAAGCTT
TATGTTAGATCGTTTAATATGTTATGTGAATGAACGTGGATTTTCCTCGTTTTGTTTGTT
TTTTCGTTTATGCCTATTGTTGGTGAACGTGGAAGGGATACAATTAGTGTTGGGTTCTTT
TTCTCTCTAAACCTACTATATA

QA 11 872 11 872
DS 



AS 1 2

CO CL6970Contig1 624 2 1 U
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TTCCACCTATAATCGAAATTTCAAGATCATTTAATAGGCCAGATCATATACTCGATGCTA
ATGTCAGGTAAACACAAAGGAACCAGGAGAGCCAATTTGAGCGATTACCTCCAGTTGATG
ATGAACAGAGGCTTCTCCGGCAGGGGAAAAGTGTTGTGGAGAAGTTAGATTCAATGAACG
ACGGGAGGAAGGTGGAGGTAGGTAACAACGAGTTTCTAGGGATCTGCGACGGCATCGAGT
TTGGAGCCACGATAAGCGATCGGGAGGAGCTGGATAACGCGGAGTATCGCGACGAACGGA
GTGTGGAGAAACGGCGTTGGAAAGCCTGACGGGCGATCGAGAAGCTTCGTTTCATCTTCT
TCTCCGGTTGATTGATGAACGCTCGAGCTTTTTTTGATGATTTAGGGGTTTTCGAAAACC
TGATTTGTTAAGGTTTTGGTAAATTTAAATTTGCAAAATGACCCACGTAAAAGTAATGAC
TTCTAAATCAGCCCCGAATAAATGATGTTATCACTTTTACTTTATACTACAAAATGACGT
CGTTGTCGAACATGACAATTTTAG


BQ
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AF RR3D687JQ C 1
AF RR3D687TF U 1
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DS 

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ATGTCAGGTAAACACAAAGGAACCAGGAGAGCCAATTTGAGCGATTACCTCCAGTTGATG
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GTGTGGAGAAACGGCGTTGGAAAGCCTGACGGGCGATCGAGAAGCTTCGTTTCATCTTCT
TCTCCGGTTGATTGATGAACGCTCGAGCTTTTTTTGATGATTTAGGGGTTTTCGAAAACC
TGATTTGTTAAGGTTTTGGTAAATTTAAATTTGCAAAATGACCCACGTAAAAGTAATGAC
TTCTAAATCAGCCCCGAATAAATGATGTTATCACTTTTACTTTATACTACAAAATGACGT
CGTTGTCGAACATGACAATTTTAG

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AZ61TF U 1
AF RR3C430TF U 172
BS 1 792 RR3AZ61TF
BS 793 830 RR3C430TF

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TTCTGCTCTCCC
CTGTGTGAGTATTCTGA

QA 1 792 1 792
DS 

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AAATCCTGGGTCGTCCAAGGAAGATAAACCTACTGCCCCAGACCCTGATCAGGGAGAGAG
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QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

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CTCTGTTTCTACCTCGTTAGAAACCAGATATCCGGTCATAAGACCAACGGTGTGCTAGAT
GCCGTCTATTTCTGTGTTGTAACAATGACAACCATTGGATATGGTGATCTTGTCCCTAGT
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AACATCCACCGTCGCGAATGATTTTAAAGCAGTGATCCGGTTTCGTTTTTTTGTGTTCAC
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AAACTAGTAATTAAGTTTCTGAAATATTTGCAAACTAATGTTGTCAATTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AW10TF U 1
AF RR3AW10JQ C 316
BS 1 781 RR3AW10TF
BS 782 890 RR3AW10JQ

RD RR3AW10TF 785 0 0
GGAAAAATAGAAAGAAAGAAAAAAGAAACTAGAAAATAAGCACTGAAGCGAATTGATATC
AGAAATTACAGTATTTGGTTTGATTAAAGAATGTCGAACCATTCAGCTCCATTGATATCT
AGGGAGCAGTTAGATCCCATGGATCAAGACTTGAACCAAAACTCATTAACTTCTTCAAGA
AAAAGAAGATTACGTCGTTGTAGAAGCGCTCCTCGTGGTGATTGTATGTACAATAATGAT
GAAGATGTCAAAACCGACGAACCACCTCCTCATCGGAGTATAATCCCAATGTTCAGGGAT
CTAAACCCGAATCTCAGGGAAGTGATCATGTTCTTTGTTTTATACCTAACCATTGGTACA
CTCTGTTTCTACCTCGTTAGAAACCAGATATCCGGTCATAAGACCAACGGTGTGCTAGAT
GCCGTCTATTTCTGTGTTGTAACAATGACAACCATTGGATATGGTGATCTTGTCCCTAGT
AGTTCAACCTCAAGGCTACTTGCTTGTGCGTTTGTCTTTTCGGGAATGGTCCTCGTGGGT
CACCTTTTAAGTCGAGCAGCAGATTACTTAGTGGAGAGGCAAGAGACTTTGCTTGGTAAG
GCTTTCGATTTGCGCAAAACAGTTGGTCCAACAGAAATTCTCAAGGAAATGACCGTGCAG
ATGGAGAAGCTACTTGATCTTGCAGCTAGTGCCGCCGATGCTGTGGACGATGATGATGAG
AACATCCACCGTCGCGAATGATTTTAAAGCAGTGATCCGGTTTCGTTTTTTTGTGTTCAC
A
TACA

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3AW10JQ 575 0 0
AGGGAAGTGATCATGTTCTTTGTTTTATACCTAACCATTGGTACACTCTGTTTCTACCTC
GTTAGAAACCAGATATCCGGTCATAAGACCAACGGTGTGCTAGATGCCGTCTATTTCTGT
GTTGTAACAATGACAACCATTGGATATGGTGATCTTGTCCCTAGTAGTTCAACCTCAAGG
CTACTTGCTTGTGCGTTTGTCTTTTCGGGAATGGTCCTCGTGGGTCACCTTTTAAGTCGA
GCAGCAGATTACTTAGTGGAGAGGCAAGAGACTTTGCTTGGTAAGGCTTTCGATTTGCGC
AAAACAGTTGGTCCAACAGAAATTCTCAAGGAAATGACCGTGCAGATGGAGAAGCTACTT
GATCTTGCAGCTAGTGCCGCCGATGCTGTGGACGATGATGATGAGAACATCCACCGTCGC
GAATGATTTTAAAGCAGTGATCCGGTTTCGTTTTTTTGTGTTCACAATACAAAATATAAT
AAATAAATGAATACATATACACACACACACAAAATGTGGTGTGATAAACTAGTAATTAAG
TTTCTGAAATATTTGCAAACTAATGTTGTCAATTT

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

CO CL6973Contig1 903 2 2 U
GCATTGATAAATTTCGTTTCAATGCGAAGAGGGCGTCGCTTGTTCAGTCAAGAATCAAGG
CATTGGACCGGCTTGCCCATGTGGATCAAGTTATTAATGATCCTGACTACAAATTTGAAT
TCCCAACTCCTGACGATAAGCCTGGACCCCCTATTATCAGTTTCAGTGATGCATCATTTG
GCTACCCTGGTGGTCCGTTGTTGTTTAAGAACCTGAACTTCGGAATAGATCTTGATAGCC
GTATTGCAATGGTGGGAGCGAATGGTATTGGTAAATCAACTATTCTCAAACTTATTTCTG
GGGATCTGCAGCCAAGCTCTGGAACAGTTTTCCGTTCTGCTAAGGTTAGAGTTGCCGTCT
TTAGTCAGCACCATGTGGATGGGCTGGACCTTACTTCGAATCCTCTTCTATATATGATGC
GCTGCTACCCTGGAGTACCGGAACAAAAGCTGAGAAGTCACCTGGGTTCTCTTGGGGTCA
CTGGAAATCTGGCACTGCAGCCAATGTACACTTTATCAGGGGGTCAGAAAAGCAGAGTGG
CATTTGCCAAGATCACATTCAAGAAACCGCACTTGCTATTGCTGGATGAGCCTTCCAATC
ATCTTGATCTGGATGCTGTGGAAGCTTTGATTCAAGGACTTGTCCTATTCCAAGGCGGTA
TATGCATGGTGAGTCACGACGAGCATCTGATATCCGGAAGTGTGGATGAGCTGTGGGTTG
TGTCAGACGGAAGAATTGCACCTTTCCATGGAACCTTCCATGACTACAAGAAACTTCTCC
AGTCTTCGTCTTAAGTCATTTTCTCGAAACATGCTGAATTCAAGTTGTGGAATACAAAAT
TACATTACAGAGTTCTTGAAATGCAAGTCGATACGTTTTTAGATAAACTTATAAATGTCT
TCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3EP04TF U 1
AF RR3EP04JQ C 219
BS 1 649 RR3EP04TF
BS 650 903 RR3EP04JQ

RD RR3EP04TF 649 0 0
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CATTGGACCGGCTTGCCCATGTGGATCAAGTTATTAATGATCCTGACTACAAATTTGAAT
TCCCAACTCCTGACGATAAGCCTGGACCCCCTATTATCAGTTTCAGTGATGCATCATTTG
GCTACCCTGGTGGTCCGTTGTTGTTTAAGAACCTGAACTTCGGAATAGATCTTGATAGCC
GTATTGCAATGGTGGGAGCGAATGGTATTGGTAAATCAACTATTCTCAAACTTATTTCTG
GGGATCTGCAGCCAAGCTCTGGAACAGTTTTCCGTTCTGCTAAGGTTAGAGTTGCCGTCT
TTAGTCAGCACCATGTGGATGGGCTGGACCTTACTTCGAATCCTCTTCTATATATGATGC
GCTGCTACCCTGGAGTACCGGAACAAAAGCTGAGAAGTCACCTGGGTTCTCTTGGGGTCA
CTGGAAATCTGGCACTGCAGCCAATGTACACTTTATCAGGGGGTCAGAAAAGCAGAGTGG
CATTTGCCAAGATCACATTCAAGAAACCGCACTTGCTATTGCTGGATGAGCCTTCCAATC
ATCTTGATCTGGATGCTGTGGAAGCTTTGATTCAAGGACTTGTCCTATT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3EP04JQ 685 0 0
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ACTATTCTCAAACTTATTTCTGGGGATCTGCAGCCAAGCTCTGGAACAGTTTTCCGTTCT
GCTAAGGTTAGAGTTGCCGTCTTTAGTCAGCACCATGTGGATGGGCTGGACCTTACTTCG
AATCCTCTTCTATATATGATGCGCTGCTACCCTGGAGTACCGGAACAAAAGCTGAGAAGT
CACCTGGGTTCTCTTGGGGTCACTGGAAATCTGGCACTGCAGCCAATGTACACTTTATCA
GGGGGTCAGAAAAGCAGAGTGGCATTTGCCAAGATCACATTCAAGAAACCGCACTTGCTA
TTGCTGGATGAGCCTTCCAATCATCTTGATCTGGATGCTGTGGAAGCTTTGATTCAAGGA
CTTGTCCTATTCCAAGGCGGTATATGCATGGTGAGTCACGACGAGCATCTGATATCCGGA
AGTGTGGATGAGCTGTGGGTTGTGTCAGACGGAAGAATTGCACCTTTCCATGGAACCTTC
CATGACTACAAGAAACTTCTCCAGTCTTCGTCTTAAGTCATTTTCTCGAAACATGCTGAA
TTCAAGTTGTGGAATACAAAATTACATTACAGAGTTCTTGAAATGCAAGTCGATACGTTT
TTAGATAAACTTATAAATGTCTTCT

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

CO CL6974Contig1 413 2 3 U
ACCATGTTTATATCATTATTTGATTGGAGAGTATCATCAATCTTTATTATAAACAACAAA
GAAAATAAAAGATGCGGAGAGACGTTGCATTTCTTTTACTCTCATCCATACAGAGAAGCA
ATACATCATCAAACTAAGAAACCATATATCTTTGATTAAAACGTCTCAAACTTCAGGGGC
ATCTGAGCGCAAAACTGGTTTCTGGGGCTTGCCATCAGCCCATTTGGAGAGGGAGAAGTG
AACCTTCTCGCGATTGATTGATTCAGCCTTGAAAGGCTCCTTTAGACATTTCCTCACCAG
ATTCGCGCAGATGTTCGAATAGGTTATATACGTCATCCCCGCCGCTCTCCAGAACGGAAC
CGCTGCGTTCGATGCCATCGACAAGATATCAAGAAGAAGAAGAGGAAGATCGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A483TF C 1
AF RR3A483JQ U 29
BS 1 28 RR3A483TF
BS 29 393 RR3A483JQ
BS 394 413 RR3A483TF

RD RR3A483TF 413 0 0
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GAAAATAAAAGATGCGGAGAGACGTTGCATTTCTTTTACTCTCATCCATACAGAGAAGCA
ATACATCATCAAACTAAGAAACCATATATCTTTGATTAAAACGTCTCAAACTTCAGGTGC
ATCTGAGCGCAAAACTGGTTTCTGGGGCTTGCCATCAGCCCATTTGGAGAGGGAGAAGTG
AACCTTCTCGCGATTGATTGATTCAGCCTTGAAAGGCTCCTTTAGACATTTCCTCACCAG
ATTCGCGCAGATGTTCGAATAGGTTATATACGTCATCCCCGCCGCTCTCCAGAACGGAAC
CGCTGCGTTCGATGCCATCGACAAGATATCAAGAAGAAGAAGAGGAAGATCGA

QA 1 413 1 413
DS 

RD RR3A483JQ 365 0 0
GAGTATCATCAATCTTTATTATAAACAACAAAGAAAATAAAAGATGCGGAGAGACGTTGC
ATTTCTTTTACTCTCATCCATACAGAGAAGCAATACATCATCAAACTAAGAAACCATATA
TCTTTGATTAAAACGTCTCAAACTTCAGGGGCATCTGAGCGCAAAACTGGTTTCTGGGGC
TTGCCATCAGCCCATTTGGAGAGGGAGAAGTGAACCTTCTCGCGATTGATTGATTCAGCC
TTGAAAGGCTCCTTTAGACATTTCCTCACCAGATTCGCGCAGATGTTCGAATAGGTTATA
TACGTCATCCCCGCCGCTCTCCAGAACGGAACCGCTGCGTTCGATGCCATCGACAAGATA
TCAAG

QA 1 365 1 365
DS 



AS 1 2

CO CL6975Contig1 628 2 1 U
GGACCGTCCCCATTTCAGTGATCCTCCTGAGGTGATAGATACCAAATCAAAGATTCGGAG
TTTTGTAAGAGAAGTAAAACGATGCATCCTCCACTTACACCACATAGACATCCAATGTGT
CTGGAGATAATTGAGGAGTTCCAAAAGTGTCATTTAGAGCACCCCATTGGGAAATTCTTT
GGAGAGTGTACAGAGCTGAAAGTCAAGCTTGATCGGTGTTTCCGCCAAGAGAAAGCTGTA
AAGCGGAAAGTAAATTTCGAACAGAGCAAGAAACGTCAGGAAAGGCTGAAAACTATAAGG
AAAGAAGAAACTGCGGAGACTTGAGTATTGGTGGTGGATACTGATCTCGATGAAGAACAT
ATGTTTATTTTGAAAGAAGAAACACGTTTGTTAAATGGATCCAGGAGGAAGAGTTTAATA
CACTTTTTGTCTCGTAAATGAGCCAAAAAGATGGGTTTATACATCTATTGATTAGGGTTT
AAAACGAGGTGGGTATTGGAGTGTGTAAGGCTAATTAGTTTGGTCTGCAACATTTATGTG
ACTCCAGGTTAATTAGCTTGGAGTGTAAGGCTAATATTATCTATAAAATGCAGTAAATAA
GATCTCTTGGTCGACAAGATTTTTTTTT


BQ
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AF RR3DX56JQ C 1
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ATGTTTATTTTGAAAGAAGAAACACGTTTGTTAAATGGATCCAGGAGGAAGAGTTTAATA
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AAAACGAGGTGGGTATTGGAGTGTGTAAGGCTAATTAGTTTGGTCTGCAACATTTATGTG
ACTCCAGGTTAATTAGCTTGGAGTGTAAGGCTAATATTATCTATAAAATGCAGTAAATAA
GATCTCTTGGTCGACAAGATTTTTTTTT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3DX56TF 628 0 0
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TTTTGTAAGAGAAGTAAAACGATGCATCCTCCACTTACACCACATAGACATCCAATGTGT
CTGGAGATAATTGAGGAGTTCCAAAAGTGTCATTTAGAGCACCCCATTGGGAAATTCTTT
GGAGAGTGTACAGAGCTGAAAGTCAAGCTTGATCGGTGTTTCCGCCAAGAGAAAGCTGTA
AAGCGGAAAGTAAATTTCGAACAGAGCAAGAAACGTCAGGAAAGGCTGAAAACTATAAGG
AAAGAAGAAACTGCGGAGACTTGAGTATTGGTGGTGGATACTGATCTCGATGAAGAACAT
ATGTTTATTTTGAAAGAAGAAACACGTTTGTTAAATGGATCCAGGAGGAAGAGTTTAATA
CACTTTTTGTCTCGTAAATGAGCCAAAAAGATGGGTTTATACATCTATTGATTAGGGTTT
AAAACGAGGTGGGTATTGGAGTGTGTAAGGCTAATTAGTTTGGTCTGCAACATTTATGTG
ACTCCAGGTTAATTAGCTTGGAGTGTAAGGCTAATATTATCTATAAAATGCAGTAAATAA
GATCTCTTGGTCGACAAGATTTTTTTTT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL6976Contig1 500 2 2 U
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ACAACGATCCGAGGTTCTTTATGATATATTCCGGTCTGATCTACGGTTGTGGAAAGCATA
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AGAGGAGAAACTCTCAGCCGCTGCAGGAGAAGGAAGCAGTAGAGGTTCCATCTCTTGATA
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CTCCCTCGTTTGGACTTACT


BQ
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AF RR3C989JQ C 1
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ACAACGATCCGAGGTTCTTTATGATATATTCCGGTCTGATCTACGGTTGTGGAAAGCATA
TAGCATGACATTACAGTCACACTTGGGTTTCGCACAGTACCATGACTTACTCCAGGTCTT
AGAGGAGAAACTCTCAGCCGCTGCAGGAGAAGGAAGCAGTAGAGGTTCCATCTCTTGATA
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CAATTTTTCACGTTCGTGTAGATATATATAAACATGATTCAAATTAAATAAGAAATACAT
CTCCCTCGTTTGGACTTACT

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DS 

RD RR3C989TF 493 0 0
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TCCGAGGTTCTTTATGATATATTCCGGTCTGATCTACGGTTGTGGAAAGCATATAGCATG
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TCACGTTCGTGTAGATATATATAAACATGATTCAAATTAAATAAGAAATACATCTCCCTC
GTTTGGACTTACT

QA 1 493 1 493
DS 



AS 1 2

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CTTTGGCGGTGGCAGCCCCTTTGGAGGTGGTGGTAGCAGCCGGGGAAGGAGGCAGAGGCG
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CAAGAAGCTCTCTCTTTCTAGAAACGCTCTCTGCTCTAAGTGCAACGGAAAGGGTTCGAA
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GCAGCTTGGACCTGGGATGATCCAGCAGATGCAGCATGCTTGTAACGAGTGCAAAGGCAC
GGGGGAGACTATCAACGATCGTGACAGTGTCCGCAGTGCAAAGGAGACAAGTCGTCCCTG
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AAGACAGCAGA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BK86TF U 8
AF RR3BL74TF U 1
BS 1 53 RR3BL74TF
BS 54 54 RR3BK86TF
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BS 340 340 RR3BK86TF
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RD RR3BK86TF 645 0 0
G
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GGCGAGGAGCGCCGAAGAAGAGCGACAACACAAAGTTCTACGAGATCTTGGGCGTACCCA
GAACCGCATCTCCCGAAGATCTCAAGAAGGCTTGCAAAAAAGCAGCCATCAAGAACCATC
CCGACAAGGGTGGAGATCCTGAAAAGTTCAAAGAGCTAGCACAGGCGTATGAAGTTCTAA
GTGACCCAGAGAAGAGAGAGATATACGATGAGTACGGAGAGGATGCACTCAAGGAAGGAA
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GTGGCAGCCCCTTTGGAGGTGGTGGTAGCAGCCGGGGAAGGAGGCAGAGGCGTGGTGAAG
ATGTTGTTCATCCTTTGAAAGTTTCCCTTGAGGATCTCTACCTTGGTACTACCAAGAAGC
TCTCTCTTTCTAGAAACGCTCTCTGCTCTAAGTGCAACGGAAAGGGTTCGAAATCTGGAG
CCTCGATGAAGTGCGGTGGGTGTCAGGGTACGGGAATGAAGGTGACGATCAGGCAGCTTG
GACCTGGGATGATCCAGCAGATGCAGCATGCTTGTAACGAGTGC

QA 2 645 2 645
DS 

RD RR3BL74TF 791 0 0
GGCAATAAGCCGAGAAAACAAAAGAAGAAGAAAAAAACAAACTTGGTCTCCTTGAGAAAA
GATGTTCGGGCGAGGAGCGCCGAAGAAGAGCGACAACACAAAGTTCTACGAGATCTTAGG
CGTACCCAAAACCGCATCTCCCGAAGATCTCAAGAAGGCTTACAAAAAAGCAGCCATCAA
GAACCATCCCGACAAGGGTGGAGATCCTGAAAAGTTCAAAGAGCTAGCACAGGCGTATGA
AGTTCTAAGTGACCCAGAGAAGAGAGAGATATACGATGAGTACGGAGAGGATGCACTCAA
GGAAGGAATGGGTGGTGGAGGAGGAGGTGGGCATGACCCTTTTGATATCTTCTCATCCTT
CTTTGGCGGTGGCAGCCCCTTTGGAGGTGGTGGTAGCAGCCGGGGAAGGAGGCAGAGGCG
TGGTGAAGATGTTGTTCATCCTTTGAAAGTTTCCCTTGAGGATCTCTACCTTGGTACTAC
CAAGAAGCTCTCTCTTTCTAGAAACGCTCTCTGCTCTAAGTGCAACGGAAAGGGTTCGAA
ATCTGGAGCCTCGATGAAGTGCGGTGGGTGTCAGGGTACGGGAATGAAGGTGACGATCAG
GCAGCTTGGACCTGGGATGATCCAGCAGATGCAGCATGCTTGTAACGAGTGCAAAGGCAC
GGGGGAGACTATCAACGATCGTGACAGTGTCCGCAGTGCAAAGGAGACAAGTCGTCCCTG
AGAAGAAAGTTCTTGAAGTGATGTGAGAAAGGGATGCAGCACAGTCAGAGATCACATTCG
AAGACAGCAGA

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL6978Contig1 775 2 6 U
GGACAGATTTTGGGCCAAGGAATGTCTGATAAAATGCGGGATGTCACATATAAACATGCT
CGAGAGTGTACTTTAGGAAATAAGTTATACATTCACAGAGGAACTAATTTTTCGTTGACC
TTGAATCCAATATGCGAAGTGATCAATTGTCAGGTGTTTTCTAGTGGAGAAGCGCTGAAT
CAACTCTATATTAAGAGGCTAGCTCGACAAGCTTACTCAAAGTGGGATCAGTTAGAAGTG
ATGGAAATAAAAACAGACGAGGTTCCTCTTTTGACACAAGGTCATACTATGGAGCAGCCG
TATGGTGGAAACAACCACTACCACAACATTGAAAACAATAAATCGTATCAACAAAACGGA
TATTCTCTAGAGAGATCTCCCAACAATTTGGAGATGATTAACGAAGGGTATATTACGACG
AGTCCAATGGAATTCGATGTACGTTTTAACATTACCGGATCTTCGTCCCAAAGTCATATG
AACCCTTTTGAAAATCCTCATCTACGTTAGTATTGGAATATGAAGCCTCTTTGCGCCTTC
ACACGATGGTTAGACTCTTTCCAAATAAAGGGGTAACTATATATACAATGGTAAAAACAT
GGATTACATTGTATATATATGTATATCTGTAGATTATAGGAGGAATGGGTAAAAATTTCA
ATAAGAGTAATATTTTCGCTGAATGGTTATTCTAGCTGTTCACATTAATCATGTTTTGAC
AACATGATGCAGATGTTTTTAACCATTCACGGTATTAAATCAAAGATTTTATGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AI92TF U 1
AF RR3AI92JQ C 285
BS 1 571 RR3AI92TF
BS 572 572 RR3AI92JQ
BS 573 647 RR3AI92TF
BS 648 648 RR3AI92JQ
BS 649 759 RR3AI92TF
BS 760 775 RR3AI92JQ

RD RR3AI92TF 759 0 0
GGACAGATTTTGGGCCAAGGAATGTCTGATAAAATGCGGGATGTCACATATAAACATGCT
CGAGAGTGTACTTTAGGAAATAAGTTATACATTCACAGAGGAACTAATTTTTCGTTGACC
TTGAATCCAATATGCGAAGTGATCAATTGTCAGGTGTTTTCTAGTGGAGAAGCGCTGAAT
CAACTCTATATTAAGAGGCTAGCTCGACAAGCTTACTCAAAGTGGGATCAGTTAGAAGTG
ATGGAAATAAAAACAGACGAGGTTCCTCTTTTGACACAAGGTCATACTATGGAGCAGCCG
TATGGTGGAAACAACCACTACCACAACATTGAAAACAATAAATCGTATCAACAAAACGGA
TATTCTCTAGAGAGATCTCCCAACAATTTGGAGATGATTAACGAAGGGTATATTACGACG
AGTCCAATGGAATTCGATGTACGTTTTAACATTACCGGATCTTCGTCCCAAAGTCATATG
AACCCTTTTGAAAATCCTCATCTACGTTAGTATTGGAATATGAAGCCTCTTTGCGCCTTC
ACACGATGGTTAGACTCTTTCCAAATAAAGGTGTAACTATATATACAATGGTAAAAACAT
GGATTACATTGTATATATATGTATATCTGTAGATTATAGGAGGAATGTGTAAAAATTTCA
ATAAGAGTAATATTTTCGCTGAATGGTTATTCTAGCTGTTCACATTAATCATGTTTTGAC
AACATGATGCAGATGTTTTTAACCATTCACGGTATTAAA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3AI92JQ 491 0 0
TACTATGGAGCAGCCGTATGGTGGAAACAACCACTACCACAACATTGAAAACAATAAATC
GTATCAACAAAACGGATATTTTTTAGAGAGATCTCCCAACAATTTGGAGATGATTAACGA
AGGGTATATTACGACGAGTCCAATGGAATTCGATGTACGTTTTAACATTACCGGATTTTC
GTCCCAAAGTCATATGAACCCTTTTGAAAATCCTCATTTACGTTAGTATTGGAATATGAA
GCCTCTTTGCGCCTTCACACGATGGTTAGACTCTTTCCAAATAAAGGGGTAACTATATAT
ACAATGGTAAAAACATGGATTACATTGTATATATATGTATATCTGTAGATTATAGGGGGA
ATGGGTAAAAATTTCAATAAGAGTAATATTTTCGCTGAATGGTTATTTTAGCTGTTCACA
TTAATCATGTTTTGACAACATGATGCAGATGTTTTTAACCATTCACGGTATTAAATCAAA
GATTTTATGTT

QA 1 491 1 491
DS 



AS 1 2

CO CL6979Contig1 640 2 6 U
GGACCAATCAAAAAGCTCTTTTGACTTTCTGAAGAAGCAACAGAGAGATCTTTAAATGGC
GGCCATGAACTCGAGTGTTCTCACCTGCAGCTACGCAATCTCTGGCGCTAGCTCAGTAGA
TCTAAACCAGAAAGTGGGTTTGGCGAACTCATCGGTTGGGTTTGGTCAGAAGAAACAGAC
GGTTCCTGTGATCAAAGCAGCTCAACGAGTTGGTGGTGATGATGATGTTATAAATGGAAG
AAGATCCGCAATGGTGTTCTTAGCTGCTACACTCTTCTCCACTGCTGCTGTGTCTGCTAA
TGCTAATGCTAATGCTAGCGTCTTCGATGAATACCTTGAGAAGAGCAAAGCCAACAAAGA
ACTAAATGATAAGAAGAGATTGGCAACAAGTGGAGCAAACTTTGCAAGAGCATTCACTGT
TCAATTTGGAAGCTGCAAGTTCCCTGAGAATTTCACTGGATGTCAAGATCTTGCCAAGCA
AAAGAAAGTACCATTTATCTCAGAAGATTTGGCGTTGGAATGCGAAGGCAAAGACAAGTT
CAAGTGTGGTTCCAATGTTTTCTGGAAATGGTGATCATGTTCTGTTTTGTCTTTTTAATC
CATTCTTGTATAAACTGATCTATCTATCAAAGTTCTCTCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3DV45TF U 1
AF RR3GM87TF U 1
BS 1 207 RR3DV45TF
BS 208 208 RR3GM87TF
BS 209 298 RR3DV45TF
BS 299 299 RR3GM87TF
BS 300 636 RR3DV45TF
BS 637 640 RR3GM87TF

RD RR3DV45TF 636 0 0
GGACCAATCAAAAAGCTCTTTTGACTTTCTGAAGAAGCAACAGAGAGATCTTTAAATGGC
GGCCATGAACTCGAGTGTTCTCACCTGCAGCTACGCAATCTCTGGCGCTAGCTCAGTAGA
TCTAAACCAGAAAGTGGGTTTGGCGAACTCATCGGTTGGGTTTGGTCAGAAGAAACAGAC
GGTTCCTGTGATCAAAGCAGCTCAACGGGTTGGTGGTGATGATGATGTTATAAATGGAAG
AAGATCCGCAATGGTGTTCTTAGCTGCTACACTCTTCTCCACTGCTGCTGTGTCTGCTGA
TGCTAATGCTAATGCTAGCGTCTTCGATGAATACCTTGAGAAGAGCAAAGCCAACAAAGA
ACTAAATGATAAGAAGAGATTGGCAACAAGTGGAGCAAACTTTGCAAGAGCATTCACTGT
TCAATTTGGAAGCTGCAAGTTCCCTGAGAATTTCACTGGATGTCAAGATCTTGCCAAGCA
AAAGAAAGTACCATTTATCTCAGAAGATTTGGCGTTGGAATGCGAAGGCAAAGACAAGTT
CAAGTGTGGTTCCAATGTTTTCTGGAAATGGTGATCATGTTCTGTTTTGTCTTTTTAATC
CATTCTTGTATAAACTGATCTATCTATCAAAGTTCT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3GM87TF 640 0 0
GGACCAATCAAAAAGCTCTTTTGACTTTCTGAAGAAGCAACAGAGAGATCTTTAAATGGC
GGCCATGAACTCGAGTGTTCTCACCTGCAGCTACGCAATCTCTGGCGCTAGCTCAGTAGA
TCTAAACCAGAAAGTGGGTTTGGCGAACTCATCGGTTGGGTTTGGTCAGAAGAAACAGAC
GGTTCCTGTGATCAAAGCAGCTCAACGAGTTGGTGGTGATGATGATGTTATAAATGGAAG
AAGATCCGCAATGGTGTTCTTAGCTGCTACACTCTTCTCCACTGCTGCTGTGTCTGCTAA
TGCTAATGCTAATGCTAGCGTCTTCGATGAATACCTTGAGAAGAGCAAAGCCAACAAAGA
ACTAAATGATAAGAAGAGATTGGCAACAAGTGGAGCAAACTTTGCAAGAGCATTCACTGT
TCAATTTGGAAGCTGTAAGTTCCCTGAGAATTTCACTGGATGTCAAGATCTTGCCAAGCA
AAAGAAAGTACCATTTATCTCAGAAGATTTGGCGTTGGAATGCGAAGGCAAAGACAAGTT
CAAGTGTGGTTCCAATGTTTTCTGGAAATGGTGATCATGTTCTGTTTTGTCTTTTTAATC
CATTCTTGTATAAACTGATCTATCTATCAAAGTTCTCTCA

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL6980Contig1 911 2 2 U
GGGAAAAGCTATAGCTTGAAAGGTTGCATTAGCGATGCAAAGTCCATGAGAAGTTTCTTG
GTTCAACAAATGGGTTTCCCTATTGAATCTATTCTCATGCTCACAGAAGATGAAGCCTGT
CCCAAAAAAATACCAACGAAGAGAAACATGAGAAAGGCAATGAAATGGTTAGTTGAAGGA
AACAGAGCAAGAGACTCACTTTTCTTCCACTACTCTGGTCACGGAGCTCAGCAGAAAGAC
TACGATGGAGATGAGATCGACGGTCAAGATGAAGCCTTGATCCCTTTAGACCACGAGACA
GAAGGAAAAATCATCGATGACGAGATCAACGAGATACTCGTGAGGCCACTAGTCCATGGA
GCTAAGCTTCACGCTGTGGTCGACGCTTGTAACAGTGGGACTGTCTTTGACTTATCCTTC
GTTTGCAGGATGGAGAGGAATGGTTCTTATGATTGGGAGCATCAAGGATCAGGGAGATTT
TACAAAGGAACAGATGGTGGAGGAGCTTTCTGTTTCAGTGCTTGTGATGATGATGAAGCT
AGTGGTTACACTCCTGTATTCACCGGAAAGAACGCAGGAGCCATGACTTATAGCTTCATA
AACGCGGTGAAAACTGCTGGACCAGCACCCACGTATGGTCAGCTGCTGAACCTTATGTGC
TCTTCGATACGCGAGGCTCAGTCTCGCCTCACATACACAGACTCTGATGAGTCCTCGGAG
CCACTGCTAACATCATCAGAGAAATTTGACATATACAAGACAAAGTTTGTGCTCTGAAGG
CTGTTTAACATATTCTGCAAATAACTCGGAAACGCTGTCCACATCCTACCTTCTCTATGT
CTGAAGCATACATGTGAAAGCTGCAACGTCCTCTTTGTATTAATAAAGCTATAATTAGTA
ATATTTAAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GW87TF U 1
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BS 751 911 RR3GW87JQ

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GTTTGCAGGATGGAGAGGAATGGTTCTTATGATTGGGAGCATCAAGGATCAGGGAGATTT
TACAAAGGAACAGATGGTGGAGGAGCTTTCTGTTTCAGTGCTTGTGATGATGATGAAGCT
AGTGGTTACACTCCTGTATTCACCGGAAAGAACGCAGGAGCCATGACTTATAGCTTCATA
AACGCGGTGAAAACTGCTGGACCAGCACCCACGTATGGTCAGCTGCTGAACCTTATGTGC
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CCACTGCTAACATCATCAGAGAAATTTGAC

QA 1 750 1 750
DS 

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GCAAGAGACTCACTTTTCTTCCACTACTCTGGTCACGGAGCTCAGCAGAAAGACTACGAT
GGAGATGAGATCGACGGTCAAGATGAAGCCTTGATCCCTTTAGACCACGAGACAGAAGGA
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CTTCACGCTGTGGTCGACGCTTGTAACAGTGGGACTGTCTTTGACTTATCCTTCGTTTGC
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GGAACAGATGGTGGAGGAGCTTTCTGTTTCAGTGCTTGTGATGATGATGAAGCTAGTGGT
TACACTCCTGTATTCACCGGAAAGAACGCAGGAGCCATGACTTATAGCTTCATAAACGCG
GTGAAAACTGCTGGACCAGCACCCACGTATGGTCAGCTGCTGAACCTTATGTGCTCTTCG
ATACGCGAGGCTCAGTCTCGCCTCACATACACAGACTCTGATGAGTCCTCGGAGCCACTG
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AACATATTCTGCAAATAACTCGGAAACGCTGTCCACATCCTACCTTCTCTATGTCTGAAG
CATACATGTGAAAGCTGCAACGTCCTCTTTGTATTAATAAAGCTATAATTAGTAATATTT
AAGGG

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

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AAAAAAAGTATGGAAGAAGTTTGTAAGGGTTGGTTAGATGCAAAGACGCCAGGAAAGCTT
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BQ
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AF RR3GS64TF U 1
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TTCTTCTTCTTCTTCTGGGTTTTTCGGATCTATTTTTGCTCCTCCTTCTCATAAGGTTAT
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TGACAGAAACAGAGAAGAGCAAGACAACTATGGTTCAGTTTATCATCAGGAACAAGATGA
TTCCGGAAGTGCTTCCAGAGGAAATTGGTGGCAAGGGTCTCTGTATTACTAAGTAGAGTT
GTTGCTACTTAAGCCAGTGTTATACTACAAAAGCAGCCAGGGTATATAGGAAGGAAGGGA
AAAAAGTAGAGTAGCAGTGGATCCGTTGGTATTAGTAAAACTTCTCTATCTTATTATTAC
AAAAAAAGTATGGAAGAAGTTTGTAAGGGTTGGTTAGATGCAAAGACGCCAGGAAAGCTT
GTCTGAGGGGTTTTTTTTGGTCGTGGTTTAGTAATTAACCCGACCGCTTCAGATTTAGCT
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QA 1 745 1 745
DS 

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CAAGATGATTCCGGAAGTGCTTCCAGAGGAAATTGGTGGCAAGGGTCTCTGTATTACTAA
GTAGAGTTGTTGCTACTTAAGCCAGTGTTATACTACAAAAGCAGCCAGGGTATATAGGAA
GGAAGGGAAAAAAGTAGAGTAGCAGTGGATCCGTTGGTATTAGTAAAACTTCTCTATCTT
ATTATTACAAAAAAAGTATGGAAGAAGTTTGTAAGGGTTGGTTAGATGCAAAGACGCCAG
GAAAGCTTGTCTGAGGGGTTTTTTTTGGTCGTGGTTTAGTAATTAACCCGACCGCTTCAG
ATTTAGCTTTCGTAGTATGTATAATGGATAAAAACAATGATATGGTTTTGTAAGAAAACT
ACTCTAGTAAGTTTCTACATTTACAAGCATTGAAATAAATCACAACCTGTTGTTGT

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

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AGTTCGTGGAAATGGGTTCTTCTGTGGAGCAGAACATTCTTGTTACCGGTGGCGCTGGAT
TTATTGGGACACATACTGTTGTTCAGCTTCTGAAAGAGGGTTTCAAGGTTTCGATCATCG
ATAATCTTGATAACTCTGTTATCGAAGCCGTCGATAGGGTTAGGGAGCTCGTTGGTCCTG
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AACTCTTTTCCAAGCAGAGATTTGATGCCGTGATCCATTTTGCTGGTCTTAAAGCTGTGG
GTGAAAGTGTTGGCAACCCTCGTCGCTACTTTGACAATAACTTGGTCGGAACAATCAATC
TATATGAGACCATGGCAAAGTACAACTGCAAAATGATGGTGTTTTCATCATCTGCAACTG
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CTTATGGTCGTACCAAGCTGTTTCTTGAAGAAATAGCTAGAGATATCCACGCAGCGGAAC
CAGAATGGAGGATTGTTCTGCTGGGGTACTTCAATCCTGTGGAGCGCATGAGAGTGG


BQ
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AF RR3EM93TF U 1
AF RR3E558TF U 379
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DS 



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TTCAACT


BQ
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AF RR3EY81TF U 1
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GTT

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GATCGCGATCTTTACTTCGCTGGCGATCTTTACGACAACCACCACCATGTTGCTCCCGCC
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ACACCGGTGGTGAAGCGGAGGACAGCGACTCCGAAGCCTGTGGATGAAGACTTGTACAAG
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ATTTCAAGATGTTTTTTGCCAACACGGGTGCTTTGAAGCCACAAGCGTGACAGATTGTGA
GTCAGACAACACTTTGGAGTATGTTTTAAAAATACCGTATGCTTTTTGAAGTTGTGTATG
TAATATTTATGCTTAGGAAAAAGAATATGAATTCTAAACGATAAGCTTTATATGCTTCGG
GAAAAGAGAGCCATATTGTAACGTAGAATATGTTTTTTTGTTTAAATGAGATCTTGTTTT
TTCAACT

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3ET03JQ C 1
AF RR3ET03TF U 1
BS 1 693 RR3ET03TF

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CGCATCCCCGATCCCCGATCCGATAGAGAGAACCGATAATCAAAGAATATTTGTCATTTG
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CGCCAATGGTTGCAGGTGCTGCAGTAGCTGCTGCTGCTATAGCTGGTAGATACGGTATAC
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GGGTAGTGGCGGAGAAGGTGAAAGAAGCTCACAGGAGAGTGATGGTAGCAAACCACCCTG
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GCAAATCCAACAACTCTGGCTCTGCTTTTTGATCTGTCATATTGAGAGTTTGATACAATC
GGAAACTCTTTTGTCTCTTCATTTGAATGTGCTCTACCAATTTCTTGTTGTATATCATTA
TTATTATGTTCCCAAAGAAGCAGGTGGTGATCTATATTTGATACATCTTGTGTACTCAGA
GACATGAGCTGAATAAAAAAGAAAGTGATTGAT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3ET03TF 693 0 0
GGGATTTTATGTTCGGTTTTGTTTTCCTCTGTCCTCTCGAAGAACCCTAAAACCCATCCC
CGCATCCCCGATCCCCGATCCGATAGAGAGAACCGATAATCAAAGAATATTTGTCATTTG
TTTTAATCCGATTTCATCTGTTTAGATTCTTCGCTCAAATCTACGTGAACGATATGGCTA
CGCCAATGGTTGCAGGTGCTGCAGTAGCTGCTGCTGCTATAGCTGGTAGATACGGTATAC
TCGCTTGGCAAGCTTTCAAGGCCAGGCCCATCGTTCCTAGAATGCGCAGGTTTTATGAAG
GTGGTTTCCAAGCTGCCATGACACGCCGTGAAGCTGCTCTCATTCTTGGTGTTAGGGAGA
GGGTAGTGGCGGAGAAGGTGAAAGAAGCTCACAGGAGAGTGATGGTAGCAAACCACCCTG
ACGCTGGAGGTAGTCACTATCTCGCTTCTAAGATCAATGAAGCCAAAGATATCATGCTTG
GCAAATCCAACAACTCTGGCTCTGCTTTTTGATCTGTCATATTGAGAGTTTGATACAATC
GGAAACTCTTTTGTCTCTTCATTTGAATGTGCTCTACCAATTTCTTGTTGTATATCATTA
TTATTATGTTCCCAAAGAAGCAGGTGGTGATCTATATTTGATACATCTTGTGTACTCAGA
GACATGAGCTGAATAAAAAAGAAAGTGATTGAT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL6985Contig1 956 2 2 U
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ATGCAAGCGAATCTTGGTTTCCTTAAATCTCCGACATTTCCGTTTCCTTCGTCGAATTTG
TATCCGAAGCTTTCAGTCAAGTCGACATCACTCTGTCTGGGCTTCAGCTGTCGTCCCTCT
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TGTCTCAGTGATTCTCTTAGCTGGTGGTCAAGGGAAGAGAATGAAAATGACCATTCCAAA
ACAGTATATACCACTCCTTGGTCAGCCCATTGCTCTCTACAGCTTTTTCACGTTTTCACG
TATGCCTGAAATGAAGGAGATTATAGTTGTGTGCGATCCATTTTTCCGAGATATTTTTGA
AGAATATGAAGAATCAATAGATGCGAACGCTGAACTTGTTTGCATCCACGACTCAGCCAG
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CACCAAGGTTACAACACCTGATGATTTACTGCTTGCTGAGAGAATCTTGAGCATGGACTC
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CAATAATGTTTTAAGATTTTACAAAAAAGTGTTGAAACATTTGGAAAAGAAGAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AI91TF U 1
AF RR3AI91JQ C 259
BS 1 781 RR3AI91TF
BS 782 956 RR3AI91JQ

RD RR3AI91TF 781 0 0
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ATGCAAGCGAATCTTGGTTTCCTTAAATCTCCGACATTTCCGTTTCCTTCGTCGAATTTG
TATCCGAAGCTTTCAGTCAAGTCGACATCACTCTGTCTGGGCTTCAGCTGTCGTCCCTCT
GTTCAAATGTTCTTCATCGTCTGAGTTTGATAATAGTAAAACAGTTGTGAAGGAGAAGAG
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ACAGTATATACCACTCCTTGGTCAGCCCATTGCTCTCTACAGCTTTTTCACGTTTTCACG
TATGCCTGAAATGAAGGAGATTATAGTTGTGTGCGATCCATTTTTCCGAGATATTTTTGA
AGAATATGAAGAATCAATAGATGCGAACGCTGAACTTGTTTGCATCCACGACTCAGCCAG
ACCGTTGGTGGACACTGAAGATGTCGAGAAGGTACTTAAAGATGGTTGGGCGGTTGGAGC
AGCCGTGCTTGGTGTTCCAGCGAAAGCTACTATCAAAGAGGTCAATTCAGATTCACTCGT
GGTGAAAACTCTTGACAGGAAAACCCTTTGGGAAATGCAGACACCACAGGTGATCAAACC
CGAGCTGTTGAAGAGAGGTTTCGAGCTTGTGAAAAGAGAAAGTCTAGAGGTAACAGATGA
TGTTTCAATTGTTGAATACCTCAAGCACCCTGTTTATGTCACTCAAGGATCTTACACAAA
C

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3AI91JQ 698 0 0
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TGGTCAGCCCATTGCTCTCTACAGCTTTTTCACGTTTTCACGTATGCCTGAAATGAAGGA
GATTATAGTTGTGTGCGATCCATTTTTCCGAGATATTTTTGAAGAATATGAAGAATCAAT
AGATGCGAACGCTGAACTTGTTTGCATCCACGACTCAGCCAGACCGTTGGTGGACACTGA
AGATGTCGAGAAGGTACTTAAAGATGGTTGGGCGGTTGGAGCAGCCGTGCTTGGTGTTCC
AGCGAAAGCTACTATCAAAGAGGTCAATTCAGATTCACTCGTGGTGAAAACTCTTGACAG
GAAAACCCTTTGGGAAATGCAGACACCACAGGTGATCAAACCCGAGCTGTTGAAGAGAGG
TTTCGAGCTTGTGAAAAGAGAAGGTCTAGAGGTAACAGATGATGTTTCAATTGTTGAATA
CCTCAAGCACCCTGTTTATGTCACTCAAGGATCTTACACAAACACCAAGGTTACAACACC
TGATGATTTACTGCTTGCTGAGAGAATCTTGAGCATGGACTCATGAGGATGTAGTACGAC
TTGGTACTTTGATTTATTTTTCAGCCTTGCTGTATTTGTAGACAATAATGTTTTAAGATT
TTACAAAAAAGTGTTGAAACATTTGGAAAAGAAGAATC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL6987Contig1 657 2 2 U
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AGAAACGGCTGCGTTGAAGTGGGAGGGAAAACAAGCCGTCCAGGTCAACGGGGTCACGGT
GGAGCAAGCCTGGTCAGTCGTTTCAGACTTCTGCAACGTCCACGAGTGGTTCCCAACTGT
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TCTAATCGAGTGGTCGTTTGTGTCCGATCCTGTTGATGGTTGGAAGAAAGAAAGCCTTGA
ATCCTACGTTGGTTTTTGTCTTCAGCATATGGCGGATAAAATGGAAACGAATCTGTAAAA
CCTTTTCTATGCTTTTCAAGTTTTCATAATAAAAATATGTCGAGATCTCTGTTTTTTACA
GTGTGAAATCTAGTTGGTGTTTTCGTGTTAAAAAAGGTGAAATAAAGATAAGTTTCG


BQ
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AF RR3F127JQ C 1
AF RR3F127TF U 1
BS 1 631 RR3F127TF
BS 632 657 RR3F127JQ

RD RR3F127JQ 657 0 0
GGGCACCAAAGCGACTAACTATACAAGTCATATCATCAAAGTGGTCGGTCACATGGAGCA
AGAAACGGCTGCGTTGAAGTGGGAGGGAAAACAAGCCGTCCAGGTCAACGGGGTCACGGT
GGAGCAAGCCTGGTCAGTCGTTTCAGACTTCTGCAACGTCCACGAGTGGTTCCCAACTGT
TGACACTTGTCACAGAGTGGAAGGAACCGATGGTCAGACGGGTTTGGTCCGATACTGCGC
CTCCAACAAAATCAAAGACGAGGAAACCAAATGGGCTAAAGAGCGTTTGGTCGAGATCGA
TCCAGTCGGGCGGTGTTTGAGCTACGAGGTCCTTGAGAATAACGTGGGATTCGGATCTTA
CGTGGCGACGGTCAGAGTGGTGCCAGTAGATGGTGGAGACGAATCGGATGGAAAAATCTG
TCTAATCGAGTGGTCGTTTGTGTCCGATCCTGTTGATGGTTGGAAGAAAGAAAGCCTTGA
ATCCTACGTTGGTTTTTGTCTTCAGCATATGGCGGATAAAATGGAAACGAATCTGTAAAA
CCTTTTCTATGCTTTTCAAGTTTTCATAATAAAAATATGTCGAGATCTCTGTTTTTTACA
GTGTGAAATCTAGTTGGTGTTTTCGTGTTAAAAAAGGTGAAATAAAGATAAGTTTCG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3F127TF 631 0 0
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AGAAACGGCTGCGTTGAAGTGGGAGGGAAAACAAGCCGTCCAGGTCAACGGGGTCACGGT
GGAGCAAGCCTGGTCAGTCGTTTCAGACTTCTGCAACGTCCACGAGTGGTTCCCAACTGT
TGACACTTGTCACAGAGTGGAAGGAACCGATGGTCAGACGGGTCTGGTCCGATACTGCGC
CTCCAACAAAATCAAAGACGAGGAAACCAAATGGGCTAAAGAGCGTTTGGTCGAGATCGA
TCCAGTCGGGCGGTGTTTGAGCTACGAGGTCCTTGAGAATAACGTGGGATTCGGATCTTA
CGTGGCGACGGTCAGAGTGGTGCCAGTAGATGGTGGAGACGAATCGGATGGAAAAATCTG
TCTAATCGAGTGGTCGTTTGTGTCCGATCCTGTTGATGGTTGGAAGAAAGAAAGCCTTGA
ATCCTACGTTGGTTTTTGTCTTCAGCATATGGCGGATAAAATGGAAACGAATCTGTAAAA
CCTTTTCTATGCTTTTCAAGTTTTCATAATAAAAATATGTCGAGATCTCTGTTTTTTACA
GTGTGAAATCTAGTTGGTGTTTTCGTGTTAA

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

CO CL6988Contig1 1007 2 2 U
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CCAGCACAAAAACTTGGTCAAGTTCATTGGAGCGTGCAAAGAACCAATGATGGTTATAGT
CACCGAGCTTCTACTAGGCGGTACGTTGCGTAAATATCTAGTCAGCTTGCGGCCTAAACG
TTTGGATATACGTTTGGCTGTAGCGTTTGCGCTTGACATTGCTCGTGCGATGGAATGTTT
GCATTCCCATGGAATCATTCACCGCGATCTCAAACCAGAGAATTTGATCTTATCCGAGGA
TCATAAGACGGTAAAGCTCGCTGATTTCGGTTTAGCTAGAGAAGAATCATTAACAGAAAT
GATGACCGCAGAGACTGGCACATACCGTTGGATGGCCCCTGAGCTTTACAGTACGGTTAC
GTTAAGACATGGAGAGAAGAAACATTATAACCATAAAGTAGATGCTTACAGCTTCGCCAT
CGTCTTGTGGGAACTCATTCCCAACAAGTTACCCTTCGAAGGCATGTCCAATCTACAAGC
TGCCTATGCTGCTGCCTCCAAGAACTTGAGGCCTAGTGCGGAGGATCTACCAGGGGAACT
AGGGTTGATAGTGACGTCATGCTGGAAAGAAGATCCTAACGAGCGGCCAAACTTCACCGA
GATAATACAAATGCTCCTCCGTTACCTCTCCACCGTTTCTCCTCCGCAGATCGTTCCTCC
TCCCGTGAGACGTGTTTTCTCGTCGGAGAACGTGGTTTTCTCACCGGATTCTCCTGGTAC
CTGTTCGCTGATGAATGTGAGAGACAAAGATGGTTCGGGACAGAACGTTAACGCTGCTGA
TCCGTCAGAGAAGGAAACGAAAGGGAGCTTCTTCTTCTGCTGCTCATAGATGACGATGAT
GATGGATTACTATAAAAAGATAAATCGGGGTTGTGATTGTGTAAAGGAAACGAGAGAGAA
GTTGTATTTGTTATATGGAATGATAAATAGCAATGAACTTTTAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO07TF U 1
AF RR3DO07JQ C 271
BS 1 743 RR3DO07TF
BS 744 1007 RR3DO07JQ

RD RR3DO07TF 743 0 0
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CCAGCACAAAAACTTGGTCAAGTTCATTGGAGCGTGCAAAGAACCAATGATGGTTATAGT
CACCGAGCTTCTACTAGGCGGTACGTTGCGTAAATATCTAGTCAGCTTGCGGCCTAAACG
TTTGGATATACGTTTGGCTGTAGCGTTTGCGCTTGACATTGCTCGTGCGATGGAATGTTT
GCATTCCCATGGAATCATTCACCGCGATCTCAAACCAGAGAATTTGATCTTATCCGAGGA
TCATAAGACGGTAAAGCTCGCTGATTTCGGTTTAGCTAGAGAAGAATCATTAACAGAAAT
GATGACCGCAGAGACTGGCACATACCGTTGGATGGCCCCTGAGCTTTACAGTACGGTTAC
GTTAAGACATGGAGAGAAGAAACATTATAACCATAAAGTAGATGCTTACAGCTTCGCCAT
CGTCTTGTGGGAACTCATTCCCAACAAGTTACCCTTCGAAGGCATGTCCAATCTACAAGC
TGCCTATGCTGCTGCCTCCAAGAACTTGAGGCCTAGTGCGGAGGATCTACCAGGGGAACT
AGGGTTGATAGTGACGTCATGCTGGAAAGAAGATCCTAACGAGCGGCCAAACTTCACCGA
GATAATACAAATGCTCCTCCGTTACCTCTCCACCGTTTCTCCTCCGCAGATCGTTCCTCC
TCCCGTGAGACGTGTTTTCTCGT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3DO07JQ 737 0 0
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CCATAAAGTAGATGCTTACAGCTTCGCCATCGTCTTGTGGGAACTCATTCCCAACAAGTT
ACCCTTCGAAGGCATGTCCAATCTACAAGCTGCCTATGCTGCTGCCTCCAAGAACTTGAG
GCCTAGTGCGGAGGATCTACCAGGGGAACTAGGGTTGATAGTGACGTCATGCTGGAAAGA
AGATCCTAACGAGCGGCCAAACTTCACCGAGATAATACAAATGCTCCTCCGTTACCTCTC
CACCGTTTCTCCTCCGCAGATCGTTCCTCCTCCCGTGAGACGTGTTTTCTCGTCGGAGAA
CGTGGTTTTCTCACCGGATTCTCCTGGTACCTGTTCGCTGATGAATGTGAGAGACAAAGA
TGGTTCGGGACAGAACGTTAACGCTGCTGATCCGTCAGAGAAGGAAACGAAAGGGAGCTT
CTTCTTCTGCTGCTCATAGATGACGATGATGATGGATTACTATAAAAAGATAAATCGGGG
TTGTGATTGTGTAAAGGAAACGAGAGAGAAGTTGTATTTGTTATATGGAATGATAAATAG
CAATGAACTTTTAGACC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL6989Contig1 876 2 4 U
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CGATCCCTCTTTTATCTCTTTTTTATCTTTCAGAGAAAGTCGCCGGTTCTTTTCCGGTAT
ATGTCTCCCACGATGGCCAGTCTCCGCCTCTAGCAAACGGTGGCTTTTACAGCACCGATT
TGGCCGGCGTCATTGTTGCTCTTCGCTGATGGTGACGGCTGGCTTTTCATCAGCTTTTCG
GTTTTCTTTTTCTTTAGTTTCGTTTGATTTTTCTTTTGATATTCGCTCCTCCGACTTTGA
TTTTGGTTCAGTTGAAATTTTATCCTCAGATTTGATAATTTGATTCTCCTATCACTGGCA
CTTAAAATATGAATAGTGCTTTCCTAAGTGGTTTGGAAGCTATTAGATGTGTTTGGATCC
TGGTGGCTTGGATTGAATCAAGAATTTTCCCCTTCGTCGGAAGTGTTTGTCTCGACAGCT
GCTCAATCGCTTATGTATTAAGCTATGTTGGTTGCTCTTCATCCGATGAGATTGGTCTCC
GGTGATTCCCGAGCTCTGGCTTGAATTCTCCGTGCACGTTTGCGAGGGGGCAGGAGCTCC
AGTGCTATGTTGCGTCGAGAAGCTGCGTTGTATGTGATCAACTCTCTTTGATCTGTAAAG
TTTGAGTCTTTTTTAAGGTACCAGATGTTTTAAATCTTTAAGTTTTGACATAAACCAGTT
TCTTAGTTATTTGGAGAAACCTCTGTATTATCTCCATGATTGTATGAATTTTTGTGCTTT
TATTTATTAAAGGTTTGAACCTTTTTTTAGTTTAGAGGACCATTGACTAATTTCTTAGTT
ATTTACAGTGTTTGTTTGTTTGCAGTTATCTTAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX14TF U 1
AF RR3GX14JQ C 79
BS 1 677 RR3GX14TF
BS 678 678 RR3GX14JQ
BS 679 709 RR3GX14TF
BS 710 876 RR3GX14JQ

RD RR3GX14TF 709 0 0
GGATCTAACTTAATTTGATTCTCCTAAACGTGAAATAACTCGAAACAGGAGTTAAGTTTT
CGATCCCTCTTTTATCTCTTTTTTATCTTTCAGAGAAAGTCGCCGGTTCTTTTCCGGTAT
ATGTCTCCCACGATGGCCAGTCTCCGCCTCTAGCAAACGGTGGCTTTTACAGCACCGATT
TGGCCGGCGTCATTGTTGCTCTTCGCTGATGGTGACGGCTGGCTTTTCATCAGCTTTTCG
GTTTTCTTTTTCTTTAGTTTCGTTTGATTTTTCTTTTGATATTCGCTCCTCCGACTTTGA
TTTTGGTTCAGTTGAAATTTTATCCTCAGATTTGATAATTTGATTCTCCTATCACTGGCA
CTTAAAATATGAATAGTGCTTTCCTAAGTGGTTTGGAAGCTATTAGATGTGTTTGGATCC
TGGTGGCTTGGATTGAATCAAGAATTTTCCCCTTCGTCGGAAGTGTTTGTCTCGACAGCT
GCTCAATCGCTTATGTATTAAGCTATGTTGGTTGCTCTTCATCCGATGAGATTGGTCTCC
GGTGATTCCCGAGCTCTGGCTTGAATTCTCCGTGCACGTTTGCGAGGGGGCAGGAGCTCC
AGTGCTATGTTGCGTCGAGAAGCTGCGTTGTATGTGATCAACTCTCTTTGATCTGTAAAG
TTTGAGTCTTTTTTAAG*TACCAGATGTTTTAAATCTTTAAGTTTTGAC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3GX14JQ 798 0 0
TTTTTTATCTTTCAGAGAAAGTCGCCGGTTCTTTTCCGGTATATGTCTCCCACGATGGCC
AGTCTCCGCCTCTAGCAAACGGTGGCTTTTACAGCACCGATTTGGCCGGCGTCATTGTTG
CTCTTCGCTGATGGTGACGGCTGGCTTTTCATCAGCTTTTCGGTTTTCTTTTTCTTTAGT
TTCGTTTGATTTTTCTTTTGATATTCGCTCCTCCGACTTTGATTTTGGTTCAGTTGAAAT
TTTATCCTCAGATTTGATAATTTGATTCTCCTATCACTGGCACTTAAAATATGAATAGTG
CTTTCCTAAGTGGTTTGGAAGCTATTAGATGTGTTTGGATCCTGGTGGCTTGGATTGAAT
CAAGAATTTTCCCCTTCGTCGGAAGTGTTTGTCTCGACAGCTGCTCAATCGCTTATGTAT
TAAGCTATGTTGGTTGCTCTTCATCCGATGAGATTGGTCTCCGGTGATTCCCGAGCTCTG
GCTTGAATTCTCCGTGCACGTTTGCGAGGGGGCAGGAGCTCCAGTGCTATGTTGCGTCGA
GAAGCTGCGTTGTATGTGATCAACTCTCTTTGATCTGTAAAGTTTGAGTCTTTTTTAAGG
TACCAGATGTTTTAAATCTTTAAGTTTTGACATAAACCAGTTTCTTAGTTATTTGGAGAA
ACCTCTGTATTATCTCCATGATTGTATGAATTTTTGTGCTTTTATTTATTAAAGGTTTGA
ACCTTTTTTTAGTTTAGAGGACCATTGACTAATTTCTTAGTTATTTACAGTGTTTGTTTG
TTTGCAGTTATCTTAGCG

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

CO CL6990Contig1 627 2 1 U
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AGATGAACACTGACATCACAGCCTTGGAGAAGCCCCAATACCCAGTCGTAGATCGTAACC
CTCCGTTCACGAAAGTCGTCGGAAACTTCAGCGTACTCGATTACCTCCGTTTCTCCACCA
TCACCGGCGTTTCCGTAACCGTCGGCTACCTATCAGGTCTCCACCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAACTACTTTTGCATTTTCATTGTCCTGATATGGGTGTGT
ATACGGTGGGTTTGGGGGATGTGTAGGGATAAAACCAGGGATCAAGGGACCGTCGATGGT
GACGGGAGGATTGATCGGAGTCATGGGTGGTTTCATGTACGCTTACCAGAACTCCGCGGG
TCGACTCATGGGATTTTTCCCTAACGAAGGCGAGGTCGCTAGTGACCAGAAGCAGAAGCG
TGGTGCTGGTGGTTCCTTCAATTGAATCTTCTAGGGTTTTTCCTGGGTCCTTCGAATCCT
TTCATGTAATTGGATCGATTTTTCTTTGCTGTTTTGAGGATACATTTGCCTCTGTTTATC
TGTCATGATGACTTACGGTTAATAATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AP60JQ C 1
AF RR3AP60TF U 1
BS 1 627 RR3AP60TF

RD RR3AP60JQ 627 0 0
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CTCCGTTCACGAAAGTCGTCGGAAACTTCAGCGTACTCGATTACCTCCGTTTCTCCACCA
TCACCGGCGTTTCCGTAACCGTCGGCTACCTATCAGGTCTCCACCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAACTACTTTTGCATTTTCATTGTCCTGATATGGGTGTGT
ATACGGTGGGTTTGGGGGATGTGTAGGGATAAAACCAGGGATCAAGGGACCGTCGATGGT
GACGGGAGGATTGATCGGAGTCATGGGTGGTTTCATGTACGCTTACCAGAACTCCGCGGG
TCGACTCATGGGATTTTTCCCTAACGAAGGCGAGGTCGCTAGTGACCAGAAGCAGAAGCG
TGGTGCTGGTGGTTCCTTCAATTGAATCTTCTAGGGTTTTTCCTGGGTCCTTCGAATCCT
TTCATGTAATTGGATCGATTTTTCTTTGCTGTTTTGAGGATACATTTGCCTCTGTTTATC
TGTCATGATGACTTACGGTTAATAATT

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3AP60TF 627 0 0
GGGAGAGAGATGACGATAGATTCACAGTTCATAGCAGAGAGAGATTCGTAGATCGATCGA
AGATGAACACTGACATCACAGCCTTGGAGAAGCCCCAATACCCAGTCGTAGATCGTAACC
CTCCGTTCACGAAAGTCGTCGGAAACTTCAGCGTACTCGATTACCTCCGTTTCTCCACCA
TCACCGGCGTTTCCGTAACCGTCGGCTACCTATCAGGTCTCCACCTCTCTCTCTCTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAACTACTTTTGCATTTTCATTGTCCTGATATGGGTGTGT
ATACGGTGGGTTTGGGGGATGTGTAGGGATAAAACCAGGGATCAAGGGACCGTCGATGGT
GACGGGAGGATTGATCGGAGTCATGGGTGGTTTCATGTACGCTTACCAGAACTCCGCGGG
TCGACTCATGGGATTTTTCCCTAACGAAGGCGAGGTCGCTAGTGACCAGAAGCAGAAGCG
TGGTGCTGGTGGTTCCTTCAATTGAATCTTCTAGGGTTTTTCCTGGGTCCTTCGAATCCT
TTCATGTAATTGGATCGATTTTTCTTTGCTGTTTTGAGGATACATTTGCCTCTGTTTATC
TGTCATGATGACTTACGGTTAATAATT

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL6991Contig1 832 2 1 U
GGCATTCCGTTTCCGTTTCACCAACACATAATACGGAACTTGCTTGATCCATCGTGTTTT
GTCGAGATTCAGAGTGATGATGGCGTTTTGGAGGAGGCTGAGGAGCTCTGGAGACGCCAC
TGGTTTCAAGTTCCTCTTCTCAATCGCTTTCCTCTACACTCTAATGGCGGCGATTGCTTA
CTGCGTCCTCCATATGAAACACATCTCCCCGCTTCCACTCGACGCGCCTCTTGATCGATT
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GGAGGGGCGACCTGGGCTAAGAGAAGCTGCAACGTATATAAAATCTCAGCTAGAGATGGT
GAAGCAGAGAGCTGGGCCTAATCTAAGGGTTGAGGTGGAGGAGACGCAGGTGGATGGTTC
CTTTAGCATGATGTTTCTCGGCCACAGCATTTCACTTGGTTACAGAAACCACACTAATAT
ACTTATGCGGATTTCGTCGATGCATTCTCTTGACACGGATGCATCTGTATTGATGAATGT
ACATTATGATAGTCCTGTCAACTCCCCTGGAGCTGGTGACTGTGGGGTCATGTGTAGCAT
CACTACTTGAAGTAGCTAGACTGGTAGTAGATTCAGTTGGGCCCCGCCTCAACCTGTAAT
TTTTCTCTTCAACGGTGCTGAAGAGCTTTTTATGCTGGGCTCACACGGCTTCATGGCGCG
GCTGTTACGTATGGATTAGTGACGTGGAGTGGATATGGGTTAATGACGTGGAGATGTGCA
AGTGGCTCAAGGGTGTGCACGTTGGCCCAACAGGGTGGCTACTTAAAGATCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BN46TF U 1
AF RR3AR25TF U 1
BS 1 832 RR3AR25TF

RD RR3BN46TF 632 0 0
GGCATTCCGTTTCCGTTTCACCAACACATAATACGGAACTTGCTTGATCCATCGTGTTTT
GTCGAGATTCAGAGTGATGATGGCGTTTTGGAGGAGGCTGAGGAGCTCTGGAGACGCCAC
TGGTTTCAAGTTCCTCTTCTCAATCGCTTTCCTCTACACTCTAATGGCGGCGATTGCTTA
CTGCGTCCTCCATATGAAACACATCTCCCCGCTTCCACTCGACGCGCCTCTTGATCGATT
CTCCGAAGCCAGAGCCGTCCAACACATCCGCGTCTTGGTCGAGGAGATCGACGGTCGCCA
GGAGGGGCGACCTGGGCTAAGAGAAGCTGCAACGTATATAAAATCTCAGCTAGAGATGGT
GAAGCAGAGAGCTGGGCCTAATCTAAGGGTTGAGGTGGAGGAGACGCAGGTGGATGGTTC
CTTTAGCATGATGTTTCTCGGCCACAGCATTTCACTTGGTTACAGAAACCACACTAATAT
ACTTATGCGGATTTCGTCGATGCATTCTCTTGACACGGATGCATCTGTATTGATGAATGT
ACATTATGATAGTCCTGTCAACTCCCCTGGAGCTGGTGACTGTGGG*TCATGTGTAGCAT
CACTACTTGAAGTAGCTAGACTGGTAGTAGAT

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3AR25TF 832 0 0
GGCATTCCGTTTCCGTTTCACCAACACATAATACGGAACTTGCTTGATCCATCGTGTTTT
GTCGAGATTCAGAGTGATGATGGCGTTTTGGAGGAGGCTGAGGAGCTCTGGAGACGCCAC
TGGTTTCAAGTTCCTCTTCTCAATCGCTTTCCTCTACACTCTAATGGCGGCGATTGCTTA
CTGCGTCCTCCATATGAAACACATCTCCCCGCTTCCACTCGACGCGCCTCTTGATCGATT
CTCCGAAGCCAGAGCCGTCCAACACATCCGCGTCTTGGTCGAGGAGATCGACGGTCGCCA
GGAGGGGCGACCTGGGCTAAGAGAAGCTGCAACGTATATAAAATCTCAGCTAGAGATGGT
GAAGCAGAGAGCTGGGCCTAATCTAAGGGTTGAGGTGGAGGAGACGCAGGTGGATGGTTC
CTTTAGCATGATGTTTCTCGGCCACAGCATTTCACTTGGTTACAGAAACCACACTAATAT
ACTTATGCGGATTTCGTCGATGCATTCTCTTGACACGGATGCATCTGTATTGATGAATGT
ACATTATGATAGTCCTGTCAACTCCCCTGGAGCTGGTGACTGTGGGGTCATGTGTAGCAT
CACTACTTGAAGTAGCTAGACTGGTAGTAGATTCAGTTGGGCCCCGCCTCAACCTGTAAT
TTTTCTCTTCAACGGTGCTGAAGAGCTTTTTATGCTGGGCTCACACGGCTTCATGGCGCG
GCTGTTACGTATGGATTAGTGACGTGGAGTGGATATGGGTTAATGACGTGGAGATGTGCA
AGTGGCTCAAGGGTGTGCACGTTGGCCCAACAGGGTGGCTACTTAAAGATCT

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL6992Contig1 627 2 1 U
GGAATTTTCCAATTAGATTTGGCCTCTTCTGTTCTGGCTTCCGGATCTGTCAATGGCGGA
AGATACCTCCCCCGTACCGTCGACACCGCCCTTTGTAGAGGTGTTTTGTGAAATATCCGG
TAAAGACTACCGATTCACAGCTGGAACCAAGGCCGAGTTTGCTGTCTCCGTCATCAATCG
GAAACTTGTTGGTTCGTCCAAATCCAAAGCACTTTACATCGAAGCCGTAAAGGAAGGTGA
AGAGCCTATCAGTTTCGGGGATGGTGCTTCTCTTGTGAGTTACGGACATGGTTGGAGGCT
TCAGACAGTGGTCGACGATTCTGTTTTGCTTGGAACTGAGAAAGAGGACACTTTTCAGAG
ACTGTTCCCTTCTGTATTATCAACGGGTTCCAAAGATTCAAAGCCTTCAAAAGATATGAA
AGCAGAATTTGTAGGAGATCAAAGTCTAAAATACATTGGGAGGATAATGTTTGCATTTGT
TTTGATGTTTATACTTGGTGGCCTCTTCACCGTTGCTCTTGAAAACCTTCCTAAATTGAT
ATTGCTCTTTAACAATCTTTCCATGTAATAATTGACACTTTTTCAAGCACACAGACAATT
TGGGATGTTATACTAGTTAAGACTGCT


BQ
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AF RR3B792JQ C 1
AF RR3B792TF U 1
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QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CY31TF U 1
AF RR3CY31JQ C 111
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GTCATGCGTGAAA*CAGAGTCTTTGA
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DS 

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QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3H630TF U 1
AF RR3H630JQ C 110
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QA 1 676 1 676
DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3H760JQ C 1
AF RR3H760TF U 1
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QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CM72JQ C 1
AF RR3CM72TF U 1
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QA 1 627 1 627
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RD RR3CM72TF 627 0 0
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CTTTTTTGAATGTAGTTGAGATTATTTATCATCATCCTGCTCTTACTTCCAGTCATGTTA
CATTATCTGAGTCTATAAGTTTCTTAGTAGACCCAATAAATTGCTGTTTCATTTTACCGC
TCTGCAGTTCAGAACTCTTTGGCTATT

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL6997Contig1 950 2 2 U
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AAGAATCCCCACGGATTTACTGGTTGTCTATTGTCTTCCTTGGTTTCGATGTCTTCTTCG
TTGTCTTCTGTGTTGCGTTGGCCTGCGTTATTGGCATTGCTGTTTGCTGTTGCCTGCCAT
GCATCATTGCAGTTCTGTACGCTGTTGCAGATCAGGAAGGGGCTTCGAAAGAAGACATTG
AACAGCTCACCAAGTTCAAGTTTCGAAAAGGTGGTGATGTTAACAAACACGCTGGTGATG
AGGCTCAAGGAAACACCGATGGAATAATGACCGAGTGTGGTACGGATTCACCCATTGAAC
ATACGCTTCTGCTGGAGGATGCAGAATGTTGCATCTGTCTCTCGGCTTATGAAGACGGAA
CAGAACTAAAGGGAACTTCCTTGTGGTCACCATTTCCACTGCTCATGCGTAGACAAGTGG
CTATACATAAACTCGACTTGCCCACTCTGCAAATACAACATCCTCAAGAGTAGCAAGCTG
GATCAAGAGGAAGTCTAGAAGAAACAGCTTTGCTTATTCGTGACCCATCGTAAAACTTGA
TCAAAGGAACTTTAAGGGTCCAAAGGTAAAAAACACGATTGGTGTTTTTTAGATATGATG
CACTGTTTGTGATATCATATGATATGACATATATACAAATTTATTATACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AC53TF U 1
AF RR3AC53JQ C 149
BS 1 785 RR3AC53TF
BS 786 950 RR3AC53JQ

RD RR3AC53TF 785 0 0
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TTGTCTTCTGTGTTGCGTTGGCCTGCGTTATTGGCATTGCTGTTTGCTGTTGCCTGCCAT
GCATCATTGCAGTTCTGTACGCTGTTGCAGATCAGGAAGGGGCTTCGAAAGAAGACATTG
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AGGCTCAAGGAAACACCGATGGAATAATGACCGAGTGTGGTACGGATTCACCCATTGAAC
ATACGCTTCTGCTGGAGGATGCAGAATGTTGCATCTGTCTCTCGGCTTATGAAGACGGAA
CAGAACTAAAGGGAACTTCCTTGTGGTCACCATTTCCACTGCTCATGCGTAGACAAGTGG
CTATACATAAACTCGACTTGCCCACTCTGCAAATACAACATCCTCAAGAGTAGCAAGCTG
GATCA

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3AC53JQ 802 0 0
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GAAACATATGGAGTCTGCCAACACCGTGTTCTCGTTTATTTGGTGGATCATTGGGTTCTA
CTGGGTATCTGCTGGTGGCCAAGAGTTGGCACAAGAATCCCCACGGATTTACTGGTTGTC
TATTGTCTTCCTTGGTTTCGATGTCTTCTTCGTTGTCTTCTGTGTTGCGTTGGCCTGCGT
TATTGGCATTGCTGTTTGCTGTTGCCTGCCATGCATCATTGCAGTTCTGTACGCTGTTGC
AGATCAGGAAGGGGCTTCGAAAGAAGACATTGAACAGCTCACCAAGTTCAAGTTTCGAAA
AGGTGGTGATGTTAACAAACACGCTGGTGATGAGGCTCAAGGAAACACCGATGGAATAAT
GACCGAGTGTGGTACGGATTCACCCATTGAACATACGCTTTTGCTGGAGGATGCAGAATG
TTGCATCTGTCTCTCGGCTTATGAAGACGGAACAGAACTAA*GGGAACTTCCTTGTGGTC
ACCATTTCCACTGCTCATGCGTAGACAAGTGGCTATACATAAACTCGACTTGCCCACTCT
GCAAATACAACATCCTCAAGAGTAGCAAGCTGGATCAAGAGGAAGTCTAGAAGAAACAGC
TTTGCTTATTCGTGACCCATCGTAAAACTTGATCAAAGGAACTTTAAGGGTCCAAAGGTA
AAAAACACGATTGGTGTTTTTTAGATATGATGCACTGTTTGTGATATCATATGATATGAC
ATATATACAAATTTATTATACT

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL6998Contig1 666 2 1 U
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CTACAGTCTCACCATCCAAAGCTGATTTCTAGCAGAGAACATGGCTAATTCAGCGTTGGG
ATGCACGTAAGCGATGAGTGCAAGCTCAAGTTTTTGGAGTTGAAAGCAAAGAGAACTTAT
AGGTTTATTGTGTTCAAAATTGATGAGAAGGCTCAGCAAGTTACGATAGATAAGGTTGGG
AATCCAGAAGAAACTTACGACAGTTTCACCGAATGCATGCCTGAGAATGAGTGCCGCTAT
GCTGTCTATGACTTCGATTTCACCACTCCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATCTTTTTC
ATCGCATGGTCACCTGATACATCAAGAGTGCGGAGTAAGATGTTGTACGCAAGCTCGAAG
GATAGATTCAAGAGGGAGCTAGATGGGATTCAGGTTGAATTGCAAGCAACAGACCCTAGC
GAGATGAGCCTCGACATCATCAAAGGCCGAGTCAATCTCTGAATGCTACTTACCACATCT
TAATTCGTTTCAGTCAAATTTTTATTTTCTGCTTTCGTTTTCCGTTTTACTTCGTACTTC
TTCTTATTTTATGTGATTCACCACTTTTTATTTTTTGGAATGTAATATTCATGATAATAG
TTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3H671TF U 1
AF RR3H671JQ C 40
BS 1 666 RR3H671TF

RD RR3H671TF 666 0 0
GGAACCCGACCTACTTCTTTCTTCTTCCCACCCTCCTCTAAATCCCCCTCAATACCATCT
CTACAGTCTCACCATCCAAAGCTGATTTCTAGCAGAGAACATGGCTAATTCAGCGTTGGG
ATGCACGTAAGCGATGAGTGCAAGCTCAAGTTTTTGGAGTTGAAAGCAAAGAGAACTTAT
AGGTTTATTGTGTTCAAAATTGATGAGAAGGCTCAGCAAGTTACGATAGATAAGGTTGGG
AATCCAGAAGAAACTTACGACAGTTTCACCGAATGCATGCCTGAGAATGAGTGCCGCTAT
GCTGTCTATGACTTCGATTTCACCACTCCTGAGAATTGCCAGAAGAGCAAGATCTTTTTC
ATCGCATGGTCACCTGATACATCAAGAGTGCGGAGTAAGATGTTGTACGCAAGCTCGAAG
GATAGATTCAAGAGGGAGCTAGATGGGATTCAGGTTGAATTGCAAGCAACAGACCCTAGC
GAGATGAGCCTCGACATCATCAAAGGCCGAGTCAATCTCTGAATGCTACTTACCACATCT
TAATTCGTTTCAGTCAAATTTTTATTTTCTGCTTTCGTTTTCCGTTTTACTTCGTACTTC
TTCTTATTTTATGTGATTCACCACTTTTTATTTTTTGGAATGTAATATTCATGATAATAG
TTAACC

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3H671JQ 627 0 0
AAATCCCCCTCAATACCATCTCTACAGTCTCACCATCCAAAGCTGATTTCTAGCAGAGAA
CATGGCTAATTCAGCGTTGGGATGCACGTAAGCGATGAGTGCAAGCTCAAGTTTTTGGAG
TTGAAAGCAAAGAGAACTTATAGGTTTATTGTGTTCAAAATTGATGAGAAGGCTCAGCAA
GTTACGATAGATAAGGTTGGGAATCCAGAAGAAACTTACGACAGTTTCACCGAATGCATG
CCTGAGAATGAGTGCCGCTATGCTGTCTATGACTTCGATTTCACCACTCCTGAGAATTGC
CAGAAGAGCAAGATCTTTTTCATCGCATGGTCACCTGATACATCAAGAGTGCGGAGTAAG
ATGTTGTACGCAAGCTCGAAGGATAGATTCAAGAGGGAGCTAGATGGGATTCAGGTTGAA
TTGCAAGCAACAGACCCTAGCGAGATGAGCCTCGACATCATCAAAGGCCGAGTCAATCTC
TGAATGCTACTTACCACATCTTAATTCGTTTCAGTCAAATTTTTATTTTCTGCTTTCGTT
TTCCGTTTTACTTCGTACTTCTTCTTATTTTATGTGATTCACCACTTTTTATTTTTTGGA
ATGTAATATTCATGATAATAGTTAACC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL6999Contig1 700 2 2 U
GGGTGGCTCCGCGTTGGGTAACAACTTCCCTTTGAACTCCACAAGCGCTCCAAACTCCTA
CGAAGATGTCTTGAGCTCACAGTTTAGGGACAGCAGTCACTTGGCGTCATCACTTCAACA
GCAGAACGAACACTTAGCAGCATGGCATCAAGGACAACAATCCAACTCGCGTGTGGTTCC
AGGAAGTGGATATTACAGCCTTCCTAGTCATCAGAATCAACAGCCTCCTGGTTTCCGTCA
AGCACAACTACTGCAGCAGGCATCTCAACAACAACAACAACAGCATTTTGGAGGACATGG
CTATGGGAGTCCTTACCATTCACAATCACTAGATCATCTCCATCACCAACACCAACAACA
ACAAAACGCCATAGATGCTTCTAAACAGACCCCCCACCAACAGTTATGGCCCAACAACTA
CTGATCAAGAATCAATCAGTCAAATCCTGTCTTCATGCCTTGCTTTCTCTTTCCCCTTGC
AATTGGATGATTCCGAGGTGTGGGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTTTTGGATTGTTGTGGTT
TGTGGTAAGGTCTTATGAAGGGTTTAGGTGAGAGAGACCTTCAGTGGCTGGCTTGTTTAG
ATGCTAACCTTCTTGTATCACTAGAAACTCTGTTTTTTTCTTTTACCAATTAACTCATCA
ATCCTGACTTCCTTTTATTTTATAAAACTTTACTTTAAAT


BQ
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AF RR3AM41JQ C 1
AF RR3AM41TF U 1
BS 1 698 RR3AM41TF
BS 699 700 RR3AM41JQ

RD RR3AM41JQ 700 0 0
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QA 1 700 1 700
DS 

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CGAAGATGTCTTGAGCTCACAGTTTAGGGACAGCAGTCACTTGGCGTCATCACTTCAACA
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AGCACAACTACTGCAGCAGGCATCTCAACAACAACAACAACAGCATTTTGGAGGACATGG
CTATGGGAGTCCTTACCATTCACAATCACTAGATCATCTCCATCACCAACACCAACAACA
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CTGATCAAGAATCAATCAGTCAAATCCTGTCTTCATGCCTTGCTTTCTCTTTCCCCTTGC
AATTGGATGATTCCGAGGTGTGGGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTTTTGGATTGTTGTGGTT
TGTGGTAAGGTCTTATGAAGGGTTTAGGTGAGAGAGACCTTCAGTGGCTGGCTTGTTTAG
ATGCTAACCTTCTTGTATCACTAGAAACTCTGTTTTTTTCTTTTACCAATTAACTCATCA
ATCCTGACTTCCTTTTATTTTATAAAACTTTACTTTAA

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3E604TF U 1
AF RR3E604JQ C 1
BS 1 627 RR3E604TF
BS 628 717 RR3E604JQ

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QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3E604JQ 717 0 0
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TCTACAATGACATAAACAAGCGATTGCCTGGTCCTCATTTCGATCCGCCTTCTAAGGATC
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TGATCATATCGTTGATCGTGGCCCCCACTGTGGCTATTGCTACAAAGAAGGCCACGGAAG
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TGACCCTCGCAGTGGTGTGGGTGAATTCCTCCGAATAACTTAGTTGAGGAGTTGCAAAAG
CTTTGCTACAAAATAAATGTCATGTCCTTTCTAGTCTTACTATTTTATTACAGACTTGTT
CTTTTACCACGCAAATATAGAATAACGAAAGGGTCGAGTGAAAACAGTTTTACTCCTTTG
TATGTGTTGTGGGTCTTGGTTTCCCTTTGTATATCCCTGTCCTTTCTTTCAAGGACC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL7001Contig1 942 2 2 U
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GAGAATTGAGATTATGATTTTATCAAGTAGTTTCTAGTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GU12TF U 1
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CCTCTCCGACATACCTCATCACCACAAGATCATACTCGTGGGACATAGCATAGGCGGAGC
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GCA

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DS 

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GTGAAGGCGCTGATAAGCCACCCACTAATGCGCAAATGAAAGAGGAATATAGACGGCATT
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CTTTTTTCTCTGTCCCAACTACCTTGTTCACTTGTCTCCTCCGTGCTATATTTTCTCTTC
AACTATAATTTAAAACTCATTTTTGGTTTGAACATGTCCCGCCCTCACTACACTATCGAT
CTTCTTGTTGTTTGAGTGGTAGGAATGATTTGAGAATTGAGATTATGATTTTATCAAGTA
GTTTCTAGTTTTG

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

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CCACCACCACCGCGTCTCCTCCTCGTCTCACCACCACCACCGCGTCTCCTCCTTTTTTCA
CCACCACCACGGTCGCCCTCCCACCACCACCACCACCACAATCGACTTCTCTCTCTCTCT
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GATTTTGTATTATTTTTGGTAAAGATAGGTGGAGGAGGCAAGGTTCATGGCAGCTGGAGG
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TAGGTTTAGTTTTTTTTTTTAAGAATCGGTTAAGTGTAAACCGAGTTAGAAAAAATGTAG
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BQ
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AF RR3EU06JQ C 1
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DS 

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GATTTTGTATTATTTTTGGTAAAGATAGGTGGAGGAGGCAAGGTTCATGGCAGCTGGAGG
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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3EJ32JQ C 1
AF RR3EJ32TF U 1
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QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3EJ32TF 627 0 0
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GTCAAGTCACGCCTCTTCGTCTTCTTGGTGTTAAGGTGTGGCCTGTTGAAGTTGATCTTA
AGTTCTTGGAACCTGTTGGAAAAGAGCTTAAGATGCTTGGGAAGTTTATGGATAATGCTG
TTGACCTGATGAACAAGTCCTTCATCGACCGTTAAGCACAAGTCGTGAAGGTTCTACGGC
TAGACTTTTTGGAATTTGCGCAACTTATATTACAGGGAGAGAAATACATATATGATCTGA
GTAAAGTTGATTATGGTGTGCCAAATGTATAGAGGATTATCTCCTTGTTTTACAGACAAA
TTCTATATGCTACGAATTAATGTTTTT

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL7004Contig1 660 2 2 U
GGGAGATGATTTGAGCGAGAATCGTCGTCTCCCTCCGGCGATCGCCGGAACAAGAAAATG
TTGGCGATCACGAGAGTGATTAGCCGGAGAATCCATGGCAAGGGTGGTGATGTAGCTGTT
CCAAAACTCTCAGGATTCTCTATTGTATCTCCCAAAAACGTTGAGGTAGAGTATGGAGAT
GGGAGCAAGTTCAGTTTCTCATCTGAGTTTCTGAGAGTGCATAGTCCAGCTGCTGATGGG
AAAGTCAGATCAATCGGTGGTGAAAAGGTGATATCTGGAAGGAGGTATGTAGGAATCATG
TCTGCAGAACCAGTGGGAAACTATGGGGTAAGGTTAGTGTTTGATGACTTGCATAGAACA
GGAATATATCCATGGGACTATTTCTACGAGCTTGGGAGCAATAAGTTTGGTCTCATGAGA
AGCTATATCAAGATTCTCCAAAAGCATCATCTCAGCCGTGAACCTCCTCCCAGAAGGATA
TGATTCTGGCCAATGTGTGTGTTTCAAACTCTTTTGGTTCAAAGTGTTTGTTAGAATCCT
TGTTGTGCAGAAACACGGAATCTTGTTTGGCTTCTTTCAGAGTGCAGCCCGTATACATTT
TATATTCATTTGGGCTCAAATCACCTCTCACTAGACGTTATAAAACCACGAATATTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CN95TF U 1
AF RR3CN95JQ C 29
BS 1 652 RR3CN95TF
BS 653 660 RR3CN95JQ

RD RR3CN95TF 652 0 0
GGGAGATGATTTGAGCGAGAATCGTCGTCTCCCTCCGGCGATCGCCGGAACAAGAAAATG
TTGGCGATCACGAGAGTGATTAGCCGGAGAATCCATGGCAAGGGTGGTGATGTAGCTGTT
CCAAAACTCTCAGGATTCTCTATTGTATCTCCCAAAAACGTTGAGGTAGAGTATGGAGAT
GGGAGCAAGTTCAGTTTCTCATCTGAGTTTCTGAGAGTGCATAGTCCAGCTGCTGATGGG
AAAGTCAGATCAATCGGTGGTGAAAAGGTGATATCTGGAAGGAGGTATGTAGGAATCATG
TCTGCAGAACCAGTGGGAAACTATGGGGTAAGGTTAGTGTTTGATGACTTGCATAGAACA
GGAATATATCCATGGGACTATTTCTACGAGCTTGGGAGCAATAAGTTTGGTCTCATGAGA
AGCTATATCAAGATTCTCCAAAAGCATCATCTCAGCCGTGAACCTCCTCCCAGAAGGATA
TGATTCTGGCCAATGTGTGTGTTTCAAACTCTTTTGGTTCAAAGTGTTTGTTAGAATCCT
TGTTGTGCAGAAACACGGAATCTTGTTTGGCTTCTTTCAGAGTGCAGCCCGTATACATTT
TATATTCATTTGGGCTCAAATCACCTCTCACTAGACGTTATAAAACCACGAA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3CN95JQ 632 0 0
CTCCCTCCGGCGATCGCCGGAACAAGAAAATGTTGGCGATCACGAGAGTGATTAGCCGGA
GAATCCATGGCAAGGGTGGTGATGTAGCTGTTCCAAAACTCTCAGGATTCTCTATTGTAT
CTCCCAAAAACGTTGAGGTAGAGTATGGAGATGGGAGCAAGTTCAGTTTCTCATCTGAGT
TTCTGAGAGTGCATAGTCCAGCTGCTGATGGGAAAGTCAGATCAATCGGTGGTGAAAAGG
TGATATCTGGAAGGAGGTATGTAGGAATCATGTCTGCAGAACCAGTGGGAAACTATGGGG
TAAGGTTAGTGTTTGATGACTTGCATAGAACAGGAATATATCCATGGGACTATTTCTACG
AGCTTGGGAGCAATAAGTTTGGTCTCATGAGAAGCTATATCAAGATTCTCCAAAAGCATC
ATTTCAGCCGTGAACCTCCTCCCAGAAGGATATGATTCTGGCCAATGTGTGTGTTTCAAA
CTCTTTTGGTTCAAAGTGTTTGTTAGAATCCTTGTTGTGCAGAAACACGGAATCTTGTTT
GGCTTCTTTCAGAGTGCAGCCCGTATACATTTTATATTCATTTGGGCTCAAATCACCTCT
CACTAGACGTTATAAAACCACGAATATTCTGC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL7005Contig1 1254 2 4 U
GGATACATACATTAATCTATAGTAAGCAGATTTATTTGTACACCGTCCAGGATCTGATCA
GTTTCTGCGACTTTATTAGTAACATTCAATGGAAGGATTAGCTATCAGAGCATCGAGACC
TTCCATTTTCTGCTCTCTTCCAGGTCTCGGCGGGGATAATCAGCAACGACCTCCAAGTGA
CGGTTTCCTCAAGTTTCCGGCCTCGTCGGCAGATAACAGCACAAAACTAGTCGTGAATTC
TGGTTCTTTTCATCCAATCTCCGCCGTCAACGTGTCTACTCAAGCTTCTCTCACCGCAGA
TATTCCCGCCCTTTCAGGAACGAATGTGAAAGAGGAGAGAATCAACGGAGAAAAGAAGAA
GGCAGACAACATCGTATGGCACGAGAGTTCCATCTGCAGATGCGACCGACAAGAGCTTCT
TCAACAAAAGGGTTGTGTCATTTGGATCACTGGTCTCAGCGGTTCGGGGAAAAGCACTGT
TGCTTGTTCGCTAAGTAAGGCTCTGTTTGAAAGAGGCAAACTTACTTACACACTCGACGG
AGACAATGTACGTCACGGCCTTAACCGTGACCTCACTTTCAAAGCTGACGATCGTACCGA
AAACATACGAAGGATCGGTGAAGTGGCAAAGCTGTTTGCTGACGTTGGCGTCATTTGTAT
AGCAAGTTTGATATCTCCTTACCGGAGAGACAGGGATGAGTGCCGGTCGTTGTTACCTGA
GGGAGATTTCGTGGAGGTTTTCATGGACGTTCCCCTTTCTGTGTGTGAGTCAAGAGATCC
AAAGGGGTTGTATAAACTCGCGCGTGCCGGCAAAATCAAAGGCTTTACTGGAATCGACGA
CCCTTACGAGGCGCCACTCAATTGCGAGGTCGTGCTCAAACACACAGGAGACGATGTTTC
TTCTTCGCCACATCAGATGGCTGAAAACATCATCTCTTACTTGCAAAACAAAGGTTACCT
TGAGGGTTAAGTCAAGTCCGAAAGATATCAAAGGCAACAACCCTTTTTTTGCTTAATGTC
ATCATCGTCTATTTGTATAATTGATATCGACTAAATGGACTTTGTTGTAGTTACTTTATC
TTAAATTACTCATTAACTTATATATTTGATTTGAACTCAACCCGTGTGGATACAACCAGA
GGCAGACTAATATTATGTGAACAGATCTGTTGAGAAAACATGTCTACTGTATGTTAACTC
GGTTGGACTTGGTGTAAGCTAGTAATTAATTCTTGTAAGTTTATATGTTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY64TF U 1
AF RR3GY64JQ C 489
BS 1 694 RR3GY64TF
BS 695 695 RR3GY64JQ
BS 696 708 RR3GY64TF
BS 709 1254 RR3GY64JQ

RD RR3GY64TF 708 0 0
GGATACATACATTAATCTATAGTAAGCAGATTTATTTGTACACCGTCCAGGATCTGATCA
GTTTCTGCGACTTTATTAGTAACATTCAATGGAAGGATTAGCTATCAGAGCATCGAGACC
TTCCATTTTCTGCTCTCTTCCAGGTCTCGGCGGGGATAATCAGCAACGACCTCCAAGTGA
CGGTTTCCTCAAGTTTCCGGCCTCGTCGGCAGATAACAGCACAAAACTAGTCGTGAATTC
TGGTTCTTTTCATCCAATCTCCGCCGTCAACGTGTCTACTCAAGCTTCTCTCACCGCAGA
TATTCCCGCCCTTTCAGGAACGAATGTGAAAGAGGAGAGAATCAACGGAGAAAAGAAGAA
GGCAGACAACATCGTATGGCACGAGAGTTCCATCTGCAGATGCGACCGACAAGAGCTTCT
TCAACAAAAGGGTTGTGTCATTTGGATCACTGGTCTCAGCGGTTCGGGGAAAAGCACTGT
TGCTTGTTCGCTAAGTAAGGCTCTGTTTGAAAGAGGCAAACTTACTTACACACTCGACGG
AGACAATGTACGTCACGGCCTTAACCGTGACCTCACTTTCAAAGCTGACGATCGTACCGA
AAACATACGAAGGATCGGTGAAGTGGCAAAGCTGTTTGCTGACGTTGGCGTCATTTGTAT
AGCAAGTTTGATATCTCCTTACCGGAGAGACAGG*ATGAGTGCCGGTC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3GY64JQ 766 0 0
CGCTAAGTAAGGCTCTGTTTGAAAGAGGCAAACTTACTTACACACTCGACGGAGACAATG
TACGTCACGGCCTTAACCGTGACCTCACTTTCAAAGCTGACGATCGTACCGAAAACATAC
GAAGGATCGGTGAAGTGGCAAAGCTGTTTGCTGACGTTGGCGTCATTTGTATAGCAAGTT
TGATATCTCCTTACCGGAGAGACAGGGATGAGTGCCGGTCGTTGTTACCTGAGGGAGATT
TCGTGGAGGTTTTCATGGACGTTCCCCTTTCTGTGTGTGAGTCAAGAGATCCAAAGGGGT
TGTATAAACTCGCGCGTGCCGGCAAAATCAAAGGCTTTACTGGAATCGACGACCCTTACG
AGGCGCCACTCAATTGCGAGGTCGTGCTCAAACACACAGGAGACGATGTTTCTTCTTCGC
CACATCAGATGGCTGAAAACATCATCTCTTACTTGCAAAACAAAGGTTACCTTGAGGGTT
AAGTCAAGTCCGAAAGATATCAAAGGCAACAACCCTTTTTTTGCTTAATGTCATCATCGT
CTATTTGTATAATTGATATCGACTAAATGGACTTTGTTGTAGTTACTTTATCTTAAATTA
CTCATTAACTTATATATTTGATTTGAACTCAACCCGTGTGGATACAACCAGAGGCAGACT
AATATTATGTGAACAGATCTGTTGAGAAAACATGTCTACTGTATGTTAACTCGGTTGGAC
TTGGTGTAAGCTAGTAATTAATTCTTGTAAGTTTATATGTTTTACC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL7006Contig1 976 2 2 U
GCATTGGTTCACTCTCAGAGATCTTCAGATGGCTACAAACAATTTCTCGAGGGATAATAT
CATCGGTGATGGTGGGTATGGAGTTGTGTACCGTGGTAACCTTGTGAATGGTACCCATGT
AGCTGTTAAAAAGCTGCTCAACAATCTAGGGCAAGCTGATAAAGACTTCAGAGTAGAGGT
TGAAGCTATAGGTCACGTTCGCCACAAGAACTTGGTTCGTCTTCTTGGATATTGCATGGA
AGGAACACAGAGGATGCTTGTGTATGAGTATGTTAACAATGGGAACTTGGAGCAATGGCT
ACGTGGAGACAATCAAAACCATGAGTATCTAACGTGGGACGCACAGATGAAGATTCTTAT
AGGGACAGCCAAAGCGCTTGCTTACCTTCACGAGGCGATTGAGCCAAAAGTGGTGCATAG
AGACATAAAGTCTAGCAACATTCTGATTGATGACAAATTCAATTCTAAGATCTCTGACTT
TGGACTTGCCAAGCTGCTTGGTGCTGATAAAAGCTTTATAACTACTAGAGTACCCAGTCC
CTAGAGAGGATAGGAGAAAACGAAGGAGTCAGAACGGGACAACAAGAGATTCAGATCCGC
CTAGGAACAGCACAGACACTGACAAGAGTGAGTACCATGACATAAAGCCTGAAGCTGGAT
AAGCATTGGAGATAAATGATCAAAGTGTAAATGGTCATGAAGTTCCGAGCTTTATGTGAA
GCAAGTCCTTGTTCTTGTTATGTCATATTTGGTAATAAGGAGGGAGAAGAGCGAGCGTGT
TGATTGTTTGTGTTTAAGATGGGTGTAGTTTGTTCTTCCAGTACACACCATTTGCTTGTA
TAGAGTTTGTTTGTTTGTTGTTTAATTATTTGCTTCTCTACGTGTTGCAGTGTAGGTTGT
TTTTGGACCCAAAAAAACTCAAGGTTTTGTAGGAGATGTTATGTCATTGAGATAAACAAC
GTGTGGTTTGGTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ55TF U 1
AF RR3AJ55JQ C 280
BS 1 753 RR3AJ55TF
BS 754 976 RR3AJ55JQ

RD RR3AJ55TF 753 0 0
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TGAAGCTATAGGTCACGTTCGCCACAAGAACTTGGTTCGTCTTCTTGGATATTGCATGGA
AGGAACACAGAGGATGCTTGTGTATGAGTATGTTAACAATGGGAACTTGGAGCAATGGCT
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AGGGACAGCCAAAGCGCTTGCTTACCTTCACGAGGCGATTGAGCCAAAAGTGGTGCATAG
AGACATAAAGTCTAGCAACATTCTGATTGATGACAAATTCAATTCTAAGATCTCTGACTT
TGGACTTGCCAAGCTGCTTGGTGCTGATAAAAGCTTTATAACTACTAGAGTACCCAGTCC
CTAGAGAGGATAGGAGAAAACGAAGGAGTCAGAACGGGACAACAAGAGATTCAGATCCGC
CTAGGAACAGCACAGACACTGACAAGAGTGAGTACCATGACATAAAGCCTGAAGCTGGAT
AAGCATTGGAGATAAATGATCAAAGTGTAAATGGTCATGAAGTTCCGAGCTTTATGTGAA
GCAAGTCCTTGTTCTTGTTATGTCATATTTGGT

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3AJ55JQ 697 0 0
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CGCACAGATGAAGATTCTTATAGGGACAGCCAAAGCGCTTGCTTACCTTCACGAGGCGAT
TGAGCCAAAAGTGGTGCATAGAGACATAAAGTCTAGCAACATTCTGATTGATGACAAATT
CAATTCTAAGATCTCTGACTTTGGACTTGCCAAGCTGCTTGGTGCTGATAAAAGCTTTAT
AACTACTAGAGTACCCAGTCCCTAGAGAGGATAGGAGAAAACGAAGGAGTCAGAACGGGA
CAACAAGAGATTCAGATCCGCCTAGGAACAGCACAGACACTGACAAGAGTGAGTACCATG
ACATAAAGCCTGAAGCTGGATAAGCATTGGAGATAAATGATCAAGGTGTAAATGGTCATG
AAGTTCCGAGCTTTATGTGAAGCAAGTCCTTGTTCTTGTTATGTCATATTTGGTAATAAG
GAGGGAGAAGAGCGAGCGTGTTGATTGTTTGTGTTTAAGATGGGTGTAGTTTGTTCTTCC
AGTACACACCATTTGCTTGTATAGAGTTTGTTTGTTTGTTGTTTAATTATTTGCTTCTCT
ACGTGTTGCAGTGTAGGTTGTTTTTGGACCCAAAAAAACTCAAGGTTTTGTAGGAGATGT
TATGTCATTGAGATAAACAACGTGTGGTTTGGTTTAC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL7007Contig1 832 2 2 U
GGGGGGGAAAAAAAAAAGAAAAGAAAGGGTTTTAGGGTACATTTCTCGTTGATTTGGAAC
CTCACCCAGAAACCCCAATTCTCAAGCTTGAATCATGGTTGAAGAAAAATCCTCAGCCTG
TGACGAGCCTGTGACGGAAGTCGTGCAGAACCTAGATCCTAATCATGCCTCGATCGAAGC
CACTGTTGAATCTGCAGGCACTGAATCCACCTGCAACAACAACAACGCGGAAGAGAGTGC
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AGGCTCCGTCTTTTTGAAAGAGTGTGACTTTGCTGAAGCTGTCGATTGTTTCAGCCGTGC
CCTCGAGATCAGGGTTGAACACTATGGTGAACTTGCGTCTGAGTGCGTTAACGCGTATTA
CAAATATGGATCTGCTCTTCTGGAGAAGGCTCAGGCCGAAGCTGATCCCCTTGGTAACAT
GCCTAAGAAAAATGCTGAAGAGTCTAGTTGTAAGCGTATTGCAAACGGTGAAGCTTTGGC
TGCATCTGTTGTGTCTAGTGATCCAGAGAGACAAGGGAGCTCAAGTGGTGGGCAAGAAGG
CTGTGATGGTAAAGAGGAAGGAGAGGATGGTGAAGACGATGACATATCTGACGCTGATGC
TGATGATGAAGATGAGTCTGATTTGGATACGGCATGGAAAATGCTCGACATCGCAAGGGC
TATTACTGACAAACACTCAACTGATACAATGGAGAAAGTTGATATTCTCTCTGCCCTTGC
TGAAATCTCCCTCGAGAGAGAGGACATTGAGTCTTCCCTGAGTGACTACAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BZ01TF U 1
AF RR3GA09TF U 54
BS 1 691 RR3BZ01TF
BS 692 832 RR3GA09TF

RD RR3BZ01TF 695 0 0
GGGGGGGAAAAAAAAAAGAAAAGAAAGGGTTTTAGGGTACATTTCTCGTTGATTTGGAAC
CTCACCCAGAAACCCCAATTCTCAAGCTTGAATCATGGTTGAAGAAAAATCCTCAGCCTG
TGACGAGCCTGTGACGGAAGTCGTGCAGAACCTAGATCCTAATCATGCCTCGATCGAAGC
CACTGTTGAATCTGCAGGCACTGAATCCACCTGCAACAACAACAACGCGGAAGAGAGTGC
TGTAACTGACGAGGAGGAGCGTGAGAAGACGATTGAGTTCGCAGATGAGCTGACTCAGAA
AGGCTCCGTCTTTTTGAAAGAGTGTGACTTTGCTGAAGCTGTCGATTGTTTCAGCCGTGC
CCTCGAGATCAGGGTTGAACACTATGGTGAACTTGCGTCTGAGTGCGTTAACGCGTATTA
CAAATATGGATCTGCTCTTCTGGAGAAGGCTCAGGCCGAAGCTGATCCCCTTGGTAACAT
GCCTAAGAAAAATGCTGAAGAGTCTAGTTGTAAGCGTATTGCAAACGGTGAAGCTTTGGC
TGCATCTGTTGTGTCTAGTGATCCAGAGAGACAAGGGAGCTCAAGTGGTGGGCAAGAAGG
CTGTGATGGTAAAGAGGAAGGAGAGGATGGTGAAGACGATGACATATCTGACGCTGATGC
TGATGATGAAGATGAGTCTGATTTGGATACG
CATG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3GA09TF 779 0 0
GG
GGAACCTCACCCAGAAACCCCAATTCTCAAGCTTGAATCATGGTTGAAGAAAAATCCTCA
GCCTGTGACGAGCCTGTGACGGAAGTCGTGCAGAACCTAGATCCTAATCATGCCTCGATC
GAAGCCACTGTTGAATCTGCAGGCACTGAATCCACCTGCAACAACAACAACGCGGAAGAG
AGTGCTGTAACTGACGAGGAGGAGCGTGAGAAGACGATTGAGTTCGCAGATGAGCTGACT
CAGAAAGGCTCCGTCTTTTTGAAAGAGTGTGACTTTGCTGAAGCTGTCGATTGTTTCAGC
CGTGCCCTCGAGATCAGGGTTGAACACTATGGTGAACTTGCGTCTGAGTGCGTTAACGCG
TATTACAAATATGGATCTGCTCTTCTGGAGAAGGCTCAGGCCGAGGCTGATCCCCTTGGT
AACATGCCTAAGAAAAATGCTGAAGAGTCTAGTTGTAAGCGTATTGCAAACGGTGAAGCT
TTGGCTGCATCTGTTGTGTCTAGTGATCCAGAGAGACAAGGGAGCTCAAGTGGTGGGCAA
GAAGGCTGTGATGGTAAAGAGGAAGGAGAGGATGGTGAAGACGATGACATATCTGACGCT
GATGCTGATGATGAAGATGAGTCTGATTTGGATACGGCATGGAAAATGCTCGACATCGCA
AGGGCTATTACTGACAAACACTCAACTGATACAATGGAGAAAGTTGATATTCTCTCTGCC
CTTGCTGAAATCTCCCTCGAGAGAGAGGACATTGAGTCTTCCCTGAGTGACTACAAG

QA 3 779 3 779
DS 



AS 1 2

CO CL7008Contig1 863 2 8 U
TTTTTATGTTGGAGTCATAGGAAATGTAATATCAGTGCTTGTTTTCCTCTCTCCTGTGGA
GGCGTTTTTGAAGATAGTGAAACGGAGATCGACGGAAGAGTATGAGTGTCTGCCGTACAT
TTGCACGTTGTTGAGTTCGTCGTTGTGGACATATTATGGAATAGTGACCCCTGGAGAATA
CTTGGTTTCGACGGTCAATGGATTTGGAGTTCTTGCTGAATCCATCTATGTTCTCATTTT
CCTCTTCTTTGTTCCAAAACCTAGATTCTTAAAAACAATTACTTTGGTTCTAGCTCTGAA
CATTCTTTTCCCAGCTATAGCAATTGCGGGAACAAGAACTGCGTTTGGAGATGCAAAAAC
GCGTTCTAACTCAATGGGTTTCATTTGTGCTACTCTCAACATTATCATGTATGGTTCTCC
TCTTTCCGCTATTAAAACAGTTGTGACAACGAAGAGTGTGCAGTACATGCCGTTTTGGCT
ATCGTTTTTCCTCTTCCTAAACGGTGCGATTTGGGGTTTCTACGCTTTACTCGTACACGA
TGTTTATCTACCAGTGCCAAATGGAATGGGCTTCTTCTTTGGGACAATGCAACTCCTAAT
TTATGCGTTTTACAGAAATGCCAAGCCTAACGTAAAAGATGAAGAGGAAGCCCTCGCACC
AAGCCAACCTCTCCTCACTTAACCATTTTAATATTTAAATTGTATGAATGAATAAAAAAT
ATTTTTTTTTCTTTTGGCGAGTGTTCATTTTGATAGTTATTTAATTTGTTTCCTTTTTCT
TTTTTCATATCCTAGTGTGACAATGAATGATTTGATTATAAATATGTTTTTGGAAGATAT
AAATGAATCTAGAGATTGTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D754TF U 1
AF RR3D754JQ C 71
BS 1 666 RR3D754TF
BS 667 667 RR3D754JQ
BS 668 690 RR3D754TF
BS 691 691 RR3D754JQ
BS 692 707 RR3D754TF
BS 708 708 RR3D754JQ
BS 709 718 RR3D754TF
BS 719 863 RR3D754JQ

RD RR3D754TF 718 0 0
TTTTTATGTTGGAGTCATAGGAAATGTAATATCAGTGCTTGTTTTCCTCTCTCCTGTGGA
GGCGTTTTTGAAGATAGTGAAACGGAGATCGACGGAAGAGTATGAGTGTCTGCCGTACAT
TTGCACGTTGTTGAGTTCGTCGTTGTGGACATATTATGGAATAGTGACCCCTGGAGAATA
CTTGGTTTCGACGGTCAATGGATTTGGAGTTCTTGCTGAATCCATCTATGTTCTCATTTT
CCTCTTCTTTGTTCCAAAACCTAGATTCTTAAAAACAATTACTTTGGTTCTAGCTCTGAA
CATTCTTTTCCCAGCTATAGCAATTGCGGGAACAAGAACTGCGTTTGGAGATGCAAAAAC
GCGTTCTAACTCAATGGGTTTCATTTGTGCTACTCTCAACATTATCATGTATGGTTCTCC
TCTTTCCGCTATTAAAACAGTTGTGACAACGAAGAGTGTGCAGTACATGCCGTTTTGGCT
ATCGTTTTTCCTCTTCCTAAACGGTGCGATTTGGGGTTTCTACGCTTTACTCGTACACGA
TGTTTATCTACCAGTGCCAAATGGAATGGGCTTCTTCTTTGGGACAATGCAACTCCTAAT
TTATGCGTTTTACAGAAATGCCAAGCCTAACGTAAAAGATGAAGAGGAAGCCCTCGCACC
AAGCCA*CCTCTCCTCACTTAACCATTTTA*TATTTAAATTGTATGA*TGAATAAAAA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3D754JQ 793 0 0
AAGATAGTGAAACGGAGATCGACGGAAGAGTATGAGTGTCTGCCGTACATTTGCACGTTG
TTGAGTTCGTCGTTGTGGACATATTATGGAATAGTGACCCCTGGAGAATACTTGGTTTCG
ACGGTCAATGGATTTGGAGTTCTTGCTGAATCCATCTATGTTCTCATTTTCCTCTTCTTT
GTTCCAAAACCTAGATTCTTAAAAACAATTACTTTGGTTCTAGCTCTGAACATTCTTTTC
CCAGCTATAGCAATTGCGGGAACAAGAACTGCGTTTGGAGATGCAAAAACGCGTTCTAAC
TCAATGGGTTTCATTTGTGCTACTCTCAACATTATCATGTATGGTTCTCCTCTTTCCGCT
ATTAAAACAGTTGTGACAACGAAGAGTGTGCAGTACATGCCGTTTTGGCTATCGTTTTTC
CTCTTCCTAAACGGTGCGATTTGGGGTTTTTACGCTTTACTCGTACACGATGTTTATCTA
CCAGTGCCAAATGGAATGGGCTTTTTCTTTGGGACAATGCAACTCCTAATTTATGCGTTT
TACAGAAATGCCAAGCCTAACGTAAAAGATGAAGAGGAAGCCCTCGCACCAAGCCAACCT
CTCCTCACTTAACCATTTTAATATTTAAATTGTATGAATGAATAAAAAATATTTTTTTTT
CTTTTGGCGAGTGTTCATTTTGATAGTTATTTAATTTGTTTCCTTTTTCTTTTTTCATAT
CCTAGTGTGACAATGAATGATTTGATTATAAATATGTTTTTGGAAGATATAAATGAATCT
AGAGATTGTTGTT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL7009Contig1 634 2 2 U
GAATCTCCTTCAAAGTCAACAGAACCATCTCTCCGTCGATCGTCTCTCTGGTATTACACA
TACATCTGATGTTATTTTGGATACTGGTGCTTCGCACCATATGACCGGAGATCTTTCTCT
TTTACGAGATGTTATACCTATTACTCCGTCTCCGGTTACTTTTCCCGATGGAACAGCCTC
TCGAGCTACGATGATCGGCACACTCCCATTGAGCAAGGATTATTTCCTGATCAATGTGTT
ATTTGTTCCAAATTTCACTTGCACACTGATCTCCGTATCTCGTCTTATTAAACAAACCGG
TTGCATCGCTATATTTACTGACACTTTGTGTTTACTGCATGACCGTTTTACGAGGACCCT
GATTGGAGCCGGTGAAGAGAGAGAGGGGGTCTACTACTACAAGGGAGTCACGGTTGCACG
ATCCAATCAAACACGTCGGGAAAATCTTTCACCTACTGTTTTATGGCATCGTCGACTTGG
GCATCCGTCTACTAAAGTGCTTTCTACCTTACCTGCGTTTTCTAATACTAAAGTTGTTTT
AGATGATACACACTCGTGTGACATTTTTTTTCGCTCTAAACAGACTCGATCTGTCTTTTA
TGAAAGTAGTAATAAAGCTTCGGCACCTTTTGCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3BH02TF U 1
AF RR3DB11TF U 1
BS 1 631 RR3BH02TF
BS 632 634 RR3DB11TF

RD RR3BH02TF 631 0 0
GAATCTCCTTCAAAGTCAACAGAACCATCTCTCCGTCGATCGTCTCTCTGGTATTACACA
TACATCTGATGTTATTTTGGATACTGGTGCTTCGCACCATATGACCGGAGATCTTTCTCT
TTTACGAGATGTTATACCTATTACTCCGTCTCCGGTTACTTTTCCCGATGGAACAGCCTC
TCGAGCTACGATGATCGGCACACTCCCATTGAGCAAGGATTATTTCCTGATCAATGTGTT
ATTTGTTCCAAATTTCACTTGCACACTGATCTCCGTATCTCGTCTTATTAAACAAACCGG
TTGCATCGCTATATTTACTGACACTTTGTGTTTACTGCATGACCGTTTTACGAGGACCCT
GATTGGAGCCGGTGAAGAGAGAGAGGGGGTCTACTACTACAAGGGAGTCACGGTTGCACG
ATCCAATCAAACACGTCGGGAAAATCTTTCACCTACTGTTTTATGGCATCGTCGACTTGG
GCATCCGTCTACTAAAGTGCTTTCTACCTTACCTGCGTTTTCTAATACTAAAGTTGTTTT
AGATGATACACACTCGTGTGACATTTTTTTTCGCTCTAAACAGACTCGATCTGTCTTTTA
TGAAAGTAGTAATAAAGCTTCGGCACCTTTT

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3DB11TF 634 0 0
GAATCTCCTTCAAAGTCAACAGAACCATCTCTCCGTCGATCGTCTCTCTGGTATTACACA
TACATCTGATGTTATTTTGGATACTGGTGCTTCGCACCATATGACCGGAGATCTTTCTCT
TTTACGAGATGTTATACCTATTACTCCGTCTCCGGTTACTTTTCCCGATGGAACAGCCTC
TCGAGCTACGATGATCGGCACACTCCCATTGAGCAAGGATTATTTCCTGATCAATGTGTT
ATTTGTTCCAAATTTCACTTGCACACTGATCTCCGTATCTCGTCTTATTAAACAAACCGG
TTGCATCGCTATATTTACTGACACTTTGTGTTTACTGCATGACCGTTTTACGAGGACCCT
GATTGGAGCCGGTGAAGAGAGAGAGGGGGTCTACTACTACAAGGGAGTCACGGTTGCACG
ATCCAATCAAACACGTCGGGAAAATCTTTCACCTACTGTTTTATGGCATCGTCGACTTGG
GCATCCGTCTACTAAAGTGCTTTCTACCTTACCTGCGTTTTCTAATACTAAAGTTGTTTT
AGATGATACACACTCGTGTGACATTTTTTTTCGCTCTAAACAGACTCGATCTGTCTTTTA
TGAA*GTAGTAATAAAGCTTCGGCACCTTTTGCT

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL7010Contig1 625 2 1 U
GGGATTTGCCTCGCCATGTCTGGAGAAGAAGAAGAGAACGCCGCCGAGCTTAAGATCGGA
GACGAGTTTTTGAAGGCGAAGTGCTTAATGAACTGTGAGGTCTCTTTGATCCTTGAGCAC
AAGTATGAACAGCTTCAGCAAGTCTCCGAGGATCCTATGAATCAAGTTTCTCAAGTGTTT
GAGAAGTCTTTGCAGTATGTGAAGCGTTTTAGCCGGTACAAGAATCCAGATGCTGTTAGA
CAAGTTCGAGAAATCCTGAGTAGACACCAACTCACTGAGTTTGAGCTCTGTGTTCTTGGC
AATCTCTGTCCTGAAACTGCTGAAGAAGCAGTGGCTATGGTTCCTTCTCTCAAGACGAAA
GGAAGAGCTCATAGTGATGAAGCGATTGAGAAGATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAG
AGATTTGAGTAGTGCAGAAAGTTCTCGAGATCTAAGATTATAAACAGTTTAATTTGAGGG
TGTTACACTCACCTTTTAGCTGATGTCTTGAGTTAATTTTTCATGTCTAAAATTTAAAGC
TTTCCAGAATCTCTAGAATGATAACTTCTTCTAATGAAATGTAGTTTACAATACTTTAAT
ATACCTAAATATGAAGATTCAATTC


BQ
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AF RR3AH35JQ C 1
AF RR3AH35TF U 1
BS 1 625 RR3AH35TF

RD RR3AH35JQ 625 0 0
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GGAAGAGCTCATAGTGATGAAGCGATTGAGAAGATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAG
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ATACCTAAATATGAAGATTCAATTC

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3AH35TF 625 0 0
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GACGAGTTTTTGAAGGCGAAGTGCTTAATGAACTGTGAGGTCTCTTTGATCCTTGAGCAC
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GAGAAGTCTTTGCAGTATGTGAAGCGTTTTAGCCGGTACAAGAATCCAGATGCTGTTAGA
CAAGTTCGAGAAATCCTGAGTAGACACCAACTCACTGAGTTTGAGCTCTGTGTTCTTGGC
AATCTCTGTCCTGAAACTGCTGAAGAAGCAGTGGCTATGGTTCCTTCTCTCAAGACGAAA
GGAAGAGCTCATAGTGATGAAGCGATTGAGAAGATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAG
AGATTTGAGTAGTGCAGAAAGTTCTCGAGATCTAAGATTATAAACAGTTTAATTTGAGGG
TGTTACACTCACCTTTTAGCTGATGTCTTGAGTTAATTTTTCATGTCTAAAATTTAAAGC
TTTCCAGAATCTCTAGAATGATAACTTCTTCTAATGAAATGTAGTTTACAATACTTTAAT
ATACCTAAATATGAAGATTCAATTC

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

CO CL7011Contig1 790 2 4 U
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GTTCTAGCTTCAGGACTTCTTCCAAACCCGGTTTTAGAAACTTCTGTTCTTTCAATCTGT
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AATGTTCTAGGTGGAGCCTTTAGCAGTGACCCGAAAATCATCTCATATGCCGCATCAATG
ATACCTATTGTCGCATGTGGAAACTTCCTTGATGGTCTCCAATGCGTTCTCTCAGGGGCT
GCTAGAGGATGTGGATGGCAGAAAATTGGAGCCTGTGTGAATCTTGGATCGTATTATCTT
GTCGGAGTTCCGTTAGGTTTAGTTCTTGGTTTCCATTTCCACATTGGTGGTCGGGGGCTT
TGGCTTGGAATTGTTACAGCACTGGCTGTTCAAGTGTTGTGTCTTTCCTTGGTCACTATA
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TATGTCGAACAATCAATTCCAAGATGAGGAAAATCATTGGATTTGCAAATGAGCATAATT
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CCACATTTAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G350JQ C 1
AF RR3BL57TF U 271
BS 1 270 RR3G350JQ
BS 271 418 RR3BL57TF
BS 419 419 RR3G350JQ
BS 420 790 RR3BL57TF

RD RR3G350JQ 756 0 0
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ATTATAAGTATAGCAGTCGCCGAGGGTATAGTGGTCGTAACTGTTTTGCTGTCGATACGG
AATGTTCTAGGTGGAGCCTTTAGCAGTGACCCGAAAATCATCTCATATGCCGCATCAATG
ATACCTATTGTCGCATGTGGAAACTTCCTTGATGGTCTCCAATGCGTTCTCTCAGGGGCT
GCTAGAGGATGTGGATGGCAGAAAATTGGAGCCTGTGTGAATCTTGGATCGTATTATCTT
GTCGGAGTTCCGTTAGGTTTAGTTCTTGGTTTCCATTTCCACATTGGTGGTCGGGGGCTT
TGGCTTGGAATTGTTACAGCACTGGCTGTTCAAGTGTTGTGTCTTTCCTTGGTCACTATA
TTCACAAACTGGGATAAAGAGGCAAAGAAAGCTACAAACAGAGTTGGAGACAAAGATGAT
TATGTCGAACAATCAATTCCAAGATGAGGAAAATCATTGGATTTGCAAATGAGCATAATT
TCAAACGCTAATGAATAATAAGTATGTTGATTCT
AC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3BL57TF 520 0 0
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GCCTGTGTGAATCTTGGATCGTATTATCTTGTCGGAGTTCCGTTAGGTTTAGTTCTTGGT
TTCCATTTCCACATTGGTGGTCGGGGGCTTTGGCTTGGAATTGTTACAGCACTGGCTGTT
CAAGTGTTGTGTCTTTCCTTGGTCACTATATTCACAAACTGGGATAAAGAGGCAAAGAAA
GCTACAAACAGAGTTGGAGACAAAGATGATTATGTCGAACAATCAATTCCAAGATGAGGA
AAATCATTGGATTTGCAAATGAGCATAATTTCAAACGCTAATGAATAATAAGTATGTTGA
TTCTTCAAGAATTATTTCCGAGACATTAGTCCACATTTAT

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 2

CO CL7012Contig1 1137 2 2 U
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TTCTGCTACAAGGAGCTAGGGTGCTTTCTGTTACATATATTTCCTTGGCAAAATCTGTCT
TGTGGATCTATAGTTTTGTTGGTCCTTATGGAAGATATTTAGCTAGATCATCGGCTCGTG
TACTCCTGAGATTCTTTCAACATTGTAAAAGGTCTGTGAACAAATCTTTATTGTTCATTT
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TACTTGACTGCTGGTCCGCCGATGAAGGAAGTCAGGAGGAACAAGCTAGGCTCCACACTG
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CGATCGAGGTGGTTCTACTCCCATGTAAACATCGCGTCCTCTGCAGCACATGCTACAAGA
AATGCGAAATCTGTCCAATTTGTCGCGCATTGATTGCGGAAGTTATTCATGTATACGATG
CGTAGATCTCAGATGACTTTTATCATGAAGACGAGTAGGTAGGTATGCATGTATTTTTTT
TAGTGATGAGAAGCAAGAATTTATGAATATGGAGTATGTTACAACTTGCAACGAAGAATC
TGATTACTTTTGTAAATAAGATATTGTAATCCATCTTCGACCTTTTGTTTCTCTTGT


BQ
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AF RR3E543TF U 1
AF RR3E543JQ C 514
BS 1 566 RR3E543TF
BS 567 1137 RR3E543JQ

RD RR3E543TF 566 0 0
GCTGGATGGGTTCCTTAATTGCTACCATAACCTTCACTCTTGTTAAATCAAGGGGTGATG
TAGCTGCGTGGGAGTGGTGGGACTTATCTATATACTTTGGAATATCAGAGTGCTTTGGCT
TTCTTGTCACAAAGTGGTGGAATCAGTCAATCCAAGGGGGTTCACATATACCTACCTCAT
CTTCAATGGGAGTAATATATCTTGATCAGGACAGCGACACAGCATCCCGTCTCCTAGATA
TTGGTGGATATGTAATGAAAATCCCATTCATTACCTTCCAAGTCATCCTTTTCATGAGCT
TAGAGGGAACACCTGCTTCTCCCAAAAACATTCCGATTGTAGTTCTGTTTGTACCTCTTT
TTCTGCTACAAGGAGCTAGGGTGCTTTCTGTTACATATATTTCCTTGGCAAAATCTGTCT
TGTGGATCTATAGTTTTGTTGGTCCTTATGGAAGATATTTAGCTAGATCATCGGCTCGTG
TACTCCTGAGATTCTTTCAACATTGTAAAAGGTCTGTGAACAAATCTTTATTGTTCATTT
ATAGTGTTGCGACATTAATTGCTCGA

QA 1 566 1 566
DS 

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TGGGATTCTTTCAGCATGGTGCAAGATTACTTGACTGCTGGTCCGCCGATGAAGGAAGTC
AGGAGGAACAAGCTAGGCTCCACACTGGAGAAGCTACTGGTTACAACACATTCTCACCAG
AGGTTGTGAAGAAAATGCCGAAGTCTGATCTTGTTAAAGAGGTACGTAGACTACAAGCTG
CATTGAGTGAGCAAACAGATATCAGCAAGCAGGAGTACGAAAAGCTTCAAGACGAGAAGA
TTCTTTGCAAAGTTTGCATCCTAGAGCCGATCGAGGTGGTTCTACTCCCATGTAAACATC
GCGTCCTCTGCAGCACATGCTACAAGAAATGCGAAATCTGTCCAATTTGTCGCGCATTGA
TTGCGGAAGTTATTCATGTATACGATGCGTAGATCTCAGATGACTTTTATCATGAAGACG
AGTAGGTAGGTATGCATGTATTTTTTTTAGTGATGAGAAGCAAGAATTTATGAATATGGA
GTATGTTACAACTTGCAACGAAGAATCTGATTACTTTTGTAAATAAGATATTGTAATCCA
TCTTCGACCTTTTGTTTCTCTTGT

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL7013Contig1 525 2 2 U
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CGTCTCCGTCGTAGCTACCGTCGCTTCTGCTCAGGTCGAGGCTCCAGCTCCAAGCCCTAC
GTCCGGATCTGCCGCGTTCTCGCCGTCGATCGTGTCAGCTGGAGTTGCGGCCGTGGCGGC
TCTTGTCTTCGGCTCTGCTCTTCGGATCTGAGATTCGCACGGAGTAGAATGTTTTTTGAA
AAAATATGATCGGGTATAGCATTTATTCATGATATTCGTGTGTATTCCGGAGCCGCTATA
TATAGATCTCTTTCTATTTTTTTAATATAACTACCTTTCATATCTGTATGAGGGTAACTA
CTACTATATCTCTAGAGTATTGTGGTTTGTGTGTGTGTGTGTTCTAGACTATGGTTTTTG
ATATGACTCTTTATTCTATTTATTTATGGATCTGTTGTTTCTCAG


BQ
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AF RR3E783TF U 1
AF RR3E783JQ C 1
BS 1 262 RR3E783TF
BS 263 525 RR3E783JQ

RD RR3E783TF 262 0 0
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CGTCTCCGTCGTAGCTACCGTCGCTTCTGCTCAGGTCGAGGCTCCAGCTCCAAGCCCTAC
GTCCGGATCTGCCGCGTTCTCGCCGTCGATCGTGTCAGCTGGAGTTGCGGCCGTGGCGGC
TCTTGTCTTCGGCTCTGCTCTT

QA 1 262 1 262
DS 

RD RR3E783JQ 525 0 0
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TGCTCTCTACAACAAAATGGCGATCTCTAAGGCTTCCGTTGTTGCTCTCGTAGCTGTGAT
CGTCTCCGTCGTAGCTACCGTCGCTTCTGCTCAGGTCGAGGCTCCAGCTCCAAGCCCTAC
GTCCGGATCTGCCGCGTTCTCGCCGTCGATCGTGTCAGCTGGAGTTGCGGCCGTGGCGGC
TCTTGTCTTCGGCTCTGCTCTTCGGATCTGAGATTCGCACGGAGTAGAATGTTTTTTGAA
AAAATATGATCGGGTATAGCATTTATTCATGATATTCGTGTGTATTCCGGAGCCGCTATA
TATAGATCTCTTTCTATTTTTTTAATATAACTACCTTTCATATCTGTATGAGGGTAACTA
CTACTATATCTCTAGAGTATTGTGGTTTGTGTGTGTGTGTGTTCTAGACTATGGTTTTTG
ATATGACTCTTTATTCTATTTATTTATGGATCTGTTGTTTCTCAG

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

CO CL7014Contig1 1291 2 2 U
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TACATGGTGTTCAGAACGAAAACAAGAGTCTAAAGAAATCCCTCAAGGATGTTGTTACTG
AGAACGAGTTTGAGAAAAAACTCTTATCGGATGTCATTCCCCCTAGCGATATAGGTGTTT
CGTTTGATGATATTGGAGCTCTAGAGAATGTGAAAGACACATTGAAAGAGTTGGTGATGC
TTCCTCTTCAAGGACCCGAATTATTTGACAAAGGCCAACTTACCAAGCCTACAAAAGGTA
TTCTGTTGTTTGGACCTCCTGGTACCGGAAAAACGATGCTGGCAAAGGCAGTAGCAACTG
AAGCTGGCGCAAACTTCATTAATATCTCAATGTCTAGTATCACTTCAAAGTGGTTTGGTG
AGGGAGAGAAGTATGTTAAAGCTGTCTTCTCTTTAGCAAGCAAAATCGCTCCAAGTGTCA
TTTTTGTTGATGAGGTGGATAGCATGTTGGGAAGACGTGAAAATTCAGGGGAACATGAAG
CTATGCGTAAGATGAAGAATGAATTCATGATAAACTGGGACGGTTTACGAACAAAGGATA
GAGAACGAGTTCTGGTACTTGCTGCTACCAACAGACCATTTGACCTCGATGAAGCAGTTA
TTAGACGGCTTCCCCGGAGATTGATGGTTAATCTTCCAGATGCTACAAACAGAGCAAAGA
TCCTGAGCGTTATTCTAGCTAAAGAAGAAATAGGACCAGACGTTGATTTAGAAGCGATTG
CAAATATGACAGATGGGTACTCACGAAGTGACTTAAAGAATCTTTGTGTAACTGCAGCTC
ATCTTCCAATTCGAGAAATACTAGAGAAAGAAAGAAGGAAAAAACGGCAGCTGAGGTTGA
AAACCGTCCAACGCCTCCATTGTATAGCTGCACAGACATTCGTCCACTGACAATGACTGA
TTTCAAGGCTGCCCATGAACAGGTATGTGGGAGTGTGTTTACAGACTCATCGAACATGAA
CGAGCTTCAGCAGTGGAACGAGCTCTATGGAGAAGGAGGATCAAGGAAGAAGACGTCCTT
GAGTTACTTCATGTAGATGAGACGGTGTGAGAAAAGGAGAGTGAGAGATTTGTTCGTTTT
ATCTGATTTTGGTCCCTTTTCTTAATTTATAAAATTTATGTACAGAAGAGAGAAAGAGTG
TTGTTCGTTTTCGTTGTTTAATTCATTTTCTTTCTCAACATAAAACATTCGCTGTATAAT
CTAGATACATGATTACATAGAGGTTCGGATC


BQ
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AF RR3AO79TF U 1
AF RR3AO79JQ C 695
BS 1 814 RR3AO79TF
BS 815 1291 RR3AO79JQ

RD RR3AO79TF 814 0 0
GAATGAAAGATAACAAGCTTCTTATCTCAGCAGAAAGCATTACATATGGCCTGCAGATGT
TACATGGTGTTCAGAACGAAAACAAGAGTCTAAAGAAATCCCTCAAGGATGTTGTTACTG
AGAACGAGTTTGAGAAAAAACTCTTATCGGATGTCATTCCCCCTAGCGATATAGGTGTTT
CGTTTGATGATATTGGAGCTCTAGAGAATGTGAAAGACACATTGAAAGAGTTGGTGATGC
TTCCTCTTCAAGGACCCGAATTATTTGACAAAGGCCAACTTACCAAGCCTACAAAAGGTA
TTCTGTTGTTTGGACCTCCTGGTACCGGAAAAACGATGCTGGCAAAGGCAGTAGCAACTG
AAGCTGGCGCAAACTTCATTAATATCTCAATGTCTAGTATCACTTCAAAGTGGTTTGGTG
AGGGAGAGAAGTATGTTAAAGCTGTCTTCTCTTTAGCAAGCAAAATCGCTCCAAGTGTCA
TTTTTGTTGATGAGGTGGATAGCATGTTGGGAAGACGTGAAAATTCAGGGGAACATGAAG
CTATGCGTAAGATGAAGAATGAATTCATGATAAACTGGGACGGTTTACGAACAAAGGATA
GAGAACGAGTTCTGGTACTTGCTGCTACCAACAGACCATTTGACCTCGATGAAGCAGTTA
TTAGACGGCTTCCCCGGAGATTGATGGTTAATCTTCCAGATGCTACAAACAGAGCAAAGA
TCCTGAGCGTTATTCTAGCTAAAGAAGAAATAGGACCAGACGTTGATTTAGAAGCGATTG
CAAATATGACAGATGGGTACTCACGAAGTGACTT

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR3AO79JQ 597 0 0
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ACCAGACGTTGATTTAGAAGCGATTGCAAATATGACAGATGGGTACTCAGGAAGTGACTT
AAAGAATCTTTGTGTAACTGCAGCTCATCTTCCAATTCGAGAAATACTAGAGAAAGAAAG
AAGGAAAAAACGGCAGCTGAGGTTGAAAACCGTCCAACGCCTCCATTGTATAGCTGCACA
GACATTCGTCCACTGACAATGACTGATTTCAAGGCTGCCCATGAACAGGTATGTGGGAGT
GTGTTTACAGACTCATCGAACATGAACGAGCTTCAGCAGTGGAACGAGCTCTATGGAGAA
GGAGGATCAAGGAAGAAGACGTCCTTGAGTTACTTCATGTAGATGAGACGGTGTGAGAAA
AGGAGAGTGAGAGATTTGTTCGTTTTATCTGATTTTGGTCCCTTTTCTTAATTTATAAAA
TTTATGTACAGAAGAGAGAAAGAGTGTTGTTCGTTTTCGTTGTTTAATTCATTTTCTTTC
TCAACATAAAACATTCGCTGTATAATCTAGATACATGATTACATAGAGGTTCGGATC

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 2

CO CL7015Contig1 806 2 4 U
GGATGGTGATTATGTTTCTGTAACGGATGCGTTGCGATTCCTGCATAATTACTCTCAGTG
TCTTTAATTCGTGAGTCCACTACGACCTCTCTGGTTGCGTTGCTCATACGTCGACTTCGT
GTGTAAATAGGAAGGTGCTCATATATTTTGGGAAAGATGGGCACAACTGGAGGAAGAAGA
AAGATGGTAAAACGGTGAAAGAGGCTCACGAAAAGCTGAAGGTTGGAAGCATTGATGTGT
TACATTGTTACTATGCACACGGGGAAGACAATAAGAATCTCCAGAGGCGTTGCTACTGGA
TGCTTGAACAGGAACTGATGCATATTGTTTTTGTTCAATACTGGAGGTTAAGGATAAGCT
CAGTGGAATAAAAGAAAACAATTCAAATTCTCTGAGTGGCTCTACTTCTGTGAATATTGA
TTCAACGGCACACACATCCAGCACATCGTCACTACTATGTGAAGATGCTAATTCTGGAAA
CCGAGATTGTTGGATTCATGGTAATATAGTAAAAGAAAACGACTCCCAAAGATTAGTGGG
TATCCTATCTCGACATGACTAGGAGACTCCGACTTATGCGCATAGTTTAAACCAGTTCAA
AGAGGAAGATAGAGTGTGATGGTTGTAAAAAAAAGTGTGATAAGTATGATGCATTTACGT
CAGTACATCTTAAAAGAAAAACATACAATAGACTTACACTAATCACTATGTTTCTTTTGA
TCAAATCACTATGTTATTTCTATAGAAAATGAATAAATAATTAGCTATGTTTTGACGAAA
AGATAAATAATTAGATATGTAGCCAC


BQ
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AF RR3D075TF U 1
AF RR3D075JQ C 139
BS 1 590 RR3D075TF
BS 591 591 RR3D075JQ
BS 592 773 RR3D075TF
BS 774 806 RR3D075JQ

RD RR3D075TF 773 0 0
GGATGGTGATTATGTTTCTGTAACGGATGCGTTGCGATTCCTGCATAATTACTCTCAGTG
TCTTTAATTCGTGAGTCCACTACGACCTCTCTGGTTGCGTTGCTCATACGTCGACTTCGT
GTGTAAATAGGAAGGTGCTCATATATTTTGGGAAAGATGGGCACAACTGGAGGAAGAAGA
AAGATGGTAAAACGGTGAAAGAGGCTCACGAAAAGCTGAAGGTTGGAAGCATTGATGTGT
TACATTGTTACTATGCACACGGGGAAGACAATAAGAATCTCCAGAGGCGTTGCTACTGGA
TGCTTGAACAGGAACTGATGCATATTGTTTTTGTTCAATACTGGAGGTTAAGGATAAGCT
CAGTGGAATAAAAGAAAACAATTCAAATTCTCTGAGTGGCTCTACTTCTGTGAATATTGA
TTCAACGGCACACACATCCAGCACATCGTCACTACTATGTGAAGATGCTAATTCTGGAAA
CCGAGATTGTTGGATTCATGGTAATATAGTAAAAGAAAACGACTCCCAAAGATTAGTGGG
TATCCTATCTCGACATGACTAGGAGACTCCGACTTATGCGCATAGTTTAA*CCAGTTCAA
AGAGGAAGATAGAGTGTGATGGTTGTAAAAAAAAGTGTGATAAGTATGATGCATTTACGT
CAGTACATCTTAAAAGAAAAACATACAATAGACTTACACTAATCACTATGTTTCTTTTGA
TCAAATCACTATGTTATTTCTATAGAAAATGAATAAATAATTAGCTATGTTTT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3D075JQ 668 0 0
TCATATATTTTGGGAAAGATGGGCACAACTGGAGGAAGAAGAAAGATGGTAAAACGGTGA
AAGAGGCTCACGAAAAGCTGAAGGTTGGAAGCATTGATGTGTTACATTGTTACTATGCAC
ACGGGGAAGACAATAAGAATCTCCAGAGGCGTTGCTACTGGATGCTTGAACAGGAACTGA
TGCATATTGTTTTTGTTCAATACTGGAGGTTAAGGATAAGCTCAGTGGAATAAAAGAAAA
CAATTCAAATTTTCTGAGTGGCTCTACTTCTGTGAATATTGATTCAACGGCACACACATC
CAGCACATCGTCACTACTATGTGAAGATGCTAATTCTGGAAACCGAGATTGTTGGATTCA
TGGTAATATAGTAAAAGAAAACGACTCCCAAAGATTAGTGGGTATCCTATCTCGACATGA
CTAGGAGACTCCGACTTATGCGCATAGTTTAAACCAGTTCAAAGAGGAAGATAGAGTGTG
ATGGTTGTAAAAAAAAGTGTGATAAGTATGATGCATTTACGTCAGTACATCTTAAAAGAA
AAACATACAATAGACTTACACTAATCACTATGTTTCTTTTGATCAAATCACTATGTTATT
TCTATAGAAAATGAATAAATAATTAGCTATGTTTTGACGAAAAGATAAATAATTAGATAT
GTAGCCAC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL7016Contig1 595 2 1 U
GATTGTTAAGCGACTTTTGATGTGTTCTTAAAGCTTTCTTCTTCTTTGAGTTCATATGTA
TTCCGATAGATCTCTAAGAAACTTTCTCACTTTGGTAGAAAGTTTAGTTTTTGATTTTGG
ATAGGAATCAATCTTCGCTATAGTTCAGGCGGAGTCTCCCAAAAAATCAAGTTCTGAGAT
GTGTTTAAGTTCAGACGATTTGAAGCAGTACTCCAGATGAGGCGGAACTTCCAATATAAG
AAAGTGTTCTGGCAAGGTGCTGTATTCGTTTTTCTCTAAAGCTTTTCTTGGAATAACTTC
TAACAAGTGATGAGGAGTTTCATGGTAAATCGATGGCGATTAGAAGAAGGAGCAGCGTAC
AAGCAATACAAACGAAGTAAGAAGGGAGCTTGATGGCTTCTCGTCCGGTGATGAGCTCCG
GCGGCTCAATCTCTCTCCTTGCTTTTGAAGAGACGAAGCCACACAAGTATAACGTGTCAA
TCATGCAGCAACCCTAGTCTTATGCGTTTGGACTTTGTATTGGGCTGAATGTAATAATTT
TAAGTTTATATGCTTGTGTATTTGGCTTGTTGGACTTCAATAATAGAAAGTCGAT


BQ
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AF RR3FP60JQ C 1
AF RR3FP60TF U 1
BS 1 595 RR3FP60TF

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QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3FP60TF 595 0 0
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TTCCGATAGATCTCTAAGAAACTTTCTCACTTTGGTAGAAAGTTTAGTTTTTGATTTTGG
ATAGGAATCAATCTTCGCTATAGTTCAGGCGGAGTCTCCCAAAAAATCAAGTTCTGAGAT
GTGTTTAAGTTCAGACGATTTGAAGCAGTACTCCAGATGAGGCGGAACTTCCAATATAAG
AAAGTGTTCTGGCAAGGTGCTGTATTCGTTTTTCTCTAAAGCTTTTCTTGGAATAACTTC
TAACAAGTGATGAGGAGTTTCATGGTAAATCGATGGCGATTAGAAGAAGGAGCAGCGTAC
AAGCAATACAAACGAAGTAAGAAGGGAGCTTGATGGCTTCTCGTCCGGTGATGAGCTCCG
GCGGCTCAATCTCTCTCCTTGCTTTTGAAGAGACGAAGCCACACAAGTATAACGTGTCAA
TCATGCAGCAACCCTAGTCTTATGCGTTTGGACTTTGTATTGGGCTGAATGTAATAATTT
TAAGTTTATATGCTTGTGTATTTGGCTTGTTGGACTTCAATAATAGAAAGTCGAT

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

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AGTTTTACATTGTATTTTGGTTTTGTTTTTTTTTTCACTTTTCTAGTTCATGTTTGGACC
TACAGTTATACTTCTGCTTCTGGACGTGTTTCGTTGGAACAAAACTC


BQ
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AF RR3BE05TF U 1
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BS 1 786 RR3BE05TF
BS 787 887 RR3BE05JQ

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QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3BE05JQ 795 0 0
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TCTCGACACTGTGAGACGCCAAATGCAAATGAGAGGAACTCCATACAAATCCATCCCTGA
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GTTGGAACAAAACTC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

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TAATCG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI25TF U 1
AF RR3CI25JQ C 70
BS 1 700 RR3CI25TF
BS 701 702 RR3CI25JQ
BS 703 711 RR3CI25TF
BS 712 712 RR3CI25JQ
BS 713 738 RR3CI25TF
BS 739 739 RR3CI25JQ
BS 740 748 RR3CI25TF
BS 749 749 RR3CI25JQ
BS 750 753 RR3CI25TF
BS 754 754 RR3CI25JQ
BS 755 758 RR3CI25TF
BS 759 759 RR3CI25JQ
BS 760 768 RR3CI25TF
BS 769 769 RR3CI25JQ
BS 770 797 RR3CI25TF
BS 798 846 RR3CI25JQ

RD RR3CI25TF 802 0 0
GGAACTATCTTCTCATCAAAAGCGCGATCGGATCTGGGTTTTATATTTTTTCTCTTTGAC
AAAACCCTTCTCCGTGTTTCGATCTGGAGTAGAAAGTCCCGATCTTTTTATATCGCTTTC
TTTTAAGCTTTACCCTTTGCTCAATCAAAAAAAACCCTAATCTCGATTTTTTCTTTCCTC
CTTCTCCGTCCGATTAATCGATCCTATCTCTTAGAGCATTGACTCGTTTGTGTTTTTATA
GAAAGACCGAAACTTTCTTCTTTTCAATTTCTAGAGATGTCTTCTTGGGCTGGTCCTGAA
GATATTTACCTTTCAACTTCACTAGCTAGCTATCTCGATAGAAAGATACTTGTGCTCCTT
AGAGATGGTAGAAAGCTAATGGGAACCCTCCGTTCATTTGATCAATTTGCCAATGCGGTT
TTAGAAGGTGCTTGTGAAAGGGTGATTGTTGGTGAGCAATACTGCGATATCCCTTTAGGC
CTCTATGTAATCCGTGGAGAGAATGTTGTTCTGATTGGTGACCTGGACACGGAGAGAGAG
GAGCTTCCTCCAAATATGATTCGCGTCTCAGAGACCGAGATTAAAAGGGCGCAAAAAGTG
GAGAGGGAAGCGATTGAGCTGAGAGGAACAATGAGGAAGAGAATGGAGTTTCTCGACTTC
GATTAATCATTCTTGGCTCGATGCTCTGCTTTGGCTCACA**GTTTATGAG*AGCCTTCT
TGGTTTATGTGGATGTAG*CCTCATTTT*CATT*CGAA*GTGACTAAA*TAATCTAGTGT
GTACCCTTTGTCTTCGA
TCTAT

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3CI25JQ 777 0 0
CTCCGTGTTTCGATCTGGAGTAGAAAGTCCCGATCTTTTTATATCGCTTTCTTTTAAGCT
TTACCCTTTGCTCAATCAAAAAAAACCCTAATCTCGATTTTTTCTTTCCTCCTTCTCCGT
CCGATTAATCGATCCTATCTCTTAGAGCATTGACTCGTTTGTGTTTTTATAGAAAGACCG
AAACTTTCTTCTTTTCAATTTCTAGAGATGTCTTCTTGGGCTGGTCCTGAAGATATTTAC
CTTTCAACTTCACTAGCTAGCTATCTCGATAGAAAGATACTTGTGCTCCTTAGAGATGGT
AGAAAGCTAATGGGAACCCTCCGTTCATTTGATCAATTTGCCAATGCGGTTTTAGAAGGT
GCTTGTGAAAGGGTGATTGTTGGTGAGCAATACTGCGATATCCCTTTAGGCCTCTATGTA
ATCCGTGGAGAGAATGTTGTTCTGATTGGTGACCTGGACACGGAGAGAGAGGAGCTTCCT
CCAAATATGATTCGCGTCTCAGAGACCGAGATTAAAAGGGCGCAAAAAGTGGAGAGGGAA
GCGATTGAGCTGAGAGGAACAATGAGGAAGAGAATGGAGTTTCTCGACTTCGATTAATCA
TTCTTGGCTCGATGCTCTGCTTTGGCTCACAAGTTTTATGAGGAGCCTTCTTGGTTTATG
TGGATGTAGGCCTCATTTTTCATTTCGAAAGTGACTAAAATAATCTAGTGTGTACCCTTT
GTCTTCGAATCTATTTTACCCTTTTATAAGATAAAAAAAGATCACAAGTTTTAATCG

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL7019Contig1 810 2 4 U
GGACACAACGATTCTCTAATCAAACAATCCAATCACATCAGATCTCTGAAGAAGAAGATG
ACGGTTTCCGCGCGTGAGGAGTTCGTGTACATGGCCAAGCTCGCGGAGCAAGCGGAGAGG
TACGAGGAGATGGTGGAGTTCATGGAGAAAGTCTCCGCGGCCGTCGACGGCGACGAACTC
ACCGTCGAGGAGCGAAACCTCCTCTCCGTCGCCTACAAGAACGTGATCGGCGCTCGCCGC
GCCTCGTGGCGAATCATTTCGTCGATCGAGCAGAAGGAGGAGAGCCGCGGCAACGACGAC
CACGTCGCGGCGATCCGCGACTACAGATCTAAGATCGAGACGGAGCTCTCGGGAATCTGC
GACGGGATCCTCAAGCTCCTCGACTCCAGGCTCGTCCCCGCCGCTGCTTCCGGCGACTCG
AAGGTGTTTTACTTGAAGATGAAAGGTGATTACCATCGCTACTTGGCTGAGTTCAAGACT
GGTCAGGAGAGGAAAGACGCCGCCGAAAACACTCTCTCCGCCTACAAATCTGCTCAGGAT
ATTGCGAATGCAGAGCTCGCGCCAACTCACCCGATCCGTCTAGGTCTGGCATTGAACTTC
TCTGTGTTCTACTACGAGATCCTTAACTCTCCTGATCGTGCCTGCAGCCTCGCCAAACAG
GCCTTTGATGACGCGATAGCAGAGTTGGACACTCTAGGAGAAGAGTCATACAAAGACAGT
ACCTTGATCATGCAGCTTCTCCGTGACACCTCACTCTCTGGACATCCGACATGCAGATGA
TGCTGCGGATGAGATCAAGAAGCATCTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AO45TF U 1
AF RR3CZ69TF U 20
BS 1 43 RR3AO45TF
BS 44 44 RR3CZ69TF
BS 45 656 RR3AO45TF
BS 657 810 RR3CZ69TF

RD RR3AO45TF 656 0 0
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ACGGTTTCCGCGCGTGAGGAGTTCGTGTACATGGCCAAGCTCGCGGAGCAAGCGGAGAGG
TACGAGGAGATGGTGGAGTTCATGGAGAAAGTCTCCGCGGCCGTCGACGGCGACGAACTC
ACCGTCGAGGAGCGAAACCTCCTCTCCGTCGCCTACAAGAACGTGATCGGCGCTCGCCGC
GCCTCGTGGCGAATCATTTCGTCGATCGAGCAGAAGGAGGAGAGCCGCGGCAACGACGAC
CACGTCGCGGCGATCCGCGACTACAGATCTAAGATCGAGACGGAGCTCTCGGGAATCTGC
GACGGGATCCTCAAGCTCCTCGACTCCAGGCTCGTCCCCGCCGCTGCTTCCGGCGACTCG
AAGGTGTTTTACTTGAAGATGAAAGGTGATTACCATCGCTACTTGGCTGAGTTCAAGACT
GGTCAGGAGAGGAAAGACGCCGCCGAAAACACTCTCTCCGCCTACAAATCTGCTCAGGAT
ATTGCGAATGCAGAGCTCGCGCCAACTCACCCGATCCGTCTAGGTCTGGCATTGAACTTC
TCTGTGTTCTACTACGAGATCCTTAACTCTCCTGATCGTGCCTGCAGCCTCGCCAA

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3CZ69TF 791 0 0
GG
AAACAATCCAATCACATCAGATCTCTGAAGAAGAAGATGACGGTTTCCGCGCGTGAGGAG
TTCGTGTACATGGCCAAGCTCGCGGAGCAAGCGGAGAGGTACGAGGAGATGGTGGAGTTC
ATGGAGAAAGTCTCCGCGGCCGTCGACGGCGACGAACTCACCGTCGAGGAGCGAAACCTC
CTCTCCGTCGCCTACAAGAACGTGATCGGCGCTCGCCGCGCCTCGTGGCGGATCATTTCG
TCGATCGAGCAGAAGGAGGAGAGCCGCGGCAACGACGACCACGTCGCGGCGATCCGCGAC
TACAGATCTAAGATCGAGACGGAGCTCTCGGGAATCTGCGACGGGATCCTCAAGCTCCTC
GACTCCAGGCTCGTCCCCGCCGCTGCTTCCGGCGACTCGAAGGTGTTTTACTTGAAGATG
AAAGGTGATTACCATCGCTACTTGGCTGAGTTCAAGACTGGTCAGGAGAGGAAAGACGCC
GCCGAAAACACTCTCTCCGCCTACAAATCTGCTCAGGATATTGCGAATGCAGAGCTCGCG
CCAACTCACCCGATCCGTCTAGGTCTGGCATTGAACTTCTCTGTGTTCTACTACGAGATC
CTTAACTCTCCTGATCGTGCCTGCAGCCTCGCCAAACAGGCCTTTGATGACGCGATAGCA
GAGTTGGACACTCTAGGAGAAGAGTCATACAAAGACAGTACCTTGATCATGCAGCTTCTC
CGTGACACCTCACTCTCTGGACATCCGACATGCAGATGATGCTGCGGATGAGATCAAGAA
GCATCTGCT

QA 3 791 3 791
DS 



AS 1 2

CO CL7020Contig1 1205 2 6 U
GCGGTGAACCGGATGGAAGTGGGAAGGATTTCAAGAATGTTTCAGCCTTTGGCATGGGTT
CATCTCCATTGGATAGCCATAGAGCAAAATTACCTAAGGGAAATGGATCTGTTCTCCAAA
AACAAGTTTCGGACTTGGAGTTGGGTGAACTCCCTGAGTCATATGGGATAGATACATCAT
CGAAGCAGCTCGAAGAGAACACTTCTATTAGGCAGTCAAATCTAAAACCAAGCACTTCAG
AAAACTTATGTATTGACTCAGATAAACGAAGGTCTAAAAAATCCGTCTCTAAAAAGCCAG
CTCTTGCACATGCCGGCAATGGCACAAAGGAATCGCCCCAACTCGACGTTAATGACTCAG
AAAGATCCCAAAAGTTGGCTTTGCAGTCACATGAGCAGAACCATACAGGTACAGACACTG
AAAACGGCTCACATAACAAGAACTTAGAGGATGCAGCTTATAAATCAAGACAGAGAGATA
GTAGAGCAAGGGTAGGAAGCAGTGTGGAAGGTTACGGAGAGACGAACAAAAAAACGCCCG
TTATAAAGCAGGGCTCCAAACGGCCATCCACATCCCGCTCATCAAGGGAGAGCAAAAGAC
ACGAACATGCAACTTCTATGAATGGACACAAAGATGCATCTTTTGATGAAGAAGACTCTT
CTTATTTGAAATACGAGAAAGCCTCTCCTGACCATAAAGGGGCCTATTAGGGATCATTTG
CAGTATAAAGCATACATGCAGGAATATTTGGATAAATATGATGATTACTCCTCCATTAAC
AAGATATTAGAGAGCTACAGAAAATGACTTTCAAAAAGTTGGGGGAAGACCCTTAAGCTT
GCAAAAAGGAAGGGACATGTTGAGATATAACAAAATTGTGGAGGACGTGAACGAATCGTA
TCGCAAATATGGGGATAGGCACAAACGTTTGAAGAAAGTCTTTATTGTTCTCCATGAAGA
ATTGAAGCAACTGAAAGAAAGAATGAAAGACTATGCATCATCGCCCGGGAAAGATTGATG
CAGTCTGGAACCGAAGCTCTCTAGAAAAGTTGGACCTCATGCTCAGAGGTGAAAGAGGAG
GCTCGATGTCCATTTCCCCTTTTGGAGTCCAGTCATATTGTTGATTAAAAGATTTAGCTG
TGTTTTCTTCTTATGAAGCTAGAAATGATTGATAGGCCCAGTTTTGTGTGAGTTGTTCCT
TAAGA


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3BG84TF U 1
AF RR3BG84JQ C 663
BS 1 803 RR3BG84TF
BS 804 804 RR3BG84JQ
BS 805 816 RR3BG84TF
BS 817 817 RR3BG84JQ
BS 818 831 RR3BG84TF
BS 832 1205 RR3BG84JQ

RD RR3BG84TF 833 0 0
GCGGTGAACCGGATGGAAGTGGGAAGGATTTCAAGAATGTTTCAGCCTTTGGCATGGGTT
CATCTCCATTGGATAGCCATAGAGCAAAATTACCTAAGGGAAATGGATCTGTTCTCCAAA
AACAAGTTTCGGACTTGGAGTTGGGTGAACTCCCTGAGTCATATGGGATAGATACATCAT
CGAAGCAGCTCGAAGAGAACACTTCTATTAGGCAGTCAAATCTAAAACCAAGCACTTCAG
AAAACTTATGTATTGACTCAGATAAACGAAGGTCTAAAAAATCCGTCTCTAAAAAGCCAG
CTCTTGCACATGCCGGCAATGGCACAAAGGAATCGCCCCAACTCGACGTTAATGACTCAG
AAAGATCCCAAAAGTTGGCTTTGCAGTCACATGAGCAGAACCATACAGGTACAGACACTG
AAAACGGCTCACATAACAAGAACTTAGAGGATGCAGCTTATAAATCAAGACAGAGAGATA
GTAGAGCAAGGGTAGGAAGCAGTGTGGAAGGTTACGGAGAGACGAACAAAAAAACGCCCG
TTATAAAGCAGGGCTCCAAACGGCCATCCACATCCCGCTCATCAAGGGAGAGCAAAAGAC
ACGAACATGCAACTTCTATGAATGGACACAAAGATGCATCTTTTGATGAAGAAGACTCTT
CTTATTTGAAATACGAGAAAGCCTCTCCTGACCATAAAGGGGCCTATTAGGGATCATTTG
CAGTATAAAGCATACATGCAGGAATATTTGGATAAATATGATGATTACTCCTCCATTAAC
AAGATATTAGAGAGCTACAGAAA*TGACTTTCAAAA*GTTGGGGGAAGACC
TT

QA 1 831 1 831
DS 

RD RR3BG84JQ 543 0 0
TATTTGAAATACGAGAAAGCCTCTCCTGACCATAA*GGGGCCTATTAGGGATCATTTGCA
GTATAAAGCATACATGCAGGAATATTTGGATAAATATGATGATTACTCCTCCATTAACAA
GATATTAGAGAGCTACAGAAAATGACTTTCAAAAAGTTGGGGGAAGACCCTTAAGCTTGC
AAAAAGGAAGGGACATGTTGAGATATAACAAAATTGTGGAGGACGTGAACGAATCGTATC
GCAAATATGGGGATAGGCACAAACGTTTGAAGAAAGTCTTTATTGTTCTCCATGAAGAAT
TGAAGCAACTGAAAGAAAGAATGAAAGACTATGCATCATCGCCCGGGAAAGATTGATGCA
GTCTGGAACCGAAGCTCTCTAGAAAAGTTGGACCTCATGCTCAGAGGTGAAAGAGGAGGC
TCGATGTCCATTTCCCCTTTTGGAGTCCAGTCATATTGTTGATTAAAAGATTTAGCTGTG
TTTTCTTCTTATGAAGCTAGAAATGATTGATAGGCCCAGTTTTGTGTGAGTTGTTCCTTA
AGA

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 2

CO CL7021Contig1 1111 2 2 U
GGAGTCAACTTGAGTTGGAAGACCAGGTACAAGATGACTTGAAGCGTGCTACTGGAGAGT
TCACAAAGGACGAGAACGATGCGAACAAACTCAACCGTATTCTTCAACTCACAGGATTCA
GTGATCCAGTCCATGCTGAAGCATATGTGACAGTCCATCACTACGACATCGCACTCGAGG
TTACCGTTATCAACCGTACAAAGGATACTCTTCAGAATCTGTGCTTGGAGTTAGCAACCA
TGGGTGATCTCAAGCTTGTTGAGCGTCCTCAAAACTATAGCCTTGCACCTGCAACGAGCA
TGCAGATAAAAGCAAACATCAAGGTCTCGTCCACAGAGACCGGAGTCATATTCGGGAACA
TCGTCTATGAGACATCAAATGTTATGGAGCGAAACGTCGTGGTATTTAACGACATTCACA
TTGATATCATGGATTATATCTCACCTGCTGTTTGCTCGGATGTTGCTTTCAGAACCATGT
GGGCAGAGTTTGAATGGGAAAACAAGGTTGCTGTGAACACCAAGATTGAGAACGAAAGAG
AGTTCCTCGACCACATTATCAAATCCACAAACATGAAATGTCTCACTGGCCCATCTGAAC
TAGATGGAGAATGTGGGTTCCTTGCTGCAAACTTATACGCAAAAAGTGTGTTTGGTGAGG
ATGCTCTTGTGAATGTGAGTATCGAGAAGCAAACAGACGGAGCATTGAGTGGCTACATAA
GGATAAGGAGCAAGACGCAAGGGATTGCTTTAAGTCTTGGAGACAAAATCACCCTCAAAC
AAAAGGGTAGCAGCTGAGGCCTGGAATGGTGGGGCACATGGTAACAGGTTTAGACTACGC
TCGTTTGTTTCTCTCTTGAGCAACTTTTTTGTTGGTTTAACCTGTTTACTACGGAGGGAA
CCGTTTAAGCAAAATAATGTAGAGATTTGTCTTTTATCACTCCTTGGCCGGTATATTTTC
CGGTATGGTACGGATGGATTCTTACTCATACAGCCGAGTGTGTTCTTCGTTTTATAGTAC
TTGGACGATTTCGTGTTATTTGTAATGTCTTTTTTTTTTTACTTTATATGATGTCATTTT
GTTGGGGGGAGATTAAACCATAATTTTCATG


BQ
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AF RR3EP14TF U 1
AF RR3EP14JQ C 471
BS 1 686 RR3EP14TF
BS 687 1111 RR3EP14JQ

RD RR3EP14TF 686 0 0
GGAGTCAACTTGAGTTGGAAGACCAGGTACAAGATGACTTGAAGCGTGCTACTGGAGAGT
TCACAAAGGACGAGAACGATGCGAACAAACTCAACCGTATTCTTCAACTCACAGGATTCA
GTGATCCAGTCCATGCTGAAGCATATGTGACAGTCCATCACTACGACATCGCACTCGAGG
TTACCGTTATCAACCGTACAAAGGATACTCTTCAGAATCTGTGCTTGGAGTTAGCAACCA
TGGGTGATCTCAAGCTTGTTGAGCGTCCTCAAAACTATAGCCTTGCACCTGCAACGAGCA
TGCAGATAAAAGCAAACATCAAGGTCTCGTCCACAGAGACCGGAGTCATATTCGGGAACA
TCGTCTATGAGACATCAAATGTTATGGAGCGAAACGTCGTGGTATTTAACGACATTCACA
TTGATATCATGGATTATATCTCACCTGCTGTTTGCTCGGATGTTGCTTTCAGAACCATGT
GGGCAGAGTTTGAATGGGAAAACAAGGTTGCTGTGAACACCAAGATTGAGAACGAAAGAG
AGTTCCTCGACCACATTATCAAATCCACAAACATGAAATGTCTCACTGGCCCATCTGAAC
TAGATGGAGAATGTGGGTTCCTTGCTGCAAACTTATACGCAAAAAGTGTGTTTGGTGAGG
ATGCTCTTGTGAATGTGAGTATCGAG

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3EP14JQ 641 0 0
AGAACCATGTGGGCAGAGTTTGAATGGGAAAACAAGGTTGCTGTGAACACCAAGATTGAG
AACGAAAGAGAGTTCCTCGACCACATTATCAAATCCACAAACATGAAATGTCTCACTGGC
CCATTTGAACTAGATGGAGAATGTGGGTTCCTTGCTGCAAACTTATACGCAAAAAGTGTG
TTTGGTGAGGATGCTCTTGTGAATGTGAGTATCGAGAAGCAAACAGACGGAGCATTGAGT
GGCTACATAAGGATAAGGAGCAAGACGCAAGGGATTGCTTTAAGTCTTGGAGACAAAATC
ACCCTCAAACAAAAGGGTAGCAGCTGAGGCCTGGAATGGTGGGGCACATGGTAACAGGTT
TAGACTACGCTCGTTTGTTTCTCTCTTGAGCAACTTTTTTGTTGGTTTAACCTGTTTACT
ACGGAGGGAACCGTTTAAGCAAAATAATGTAGAGATTTGTCTTTTATCACTCCTTGGCCG
GTATATTTTCCGGTATGGTACGGATGGATTCTTACTCATACAGCCGAGTGTGTTCTTCGT
TTTATAGTACTTGGACGATTTCGTGTTATTTGTAATGTCTTTTTTTTTTTACTTTATATG
ATGTCATTTTGTTGGGGGGAGATTAAACCATAATTTTCATG

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL7022Contig1 527 2 1 U
GGAGTATCCAACGGAACTAAGCCTCGAGGCTTACTCTCCTCCCTACCTGTCTTTCACGTC
CGACTCAATAAGACCAAATATATTGACCAACGACAAAGTAATCAGTTACAAGAGATTGTT
CAACATCAATTTCTCCATACAACAGTTCTTGACCATTGATCTTCTCTCTGTGAGGATAGT
TGCACCTTCGTTCACTACGCGTCTTTTGCGATGAATCAGAGGATGGTGATTTTGAAGCTA
CTCTCTGTGACTCACGAGGATCCAACGAATTCTTATAAAATAGACGCGTTGGGTCCATCG
ACGGCAGAGATTGCTCCTCCGGGATATTATATGATCTTTCTGGTACACGCAGGAATACCA
AGTTCAGGTGCTTGGGTGCAAATTGAGTGAACCTTAAATTAAGGATGAATTGTCTGAAGT
GTGTGTTGCATGTTGAGTTTCTTTACGGCTTATATTAATATTAGTGAGAATAACAGAGGG
AATAAGAGAATAGATTACGTAACGTATATAATGCATGACTCAGCTCG


BQ
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AF RR3B468JQ C 1
AF RR3B468TF U 1
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QA 1 527 1 527
DS 

RD RR3B468TF 527 0 0
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CGACTCAATAAGACCAAATATATTGACCAACGACAAAGTAATCAGTTACAAGAGATTGTT
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TGCACCTTCGTTCACTACGCGTCTTTTGCGATGAATCAGAGGATGGTGATTTTGAAGCTA
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QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 2

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CACTGATTGTATTCCTAACTACCCTGATTGCAATCTGCCTACCTTGTTGGTGTACCATCA
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AAATG


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3B453TF U 1
AF RR3B453JQ C 107
BS 1 732 RR3B453TF
BS 733 965 RR3B453JQ

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CGAAGAATACAGGAAGAAGAGGTTAACAGAGTTGAGAGAAGCTGCTAAAGTTAGGAGGTA
TGGATCAGTGACTCCCATCTCGAGCTCTGACTTCGTGCGGGAGGTTACACAAGCTTCTGC
TGAAGTTTGGGTTGTTCTCTGTCTCTACAAAGATGGTTTTGCAGAGTGTGGTTTGCTATT
GGGTTGTCTAGATGAATTGGCTGGCAGATACCCGGCAACGAAGTTTGTTAAGATTATATC
CACTGATTGTATTCCTAACTACCCTGATTGCAATCTGCCTACCTTGTTGGTGTACCATCA
CGGCGCCGTTAAAGGAACCCATGTAGGCTTGAAGAGTGTTGGCCGTAGGTGCACCCCAGA
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CGATGATTCTTC

QA 1 732 1 732
DS 

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AAAGTTAGGAGGTATGGATCAGTGACTCCCATCTCGAGCTCTGACTTCGTGCGGGAGGTT
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TGTGGTTTGCTATTGGGTTGTCTAGATGAATTGGCTGGCAGATACCCGGCAACGAAGTTT
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TTGGTGTACCATCACGGCGCCGTTAAAGGAACCCATGTAGGCTTGAAGAGTGTTGGCCGT
AGGTGCACCCCAGAGAGTGTAGCCTTAATTTTGTGTCAGTCGGAGCCGGTTCTTAACGAT
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TTCATAGAACGAGTGGTGAAAGACCATGAAGATAAGGATAATGATGATGATGGTTACAAT
AGCGATTAGATAACTCTTAAAGCTCCTCTATTTTTTCTCTGTTTGTTTTGCTTGTTGCGG
TTGTGACTGGTAAACACAAAAGTGTTGATTTCATTTGTGTTGTAATACTTTCTCAAAAAT
CTTCTTGTTATTTTAAATG

QA 1 859 1 859
DS 



AS 1 2

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GTTTATCTCTTTCAAAGCCTCCTCCTATCATGTACCAAAAGTTACCAGCTTTTTGATTTA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GR56TF U 1
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ATACAACCAAACATATGATAAAGACAAGAAACTGTATCTTAGTTACTTCTCATAATTTCA
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QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

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AGTAGTTGTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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BS 639 1152 RR3DR13JQ

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QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BB75TF U 1
AF RR3BB75JQ C 346
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BS 735 1196 RR3BB75JQ

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GGATCTTTTTCCTCTGTCTTTCTCCTGCAGAGCTTATACACGGTGTTAACTTTGAAATTC
TTGCTCTAGTAGAAATCAAGAGTTCACTGATTGATCCTCATGGAGTTCTAGTAAACTGGG
ACAGCACAGCAGTTGATCCTTGTAGCTGGAATCTGATCACTTGCTCTGCTGATAATTGTC
CTAAGCATAGGAGCTGCAAACCAGGACTTGTCAGGAACTCTTGCATCAAGTATTGGCAAT
TTAACATATCTTGAGACTGTGTCAGTGTTTATCTCTTAATAATGTAGTTTTGTTGTTTAT
TTTAGTTTTCTAAATAAAGTTTTCTAAATTTTTATTTTTTTGGATATACATATAAAAGGC
TATTGCAGAACAATTACATCACGGGAAATATCCCTCCTGAGATTGGGAAACTGATGAAAC
TCAAAACACTTGATCTATCTAACAATAACTTCTCTGGTCTAATCCCATCCACTCTTTCTC
ATCCCACATATTTT

QA 1 734 1 734
DS 

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CTGCTGATAATTGTCCTAAGCATAGGAGCTGCAAACCAGGACTTGTCAGGAACTCTTGCA
TCAAGTATTGGCAATTTAACATATCTTGAGACTGTGTCAGTGTTTATCTCTTAATAATGT
AGTTTTGTTGTTTATTTTAGTTTTCTAAATAAAGTTTTCTAAATTTTTATTTTTTTGGAT
ATACATATAAAAGGCTATTGCAGAACAATTACATCACGGGAAATATCCCTCCTGAGATTG
GGAAACTGATGAAACTCAAAACACTTGATCTATCTAACAATAACTTCTCTGGTCTAATCC
CATCCACTCTTTCTCATCCCACATATTTTCAATACTTGAAGCTGAACAATAATAGCCTGA
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ACAATAACTTGAGTGGTCCAGTTCCAATATTACATGCCAATACATTCAATGTAATGGGCA
ATCCTCAGATTTGTTCGACAAGAACTGAGGAATACTGCAATATGACTCATCCTAAACCAA
CGTCACTTACTTTTAGCAGTTTTGATCCATCTGATGGAAGAACAATAAACCAGAAATTCG
CTGTACGATTTGGTTTAAGCCTTGCATGTATCTGCTTGCTAATCATTGGATTTGGTTTTT
ATTAAGATAAAACTGTATTAGAAGATTATGATAAGAAGGATGTAAATTTGTAAAAGCTTA
GGCTTTATTTGTGAATCTTACCTCTATAATAAATACTGAAATTATGGAATGTTAATAAAC
AAGATTTGTAT

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 2

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AAACGTCTAGCAAATGGGTTTGAAGCACTCTTCTTCCTTATTTTTGTTTATCCTTTTTAT
TTTCTTCTTCCTTTCTTCTCAAGTATGCTCACAAGCCTGCCTAAAAACATGCGGCCAAAT
ACCCATCAAATACCCGCTTGGAACCGGGTCTGGTTGCGGTGACTCGCGTTTCACACGTTA
CATCAAGTGCGACCCAGACCAACAGACTTTAACGCTCACAACCCACACAGGCTGCTACCC
TATAACTTCCGTCGACTACGCCAAGCAAACCATCTACGTCACTGACTCGTCAATGTCCAC
GTGTGCATGTACCCGACCTAGCCAAGGATTCGGGTTGGATTGGGACGCTCCGTTTTCTTT
CCACGACGACACCGTTTTTACGCTCCTCGACTGTTCTGTTGACGAATCCCCTGTTTTCAA
GCCGTTAAGTAACAGTACCGGACGTGTCTCTCTATGTGACCGTCAAAGCTCCTCCATTTG
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TTGCGTCTACGTACCTCTAGATCTCGGACCATCGTTTGAAATGGACCTACAGAAACTCCG
GTGCTCGTCCTACTCCGGTTTCTACAATCTTGGTCCGGCCCAAGAATCTCACCCTGAAAA
TTGGGAACTATGGAATCGCACTCAAGTACAAGTTCAACGTCTTCGATGAGTACCCTGCCG
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TCGTTTGTAATTGTCCCGGTGGGATCAATACGACGTCAGATTGCTTCTTCCTTTATAACT
CGGCTTCTATTCTTCTTCCTTGGTTTTCAAGAGCATGGATGATCTACCCTTTGTCATGGG
TTGTTTTTTGGACAGCGATGAGTCTTCCTTGAAGGAGTTTTAATGAACTTCTTAGAAAAA
GTTTAATGAATGGAATCTTTGCTTTCTTTCTATATTCTTTGTAATATCTCATCATGGTAT
AAGGTTCTCTATTGGTTCTCTGCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK36TF U 1
AF RR3AK36JQ C 352
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BS 742 1104 RR3AK36JQ

RD RR3AK36TF 741 0 0
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TTTCTTCTTCCTTTCTTCTCAAGTATGCTCACAAGCCTGCCTAAAAACATGCGGCCAAAT
ACCCATCAAATACCCGCTTGGAACCGGGTCTGGTTGCGGTGACTCGCGTTTCACACGTTA
CATCAAGTGCGACCCAGACCAACAGACTTTAACGCTCACAACCCACACAGGCTGCTACCC
TATAACTTCCGTCGACTACGCCAAGCAAACCATCTACGTCACTGACTCGTCAATGTCCAC
GTGTGCATGTACCCGACCTAGCCAAGGATTCGGGTTGGATTGGGACGCTCCGTTTTCTTT
CCACGACGACACCGTTTTTACGCTCCTCGACTGTTCTGTTGACGAATCCCCTGTTTTCAA
GCCGTTAAGTAACAGTACCGGACGTGTCTCTCTATGTGACCGTCAAAGCTCCTCCATTTG
CAACTTCTTGTATTCTAATTGCAGGGCAATTAGTTTAATAAACCTCCAAGAATCAACGTG
TTGCGTCTACGTACCTCTAGATCTCGGACCATCGTTTGAAATGGACCTACAGAAACTCCG
GTGCTCGTCCTACTCCGGTTTCTACAATCTTGGTCCGGCCCAAGAATCTCACCCTGAAAA
TTGGGAACTATGGAATCGCAC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3AK36JQ 753 0 0
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TGTTTTCAAGCCGTTAAGTAACAGTACCGGACGTGTCTCTCTATGTGACCGTCAAAGCTC
CTCCATTTGCAACTTCTTGTATTCTAATTGCAGGGCAATTAGTTTAATAAACCTCCAAGA
ATCAACGTGTTGCGTCTACGTACCTCTAGATCTCGGACCATCGTTTGAAATGGACCTACA
GAAACTCCGGTGCTCGTCCTACTCCGGTTTCTACAATCTTGGTCCGGCCCAAGAATCTCA
CCCTGAAAATTGG*AACTATGGAATCGCACTCAAGTACAAGTTCAACGTCTTCGATGAGT
ACCCTGCCGTGTGTGGTGGCTGCGAGCGTAGTAATGGTGCATGTGGATACAACACTCAGA
CTAGCTCGTTCGTTTGTAATTGTCCCGGTGGGATCAATACGACGTCAGATTGCTTCTTCC
TTTATAACTCGGCTTCTATTCTTCTTCCTTGGTTTTCAAGAGCATGGATGATCTACCCTT
TGTCATGGGTTGTTTTTTGGACAGCGATGAGTCTTCCTTGAAGGAGTTTTAATGAACTTC
TTAGAAAAAGTTTAATGAATGGAATCTTTGCTTTCTTTCTATATTCTTTGTAATATCTCA
TCATGGTATAAGGTTCTCTATTGGTTCTCTGCG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL7028Contig1 726 2 1 U
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AGAAATATGTTAATCTCGTCAAACTTTTCAAAGCCTGTGGATTAGGCAATGTAGGTGATT
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ATTTTGATCACTTTAATTAAGTTCATGTTTGATAAATAGAGAGTAATATATGATCCGCGC
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TTCGATTCAGATTTTTACGGATTCCGTTTGGTTCAGGTTTTTGTGGATTCGTTTTGGGTT
CTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3AF32TF U 1
AF RR3AF32JQ C 100
BS 1 726 RR3AF32TF

RD RR3AF32TF 726 0 0
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TGATCAAAAAAATGAAGACCATTCAATTAATATGCATCGTCTTCGTCATACTCTTGTCAT
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ATTTTGATCACTTTAATTAAGTTCATGTTTGATAAATAGAGAGTAATATATGATCCGCGC
AAGTTAGTTTTTTCAACTATAATGCATTTAAATATTATAAACAATATTTATTTTGTTATC
GATAATTTTTTTTACATTAAAAATGGGCATTCGGCTATCATTTTATTCGATTTTGGTCGA
TTCGATTCAGATTTTTACGGATTCCGTTTGGTTCAGGTTTTTGTGGATTCGTTTTGGGTT
CTAACC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3AF32JQ 627 0 0
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AAAAGGACTGTTGTAACGTTCGTGCAAAGCGAGATCAAGCGGCGACAAAACAATGTGCAT
GTATAATAGCGAAAGATTATAAGAAATATGTTAATCTCGTCAAACTTTTCAAAGCCTGTG
GATTAGGCAATGTAGGTGATTATCACCAACAAACTTGTAAATGATACGAGCCGAACATAG
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TCATAGGTTATTTCCTAATATATTTTGATCACTTTAATTAAGTTCATGTTTGATAAATAG
AGAGTAATATATGATCCGCGCAAGTTAGTTTTTTCAACTATAATGCATTTAAATATTATA
AACAATATTTATTTTGTTATCGATAATTTTTTTTACATTAAAAATGGGCATTCGGCTATC
ATTTTATTCGATTTTGGTCGATTCGATTCAGATTTTTACGGATTCCGTTTGGTTCAGGTT
TTTGTGGATTCGTTTTGGGTTCTAACC

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL7029Contig1 784 2 2 U
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CCAAAAAGTCTTCACATTCATCCTCTTTCCTTCAAAATGTTTTCTGTGCGTCTTTGGGTT
TTCCTTCTTTCTAAATAATCAACTACATATAGACAAAAGGCCTGGGAGGTGTGAAATTCC
TGGTAGTAGTGGAAGTTGGGAGTCTTTTTTATTTTATTTTAACAAGTCGTTTGGTGCTGT
GTTTCTGTCATTGTCGTAGACTGGTCAGTGTTGTGATACGTGTTCAAGAAGCGGGTGGTT
TCTTGACTCTTTAATGCTTTGTTTGCAGCTTTTCCAACTTCAATAATAAGTCTTTGAGAC
CCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR3DQ34TF U 1
AF RR3DQ34JQ C 23
BS 1 709 RR3DQ34TF
BS 710 784 RR3DQ34JQ

RD RR3DQ34TF 709 0 0
TGGCCGTGTGGAGCTCTTAGCTAAGAAAATTACAGAACTTGGGTATTCTTGCTTTTACAT
TCATGCAAAGATGCTTCAGGATCATCGAAACAGAGTGTTCCATGACTTTCGCAATGGTGC
ATGCCGGAATCTTGTGTGTACTGACCTGTTCACACGTGGGATTGACATTCAAGCAGTCAA
TGTGGTGATAAACTTTGATTTCCCAAAGAATGCAGAAACATATCTTCACAGGGTTGGTCG
ATCAGGAAGGTTTGGCCATCTTGGTTTAGCGGTGAATCTTATCACCTATGAGGACCGCTT
TAATCTTTACCGAATTGAGCAAGAGCTTGGTACGGAGATCAAGCAAATTCCTCCACATAT
TGATCAGGCAATTTATTGCCAATAAGTTTGACGGCCTTGGTCTTATTTTAGGTCTATCAG
TAATAAGTGGTTTGTTGATGCAATGTGTGACTTGTCTAGCCGTGCAGGATAAACCAGAAC
CCAAAAAGTCTTCACATTCATCCTCTTTCCTTCAAAATGTTTTCTGTGCGTCTTTGGGTT
TTCCTTCTTTCTAAATAATCAACTACATATAGACAAAAGGCCTGGGAGGTGTGAAATTCC
TGGTAGTAGTGGAAGTTGGGAGTCTTTTTTATTTTATTTTAACAAGTCGTTTGGTGCTGT
GTTTCTGTCATTGTCGTAGACTGGTCAGTGTTGTGATACGTGTTCAAGA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3DQ34JQ 762 0 0
AAGAAAATTACAGAACTTGGGTATTCTTGCTTTTACATTCATGCAAAGATGCTTCAGGAT
CATCGAAACAGAGTGTTCCATGACTTTCGCAATGGTGCATGCCGGAATCTTGTGTGTACT
GACCTGTTCACACGTGGGATTGACATTCAAGCAGTCAATGTGGTGATAAACTTTGATTTC
CCAAAGAATGCAGAAACATATCTTCACAGGGTTGGTCGATCAGGAAGGTTTGGCCATCTT
GGTTTAGCGGTGAATCTTATCACCTATGAGGACCGCTTTAATCTTTACCGAATTGAGCAA
GAGCTTGGTACGGAGATCAAGCAAATTCCTCCACATATTGATCAGGCAATTTATTGCCAA
TAAGTTTGACGGCCTTGGTCTTATTTTAGGTCTATCAGTAATAAGTGGTTTGTTGATGCA
ATGTGTGACTTGTCTAGCCGTGCAGGATAAACCAGAACCCAAAAAGTCTTCACATTCATC
CTCTTTCCTTCAAAATGTTTTCTGTGCGTCTTTGGGTTTTCCTTCTTTCTAAATAATCAA
CTACATATAGACAAAAGGCCTGGGAGGTGTGAAATTCCTGGTAGTAGTGGAAGTTGGGAG
TCTTTTTTATTTTATTTTAACAAGTCGTTTGGTGCTGTGTTTCTGTCATTGTCGTAGACT
GGTCAGTGTTGTGATACGTGTTCAAGAAGCGGGTGGTTTCTTGACTCTTTAATGCTTTGT
TTGCAGCTTTTCCAACTTCAATAATAAGTCTTTGAGACCCCG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL7030Contig1 695 2 1 U
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GACTTCAAGTAAACAATTCAAATTCTTGAAAGTTTTGCGGTACAACTTAAAATGGACAAC
GCTTTAATAACTCAATAAGATCCAATTGTTGTCTTACATACAAACTTGACAGAAGATAAG
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CTAATACTGTATGTTCTTTTTCAGTAATGATATACCTGAAATACTTTAATAGAGAGATGG
ATTTTACAGATGGCATGAAACATGATCCAAACGAAAATCAGTAATGATATACCTGAAATA
CTTTAATAGAGAGATGGATTTTACAGATGGCATGAAACATGATCCAAACGAAAATCAGTT
TCTGCAGATGACTTTGGCTCCAGTCCACCAAGTTGTTTTCCACAGCCTAATCTCATCAAG
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GTAAATATACTGTCTAAGAAATGAGCATCAGTGTGTTATACCAATCGAAAGTTCTTAATG
ATATTTAATTTAACGTAAGAGATACGCTTGTTGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EL05JQ C 1
AF RR3EL05TF U 1
BS 1 695 RR3EL05TF

RD RR3EL05JQ 695 0 0
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GCTTTAATAACTCAATAAGATCCAATTGTTGTCTTACATACAAACTTGACAGAAGATAAG
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ATTTTACAGATGGCATGAAACATGATCCAAACGAAAATCAGTAATGATATACCTGAAATA
CTTTAATAGAGAGATGGATTTTACAGATGGCATGAAACATGATCCAAACGAAAATCAGTT
TCTGCAGATGACTTTGGCTCCAGTCCACCAAGTTGTTTTCCACAGCCTAATCTCATCAAG
AATCCAATAAACGTTGAACTTTGGGTGTTGATGGAACATTATTATAAATATACAAAGATG
GTAAATATACTGTTTAAGAAATGAGCATCAGTGTGTTATACCAATCGAAGGTTCTTAATG
ATATTTAATTTAACGTAAGAGATACGCTTGTTGCC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3EL05TF 695 0 0
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GAGTAGAAGAGGGCTATCTCCGATGGAAGGACTTAATCCAATCCTTAATGTTGTTGGGAT
GACTTCAAGTAAACAATTCAAATTCTTGAAAGTTTTGCGGTACAACTTAAAATGGACAAC
GCTTTAATAACTCAATAAGATCCAATTGTTGTCTTACATACAAACTTGACAGAAGATAAG
TGTTTTACTCAATGTAATTCTATTTCTTTAATATCCTTTCTGAGTTATTTCAACTGCATT
CTAATACTGTATGTTCTTTTTCAGTAATGATATACCTGAAATACTTTAATAGAGAGATGG
ATTTTACAGATGGCATGAAACATGATCCAAACGAAAATCAGTAATGATATACCTGAAATA
CTTTAATAGAGAGATGGATTTTACAGATGGCATGAAACATGATCCAAACGAAAATCAGTT
TCTGCAGATGACTTTGGCTCCAGTCCACCAAGTTGTTTTCCACAGCCTAATCTCATCAAG
AATCCAATAAACGTTGAACTTTGGGTGTTGATGGAACATTATTATAAATATACAAAGATG
GTAAATATACTGTCTAAGAAATGAGCATCAGTGTGTTATACCAATCGAAAGTTCTTAATG
ATATTTAATTTAACGTAAGAGATACGCTTGTTGCC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

CO CL7031Contig1 640 2 2 U
TTTGCGTAAATCATATTTTAGTGAAATCATGAAAGAATTTGATACATAAAAAGACAATTA
GATCAATCATTCTATATTAAAACAAACCTAGTAGTGTTACAAATATTAAGGATCATTACA
AGTTCTATTTAAACAACAAAATTCTAAAGAGAGAGTACTAAGCCAAGACTTGTTTGATAT
TCTTCTTCTGATCCTCAGTGAGTGAAGAAGGAAACAAAACCTCAAAAGTGACAAAGAGGT
TGCCTTTCTTTGTGCTGTAGTGAAGTGGCATCCCTTCTCCTTTGAACTTTTTCACTTCCT
TTGGCTTTGTAATTCCCTTGGAACCGATGTCAACATCGTGATCATCCAAGTGTTTGAATG
ACTTCTCAAAACCAACAAGCGCCTCAACCAGTGTAATGTTGACGGTCATGTGTAGATCGT
TGCCATCTCTCCGGAAACGGGCATGTGGTGCAGTTTTGATTCGAAACTTAAGGTCACCAG
GATCACCGTCAAGAATAGGTTCGCCATCTTCGTAGAAAGACACTTCTTCTCCATCTTTCA
TGCCTTTTTCGATATCAACTGTGACAAAGTATCCTTCGCGTTCGTATTTGACATTTGGGC
ATTTGTCACAGACCTGCTCTGTCATCTGTTGGAACATTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D801TF C 1
AF RR3D801JQ U 4
BS 1 3 RR3D801TF
BS 4 640 RR3D801JQ

RD RR3D801TF 640 0 0
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AGTTCTATTTAAACAACAAAATTCTAAAGAGAGAGTACTAAGCCAAGACTTGTTTGATAT
TCTTCTTCTGATCCTCAGTGAGTGAAGAAGGAAACAAAACCTCAAAAGTGACAAAGAGGT
TGCCTTTCTTTGTGCTGTAGTGAAGTGGCATCCCTTCTCCTTTGAACTTTTTCACTTCCT
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ACTTCTCAAAACCAACAAGCGCCTCAACCAGTGTAATGTTGACGGTCATGTGTAGATCGT
TGCCATCTCTCCGGAAACGGGCATGTGGTGCAGTTTTGATTCGAAACTTAAGGTCACCAG
GATCACCGTCAAGAATAGGTTCGCCATCTTCGTAGAAAGACACTTCTTCTCCATCTTTCA
TGCCTTTTTCGATATCAACTGTGACAAAGTATCCTTCGCGTTCGTATTTGACATTTGGGC
ATTTGTCACAGACCTGCTCTGTCATCTGTTGGAACATTCC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3D801JQ 637 0 0
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CAATCATTCTATATTAAAACAAACCTAGTAGTGTTACAAATATTAAGGATCATTACAAGT
TCTATTTAAACAACAAAATTCTAAAGAGAGAGTACTAAGCCAAGACTTGTTTGATATTCT
TCTTCTGATCCTCAGTGAGTGAAGAAGGAAACAAAACCTCAAAAGTGACAAAGAGGTTGC
CTTTCTTTGTGCTGTAGTGAAGTGGCATCCCTTCTCCTTTGAACTTTTTCACTTCCTTTG
GCTTTGTAATTCCCTTGGAACCGATGTCAACATCGTGATCATCCAAGTGTTTGAATGACT
TCTCAAAACCAACAAGCGCCTCAACCAGTGTAATGTTGACGGTCATGTGTAGATCGTTGC
CATCTCTCCGGAAACGGGCATGTGGTGCAGTTTTGATTCGAAACTTAAGGTCACCAGGAT
CACCGTCAAGAATAGGTTCGCCATCTTCGTAGAAAGACACTTCTTCTCCATCTTTCATGC
CTTTTTCGATATCAACTGTGACAAAGTATCCTTCGCGTTCGTATTTGACATTTGGGCATT
TGTCACAGACCTGCTCTGTCATCTGTTGGAACATTCC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL7032Contig1 698 2 4 U
GGCTACTATTTAAACCGCATCTGATTCTTCATTCTTCCTTCCCCTTCTCCTCTCACTCCT
CAAGCAAACATTACAATGAGCTTCTTCATCATCGAAGATTCTGGTCTCATCATCGCTCAA
CTCCTCTACAAAATGGCTCTCCTAATCACCGTCCTTAGATGGATCTTCTCATTCATCTTA
CGCTACCGATCCAGATCTACCTCCTCTGCTCCTTCGATCTCCTCTCAAGCAATCAAGGAA
AGCCTCTCCGTCACGACGTTCAGCGAGCGGTATCCTGAATCGATCAGCGACACTTGCGCG
GTGTGCCTCGGGGACCTGGAAGACGGAGACGAGGTCAGAGAGCTCAGGAACTGTAGCCAC
GTGTTTCACCGCGAGTGTATCGACAGGTGGCTTGATTACGAGTGTGATGATGATATTAAC
AACGAAGGGGAGGAAGATAACCACCGCACGTGTCCTCTCTGTAGAACTCCGCTTCTTGCT
GCTAATACGTCGTCGTGTTGTGGAGAATGGCCGGCGAAGAATGAACCTAGCTGGGCCGTT
GAACGGCTTCTCTACCTATTCGGAGATGATCTTCTCAACTGATTTTTCTTTTTTCTTTTC
AAATTTATTTGATTTTAGGTTGATCGATCGTGATCAGCAGAAATTATTTGGTCAATATTT
GTAATTTTGTTAATTTGTAGGATATAATGCGGAATATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AF15JQ C 1
AF RR3AF15TF U 1
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RD RR3AF15JQ 698 0 0
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QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3AF15TF 697 0 0
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CAAGCAAACATTACAATGAGCTTCTTCATCATCGAAGATTCTGGTCTCATCATCGCTCAA
CTCCTCTACAAAATGGCTCTCCTAATCACCGTCCTTAGATGGATCTTCTCATTCATCTTA
CGCTACCGATCCAGATCTACCTCCTCTGCTCCTTCGATCTCCTCTCAAGCAATCAAGGAA
AGCCTCTCCGTCACGACGTTCAGCGAGCGGTATCCTGAATCGATCAGCGACACTTGCGCG
GTGTGCCTCGGGGACCTGGAAGACGGAGACGAGGTCAGAGAGCTCAGGAACTGTAGCCAC
GTGTTTCACCGCGAGTGTATCGACAGGTGGCTTGATTACGAGTGTGATGATGATATTAAC
AACGAAGGGGAGGAAGATAACCACCGCACGTGTCCTCTCTGTAGAACTCCGCTTCTTGCT
GCTAATACGTCGTCGTGTTGTGGAGAATGGCCGGCGAAGAATGAACCTAGCTGGGCCGTT
GAACGGCTTCTCTACCTATTCGGAGATGATCTTCTCAACTGATTTTTCTTTTTTCTTTTC
AAATTTATTTGATTTTAGGTTGATCGATCGTGATCAGCAGAAATTATTTGGTCAATATTT
GTAATTTTGTTAATTTGTAG*ATATAATGCGGAATAT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL7033Contig1 1095 2 2 U
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GCATTCTATGGCTCTCTTGGCTCCGTTTTATTTCAGCTGGTCGGCACTTTGGGTTACCTT
TTTGTTTTATACGATTGGTGGTCTCGGTATTACGGTGTCGTATCACCGGAACTTGGCTCA
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TATTCAGGGAGATCCGATTGATTGGGTGAGTACTCATCGATATCATCACCAATTCACGGA
TTCAGAACGAGATCCACATAGCCCTAAGGAAGGCTTTTGGTTTAGTCATCTCCTATGGAT
TTATGATTCCGCATATCTCGTTACAAAGTGTGGAAGAAGGACAAACGTGGACGATTTGAA
GAGGCAATGGTTCTATAGGTTTCTTCAAAAGACAGTGCTGTTTCACATTCTAGGACTTGG
TATAATTCTCTTCTACCTCGGTGGGATGTCCTTCGTTACTTGGGGAATGGGGGGTAGGAG
CAGCACTGGAGGTGCACGTGACTTGTCTAATAAACTCACTGTGTCATGTCTGGGGCACTC
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GAGAAAGCTGGCACAACAACCACCATGCGTTCGAGTCGTCAGCTAGACAAGGTCTCGAAT
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ATGACGTGAAACTGCCAACGGAATCTCAGCGGCGTCGTATGGCTATTGTTCGTTGAACTG
CGGGAAAACAAAAAGAGGAGAGATTAATTCTATGTAATTAGAATAATTTCTAGTCCTAAA
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CTTTGAAGTTTTGGGTAAACTCAATGAACGTTTCCGATGTGTTTGTGTTGGAACAAGTTG
ATTAATATATTTGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB52TF U 1
AF RR3BB52JQ C 262
BS 1 766 RR3BB52TF
BS 767 1095 RR3BB52JQ

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GTTTTGGGAAAGAAAGTGAAGAAGATTAGATTATTTCAAACTCACGGCTTCATTGTTTGT
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TTTGTTTTATACGATTGGTGGTCTCGGTATTACGGTGTCGTATCACCGGAACTTGGCTCA
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TATTCAGGGAGATCCGATTGATTGGGTGAGTACTCATCGATATCATCACCAATTCACGGA
TTCAGAACGAGATCCACATAGCCCTAAGGAAGGCTTTTGGTTTAGTCATCTCCTATGGAT
TTATGATTCCGCATATCTCGTTACAAAGTGTGGAAGAAGGACAAACGTGGACGATTTGAA
GAGGCAATGGTTCTATAGGTTTCTTCAAAAGACAGTGCTGTTTCACATTCTAGGACTTGG
TATAATTCTCTTCTACCTCGGTGGGATGTCCTTCGTTACTTGGGGAATGGGGGGTAGGAG
CAGCACTGGAGGTGCACGTGACTTGTCTAATAAACTCACTGTGTCATGTCTGGGGCACTC
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QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3BB52JQ 834 0 0
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TCTTCAAAAGACAGTGCTGTTTCACATTCTAGGACTTGGTATAATTCTCTTCTACCTCGG
TGGGATGTCCTTCGTTACTTGGGGAATGGGGG*TAGGAGCAGCACTGGAGGTGCACGTGA
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CTTCTCGTAATGTTTGGTGGCTATCTGTATTTTCATTTGGAGAAAGCTGGCACAACAACC
ACCATGCGTTCGAGTCGTCAGCTAGACAAGGTCTCGAATGGTGGCAAATCGACATTTCTT
GGTACATTGTCCGGTTTCTTGAGATTATCGGTTTAGCATATGACGTGAAACTGCCAACGG
AATCTCAGCGGCGTCGTATGGCTATTGTTCGTTGAACTGCGGGAAAACAAAAAGAGGAGA
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TCCTAAAAAGAGTTTATTGTTTTTATTTTATTTATTTTACTTTGAAGTTTTGGGTAAACT
CAATGAACGTTTCCGATGTGTTTGTGTTGGAACAAGTTGATTAATATATTTGTC

QA 1 834 1 834
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7035Contig1 898 2 4 U
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GACTATCATCAGCCTCAAAGACATTCCTTCTTTGGTTCCTTCATCTATCCCCAGAATTAG
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TTATGTTCTATTCTTCTTTCGCAGTCACATTTACAGAGTACCTGAAGAAAGGACGCATTT
TTTATTTGCTATAAAATTGATTCTTTTTTAGGGTTCTTCTTCTTATAGTAAATTGTTTTG
TGTTATTGTGTTTTTTGTATCAATTTGCTTTGTCAGAAACCAAAGAGCAATGATGGTGAA
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TGAGATTAGAGATTCTTCAGGAACAACAACTGTTTTGGAATGTTTTGGTGATCCTAAACG
CAATAAGAAAGCTGCCGCTGAGCATGCAGCTGAAGGCGCGCTCTGGTATCTTAACCATGT
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ACCGGAGAGAGTTTGTATACCGTGTTCTAGCGAGGGAGTCTCGTACATTTGCTCATCTGT
TATTAGACTTCTTGTTTGTTTGTCCTCAAACCTTATCATAATTTACTTATTACATGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F467TF U 1
AF RR3F467JQ C 238
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BS 622 662 RR3F467TF
BS 663 898 RR3F467JQ

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AAACTCCCTCTTCTTCTTTGGTAATCACTTTTTTATTTCATTCAATTCATTTCCAAAACC
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CA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3F467JQ 661 0 0
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TTGTGTTATTGTGTTTTTTGTATCAATTTGCTTTGTCAGAAACCAAAGAGCAATGATGGT
GAATTCTTTCTCTAACATTCGGATTGATGATCCTAACATCACACAAGGATTGAATCATCC
TCTTCCTAAACCCCAACAACAAGAAGACCCCAAATCATTATCTAAAGATGAATCTAAGAA
AGGGTCAGCCAAGTTGTTGTTACATGGAATATGTACTTCCAAGCGATGGAAACCTCCTCT
TTATGATTGCTGCAATGTCCATGGTCCTTGCCATTTGAGATTGTTTACCTACAAAGTTGT
GGTTGAGATTAGAGATTCTTCAGGAACAACAACTGTTTTGGAATGTTTTGGTGATCCTAA
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TGTCAAAGGCAAATCAGACAAAGCTGCATCAGTAAATAAGACATCACCTATTCAGATGAA
ATAACCGGAGAGAGTTTGTATACCGTGTTCTAGCGAGGGAGTCTCGTACATTTGCTCATC
TGTTATTAGACTTCTTGTTTGTTTGTCCTCAAACCTTATCATAATTTACTTATTACATGG
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL7036Contig1 831 2 15 U
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GGGGTTCCATTTCATCACCACTTTGTCACCGCACCTTCCATCCGATGATGAAACTCCGGG
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CTTCTTCTGAGCTGCCGACTTGAGCCTATACCTCTCTGCTCTTGACCCAATCACCTGCCC
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BQ
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AF RR3F530JQ U 17
AF RR3AE13JQ U 1
BS 1 100 RR3AE13JQ
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BS 658 658 RR3F530JQ
BS 659 831 RR3AE13JQ

RD RR3F530JQ 696 0 0
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ACCACTTTGTCACCGCACCTTCCATCCGATGATGAAACTCCGGGGAACTGCATCGGAGTT
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GCTACTATTGCTTTAGGGCACTTGTA
ATGCATCCCT

QA 1 686 1 686
DS 

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GAAATGAATTTATTCTAGTTTTTCTCAAACATATAGAAACTTTTACAAATACAATCTCTC
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TATTTAGCAGACGACATTAGTTGCTCCGGTAGAGACAGGACTTGCTGCTTCAAGCAACAT
GGGGTTCCATTTCATCACCACTTTGTCACCGCACCTTCCATCCGATGATGAAACTCCGGG
GAACTGCATCGGAGTTGCTTCAAGAGACGAAGGGTTTGGTACAACAGCCAATGATGTCAT
CTTCTTCTGAGCTGCCGACTTGAGCCTATACCTCTCTGCTCTTGACCCAATCACCTGTCC
CATAACCGATGCTGCTATGGTAAACACCATCGCCATCTTAGGCATCAACACCGACTTCCT
CAGTATCCCTATAAACGGAACCGCTGCGTGAAGGGCTATAAACCAAGATGCAGAGAACTT
TTCGGTGTGCTCTCTCCAGACCCCAAGAGGAACGTTTAGCGCCATGCCGAGCATCCCTAT
CACAAGAACTTTGGATGATAAAGGCTGCGGGCGGAGGTTCTTGGCGAAAGCTGTTTTTGA
TATGGCTGCTCGAGCTGCTACTATTGCTTTAGGGCACTTGTATGTCATTCCTGGAGGTGG
CTGCAGGATCTTCGCCACGAGTGGTGCCACACCGCTTACAGCTCGGTACGATTTCGCAAT
GGGGCAGTTTCCTGTTTGTAGCCAGTCGTCACTCATAGATTCGTGGTTTCC

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 2

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TGCACTAATATCCGTTCACCCATCTCAGGAATCCGTAGCTGTCACCGTCGGTTCGGATCT
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TCCCCATAAGGATTCCGTTAGAGCTATTAGCTATGGTGCGAGTGGAAAGCTCTTCGTGTC
TGCAGGCGATGACAAGCTGGTCAAGATTTGGTCTGCAGAGTCTTGGCGTTGCCTTAACAC
TATATCTTCTGAGAAGAGAGTTAGTGCGGTTGCTATAAGCGGCAATGATTCGCATGTTTG
CTATGCGGACAAGTTCGGTGTTGTATGGGTTGTCGAGTTAGATGGGATCAATGAGGGTCA
AGTTTTGCCTAGTAAGAAGGGTGCGCTGCTGCTTTCTCATTATTGTAGTATTATTACTAG
CTTGGTAAGATCACGTTTCCGTTATAGAGTCTCGTTCTTCTTGAAGGTTTACTAATAGAT
CTGTTATTCTTCATAGGAGTTTTCCCCAGATGGTCGATATATTCTTAGTGCTGATCGGGA
CTTTAAGATAAGAGTAAGATAAAGAGTAATCCACTAATGTACAATGTCATGCCTTTTTTT
TTTGTTTGGATTGCTCTTTTATATTCTGATTACATTTACCGTGTCACAGGTGACTGTTTT
TCCTGAGGAGCCTCTACAAGGGGCTCATGAAATACAGAGCTTTTGTCTTGGACATACAGA
GTAAGTCAGAGTTTAAAGCTACATGTAGTCGCATCCCAAATATTCATTCTGGTTTCTTTT
AATGTTTACATAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BD05TF U 1
AF RR3BD05JQ C 184
BS 1 825 RR3BD05TF
BS 826 975 RR3BD05JQ

RD RR3BD05TF 825 0 0
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TCTCACGAACTTTGCTTAAACCCTAAAAACTACTGTTCTTCCTTCTCTCTCTGTATAAAA
AATGGAAGAATCTCACATCGAAGAAGGTGAAAGCCAGAACAAACTACTCGAGGTTGCTCC
TGCACTAATATCCGTTCACCCATCTCAGGAATCCGTAGCTGTCACCGTCGGTTCGGATCT
TCGTGTATTCGATCTTATAGAGAATCAGCCAGTTACTTTGGTGGATGAATCTGATGGATC
TCCCCATAAGGATTCCGTTAGAGCTATTAGCTATGGTGCGAGTGGAAAGCTCTTCGTGTC
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TATATCTTCTGAGAAGAGAGTTAGTGCGGTTGCTATAAGCGGCAATGATTCGCATGTTTG
CTATGCGGACAAGTTCGGTGTTGTATGGGTTGTCGAGTTAGATGGGATCAATGAGGGTCA
AGTTTTGCCTAGTAAGAAGGGTGCGCTGCTGCTTTCTCATTATTGTAGTATTATTACTAG
CTTGGTAAGATCACGTTTCCGTTATAGAGTCTCGTTCTTCTTGAAGGTTTACTAATAGAT
CTGTTATTCTTCATAGGAGTTTTCCCCAGATGGTCGATATATTCTTAGTGCTGATCGGGA
CTTTAAGATAAGAGTAAGATAAAGAGTAATCCACTAATGTACAATGTCATGCCTTTTTTT
TTTGTTTGGATTGCTCTTTTATATTCTGATTACATTTACCGTGTC

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR3BD05JQ 792 0 0
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TGTATTCGATCTTATAGAGAATCAGCCAGTTACTTTGGTGGATGAATCTGATGGATCTCC
CCATAAGGATTCCGTTAGAGCTATTAGCTATGGTGCGAGTGGAAAGCTCTTCGTGTCTGC
AGGCGATGACAAGCTGGTCAAGATTTGGTCTGCAGAGTCTTGGCGTTGCCTTAACACTAT
ATCTTCTGAGAAGAGAGTTAGTGCGGTTGCTATAAGCGGCAATGATTCGCATGTTTGCTA
TGCGGACAAGTTCGGTGTTGTATGGGTTGTCGAGTTAGATGGGATCAATGAGGGTCAAGT
TTTGCCTAGTAAGAAGGGTGCGCTGCTGCTTTCTCATTATTGTAGTATTATTACTAGCTT
GGTAAGATCACGTTTCCGTTATAGAGTCTCGTTCTTCTTGAAGGTTTACTAATAGATCTG
TTATTCTTCATAGGAGTTTTCCCCAGATGGTCGATATATTCTTAGTGCTGATCGGGACTT
TAAGATAAGAGTAAGATAAAGAGTAATCCACTAATGTACAATGTCATGCCTTTTTTTTT*
GTTTGGATTGCTCTTTTATATTCTGATTACATTTACCGTGTCACAGGTGACTGTTTTTCC
TGAGGAGCCTCTACAAGGGGCTCATGAAATACAGAGCTTTTGTCTTGGACATACAGAGTA
AGTCAGAGTTTAAAGCTACATGTAGTCGCATCCCAAATATTCATTCTGGTTTCTTTTAAT
GTTTACATAAGC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7039Contig1 941 2 8 U
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TTTTCTTTCCTTGCTTTCTTTTTCGATGCTATGTGCTTACGTCACCGCGATTCCGTTCTG
GCATATCTCAGCTTGGAGCATCGAAGAAGTTTTGCGGTTGAATTATTGAGCGGTTTCTTT
GATCGAGCTCGTTAGTGGCGGTTTAGATATGGTATAAAATCTGGCTGTTGTAAGTGGATC
TCTCTTTTTCGTGTTTCCTCTGCTCTTTCTTCTCAGTGTGGGTGAGCTTGCTTGCTTGGT
CTGAACCGTCACCGACAGTGTTTTGATTTTCTTCTTGTTCTCTACTGTGCGTTTCTTAAG
ATCTGTCAGCTTGATTTTGAGAAGTTTCCAGAGTTACTTCCAATTCCAAGGAAAAAAAAT
CTATGATTTTAAGGCGGTTTCTCCGTTGTGGGGGCCTGAGAGACGTAGAACTGTCGGACT
TGTCAATCATGGTTCTCTGTCTTGGTGGCGTCATGTGCTGATGCGGAAATTTTCAGGGGT
ATTTTCCAAGGTTGCTTCATGTCCATCTTGGCTAAAGGTGGTGCATGCTTTCTCTGTTTT
TTTTGGTGTAGGTTTAAGGTGGATGGCGTCTCTTGATGGCTCATCTGTCCGAATAAAGCT
CAACCTTTCTCTTTATGGGTGTGCTTGGTCTTGGGTGTTGTTGTATGTCAGTGTTGGCTG
CGGATTATAAGGTCTTTTGTAAGTTGTTCTTGGGTGAGTCGATTTCTTAGAGTTAATCAT
CAAGAAAACCAATTTCTACGGGGTTTAGTTTTTTTATTTCACTTTATTCTTCTTTTATGG
CAAGCGGATTGTACCAATTTTGATGTCTCCATGGGTTAGCTTCTTTGATTTTAGTTTCAA
ACGATGTTTTGTTTAGTTATAATCGATGTCGAGTTGTTCTC


BQ
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AF RR3CJ57TF U 1
AF RR3CJ57JQ C 262
BS 1 662 RR3CJ57TF
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RD RR3CJ57TF 767 0 0
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TTTTCTTTCCTTGCTTTCTTTTTCGATGCTATGTGCTTACGTCACCGCGATTCCGTTCTG
GCATATCTCAGCTTGGAGCATCGAAGAAGTTTTGCGGTTGAATTATTGAGCGGTTTCTTT
GATCGAGCTCGTTAGTGGCGGTTTAGATATGGTATAAAATCTGGCTGTTGTAAGTGGATC
TCTCTTTTTCGTGTTTCCTCTGCTCTTTCTTCTCAGTGTGGGTGAGCTTGCTTGCTTGGT
CTGAACCGTCACCGACAGTGTTTTGATTTTCTTCTTGTTCTCTACTGTGCGTTTCTTAAG
ATCTGTCAGCTTGATTTTGAGAAGTTTCCAGAGTTACTTCCAATTCCAAGGAAAAAAAAT
CTATGATTTTAAGGCGGTTTCTCCGTTGTGGGGGCCTGAGAGACGTAGAACTGTCGGACT
TGTCAATCATGGTTCTCTGTCTTGGTGGCGTCATGTGCTGATGCGGAAATTTTCAGGGGT
ATTTTCCAAGGTTGCTTCATGTCCATCTTGGCTAAAGGTGGTGCATGCTTTCTCTGTTTT
TTTTGGTGTAGGTTTAAGGTGGATGGCGTCTCTTGATGGCTCATCTGTCCGAATAAAGCT
CA*CCTTTCTCTTTATGGGTGTGCTTGGTCTTGGGTGTTGTTGTATGTCAGTGTTGGCTG
CGGAT*ATAAG*TCTTTTGTAAGTTGTTCTTGGGTGAGTCGATTTCT

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3CJ57JQ 680 0 0
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TTTGATTTTCTTCTTGTTCTCTACTGTGCGTTTCTTAAGATCTGTCAGCTTGATTTTGAG
AAGTTTCCAGAGTTACTTCCAATTCCAAGGAAAAAAAATCTATGATTTTAAGGCGGTTTC
TCCGTTGTGGGGGCCTGAGAGACGTAGAACTGTCGGACTTGTCAATCATGGTTCTCTGTC
TTGGTGGCGTCATGTGCTGATGCGGAAATTTTCAGGGGTATTTTCCAAGGTTGCTTCATG
TCCATCTTGGCTAAAGGTGGTGCATGCTTTCTCTGTTTTTTTTGGTGTAGGTTTAAGGTG
GATGGCGTCTCTTGATGGCTCATCTGTCCGAATAAAGCTCAACCTTTCTCTTTATGGGTG
TGCTTGGTCTTGGGTGTTGTTGTATGTCAGTGTTGGCTGCGGATTATAAGGTCTTTTGTA
AGTTGTTCTTGGGTGAGTCGATTTCTTAGAGTTAATCATCAAGAAAACCAATTTCTACGG
GGTTTAGTTTTTTTATTTCACTTTATTCTTCTTTTATGGCAAGCGGATTGTACCAATTTT
GATGTCTCCATGGGTTAGCTTCTTTGATTTTAGTTTCAAACGATGTTTTGTTTAGTTATA
ATCGATGTCGAGTTGTTCTC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL7040Contig1 692 2 2 U
TATACAAATTATTGTTGCCATTTTCACATCCAAAACTCAATCCATACACAAATCTCATTC
AAACGCACACTAATCATAACAATCGATTTCTAATCAGTTACAATAACCGATTTATATGAT
CATTTTACCCCCAAAAGGACAAGTTATTGTACAGAGTTGGAGAGCAATGCTTGTATTTCT
TCAAGAGATCGACCTTTAGTCTCCGGTACCAGAAAGTATATAAATACAATCGAAAAGGCG
GAGACCATCGAGAAGATGAAAAACATTCCTGATGCATTCCACTCTAGCATGAAATTGAAA
GTATATGTGATAACCCATCCAAATAACCAATTAGTTACGGTAACTAAGGTTCCAGCTGAT
ACTTTCACATTCATGGGAAATATCTCAGCCATTATAATCCAGGGTAGTCCTCCCATCCCC
ATCGCGAATGCCACAATGTGACCCAATACGCCAATGCAAGTAAAGATGGGAGTGAGATCT
GGGAGAATTCCAAATGACTCGAACCCATAGGAAACACTCAAGAGCAAAGCACTTAAACCC
ATCGCAGCACAAGAAGCCATTAGGAGTGTTCTCCTCCCCAGTTTATCGACTATAATTGTT
CCCAACATTGCTTTCGGAACCATGATCGTAGCTATTACAGACGTGCCAATAGCACTTGGA
AATCCTCCTTTGTTGAAGAGGCTACTGGCATC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GA61TF C 1
AF RR3GA61JQ U 2
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BS 2 692 RR3GA61JQ

RD RR3GA61TF 692 0 0
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CATTTTACCCCCAAAAGGACAAGTTATTGTACAGAGTTGGAGAGCAATGCTTGTATTTCT
TCAAGAGATCGACCTTTAGTCTCCGGTACCAGAAAGTATATAAATACAATCGAAAAGGCG
GAGACCATCGAGAAGATGAAGAACATTCCTGATGCATTCCACTCTAGCATGAAATTGAAA
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GGGAGAATTCCAAATGACTCGAACCCATAGGAAACACTCAAGAGCAAAGCACTTAAACCC
ATCGCAGCACAAGAAGCCATTAGGAGTGTTCTCCTCCCCAGTTTATCGACTATAATTGTT
CCCAACATTGCTTTCGGAACCATGATCGTAGCTATTACAGACGTGCCAATAGCACTTGGA
AATCCTCCTTTGTTGAAGAGGCTACTGGCATC

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DS 

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ATTTTACCCCCAAAAGGACAAGTTATTGTACAGAGTTGGAGAGCAATGCTTGTATTTCTT
CAAGAGATCGACCTTTAGTCTCCGGTACCAGAAAGTATATAAATACAATCGAAAAGGCGG
AGACCATCGAGAAGATGAAAAACATTCCTGATGCATTCCACTCTAGCATGAAATTGAAAG
TATATGTGATAACCCATCCAAATAACCAATTAGTTACGGTAACTAAGGTTCCAGCTGATA
CTTTCACATTCATGGGAAATATCTCAGCCATTATAATCCAGGGTAGTCCTCCCATCCCCA
TCGCGAATGCCACAATGTGACCCAATACGCCAATGCAAGTAAAGATGGGAGTGAGATCTG
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TCGCAGCACAAGAAGCCATTAGGAGTGTTCTCCTCCCCAGTTTATCGACTATAATTGTTC
CCAACATTGCTTTCGGAACCATGATCGTAGCTATTACAGACGTGCCAATAGCACTTGGAA
ATCCTCCTTTGTTGAAGAGGCTACTGGCATC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

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CTCACGCTTTAATGAACTCTGATTCGACGTTTATGACATCCTCACACGTTGAACCAACCT
TGTTCTCGAGTAGATACCATGGCCATCTTCGGCGCCCTTACCCTGATGATCTTACCGAGA
TGATGATGCTCCGGAATGGTTTTGTAATGGGAGGGACAACAGATTCGCTTGATCACTTCC
ATAACTTGAGGCTTGATGTTGATAATATGTCATACGAGCAACTACTAGAGCTTGGTGATA
GAATTGGTTATGTGAATACTGGACTAAAAGAGAGCGAGATACGTCGTTGTCTTCGGAAAA
TCAATCCATCCCTATCAAACACTCTTCTTGCTGATAGAAAATGCAGCATTTGTCAGGATG
AGTATGAGAGAGAGGGTCAGGTTGGGAAACTGGAATGTGGACACAGCTTCCATGTCCACT
GCGTGAAGCAGTGGCTATCGAGCAAGAATGCTTGTCCTGTCTGTAAGAAGACAGTATACG
TCAAGGCTTAAGATTGCTGTATAGAACCAAATCATCTGATTCTTTATTTCATGCCGTTGT
TCTGTGATTTAGCAGTCATGTGTGTGTTCTTGATCTTGTTTTCCTTTGTTGTTTTTTTTT
ATATGATTGAAATACTATTTTGTAAGAACAACAGTTTGTGACCTAAGGATTCTGCAGCC


BQ
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AF RR3A068TF U 1
AF RR3A068JQ C 20
BS 1 710 RR3A068TF
BS 711 779 RR3A068JQ

RD RR3A068TF 710 0 0
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CTAATCAAACAGAGGGTTCTTCTGTTCTTACTAGGCGGTCTACTAATCAAGAATCTCATC
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TGTTCTCGAGTAGATACCATGGCCATCTTCGGCGCCCTTACCCTGATGATCTTACCGAGA
TGATGATGCTCCGGAATGGTTTTGTAATGGGAGGGACAACAGATTCGCTTGATCACTTCC
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TCAATCCATCCCTATCAAACACTCTTCTTGCTGATAGAAAATGCAGCATTTGTCAGGATG
AGTATGAGAGAGAGGGTCAGGTTGGGAAACTGGAATGTGGACACAGCTTCCATGTCCACT
GCGTGAAGCAGTGGCTATCGAGCAAGAATGCTTGTCCTGTCTGTAAGAAGACAGTATACG
TCAAGGCTTAAGATTGCTGTATAGAACCAAATCATCTGATTCTTTATTTCATGCCGTTGT
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QA 1 710 1 710
DS 

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TGGCCATTTTCGGCGCCCTTACCCTGATGATCTTACCGAGATGATGATGCTCCGGAATGG
TTTTGTAATGGGAGGGACAACAGATTCGCTTGATCACTTCCATAACTTGAGGCTTGATGT
TGATAATATGTCATACGAGCAACTACTAGAGCTTGGTGATAGAATTGGTTATGTGAATAC
TGGACTAAAAGAGAGCGAGATACGTCGTTGTCTTCGGAAAATCAATCCATCCCTATCAAA
CACTCTTCTTGCTGATAGAAAATGCAGCATTTGTCAGGATGAGTATGAGAGAGAGGGTCA
GGTTGGGAAACTGGAATGTGGACACAGCTTCCATGTCCACTGCGTGAAGCAGTGGCTATC
GAGCAAGAATGCTTGTCCTGTCTGTAAGAAGACAGTATACGTCAAGGCTTAAGATTGCTG
TATAGAACCAAATCATCTGATTCTTTATTTCATGCCGTTGTTCTGTGATTTAGCAGTCAT
GTGTGTGTTCTTGATCTTGTTTTCCTTTGTTGTTTTTTTTTATATGATTGAAATACTATT
TTGTAAGAACAACAGTTTGTGACCTAAGGATTCTGCAGCC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL7042Contig1 1090 2 2 U
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TGCTGTTGAATTTTAAGGATTTAAGGCCTGAAGGAGTGAAGAGGAAGGAATTTGTTGAAC
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AGTGAGATACCTCACGTACTCAGGAGAGGACATGACTTCTTTAAGGATTCTCAGGTGAGA
GACAACCCTTTGTCTGACTTCACTAGCATGCACGTCGTATCTCCAAAGGGTCGTGGACTT
TCTCTGATCGTGATCATCGACCAATGGCTCTGTAAAGCTCACTGATCTTGCTTTACAGTA
TTGCCTGTTGCTCTCGGTGATGCCACCTGACATTGTTGGATAGAAACTGGATCCTGGACA
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CTAACTGCTTGTGAGCCTGCACTTGGACAAGAATGGTTGAAATCGTTGAGCATGAATACA
ATGAGTGTACTTCAGCAACAATCCAAGCTTTGATTCTGTTCAGGCAACTATATCCGGATC
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AATGCTTGATTGTTCATGGTACGAAAGCTGGGGAGTTTGCTTCACATACAGGACATGGTT
TGCTTTGGGAGGTCTAGCAGCTGCTGGAAAGACGTATAGTAACTGTTTGGCATGGTGTTT
GCTGGACACACCTTTTTGGGGTGGTTTTCGGTTAGTTAAGTTTCGAATACTTTTATTAAA
GTTTTTGGTTTTGCGGTTAATTATGTTAAATTTTCGATTTAAATTGAATAAAATATGAAC
ATTTTTGGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D360TF U 1
AF RR3D360JQ C 493
BS 1 709 RR3D360TF
BS 710 1090 RR3D360JQ

RD RR3D360TF 709 0 0
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TGCTGTTGAATTTTAAGGATTTAAGGCCTGAAGGAGTGAAGAGGAAGGAATTTGTTGAAC
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GACAACCCTTTGTCTGACTTCACTAGCATGCACGTCGTATCTCCAAAGGGTCGTGGACTT
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TTGCCTGTTGCTCTCGGTGATGCCACCTGACATTGTTGGATAGAAACTGGATCCTGGACA
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CTAACTGCTTGTGAGCCTGCACTTGGACAAGAATGGTTGAAATCGTTGA

QA 1 709 1 709
DS 

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CTCGGTGATGCCACCTGACATTGTTGGATAGAAACTGGATCCTGGACAGTTATATGAGTC
TGTTACTATCTGTCTATCTTACTGTCTTTACAGAGTAATAATGGAGGTCTAACTGCTTGT
GAGCCTGCACTTGGACAAGAATGGTTGAAATCGTTGAGCATGAATACAATGAGTGTACTT
CAGCAACAATCCAAGCTTTGATTCTGTTCAGGCAACTATATCCGGATCACAGGACAGATG
AGATCAACAGTCCATCAAGAAAGCCGTGCAATACATAGAGAACATACAAATGCTTGATTG
TTCATGGTACGAAAGCTGGGGAGTTTGCTTCACATACAGGACATGGTTTGCTTTGGGAGG
TCTAGCAGCTGCTGGAAAGACGTATAGTAACTGTTTGGCATGGTGTTTGCTGGACACACC
TTTTTGGGGTGGTTTTCGGTTAGTTAAGTTTCGAATACTTTTATTAAAGTTTTTGGTTTT
GCGGTTAATTATGTTAAATTTTCGATTTAAATTGAATAAAATATGAACATTTTTGGCC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

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ACCTCAAACCCTTGTTCGTATCTATCCCACTAGGGTTCTAAGCTCTTCGATTCATAAAAC
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CACTACAAGAAGCTTCTCCTCTCAAGAAGGTCCTGCTCCTATCGATTACAGTTCGATTCT
GCAGGAGGATGAGTTCCACAGATTAGCCAATGCCACTATCAATCACCTTCTTGAGAAGAT
TGAGGATTATGGTGATAATGTCCAGATTGATGGTTTCGACATTGATTATGGGAATGAAGT
TCTCACGCTTAAGCTTGGATCTTTAGGCACGTATGTACTCAATAAGCAAACTCCTAACCG
ACAAATCCGGATGTCTTCACCTGTCAGTGGCCCGTCTAGATTCGACTGGGACCGTGATGC
TAATGCGTGGATTTACCGGAGGACAGAAGCAAAGTTGCATAAACTGTTGGAAGAGGAGTT
AGAGAGTCTATGTGGCGAACCAATTCAACTCTCATGAGAACAATATTTGTGAGTTTGTCT
AGGAACTTGGAACTGTTATGCCCTTCAATGGTATATCTCTATGAAACATCGAGAGGAATA
ACCAAACT


BQ
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15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3CQ14TF U 1
AF RR3A644TF U 10
BS 1 284 RR3CQ14TF
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BS 506 666 RR3CQ14TF
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RD RR3CQ14TF 666 0 0
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ACCTCAAACCCTTGTTCGTATCTATCCCACTAGGGTTCTAAGCTCTTCGATTCATAAAAC
CACCGAGCCATCGCGTTCCTTACGGCGAATAGGATCCAGTCTTCTCCGACACGACTCCAT
CACTACAAGAAGCTTCTCCTCTCAAGAAGGTCCTGCTCCTATCGATTACAGTTCGATTCT
GCAGGAGGATGAGTTCCACAGATTAGCCAATGCCACTATCAATCGCCTTCTTGAGAAGAT
TGAGGATTATGGTGATAATGTCCAGATTGATGGTTTCGACATTGATTATGGGAATGAAGT
TCTCACGCTTAAGCTTGGATCTTTAGGCACGTATGTACTCAATAAGCAAACTCCTAACCG
ACAAATCCGGATGTCTTCACCTGTCAGTGGCCCGTCTAGATTCGACTGGGACCGTGATGC
TAATGCGTGGATTTACCGGAGGACGGAAGCAAAGTTGCATAAACTGTTGGAAGAGGAGTT
AGAGAGTCTATGTGGCGAACCAATTCAACTCTCATGAGAACAATATTTGTGAGTTTGTCT
AGGAACTTGGAACTGTTATGCCCTTCAATGGTATATCTCTATGAAACATCGAGAGGAATA
ACCAAA

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3A644TF 659 0 0
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CCTTGTTCGTATCTATCCCACTAGGGTTCTAAGCTCTTCGATTCATAAAACCACCGAGCC
ATCGCGTTCCTTACGGCGAATAGGATCCAGTCTTCTCCGACACGATTCCATCACTACAAG
AAGCTTCTCCTCTCAAGAAGGTCCTGCTCCTATCGATTACAGTTCGATTCTGCAGGAGGA
TGAGTTCCACAGATTAGCCAATGCCACTATCAATCACCTTCTTGAGAAGATTGAGGATTA
TGGTGATAATGTCCAGATTGATGGTTTCGACATTGATTATGGGAATGAAGTTCTCACGCT
TAAGCTTGGATCTTTAGGCACGTATGTACTCAATAAGCAAACTCCTAACCGACAAATCTG
GATGTCTTCACCTGTCAGTGGCCCGTCTAGATTCGACTGGGACCGTGATGCTAATTCGTG
GATTTACCGGAGGACAGAAGCAAAGTTGCATAAACTGTTGGAAGAGGAGTTAGAGAGTCT
ATGTGGCGAACCAATTCAACTCTCATGAGAACAATATTTGTGAGTTTGTCTAGGAACTTG
GAACTGTTATGCCCTTCAATGGTATATCTCTATGAAACATCGAGAGGAATAACCAAACT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL7044Contig1 1087 2 4 U
GGGGTCTATCTGATAGTGATTTCGAAACTGAAGATGATGAAAGTGGAGGAGAGGATGATA
GTGAGGAAGATGGGGATGAAGGAGAAGACGATGAGGAGGGATGGGTTGCTGTTCTAGAGG
ATGAAGATGAAGACGAAGATGATGATGATGAGGATGACTATGATGATGATGATGATGATG
AAGATGACGACGAATCGCTTGGTGACTGGGCAAAACTGGAAACAATGAGGAGCTGTCATC
CCATGTTTTTTGCAAAGAGAATGTCTGAGGTGGCTTCAAATGATCCTGTAGATTGGATGG
ATCAGCCGTCTGCTGGGCTTGCCATCCAGGGACTGTTGAGTCATATCTTAGTGGAAGATT
ATTCAGATATCCAACAGAAACTTGCTGACATAAAATCTACAAGTACCATGGGAGACAAGA
ATGCTGAAGAGACTGAGTAGGCAGATGGTGATGATGAATCTGAGAAGACGAGAAAAGTGG
TTGCGTTTTACAAGCTGGAGATGATAAGAGTTCAACTTATTACAGCGCAAGGGGATCAGA
CTGAAGTTGAAGTGGAAGATGTCAGAAAAGCACAACCTGATGTTATTGCTCATGGATCAG
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TGTGTTGGAGATACTACAGTATTCAAGCAGAGGAAGTGAAGCTGATAGGGTTAGATTCCC
TTGGTTTTGACCTCAGGCTTTGCGCAGGAGCAAAGATTGAGTCATTGCGGTTTGCATTCT
CGACAAGGGCAACATCAGAAGATGACGCAGAGGAACAAATAAAAGAACTATTATTCCCGA
CAAGAGACCCGTCGAAGCCGCCACTGGGAACAAGTCAGAAGGAGGCTTCTTAGTGCTCTC
TAGTGATCGTTTAATGAAACTGCTAGGAGGAAACAGTAATCCAAACTGCAAATGCCATTG
TCTGTGGGACAAAACATGTACAAGGGTGGGTTGAAGCATTCAATTGATTTTCGACGCTGT
AATTGTGGTTTCTAGTTTTTTGTTTTGTTTTGGGTTTACTTTTGCACAAATTGAGCATTC
TAGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FU39TF U 1
AF RR3FU39JQ C 324
BS 1 692 RR3FU39TF
BS 693 693 RR3FU39JQ
BS 694 709 RR3FU39TF
BS 710 1087 RR3FU39JQ

RD RR3FU39TF 711 0 0
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GTGAGGAAGATGGGGATGAAGGAGAAGACGATGAGGAGGGATGGGTTGCTGTTCTAGAGG
ATGAAGATGAAGACGAAGATGATGATGATGAGGATGACTATGATGATGATGATGATGATG
AAGATGACGACGAATCGCTTGGTGACTGGGCAAAACTGGAAACAATGAGGAGCTGTCATC
CCATGTTTTTTGCAAAGAGAATGTCTGAGGTGGCTTCAAATGATCCTGTAGATTGGATGG
ATCAGCCGTCTGCTGGGCTTGCCATCCAGGGACTGTTGAGTCATATCTTAGTGGAAGATT
ATTCAGATATCCAACAGAAACTTGCTGACATAAAATCTACAAGTACCATGGGAGACAAGA
ATGCTGAAGAGACTGAGTAGGCAGATGGTGATGATGAATCTGAGAAGACGAGAAAAGTGG
TTGCGTTTTACAAGCTGGAGATGATAAGAGTTCAACTTATTACAGCGCAAGGGGATCAGA
CTGAAGTTGAAGTGGAAGATGTCAGAAAAGCACAACCTGATGTTATTGCTCATGGATCAG
CTGGAATCATAAACCGTTTACAAGAAGCTGGTGATAAACTAGCTGAAGCACTTAGATCTT
TGTGTTGGAGATACTACAGTATTCAAGCAGAG*AAGTGAAGCTGATAGG
TT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3FU39JQ 764 0 0
ATCCAGGGACTGTTGAGTCATATCTTAGTGGAAGATTATTCAGATATCCAACAGAAACTT
GCTGACATAAAATCTACAAGTACCATGGGAGACAAGAATGCTGAAGAGACTGAGTAGGCA
GATGGTGATGATGAATCTGAGAAGACGAGAAAAGTGGTTGCGTTTTACAAGCTGGAGATG
ATAAGAGTTCAACTTATTACAGCGCAAGGGGATCAGACTGAAGTTGAAGTGGAAGATGTC
AGAAAAGCACAACCTGATGTTATTGCTCATGGATCAGCTGGAATCATAAACCGTTTACAA
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CAAGCAGAGGAAGTGAAGCTGATAGGGTTAGATTCCCTTGGTTTTGACCTCAGGCTTTGC
GCAGGAGCAAAGATTGAGTCATTGCGGTTTGCATTCTCGACAAGGGCAACATCAGAAGAT
GACGCAGAGGAACAAATAAAAGAACTATTATTCCCGACAAGAGACCCGTCGAAGCCGCCA
CTGGGAACAAGTCAGAAGGAGGCTTCTTAGTGCTCTCTAGTGATCGTTTAATGAAACTGC
TAGGAGGAAACAGTAATCCAAACTGCAAATGCCATTGTCTGTGGGACAAAACATGTACAA
GGGTGGGTTGAAGCATTCAATTGATTTTCGACGCTGTAATTGTGGTTTCTAGTTTTTTGT
TTTGTTTTGGGTTTACTTTTGCACAAATTGAGCATTCTAGTTCC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL7045Contig1 931 2 2 U
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GATAAAGATTCAATGGTGGAGGTGAAGAATAGATTCAAGAAAATGAGCGTGGTTCCAGAT
GAAAATTGTTTTGCTAATGCCATCCTCAATCTCAAGGAACACCAGAAACCAGCCATTGTC
ATCCGGAATACCAGTTTCTGTGATGTCCGTTTTTCCTACCTGAGAAAACTTAGGCTCGCA
CGGTCATGCATTCAGGCTAAGCTCTCTACGGTTATCCAAGAGTTTAAGATCATCAATGAA
CCTGTGTGCATAGACTATTTCGAGCACTACTTCGATGACTTGGACCTTGCTCTGGTGCAG
CTCAAGTATGCACGTCAATTGCTCATGAAAATCGTCAGGTATTTTATCCAGCTGATGGAA
AAGGATGATTGTAAGACCCTGGACCGGTGCAAGTATCTGAAAGTGAATGCTGTTGGTTGT
ATGTATACCATTGCAATGAGATGCCTCCCTATTTTGGCTTATATCGAAAAGGTCAGGCAA
CACATGCTGGCTCAGGACGTTGATGCCACTCCCGACTTTGTCTTAGCTAAGGAAGACTGC
ACAATCCCCCACATATCTGCCTTTAAGGTTGAAAAGGCTACCGACTTTGTTCATCAAGAC
ACTTTGCGTTGGCTTGAAGATTTGGAAGAGAAACATGGCTTTACGCTCCACGATTCTGCT
CACAAGCTTCATGATTGTGCTCAGCTTTCCTGCAACCCATTAGTAGCATGAGAGCTCGTT
TGCTCTGTTGAATAATTTAAGGTTTCTCGGCCTTCTGTTTAATTTATGTTCTCTGACATT
AGCTATGTTTGTTTTGGACCCTCCTTTTGCTGTCTTTTATCTTAAGAACATATTTTCTCT
TTAATATATTTATTTATTTATTTTCTTGAGC


BQ
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AF RR3AQ32TF U 1
AF RR3AQ32JQ C 151
BS 1 795 RR3AQ32TF
BS 796 931 RR3AQ32JQ

RD RR3AQ32TF 795 0 0
GGATCCTCTTCCAAGCCTCAAAGCAAGTCCAGTGCAGACATGAATAAAGCACCTTCAATG
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GAAAATTGTTTTGCTAATGCCATCCTCAATCTCAAGGAACACCAGAAACCAGCCATTGTC
ATCCGGAATACCAGTTTCTGTGATGTCCGTTTTTCCTACCTGAGAAAACTTAGGCTCGCA
CGGTCATGCATTCAGGCTAAGCTCTCTACGGTTATCCAAGAGTTTAAGATCATCAATGAA
CCTGTGTGCATAGACTATTTCGAGCACTACTTCGATGACTTGGACCTTGCTCTGGTGCAG
CTCAAGTATGCACGTCAATTGCTCATGAAAATCGTCAGGTATTTTATCCAGCTGATGGAA
AAGGATGATTGTAAGACCCTGGACCGGTGCAAGTATCTGAAAGTGAATGCTGTTGGTTGT
ATGTATACCATTGCAATGAGATGCCTCCCTATTTTGGCTTATATCGAAAAGGTCAGGCAA
CACATGCTGGCTCAGGACGTTGATGCCACTCCCGACTTTGTCTTAGCTAAGGAAGACTGC
ACAATCCCCCACATATCTGCCTTTAAGGTTGAAAAGGCTACCGACTTTGTTCATCAAGAC
ACTTTGCGTTGGCTTGAAGATTTGGAAGAGAAACATGGCTTTACGCTCCACGATTCTGCT
CACAAGCTTCATGATTGTGCTCAGCTTTCCTGCAACCCATTAGTAGCATGAGAGCTCGTT
TGCTCTGTTGAATAA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3AQ32JQ 781 0 0
CTCAAGGAACACCAGAAACCAGCCATTGTCATCCGGAATACCAGTTTCTGTGATGTCCGT
TTTTCCTACCTGAGAAAACTTAGGCTCGCACGGTCATGCATTCAGGCTAAGCTCTCTACG
GTTATCCAAGAGTTTAAGATCATCAATGAACCTGTGTGCATAGACTATTTCGAGCACTAC
TTCGATGACTTGGACCTTGTTCTGGTGCAGCTCAAGTATGCACGTCAATTGCTCATGAAA
ATCGTCAGGTATTTTATCCAGCTGATGGAAAAGGATGATTGTAAGACCCTGGACCGGTGC
AAGTATCTGAAAGTGAATGCTGTTGGTTGTATGTATACCATTGCAATGAGATGCCTCCCT
ATTTTGGCTTATATCGAAAAGGTCAGGCAACACATGCTGGCTCAGGACGTTGATGCCACT
CCCGACTTTGTCTTAGCTAAGGAAGACTGCACAATCCCCCACATATCTGCCTTTAAGGTT
GAAAAGGCTACCGACTTTGTTCATCAAGACACTTTGCGTTGGCTTGAAGATTTGGAAGAG
AAACATGGCTTTAGGCTCCACGATTCTGCTCACAAGCTTCATGATTGTGCTCAGCTTTCC
TGCAACCCATTAGTAGCATGAGAGCTCGTTTGCTCTGTTGAATAATTTAAGGTTTCTCGG
CCTTCTGTTTAATTTATGTTCTCTGACATTAGCTATGTTTGTTTTGGACCCTCCTTTTGC
TGTCTTTTATCTTAAGAACATATTTTCTCTTTAATATATTTATTTATTTATTTTCTTGAG
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL7046Contig1 678 2 2 U
GGATACCGAAAATTTGTGGTAACGAGTGCCAGTCTTTCTCTAACTCCCCTCTCCCTTAAA
ATGCTGGTGCTATCTCCGATCAACGCCTCTTTACCACCGTCGTTTCACCGGGCAACACTG
ATCCGGCAACCAACTAAGACGTCATGTAGGATCATAGCAAAGGCCAAGGACAACACCGAG
TCTGGCGTGGTTCTCGAGAATGCGACTATAGCCGGTGGTTTAGTATCGACGCCGGTGATT
GGATGGTCACTCTACACTCTGAAGACCACTGGTTGTGGTTTACCTCCAGGCCCGGGCGGT
TCAATCGGTGCGTTGGAAGGTGTGAGCTACTTGGTGGTGTTGGGCATCATGGGCTGGTCT
CTGTACACCAAGACAAAAACCGGCTCGGGTCTGCCAAATGGGCCGTTTGGTTTGCTGGGT
GCGGTCGAAGGCTTGTCTTACCTGTCGCTTCTAGCCATTCTTGTCGTGTTCGGTTTACAG
TTCTTGGGTAACGGGTCAGTTCCTGGTCCACTTCCAAGTGACCAGTGTTTTGGTTAACCA
ATCAGTTTCCCGTCTTTCTCCAAGTGTAATGTCGTATAATACCGAACATATTTTATTTCA
ATTTGTGACTGGTCATTTGCTGTAATCGTTTTTGTAGAAATAAAAAAACTTGGTAAAAAA
GATTTAGTTTTTTAACCC


BQ
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DS 



AS 1 2

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CGGGTGGTCTT

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AS 1 2

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AF RR3H950JQ C 1
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DS 

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CGGGAACGTTGTGGAGGACAAGGTGCTAGGAAAGATCATTCAGCTTCAGGGTGATCAGAG
GAAGAAAGTTTCTGACTTTTTGGCTCAGACTGGGATTGCCAAGAAGGATCAGATTAAGAT
CCACGGGTTTTAGATTCGTACTAGAAACGGGATCGTTTGTTTATCTTTATCTATCTCTAT
ATTAATAATTGGACGCGGTGTATGTGACCATTAGAAGTTCTTAATGGGTGGTTTTCTTTT
TTCTTTTTTTTTAAGCTTTGGGTTTTTTGTTTCTCAGTTTGATTGCTGAAGTTGTGTTGG
ATGTTTTTGACTTGTGCAATGATAAAATTTCCTATT

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

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TCCTTGATACTGAGGAATATGGCCGGAACATATCTGCGTTGGGGCTAAAACCGGCAGACA
TTCCGGTTTATTGTTCGCTCTGGCAATGCGTTGCACCGGCTGATAGGCAAAACACAATCA
GTGTCTGAGGGACTCGCACTGCATTTTTCTTTCATACAGCATTTCGGTATCATATATCTC
GCAATAATAATAGGAAGTCCTTTCTTTTCTTTGTTATATTTTTCGTTTGTGTTTGTTTGT
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TGTTTTTTTATTTATAGCAACATGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GT65TF U 1
AF RR3GT65JQ C 111
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QA 1 762 1 762
DS 

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CCGGCAGACATTCCGGTTTATTGTTCGCTCTGGCAATGCGTTGCACCGGCTGATAGGCAA
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CATATATCTCGCAATAATAATAGGAAGTCCTTTCTTTTCTTTGTTATATTTTTCGTTTGT
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AATGAAAGCATGTTTTTTTATTTATAGCAACATGTG

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FF02JQ U 8
AF RR3FF02TF C 1
BS 1 7 RR3FF02TF
BS 8 482 RR3FF02JQ
BS 483 655 RR3FF02TF

RD RR3FF02JQ 475 0 0
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AACGAGATCATGCTTCGGCGCCTTCTTTCTGGTAAACGTAAGTGAGACCACACTTACCAC
AGTAGTGACGATCGAAATGGCTAGCCATGAACGTCCCCGCGCCACACGTCGCGTTAGGGC
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TGTTGTAGTCGGCGAGGGTGCGCCCGTCCTCCAGCTGCTTCCCGGCGAAAATCAG

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR3FF02TF 655 0 0
TTTTTTTGGCAAGCATTAATGAATAACCAAAGCATAATATCTTTAAAACATGTTTAACAT
GAGATCCAAAACAGCAACAAAAATTCAAAAACAGGTAATTCAAAGATAAGAGAGATCTAA
ACGAGAAAACGAGATCATGCTTCGGCGCCTTCTTTCTGGTAAACGTAAGTGAGACCACAC
TTACCACAGTAGTGACGATCGAAATGGCTAGCCATGAACGTCCCCGCGCCACACGTCGCG
TTAGGGCACTCCTTCCTCAGACGCTGGACCCTGCCGGAGCCATCAACCTTGTAGAACTGG
AGCACGGCGAGCTTCACCTTCTTGTGCTTGTGCTTGATCTTCTTGGGCTTGGTGTACGTC
TTCTTCTTCCTCTTCTTGGCGCCACCGCGGAGACGGAGGACGAGGTGGAGAGTCGACTCC
TTCTGGATGTTGTAGTCGGCGAGGGTGCGCCCGTCCTCCAGCTGCTTCCCGGCGAAGATC
AGTCGCTGCTGGTCAGGAGGGATGCCTTCCTTGTCCTGGATCTTGGCCTTGACATTGTCG
ATGGTGTCGGAGGACTCGACCTCGAGGGTGATTGTCTTCCCCGTTAGGGTTTTCACGAAG
ATCTGCATCTTTTGCTGCTTCTTCTTCTGTGTAGCCAACGGCGGAATGTAAAGCC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL7051Contig1 878 2 6 U
AATAACCCTGTCATTGATTTCAATGTACAAAAACATACAAAAAGACGTACAATAAAGATT
TCTGTTAAACAAAATTCGATAAGATACACATACAATACAATCAAGCTTGGTTATTTATCA
AGCTGGCAATAGTTCTAATCAAAAACCGTTTTTACTGCAGTGCTTCCGGTCCTTGAAAAT
TCTAATCCTGCATAAGCTTTAAATAAGCCATAAGCTAGTTGATCAAAAAAAAAAAGCCAT
AAGCTTTAAATAAGCTGCAATGATAGCCAAAGAATAATTTTGAAACAGTTAAAAAAGGAA
CGGGAAAGCCAAGAGAGATATATATACAGTGTAAGTCTTTCACTGTGTAAGCCAATGGAG
TTTCAGGAGAGAGATGATACTTTTTCACCTTTCCGTTTGGCATATCCGTAATAAGAAGTC
AAGCTCCACCATGACACAGACAAACTTGGAGACTTCAAAGATGACACGACAGGTTGCAAT
CAGAAGCAGAACGACCAAGAGCAACCTGCATTACTTCAGTTCGAGTCGAAGAAGAACAAT
TCTCTGGCTGATTTGATTGACATAGAATGTTTAAACTTATCAGATCCTTATGATGCACCA
TCAAATTAATTAGAATCTTAACGCCGAGGTGGAGTATGTAGACGCCCTTAAGCTCGCCGC
CCTCCAGAAACGAAGCGACCTCATCTCAATCGTGGAAGAACATCTTCCAGACTTTATATA
CTGAGGTTTCCACCGCTTTGCAAGAGCGAAGCATACAATAAATGTAGATTGTGAATGATG
GAATCAAGGAGGACTTTAAGAAGAATGTGAAACTGGTAAAATTCAGGGGAGGAAGAAGAC
GAATAGAAACCTAGAGTTGGAGACTACATCACGACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG60JQ U 1
AF RR3DM79TF C 249
BS 1 304 RR3EG60JQ
BS 305 305 RR3DM79TF
BS 306 350 RR3EG60JQ
BS 351 351 RR3DM79TF
BS 352 533 RR3EG60JQ
BS 534 878 RR3DM79TF

RD RR3EG60JQ 533 0 0
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TCTGTTAAACAAAATTCGATAAGATACACATACAATACAATCAAGCTTGGTTATTTATCA
AGCTGGCAATAGTTCTAATCAAAAACCGTTTTTACTGCAGTGCTTCCGGTCCTTGAAAAT
TCTAATCCTGCATAAGCTTTAAATAAGCCATAAGCTAGTTGATCAAAAAAAAAAAGCCAT
AAGCTTTAAATAAGCTGCAATGATAGCCAAAGAATAATTTTGAAACAGTTAAAAAAGGAA
CGGGGAAGCCAAGAGAGATATATATACAGTGTAAGTCTTTCACTGTGTAA*CCAATGGAG
TTTCAGGAGAGAGATGATACTTTTTCACCTTTCCGTTTGGCATATCCGTAATAAGAAGTC
AAGCTCCACCATGACACAGACAAACTTGGAGACTTCAAAGATGACACGACAGGTTGCAAT
CAGAAGCAGAACGACCAAGAGCAACCTGCATTACTTCAGTTCGAGTCGAAGAA

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR3DM79TF 630 0 0
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CCAAGAGAGATATATATACAGTGTAAGTCTTTCACTGTGTAAGCCAATGGAGTTTCAGGA
GAGAGATGATACTTTTTCACCTTTCCGTTTGGCATATCCGTAATAAGAAGTCAAGCTCCA
CCATGACACAGACAAACTTGGGGACTTCAAAGATGACACGACAGGTTGCAATCAGAAGCA
GTACGACCAAGAGCAACCTGCATTACTTCAGTTCGAGTCGAAGAAGAACAATTCTCTGGC
TGATTTGATTGACATAGAATGTTTAAACTTATCAGATCCTTATGATGCACCATCAAATTA
ATTAGAATCTTAACGCCGAGGTGGAGTATGTAGACGCCCTTAAGCTCGCCGCCCTCCAGA
AACGAAGCGACCTCATCTCAATCGTGGAAGAACATCTTCCAGACTTTATATACTGAGGTT
TCCACCGCTTTGCAAGAGCGAAGCATACAATAAATGTAGATTGTGAATGATGGAATCAAG
GAGGACTTTAAGAAGAATGTGAAACTGGTAAAATTCAGGGGAGGAAGAAGACGAATAGAA
ACCTAGAGTTGGAGACTACATCACGACCCC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

CO CL7052Contig1 674 2 2 U
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CACTCTTTCTCTCTCTCCGCCGTTGTTTCACGCGGACGAAATTGATCTCCGATTCATCAT
CCATAGTTTCTCTACAGACGTAACCTTCGTTATGGATCCGTCGCACCAGCGTGTTGAGCA
GCCTCAGGTAACTCCTCATCACGATAACGAGGTTACTGAATCGCGTGGTGTGGTTATTAT
GGAATTAGAATCGGAATCTGGAAGCTGTATTGTTGAGAATATAGATCATGATAGTGATTT
TGATGAACTCGATGATGACGAGGACGATTCAGGGATTCGATTTCGCGATATCAGTGAGAT
CCGGTTAATTTCGGTCGAATCTGGTTCTGATGATGATCCTGAGGATGAGAGGGAGATATG
GGGAATCGATTTGAATGAAGACCATGTATATGACGATGATGATGATGATGTTAATGTGAC
TATACATTCACTCCAAGTAGAAGATCGTGCTGTTGAATTTGATTGGGAAGAAGTCGATGG
TGGTGGTGGTGGTGGCGGTGAAAGGGAGATACAAAGTGGTTTCGCAGAAGCTAACATCTC
TCTAGAAGATTTAGCTAGAGATGATGACTCTGGGAATCTTGAGTGGCAAGTTTTGATGAA
CTCTCATACTCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3A632TF U 1
AF RR3A632JQ C 403
BS 1 671 RR3A632TF
BS 672 674 RR3A632JQ

RD RR3A632TF 671 0 0
GGGTTCGTGACAAGAAGAGAAAAAAAAGATTAGATTCCTCGTAAGTTCTCCGTCACCGAT
CACTCTTTCTCTCTCTCCGCCGTTGTTTCACGCGGACGAAATTGATCTCCGATTCATCAT
CCATAGTTTCTCTACAGACGTAACCTTCGTTATGGATCCGTCGCACCAGCGTGTTGAGCA
GCCTCAGGTAACTCCTCATCACGATAACGAGGTTACTGAATCGCGTGGTGTGGTTATTAT
GGAATTAGAATCGGAATCTGGAAGCTGTATTGTTGAGAATATAGATCATGATAGTGATTT
TGATGAACTCGATGATGACGAGGACGATTCAGGGATTCGATTTCGCGATATCAGTGAGAT
CCGGTTAATTTCGGTCGAATCTGGTTCTGATGATGATCCTGAGGATGAGAGGGAGATATG
GGGAATCGATTTGAATGAAGACCATGTATATGACGATGATGATGATGATGTTAATGTGAC
TATACATTCACTCCAAGTAGAAGATCGTGCTGTTGAATTTGATTGGGAAGAAGTCGATGG
TGGTGGTGGTGGTGGCGGTGAAAGGGAGATACAAAGTGGTTTCGCAGAAGCTAACATCTC
TCTAGAAGATTTAGCTAGAGATGATGACTCTGGGAATCTTGAGTGGCAAGTTTTGATGAA
CTCTCATACTC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3A632JQ 272 0 0
GGATGAGAGGGAGATATGGGGAATCGATTTGAATGAAGACCATGTATATGACGATGATGA
TGATGATGTTAATGTGACTATACATTCACTCCAAGTAGAAGATCGTGCTGTTGAATTTGA
TTGGGAAGAAGTCGATGGTGGTGGTGGTGGTGGCGGTGAAAGGGAGATACAAAGTGGTTT
CGCAGAAGCTAACATCTCTCTAGAAGATTTAGCTAGAGATGATGACTCTGGGAATCTTGA
GTGGCAAGTTTTGATGAACTCTCATACTCTAG

QA 1 272 1 272
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7054Contig1 697 2 2 U
TTTTTTTTTAGTATAAAAGCTGATTATTATGAAGAATATAAAATGTTGAGATCACAAGAC
TGCTGGGGGAGTATACAGAAAAAAATTTTGATGGATAAAATAAGAACTGGGAAGCCAAAA
TGCAACCAATGATATCTGCAAATCTTCTTATTCGCAGAGTAAAAATAAAAATCTTTGGGG
ACGAGACTTGGTTGAGAATCGACAGAACAGTTGTCGTTTCAGTCCATGAGTTTGTAACGC
TTCTCTTGCACGCCAGAAACTCCCATCTGTATCTCTATGATTGTGTGAAGTGGCATCTCG
ATCTGGGGTATCTCTTTGAGGGGACGATCCGCAAAATATGCATACAGTGCTCTCAGAACG
GCCTGGTGAGATATCACGACGACAGGAGCTCTTTGTCGTTCTAACTCAATGATCACAGGT
TCAAGCCGTTGGATTACATCAAGGTAGGACTCTCCACGAGGGTATCTGTATCGCAATTTG
TCCTTTAACCGAGATTCGTACTCTTCCGGCATGTTCTTCTTTATCTCTTCATATGTCATT
CCATCGCAAACTCCAGAATTGATCTCGTCCAAGGCACGCCATTGCACCTTAGGGAATCCA
ACGATGGGACCTGCTGTTAAGATTGTTCTCTGAAGTGTACTGGTCCAAATCGAAGCAGCC
TTTTCGTTTTTTAGTCGCTTTTCGACAAAGTTGGCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E375TF C 1
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TTCTCTTGCACGCCAGAAACTCCCATCTGTATCTCTATGATTGTGTGAAGTGGCATCTCG
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TCAAGCCGTTGGATTACATCAAGGTAGGACTCTCCACGAGGGTATCTGTATCGCAATTTG
TCCTTTAACCGAGATTCGTACTCTTCCGGCATGTTCTTCTTTATCTCTTCATATGTCATT
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TTTTCGTTTTTTAGTCGCTTTTCGACAAAGTTGGCAA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3E375JQ 688 0 0
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AGTATACAGAAAAAAATTTTGATGGATAAAATAAGAACTGGGAAGCCAAAATGCAACCAA
TGATATCTGCAAATCTTCTTATTCGCAGAGTAAAAATAAAAATCTTTGGGGACGAGACTT
GGTTGAGAATCGACAGAACAGTTGTCGTTTCAGTCCATGAGTTTGTAACGCTTCTCTTGC
ACGCCAGAAACTCCCATCTGTATCTCTATGATTGTGTGAAGTGGCATCTCGATCTGGGGT
ATCTCTTTGAGGGGACGATCCGCAAAATATGCATACAGTGCTCTCAGAACGGCCTGGTGA
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TGGATTACATCAAGGTAGGACTCTCCACGAGGGTATCTGTATCGCAATTTGTCCTTTAAC
CGAGATTCGTACTCTTCCGGCATGTTCTTCTTTATCTCTTCATATGTCATTCCATCGCAA
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CCTGCTGTTAAGATTGTTCTCTGAAGTGTACTGGTCCAAATCGAAGCAGCCTTTTCGTTT
TTTAGTCGCTTTTCGACAAAGTTGGCAA

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

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GATGTTGTTGGTGCGGTTGAGGTGGCAAATAGTTGACATCAGGAGGAGGTCGAGCGTACA
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TCATTGGACCAGGACCACCACCCTTTGGACCACCC


BQ
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AF RR3BG70TF C 1
AF RR3BG70JQ U 93
BS 1 92 RR3BG70TF
BS 93 515 RR3BG70JQ

RD RR3BG70TF 515 0 0
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AATGAGAATACTGATCACCACCATGGGGAGGATAAGGGTATGGATACGGGTACGGGTATG
GATGTTGTTGGTGCGGTTGAGGTGGCAAATAGTTGACATCAGGAGGAGGTCGAGCGTACA
TCATCGGTTGAAACCGCTCGTTGCCCATGGCTCGTTGCTGGTTCATAACCGCTGCTAAGT
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CTTGGCCGCCTCCGGAGCCCCCATGGCTTTGGAAATATCCTGGAGGGGCTCTTGCGGCTG
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TCATTGGACCAGGACCACCACCCTTTGGACCACCC

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3BG70JQ 423 0 0
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CGTTGCTGGTTCATAACCGCTGCTAAGTATCGTTGTTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGCTGT
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AATCCTTGAACCGCTTGCATATTGTTACTCATTGGACCAGGACCACCACCCTTTGGACCA
CCC

QA 1 423 1 423
DS 



AS 1 2

CO CL7056Contig1 1116 2 2 U
GGAAATCTCATTATTGTCTTCTCTCCCTGTCTAGGTTTCGATTAGGGGATTAGGGTTTCT
AATCTCACTCTCTCAATTGGAATCTTGAACTCGGATTCGTTCTTCATCTCCTCCCCCCAT
CGACAACCATGACTGAGTATTGGGTAAGTCAAGGGAAGAAGTGGTGCGAGTTCTGTAAGA
TATGGACTCAGAACAACGCGACAAGTATCAGAAACCATGAGCTTGGTAAACACCACCGTG
AATGTGTCGAGAAGAAGCTCACTGATATGCGTGAGAAGAGCGCTGCTAAAGACAAAGAGC
TCAAGAAGAACGAGAAACTCCTCCAACAGATTGAAGCTAAAGCAACTCGTAGCTATCAGA
AAGACGTAGCAACTGCTCATGAAGTTGCCAAAGCGAACGGTGCACCCGAGGATGGTACAC
ACGATTGGGTTCTTGACGCTGCTTCGGGCTATTATTACAACCAGATCAACGGTCTCCACT
ATGATTCAAAGTCTGGATTCTATTACAGTGACTCGATAGGACGCTGGGTGACACAAGAGG
AGGCTTACGCTGCGGTTAAAACTTCATCAGCTAAAGACACTAAAATGCCTCTCGTTAAAA
AGCCCGTGCCTTCTTCGGAAGCTGGACCAAGTACGGTGAAGCCACCTGGGAGGGTTGTCT
CGGCTACTTTAAACCCGAAAAGAAATGTGAAAGGAGCTGCCTCATCTGTTGAGATTGGCA
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CGTTGAGGGCGAGAGAAGCTGCTAGGAAACGAGTTGAAGACAGAGAAAAATCATTGCTTG
GCCTTTACAACAGACCCTTTTGATTTAGAAGCCATTGATCGATGCTCTGTAAACAGAGGA
CAGCAATGCTCCAGTTTATTCGGTTATTCCTTCAAAACGTTTAATCCAAAACTCTGGTAT
TTTTGGGGAAGATTAGTCTTCTTGTTCCAAATTCATCATTTCATCTTTGTTGTGCATTTC
ATTTTGTGGGGTCAGAGAGAGTTTCAACGTTGAATACGGCTTGTGCCTTTAAGAAAAAAA
ATGTATCAAATTTAATAAAATCAAACAAATGTTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FY79TF U 1
AF RR3FY79JQ C 265
BS 1 648 RR3FY79TF
BS 649 1116 RR3FY79JQ

RD RR3FY79TF 648 0 0
GGAAATCTCATTATTGTCTTCTCTCCCTGTCTAGGTTTCGATTAGGGGATTAGGGTTTCT
AATCTCACTCTCTCAATTGGAATCTTGAACTCGGATTCGTTCTTCATCTCCTCCCCCCAT
CGACAACCATGACTGAGTATTGGGTAAGTCAAGGGAAGAAGTGGTGCGAGTTCTGTAAGA
TATGGACTCAGAACAACGCGACAAGTATCAGAAACCATGAGCTTGGTAAACACCACCGTG
AATGTGTCGAGAAGAAGCTCACTGATATGCGTGAGAAGAGCGCTGCTAAAGACAAAGAGC
TCAAGAAGAACGAGAAACTCCTCCAACAGATTGAAGCTAAAGCAACTCGTAGCTATCAGA
AAGACGTAGCAACTGCTCATGAAGTTGCCAAAGCGAACGGTGCACCCGAGGATGGTACAC
ACGATTGGGTTCTTGACGCTGCTTCGGGCTATTATTACAACCAGATCAACGGTCTCCACT
ATGATTCAAAGTCTGGATTCTATTACAGTGACTCGATAGGACGCTGGGTGACACAAGAGG
AGGCTTACGCTGCGGTTAAAACTTCATCAGCTAAAGACACTAAAATGCCTCTCGTTAAAA
AGCCCGTGCCTTCTTCGGAAGCTGGACCAAGTACGGTGAAGCCACCTG

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3FY79JQ 852 0 0
ATATGCGTGAGAAGAGCGCTGCTAAAGACAAAGAGCTCAAGAAGAACGAGAAACTCCTCC
AACAGAT*GAAGCTAAAGCAACTCGTAGCTATCAGAAAGACGTAGCAACTGCTCATGAAG
TTGCCAAAGCGAACGGTGCACCCGAGGATGGTACACACGATTGGGTTCTTGACGCTGCTT
CGGGCTATTATTACAACCAGATCAACGGTCTCCACTATGATTCAAAGTCTGGATTCTATT
ACAGTGACTCGATAGGACGCTGGGTGACACAAGAGGAGGCTTACGCTGCGGTTAAAACTT
CATCAGCTAAAGACACTAAAATGCCTCTCGTTAAAAAGCCCGTGCCTTCTTCGGAAGCTG
GACCAAGTACGGTGAAGCCACCTGGGAGGGTTGTCTCGGCTACTTTAAACCCGAAAAGAA
ATGTGAAAGGAGCTGCCTCATCTGTTGAGATTGGCAACAACAAGAGAAAGAGAATAGATG
AGAAACCCAAGAAAGTATCTGCAGAAGAGAAAGCTGCGTTGAGGGCGAGAGAAGCTGCTA
GGAAACGAGTTGAAGACAGAGAAAAATCATTGCTTGGCCTTTACAACAGACCCTTTTGAT
TTAGAAGCCATTGATCGATGCTCTGTAAACAGAGGACAGCAATGCTCCAGTTTATTCGGT
TATTCCTTCAAAACGTTTAATCCAAAACTCTGGTATTTTTGGGGAAGATTAGTCTTCTTG
TTCCAAATTCATCATTTCATCTTTGTTGTGCATTTCATTTTGTGGGGTCAGAGAGAGTTT
CAACGTTGAATACGGCTTGTGCCTTTAAGAAAAAAAATGTATCAAATTTAATAAAATCAA
ACAAATGTTTCC

QA 1 852 1 852
DS 



AS 1 2

CO CL7057Contig1 158 2 1 U
GTTTGTGAGATTTCTCAGTTTCTGGACCAATGATTTTGATCTGGATAATGATTTAACTTA
TGGTTCCAGTAAATAAGCTTCGTTTCATATGGTTCTTGTGTAACATTGTTGAAATTTCAG
AAGCTGTTCAAAAATAAGTTCATCTTTTTTGGCTTTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FA71JQ C 1
AF RR3FA71TF U 1
BS 1 158 RR3FA71TF

RD RR3FA71JQ 158 0 0
GTTTGTGAGATTTCTCAGTTTCTGGACCAATGATTTTGATCTGGATAATGATTTAACTTA
TGGTTCCAGTAAATAAGCTTCGTTTCATATGGTTCTTGTGTAACATTGTTGAAATTTCAG
AAGCTGTTCAAAAATAAGTTCATCTTTTTTGGCTTTAT

QA 1 158 1 158
DS 

RD RR3FA71TF 158 0 0
GTTTGTGAGATTTCTCAGTTTCTGGACCAATGATTTTGATCTGGATAATGATTTAACTTA
TGGTTCCAGTAAATAAGCTTCGTTTCATATGGTTCTTGTGTAACATTGTTGAAATTTCAG
AAGCTGTTCAAAAATAAGTTCATCTTTTTTGGCTTTAT

QA 1 158 1 158
DS 



AS 1 2

CO CL7058Contig1 160 2 1 U
CAATTATTCCAAACAGAAGCTGAAGCTAAAACGCATCAAATCTTGAACACAACAAAGGAA
GTGATCTTCTAATGTTATTTCAAATAAACTCACGATGAAAGCCTTTTATATCTAAATGCC
TTTCTCAAGCATTGCTCTAACTCTCATAGGCAACCCGTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AM83JQ U 1
AF RR3EJ71JQ U 43
BS 1 160 RR3AM83JQ

RD RR3AM83JQ 160 0 0
CAATTATTCCAAACAGAAGCTGAAGCTAAAACGCATCAAATCTTGAACACAACAAAGGAA
GTGATCTTCTAATGTTATTTCAAATAAACTCACGATGAAAGCCTTTTATATCTAAATGCC
TTTCTCAAGCATTGCTCTAACTCTCATAGGCAACCCGTAA

QA 1 160 1 160
DS 

RD RR3EJ71JQ 106 0 0
TTGAACACAACAAAGGAAGTGATCTTCTAATGTTATTTCAAATAAACTCACGATGAAAGC
CTTTTATATCTAAATGCCTTTCTCAAGCATTGCTCTAACTCTCATA

QA 1 106 1 106
DS 



AS 1 2

CO CL7059Contig1 943 2 2 U
GGGAGAGAAAGAAGAAAGAGAAGATGGAGAGGTCGCTACTTCAATGGAGATTATTGCCTC
TTCTCGCTCTCATCGCTTCTTTTCTCTCCGTCTTCTTCGGTTCTCGCTCTTACCAGACGA
CGCAAGGGAGCAAGTGTAGTCTTCTTCCTCATGATCACTATTGGATCTCGAGCAAACGCA
TAGTCACACCAGATGGTCTCATCTCTGGCTCTGTTGAAGTGAACGGAGGCGTTATTGTGT
CGGTGGTGAAAGAGGAAGATTGGTTTAAGAAGCAGAGGAGCCGAGTGAAAGTGATTGATT
ATGGAGAAGCTGTCATCATGCCTGGTCTTGTTGATGTGCATGCACATCTTGATGATCCTG
GAAGAAGTGAATGGGAAGGGTTTCCTTCTGGAACAAAGGCTGCTGCTGCTGGGGGTATCA
CCACATTAATTGACATGCCCTTAAACAGTGACCCTTCTACTGTATCACCTGAAACTTTGA
AACTCGCTGGACTACACTCTAAGGGAGCGATAGCGGTGGGGAAACATGCGGATATTGTTG
TGTGGGAACCTGAAGTGGAGTTTGATCTTGATGAAGACCATCCTATTCACTTCAAACACC
CTAGCATCTCAGCTTTCTTGGGAAGAAAGTTATCAGGTAAAGTGGTTTCAACATTTGTAA
GAGGAAACTTGGTCTTTGGAGAAGGAAAGCATGCTTCTGATGCCTGTGGATCTCTGCTAC
TCGCGTCTTGAGACCGAAAAGAGATCTTAATGGATCTTATTCCACTTTGTTGTTAAAAAT
GTAAATAGGCGATGATTAAGCCATTAATCGGTGGCCACTAAAAGAAATAAGTCTCTTGTA
TAAGATTGATTCAGTTGGTATTGTTGCTGTATAGACTCTCAGAGAAGCTTGTTGTAAACT
TTTTGGGTACCTTTTTATGAAAGTGACTCAACAGATTTGTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GA32TF U 1
AF RR3GA32JQ C 151
BS 1 659 RR3GA32TF
BS 660 943 RR3GA32JQ

RD RR3GA32TF 659 0 0
GGGAGAGAAAGAAGAAAGAGAAGATGGAGAGGTCGCTACTTCAATGGAGATTATTGCCTC
TTCTCGCTCTCATCGCTTCTTTTCTCTCCGTCTTCTTCGGTTCTCGCTCTTACCAGACGA
CGCAAGGGAGCAAGTGTAGTCTTCTTCCTCATGATCACTATTGGATCTCGAGCAAACGCA
TAGTCACACCAGATGGTCTCATCTCTGGCTCTGTTGAAGTGAACGGAGGCGTTATTGTGT
CGGTGGTGAAAGAGGAAGATTGGTTTAAGAAGCAGAGGAGCCGAGTGAAAGTGATTGATT
ATGGAGAAGCTGTCATCATGCCTGGTCTTGTTGATGTGCATGCACATCTTGATGATCCTG
GAAGAAGTGAATGGGAAGGGTTTCCTTCTGGAACAAAGGCTGCTGCTGCTGGGGGTATCA
CCACATTAATTGACATGCCCTTAAACAGTGACCCTTCTACTGTATCACCTGAAACTTTGA
AACTCGCTGGACTACACTCTAAGGGAGCGATAGCGGTGGGGAAACATGCGGATATTGTTG
TGTGGGAACCTGAAGTGGAGTTTGATCTTGATGAAGACCATCCTATTCACTTCAAACACC
CTAGCATCTCAGCTTTCTTGGGAAGAAAGTTATCAGGTAAAGTGGTTTCAACATTTGTA

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3GA32JQ 793 0 0
ATGATCACTATTGGATCTCGAGCAAACGCATAGTCACACCAGATGGTCTCATCTCTGGCT
CTGTTGAAGTGAACGGAGGCGTTATTGTGTCGGTGGTGAAAGAGGAAGATTGGTTTAAGA
AGCAGAGGAGCCGAGTGAAAGTGATTGATTATGGAGAAGCTGTCATCATGCCTGGTCTTG
TTGATGTGCATGCACATCTTGATGATCCTGGAAGAAGTGAATGGGAAGGGTTTCCTTCTG
GAACAAAGGCTGCTGCTGCTGGGGGTATCACCACATTAATTGACATGCCCTTAAACAGTG
ACCCTTCTACTGTATCACCTGAAACTTTGAAACTCGCTGGACTACACTCTAAGGGAGCGA
TAGCGGTGGGGAAACATGCGGATATTGTTGTGTGGGAACCTGAAGTGGAGTTTGATCTTG
ATGAAGACCATCCTATTCACTTCAAACACCCTAGCATTTCAGCTTTCTTGGGAAGAAAGT
TATCAGGTAAAGTGGTTTCAACATTTGTAAGAGGAAACTTGGTCTTTGGAGAAGGAAAGC
ATGCTTCTGATGCCTGTGGATCTCTGCTACTCGCGTCTTGAGACCGAAAAGAGATCTTAA
TGGATCTTATTCCACTTTGTTGTTAAAAATGTAAATAGGCGATGATTAAGCCATTAATCG
GTGGCCACTAAAAGAAATAAGTCTCTTGTATAAGATTGATTCAGTTGGTATTGTTGCTGT
ATAGACTCTCAGAGAAGCTTGTTGTAAACTTTTTGGGTACCTTTTTATGAAAGTGACTCA
ACAGATTTGTTGT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL7060Contig1 729 2 3 U
ATAAATCTGTCGTGTACCGATGCTCCATCGAAGGATACCAAGACTCACTCTACACGTACT
CGAAACGACAATTCTACCGAGACACAGACATCACCGGAACCGTCGACTTCGTATTCGGAA
ACTCCGCCGTCGTATTTCAGTCCTGCAACTTCGTCGCCCGGAAGTCGGGTCAAAAAAACT
TCGTGACCGCGCAAGGGCGGAGCAACCCGGGTCAGAACACCGGAATCTCGATACATAACT
GCAAGATCACGGCGCAGTCAACGACTTATCTTGGCCGGCCGTGGAAAGAGTATTCAAGAA
CGGTGGTGATGCAGTCTTTTCTCGGTGGATCGATTCCCCCGTCGGGTTGGTCTCCTTGGT
CGGGTGGTTTCGGTCTTAAAACTCTGTTTTACGGAGAGTTTGGTAACTCGGGTCCTGCAT
CATCGGTTTCGGGTCGGGTTAAATGGGCCGGGTATCATTCTTCTTTAACGGTGAAGGAAG
CGGAAGGGTTCACTGTCGCTGGTTTCATTGGCGGGACGATGTGGCTACCGTCAACGGGCG
TTAGTTTCGACTCAGGCCTTGTGAAGTGAGCTTAATTGCAATTAAGCTGGTATATGACAA
TTATCTTAACTGTGTTATAGTCATCATAATTGAATTGTGAGTAATACTGTGATTCAAAAT
GTGTGCTCAATATTATCTTTTCTTTCTATTATTTGTTTATGAATAAAGTAAGTTAAAGAA
AAAGATGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY51TF U 453
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AATTGTGAGTAATACTGTGATTCAAAATGTGTGCTCAATATTATCTTTTCTTTCTATT

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DS 

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CGGGTGGTTTCGGTCTTAAAACTCTGTTTTACGGAGAGTTTGGTAACTCGGGTCCTGCAT
CATCGGTTTCGGGTCGGGTTAAATGGGCCGGGTATCATTCTTCTTTAACGGTGAAGGAAG
CGGAAGGGTTCACTGTCGCTGGTTTCATTGGCGGGACGATGTGGCTACCGTCAACGGGCG
TTAGTTTCGACTCAGGCCTTGTGAAGTGAGCTTAATTGTAATTAAGCTGGTATATGACAA
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GTGTGCTCAATATTATCTTTTCTTTCTATTATTTGTTTATGAATAAAGTAAGTTAAAGAA
AAAGATGGC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TAGTAATATAACTTTAACTATATTATAAAATAAAAATGTTTTGCATAATGTTACAGTTTT
TTTTTGTTCAACTCATAATGTTACATTCTAAATCAAATTTAGTGGGGGGAGTGTCAGTTT
TAGTGTTCCATTTGAGATAAAATTACAAAAAATCACATTAAAAAAAACAATTGTTCGTAA
TTGCACCATAGCTGTTTGTTACTTGGAGATATTAAGGGATTTTTTCCTAATAAATATTTA
ATAGAATTTCATGAATATACTCTCTGCTTTTAACGATATGAGTCTATTCACCGAGCTGCC
TTGTATTTTAATCGTTCTAAACCTTAGCAAAAATACATGTCACCACGAACTTGTGGCTTT
GTTTCGTTGAAGTAGAGAATGTGAATGTTTTAGCAATAAAAAAAAGTAGAGAATGTGGCA
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CTCATTTTCTTGGAAAGATACCCGAGGAGAAAGATATATGGTGGATCCAAGTTTAGACTT
ATTCCCAGCATAGATCCCAAACCAGAACCAGTTAATCCACCAACAGCATTAAAGACCAAT
TACCCTCGTAAGCATGTACAGTTGTCAGAAAGTTCTCACACTGTCAAGTCTAAGGTCCAC
AATCTCCATTCCAACTGCAACTATGTAACTTCTAATCACCATTTGAAGAAGCAGTAAGAA
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ATGGAAAAGCTGCCAGTAAGTTTTGGTACAGACTTCATCAATAACAATGGGCTCGAGATC
AACAAAGAGAGCTCCAAGAATATGGTTTCCGGCTCCGGTTTCGCTGACGAAAGTGCTGAG
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TTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

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RD RR3DU12TF 740 0 0
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TAGTGTTCCATTTGAGATAAAATTACAAAAAATCACATTAAAAAAAACAATTGTTCGTAA
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TACCCTCGTAAGCATGTACA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3DU12JQ 721 0 0
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TCGTTGAAGTAGAGAATGTGAATGTTTTAGCAATAAAAAAAAGTAGAGAATGTGGCAAGA
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AATGCACCAAACCAAGCTTTTGGGAAGACTTCAATTTCAACGAAATTAGTAATGTGACTC
ATTTTCTTGGAAAGATACCCGAGGAGAAGGATATATGGTGGATCCAAGTTTAGACTTATT
CCCAGCATAGATCCCAAACCAGAACCAGTTAATCCACCAACAGCATTAAAGACCAATTAC
CCTCGTAAGCATGTACAGTTGTCAGAAAGTTCTCACACTGTCAAGTCTAAGGTCCACAAT
CTCCATTCCAACTGCAACTATGTAACTTCTAATCACCATTTGAAGAAGCAGTAAGAAGAA
AGAGAGAAGGAAATTGTTTTCTCACCATTGACAAAATTGTTTCCGAAACTATTCAGGATG
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AAAGAGAGCTCCAAGAATATGGTTTCCGGCTCCGGTTTCGCTGACGAAAGTGCTGAGAGC
GTAAATCGTCGAATCACTGCTAAGGAACCAAAAAAAGCTACGATCAGGTTCTTGGCTTTA
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

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TTCCTCTCTACAGTTTGTTTGGATTCATTGTCCTCCACATGATCATGTATGCTTCAAACA
TTTACTATTGGAAAAAATACCGAGTGAATTACTCGTTCATATTCGGATTCAAAGAAGGAA
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CTGCTGTGCTTATAAACCTCGACATGGAGATGGATCCTAATACTAATGACTACAAGACAA
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CCTTGGCAACTTTTTATGGAACGTATTGGGACATGTGCATGACTGGGGATTTCTTCATAA
TCCATCTAAACATGGCTTAGAGAGAAGCTC


BQ
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AF RR3AH86TF U 1
AF RR3BU04TF U 110
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*TATAAGCCAA
AGC

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DS 

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G
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QA 2 761 2 761
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GH34TF C 1
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BS 1 35 RR3GH34TF
BS 36 671 RR3GH34JQ

RD RR3GH34TF 671 0 0
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TACGTGGGCCCATGACGGAATCAACAGCCCTATGAGCAACGGCACTTCCGGTTCCAAGAG
CCATACCCTGAGCTATGGTGGAACCAATGCCGGAGAACATGCCGCCGCCACCACTGGTCG
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GAGGACGAGGTGCGGATCTTCCTCCGGAGCTACGGCGACCCATTTTTTACGATTAGGAAG
ACGACGACGAAATGAGAAAAAAAAATGGATAGAGAGATTAGGAGGATAATAGAGATCGCA
AATGAGAATCC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3GH34JQ 636 0 0
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CGACCCATTTTTTACGATTAGGAAGACGACGACGAAATGAGAAAAAAAAATGGATAGAGA
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QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

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TCACATAGCTCCCAAGATTTTTCGCAATGATTTTGATATTTCTTCTGTTCACTAATACCC
TAGATGAACTCAGAAGGGAGCCTCCAATGACTCATCCCAAACCTCAGCACTTCCATTCGA
AGCATCTTCAACATCTTCTTCCATCGAAAGCCCTATGTACTCTCTATGTGCAAAACGGTC
CCACTCTGTCAATGTAGGGTTCTCACGCTCCTGACGAATGAGGAATGGATCCCGTGTCTC
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CTGACATAATATATCCTCAAAAAGAACAGCCTCTTGCGCCATACACTCCATTCGATGTAA
CTGCTCCTCATAAAAGAATTGCATCTCATTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BO11TF C 1
AF RR3BO11JQ U 8
BS 1 7 RR3BO11TF
BS 8 695 RR3BO11JQ

RD RR3BO11TF 695 0 0
TTTTTTTGTTTAAACATGCAAATCAGCATTGCTCGCTGATTATTTAAATTAAATAAATGA
AACTCGTTGTGCATAAAACAATAGCTATAAACTGAAATGAAACCACAAACTTCCCAGTTT
CAAACCTGAATTCACAATTGTAAACCCTGAGGAAGATGGTACCTCCCAAAGATGACCATA
TGACCAAACAACGAATGTTGAAGCAGACAGAGGATGTACTCTTCTTTCTCTTTCGTTACT
TCACATAGCTCCCAAGATTTTTCGCAATGATTTTGATATTTCTTCTGTTCACTAATACCC
TAGATGAACTCAGAAGGGAGCCTCCAATGACTCATCCCAAACCTCAGCACTTCCATTCGA
AGCATCTTCAACATCTTCTTCCATCGAAAGCCCTATGTACTCTCTATGTGCAAAACGGTC
CCACTCTGTCAATGTAGGGTTCTCACGCTCCTGACGAATGAGGAATGGATCCCGTGTCTC
AAATGCCATAAATTTATTAAGATTAAAAAGGATGTTGAAGACGTTTCCAGAGAGTTTGGA
GCCCTTCAGGTCATTCAGGGTTATATAGCTTTCATTCTCTGGTCCGATCATATCAATTAG
CTGACATAATATATCCTCAAAAAGAACAGCCTCTTGCGCCATACACTCCATTCGATGTAA
CTGCTCCTCATAAAAGAATTGCATCTCATTTCTCC

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3BO11JQ 688 0 0
GTTTAAACATGCAAATCAGCATTGCTCGCTGATTATTTAAATTAAATAAATGAAACTCGT
TGTGCATAAAACAATAGCTATAAACTGAAATGAAACCACAAACTTCCCAGTTTCAAACCT
GAATTCACAATTGTAAACCCTGAGGAAGATGGTACCTCCCAAAGATGACCATATGACCAA
ACAACGAATGTTGAAGCAGACAGAGGATGTACTCTTCTTTCTCTTTCGTTACTTCACATA
GCTCCCAAGATTTTTCGCAATGATTTTGATATTTCTTCTGTTCACTAATACCCTAGATGA
ACTCAGAAGGGAGCCTCCAATGACTCATCCCAAACCTCAGCACTTCCATTCGAAGCATCT
TCAACATCTTCTTCCATCGAAAGCCCTATGTACTCTCTATGTGCAAAACGGTCCCACTCT
GTCAATGTAGGGTTCTCACGCTCCTGACGAATGAGGAATGGATCCCGTGTCTCAAATGCC
ATAAATTTATTAAGATTAAAAAGGATGTTGAAGACGTTTCCAGAGAGTTTGGAGCCCTTC
AGGTCATTCAGGGTTATATAGCTTTCATTCTCTGGTCCGATCATATCAATTAGCTGACAT
AATATATCCTCAAAAAGAACAGCCTCTTGCGCCATACACTCCATTCGATGTAACTGCTCC
TCATAAAAGAATTGCATCTCATTTCTCC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL7066Contig1 897 2 8 U
GATCACCAAGAAGAAGAAGAAGATCATCCCCAATATCTTCTTCCTTCTTGCACTCCACCT
CAAGACTACCATGGGTTTCTTGGTAAGAGATCTCCAATGCCGAACGTAGAAGGGTTTTGT
AACTTAGAGATGAACGGAGAGGAAGATTTTTCAGACGACGGATCTAAGATGGGAGAGAAG
AAGAGGAGACTGAACATGGAGCAGTTAAAGACGCTAGAGAAGAACTTCGAGCTTGGTAAT
AAACTCGACTCGGATAGAAAACTAGAGCTGGCTCGTGCCTTGGGGTTACAACCAAGACAA
ATCGCGATTTGGTTCCAAAACAGAAGGGCACGATCCAAAACAAAGCAGCTCGAGAGAGAC
TACGATGCCCTCAAGCGTCAGTTCGAGAGTCTCAAAGACGAGAACGATCTCCTTCAAACT
CAAAACCAGAAGCTTCAGGCTCAGGTAATAGCATTAAAAAGCAAAGAACCAATAGAATCA
ATCAATCTGAACAAAGAAGAAGGTTCATGTAGTAACAGAAGTGAGAACATATCCGGTGAA
ATCAGACCGGGCCATCCACCGTCTTCACCGACAGCTACAACGATGCAGTTTTTTCATAAC
TCGTCTTCAGAACAGAGAATGGTGAAAGAAGAGAACAGTATTAGCAACATGTTCTGTGGA
ATGGATGACCAAACTGGATTTTGGCCATGGCTTGACCAGCAACATTACAATTGAATGTTG
TTGACATTATTTTGGTTATCAAGTTTCAAATTGTTCTTTTATTAAAGTGGTCATAGTAAC
CCATTCATGTTTCAAGAATCTAAGTGCACCGAACAAGCAAAATTTCACACTAGTTGTTTG
GTAATAAGATGTAAAAAATGGGGCAATATTCATATTCTATATAGTAATTGATTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EU44TF U 1
AF RR3EU44JQ C 63
BS 1 705 RR3EU44TF
BS 706 706 RR3EU44JQ
BS 707 718 RR3EU44TF
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RD RR3EU44TF 755 0 0
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AACTTAGAGATGAACGGAGAGGAAGATTTTTCAGACGACGGATCTAAGATGGGAGAGAAG
AAGAGGAGACTGAACATGGAGCAGTTAAAGACGCTAGAGAAGAACTTCGAGCTTGGTAAT
AAACTCGACTCGGATAGAAAACTAGAGCTGGCTCGTGCCTTGGGGTTACAACCAAGACAA
ATCGCGATTTGGTTCCAAAACAGAAGGGCACGATCCAAAACAAAGCAGCTCGAGAGAGAC
TACGATGCCCTCAAGCGTCAGTTCGAGAGTCTCAAAGACGAGAACGATCTCCTTCAAACT
CAAAACCAGAAGCTTCAGGCTCAGGTAATAGCATTAAAAAGCAAAGAACCAATAGAATCA
ATCAATCTGAACAAAGAAGAAGGTTCATGTAGTAACAGAAGTGAGAACATATCCGGTGAA
ATCAGACCGGGCCATCCACCGTCTTCACCGACAGCTACAACGATGCAGTTTTTTCATAAC
TCGTCTTCAGAACAGAGAATGGTGAAAGAAGAGAACAGTATTAGCAACATGTTCTGTGGA
ATGGATGACCAAACTGGATTTTGGCCATGGCTTGACCAGCAACAT*ACAATTGAATGT*G
TTGACATTATTT*GGTTATCAAGTTTCAAATTGT
C

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3EU44JQ 835 0 0
AGACTACCATGGGTT*CTTGGTAAGAGATCTCCAATGCCGAACGTAGAAGGGTTT*GTAA
CTTAGAGATGAACGGAGAGGAAGATTTT*CAGACGACGGATCTAAGATGGGAGAGAAGAA
GAGGAGACTGAACATGGAGCAGTTAAAGACGCTAGAGAAGAACTTCGAGCTTGGTAATAA
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CGCGATTTGGTTCCAAAACAGAAGGGCACGATCCAAAACAAAGCAGCTCGAGAGAGACTA
CGATGCCCTCAAGCGTCAGTTCGAGAGTCTCAAAGACGAGAACGATCTCCTTCAAACTCA
AAACCAGAAGCTTCAGGCTCAGGTAATAGCATTAAAAAGCAAAGAACCAATAGAATCAAT
CAATCTGAACAAAGAAGAAGGTTCATGTAGTAACAGAAGTGAGAACATATCCGGTGAAAT
CAGACCGGGCCATCCACCGTCTTCACCGACAGCTACAACGATGCAGTTTTTTCATAACTC
GTCTTCAGAACAGAGAATGGTGAAAGAAGAGAACAGTATTAGCAACATGTTCTGTGGAAT
GGATGACCAAACTGGATTTTGGCCATGGCTTGACCAGCAACATTACAATTGAATGTTGTT
GACATTATTTTGGTTATCAAGTTTCAAATTGTTCTTTTATTAAAGTGGTCATAGTAACCC
ATTCATGTTTCAAGAATCTAAGTGCACCGAACAAGCAAAATTTCACACTAGTTGTTTGGT
AATAAGATGTAAAAAATGGGGCAATATTCATATTCTATATAGTAATTGATTAACC

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 2

CO CL7067Contig1 1120 2 2 U
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TGGAGAGAGACGATTTTGTTTTTTTCTTCCGCAGAGCCACCAGCGATTCTCCGGCGAAGC
GATTAAAAAAAAAAAATCGAACCTTTCGCAACTTTCTAGGGTTTTCTCCATTCGTCGTCT
TCTTCACCAATTCGGATCAGGGAAACCCTAGGTCATCCAGAGTGTGAGAGGGATCTGAAC
ATTGCGTTTTTAAGATGATTCTGGATGAGGTGACGAGCAATGGTGATGGTATAGAGAGTA
ATCAGCCTAATGGCACACTGAATCGTTGCGGTGTAAGAGGGGGTGGTATGGCTAATGCAA
GTTGTAGAGATAACAACAAGCGGAGAAGGCTTGAGAGCTCGGTTTCTGGTGTGGATGAGG
TGGTTTCTACGGATGGTATCTCAGGAAGGAGCCGGGAGTCTGTCGCTTGTGAATTAAATG
ATCGAAGTCTCAGCGGAGGAGCTCTTCTTAATGGTGGACTCCCTGATCTTTCAAATCCAG
ATGAACCAACCACCGAACCACCCAAGTATGAGACTGTGACAGCCGGTTGCCAGAATGTTC
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TCTAGGGGTCAAGATTGAAGACCTTGCGTGCAAAAATCTGATTGACACCAGGATGCAAGA
GGGTGCTTATTAAAGTTCACCTGTGCTCTTCTCAACCGATCTCCAAGAGGTATGGAAAAA
AATGCAGAATGTTGGTAAGGATATGGCTGTTCTTGCTGGTAGTCTCTTAGAGCTTTCTAA
GACCTCATGTACCGAACAGTTGAAGCAGTTCAACACTTTGGAATTTAAGCCTCAACCGAA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BE19TF U 1
AF RR3BE19JQ C 322
BS 1 775 RR3BE19TF
BS 776 1120 RR3BE19JQ

RD RR3BE19TF 775 0 0
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TCTTCACCAATTCGGATCAGGGAAACCCTAGGTCATCCAGAGTGTGAGAGGGATCTGAAC
ATTGCGTTTTTAAGATGATTCTGGATGAGGTGACGAGCAATGGTGATGGTATAGAGAGTA
ATCAGCCTAATGGCACACTGAATCGTTGCGGTGTAAGAGGGGGTGGTATGGCTAATGCAA
GTTGTAGAGATAACAACAAGCGGAGAAGGCTTGAGAGCTCGGTTTCTGGTGTGGATGAGG
TGGTTTCTACGGATGGTATCTCAGGAAGGAGCCGGGAGTCTGTCGCTTGTGAATTAAATG
ATCGAAGTCTCAGCGGAGGAGCTCTTCTTAATGGTGGACTCCCTGATCTTTCAAATCCAG
ATGAACCAACCACCGAACCACCCAAGTATGAGACTGTGACAGCCGGTTGCCAGAATGTTC
TGTCTCAGTTTTAGCTTCGAAGGAGTTTGCTTCCCTCAGTAAGTTGCTTTCCGAGAACCT
TCTAGGGGTCAAGATTGAAGACCTTGCGTGCAAAAATCTGATTGACACCAGGATGCAAGA
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QA 1 775 1 775
DS 

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GGAGTTTGCTTCCCTCAGTAAGTTGCTTTCCGAGAACCTTCTAGGGGTCAAGATTGAAGA
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TGTGCTCTTCTCAACCGATCTCCAAGAGGTATGGAAAAAAATGCAGAATGTTGGTAAGGA
TATGGCTGTTCTTGCTGGTAGTCTCTTAGAGCTTTCTAAGACCTCATGTACCGAACAGTT
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QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

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TTGTGGAAATAAATTTTAAGATTTAATAAAAAAAAGATCTT


BQ
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AF RR3FF39JQ C 1
AF RR3FF39TF U 1
BS 1 634 RR3FF39TF
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RD RR3FF39JQ 641 0 0
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CTGGTACATGCGAAGGAGCCAATGATGCTGTGAAGATCGTGGCTAAAGAGTGTGTTGGAA
AACTAAACTGCACTATGAATGTGTCTTCCCACAAGTTTGGATCTGCTTTGGACTGTGGGG
ATTCACCTAAAAGGTTGTTTGTGGAAGTTGAGTGCTAGATTGATTAGATCTGTGTCTCTA
GGCTATCTAGCTAGTGGTTGCAATAATTCTCTTAAATAATTTAGATAGCTTTCTGGTTGA
ACTATGTTTCTTGTTTTTTCTTTGATTCATCATAATCTTTTAGATGGATCGGATGTAAGG
TTGTGGAAATAAATTTTAAGATTTAATAAAAAAAAGATCTT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3FF39TF 640 0 0
GGTGACTACCGTGGGAGTATGGCAGTGACAAATGTGTTTTTATGTGCGGCAAACCAACTC
AAAGATGGTACCATGTTCTACGAGCGTTTTTGAATGATAAGGGACACAATACAATCACAC
TATTCGAAGAGATGGGTGGTGACCCCTCAATGGTGAAGTTCAAGACGGTTGTTACCGGAA
AAGTTTGTGCCAAGGTTCATGAGCACAACAAAGTGGAGTTGTCTTGCAATAACCGGCCAA
TTTCAGCCGTCAAATTCGCGAGTTTCGGAAATCCGCCTGGTCTTTGTGGGTCATTCGCGG
CTGGTACATGCGAAGGAGCCAATGATGCTGTGAAGATCGTGGCTAAAGAGTGTGTTGGAA
AACTAAACTGCACTATGAATGTGTCTTCCCACAAGTTTGGATCTGCTTTGGACTGTGGGG
ATTCACCTAAAAGGTTGTTTGTGGAAGTTGAGTGCTAGATTGATTAGATCTGTGTCTCTA
GGCTATCTAGCTAGTGGTTGCAATAATTCTCTTAAATAATTTAGATAGCTTTCTGGTTGA
ACTATGTTTCTTGTTTTTTCTTTGATTCATCATAATCTTTTAGATGGATCGGATGTAAGG
TTGTGGAAATAAATTTTAAGATTTAATAAAAAAA
GATCTT

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL7069Contig1 840 2 4 U
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TTAGGATCAAGTTCAAACTTTGATTGTGTGATTCATGGATTAGGAAAGATAAAAGGGAGA
ATCTTTATCTTCTCCAGATTTGTTTTGGATTTGGGTAATACTTTCCATATCTCTGTTGTT
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CATAAGGCTATTATTGTCAGTGAAGTTGAGGATCAAGTCTGTGAGGAGGAGGAAGAAGAA
GAAGAAAGTGAGACACAGTGTTTGTTGCCTCCTCCTAGGAAAGGAGGGATGATGTCTACA
AGTAGTGACAAGATTAAGAGGACTGTGCAGTGGACTGATAACAAAGGAGACAGTCTTGCT
GAGGTTTTAGTATACGAACCAAGTGAAGTAAGCGATTCAGATGACGATGATTCAGATTCT
TGCATCTGCACCATTATGTAGTCTGCATTCAATCACTTTTAACATGGAGGTCTTAACAAA
GAGCTCGTCCTTGTATCTGACTTCTTTTCAGCAACCACCACGCAAGTTTCAGATTTTGTG
CTCAGGTCTTCTGACAAGAAGCCAAGTCCAAACGTGGGATGTACGATCAGTACCCATTTG
TCACATTTTAGTTACAGGAGTGAGAGAGTATATAGAGGTATAGATTACTGCTTTATTATG
CAATAGTGCCTGATCTTCAGGCCGAAGATCTCTGATTGCTGTTTGGGTCGAGAGCTTTTG
ATAGCAAGCTAATGTATATCTTTCTGCAACATACATATACAAGCTAATTAAACTGTAAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BE46TF U 1
AF RR3BE46JQ C 43
BS 1 605 RR3BE46TF
BS 606 606 RR3BE46JQ
BS 607 735 RR3BE46TF
BS 736 840 RR3BE46JQ

RD RR3BE46TF 735 0 0
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ATCTTTATCTTCTCCAGATTTGTTTTGGATTTGGGTAATACTTTCCATATCTCTGTTGTT
GTGATCTGTGTTATGGAAACGAGTCGTGGAGAGGCTAAAGAAGCCAATGGGTGTGAGAAT
CATAAGGCTATTATTGTCAGTGAAGTTGAGGATCAAGTCTGTGAGGAGGAGGAAGAAGAA
GAAGAAAGTGAGACACAGTGTTTGTTGCCTCCTCCTAGGAAAGGAGGGATGATGTCTACA
AGTAGTGACAAGATTAAGAGGACTGTGCAGTGGACTGATAACAAAGGAGACAGTCTTGCT
GAGGTTTTAGTATACGAACCAAGTGAAGTAAGCGATTCAGATGACGATGATTCAGATTCT
TGCATCTGCACCATTATGTAGTCTGCATTCAATCACTTTTAACATGGAGGTCTTAACAAA
GAGCTCGTCCTTGTATCTGACTTCTTTTCAGCAACCACCACGCAAGTTTCAGATTTTGTG
CTCAG*TCTTCTGACAAGAAGCCAAGTCCAAACGTGGGATGTACGATCAGTACCCATTTG
TCACATTTTAGTTACAGGAGTGAGAGAGTATATAGAGGTATAGATTACTGCTTTATTATG
CAATAGTGCCTGATC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3BE46JQ 798 0 0
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GGAAAGATAAAAGGGAGAATCTTTATCTTCTCCAGATTTGTTTTGGATTTGGGTAATACT
TTCCATATCTCTGTTGTTGTGATCTGTGTTATGGAAACGAGTCGTGGAGAGGCTAAAGAA
GCCAATGGGTGTGAGAATCATAAGGCTATTATTGTCAGTGAAGTTGAGGATCAAGTCTGT
GAGGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAAGTGAGACACAGTGTTTGTTGCCTCCTCCTAGGAAA
GGAGGGATGATGTCTACAAGTAGTGACAAGATTAAGAGGACTGTGCAGTGGACTGATAAC
AAAGGAGACAGTCTTGCTGAGGTTTTAGTATACGAACCAAGTGAAGTAAGCGATTCAGAT
GACGATGATTCAGATTCTTGCATCTGCACCATTATGTAGTCTGCATTCAATCACTTTTAA
CATGGAGGTCTTAACAAAGAGCTCGTCCTTGTATCTGACTTCTTTTCAGCAACCACCACG
CAAGTTTCAGATTTTGTGCTCAGGTCTTCTGACAAGAAGCCAAGTCCAAACGTGGGATGT
ACGATCAGTACCCATTTGTCACATTTTAGTTACAGGAGTGAGAGAGTATATAGAGGTATA
GATTACTGCTTTATTATGCAATAGTGCCTGATCTTCAGGCCGAAGATCTCTGATTGCTGT
TTGGGTCGAGAGCTTTTGATAGCAAGCTAATGTATATCTTTCTGCAACATACATATACAA
GCTAATTAAACTGTAAGC

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

CO CL7070Contig1 759 2 14 U
AGGGAGCGGACAACGCTTGGTGTAGAAGGAGGAAGATAAAGATAGAGAAAGAGAGCCATG
GAAGCTCTGAAAACCTCTAGCTTTAGCCCTATGTCAGTTTTATCCGAGAAGAGAGCAACA
ACACGAAAGCCCTTCTCTCTCCCTACTAGCCTCTTACCACCAAAACCAATCTCCCAAGAA
AACTTCTTCAAGAGCTTCAATGGTGGATTGGCTCTTTTAACCTCTGTTCTAAGCAGTGCA
ACAGCTCCTGCCAAGTCCCTTACGTACGAGGAAGCTCTACAACAATCTACGACCTCTCCT
TCATCTTTTGATTCAGACGGTTTGATCGATGGGATATCAAGTTTTATCACTGACAACCCT
CTGGTTATTGCCGGTGGAGTTGCTGCATTTGCTGTCCCATTTGTTCTGTCTCAGGTTCTG
AACAAAAAGCCCAAAACTTTTGGGGTTGAGTCTCCCAAGAATGCTTATGCCAAGTTGGGT
ACTGATGAAAATGCTCAGTTGCTTGACATAAGAGCTCCTGCTGATTTCAGACAAGTGGGC
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AAGCCTGGTTTCTTGAAGAAGCTTTCCTTGAAGTTTAAAGATCCTGAGAACACCACATTG
TTCATTCTTGACAAATTTGATGGAAACTCTGAGCTTGTTGCTGAACTGTTGGCCCTTAAT
GGATTCAAATCTGCTTACGCTATTAAAGATGGTGCAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DD52TF U 1
AF RR3CS03TF U 24
BS 1 278 RR3DD52TF
BS 279 279 RR3CS03TF
BS 280 280 RR3DD52TF
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BS 651 689 RR3DD52TF
BS 690 759 RR3CS03TF

RD RR3DD52TF 689 0 0
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GAAGCTCTGAAAACCTCTAGCTTTAGCCCTATGTCAGTTTTATCCGAGAAGAGAGCAACA
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AACTTCTTCAAGAGCTTCAATGGTGGATTGGCTCTTTTAACCTCTGTTCTAAGCAGTGCA
ACAGCTCCTGCCAAGTCCCTTACGTACGAGGAAGCTCTGCGACAATCTACGACCTCTCCT
TCATCTTTTGATTCAGACGGTTTGATCGATGGGATATCAAGTTTTATCACTGACAACCCT
CTGGTTATTGCCGGTGGAGTTGCTGCATTTGCTGTCCCATTTGTTCTGTCTCAGGTTCTG
AACAAAAAGCCCAAAACTTTTGGGGTTGAGTCTCCCAAGAATGCTTATGTCAAGTTGGGT
ACTGATGAAAATGCTCAGTTGCTTGACATAAGAGCTCCTGCTGATTTCAGACAAGTGGGC
AGTCCTAATATTAAGGGTTTAGGTAAAAAGACGGTTTCAGCTGTTTATAACGGAGAAGAC
AATCCTGGTTTCTTGA*GAAGCTTTCCTTGAAGTTTAAAGATCCTGAGA*CACCACATTG
TTCATTCTTGACAAATTTGATGGAAACTC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3CS03TF 736 0 0
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TAGCCCTATGTCAGTTTTATCCGAGAAGAGAGCAACAACACGAAAGCCCTTCTCTCTCCC
TACTAGCCTCTTACCACCAAAACCAATCTCCCAAGAAAACTTCTTCAAGAGCTTCAATGG
TGGATTGGCTCTTTTAACCTCTGTTCTAAGCAGTGCAACAGCTCCTGCCAAGTCCCTTAC
GTACGAGGAAGCTCTACAACAATCTACGACCTCTCCTTCATCTTTTGATTCAGACGGTTT
GATCGATGGGATATCAAGTTTTATCACTGACAACCCTCTGGTTATTGCCGGTGGAGTTGC
TGCATTTGCTGTCCCATTTGTTCTGTCTCAGGTTCTGAACAAAAAGCCCAAAACTTTTGG
GGTTGAGTCTCCCAAGAATGCTTATGCCAAGTTGGGTACTGATGAAAATGCTCAGTTGCT
TGACATAAGAGCTCCTGCTGATTTCAGACAAGTGGGCAGTCCTAATATTAAGGGTTTAGG
TAAAAAGACGGTTTCAGCTGTTTATAACGGAGAAGACAAGCCTGGTTTCTTGAAGAAGCT
TTCTTTGAAGTTTAAAGATCCTGAGAACACCACATTGTTCATTCTTGACAAATTTGATGG
AAACTCTGAGCTTGTTGCTGAACTGTTGGCCCTTAATGGATTCAAATCTGCTTACGCTAT
TAAAGATGGTGCAGAG

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL7071Contig1 467 2 1 U
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ACCATCTTGGGATACAAAAGGTCGAAGTCAAACCAGTACCCAAACACATCCCTGATCCAG
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ATCTACAAGGCCAAGACCAAGAAGAACGGTAGCCACTACCGCTGCATCTGGGGAAAGGTT
ACAAGGCCTCATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCAAATTCACTTCCAACTTGCCTCCT
AAGTCCATGGGAATGAGGGTGAGAGTCTTCATGTATCCGAGTAACATTTGAAGCAAAGTA
TTACAGCATAAACTTTGTTTTAGCTGTTGTTTTTTGCCCTCTAGTTCGTTGTTTTGTATT
TGATATTGAAAACATTTTCCTTTCGTTGTTTGAATCATGGATCTTGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CZ39JQ C 1
AF RR3CZ39TF U 1
BS 1 467 RR3CZ39TF

RD RR3CZ39JQ 467 0 0
AGTCTTGCGAAAATGGTGAAGGGACGCCAAGGAGAACGTGTCAGACTTTACGTCAGAGGA
ACCATCTTGGGATACAAAAGGTCGAAGTCAAACCAGTACCCAAACACATCCCTGATCCAG
ATCGAAGGAGTCAACACTACAGAGGAGGTGACATGGTACAAGGGAAAGAGGATGGCTTAC
ATCTACAAGGCCAAGACCAAGAAGAACGGTAGCCACTACCGCTGCATCTGGGGAAAGGTT
ACAAGGCCTCATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCAAATTCACTTCCAACTTGCCTCCT
AAGTCCATGGGAATGAGGGTGAGAGTCTTCATGTATCCGAGTAACATTTGAAGCAAAGTA
TTACAGCATAAACTTTGTTTTAGCTGTTGTTTTTTGCCCTCTAGTTCGTTGTTTTGTATT
TGATATTGAAAACATTTTCCTTTCGTTGTTTGAATCATGGATCTTGT

QA 1 467 1 467
DS 

RD RR3CZ39TF 467 0 0
AGTCTTGCGAAAATGGTGAAGGGACGCCAAGGAGAACGTGTCAGACTCTACGTCAGAGGA
ACCATCTTGGGATACAAAAGGTCGAAGTCAAACCAGTACCCAAACACATCCCTGATCCAG
ATCGAAGGAGTCAACACTACAGAGGAGGTGACATGGTACAAGGGAAAGAGGATGGCTTAC
ATCTACAAGGCCAAGACCAAGAAGAACGGTAGCCACTACCGCTGCATCTGGGGAAAGGTT
ACAAGGCCTCATGGTAACAGCGGTGTTGTCCGTGCCAAATTCACTTCCAACTTGCCTCCT
AAGTCCATGGGAATGAGGGTGAGAGTCTTCATGTATCCGAGTAACATTTGAAGCAAAGTA
TTACAGCATAAACTTTGTTTTAGCTGTTGTTTTTTGCCCTCTAGTTCGTTGTTTTGTATT
TGATATTGAAAACATTTTCCTTTCGTTGTTTGAATCATGGATCTTGT

QA 1 467 1 467
DS 



AS 1 2

CO CL7072Contig1 785 2 3 U
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ATACTGTGTGTATTACACAGAATGTGGTAGTTACAAACTGAAAAAAATTGAGCTAACGCA
TTGGCACACTCTGTCTTTACTTCTTTGTGATCCGCTCAAAGGCAGCTAACATGGATGATC
GTGTGTTGGCTATTTCAACAAGAGTTTCAAGAGCTGTCTCAAATGATAGTTGAGCACCAC
GCAGCTTGGGGGAGACTAGACCTCCGAATACCGACAGAGACTTGGCCCGTTCTTTCTTAA
CCTCCTCATCAGCTGCTAACACGGTGGTCTCACCCTTGGCTAATGATTTCTCCTCAGAAA
CGCCTCGATGCCGTAGCTGCGGGCTACGAGGAGAGCCCATGTCCGAATCTGCATCAGTGG
AGAAGTCTTTGCCTTTCACACTACCGCCCTTAGTAGCCCACTTGGACAAAGCAAAACGAG
GCACTGGTCCCAAAGATTCAACCTCTTGGTCAGAGACTTGCAATGTGGAAGAAGCGGAAT
GATCCTTGAGGTCTAAGAGAGTGCTGGTGATACGTAAAGTTCCCATAGAGTGTCGAGCAC
TTGCTAGATCAAACCATCCCTCTCGTAGCTTTGAATTGAGAGAATCCATAAGCGTTAGAT
ACCCATCTAACGAATCTAAAAACTGCAACACCTTCTCATCATCTCCTCCCTCAGTTTTCG
CTTCAATGGATTCCTCCTCTCCTTCTTCGTAAATCTCAATCTCTTCATCTCCCGCCATCT
CTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3H522JQ U 16
AF RR3H522TF C 1
BS 1 15 RR3H522TF
BS 16 653 RR3H522JQ
BS 654 785 RR3H522TF

RD RR3H522JQ 638 0 0
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CTAGACCTCCGAATACCGACAGAGACTTGGCCCGTTCTTTCTTAACCTCCTCATCAGCTG
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GCTGCGGGCTACGAGGAGAGCCCATGTCCGAATCTGCATCAGTGGAGAAGTCTTTGCCTT
TCACACTACCGCCCTTAGTAGCCCACTTGGACAAAGCAAAACGAGGCACTGGTCCCAAAG
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AGAGAGTGCTGGTGATACGTAAAGTTCCCATAGAGTGTCGAGCACTTGCTAGATCAAACC
ATCCCTCTCGTAGCTTTGAATTGAGAGAATCCATAAGC

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3H522TF 785 0 0
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ATACTGTGTGTATTACACAGAATGTGGTAGTTACAAACTGAAAAAAATTGAGCTAACGCA
TTGGCACACTCTGTCTTTACTTCTTTGTGATCCGCTCAAAGGCAGCTAACATGGATGATC
GTGTGTTGGCTATTTCAACAAGAGTTTCAAGAGCTGTCTCAAATGATAGTTGAGCACCAC
GCAGCTTGGGGGAGACTAGACCTCCGAATACCGACAGAGACTTGGCCCGTTCTTTCTTAA
CCTCCTCATCAGCTGCTAACACGGTGGTCTCACCCTTGGCTAATGATTTCTCCTCAGAAA
CGCCTCGATGCCGTAGCTGCGGGCTACGAGGAGAGCCCATGTCCGAATCTGCATCAGTGG
AGAAGTCTTTGCCTTTCACACTACCGCCCTTAGTAGCCCACTTGGACAAAGCAAAACGAG
GCACTGGTCCCAAAGATTCAACCTCTTGGTCAGAGACTTGCAATGTGGAAGAAGCGGAAT
GATCCTTGAGGTCTAAGAGAGTGCTGGTGATACGTAAAGTTCCCATAGAGTGTCGAGCAC
TTGCTAGATCAAACCATCCCTCTCGTAGCTTTGAATTGAGAGAATCCATAAGCGTTAGAT
ACCCATCTAACGAATCTAAAAACTGCAACACCTTCTCATCATCTCCTCCCTCAGTTTTCG
CTTCAATGGATTCCTCCTCTCCTTCTTCGTAAATCTCAATCTCTTCATCTCCCGCCATCT
CTCCC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL7073Contig1 694 2 1 U
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AAATATGTTTGTTGTTTTTGTTTCAGTTGTGACAATTCGAACATAATACTACTCTAGATA
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BA02JQ C 1
AF RR3BA02TF U 1
BS 1 694 RR3BA02TF

RD RR3BA02JQ 694 0 0
GGTCCCGCTATCAAAGAGAAGTTTTACGCAGAGATATAGAGAAGAAACTGAAAGAACGAG
AGTGATCCAAGAAGAAGATGGCGATGCAAATAGCGACACCGGCCCCTGCACCGATCACAG
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TTCAAGTCTCCAACACGAAGAAGCCACTGTTCTTTTACGTTAATCTCGCCAAGAGATACA
TTCAGCAACACAATGAGGTTGAACTCTCTGCACTCGGAATGGCAATTACGACGGTTGTAA
CAATCTTTGAGATCTTGAAGAACAATGGATTGGCTACAGAGAAGAAAGTGTTGACATCCA
CTGTGGGAATGAAGGATGAGACCAAAGGAAAGATGGTTCAGAAAGCAAAGATTGAGATTG
TGTTGGGGAAATCAGACAAGTTCGACTCTTTGGTGCCACCTGTGACCAATGGCAAGACCC
CTGAGGAAGTAGCTAAAGCAGAGACTGAGGCGGCTGTTGAAGCACAAGCAGCTGCAGCCA
CCCAAGTCTAGGACTTATCCTGCTAACCCACATAACAATGCTCGTTCCATCTTTTTTTTT
AAATATGTTTGTTGTTTTTGTTTCAGTTGTGACAATTCGAACATAATACTACTCTAGATA
TGTAATATAATAAGTAAAATGATGGTGGACAACG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3BA02TF 694 0 0
GGTCCCGCTATCAAAGAGAAGTTTTACGCAGAGATATAGAGAAGAAACTGAAAGAACGAG
AGTGATCCAAGAAGAAGATGGCGATGCAAATAGCGACACCGGCCCCTGCACCGATCACAG
CACCGGAGATAAACATCATCCTCACGCCAGCAAAGACGGAGACTCACAAGAAGAACAGGA
TTCAAGTCTCCAACACGAAGAAGCCACTGTTCTTCTACGTTAATCTCGCCAAGAGATACA
TTCAGCAACACAATGAGGTTGAACTCTCTGCACTCGGAATGGCAATTACGACGGTTGTAA
CAATCTCTGAGATCTTGAAGAACAATGGATTGGCTACAGAGAAGAAAGTGTTGACATCCA
CTGTGGGAATGAAGGATGAGACCAAAGGAAAGATGGTTCAGAAAGCAAAGATTGAGATTG
TGTTGGGGAAATCAGACAAGTTCGACTCTTTGGTGCCACCTGTGACCAATGGCAAGACCC
CTGAGGAAGTAGCTAAAGCAGAGACTGAGGCGGCTGTTGAAGCACAAGCAGCTGCAGCCA
CCCAAGTCTAGGACTTATCCTGCTAACCCACATAACAATGCTCGTTCCATCTTTTTTTTT
AAATATGTTTGTTGTTTTTGTTTCAGTTGTGACAATTCGAACATAATACTACTCTAGATA
TGTAATATAATAAGTAAAATGATGGTGGACAACG

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL7074Contig1 778 2 4 U
GGGGGAGAAGCCTGCAGAGAGAGAGCCGGAGAAGACCACAACAAACAAACAAAAAGTTAC
GAAGAAGAAGAAGAAGATGATCTACCGAAAGTGGAGTCTGCTTTCCGGTCCACCGGTTAT
ACTCGGAGGAGCCGTAGTTGCCGCCATCGCGGTCGGCATCCTCGTACAGAACGTAATTTG
CTTCTTCGTCTCTTAATTGAATCGTTAGATCTATAGAATCTTGATTTTGGCTGATTTGTT
CCTTATTTAATTTTTCTTATTCGCAAATTTTGCATGTTTTGCGCTTCTCCTTTGATCTTA
TTCGAATCGCAAATACATTTGATTAGTTAGTAATTGACCCTTTTGAGATCTGCTTGAACG
TCCTTTTGACTGAAATTTTGTGTTCTGCCTAGATTTAGTTGGTGGATCAATGATCCCTTT
CCCCTTTACTTGTAAGAATGCCATTTCAAGCTTTTTTTTTTATCTTCGGGAGATTATGTT
TATGACATACTATTTATCTCTTCGTATCTTATTGATCCAAATGTTTAATTTGGAGTCTGA
TTTTGTTTTATATACCTCATGATTAGGTTACGAAAGGGGAACAAAAGAAGAATGTCTCAT
CAAACAAGTGAAATAAGGAAAAGATTGGGGAGAAGATGCTACTAATAAACTTTGTAGTGT
GATTTTAGTTCCTGCAGTGTAACCTCTCAATAATGCTTTTGGAAGCTTTTTCGAATACAC
AGATCCTTTTTGATGTTTTGGACTCTTATTGCCAATAATAATTTCTCACTTTTTTGCG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK50TF U 1
AF RR3GK50JQ C 16
BS 1 689 RR3GK50TF
BS 690 690 RR3GK50JQ
BS 691 710 RR3GK50TF
BS 711 778 RR3GK50JQ

RD RR3GK50TF 716 0 0
GGGGGAGAAGCCTGCAGAGAGAGAGCCGGAGAAGACCACAACAAACAAACAAAAAGTTAC
GAAGAAGAAGAAGAAGATGATCTACCGAAAGTGGAGTCTGCTTTCCGGTCCACCGGTTAT
ACTCGGAGGAGCCGTAGTTGCCGCCATCGCGGTCGGCATCCTCGTACAGAACGTAATTTG
CTTCTTCGTCTCTTAATTGAATCGTTAGATCTATAGAATCTTGATTTTGGCTGATTTGTT
CCTTATTTAATTTTTCTTATTCGCAAATTTTGCATGTTTTGCGCTTCTCCTTTGATCTTA
TTCGAATCGCAAATACATTTGATTAGTTAGTAATTGACCCTTTTGAGATCTGCTTGAACG
TCCTTTTGACTGAAATTTTGTGTTCTGCCTAGATTTAGTTGGTGGATCAATGATCCCTTT
CCCCTTTACTTGTAAGAATGCCATTTCAAGCTTTTTTTTTTATCTTCGGGAGATTATGTT
TATGACATACTATTTATCTCTTCGTATCTTATTGATCCAAATGTTTAATTTGGAGTCTGA
TTTTGTTTTATATACCTCATGATTAGGTTACGAAAGGGGAACAAAAGAAGAATGTCTCAT
CAAACAAGTGAAATAAGGAAAAGATTGGGGAGAAGATGCTACTAATAAACTTTGTAGTGT
GATTTTAGTTCCTGCAGTGTAACCTCTCA*TAATGCTTTTGGAAGCTTTT
CGATAC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3GK50JQ 763 0 0
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GATGATCTACCGAAAGTGGAGTCTGCTTTCCGGTCCACCGGTTATACTCGGAGGAGCCGT
AGTTGCCGCCATCGCGGTCGGCATCCTCGTACAGAACGTAATTTGCTTCTTCGTCTCTTA
ATTGAATCGTTAGATCTATAGAATCTTGATTTTGGCTGATTTGTTCCTTATTTAATTTTT
CTTATTCGCAAATTTTGCATGTTTTGCGCTTCTCCTTTGATCTTATTCGAATCGCAAATA
CATTTGATTAGTTAGTAATTGACCCTTTTGAGATTTGCTTGAACGTCCTTTTGACTGAAA
TTTTGTGTTCTGCCTAGATTTAGTTGGTGGATCAATGATCCCTTTCCCCTTTACTTGTAA
GAATGCCATTTCAAGCTTTTTTTTTTATCTTCGGGAGATTATGTTTATGACATACTATTT
ATCTCTTCGTATCTTATTGATCCAAATGTTTAATTTGGAGTCTGATTTTGTTTTATATAC
CTCATGATTAGGTTACGAAAGGGGAACAAAAGAAGAATGTCTCATCAAACAAGTGAAATA
AGGAAAAGATTGGGGAGAAGATGCTACTAATAAACTTTGTAGTGTGATTTTAGTTCCTGC
AGTGTAACCTCTCAATAATGCTTTTGGAAGCTTTTTCGAATACACAGATCCTTTTTGATG
TTTTGGACTCTTATTGCCAATAATAATTTCTCACTTTTTTGCG

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL7075Contig1 223 2 1 U
GGTGCATGCGTGACGTATGTTATCTCCACTACTCAGGCAAGGATCCGACGGCTGGAAACC
AGAGAAGCAACTTGCGTTTTGAGTGTGTTTATGAGAAGAAGAAAAAAACATGTAATGTTA
TATAATGCCTTGATCTGATTGATGATCTCTTGCATTTTGGGGCTTTTACCAAGTGGCCAA
GTCCTTTTTATATGAAATAAATAAAAATAGCTTGCATTGGACT


BQ
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AF RR3DX28JQ C 1
AF RR3DX28TF U 1
BS 1 223 RR3DX28TF

RD RR3DX28JQ 223 0 0
GGTGCATGCGTGACGTATGTTATCTCCACTACTCAGGCAAGGATCCGACGGCTGGAAACC
AGAGAAGCAACTTGCGTTTTGAGTGTGTTTATGAGAAGAAGAAAAAAACATGTAATGTTA
TATAATGCCTTGATCTGATTGATGATCTCTTGCATTTTGGGGCTTTTACCAAGTGGCCAA
GTCCTTTTTATATGAAATAAATAAAAATAGCTTGCATTGGACT

QA 1 223 1 223
DS 

RD RR3DX28TF 223 0 0
GGTGCATGCGTGACGTATGTTATCTCCACTACTCAGGCAAGGATCCGACGGCTGGAAACC
AGAGAAGCAACTTGCGTTTTGAGTGTGTTTATGAGAAGAAGAAAAAAACATGTAATGTTA
TATAATGCCTTGATCTGATTGATGATCTCTTGCATTTTGGGGCTTTTACCAAGTGGCCAA
GTCCTTTTTATATGAAATAAATAAAAATAGCTTGCATTGGACT

QA 1 223 1 223
DS 



AS 1 2

CO CL7076Contig1 1170 2 4 U
GGATTTTCAAGGACCTCTCTCTTTTATCTCTCTTACTCGATCGTTTGATGAAGATCAGGT
GCGACGTCTGCGATAAAGAAGAAGCGTCGGTGTTTTGCACCGCCGACGAAGCGTCTTTGT
GTAGCGGCTGCGACCAGCAAGTCCACCACGCTAACAAGCTTGCCTCCAAACATCTCCGTT
TCTCTCTCCTATACCCACCTTCCTCCAACAACTACTCTCCTATCTGCGACATCTGTCAGG
AGAAAAAAGCTTTGTTGTTTTGTCAACAAGATAGGGCTATCTTATGCAACGATTGTGATG
CATCGATACACTCTGCCAACGAGCATAAGAAGAAACACGATAGGTTTCTTCTCACAGGGG
TTAAGCTCTCTGCTTCATCTTCTGTTTACAAACCAACTTCAGAATCTTCTTCCTCTAGTA
GTCAAGACTGCTCTGTCCCTTCCAGGAAACCTCTCTCAGCTCCTCAGAGCAACAACTCCA
AGATCCAACCTTCTTCAAAGATCGGTGGCGACTCAGAGGTGAGTCAGTGGGGATCCACAA
GCACGATTTCAGAGTACTTGATCGATACGTTACCTGGTTGGCACGTCGAGGACTTCCTTG
ATTCCTCGCTTCCTCCTTTTGGTTTCTCTAAGAGTGGTGATAATGATGGAGTGTTACCAT
ATATAGAAGCAGACGATGACAGCACTAAGAGAAATAACCACAATACAGTGTCATTTCCAT
CTGACAATTTGGGGACTTGGGTCCCTCAGATTCCACAAACTCTTCCTTCTTCATACACAA
ATCAGTACTTTTTTCAGGAAAACAAAAACAACAATATTCAGTTTGGGAAGTACAACAAAG
AGACATTACCAGAAGTGAAGACTTATGCTCCAATACAAAACATGAAACAACAAGGACAGA
ACAAGAGATGGTATGATGACGGTGGCTTCACTGTCCCACAAATTACTACTACTTTCACTC
ATCCTCCTCTTCATTCTAATAAAAAGTCCAGATATTTTTGGTAATCTATATGTTTTGTTT
GTTTGTTGCCCTTTTGATCATCTTGATTTCTCTGAACTTTCATCTTGATAGAGTTATGGT
GTTTTTTTGTTCTGTCTTTTGTAAATTTAAAGTGTGATTGAGGTTTCGGTTTAATCTTTG
TAAAATCCTATTTTCACTTTTGGTTTATGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ13TF U 1
AF RR3FQ13JQ C 513
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QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3FQ13JQ 658 0 0
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TGAACTTTCATCTTGATAGAGTTATGGTGTTTTTTTGTTCTGTCTTTTGTAAATTTAAAG
TGTGATTGAGGTTTCGGTTTAATCTTTGTAAAATCCTATTTTCACTTTTGGTTTATGC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B653JQ C 1
AF RR3B653TF U 1
BS 1 686 RR3B653TF

RD RR3B653JQ 686 0 0
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QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3B653TF 686 0 0
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GTCAAAATCTTCTATACCCTTTTTTGTGTTCCAAGATGTGATCATCTCAAAGGCTGTGAA
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CAGATTTGTCAGATGTTTGATGTGCTACACAATGTGTTCCTAGTTAAATTGTCTTATTAG
GATTTGAAATAGAATTTACATTTTCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL7078Contig1 703 2 2 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FY70JQ C 1
AF RR3FY70TF U 1
BS 1 702 RR3FY70TF
BS 703 703 RR3FY70JQ

RD RR3FY70JQ 703 0 0
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AGACCTTTGATGCCATATCAATAAAGAAACTAAATTGCATCTT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3FY70TF 702 0 0
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CTCACGCCCCGACGGCAACTCTCTCCGCAAGAGGCTGTTCTGCGGTATAGACGGGATCTC
CGGTGATGGGTCTGTTGTGTTGTCTGATGATGTGAAGATCATAAAGCAAGGGTGTGCTAA
ATCGTTTGCTCCTTTCCCTACTGGGTGTATGTTCCACAGTGAGACAGGGCTTAAGAGCTT
TGAACATCCGAGGAATGAGATGAAGGCGATGCCGAAGATTGATAGCGAAGGTGTGTTGTG
TGGTGCTAATTTCAAAGTGGATGCTTGTTCTAAGGTCAATGGTATTCCTAGGAGAGGAAG
TGAAGCTAACTGGGCTCTTGCTAACTCTCGTTAACTTTCTTCTTATGATTGTAGCTCTTG
AGTTGTTCTGCTCTCTCTTGTTGCACTTTCTTTTTATCTGCTTTGTTTTGTGTAATTATT
AGACCTTTGATGCCATATCAATAAAGAAACTAAATTGCATCT

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL7079Contig1 704 2 6 U
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GGTGATGGAACCACTGTGTCTGAGGCTTCTGATTCCCATATCATAGCTCGTGCCTTCCCA
CATACCTTAGGCCAGCCTTTGGCTCACTTCCTCAGGGAAACCGCCAAAGTTCCTGATGCT
CAGATTATCACTCAGCTTCCATCTATCAGAGTTGGAATCGTGTTTTGTGGAAGACAAGCT
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ATCACTGATGATATTCTCCAGACTTACAAAAACCAAGGTGGGTATGATTTGCTGGGAAGA
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TTGAAGCTAGATGGCCTTGTTATCATCGGAGGTGTAACATCAAACACAGATGCCGCTCAT
CTTGCTGAGTTTTTCGCTGAAGCAAAATGCTCTACAAAGGTAGT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3DJ26TF U 1
AF RR3FZ76TF U 2
BS 1 673 RR3DJ26TF
BS 674 674 RR3FZ76TF
BS 675 686 RR3DJ26TF
BS 687 687 RR3FZ76TF
BS 688 702 RR3DJ26TF
BS 703 704 RR3FZ76TF

RD RR3DJ26TF 702 0 0
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AAGCCAATGGATTCAGATTTCGGAATCCCAAGAGAGCTCTCTCCTCTTCAGCAACTTCGT
TCTCAGTACCAGCCCGAGCTTCCTCCTTGTCTTCAGGGAACTGCTGTCCGCGTGGAGTTT
GGTGATGGAACCACTGTGTCTGAGGCTTCTGATTCCCATATCATAGCTCGTGCCTTCCCA
CATACCTTAGGCCAGCCTTTGGCTCACTTCCTCAGGGAAACCGCCAAAGTTCCTGATGCT
CAGATTATCACTCAGCTTCCATCTATCAGAGTTGGAATCGTGTTTTGTGGAAGACAAGCT
CCGGGTGGACACAATGTAATCTGGGGTCTTTACGAGGCTCTTAAGATGCACAACGCGAAA
AGCACCTTGCTTGGCTTTTTGGGTGGTTCGGAAGGTCTGTTTGCGCAAAAGACTCTGGAG
ATCACTGATGATATTCTCCAGACTTACAAAAACCAAGGTGGGTATGATTTGCTGGGAAGA
ACCAAGGATCAGATCAGAACCACTGAGCAGGTTAACGCTGCACTCAAAGCTTGCACTGAT
TTGAAGCTAGATGGCCTTGTTATCATCGGAGGTGTAACATCAAACACAGATGCCGCTCAT
CTTGCTGAGTTTT*CGCTGAAGCAAA*TGCTCTACAAAGGTA

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DS 

RD RR3FZ76TF 703 0 0
GG
AAAGCTCACTCAAAACACATCTCACCAAACGCACACTTACCTCCGCACAGCAACCAAAAG
CCAATGGATTCAGATTTCGGAATCCCAAGAGAGCTCTCTCCTCTTCAGCAACTTCGTTCT
CAGTACCAGCCCGAGCTTCCTCCTTGTCTTCAGGGAACTGCTGTCCGCGTGGAGTTTGGT
GATGGAACCACTGTGTCTGAGGCTTCTGATTCCCATATCATAGCTCGTGCCTTCCCACAT
ACCTTAGGCCAGCCTTTGGCTTACTTCCTCAGGGAAACCGCCAAAGTTCCTGATGCTCAG
ATTATCACTCAGCTTCCATCTATCAGAGTTGGAATCGTGTTTTGTGGAAGACAAGCTCCG
GGTGGACACAATGTAATCTGGGGTCTTTACGAGGCTCTTAAGATGCACAACGCGAAAAGC
ACCTTGCTTGGCTTTTTGGGTGGTTCGGAAGGTCTGTTTGCGCAAAAGACTCTGGAGATC
ACTGATGATATTCTCCAGACTTACAAAAACCAAGGTGGGTATGATTTGCTGGGAAGAACC
AAGGATCAGATCAGAACCACTGAGCAGGTTAACGCTGCACTCAAAGCTTGCACTGATTTG
AAGCTAGATGGCCTTGTTATCATCGGAGGTGTAACATCAAACACAGATGCCGCTCATCTT
GCTGAGTTTTTCGCTGAAGCAAAATGCTCTACAAAGGTAGT

QA 3 703 3 703
DS 



AS 1 2

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CACAATAAAGCTTCTATAGCACAAATCTCTCTTGTTCTCAAACATTCACATGGTATCAGG
GCTCTTACTCCTGCAGCACAGGAGCTTGCCTGGCTCTCGTCGCTGCTCCGGGACCTCCGC
ATTCCCCAATTCCGTCCGACGATTCTTCACTGCGACAATCTCTCAGCCGTCTACCTTAGC
GCGAACCCTGCTCTTCACAATCGCTCTAAACACTTTGACACCAACTTCCACTACATACGT
GAACAAGTGGCTCTCGGATTGATCGAAACGCAAACCATACCGGCAAAAGATCAGCTCGCC
GACATCTTTACGAAGCCACTAGGAAGAGGACCGTTCATCGAACTCAGACGCAAACTCGGT
GTCTGTGAGTCACCCACCCCGAGTTTGAGGGGGACTGTAAGCCCAACAGGCAAAAGCCCA
TCTGCTGTCCATCTTCCTGTCAGCAAGAGCCCATCAGTAAAACCCACTACAAGTTCAAAC
AAAGTACAGAAAAAGACAAGAGAAGACTCACCTTCTGATCACGCAAGAAACGCTGAAGTC
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CAGCTGTGACGTCTAACGTCCTTATCCAGCTAGCTAGATTGTCTTTACTTTCTCTCTATA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CD80TF U 50
AF RR3CD80JQ C 1
BS 1 49 RR3CD80JQ
BS 50 553 RR3CD80TF
BS 554 554 RR3CD80JQ
BS 555 675 RR3CD80TF
BS 676 676 RR3CD80JQ
BS 677 686 RR3CD80TF
BS 687 687 RR3CD80JQ
BS 688 700 RR3CD80TF
BS 701 773 RR3CD80JQ

RD RR3CD80TF 655 0 0
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ATGGTATCAGGGCTCTTACTCCTGCAGCACAGGAGCTTGCCTGGCTCTCGTCGCTGCTCC
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TCTACCTTAGCGCGAACCCTGCTCTTCACAATCGCTCTAAACACTTTGACACCAACTTCC
ACTACATACGTGAACAAGTGGCTCTCGGATTGATCGAAACGCAAACCATACCGGCAAAAG
ATCAGCTCGCCGACATCTTTACGAAGCCACTAGGAAGAGGACCGTTCATCGAACTCAGAC
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GCAAAAGCCCATCTGCTGTCCATCTTCCTGTCAGCAAGAGCCCATCAGTAAAACCCACTA
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ACGCTGAAGTCCTTGCCTTGCGTAACAACTTCAGTCCGTTGATGACAGGCAAGTGTGACT
GACTACCTTTACAGCTGTGACGTCTA*CGTCCTTATC*AGCTAGCTAGATT
TCTT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3CD80JQ 773 0 0
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CACAATAAAGCTTCTATAGCACAAATCTCTCTTGTTCTCAAACATTCACATGGTATCAGG
GCTCTTACTCCTGCAGCACAGGAGCTTGCCTGGCTCTCGTCGCTGCTCCGGGACCTCCGC
ATTCCCCAATTCCGTCCGACGATTCTTCACTGCGACAATCTCTCAGCCGTCTACCTTAGC
GCGAACCCTGCTCTTCACAATCGCTCTAAACACTTTGACACCAACTTCCACTACATACGT
GAACAAGTGGCTCTCGGATTGATCGAAACGCAAACCATACCGGCAAAAGATCAGCTCGCC
GACATCTTTACGAAGCCACTAGGAAGAGGACCGTTCATCGAACTCAGACGCAAACTCGGT
GTCTGTGAGTCACCCACCCCGAGTTTGAGGGGGACTGTAAGCCCAACAGGCAAAAGCCCA
TCTGCTGTCCATCTTCCTGTCAGCAAGAGCCCATCAGTAAAACCCACTACAAGTTCAAAC
AAAGTACAGAAAAAGACAAGAGAAGACTCACCTTCTGATCACGCAAGAAACGCTGAAGTC
CTTGCCTTGCGTAACAACTTCAGTCCGTTGATGACAGGCAAGTGTGACTGACTACCTTTA
CAGCTGTGACGTCTAACGTCCTTATCCAGCTAGCTAGATTGTCTTTACTTTCTCTCTATA
TAAACAAGTGTAATCTGTCATTGTAAATCATCGAAAATACAAGTTGAGAAACC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL7081Contig1 1115 2 2 U
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AACCTACTGCAAAGTAACTGGACCGGTGCTTGCTCGGCCATTGACCAAGCACTTAAAGCT
ACGGCTCCTGATCGTTTTACGCACTGTCTGAGAGAACATGCTGTGTTTCAGCTGATCAAT
TCGTTGCAAGCAACTGGTGAATTTCCAATCAACCTACAATTGAGATTACTCAACTCTTAC
CTGGACCAAGCGAGTTCTTTACCTGTTAAAGAGCCACTGTCGTGGAAATTCATCAGCAAC
AGCGCCGAGAAACCAAGAGCAAGGAAGCTAGTAAGTAACCTTCTAGCGCCAGTTTCATCT
GAAGTCTTAGTGGTAAACACGGTTCTTGAAGCATGGCACGGACCATCTCTTGTCCCGGAG
AAGCTGAGTAAACAAAAGGAACTTGTGGATTTTGTGGAAACAATCCTAGGCTTGGTTCCA
TGCAACTACCCGCTGGCTTTGTCTGTAATTAAGCTGTTAAGGAAAGAAGAGGACTCTGGT
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CCGGTAGCTCCCGAGTATATATGGGTGGAGGCTGGAGAGATATTGAGCAATACCAACGGT
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AAGCTATGGAGATGTTATGGGAGTGTAGCTAGAAGTATAGAAGAGAAAAGAGGCGTTAGG
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CCTTAATGTACTTCAATTCAACTTATTTCCCTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H654TF U 1
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TCGTTGCAAGCAACTGGTGAATTTCCAATCAACCTACAATTGAGATTACTCAACTCTTAC
CTGGACCAAGCGAGTTCTTTACCTGTTAAAGAGCCACTGTCGTGGAAATTCATCAGCAAC
AGCGCCGAGAAACCAAGAGCAAGGAAGCTAGTAAGTAACCTTCTAGCGCCAGTTTCATCT
GAAGTCTTAGTGGTAAACACGGTTCTTGAAGCATGGCACGGACCATCTCTTGTCCCGGAG
AAGCTGAGTAAACAAAAGGAACTTGTGGATTTTGTGGAAACAATCCTAGGCTTGGTTCCA
TGCAACTACCCGCTGGCTTTGTCTGTAATTAAGCTGTTAAGGAAAGAAGAGGACTCTGGT
CCCTCGGGTATACATTTCTGGGCAGGTCTGAATCTGGTGAATGCAGTTTCTTGTGCAATG
CCGGTAGCTCCCGAGTATATATGGGTGGAGGCTGGAGAGATATTGAGCAATACC

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DS 

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TCCCGGAGAAGCTGAGTAAACAAAAGGAACTTGTGGATTTTGTGGAAACAATCCTAGGCT
TGGTTCCATGCAACTACCCGCTGGCTTTGTCTGTAATTAAGCTGTTAAGGAAAGAAGAGG
ACTCTGGTCCCTCGGGTATACATTTCTGGGCAGGTCTGAATCTGGTGAATGCAGTTTCTT
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CCAACGGTTTCAAGACGAGAGCAGAGAGGTTCTTGAGTAAAGCGGTGTCTGTATATCCAA
TGTCTGTGAAGCTATGGAGATGTTATGGGAGTGTAGCTAGAAGTATAGAAGAGAAAAGAG
GCGTTAGGATTGAAGAAGAAGCTAGAAAGAAAGGAATCACTATGGTGGATTGATATTTGA
AAAGGCGACTCTATTGTGTTTTTTTCCCTTTACATAGCTAGAACACACTAAGAGGGAACA
TAGTAACGAAGAAAATGGGAATACAGTTTTAGAGAAGGAGCAAGTGAATACTGATTGTTA
TACTTTTGGTCAGTTTCTAGCATAAGCTTTTTTTTGTTTGTTATACAACTGTAATTGACC
ATGCTATTGCATCTTGGTACTTAATGTATCACGTTGGATGAAGGTTTTATCATGACTTGG
TGTTCCCTCCTTAATGTACTTCAATTCAACTTATTTCCCTACG

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B728JQ C 1
AF RR3B728TF U 1
BS 1 643 RR3B728TF

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TATTCTGATTAGGTATGATAGGACACTGCTTGTGGCGGATCCGAGGAGGTGCGAGCCGAA
GAAGTTTGGTGGTCGTGGTGCTCGTTCTCGTTTCCAGAAGAGTTACCGTTGAGAGCTTGG
TTTTGTTTTTGTTTCGGTCGTTGCAAGGTTTGTTTTTTTTGGGAGTGATGAGTATGATGG
AGTTGTGAGACTTTTTAGAGTATCATTTTCGGTTCTTATGCTTTATTTGGATTATGTCTG
ACGATGTTTACCTCTTTGCTATCATTTTCGGTTCTTATGCTTT

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DS 

RD RR3B728TF 643 0 0
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TCAATGCTTCGGAAGGAAGAAGACAGCAGTCGCCGTCACCCACTGCAAACGCGGATGCGG
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TATTCTGATTAGGTATGATAGGACACTGCTTGTGGCGGATCCGAGGAGGTGCGAGCCGAA
GAAGTTTGGTGGTCGTGGTGCTCGTTCTCGTTTCCAGAAGAGTTACCGTTGAGAGCTTGG
TTTTGTTTTTGTTTCGGTCGTTGCAAGGTTTGTTTTTTTTGGGAGTGATGAGTATGATGG
AGTTGTGAGACTTTTTAGAGTATCATTTTCGGTTCTTATGCTTTATTTGGATTATGTCTG
ACGATGTTTACCTCTTTGCTATCATTTTCGGTTCTTATGCTTT

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 2

CO CL7083Contig1 693 2 2 U
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TTGAAACACACCAAATTTTAGCAGAAAAAGAAAATTATTCTTGAAACAACAGACTCGATT
TTTGAATTCTCTTTGAAGATGTGAATTGGTCGAAACAATAAATGGATCGATATACATCGA
TTTATCAGGAGGAAGTTTCGGAAGGATTAAACTTAAGAGAAACACTGTTGACGCAGTGAC
GCTCATCTTTAGCCGTGGGGAAACCTTCTCCTTTGAAAACATGACCTAAATGTCCATCAC
ATTTTGCGCATGTGATCTCAACTCTTCTCCCATCTGGCTCCAGAGTTTGTTTAATGGCAC
CGGGAATAGCGTCGAAAAAGGCAGGCCAGCCACAGCCAGAGTCGAACTTGGTGGTGGACT
TATAAAGAGGAGTTGCACAGCCAGCACACGCATACGTTCCTTCGTCGAACAGTTTATTAT
ATTCTCCTTTGAATCGGGCTTCTGTGCCCTTTTCCCTGAGAACTTTAAATTGTTCAGGAG
ACAGAACCGCACGCCACTCATCATCAGGCTTCTGGACAGATCCAGTTAATGGAGCTGCCA
ATGTTGCTGTCGTTGCCATGGTAAGAAGAGGCTTTAAGGGCGACAGAGAGATGATCTGAT
TTCTACGAAAATGAAGAATTGATTTCTGAGTCC


BQ
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AF RR3C183TF C 1
AF RR3C183JQ U 8
BS 1 7 RR3C183TF
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RD RR3C183TF 693 0 0
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TTTATCAGGAGGAAGTTTCGGAAGGATTAAACTTAAGAGAAACACTGTTGACGCAGTGAC
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CGGGAATAGCGTCGAAAAAGGCAGGCCAGCCACAGCCAGAGTCGAACTTGGTGGTGGACT
TATAAAGAGGAGTTGCACAGCCAGCACACGCATACGTTCCTTCGTCGAACAGTTTATTAT
ATTCTCCTTTGAATCGGGCTTCTGTGCCCTTTTCCCTGAGAACTTTAAATTGTTCAGGAG
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TTCTACGAAAATGAAGAATTGATTTCTGAGTCC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3C183JQ 686 0 0
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TCTCTTTGAAGATGTGAATTGGTCGAAACAATAAATGGATCGATATACATCGATTTATCA
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CGCACGCCACTCATCATCAGGCTTCTGGACAGATCCAGTTAATGGAGCTGCCAATGTTGC
TGTCGTTGCCATGGTAAGAAGAGGCTTTAAGGGCGACAGAGAGATGATCTGATTTCTACG
AAAATGAAGAATTGATTTCTGAGTCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AX06JQ C 1
AF RR3AX06TF U 1
BS 1 647 RR3AX06TF

RD RR3AX06JQ 647 0 0
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GCCAAAAATCTCCGCTTGCTTCCGCCGGTGATGCTCCGTGCTTTATTTACTAGCTTCTCG
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AGTGGACTCTTCTGGGTGAAAGGCGGACCAGGAACTTGCCAAGCCTGCTTCGCCAATTAG
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QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3AX06TF 647 0 0
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AAGATTAAACTTTTATGTCTTTGAAAGTCTTTTTTATCTTTTTTTTGGGGATTTCTTTGA
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ATCTTCCTTGTGTCATTATCTTGGTATGAATATTCACATACTTACCG

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

CO CL7085Contig1 706 2 2 U
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TTTCTTGGAACGATATCATGCTATAGTTAATTCATTGATTTTCTTT


BQ
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AF RR3EN78TF U 1
AF RR3EN78JQ C 1
BS 1 644 RR3EN78TF
BS 645 706 RR3EN78JQ

RD RR3EN78TF 644 0 0
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CCATAGCTCTTGGCTTCCTCCTTCTTATCTCCACAATCATCCTCTCTTCCTACATCTGTT
GCCGCGCCTCCCGCCTCCGCTTTTCTGCCTCCGCAAATGGAGATTCTTCTTTCGGTTTCG
GTAACCGTAGCATAATCGTCCCAAGAATCATATTCGTAGCCGAAGACGCCGATCTAGAGT
CAGCTGTTTCTGGTAACGTCGTTGTAGGTGGACTTGATCAACCGATCATCAACTCTTACC
CTAAATTCCCTTACACTAAAGGTATCGTCGTTGCCGCATCCGGTGATGGATTTCAAGGCG
GAGACGGGGAAGGAGGAGATACAACGTGTTCTATATGTTTATGTGAGTATATGGAAGAAG
AGATGTTACGGATGATGCCCGAGTGTAGACACTACTTCCATGTTTCTTGTCTTGACGCTT
GGCTTAAGCTCAATGGATCTTGTCCCGTTTGCCGTAATTCTCCACTTCCGACTCCGCAAT
CGACGCCTCAGTCGACTCCATTATCGGAAGTTGTGCCGTTGTCTCAATACGCCGCCGATC
GGAGAAGAAGATAATTTTTTTTTTGTATGGATACGTTGCATTTA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3EN78JQ 706 0 0
GTCCGCCTCCCGTCCCTATCCCTACATATATAACTAGCCTCGGTCTTGGCTACTCCATAG
CCATAGCTCTTGGCTTCCTCCTTCTTATCTCCACAATCATCCTCTCTTCCTACATCTGTT
GCCGCGCCTCCCGCCTCCGCTTTTCTGCCTCCGCAAATGGAGATTCTTCTTTCGGTTTCG
GTAACCGTAGCATAATCGTCCCAAGAATCATATTCGTAGCCGAAGACGCCGATCTAGAGT
CAGCTGTTTCTGGTAACGTCGTTGTAGGTGGACTTGATCAACCGATCATCAACTCTTACC
CTAAATTCCCTTACACTAAAGGTATCGTCGTTGCCGCATCCGGTGATGGATTTCAAGGCG
GAGACGGGGAAGGAGGAGATACAACGTGTTCTATATGTTTATGTGAGTATATGGAAGAAG
AGATGTTACGGATGATGCCCGAGTGTAGACACTACTTCCATGTTTCTTGTCTTGACGCTT
GGCTTAAGCTCAATGGATCTTGTCCCGTTTGCCGTAATTCTCCACTTCCGACTCCGCAAT
CGACGCCTCAGTCGACTCCATTATCGGAAGTTGTGCCGTTGTCTCAATACGCCGCCGATC
GGAGAAGAAGATAATTTTTTTTT*GTATGGATACGTTGCATTTATTAGAATATATTTATC
TTTCTTGGAACGATATCATGCTATAGTTAATTCATTGATTTTCTTT

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL7086Contig1 889 2 14 U
GCCAATGGCAAAGCACTATTGCAGCATTTGCAAACTTTTCGATGATGAAAGAGCTGTTTA
CCTCTGTCCACTCTGCAACCTTTGCCGGGTCGGTTAGGGACTAGGAATCGATTATTTTCA
TTGCATGACATGTAACTGTTGCCTGGGGATGAAGTTAGTAAACCACAAGTGCCTCGAGAA
AAGCCTCGAGACAAATTGCCCCATATGCTGTGAATTTCTTTTCACATCGAGTGAAGCAGT
CAGAGCATTACCATGTGGTCACTACATGCACTCAGCTTGCTTCCAGGCTTACACATGCAG
CCATTACACATGTCCTATCTGTGGAAAATCATTAGGAGATATGGCTGTTTATTTCGGTAT
GCTTGATGCACTGTTAGCTGCCGAAGAACTTCCAGAAGAATACAAAGATCGCTGCCAGGA
CATTTTATGTAATGACTGTGAACGCAAAGGAACGACACGGTTCCATTGGTTGTACCATAA
ATGCGGCACCTGCGGTTCTTACAACACCCGTGTGATCAGATCAGAAACAACAACCCTCCC
AGACTGCTCAACCTCATCCTGAAAACAACATGAGAGGGTGTTCACTTTTATTTATTTTGT
TGGTTTCACTCTCTGTTTCGCACAACGATGTGGTGAAGAAAGTTTCTTATAACAAAAAGG
CCCGTTGATAGTACTTTTATTTGTATAGTTTTTTGAGATGTTAAAGATTTTTTTGAAGAG
TCTTATATTAGGTTACCGCTATACATTTTGGCTTTTGGGCTAAAGCTCTCTTGTTTGTGG
ACCATCCCGTATCATGCCCTCCTGTCTTCACATCTGTTATTTGTTATTTGTTTTCCTTGC
ATAAGCTGAGACTTCTTTGAAGGATGTAAATATTTGCAATTTTATTGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CC93TF U 1
AF RR3CC93JQ C 126
BS 1 659 RR3CC93TF
BS 660 660 RR3CC93JQ
BS 661 693 RR3CC93TF
BS 694 694 RR3CC93JQ
BS 695 713 RR3CC93TF
BS 714 716 RR3CC93JQ
BS 717 731 RR3CC93TF
BS 732 732 RR3CC93JQ
BS 733 755 RR3CC93TF
BS 756 756 RR3CC93JQ
BS 757 782 RR3CC93TF
BS 783 783 RR3CC93JQ
BS 784 800 RR3CC93TF
BS 801 889 RR3CC93JQ

RD RR3CC93TF 800 0 0
GCCAATGGCAAAGCACTATTGCAGCATTTGCAAACTTTTCGATGATGAAAGAGCTGTTTA
CCTCTGTCCACTCTGCAACCTTTGCCGGGTCGGTTAGGGACTAGGAATCGATTATTTTCA
TTGCATGACATGTAACTGTTGCCTGGGGATGAAGTTAGTAAACCACAAGTGCCTCGAGAA
AAGCCTCGAGACAAATTGCCCCATATGCTGTGAATTTCTTTTCACATCGAGTGAAGCAGT
CAGAGCATTACCATGTGGTCACTACATGCACTCAGCTTGCTTCCAGGCTTACACATGCAG
CCATTACACATGTCCTATCTGTGGAAAATCATTAGGAGATATGGCTGTTTATTTCGGTAT
GCTTGATGCACTGTTAGCTGCCGAAGAACTTCCAGAAGAATACAAAGATCGCTGCCAGGA
CATTTTATGTAATGACTGTGAACGCAAAGGAACGACACGGTTCCATTGGTTGTACCATAA
ATGCGGCACCTGCGGTTCTTACAACACCCGTGTGATCAGATCAGAAACAACAACCCTCCC
AGACTGCTCAACCTCATCCTGAAAACAACATGAGAGGGTGTTCACTTTTATTTATTTTGT
TGGTTTCACTCTCTGTTTCGCACAACGATGTGGTGAAGAAAGTTTCTTATAACAAAAAG*
CCCGTTGATAGTACTTTTATTTGTATAGTTTTT*GAGATGTTAAAGATTTTTT**GAGAG
TCTTATATTAG*TTACCGCTATACATTTTGGCTTT*GGGCTAAAGCTCTCTTGTTTGTGG
AC*ATCCCGTATCATGCCCT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3CC93JQ 764 0 0
TGACATGTAACTGTTGCCTGGGGATGAAGTTAGTAAACCACAAGTGCCTCGAGAAAAGCC
TCGAGACAAATTGCCCCATATGCTGTGAATTTCTTTTCACATCGAGTGAAGCAGTCAGAG
CATTACCATGTGGTCACTACATGCACTCAGCTTGCTTCCAGGCTTACACATGCAGCCATT
ACACATGTCCTATCTGTGGAAAATCATTAGGAGATATGGCTGTTTATTTCGGTATGCTTG
ATGCACTGTTAGCTGCCGAAGAACTTCCAGAAGAATACAAAGATCGCTGCCAGGACATTT
TATGTAATGACTGTGAACGCAAAGGAACGACACGGTTCCATTGGTTGTACCATAAATGCG
GCACCTGCGGTTCTTACAACACCCGTGTGATCAGATCAGAAACAACAACCCTCCCAGACT
GCTCAACCTCATCCTGAAAACAACATGAGAGGGTGTTCACTTTTATTTATTTTGTTGGTT
TCACTCTCTGTTTCGCACAACGATGTGGTGAAGAAGGTTTCTTATAACAAAAAGGCCCGT
TGATAGTACTTTTATTTGTATAGTTTTTTGAGATGTTAAAGATTTTTTTGAAGAGTCTTA
TATTAGGTTACCGCTATACATTTTGGCTTTTGGGCTAAAGCTCTCTTGTTTGTGGACCAT
CCCGTATCATGCCCTCCTGTCTTCACATCTGTTATTTGTTATTTGTTTTCCTTGCATAAG
CTGAGACTTCTTTGAAGGATGTAAATATTTGCAATTTTATTGTA

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL7087Contig1 639 2 1 U
GGACTCTTTAACAGTTCCCTGCAGACCATTACTCAATAATCATCGTCTCTTGGTGACAGA
AGAGAAAAAGTTTAAGCAAAAAAAATGGCAGCACAAGCGCTTGTGTCTTCTTCACTTACC
TCCTCTGTTCAGACAGCTAGACAGATATTCGGCACAAAACCAGCTGTGTCCGTATCACAG
AGGAAGTTGGTTGTTAAGGCTGCCTCAACTCCACCTGCCAAGCAAGGAGCAAACAGGCAA
TTGTGGTTTGCATCATCACAGAGTCTCTCTTACTTGGAAAAGACGAGAAGTCGATGAAGG
AGTTGAAACTCAAGGAGGTCAAGAACGGTAGACTGGCAATGCTCGCCATCCTTGGCTATT
TTATCCAGGGACTAGTGACCGGTGTGGGACCTTACCAGAACCTTCTTGATCATTTGGCGG
ATCCCGTCAACAACAATGTCTTGACCAGCCTCAAGTTCCACTGAGGTGATCATAACATAT
CATATCATACCATCCCATGGTGTTGTCTGTTGGTCTCCCATTCTCTTGTATCCTACAGTC
TTGTTTCTTTCTCTTTGGTACCATCAGTTTCTTTGTGTTGTAACACCATGTGTAAACATA
TTCGTCTTTTGTAAGAAATGACAATATCATTGGCCATAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DG31JQ C 1
AF RR3DG31TF U 1
BS 1 639 RR3DG31TF

RD RR3DG31JQ 639 0 0
GGACTCTTTAACAGTTCCCTGCAGACCATTACTCAATAATCATCGTCTCTTGGTGACAGA
AGAGAAAAAGTTTAAGCAAAAAAAATGGCAGCACAAGCGCTTGTGTCTTCTTCACTTACC
TCCTCTGTTCAGACAGCTAGACAGATATTCGGCACAAAACCAGCTGTGTCCGTATCACAG
AGGAAGTTGGTTGTTAAGGCTGCCTCAACTCCACCTGCCAAGCAAGGAGCAAACAGGCAA
TTGTGGTTTGCATCATCACAGAGTCTCTCTTACTTGGAAAAGACGAGAAGTCGATGAAGG
AGTTGAAACTCAAGGAGGTCAAGAACGGTAGACTGGCAATGCTCGCCATCCTTGGCTATT
TTATCCAGGGACTAGTGACCGGTGTGGGACCTTACCAGAACCTTCTTGATCATTTGGCGG
ATCCCGTCAACAACAATGTCTTGACCAGCCTCAAGTTCCACTGAGGTGATCATAACATAT
CATATCATACCATCCCATGGTGTTGTCTGTTGGTCTCCCATTCTCTTGTATCCTACAGTC
TTGTTTCTTTCTCTTTGGTACCATCAGTTTCTTTGTGTTGTAACACCATGTGTAAACATA
TTCGTCTTTTGTAAGAAATGACAATATCATTGGCCATAG

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3DG31TF 639 0 0
GGACTCTTTAACAGTTCCCTGCAGACCATTACTCAATAATCATCGTCTCTTGGTGACAGA
AGAGAAAAAGTTTAAGCAAAAAAAATGGCAGCACAAGCGCTTGTGTCTTCTTCACTTACC
TCCTCTGTTCAGACAGCTAGACAGATATTCGGCACAAAACCAGCTGTGTCCGTATCACAG
AGGAAGTTGGTTGTTAAGGCTGCCTCAACTCCACCTGCCAAGCAAGGAGCAAACAGGCAA
TTGTGGTTTGCATCATCACAGAGTCTCTCTTACTTGGAAAAGACGAGAAGTCGATGAAGG
AGTTGAAACTCAAGGAGGTCAAGAACGGTAGACTGGCAATGCTCGCCATCCTTGGCTATT
TTATCCAGGGACTAGTGACCGGTGTGGGACCTTACCAGAACCTTCTTGATCATTTGGCGG
ATCCCGTCAACAACAATGTCTTGACCAGCCTCAAGTTCCACTGAGGTGATCATAACATAT
CATATCATACCATCCCATGGTGTTGTCTGTTGGTCTCCCATTCTCTTGTATCCTACAGTC
TTGTTTCTTTCTCTTTGGTACCATCAGTTTCTTTGTGTTGTAACACCATGTGTAAACATA
TTCGTCTTTTGTAAGAAATGACAATATCATTGGCCATAG

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL7088Contig1 886 2 2 U
GGACGAAAACATTTTCAATTTGAAAAAAAAAACACATAACATCAAATTTTACTTTTCTCT
TTCTTTCTTTCATCGTTTCACAGTCTACAAAAATGGAAGGAAGACAATACTACCCTCCAA
GAGAAACCATCGACGGAAACAGAACCACCATGGGAGGACCTCACTCGCCGTGGCATTCAC
CGGTTCCTTATCTCTTCGGTGGTTTAGCCGCGATGCTTGGTCTCATCGCCTTTGCTCTCC
TAATCCTCGGTTGCTCTTATTGGCGCCTCTCTGGTTACTTCGACGGTGAGGAAAACCAGA
GCAGAGACAGCGATCTTGAAGCCGGAGATTTGAAGCCCGATAAAGCGGTGAAGGCTGTAG
CTTTGCCGGAGAAGTTCTTGGTGATTATGGCCGGAGATGTAAATCCCACGTACTTGGCGA
CGCCGGCGGAAAAAAGCTGTACTTGTGACGATGATGAAGACGAGGAGGGTGGTGTTGACG
TGAGGGGTAGTGATCAGGTGGTGCGGCGGAGTACTGAAAGCAACGGTGGGACACATTGAG
AAACAGAGTACCCGAAGAGAAGAAACAGAGGATCGTCTATTGTGAACAGTTCTTTAGACT
GTTTGTATCTGACCCGGTTGCTTCTGGATATCGGGTCGGGTCAGAGCTCTACATGATGAG
CTTTAATTATAGTCTGACTCATAAAGTGGCAGAAGAACTATTTATAAAAAAGTAAATTGG
AATTGAGTTTGGATCTTTAGGAAGGTATTAACAATGTTATTTAATCTTAGCTTTTGCTTC
ATTAAGTTGATTAGGCTTTTTTGTTTTTAAATTTGTAATTAGTTTGTAATTCATTAGTAT
TGTTCCATTTTTAAGTTATGATGAATATATCCAAGAAACTTTTTTG


BQ
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CTTTGCCGGA

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TTTTTG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 0 0

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CAAGACAAAGGAAGTTACATGTAAAAGGGGTACCAAGCCTAATAACCTTGATATTTCAAA
CACTTAAACTACTCCCAAAACCTTTTAAGTTGGGAGAATTACAAGCTTATCATCACGGAT
GAGACTTACCACCGTGGCCCAAAGCGGCAACTTCACCATTATCACCACCACTACCACCAC
CACCTCCAGACCGACCATTTCCGCTTCCATAACCATACCCACCACCACGTGGGAGATCTA
CCTGAGCCTGACCCGTAACCCCATCCGGATCCAGGAGCAGAACCCCAACCCCAGTTGTAC
TCCCAGTTAGGCCCACGACCCGACCCACTTTCCCCTTGGGTGTTTTGGCCTGGTGACATG
TTACCTTTTGACCATGCTAATGGACGAGAAACGGAAGTCTTGACAGTAATTAAAAAGAAC
AAAATCAACAAGAGCCCTTTGATCATTTTCTAATTTTGTTGGTACGTTTTTTATATATGT
TCTTTTACTTCTAAATCTTGTTTTGCTATCC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3CF08JQ 686 0 0
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TTACCACCGTGGCCCAAAGCGGCAACTTCACCATTATCACCACCACTACCACCACCACCT
CCAGACCGACCATTTCCGCTTCCATAACCATACCCACCACCACGTGGGAGATCTACCTGA
GCCTGACCCGTAACCCCATCCGGATCCAGGAGCAGAACCCCAACCCCAGTTGTACTCCCA
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TTTTGACCATGCTAATGGACGAGAAACGGAAGTCTTGACAGTAATTAAAAAGAACAAAAT
CAACAAGAGCCCTTTGATCATTTTCTAATTTTGTTGGTACGTTTTTTATATATGTTCTTT
TACTTCTAAATCTTGTTTTGCTATCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CATTGGTCCCAGTTCATATTTGCCTTCAAATCCGAGCTCGAGAGTATATCCAGCCACCAT
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CGCAGGACCAAGCGTCCTCAGCACCTGGATCAGATCAACAGCCGAGGTGAGGTGAGGTCT
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BQ
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AF RR3EM79JQ C 1
AF RR3EM79TF U 1
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BS 639 656 RR3EM79JQ

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TGGTTTGTAGATACCAGTTTGATTAGCAAATTCAAAAATGCTGGAAATATTGGTGT

QA 1 656 1 656
DS 

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TGCCTTTGACGATGGAAGTGTGAGTATCTTGACGGCAACAACGTTGCAACTCAAGTGCCG
CATTGGTCCCAGTTCATATTTGCCTTCAAATCCGAGCTCGAGAGTATATCCAGCCACCAT
AGCAGCCCATCCCTCTGAACCAAATCAATTTGCAGTTGGACTTACTGATGGTGGGGTTCA
CGTGATCGAACCACCAGGACCAGAAGGGAAGTGGGGAACGTCTCCACCGCCAGAGAACGG
CGCAGGACCAAGCGTCCTCAGCACCTGGATCAGATCAACAGCCGAGGTGAGGTGAGGTCT
GATTTAGTAAGCTCCGCACCACCATGATGCAGCCTCCTAAGTTATTATTTATAGACTTTG
AGAGGAGAGCTCCGCGATTTGTAGGGTTATATATTGTCTTTACTCATTCATAGTAGGTGA
AAGGTGAGTGAAGCAGTAGTGTCTTCCATAAAGTCTAGTGCTTTTATTTTTAAAATGGTT
TCTTTTGAGATCTATTCTTATCATCAGATAGTTTCTTTCCCAACAATATGTTTTTAGATT
TGGTTTGTAGATACCAGTTTGATTAGCAAATTCAAAAA

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

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CACCAGTGCTACCGCCACTGCTGCTACTACCACCACCGGTGGAGTTTTTGCTGCCGCTAC
TACTACCACCACCTGAGGAGGAGGAGGTCTTGATCCCGAGGGAGTAAACGGGAGTTCCGT
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TGCTCATCATCATCTTGATAAGATTTCCATTGTACTTGCGTGCATTGTCGCAGTCGGCAC
CAACCTCCTGAGGGTCGCCGTTGGAGGGCCATCCGGTCTCGGAGACAACGATGGGGACTT
TCTTGTAGGTGATGCCGACGGCGTCAAGGGCGTGGTAGACGGCGTCAACCTGGGCGAAGA
GCATGTTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A447JQ U 1
AF RR3DE75JQ U 43
BS 1 485 RR3A447JQ
BS 486 486 RR3DE75JQ
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TGCTCATCATCATCTTGATAAGATTTCCATTGTACTTGCGTGCATTGTCGCAGTCGGCAC
CAACCTCCTGAGGGTCGCCGTTGGAGGGCCAT
T

QA 1 692 1 692
DS 

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CATTGTCGCAGTTGGCACCAACCTCCTGAGGGTCGCCGTTGGAGGGCCATCCGGTCTCGG
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QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL7094Contig1 1017 2 4 U
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AGATCGATCGGATCATCAACAACACCATCGACAAAGTCCTTGTGCTTCGTTTCGGCCGTC
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CTGAAACCCGGGTACTGCTCCCGTTCAAGAGTTCTGGTGCCATCCATGGAAGTGTTC


BQ
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AF RR3GT13TF U 1
AF RR3GC24JQ U 478
BS 1 501 RR3GT13TF
BS 502 502 RR3GC24JQ
BS 503 581 RR3GT13TF
BS 582 1017 RR3GC24JQ

RD RR3GT13TF 581 0 0
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AGATCGATCGGATCATCAACAACACCATCGACAAAGTCCTTGTGCTTCGTTTCGGCCGTC
TCTCCGACGAAAACCGTCTCCTTCTTGATGACATTCTCGAGAAATCGGCGAGAGATGTCT
CGAAATTCGCTACTGTAGCTTTGGTGGACGTTGATTCGGACCAAGTTCAGGTTTACGTCA
ACTACTTCGACATCACTCTGTTCCCTTCAACCATCTTCTTCTTCAACGCTCATCACATGA
AACTTGATTCTGGAACTGCGGATCACACCAAGTGGGTAGGTAAATTCCACGAGAAACAAG
GCTTTATTGATGTCGTTGAGGTAATATTCAGAGGAGCGATGAAAGGGAAGATGATTGTTC
ACTGTCCGCTACCTCCCGAGAGAATACCAAAGTACCAACTTTTATACAAAGACGTGTAAA
ACAAAACTGAGTTTATTGTTCTTTTTCACTTGCAAACTCTCTTTCTCCATCCCCCTTATG
TTTGGACACAATAACATTTACATGACAAATTTCGAGATTTA

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3GC24JQ 540 0 0
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ATGTTTGGACACAATAACATTTACATGACAAATTTCGAGATTTACATATATGTTTTTTTT
TTGTACAGAATGAGATTAAATATATGAAGAATGTGAACTTAAAGTCTTAAACCCGTTTCT
TTGATTCTCTGAAACGTCTTCAGGGCTTGTTTTCTCTTTTCTTGCTTTTAGTGACTAGTT
CCATTGACATGGATCGAAGTCTGCTTGTTATCTCGGTGAAGGGAGGACGAGCATCCGGGT
CTATGTCCCAGCATTGTTCCATCAGCTTTTTCCATTCCGCAAAACATGTTTTTGGTATCG
GAGGTCGAAGCGTGTTCTTCACTATCCCACCAATGATAGCTCCACAATGCATATCTGCAT
AAGGTTCCTCTCCTGTTAGAATCTCCCATAGGCAGATCCCATATGAAAATACATCAACTT
TCTCTGAAACCCGGGTACTGCTCCCGTTCAAGAGTTCTGGTGCCATCCATGGAAGTGTTC

QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 2

CO CL7095Contig1 1351 2 4 U
GGGAACAGTGCTTGGTTTGTTTGAAGACAGCAGGTATAAGTCTGAATCAAAGAAACCATC
TCTCAAATCTGTAGATATCATTGGCTTTGGAACTGGACCCGAACTAGAGAAGAAGCTTAA
GTATGCTCAAGATGTTTCTTATGGCGTGATTTTCGGGAGAGAACTCTTTAATTCACCAGC
CAACGTTCTCACCCCTGCTGTACTAGCTGAGGAGGCCTCAAATCTGGCTTCCATGTACAG
TGATGTCATGACTGCAAACATCTTGAATGAGGAGCAATGCAAATAGTTGAAGATGGGTTC
ATATCTCGCTGTTGCTGCTGCTTCAGCTAATCCACCTCGTTTCATCCACCTTGTCTACAA
ACCTTCTAGTGGCCCTGTCAAGACTAAGCTTGCTCTTGTTGGAAAAGGATTGACATTTGA
CAGTGGTGGCTACAACGTTAAGACCGGACCAGGTTGCTTAATTGAGCTCATGAAATTTGA
TATGGGAGGTTCAGCTGCTGTTCTTGGCGCTGCAAAGGCCATTGGTCAAATTAAGCCTCC
CGGTGTTGAGGTGCACTTCATCGTCGCAGCGTGTGAGAATATGATAAGCGGTACTGGAAT
GAGACCTGGAGATGTTCTCACAGCCTCAAACGGAAAGACAATCGAGGTTAACAACACAGA
TGCCGAAGGGCGACTAACACTGGCAGATGCTCTGGTTTATGCTTGCAACCAGGGCGTCGA
TAAGATTGTTGACCTTGCAACGTTGACTGGAGCTTGTATTATTGCTCTTGGGAATTCCAT
GGCAGGCATATATACGCCTAGTGATGAGCCTGCAAAGGAAGTAATTGCTGCATCAGAAAG
AAGTGGAGAGAAGCTATGGAGAATGCCGATGGAAGAGAGTTACTGGGAGATGATGAAATC
AGGTGTTGCAGATATGGTTAACACTGGAGGCCGTGCAGGTGGTTCTATCACGGCGGCTCT
CTTCTTGAAACAGTTTGTGGACGAGAAGGTAGAGTGGATGCACATAGATATGGCTGGACC
GGTGTGGAACGAGAAGAAGAAAGCTGCGACTGGGTTTGGAGTTGCAACACTCGTTGAGTG
GGTACAAAACAATTTTTCTTCTTAATTAGAAACCTCATGTCGACCAATCATTGTGCTTCC
GAATAATTTACTTTAGATATTGATGGGCTTATTCCGTTCTCATTGTTTCCTTTTGGCGTC
TCCTTGTTATGGAGAGTCTTCGTGATGAACGCATGATCTATGATAGAGAGTGAGATATAT
GTCAAAGAAACAAAAACTTGGGTTTTTTGGAGCAGAATTTTTAAGCTTCTTCTTCATCTT
AGAACAAAATAAACAATAGTTATTTTCTTCG


BQ
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AF RR3DC78TF U 1
AF RR3DC78JQ C 629
BS 1 669 RR3DC78TF
BS 670 670 RR3DC78JQ
BS 671 734 RR3DC78TF
BS 735 1351 RR3DC78JQ

RD RR3DC78TF 734 0 0
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TCTCAAATCTGTAGATATCATTGGCTTTGGAACTGGACCCGAACTAGAGAAGAAGCTTAA
GTATGCTCAAGATGTTTCTTATGGCGTGATTTTCGGGAGAGAACTCTTTAATTCACCAGC
CAACGTTCTCACCCCTGCTGTACTAGCTGAGGAGGCCTCAAATCTGGCTTCCATGTACAG
TGATGTCATGACTGCAAACATCTTGAATGAGGAGCAATGCAAATAGTTGAAGATGGGTTC
ATATCTCGCTGTTGCTGCTGCTTCAGCTAATCCACCTCGTTTCATCCACCTTGTCTACAA
ACCTTCTAGTGGCCCTGTCAAGACTAAGCTTGCTCTTGTTGGAAAAGGATTGACATTTGA
CAGTGGTGGCTACAACGTTAAGACCGGACCAGGTTGCTTAATTGAGCTCATGAAATTTGA
TATGGGAGGTTCAGCTGCTGTTCTTGGCGCTGCAAAGGCCATTGGTCAAATTAAGCCTCC
CGGTGTTGAGGTGCACTTCATCGTCGCAGCGTGTGAGAATATGATAAGCGGTACTGGAAT
GAGACCTGGAGATGTTCTCACAGCCTCAAACGGAAAGACAATCGAGGTTAACAACACAGA
TGCCGAAGG*CGACTAACACTGGCAGATGCTCTGGTTTATGCTTGCAACCAGGGCGTCGA
TAAGATTGTTGACC

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3DC78JQ 723 0 0
AACGGAAAGACAATCGAGGTTAACAACACAGATGCCGAAGGGCGACTAACACTGGCAGAT
GCTCTGGTTTATGCTTGCAACCAGGGCGTCGATAAGATTGTTGACCTTGCAACGTTGACT
GGAGCTTGTATTATTGCTCTTGGGAATTCCATGGCAGGCATATATACGCCTAGTGATGAG
CCTGCAAAGGAAGTAATTGCTGCATCAGAAAGAAGTGGAGAGAAGCTATGGAGAATGCCG
ATGGAAGAGAGTTACTGGGAGATGATGAAATCAGGTGTTGCAGATATGGTTAACACTGGA
GGCCGTGCAGGTGGTTCTATCACGGCGGCTCTCTTCTTGAAACAGTTTGTGGACGAGAAG
GTAGAGTGGATGCACATAGATATGGCTGGACCGGTGTGGAACGAGAAGAAGAAAGCTGCG
ACTGGGTTTGGAGTTGCAACACTCGTTGAGTGGGTACAAAACAATTTTTCTTCTTAATTA
GAAACCTCATGTCGACCAATCATTGTGCTTCCGAATAATTTACTTTAGATATTGATGGGC
TTATTCCGTTCTCATTGTTTCCTTTTGGCGTCTCCTTGTTATGGAGAGTCTTCGTGATGA
ACGCATGATCTATGATAGAGAGTGAGATATATGTCAAAGAAACAAAAACTTGGGTTTTTT
GGAGCAGAATTTTTAAGCTTCTTCTTCATCTTAGAACAAAATAAACAATAGTTATTTTCT
TCG

QA 1 723 1 723
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7097Contig1 638 2 1 U
GGGATCTCAAAACCAACAAAACAAAAAAAAAAAACTTATTCAAATCCCTAAAAAGATGTC
GACGGAGGAAGAACCCAAGGTCGTGGAGTCGGGAGACGCCGAAGCCGAAGCCACGGTGAC
GACGACGACGGAGAAGAAACCTGCTAAAGCTAAAGCTAAGAAGCCGAAAGTTACTGCGAA
GCCTAAGACGAAGAGTGTAGCTGCTGTTTCGAAGACGAAGGCGGTTGCTGCGAAGCCTAA
GGCGAAGGAGAGACCTGCTAAAGCTTCGAGGACTTCGAGTAGGACATCTCCAGGGAAGAA
GGCTGCTCCTGCTAAGAAAGCGGCTGCTCCTGCGGCTAAGAAAGCTGCGGCGAGTAAGAA
GGTTCCGGCTAAGAGTGCGAAGGTGAAGTCTCCGGCGAAAAGGGCTTCGACGAGGAAGAA
GTGATGATGGTTTAGCTTCTCTTAGGGTTATAAGTCTTTTGTATAATTGAATCGTCTATG
AAGGGGGCTTGTTTTTTTACTTCCAAAGTTTATGTTTTGTTATATTTGTCTTTGGTTTCT
TCTCGAAACCCTTTTATCTTGTAATTTTTGGTTTGTTTGGAATTTTAATAGCTATATGTG
ATGGTTTGCAAATATGTGCTTATGCAATGTGTTCAAGT


BQ
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AF RR3CF72JQ C 1
AF RR3CF72TF U 1
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QA 1 638 1 638
DS 

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TCTCGAAACCCTTTTATCTTGTAATTTTTGGTTTGTTTGGAATTTTAATAGCTATATGTG
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QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

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TCC


BQ
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10 10 10 

AF RR3G520TF U 1
AF RR3G520JQ C 4
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BS 671 699 RR3G520TF
BS 700 783 RR3G520JQ

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QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

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TATTCTCTGTATGGATTTTGAAAGTCG


BQ
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AF RR3F924TF U 18
AF RR3F924JQ C 1
BS 1 18 RR3F924JQ
BS 19 705 RR3F924TF
BS 706 807 RR3F924JQ

RD RR3F924TF 688 0 0
T
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TGCTCTCAAGGCTGCTCAAAGATTGGTTGCATCATCGACCAACATCAAAGTGAAAGGAGT
GGTTTTGCTTAATGTAAGCTTGACGAGGGAAGTAGTCCCAGCTTTTGCAAGAATACTTCT
GCACACATCACTAGGAAAGAAACACCTTGTTCGCCCGCTACTGCGAACTGAGATAGCTCA
GGTGGTGAACCGACGAGCTTGGTATGATCCTGCCAAGATGACAACAGATGTCTTAAAGCT
ATACAAGGCACCGCTCCATGTCGAAGGCTGGGACGAGGCACTTCACGAGATAGGTAGACT
CTCATCCGAGATGGTGCTTTCCACTCAAAATGCACAGTCGCTTCTCAAGGCAGTGGAAAG
CTTACCAGTATTAGTCGTTGCTGGAGCAGAGGACGCACTTGTTCCCCTCAAGTCCTCCCA
AGTCATGGCTTCAAAACTCTTCAACTCTAGGCTAGTAGCAATCTCAGGATGTGGTCATCT
GCCGCATGAGGAGTGTCCAAAGGCGCTTCTTGCAGCCATGACCCCATTCATAAGCAGACT
TGTACTTAGTGACTAGAGAGTGATCACTTCTTGTTGTCTTCTTAGATCACAATCGATTAG
TGGTTTGTGTTTTTTGTCTGCCCCAAA

QA 2 688 2 688
DS 

RD RR3F924JQ 807 0 0
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CATCAAAGTGAAAGGAGTGGTTTTGCTTAATGTAAGCTTGACGAGGGAAGTAGTCCCAGC
TTTTGCAAGAATACTTCTGCACACATCACTAGGAAAGAAACACCTTGTTCGCCCGCTACT
GCGAACTGAGATAGCTCAGGTGGTGAACCGACGAGCTTGGTATGATCCTGCCAAGATGAC
AACAGATGTCTTAAAGCTATACAAGGCACCGCTCCATGTCGAAGGCTGGGACGAGGCACT
TCACGAGATAGGTAGACTCTCATCCGAGATGGTGCTTTCCACTCAAAATGCACAGTCGCT
TCTCAAGGCAGTGGAAAGCTTACCAGTATTAGTCGTTGCTGGAGCAGAGGACGCACTTGT
TCCCCTCAAGTCCTCCCAAGTCATGGCTTCAAAACTCTTCAACTCTAGGCTAGTAGCAAT
CTCAGGATGTGGTCATCTGCCGCATGAGGAGTGTCCAAAGGCGCTTCTTGCAGCCATGAC
CCCATTCATAAGCAGACTTGTACTTAGTGACTAGAGAGTGATCACTTCTTGTTGTCTTCT
TAGATCACAATCGATTAGTGGTTTGTGTTTTTTGTCTGCCCCAAAAGGAAAGAAGTTGGG
GGTGATTTTGAAGTCTCAATTAGCAGCTGTGTATTCATCATGACCAGAGTTATAATGTAA
TATTCTCTGTATGGATTTTGAAAGTCG

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

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AGCAATCACTCCTGCTGGTCAGTCTCACCTGGAAAAGGGGAAAGAAAAGAGGGATGAGCA
ACAGGGGAGTCACTCAGTGAGGTATGGGATGCTAAACCGCAAACCACAGACTCAATATAT
AGCACTACGACCATATAGGCCTAGCTCTAACTCAAAACAAACACAGTGTCTAATACACCA
CATAAAACATCCAGTGCGCTGATAGTACATGCTATTCTATGCACCCCGCATTTCCTCATA
AGGATATATGTATATCTCCAGGCGTACAGTAGTCCATCTCTGCACTCCCACAATCTGCGC
GTCGGCGACTGATACAAACGTCTTTGTACCCCCGCAATCACACTGCTCGTCGGCGGCTTA
CGCAAACGTCTCTGTGCACCCGCAATCACACTGCTCGTCGGCGGCTTACACAAACGTCTT
TGTGCACCCGCAATCCACACAAAAGGACATATTTATATATACATATATATAACAGTTTTA
ACATCACTCAATTCATTCAACCGTTGAATCCTCTATTATCCTATTTCCCGTTTAACAATC
AATGAAAATAATAAACAAACAAGACTCTCAAACAGACTCGATTCACAGAAACAGATCATG
TTTCGAAACTAGACTTTCCATAATAGCAGTACTAAACTAGCTCGGGATTTAAACGGAATA
ACCCTCACCTTAGTCAAACCGGGGATGGAACGGAAATGCTCGAGAAATAATACTTATCCA
ACAAGCCTCGGTTTAAGCTTTATAAAAGAATTATTCGTTGAATAAATAATTCCACGCTGA
CTTCCTACGCATGATAATTAAGGTTATACATTATATATATTTCTTGCAACACAAGAAACA
AGAATCATGCTACTTAAACTCACGCCTTAAACTTCTTGATAACTCACAGTTCAAGATGGT
GGAGATCAGTGCTGATGGTTTGGAGAAGCTACGGCTCTGGCTTTACTTGCGACCTCCCAC
TTGACTTTTCTCACGGTTTGATGAAGATGATGACAGTGGTATTGATACGGCACTAACAAA
CTGGTTCTCCGGTGTTACTCGTTGATGATTACGCCACGTCTACTCTGGATTGCATCTTCT
TATGATGGAGCTTAGATGAGAAGAAGAGAACAGCTTGAGATGGAGATTAGATGGTGATCG
TG


BQ
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10 10 

AF RR3GU32TF U 1
AF RR3GU32JQ C 449
BS 1 765 RR3GU32TF
BS 766 1262 RR3GU32JQ

RD RR3GU32TF 770 0 0
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ACAGGGGAGTCACTCAGTGAGGTATGGGATGCTAAACCGCAAACCACAGACTCAATATAT
AGCACTACGACCATATAGGCCTAGCTCTAACTCAAAACAAACACAGTGTCTAATACACCA
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AGGATATATGTATATCTCCAGGCGTACAGTAGTCCATCTCTGCACTCCCACAATCTGCGC
GTCGGCGACTGATACAAACGTCTTTGTACCCCCGCAATCACACTGCTCGTCGGCGGCTTA
CGCAAACGTCTCTGTGCACCCGCAATCACACTGCTCGTCGGCGGCTTACACAAACGTCTT
TGTGCACCCGCAATCCACACAAAAGGACATATTTATATATACATATATATAACAGTTTTA
ACATCACTCAATTCATTCAACCGTTGAATCCTCTATTATCCTATTTCCCGTTTAACAATC
AATGAAAATAATAAACAAACAAGACTCTCAAACAGACTCGATTCACAGAAACAGATCATG
TTTCGAAACTAGACTTTCCATAATAGCAGTACTAAACTAGCTCGG
ATTTA

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3GU32JQ 814 0 0
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CACTGCTCGTCGGCGGCTTACACAAACGTCTTTGTGCACCCGCAATCCACACAAAAGGAC
ATATTTATATATACATATATATAACAGTTTTAACATCACTCAATTCATTCAACCGTTGAA
TCCTCTATTATCCTATTTCCGGTTTAACAATCAATGAAAATAATAAACAAACAAGACTCT
CAAACAGACTCGATTCACAGAAACAGATCATGTTTCGAAACTAGACTTTCCATAATAGCA
GTACTAAACTAGCTCGGGATTTAAACGGAATAACCCTCACCTTAGTCAAACCGGGGATGG
AACGGAAATGCTCGAGAAATAATACTTATCCAACAAGCCTCGGTTTAAGCTTTATAAAAG
AATTATTCGTTGAATAAATAATTCCACGCTGACTTCCTACGCATGATAATTAAGGTTATA
CATTATATATATTTCTTGCAACACAAGAAACAAGAATCATGCTACTTAAACTCACGCCTT
AAACTTCTTGATAACTCACAGTTCAAGATGGTGGAGATCAGTGCTGATGGTTTGGAGAAG
CTACGGCTCTGGCTTTACTTGCGACCTCCCACTTGACTTTTCTCACGGTTTGATGAAGAT
GATGACAGTGGTATTGATACGGCACTAACAAACTGGTTCTCCGGTGTTACTCGTTGATGA
TTACGCCACGTCTACTCTGGATTGCATCTTCTTATGATGGAGCTTAGATGAGAAGAAGAG
AACAGCTTGAGATGGAGATTAGATGGTGATCGTG

QA 1 814 1 814
DS 



AS 1 2

CO CL7101Contig1 627 2 2 U
GGGTGTTCTTGGGGGGTTGAAGGTGAAGAATGTTGTGACTGGTGATGTTTCTGATTTGAA
GGTGTCTGGTTTGTTCTTTGCGATTGGGCATGAGCCAGCGACGAAGTTCTTGGATGGGCA
GCTTGAGCTTGATGAAGATGGTTATGTTGTGACTAAGCCTGGTACAACTAAGACGAGTGT
GGTTGGTGTGTTTGCTGCTAGAGATGTGCAGGATAAGAAGTATAGGCAGGCCATCACAGC
TGCAGGAACTGGGTGTATGGCAGCCTTGGACGCAGAGCATTACTTACAGGAGATTGGATC
TCAGGAGGGTAAAAGTGATTAGAGAAGGTGTAGGAGAGGACCCATTTATAAGTTGCTCTC
TCCTCTCTTCCTCCTTATTTGCAGTACTGTCACAGATTTATTGGTCAATCTTAATTAGCG
AGTTTGAGTACAATTTAAAGAGTTTGCAGCTGAACTTGATTCTGGAGTTTGTAACTCTTT
AGTGGGTCACAGATTTGAGCATTCTGCTCTTGATTTGTTTCTTCACGCGAGTGCATTTTA
TTTGATTTGATTATGTAAAACTCAGTTTGAGTTGAACCCACTGGATTGGAGTCTCTATTG
GTTTTTGTCTAAAAAAAGGACTACTAG


BQ
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AF RR3GT37JQ C 1
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BS 616 627 RR3GT37JQ

RD RR3GT37JQ 627 0 0
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GTTTTTGTCTAAAAAAAGGACTACTAG

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DS 

RD RR3GT37TF 615 0 0
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GCTTGAGCTTGATGAAGATGGTTATGTTGTGACTAAGCCTGGTACAACTAAGACGAGTGT
GGTTGGTGTGTTTGCTGCTAGAGATGTGCAGGATAAGAAGTATAGGCAGGCCATCACAGC
TGCAGGAACTGGGTGTATGGCAGCCTTGGACGCAGAGCATTACTTACAGGAGATTGGATC
TCAGGAGGGTAAAAGTGATTAGAGAAGGTGTAGGAGAGGACCCATTTATAAGTTGCTCTC
TCCTCTCTTCCTCCTTATTTGCAGTACTGTCACAGATTTATTGGTCAATCTTAATTAGCG
AGTTTGAGTACAATTTAAAGAGTTTGCAGCTGAACTTGATTCTGGAGTTTGTAACTCTTT
AGTGGGTCACAGATTTGAGCATTCTGCTCTTGATTTGTTTCTTCACGCGAGTGCATTTTA
TTTGATTTGATTATGTAAAACTCAGTTTGAGTTGAACCCACTGGATTGGAGTCTCTATTG
GTTTTTGTCTAAAAA

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

CO CL7102Contig1 1052 2 6 U
GGGACGATCCACTAATTCAACTGTCCGAAGATTATAAATGGATCAATTTTTTTGATTTTT
ATTGGAGACTGGGAATAGATGGACTTTCTATAGGAACGATTTTACTTACGGGATTTATTA
CTACTTTAGCTACTTTAGCGGCTTTTCCAGTTACTCGGGATTCCCGATTATTCTATTTTC
TGATGTTAGCAATGTACAGCGGCCAAATAGGATTATTTTCTTCTCGGGATATTTTACTTT
TTTTCATCATGTGGGAACTAGAATTAATTCCCGTTTATCTCCTTTTATCCATGTGGGGTG
GAAAGAAACGTTTGTATTCAGCTACAAAATTTATTTTATACACTGCAGGAAGTTCTATTT
TTTTATTAATAGGAGTTTTAGGTATAAGTTTATATGGTTCGAACGAACCAACATTAAATT
TAGAACTATTAGCGAATCAAGTCTATCCTGTCACACTCGAAATACTATTTTATATTGGAT
TTCTTATTGCTTTTGCCGTCAAATTACCGATTATACCTTTACATACTTGGTTACCTGACA
CCCACGGCGAGGCACATTACAGTACCTGTATGCTTCTCGCTGGAATCTTATTAAAAATGG
GAGCATATGGATTGGTTCGAATCAATATGGAATTATTACCTCACGCTCATTCTATGTTTT
CTCCTTGGTTGATGGTAGTCGGTACAATCCAAATAATTTATGCAGCTTTAACATCTCTCG
GTCAACGTAATTTAAAAAAGAGAATAGCCTATTCTTCTGTATCTCATATGGGTTTTATAA
TTATAGGTATTGGTTCTATAACGGATCCTGGGCTTAATGGAGCTATTTTACAAATAATCT
CTCATGGATTTATTGGCGCTGCACTTTTTTTCTTGGCAGGAACTAGTTATGATAGAATCC
GGCTTGTTTATCTTGATGAAATGGGTGGAATGGCTATCTCCATTCCAAAGATATTTACAA
TGTTCACTATCTTATCGATGGCTTCCCTTGCATTACCGGGCATGAGTGGTTTTATTGCAG
AATTAATCGTTTTTTTGGAATAATTACCAGCC


BQ
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AF RR3DO27TF U 1
AF RR3DO27JQ C 286
BS 1 596 RR3DO27TF
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BS 725 725 RR3DO27JQ
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BS 739 1052 RR3DO27JQ

RD RR3DO27TF 738 0 0
GGGACGATCCACTAATTCAACTGTCCGAAGATTATAAATGGATCAATTTTTTTGATTTTT
ATTGGAGACTGGGAATAGATGGACTTTCTATAGGAACGATTTTACTTACGGGATTTATTA
CTACTTTAGCTACTTTAGCGGCTTTTCCAGTTACTCGGGATTCCCGATTATTCTATTTTC
TGATGTTAGCAATGTACAGCGGCCAAATAGGATTATTTTCTTCTCGGGATATTTTACTTT
TTTTCATCATGTGGGAACTAGAATTAATTCCCGTTTATCTCCTTTTATCCATGTGGGGTG
GAAAGAAACGTTTGTATTCAGCTACAAAATTTATTTTATACACTGCAGGAAGTTCTATTT
TTTTATTAATAGGAGTTTTAGGTATAAGTTTATATGGTTCGAACGAACCAACATTAAATT
TAGAACTATTAGCGAATCAAGTCTATCCTGTCACACTCGAAATACTATTTTATATTGGAT
TTCTTATTGCTTTTGCCGTCAAATTACCGATTATACCTTTACATACTTGGTTACCTGACA
CCCACGGCGAGGCACATTACAGTACCTGTATGCTTCTCGCTGGAATCTTATTAAAA*TGG
GAGCATATGGATTGGTTCGAATCAATATGGAATTATTACCTCACGCTCATTCTATGTTTT
CTCCTTGGTTGATGGTAGTCGGTACAATCCAAATAATTTATGCAGCTTTAACATCTCTCG
GTCA*CGTAATTTAAAAA

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3DO27JQ 767 0 0
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CAGGAAGTTCTATTTTTTTATTAATAGGAGTTTTAGGTATAAGTTTATATGGTTCGAACG
AACCAACATTAAATTTAGAACTATTAGCGAATCAAGTCTATCCTGTCACACTCGAAATAC
TATTTTATATTGGATTTCTTATTGCTTTTGCCGTCAAATTACCGATTATACCTTTACATA
CTTGGTTACCTGACACCCACGGCGAGGCACATTACAGTACCTGTATGCTTCTCGCTGGAA
TCTTATTAAAAATGGGAGCATATGGATTGGTTCGAATCAATATGGAATTATTACCTCACG
CTCATTCTATGTTTTCTCCTTGGTTGATGGTAGTCGGTACAATCCAAATAATTTATGCAG
CTTTAACATCTCTCGGTCAACGTAATTTAAAAAAGAGAATAGCCTATTCTTCTGTATCTC
ATATGGGTTTTATAATTATAGGTATTGGTTCTATAACGGATCCTGGGCTTAATGGAGCTA
TTTTACAAATAATCTCTCATGGATTTATTGGCGCTGCACTTTTTTTCTTGGCAGGAACTA
GTTATGATAGAATCCGGCTTGTTTATCTTGATGAAATGGGTGGAATGGCTATCTCCATTC
CAAAGATATTTACAATGTTCACTATCTTATCGATGGCTTCCCTTGCATTACCGGGCATGA
GTGGTTTTATTGCAGAATTAATCGTTTTTTTGGAATAATTACCAGCC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL7103Contig1 852 2 2 U
CCATTTATCTCCCACTGAATCCACTAGTCAAACATATGCAAAAGTTAAGATAACATGTCA
TATATGATATACATAATAGTCTTGAATTCGAAGGAAGAATCCACTAAGATTATAATGAGA
TGAAAATAACAAAAAATAAAGTTGAAAATCTTTTTGTAAAAAATAGGTTGTTGTCTGTTT
CTTTTAACTTTATGGTTTTCTTTTTTTAGTCTGCAGATTTCATAGAGGAACCGCCTAGTC
CAGAGAACAACTGCCCTAGTCTGCTAACAACTGGGTTCTTCTTCAGGGGCTCCGAGGTTC
TTGCACTATGAGACGGTATCACAATCCCCGAAGCCACTGCTTTCCGCTCTCTAAACGATG
CCCACGTGACCATGTAGAGTCCTAAAATGATGAAAAACCCACCCACAACACTTCCGAGAA
AGATAGGGCTACCGAGAAAGATTCTCGATAGGAAAGCTGATGCAGCAGGCTGGAGAGGAT
TGTAGAGAGCAACCAAGGCAGGACCAATTATCTTATTGGACCAAGTTAACATTCCAAAGT
TTAGTGCTGACGCTACAACTCCTGCATATATAACTGCGAGAACTTCAGCTTGTGTTAGCT
TCCAATCTAATGGCTCCTTTACCATAAAGAAAGCTGTTGTGACCATTAGTACTGTACCGG
AGAAGTATGATAACGCAGCAACCGAAAGATTTGCCGGGTACTTCTTCAAAACCGGCGCCT
GAATAGCAATAAAAGTAGCCATACACATGCAGTTTCCAATCAAGCATAAAACACCAATGT
GCCACTGCTCAAATCCAAGGTCTAGAAAGCCAGTGACCAGCCACCCTGTAGGCTCAGGTT
GACCTTTAGCGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI22JQ U 1
AF RR3AD25JQ U 47
BS 1 750 RR3DI22JQ
BS 751 852 RR3AD25JQ

RD RR3DI22JQ 750 0 0
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TATATGATATACATAATAGTCTTGAATTCGAAGGAAGAATCCACTAAGATTATAATGAGA
TGAAAATAACAAAAAATAAAGTTGAAAATCTTTTTGTAAAAAATAGGTTGTTGTCTGTTT
CTTTTAACTTTATGGTTTTCTTTTTTTAGTCTGCAGATTTCATAGAGGAACCGCCTAGTC
CAGAGAACAACTGCCCTAGTCTGCTAACAACTGGGTTCTTCTTCAGGGGCTCCGAGGTTC
TTGCACTATGAGACGGTATCACAATCCCCGAAGCCACTGCTTTCCGCTCTCTAAACGATG
CCCACGTGACCATGTAGAGTCCTAAAATGATGAAAAACCCACCCACAACACTTCCGAGAA
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TGTAGAGAGCAACCAAGGCAGGACCAATTATCTTATTGGACCAAGTTAACATTCCAAAGT
TTAGTGCTGACGCTACAACTCCTGCATATATAACTGCGAGAACTTCAGCTTGTGTTAGCT
TCCAATCTAATGGCTCCTTTACCATAAAGAAAGCTGTTGTGACCATTAGTACTGTACCGG
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GAATAGCAATAAAAGTAGCCATACACATGC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3AD25JQ 806 0 0
G
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TTGTTGTCTGTTTCTTTTAACTTTATGGTTTTCTTTTTTTAGTCTGCAGATTTCATAGAG
GAACCGCCTAGTCCAGAGAACAACTGCCCTAGTCTGCTAACAACTGGGTTCTTCTTCAGG
GGCTCCGAGGTTCTTGCACTATGAGACGGTATCACAATCCCCGAAGCCACTGCTTTCCGC
TCTCTAAACGATGCCCACGTGACCATGTAGAGTCCTAAAATGATGAAGAACCCACCCACA
ACACTTCCGAGAAAGATAGGGCTACCGAGAAAGATTCTCGATAGGAAAGCTGATGCAGCA
GGCTGGAGAGGATTGTAGAGAGCAACCAAGGCAGGACCAATTATCTTATTGGACCAAGTT
AACATTCCAAAGTTTAGTGCTGACGCTACAACTCCTGCGTATATAACTGCGAGAACTTCA
GCTTGTGTTAGCTTCCAATCTAATGGCTCCTTTACCATAAAGAAAGCTGTTGTGACCATT
AGTACTGTACCGGAGAAGTATGATAACGCAGCAACCGAAAGATTTGCCGGGTACTTCTTC
AAAACCGGCGCCTGAATAGCAGTAAAAGTAGCCATACATATGCAGTTTCCAATCAAGCAT
AAAACACCAATGTGCCACTGCTCAAATCCAAGGTCTAGAAAGCCAGTGACCAGCCACCCT
GTAGGCTCAGGTTGACCTTTAGCGC

QA 2 806 2 806
DS 



AS 1 2

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GGAAAACACCAGCTGAGAGATGCTTCTTGTGGCTTGGCGGGTTCCGTTCATCCGAACTTC
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GCTTGCAGCAGACGTCTCAGCAGGCTGAAGATGCGTTGTCTCAAGGGATGGAGAGTTTAC
AGCAGTCATTAGCCGATACTTTATCTAGTGGATCTCTTGGCTCCAGTTCTTCTGACAATG
TCGCTAGCTACATGGGTCAGATGGCCATGGCAATGGGGCAGTTAGGTACGCTCGAAGGAT
TCATCCGACAGGCTGATAACTTGGGGCTGCAAACACTGCAACAGATGATCAGAGTGTTAA
CAACGCGTCAGTCAGCTCGTGCTCTTCTTGCCATACATGATTATACGTCTCGACTACGTG
CGCTTAGTTCCTTGTGGCTTGCGCGGCCAAGAGAGTGAACACACACAGGAATAGTGCTTT
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CACAAAGCAAAAGGCCTTCTCAGATTCTTCTTACCAAAAGCAATATTTTGGGAAAGAAGA
CTGCAGTTTTTGAAAATGGTTTTCTGATTGTGCTGTGTGTTGTAATCTTTAGCTAATAAG
GTTGTGTAGTTTCTAGAGAGAGAGAGTGATTGTTCATAAATAGATTATCAGTGTAAGGTG
GTAGTAACCAACGTGACAGAAGATAAGATACTTTCAGGAACTTGGATTGTATGATGATCA
TAAGTCAAAAAAGACAAATAAGCCG


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CQ25TF U 1
AF RR3CQ25JQ C 131
BS 1 720 RR3CQ25TF
BS 721 721 RR3CQ25JQ
BS 722 773 RR3CQ25TF
BS 774 865 RR3CQ25JQ

RD RR3CQ25TF 773 0 0
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GGAAAACACCAGCTGAGAGATGCTTCTTGTGGCTTGGCGGGTTCCGTTCATCCGAACTTC
TCAAGCTTCTTGCGAATCAGCTGGAGCCAATGACAGAACGGCAGGTGATGGGCTTAAACA
GCTTGCAGCAGACGTCTCAGCAGGCTGAAGATGCGTTGTCTCAAGGGATGGAGAGTTTAC
AGCAGTCATTAGCCGATACTTTATCTAGTGGATCTCTTGGCTCCAGTTCTTCTGACAATG
TCGCTAGCTACATGGGTCAGATGGCCATGGCAATGGGGCAGTTAGGTACGCTCGAAGGAT
TCATCCGACAGGCTGATAACTTGGGGCTGCAAACACTGCAACAGATGATCAGAGTGTTAA
CAACGCGTCAGTCAGCTCGTGCTCTTCTTGCCATACATGATTATACGTCTCGACTACGTG
CGCTTAGTTCCTTGTGGCTTGCGCGGCCAAGAGAGTGAACACACACAGGAATAGTGCTTT
CCTCAGCTCTATACATAATCTTACAAACTCGATTTGGTAGGGATACTCCTTCCAAGAGAT
CACAAAGCAAAAGGCCTTCTCAGATTCTTCTTACCAAAAGCAATATTTTGGGAAAGAAGA
CTGCAGTTTTTGAAAATGGTTTTCTGATTGTGCTGTGTGTTGTAATCTTTAGCTAATAAG
*TTGTGTAGTTTCTAGAGAGAGAGAGTGATTGTTCATAAATAGATTATCAGTG

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3CQ25JQ 735 0 0
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GACGTCTCAGCAGGCTGAAGATGCGTTGTCTCAAGGGATGGAGAGTTTACAGCAGTCATT
AGCCGATACTTTATCTAGTGGATCTCTTGGCTCCAGTTCTTCTGACAATGTCGCTAGCTA
CATGGGTCAGATGGCCATGGCAATGGGGCAGTTAGGTACGCTCGAAGGATTCATCCGACA
GGCTGATAACTTGGGGCTGCAAACACTGCAACAGATGATCAGAGTGTTAACAACGCGTCA
GTCAGCTCGTGCTCTTCTTGCCATACATGATTATACGTCTCGACTACGTGCGCTTAGTTC
CTTGTGGCTTGCGCGGCCAAGAGAGTGAACACACACAGGAATAGTGCTTTCCTCAGCTCT
ATACATAATCTTACAAACTCGATTTGGTAGGGATACTCCTTCCAAGAGATCACAAAGCAA
AAGGCCTTCTCAGATTCTTCTTACCAAAAGCAATATTTTGGGAAAGAAGACTGCAGTTTT
TGAAAATGGTTTTCTGATTGTGCTGTGTGTTGTAATCTTTAGCTAATAAGGTTGTGTAGT
TTCTAGAGAGAGAGAGTGATTGTTCATAAATAGATTATCAGTGTAAGGTGGTAGTAACCA
ACGTGACAGAAGATAAGATACTTTCAGGAACTTGGATTGTATGATGATCATAAGTCAAAA
AAGACAAATAAGCCG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL7105Contig1 368 2 1 U
GGGGGAGGTAGAGGAGGAGGCGGTGGTCGTGGCAATGGAAGAGGACGTGATGAAAAGGTA
TCTGCAGAGGATCTTGATGCTGAATTGGACAAGTATCACAAGGCGGCAGCAATGGAAACG
AGTTGATAGAAACAACTAAATCCATTGCAAGACTACATGTATTCCTTTTAGTGCATGATA
ATGCTTTTGTATGAGTATGAGATTTAGATTGATATCAATGGTTTGACTTGACACTATCTG
TGGGTTTAGCTATATTATTTTTCTTCTCTTTGTGAGCGTTTTAGCTTTTGCAGTCAAGTT
CAGAGAAACCAGTTCTGTGTGTACCGAGGAATTTAAATCCTTATTTAAGAGTTACATCTT
ACGGGTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AA61JQ C 1
AF RR3AA61TF U 1
BS 1 368 RR3AA61TF

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ACGGGTCC

QA 1 368 1 368
DS 

RD RR3AA61TF 368 0 0
GGGGGAGGTAGAGGAGGAGGCGGTGGTCGTGGCAATGGAAGAGGACGTGATGAAAAGGTA
TCTGCAGAGGATCTTGATGCTGAATTGGACAAGTATCACAAGGCGGCAGCAATGGAAACG
AGTTGATAGAAACAACTAAATCCATTGCAAGACTACATGTATTCCTTTTAGTGCATGATA
ATGCTTTTGTATGAGTATGAGATTTAGATTGATATCAATGGTTTGACTTGACACTATCTG
TGGGTTTAGCTATATTATTTTTCTTCTCTTTGTGAGCGTTTTAGCTTTTGCAGTCAAGTT
CAGAGAAACCAGTTCTGTGTGTACCGAGGAATTTAAATCCTTATTTAAGAGTTACATCTT
ACGGGTCC

QA 1 368 1 368
DS 



AS 1 2

CO CL7106Contig1 881 2 2 U
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CTAGGCACCGGATGCGGAGTCGCCGGCATGGCGTTTCACCTGCTAGGCCTGACGGAGATC
GTGCTCACTGACGTGGTCCAGGTCATGCCGGCGCTCAAGCACAACCTGAAACGCAACAAG
GCGGCGCTCGGGAAGCTCCTGAAGACCTCCGTCGTCTCCTGGAACAACCGGGATCAGATC
TCGGCGCTGAATCCGCCGTTCGATCTGGTCATCGCGGCGGACGTGGTGTACATCGAGGAG
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GCTGACGTGTACATCTTTAGAAAGAAGGCGAAGAAGAGTGAATCGGAATGAAACCTGTTT
CGTTTTCTGTTAAAACATTTACAAATTTGGATGTAACCTTTTATTTTTCTTTACTTATTT
ATTGCCATCAATTTCGAATTAGCTCAAAATTAGTAAACGGACACTATTGTATAACACGGA
TCAGTGAGCAGTTTGGGGGTTGGATTATATTTTACTTGCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G248TF U 1
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DS 

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CAA

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 2

CO CL7107Contig1 844 2 2 U
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AAAAACCCAAGCAATATTCATTATTGTCAATACTCCATTTGCTGAGGGGAATAATAACTA
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TTTACGCGGATGCTTACTTGCCCTGCCCCTCTGTTGTTAAGATTAGCACGGGCAATTAGA
TTAGATGAACGTCCAATGGGCACTTGGGACTGTATATTCCCTCCAATGGCAAGATCACCA
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CCACCACACATAACCATTCTGAACCTTTTATTAGCAATCAACTTTTCTTCTACTTTCACC
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TAAA


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3EN41JQ U 1
AF RR3FU81JQ U 98
BS 1 789 RR3EN41JQ
BS 790 844 RR3FU81JQ

RD RR3EN41JQ 795 0 0
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CTTTAACGTCAATAAGTAAACTGCAACATAATTTTTTAACAAGGCTTTATGCAAAATCCA
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AGGTTTGGGAAACACAATGAAACCACAGCTAAGTTCAAATTAGATAAGGAACGAGCAAGT
GCATTCCAGCTATTTTGAGAAACAGAGGCCTCCTCCAACAAGTTCTTACACTTTTCAACC
CAAAGGGCACCACCATGTTTCTGTTGCAACTCGCACTTAAGCTGTTTCTTGTAGGAAGTG
AAAAACCCAAGCAATATTCATTATTGTCAATACTCCATTTGCTGAGGGGAATAATAACTA
AGTAGTTTCTTGAACAGGGGAACAAGTGCGACCATAGCAAGTTGGAGCTGCTCAGAGCTG
TTTACGCGGATGCTTACTTGCCCTGCCCCTCTGTTGTTAAGATTAGCACGGGCAATTAGA
TTAGATGAACGTCCAATGGGCACTTGGGACTGTATATTCCCTCCAATGGCAAGATCACCA
TGCCAATCCATCACAGAAAGTCCAAGAGTAGACAAGGATCTACCAAGCGGATAATCTTTC
TCTCTAAACTGAGCTTCTAAACTACCGCCATAAGCAACATCTCCTCGACTAGTCATTGCC
CCACCACACATAACCATTCTGAACCTTTTATTAGCAATCAACTTTTCTTCTACTTTCACC
CCCGCAGAC
CCGAAT

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3FU81JQ 747 0 0
AACAAGGCTTTATGCAAAATCCAGAGATAGACAGGGACAAAAACAACTAGGTGTGCTTTT
TTCTACCATAGACCACCACACAAAGGTTTGGGAAACACAATGAAACCACAGCTAAGTTCA
AATTAGATAAGGAACGAGCAAGTGCATTCCAGCTATTTTGAGAAACAGAGGCCTCCTCCA
ACAAGTTCTTACACTTTTCAACCCAAAGGGCACCACCATGTTTCTGTTGCAACTCGCACT
TAAGCTGTTTCTTGTAGGAAGTGAAAAACCCAAGCAATATTCATTATTGTCAATACTCCA
TTTGCTGAGGGGAATAATAACTAAGTAGTTTCTTGAACAGGGGAACAAGTGCGACCATAG
CAAGTTGGAGCTGCTCAGAGCTGTTTACGCGGATGCTTACTTGCCCTGCCCCTCTGTTGT
TAAGATTAGCACGGGCAATTAGATTAGATGAACGTCCAATGGGCACTTGGGACTGTATAT
TCCCTCCAATGGCAAGATCACCATGCCAATCCATCACAGAAAGTCCACGAGTAGACAAGG
ATCTACCAAGCGGATAATCTTTCTCTCTCAACTGAGCTTCTAAACTACCGCCATAAGCAA
CATCTCCTCGACTAGTCATTGCCCCACCACACATAACCATTCTGAACCTTTTATTAGCAA
TCAACTTTTCTTCTACTTTCACCCCCGCAGACACCGAATCACCCAAGAGCGTTACAGAGA
GACAGCTGCAGCTTTGTGTTTCCTAAA

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL7108Contig1 844 2 2 U
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AGCTATGTCGACGTTGCCGAGGCTGATTCGAGCCATGAGAAAGGAAGCTCCCAAGCAGCA
GCAAAGCCTCGTCTTGCCATCTCTGAGAAGAGCTTTCTCTCTCTACGATCAGATCAATCT
CATCGACAACGTTCCAGAGGATCAGCTTCGGTTTCAGGAATTTGATGAGACGAGTTTCAC
GGTGAATGGGGTTAAGTACGATGGCAGCTTGCTCTGTGTTGGGAACTTGCTTATGTCATG
GAGCCCTCGTTGCTTCTCCGAGATCACAACCGATAGCTTGTCAATTTTCCAGACTGTTAG
ACCAGTTCCAGAGCTGTTAATTGTGGGTTGTGGAAGATACAATCATCCAGTGAATCCCCA
AGTCCGTCAGTTTGTGAAGTCAATTGGCATGAAGCTAGAAACCTTGGACTCTAGAAATGC
TGCATCGACTTACAACATACTGAATGAGGAAGGCAGGATAGTGGCGGCTGCGTTGCTTCC
ATATGGAGTTATGCATCCTAACTCTTAACCTCGGCAGAACCAAACTTTGAACAACTCGAG
ATTATCTTTTTTTTTTTTGTTAAAAACACCAGCACGGTCTGTAAATGAAATCTTTCACAC
TTAATTGTTTTTTCGAAACTTTTCTTGTCTTGTCGTAGCTTGAATAAAATTGAGCTTTCT
CTGGAAACAAACAGCAGTTTCCTGCTTTATAACTTAAGTACCTGGAAGAAAGACATCTCA
GGGTTGACAATCTTGATTAAATCTGTTTTATATAATATCTTCAGAATCCTGGAGATTATG
GTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3FH82TF U 1
AF RR3FH82JQ C 86
BS 1 726 RR3FH82TF
BS 727 844 RR3FH82JQ

RD RR3FH82TF 734 0 0
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GGTGAATGGGGTTAAGTACGATGGCAGCTTGCTCTGTGTTGGGAACTTGCTTATGTCATG
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TGCATCGACTTACAACATACTGAATGAGGAAGGCAGGATAGTGGCGGCTGCGTTGCTTCC
ATATGGAGTTATGCATCCTAACTCTTAACCTCGGCAGAACCAAACTTTGAACAACTCGAG
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CTGGAA
CAACAGCA

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3FH82JQ 759 0 0
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CTTCGGTTTCAGGAATTTGATGAGACGAGTTTCACGGTGAATGGGGTTAAGTACGATGGC
AGCTTGCTCTGTGTTGGGAACTTGCTTATGTCATGGAGCCCTCGTTGCTTCTCCGAGATC
ACAACCGATAGCTTGTCAATTTTCCAGACTGTTAGACCAGTTCCAGAGCTGTTAATTGTG
GGTTGTGGAAGATACAATCATCCAGTGAATCCCCAAGTCCGTCAGTTTGTGAAGTCAATT
GGCATGAAGCTAGAAACCTTGGACTCTAGAAATGCTGCATCGACTTACAACATACTGAAT
GAGGAAGGCAGGATAGTGGCGGCTGCGTTGCTTCCATATGGAGTTATGCATCCTAACTTT
TAACCTCGGCAGAACCAAACTTTGAACAACTCGAGATTATCTTTTTTTTTTTTGTTAAAA
ACACCAGCACGGTCTGTAAATGAAATCTTTCACACTTAATTGTTTTTTCGAAACTTTTCT
TGTCTTGTCGTAGCTTGAATAAAATTGAGCTTTCTCTGGAAACAAACAGCAGTTTCCTGC
TTTATAACTTAAGTACCTGGAAGAAAGACATCTCAGGGTTGACAATCTTGATTAAATCTG
TTTTATATAATATCTTCAGAATCCTGGAGATTATGGTCG

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL7109Contig1 778 2 2 U
CTGTCAGGACCAAACTTCTCGAACTTGACTAATCCATCGATTAAAGAGAAGATGGTATGA
TCTTTACCAATCCCAACGTTCTTTCCAGCATGGAACTGCATTACAGAACATCATTTCTCT
TCAAACACAAGCACAATCTATAAGATAAGATATTCGAACAACATTCCAATTATTCAATCT
ACTTAAAAATAAGATAGTTGATTCCTAAACACAAGCCAAAACCCATGAATAATCTGCAAT
AAGAACTCATAAAGTTCTAAACTTTCGTGTTCTCAGAGTTACCTTAGTGCCACGTTGACG
AACGATGATGGCCCCTGGTTTAGCGACTTGGTCACCGTAAATCTTGACGCCGAGTCTTTG
ACCAGGAGAATCACGACCGTTCTTAGTACTTCCGGCTCCTTTCTTGTGCGCCGATTCAAT
CGTCAGTGGAATTGGAGGTTGGAGTTTTTCCAAAGGGAGAGTCACAGTGAAGGAGGTTTT
AGGGTTTAGAATCAAATCGCCTCTGAGGAAGGACGAGGTTGAAGAGAGGGATAAGCCTTT
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GGGTTTTTTTTTTTTGTGAGGATGAAGAAGATAACTGACTAAAACCTCTTTGCCTCGGCT
CCTTATCGTTTCGTCTCACTCGATTAGTGACCGCTAAAATTCCACGTCATCGAATAATGC
GGGTCCCATGCTGCTAAAACTGTAGATGATAAGGTGAGTTGTGTACATGTCAGCATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D509TF U 1
AF RR3D509JQ C 87
BS 1 733 RR3D509TF
BS 734 778 RR3D509JQ

RD RR3D509TF 733 0 0
CTGTCAGGACCAAACTTCTCGAACTTGACTAATCCATCGATTAAAGAGAAGATGGTATGA
TCTTTACCAATCCCAACGTTCTTTCCAGCATGGAACTGCATTACAGAACATCATTTCTCT
TCAAACACAAGCACAATCTATAAGATAAGATATTCGAACAACATTCCAATTATTCAATCT
ACTTAAAAATAAGATAGTTGATTCCTAAACACAAGCCAAAACCCATGAATAATCTGCAAT
AAGAACTCATAAAGTTCTAAACTTTCGTGTTCTCAGAGTTACCTTAGTGCCACGTTGACG
AACGATGATGGCCCCTGGTTTAGCGACTTGGTCACCGTAAATCTTGACGCCGAGTCTTTG
ACCAGGAGAATCACGACCGTTCTTAGTACTTCCGGCTCCTTTCTTGTGCGCCGATTCAAT
CGTCAGTGGAATTGGAGGTTGGAGTTTTTCCAAAGGGAGAGTCACAGTGAAGGAGGTTTT
AGGGTTTAGAATCAAATCGCCTCTGAGGAAGGACGAGGTTGAAGAGAGGGATAAGCCTTT
GAATGCTCCGATTAGATTCAAACTCATCGATGTTGCAATCGCCATTGATAAGAGAAGCTA
GGGTTTTTTTTTTTTGTGAGGATGAAGAAGATAACTGACTAAAACCTCTTTGCCTCGGCT
CCTTATCGTTTCGTCTCACTCGATTAGTGACCGCTAAAATTCCACGTCATCGAATAATGC
GGGTCCCATGCTG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3D509JQ 692 0 0
AGCATGGAACTGCATTACAGAACATCATTTCTCTTCAAACACAAGCACAATCTATAAGAT
AAGATATTCGAACAACATTCCAATTATTCAATCTACTTAAAAATAAGATAGTTGATTCCT
AAACACAAGCCAAAACCCATGAATAATTTGCAATAAGAACTCATAAAGTTTTAAACTTTC
GTGTTTTCAGAGTTACCTTAGTGCCACGTTGACGAACGATGATGGCCCCTGGTTTAGCGA
CTTGGTCACCGTAAATCTTGACGCCGAGTCTTTGACCAGGAGAATCACGACCGTTTTTAG
TACTTCCGGCTCCTTTCTTGTGCGCCGATTCAATCGTCAGTGGAATTGGAGGTTGGAGTT
TTTCCAAAGGGAGAGTCACAGTGAAGGAGGTTTTAGGGTTTAGAATCAAATCGCCTCTGA
GGAAGGACGAGGTTGAAGAGAGGGATAAGCCTTTGAATGCTCCGATTAGATTCAAACTCA
TCGATGTTGCAATCGCCATTGATAAGAGAAGCTAGGGTTTTTTTTTTTTGTGAGGATGAA
GAAGATAACTGACTAAAACCTCTTTGCCTCGGCTCCTTATCGTTTCGTCTCACTCGATTA
GTGACCGCTAAAATTCCACGTCATCGAATAATGCGGGTCCCATGCTGCTAAAACTGTAGA
TGATAAGGTGAGTTGTGTACATGTCAGCATGT

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL7110Contig1 722 2 3 U
GGATCAAAGAAAACTTGGAATTGGATAAGCCTGGGCTCAGGGTTTTAGGGTTCTTGAAGT
CACTCACTTTCACCACCCACAGCTTTCACAGATCTTTACTTTGAAGAGAAGCAGTCATGG
CCAGTTTGATAATGGCCACACCATTCCCAGGCTCTTCTCTCACACAATCCAAGAAAACGA
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TGTACAACGTCAAAGTTGAGCGGAAAGTGTCACAGAGACGGTTAGACGAGCTAGGTGTTT
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AG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3A358TF U 19
AF RR3A358JQ C 1
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DS 

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AG

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DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G513JQ C 1
AF RR3G513TF U 1
BS 1 642 RR3G513TF

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QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3G513TF 642 0 0
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CAGAGGATGAGCGAGGCTGAGGCGGAGAAGCAGTATCTGTTTGAGAAGATTAAGCTGCAG
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TTTATATATAATAGTTTTCATATCCTATAAAACTCTTTGTAAACCGAATGTTTTTAGCGT
TAATAACTCTATCAACTTGTTATTCTATTGTGTGGTTTCTTT

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3C439TF U 1
AF RR3C439JQ C 290
BS 1 750 RR3C439TF
BS 751 751 RR3C439JQ
BS 752 756 RR3C439TF
BS 757 758 RR3C439JQ
BS 759 777 RR3C439TF
BS 778 778 RR3C439JQ
BS 779 796 RR3C439TF
BS 797 1007 RR3C439JQ

RD RR3C439TF 796 0 0
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ACGGCTGTCGTTTCCTCAAAGAGTCGTTGAGATCCGGCATTGATCGATTTAGTTCAGTAA
AAGGTTTGCAAAATGGTTGCTCAACGGTTCACTGTGGACCTTAATAAGCCTCTTGTATTT
CAGGTTGGTCATCTTGGTGAAGCTTACGAGGAATGGGTTCACCAACCCATTGTGACAAAG
GAAGGCCCTCGTTTTTTCCAGAGTAACTTTTGGGAGTTCTTGACCCTTACAAGATGGTGG
GTGGTTCCTGTTATTTGGTTTCCAGTTGCGGTCTGGTGCATCTCCAAGTCAGTAACCATG
GGCCTTTCACTTCCAGAAATCGTCCCGTTGATAGCCTTGGGTATCTTTATCTGGACGTTT
ATAGAATACACTCTTCACCGCTTCCTTTTCCACATCAAGACCAAGAGTTACTGGGGGAAC
ACGGCACACTATCTTCTTCACGGATGCCATCACAAACACCCAATGGACCACCTTCGACTC
GTCTTTCCTCCTGCTGCAACAGCGGTTTTATGCTTTCCCTTCTGGAACCTTGTGAAGCTT
TTCGCAACACCTTCAACCACACCTGCCTTGTTTGGAGGCGGCATGCTTGGGTACGTGATG
TACGATATTACTCACTACTACCTTCACCATGCACAACCAACTAGAGCAGTGACCAAGAAT
CTCAAGAAATATCATTTGAACCATCACTTC*GGATC**AGACAAGGGATTTGGTATA*CA
TCGTCGCTATGGGACA

QA 1 796 1 796
DS 

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TCTGGACGTTTATAGAATACACTCTTCACCGCTTCCTTTTCCACATCAAGACCAAGAGTT
ACTGGGGGAACACGGCACACTATCTTCTTCACGGATGCCATCACAAACACCCAATGGACC
ACCTTCGACTCGTCTTTCCTCCTGCTGCAACAGCGGTTTTATGCTTTCCCTTCTGGAACC
TTGTGAAGCTTTTCGCAACACCTTCAACCACACCTGCCTTGTTTGGAGGCGGCATGCTTG
GGTACGTGATGTACGATATTACTCACTACTACCTTCACCATGCACAACCAACTAGAGCAG
TGACCAAGAATCTCAAGAAATATCATTTGAACCATCACTTCAGGATTCAAGACAAGGGAT
TTGGTATAACATCGTCGCTATGGGACATAGTGTTTGGGACACTACCTACCACAAAAGCCC
CTAAAAGAGAGCAGTAGTGTACTAAAGATGCAAAACTAAAAGGATATTTGCAACACAGTT
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QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

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CTTATCACCAAACTTCCTTGCATCGATGATAGAATTGCAACAGCTTGGCTAAACGATCCA
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BQ
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AF RR3FQ75TF U 1
AF RR3FQ75JQ C 1
BS 1 623 RR3FQ75TF
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BS 625 651 RR3FQ75TF
BS 652 705 RR3FQ75JQ

RD RR3FQ75TF 651 0 0
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AAATCTCTTTGTCCTGAGTTTATGTTGTTGATCCCAATGAGCTCCTTACTGAAATTTCTT
GCCTTTGTGGCATTACTTTTAGTGTTTGTAATAACAACAGAATCAGCTCCTGAATCTGCT
CTTATCACCAAACTTCCTTGCATCGATGATAGAATTGCAACAGCTTGGCTAAACGATCCA
GCAACCAGGAAAGCTATTCATGCTAAAGAGGAGAGCGAGATAGGAAGATGGGCACTCTGC
ACAGGTAAGCTATCGTTCCATCACGATGCAGGGAGTATGATCAGTTTCCATAGAAACCTC
ACTCTAAGTGGATATAGAGCACTCATTTACAGCGGTGATCTCGATCTGTGTGTTCCATTT
ACTGGCTCTGAAGCTTGGACACGCTCTCTTGGATACAAGGTGATTGATGAATGGAGGGCA
TGGATATCAAATGACCAAGTCGCGGGTTATACCCAGAGATATGCAAACGATCTCACATTT
TTTAACCATCAAGGGTGCAGGACATACAGTTCCTGAGTACAAACCGCGAGAGGCTTTGGA
TTTCTATAGCCGATTTCTAGCAG*AAGAAAGATTTAAGAGAGCTGTCTATT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3FQ75JQ 705 0 0
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AAATCTCTTTGTCCTGAGTTTATGTTGTTGATCCCAATGAGCTCCTTACTGAAATTTCTT
GCCTTTGTGGCATTACTTTTAGTGTTTGTAATAACAACAGAATCAGCTCCTGAATCTGCT
CTTATCACCAAACTTCCTTGCATCGATGATAGAATTGCAACAGCTTGGCTAAACGATCCA
GCAACCAGGAAAGCTATTCATGCTAAAGAGGAGAGCGAGATAGGAAGATGGGCACTCTGC
ACAGGTAAGCTATCGTTCCATCACGATGCAGGGAGTATGATCAGTTTCCATAGAAACCTC
ACTTTAAGTGGATATAGAGCACTCATTTACAGCGGTGATCTCGATCTGTGTGTTCCATTT
ACTGGCTCTGAAGCTTGGACACGCTCTCTTGGATACAAGGTGATTGATGAATGGAGGGCA
TGGATATCAAATGACCAAGTCGCGGGTTATACCCAGAGATATGCAAACGATCTCACATTT
TT*AACCATCAAGGGTGCAGGACATACAGTTCCTGAGTACAAACCGCGAGAGGCTTTGGA
TTTCTATAGCCGATTTCTAGCAGGAAGAAAGATTTAAGAGAGCTGTCTATTCAAAAAAAA
AAAGTAAAGGGCATCATATCATGTATTGACTCGTTTGAATAAAAA

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

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TGACACTATTAGAACCAGCTAAGAGTGTGGAACATTTGATTTACATTGGATTCCCAGGTG
ATCCATCTTCTGCCATTCGTCTTACTAGGAGAAGACGTTTAGATCGCAAAAAGCAACAAT
GCGAAAGAAAAGTTTTCCAGTGCTTTGTGTTTGGTCCCAATAACGCCGGAAAATCTGCAC
TACTGAACTGCTTTCTTGGAAGGTCATATGATGGCCAGGGATCAACGACTGATGAGCGCT
ATGCAGTAAATATGGTGGATGACTCTGGGAATGCAAAGAAAACTCTTGTGATGAGGGAAA
TTCCAGATGATGGGGCTAAAGAGCTATTTTCATCCAAGGAGTCGTTGCTGCATGTGACAT
AGCTGTCTTCGTGTATGACAGCTCGGACGAGTCCTCATGGAAGAGAGCCACTGAGTTGCT
TGTAGAAGTTGCAACTCACGGCGAGGCCACTGGATATGAGGTCCCTTGCCTCATGGTTTC
GGCCAAGGACGATCTTGATTCATTCCCAATTTGCATTCAGGAATCCACCAGGGTGACACA
AGATATGGGAATAGAGCCTCCGGTATCCATCAGCTCGAAACTGGGGGATTTTAACAACTT
ATTCCGCAAAATCATTACTGCAGCGCAACATCCTCACCTGAGTATTCCAGAAACCGAAGC
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TGGAGCTGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BC01TF U 1
AF RR3B261JQ C 662
BS 1 717 RR3BC01TF
BS 718 790 RR3B261JQ

RD RR3BC01TF 717 0 0
GAGAGAAAACTGCCCTCGGAGGACTATCGTTGGATGCTTTCCTGTCACTGTGGTCACTGA
TGACACTATTAGAACCAGCTAAGAGTGTGGAACATTTGATTTACATTGGATTCCCAGGTG
ATCCATCTTCTGCCATTCGTCTTACTAGGAGAAGACGTTTAGATCGCAAAAAGCAACAAT
GCGAAAGAAAAGTTTTCCAGTGCTTTGTGTTTGGTCCCAATAACGCCGGAAAATCTGCAC
TACTGAACTGCTTTCTTGGAAGGTCATATGATGGCCAGGGATCAACGACTGATGAGCGCT
ATGCAGTAAATATGGTGGATGACTCTGGGAATGCAAAGAAAACTCTTGTGATGAGGGAAA
TTCCAGATGATGGGGCTAAAGAGCTATTTTCATCCAAGGAGTCGTTGCTGCATGTGACAT
AGCTGTCTTCGTGTATGACAGCTCGGACGAGTCCTCATGGAAGAGAGCCACTGAGTTGCT
TGTAGAAGTTGCAACTCACGGCGAGGCCACTGGATATGAGGTCCCTTGCCTCATGGTTTC
GGCCAAGGACGATCTTGATTCATTCCCAATTTGCATTCAGGAATCCACCAGGGTGACACA
AGATATGGGAATAGAGCCTCCGGTATCCATCAGCTCGAAACTGGGGGATTTTAACAACTT
ATTCCGCAAAATCATTACTGCAGCGCAACATCCTCACCTGAGTATTCCAGAAACCGA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3B261JQ 129 0 0
TTCCGCAAAATCATTACTGCAGCGCAACATCCTCCCCTGAGTATTCCAGAAACCGAAGCA
GGAAAAAGCCGCAAGCATTACAACAGGCTAATCAACCGCTTTTTTATGGCTGTTTCAATT
GGAGCTGCT

QA 1 129 1 129
DS 



AS 1 2

CO CL7115Contig1 922 2 2 U
GCATCATGGGTCATGAATGTATCGATGCATCCAAGGAGTTCAAATTCAGTGACGATGTCA
AAAGTGAAGTGACTGAGATTGTTCTTGTTCGCCATGGAGAAACCACTTGGAATGCTGCCG
GAAGAATCCAGGGACAAATTGAGTCGGATCTTAACGAAATTGGGCAAAAGCAGGCTGTTG
CAATCGCTGAAAGATTGGGGAAAGAGGAGAGACCCGTAGCTGTGTATTCATCAGACCTCA
AGCGAGCCAAGGATACTGCTCTGATGATAGCAGAAACATGCTTTTGTTCTGAGGTGATTG
AAATACCTGACTTAAAGGAGAGGCATGTGGGCAGTCTTCAAGGACTGTACTGGAAAGAAG
GAGCAGAGAAAGAACCTGAAGCTTACTCTGCTTTCTTTTCTTCTCAAAATGATCTCGAGA
TTCCTGGAGGAGGAGAGAGCTTTGACCAACTTTGTGAGAGATCCATGAATGCGCTTGAGA
AAATTGCCAAGAAGCACAATGGAGAGAGAGTGATAGTTGTGACTCATGGAGGAGTGTTGA
GGGCAATTTATTTGATGATCACCAAAGCTTCATCCGCCGGAAAACTCCTTAATGCTTCGG
TGAATGTTATTCGCTACGGTGAGGAGAAATGGATCATTGATTCGTGGAGCGATGTTTCTC
ATCTCTCTTCCGTTGGATTTCTCCAACGTGGATTTGATGGAGACTCCAAGCCCTAGAGAG
AACTATATCCTCTTCCCTATTGTTTCTGACAATCGAGAAAGGTCTTCTATCCATTTTATA
ATGTACTTCTTTGATGTTTTCTGATTGTCTTTTGTTTTTCCTTTTGCTAAGATGTGTTTC
CGATTGTGAGATCGATGTCCTTCTGTAAAAGTTTATTATCTTGTACTTTCCAATAATAAT
TTTCATATAATTTAAACCCTTT


BQ
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AF RR3C804TF U 1
AF RR3C804JQ C 219
BS 1 379 RR3C804TF
BS 380 922 RR3C804JQ

RD RR3C804TF 379 0 0
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AAAGTGAAGTGACTGAGATTGTTCTTGTTCGCCATGGAGAAACCACTTGGAATGCTGCCG
GAAGAATCCAGGGACAAATTGAGTCGGATCTTAACGAAATTGGGCAAAAGCAGGCTGTTG
CAATCGCTGAAAGATTGGGGAAAGAGGAGAGACCCGTAGCTGTGTATTCATCAGACCTCA
AGCGAGCCAAGGATACTGCTCTGATGATAGCAGAAACATGCTTTTGTTCTGAGGTGATTG
AAATACCTGACTTAAAGGAGAGGCATGTGGGCAGTCTTCAAGGACTGTACTGGAAAGAAG
GAGCAGAGAAAGAACCTGA

QA 1 379 1 379
DS 

RD RR3C804JQ 704 0 0
GCTGTGTATTCATCAGACCTCAAGCGAGCCAAGGATACTGCTCTGATGATAGCAGAAACA
TGCTTTTGTTCTGAGGTGATTGAAATACCTGACTTAAAGGAGAGGCATGTGGGCAGTCTT
CAAGGACTGTACTGGAAAGAAGGAGCAGAGAAAGAACCTGAAGCTTACTCTGCTTTCTTT
TCTTCTCAAAATGATCTCGAGATTCCTGGAGGAGGAGAGAGCTTTGACCAACTTTGTGAG
AGATCCATGAATGCGCTTGAGAAAATTGCCAAGAAGCACAATGGAGAGAGAGTGATAGTT
GTGACTCATGGAGGAGTGTTGAGGGCAATTTATTTGATGATCACCAAAGCTTCATCCGCC
GGAAAACTCCTTAATGCTTCGGTGAATGTTATTCGCTACGGTGAGGAGAAATGGATCATT
GATTCGTGGAGCGATGTTTCTCATCTCTCTTCCGTTGGATTTCTCCAACGTGGATTTGAT
GGAGACTCCAAGCCCTAGAGAGAACTATATCCTCTTCCCTATTGTTTCTGACAATCGAGA
AAGGTCTTCTATCCATTTTATAATGTACTTCTTTGATGTTTTCTGATTGTCTTTTGTTTT
TCCTTTTGCTAAGATGTGTTTCCGATTGTGAGATCGATGTCCTTCTGTAAAAGTTTATTA
TCTTGTACTTTCCAATAATAATTTTCATATAATTTAAACCCTTT

QA 1 704 1 704
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7117Contig1 750 2 6 U
GGCAGCGAGCGAGCGTGTGTCTTGGGTCCGATTCAATTCGATTTTAGCTATGGCGGCGGA
GAACTGTTTCGGAGGAGGTGGTTCGGGCGATCAGAGCACGAAAGGATTGGCTACTCACGG
AGGTAGCTACGTTCAGTACAATGTTTATGGAAATATCTTCGAAGTGAGTAGAAAGTATGT
TCCTCCTCTTCGTCCCATCAGCTTAGGCTTATCACTGAGCTTATAGGATCACCTGATGAT
TCAAGCTTGGGGTTCTTAAGGAGTGACAACGCAAGGAGATACGTTAAACAGCTTCCACAG
TACCCCAGACAGAACTTTGCTGCTAGGTTCCCAAACATGTCAGCTGGCGCAGCAGATTTG
CTGGAGAAAATGCTCGTCTTTGATCCTAGCAGACGCATCACAGTTGATGAGGCGTTGTGC
CACCCTTATTTGGCGCCGCTGCACGATATAAACGAGGAACCGGTGTGTGTGAGGCCGTTC
AATTTCGATTTCGAACAACCTTCTTTGTCAGAAGAGAACGTCAAGGAGCTTATATATCGT
GAAACAGTCAAGTTCAATCCTCAGTAAGGAGAGTTCTAATGAAAAGAAACTCGTCAAAAT
GCGTGTATTTGTCTTGCTTTGTTTTTGTTATTGAATCTCTGATAACATCTGTTTATGTCT
GTAATATTAATAACATCTTGAGAAATTGAAAAAAAAAGAAGAACAACCTCTGAGCTGTGT
TTGCAGAAACAGCCATGTGCTTTAGAGTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FJ62TF U 1
AF RR3FJ62JQ C 91
BS 1 696 RR3FJ62TF
BS 697 697 RR3FJ62JQ
BS 698 705 RR3FJ62TF
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BS 732 750 RR3FJ62JQ

RD RR3FJ62TF 731 0 0
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GAACTGTTTCGGAGGAGGTGGTTCGGGCGATCAGAGCACGAAAGGATTGGCTACTCACGG
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TCCTCCTCTTCGTCCCATCAGCTTAGGCTTATCACTGAGCTTATAGGATCACCTGATGAT
TCAAGCTTGGGGTTCTTAAGGAGTGACAACGCAAGGAGATACGTTAAACAGCTTCCACAG
TACCCCAGACAGAACTTTGCTGCTAGGTTCCCAAACATGTCAGCTGGCGCAGCAGATTTG
CTGGAGAAAATGCTCGTCTTTGATCCTAGCAGACGCATCACAGTTGATGAGGCGTTGTGC
CACCCTTATTTGGCGCCGCTGCACGATATAAACGAGGAACCGGTGTGTGTGAGGCCGTTC
AATTTCGATTTCGAACAACCTTCTTTGTCAGAAGAGAACGTCAAGGAGCTTATATATCGT
GAAACAGTCAAGTTCAATCCTCAGTAAGGAGAGTTCTAATGAAAAGAAACTCGTCAAAAT
GCGTGTATTTGTCTTGCTTTGTTTTTGTTATTGAATCTCTGATAACATCTGTTTATGTCT
GTAATATTAATAACATCTTGAGAAATTGAAAAAAAA*GAAGAACA*CCTCTGAGCTGTGT
TTGCAGAAACA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3FJ62JQ 660 0 0
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AAATATCTTCGAAGTGAGTAGAAAGTATGTTCCTCCTCTTCGTCCCATCAGCTTAGGCTT
ATCACTGAGCTTATAGGATCACCTGATGATTCAAGCTTGGGGTTCTTAAGGAGTGACAAC
GCAAGGAGATACGTTAAACAGCTTCCACAGTACCCCAGACAGAACTTTGCTGCTAGGTTC
CCAAACATGTCAGCTGGCGCAGCAGATTTGCTGGAGAAAATGCTCGTCTTTGATCCTAGC
AGACGCATCACAGTTGATGAGGCGTTGTGCCACCCTTATTTGGCGCCGCTGCACGATATA
AACGAGGAACCGGTGTGTGTGAGGCCGTTCAATTTCGATTTCGAACAACCTTCTTTGTCA
GAAGAGAACGTCAAGGAGCTTATATATCGTGAAACAGTCAAGTTCAATCCTCAGTAAGGA
GAGTTCTAATGAAAAGAAACTCGTCAAAATGCGTGTATTTGTCTTGCTTTGTTTTTGTTA
TTGAATCTCTGATAACATCTGTTTATGTCTGTAATATTAATAACATCTTGAGAAATTGAA
AAAAAAAGAAGAACAACCTCTGAGCTGTGTTTGCAGAAACAGCCATGTGCTTTAGAGTCC

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL7118Contig1 715 2 6 U
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TCGTTGCCGTCTACGCCTCTCTCACCTTTCACACAGTCAAAGACACGTGACCTGGCTACT
AGTCTTTTTTTTTTGGAATTTACAAGTTCAAAAACATTGATTATTTCTTTCTCTCTCTCC
ACAGAACACGCAGAGGGGAGCAAGAAATGGAGGATAGGTCATGTCAGGTGTTATTTCCAT
CTTCGTCAGTTGATCATCGCTTGTCTGGTGATCAAACTCAGATCAAAACGTCCTCCTCGT
TACAACAGCATAACACTAACGAAGAAAAGAAACACAAGAGCAAGAAGAAAGAGAGAGAAG
CCAGGTTTGCTTTCCAGACAAGAAGTCAGGTTGATATTCTCGATGATGGATACAGGTGGA
GGAAGTACGGCCAAAAAGCTGTCAAGAACAATCCATTCCCCAGGAGCTATTATAAGTGCA
CAGAAAAAGGATGCAGAGTGAAGAAGCAAGTGCAGAGGCTATCAGGAGATGAAGGAGTGG
TGGTTACCACTTACCAAGGTGTTCATACCCACCCCGTGGATAAACCCTCCGATAACTTCC
ACCACATCTTGACCCAGATGCACATCTTCCCTCCCTTTTAGTTTTCCTTTTTTTTTCCTT
TTCTCTAATGCATACCGATGTATCTTGGGTGGGTTTGGCTGGCGCAAAAGAATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H143TF U 1
AF RR3H143JQ C 71
BS 1 457 RR3H143TF
BS 458 458 RR3H143JQ
BS 459 655 RR3H143TF
BS 656 656 RR3H143JQ
BS 657 708 RR3H143TF
BS 709 715 RR3H143JQ

RD RR3H143TF 714 0 0
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TCGTTGCCGTCTACGCCTCTCTCACCTTTCACACAGTCAAAGACACGTGACCTGGCTACT
AGTCTTTTTTTTTTGGAATTTACAAGTTCAAAAACATTGATTATTTCTTTCTCTCTCTCC
ACAGAACACGCAGAGGGGAGCAAGAAATGGAGGATAGGTCATGTCAGGTGTTATTTCCAT
CTTCGTCAGTTGATCATCGCTTGTCTGGTGATCAAACTCAGATCAAAACGTCCTCCTCGT
TACAACAGCATAACACTAACGAAGAAAAGAAACACAAGAGCAAGAAGAAAGAGAGAGAAG
CCAGGTTTGCTTTCCAGACAAGAAGTCAGGTTGATATTCTCGATGATGGATACAGGTGGA
GGAAGTACGGCCAAAAAGCTGTCAAGAACAATCCATTTCCCAGGAGCTATTATAAGTGCA
CAGAAAAAGGATGCAGAGTGAAGAAGCAAGTGCAGAGGCTATCAGGAGATGAAGGAGTGG
TGGTTACCACTTACCAAGGTGTTCATACCCACCCCGTGGATAAACCCTCCGATAACTTCC
ACCACATCTTGACCCAGATGCACATCTTCCCTCCCTTTTAGTTTTCCTTTTTTTT*CCTT
TTCTCTAATGCATACCGATGTATCTTGGGTGGGTTTGGCTGGCGCAAA
GAATGC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3H143JQ 645 0 0
CTACGCCTCTCTCACCTTTCACACAGTCAAAGACACGTGACCTGGCTACTAGTCTTTTTT
TTTTGGAATTTACAAGTTCAAAAACATTGATTATTTCTTTCTCTCTCTCCACAGAACACG
CAGAGGGGAGCAAGAAATGGAGGATAGGTCATGTCAGGTGTTATTTCCATCTTCGTCAGT
TGATCATCGCTTGTCTGGTGATCAAACTCAGATCAAAACGTCCTCCTCGTTACAACAGCA
TAACACTAACGAAGAAAAGAAACACAAGAGCAAGAAGAAAGAGAGAGAAGCCAGGTTTGC
TTTCCAGACAAGAAGTCAGGTTGATATTCTCGATGATGGATACAGGTGGAGGAAGTACGG
CCAAAAAGCTGTCAAGAACAATCCATTCCCCAGGAGCTATTATAAGTGCACAGAAAAAGG
ATGCAGAGTGAAGAAGCAAGTGCAGAGGCTATCAGGAGATGAAGGAGTGGTGGTTACCAC
TTACCAAGGTGTTCATACCCACCCCGTGGATAAACCCTCCGATAACTTCCACCACATCTT
GACCCAGATGCACATCTTCCCTCCCTTTTAGTTTTCCTTTTTTTTTCCTTTTCTCTAATG
CATACCGATGTATCTTGGGTGGGTTTGGCTGGCGCAAAAGAATGC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL7119Contig1 682 2 1 U
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TAGAATTCTCACCATCAGACAAATCAAGAATCATCCGCGTCTCAACAGATCTCAACTTCA
AATTCTGTGCAGCTTCGGTCTGGAACTTAGACAATTACGATGAGAAGACGAATCAGTGGT
TCGTTACAGCCTGTGGCGTCGAAGGGAATCCAGGTCAGGCGACGGTTGATAACTGGTTCA
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GCAAAGTCATGTGTAGAGACGTTGGCGTCTTTGTGCAATATGGGATGAGAAGACTTGTTC
TAAGTGATGTTCCACTAAAAGTTATGTTCAAAAAAGCATAGTTACAACAATGTAACCTTC
TATAATAATAATTGAGTTTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AS25JQ C 1
AF RR3AS25TF U 1
BS 1 682 RR3AS25TF

RD RR3AS25JQ 682 0 0
GAACTCATACTCTAAAGGTTTCCATAATAAGAAAGTTTCCTACAATGTCATCACTACTTC
TCTATAGCTCCCTCCTCTTAGCCGTCTTCTTTATCAGTCACCACGGAGTCACCACGGAAG
CCGCGGCTCTCGAACCAGTAACCGACATTTACGGTGGACGTCTCACATCAGGCACCAAAT
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TAGAATTCTCACCATCAGACAAATCAAGAATCATCCGCGTCTCAACAGATCTCAACTTCA
AATTCTGTGCAGCTTCGGTCTGGAACTTAGACAATTACGATGAGAAGACGAATCAGTGGT
TCGTTACAGCCTGTGGCGTCGAAGGGAATCCAGGTCAGGCGACGGTTGATAACTGGTTCA
AGATCGAGAAGTACGAAGATGACTACAAGATTGTGTTTTGTCCAACTGTTTGCAACTTCT
GCAAAGTCATGTGTAGAGACGTTGGCGTCTTTGTGCAATATGGGATGAGAAGACTTGTTT
TAAGTGATGTTCCACTAAAAGTTATGTTCAAAAAAGCATAGTTACAACAATGTAACCTTC
TATAATAATAATTGAGTTTTTT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3AS25TF 682 0 0
GAACTCATACTCTAAAGGTTTCCATAATAAGAAAGTTTCCTACAATGTCATCACTACTTC
TCTATAGCTCCCTCCTCTTAGCCGTCTTCTTTATCAGTCACCACGGAGTCACCACGGAAG
CCGCGGCTCTCGAACCAGTAACCGACATCTACGGTGGACGTCTCACATCAGGCACCAAAT
ACTACATCTTGCCTGTAGTTCGCGGTCGCGGCGGGGGACTAACCATGTCCAAACCCGAAA
ACAAAACATGTCCTAAAAGCGTTATCCAAGACCAATACGAAGTCTCACAAGGCCTACCGT
TAGAATTCTCACCATCAGACAAATCAAGAATCATCCGCGTCTCAACAGATCTCAACTTCA
AATTCTGTGCAGCTTCGGTCTGGAACTTAGACAATTACGATGAGAAGACGAATCAGTGGT
TCGTTACAGCCTGTGGCGTCGAAGGGAATCCAGGTCAGGCGACGGTTGATAACTGGTTCA
AGATCGAGAAGTACGAAGATGACTACAAGATTGTGTTTTGTCCAACTGTTTGCAACTTCT
GCAAAGTCATGTGTAGAGACGTTGGCGTCTTTGTGCAATATGGGATGAGAAGACTTGTTC
TAAGTGATGTTCCACTAAAAGTTATGTTCAAAAAAGCATAGTTACAACAATGTAACCTTC
TATAATAATAATTGAGTTTTTT

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL7120Contig1 848 2 2 U
GGAACTGAAGAAAAAAAAGGATATTTTCCAGATTCCGCAGGTAGATACCAAAACTTACCT
TCAGAGGTTTCTTCGCTATGGCAGCCAACGATTCTTCAAATGCTGTAGACACCGAAGTCA
AACTCCACTCAGACGGTGACGACGATGATGGAACGGATAAAGATTCCTCCAAGACATTGA
CTATCCCTGCTCCCGCCGTTTGTTTTGTCCGTTTCGCCGGAGATGCAGCTGGCGGCGCCG
TCATGGGCTCTATCTTTGGATACGGTTCAGGATTGTTCAAGAAGAAAGGGTTTAAAGGAT
CGTTTGCAGATGCAGGGCAGTCTGCAAAGACTTTTGCTGTTTTGTCCGGAGTACACAGTT
TGGTTGTTTGCCTTCTGAAACAATTGCGTGGGAAAGATGACGCCATTAATGTTGGGGTTG
CTGGGTGCTGCCCGGCCTTGCTCTTAGTTTCCCTGGTGCTCCACAGGCTCTTCTACAGAG
TTGCCTCACTTTTGGTGCTTTCTCTTCTATCCTTGAGGGACTCAACAAAAGACAAACAGC
TCTGGCTCACTCCGTCTCCTTGAGACACCAAACCGGAAACTTTCAAGATCACCATCGTCC
TTTAACACTCTCTCTCGCCCTCCCAATCCATGAAGAGATCAGTGGAGCCTTCTCTTCTTT
CTGCAAGTCTTTATCTAAACCCAAGAAGATCTAATTTCCCATGCGTTTTCTTGTGCCTTA
AGTTCCCTCTGTAGATCTTTAATCATTTCCTCCTTTTTGCTGTACTGTTTGAGAGTGTGT
TGTGAAACGCTTTTGGAAAGAGACGCACACTTTGTGTAACGTATTATTCTCTATGAATAC
AATGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B637TF U 1
AF RR3B637JQ C 141
BS 1 838 RR3B637TF
BS 839 848 RR3B637JQ

RD RR3B637TF 838 0 0
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CTATCCCTGCTCCCGCCGTTTGTTTTGTCCGTTTCGCCGGAGATGCAGCTGGCGGCGCCG
TCATGGGCTCTATCTTTGGATACGGTTCAGGATTGTTCAAGAAGAAAGGGTTTAAAGGAT
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CTGGGTGCTGCCCGGCCTTGCTCTTAGTTTCCCTGGTGCTCCACAGGCTCTTCTACAGAG
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TCTGGCTCACTCCGTCTCCTTGAGACACCAAACCGGAAACTTTCAAGATCACCATCGTCC
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QA 1 838 1 838
DS 

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CAATTGCGTGGGAAAGATGACGCCATTAATGTTGGGGTTGCTGGGTGCTGCCCGGCCTTG
CTTTTAGTTTCCCTGGTGCTCCACAGGCTTTTCTACAGAGTTGCCTCACTTTTGGTGCTT
TTTCTTCTATCCTTGAGGGACTCAACAAAAGACAAACAGCTTTGGCTCACTCCGTCTCCT
TGAGACACCAAACCGGAAACTTTCAAGATCACCATCGTCCTTTAACACTCTCTCTCGCCC
TCCCAATCCATGAAGAGATCAGTGGAGCCTTTTCTTCTTTCTGCAAGTCTTTATCTAAAC
CCAAGAAGATCTAATTTCCCATGCGTTTTCTTGTGCCTTAAGTTCCCTCTGTAGATCTTT
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AGACGCACACTTTGTGTAACGTATTATTCTCTATGAATACAATGTTTC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

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AGCCTATGGGGTCGCTTCTGTAACTGGATAACTAGTACTGAAAACCGTCTTTACATTGGA
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TTCATTGCTGCTCCTCCAGTAGATATTGATGGTATTCGTGAACCTGTTTCTGGATCTCTT
CTTTACGGAAACAATATTATTTCAGGTGCCATTATTCCTACTTCTGCAGCTATTGGTTTG
CATTTTTATCCGATCTGGGAAGCTGCATCCGTTGATGAATGGCTATACAACGGTGGTCCT
TATGAACTAATTGTTCTACACTTTTTACTTGGTGTAGCTTGTTATATGGGTCGTGAGTGG
GAACTTAGTTTCCGTCTGGGTATGCGTCCTTGGATTGCTGTTGCATATTCAGCTCCTGTT
GCAGCTGCTACTGCTGTTTTCTTGATCTACCCAATTGGTCAAGGAAGTTTTTCTGATGGT
ATGCCTCTAGGAATCTCTGGTACTTTCAACTTTATGATTGTATTCCAGGCTGAGCACAAC
ATTCTTATGCACCCATTTCACATGTTAGGTGTAGCTGGTGTATTCGGCGGCTCCCTATTT
AGTGCTATGCATGGTTCTTTGGTAACTTCTAGTTTGATCAGGGAAACCACAGAAAATGAA
TCTGCTAATGAAGGGTACAGATTCGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GX88TF U 1
AF RR3GX88JQ C 62
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BS 689 808 RR3GX88JQ

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ATGATTAAATAAACCAAGGATTTTACCATGACTGCAATTTTATAGAGACGCGAAAGCGAA
AGCCTATGGGGTCGCTTCTGTAACTGGATAACTAGTACTGAAAACCGTCTTTACATTGGA
TGGTTTGGTGTTTTGATGATTCCTACCTTATTGACCGCAACTTCCGTTTTTATTATCGCA
TTCATTGCTGCTCCTCCAGTAGATATTGATGGTATTCGTGAACCTGTTTCTGGATCTCTT
CTTTACGGAAACAATATTATTTCAGGTGCCATTATTCCTACTTCTGCAGCTATTGGTTTG
CATTTTTATCCGATCTGGGAAGCTGCATCCGTTGATGAATGGCTATACAACGGTGGTCCT
TATGAACTAATTGTTCTACACTTTTTACTTGGTGTAGCTTGTTATATGGGTCGTGAGTGG
GAACTTAGTTTCCGTCTGGGTATGCGTCCTTGGATTGCTGTTGCATATTCAGCTCCTGTT
GCAGCTGCTACTGCTGTTTTCTTGATCTACCCAATTGGTCAAGGAAGTTTTTCTGATGGT
ATGCCTCTAGGAATCTCTGGTACTTTCAACTTTATGATTGTATTCCAGGCTGAGCACAAC
ATTCTTATGCACCCATTTCACATGTTAG
TGTAGCTGTGTA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3GX88JQ 747 0 0
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GGTTTGGTGTTTTGATGATTCCTACCTTATTGACCGCAACTTCCGTTTTTATTATCGCAT
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TTTACGGAAACAATATTATTTCAGGTGCCATTATTCCTACTTCTGCAGCTATTGGTTTGC
ATTTTTATCCGATCTGGGAAGCTGCATCCGTTGATGAATGGCTATACAACGGTGGTCCTT
ATGAACTAATTGTTCTACACTTTTTACTTGGTGTAGCTTGTTATATGGGTCGTGAGTGGG
AACTTAGTTTCCGTCTGGGTATGCGTCCTTGGATTGCTGTTGCATATTCAGCTCCTGTTG
CAGCTGCTACTGCTGTTTTCTTGATCTACCCAATTGGTCAAGGAAGTTTTTCTGATGGTA
TGCCTCTAGGAATCTCTGGTACTTTCAACTTTATGATTGTATTCCAGGCTGAGCACAACA
TTCTTATGCACCCATTTCACATGTTAGGTGTAGCTGGTGTATTCGGCGGCTCCCTATTTA
GTGCTATGCATGGTTCTTTGGTAACTTCTAGTTTGATCAGGGAAACCACAGAAAATGAAT
CTGCTAATGAAGGGTACAGATTCGGTC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

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GACTCGAACAAAATCTTTCTCTTACATAGATGAACCAGATCTTGGATAAGAAGAGAACAA
AGAAGACGATTACAGCAAAAAAACAATACAAAGATGTAGAAAAGTAGAAGATAGCTGGAC
AGTGGAATGGTTCCCCTTGAGAGGAGATGAGGATTTGGAAGCACGATCAGAGATAGGTTT
AGGAGATCTGTGCCAATGACGAGGTTTGTATCTTCTCAGGTCCATTATAAGCGAATGGAA
ACCATGGAGAAGAGGCCTGAGGCCAAACATAGTGGTGGAGACGAGGAAAGTGGCGAGATT
TACGGCAGAGGTTCTCGCACAATGACAACCCGATATTCTTCAACAGTTCCGCTGGAGGGA
GTAACAGCAGCCATGGAATCAGAATTCGTATACTGACAGGAGTAAGTATAGCCCAGCCTG
GTCTAAGGTTTCCTGGTAGGATGGATCCGAAATACAAGGCAAGTCCAAGTTCTGGTTTTA
GTGCAAATCCAAGGACTGATCTTTTGCAAAATGTCGTTTGATTTCATCAGAAAGTTGTGA
TGTTTTTTTTGTCTCTAGAAATCAATCATCTTTTCAGAAGGTGATTAGATTTTTATACTT
TCTTGATTTTAATTTAAAAACAGCTTAATCCG


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TCTTGATTTTAATTTAAAAACAGCTTAATCCG

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

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ACATTTTATGAT


BQ
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AF RR3GT67TF U 1
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CGCGATTAAACAATAATGGTCTTTTTGTCTATGTCCATTGGTGTTACTGGAATTGATGAT
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QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3F160TF U 1
AF RR3F160JQ C 1
BS 1 640 RR3F160TF
BS 641 714 RR3F160JQ

RD RR3F160TF 640 0 0
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CCTTCGTCTTTTGCCAGGTGTTTAACGAGGTGAACAGCCGAGAGATAGAGAAGATAAACG
TGTTTGCAGGAATGTTCAGCAGTTGGGTGTTTGTTGCTGTGATGACTGCAACAGTTGGGT
TCCAACTGATCATTGTTGAGTTGCTGGGTGCATTTGCAAGCACTGCTCCTTTGAGCTGGC
AACATTGGCTGCTCTGCATTGTGATTGGAGCCATAAGCATGATTCTAGCCGTTGGTCTTA
AATGCATACCGGTTGAGTCCAACAGTCATCATGACGGCTATGAGCTGCTTCCTTCTGGTC
CTTCTGACTCTGCCTGATCTGACCTACTTCCTTACGAAGGTTGCCTACATCCCTCCATTT
TCTATATCGGATTTTTTTTCTACTTAGCGGTTTGATTTCAATATGTATAAAATCTAACAC
GCCAAGCGTTACTAGAAGTTTTTTTTTGTTTGGATTGATTTTCCTTTTTGATTTCTAAAA
GAAAAAGCTTATTGCTATAAGCTAAAGGGATAAATGTTTT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3F160JQ 714 0 0
GCATTGGTCAAAGCATTTACCAGTTAATCGTCCACGGCATTCTCAACTTTTATGGGAAGC
AAATACTCAACCTCAACGGTCCAGACTCAACAGCCGTTCTCAACACCATCATCTTCAACT
CCTTCGTCTTTTGCCAGGTGTTTAACGAGGTGAACAGCCGAGAGATAGAGAAGATAAACG
TGTTTGCAGGAATGTTCAGCAGTTGGGTGTTTGTTGCTGTGATGACTGCAACAGTTGGGT
TCCAACTGATCATTGTTGAGTTGCTGGGTGCATTTGCAAGCACTGCTCCTTTGAGCTGGC
AACATTGGCTGCTCTGCATTGTGATTGGAGCCATAAGCATGATTCTAGCCGTTGGTCTTA
AATGCATACCGGTTGAGTCCAACAGTCATCATGACGGCTATGAGCTGCTTCCTTCTGGTC
CTTCTGACTCTGCCTGATCTGACCTACTTCCTTACGAAGGTTGCCTACATCCCTCCATTT
TCTATATCGGATTTTTTTTCTACTTAGCGGTTTGATTTCAATATGTATAAAATCTAACAC
GCCAAGCGTTACTAGAAGTTTTTTTTTGTTTGGATTGATTTTCCTTTTTGATTTTTAAAA
GAAAAAGCTTATTGCTATAAGCTAAGGGGATAAATGTTTTTGAAGGATCAATCACACATG
ATAAATCATTTCTAATTAGACCTTATTTACCATGGAGCTGATGCTTCTGGAGCC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL7125Contig1 842 2 2 U
AGCTCGCCTCCGTCGCTCATCTTCAAGTCTCCTTGTAACTCAGTGAAAAAGGTTTGAGCT
TTTAGAGGATAATGGCTGTCTTCCCCAACCTTAACACTGAAGCTGGATTGAAGAAGCTCG
ATGAGCATCTTCTCACTCGCAGTTACATCACTGGGTACCAGGCTTCCAAGGATGATATCA
CCGTCTTTGCTGCTCTTGCAAAGCCACCAACCTCGCAGTATGTGAACGCTTCTCGTTGGT
ACAACCACATCGATGCCCTCTTGAGAATCTCAGGTGTCTCTGCTGAGGGAAGTGGTGTCA
TTGTTGAGGGATCAGCCCCAGTTGCGGAAGAGGCCGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATT
CTAAGGATGCTGCTGATGAAGAGAGAGCTGCTTCTGTAAAGGCATCCACAAAGAAGAAGG
AATCTGGAAAGTCGTCTGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATGAGACTGACATGA
AGAAGCTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAAGGTTTATTCTGGGGAGCATCCA
AGCTTGTACCGGTTGGTTACGGTATCAAGAAGTTGCAGATCATGTGCACCATTGTTGACG
ACCTCGTCTCTGTTGACATCATGATTGAAGAGACGCTCACCGTCGAGCCAATCAATGAGT
TTGTTCAGAGCTGTGACATTGTTGCTTTCAACAAAATCTGAGGATGTCATCTTTGCTTTT
GAGGAAGCGCTCATGCAATCTGATTATTGTTTCCAAGTTTCTTGTGGACTCATGTTTTTG
ATTTTGTTATGGTTTGCCTTATCTCCTGTTTAATTTTGATATTTATGAAGAAGACAGTTT
CG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR3B605TF U 1
AF RR3B605JQ C 94
BS 1 767 RR3B605TF
BS 768 842 RR3B605JQ

RD RR3B605TF 767 0 0
AGCTCGCCTCCGTCGCTCATCTTCAAGTCTCCTTGTAACTCAGTGAAAAAGGTTTGAGCT
TTTAGAGGATAATGGCTGTCTTCCCCAACCTTAACACTGAAGCTGGATTGAAGAAGCTCG
ATGAGCATCTTCTCACTCGCAGTTACATCACTGGGTACCAGGCTTCCAAGGATGATATCA
CCGTCTTTGCTGCTCTTGCAAAGCCACCAACCTCGCAGTATGTGAACGCTTCTCGTTGGT
ACAACCACATCGATGCCCTCTTGAGAATCTCAGGTGTCTCTGCTGAGGGAAGTGGTGTCA
TTGTTGAGGGATCAGCCCCAGTTGCGGAAGAGGCCGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATT
CTAAGGATGCTGCTGATGAAGAGAGAGCTGCTTCTGTAAAGGCATCCACAAAGAAGAAGG
AATCTGGAAAGTCGTCTGTTTTGATTGATATCAAGCCATGGGATGATGAGACTGACATGA
AGAAGCTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGATGGAAGGTTTATTCTGGGGAGCATCCA
AGCTTGTACCGGTTGGTTACGGTATCAAGAAGTTGCAGATCATGTGCACCATTGTTGACG
ACCTCGTCTCTGTTGACATCATGATTGAAGAGACGCTCACCGTCGAGCCAATCAATGAGT
TTGTTCAGAGCTGTGACATTGTTGCTTTCAACAAAATCTGAGGATGTCATCTTTGCTTTT
GAGGAAGCGCTCATGCAATCTGATTATTGTTTCCAAGTTTCTTGTGG

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3B605JQ 749 0 0
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GGTACCAGGCTTCCAAGGATGATATCACCGTCTTTGCTGCTCTTGCAAAGCCACCAACCT
CGCAGTATGTGAACGCTTCTCGTTGGTACAACCACATCGATGCCCTCTTGAGAATCTCAG
GTGTCTCTGCTGAGGGAAGTGGTGTCATTGTTGAGGGATCAGCCCCAGTTGCGGAAGAGG
CCGTTGCTACTCCCCCTGCAGCTGATTCTAAGGATGCTGCTGATGAAGAGAGAGCTGCTT
CTGTAAAGGCATCCACAAAGAAGAAGGAATCTGGAAAGTCGTCTGTTTTGATTGATATCA
AGCCATGGGATGATGAGACTGACATGAAGAAGCTAGAGGAAGCTGTGAGATCCGTCCAGA
TGGAAGGTTTATTCTGGGGAGCATCCAAGCTTGTACCGGTTGGTTACGGTATCAAGAAGT
TGCAGATCATGTGCACCATTGTTGACGACCTCGTCTCTGTTGACATCATGATTGAAGAGA
CGCTCACCGTCGAGCCAATCAATGAGTTTGTTCAGAGCTGTGACATTGTTGCTTTCAACA
AAATCTGAGGATGTCATCTTTGCTTTTGAGGAAGCGCTCATGCAATCTGATTATTGTTTC
CAAGTTTCTTGTGGACTCATGTTTTTGATTTTGTTATGGTTTGCCTTATCTCCTGTTTAA
TTTTGATATTTATGAAGAAGACAGTTTCG

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL7126Contig1 1254 2 6 U
GTCCCACCTACATAGTTACAAACAATCATCATTCAAGACCAAACTTAATTATGTAGATCG
ATAATAAATGAAAATGTGTAGTGTTATATTGTCACCTCTCCATAGAGGACGTTAGGTTCA
GGGTGAGCCTTAATGAAATAATCAGTTCCCCACTTAACGGCGTCAATAGCATTGCCAAGT
TCACCGTTAGATTCTAGCTGGCCACCGTATTCTATGATGCTCCAACACATTGTCGTCACC
GTGAAAGCCATTGGCAGCCCAAATTTCACATTGTCTCCGGCGTCATAATACCCTCCCACT
AAATCCACCTGCTCAATTAAATATATATATGTATATATATTTTTCAATTTATCTATTTAG
GAAAACAATGTTGTAGCCTTTGTCAATGTTTTAAGAGTCGACTTCTTACAACGGTTAGGT
AGCCAAACCCATCGAGACACTTCCACTTAATTATAAGTTTTAAAAATTGGTCAACGGAAA
GTCAACCGTTTTGTTTTGGATCTAGGCACCGATATGTACATATATAATTATTCAAAAATA
TTATTCGAATGTATAAATATTATAAAAACTGGAGGGTATTTCTTTTACAAAAAATGGAAA
AAAAATCCAATGAAGCGAGTTTAATTGATCAAGGCAGCAAGTTCTTTTTCTAAATGACGA
TTAATGCATATACATTGAGTTTTAAAAAATACTGGTAGCATTAGTTAGAATTATACGAGT
TTCAGTGTATTAAATAAAAAGGGAACTACTTACGCCGCTGGATTTGCCGTCGTTAAGACC
GGAGTGAGATCGCCAAGAAACTTTCTGATTGGGAGGGAGGTGTCCTGATCTTTGAGCTTC
AAAGAAGAGAATGCTTTTACTCAGAGCTTGTTTATAGTCGTGCCCCGAAACTGCAAACTG
AACTAACCCAAGAAAAAGAAGAACTGTAATGGTGCAAGTGAAAGAACCCATTAATTATAT
GTCTTTTGCAAAATTTTGGAACAAAGTTTAATCCTTTTCAATCAAAATGACTCAAGAAGA
ATAGTGGGTCCTGCTCGGACTATGTTAGATTTAACGTCTTGGATCTGTTCATGAAAAGGT
TGATCCTTTTTAAACGTAGAGTTAGAGAGAGATGGTTTGGTGAAGGGAGATGAGAAAACG
AGAGGTTTATATGGAAGAAAGTGAAGGAAGGTACCAGGAGGAGCGAAACCGGCAAATTCG
ATTAAATGATAAAAAAAACAAATTATTCAAAAACAAAAAAACAAATCCCGTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX61TF U 1
AF RR3DX61JQ C 491
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BS 635 737 RR3DX61TF
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ATAATAAATGAAAATGTGTAGTGTTATATTGTCACCTCTCCATAGAGGACGTTAGGTTCA
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TCACCGTTAGATTCTAGCTGGCCACCGTATTCTATGATGCTCCAACACATTGTCGTCACC
GTGAAAGCCATTGGCAGCCCAAATTTCACATTGTCTCCGGCGTCATAATACCCTCCCACT
AAATCCACCTGCTCAATTAAATATATATATGTATATATATTTTTCAATTTATCTATTTAG
GAAAACAATGTTGTAGCCTTTGTCAATGTTTTAAGAGTCGACTTCTTACAACGGTTAGGT
AGCCAAACCCATCGAGACACTTCCACTTAATTATAAGTTTTAAAAATTGGTCAACGGAAA
GTCAACCGTTTTGTTTTGGATCTAGGCACCGATATGTACATATATAATTATTCAAAAATA
TTATTCGAATGTATAAATATTATAAAAACTGGAGGGTATTTCTTTTACAAAAAATGGAAA
AAAA*TCCAATGAAGCGAGTTTAATTGATCAAG*CAGCAAGTTCTTTTTCTAAATGACGA
TTAATGCATATACATTGAGTTTTAAAAAATACTGGTAGCATTAGTTAGAATTATACGAGT
TTCAGTGTATTAAATAA

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3DX61JQ 764 0 0
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GTATAAATATTATAAAAACTGGAGGGTATTTCTTTTACAAAAAATGGAAAAAAAATCCAA
TGAAGCGAGTTTAATTGATCAAGGCAGCAAGTTCTTTTTCTAAATGACGATTAATGCATA
TACATTGAGTTTTAAAAAATACTGGTAGCATTAGTTAGAATTATACGAGTTTCAGTGTAT
TAAATAAAAAGGGAACTACTTACGCCGCTGGATTTGCCGTCGTTAAGACCGGAGTGAGAT
CGCCAAGAAACTTTCTGATTGGGAGGGAGGTGTCCTGATCTTTGAGCTTCAAAGAAGAGA
ATGCTTTTACTCAGAGCTTGTTTATAGTCGTGCCCCGAAACTGCAAACTGAACTAACCCA
AGAAAAAGAAGAACTGTAATGGTGCAAGTGAAAGAACCCATTAATTATATGTCTTTTGCA
AAATTTTGGAACAAAGTTTAATCCTTTTCAATCAAAATGACTCAAGAAGAATAGTGGGTC
CTGCTCGGACTATGTTAGATTTAACGTCTTGGATCTGTTCATGAAAAGGTTGATCCTTTT
TAAACGTAGAGTTAGAGAGAGATGGTTTGGTGAAGGGAGATGAGAAAACGAGAGGTTTAT
ATGGAAGAAAGTGAAGGAAGGTACCAGGAGGAGCGAAACCGGCAAATTCGATTAAATGAT
AAAAAAAACAAATTATTCAAAAACAAAAAAACAAATCCCGTTAC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

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TGAATCAGCTGTTCCACCGGTTGCCCTTCAGGCTTTTGCTTTTCTCAGTGAAAACACCGC
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AAACAAGGATCTCATGAAATTTCTCGAGACCAACACTGCTTCAACTAAGGATGAAGCTGA
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GCCAAAGCCAATCCAGCTCATGGAGATTCTGCGAGACATGAAGCTGAAAGCTGTTCAAAT
GATGGAAAATGTGTCTTCCTACTTTGGGGGTTTGTTCAGGACAGAGTCATTTACAGAGGG
TGGACAAGAGAGGAAGAGGATGCTACTCAACGACCCTACTACCCTCTTTGGATTAGCTGT
TTGCGTTATCTTCATGGTAGTTCTGAAACGTGCTTAAGAAGTTCCAGTTTCTTTCGAACT
TGCCGATATAGCTTAATAACAACTACTGTGATCTTGTTCTGCTGCTTTTATTATGGTTTA
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BQ
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AF RR3H209TF U 1
AF RR3GL69TF U 36
BS 1 347 RR3H209TF
BS 348 348 RR3GL69TF
BS 349 367 RR3H209TF
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BS 526 659 RR3GL69TF

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TGAATCAGCTGTTCCACCGGTTGCCCTTCAGGCTTTTGCTTTTCTCAGTGAAAACACCGC
CGCGCAGTCTGTTGTTGCTTCGATTGCGTCTGACCCAAAGGTGTGGGACGCTGTAATGGA
AAACAAGGATCTCATGAAATTTCTCGAGACCAACACTGCTTCAACTAAGGATGAAGCTGA
CAATGACGACAAATCTGAACTTTCAAGCGAGACTGAAAGTGAAGAAGAGAGTGAAGCAAA
GCCAAAGCCAATCCAGCTCATGGAGATTCTGCGAGACATGAAGCTGAGAGCTGTTCAAAT
GATGGAAGATGTGTCTTCCTACTTTGGGGGTTTGTTCAGGACAGAGTCATTTACAGAGGG
TGGACAAGAGAGGAAGAGGATGCTACTCAACGACCCTACTACGCTCTTTGGATTAGCTGT
TTGCGTTATCTTCATGGTAGTTCTGAAACGTGCTTAAGAAGTTCC
CAGTTTGCTT

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3GL69TF 624 0 0
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TTGCTTTTCTCAGTGAAAACACCGCCGCGCAGTCTGTTGTTGCTTCGATTGCGTCTGACC
CAAAGGTGTGGGACGCTGTAATGGAAAACAAGGATCTCATGAAATTTCTCGAGACCAACA
CTGCTTCAACTAAGGATGAAGCTGACAATGACGACAAATCTGAACTTTCAAGCGAGACTG
AAAGTGAAGAAGAGAGTGAAGCAAAGCCAAAGCCAATCCAGCTCATGGAGATTCTGCGAG
ACATGAGGCTGAAAGCTGTTCAAATGATGGAAAATGTGTCTTCCTACTTTGGGGGTTTGT
TCAGGACAGAGTCATTTACAGAGGGTGGACAAGAGAGGAAGAGGATGTTGCTCAACGACC
CTACTACCCTCTTTGGATTAGCTGTTTGCGTTATCTTCATGGTAGTTCTGAAACGTGCTT
AAGAAGTTCCAGTTTCTTTCGAACTTGCCGATATAGCTTAATAACAACTACTGTGATCTT
GTTCTGCTGCTTTTATTATGGTTTAGAGTTTTTCTCAAATGTTTATTTTATTTTTCTGTT
GTTTGGAATGGTTTGGAACTTGGC

QA 1 624 1 624
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7129Contig1 855 2 4 U
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AAGCAAGCAAGAAGATGAAGCAAAAGATCTTGTTTAGAGTGACTACGACTGATGACAAGA
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AAGGCGATCACAGGAATCAGATAGAGGTGACCGGTACTGAAGTCGATATGATCGGCCTCA
CCAAAAGGCTGAGAAAGAAGGTAGCCTTTGCAGAGCTTGTAAGCGTAAGCAAAGTCGAAC
CTCCAAAGAAACCGGATGAGAAGAAAGATGGGGACAAAAAGGACGGTGACAAAAAAGACG
GTGACAAAAAAGATGGTGACAAGAAAGATGGTGACAAAAAGGATGGCGATAAGAAAGATG
GAGACAAGAAGAAGGAAGAGGAGAAGAAGCCCGCGCCCTGTTGTAAACCATGCCCGCCGC
CATGTAAACCATGTCCTCCCCCATCTAATCCATGTCCTCCTCCTCCACCCTGTTATCCAT
CTCCTCAAGGATACGGTGTGCCGTCCGCCCTTCCCTACCCGTGCAACCCCAACAGTTACA
TAGGGGAACCAGTTTATAATCAGGAACCCGGTTGCACAATCCTGTGAAGTGGGAGGAAGG
TTAATGTGGGAAAGAGATCACAGCTTGTGACCAAATGTAAAAAACTAAAGAATCAAATAT
GCTTAGTCACATGAATAAAACTCAAAAAGCGAAATCAACTTGTGCTATATGATACTACTC
TTTATGCCATTGCCTATTAAATATTTGTATGTTACAATCATAGCATTTTGGCTTACAATC
TGTTTCCTTCCTTGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B355TF U 1
AF RR3B355JQ C 200
BS 1 816 RR3B355TF
BS 817 817 RR3B355JQ
BS 818 837 RR3B355TF
BS 838 855 RR3B355JQ

RD RR3B355TF 838 0 0
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AAGCAAGCAAGAAGATGAAGCAAAAGATCTTGTTTAGAGTGACTACGACTGATGACAAGA
CCCGAGCAAAAGCTATGACCAAAGCAGTTCAGTTTAAAGGTGTGTCAGCCGTGGAGATAA
AAGGCGATCACAGGAATCAGATAGAGGTGACCGGTACTGAAGTCGATATGATCGGCCTCA
CCAAAAGGCTGAGAAAGAAGGTAGCCTTTGCAGAGCTTGTAAGCGTAAGCAAAGTCGAAC
CTCCAAAGAAACCGGATGAGAAGAAAGATGGGGACAAAAAGGACGGTGACAAAAAAGACG
GTGACAAAAAAGATGGTGACAAGAAAGATGGTGACAAAAAGGATGGCGATAAGAAAGATG
GAGACAAGAAGAAGGAAGAGGAGAAGAAGCCCGCGCCCTGTTGTAAACCATGCCCGCCGC
CATGTAAACCATGTCCTCCCCCATCTAATCCATGTCCTCCTCCTCCACCCTGTTATCCAT
CTCCTCAAGGATACGGTGTGCCGTCCGCCCTTCCCTACCCGTGCAACCCCAACAGTTACA
TAGGGGAACCAGTTTATAATCAGGAACCCGGTTGCACAATCCTGTGAAGTGGGAGGAAGG
TTAATGTGGGAAAGAGATCACAGCTTGTGACCAAATGTAAAAAACTAAAGAATCAAATAT
GCTTAGTCACATGAATAAAACTCAAAAAGCGAAATCAACTTGTGCTATATGATACTACTC
TTTATGCCATTGCCTATTAAATATTTGTATGTTACA*TCATAGCATTTTGGCTTACA
T

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR3B355JQ 656 0 0
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GGTAGCCTTTGCAGAGCTTGTAAGCGTAAGCAAAGTCGAACCTCCAAAGAAACCGGATGA
GAAGAAAGATGGGGACAAAAAGGACGGTGACAAAAAAGACGGTGACAAAAAAGATGGTGA
CAAGAAAGATGGTGACAAAAAGGATGGCGATAAGAAAGATGGAGACAAGAAGAAGGAAGA
GGAGAAGAAGCCCGCGCCCTGTTGTAAACCATGCCCGCCGCCATGTAAACCATGTCCTCC
CCCATCTAATCCATGTCCTCCTCCTCCACCCTGTTATCCATCTCCTCAAGGATACGGTGT
GCCGTCCGCCCTTCCCTACCCGTGCAACCCCAACAGTTACATAGGGGAACCAGTTTATAA
TCAGGAACCCGGTTGCACAATCCTGTGAAGTGGGAGGAAGGTTAATGTGGGAAAGAGATC
ACAGCTTGTGACCAAATGTAAAAAACTAAAGAATCAAATATGCTTAGTCACATGAATAAA
ACTCAAAAAGCGAAATCAACTTGTGCTATATGATACTACTCTTTATGCCATTGCCTATTA
AATATTTGTATGTTACAATCATAGCATTTTGGCTTACAATCTGTTTCCTTCCTTGC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL7130Contig1 725 2 4 U
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ATGCCACACCACGCGTTACCCTAAACTCTGCATCAAATGCCTCGCGGCTTTCGCCAGCAA
AATCAGCCACAACGAAAACCGGTTAGCTCGAACCGCTTTAGCCGTTACTCTAGTCCGGGT
TCGGTCCACAACTGTCTATGTAGCTAAGCTGACTAAAGCAAGAAGAATCAAACGCAGAGA
GTACTTAGCCGTTAAGGATTGTGTTGAAAATCTTGGAGATGGCTTAGGGATGTTGGCTCA
GTCAATGAGGGAAATGAAACAAGTGGGTCGATCTGGTCGTAGTCGGGATGAGTTCTTGTG
GCGGCTAAGTAACGTTGAAACTTGGGTTAGTGCTGCTTTAACCGATGAGACAACGTGTCT
TGATGGGTTCGATGGAAAGGTTATGGATGGTGTGGTGAAATCGGCGATTAGAAGAAGAGT
TGTTCATGTGGCTCGAGTTACTAGTAATGCCTTGGCTCTTGTAAACCGGTTTGCAGCTCG
GCATAAATTATAGACTCGACTAATGAATTCAAGGAATATTCGGTCCTAAATAAGGTTATG
TCGTTTCTTCCTTTTTTTTTCCTTCTGGTTTTGTTTTATGTCTTTTAGTGATATTTTGTA
TTTGTATATGTATTACTGTGATGTTTATGCCTTTACCATGGCGTTGAAAAGAGTTGACAA
TGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3F944TF U 1
AF RR3F944JQ C 85
BS 1 709 RR3F944TF
BS 710 710 RR3F944JQ
BS 711 719 RR3F944TF
BS 720 725 RR3F944JQ

RD RR3F944TF 724 0 0
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ATGCCACACCACGCGTTACCCTAAACTCTGCATCAAATGCCTCGCGGCTTTCGCCAGCAA
AATCAGCCACAACGAAAACCGGTTAGCTCGAACCGCTTTAGCCGTTACTCTAGTCCGGGT
TCGGTCCACAACTGTCTATGTAGCTAAGCTGACTAAAGCAAGAAGAATCAAACGCAGAGA
GTACTTAGCCGTTAAGGATTGTGTTGAAAATCTTGGAGATGGCTTAGGGATGTTGGCTCA
GTCAATGAGGGAAATGAAACAAGTGGGTCGATCTGGTCGTAGTCGGGATGAGTTCTTGTG
GCGGCTAAGTAACGTTGAAACTTGGGTTAGTGCTGCTTTAACCGATGAGACAACGTGTCT
TGATGGGTTCGATGGAAAGGTTATGGATGGTGTGGTGAAATCGGCGATTAGAAGAAGAGT
TGTTCATGTGGCTCGAGTTACTAGTAATGCCTTGGCTCTTGTAAACCGGTTTGCAGCTCG
GCATAAATTATAGACTCGACTAATGAATTCAAGGAATATTCGGTCCTAAATAAGGTTATG
TCGTTTCTTCCTTTTTTTTTCCTTCTGGTTTTGTTTTATGTCTTTTAGTGATATTTTGTA
TTTGTATATGTATTACTGTGATGTTTATGCCTTTACCATGGCGTTGAAA*GAGTTGACA
TGACG

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3F944JQ 641 0 0
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AGCTCGAACCGCTTTAGCCGTTACTCTAGTCCGGGTTCGGTCCACAACTGTCTATGTAGC
TAAGCTGACTAAAGCAAGAAGAATCAAACGCAGAGAGTACTTAGCCGTTAAGGATTGTGT
TGAAAATCTTGGAGATGGCTTAGGGATGTTGGCTCAGTCAATGAGGGAAATGAAACAAGT
GGGTCGATCTGGTCGTAGTCGGGATGAGTTCTTGTGGCGGCTAAGTAACGTTGAAACTTG
GGTTAGTGCTGCTTTAACCGATGAGACAACGTGTCTTGATGGGTTCGATGGAAAGGTTAT
GGATGGTGTGGTGAAATCGGCGATTAGAAGAAGAGTTGTTCATGTGGCTCGAGTTACTAG
TAATGCCTTGGCTCTTGTAAACCGGTTTGCAGCTCGGCATAAATTATAGACTCGACTAAT
GAATTCAAGGAATATTCGGTCCTAAATAAGGTTATGTCGTTTCTTCCTTTTTTTTTCCTT
CTGGTTTTGTTTTATGTCTTTTAGTGATATTTTGTATTTGTATATGTATTACTGTGATGT
TTATGCCTTTACCATGGCGTTGAAAAGAGTTGACAATGACG

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL7131Contig1 715 2 1 U
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CCAAAAAACAAAATGAGTGGGTTAACAACAACCTTTCAATGGATTCTTCAAACATGTATA
TCCTTCCTGTATAATGAAATGTTACCCCTTAAGACAGAAGTAAACAGCTGTGCAAGAGCA
CAAAATGTAAAACAATATAAAAAGAAATATGAAAAACGCCAATGGTGGCTTTGTTTCTTC
TCATATAAAGATGATCAAAAGGAGAGAGAGATAAAAAACGTGAGCAAGAATATCTGGAGG
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GCGGTTCTATACTTTCCCTCCGCTATTGTGTTGATGATGGCGCTGTGAATCTGCTCTGCT
TGTTTGCTGAGCTTCAGATGCCGCAACATCATCACTCCACTCAGAAGCAAAGCTGTTGGG
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ATACCATCCTCCCCGATATTACAACTTGGAGTCAGTCCTAGTCCCCCAACTAGTCCAGCA
CACAAATCGCTTATAATATCTCCATAGAGATTTGGCATCACCAGGACATCAAAAA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EC27JQ U 1
AF RR3EC75JQ U 1
BS 1 715 RR3EC27JQ

RD RR3EC27JQ 715 0 0
GTATCACAAGTTGTATTGATCATGCGCAAGTTTGTAACTTTTTACCATTACGTTTACATC
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TCCTTCCTGTATAATGAAATGTTACCCCTTAAGACAGAAGTAAACAGCTGTGCAAGAGCA
CAAAATGTAAAACAATATAAAAAGAAATATGAAAAACGCCAATGGTGGCTTTGTTTCTTC
TCATATAAAGATGATCAAAAGGAGAGAGAGATAAAAAACGTGAGCAAGAATATCTGGAGG
GTAAATCCTCAAAGGAAAGTCCCAATGGCGAAATGAATAAGTAGAGAAATAATGGGTGGT
TAGAGATGATCACATATGGCTTTTGTGAACTCTGTAGTGGTTGAGGTGCCTCCGAAATCA
GCGGTTCTATACTTTCCCTCCGCTATTGTGTTGATGATGGCGCTGTGAATCTGCTCTGCT
TGTTTGCTGAGCTTCAGATGCCGCAACATCATCACTCCACTCAGAAGCAAAGCTGTTGGG
TTCGCCAAGTTCTTTCCAGCAGTATCTGGTGCAGAGCCGTGAACAGCTTCAGCAAGGGCA
ATACCATCCTCCCCGATATTACAACTTGGAGTCAGTCCTAGTCCCCCAACTAGTCCAGCA
CACAAATCGCTTATAATATCTCCATAGAGATTTGGCATCACCAGGACATCAAAAA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3EC75JQ 678 0 0
GTATCACAAGTTGTATTGATCATGCGCAAGTTTGTAACTTTTTACCATTACGTTTACATC
CCAAAAAACAAAATGAGTGGGTTAACAACAACCTTTCAATGGATTCTTCAAACATGTATA
TCCTTCCTGTATAATGAAATGTTACCCCTTAAGACAGAAGTAAACAGCTGTGCAAGAGCA
CAAAATGTAAAACAATATAAAAAGAAATATGAGAAACGCCAATGGTGGCTTTGTTTCTTC
TCATATAAAGATGATCAAAAGGAGAGAGAGATAAAAAACGTGAGCAAGAATATCTGGAGG
GTAAATCCTCAAAGGAAAGTCCCAATGGCGAAATGAATAAGTAGAGAAATAATGGGTGGT
TAGAGATGATCACATATGGCTTTTGTGAACTCTGTAGTGGTTGAGGTGCCTCCGAAATCA
GCGGTTCTATACTTTCCCTCCGCTATTGTGTTGATGATGGCGCTGTGAATCTGCTCTGCT
TGTTTGCTGAGCTTCAGATGCCGCAACATCATCACTCCACTCAGAAGCAAAGCTGTTGGG
TTCGCCAAGTTCTTTCCAGCAGTATCTGGTGCAGAGCCGTGAACAGCTTCAGCAAGGGCA
ATACCATCCTCCCCGATATTACAACTTGGAGTCAGTCCTAGTCCCCCAACTAGTCCAGCA
CACAAATCGCTTATAATA

QA 1 678 1 678
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7133Contig1 686 2 4 U
GGAGACTTTGTAAAATTGCAAGCAAATATACTCTGGAAACCTCGAGAGTCCGAGACCGAG
CCAGATTCAGCATCAAATGGCTGGGGTTATGCAGAAGTTCTTAGTTGCATCAATGTTCAT
GTGGATGCTTCCTATTGCCATCTTATACGGCTTCAACCATGATTTGCTCCCTGGTTCGAC
AACATTGTCCCCACACTCTCTTACACTTCTAAGTGGATTTCTTGCGGTGGTATCAGTCAA
TGTAGTAATTGTGTTCTACATCTGTCTGGCCCTGAAAGAACCTGTGGATAAACACAAGCC
AGACGCTTCGTTTGTCGCAGAGGCCAAAGATAGCGTGAAGAAACTGACATCAGGATCAGG
AGCCCCAAGCACTGACCCGGCACTTAAGAAACAAGAGTAAGAGGTTACCACATCCCATTT
TCCTTAAAACTAGGAACTGCGCTGATGTTGCATCTGATGGCAAGCATATTTCTGGTTCTT
GAAATGTATTTTTTATAATTTGTAGAAATTCTTGGCTGGTAGATTATCCTCTGTTGTGAC
ATTTGATTGTTTTGGGGTTTGGTTTAAGAAACAGAAACTGGAATGTTCATGTTTAACGGA
TACGATAGCTAATGTTTTAGGGACAAAACTGTGTTTCCAGTTGGTGTTCCTTCATTGCAA
GGATGCTAAGTGAATTTTACGGTTAC


BQ
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AF RR3CM05TF U 1
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QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3E140JQ C 1
AF RR3E140TF U 1
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BS 679 685 RR3E140JQ

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QA 1 685 1 685
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GT

QA 1 678 1 678
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BQ
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BS 787 937 RR3AX76JQ

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AGTTCTCACCCGCCATCTCGATTCCCAAGAGGGAGTTGCAGCACACACACGCGACATTCG
TGAGGGGGCTTTTGAACCCTGGATATTTTGGGATGAAATCGGTTTCGGATGTTCCAGCTT
TGGTGGGAACTCTTGAAGATCCTCTAATCCCATTCTCATCCATCTCGATACTAAGGAAAT
ATAGTGCAACAGATATGACATACAAGATATTTACACGACAAGCAGCATCAGATTCATTGC
TTGATGAGCTCTTCAGTTCAAGAACTGAAACCGTTCGCATAGACTGGGGTGCGTATCCAA
AGTACCACGCGCCTGAAGTTTTTGCACCGTTCATATTAGATGATCATCATTTGTACTATG
TTAATGCTTTTGAAAACGCGGCTAGCACGATGGAGACAAGTGCAGTGGCTGGTGAGAATA
TGGCGAGGCTCATAATTTCCCGATTCAAGACAAAAGAATCATCATCACCACCTTCATCCG
ACACAAGAAGCTGTAGTTCTGGCCTGCACTCAGACGTGTGAACAAACTTATCAGCTAAAG
GTGAAC

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DS 

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TCTCCACACCATTAGACGAGGTGGATATTCAGTTCTCACCCGCCATCTCGATTCCCAAGA
GGGAGTTGCAGCACACACACGCGACATTCGTGAGGGGGCTTTTGAACCCTGGATATTTTG
GGATGAAATCGGTTTCGGATGTTCCAGCTTTGGTGGGAACTCTTGAAGATCCTCTAATCC
CATTCTCATCCATCTCGATACTAAGGAAATATAGTGCAACAGATATGACATACAAGATAT
TTACACGACAAGCAGCATCAGATTCATTGCTTGATGAGCTCTTCAGTTCAAGAACTGAAA
CCGTTCGCATAGACTGGGGTGCGTATCCAAAGTACCACGCGCCTGAAGTTTTTGCACCGT
TCATATTAGATGATCATCATTTGTACTATGTTAATGCTTTTGAAAACGCGGCTAGCACGA
TGGAGACAAGTGCAGTGGCTGGTGAGAATATGGCGAGGCTCATAATTTCCCGATTCAAGA
CAAAAGAATCATCATCACCACCTTCATCCGACACAAGAAGCTGTAGTTCTGGCCTGCACT
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ATGCTCTGTTTGTTCAGTTATTGATTGAGAGACCATTATCATGAAGTTTATAAAAAGTTG
TGAAAAC

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DS 



AS 1 2

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TTTTGTTCTCTCATAGGTCATTGGAAGTATAACCCACTAAGTCCCAACAAATTTAAAAAA
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CTTTTCAGTTACTTTCGTTTCTTTTTCTTATTTGTTTTGTTTTTTCTCTCCAATTTTATT
TTATTTTCTCAATCATGGAGGCAACAGATCTCCATATCTTTTATTTCCTCTGAAAGTTTC
CACAAGTCCGAAACTTTTCTGATTGTTGAGTGAGTTATGCTGAAGAAAAGATCAAGAAGC
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TCCGGGACAATTCTATTCGGGTCTCAGCTCCGGATCCGGGTCCTGGATCCTCCACGCTCC
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AAGAAAACGGCTTCCGGGTCGGATCTTGGGTCGCCCCGTATCTTCACCGGCTATTTCTCG
ACCAGCGATATGGAATTATCGGAAGACTACACGTGCGTTACGTGTCACGGGCCTAACCCG
AGAACGATCCATATATTCGATAACTGTATCGTTGAGAGCCAACCCGGCGTCGTTTACTTC
AGGAGCTCCGACCCGGTTAACGAATCGGATTGTTTACCATCCGACAGCTTTCTCAGTACC
TGCTGTAACTGTAAGAAGAATCTTGGACTTCGTGATGATATTTTCATGTACAGGGGAGAT
AGAGCCTTCTGTAGCAGCGAATGCAGGTCACTGGAGATGATGTCGGAGGAAAATGACATT
TAATGAAATAAGCTTATTGAGATAATTTAAAATGTTATGATAATGACTAAAATAAATAAA
ACGTTTTAGTATTAAGAAAATGAAAATGTTAGGTATAGATTTTGTTTAATTGCATTTTGT
TTGCTCGGGGCGGAGACGGTGTCTATATGTATTATGTGTCTACATGCATAATCATATACA
TATTTTGCTTTAAAAGTTCCTTAAATCTGTAATAATAGTAGCATAATAAAACTGATAGTT
AATGC


BQ
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AF RR3A702TF U 1
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BS 747 1505 RR3A702JQ

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CTTTTCAGTTACTTTCGTTTCTTTTTCTTATTTGTTTTGTTTTTTCTCTCCAATTTTATT
TTATTTTCTCAATCATGGAGGCAACAGATCTCCATATCTTTTATTTCCTCTGAAAGTTTC
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CGGCTCTTCACAGCTTTCAGCAGCTTCAAAAGCTTCACTGAAAACGACGCCGTCGCGAGT
CTCACCTCCATCCTCGACACAAAACCTTTCACCGTTTTGAAAAACCCTTTTGGATCCGAT
AACCCGAAACCCCACGAACCCGAGACCCGGCTCAAGCTCGAACCCAAAAGAATCGGACTC
GCTATTGTTAATTCTCTCATCCAGGA

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3A702JQ 815 0 0
CTCAAGCTCGAACCCAAAAGAATCGGACTCGCTATTGTTAATTCTCTCATCCAGGAAGAA
AACCAAGAACCCGGGTTCTCCCGACCAAGATCCGGGACAATTCTATTCGGGTCTCAGCTC
CGGATCCGGGTCCTGGATCCTCCACGCTCCTCGTCGGATTTTGGGATCAAAACAAAGAAT
CCTCCGGTCTCCCCTCCGCCGGAAGAGATGAAGAAAACGGCTTCCGGGTCGGATCTTGGG
TCGCCCCGTATCTTCACCGGCTATTTCTCGACCAGCGATATGGAATTATCGGAAGACTAC
ACGTGCGTTACGTGTCACGGGCCTAACCCGAGAACGATCCATATATTCGATAACTGTATC
GTTGAGAGCCAACCCGGCGTCGTTTACTTCAGGAGCTCCGACCCGGTTAACGAATCGGAT
TGTTTACCATCCGACAGCTTTCTCAGTACCTGCTGTAACTGTAAGAAGAATCTTGGACTT
CGTGATGATATTTTCATGTACAGGGGAGATAGAGCCTTCTGTAGCAGCGAATGCAGGTCA
CTGGAGATGATGTCGGAGGAAAATGACATTTAATGAAATAAGCTTATTGAGATAATTTAA
AATGTTATGATAATGACTAAAATAAATAAAACGTTTTAGTATTAAGAAAATGAAAATGTT
AGGTATAGATTTTGTTTAATTGCATTTTGTTTGCTCGGGGCGGAGACGGTGTCTATATGT
ATTATGTGTCTACATGCATAATCATATACATATTTTGCTTTAAAAGTTCCTTAAATCTGT
AATAATAGTAGCATAATAAAACTGATAGTTAATGC

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 2

CO CL7137Contig1 798 2 2 U
GGATTTTAATACGTTTAAGTTACTTTTCAGACACTCTCTCTCTATCTTCGTGGTTTGGCA
TAACTCGTCCTCCACCAACAAGTCTGTCTTTCTGTTTCTCTTATCAGATCTCTTCGTTAC
TTGTGTAACCAAAGAATCAATGGCTCTCAAGTTCATCTCTGGAGCTCTTTTCTTCTGTCT
TCTACTCACAATATTTCCTTCTTTCTCATCCTCTAGTTTCATTTCAGATGGTGTGTTCGG
ATCTCAGGCTTTAGTTACTGGAAGAAACCTACTTCAGACCAAGAAAACATGTCCGGTGAA
CTTTGAGTTTATGAGCTACACAATCATAACAAGCCAGTGCAAAGGTCCCAAATTCCCACC
AAAGGAATGCTGCTCCGCTTTTTTGGACTTTGCGTGTCCTTACACCGATGAGCTCAACGA
CCTGAGCAATGACTGTGCTACCACTATGTTCAGTTACATCAACCTCTATGGGAAATACCC
GCCTGGACTTTTCGCTAACCAGTGCAAAGGAGGTAAAGAAGGTCTCGAGTGCCCTGCTAC
GTCTCCCGCTTCAGCTGCAGATGTAAACGTAGCCATCACCACCGCTTCTTCTCCTCTTTG
GCTGACCATTTTTGCAGCTTTATTGGTTTTTGTTAAATTGTTATGAGGCTAAAAGCCAGA
TATCTGCAATGTACTTGTAACAACCTGAAGAAGGGAGTGTTTGTGTGCCCCCACGATTTG
TTTTATTTGTATCATTCTTTTGATCTTAGGAAACTTCAAAACCTTCTAATTGATAATCCA
TATGACTTTTGTGTGTCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F568TF U 1
AF RR3F568JQ C 2
BS 1 679 RR3F568TF
BS 680 798 RR3F568JQ

RD RR3F568TF 679 0 0
GGATTTTAATACGTTTAAGTTACTTTTCAGACACTCTCTCTCTATCTTCGTGGTTTGGCA
TAACTCGTCCTCCACCAACAAGTCTGTCTTTCTGTTTCTCTTATCAGATCTCTTCGTTAC
TTGTGTAACCAAAGAATCAATGGCTCTCAAGTTCATCTCTGGAGCTCTTTTCTTCTGTCT
TCTACTCACAATATTTCCTTCTTTCTCATCCTCTAGTTTCATTTCAGATGGTGTGTTCGG
ATCTCAGGCTTTAGTTACTGGAAGAAACCTACTTCAGACCAAGAAAACATGTCCGGTGAA
CTTTGAGTTTATGAGCTACACAATCATAACAAGCCAGTGCAAAGGTCCCAAATTCCCACC
AAAGGAATGCTGCTCCGCTTTTTTGGACTTTGCGTGTCCTTACACCGATGAGCTCAACGA
CCTGAGCAATGACTGTGCTACCACTATGTTCAGTTACATCAACCTCTATGGGAAATACCC
GCCTGGACTTTTCGCTAACCAGTGCAAAGGAGGTAAAGAAGGTCTCGAGTGCCCTGCTAC
GTCTCCCGCTTCAGCTGCAGATGTAAACGTAGCCATCACCACCGCTTCTTCTCCTCTTTG
GCTGACCATTTTTGCAGCTTTATTGGTTTTTGTTAAATTGTTATGAGGCTAAAAGCCAGA
TATCTGCAATGTACTTGTA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3F568JQ 797 0 0
GGA
TTTAATACGTTTAAGTTACTTTTCAGACACTCTCTCTCTATCTTCGTGGTTTGGCATAAC
TCGTCCTCCACCAACAAGTCTGTCTTTCTGTTTCTCTTATCAGATCTCTTCGTTACTTGT
GTAACCAAAGAATCAATGGCTCTCAAGTTCATCTCTGGAGCTCTTTTCTTCTGTCTTCTA
CTCACAATATTTCCTTCTTTCTCATCCTCTAGTTTCATTTCAGATGGTGTGTTCGGATCT
CAGGCTTTAGTTACTGGAAGAAACCTACTTCAGACCAAGAAAACATGTCCGGTGAACTTT
GAGTTTATGAGCTACACAATCATAACAAGCCAGTGCAAAGGTCCCAAATTCCCACCAAAG
GAATGCTGCTCCGCTTTTTTGGACTTTGCGTGTCCTTACACCGATGAGCTCAACGACCTG
AGCAATGACTGTGCTACCACTATGTTCAGTTACATCAACCTCTATGGGAAATACCCGCCT
GGACTTTTCGCTAACCAGTGCAAAGGAGGTAAAGAAGGTCTCGAGTGCCCTGCTACGTCT
CCCGCTTCAGCTGCAGATGTAAACGTAGCCATCACCACCGCTTCTTCTCCTCTTTGGCTG
ACCATTTTTGCAGCTTTATTGGTTTTTGTTAAATTGTTATGAGGCTAAAAGCCAGATATC
TGCAATGTACTTGTAACAACCTGAAGAAGGGAGTGTTTGTGTGCCCCCACGATTTGTTTT
ATTTGTATCATTCTTTTGATCTTAGGAAACTTCAAAACCTTCTAATTGATAATCCATATG
ACTTTTGTGTGTCC

QA 4 797 4 797
DS 



AS 1 2

CO CL7138Contig1 945 2 2 U
AAAAAGGGAGTTTACGCAACTCCTTGTTTGGTTCGAGATTCATCGTCGCCGTCTCTCTCC
ACTTCCAATTTGATTCCCCAGGTGGTTGTTACCCGAGAAAGTGGCAAGAACAAACAAATC
ATCAAAGCCCTGGAGAAACGTGGGATTTCATCTTTAGAGCTCCCACTGATTCAACATGCT
CCGGGACCTGATTTCGATCGCCTCGCTTCCGTACTAACTGATAAGAACTTTGACTGGATC
ATCATAACCTCTCCACAGGCAGCTTCTGTCTTTCTCCAGGCGTGGAAGGCAGCTTGCTCT
CCAAAAGTGAAAGTGGGTGTAGTGGGAGCTGGAACAGCCCGTGTATTTGATGAGCCAGTG
CTAGCTGCACAAGGAGCGCTTCATGTTGCCTTTACACCATCCAAAGCAACTGGTAAAGTC
TTGGCTTCAGAGCTTCCAGACAATGTGGGCAAAAGTTCATCTGTCCTATACCCGGCTTCT
GTAAAAGCAGGCAATGAGATTGAGGAAGGGTTGTCCAGGCGTGGGTTTGACGTTCTGAGG
CTGAATACATACACAACAGTTCCTGTGCAAAGTGTAGATGCGATGCTTCTGCAACAGGCA
ATGTCTGCGCCTGTTCTTTCTGTAGCTTCACCTTCGGCACTCCGGGCCTGGATGAATTTG
ATTGAAAACGAGAAGGAATGGAGTAATAATCTTGCCTGCATAGGAGAGACAACTGCTTCA
GCTGCAAGACGACTAGGATTTAAAAAGGTTTACCACCCGGAGCAACCAGGGCTTGAAGGA
TGGGTCGAGAGCATCATGGAAGCTCTAGTCGCTCACGAAGAAATTACACAGAATAAGTAA
CTCTGGCAGCAGGAACTGAGTTATACTCAATTCCACCCACTCATGAACTGGACTTATGGT
GGACTGGACTGGGACACCTGCTTGTAAGTTAGATGACTTGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G966TF U 1
AF RR3G966JQ C 348
BS 1 588 RR3G966TF
BS 589 945 RR3G966JQ

RD RR3G966TF 588 0 0
AAAAAGGGAGTTTACGCAACTCCTTGTTTGGTTCGAGATTCATCGTCGCCGTCTCTCTCC
ACTTCCAATTTGATTCCCCAGGTGGTTGTTACCCGAGAAAGTGGCAAGAACAAACAAATC
ATCAAAGCCCTGGAGAAACGTGGGATTTCATCTTTAGAGCTCCCACTGATTCAACATGCT
CCGGGACCTGATTTCGATCGCCTCGCTTCCGTACTAACTGATAAGAACTTTGACTGGATC
ATCATAACCTCTCCACAGGCAGCTTCTGTCTTTCTCCAGGCGTGGAAGGCAGCTTGCTCT
CCAAAAGTGAAAGTGGGTGTAGTGGGAGCTGGAACAGCCCGTGTATTTGATGAGCCAGTG
CTAGCTGCACAAGGAGCGCTTCATGTTGCCTTTACACCATCCAAAGCAACTGGTAAAGTC
TTGGCTTCAGAGCTTCCAGACAATGTGGGCAAAAGTTCATCTGTCCTATACCCGGCTTCT
GTAAAAGCAGGCAATGAGATTGAGGAAGGGTTGTCCAGGCGTGGGTTTGACGTTCTGAGG
CTGAATACATACACAACAGTTCCTGTGCAAAGTGTAGATGCGATGCTT

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3G966JQ 598 0 0
TGATGAGCCAGTGCTAGCTGCACAAGGAGCGCTTCATGTTGC*TTTACACCATCCAAAGC
AACTGGTAAAGTCTTGGCTTCAGAGCTTCCAGACAATGTGGGCAAAAGTTCATCTGTCCT
ATACCCGGCTTCTGTAAAAGCAGGCAATGAGATTGAGGAAGGGTTGTCCAGGCGTGGGTT
TGACGTTCTGAGGCTGAATACATACACAACAGTTCCTGTGCAAAGTGTAGATGCGATGCT
TCTGCAACAGGCAATGTCTGCGCCTGTTCTTTCTGTAGCTTCACCTTCGGCACTCCGGGC
CTGGATGAATTTGATTGAAAACGAGAAGGAATGGAGTAATAATCTTGCCTGCATAGGAGA
GACAACTGCTTCAGCTGCAAGACGACTAGGATTTAAAAAGGTTTACCACCCGGAGCAACC
AGGGCTTGAAGGATGGGTCGAGAGCATCATGGAAGCTCTAGTCGCTCACGAAGAAATTAC
ACAGAATAAGTAACTCTGGCAGCAGGAACTGAGTTATACTCAATTCCACCCACTCATGAA
CTGGACTTATGGTGGACTGGACTGGGACACCTGCTTGTAAGTTAGATGACTTGAAAAA

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

CO CL7139Contig1 748 2 1 U
GGCTTGCTCTCATCAGTTTTGGTAGGCTAAACTTTCGAATACAAAATGGGTATATTCCCT
AGATTTGGCAGCTGGATCAGTAAGAACAGTCAACAGCCTCTTAAGGGCGAGGCCAAGGGA
TCTGAAAATGACGAATCTAAGTCGGTGTCAGAGAAATGCACTAATAACAATGCTCCTGCC
GAGAAGAATAAAAAAGAATATTATGATGAAAAAGAGAAGATGAGACAAGATATCCTTTGG
CATGATGAAGAGAAGAAGCATCCTTGGCATAATCCCCCTCCCAAGGTCAAGGTGACAACT
AATAAGAAGGGTGTTTACCATATGAACTTAGAAATGACGTTGGGGGCACCGCCTGAACTA
ATCCACTTATGGTTGACTCATCCACACGGCAGTTCGTTTTTGGATGAGAAGAATTGGCGC
AACCTTATGATAACCAAATCAAAAAAGGTTTTGATGGAGGATGGCCCGAGGGGGGTCTAC
AAGGTGGAGAGATCTGTGGCTTATGACTTCTTTTCGCTGACGTATATACCTATCCCGTTA
CATCTAATTGTGGAAGAAAACCGTAGATTAAGACATCTAATCAAATGAGACTCTATTTAG
TTTTATATTTTATTAATGTTTATTATAAATAATTGATGAAGTTTCTATAGTTAAAATAAT
ATCTATTAGTCATTTTCAGTTATAATACTTTCACGACATTATGTTTGAATTTGAAAATTT
CTTTAAATAATAGTATACATTCATACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H259TF U 1
AF RR3H259JQ C 134
BS 1 748 RR3H259TF

RD RR3H259TF 748 0 0
GGCTTGCTCTCATCAGTTTTGGTAGGCTAAACTTTCGAATACAAAATGGGTATATTCCCT
AGATTTGGCAGCTGGATCAGTAAGAACAGTCAACAGCCTCTTAAGGGCGAGGCCAAGGGA
TCTGAAAATGACGAATCTAAGTCGGTGTCAGAGAAATGCACTAATAACAATGCTCCTGCC
GAGAAGAATAAAAAAGAATATTATGATGAAAAAGAGAAGATGAGACAAGATATCCTTTGG
CATGATGAAGAGAAGAAGCATCCTTGGCATAATCCCCCTCCCAAGGTCAAGGTGACAACT
AATAAGAAGGGTGTTTACCATATGAACTTAGAAATGACGTTGGGGGCACCGCCTGAACTA
ATCCACTTATGGTTGACTCATCCACACGGCAGTTCGTTTTTGGATGAGAAGAATTGGCGC
AACCTTATGATAACCAAATCAAAAAAGGTTTTGATGGAGGATGGCCCGAGGGGGGTCTAC
AAGGTGGAGAGATCTGTGGCTTATGACTTCTTTTCGCTGACGTATATACCTATCCCGTTA
CATCTAATTGTGGAAGAAAACCGTAGATTAAGACATCTAATCAAATGAGACTCTATTTAG
TTTTATATTTTATTAATGTTTATTATAAATAATTGATGAAGTTTCTATAGTTAAAATAAT
ATCTATTAGTCATTTTCAGTTATAATACTTTCACGACATTATGTTTGAATTTGAAAATTT
CTTTAAATAATAGTATACATTCATACAC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3H259JQ 615 0 0
AATCTAAGTCGGTGTCAGAGAAATGCACTAATAACAATGCTCCTGCCGAGAAGAATAAAA
AAGAATATTATGATGAAAAAGAGAAGATGAGACAAGATATCCTTTGGCATGATGAAGAGA
AGAAGCATCCTTGGCATAATCCCCCTCCCAAGGTCAAGGTGACAACTAATAAGAAGGGTG
TTTACCATATGAACTTAGAAATGACGTTGGGGGCACCGCCTGAACTAATCCACTTATGGT
TGACTCATCCACACGGCAGTTCGTTTTTGGATGAGAAGAATTGGCGCAACCTTATGATAA
CCAAATCAAAAAAGGTTTTGATGGAGGATGGCCCGAGGGGGGTCTACAAGGTGGAGAGAT
CTGTGGCTTATGACTTCTTTTCGCTGACGTATATACCTATCCCGTTACATCTAATTGTGG
AAGAAAACCGTAGATTAAGACATCTAATCAAATGAGACTCTATTTAGTTTTATATTTTAT
TAATGTTTATTATAAATAATTGATGAAGTTTCTATAGTTAAAATAATATCTATTAGTCAT
TTTCAGTTATAATACTTTCACGACATTATGTTTGAATTTGAAAATTTCTTTAAATAATAG
TATACATTCATACAC

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

CO CL7140Contig1 859 2 2 U
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AAAGATTCCGACGGAAATCCAGTTCAAGTCGCTAGACCATACTTCATCCAACCGGTTAAG
ACGTAGGATAATAGTGGTGGTGGCCTTGTCCCAGCCCCCAATACAATATTTCCTTTGTGT
CCGCTTGGCATCTCTCAGATACCAATTGCAGACCAACCGGGCCTGTCAGCGTCACATATC
CATTCATTCTCCCAGCACTCATTGTGACATCTTCCATTGTAAACATCGAGTTCAAGTCCA
ACATATGGCCGGTTTGCAACGAGTTTTCCAAGTATTGGGAAGTCGATGATTCCTCAAATG
CTAGCAAGGAACCAGCGATTCTCATCGGTGGTAATCCCACGAGCCCAAATAGTTGGTTTA
AGATAGAGAAAGCTGGTGAAGAATCCGGAGAAAACACTTACAAATTGACCACCTTAAACG
GAACCGTTGGAGCCATCCAAGGGGCATGCTTCCGTGCACCACAATTAGTTCTGACCAATT
ATGCTAAGATCTTACTCGTCAAGTTCAAGAAAGTTAATGATGATACGACGGCTATTCCTT
CTACTTCCACGGTAGATAGTTTACGTCAAAGGATGTTCCCATTCTACTAGTCAAAATATC
TTATGTAATGTTAAACATGAGACTCTCGTCGTCCATGACAAAAATAATGGGTTGAGATAA
TACCTGCAAGCATGACGCATGTACGTGAACGTGTCTTTACTTATAAAATAAATGAAATAA
AGTTTTATTTTTCTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BC15TF U 1
AF RR3BC15JQ C 132
BS 1 762 RR3BC15TF
BS 763 859 RR3BC15JQ

RD RR3BC15TF 762 0 0
GGAACTCAACTCAGCCAAACATTAAAACACACCATGAAAATGAAGAAACCTTCAGTAATC
GTCTTTTTCATCAGTCTCCTATTGGCTGCAGCTATCTGTGCTACCAATGGGGAATTGGTG
AAAGATTCCGACGGAAATCCAGTTCAAGTCGCTAGACCATACTTCATCCAACCGGTTAAG
ACGTAGGATAATAGTGGTGGTGGCCTTGTCCCAGCCCCCAATACAATATTTCCTTTGTGT
CCGCTTGGCATCTCTCAGATACCAATTGCAGACCAACCGGGCCTGTCAGCGTCACATATC
CATTCATTCTCCCAGCACTCATTGTGACATCTTCCATTGTAAACATCGAGTTCAAGTCCA
ACATATGGCCGGTTTGCAACGAGTTTTCCAAGTATTGGGAAGTCGATGATTCCTCAAATG
CTAGCAAGGAACCAGCGATTCTCATCGGTGGTAATCCCACGAGCCCAAATAGTTGGTTTA
AGATAGAGAAAGCTGGTGAAGAATCCGGAGAAAACACTTACAAATTGACCACCTTAAACG
GAACCGTTGGAGCCATCCAAGGGGCATGCTTCCGTGCACCACAATTAGTTCTGACCAATT
ATGCTAAGATCTTACTCGTCAAGTTCAAGAAAGTTAATGATGATACGACGGCTATTCCTT
CTACTTCCACGGTAGATAGTTTACGTCAAAGGATGTTCCCATTCTACTAGTCAAAATATC
TTATGTAATGTTAAACATGAGACTCTCGTCGTCCATGACAAA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3BC15JQ 728 0 0
CGGAAATCCAGTTCAAGTCGCTAGACCATACTTCATCCAACCGGTTAAGACGTAGGATAA
TAGTGGTGGTGGCCTTGTCCCAGCCCCCAATACAATATTTCCTTTGTGTCCGCTTGGCAT
CTCTCAGATACCAATTGCAGACCAACCGGGCCTGTCAGCGTCACATATCCATTCATTCTC
CCAGCACTCATTGTGACATCTTCCATTGTAAACATCGAGTTCAAGTCCAACATATGGCCG
GTTTGCAACGAGTTTTCCAAGTATTGGGAAGTCGATGATTCCTCAAATGCTAGCAAGGAA
CCAGCGATTCTCATCGGTGGTAATCCCACGAGCCCAAATAGTTGGTTTAAGATAGAGAAA
GCTGGTGAAGAATCCGGAGAAAACACTTACAAATTGACCACCTTAAACGGAACCGTTGGA
GCCATCCAAGGGGCATGCTTCCGTGCACCACAATTAGTTCTGACCAATTATGCTAAGATC
TTACTCGTCAAGTTCAAGAAAGTTAATGATGATACGACGGCTATTCCTTCTACTTCCACG
GTAGATAGTTTACGTCAAAGGATGTTCCCATTCTACTAGTCAAAATATCTTATGTAATGT
TAAACATGAGACTCTCGTCGTCCATGACAAAAATAATGGGTTGAGATAATACCTGCAAGC
ATGACGCATGTACGTGAACGTGTCTTTACTTATAAAATAAATGAAATAAAGTTTTATTTT
TCTTCCCC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL7141Contig1 659 2 9 U
TCTGCCGAGTCTCCTATCGAGTACCGTGGAGGGAAACCTCCATCCGAGAGGAAGATTCTT
GCATTCTTTGCTGGAAGCATGCATGGATATCTCCGACCGATCCTTGTGCAGCTTTGGGAG
AACAAACAACCTGACATGAAGATCTTCGGTCCAATGCCTCGTGACCCTCAAGGCAAGAAA
CAGTACCGTGAATACATGAAGAGCAGCAGGTACTGTATATGTGCAAGGGGTTATGAAGTC
CATACGCCAAGGGTTGTGGAAGCGATAGTCAACGAATGTGTTCCGGTCATCATTGCTGAC
AACTACGTGCCTCCCTTTTTCGAGGTTCTTAACTGGGAGGAGTTCGCGGTGTTTGTTGAG
GAGAAAGACGTACAGAATCTGAGGAACATTCTGGTGTCGATACCAGAAGAGAGATATATT
GGGATGCAAGCAAGGGTAAAGACGGTGCAGCAACATTTCCTGTGGCATAAGAAACCTGTA
AAGTTTGATCTCTTTCATATGATTTTGCATTCAGTTTGGCACAGCCGAATTAACAGGGTT
AAAACCAGGTCAAGGCATTGACTAGTATGTCAGAAATATTGTAAGGGAACAGATCATTTG
TAACGTTATCAAACTTCAAAGTTAAATATTTCAATAATACAAAGATGAGTTTCCATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G614JQ C 1
AF RR3AM60TF U 38
BS 1 38 RR3G614JQ
BS 39 139 RR3AM60TF
BS 140 140 RR3G614JQ
BS 141 360 RR3AM60TF
BS 361 361 RR3G614JQ
BS 362 646 RR3AM60TF
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BS 648 657 RR3AM60TF
BS 658 659 RR3G614JQ

RD RR3G614JQ 659 0 0
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GCATTCTTTGCTGGAAGCATGCATGGATATCTCCGACCGATCCTTGTGCAGCTTTGGGAG
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AAAACCAGGTCAAGGCATTGACTAGTATGTCAGAAATATTGTAAGGGAACAGATCATTTG
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QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3AM60TF 621 0 0
G
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GATCCTTGTGCAGCTTTGGGAGAACAAACAACCTGACATGATGATCTTCGGTCCAATGCC
TCGTGACCCTCAAGGCAAGAAACAGTACCGTGAATACATGAAGAGCAGCAGGTACTGTAT
ATGTGCAAGGGGTTATGAAGTCCATACGCCAAGGGTTGTGGAAGCGATAGTCAACGAATG
TGTTCCGGTCATCATTGCTGACAACTACGTGCCTCCCTTTTTCGAGGTTCTTAACTGGGA
GGAGTTCGCGGTGTTTGTTGAGTAGAAAGACGTACAGAATCTGAGGAACATTCTGGTGTC
GATACCAGAAGAGAGATATATTGGGATGCAAGCAAGGGTAAAGACGGTGCAGCAACATTT
CCTGTGGCATAAGAAACCTGTAAAGTTTGATCTCTTTCATATGATTTTGCATTCAGTTTG
GCACAGCCGAATTAACAGGGTTAAAACCAGGTCAAGGCATTGACTAGTATGTCAGAAATA
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ACAAAGAT*AGTTTCCATA
T

QA 2 620 2 620
DS 



AS 1 2

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TTAGAAACTATATCGAAATATTATATCTTTGCAGTATAGCTTTTTGTTTGAATATAGTAC
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G


BQ
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10 

AF RR3CI27TF U 1
AF RR3CI27JQ C 1
BS 1 580 RR3CI27TF
BS 581 581 RR3CI27JQ
BS 582 601 RR3CI27TF
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BS 671 706 RR3CI27TF
BS 707 721 RR3CI27JQ

RD RR3CI27TF 706 0 0
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GAGAAAGTGCATGAACTCATACCGGAGCTGCTGAAGAACACGTTGCTGGTGATGAAGACG
ACGGGAGTTTTATTACCAGGTGATGATATCGGAAGTGATAGCTTCTGGCAACTGACTTGG
CTTCATGTCAAGAAGATATCTCCTTCTTTGCAGGCTGAAGTTTTCCCTCGAGAGGAGCTT
GATCAGTTTCAGAGACGAAACGCTAAGCCTGAGGAAGCACCGCTGGTACCGGAAAACCAA
GGTTGAGAAATGAGGATTTGTTTTATACAGAAGAAGAAAA*CATATTGAAGAAGTTTTTT
T*AGAAACTATATCGAAATATTATATCTTTGCAGTATAGCTTTT*GTTTGA*TATAGTAC
TTTGGAGTT*GGAGCTTTTGGATTTTTTTTTATGGAATGTCACGTT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3CI27JQ 721 0 0
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TTCGACGCTGCAATCTTCCCGTTGCTAGACGAGTTGCTCGCTGTGTCAATCGAGAATTCA
AGAAAGACATTCAAGAAAACAGTTGAAGAGACGCTTGTGCTGGCAACAAAGCTCATGTCA
AAGGCCTTTTTTCAAGCTCTCCAGGACATCTCGCAGCAACCATCTTTTTGCAGACTCTGG
CTTGGTGTCTTGGACCGTATGGAGACTTACATGTCGACCAAGTTCAGAGGGAAACGCAGC
GAGAAAGTGCATGAACTCATACCGGAGCTGCTGAAGAACACGTTGCTGGTGATGAAGACG
ACGGGAGTTTTATTACCAGGTGATGATATCGGAAGTGATAGCTTCTGGCAACTGACTTGG
CTTCATGTCAAGAAGATATCTCCTTCTTTGCAGGCTGAAGTTTTCCCTCGAGAGGAGCTT
GATCAGTTTCAGAGACGAAACGCTAAGCCTGAGGAAGCACCGCTGGTACCGGAAAACCAA
GGTTGAGAAATGAGGATTTGTTTTATACAGAAGAAGAAAAACATATTGAAGAAGTTTTTT
TTAGAAACTATATCGAAATATTATATCTTTGCAGTATAGCTTTTTGTTTGAATATAGTAC
TTTGGAGTTTGGAGCTTTTGGATTTTTTTTTATGGAATGTCACGTTGGAATTATGGCTTT
G

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

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TGCGAATCATAGTATTCATTCTTATGGGAATGGGAATGAAAAACAAGAGATTCTTTTTCT
AGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATGAAGCCTCCCGGAA
TTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTCTATTTAGAGAA
CAATCAACATCAAGTTACTTTACCCCTTTTTCCTTTTCATAATAGATTAGTTAACCTAAG
AAAAAAAAAAAAGAACTAGGATTTCAATATATTTTTATTGACCAATTAGAATTGCCTCCC
AGAATCTATAATTGTCTCAAAAAGTCCAATATACATACATTATTGGATCTTTTGAATAAC
AGTCAAGAAGACCTTATCAAAATGGAACATTTTCACATAGAAGATGTAAAAAAGATATTA
GACATTTTAG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AH41JQ C 1
AF RR3AH41TF U 1
BS 1 610 RR3AH41TF

RD RR3AH41JQ 610 0 0
GTCGAGACATAGTTTTACCGCCCTCTTTGATAATACACAGCATATAGCTACCTTAACGGA
ACCAATAAATTTGTGTATTGGATTAAAAATCGAGAGGAATCGCGGATATAGTCTAAAAAT
GTCAAATAACTTTGAAGACCGAAGTTATCCTATAGATGCTGTATTCATGCCTGTTCAAAA
TGCGAATCATAGTATTCATTTTTATGGGAATGGGAATGAAAAACAAGAGATTTTTTTTCT
AGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATGAAGCCTCCCGGAA
TTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTTTACATGTAGAAGAAGAAACGTTTTATTTAGAGAA
CAATCAACATCAAGTTACTTTACCCCTTTTTCCTTTTCATAATAGATTAGTTAACCTAAG
AAAAAAAAAAAAGAACTAGGATTTCAATATATTTTTATTGACCAATTAGAATTGCCTCCC
AGAATCTATAATTGTCTCAAAAAGTCCAATATACATACATTATTGGATCTTTTGAATAAC
AGTCAAGAAGACCTTATCAAAATGGAACATTTTCACATAGAAGATGTAAAAAAGATATTA
GACATTTTAG

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3AH41TF 610 0 0
GTCGAGACATAGTTTTACCGCCCTCTTTGATAATACACAGCATATAGCTACCTTAACGGA
ACCAATAAATTTGTGTATTGGATTAAAAATCGAGAGGAATCGCGGATATAGTCTAAAAAT
GTCAAATAACTTTGAAGACCGAAGTTATCCTATAGATGCTGTATTCATGCCTGTTCAAAA
TGCGAATCATAGTATTCATTCTTATGGGAATGGGAATGAAAAACAAGAGATTCTTTTTCT
AGAAATATGGACAAATGGAAGTTTAACTCCTAAAGAAGCACTTCATGAAGCCTCCCGGAA
TTTGATTAATTTATTTATTCCTTTTCTACATGTAGAAGAAGAAACGTTCTATTTAGAGAA
CAATCAACATCAAGTTACTTTACCCCTTTTTCCTTTTCATAATAGATTAGTTAACCTAAG
AAAAAAAAAAAAGAACTAGGATTTCAATATATTTTTATTGACCAATTAGAATTGCCTCCC
AGAATCTATAATTGTCTCAAAAAGTCCAATATACATACATTATTGGATCTTTTGAATAAC
AGTCAAGAAGACCTTATCAAAATGGAACATTTTCACATAGAAGATGTAAAAAAGATATTA
GACATTTTAG

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL7144Contig1 631 2 3 U
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TGTATCGTCGATTCCTCCATAAAGATCCGATCTCGCGACTTAGAGAGTAAAGGGCGATCG
ATCGATCATGTCATCTCCGGATCCGACGAAGACAGCGAATTCCGATTCCCAATCTCCAAA
GGAAGCTCCTACTCCGTCGGAGGAGCTAGGAGATTCGTCAACTGTTTGGAGAGATCCAGT
AGAATCCGGATCTCCAAACGAAGAAGAAGAGTCGAATCAAGGAGGAGAGGGAGAAGAGGA
GGAAGAGGAAGGAGAGTGCGGGTTTTGCTTGTTCATGAAAGGAGGGGGATGCAAAGAGTC
GTTCACGGCTTGGGAAGTGTGTGTGGAGGAAGCTGAGAAGAACAAGGAAGACATCGTCAC
CAAGTGTATGGAGATCACTAGTACCTTGAAGAAGTGTATGGATGAGCATTCCGATTACTA
CCAGCCGATCCTCGCTGCGGAGAGAGCTGCTGAGCAGCAGGTGAAGAAGGAGCTCGAGGC
CGACAAGGAGAAGATCTCTGAAGAAGAAGCGGCGGCGATGAAGCTAGCTCAGGGTTAAAA
CTGAGAGGGAGGAGATTTAGGTAATTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 

AF RR3EK23TF U 1
AF RR3EN68TF U 9
BS 1 124 RR3EK23TF
BS 125 125 RR3EN68TF
BS 126 631 RR3EK23TF

RD RR3EK23TF 631 0 0
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AGAATCCGGATCTCCAAACGAAGAAGAAGAGTCGAATCAAGGAGGAGAGGGAGAAGAGGA
GGAAGAGGAAGGAGAGTGCGGGTTTTGCTTGTTCATGAAAGGAGGGGGATGCAAAGAGTC
GTTCACGGCTTGGGAAGTGTGTGTGGAGGAAGCTGAGAAGAACAAGGAAGACATCGTCAC
CAAGTGTATGGAGATCACTAGTACCTTGAAGAAGTGTATGGATGAGCATTCCGATTACTA
CCAGCCGATCCTCGCTGCGGAGAGAGCTGCTGAGCAGCAGGTGAAGAAGGAGCTCGAGGC
CGACAAGGAGAAGATCTCTGAAGAAGAAGCGGCGGCGATGAAGCTAGCTCAGGGTTAAAA
CTGAGAGGGAGGAGATTTAGGTAATTTTACC

QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3EN68TF 620 0 0
TGGGG
ACAAATCTACGAGTCGGCGGCGGCAGAAACAACGAACTTTCTTCATCTGTATCGTCGATT
CCTCCATAAAGATCCGATCTCGCGACTTAGGGAGTAAAGGGCGATCGATCGATCATGTCA
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CCGTCGGAGGAGCTAGGAGATTCGTCAACTGTTTGGAGAGATCCAGTAGAATCCGGATCT
CCAAACGAAGAAGAAGAGTCGAATCAAGGAGGAGAGGGAGAAGAGGAGGAAGAGGAAGGA
GAGTGCGGGTTTTGCTTGTTCATGAAAGGAGGGGGATGCAAAGAGTCGTTCACGGCTTGG
GAAGTGTGTGTGGAGGAAGCTGAGAAGAACAAGGAAGACATCGTCACCAAGTGTATGGAG
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GCTGCGGAGAGAGCTGCTGAGCAGCAGGTGAAGAAGGAGCTCGAGGCCGACAAGGAGAAG
A*CTCTGAAGAAGAAGCGGCGGCGATGAAGCTAGCTCAGG*TTAAAACTGAGAGGGAGGA
GATTTAGGTAATTTT

QA 6 620 6 620
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7146Contig1 912 2 6 U
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ATCCATCTCTAGAGACTTCTTAATATCTTTGAAACCTTTTATATCGATTAAAGTCTGAAC
CACCCATTATAACCATCATGATTATTACATGCGACTAAACCAAAAACTTTAAAAATTCAA
TAGTGATGTTAATCTATATCACGATCGGCGTCTTATGATATCATTCTTAATTCCATATAT
TATTAACAATACGGCATCTATATTTGAATTTTGAACCTCAATTCGTTTGGCTAGTTCCGT
AGAAAATTCACGGTGATTACAAGTTAACAAATGCTACAGAGTCATACATGGGAAATTGTA
TAGTAAATTAATCTGAATGAAAGAACTCACGCCCGCAGATGAATTAACTCATCACAGATA
TAGTTTAATGTTTTGCATCATATCTACGAGATTATTGTTCGTGGTCTAGTTTATATAAGA
TTGCTTGTTAAGTTCTCAAATAGTTGACTTTGAGCTAAGAGTAAGTTTTGTAATTAAACA
ATTGTCTCTCTTTATCTCCACTAATAGGAGTAATAAAATAGAGAAGGGTGAGGAGCAAGT
AGGTGACCCATTGATAAGAATATCAAAACTGTTTTGAAAGCAGCCCCTCTGCCGTCACTT
ACCAGCTTATTCTTATCTTTTCCTTATCATTGTTACCAACTAATTATTTATTGTCAAAGC
ACCATTAATTTTCTCTTCCCTTCACAAAATTATTGTACACTGTTGAATAAAAGATAAGAC
ATCATCGATCTACTGTGGTATGACCGTATGAGCAAATTAAGATTGCAAAGTTACTAATCA
ATCATTTTAACAGAAAAGATTATATAAGATTAATATCAGTCTTACCAATAGTTAAAGCCG
AAAACTAAGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BQ02TF U 1
AF RR3BQ02JQ C 64
BS 1 696 RR3BQ02TF
BS 697 697 RR3BQ02JQ
BS 698 705 RR3BQ02TF
BS 706 706 RR3BQ02JQ
BS 707 717 RR3BQ02TF
BS 718 912 RR3BQ02JQ

RD RR3BQ02TF 717 0 0
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ATCCATCTCTAGAGACTTCTTAATATCTTTGAAACCTTTTATATCGATTAAAGTCTGAAC
CACCCATTATAACCATCATGATTATTACATGCGACTAAACCAAAAACTTTAAAAATTCAA
TAGTGATGTTAATCTATATCACGATCGGCGTCTTATGATATCATTCTTAATTCCATATAT
TATTAACAATACGGCATCTATATTTGAATTTTGAACCTCAATTCGTTTGGCTAGTTCCGT
AGAAAATTCACGGTGATTACAAGTTAACAAATGCTACAGAGTCATACATGGGAAATTGTA
TAGTAAATTAATCTGAATGAAAGAACTCACGCCCGCAGATGAATTAACTCATCACAGATA
TAGTTTAATGTTTTGCATCATATCTACGAGATTATTGTTCGTGGTCTAGTTTATATAAGA
TTGCTTGTTAAGTTCTCAAATAGTTGACTTTGAGCTAAGAGTAAGTTTTGTAATTAAACA
ATTGTCTCTCTTTATCTCCACTAATAGGAGTAATAAAATAGAGAAGGGTGAGGAGCAAGT
AGGTGACCCATTGATAAGAATATCAAAACTGTTTTGAAAGCAGCCCCTCTGCCGTCACTT
ACCAGCTTATTCTTATCTTTTCCTTATCATTGTTAC*AACTAATT*TTTATTGTCAA

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3BQ02JQ 849 0 0
CATCTCTAGAGACT*CTTAATATCTTTGAAAC*TTTTATATCGATTAAAGTCTGAACCAC
CCATTATAACCATCATGATTATTACATGCGACTAAACCAAAAACTTTAAAAATTCAATAG
TGATGTTAATCTATATCACGATCGGCGTCTTATGATATCATTCTTAATTCCATATATTAT
TAACAATACGGCATCTATATTTGAATTTTGAACCTCAATTCGTTTGGCTAGTTCCGTAGA
AAATTCACGGTGATTACAAGTTAACAAATGCTACAGAGTCATACATGGGAAATTGTATAG
TAAATTAATCTGAATGAAAGAACTCACGCCCGCAGATGAATTAACTCATCACAGATATAG
TTTAATGTTTTGCATCATATCTACGAGATTATTGTTCGTGGTCTAGTTTATATAAGATTG
CTTGTTAAGTTCTCAAATAGTTGACTTTGAGCTAAGAGTAAGTTTTGTAATTAAACAATT
GTCTCTCTTTATCTCCACTAATAGGAGTAATAAAATAGAGAAGGGTGAGGAGCAAGTAGG
TGACCCATTGATAAGAATATCAAAACTGTTTTGAAAGCAGCCCCTCTGCCGTCACTTACC
AGCTTATTTTTATCTTTTCCTTATCATTGTTACCAACTAATTATTTATTGTCAAAGCACC
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ATCGATCTACTGTGGTATGACCGTATGAGCAAATTAAGATTGCAAAGTTACTAATCAATC
ATTTTAACAGAAAAGATTATATAAGATTAATATCAGTCTTACCAATAGTTAAAGCCGAAA
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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3A978JQ C 1
AF RR3A978TF U 1
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QA 1 632 1 632
DS 

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ATGTACAATACAATTCGTTACGGATACGAACCAGAGTGGTTTGGTTTGGTTTATAATCTT
TCTCTAGACTTTGTTTCGTGTTTTACTTGAAATATGTTAACGTTGCACATTTATCTTTGA
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QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

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CATCTTCTTCTTCTGGAATAAACTTTATTTGTGACCACAAGTTGTTCACCTGATCGGATC
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AAAATTAACGAATTAACCTAATGATTTTCGAACGACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AP19TF C 1
AF RR3AP19JQ U 7
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BS 7 638 RR3AP19JQ

RD RR3AP19TF 638 0 0
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CATCTTCTTCTTCTGGAATAAACTTTATTTGTGACCACAAGTTGTTCACCTGATCGGATC
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DS 

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CCATTCATCGTGTCCGATGTGCTTCGGACAGCCATGGTAAGCTTTGTGGATGTAGTACTG
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CCACACCAGCGACATCTTCTTCTTCCTTCCTGATTCTCCTTCTCTCCATCACACACCGGT
GGTGGGATGAGACTTCCGGGTTAACTTGTCGGCGGCGAGATGTTAGAACCCGGGAAAATT
AACGAATTAACCTAATGATTTTCGAACGACCC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL7149Contig1 1144 2 2 U
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GCTATAAAAAGGCTTGCTTTCCTCCCGTGAACATCATTATCATCCTCGCCTTTAGGAAGC
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GATATTGTCTTCTGATGCTATTGAGACTTGATAAATATCAGTGATACTGATGACGAATCT
CTGCTCTATGGTTCTGGAAGCTACAATCTCATGTGTTATTAACAACGTAGAATCACCCAC
TCAGATAGGAAAACATTTTAAAATGCAAACTTTCTAATTACAAACGAATGGGCTCGAAAA
TTAGTGATAAAAAGTTTGTTTGGATCATTAACATGTACCAATCGTCACCCCCGGTGCTCT
TTTC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3AL41TF U 1
AF RR3AL41JQ C 412
BS 1 686 RR3AL41TF
BS 687 1144 RR3AL41JQ

RD RR3AL41TF 686 0 0
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GATGTATAGTGATTTGGGTATCATTTATTGATTAAGAAACCTTGAGTTTAGATGATATTG
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QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3AL41JQ 733 0 0
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TTTATTGATTTACAAAGCTTGAGTTTAAATGCTTTTGATTTCGTTTATTGATTGTGTTTT
TGTTTGTTACTGTAACATTTTTTTTGGTTTCGTTTATTGCTTCTTGAGCAGATACCGTGT
GCAGATAAGTGTTATTGCTTCTTCTGTGTAAATAATCAGGTTCTGCACCCCCAAGGATCG
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ATTGGGGGTGATATTGTCTTCTGATGCTATTGAGACTTGATAAATATCAGTGATACTGAT
GACGAATCTCTGCTCTATGGTTCTGGAAGCTACAATCTCATGTGTTATTAACAACGTAGA
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GCTCGAAAATTAGTGATAAAAAGTTTGTTTGGATCATTAACATGTACCAATCGTCACCCC
CGGTGCTCTTTTC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B448JQ C 1
AF RR3B448TF U 1
BS 1 632 RR3B448TF

RD RR3B448JQ 632 0 0
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GGTTACTGATTCTTCTTGAGTTTGTTTTTATATTTGTTTAGAACAGAGTTCCTTCTTGAA
CTAGTACTCTGTGTTATTTGTGATCTCTTAAGTTCTTTAACTCCCCCCTGCAACTATGTT
TTCGTATTTGAAATGAATAACATTAATGTAGT

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3B448TF 632 0 0
GGATGTACACGTATCCGTTGCATCTATTTTATATAACTTTCTTTACAATCAGATTGGTTT
TACTCGGAATGTGGAGATAAAAAAGTGGTTGTTGTTTCCTATGATGCATTCGACGGTGCA
GCATGGTGGGAACAAGAGTGGCAAGTCCTCCACCAACAATGTATGGGCTAACAACCCCAA
TCTGGCAAAGACAATGGCAGCTTTAGATGAGTTCAAATCTGGATTCCCGTCAAAGGGTTT
AGCAACCGTGTCAAACAAATGGTGGGGGACAGGAACAGAGATTACTGAAGATGTCAAGGA
CAAAGCAGAAGTAGCTTCTGATAAGCAAAGTTCTTTGCTAGCTATTAGGAAAAGAATAGC
TGAAGAAGGAAGAGAAGCTCTTGAACTTGGTGTCAGTCAAGGATTTGGTTCCAAAAGACC
AGACAAGAGAGATCAGCATCTTCTGTCTCAGATCTTCAAGTCTTCCCTGCCTAAGCATTG
GGTTACTGATTCTTCTTGAGTTTGTTTTTATATTTGTTTAGAACAGAGTTCCTTCTTGAA
CTAGTACTCTGTGTTATTTGTGATCTCTTAAGTTCTTTAACTCCCCCCTGCAACTATGTT
TTCGTATTTGAAATGAATAACATTAATGTAGT

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL7151Contig1 843 2 4 U
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TCTCTTTAACTTCCTCCATCGCTTGTTCATCTTCAATGACTGACCGATGGTGGATGAGCT
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TAGTTTGTGGTGTTTAATTTATCTAGTTACAAACTTGATTTTTACAAAAACAGATCTAGA
TCTCAGTTCTCAGATCTTAAGGTGGTGATGGTGAATCAAAGGCGGTGCTAGAATGGTGGT
TATGTGGCTGTTCTTCGTCGCTAGAGATCTCGCCTTGAAGGGTTCCCGATGTCAGATCCA
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CTTTCTTGCATTTTGCTGTGGGTTTTGATGGTTAAAGCGTTGGTTCCTCGGCTCCCTCTG
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CAGCCTGGATCACTCCAATAAAGTCAGTGTTATGTGCTATCCTCCATATCCTTCCTCCCT
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GTT


BQ
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10 10 10 

AF RR3GG37TF U 1
AF RR3GG37JQ C 279
BS 1 692 RR3GG37TF
BS 693 693 RR3GG37JQ
BS 694 720 RR3GG37TF
BS 721 843 RR3GG37JQ

RD RR3GG37TF 720 0 0
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TCTCTTTAACTTCCTCCATCGCTTGTTCATCTTCAATGACTGACCGATGGTGGATGAGCT
TCCATAGCCACGTCGTCGGTCCAATCCTTTTCTTTTCTTTGTTTGTGTTTCATTTTCTTG
TAGTTTGTGGTGTTTAATTTATCTAGTTACAAACTTGATTTTTACAAAAACAGATCTAGA
TCTCAGTTCTCAGATCTTAAGGTGGTGATGGTGAATCAAAGGCGGTGCTAGAATGGTGGT
TATGTGGCTGTTCTTCGTCGCTAGAGATCTCGCCTTGAAGGGTTCCCGATGTCAGATCCA
AGGGTCACCTCGGTCCTTTTGTAGGTCCAAAGTTTTCTCCTTTTTGATTTTGTTGTTGAC
TCTAGGCCTCTTCGATTTGGCCGTGGTTATTGGTTAGGCTTCTGGTGTTGATTGTTCTGT
GGTTGGAAGATTTGATTTTCCATGGCTTAGTTAGTTTTTGTATAGATCCTGAGTTGACCT
CTCCTTTGTACCTCTCGGGTTACGGATCTCCGGCTCATATTCAAGGAAGAGGAGCTTCGG
CTTTCTTGCATTTTGCTGTGGGTTTTGATGGTTAAAGCGTTGGTTCCTCGGCTCCCTCTG
CTGATTCCTTGCGGCTGTACTCGTGGCTCTAG*TATGTTCCAAAGCAGTATAGTGAGTTT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3GG37JQ 565 0 0
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AGGGTTCCCGATGTCAGATCCAAGGGTCACCTCGGTCCTTTTGTAGGTCCAAAGTTTTCT
CCTTTTTGATTTTGTTGTTGACTCTAGGCCTCTTCGATTTGGCCGTGGTTATTGGTTAGG
CTTCTGGTGTTGATTGTTCTGTGGTTGGAAGATTTGATTTTCCATGGCTTAGTTAGTTTT
TGTATAGATCCTGAGTTGACCTCTCCTTTGTACCTCTCGGGTTACGGATCTCCGGCTCAT
ATTCAAGGAAGAGGAGCTTCGGCTTTCTTGCATTTTGCTGTGGGTTTTGATGGTTAAAGC
GTTGGTTCCTCGGCTCCCTCTGCTGATTCCTTGCGGCTGTACTCGTGGCTCTAGGTATGT
TCCAAAGCAGTATAGTGAGTTTCAGCCTGGATCACTCCAATAAAGTCAGTGTTATGTGCT
ATCCTCCATATCCTTCCTCCCTCCTTGGATGATTCTTCTTCTCAGTTTCCTTGAATTTTA
AATGTGATCTCTGTTTTTGTTGGTT

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

CO CL7152Contig1 794 2 2 U
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TTTTTTTTGTAATTTTTTCCGTCTCTCCTTTGGTAGTGAAAATGGATATGTACAACGATG
ATAGCTCTCCGTACTGTTATTTCCATCCAAAGGAAGAATATGTTGGTTGTGTCCTCTCTG
TTTGAACGAGAGGCTTCTGGTTTTAGCTTCAAAGCAGAGATCATCAAAAACCAGACACTT
TTCATCTTCGCCAAGCATTAGCCTCCCTAAGATCTTCACCTTGAGCTCTCTCCTCAGTCG
CTTAGATTTCCGTCACCACCGGAAATTCCATCCCTCTTCCGATCTTGAAGTCTCCACAAG
CCAAGAAGATTCTTTTATTTCCATAAAATTCGAAAACGATGGAAACGCCTCTTGGGAGAG
GAAAACAGTGTCAAAGGTTTGTGTAGACAACACAAACTCAACATGTAAGAAGCAGCAAGC
CCCTCTCACGAGCACTACGAGTATCGTAGAGCACAATAGTGCCAAGTCATCTCTTAAGTG
GCGCAAACGTATTGGTCATCTTTTCCGTGTCATCAAACTCAGATCAGGATTGCCCACCTC
TTCTTGTCATGTGGCATCATCCAAGGTCGAAGGAACCAAAGCGAGGAAACATGGTTGGAT
GGTTAGGACTTTAACCAGAAGAAAATCCAGGAAAAATAAAACGTGAATTTTTATTTTTCA
TATGTTTATTTATTAAACTTAGACAAAAGTTTCTATATTATTTTTTCTGAGTTTAATATT
TGGTTTGGTCGTTA


BQ
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AF RR3EK58TF U 1
AF RR3EK58JQ C 250
BS 1 534 RR3EK58TF
BS 535 794 RR3EK58JQ

RD RR3EK58TF 534 0 0
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TTTTTTTTGTAATTTTTTCCGTCTCTCCTTTGGTAGTGAAAATGGATATGTACAACGATG
ATAGCTCTCCGTACTGTTATTTCCATCCAAAGGAAGAATATGTTGGTTGTGTCCTCTCTG
TTTGAACGAGAGGCTTCTGGTTTTAGCTTCAAAGCAGAGATCATCAAAAACCAGACACTT
TTCATCTTCGCCAAGCATTAGCCTCCCTAAGATCTTCACCTTGAGCTCTCTCCTCAGTCG
CTTAGATTTCCGTCACCACCGGAAATTCCATCCCTCTTCCGATCTTGAAGTCTCCACAAG
CCAAGAAGATTCTTTTATTTCCATAAAATTCGAAAACGATGGAAACGCCTCTTGGGAGAG
GAAAACAGTGTCAAAGGTTTGTGTAGACAACACAAACTCAACATGTAAGAAGCAGCAAGC
CCCTCTCACGAGCACTACGAGTATCGTAGAGCACAATAGTGCCAAGTCATCTCT

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR3EK58JQ 545 0 0
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CCGTCACCACCGGAAATTCCATCCCTCTTCCGATCTTGAAGTCTCCACAAGCCAAGAAGA
TTCTTTTATTTCCATAAAATTCGAAAACGATGGAAACGCCTCTTGGGAGAGGAAAACAGT
GTCAAAGGTTTGTGTAGACAACACAAACTCAACATGTAAGAAGCAGCAAGCCCCTCTCAC
GAGCACTACGAGTATCGTAGAGCACAATAGTGCCAAGTCATCTCTTAAGTGGCGCAAACG
TATTGGTCATCTTTTCCGTGTCATCAAACTCAGATCAGGATTGCCCACCTCTTCTTGTCA
TGTGGCATCATCCAAGGTCGAAGGAACCAAAGCGAGGAAACATGGTTGGATGGTTAGGAC
TTTAACCAGAAGAAAATCCAGGAAAAATAAAACGTGAATTTTTATTTTTCATATGTTTAT
TTATTAAACTTAGACAAAAGTTTCTATATTATTTTTTCTGAGTTTAATATTTGGTTTGGT
CGTTA

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

CO CL7153Contig1 739 2 2 U
GGGACCAAAAACCCTTCAAAAGATCCCAACTTTCCTCCGAAACAATGGCGGCTTCATCGT
CTCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTGACGTGTCCTCCGATTCGTCAGACTCCCATCGCC
GCCGCAATGATCGCCGTCGCCACCGAAGAAGCGATCGGGACAAGGACTCGCTCAAGGTAC
GGAAGAAGAGCCGGTCCAGCTCGAAACGACGCCGTAAGCGCCACCGCTCTTCCGATTCAT
CTGATTCTTCTTACTCCGATTCCTCCTCCAGTGAGAGTTCAGAGAGTGAGCATGAGAGGT
CACGAAGGCACAAGAAGCATGACAAGCCAAAGAAGGCTAAGGATAAGGAGAGAAGCAAGA
GTCATCGTCATAAACGACATAAGAATAACAGAGACAGAAAGAACGGGGAAGGAGAAGGAA
GCAGCGGGCCTGTTAAACTATCCAAGTTTTTAGGACGGGACAAGGACGATGGTGGTGAGC
GTAGAAGTGCTGTCTCTGGGAAAAAGATAATGCTGAAGGTTGATAAGTCCAAAGAGGACA
AAGCTGCAGAGAGCAAGAGGAATGAGTTGCTTAAGTTCTTGAATGCAAGTTTCGACTAGT
TATTATTCTCAACACCCAAAAATGTACCAGACCCTCTTTGATCAGATTCTAGGGTCTGAT
TATTAAGATTTTCGTTTTGTTTGTTTATTCAAAATTGGATTTGGTTTTCGTTTAATATCA
ATTTTATGGTTTGGTTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DY43TF U 1
AF RR3DY43JQ C 5
BS 1 622 RR3DY43TF
BS 623 739 RR3DY43JQ

RD RR3DY43TF 622 0 0
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CTCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTGACGTGTCCTCCGATTCGTCAGACTCCCATCGCC
GCCGCAATGATCGCCGTCGCCACCGAAGAAGCGATCGGGACAAGGACTCGCTCAAGGTAC
GGAAGAAGAGCCGGTCCAGCTCGAAACGACGCCGTAAGCGCCACCGCTCTTCCGATTCAT
CTGATTCTTCTTACTCCGATTCCTCCTCCAGTGAGAGTTCAGAGAGTGAGCATGAGAGGT
CACGAAGGCACAAGAAGCATGACAAGCCAAAGAAGGCTAAGGATAAGGAGAGAAGCAAGA
GTCATCGTCATAAACGACATAAGAATAACAGAGACAGAAAGAACGGGGAAGGAGAAGGAA
GCAGCGGGCCTGTTAAACTATCCAAGTTTTTAGGACGGGACAAGGACGATGGTGGTGAGC
GTAGAAGTGCTGTCTCTGGGAAAAAGATAATGCTGAAGGTTGATAAGTCCAAAGAGGACA
AAGCTGCAGAGAGCAAGAGGAATGAGTTGCTTAAGTTCTTGAATGCAAGTTTCGACTAGT
TATTATTCTCAACACCCAAAAA

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3DY43JQ 735 0 0
ACC
AAAACCCTTCAAAAGATCCCAACTT*CCTCCGAAACAATGGCGGCTTCATCGTCTCCCTC
CTCCTCCTCCTCCTCCTCTGACGTGTCCTCCGATTCGTCAGACTCCCATCGCCGCCGCAA
TGATCGCCGTCGCCACCGAAGAAGCGATCGGGACAAGGACTCGCTCAAGGTACGGAAGAA
GAGCCGGTCCAGCTCGAAACGACGCCGTAAGCGCCACCGCTCTTCCGATTCATTTGATTC
TTCTTACTCCGATTCCTCCTCCAGTGAGAGTTCAGAGAGTGAGCATGAGAGGTCACGAAG
GCACAAGAAGCATGACAAGCCAAAGAAGGCTAAGGATAAGGAGAGAAGCAAGAGTCATCG
TCATAAACGACATAAGAATAACAGAGACAGAAAGAACGGGGAAGGAGAAGGAAGCAGCGG
GCCTGTTAAACTATCCAAGTTTTTAGGACGGGACAAGGACGATGGTGGTGAGCGTAGAAG
TGCTGTCTCTGGGAAAAAGATAATGCTGAAGGTTGATAAGTCCAAAGAGGACAAAGCTGC
AGAGAGCAAGAGGAATGAGTTGCTTAAGTTCTTGAATGCAAGTTTCGACTAGTTATTATT
CTCAACACCCAAAAATGTACCAGACCCTCTTTGATCAGATTCTAGGGTCTGATTATTAAG
ATTTTCGTTTTGTTTGTTTATTCAAAATTGGATTTGGTTTTCGTTTAATATCAATTTTAT
GGTTTGGTTTTG

QA 4 735 4 735
DS 



AS 1 2

CO CL7154Contig1 988 2 2 U
GGACACATTTCCATCATCGATTCTTCCGGCTTGCTCTCAGAAGAGTAAAATTCTAAGTTC
GTCCTTCGATTTTGCTAGGATTTCGATATGCGCATTTTGACTCGTTTAACCTCCACTATT
GACGCCGTCACTCGATCGATTGCTTTTGACGTGTATGTAATAATCTGTGTATTCATTCAT
AGGTTGATCGGAAGCGCTAGGGATCTGTGAAGAGAGAGAGCAATGGCGAATCGAATAGAC
CACGAGTACGATTACTTGTTCAAGATCGTCCTCATCGGCGACTCCGGCGTCGGCAAATCC
AACATCCTCTCCAGATTCACCAGAAACGAGTTCTGCCTCGAATCCAAATCCACCATCGGC
GTCGAATTCGCCACCAGAACTCTCCAGGTTGAAGGCAAAACAGTGAAGGCTCAGATTTGG
GATACAGCAGGGCAAGAGCGTTACCGAGCCATCACCAGCGCTTACTACAGAGGAGCCGTC
GGAGCTCTCCTCGTCTACGACATCACCAAGAGGCAGACCTTCGAGAACGTCCTGAGGTGG
TTACGCGAGCTCAGGGACCACGCCGATTCCAACATCGTGATCATGATGGCCGGTAACAAA
TCGGATCTGAACCACCTGAGATCCGTCGCTGATGAGGACGGGAGGTCTCTGGCTGAGAAG
GAAGGTTTGTCGTTTCTGGAGACGTCTGCTTTGGAAGCGAGTAACATCGAGAAAGCGTTT
CAGACTATATTGTCTGAGATTTATCATATCGTGAGCAAGAAGGCGTTGGCGGCGCAGGAA
GCTGCGGGTAATCTTCAGGTTCCGGTCAAGGTACTGCTATTAACATAACGGATTCGTCTG
TGGGTAAGAGTAAAGGATGCTGTTCTACTTAGTTACCCTCAATGACTTTAATCAATCAGT
CACACGTTTGATCTTTTACCAATTTTTTTTTTTTGGTTCTTGGCTTGATTTCAGCAATTA
TAGCATTACCTTTTTGCTTCAAAAACCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EE45TF U 1
AF RR3EE45JQ C 79
BS 1 632 RR3EE45TF
BS 633 988 RR3EE45JQ

RD RR3EE45TF 632 0 0
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GTCCTTCGATTTTGCTAGGATTTCGATATGCGCATTTTGACTCGTTTAACCTCCACTATT
GACGCCGTCACTCGATCGATTGCTTTTGACGTGTATGTAATAATCTGTGTATTCATTCAT
AGGTTGATCGGAAGCGCTAGGGATCTGTGAAGAGAGAGAGCAATGGCGAATCGAATAGAC
CACGAGTACGATTACTTGTTCAAGATCGTCCTCATCGGCGACTCCGGCGTCGGCAAATCC
AACATCCTCTCCAGATTCACCAGAAACGAGTTCTGCCTCGAATCCAAATCCACCATCGGC
GTCGAATTCGCCACCAGAACTCTCCAGGTTGAAGGCAAAACAGTGAAGGCTCAGATTTGG
GATACAGCAGGGCAAGAGCGTTACCGAGCCATCACCAGCGCTTACTACAGAGGAGCCGTC
GGAGCTCTCCTCGTCTACGACATCACCAAGAGGCAGACCTTCGAGAACGTCCTGAGGTGG
TTACGCGAGCTCAGGGACCACGCCGATTCCAACATCGTGATCATGATGGCCGGTAACAAA
TCGGATCTGAACCACCTGAGATCCGTCGCTGA

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3EE45JQ 910 0 0
AGA
TTCGATATGCGCATTT*GACTCGTT*AACCTCCACTATTGACGCCGTCACTCGATCGATT
GCTTT*GACGTGTATGTAATAATCTGTGTATTCATTCATAGGTTGATCGGAAGCGCTAGG
GATCTGTGAAGAGAGAGAGCAATGGCGAATCGAATAGACCACGAGTACGATTACTTGTTC
AAGATCGTCCTCATCGGCGACTCCGGCGTCGGCAAATCCAACATCCTCTCCAGATTCACC
AGAAACGAGTTCTGCCTCGAATCCAAATCCACCATCGGCGTCGAATTCGCCACCAGAACT
CTCCAGGTTGAAGGCAAAACAGTGAAGGCTCAGATTTGGGATACAGCAGGGCAAGAGCGT
TACCGAGCCATCACCAGCGCTTACTACAGAGGAGCCGTCGGAGCTCTCCTCGTCTACGAC
ATCACCAAGAGGCAGACCTTCGAGAACGTCCTGAGGTGGTTACGCGAGCTCAGGGACCAC
GCCGATTCCAACATCGTGATCATGATGGCCGGTAACAAATCGGATCTGAACCACCTGAGA
TCCGTCGCTGATGAGGACGGGAGGTCTCTGGCTGAGAAGGAAGGTTTGTCGTTTCTGGAG
ACGTCTGCTTTGGAAGCGAGTAACATCGAGAAAGCGTTTCAGACTATATTGTCTGAGATT
TATCATATCGTGAGCAAGAAGGCGTTGGCGGCGCAGGAAGCTGCGGGTAATCTTCAGGTT
CCGGTCAAGGTACTGCTATTAACATAACGGATTCGTCTGTGGGTAAGAGTAAAGGATGCT
GTTCTACTTAGTTACCCTCAATGACTTTAATCAATCAGTCACACGTTTGATCTTTTACCA
ATTTTTTTTTTTTGGTTCTTGGCTTGATTTCAGCAATTATAGCATTACCTTTTTGCTTCA
AAAACCT

QA 4 910 4 910
DS 



AS 1 2

CO CL7155Contig1 688 2 3 U
GGAAGGAAAGATAAATCAACTGTACCGGCGACGATGACGAAGACGCCGCCGTTAGTGACG
GGGAGAGAGTTGTAGTGGCAGTTGTGGTTTCTCGCGTGATCCTCTCTCTCATCTCCCATG
GCTTCTCCCTCTTCCTCCTCTGCCTCTCCGCCTTCCTCGTGGAAATCCGAGCCAAGACTT
CTCCCTTTCTTCTCCCTCGTTTCTGCTCCAGACGAGGTGCATCTTCAGGGATATTGCTGG
GAGCAGTAACACTTCCTTCTGTTATGTTATCTAAGTTGGTACAGCTTACATGATCCATCT
CACTTCATGAAGATGAGCTCTCCCATGTGACAATGCAGTACTGGGCAGCATCTGCAAGCT
GCTGCGCCATACTTATATATCTCTCTGTAATTATGTCTCAAACCAAGAAAACTGAGTCTT
TTTCCTCGTCGCTTTGGCTTACGAGAGTTAGTTTAACTGGCACGGTCTTGTATGGAGTGG
CATGCTTTGTTTCACTTTCCATGATATCACACACTGGCTTGAAAACATCATTAAAAATGT
TGTGGATGTTATTTCACGGCCTTGCTGCTGTGAAGTTAATTCGACATTTGCTCTGCTCTT
TCCCTTCTTGTGCCTCCATCGGGGAAGCACTTCTTGTAACCAGTGGCCTTGTTCTCTATT
TTGGCGACTTTCTCGCGTGCACAATTGC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA16TF U 1
AF RR3F553TF U 1
BS 1 194 RR3CA16TF
BS 195 195 RR3F553TF
BS 196 688 RR3CA16TF

RD RR3CA16TF 688 0 0
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GGGAGAGAGTTGTAGTGGCAGTTGTGGTTTCTCGCGTGATCCTCTCTCTCATCTCCCATG
GCTTCTCCCTCTTCCTCCTCTGCCTCTCCGCCTTCCTCGTGGAAATCCGAGCCAAGACTT
CTCCCTTTCTTCTCTCTCGTTTCTGCTCCAGACGAGGTGCATCTTCAGGGATATTGCTGG
GAGCAGTAACACTTCCTTCTGTTATGTTATCTAAGTTGGTACAGCTTACATGATCCATCT
CACTTCATGAAGATGAGCTCTCCCATGTGACAATGCAGTACTGGGCAGCATCTGCAAGCT
GCTGCGCCATACTTATATATCTCTCTGTAATTATGTCTCAAACCAAGAAAACTGAGTCTT
TTTCCTCGTCGCTTTGGCTTACGAGAGTTAGTTTAACTGGCACGGTCTTGTATGGAGTGG
CATGCTTTGTTTCACTTTCCATGATATCACACACTGGCTTGAAAACATCATTAAAAATGT
TGTGGATGTTATTTCACGGCCTTGCTGCTGTGAAGTTAATTCGACATTTGCTCTGCTCTT
TCCCTTCTTGTGCCTCCATCGGGGAAGCACTTCTTGTAACCAGTGGCCTTGTTCTCTATT
TTGGCGACTTTCTCGCGTGCACAATTGC

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3F553TF 679 0 0
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GGGAGAGAGTTGTAGTGGCAGTTGTGGTTTCTCGCGTGATCCTCTCTCTCATCTCCCATG
GCTTCTCCCTCTTCCTCCTCTGCCTCTCCGCCTTCCTCGTGGAAATCCGAGCCAAGACTT
CTCCCTTTCTTCTCCCTCGTTTCTGCTCCAGACGAGGTGCATCTTCAGGGATATTGCTGG
GAGCAGTAACACTTCCTTCTGTTATGTTATCTAAGTTGGTACAGCTTACATGATCCATCT
CACTTCATGAAGATGAGCTCTCCCATGTGACAATGCAGTACTGGGCAGCATCTGCAAGCT
GCTGCGCCATACTTATATATCTCTCTGTAATTATGTCTCAAACCAAGAAAACTGAGTCTT
TTTCCTCGTCGCTTTGGCTTACGAGAGTTAGTTTAACTGGCACGGTCTTGTATGGAGTGG
CATGCTTTGTTTCACTTTCCATGATATCACACACTGGCTTGAAAACATCATTAAAAATGT
TGTGGATGTTATTTCACGGCCTTGCTGCTGTGAAGTTAATTCGACATTTGCTCTGCTCTT
TCCCTTCTTGTGCCTCCATCGGGGAAGCACTTCTTGTAACCAGTGGCCTTGTTCTCTATT
TTGGCGACTTTCTCGCGTG

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

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AAACAAAATAAATATGTGTGTACGAGTGCTTGTACGTTACGGACCAGTAAGCTAGAGAAG
CCTGGATGGTTTACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CD41JQ C 1
AF RR3CD41TF U 1
BS 1 675 RR3CD41TF

RD RR3CD41JQ 675 0 0
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CCTGGATGGTTTACC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3CD41TF 675 0 0
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ACATCACCAAGTGATGCTCTCATTGACATTGTCAATCAAACTATGGAGAGCTTCAGGCGC
AAGAACAAAAGAGCCATCGCTGAAGGAGGAGCCAATTGTTCTCTTTACAAAGAAGCTGAC
AAGTACTGCAGATTGATCTCTTGGAGACTCCCGCCTGTAAGTGCCATGACAGCTGGAGTA
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TCTGTAGCATAGTTTAGTGTTCCGTTTTTTGTTACGCCTTATCCTCTAGAGAAAGCAAGG
AAACAAAATAAATATGTGTGTACGAGTGCTTGTACGTTACGGACCAGTAAGCTAGAGAAG
CCTGGATGGTTTACC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL7157Contig1 709 2 3 U
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AACTTTGAAACTCAAAAGTGTATTCTAACTTCTAACACTCCGCTCTATCTTCAACTTTCC
TGGATCTTCTTGTGTGGAAGTAGATGTTTAATTGATCAGTAAATAGCAGGTTCTTCATCT
CCTCCAACTGTTTCCGGCTTCTCTCCATTTCCAAATCCAGTTTCTCGAAATGTACAATCC
TATCTCTAATCTTCATCATATCTACTTCTACAATCTCTCTGATGGCTCCTTCTACTTCTT
TCTCTTCCTTCTCAACCAGCGATTTAGCTTCAGCCACAGCTCTCTCTGAGTCGTTACCTT
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BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EM35JQ U 2
AF RR3CF70JQ U 1
BS 1 173 RR3CF70JQ
BS 174 174 RR3EM35JQ
BS 175 709 RR3CF70JQ

RD RR3EM35JQ 642 0 0
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GGATCTTCTTGTGTGGAAGTAGATGTTTAATTGATCAGTAAATAGCAGGTTCTTCATCTC
CTCCAACTGTTTCCGGCTTCTCTCCATTTCCAAATCCAGTTTCTCGAAATGTACAATCCT
ATCTCTAATCTTCATCATCTCTACTTCTACAATCTCTCTGATGGCTCCTTCTACTTCTTT
CTCTTCCTTCTCAACCAGCGATTTAGCTTCAGCCACAGCTCTCTCTGAGTCGTTACCTTT
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AAGAAAAGCAGCCTGAGCCATAATAGGGTTGCTTGCATCTGCAAGAGGCGTCAATTTCAT
CCGCTTATTATCGGGAGAAGACGAACCATCTTTAACTTTTCC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3CF70JQ 709 0 0
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ATTTTGCTACAAGGAATGTTAATAAGTAAACTACAAACACAGGAAGAGATCATAGTTTGA
AACTTTGAAACTCAAAAGTGTATTCTAACTTCTAACACTCCGCTCTATCTTCAGCTTTCC
TGGATCTTCTTGTGTGGAAGTAGATGTTTAATTGATCAGTAAATAGCAGGTTCTTCATCT
CCTCCAACTGTTTCCGGCTTCTCTCCATTTCCAAATCCAGTTTCTCGAAATGTACAATCC
TATCTCTAATCTTCATCATATCTACTTCTACAATCTCTCTGATGGCTCCTTCTACTTCTT
TCTCTTCCTTCTCAACCAGCGATTTAGCTTCAGCCACAGCTCTCTCTGAGTCGTTACCTT
TGATCTCTTGTCGATTTGGGTCTCCACCAGTGTTTTTGTCAGCCTCGTGGTCTACATCAA
ATAGAGCTGTCACTGCAGCTCGAGCTGCTGCTTCTGCAACTTTTGTGCCAGCCAAAGCTG
AAAGAAAAGCAGCCTGAGCCATAATAGGGTTGCTTGCATCTGCAAGAGGCGTCAATTTCA
TCCGCTTATTATCGGGAGAAGACGAACCATCTTTAACTTTTCCTTCAGTCTCAGGATCAG
CAGAGCCCTTGATCTGATCAAAAGTCTCCAAAGCATCCTCAGAGTCAGA

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

CO CL7158Contig1 639 2 2 U
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TTGTCAAATATATTACGTTTTGTAGCTGAGAGTCTGAGACAATGTATTGGTAGGGGTGGG
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GGTTGGGCTGCTGTATTTAACGCCTATGTAGCTTGTGATCACATACGTTGATCCTATTAG
TCCAAGAAGTCCTATCTTACAGAGTATTGAGAAACTTAGTGGAGGAAGTGATCTTGACCT
GTTGGAGAAGAGATGAGAAGGAAGAAGGAGAAGAGAAGCAAGAAGATAAGAATAGCCGAG
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AATACCGGTCTCTGACGCAAGCATGGCCGTCAAGAACATGGCTTCTCTGCGCCAGAGACT
TACGGCTTCAGCCATTTCTGGAAATGATAGAGATCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AN79TF C 1
AF RR3AN79JQ U 2
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TACGGCTTCAGCCATTTCTGGAAATGATAGAGATCTTCC

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DS 

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AGCCATTTCTGGAAATGATAGAGATCTTCC

QA 9 638 9 638
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AA96JQ U 30
AF RR3CJ51JQ U 1
BS 1 817 RR3CJ51JQ

RD RR3AA96JQ 638 0 0
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DS 

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QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

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ATAATATGCTAAAAATAATAATAATGAATGCGCCTTTTCAGATTGTGTAGTTATAGTGTT
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BQ
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DS 



AS 1 2

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BQ
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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3FB04JQ C 1
AF RR3FB04TF U 1
BS 1 688 RR3FB04TF

RD RR3FB04JQ 688 0 0
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CTTGGTTCGAATTGAGCCTTTCCAGACT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3FB04TF 688 0 0
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GCAGATGGTTGCGATGCCCGTAGCCCACTCCCTCTCCCTCATTTGCAATTGGACTAAATC
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TCTGAGCATCAGATGTGCTCGTGTTGGAGGTGTGGAGATTCCGAGTAACAAGAGGATTGA
GTACTCTCTCCAGTACATTCATGGGATTGGTCGAACCAGGGCTTGCCAGATCCTCGTTGA
TCTTCAGATGGAGAACAAGATCACCAAAGACATGGCTGAGGAAGAGCTCATCATTCTTCG
TGATGAAGTCTCCAAGTACATGATCGAGGGTGATCTGAGGAGATTCAATGCCCTTGCTAT
CAAGAGGTTGAAGGAGGTCCAATGTTACCGTGGGGTTAGACACATCCAAGGGCTGCCATG
TCGTGGACAGAGAACCAAGAACAACTGTAGAACTCTTAAAGGCAAGAAAATTGCTATTGC
TGGTAAGAAGAAAGTTTCCAAGTAACCAACTCATCTGAATCTTTGATGTCCTGTAATAAT
ACTCTTTTGTTCTGTCTCTAGTTTTCTCTGTTTAAAATGTGATTTTGTTATCTCCTGAAA
CTTGGTTCGAATTGAGCCTTTCCAGACT

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

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TTTTCTTTAAATCTCATGTTTTCCAAAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AJ01JQ C 1
AF RR3AJ01TF U 1
BS 1 689 RR3AJ01TF

RD RR3AJ01JQ 689 0 0
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QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3AJ01TF 689 0 0
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TTTTCTTTAAATCTCATGTTTTCCAAAAC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL7164Contig1 760 2 2 U
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TGGTGGTAATGTGCAAGAAGTTCGAACTTTTGGGGTAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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AF RR3G289TF U 1
AF RR3G289JQ C 30
BS 1 672 RR3G289TF
BS 673 760 RR3G289JQ

RD RR3G289TF 672 0 0
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GAGCCAATGATGATGATGATATTGATCATTTGGCCGATATGTTCATTGCTAATTGCCACG
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TTAGCTAGTTTG

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3G289JQ 731 0 0
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CATCTTCTTCTTCTTCTTCTTCAACACCGTCCATGAAACTCAAAACCCTAATCCAAAATC
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AGGCTTCAAAGAATCAACGCAAGATCTTCTTCGGATCGTTTAGATTGCACTACAATTGGT
GTCTCTGATGTTGTTCCTGTGCCTCAACCTTTCCCTTTTTCTGTTTCTGACATCAATGGT
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GAGGATTCGGAAGAGGTAAGAGATGATGAAGGAGCCAATGATGATGATGATATTGATCAT
TTGGCCGATATGTTCATTGCTAATTGCCACGAGAAGTTCTTGCTCGAGAAAGTCGAATCT
TACAGGAGGTTTCAAGAAATGTTAGAAA*GGGGTTTGTGAAACATAATAGATTTTCATTG
TCTCATTAATTAATAATCATGTTGTAAAATCTTAGCTAGTTTGATTTGATAATATTGCCA
CAAGGTGGGGAAATGTGTAACTTGAAAGTTTTGGTGGTAATGTGCAAGAAGTTCGAACTT
TTGGGGTAGTC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL7165Contig1 639 2 2 U
TTTTTAAAAATCCAAGATCTTCTTTATTACATACATTGAGGAACTATATATGTATTTATA
GCATTTTCTACTACAAAATTCGCTGACGATTCCTCATTGATATGTCCCTGTATTACTTGG
GCCTACGTGCTATCTCCTTAGGCCCCGCCTGTCTTGCCAACTGGAAATATTGTTCAAGCT
TCTTTCTCAACGTTGCGTGCTCCTTCTTCAGTTGCTTGAAAGTCCTCAAGCATCCTTCAG
CATTTCCAGCTCTGCAGTATTCCCTAAACATAGTGCATTCAGTTTTCACCTTACTCGCAC
CGATGCTTGTGCTGCTGCCCTTAAACTGATGCATGTAATTATCCAGCCGATTGAAATCAA
ATGATCCTCTTTCCAAGGCTTGCTCAATGTTATTGATTAATCGAGCTGAATCTTTGAAGT
ATAATGTTGCCACTTCTTCAACAAAATTAGGGTTTGCATCATCTTGGAGCTCTTCTAACT
CCATGAATTGTTCATCGAGATATCCCTGATCAAAGAGGGACTGCTTGATGAGTGCCACTT
GCCGCTGCATTTTTGTTTGAAAATATTAACAACAAGTGAGTATTACCAATCTACTAATTC
TTTTCTTTATGTTAAGTAATTCGAGTGGAGGTGCTATCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DC46TF C 1
AF RR3DC46JQ U 6
BS 1 5 RR3DC46TF
BS 6 639 RR3DC46JQ

RD RR3DC46TF 639 0 0
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GCATTTTCTACTACAAAATTCGCTGACGATTCCTCATTGATATGTCCCTGTATTACTTGG
GCCTACGTGCTATCTCCTTAGGCCCCGCCTGTCTTGCCAACTGGAAATATTGTTCAAGCT
TCTTTCTCAACGTTGCGTGCTCCTTCTTCAGTTGCTTGAAAGTCCTCAAGCATCCTTCAG
CATTTCCAGCTCTGCAGTATTCCCTAAACATAGTGCATTCAGTTTTCACCTTACTCGCAC
CGATGCTTGTGCTGCTGCCCTTAAACTGATGCATGTAATTATCCAGCCGATTGAAATCAA
ATGATCCTCTTTCCAAGGCTTGCTCAATGTTATTGATTAATCGAGCTGAATCTTTGAAGT
ATAATGTTGCCACTTCTTCAACAAAATTAGGGTTTGCATCATCTTGGAGCTCTTCTAACT
CCATGAATTGTTCATCGAGATATCCCTGATCAAAGAGGGACTGCTTGATGAGTGCCACTT
GCCGCTGCATTTTTGTTTGAAAATATTAACAACAAGTGAGTATTACCAATCTACTAATTC
TTTTCTTTATGTTAAGTAATTCGAGTGGAGGTGCTATCC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3DC46JQ 634 0 0
AAAAATCCAAGATCTTCTTTATTACATACATTGAGGAACTATATATGTATTTATAGCATT
TTCTACTACAAAATTCGCTGACGATTCCTCATTGATATGTCCCTGTATTACTTGGGCCTA
CGTGCTATCTCCTTAGGCCCCGCCTGTCTTGCCAACTGGAAATATTGTTCAAGCTTCTTT
CTCAACGTTGCGTGCTCCTTCTTCAGTTGCTTGAAAGTCCTCAAGCATCCTTCAGCATTT
CCAGCTCTGCAGTATTCCCTAAACATAGTGCATTCAGTTTTCACCTTACTCGCACCGATG
CTTGTGCTGCTGCCCTTAAACTGATGCATGTAATTATCCAGCCGATTGAAATCAAATGAT
CCTCTTTCCAAGGCTTGCTCAATGTTATTGATTAATCGAGCTGAATCTTTGAAGTATAAT
GTTGCCACTTCTTCAACAAAATTAGGGTTTGCATCATCTTGGAGCTCTTCTAACTCCATG
AATTGTTCATCGAGATATCCCTGATCAAAGAGGGACTGCTTGATGAGTGCCACTTGCCGC
TGCATTTTTGTTTGAAAATATTAACAACAAGTGAGTATTACCAATCTACTAATTCTTTTC
TTTATGTTAAGTAATTCGAGTGGAGGTGCTATCC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL7166Contig1 870 2 8 U
GCGAGGAAGACTATGTGCTGATGGCAGAGCCTGATCATTTATTTGTTAACCCTCTTCCTA
ATTTGGCTGTTGGAGGATACCCGGCTGCTTTTCCGTTTTTCTATATCACGCCTGAAAAGT
ATGAGAACATAGTCAGAAGGTATTATCCTGTGGAGATGGGACCAGTGTCAAATATAGACC
CCATTGGCAATTCTCCTGTTATTATAAGCAAGGAATCACTTGAAAAGATTGCTCCTACAT
GGATGAATGTGTCCTTGACAATGAAAAACGATCCAGATACTGATAAGGCATTTGGATGGG
TGTTGGAAATGTACGGCTACGCAGTTGCATCTGCTCTGCATGGGGTGCGGCACATACTTC
GGAAGGATTTCATGCTTCAGCCTCCATGGGATTTGTCTACCGAGGGGAAGTTTATCATCC
ATTATACTTATGGATGCGACTACTACATGAAGGGTGAGCTGACATATGGAAAAATAGGGG
AGTGGCGTTTCGATAAGAGATCACATCTTCGACGTCCTCCTCCGAGAAACATTTCCATGC
CGCCTCCCGGTGTTCCAGAAAGTGTGGAGACTCTAGTGAAGATGGTGAATGAAGCTACAG
CAAATATCCCTAACTGGGACACTCTCTAACTCAAATCCACAAGGCACAAACCATAGAAAG
GACAACGAATCCATACAGCTTATTTTGCTAAATGAAGAGTTTTTTTCTCCTGTTACTTCT
TTTCTTTCAGTTAAATGATGAACACAAGAGTAAATTATGGAATCTGGTTTGAGACAATGT
TCAAGAAATGGTTAGGTGATAGTTAGATGGTGAAAGATTGAATAATGTTATAACCAGACG
GTCAATACTAAACGACAGTCAACTGCAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH25TF U 1
AF RR3FH25JQ C 132
BS 1 643 RR3FH25TF
BS 644 644 RR3FH25JQ
BS 645 705 RR3FH25TF
BS 706 706 RR3FH25JQ
BS 707 753 RR3FH25TF
BS 754 754 RR3FH25JQ
BS 755 776 RR3FH25TF
BS 777 870 RR3FH25JQ

RD RR3FH25TF 786 0 0
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ATTTGGCTGTTGGAGGATACCCGGCTGCTTTTCCGTTTTTCTATATCACGCCTGAAAAGT
ATGAGAACATAGTCAGAAGGTATTATCCTGTGGAGATGGGACCAGTGTCAAATATAGACC
CCATTGGCAATTCTCCTGTTATTATAAGCAAGGAATCACTTGAAAAGATTGCTCCTACAT
GGATGAATGTGTCCTTGACAATGAAAAACGATCCAGATACTGATAAGGCATTTGGATGGG
TGTTGGAAATGTACGGCTACGCAGTTGCATCTGCTCTGCATGGGGTGCGGCACATACTTC
GGAAGGATTTCATGCTTCAGCCTCCATGGGATTTGTCTACCGAGGGGAAGTTTATCATCC
ATTATACTTATGGATGCGACTACTACATGAAGGGTGAGCTGACATATGGAAAAATAGGGG
AGTGGCGTTTCGATAAGAGATCACATCTTCGACGTCCTCCTCCGAGAAACATTTCCATGC
CGCCTCCCGGTGTTCCAGAAAGTGTGGAGACTCTAGTGAAGATGGTGAATGAAGCTACAG
CAAATATCCCTAACTGGGACACTCTCTAACTCAAATCCACAAG*CACAAACCATAGAAAG
GACAACGAATCCATACAGCTTATTTTGCTAAATGAAGAGTTTTTT*CTCCTGTTACTTCT
TTTCTTTCAGTTAAATGATGAACACAAGAGTAA*TTATGGAATCTGGTTTGAGACA
TGTTCAGAAA

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3FH25JQ 739 0 0
GTCAGAAGGTATTATCCTGTGGAGATGGGACCAGTGTCAAATATAGACCCCATTGGCAAT
TCTCCTGTTATTATAAGCAAGGAATCACTTGAAAAGATTGCTCCTACATGGATGAATGTG
TCCTTGACAATGAAAAACGATCCAGATACTGATAAGGCATTTGGATGGGTGTTGGAAATG
TACGGCTACGCAGTTGCATCTGCTCTGCATGGGGTGCGGCACATACTTCGGAAGGATTTC
ATGCTTCAGCCTCCATGGGATTTGTCTACCGAGGGGAAGTTTATCATCCATTATACTTAT
GGATGCGACTACTACATGAAGGGTGAGCTGACATATGGAAAAATAGGGGAGTGGCGTTTC
GATAAGAGATCACATCTTCGACGTCCTCCTCCGAGAAACATTTCCATGCCGCCTCCCGGT
GTTCCAGAAAGTGTGGAGACTCTAGTGAAGATGGTGAATGAAGCTACAGCAAATATCCCT
AACTGGGACACTCTCTAACTCAAATCCACAAGGCACAAACCATAGAAAGGACAACGAATC
CATACAGCTTATTTTGCTAAATGAAGAGTTTTTTTCTCCTGTTACTTCTTTTCTTTCAGT
TAAATGATGAACACAAGAGTAAATTATGGAATCTGGTTTGAGACAATGTTCAAGAAATGG
TTAGGTGATAGTTAGATGGTGAAAGATTGAATAATGTTATAACCAGACGGTCAATACTAA
ACGACAGTCAACTGCAACT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL7167Contig1 765 2 2 U
GGATTGGTGAAGGGGACAGAGAAGAAGAGTATTTTAGCCTTTTCTTGTGATATTTTCCTA
GATTTTGAGCGGTCTTATCTTTACTTCTCCAACTCAGATTACCATGTCTGCGGTTCCGGT
GAAGTCACTACCACCGGTTGGCTTATATCCTATTCGCCGGAACCTCGCTAGTACGACGAC
TTTGAAGTCCCAGGCAATGCCCACCTCCGTTTCAAGCAAGCATATTATCGGGTTGTCTAC
TTATAATAGATGCTTTGATTTTAAATCTTGGAGCCAAATGAGGAATCCAGCGTTTTTAAG
CCACCGTCGGCGAGTTAGTACGGTGGTGGCTTCAGCCGGAAACATGACTGCACCGTCGTC
TTGGGAGTCTTGGATGCCAGATAAGAAGGCGGCGGCGACGAGTCTATTGTTGAGTGACGT
CATTTGGCCCGCAGCTGATGCCCTTTTGTTTCTAATTCAGAAGAACACAACAGGCGATTA
GGGTATAAAACTTGAGAACAAAAAAAAGTTAAGGAAGAGAGTAGTACCGATAAAAGAATA
AAAAAGTTCAAAAAATTAATGGACAATATTAACTCCTGTCTGACCCAAAAGATGAGGAGA
GATTAAAAAATCGGAGAGAGAGAGAGGCATTATGGCTCTTCCTACCGCCAAATGGTCATA
TTTATTTTTTTGATGATCGAAATGGTCATATTTATATACTCCCTCTGTTTCATAATACTT
GATGTTTTGCATTCTTGCACAAAGATTAAAAAAACTAGCTTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G816TF U 1
AF RR3G816JQ C 62
BS 1 753 RR3G816TF
BS 754 765 RR3G816JQ

RD RR3G816TF 753 0 0
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GATTTTGAGCGGTCTTATCTTTACTTCTCCAACTCAGATTACCATGTCTGCGGTTCCGGT
GAAGTCACTACCACCGGTTGGCTTATATCCTATTCGCCGGAACCTCGCTAGTACGACGAC
TTTGAAGTCCCAGGCAATGCCCACCTCCGTTTCAAGCAAGCATATTATCGGGTTGTCTAC
TTATAATAGATGCTTTGATTTTAAATCTTGGAGCCAAATGAGGAATCCAGCGTTTTTAAG
CCACCGTCGGCGAGTTAGTACGGTGGTGGCTTCAGCCGGAAACATGACTGCACCGTCGTC
TTGGGAGTCTTGGATGCCAGATAAGAAGGCGGCGGCGACGAGTCTATTGTTGAGTGACGT
CATTTGGCCCGCAGCTGATGCCCTTTTGTTTCTAATTCAGAAGAACACAACAGGCGATTA
GGGTATAAAACTTGAGAACAAAAAAAAGTTAAGGAAGAGAGTAGTACCGATAAAAGAATA
AAAAAGTTCAAAAAATTAATGGACAATATTAACTCCTGTCTGACCCAAAAGATGAGGAGA
GATTAAAAAATCGGAGAGAGAGAGAGGCATTATGGCTCTTCCTACCGCCAAATGGTCATA
TTTATTTTTTTGATGATCGAAATGGTCATATTTATATACTCCCTCTGTTTCATAATACTT
GATGTTTTGCATTCTTGCACAAAGATTAAAAAA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3G816JQ 704 0 0
ATTTTGAGCGGTCTTATCTTTACTTCTCCAACTCAGATTACCATGTCTGCGGTTCCGGTG
AAGTCACTACCACCGGTTGGCTTATATCCTATTCGCCGGAACCTCGCTAGTACGACGACT
TTGAAGTCCCAGGCAATGCCCACCTCCGTTTCAAGCAAGCATATTATCGGGTTGTCTACT
TATAATAGATGCTTTGATTTTAAATCTTGGAGCCAAATGAGGAATCCAGCGTTTTTAAGC
CACCGTCGGCGAGTTAGTACGGTGGTGGCTTCAGCCGGAAACATGACTGCACCGTCGTCT
TGGGAGTCTTGGATGCCAGATAAGAAGGCGGCGGCGACGAGTCTATTGTTGAGTGACGTC
ATTTGGCCCGCAGCTGATGCCCTTTTGTTTTTAATTCAGAAGAACACAACAGGCGATTAG
GGTATAAAACTTGAGAACAAAAAAAAGTTAAGGAAGAGAGTAGTACCGATAAAAGAATAA
AAAAGTTCAAAAAATTAATGGACAATATTAACTCCTGTCTGACCCAAAAGATGAGGAGAG
ATTAAAAAATCGGAGAGAGAGAGAGGCATTATGGCTCTTCCTACCGCCAAATGGTCATAT
TTATTTTTTTGATGATCGAAATGGTCATATTTATATACTCCCTCTGTTTCATAATACTTG
ATGTTTTGCATTCTTGCACAAAGATTAAAAAAACTAGCTTTTTC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL7168Contig1 1016 2 2 U
GGACATAAACCCTAGAGCAACCGGAAAGCAGATCTTGAGAGTTTCAAGATCCGCGGTTCT
TGGATTTGGATGTTTCATGGGGATTCTTGCAGTGATCTTGAACAAAGCCGGGGTTTCGCT
CGGATGGATGTATCTCGCGATGGGAGTCCTCATTGGCTCTGCCGTTATTCCCATCGCTTT
CATGCTTTTGTGGAGCAAAGCTAATGCATTTGGTGCGATTCTTGGGTCGATATCTGGCTG
TGTTCTTGGGATTGTTACTTGGTTATCAACGGCAAAGATTCAGTACGGACGTGTTGATCT
TGATACCACAGGGAGAAATGCACCCATGCTTGCTGGTAACCTCGTTGCTATTCTAACAGG
AGGGTTGATCCATGCGGTGTGTAGTCTAGTACGGCCACAGAACTACGATTGGTCGACGAC
GAAGGAAATCAAAGTGGTGGAAGCTGAGGCTCCAGGGAACGATATCGATGTTCCTGTAGA
GGAGCTAAAAGAAGAGAAGCTGAGAAGAGCCAAAGCTTGGATTGTTAAATGGGGTCTTGT
CTTCACTCTCCTCATTGTTGTCATCTGGCCAGTTCTCTCTCTCCCAGCACGTGTGTTTAG
CAGAGGATATTTCTGGTTTTGGGCAATTGTGGCTGTAGCTTGGGGAACTATAGGATCGAT
TGTGATAATTGGTTTGCCTTTGATTGAAAGCTGGGAAACGATCAAGAGCGTTTGTATGGA
AATGTTCACTAACGATAGGTTAATGAACAAGCTTGATGACTTGAACCATAGGCTTCAAGC
TTTAACCAAGGCTGTACCAGAAGCTGAGAGGATTTATCTGCTAGAAATCGAGAAGACTAA
GAAAACCGATGAAGAAAGTTAAAGTAAGAGCAATATGGTTGTATAAAAGATTGTGTGATA
TCAAATCAGAACTATATCCTATTGTTCAACGTGTTCCTCGTCTAATGTACTATGCACATG
CCTAATTTGTTCTCATTCCACTTGTCGTCCTTCCTTGATTGGTTTGATTTTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BN45TF U 1
AF RR3BN45JQ C 235
BS 1 650 RR3BN45TF
BS 651 1016 RR3BN45JQ

RD RR3BN45TF 650 0 0
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TGGATTTGGATGTTTCATGGGGATTCTTGCAGTGATCTTGAACAAAGCCGGGGTTTCGCT
CGGATGGATGTATCTCGCGATGGGAGTCCTCATTGGCTCTGCCGTTATTCCCATCGCTTT
CATGCTTTTGTGGAGCAAAGCTAATGCATTTGGTGCGATTCTTGGGTCGATATCTGGCTG
TGTTCTTGGGATTGTTACTTGGTTATCAACGGCAAAGATTCAGTACGGACGTGTTGATCT
TGATACCACAGGGAGAAATGCACCCATGCTTGCTGGTAACCTCGTTGCTATTCTAACAGG
AGGGTTGATCCATGCGGTGTGTAGTCTAGTACGGCCACAGAACTACGATTGGTCGACGAC
GAAGGAAATCAAAGTGGTGGAAGCTGAGGCTCCAGGGAACGATATCGATGTTCCTGTAGA
GGAGCTAAAAGAAGAGAAGCTGAGAAGAGCCAAAGCTTGGATTGTTAAATGGGGTCTTGT
CTTCACTCTCCTCATTGTTGTCATCTGGCCAGTTCTCTCTCTCCCAGCACGTGTGTTTAG
CAGAGGATATTTCTGGTTTTGGGCAATTGTGGCTGTAGCTTGGGGAACTA

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3BN45JQ 782 0 0
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TGATCTTGATACCACAGGGAGAAATGCACCCATGCTTGCTGGTAACCTCGTTGCTATTCT
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GACGACGAAGGAAATCAAAGTGGTGGAAGCTGAGGCTCCAGGGAACGATATCGATGTTCC
TGTAGAGGAGCTAAAAGAAGAGAAGCTGAGAAGAGCCAAAGCTTGGATTGTTAAATGGGG
TCTTGTCTTCACTCTCCTCATTGTTGTCATCTGGCCAGTTCTCTCTCTCCCAGCACGTGT
GTTTAGCAGAGGATATTTCTGGTTTTGGGCAATTGTGGCTGTAGCTTGGGGAACTATAGG
ATCGATTGTGATAATTGGTTTGCCTTTGATTGAAAGCTGGGAAACGATCAAGAGCGTTTG
TATGGAAATGTTCACTAACGATAGGTTAATGAACAAGCTTGATGACTTGAACCATAGGCT
TCAAGCTTTAACCAAGGCTGTACCAGAAGCTGAGAGGATTTATCTGCTAGAAATCGAGAA
GACTAAGAAAACCGATGAAGAAAGTTAAAGTAAGAGCAATATGGTTGTATAAAAGATTGT
GTGATATCAAATCAGAACTATATCCTATTGTTCAACGTGTTCCTCGTCTAATGTACTATG
CACATGCCTAATTTGTTCTCATTCCACTTGTCGTCCTTCCTTGATTGGTTTGATTTTTCT
CC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL7169Contig1 795 2 2 U
CGGTGGACAAGACTGTTGATAGAGACTTGAAGCTGATTAATGAGTTAGGCTTGAAGCTTG
TCTACGCTATGAACACTCATGTTCATGCTGATCATGTCACTGGAACTGGTCTTCTTAAGA
CAAAGCTCCCAGGTGTGAAATCTGTAATCTCGAAAGCAAGTGGTACCAAAGCAGATAAGT
TTCTTGAACATGGAGAAAGAGTGTGTATTGGTGATATATACCTAGAGGTACGTGCTACAC
CTGGACATACTGCAGGATGTGTTACATATGTGACTGGAGAGGGAGCAGATCAGCCCCAAC
CAAGAATGGCTTTTACTGGGGATGCTGTATTGATCCGCGGCTGTGGGAGAACCGACTTTC
AGGGTGGAAGCTCTGATCAACTCTATGAGTCTGTGCACTCTCAGATATTTACATTACCAA
AGGACACATTGATCTATCCAGCTCATGACTACAAAGGTTTCGAGGTGAGTACAGTTGGAG
AAGAGATGCAACACAACCCACGTTTAACTAAAGACAAAGAAACATTCAAAACCATCATGT
CAAATTTGAACCTGGCGTATCCGAAGATGATTGATGTTGCAGTACCAGCAAACATGGTAT
GTGGATTACAAGACCTGCCTTCTCAATCCAACTAAAGGAACTTTTACGCTATTGTTTCTC
CTTCATTCTATATTTTATCAGAAGACAATAAAAAGCTCTAGAGAGTTTGTTTGTGTAATG
AGATATTTGTTACAGTAGATTAAGATACGGTAGAAGTATGTGCAACTTAGGTTGAGCATA
TGGAGGTTTGTTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL53TF U 1
AF RR3GL53JQ C 1
BS 1 172 RR3GL53TF
BS 173 795 RR3GL53JQ

RD RR3GL53TF 172 0 0
CGGTGGACAAGACTGTTGATAGAGACTTGAAGCTGATTAATGAGTTAGGCTTGAAGCTTG
TCTACGCTATGAACACTCATGTTCATGCTGATCATGTCACTGGAACTGGTCTTCTTAAGA
CAAAGCTCCCAGGTGTGAAATCTGTAATCTCGAAAGCAAGTGGTACCAAAGC

QA 1 172 1 172
DS 

RD RR3GL53JQ 795 0 0
CGGTGGACAAGACTGTTGATAGAGACTTGAAGCTGATTAATGAGTTAGGCTTGAAGCTTG
TCTACGCTATGAACACTCATGTTCATGCTGATCATGTCACTGGAACTGGTCTTCTTAAGA
CAAAGCTCCCAGGTGTGAAATCTGTAATCTCGAAAGCAAGTGGTACCAAAGCAGATAAGT
TTCTTGAACATGGAGAAAGAGTGTGTATTGGTGATATATACCTAGAGGTACGTGCTACAC
CTGGACATACTGCAGGATGTGTTACATATGTGACTGGAGAGGGAGCAGATCAGCCCCAAC
CAAGAATGGCTTTTACTGGGGATGCTGTATTGATCCGCGGCTGTGGGAGAACCGACTTTC
AGGGTGGAAGCTCTGATCAACTCTATGAGTCTGTGCACTCTCAGATATTTACATTACCAA
AGGACACATTGATCTATCCAGCTCATGACTACAAAGGTTTCGAGGTGAGTACAGTTGGAG
AAGAGATGCAACACAACCCACGTTTAACTAAAGACAAAGAAACATTCAAAACCATCATGT
CAAATTTGAACCTGGCGTATCCGAAGATGATTGATGTTGCAGTACCAGCAAACATGGTAT
GTGGATTACAAGACCTGCCTTCTCAATCCAACTAAAGGAACTTTTACGCTATTGTTTCTC
CTTCATTCTATATTTTATCAGAAGACAATAAAAAGCTCTAGAGAGTTTGTTTGTGTAATG
AGATATTTGTTACAGTAGATTAAGATACGGTAGAAGTATGTGCAACTTAGGTTGAGCATA
TGGAGGTTTGTTTTG

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL7170Contig1 1288 2 2 U
GGGGCAACCAACCGGCGAGAGCAAAAGAAAGTACTTACGAGAGATAGAGAGAGAGAGATG
TCGAAGACGCTGGTGCAGCCGGTAGGGCAGAAGAGGTTGACGAACGTCGCAGTGGTTCGA
TTGAAGAAGCAAGGCAACCGCTTCGAGATCGCTTGCTACAAGAACAAGGTCCTTTCTTGG
CGTTCCGGCGTGGAGAAGGACATAGATGAAGTGTTGCAGTCGCATACTGTTTACACAAAC
GTCTCCAAGGGAGTTCTTGCTAAATCTAAAGACTTGATAAAGGTCTTTGGATCCGATGAT
CACACCAAGATCTGCTTGGAGATTCTGGAGAAGGGTGAGCTTCAAGTTGCTGGCAAAGAG
AGAGAGTCGCAGCTGTCGGGCCAGTTTAGGGATATCGCTACGATTGTGATGCAGAAAACC
ATTAACCCTGAGACCCAACGCCCTTATACCATTAGCATGGTTGAGCGTCTTATGCATGAG
ATCCATTTCGCTGTTGATCCTAATAGCAACTCCAAGAAGCAGGCTCTTGATGTCATCCGT
GAGCTGCAGAAGCACTTCCCTATAAAGCGTTCTCCAATGAGACTGCGTCTCACTGTTCCT
GCTCAGAACTTCTCCTCGCTTCTGGAGAAGCTTAAAGAATGGGACGCTTCTCTTGTCTCC
AAAGACGAATCTGGAACTCACATGTCCACTGTCTGCGAGATGGAACCGGGGCTATACCGA
GAGTGTTTCCCTTGTGAGGAGTATGCAGGGGAGATTAGAGATACTCGCTGTATCGGTTCA
TGCTGAAGGTGACACGAGCATGGATCATTACGATGAGCATGACGATATGGCATTGCAGAC
AAACAAGCCGTTGTTACCTCTTGAGACTGAGGCCGACGAACTGAGCAAGAAAATGCAGAA
GCAAGAGATTGGTACTACTAGTGACAACACAAAGGAAGAAGGAGAAGGAAAGTGGATCAA
ATGCAGTACGTGCAACACGTTTGTTGGAGAAGCTAAGCAATACAGAGAGCATTTCAAGAC
TGATTGGCACAAACACAACCTGAAGCGAAAGACTCGTAAACTCCCTCCTCTTACTGCTGA
AGAATGCTCTGCTGAGGTTGACATGGATGACTCCAGATCAGACTTGAAAGACTACTCTTT
CTGATATTTTACAGCTTTTGCCATTTAGTGGGTGAGTATGAACACGCAAACTTGTTGTGG
AGCTGATCAGGAATAAATCTTTTTTTTGTTTGTTTATTATTGTTGCTGTTAACAGACCCT
TTTCTTGAGTCTATAAATGTCTTAATAC


BQ
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AF RR3DV19TF U 1
AF RR3DV19JQ C 603
BS 1 658 RR3DV19TF
BS 659 1288 RR3DV19JQ

RD RR3DV19TF 658 0 0
GGGGCAACCAACCGGCGAGAGCAAAAGAAAGTACTTACGAGAGATAGAGAGAGAGAGATG
TCGAAGACGCTGGTGCAGCCGGTAGGGCAGAAGAGGTTGACGAACGTCGCAGTGGTTCGA
TTGAAGAAGCAAGGCAACCGCTTCGAGATCGCTTGCTACAAGAACAAGGTCCTTTCTTGG
CGTTCCGGCGTGGAGAAGGACATAGATGAAGTGTTGCAGTCGCATACTGTTTACACAAAC
GTCTCCAAGGGAGTTCTTGCTAAATCTAAAGACTTGATAAAGGTCTTTGGATCCGATGAT
CACACCAAGATCTGCTTGGAGATTCTGGAGAAGGGTGAGCTTCAAGTTGCTGGCAAAGAG
AGAGAGTCGCAGCTGTCGGGCCAGTTTAGGGATATCGCTACGATTGTGATGCAGAAAACC
ATTAACCCTGAGACCCAACGCCCTTATACCATTAGCATGGTTGAGCGTCTTATGCATGAG
ATCCATTTCGCTGTTGATCCTAATAGCAACTCCAAGAAGCAGGCTCTTGATGTCATCCGT
GAGCTGCAGAAGCACTTCCCTATAAAGCGTTCTCCAATGAGACTGCGTCTCACTGTTCCT
GCTCAGAACTTCTCCTCGCTTCTGGAGAAGCTTAAAGAATGGGACGCTTCTCTTGTCT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3DV19JQ 686 0 0
TCAGAACTTCTCCTCGCTTCTGGAGAAGCTTAAAGAATGGGACGCTTCTCTTGTCTCCAA
AGACGAATCTGGAACTCACATGTCCACTGTCTGCGAGATGGAACCGGGGCTATACCGAGA
GTGTTTCCCTTGTGAGGAGTATGCAGGGGAGATTAGAGATACTCGCTGTATCGGTTCATG
CTGAAGGTGACACGAGCATGGATCATTACGATGAGCATGACGATATGGCATTGCAGACAA
ACAAGCCGTTGTTACCTCTTGAGACTGAGGCCGACGAACTGAGCAAGAAAATGCAGAAGC
AAGAGATTGGTACTACTAGTGACAACACAAAGGAAGAAGGAGAAGGAAAGTGGATCAAAT
GCAGTACGTGCAACACGTTTGTTGGAGAAGCTAAGCAATACAGAGAGCATTTCAAGACTG
ATTGGCACAAACACAACCTGAAGCGAAAGACTCGTAAACTCCCTCCTCTTACTGCTGAAG
AATGCTCTGCTGAGGTTGACATGGATGACTCCAGATCAGACTTGAAAGACTACTCTTTCT
GATATTTTACAGCTTTTGCCATTTAGTGGGTGAGTATGAACACGCAAACTTGTTGTGGAG
CTGATCAGGAATAAATCTTTTTTTTGTTTGTTTATTATTGTTGCTGTTAACAGACCCTTT
TCTTGAGTCTATAAATGTCTTAATAC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL7171Contig1 891 2 6 U
GACCGTTCTCCACTTTCTCTCTGTAACCTAAACTCCTTCGTCTCATATTCTCCATGGACA
ATAAGTCTGCCACCACTGCTAAAGCAGATCATGCTCTGATCGAGAAAAAAACATCTGATG
TGATGCAGATATTGCAAGGATTCGCTGATCATCTTCAGAAGATCGAAGAAAAGATGGATT
GTCGTCTTCAAAAGATGGAAGAAAAGATGGATTTATTGATCTCATCGATTAGTGCAAAAG
CCGAGGCAGATAACATGTCTATCGATCAATTCTCTTCTGGCCAGGAATCTTATGAAAGGT
ATACTGATGACCATTTTGGTCTTGATCAGGAGCGTTATGATCGTTTTTTTATTTGGTCCT
GGTCGTGCTCGGGAGACCTATGACGGTTTTGGTCTGTTTTCGATGGTCGTGGTCGTGGTC
AGGAGACCTATGACCGTTTAGGTCGTTTCTACAATGGTGGTGCCCAGTATAGTTATGACC
GTTCCGGTCATTTCTACAATGGACGTGGTCGTGGTCTTCATGTTGGTGGTCCTTTTTCCG
GCGGCCGTTGTGGTGGTCAAGGCCAGTGCGGCTATTGTTGAGGTTATGGTGAAAAGAAAC
CTATTTTTCCTACTTGATACGACAACTTCTTTGACGTTTAGGAGTGGGACGTTTTTCTTC
TTCAAATCTCTTTGGTATTTTTAGCTTTTGATACATTGCCACCTTTTCAATAGTTCGACT
TCTCTTGTTTTTTTTTTTAATAGTTCGACTTCTCTTGTTATGCTAATAGTTATGTTATTA
TCAGATTTTAAAGTAGCTTCAGTTTTCATTATATTTTTATCCGTTTTGTAATGTATCCTC
AATTTTCGTGTTAAAGACATAAATATATATATAACAGATTTCAGTTTTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E161TF U 1
AF RR3E161JQ C 40
BS 1 641 RR3E161TF
BS 642 642 RR3E161JQ
BS 643 665 RR3E161TF
BS 666 666 RR3E161JQ
BS 667 737 RR3E161TF
BS 738 891 RR3E161JQ

RD RR3E161TF 744 0 0
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TGATGCAGATATTGCAAGGATTCGCTGATCATCTTCAGAAGATCGAAGAAAAGATGGATT
GTCGTCTTCAAAAGATGGAAGAAAAGATGGATTTATTGATCTCATCGATTAGTGCAAAAG
CCGAGGCAGATAACATGTCTATCGATCAATTCTCTTCTGGCCAGGAATCTTATGAAAGGT
ATACTGATGACCATTTTGGTCTTGATCAGGAGCGTTATGATCGTTTTTTTATTTGGTCCT
GGTCGTGCTCGGGAGACCTATGACGGTTTTGGTCTGTTTTCGATGGTCGTGGTCGTGGTC
AGGAGACCTATGACCGTTTAGGTCGTTTCTACAATGGTGGTGCCCAGTATAGTTATGACC
GTTCCGGTCATTTCTACAATGGACGTGGTCGTGGTCTTCATGTTGGTGGTCCTTTTTCCG
GCGGCCGTTGTGGTGGTCAAGGCCAGTGCGGCTATTGTTGAGGTTATGGTGAAAAGAAAC
CTATTTTTCCTACTTGATACGACAACTTCTTTGACGTTTAG*AGTGGGACGTTTTTCTTC
TTCAA*TCTCTTTGGTATTTTTAGCTTTTGATACATTGCCACCTTTTCAATAGTTCGACT
TCTCTTGTTTTTTTTTT
AATAGTT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3E161JQ 852 0 0
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TCGAGAAAAAAACATCTGATGTGATGCAGATATTGCAAGGATTCGCTGATCATCTTCAGA
AGATCGAAGAAAAGATGGATTGTCGTCTTCAAAAGATGGAAGAAAAGATGGATTTATTGA
TCTCATCGATTAGTGCAAAAGCCGAGGCAGATAACATGTCTATCGATCAATTCTCTTCTG
GCCAGGAATCTTATGAAAGGTATACTGATGACCATTTTGGTCTTGATCAGGAGCGTTATG
ATCGTTTTTTTATTTGGTCCTGGTCGTGCTCGGGAGACCTATGACGGTTTTGGTCTGTTT
TCGATGGTCGTGGTCGTGGTCAGGAGACCTATGACCGTTTAGGTCGTTTCTACAATGGTG
GTGCCCAGTATAGTTATGACCGTTCCGGTCATTTCTACAATGGACGTGGTCGTGGTCTTC
ATGTTGGTGGTCCTTTTTCCGGCGGCCGTTGTGGTGGTCAAGGCCAGTGCGGCTATTGTT
GAGGTTATGGTGAAAAGAAACCTATTTTTCCTACTTGATACGACAACTTCTTTGACGTTT
AGGAGTGGGACGTTTTTCTTCTTCAAATCTCTTTGGTATTTTTAGCTTTTGATACATTGC
CCCCTTTTCAATAGTTCGACTTCTCTTGTTTTTTTTTTTAATAGTTCGACTTCTCTTGTT
ATGCTAATAGTTATGTTATTATCAGATTTTAAAGTAGCTTCAGTTTTCATTATATTTTTA
TCCGTTTTGTAATGTATCCTCAATTTTCGTGTTAAAGACATAAATATATATATAACAGAT
TTCAGTTTTGAG

QA 1 852 1 852
DS 



AS 1 2

CO CL7172Contig1 881 2 2 U
GGGTTTGAGCTCATCGTCAACAACATCGTCGGGACGTGACGGATCGTTGGCTATCGGACT
CGCCGGTGTGAATAAAAATCTCTTCCTCCTCCTGTAAGTGTAGATCGTGTTCGATATCTC
GTAATTTGAAGCGATGTTGAAGCGTAGTGATAAAGTCAAACCTCCTTACGGATCTCGAGC
TCATCGATTAGGAGTTACATTCGTCGCTATCGGTCTCCTATCACTAGCAGCTCTTCTGTT
CTGTCTCGATGACAAGAATCACGTCACGACAGAGATCGTCAAAGACAAACAACACGAGTC
GCCTTCTCATCCAACCGTCGAGATCCAGAACGGAACTCAATTAATTTGGAAGATTCCGAG
GTTTTTGGCGGATAGGATTCCTGGTTTTGACCGTGGTGTGTCGGCTAAAGTGTTCGAGGT
GTTTCGAGAGAAAGGGTTTGTTGGTGAGAAGGGGTACATGAAGCGTGACGGGAGGAGAAC
GCCGTGGAGACAAGCTCTTAGTGGGTACAAGATATCGCTGGAAGAGAGTTTGGTCACTCC
TGTTGAAGAGGAGCTGAATCTTGCGTATGCGTATCATGAAATGACGAGCGTGCAGTTTGA
ACAGATCTTTAACTGGTTTGAATCGCATATGGGGTGAATGGCTGTTAGATATTATCATGA
TCAAGACACTATATCTGACTCCAATGGAACATGTCTAGTCTCTGGTGAGAAGATAGTTTG
TCAGTAGCGTAGCTAGCATAAGGTGAGTTGCTTTTTGGTCCTCTGTTGTCGTTTATCTAA
GACCACTAAGTCTGTTGTTGACTATTATGGTTCTTGAATCTGTAACAAGAACTCCACATA
TAAGAATGTTGGATGCTATTTACCAAGCACTTGTGAGCGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E049TF U 1
AF RR3E049JQ C 96
BS 1 730 RR3E049TF
BS 731 881 RR3E049JQ

RD RR3E049TF 730 0 0
GGGTTTGAGCTCATCGTCAACAACATCGTCGGGACGTGACGGATCGTTGGCTATCGGACT
CGCCGGTGTGAATAAAAATCTCTTCCTCCTCCTGTAAGTGTAGATCGTGTTCGATATCTC
GTAATTTGAAGCGATGTTGAAGCGTAGTGATAAAGTCAAACCTCCTTACGGATCTCGAGC
TCATCGATTAGGAGTTACATTCGTCGCTATCGGTCTCCTATCACTAGCAGCTCTTCTGTT
CTGTCTCGATGACAAGAATCACGTCACGACAGAGATCGTCAAAGACAAACAACACGAGTC
GCCTTCTCATCCAACCGTCGAGATCCAGAACGGAACTCAATTAATTTGGAAGATTCCGAG
GTTTTTGGCGGATAGGATTCCTGGTTTTGACCGTGGTGTGTCGGCTAAAGTGTTCGAGGT
GTTTCGAGAGAAAGGGTTTGTTGGTGAGAAGGGGTACATGAAGCGTGACGGGAGGAGAAC
GCCGTGGAGACAAGCTCTTAGTGGGTACAAGATATCGCTGGAAGAGAGTTTGGTCACTCC
TGTTGAAGAGGAGCTGAATCTTGCGTATGCGTATCATGAAATGACGAGCGTGCAGTTTGA
ACAGATCTTTAACTGGTTTGAATCGCATATGGGGTGAATGGCTGTTAGATATTATCATGA
TCAAGACACTATATCTGACTCCAATGGAACATGTCTAGTCTCTGGTGAGAAGATAGTTTG
TCAGTAGCGT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3E049JQ 786 0 0
AAGTGTAGATCGTGTTCGATATCTCGTAATTTGAAGCGATGTTGAAGCGTAGTGATAAAG
TCAAACCTCCTTACGGATCTCGAGCTCATCGATTAGGAGTTACATTCGTCGCTATCGGTC
TCCTATCACTAGCAGCTCTTCTGTTCTGTCTCGATGACAAGAATCACGTCACGACAGAGA
TCGTCAAAGACAAACAACACGAGTCGCCTTCTCATCCAACCGTCGAGATCCAGAACGGAA
CTCAATTAATTTGGAAGATTCCGAGGTTTTTGGCGGATAGGATTCCTGGTTTTGACCGTG
GTGTGTCGGCTAAAGTGTTCGAGGTGTTTCGAGAGAAAGGGTTTGTTGGTGAGAAGGGGT
ACATGAAGCGTGACGGGAGGAGAACGCCGTGGAGACAAGCTCTTAGTGGGTACAAGATAT
CGCTGGAAGAGAGTTTGGTCACTCCTGTTGAAGAGGAGCTGAATCTTGCGTATGCGTATC
ATGAAATGACGAGCGTGCAGTTTGAACAGATCTTTAACTGGTTTGAATCGCATATGGGGT
GAATGGCTGTTAGATATTATCATGATCAAGACACTATATCTGACTCCAATGGAACATGTC
TAGTCTCTGGTGAGAAGATAGTTTGTCAGTAGCGTAGCTAGCATAAGGTGAGTTGCTTTT
TGGTCCTCTGTTGTCGTTTATCTAAGACCACTAAGTCTGTTGTTGACTATTATGGTTCTT
GAATCTGTAACAAGAACTCCACATATAAGAATGTTGGATGCTATTTACCAAGCACTTGTG
AGCGGT

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL7173Contig1 639 2 1 U
TTTTTTTTGTCAACTAACTCATTGATTTAAAGAACAAAGAACATTATCTCCAATAGAATT
GGTATAATAAACTTGTTTTTTTTTTTCTGATCATTCAACAACTACTAATTAACCAGACAT
GAAGATCATGCCACTGATGTCCATCATCTTCTTCATACTCTTGATATCATTTCTGGCTCC
GATCAAAGCTCAAGGTATCGTTGGCTGCGACACTCAACTAGATAAATGCATAACCGGGAT
GAATAAAAATGAATGGGGTCTCGTGCAAAAAGACTGTTGTCCCAGATTGAGGAAGACAGG
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GTTATAACTTTATGTAAACATGATTTTTATATAGTCAAGTAAACGTTTCCTTTGGTACAA
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AAGAGATAACGAAACTCGTATTCTTGAGGCCTTACTTCC


BQ
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DS 

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GAAGATCATGCCACTGATGTCCATCATCTTCTTCATACTCTTGATATCATTTCTGGCTCC
GATCAAAGCTCAAGGTATCGTTGGCTGCGACACTCAACTAGATAAATGCATAACCGGGAT
GAATAAAAATGAATGGGGTCTCGTGCAAAAAGACTGTTGTCCCAGATTGAGGAAGACAGG
CCCTCAACCATGTATGTGTTTGATGTTTAAGTACCCTACGCTTAAAACCCCTGCTATGAG
GCTTATCAAATATTGTCAAGCTCCGACTCCCAAGTGCTAAAAGATTAATATACAATAAAT
TAACAAGAATGTTTCGACCGAACTCGTGGACTAGCTGTCTTGTACTGGTGTCGTTTCCAT
GTTATAACTTTATGTAAACATGATTTTTATATAGTCAAGTAAACGTTTCCTTTGGTACAA
TGTATGTCATGACATCCCTAGTTGCAGCTTTCCCCTGCTGCAAACGAGTTGTTCAAAGAT
AAGAGATAACGAAACTCGTATTCTTGAGGCCTTACTTCC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL7174Contig1 1171 2 2 U
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GCTCGGTTCATCGACGCTCTCTACTTGGCTGCTCATGCTAACGTCAATGGATCAGGTTCC
TTCCTCAAACCGTCTGAGATAGCGAGAAGGCTTCCCACACAGCCTAGTAACCCTGAAGCA
CCGGTTTTGTTAGACCGCATGCTTCGTTTACTCGCCAGTTACTCAATGGTCAAGTGCCAG
ATCGTAGATGGTGAGAGGGTTTACAAAGCTGAGCCTATTTGTAAGTATTTCTTGAGATAC
AATATTGAAGAGATGGGGACACTTGCTTCTCAGTTCATTCTTGAACTCGATAGTGTCTTT
CTCAACACATGGGCACAGTTGAAAGATGTGGTGCTAGAAGGAGGAGATGCATTTGCTCGT
GCCAATGGTGGCTTGAAGCTCTTTGATTATATGGGCACAGATGAAAGACTAAGCAAACTC
TTTAACCGGACTGGATTCAGCGTTGGAGTTATGACCAAGTTTCTTGAAGTTTACAAAGGT
TTTGAAGGAGTTAATGTGTTGGTTGATGTAGGAGGAGGAGTTGGAAACACACTAGGTTTC
GTTACTTCAAAGTATCCAAACATTAAGGGTATTAATTTTGATCTAACTTGTGCTTTGGCA
CAAGCACCTTCTTATCCTAATGTGGAGCATGTGGCTGGAGATATGTTTGTAGAAATCCCA
AGAGGAGATGCTATCATCTTGAAACGTATGCTTCACGATTGGAATGATGAAGACTGTGCA
AAGATTCTCAAGAACTGCTGGAAAGCATTACCGGAGAATGGGAAAGTGATTATCATGGAA
CTAGTTATTCCAGATGAGGCAGAGAGTGCTGATGTGCAGTCCAACATTGCATTTGATATG
GATTTGTTGATGCTCACACAACTCTCTGGAGGAAAAGAGAGAACAAAAGCTGAGTATGAA
GCTATGGCTGCTAGTTCAGGTTTTGCAAGTTGCAAATTTGTGTGCCCTGCATATCATTTA
TGGGTCATTGAGTTTTCTAAATAGGCTTAAAAGGTTGTAAGCTGTGTTTCCTCTTATGTT
CTAAATGGAGATTGTACTAGTCTCATGGTAATAAAAGTTTTATGTATTTTGATGAATTCT
TGAATAAATGAAAAAGATGATATTGCATGTG


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AF RR3GI12JQ C 396
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BS 741 1171 RR3GI12JQ

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TTCCTCAAACCGTCTGAGATAGCGAGAAGGCTTCCCACACAGCCTAGTAACCCTGAAGCA
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ATCGTAGATGGTGAGAGGGTTTACAAAGCTGAGCCTATTTGTAAGTATTTCTTGAGATAC
AATATTGAAGAGATGGGGACACTTGCTTCTCAGTTCATTCTTGAACTCGATAGTGTCTTT
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GCCAATGGTGGCTTGAAGCTCTTTGATTATATGGGCACAGATGAAAGACTAAGCAAACTC
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TTTGAAGGAGTTAATGTGTTGGTTGATGTAGGAGGAGGAGTTGGAAACACACTAGGTTTC
GTTACTTCAAAGTATCCAAACATTAAGGGTATTAATTTTGATCTAACTTGTGCTTTGGCA
CAAGCACCTTCTTATCCTAATGTGGAGCATGTGGCTGGAGATATGTTTGTAGAAATCCCA
AGAGGAGATGCTATCATCTT

QA 1 740 1 740
DS 

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CAAGTTTCTTGAAGTTTACAAAGGTTTTGAAGGAGTTAATGTGTTGGTTGATGTAGGAGG
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TTTTGATCTAACTTGTGCTTTGGCACAAGCACCTTCTTATCCTAATGTGGAGCATGTGGC
TGGAGATATGTTTGTAGAAATCCCAAGAGGAGATGCTATCATCTTGAAACGTATGCTTCA
CGATTGGAATGATGAAGACTGTGCAAAGATTCTCAAGAACTGCTGGAAAGCATTACCGGA
GAATGGGAAAGTGATTATCATGGAACTAGTTATTCCAGATGAGGCAGAGAGTGCTGATGT
GCAGTCCAACATTGCATTTGATATGGATTTGTTGATGCTCACACAACTCTCTGGAGGAAA
AGAGAGAACAAAAGCTGAGTATGAAGCTATGGCTGCTAGTTCAGGTTTTGCAAGTTGCAA
ATTTGTGTGCCCTGCATATCATTTATGGGTCATTGAGTTTTCTAAATAGGCTTAAAAGGT
TGTAAGCTGTGTTTCCTCTTATGTTCTAAATGGAGATTGTACTAGTCTCATGGTAATAAA
AGTTTTATGTATTTTGATGAATTCTTGAATAAATGAAAAAGATGATATTGCATGTG

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

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GCCAAGGATAGCATCCGTCTCGTTAAGCGTTGCCACAAACCAGATCGCAAAGAGTTCACG
AAAGTTGCAGTTCGTACGGCGATAGGGTTTGTAGTGATGGGATTCGTTGGCTTCTTTGTG
AAACTCATCTTTATTCCCATCAACAACATCATCGTCGGCGCCACTTAGGAATCAAGGAAC
AGAGTTTTGAGAGAGAACAATTAGAGTTTTGCTGTTACAAGAAGTCACATGTCAGTTCAA
TGTTTTATGCAATCGGATTCCATTTGTTTCTATGTTTTTCTTTCTTTCTTGATTTGTTCA
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BQ
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AF RR3DA54JQ C 1
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QA 1 409 1 409
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BQ
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AF RR3AV26JQ C 1
AF RR3AV26TF U 1
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QA 1 635 1 635
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AS 1 2

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BQ
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AF RR3DZ06TF U 13
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GG
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QA 3 516 3 516
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TCGCTTCAGTCGTGTTCTGCGGTTACATTGTCTTCGACACGAATCAGCTGATCAAGAAAC
TCAACTACGACGAGTATATCCATGCTGCTATTGTCTTTATCTCGACGTCATCATCT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL7178Contig1 733 2 2 U
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CTTTCTCTCTGAAGATCATTGTCTTCTTCTTCCGATCTACTCTTCATTTTGATCTTCAAA
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AATCAGAATACTCAAAGATCTTTACTACAACAATGGAGTCCGGTCACCAACAGCCGACCA
GATCCAGAAGATCTCTGCAAGTCTGAGACAGTACGGAAAGATCGAGGGAAAAAATGTATT
TTACTGGTTTCAAAACCATAAGGCTCGTGAGCGACAGAAGAAGAGATTCAACCGCACAAC
CATGGCCACACCAACGTCTTCATCGCCCAACTCAGTTATGATGATGGCTAGTGATCATAT
CACCATAACCATCATCATCACGGTGTTACCATCCAGAAACCTGCTTTGGTCAACGTTAAG
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TACATGAATAAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E594TF U 1
AF RR3E594JQ C 1
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QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3E594JQ 733 0 0
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TTACTGGTTTCAAAACCATAAGGCTCGTGAGCGACAGAAGAAGAGATTCAACCGCACAAC
CATGGCCACACCAACGTCTTCATCGCCCAACTCAGTTATGATGATGGCTAGTGATCATAT
CACCATAACCATCATCATCACGGTGTTACCATCCAGAAACCTGCTTTGGTCAACGTTAAG
CTCGACCAAGAAAATCATATGTTTCACCAGAACAGATCATATCCCAGCTTCAATAACGGT
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GATGACTTTGATGAATACAAGTTTAATATATTACTAGGAATCATTTAAACCACGAGCTAT
TACATGAATAAGC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU87TF U 1
AF RR3G239TF U 1
BS 1 681 RR3G239TF

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DS 

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ACATTTGACGACTCTGTGTTTCTGCATCCTGAAAAGGGTAAACGGGACAGAGAAGACATT
AGACAGAGCTTCATGGGCTTTGTGGATAGAGTTTTGTCGCTGCAGGGTAACTCCTCTCCC
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ATTATCAGTGCGTTAGCACGTGGTGTTTCGGATCTTGATCTACAGATCATCGTGGATCTT
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CTAGTTAAGCTGAGCATGGGCTCTGGGATTGATGTTACTTTCGTTGCTGCTCCATTTTCT
TACCGATGCTTAAAACGCTGGTTCTTGACTGGGTTAAAGTTTATCCTAACGAGTTTGAGA
CTCTGCTTCATGCTCTGCCTT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

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AGAGCAAAGACGAACCAGCTAATTCATTTTCAGATATGGACAATGAGCTCCCAGTTAGTA
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AATC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3A850TF U 1
AF RR3A850JQ C 1
BS 1 674 RR3A850TF
BS 675 784 RR3A850JQ

RD RR3A850TF 674 0 0
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AACTAGATTTCAAATTGCTAGCCGCTGTTTATGGTGGGGTAATATGTTCAGGTGTTGGTT
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TTGGAAGGATTCTTGGAGCAATAGTGATCGTTCTTGGGCTCTATTCCGTTTTGTGGGGCA
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ATGTTATGACCTCGAGGCCTACCACCAATGATTCAGTCTAAAGTAAACAAAGCACTACGG
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TGCTGATTTGTAGA

QA 1 674 1 674
DS 

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GACTCCTCATTGCTACCGGTTGCATCTGTTGGGCCGGTTTTGTCAATCTCCAAGCGATCA
CGCTTAAATCGTACCCGGTAGAGCTATCCTTGACCGCTTTCATATGCTTAATGGGGTCTA
TTGAAAGCACCATCGTGGCACTTTTCATTGAGAGGGGAAATCCTGCTGCATGGTCCATCC
AACTAGATTTCAAATTGCTAGCCGCTGTTTATGGTGGGGTAATATGTTCAGGTGTTGGTT
ACTACGTTTGAGGAGTGATAATGAAAACTCGAGGACCGGTGTTTGTGACTGCCTTCAATC
CATTGAGCATGGTCATTGTTGCGATTTTGGGTTCTATAATTCTTGCTGAGGTTATGTACC
TTGGAAGGATTCTTGGAGCAATAGTGATCGTTCTTGGGCTCTATTCCGTTTTGTGGGGCA
AGAGCAAAGACGAACCAGCTAATTCATTTTCAGATATGGACAATGAGCTCCCAGTTAGTA
ATCTACAAGTTGTGACATTCTCGTTGAAAGCTAACGGAGATATGGACACAAAGGATGCAA
ATGTTATGACCTCGAGGCCTACCACCAATGATTCAGTCTAAAGTAAACAAAGCACTACGG
TGATTATGAATTATAATAATAAACGAAAACAACGAGTCCGATTTCCAGTTTCCGGATCGA
TGCTGATTTGTAGATTCAAGAGTGATGTTATTTTAATGCTAATTTTGGCTTTGTTAAATT
TTGCATCCGGCTATAACAATATGAAATGTTTTGCACTAATAAAAGTACCTTTTTACGAAT
AATC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL7181Contig1 874 2 2 U
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TCTTCAACGTCCCACCAGCAGATACGCAACTTCAGCTGAAAAAGGCCAAAGCTCCTCCTC
CTCATGATGATGATGCCAGGGGGGAGAATCTTGTTCCTGTTGTTGAATCGATGGACGCTT
CTCTTGCGGAGGAGCTGAACGCCTTCAAGAAGAAACTCGAGAGGTTGAGAGAAGATCGGG
AGAGGACTGAGAAATTGCTGGAGGAGAGAGACGGGGCCATGGATCTGAAGATGAGTCATC
TCCTCCAAAGAGGGGAGATCCAGAAATGCCTTGAAATCCAAGTCGATCGTCTCTTTAGAT
TGAAGGAGCTCCACGCTTATTCCTCTGTATATTCTCATTCATTCATTCTCTAGACTTAGA
TTAGATTTTGTTTCCATTTCTCAAACAAACAAACGTTAATCAATTTTAATGTTTCTTGGT
CAACAGAAAATTTTGCCTGTCCGATCTCTAAGAGCCAAAGAGCAGGAGAAGAGGAAAAGC
TTCAGCTTCGTAATCATCATGCCCCATCTTATCATTTTAATCATCTCCCTTTTTCTTGTT
GTTTTTGTCAACACTTTTGTTTGGATTTTCAGGAAGTAGTGACACCAGATGAACCGGAAG
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CCAACAACCTCTACTTTCCGTTTATGATTTTGTCTTGTCTTTAAGAAAAGCTTTGTTTCT
GTAATTAATGTCTCGTTACTTACGCCCTTTTTATCCTGGGCCCCTTCTCATTTCATCCAC
AGGCCCATTTTATATTCAACTTTTTTTTGGGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B924TF U 1
AF RR3B924JQ C 74
BS 1 706 RR3B924TF
BS 707 874 RR3B924JQ

RD RR3B924TF 706 0 0
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CTCATGATGATGATGCCAGGGGGGAGAATCTTGTTCCTGTTGTTGAATCGATGGACGCTT
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AGAGGACTGAGAAATTGCTGGAGGAGAGAGACGGGGCCATGGATCTGAAGATGAGTCATC
TCCTCCAAAGAGGGGAGATCCAGAAATGCCTTGAAATCCAAGTCGATCGTCTCTTTAGAT
TGAAGGAGCTCCACGCTTATTCCTCTGTATATTCTCATTCATTCATTCTCTAGACTTAGA
TTAGATTTTGTTTCCATTTCTCAAACAAACAAACGTTAATCAATTTTAATGTTTCTTGGT
CAACAGAAAATTTTGCCTGTCCGATCTCTAAGAGCCAAAGAGCAGGAGAAGAGGAAAAGC
TTCAGCTTCGTAATCATCATGCCCCATCTTATCATTTTAATCATCTCCCTTTTTCTTGTT
GTTTTTGTCAACACTTTTGTTTGGATTTTCAGGAAGTAGTGACACCAGATGAACCGGAAG
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QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3B924JQ 801 0 0
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GCTGAACGCCTTCAAGAAGAAACTCGAGAGGTTGAGAGAAGATCGGGAGAGGACTGAGAA
ATTGCTGGAGGAGAGAGACGGGGCCATGGATCTGAAGATGAGTCATCTCCTCCAAAGAGG
GGAGATCCAGAAATGCCTTGAAATCCAAGTCGATCGTCTCTTTAGATTGAAGGAGCTCCA
CGCTTATTCCTCTGTATATTCTCATTCATTCATTCTCTAGACTTAGATTAGATTTTGTTT
CCATTTCTCAAACAAACAAACGTTAATCAATTTTAATGTTTCTTGGTCAACAGAAAATTT
TGCCTGTCCGATCTCTAAGAGCCAAAGAGCAGGAGAAGAGGAAAAGCTTCAGCTTCGTAA
TCATCATGCCCCATCTTATCATTTTAATCATCTCCCTTTTTCTTGTTGTTTTTGTCAACA
CTTTTGTTTGGATTTTCAGGAAGTAGTGACACCAGATGAACCGGAAGCAGACAGCAGAGA
GAACGCAAGTGACTTATTAAAGGAAGCAAACTAATAGGCGGCACAGACCAACAACCTCTA
CTTTCCGTTTATGATTTTGTCTTGTCTTTAAGAAAAGCTTTGTTTCTGTAATTAATGTCT
CGTTACTTACGCCCTTTTTATCCTGGGCCCCTTCTCATTTCATCCACAGGCCCATTTTAT
ATTCAACTTTTTTTTGGGTGC

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 2

CO CL7182Contig1 901 2 10 U
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GGGTGTAAAGTTCATGCATGTGATCTATCCGAAACTCTGCTCAATCAGAGTTTATGTGAA
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AGAGAAAAACTCATGCAAACCGTCTCAACTATGTTCAACGGCAAGCTCAACATTCTTGTG
AACAACGTTGCCTCAGTTCGCGTAAAACCAACAACTGAATATCATGAAGATGATTTCTCG
TTTCATATCTCAACAAACTTGGAGTCTGGTTATCATCTTAGCCAGCTTTCACATCCTTTT
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ATTAATTGTGGATCCATATATAGTTTAACCAAAGGAGCTTTGAATCAACTAGCAAGAAAT
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TGTCTACCTGCGGCTTCATATATTACTGGTCAGACCATTTGCGTTGATGGAGGTCTCACG
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CTTTAGTTTATGTTTTGTTTTTAACTTTGCTTTTGATCATTATAATAAAGAGTTTCCCAT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3E476TF U 1
AF RR3E476JQ C 128
BS 1 636 RR3E476TF
BS 637 637 RR3E476JQ
BS 638 734 RR3E476TF
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BS 764 774 RR3E476TF
BS 775 901 RR3E476JQ

RD RR3E476TF 782 0 0
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GGGTGTAAAGTTCATGCATGTGATCTATCCGAAACTCTGCTCAATCAGAGTTTATGTGAA
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AGAGAAAAACTCATGCAAACCGTCTCAACTATGTTCAACGGCAAGCTCAACATTCTTGTG
AACAACGTTGCCTCAGTTCGCGTAAAACCAACAACTGAATATCATGAAGATGATTTCTCG
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ATTAATTGTGGATCCATATATAGTTTAACCAAAGGAGCTTTGAATCAACTAGCAAGAAAT
CTGGCTTGTGAATGGGCCAAAGATGGAATAAGAGCCAACGCTGTTGCTCCTAATTTTATC
TATACTGCTCTGGCTCAACCTTTTCTTGATGGTGCCGGTTTTAACAAGAGTTTGTCCAGT
AGAACTCCACTTGGTCGCCCTGGAGAACCAAAAGAG*TTGCATCACTGGTGGCTTTCTTG
TGTCTACCTGCGGCTTCATATATTACTGGTCAGACCATTTGCGTTGATGGAGGTCTCACG
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TGCAGCGT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3E476JQ 774 0 0
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AACTCATGCAAACCGTCTCAACTATGTTCAACGGCAAGCTCAACATTCTTGTGAACAACG
TTGCCTCAGTTCGCGTAAAACCAACAACTGAATATCATGAAGATGATTTCTCGTTTCATA
TCTCAACAAACTTGGAGTCTGGTTATCATCTTAGCCAGCTTTCACATCCTTTTCTAAAAG
CTTCAGAATCTGGAAGCATTGTCTTCATTTCTTCAATTGCAGGGATTGTTTCCATTAATT
GTGGATCCATATATAGTTTAACCAAAGGAGCTTTGAATCAACTAGCAAGAAATCTGGCTT
GTGAATGGGCCAAAGATGGAATAAGAGCCAACGCTGTTGCTCCTAATTTTATCTATACTG
CTCTGGCTCAACCTTTTCTTGATGGTGCCGGTTTTAACAAGAGTTTGTCCAGTAGAACTC
CACTTGGTCGCCCTGGAGAACCAAAAGAGGTTGCATCACTGGTGGCTTTCTTGTGTCTAC
CTGCGGCTTCATATATTACTGGTCAGACCATTTGCGTTGATGGAGGTCTCACGGTCAATG
GCTTCTCCTATCAACCACAGGCTTGAGCTGAGAGTTACGTGGTGGTAATGCAGCGTACAA
GCCTATTTTCTTCTGGTGTTGGGTTCTGTATGAGGGTTGGCGGAGTATTCGTGCTTTAGT
TTATGTTTTGTTTTTAACTTTGCTTTTGATCATTATAATAAAGAGTTTCCCATC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL7183Contig1 883 2 6 U
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AGCTGATTGATAGGTTTCTGTTAATAATCTTTTTTGATTACATGTGGACGGCTGTTTCGG
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BQ
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AF RR3FK93TF U 1
AF RR3FK93JQ C 132
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AGCTGATTGATAGGTTTCTGTTAATAATCTTTTTTGATTACATGTGGACGGCTGTTTCGG
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CGTGAGTGAGTATCAAAAGGAGGTAGAAGAGCGATACCTGGGTAACGTGGAGAAAGAGCT
GGAAAAGTGGGAAAACGCAAGGAAGGCGAGGAAAGCAAGCAACGGGGATATGAATTTGCA
GGAAACAATGGATAAGGAGTTAGAGACGCATATAATGGAGCACGGGCCAAAGAAGAGGAA
GATACCTGGAGGAGGAGGGGATGAAGATGAAGAAGATGAAGTAGAGGATATCAACGGTGG
CGAGGATGAAATGACAATGGATGATGTACTGGAAGAGGGAGATGGAAACGACAACAAAGA
AGTGGCAACTGATACTGCGGAAGCAGA*GCAGAAGCAGTGGAAG*AGAAATTGAACAATA
GATTGTCAAAGATCTTTAGTATGTGTTGTTCTTTGATGCTTTTGTTGTGTAGT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3FK93JQ 752 0 0
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AGGTTTCTGTTAATAATCTTTTTTGATTACATGTGGACGGCTGTTTCGGGACTAAAGCAG
AGCCACAGATATACTATGCACCAACGAGGCCTTTGTAAGAAGATACAACTGAGGCAGAGC
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ATCAAAAGGAGGTAGAAGAGCGATACCTGGGTAACGTGGAGAAAGAGCTGGAAAAGTGGG
AAAACGCAAGGAAGGCGAGGAAAGCAAGCAACGGGGATATGAATTTGCAGGAAACAATGG
ATAAGGAGTTAGAGACGCATATAATGGAGCACGGGCCAAAGAAGAGGAAGATACCTGGAG
GAGGAGGGGATGAAGATGAAGAAGATGAAGTAGAGGATATCAACGGTGGCGAGGATGAAA
TGACAATGGATGATGTACTGGAAGAGGGAGATGGAAACGACAACAAAGAAGTGGCAACTG
ATACTGCGGAAGCAGAAGCAGAAGCAGTGGAAGGAGAAATTGAACAATAGATTGTCAAAG
ATCTTTAGTATGTGTTGTTCTTTGATGCTTTTGTTGTGTAGTACACCTGGAGTTTGCGAG
TTAGAAGAAGACTATTCTGGACTATGGTATTGTAAGATGGATTTTGCCTTTGTGCTGTGA
TTTTTAATTTATATATAAGCTAGTTTTGGCCC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL7184Contig1 573 2 1 U
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AAACAATGAAAAGGAATAGAAAGGACTCGTGAC


BQ
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AF RR3FA14JQ C 1
AF RR3FA14TF U 1
BS 1 573 RR3FA14TF

RD RR3FA14JQ 573 0 0
GAATCATGGTCTTTGTATTTGTCGGCCTTTGTTTTACCTTTTGACCTTCACGTGAACATT
ATTAACCCTTATCAGTACATTATATCAATTAATATATTTCAAGTTCGATCTATTAATTAC
GCGAAACTAAATTATATTGTACTTGGATATCTACACGAATACGAACTCTGTTTACAATTA
TATTTGTAAATTACCCCTCTGAGATTAGTTTGAACTTTTTTTACAAGTCTAGAATATTTC
TAGATTAGTAAAAAAAAATTGGTTTCATACGTTTTTAAAGGGAAAATCGGTAAAAGAATT
ATAACTAGGGAATCATTGGTAATTATTTGTCGTATTTATAGTTGGTTTGTAGAACCTTTT
TTTCATTTTGTAATTTTTTAAATGATTCTACAAATATAATATAAGTTTAATTGGTAATCA
TCGCAACAACGCAAGAAAAAATAGGAAATGATCAGTAACAATAAAATTGTAGGAATGATA
ACGGATGATATTTATCAAAACTATTAAGAAAAAATTTTGTTTTGTAATTTTCTACAATAA
AAACAATGAAAAGGAATAGAAAGGACTCGTGAC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3FA14TF 573 0 0
GAATCATGGTCTTTGTATTTGTCGGCCTTTGTTTTACCTTTTGACCTTCACGTGAACATT
ATTAACCCTTATCAGTACATTATATCAATTAATATATTTCAAGTTCGATCTATTAATTAC
GCGAAACTAAATTATATTGTACTTGGATATCTACACGAATACGAACTCTGTTTACAATTA
TATTTGTAAATTACCCCTCTGAGATTAGTTTGAACTTTTTTTACAAGTCTAGAATATTTC
TAGATTAGTAAAAAAAAATTGGTTTCATACGTTTTTAAAGGGAAAATCGGTAAAAGAATT
ATAACTAGGGAATCATTGGTAATTATTTGTCGTATTTATAGTTGGTTTGTAGAACCTTTT
TTTCATTTTGTAATTTTTTAAATGATTCTACAAATATAATATAAGTTTAATTGGTAATCA
TCGCAACAACGCAAGAAAAAATAGGAAATGATCAGTAACAATAAAATTGTAGGAATGATA
ACGGATGATATTTATCAAAACTATTAAGAAAAAATTTTGTTTTGTAATTTTCTACAATAA
AAACAATGAAAAGGAATAGAAAGGACTCGTGAC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

CO CL7185Contig1 813 2 2 U
GCAGAGATCCCGACCGAAACCCCACCTCCGCCTGCGAAATCCACCGTCGCGACCAACGCC
TCCGCCGACACAGCCGCAGCACGAATCCAGTCAGGCTACCGCTCTCACAAGATTCGAGGC
CTCTATAGAACGATCTCATCCGTCCATCGAGAAGCCAACCGCGCACAGAGCGTGATCCAG
CGTCAGGAGACGGTGGACGCCATCAGAAGCGACGAGAAGGAACGGCTGAGGATGAACGAG
ACTCTGATGTCTCTGCTTCTGAGGCTCGACTCTGTTCCTGGTTTGGATCCGACGATCAGA
GAAGCTCGGAGGAAGGTGAGCCGTCAGATCGTGGGGATGCAGGAGGTACTCGACGCGATA
TCGGAGGCTAAAGACGAGAGTCAGTGGTTGTGGTCTAACTACGATGACGACGTACAAGGC
GGCGGCGCGTGGCCTATGTACTGGGAAGAAGCGGTGGAGGAAGAGATGTGTAGAGATAGA
GGTGGCGATGAGATGGAGAGATTCTGTGCTCAGTATTTGGGTTTCAGATGTTTCCAGAGA
TTTCTCAGAGAATGACGGCGGTAAATTATCCGGCGTACGGTAGATTTTATGTCTTTTTCC
GACAACTTCGTACGACATATTTATCTATTTTTCTTTGTTTTTTTTTCCTACTTTAAAGTA
GTCTATGTTCTGTTAAATTTACTAACGCCGTTTTGTGAGTATGTAAACAGACTACGTGTC
GTCATGCCCGTATGAAAACGTCACGTAGTGTTTTGTATACCAAGGGACTGATGAACCTTG
ACAATGAATAAAATACGGTCCTGATTAACAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BG37TF U 1
AF RR3BG37JQ C 139
BS 1 779 RR3BG37TF
BS 780 813 RR3BG37JQ

RD RR3BG37TF 779 0 0
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TCCGCCGACACAGCCGCAGCACGAATCCAGTCAGGCTACCGCTCTCACAAGATTCGAGGC
CTCTATAGAACGATCTCATCCGTCCATCGAGAAGCCAACCGCGCACAGAGCGTGATCCAG
CGTCAGGAGACGGTGGACGCCATCAGAAGCGACGAGAAGGAACGGCTGAGGATGAACGAG
ACTCTGATGTCTCTGCTTCTGAGGCTCGACTCTGTTCCTGGTTTGGATCCGACGATCAGA
GAAGCTCGGAGGAAGGTGAGCCGTCAGATCGTGGGGATGCAGGAGGTACTCGACGCGATA
TCGGAGGCTAAAGACGAGAGTCAGTGGTTGTGGTCTAACTACGATGACGACGTACAAGGC
GGCGGCGCGTGGCCTATGTACTGGGAAGAAGCGGTGGAGGAAGAGATGTGTAGAGATAGA
GGTGGCGATGAGATGGAGAGATTCTGTGCTCAGTATTTGGGTTTCAGATGTTTCCAGAGA
TTTCTCAGAGAATGACGGCGGTAAATTATCCGGCGTACGGTAGATTTTATGTCTTTTTCC
GACAACTTCGTACGACATATTTATCTATTTTTCTTTGTTTTTTTTTCCTACTTTAAAGTA
GTCTATGTTCTGTTAAATTTACTAACGCCGTTTTGTGAGTATGTAAACAGACTACGTGTC
GTCATGCCCGTATGAAAACGTCACGTAGTGTTTTGTATACCAAGGGACTGATGAACCTT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3BG37JQ 675 0 0
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TTGAGGCTCGACTCTGTTCCTGGTTTGGATCCGACGATCAGAGAAGCTCGGAGGAAGGTG
AGCCGTCAGATCGTGGGGATGCAGGAGGTACTCGACGCGATATCGGAGGCTAAAGACGAG
AGTCAGTGGTTGTGGTCTAACTACGATGACGACGTACAAGGCGGCGGCGCGTGGCCTATG
TACTGGGAAGAAGCGGTGGAGGAAGAGATGTGTAGAGATAGAGGTGGCGATGAGATGGAG
AGATTCTGTGCTCAGTATTTGGGTTTCAGATGTTTCCAGAGATTTTTCAGAGAATGACGG
CGGTAAATTATCCGGCGTACGGTAGATTTTATGTCTTTTTCCGACAACTTCGTACGACAT
ATTTATCTATTTTTCTTTGTTTTTTTTTCCTACTTTAAAGTAGTCTATGTTCTGTTAAAT
TTACTAACGCCGTTTTGTGAGTATGTAAACAGACTACGTGTCGTCATGCCCGTATGAAAA
CGTCACGTAGTGTTTTGTATACCAAGGGACTGATGAACCTTGACAATGAATAAAATACGG
TCCTGATTAACAATC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL7186Contig1 1269 2 2 U
GGGGAACTCCAGATCTGAATCCGCCTCTCAAGATTAGAGTTACACTGTAGGAGGAAGGGA
GTAACAATGATTTGCGAGAGAGATGATTTCAGCCTCACTGGCCCATTACACTTAACATCT
GTAGATTGGGCTAATGAACACCATAGGCGATCTGTAGCTGCCTCTTTGGTCCAAGGAATC
TATGTAGCGGAGCGTGACCGTCAGCTACAAAGGGAAGGTCCCGACCTAGCTCTGTCTCCA
CTATGGTCTGAGTTTTTCCATTTCCGCCTCATTCGCAAGCTTGTAGGCGACGCTGACTTC
TCCGTATTCGGAGGAATCTACGAGTACAAACCGTCTTCTAATACTACTGTCAAGTCCCAA
GAACTGAGTCCGCGTTTCGTGATTGCCTTCAGAGGAACCGTTAACAAAGCGGATTCCATC
TCCCGCGACATCGAGCTAGACATCCACATCATTAAAAACGGCCTGCACACTACCACAAGG
TTTGAGATAGCTATGCAGGCTGTGAGAAACATGGTGGCTTCGGTTGGTTGTTCCAGTGTC
TGGCTCGCTGGTCATTCTCTTGGTGCTTCCATGGCTTTGCTCGCCGGTAAAACAGTCGCT
AGAACCGGTGTTTTTCCCGAGTGTTTCGCCTTAATCCGCCTTTCTTGTCTCCTCCTATCG
AAAGGATCAAAGATCAGAGGATCAAACACGGGATACGTATCGCAGGTAGTGTGATCACAG
CTGGACTTGCTCTAGCCAAAAAAGCCACCCAACAAGTCAGCCAAAACCACCGTGCATTAC
CAGCACCACCCGACCCTTTTGCCGCTTTGTCCGACTGGTTTCCACGGCTTTACGTCAATC
CCGGGGACCACTTGTGCTCGGAGTTTATCGGTTACTTCGAGCACCGAAACAAGATGGAGG
AAATAGGAGCCGGTTTTGTAGAGAGGTTAGCAACGCAGCACTCGTTGGGCGGTTTGGTGA
TGGATGTTGTGAGCGGAGGAAAGAACACTGAAGCACCGGTTCATCTGATTCCGACGGCGG
TTTTAACTGTTAACAAGAGTTTTTCGAGAGATTTTAAAGAAGCTCATGGGATTCACCAGT
GGTGGAGGGAGGACAAGATATTCGAGACCAAAATCTACCAGTACAAGTGATATTCATAAC
TTAAAATCGGGTTAACCGGTATGTATGTTAAACCAATACTTGGTCTTTTGCTTATCTTCT
TTCCGGTTTAGCCGGTTCAATGTATCGCAGTCCTTTTATATAAATAAAAATCTCTCGTCG
TCTCGATCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B786TF U 1
AF RR3B786JQ C 467
BS 1 703 RR3B786TF
BS 704 1269 RR3B786JQ

RD RR3B786TF 703 0 0
GGGGAACTCCAGATCTGAATCCGCCTCTCAAGATTAGAGTTACACTGTAGGAGGAAGGGA
GTAACAATGATTTGCGAGAGAGATGATTTCAGCCTCACTGGCCCATTACACTTAACATCT
GTAGATTGGGCTAATGAACACCATAGGCGATCTGTAGCTGCCTCTTTGGTCCAAGGAATC
TATGTAGCGGAGCGTGACCGTCAGCTACAAAGGGAAGGTCCCGACCTAGCTCTGTCTCCA
CTATGGTCTGAGTTTTTCCATTTCCGCCTCATTCGCAAGCTTGTAGGCGACGCTGACTTC
TCCGTATTCGGAGGAATCTACGAGTACAAACCGTCTTCTAATACTACTGTCAAGTCCCAA
GAACTGAGTCCGCGTTTCGTGATTGCCTTCAGAGGAACCGTTAACAAAGCGGATTCCATC
TCCCGCGACATCGAGCTAGACATCCACATCATTAAAAACGGCCTGCACACTACCACAAGG
TTTGAGATAGCTATGCAGGCTGTGAGAAACATGGTGGCTTCGGTTGGTTGTTCCAGTGTC
TGGCTCGCTGGTCATTCTCTTGGTGCTTCCATGGCTTTGCTCGCCGGTAAAACAGTCGCT
AGAACCGGTGTTTTTCCCGAGTGTTTCGCCTTAATCCGCCTTTCTTGTCTCCTCCTATCG
AAAGGATCAAAGATCAGAGGATCAAACACGGGATACGTATCGC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3B786JQ 803 0 0
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GTTGTTCCAGTGTCTGGCTCGCTGGTCATTCTCTTGGTGCTTCCATGGCTTTGCTCGCCG
GTAAAACAGTCGCTAGAACCGGTGTTTTTCCCGAGTGTTTCGCCTTAATCCGCCTTTCTT
GTCTCCTCCTATCGAAAGGATCAAAGATCAGAGGATCAAACACGGGATACGTATCGCAGG
TAGTGTGATCACAGCTGGACTTGCTCTAGCCAAAAAAGCCACCCAACAAGTCAGCCAAAA
CCACCGTGCATTACCAGCACCACCCGACCCTTTTGCCGCTTTGTCCGACTGGTTTCCACG
GCTTTACGTCAATCCCGGGGACCACTTGTGCTCGGAGTTTATCGGTTACTTCGAGCACCG
AAACAAGATGGAGGAAATAGGAGCCGGTTTTGTAGAGAGGTTAGCAACGCAGCACTCGTT
GGGCGGTTTGGTGATGGATGTTGTGAGCGGAGGAAAGAACACTGAAGCACCGGTTCATCT
GATTCCGACGGCGGTTTTAACTGTTAACAAGAGTTTTTCGAGAGATTTTAAAGAAGCTCA
TGGGATTCACCAGTGGTGGAGGGAGGACAAGATATTCGAGACCAAAATCTACCAGTACAA
GTGATATTCATAACTTAAAATCGGGTTAACCGGTATGTATGTTAAACCAATACTTGGTCT
TTTGCTTATCTTCTTTCCGGTTTAGCCGGTTCAATGTATCGCAGTCCTTTTATATAAATA
AAAATCTCTCGTCGTCTCGATCG

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

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CTTTCCCAGAAGGAAGCAGACATCAAGATGATGTGCGCCGCTGAGGTTCACCTCGGAACC
AAGAATTGCAACTACCAAATGGAGCGTTACGTCTTCAAGAGGCGCAACGACGGTATTTAC
ATTTTTAACCTTGGCAAAACATGGGACAAGCTGATGATGGCTGCACGAGTCATCGTTGCT
ATTGAGAACTGTGGAGTTAACGTGATCAGAACTATGACAGCACTGCAAGGAAAGCATGCA
AATGGTGAGAATGCCTGGACTGGAATCGATGGAAACACTGGTGCAATAGCTGACATGAAA
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GCGGCGTGTATGCTTCTGAGGATTGATGATATAGTGAGTGGTATCAAGAAGAAGCAAGCT
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TTTTGCTATTTTAGTTTGAATTTTGAAATGTTTGTGAAACTTGACAGTACCTTTAGTATT
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AAAAATTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB94TF U 1
AF RR3EB94JQ C 103
BS 1 654 RR3EB94TF
BS 655 655 RR3EB94JQ
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RD RR3EB94TF 749 0 0
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CTTTCCCAGAAGGAAGCAGACATCAAGATGATGTGCGCCGCTGAGGTTCACCTCGGAACC
AAGAATTGCAACTACCAAATGGAGCGTTACGTCTTCAAGAGGCGCAACGACGGTATTTAC
ATTTTTAACCTTGGCAAAACATGGGACAAGCTGATGATGGCTGCACGAGTCATCGTTGCT
ATTGAGAACTGTGGAGTTAACGTGATCAGAACTATGACAGCACTGCAAGGAAAGCATGCA
AATGGTGAGAATGCCTGGACTGGAATCGATGGAAACACTGGTGCAATAGCTGACATGAAA
GAGAGCAAGATATGGGATGCGTACAATGTGAAGGCTCAAACGTTTAAGACAGCGATTGAA
GCGGCGTGTATGCTTCTGAGGATTGATGATATAGTGAGTGGTATCAAGAAGAAGCAAGCT
CCAGGAGCTGGACCTTCAAAGCCTACCATTGAGACAGAAGGAGATGCAGACAACGAGCAA
ATACTTCCTGACTAGAAAATTTTGCTCTCACCAACATAAATTTCTTTCCTTTTT*GTCTT
TTT*GCTATTTTAGTTTGAATTTTGAAATGTTTGTGAAACTTGACAGTACCTTTAGTATT
TTATGGCTTT*ATTGGTGACTTGATTTAC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3EB94JQ 690 0 0
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GAGGTTCACCTCGGAACCAAGAATTGCAACTACCAAATGGAGCGTTACGTCTTCAAGAGG
CGCAACGACGGTATTTACATTTTTAACCTTGGCAAAACATGGGACAAGCTGATGATGGCT
GCACGAGTCATCGTTGCTATTGAGAACTGTGGAGTTAACGTGATCAGAACTATGACAGCA
CTGCAAGGAAAGCATGCAAATGGTGAGAATGCCTGGACTGGAATCGATGGAAACACTGGT
GCAATAGCTGACATGAAAGAGAGCAAGATATGGGATGCGTACAATGTGAAGGCTCAAACG
TTTAAGACAGCGATTGAAGCGGCGTGTATGCTTCTGAGGATTGATGATATAGTGAGTGGT
ATCAAGAAGAAGCAAGCTCCAGGAGCTGGACCTTCAAAGCCTACCATTGAGACAGAAGGA
GATGCAGACAACGAGCAAATACTTCCTGACTAGAAAATTTTGCTCTCACCAACATAAATT
TCTTTCCTTTTTTGTCTTTTTTGCTATTTTAGTTTGAATTTTGAAATGTTTGTGAAACTT
GACAGTACCTTTAGTATTTTATGGCTTTTATTGGTGACTTGATTTACTATTGATTAAGTT
TGATCTAGACTATAATTCAAAAATTTTACC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7189Contig1 689 2 2 U
TTTCCAGGGTTGTATAAACCTTGAGAAGGATCCCAAGGTCCAACAAAAGAATTGGTCCAT
GTGGTAAGAAAGCCTTCCTTCTGCAACCGAAGATGAGATGAAAGCACAAGATATGTCGCT
ACATCATTCTGCTCACCTCTACAACTCCAGAGAGAGAGTTAGTTACAGCAACTGATTAGT
ACTCACTAAAACTCCCAATTGAAAAAAAAAAAAGGAACAAAAAATAAAAATAAAAAAGAA
AGAACCTTGTATCAAAGCTAGGATTGAGCTCAGCTTCACTAGGAAGAAACTGAAACCAAG
AAACATTATGTAGACCTCCCTGTGGAAGTGGAATTAGTAGTAGTACAAGGTTATCAAAAT
CATTTATTTTCTCTCAAAGTGAAAGGCTTGTAGTATGAAGAAAAAAAAGAGGTTTAGAAC
AAAAGAGAGAATGACTTACAATTCTGAAAACATTGGTCCACATCGTTTTCTCCCACTCAA
ACAAACTCACTACTTTGAATGAATCGTGAAGACACTATGAAGCTCGGTACCGCGAGGGAA
GCACGATTCCAATCATAAAGGCAAAGACTATTGTCGGAGGAAGAGTGATCGGAAGATTCT
TCTTCTTCTTCTACGATCTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTACGACTCGTTTC
CCGTGGTTTCACTTTTCATGTAAAACCCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BW42TF C 1
AF RR3BW42JQ U 4
BS 1 3 RR3BW42TF
BS 4 689 RR3BW42JQ

RD RR3BW42TF 689 0 0
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GTGGTAAGAAAGCCTTCCTTCTGCAACCGAAGATGAGATGAAAGCACAAGATATGTCGCT
ACATCATTCTGCTCACCTCTACAACTCCAGAGAGAGAGTTAGTTACAGCAACTGATTAGT
ACTCACTAAAACTCCCAATTGAAAAAAAAAAAAGGAACAAAAAATAAAAATAAAAAAGAA
AGAACCTTGTATCAGAGCTAGGATTGAGCTCAGCTTCACTAGGAAGAAACTGAAACCAAG
AAACATTATGTAGACCTCCCTGTGGAAGTGGAATTAGTAGTAGTACAAGGTTATCAAAAT
CATTTATTTTCTCTCAAAGTGAAAGGCTTGTAGTATGAAGAAGAAGAAGAGGTTTAGAAC
AAAAGAGAGAATGACTTACAATTCTGAAAACATTGGTCCACATCGTTTTCTCCCACTCAA
ACAAACTCACTACTTTGAATGAATCGTGAAGACACTATGAAGCTCGGTACCGCGAGGGAA
GCACGATTCCAATCATAAAGGCAAAGACTATTGTCGGAGGAAGAGTGATCGGAAGATTCT
TCTTCTTCTTCTACGATCTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTACGACTCGTTTC
CCGTGGTTTCACTTTTCATGTAAAACCCC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3BW42JQ 686 0 0
CCAGGGTTGTATAAACCTTGAGAAGGATCCCAAGGTCCAACAAAAGAATTGGTCCATGTG
GTAAGAAAGCCTTCCTTCTGCAACCGAAGATGAGATGAAAGCACAAGATATGTCGCTACA
TCATTCTGCTCACCTCTACAACTCCAGAGAGAGAGTTAGTTACAGCAACTGATTAGTACT
CACTAAAACTCCCAATTGAAAAAAAAAAAAGGAACAAAAAATAAAAATAAAAAAGAAAGA
ACCTTGTATCAAAGCTAGGATTGAGCTCAGCTTCACTAGGAAGAAACTGAAACCAAGAAA
CATTATGTAGACCTCCCTGTGGAAGTGGAATTAGTAGTAGTACAAGGTTATCAAAATCAT
TTATTTTCTCTCAAAGTGAAAGGCTTGTAGTATGAAGAAAAAAAAGAGGTTTAGAACAAA
AGAGAGAATGACTTACAATTCTGAAAACATTGGTCCACATCGTTTTCTCCCACTCAAACA
AACTCACTACTTTGAATGAATCGTGAAGACACTATGAAGCTCGGTACCGCGAGGGAAGCA
CGATTCCAATCATAAAGGCAAAGACTATTGTCGGAGGAAGAGTGATCGGAAGATTCTTCT
TCTTCTTCTACGATCTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTACGACTCGTTTCCCG
TGGTTTCACTTTTCATGTAAAACCCC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL7190Contig1 1211 2 2 U
GTTCATTAAACTCCTTCACGTAAAAAAAAATGGCAACAGAGTCGCAACCTAAGAAGCTAA
CGATTCCGTTAAAAACAAGAATCGCTATTACCGTTATCTCCACCTTCACCGATAACGCCC
AACGTCCTGACGGCTCCATCAACCGCCGTTTCCTCCGTTTCTTCGATTTTCGCGCCCCTC
CCAATCCCAAACCAGTCAACTCCGTCTCGTCCTCCGACTTCGTCGTGGATCCTTCCCGCG
ACCTCTGGTTCCGGTTATACACCCCACACGTCTCCGGCGACCGCATCCCCGTCGTGATCT
TCTTCCACGGCGGAGGCTTCGCTTTCCTCAGCCCCAACAATCACCAATACGACAGCGTTT
GCCGGAGATTCGCCGGAAAACTGCCGGCTTACGTCGTCTCCGTCAACTACCGCCTCGCGC
CGGAGCACCGTTACCCCGCCCAGGACGACGACGGATTCGACGCCGTGAAATTCCTCGAGG
AGAACCACGCCGCGGTTCTCCCGGCGAACGCCGATCGCTCGAGGTGCTTCTTCGTCGGAG
ACAGCGCCGGCGGGAACATCGCGCACAACGTGGCGATCCGCGTCTGCCGCGCGAGCTGCT
TCGCCGCCGTGAAACTCGTCGGACTCGTGTCGATCCAGCCGTTCTTCGGCGGGGAAGAGA
GGACGGAGGCGGAGAGGAGCCTCGTCGGAATGCCGTTAGTTTCGCCGGATCGGACGGATT
GGTGCTGGAGGGCGGTGCTACCGGAGGGAGCGAACCGGGATCACGAGGCGGCGAAACCGA
GCGTGGTTGATATATCGGTTCTGGATTATCCGGAAACGATGGTGGTCGTGGCCGGGTTCG
ACCCGTTGAGAGACTGGCAGAGAAGTTACTATGAGTGGTTAAAGCTATCCGGGAAAAGAG
TGACGCTAGTGGAGTATTCAAACATGTTCCATGCGTTTTATATCTTCCCTGAATTGCCGG
AAGCTGGCCAGTTAGTTCAGCGGATTAAGGATTTCGTTGAGGAGCGCGTGGCTTCACTCT
CGTCTTAAAAAGTCATCATTATATTTAGTTAATTCGATTAATAATGTATATGGTATGCTT
TTGATTAAAAAAATGTATTGAGGTATGCTTTATCAATCAAATTATCTTATTTATTAAGGT
ATGCTTTCTATAGCTTAAGATGTATGATTGAGTCTACCGTCGTTATAATCCAGTGTTCAC
AATTTTAAGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E053TF U 1
AF RR3E053JQ C 500
BS 1 617 RR3E053TF
BS 618 1211 RR3E053JQ

RD RR3E053TF 617 0 0
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CGATTCCGTTAAAAACAAGAATCGCTATTACCGTTATCTCCACCTTCACCGATAACGCCC
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CCAATCCCAAACCAGTCAACTCCGTCTCGTCCTCCGACTTCGTCGTGGATCCTTCCCGCG
ACCTCTGGTTCCGGTTATACACCCCACACGTCTCCGGCGACCGCATCCCCGTCGTGATCT
TCTTCCACGGCGGAGGCTTCGCTTTCCTCAGCCCCAACAATCACCAATACGACAGCGTTT
GCCGGAGATTCGCCGGAAAACTGCCGGCTTACGTCGTCTCCGTCAACTACCGCCTCGCGC
CGGAGCACCGTTACCCCGCCCAGGACGACGACGGATTCGACGCCGTGAAATTCCTCGAGG
AGAACCACGCCGCGGTTCTCCCGGCGAACGCCGATCGCTCGAGGTGCTTCTTCGTCGGAG
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TCGCCGCCGTGAAACTC

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3E053JQ 712 0 0
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CGGACTCGTGTCGATCCAGCCGTTCTTCGGCGGGGAAGAGAGGACGGAGGCGGAGAGGAG
CCTCGTCGGAATGCCGTTAGTTTCGCCGGATCGGACGGATTGGTGCTGGAGGGCGGTGCT
ACCGGAGGGAGCGAACCGGGATCACGAGGCGGCGAAACCGAGCGTGGTTGATATATCGGT
TCTGGATTATCCGGAAACGATGGTGGTCGTGGCCGGGTTCGACCCGTTGAGAGACTGGCA
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AAACATGTTCCATGCGTTTTATATCTTCCCTGAATTGCCGGAAGCTGGCCAGTTAGTTCA
GCGGATTAAGGATTTCGTTGAGGAGCGCGTGGCTTCACTCTCGTCTTAAAAAGTCATCAT
TATATTTAGTTAATTCGATTAATAATGTATATGGTATGCTTTTGATTAAAAAAATGTATT
GAGGTATGCTTTATCAATCAAATTATCTTATTTATTAAGGTATGCTTTCTATAGCTTAAG
ATGTATGATTGAGTCTACCGTCGTTATAATCCAGTGTTCACAATTTTAAGAC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL7191Contig1 695 2 2 U
GGAACCAAAACTCCGCGGCGGTGCGATCTAAAAATCTCCCCGGAACCAATGGCCAACCTC
CGAGGACTCCTAACAAACGCATCTTCCTACTGCCAACGCTCCTTCTCCCAATCCATGCTC
AAATCTCCGAACAGCCTCCTCAGCCAAACCCAAACCAGACACATCACGACGACGCTCACC
AAACCCGCGGCGTCGAAACACAGCGGCACGGAGCAAGGGGTGAAGCGAAACGGCGCCGAT
CACAGGCGCAGGCTTCTCGCGGCGAGGTTCGAGCTGAGGAGGAAGCTCTACAAGGCGTTC
TGCAAAGATCCGGAGCTTCCCAGCGAGATGCGGGAGAAGAATCGGTACAAGCTGTCGAAG
CTGCCGAGGAACAGCGCGTTCACGAGGATAAGGAACAGGTGCGTGTTCACCGGTCGGTCT
AGGTCCGTGACGGAGCTGTTTAGGATGTCTCGGATCTGTTTCCGTGGGTTGGCGAATAAA
GGTGAATTGATGGGTATAAAGAAGTCTTCTTGGTAGGTTTGGTGGGCGTGTGACCGAACC
ACAAAGGCAGCAAGGAATCAAATACTGTTTAATCAACGCAGGTGTTGTTTATGTTGGTGT
GATGTAATCCATTACAGAACTTAGTTTGGTTATAACACCAAGGGCTGCTTTTTTGTTTAT
GATCTGATCTCCTTCAGGATTATGAAGTGTTATTC


BQ
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AF RR3AV06JQ C 1
AF RR3AV06TF U 1
BS 1 673 RR3AV06TF
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RD RR3AV06JQ 695 0 0
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QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3AV06TF 673 0 0
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GATGTAATCCATTACAGAACTTAGTTTGGTTATAACACCAAGGGCTGCTTTTTTGTTTAT
GATCTGATCTCCT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL7192Contig1 824 2 4 U
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TCTGTTTCCCTTCTGTTTCTATTGGTTTTCCGAAATGCACGTACAAACGTCCCGGAATCT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EA30JQ U 1
AF RR3BU95TF C 69
BS 1 210 RR3EA30JQ
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BS 212 715 RR3EA30JQ
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RD RR3EA30JQ 715 0 0
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TTTGATCATTGTAATCCAAAACCATTTGACAGAGATCATCTTCTCCAACAACGCCAAAAG
GAATGATTTTCGCTCCAAACTTAGATGCGATTCTTACAAACTCTGAGTGTTGTGG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3BU95TF 756 0 0
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ATTCCAGGCATATGCAAATCTTGGTTCCCCAATTCACCTTCTTCACCGTTCCTCAATTTG
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GCTTTCGAACGAAGTAGTTTGTAGAAATTGAGACTC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EZ50TF C 1
AF RR3EZ50JQ U 9
BS 1 14 RR3EZ50TF
BS 15 690 RR3EZ50JQ

RD RR3EZ50TF 690 0 0
TTTTTTTTTCGGCAGAATCAAAACCGATATCTAATATAGTAATGAGACTTATTAGTATAA
TACAAAAACAAGTTTCTCAATTATTCAAGGAACAATAGAGATCAGAAGATCATTGCACAT
CTTTGTTTTATTATAATAAAATAAGACCAAAACCACAAGTTGTAGACATTAGGAGTTGTG
AGTTTTAGTACAAGGCATACTTCTGGGTCCAGCTTCGAGCCATGGCTTCGTACTTGACCT
TGTCGGTTTTGTATATGTGAGCTATATCTGGAACCAGAGGATCGTCAGGGTTTGGGTCTG
TAAGAAGAGAGCACACAGAGAGAAGCACCTTAGAGATTGTCGGGGCAGGGCTCCACTGGT
CTCTGAGAATGTCCAAACAGATGTTCCCATTGTTGTTGATGTTAGGGTGAAACACTTTGG
TTCTGAATACAACCTTGGGAGGTTTGAACGGATAATCTTGAGAGAAATTGATAGTGACAA
GGAAAACACCTCCCGAGTATGGACTTTCGTTAGGACCCATTATTGTAGCTTGCCAATGAA
ACATGTCTTCTCCTACTGGACCTGCACTGCATGACATAGGAGGGTCTCTCTGCAACTCCC
TCAGTTCTTTCAAAATCCTTCTCGTTGCCATAGTGTTTGATTCAAAGGAAGCTGTCTTGC
TTGGGATGGGTCTAACAAACCAAAACCTCC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3EZ50JQ 682 0 0
CGGCAG
GAATCAAAACCGATATCTAATATAGTAATGAGACTTATTAGTATAATACAAAAACAAGTT
TCTCAATTATTCAAGGAACAATAGAGATCAGAAGATCATTGCACATCTTTGTTTTATTAT
AATAAAATAAGACCAAAACCACAAGTTGTAGACATTAGGAGTTGTGAGTTTTAGTACAAG
GCATACTTCTGGGTCCAGCTTCGAGCCATGGCTTCGTACTTGACCTTGTCGGTTTTGTAT
ATGTGAGCTATATCTGGAACCAGAGGATCGTCAGGGTTTGGGTCTGTAAGAAGAGAGCAC
ACAGAGAGAAGCACCTTAGAGATTGTCGGGGCAGGGCTCCACTGGTCTCTGAAAATGTCC
AAACAGATGTTCCCATTGTTGTTGATGTTAGGGTGAAACACTTTGGTTCTGAATACAACC
TTGGGAGGTTTGAACGGATAATCTTGAGAGAAATTGATAGTGACAAGGAAAACACCTCCC
GAGTATGGACTTTCGTTAGGACCCATTATTGTAGCTTGCCAATGAAACATGTCTTCTCCT
ACTGGACCTGCACTGCATGACATAGGAGGGTCTCTCTGCAACTCCCTCAGTTCTTTCAAA
ATCCTTCTCGTTGCCATAGTGTTTGATTCAAAGGAAGCTGTCTTGCTTGGGATGGGTCTA
ACAAACCAAAACCTCC

QA 7 682 7 682
DS 



AS 1 2

CO CL7194Contig1 606 2 2 U
AATTGATAATACTTGCATCATTTTTATTCAACATAAGCAGCAACAACAACACTCTTTAGT
AATCATAAGTTCATCAAACAAGAACACTTTCTTTCTGTTTTTTTTTTTGTTAAAAGTCAC
ATGTTTGGTCTTAGTACGATACTGAAACATGTTCATCACACACGTCTTAGTTATAATATT
ATTATTCAGCATATATAATCATTACTTTTATTTTGAACTGGCAGAATAGTTGGTTGCAGC
TAGAGTCCCTTACTCCCCCACCCCGCCTTGTAATGGCCGCCACCGCTGTTGCTGACTGGC
CAGTTTTCCGAAGCATTGACCACTACAGCATGGCCACTGCCAGTGCCATGGTTTGGGTTC
ATGTAGACATGATGTGGTGACATCCGAGGAGCCATAAGCCTGTCCTGGTGCTTCATCCCG
TACTCACCGTGGTGCTGCATCCCGTGCTGCTTCATCCCGTACTCACCGTGGTGCTGCATC
CCGTGCTGCTGCATCCCATACTCACCGTGGTTCTGCATCCCGTGCCCGTACTCTGCGATA
AGATTGTCAAGCATTTATTTATTTATAAATATACTTGGCTTAATTTTCTTAGATACAAGT
ACGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3C235TF C 1
AF RR3C235JQ U 21
BS 1 20 RR3C235TF
BS 21 606 RR3C235JQ

RD RR3C235TF 606 0 0
AATTGATAATACTTGCATCATTTTTATTCAACATAAGCAGCAACAACAACACTCTTTAGT
AATCATAAGTTCATCAAACAAGAACACTTTCTTTCTGTTTTTTTTTTTGTTAAAAGTCAC
ATGTTTGGTCTTAGTACGATACTGAAACATGTTCATCACACACGTCTTAGTTATAATATT
ATTATTCAGCATATATAATCATTACTTTTATTTTGAACTGGCAGAGTAGTTGGTTGCAGC
TAGAGTCCCTTACTCCCCCACCCCGCCTTGTAATGGCCGCCACCGCTGTTGCTGACTGGC
CAGTTTTCCGAAGCATTGACCACTACAGCATGGCCACTGCCAGTGCCATGGTTTGGGTTC
ATGTAGACATGATGTGGTGACATCCGAGGAGCCATAAGCCTGTCCTGGTGCTTCATCCCG
TACTCACCGTGGTGCTGCATCCCGTGCTGCTTCATCCCGTACTCACCGTGGTGCTGCATC
CCGTGCTGCTGCATCCCATACTCACCGTGGTTCTGCATCCCGTGCCCGTACTCTGCGATA
AGATTGTCAAGCATTTATTTATTTATAAATATACTTGGCTTAGTTTTCTTAGATACAAGT
ACGTCC

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3C235JQ 586 0 0
TTTTTATTCAACATAAGCAGCAACAACAACACTCTTTAGTAATCATAAGTTCATCAAACA
AGAACACTTTCTTTCTGTTTTTTTTTTTGTTAAAAGTCACATGTTTGGTCTTAGTACGAT
ACTGAAACATGTTCATCACACACGTCTTAGTTATAATATTATTATTCAGCATATATAATC
ATTACTTTTATTTTGAACTGGCAGAATAGTTGGTTGCAGCTAGAGTCCCTTACTCCCCCA
CCCCGCCTTGTAATGGCCGCCACCGCTGTTGCTGACTGGCCAGTTTTCCGAAGCATTGAC
CACTACAGCATGGCCACTGCCAGTGCCATGGTTTGGGTTCATGTAGACATGATGTGGTGA
CATCCGAGGAGCCATAAGCCTGTCCTGGTGCTTCATCCCGTACTCACCGTGGTGCTGCAT
CCCGTGCTGCTTCATCCCGTACTCACCGTGGTGCTGCATCCCGTGCTGCTGCATCCCATA
CTCACCGTGGTTCTGCATCCCGTGCCCGTACTCTGCGATAAGATTGTCAAGCATTTATTT
ATTTATAAATATACTTGGCTTAATTTTCTTAGATACAAGTACGTCC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL7195Contig1 833 2 12 U
GGGTCAATCCGAGTGAAGAAGGAAAGAAGGAAGGACCCTAACCCTAAATCGAATCCATCA
AAAATCAAATGGCTTCGATGCTGGCTCGCAGGTCACTGAATACTCTCCGTGCTCGCCATC
TCGTTTTGTCAGGGCAAGCTTTGCAGGGATCTCATCTTTCTGGACTGCAGTCCCGTGCTA
TTTCTTACGGCTCCAAGAAAGATGATGAAGAAGAGGAGCAACTTGCTAAGGAGATCTCCA
AGGACTGGAATACTGTGTTTGAACGGAGTATAAACACACTATTTCTCACTGAAATGGTGC
GTGGTTTGTCGTTGACTCTCAAGTACTTCTTTGATCCCAAAGTTACTATCAATTATCCAT
TTGAGAAGGGCCCACTGAGCCCTCGTTTCCGTGGTGAACATGCTCTTCGTCGTTATCCCA
CTGGGGAAGAGCGCTGCGTTGCCTGCAAACTCTGTGAAGCTGTGTGTCCAGCTCAAGCAA
TCACAATAGAAGCAGAAGAGCGGGAAGATGGAAGCCGGAGAACCACTAGGTATGACATCG
ACATGACAAAATGCATTTACTGTGGTTTCTGCCAAGAAGCTTGCCCCGTTGATGCAATTG
TGGAAGGACCGAACTTTGAATTCGCAACCGAGACACACGAGGAACTTCTATATGACAAAG
AAAAGCTTCTTGAGAATGGAGATCGATGGGAGACTGAGATTGCTGAGAATCTTAAATCAG
AGAGTCTCTACCGTTAGAAAACATTCTAACAACAGTCTTTTTGCTTCAAGTTATTCCCCG
AGAAAACGTTTTTCGGTTGCTTCTGTTAGAATAAAATATGACATCTTATGCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FV20TF U 1
AF RR3FM26JQ C 574
BS 1 641 RR3FV20TF
BS 642 642 RR3FM26JQ
BS 643 663 RR3FV20TF
BS 664 664 RR3FM26JQ
BS 665 670 RR3FV20TF
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BS 672 708 RR3FV20TF
BS 709 709 RR3FM26JQ
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BS 713 713 RR3FM26JQ
BS 714 734 RR3FV20TF
BS 735 833 RR3FM26JQ

RD RR3FV20TF 734 0 0
GGGTCAATCCGAGTGAAGAAGGAAAGAAGGAAGGACCCTAACCCTAAATCGAATCCATCA
AAAATCAAATGGCTTCGATGCTGGCTCGCAGGTCACTGAATACTCTCCGTGCTCGCCATC
TCGTTTTGTCAGGGCAAGCTTTGCAGGGATCTCATCTTTCTGGACTGCAGTCCCGTGCTA
TTTCTTACGGCTCCAAGAAAGATGATGAAGAAGAGGAGCAACTTGCTAAGGAGATCTCCA
AGGACTGGAATACTGTGTTTGAACGGAGTATAAACACACTATTTCTCACTGAAATGGTGC
GTGGTTTGTCGTTGACTCTCAAGTACTTCTTTGATCCCAAAGTTACTATCAATTATCCAT
TTGAGAAGGGCCCACTGAGCCCTCGTTTCCGTGGTGAACATGCTCTTCGTCGTTATCCCA
CTGGGGAAGAGCGCTGCGTTGCCTGCAAACTCTGTGAAGCTGTGTGTCCAGCTCAAGCAA
TCACAATAGAAGCAGAAGAGCGGGAAGATGGAAGCCGGAGAACCACTAGGTATGACATCG
ACATGACAAAATGCATTTACTGTGGTTTCTGCCAAGAAGCTTGCCCCGTTGATGCAATTG
TGGAAGGACCGAACTTTGAATTCGCAACCGAGACACACGAG*AACTTCTATATGACAAAG
AAA*GCTTCT*GAGAATGGAGATCGATGGGAGACTGAGATTGCTGAGA*TCT*AAATCAG
AGAGTCTCTACCGT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3FM26JQ 260 0 0
AAGAAGCTTGCCCCGTTGATGCAATTGTGGAAGGACCGAACTTTGAATTGGCAACCGAGA
CACACGAGGAACTTCTATATGACAAAGAAAAGCTTCTTGAGAATGGAGATCGATGGGAGA
CTGAGATTGCTGAGAATCTTAAATCAGAGAGTCTCTACCGTTAGAAAACATTCTAACAAC
AGTCTTTTTGCTTCAAGTTATTCCCCGAGAAAACGTTTTTCGGTTGCTTCTGTTAGAATA
AAATATGACATCTTATGCGT

QA 1 260 1 260
DS 



AS 1 2

CO CL7196Contig1 1065 2 2 U
GCATTGTCTCCTCCTAAAGTAGTAGAGCCTCCGCCACGTGAAAGAACTCCTTCACCTTCT
CCTCCTCCTCCTCCGGCGGTTGTTCAGCTTCAACAGCCGGTTAGTGAAGTGGAAGCGATT
CCGGATGTGAGTGAAGTAACCAAAGGGAGGAAAGGGAAGTTGCCGAAGCCTAAGGCTAAG
GATCCAAACAAAAGGCTGATGACAATGGAGGAGAAGTCTAAGCTTGGTATGAATCTACAA
GACTTGCCTCCTGAGAAGCTTGGACAGTTGGTTCAGATTCTTAGGAAGAGAAACGGTCAT
TTAGCTCAAGATGGTGATGAGATAGAGCTAGATATTGAAGCCGTAGACAATGAGACTCTT
TGGGAGCTTGATCGTTTCGTGACTAATTACAAGAAGATGGCTAGCAAAATCAAACGCCAA
GGGTTTATCCATAACGTCTCAACTCCTCCACCTGCTAGAAACATGTTTTTGGAGGCAGAA
ATGGGTAGTGCGGAGAAGAGAACAAGGAAAGGGATGCAGGGGAAGAGGATGTAGACATTG
GAGAAGACATACCAATTGAAGATTACCCATCTGTAGAGATCGAAAGAGATGGTACTGCAG
TAGCAGCTGCTGCTGCTAGTAGCGGATCTAGCTCTTCGGGCAGCTCTAGTTCTAGTAGTG
GTTCCTCCTCTAGTGATTCAGGGTCAGGTGGAAGTTCATCAGGTAGTGATTTTGATGCAG
ATAGTGTTCAGTCGCCATTTGTGGAAGCTAAAGAAGCTCAATGATAGAATCTGTGGAGGA
TTAAAGTGCTAGGAGAGGTGGAAGCGTGGGTGTAAAGGGAGGAAACCTTAGGTAGCAGTA
GTAGCTAGAGAAGAAGATGGTATGGTTAGCTGGAGAGAAGTGATAGTTTGAGGGAGAGGA
GTTCGTTATTTAATTTACCTTTTAGATGTAGAAAGTTGTTTAATTGTATTTGTGAGATGA
TGAACAGGGAAGGTTGAGTTTAGGATAAAGAATCAATGCAATGTAGTAACCGGAGTGATG
TAAATGGTTTGCAAATCCAGAAAAAAAAAGATATTTTATTTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F646TF U 1
AF RR3F646JQ C 277
BS 1 663 RR3F646TF
BS 664 1065 RR3F646JQ

RD RR3F646TF 663 0 0
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CCTCCTCCTCCTCCGGCGGTTGTTCAGCTTCAACAGCCGGTTAGTGAAGTGGAAGCGATT
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GATCCAAACAAAAGGCTGATGACAATGGAGGAGAAGTCTAAGCTTGGTATGAATCTACAA
GACTTGCCTCCTGAGAAGCTTGGACAGTTGGTTCAGATTCTTAGGAAGAGAAACGGTCAT
TTAGCTCAAGATGGTGATGAGATAGAGCTAGATATTGAAGCCGTAGACAATGAGACTCTT
TGGGAGCTTGATCGTTTCGTGACTAATTACAAGAAGATGGCTAGCAAAATCAAACGCCAA
GGGTTTATCCATAACGTCTCAACTCCTCCACCTGCTAGAAACATGTTTTTGGAGGCAGAA
ATGGGTAGTGCGGAGAAGAGAACAAGGAAAGGGATGCAGGGGAAGAGGATGTAGACATTG
GAGAAGACATACCAATTGAAGATTACCCATCTGTAGAGATCGAAAGAGATGGTACTGCAG
TAGCAGCTGCTGCTGCTAGTAGCGGATCTAGCTCTTCGGGCAGCTCTAGTTCTAGTAGTG
GTT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3F646JQ 789 0 0
GATT
TTAGGAAGAGAAACGGTCATTTAGCTCAAGATGGTGATGAGATAGAGCTAGATATTGAAG
CCGTAGACAATGAGACTCTTTGGGAGCTTGATCGTTTCGTGACTAATTACAAGAAGATGG
CTAGCAAAATCAAACGCCAAGGGTTTATCCATAACGTCTCAACTCCTCCACCTGCTAGAA
ACATGTTTTTGGAGGCAGAAATGGGTAGTGCGGAGAAGAGAACAAGGAAAGGGATGCAGG
GGAAGAGGATGTAGACATTGGAGAAGACATACCAATTGAAGATTACCCATCTGTAGAGAT
CGAAAGAGATGGTACTGCAGTAGCAGCTGCTGCTGCTAGTAGCGGATCTAGCTTTTCGGG
CAGCTCTAGTTCTAGTAGTGGTTCCTCCTCTAGTGATTCAGGGTCAGGTGGAAGTTCATC
AGGTAGTGATTTTGATGCAGATAGTGTTCAGTCGCCATTTGTGGAAGCTAAAGAAGCTCA
ATGATAGAATCTGTGGAGGATTAAAGTGCTAGGAGAGGTGGAAGCGTGGGTGTAAAGGGA
GGAAACCTTAGGTAGCAGTAGTAGCTAGAGAAGAAGATGGTATGGTTAGCTGGAGAGAAG
TGATAGTTTGAGGGAGAGGAGTTCGTTATTTAATTTACCTTTTAGATGTAGAAAGTTGTT
TAATTGTATTTGTGAGATGATGAACAGGGAAGGTTGAGTTTAGGATAAAGAATCAATGCA
ATGTAGTAACCGGAGTGATGTAAATGGTTTGCAAATCCAGAAAAAAAAAGATATTTTATT
TGTTG

QA 5 789 5 789
DS 



AS 1 2

CO CL7197Contig1 809 2 2 U
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TTCGATCCCATTCCTCTGTGAAACAACAAAAAATGGAAGCGATAAGGAATCTGAAGATAA
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GGGAAGCTGCTAAGACTGCTGCTATGAAGGACAATGGTGCTGACCCTTACGACCTCAAAC
AGCAGGAGAATGTGTTGGGTGAGTCAAGGATGATGGTTCCTGATTGCCACAAACGTCTCG
AGGCTGCCTTAGCTGACCTCAAGTCCACTTTGGTAATATCATTACCACTTTCCCATCTCT
ATATTCGCTTATTATATATATGTTCAGAGCGTGGGATGAACCTTGTTTGAGAAAGAAAGC
TTAGGAGTAGTTTATCTTCAAACTACAGCTTTATCATGTATATGTGGTGAATCCCACTAT
TACTTGAGGCCCTTATTACTTCCCTGCATGAAAGCATCTTTCTTAGTCTCTTCTTTTTGC
AAGACAAACAATTAGAGGGAACTGTGTAGAATTCCTGTTCTGTCTGTCTCTTACAAAGCG
CTTAATTTCGCAGGCGGAATTGGAAGAGACAACAGGTCCAGAAGTTGAAGATGCAAAGAA
GACAGTTGCAGATGTGGAGAAGCAGTTTCCCACTGAAGATGCCTGATTTTACTATCCGTG
TTGTTTGGTGTGTATTATTCTGAGAATTGGTTCAACTCTTGAGTCTATTAACGATCATCA
ATTGTGAGAATCTCCGGGTTTTCATTCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AU63TF U 1
AF RR3AU63JQ C 68
BS 1 749 RR3AU63TF
BS 750 809 RR3AU63JQ

RD RR3AU63TF 749 0 0
GGGGTGTATTTTGGTTTTGGATTTTGTCGCTCAGCGCCGCGTCCTCTCGTAAAGCTTCTC
TTCGATCCCATTCCTCTGTGAAACAACAAAAAATGGAAGCGATAAGGAATCTGAAGATAA
AAACATCAACTTGCAAAAGGATTGTGAAAGAGCTTCGTTCCTACGAGAAAGAGGTCGAGA
GGGAAGCTGCTAAGACTGCTGCTATGAAGGACAATGGTGCTGACCCTTACGACCTCAAAC
AGCAGGAGAATGTGTTGGGTGAGTCAAGGATGATGGTTCCTGATTGCCACAAACGTCTCG
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ATATTCGCTTATTATATATATGTTCAGAGCGTGGGATGAACCTTGTTTGAGAAAGAAAGC
TTAGGAGTAGTTTATCTTCAAACTACAGCTTTATCATGTATATGTGGTGAATCCCACTAT
TACTTGAGGCCCTTATTACTTCCCTGCATGAAAGCATCTTTCTTAGTCTCTTCTTTTTGC
AAGACAAACAATTAGAGGGAACTGTGTAGAATTCCTGTTCTGTCTGTCTCTTACAAAGCG
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TTGTTTGGTGTGTATTATTCTGAGAATTG

QA 1 749 1 749
DS 

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CTTATTATATATATGTTCAGAGCGTGGGATGAACCTTGTTTGAGAAAGAAAGCTTAGGAG
TAGTTTATCTTCAAACTACAGCTTTATCATGTATATGTGGTGAATCCCACTATTACTTGA
GGCCCTTATTACTTCCCTGCATGAAAGCATCTTTTTTAGTCTCTTCTTTTTGCAAGACAA
ACAATTAGAGGGAACTGTGTAGAATTCCTGTTCTGTCTGTCTCTTACAAAGCGCTTAATT
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GAATCTCCGGGTTTTCATTCAA

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

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TCTCTGTAATCACCAGAAGTCATTACAAGAACACTTGCCTTGACTGATGAAATGAAACCG
GTTATTGTCTCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3ED83JQ C 1
AF RR3ED83TF U 1
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GTTATTGTCTCTT

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DS 

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GTTATTGTCTCTT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B585JQ C 1
AF RR3B585TF U 1
BS 1 677 RR3B585TF

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DS 

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CACTATTTTTTTTCCTTTTAACTTTGATTTGTATTGATGAAAGGCTCTATAACTGATAGT
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ATCGATTTCATAGTTATTTAATATCATTTTTTGTTCAAAAATTATTTAATATTTTTTTTT
TCTTTTGCGGAATTGGAAATCAAGACCACCTTGTGTAGAAACGAACATTTTTGACTTTTT
TTAATAAATGTAATGAGTTTTATTCAAATACATACATTTAACAAATATTATAACTAGTAT
TAAATATAATAATGATGGGCCATGCGCCGATGCCCATATCCCCATCTTGTCTTGATATCA
TCTGAGTGGGCCCTTTATTAGGCCCAATATGATGGAGCGGTTTTTAAAAGTCTACTTCTA
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QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

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TTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 10 10 

AF RR3EH50TF U 1
AF RR3EH50JQ C 39
BS 1 644 RR3EH50TF
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RD RR3EH50TF 725 0 0
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CATCGTAAAGCTTCAACAGATCCTCAAGAAATGGAGAAAAGTCGCTCAAGCATCCAAACA
AGCCAACAACAACAAGATTAACAACGAAGAGGACATCAACAACAGCATCAACAAAACTGG
AAGTGGCAGTGCTGGAAGTAAGAGCATCAAGTTTCTGAAGAGGACACTATCCTTCACAGA
TGTAACAGCTGTTCCTAAAGGCTACTTAGCTGTCTCTGTGGGGAAAGAGGAGAAGAGATA
CAAGATACCAACGGACTACCTTAGCCACCAAGCTTTCCACGCACTGTTGCGTGAAGCAGA
AGAAGAGTTCGGGTTTCAGCAAGCTGGTGTGTTGAAGATACCTTGTGAAGTTGTTGTGTT
TGAGAGCATTTTGAAGATAATGGAGGACAACAAGACTGATGCGTACCTGACCACACAGGA
GTGCAGGTTTAATGCAACGACTGATGAAGTGATAACTTACCGTCATCCTTCGGATTGCCC
TAGGACTCCTTCTCATCAACCTCACAGTCCAATGTGCAGATAGTTTATTGTCTTTGTTTT
AATGTGTTTGTTTCTTTGAACCATTCTTCTCCCTCTCCCCCCCC*ATGTTCCCACTTTTT
TTCCTCTGGGGATTTGAACTTGTGTACTTTGCAACTCCAGGAGAAATAAGAAATGAGAGA
TTTT
G

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3EH50JQ 688 0 0
AGAAGTCAAACAAAATCAGAGACATCGTAAAGCTTCAACAGATCCTCAAGAAATGGAGAA
AAGTCGCTCAAGCATCCAAACAAGCCAACAACAACAAGATTAACAACGAAGAGGACATCA
ACAACAGCATCAACAAAACTGGAAGTGGCAGTGCTGGAAGTAAGAGCATCAAGTTTCTGA
AGAGGACACTATCCTTCACAGATGTAACAGCTGTTCCTAAAGGCTACTTAGCTGTCTCTG
TGGGGAAAGAGGAGAAGAGATACAAGATACCAACGGACTACCTTAGCCACCAAGCTTTCC
ACGCACTGTTGCGTGAAGCAGAAGAAGAGTTCGGGTTTCAGCAAGCTGGTGTGTTGAAGA
TACCTTGTGAAGTTGTTGTGTTTGAGAGCATTTTGAAGATAATGGAGGACAACAAGACTG
ATGCGTACCTGACCACACAGGAGTGCAGGTTTAATGCAACGACTGATGAAGTGATAACTT
ACCGTCATCCTTCGGATTGCCCTAGGACTCCTTTTCATCAACCTCACAGTCCAATGTGCA
GATAGTTTATTGTCTTTGTTTTAATGTGTTTGTTTCTTTGAACCATTTTTCTCCCTCTCC
CCCCCCCATGTTCCCACTTTTTTTCCTCTGGGGATTTGAACTTGTGTACTTTGCAACTCC
AGGAGAAATAAGAAATGAGAGATTTTTG

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL7201Contig1 826 2 6 U
GGAATTGAAGTCGTTTTGCGTTAAGCTTCCCTGATCGATTCCTAATAATCCTTGTGTTTG
TCTTCGTTCGGGTTTTTTAATTCTCGATTGGAACTTGTTTTTTTTTTGTTGGCAGGGAGG
GAATAAGAAAATGGTTTCTGGATTAATCAACGAGAACCCGATCGTGTACGAGATAAAACA
TCGTCGTGATGTTCGTGCCGATTCCAGCAGCAGTACCAATGAGCTCTCGGTAGATGCAAT
CGATCATCTCGAAGTTTTCGATCATATAAGAGATATAAAAGATCCAGAGCATCCTTACTC
TCTGGAACAACTCAAAGTCCTTACAGAAGACTCTGTTGAAGTTGATGATACCAAGAGTCA
TGTTAGGGTTACATTCACTCCAACGGTGGAACATTGTAGCATGGCAACTATTATTGGTCT
CTGTGTCCGCGTGAAGCTTATGCGAAGCCTTCCTCGTCGTTACAAGATTGATATAAGGGT
AGCCCCCGGTACTCATGCAACTGAGGCTGCAGTCAATAAACAACTAAACGACAAAGAGCG
CGTGGCGGCTGCACTAGAGAATCCAAACCTTGTGGAGATGGTCGATGAATGTCTATCTTC
ATCATTTGAATGATGCCCTTGATGCTCTCTAGATACACTTTTCATATTATATGTCTCTGC
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GAGGTATTTGATTTGATCCTCTACATCTCAGAAAGGATTATTTCAGATACTCTACAACTG
AACTTGTGGCACGCTTGTTCTTTCACACACTTGTTCCGTTTGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI27TF U 1
AF RR3DI27JQ C 122
BS 1 671 RR3DI27TF
BS 672 672 RR3DI27JQ
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BS 751 826 RR3DI27JQ

RD RR3DI27TF 750 0 0
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TCTTCGTTCGGGTTTTTTAATTCTCGATTGGAACTTGTTTTTTTTTTGTTGGCAGGGAGG
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CGATCATCTCGAAGTTTTCGATCATATAAGAGATATAAAAGATCCAGAGCATCCTTACTC
TCTGGAACAACTCAAAGTCCTTACAGAAGACTCTGTTGAAGTTGATGATACCAAGAGTCA
TGTTAGGGTTACATTCACTCCAACGGTGGAACATTGTAGCATGGCAACTATTATTGGTCT
CTGTGTCCGCGTGAAGCTTATGCGAAGCCTTCCTCGTCGTTACAAGATTGATATAAGGGT
AGCCCCCGGTACTCATGCAACTGAGGCTGCAGTCAATAAACAACTAAACGACAAAGAGCG
CGTGGCGGCTGCACTAGAGAATCCAAACCTTGTGGAGATGGTCGATGAATGTCTATCTTC
ATCATTTGAATGATGCCCTTGATGCTCTCTAGATACACTTTTCATATTATATGTCTCTGC
TTTGTCTGCAA*TATCTTGATCAGCTAGGACTTACTTTGTGTTTAGTTTCATGTTTAATG
GAG*TATTTGATTTGATCCTCTACATCTCA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3DI27JQ 705 0 0
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CGTCGTGATGTTCGTGCCGATTCCAGCAGCAGTACCAATGAGCTCTCGGTAGATGCAATC
GATCATCTCGAAGTTTTCGATCATATAAGAGATATAAAAGATCCAGAGCATCCTTACTTT
CTGGAACAACTCAAAGTCCTTACAGAAGACTCTGTTGAAGTTGATGATACCAAGAGTCAT
GTTAGGGTTACATTCACTCCAACGGTGGAACATTGTAGCATGGCAACTATTATTGGTCTC
TGTGTCCGCGTGAAGCTTATGCGAAGCCTTCCTCGTCGTTACAAGATTGATATAAGGGTA
GCCCCCGGTACTCATGCAACTGAGGCTGCAGTCAATAAACAACTAAACGACAAAGAGCGC
GTGGCGGCTGCACTAGAGAATCCAAACCTTGTGGAGATGGTCGATGAATGTCTATCTTCA
TCATTTGAATGATGCCCTTGATGCTCTCTAGATACACTTTTCATATTATATGTTTCTGCT
TTGTCTGCAAATATCTTGATCAGCTAGGACTTACTTTGTGTTTAGTTTCATGTTTAATGG
AGGTATTTGATTTGATCCTCTACATCTCAGAAAGGATTATTTCAGATACTCTACAACTGA
ACTTGTGGCACGCTTGTTCTTTCACACACTTGTTCCGTTTGTTGC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL7202Contig1 901 2 4 U
GACTATCCAACTCGGCTAAAAGTGCGTGCCCTAAGAGAGTAACGTCGCGACGGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGGCGATGGAGGAAGAGGAGCACGAGGTATACGGCGGAGAGATTC
CGGACGTCGGAGAGATGGATGGAGACATGGACATGACTGCCGCTGATGATGACGCCGCTA
AGGAGTTGGATGAGATGAAGAAGCGATTGAAAGAGATTGAGGACGAAGCTGCTGCTCTTC
GCGAGATGCAGGCCAAGGTTGAGAAGGATATGGGACCTCAAGATGCTGGTACTGTAGCAG
CAGATCAAGCAGGCAAAGAGGAGGTGGATGCTCGATCTGTTTTTGTTGGCAATGTTGATT
ACGCTTGTACACCTGAAGAAGTGCAGCAACATTTCCAATCATGCGGCACAGTCCACCGAG
TGACAATTCTGACAGACAAGTTCGGGCAGCCAAAGGGGTTCGCTTATGTCGAGTTTGTGG
AAGCTGAAGCTATACAAGAGGCGCTACAACTGAACGAATCAGAGTTACATGGTCGTCAGA
TAAAGGTGATGCCTAAGAGAACAAACGTTCCTGGATTGAAACAGTTCCGCGGTAGAAGAT
TCAACCCGTACATGGGCTTCCGCAGACCTTTCATGTCTCCGTATATGTATTCTCCATATG
GATATGGGAAAGTTCCAAGGTTCAGAAGACCAATGCGTTACATGCCATATCAATAAAACC
ATCATGGCTGCTTTATATCCATCCATTGTTTGAGCTTTCAATGACTTCTCGCTCTCTTTG
TTTAAGAACTTTGCAATCTTGAATTGTTTTACAAGTTTCATATCGTTTGGATCAGTGATG
ATACATTTTTGTTATGTGTTACATTATGCGGATGGGTTTAATATCAGTTGAAATTATGTT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR3DY38TF U 1
AF RR3DY38JQ C 48
BS 1 69 RR3DY38TF
BS 70 70 RR3DY38JQ
BS 71 683 RR3DY38TF
BS 684 901 RR3DY38JQ

RD RR3DY38TF 683 0 0
GACTATCCAACTCGGCTAAAAGTGCGTGCCCTAAGAGAGTAACGTCGCGACGGAGAGAGA
GAGAGAGAGGGAGAGAGGCGATGGAGGAAGAGGAGCACGAGGTATACGGCGGAGAGATTC
CGGACGTCGGAGAGATGGATGGAGACATGGACATGACTGCCGCTGATGATGACGCCGCTA
AGGAGTTGGATGAGATGAAGAAGCGATTGAAAGAGATTGAGGACGAAGCTGCTGCTCTTC
GCGAGATGCAGGCCAAGGTTGAGAAGGATATGGGACCTCAAGATGCTGGTACTGTAGCAG
CAGATCAAGCAGGCAAAGAGGAGGTGGATGCTCGATCTGTTTTTGTTGGCAATGTTGATT
ACGCTTGTACACCTGAAGAAGTGCAGCAACATTTCCAATCATGCGGCACAGTCCACCGAG
TGACAATTCTGACAGACAAGTTCGGGCAGCCAAAGGGGTTCGCTTATGTCGAGTTTGTGG
AAGCTGAAGCTATACAAGAGGCGCTACAACTGAACGAATCAGAGTTACATGGTCGTCAGA
TAAAGGTGATGCCTAAGAGAACAAACGTTCCTGGATTGAAACAGTTCCGCGGTAGAAGAT
TCAACCCGTACATGGGCTTCCGCAGACCTTTCATGTCTCCGTATATGTATTCTCCATATG
GATATGGGAAAGTTCCAAGGTTC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3DY38JQ 854 0 0
TCGCGAC
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG*CGATGGAGGAAGAGGAGCACGAGGTATACGG*GGAG
AGAT*CCGGACGTCGGAGAGATGGATGGAGACATGGACATGACTGCCGCTGATGATGACG
CCGCTAAGGAGTTGGATGAGATGAAGAAGCGATTGAAAGAGATTGAGGACGAAGCTGCTG
CTCTTCGCGAGATGCAGGCCAAGGTTGAGAAGGATATGGGACCTCAAGATGCTGGTACTG
TAGCAGCAGATCAAGCAGGCAAAGAGGAGGTGGATGCTCGATCTGTTTTTGTTGGCAATG
TTGATTACGCTTGTACACCTGAAGAAGTGCAGCAACATTTCCAATCATGCGGCACAGTCC
ACCGAGTGACAATTCTGACAGACAAGTTCGGGCAGCCAAAGGGGTTCGCTTATGTCGAGT
TTGTGGAAGCTGAAGCTATACAAGAGGCGCTACAACTGAACGAATCAGAGTTACATGGTC
GTCAGATAAAGGTGATGCCTAAGAGAACAAACGTTCCTGGATTGAAACAGTTCCGCGGTA
GAAGATTCAACCCGTACATGGGCTTCCGCAGACCTTTCATGTCTCCGTATATGTATTCTC
CATATGGATATGGGAAAGTTCCAAGGTTCAGAAGACCAATGCGTTACATGCCATATCAAT
AAAACCATCATGGCTGCTTTATATCCATCCATTGTTTGAGCTTTCAATGACTTCTCGCTC
TCTTTGTTTAAGAACTTTGCAATCTTGAATTGTTTTACAAGTTTCATATCGTTTGGATCA
GTGATGATACATTTTTGTTATGTGTTACATTATGCGGATGGGTTTAATATCAGTTGAAAT
TATGTTC

QA 8 854 8 854
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7204Contig1 846 2 2 U
GGTTGGAAGACCAGTTGGGATATTGTCCTTGTCGGAATGCGATTTCACATTTGGAAGAGT
CATTGTCTCTGATCATCCCGGCGACTACAAGGGCTCTCTTAAACTTTCTCTCACTCCCGG
ATCGGTTCTTCTGGTGGAAGGCAAATCAGCAGATCTTGCTAAGTTTGCAATTCACTCAAT
CCCAAAGCAGAGGATTCTCATCACCTTCACCAAATCTCAGCAGAGAAACTCCCTAACCGG
TCCTAACTGGGCTCCACCGCCTAGCAGATCTCCTCCGAATCAACAACACAACCGTCACCC
ACCCAAACATTACCCTGTCAACCCGACCACGGGTGTCTTCCCACCAAACGGAGCTGTTCA
GCCTATTTTCATAGCCCCTTCTCCTCCTCCGCTTGCCCCTCCAATACCGTTCCCAGGTGG
TGTGATACCGAGGGCAACGGTCTGGCCTCATCCACGACACCAGCCGCCACCACAGCCCAG
ACTGCCTATCCCTGGCACCGGTGTTTTCCTCCCACCAGGTTCAGCACAAGAACAGGTTTT
ACAAAGATCTACAGAAAATCCAACGGAAGCAACGCTGCAGTAGGAAAGCTGGAAATGAAG
ACGAAAGAATGTGCTGTTAGCAGAGTCGCTGCTGCAGAGGAAGGCGATGGCAATAGTTGT
AGCGGTGACGGTAAACAGAGCAATTAGCTAAAGAAGAGAAGATACGTAGAAAAACGAGTC
GGGAGATGAAGCTGCAGTTCTTAAAACTGTCAAGACTCAAGAGAGTTCCTTTTTGCCACT
TCAGACATTGGTTTTAGGAGAGGCGAGCAAAATGTACCCGTTTTTGACGTTTTACACTCT
AGAATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3CM63TF U 1
AF RR3CM63JQ C 210
BS 1 638 RR3CM63TF
BS 639 846 RR3CM63JQ

RD RR3CM63TF 638 0 0
GGTTGGAAGACCAGTTGGGATATTGTCCTTGTCGGAATGCGATTTCACATTTGGAAGAGT
CATTGTCTCTGATCATCCCGGCGACTACAAGGGCTCTCTTAAACTTTCTCTCACTCCCGG
ATCGGTTCTTCTGGTGGAAGGCAAATCAGCAGATCTTGCTAAGTTTGCAATTCACTCAAT
CCCAAAGCAGAGGATTCTCATCACCTTCACCAAATCTCAGCAGAGAAACTCCCTAACCGG
TCCTAACTGGGCTCCACCGCCTAGCAGATCTCCTCCGAATCAACAACACAACCGTCACCC
ACCCAAACATTACCCTGTCAACCCGACCACGGGTGTCTTCCCACCAAACGGAGCTGTTCA
GCCTATTTTCATAGCCCCTTCTCCTCCTCCGCTTGCCCCTCCAATACCGTTCCCAGGTGG
TGTGATACCGAGGGCAACGGTCTGGCCTCATCCACGACACCAGCCGCCACCACAGCCCAG
ACTGCCTATCCCTGGCACCGGTGTTTTCCTCCCACCAGGTTCAGCACAAGAACAGGTTTT
ACAAAGATCTACAGAAAATCCAACGGAAGCAACGCTGCAGTAGGAAAGCTGGAAATGAAG
ACGAAAGAATGTGCTGTTAGCAGAGTCGCTGCTGCAGA

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3CM63JQ 637 0 0
CCAAATCTCAGCAGAGAAACTCCCTAACCGGTCCTAACTGGGCTCCACCGCCTAGCAGAT
CTCCTCCGAATCAACAACACAACCGTCACCCACCCAAACATTACCCTGTCAACCCGACCA
CGGGTGTCTTCCCACCAAACGGAGCTGTTCAGCCTATTTTCATAGCCCCTTCTCCTCCTC
CGCTTGCCCCTCCAATACCGTTCCCAGGTGGTGTGATACCGAGGGCAACGGTCTGGCCTC
ATCCACGACACCAGCCGCCACCACAGCCCAGACTGCCTATCCCTGGCACCGGTGTTTTCC
TCCCACCAGGTTCAGCACAAGAACAGGTTTTACAAAGATCTACAGAAAATCCAACGGAAG
CAACGCTGCAGTAGGAAAGCTGGAAATGAAGACGAAAGAATGTGCTGTTAGCAGAGTCGC
TGCTGCAGAGGAAGGCGATGGCAATAGTTGTAGCGGTGACGGTAAACAGAGCAATTAGCT
AAAGAAGAGAAGATACGTAGAAAAACGAGTCGGGAGATGAAGCTGCAGTTCTTAAAACTG
TCAAGACTCAAGAGAGTTCCTTTTTGCCACTTCAGACATTGGTTTTAGGAGAGGCGAGCA
AAATGTACCCGTTTTTGACGTTTTACACTCTAGAATC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL7205Contig1 1127 2 2 U
GGGACATCATCTGTGTCTCTTCGTACACGATGACCTCGAAAAACAACGGCTTGTCAGCGG
CGCTGGTCTCGAATCTCCAGGATGTGCTTTCCAAGAGAAAAGGAGTGAACGATGGATCGG
CGGAGGAACCTCCTCCGTCTACTTCTGATTCCGTCGATGTTGCAGCCAAGGAGAAGGAGA
GTGATGACTCAAGACCCATCGTTTTAGTGACGAATGGCGATGGGATTGATTCGCCAGGTC
TAGTCTCTCTCGTTGAGGCTTTGGTTCGTGAAGGGCTCTACAATGTCCATGTCTGTGCCA
CAGCCTTTGAAGTTTCAGGGACTCCTGTGGACTGCATCTCATTAGGATTATCTGGAGCCC
TTTTCGCTTGGTCGAAACCAATACTGGTAATTAGTGGAATCAATCAGGGATCAAGCGGTG
GTCATCACCCTCATCAAACAAGGGTTTTAAGGTGACAAAACAAAGCATGTGGAGGCAGAG
TCCTAACTGGCAAGCTGTTTCAGCTAACCGTCACCCAGGTGCTGGAAATTTCATGTCGAA
CCAACAAAGCCTTGGAGCTCAACTTGCCCAGCTTGGTAGAGATGCTTCAGCTGCTGGGGC
TGCTCGCCGTTTTACCACACAGAAGAAGAGTATTGTGGAGATTGAATCAGTTGGTGTTGC
TGGTAAAACTGATAGCCGTGTTAAGAAACACTTCCGCCTAGAGTTTGTGGCCAAAGAACA
AGAACATACGGATGACGAGTTGGATATCAAGGCTTTAGAAGATGGTTTTGTTTCTGTGAC
TCCACTGTCTCTACTTCCAAACATAGATTCAGAAACTCAAGCTGCCGCATCAGAATGGAT
CTACAAATACCTTAACGCTGATCAATGAAAAAGGGTGTTGTGGCCAAAACACTGCCAAAA
CATCTGGTAACTCGATTCTGCATTTGTTTGTTCGTGTGGTCTTGTTGTCATTTTAATCCT
TTTAGTTTATTTTGATTTTTTGATCTCCTTAGAAGTCTTGTGGGGATGTTTTTGTTGGCT
TGTTTGTTTGTTTGTCAGTAGCTATTTGGGAACGCTTACTTTTGTAATTGGCAAAAAGGG
TTGGTCTGATTTTAATGTGAAATGGTGGCTATAGATTTGACCTTAGC


BQ
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AF RR3B380TF U 1
AF RR3B380JQ C 514
BS 1 747 RR3B380TF
BS 748 1127 RR3B380JQ

RD RR3B380TF 747 0 0
GGGACATCATCTGTGTCTCTTCGTACACGATGACCTCGAAAAACAACGGCTTGTCAGCGG
CGCTGGTCTCGAATCTCCAGGATGTGCTTTCCAAGAGAAAAGGAGTGAACGATGGATCGG
CGGAGGAACCTCCTCCGTCTACTTCTGATTCCGTCGATGTTGCAGCCAAGGAGAAGGAGA
GTGATGACTCAAGACCCATCGTTTTAGTGACGAATGGCGATGGGATTGATTCGCCAGGTC
TAGTCTCTCTCGTTGAGGCTTTGGTTCGTGAAGGGCTCTACAATGTCCATGTCTGTGCCA
CAGCCTTTGAAGTTTCAGGGACTCCTGTGGACTGCATCTCATTAGGATTATCTGGAGCCC
TTTTCGCTTGGTCGAAACCAATACTGGTAATTAGTGGAATCAATCAGGGATCAAGCGGTG
GTCATCACCCTCATCAAACAAGGGTTTTAAGGTGACAAAACAAAGCATGTGGAGGCAGAG
TCCTAACTGGCAAGCTGTTTCAGCTAACCGTCACCCAGGTGCTGGAAATTTCATGTCGAA
CCAACAAAGCCTTGGAGCTCAACTTGCCCAGCTTGGTAGAGATGCTTCAGCTGCTGGGGC
TGCTCGCCGTTTTACCACACAGAAGAAGAGTATTGTGGAGATTGAATCAGTTGGTGTTGC
TGGTAAAACTGATAGCCGTGTTAAGAAACACTTCCGCCTAGAGTTTGTGGCCAAAGAACA
AGAACATACGGATGACGAGTTGGATAT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3B380JQ 614 0 0
CCCAGGTGCTGGAAATTTCATGTCGAACCAACAAAGCCTTGGAGCTCAACTTGCCCAGCT
TGGTAGAGATGCTTCAGCTGCTGGGGCTGCTCGCCGTTTTACCACACAGAAGAAGAGTAT
TGTGGAGATTGAATCAGTTGGTGTTGCTGGTAAAACTGATAGCCGTGTTAAGAAACACTT
CCGCCTAGAGTTTGTGGCCAAAGAACAAGAACATACGGATGACGAGTTGGATATCAAGGC
TTTAGAAGATGGTTTTGTTTCTGTGACTCCACTGTCTCTACTTCCAAACATAGATTCAGA
AACTCAAGCTGCCGCATCAGAATGGATCTACAAATACCTTAACGCTGATCAATGAAAAAG
GGTGTTGTGGCCAAAACACTGCCAAAACATCTGGTAACTCGATTCTGCATTTGTTTGTTC
GTGTGGTCTTGTTGTCATTTTAATCCTTTTAGTTTATTTTGATTTTTTGATCTCCTTAGA
AGTCTTGTGGGGATGTTTTTGTTGGCTTGTTTGTTTGTTTGTCAGTAGCTATTTGGGAAC
GCTTACTTTTGTAATTGGCAAAAAGGGTTGGTCTGATTTTAATGTGAAATGGTGGCTATA
GATTTGACCTTAGC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL7206Contig1 850 2 2 U
GGGAGCGATCAAGAGAGACTAAGGCAGACATGTGAGAGAGGAGAGGATCCTATAAACAAT
TTATTCTAAGATCTCGGCTTCCTCCTTTTCATATATATATTGCATATATATACACACATA
TTTCCTCTGCATAGAAGAGAGTAGAAACCAATCAAGAAAGCTTGATACGAAAGGAAGAGG
CTGATAACATCAAGCATAGAAGAAGAATGGATCCGAGGGAAAAGAAGAGAGGTTCTTTGA
AAGAAAAGTTTCAATTGCTTCGTTCAGTCACTAATTCTCATGCAGAAAATGATACATCGA
TCATAATGGATGCATCAAAATATATCAAAAAGCTTAAGAAGAAAGTTGAAAGATTCAAGG
AAGACAATACGGCAGGGCAATCTTCAAGCGAGCCCACAGATCCCACCACACCAATGGTAA
CAGTGGAAACCCTAGAAAAGGGTTTTATGATAAACATATTCGCAGGGAAGAATCAGCCAG
GCATGCTTGTTTCGGTATTAGAAGCCTTTGAGGATATTGGGCTTAACGTTCTCGAAGCTA
GGATTTCATGTACCGACTCCTTTAGCTTGCATGCCAATGGAGTCGAGAATGAAGATGGAG
ATGGTATGGATTCTGAAGCAGTGAAACAAGCAGTGACAGATGCAATCAGAAGCTGGAGTG
AAAGCAATGATCTACAGAGCTAGATTGACCCACATTTTCTTTAATTCTCTTTATTATATT
TTATTTATGCAAAATATAATAACACAATTTCTATAGTAATTTTACTTCTTAGTTTCTCTG
TTCAACTTGTATCCCAGAATTTTCCCTTATAAAAGGGATAATGAAGAAAAATCAATTGTA
TGTTACTACC


BQ
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AF RR3DX89TF U 1
AF RR3DX89JQ C 89
BS 1 700 RR3DX89TF
BS 701 850 RR3DX89JQ

RD RR3DX89TF 700 0 0
GGGAGCGATCAAGAGAGACTAAGGCAGACATGTGAGAGAGGAGAGGATCCTATAAACAAT
TTATTCTAAGATCTCGGCTTCCTCCTTTTCATATATATATTGCATATATATACACACATA
TTTCCTCTGCATAGAAGAGAGTAGAAACCAATCAAGAAAGCTTGATACGAAAGGAAGAGG
CTGATAACATCAAGCATAGAAGAAGAATGGATCCGAGGGAAAAGAAGAGAGGTTCTTTGA
AAGAAAAGTTTCAATTGCTTCGTTCAGTCACTAATTCTCATGCAGAAAATGATACATCGA
TCATAATGGATGCATCAAAATATATCAAAAAGCTTAAGAAGAAAGTTGAAAGATTCAAGG
AAGACAATACGGCAGGGCAATCTTCAAGCGAGCCCACAGATCCCACCACACCAATGGTAA
CAGTGGAAACCCTAGAAAAGGGTTTTATGATAAACATATTCGCAGGGAAGAATCAGCCAG
GCATGCTTGTTTCGGTATTAGAAGCCTTTGAGGATATTGGGCTTAACGTTCTCGAAGCTA
GGATTTCATGTACCGACTCCTTTAGCTTGCATGCCAATGGAGTCGAGAATGAAGATGGAG
ATGGTATGGATTCTGAAGCAGTGAAACAAGCAGTGACAGATGCAATCAGAAGCTGGAGTG
AAAGCAATGATCTACAGAGCTAGATTGACCCACATTTTCT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3DX89JQ 762 0 0
TCATATATATATTGCATATATATACACACATATTTCCTCTGCATAGAAGAGAGTAGAAAC
CAATCAAGAAAGCTTGATACGAAAGGAAGAGGCTGATAACATCAAGCATAGAAGAAGAAT
GGATCCGAGGGAAAAGAAGAGAGGTTCTTTGAAAGAAAAGTTTCAATTGCTTCGTTCAGT
CACTAATTCTCATGCAGAAAATGATACATCGATCATAATGGATGCATCAAAATATATCAA
AAAGCTTAAGAAGAAAGTTGAAAGATTCAAGGAAGACAATACGGCAGGGCAATCTTCAAG
CGAGCCCACAGATCCCACCACACCAATGGTAACAGTGGAAACCCTAGAAAAGGGTTTTAT
GATAAACATATTCGCAGGGAAGAATCAGCCAGGCATGCTTGTTTCGGTATTAGAAGCCTT
TGAGGATATTGGGCTTAACGTTCTCGAAGCTAGGATTTCATGTACCGACTCCTTTAGCTT
GCATGCCAATGGAGTCGAGAATGAAGATGGAGATGGTATGGATTCTGAAGCAGTGAAACA
AGCAGTGACAGATGCAATCAGAAGCTGGAGTGAAAGCAATGATCTACAGAGCTAGATTGA
CCCACATTTTCTTTAATTCTCTTTATTATATTTTATTTATGCAAAATATAATAACACAAT
TTCTATAGTAATTTTACTTCTTAGTTTCTCTGTTCAACTTGTATCCCAGAATTTTCCCTT
ATAAAAGGGATAATGAAGAAAAATCAATTGTATGTTACTACC

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL7207Contig1 740 2 2 U
GGGCTCAGGGATGATCCATCCAAATATGGCAACTATGCTAGGTGTCATCACAACAGACGC
TCTAGTTGAAAGTGATATCTGGAGAAAGATGGTTAAAGTTGCAGTAAACCGAAGCTTTAA
CCAGATCACTGTAGATGGGGACACGAGTACTAACGACACAGTGATTGCTTTGGCGAGTGG
GCTATCTGGATCACCTTTTATATCTTCTTTGAACTGTAAGGAAGCTGTACAGCTTCAGGC
TTGCCTTGATGCGGTGATGCAAGGTCTGGCCAAATCAATTGCTTGGGATGGCGAAGGCGC
AACATGTCTCATTGAGGTAACAGTTAAAGGAACAGAAACTGAATCAGAAGCAGCAAAAAT
TGCACGCTCGGTGGCTTCCTCTTCACTTGTCAAAGCAGCTGTTTATGGGAGAGATCCGAA
CTGGGGACGCATAGCTGCAGCTGCTGGCTACGCTGGCGTTTCTTTCCAGATGGATAAGCT
TGAGATATCACTCGGCGAGTTTTCACTCATGGAGAGTGGTCAACCTCTTCCTTTTGACAG
GGATGGAGCCAGTAACTACCTCAAGAAAGCTGGGGAGGTTCACGGAACTTTTACAATTGT
TTTATCCGTAGGTGAAGGTACAGCCACAGGGAAGGCGTGGGGGTGTGATCTTAGCTATGA
CTATGTCAAGATCAACGCTGAGTATACCTCATAGGCAGAGAGTTTCATGTAATGTTGTGT
TTTCATCTCAGTTTTAATAA


BQ
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TGA

QA 1 611 1 611
DS 

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TGAGATATCACTCGGCGAGTTTTCACTCATGGAGAGTGGTCAACCTCTTCCTTTTGACAG
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QA 1 740 1 740
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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GAGAACAGTAGCAGCAATGGTGGGTTTTTATCAATAGCTGGAAAAGGCCTAGCTTTGAGA
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GTACCAATCAACTTGATGGATGCTCCAGTTTCAGACAGCTTTGGCAGTGTTAGAAAATCG
TCGAGTGCATCCAGTCTACAAGATCCAGAAGGTAACAGCAGCAGCAACGGTTCATCATCA
CTGTCTTTATGGCCGACTTCTAAATGGGGCTTGAAACCTGATTTGCTTACACCTGCGGCT
ATTACAAGCTCAATCTTTGATGGGTTACCAAAGCCTTTAACAGGTCGGAAAAACAAGACT
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DS 

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CAAAATCTGTAGCGCAGTCAATTTTTTTTCTTTTCAATATAATGAACCTTCCTTGACACA
AG

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

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ATCTTCTGTGGTTAAATATAAAATGACTAAATTAGAAACG


BQ
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AF RR3E566TF U 1
AF RR3E566JQ C 1
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RD RR3E566TF 612 0 0
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ACCACTTTATGTGTTGTGACTTTCTCTGTTCTTATTGCAGAATCCTACCTTTGTCAGTTC
CATATATAGATT

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DS 

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CACTTGCTCTGGAACTGGTCTTTACGTTGACTCCATTATGGAGAGCCAAGGCATCATTGT
TAAAGTCCGTTGCTTAGGTTGTGGTGGAAGTGGTAACATTATGTGTAAAAGCTGTGGCGG
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ACCACTTTATGTGTTGTGACTTTCTCTGTTCTTATTGCAGAATCCTACCTTTGTCAGTTC
CATATATAGATTTTTGTTCTTGTACTGATGTAATCCACAGTTCTGTAAAAGGCTCGATTC
ATCTTCTGTGGTTAAATATAAAATGACTAAATTAGAAACG

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

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AATGGCAACGCTGTGAATGGCTTTAAGCTATTTAAAATCATCTATCACGGTCCCATCAGC
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ATTCTAAACTAAAAACCTATGTTGGCCTACTTCCTTACTAAATCACCAAAGACGAGAGTT
CTTGGCGATACCATAGGACTTGGCTCTGCCTTTCTTTTCTCTTTGGTCTTTGGGTTTCGC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BV38TF U 1
AF RR3BV38JQ C 16
BS 1 735 RR3BV38TF
BS 736 778 RR3BV38JQ

RD RR3BV38TF 735 0 0
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ATCCAGAGAAGGACAATACAGGCCGAGTGCTTGATCTAACTAAAGGTAAGGAGAAAAAAA
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GTTCCATCTTATTTCTATTACTAGATCTCCTGGGTTTTGTCAAAGTATTTGATTAAAAGT
TATGGTATCAACATTACAGTCTGGAATATTTTTAAGTCGAACTAATTGATTCTACTACCA
AATGGCAACGCTGTGAATGGCTTTAAGCTATTTAAAATCATCTATCACGGTCCCATCAGC
TGTTCTTCTTCTAGGAGGCTGCCTCTTCGCCTGTAAGTTATTGATCACATGATACACAAG
ATTCTAAACTAAAAACCTATGTTGGCCTACTTCCTTACTAAATCACCAAAGACGAGAGTT
CTTGGCGATACCATAGGACTTGGCTCTGCCTTTCTTTTCTCTTTGGTCTTTGGGTTTCGC
TTGGCATCTTCCCGAAAACTGGTCCCAGCAGGCCTCAGCATGTCGTTCTTTGCAATGGTG
CATAAGCTCGATAGTTTAACCTGTGGCTGTATCCGGCTTTGCTATGTTGTTGCCTCTGCT
ATAGCCTGATGAGCATAGCCCTTTAGCCAAATAGAAATTCCTAAAATCATGTATCAAACA
CAAAGTTTTGCTTTT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3BV38JQ 763 0 0
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TATTACTAGATCTCCTGGGTTTTGTCAAAGTATTTGATTAAAAGTTATGGTATCAACATT
ACAGTCTGGAATATTTTTAAGTCGAACTAATTGATTCTACTACCAAATGGCAACGCTGTG
AATGGCTTTAAGCTATTTAAAATCATCTATCACGGTCCCATCAGCTGTTCTTCTTCTAGG
AGGCTGCCTCTTCGCCTGTAAGTTATTGATCACATGATACACAAGATTCTAAACTAAAAA
CCTATGTTGGCCTACTTCCTTACTAAATCACCAAAGACGAGAGTTCTTGGCGATACCATA
GGACTTGGCTCTGCCTTTCTTTTCTCTTTGGTCTTTGGGTTTCGCTTGGCATCTTCCCGA
AAACTGGTCCCAGCAGGCCTCAGCATGTCGTTCTTTGCAATGGTGCATAAGCTCGATAGT
TTAACCTGTGGCTGTATCCGGCTTTGCTATGTTGTTGCCTCTGCTATAGCCTGATGAGCA
TAGCCCTTTAGCCAAATAGAAATTCCTAAAATCATGTATCAAACACAAAGTTTTGCTTTT
GCCCCCCCCCCAATAAGTGTGTATAGAGTAAATAGTGTTAATC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL7212Contig1 831 2 4 U
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GAACGAGTCCAAGGCGGAGATTTACAGAGCATGGAAGTGTATCTTCACATAAAACCTGTT
TTTGGGGGAACCTTAACAGATATAGCTGTCTGGATTTTTTATCCATTCAATGGACCTTCG
CGAGCCAAGCTGAAGCTCGTGACAATCCCGTTGGGGAGAATAGGCGAACACATTGGAGAT
TGGGAACATTTCACTCTCCGGATAAGTAACTTTAACGGCAAGCTACAGAGAATGTACCTC
TCACAACATAGCAGAGGAAGCTGGATTGATGCTCCGGAGATTGAGTTTCAGAGTGGTGGA
AACAAACCAGTGGCTTACGCTTCTTTAAATGGACATGCAATGTATGCTAAACCAGGACTT
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TTTGATACTGCGGTTAGGTTTAGGGTTGTTTCGGCTGAGTATATGAAAGAAGTGGAGGAG
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GAGATTAGAAGTGTGGAGAAGATTGTTGTTGGAGAGAGTCTGAAGAATGTGTTCAGGAAT
GCGATTAACGGATTGCCTAATGAGGTTTTTGGAGAGGACGGACCTACGGGTCCGAAGCTG
AAGAGGAACTGGTTAGGAGACGAAGATTGAATTTTTTTTTTTTCATGTTGTTTCTTTTTC
ATTTTAATGTTTGGTTTTGTGAATCTATTATTGCTATCTCTGTCTTCGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DH27TF U 1
AF RR3DH27JQ C 62
BS 1 656 RR3DH27TF
BS 657 657 RR3DH27JQ
BS 658 679 RR3DH27TF
BS 680 831 RR3DH27JQ

RD RR3DH27TF 679 0 0
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GAACGAGTCCAAGGCGGAGATTTACAGAGCATGGAAGTGTATCTTCACATAAAACCTGTT
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CGAGCCAAGCTGAAGCTCGTGACAATCCCGTTGGGGAGAATAGGCGAACACATTGGAGAT
TGGGAACATTTCACTCTCCGGATAAGTAACTTTAACGGCAAGCTACAGAGAATGTACCTC
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GTGTTGCAAGGCAGAGACGATGTAGGGATTAGGAACGATACAGGAAAGAGTGAAAAGGTG
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GCGATTAACGGATTGCCTA

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3DH27JQ 770 0 0
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TTGGGGGAACCTTAACAGATATAGCTGTCTGGATTTTTTATCCATTCAATGGACCTTCGC
GAGCCAAGCTGAAGCTCGTGACAATCCCGTTGGGGAGAATAGGCGAACACATTGGAGATT
GGGAACATTTCACTCTCCGGATAAGTAACTTTAACGGCAAGCTACAGAGAATGTACCTCT
CACAACATAGCAGAGGAAGCTGGATTGATGCTCCGGAGATTGAGTTTCAGAGTGGTGGAA
ACAAACCAGTGGCTTACGCTTCTTTAAATGGACATGCAATGTATGCTAAACCAGGACTTG
TGTTGCAAGGCAGAGACGATGTAGGGATTAGGAACGATACAGGAAAGAGTGAAAAGGTGT
TTGATACTGCGGTTAGGTTTAGGGTTGTTTCGGCTGAGTATATGAAAGAAGTGGAGGAGC
CGGTGTGGTTGAACTATATGAGACATTGGGGACCAAAGATTGATTATGGTCGTGAAGATG
AGATTAGAAGTGTGGAGAAGATTGTTGTTGGAGAGAGTCTGAAGAATGTGTTCAGGAATG
CGATTAACGGATTGCCTAATGAGGTTTTTGGAGAGGACGGACCTACGGGTCCGAAGCTGA
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TTTTAATGTTTGGTTTTGTGAATCTATTATTGCTATCTCTGTCTTCGACC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

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TGAGCAGCAAGCATAGCGGCATAAGGAGAGGACTCATCGCGGTCAGCCTTCACCTTCATC
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GCTCC


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR3BS92TF C 1
AF RR3BS92JQ U 6
BS 1 5 RR3BS92TF
BS 6 725 RR3BS92JQ

RD RR3BS92TF 725 0 0
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AGTAGGCGCTCACGGGGAAATCAAAGTCTTCTTCCTCTACGTCCACCCTTTCTACGTGTA
CTGTCGGTGGGAATCGGAGTCACATCCTCTATACGACCAATCTTCATGCCAGAACGAGCA
AGGGCTCTAAGAGCAGACTGGGCACCAGGACCTGGAGTCTTGGTTTTGTTTCCTCCAGTG
GCGCGGAGCTTCACGTGCATTGCTGTGATGCCGAGCTCCTTACATCTCTGAGCGACATCT
TGAGCAGCAAGCATAGCGGCATAAGGAGAGGACTCATCGCGGTCAGCCTTCACCTTCATC
CCACCTGTGATACGAACGAGAGTTTCTCTTCCCGAAAGATCAGTCACATGAATGAAAGTG
TCATTGAAAGATGCAAAGATGTGAACAACACCGAAAACTTGCTCTCCGTCGCGAACGGCG
GGTCCGAGAGTGACTGTTACCTCCTTGGGCTCTCTGGTCTTTCTCCTCGACATGATGTTG
GACAATGGATGAAGAGAGACGAAATGCTAAGGGGTTTTGGGATGCTGCTCTTCTCTGGAA
GCTCC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3BS92JQ 720 0 0
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AGTGTGTACCCAATAAACAACCAGAGTCAAAGGGGACAACTGAACAATGACGACGAGTAG
GCGCTCACGGGGAAATCAAAGTCTTCTTCCTCTACGTCCACCCTTTCTACGTGTACTGTC
GGTGGGAATCGGAGTCACATCCTCTATACGACCAATCTTCATGCCAGAACGAGCAAGGGC
TCTAAGAGCAGACTGGGCACCAGGACCTGGAGTCTTGGTTTTGTTTCCTCCAGTGGCGCG
GAGCTTCACGTGCATTGCTGTGATGCCGAGCTCCTTACATCTCTGAGCGACATCTTGAGC
AGCAAGCATAGCGGCATAAGGAGAGGACTCATCGCGGTCAGCCTTCACCTTCATCCCACC
TGTGATACGAACGAGAGTTTCTCTTCCCGAAAGATCAGTCACATGAATGAAAGTGTCATT
GAAAGATGCAAAGATGTGAACAACACCGAAAACTTGCTCTCCGTCGCGAACGGCGGGTCC
GAGAGTGACTGTTACCTCCTTGGGCTCTCTGGTCTTTCTCCTCGACATGATGTTGGACAA
TGGATGAAGAGAGACGAAATGCTAAGGGGTTTTGGGATGCTGCTCTTCTCTGGAAGCTCC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL7214Contig1 830 2 30 U
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GTCTTCTCTGCAACCCGGATAGCTTCTAACATCTCTTTCTTCACTCTACTTCTCAGATCA
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TATGACGTTGAATGGTGTCCTACACGATACGTTAAGGCCTCGATCAAGATTGGCCTATGT
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CCATCCACACGTATGCTCCTAATCCCATAAGCACGGCCTTTCACCACTACACCATCACTT
CGGAACTGATCTGAGGTAGGAGTACTGATCGCCCATCCATTGTTCCCGCATATAAACAAA
ACAGGTGCTTCCATAACCGCTGCAAAGTTCAAAGCAGCATGGAAGTCCCCCTCACTGGAG
CCACCATCGCCAAAGAACGTGACGGCACACGCATCCTTCCCGTCCATCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GX36JQ U 1
AF RR3AL09JQ U 44
BS 1 52 RR3GX36JQ
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BS 598 677 RR3GX36JQ
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BS 679 706 RR3GX36JQ
BS 707 707 RR3AL09JQ
BS 708 720 RR3GX36JQ
BS 721 830 RR3AL09JQ

RD RR3GX36JQ 720 0 0
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ATTTGAGTTAATGATGATCCAGTTTTCAATGAAAAGATTATGATTCACAGTGTAGATAAT
CTTTTACACTTTATTACATGGGAGTATTTCATATATGTGTCCACCTAAAGAGGTACATCT
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AGGTTCAAAGGAGGAACATCATACACATCTGAGAACATGTGATTCAGATTAGGTTTCTCA
GTCTTCTCTGCAACCCGGATAGCTTCTAACATCTCTTTCTTGATTCTGCTTCTCAGATCA
GATTCAGCTTCATCACTCCACCAGCCATTACTCTCAACCCAAGTACTAAACCTAGACAGA
GGGTTTCTTGCTTTGTTCCACCACTCTATCTCATCTGCAGAGCGGTACCTAGTGGAGTCA
TCTGACGTTGAATGGTGTCCTACACGATACGTTAAGGCCTCGATCAAGATTGGCCTATGT
TCTCTAATCGCCATCTCGCGACCTTCATGCACCGCACTGTACATAGCAAGCGCATCGTTC
CCATCCACACGTATGCTCCTAATCCCATAAGCACGGCCTTTCACCACTACACCATCACTT
CGGAACTGATCTGAGGTGGGAGTACTGATCGCCCATCCATTGTTCCTGCATATAAACAAA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3AL09JQ 787 0 0
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TTCACAGTGTAGATAATCTTTTACACTTTATTACACGGGAGTATTTCATATATGTGTCTA
CCTAAAGAGGTACATCTGATGGGTAATCCTGTGGGTGACTTTTGATCGCCTGCCTCACCA
GAAGTTCCTGTTCCCTGAGGTTCAAAGGAGGAACATCATACACATCTGAGAACATGTGAT
TCAAATTAGGTTTCTCAGTCTTCTCTGCAACCCGGATAGCTTCTAACATCTCTTTCTTCA
CTCTACTTCTCAGATCAGATTCAGCTTCATCACTCCACCAGCCATTACTTTCAACCCAAG
TCCTAAACCTAGACAGAGGGTTTCTAGCTTTGTTCCACCACTCTATCTCATCTGCAGAGC
GGTACCTAGTGGAATCATATGACGTTGAATGGTGTCCTACACGATACGTTAAGGCCTCGA
TCAAGATTGGCCTATGTTCTCTAATCGCCATCTCGCGAGCTTCATGCACCGCACTGTACA
TAGCAAGCGCATCATTCCCATCCACACGTATGCTCCTAATCCCATAAGCACGTCCTTTCA
CCACTACACCATCACTTCGGAACTGATCTGAGGTAGGAGTACTGATCGCCCATCCATTGT
TCCCGCATATAAACAAAACAGGTGCTTCCATAACCGCTGCAAAGTTCAAAGCAGCATGGA
AGTCCCCCTCACTGGAGCCACCATCGCCAAAGAACGTGACGGCACACGCATCCTTCCCGT
CCATCTT

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL7215Contig1 1288 2 2 U
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GACATCATCGCAGAAATCTCCGGCCGCAGATCTATCTTTTCCAATTAATTCTTCCATGCA
TACACTCTTCCAGCAGACAGAAAATGATTCAACACAACCTGTGGCACCTACGTATCCATC
TCCTGCACAATTATCTCCTTCACATACATCTTCTTTCCCAGCATCACCACTTTCTCCCCA
GAGCCACTTCCACCCTGCAAGCTCGTCCTCACTTAAACTGACTTCTCGCCCTCGTATATC
AGAGCAAGTCACAGATACTCAAATCTATGGAATGAACTCACTAAGTAGAAGCTCAGCGAC
TGAAGAGAGACAGGGAACTCCTTTGAGATATGATTCTTCTCAGAGTGGACCATCTGAATG
TTGGTCACTTCAACCCTTTTCTGAAGTCATGTCATCTTCTCGCACCAACGACCCTAATGA
CTGCTTTGCGCTTGATCGTGACAAGATAGACCATCATGGCAATCCAATCTCCAATCATCA
TCAGCGAACATGTGGTGCCTGCTCTAGACCCTTATCAGAGAAATCCTTGTGGAGCAGCCA
AAAGATCTTCATGACCAATGAGCTCTCTGTGTCCGCTATTCTAGCATGTGGGCATGTCTA
TCATGGTGAATGTTTAGAGCAGATGACGTCGGAAGTTGATAAATTCGACCCTTCCTGCCC
TATCTGTACATTGGGCGAGAAGAAAACGGCGAAGCTGTCAGAGAAAGCGTTGAAAGTTGA
GATGGATTTGAAAGATAGGCACAAGAAAAGACTCAGAAACCGAGTTCTGGACAGTGGTTT
TGATTGCGATGATTTTGTAATGTATGATCACAGCCACATGGCAGGAGCAGCAGACAAGAG
CCCTGAACTGGTCTCGAGTTCAAGCGTCAAAGGTTATTCCTCAAAGCCTTTCTTGGCTAG
ACATTTCTCTTTTGGATCCAGAGGTAACAGTAAAGAGAATCTTGCTGTCAAAAAGAAAGG
CTTCTTCTGGACCAAATCCAGCAAAATATGAACTCGTTCTGCGTTGCTCTCTACTGTCTC
AAGCATAAAACTCGAGACAGACGGACACGGTACCATTTAATTAAGACCTGCTATTTGTTG
TTACACACTCACTCATCATTGGCTTTTCTTTTATTGGTATTTGCTAAATTTTCACACATG
TAAAGTCACAACTTTAGAATACATCGTTAGGGATAGTCAGAACATTGAGATCCTTATTCA
ATTCATCTATAAATTATTCTGGCTGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DO65TF U 1
AF RR3DO65JQ C 563
BS 1 689 RR3DO65TF
BS 690 1288 RR3DO65JQ

RD RR3DO65TF 689 0 0
GAAATTTGAATCTGCTTTTGTTTCATCTCAACCCTCTCCTTTCGACAGCTTTCAGACACA
GACATCATCGCAGAAATCTCCGGCCGCAGATCTATCTTTTCCAATTAATTCTTCCATGCA
TACACTCTTCCAGCAGACAGAAAATGATTCAACACAACCTGTGGCACCTACGTATCCATC
TCCTGCACAATTATCTCCTTCACATACATCTTCTTTCCCAGCATCACCACTTTCTCCCCA
GAGCCACTTCCACCCTGCAAGCTCGTCCTCACTTAAACTGACTTCTCGCCCTCGTATATC
AGAGCAAGTCACAGATACTCAAATCTATGGAATGAACTCACTAAGTAGAAGCTCAGCGAC
TGAAGAGAGACAGGGAACTCCTTTGAGATATGATTCTTCTCAGAGTGGACCATCTGAATG
TTGGTCACTTCAACCCTTTTCTGAAGTCATGTCATCTTCTCGCACCAACGACCCTAATGA
CTGCTTTGCGCTTGATCGTGACAAGATAGACCATCATGGCAATCCAATCTCCAATCATCA
TCAGCGAACATGTGGTGCCTGCTCTAGACCCTTATCAGAGAAATCCTTGTGGAGCAGCCA
AAAGATCTTCATGACCAATGAGCTCTCTGTGTCCGCTATTCTAGCATGTGGGCATGTCTA
TCATGGTGAATGTTTAGAGCAGATGACGT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3DO65JQ 726 0 0
TCTAGACCCTTATCAGAGAAATCCTTGTGGAGCAGCCAAAAGATCTTCATGACCAATGAG
CTCTCTGTGTCCGCTATTCTAGCATGTGGGCATGTCTATCATGGTGAATGTTTAGAGCAG
ATGACGTCGGAAGTTGATAAATTCGACCCTTCCTGCCCTATCTGTACATTGGGCGAGAAG
AAAACGGCGAAGCTGTCAGAGAAAGCGTTGAAAGTTGAGATGGATTTGAAAGATAGGCAC
AAGAAAAGACTCAGAAACCGAGTTCTGGACAGTGGTTTTGATTGCGATGATTTTGTAATG
TATGATCACAGCCACATGGCAGGAGCAGCAGACAAGAGCCCTGAACTGGTCTCGAGTTCA
AGCGTCAAAGGTTATTCCTCAAAGCCTTTCTTGGCTAGACATTTCTCTTTTGGATCCAGA
GGTAACAGTAAAGAGAATCTTGCTGTCAAAAAGAAAGGCTTCTTCTGGACCAAATCCAGC
AAAATATGAACTCGTTCTGCGTTGCTCTCTACTGTCTCAAGCATAAAACTCGAGACAGAC
GGACACGGTACCATTTAATTAAGACCTGCTATTTGTTGTTACACACTCACTCATCATTGG
CTTTTCTTTTATTGGTATTTGCTAAATTTTCACACATGTAAAGTCACAACTTTAGAATAC
ATCGTTAGGGATAGTCAGAACATTGAGATCCTTATTCAATTCATCTATAAATTATTCTGG
CTGTAC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL7216Contig1 728 2 2 U
GGAGGAGGAGGAGGAGGAGACATTGCTCCTACGACAAGACATTACAGGAGTGTTTCGGTG
GACAGCTGTTTCATGGAGAAACTGTCTTTCGGTGAAGAAGTCTCTCCTACCAACTCTGTT
AGCATCGAGTTTAAGAAGGATAAACTAGCTGAGATGGCCATGTCTGACCCTAAGCGTGTC
AAAAGGATATTGGCGAACCGACAGTCTGCAGCGAGGTCAAAGGAGAGGAAGATGAGGTAC
ATTGTGGAGTTGGAACATAAAGTGCAGACTCTTCAGACCGAGGCTACTACATTGTCTGCT
CAGTTCACGCTTTTGCGGAGAGATATGATGGTATTGACAAACCAAGCTCAGCTTCGCGAT
GCTTTGAATGAAGCACTGAGTGGGGAAGTCCAGAGACTGAAACTGGCAATTGGTGAGACC
AGCCACAACGAAGCTGATAGATCAAAGATGCAATCACTCAACGCCGACATGTTCCAGCAA
CTCAACATCAGCCAGTTAACACAGCAGCCACAGCCACAGTCTCAGCAGAACCAGAATGGA
ACCATGTCACCAAAACCTGAATCAAATGAATTATAGTGCAGATAAGTTGTTCAGTTGGTG
GCTGGATCAAAGGGACTTGGAGTCTTTAGTTTTCACGTTACATATCAATCAATCAAGCAT
TATATTTTTATTTATTTATGTGCAGTCTGTTGGAATTACATATATCATATTATATGGCGC
AAGTTCGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G313TF U 1
AF RR3G313JQ C 62
BS 1 674 RR3G313TF
BS 675 728 RR3G313JQ

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TATATTTTTATTTA

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DS 

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AGTTCACGCTTTTGCGGAGAGATATGATGGTATTGACAAACCAAGCTCAGCTTCGCGATG
CTTTGAATGAAGCACTGAGTGGGGAAGTCCAGAGACTGAAACTGGCAATTGGTGAGACCA
GCCACAACGAAGCTGATAGATCAAAGATGCAATCACTCAACGCCGACATGTTCCAGCAAC
TCAACATCAGCCAGTTAACACAGCAGCCACAGCCACAGTCTCAGCAGAACCAGAATGGAA
CCATGTCACCAAAACCTGAATCAAATGAATTATAGTGCAGATAAGTTGTTCAGTTGGTGG
CTGGATCAAAGGGACTTGGAGTCTTTAGTTTTCACGTTACATATCAATCAATCAAGCATT
ATATTTTTATTTATTTATGTGCAGTCTGTTGGAATTACATATATCATATTATATGGCGCA
AGTTCGG

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV52JQ U 37
AF RR3AV52TF C 1
BS 1 36 RR3AV52TF
BS 37 657 RR3AV52JQ
BS 658 730 RR3AV52TF

RD RR3AV52JQ 621 0 0
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AAACCATTGGACCTTCGACTG

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DS 

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TTCAGCACCACCTCATACAATGTCTCCGAATATTTTACTACGCTTCTTGGCATGAGCCCC
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AACCATTCCTTTGGATTGGTTTCTCTCTCACAAATGTCACACCAGTACTTACCACTTGCC
TCTTCATCTCCATAGCATAGTGAGAGAGGATAATCGTCTACTCTGTGCTTTATCACTTGT
GGTAGAGTGGCGCAGGTGAAGCACAATACAAATCCACAATCACCTTCAATGCACCTTAGC
AAACGTGGATCGCATCGGTTGCAACCATTGCATCTTTTTGTAAGTTCTTCTGTTGGAAGG
TAGTATAATGGATGGTGGGGATGACTTGTATGGACAAATGGCTCATAAATCGAACCGCAT
AACACATCTAACTCCTTATCCCCATGCTTGTACATGAAACCATTGGACCTTCGACTGCAA
GCATGACATCTGAAGGCATCTGGCTCCTTGTTTGTAACTAAAGTGAGCCGTTCGTTGTGT
AGCACATGCC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

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GTTGAGCTCATTGTAAACGAACTCGAGTTTTGTCAAACATTGTAACGAGCAGCTGGAGAA
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AACAAAATATTAAGTTTAACACG


BQ
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AF RR3FB56TF U 1
AF RR3FB56JQ C 12
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RD RR3FB56TF 623 0 0
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CTGAATGCTAAGAGATTGAGGGAGAAGGAACTGGCTTCTGTAAAGATCAACGCTGCAGAT
GTTGAGCTCATTGTAAACGAACTCGAGTTTTGTCAAACATTGTAACGAGCAGCTGGAGAA
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ATTGCTTTCTCGATATCCTCTTTGATCGATCAGTACCTGCTTTACTTCTTGCAGTTTCTT
TTGTGTGTGTGTGAGGTTTGAGAGACGTGAGAGGAAGGTGCCCGAATATTGAACTCGTGT
TTGAAGTTTCAGTATTGAACTTATGAGATATTATTGCAACAGTGGCACATGCTAAAGCAA
AACAAAATATTAAGTTTAACACG

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DS 

RD RR3FB56JQ 612 0 0
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ACAAAGCAAAGCTTTAGACAAGCTTATCGATCGCGTCGAGGATCGCCAGCTCGATTCTAA
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GAGATTGAGGGAGAAGGAACTGGCTTCTGTAAAGATCAACGCTGCAGATGTTGAGCTCAT
TGTAAACGAACTCGAGTTTTGTCAAACATTGTAACGAGCAGCTGGAGAAGAATGTGGTGG
AGAGAACTCTAAGGGAGCACAAAGGCGATGCAGTTGCTGCAACTAGGGAATTGCTTTCTC
GATATCCTCTTTGATCGATCAGTACCTGCTTTACTTCTTGCAGTTTCTTTTGTGTGTGTG
TGAGGTTTGAGAGACGTGAGAGGAAGGTGCCCGAATATTGAACTCGTGTTTGAAGTTTCA
GTATTGAACTTATGAGATATTATTGCAACAGTGGCACATGCTAAAGCAAAACAAAATATT
AAGTTTAACACG

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 2

CO CL7219Contig1 906 2 2 U
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GTTTCGCTTACAGAGTCCTAACCACTTCGTGTCTCTCGATCTTCAACTCTAATCTTCAAA
ATGGTCCCTCGACTAAACCACCACCGTTGAGTTTCACCGCCCCGTCGGGTCCTCCACCGT
TCGAGTATTCTAAGGGACCAAACGGGAAGATTCTAATAAAAGTTTCTCCTCATTTTATCA
TGAGTCTTATATGTAAACGGAGGAACATCGGTGAAGATGAGGTAATAATAGACTGTGGTG
AAAGCAAGGACATTTGTAATTCTCCCGAGTTAAAGAAGCATTATGATCAGCTTGTCGGAA
CGAGAGAACACCTATGGTCACCTAAGTTGCAGACGATCTCTGAGCATGAGACTAGGGTTT
CTCCACTAAGGTTCTTGGGGATTGTTCGGAGGCAACAAGAAGTGAATTGATTAAATCATG
AAACATATTATTATTTCTCTTTTGTATATGTTTAGTCAAGATTGGAAAGATAAAAAAAAT
TAGAGTGGTTAGTTGGATGTTTGGTTTGTCTTTGTTTGGTTACAGACTAGTCGTCATGCA
TGAACAAGTTGACAATTTGCGAGGTGCTCCAACATGCAGATATGAATATATGTTATATGT
TTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3BW96TF U 1
AF RR3BW96JQ C 191
BS 1 664 RR3BW96TF
BS 665 906 RR3BW96JQ

RD RR3BW96TF 664 0 0
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CTCTAGCCATGGAAGACTATCTCATCCCAGGTCAAACCTACTTCGTCTTACCAATCGAAC
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ATGGTCCCTCGACTAAACCACCACCGTTGAGTTTCACCGCCCCGTCGGGTCCTCCACCGT
TCGAGTATTCTAAGGGACCAAACGGGAAGATTCTAATAAAAGTTTCTCCTCATTTTATCA
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AAAGCAAGGACATTTGTAATTCTCCCGAGTTAAAGAAGCATTATGATCAGCTTGTCGGAA
CGAGAGAACACCTATGGTCACCTAAGTTGCAGACGATCTCTGAGCATGAGACTAGGGTTT
CTCC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3BW96JQ 716 0 0
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CAGAGTCCTAACCACTTCGTGTCTCTCGATCTTCAACTCTAATCTTCAAAATGGTCCCTC
GACTAAACCACCACCGTTGAGTTTCACCGCCCCGTCGGGTCCTCCACCGTTCGAGTATTC
TAAGGGACCAAACGGGAAGATTCTAATAAAAGTTTCTCCTCATTTTATCATGAGTCTTAT
ATGTAAACGGAGGAACATCGGTGAAGATGAGGTAATAATAGACTGTGGTGAAAGCAAGGA
CATTTGTAATTCTCCCGAGTTAAAGAAGCATTATGATCAGCTTGTCGGAACGAGAGAACA
CCTATGGTCACCTAAGTTGCAGACGATCTCTGAGCATGAGACTAGGGTTTCTCCACTAAG
GTTCTTGGGGATTGTTCGGAGGCAACAAGAAGTGAATTGATTAAATCATGAAACATATTA
TTATTTCTCTTTTGTATATGTTTAGTCAAGATTGGAAAGATAAAAAAAATTAGAGTGGTT
AGTTGGATGTTTGGTTTGTCTTTGTTTGGTTACAGACTAGTCGTCATGCATGAACAAGTT
GACAATTTGCGAGGTGCTCCAACATGCAGATATGAATATATGTTATATGTTTTTTT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL7220Contig1 639 2 1 U
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TGGAGCAAAGGTATCCGTGGTCCTCCTAGGAGAATCAGAGTCCGCGTTGCCCGGAAGAGG
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GCCGAAGGATTGTCTGGTTTGGGCACCAAGGTTATCGATGAAGACGAGTGAAAAACGAAA
CTTCCTGTCTTTTTTTTTGGTTATATCTTTAGATGAAAGACAGAAAAGTGAAAGACTTTT
GCTTGTTTTGATCACTCTGGTAATTTATTTCGCATGTTTTTAAGTTCTTGAGACAGAGAG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BK14TF U 1
AF RR3BK14JQ C 27
BS 1 639 RR3BK14TF

RD RR3BK14TF 639 0 0
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GGAAGGGGAAGAAAGGAGGAGATCGTTACCAGGGAGTATACTATCAATCTCCACAGGCGC
CTCCATAGCTGCACATTCAAGAAGAAGGCACCCAATGCCATCAAAGAGATCAGGAAGTTT
GCATTGAAAGCAATGGGAACCAAGGACGTCAGAGTAGACGTCAAGCTCAACAAGCAGATT
TGGAGCAAAGGTATCCGTGGTCCTCCTAGGAGAATCAGAGTCCGCGTTGCCCGGAAGAGG
AACGATGATGAAGATGCCAAAGAAGAGTTCTACTCACTTGTCACTGTCGCTGAGATTCCG
GCCGAAGGATTGTCTGGTTTGGGCACCAAGGTTATCGATGAAGACGAGTGAAAAACGAAA
CTTCCTGTCTTTTTTTTTGGTTATATCTTTAGATGAAAGACAGAAAAGTGAAAGACTTTT
GCTTGTTTTGATCACTCTGGTAATTTATTTCGCATGTTTTTAAGTTCTTGAGACAGAGAG
ACATGAGTTTGATGTTTTTGTGACGTTTTTTACTTCCTGAAACTTACTTGGAGTCCATAC
CATACCGGTTTAAAAATAAACTATGTTACCGTTTGGCCC

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3BK14JQ 613 0 0
AAGAGAGAGAGAGAGATCGAAGGAAATGGAGAAAGGAAGGGGAAGAAAGGAGGAGATCGT
TACCAGGGAGTATACTATCAATCTCCACAGGCGCCTCCATAGCTGCACATTCAAGAAGAA
GGCACCCAATGCCATCAAAGAGATCAGGAAGTTTGCATTGAAAGCAATGGGAACCAAGGA
CGTCAGAGTAGACGTCAAGCTCAACAAGCAGATTTGGAGCAAAGGTATCCGTGGTCCTCC
TAGGAGAATCAGAGTCCGCGTTGCCCGGAAGAGGAACGATGATGAAGATGCCAAAGAAGA
GTTCTACTCACTTGTCACTGTCGCTGAGATTCCGGCCGAAGGATTGTCTGGTTTGGGCAC
CAAGGTTATCGATGAAGACGAGTGAAAAACGAAACTTCCTGTCTTTTTTTTTGGTTATAT
CTTTAGATGAAAGACAGAAAAGTGAAAGACTTTTGCTTGTTTTGATCACTCTGGTAATTT
ATTTCGCATGTTTTTAAGTTCTTGAGACAGAGAGACATGAGTTTGATGTTTTTGTGACGT
TTTTTACTTCCTGAAACTTACTTGGAGTCCATACCATACCGGTTTAAAAATAAACTATGT
TACCGTTTGGCCC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

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CTTCCACTCTCTCCCCAGGAGACTCTCTCCTGAGCCGCCTCATCAGAGAATCGCCGTGAG
AAAGTCCCGTTCTATTTGCAGAGCTTCGTGGCAAGAGCTCGCCGGTGTGTTGGTTTTCTC
CGCGATTCCTTTCACGGCGGTTAAAGCAATCGCCAACAGCTCGTTAGGAGAATCTCTGCG
GCGGAGATTAGAAGAAAAAAAGAAAGAAGCCGTGGAGAACACTTCAAGATTCAACGCCAA
AGCTCAGAAGGCTAGAGCCGACAGCAAGTGGTATGGACAAGAACGTCCCCGTTGGTTTGG
TCCCATCCCATATGATTATCCTCCTTACCTCACTGGAGATCTCCCTGGGGATTACGGGTT
CGACATTGCAGGTCTTGGCAAGGATCGTTTGAACTTTGATAAGTACTTCAACTTTGAAAT
ACTTCATGCTCGTTGGGCCATGCTTGCAGCGTTGGGTGCTCTAATCCCAGAAGTGTTTGA
TCTCACTGGAGCTTTTCATTTTGCTGAACCTGTATGGTGGCGAGTCGGTTATTCTAAGCT
TCAGGGAGAGACATTGGACTACCTTGGGATCCCAGGGCTTCACGTAGCTGGAAGCCAAGG
TGTCATTGTTATAGCCATTTGCCAAGCACTCTTGATGGTAGGACCTGAATACGCAAGATA
CTGCGGGATTGAGGCCTTAGAGCCACTGGGAATATACTTGCCAGGAGACATAAACTATCC
AGGAGGAACGCTTTTTGATCCATTGAACCTCTCTCAAGACCCGGTAGCTTTTGAAGATTT
TAAGGTCAAAGAGATCAAAAACGGGAGACTAGCTATGGTGGCATGGCTTGGATTCTATGC
ACAAGCTGCTTTCACAGGCAAAGGACCTGTACAAAATCTCGTTGACCATGTTTCCGATCC
ATCACATAACAATCTTCTTGCCACGCTTCATATATGAAAACAGAGACTATGTACATATAT
ACATGTCAAAAAGACAATGCAATGAATATGTTATGAGTGACAAAGATTGTTGTACTCTTG
TTCTGTGTTTTTTTTTTTTTGAGAAAACTCTTGTTCTGTGTTTGTGTATTTGTTTATGTA
TTATATTTGAGAAAAATTTAAATGG


BQ
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AF RR3B390TF U 1
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BS 791 1165 RR3B390JQ

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GCGGAGATTAGAAGAAAAAAAGAAAGAAGCCGTGGAGAACACTTCAAGATTCAACGCCAA
AGCTCAGAAGGCTAGAGCCGACAGCAAGTGGTATGGACAAGAACGTCCCCGTTGGTTTGG
TCCCATCCCATATGATTATCCTCCTTACCTCACTGGAGATCTCCCTGGGGATTACGGGTT
CGACATTGCAGGTCTTGGCAAGGATCGTTTGAACTTTGATAAGTACTTCAACTTTGAAAT
ACTTCATGCTCGTTGGGCCATGCTTGCAGCGTTGGGTGCTCTAATCCCAGAAGTGTTTGA
TCTCACTGGAGCTTTTCATTTTGCTGAACCTGTATGGTGGCGAGTCGGTTATTCTAAGCT
TCAGGGAGAGACATTGGACTACCTTGGGATCCCAGGGCTTCACGTAGCTGGAAGCCAAGG
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CTGCGGGATTGAGGCCTTAGAGCCACTGGGAATATACTTGCCAGGAGACATAAACTATCC
AGGAGGAACG

QA 1 790 1 790
DS 

RD RR3B390JQ 778 0 0
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TTTGAACTTTGATAAGTACTTCAACTTTGAAATACTTCATGCTCGTTGGGCCATGCTTGC
AGCGTTGGGTGCTCTAATCCCAGAAGTGTTTGATCTCACTGGAGCTTTTCATTTTGCTGA
ACCTGTATGGTGGCGAGTCGGTTATTCTAAGCTTCAGGGAGAGACATTGGACTACCTTGG
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GGGAATATACTTGCCAGGAGACATAAACTATCCAGGAGGAACGCTTTTTGATCCATTGAA
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ACTAGCTATGGTGGCATGGCTTGGATTCTATGCACAAGCTGCTTTCACAGGCAAAGGACC
TGTACAAAATCTCGTTGACCATGTTTCCGATCCATCACATAACAATCTTCTTGCCACGCT
TCATATATGAAAACAGAGACTATGTACATATATACATGTCAAAAAGACAATGCAATGAAT
ATGTTATGAGTGACAAAGATTGTTGTACTCTTGTTCTGTGTTTTTTTTTTTTTGAGAAAA
CTCTTGTTCTGTGTTTGTGTATTTGTTTATGTATTATATTTGAGAAAAATTTAAATGG

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

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GATTGACACGTATTGCTATCGTGAGTTCAGACCGTTGCAAGCCTAAGAAATGTCGCCAAG
AGTGTAAGAAGAGCTGCCCTGTGGTCAAGACAGGAAAACTTTGTATTGAGGTGACTGTTG
CTTCCAAGGTTGCTTTTATCTCCGAGGAGTTGTGCATTGGTTGCGGTATTTGTGTCAAGA
AATGCCCTTTTGAAGCTATTCAGATTATCAATCTCCCCCGAGACTTGGAGAAAGATACGA
CCCATCGCTATGGGCCAAACACTTTCAAGCTTCACAGGCTCCCTGTTCCAAGGCCAGGGC
AGGTCTTAGGGTTGGTTGGGACTAATGGTATTGGAAAGTCAACTGCTCTCAAAATTTTGG
CGGGGAAGCTCAAACCAAATTTGGGCCGATTCTCTAACCCTCCAGACTGGCAAGAGATCT
TGACTCACTTCCGTGGGTCAGAACTTCAAAACTACTTCACTCGTATTCTTGAAGATAATA
TAAAAGGCCATCATTAAGCCACAATATGTGGACCACATCCCGAAAGCTGTTCGAGGCAAT
GTTGGGAGAGGTCCTAGACCAGAAGGACGAGAGAAACATGAAGGCAGAGCTGTGTGCTGA
TCTGGAGCTGAACCAGGTCATCGATCGTGATGTTGTGAATTTATCTGGTGGTGAGCTTCA
GAGGTTTGCTATCGCTGTTGTTGCCATACAAAACGCTGAGACCTACATGTTTGATGAGCC
TTCTAGTTACCTTGATGTTAAGCAACGACTCAAAGCTGCTCAAGTTGTTCGTTCTCTCC


BQ
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AF RR3B847TF U 1
AF RR3DZ31TF U 358
BS 1 623 RR3B847TF
BS 624 839 RR3DZ31TF

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AGTGTAAGAAGAGCTGCCCTGTGGTCAAGACAGGAAAACTTTGTATTGAGGTGACTGTTG
CTTCCAAGGTTGCTTTTATCTCCGAGGAGTTGTGCATTGGTTGCGGTATTTGTGTCAAGA
AATGCCCTTTTGAAGCTATTCAGATTATCAATCTCCCCCGAGACTTGGAGAAAGATACGA
CCCATCGCTATGGGCCAAACACTTTCAAGCTTCACAGGCTCCCTGTTCCAAGGCCAGGGC
AGGTCTTAGGGTTGGTTGGGACTAATGGTATTGGAAAGTCAACTGCTCTCAAAATTTTGG
CGGGGAAGCTCAAACCAAATTTGGGCCGATTCTCTAACCCTCCAGACTGGCAAGAGATCT
TGACTCACTTCCGTGGGTCAGAACTTCAAAACTACTTCACTCGTATTCTTGAAGATAATA
TAAAAGGCCATCATTAAGCCACAATATGTGGACCACATCCCGAAAGCTGTTCGAGGCAAT
GTTGGGAGAGGTCCTAGACCAGA
CGACGAGAGAACAT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3DZ31TF 482 0 0
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TGGCGGGGAAGCTCAAACCAAGTTTGGGCCGATTCTCTAACCCTCCAGACTGGCAAGAGA
TCTTGACTCACTTCCGTGGGTTAGAACTTCAAAACTACTTCACTCGTATTCTTGAAGATA
ATATAAA*GGCCATCATTAAGCCACAATATGTGGACCACATCCCGAAAGCTGTTCGAGGC
AATGTTGG*AGAGGTCCTAGACCAGAAGGACGAGAGAAACATGAAGGCAGAGCTGTGTGC
TGATCTGGAGCTGAACCAGGTCATCGATCGTGATGTTGTGAATTTATCTGGTGGTGAGCT
TCAGAGGTTTGCTATCGCTGTTGTTGCCATACAAAACGCTGAGACCTACATGTTTGATGA
GCCTTCTAGTTACCTTGATGTTAAGCAACGACTCAAAGCTGCTCAAGTTGTTCGTTCTCT
CC

QA 1 482 1 482
DS 



AS 1 2

CO CL7223Contig1 715 2 3 U
TTTTTTTCTCAACACATTGCTTTCTAACGACAAATAATCGTTTTATCACAAGAACTGCTT
ATTCCATGCGTTTCTCAACCCAACCAACCAACCAACAAAATCATGCGTTTTTACACCAAC
GGTTACATATGAACTCAAAACCATCCTAACTCTATTTTCCTCATTGGCTGTCAGTGAAGT
CAGCGTCAATCACATCATCTCCATCTTTACTTTTTGATGAATCTGCTGATGAAGCATCTT
CACCTCCAGGAAAAGGACCTGCTCCTGCTCCTGCACCTGCTCCAGGCTGGTTGTACATAA
ACTGACCGATCTGCATTACTTCCTGGTTGAAAGCAGCCATGGTGTCCTTGATCTCTTGGG
TCGTTCCACTTGCAATCTTGTCTTTAAGCTCTTGTAGCTTGGCCTCCACCTTCCCTTTCA
CTTCACCTGGAATTTTTTCTCCGAGTTCTTTAAGTTGCTTCTCTGTCTGGTACACCACCG
AATCTGCTTGGTTCTTTGTGTCAATTGCGTCTCTCTTCTCCTTGTCATCCTTTGCAAACC
TTTCTGCTTCCTGAACCATCTGGTCTACCTCATCCTTGGGCAATGTACTGGCACCTGTAA
TGGTAATGTCTTGTTTCTTTCCGGTGCCTTTGTAACTAGCACTGACGGAGAGGATTCCAT
TGGCATCAATGTCAAATTTAACTTCGATTTGTGGAACTCCGCGCGGTGCTGGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DQ29JQ U 10
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BS 1 9 RR3DQ29TF
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CTTGTTTCTTTCCGGTGCCTTTGTAAC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3DQ29TF 715 0 0
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CACCTCCAGGAGAAGGACCTGCTCCTGCTCCTGCACCTGCTCCAGGCTGGTTGTACATAG
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TCGTTCCACTTGCAATCTTGTCTTTAAGCTCTTGTAGCTTGGCCTCCACCTTCCCTTTCA
CTTCACCTGGAATTTTTTCTCCGAGTTCTTTAAGTTGCTTCTCTGTCTGGTACACCACCG
AATCTGCTTGGTTCTTTGTGTCAATTGCGTCTCTCTTCTCCTTGTCATCCTTTGCAAACC
TTTCTGCTTCCTGAACCATCTGGTCTACCTCATCCTTGGGCAATGTACTGGCACCTGTAA
TGGTAATGTCTTGTTTCTTTCCGGTGCCTTTGTAACTAGCACTGACGGAGAGGATTCCAT
TGGCATCAATGTCAAATTTAACTTCGATTTGTGGAACTCCGCGCGGTGCTGGTGC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

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TTGACAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAACGTGTTTCAGACACTTGTTTGAGAAAA
ATTTAAAGATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A971JQ C 1
AF RR3A971TF U 1
BS 1 611 RR3A971TF

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TCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATGGAGATTGCTTCAC
TCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGTGCCCTCGGTGACT
CTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGATGGCCAGTTCTCCA
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TCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTACTTCAACATCG
CTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGTTATTACTTCTGTTTCGTGTTTCTGT
TGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCCCATTACAATTTATCTTGGTACTTCTATTGTTTTT
TTGACAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAACGTGTTTCAGACACTTGTTTGAGAAAA
ATTTAAAGATC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3A971TF 611 0 0
GGCCGTCTCCTCAGCTAAAAGACGCCGCTCGTCCTCTTCAGACAAGTTCCACCTTCTAGG
ATCTGATCAAGAAGATGAGTCGTGGAAGTGCAGCAGTTGCCAAGGGAAAGAAGAAGGGAG
TCTCCTTCTCCATCGACTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATGGAGATTGCTTCAC
TCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGTGGCAAAGCCGGTGCCCTCGGTGACT
CTGTCACAATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACTGTCACTTCTGATGGCCAGTTCTCCA
AGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAACGTGAGGGATTGGC
TCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTACTTCAACATCG
CTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGTTATTACTTCTGTTTCGTGTTTCTGT
TGTTTTGGTTTCTGCTCGTTGCTGCCCATTACAATTTATCTTGGTACTTCTATTGTTTTT
TTGACAGATCTTGTTTAGTTTGGTTGAACTTAACGTGTTTCAGACACTTGTTTGAGAAAA
ATTTAAAGATC

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL7225Contig1 675 2 3 U
GTTTAACAAGTGTTTCAGACTTTCAGTCAACATTAGAAAAGCCTCCGCTTGCTTTTCTAA
TATAGTAATGTGTTTGATCGCCAGGCATAAAAGATTACAGAACTAGCAAATATTTTAATC
CAAGATAATGAATGCTTACATGAGCAAACTTGCTTTCAGTTTTTGATGAAGAGAAATAGA
ATGATGAGTCCCAAGATGTCACCGAGAAGTTGCATCGCAGCGCCTTACACACTTTTTCTT
ATCTTTGTTTCTATTGTCGTGCACGTAAATTGATCAACTAAAAGCAGCAAGTAACTCCTT
ATGTATAATTTCCACGCTTGAACGTGGAGACAACCTTGGCAAAATCTCCTCTCTGCCATC
AGAATTCACTTTGGCCAGGACTGGTATCTCATACTGATAAGCCATTTCCCACTCAGGATT
TGTAGTGATATCTCTTACCTGAAGAGTAACGTGGTTGAGCGAATCAGGACCAGAGAGAGA
GAAAGCAGCTTGAAGCTTCTCTTTGAGGCCATCGCAGAGACAGCATCCTGGTTTCGAGTA
TAGAACAAGCTTTCTTGTGTTTGGTCCCGAACTACAGGACAAACTAAAGGAGGAAGGAAT
GGTTCCCCATTGTCGTCGTCCACGCCTCGCAGCGACAAACGCCCAATTCGCTGTTATCGC
TGCCGCCATTTGCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GG12JQ U 21
AF RR3GG12TF C 1
BS 1 20 RR3GG12TF
BS 21 631 RR3GG12JQ
BS 632 675 RR3GG12TF

RD RR3GG12JQ 611 0 0
TTTCAGTCAACATTAGAAAAGCCTCCGCTTGCTTTTCTAATATAGTAATGTGTTTGATCG
CCAGGCATAAAAGATTACAGAACTAGCAAATATTTTAATCCAAGATAATGAATGCTTACA
TGAGCAAACTTGCTTTCAGTTTTTGATGAAGAGAAATAGAATGATGAGTCCCAAGATGTC
ACCGAGAAGTTGCATCGCAGCGCCTTACACACTTTTTCTTATCTTTGTTTCTATTGTCGT
GCACGTAAATTGATCAACTAAAAGCAGCAAGTAACTCCTTATGTATAATTTCCACGCTTG
AACGTGGAGACAACCTTGGCAAAATCTCCTCTCTGCCATCAGAATTCACTTTGGCCAGGA
CTGGTATCTCATACTGATAAGCCATTTCCCACTCAGGATTTGTAGTGATATCTCTTACCT
GAAGAGTAACGTGGTTGAGCGAATCAGGACCAGAGAGAGAGAAAGCAGCTTGAAGCTTCT
CTTTGAGGCCATCGCAGAGACAGCATCCTGGTTTCGAGTATAGAACAAGCTTTCTTGTGT
TTGGTCCCGAACTACAGGACAAACTAAAGGAGGAAGGAATGGTTCCCCATTGTCGTCGTC
CACGCCTCGCA

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3GG12TF 675 0 0
GTTTAACAAGTGTTTCAGACTTTCAGTCAACATTAGAAAAGCCTCCGCTTGCTTTTCTAA
TATAGTAATGTGTTTGATCGCCAGGCATAAAAGATTACAGAACTAGCAAATATTTTAATC
CAAGATAATGAATGCTTACATGAGCAAACTTGCTTTCAGTTTTTGATGAAGAGAAATAGA
ATGATGAGTCCCAAGATGTCACCGAGAAGTTGCATCGCAGCGCCTTACACACTTTTTCTT
ATCTTTGTTTCTATTGTCGTGCACGTAAATTGATCAACTAAAAGCAGCAAGTAACTCCTT
ATGTATAATTTCCACGCTTGAACGTGGAGACAACCTTGGCAAAATCTCCTCTCTGCCATC
AGAATTCACTTTGGCCAGGACTGGTATCTCATACTGATAAGCCATTTCCCACTCAGGATT
TGTAGTGATATCTCTTACCTGAAGAGTAACGTGGTTGAGCGAATCAGGACCAGAGAGAGA
GAAAGCAGCTTGAAGCTTCTCTTTGAGGCCATCGCAGAGACAGCATCCTGGTTTCGAGTA
TAGAACAAGCTTTCTTGTGTTTGGTCCCGAACTACAGGACAAACTAAAGGAGGAAGGAAT
GGTTCCCCATTGTCGTCGTCCACGCCTCGCAGCGACAAACGCCCAATTCGCTGTTATCGC
TGCCGCCATTTGCCC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL7226Contig1 899 2 4 U
GACTAGGAAAGCTAAAGTCCAAAGAGTTTCTCCATACTTCCAGGGAGCAACTAGTTCACC
GTGTGATTCTGACAACTTTGCTTCTCAAAGTGGAAGAAAACCTAGGAAAAGATGCAGCAA
AGCTCTACCTAATGTCCGAAAAGTTTCTCCATATTTCCAGGGATCAACTGTTTCAGAACA
GCCAAGAGATTTGCGTCAACATTTTAAGGTCGCGAAAGTTTCAAGATATTTCCATGGCCT
GTCTGCGGATGGAATCCAAGTAAATGAATCACAAAAGGAGATATCAAGAAGGGTGAGGAA
AACTCCTCTTGTGAGCCCTTCACTCTCTAAGCGTCAGAAGACTGATGAGGCATACCTGCG
GAAAACGCCTGATAACACATGGGTGCCTCCACGTTCTCCATGTAATCTACTTCAAGAAGA
TCACTGGCATGATCCATGGCGGGTGTTGGTCATGTATGCTTCTCAACAAAACTTCTGGTG
CCCAGGCGCGAAGGGTGATATCAGACCTGTTTGCGCTGTGTCCTAATGCAATGACTGCTA
CACAAGTCGAAGAGAAAGAGATAGAGACTCTGATAACACCTCTTGGACTACAGAAGAAGA
GAGCCAAAATGATACAACGGCTTTCTCTCGAGTATCTTCAAGAGAGCTGGACTCATGTCA
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TTCGGTATAAGTTATGAGTGGGAAGATACATGTATGTATTGTGCTAATAATATTTTTGTG
ACTAAGTGATTACAGTATGTTTCAATTGCTTTTTGAATTTACTTTAGATGTGAATCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A816TF U 1
AF RR3A816JQ C 111
BS 1 778 RR3A816TF
BS 779 779 RR3A816JQ
BS 780 840 RR3A816TF
BS 841 899 RR3A816JQ

RD RR3A816TF 840 0 0
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AGCTCTACCTAATGTCCGAAAAGTTTCTCCATATTTCCAGGGATCAACTGTTTCAGAACA
GCCAAGAGATTTGCGTCAACATTTTAAGGTCGCGAAAGTTTCAAGATATTTCCATGGCCT
GTCTGCGGATGGAATCCAAGTAAATGAATCACAAAAGGAGATATCAAGAAGGGTGAGGAA
AACTCCTCTTGTGAGCCCTTCACTCTCTAAGCGTCAGAAGACTGATGAGGCATACCTGCG
GAAAACGCCTGATAACACATGGGTGCCTCCACGTTCTCCATGTAATCTACTTCAAGAAGA
TCACTGGCATGATCCATGGCGGGTGTTGGTCATGTATGCTTCTCAACAAAACTTCTGGTG
CCCAGGCGCGAAGGGTGATATCAGACCTGTTTGCGCTGTGTCCTAATGCAATGACTGCTA
CACAAGTCGAAGAGAAAGAGATAGAGACTCTGATAACACCTCTTGGACTACAGAAGAAGA
GAGCCAAAATGATACAACGGCTTTCTCTCGAGTATCTTCAAGAGAGCTGGACTCATGTCA
CTCAACTGCATGGAGTTGGAAAGTATGCAGCGGATGCATATGCCGTATTCTGTAATGGGA
AGTGGGATTGTGTGAAACCTGATGATCATATGCTAAACTATTACTGGGAATTCCTCAG*A
TTCGGTATAAGTTATGAGTGGGAAGATACATGTATGTATTGTGCTAATAATATTTTTGTG

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR3A816JQ 789 0 0
GATGCAGCAAAGCTCTAC*TAATGTCCGAAAAGTTTCTCCATATTTCCAGGGATCAACTG
TTTCAGAACAGCCAAGAGATTTGCGTCAACATTTTAAGGTCGCGAAAGTTTCAAGATATT
TCCATGGCCTGTCTGCGGATGGAATCCAAGTAAATGAATCACAAAAGGAGATATCAAGAA
GGGTGAGGAAAACTCCTCTTGTGAGCCCTTCACTCTCTAAGCGTCAGAAGACTGATGAGG
CATACCTGCGGAAAACGCCTGATAACACATGGGTGCCTCCACGTTCTCCATGTAATCTAC
TTCAAGAAGATCACTGGCATGATCCATGGCGGGTGTTGGTCATGTATGCTTCTCAACAAA
ACTTCTGGTGCCCAGGCGCGAAGGGTGATATCAGACCTGTTTGCGCTGTGTCCTAATGCA
ATGACTGCTACACAAGTCGAAGAGAAAGAGATAGAGACTCTGATAACACCTCTTGGACTA
CAGAAGAAGAGAGCCAAAATGATACAACGGCTTTCTCTCGAGTATCTTCAAGAGAGCTGG
ACTCATGTCACTCAACTGCATGGAGTTGGAAAGTATGCAGCGGATGCATATGCCGTATTC
TGTAATGGGAAGTGGGATTGTGTGAAACCTGATGATCATATGCTAAACTATTACTGGGAA
TTCCTCAGGATTCGGTATAAGTTATGAGTGGGAAGATACATGTATGTATTGTGCTAATAA
TATTTTTGTGACTAAGTGATTACAGTATGTTTCAATTGCTTTTTGAATTTACTTTAGATG
TGAATCTCC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL7227Contig1 649 2 2 U
GGATTCACCTAACTCACACAACAAACATTCGATTCCCTCTCAATCTCTAAAAAAAAAGTC
AATCGATAATGGTTCCCAAGGCGGCAGAGAAGAAACCGGCGGAGAAGAAGCCAGCAGAGA
AGGCCCCGGCGGAGAAGCGACCAAAGGCGGAGAAGAAGATCTCGAAGGAAGGCGGGAGCG
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TCCTGAAGCAGGTCCATCCCGACATCGGAATCTCGGGGAAAGCCATGGGGATCATGAACA
GTTTCATCAACGACATCTTCGAGAAACTCGCCCAGGAATCGTCGAAGCTCGCGAGGTACA
ACAAGAAGCCGACGATCACGTCAAGGGAGATCCAGACGGCGGTTAGGCTCGTGTTGCCCG
GAGAGCTCGCGAAGCACGCCGTTTCGGAAGGGACTAAGGCGGTTACCAAATTCACAAGCA
CTTAGGGTTTCTTCTTTTTTTTTCTTATAATTTCTGATTCGATCTGGTTTGCATGTTTAG
ATATATAATCGGTTCTCTGTCTTGGATCTTTGGTTTCTGGATTGTATTCAGTTAGTGAGA
TGGTTGAATGAACAGGTTTTTCTATGTTAATGAATATCGCCTTCTTTGT


BQ
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AF RR3CK89JQ C 1
AF RR3CK89TF U 1
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BS 612 649 RR3CK89JQ

RD RR3CK89JQ 649 0 0
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QA 1 649 1 649
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TGGTTGAATGA

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AQ59JQ C 1
AF RR3AQ59TF U 1
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DS 

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QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL7229Contig1 905 2 2 U
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GATCT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3A933TF U 1
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AATTTGAATGGGGAAATAAGTTCGATGTTAGACTCATCAATAAAGACTTGATGGATCTTC
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ATGTAAACCACAATCATGGTCGTGACT

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TCTTGTTAATATGTAAACGGGTTCTTGACTTTTTATGTAAACCACAATCATGGTCGTGAC
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AS 1 2

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TATGAACCTATCTGATGAGATTACTACTTTTGTTGTTTATTTAGAGGGGTGTATTCAACT
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AGTTCAGTTATAAAAAAATACTATGAATTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV09TF U 1
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RD RR3DV09TF 672 0 0
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TATCTTTCACTA

QA 1 672 1 672
DS 

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ATTTAGAGGGGTGTATTCAACTGAGAGTTTCAGATGGGTATTGGGAAGAAGTGGAAGGAG
ATACTTGATGTCACCGACAAGATATCTTTCACTAACCATGATGATTCAAGAAGAAGTCGA
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TTTCTTGCATTGTTTGAGCCGTTTTTCCTTACAACTCTACAAAGTTCTGTGTTCTATTGA
AAGATATTTTTTCTTAATATTAAGTTCAGTTATAAAAAAATACTATGAATTCACC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

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GCTTGTGCTTTGCTGTTGGATATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FY88JQ U 41
AF RR3FY88TF C 1
BS 1 40 RR3FY88TF
BS 41 387 RR3FY88JQ
BS 388 626 RR3FY88TF

RD RR3FY88JQ 347 0 0
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CAAGACAAAGCAGGGTATGCTGAGGTCAGCGTACATAGACCCCTTTTTATTTTACTTATG
CTAGACCAAGCACTCATAATCCTCAGGATGATGTATGAGTTCTCACTTCACTTGACGGTG
TCGCAGTTAGTGCTCATGGAGATGGGATAGGGAATGCTAACACCGCACTTTCCAGGAAGG
CTAGAGGCTAGACTTGGGTTGATGCTCTTTGCAGCGGCCTTTAAACATTTGCGTGCTTGT
TGGCGGTCCGGTGTGGTTTGAGCCATACCATTCAGTTTTTTGACTCC

QA 1 347 1 347
DS 

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ACAAAATAACATGACGAACTTTCCAACAACGAAATAAAAACAAGACAAAGCAGGGTATGC
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CCTCAGGATGATGTATGAGTTCTCACTTCACTTGACGGTGTCGCAGTTAGTGCTCATGGA
GATGGGATAGGGAATGCTAACACCGCACTTTCCAGGAAGGCTAGAGGCTAGACTTGGGTT
GATGCTCTTTGCAGCGGCCTTTAGACATTTGCGTGCTTGTTGGCGGTCCGGTGTGGTTTG
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GGATAGGTAGCCGGCACATGGAACCAAGCTACTTGCCACTGTGCCACATGAGATTGCTGC
ATCTACTGATGCAACTATGCACACCGTCAAAATAAGGCAAGTGAAGAACCTCAAAGCGAA
AGCCATTGTCTCTTTTGTAATAAAAAAATAGGGAAATTTAGTTTACTTTTCTGTGTTTAA
GCTTGTGCTTTGCTGTTGGATATCCC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

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TAAGAGAGAGGATCAAGGTCAGAGATGGTGTTCCTTTCATGTGGCGTTTACTGGAGAAGA
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ACACGTCTCTAAGATAAAAGAGTAAAATCCTTTTGGAATAAGTGTGGTGTACATA


BQ
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AF RR3A739JQ C 1
AF RR3A739TF U 1
BS 1 535 RR3A739TF

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ACACGTCTCTAAGATAAAAGAGTAAAATCCTTTTGGAATAAGTGTGGTGTACATA

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3A739TF 535 0 0
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AAGCTGTGTGTGAATACGGAAGGGGTAACTACAAACAGACTCTAGAACTGCTTGGTTCAG
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TAAGAGAGAGGATCAAGGTCAGAGATGGTGTTCCTTTCATGTGGCGTTTACTGGAGAAGA
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AATCTTCTTATTTCTAGATCTGTTTCTTCTTCTTCTTGATAATGGCTTAATAAGGTGTTT
ACACGTCTCTAAGATAAAAGAGTAAAATCCTTTTGGAATAAGTGTGGTGTACATA

QA 1 535 1 535
DS 



AS 1 2

CO CL7233Contig1 611 2 1 U
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TTCCTTTACCT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AZ50JQ C 1
AF RR3AZ50TF U 1
BS 1 611 RR3AZ50TF

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TTCCTTTACCT

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3AZ50TF 611 0 0
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CAATGCTAGCAAGTGGTACGACTGTGTTGCCTCCCACCTTGCTAAAAGTTTCCCTGGTAA
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ACTTGAGGAGTGTGTTCGCATTCAACAAGATCTAGAGACTCTAGATCTCTCCTTGCCAAA
AAGATATTTGATTTCCTTCCAAGTTTTTGTTTCTTTGTGTTGTTTGCTTTGGGATGTTTA
TTTTCTAGTTGCAAGACCTCTTACATCTGCAATGAAACAGAAACTATCAATGCCTTAGTA
TTCCTTTACCT

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL7234Contig1 403 2 1 U
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GTAGTAGTTAAGGAAATAAGATGAATGACATGAATGTTATAGC


BQ
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AF RR3AU42JQ C 1
AF RR3AU42TF U 1
BS 1 403 RR3AU42TF

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GTAGTAGTTAAGGAAATAAGATGAATGACATGAATGTTATAGC

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DS 

RD RR3AU42TF 403 0 0
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AAAAGTATAGAATACAAACAAATCAGAATCGTGGCTTCACAACCTGATCCTCAGAGAGTC
GACAGCAAACGTATGAGCTGATCGCCTGAAGGCCGTACGCCTGTCTCTTCTCCTTCATCC
TGGAGTTGTGCAGGTCTCCGTCTGGCCATTTTATTTTCTTTTACCCATCTTATATGGGCT
GTTTCTGAAGCATTTACTCGATGTTTTCGTTTGGTTTTATCTTGTCTTCTTTGCATTTGA
TGTTCAAACTTTGTTGGCTTCGGCCCCAAGTTAAGATTTAATGACAAAAAAAGTCAGAAT
GTAGTAGTTAAGGAAATAAGATGAATGACATGAATGTTATAGC

QA 1 403 1 403
DS 



AS 1 2

CO CL7235Contig1 701 2 3 U
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TCCATCTAACATCTCTTCCGGATTGTTCGATTTCTAATCGGATTGATTGATTGATTCGAT
TTCACGATCTTAACGCGGAATTGGGTTATGATGTTCTTCTGTTTATTTGCAATAATGAAT
CTCTGAAGGGTTCTTCGATCCAAAATTGAGAAGATGGATCTTGTGATCGGTGGGAGATTT
AAGCTTGGAAGGAAAATTGGTAGTGGATCTTTTGGAGAGCTTTATCTAGGTGTAAATGTC
CAAACAGGAGAAGAAGTTGCTGTCAAGCTGGAATCTGTGAAGACCAAGCATCCCCAACTT
CATTATGAGTCAAAGTTGTATATACTGCTTCAAGGAGGAACTGGTATTCCAAATCTCAAG
TGGTTTGGAGTTGAAGGTGACTACAGCGTAATGGTTATTGACCTTCTAGGTCCTAGCCTT
GAAGATTTGTTTAACTACTGCAACAGGAAGTTTACATTAAAAACTGTTCTCATGCTTGCC
GACCAATTACTTAACAGGGTCGAATTTATGCATTCTCGCGGTTTCCTTCACCGTGATATA
AAGCCTGACAACTTTTTAATGGGCCTTGGACGCAAAGCAAA


BQ
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AF RR3FR33TF U 1
AF RR3AV11TF U 1
BS 1 412 RR3AV11TF
BS 413 413 RR3FR33TF
BS 414 701 RR3AV11TF

RD RR3FR33TF 616 0 0
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TTCACGATCTTAACGCGGAATTGGGTTATGATGTTCTTCTGTTTATTTGCAATAATGAAT
CTCTGAAGGGTTCTTCGATCCAAAATTGAGAAGATGGATCTTGTGATCGGTGGGAGATTT
AAGCTTGGAAGGAAAATTGGTAGTGGATCTTTTGGAGAGCTTTATCTAGGTGTAAATGTC
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CATTATGAGTCAAAGTTGTATATACTGCTTCAAGGAGGAACTGGTATTCCAAATCTCAAG
TGGTTTGGAGTTGAAGGTGACTACAGCGTAATGGTTATTGACCTTCTAGGTCCTAGCCTT
GAAGATTTGTTTAACTACTGCAACAGGAAGTTTACATTAAAAACTGTTCTCATGCTTGCC
GACCAATTACTTAACA

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3AV11TF 701 0 0
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TCTCGCCTCTCCTTCTAATCCAACCAGATTTCGATTTTGTTTCTCAATTCCCGAGCCACT
TCCATCTAACATCTCTTCCGGATTGTTCGATTTCTAATCGGATTGATTGATTGATTCGAT
TTCACGATCTTAACGCGGAATTGGGTTATGATGTTCTTCTGTTTATTTGCAATAATGAAT
CTCTGAAGGGTTCTTCGATCCAAAATTGAGAAGATGGATCTTGTGATCGGTGGGAGATTT
AAGCTTGGAAGGAAAATTGGTAGTGGATCTTTTGGAGAGCTTTATCTAGGTGTAAATGTC
CAAACAGGAGAAGAAGTTGCTGTCAAGCTGGAATCTGTGAAGACCAAGCATCTCCAACTT
CATTATGAGTCAAAGTTGTATATACTGCTTCAAGGAGGAACTGGTATTCCAAATCTCAAG
TGGTTTGGAGTTGAAGGTGACTACAGCGTAATGGTTATTGACCTTCTAGGTCCTAGCCTT
GAAGATTTGTTTAACTACTGCAACAGGAAGTTTACATTAAAAACTGTTCTCATGCTTGCC
GACCAATTACTTAACAGGGTCGAATTTATGCATTCTCGCGGTTTCCTTCACCGTGATATA
AAGCCTGACAACTTTTTAATGGGCCTTGGACGCAAAGCAAA

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

CO CL7236Contig1 937 2 2 U
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AGCTCGAGGTGCGGGAGCTTCTGTCCTCTTACGAGTTCAATGGTGATGATATCCCGATTA
TCTCCGGATCCGCGTTGTTAGCAGTGGAGACGCTTACTGAGAATCCTAACGTGAAGAGAG
GAGATAACAAGTGGGTGGATAAGATCTACGAGCTTATGGACGCTGTTGATAGTTACATAC
CGATTCCTCAGAGACAGACCGAGCTGCCTTTCTTGTTGGCCGTTGAGGATGTGTTCTCTA
TTACAGGACGTGGGACTGTGGCCACGGGGAGGGTGGAGAGAGGGACGGTTAAGGTTGGGG
AGACTGTGGATTTAGTTGGGTTGAGAGAGACTAGGAACTATACGGTTACTGGTGTGGAGA
TGTTTCAGAAGATTCTTGATGAGGCCTTGGCTGGGGATAACGTGGGGTTGTTGCTTAGGG
GTATTCAGAAGGCTGATATTCAGAGAGGGATGGTGCTGGCTAAGCCTGGGAGTATCACTC
CGCATACTAAGTTCGAGGCGATTGTGTATGTGCTGAAGAAGGAAGAAGGTGGGAGGCATT
CACCGTTTTTCGCTGGGTACAGGCCTCAGTTTTACATGAGTACGACAGATGTTACTGGGA
AAGTGACCAAGATTATGAACGATAAAGATGAGGAGTCGAAGATGGTTATGCCTGGGGATA
GGGTTAAGATTGTTGTTGAGCTTATTGTGCCTGTTGCTTGTGAGCAGGGGATGAGGTTTG
CTATTAGAGAAGGTGGTAAGACTGTTGGCGCTGGTGTTATTCAGTCTATTATTGAATGAT
TGTTTGTAGCATATCTATCTACTTGTTTTTTTGTTTCGCAGAACTCTTTTTGAGTTTTTA
ACATTTGAAATCGAAATGTCATATAATTCTTGTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E609TF U 1
AF RR3E609JQ C 177
BS 1 474 RR3E609TF
BS 475 937 RR3E609JQ

RD RR3E609TF 474 0 0
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AGCTCGAGGTGCGGGAGCTTCTGTCCTCTTACGAGTTCAATGGTGATGATATCCCGATTA
TCTCCGGATCCGCGTTGTTAGCAGTGGAGACGCTTACTGAGAATCCTAACGTGAAGAGAG
GAGATAACAAGTGGGTGGATAAGATCTACGAGCTTATGGACGCTGTTGATAGTTACATAC
CGATTCCTCAGAGACAGACCGAGCTGCCTTTCTTGTTGGCCGTTGAGGATGTGTTCTCTA
TTACAGGACGTGGGACTGTGGCCACGGGGAGGGTGGAGAGAGGGACGGTTAAGGTTGGGG
AGACTGTGGATTTAGTTGGGTTGAGAGAGACTAGGAACTATACGGTTACTGGTGTGGAGA
TGTTTCAGAAGATTCTTGATGAGGCCTTGGCTGGGGATAACGTGGGGTTGTTGC

QA 1 474 1 474
DS 

RD RR3E609JQ 761 0 0
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ATACCGATTCCTCAGAGACAGACCGAGCTGCCTTTCTTGTTGGCCGTTGAGGATGTGTTC
TCTATTACAGGACGTGGGACTGTGGCCACGGGGAGGGTGGAGAGAGGGACGGTTAAGGTT
GGGGAGACTGTGGATTTAGTTGGGTTGAGAGAGACTAGGAACTATACGGTTACTGGTGTG
GAGATGTTTCAGAAGATTCTTGATGAGGCCTTGGCTGGGGATAACGTGGGGTTGTTGCTT
AGGGGTATTCAGAAGGCTGATATTCAGAGAGGGATGGTGCTGGCTAAGCCTGGGAGTATC
ACTCCGCATACTAAGTTCGAGGCGATTGTGTATGTGCTGAAGAAGGAAGAAGGTGGGAGG
CATTCACCGTTTTTCGCTGGGTACAGGCCTCAGTTTTACATGAGTACGACAGATGTTACT
GGGAAAGTGACCAAGATTATGAACGATAAAGATGAGGAGTCGAAGATGGTTATGCCTGGG
GATAGGGTTAAGATTGTTGTTGAGCTTATTGTGCCTGTTGCTTGTGAGCAGGGGATGAGG
TTTGCTATTAGAGAAGGTGGTAAGACTGTTGGCGCTGGTGTTATTCAGTCTATTATTGAA
TGATTGTTTGTAGCATATCTATCTACTTGTTTTTTTGTTTCGCAGAACTCTTTTTGAGTT
TTTAACATTTGAAATCGAAATGTCATATAATTCTTGTGTGT

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL7237Contig1 913 2 2 U
GGGCTAAGGTTGCTGATTTTGGTCTTGCTAAGATTGCTTCTGATACAAACACTCATGTAT
CTACACGTGTGATGGGAACCTTTGGGTATTTGGCTCCTGAGTACGCTGCAAGCGGAAAGC
TCACGGAGAAGTCTGATGTTTTCTCATTTGGCGTTGTGCTTTTGGAGCTCATTACCGGAC
GTCGACCCGTTGATGCCAACAATGTCTATGTAGATGACAGCTTAGTTGACTGGGCACGTC
CATTGCTTAACCGAGCATCTGAACAAGGAGACTTTGAGGGTTTAGCTGATGCAAAGATGA
ATAACGAGTATGACAGAGAGGAGATGGCTCGCATGGTCGCTTGTGCTGCGGCTTGTGTTC
GCCATTCAGCTCGCCGCAGACCTCGCATGAGCCAGATTGTGCGTGCGTTAGAAGGAAACG
TATCGCTGTCTCTCAACGAAGGGATGAGACCAGGTCAAAGCAATTTATACAGCTCATATG
GAGGAAGCACTGATTACGACTCGAGCCAATACAATGAAGACATGAAGAAGTTTAGGAAAA
TGGCACTTGGAACTCAAGAGTACAACGCCACAGGTGAGTACAGTAATCCAACAAGTGACT
ATGGACTTTACCCGTCTGGTTCAAGCAGCGAGGGCCAAACCACACGTGAAATGGAGATGG
GGAAGATTAAGAGAACCGGTCAAGGTTATAGTGGACCTTCTCTTTAAACCAGAGGGGAGA
GAGAATTTGGAGGTTTTTTTTTTGTCATTATTTTTTAACTGTAAAGATTTGAGGAAATTG
CCTTGCTCTAATTAAAACCACTACTATATAAGGTTATAATACGTTTTGAATTGTTTTTTT
ATTTGGTTTTCTTTAGAAGTGATGTTGATACTAAGATTGACGACTTTGTGTTGAAATACT
ATTCTTTGATTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FK21TF U 1
AF RR3FK21JQ C 190
BS 1 682 RR3FK21TF
BS 683 913 RR3FK21JQ

RD RR3FK21TF 682 0 0
GGGCTAAGGTTGCTGATTTTGGTCTTGCTAAGATTGCTTCTGATACAAACACTCATGTAT
CTACACGTGTGATGGGAACCTTTGGGTATTTGGCTCCTGAGTACGCTGCAAGCGGAAAGC
TCACGGAGAAGTCTGATGTTTTCTCATTTGGCGTTGTGCTTTTGGAGCTCATTACCGGAC
GTCGACCCGTTGATGCCAACAATGTCTATGTAGATGACAGCTTAGTTGACTGGGCACGTC
CATTGCTTAACCGAGCATCTGAACAAGGAGACTTTGAGGGTTTAGCTGATGCAAAGATGA
ATAACGAGTATGACAGAGAGGAGATGGCTCGCATGGTCGCTTGTGCTGCGGCTTGTGTTC
GCCATTCAGCTCGCCGCAGACCTCGCATGAGCCAGATTGTGCGTGCGTTAGAAGGAAACG
TATCGCTGTCTCTCAACGAAGGGATGAGACCAGGTCAAAGCAATTTATACAGCTCATATG
GAGGAAGCACTGATTACGACTCGAGCCAATACAATGAAGACATGAAGAAGTTTAGGAAAA
TGGCACTTGGAACTCAAGAGTACAACGCCACAGGTGAGTACAGTAATCCAACAAGTGACT
ATGGACTTTACCCGTCTGGTTCAAGCAGCGAGGGCCAAACCACACGTGAAATGGAGATGG
GGAAGATTAAGAGAACCGGTCA

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3FK21JQ 724 0 0
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ACCGAGCATCTGAACAAGGAGACTTTGAGGGTTTAGCTGATGCAAAGATGAATAACGAGT
ATGACAGAGAGGAGATGGCTCGCATGGTCGCTTGTGCTGCGGCTTGTGTTCGCCATTCAG
CTCGCCGCAGACCTCGCATGAGCCAGATTGTGCGTGCGTTAGAAGGAAACGTATCGCTGT
CTTTCAACGAAGGGATGAGACCAGGTCAAAGCAATTTATACAGCTCATATGGAGGAAGCA
CTGATTACGACTCGAGCCAATACAATGAAGACATGAAGAAGTTTAGGAAAATGGCACTTG
GAACTCAAGAGTACAACGCCACAGGTGAGTACAGTAATCCAACAAGTGACTATGGACTTT
ACCCGTCTGGTTCAAGCAGCGAGGGCCAAACCACACGTGAAATGGAGATGGGGAAGATTA
AGAGAACCGGTCAAGGTTATAGTGGACCTTCTCTTTAAACCAGAGGGGAGAGAGAATTTG
GAGGTTTTTTTTTTGTCATTATTTTTTAACTGTAAAGATTTGAGGAAATTGCCTTGCTCT
AATTAAAACCACTACTATATAAGGTTATAATACGTTTTGAATTGTTTTTTTATTTGGTTT
TCTTTAGAAGTGATGTTGATACTAAGATTGACGACTTTGTGTTGAAATACTATTCTTTGA
TTCC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL7238Contig1 847 2 2 U
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AGCTTCCCGTTTCCGGCGAACCCTTAGCCGCCGTCGAGAGTCCGATGACATACGCGATAA
ACAAGAACAAGAAGAAGAGCAAGAAGAACAAACACGCAGAGGTCGAAGTGCCTCAAGAGG
TCGTCGAGGAGTTGAGTAGTAAAGAGAAGAAGAAGAAGCGTAAGAGAGAGGAGAAAGAGA
TGGAGAAGAAGGAGGAGAAGAAGGAGAAGAAGGAGAAGAAGGACGAAGAGAGTGAGGCTT
CAAACGGAGGAGAAAGTGAGCAGAAGGTTGTTGTCACCGGGAAAGGTGCGGAGGAAGCAA
AGTACGCAGCTTTAACATCATTTGCTGAGTCGAAGTTGCCTGAGAATGTTCTTGATTGCT
GCAAGACTTTCCAGAAACCTTCTCCGATTCAGTCTCATTCGTGGCCCTTTTTGTTGGATG
GTCGTGATCTTATCGGGATTGCCAAAACCGGTTCAGGTAAGACATTGGCGTTTGGGATTC
CTGCGATTATGCACATGTTGAAGAAGAACTCACAGATTAAGGCTGAAGCCAAGGCTCATC
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CCACAAATGTAGCTGTTTCTTCTTGAGCTATATATCTCTCTTGGTGACATTTTTCTGTTT
TTCTATTTTCTTTTTGGCTTATCGTTGACGAAAAAGAACAAAAACTTTTGTCTGAAAAAG
CAATCATAATACCATTATGATTTAAACCCATATGTTTATCATTTTAACAAGATTGGTTAT
ATAACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CO93TF U 1
AF RR3CO93JQ C 96
BS 1 711 RR3CO93TF
BS 712 847 RR3CO93JQ

RD RR3CO93TF 711 0 0
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AGCTTCCCGTTTCCGGCGAACCCTTAGCCGCCGTCGAGAGTCCGATGACATACGCGATAA
ACAAGAACAAGAAGAAGAGCAAGAAGAACAAACACGCAGAGGTCGAAGTGCCTCAAGAGG
TCGTCGAGGAGTTGAGTAGTAAAGAGAAGAAGAAGAAGCGTAAGAGAGAGGAGAAAGAGA
TGGAGAAGAAGGAGGAGAAGAAGGAGAAGAAGGAGAAGAAGGACGAAGAGAGTGAGGCTT
CAAACGGAGGAGAAAGTGAGCAGAAGGTTGTTGTCACCGGGAAAGGTGCGGAGGAAGCAA
AGTACGCAGCTTTAACATCATTTGCTGAGTCGAAGTTGCCTGAGAATGTTCTTGATTGCT
GCAAGACTTTCCAGAAACCTTCTCCGATTCAGTCTCATTCGTGGCCCTTTTTGTTGGATG
GTCGTGATCTTATCGGGATTGCCAAAACCGGTTCAGGTAAGACATTGGCGTTTGGGATTC
CTGCGATTATGCACATGTTGAAGAAGAACTCACAGATTAAGGCTGAAGCCAAGGCTCATC
ACTAAACCAAACTTTCTTTCTCTCCCAAATAAGATGACGAAGAAGCCCAGTGAACTTTCT
CCACAAATGTAGCTGTTTCTTCTTGAGCTATATATCTCTCTTGGTGACATT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3CO93JQ 752 0 0
GAGAGTCCGATGACATACGCGATAAACAAGAACAAGAAGAAGAGCAAGAAGAACAAACAC
GCAGAGGTCGAAGTGCCTCAAGAGGTCGTCGAGGAGTTGAGTAGTAAAGAGAAGAAGAAG
AAGCGTAAGAGAGAGGAGAAAGAGATGGAGAAGAAGGAGGAGAAGAAGGAGAAGAAGGAG
AAGAAGGACGAAGAGAGTGAGGCTTCAAACGGAGGAGAAAGTGAGCAGAAGGTTGTTGTC
ACCGGGAAAGGTGCGGAGGAAGCAAAGTACGCAGCTTTAACATCATTTGCTGAGTCGAAG
TTGCCTGAGAATGTTCTTGATTGCTGCAAGACTTTCCAGAAACCTTTTCCGATTCAGTCT
CATTCGTGGCCCTTTTTGTTGGATGGTCGTGATCTTATCGGGATTGCCAAAACCGGTTCA
GGTAAGACATTGGCGTTTGGGATTCCTGCGATTATGCACATGTTGAAGAAGAACTCACAG
ATTAAGGCTGAAGCCAAGGCTCATCACTAAACCAAACTTTCTTTCTCTCCCAAATAAGAT
GACGAAGAAGCCCAGTGAACTTTCTCCACAAATGTAGCTGTTTCTTCTTGAGCTATATAT
CTCTCTTGGTGACATTTTTCTGTTTTTCTATTTTCTTTTTGGCTTATCGTTGACGAAAAA
GAACAAAAACTTTTGTCTGAAAAAGCAATCATAATACCATTATGATTTAAACCCATATGT
TTATCATTTTAACAAGATTGGTTATATAACCG

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL7239Contig1 816 2 1 U
TTTAACGCCATTGCTTCTGCAATTAGACACTTAGAATCTGAGACAGAGAGCAATCACAGT
TTATCCCTCGGGTTTGTAATCGCAATTTTCTTCCTGTGAGGAAGTCAATTAGACACTTAG
AATCTGAGAACTCACGTCTGTTAGACCAAAGAGACAGCTTCAGAGAAAGCTGATTTTAAC
GCCATTGCTTCTGCAACTAGTGCTGAAGCTACAATACGGCAAGCACTGGTTCCATCGAAG
AGAACAGAACCATCCGAGTTTGTACCTATCCAGCCCGTTCCACCCGCCAGCGATACACTG
TTCCAAACTGCATCCGAGTACAGAGCTCAAACGTTGTCTGGTACATGTGGTAGTGTGTTC
ATCCGTGGACAGTCTTTAGATGAAACAGTTTGTTTTTTGTTTTGGAGGTATTATCGCAGA
TTGCCATTCAATAGCAGCCTTTATTGCTTTGAGTATCATCTCTGTCCTGAGAAAGACTTG
TCTTCGAACAACAACTGGTTCTTTCATTGTGATTTTGCCCAAAAACAAAGTCATTCATTG
TTAGGCCATTGACAGAGACTTCTCCCGTACGTGTAAGCGATGCTGCCTACCGTTGTCCCA
ACTATTTTCATGCCATTGCTTTAATTGGAGAAATGGTAATTGGTTACTTATGAAAACAAA
ATGGTGCGCACTCCTATCACTACCATGTTAATAAAAAAATCATATTTTTGAGTTTATGAT
TTCATTGGCATTTCAGATGATTAAGTATTCATGACATATTAAGTGATTAATTATTCGTGA
AGTGAACAATTACATAATGATCTAGTAGTTTCCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B247TF U 1
AF RR3B247JQ C 193
BS 1 816 RR3B247TF

RD RR3B247TF 816 0 0
TTTAACGCCATTGCTTCTGCAATTAGACACTTAGAATCTGAGACAGAGAGCAATCACAGT
TTATCCCTCGGGTTTGTAATCGCAATTTTCTTCCTGTGAGGAAGTCAATTAGACACTTAG
AATCTGAGAACTCACGTCTGTTAGACCAAAGAGACAGCTTCAGAGAAAGCTGATTTTAAC
GCCATTGCTTCTGCAACTAGTGCTGAAGCTACAATACGGCAAGCACTGGTTCCATCGAAG
AGAACAGAACCATCCGAGTTTGTACCTATCCAGCCCGTTCCACCCGCCAGCGATACACTG
TTCCAAACTGCATCCGAGTACAGAGCTCAAACGTTGTCTGGTACATGTGGTAGTGTGTTC
ATCCGTGGACAGTCTTTAGATGAAACAGTTTGTTTTTTGTTTTGGAGGTATTATCGCAGA
TTGCCATTCAATAGCAGCCTTTATTGCTTTGAGTATCATCTCTGTCCTGAGAAAGACTTG
TCTTCGAACAACAACTGGTTCTTTCATTGTGATTTTGCCCAAAAACAAAGTCATTCATTG
TTAGGCCATTGACAGAGACTTCTCCCGTACGTGTAAGCGATGCTGCCTACCGTTGTCCCA
ACTATTTTCATGCCATTGCTTTAATTGGAGAAATGGTAATTGGTTACTTATGAAAACAAA
ATGGTGCGCACTCCTATCACTACCATGTTAATAAAAAAATCATATTTTTGAGTTTATGAT
TTCATTGGCATTTCAGATGATTAAGTATTCATGACATATTAAGTGATTAATTATTCGTGA
AGTGAACAATTACATAATGATCTAGTAGTTTCCACT

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3B247JQ 624 0 0
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TCCGAGTTTGTACCTATCCAGCCCGTTCCACCCGCCAGCGATACACTGTTCCAAACTGCA
TCCGAGTACAGAGCTCAAACGTTGTTTGGTACATGTGGTAGTGTGTTCATCCGTGGACAG
TCTTTAGATGAAACAGTTTGTTTTTTGTTTTGGAGGTATTATCGCAGATTGCCATTCAAT
AGCAGCCTTTATTGCTTTGAGTATCATTTCTGTCCTGAGAAAGACTTGTTTTCGAACAAC
AACTGGTTCTTTCATTGTGATTTTGCCCAAAAACAAAGTCATTCATTGTTAGGCCATTGA
CAGAGACTTCTCCCGTACGTGTAAGCGATGCTGCCTACCGTTGTCCCAACTATTTTCATG
CCATTGCTTTAATTGGAGAAATGGTAATTGGTTACTTATGAAAACAAAATGGTGCGCACT
CCTATCACTACCATGTTAATAAAAAAATCATATTTTTGAGTTTATGATTTCATTGGCATT
TCAGATGATTAAGTATTCATGACATATTAAGTGATTAATTATTCGTGAAGTGAACAATTA
CATAATGATCTAGTAGTTTCCACT

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL7240Contig1 748 2 2 U
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GAGATGGAAGTATATGCCGCCGACCACCAGAATGATCCTACAACAAACGTGGAAGTTAAT
AGAATTTATAAAATCGTTGCATACAAGGTCAACGAGGAGGAGGTTACGGTGGAGACTGTG
CTACAGTCGAAGAGATACGCAAACGGCAGATTGGTAAAGTCTGAGAGTATGCCCCAAACC
CAGATGGAGGGGATCTCCTCTCAGTTTACACCCCGCAATAACAAAAATATGTATGATTTT
GTTTACATCTTGCACGGAGCTCCTCCTCCTCCACCGCAAGAGATGACCGAGCTCGACCAA
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TGTACTTTTTTGTTGTAAAACTTGTACTATTTGTATTACAATTTAAATTTTAACGTATTC
CTAGATTTTGTGGATACAGTTTTATCTAATTAAAATTATAATATTGTACATAAGTTAGGT
ATTTTAAAATTTTAAATTAAATTCATCC


BQ
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AF RR3F141TF U 1
AF RR3F141JQ C 5
BS 1 724 RR3F141TF
BS 725 748 RR3F141JQ

RD RR3F141TF 724 0 0
GGGCAAGCGATGCCGCCTCTCTTAAGGAACTGTCCACATTTAGAAACTCTAATCCTTAAG
GGTCTCTTACACCATGTGACTGAGAAATGCGGGGATGTTTGTGACTGCATTCCTCGGGAG
GACAAAGGTCGTTCGCTATCATCATGTCCAGTGAAGAAGTTGGAGATCAGAGGGTTTAAA
GGAACAGTTAGAGAGAAAGAGATGATTAGGCATTTCTTGGAGTCTTTCCCATGTTTGGAT
GAGATGGAAGTATATGCCGCCGACCACCAGAATGATCCTACAACAAACGTGGAAGTTAAT
AGAATTTATAAAATCGTTGCATACAAGGTCAACGAGGAGGAGGTTACGGTGGAGACTGTG
CTACAGTCGAAGAGATACGCAAACGGCAGATTGGTAAAGTCTGAGAGTATGCCCCAAACC
CAGATGGAGGGGATCTCCTCTCAGTTTACACCCCGCAATAACAAAAATATGTATGATTTT
GTTTACATCTTGCACGGAGCTCCTCCTCCTCCACCGCAAGAGATGACCGAGCTCGACCAA
ACTACGTCCAAAGCTGTGGCACCAGATCTTCAGCCACGAGATGGAGACTAAATTTATGGT
TGTACTTTTTTGTTGTAAAACTTGTACTATTTGTATTACAATTTAAATTTTAACGTATTC
CTAGATTTTGTGGATACAGTTTTATCTAATTAAAATTATAATATTGTACATAAGTTAGGT
ATTT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3F141JQ 744 0 0
AAGCGATGCCGCCTCTCTTAAGGAACTGTCCACATTTAGAAACTCTAATCCTTAAGGGTC
TCTTACACCATGTGACTGAGAAATGCGGGGATGTTTGTGACTGCATTCCTCGGGAGGACA
AAGGTCGTTCGCTATCATCATGTCCAGTGAAGAAGTTGGAGATCAGAGGGTTTAAAGGAA
CAGTTAGAGAGAAAGAGATGATTAGGCATTTCTTGGAGTCTTTCCCATGTTTGGATGAGA
TGGAAGTATATGCCGCCGACCACCAGAATGATCCTACAACAAACGTGGAAGTTAATAGAA
TTTATAAAATCGTTGCATACAAGGTCAACGAGGAGGAGGTTACGGTGGAGACTGTGCTAC
AGTCGAAGAGATACGCAAACGGCAGATTGGTAAAGTCTGAGAGTATGCCCCAAACCCAGA
TGGAGGGGATCTCCTCTCAGTTTACACCCCGCAATAACAAAAATATGTATGATTTTGTTT
ACATCTTGCACGGAGCTCCTCCTCCTCCACCGCAAGAGATGACCGAGCTCGACCAAACTA
CGTCCAAAGCTGTGGCACCAGATCTTCAGCCACGAGATGGAGACTAAATTTATGGTTGTA
CTTTTTTGTTGTAAAACTTGTACTATTTGTATTACAATTTAAATTTTAACGTATTCCTAG
ATTTTGTGGATACAGTTTTATCTAATTAAAATTATAATATTGTACATAAGTTAGGTATTT
TAAAATTTTAAATTAAATTCATCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL7241Contig1 974 2 14 U
GTGTCGTTGTTCTTGAACACAAGATATATGTCTACAATTTCATGGACCTGAGGCTTCTTC
ATCAGATTGAAAACCTGGCTAATCCAAGGGGATTGTGTTGCCTCTCTCATCATATGAATA
CATCTGTGCTGGCTTGTCCTGGTGTTCGTCGAGGAGAGGTTCGGGTCGAACATTTTGGGC
TTAACATGGTGCAAATCATTAACGCTCATGATTCCAATATCGCGTGCATGACCATGACAC
TGGATGGCTTGCTTCTTGCAACTGCCAGTACAAAGGGAACTCTGATTAGAATTTTCAACA
CGATGGATGGAACTCGTCTGCAAGAGGTCCGAAGAGGAACGGACAGAGCAGATATCTATA
GCATTGCTCTATCACCGAATGTGCAGTGGTTGGCAGTATCAAGCGACAAGGGGACTGTTC
ATATTTTTTCTCTTAGGGTGAGAGTTTCTGGGGAGGACTCACACTCCACTGAACATGAGA
CGTCTTCAAATTCCCTGCAGGCTCTTGTAACTCCAGCCAGCGGTGTCAACCCTGGTTCGT
CATTGTCATTTCTGAGAGGAGTTTTGCCAAGATATTTCAGCTCGGAGTGGTCATTTGCTC
AGTTCCATGTACCAGAAGTCACCCAATTCTTTGCAGCATTTGGTGCTCAGAACACAATTG
CGATTATCGGCATGGATGGAAGTTTCTACAGGTGCAGTTTCGATCCAGTGAACGGAGGAG
AGATGACACAGCTTGAATACGTCCGCTTTCTGAAACCGGAGACCCTAAGATAGCCAGAAC
GTGTAGTCGGTTCAATTTCTACGTACATAACCACTGGCTTTGTATATTCATTTGGTGAAA
CGTTTGCATCAGATTTGATTCTTCCAAGCTTTACTTGATTAAAGGGAATTGTATTCTTGA
TTGGGACAATGTACATATACCAATACATGGACTCCTCTGTGAGTTTCCCTCTTACAAGAT
CATTAAAGAACATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR79TF U 1
AF RR3BR79JQ C 169
BS 1 691 RR3BR79TF
BS 692 692 RR3BR79JQ
BS 693 736 RR3BR79TF
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BS 795 809 RR3BR79TF
BS 810 810 RR3BR79JQ
BS 811 820 RR3BR79TF
BS 821 974 RR3BR79JQ

RD RR3BR79TF 820 0 0
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ATCAGATTGAAAACCTGGCTAATCCAAGGGGATTGTGTTGCCTCTCTCATCATATGAATA
CATCTGTGCTGGCTTGTCCTGGTGTTCGTCGAGGAGAGGTTCGGGTCGAACATTTTGGGC
TTAACATGGTGCAAATCATTAACGCTCATGATTCCAATATCGCGTGCATGACCATGACAC
TGGATGGCTTGCTTCTTGCAACTGCCAGTACAAAGGGAACTCTGATTAGAATTTTCAACA
CGATGGATGGAACTCGTCTGCAAGAGGTCCGAAGAGGAACGGACAGAGCAGATATCTATA
GCATTGCTCTATCACCGAATGTGCAGTGGTTGGCAGTATCAAGCGACAAGGGGACTGTTC
ATATTTTTTCTCTTAGGGTGAGAGTTTCTGGGGAGGACTCACACTCCACTGAACATGAGA
CGTCTTCAAATTCCCTGCAGGCTCTTGTAACTCCAGCCAGCGGTGTCAACCCTGGTTCGT
CATTGTCATTTCTGAGAGGAGTTTTGCCAAGATATTTCAGCTCGGAGTGGTCATTTGCTC
AGTTCCATGTACCAGAAGTCACCCAATTCTTTGCAGCATTTGGTGCTCAGAACACAATTG
CGATTATCGGCATGGATGGAAGTTTCTACAG*TGCAGTTTCGATCCAGTGAACGGAGGAG
AGATGACACAGCTTGA*TACGTCCGCTTTCTGAAACCGGAGACCT**AGATAGC*AGAAC
GTGTAGTCGGT**CATTTCTACGTACATA*CCACTGGCTT

QA 1 820 1 820
DS 

RD RR3BR79JQ 806 0 0
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TGACCATGACACTGGATGGCTTGCTTCTTGCAACTGCCAGTACAAAGGGAACTCTGATTA
GAATTTTCAACACGATGGATGGAACTCGTCTGCAAGAGGTCCGAAGAGGAACGGACAGAG
CAGATATCTATAGCATTGCTCTATCACCGAATGTGCAGTGGTTGGCAGTATCAAGCGACA
AGGGGACTGTTCATATTTTTTTTCTTAGGGTGAGAGTTTCTGGGGAGGACTCACACTCCA
CTGAACATGAGACGTCTTCAAATTCCCTGCAGGCTCTTGTAACTCCAGCCAGCGGTGTCA
ACCCTGGTTCGTCATTGTCATTTCTGAGAGGAGTTTTGCCAAGATATTTCAGCTCGGAGT
GGTCATTTGCTCAGTTCCATGTACCAGAAGTCACCCAATTCTTTGCAGCATTTGGTGCTC
AGAACACAATTGCGATTATCGGCATGGATGGAAGTTTCTACAGGTGCAGTTTCGATCCAG
TGAACGGAGGAGAGATGACACAGCTTGAATACGTCCGCTTTCTGAAACCGGAGACCCTAA
GATAGCCAGAACGTGTAGTCGGTTCAATTTCTACGTACATAACCACTGGCTTTGTATATT
CATTTGGTGAAACGTTTGCATCAGATTTGATTCTTCCAAGCTTTACTTGATTAAAGGGAA
TTGTATTCTTGATTGGGACAATGTACATATACCAATACATGGACTCCTCTGTGAGTTTCC
CTCTTACAAGATCATTAAAGAACATC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL7242Contig1 703 2 2 U
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CATCTCAACGTTCACTACCTCCGCCAACGAAGCCGTCTCTACCACCATCACCATAACCTC
CGCCGCTGTCACCATCATCTTCATCTCCATCTCCTCGTTCTCTACCTCCGCTAACGAACT
TTGTTTAAACCCTTCTTTTTACCTATCCTCTTATTAAAGTTTCTTCTTTTCCAGGCTAAC
GAACTTTGTTTAAACCCTTCTTTTTACCTATCCTCTTATTAAAGTTTCTTCTTTTCCAGA
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AAAGGAAGTAAAAGAAATTTGATGGCGAAGGACGCTTGCCGAGCAGATCGAACAGTAGCT
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GATGATGGAGGTGTCGGTGGAGAAGCTGGTGGCGGAAGCAGTGGTGGAGCCGGAACGGTT
GGTCGGAGCCGGTGGAAGCCGATAATCTATATATTTTGTATTTATGTATGTATGTGCTTG
TAAATATATGTAATTTACAGTATATATAAATTTAGTTTTTTCC


BQ
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AF RR3CH71TF U 1
AF RR3CH71JQ C 89
BS 1 700 RR3CH71TF
BS 701 703 RR3CH71JQ

RD RR3CH71TF 702 0 0
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GAAATCTGTCTGAACCACCATCACCTTAACTTTCGCCTCTGCCACCATCATCTTCATCTT
CATCTCAACGTTCACTACCTCCGCCAACGAAGCCGTCTCTACCACCATCACCATAACCTC
CGCCGCTGTCACCATCATCTTCATCTCCATCTCCTCGTTCTCTACCTCCGCTAACGAACT
TTGTTTAAACCCTTCTTTTTACCTATCCTCTTATTAAAGTTTCTTCTTTTCCAGGCTAAC
GAACTTTGTTTAAACCCTTCTTTTTACCTATCCTCTTATTAAAGTTTCTTCTTTTCCAGA
TGCAAGTTCACGAAGAATATGAAGACATATTGTGAAGGAAGAGGCAGAAGATGATAACGG
AAAGGAAGTAAAAGAAATTTGATGGCGAAGGACGCTTGCCGAGCAGATCGAACAGTAGCT
CCAGCACCAGATCTAGTCCTCGCTTCAGCCATAACACCTAGAGCAGGTGGAGGTGTAGAG
GATGATGGAGGTGTCGGTGGAGAAGCTGGTGGCGGAAGCAGTGGTGGAGCCGGAACGGTT
GGTCGGAGCCGGTGGAAGCCGATAATCTATATATTTTGTATTTATGTATGTATGTGCTTG
TAAATATATGTAATTTACAGTATATATAAATTTAGTTTTT
CC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3CH71JQ 615 0 0
ACTTTCGCCTCTGCCACCATCATCTTCATCTTCATCTCAACGTTCACTACCTCCGCCAAC
GAAGCCGTCTCTACCACCATCACCATAACCTCCGCCGCTGTCACCATCATCTTCATCTCC
ATCTCCTCGTTCTCTACCTCCGCTAACGAACTTTGTTTAAACCCTTCTTTTTACCTATCC
TCTTATTAAAGTTTCTTCTTTTCCAGGCTAACGAACTTTGTTTAAACCCTTCTTTTTACC
TATCCTCTTATTAAAGTTTCTTCTTTTCCAGATGCAAGTTCACGAAGAATATGAAGACAT
ATTGTGAAGGAAGAGGCAGAAGATGATAACGGAAAGGAAGTAAAAGAAATTTGATGGCGA
AGGACGCTTGCCGAGCAGATCGAACAGTAGCTCCAGCACCAGATCTAGTCCTCGCTTCAG
CCATAACACCTAGAGCAGGTGGAGGTGTAGAGGATGATGGAGGTGTCGGTGGAGAAGCTG
GTGGCGGAAGCAGTGGTGGAGCCGGAACGGTTGGTCGGAGCCGGTGGAAGCCGATAATCT
ATATATTTTGTATTTATGTATGTATGTGCTTGTAAATATATGTAATTTACAGTATATATA
AATTTAGTTTTTTCC

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

CO CL7243Contig1 857 2 2 U
GAGCCACAGAAAGTGCATCAGGCGCAACAACTGATACCTAAGCAGGATGCAGCTTTCCCC
AAACAGACTACTATCGCTTTTTCTAACACTGTTGATCTGGTCAACCGTTCTCAACCTCCA
ACACAGGAAGTGAAGCCTTCAATTCTTGGAGTTAGGGACAGGCCAATGAACAACAACAAC
CTTCTTCAAGCTGTTGATTTTAAAACAGGTGTTGCGGTTGCAGCAGTATCTCCGGGAAGC
CAGATGTCACCTGATCTGACTCCAAAGAGCGCCATGGATGCATCTTTGTCACCAGTTCCT
TACATGTTTGGTCGAGTAAGAAAAACAGGCGCAGTCCTGGAGAAAGTGATTGAGAGGAGG
CAGAAAAGGATGATTAAGAATAGGGAATCAGCTGCAAGATCCCGGGCTCGCAAGCAAGCT
TATACGTTAGAGTTGGAGGCGGAAGTTGCACAACTGAAAGAGCAGAATGAAGAGTTGCAG
AGGAAACAAGTTGAAATCATTGAAAAGCAGAAAAAACAGCTTCTGGAGCCAATGCGTCAG
GCATGGGGATGCAAAAGGCAATGCTTGCGAAGGACATTGACGGGTCCTTGGTAGAGAGCT
TATAAATGAAGGCGCCCAAAAGGAGCTCAACAAAGAGAAGAAGTTATAGAAACAACACAA
AAAGTAGAAGTTAGCTTTGTATGTAACTTAGGCAGGTGTTTTCTGTGGGGGTGATTGTAG
GGTAATGAAGTGTATGGCCGATTTGACTACTAGATCAACACTTTTTTTTTCTGTTTTCTT
GAAGCATCTTTTGGTTTTATCTTCCTGATGTAATGGATCTTGATGTTGCTTTATAGGACG
TGTCAATGTCTTGAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV01TF U 1
AF RR3AV01JQ C 247
BS 1 658 RR3AV01TF
BS 659 857 RR3AV01JQ

RD RR3AV01TF 658 0 0
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AAACAGACTACTATCGCTTTTTCTAACACTGTTGATCTGGTCAACCGTTCTCAACCTCCA
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CTTCTTCAAGCTGTTGATTTTAAAACAGGTGTTGCGGTTGCAGCAGTATCTCCGGGAAGC
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TACATGTTTGGTCGAGTAAGAAAAACAGGCGCAGTCCTGGAGAAAGTGATTGAGAGGAGG
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TATACGTTAGAGTTGGAGGCGGAAGTTGCACAACTGAAAGAGCAGAATGAAGAGTTGCAG
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DS 

RD RR3AV01JQ 611 0 0
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TTTGGTCGAGTAAGAAAAACAGGCGCAGTCCTGGAGAAAGTGATTGAGAGGAGGCAGAAA
AGGATGATTAAGAATAGGGAATCAGCTGCAAGATCCCGGGCTCGCAAGCAAGCTTATACG
TTAGAGTTGGAGGCGGAAGTTGCACAACTGAAAGAGCAGAATGAAGAGTTGCAGAGGAAA
CAAGTTGAAATCATTGAAAAGCAGAAAAAACAGCTTCTGGAGCCAATGCGTCAGGCATGG
GGATGCAAAAGGCAATGCTTGCGAAGGACATTGACGGGTCCTTGGTAGAGAGCTTATAAA
TGAAGGCGCCCAAAAGGAGCTCAACAAAGAGAAGAAGTTATAGAAACAACACAAAAAGTA
GAAGTTAGCTTTGTATGTAACTTAGGCAGGTGTTTTCTGTGGGGGTGATTGTAGGGTAAT
GAAGTGTATGGCCGATTTGACTACTAGATCAACACTTTTTTTTTCTGTTTTCTTGAAGCA
TCTTTTGGTTTTATCTTCCTGATGTAATGGATCTTGATGTTGCTTTATAGGACGTGTCAA
TGTCTTGAAAC

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL7244Contig1 783 2 4 U
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CTGGAGAGGCGTTACTTGCTCTGGATCACGAGTTACTCAAATAAAGTTACCAGGTCTTGA
GCTCTCTGGAACACTCGGATTCCAGCTTGATAAATTGACTTCTCTTACAGAGCTTGATCT
TAGCAATAATAACCTTGGAGGTGATTTACCATATCAGCTTCCTCAAAATCTGCAACGATT
GAATCTTGCAAATAACCAATTCACTGGAGCTGTTCAATACTCCATCTCCAATATGGCATC
ACTTAAGTATCTTAATCTTGCTCACAACCAGTTGAAGGGGCAAGTATCTGTGGACTTCTC
CAAGCTCACCTCTCTTACAACCTTGGACTTCTCTTTCAACTCTTTCACCTTGTCTCTACC
CGGAACTTTCACCTCTCTTACAAGTTTAAAATCACTATACCTTCAAAACAATCAGTTCTC
AGGAACACCCAATGTCTTAGCCCGTCTTCCTCTTGAGACTCTGAACATTGTTTTATTGTA
ATATGTTTGATAAACCTTTTCACAGTATATTATCCATTGTATTTTGTTGTAATATGTTTC
CAAATTTGTAGTTTTTAGATCTTTGCCATGAACAATATTCTTTCTATGATAATAATGGGC
ACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3G427TF U 1
AF RR3G427JQ C 12
BS 1 602 RR3G427TF
BS 603 603 RR3G427JQ
BS 604 653 RR3G427TF
BS 654 783 RR3G427JQ

RD RR3G427TF 653 0 0
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AGGACAGTTAACACAATGGACTGCATCACCAGCTGGTGATCCTTGTGGTAATGGTCAGAA
CTGGAGAGGCGTTACTTGCTCTGGATCACGAGTTACTCAAATAAAGTTACCAGGTCTTGA
GCTCTCTGGAACACTCGGATTCCAGCTTGATAAATTGACTTCTCTTACAGAGCTTGATCT
TAGCAATAATAACCTTGGAGGTGATTTACCATATCAGCTTCCTCAAAATCTGCAACGATT
GAATCTTGCAAATAACCAATTCACTGGAGCTGTTCAATACTCCATCTCCAATATGGCATC
ACTTAAGTATCTTAATCTTGCTCACAACCAGTTGAAGGGGCAAGTATCTGTGGACTTCTC
CAAGCTCACCTCTCTTACAACCTTGGACTTCTCTTTCAACTCTTTCACCTTGTCTCTACC
CGGAACTTTCACCTCTCTTACAAGTTTAAAATCACTATACCTTCAAAACAATCAGTTCTC
AG*AACACCCAATGTCTTAGCCCGTCTTCCTCTTGAGACTCTGAACATTGTTT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3G427JQ 772 0 0
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CATCAGACATTTCAGCATTGAACATGTTGTTCACCAGTATGCATTCACCAGGACAGTTAA
CACAATGGACTGCATCACCAGCTGGTGATCCTTGTGGTAATGGTCAGAACTGGAGAGGCG
TTACTTGCTCTGGATCACGAGTTACTCAAATAAAGTTACCAGGTCTTGAGCTTTCTGGAA
CACTCGGATTCCAGCTTGATAAATTGACTTCTCTTACAGAGCTTGATCTTAGCAATAATA
ACCTTGGAGGTGATTTACCATATCAGCTTCCTCAAAATCTGCAACGATTGAATCTTGCAA
ATAACCAATTCACTGGAGCTGTTCAATACTCCATCTCCAATATGGCATCACTTAAGTATC
TTAATCTTGCTCACAACCAGTTGAAGGGGCAAGTATCTGTGGACTTCTCCAAGCTCACCT
TTCTTACAACCTTGGACTTTTCTTTCAACTCTTTCACCTTGTCTCTACCCGGAACTTTCA
CCTTTCTTACAAGTTTAAAATCACTATACCTTCAAAACAATCAGTTTTCAGGAACACCCA
ATGTCTTAGCCGGTCTTCCTCTTGAGACTCTGAACATTGTTTTATTGTAATATGTTTGAT
AAACCTTTTCACAGTATATTATCCATTGTATTTTGTTGTAATATGTTTCCAAATTTGTAG
TTTTTAGATCTTTGCCATGAACAATATTCTTTCTATGATAATAATGGGCACC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

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CGTCCATGGATACCTTCACCAATGCAGCTCCGGTGGCTCCTCCACCACCATTTCCGGCCT
CCTCGCTGCTGGCATCCTCCGCACCGCTTGTTTTCTGATTAGTCATTATGTTTTTCCTGG
AGTTCCTCACTGGTGGCCATCCCACCACTTGGGATCTACATACAACAGCATTAATAATGT
TAAATTGTTAACTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTACTAATTTCAAGATTTGTTTTTGTA
TGTTTACTGAATCAGTTAGAAAATTGATAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AF57TF U 1
AF RR3AF57JQ C 16
BS 1 392 RR3AF57TF

RD RR3AF57TF 392 0 0
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CGTCCATGGATACCTTCACCAATGCAGCTCCGGTGGCTCCTCCACCACCATTTCCGGCCT
CCTCGCTGCTGGCATCCTCCGCACCGCTTGTTTTCTGATTAGTCATTATGTTTTTCCTGG
AGTTCCTCACTGGTGGCCATCCCACCACTTGGGATCTACATACAACAGCATTAATAATGT
TAAATTGTTAACTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTACTAATTTCAAGATTTGTTTTTGTA
TGTTTACTGAATCAGTTAGAAAATTGATAACT

QA 1 392 1 392
DS 

RD RR3AF57JQ 377 0 0
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AGCTTTTGTATATCTTGAGGTCAACTTTCCTTAGGTAGGGTGCTCCGTCCATGGATACCT
TCACCAATGCAGCTCCGGTGGCTCCTCCACCACCATTTCCGGCCTCCTCGCTGCTGGCAT
CCTCCGCACCGCTTGTTTTTTGATTAGTCATTATGTTTTTCCTGGAGTTCCTCACTGGTG
GCCATCCCACCACTTGGGATCTACATACAACAGCATTAATAATGTTAAATTGTTAACTAG
TGTGTGTGTGTGTGTGTGTTACTAATTTCAAGATTTGTTTTTGTATGTTTACTGAATCAG
TTAGAAAATTGATAACT

QA 1 377 1 377
DS 



AS 1 2

CO CL7246Contig1 430 2 11 U
GGGCCGCACTTGCTTTGCTTCTCCTCAGTGTTTGAATATATAGAGTCGTCTACTCTTCAA
GATGCAGAACGAAGAGGGTCAGGTCACGGAACTATACATTCCTAGGAAATGCTCTGCTAC
TAACAGGATGATCACGTCAAAGGATCATGCCTCCGTGCAACTCAACATTGGTCATTTAGA
TGCTGATGGCATCTACACCGGTCAATTCACTACCTTGGCTCTCTGCGGTTTTGTTCGTGC
CCAGGGAGATGCTGACAGTGGGGTGGACAGGCTGTGGCAGAAGAAGAAGGTCGAAGCCAA
ACAAGTCTAAAGAGCCTAATTAAGCTCTCTTTTTTACTTTGTTATGAATGTTGGTTATTT
AATTCAAAAAGATCATCGGACATAATGATATTTGCTTTACTCTTGGTTTTAATACTTCGT
GCCCTGGCTT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN30TF U 3
AF RR3G763TF U 1
BS 1 37 RR3G763TF
BS 38 38 RR3GN30TF
BS 39 150 RR3G763TF
BS 151 151 RR3GN30TF
BS 152 153 RR3G763TF
BS 154 154 RR3GN30TF
BS 155 156 RR3G763TF
BS 157 157 RR3GN30TF
BS 158 343 RR3G763TF
BS 344 344 RR3GN30TF
BS 345 430 RR3G763TF

RD RR3GN30TF 387 0 0
GCCGCACTTGCTTTGCTTCTCCTCAGTGTTTGAATATATAGAGTCGTCTACTCTTCAAGA
TGCAGAACGAAGAGGGTCAGGTCACGGAACTATACATTCCTAGGAAATGCTCTGCTACTA
ACCGGATGATCACGTCAAAGGATCATGCCTCCGTGCAACTCAACATTGGTCATTTAGATG
CTGATGGCATCTACACCGGTCAATTCACTACCTTGGCTCTCTGCGGTTTTGTTCGTGCCC
AGGGAGATGCTGACAGTGGTGTGGACAGGTTGTGGCAGAAGAAGAAGGTCGAAGCCAAAC
AAGTCTAAAGAGCCTAATTAAGCTGTCTTTTTTACTTTGTTATGAATGTTGGTTATTTAA
TTCAAAAAGATCATCGGACATAATGAT

QA 1 387 1 387
DS 

RD RR3G763TF 430 0 0
GGGCCGCACTTGCTTTGCTTCTCCTCAGTGTTTGAATTTATAGAGTCGTCTACTCTTCAA
GATGCAGAACGAAGAGGGTCAGGTCACGGAACTATACATTCCTAGGAAATGCTCTGCTAC
TAACAGGATGATCACGTCAAAGGATCATGCGTCTGTTCAACTCAACATTGGTCATTTAGA
TGCTGATGGCATCTACACCGGTCAATTCACTACCTTGGCTCTCTGCGGTTTTGTTCGTGC
CCAGGGAGATGCTGACAGTGGGGTGGACAGGCTGTGGCAGAAGAAGAAGGTCGAAGCCAA
ACAAGTCTAAAGAGCCTAATTAAGCTCTCTTTTTTACTTTGTTCTGAATGTTGGTTATTT
AATTCAAAAAGATCATCGGACATAATGATATTTGCTTTACTCTTGGTTTTAATACTTCGT
GCCCTGGCTT

QA 1 430 1 430
DS 



AS 1 2

CO CL7247Contig1 733 2 10 U
GGACGGAGGAATTAACACATAATTTCAATCGTTGATATCACTGTTCCAGCAACCAAATAC
ACTCCCCTTGCCAAAAAGAAACGTAGCTTATAATCACACTACAATAAATGGACAATTTGT
TCCGTGTATTACAAGAAACACAAAAACAATGTTCATCAAAATGACATCTCTATGGGTCAA
GTAATATAAGCCTTTTTCGTCTACATCTCCACGTTGTCCCAGTCAAACGATCTCCCCTCT
AAACTGTAGTCCGAGTGTTACATTCGGTTCTTCACCAATCTGCTCATGACAGCAAGCCCT
TCGACCATTTTGCACAGAGATGGCCACCAACGCTCTCTAGAGATATCATTTTGGGTAAGA
GACTCGTCAATCTCTTTATCGTGTTTCCCTTCGAGAACACTGCGTAAAGTGACTACAGAG
TATTTCGTTCTCTTCAATATACTGTTATCATCTTGGATCTCGAGGCTTTGAAGGTCGTTG
TGAGATGAAGTGAGGCTCACAGCCAAAGCAAACTGAGCAGCTACAGCCCAACGAGAAGAA
GCTTGCCATTTCCTCTGACCTTCTAAAGGTTGCGATGAATCATCACCGTTAGCCTCTCTG
ACACGTTTGTTTTCAAGCACTATACCACGTAAGTACTCAGCATTTGCAGGTCCTGTACTT
TGAACCATCTTCGAGAAAGAACTTTCTCCGTTTGAAAGAAGATTCTCCGGTGTACTAAAC
TCCTGAACTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FY74JQ U 1
AF RR3ER55JQ U 71
BS 1 273 RR3FY74JQ
BS 274 274 RR3ER55JQ
BS 275 406 RR3FY74JQ
BS 407 407 RR3ER55JQ
BS 408 418 RR3FY74JQ
BS 419 419 RR3ER55JQ
BS 420 421 RR3FY74JQ
BS 422 422 RR3ER55JQ
BS 423 644 RR3FY74JQ
BS 645 733 RR3ER55JQ

RD RR3FY74JQ 644 0 0
GGACGGAGGAATTAACACATAATTTCAATCGTTGATATCACTGTTCCAGCAACCAAATAC
ACTCCCCTTGCCAAAAAGAAACGTAGCTTATAATCACACTACAATAAATGGACAATTTGT
TCCGTGTATTACAAGAAACACAAAAACAATGTTCATCAAAATGACATCTCTATGGGTCAA
GTAATATAAGCCTTTTTCGTCTACATCTCCACGTTGTCCCAGTCAAACGATCTCCCCTCT
AAACTGTAGTCCGAGTGTTACATTCGGTTCTTCGCCAATCTGCTCATGACAGCAAGCCCT
TCGACCATTTTGCACAGAGATGGCCACCAACGCTCTCTAGAGATATCATTTTGGGTAAGA
GACTCGTCAATCTCTTTATCGTGTTTCCCTTCGAGAACACTGCGTAGAGTGACTACAGCG
TCTTTCGTTCTCTTCAATATACTGTTATCATCTTGGATCTCGAGGCTTTGAAGGTCGTTG
TGAGATGAAGTGAGGCTCACAGCCAAAGCAAACTGAGCAGCTACAGCCCAACGAGAAGAA
GCTTGCCATTTCCTCTGACCTTCTAAAGGTTGCGATGAATCATCACCGTTAGCCTCTCTG
ACACGTTTGTTTTCAAGCACTATACCACGTAAGTACTCAGCATT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3ER55JQ 663 0 0
CCAAAAAGAAACGTAGCTTATAATCACACTACAATAAATGGACAATTTGTTCCGTGTATT
ACAAGAAACACAAAAACAATGTTCATCAAAATGACATCTCTATGGGTCAAGTAATATAAG
CCTTTTTCGTCTACATCTCCACGTTGTCCCAGTCAAACGATCTCCCCTCTAAACTGTAGT
CCGAGTGTTGCATTCGGTTCTTCACCAATCTGCTCATGACAGCAAGCCCTTCGACCATTT
TGCACAGAGATGGCCACCAACGCTCTCTAGAGATATCATTTTGGGTAAGAGACTCGTCAA
TCTCTTTATCGTGTTTCCCTTCGAGAACGCTGCGTAAAGTGACTACAGAGTATTTCGTTC
TCTTCAATATACTGTTATCATCTTGGATCTCGAGGCTTTGAAGGTCGTTGTGAGATGAAG
TGAGGCTCACAGCCAAAGCAAACTGAGCAGCTGCAGCCCAACGGGAAGAAGCTTGCCATT
TCCTCTGACCTTCTAAAGGTTGCGATGAATCATCACCGTTAGCCTCTCTGACACGTTTGT
TTTCAAGCACTATACCACGTAAGTACTCAGCATTTGCAGGTCCTGTACTTTGAACCATCT
TCGAGAAAGAACTTTCTCCGTTTGAAAGAAGATTCTCCGGTGTACTAAACTCCTGAACTT
TTC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL7248Contig1 876 2 4 U
GGATCATCCTTGGTGTGGAACTCCCATTCTTGTCACCACGCCCGTCGGCGAGACGGTAGC
TGATTTGGTGAATGAAGGCAGGTTTGGACCAGAAGAAGCTATCAGATGTTGCCATGATTG
CTTATCCGCACTCTCTTCCTCCTCTTCAGGTGGGATTCGCCACGGTGATATCCGTCCGGA
GAATGTAGTTTACGTCACTTCAGGTGTGAGACATCCTTACTTTGTGCTGATTGGTTGGGG
TCACGCTGTGCTCGAGGATAGAGATAGACCGGCGATGAATCTTCACTTCTCGTCTACCTA
TGCACTCCAGGAAGGGAAACTGTGTGGTGCATCAGATGCAGAGAGCTTGATTTACATGCT
TTATTTCTGTTGTGGGGACTTATTGCCTGATTTGGATTCAGTTGAAGGAGCTCTTCAGTG
GAGAGAGACGTCTTGGTCCAAAAGATTGATACAGCAGAAGCTTGATGATGTCTCCACCAT
TTTAAAAGCCTTTTCTGACTACGTTGACAGTTTATGTGGTACACCGTATCCTTTGGATTA
TGATATTTGGTTGAGAAGATTGAAGAGGAACCTCTCAGAAGACCATGGGAAAGAAGTTGA
AACTTCAGGCTGAGCTCTCATCAATCTAGTAATTGGAGGAGGTCCTTATATAAACAATTC
TTTCAGGTGCTCTCTTTCTGCTGCTTTAACCTGTCCGAGACTGGAAAGCTTCACGAGATG
AGACGGTTTTTGCACAAGTCTGAGACCTTGTTCTGTTCTTGTACAGGATCTTTGGAATGG
GATTAGATTCTGTGTTTGCCCTCCGTTGTTAATGTTCTGTTCCTTCTCTTCTGTATTATT
ATTATTATCTTGAGAATGAATTCTCTATTATTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DN30TF U 1
AF RR3DN30JQ C 16
BS 1 407 RR3DN30TF
BS 408 408 RR3DN30JQ
BS 409 437 RR3DN30TF
BS 438 876 RR3DN30JQ

RD RR3DN30TF 437 0 0
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TGATTTGGTGAATGAAGGCAGGTTTGGACCAGAAGAAGCTATCAGATGTTGCCATGATTG
CTTATCCGCACTCTCTTCCTCCTCTTCAGGTGGGATTCGCCACGGTGATATCCGTCCGGA
GAATGTAGTTTACGTCACTTCAGGTGTGAGACATCCTTACTTTGTGCTGATTGGTTGGGG
TCACGCTGTGCTCGAGGATAGAGATAGACCGGCGATGAATCTTCACTTCTCGTCTACCTA
TGCACTCCAGGAAGGGAAACTGTGTGGTGCATCAGATGCAGAGAGCTTGATTTACATGCT
TTATTTCTGTTGTGGGGACTTATTGCCTGATTTGGATTCAGTTGAAG*AGCTCTTCAGTG
GAGAGAGACGTCTTGGT

QA 1 437 1 437
DS 

RD RR3DN30JQ 861 0 0
GT
GAACTCCCATTCTTGTCACCACGCC*GTCGGCGAGACGGTAGCTGATTTGGTGAATGAAG
GCAGGTT*GGACCAGAAGAAGCTATCAGATGTTGCCATGATTGCTTATCCGCACTCTCTT
CCTCCTCTTCAGGTGGGATTCGCCACGGTGATATCCGTCCGGAGAATGTAGTTTACGTCA
CTTCAGGTGTGAGACATCCTTACTTTGTGCTGATTGGTTGGGGTCACGCTGTGCTCGAGG
ATAGAGATAGACCGGCGATGAATCTTCACTTCTCGTCTACCTATGCACTCCAGGAAGGGA
AACTGTGTGGTGCATCAGATGCAGAGAGCTTGATTTACATGCTTTATTTCTGTTGTGGGG
ACTTATTGCCTGATTTGGATTCAGTTGAAGGAGCTCTTCAGTGGAGAGAGACGTCTTGGT
CCAAAAGATTGATACAGCAGAAGCTTGATGATGTCTCCACCATTTTAAAAGCCTTTTCTG
ACTACGTTGACAGTTTATGTGGTACACCGTATCCTTTGGATTATGATATTTGGTTGAGAA
GATTGAAGAGGAACCTCTCAGAAGACCATGGGAAAGAAGTTGAAACTTCAGGCTGAGCTC
TCATCAATCTAGTAATTGGAGGAGGTCCTTATATAAACAATTCTTTCAGGTGCTCTCTTT
CTGCTGCTTTAACCTGTCCGAGACTGGAAAGCTTCACGAGATGAGACGGTTTTTGCACAA
GTCTGAGACCTTGTTCTGTTCTTGTACAGGATCTTTGGAATGGGATTAGATTCTGTGTTT
GCCCTCCGTTGTTAATGTTCTGTTCCTTCTCTTCTGTATTATTATTATTATCTTGAGAAT
GAATTCTCTATTATTTTCC

QA 3 861 3 861
DS 



AS 1 2

CO CL7249Contig1 924 2 4 U
GACGACAAGAGCGAAGACTACCTCTTTAAGATTGTTCTAATAGGTGACTCTGCAGTTGGG
AAGTCAAACTTGCTGGCAAGGTTTGCTAGGGATGAGTTCTATCCCAACTCAAAGTCCACC
ATTGGAGTGGAGTTTCAGACGCAGAAGATTGATATCAATGGCAAGGAGATCAAAGCTCAG
ATATGGGACACGGCAGGTCAAGAACGTTTCAGAGCAGTCACTTCTGCTTATTACAGAGGT
GCTGTTGGAGCTCTTCTGGTTTACGACATCAGCAGAAAGCAGACTTTTCACAGCATTGGT
AGATGGCTCAACGAGCTTCACAGTAAGCAAACAACCACACACAACAGCTCAAAATAGTAT
TTTTCCTTTATATTCTACTTATTATGAAACTGTTGGTGCAGCACACTCTGATATGAACGT
TGTGACGATACTGGTGGGGAACAAGTCGGATCTGAAGAAGATAAGAGAAGTGCCAACAGC
GGAAGGGAAGGCGTTAGCGGAAGCTCAGGGGCTTTTCTTTATGGAGACATCGGCTCTGGA
CTCGTCAAACGTGGCGGCTGCGTTCGAGACGGTTGTGAAAGAGATATACAACATACTGAG
CAGGAAAGTGATGAGCTCACAGGAGCTAAGCAAGCAAGATCCTGCTTCGCTTAGCAATGG
TAAGAAAGTTGTGATTCCATCTGAGGCACAGGGCGAGTCCAAGAAAGGTGGGTGTTGTTC
TACGTGATTAGAAACTGAAAGAGTGTAGAGAGAGCTTAAAGAAAGGAAGATTTGATTTTG
GTCTGTTTGATTGTTTCTTTGATCCATGATTGAGCAGCTGCGCTGTGGTGTGGTGTGGAT
GTGTTTAGGTGTAGCAATCTGTAAATTCTCCATTGAAGAAGCTTTATGTAAACCAAAACT
CCCCTTTATAAAAGTTTTTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B368TF U 1
AF RR3B368JQ C 39
BS 1 685 RR3B368TF
BS 686 686 RR3B368JQ
BS 687 761 RR3B368TF
BS 762 924 RR3B368JQ

RD RR3B368TF 761 0 0
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AAGTCAAACTTGCTGGCAAGGTTTGCTAGGGATGAGTTCTATCCCAACTCAAAGTCCACC
ATTGGAGTGGAGTTTCAGACGCAGAAGATTGATATCAATGGCAAGGAGATCAAAGCTCAG
ATATGGGACACGGCAGGTCAAGAACGTTTCAGAGCAGTCACTTCTGCTTATTACAGAGGT
GCTGTTGGAGCTCTTCTGGTTTACGACATCAGCAGAAAGCAGACTTTTCACAGCATTGGT
AGATGGCTCAACGAGCTTCACAGTAAGCAAACAACCACACACAACAGCTCAAAATAGTAT
TTTTCCTTTATATTCTACTTATTATGAAACTGTTGGTGCAGCACACTCTGATATGAACGT
TGTGACGATACTGGTGGGGAACAAGTCGGATCTGAAGAAGATAAGAGAAGTGCCAACAGC
GGAAGGGAAGGCGTTAGCGGAAGCTCAGGGGCTTTTCTTTATGGAGACATCGGCTCTGGA
CTCGTCAAACGTGGCGGCTGCGTTCGAGACGGTTGTGAAAGAGATATACAACATACTGAG
CAGGAAAGTGATGAGCTCACAGGAGCTAAGCAAGCAAGATCCTGCTTCGCTTAGCAATGG
TAAGAAAGTTGTGATTCCATCTGAG*CACAGGGCGAGTCCAAGAAAGGTGGGTGTTGTTC
TACGTGATTAGAAACTGAAAGAGTGTAGAGAGAGCTTAAAG

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3B368JQ 886 0 0
AATAGGTGACTCTGCAGTTGGGAAGTCAAACTTGCTGGCAAGGTTTGCTAGGGATGAGTT
CTATCCCAACTCAAAGTCCACCATTGGAGTGGAGTTTCAGACGCAGAAGATTGATATCAA
TGGCAAGGAGATCAAAGCTCAGATATGGGACACGGCAGGTCAAGAACGTTTCAGAGCAGT
CACTTCTGCTTATTACAGAGGTGCTGTTGGAGCTCTTCTGGTTTACGACATCAGCAGAAA
GCAGACTTTTCACAGCATTGGTAGATGGCTCAACGAGCTTCACAGTAAGCAAACAACCAC
ACACAACAGCTCAAAATAGTATTTTTCCTTTATATTCTACTTATTATGAAACTGTTGGTG
CAGCACACTCTGATATGAACGTTGTGACGATACTGGTGGGGAACAAGTCGGATCTGAAGA
AGATAAGAGAAGTGCCAACAGCGGAAGGGAAGGCGTTAGCGGAAGCTCAGGGGCTTTTCT
TTATGGAGACATCGGCTCTGGACTCGTCAAACGTGGCGGCTGCGTTCGAGACGGTTGTGA
AAGAGATATACAACATACTGAGCAGGAAAGTGATGAGCTCACAGGAGCTAAGCAAGCAAG
ATCCTGCTTCGCTTAGCAATGGTAAGAAAGTTGTGATTCCATCTGAGGCACAGGGCGAGT
CCAAGAAAGGTGGGTGTTGTTCTACGTGATTAGAAACTGAAAGAGTGTAGAGAGAGCTTA
AAGAAAGGAAGATTTGATTTTGGTCTGTTTGATTGTTTCTTTGATCCATGATTGAGCAGC
TGCGCTGTGGTGTGGTGTGGATGTGTTTAGGTGTAGCAATCTGTAAATTCTCCATTGAAG
AAGCTTTATGTAAACCAAAACTCCCCTTTATAAAAGTTTTTTTACC

QA 1 886 1 886
DS 



AS 1 2

CO CL7250Contig1 970 2 14 U
GGAGGGGTTTCAGTTTCTTCCCTCCCTGTCTCAGGAACAAACAGTTGCTGCGAAATTGAA
AATGGCCCCGAAGAAAGGAGTCAAAGCGGTTACCAAGAAGAAGCCGGAGAAAGTAACAAA
CCCACTTTTTGAGAGGCGTCCAAAACAGTTTGGAATCGGGGGAGCATTGCCACCGAAGAA
GGATCTCACGAGATACATCAAATGGCCAAAGTCCATCCGCCTCCAGAGGCAGAAGCGTAT
TCTTAAGCAGAGGCTTAAGGTCCCACCAGCACTCAACCAGTTCACCAAGACCCTTGACAA
GAACTTAGCAACTTCTCTCTTGAAGATTCTCCTCAAGTATAGGCCTGAGGACAAGGCAGC
CAAGAAGGAACGTCTTCTCAAGAAGGCTCAGTCTGAGGCCGAGGGAAAGCCTGTTGAATC
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CAAGGCGCAACTGGTGGTGATTGCTCATGATGTGGACCCGATTGAGTTGGTTGTCTGGTT
GCCTGCACTCTGCAGGAAAATGGAGGTTCCTTACTGCATTATCAAGGGGAAATCAAGATT
GGGAGCGATTGTCCACCAAAAAAACAGCAGCTTGCTTGTGTTTGACAACAGTGAAGAACG
AAGACAAGATGGAGTTCAGCAAAGTCCTCGAGGCCATTAAGCCAAACTTCAACGACAAAT
ATGAAGAGAACCGTAAAAAGTGGGGAGGAGGGATAATGGGATCCAAATCACAGGCCAAGA
CTAAGGCTAAAGAGAGAGTTCTAGCCAAAGAAGCTGCTCAGAGGATGAATTAGACCATCA
TCCTAAGATATTCACTTTTTTTTCTTTTGGATGAATCTAATGTTTTTGCTTATCTTTTTG
CTTGAATGTTTGGACTTTACTTTTTGAGAAGATTGATATCTAAAAGAAAAAGAAAAGAAG
CATTTCTCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D667TF U 1
AF RR3D667JQ C 176
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BS 740 755 RR3D667TF
BS 756 756 RR3D667JQ
BS 757 766 RR3D667TF
BS 767 970 RR3D667JQ

RD RR3D667TF 782 0 0
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GGATCTCACGAGATACATCAAATGGCCAAAGTCCATCCGCCTCCAGAGGCAGAAGCGTAT
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QA 1 766 1 766
DS 

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GAATCGAAGAAGCCAATTGTTGTGAAGTATGGTCTTAACCATGTTACATACCTCATTGAG
CAGAACAAGGCGCAACTGGTGGTGATTGCTCATGATGTGGACCCGATTGAGTTGGTTGTC
TGGTTGCCTGCACTCTGCAGGAAAATGGAGGTTCCTTACTGCATTATCAAGGGGAAATCA
AGATTGGGAGCGATTGTCCACCAAAAAAACAGCAGCTTGCTTGTGTTTGACAACAGTGAA
GAACGAAGACAAGATGGAGTTCAGCAAAGTCCTCGAGGCCATTAAGGCAAACTTCAACGA
CAAATATGAAGAGAACCGTAAAAAGTGGGGAGGAGGGATAATGGGATCCAAATCACAGGC
CAAGACTAAGGCTAAAGAGAGAGTTCTAGCCAAAGAAGCTGCTCAGAGGATGAATTAGAC
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TTTTGCTTGAATGTTTGGACTTTACTTTTTGAGAAGATTGATATCTAAAAGAAAAAGAAA
AGAAGCATTTCTCCG

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

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CAATCTGAGCTAATGGGCTTGATGATGGGCGGTGACCCGGGAATATCGGCTTTCCCAGAG
GAAGACAACATCTTCTGTTGGAAAGGGACAATAATAGGAAGCAAAGATACTGTCTTTGAA
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CAGAGCCTTTTGGGAGAACCAAACATCAGCTCACCACTGAACACTCAAGCAGCGCAGCTC
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CAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3GS79TF U 1
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BS 730 784 RR3GS79JQ

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TGGAGCAACCAAGAAGAGTATAGGAAGATGGTTGAGAAGCTCTACAAACCTCCCACTGCA
TGATATCTTCAAGTTGTTCTGTTTCATAAACCTCTCCACATGCCTTTGATGAACAAGAAG
AAGCAGTCTGTGTCAATTCATTTGCTCTATAATTTTGTTTCTGATTCATAAACTACTGTT
TTATCTGTA
CA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3GS79JQ 673 0 0
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GTCTTTGAAGGAACTGAGTACAGACTCTCACTCTCTTTTTCCAACGACTATCCTTTCAAA
CCTCCAAAGATCAAGTTCCACACTTGTTGCTTCCACCCCAATGTTGATCTCTATGGCAAC
ATCTGCTTGGACATTCTCCAGGATAAATGGTCTTCTGCATATGATGTCAGGACAATCCTA
CTATCCATTCAGAGCCTTTTGGGAGAACCAAACATCAGCTCACCACTGAACACTCAAGCA
GCGCAGCTCTGGAGCAACCAAGAAGAGTATAGGAAGATGGTTGAGAAGCTCTACAAACCT
CCCACTGCATGATATCTTCAAGTTGTTCTGTTTCATAAACCTCTCCACATGCCTTTGATG
AACAAGAAGAAGCAGTCTGTGTCAATTCATTTGCTCTATAATTTTGTTTCTGATTCATAA
ACTACTGTTTTATCTGTAACATTTTACCATGTGAGCTTTTCAAAAATTAATCAGAAATTC
AGAATGATACAGT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

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TCACATGTTCTTTCTGCGCAGAAACGCTCTTAAGTTTGTTAAGAATCAGTATTTTTTACT
TTTACATTTCCGTTTCAAAAGACATGAATATGTTATTGAGTTCATACAATAGATTGATGG
AGGATGTGGGTAAATTACATTATTATGCACTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BI85JQ C 1
AF RR3BI85TF U 1
BS 1 512 RR3BI85TF

RD RR3BI85JQ 512 0 0
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CGTCCGAGCAGACAGAAAAAACCCTGAAATGGATGGGCATGACTCTGAGGATACTAAGCA
GAGCACTGCTGATATGACTGCTTTTGTCCAAAATCTTCTGCAGCAGATGCAATCCAGGTT
CCAGACAATGTCCGACTCCATCATCACAAAGATCGATGACATGGGAGGTAGAATCAATGA
GCTGGAGCAAAGCATCAATGACCTTAGGGCCGAGATGGGAGTTGAAGGCACTCCTCCTGC
TGCCTCCAAATCTGGCGATGATCCCAAAACACCCCCTAGTTCCACTTGAACTGTTAAGGG
TCACATGTTCTTTCTGCGCAGAAACGCTCTTAAGTTTGTTAAGAATCAGTATTTTTTACT
TTTACATTTCCGTTTCAAAAGACATGAATATGTTATTGAGTTCATACAATAGATTGATGG
AGGATGTGGGTAAATTACATTATTATGCACTT

QA 1 512 1 512
DS 

RD RR3BI85TF 512 0 0
GGAAGACACATCGCGCTCATCTCGTCTCGTCGCTTTTCTCTTCTCTTCATAGTTCTCCGT
CGTCCGAGCAGACAGAAAAAACCCTGAAATGGATGGGCATGACTCTGAGGATACTAAGCA
GAGCACTGCTGATATGACTGCTTTTGTCCAAAATCTTCTGCAGCAGATGCAATCCAGGTT
CCAGACAATGTCCGACTCCATCATCACAAAGATCGATGACATGGGAGGTAGAATCAATGA
GCTGGAGCAAAGCATCAATGACCTTAGGGCCGAGATGGGAGTTGAAGGCACTCCTCCTGC
TGCCTCCAAATCTGGCGATGATCCCAAAACACCCCCTAGTTCCACTTGAACTGTTAAGGG
TCACATGTTCTTTCTGCGCAGAAACGCTCTTAAGTTTGTTAAGAATCAGTATTTTTTACT
TTTACATTTCCGTTTCAAAAGACATGAATATGTTATTGAGTTCATACAATAGATTGATGG
AGGATGTGGGTAAATTACATTATTATGCACTT

QA 1 512 1 512
DS 



AS 1 2

CO CL7253Contig1 748 2 2 U
GGAACATAAAAGAAACCATCAAAAAGGAGATTTCTCCATCTTAACATCTTCCTTTATTCC
GTTCACGGCTACGTTCTTATCTACTCACAAGAACCCCAACAGATCAATAAAAAGACTCTT
ACTTTCCCTCTCTCCCCTTGCTGAAAAAGATCAATGGGTTCTTCTGCGGAGCAGTGCATT
TTGGTGACTGGTGGTGCTGGGTTCATTGGGACGCACACTGTTGTTCAGCTTTTGAATCAG
GGCTTCAAGGTTTCCATCATCGACAATCTTGATAACTCTGTCCTTGAAGCTGTTCATAGG
GTTCGTGAGCTTGTTGGTCCTGATCTCTCTTCCAAGCTTGAATTCCATCTGGGTGATTTG
AGAAACAAAGGAGACATTGAGAAACTCTTTTCCAATCAGAGATTTGATGCTGTGATTCAC
TTTGCTGGTCTTAAAGCTGTGGGTGAAAGTGTTGCAAACCCTCGTCGTTACTTTGACAAC
AACTTAGTTGGGACTATCAATCTCTATGAGACAATGGCAAAGTACAACTGCAAAATGATG
GTGTTTTCTTCGTCGGCAACAGTTTATGGCCAACCAGAGATAGTCCCTTGCGTGGAAGAC
TTTGAGTTACAGGCTATGAATCCTTACGGTCGCACCAAGCTGTATCTCGAAGAGATAGCT
AGAGACATCCACGCGGCAGAGCCAGAGTGGAGGATAATTCTTCTGAGTACTTCAATCCAG
TTGGAGCTCACGAGAGCGGGAGGATCGG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E722TF U 1
AF RR3GX19TF U 1
BS 1 612 RR3E722TF
BS 613 748 RR3GX19TF

RD RR3E722TF 618 0 0
GGAACATAAAAGAAACCATCAAAAAGGAGATTTCTCCATCTTAACATCTTCCTTTATTCC
GTTCACGGCTACGTTCTTATCTACTCACAAGAACCCCAACAGATCAATAAAAAGACTCTT
ACTTTCCCTCTCTCCCCTTGCTGAAAAAGATCAATGGGTTCTTCTGCGGAGCAGTGCATT
TTGGTGACTGGTGGTGCTGGGTTCATTGGGACGCACACTGTTGTTCAGCTTTTGAATCAG
GGCTTCAAGGTTTCCATCATCGACAATCTTGATAACTCTGTCCTTGAAGCTGTTCATAGG
GTTCGTGAGCTTGTTGGTCCTGATCTCTCTTCCAAGCTTGAATTCCATCTGGGTGATTTG
AGAAACAAAGGAGACATTGAGAAACTCTTTTCCAATCAGAGATTTGATGCTGTGATTCAC
TTTGCTGGTCTTAAAGCTGTGGGTGAAAGTGTTGCAAACCCTCGTCGTTACTTTGACAAC
AACTTAGTTGGGACTATCAATCTCTATGAGACAATGGCAAAGTACAACTGCAAAATGATG
GTGTTTTCTTCGTCGGCAACAGTTTATGGCCAACCAGAGATAGTCCCTTGCGTGGAAGAC
TTTGAGTTACAG
CTATGA

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3GX19TF 748 0 0
GGAACATAAAAGAAACCATCAAAAAGGAGATTTCTCCATCTTAACATCTTCCTTTATTCC
GTTCACGGCTACGTTCTTATCTACTCACAAGAACCCCAACAGATCAATAAAAAGACTCTT
ACTTTCCCTCTCTCCCCTTGCTGAAAAAGATCAATGGGTTCTTCTGCGGAGCAGTGCATT
TTGGTGACTGGTGGTGCTGGGTTCATTGGGACGCACACTGTTGTTCAGCTTTTGAATCAG
GGCTTCAAGGTTTCCATCATCGACAATCTTGATAACTCTGTCCTTGAAGCTGTTCATAGG
GTTCGTGAGCTTGTTGGTCCTGATCTCTCTTCCAAGCTTGAATTCCATCTGGGTGATTTG
AGAAACAAAGGAGACATTGAGAAACTCTTTTCCAATCAGAGATTTGATGCTGTGATTCAC
TTTGCTGGTCTTAAAGCTGTGGGTGAAAGTGTTGCAAACCCTCGTCGTTACTTTGACAAC
AACTTAGTTGGGACTATCAATCTCTATGAGACAATGGCAAAGTACAACTGCAAAATGATG
GTGTTTTCTTCGTCGGCAACAGTTTATGGCCAACCAGAGATAGTCCCTTGCGTGGAAGAC
TTTGAGTTACAGGCTATGAATCCTTACGGTCGCACCAAGCTGTATCTCGAAGAGATAGCT
AGAGACATCCACGCGGCAGAGCCAGAGTGGAGGATAATTCTTCTGAGTACTTCAATCCAG
TTGGAGCTCACGAGAGCGGGAGGATCGG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL7254Contig1 746 2 4 U
GATACAGCAGCTGTTTGAGGGTCACCATATGAATTATATTGAGTGCATAAATGTAGATTA
CAAATCTACACGAAAAGAATCATTTTATGACCTTCAGCTGGATGTTAAAGGCTGCAAGGA
TGTTTATGCTTCTTTTGACAAATATGTTGAAGTTGAACGCCTTGAAGGAGATAACAAATA
TCATGCAGAAGGACATGGTTTACAGGATGCAAAAAAAGGCGTTCTTTTCATCGACTTTCC
ACCGGTTCTTCAGCTCCAGCTCAAGAGGTTTGAATATGACTTCATGAGGGACACCATGGT
GAAGATAAATGATCGGTATGAATTCCCTCTTCAACTGGATCTTGATAGAGAGAATGGAAA
GTATTTATCCCCTGATGCTGACAGGAGTGTCCGCAACCTTTACACGCTTCACAGTGTGTT
AGTTCATAGTGGAGGAGTACATGGTGGGCATTATTACGCTTTTATAAGGCCGACACTCTC
TGATCAGTGGTATAAATTTGATGATGAACGAGTAACTAAAGAAGATTTGAAAAGGGCACT
GGAGGAGCAATATGGTGGTGAAGAAGAGCTACCACAAACTAATCCTGGTTTCAATAACCC
TCCTTTCAAATTCACAAAGTACTCGAATGCATACATGCTTGTATATATCCGGGAAAGTGA
CAAAGATAAAATTATCTGCAATGTTGATGAGAAAGACATTGCTGAACATTTAAGGATAAG
GCTGAAGAAAGAACAGGAAGAAAAGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B492JQ C 1
AF RR3B492TF U 1
BS 1 609 RR3B492TF
BS 610 610 RR3B492JQ
BS 611 723 RR3B492TF
BS 724 746 RR3B492JQ

RD RR3B492JQ 746 0 0
GATACAGCAGCTGTTTGAGGGTCACCATATGAATTATATTGAGTGCATAAATGTAGATTA
CAAATCTACACGAAAAGAATCATTTTATGACCTTCAGCTGGATGTTAAAGGCTGCAAGGA
TGTTTATGCTTCTTTTGACAAATATGTTGAAGTTGAACGCCTTGAAGGAGATAACAAATA
TCATGCAGAAGGACATGGTTTACAGGATGCAAAAAAAGGCGTTCTTTTCATCGACTTTCC
ACCGGTTCTTCAGCTCCAGCTCAAGAGGTTTGAATATGACTTCATGAGGGACACCATGGT
GAAGATAAATGATCGGTATGAATTCCCTCTTCAACTGGATCTTGATAGAGAGAATGGAAA
GTATTTATCCCCTGATGCTGACAGGAGTGTCCGCAACCTTTACACGCTTCACAGTGTGTT
AGTTCATAGTGGAGGAGTACATGGTGGGCATTATTACGCTTTTATAAGGCCGACACTCTC
TGATCAGTGGTATAAATTTGATGATGAACGAGTAACTAAAGAAGATTTGAAAAGGGCACT
GGAGGAGCAATATGGTGGTGAAGAAGAGCTACCACAAACTAATCCTGGTTTCAATAACCC
TCCTTTCAAATTCACAAAGTACTCGAATGCATACATGCTTGTATATATCCGGGAAAGTGA
CAAAGATAAAATTATCTGCAATGTTGATGAGAAAGACATTGCTGAACATTTAAGGATAAG
GCTGAAGAAAGAACAGGAAGAAAAGG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3B492TF 723 0 0
GATACAGCAGCTGTTTGAGGGTCACCATATGAATTATATTGAGTGCATAAATGTAGATTA
CAAATCTACACGAAAAGAATCATTTTATGACCTTCAGCTGGATGTTAAAGGCTGCAAGGA
TGTTTATGCTTCTTTTGACAAATATGTTGAAGTTGAACGCCTTGAAGGAGATAACAAATA
TCATGCAGAAGGACATGGTTTACAGGATGCAAAAAAAGGCGTTCTTTTCATCGACTTTCC
ACCGGTTCTTCAGCTCCAGCTCAAGAGGTTTGAATATGACTTCATGAGGGACACCATGGT
GAAGATAAATGATCGGTATGAATTCCCTCTTCAACTGGATCTTGATAGAGAGAATGGAAA
GTATTTATCCCCTGATGCTGACAGGAGTGTCCGCAACCTTTACACGCTTCACAGTGTGTT
AGTTCATAGTGGAGGAGTACATGGTGGGCATTATTACGCTTTTATAAGGCCGACACTCTC
TGATCAGTGGTATAAATTTGATGATGAACGAGTAACTAAAGAAGATTTGAAAAGGGCACT
GGAGGAGCAATATGGTGGTGAAGAAGAGCTACCACAAACTAATCCTGGTTTCAATAACCC
TCCTTTCAA*TTCACAAAGTACTCGAATGCATACATGCTTGTATATATCCGGGAAAGTGA
CAAAGATAAAATTATCTGCAATGTTGATGAGAAAGACATTGCTGAACATTTAAGGATAAG
GCT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL7255Contig1 1603 2 2 U
GGGTCAAAGCCACCGAGAAGGATGCGAGCAATTCAATTCGTGACGACGCGACTGAGCTCG
TGCTTGAGACCTATCCGATTCGAATTCGTTTCTTCATCTTCGCCTCGATTGTTCTCTAAC
ACTCGGCGCCTTATATGTACCGCCGCCGCGACGAAATCGAACGGAGGCAGGTCCGGTTCG
ATTGTGGCTCCATTGGTGAATGAAAAGGAAGAAGAGGAAGTTGAGAAGATAGATGTGAAT
CCACCTAAAGGAACTCGTGATTTCGCTCCTGAGGATATGCGTCTCCGCAACTGGCTTTTC
AACCATTTCAAAGAGGTATCACGGTTATTTGGTACGAAGAAGTGGATTATCCAGTGTTGG
AGACGGAGGCTTTGTTCATCAGAAAAGCAGGCGAGGAGATTAGAGACCAACTTTACTGCT
TTGAAGATAGGGGTAAACGGCGTGTAGCATTGAGGCCTGAGCTTACTCCTTCTTTAGCCA
GGCTTGTCATTCAGAAAGGAAAATCAGTTTCCCTTCCGTTGAAGTGGTTTGCGATTGGGC
AGTGTTGGCGGTACGAGAGAATGACAAGAGGAAGGAGACGCGAGCATTACCAGTGGAACA
TGGATATTATTGGTGTCCCTCATGTCACTGCTGAAGCAGAACTCATTTCGTCTATAGTCA
CCTTCTTCAAGCGAATTGGGATCACTTCATCTGATGTTGGTTTTAAAGTTTCTAGCCGCA
AGGTCTTACAAGAAATGCTAAGAAAATATGGGTGCCTGAAAACTTGTTTGGCAGAGTTTG
TATCATTATTGACAAGATAGAAAAGATCCCCATTGATGAAATAAAAAAGGAACTTGGGTC
CCACGGGGATATCAGAAGATGCTATTGAACAGCTACTGCAAGTGCTTTCTGTCAAGTCCC
TTGGATGATTTGGAAGATGTTTGGTGGAGCTGGAGAAGCCATTGCAGATCTGAAACAACT
CTTCTCACTTGCTGAAAAGTTTGGTTATTCAGAGTGGATACAGTTTGATGCGTCTGTTGT
GCGTGGTCTGTCTTATTACACTGGTATTGTCTTTGAGGGATTTGATCGAAAAGGAAATCT
ACGAGCTATATGCGGTGGTGGGAGATACGACAGATTACTCCCCACTTATGGAGGCGATGA
CATTCCTGCTTGCGGTTTTGGTTTCGGCGATGCTGTAATTGTTGAACTTCTTAAGGAGAA
GAATTTGTTGCCAGAATTGGGACAAGAGGTAGAGAACATTGTGTGTGCGTTGGAAAAAGA
TCTCCAAGGAGCTGCAGCCACTGTTGCAACCGCTCTCAGAAGCAAAGGCCAAACCGTTGA
TTTGGTATTGGAGAGTAAACCGTTGAAATGGGTGTTCAAGAGGGCGGCTCGGATAAACGC
AAGGAGGCTGATACTGGTTGGGAAGACAGAGTGGGAAGATGGTTCAGTGAGTGTGAAGGT
TTTGTCTTCAGGAGAGCAGTTTCAAGTAAAACTCAGTGACTTGGAATAGTACATGAGAAA
TTCTCTTTTTTGAGCAATTGAGTTGAGATGGAATCTTAATTTGATCGTGGAAGGTTTATA
TCAAAAATCTCATCTTAGTATTGCATTGAATTGTTGTTCTCCC


BQ
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AF RR3B232TF U 1
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BS 826 1603 RR3B232JQ

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TGCTTGAGACCTATCCGATTCGAATTCGTTTCTTCATCTTCGCCTCGATTGTTCTCTAAC
ACTCGGCGCCTTATATGTACCGCCGCCGCGACGAAATCGAACGGAGGCAGGTCCGGTTCG
ATTGTGGCTCCATTGGTGAATGAAAAGGAAGAAGAGGAAGTTGAGAAGATAGATGTGAAT
CCACCTAAAGGAACTCGTGATTTCGCTCCTGAGGATATGCGTCTCCGCAACTGGCTTTTC
AACCATTTCAAAGAGGTATCACGGTTATTTGGTACGAAGAAGTGGATTATCCAGTGTTGG
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TTGAAGATAGGGGTAAACGGCGTGTAGCATTGAGGCCTGAGCTTACTCCTTCTTTAGCCA
GGCTTGTCATTCAGAAAGGAAAATCAGTTTCCCTTCCGTTGAAGTGGTTTGCGATTGGGC
AGTGTTGGCGGTACGAGAGAATGACAAGAGGAAGGAGACGCGAGCATTACCAGTGGAACA
TGGATATTATTGGTGTCCCTCATGTCACTGCTGAAGCAGAACTCATTTCGTCTATAGTCA
CCTTCTTCAAGCGAATTGGGATCACTTCATCTGATGTTGGTTTTAAAGTTTCTAGCCGCA
AGGTCTTACAAGAAATGCTAAGAAAATATGGGTGCCTGAAAACTTGTTTGGCAGAGTTTG
TATCATTATTGACAAGATAGAAAAGATCCCCATTGATGAAATAAA

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DS 

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ATAAAAAAGGAACTTGGGTCCCACGGGGATATCAGAAGATGCTATTGAACAGCTACTGCA
AGTGCTTTCTGTCAAGTCCCTTGGATGATTTGGAAGATGTTTGGTGGAGCTGGAGAAGCC
ATTGCAGATCTGAAACAACTCTTCTCACTTGCTGAAAAGTTTGGTTATTCAGAGTGGATA
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TTTGATCGAAAAGGAAATCTACGAGCTATATGCGGTGGTGGGAGATACGACAGATTACTC
CCCACTTATGGAGGCGATGACATTCCTGCTTGCGGTTTTGGTTTCGGCGATGCTGTAATT
GTTGAACTTCTTAAGGAGAAGAATTTGTTGCCAGAATTGGGACAAGAGGTAGAGAACATT
GTGTGTGCGTTGGAAAAAGATCTCCAAGGAGCTGCAGCCACTGTTGCAACCGCTCTCAGA
AGCAAAGGCCAAACCGTTGATTTGGTATTGGAGAGTAAACCGTTGAAATGGGTGTTCAAG
AGGGCGGCTCGGATAAACGCAAGGAGGCTGATACTGGTTGGGAAGACAGAGTGGGAAGAT
GGTTCAGTGAGTGTGAAGGTTTTGTCTTCAGGAGAGCAGTTTCAAGTAAAACTCAGTGAC
TTGGAATAGTACATGAGAAATTCTCTTTTTTGAGCAATTGAGTTGAGATGGAATCTTAAT
TTGATCGTGGAAGGTTTATATCAAAAATCTCATCTTAGTATTGCATTGAATTGTTGTTCT
CCC

QA 1 843 1 843
DS 



AS 1 2

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AATGATTTTTGTTGTTGTAAATTTATTTATCCATACTGATCAACCTATGAAAAAAATCTT
CGTATCGATC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AU88JQ C 1
AF RR3AU88TF U 1
BS 1 250 RR3AU88TF

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AATGATTTTTGTTGTTGTAAATTTATTTATCCATACTGATCAACCTATGAAAAAAATCTT
CGTATCGATC

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DS 

RD RR3AU88TF 250 0 0
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AATGATTTTTGTTGTTGTAAATTTATTTATCCATACTGATCAACCTATGAAAAAAATCTT
CGTATCGATC

QA 1 250 1 250
DS 



AS 1 2

CO CL7257Contig1 1458 2 4 U
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CTCTCTTCTTTCTCTGCCAATCTGACAGAAGAAGAGTTCATTTACTTCACGGGAGTTTCA
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AGATCTTATTACAAACATGTCTCGGGTTCGATTCGCAATCGAGCAAAAAGACAGCACCTT
TGCGTACCCACCACCGTTTTACAGAGACCCGATCCTCCCTCCGCCATCTCCACCACCTCC
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CTTCATCTCCGGCCTTCTTCATTTGCTCGTCAGGTTTCTCATCAAGCATCCCTCTCCCGC
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AAGACAGCTTCAACAGCTCTTCCATCTCAACGACTCTGGTCTCGACCAAGCCTTCATCGA
CGCCTTGCCTGTTTTTCACTACAAAGAAATGGTCGGTGGTGCGTCCAAGGAGGAGCCGTT
CGACTGCGCGGTTTGTCTATGCGAGTTCACTGAGAAAGATAAGCTGAGGTTGTTGCCCAT
GTGTAGCCACGCTTTTCATCTTAACTGTATTGATACTTGGCTTCAGTCTAACTCCACTTG
CCCTCTTTGTCGTGGCACTCTCTTCTCCCCTGGCTTCTCCATGGAGAATCCCGTGTTTGA
CTTCGATGATATAAGAGAAGAGGAAGAGCGCGTTGTAGTAGCTGAGAAAGCTACGGAGAT
TCAAGAGATTGTTGTGGAGAAAGGGGTTTTGCCGGTGAGGTTAGGGAAGTTCAAGAGGCT
TGACAATCTTGGTCAGGGACAAGAAGATCATGTGAGAGAGACTAGTAGTAGTAATCTTGA
CGCGAGGAGATGTTTTTCAATGGGTTCGTATCAGTATATACTCGGTAACTCGGAGCTTAA
AGTACCCTTTTGTAATGATAGGCAACTGCGTTTGAAACCTCAGGACAAAGAGTGTCAAGA
TTCATCATCTGAGGAGAAGAAGATGAGTAGTGTTGTGGCTAAAGGAGAGAGCTTCTCGGT
TTCAAAGATTTGGTTCTGGCCAAAGAAAGATAAGTTCTCTTCAGATGCTCAAAGGAGGTT
GCCTTCTTCATCATCGCTTAACGTTGATGATCTTCCAAAACTTCCATGGATGGAAGAACA
TAAGAAGCTGGAGAACGGTGAAAGGTAGTATCGTTAGCTCATTTTTTTTTTCAATCCGGA
CCATTGATAAGTTTAGGGTTTACTGATTATATCTTGGTGGGGGGTTTGGCAATCATCTGT
TTTAACATAAATTTATTAAGTTTATAAGAAATTTGTATTGCATCATGGTTGTTAATGATA
TGAGATTAAAGTTTAACT


BQ
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TAAGTTTATAAGAAATTTGTATTGCATCATGGTTGTTAATGATATGAGATTAAAGTTTAA
CT

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DS 



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CATATTTTGGAATGTACAAAGAAGCAACACGAAACAATCCAAACTACTTCTTGACTTATG
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GGCATAATTACATGAAAACTCCCAATGAGATCAAATTGGAGGAAGCAGCTGTTTTACACT
ACACATATGCCAAATTCTCTGACTTAACATCCAGGCGTGACCGATGTGGCTGCAAGCCTA
CAAAAGAAGACGTGAAAAGATGCTTTATGTTGGATTTCGATAGATCTGCATTTATAATTG
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TTGGATGTATTTTCCCCTAAAATTTGGAGTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF40TF U 1
AF RR3GF40JQ C 124
BS 1 722 RR3GF40TF
BS 723 723 RR3GF40JQ
BS 724 747 RR3GF40TF
BS 748 871 RR3GF40JQ

RD RR3GF40TF 747 0 0
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CATATTTTGGAATGTACAAAGAAGCAACACGAAACAATCCAAACTACTTCTTGACTTATG
GTAACGGCAAATCAGTTGCTCGGGTTCAAGACCACCTCCGACCAAATGGAGCACACAGAC
GGCATAATTACATGAAAACTCCCAATGAGATCAAATTGGAGGAAGCAGCTGTTTTACACT
ACACATATGCCAAATTCTCTGACTTAACATCCAGGCGTGACCGATGTGGCTGCAAGCCTA
CAAAAGAAGACGTGAAAAGATGCTTTATGTTGGATTTCGATAGATCTGCATTTATAATTG
CGTCAACAGCAACTGAAGATGAAATGATAAGCTGGTACCGTGAACATGTTGTGTGGGGAG
ACAAAGAGGTGAAGATGAGACTCCTTAGGAAGGGTATTCTGACTCGCATTTATTCACCAA
TGGTTGTTATACAAGCATTGAAAGAGTCTGGTGTGTTCAGCTCGGTTGTCTCATCAGCTT
CATCAAATCTTTCAAAGAAACAGTTCTTAGCATCAATGAACAAAAGCAACTCTTCATCTG
ATTCCCTTCCTTCAAAGGAAAAGGAGTCTCAGGGCGTCTCAGCAAAGCACCTTCTAGGGA
CTGAATCAGCTGTCCCTCCTTTATCACCTCCTGGGATGGAGCACGCTAGATTTGTCACAG
AG*ATTAACAGATTTTAGCATCGAGCT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3GF40JQ 748 0 0
ACGGCAAATCAGTTGCTCGGGTTCAAGACCACCTCCGACCAAATGGAGCACACAGACGGC
ATAATTACATGAAAACTCCCAATGAGATCAAATTGGAGGAAGCAGCTGTTTTACACTACA
CATATGCCAAATTCTCTGACTTAACATCCAGGCGTGACCGATGTGGCTGCAAGCCTACAA
AAGAAGACGTGAAAAGATGCTTTATGTTGGATTTCGATAGATCTGCATTTATAATTGCGT
CAACAGCAACTGAAGATGAAATGATAAGCTGGTACCGTGAACATGTTGTGTGGGGAGACA
AAGAGGTGAAGATGAGACTCCTTAGGAAGGGTATTCTGACTCGCATTTATTCACCAATGG
TTGTTATACAAGCATTGAAAGAGTCTGGTGTGTTCAGCTCGGTTGTCTCATCAGCTTCAT
CAAATCTTTCAAAGAAACAGTTCTTAGCATCAATGAACAAAAGCAACTCTTCATCTGATT
CCCTTCCTTCAAAGGAAAAGGAGTCTCAGGGCGTCTCAGCAAGGCACCTTCTAGGGACTG
AATCAGCTGTCCCTCCTTTATCACCTCCTGGGATGGAGCACGCTAGATTTGTCACAGAGG
ATTAACAGATTTTAGCATCGAGCTGATAACCTTTACTTCCTCCTCCTTACCGAGTGATAG
TGCTGTGTAGCTAGCTTGAGGAGGATAAGTGAAGAAAAGGCCGGTTTGTATGATTTTTTG
GATGTATTTTCCCCTAAAATTTGGAGTT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL7259Contig1 1238 2 4 U
GGAAAAGGTAAACAACACAAAATAATGCTTCTCTACTTTATCATCTCCTGTCTCTCTTTT
TTTTCTTGTCCAAATCATTCACTCTTCCTCCATGGGCATCTGAAACCAAAACCTTGCTCT
CCTTCTACTTCTCCAAGAACCTCTTCACCAGAACTCTGCATCCAACCACACCTGATCCAG
CTTCTCCAGTGGACCACCAAATGTCAGTCCTTGACCTCCCTGACCTGGCTCTGGATCTCA
TCCTCGAGCTCCTTCCACCTTCTGGACTCTCTAGTATGGCTAAGGTTTGTAGCTCCTTGA
GGGAGAGATGTGTGAGTGATCATCTCTGGGAAAAACACTTGATCACCAAATGGGGCAAAG
TCCTTGGCCCTGCTGCTCATAGAGATTGGAGATGCTACCTCTCTTCCTCGTGTCATCTTG
ATTCACCTAATCACCGAATTGGTCATCATCCTCTTGGTTTTGACAAAATCATCTCTCTCA
TCCGATCTATTTCCTCTGGTGATGAAAAGAGGAAGAGATATGCTGCGTCGTCTCTGCCAC
TTGATTCCACCATGAGCTTCTACCTCTCCCTTGAAACTGGTCGTTTTTGGTTCCCAGCTC
AAGTTTACAACCGTGAGAATGGGCATGTAGGGTTCATGTTGTCATGCTATGATGCGGAGC
TCAGCTATGATACTCACACTGATACGTTTCAAGTCAGGTATGCACCACATGGTAGAAAAG
CAGTTGCGGTTGAAAAAGGTGTGACATGGGAAAGGCTAAGAGCAGCTCCTATAGATATAT
CTCCTCATCACCTTCATGTGTCGGATTCTCTAAACGAGTTGAAACCTGGAGATCACATTG
AGATTCAGTGGAGAAGAAACAAAGCGTTCCCTTACGGATGGTGGTATGGTGTCGTTGGCC
ACTTAGAATCCTGTGATGGGAATCTCAACCATTGTCACTGCCATTTTAATGAGATGGTGG
TGTTGGAATTCAACCAGTACACAGTGGGATCGAGGTGGAAAAGAACGATGATAAACAAGA
GAGATCATAGAGAGGAAGGTAACGAGGAAGAGGGGTTCTATGGAGGAATCAGAAAGCTAA
GTTGTAAAGAGGAGGTTGCAATGTGGACACGTCTCTGGCCATCTTCCATCTTAGAGTAGA
ATGATGAGATTAAAAACCACAACCATTGTATGGAGGGTAGGGATGTTAATTTTAGATGTG
TGCTCTCTTCTTCTATCCAATGCATGATTTAACTGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FU22TF U 1
AF RR3FU22JQ C 667
BS 1 697 RR3FU22TF
BS 698 698 RR3FU22JQ
BS 699 725 RR3FU22TF
BS 726 1238 RR3FU22JQ

RD RR3FU22TF 725 0 0
GGAAAAGGTAAACAACACAAAATAATGCTTCTCTACTTTATCATCTCCTGTCTCTCTTTT
TTTTCTTGTCCAAATCATTCACTCTTCCTCCATGGGCATCTGAAACCAAAACCTTGCTCT
CCTTCTACTTCTCCAAGAACCTCTTCACCAGAACTCTGCATCCAACCACACCTGATCCAG
CTTCTCCAGTGGACCACCAAATGTCAGTCCTTGACCTCCCTGACCTGGCTCTGGATCTCA
TCCTCGAGCTCCTTCCACCTTCTGGACTCTCTAGTATGGCTAAGGTTTGTAGCTCCTTGA
GGGAGAGATGTGTGAGTGATCATCTCTGGGAAAAACACTTGATCACCAAATGGGGCAAAG
TCCTTGGCCCTGCTGCTCATAGAGATTGGAGATGCTACCTCTCTTCCTCGTGTCATCTTG
ATTCACCTAATCACCGAATTGGTCATCATCCTCTTGGTTTTGACAAAATCATCTCTCTCA
TCCGATCTATTTCCTCTGGTGATGAAAAGAGGAAGAGATATGCTGCGTCGTCTCTGCCAC
TTGATTCCACCATGAGCTTCTACCTCTCCCTTGAAACTGGTCGTTTTTGGTTCCCAGCTC
AAGTTTACAACCGTGAGAATGGGCATGTAGGGTTCATGTTGTCATGCTATGATGCGGAGC
TCAGCTATGATACTCACACTGATACGTTTCAAGTCAG*TATGCACCACATGGTAGAAAAG
CAGTT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3FU22JQ 572 0 0
ATGATACTCACACTGATACGTTTCAAGTCAGGTATGCACCACATGGTAGAAAAGCAGTTG
CGGTTGAAAAAGGTGTGACATGGGAAAGGCTAAGAGCAGCTCCTATAGATATATCTCCTC
ATCACCTTCATGTGTCGGATTCTCTAAACGAGTTGAAACCTGGAGATCACATTGAGATTC
AGTGGAGAAGAAACAAAGCGTTCCCTTACGGATGGTGGTATGGTGTCGTTGGCCACTTAG
AATCCTGTGATGGGAATCTCAACCATTGTCACTGCCATTTTAATGAGATGGTGGTGTTGG
AATTCAACCAGTACACAGTGGGATCGAGGTGGAAAAGAACGATGATAAACAAGAGAGATC
ATAGAGAGGAAGGTAACGAGGAAGAGGGGTTCTATGGAGGAATCAGAAAGCTAAGTTGTA
AAGAGGAGGTTGCAATGTGGACACGTCTCTGGCCATCTTCCATCTTAGAGTAGAATGATG
AGATTAAAAACCACAACCATTGTATGGAGGGTAGGGATGTTAATTTTAGATGTGTGCTCT
CTTCTTCTATCCAATGCATGATTTAACTGTAG

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL7260Contig1 1268 2 2 U
GGAAAAAGGCAGTGCTTAAATGTTTTAAGAGATTCATTGGTTGATTGATAGAGAAAACGT
AATCAAGATGGGTTCTTCGTCCAACGGAGGCGTGCCACCTGGGTTTCGGTTTCATCCGAC
GGACGAAGAGCTTCTCCATTACTACCTAAAGAAGAAAATCTCTTACCAGAAGTTTGAGAT
GGAAGTTATCAGAGAGGTTGACTTAAACAAGCTTGAGCCTTGGGATTTACAAGAGAGATG
CAAGATAGGGTCAACGCCTCAGAACGAATGGTATTTCTTTAGCCACAAGGATAGGAAATA
TCCGACGGGATCAGGGACAAACCGTGCTACTCACGCAGGGTTCTGGAAAGCGACGGGACG
TGACAAGTGCATAAGGAACTCTTATAAGAAGATAGGAATGAGGAAGACTCTCGTGTTCTA
CAAAGGAAGAGCTCCTCATGGCCAAAAGACTGATTGGATCATGCATGAGTACCGTCTTGA
AGATGCTGATGATCCTGAAGGCAACCCTAGTGAGGATGGATGGGTGGTTTGTAGGGTATT
CATGAAGAAGAATTTGTTCAAGGTAGTGAATGACGGTGGTTCAAGCATTAACTCTGCGGA
CCAATACAACCATGATGCGTCCAACAACAACAACAAACTCCAAGCTCGTAGCTTTATGCA
CGGAGACAGTCCTTACCAACTAGTACGTAACCACGGAGCCACGACATTCGAACTCAACAA
GCCTGACCTTGCTTTTCATCAGTACCCACCAATTTTCCACAAGCCACCATCCCTTGGATT
TGACTACTCTTCAGGAATTCAAAGGGATTGCGAGAGTGCTGCTAGTGAAGGGTTACAATA
TCAGCAAGCATGTGAGCAGGGTTTAGAGGTTGGCACGTGCGAGACAGGGGCTAATAATAA
CCATCAACAAGGTCTAGGTGAATGGTCAATGATGGATAGGCTTGTGACATGTCATGTGGG
AAATGAAGATTCCTCTAGAGGGATTAGGTTTGAGGATGGTAACAACAATTCGTCGGCTGT
TGTTCAGCCAGTTTTTACGTCGAACCAGCTTTCATTGCCCAGTGAGATGGATTTCTGGGG
TTATTCTAAATAGACGATTAATATCTTATGGGTAATGACTATGCATGTTCCAGATTACAT
GTTTTATTTATTGCATTTTGATGGGTGGAAGCAAATTGCTTTTAACAAAATGCAAATATA
TCCACTGTTCAAAAGAGTAACAAGGGGATTGATTATCTTATTGTACTCATCATGATCTAT
GTATGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G478TF U 1
AF RR3G478JQ C 651
BS 1 731 RR3G478TF
BS 732 1268 RR3G478JQ

RD RR3G478TF 731 0 0
GGAAAAAGGCAGTGCTTAAATGTTTTAAGAGATTCATTGGTTGATTGATAGAGAAAACGT
AATCAAGATGGGTTCTTCGTCCAACGGAGGCGTGCCACCTGGGTTTCGGTTTCATCCGAC
GGACGAAGAGCTTCTCCATTACTACCTAAAGAAGAAAATCTCTTACCAGAAGTTTGAGAT
GGAAGTTATCAGAGAGGTTGACTTAAACAAGCTTGAGCCTTGGGATTTACAAGAGAGATG
CAAGATAGGGTCAACGCCTCAGAACGAATGGTATTTCTTTAGCCACAAGGATAGGAAATA
TCCGACGGGATCAGGGACAAACCGTGCTACTCACGCAGGGTTCTGGAAAGCGACGGGACG
TGACAAGTGCATAAGGAACTCTTATAAGAAGATAGGAATGAGGAAGACTCTCGTGTTCTA
CAAAGGAAGAGCTCCTCATGGCCAAAAGACTGATTGGATCATGCATGAGTACCGTCTTGA
AGATGCTGATGATCCTGAAGGCAACCCTAGTGAGGATGGATGGGTGGTTTGTAGGGTATT
CATGAAGAAGAATTTGTTCAAGGTAGTGAATGACGGTGGTTCAAGCATTAACTCTGCGGA
CCAATACAACCATGATGCGTCCAACAACAACAACAAACTCCAAGCTCGTAGCTTTATGCA
CGGAGACAGTCCTTACCAACTAGTACGTAACCACGGAGCCACGACATTCGAACTCAACAA
GCCTGACCTTG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3G478JQ 618 0 0
GCTTTATGCACGGAGACAGTCCTTACCAACTAGTACGTAACCACGGAGCCACGACATTCG
AACTCAACAAGCCTGACCTTGCTTTTCATCAGTACCCACCAATTTTCCACAAGCCACCAT
CCCTTGGATTTGACTACTCTTCAGGAATTCAAAGGGATTGCGAGAGTGCTGCTAGTGAAG
GGTTACAATATCAGCAAGCATGTGAGCAGGGTTTAGAGGTTGGCACGTGCGAGACAGGGG
CTAATAATAACCATCAACAAGGTCTAGGTGAATGGTCAATGATGGATAGGCTTGTGACAT
GTCATGTGGGAAATGAAGATTCCTCTAGAGGGATTAGGTTTGAGGATGGTAACAACAATT
CGTCGGCTGTTGTTCAGCCAGTTTTTACGTCGAACCAGCTTTCATTGCCCAGTGAGATGG
ATTTCTGGGGTTATTCTAAATAGACGATTAATATCTTATGGGTAATGACTATGCATGTTC
CAGATTACATGTTTTATTTATTGCATTTTGATGGGTGGAAGCAAATTGCTTTTAACAAAA
TGCAAATATATCCACTGTTCAAAAGAGTAACAAGGGGATTGATTATCTTATTGTACTCAT
CATGATCTATGTATGTAC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 2

CO CL7261Contig1 865 2 2 U
GGGTAGAAAGCTCGGCTGCTCGACGACAGTCGCTTTCTCTCTCATAAAGTTCCATCTTCT
TTCTTCACCAAAAACTTCAAGGTCTTCAGATTTGCAGCTCCGGCGGCTTCCATAGCGTCG
GAGCTGTGCTTTCATTTCTTGAGGGTTGAGGAAATCCTTCGAAAGCCTCTTAGATGTGGT
GTAGCTTGTTCCCTTCGTCGCTGTTATGGCTTTCTCGATTGATTTGATCAGATCTGTATT
TTTTTCTGGTGTACGGTGGCTAGTTGAAGCCGTCTCTGATGTGGGTTGCTAATTCTTCCA
TCAGATCTGATCAAATCGGTGTCGGTTGAGTCGTTTGTGGTCGACGTTTTGGTCTGTAGT
GCTCTCCTCTTTCTTAGGCTCTGGTTATTGGAAGGAGCTCCTCTTTTGGTGGTTTCGGTT
TGTGTCTCCCTATGGTTGGGGCTGTTCTGGTTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACATCA
TCTTCGTCGGCTTTAGTCTCCGGGAAAGGTGATTCTTTTACACCGTTTTCGCCGGCTTAT
CACTGTTTACTCTTGTCGGTAAAGATGTCTCTGCTTACTTGATGGAAAATTGGAGCTTTG
GATTCAATCCTTCGTTTCCAGTTTAGCTTCGCTGATGGTGGATTTCTGGCGTGCTTACTA
TCTGATTCCGGAGGATGGCCGTGCTTTCCGGTGGATGTTCAGGTGTTGGGAAGAGATGAA
TCTGTTCACGTGTTGGAAGGGAAGAGATGAGTCTTCCTCGTTGACTCATATGTGGGCCTA
GGGCCTGGTTAAATTAAATGTATTTCTTGTTTTGGACTATGTTTTGTTCTGTATGTGTGT
TGTTAGTGGGCTTGGACCTTTAATA


BQ
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AF RR3C656TF U 1
AF RR3C656JQ C 199
BS 1 667 RR3C656TF
BS 668 865 RR3C656JQ

RD RR3C656TF 667 0 0
GGGTAGAAAGCTCGGCTGCTCGACGACAGTCGCTTTCTCTCTCATAAAGTTCCATCTTCT
TTCTTCACCAAAAACTTCAAGGTCTTCAGATTTGCAGCTCCGGCGGCTTCCATAGCGTCG
GAGCTGTGCTTTCATTTCTTGAGGGTTGAGGAAATCCTTCGAAAGCCTCTTAGATGTGGT
GTAGCTTGTTCCCTTCGTCGCTGTTATGGCTTTCTCGATTGATTTGATCAGATCTGTATT
TTTTTCTGGTGTACGGTGGCTAGTTGAAGCCGTCTCTGATGTGGGTTGCTAATTCTTCCA
TCAGATCTGATCAAATCGGTGTCGGTTGAGTCGTTTGTGGTCGACGTTTTGGTCTGTAGT
GCTCTCCTCTTTCTTAGGCTCTGGTTATTGGAAGGAGCTCCTCTTTTGGTGGTTTCGGTT
TGTGTCTCCCTATGGTTGGGGCTGTTCTGGTTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACATCA
TCTTCGTCGGCTTTAGTCTCCGGGAAAGGTGATTCTTTTACACCGTTTTCGCCGGCTTAT
CACTGTTTACTCTTGTCGGTAAAGATGTCTCTGCTTACTTGATGGAAAATTGGAGCTTTG
GATTCAATCCTTCGTTTCCAGTTTAGCTTCGCTGATGGTGGATTTCTGGCGTGCTTACTA
TCTGATT

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3C656JQ 667 0 0
CGCTGTTATGGCTTTCTCGATTGATTTGATCAGATCTGTATTTTTTTCTGGTGTACGGTG
GCTAGTTGAAGCCGTCTCTGATGTGGGTTGCTAATTCTTCCATCAGATCTGATCAAATCG
GTGTCGGTTGAGTCGTTTGTGGTCGACGTTTTGGTCTGTAGTGCTCTCCTCTTTCTTAGG
CTCTGGTTATTGGAAGGAGCTCCTCTTTTGGTGGTTTCGGTTTGTGTCTCCCTATGGTTG
GGGCTGTTCTGGTTCTGGGAAGAGGTGGTTCACATAACATCATCTTCGTCGGCTTTAGTC
TCCGGGAAAGGTGATTCTTTTACACCGTTTTCGCCGGCTTATCACTGTTTACTCTTGTCG
GTAAAGATGTTTCTGCTTACTTGATGGAAAATTGGAGCTTTGGATTCAATCCTTCGTTTC
CAGTTTAGCTTCGCTGATGGTGGATTTCTGGCGTGCTTACTATCTGATTCCGGAGGATGG
CCGTGCTTTCCGGTGGATGTTCAGGTGTTGGGAAGAGATGAATCTGTTCACGTGTTGGAA
GGGAAGAGATGAGTCTTCCTCGTTGACTCATATGTGGGCCTAGGGCCTGGTTAAATTAAA
TGTATTTCTTGTTTTGGACTATGTTTTGTTCTGTATGTGTGTTGTTAGTGGGCTTGGACC
TTTAATA

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL7262Contig1 1533 2 2 U
GGAGTTTGTGTCTGTGCGATAATGGCCATGTCAGACCTTTCAAGCCCGAAAACGACGTCG
CCTTTCCTCCGCTCTTCGTCTCAGCTTCTCCTCTCCTCCAAGTTGCATGTTTCAAACCAG
TTTCGCCATCTTCTTCTTCCTCCACCTCTCCACCCAACTTCCATCTCCAAAATCTCTTGC
TCTGTTTCTCAGAATAACCAAGCACCCGTTGCGGTTCAAGATAATGGGTCAGTGAAGACG
AAGAAAGAGTGTTATGGAGTGTTCTGTCTCACCTATGACCTTAAAGCTGAAGAGGAGACG
AAATCATGGAAGAAGATGATCCGTTTTGCAGTTTCAGGTGCTGCAGGCATGATTTCAAAC
CACCTTCTCTTCAAACTTGCTTCAGGTTCAGTGTTTGGACCAGACCAGCCCATTGCTTTG
AAACTACTTGGATCAGAGAGATCAATCCAAGCTCTCGAAGGTGTTGCAATGGAACTTGAG
GATTCCTTGTTCCCTTTGTTGAGAGAAGTTGATATAGGAACGGATCCGTATGAAGTGTTC
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TTACTTGAGCAATAGAGCAAACTCATGTTCTAC


BQ
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AF RR3AZ03TF U 1
AF RR3AZ03JQ C 753
BS 1 843 RR3AZ03TF
BS 844 1533 RR3AZ03JQ

RD RR3AZ03TF 843 0 0
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CCTTTCCTCCGCTCTTCGTCTCAGCTTCTCCTCTCCTCCAAGTTGCATGTTTCAAACCAG
TTTCGCCATCTTCTTCTTCCTCCACCTCTCCACCCAACTTCCATCTCCAAAATCTCTTGC
TCTGTTTCTCAGAATAACCAAGCACCCGTTGCGGTTCAAGATAATGGGTCAGTGAAGACG
AAGAAAGAGTGTTATGGAGTGTTCTGTCTCACCTATGACCTTAAAGCTGAAGAGGAGACG
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CAAGATGCGGAGTGGGCTCTTCTGATTGGTGCAAAACCTCGAGGCCCTGGAATGGAACGT
GCTGCTTTGTTGGATATTAATGGACAGATATTTGCTGAGCAAGGGAAAGCTCTTAACGCA
GTTGCCTCTCCTAACGTCAAGGTCCTTGTAGTTGGGAATCCTTGCAACACTAACGCCTTG
ATTTGTCTTAAAAATGCTCCAAACATTCCTGCAAAGAACTTTCATGCCCTCACGAGGTTG
GACGAGAATCGAGCCAAGTGTCAGCTTGCTCTTAAAGCTGGAGTCTTCTACGACAAAGTC
TCT

QA 1 843 1 843
DS 

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TAAAGCTGGAGTCTTCTACGACAAAGTCTCTAACATGACCATATGGGGAAATCACTCCAC
GACTCAGGTGCCAGACTTCTTGAATGCCAGAATCAATGGCCGGCCGGTGAAGGAGGTTAT
TACAGATCACAAGTGGTTAGAAGAGGGATTCACTGAGAGTGTGCAGAAGAGAGGTGGCTT
ATAATTCAGAAATGGGGTCGATCTTCTGCTGCTTCTACCGCTGTTTCCATTGTTGATGCT
ATAAAGTCTCTTGTGACTCCTACTCCTGAGGGTGACTGGTTTTCCACTGGGGTGTGCACA
GATGGAAATCCTTATGGTATTGCAGAGGACCTCGTCTTCAGCATGCCATGCCGGTCAAAG
GGAGATGGAGATTATGAGCTTGTCAAGGATGTAGAGATTGATGACTACCTACGCAAACGA
ATCGCCAAGTCGGAATCAGAACTGTTGGCTGAGAAGAAATGTGTTGCACACCTCACTGGA
GATGGCATCGCCTTCTGTGATCTTGGTCCGGTAGATACAATGCTTCCCGGTGAAGTTTGA
TTTTGGTGAGGACGTTGAGCATCACAAGTAAGCATTATCTTTTGGGTTGTTAGCTGTTGT
ACATAGCACACCCATATTACTCATGTTGACTGGTTGGAATAAGTGAATTAAACTCTTCAC
ATTTTACTTCTTATTTATACATGTGAGTTTACTTGAGCAATAGAGCAAACTCATGTTCTA
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL7263Contig1 635 2 1 U
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ACTTATGACTTCACAAGAAACAACCAAAAACTATCTGTAAATAAGAAAGACATCTCATGG
AAAAGCGATAGAGATTCAAAGTTTGGTAAAAACGTCTTCCCCAAAAATTTCCAAAAAGGA
TCTCCCATCGGCGGTAAAAGTCTTGATCCAAAGATTCCATTGAGTGAGCAAGAAGACTTA
ATAGTGTGGATGAGAACTGCAGCTCTACCAATATTTAGAAAGCTGTATGGCAAAATAGAC
ACTGATCTTGAAGCTGGAGATACCATAAACGTTCTGTTGCAGAACAATTACAACACTTAT
AGCTTCAATGGAAAGAAGAAGCTTGTGCTATCTACCACAAGCTGGCTTGGTGGAAGGAAT
GACTTCCTTGGGATTGCGTACTTAACTGTTGGTAGTATATGCTTGTCCTTGGCTGTTTTC
TTCTCGGTCTTGTATCTAGCAAAGCCAAGGCAACTGGGAGATCCATCGTACTTGTCATGG
AACAGAAGTGCTGGAGGTGGACGATGATAGAGCTGTTTTCTTTGTTTATCTCTGTCACAT
TCTTCTATTGGTAATACAAATTTTATTTATCATCC


BQ
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AF RR3BP18JQ C 1
AF RR3BP18TF U 1
BS 1 635 RR3BP18TF

RD RR3BP18JQ 635 0 0
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TCTCCCATCGGCGGTAAAAGTCTTGATCCAAAGATTCCATTGAGTGAGCAAGAAGACTTA
ATAGTGTGGATGAGAACTGCAGCTCTACCAATATTTAGAAAGCTGTATGGCAAAATAGAC
ACTGATCTTGAAGCTGGAGATACCATAAACGTTCTGTTGCAGAACAATTACAACACTTAT
AGCTTCAATGGAAAGAAGAAGCTTGTGCTATCTACCACAAGCTGGCTTGGTGGAAGGAAT
GACTTCCTTGGGATTGCGTACTTAACTGTTGGTAGTATATGCTTGTCCTTGGCTGTTTTT
TTCTCGGTCTTGTATCTAGCAAAGCCAAGGCAACTGGGAGATCCATCGTACTTGTCATGG
AACAGAAGTGCTGGAGGTGGACGATGATAGAGCTGTTTTTTTTGTTTATTTCTGTCACAT
TTTTCTATTGGTAATACAAATTTTATTTATCATCC

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3BP18TF 635 0 0
GCAGTAGGTGGTGAACCTATTGTTCCTTGTGGTCTTGTTGCTTGGAGTTTGTTCAATGAT
ACTTATGACTTCACAAGAAACAACCAAAAACTATCTGTAAATAAGAAAGACATCTCATGG
AAAAGCGATAGAGATTCAAAGTTTGGTAAAAACGTCTTCCCCAAAAATTTCCAAAAAGGA
TCTCCCATCGGCGGTAAAAGTCTTGATCCAAAGATTCCATTGAGTGAGCAAGAAGACTTA
ATAGTGTGGATGAGAACTGCAGCTCTACCAATATTTAGAAAGCTGTATGGCAAAATAGAC
ACTGATCTTGAAGCTGGAGATACCATAAACGTTCTGTTGCAGAACAATTACAACACTTAT
AGCTTCAATGGAAAGAAGAAGCTTGTGCTATCTACCACAAGCTGGCTTGGTGGAAGGAAT
GACTTCCTTGGGATTGCGTACTTAACTGTTGGTAGTATATGCTTGTCCTTGGCTGTTTTC
TTCTCGGTCTTGTATCTAGCAAAGCCAAGGCAACTGGGAGATCCATCGTACTTGTCATGG
AACAGAAGTGCTGGAGGTGGACGATGATAGAGCTGTTTTCTTTGTTTATCTCTGTCACAT
TCTTCTATTGGTAATACAAATTTTATTTATCATCC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

CO CL7264Contig1 883 2 2 U
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GACTTTCTAGGGTTTCATGGTTTCTCAAGGTTGGGATCCCGGAGATCTATGGCTTCATAG
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CAGTGGTGGATGGAAGCAGAAAGAGGTTACTGTAAGGAAATATCTTATGGATTCTCGGAG
GATTATGGAGACTTGGAAAGTCCAGGAAGGCAAGGCAAGGCGATTCGGCGAGATCTTTGA
CTCTATCCCGTCGAGGGGAAGTTTCCGCACGCATCTCTCAATCGCGAGATTGCGGTCGTA
TGATTCTCGTTCCCATTAAAACGAAATCGCAAGATCTAGGAAATGGGAATCATAGTGTAG
AGGAGGATGTAATGGATCTTGATGAAAATCGGATTGATGTAGATGGCAATGAAAAGGTCA
TTAGTGGTGATGAGGAGTTTATAGTTATCATCGGCTTCAAAGATTTGTGGTGCGAGTGTT
TGGTCAGCTTCGGTGTTTTTATTTTTGTTTTTTCAATAAGCTCTGTGAGCATATCATTTT
GTAGTACTGATGAGGTCTCTTGGCTTTATTTTGGCCTTTTGTTTCTGGTATGTCTTCATG
TTAAGGTTCTGAACTGGAATAAATTTGGTTTCTTTGGTTTTTATTTCACTTGTGTGCTGG
CTCTGTTGGGAAGAAATGTCTGGTTTCTTTGGCATAATGTATGTAGTACACAAAAGTGGA
GGATCACTGGTTACTATCTGATACTTTGGAGTATATTGGTATGTTTAATTTTAATGAAGC
AGATACTGTATTTGGTCTCCTTAAACCAAATGCAGTCAAAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DI58TF U 1
AF RR3DI58JQ C 144
BS 1 572 RR3DI58TF
BS 573 883 RR3DI58JQ

RD RR3DI58TF 572 0 0
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GATTATGGAGACTTGGAAAGTCCAGGAAGGCAAGGCAAGGCGATTCGGCGAGATCTTTGA
CTCTATCCCGTCGAGGGGAAGTTTCCGCACGCATCTCTCAATCGCGAGATTGCGGTCGTA
TGATTCTCGTTCCCATTAAAACGAAATCGCAAGATCTAGGAAATGGGAATCATAGTGTAG
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TTAGTGGTGATGAGGAGTTTATAGTTATCATCGGCTTCAAAGATTTGTGGTGCGAGTGTT
TGGTCAGCTTCGGTGTTTTTATTTTTGTTTTT

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3DI58JQ 740 0 0
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GAAAATCGGATTGATGTAGATGGCAATGAAAAGGTCATTAGTGGTGATGAGGAGTTTATA
GTTATCATCGGCTTCAAAGATTTGTGGTGCGAGTGTTTGGTCAGCTTCGGTGTTTTTATT
TTTGTTTTTTCAATAAGCTCTGTGAGCATATCATTTTGTAGTACTGATGAGGTCTCTTGG
CTTTATTTTGGCCTTTTGTTTCTGGTATGTCTTCATGTTAAGGTTCTGAACTGGAATAAA
TTTGGTTTCTTTGGTTTTTATTTCACTTGTGTGCTGGCTCTGTTGGGAAGAAATGTCTGG
TTTCTTTGGCATAATGTATGTAGTACACAAAAGTGGAGGATCACTGGTTACTATCTGATA
CTTTGGAGTATATTGGTATGTTTAATTTTAATGAAGCAGATACTGTATTTGGTCTCCTTA
AACCAAATGCAGTCAAAGTT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL7265Contig1 779 2 12 U
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AGCTGGTCATGCTTCATCACATACTTGCTCAAAAACTTCTCATCCGTACACGACAAAACA
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ACGTCCTTCACCGTCCAATTCACCTTCTTCAGTAAAAACTCAGTCTTCTTTGTAATCGAC
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CTGAACCCTAACCCTAGAAACGTCTCCATGGAGCTCAACATCTTGTTCTTGGAGATTTTC
AAGAAAGTAGGAGTGCTCCTGAAGATCTCCCATATATCTTCCTCAGTGAAGCCTAAGCTT
TTATAGACTTCAACCTTATCTTCAATCGTATTGTCGCTCATTTGATAGAGCATACGCAGA
GCGTCCACAAACTTTGAGGTGGTCGGATCAAAACCCATCTCAACAACTTTCTTGAGAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DD11JQ U 1
AF RR3E894JQ U 35
BS 1 71 RR3DD11JQ
BS 72 72 RR3E894JQ
BS 73 144 RR3DD11JQ
BS 145 145 RR3E894JQ
BS 146 162 RR3DD11JQ
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BS 164 180 RR3DD11JQ
BS 181 181 RR3E894JQ
BS 182 198 RR3DD11JQ
BS 199 199 RR3E894JQ
BS 200 458 RR3DD11JQ
BS 459 779 RR3E894JQ

RD RR3DD11JQ 458 0 0
GCCAGTCAGATTGCATATTAAAAGGAAACAGGTTGAATCCAAGTCAAATTGAGATTACAA
AAGCACAAAATGGGATACATAAAATTAAAACCTCATCTTATTGTTCCCCTTTTTATCATT
GGTACTAGGAGTCACTAGTCAGGATGATCTAAAACTAGAACACACCTTGACGTTGCTCAC
TGTTGTGGGAGTGACTTCTGGTATACTTCTCCGGTATAGATAGCCATCAACTCAGGCACC
AGCTGGTCATGCTTCATCACATACTTGCTCAAAAACTTCTCATCCGTACACGACAAAACA
GAGGAGACCGGAGGAAGCTCATTCCCAATCAACCCTTTAGACATGAGAGCTTTGATAACG
TTACACCTTGGTACAATCCTCTTCTCCAAGCTGTACCCAGCTACCTGAGGGTGCAAAGCA
ACGTCCTTCACCGTCCAATTCACCTTCTTCAGTAAAAA

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR3E894JQ 745 0 0
GAATCCAAGTCAAATTGAGATTACAAAAGCACAAAATAGGATACATAAAATTAAGACCTC
ATCTTATTGTTCCCCTTTTTATCATTGGTACTAGGAGTCACTAGTCAGGAAGATCTAAAA
CTAGAACAAACCTTGACGTTGCTCACGGTTGTGGGAGTGACTTCAGGTCTACTTCTCCGG
TATAGATAGCCATCAACTCAGGCACCAGCTGGTCATGCTTCATCACATACTTGCTCAAAA
ACTTCTCATCCGTACACGACAAAACAGAGGAGACCGGAGGAAGCTCATTCCCAATCAACC
CTTTAGACATGAGAGCTTTGATAACGTTGCACCTTGGTACAATCCTCTTCTCCAAGCTGT
AGCCAGCTACCTGAGGGTGCAAAGCAACGTCCTTCACCGTCCAATTCATCTTCTTCAGTA
AAAACTCAGTCTTCTTTGTAATCGACTCCGTAGAATACTCGATGCAGGGAGGATAGCGTT
TTATTATCATCGCAAACTCATCCCTGCTGAACCCTAACCCTAGAAACGTCTCCATGGAGC
TCAACATCTTGTTCTTGGAGATTTTCAAGAAAGTAGGAGTGCTCCTGAAGATCTCCCATA
TATCTTCCTCAGTGAAGCCTAAGCTTTTATAGACTTCAACCTTATCTTCAATCGTATTGT
CGCTCATTTGATAGAGCATACGCAGAGCGTCCACAAACTTTGAGGTGGTCGGATCAAAAC
CCATCTCAACAACTTTCTTGAGAGA

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL7266Contig1 754 2 10 U
GGAGTCTCTCTTTCGCTCGCATCGTTGATTCTCCGAAGCTTTCTCTTGTCGATTCTCGTT
TCTTTCCCCACCTTCGAAACTCTAAAGCAAAGGTTTGAAACATGTTTCTCAAAGTCGAGT
TGCCATGGAACGTGATGATCCCTGCTGAAAACATGGATGCGAAGGGTCTTATGCTGAAGA
GGACTATTCTTGTTCAGTTGCTAGAGGCTTTTGCGTCGAAGAGAGCAACCAAGGAGCTTG
GCTACTACTTAACAGTCACGTCTCTAGACAAGATTGGAGAAGGCAAAATCAGGGAGCACA
CCGGTGAAGTTATGTTCCCTGTCGTTTTCAGCGGGATGACCTTCAAGATCTTCAAAGGAG
AGATACTCGAGGGTGTGGTGCACAGGGTGCTGAGGCACGGTGTCTTCATGAGGTGTGGTC
CTGTCGAGAACGTCTACCTCTCTCACCTGAAGATGCCTGATTACAAGTACCTCCCGGGAG
AGAACCCCATCTTCATGAACGATAAGATGTCTAGGATTCAGGTTGATACTTTGGTCAGAT
TTGTGGTGATTGGGACCAAGTGGATGGAGGTTGAGAAGGAGTTTCAGGCGTTGGCTAGCC
TTGAAGGGGACTACCTTGGACCGATCTCTGAAGAATGATCTGTCTGTTTTTTTCATGTGA
TGGTGGTTTTGTGTAATCTCTTATGTTCGGTAAGTACTCTTTTAACCTGTGCAGACAATT
AATGAACCTAGAATTTCGAATGTTGACATTCTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BT87JQ C 1
AF RR3BT87TF U 1
BS 1 634 RR3BT87TF
BS 635 635 RR3BT87JQ
BS 636 652 RR3BT87TF
BS 653 653 RR3BT87JQ
BS 654 717 RR3BT87TF
BS 718 718 RR3BT87JQ
BS 719 719 RR3BT87TF
BS 720 721 RR3BT87JQ
BS 722 736 RR3BT87TF
BS 737 754 RR3BT87JQ

RD RR3BT87JQ 754 0 0
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TCTTTCCCCACCTTCGAAACTCTAAAGCAAAGGTTTGAAACATGTTTCTCAAAGTCGAGT
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GGACTATTCTTGTTCAGTTGCTAGAGGCTTTTGCGTCGAAGAGAGCAACCAAGGAGCTTG
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CCGGTGAAGTTATGTTCCCTGTCGTTTTCAGCGGGATGACCTTCAAGATCTTCAAAGGAG
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TTGTGGTGATTGGGACCAAGTGGATGGAGGTTGAGAAGGAGTTTCAGGCGTTGGCTAGCC
TTGAAGGGGACTACCTTGGACCGATCTCTGAAGAATGATCTGTCTGTTTTTTTCATGTGA
TGGTGGTTTTGTGTAATCTCTTATGTTCGGTAAGTACTCTTTTAACCTGTGCAGACAATT
AATGAACCTAGAATTTCGAATGTTGACATTCTCC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3BT87TF 736 0 0
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TGCCATGGAACGTGATGATCCCTGCTGAAAACATGGATGCGAAGGGTCTTATGCTGAAGA
GGACTATTCTTGTTCAGTTGCTAGAGGCTTTTGCGTCGAAGAGAGCAACCAAGGAGCTTG
GCTACTACTTAACAGTCACGTCTCTAGACAAGATTGGAGAAGGCAAAATCAGGGAGCACA
CCGGTGAAGTTATGTTCCCTGTCGTTTTCAGCGGGATGACCTTCAAGATCTTCAAAGGAG
AGATACTCGAGGGTGTGGTGCACAGGGTGCTGAGGCACGGTGTCTTCATGAGGTGTGGTC
CTGTCGAGAACGTCTACCTCTCTCACCTGAAGATGCCTGATTACAAGTACCTCCCGGGAG
AGAACCCCATCTTCATGAACGATAAGATGTCTAGGATTCAGGTTGATACTTTGGTCAGAT
TTGTGGTGATTGGGACCAAGTGGATGGAGGTTGAGAAGGAGTTTCAGGCGTTGGCTAGCC
TTGAAGGGGACTACCTTGGACCGATCTCTGAAGA*TGATCTGTCTGTTTTTT*CATGTGA
TGGTGGTTTTGTGTAATCTCTTATGTTCGGTAAGTACTCTTTTAACCTGTGCAGACATT*
*ATGAACCTAGAATTT

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL7267Contig1 665 2 1 U
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TGGTCGCACAACCGATCTCTAAATCTCCCTTCAGTGCATACGTTCTTAGATACAACAGCT
TGGTGGAGAAGCTCTTAAATGTCCTGCAAGTTTTTCTGCAATTTTATACTACAAGACTTT
TTCATTAACTCTCTTACTATAATATATCTATCTTATTAAAGTAGAAACATTCTATTGGAC
CTAACATTTATTTTGTAAGTTTTTAAATTAAATACACTTTTATACTTTATAGTTAAACCT
ACATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 

AF RR3CO49JQ C 1
AF RR3CO49TF U 1
BS 1 665 RR3CO49TF

RD RR3CO49JQ 665 0 0
GAGGACATTGCTAAACGCCATGGACGTAAGCGATCTCCAGGAAGACCTAATGGTTGAAGA
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AGCTGCGTCTTTGAGGTCATTGTGCAATGAACTAAAGGCAAAGGAGCCACAATCTGAGAG
GAAACGCAAGAAAGTAGTGTCTACCAAGAAAGGTGACAAAGCCAGTAGTAGCAATGCTGG
TGGTCGCACAACCGATCTCTAAATCTCCCTTCAGTGCATACGTTCTTAGATACAACAGCT
TGGTGGAGAAGCTCTTAAATGTCCTGCAAGTTTTTCTGCAATTTTATACTACAAGACTTT
TTCATTAACTCTCTTACTATAATATATCTATCTTATTAAAGTAGAAACATTCTATTGGAC
CTAACATTTATTTTGTAAGTTTTTAAATTAAATACACTTTTATACTTTATAGTTAAACCT
ACATT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3CO49TF 665 0 0
GAGGACATTGCTAAACGCCATGGACGTAAGCGATCTCCAGGAAGACCTAATGGTTGAAGA
AGACTCCATGGACGATCTCATCAGAGACCGATTCAGACTCTCCGCTATCTCTATCGCCGA
AGCCGAGGCGAAGAAAAGTGGAATGGAGATAGCAGGACCTGTTGTAGCATGCGTCGCTGA
TCTAGCCTTCAAATATGCAGAGAATGTTGCAAAGGACCTAGAACTCTTTGCTCATCATGC
TGGACGCAAAGTTGTCAATATGGACGATGTTGTTCTCTCCGCGCACAGAAACGATAATTT
AGCTGCGTCTTTGAGGTCATTGTGCAATGAACTAAAGGCAAAGGAGCCACAATCTGAGAG
GAAACGCAAGAAAGTAGTGTCTACCAAGAAAGGTGACAAAGCCAGTAGTAGCAATGCTGG
TGGTCGCACAACCGATCTCTAAATCTCCCTTCAGTGCATACGTTCTTAGATACAACAGCT
TGGTGGAGAAGCTCTTAAATGTCCTGCAAGTTTTTCTGCAATTTTATACTACAAGACTTT
TTCATTAACTCTCTTACTATAATATATCTATCTTATTAAAGTAGAAACATTCTATTGGAC
CTAACATTTATTTTGTAAGTTTTTAAATTAAATACACTTTTATACTTTATAGTTAAACCT
ACATT

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL7268Contig1 742 2 3 U
TTTTTTGAGTTCACATCTGCTCTTGTTATTCGTAAAATAGTCTGGAATTTTCTCTGTTTT
TTTGGGTCTTAAATAAAATGCATTTGATCCACAAAGGAGCCACACACACGCACACACAAA
CTAGCCAGGTCTGGAGGTATATGACCTCCTTATTACATCACTCTCTTCCTCGATAAAGTG
ACAGCTTAGCCCTGAAGACCAATAATACCACAAGCAACACGGCCGCCTGCATTTCCGGTA
GCCAAGCTGAATTCATGGCCTCCCTTTCCGAGGTCATCAGGGTCAGCGTGGACAACAACA
GCCCTTCCCACAATAGAGTTTGGTCCATCAAGAGGAATCTGGCTGTCAGTGATTGTGAAG
GTGGCAGTTCCATCATCTCCAACAGTGATGTTTCCTAGATCGCCAGCATGTCGATTAGCA
TCCTCAGGGGCACCGTGTTGTTTACCTTCAGGGTTGAAATGTGGACCGGTGGACATGCAG
CCGTTAGTGGTGTCACCAAGAGCATGGACATGAAAACCATGTAGACCAGGTTTAAGTCCA
GAAACTGTACCAGTCACAGTGGTCGCACCGTTTCCATCCTGGGTGAAGAAGATAGTCCCC
TTAACACCCTCGCTGCTGTTCAAGACTGCAACTCCCTTGGCCATAGTTTGTTATCCTTTG
TGTTCTCAGGATACCCCTTTGGGAAAGAAGCGTTTTAGCTATGAAAATGCCTGAGTCTTC
CTCTCTGGATGAGAACGCACCC


BQ
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20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV39JQ U 7
AF RR3EV39TF C 1
BS 1 6 RR3EV39TF
BS 7 628 RR3EV39JQ
BS 629 742 RR3EV39TF

RD RR3EV39JQ 622 0 0
GAGTTCACATCTGCTCTTGTTATTCGTAAAATAGTCTGGAATTTTCTCTGTTTTTTTGGG
TCTTAAATAAAATGCATTTGATCCACAAAGGAGCCACACACACGCACACACAAACTAGCC
AGGTCTGGAGGTATATGACCTCCTTATTACATCACTCTCTTCCTCGATAAAGTGACAGCT
TAGCCCTGAAGACCAATAATACCACAAGCAACACGGCCGCCTGCATTTCCGGTAGCCAAG
CTGAATTCATGGCCTCCCTTTCCGAGGTCATCAGGGTCAGCGTGGACAACAACAGCCCTT
CCCACAATAGAGTTTGGTCCATCAAGAGGAATCTGGCTGTCAGTGATTGTGAAGGTGGCA
GTTCCATCATCTCCAACAGTGATGTTTCCTAGATCGCCAGCATGTCGATTAGCATCCTCA
GGGGCACCGTGTTGTTTACCTTCAGGGTTGAAATGTGGACCGGTGGACATGCAGCCGTTA
GTGGTGTCACCAAGAGCATGGACATGAAAACCATGTAGACCAGGTTTAAGTCCAGAAACT
GTACCAGTCACAGTGGTCGCACCGTTTCCATCCTGGGTGAAGAAGATAGTCCCCTTAACA
CCCTCGCTGCTGTTCAAGACTG

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3EV39TF 742 0 0
TTTTTTGAGTTCACATCTGCTCTTGTTATTCGTAAAATAGTCTGGAATTTTCTCTGTTTT
TT*GGGTCTTAAATAAAATGCATTTGATCCACAAAGGAGCCACACACACGCACACACAAA
CTAGCCAGGTCTGGAGGTATATGACCTCCTTATTACATCACTCTCTTCCTCGATAAAGTG
ACAGCTTAGCCCTGAAGACCAATAATACCACAAGCAACACGGCCGCCTGCATTTCCGGTA
GCCAAGCTGAGTTCATGGCCTCCCTTTCCGAGGTCATCAGGGTCAGCGTGGACAACAACA
GCCCTTCCCACAATAGAGTTTGGTCCATCAAGAGGAATCTGGCTGTCAGTGATTGTGAAG
GTGGCAGTTCCATCATCTCCAACAGTGATGTTTCCTAGATCGCCAGCATGTCGATTAGCA
TCCTCAGGGGCACCGTGTTGTTTACCTTCAGGGTTGAAATGTGGACCGGTGGACATGCAG
CCGTTAGTGGTGTCACCAAGAGCATGGACATGAAAACCATGTAGACCAGGTTTAAGTCCA
GAAACTGTACCAGTCACAGTGGTCGCACCGTTTCCATCCTGGGTGAAGAAGATAGTCCCC
TTAACACCCTCGCTGCTGTTCAAGACTGCAACTCCCTTGGCCATAGTTTGTTATCCTTTG
TGTTCTCAGGATACCCCTTTGGGAAAGAAGCGTTTTAGCTATGAAAATGCCTGAGTCTTC
CTCTCTGGATGAGAACGCACCC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL7269Contig1 863 2 4 U
GCATAGCCTCCAATTGTCACTCCTCCATTGCAGGGGGACTGTTTTGCATAAAGTGGCCAA
GTGTGAGAATGAGCAGCAAGAACATCTATGGTTACCACAAACACTTTACGATACAAATAG
GCCATATGGTCATACAGTTCTGCAACCTTTCGCAGATGACTCCTCGAATTAAAAGATGTA
AGCTGAGGAACTGTTCTTTGTTCTACGTACTGTTGAGAGGACTCAGTGTTGGAATGTGAG
TCAATTATTCTTATGCAGAACAGTGAAGATCAATGGCTGGTATAGCTCTACTTCACATCT
CAAAGATTGACAATAGTAAGACAAAAGTATGGTTCAGGGGCAAAACGTTCTGAGAAAATC
GGAGCACAAGTGAGACAGAAACTGATTGTGGTCCATGGAATCAGCTTGCTATTTTTAACA
GCTGCAAATACATATGATCCACAGACCTTAAAAATGGAGTCGGCAGCTAGGGGACGCAGC
TTTGTGTTTAATTTATATGGTGGGATATATCTATTTCAATATGATTCGAATCCACTACGG
ATTTGGAACAAAGCCGAAGTTATCCGTGAGAGACGTCTCAAGTCAGCCAACTCAACCAAC
CAAATCCAATTGCACTCTCACTGCTAGATCAATACAAGCTACCTGCTCAGGAATTAGGAT
TAGGAACCAACATATGGTAAAATTTCCGCACCGTGTACGCAAGCATGCTCTCCGGATGTA
GTGAAGCAGATCACTCCCAGTCACAAGTGGTGGTGAAGCCAAGGTCACATTGCTGATCAT
GAATTTTAATGACTTTATGTTTGTTTTTGTTGTGTGGTTCAGAATTCGTCTTAACTTCCT
AAATCAATATTTATATATTGACC


BQ
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AF RR3FR35TF U 1
AF RR3FR35JQ C 202
BS 1 650 RR3FR35TF
BS 651 651 RR3FR35JQ
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BS 661 863 RR3FR35JQ

RD RR3FR35TF 660 0 0
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GTGTGAGAATGAGCAGCAAGAACATCTATGGTTACCACAAACACTTTACGATACAAATAG
GCCATATGGTCATACAGTTCTGCAACCTTTCGCAGATGACTCCTCGAATTAAAAGATGTA
AGCTGAGGAACTGTTCTTTGTTCTACGTACTGTTGAGAGGACTCAGTGTTGGAATGTGAG
TCAATTATTCTTATGCAGAACAGTGAAGATCAATGGCTGGTATAGCTCTACTTCACATCT
CAAAGATTGACAATAGTAAGACAAAAGTATGGTTCAGGGGCAAAACGTTCTGAGAAAATC
GGAGCACAAGTGAGACAGAAACTGATTGTGGTCCATGGAATCAGCTTGCTATTTTTAACA
GCTGCAAATACATATGATCCACAGACCTTAAAAATGGAGTCGGCAGCTAGGGGACGCAGC
TTTGTGTTTAATTTATATGGTGGGATATATCTATTTCAATATGATTCGAATCCACTACGG
ATTTGGAACAAAGCCGAAGTTATCCGTGAGAGACGTCTCAAGTCAGCCAACTCAACCAAC
CAAATCCAATTGCACTCTCACTGCTAGATCAATACAAGCTACCTGCTCAG*AATTAGGAT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3FR35JQ 662 0 0
TCTACGTACTGTTGAGAGGACTCAGTGTTGGAATGTGAGTCAATTATTCTTATGCAGAAC
AGTGAAGATCAATGGCTGGTATAGCTCTACTTCACATCTCAAAGATTGACAATAGTAAGA
CAAAAGTATGGTTCAGGGGCAAAACGTTCTGAGAAAATCGGAGCACAAGTGAGACAGAAA
CTGATTGTGGTCCATGGAATCAGCTTGCTATTTTTAACAGCTGCAAATACATATGATCCA
CAGACCTTAAAAATGGAGTCGGCAGCTAGGGGACGCAGCTTTGTGTTTAATTTATATGGT
GGGATATATCTATTTCAATATGATTCGAATCCACTACGGATTTGGAACAAAGCCGAAGTT
ATCCGTGAGAGACGTCTCAAGTCAGCCAACTCAACCAACCAAATCCAATTGCACTCTCAC
TGCTAGATCAATACAAGCTACCTGCTCAGGAATTAGGATTAGGAACCAACATATGGTAAA
ATTTCCGCACCGTGTACGCAAGCATGCTCTCCGGATGTAGTGAAGCAGATCACTCCCAGT
CACAAGTGGTGGTGAAGCCAAGGTCACATTGCTGATCATGAATTTTAATGACTTTATGTT
TGTTTTTGTTGTGTGGTTCAGAATTCGTCTTAACTTCCTAAATCAATATTTATATATTGA
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL7270Contig1 921 2 2 U
GGATGGTGAAGATGTTGCAGTGAAGGTGCTTGATTGGGAAGATGATGGTAAAGAAAGTAC
AACAAATCGGGCTTTATTTCGTCAAGAGGTCACTGTTTGGCACAAACTAGACCACCCAAA
TGTCACAAAGTTTGTTGGAGCATCAATGGGAACAAATCTGAAAATACCAATACATGACTC
AGAAAACTCGTTACCTCAACGAGCTTGTTGTGTAGTTGTTGAATATGTCTCTGGTGGAAC
GTTGAAGCAGTACTTGATCCGTAATAGACGCAAGAAACTCGCGTTTAAAGTTGTTATCAA
ACTTGCTCTCGACCTCTCCCGAGGGCTAAGCTATCTGCACTCAGAGAAGATAGTGCACCT
GATGTGAAAACAGAGAATATGCTTTTGGATGTTCAAAGTAATCTGAAAATAGCAGATTTT
GGAGTAGCGAGAGTGGAAGCTCTGAATCCAAAGGACATGACTGGAGAAACGGGTACTCTT
GGATACATGGCTCCTGAGGTTATCGGTGGCAAGCCATACAACAGAAGATGTGATGTTTAT
AGCTTTGGGATATGTTTATGGGAAATCTACTGCTGTGACATGCCTTATCCTGATCTTAGC
TTTGTCGATGTTTCTTCAGCTGTTGTCTTACATAATCTGAGACCGGAGATTCCTAGATGC
TGTCCGACGGTATTGGCGAATATAATGAAGAAATGTTGGGATGGGAATCCGCAGAGACGA
CCGGAGATGGTGGACGTGGTGAAGATGCTTGAAGGAATTGATACCAGTAAAGGCGGCGGT
ATGATACCTGAAGATCAGAGTCCCGGCGGCTGCTTTTGCTTTGCTCCAGCTCGTGGCCCC
TAAAAGCTCCCTTCTCTCTCTTTTTTAATCGTCTTGTTTTCAGTCATTTTTCCTTCACAT
TGAATGATATTTGTTTCTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BC54TF U 1
AF RR3BC54JQ C 53
BS 1 771 RR3BC54TF
BS 772 921 RR3BC54JQ

RD RR3BC54TF 771 0 0
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ACTTGCTCTCGACCTCTCCCGAGGGCTAAGCTATCTGCACTCAGAGAAGATAGTGCACCT
GATGTGAAAACAGAGAATATGCTTTTGGATGTTCAAAGTAATCTGAAAATAGCAGATTTT
GGAGTAGCGAGAGTGGAAGCTCTGAATCCAAAGGACATGACTGGAGAAACGGGTACTCTT
GGATACATGGCTCCTGAGGTTATCGGTGGCAAGCCATACAACAGAAGATGTGATGTTTAT
AGCTTTGGGATATGTTTATGGGAAATCTACTGCTGTGACATGCCTTATCCTGATCTTAGC
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CCGGAGATGGTGGACGTGGTGAAGATGCTTGAAGGAATTGATACCAGTAAA

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3BC54JQ 869 0 0
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GGTGGAACGTTGAAGCAGTACTTGATCCGTAATAGACGCAAGAAACTCGCGTTTAAAGTT
GTTATCAAACTTGCTCTCGACCTCTCCCGAGGGCTAAGCTATCTGCACTCAGAGAAGATA
GTGCACCTGATGTGAAAACAGAGAATATGCTTTTGGATGTTCAAAGTAATCTGAAAATAG
CAGATTTTGGAGTAGCGAGAGTGGAAGCTCTGAATCCAAAGGACATGACTGGAGAAACGG
GTACTCTTGGATACATGGCTCCTGAGGTTATCGGTGGCAAGCCATACAACAGAAGATGTG
ATGTTTATAGCTTTGGGATATGTTTATGGGAAATCTACTGCTGTGACATGCCTTATCCTG
ATCTTAGCTTTGTCGATGTTTCTTCAGCTGTTGTCTTACATAATCTGAGACCGGAGATTC
CTAGATGCTGTCCGACGGTATTGGCGAATATAATGAAGAAATGTTGGGATGGGAATCCGC
AGAGACGACCGGAGATGGTGGACGTGGTGAAGATGCTTGAAGGAATTGATACCAGTAAAG
GCGGCGGTATGATACCTGAAGATCAGAGTCCCGGCGGCTGCTTTTGCTTTGCTCCAGCTC
GTGGCCCCTAAAAGCTCCCTTCTCTCTCTTTTTTAATCGTCTTGTTTTCAGTCATTTTTC
CTTCACATTGAATGATATTTGTTTCTTCC

QA 1 869 1 869
DS 



AS 1 2

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CGTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTAGTTCGGATGAAAGCGACAGAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DM17TF U 32
AF RR3B726TF U 1
BS 1 620 RR3B726TF
BS 621 621 RR3DM17TF
BS 622 710 RR3B726TF

RD RR3DM17TF 614 0 0
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CATAATGCTTCTGGAGTGTTGCTCTCAGGAGAGAACGTACCTGCGTTACTACGGTTTGTT
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TCAGCAGTACTCCATGATCCACCGGCTTGAGACGAACAAGCTGCGTAATGTGGCTAAGTT
CTTCGCCCATTTACTGGGCACAGATGCACTTCCCTGGCATGTGCTTGCTTACATTCGTCT
AACTGAGGAAGACACAACTTCGTCGTCCCGTATCTTCATTAAGATCCTTTTTCAGGAACT
GTCAGAACATTTGGGTATTAGGCTGCTTAATGAGAGGCTTCAGGATCCAACAATGCAGGA
GTCACTTGAATCCATCTTCCCTAAAGACAATCCAAAGAACACTAGGTTTGCAATCAATTT
CTTTACCTCCATTGGTCTTGGAGGCATCACAGA**ATCTGAGAGAGTACCTGAAGAACAT
GCCACGACTCATCATGCAACAACAGAAGCAAGTTGCAGAATCAGAATCAGACAGTTCTGG
TTCCGAGTCTGATT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3B726TF 710 0 0
GCCTGACCATTATGTCTAGCGTTGATTTTGAGGAAGCAGGTCACAAGCTGCTTAAAATTA
AACTTGAACCAGGCCAAGAGATGGAGCTATGCATAATGCTTCTGGAGTGTTGCTCTCAGG
AGAGAACGTACCTGCGTTACTACGGTTTGTTGGGTCAGCGTTTCTGTATGATCAACAAAA
TCCATCAAGAGAATTTTGAGAAATGTTTTGTTCAGCAGTACTCCATGATCCACCGGCTTG
AGACGAACAAGCTGCGTAATGTGGCTAAGTTCTTCGCCCATTTACTGGGCACAGATGCAC
TTCCCTGGCATGTGCTTGCTTACATTCGTCTAACTGAGGAAGACACAACTTCGTCGTCCC
GTATCTTCATTAAGATCCTTTTTCAGGAACTGTCAGAACATTTGGGGATTAGGCTGCTTA
ATGAGAGGCTTCAGGATCCAACAATGCAGGAGTCACTTGAATCCATCTTCCCTAAAGACA
ATCCAAAGAACACTAGGTTTGCAATCAATTTCTTTACCTCCATTGGTCTTGGAGGCATCA
CAGAGAATCTGAGAGAGTACCTGAAGAACATGCCACGACTCATCATGCAACAACAGAAGC
AAGTTGCAGAATCAGAATCATACAGTTCTGGTTCCGAGTCTGATTCTGAGTCAGATTCAT
CGTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTAGTTCGGATGAAAGCGACAGAGAC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL7272Contig1 659 2 1 U
GGGCCATGTCATTCGCTTATTTACTCAAAGCAGAATTGGCTCGGACCTCTCCGCTTCGTC
TTCCTCCAAAGCGACAGAGAAAACCGCCATCACATCACTTTCTATTCTCCTTTGCCTCCA
CATCTAAGTCTCATAAAGTTCATGCGTTTATCATAACCCAAACGACATGAATCTGTTCCC
GTTCCATCAGATCCACACTTATATATTTCCCTTCTTCCTCGCTTCTCCGCTTCACCCTAT
TCACTCAAACCAAATCTTCAGAGAAAACGATTACATTGAGAATGAGCAAATCAACCGGAA
ATCCCCTTACATCTCTGTTCTAAAATGATGTTCTTCATATCCAAAGACAATCGGAGCTAC
GATTTCGGTTAATCAACTGCTGAAAGCGAGGAACACAACGAAAGATAGTTTCCTTATTGT
ATCTTTTGAGAAGAGCTTCACTAAACGCTAAAGATGTTTTTGCCTTTCTGAAAACGAGAA
TGATGGTGACCAAGTTTATGGAGCTTCTTATTCATCTGAGAGTGTTCATGTAGGTTTCTC
TTTCCTAATTTGCTTCTCTTCCCCTACACAACTCGATTTGAGGGACTTTGATAGACATAG
GTTTATATCACAGTGGACTCATGACAAAAGACACTAATGATCTGTGGATTCAAGCTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GF77TF U 1
AF RR3GF77JQ C 126
BS 1 659 RR3GF77TF

RD RR3GF77TF 659 0 0
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TTCCTCCAAAGCGACAGAGAAAACCGCCATCACATCACTTTCTATTCTCCTTTGCCTCCA
CATCTAAGTCTCATAAAGTTCATGCGTTTATCATAACCCAAACGACATGAATCTGTTCCC
GTTCCATCAGATCCACACTTATATATTTCCCTTCTTCCTCGCTTCTCCGCTTCACCCTAT
TCACTCAAACCAAATCTTCAGAGAAAACGATTACATTGAGAATGAGCAAATCAACCGGAA
ATCCCCTTACATCTCTGTTCTAAAATGATGTTCTTCATATCCAAAGACAATCGGAGCTAC
GATTTCGGTTAATCAACTGCTGAAAGCGAGGAACACAACGAAAGATAGTTTCCTTATTGT
ATCTTTTGAGAAGAGCTTCACTAAACGCTAAAGATGTTTTTGCCTTTCTGAAAACGAGAA
TGATGGTGACCAAGTTTATGGAGCTTCTTATTCATCTGAGAGTGTTCATGTAGGTTTCTC
TTTCCTAATTTGCTTCTCTTCCCCTACACAACTCGATTTGAGGGACTTTGATAGACATAG
GTTTATATCACAGTGGACTCATGACAAAAGACACTAATGATCTGTGGATTCAAGCTGAC

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3GF77JQ 534 0 0
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ATCAGATCCACACTTATATATTTCCCTTCTTCCTCGCTTCTCCGCTTCACCCTATTCACT
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CTTACATTTCTGTTTTAAAATGATGTTCTTCATATCCAAAGACAATCGGAGCTACGATTT
CGGTTAATCAACTGCTGAAAGCGAGGAACACAACGAAAGATAGTTTCCTTATTGTATCTT
TTGAGAAGAGCTTCACTAAACGCTAAAGATGTTTTTGCCTTTCTGAAAACGAGAATGATG
GTGACCAAGTTTATGGAGCTTCTTATTCATCTGAGAGTGTTCATGTAGGTTTCTCTTTCC
TAATTTGCTTCTCTTCCCCTACACAACTCGATTTGAGGGACTTTGATAGACATAGGTTTA
TATCACAGTGGACTCATGACAAAAGACACTAATGATCTGTGGATTCAAGCTGAC

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL7273Contig1 795 2 12 U
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CTACTTCTTCTCTTCCCCTTCCTACAGCCGCACCAGATCAGAGATCTTCGCCTGCGATGG
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CCAACTACTACAAGATGCGTCTCCTTGTCAAGGATCTTCGCCCTCACTTTCTCGAGGTAC
TACGAACTCCCGACTTCAGAAACTGCAAGGCAGCATTCCAAATTCAAGAGAAGATGAAGC
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AAACCGAGTCCTTATCCAACGGAAAGGCACTCAATCAAACACCTGAGGCAAGCTCTGTTG
TTGGTGACAACAAGGTCGTTGGAGGGTCTGCTTTTGGCTGGAACTTCGTCACCTATGGTG
GCACCGATGCTGTTTACTGTGGACTCTCCAAGGAAGAATACAGAACCTCTCACCCTATTA
TTCAAGCTGACGCAGAGGTCGAGGCTCAACACCACAACACCCAATTATAAAGGTTTCTGT
TGGCCTTCCCGCTGTTAATGTTGTTTGTTTAAATATTTACATGCACTTTTGTCTCATTAT
GTTGTATCAACTGAAAACAAAGGGGAGTAGCTTCTACTCTTACCATGAATGTTTAATTAG
TACACAATGTTTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G429TF U 1
AF RR3G429JQ C 123
BS 1 652 RR3G429TF
BS 653 653 RR3G429JQ
BS 654 692 RR3G429TF
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BS 742 757 RR3G429TF
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GTTGTATCA*CTGAAACCAATGGGGAGTAGCTTCTAC

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DS 

RD RR3G429JQ 673 0 0
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GATCCGTCGGCAAGGGGAAGAAAGAGGGGGCTGGAAGGGAATCTCAAGATGGAGAACTCC
AACTACTACAAGATGCGTCTCCTTGTCAAGGATCTTCGCCCTCACTTTCTCGAGGTACTA
CGAACTCCCGACTTCAGAAACTGCAAGGCAGCATTCCAAATTCAAGAGAAGATGAAGCTT
TTGCTTCAACTGCACCGAGAGATGATTGGACAAACACCCAAACTTGAGAAATCAATTAAA
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GGTGACAACAAGGTCGTTGGAGGGTCTGCTTTTGGCTGGAACTTCGTCACCTATGGTGGC
ACCGATGCTGTTTACTGTGGACTCTCCAAGGAAGAATACAGAACCTCTCACCCTATTATT
CAAGCTGACGCAGAGGTCGAGGCTCAACACCACAACACCCAATTATAAAGGTTTCTGTTG
GCCTTCCCGCTGTTAATGTTGTTTGTTTAAATATTTACATGCACTTTTGTCTCATTATGT
TGTATCAACTGAAAACCAATGGGAGTAGCTTCTACTCTTACCATGAATGTTTAATTAGTA
CACAATGTTTAGC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

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CCTGGCGTCATCACTAGACACCGTCGCGGAGATGGAGTTATTGCAAGCATCTGGACTGTC
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ACCATTGAGA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI27TF U 1
AF RR3HB73TF U 1
BS 1 705 RR3GI27TF
BS 706 706 RR3HB73TF
BS 707 724 RR3GI27TF
BS 725 790 RR3HB73TF

RD RR3GI27TF 724 0 0
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TGATTCGAAGTTGAGCCCTTTGGAAGCTGGATCAAAGAATCTCGAGAAACTGGTTGCGAC
GGTCCTGATACTCGGTCAAGTCTGGTCTCCGTTGCCCTTGTTTGGTCTAGACTCTGCTTA
CATCTCACCTGCAGAGGCCGTTCTTTATTCTCCGGACACGAAAGTTCCAAGAAGTGGGGA
GCTTGCACTGAGAAGAGCTATTCCTGCTAATCCCAACATGAAGACTATACAGGCTTCGTT
GGAAGATATATCTTATCTTCTGAGAATCCCTCAAAGAAAGCCTTACGGTACCATGGAGAG
CAATGTGAAGAAAGCTCTAAAGGTGGCTATAGACGATAAGGATTCAATATTGGCTAGTAT
ACCAGCAGAGTTGAGAGACAAGGGCTCAGAGCTGTATGCATCTCTTGTTGACGGCAAGGG
TGGACTTCAAGCACTTATAGAATCAATTAGGTATCAAGATCCTGATAAAGTGTCCATTCG
CCTGGCGTCATCACTAGACACCGTCGCGGAGATGGAGTTATTGCA*GCATCTGGACTGTC
GTTT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3HB73TF 790 0 0
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CCACCCTCCGCCTCTTAACCGCAGCTTTCTCTTCGTAAAACCCAAACTACCCTTCAGCCG
CATGCGCCTGCATTCTCAAACCAGGAACTATGGCGATAAGGAACTTATACCTTCTTCGAT
TGATTCGAAGTTGAGCCCTTTGGAAGCTGGATCAAAGAATCTCGAGAAACTGGTTGCGAC
GGTCCTGATACTCGGTCAAGTCTGGTCTCCGTTGCCCTTGTTTGGTCTAGACTCTGCTTA
CATCTCACCTGCAGAGGCCGTTCTTTATTCTCCGGACACGAAAGTTCCAAGAAGTGGGGA
GCTTGCACTGAGAAGAGCTATTCCTGCTAATCCCAACATGAAGACTATACAGGCTTCGTT
GGAAGATATATCTTATCTTCTGAGAATCCCTCAAAGAAAGCCTTACGGTACCATGGAGAG
CAATGTGAAGAAAGCTCTAAAGGTGGCTATAGACGATAAGGATTCAATATTGGCTAGTAT
ACCAGCAGAGTTGAGAGACAAGGGCTCAGAGCTGTATGCATCTCTTGTTGACGGCAAGGG
TGGACTTCAAGCACTTATAGAATCAATTAGGTATCAAGATCCTGATAAAGTGTCCATTCG
CCTGGCGTCATCACTAGACACCGTCGCGGAGATGGAGTTATTGCAAGCATCTGGACTGTC
GTTTTTGCTTCCCAGCAATACATGAACTACCCTAGTTAGCAGAAGAGCACTGTGGAAATC
ACCATTGAGA

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

CO CL7275Contig1 806 2 2 U
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GAGATCTGATTCTAGAGATTCCTACAAGTTAGGTCGAGCTTCATCAGATACTAATAAAAG
TACACTCTTTGACGCATCTCAATATGAGTTCTTTGGTCAAAGTCTTGAAGAAGTTGAATT
GGGAGGTCTTGATGACGATGTGTCTGCTGCTGTTCTCGGACATGCCAATGATGATGATGG
GTATCTTTTGTTTGATAAAAGAGAGGGTGCATGTTTAGGATCATTATCTGACATGGACGA
TCTTGCCACAACTTTTGCTAAGCTGAACAGAGATGTCACCGGCCCCAAACACCCTGGAGT
CATTGGTGACAGAGGATCAGGTTCCTTTTCAAGGGAAAGTTCTTGTGCTACAGATTGGAC
ACAGGATAATGAGCTCACAAGTTGGTTGGACCAGCACATGCTTGAAGAGAAAGCTCAGGA
AGCTAGCTGGTCTTCACAGCGACACTCATCAGCTAACTCAAACTCTTTGTACAGGACATC
CTCATATCCTGAGCAGCAACCGCAGTTGCACCACTACAATAGTCAACCCATTATTGTACC
TGAATGATCCTTTACTTCTTTTCCTGCAGCTGGCAATAGATCTCTGTAAACTTAGGAACT
TGTGTTCTGAATACCCTTTCTTATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED68TF U 1
AF RR3ED68JQ C 162
BS 1 595 RR3ED68TF
BS 596 806 RR3ED68JQ

RD RR3ED68TF 595 0 0
GCTTTCCTTAAACTTTTAATTTGTTGAGCCGTCATCTTGTTTGACAAGCATCCCCAACTC
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ATCTTTCTTTTGCTTTTTTTTTTCTTCTTTTCTTTTCTTTTAATTGGTGTTGGTCATGGA
GAGATCTGATTCTAGAGATTCCTACAAGTTAGGTCGAGCTTCATCAGATACTAATAAAAG
TACACTCTTTGACGCATCTCAATATGAGTTCTTTGGTCAAAGTCTTGAAGAAGTTGAATT
GGGAGGTCTTGATGACGATGTGTCTGCTGCTGTTCTCGGACATGCCAATGATGATGATGG
GTATCTTTTGTTTGATAAAAGAGAGGGTGCATGTTTAGGATCATTATCTGACATGGACGA
TCTTGCCACAACTTTTGCTAAGCTGAACAGAGATGTCACCGGCCCCAAACACCCTGGAGT
CATTGGTGACAGAGGATCAGGTTCCTTTTCAAGGGAAAGTTCTTGTGCTACAGATTGGAC
ACAGGATAATGAGCTCACAAGTTGGTTGGACCAGCACATGCTTGAAGAGAAAGCT

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3ED68JQ 645 0 0
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ATGCCAATGATGATGATGGGTATCTTTTGTTTGATAAAAGAGAGGGTGCATGTTTAGGAT
CATTATTTGACATGGACGATCTTGCCACAACTTTTGCTAAGCTGAACAGAGATGTCACCG
GCCCCAAACACCCTGGAGTCATTGGTGACAGAGGATCAGGTTCCTTTTCAAGGGAAAGTT
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GTCAACCCATTATTGTACCTGAATGATCCTTTACTTCTTTTCCTGCAGCTGGCAATAGAT
CTCTGTAAACTTAGGAACTTGTGTTCTGAATACCCTTTCTTATTG

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL7276Contig1 617 2 1 U
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TTGGGTTTGTATTGTTTACCTAAGAGACCGCTCTTTGTCTATTTTTGTATTGCTAATGTT
AGTATACATATTTTGCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H439JQ C 1
AF RR3H439TF U 1
BS 1 617 RR3H439TF

RD RR3H439JQ 617 0 0
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GTAGTGCAAGCTAGGAAGGAACGTCTCGCTCGTACACAAGATCAATACAGAGATGATGAC
GGCCTCGATCCTCTCGACATCTATGAGTATGTAAGAGACATAAGAGATCCGGAACACCCT
TATTCCTTGGAGCAACTAAGTGTTCTGTCTGAAGACTCCATCACTCTCGATGACAAGCTT
AATCGCATCCTGATAACGTTTACACCGACGATCCAGCATTGTAGTATGGCAACTATAATT
GGTCTGTGTTTGAGAGCTAAGCTTAAAGAATGCTTGCCCCTCCATTATAAGGTTGATATC
AGAGTGTCTCCCGGTTCTCACGCAGATGAAGATTCAGTGAATAAACAGCTGAATGATAAA
GAAAGAGTGGTTGCTGCATTGGAGAATTCCAATTTTCGCCAGCTTGTGGATGAGTGTATC
TACTCCACTGAGATGTGAATCAGAGCATTTTACTTTTACTCTCTTGTACAAATTTCACAT
TTGGGTTTGTATTGTTTACCTAAGAGACCGCTCTTTGTCTATTTTTGTATTGCTAATGTT
AGTATACATATTTTGCG

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3H439TF 617 0 0
GGAAACGAAGGTTGAGGTAAGAAAGAAGAAATTACGCTGGGACTGATAAACGCGAATCCA
GTAGTGCAAGCTAGGAAGGAACGTCTCGCTCGTACACAAGATCAATACAGAGATGATGAC
GGCCTCGATCCTCTCGACATCTATGAGTATGTAAGAGACATAAGAGATCCGGAACACCCT
TATTCCTTGGAGCAACTAAGTGTTCTGTCTGAAGACTCCATCACTCTCGATGACAAGCTT
AATCGCATCCTGATAACGTTTACACCGACGATCCAGCATTGTAGTATGGCAACTATAATT
GGTCTGTGTTTGAGAGCTAAGCTTAAAGAATGCTTGCCCCTCCATTATAAGGTTGATATC
AGAGTGTCTCCCGGTTCTCACGCAGATGAAGATTCAGTGAATAAACAGCTGAATGATAAA
GAAAGAGTGGTTGCTGCATTGGAGAATTCCAATCTTCGCCAGCTTGTGGATGAGTGTATC
TACTCCACTGAGATGTGAATCAGAGCATTTTACTTTTACTCTCTTGTACAAATTTCACAT
TTGGGTTTGTATTGTTTACCTAAGAGACCGCTCTTTGTCTATTTTTGTATTGCTAATGTT
AGTATACATATTTTGCG

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL7277Contig1 946 2 2 U
CCAAGGTTCAAGCTTTGATTGCTCAACCGATCTATTGAACTAAACTCTAGAGCAACGCAG
CTAAAAGCTGTATGCTTTGCTTCCCAGTTAGGTCTCTCAATGGCCACAAGTGGCAGACCC
ATACTTCGCCGCAACGAAGTCGAATGTTTCCTCCTTTCATCCGTCGATCGAGACTCCGAA
GATTCACCTCCCTGAGGCCCGGAAACCTTATCCTAACCACTCATATGGATCCCTTCTTCT
CCAGTCAAACCCTAAACCCTTCCTTCTTCCCTTCCTCTCTCCTCCATCACTCACATCTTC
TCCTTCAAAGAAACCGGTCAACTCTATGTTCCAATCGCCTCGAATCCGGTTCCAAGCGGA
CCGGGGTTCGAATGGCCGTCACCATCGTTTTCAGGGGAAAAGGTGATTGGTGATTTTCGA
TGGGTTTTTGAAGAAGTTGTGGGAGTGTTGGAGAGGCAGAGCATGGGAGAAGGAAGATGA
GAAGAGCGAGAGCGAGTCAGGATTATACGGGAACAGTGGATTAGGCAGGGATATTTGAGG
AAAGAGCAAGAACAGTGGGAGAGTACAGATAAGAGCTTGCAGGATGCTTTTCAGAATGCT
CTTATGAGTAAGGGCTAAGGAGATGGTGAGTTTAGCGGGAAAATGGGGCAGAAGCTCTTG
TCTGCTCCTAGTAGTCAGAACGGATCACGTGATGATGAAGAAATGGGGTCTAAAGAGGAA
ATGCAACAGCCAACAGTGGATGTTGTTGAGTGTTGGTATTATCTCACCAGTGTCAAAGGA
TCTGCTGGCGCATTGTACCATCAAGAACTCTCCCGCCAGGTTCTCTCTTCCTCTTATTTT
GCAACATAGATGTTGTGTCATAATCATTAGTTAAATTAAACCATAACAATTGTATGTTTG
TTGGACAATACCAAAGTAAATAAATAAAGCAAACTCTTTCACGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3B874TF U 1
AF RR3B874JQ C 10
BS 1 649 RR3B874TF
BS 650 946 RR3B874JQ

RD RR3B874TF 649 0 0
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GATTCACCTCCCTGAGGCCCGGAAACCTTATCCTAACCACTCATATGGATCCCTTCTTCT
CCAGTCAAACCCTAAACCCTTCCTTCTTCCCTTCCTCTCTCCTCCATCACTCACATCTTC
TCCTTCAAAGAAACCGGTCAACTCTATGTTCCAATCGCCTCGAATCCGGTTCCAAGCGGA
CCGGGGTTCGAATGGCCGTCACCATCGTTTTCAGGGGAAAAGGTGATTGGTGATTTTCGA
TGGGTTTTTGAAGAAGTTGTGGGAGTGTTGGAGAGGCAGAGCATGGGAGAAGGAAGATGA
GAAGAGCGAGAGCGAGTCAGGATTATACGGGAACAGTGGATTAGGCAGGGATATTTGAGG
AAAGAGCAAGAACAGTGGGAGAGTACAGATAAGAGCTTGCAGGATGCTTTTCAGAATGCT
CTTATGAGTAAGGGCTAAGGAGATGGTGAGTTTAGCGGGAAAATGGGGC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3B874JQ 937 0 0
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GTATGCTTTGCTTCCCAGTTAGGTCTCTCAATGGCCACAAGTGGCAGACCCATACTTCGC
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CCCTGAGGCCCGGAAACCTTATCCTAACCACTCATATGGATCCCTTCTTCTCCAGTCAAA
CCCTAAACCCTTCCTTCTTCCCTTCCTCTCTCCTCCATCACTCACATCTTCTCCTTCAAA
GAAACCGGTCAACTCTATGTTCCAATCGCCTCGAATCCGGTTCCAAGCGGACCGGGGTTC
GAATGGCCGTCACCATCGTTTTCAGGGGAAAAGGTGATTGGTGATTTTCGATGGGTTTTT
GAAGAAGTTGTGGGAGTGTTGGAGAGGCAGAGCATGGGAGAAGGAAGATGAGAAGAGCGA
GAGCGAGTCAGGATTATACGGGAACAGTGGATTAGGCAGGGATATTTGAGGAAAGAGCAA
GAACAGTGGGAGAGTACAGATAAGAGCTTGCAGGATGCTTTTCAGAATGCTCTTATGAGT
AAGGGCTAAGGAGATGGTGAGTTTAGCGGGAAAATGGGGCAGAAGCTCTTGTCTGCTCCT
AGTAGTCAGAACGGATCACGTGATGATGAAGAAATGGGGTCTAAAGAGGAAATGCAACAG
CCAACAGTGGATGTTGTTGAGTGTTGGTATTATCTCACCAGTGTCAAAGGATCTGCTGGC
GCATTGTACCATCAAGAACTCTCCCGCCAGGTTCTCTCTTCCTCTTATTTTGCAACATAG
ATGTTGTGTCATAATCATTAGTTAAATTAAACCATAACAATTGTATGTTTGTTGGACAAT
ACCAAAGTAAATAAATAAAGCAAACTCTTTCACGATC

QA 1 937 1 937
DS 



AS 1 2

CO CL7278Contig1 754 2 4 U
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CTGCTGAGCTCCTCATTCAACAGGTCACAGAAGGCAGAGGAACAGAGAACAACAGTACTT
ATAATGTCGAGGCGCATCTTGGAGAGACAAGAGCGTTTAGAGAGGAGCGACCATCAAGTA
AGATAGTCACAATAGCAGGGTACTCCGTGATTAAAGGGAGATTCGAACCCTACGAATCCT
CTGTTTTTGAAGCTGCTGGTTACAAATGGAGATTAGTTTTGTACGTGATTGGTAATAAGA
ACGACGGTGGAGCTGGCCATATATCACTTTACGCGAGAATCGAAGGCGCTGAATCTCTTC
CTTATGGTTGGGAAGTCAATGTTGATCTCAAACTCTTTGTCCACAATTATATTCTGCAGC
TTGGTACCCGATTCGAAGTGATTATGGTGTGGGAGTGAACAATATCATATTGTTAGCAGA
TTTAAAGGATCCATCGAAAGGGTATTTGGTGAATGATGCCATTATCTTTGAAGCTGAAAT
GGTTAAGGTCTCTGTGACCAATATCGTCTCAGCTTAGTAATCTCTACATCTTTTTCATAT
ATATGGGTCAAACAACCTTATAAATAAAGAGACGCTTAATGAGATTGTAATAAGATGAAA
TTATCGATGCTTGTGTGATGTAGTCGCCATTTCTGTCCTTGGAGTGTGTTTTATTTTCTG
CTTTGTTATCAATGAAATGAAACTTCCATGGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FP07TF U 1
AF RR3FP07JQ C 24
BS 1 736 RR3FP07TF
BS 737 737 RR3FP07JQ
BS 738 746 RR3FP07TF
BS 747 754 RR3FP07JQ

RD RR3FP07TF 753 0 0
GGAGTCACAAAAGGAGTTTGGGTTTCATATCTCTCGCTTTTCTCTTCTTCACTTGCTCTT
CTGCTGAGCTCCTCATTCAACAGGTCACAGAAGGCAGAGGAACAGAGAACAACAGTACTT
ATAATGTCGAGGCGCATCTTGGAGAGACAAGAGCGTTTAGAGAGGAGCGACCATCAAGTA
AGATAGTCACAATAGCAGGGTACTCCGTGATTAAAGGGAGATTCGAACCCTACGAATCCT
CTGTTTTTGAAGCTGCTGGTTACAAATGGAGATTAGTTTTGTACGTGATTGGTAATAAGA
ACGACGGTGGAGCTGGCCATATATCACTTTACGCGAGAATCGAAGGCGCTGAATCTCTTC
CTTATGGTTGGGAAGTCAATGTTGATCTCAAACTCTTTGTCCACAATTATATTCTGCAGC
TTGGTACCCGATTCGAAGTGATTATGGTGTGGGAGTGAACAATATCATATTGTTAGCAGA
TTTAAAGGATCCATCGAAAGGGTATTTGGTGAATGATGCCATTATCTTTGAAGCTGAAAT
GGTTAAGGTCTCTGTGACCAATATCGTCTCAGCTTAGTAATCTCTACATCTTTTTCATAT
ATATGGGTCAAACAACCTTATAAATAAAGAGACGCTTAATGAGATTGTAATAAGATGAAA
TTATCGATGCTTGTGTGATGTAGTCGCCATTTCTGTCCTTGGAGTGTGTTTTATTTTCTG
CTTTGTTATCAATGAA*TGAAACTTC
ATGGTGT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3FP07JQ 731 0 0
TTCATATCTCTCGCTTTTCTCTTCTTCACTTGCTCTTCTGCTGAGCTCCTCATTCAACAG
GTCACAGAAGGCAGAGGAACAGAGAACAACAGTACTTATAATGTCGAGGCGCATCTTGGA
GAGACAAGAGCGTTTAGAGAGGAGCGACCATCAAGTAAGATAGTCACAATAGCAGGGTAC
TCCGTGATTAAAGGGAGATTCGAACCCTACGAATCCTCTGTTTTTGAAGCTGCTGGTTAC
AAATGGAGATTAGTTTTGTACGTGATTGGTAATAAGAACGACGGTGGAGCTGGCCATATA
TCACTTTACGCGAGAATCGAAGGCGCTGAATCTCTTCCTTATGGTTGGGAAGTCAATGTT
GATCTCAAACTCTTTGTCCACAATTATATTCTGCAGCTTGGTACCCGATTCGAAGTGATT
ATGGTGTGGGAGTGAACAATATCATATTGTTAGCAGATTTAAAGGATCCATCGAAAGGGT
ATTTGGTGAATGATGCCATTATCTTTGAAGCTGAAATGGTTAAGGTCTCTGTGACCAATA
TCGTCTCAGCTTAGTAATCTCTACATCTTTTTCATATATATGGGTCAAACAACCTTATAA
ATAAAGAGACGCTTAATGAGATTGTAATAAGATGAAATTATCGATGCTTGTGTGATGTAG
TCGCCATTTCTGTCCTTGGAGTGTGTTTTATTTTTTGCTTTGTTATCAATGAAATGAAAC
TTCCATGGTGT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL7279Contig1 813 2 4 U
GCCGCAACCGAACCCAAAATGATGGGACTGTGACATACTATCTGATACTGGACAACCGGT
TCCGCGTCTCTGCTGGTTATCTCGGGGCTGAGTTTCAAGAGACTATGGAAGGTACACCGC
GAATGCATCCAGCAGAAAAAGTAGCTTCACCAGTTAGCCATAGGCTTCCAGGACTGATGG
AGTTCCAAGGAGTTGGCTTGAGATCTCAATACCCTGCTGAGAGAAAATGGGCTCTTGGAC
TTCAGTCTAGGGCTCACCCGCGTGAAATAATGACAGAGGTCTTGAAAGCCCTGCAAGATT
TGAGTGTGTGTTGGAAGAAGATAGGGCCATACAACATGAAGTGCAGATGGGTTCCTAACA
ACTCAGATAGAATGCTCAGTAACTCGATGCATGATAACAACTACTTCGGAGATGACTCCA
GCATAGTAGAAAACGATGCAGCTGTTAAGTCTCCAAATGTTGTCAAGTTTGAAATTCAGT
TGTATAAAACACGGGACGACAAGTATCTGCTGGATCTGCAGAGAGTACAAGGTCCTCAGT
TCCTGTTCTTGGATCTCTGTGCTGCTTTTCTTGCTCAGCTCCGAGTCCTCTGAATAATCA
AAACCGGTAGACCGCTCCAAAGAATAATTCCCACTTCCCTTTGTTTCTCCTTCTAAGAAA
TGTTCACTCAAAGACATTAACTTCTTTCAATCTTTTGTTTGTTTGTTTTTTGGACTCATC
TAAAATACCTCGTTTGATTTAAAATGTAAGACTGGGCAAGTCTAGTAAAAGAAATACCAG
CAGCAGTTTTGTACATAACTTGTAGTTTTAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EY79TF U 1
AF RR3EY79JQ C 22
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RD RR3EY79TF 750 0 0
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TCCGCGTCTCTGCTGGTTATCTCGGGGCTGAGTTTCAAGAGACTATGGAAGGTACACCGC
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AGTTCCAAGGAGTTGGCTTGAGATCTCAATACCCTGCTGAGAGAAAATGGGCTCTTGGAC
TTCAGTCTAGGGCTCACCCGCGTGAAATAATGACAGAGGTCTTGAAAGCCCTGCAAGATT
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GCATAGTAGAAAACGATGCAGCTGTTAAGTCTCCAAATGTTGTCAAGTTTGAAATTCAGT
TGTATAAAACACGGGACGACAAGTATCTGCTGGATCTGCAGAGAGTACAAGGTCCTCAGT
TCCTGTTCTTGGATCTCTGTGCTGCTTTTCTTGCTCAGCTCCGAGTCCTCTGAATAATCA
AAACCGGTAGACCGCTCCAAAGAATAATTCCCACTTCCCTTTGTTTCTCCTTCTAAGAAA
TGTTCACTCAAAGACATTAACTTCTTTCAATCTTTTGTTTGTTTGTTTTT*GGACTCATC
TAAAATACCTCGTTTGATTTAAA
TGTAAGA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3EY79JQ 792 0 0
GAT
GGACTGTGACATACTATCTGATACTGGACAACCGGTTCCGCGTCTCTGCTGGTTATCTCG
GGGCTGAGTTTCAAGAGACTATGGAAGGTACACCGCGAATGCATCCAGCAGAAAAAGTAG
CTTCACCAGTTAGCCATAGGCTTCCAGGACTGATGGAGTTCCAAGGAGTTGGCTTGAGAT
CTCAATACCCTGCTGAGAGAAAATGGGCTCTTGGACTTCAGTCTAGGGCTCACCCGCGTG
AAATAATGACAGAGGTCTTGAAAGCCCTGCAAGATTTGAGTGTGTGTTGGAAGAAGATAG
GGCCATACAACATGAAGTGCAGATGGGTTCCTAACAACTCAGATAGAATGCTCAGTAACT
CGATGCATGATAACAACTACTTCGGAGATGACTCCAGCATAGTAGAAAACGATGCAGCTG
TTAAGTCTCCAAATGTTGTCAAGTTTGAAATTCAGTTGTATAAAACACGGGACGACAAGT
ATCTGCTGGATCTGCAGAGAGTACAAGGTCCTCAGTTCCTGTTCTTGGATCTCTGTGCTG
CTTTTCTTGCTCAGCTCCGAGTCCTCTGAATAATCAAAACCGGTAGACCGCTCCAAAGAA
TAATTCCCACTTCCCTTTGTTTCTCCTTCTAAGAAATGTTCACTCAAAGACATTAACTTC
TTTCAATCTTTTGTTTGTTTGTTTTTTGGACTCATCTAAAATACCTCGTTTGATTTAAAA
TGTAAGACTGGGCAAGTCTAGTAAAAGAAATACCAGCAGCAGTTTTGTACATAACTTGTA
GTTTTAAGT

QA 4 792 4 792
DS 



AS 1 2

CO CL7280Contig1 1026 2 2 U
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GTGTTTCAGATTTTTAGCAGAGATGACGAAGAACTACCCAAATGTGAGCGAGGACTACAA
TAAGGCTATTGAGAAGTGCAGGAGGAAGCTCAGAGGCTTGATCGCTGAGAAGCATTGTGC
ACCTATCATGGTCCGCCTCGCATGGCACTCTGCTGGAACATTTGACTCTGCCACAAAGAC
TGGTGGTCCCTTTGGAACAATGAGGTTCACCGATGAGCAAGCTCATGAGGCCAACAGTGG
TATCCAGAGTGCTCTTGGGTTGTTGGAGCCTATCAGGGTGCAGTTCCCTACCATCTCTTT
TGCCGATTTCCATCAGCTTGCTGGTGTTGTTGCTGTTGAAGTCACTGGTGGACCTGAAAT
TCAGTTCCACCCTGGAAGAGAGGACAAGCCTCAGCCACCTCCAGAGGGTCGTCTTCCTGA
TGCTACAAAGGGTTGTAACCACTTGAGAGAAGTCTTCGCAAAGCAGATGGGTTTGACTGA
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TGGCTTTGAAGGTCCTTGGATTTCAAACCCTCTTATTTTTGACAACTCTTATTTCAAGGA
GCTCCTGAGCGGTGAGAAGGAAGGTCTTATTCAACTTGTCTCTGACAAGTCACTATTGGA
CGATCCCACATTCCGTTCTTTGGTTGAGAAATACGCTGCTGATGAGGAAGCCTTTTTCAA
TGATTACGCTGAGGCCCACTTGAAGCTTTCTGAGCTCGGGTTTTCTGATGCTTGAGCTGC
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TCAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3BJ96TF U 1
AF RR3BJ96JQ C 187
BS 1 800 RR3BJ96TF
BS 801 1026 RR3BJ96JQ

RD RR3BJ96TF 800 0 0
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TGATTACGCTGAGGCCCACT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3BJ96JQ 840 0 0
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AAAGGGTTGTAACCACTTGAGAGAAGTCTTCGCAAAGCAGATGGGTTTGACTGACAATGA
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TGAAGGTCCTTGGATTTCAAACCCTCTTATTTTTGACAACTCTTATTTCAAGGAGCTCCT
GAGCGGTGAGAAGGAAGGTCTTATTCAACTTGTCTCTGACAAGTCACTATTGGACGATCC
CACATTCCGTTCTTTGGTTGAGAAATACGCTGCTGATGAGGAAGCCTTTTTCAATGATTA
CGCTGAGGCCCACTTGAAGCTTTCTGAGCTCGGGTTTTCTGATGCTTGAGCTGCGACATG
TGTGGATATGGTGTCTCCAAGACTCGGAGGATTCGCATTGCATTTGAACGTTTGTCATTT
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TGGACGTTGGTACGTTTTGATTTTGCTGGTTAGACATTCTAATAAATCAATTTCTCAGCG

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 2

CO CL7281Contig1 1052 2 2 U
GCATGCCATTCAAGGATCTGGCAACAGTTGATTCCATCTTACTAAGAGAACTACCACCTG
TAGATGACCACGTAGCTCGTCTGGCTCTTAAACGGTTGATCGATGTGAGTATGGGAGTCA
TAGCTCCTTTATCAGAGCAACTCACAAAGCCATTGCCCAACGCAATGGTTCTTGTCAACC
CCAAGGAACTATCTGGTGGTGCTTACAAGCTTCTCCCTGAAGGTACACGATTGGTTGTCT
CTGTGCGTGGTGATGAGCCATACGAGGAGCTTGAAGTACTCAAGAACATCGATGCTACTA
TGATTCTCCATGATGTACCTTTTAATGAAGACAAAGTTAGCAGAGTACACGCAGCTCGGA
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TCCCAACAGGGATTCACAGGGACGAACTGGTGATCCACGCAGGGACATACGCTGGAGCAC
TTCTAGTGGACGGACTTGGAGATGGTGTAATGCTGGAAGCACCTGATCAAGACTTCGAGT
TCCTTAGGAACACTTCTTTCAACTTGTTACAAGGCTGCAGGATGCGTAACACCAAGACGG
AATACGTGTCGTGTCCGTCTTGTGGAAGAACTCTGTTCGACTTGCAAGAAATCAGTGCTG
AGATCAGAGAAAAGACTTCACATTTGCCTGGTGTTTCGATTGCAATAATGGGTTGCATTG
TGAATGGACCTGGAGAAATGGCTGATGCTGATTTCGGTTATATAGGCGGTTCCCCCGGGA
AAATCGATCTTTACGTTGGAAAGACGGTGGTGAAACGTGGGATTGCCGTGTCGGGGGCAA
CTGATGCTCTGATCGGTTTGATCAAAGAACATGGTCGTTGGGTCGACCCCCCTGTGGCTG
ATGAGTAGATTTATTGTTGGTTCCAATGGCAAAGATGGATAAAAATGGATCATTATTTTT
TGAAATTTGAGAGGGAGATAAGAAGATAATATGTGTATGTATGTATGTATATATACATAT
GTACCTATTTGTTGTGTATTGCCATCATATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H748TF U 1
AF RR3H748JQ C 612
BS 1 708 RR3H748TF
BS 709 1052 RR3H748JQ

RD RR3H748TF 708 0 0
GCATGCCATTCAAGGATCTGGCAACAGTTGATTCCATCTTACTAAGAGAACTACCACCTG
TAGATGACCACGTAGCTCGTCTGGCTCTTAAACGGTTGATCGATGTGAGTATGGGAGTCA
TAGCTCCTTTATCAGAGCAACTCACAAAGCCATTGCCCAACGCAATGGTTCTTGTCAACC
CCAAGGAACTATCTGGTGGTGCTTACAAGCTTCTCCCTGAAGGTACACGATTGGTTGTCT
CTGTGCGTGGTGATGAGCCATACGAGGAGCTTGAAGTACTCAAGAACATCGATGCTACTA
TGATTCTCCATGATGTACCTTTTAATGAAGACAAAGTTAGCAGAGTACACGCAGCTCGGA
GACTATTCGAGTTCCTATCAGAGAATTCAGTTAACTTTCCCGTCATTCACCACATTAACT
TCCCAACAGGGATTCACAGGGACGAACTGGTGATCCACGCAGGGACATACGCTGGAGCAC
TTCTAGTGGACGGACTTGGAGATGGTGTAATGCTGGAAGCACCTGATCAAGACTTCGAGT
TCCTTAGGAACACTTCTTTCAACTTGTTACAAGGCTGCAGGATGCGTAACACCAAGACGG
AATACGTGTCGTGTCCGTCTTGTGGAAGAACTCTGTTCGACTTGCAAGAAATCAGTGCTG
AGATCAGAGAAAAGACTTCACATTTGCCTGGTGTTTCGATTGCAATAA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3H748JQ 441 0 0
TGTCCGTCTTGTGGAAGAACTCTGTTCGACTTGCAAGAAATCAGTGCTGAGATCAGAGAA
AAGACTTCACATTTGCCTGGTGTTTCGATTGCAATAATGGGTTGCATTGTGAATGGACCT
GGAGAAATGGCTGATGCTGATTTCGGTTATATAGGCGGTTCCCCCGGGAAAATCGATCTT
TACGTTGGAAAGACGGTGGTGAAACGTGGGATTGCCGTGTCGGGGGCAACTGATGCTCTG
ATCGGTTTGATCAAAGAACATGGTCGTTGGGTCGACCCCCCTGTGGCTGATGAGTAGATT
TATTGTTGGTTCCAATGGCAAAGATGGATAAAAATGGATCATTATTTTTTGAAATTTGAG
AGGGAGATAAGAAGATAATATGTGTATGTATGTATGTATATATACATATGTACCTATTTG
TTGTGTATTGCCATCATATTC

QA 1 441 1 441
DS 



AS 1 2

CO CL7282Contig1 783 2 7 U
TAGCAAAGAAAAGTGTCTAGAATCAAGAAAATCGGAAGAGGAAAAGAGGGGAAGAACAAG
AATTATGTCATACTACACGGGATCTTCATCATCTTGTGCTAATGTGTTACTCATCGTGCT
CCTTATGCTTCTGAGTTTGTCGGCTGATGCGTACAAGAACTATACTGTGGGAGGGTCCAC
GGGATGGTTCGATATCCAGGAGAGACCGTCTGCAAATTATCAGAAATGGGCTGATTCCAA
AACCTTTTCTTTGGGTGATTTCCTCATTTTCAACACAGATAACAACCATTCGGTGGTACA
AACATATGATTTCAAAACTTACAAAGAATGTGACTACAACAATGGTGAAGACAATAGTAC
AACAGAGTGGTCGACTGCAAACCCTTCAGCGACATCTCCAGTTCCGGTCTCAGTTAGTGT
TCCTCTAGTTAAAGAAGGTTCCAATTATTTCTTCTCAGGAAATTATGACGGTGAGCAATG
TAAATTTGGACAGCATTTCATGATAAATGTAACACACGGTCAGGGCCTACCATCACCAGA
TGAAGATGGTGAAACGGCCCCTGGACCAGGTCAATCCTCCCAATCCGGTGATGATGATGA
AGTTGCTCCAGATACCATAGTTCCCGCCAATTTTGACCATCCTAAAGATATTGAGAGTGA
TGATGATGATAGTTTGGTTAAGGGTCGTAAAAGTTCTTCTTCCGTTACAGAATATAATTT
TTTATGTTTAGTTTTAATGGGGTTCCTAGCATCATTCTTTTAATCAAATTATTTTTCTGT
GTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3H334TF U 10
AF RR3H334JQ C 1
BS 1 9 RR3H334JQ
BS 10 683 RR3H334TF
BS 684 684 RR3H334JQ
BS 685 691 RR3H334TF
BS 692 692 RR3H334JQ
BS 693 736 RR3H334TF
BS 737 783 RR3H334JQ

RD RR3H334TF 729 0 0
AAAGTGTCTAGAATCAAGAAAATCGGAAGAGGAAAAGAGGGGAAGAACAAGAATTATGTC
ATACTACACGGGATCTTCATCATCTTGTGCTAATGTGTTACTCATCGTGCTCCTTATGCT
TCTGAGTTTGTCGGCTGATGCGTACAAGAACTATACTGTGGGAGGGTCCACGGGATGGTT
CGATATCCAGGAGAGACCGTCTGCAAATTATCAGAAATGGGCTGATTCCAAAACCTTTTC
TTTGGGTGATTTCCTCATTTTCAACACAGATAACAACCATTCGGTGGTACAAACATATGA
TTTCAAAACTTACAAAGAATGTGACTACAACAATGGTGAAGACAATAGTACAACAGAGTG
GTCGACTGCAAACCCTTCAGCGACATCTCCAGTTCCGGTCTCAGTTAGTGTTCCTCTAGT
TAAAGAAGGTTCCAATTATTTCTTCTCAGGAAATTATGACGGTGAGCAATGTAAATTTGG
ACAGCATTTCATGATAAATGTAACACACGGTCAGGGCCTACCATCACCAGATGAAGATGG
TGAAACGGCCCCTGGACCAGGTCAATCCTCCCAATCCGGTGATGATGATGAAGTTGCTCC
AGATACCATAGTTCCCGCCAATTTTGACCATCCTAAAGATATTGAGAGTGATGATGATGA
TAGTTTGGTTAAGG*TCGTAAA*GTTCTTCTTCCGTTACAGAATATAATTTTTTATGTTT
AGTTTTA
TG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3H334JQ 783 0 0
TAGCAAAGAAAAGTGTCTAGAATCAAGAAAATCGGAAGAGGAAAAGAGGGGAAGAACAAG
AATTATGTCATACTACACGGGATCTTCATCATCTTGTGCTAATGTGTTACTCATCGTGCT
CCTTATGCTTCTGAGTTTGTCGGCTGATGCGTACAAGAACTATACTGTGGGAGGGTCCAC
GGGATGGTTCGATATCCAGGAGAGACCGTCTGCAAATTATCAGAAATGGGCTGATTCCAA
AACCTTTTCTTTGGGTGATTTCCTCATTTTCAACACAGATAACAACCATTCGGTGGTACA
AACATATGATTTCAAAACTTACAAAGAATGTGACTACAACAATGGTGAAGACAATAGTAC
AACAGAGTGGTCGACTGCAAACCCTTCAGCGACATCTCCAGTTCCGGTCTCAGTTAGTGT
TCCTCTAGTTAAAGAAGGTTCCAATTATTTCTTCTCAGGAAATTATGACGGTGAGCAATG
TAAATTTGGACAGCATTTCATGATAAATGTAACACACGGTCAGGGCCTACCATCACCAGA
TGAAGATGGTGAAACGGCCCCTGGACCAGGTCAATCCTCCCAATCCGGTGATGATGATGA
AGTTGCTCCAGATACCATAGTTCCCGCCAATTTTGACCATCCTAAAGATATTGAGAGTGA
TGATGATGATAGTTTGGTTAAGGGTCGTAAAAGTTCTTCTTCCGTTACAGAATATAATTT
TTTATGTTTAGTTTTAATGGGGTTCCTAGCATCATTCTTTTAATCAAATTATTTTTCTGT
GTG

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL7283Contig1 800 2 8 U
GGAGATCAGACGTCCAATTTCAACTCTTCAGTGAGCCGATTCCAGCGAAAACTTCTCCGC
TGCGTCCGCCGGGCCCATCGATCGGCTGAAGATTCGACATGGAAGGGAACTCTAGCGGAG
GAACAGCAGCGGGAGGAGGAGGGAGCGATGTGGAACTGGTGAGCAAGACGTTGCAGGTGG
AGCACAAGCTATTCTATTTCGATCTCAAGGAGAATCCTCGCGGAAGGTACCTCAAGATAT
CTGAGAAGACGTCGGCGACGAGGTCAACCATCATCGTTCCTTCCTCTGGCATCTCATGGT
TCCTCGATCTCTTCAATTACTACGTCAATTCCGAGGAACACGAGCTTTTCAGCAAAGAGC
TGCAGCTTGATTCCAAGGTGTTTTACTTCGACATCGGTGATAACAGGAGGGGGAGGCTCT
TGAAGGTGTCAGAAGCATCTGTTAGTAGAAACCGAAGCACCATTATTGTTCCTGCTGGAA
GCTCCCCTGATGAAGGATGGGCAGCTTTCAGGAACATATTGGCTGAGATCCATGAAGCTT
GTGGGCTTTTCGTTATGCCAAATCAGAAACCTTCTGATGGACAAGAACATCTGGTTGGAC
TTTCAGATGATGTTGGCGCTGGATTTATACCTGGTCATGGTAACCAACCAGCATCTTCTT
CTTCAGATCTTACTGTGGATCGAGCAACTGACTTGCCTGGCCAGGATGAAACCGGATTGA
CGGGTGTTTCTAAGGTAATCAGAGCTGACCAGAAACGCTTCTTCTTTGATCTTGGGAACA
ACAACCGGGGCCATTTCCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3D986TF U 1
AF RR3DI47TF U 190
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CTTCAGATCTTACTGTGGATCGAGCAACTGACTTGCCTGGCCAGGATGAAACCGGATT

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DS 

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G
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CTTCAATTACTACGTCAATTCCGAGGAACACGAGCTTTTCAGCAAAGAGCTGCAGCTTGA
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TGAAGGATGGGCAGCTTTCAGGAACATATTGGCTGAGATCCATGAAGCTTGTGGGCTTTT
CGTTATGCCAAATCAGAAACCTTCTGATGGACAAGAACATCTGGTTGGACTTTCAGATGA
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TACTGTGGATCGAGCAACTGACTTGCCTGGCCAGGATGAAACCGGATTGACGGGTGTTTC
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CCATTTCCTC

QA 2 611 2 611
DS 



AS 1 2

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GCTGCCAAATCGAGAAGAAAGAAGCGTTTCCCGACAAGAATATTCCACTAGAGACTCAAG
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CTTTTTTGGTTCACTTTTTAAACTGAAGAAACTTTTCATGG


BQ
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AF RR3D759TF U 1
AF RR3D759JQ C 108
BS 1 654 RR3D759TF
BS 655 941 RR3D759JQ

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DS 

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GTAGAAGAGAAGTCTCCTAAAGTCAAAATCATTGACGAGGAAGCTCCAGAAGAACAACAT
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CTCAAGAAGAAGAAGACTTTGCTTGGTAAAGTTGGCAACCTTCTCAAGAAGAAAGCACCT
GTGAACCCAAAATAACACTTTTTGGGGAGGTAAGGAAAAACATTAAGCTTATATATATAG
AAGAAACATATTTGTCTCTGTATACTTCAACAGTGTTCTTTATATATATCTTTGTTGATT
TCTGATTCTTTTTTTTGTTAATGTAAAGGTTTGTGTGTTTATGTGATGATAGACTTGTGT
GTTGAACTGGAATCTTTTTTGGTTCACTTTTTAAACTGAAGAAACTTTTCATGG

QA 1 834 1 834
DS 



AS 1 2

CO CL7285Contig1 724 2 2 U
AGAAACAAAATACATATTAGATAGGTGATAATTATACAGTCTTTTTTCCAAACATCAACA
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TCATGGTCCACTAACTTCCAAGACCCATCGTCTTGTTGTACCATACCTTTGTTTTTGAGA
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AGTCCAATGTCTCTTTTCACATCGAGTCTGAATAAGTCAGCTTTGCTCGTCCCTTGAGTT
CCCGCAAGGCCGTGCAAGTAAGCCTCTAGGCAGTGAAATGTCGCCAGGTCTCCTGGAGAT
TTCAGGTATGGTGACTTTCTTGTGTCTATTGGAAGCTCGTCTCCGACTTCAGTGTAACCT
AAGGGTGGATAGATTGGAACTACGTCTGGTAGATTCCTTACCCGTAACACTCGGAGATCT
TTCAATCCGGAGAAGAGTTTCTTAAAGTCAGAATCGCCCACACGAGGACTAACAAAGACA
AAGGCCGTAACGGGACAAGATTTGTCAGGACGGCTCTTTGGTCGGTTATTACCATTAGCC
ACAATATCGGCAGCGTTTAGTGTCGCGATCGCAGCTCCAAGGCTATGACCACAAATACTT
ATACTAATCTTTTCGTCTTTATATTTCTCCAACAGTCTCCCAATCTCTCGCAATACCTGG
TCAC


BQ
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AF RR3B091TF C 1
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DS 



AS 1 2

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AF RR3BG40JQ C 1
AF RR3BG40TF U 1
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RD RR3BG40TF 614 0 0
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GGTCCTCCTAGGAGAATCAGAGTCCGCGTCGCCCGTAAGAGGAACGATGATGAAGATGCC
AAGGAGGAGTTCTACTCTCTTGTCACTGTCGCTGAGATCCCGGCTGAAGGTTTGTCTGGT
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TCCTTAAAATATTGTTTCAGCTTTTTTAATTTGAAGTCTTTAGATGAAAGACAGAAAGAG
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QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL7287Contig1 773 2 2 U
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AAGAGAAGAAAGCAACGTGATGTAGAGTTTATTGTTTAAAGTTAATTTTCTTGGATCGCC
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AD60TF U 1
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AGATTGACACTATAATTGTACCGATAAGCGGGGGTGGTTTGATCTCTGGTGTGGCGCTGG
CTGCTAAGTCAATCAAGCCGAGCATCCGGATTATAGCAGCTGAACCGAGAGGAGCTGATG
ATGCAGCTCAGTCTAAGGTTGCTGGTAGAATCATCACTTTACCTGTGACTAATACCATAG
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ATGATGTTGTAGTTGTTGAGGATGGGGAGATTATCGAAGCCATGAGAATCTGCTATGAGA
TGCTGAAAGTCTCTGTGGAACCAAGTGGTGCCATTGGCCTAGCAGCAGTTTTATCGACTA
GTTTCCGTAGCAATCCTTGCTGGGAAGATTGCAAAAACGTAGGGATTGTACTCTCAGGAG
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TGGTTTACTGCAAGAAGGGATTCACTTTCTTGCAAGAAACTCTGCCTTAGTACAGAGCCC
AAGAGAAGAAAGCAACGTGATGTAGAGTTTATTGTTTAAAGTTAATTTTCTTGGATCGCC
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CTAC

QA 1 769 1 769
DS 

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GGAGCAAATCCAAGAGATTGACACTATAATTGTACCGATAAGCGGGGGTGGTTTGATCTC
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GACTAATACCATAGCTGATGGCCTTCGTGCTTCTCTAGGAGACTTAACATGGCCGGCAGT
GAGAGATTTCGTCGATGATGTTGTAGTTGTTGAGGATGGGGAGATTATCGAAGCCATGAG
AATCTGCTATGAGATGCTGAAAGTCTCTGTGGAACCAAGTGGTGCCATTGGCCTAGCAGC
AGTTTTATCGACTAGTTTCCGTAGCAATCCTTGCTGGGAAGATTGCAAAAACGTAGGGAT
TGTACTCTCAGGAGGTAATGTCGATTTGGGCGTTCTGTGGGATTCATTAAAGAGTTCAAA
GTAATTAAAAATCTTGGTTTACTGCAAGAAGGGATTCACTTTCTTGCAAGAAACTCTGCC
TTAGTACAGAGCCCAAGAGAAGAAAGCAACGTGATGTAGAGTTTATTGTTTAAAGTTAAT
TTTCTTGGATCGCCTCTTAGTGAGAAAACCTGGCAATGATAACTGGCATCACTTTACCTC
GTTTTAC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

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GTATGATTTCTGTTATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B052TF C 1
AF RR3B052JQ U 30
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TAATCGTTTAACTCCATCGTCACCCTTTCCTCTACGTCCTTCTTCACGTCCAGTATTGTA
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QA 1 560 1 560
DS 

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ACCCCTCACAGTTTCTCTGAGTTTTATCTTTGTATGATTTCTGTTATATCC

QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 2

CO CL7289Contig1 752 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DF40TF C 1
AF RR3DF40JQ U 25
BS 1 25 RR3DF40TF
BS 26 752 RR3DF40JQ

RD RR3DF40TF 752 0 0
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GTCGTCCATAACTTTGTTGTTACCATACAAACTATCTCTCCTATTACCAAACCCGCTCGA
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TCCATCCACCGGAGCTCTCGAGCTCTGTTCATTACGGTAAGGGGACGCACCAACGTACCT
CCTCCTAAGATCCATCAGGTCATCGTTTCTTCTAGCAGGCTCAGTAAAAATCGGCTCTTT
CGCAGAGCTGTTCTGTCCCGCGGCCGCCGTAAAAGGATCATCCGGTCCCCAGGCCGTGAG
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CACAGGACTGCTCCAAAGCATCGTGTTGAACTCTCCTTTGAGACTCGGGAGCTTCGACTT
GTAAACACTGAAGTACCCGTCTCCTAAACCCACCACGAGAAGATTCTCTCTGTCGCTAGC
TACCAAAGGCCTCGCCTTCACAGCCACATTCCTCGAATACGACTGACGATGGCTCAAGAA
AGACGATCTGATCTCTTCCAAACCAGCTGAGC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3DF40JQ 728 0 0
T
TCAAACATTTAAAAGACAATGTCTGTAAATTAACAAAGGAGGAAACTTTTAAAAAGCTTT
AGAAATTACAAAAGAGTAAAACTTTCTTACATGTCAAAATTCAAATGTTGCAAAAGTCCA
GATCGATTCTTCCTTCTTTTTTTCTTTTAACTTTCGTCGTCCATAACTTTGTTGTTACCA
TACAAACTATCTCTCCTATTACCAAACCCGCTCGAATCAAGACCCGACCCACCTCGATAA
TTATTATGATCCTGCGCGGTTGTTCTATACCCTCCTCCATCCACCGGAGCTCTCGAGCTC
TGTTCATTACGGTAAGGGGACGCACCAACGTACCTCCTCCTAAGATCCATCAGGTCATCG
TTTCTTCTAGCAGGCTCAGTAAAAATCGGCTCTTTCGCAGAGCTGTTCTGTCCCGCGGCC
GCCGTAAAAGGATCATCCGGTCCCCAGGCCGTGAGTGATTCTTTCTTCTTTGCAAAAAAA
TGCCAAGCTCCGAACAGAAACAGTATGAAGAAGAACACAGGACTGCTCCAAAGCATCGTG
TTGAACTCTCCTTTGAGACTCGGGAGCTTCGACTTGTAAACACTGAAGTACCCGTCTCCT
AAACCCACCACGAGAAGATTCTCTCTGTCGCTAGCTACCAAAGGCCTCGCCTTCACAGCC
ACATTCCTCGAATACGACTGACGATGGCTCAAGAAAGACGATCTGATCTCTTCCAAACCA
GCTGAGC

QA 2 728 2 728
DS 



AS 1 2

CO CL7290Contig1 871 2 2 U
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AATGTAAAAAAAATTGCATTGACTTGAACAACGTGCAAGGCGGTCTGGAAGATTAAATAT
ATAGATGACCCTTTTTAATATATGGCCTAACTTGTGAATTGCGAATGTTTGAATCTTTAT
ATATTAAAAAAAAATCATGACTTCTTGTTCATATGTGATTTTTAAATAAATAGACTGTAA
CTAAAAATTATAATTGATTCATTTATTTCTTAAAAAATGTCGCCATAATATATCCCTTAT
AATATAATGTCTCCTAAGAAATCGTCCATAGTTAACATAACCCATTTTTAATCTTTATTA
AATGTTAAACCAATTTATAAAACCAATTTATTAACCAATATATTACTCTATTGTTCGACC
AATATCATTATCCTATGGTTCGAAGTCTGAACATAAGATATATAATAAATTACGTGCAAG
AACTCTCTACCAAAACCTGAAACTTTTGAAATTCCGTAGAGTTATTGTCTTCATATGACC
CGCATTTCGAATCAGAGGCAAGAACTTCTATTTGGACCATTTATTAAAATTATTGAATGG
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TCTATTTGGACCATTTATTAAAAATTTCAAATGGGTCAAGATCTAAGATCTAGTAATAGA
TTAATCTTTTAATGATTGACAAAAAAAAAATTAATCTTTGGAATGTCCATCTCTCAACTT
AGGCCCTATCCGGTTTTGTACTCAGAAGCTGCATATATATATTCAAATATCAGATGTTGT
TCGTTTGAACTATTACGTCAACATTGATGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3B532TF U 1
AF RR3B532JQ C 168
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BS 783 871 RR3B532JQ

RD RR3B532TF 785 0 0
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AATATAATGTCTCCTAAGAAATCGTCCATAGTTAACATAACCCATTTTTAATCTTTATTA
AATGTTAAACCAATTTATAAAACCAATTTATTAACCAATATATTACTCTATTGTTCGACC
AATATCATTATCCTATGGTTCGAAGTCTGAACATAAGATATATAATAAATTACGTGCAAG
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AG
CCC

QA 1 782 1 782
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AAATAGACTGTAACTAAAAATTATAATTGATTCATTTATTTCTTAAAAAATGTCGCCATA
ATATATCCCTTATAATATAATGTCTCCTAAGAAATCGTCCATAGTTAACATAACCCATTT
TTAATCTTTATTAAATGTTAAACCAATTTATAAAACCAATTTATTAACCAATATATTACT
TTATTGTTCGACCAATATCATTATCCTATGGTTCGAAGTCTGAACATAAGATATATAATA
AATTACGTGCAAGAACTTTCTACCAAAACCTGAAACTTTTGAAATTCCGTAGAGTTATTG
TCTTCATATGACCCGCATTTCGAATCAGAGGCAAGAACTTCTATTTGGACCATTTATTAA
AATTATTGAATGGGTCAAGATCTGGTAATAGATTAATCTTTGAATGGTTGACAAAAAATC
AGAGGCAAGAATCTCTATTTGGACCATTTATTAAAAATTTCAAATGGGTCAAGATCTAAG
ATCTAGTAATAGATTAATCTTTTAATGATTGACAAAAAAAAAATTAATCTTTGGAATGTC
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DS 



AS 1 2

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CGCGGCATTGGCATTGGCTCAAAGCTACTGAATCATGTTCTTGACATGTGCTCCAAGCAA
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TCTGC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3CJ21TF U 1
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AATGTTACAATGCGTCTGTTTCCTAGTTTTGCTTGTTTTTGATGACCTTATCTAATGGTT
CTCTATACCTAGTACTAGTAGTAATGACCCCTTGGTTTTGGACCTTT*GATTGGGGAAGT
TTTGACTTTGTAACTCTTGTCTT*ACTACTACTACTACTCATGGAGTT
GTTAATTAATTCTGC

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DS 

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GTTCTTGCACCATACCGCGGCATTGGCATTGGCTCAAAGCTACTGAATCATGTTCTTGAC
ATGTGCTCCAAGCAAAACACGTCTGAGATATTCTTGCATGTTCAGACAAACAACGAAGAT
GCGATCAAGTTCTACAAGAAGTTTGGGTTCGAGATCACAGAGACCATACAAGACTATTAC
ATCAACAGCGAGCCAAGAGACTGCTATGTCGTCACCAAGTCCTTTGCTCAACCTGAAGCC
AACAAATGATGAACAATACGTGACTTGGGGAAGGCATTCTTCCCCAGTTTGTTTGCTCAG
TTCAAGTCTATTCTTAATGTTACAATGCGTCTGTTTCCTAGTTTTGCTTGTTTTTGATGA
CCTTATCTAATGGTTCTCTATACCTAGTACTAGTAGTAATGACCCCTTGGTTTTGGACCT
TTTGATTGGGGAAGTTTTGACTTTGTAACTCTTGTCTTTACTACTACTACTACTCATGGA
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QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL7292Contig1 855 2 8 U
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CAAAACATGTTACAATGCTGAAGTTTATGTTTACAGATTGGTATACATATAATATAACAA
TGAACTCAATCTGAT


BQ
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AF RR3GO94TF U 1
AF RR3GO94JQ C 144
BS 1 670 RR3GO94TF
BS 671 671 RR3GO94JQ
BS 672 697 RR3GO94TF
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BS 777 855 RR3GO94JQ

RD RR3GO94TF 776 0 0
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GAGGAGCGTAGAAAATGAGAAAGACTACATCAACCGCTTGAAAGTTTTTATAGAGAAACA
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CTCTGGGAGGAGTGAGCAATCTCAAGGATCAGAGCAAAGAGCAAGTACAGTGATGGATAA
GGTTCAGATGGACAGCATCAAGCGAGAACTCCAAGAAACGTCTCAACGTTTAGAGACGGT
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CCGTCTCGAGAAAGAGGTGAGATCGTTGAAAGGAGGAGAGGATCCCATGGAGTATCCTGA
TGTAGAAGCGATTAAGGAAGGAGTGAGAAAGGAAGCTCAGAAAGAGAGCGAAGACGAGTT
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AAATCTTCTCTGTCACTCAAGTA*TATATCATCTACTTTCAAACATGTTAGATTGT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3GO94JQ 712 0 0
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AAGGATCAGAGCAAAGAGCAAGTACAGTGATGGATAAGGTTCAGATGGACAGCATCAAGC
GAGAACTCCAAGAAACGTCTCAACGTTTAGAGACGGTTAAAGCAGAAAAAAACAAGACCG
AGTTTGAGGCATCAGAATACAAAAGCATAGCTGCGAAACTTGAATCAGACTTAAAAGGCT
TGTCGGACGCGTACAACAGTTTAGAACAAGCGAACTACCGTCTCGAGAAAGAGGTGAGAT
CGTTGAAAGGAGGAGAGGATCCCATGGAGTATCCTGATGTAGAAGCGATTAAGGAAGGAG
TGAGAAAGGAAGCTCAGAAAGAGAGCGAAGACGAGTTAAACGACTTGTTAGTGTGTTTGG
GACAAGAGGAGAGCAAAGTGGAGAAGCTAACGGCGAAGCTGATAGAGTTAGGAGTTGATG
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TTTATGTTTACAGATTGGTATACATATAATATAACAATGAACTCAATCTGAT

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

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CCAGTTAGATCGTAACGCAAAGGGATTCATATCTTCTGATGAGTTCCTCTCTGTCCCTGA
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ACTGATCTTTCAAGTCTATGATTCTGACTGCAACGGGAAGGTCTCGTTTAGAGATATCAT
GGAAGTGTTGCAGGACTTGTCGGGGTCATTCATGTCTGATGAGCAAAGAGAGCAAGTTCT
GAGCCAGGTTCTGAAGGAAGCAGGCTACACCAATGACTCTTTCTTAACACTGGAGGATTT
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AATGGTATTGAAAATAAAATAAAAAGTTTTATTCGTACT


BQ
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AF RR3GQ27TF U 1
AF RR3GQ27JQ C 2
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BS 710 721 RR3GQ27TF
BS 722 759 RR3GQ27JQ

RD RR3GQ27TF 726 0 0
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GAGCCATTGTCACGATCTATTTGAGCAGCAGGAGATACTCTCTCTGTATCAGAGGGTTTG
CCAGTTAGATCGTAACGCAAAGGGATTCATATCTTCTGATGAGTTCCTCTCTGTCCCTGA
GTTCGCCATGAACCCACTCTCTCTCAGGCTGCTTAAGATGGTTGATGGTTTGAACTTTAA
GGATTTTGTCGCTTTCTTGTCTGCTTTCAGTGCCAAGGCTAGTCTTCAACAAAAGGTTAA
ACTGATCTTTCAAGTCTATGATTCTGACTGCAACGGGAAGGTCTCGTTTAGAGATATCAT
GGAAGTGTTGCAGGACTTGTCGGGGTCATTCATGTCTGATGAGCAAAGAGAGCAAGTTCT
GAGCCAGGTTCTGAAGGAAGCAGGCTACACCAATGACTCTTTCTTAACACTGGAGGATTT
CATAGAGGTCTTTGCAAGTTGTAAACCGGAGATGGACGTTGAAATTCCTGTCGATTAGGT
GGTCTATGAGATCATATATGATCAAACTCCAAACTCAACATCTCATCGTGTCTTCGTCCA
CTTTGCTAGTATTTGATTACACCATCTCATCAAAATATGTATGATTACATTTCCTCTTCT
TCTTAAGCATTGTTTTCAATTGATTTAGATTAAAACCGTTCTACTATA*GCACACTTGTT
A
TGGTA

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3GQ27JQ 758 0 0
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AGCCATTGTCACGATCTATTTGAGCAGCAGGAGATACTCTCTCTGTATCAGAGGGTTTGC
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TTCGCCATGAACCCACTCTCTCTCAGGCTGCTTAAGATGGTTGATGGTTTGAACTTTAAG
GATTTTGTCGCTTTCTTGTCTGCTTTCAGTGCCAAGGCTAGTCTTCAACAAAAGGTTAAA
CTGATCTTTCAAGTCTATGATTCTGACTGCAACGGGAAGGTCTCGTTTAGAGATATCATG
GAAGTGTTGCAGGACTTGTCGGGGTCATTCATGTCTGATGAGCAAAGAGAGCAAGTTTTG
AGCCAGGTTCTGAAGGAAGCAGGCTACACCAATGACTCTTTCTTAACACTGGAGGATTTC
ATAGAGGTCTTTGCAAGTTGTAAACCGGAGATGGACGTTGAAATTCCTGTCGATTAGGTG
GTCTATGAGATCATATATGATCAAACTCCAAACTCAACATCTCATCGTGTCTTCGTCCAC
TTTGCTAGTATTTGATTACACCATCTCATCAAAATATGTATGATTACATTTCCTCTTCTT
CTTAAGCATTGTTTTCAATTGATTTAGATTAAAACCGTTCTACTATAAGCACACTTGTTA
ATGGTATTGAAAATAAAATAAAAAGTTTTATTCGTACT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL7294Contig1 732 2 2 U
GGGTGCGTACAAGTATGTGTCTGAGCTATGGAGGAAGAAACAATCCGATGTGATGAGGTT
TGTGCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTACAGACAGTAGCCTTCCATTGTCCGTCTCGTCAG
GCCTACTCGTCCCGACAAGGCTCGTCGTTTGGGCTACAAGGCCAAACAGGGCTTTGTGGT
GTACCGTGTCCTTGTGAGACGTGGTGGACGCAAGAGGCCAGTGCCAAAGGGTATTGTCTA
TGGTAAACCCACAAACCAGGGAGTTACTCAACTCAAGTTCCGGAGGAGCAAGCGTTCTGT
TGCTGAGGGGCGTGCCGGAAGGAAACTCGGTGGCCTAAGAGTCGTCAACTCCTACTGGCT
CAACGAGGATTCGACCTACAAGTACTACGAGATCATCTTGGTTGACCCGGCACACAACGC
TGTGCGTAATGACCCGAGGATCAACTGGATCTGCAACCCGGTTCACAAGCACCGTGAGCT
CAGGGGACTTACGTCAGAGGGAAAGAAGAACAGAGGACTGCGCGGAAAGGGTCACAACAA
CCACAAAAACCGCCCGTCTCGCAGAGCTACGTGGAAGAAGAATAACTCTCTCTCCCTCCG
TCGTTACCGTTGATTCCCTTTTGCTAGCTATCATCATCGTTTCATGTTGTCGTCCTTTTA
TCCTATGTTGACTTTTATGTTTTTACAAATTTTGGAGACTAATACAATTGCGTTCGGATT
ATGGTTTTAAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB89TF U 1
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RD RR3BB89TF 713 0 0
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GTACCGTGTCCTTGTGAGACGTGGTGGACGCAAGAGGCCAGTGCCAAAGGGTATTGTCTA
TGGTAAACCCACAAACCAGGGAGTTACTCAACTCAAGTTCCGGAGGAGCAAGCGTTCTGT
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TGTGCGTAATGACCCGAGGATCAACTGGATCTGCAACCCGGTTCACAAGCACCGTGAGCT
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TCGTTACCGTTGATTCCCTTTTGCTAGCTATCATCATCGTTTCATGTTGTCGTCCTTTTA
TCCTATGTTGACTTTTATGTTTTTACAAATTTTGGAGACTAATACAATTGCGT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3BB89JQ 732 0 0
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TGTGCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTACAGACAGTAGCCTTCCATTGTCCGTCTCGTCAG
GCCTACTCGTCCCGACAAGGCTCGTCGTTTGGGCTACAAGGCCAAACAGGGCTTTGTGGT
GTACCGTGTCCTTGTGAGACGTGGTGGACGCAAGAGGCCAGTGCCAAAGGGTATTGTCTA
TGGTAAACCCACAAACCAGGGAGTTACTCAACTCAAGTTCCGGAGGAGCAAGCGTTCTGT
TGCTGAGGGGCGTGCCGGAAGGAAACTCGGTGGCCTAAGAGTCGTCAACTCCTACTGGCT
CAACGAGGATTCGACCTACAAGTACTACGAGATCATCTTGGTTGACCCGGCACACAACGC
TGTGCGTAATGACCCGAGGATCAACTGGATCTGCAACCCGGTTCACAAGCACCGTGAGCT
CAGGGGACTTACGTCAGAGGGAAAGAAGAACAGAGGACTGCGCGGAAAGGGTCACAACAA
CCACAAAAACCGCCCGTCTCGCAGAGCTACGTGGAAGAAGAATAACTCTCTCTCCCTCCG
TCGTTACCGTTGATTCCCTTTTGCTAGCTATCATCATCGTTTCATGTTGTCGTCCTTTTA
TCCTATGTTGACTTTTATGTTTTTACAAATTTTGGAGACTAATACAATTGCGTTCGGATT
ATGGTTTTAAGC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

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AAGAAGTCAGACATTGTGGTGAACCAAGCAGCGACCGAACCTATGCCCAACGGAATACCC
GGTTACACTGTGGAGATCACGAACCAATGCATGTCTGGATACAACATCTCGAGGATCCAC
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CACTACGACGACTGTCTCGTCAACAACGGGAAACCTCTGCCTTTTGGATCCACGCTCTCT
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TTCTCTTAGGATGTTATATGTTTTTGAGCAACAGTGATATATATAAATATATAAAAGAAT
CTATCAACTTTTTCCCCCGAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BQ49TF U 1
AF RR3BQ49JQ C 150
BS 1 735 RR3BQ49TF
BS 736 923 RR3BQ49JQ

RD RR3BQ49TF 735 0 0
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TCGTATTTGCTTCACGGAATGGCTCTCGTCTCCGTCGTAGCCTCCGGCGTGGAGGAGGTT
AGTAGAGATAACGTGGATTTGACCAAAACGACGACGTTAACCACCTCTCATACGCATCGG
AAGATGCTCCATCTCTCTCATGAGACGAGAGTAGAGCCGGATAGGATCGGAGAGAAGTGC
AAGAAGTCAGACATTGTGGTGAACCAAGCAGCGACCGAACCTATGCCCAACGGAATACCC
GGTTACACTGTGGAGATCACGAACCAATGCATGTCTGGATACAACATCTCGAGGATCCAC
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CACTACGACGACTGTCTCGTCAACAACGGGAAACCTCTGCCTTTTGGATCCACGCTCTCT
TTCCACTACGCCAACACTTTCCCTTACCGTCTCGCTGTCTCGTTCGTTACCTGCTCCTGA
GTCCTCCTGATCTTT

QA 1 735 1 735
DS 

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ACGGCGACTTCTGTTATCGGCGACGCTGCTCTCGTATTTGCTTCACGGAATGGCTCTCGT
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AGTAGAGCCGGATAGGATCGGAGAGAAGTGCAAGAAGTCAGACATTGTGGTGAACCAAGC
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CATGTCTGGATACAACATCTCGAGGATCCACGTCAGCTGCGGTTGGTTCAGCTCCGTCAA
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GAAACCTCTGCCTTTTGGATCCACGCTCTCTTTCCACTACGCCAACACTTTCCCTTACCG
TCTCGCTGTCTCGTTCGTTACCTGCTCCTGAGTCCTCCTGATCTTTTTCTTTCTCATATA
GGATAAGATGATAGTAGAAACACGGCGGGAAAAACTTAAGATACAGGAAGTATGATTGAT
ATTAATCACATTTCATACCCCACTCATCCTCTTCTCTTAGGATGTTATATGTTTTTGAGC
AACAGTGATATATATAAATATATAAAAGAATCTATCAACTTTTTCCCCCGAAAA

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

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TTTTTTTCTGCAACATTGTTTCGCTTCATTTACGTATATAATTCATGTACTCTTCTTAGG
ATCTGCACATAGACATAGCCGAGGAGTATAAAATGTAAAAGAAACTTACATGAACAAACA
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CTATGTTGATGGAGTGAATAGATGCAGAAGCGCAGACCAATAACCAACCAACTGAGCCAA
GATACCCTTCCCAGTTTGGGCTTCGATTATAAGGCCTATGGTGAGTCCTATGATTGCCCA
GGCTCCGTTAATAGCCTCTATTTCACGCCTTCTCTGTTCCCTCTCTCCGCCTTTGATCAC
TTCCATTTGCTTCGCTGCTAATCGCTTGGCCTCAAGAGGGTCTACCATGATTACCTCCTT
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AGAGGAATAAGGAGTCAACGGAATCGTAAAGCTTCCACGGAAAAGAGAAGAAGAAACTTG
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CATTTCTAAGCCTTTCATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CY61TF C 1
AF RR3CY61JQ U 8
BS 1 7 RR3CY61TF
BS 8 680 RR3CY61JQ

RD RR3CY61TF 614 0 0
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ATCTGCACATAGACATAGCCGAGGAGTATAAAATGTAAAAGAAACTTACATGAACAAACA
TCAGTAGAAAATAAGTAAACCAAGCGGTCAAGTTTGATTGTGTGTACTGTTGGGAGATGG
CTATGTTGATGGAGTGAATAGATGCAGAAGCGCAGACCAATAACCAACCAACTGAGCCAA
GATACCCTTCCCAGTTTGGGCTTCGATTATAAGGCCTATGGTGAGTCCTATGATTGCCCA
GGCTCCGTTAATAGCCTCTATTTCACGCCTTCTCTGTTCCCTCTCTCCGCCTTTGATCAC
TTCCATTTGCTTCGCTGCTAATCGCTTGGCCTCAAGAGGGTCTACCATGATTACCTCCTT
TTTTGCCTTTACTTTTCCTGGAGGAGGAGATGATGCATTTGGATTAGCTAGGACTCGAAC
TGCTCCTCCACCTCTGGTTCTTGTTGCATCTTGGTGTCTTCTTAGTCCCTTTAGTAGAGA
AGAGGAATAAGGAGTCAACGGAATCGTAAAGCTTCCACGGAAAAGAGAAGAAGAAACTTG
AGGATCAGCAGCTC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3CY61JQ 673 0 0
CTGCAACATTGTTTCGCTTCATTTACGTATATAATTCATGTACTCTTCTTAGGATCTGCA
CATAGACATAGCCGAGGAGTATAAAATGTAAAAGAAACTTACATGAACAAACATCAGTAG
AAAATAAGTAAACCAAGCGGTCAAGTTTGATTGTGTGTACTGTTGGGAGATGGCTATGTT
GATGGAGTGAATAGATGCAGAAGCGCAGACCAATAACCAACCAACTGAGCCAAGATACCC
TTCCCAGTTTGGGCTTCGATTATAAGGCCTATGGTGAGTCCTATGATTGCCCAGGCTCCG
TTAATAGCCTCTATTTCACGCCTTCTCTGTTCCCTCTCTCCGCCTTTGATCACTTCCATT
TGCTTCGCTGCTAATCGCTTGGCCTCAAGAGGGTCTACCATGATTACCTCCTTTTTTGCC
TTTACTTTTCCTGGAGGAGGAGATGATGCATTTGGATTAGCTAGGACTCGAACTGCTCCT
CCACCTCTGGTTCTTGTTGCATCTTGGTGTCTTCTTAGTCCCTTTAGTAGAGAAGAGGAA
TAAGGAGTCAACGGAATCGTAAAGCTTCCACGGAAAAGAGAAGAAGAAACTTGAGGATCA
GCAGCTCCAAGGGAGAAGAAGATAGGCGGCGTTGAAGAGAAAGACGTCACCACCATTTCT
AAGCCTTTCATCC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL7297Contig1 686 2 5 U
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GGCTTCACCAACTCCATTCCTCTCCATCTTCCTCTTCTTCCTCATTACAATCTCCGCAGA
TCCCGACATGCTCCAAGACCTCTGCGTCGCCGATCTCTCCTCCGGAATCAAAGTCAACGG
CTTCCCTTGCAAAGACGCAGCTAACATCACACCACTAGACTTCTTCTCACAAGGACTAGC
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CCTCCCAGGTCTCAACACGCTCGGTGTCCCCCTCTCTCGCATCGACTACGCGCCAGGTGG
CTTAAACCCACCTCACACTCACCCACGTGCCACCGAAGTCGTCTACGTCCTCGAAGGAAC
ACTCGACGTCGGGTTTCTCACCACCGCCAACAAGCTCATCTCTCGGTCTCTCAAGAGAGG
TGACGTATTTGCTTTCCCGAAAGGACTTGTTCATTTCCAGAAGAACAACGGTGATGTTCC
TGCTTCTGTCATCGCTGCTTTTAATAGTCAGCTTCCTGGAACTCAGTCTCTTGGTGCTAC
TCTGTTCGCCTCTACTCCTCCCGTTCCTGATAACATCTTGGCTCAAGCCTTTCAGACATC
CCCGGGAACGGTTAAACACATTAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H795TF U 36
AF RR3G335TF U 1
BS 1 150 RR3G335TF
BS 151 151 RR3H795TF
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BS 329 329 RR3H795TF
BS 330 686 RR3G335TF

RD RR3H795TF 626 0 0
GG
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TCCTCCGGAATCAAAGTCAACGGCTTCCCTTGCAAAGACGCAGCTAACATCACACCACTA
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CGCATCGACTACGCGCCAGGTGGCTTAAACCCACCTCACACTCACCCACGTGCCACCGAA
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ATCTCTCGGTCTCTCAAGAGAGGTGACGTATTTGCTTTCCTGAAAGGACTTGTTCATTTC
CAGAAGAACAACGGTGATGTTCCTGCTTCTGTCATCGCTGCTTTTAATAGTCAGCTTCCT
GGAACTCAGTCTCTTGGTGTTACTCTGTTCGCCTCTACTCCTCCCGTTCCTGATAACATC
TTGGCTCAAGCCTTTCAGACATC
T

QA 3 625 3 625
DS 

RD RR3G335TF 686 0 0
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TCCCGACATGCTCCAAGACCTCTGCGTCGCTGATCTCTCCTCCGGAATCAAAGTCAACGG
CTTCCCTTGCAAAGACGCAGCTAACATCACACCACTAGACTTCTTCTCACAAGGACTAGC
GAATCCAGGTCTCACCAACAACACTTTCGGGTCCTTAGTCACAGGAGCCAACGTGATGAA
CCTCCCAGGTCTCAACACGCTCGGTGTCTCCCTCTCTCGCATCGACTACGCGCCAGGTGG
CTTAAACCCACCTCACACTCACCCACGTGCCACCGAAGTCGTCTACGTCCTCGAAGGAAC
ACTCGACGTCGGGTTTCTCACCACCGCCAACAAGCTCATCTCTCGGTCTCTCAAGAGAGG
TGACGTATTTGCTTTCCCGAAAGGACTTGTTCATTTCCAGAAGAACAACGGTGATGTTCC
TGCTTCTGTCATCGCTGCTTTTAATAGTCAGCTTCCTGGAACTCAGTCTCTTGGTGCTAC
TCTGTTCGCCTCTACTCCTCCCGTTCCTGATAACATCTTGGCTCAAGCCTTTCAGACATC
CCCGGGAACGGTTAAACACATTAAAA

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL7298Contig1 640 2 8 U
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AACTTGCTTTCCAGAGGATCCCTGGGGTGATCGAGACCGAGGTCGGGTACACTCAAGGGA
TCTCACATAATCCTACATACAAGGTTGTCCGCACGAACAAAACGAACCATGCAGAGGTTG
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CTAGGCATGATCCCACCTCCTTGAATCGTCAGGGAGAGCTTGTGGGAGCTCAATACCGAT
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AAGCCGAAGAATACCATCAGCATTACCTCGTCAAAGGTGG


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL11TF U 1
AF RR3BO08TF U 4
BS 1 241 RR3FL11TF
BS 242 242 RR3BO08TF
BS 243 512 RR3FL11TF
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BS 617 632 RR3FL11TF
BS 633 640 RR3BO08TF

RD RR3FL11TF 632 0 0
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AAGAGTCTAAGTTATTAGATACACCTGCAACTGACCCTTCCCCTGTAGCTCAAGAAGAGC
CTCAGTTAGTAGACACAGCTGCTATAGTCCCTTCTCCGATAGCACAGGAGCCTGACAACG
ATGTGCCAGCACCGGGAAGCCAGTTTGCTGAGTTCGCCGCTGGATGCTTCTGGGGACTGG
AGCTTGCTTTCCAGAGGATCCCTGGGGTGATCGAGACCGAGGTCGGGTACACTCAAGGGA
TCTCACATAATCCTACATACAAGGTTGTCCGCACGAACAAAACGAACCATGCAGAGGTTG
TAAGGGTTCAGTATGATCCCAATGAGTGCAGCTATGAGACCCTGCTTGATTTGTTCTGGT
CTAGGCATGATCCCACCTCCTTGAATCGTCAGGGAGAGCTTGTGGGAGCTCAATACCGAT
CAGGGATATACTTCTATACACCAGAGCAAGAGTAGCTAGCACGTGAGTCTCTTGAGAATC
AGCAGAAAAAGCTTGAGGAGAAGATTGTGACTGAGATCTTACCAGTGAAGAAGTTCTACA
AAGCCGAAGAATACCGTCAGCATTACCTCGTC

QA 1 632 1 632
DS 

RD RR3BO08TF 637 0 0
GG
AAACAATTCTTTTCTCTTATCAATCTAGCAAAAATGAATTCTTCTATAGCTCAAGAAGAG
TCTAAGTTATTAGATACACCTGCAACTGACCCTTCTCCTGTAGCTCAAGAAGAGCCTCAG
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CCAGCACCGGGAAGCCAGTTTGCTGAGTTCGCCGCTGGATGCTTCTGGGGACTGGAACTT
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CATAATCCTACATACAAGGTTGTCCGCACGAACAAAACGAACCATGCAGAGGTTGTAAGG
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QA 3 637 3 637
DS 



AS 1 2

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CCCTATCATGCTACTGGCTAACACCTAGGCGAATCAAGAAGATCATGGCAGGTCAAGGGG
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CCTTATGGCTAATGGCCAAGATTGGCACCACCAACGCCACCTTGCTGCACCGGCATTTAA
CGGGGACAGGCTCAAGGGCTACGCAAGACACATGGTGGAGTGTACGAGTAGGCTAGTGGA
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CATGGACAATGATGCTCCTCGCCGATAACCCCAGATGGCAAGAAAACGTTCGTGACGAGA
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GGATGGCATTTGAAGATATAAAACTGTGATCTAACAATTCCCAAAGGTTTATCAATATGG
ATACCGGTCCTCGCAATCCATCACAGCGAAGAATTATGGGGTAAAGACGCAAATGAATTC
AACCCTGAACGCTTTGGAGGCAAACCATTTGCGCCTGGCCGCCACTTCATCCCATTTGCA
GCTGGTCCTCGAAACTGCATCGGACAATCATTTGCGATGATGGAAGCAAAAATAATATTA
GCGACGCTAATTTCAAAGTTTAACTTCGCAATATCAAATAACTATAGACATGCGCCAATA
GTTGTGCTTACTATAAAACCTAAGTATGGAGTTCAAGTGATATTGAAGCCAGTGGATTCA
TGAAGGTTTCAAGATTAAAAGTCATTGAAATGCTTTGATCGTACACTCGGGGAACATATA
TTTTGGGGGTTGATAACTTTTGAGTAACATGAGGGATTTTTATTTGAATAAACATCGTAC
GAGTATGAGAGAAAATTATGTTAATCTTTTTCCTCAAATTTACTTGTTCTTTTGTGTTTT
ATGCGTT


BQ
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AF RR3DF16JQ C 532
BS 1 639 RR3DF16TF
BS 640 1387 RR3DF16JQ

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CGCAATCCGTTTCTAAGGATTGTGATTCTATTCACCATGACATCGTAGGCCGCCTTCTTC
CGCATTACGTCACCTGGTCCAAACAATACGGGAAAAGATTTATAGTGTGGAACGGGACGG
ATCCTCGGCTTTGCATAACGGAAACAGAATTGATAAAAGAGTTGCTGATGAAGCATAACA
GTGTAAGTGGAAGATCGTGGCTACAGCAACAAGGGACAAAAATTTTATTGGTCGTGGTCT
CCTTATGGCTAATGGCCAAGATTGGCACCACCAACGCCACCTTGCTGCACCGGCATTTAA
CGGGGACAGGCTCAAGGGCTACGCAAGACACATGGTGGAGTGTACGAGTAGGCTAGTGGA
GAGGTTGAGGAAAGAAATTGGGGAAAGAGGAGGTGAGGT

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3DF16JQ 856 0 0
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GCTCAAGGGCTACGCAAGACACATGGTGGAGTGTACGAGTAGGCTAGTGGAGAGGTTGAG
GAAAGAAATTGGGGAAGGAGGAGGTGAGGTGGAGATAGGGGAGGAGATGCACATGGACAA
TGATGCTCCTCGCCGATAACCCCAGATGGCAAGAAAACGTTCGTGACGAGATTAGAGATG
TATGTGGCTGCGACGGTCTTCCCTCGGTTGATCAACTATCCAAGCTTACCTCGTTAAACA
AAGTGATAAACGAGTCATTAAGACTTTACCCTCCAGCTACTCTTCTACCAAGGATGGCAT
TTGAAGATATAAAACTGTGATCTAACAATTCCCAAAGGTTTATCAATATGGATACCGGTC
CTCGCAATCCATCACAGCGAAGAATTATGGGGTAAAGACGCAAATGAATTCAACCCTGAA
CGCTTTGGAGGCAAACCATTTGCGCCTGGCCGCCACTTCATCCCATTTGCAGCTGGTCCT
CGAAACTGCATCGGACAATCATTTGCGATGATGGAAGCAAAAATAATATTAGCGACGCTA
ATTTCAAAGTTTAACTTCGCAATATCAAATAACTATAGACATGCGCCAATAGTTGTGCTT
ACTATAAAACCTAAGTATGGAGTTCAAGTGATATTGAAGCCAGTGGATTCATGAAGGTTT
CAAGATTAAAAGTCATTGAAATGCTTTGATCGTACACTCGGGGAACATATATTTTGGGGG
TTGATAACTTTTGAGTAACATGAGGGATTTTTATTTGAATAAACATCGTACGAGTATGAG
AGAAAATTATGTTAATCTTTTTCCTCAAATTTACTTGTTCTTTTGTGTTTTATGCGTT

QA 19 856 19 856
DS 



AS 1 2

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TCAGAAAAGTGCAGAAAAAGCGCTCTTCTTTATTCACTTCACATTTTTCCATTTGTTTTC
TAAGCGCGTGTTCTTCAGTAATCCATAAGATATGATTATGTGAAATACACGCTCTAATTA
GGCACGTGGTAATTGAACAGAACTACTTGCCTCTGTGTCTCATCTTGTCTGAAAGACATT
TACTATAAAGAAAAATATCTGTTTTTTCTTGAGTGCATCGTAAAATCGTAAAAAAGAACA
CAAAATCGATATCTTCGCCTCTTCGGTTGATAAAATTAGTTTGGAAAAAATCATTCATTT
AAATGAAGAGGAACAGCGAAACGAAGAGACGGAGGAACGTGGCAGAGGAGGCGGAGCAGG
GAGGAGGAGAAGATCCGGCGATGTGGGAGAGTCTAGATCGGAATTTCAGACAAGTGCAAT
CGGTTTTGGACAGAAACAGATCACTGATCCAGCAGGTCAACGACAATCACCAATCAAGAA
TGGCAGATAACATGTCCAAGAACGTCGCTTTGATCCAAGGACTCAACGGAAACATCTCTA
AGGTTGTTTCCATGTATTCTGATATAAACACCAATTTCTCATCGGCGTTTCACGGTGGAA
ATAACGAACACGACGGTAGTGGTGGTGGTGCCGGAACCAGAGCTAATTAAATCAACCTCA
TCTTTCGTAGTTGGACCGGCCGGTTTGAAAAAATTGAACCAGACGGTTTGTAAACAACAA
TCTAAAACCTATTAATTAATTACTATAAAGTTATGTTATGTT


BQ
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AF RR3GC73TF U 1
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BS 688 822 RR3GC73JQ

RD RR3GC73TF 687 0 0
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TCAGAAAAGTGCAGAAAAAGCGCTCTTCTTTATTCACTTCACATTTTTCCATTTGTTTTC
TAAGCGCGTGTTCTTCAGTAATCCATAAGATATGATTATGTGAAATACACGCTCTAATTA
GGCACGTGGTAATTGAACAGAACTACTTGCCTCTGTGTCTCATCTTGTCTGAAAGACATT
TACTATAAAGAAAAATATCTGTTTTTTCTTGAGTGCATCGTAAAATCGTAAAAAAGAACA
CAAAATCGATATCTTCGCCTCTTCGGTTGATAAAATTAGTTTGGAAAAAATCATTCATTT
AAATGAAGAGGAACAGCGAAACGAAGAGACGGAGGAACGTGGCAGAGGAGGCGGAGCAGG
GAGGAGGAGAAGATCCGGCGATGTGGGAGAGTCTAGATCGGAATTTCAGACAAGTGCAAT
CGGTTTTGGACAGAAACAGATCACTGATCCAGCAGGTCAACGACAATCACCAATCAAGAA
TGGCAGATAACATGTCCAAGAACGTCGCTTTGATCCAAGGACTCAACGGAAACATCTCTA
AGGTTGTTTCCATGTATTCTGATATAAACACCAATTTCTCATCGGCGTTTCACGGTGGAA
ATAACGAACACGACGGTAGTGGTGGTG

QA 1 687 1 687
DS 

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GTTTTTTCTTGAGTGCATCGTAAAATCGTAAAAAAGAACACAAAATCGATATCTTCGCCT
CTTCGGTTGATAAAATTAGTTTGGAAAAAATCATTCATTTAAATGAAGAGGAACAGCGAA
ACGAAGAGACGGAGGAACGTGGCAGAGGAGGCGGAGCAGGGAGGAGGAGAAGATCCGGCG
ATGTGGGAGAGTCTAGATCGGAATTTCAGACAAGTGCAATCGGTTTTGGACAGAAACAGA
TCACTGATCCAGCAGGTCAACGACAATCACCAATCAAGAATGGCAGATAACATGTCCAAG
AACGTCGCTTTGATCCAAGGACTCAACGGAAACATCTCTAAGGTTGTTTCCATGTATTCT
GATATAAACACCAATTTCTCATCGGCGTTTCACGGTGGAAATAACGAACACGACGGTAGT
GGTGGTGGTGCCGGAACCAGAGCTAATTAAATCAACCTCATCTTTCGTAGTTGGACCGGC
CGGTTTGAAAAAATTGAACCAGACGGTTTGTAAACAACAATCTAAAACCTATTAATTAAT
TACTATAAAGTTATGTTATGTT

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL7301Contig1 199 2 1 U
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ACGGGATTTTAGGACCTGAAGCCCAGAAATCGTGACTTTTATCATTTCAAGATTGAAACA
CATTTGATCTTCAAGTGTAATATTGTGTCTAAAAGTTGTGTTTAATTACGCGTTGATAAT
ATATATCGTAATTTGAGCC


BQ
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AF RR3BF08JQ C 1
AF RR3BF08TF U 1
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ATATATCGTAATTTGAGCC

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DS 

RD RR3BF08TF 199 0 0
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ACGGGATTTTAGGACCTGAAGCCCAGAAATCGTGACTTTTATCATTTCAAGATTGAAACA
CATTTGATCTTCAAGTGTAATATTGTGTCTAAAAGTTGTGTTTAATTACGCGTTGATAAT
ATATATCGTAATTTGAGCC

QA 1 199 1 199
DS 



AS 1 2

CO CL7302Contig1 1279 2 2 U
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AATTAAATCCAAAACCATCAATCAATTAAAGCCAAGTTACAAAAAAACCCATCACTCAAT
CGATCGATGGATATTGAGACGAAGAAACCGTACATGTGGTGACTATGATACAACTCATAT
ATGCAATCATGTTTTTGATCTCTAAAGCTGTCTTCAATGGTGGAATGAACACTTTCGTCT
TCGTTTTCTATCGTCAAGCGTTCGCTACCATCTTCTTGGCTCCTCTCGCTTTCTTCTTCG
AACGGAAAAGTGCTCCGCCTCTTTCATTTGTTACCTTCATCAAAATCTTCACGCTCTCCT
TATTTGGTGTGACATTGAGCTTGGACTTGAACGGAATCGCATTATCATACACGTCTGCAA
CTTTGGCCGCTTCCACAACAGCTTCCCTTCCGGCCATTACATTCTTCTTGGCTCTGTTTC
TTGGAACGGAGACGCTTAAGATTAAGACCATACAAGGAACAGCGAAGCTTGCGGGGATAA
CTGTGTGCATGGCCGGGGTCGCTACCTTAGCCCTTTACAAAGGTCCGCCACTGAAATTAC
CTATATGCCCTCACCTGTATCAGCACCGGAATATTCTCGGCCATATCTCCGGTGGTTCCA
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TCGTTTTGCAGGGACGTGTTTTGAAAGCTTACCCTTCGAAGCTATACTTCACAACTCTTC
ATTGTCTTTTGAGTTCGATCCAATCCTTCGTTATCGCTATTGCATTCGAGAGAGATATCT
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TAACAGGAGTAGCATATTATTTGCAATCATGGGTTATAGAGAAAAGGGGACCTGTTTTCT
TATCAATGTTCACTCCTTTGTCTTTACTCTTCACTCTACTCTCATCAGGAATTCTACTTT
GCGAGATCATTAGGCTTGGAAGTATTCTAGGTGGACTATTACTGATTATAGGACTCTACT
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ATAAAGAAAACAATGACGTTTGTAATGAAGTGAAGGTTGTCATTAGCTGAATGAATGTCT
TATTAGTTTGTATTATACACTATGATTATTATATGTGTTACTCATCGTTCACCTAACAGA
GTCCAGATAAGTTTGCTTT


BQ
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AF RR3G237TF U 1
AF RR3G237JQ C 637
BS 1 727 RR3G237TF
BS 728 1279 RR3G237JQ

RD RR3G237TF 727 0 0
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AATTAAATCCAAAACCATCAATCAATTAAAGCCAAGTTACAAAAAAACCCATCACTCAAT
CGATCGATGGATATTGAGACGAAGAAACCGTACATGTGGTGACTATGATACAACTCATAT
ATGCAATCATGTTTTTGATCTCTAAAGCTGTCTTCAATGGTGGAATGAACACTTTCGTCT
TCGTTTTCTATCGTCAAGCGTTCGCTACCATCTTCTTGGCTCCTCTCGCTTTCTTCTTCG
AACGGAAAAGTGCTCCGCCTCTTTCATTTGTTACCTTCATCAAAATCTTCACGCTCTCCT
TATTTGGTGTGACATTGAGCTTGGACTTGAACGGAATCGCATTATCATACACGTCTGCAA
CTTTGGCCGCTTCCACAACAGCTTCCCTTCCGGCCATTACATTCTTCTTGGCTCTGTTTC
TTGGAACGGAGACGCTTAAGATTAAGACCATACAAGGAACAGCGAAGCTTGCGGGGATAA
CTGTGTGCATGGCCGGGGTCGCTACCTTAGCCCTTTACAAAGGTCCGCCACTGAAATTAC
CTATATGCCCTCACCTGTATCAGCACCGGAATATTCTCGGCCATATCTCCGGTGGTTCCA
CCTCTTGGCTCAAAGGATGTGTTCTCATGATCACCTCCAACATTTTATGGGGTCTCTGGC
TCGTTTT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3G237JQ 643 0 0
TCGGCCATATCTCCGGTGGTTCCACCTCTTGGCTCAAAGGATGTGTTCTCATGATCACCT
CCAACATTTTATGGGGTCTCTGGCTCGTTTTGCAGGGACGTGTTTTGAAAGCTTACCCTT
CGAAGCTATACTTCACAACTCTTCATTGTCTTTTGAGTTCGATCCAATCCTTCGTTATCG
CTATTGCATTCGAGAGAGATATCTCAGCATGGAAGCTTGGTTGGAACCTCCGACTTGTTT
CAGTCATTTACTGTGGATTCTTTGTAACAGGAGTAGCATATTATTTGCAATCATGGGTTA
TAGAGAAAAGGGGACCTGTTTTCTTATCAATGTTCACTCCTTTGTCTTTACTCTTCACTC
TACTCTCATCAGGAATTCTACTTTGCGAGATCATTAGGCTTGGAAGTATTCTAGGTGGAC
TATTACTGATTATAGGACTCTACTGTGTGCTGTGGGGGAAAAGTGGAGAGCTGAAGAACA
TTGGTGATGAGAAGACTGATCCACATAAAGAAAACAATGACGTTTGTAATGAAGTGAAGG
TTGTCATTAGCTGAATGAATGTCTTATTAGTTTGTATTATACACTATGATTATTATATGT
GTTACTCATCGTTCACCTAACAGAGTCCAGATAAGTTTGCTTT

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 2

CO CL7303Contig1 901 2 4 U
GGGAGAAGAACAAGAATGGCGATTCTCTGTTCGTCTTCAACAGTTATACTCCCTCCTTCT
CCTTCGGTAAAAACCTCCCGATGTAACAGAAGGTCTCTGTTTCTAGAATTCTCTCTAAAT
GCTATCTCAAAGCCGCCGGTTCGAATCGCCACCAATGTGAACACCAAAAGAGGAGTGCAG
GTGAAATGCGAATCCGAGCAGGCAACTACTACTACTACATCCCTTGTTCCGGCGAATCAA
CGGTGGATGTTCGACGAAGAAGAAGCCAATGGCCCTGATATCTGGAACACAACATGGTAT
CCAAAGGCTTTAGACCATGTGAACACGGACAAGCCCTGGTTCGTGGTCGACGCAACCGAC
AAGATTCTCGGAAGGTTAGCATCAACTATTGCTAACCACATCCGTGGCAAGAACCTTGCC
TCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTTGTTATTGTGGTGAATGCTGAGAAAGTA
GCTGTGTCTGGAAAGAAAAGGAACCAGAAGCTGTACAGGAGGCATTCAGGACGACCTGGT
GGTATGACTGTAGAAACCTTTGATCAGTTGCAGCAGAGAATCCCGGAGAGGATCATTGAG
CACGCTGTTCGTGGAATGCTTCCCAAGGGACGGCTTGGGAGAGCTCTGTTCAATCACCTG
AAGGTGTACAAAGGTCCAGAACATCCTCACGAGGCACAGAAGCCGCTTGATCTGCCTATC
AGGGACAAGAGAATACAGCTGTAGAAATAGATACATACACCATGGAGTATCTCTGTTAAG
GTCTAGTTTTATATTGGGTTTCTGTAGTTTCTTTTTTCTCAAAGCTAGAGGAGACTTTGC
AGATTCTTTATTCTATTGCTTGCAACTATCATCTCTATGCTATAGAGTTTTTTAATGTGC
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3C153TF U 1
AF RR3C153JQ C 70
BS 1 106 RR3C153TF
BS 107 107 RR3C153JQ
BS 108 525 RR3C153TF
BS 526 901 RR3C153JQ

RD RR3C153TF 525 0 0
GGGAGAAGAACAAGAATGGCGATTCTCTGTTCGTCTTCAACAGTTATACTCCCTCCTTCT
CCTTCGGTAAAAACCTCCCGATGTAACAGAAGGTCTCTGTTTCTAGGATTCTCTCTAAAT
GCTATCTCAAAGCCGCCGGTTCGAATCGCCACCAATGTGAACACCAAAAGAGGAGTGCAG
GTGAAATGCGAATCCGAGCAGGCAACTACTACTACTACATCCCTTGTTCCGGCGAATCAA
CGGTGGATGTTCGACGAAGAAGAAGCCAATGGCCCTGATATCTGGAACACAACATGGTAT
CCAAAGGCTTTAGACCATGTGAACACGGACAAGCCCTGGTTCGTGGTCGACGCAACCGAC
AAGATTCTCGGAAGGTTAGCATCAACTATTGCTAACCACATCCGTGGCAAGAACCTTGCC
TCCTACACTCCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTTGTTATTGTGGTGAATGCTGAGAAAGTA
GCTGTGTCTGGAAAGAAAAGGAACCAGAAGCTGTACAGGAGGCAT

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3C153JQ 832 0 0
AAAACCTCCCGATGTA*CAGAAG*TCTCTGTTTCTAGA**TCTCTCTAAATGCTATCTCA
AAGCCGCCGGTTCGAATCGCCACCAATGTGAACACCAAAAGAGGAGTGCAGGTGAAATGC
GAATCCGAGCAGGCAACTACTACTACTACATCCCTTGTTCCGGCGAATCAACGGTGGATG
TTCGACGAAGAAGAAGCCAATGGCCCTGATATCTGGAACACAACATGGTATCCAAAGGCT
TTAGACCATGTGAACACGGACAAGCCCTGGTTCGTGGTCGACGCAACCGACAAGATTCTC
GGAAGGTTAGCATCAACTATTGCTAACCACATCCGTGGCAAGAACCTTGCCTCCTACACT
CCCAGTGTCGACATGGGAGCCTTTGTTATTGTGGTGAATGCTGAGAAAGTAGCTGTGTCT
GGAAAGAAAAGGAACCAGAAGCTGTACAGGAGGCATTCAGGACGACCTGGTGGTATGACT
GTAGAAACCTTTGATCAGTTGCAGCAGAGAATCCCGGAGAGGATCATTGAGCACGCTGTT
CGTGGAATGCTTCCCAAGGGACGGCTTGGGAGAGCTCTGTTCAATCACCTGAAGGTGTAC
AAAGGTCCAGAACATCCTCACGAGGCACAGAAGCCGCTTGATCTGCCTATCAGGGACAAG
AGAATACAGCTGTAGAAATAGATACATACACCATGGAGTATCTCTGTTAAGGTCTAGTTT
TATATTGGGTTTCTGTAGTTTCTTTTTTCTCAAAGCTAGAGGAGACTTTGCAGATTCTTT
ATTCTATTGCTTGCAACTATCATCTCTATGCTATAGAGTTTTTTAATGTGCG

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL7304Contig1 856 2 8 U
GGATCACATTCACATCACATTGATTTCTGGAGTTTTTTTCTTTATCTTTAATCCAAAGCT
TCTTCTTCGTTTTCTTTAAAACCAATCTTACATTCTTTTCTCTGAGTTATAGAGAAATGG
CTGTTGGTGAGGTCATGAGGATGGACGTTCCCACCGGTGGAGATCTGACTGTTAGTTCGC
CTGAACTACATGTTCTAGCTGTCGACGATAGTGTTGTGGACCGTAAAGTCATCGAGAGGT
TGCTAAGAATCTCTTCTTGCAAAGTGACGACTGTAGAGAGTGGGACTAGGGCTTTGCAGT
ATCTTGGCTTAGATGGAAACACAGGAGCTTCTGATCTTAAGGATTTGAAGGTGAATTTAA
TAGTGACAGATTACTCAATGCCAGGACTAACAGGATATGATCTTCTCAAGAAGATTAAGG
AATCTTCTACATTCAGAGAAGTACCTATAGTGATCATGTCATCTGAGAACATCTTAACTC
TTATAGAACGATGTTTGAAGGAAGGAGCTGAGGAGTTCCTGTTAAAACCGGTGAAGCCCT
CAGATGTCAAGCGAATAAAACAACTTATAATGAAAAATGAAGCAGAGGACTGCAAAACCT
TGACCCATTCTAACAAGAGAAACCTTGGAGAAGATGCTGATACATCATCATCATCATCAT
CATCAAGTGGTGATGATTCTTATGTCAAGGACTTTCCATCTTCAAAACGGATGAAATTAG
AATCTGATCAATTTTCTTCTTTCCTTTGAAATACATAGAGCCAAGACCTTAGCTAGCATT
GTCTGTTAATATTCCACATCTAAGTTTTTGTTCAGGCGTTTTTGTTTTGTAGTCAATACG
AAGACAGTGTTTCCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H706TF U 1
AF RR3H706JQ C 130
BS 1 696 RR3H706TF
BS 697 697 RR3H706JQ
BS 698 706 RR3H706TF
BS 707 707 RR3H706JQ
BS 708 721 RR3H706TF
BS 722 722 RR3H706JQ
BS 723 743 RR3H706TF
BS 744 856 RR3H706JQ

RD RR3H706TF 746 0 0
GGATCACATTCACATCACATTGATTTCTGGAGTTTTTTTCTTTATCTTTAATCCAAAGCT
TCTTCTTCGTTTTCTTTAAAACCAATCTTACATTCTTTTCTCTGAGTTATAGAGAAATGG
CTGTTGGTGAGGTCATGAGGATGGACGTTCCCACCGGTGGAGATCTGACTGTTAGTTCGC
CTGAACTACATGTTCTAGCTGTCGACGATAGTGTTGTGGACCGTAAAGTCATCGAGAGGT
TGCTAAGAATCTCTTCTTGCAAAGTGACGACTGTAGAGAGTGGGACTAGGGCTTTGCAGT
ATCTTGGCTTAGATGGAAACACAGGAGCTTCTGATCTTAAGGATTTGAAGGTGAATTTAA
TAGTGACAGATTACTCAATGCCAGGACTAACAGGATATGATCTTCTCAAGAAGATTAAGG
AATCTTCTACATTCAGAGAAGTACCTATAGTGATCATGTCATCTGAGAACATCTTAACTC
TTATAGAACGATGTTTGAAGGAAGGAGCTGAGGAGTTCCTGTTAAAACCGGTGAAGCCCT
CAGATGTCAAGCGAATAAAACAACTTATAATGAAAAATGAAGCAGAGGACTGCAAAACCT
TGACCCATTCTAACAAGAGAAACCTTGGAGAAGATGCTGATACATCATCATCATCATCAT
CATCAAGTGGTGATGATTCTTATGTCAAGGACTTTC*ATCTTCAAA*CGGATGAAATTAG
A*TCTGATCAATTTTCTTCTTTC
TTT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3H706JQ 727 0 0
AGGTCATGAGGATGGACGTTCCCACCGGTGGAGATCTGACTGTTAGTTCGCCTGAACTAC
ATGTTCTAGCTGTCGACGATAGTGTTGTGGACCGTAAAGTCATCGAGAGGTTGCTAAGAA
TCTCTTCTTGCAAAGTGACGACTGTAGAGAGTGGGACTAGGGCTTTGCAGTATCTTGGCT
TAGATGGAAACACAGGAGCTTCTGATCTTAAGGATTTGAAGGTGAATTTAATAGTGACAG
ATTACTCAATGCCAGGACTAACAGGATATGATCTTCTCAAGAAGATTAAGGAATCTTCTA
CATTCAGAGAAGTACCTATAGTGATCATGTCATCTGAGAACATCTTAACTCTTATAGAAC
GATGTTTGAAGGAAGGAGCTGAGGAGTTCCTGTTAAAACCGGTGAAGCCCTCAGATGTCA
AGCGAATAAAACAACTTATAATGAAAAATGAAGCAGAGGACTGCAAAACCTTGACCCATT
CTAACAAGAGAAACCTTGGAGAAGATGCTGATACATCATCATCATCATCATCATCAAGTG
GTGATGATTCTTATGTCAAGGACTTTCCATCTTCAAAACGGATGAAATTAGAATCTGATC
AATTTTCTTCTTTCCTTTGAAATACATAGAGCCAAGACCTTAGCTAGCATTGTCTGTTAA
TATTCCACATCTAAGTTTTTGTTCAGGCGTTTTTGTTTTGTAGTCAATACGAAGACAGTG
TTTCCTG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL7305Contig1 765 2 4 U
ATGTCTTCTTTGTTTCTCTCATCCACTGCTTTCTCCCTTCTTGTTCTTCTCTATCTTGGT
TCCTTCCACGAGTCCTATGGAGCTCAACAAGAAACGTACATCGTTCACATGACGAAATCT
CAGATGCCCTCCAGCTTCGACCATCACACTCTCTGGTACGAGTCCTCTCTCAAGTCCGTC
TCAGAATCTTCTGAAATGCTCTACACTTACAACAATGCAATTCATGGATTCGCCACTCGG
CTTACACCGGAAGAAGCCGACTCACTCAAGACTCAACCAGGCGTCATCTCTGTTCGACCA
GAGCAGCGGTATGAGTTACACACCACTCGGACTCCACTATTCCTTGGTCTCGACGTACAC
AATGCAGGCCTATTCCCTGAAACCGGCTCAGCCAGCGACATCGTCATCGGAGTTCTGGAC
AGCGGAGTTTGGCCAGAGAGTAAAAGCTTCTCAGACGAAGGATACGGTCCTATTCCGTCT
ACCTGGAAAGGCAAATGCGAAGCTGGGACTAACTTCACAGCTTCACTCTGTAACCGCAAA
CTAATCGGAGCCAGATTCTTTGCATGCAGTTACGAAGCTAAAAATGGAGAAATCGACCAA
ACCAAAATGTTGAGATCGCCTAGAGACGAAGGTGGTCATGGAGCACACACGGCGTCAACT
GCGGCTGGATCCGTCGTTGAAGGAGCTAATTTTTTTGGCTTCGCTAATGGAACGGCTCGT
GGGATTGCTCATCGGGCTAGAGTGGCTGTTTACAAAGTTTGTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DN71TF U 1
AF RR3DN71JQ C 68
BS 1 631 RR3DN71TF
BS 632 632 RR3DN71JQ
BS 633 679 RR3DN71TF
BS 680 765 RR3DN71JQ

RD RR3DN71TF 679 0 0
ATGTCTTCTTTGTTTCTCTCATCCACTGCTTTCTCCCTTCTTGTTCTTCTCTATCTTGGT
TCCTTCCACGAGTCCTATGGAGCTCAACAAGAAACGTACATCGTTCACATGACGAAATCT
CAGATGCCCTCCAGCTTCGACCATCACACTCTCTGGTACGAGTCCTCTCTCAAGTCCGTC
TCAGAATCTTCTGAAATGCTCTACACTTACAACAATGCAATTCATGGATTCGCCACTCGG
CTTACACCGGAAGAAGCCGACTCACTCAAGACTCAACCAGGCGTCATCTCTGTTCGACCA
GAGCAGCGGTATGAGTTACACACCACTCGGACTCCACTATTCCTTGGTCTCGACGTACAC
AATGCAGGCCTATTCCCTGAAACCGGCTCAGCCAGCGACATCGTCATCGGAGTTCTGGAC
AGCGGAGTTTGGCCAGAGAGTAAAAGCTTCTCAGACGAAGGATACGGTCCTATTCCGTCT
ACCTGGAAAGGCAAATGCGAAGCTGGGACTAACTTCACAGCTTCACTCTGTAACCGCAAA
CTAATCGGAGCCAGATTCTTTGCATGCAGTTACGAAGCTAAAAATGGAGAAATCGACCAA
ACCAAAATGTTGAGATCGCCTAGAGACGAAG*TGGTCATGGAGCACACACGGCGTCAACT
GCGGCTGGATCCGTCGTTG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3DN71JQ 698 0 0
ACGAGTCCTATGGAGCTCAACAAGAAACGTACATCGTTCACATGACGAAATCTCAGATGC
CCTCCAGCTTCGACCATCACACTCTCTGGTACGAGTCCTCTCTCAAGTCCGTCTCAGAAT
CTTCTGAAATGCTCTACACTTACAACAATGCAATTCATGGATTCGCCACTCGGCTTACAC
CGGAAGAAGCCGACTCACTCAAGACTCAACCAGGCGTCATCTCTGTTCGACCAGAGCAGC
GGTATGAGTTACACACCACTCGGACTCCACTATTCCTTGGTCTCGACGTACACAATGCAG
GCCTATTCCCTGAAACCGGCTCAGCCAGCGACATCGTCATCGGAGTTCTGGACAGCGGAG
TTTGGCCAGAGAGTAAAAGCTTCTCAGACGAAGGATACGGTCCTATTCCGTCTACCTGGA
AAGGCAAATGCGAAGCTGGGACTAACTTCACAGCTTCACTCTGTAACCGCAAACTAATCG
GAGCCAGATTCTTTGCATGCAGTTACGAAGCTAAAAATGGAGAAATCGACCAAACCAAAA
TGTTGAGATCGCCTAGAGACGAAGGTGGTCATGGAGCACACACGGCGTCAACTGCGGCTG
GATCCGTCGTTGAAGGAGCTAATTTTTTTGGCTTCGCTAATGGAACGGCTCGTGGGATTG
CTCATCGGGCTAGAGTGGCTGTTTACAAAGTTTGTTGG

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL7306Contig1 1324 2 6 U
GGGAAAAAAATGCAGGTCTTCTATGGTATTCTCCTACAGTATTTTGCCGTTCTTGCAAAC
AAGAAGCCCTTGAACATTGAGTTACTAAACATGCTTGTCAAGCCATTGATCGATATGAGC
GGGGGGATTCCCTACTTTGCTGCAATATGTGCTAGACAACGGCTTTTGAAGACTCGTGCG
CAATTTTGCGAGGCTCTCAAGAATCCAGAGGATGGATGCTGGCCTTCCTTGAAAACATTG
TTTCTCTGGAGGCTTTGGTCCATGATTTTTCCGTGCTCTGACTATCGCCATGCTGTGATG
ACACCCTCGATATTGTTGATGTGTGAATATCTCATGCGCTGCCCCATCTCCTCTGGTCGT
GATATTGCCATTGGTTCCTTCTTGTGCTCCATTGTTCTCTTGGTTGCTAAACAATCTAAA
AAGTTTTGCCCCGAAGCCATACTATTTATCAGGACTCTTCTGATGGCTGCTTCAGACAAA
AAGTTACCACCATCTGAAGAATCTGAGTTTTATCATTTCATGGAGTTAAAAACGCTGACT
CCATTCCTCTGCATACAAGACGACGTAAAGGAGGTCGTGCCATTAAACTTCCTAAAGATG
ATGGATCTGCCAGCAGACTCTCCATATTTCAGCTCTGATGAATTCAGAGCAAGCATCCTT
TCAAGTGTAGTGGAGACTCTCAGAGGGTTTGTGGAGATAAACGGGGGATTAAGTTCCGTT
CCAGAGATCTTCATGCCCATCTCAACTTTACTACACCAAGTTGGGAATCAAGAAAAGATC
CCACAAACTCTTAGGGAGAAGTTAGAAGATGCCGCAGAGCTAATCGAAAAGAAAACCGAG
GAGCATCACAAGCAACGAACACCACTGGCTATGCGTAAACAAAAGCCAGTAGCCATCAGA
ATGGTCAATCCCAAATTTGAAGAGAACTTTGCCAAAGGCAGGGATTATGATCCAGACAAG
TACCGTTCAGACATGAAAAAGTTGAAGAAGGAGCTAAATGAGGAAAGGAAAGGATTAGTG
CGCGAGCTGCGCAAAGACAGCTACTTTATGAGCGATGTTAAAGCAAAAGAAAAGGCTGCG
CACGAGCAAGAGAGAGCAGAGAAACATGGCAAGAATCTGGCTTTCCTTCAAGAGCAAGAA
CATGCTTTCAAATCTGGACAACTTGGTAAAGGCAAAGGCAGCAAGAAGAGAAAGCGTTAG
ATACCAGTCAGTATCAACTACCTATTTTGTTCTTCTATTTTTGATGTTTTTTTTCTTTTT
AGACGTACCTCAACAATTTTGTGTTGGATAATTGAGAAAAACTAATCTACTTTCCTAAGA
ATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3FK16TF U 1
AF RR3FK16JQ C 549
BS 1 706 RR3FK16TF
BS 707 707 RR3FK16JQ
BS 708 744 RR3FK16TF
BS 745 745 RR3FK16JQ
BS 746 766 RR3FK16TF
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RD RR3FK16TF 778 0 0
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CAATTTTGCGAGGCTCTCAAGAATCCAGAGGATGGATGCTGGCCTTCCTTGAAAACATTG
TTTCTCTGGAGGCTTTGGTCCATGATTTTTCCGTGCTCTGACTATCGCCATGCTGTGATG
ACACCCTCGATATTGTTGATGTGTGAATATCTCATGCGCTGCCCCATCTCCTCTGGTCGT
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AAGTTTTGCCCCGAAGCCATACTATTTATCAGGACTCTTCTGATGGCTGCTTCAGACAAA
AAGTTACCACCATCTGAAGAATCTGAGTTTTATCATTTCATGGAGTTAAAAACGCTGACT
CCATTCCTCTGCATACAAGACGACGTAAAGGAGGTCGTGCCATTAAACTTCCTAAAGATG
ATGGATCTGCCAGCAGACTCTCCATATTTCAGCTCTGATGAATTCAGAGCAAGCATCCTT
TCAAGTGTAGTGGAGACTCTCAGAGGGTTTGTGGAGATAAACGGGG*ATTAAGTTCCGTT
CCAGAGATCTTCATGCCCATCTCA*CTTTACTACACCAAGTTGGGA
TCAGAAAGATCC

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3FK16JQ 776 0 0
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CTTCATGCCCATCTCAACTTTACTACACCAAGTTGGGAATCAAGAAAAGATCCCACAAAC
TCTTAGGGAGAAGTTAGAAGATGCCGCAGAGCTAATCGAAAAGAAAACCGAGGAGCATCA
CAAGCAACGAACACCACTGGCTATGCGTAAACAAAAGCCAGTAGCCATCAGAATGGTCAA
TCCCAAATTTGAAGAGAACTTTGCCAAAGGCAGGGATTATGATCCAGACAAGTACCGTTC
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AGAGAGAGCAGAGAAACATGGCAAGAATCTGGCTTTCCTTCAAGAGCAAGAACATGCTTT
CAAATCTGGACAACTTGGTAAAGGCAAAGGCAGCAAGAAGAGAAAGCGTTAGATACCAGT
CAGTATCAACTACCTATTTTGTTCTTCTATTTTTGATGTTTTTTTTCTTTTTAGACGTAC
CTCAACAATTTTGTGTTGGATAATTGAGAAAAACTAATCTACTTTCCTAAGAATTC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL7307Contig1 611 2 1 U
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CACCGATCCATCCCCCACCTGCACCGATCCATTCTCGTTAAATAACATCTCATTAGTCCT
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ACAATTAATGC


BQ
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AF RR3B548JQ C 1
AF RR3B548TF U 1
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CACCGATCCATCCCCCACCTGCACCGATCCATTCTCGTTAAATAACATCTCATTAGTCCT
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ACAATTAATGC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3B548TF 611 0 0
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ATATGACGTCAACTTATAAGTTGAATTATTTTAATTGCACATGTGACAACATCAACATGT
TACATAAGATCAAGCGTTATTGCGAATGTCAGTCACTATGTAGCGACCTCCCCCCACCTT
CACCGATCCATCCCCCACCTGCACCGATCCATTCTCGTTAAATAACATCTCATTAGTCCT
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ATGAGTTTCTCGATCAATCTGTTTTCCAGATTTTGTAGAATTCAGATTATAAATTTTGCG
ACAATTAATGC

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL7308Contig1 615 2 1 U
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GATCAATTACTAATG


BQ
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AF RR3F867JQ C 1
AF RR3F867TF U 1
BS 1 615 RR3F867TF

RD RR3F867JQ 615 0 0
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QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3F867TF 615 0 0
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TACTACCCAAAAGGAATTTATTACGTAATGGACTACTTCAAAACCAAATACGGCAACCCT
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ATTGTGGATTACAGGCGAATTGATTATCTCTGTAGTCATCTATGTTTTCTTCGTAAGGTC
ATCAACGAGAAGGGTATTAACGTGAGAGGATACTTTGCATGGGCCCTTGGTGATAATTAT
GAATTCTGTAAAGGCTTTACCGTCAGATTTGGACTTAGTTATGTTAATTGGGCTGATCTC
AACGACAGAAACCTCAAAGAATCTGGCAAATGGTACCAGAGATTCATTAGTGGGACTGTC
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CCTAGTTGCTCTATAGATAAGGAGCTTCTTCTATACCTGCAGTGTACTAAATAAAAAGAT
GATCAATTACTAATG

QA 1 615 1 615
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTTCTCTCCCTCTTGTCCCTATGGAAACCCAACTCTCAAACGCAGACACTGATTCCCTCC
AGCAACTCTTAAATTTGAGCCTCGGAGCTAAAGACAGCACCACCAAAATCGTCGTCAACG
GATCACGATCCGCAAACTCCACCAATAATCCACAGTACCAGCCTTTGGACATCGAGTTCG
TGGAGAAGATCTTGAACTACAAGTTCAAAGACGAGAGTTTGCTGCTGCAAGCGTTCACAG
ACGCTACTTTTGATGAAAACTGTGTTTCGTATGAACGCCTTGAGTTCTTAGGAGACACAG
TCTTAAATATGGTTATAACCAAATATTTATATAATCGCTACGGTGATTGTTCTCCAGGTT
TGTTGACCAATCTCCGAGCGGTCAACGTTGATACAGAGAAACTTGCTCGAGTCGCCGTAA
AACACAACCTCCATCGCTGTCTCCGTCATAAAAAACCCTTGCTTGAGGACCAAATTTTGG
AATTTACAAAAGCAATGGAAAAATATCCATTACATTCGCGTGGTCTATTGAAAGTCCCTA
AATCTCTAGCAGACATAGTAGAGTCTACCATTGGAGCTCTATACACCGACTGTGACTCCT
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TGGAGAACCATCCAATGACAGAACTCCATGAAATGTGTCAGAAGAAGAACTTGAAATTGA
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GGTTGGACGTGGACATCATCTAGCCAAGAAAGACAGTGCTAAAAATTGCGCTGCAAAAGA
TGCTCTCGACAATTTTTCCTATTTCTTTACAAAGATGTAATATCATATATTAAATTTGTA
TGAATTCTCTTGC


BQ
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AF RR3BJ79TF U 1
AF RR3BJ79JQ C 84
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G*TTCGACGACAGTACTTGGGAAGT
GACAA

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CGTCATAAAAAACCCTTGCTTGAGGACCAAATTTTGGAATTTACAAAAGCAATGGAAAAA
TATCCATTACATTCGCGTGGTCTATTGAAAGTCCCTAAATCTCTAGCAGACATAGTAGAG
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DS 



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GGGCCG


BQ
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AF RR3BS69JQ C 1
AF RR3BS69TF U 1
BS 1 486 RR3BS69TF

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GGGCCG

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DS 

RD RR3BS69TF 486 0 0
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GTTGAAGACTTTGAAGATGTCAAAGCTGACGTTCTTCAAGCTCTCGAAGCCATCTGAAAT
TCCCAATTTATTTCACCCCTTGAAAACGTTGTCTTCTCTGTTTCCTTGCTTCTTGTTACC
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GGGCCG

QA 1 486 1 486
DS 



AS 1 2

CO CL7312Contig1 606 2 1 U
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TTTGAT


BQ
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AF RR3DN73JQ C 1
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TTTGAT

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DS 

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AAGTGGGTCAGGGAAAGCGAGTGGTGAACAACAACGAGGGCAGCTCTTCCTCGGATGAGG
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AGAAGGCCGTTCTATACAAGAAGAAGTAGTAAAAAAGCCCCTCGATTATTTGCGAAATGT
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TTTGAT

QA 1 606 1 606
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3FN66JQ C 1
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ACTCGT

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

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AATAAAATGGTTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DK79TF C 1
AF RR3DK79JQ U 12
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BS 12 617 RR3DK79JQ

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AATAAAATGGTTGATCC

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DS 

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AAATGAAAAGAGGACTAATGTGACGGTGCTTGTTGTTCGCCGGCAGATCCAGACCACTAC
CCCCAACTCCTCCGGCCTTAAAACCTTCTTTCGATTTCGTTGAGCAGCAAATAAAATGGT
TGATCC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7318Contig1 714 2 1 U
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AGTTGCGTCCAAGTCGCCGGCTAAATCTCCGAAGAAAGCTTAATTGTTTCTCGACTTTGG
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BQ
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AF RR3BF38JQ C 1
AF RR3BF38TF U 1
BS 1 714 RR3BF38TF

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TATGTAGAAAAATCTAGTTTTTTAAAAAAAAAAAATTATGTAATTTGGATCTGTTTTCTC
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QA 1 714 1 714
DS 

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TATGTAGAAAAATCTAGTTTTTTAAAAAAAAAAAATTATGTAATTTGGATCTGTTTTCTC
TTCAGATCCAACTTTCTCTAAGTAACGACTTATAAAATAATTGCAATTTGCGTC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

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ATT


BQ
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20 20 20 

AF RR3C344JQ C 1
AF RR3C344TF U 1
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BS 714 714 RR3C344JQ
BS 715 723 RR3C344TF

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ATT

QA 1 723 1 723
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CATTGCGAATCAGGCATGAAGGTTAAAGTCAACGTTGTCTCTGCTGACTCCACCGCCGTT
TCCTCTCCGGGTTCGGATTCAAGCTCCGACTCAGATTCGGGTTCGAACAGCGGCTCAGCT
TCGGGTTCGGGTTCGAGCTCCGGGTCGAGTTCGAGTTCGGGTCATGGGTTACGTGTTTCC
ATTGGATATATATTGGCCGTTGGATCGTTGGTTATGGGTCTTGTTTGGGCTTTCTGAGGA
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ATT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

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CCATGCGTTCC


BQ
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AF RR3DE30TF U 1
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TCAT

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DS 

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DS 



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TGTTATG


BQ
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BS 1 607 RR3CC11TF

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QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A026TF U 1
AF RR3A026JQ C 89
BS 1 789 RR3A026TF
BS 790 790 RR3A026JQ
BS 791 807 RR3A026TF
BS 808 871 RR3A026JQ

RD RR3A026TF 807 0 0
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GTGTGGTGACTGTTGTGGCGTGGCTTGTCTCTGGTCATTGGGTGTTGAACAATCTGCTTG
GGATCTCTATCTGTATTGCCTTCGTCAGCCATGTTCGTCTTCCTAACATCAAAACATGTG
CTATGCTCCTCGTGTGTCTCTTTGTGTATGACATCTTCTGGGTTTTCTTCTCTGAGAGGT
TCTTTGGTGCTAACGTTATGGTCTCCGTGGCTACTCAGAAAGCGTCTAACCCGGTTCATA
CGGTAGCCAACAGTTTGAATCTTCCTGGACTGGAGTTGATCACAAAGAAACTGGAGCTGC
CGGTTAAAATAGTGTTTCCGAGGAACTTACTGGGCGGTGTGGTGCCTGGTGTGAGTGCCT
CGGAGTTCATGATGCTTGGTCTTGGTGACATGGCTATTCCTGCAATGCTTTTGGCTTTGG
TTCTCTGCTTTGACTATCGGAAAAGTAGAGATGTGGTGAATCTTTATGATCTAAAATCAT
CCAAGGGGCACAAATACATATGGTATGCACTTCCTGGATACGCCATTGGTTTGGTCTCGG
CTCTAGCTGCAGGTGTCCTGACCCACTCACCTCAGCCGGCTCTACTTTATCTGGTACCAT
CTACATTAGGACCGGTGATCTTCATGTCATGGCGTAGAAATGATCTTGCGGAGCTGTGGG
ATGGTCCAGCATTATCCAATCCCACTGAGAAATCTCATGGAGTAGAGATCTGAGTTTATA
TAAATCAAA*GATTGCTCAGAAACATT

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3A026JQ 783 0 0
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CCATGTTCGTCTTCCTAACATCAAAACATGTGCTATGCTCCTCGTGTGTCTCTTTGTGTA
TGACATCTTCTGGGTTTTCTTCTCTGAGAGGTTCTTTGGTGCTAACGTTATGGTCTCCGT
GGCTACTCAGAAAGCGTCTAACCCGGTTCATACGGTAGCCAACAGTTTGAATCTTCCTGG
ACTGGAGTTGATCACAAAGAAACTGGAGCTGCCGGTTAAAATAGTGTTTCCGAGGAACTT
ACTGGGCGGTGTGGTGCCTGGTGTGAGTGCCTCGGAGTTCATGATGCTTGGTCTTGGTGA
CATGGCTATTCCTGCAATGCTTTTGGCTTTGGTTCTCTGCTTTGACTATCGGAAAAGTAG
AGATGTGGTGAATCTTTATGATCTAAAATCATCCAAGGGGCACAAATACATATGGTATGC
ACTTCCTGGATACGCCATTGGTTTGGTCTCGGCTCTAGCTGCAGGTGTCCTGACCCACTC
ACCTCAGCCGGCTCTACTTTATCTGGTACCATCTACATTAGGACCGGTGATCTTCATGTC
ATGGCGTAGAAATGATCTTGCGGAGCTGTGGGATGGTCCAGCATTATCCAATCCCACTGA
GAAATCTCATGGAGTAGAGATCTGAGTTTATATAAATCAAAAGATTGCTCAGAAACATTA
AAAAAGAAACACAGAGACGTTTAGTAGAACGATAACAGATCAGGTGTTCTTGTATTCTCA
TGT

QA 1 783 1 783
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7324Contig1 741 2 5 U
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TCTCGGAGAGCAGCAAGAACGCACTCAAATGGGCCATCGAGAACTTAGCTGACAAAGGAG
ACACACTTTACATCATCCACACGTTACCTACCTCTGACGCTGAATCTCGCAACGCCCTCT
GGCTCGAATCCGGTTCTCCTCTTATACCGTTGGCTGAGTTTAGGGAACCGAAGATCATGG
AGAACTACGGTGTCAAGATCAGCATAGCATGTCTTGACATGCTCGACACTGGTTCAAGGA
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TTCAAAGAATAATAATGGGAAGCGTGAGCAGCTTTGTGATCGACCACGCGCCTTGCCCTG
TCACCATTGTCAAGGATGACTAGAAAGAAATGTCTTCTTCGCGCGTATAATCTACCAAAA
ATAATGTCGCAGTTTATGTTTTTAATAAAGAACTTTTTTTCTTGCTTGTGTTTGTTCTAT
TTGAAATATTGACACATAATTTTCGCTTATGTGCGCTGATAATATTGAGAGGTGGCCTAT
AAGAGTCCAACGCTCATTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GX32TF U 1
AF RR3GX32JQ C 20
BS 1 639 RR3GX32TF
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BS 712 712 RR3GX32JQ
BS 713 741 RR3GX32TF

RD RR3GX32TF 741 0 0
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TCTCGGAGAGCAGCAAGAACGCACTCAAATGGGCCATCGAGAACTTAGCTGACAAAGGAG
ACACACTTTACATCATCCACACGTTACCTACCTCTGACGCTGAATCTCGCAACGCCCTCT
GGCTCGAATCCGGTTCTCCTCTTATACCGTTGGCTGAGTTTAGGGAACCGAAGATCATGG
AGAACTACGGTGTCAAGATCAGCATAGCATGTCTTGACATGCTCGACACTGGTTCAAGGA
AGAAAGAGGTTCATGTAGTGACAAAACTATACTGGGGTGATGCAAGAGAGAAGCTGGTTG
ATGCTGTTAAAGAACTCAAACTGGATTCTATTGTCATGGGAAGCAGAGGACTCAGTGCCC
TTCAAAGAATAATAATGGGAAGCGTGAGCAGCTTTGTGATCGACCACGCGCCTTGCCCTG
TCACCATTGTCAAGGATGACTAGAAAGAAATGTCTTCTTCGCGCGTATAATCTACCAAAA
ATAATGTCGCAGTTTATGTTTTTAATAAAGAACTTTTTT*CTTGCTTGTGTTTGTTCTAT
TTGAAATATTGACACATAATTTTCGCTTATGTGCGCTGATAATATTGAGAG*TGGCCTAT
AAGAGTCCAACGCTCATTCTC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3GX32JQ 722 0 0
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CGCACTCAAATGGGCCATCGAGAACTTAGCTGACAAAGGAGACACACTTTACATCATCCA
CACGTTACCTACCTCTGACGCTGAATCTCGCAACGCCCTCTGGCTCGAATCCGGTTCTCC
TCTTATACCGTTGGCTGAGTTTAGGGAACCGAAGATCATGGAGAACTACGGTGTCAAGAT
CAGCATAGCATGTCTTGACATGCTCGACACTGGTTCAAGGAAGAAAGAGGTTCATGTAGT
GACAAAACTATACTGGGGTGATGCAAGAGAGAAGCTGGTTGATGCTGTTAAAGAACTCAA
ACTGGATTCTATTGTCATGGGAAGCAGAGGACTCAGTGCCCTTCAAAGAATAATAATGGG
AAGCGTGAGCAGCTTTGTGATCGACCACGCGCCTTGCCCTGTCACCATTGTCAAGGATGA
CTAGAAAGAAATGTCTTCTTCGCGCGTATAATCTACCAAAAATAATGTCGCAGTTTATGT
TTTTAATAAAGAACTTTTTTTCTTGCTTGTGTTTGTTCTATTTGAAATATTGACACATAA
TTTTCGCTTATGTGCGCTGATAATATTGAGAGGTGGCCTATAAGAGTCCAACGCTCATTC
TC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL7325Contig1 502 2 1 U
GGGAGAAGACTCTTTCCCTTTCTTCGTCGGCTGCTACCAACGATGCAGGCAAGTGATAGG
TTTAACATCAATTCTCAGCTTGAGCATCTTCAAGCTAAATACGTTGGAACTGGTCATGCT
GATTTAAGCAGATTTGAGTGGGCAGTGAACATTCAGCGTGATAGCTATGCTTCATACATT
GGCCACTACCCAATGCTTGCTTACTTTGCTATCGCTGAGAACGAGTCCATTGGCCGCGAA
CGCTACAACTTCATGCAGAAAATGCTGTTACCGTGCGGCCTTCCTCCAGAGAGAGAAGAC
GATTAGGAGAGGATGGTTTGATGTTCTGACTTATGATGGAAATGTTTAGTTTGGGTTCAG
AGAGTGATAAAACTGTCAGATTTGGTGTTCTGTTGTTATAAAAACAGTTACGTTGCTCCC
GTCTTTTTTACATTGCGCTCGTTTATGCAGTGACGATAAAGTTTTACCGTCCAAAATAAA
TGGTTCACCACCGATTTACAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A364TF U 1
AF RR3A364JQ C 25
BS 1 502 RR3A364TF

RD RR3A364TF 502 0 0
GGGAGAAGACTCTTTCCCTTTCTTCGTCGGCTGCTACCAACGATGCAGGCAAGTGATAGG
TTTAACATCAATTCTCAGCTTGAGCATCTTCAAGCTAAATACGTTGGAACTGGTCATGCT
GATTTAAGCAGATTTGAGTGGGCAGTGAACATTCAGCGTGATAGCTATGCTTCATACATT
GGCCACTACCCAATGCTTGCTTACTTTGCTATCGCTGAGAACGAGTCCATTGGCCGCGAA
CGCTACAACTTCATGCAGAAAATGCTGTTACCGTGCGGCCTTCCTCCAGAGAGAGAAGAC
GATTAGGAGAGGATGGTTTGATGTTCTGACTTATGATGGAAATGTTTAGTTTGGGTTCAG
AGAGTGATAAAACTGTCAGATTTGGTGTTCTGTTGTTATAAAAACAGTTACGTTGCTCCC
GTCTTTTTTACATTGCGCTCGTTTATGCAGTGACGATAAAGTTTTACCGTCCAAAATAAA
TGGTTCACCACCGATTTACAGG

QA 1 502 1 502
DS 

RD RR3A364JQ 478 0 0
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CATCTTCAAGCTAAATACGTTGGAACTGGTCATGCTGATTTAAGCAGATTTGAGTGGGCA
GTGAACATTCAGCGTGATAGCTATGCTTCATACATTGGCCACTACCCAATGCTTGCTTAC
TTTGCTATCGCTGAGAACGAGTCCATTGGCCGCGAACGCTACAACTTCATGCAGAAAATG
CTGTTACCGTGCGGCCTTCCTCCAGAGAGAGAAGACGATTAGGAGAGGATGGTTTGATGT
TCTGACTTATGATGGAAATGTTTAGTTTGGGTTCAGAGAGTGATAAAACTGTCAGATTTG
GTGTTCTGTTGTTATAAAAACAGTTACGTTGCTCCCGTCTTTTTTACATTGCGCTCGTTT
ATGCAGTGACGATAAAGTTTTACCGTCCAAAATAAATGGTTCACCACCGATTTACAGG

QA 1 478 1 478
DS 



AS 1 2

CO CL7326Contig1 1175 2 4 U
GGGGGATTAGACGATTCGGATGGTTTCGCAGATGATCTCGTGTTTAACTAAATCTCCATC
TCTTTTCTGCATCTCCGGTCCCCGGAGTTTAATTCCGCCGAAGACTTATTATAACCGCGG
CGGTTTGTACCGGTTTTCTCCGGGATTCGCTAGCCGCCGGTTATCTACGGTTAACCGGAG
GAAATGGAGATCCGCGTGCATTTTCAACTCTGGGAAAGAAACTGAAGGAGAGGGAAAGTT
ACAGGGAGGTGGGTCAGAGTGGCCGATACTTGAGAGATGGGAAGTGCCATGGGAATGGCA
GACGGTTTCTTTAACTTCGCTTGCTTGTGGTTTAAGTTTTGTTTTGACAGGGTTAACTGA
GATGGTAGTCATACCTTATCTAGGAATCGATGTTCAGAAGCTGAGCCTGGACGAAAAGGC
TGAGATTTTATTCCTGGATCAAGGGTTAACAACTGCAGTGGTACTTGCTGTCATATTCAC
CGTTGCCAGAACATTTGAGCCACTTCCTCAAGACATTTTGCGTTATGATTTGAAACAACC
CTTTAACTTGCAAAAAGGATGGCTCGTGTGGAGTGGGATCGGTCTGGTTGGTGCTGTTGG
CGCTATCGCGTTAACAGGTGTTGCTTTGTCCTTATTCAGGACAGAGGCACCAGAAAGGGA
GGTAGACTCTTTGATGAAGCTTCTCCCATTAATTGGATCCTCAAACATAAGCACGTTAAG
CTTAGTGGGGATAACTGGAGTCCTTGCTCCACTTCTTGAGGAGACAGTGTTTCGCGGATT
CTTCATGGTCTCTCTTACCAAATGGGTTCCGACCCCAATAGCGATCATCATCAGTTCAGC
TGCGTTTGCACTTGCGCACCTCACACCCGGTGAATTCCCGCAGCTATTTATACTAGGATC
GGTTTTGGGATTATCGTATGCGCAGACCCGCAATCTCATAACCCCGATGGTCATACACGG
TTTCTGGAACTCGGGAGTTATTTTGCTGCTCACTTTCCTTCAGGTCCAAGGGTATGACAT
CAAGGAACTATTGTTGCAGGGAAACTAGCAAGAGTTTGAGTATTGAACTATAGACTCGTC
ACGGTCGTTCCCCTATAAAGTGAAATGCTTGTAATGTCACTAAAAAGCTCAATGCTAAAT
TACAAAAAGAAAGGAAGCAAAACATTCACATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DJ41TF U 1
AF RR3DJ41JQ C 442
BS 1 557 RR3DJ41TF
BS 558 558 RR3DJ41JQ
BS 559 613 RR3DJ41TF
BS 614 1175 RR3DJ41JQ

RD RR3DJ41TF 613 0 0
GGGGGATTAGACGATTCGGATGGTTTCGCAGATGATCTCGTGTTTAACTAAATCTCCATC
TCTTTTCTGCATCTCCGGTCCCCGGAGTTTAATTCCGCCGAAGACTTATTATAACCGCGG
CGGTTTGTACCGGTTTTCTCCGGGATTCGCTAGCCGCCGGTTATCTACGGTTAACCGGAG
GAAATGGAGATCCGCGTGCATTTTCAACTCTGGGAAAGAAACTGAAGGAGAGGGAAAGTT
ACAGGGAGGTGGGTCAGAGTGGCCGATACTTGAGAGATGGGAAGTGCCATGGGAATGGCA
GACGGTTTCTTTAACTTCGCTTGCTTGTGGTTTAAGTTTTGTTTTGACAGGGTTAACTGA
GATGGTAGTCATACCTTATCTAGGAATCGATGTTCAGAAGCTGAGCCTGGACGAAAAGGC
TGAGATTTTATTCCTGGATCAAGGGTTAACAACTGCAGTGGTACTTGCTGTCATATTCAC
CGTTGCCAGAACATTTGAGCCACTTCCTCAAGACATTTTGCGTTATGATTTGAAACAACC
CTTTAACTTGCAAAAAG*ATGGCTCGTGTGGAGTGGGATCGGTCTGGTTGGTGCTGTTGG
CGCTATCGCGTTA

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3DJ41JQ 734 0 0
AGGGTTAACAACTGCAGTGGTACTTGCTGTCATATTCACCGTTGCCAGAACATTTGAGCC
ACTTCCTCAAGACATTTTGCGTTATGATTTGAAACAACCCTTTAACTTGCAAAAAGGATG
GCTCGTGTGGAGTGGGATCGGTCTGGTTGGTGCTGTTGGCGCTATCGCGTTAACAGGTGT
TGCTTTGTCCTTATTCAGGACAGAGGCACCAGAAAGGGAGGTAGACTCTTTGATGAAGCT
TCTCCCATTAATTGGATCCTCAAACATAAGCACGTTAAGCTTAGTGGGGATAACTGGAGT
CCTTGCTCCACTTCTTGAGGAGACAGTGTTTCGCGGATTCTTCATGGTCTCTCTTACCAA
ATGGGTTCCGACCCCAATAGCGATCATCATCAGTTCAGCTGCGTTTGCACTTGCGCACCT
CACACCCGGTGAATTCCCGCAGCTATTTATACTAGGATCGGTTTTGGGATTATCGTATGC
GCAGACCCGCAATCTCATAACCCCGATGGTCATACACGGTTTCTGGAACTCGGGAGTTAT
TTTGCTGCTCACTTTCCTTCAGGTCCAAGGGTATGACATCAAGGAACTATTGTTGCAGGG
AAACTAGCAAGAGTTTGAGTATTGAACTATAGACTCGTCACGGTCGTTCCCCTATAAAGT
GAAATGCTTGTAATGTCACTAAAAAGCTCAATGCTAAATTACAAAAAGAAAGGAAGCAAA
ACATTCACATTTCC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL7327Contig1 727 2 2 U
GGGAGAGAGTATGTGAGAAAGAGAACAAAAATGCAGAGCGAGAGGAAAATAAAAAGAGAT
CCTATTGTCTCCACTTTCTCCAGTCATGTTGTTTTAGTTGTCTTAATTTCTTTTCTTCTT
CTAGATGGTATTTTAATATGGGATTTGAAGTTTGAAATCTCAGATCTAAAGCGAGAGTAT
CAAATCGGGTTCTGTCGACTCTGATCTTATCAGATCTGGTGATAAGTCTTTGGTTACTGG
CTGTATTAATAAGTTTTGTACGGGAAGCTCTTCGAGGCTTTGCCGTGGTGTGGTGGCCCG
TGGTTAGCCCATTCAAAGTCCGATGGAAGAGGGTGTTTACAGCGAAGATTTCATTAGTAA
ACGTGACGCTTTAGTTTCTCTCATTATCACTTTGATTACCATCTAGGGTTGTTAGTCTTT
GGTATTTTGTAGATGATTGTGCTTGTCTCATGGTTTGGTTTGTGAATCTTGGTGGCGACC
CAAAATGTCTCAGGTTGATTTGGTGTCTTACTTATGGTCGTTTAGCTTCTGGGGTGTTTC
TTTAGCAACTGCCGGCTTGTTGCTTCGGTTTTACATTTCATCTAAATTGCCGACTTAGTT
ATCTTTCTTTTGGTATATAGTTCCCATGTTTCTACTAGTACCATCCATGTTTGGGTTTCT
AATGTTTCAAACTTGTAACCGCCCATGTTTGGGATTGTAATGTTGTTGATTAATAAAATT
TCAGATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DF82TF U 1
AF RR3DF82JQ C 1
BS 1 712 RR3DF82TF
BS 713 727 RR3DF82JQ

RD RR3DF82TF 725 0 0
GGGAGAGAGTATGTGAGAAAGAGAACAAAAATGCAGAGCGAGAGGAAAATAAAAAGAGAT
CCTATTGTCTCCACTTTCTCCAGTCATGTTGTTTTAGTTGTCTTAATTTCTTTTCTTCTT
CTAGATGGTATTTTAATATGGGATTTGAAGTTTGAAATCTCAGATCTAAAGCGAGAGTAT
CAAATCGGGTTCTGTCGACTCTGATCTTATCAGATCTGGTGATAAGTCTTTGGTTACTGG
CTGTATTAATAAGTTTTGTACGGGAAGCTCTTCGAGGCTTTGCCGTGGTGTGGTGGCCCG
TGGTTAGCCCATTCAAAGTCCGATGGAAGAGGGTGTTTACAGCGAAGATTTCATTAGTAA
ACGTGACGCTTTAGTTTCTCTCATTATCACTTTGATTACCATCTAGGGTTGTTAGTCTTT
GGTATTTTGTAGATGATTGTGCTTGTCTCATGGTTTGGTTTGTGAATCTTGGTGGCGACC
CAAAATGTCTCAGGTTGATTTGGTGTCTTACTTATGGTCGTTTAGCTTCTGGGGTGTTTC
TTTAGCAACTGCCGGCTTGTTGCTTCGGTTTTACATTTCATCTAAATTGCCGACTTAGTT
ATCTTTCTTTTGGTATATAGTTCCCATGTTTCTACTAGTACCATCCATGTTTGGGTTTCT
AATGTTTCAAACTTGTAACCGCCCATGTTTGGGATTGTAATGTTGTTGATTA
TAAATTTCAGATG

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3DF82JQ 727 0 0
GGGAGAGAGTATGTGAGAAAGAGAACAAAAATGCAGAGCGAGAGGAAAATAAAAAGAGAT
CCTATTGTCTCCACTTTCTCCAGTCATGTTGTTTTAGTTGTCTTAATTTCTTTTCTTCTT
CTAGATGGTATTTTAATATGGGATTTGAAGTTTGAAATCTCAGATCTAAAGCGAGAGTAT
CAAATCGGGTTCTGTCGACTCTGATCTTATCAGATCTGGTGATAAGTCTTTGGTTACTGG
CTGTATTAATAAGTTTTGTACGGGAAGCTTTTCGAGGCTTTGCCGTGGTGTGGTGGCCCG
TGGTTAGCCCATTCAAAGTCCGATGGAAGAGGGTGTTTACAGCGAAGATTTCATTAGTAA
ACGTGACGCTTTAGTTTCTCTCATTATCACTTTGATTACCATCTAGGGTTGTTAGTCTTT
GGTATTTTGTAGATGATTGTGCTTGTCTCATGGTTTGGTTTGTGAATCTTGGTGGCGACC
CAAAATGTCTCAGGTTGATTTGGTGTCTTACTTATGGTCGTTTAGCTTCTGGGGTGTTTC
TTTAGCAACTGCCGGCTTGTTGCTTCGGTTTTACATTTCATCTAAATTGCCGACTTAGTT
ATCTTTCTTTTGGTATATAGTTCCCATGTTTCTACTAGTACCATCCATGTTTGGGTTTCT
AATGTTTCAAACTTGTAACCGCCCATGTTTGGGATTGTAATGTTGTTGATTAATAAAATT
TCAGATG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL7328Contig1 884 2 4 U
GAGTCACATGGGTCATAGTCATTGGAGAAACTGCTACTTTCATAACTCCAGATGAGAACA
CTTTCTTCTCAAACGGAGAATGGATCCGATACCTTCTCCTTGCAAGAATGTTAAGACTGA
TAAGGCTACTTATGCATGTCCAACAATACCGAGCATTTATTGCGACGTTCATTACTCTCA
TTCCAAGTTTGATGCCATACTTAGGCACCATTTTCTGTGTGCTGTGTATCTACTGCCCCA
TTGGTGTACAGGTATTTGGCGGGCTTGTGAATGCTGGGAACAAAAAACTCTTCGAAACCG
AGTTGGCTGAGAACGACTATCTACTGTTCAACTTCAATGACTATCCCAATGGAATGGTCA
CACTCTTCAACCTGCTAGTGATGGGGAACTGGCAAGCCTGGATGGAGAGCTACAAAGATT
TGACAGGGACGTGGTGGAGCATTACTTATTTCGTCAGTTTCTACATTATCACTGTTTTAC
TATTATTGAATTTGATCGTTGCCTTTGTCTTGGAGGCGTTCTCTACTGAGCTAGATCTTG
AAGAAGAAGAAAAATGCCAAGGACAGGATTCTCAAGAAAGAAGAAACAGACGTCGATATG
CAGGGTCGAAGTCTCGGAGTCAAAGAGTTGATACACTTCTTCATCACATGTTGGGTGATG
AACTCAGCAAACCAGTGTGTTCTAGTACTACTGATACGTAATATGGACTGTTAAAAGGTC
AAAATCTTGGAACCATTCTTGACTCTATCATACTGATACTGTTTGTTTGTTGAGGATTTG
AGAAAAAAACAACGATTGTGTTTATACCGTTTTGTGCCTTTTCGTGTACTCTCGTGTCTG
TAACAATGACAATATGGTGACTATCGATGTTTTTACCCTTCTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ79TF U 1
AF RR3EJ79JQ C 103
BS 1 604 RR3EJ79TF
BS 605 605 RR3EJ79JQ
BS 606 713 RR3EJ79TF
BS 714 884 RR3EJ79JQ

RD RR3EJ79TF 713 0 0
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CTTTCTTCTCAAACGGAGAATGGATCCGATACCTTCTCCTTGCAAGAATGTTAAGACTGA
TAAGGCTACTTATGCATGTCCAACAATACCGAGCATTTATTGCGACGTTCATTACTCTCA
TTCCAAGTTTGATGCCATACTTAGGCACCATTTTCTGTGTGCTGTGTATCTACTGCCCCA
TTGGTGTACAGGTATTTGGCGGGCTTGTGAATGCTGGGAACAAAAAACTCTTCGAAACCG
AGTTGGCTGAGAACGACTATCTACTGTTCAACTTCAATGACTATCCCAATGGAATGGTCA
CACTCTTCAACCTGCTAGTGATGGGGAACTGGCAAGCCTGGATGGAGAGCTACAAAGATT
TGACAGGGACGTGGTGGAGCATTACTTATTTCGTCAGTTTCTACATTATCACTGTTTTAC
TATTATTGAATTTGATCGTTGCCTTTGTCTTGGAGGCGTTCTCTACTGAGCTAGATCTTG
AAGAAGAAGAAAAATGCCAAGGACAGGATTCTCAAGAAAGAAGAAACAGACGTCGATATG
CAGG*TCGAAGTCTCGGAGTCAAAGAGTTGATACACTTCTTCATCACATGTTGGGTGATG
AACTCAGCAAACCAGTGTGTTCTAGTACTACTGATACGTAATATGGACTGTTA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3EJ79JQ 782 0 0
CAAGAATGTTAAGACTGATAAGGCTACTTATGCATGTCCAACAATACCGAGCATTTATTG
CGACGTTCATTACTCTCATTCCAAGTTTGATGCCATACTTAGGCACCATTTTCTGTGTGC
TGTGTATCTACTGCCCCATTGGTGTACAGGTATTTGGCGGGCTTGTGAATGCTGGGAACA
AAAAACTCTTCGAAACCGAGTTGGCTGAGAACGACTATCTACTGTTCAACTTCAATGACT
ATCCCAATGGAATGGTCACACTCTTCAACCTGCTAGTGATGGGGAACTGGCAAGCCTGGA
TGGAGAGCTACAAAGATTTGACAGGGACGTGGTGGAGCATTACTTATTTCGTCAGTTTCT
ACATTATCACTGTTTTACTATTATTGAATTTGATCGTTGCCTTTGTCTTGGAGGCGTTCT
CTACTGAGCTAGATCTTGAAGAAGAAGAAAAATGCCAAGGACAGGATTCTCAAGAAAGAA
GAAACAGACGTCGATATGCAGGGTCGAAGTCTCGGAGTCAAAGAGTTGATACACTTCTTC
ATCACATGTTGGGTGATGAACTCAGCAAACCAGTGTGTTCTAGTACTACTGATACGTAAT
ATGGACTGTTAAAAGGTCAAAATCTTGGAACCATTCTTGACTCTATCATACTGATACTGT
TTGTTTGTTGAGGATTTGAGAAAAAAACAACGATTGTGTTTATACCGTTTTGTGCCTTTT
CGTGTACTCTCGTGTCTGTAACAATGACAATATGGTGACTATCGATGTTTTTACCCTTCT
GT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL7329Contig1 974 2 4 U
GGTTATTGGATTTGATGAAACAAAAGAGGCAAGTCAAAAACCAAGTGTTATCCCATGCCT
CTTTGTTTTGAGCTGACTTAAGAGGGATGTACATTGTTCAGGGAAAGGCTCGCAGTGATA
TGACTGTGGAGGAGAGGATTGGTGCAGCAGACAGAAGGAAAATGGATGGGAATAATCTGT
TTAAGGAGGATAAACTGGAGGAGGCCATGCAACAATATGAAATGGTTATAGATCTTTCTC
TCTTTACTGAGAGAGTCTTAACAAAGCTCTTTGGTCTCCTTAACTCTAAAGAAAGTTATG
GTTTTGATGTCTCAGGCCATTGCATACATGGGGGATGATTTTATGTTTCAGCTGTATGGG
AAGCACCAGGATATGGCTTTGGCAGTTAAGAACCCATGCCACTTAAACATGGCGGCTTGC
TTGATCAAACTGAAACGTTACGATGAAGCAATTGGCCACTGCAATATTGTAAGCATTCAT
CGGTTAGGAGTACTTTCTTTCTCAATAATCTAATGAAGTTGTGAAACTTGTCAGGTGTTG
ACAGAAGAAGAGAAAAACCCAAAAGCGTTGTTCAGAAGAGGGAAGGCCAAGGCAGAGCTA
GGACAGATGGATTCAGCTCGTGAAGATTTTCGAAAATCTCAAAAGTATTCACCTGATGAC
AATGCGATCAGAAGAGAGCTGCGAGGCATTGCGGAGCAAGAGAAAGCTGTGTACCAAAAG
CAAAAAGAGATGTACAAAGGAATATTTGGAGGAGGTAGAGATGAAAGTGGTGGTGGCAAG
GCTAAGAGCCGTTGTAACTGGTTGATAATGCTATGGCAGTGGTTGGTGTCCCTTTTCAGC
AGAATCTTGGGACGTAACAGAGTTAAAGCAGATTAGTGTAACTATTTTGTTCTTTTATGT
TGCAATGACTTTGAGAGACATGGAACTTGTTAATCCTTATTAATTGTGTGGAGAATTTAC
AAAACATGTTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN38TF U 1
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RD RR3EN38TF 765 0 0
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CTTTGTTTTGAGCTGACTTAAGAGGGATGTACATTGTTCAGGGAAAGGCTCGCAGTGATA
TGACTGTGGAGGAGAGGATTGGTGCAGCAGACAGAAGGAAAATGGATGGGAATAATCTGT
TTAAGGAGGATAAACTGGAGGAGGCCATGCAACAATATGAAATGGTTATAGATCTTTCTC
TCTTTACTGAGAGAGTCTTAACAAAGCTCTTTGGTCTCCTTAACTCTAAAGAAAGTTATG
GTTTTGATGTCTCAGGCCATTGCATACATGGGGGATGATTTTATGTTTCAGCTGTATGGG
AAGCACCAGGATATGGCTTTGGCAGTTAAGAACCCATGCCACTTAAACATGGCGGCTTGC
TTGATCAAACTGAAACGTTACGATGAAGCAATTGGCCACTGCAATATTGTAAGCATTCAT
CGGTTAGGAGTACTTTCTTTCTCAATAATCTAATGAAGTTGTGAAACTTGTCAGGTGTTG
ACAGAAGAAGAGAAAAACCCAAAAGCGTTGTTCAGAAGAGGGAAGGCCAAGGCAGAGCTA
GGACAGATGGATTCAGCTCGTGAAGATTTTCGAAAATCTCAAAAGTATTCACCTGATGAC
AATGCGATCAGAAGAGAGCTGCGAGGCATTGCGGAGCAAGAGAAAGCTGTGTACCAAAAG
CAAAA*GAGATGTACAAAGGAATATTTGG
GAGGAGTAGAGATGAA

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3EN38JQ 829 0 0
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CATGCAACAATATGAAATGGTTATAGATCTTTCTCTCTTTACTGAGAGAGTCTTAACAAA
GCTCTTTGGTCTCCTTAACTCTAAAGAAAGTTATGGTTTTGATGTCTCAGGCCATTGCAT
ACATGGGGGATGATTTTATGTTTCAGCTGTATGGGAAGCACCAGGATATGGCTTTGGCAG
TTAAGAACCCATGCCACTTAAACATGGCGGCTTGCTTGATCAAACTGAAACGTTACGATG
AAGCAATTGGCCACTGCAATATTGTAAGCATTCATCGGTTAGGAGTACTTTCTTTCTCAA
TAATCTAATGAAGTTGTGAAACTTGTCAGGTGTTGACAGAAGAAGAGAAAAACCCAAAAG
CGTTGTTCAGAAGAGGGAAGGCCAAGGCAGAGCTAGGACAGATGGATTCAGCTCGTGAAG
ATTTTCGAAAATCTCAAAAGTATTCACCTGATGACAATGCGATCAGAAGAGAGCTGCGAG
GCATTGCGGAGCAAGAGAAAGCTGTGTACCAAAAGCAAAAAGAGATGTACAAAGGAATAT
TTGGAGGAGGTAGAGATGAAAGTGGTGGTGGCAAGGCTAAGAGCCGTTGTAACTGGTTGA
TAATGCTATGGCAGTGGTTGGTGTCCCTTTTCAGCAGAATCTTGGGACGTAACAGAGTTA
AAGCAGATTAGTGTAACTATTTTGTTCTTTTATGTTGCAATGACTTTGAGAGACATGGAA
CTTGTTAATCCTTATTAATTGTGTGGAGAATTTACAAAACATGTTGTCC

QA 1 829 1 829
DS 



AS 1 2

CO CL7330Contig1 463 2 1 U
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TCTTCTTCTTCTTATTGTGTTTCCGCATATGGAAAAAGCCCTTGGCGCAGAAACGGAGCT
CCACGAACTCAAAGAGACAAACCATCCTGATCAAGTGACAGTCCAAAGGCAACGCCGCTA
CTTTATTGGTCCTCCGTCTATTCCGCGCCAACTCTACCAGCGATGCAAGCGTACTCCACC
CCCTACAACCCCTCCGTGCAAATTATACCAGCGATGCAAGCGTACTCCACCCACTCCAAC
CTCTTCTAAAGGCAAATACGGGTCTGGTCACTGATCTCACTGTAGAATCAAATGCGTATT
ATATATATCGCCGTTTCTAAGATATCGTTATTTCCAGCTTTTGTGGTTCTTCGTCTTATG
TTGTCATGTTTTTATAGCTTATACATATCAGATCGTTGGAACA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B454JQ C 1
AF RR3B454TF U 1
BS 1 463 RR3B454TF

RD RR3B454JQ 463 0 0
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TCTTCTTCTTCTTATTGTGTTTCCGCATATGGAAAAAGCCCTTGGCGCAGAAACGGAGCT
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CTTTATTGGTCCTCCGTCTATTCCGCGCCAACTCTACCAGCGATGCAAGCGTACTCCACC
CCCTACAACCCCTCCGTGCAAATTATACCAGCGATGCAAGCGTACTCCACCCACTCCAAC
CTCTTCTAAAGGCAAATACGGGTCTGGTCACTGATCTCACTGTAGAATCAAATGCGTATT
ATATATATCGCCGTTTCTAAGATATCGTTATTTCCAGCTTTTGTGGTTCTTCGTCTTATG
TTGTCATGTTTTTATAGCTTATACATATCAGATCGTTGGAACA

QA 1 463 1 463
DS 

RD RR3B454TF 463 0 0
GGGAGTAAACTAAAAAGAAATAATGACATCTTCCACAGTCTCCTGCATGTTTTTCTTTCT
TCTTCTTCTTCTTATTGTGTTTCCGCATATGGAAAAAGCCCTTGGCGCAGAAACGGAGCT
CCACGAACTCAAAGAGACAAACCATCCTGATCAAGTGACAGTCCAAAGGCAACGCCGCTA
CTTTATTGGTCCTCCGTCTATTCCGCGCCAACTCTACCAGCGATGCAAGCGTACTCCACC
CCCTACAACCCCTCCGTGCAAATTATACCAGCGATGCAAGCGTACTCCACCCACTCCAAC
CTCTTCTAAAGGCAAATACGGGTCTGGTCACTGATCTCACTGTAGAATCAAATGCGTATT
ATATATATCGCCGTTTCTAAGATATCGTTATTTCCAGCTTTTGTGGTTCTTCGTCTTATG
TTGTCATGTTTTTATAGCTTATACATATCAGATCGTTGGAACA

QA 1 463 1 463
DS 



AS 1 2

CO CL7331Contig1 896 2 2 U
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TCAACAAACAAACAAAAATAACCTCATCATGAGCTCTGACAACGGAAATAGTGATCAGGA
GATCGAACCCGACCGTTTGTTCTGGCAAAACACGGCTTCATACAATGGCGGCAGCAAGAT
TTTACTCATCACCATCGTTGCTTTCTCTATTATCATCCTCATCGTCTTTGCTTATCATCT
ATACGCAAGATTCGTTCTCCGCCGCCGTAGATCCACCTTCCGAGACCACACTTTCTCCGT
CGTCTTTGAGCCGCCCAAACGTGGCCTCGACAAAGTTGTCATTGCTTCTCTGCCTACGTT
CGTGGTTGGAGTCAACGGTGATAACGTATCGGCTACGGAATGTGCGGTGTGTCTAACCTC
GTTGGAGGAGAAAGATACAGCGAGGATGTTACCGAACTGCAAGCACGTGTTCCACGTGAC
ATGCGTGGACACATGGCTAACAACGCATTCCACTTGTCCAATTTGTAGAAGTGAAGTCGA
GCCGAGTCAAAGACTTGAGCCTGAGCCAAGAGAAAGGGCCTGTTGGTGACGGTGCATCTT
CGTCGGATAACAAAAGTGGAGGGTCATTGGCTGTGCGGTTAGATTCTTTTCGGAGGATTT
TGACACGGGGAAGATCTTCGGACAGGAACGATCATTCTCGCGTTGACCAAGATCGTGTAT
TAGATCTTGAAAGACAATGAATGATAGTGTACCCTTGTTCATTTACAATACAATAGTACT
CTTGTTCCTTTAATTTCCAAAATCTTTTGTATGTTACTGTACAAAGTACAAATTAGTTCA
AAAGCTCGTTGTTGATTAACGTGTGAAAAGAAGAAAATAAAAAGTGTTGAACTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT12TF U 1
AF RR3GT12JQ C 175
BS 1 665 RR3GT12TF
BS 666 896 RR3GT12JQ

RD RR3GT12TF 665 0 0
GGAATCTCCTCATTACTTGTTACAGTTACCCCACTTTTTGTTGTTGCATTTCTTTCATAC
TCAACAAACAAACAAAAATAACCTCATCATGAGCTCTGACAACGGAAATAGTGATCAGGA
GATCGAACCCGACCGTTTGTTCTGGCAAAACACGGCTTCATACAATGGCGGCAGCAAGAT
TTTACTCATCACCATCGTTGCTTTCTCTATTATCATCCTCATCGTCTTTGCTTATCATCT
ATACGCAAGATTCGTTCTCCGCCGCCGTAGATCCACCTTCCGAGACCACACTTTCTCCGT
CGTCTTTGAGCCGCCCAAACGTGGCCTCGACAAAGTTGTCATTGCTTCTCTGCCTACGTT
CGTGGTTGGAGTCAACGGTGATAACGTATCGGCTACGGAATGTGCGGTGTGTCTAACCTC
GTTGGAGGAGAAAGATACAGCGAGGATGTTACCGAACTGCAAGCACGTGTTCCACGTGAC
ATGCGTGGACACATGGCTAACAACGCATTCCACTTGTCCAATTTGTAGAAGTGAAGTCGA
GCCGAGTCAAAGACTTGAGCCTGAGCCAAGAGAAAGGGCCTGTTGGTGACGGTGCATCTT
CGTCGGATAACAAAAGTGGAGGGTCATTGGCTGTGCGGTTAGATTCTTTTCGGAGGATTT
TGACA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3GT12JQ 722 0 0
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TCATCTATACGCAAGATTCGTTCTCCGCCGCCGTAGATCCACCTTCCGAGACCACACTTT
CTCCGTCGTCTTTGAGCCGCCCAAACGTGGCCTCGACAAAGTTGTCATTGCTTCTCTGCC
TACGTTCGTGGTTGGAGTCAACGGTGATAACGTATCGGCTACGGAATGTGCGGTGTGTCT
AACCTCGTTGGAGGAGAAAGATACAGCGAGGATGTTACCGAACTGCAAGCACGTGTTCCA
CGTGACATGCGTGGACACATGGCTAACAACGCATTCCACTTGTCCAATTTGTAGAAGTGA
AGTCGAGCCGAGTCAAAGACTTGAGCCTGAGCCAAGAGAA*GGGCCTGTTGGTGACGGTG
CATCTTCGTCGGATAACAAAAGTGGAGGGTCATTGGCTGTGCGGTTAGATTCTTTTCGGA
GGATTTTGACACGGGGAAGATCTTCGGACAGGAACGATCATTCTCGCGTTGACCAAGATC
GTGTATTAGATCTTGAAAGACAATGAATGATAGTGTACCCTTGTTCATTTACAATACAAT
AGTACTCTTGTTCCTTTAATTTCCAAAATCTTTTGTATGTTACTGTACAAAGTACAAATT
AGTTCAAAAGCTCGTTGTTGATTAACGTGTGAAAAGAAGAAAATAAAAAGTGTTGAACTT
GT

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL7332Contig1 719 2 3 U
GGAAGTACATACATGCACACACTCACTCACTCAGTTTTACTCGATCTATACATTGCTTTT
TTTACTCGATCACAATTTTGTCCCTTAAGATCATTTTCGATATTGGGTATCTGAATCCTT
TGGATCTTCGATATATTCTTGCGTCCTTTTTTTTGGGAAAATGATACATCGATCATAATG
GATGCATCAAAATATATCAAAAAGCTTAAGAAGAAAGTTGAAAGATTCAAGGAAGACAAT
ACGGCAGGGCAATCTTCAAGCGAGCCCACCGATCCCACCACACCAATGGTAACAGTGGAA
ACCCTAGAAAAGGGTTTTATGATAAACATATTCGCAGGGAAGAATCAGCCAGGCATGCTT
GTTTCGGTATTAGAAGCCTTTGAGGATATTGGGCTTAACGTTCTCGAAGCTAGGATTTCA
TGTACCGACTCCTTTAGCTTGCATGCCAATGGAGTCGAGAATGAAGATGGAGATGGTATG
GATTCTGAAGCAGTGAAACAAGCAGTGACAGATGCAATCAGAAGCTGGAGTGAAAGCAAT
GATCTACAGAGCTGGATTGACCCACATTTTCTTTAATTCTCTTTATTATATTTTATTTAT
GCAAAATATAATAACACAATTTCTATAGTAATTTTACTTCTTAGTTTCTCTGTTCAACTT
GTATCCCAGAATTTTCCCTTATAAAAGGGATAATGAAGAAAAATCAATTGTATGTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DT37TF U 1
AF RR3DT37JQ C 106
BS 1 702 RR3DT37TF
BS 703 703 RR3DT37JQ
BS 704 719 RR3DT37TF

RD RR3DT37TF 719 0 0
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TTTACTCGATCACAATTTTGTCCCTTAAGATCATTTTCGATATTGGGTATCTGAATCCTT
TGGATCTTCGATATATTCTTGCGTCCTTTTTTTTGGGAAAATGATACATCGATCATAATG
GATGCATCAAAATATATCAAAAAGCTTAAGAAGAAAGTTGAAAGATTCAAGGAAGACAAT
ACGGCAGGGCAATCTTCAAGCGAGCCCACCGATCCCACCACACCAATGGTAACAGTGGAA
ACCCTAGAAAAGGGTTTTATGATAAACATATTCGCAGGGAAGAATCAGCCAGGCATGCTT
GTTTCGGTATTAGAAGCCTTTGAGGATATTGGGCTTAACGTTCTCGAAGCTAGGATTTCA
TGTACCGACTCCTTTAGCTTGCATGCCAATGGAGTCGAGAATGAAGATGGAGATGGTATG
GATTCTGAAGCAGTGAAACAAGCAGTGACAGATGCAATCAGAAGCTGGAGTGAAAGCAAT
GATCTACAGAGCTGGATTGACCCACATTTTCTTTAATTCTCTTTATTATATTTTATTTAT
GCAAAATATAATAACACAATTTCTATAGTAATTTTACTTCTTAGTTTCTCTGTTCAACTT
GTATCCCAGAATTTTCCCTTATAAAAGGGATAATGAAGAAAA*TCAATTGTATGTTACG

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3DT37JQ 614 0 0
GGTATCTGAATCCTTTGGATCTTCGATATATTCTTGCGTCCTTTTTTTTGGGAAAATGAT
ACATCGATCATAATGGATGCATCAAAATATATCAAAAAGCTTAAGAAGAAAGTTGAAAGA
TTCAAGGAAGACAATACGGCAGGGCAATCTTCAAGCGAGCCCACCGATCCCACCACACCA
ATGGTAACAGTGGAAACCCTAGAAAAGGGTTTTATGATAAACATATTCGCAGGGAAGAAT
CAGCCAGGCATGCTTGTTTCGGTATTAGAAGCCTTTGAGGATATTGGGCTTAACGTTCTC
GAAGCTAGGATTTCATGTACCGACTCCTTTAGCTTGCATGCCAATGGAGTCGAGAATGAA
GATGGAGATGGTATGGATTCTGAAGCAGTGAAACAAGCAGTGACAGATGCAATCAGAAGC
TGGAGTGAAAGCAATGATCTACAGAGCTGGATTGACCCACATTTTCTTTAATTCTCTTTA
TTATATTTTATTTATGCAAAATATAATAACACAATTTCTATAGTAATTTTACTTCTTAGT
TTCTCTGTTCAACTTGTATCCCAGAATTTTCCCTTATAAAAGGGATAATGAAGAAAAATC
AATTGTATGTTACG

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL7333Contig1 760 2 5 U
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CAACTCTCTCTGCTTCGATCCAAAAGGGACGATGGAAGACTGTCGCATCCGGATTCTCCC
TCGGTTCTCCTCCCGCCATTAACTTCAGTACTATCCGGCGATCGATTCCCCGAATTCATG
CTGCGGCTAGCTCCTCCTCCTCTTCCTCTCCATCTTATCCATCTCTCGGAGCTGGTGAGA
AAAATGAGCTAGATGCTGTATCAGCTTTTAGCGAGATTGTTCCCGATACAGTCGTTTTCG
ATGACTTTGAGAGGTTCCCGCCAACTGCAGCTACTGTTAGCTCTGCTCTCCTCCTTGGTA
TCTGCGGTCTCCCTGACACAATCTTCCGGAATGCTGTGGACATGGCTTTGGCGGACTCTA
CCTGTGCCGGTCTTGATACCACCCAGTCCAAACTCTCTTGCTTTTTCGATAAGGCTATTG
TGAATGTAGGTGGAGATCTTGTCAAACTCGTTCCAGGTCGTGTTTCAACTGAAGTGGATG
CACGTCTTGCTTATGACACTAACGCCATCATCCGTAAGGTTCATGATCTGTTGAGACTAT
ACAATGAAATCGATGTACCTCACGACCGGTTGCTGTTCAAAATCCCTGCAACCTGGCAAG
GTATTGAAGCTGCAAAGCTGCTGGAATCCGAGGGAATTCAAACCCACTTGACCTTCGTTT
ACAGCTTTGCTCAAGCTGCAGCAGCCGCTCAGCCGTGCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK65TF U 1
AF RR3FG73TF U 13
BS 1 695 RR3CK65TF
BS 696 696 RR3FG73TF
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BS 734 734 RR3FG73TF
BS 735 760 RR3CK65TF

RD RR3CK65TF 760 0 0
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CAACTCTCTCTGCTTCGATCCAAAAGGGACGATGGAAGACTGTCGCATCCGGATTCTCCC
TCGGTTCTCCTCCCGCCATTAACTTCAGTACTATCCGGCGATCGATTCCCCGAATTCATG
CTGCGGCTAGCTCCTCCTCCTCTTCCTCTCCATCTTATCCATCTCTCGGAGCTGGTGAGA
AAAATGAGCTAGATGCTGTATCAGCTTTTAGCGAGATTGTTCCCGATACAGTCGTTTTCG
ATGACTTTGAGAGGTTCCCGCCAACTGCAGCTACTGTTAGCTCTGCTCTCCTCCTTGGTA
TCTGCGGTCTCCCTGACACAATCTTCCGGAATGCTGTGGACATGGCTTTGGCGGACTCTA
CCTGTGCCGGTCTTGATACCACCCAGTCCAAACTCTCTTGCTTTTTCGATAAGGCTATTG
TGAATGTAGGTGGAGATCTTGTCAAACTCGTTCCAGGTCGTGTTTCAACTGAAGTGGATG
CACGTCTTGCTTATGACACTAACGCCATCATCCGTAAGGTTCATGATCTGTTGAGACTAT
ACAATGAAATCGATGTACCTCACGACCGGTTGCTGTTCAAAATCCCTGCAACCTGGCAAG
GTATTGAAGCTGCAAAGCTGCTGGAATCCGAGGGA*TTCAAACCCACTTGACCTTCGTTT
ACAGCTTTGCTCA*GCTGCAGCAGCCGCTCAGCCGTGCTC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3FG73TF 738 0 0
GGG
AAAAAAAAAACATGTCACTCTCTCTGCAATCTCCGCCTTCTGCAGCAACTCTCTCTGCTT
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CCATTAACTTCAGTACTATCCGGCGATCGATTCCCCGAATTCATGCTGCGGCTAGCTCCT
CCTCCTCTTCCTCTCCATCTTATCCATCTCTCGGAGCTGGTGAGAAAAATGAGCTAGATG
CTGTATCAGCTTTTAGCGAGATTGTTCCCGATACAGTCGTTTTCGATGACTTTGAGAGGT
TCCCGCCAACTGCAGCTACTGTTAGCTCTGCTCTCCTCCTTGGTATCTGCGGTCTCCCTG
ACACAATCTTCCGGAATGCTGTGGACATGGCTTTGGCGGACTCTACCTGTGCCGGTCTTG
ATAC*ACCCAGTCCAAACTCTCTTGCTTTTTCGATAAGGCTATTGTGAATGTAGGTGGAG
ATCTTGTCAAACTCGTTCCAGGTCGTGTTTCAACTGAAGTGGATGCACGTCTTGCTTATG
ACACTAACGCCATCATCCGTAAGGTTCATGATCTGTTGAGACTATACAATGAAATCGATG
TACCTCACGACCGGTTGCTGTTCAAAATCCCTGCAACCTGGCAAGGTATTGAAGCTGCAA
AGCTGCTGGAATCCGAGGGAATTCAAACCCACTTGACCTTCGTTTACAGCTTTGCTCAAG
CTGCAGCAGCCGCTC

QA 4 738 4 738
DS 



AS 1 2

CO CL7334Contig1 851 2 16 U
GGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGGACAGAAGAGCAATCGATCCTCTTGTTTTGA
TATTCAATGGCGGTTTCTTCTGTAGCTTCGTTCTTATTACCCTCATTCTCCAATCCCACC
TCTTCTTCGTCTTCTACCAGACAGAAGGTCTCTCTGCTCTCCTCGCTTCCTACACATAGC
TGCTCCGTCCTTGTTAACAAACCCTCCACCTCATCATCATTTACGACGAAGAGGGTCTTC
GCAGCTCCCGAAACCCTTTCTCCAGAAACTCTCGACGAACCCTCCTCCGAGGTTTCGAGC
TCTTCCTCGATAAGTGTAGAGGCTGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAGAAGATTAGGATC
AAGCTTAGATCATACTGGGTGCCTCTTATTGAGGACTCATGCAAGCAGATACTTGACGCT
GCAAGGAATACTAATGCTAAGACGATGGGCCCTGTCCCATTGCCCACCAAGAAGCGTATC
TACTGTGTTCTCAAGTCTCCTCACGTCCACAAGGATGCAAGGCTCCATTTTGAGATCAGG
ACCCACCAGCGGATGATTGATATTCCCTACCCCACTGCTCAGACCATTGATTCCTTGATG
CAACTTGATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTCGAGGTCAAGCTCTGAAGATCAGGGGTAACT
ACTGCAATGGTGATGGGAACTTGCACTGCATGAACAGACTGTTTCAGATCAACGACGTTG
GTTAGAACTTGTAAGCCCTGTATAATCTTTTTGAGAGCCTCTGTACTGAGTATTTTCTGT
CAAGTGATCCTTGGTCTTAGTTGATGAACGAATCCTCATGTAAGCAAGTTCTAAGGAATC
TCTTTTATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E142TF U 1
AF RR3E142JQ C 79
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BS 655 655 RR3E142JQ
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BS 728 737 RR3E142TF
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BS 739 751 RR3E142TF
BS 752 752 RR3E142JQ
BS 753 758 RR3E142TF
BS 759 759 RR3E142JQ
BS 760 775 RR3E142TF
BS 776 851 RR3E142JQ

RD RR3E142TF 784 0 0
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TATTCAATGGCGGTTTCTTCTGTAGCTTCGTTCTTATTACCCTCATTCTCCAATCCCACC
TCTTCTTCGTCTTCTACCAGACAGAAGGTCTCTCTGCTCTCCTCGCTTCCTACACATAGC
TGCTCCGTCCTTGTTAACAAACCCTCCACCTCATCATCATTTACGACGAAGAGGGTCTTC
GCAGCTCCCGAAACCCTTTCTCCAGAAACTCTCGACGAACCCTCCTCCGAGGTTTCGAGC
TCTTCCTCGATAAGTGTAGAGGCTGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAGAAGATTAGGATC
AAGCTTAGATCATACTGGGTGCCTCTTATTGAGGACTCATGCAAGCAGATACTTGACGCT
GCAAGGAATACTAATGCTAAGACGATGGGCCCTGTCCCATTGCCCACCAAGAAGCGTATC
TACTGTGTTCTCAAGTCTCCTCACGTCCACAAGGATGCAAGGCTCCATTTTGAGATCAGG
ACCCACCAGCGGATGATTGATATTCCCTACCCCACTGCTCAGACCATTGATTCCTTGATG
CAACTTGATCTTCCTGCTGGTGTTGATGTCGAGGTCAAGCTCTGAAGATCAGGG*TAACT
ACTGCAATGGTGATGGGAACTTGCACTGCATGAACAGACTGTTTCAGATCA*CGACGTTG
GT*AGA*CTTGTAAGCC*TGTATAATCTTTT*GAGAGC*TCTGTACTGAGTATTT
CTGTCAGTG

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3E142JQ 773 0 0
TCTGTAGCTTCGTTCTTATTACCCTCATTCTCCAATCCCACCTCTTCTTCGTCTTCTACC
AGACAGAAGGTCTCTCTGCTCTCCTCGCTTCCTACACATAGCTGCTCCGTCCTTGTTAAC
AAACCCTCCACCTCATCATCATTTACGACGAAGAGGGTCTTCGCAGCTCCCGAAACCCTT
TCTCCAGAAACTCTCGACGAACCCTCCTCCGAGGTTTCGAGCTCTTCCTCGATAAGTGTA
GAGGCTGCAGATAAGATGGCGCCAAAGCAGAAGATTAGGATCAAGCTTAGATCATACTGG
GTGCCTCTTATTGAGGACTCATGCAAGCAGATACTTGACGCTGCAAGGAATACTAATGCT
AAGACGATGGGCCCTGTCCCATTGCCCACCAAGAAGCGTATTTACTGTGTTCTCAAGTCT
CCTCACGTCCACAAGGATGCAAGGCTCCATTTTGAGATCAGGACCCACCAGCGGATGATT
GATATTCCCTACCCCACTGCTCAGACCATTGATTCCTTGATGCAACTTGATCTTCCTGCT
GGTGTTGATGTCGAGGTCAAGCTCTGAAGATCAGGGGTAACTACTGCAATGGTGATGGGA
ACTTGCACTGCATGAACAGACTGTTTCAGATCAACGACGTTGGTTAGAACTTGTAAGCCC
TGTATAATCTTTTTGAGAGCCTCTGTACTGAGTATTTTCTGTCAAGTGATCCTTGGTCTT
AGTTGATGAACGAATCCTCATGTAAGCAAGTTCTAAGGAATCTCTTTTATTTT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL7335Contig1 698 2 1 U
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AATGGCGTCGATTGCAGCATCTTCTACCTTTCACCCGTTCTCAACAACCAAAAGTCCTAA
CCTTTCGTCGACCCATCTTCTTCCCCTATCGAAAAACCTCACCTTTCGAACCAGACCCAT
CGGGAACAGCAGAGTTTGCAGCTTTTCTGCGTTTACTAAACAGAGTCGCCTTGGGTTTAG
GAAGCTTTCGTCCCTTGGAGAAGGAGGAGGAGAAGACGGCGTTGCAATTGCGGATGAAGA
GCAACAACAACAGCAAGAGACAGTCTCTGTTCCGGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCAT
GTTTTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAACGAAGCGGCTATTCCTAATGTGACTAAGGCCTT
ACAGGACATAGATGGAGTTTCCAACTTAAAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCCGTTGT
TGAGCTTTCAAAGCAAACAACAGTTCAAGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGAC
TATACAAGGAGCTGGCTTTAAGTTACAAACTTTGAATCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGA
GGTTCTTGTCTAATAATTGAATCATGTTTCTCTGTTCCTTTTTGTGATTAAAGACAACAC
ATTAATGTTCAATATTTATCGTAGGATCGCTTTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A875TF U 1
AF RR3A875JQ C 81
BS 1 698 RR3A875TF

RD RR3A875TF 698 0 0
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AATGGCGTCGATTGCAGCATCTTCTACCTTTCACCCGTTCTCAACAACCAAAAGTCCTAA
CCTTTCGTCGACCCATCTTCTTCCCCTATCGAAAAACCTCACCTTTCGAACCAGACCCAT
CGGGAACAGCAGAGTTTGCAGCTTTTCTGCGTTTACTAAACAGAGTCGCCTTGGGTTTAG
GAAGCTTTCGTCCCTTGGAGAAGGAGGAGGAGAAGACGGCGTTGCAATTGCGGATGAAGA
GCAACAACAACAGCAAGAGACAGTCTCTGTTCCGGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCAT
GTTTTTTCAGGCTGATGGAACTTTGAACGAAGCGGCTATTCCTAATGTGACTAAGGCCTT
ACAGGACATAGATGGAGTTTCCAACTTAAAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCCGTTGT
TGAGCTTTCAAAGCAAACAACAGTTCAAGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGAC
TATACAAGGAGCTGGCTTTAAGTTACAAACTTTGAATCTGAGCTTTGAAGACGAAGATGA
GGTTCTTGTCTAATAATTGAATCATGTTTCTCTGTTCCTTTTTGTGATTAAAGACAACAC
ATTAATGTTCAATATTTATCGTAGGATCGCTTTCTTCC

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3A875JQ 618 0 0
CTTCTACCTTTCACCCGTTCTCAACAACCAAAAGTCCTAACCTTTCGTCGACCCATCTTC
TTCCCCTATCGAAAAACCTCACCTTTCGAACCAGACCCATCGGGAACAGCAGAGTTTGCA
GCTTTTCTGCGTTTACTAAACAGAGTCGCCTTGGGTTTAGGAAGCTTTCGTCCCTTGGAG
AAGGAGGAGGAGAAGACGGCGTTGCAATTGCGGATGAAGAGCAACAACAACAGCAAGAGA
CAGTTTCTGTTCCGGTCTCTCCTTCAGACATGCTCACCATGTTTTTTCAGGCTGATGGAA
CTTTGAACGAAGCGGCTATTCCTAATGTGACTAAGGCCTTACAGGACATAGATGGAGTTT
CCAACTTAAAGGTTCAAGTTTCTGAAGGTGTTGCCGTTGTTGAGCTTTCAAAGCAAACAA
CAGTTCAAGCAACAGGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGGAGCTGGCTTTA
AGTTACAAACTTTGAATTTGAGCTTTGAAGACGAAGATGAGGTTCTTGTCTAATAATTGA
ATCATGTTTCTCTGTTCCTTTTTGTGATTAAAGACAACACATTAATGTTCAATATTTATC
GTAGGATCGCTTTCTTCC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 2

CO CL7336Contig1 1386 2 2 U
GCTACAGTCTTGTGTTGTTGTTCTCTCGTGTTAAGATTTCAAGTCATGACGCGTTGATTC
GGAGTTTCCAAATGGCACTTTCTTTGCGAGATATTTCTTTAATGGAAGGAGGACCACTGC
CTCCATCTCGACGAAGGTCACTCTTCACTCTAGCTGCATCGATGGTTCTATTTTCCTCAA
AAGCATTCAATCTTTTTCCTCTCGCTGATTTCACAAAAGTAGCACTACAGGGACCAATGA
TTGACCCATTCTTGAGCTTGGTTGAAGATCACAAGTTGAAGGCTGCAAATACAGATCAGC
TGCCAACAGTCGCGTATGGATGCCAAGAAGATGATGCTTCAGCTTTAGATACTCTTTCAA
ACATATCTATCTCCACAGAACACAGCAGAGGAACCCTCGTCTATGAAATTGTCAAAAGCT
TAGAAGATATGTGCAATTCTGAAATGGACAAAATGCGGGAGCAGCTGCTCACTGAGTTCA
TGCCGGATGATGCTTGTCCACTCGGAACCCGCTTTGTAGAAGACACCCAGAAATCATTTC
AGACTGACAAACCCCAAAAGGATGCTGCACTCTTCTCTCACGAGGATCAAGACTTTGGAG
ATGTCACAGAAACTGTTTCAAAGAATAATCCCGCAACAGTTGCTGAAATCCCAGACCTCC
TGACCGTCAATCAAATTCTGGAATCGGTCGTAGAGACAACACGTCAAGTGGGTAGAATCT
CTTTCCATACTGCAGCCGATGCTTCATACAAAGAGATGACGCTTCATTGTGAGAATCTGC
TAATGGGGAAACAGCAGAAGATCTCGAGTCTTTTGAATTCTCAGCTACGACATGAGAGTT
CCGTTAACAGCTCTCCACAACAGCATGGTGAAGAGAACAAGATCGCAACTTTCCATCCTA
TGACCAACTTTGCATTTGACACCGAGGTTGATGAAGTCCCTTTACTGGGGAAGGACTTTG
ACATGAAATCGCCAAGAACACCATTGAGAATGAAGTCACCAAGAACACCGATGAGAACTA
TTCAGATGCAGTGCTATTCAGAACTCCAAGACAACACACAAGCCTATAAACTACCAGCCT
CGAGCCCTTACGACAACTTCCTAAAAGCTGCTGGCTGTTGATTCCAAACCATGTGGTTCG
CTTTGAATTGAGTTGGCTACAAAAATCACGTTTGCTTGGTTTCAAAGTCTTTGAGTTACA
TTTTCTAGTTTCTTCATACATAGAAGAACATTGTCTCGTAGGTTCTCTGTTCCTTTTTCA
CTTATTCTTTATCCAATTTATTTGTTTTTTCTTGGTGTGATCTGTATAAAGTACAAAGAG
GCCATTTGGTTTTCATATGGTTTTGTAATTTAAAGATTATTTGATTCTACAAGAAAGACA
TTGTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3AD40TF U 1
AF RR3AD40JQ C 582
BS 1 834 RR3AD40TF
BS 835 1386 RR3AD40JQ

RD RR3AD40TF 834 0 0
GCTACAGTCTTGTGTTGTTGTTCTCTCGTGTTAAGATTTCAAGTCATGACGCGTTGATTC
GGAGTTTCCAAATGGCACTTTCTTTGCGAGATATTTCTTTAATGGAAGGAGGACCACTGC
CTCCATCTCGACGAAGGTCACTCTTCACTCTAGCTGCATCGATGGTTCTATTTTCCTCAA
AAGCATTCAATCTTTTTCCTCTCGCTGATTTCACAAAAGTAGCACTACAGGGACCAATGA
TTGACCCATTCTTGAGCTTGGTTGAAGATCACAAGTTGAAGGCTGCAAATACAGATCAGC
TGCCAACAGTCGCGTATGGATGCCAAGAAGATGATGCTTCAGCTTTAGATACTCTTTCAA
ACATATCTATCTCCACAGAACACAGCAGAGGAACCCTCGTCTATGAAATTGTCAAAAGCT
TAGAAGATATGTGCAATTCTGAAATGGACAAAATGCGGGAGCAGCTGCTCACTGAGTTCA
TGCCGGATGATGCTTGTCCACTCGGAACCCGCTTTGTAGAAGACACCCAGAAATCATTTC
AGACTGACAAACCCCAAAAGGATGCTGCACTCTTCTCTCACGAGGATCAAGACTTTGGAG
ATGTCACAGAAACTGTTTCAAAGAATAATCCCGCAACAGTTGCTGAAATCCCAGACCTCC
TGACCGTCAATCAAATTCTGGAATCGGTCGTAGAGACAACACGTCAAGTGGGTAGAATCT
CTTTCCATACTGCAGCCGATGCTTCATACAAAGAGATGACGCTTCATTGTGAGAATCTGC
TAATGGGGAAACAGCAGAAGATCTCGAGTCTTTTGAATTCTCAGCTACGACATG

QA 1 834 1 834
DS 

RD RR3AD40JQ 805 0 0
GAGGATCAAGACTTTGGAGATGTCACAGAAACTGTTTCAAAGAATAATCCCGCAACAGTT
GCTGAAATCCCAGACCTCCTGACCGTCAATCAAATTCTGGAATCGGTCGTAGAGACAACA
CGTCAAGTGGGTAGAATCTCTTTCCATACTGCAGCCGATGCTTCATACAAAGAGATGACG
CTTCATTGTGAGAATCTGCTAATGGGGAAACAGCAGAAGATCTCGAGTCTTTTGAATTTT
CAGCTACGACATGAGAGTTCCGTTAACAGCTCTCCACAACAGCATGGTGAAGAGAACAAG
ATCGCAACTTTCCATCCTATGACCAACTTTGCATTTGACACCGAGGTTGATGAAGTCCCT
TTACTGGGGAAGGACTTTGACATGAAATCGCCAAGAACACCATTGAGAATGAAGTCACCA
AGAACACCGATGAGAACTATTCAGATGCAGTGCTATTCAGAACTCCAAGACAACACACAA
GCCTATAAACTACCAGCCTCGAGCCCTTACGACAACTTCCTAAAAGCTGCTGGCTGTTGA
TTCCAAACCATGTGGTTCGCTTTGAATTGAGTTGGCTACAAAAATCACGTTTGCTTGGTT
TCAAAGTCTTTGAGTTACATTTTCTAGTTTCTTCATACATAGAAGAACATTGTCTCGTAG
GTTCTCTGTTCCTTTTTCACTTATTCTTTATCCAATTTATTTGTTTTTTCTTGGTGTGAT
CTGTATAAAGTACAAAGAGGCCATTTGGTTTTCATATGGTTTTGTAATTTAAAGATTATT
TGATTCTACAAGAAAGACATTGTTG

QA 1 805 1 805
DS 



AS 1 2

CO CL7337Contig1 997 2 10 U
GGATCATCAACTCCGAACTTGAGACGACGGCAAGCAAGCACTGAATTACACCATCAGCTT
CTTCTTCAATCTTGCATGCCAACTCTCATCTTCTGAATCAGGGATTTGAAAAAAAGTTAT
GGATGGCAACAAAGACGATGCCGCGAGGTGTGTGAGGATCGCCGAGGAAGCCATAGCTTC
TGTTGATAAGGAGCGAGCATTGAGATTCATAAACATGGCGAAACGGCTTAATCCAAGCCT
CTCTACCGATGAGCTCGCCACTGCTTGTGAGAATCTGGATTCAGTTTCAGAGAAGAATCC
GTCTCTTAGTGAAAACCACAGAGCTGATAAGCCTGAGCCTAAGACGAACGAGGAGAAGAA
GAAGGTATACACTGAGGAGAATGTTGAACTGGTTAGGAATATCAAAGGGAACAACGATTA
CTATACGATTCTAGGTTTAGAGAAGAGCTGTTCGGTTGAAGAGATCAGAAAAGCTTATAG
GAAGCTGTCACTCAAAGTTCACCCTGACTATTCTCTGCACAAGAGCCAGTCTTATCAGGT
GCCGAAGACGACGGAGAATATGGAGATTAGCTTTTATGTTAGATCGTCGTCTGCGTTCGA
TGAGAAGTATCCGCTTGGTAGCTCTGCTCGTGCTAACCTTGACGCCAGCGTGATCAAAGA
GTACAGGAGCTTTCTTTTCCAGTCATGTCGCATTGAGCTCCAGAGAAGGCCGTGGAACAA
GAAGTTGCCAACTCCTCACTGCAATGAACTTCACGATCGTGGATTCGTTGATAGGCAAAT
ACCGATATGAAATCAGCTCAAAATTTGTCCAAGATTTTGCGAAGACTGCCAGATTTGAAG
TTCTTGGAGCTGCACGTGTAGACTGTAATGTGTCAATGTGTAGGGATGGTAACTATAATC
TTTTTTTCTTGCGTATGGATTTGGGGATAACAATTCGTAGGAGAATATTCAGAACATCAA
AGAAGAAAGTCCTCTTACAACAGAGGTACCACTTGCT


BQ
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AF RR3CF91TF U 1
AF RR3CF91JQ C 242
BS 1 708 RR3CF91TF
BS 709 710 RR3CF91JQ
BS 711 716 RR3CF91TF
BS 717 719 RR3CF91JQ
BS 720 743 RR3CF91TF
BS 744 744 RR3CF91JQ
BS 745 747 RR3CF91TF
BS 748 748 RR3CF91JQ
BS 749 764 RR3CF91TF
BS 765 997 RR3CF91JQ

RD RR3CF91TF 766 0 0
GGATCATCAACTCCGAACTTGAGACGACGGCAAGCAAGCACTGAATTACACCATCAGCTT
CTTCTTCAATCTTGCATGCCAACTCTCATCTTCTGAATCAGGGATTTGAAAAAAAGTTAT
GGATGGCAACAAAGACGATGCCGCGAGGTGTGTGAGGATCGCCGAGGAAGCCATAGCTTC
TGTTGATAAGGAGCGAGCATTGAGATTCATAAACATGGCGAAACGGCTTAATCCAAGCCT
CTCTACCGATGAGCTCGCCACTGCTTGTGAGAATCTGGATTCAGTTTCAGAGAAGAATCC
GTCTCTTAGTGAAAACCACAGAGCTGATAAGCCTGAGCCTAAGACGAACGAGGAGAAGAA
GAAGGTATACACTGAGGAGAATGTTGAACTGGTTAGGAATATCAAAGGGAACAACGATTA
CTATACGATTCTAGGTTTAGAGAAGAGCTGTTCGGTTGAAGAGATCAGAAAAGCTTATAG
GAAGCTGTCACTCAAAGTTCACCCTGACTATTCTCTGCACAAGAGCCAGTCTTATCAGGT
GCCGAAGACGACGGAGAATATGGAGATTAGCTTTTATGTTAGATCGTCGTCTGCGTTCGA
TGAGAAGTATCCGCTTGGTAGCTCTGCTCGTGCTAACCTTGACGCCAGCGTGATCAAAGA
GTACAGGAGCTTTCTTTTCCAGTCATGTCGCATTGAGCTCCAGAGAAG**CGTGGA**CA
GAAGTTGCCAACTCCTCACTGCA*TGA*CTTCACGATCGTGGAT
CG

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3CF91JQ 756 0 0
TCTACCGATGAGCTCGCCACTGCTTGTGAGAATCTGGATTCAGTTTCAGAGAAGAATCCG
TCTCTTAGTGAAAACCACAGAGCTGATAAGCCTGAGCCTAAGACGAACGAGGAGAAGAAG
AAGGTATACACTGAGGAGAATGTTGAACTGGTTAGGAATATCAAAGGGAACAACGATTAC
TATACGATTCTAGGTTTAGAGAAGAGCTGTTCGGTTGAAGAGATCAGAAAAGCTTATAGG
AAGCTGTCACTCAAAGTTCACCCTGACTATTCTCTGCACAAGAGCCAGTCTTATCAGGTG
CCGAAGACGACGGAGAATATGGAGATTAGCTTTTATGTTAGATCGTCGTCTGCGTTCGAT
GAGAAGTATCCGCTTGGTAGCTCTGCTCGTGCTAACCTTGACGCCAGCGTGATCAAAGAG
TACAGGAGCTTTCTTTTCCAGTCATGTCGCATTGAGCTCCAGAGAAGGCGGTGGAACAAG
AAGTTGCCAACTCCTCACTGCAATGAACTTCACGATCGTGGATTCGTTGATAGGCAAATA
CCGATATGAAATCAGCTCAAAATTTGTCCAAGATTTTGCGAAGACTGCCAGATTTGAAGT
TCTTGGAGCTGCACGTGTAGACTGTAATGTGTCAATGTGTAGGGATGGTAACTATAATCT
TTTTTTCTTGCGTATGGATTTGGGGATAACAATTCGTAGGAGAATATTCAGAACATCAAA
GAAGAAAGTCCTCTTACAACAGAGGTACCACTTGCT

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL7338Contig1 837 2 2 U
GACTGAAGTGTCACAGATTTGGGAGCCGAGAAAAGGGAAGAGTCGATGCGTTGATAACAA
CATACGTGGAGTTACTCATGAGGCTTCTACTGGTAGTAACGAGAGCAGCAGCCCTGATGA
GAACCAGGAAGGGAAGAAGACAGTGAAGTCTGTTCGAGGACTGAAGAAAGTTGGTTTAGT
GTTTCATAAGAAGAAGGAAGAGTCAGGGAACTTGGAGGAGGATGTTAGGTCTCCTCGGAT
CAACTTGAAGGCGTTAAACCGGAAGGGTGCTGGGGGTAAGTACATAGTTGAAGACCGTTT
GTCTGGGCCTTTGTCAGGGCCTTTGATAGGTAGAAGTCCAAAGGGTGAGAGCTTTGGCTC
TGAAGACGCTCAGAACAAGGGACACATGAAGGATGTTGCAAAGAGCATTCTGTAACACGC
TGAGAAGCATTTAAAGAATGCGTTTTCGCGTAAGGGATCGAGAAAGTCGAGAGATGATGA
GTGCTCAACGGTTCCTGAGTGTCAGTGTGAATATTCTGATGATGATACTGCAGTTAGCAG
TGTGCAGGGGACACCGAGAAAAGCAAAACCTGGAGGTGGAGTTGTTAAGGCAGGAGAAGA
TGGTCATTTGAATGCATCAGCAAACTCTAAAGAAGAGTCTAGAGGTGTTGCTGACATTTC
GACAAATATGGATGCTTCTGCTGGAGCTGAGAAAGTCTCCACGCCAAGAAAAGTCGAAAG
ATAGAAAAAGAAACATTAGGGTAATAAAAGGCTTTGTTAAGTTTAGTTTTAAATTTATAC
AAAAGGAATATTGTACAGCTTTTGAGTTTTTGAGTTTATGTGTTTGGTTTGCAGCTT


BQ
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AF RR3AE43TF U 1
AF RR3AE43JQ C 235
BS 1 724 RR3AE43TF
BS 725 837 RR3AE43JQ

RD RR3AE43TF 724 0 0
GACTGAAGTGTCACAGATTTGGGAGCCGAGAAAAGGGAAGAGTCGATGCGTTGATAACAA
CATACGTGGAGTTACTCATGAGGCTTCTACTGGTAGTAACGAGAGCAGCAGCCCTGATGA
GAACCAGGAAGGGAAGAAGACAGTGAAGTCTGTTCGAGGACTGAAGAAAGTTGGTTTAGT
GTTTCATAAGAAGAAGGAAGAGTCAGGGAACTTGGAGGAGGATGTTAGGTCTCCTCGGAT
CAACTTGAAGGCGTTAAACCGGAAGGGTGCTGGGGGTAAGTACATAGTTGAAGACCGTTT
GTCTGGGCCTTTGTCAGGGCCTTTGATAGGTAGAAGTCCAAAGGGTGAGAGCTTTGGCTC
TGAAGACGCTCAGAACAAGGGACACATGAAGGATGTTGCAAAGAGCATTCTGTAACACGC
TGAGAAGCATTTAAAGAATGCGTTTTCGCGTAAGGGATCGAGAAAGTCGAGAGATGATGA
GTGCTCAACGGTTCCTGAGTGTCAGTGTGAATATTCTGATGATGATACTGCAGTTAGCAG
TGTGCAGGGGACACCGAGAAAAGCAAAACCTGGAGGTGGAGTTGTTAAGGCAGGAGAAGA
TGGTCATTTGAATGCATCAGCAAACTCTAAAGAAGAGTCTAGAGGTGTTGCTGACATTTC
GACAAATATGGATGCTTCTGCTGGAGCTGAGAAAGTCTCCACGCCAAGAAAAGTCGAAAG
ATAG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3AE43JQ 603 0 0
TCGGATCAACTTGAAGGCGTTAAACCGGAAGGGTGCTGGGGGTAAGTACATAGTTGAAGA
CCGTTTGTTTGGGCCTTTGTCAGGGCCTTTGATAGGTAGAAGTCCAAAGGGTGAGAGCTT
TGGCTCTGAAGACGCTCAGAACAAGGGACACATGAAGGATGTTGCAAAGAGCATTTTGTA
ACACGCTGAGAAGCATTTAAAGAATGCGTTTTCGCGTAAGGGATCGAGAAAGTCGAGAGA
TGATGAGTGCTCAACGGTTCCTGAGTGTCAGTGTGAATATTTTGATGATGATACTGCAGT
TAGCAGTGTGCAGGGGACACCGAGAAAAGCAAAACCTGGAGGTGGAGTTGTTAAGGCAGG
AGAAGATGGTCATTTGAATGCATCAGCAAACTTTAAAGAAGAGTCTAGAGGTGTTGCTGA
CATTTCGACAAATATGGATGCTTTTGCTGGAGCTGAGAAAGTCTCCACGCCAAGAAAAGT
CGAAGGATAGAAAAAGAAACATTAGGGTAATAAAAGGCTTTGTTAAGTTTAGTTTTAAAT
TTATACAAAAGGAATATTGTACAGCTTTTGAGTTTTTGAGTTTATGTGTTTGGTTTGCAG
CTT

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 2

CO CL7339Contig1 827 2 4 U
TTTTTCTAACAATCAAGTTATATACTCTCTGACAATGGTTCCTCCAAACCCACCACCTAG
ACGAACACAACCACATCATCAAGCCCTGCCTGCTAGAGGATTGAACCCTGTCCTATGCAT
CATCGTCGCCCTCATCCTTTTAGGACTCCTTGTGGGTCTCGCCATATTGATTACATACCT
CACCCTAAGGCCAAAGCGACTAGTCTACACGTTAGAAGCCGCGTCGGTCCAAGATTTTGC
CATTGCCAAGGATGATCACATTAGCGCCAAATTCAACTATGTGATCAAATCATACAACCC
TGAGAAACATGTCTCCGTGAGATACTACTCCATGCGCATCTCCACGGCTCACCATAACTA
GTCCGTGGCTCACAAGGAGATCCCTGCCTTCAAGCAGCATCCAAAGAACGACACAAGGAT
TGAGACGCAGCTTGTGTCGCACAACGTGGCATTGTCTAAGTTTAATGCAAAGGACTTGAG
AGCTGAAACGAATAAAGGGGTAATTGAAATGGAAGTGTATATAACGGCTAGAGTGAGCTA
CAAGACTTGGATTTTGCGGTCAAGGAGACGTACGTTGAAGGCTGTGTGTACGCCGATTAT
GATCGACGTCACAGCAAACTCGTTGAATGGATTCCAGAGAGTTTTGTGCCGAACTCGTCT
TTAATTTACTTATCGACTTGAATTTATTTCTTTTGCGTGCGTCATACGTATACCAAATAT
GCTATGGGCCCTTGATTGATTGTGTCTATGTATGTGTGTTTCTTTTTGAGTTTCTTGTTT
TGTTTTTGTTCTTGTATGCATTTGTTCCATCTGTCTTTAACATTTCG


BQ
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AF RR3D328TF U 1
AF RR3D328JQ C 112
BS 1 713 RR3D328TF
BS 714 714 RR3D328JQ
BS 715 725 RR3D328TF
BS 726 827 RR3D328JQ

RD RR3D328TF 725 0 0
TTTTTCTAACAATCAAGTTATATACTCTCTGACAATGGTTCCTCCAAACCCACCACCTAG
ACGAACACAACCACATCATCAAGCCCTGCCTGCTAGAGGATTGAACCCTGTCCTATGCAT
CATCGTCGCCCTCATCCTTTTAGGACTCCTTGTGGGTCTCGCCATATTGATTACATACCT
CACCCTAAGGCCAAAGCGACTAGTCTACACGTTAGAAGCCGCGTCGGTCCAAGATTTTGC
CATTGCCAAGGATGATCACATTAGCGCCAAATTCAACTATGTGATCAAATCATACAACCC
TGAGAAACATGTCTCCGTGAGATACTACTCCATGCGCATCTCCACGGCTCACCATAACTA
GTCCGTGGCTCACAAGGAGATCCCTGCCTTCAAGCAGCATCCAAAGAACGACACAAGGAT
TGAGACGCAGCTTGTGTCGCACAACGTGGCATTGTCTAAGTTTAATGCAAAGGACTTGAG
AGCTGAAACGAATAAAGGGGTAATTGAAATGGAAGTGTATATAACGGCTAGAGTGAGCTA
CAAGACTTGGATTTTGCGGTCAAGGAGACGTACGTTGAAGGCTGTGTGTACGCCGATTAT
GATCGACGTCACAGCAAACTCGTTGAATGGATTCCAGAGAGTTTTGTGCCGAACTCGTCT
TTAATTTACTTATCGACTTGAATTTATTTCTTTTGCGTGCGTCATACGTATAC*AAATAT
GCTAT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3D328JQ 716 0 0
CCTATGCATCATCGTCGCCCTCATCCTTTTAGGACTCCTTGTGGGTCTCGCCATATTGAT
TACATACCTCACCCTAAGGCCAAAGCGACTAGTCTACACGTTAGAAGCCGCGTCGGTCCA
AGATTTTGCCATTGCCAAGGATGATCACATTAGCGCCAAATTCAACTATGTGATCAAATC
ATACAACCCTGAGAAACATGTCTCCGTGAGATACTACTCCATGCGCATCTCCACGGCTCA
CCATAACTAGTCCGTGGCTCACAAGGAGATCCCTGCCTTCAAGCAGCATCCAAAGAACGA
CACAAGGATTGAGACGCAGCTTGTGTCGCACAACGTGGCATTGTCTAAGTTTAATGCAAA
GGACTTGAGAGCTGAAACGAATAAAGGGGTAATTGAAATGGAAGTGTATATAACGGCTAG
AGTGAGCTACAAGACTTGGATTTTGCGGTCAAGGAGACGTACGTTGAAGGCTGTGTGTAC
GCCGATTATGATCGACGTCACAGCAAACTCGTTGAATGGATTCCAGAGAGTTTTGTGCCG
AACTCGTCTTTAATTTACTTATCGACTTGAATTTATTTCTTTTGCGTGCGTCATACGTAT
ACCAAATATGCTATGGGCCCTTGATTGATTGTGTCTATGTATGTGTGTTTCTTTTTGAGT
TTCTTGTTTTGTTTTTGTTCTTGTATGCATTTGTTCCATCTGTCTTTAACATTTCG

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL7340Contig1 1114 2 4 U
GGAGAACCCTTCATTGTTGCATTTATTCATCGAGAAAATGAGGACCAAATCCCAATCTTC
TGTTAATCTGAAGGTCATATTCACATGTTGCTCAATCTTAATCTTTCTTGTCATCTTCTT
TGCAAGATCAAACATCTCTTCTTCAAAGCCCATCTCCAAAACCAATCTCTCTCAAGAGAA
AGAAGAGCAAAACCAGGCTACACCAGAAGGATGTCCAACAACACAACAATGCACGAAGAT
GCCAATTTCTTTATCCGACGCGTTGGTTCACTACGCCACCAGTAACGTCACTCCACAACA
GACATTCGACGAAATCTCTGTCTCAAAGAGAGTCTTGGACAAGAAGTCACCATGTAACTT
CCTCGTCTTTGGTTTAGGTCACGACAGCCCGATGTGGGCTTCTCTCAACCATGGTGGTCG
TACCTTGTTTATTGAGGAAGACAAGGCTTGGATTGAGATAGTGACTAAGAAATTCCCAAG
CTTGGAAGCTTACCACGTCGTTTACGACACGAAAGTGAAACATTCAGACAAACTGATGGA
GCTGGGAAGATCCGAGGAGTGCAGATCCGTGACCGATCCAAGAAACTCGAAATGTGAACT
ATCGTTGAAAGATTTCCCGGCGGATTTTTACGAGACGAAATGGGATCTGATCATGGTGGA
TGCTCCCACTGGTTACCACGAGGAAGCTCCGGGGAGGATGAGTGCTATTTACACGGCGGG
GCTTTTGGCTCGTAACCGCGAAGACGGAGAAACAGACGTTTTTGTTCATGACGTTAACCG
TCCGGTGGAAGATGAGTTCTCGGCGACGTTCTTGTGTAAAGGTTACATGAGGGAGCAAAA
CGGGAGGCTAAGGCATTTCACCATCCCTAGCCATCGGGCTCTTGCTGGCAGACCGTTTTG
TCCAGTGGATGTTAATCGCCGCCGTTGATTTTGTGCCGGGAAATATCTCTGCGTTGTGGA
CCCAGAGTGACTATGCTTAGCTGGCTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGCTTTTATCTTGATGA
TTACGTTTTTTTATGGATTCAGCGCATTTACTGAAACGCTATAGTAAAATAGTATTCTTC
ATATAATTATTTGAATACAAAATAATGAATTACC


BQ
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AF RR3DC72TF U 1
AF RR3DC72JQ C 429
BS 1 693 RR3DC72TF
BS 694 694 RR3DC72JQ
BS 695 712 RR3DC72TF
BS 713 1114 RR3DC72JQ

RD RR3DC72TF 712 0 0
GGAGAACCCTTCATTGTTGCATTTATTCATCGAGAAAATGAGGACCAAATCCCAATCTTC
TGTTAATCTGAAGGTCATATTCACATGTTGCTCAATCTTAATCTTTCTTGTCATCTTCTT
TGCAAGATCAAACATCTCTTCTTCAAAGCCCATCTCCAAAACCAATCTCTCTCAAGAGAA
AGAAGAGCAAAACCAGGCTACACCAGAAGGATGTCCAACAACACAACAATGCACGAAGAT
GCCAATTTCTTTATCCGACGCGTTGGTTCACTACGCCACCAGTAACGTCACTCCACAACA
GACATTCGACGAAATCTCTGTCTCAAAGAGAGTCTTGGACAAGAAGTCACCATGTAACTT
CCTCGTCTTTGGTTTAGGTCACGACAGCCCGATGTGGGCTTCTCTCAACCATGGTGGTCG
TACCTTGTTTATTGAGGAAGACAAGGCTTGGATTGAGATAGTGACTAAGAAATTCCCAAG
CTTGGAAGCTTACCACGTCGTTTACGACACGAAAGTGAAACATTCAGACAAACTGATGGA
GCTGGGAAGATCCGAGGAGTGCAGATCCGTGACCGATCCAAGAAACTCGAAATGTGAACT
ATCGTTGAAAGATTTCCCGGCGGATTTTTACGAGACGAAATGGGATCTGATCATGGTGGA
TGCTCCCACTGGTTACCACGAGGAAGCTCCGGG*AGGATGAGTGCTATTTAC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3DC72JQ 686 0 0
TTATTGAGGAAGACAAGGCTTGGATTGAGATAGTGACTAAGAAATTCCCAAGCTTGGAAG
CTTACCACGTCGTTTACGACACGAAAGTGAAACATTCAGACAAACTGATGGAGCTGGGAA
GATCCGAGGAGTGCAGATCCGTGACCGATCCAAGAAACTCGAAATGTGAACTATCGTTGA
AAGATTTCCCGGCGGATTTTTACGAGACGAAATGGGATCTGATCATGGTGGATGCTCCCA
CTGGTTACCACGAGGAAGCTCCGGGGAGGATGAGTGCTATTTACACGGCGGGGCTTTTGG
CTCGTAACCGCGAAGACGGAGAAACAGACGTTTTTGTTCATGACGTTAACCGTCCGGTGG
AAGATGAGTTCTCGGCGACGTTCTTGTGTAAAGGTTACATGAGGGAGCAAAACGGGAGGC
TAAGGCATTTCACCATCCCTAGCCATCGGGCTCTTGCTGGCAGACCGTTTTGTCCAGTGG
ATGTTAATCGCCGCCGTTGATTTTGTGCCGGGAAATATCTCTGCGTTGTGGACCCAGAGT
GACTATGCTTAGCTGGCTTTTTGTTTGTTTGTTTTTGCTTTTATCTTGATGATTACGTTT
TTTTATGGATTCAGCGCATTTACTGAAACGCTATAGTAAAATAGTATTCTTCATATAATT
ATTTGAATACAAAATAATGAATTACC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL7341Contig1 730 2 5 U
GGGAGAGAGAGAGGAACTGTGATCGATGGCTGAAGAGGAGATGGTGGTCGATGAAGCAGT
TACAGCTCCGCCTCGTAAGGTCCTCCTCATATCCGCCGGTGCTAGTCACTCCGTCGCTCT
ACTCACTGGAGATGTTGTTTGCTCATGGGGCAGAGGAGAGGATGGACAATTAGGTCACGG
AGATGCGGAGGATCGACCTTCTCCTACGCAGTTAAGCGCCTTGGATGAACACCAAATCGT
TTCCGTTACCTGTGGTGCTGACCACACCGTTGCTTATTCTCAATCACGCTCCGAGGTCTA
CAGTTGGGGATGGGGTGATTTTGGGAGATTAGGCCATGGGAACTCGAGCGACTTGTTTAC
TCCGCTGCCAATCAAAGCATTGCATGGTTTTCGGATTAAGCAGATTGCTTGTGGGGATAG
TCATTGTTTGGCTGTGACTATGGAAGGAGAGGTGCAGAGCTGGGGGCGCAACCAAAATGG
TCAACTTGGTCTGGGGGACACTGAAGATTCTCTAGTTCCTAGGAAGATTCAAGCCTTTGA
GGGAATACGAATCAAAATGGTTGCTGCTGGTGCAGAACACACTGCTGCGGTTACAGAAGA
TGGTGATCTTTATGGATGGGGATGGGGAAGATATGGAAATTTGGGATTAGTGACCGGAAT
GACCGCTTGGTTCCTGAAAGGGTTACCTCTGCTGGCGCTGAGAAGATGTCGATGGTTGCT
TGTGGATGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G821TF U 64
AF RR3BC38TF U 1
BS 1 361 RR3BC38TF
BS 362 362 RR3G821TF
BS 363 474 RR3BC38TF
BS 475 475 RR3G821TF
BS 476 730 RR3BC38TF

RD RR3G821TF 614 0 0
AGCTCCGCCTCGTAAGGTCCTCCTCATATCCGCCGGTGCTAGTCACTCCGTCGCTCTACT
CACTGGAGATGTTGTTTGCTCATGGGGCAGGGGAGAGGATGGACAATTAGGTCACGGAGA
TGCGGAGGATCGACCTTCTCCTACGCAGTTAAGCGCCTTGGATGAACACCAAATCGTTTC
CGTTACCTGTGGTGCTGACCACACCGTTGCTTATTCTCAATCACGCTCCGAGGTCTACAG
TTGGGGATGGGGTGATTTTGGGAGATTAGGCCATGGGAACTCGAGCGACTTGTTTACTCC
GCTGCCAATCAAAGCATTGCATGGTTTTCGGATTAAGCAGATTGCTTGTGGGGATAGTCA
TTGTTTGGCTGTGACTATGGAAGGAGAGGTGCAGAGCTGGGGGCGCAACCAAAATGGTCA
ACTTGGTCTGGGGGACACTGAAGATTCTCTAGTTCCTAGGAAGATTCAAGCCTTTGAGGG
AATACGAATCAAAATGGTTGCTGCTGGTGCAGAACACACTGCTGCGGTTACAGAAGATGG
TGATCTTTATGGATGGGGATGGGGAAGATATGGAAATTTGGGATTAGTTACCGGAATGAC
CGCTTGGTTCCTGA

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3BC38TF 730 0 0
GGGAGAGAGAGAGGAACTGTGATCGATGGCTGAAGAGGAGATGGTGGTCGATGAAGCAGT
TACAGCTCCGCCTCGTAAGGTCCTCCTCATATCCGCCGGTGCTAGTCACTCCGTCGCTCT
ACTCACTGGAGATGTTGTTTGCTCATGGGGCAGAGGAGAGGATGGACAATTAGGTCACGG
AGATGCGGAGGATCGACCTTCTCCTACGCAGTTAAGCGCCTTGGATGAACACCAAATCGT
TTCCGTTACCTGTGGTGCTGACCACACCGTTGCTTATTCTCAATCACGCTCCGAGGTCTA
CAGTTGGGGATGGGGTGATTTTGGGAGATTAGGCCATGGGAACTCGAGCGACTTGTTTAC
TGCGCTGCCAATCAAAGCATTGCATGGTTTTCGGATTAAGCAGATTGCTTGTGGGGATAG
TCATTGTTTGGCTGTGACTATGGAAGGAGAGGTGCAGAGCTGGGGGCGCAACCAGAATGG
TCAACTTGGTCTGGGGGACACTGAAGATTCTCTAGTTCCTAGGAAGATTCAAGCCTTTGA
GGGAATACGAATCAAAATGGTTGCTGCTGGTGCAGAACACACTGCTGCGGTTACAGAAGA
TGGTGATCTTTATGGATGGGGATGGGGAAGATATGGAAATTTGGGATTAGTGACCGGAAT
GACCGCTTGGTTCCTGAAAGGGTTACCTCTGCTGGCGCTGAGAAGATGTCGATGGTTGCT
TGTGGATGGC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL7342Contig1 839 2 2 U
GGGAGAGAGTTCTCTCTCCTCTTCTCCGTTCTCTCACTTCTATCTTTCACGGAGAAGGAG
ATGAGACTCTCGTTTTTGTTCTTGTAAAATATTTCGATCCATGTGATCGACTTCTCTTTT
CGCTAGGCGAATTTTCATCTTCGTTTGACGAATTTTTGCAGTGTTTTTTCAACCAAATCT
GAGTTTTTATCAATTTCTCTATCCTCTTATCTCAGATTTTGTGTTGAAACAATAAAGATC
CCGGTTATAAATTGGTTTCAATGGTTAAAGCTCTTCACCTTCTGTTTTCTTATGCTTATT
CCGTTTGATATTGAGATTGATTTCTCTCTCATCTAGAAACGCTTGGGCCTTGATATTGAA
GTGGAATCAATCTTCGATTCTGTTAAAGACGAAGTATCCATGACAATCAAGGTTTAAGAG
TTGGATTTTGCTTTGGGAATCGGGTCCAGAACGCAGAATAGTTGGAGCTGCTCTATCGGT
GGTGTTCCGACGAGGTCCTGTTCTTGTTTCTCTGAGGCTTTTCTCTGGAGTTAAATTTCT
AGCGTTTGGGAAAGAAGATCTTATAATCAGCGGCGATTGAAGGTTTGAAGAGCGTGCAAG
CAGATTTCAACTGAATCAGAGGCGGAGATGGATGAGTTTTCCGACATAGTTTCCGGCACC
GCTATTTCCTTCCTCGGTTCTGCGGAGAAGAAGCCACGGCGACAGGCAACGTGTCACACA
TGCCTTAATCATTATCCCTTGTTGTTGGGTTTCTTTTGGGCTTAATTTCAAATGTATGAG
TTGAATCTGTTTGTATCTTGCCCATTGGGCTTTGCTTTAAAGAAAAGCATATTGTCGAC


BQ
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AF RR3CA06TF U 1
AF RR3CA06JQ C 38
BS 1 756 RR3CA06TF
BS 757 839 RR3CA06JQ

RD RR3CA06TF 772 0 0
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ATGAGACTCTCGTTTTTGTTCTTGTAAAATATTTCGATCCATGTGATCGACTTCTCTTTT
CGCTAGGCGAATTTTCATCTTCGTTTGACGAATTTTTGCAGTGTTTTTTCAACCAAATCT
GAGTTTTTATCAATTTCTCTATCCTCTTATCTCAGATTTTGTGTTGAAACAATAAAGATC
CCGGTTATAAATTGGTTTCAATGGTTAAAGCTCTTCACCTTCTGTTTTCTTATGCTTATT
CCGTTTGATATTGAGATTGATTTCTCTCTCATCTAGAAACGCTTGGGCCTTGATATTGAA
GTGGAATCAATCTTCGATTCTGTTAAAGACGAAGTATCCATGACAATCAAGGTTTAAGAG
TTGGATTTTGCTTTGGGAATCGGGTCCAGAACGCAGAATAGTTGGAGCTGCTCTATCGGT
GGTGTTCCGACGAGGTCCTGTTCTTGTTTCTCTGAGGCTTTTCTCTGGAGTTAAATTTCT
AGCGTTTGGGAAAGAAGATCTTATAATCAGCGGCGATTGAAGGTTTGAAGAGCGTGCAAG
CAGATTTCAACTGAATCAGAGGCGGAGATGGATGAGTTTTCCGACATAGTTTCCGGCACC
GCTATTTCCTTCCTCGGTTCTGCGGAGAAGAAGCCACGGCGACAGGCAACGTGTCACACA
TGCCTTAATCATTATCCCTTGTTGTTGGGTTTCTTT
GGCTTATTTCAATGTA

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3CA06JQ 802 0 0
TTCTATCTTTCACGGAGAAGGAGATGAGACTCTCGTTTTTGTTCTTGTAAAATATTTCGA
TCCATGTGATCGACTTCTCTTTTCGCTAGGCGAATTTTCATCTTCGTTTGACGAATTTTT
GCAGTGTTTTTTCAACCAAATCTGAGTTTTTATCAATTTCTCTATCCTCTTATCTCAGAT
TTTGTGTTGAAACAATAAAGATCCCGGTTATAAATTGGTTTCAATGGTTAAAGCTCTTCA
CCTTCTGTTTTCTTATGCTTATTCCGTTTGATATTGAGATTGATTTCTCTCTCATCTAGA
AACGCTTGGGCCTTGATATTGAAGTGGAATCAATCTTCGATTCTGTTAAAGACGAAGTAT
CCATGACAATCAAGGTTTAAGAGTTGGATTTTGCTTTGGGAATCGGGTCCAGAACGCAGA
ATAGTTGGAGCTGCTCTATCGGTGGTGTTCCGACGAGGTCCTGTTCTTGTTTCTCTGAGG
CTTTTCTCTGGAGTTAAATTTCTAGCGTTTGGGAAAGAAGATCTTATAATCAGCGGCGAT
TGAAGGTTTGAAGAGCGTGCAAGCAGATTTCAACTGAATCAGAGGCGGAGATGGATGAGT
TTTCCGACATAGTTTCCGGCACCGCTATTTCCTTCCTCGGTTCTGCGGAGAAGAAGCCAC
GGCGACAGGCAACGTGTCACACATGCCTTAATCATTATCCCTTGTTGTTGGGTTTCTTTT
GGGCTTAATTTCAAATGTATGAGTTGAATCTGTTTGTATCTTGCCCATTGGGCTTTGCTT
TAAAGAAAAGCATATTGTCGAC

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL7343Contig1 1045 2 4 U
GGAACCCACTCTAGCCACGATGAAGCTTCTTCTTTGTCTCTCTATCTTCTTCGCCATATT
CTTCATCTCTCTCCCATCTTCCTACAGCTGCACCTCACACGACAAAAACGCCCTCCTTCG
AATCAAGAAATCTCTTAACAACTCACCACTCCTCTCCTCATGGAACGCTGGAACCGACTG
TTGTACCAGATCCCAAACCAGATCGGCGACCTCCCTGACCTCCGTACACTCGATTTCAGT
TTCCTGACTCATCTCACCGGAAACATCCCACGTACCATCACTAAACTCAAGAACCTTGAC
CTCCTCCGGTTAAAGCAGAACAATCTAACCGGTCCAATTCCTGATTATATCAGCGAGCTC
AAAAACGTAACGTTCTTGGACCTCTCCTTTAACCAGTTTACCGGTCCTATTCCCGGTTCG
CTTTCACAGATGCCGAAGCTTCAGGCCATTCAGATCAACGACAATAAGCTAACCGGTTCT
GTACCGAACTCTTTCGGTTCCTTTGTAGGCAACGTACCTAATCTCTACTTGTTTAACAAT
AAACTCTCAGGGAAAATACCAGGATCGTTGTCAAAATACGACTTCAACGCAGTAGATCTG
TCGGGAAATGGTTTCATAGGAGATGGTTCGATGTTTTTCGGACGGAACAAAACAACAATA
CGAGTGGATCTGTCAAGAAACATGTTTGAGTTTGATCTCTCCAAGGTTAAGTTCGCTAGG
AGCATACTTTCGCTAGATCTGAGCCATAACAGAATCTTTGGGAAGTTGCCTCGGGAGCTG
GGCAAGCTACGCCTCCAGCATTTCAACGTTAGTTACAATCGTCTCTGCGGAAAAATCCCA
CATGGTGGTATCCTTCAGACCTTTGAACCATCAGCTTTCTCTCACAACCTCTGTCTTTGT
GGGACCCCTCTTAAGGCTTGTTAAATTTTGCTTAGTGGCGTGTGCGGTAACAAATAGTTA
TGTCTTTATATGTATGATGATGTGTTAATTATCACTGCTTATCAAATAAGAGGAGAAGAA
ATAGTCTTCCTTGTGTTTAGGATCT


BQ
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AF RR3GO35TF U 1
AF RR3GO35JQ C 308
BS 1 651 RR3GO35TF
BS 652 652 RR3GO35JQ
BS 653 742 RR3GO35TF
BS 743 1045 RR3GO35JQ

RD RR3GO35TF 742 0 0
GGAACCCACTCTAGCCACGATGAAGCTTCTTCTTTGTCTCTCTATCTTCTTCGCCATATT
CTTCATCTCTCTCCCATCTTCCTACAGCTGCACCTCACACGACAAAAACGCCCTCCTTCG
AATCAAGAAATCTCTTAACAACTCACCACTCCTCTCCTCATGGAACGCTGGAACCGACTG
TTGTACCAGATCCCAAACCAGATCGGCGACCTCCCTGACCTCCGTACACTCGATTTCAGT
TTCCTGACTCATCTCACCGGAAACATCCCACGTACCATCACTAAACTCAAGAACCTTGAC
CTCCTCCGGTTAAAGCAGAACAATCTAACCGGTCCAATTCCTGATTATATCAGCGAGCTC
AAAAACGTAACGTTCTTGGACCTCTCCTTTAACCAGTTTACCGGTCCTATTCCCGGTTCG
CTTTCACAGATGCCGAAGCTTCAGGCCATTCAGATCAACGACAATAAGCTAACCGGTTCT
GTACCGAACTCTTTCGGTTCCTTTGTAGGCAACGTACCTAATCTCTACTTGTTTAACAAT
AAACTCTCAGGGAAAATACCAGGATCGTTGTCAAAATACGACTTCAACGCAGTAGATCTG
TCGGGAAATGGTTTCATAGGAGATGGTTCGATGTTTTTCGGACGGAACAAA*CAACAATA
CGAGTGGATCTGTCAAGAAACATGTTTGAGTTTGATCTCTCCAAGGTTAAGTTCGCTAGG
AGCATACTTTCGCTAGATCTGA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3GO35JQ 738 0 0
GGTTAAAGCAGAACAATCTAACCGGTCCAATTCCTGATTATATCAGCGAGCTCAAAAACG
TAACGTTCTTGGACCTCTCCTTTAACCAGTTTACCGGTCCTATTCCCGGTTCGCTTTCAC
AGATGCCGAAGCTTCAGGCCATTCAGATCAACGACAATAAGCTAACCGGTTCTGTACCGA
ACTCTTTCGGTTCCTTTGTAGGCAACGTACCTAATCTCTACTTGTTTAACAATAAACTCT
CAGGGAAAATACCAGGATCGTTGTCAAAATACGACTTCAACGCAGTAGATCTGTCGGGAA
ATGGTTTCATAGGAGATGGTTCGATGTTTTTCGGACGGAACAAAACAACAATACGAGTGG
ATCTGTCAAGAAACATGTTTGAGTTTGATCTCTCCAAGGTTAAGTTCGCTAGGAGCATAC
TTTCGCTAGATCTGAGCCATAACAGAATCTTTGGGAAGTTGCCTCGGGAGCTGGGCAAGC
TACGCCTCCAGCATTTCAACGTTAGTTACAATCGTCTCTGCGGAAAAATCCCACATGGTG
GTATCCTTCAGACCTTTGAACCATCAGCTTTCTCTCACAACCTCTGTCTTTGTGGGACCC
CTCTTAAGGCTTGTTAAATTTTGCTTAGTGGCGTGTGCGGTAACAAATAGTTATGTCTTT
ATATGTATGATGATGTGTTAATTATCACTGCTTATCAAATAAGAGGAGAAGAAATAGTCT
TCCTTGTGTTTAGGATCT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL7344Contig1 1267 2 4 U
GGATCAATCATTGGATCTGACACTGTTAACATTTTCTTTCCGACCAAGAAGAAGCAGCCA
TGGAAGCCAAGGTAGCAAGCAAGCATCACAGCTCTATTCTAGTTCCATCTGTTCAAGAGA
TGGTGAAGGAGAAGCTGATCAAGAAGGTTCCTGCCAGGTATGTACGGTCTGATCTAGGCA
AAGCTGAGATGGCCTGTGACTCTGGTCTAAAACCTGAGATCCCAGTCATTGACATGAGCC
GCTTGTGTTCTCCAACCACCATGGATTCTGAGATTGAAAATCTTGACTTGGCTTGCAAAG
AATGGGGATTTTTCCAGCTTGTGAACCATGGAGTGGATTCAGGCTTCTTGGACAAATTCA
ATTCAGAGATTCAAGATTTCTTCAACCTTCCCATAGAAGAGAAGAAGAAGCTGTGGCAAA
AACCTGGAGACATGGAAGGGTTTGGACAGGCTTTTGTTGTTTCAGAAGAGCAGAAACTAG
ATTGGGCAGACATGTTTCATCTCACAGTGCAACCTGCTAGGTTACGCAAGCCTCACGTGT
TCCCCAAGATACCTCTTCCCCTTAGAGATACACTAGAGACGTACTCGGCTGAACTTAAAA
GCATAGCTAAGATATTGTTTGCAAAATGGCGATAGGACTGAAGACCAACCCTGAGGAGAT
GGAAAAGCTGTTTGATGATGATTTAGGACAGATAATGAGTATGAATTACTACCCTCCTTG
TCCAGAGCCCGACCAGGTTATTGGTCTGACTCCACATTCAGATTCTACAGGAGTCACCAT
CCTTATGCAGGTTAATGAAGTCGAAGGTCTCCAAATCAAGAAGAATGGCAAGTGGGTCTC
GGTCAAACCTCTCCCTAATGCTTTCGTTGTCAATGTTGGAGACATGATAGAGATTGTTAC
AAATGGGACGTACCGAAGTATAGAGCATCGTGGGGTTGTGAACTCAGAGAAGGAGAGGAT
TTCTATAGGGGCGTTTCACAATATGGGAACTGGTAAGGAAGTTGGTCCGCTGAGAAGTCT
CGTGGAGAGGCATAAGGCTTCGTTTTTCAGAAGCATGACCACTGATGAGTACTTCAAAGG
CTTGTTCTCTCGTGAGCTTGGTGGAAAAGCTTACCTTGATGTTATGAGAATCTAAAGACC
CATTGCCTTGTGACCTAAGAAAACTATGTCTTCTCTCTCACTGTTCTTGTTGTACTATAT
ATATACAATAGTATGTGTTCTCTTTGTCTGGTTCCATGCAGAGCATTAATAAGACTATCC
TTCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS19TF U 1
AF RR3DS19JQ C 655
BS 1 686 RR3DS19TF
BS 687 687 RR3DS19JQ
BS 688 749 RR3DS19TF
BS 750 1267 RR3DS19JQ

RD RR3DS19TF 749 0 0
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AAGCTGAGATGGCCTGTGACTCTGGTCTAAAACCTGAGATCCCAGTCATTGACATGAGCC
GCTTGTGTTCTCCAACCACCATGGATTCTGAGATTGAAAATCTTGACTTGGCTTGCAAAG
AATGGGGATTTTTCCAGCTTGTGAACCATGGAGTGGATTCAGGCTTCTTGGACAAATTCA
ATTCAGAGATTCAAGATTTCTTCAACCTTCCCATAGAAGAGAAGAAGAAGCTGTGGCAAA
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TCCCCAAGATACCTCTTCCCCTTAGAGATACACTAGAGACGTACTCGGCTGAACTTAAAA
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QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3DS19JQ 613 0 0
GGAGATGGAAAAGCTGTTTGATGATGATTTAGGACAGATAATGAGTATGAATTACTACCC
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CACCATCCTTATGCAGGTTAATGAAGTCGAAGGTCTCCAAATCAAGAAGAATGGCAAGTG
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TGTTACAAATGGGACGTACCGAAGTATAGAGCATCGTGGGGTTGTGAACTCAGAGAAGGA
GAGGATTTCTATAGGGGCGTTTCACAATATGGGAACTGGTAAGGAAGTTGGTCCGCTGAG
AAGTCTCGTGGAGAGGCATAAGGCTTCGTTTTTCAGAAGCATGACCACTGATGAGTACTT
CAAAGGCTTGTTCTCTCGTGAGCTTGGTGGAAAAGCTTACCTTGATGTTATGAGAATCTA
AAGACCCATTGCCTTGTGACCTAAGAAAACTATGTCTTCTCTCTCACTGTTCTTGTTGTA
CTATATATATACAATAGTATGTGTTCTCTTTGTCTGGTTCCATGCAGAGCATTAATAAGA
CTATCCTTCTTTT

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

CO CL7345Contig1 725 2 1 U
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GGTCTAAAACTATCAGAAACAGAACCACCGAGAGATATGGATTGTTCATTCATAAGCATA
AACGATCTCCAAAGAATGTTCCAAATGCTCGACAAGAACCAAGACGGTCTAGTGACCCTC
GACGAGCTTCATTGGATTCTAGAGAGACTCGGCTGGTCCGAACACACTCCCGAAGAACTC
GAACTTTTCGTTGGGAAAAAGAGCCTCGACTTAGAGGAATTCCTTCGGTTTTACGACGAC
GCCGTTTCTAATAGGAAGGAAACAAAGAGCAATAGTGTTGTTGATAATGACGATGATGCT
ATTGTGAGTGCGTTTAATGTGTTCGATGTGAACGGAGACGGTTATATTTCGTCGGAGGAG
CTTCGAACGGTGTTGGAACGGCTCGGATTTGAGGAGGAGACAAAGAGTTGGGATTGTGGG
AGGATGATTCGAGCTCATGACAAGAATCTTGATGGTGTTATTGATATTGAAGAGTTTAAG
AACATGATGTTACATGTCCAATGATGCTTGCATATGTGTGTATAGTCCGGTGACATGTTT
TGTGTGTTGTGTGTAAACTCCTTAAAGTAAGTATATATGCTTATATGTTATGTGTTAATG
TAAAATATATACATCTCTGTTACTTTTTTACCTATCATATGTTAAGTATAGCCCGCATGG
TTGTG


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR3AV74JQ C 1
AF RR3AV74TF U 1
BS 1 725 RR3AV74TF

RD RR3AV74JQ 725 0 0
GGATAGACGATAAATCTTGAAAATTTATTCAGATACAGAGTACCCAATTCCTAAACAAAA
GGTCTAAAACTATCAGAAACAGAACCACCGAGAGATATGGATTGTTCATTCATAAGCATA
AACGATCTCCAAAGAATGTTCCAAATGCTCGACAAGAACCAAGACGGTCTAGTGACCCTC
GACGAGCTTCATTGGATTCTAGAGAGACTCGGCTGGTCCGAACACACTCCCGAAGAACTC
GAACTTTTCGTTGGGAAAAAGAGCCTCGACTTAGAGGAATTCCTTCGGTTTTACGACGAC
GCCGTTTTTAATAGGAAGGAAACAAAGAGCAATAGTGTTGTTGATAATGACGATGATGCT
ATTGTGAGTGCGTTTAATGTGTTCGATGTGAACGGAGACGGTTATATTTCGTCGGAGGAG
CTTCGAACGGTGTTGGAACGGCTCGGATTTGAGGAGGAGACAAAGAGTTGGGATTGTGGG
AGGATGATTCGAGCTCATGACAAGAATCTTGATGGTGTTATTGATATTGAAGAGTTTAAG
AACATGATGTTACATGTCCAATGATGCTTGCATATGTGTGTATAGTCCGGTGACATGTTT
TGTGTGTTGTGTGTAAACTCCTTAAAGTAAGTATATATGCTTATATGTTATGTGTTAATG
TAAAATATATACATCTCTGTTACTTTTTTACCTATCATATGTTAAGTATAGCCCGCATGG
TTGTG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3AV74TF 725 0 0
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GGTCTAAAACTATCAGAAACAGAACCACCGAGAGATATGGATTGTTCATTCATAAGCATA
AACGATCTCCAAAGAATGTTCCAAATGCTCGACAAGAACCAAGACGGTCTAGTGACCCTC
GACGAGCTTCATTGGATTCTAGAGAGACTCGGCTGGTCCGAACACACTCCCGAAGAACTC
GAACTTTTCGTTGGGAAAAAGAGCCTCGACTTAGAGGAATTCCTTCGGTTTTACGACGAC
GCCGTTTCTAATAGGAAGGAAACAAAGAGCAATAGTGTTGTTGATAATGACGATGATGCT
ATTGTGAGTGCGTTTAATGTGTTCGATGTGAACGGAGACGGTTATATTTCGTCGGAGGAG
CTTCGAACGGTGTTGGAACGGCTCGGATTTGAGGAGGAGACAAAGAGTTGGGATTGTGGG
AGGATGATTCGAGCTCATGACAAGAATCTTGATGGTGTTATTGATATTGAAGAGTTTAAG
AACATGATGTTACATGTCCAATGATGCTTGCATATGTGTGTATAGTCCGGTGACATGTTT
TGTGTGTTGTGTGTAAACTCCTTAAAGTAAGTATATATGCTTATATGTTATGTGTTAATG
TAAAATATATACATCTCTGTTACTTTTTTACCTATCATATGTTAAGTATAGCCCGCATGG
TTGTG

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

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AAGCTGTTCATAACAGTGGAGGCGATTCATCTGATGCCTTAGATATTATTCCAGAGGATC
CTGATCTTACCGAGGATCTTAAGAACCTAACAATAAAACGAGCCTTTGATACGAAGAAAC
TCTCACCTAAAGTCACCAAACGTGTTCTGTTTCTCAAGGACATTCAGGTCAAACACGACG
AACTCGAGGAGAAGTTTCTTCAAGAAAAATCTGCATTGGAAGCAAAATACAACAATTTCT
ACAGGCCGCTTTTTGATAAGAGATATGAAATTGTGAATGGTGTGGCTGAAGCTGAGACGG
AGAAAGGAGGAGTACCTAACTTCTGGTTGATTGCAATGAAAACCAACGAGATGCTAGCAA
ACGAGATAACCGAAAGAGATGAGGGAGCTTTGAAGTATCTCAAAGACATCAGATGTTGCA
GAGTAGAAAACAGTTCAAGAAACTTCAAGCTGGAGTTTCTCTTTGATCCTAATCCTTACT
TCAAGAACTCGGTTCTGTCTAAAACTTACCATGTGACCGATGACGATGATGATGGCCCTG
TTCTTGATAAAGTGATTGGAACGGAGATAGAATGGTGTCCAGGTAAGTGTTTGACTCATA
AAGTTGTTGTCAAGAAGAGGCCAAAGAAAGGGGACAAAGAAAGTGAACAACATCCCCATG
ACTAAAACCGAAAACTGCGAGAGTTTCTTTAACTTCTTCAAGCCCCCTGAGATTGATGAA
GTTGATGAATGTTTTACAACTATGGATGAAGAACTCCAAAACCTGACGGATCAGGATTAT
GACATTGCTGTGACAATCAGAGACAAACTGATCCCTCACGCGGTTTCATGGTTTACTGGA
GAGGCTCTTGCTGATGAAGATGAATATGATGATGATGATGAGAATGATGACTAAATAAAA
GAAAAGACGCGCCAAGAGTTTCAAGAATTTTTTACACATGAAGAAGTGATTTTAGAGAGA
AGACTTCATGCTCCAAGCACTTAAGCTTAAAACATCAACATTTTGAGATCCATTGTTAAA
TACAAAGAGATGTGTATTTTCTCCTATTGCCAATTTTGGGTAAACTCTTGAGGTAATGCA
TGTTTTCCCTTTCCCCCC


BQ
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AF RR3AH22TF U 1
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BS 1 770 RR3AH22TF
BS 771 1158 RR3AH22JQ

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TCTCACCTAAAGTCACCAAACGTGTTCTGTTTCTCAAGGACATTCAGGTCAAACACGACG
AACTCGAGGAGAAGTTTCTTCAAGAAAAATCTGCATTGGAAGCAAAATACAACAATTTCT
ACAGGCCGCTTTTTGATAAGAGATATGAAATTGTGAATGGTGTGGCTGAAGCTGAGACGG
AGAAAGGAGGAGTACCTAACTTCTGGTTGATTGCAATGAAAACCAACGAGATGCTAGCAA
ACGAGATAACCGAAAGAGATGAGGGAGCTTTGAAGTATCTCAAAGACATCAGATGTTGCA
GAGTAGAAAACAGTTCAAGAAACTTCAAGCTGGAGTTTCTCTTTGATCCTAATCCTTACT
TCAAGAACTCGGTTCTGTCTAAAACTTACCATGTGACCGATGACGATGATGATGGCCCTG
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AAGTTGTTGTCAAGAAGAGGCCAAAGAAAGGGGACAAAGAAAGTGAACAACATCCCCATG
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QA 1 770 1 770
DS 

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AACTGCGAGAGTTTCTTTAATTTTTTCAAGCCCCCTGAGATTGATGAAGTTGATGAATGT
TTTACAACTATGGATGAAGAACTCCAAAACCTGACGGATCAGGATTATGACATTGCTGTG
ACAATCAGAGACAAACTGATCCCTCACGCGGTTTCATGGTTTACTGGAGAGGCTCTTGCT
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CAAGAGTTTCAAGAATTTTTTACACATGAAGAAGTGATTTTAGAGAGAAGACTTCATGCT
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TGTATTTTCTCCTATTGCCAATTTTGGGTAAACTCTTGAGGTAATGCATGTTTTCCCTTT
CCCCCC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

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CACTCTGCTCAGCTTCTGCCTCAATGGTGGTTCTTCCGGCATGGATTTTAGCTATGATGT
GTACTCTTCTTCGTTGGAGCAATGGAGAACAGTACACACGACAAGATCTCATCTCTCTCC
AGATCGGAAGAAATCGAATGGAACAAGCACGCAGTGACGAATCCAGATGAAGTAGCTGAC
GAAGTTACCGCCTTGGCTGAAATGTGGAACCGGAGAAGGTAAGACATCACTTGTCTCGGC
AATGTTGGGAGAGTTGTCTCATGATGAAACCTCAAACGTTGTTATTAGAGGCTCTGTAGC
TTATGATCCTCAAGTTTCATGGATCTTCAATGCCACTGTGCGTGAAAACATTATTTGGTT
CGGATTTTGAACCGGAAAGATACTGGAGAGCTATTGAAGTGACTGCATTACTCAGGGACG
TGATCTTACAGAGATTGGAGAACGTGGGGGTGAATATCAGCGGAGGGCAGAAGCAGAGAG
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TTGATCCTGAGTGTTTGGTTGCTGGCAAAGATGTTGTGGAAGGTAGAGACTAGAGAGTAA
ATCTGGTTGTTGCAGTCTTCAACGAGCAAAGAATATGTGAAAGACTTTATTTATTTGAAT
ATGATTTGAAACTTGTTTAGTGTTGTGGTTTGTTTCAAACTTTTAAACGTATTTTGTG


BQ
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AF RR3BS33TF U 1
AF RR3BS33JQ C 1
BS 1 625 RR3BS33TF
BS 626 838 RR3BS33JQ

RD RR3BS33TF 625 0 0
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CACTCTGCTCAGCTTCTGCCTCAATGGTGGTTCTTCCGGCATGGATTTTAGCTATGATGT
GTACTCTTCTTCGTTGGAGCAATGGAGAACAGTACACACGACAAGATCTCATCTCTCTCC
AGATCGGAAGAAATCGAATGGAACAAGCACGCAGTGACGAATCCAGATGAAGTAGCTGAC
GAAGTTACCGCCTTGGCTGAAATGTGGAACCGGAGAAGGTAAGACATCACTTGTCTCGGC
AATGTTGGGAGAGTTGTCTCATGATGAAACCTCAAACGTTGTTATTAGAGGCTCTGTAGC
TTATGATCCTCAAGTTTCATGGATCTTCAATGCCACTGTGCGTGAAAACATTATTTGGTT
CGGATTTTGAACCGGAAAGATACTGGAGAGCTATTGAAGTGACTGCATTACTCAGGGACG
TGATCTTACAGAGATTGGAGAACGTGGGGGTGAATATCAGCGGAGGGCAGAAGCAGAGAG
TGTCAATGGCTAGGGCAGTCTACTCAAATTCAGATGTTTACATATTCGACGATCCTTTGA
GTGCTTTAGATGCTCACGTTGCTCA

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3BS33JQ 838 0 0
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CACTCTGCTCAGCTTCTGC*TCAATGGTGGTTCTTCCGGCATGGATTTTAGCTATGATGT
GTACTCTTCTTCGTTGGAGCAATGGAGAACAGTACACACGACAAGATCTCATCTCTCTCC
AGATCGGAAGAAATCGAATGGAACAAGCACGCAGTGACGAATCCAGATGAAGTAGCTGAC
GAAGTTACCGCCTTGGCTGAAATGTGGAACCGGAGAAGGTAAGACATCACTTGTCTCGGC
AATGTTGGGAGAGTTGTCTCATGATGAAACCTCAAACGTTGTTATTAGAGGCTCTGTAGC
TTATGATCCTCAAGTTTCATGGATCTTCAATGCCACTGTGCGTGAAAACATTATTTGGTT
CGGATTTTGAACCGGAAAGATACTGGAGAGCTATTGAAGTGACTGCATTACTCAGGGACG
TGATCTTACAGAGATTGGAGAACGTGGGGGTGAATATCAGCGGAGGGCAGAAGCAGAGAG
TGTCAATGGCTAGGGCAGTCTACTCAAATTCAGATGTTTACATATTCGACGATCCTTTGA
GTGCTTTAGATGCTCACGTTGCTCAGCAGGTATTTAATTTATTTATTCTTTACTTATAGG
TTGATCCTGAGTGTTTGGTTGCTGGCAAAGATGTTGTGGAAGGTAGAGACTAGAGAGTAA
ATCTGGTTGTTGCAGTCTTCAACGAGCAAAGAATATGTGAAAGACTTTATTTATTTGAAT
ATGATTTGAAACTTGTTTAGTGTTGTGGTTTGTTTCAAACTTTTAAACGTATTTTGTG

QA 1 838 1 838
DS 



AS 1 2

CO CL7348Contig1 948 2 2 U
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CTCTCCCGAGACCATAGCAGCGGCTCCTCTTCCGCCACCAGATCTGTCCCTTGTGCAGAT
CTTTCACGTTTCGATTCTTACCACCGTAGTAGCCTTATAAGAGGTTTCTCTTCTCAAGTC
CTTACCCAAGGGAATGAGGTAGGTTTTGGTTCGGAACCAGCCACCGTAGAGGCTGTCAAA
ACACCCAACTCAAAGATTGTCTATGATGACCACAACCATGAGCGTTACCCACCTGGTGAT
CCTAGCAAGCGTGCCTTTGCTTATTTCGTCCTTTCCGGTGGGAGGTTTGTCTACGCCTCT
GTACTCCGCCTTCTCGTTCTCAAGCTTATTGTCAGCATGTCTGCAAGTAAAGATGTCCTT
GCACTTGCATCCCTCGAGGTTGACCTCGGTAGCATCGAACCGGGAACCACTGTCACGGTG
AAGTGGCGTGGAAAGCCCGTCTTCATCAGGAGAAGGACGGAAGATGACATCAAGCTGGCC
AATAGTGTTGATCTTGCATCTCTGAGAGACCCACAGGAAGATGCGGTGAGGGTGAAGAAC
CCGGAATGGCTAGTGGTGGTTGGAGTCTGCACTCACCTGGGATGCGTCCCCTTGCCGAAT
GCTGGTGATTACGGAGGTTGGTTTTGTCCGTGTCATGGTTCGCATTATGATATTTTTGGA
AGGATTAGGAAAGGACCTGCCCCGTATAACCTGGAAGTACCAACATACAGCTTTTTGGAA
GAGAACAAGTTACTCATTGGTTGATGAATAAAAAAAAGCACAACAGTAAGCTTTTTTTTA
TTTTTATTCCAGCAATTTAGAGGGAAGATTGTTTTGTTTTTTTTTGCTGAATAATAAAAA
AAACATGTAACTCGAGCAGCTCTGTTTTTTCGATGATGATGATGGTGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DQ74TF U 1
AF RR3DQ74JQ C 431
BS 1 669 RR3DQ74TF
BS 670 948 RR3DQ74JQ

RD RR3DQ74TF 669 0 0
GGAGGGAGAAGGCTTTTATCTGTATCGCAGAGATCTTCCACTGCGACCTCCTCCTTCGCT
CTCTCCCGAGACCATAGCAGCGGCTCCTCTTCCGCCACCAGATCTGTCCCTTGTGCAGAT
CTTTCACGTTTCGATTCTTACCACCGTAGTAGCCTTATAAGAGGTTTCTCTTCTCAAGTC
CTTACCCAAGGGAATGAGGTAGGTTTTGGTTCGGAACCAGCCACCGTAGAGGCTGTCAAA
ACACCCAACTCAAAGATTGTCTATGATGACCACAACCATGAGCGTTACCCACCTGGTGAT
CCTAGCAAGCGTGCCTTTGCTTATTTCGTCCTTTCCGGTGGGAGGTTTGTCTACGCCTCT
GTACTCCGCCTTCTCGTTCTCAAGCTTATTGTCAGCATGTCTGCAAGTAAAGATGTCCTT
GCACTTGCATCCCTCGAGGTTGACCTCGGTAGCATCGAACCGGGAACCACTGTCACGGTG
AAGTGGCGTGGAAAGCCCGTCTTCATCAGGAGAAGGACGGAAGATGACATCAAGCTGGCC
AATAGTGTTGATCTTGCATCTCTGAGAGACCCACAGGAAGATGCGGTGAGGGTGAAGAAC
CCGGAATGGCTAGTGGTGGTTGGAGTCTGCACTCACCTGGGATGCGTCCCCTTGCCGAAT
GCTGGTGAT

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3DQ74JQ 518 0 0
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TAGTGGTGGTTGGAGTCTGCACTCCCCTGGGATGCGTCCCCTTGCCGAATGCTGGTGATT
ACGGAGGTTGGTTTTGTCCGTGTCATGGTTCGCATTATGATATTTTTGGAAGGATTAGGA
AAGGACCTGCCCCGTATAACCTGGAAGTACCAACATACAGCTTTTTGGAAGAGAACAAGT
TACTCATTGGTTGATGAATAAAAAAAAGCACAACAGTAAGCTTTTTTTTATTTTTATTCC
AGCAATTTAGAGGGAAGATTGTTTTGTTTTTTTTTGCTGAATAATAAAAAAAACATGTAA
CTCGAGCAGCTCTGTTTTTTCGATGATGATGATGGTGA

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 2

CO CL7349Contig1 638 2 1 U
AGAAACTAAATAATCTTTCAATTAATGTTTGGAACTCAAACTGACAATTAATTGTGATTA
TGTTTTCAAAATAGGATCTACATGAACTAAGACTTCCCCATTAACAATATTTATGAAACT
CATTGCCAGGAGGAGCTAAGATCAATCGCTTGGACACTGTCCTGTTTCCCAAAAATCCGA
TCAGCCACTAACTAAGATCACTCTTTGGAGTTTTTAACAAGACAAGAAGCCCAGATCTCA
TTAGCTGGTGGTGGCGATGGCTGCACCCAGTGTCCAGGAATCCGGCTTCCTCCGGGACTC
AGATATACATCCCATTCTCGTCTGATCTCAATAAGTCTACCCATGTCCAAATTGCTTCCG
TAGTAGTAGTGATAACACTCGACCGGTAAATTTGATACATTGTCGACACCATTGTCAGGA
GGAGTTTCTATTGTCTTTTCACAAAACGACGCTGCGACAGTATTGCTTTCTTTATCCGTG
TCTATGTTGATGATCTTGTTATCCGTTGTTAGCGTAGTGTCTTCCACAGAGGCAATGGCA
TTCTCTTCGACCTCTGTGTTGGTTACGGACTGAGCTTGATTCTCCTCTTGCTCCACCGCA
GCTCGAACGCTCTCAAAGAACTTTTCATCTTCTTCCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H663JQ U 1
AF RR3FP77JQ U 14
BS 1 638 RR3H663JQ

RD RR3H663JQ 638 0 0
AGAAACTAAATAATCTTTCAATTAATGTTTGGAACTCAAACTGACAATTAATTGTGATTA
TGTTTTCAAAATAGGATCTACATGAACTAAGACTTCCCCATTAACAATATTTATGAAACT
CATTGCCAGGAGGAGCTAAGATCAATCGCTTGGACACTGTCCTGTTTCCCAAAAATCCGA
TCAGCCACTAACTAAGATCACTCTTTGGAGTTTTTAACAAGACAAGAAGCCCAGATCTCA
TTAGCTGGTGGTGGCGATGGCTGCACCCAGTGTCCAGGAATCCGGCTTCCTCCGGGACTC
AGATATACATCCCATTCTCGTCTGATCTCAATAAGTCTACCCATGTCCAAATTGCTTCCG
TAGTAGTAGTGATAACACTCGACCGGTAAATTTGATACATTGTCGACACCATTGTCAGGA
GGAGTTTCTATTGTCTTTTCACAAAACGACGCTGCGACAGTATTGCTTTCTTTATCCGTG
TCTATGTTGATGATCTTGTTATCCGTTGTTAGCGTAGTGTCTTCCACAGAGGCAATGGCA
TTCTCTTCGACCTCTGTGTTGGTTACGGACTGAGCTTGATTCTCCTCTTGCTCCACCGCA
GCTCGAACGCTCTCAAAGAACTTTTCATCTTCTTCCGG

QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3FP77JQ 621 0 0
TCTTTCAATTAATGTTTGGAACTCAAACTGACAATTAATTGTGATTATGTTTTCAAAATA
GGATCTACATGAACTAAGACTTCCCCATTAACAATATTTATGAAACTCATTGCCAGGAGG
AGCTAAGATCAATCGCTTGGACACTGTCCTGTTTCCCAAAAATCCGATCAGCCACTAACT
AAGATCACTCTTTGGAGTTTTTAACAAGACAAGAAGTCCAGATCTCATTAGCTGGTGGTG
GCGATGGCTGCACCCAGTGTCCAGGAATCCGGCTTCCTCCGGGACTCAGATATACATCCC
ATTCTCGTCTGATCTCAATAAGTCTACCCATGTCCAAATTGCTTCCGTAGTAGTAGTGAT
AACACTCGACCGGTAAATTTGATACATTGTCGACACCATTGTCAGGAGGAGTTTCTATTG
TCTTTTCACAAGACGACGCTGCGACAGTATTGCTTTCTTTATCCGTGTCTATGTTGATGA
TCTTGTTATCCGTTGTTAGCGTAGTGTCTTCCACAGAGGCAATGGCATTCTCTTCGACCT
CTGTGTTGGTTACGGACTGAGCTTGATTCTCCTCTTGCTCCACCGCAGCTCGAACGCTCT
CAAAGAACTTTTCATCTT
TTT

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 2

CO CL7350Contig1 467 2 3 U
GAACTCCACCGTGCCCACCGCCACCACCAACACCAACTCCACCTAAACCAGAAACTTGCC
CAATCGACACATTGAAGCTAGGCGCTTGTGTGGACGTTCTTGGAGGTTTGATTCACATCG
GGCTTGGTGGAAGTAACGCCAAGAAAGAGTGTTGTCCGGTTTTGGGAGGTTTACTTGACT
TAGACGCAGCCGTTTGTCTATGTACCACCATTAAAGCCAAACTTCTCAACCTCGACCTTA
TTATCCCCATTGCTCTTGAGCTTCTTATCGACTGTGGAAAGACTCCACCACCTGGCTTCA
AATGTCCCTCTTGATGAATGAAGTGTCTCTCTATCGTGTTTTTTTTTCTTTCTTTCTTTC
AAGAATTTTATGTTTGATAATCTCTTTGGGCAATGGGAGGTTAGTTTTCGTGTGTGAGAC
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BQ
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AAGAATTTTATGTTTGATAATCTCTTTGGGCAATGGGAGGTTAGTTTTCGTGTGTGAGAC
CTTTAATCACTTGTTTTAATGTACAATAAATGGGTATGTTTGGGTTT

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DS 

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QA 1 108 1 108
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AB37TF U 1
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AAGATGGACAGTAACGTATGCGAAGAAATCTAAATCTCCTTTTTTCCAGTTCCACAAATT
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CATCGTAGATCCACTCATCATTTCAAATATTACACGCTTGAATCACTTCTTAGTAAATCA
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QA 1 757 1 757
DS 

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CTTTGTATTGCTCGGGGACAGTGAGTTACCGGGAGACATCGTAGATCCACTCATCATTTC
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CATACAGTCCCCGTATATTCGAGACCTGCAGCGAGAATTGGACCAGACTCCTGCAAAACT
CCTCAGCGATAAGCTGAACTTTATTTATTTTCGCGAAACCCTCAATTTAAAAACTCGAGT
GAATGAGTGGTATATGCAGAATTTGGGGGTTCCTGGCCCTGCTAATTTTCTTCAAGAATA
TGAAGAAAAATGTTACTCTAACTATGTTAGAGTGATGGAAATCCCCACACCCCTGGAAGA
ATGGAATTTGACATTTTTATTGACTATTACTACTATCGGTATTATATTATTCTTTTTCCT
ATTTTTGGGTATG

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

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TCTTGGGTGAACTACTAGAAGATGTTGATCTTTCTGTCAAGACTTTGTCTCAAGATATCA
TCACACAGTTGGAAGAGATGAGTGGTGAAGATCCGGCACAACACCTCTGATATAACCAAT
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GGTAAAAATTCCTACATTCACAAACGCATCTATTTTTGCATAATAAAAGAAAGTAGAATC
GTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3F341TF U 1
AF RR3F341JQ C 1
BS 1 610 RR3F341TF
BS 611 725 RR3F341JQ

RD RR3F341TF 610 0 0
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TTCAAGAATCAGATGACACTATACCACCAAAAAGCTGGCATCTTAGGGCGTTGGTGCTTT
CTTCTTTGAAGAACTGCTTTTTGCATGATACTGGAAGTTCGAAGTTCCTCGACGCAAACA
ACTTCCAGATGCTACTGAAGCCTATAGTATCACAGCTTGTTGTTGAACCTCCATCTGAAC
TAAAGGAGCGTCTACACGTACCATCTGTAGAAGAGGTGGATGAGTTGGTGGTTTCATGTA
TTGGTCAGATGGCAGTGGCATCTGGCTCTGACTTACTCTGGAAACCGTTGAACCACGAGG
TGCTAATGCAAACAAGGAGTGAGAAGTTGCGGGAGAGGATGTTGAGTTTGAGGAGTGTGA
AACAGATGATGGATAATCTGAAAGAAGAGTATCTTGTGTTACTAGCTGAGACTATTCCTT
TCTTGGGTGAACTACTAGAAGATGTTGATCTTTCTGTCAAGACTTTGTCTCAAGATATCA
TCACACAGTTGGAAGAGATGAGTGGTGAAGATCCGGCACAACACCTCTGATATAACCAAT
TGGAATTTGA

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3F341JQ 725 0 0
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CTTCTTTGAAGAACTGCTTTTTGCATGATACTGGAAGTTCGAAGTTCCTCGACGCAAACA
ACTTCCAGATGCTACTGAAGCCTATAGTATCACAGCTTGTTGTTGAACCTCCATCTGAAC
TAAAGGAGCGTCTACACGTACCATCTGTAGAAGAGGTGGATGAGTTGGTGGTTTCATGTA
TTGGTCAGATGGCAGTGGCATCTGGCTCTGACTTACTCTGGAAACCGTTGAACCACGAGG
TGCTAATGCAAACAAGGAGTGAGAAGTTGCGGGAGAGGATGTTGAGTTTGAGGAGTGTGA
AACAGATGATGGATAATCTGAAAGAAGAGTATCTTGTGTTACTAGCTGAGACTATTCCTT
TCTTGGGTGAACTACTAGAAGATGTTGATCTTTCTGTCAAGACTTTGTCTCAAGATATCA
TCACACAGTTGGAAGAGATGAGTGGTGAAGATCCGGCACAACACCTCTGATATAACCAAT
TGGAATTTGAAGGTTGTTACATATCAAATTTGTTGGTACTGACTGTTGTCACAATGACTC
GGTAAAAATTCCTACATTCACAAACGCATCTATTTTTGCATAATAAAAGAAAGTAGAATC
GTTTG

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL7353Contig1 733 2 2 U
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CAAACTGTAGAGAACACAAGTAGGATAGTTGGGACCTACGGGTATATGGCTCCCGAGTAT
GCAATGCAAAGTCAATACTCAGTAAAATCTGATGTGTATAGCTTTGGAGTGTCGGTACTT
GAGATAATAAGTGGCAAGAAGAATAGTAGCTTTTACCAGGCAGACGGTGCACATGACTTG
CTCTCATATGCTTGGAGGCTTTGGAGGAACGGGACACCATTAGAGCTCATGGATCCAGTA
CTTGTAAATAATTTCCAGATGACTGAAGTGGTTCGATGCATCCACATTGGTCTTCTATGT
GTTCAAGAAGATCATGTTGACCGTCCGACCATATCGACCATTGTTCTCATGCTTACTAGT
AACATTACTTTGCCGGATCCTGGTGAACCAGGGCTTTTCTTTCAGAGTACATCCACAAAC
GACCCGCTTGATTCAGATCAATCTATGAAAAGCAAGTCTGTTCCTTGGTCAGTTGCCGAA
GTCTCGTTCACCGATTTATATCCTCGGTGAAGTGAAATGCTTACCTTCATGCTTGATCCC
TGAATAAACTGGTGGTAATGAACATTAGTGTAAAACTTGTTTCGTCATAGAATGTTTCTA
TGTAACTGTAAAGACTATATATGTCTCTATGCATATAAGACATGATCGTCTACAAGTCAA
GTCACTTTTCTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DQ63JQ C 1
AF RR3DQ63TF U 1
BS 1 721 RR3DQ63TF
BS 722 733 RR3DQ63JQ

RD RR3DQ63JQ 733 0 0
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TGAATAAACTGGTGGTAATGAACATTAGTGTAAAACTTGTTTCGTCATAGAATGTTTCTA
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GTCACTTTTCTCT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3DQ63TF 721 0 0
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GAGATAATAAGTGGCAAGAAGAATAGTAGCTTTTACCAGGCAGACGGTGCACATGACTTG
CTCTCATATGCTTGGAGGCTTTGGAGGAACGGGACACCATTAGAGCTCATGGATCCAGTA
CTTGTAAATAATTTCCAGATGACTGAAGTGGTTCGATGCATCCACATTGGTCTTCTATGT
GTTCAAGAAGATCATGTTGACCGTCCGACCATATCGACCATTGTTCTCATGCTTACTAGT
AACATTACTTTGCCGGATCCTGGTGAACCAGGGCTTTTCTTTCAGAGTACATCCACAAAC
GACCCGCTTGATTCAGATCAATCTATGAAAAGCAAGTCTGTTCCTTGGTCAGTTGCCGAA
GTCTCGTTCACCGATTTATATCCTCGGTGAAGTGAAATGCTTACCTTCATGCTTGATCCC
TGAATAAACTGGTGGTAATGAACATTAGTGTAAAACTTGTTTCGTCATAGAATGTTTCTA
TGTAACTGTAAAGACTATATATGTCTCTATGCATATAAGACATGATCGTCTACAAGTCAA
G

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL7354Contig1 610 2 2 U
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GTCCCATTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3HB10JQ C 1
AF RR3HB10TF U 1
BS 1 608 RR3HB10TF
BS 609 610 RR3HB10JQ

RD RR3HB10JQ 610 0 0
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GTTTTATTTCGCGTATTAGGTGTAGAAGAGATTTTGTTGCATAACGTTTTCGAAATATAA
GTCCCATTCG

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3HB10TF 608 0 0
GCTATCAGTTTGTTAGACAGAGTGGGAGAGAGAAGAGGACAAGAGTGTTTATTTCAATGG
AAGGGATAACAGAAGGAGTAAAGAGCATGAGTTTGGGAGTTGATAACCAGAAGAAGAATC
GGATTCAGGTTTCCCACACCAAGAAACCATTGTTCTTCTATGTCAATCTCGCCAAGAGGT
ACATGCAGCAGTACGCAGATGTGGAGTTGTCTGCACTTGGAATGGCTATTGCTACTGTTG
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TGACTGTGGATATCAAGGACGATTCAAGAGGACGTCCTGTGCAAAAAGCCAAGATTGAGA
TAACGCTCGCCAAGTCTGACAAGTTTGATGAGTTAATGGCTGCGGCCAATGAGGAAAAGG
AGGCTGCAGAAGCACAAGTGCAGAACTGATATCTTCTTTTTTTGGTTTGTGTTTCTGTCG
AATATCTGATTTCTTTGTTCTTAGCTCCCTACGCTGCTTAATGTTAGAACACTTTGATTT
GTTTTATTTCGCGTATTAGGTGTAGAAGAGATTTTGTTGCATAACGTTTTCGAAATATAA
GTCCCATT

QA 1 608 1 608
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7356Contig1 1065 2 4 U
GGGTGAGTGTGTGGAGTGGGAGAGTGAGTGAAGAAGGGCGAAGAGCGAAAGAAACATCAC
TCGCTTACAAATAAAATCATCCAAAATTTTGAGATTTTCTTCTTCAGATTTCTTCGTTTC
AGGATCGCTCAACAGATCCACCAAGCTTTGATTCAAGTGTGACAATAAAGAAAGCATGAG
TAACTCGGTGGTTCATCACTTACTTAACCGAGGTTTCACTCGTCCTGTGAGTTTTGAACA
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GGGTACACAGTTATACGGGGAAAGGTGTTAAAAAGACAGGACGGAGGCTGATCACTGGAA
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CAGTGGAGAAATTTAATCTTGACGGAAACATTGACTTACTGGTTGAAGTCACTTCTACAA
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GTGCAATACGTGACAACAATGAGAAATGGGTTCTACCTTCTCGCTCACCGGATAGAACTA
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TTAAAGTAGAGATAGATGATCCTGCCATACACGCTATCGAGTTTCTTATATTTGACGAAA
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CTAGTGAACAGGAGTCACAGAAAAAAGTTTCCAAGCAACCGAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AA58TF U 1
AF RR3AA58JQ C 281
BS 1 319 RR3AA58TF
BS 320 320 RR3AA58JQ
BS 321 783 RR3AA58TF
BS 784 1065 RR3AA58JQ

RD RR3AA58TF 783 0 0
GGGTGAGTGTGTGGAGTGGGAGAGTGAGTGAAGAAGGGCGAAGAGCGAAAGAAACATCAC
TCGCTTACAAATAAAATCATCCAAAATTTTGAGATTTTCTTCTTCAGATTTCTTCGTTTC
AGGATCGCTCAACAGATCCACCAAGCTTTGATTCAAGTGTGACAATAAAGAAAGCATGAG
TAACTCGGTGGTTCATCACTTACTTAACCGAGGTTTCACTCGTCCTGTGAGTTTTGAACA
TCGTAACAAGCTCAACTCTTCTTCCCTTCCTGCTGTGGGGAACATTGGCAGATCTAGTCT
GGGTACACAGTTATACGGG*AAAGGTGTTAAAAAGACAGGACGGAGGCTGATCACTGGAA
CAGGAAGACCTGTCTCTTTTGTTACACAAGCTGTCCTTGCCATGGATCCTGCTTCTCAGA
CAGTGGAGAAATTTAATCTTGACGGAAACATTGACTTACTGGTTGAAGTCACTTCTACAA
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GTGCAATACGTGACAACAATGAGAAATGGGTTCTACCTTCTCGCTCACCGGATAGAACTA
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TTAAAGTAGAGATAGATGATCCTGCCATACACGCTATCGAGTTTCTTATATTTGACGAAA
GTCGGAACAAATGGTACAAAAGCAATGGTCAAAATTTTCGTATAAACTTACCCACGGAAA
GGA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3AA58JQ 785 0 0
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ACGGAGGCTGATCACTGGAACAGGAAGACCTGTCTCTTTTGTTACACAAGCTGTCCTTGC
CATGGATCCTGCTTCTCAGACAGTGGAGAAATTTAATCTTGACGGAAACATTGACTTACT
GGTTGAAGTCACTTCTACAAATGTAAGAGAAGTGAATATCCAGATAGCTCATACAAGTGA
CTCATTGCTTCTCCACTGGGGTGCAATACGTGACAACAATGAGAAATGGGTTCTACCTTC
TCGCTCACCGGATAGAACTATAAACTACAAGAACAGGGCGCTTAGAACTCCATTTGTGAA
ATCAGGTGGCAACTCTTACCTTAAAGTAGAGATAGATGATCCTGCCATACACGCTATCGA
GTTTCTTATATTTGACGAAAGTCGGAACAAATGGTACAAAAGCAATGGTCAAAATTTTCG
TATAAACTTACCCACGGAAAGGAACGTGGATCACAATGTGTCTGTTCCTGAGGATCTTGT
ACAAATCCAATCATATCTTAGATGGGAGCGTAATGGTAAACAAAATTACAGCCCTGAGAA
AGAGAAGGAGGAGTATGAAGCCGCCCGTACGGAGCTACGGGAGGAAATGATGAGAGGTGC
TTCAGTGGAAGATCTCCGCGCAAAGCTGATGAAGAAAGATAACAACACCAGTGAATCTAC
AAAATCTAAGGGGACTTCATCTAGTGAACAGGAGTCACAGAAAAAAGTTTCCAAGCAACC
GAAGC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

CO CL7357Contig1 743 2 9 U
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TTTACGCCTCTGTTCTCCGCCTTCTTGTTCTGAAGCTCATTGTCAGCATGTCAGCAAGTA
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CTTTGCCTAATGCTGGTGACTACGGTGGTTGGTTTTGTCCGTGTCACGGCTCACATTATG
ACATCTCAGGAAGGATTAGGAAAGGTCCTGCACCGTATAACCTGGAAGTACCAACCTACA
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CGGTTGTCTCTGTCTCAAAGATTCTCATCTGTTATAATTTTTTTCTTAAATACTCTGGCA
ATTTACAGCAAGATTGTCTTGGTTTTTTGCTGAATAATAAAAACTTGTTCACATTTACGT
TACAAGAAAAATCCGTTGGTATC


BQ
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AF RR3GQ56JQ C 1
AF RR3CC70TF U 372
BS 1 372 RR3GQ56JQ
BS 373 408 RR3CC70TF
BS 409 409 RR3GQ56JQ
BS 410 500 RR3CC70TF
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BS 719 723 RR3CC70TF
BS 724 743 RR3GQ56JQ

RD RR3GQ56JQ 743 0 0
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CGCCTGGTGACCTTAGCAAGCGCGCATTCGCCTACTTTGTCTTATCAGGCGGGAGGTTTG
TTTACGCCTCTGTTCTCCGCCTTCTTGTTCTGAAGCTCATTGTCAGCATGTCAGCAAGTA
AAGACGTCCTTGCTCTTGCATCCCTGGAGGTTGACCTCGGGAGCATCGAACCGGGAACCA
CTGTGACAGTGAAGTGGCGTGGGAAGCCCGTCTTCATCAGGAGAAGAACAGAGGATGATA
TCAAGCTGGCCGATAGCGTGGATCTTGGATCTCTGAGGGATCCGCAGGAAGACTCGGCCA
GAGTCAAGAATCCGGAGTGGTTAGTGGTTGTTGGAGTCTGCACTCACCCGGGGTGCATCC
CTTTGCCTAATGCTGGTGACTACGGTGGTTGGTTTTGTCCGTGTCACGGCTCACATTATG
ACATCTCAGGAAGGATTAGGAAAGGTCCTGCACCGTATAACCTGGAAGTACCAACCTACA
GCTTCTTAGAAGAGAATAAGTTACTCATTGGTTAATGACGAATAAAAGCACCACAACAGA
CGGTTGTCTCTGTCTCAAAGATTCTCATCTGTTATAATTTTTTTCTTAAATACTCTGGCA
ATTTACAGCAAGATTGTCTTGGTTTTTTGCTGAATAATAAAAACTTGTTCACATTTACGT
TACAAGAAAAATCCGTTGGTATC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3CC70TF 352 0 0
G
CGGAGTGGTTAGTGGTTGTTGGAGTCTGCACTCACCTGGGGTGCATCCCTTTGCCTAATG
CTGGTGACTACGGTGGTTGGTTTTGTCCGTGTCACGGCTCACATTATGACATCTCAGGAA
GGATTAGGGAAGGTCCTGCACCGTATAACCTGGAAGTACCAACCTACAGCTTCTTAGAAG
AGAATAAGTTACTCATTGGTTAATGACGAATAAAAGCACCACAACAGACGGTTGTCTCTG
TCTCAAAGATTCTCATCTGTTATAATTTTTTTCTTAAATACTCTGGCAATTTACAGCAAG
ATTGTCTTGGTTTTTTGCTGAATAATAAAAACTTGTTCACATTTATGTTAC

QA 2 352 2 352
DS 



AS 1 2

CO CL7358Contig1 827 2 1 U
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AAGTCAAAAAAGGATATTTTCCTCGTTAATGTTCCAAAGATCTTTCTTTTTGTTTTTAGT
ATGTAATAACTAAAAGCTTACTCATTCCCGTGATCCCCACCAGGGTTTCTCGGTTTGTGA
TTCACGAGGACGTTTCTCGGCAAAACTTTTAGGGTCAATGTCGGCTCCACCGTCCGCTGA
CCGAGAATTACGGTCAGTTCTTTGTCCCGCCGGTAACAAGATGCAGCAGAAATCAAAGCC
GGTGAAGAAGCCTCTTTCTGACAACGCGAAAAGCCTAACCTTTACGGCCAAGAAAACGCC
TCTAAGCCCTTCGATTCTGAGGGGAAACGGTGTCTCCATGAACGCTTCGTATTCCTCCGA
GGCGTCTTCTTCGTGCGAGTCTTCGCCGTTGAGTATTGCGTCTTCTTCTAGCGGGAAGAG
GGCTTTGCGTCGTAGCGGGTCAAACTCTTCAAGTAAACTGACGGAGGAGAGAGGTGATTG
CTTCTCTGATGGTCGTAGAAGATGCGCTTGGATCACTCCCAAATCCGACCAATGTTACAT
TGCTTTTCACGATGAAGAGTGGGGAGTTCCTGTCCATGACGACAAGAAACTTTTCGAGTT
ATTAAGCCTGTCTGGTGCTCTTGCTGAGCTCTCATGGAAAGACATCCTTTCCAAAAGACA
ATTATTCAGACAAGTGTTCATGGACTTTGATCCTATTGCTATATCTGACTAACTAACAAA
AGAAACATCCCCTGAGATTGTCACCACCTCATTACTATCAGAGCAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3E035TF U 27
AF RR3AY44TF U 1
BS 1 827 RR3AY44TF

RD RR3E035TF 482 0 0
GG
GGGAAAGTCATCTCCTCCTTTAGGGTTCCTCCAAGTCAAAAAAGGATATTTTCCTCGTTA
ATGTTCCAAAGATCTTTCTTTTTGTTTTTAGTATGTAATAACTAAAAGCTTACTCATTCC
CGTGATCCCCACCAGGGTTTCTCGGTTTGTGATTCACGAGGACGTTTCTCGGCAAAACTT
TTAGGGTCAATGTCGGCTCCACCGTCCGCTGACCGAGAATTACGGTCAGTTCTTTGTCCC
GCCGGTAACAAGATGCAGCAGAAATCAAAGCCGGTGAAGAAGCCTCTTTCTGACAACGCG
AAAAGCCTAACCTTTACGGCCAAGAAAACGCCTCTAAGCCCTTCGATTCTGAGGGGAAAC
GGTGTCTCCATGAACGCTTCGTATTCCTCCGAGGCGTCTTCTTCGTGCGAGTCTTCGCCG
TTGAGTATTGCGTCTTCTTCTAGCGGGAAGAGGGCTTTGCGTCGTAGCGGGTCAAACTCT

QA 3 482 3 482
DS 

RD RR3AY44TF 827 0 0
GGAAATTCGATTCCTTTCGTTTTCAATCGGGAAAGTCATCTCCTCCTTTAGGGTTCCTCC
AAGTCAAAAAAGGATATTTTCCTCGTTAATGTTCCAAAGATCTTTCTTTTTGTTTTTAGT
ATGTAATAACTAAAAGCTTACTCATTCCCGTGATCCCCACCAGGGTTTCTCGGTTTGTGA
TTCACGAGGACGTTTCTCGGCAAAACTTTTAGGGTCAATGTCGGCTCCACCGTCCGCTGA
CCGAGAATTACGGTCAGTTCTTTGTCCCGCCGGTAACAAGATGCAGCAGAAATCAAAGCC
GGTGAAGAAGCCTCTTTCTGACAACGCGAAAAGCCTAACCTTTACGGCCAAGAAAACGCC
TCTAAGCCCTTCGATTCTGAGGGGAAACGGTGTCTCCATGAACGCTTCGTATTCCTCCGA
GGCGTCTTCTTCGTGCGAGTCTTCGCCGTTGAGTATTGCGTCTTCTTCTAGCGGGAAGAG
GGCTTTGCGTCGTAGCGGGTCAAACTCTTCAAGTAAACTGACGGAGGAGAGAGGTGATTG
CTTCTCTGATGGTCGTAGAAGATGCGCTTGGATCACTCCCAAATCCGACCAATGTTACAT
TGCTTTTCACGATGAAGAGTGGGGAGTTCCTGTCCATGACGACAAGAAACTTTTCGAGTT
ATTAAGCCTGTCTGGTGCTCTTGCTGAGCTCTCATGGAAAGACATCCTTTCCAAAAGACA
ATTATTCAGACAAGTGTTCATGGACTTTGATCCTATTGCTATATCTGACTAACTAACAAA
AGAAACATCCCCTGAGATTGTCACCACCTCATTACTATCAGAGCAAA

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

CO CL7359Contig1 947 2 6 U
GGAACGAAATCACATATGCCCAATACCAAAATCAAAAATTCACATTTGTCTTTGCGGAGT
AGAGAAAGAAAATGGCATCTCATGTCGTTTACAACGGAGAAAAACCACACGTAGTTTGCG
TGCCGTATCCGGCTCAAGGCCACATCACTCCGATTATGAAAGTGGCTGAACTCCTCCACG
CCAGAGGTTTTCACGTCACTTTCGTCAACACTGTCTACAATCACAACCGTCTCATTCGAT
CCCGTGGACCCCATGCTCTTGAGGGGCTCCCTTCTTTCCGGTTTGAGTCCATCCCTGACG
GTCTACCGGAAACCGACGTGGACGTCACGCAGGACATCACTGCCCTTTGTGAGTCCACCA
TGAAGAACTGTCTTACTCCATTCAAGGAGCTTCTCCAGAGGATTAACGCCAAAGATGATG
TTCCTCCGGTGAGCTGTATTGTATCGGACGGTTGTATGACCTTTACTCTGGATGCTGCTG
AGGAGCTTGGAGTCCCGGAAGTTCTTTTTTGGACTACTAGCGCTTGCGCCTTCATGGTTT
ATCTACATTTCTATATCTTCATCGAAACGGGTTTAGCTCCTATAAAAGCTGAGGATTACT
TGACGAACGAGTACTTAGACACGGTTATAGATTTCATACCGTCGATGAAAAATCTAAAAT
TCAAGGATATTCCTAGCTTCATCCGTACCACTAATCATGATGATATTATGCTTAACTTTG
CCCTACGCGAGACGGAGCGGTCCAAACGCGCTTCTGCTATCATTCTCAACACATTTGATG
ATCTCGATCATGATGTCATCCAGTCCATGAACTCCATTTTACCTCCGGTTTATCCAATTG
GACCGCTTCATCTATTAGCTAACCGGGAGATTGAAGAGACAGTGAACTTAGAAAGATGGG
ATCGAACTTATGGAAAGAGGAGATAGAATGTTTGGACTGACTCGATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D358TF U 1
AF RR3GD35TF U 185
BS 1 688 RR3D358TF
BS 689 689 RR3GD35TF
BS 690 768 RR3D358TF
BS 769 769 RR3GD35TF
BS 770 802 RR3D358TF
BS 803 947 RR3GD35TF

RD RR3D358TF 802 0 0
GGAACGAAATCACATATGCCCAATACCAAAATCAAAAATTCACATTTGTCTTTGCGGAGT
AGAGAAAGAAAATGGCATCTCATGTCGTTTACAACGGAGAAAAACCACACGTAGTTTGCG
TGCCGTATCCGGCTCAAGGCCACATCACTCCGATTATGAAAGTGGCTGAACTCCTCCACG
CCAGAGGTTTTCACGTCACTTTCGTCAACACTGTCTACAATCACAACCGTCTCATTCGAT
CCCGTGGACCCCATGCTCTTGAGGGGCTCCCTTCTTTCCGGTTTGAGTCCATCCCTGACG
GTCTACCGGAAACCGACGTGGACGTCACGCAGGACATCACTGCCCTTTGTGAGTCCACCA
TGAAGAACTGTCTTACTCCATTCAAGGAGCTTCTCCAGAGGATTAACGCCAAAGATGATG
TTCCTCCGGTGAGCTGTATTGTATCGGACGGTTGTATGACCTTTACTCTGGATGCTGCTG
AGGAGCTTGGAGTCCCGGAAGTTCTTTTTTGGACTACTAGCGCTTGCGCCTTCATGGTTT
ATCTACATTTCTATATCTTCATCGAAACGGGTTTAGCTCCTATAAAAGCTGAGGATTACT
TGACGAACGAGTACTTAGACACGGTTATAGATTTCATACCGTCGATGAAAAATCTAAAAT
TCAAGGATATTCCTAGCTTCATCCGTACTACTAATCATGATGATATTATGCTTAACTTTG
CCCTACGCGAGACGGAGCGGTCCAAACGCGCTTCTGCTATCATTCTCA*CACATTTGATG
ATCTCGATCATGATGTCATCCA

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3GD35TF 763 0 0
G
GGTTTTCACGTCACTTTCGTCAACACTGTCTACAATCACAACCGTCTCATTCGATCCCGT
GGACCCCATGCTCTTGAGGGGCTCCCTTCTTTCCGGTTTGAGTCCATCCCTGACGGTCTA
CCGGAAACCGACGTGGACGTCACGCAGGACATCACTGCCCTTTGTGAGTCCACCATGAAG
AACTGTCTTACTCCATTCAAGGAGCTTCTCCAGAGGATTAACGCCAAAGATGATGTTCCT
CCGGTGAGCTGTATTGTATCGGACGGTTGTATGACCTTTACTCTGGATGCTGCTGAGGAG
CTTGGAGTCCCGGAAGTTCTTTTTTGGACTACTAGCGCTTGCGCCTTCATGGTTTATCTA
CATTTCTATATCTTCATCGAAACGGGTTTAGCTCCTATAAAAGCTGAGGATTACTTGACG
AACGAGTACTTAGACACGGTTATAGATTTCATACCGTCGATGAAAAATCTAAAATTCAAG
GATATTCCTAGCTTCATCCGTACCACTAATCATGATGATATTATGCTTAACTTTGCCCTA
CGCGAGACGGAGCGGTCCAAACGCGCTTCTGCTATCATTCTCAACACATTTGATGATCTC
GATCATGATGTCATCCAGTCCATGAACTCCATTTTACCTCCGGTTTATCCAATTGGACCG
CTTCATCTATTAGCTAACCGGGAGATTGAAGAGACAGTGAACTTAGAAAGATGGGATCGA
ACTTATGGAAAGAGGAGATAGAATGTTTGGACTGACTCGATA

QA 2 763 2 763
DS 



AS 1 2

CO CL7360Contig1 733 2 2 U
TTTTTTTTAGTAATGCTCATTATATATCTCGTAGGTCCATACACTAATCTGTATACAGAA
ACAGACTCTTGTCTTATTGAATAGAATATGAAGAAGAATCAACAAAAGATCTGAAAAAAA
AATCAAATCTTTTTTTCAAGTATCAAAAAAGCTTAAAGCTTGGAGACGAGAGATTGGTAA
AAAATAGCACGAGATAGGTAAGTGACTTTCATGGTATCCTTCATCTTGAACTCAACATTC
ACCACCGTCAGGTTCCTCCCACTCCTCACCACTGATCCTTCCACCACCAATTCACTCGAA
ACTGGAGCAGCAGAGAGATAAGACATACTCAATTCACCGAGGAACAGCTGTTTCTCTTCA
GACACGATGGTTCTCGCGCAAGCCATTGATAATCTCTCTGCAATTGACGCCACTGCTCCT
CCGTGTAACCCATTAAAGTAATTGGTAAGGGCAGGCGTGACGACGACGGAGCACGTGATA
CGGCCACGTGAGACGGAGAGAGCTCTGATGTTGTTCTGGAACAAGACGGAGAACGAGTCG
AAGGAGGCGAAATCGTCGAGGGAGGAGTCTGGGTGGGTGAAGGAGTGGAGGAAGTTTTCG
AATAGGGATACGTTTTTGGGATCGATTTCTTTGGATATCTTCGTCGTCTCGGACGAGATC
GGAGAAGGAGAAGAAGACATTGTTGTTTGTTTGTTTGGTTTCTTCTGTGGTTGGCTCTCT
CTCTCTAACTCCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H506TF C 1
AF RR3H506JQ U 9
BS 1 8 RR3H506TF
BS 9 733 RR3H506JQ

RD RR3H506TF 733 0 0
TTTTTTTTAGTAATGCTCATTATATATCTCGTAGGTCCATACACTAATCTGTATACAGAA
ACAGACTCTTGTCTTATTGAATAGAATATGAAGAAGAATCAACAAAAGATCTGAAAAAAA
AATCAAATCTTTTTTTCAAGTATCAGAAAAGCTTAAAGCTTGGAGACGAGAGATTGGTAA
AAAATAGCACGAGATAGGTAAGTGACTTTCATGGTATCCTTCATCTTGAACTCAACATTC
ACCACCGTCAGGTTCCTCCCACTCCTCACCACTGATCCTTCCACCACCAATTCACTCGAA
ACTGGAGCAGCAGAGAGATAAGACATACTCAATTCACCGAGGAACAGCTGTTTCTCTTCA
GACACGATGGTTCTCGCGCAAGCCATTGATAATCTCTCTGCAATTGACGCCACTGCTCCT
CCGTGTAACCCATTAAAGTAATTGGTAAGGGCAGGCGTGACGACGACGGAGCACGTGATA
CGGCCACGTGAGACGGAGAGAGCTCTGATGTTGTTCTGGAACAAGACGGAGAACGAGTCG
AAGGAGGCGAAATCGTCGAGGGAGGAGTCTGGGTGGGTGAAGGAGTGGAGGAAGTTTTCG
AATAGGGATACGTTTTTGGGATCGATTTCTTTGGATATCTTCGTCGTCTCGGACGAGATC
GGAGAAGGAGAAGAAGACATTGTTGTTTGTTTGTTTGGTTTCTTCTGTGGTTGGCTCTCT
CTCTCTAACTCCC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3H506JQ 725 0 0
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TTGTCTTATTGAATAGAATATGAAGAAGAATCAACAAAAGATCTGAAAAAAAAATCAAAT
CTTTTTTTCAAGTATCAAAAAAGCTTAAAGCTTGGAGACGAGAGATTGGTAAAAAATAGC
ACGAGATAGGTAAGTGACTTTCATGGTATCCTTCATCTTGAACTCAACATTCACCACCGT
CAGGTTCCTCCCACTCCTCACCACTGATCCTTCCACCACCAATTCACTCGAAACTGGAGC
AGCAGAGAGATAAGACATACTCAATTCACCGAGGAACAGCTGTTTCTCTTCAGACACGAT
GGTTCTCGCGCAAGCCATTGATAATCTCTCTGCAATTGACGCCACTGCTCCTCCGTGTAA
CCCATTAAAGTAATTGGTAAGGGCAGGCGTGACGACGACGGAGCACGTGATACGGCCACG
TGAGACGGAGAGAGCTCTGATGTTGTTCTGGAACAAGACGGAGAACGAGTCGAAGGAGGC
GAAATCGTCGAGGGAGGAGTCTGGGTGGGTGAAGGAGTGGAGGAAGTTTTCGAATAGGGA
TACGTTTTTGGGATCGATTTCTTTGGATATCTTCGTCGTCTCGGACGAGATCGGAGAAGG
AGAAGAAGACATTGTTGTTTGTTTGTTTGGTTTCTTCTGTGGTTGGCTCTCTCTCTCTAA
CTCCC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL7361Contig1 807 2 2 U
GGAAGCTCTCATTTCATATAACAACAATGGCGGCATCTTCGCTATGCCTATCGAATTCTC
CCGTTTGCCCTCGCTCTCTTCCTAATGTATCGTCCCAGCCACTCCTCTCTTTCTCTTGTT
CCCTCCGACCATTCGTTTCCAAGTCCAAACCTTTGGCCTCGCAGAAGAAGAAGAGAGAGA
GCTCTGTGGTGGTGAAATCACAGGCTCTTGATTTCTCAGGCACTTTCTTTGAAGGTGGAT
TTGGCTCCGACGATGACCCTACTCCCTCTTCCGTCTCTACTGCCCTTGAGGACAAACCCG
AACCTCAGTGCCCTCCTGGCCTCCGACAGCACGAAACTATGGCCGTCTTGAGACCCGACA
TGTCTGAAGATGAGCGCCTCGGTCTCACCCAGAAGTACGAAGAGTTGCTTGTGGCTGGGG
GTGGAATGTATGTGGAAGTATTCAACAGAGGAGTGATTCCATTGGCTTATAGCATCAGGA
AGAAGAACAAAGCAGGAGAGACTAACACTTACCTGGATGGTATCTACCTTCTCTTCACTT
ACTTCACCAAACCTGAATCCATCACTCCCCTCGAGTCCGTTCTCACTGCCGATGACGACG
TTATCCGATCTTCTTCCTTCAAGATCAAGAAGAGGAAGTACAACTGAAACAGACACCATC
AACAACATTGTGTGTGGTGGATGCATGTGACTAAAGTTGGATTCTTTTTGTATTATCTAT
TTGGTTCTGTGTCTTCTATGTATCTTCTTGTGAAATGCTCTGTTTTCTTGTGTTACAAGT
GTGAGAAATTCTAACGCAAGCTTTGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FB50TF U 1
AF RR3FB50JQ C 136
BS 1 610 RR3FB50TF
BS 611 807 RR3FB50JQ

RD RR3FB50TF 610 0 0
GGAAGCTCTCATTTCATATAACAACAATGGCGGCATCTTCGCTATGCCTATCGAATTCTC
CCGTTTGCCCTCGCTCTCTTCCTAATGTATCGTCCCAGCCACTCCTCTCTTTCTCTTGTT
CCCTCCGACCATTCGTTTCCAAGTCCAAACCTTTGGCCTCGCAGAAGAAGAAGAGAGAGA
GCTCTGTGGTGGTGAAATCACAGGCTCTTGATTTCTCAGGCACTTTCTTTGAAGGTGGAT
TTGGCTCCGACGATGACCCTACTCCCTCTTCCGTCTCTACTGCCCTTGAGGACAAACCCG
AACCTCAGTGCCCTCCTGGCCTCCGACAGCACGAAACTATGGCCGTCTTGAGACCCGACA
TGTCTGAAGATGAGCGCCTCGGTCTCACCCAGAAGTACGAAGAGTTGCTTGTGGCTGGGG
GTGGAATGTATGTGGAAGTATTCAACAGAGGAGTGATTCCATTGGCTTATAGCATCAGGA
AGAAGAACAAAGCAGGAGAGACTAACACTTACCTGGATGGTATCTACCTTCTCTTCACTT
ACTTCACCAAACCTGAATCCATCACTCCCCTCGAGTCCGTTCTCACTGCCGATGACGACG
TTATCCGATC

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3FB50JQ 672 0 0
TTTCCAAGTCCAAACCTTTGGCCTCGCAGAAGAAGAAGAGAGAGAGCTCTGTGGTGGTGA
AATCACAGGCTCTTGATTTCTCAGGCACTTTCTTTGAAGGTGGATTTGGCTCCGACGATG
ACCCTACTCCCTCTTCCGTCTCTACTGCCCTTGAGGACAAACCCGAACCTCAGTGCCCTC
CTGGCCTCCGACAGCACGAAACTATGGCCGTCTTGAGACCCGACATGTCTGAAGATGAGC
GCCTCGGTCTCACCCAGAAGTACGAAGAGTTGCTTGTGGCTGGGGGTGGAATGTATGTGG
AAGTATTCAACAGAGGAGTGATTCCATTGGCTTATAGCATCAGGAAGAAGAACAAAGCAG
GAGAGACTAACACTTACCTGGATGGTATCTACCTTCTCTTCACTTACTTCACCAAACCTG
AATCCATCACTCCCCTCGAGTCCGTTCTCACTGCCGATGACGACGTTATCCGATCTTCTT
CCTTCAAGATCAAGAAGAGGAAGTACAACTGAAACAGACACCATCAACAACATTGTGTGT
GGTGGATGCATGTGACTAAAGTTGGATTCTTTTTGTATTATCTATTTGGTTCTGTGTCTT
CTATGTATCTTCTTGTGAAATGCTCTGTTTTCTTGTGTTACAAGTGTGAGAAATTCTAAC
GCAAGCTTTGAG

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL7362Contig1 700 2 1 U
GGCCGGGTCTTTAATCCGGATCCTGAGTCATCCACCATTTACAACAACAGCGAGACGGAG
ACAGAACCTGAGTCAGTGGACCCGGTTCGGAAACGGGGCATGGGAGAGGTTTCTAAGAAG
AAGAGGACGAAGAAGACGAGGAGCAAGAAGAGAGTGTTCGAGAACTCGTCCGAGTCGGGA
AAGAAGCAGAAGAGGAGTAAAAGCAACTCCGACGAGTCGCCGGAGCCGGCGAGCTCTATC
TCCGACGGTTCTCCGGAACAGGATTTAGCCATGTGTTTGATGATGCTCTCTAGAGATTCA
AGGGAGATTAAACCCATTGTCGCAGGGGAAGAGATGAAGCCGGAGAAGAGACATGTCCCG
GAGCTCCGCCGCTGTATGATAGATCTGAATCTTCCTCCTCCGCAAGAAAGCGATGTTTTA
TCGGCCATATAAAACAGTTGAGGAGGTTTGCAGAGATGATCAAAAATCAAAGCATCTTGT
TGATTTGGCTTTTCTTCAAGTATCATTATTCTTTAAAACTTGAAACCATTTTATTGGTTT
TGGAATCTCTTTAGATAGTCTTTATCAGAACAATGTACTTTTGATGTAAGACATAAGAAG
CAAACCCAAAGAAACAAGCTGTGTTTCGAGATTTCTTCTGCAGTTCTTAGTGTCATGGAT
GATATAATATATGGTTGGATCTATGTTACATTGTTTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3ED10TF U 1
AF RR3ED10JQ C 220
BS 1 700 RR3ED10TF

RD RR3ED10TF 700 0 0
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AAGAAGCAGAAGAGGAGTAAAAGCAACTCCGACGAGTCGCCGGAGCCGGCGAGCTCTATC
TCCGACGGTTCTCCGGAACAGGATTTAGCCATGTGTTTGATGATGCTCTCTAGAGATTCA
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GAGCTCCGCCGCTGTATGATAGATCTGAATCTTCCTCCTCCGCAAGAAAGCGATGTTTTA
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TGATTTGGCTTTTCTTCAAGTATCATTATTCTTTAAAACTTGAAACCATTTTATTGGTTT
TGGAATCTCTTTAGATAGTCTTTATCAGAACAATGTACTTTTGATGTAAGACATAAGAAG
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GATATAATATATGGTTGGATCTATGTTACATTGTTTTGAT

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DS 

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CCGGAGAAGAGACATGTCCCGGAGCTCCGCCGCTGTATGATAGATTTGAATCTTCCTCCT
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TCAAAAATCAAAGCATCTTGTTGATTTGGCTTTTTTTCAAGTATCATTATTCTTTAAAAC
TTGAAACCATTTTATTGGTTTTGGAATCTCTTTAGATAGTCTTTATCAGAACAATGTACT
TTTGATGTAAGACATAAGAAGCAAACCCAAAGAAACAAGCTGTGTTTCGAGATTTTTTTT
GCAGTTTTTAGTGTCATGGATGATATAATATATGGTTGGATCTATGTTACATTGTTTTGA
T

QA 1 481 1 481
DS 



AS 1 2

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AAGGAGAAGAGATGATGCCGTCGGATATAAGCCGGAGAGTGATGATGATGCGGAAACAGT
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ACTACGCTTGTCGATCAGGTCAGGCCAATTCTTACAGCAGAGGATGCAACATCATTACTA
GGTGTGCTAGAGACACTAGCGACATCAAGACCTGAAACATTCTTTCCGCTTATCTAATGA
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GATATCTGTATTGTTGGAAGTGTTGAGTAGATTGATATATGGAAGATTGTGGACTTTTGT
AGGGATAGAGTTGAATTTCTGGTGGGTTTGTGAATAATTGAAATGGTTCTTGTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DS85TF U 1
AF RR3DS85JQ C 102
BS 1 741 RR3DS85TF
BS 742 776 RR3DS85JQ

RD RR3DS85TF 741 0 0
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AAGGAGAAGAGATGATGCCGTCGGATATAAGCCGGAGAGTGATGATGATGCGGAAACAGT
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TTTTAAAATACTCTCTCTCCAAGGATGAGGCAAGCAAAATCTTAATCTGTTTTGTAATGT
TGTTGTTTACAGTAGAAGAAGGTTTATATAGTTTTTTATGTAATCACTGTTGGAATAATT
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AGGGATAGAGTTGAATTTCTG

QA 1 741 1 741
DS 

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GGATGCAACATCATTACTAGGTGTGCTAGAGACACTAGCGACATCAAGACCTGAAACATT
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AATCACTGTTGGAATAATTGATATCTGTATTGTTGGAAGTGTTGAGTAGATTGATATATG
GAAGATTGTGGACTTTTGTAGGGATAGAGTTGAATTTCTGGTGGGTTTGTGAATAATTGA
AATGGTTCTTGTTGG

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

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AGGAATCTCTGTCGAAGATTTGAGACTCATTAAACTTCATATGTCTAATTATATATCGAA
GCTGGCACAACACATTAAGATTAGGCAAAGAGTTGTTGCAACTGCTATAACCTATATGCG
CCGTGTTTACACAAGGAAGAGTTTGACAGAGTATGAGCCTAGGCTTGTTGCTCCCACCTG
CTTGTATCTGGCTTGCAAAGCTGAGGAGAGTGTGGTCCATGCCAAGATTCTTGTCTTCTA
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GGAGATGAAGATCTTGGAAGCTTTGAACTTCTATCTTGTTGTATTCCACCCTTACCGATC
TCTCCCTGAGTTCTTGCAGGATTCTGGACTCAATGACACAAGCATGACTCATTTAACTTG
GGGTATTGTCAACGACACTTACAGAATGGACCTCATCCTTACGCGTCCGCCTTATCTCGT
CACCCTCGCTTGCATTTACGTTGCTTCTGTTTACAAAGAGAAAGACATAAAGACATGGTT
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CTATGAGAACCACAGAATGTTCACTGAAGAGAGAGTTCACGCCGCCTTCAACAAGCTTGC
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL74TF U 1
AF RR3GL74JQ C 370
BS 1 719 RR3GL74TF
BS 720 720 RR3GL74JQ
BS 721 728 RR3GL74TF
BS 729 729 RR3GL74JQ
BS 730 770 RR3GL74TF
BS 771 836 RR3GL74JQ

RD RR3GL74TF 770 0 0
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ACTTCAAAGAGCTTAAGGACCCAGAAGAGATCAATGTTGTTATCCCCTTGATGCTCAGAG
AGGAATCTCTGTCGAAGATTTGAGACTCATTAAACTTCATATGTCTAATTATATATCGAA
GCTGGCACAACACATTAAGATTAGGCAAAGAGTTGTTGCAACTGCTATAACCTATATGCG
CCGTGTTTACACAAGGAAGAGTTTGACAGAGTATGAGCCTAGGCTTGTTGCTCCCACCTG
CTTGTATCTGGCTTGCAAAGCTGAGGAGAGTGTGGTCCATGCCAAGATTCTTGTCTTCTA
CATCAGAAAATTGTATGCTGATGAGAAATTCAGGTATGAGATTAAAGATATTCTTGAGAT
GGAGATGAAGATCTTGGAAGCTTTGAACTTCTATCTTGTTGTATTCCACCCTTACCGATC
TCTCCCTGAGTTCTTGCAGGATTCTGGACTCAATGACACAAGCATGACTCATTTAACTTG
GGGTATTGTCAACGACACTTACAGAATGGACCTCATCCTTACGCGTCCGCCTTATCTCGT
CACCCTCGCTTGCATTTACGTTGCTTCTGTTTACAAAGAGAAAGACATAAAGACATGGTT
TGAAGAGCTCTCTGTGGACATGAACATAGTGAAGAATATCGCAATGGAGATATTAGATT*
CTATGAGA*CCACAGAATGTTCACTGAAGAGAGAGTTCACGCCGCCTTCA

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3GL74JQ 467 0 0
ATTGTATGCTGATGAGAAATTCAGGTATGAGATTAAAGATATTCTTGAGATGGAGATGAA
GATCTTGGAAGCTTTGAACTTCTATCTTGTTGTATTCCACCCTTACCGATCTCTCCCTGA
GTTCTTGCAGGATTCTGGACTCAATGACACAAGCATGACTCATTTAACTTGGGGTATTGT
CAACGACACTTACAGAATGGACCTCATCCTTACGCGTCCGCCTTATCTCGTCACCCTCGC
TTGCATTTACGTTGCTTCTGTTTACAAAGAGAAAGACATAAAGACATGGTTTGAAGAGCT
CTCTGTGGACATGAACATAGTGAAGAATATCGCAATGGAGATATTAGATTTCTATGAGAA
CCACAGAATGTTCACTGAAGAGAGAGTTCACGCCGCCTTCAACAAGCTTGCTACAAGTCC
ATAAGAGTTTTTGTTTTTGTCTTTTGTTTTTGTTTTTCTGAGAATAA

QA 1 467 1 467
DS 



AS 1 2

CO CL7365Contig1 679 2 9 U
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TGACCAATGCATTCTTGTCTTCTTTTATATTTCTTTTCTTAATCGGTTCCTCGTACGCGA
TTACAAGTTCAGAGATGAGCACAATCTGTGACAAAACTTTAGATCCATCTTTCTGTCTTG
ACTTTCTCAACACAGAATTTTCATCTCCTAATCTTCAAGCCTTGGCGAATTCTACACTTG
ATGCTGCACAAGCAAAAGCAACACAAACACTCAAAAGACTTCAATCTATTATCGATGGAG
GAGTCGACCCACGATCGAAACTAGCTTACAGATCATGCTTAGATGAATACGAGAATGCTA
TTGGAAACCTCGAGGAAGCTTTTGAGCATTTAGCTTCCGGTGAAGGTGAGGGGCTGAACA
CTAAAGTTTCTGCTGTATTGGATGGAGCTGATACATGTCTAGATTATGTGAAGAGACTGA
GATCTATAGATGATTCTGTTTTGAATAATAGTAAGGAAATTAAAAATCTTTGTGGTATTA
CTCTCGTTATCTCCAACATCCTACCACGCAAATATTAATTTGGAACCATCATCATGTGTT
TGACTGATTAAGTTGTATTATTGGTAAGATAATAATTACATTTATCATATACTAATTATT
AAAAGAAAGTAAGCTTTTC


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3C166TF U 1
AF RR3BE73TF U 1
BS 1 108 RR3BE73TF
BS 109 109 RR3C166TF
BS 110 269 RR3BE73TF
BS 270 270 RR3C166TF
BS 271 292 RR3BE73TF
BS 293 293 RR3C166TF
BS 294 570 RR3BE73TF
BS 571 571 RR3C166TF
BS 572 679 RR3BE73TF

RD RR3C166TF 647 0 0
GGATCATAAACTAGAAAATAAAATAAAAATCAGAGAAAACAAGAATGGCTGCAAATTTAA
TGACCAATGCATTCTTGTCTTCTTTTATATTTCTTTTCTTAATCGGTTCCTCGTACGCGA
TTACAAGTTCAGAGATGAGCACAATCTGTGGCAAAACTTTAGATCCATCTTTCTGTCTTG
ACTTTCTCAACACAGAATTTTCATCTCCTAATCTTCAAGCCTTGGCGAATTCTACACTTG
ATGCTGCACAAGCAAAAGCAACACAAACACTCAAAAGACTTCAATCTATTATCGATGGAG
GAGTCGACCCA*GATCGAAACTAGCTTACAGATCATGCTTAGATGAATACGAGAATGCTA
TTGGAAACCTCGAGGAATCTTTTGAGCATTTAGCTTCCGGTGAAGGTGAGGGGCTGAACA
CTAAAGTTTCTGCTGTATTGGATGGAGCTGATACATGTCTAGATTATGTGAAGAGACTGA
GATCTATAGATGATTCTGTTTTGAATAATAGTAAGGAAATTAAAAATCTTTGTGGTATTA
CTCTTGTTATCTCCAACATCCTACCACGCAAATATTAATTTGGAACCATCATCATGTGTT
TGACTGATTAAGTTGTATTATTGGTAAGATAATAATTACATT
AAAAA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3BE73TF 679 0 0
GGATCATAAACTAGAAAATAAAATAAAAATCAGAGAAAACAAGAATGGCTGCAAATTTAA
TGACCAATGCATTCTTGTCTTCTTTTATATTTCTTTTCTTAATCGGTTTCTCGTACGCGA
TTACAAGTTCAGAGATGAGCACAATCTGTGACAAAACTTTAGATCCATCTTTCTGTCTTG
ACTTTCTCAACACAGAATTTTCATCTCCTAATCTTCAAGCCTTGGCGAATTCTACACTTG
ATGCTGCACAAGCAAAAGCAACACAAACATTCAAAAGACTTCAATCTATTATTGATGGAG
GAGTCGACCCACGATCGAAACTAGCTTACAGATCATGCTTAGATGAATACGAGAATGCTA
TTGGAAACCTCGAGGAAGCTTTTGAGCATTTAGCTTCCGGTGAAGGTGAGGGGCTGAACA
CTAAAGTTTCTGCTGTATTGGATGGAGCTGATACATGTCTAGATTATGTGAAGAGACTGA
GATCTATAGATGATTCTGTTTTGAATAATAGTAAGGAAATTAAAAATCTTTGTGGTATTA
CTCTCGTTATCTCCAACATCCTACCACGCACATATTAATTTGGAACCATCATCATGTGTT
TGACTGATTAAGTTGTATTATTGGTAAGATAATAATTACATTTATCATATACTAATTATT
AAAAGAAAGTAAGCTTTTC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL7366Contig1 1383 2 2 U
GAATCAGCTTGATGCTCCCAACTCACGACCAACGGTTCTTAAATCTCGGCTAGGGAACAG
CCGTGAAGAGATGATCTCAGGGAACTGCAATAAGCTCCAAACGTCGTCAAGCTCTGGACC
AAACTCTTCTTCCTCTGTAGCTGGACTCAGAAGACCATCTTCATCGTGTAGCTCAAGGTC
AACGAGTAGACCTTCCACACCAACCTTAGGTCAACGAGTAGACCTTCCACACCGACCAGA
AGGTCTACTACAACTACAACCACCTCCACAACAAGGCCTGTGACCACCACCAGAGGTTCA
ACCTCTAGATCCTCAACTCCCACCTCACGTTCCACTACCTCTACAGCGGCTCCACGCACC
ACAACATCAACTGGTCCAGCTAGATCAGCTACTCCAACTCGGTCTAAGACTCAGCCGTCT
TCTTCTGCACCTTCTAAAAAACCTCTATCAAGGCAAGCTACACCAACCCGCAGGCCTTCA
ACCCCCACCGGTCCATCAATAGTTTCCAGTAAAGCTCCCGCTCGAGGGACTTCCCCAGCT
CCAACCTTAAAGTCGTCAAGGCCACGGAAACCACCGGAGATGCCTGGGTTTCTCTTTAGA
AGCCCCACCGAATCTAAGGACCACTTTACCAGACAGGCCAGGCTCAGCTTCAAGAGGCAG
ACCCGGAGTAGCCTCAGCACCAGGCTCAAGATCGTCTTCCATAGAACGTGGCAGTGGTGG
CCCCACCAGTGGTAGGCAATCTTGTTCTCCTTCCAGACGTCGGACTCCTATTGGGAACAC
TAATGGGGGCCTCCCGGGTGCGCGTGTGCGGGGAAAGGCTAACAAAGGTGGGAGTAGCTA
CGATAGCATGGGCCCAGTGGCTATGGGAAATAAAATGGTGGAGAGAGTGGTGAACATGAG
GAAACTAGGTCCACCAAGGCTAACAGAGAACGTTGGTCGAGGAACCGTGAAATCTAACTC
AGCTTTTAACAGCCTTGGGTATGGGAGAAACCTCTCCAAGAGCTCTATCGATATGGCCTT
AAGACATATGGATATAAGACGAGGCATGACAGGAAATCTCCGGCCTCTGGTGACAAAAGT
TCCAGCGTCATCAATGTACAGCGTGAGAAGCGGATCGACTAGTGTCACGAACTCTCCGGT
GGCTACTAGCAGTACCATGAGCTCATCAGAACTGAGTGTGGACAACATCAACATTTTGTG
CTTAGATGGGAATGATGCTGAAAACGATGATCTTCTCAGCGAGAGAAGCTATTCTTGACC
TATATTTATCCTATGTTCTTTGTTTTGTTACCATACTTAAATAGCGTGTTTCTAGAGATA
CTGAAACGTATCGAGGCAACTCTTGATCATGTTTAAGTCTTCATGGAATTTTGATGAGTG
TTC


BQ
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10 10 10 

AF RR3GV52TF U 1
AF RR3GV52JQ C 591
BS 1 732 RR3GV52TF
BS 733 1383 RR3GV52JQ

RD RR3GV52TF 732 0 0
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CCGTGAAGAGATGATCTCAGGGAACTGCAATAAGCTCCAAACGTCGTCAAGCTCTGGACC
AAACTCTTCTTCCTCTGTAGCTGGACTCAGAAGACCATCTTCATCGTGTAGCTCAAGGTC
AACGAGTAGACCTTCCACACCAACCTTAGGTCAACGAGTAGACCTTCCACACCGACCAGA
AGGTCTACTACAACTACAACCACCTCCACAACAAGGCCTGTGACCACCACCAGAGGTTCA
ACCTCTAGATCCTCAACTCCCACCTCACGTTCCACTACCTCTACAGCGGCTCCACGCACC
ACAACATCAACTGGTCCAGCTAGATCAGCTACTCCAACTCGGTCTAAGACTCAGCCGTCT
TCTTCTGCACCTTCTAAAAAACCTCTATCAAGGCAAGCTACACCAACCCGCAGGCCTTCA
ACCCCCACCGGTCCATCAATAGTTTCCAGTAAAGCTCCCGCTCGAGGGACTTCCCCAGCT
CCAACCTTAAAGTCGTCAAGGCCACGGAAACCACCGGAGATGCCTGGGTTTCTCTTTAGA
AGCCCCACCGAATCTAAGGACCACTTTACCAGACAGGCCAGGCTCAGCTTCAAGAGGCAG
ACCCGGAGTAGCCTCAGCACCAGGCTCAAGATCGTCTTCCATAGAACGTGGCAGTGGTGG
CCCCACCAGTGG

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3GV52JQ 793 0 0
TCTCTTTAGAAGCCCCAC*GAATCTAAGGACCACTTTACCAGACAGGCCAGGCTCAGCTT
CAAGAGGCAGACCCGGAGTAGCCTCAGCACCAGGCTCAAGATCGTCTTCCATAGAACGTG
GCAGTGGTGGCCCCACCAGTGGTAGGCAATCTTGTTCTCCTTCCAGACGTCGGACTCCTA
TTGGGAACACTAATGGGGGCCTCCCGGGTGCGCGTGTGCGGGGAAAGGCTAACAAAGGTG
GGAGTAGCTACGATAGCATGGGCCCAGTGGCTATGGGAAATAAAATGGTGGAGAGAGTGG
TGAACATGAGGAAACTAGGTCCACCAAGGCTAACAGAGAACGTTGGTCGAGGAACCGTGA
AATCTAACTCAGCTTTTAACAGCCTTGGGTATGGGAGAAACCTCTCCAAGAGCTCTATCG
ATATGGCCTTAAGACATATGGATATAAGACGAGGCATGACAGGAAATCTCCGGCCTCTGG
TGACAAAAGTTCCAGCGTCATCAATGTACAGCGTGAGAAGCGGATCGACTAGTGTCACGA
ACTCTCCGGTGGCTACTAGCAGTACCATGAGCTCATCAGAACTGAGTGTGGACAACATCA
ACATTTTGTGCTTAGATGGGAATGATGCTGAAAACGATGATCTTCTCAGCGAGAGAAGCT
ATTCTTGACCTATATTTATCCTATGTTCTTTGTTTTGTTACCATACTTAAATAGCGTGTT
TCTAGAGATACTGAAACGTATCGAGGCAACTCTTGATCATGTTTAAGTCTTCATGGAATT
TTGATGAGTGTTC

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL7367Contig1 1280 2 2 U
GGGCTCACGGGAGAATCTTAGCTTCTTTCTTTTGTCAAAGCTCTTTAATTCCCATTTCCT
CTACACAAAACTGAACAAAAACATAGCCGATGGTAATGGGTTTCAATCTAGAGGAGATCA
AGCAAGGAAGAAGACTTTGATTGGACTTGGATTGGGACAGATCCTCTCCCTTCTCTGTAC
TTGTAATGTCTTCACATCTTCTGAGCTCGCCAGAAAAGGAATTAATGTTCCAACAACACA
ATCGTTCCCCAGCTATATGTTACTTGCAATTGTCTATGGATGTATCATGCTATATCGAAG
ACCCACAATTAAGGGCAAGTGGTATCACTATTGTCTCCTTGCCTTAGCTGATGTGGAGGG
GAACTTTCTTGTTGTGAAGGCTAATCAGTACACATCGATAACGAGTGTGATGCTACTGGA
CTGCTGGGCGATCCCTTGCGTTTTGGTGTTGACTTGGGTTTTCCTGAAAACAAAATACAG
ATTGATGAAGATTTGTGGCGTGGTTATATGTATCCTTGGTGTTGTCATGGTAGTTTTCTC
TGACGTTCACGCCGGGAGTCGAGCAGGAGGAAGTAATCCTGTCAAAGGAGATATTCTTGT
GGTAGCTGGAGCAACCTTGTATGCTGTCAGTAATACCAGCGAGGAGTTTTTTGTGAAGAA
TGCAAACACTGTTGAGATTTTGACCTTCTTTGGATTTTTCAGCGCCATCATTAGTGCCAT
TCAGATGAAGCTCTTTCCTTGACTTGTCTATAGAGGCATATTTGAACGTGGTGAGCTCAA
AGCTATTGAGTGGTCAGCGGAGACTGTTCGCAGTCTCAATGTTTTTTACCTACGCATTAC
TCCCGGTTTTACTCGAGATATAATCTCCTCAGACGAATGGTTCAGCAATGTTCACCCTCT
CGTTACTCACATCAGACATGTGGGCTGTTTTGATCCGCGTTTTCGCTTATCATGAGAAGG
TTGATTGGCTCTACTATTTGGCATTTGCTACTACAGCTATTGGACTGATCATATACTCAA
TGAAAGAAAAGATGAGGAGGAACAAATGGATGAGCAGAGAAAGCTATTGGATGAGGAGGA
AGGTGAAGAGATATAACAACATTGATTCATTGGCTTGTGAGATATAACAACAATCGGCAA
CTGTAAAGAGAAAAAGGCTTTATTTGATCTTTAATTTAATTGTAAAAATAAAACAAAATA
AGATATTGTGAGAACAAGATTGGAATATAATAGAAACTAGATCATGACCCGCCCGGGCGG
GCGGATTTATTGTTTGCTTC


BQ
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AF RR3CB02TF U 1
AF RR3CB02JQ C 520
BS 1 788 RR3CB02TF
BS 789 1280 RR3CB02JQ

RD RR3CB02TF 788 0 0
GGGCTCACGGGAGAATCTTAGCTTCTTTCTTTTGTCAAAGCTCTTTAATTCCCATTTCCT
CTACACAAAACTGAACAAAAACATAGCCGATGGTAATGGGTTTCAATCTAGAGGAGATCA
AGCAAGGAAGAAGACTTTGATTGGACTTGGATTGGGACAGATCCTCTCCCTTCTCTGTAC
TTGTAATGTCTTCACATCTTCTGAGCTCGCCAGAAAAGGAATTAATGTTCCAACAACACA
ATCGTTCCCCAGCTATATGTTACTTGCAATTGTCTATGGATGTATCATGCTATATCGAAG
ACCCACAATTAAGGGCAAGTGGTATCACTATTGTCTCCTTGCCTTAGCTGATGTGGAGGG
GAACTTTCTTGTTGTGAAGGCTAATCAGTACACATCGATAACGAGTGTGATGCTACTGGA
CTGCTGGGCGATCCCTTGCGTTTTGGTGTTGACTTGGGTTTTCCTGAAAACAAAATACAG
ATTGATGAAGATTTGTGGCGTGGTTATATGTATCCTTGGTGTTGTCATGGTAGTTTTCTC
TGACGTTCACGCCGGGAGTCGAGCAGGAGGAAGTAATCCTGTCAAAGGAGATATTCTTGT
GGTAGCTGGAGCAACCTTGTATGCTGTCAGTAATACCAGCGAGGAGTTTTTTGTGAAGAA
TGCAAACACTGTTGAGATTTTGACCTTCTTTGGATTTTTCAGCGCCATCATTAGTGCCAT
TCAGATGAAGCTCTTTCCTTGACTTGTCTATAGAGGCATATTTGAACGTGGTGAGCTCAA
AGCTATTG

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3CB02JQ 761 0 0
TGTTGTCATGGTAGTTTTCTCTGACGTTCACGCCGGGAGTCGAGCAGGAGGAAGTAATCC
TGTCAAAGGAGATATTCTTGTGGTAGCTGGAGCAACCTTGTATGCTGTCAGTAATACCAG
CGAGGAGTTTTTTGTGAAGAATGCAAACACTGTTGAGATTTTGACCTTCTTTGGATTTTT
CAGCGCCATCATTAGTGCCATTCAGATGAAGCTCTTTCCTTGACTTGTCTATAGAGGCAT
ATTTGAACGTGGTGAGCTCAAAGCTATTGAGTGGTCAGCGGAGACTGTTCGCAGTCTCAA
TGTTTTTTACCTACGCATTACTCCCGGTTTTACTCGAGATATAATCTCCTCAGACGAATG
GTTCAGCAATGTTCACCCTCTCGTTACTCACATCAGACATGTGGGCTGTTTTGATCCGCG
TTTTCGCTTATCATGAGAAGGTTGATTGGCTCTACTATTTGGCATTTGCTACTACAGCTA
TTGGACTGATCATATACTCAATGAAAGAAAAGATGAGGAGGAACAAATGGATGAGCAGAG
AAAGCTATTGGATGAGGAGGAAGGTGAAGAGATATAACAACATTGATTCATTGGCTTGTG
AGATATAACAACAATCGGCAACTGTAAAGAGAAAAAGGCTTTATTTGATCTTTAATTTAA
TTGTAAAAATAAAACAAAATAAGATATTGTGAGAACAAGATTGGAATATAATAGAAACTA
GATCATGACCCGCCCGGGCGGGCGGATTTATTGTTTGCTTC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL7368Contig1 611 2 2 U
GGGAGCATTGTTGGAGGGAGCTCAAAAATGAACAGAAATGGCGGGTAAATTTTGGGACAG
ATAACAGCAAGTCAAAAAGAAGGAAGGGTGAAGATGGTTCTCAAGCTTCTTCTGTCCAGT
CATCAAGCCTTGGAGATGAAGAAGAGGCTCGTCCTGAAGGTGTGAAGAAGGCAAAGGCAA
GGTTGAAGGCTCAAAGGAGGGCCAAAGAGATGGAAGCAACCAACAGAAAGCCTGTGGAGA
AGTTCCAAGAGATGTCTGAGATAAGGAAGCATTACTTTGAAATGAAGGAGAAGCTTACTA
AGCAACATAAGTTGGAGACTCTCCTTAGAAAAAAAGAGCCTCTTAGTGAGATTGAACTGG
CTTTAAAGAACAAACTAATAAAAGATATGTTGTCATAAGCATCTATGATGTCTATAGAGT
CTAGTCTGCTTCTGTTTATGTATTTGTTTATGGAGTCAGCTTGTTTATGTTTTTCAGGTC
AGTTTGTTGTTGTTTGTCGAGTCAGTTTGCTTGTCTATGTTTTGATTATGTCTTATGTTT
TAAAAGTCGGATGAATGATGTATTTTCACTATCTATGAACTTGTTTTAGTCATGGTTTAA
AACTAAATCAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 

AF RR3BU35TF U 1
AF RR3CB38TF U 1
BS 1 609 RR3BU35TF
BS 610 611 RR3CB38TF

RD RR3BU35TF 609 0 0
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CTTTAAAGAACAAACTAATAAAAGATATGTTGTCATAAGCATCTATGATGTCTATAGAGT
CTAGTCTGCTTCTGTTTATGTATTTGTTTATGGAGTCAGCTTGTTTATGTTTTTCAGGTC
AGTTTGTTGTTGTTTGTCGAGTCAGTTTGCTTGTCTATGTTTTGATTATGTCTTATGTTT
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AACTAAATC

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DS 

RD RR3CB38TF 611 0 0
GGGAGCATTGTTGGAGGGAGCTCAAAAATGAACAGAAATGGCGGGTAAATTTTGGGACAG
ATAACAGCAAGTCAAAAAGAAGGAAGGGTGAAGATGGTTCTCAAGCTTCTTCTGTCCAGT
CATCAAGCCTTGGAGATGAAGAAGAGGCTCGTCCTGAAGGTGTGAAGAAGGCAAAGGCAA
GGTTGAAGGCTCAAAGGAGGGCCAAAGAGATGGAAGCAACCAACAGAAAGCCTGTGGAGA
AGTTCCAAGAGATGTCTGAGATAAGGAAGCATTACTTTGAAATGAAGGAGAAGCTTACTA
AGCAACATAAGTTGGAGACTCTCCTTAGAAAAAAAGAGCCTCTTAGTGAGATTGAACTGG
CTTTAAAGAACAAACTAATAAAAGATATGTTGTCATAAGCATCTATGATGTCTATAGAGT
CTAGTCTGCTTCTGTTTATGTATTTGTTTATGGAGTCAGCTTGTTTATGTTTTTCAGGTC
AGTTTGTTGTTGTTTGTCGAGTCAGTTTGCTTGTCTATGTTTTGATTATGTCTTATGTTT
TAAAAGTCGGATGAATGATGTATTTTCACTATCTATGAACTTGTTTTAGTCATGGTTTAA
AACTAAATCAT

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL7369Contig1 986 2 8 U
GGGCCGCCGGCCATTATATACGTCAAAAACCTCGAATCTATGTGTTTTCTTCTTGTTTCT
GCATCAATTTCATACATATGTTCTTCTCTAATGATTTAAAATACTCAAAACTTCAGAAAA
ATATTTTTTTTTTGTTGAGTCCGATTTCTTCACCGAACAAGGTGAAATCGCCACGATTCC
AAGCCGATTCACGTTTATCCGCTGCGTAATCGTCCGAATCGGATGCGTTTTAGAACAAAT
TTAATTGTAACCAACTAGAAGCGGAATAACAGAAAGAAAAAAAAAAAAAGAGAAAAGAGA
AATCAAAGGAGGAAGGAAGAGTGGGGGAGAGGGAGATGGCGAGGAGGAGGAGGGTAAGCA
AGGAAGAAGTTGTACAGAAGCTTAAGGACGACCGTCTCCGCGTCAATATCATACGTCGCC
TCAAAGATAACGAGGAATTACGAAACAAGATGATATCACTTGTCAAGGAGTCTACAGCTT
TGAATCGACCGGGTGGGTGCTCAAACTATGGCAGCTCTCTGATGCTACATTCCAACAAGT
CGGCATACTTAAAAACTTAGGAGCAAGATGTTGAGCCAGCTCTCGGATGGGTTATGGGGG
ATAATAAGATCAGAAGACGGGATGAGGAGCGACATCAGAGAAACCGTGCAATCCGTCTAC
GCTACATTATCAAATCCACGAGAGAAGCTGAACATAACATCCCAGCGCCGGTTCTAAAAG
GTGAAACCGGTATTGTTCTAGCTGGTAAACAAAAGCAAGAGGTCATTCAAGGAGCTGTAA
TATAAAGCAAAGGAGAAGCAGCATGTAGTAATAGTATTAATCACATTGACAACAACAGTG
ACGAAGAAGATCCTGAAGTTCCTCCTGGTTTTGGCTAAACATGTTAATATTCTTTCCGGA
CTTTTTCTGCTAAATTCATGATGTTCTTTGTGTAAGATTATAGCTCTAAAATCAGATCTT
ATAATAACAAAATAGTTCACATTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E390TF U 1
AF RR3E390JQ C 200
BS 1 691 RR3E390TF
BS 692 692 RR3E390JQ
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BS 731 748 RR3E390TF
BS 749 986 RR3E390JQ

RD RR3E390TF 755 0 0
GGGCCGCCGGCCATTATATACGTCAAAAACCTCGAATCTATGTGTTTTCTTCTTGTTTCT
GCATCAATTTCATACATATGTTCTTCTCTAATGATTTAAAATACTCAAAACTTCAGAAAA
ATATTTTTTTTTTGTTGAGTCCGATTTCTTCACCGAACAAGGTGAAATCGCCACGATTCC
AAGCCGATTCACGTTTATCCGCTGCGTAATCGTCCGAATCGGATGCGTTTTAGAACAAAT
TTAATTGTAACCAACTAGAAGCGGAATAACAGAAAGAAAAAAAAAAAAAGAGAAAAGAGA
AATCAAAGGAGGAAGGAAGAGTGGGGGAGAGGGAGATGGCGAGGAGGAGGAGGGTAAGCA
AGGAAGAAGTTGTACAGAAGCTTAAGGACGACCGTCTCCGCGTCAATATCATACGTCGCC
TCAAAGATAACGAGGAATTACGAAACAAGATGATATCACTTGTCAAGGAGTCTACAGCTT
TGAATCGACCGGGTGGGTGCTCAAACTATGGCAGCTCTCTGATGCTACATTCCAACAAGT
CGGCATACTTAAAAACTTAGGAGCAAGATGTTGAGCCAGCTCTCGGATGGGTTATGGGGG
ATAATAAGATCAGAAGACGGGATGAGGAGCGACATCAGAGAAACCGTGCAATCCGTCTAC
GCTACATTATCAAATCCACGAGAGAAGCTGA*CATAACATCCCAGCGCCGGTTCTAAAAG
*TGAAACCG*TATTGTTCTAGCTGGTAA
CAAAGCA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3E390JQ 787 0 0
CGCTGCGTAATCGTCCGAATCGGATGCGTTTTAGAACAAATTTAATTGTAACCAACTAGA
AGCGGAATAACAGAAAGAAAAAAAAAAAA*GAGAAAAGAGAAATCAAAGGAGGAAGGAAG
AGTGGGGGAGAGGGAGATGGCGAGGAGGAGGAGGGTAAGCAAGGAAGAAGTTGTACAGAA
GCTTAAGGACGACCGTCTCCGCGTCAATATCATACGTCGCCTCAAAGATAACGAGGAATT
ACGAAACAAGATGATATCACTTGTCAAGGAGTCTACAGCTTTGAATCGACCGGGTGGGTG
CTCAAACTATGGCAGCTCTCTGATGCTACATTCCAACAAGTCGGCATACTTAAAAACTTA
GGAGCAAGATGTTGAGCCAGCTCTCGGATGGGTTATGGGGGATAATAAGATCAGAAGACG
GGATGAGGAGCGACATCAGAGAAACCGTGCAATCCGTCTACGCTACATTATCAAATCCAC
GAGAGAAGCTGAACATAACATCCCAGCGCCGGTTCTAAAAGGTGAAACCGGTATTGTTCT
AGCTGGTAAACAAAAGCAAGAGGTCATTCAAGGAGCTGTAATATAAAGCAAAGGAGAAGC
AGCATGTAGTAATAGTATTAATCACATTGACAACAACAGTGACGAAGAAGATCCTGAAGT
TCCTCCTGGTTTTGGCTAAACATGTTAATATTCTTTCCGGACTTTTTCTGCTAAATTCAT
GATGTTCTTTGTGTAAGATTATAGCTCTAAAATCAGATCTTATAATAACAAAATAGTTCA
CATTGGG

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL7370Contig1 706 2 2 U
GGGTGAGTGCAGAAACAAAAAGAAAGATTGCCGAGAGCACAAACCCTAAATGGCATCACT
CTCCATGGCCTCCGTTATCCTTAGGTTCTCTCCTTTACGCTCTTCTCCAAAGGTTTCCTC
CACTCACGTGTCCGTTCAATTCGCTCGATTCAGCTCGTCGAGCCTTGCCTCAGCTCACTG
CATTTCTGGGCTTCGTGCGGTTATTCCTCAGAAGATATCCACAGTCGTTTTTCAGAATCC
TCAGAGGCTTCAGTCTCTTACAGTTTTCGCTCATAAGGGATATAAGATGAAGACCCACAA
GGCGTCAGCGAAACGGTTTAGAGTAACGGGAAGGGGGAAGATAGTGAGGAGGAGATCCGG
GAAGCAGCATTTGTTAGCTAAGAAGAACAACAAGAGGAAGCTCCGTCTTTCCAAAATGCA
CGAAGTTAGCAGGAGCGACTATGACAATGTGATCGGAGCTCTTCCCTACCTGAAAGTCAA
TCGAAAGGCGACTTAAAAACAAGGCCTAGGGGGGTGATCCTTTCCGTACCTTTATTTCTC
ATTTTGTAATCTAAATTGTGATGGAAAGAAATACTTTTGTTTTGTGATTATGTGGTCAAT
GAGTTTCGCATTTGTGTCTTCTTGTGAATACGACGCAAGTTGTTCGTATCCTAGAGTGTA
CATGTCTGATCTGAAGTAAGAATGGCTGGATCCACCTTGTTCGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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DS 

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GF50TF U 1
AF RR3GF50JQ C 684
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CTCCTTATCTTGTAGACATAGAAAAAATTCACGGAAAGACAACTCTTAAACTAGACGAAA
TCTCTGTCGATGCATCGGACGCTTGGCGGACAGCCGACGTTCTGCTGT
C

QA 1 768 1 768
DS 

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CTACGAGGGTGGGAGCAGATGGAGACAGGAGGGAGATATTACGGCGACATGGATAGGTTG
GTGGCACTAACAAAAGGACTAAGAACATGGTCTAACTGGGTCGTTCGTTATACCAAGTCT
CCTCTCACTAGAGTTTTCTTCCTCTCCGTCTCACCCACACACTACAATCCAAATGAGTGG
ACTTCAAGAGCAAAAGCTTCAACGATAGCTCAAGGAGGAAAAAGCTGCTACGGACAAACG
ACACCGTTTAGTGGAACAACGTACCCAACAAGTTCATACGTGAACCAGAAGAAAGTGATT
GATGAAGTGGTGAAAGAGATGAATTCTCATGTTTCTTTGATGGATATATCTATGCTCTCT
GCTCTACGAATCGACGGTCATCCTTCCATCTACAGTGGAGATCTCAATCCTTCACTAAAG
AGATTTCCTGACCGTTCATCGGATTGTAGCCATTGGAGCCTTCCTGGTCTTCCCGATACT
TGGAACCAACTGTTCTATGCTGCTTTGCTGTTGTAAGATTTGACTAATCAAATATCATCC
AAATGTATCTATTGAATTCTAGTTTTTGGTTTTATTGTATGCTGTTACGTTTAACTAAAC
CTATAATCCTGGGGTTCTCTCTGTGACATTTGTTCACTGATTGTTGTTAAGAAATGCATC
TTAATTAACC

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

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TATTTTACTTGACCCGAGATCCGAACACAATAATTGTGACTGATCCATGCAGGTCATTTA
TATGTTTTTTTCTCTCTCTTTTTCCCCTTCATAAATCTTACGTACAATTTTGTTGTATCA
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TTCGTGTGTCTCCAATGAGTTACCTTTTATGTAACAGAAATTGGCTTATAAATAATATTC
CTCGGTTTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C424JQ C 1
AF RR3C424TF U 1
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CTCGGTTTG

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DS 

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TATGTTTTTTTCTCTCTCTTTTTCCCCTTCATAAATCTTACGTACAATTTTGTTGTATCA
AGGTTTTGGAGTTCTTGTACCTCCTTGTCTTAATACATCAAAACTTTTTCTCTGTATGTT
TTCGTGTGTCTCCAATGAGTTACCTTTTATGTAACAGAAATTGGCTTATAAATAATATTC
CTCGGTTTG

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL7373Contig1 546 2 1 U
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GTTCAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3D853JQ C 1
AF RR3D853TF U 1
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DS 

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GTTCAC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AATGATTAGATTTTATTAGTTCTTCAAAGTTGTGAGAGTTTGTGATGAAAATAAACAGAT
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TGGAAATGTTTTGATTGCCAAGGATTCGGTATGAAGAGCTGTCCTAAATGTGGGAAGGGA
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TGATAATTTATTTTCTGGACAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F034TF U 1
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BS 657 682 RR3F034JQ

RD RR3F034TF 656 0 0
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GCTCCATTGGTTTCTATCTCGCATACCAAAAGACAGATTGTGCTGGGACGGCGCGGTTCC
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CAATTCAATAATATGCAAAAGCATATCTATGTGCAAATATGATGTATTGTTAGTATTGAC
AATGATTAGATTTTATTAGTTCTTCAAAGTTGTGAGAGTTTGTGATGAAAATAAACAGAT
ATTCAAAAGCTGTGACACTTGTGGAGCCAAAGGAGCAATTGAATGCCCCGGTTGCAAGGG
TTTCTTAGTCTTTATTTATGCATACACTTCTTCTTTTCTAGCATTTATCATACAAATATA
ATCTTATGTTACCTCCAGGGAACAGGTAGAAATAAGAAGAATGGGAATATTTTCGAGAGG
TGGAAATGTTTTGATTGCCAAGGATTCGGTATGAAGAGCTGTCCTAAATGTGGGAAGGGA
GGTTTGACGCCAGAACAGAGAGGGGAAAGATAGAAGAACTATACTACTTGTTTTTAATAA
ACATGTACCTATTTCCATTACTTTTTAGTTGTATAACTTTCAAGATATACTAAAAA

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DS 

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CCAAAAGACAGATTGTGCTGGGACGGCGCGGTTCCGTCAAAGTTTCTGCAGCAAAATCAG
GAAATTTCTCGCTTGTTGGTTCGGTAAGGACTTCACAATTCAATAATATGCAAAAGCATA
TCTATGTGCAAATATGATGTATTGTTAGTATTGACAATGATTAGATTTTATTAGTTCTTC
AAAGTTGTGAGAGTTTGTGATGAAAATAAACAGATATTCAAAAGCTGTGACACTTGTGGA
GCCAAAGGAGCAATTGAATGCCCCGGTTGCAAGGGTTTTTTAGTCTTTATTTATGCATAC
ACTTTTTTTTTTTTAGCATTTATCATACAAATATAATCTTATGTTACCTCCAGGGAACAG
GTAGAAATAAGAAGAATGGGAATATTTTCGAGAGGTGGAAATGTTTTGATTGCCAAGGAT
TCGGTATGAAGAGCTGTCCTAAATGTGGGAAGGGAGGTTTGACGCCAGAACAGAGAGGGG
AAAGATAGAAGAACTATACTACTTGTTTTTAATAAACATGTACCTATTTCCATTACTTTT
TAGTTGTATAACTTTCAAGATATACTAAAAATTACTGATAATTTATTTTCTGGACAT

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

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AGATAACTATGAAGAAGCCATCTCAATTCAGATCCAGTCACACCCTTTTCTTCTTCATCT
GATCACCAACCAAACAACCCAACAACGATCCAGCTTCTGTAATAACAAGGAAGAAGAAAA
ACAACAATGGCGATGTTAGTTGACCCACCAAACGGGATCAAACAACAAGGCAAACATTAC
TACTCCATGTGGCAGACTCTGTTCGAAATCGACACTAAGTATGTTCCTATCAAACCCATT
GGCAGAGGAGCTTACGGTGTGGTCTGCTCTTCGGTCAACCGTGAGACCAACGAGAGAGCC
GCTATCAAAAAGATTCATAGCGTGTTTGAGAATCGTGTTGATGCTCTGAGGACGTTGAGA
GAGCTTAAGCTTCTTAGGCATGTGAGGCACGAGAATGTGATCGCCCTTAAAGATGTTATG
TTGCCTTCGGTTAGATCCAGTTTCAAAGATGTTTACTTGGTTTATGAGCTCATGGATACT
GATCTTCATCAGATCATCAAGTCCTCTCAGTCTCTTTCTGATGATCACTGCAAGTACTTC
TTGTTTCAGTTGCTAAGAGGGGTTGAAGTATCTTCACTCTGCAAACATCCTTCACCGAGA
CTTGAAGCCAGGGAACCTCTCGGTCAACGCTAACTGCGACTTAAAGATATGTGACTTCGG
GTTAGCGAGAACGAGCCAAGGCAACGAGCAGTTCATGACGGAGTACGTGGTTACACGCTG
GTACAGAGCACCTGAGCTTCTTCTGCTGTGACAACTACGGAACCTCCATCGATGTCTGGT
CAGTTGGATGCATATTCGCGGAGATTCTTGGTCGAAAACCGATTTTCCCGGGGACTGAAT
GTCTCAACCAGCTTAAGCTGATCATCAATGTTGTTGGTAGCCAGCAAGAATCTGATATTC
GGTTTATCGATAACCCGAAAGCTAGGAGGTTTATAAAGTCTCTTCCTTTCTCGAGGGGTA
CACATCTCTCTAGTCTCTACCCGCAAGCTAATCCTCTAGCAATAGATTTGTTACAGAGGA
TGCTTGTGTTTGATCCAACCAAGAGAATCTCTGTGACTGATGCACTCTT


BQ
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AF RR3AI06TF U 1
AF RR3BJ08TF U 289
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RD RR3AI06TF 757 0 0
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GTACAGAGCACCTGAGCTTCTTCT
CTGCTGTGACACT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3BJ08TF 781 0 0
G
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GCAAGTACTTCTTGTTTCAGTTGCTAAGAGGG*TTGAAGTATCTTCACTCTGCAAACATC
CTTCACCGAGACTTGAAGCCAGGGAACCTCTTGGTCAACGCTAACTGCGACTTAAAGATA
TGTGACTTCGGGTTAGCGAGAACGAGCCAAGGCAACGAGCAGTTCATGACGGAGTACGTG
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CGATGTCTGGTCAGTTGGATGCATATTCGCGGAGATTCTTGGTCGAAAACCGATTTTCCC
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QA 2 781 2 781
DS 



AS 1 2

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TCGCCAGTGAAGCCATTCTGTCTCTATTGGTGTTGTTGTTTTGTCTCAGGTTTTAGTCTG
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GTACTCTTAATTTAGCAGACTTTCTTCTTTAATTTGGGTTTAATGATCGCTTGCTGCTTG
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TTGGGTGGAGCTTCTTTCGATGGTAGTGGACGTTATGAGTGCGTCGCATCCATGTATCCG
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TGGACGTTATCGATTGGCGGGCGTAGACAGCAGCGATAAGTCGTGGTGTGAGTGTAAGAA
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TGGGTTTCAGTTTTATTTCTAAGCGTTGTTTCAGTAGTGTTGTTTCAGTAGTCCTGGTGT
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TGGGTTTTAGTAGCCGCCTCTTGTGGGCTCTTGGCTCTGGGGCTGTTTCGTTATGCCGCC
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FA90TF U 1
AF RR3FA90JQ C 80
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RD RR3FA90TF 712 0 0
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TTAGCTTAGTGCTGTTGGGTTGGTCTTTTGTTGTGTACGTGTATCCTTTTATCTGGAGTT
GTACTCTTAATTTAGCAGACTTTCTTCTTTAATTTGGGTTTAATGATCGCTTGCTGCTTG
TTTCACTCTTCCTTGAGTTCGTTGGAGAGTTTGATGGGCAAGACTTCGTTCTCGTGGTGT
TTGGGTGGAGCTTCTTTCGATGGTAGTGGACGTTATGAGTGCGTCGCATCCATGTATCCG
AAGGTAGTGAACCGTGTGTTGGTTCCTCTCGGTTTAAGAAGTTTCAGGCTTTTGGTTCTT
TGGACGTTATCGATTGGCGGGCGTAGACAGCAGCGATAAGTCGTGGTGTGAGTGTAAGAA
GTGGAGGTTATCGTGTGGCGAGCTATGGGCAGCAACGGTATTTCCCCGATCATTGGTTTT
TACTTGGTTCGAAAGTCTGCTGAGTTGTGGTTGTTTAAAACTTATGTGTAGTCGCTTATA
TGGGTTTCAGTTTTATTTCTAAGCGTTGTTTCAGTAGTGTTGTTTCAGTAGTCCTGGTGT
GGGTTTTAGTGGCCGCTTCCTGTGGGCTTTCGGT*CTGTTTCAGTTTGTCGT

QA 1 712 1 712
DS 

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TTGGTCTTTTGTTGTGTACGTGTATCCTTTTATCTGGAGTTGTACTCTTAATTTAGCAGA
CTTTCTTCTTTAATTTGGGTTTAATGATCGCTTGCTGCTTGTTTCACTCTTCCTTGAGTT
CGTTGGAGAGTTTGATGGGCAAGACTTCGTTCTCGTGGTGTTTGGGTGGAGCTTCTTTCG
ATGGTAGTGGACGTTATGAGTGCGTCGCATCCATGTATCCGAAGGTAGTGAACCGTGTGT
TGGTTCCTCTCGGTTTAAGAAGTTTCAGGCTTTTGGTTCTTTGGACGTTATCGATTGGCG
GGGGTAGACAGCAGCGATAAGTCGTGGTGTGAGTGTAAGAAGTGGAGGTTATCGTGTGGC
GAGCTATGGGCAGCAACGGTATTTCCCCGATCATTGGTTTTTACTTGGTTCGAAAGTTTG
CTGAGTTGTGGTTGTTTAAAACTTATGTGTAGTCGCTTATATGGGTTTCAGTTTTATTTC
TAAGCGTTGTTTCAGTAGTGTTGTTTCAGTAGTCCTGGTGTGGGTTTTAGTGGCCGCTTC
CTGTGGGCTTTCGGTTCTGTTTCAGTTTGTCGTCCCCGGTGTGGGTTTTAGTAGCCGCCT
CTTGTGGGCTCTTGGCTCTGGGGCTGTTTCGTTATGCCGCCAGTTTGTGTATGAGTGTTT
TTACTTTTTAATGAAATTTCAATTTGGG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL7378Contig1 638 2 7 U
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CACTCGCCATGTCCGGAGAAGAAGAAGAAGAGAACGCCGCCGAGCTCAAGATCGGAGACG
AGTTTTTGAAGGCAAAGTGTTTAATGAACTGTGAGGTCTCATTGATCCTCGAGCACAAGT
ATGAACAGCTTCAGCAGGTCTCCGAGGATCCTATGAATCAAGTTTCTCAAGTGTTTGAGA
AGTCCTTGCAGTATGTGAAGCGGTTTAGCCGGTACAAGAATCCAGATGCTGTTAGACAAG
TTCGAGAAATCCTGAGTAGACATCAACTCACTGAGTTTGAGCTCTGTGTTCTTGGCAATC
TCTGTCCTGAAACTGCTGAAGAAGCAGTGGCTATGGTTCCTTCTCTCAAGACAAAAGGAA
GAGCTCATAGTGATGAAGCAATTGAGAAGATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAAAGAT
TCGAGTAGTGCAAAACATTCTCAAGATCTTACATATTATAAACATAAATCTTTTTAGCTG
ATGACGTCTGGAGTTGATTTTTCATGTCTGCCTTCAATGTTAAATGAATGTAATTGGCAA
TGGGATGATCCCAAGCTTGCAATGATATATGAATTATG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3C996TF U 1
AF RR3F656TF U 1
BS 1 169 RR3C996TF
BS 170 170 RR3F656TF
BS 171 595 RR3C996TF
BS 596 596 RR3F656TF
BS 597 603 RR3C996TF
BS 604 604 RR3F656TF
BS 605 638 RR3C996TF

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CACTCGCCATGTCCGGAGAAGAAGAAGAAGAGAACGCCGCCGAGCTCAAGATCGGAGACG
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AGTCCTTGCAGTATGTGAAGCGGTTTAGCCGGTACAAGAATCCAGATGCTGTTAGACAAG
TTCGAGAAATCCTGAGTAGACATCAACTCACTGAGTTTGAGCTCTGTGTTCTTGGCAATC
TCTGTCCTGAAACTGCTGAAGAAGCAGTGGCTATGGTTCCTTCTCTCAAGACAAAAGGAA
GAGCTCATAGTGATGAAGCAATTGAGAAGATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAAAGAT
TCGAGTAGTGCAAAACATTCTCAAGATCTTACATATTATAAACATAAATCTTTTTAGCTG
ATGACGTCTGGAGTTGATTTTTCATGTCTGCCTTCAATGTTAAATGAATGTAATTTGCAA
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QA 1 638 1 638
DS 

RD RR3F656TF 638 0 0
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CACTCGCCATGTCCGGAGAAGAAGAAGAAGAGAACGCCGCCGAGCTCAAGATCGGAGACG
AGTTTTTGAAGGCAAAGTGTTTAATGAACTGTGAGGTCTCATTGATCCTCGAGCACAAGT
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TTCGAGAAATCCTGAGTAGACATCAACTCACTGAGTTTGAGCTCTGTGTTCTTGGCAATC
TCTGTCCTGAAACTGCTGAAGAAGCAGTGGCTATGGTTCCTTCTCTCAAGACAAAAGGAA
GAGCTCATAGTGATGAAGCAATTGAGAAGATGCTCAATGATCTCTCCCTTGTCAAAAGAT
TCGAGTAGTGCAAAACATTCTCAAGATCTTACATATTATAAACATAAATCTTTTTAGCTG
ATGATGTCTGGAGTTGATTTTTCATGTCTGCCTTCAATGTTAAATGAATGTAATTGGCAA
TGGGATGATCCCAAGCTTGCAATGATATATGAATTATG

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

CO CL7379Contig1 621 2 1 U
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TGTTTGGTCCTCTCGCTGATCACATCCAAGTTACTGAGTTCACCATCAGAGATGCGTATA
CTCTGAGGATGTTTGAAGATAATCAGACGAGGCTGCCGAGTTGGTGTAACACAGAGAAAG
GGAAGCTTGAGTTCTGTCAGATTCTGGGTGAGTACAGAATGGAGTTGCCTGGTTATAACA
GTATTGACCCTCATCCAAACATGAACGAGAATTGCCCTTCTTTGCCTCCTCATTATGAGA
GGCCTTCTAAGTGTTAGGAAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AF13JQ C 1
AF RR3AF13TF U 1
BS 1 621 RR3AF13TF

RD RR3AF13JQ 621 0 0
GGGAGTACGCACGGAGCATGCTGGGAAAGCCTTACGGATATCACAACATGATATTCAGCT
GGATCGATACTCTTGCCGATAACTACCCGCCTCCCCTTGATGCTCACTTGGTTATTTCTG
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TCAATAAACGGCTTGGTACCGAGGATCTTGATTTGTATGGGGTTCTTGAAGAAACAGCGA
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TGTTTGGTCCTCTCGCTGATCACATCCAAGTTACTGAGTTCACCATCAGAGATGCGTATA
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GGCCTTCTAAGTGTTAGGAAG

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3AF13TF 621 0 0
GGGAGTACGCACGGAGCATGCTGGGAAAGCCTTACGGATATCACAACATGATATTCAGCT
GGATCGATACTCTTGCCGATAACTACCCGCCTCCCCTTGATGCTCACTTGGTTATTTCTG
TCATGTCTATGTGGACTCGTGTGCAACCTGCGTATGCTGCTAATATGTGGAACGAGGCAC
TCAATAAACGGCTTGGTACCGAGGATCTTGATTTGTATGGGGTTCTTGAAGAAACAGCGA
GGCGTGGGATGTCGTTTGATGAGCTACTCACCATCCCTGAACGGGATGAGTGGGTTTACA
GCGACGGGAAGCCAACGACGTGCGTTGCTTTTATCCTTGCTATGTACAAAGCCGCTGGTG
TGTTTGGTCCTCTCGCTGATCACATCCAAGTTACTGAGTTCACCATCAGAGATGCGTATA
CTCTGAGGATGTTTGAAGATAATCAGACGAGGCTGCCGAGTTGGTGTAACACAGAGAAAG
GGAAGCTTGAGTTCTGTCAGATTCTGGGTGAGTACAGAATGGAGTTGCCTGGTTATAACA
GTATTGACCCTCATCCAAACATGAACGAGAATTGCCCTTCTTTGCCTCCTCATTATGAGA
GGCCTTCTAAGTGTTAGGAAG

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

CO CL7380Contig1 1443 2 2 U
GGGCTTTTCATAATTAAGAAAAACATTTGGTAACTAATGCGATCTCCCTCTCACGTCACT
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GTCTCCTTTGCAATGAAGAAGCTTGTATGGAGTCTGACATCATTTGGTCTCCTTCTCTTA
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GGATGTTCTGCCGGAGGTCTTGCAGCGATATTACACTGTGATAAATTTACGAATATGTTT
GATCCTTCCACCAGAGTAAAATGTCTGAGTGATGCTGGCCTTTTCCTTGATGCTACTGAT
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GCAACACAGCTCCCTAATGACTGTTTAAGACGTCTAAATTCAACTTCGTGTTTTTTCGCA
CAAAACCTAATAAACCAAGTCAAGAATCCATTGTTTATTCTAAATGCTGCATATGATTCG
TGGCAGATCCAAGAGAGTTTAACTCCTAAATCTGCCGATCCAAGTGGAAGTTGGTCTGAC
TGTAGATTTAACATCGCCAAGTGCAATGCATCTCAGATCAAGTTTTTGCACGGTTTCAGG
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AACTCGTGCTTTGTTCAATGCCAAACCGAGAATCATAACACATGGTATACCAAAAATTCT
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CAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3AU33TF U 1
AF RR3AU33JQ C 619
BS 1 685 RR3AU33TF
BS 686 1443 RR3AU33JQ

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ATGCTTCCTGTAAATGGGGTGATGGAGTATGACGAAATAGAAAGGTTCACAGATTTTAAT
GGAACGAAGATGGTTGAAAATGACGTTCGTTCTAAAGCAAAGCTTCTACAGGTACCACTC
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TATCATTTTCATCCCGGGTCTGGTTCAGGAGCAAAGAATTGGCTCGTTCAATTGGAGGGA
GGTCAATGGTGTGGTACCATTAAAAGTTGTGTAAACATGAAAACAACTAGTCACGGGTCG
TCCAAGTATATGGAAAAACAGTTACCTTTTACAGGAATTTTAAGTGACAAAGCCGCAGAA
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GCTGCTATGGTAGAGTTGATGGGGA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3AU33JQ 825 0 0
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CTTAGCCGTTTATATGCAGATGTAGTAAAATTACAGAATATTGCAACACAGCTCCCTAAT
GACTGTTTAAGACGTCTAAATTCAACTTCGTGTTTTTTCGCACAAAACCTAATAAACCAA
GTCAAGAATCCATTGTTTATTCTAAATGCTGCATATGATTCGTGGCAGATCCAAGAGAGT
TTAACTCCTAAATCTGCCGATCCAAGTGGAAGTTGGTCTGACTGTAGATTTAACATCGCC
AAGTGCAATGCATCTCAGATCAAGTTTTTGCACGGTTTCAGGACTCGTATGGTGAATCTA
ATCAGTGGTTTTGGAAAGCCAAGTAAGAACGGAATGTTTATTAACTCGTGCTTTGTTCAA
TGCCAAACCGAGAATCATAACACATGGTATACCAAAAATTCTCCTGCCGTTAAGAACAAG
AGGATTGCAACAGCTGTGGGAGATTGGTATTTCGAAAGAGGAGGAGCAAAGCCCATAGAC
TGTGCTTATCCTTGTGACAAGACTTGCCGCAATGAAGTTGTCGAATGATATTTAAATTGT
TTTTCTTTTTCTTAAAATAATAAATTAGGGATTCATCCCGCACAC

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 2

CO CL7381Contig1 794 2 3 U
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GTTTCTGAAAGAATCCACAAAAGATATTATGGCATTGAAGCTTAACCCTTTGGCATCTCA
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TGAAGATCAGGTGAGAGAGTTAAGAGAGAGGGCGAGAGAGCTCCCTGATGATTACTTTGT
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CACTTTGGATGGAGTAAGGGATGAAACTGGTGCTAGCCCCACTTCATGGGCTATTTGGAC
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CCACTTCGTCTCTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN23TF U 11
AF RR3DV49TF U 1
BS 1 255 RR3DV49TF
BS 256 256 RR3FN23TF
BS 257 794 RR3DV49TF

RD RR3FN23TF 634 0 0
GG
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ATCCACAAAAGATATTATGGCATTGAAGCTTAACCCTTTGGCATCTCAGCCTTACAACTT
CCCTTCCTCGGCTCGTCCGCCAATCTCTACTTTCAGATCTCCCAAGTTCCTCTGCCTCGC
TTCTTCTTCTCCGGCTCTCACCTCCAAGGAGGTTGAGACTCTGAAGAAGCCATTTACGCC
ACCAAAGGAAGTGCACGTTCAAGTCCTGCACTCCATGCCACCCCAAAAGATCGAGATCTT
CAAATCTATGGAAGGCTGGGCCGAGCAGAACCTTCTAACTCATCTCAAAGACGTGGAGAA
GTCGTGGCAGCCCCAGGACTTCTTACCCGACCCTGCATCCGACGGGTTTGAAGATCAGGT
GAGAGAGTTAAGAGAGAGGGCGAGAGAGCTCCCTGATGATTACTTTGTTGTTCTGGTGGG
AGACATGATCACGGAAGAAGCGCTTCCCACCTATCAAACCATGCTGAACACTTTGGATGG
AGTAAGGGATGAAACTGGTGCTAGCCCCACTTCATGGGCTATTTGGACAAGAGCTTGGAC
TGCAGAAGAGAACTGACATGGTGATCTTTTGA

QA 3 634 3 634
DS 

RD RR3DV49TF 794 0 0
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GTTTCTGAAAGAATCCACAAAAGATATTATGGCATTGAAGCTTAACCCTTTGGCATCTCA
GCCTTACAACTTCCCTTCCTCGGCTCGTCCGCCAATCTCTACTTTCAGATCTCCCAAGTT
CCTCTGCCTCGCTTCTTCTTCTCCGGCTCTCACCTCCAAGGAGGTTGAGACTCTGAAGAA
GCCATTTACGCCACCGAAGGAAGTGCACGTTCAAGTCCTGCACTCCATGCCACCCCAAAA
GATCGAGATCTTCAAATCTATGGAAGGCTGGGCCGAGCAGAACCTTCTAACTCATCTCAA
AGACGTGGAGAAGTCGTGGCAGCCCCAGGACTTCTTACCCGACCCTGCATCCGACGGGTT
TGAAGATCAGGTGAGAGAGTTAAGAGAGAGGGCGAGAGAGCTCCCTGATGATTACTTTGT
TGTTCTGGTGGGAGACATGATCACGGAAGAAGCGCTTCCCACCTATCAAACCATGCTGAA
CACTTTGGATGGAGTAAGGGATGAAACTGGTGCTAGCCCCACTTCATGGGCTATTTGGAC
AAGAGCTTGGACTGCAGAAGAGAACCGACATGGTGATCTTTTGAATAAGTACCTTTACTT
GTCTGGTCGTGTTGACATGAGCAGATTGAAAGACCATTCAGTACTTGATTGGTTCTGGAA
TGGATCCAAGACAGAGACAATCCTTACCTTGGCTTCATCTACACTTCATTCTAGAAAGAC
CCACTTCGTCTCTC

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL7382Contig1 917 2 2 U
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GACCTTGTCCATCATCTTGTTCTTCATCCCGGTTACAATCTCTGTTCCATTCATCCTTTT
ACACGGGATTCGAGATCAATGCTCCAACGGTGGAATCAGTAGCTTCACACAGCTCCTTAG
CAACCTCTCCAACTCCCATGGCTCTTGCTTAGAAATAGGAAATGGGGAACAAGATTCTGT
GTCCATGCCGCTTATGCAACAAGCGAGTATAGCGTGTGAGAAAGTGAAACAGATGAAAGA
GTTGAGTCAAGGTTACAACATTGTTGCACAGTCTCAAGGCAACTTAGTCGCTAGAGGCTT
AATCCAGTTCTGCGACAATGCTCCTCCTGTCTTCAACTATGTCTCCTTAGGAGGTCCTCA
CGCTGGCATAGCTGACATACCCAAGTGTACTTCTCCAGTGTGCCAGCTACTGAGAACAGA
TGTCTACCGCGACTATGTTCAGGATCATATTGCTCCAAGTGGTTATATCAAGATCCCTAA
TGAGATGTCAAAGTACTTGGAACACTCCAAGTACCTGCCAAAACTCAACAGCGAGAGACC
TAACCAGAGGAACTCCATTTATAAAGAACGTTTCACCATCTTGCACAACTTGATCCTAGT
CATGGTGCCGCCTCCTAAAACAATGATCCTTGAGATTCAACCCAATTCTTGAACATGATT
GTTGGATGATTAGATTCTAAATCTACTTTATTAAAACAGAAGTACACATATGGATTAACC
CTAAGATTACTATTTATTTACAAGTCTATGCCAGTGAAGTATTTAATAATCCTACATTTA
AGTAATTCATGTCTTTTCTTAATTTATTAAATGATTTTCTAAATCAGATTTTAAACTAAA
AAAGATTTGAGAACAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DQ33TF U 1
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BS 1 707 RR3DQ33TF
BS 708 917 RR3DQ33JQ

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CAACCTCTCCAACTCCCATGGCTCTTGCTTAGAAATAGGAAATGGGGAACAAGATTCTGT
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AATCCAGTTCTGCGACAATGCTCCTCCTGTCTTCAACTATGTCTCCTTAGGAGGTCCTCA
CGCTGGCATAGCTGACATACCCAAGTGTACTTCTCCAGTGTGCCAGCTACTGAGAACAGA
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TGAGATGTCAAAGTACTTGGAACACTCCAAGTACCTGCCAAAACTCAACAGCGAGAGACC
TAACCAGAGGAACTCCATTTATAAAGAACGTTTCACCATCTTGCACAACTTGATCCTAGT
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QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3DQ33JQ 715 0 0
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GTTGCACAGTCTCAAGGCAACTTAGTCGCTAGAGGCTTAATCCAGTTCTGCGACAATGCT
CCTCCTGTCTTCAACTATGTCTCCTTAGGAGGTCCTCACGCTGGCATAGCTGACATACCC
AAGTGTACTTCTCCAGTGTGCCAGCTACTGAGAACAGATGTCTACCGCGACTATGTTCAG
GATCATATTGCTCCAAGTGGTTATATCAAGATCCCTAATGAGATGTCAAAGTACTTGGAA
CACTCCAAGTACCTGCCAAAACTCAACAGCGAGAGACCTAACCAGAGGAACTCCATTTAT
AAAGAACGTTTCACCATCTTGCACAACTTGATCCTAGTCATGGTGCCGCCTCCTAAAACA
ATGATCCTTGAGATTCAACCCAATTCTTGAACATGATTGTTGGATGATTAGATTCTAAAT
CTACTTTATTAAAACAGAAGTACACATATGGATTAACCCTAAGATTACTATTTATTTACA
AGTCTATGCCAGTGAAGTATTTAATAATCCTACATTTAAGTAATTCATGTCTTTTCTTAA
TTTATTAAATGATTTTCTAAATCAGATTTTAAACTAAAAAAGATTTGAGAACAGC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL7383Contig1 732 2 1 U
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AGATGAGACCAACAAAGAACACCCGAGAAAGAAAAAGCTCAAGAGCTCAGGTATTGAAAC
GGTTATTTACAAGGAGATTCCACCACCGGAATGCTTGAAAACTGGGCTAGATTTCTTGAA
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CCGACTTATCACCGGTGCTGCTTCATCCAAGAAACCGCGACAGAAAAAATGAAAACTCTT
AAATGATTCAAAAAATCCTTGTAGGCTTCTTCTATGCCATTACACTTTTTGTTTCTGTTT
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AAGTTTCCAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3ES78TF U 1
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AGATGAGACCAACAAAGAACACCCGAGAAAGAAAAAGCTCAAGAGCTCAGGTATTGAAAC
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AAGTTTCCAAGC

QA 1 732 1 732
DS 

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CTAGATTTCTTGAAGAAGCGGAAAGCACAAGTCCCTAGATTTTCTTCAGTCCTCAAGAAC
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CTAATATAATCTATAAGTTTCCAAGC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

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CAATCAAAAATAAAAGGTCTTCAACTTG


BQ
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AF RR3B488JQ C 1
AF RR3B488TF U 1
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DS 

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CAATCAAAAATAAAAGGTCTTCAACTTG

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL7385Contig1 715 2 1 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BE28JQ C 1
AF RR3BE28TF U 1
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CGCACTTACTTCAATGATCTTACGACCGAGTCTGCAAGGGAGTTGTTTTCTCGCTTTTTC
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CGAACAGCTCACAACTGGAAGATCAAGCAGAAGTGAAAAAAAAACAAGAAAAAAAACCTG
CCCTCTGCTTAACTCTCTTCTTGCTTCTGTACGTTTGGAGGTTTGACGATACCAGAGATA
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TGAGAGACGAACGTTTGTAGTTGGTTTTCAGAGGAATAAAAGAAACTTTACATCT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL7386Contig1 762 2 8 U
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TGCAATAGCTGACATGAAAGAGAGCAAGATATGGGATGCGTA


BQ
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AF RR3G317TF U 1
AF RR3DC59TF U 52
BS 1 240 RR3G317TF
BS 241 241 RR3DC59TF
BS 242 324 RR3G317TF
BS 325 325 RR3DC59TF
BS 326 540 RR3G317TF
BS 541 541 RR3DC59TF
BS 542 697 RR3G317TF
BS 698 762 RR3DC59TF

RD RR3G317TF 697 0 0
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QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3DC59TF 711 0 0
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TCTTCTCAACGAAGTTGAAAGAAATCTTCAGGATGCCATGTCTGTTTCAAGAAACATCAT
CAAGAACCCAAAGCTTGTTCCTGGTGGAGGAGCCACTGAATTAACCGTTTCCGCCACTTT
AAAACAGAAAAGTGCAACGATTGAAGGAATCGAAAAGTGGCCTTATGAAGCAGCTGCTAT
AGCTTTTGAGGCTATTCCGCGTACTCTAGCACAGAACTGTGGAGTTAACGTGATCAGAAC
TATGACAGCACTGCAAG*AAAGCATGCAAATGGTGAGAATGCCTGGACTGGAATCGATGG
AAACACTGGTGCAATAGCTGACATGAAAGAGAGCAAGATATGGGATGCGTA

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GP04JQ C 1
AF RR3GP04TF U 1
BS 1 688 RR3GP04TF
BS 689 689 RR3GP04JQ
BS 690 701 RR3GP04TF

RD RR3GP04JQ 701 0 0
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AGATCATTGGATGGCATTCAGGTTGAGTTACAAGCCACTGATCCTAGCGAAATGAGCTTT
GACATCGTCAAAAGCCGAGCTCTCTAGACATTTTCCTTGTATTCATCAAGCCATTATATA
TCATCTTTCGTATTTTCTGATATTAAAAACAAAATCTAAACACTCTCCATGTTATGTAAT
TTTCTTGGTTAAGATCTGAATTCTTCAATGTCGTCTCTACTCTTTTTTCACTTCCCTTTT
GTAAACATATTCTTATGAAATGTTAAAAACATGTTTTCATG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3GP04TF 701 0 0
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GCAGTGGAGGACAACTGCAAGCTGAAGTTTATGGAGCTAAAGAAAAGAACCTATCGATTC
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ACTTACGACGATTTCACCAATTCCCTCCCTGCCGACGAGTGCCGCTATGCGGTTTTCGAT
TTAGATTTTACCACCAATGAAAACTGCCAGAAGAGCAAAATCTTCTTCATCGCCTGGTCT
CCGGATTCATCTAGAGTGAGGATGAAGATGGTGTACGCGAGCTCTAAGGATAGGTTCAAG
AGATCATTGGATGGCATTCAGGTTGAGTTACAAGCCACTGATCCTAGCGAAATGAGCTTT
GACATCGTCAAAAGCCGAGCTCTCTAGACATTTTCCTTGTATTCATCAAGCCATTATATA
TCATCTTTCGTATTTTCTGATATTAAAAACAAAATCTAAACACTCTCCATGTTATGTAAT
TTTCTTGGTTAAGATCTGAATTCTTCAATGTCGTCTCTACTCTTTTTTCACTTCCCTTTT
GTAAACATATTCTTATGAAATGTTAAAA*CATGTTTTCATG

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

CO CL7388Contig1 894 2 2 U
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TCCCCAGTCGAAAGACGTTGTTCTTGGAAGCTGTACCGTGCTTGAGACCGCTGGTCAAGG
AGCTCTCGCTTCTCTTTATCAGTTACTACAGTCCTCAATCAACACGAAAGAATCAGAGTC
AGTGAGCTGTGGAAAAACCATATGGGTTCATTTGGGAGTTAACAGTGGCGCTACGAAATT
CGCAATTGAGCAACAAGCTGTGAATGAAGCGACGTTCCGTTGCCCTGATGAAATGGGTTG
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TACTCTTCCTGTTGAAGAGATAACGAAGGCCTTAGAGAAGAAGGGCTTTGAGGTGATAAC
TTCAGATGATGCCGGTCGTTTTGTGTGCAACTACGTCTATTACCACTCACTGAGATTTGC
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GGAGACTCAGATGAGATTCACGGCTTCTCTCCTGGAGGTACTCACATCTGTTTGCAAGTA
GTGTTGTCCTAAAATGTGGCTGATTCTTGTTCATGAATTGAGCCTATCATGAACCGATTT
GTCTTGCCACCAATTATCGCCTATCAATAAATATGAAATATAAGTTCACTTCCC


BQ
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GAAACCTCAGCATTTGCCTATTGTTCCCTCTGATGGTCCAATCTCAACTGTAAGAAAGAC
TACTCTTCCTGTTGAAGAGATAACGAAGGCCTTAGAGAAGAAGGGCTTTGAGGTGATAAC
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GTCTTG

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GCCCTGATGAAATGGGTTGGAAACCTCAGCATTTGCCTATTGTTCCCTCTGATGGTCCAA
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AGGGCTTTGAGGTGATAACTTCAGATGATGCCGGTCGTTTTGTGTGCAACTACGTCTATT
ACCACTCACTGAGATTTGCAGAACAGAACAAGACCTATTCACTCTTTGTTCACGTTCCTC
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DS 



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CCAAAATATATGACGTCGCC


BQ
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AF RR3FF22TF U 1
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GTCCTCTCTCACCAGTTTTGCTGCCGCAGATGCTGATGATTCTGACATTTTCCAGATTCA
GGGATCAGTTTACTGTGACACTTGCCGTGTCCAATTCGTTACCCGTCTCAGCAAATTCCT
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AGAAGAAGTTTGCGAGCTCGTGTTGGTCCAATCACCAGACAGTGGTTGCAGTGATGTCAG
CAAAGATGATTACTTACGTAACGCCGCTAAGATCAGTTTAACGGCGAATGACGGAATCGT
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CCAAA*TATATGACG

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AGCAAATTCCTCGAAGGTGCGAAAGTGAAGTTGGAGTGCAGAAGCAGAACAAACGGAACC
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GGTGACCACGAAGAAGAAGTTTGCGAGCTCGTGTTGGTCCAATCACCAGACAGTGGTTGC
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TAAGTGAATAACCAAAATATATGACGTCGCC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B055TF C 1
AF RR3B055JQ U 22
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BS 22 642 RR3B055JQ

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ACTTATTATTATATCTTACTTACTAAATTATTAATTTTCTGAAATAATTATATACCATAT
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CTAAACCGTTTCTCGGTTTTAATCGGCTTAGCTCGGCTAACTCAGTGTTCAAGCTCATTA
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DS 

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ACTAAATTATTAATTTTCTGAAATAATTATATACCATATCTTCAAAAATAGCTAAGATTT
TTAAAAAGAAAAAAAAACTTAAAATCTGGCGTTTTCCAAGCCGTGCATGTCGCTGACTCG
GTTTAAATGCTTCCTCATGATAGCAACTTTCGCCAATTTCTCAGCCGCTTTCCAAGCCGA
GGTTGGAGTAAGTTGCTCAGGTTTTTTCGGTTCGGTTTGCTAAACCGTTTCTCGGTTTTA
ATCGGCTTAGCTCGGCTAACTCAGTGTTCAAGCTCATTAAGCTATCATCAGAAGCGTTTG
ACCGAGCCGTCGTTAAAAGCTGATATGCTCCAGCTAAATCATCACGTTCAATCAACTTGC
GTGAACCAGCTACAGCGCGACACACCAAATGTACATTCCTCAGCCGTTCGATGCTAGAAG
ATTCGAATCGGACGGTCTGTC

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

CO CL7392Contig1 1100 2 2 U
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CGATCATCTAAATCATCACTAGAGAGACTGAGATGCAGACGTCTGTGTGACGATTCTTGG
GTTTCGATCACTCCTTTCGCCTTCTTTCCACCCATCGCAGTAAACGAGATAGTAAACATC
GTTTATTTCTGACGAGGTATGAGTTACCCAATGGTTTTACAGCAAGTGAAAATACCCAGT
GCTTGGAAGTTTAGTGAAAATGAATGCTCTGATGTTACGACAAGAGAGAACCGGCAGTTC
GGTGGTGCTGTGTTGTGTGATGTATCTGATATATTGTAATGTCTTGGTTCTGTTGAGTTT
TGTACTATGGGTGGATAATGCGAGGAACCCTGTTGTGAATCCTTTAGCTTGGATTTACCC
GGGGATGACGACTTACTAATGTGTGTCAACTAAAGACACTATTCTTGAGTAATAACTACT
TAACAAGTCAAGTTCCTCTATTTGTCCTCAACAGTCGAGACATGCTGGTGATTGTTGCTA
CAATCATTAACCCAAAAATGGGTGGAGGCCGCCTTTTCTTAATGCCACATAGGGGACACA
TATATTTTTCGACAAAGAGGCTAATGCAGTGACGATTTTGTTTTCCGATTTGGTCTCGAG
AAACACTCTGAACAACCTAGACCTGCATTTCTGAGAGGATACGTCAAGGTTGAAACCACT
GAGCATATCTGAGTTGAATGAGTTCGTGATCACAGCCGAGCCTCAGGATGGTGATGATGG
TGAGGGAGACGACTTGCCTGGGAACATTTCAGCCCTTCCTAACGTTGGTATCGAAGGTAA
CGAACGTGTGGAAACCTCATCGGCAAGATCATCCTCCAGTGGTCATGCCTTTCAACAACT
TTGAATGTGTTCAAGAAGGCACAAAAGGCTTAAGTGAACATGATGAAGTTTCTCGAGTCA
GTTTTCATTTTTCAATAATGCTTAGGCATCAAGGTTGGTTATTTTAAATTTCAAATTCTT
GAGTCAGACTTCCTCTTTGAATAATGCATAGGCATCAATGTTTCTTTCTAAATAAAAATT
CTCCTCATTTGGAGTTTTCC


BQ
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AF RR3EN44TF U 1
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TGTACTATGGGTGGATAATGCGAGGAACCCTGTTGTGAATCCTTTAGCTTGGATTTACCC
GGGGATGACGACTTACTAATGTGTGTCAACTAAAGACACTATTCTTGAGTAATAACTACT
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DS 

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GGATGGTGATGATGGTGAGGGAGACGACTTGCCTGGGAACATTTCAGCCCTTCCTAACGT
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TGCCTTTCAACAACTTTGAATGTGTTCAAGAAGGCACAAAAGGCTTAAGTGAACATGATG
AAGTTTCTCGAGTCAGTTTTCATTTTTCAATAATGCTTAGGCATCAAGGTTGGTTATTTT
AAATTTCAAATTCTTGAGTCAGACTTCCTCTTTGAATAATGCATAGGCATCAATGTTTCT
TTCTAAATAAAAATTCTCCTCATTTGGAGTTTTCC

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

CO CL7393Contig1 821 2 2 U
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TCTATTTCAGTCTCAAACTTGTCTTTGTTTTGTTGTGTCGAACATCACAAGGTTTGTGAA
ACTCTGCAAAATGGATTTGAATAAAAAAAGACTCTTTGTCG


BQ
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AF RR3EM37TF U 1
AF RR3EM37JQ C 82
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BS 703 821 RR3EM37JQ

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TCAATCAGCTCAACTCCCCCAGCAATACCAAGGACAGCCCAGTTGGTCAACTCGTCACTT
TGTGTGAGGTCAGAATGGAAGAGTAACACGGTGAGTGTTACGTAATGTTTGCTGCTACCT
AACTTCAACTGGGCCTCGTTCTGTTGAAGTCTATCTAGTTGGAGTCTTTGTGGCCTTGGC
TTGTTGTGGAGGCACTTCCTACCTGACAGATTCAGGACACAGCTCATGTTGGTGAAAGAG
ATGTATGGTAACAAGAATGAATGGTTTCTGCGGAATTGATACGAGTAAAGTGCCTTTCTC
TTACTACTTGAAGTGGAGATGTTAGACCATATATGAATGAATAAGAAAGGAAAGTACCTT
GTGGCTCTCGCTCTGGATGAGGCTCTCTCACTTTATATTTATTTATTTTCTTGCAAATAA
TGTTTTAGCTGTTCTCTTACAGCGAATATTTCTCTCTTGGGTTGCTTTGCTCCGTCTGTT
CTCTTACAGCGAATATTTCTCTCTTGGGTTGCTTTGCTCTGC

QA 1 702 1 702
DS 

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TCAGCATCCTCAGAAAGATAACTTTGTGAACGTAAACCATCAATCAGCTCAACTCCCCCA
GCAATACCAAGGACAGCCCAGTTGGTCAACTCGTCACTTTGTGTGAGGTCAGAATGGAAG
AGTAACACGGTGAGTGTTACGTAATGTTTGCTGCTACCTAACTTCAACTGGGCCTCGTTC
TGTTGAAGTCTATCTAGTTGGAGTCTTTGTGGCCTTGGCTTGTTGTGGAGGCACTTCCTA
CCTGACAGATTCAGGACACAGCTCATGTTGGTGAAAGAGATGTATGGTAACAAGAATGAA
TGGTTTCTGCGGAATTGATACGAGTAAAGTGCCTTTCTCTTACTACTTGAAGTGGAGATG
TTAGACCATATATGAATGAATAAGAAAGGAAAGTACCTTGTGGCTCTCGCTCTGGATGAG
GCTCTCTCACTTTATATTTATTTATTTTCTTGCAAATAATGTTTTAGCTGTTCTCTTACA
GCGAATATTTCTCTCTTGGGTTGCTTTGCTCCGTCTGTTCTCTTACAGCGAATATTTCTC
TCTTGGGTTGCTTTGCTCTGCCTTAACTCTCTCTTTTGTTCTATTTCAGTCTCAAACTTG
TCTTTGTTTTGTTGTGTCGAACATCACAAGGTTTGTGAAACTCTGCAAAATGGATTTGAA
TAAAAAAAGACTCTTTGTCG

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

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TATGCTAATATTTTCAGATGTAAGCAACTCCGAGACTGGAGCTCAACAGATGTTACTAGA
TACGCAAGCCATGAAGACGATTCTCCTAGAAATTCCTTCCCTTGCTAGACAGACTTCAAC
TGCTGCCAGCTATTCCAAATTTGTGAGCCGTGAAATGAGCAGAGCTGAAGCACTCCTTAA
GGTCATACTCTCCCCAATCGATTCAGTGGCTGACACTTACCGTGCACTGTTTCCAGAAGG
AACTCCCATGGAGTTTCAGCGCATCTTGGAACTTAAGGGCCTTAAGAAAGCTGATCAGCA
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GGCAATGCGACAACCGGTTCCAACCACACCTGCGCCGCCAATGGCAATCACTAATCAGGC
TACGGCCGCTGGGTTCATAGCAAACAGCTAGGATGTGTTGACCATAGCAGCGGCTCTTGG
CAGAGGAGCTGCAACCACAGGCTTTAAGAAGTTCATTGCTCTTACTGAAGCTGCCAAAGA
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AGTGTTTTCATGTACCATGTGGAGAAATAAAAGTTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A826TF U 24
AF RR3A826JQ C 1
BS 1 23 RR3A826JQ
BS 24 738 RR3A826TF
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CAGTGGCTGACACTTACCGTGCACTGTTTCCAGAAGGAACTCCCATGGAGTTTCAGCGCA
TCTTGGAACTTAAGGGCCTTAAGAAAGCTGATCAGCAGAGCATACTTGATGATTTCAACA
AGCATGGCCCAGGACTTACACAGCCCTCTGTTTCAGCGGCAATGCGACAACCGGTTCCAA
CCACACCTGCGCCGCCAATGGCAATCACTAATCAGGCTACGGCCGCTGGGTTCATAGCAA
ACAGCTAGGATGTGTTGACCATAGCAGCGGCTCTTGGCAGAGGAGCTGCAACCACAGGCT
TTAAGAAGTTCATTGCTCTTACTGAAGCTGCCAAAGACCGCAAAGATGGGCCTTTAAGGA
GACTCTTCAACGCTTGATTTGTTTCTTTTCTACCTCCATCTCTTTTTTTTTGTCCATCTC
TTTTCTACCTCCATCTCAACTTTTGATTTTTTTGCAATTCCCTTCGTAGTTTCAC

QA 1 715 1 715
DS 

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TGCTGCCAGCTATTCCAAATTTGTGAGCCGTGAAATGAGCAGAGCTGAAGCACTCCTTAA
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AACTCCCATGGAGTTTCAGCGCATCTTGGAACTTAAGGGCCTTAAGAAAGCTGATCAGCA
GAGCATACTTGATGATTTCAACAAGCATGGCCCAGGACTTACACAGCCCTCTGTTTCAGC
GGCAATGCGACAACCGGTTCCAACCACACCTGCGCCGCCAATGGCAATCACTAATCAGGC
TACGGCCGCTGGGTTCATAGCAAACAGCTAGGATGTGTTGACCATAGCAGCGGCTCTTGG
CAGAGGAGCTGCAACCACAGGCTTTAAGAAGTTCATTGCTCTTACTGAAGCTGCCAAAGA
CCGCAAAGATGGGCCTTTAAGGAGACTCTTCAACGCTTGATTTGTTTCTTTTCTACCTCC
ATCTCTTTTTTTTTGTCCATCTCTTTTCTACCTCCATCTCAACTTTTGATTTTTTTGCAA
TTCCCTTCGTAGTTTCACTTTTATGTGTGTTTCCGTGGTAGGTATAAATCAGAGATTCAT
AGTGTTTTCATGTACCATGTGGAGAAATAAAAGTTTTAG

QA 1 819 1 819
DS 



AS 1 2

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AAGAATGGGAAGTGTAGAAGTTGGAGAAAAGAAAGCTTTAGGATGGGCTGCAAGAGATCC
TTCTGGTGTTCTCTCTCCTTACTCCTACACTCTGAGGAGCACAGGGCCAGCTGATGTGTA
CATAAAGGTTATATGCTGTGGAATCTGCCATACTGATATTCATCAGATTAAAAATGATCT
TGGAATGTCCAACTATCCTATGGTTCCTGGACACGAGGTGGTAGGTGAAGTGGTTGAAGT
GGGATCAGATGTGAGCAAGTTCACCGTAGGTGATGTGGTCGGAGTCGGCGTCATCGTCGG
CTGCTGCGGTAGCTGCAACCCCTGCAGCTCAGATCTTGAACAGTACTGTAACAAGAGGAT
CTGGAGTTACAACGATGTGTACACCGACGGCAAACCAACTCAAGGTGTCTTCGCAGACAC
TATGATCGTCAATCAGAAGTTTGTCGTGAAGATTCCCGAAGGTATGCCAGTGGAACAGGC
TGCCCCGCTGCTCTGCGCCGGAGTAACTGTGTACAGTCCGTTGAGCCACTTCGGTCTAAT
GTCAAGCGGGCTCAAAGGAGGGATCCTAGGGTTAGGAGGAGTAGGGCACATGGGTGTGAA
GATAGCTAAAGCAATGGGACATCACGCGACAGTGATAAGCTCGTCAGAG


BQ
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AF RR3A737TF U 1
AF RR3A737JQ C 1
BS 1 625 RR3A737TF
BS 626 709 RR3A737JQ

RD RR3A737TF 625 0 0
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TGGAATGTCCAACTATCCTATGGTTCCTGGACACGAGGTGGTAGGTGAAGTGGTTGAAGT
GGGATCAGATGTGAGCAAGTTCACCGTAGGTGATGTGGTCGGAGTCGGCGTCATCGTCGG
CTGCTGCGGTAGCTGCAACCCCTGCAGCTCAGATCTTGAACAGTACTGTAACAAGAGGAT
CTGGAGTTACAACGATGTGTACACCGACGGCAAACCAACTCAAGGTGTCTTCGCAGACAC
TATGATCGTCAATCAGAAGTTTGTCGTGAAGATTCCCGAAGGTATGCCAGTGGAACAGGC
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GTCAAGCGGGCTCAAAGGAGGGATC

QA 1 625 1 625
DS 

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AAGAATGGGAAGTGTAGAAGTTGGAGAAAAGAAAGCTTTAGGATGGGCTGCAAGAGATCC
TTCTGGTGTTCTCTCTCCTTACTCCTACACTCTGAGGAGCACAGGGCCAGCTGATGTGTA
CATAAAGGTTATATGCTGTGGAATCTGCCATACTGATATTCATCAGATTAAAAATGATCT
TGGAATGTCCAACTATCCTATGGTTCCTGGACACGAGGTGGTAGGTGAAGTGGTTGAAGT
GGGATCAGATGTGAGCAAGTTCACCGTAGGTGATGTGGTCGGAGTCGGCGTCATCGTCGG
CTGCTGCGGTAGCTGCAACCCCTGCAGCTCAGATCTTGAACAGTACTGTAACAAGAGGAT
CTGGAGTTACAACGATGTGTACACCGACGGCAAACCAACTCAAGGTGTCTTCGCAGACAC
TATGATCGTCAATCAGAAGTTTGTCGTGAAGATTCCCGAAGGTATGCCAGTGGAACAGGC
TGCCCCGCTGCTCTGCGCCGGAGTAACTGTGTACAGTCCGTTGAGCCACTTCGGTCTAAT
GTCAAGCGGGCTCAAAGGAGGGATCCTAGGGTTAGGAGGAGTAGGGCACATGGGTGTGAA
GATAGCTAAAGCAATGGGACATCACGCGACAGTGATAAGCTCGTCAGAG

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

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ATGATATATGGAATTACTATG


BQ
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AF RR3A443JQ C 1
AF RR3A443TF U 1
BS 1 621 RR3A443TF

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QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3A443TF 621 0 0
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TGTTAGGATCTCTTACCCCATCAGCGCAAGAACCAACTGTAACAACATCAGGTAAGCATG
AGAGGATATAGACGTTGAAGTGTTTTAATTTTCATAAAATAATAATGTCACTAGTATAAT
TGTATATCCTTTCAATGTTATGTGTTCTTTTTAGAATTGGTGTGTTTCATGTCTTTCTTT
ATATACGACGGTCCATTTAAGTGGTCGTCTCTGATATGTATTTCTCTACGGCTCTAAATA
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QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

CO CL7397Contig1 1245 2 8 U
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GTGATTATCTGTCCCCTATCTTGTTCGTGATGGAGGATGAATCAGAAGCATTTTGGTGCT
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AGATCGACCTCGATTCAACAATCAGAGATGCTGAAGCACTTTGCATATGTGCTGGTGAAA
ATGGTGCTGCTAGTATCCCTCCAGGAACCCCTCCTTCACTACCCCTTGATGAAGGTATCT
TATATCCTCAGGACGATGATGTTTTGTAAGTAATTACAACTTTCC


BQ
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AF RR3C188TF U 1
AF RR3EK74TF U 654
BS 1 695 RR3C188TF
BS 696 696 RR3EK74TF
BS 697 718 RR3C188TF
BS 719 719 RR3EK74TF
BS 720 748 RR3C188TF
BS 749 749 RR3EK74TF
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BS 804 1245 RR3EK74TF

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CCGTGTATAGTTATCCTGAAAAGTTGTCAAATATTGCTGAGGAAAAATATCATGAAAGCC
CACATAGTTATCCTGTAAATGAGCATGATGAAGAAATTCCTAATATCGTTGATGTCCCTG
CTGATCCGTTAGAGTTTAACAAGTTGAGTTTGGTGTGGGGAAAACCAAGGCAGCCACCAA
TGGGTTCCAAAGAGTTCACAGCATTCTTGGATTATGAAGGCCGAGTTGTGGAATCAAAAG
CTCTTCGAGAGAGAGTTTTCTACGGAGGCATTGAACACCTATTGCGAAAAGATGTCTGGC
CCTTTCTCTTGGGATATCATGCATATGACTCAACGTATGCAGAGAGAGAATATCTTCGAT
CTGTCAAACAGATGGAATATGCAACATTGAAACAGCAGTGGCAGAGCATCTCTCCTGAAC
AAGCAAAAAGGTTCACAAAATATCGAGAGAGGAAAGGTCTGATAGATAGAGATGTGGTAA
GAACTGATAGGTCATTTGAATACTATGAAGGGGATGACAATCTGAACGTCAATAGCATGC
GTGATATTTTGTTGACCTACTCCTTCTACAATTTTGACCTCGGTTACTGCCAGGGAATGA
GTGATTATCTGTCCCCTATCTTGTTCGTGATGGAG*ATGAATCAGAAGCATTTTGGTG*T
TTGTGGCACTGATGGAACGCCTTGGACC*AACTTCAACCGTGACCAGAATGGGATGCATA
CTCAGCTCTTTGCACTGTCAAAG
TT

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3EK74TF 592 0 0
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TGGTGCTTTGTGGCACTGATGGAACGCCTTGGACCCAACTTCAACCGTGACCAGAATGGG
ATGCATACTCAGCTCTTTGCACTGTCAAAGCTGGTGGAGTTGCTCGATAGTCCGCTGCAT
GAATACTTCAAGCAGAATGACTGCTTGAATTACTTCTTCTGTTTCCGCTGGATCCTGATT
CAGTTTAAAAGGGAATTTGAGTACGAGAAGACAATGCAGCTATGGGAGGTGTTATGGACA
CAGTACCTCACGGAACACCTTCACCTATATGTTTGTGTAGCAATCTTGAAGCGATACCGC
AGCAAGATAATGGGAGAACAGATGGATTTCGACACACTCTTGAAGTTCATCAACGAGCTG
TCTGGGCAGATCGACCTCGATTCAACAATCAGAGATGCTGAAGCACTTTGCATATGTGCT
GGTGAAAATGGTGCTGCTAGTATCCCTCCAGGAACCCCTCCTTCACTACCCCTTGATGAA
GGTATCTTATATCCTCAGGACGATGATGTTTTGTAAGTAATTACAACTTTCC

QA 1 592 1 592
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7399Contig1 1309 2 2 U
CCGTGCCTTCTATGTTCACTCATCACGGCGGTGACTCGAGTTTCGCCGGACAAAAGGAGA
GTCATAGAGACGGCGAACAAGGACGAAGACGAAGACTGTGGAGAGATTCTACCTCATGAG
GAATCCTGTTCTTCCGGTCTCCGATCCTCCTCTCGCCGGAGAGAATGACACCGACGATCG
CCTTTTCAAAGGATCCGCCATGACCAAACGTGGCGCCTACGCTGCTCTCTCTTACATGGC
CTGTGCAGTGATGCTTGTGCTGTTCAATAAAGCAGCTCTCTCTTCCTATGACTTCCCCTG
TGTTAACATTATCACACTCTTTCAGATGGTGTCCTCTACCTTGTTTCTATATACCTTGAG
GCGCAAGAAGATCATCTCTTTCACAGCGGGTGATTCTGATAATAATGTCTCAGCTTTTGT
GCCGTTGAAGACATTGTTTCACACCCTTCCTCTGTCAGTTGCCTATCTTCTCTACATGCT
AGTCACTATGGCGTCTGTGAGAGGGGTTAATGTCCCCATGTACACCACGCTTAGGCGTAC
TACGGTGGCTTTTACTATGGTGATTGAGTACATGCTCTCTGGTCAGAGATATACCCGGTC
TATCATTGGGAGCGTTGGCGTTATCTTGTTTGGCGCATTTTTTGCCGGAGCTAGGGACTT
GTCATTTGACTTTTATGGATATGGTGTTGTTTTCTTAGCCAATATAACAACAGCAGTTTA
TCTAGCAACCATCTCCCGGACTGGGAAATCAAGTGGCTTGAATAGCTTTGGTCTTATGTG
GTGCAATGGAATTATATGCGGGCCAATATTGATGATATGGACATATGTTAGCGGTGACTT
GGAGAGGACTATTAACTTTCCTCACCTCTTTTCTCCCGGTTTCATGGTTGTGTTACTCTG
TTCGTGTGTGTTGGCTTTCTTCTTAAATTACTGTATTTTCCTTAACACCACTCTCAACTC
GGCTGTCACGCAGACAATCTGTGGCAATATGAAGGACGTATTCACGGTTGGACTAGGCTG
GATGTTCTTTGGTGGACTCCCATTCGACTTGATGAATGTGATTGGACAGCTTTTTGGTTT
CTTCGGGTCCGGTTTATATGCATACTATAAGATCATTGGGAGGTAAACAAAGAAGAGCCA
TTCACAAACAGGAGTGGCCCCTAGTGATGATCCTTAATGCGACGCCTCATTTTTGTTCAC
TTTTCTTGTTTTCTTGGTTCACTTTTCACGTTGATAATAGTTTAATGATATGAGAAATAT
TGTTTTAGTTCTACACAAACGGTAAACAAGCAGAAGAGTTAGGCAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C653TF U 1
AF RR3C653JQ C 732
BS 1 785 RR3C653TF
BS 786 1309 RR3C653JQ

RD RR3C653TF 785 0 0
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GTCATAGAGACGGCGAACAAGGACGAAGACGAAGACTGTGGAGAGATTCTACCTCATGAG
GAATCCTGTTCTTCCGGTCTCCGATCCTCCTCTCGCCGGAGAGAATGACACCGACGATCG
CCTTTTCAAAGGATCCGCCATGACCAAACGTGGCGCCTACGCTGCTCTCTCTTACATGGC
CTGTGCAGTGATGCTTGTGCTGTTCAATAAAGCAGCTCTCTCTTCCTATGACTTCCCCTG
TGTTAACATTATCACACTCTTTCAGATGGTGTCCTCTACCTTGTTTCTATATACCTTGAG
GCGCAAGAAGATCATCTCTTTCACAGCGGGTGATTCTGATAATAATGTCTCAGCTTTTGT
GCCGTTGAAGACATTGTTTCACACCCTTCCTCTGTCAGTTGCCTATCTTCTCTACATGCT
AGTCACTATGGCGTCTGTGAGAGGGGTTAATGTCCCCATGTACACCACGCTTAGGCGTAC
TACGGTGGCTTTTACTATGGTGATTGAGTACATGCTCTCTGGTCAGAGATATACCCGGTC
TATCATTGGGAGCGTTGGCGTTATCTTGTTTGGCGCATTTTTTGCCGGAGCTAGGGACTT
GTCATTTGACTTTTATGGATATGGTGTTGTTTTCTTAGCCAATATAACAACAGCAGTTTA
TCTAGCAACCATCTCCCGGACTGGGAAATCAAGTGGCTTGAATAGCTTTGGTCTTATGTG
GTGCA

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3C653JQ 578 0 0
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TTATATGCGGGCCAATATTGATGATATGGACATATGTTAGCGGTGACTTGGAGAGGACTA
TTAACTTTCCTCACCTCTTTTCTCCCGGTTTCATGGTTGTGTTACTCTGTTCGTGTGTGT
TGGCTTTCTTCTTAAATTACTGTATTTTCCTTAACACCACTCTCAACTCGGCTGTCACGC
AGACAATCTGTGGCAATATGAAGGACGTATTCACGGTTGGACTAGGCTGGATGTTCTTTG
GTGGACTCCCATTCGACTTGATGAATGTGATTGGACAGCTTTTTGGTTTCTTCGGGTCCG
GTTTATATGCATACTATAAGATCATTGGGAGGTAAACAAAGAAGAGCCATTCACAAACAG
GAGTGGCCCCTAGTGATGATCCTTAATGCGACGCCTCATTTTTGTTCACTTTTCTTGTTT
TCTTGGTTCACTTTTCACGTTGATAATAGTTTAATGATATGAGAAATATTGTTTTAGTTC
TACACAAACGGTAAACAAGCAGAAGAGTTAGGCAAAGC

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

CO CL7400Contig1 624 2 2 U
TTTTTCCAAAACAGCATAATAAGAAACGATCGGATCCACATTTTCCGGATCCACAACAAC
TATTTGTATAATAGCCTTAGACTAAACATACTTTTTTTTTATCAACATACTTTATTTGTT
TGATTGTGCAAAAAAAAAAATGGTAGTTCGAGTGGGCAAGCCCACTACCATCCCCGGAGT
GGAATGTCAAGGTCTCGGTGGCCCGTGTAATTGTTTGCAGCCGCATGGATTCGAAGCTGG
ATTATTGAGCATCATAGCACTAAGCTAGCCCTCAGCCGGACATCGCCTTTACCACTAGCC
CACTTACACGGGTTTGTTTGATTGTGCAATAAACTTATTTTATAAGATACAGAGAAATCA
AGTGAAAAAACCCTTAGAAAACGGTCTTTATCAGATCTTGAACTGAAGCAACACAGATTT
ACCATCAAGTCCCTTAGCCATGTAATTTTTTGAATACTCAGTCACGGTGGTGTCTTTGTA
CTTGAGAGGATTTTGTTCAGACAAAAGGTCTTGGATCGGTCCATATACTCGAAAACTCGG
TAAAGGATGCACAAAGAAAGAGGCGACAGAAATGCGAGGCTCTTCACCTCTGTTAGCCAA
AACTCTATGCTCCACGCTCAAAAA


BQ
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AF RR3DU91TF C 1
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TATTTGTATAATAGCCTTAGACTAAACATACTTTTTTTTTATCAACATACTTTATTTGTT
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GGAATGTCAAGGTCTCGGTGGCCCGTGTAATTGTTTGCAGCCGCATGGATTCGAAGCTGG
ATTATTGAGCATCATAGCACTAAGCTAGCCCTCAGCCGGACATCGCCTTTACCACTAGCC
CACTTACACGGGTTTGTTTGATTGTGCAATAAACTTATTTTATAAGATACAGAGAAATCA
AGTGAAAAAACCCTTAGAAAACGGTCTTTATCAGATCTTGAACTGAAGCAACACAGATTT
ACCATCAAGTCCCTTAGCCATGTAATTTTTTGAATACTCAGTCACGGTGGTGTCTTTGTA
CTTGAGAGGATTTTGTTCAGACAAAAGGTCTTGGATCGGTCCATATACTCGAAAACTCGG
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AACTCTATGCTCCACGCTCAAAAA

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DS 

RD RR3DU91JQ 619 0 0
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GTGCAAAAAAAAAAATGGTAGTTCGAGTGGGCAAGCCCACTACCATCCCCGGAGTGGAAT
GTCAAGGTCTCGGTGGCCCGTGTAATTGTTTGCAGCCGCATGGATTCGAAGCTGGATTAT
TGAGCATCATAGCACTAAGCTAGCCCTCAGCCGGACATCGCCTTTACCACTAGCCCACTT
ACACGGGTTTGTTTGATTGTGCAATAAACTTATTTTATAAGATACAGAGAAATCAAGTGA
AAAAACCCTTAGAAAACGGTCTTTATCAGATCTTGAACTGAAGCAACACAGATTTACCAT
CAAGTCCCTTAGCCATGTAATTTTTTGAATACTCAGTCACGGTGGTGTCTTTGTACTTGA
GAGGATTTTGTTCAGACAAAAGGTCTTGGATCGGTCCATATACTCGAAAACTCGGTAAAG
GATGCACAAAGAAAGAGGCGACAGAAATGCGAGGCTCTTCACCTCTGTTAGCCAAAACTC
TATGCTCCACGCTCAAAAA

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 2

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CACGGCAGATATAGGCTTGCTTGGAGGAGACACGCATGGAGAATCTTGGAGCAGAGGAGG
AAGATGAAGATTTGGAAAGCTGTTTCTTCTTGTTGTTACCAAGAATCCTCAGCGAGTAAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H442TF C 1
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BS 26 644 RR3H442JQ

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CGGCTTCGTCACGTTGGAGCTCAGCTTTTCTAGCCTTTCTCACATCCTTGTCGTTAACGT
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CACGGCAGATATAGGCTTGCTTGGAGGAGACACGCATGGAGAATCTTGGAGCAGAGGAGG
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AAAGCGTCGCCGGAGTAACGTACATCGTCGTCATTGAGAAAAAA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3H442JQ 619 0 0
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CGTCGTCATTGAGAAAAAA

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 2

CO CL7402Contig1 635 2 1 U
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BQ
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AF RR3EG08JQ C 1
AF RR3EG08TF U 1
BS 1 635 RR3EG08TF

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GAGTATATCCTGAGTAAAACTCATGCTGATTTCTAAAATTATAAAGCATTGGGCATATTT
GGTATCAGAAACAATAAAACATAACAGATATTTGT

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DS 

RD RR3EG08TF 635 0 0
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TTACAACAGCAGGAGGATCGGTGGTGGTTGCAGGAGAAGCTTCTAAATCTATCGTCGGCG
ACGGAGCTGAAGCAGGGGAGGTGCGATTTGAACTTGATGACCATCGTCCAAGATGTGGCT
ATCGAGGGTCGGAAGGAGGAGTATGCTGGAGCTCAGAACCGTTACATGTGACGGCACCAG
AGATATTTGACCCATCTTGAACGCTTTGCAAATTCTCCGTGGGAGAGGAAGCTGTAACAG
AGATACCGTAGAAGAGGAGATCCCCGTCTTGAAGGATTGAGACGGTGCCGGCGGCGACTC
CGGTATGGTTAGGTCGCCGAACGTTTACAGAATCGTCGATTGAAGCTTCGCTTTTTTCGC
GATTTGGGGGTGCGTACGGCGCGTGGTCGTATTACGTAATCGTGTTAAAAAGTTTTGTAA
TTTTTTTGTTTGTATCCCGAAATGTTGGTATTGCATTATGCATAACGTTTAATAGTAATC
GAGTATATCCTGAGTAAAACTCATGCTGATTTCTAAAATTATAAAGCATTGGGCATATTT
GGTATCAGAAACAATAAAACATAACAGATATTTGT

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

CO CL7403Contig1 814 2 2 U
GGCTTATGGCTGCTCTTAAAGGCAAAGGTACAAAGATGGACAAGCTCAGGTTCGCAATCA
TGTACTTGATCTCCACGGAAACCATAAACCAATCCGAAGTTGAGTCGGTGGAAGCAGCAT
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GTAAGAAGATGGGTTTGGGAGGTCCGGTCGCTTCGTCTTCTTCGTCTGGTCACTGAATTC
TTTGTTTGGTCACTGAGCTTGAGAGTTTTTTCTTTTTTTTTCTGTTTTGTTAAATAAATC
TCTTGAATGCTTTTATATTTTAAGTCTTTAATACGGATTTAGATTCTTAAGAAAAAACTT
TGCTATTCGAAACTAAATTTTAGAATTTTCAGTT


BQ
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AF RR3H085TF U 1
AF RR3H085JQ C 54
BS 1 676 RR3H085TF
BS 677 814 RR3H085JQ

RD RR3H085TF 676 0 0
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TGTACTTGATCTCCACGGAAACCATAAACCAATCCGAAGTTGAGTCGGTGGAAGCAGCAT
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GTAGCCATGTGAAGGGACCGTTTAGAGAAGCAATGGTGTTCATGATAGGTGGAGGGAACT
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TCTATGGAGCCACTGAGATTCTGACAGGAAGTGAGTTGGTGGAACAGCTGGGGCTTTTGG
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TTTGTTTGGTCACTGA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3H085JQ 761 0 0
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GCAGCATTGAACGAAGCTGGGGCTGACACAAGCGCGTTTCAGTACGTGAAGAAGATCAAA
TCCTTGAACGTGTCTCTCGCAGCTTCAGCGAACTCAGCGAGCAGAAGCAACATTGTAGAC
TGGGCGGAGAAGCTTTACGGGCAATCTATAAGCGCGGTCACAGCAGGAGTCAAGAATCTG
TTGTCTAGTGATCAACAATTGGCGGTGACTCGAACCGTTGAAGCTTTAACTGAAGGGAAA
CCGAACCCAGAGTTTGATTTTTACCTTTTGCTTGACCCGAGAGCTCCAAAGCCTGGCTCC
GGTGGTGGTAGCCATGTGAAGGGACCGTTTAGAGAAGCAATGGTGTTCATGATAGGTGGA
GGGAACTATGTTGAGTATGGGAGTTTGCAGGAGCTTACTCAGAGACAGTTGACGGTTAAG
AACGTTATCTATGGAGCCACTGAGATTCTGACAGGAAGTGAGTTGGTGGAACAGCTGGGG
CTTTTGGGTAAGAAGATGGGTTTGGGAGGTCCGGTCGCTTCGTCTTCTTCGTCTGGTCAC
TGAATTCTTTGTTTGGTCACTGAGCTTGAGAGTTTTTTCTTTTTTTTTCTGTTTTGTTAA
ATAAATCTCTTGAATGCTTTTATATTTTAAGTCTTTAATACGGATTTAGATTCTTAAGAA
AAAACTTTGCTATTCGAAACTAAATTTTAGAATTTTCAGTT

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL7404Contig1 754 2 2 U
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TCCAAGAAGATGCTTACATAAACATCTTTTTTTGAAATTTTCTCTCTTTATCACAGAGCA
CATCGCGCACTCTCCATGTGTACAAGCTTCTCTTCACTGCAAGATCAAACACTAACCTCG
GGAGCCTTTGGTCATAGTAGATCCAATAGAGATGTTTGTGAACCATTGGGCTTTGAGGTG
CCACCTCTACCTCTTCCCCTTCCTCTTCCCATTGTTGTCGAAGGCGGTGGCGCAAGTTTC
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TGGTTATTGTTAGAACCGCTGGAGAAAGATGGCACTCCTTGGCTCTGTTTTTGCTGGGGT
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GTAGAAGCAACAGAAGCGCCGTTGTTGGGACGTGGAGGCCAATTAGCAAAAGGATCTAAT
TCATCAAAACCAGGAGTAGAAGACGTTCCTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AC07TF C 1
AF RR3AC07JQ U 40
BS 1 39 RR3AC07TF
BS 40 754 RR3AC07JQ

RD RR3AC07TF 754 0 0
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CCAAAGAAGTAAACGGTGGGAGCAAGAAAACAAACAGACCAAAATTTACACAATTTGAGA
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TCCAAGAAGATGCTTACATAAACATCTTTTTTTGAAATTTTCTCTCTTTATCACAGAGCA
CATCGCGCACTCTCCATGTGTACAAGCTTCTCTTCACTGCAAGATCAAACACTAACCTCG
GGAGCCTTTGGTCATAGTAGATCCAATAGAGATGTTTGTGAACCATTGGGCTTTGAGGTG
CCACCTCTACCTCTTCCCCTTCCTCTTCCCATTGTTGTCGAAGGCGGTGGCGCAAGTTTC
ATTGCAGGTTGGCCGGTTTTGCTTGAGCCGAATATGGAGCTGATGTCTGCTGCTGGCTTT
TGGTTATTGTTAGAACCGCTGGAGAAAGATGGCACTCCTTGGCTCTGTTTTTGCTGGGGT
GGTTTCAGCGAAGACAAGGAGGCATTGCTGAATGCCCAGTTGTCATTGTTAGCTGTTTGA
AACAGAGTGCCGGCTGTTAAATTGTTGCTAAAACCAGATGCTGTGCCATTTTTCAGACCG
GTAGAAGCAACAGAAGCGCCGTTGTTGGGACGTGGAGGCCAATTAGCAAAAGGATCTAAT
TCATCAAAACCAGGAGTAGAAGACGTTCCTGTGC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3AC07JQ 715 0 0
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CAAAATTTACACAATTTGAGAGAGACGGAAACAACCTGAAAACATGAAGCTGCAGTTAGG
TTTATATGTGAACAGAACTAATCCAAGAAGATGCTTACATAAACATCTTTTTTTGAAATT
TTCTCTCTTTATCACAGAGCACATCGCGCACTCTCCATGTGTACAAGCTTCTCTTCACTG
CAAGATCAAACACTAACCTCGGGAGCCTTTGGTCATAGTAGATCCAATAGAGATGTTTGT
GAACCATTGGGCTTTGAGGTGCCACCTCTACCTCTTCCCCTTCCTCTTCCCATTGTTGTC
GAAGGCGGTGGCGCAAGTTTCATTGCAGGTTGGCCGGTTTTGCTTGAGCCGAATATGGAG
CTGATGTCTGCTGCTGGCTTTTGGTTATTGTTAGAACCGCTGGAGAAAGATGGCACTCCT
TGGCTCTGTTTTTGCTGGGGTGGTTTCAGCGAAGACAAGGAGGCATTGCTGAATGCCCAG
TTGTCATTGTTAGCTGTTTGAAACAGAGTGCCGGCTGTTAAATTGTTGCTAAAACCAGAT
GCTGTGCCATTTTTCAGACCGGTAGAAGCAACAGAAGCGCCGTTGTTGGGACGTGGAGGC
CAATTAGCAAAAGGATCTAATTCATCAAAACCAGGAGTAGAAGACGTTCCTGTGC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL7405Contig1 660 2 2 U
GCAATAGCAAGTGTTTTAGGTTTGGTCGCTCTTCGGTTAGCAGATGATGAGTTCTTACCT
TTCAACTATACCTCCTATGCATCAGAACTCAAGAAAAGTGCAGAAGATTTGGAGAAGGAG
AAGTTAGGACATGGCATAGATTTGTCTCCGTTAATAAAATCAATCCAAGATCTATCTACA
GCTGCACAAGAGATCAATATAGAGAAAGAGGAGGGAGTAAAGGGAGCTTTGAGAGTGAGA
GAGGTGAACGATAGATTAATGATGGCGGAGAGAGCTTTAACAGACAGAGATGGACTCTCT
GAAAGACCATGGTACAAGCATTTGGTATACGGACCATCCAAGTACGATGACTACGGGTCC
AAATCGTTTCCTGGAGTTGATGATGCAGTAGACAACGCAAAAAGGGTAAACACCAAAGCC
TCTTGGGAACACGTTCAACACGAGGTGTGGAGAGTTTCTAGAGCTATAAGACATGCATCA
CTTGTCTTGAAAGGTGAACTGAGATGATGATATCAAGAATGCTACTATCACACAATGTGT
AAACAATATGTTTTCCTCTGTTGTACACATGAAACAAATCTTTTAACTTTTAATCCAATT
TTAAATCTTTCGTGTGAAGCCCAATATTAATGAAAGCCCATGTAAAGGCCCATTACATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AN22TF U 1
AF RR3AN22JQ C 32
BS 1 658 RR3AN22TF
BS 659 660 RR3AN22JQ

RD RR3AN22TF 658 0 0
GCAATAGCAAGTGTTTTAGGTTTGGTCGCTCTTCGGTTAGCAGATGATGAGTTCTTACCT
TTCAACTATACCTCCTATGCATCAGAACTCAAGAAAAGTGCAGAAGATTTGGAGAAGGAG
AAGTTAGGACATGGCATAGATTTGTCTCCGTTAATAAAATCAATCCAAGATCTATCTACA
GCTGCACAAGAGATCAATATAGAGAAAGAGGAGGGAGTAAAGGGAGCTTTGAGAGTGAGA
GAGGTGAACGATAGATTAATGATGGCGGAGAGAGCTTTAACAGACAGAGATGGACTCTCT
GAAAGACCATGGTACAAGCATTTGGTATACGGACCATCCAAGTACGATGACTACGGGTCC
AAATCGTTTCCTGGAGTTGATGATGCAGTAGACAACGCAAAAAGGGTAAACACCAAAGCC
TCTTGGGAACACGTTCAACACGAGGTGTGGAGAGTTTCTAGAGCTATAAGACATGCATCA
CTTGTCTTGAAAGGTGAACTGAGATGATGATATCAAGAATGCTACTATCACACAATGTGT
AAACAATATGTTTTCCTCTGTTGTACACATGAAACAAATCTTTTAACTTTTAATCCAATT
TTAAATCTTTCGTGTGAAGCCCAATATTAATGAAAGCCCATGTAAAGGCCCATTACAT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3AN22JQ 629 0 0
TTCGGTTAGCAGATGATGAGTTCTTACCTTTCAACTATACCTCCTATGCATCAGAACTCA
AGAAAAGTGCAGAAGATTTGGAGAAGGAGAAGTTAGGACATGGCATAGATTTGTCTCCGT
TAATAAAATCAATCCAAGATCTATCTACAGCTGCACAAGAGATCAATATAGAGAAAGAGG
AGGGAGTAAAGGGAGCTTTGAGAGTGAGAGAGGTGAACGATAGATTAATGATGGCGGAGA
GAGCTTTAACAGACAGAGATGGACTTTTTGAAAGACCATGGTACAAGCATTTGGTATACG
GACCATCCAAGTACGATGACTACGGGTCCAAATCGTTTCCTGGAGTTGATGATGCAGTAG
ACAACGCAAAAAGGGTAAACACCAAAGCCTCTTGGGAACACGTTCAACACGAGGTGTGGA
GAGTTTCTAGAGCTATAAGACATGCATCACTTGTCTTGAAAGGTGAACTGAGATGATGAT
ATCAAGAATGCTACTATCACACAATGTGTAAACAATATGTTTTCCTCTGTTGTACACATG
AAACAAATCTTTTAACTTTTAATCCAATTTTAAATCTTTCGTGTGAAGCCCAATATTAAT
GAAAGCCCATGTAAAGGCCCATTACATTT

QA 1 629 1 629
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7407Contig1 835 2 2 U
GGGTATCACAACAACGCAAGGGGAAGAGAACGGGGACAAGGGAGTAGGTTTTCAGGAGAG
ATGACGACGAATGACACAAGAAACCAACATCCCGGTTGGTATTCAGGTCAGATGTACAAT
AGTTCTTACAGTCCATATTCCGCAAGTCCACAGAGACTAACGGAACAACAACAACAACCT
GAGTATTATCATCCGAGATGGAGCCATGAGATAGTCTCTGATGCGGAGGATCATCACCAG
CGTAACAGACACGCTGACTTACAGGCCCGTCGGAGACAGCCTGTGGCCAAGCGTCATATC
CGTCCAACAGCCGGTGGAGCCCCTCTCGTTAGCTGTTACAGTTGCTCAGCGAACCTGCAG
CTTCCTGCAGACTTTCTCATTTTCAAGAGGAAGTATCATCTTCTCAGATGCGGGACTTGC
AACACTGTTCTCAGATTCTCACTTCAGTCCAGAACTCATCTAGTTCCTGCAGTAGTAACA
CATGACATAAGCGCTAACAGGAGTAGCAACTCAACATCGGAGTCTCCTTCCAAACCCGAA
AAGCAGAGCTCCTCTGCTGCTCAGGAAGAGGAGGAGGAGGATGTACCTGTGGGTAGAGGC
TCTCCGCTTATCGGCTAATGGGTTATTCTACAGTAAGCCAAGTCTTTAAAGCTTCTCAGC
GTCCTCCTTCTGTGTAGATCTCTCTGCGCGCTTCCCAGATTCGCAAGTTTTGCCATTGGT
TTATCATTCTTTGTCTCACCATGTTTATAGGTAAAAGATTTGTTTCTGTTTTAAGGTAGA
GAAAACCACTGACACTTGTGCAAAATTATACAAAAAAAAAGGATACCTGTTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX87TF U 1
AF RR3BX87JQ C 44
BS 1 775 RR3BX87TF
BS 776 835 RR3BX87JQ

RD RR3BX87TF 782 0 0
GGGTATCACAACAACGCAAGGGGAAGAGAACGGGGACAAGGGAGTAGGTTTTCAGGAGAG
ATGACGACGAATGACACAAGAAACCAACATCCCGGTTGGTATTCAGGTCAGATGTACAAT
AGTTCTTACAGTCCATATTCCGCAAGTCCACAGAGACTAACGGAACAACAACAACAACCT
GAGTATTATCATCCGAGATGGAGCCATGAGATAGTCTCTGATGCGGAGGATCATCACCAG
CGTAACAGACACGCTGACTTACAGGCCCGTCGGAGACAGCCTGTGGCCAAGCGTCATATC
CGTCCAACAGCCGGTGGAGCCCCTCTCGTTAGCTGTTACAGTTGCTCAGCGAACCTGCAG
CTTCCTGCAGACTTTCTCATTTTCAAGAGGAAGTATCATCTTCTCAGATGCGGGACTTGC
AACACTGTTCTCAGATTCTCACTTCAGTCCAGAACTCATCTAGTTCCTGCAGTAGTAACA
CATGACATAAGCGCTAACAGGAGTAGCAACTCAACATCGGAGTCTCCTTCCAAACCCGAA
AAGCAGAGCTCCTCTGCTGCTCAGGAAGAGGAGGAGGAGGATGTACCTGTGGGTAGAGGC
TCTCCGCTTATCGGCTAATGGGTTATTCTACAGTAAGCCAAGTCTTTAAAGCTTCTCAGC
GTCCTCCTTCTGTGTAGATCTCTCTGCGCGCTTCCCAGATTCGCAAGTTTTGCCATTGGT
TTATCATTCTTTGTCTCACCATGTTTATAGGTAAAAGATTTGTTTCTGTTTTAAG
TAGAGAA

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3BX87JQ 792 0 0
AGTAGG
TTTCAGGAGAGATGACGACGAATGACACAAGAAACCAACATCCCGGTTG*TAT*CAGGTC
AGATGTACAATAGTTCTTACAGTCCATATTCCGCAAGTCCACAGAGACTAACGGAACAAC
AACAACAACCTGAGTATTATCATCCGAGATGGAGCCATGAGATAGTCTCTGATGCGGAGG
ATCATCACCAGCGTAACAGACACGCTGACTTACAGGCCCGTCGGAGACAGCCTGTGGCCA
AGCGTCATATCCGTCCAACAGCCGGTGGAGCCCCTCTCGTTAGCTGTTACAGTTGCTCAG
CGAACCTGCAGCTTCCTGCAGACTTTCTCATTTTCAAGAGGAAGTATCATCTTTTCAGAT
GCGGGACTTGCAACACTGTTTTCAGATTCTCACTTCAGTCCAGAACTCATCTAGTTCCTG
CAGTAGTAACACATGACATAAGCGCTAACAGGAGTAGCAACTCAACATCGGAGTCTCCTT
CCAAACCCGAAAAGCAGAGCTCCTCTGCTGCTCAGGAAGAGGAGGAGGAGGATGTACCTG
TGGGTAGAGGCTCTCCGCTTATCGGCTAATGGGTTATTCTACAGTAAGCCAAGTCTTTAA
AGCTTCTCAGCGTCCTCCTTCTGTGTAGATCTCTCTGCGCGCTTCCCAGATTCGCAAGTT
TTGCCATTGGTTTATCATTCTTTGTCTCACCATGTTTATAGGTAAAAGATTTGTTTCTGT
TTTAAGGTAGAGAAAACCACTGACACTTGTGCAAAATTATACAAAAAAAAAGGATACCTG
TTGTGT

QA 7 792 7 792
DS 



AS 1 2

CO CL7408Contig1 1206 2 2 U
GGAAGAAGAAGAGAATCCATGGCGGACAGAATCGAAGAGAAGCCATGGCGAGTTCTCGAG
TTCTACAGTGGAATCGGTGGAATGAGATACTCTTTCTCCTCCTTGCCAGCCTTATACTAG
ACAAGGCCTTCAGAAACACTCTGGTGATGCTCGGGCTTCTTCGTTTCTTAAGATTCTTGA
GCTTATACCTCATACTTCTAGGCCCCCTAGAATGTTGTTTGTTGAGAACGTTGTTGGATT
TGAGACTTCGGATACTCATATGGAAATGATTGATACGTTGAAAAAATCAGATTATGTCAC
GCAAGAGTTTATTCTGAGTCCGTTGCAGTTTGGTGTGCCGTATTCAAGACCACGTTACTT
TTGTCTGGCCAAAAGAAAGCCTCTGTCCTTTCAGTCTCAGCACAATAACAACAAGCTGCT
CTGGTCTCCAGGCCCGTTATTTGGGCGTGATGATCAGGTTGAGTTTGATAATTGTCAAGG
AGAACAAGGATCTGAAAAATTACTTCAGTCTTGCGAACCAGTAGAGAAGTTTCTTGACTC
AACAGCACAAGTAAACGGTGAGCCAAGTGGTCTTGATGAGTCTGAGAATGGATCCAGAGA
CTGTGATGGACAAGAAGATGATACTGACTCGGACTCTGTACATCAATATCTAGTACCATT
AAGTTTGATAGAGAGATGGGGAAACGCAGTGGACATTGTATACCCTGATTCGAAGAGATG
CTGTTGTTTCACAAAGAGTTATTACCGTTACGTGAAGGGTACTGGTTCCCTCTTGGCAAC
TGTCCAGCCAAAAATAAAGGGGAAGGAATCTTGTTTGAAAGAGCAGCGGCTTAGATGCTT
CACCCCTAGAGAGGTAGCAAACTTTCACTCATTCCCTGAAGACTTTGAGTTCCCAGAGCA
GATTAGCCTTCGACAGAGATATGCAATGCTTGGAAACAGTTTAAGTGTAGCAGTGGTGTG
TCCTCTGCTTCGGTATCTATTCGGTTCTTCTCCCGTCTTGACTGCGGAATAGGAAGCAGC
AAGTGACCTGACCAATGGAAATGGCAATGGCATGCATTTGTTATCAATAACTTTTCTTTT
TGTTGAATCGAATTTTGTTTCTCAGTTACCTCAGTGTAGTGTTGTAGACCAGACGGATGA
GCGAGCTTTAAGTTTCGTTGAGGAACATTGTGCGCGTTATTTATCTTCAATTTTATCAGT
TCGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3G953TF U 1
AF RR3G953JQ C 391
BS 1 705 RR3G953TF
BS 706 1206 RR3G953JQ

RD RR3G953TF 705 0 0
GGAAGAAGAAGAGAATCCATGGCGGACAGAATCGAAGAGAAGCCATGGCGAGTTCTCGAG
TTCTACAGTGGAATCGGTGGAATGAGATACTCTTTCTCCTCCTTGCCAGCCTTATACTAG
ACAAGGCCTTCAGAAACACTCTGGTGATGCTCGGGCTTCTTCGTTTCTTAAGATTCTTGA
GCTTATACCTCATACTTCTAGGCCCCCTAGAATGTTGTTTGTTGAGAACGTTGTTGGATT
TGAGACTTCGGATACTCATATGGAAATGATTGATACGTTGAAAAAATCAGATTATGTCAC
GCAAGAGTTTATTCTGAGTCCGTTGCAGTTTGGTGTGCCGTATTCAAGACCACGTTACTT
TTGTCTGGCCAAAAGAAAGCCTCTGTCCTTTCAGTCTCAGCACAATAACAACAAGCTGCT
CTGGTCTCCAGGCCCGTTATTTGGGCGTGATGATCAGGTTGAGTTTGATAATTGTCAAGG
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AACAGCACAAGTAAACGGTGAGCCAAGTGGTCTTGATGAGTCTGAGAATGGATCCAGAGA
CTGTGATGGACAAGAAGATGATACTGACTCGGACTCTGTACATCAATATCTAGTACCATT
AAGTTTGATAGAGAGATGGGGAAACGCAGTGGACATTGTATACCC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3G953JQ 816 0 0
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TGATCAGGTTGAGTTTGATAATTGTCAAGGAGAACAAGGATCTGAAAAATTACTTCAGTC
TTGCGAACCAGTAGAGAAGTTTCTTGACTCAACAGCACAAGTAAACGGTGAGCCAAGTGG
TCTTGATGAGTCTGAGAATGGATCCAGAGACTGTGATGGACAAGAAGATGATACTGACTC
GGACTCTGTACATCAATATCTAGTACCATTAAGTTTGATAGAGAGATGGGGAAACGCAGT
GGACATTGTATACCCTGATTCGAAGAGATGCTGTTGTTTCACAAAGAGTTATTACCGTTA
CGTGAAGGGTACTGGTTCCCTCTTGGCAACTGTCCAGCCAAAAATAAAGGGGAAGGAATC
TTGTTTGAAAGAGCAGCGGCTTAGATGCTTCACCCCTAGAGAGGTAGCAAACTTTCACTC
ATTCCCTGAAGACTTTGAGTTCCCAGAGCAGATTAGCCTTCGACAGAGATATGCAATGCT
TGGAAACAGTTTAAGTGTAGCAGTGGTGTGTCCTCTGCTTCGGTATCTATTCGGTTCTTC
TCCCGTCTTGACTGCGGAATAGGAAGCAGCAAGTGACCTGACCAATGGAAATGGCAATGG
CATGCATTTGTTATCAATAACTTTTCTTTTTGTTGAATCGAATTTTGTTTCTCAGTTACC
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TGCGCGTTATTTATCTTCAATTTTATCAGTTCGACT

QA 1 816 1 816
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CACAGAGGAGGTGAGAGCTAAGGCAGAGATGTACACCGGAGATGAGATGTGCCGAGAGAA
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AGAAGAGGTTGGGTATGACAGAGAGTCAGGTGTTGTGTGGCTGAAGCAGAAACAGAGCAT
CACCCACAAGTTCGAAGCGATCGATAAGCTTGTCTCCTATGGAACTGAAGTTACTGCCGT
GGTCCAAACCGGTAAGATCAAGAAGCTCACTGGAGTCAAGTCCAAGGAGCTTCTTATCTG
GGTCACTATCAGTGAGATCTATACAGAGGAGAAAGAGAAGATCACCTTTATGTCACCAAC
CACACTCTCCAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTGTAGTTCCAGAGGAAGTGGAACCTGC
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ACCTGCCAAGGAGGCTGCCAAGGAAGAACCTGCCAAGGAGGCTGTTGCCGTCAAGGATGC
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TCAACAATTTAAACCGACCATTGAGCGTTAGTGTTTCTCACTGCTCTTACTCTTATCTAT
TACCTACCCACTCGTTGCTGCTTGTTTTTACCTGTAATAAGATGTCAACATCATTCTTTT
CTACAAATATTACCGTAAAATTATTTATAAACTACATTGAAGATGGTTTCGTATGTC


BQ
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AF RR3C277TF U 1
AF RR3C277JQ C 172
BS 1 748 RR3C277TF
BS 749 749 RR3C277JQ
BS 750 759 RR3C277TF
BS 760 760 RR3C277JQ
BS 761 799 RR3C277TF
BS 800 837 RR3C277JQ

RD RR3C277TF 804 0 0
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CACAGAGGAGGTGAGAGCTAAGGCAGAGATGTACACCGGAGATGAGATGTGCCGAGAGAA
GATAAAAGTCTTCCTCAAGGAAATATCCATGCCCAATGGCTTACTACCTTTGAAGGACAT
AGAAGAGGTTGGGTATGACAGAGAGTCAGGTGTTGTGTGGCTGAAGCAGAAACAGAGCAT
CACCCACAAGTTCGAAGCGATCGATAAGCTTGTCTCCTATGGAACTGAAGTTACTGCCGT
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GGTCACTATCAGTGAGATCTATACAGAGGAGAAAGAGAAGATCACCTTTATGTCACCAAC
CACACTCTCCAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTGTAGTTCCAGAGGAAGTGGAACCTGC
CAAGGAAGAACCTGCCAAGGAGAAGAGCAGTGAAGCCACCGAGGAGGCTGCCAAGGGAGA
ACCTGCCAAGGAGGCTGCCAAGGAAGAACCTGCCAAGGAGGCTGTTGCCGTCAAGGATGC
CTAATCAAGCTTCTCACTGCTTCTACAGTTAAGAGATACCGAAATCTTTTGAAGTGTGCT
TCAACAATTTAAACCGACCATTGAGCGTTAGTGTTTCTCACTGCTCTTACTCTTATCTAT
TACCTACCCACTCGTTGCTGCTTGTTTT*ACCTGTAATA*GATGTCAACATCATTCTTTT
CTACAAATATTACCGTAAA
TTATT

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3C277JQ 666 0 0
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ACAGAGCATCACCCACAAGTTCGAAGCGATCGATAAGCTTGTCTCCTATGGAACTGAAGT
TACTGCCGTGGTCCAAACCGGTAAGATCAAGAAGCTCACTGGAGTCAAGTCCAAGGAGCT
TCTTATCTGGGTCACTATCAGTGAGATCTATACAGAGGAGAAAGAGAAGATCACCTTTAT
GTCACCAACCACACTCTCCAGGACTTTCCCTGTCTCAGCTTTTGTAGTTCCAGAGGAAGT
GGAACCTGCCAAGGAAGAACCTGCCAAGGAGAAGAGCAGTGAAGCCACCGAGGAGGCTGC
CAAGGGAGAACCTGCCAAGGAGGCTGCCAAGGAAGAACCTGCCAAGGAGGCTGTTGCCGT
CAAGGATGCCTAATCAAGCTTCTCACTGCTTCTACAGTTAAGAGATACCGAAATCTTTTG
AAGTGTGCTTCAACAATTTAAACCGACCATTGAGCGTTAGTGTTTCTCACTGCTCTTACT
CTTATCTATTACCTACCCACTCGTTGCTGCTTGTTTTTACCTGTAATAAGATGTCAACAT
CATTCTTTTCTACAAATATTACCGTAAAATTATTTATAAACTACATTGAAGATGGTTTCG
TATGTC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL7411Contig1 620 2 1 U
GTGATGCAGCAAATGATGACTCTACAGCAATCACTGTTCTCTCAGAATAGGAATACGACC
ACCCAGGATCCGGGGCAAACTGGTGCTGCTGCTACAGGCAATAACGCAGGGCTGGATTTA
TTGATGAGTATGTTTGGCAGTCTTGGTACTGGCGGTCTGAGTGGCACGAACCAACCCAAT
GTTCCTCCTGAAGAACGCTTCGCGACTCAGTTGCAACAGCTGCAAGAAATGGGATTCTAT
GACAGAGCAGAGAACATAAGGGCTTTGCTTGCAACCAATGGGAACGTTAACGCTGCTGTA
GAACGACTCTTGGGGAGTATTGGCCAGTAGTAGCAGCAGGTTCGTGAACTGATCGTCTCC
ATCCCATGTCTGTGGCATTCTCTCTCAGTTATAGAATAAACAGCCTTTTGAAAAATGTGT
TTCGGTAATGAATGATGATATTCATGGAATTTTTATAAAACTATATTTATGATAGGATCG
TGAAAGTTGTGGATAAGATTATATTTTGAGTCATCGTCGTATCATCTTTCAGTTTTTATT
TGAGGTGTGTTACTACATGTTTCGGAACTTGGAATGGCTACAGTTACATCATCTTATAGA
GTTCATTGTGATGTGTTTTC


BQ
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AF RR3BS76JQ C 1
AF RR3BS76TF U 1
BS 1 620 RR3BS76TF

RD RR3BS76JQ 620 0 0
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ATCCCATGTCTGTGGCATTCTCTCTCAGTTATAGAATAAACAGCCTTTTGAAAAATGTGT
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QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3BS76TF 620 0 0
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ACCCAGGATCCGGGGCAAACTGGTGCTGCTGCTACAGGCAATAACGCAGGGCTGGATTTA
TTGATGAGTATGTTTGGCAGTCTTGGTACTGGCGGTCTGAGTGGCACGAACCAACCCAAT
GTTCCTCCTGAAGAACGCTTCGCGACTCAGTTGCAACAGCTGCAAGAAATGGGATTCTAT
GACAGAGCAGAGAACATAAGGGCTTTGCTTGCAACCAATGGGAACGTTAACGCTGCTGTA
GAACGACTCTTGGGGAGTATTGGCCAGTAGTAGCAGCAGGTTCGTGAACTGATCGTCTCC
ATCCCATGTCTGTGGCATTCTCTCTCAGTTATAGAATAAACAGCCTTTTGAAAAATGTGT
TTCGGTAATGAATGATGATATTCATGGAATTTTTATAAAACTATATTTATGATAGGATCG
TGAAAGTTGTGGATAAGATTATATTTTGAGTCATCGTCGTATCATCTTTCAGTTTTTATT
TGAGGTGTGTTACTACATGTTTCGGAACTTGGAATGGCTACAGTTACATCATCTTATAGA
GTTCATTGTGATGTGTTTTC

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

CO CL7412Contig1 984 2 4 U
GACCACTTTTCTCCTGCCCATTTGATTGGAAACCATCATGTGGGAATAACAGGCCTGGCT
TACTCAGATCAAAGTGAGCTCCTTGTTTCGTATATGGACGAGTTCATCTATCTTTTCAGC
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AAAGAGCACAGTAACCGGGAAACAGTCAAGGGTGTGGGCTTTTTTGGACCAAAGTGTGAG
TATGTGGTTAGTGGTTCTGACTGCGGCAGAATATTTGTTTGGAGGAAGAAAGACGGAGAG
CTTCTACGTGCCATGGAAGCAGATAAACACGTTGTCAACTGTGTGGAGTCTCATCCTCAC
ATGCCACTCATTTCTAGTAGTGGGATCGAGACTGACAGCAAAATTTGGACTCCCGGAGGA
ACTGAGGAACTCGGTTCGCCTCGAAATGCAGAACAGGCTTCGGTTTCTGGTAACTCTCGT
TGGTACGTGTTTTATGATGAAGAGGGAGATGATCATGGACCCGTGTATTATGTGGATGAT
GATGAGGAGGAGGAGGAGGAAGATGAAGATGATTCTGATGATGACAGTTCAGATGATGAT
GCAAGTGCGGAAGAGGAGGCGGATAGTGATGTCGACGTTGAGATTAGGAAGGATAATGAT
GATGATGATGATAATGATAATGAGAATGATGGTGGTAAGAATGATGTTGATGATGATGAT
GATGTGGAGGACCGGGGATGATAACTTGTATGGACTACATACATGTAAACACAGGATTAA
CACAGCAAATTACCACAGAAAAAAGAGGTTTTATAATAGAGTTTAGGACTTTAGGTAGAG
ATTGGTGTATGTTTTTCCACAATTGTCTTGTAATAGGCTTTGACAGGAAAAGAAGTGAAT
GAAACGAAACATTGGGTTTGAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H566TF U 1
AF RR3H566JQ C 152
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BS 704 984 RR3H566JQ

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AAAGAGCACAGTAACCGGGAAACAGTCAAGGGTGTGGGCTTTTTTGGACCAAAGTGTGAG
TATGTGGTTAGTGGTTCTGACTGCGGCAGAATATTTGTTTGGAGGAAGAAAGACGGAGAG
CTTCTACGTGCCATGGAAGCAGATAAACACGTTGTCAACTGTGTGGAGTCTCATCCTCAC
ATGCCACTCATTTCTAGTAGTGGGATCGAGACTGACAGCAAAATTTGGACTCCCGGAGGA
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GATGAGGAGGAGGAGGAGGAAGATGAAGATGATTCTGATGATGACAGTTCAGATGATGAT
GCAAGTGCGGAAGAGGAG*CGGATAGTGATGTCGACGTTGAGA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3H566JQ 833 0 0
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ATCATGGACCCGTGTATTATGTGGATGATGATGAGGAGGAGGAGGAGGAAGATGAAGATG
ATTCTGATGATGACAGTTCAGATGATGATGCAAGTGCGGAAGAGGAGGCGGATAGTGATG
TCGACGTTGAGATTAGGAAGGATAATGATGATGATGATGATAATGATAATGAGAATGATG
GTGGTAAGAATGATGTTGATGATGATGATGATGTGGAGGACCGGGGATGATAACTTGTAT
GGACTACATACATGTAAACACAGGATTAACACAGCAAATTACCACAGAAAAAAGAGGTTT
TATAATAGAGTTTAGGACTTTAGGTAGAGATTGGTGTATGTTTTTCCACAATTGTCTTGT
AATAGGCTTTGACAGGAAAAGAAGTGAATGAAACGAAACATTGGGTTTGAGTC

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

CO CL7413Contig1 866 2 6 U
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GCTTTGGCGATTTATATTTTAGTTTTAGACGATTTTGGTGTGTTTATTTCAATCAAATCA
GAATCGTTTTCATTCTTATCTTTTTCTGATTTGGATTGAATATCAATAAAGTTATATTAT
AGTTCTTCTCCTTCTGATGAGTTTGTTTAAACCGTTTGATGGAGAGGTTGGATTTCTTTT
TTTTGCTGGAAACGCTTACATTTTGATTTGGATGCGGTGTCAAGCTTCGCTTTTGTGCCA
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AGTTAGAATCAAGCATAGTTGGAGTTGCCATAAAAGTCAGCGTTCCGACAAGGTTCTAAT
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AGATCAATGGCGATTGAAGGTATGAGGAACATGCAAGCAGTCTCAAGCAAAACCGTGATG
GAGATGGATGGTTTTCCGGCGAGTTTTCCGGCACCGTCTTTTTCCTTTATGGACTGAAGA
GATGATGCCACGAAGTCAACCACGTGTCCATCATACATTCCATCGTTATCTTTATACTAT
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CGTTTAATGAAAACGAATCAGTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GP37TF U 1
AF RR3GP37JQ C 86
BS 1 690 RR3GP37TF
BS 691 691 RR3GP37JQ
BS 692 702 RR3GP37TF
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BS 705 723 RR3GP37TF
BS 724 866 RR3GP37JQ

RD RR3GP37TF 723 0 0
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TAACACAATTCCATCTTTCAGAGGAGTAGAATTTTCCTGAGAGGAGAAAGACTACCTTTT
GATTGTATAATATTAGATCATATGATCAACTTTGTTTTCCTTTAGAGGAATTTTAGTTTC
GCTTTGGCGATTTATATTTTAGTTTTAGACGATTTTGGTGTGTTTATTTCAATCAAATCA
GAATCGTTTTCATTCTTATCTTTTTCTGATTTGGATTGAATATCAATAAAGTTATATTAT
AGTTCTTCTCCTTCTGATGAGTTTGTTTAAACCGTTTGATGGAGAGGTTGGATTTCTTTT
TTTTGCTGGAAACGCTTACATTTTGATTTGGATGCGGTGTCAAGCTTCGCTTTTGTGCCA
AGGTGGTGAAGTATCCCCGATAATCAAGACTGGAGATGTGGATCTCTCTTTGGAAATTCA
AGTTAGAATCAAGCATAGTTGGAGTTGCCATAAAAGTCAGCGTTCCGACAAGGTTCTAAT
TTTGTTTCTTCTGAAGTTTTTCCCCGGATTCAACTCTAGCAATTGGAGATGACAACCTCA
AGATCAATGGCGATTGAAGGTATGAGGAACATGCAAGCAGTCTCAAGCAAAACCGTGATG
GAGATGGATGGTTTTCCGGCGAGTTTTCCG*CACCGTCTTTT**CTTTATGGACTGAAGA
GAT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3GP37JQ 781 0 0
GTAGAATTTTC*TGAGAGGAGAAAGACTACCTTTTGATTGTATAATATTAGATCATATGA
TCAACTTTGTTTTCCTTTAGAGGAATTTTAGTTTCGCTTTGGCGATTTATATTTTAGTTT
TAGACGATTTTGGTGTGTTTATTTCAATCAAATCAGAATCGTTTTCATTCTTATCTTTTT
CTGATTTGGATTGAATATCAATAAAGTTATATTATAGTTCTTCTCCTTCTGATGAGTTTG
TTTAAACCGTTTGATGGAGAGGTTGGATTTCTTTTTTTTGCTGGAAACGCTTACATTTTG
ATTTGGATGCGGTGTCAAGCTTCGCTTTTGTGCCAAGGTGGTGAAGTATCCCCGATAATC
AAGACTGGAGATGTGGATCTCTCTTTGGAAATTCAAGTTAGAATCAAGCATAGTTGGAGT
TGCCATAAAAGTCAGCGTTCCGACAAGGTTCTAATTTTGTTTCTTCTGAAGTTTTTCCCC
GGATTCAACTCTAGCAATTGGAGATGACAACCTCAAGATCAATGGCGATTGAAGGTATGA
GGAACATGCAAGCAGTCTCAAGCAAAACCGTGATGGAGATGGATGGTTTTCCGGCGAGTT
TTCCGGCACCGTCTTTTTCTTTTATGGACTGAAGAGATGATGCCACGAAGTCAACCACGT
GTCCATCATACATTCCATCGTTATCTTTATACTATGGGCTTCATTTGGGTCAAAGTGTAA
TTTGAGTCTGTTTGTATCAACAGCCTTTGGGCTTTCGTTTAATGAAAACGAATCAGTTGA
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL7414Contig1 915 2 2 U
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TGGCCAAGCCAAAAATCTCATAGATCAGACTCGTCGTCGTCCTTCTCACTACAATAACCT
CCGCCTCCTCTCTCTTCTTCATCCTTCTTCTTCTTCATCGCGTTTCTTTTCCGACATGCC
TGCCTCTGATGTAAGAGAACAGATATACAAAGTGGCTTCTGTGAATCTTTGCTCCAACAT
CTCTGGTCAGATTCTTGCCAGCCTCGTCATGAGCCCACCCAAGCCTGGTGACGAGTCCTA
CAAGTCATACATAGCAGAGAAAGAGGGGATTCTCTCGTCTATGGCAAGACGTGCAAAGAC
CCTTGAAGAAGGTCTGAAGAAGTTGGAGGGTATAACATGCAATAGAGCAGAGGGAGCTAT
GTATCTGTTCCCTTGCATTAAACTTCCACAAAAGGCGATTGCAGCTGCAGAAGCTGCAAA
GACTTCACCCGACACTTTCTACTGCAAACGCCTTCTAAACGCTACGGGAATTGTCGTTGT
CCCTGGTTCTGGATTTAGACAGGTACCGGGAACATGGCATTTCAGGTTGACGATACTTCC
TCAAGAAGATAAGATACCGGCAATCGTGAACCGTCTTACTGAGTTCCACAAGAGCTTCAT
GGATGAGTTCCGCAACTAAGGGGATTATCTTTCTAAGACGTGATTAGTCTCTTGAGTAAT
AATAATAAGAAAAAGCGACTCGTGTCGTTTCTTTTTCGCAGACATTTGTTAAGATGTGAG
AGCATTGAGTTTTAGTGTTCGTCTTCTTTCTTATCCAGCTTTTGTGTTGCTCTTTTATAT
TGGCTGGTAGTGATAAAACAACCATATATTACTTTTGAGATGAGATTTTATAGACAAATA
AACTAAATTTCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV10TF U 1
AF RR3BV10JQ C 105
BS 1 675 RR3BV10TF
BS 676 915 RR3BV10JQ

RD RR3BV10TF 675 0 0
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TGGCCAAGCCAAAAATCTCATAGATCAGACTCGTCGTCGTCCTTCTCACTACAATAACCT
CCGCCTCCTCTCTCTTCTTCATCCTTCTTCTTCTTCATCGCGTTTCTTTTCCGACATGCC
TGCCTCTGATGTAAGAGAACAGATATACAAAGTGGCTTCTGTGAATCTTTGCTCCAACAT
CTCTGGTCAGATTCTTGCCAGCCTCGTCATGAGCCCACCCAAGCCTGGTGACGAGTCCTA
CAAGTCATACATAGCAGAGAAAGAGGGGATTCTCTCGTCTATGGCAAGACGTGCAAAGAC
CCTTGAAGAAGGTCTGAAGAAGTTGGAGGGTATAACATGCAATAGAGCAGAGGGAGCTAT
GTATCTGTTCCCTTGCATTAAACTTCCACAAAAGGCGATTGCAGCTGCAGAAGCTGCAAA
GACTTCACCCGACACTTTCTACTGCAAACGCCTTCTAAACGCTACGGGAATTGTCGTTGT
CCCTGGTTCTGGATTTAGACAGGTACCGGGAACATGGCATTTCAGGTTGACGATACTTCC
TCAAGAAGATAAGATACCGGCAATCGTGAACCGTCTTACTGAGTTCCACAAGAGCTTCAT
GGATGAGTTCCGCAA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3BV10JQ 811 0 0
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ATCTTTGCTCCAACATCTCTGGTCAGATTCTTGCCAGCCTCGTCATGAGCCCACCCAAGC
CTGGTGACGAGTCCTACAAGTCATACATAGCAGAGAAAGAGGGGATTCTCTCGTCTATGG
CAAGACGTGCAAAGACCCTTGAAGAAGGTCTGAAGAAGTTGGAGGGTATAACATGCAATA
GAGCAGAGGGAGCTATGTATCTGTTCCCTTGCATTAAACTTCCACAAAAGGCGATTGCAG
CTGCAGAAGCTGCAAAGACTTCACCCGACACTTTTTACTGCAAACGCCTTCTAAACGCTA
CGGGAATTGTCGTTGTCCCTGGTTCTGGATTTAGACAGGTACCGGGAACATGGCATTTCA
GGTTGACGATACTTCCTCAAGAAGATAAGATACCGGCAATCGTGAACCGTCTTACTGAGT
TCCACAAGAGCTTCATGGATGAGTTCCGCAACTAAGGGGATTATCTTTCTAAGACGTGAT
TAGTCTCTTGAGTAATAATAATAAGAAAAAGCGACTCGTGTCGTTTCTTTTTCGCAGACA
TTTGTTAAGATGTGAGAGCATTGAGTTTTAGTGTTCGTCTTCTTTCTTATCCAGCTTTTG
TGTTGCTCTTTTATATTGGCTGGTAGTGATAAAACAACCATATATTACTTTTGAGATGAG
ATTTTATAGACAAATAAACTAAATTTCTTGC

QA 1 811 1 811
DS 



AS 1 2

CO CL7415Contig1 840 2 12 U
GCTCTTGCGTAGATCCAAGATACTGGTCCTTGATGAAGCAACCGCTGCTGTTGATGTTAG
AACAGATGCTCTCATTCAGAAGACTATCCGTGAGGAGTTCAAGTCATGCACCATGCTTAT
CATAGCTCACCGTCTCAACACCATCATCGACTGTGACAAAATCCTAGTCCTTGATTCCGG
AAGAGTTCAAGAGTTCAGCACACCGGAGAATCTTCTATCAAACGAGAGAAGCTCCTTCTC
CAAGATGGTTCAAAGCACAGGAGCTGCAAATGCAGAGTACCTGCGTAGTTTAGTACTCGA
CAACAAGCGTGAGAGAGATGGTGATGATGACTCGCAGCAACCGTTACAAGGACAGAGGAA
ATGGCTAGCTTCTACTCGCTGGGCTGCAGCTGCTCAGTTTGCGTTAGGTGTGAGTCTGAC
ATCATCGCACAACGATCTTCAGATCCTTGAGATTGAAGATGATGGGAGTATTCTGAAGAG
AACGAAAGATGCGGTTGTGACTTTGCGCAATGTTCTGGAGGGTAAACACGACAAGGAGAT
TGCAGAGTCGCTTGAGGAACATAATATCTCTAGAGACGGTTGGTTGTCATCACTCTATAG
AATGGTAGAAGGGCTTGCGGTGATGAGCAGATTGGCGAGGAACAGAATGCAACAACCAGG
TTACAATTTGGAAGGAAACTCGTTTGACTGGGACAATATCGAGATGTAGATTAAGTTTCA
GGTCGTCATCAGTTGATTGATGGAAACATTTTCTTTACCCTTAACCAAAATTGTTACTCT
TTGGATGCCTTCAAAACTTAATTTTGTTCTGCAAAGAGAATTAAACTTTGTTGTGTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ14TF U 1
AF RR3CZ14JQ C 47
BS 1 672 RR3CZ14TF
BS 673 673 RR3CZ14JQ
BS 674 695 RR3CZ14TF
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BS 723 745 RR3CZ14TF
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BS 760 760 RR3CZ14JQ
BS 761 769 RR3CZ14TF
BS 770 840 RR3CZ14JQ

RD RR3CZ14TF 782 0 0
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TTGTACTCTTTGG

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DS 

RD RR3CZ14JQ 794 0 0
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TGCACCATGCTTATCATAGCTCACCGTCTCAACACCATCATCGACTGTGACAAAATCCTA
GTCCTTGATTCCGGAAGAGTTCAAGAGTTCAGCACACCGGAGAATCTTCTATCAAACGAG
AGAAGCTCCTTCTCCAAGATGGTTCAAAGCACAGGAGCTGCAAATGCAGAGTACCTGCGT
AGTTTAGTACTCGACAACAAGCGTGAGAGAGATGGTGATGATGACTCGCAGCAACCGTTA
CAAGGACAGAGGAAATGGCTAGCTTCTACTCGCTGGGCTGCAGCTGCTCAGTTTGCGTTA
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AGTATTCTGAAGAGAACGAAAGATGCGGTTGTGACTTTGCGCAATGTTCTGGAGGGTAAA
CACGACAAGGAGATTGCAGAGTCGCTTGAGGAACATAATATCTCTAGAGACGGTTGGTTG
TCATCACTCTATAGAATGGTAGAAGGGCTTGCGGTGATGAGCAGATTGGCGAGGAACAGA
ATGCAACAACCAGGTTACAATTTGGAAGGAAACTCGTTTGACTGGGACAATATCGAGATG
TAGATTAAGTTTCAGGTCGTCATCAGTTGATTGATGGAAACATTTTCTTTACCCTTAACC
AAAATTGTTACTCTTTGGATGCCTTCAAAACTTAATTTTGTTCTGCAAAGAGAATTAAAC
TTTGTTGTGTTCTT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL7416Contig1 855 2 19 U
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CATATGGGAATATACGACCTTTATTTTGTTTTGTAGTTAAAAAGAAAACAGAAACATAAA
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ATTCCATCTTTAAAATTCTTGAAGTACTCATTGTAGTCTTTCTCTGGTGGAGGATTATCA
GGATCTACCGTGAACGGTTCGCTAAACGGAACCGTACTTTTAACCTCGAATGTCTTGTTT
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AACCTTGGAGTTAGAGGCTCTTCAATGTATGCTCGAATGCTCGAGAGAGGAAGCTCGAAT
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BQ
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AF RR3A329JQ U 6
AF RR3BB13JQ U 1
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RD RR3A329JQ 789 0 0
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ATCTTTAAAATTCTTGAAGTACTCATTGTAGTCTTTCTCTGGTGGAGGATTATCAGGATC
TACCGTGAACGGTTCGCTAAACGGAACCGTGCTTTTAACCTCGAATGTCTTGTTTAGAGC
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CGTAATGTTGTCTCCTTGATCGAAAATGAAATCAGCTCCTGCAGGCTCTTCTGTCAAAGC
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TTCTTTGAAAGTGGGGTTAAGCTTACCATCATACTCAAATTTGCTTAACATAAGCTGTAG
GGAAATGATGCTGGCTGGATTAAAAGGAGGTGCATCTGACTTTGTCTTTGCACGAAACAC
AGG
CCTTAA

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3BB13JQ 855 0 0
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CATATGGGAATATACGACCTTTATTTTGTTTTGTAGTTAAAAAGAAAACAGAAACATACA
GAAAGAGACCTGATTTTTTAAACAGAGACAGTGCTCTGTTCCAAAGCTTCTTTGCCAGTG
ATTCCATCTTTCAGATTCTTGAAGTACTCATTGTAGTCTTTCTCTGGTGGAGGATTCTCA
GGATCTACCGTGAACGGTTCGCTAAACGGAACCGTACTTTTAACCTCGAATGTCTTGTTT
AGAGCATGCGGGCTTTCTAAAGCAGCGATGCATATACGTGCTACCTCGCCTCTCGAGACC
TTCCCCGTAACGTTGTCTCCTTGATCGAAAATGAGATCGGCTCCTGCAGGTTCTTCTGTC
AAAGCGCATGGCCGTACAATCGCATATGGTATCCCGCTTTCACGTATCAGATCCTCTCCC
TTTAGCTTGTAGGTGAGAATGAAATCAAGCTCCTTGTTTAATCTCACGGCAGGAGGTTGT
TTGCTTAGGTCCAAACCAGGTCTCTCTGGTCTGGTTACACCCGCAGAGCCAACATGAACA
AACCTTGGAGTTAGAGGCTCTTCAATGTATGCTCGAATGCTCGAGAGAGGAAGCTCGAAT
AGTCCTTCTTTGAAAGTGGGGTTAAGCTTACCATCATACTCAAATTTGCTAAACATAAGC
TGTAGGGAAATGATACTGGCTGGATTAAAAGGAGGTGCATCTGACTTTGTCTTTGCACGA
AACACAGGTTTTAAAGACGAGAAAGGTAAGCGCACAGATTGCCATTGGCCTGGTGAAGTA
TCGAAACTAGCAGTG

QA 1 855 1 855
DS 



AS 1 2

CO CL7417Contig1 794 2 2 U
GGAAGAACACTCCTCTTCTAATTGTGCTTATTCTCTCTCCTTCTCTCTCACTTTCTGTAG
ATTTATACACTGAAAATCAAGTTTCTGAGTTCAGTTTCTGACAATGGAAGCAAACCTGCT
ATACGGTTTGTCTACACTTGTTGTTATTCTGTTATTGTCGGTGACTTCGACAGTGACATC
AAAGGACGAGGTTGTTTCCTGTACAATGTGTTCTTCATGCGACAATCCTTGTAACCCCGT
CCAGTCATATCCTCCCCCTCCGCCACCTTCTCGCCCACCACCGTCTCCATCAACCACCAC
CGCATGTCCTCCACCTCCTTCTCCTCCTAGCTCCGGCGGTGGTGGCGGTAGCTCTTACTA
TTACCCTCCTCCATCTCAGTCCGGTGGCGGAAAATACCCTCCTCCGTACGGCGACGGTGG
TCAAGGTTATTACTATCCTCCTCCGTATTCAGGAAACTATCCTACTCCCCCTCCGCCTAA
TCCGATCGTCCCTTACTTCCCGTTTTACTATCATACGCCACCACCAGGTTCTGGAGCAGA
TCGGTTTAAGGGTTCTAACTCTATTCTGTTTGCTCTTTTCGCTGTCTTTCTCTGTTTAGT
GTGACGGAAAATAGTCAGAGTTGGCCGGAAAATACCAAGTAATGTGGCAGATCGGTAGAT
CTACAATAGTCTTTGAAGGTTTTAGATATCTGTGATGTTGGATCAAATGATTATCTCTTA
CTTTCTTTAACCTTTTCTTGTGTGGACAATTTGTATTTAATTTTTCTTGTTAATTAACAT
TTTGATTACTAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AW05TF U 1
AF RR3AW05JQ C 44
BS 1 758 RR3AW05TF
BS 759 794 RR3AW05JQ

RD RR3AW05TF 758 0 0
GGAAGAACACTCCTCTTCTAATTGTGCTTATTCTCTCTCCTTCTCTCTCACTTTCTGTAG
ATTTATACACTGAAAATCAAGTTTCTGAGTTCAGTTTCTGACAATGGAAGCAAACCTGCT
ATACGGTTTGTCTACACTTGTTGTTATTCTGTTATTGTCGGTGACTTCGACAGTGACATC
AAAGGACGAGGTTGTTTCCTGTACAATGTGTTCTTCATGCGACAATCCTTGTAACCCCGT
CCAGTCATATCCTCCCCCTCCGCCACCTTCTCGCCCACCACCGTCTCCATCAACCACCAC
CGCATGTCCTCCACCTCCTTCTCCTCCTAGCTCCGGCGGTGGTGGCGGTAGCTCTTACTA
TTACCCTCCTCCATCTCAGTCCGGTGGCGGAAAATACCCTCCTCCGTACGGCGACGGTGG
TCAAGGTTATTACTATCCTCCTCCGTATTCAGGAAACTATCCTACTCCCCCTCCGCCTAA
TCCGATCGTCCCTTACTTCCCGTTTTACTATCATACGCCACCACCAGGTTCTGGAGCAGA
TCGGTTTAAGGGTTCTAACTCTATTCTGTTTGCTCTTTTCGCTGTCTTTCTCTGTTTAGT
GTGACGGAAAATAGTCAGAGTTGGCCGGAAAATACCAAGTAATGTGGCAGATCGGTAGAT
CTACAATAGTCTTTGAAGGTTTTAGATATCTGTGATGTTGGATCAAATGATTATCTCTTA
CTTTCTTTAACCTTTTCTTGTGTGGACAATTTGTATTT

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3AW05JQ 751 0 0
TCTCTCACTTTCTGTAGATTTATACACTGAAAATCAAGTTTCTGAGTTCAGTTTCTGACA
ATGGAAGCAAACCTGCTATACGGTTTGTCTACACTTGTTGTTATTCTGTTATTGTCGGTG
ACTTCGACAGTGACATCAAAGGACGAGGTTGTTTCCTGTACAATGTGTTCTTCATGCGAC
AATCCTTGTAACCCCGTCCAGTCATATCCTCCCCCTCCGCCACCTTCTCGCCCACCACCG
TCTCCATCAACCACCACCGCATGTCCTCCACCTCCTTCTCCTCCTAGCTCCGGCGGTGGT
GGCGGTAGCTCTTACTATTACCCTCCTCCATCTCAGTCCGGTGGCGGAAAATACCCTCCT
CCGTACGGCGACGGTGGTCAAGGTTATTACTATCCTCCTCCGTATTCAGGAAACTATCCT
ACTCCCCCTCCGCCTAATCCGATCGTCCCTTACTTCCCGTTTTACTATCATACGCCACCA
CCAGGTTCTGGAGCAGATCGGTTTAAGGGTTCTAACTCTATTCTGTTTGCTCTTTTCGCT
GTCTTTCTCTGTTTAGTGTGACGGAAAATAGTCAGAGTTGGCCGGAAAATACCAAGTAAT
GTGGCAGATCGGTAGATCTACAATAGTCTTTGAAGGTTTTAGATATCTGTGATGTTGGAT
CAAATGATTATCTCTTACTTTCTTTAACCTTTTCTTGTGTGGACAATTTGTATTTAATTT
TTCTTGTTAATTAACATTTTGATTACTAGCC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL7418Contig1 538 2 19 U
GCCTAAAAACAGAAATAGTATAACTCAAATCTATCGGCATTCGAGATTGCAAGACCAAAC
CGAAAAGCTAAAAAACAACAAACCGGTCAAGGCATGGACCAAAATACCGATACATAATAA
CCGAAATGAAATTGCCGGTACAAAAACTACATGCGGAATTTCATGGAACTGTCTCCCTTA
TGATCTAGTTTCTTATTTGAAAACATAGTTGTCACTTTAACGACTAATGGGAGTATGCAT
ACCCTCAACGATCTTATTCACAGCATCACGGGACATCACAAGCGTGTCGTGGAACAAAAT
GCTGTAAACGTTAAGCCCTATTGATGGAAGTATGTTGACATAGTGAAAATTCTGGGTGGC
TAGCTTCAGCTTCTCATCGATAGGACCGCCTTCTACAACGAGCACTTTCTTCGTGTTCTC
CATTTGATTGTAATAGTTCACAATGTTCTTTGTTTTGTGCGTAGGCAATGCCAAATCATC
AAACACGAGGAGTTTTCCTTCTGCGGCTCTAGCTGTGAGTGCTATCTTCAGACCAAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FL81JQ U 1
AF RR3EB79JQ U 14
BS 1 32 RR3FL81JQ
BS 33 33 RR3EB79JQ
BS 34 67 RR3FL81JQ
BS 68 68 RR3EB79JQ
BS 69 79 RR3FL81JQ
BS 80 80 RR3EB79JQ
BS 81 124 RR3FL81JQ
BS 125 125 RR3EB79JQ
BS 126 142 RR3FL81JQ
BS 143 143 RR3EB79JQ
BS 144 170 RR3FL81JQ
BS 171 171 RR3EB79JQ
BS 172 201 RR3FL81JQ
BS 202 202 RR3EB79JQ
BS 203 242 RR3FL81JQ
BS 243 243 RR3EB79JQ
BS 244 293 RR3FL81JQ
BS 294 294 RR3EB79JQ
BS 295 538 RR3FL81JQ

RD RR3FL81JQ 538 0 0
GCCTAAAAACAGAAATAGTATAACTCAAATCTTTCGGCATTCGAGATTGCAAGACCAAAC
CGAAAAGGTAAAAAACAACGAACCGGTCAAGGCATGGACCAAAATACCGATACATAATAA
CCGATATGAAATTGCCGGTACAGAAACTACATGCGGAATTTCATGGAACTTTCTCCCTTA
TGATCTAGTTTCTTATTTGAAGACATAGTTGTCACTTTAACGACTAATGGGAGTATGCAT
ACGCTCAACGATCTTATTCACAGCATCACGGGACATCACAAGCGTGTCGTGGAGCAAAAT
GCTGTAAACGTTAAGCCCTATTGATGGAAGTATGTTGACATAGTGAAAATTCTGGGTGGC
TAGCTTCAGCTTCTCATCGATAGGACCGCCTTCTACAACGAGCACTTTCTTCGTGTTCTC
CATTTGATTGTAATAGTTCACAATGTTCTTTGTTTTGTGCGTAGGCAATGCCAAATCATC
AAACACGAGGAGTTTTCCTTCTGCGGCTCTAGCTGTGAGTGCTATCTTCAGACCAAGT

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3EB79JQ 515 0 0
AATAGTATAACTCAAATCTATCGGCATTCGAGATTGCAAGACCAAACCGAAAAGCTAACA
AATAACAAACCGGTCAAGGCATGGACCAAAATACCGATACATAATAACCGAAATGAAATT
GCCGGTACAAAAACTACATGCGGAATTTCATGGAACTGTCTCCCTT*TGATCTAGTTTCT
TATTTGAAAACATAGTTGTCTCTTTAACGATTAATGGGAGTATGCATACCCTCAACGATC
TTATTCACAGCATCACGGGACATCACAAGCGTGTCGTGGAACAAAATGCTGTAAACGTTA
AGCCCTATTGATGGAAGTATGTTGACATAGTGAAAATTCTGGGTGGCTAGCTTCAGCTTC
TCATCGATAGGACCGCCTTCTACAACGAGCACTTTCTTCGTGTTCTCCATTTGATTGTAA
TAGTTCACAATGTTCTTTGTTTTGTGCGTAGGCAATGCCAAATCATCAAACACGAGGAGT
TTTCCTTCTGCGGCTCTAGCTGTGAGTGCTATCTT

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 2

CO CL7419Contig1 304 2 2 U
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CCGTTAGAGAGAGCCAAGAAGAGAAGTCAAGACAGCTTGCTGCTTTTGAAATGAAGTTTA
AGGAAGAGGCTGAAAGAGAGGAGAAACAAGCATTACATGACATTAGTCTGATATTATCGA
AGTTAACTTCAAAGAAAAGTGCCATGGTCTCTGATGCGTCACGCAATATCCGGGAACACG
ACGTACATGAAGAGAAGAGGTTGCAGGAACAAATGTCTTGTATGCAGCAAGTCTCCATTG
GGGG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 

AF RR3FJ17JQ C 1
AF RR3FJ17TF U 1
BS 1 301 RR3FJ17TF
BS 302 304 RR3FJ17JQ

RD RR3FJ17JQ 304 0 0
GCAACACGACTTCAACAATTTTCAGTAACATTTACAACCAAGCTCACATCATGATGGAAG
CCGTTAGAGAGAGCCAAGAAGAGAAGTCAAGACAGCTTGCTGCTTTTGAAATGAAGTTTA
AGGAAGAGGCTGAAAGAGAGGAGAAACAAGCATTACATGACATTAGTTTGATATTATCGA
AGTTAACTTCAAAGAAAAGTGCCATGGTTTTTGATGCGTCACGCAATATCCGGGAACACG
ACGTACATGAAGAGAAGAGGTTGCAGGAACAAATGTTTTGTATGCAGCAAGTTTCCATTG
GGGG

QA 1 304 1 304
DS 

RD RR3FJ17TF 304 0 0
GCAACACGACTTCAACAATTTTCAGTAACATCTACAACCAAGCTCACATCATGATGGAAG
CCGTTAGAGAGAGCCAAGAAGAGAAGTCAAGACAGCTTGCTGCTTTTGAAATGAAGTTTA
AGGAAGAGGCTGAAAGAGAGGAGAAACAAGCATTACATGACATTAGTCTGATATTATCGA
AGTTAACTTCAAAGAAAAGTGCCATGGTCTCTGATGCGTCACGCAATATCCGGGAACACG
ACGTACATGAAGAGAAGAGGTTGCAGGAACAAATGTCTTGTATGCAGCAAGTCTCCATTG
G
CGG

QA 1 301 1 301
DS 



AS 1 2

CO CL7420Contig1 811 2 4 U
GGAGAGACACTTCACCTCTCTCTTATTCTTCCTTCCTCTCTCTCCTCTGCAAGAAACACC
ATCAATGAGTTCTACAGGAAACCCTAAAATCCATGGGCTACATACGACTCATACAGAGAC
TGCTCACAAGGAGTATGCAGCGTCTACTGCCCTCAGTGGTGCTACGTCGTCTTCCCACCT
CCTCCTCCTTCCTTCTTCCTCGACGACGAAGACGATTCCTCCTCCTCTGACTTCTCCCCT
CTCCTCATCGCTCTCATCGGAATCCTCGCCAGCGCCTTCATCCTCCTCACCTACTACACT
CTCATCTCCAAGTATTGCCACCGCCGTCGTGAAGCCTCCTCCTCCTCCTCCATCAGCCGA
GATCGCGAGATCTCTTTCTCCGTAACCGATACTCCTCGGCAGGGAAACAACGAGGGTTCG
AATCCGGTTGGAGACGGACTCGACGAGACTCTGATTAAATCGATAACGGTTTACAAGTAC
AGGAAGGGAGATGGATTCGTGGAGTCTTCTGATTGCTCTGTTTGTTTGAGCGAGTTTCAG
GAGAACGAGCGGTTGAGGTTGTTGCCTGAGTGCAGCCACGCGTTTCACGTGCCGTGTATC
GATACTTGGTTGAAGTCTCACTCTAACTGCCCTCTCTGCCGCGCCTTCGTCGCGGGAGGA
ATTTCGAATTTTCTGGGGCGGAGTTCAGTGGCGGGTAAATTTGTTAGAACCAGAAATTAC
CGTTTACCGAATTAAAGAGAAAAAAATTGATTAATATTTTAGGGGATTTGGATTTATTTT
TAAAAAGTCAAAATGCGAGTTGGCTTATACG


BQ
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AF RR3AR51TF U 1
AF RR3AR51JQ C 158
BS 1 745 RR3AR51TF
BS 746 746 RR3AR51JQ
BS 747 785 RR3AR51TF
BS 786 811 RR3AR51JQ

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CCTCCTCCTTCCTTCTTCCTCGACGACGAAGACGATTCCTCCTCCTCTGACTTCTCCCCT
CTCCTCATCGCTCTCATCGGAATCCTCGCCAGCGCCTTCATCCTCCTCACCTACTACACT
CTCATCTCCAAGTATTGCCACCGCCGTCGTGAAGCCTCCTCCTCCTCCTCCATCAGCCGA
GATCGCGAGATCTCTTTCTCCGTAACCGATACTCCTCGGCAGGGAAACAACGAGGGTTCG
AATCCGGTTGGAGACGGACTCGACGAGACTCTGATTAAATCGATAACGGTTTACAAGTAC
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GAGAACGAGCGGTTGAGGTTGTTGCCTGAGTGCAGCCACGCGTTTCACGTGCCGTGTATC
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ATTTCGAATTTTCTGGGGCGGAGTTCAGTGGCGGGTAAATTTGTTAGAACCAGAAATTAC
CGTTTACCGAATTAAAGAGAAAAAA*TTGATTAATATTTTAGGGGATTTGGATTTATTTT
TAAAA
GTC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3AR51JQ 654 0 0
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CCTCCTCCTCTGACTTCTCCCCTCTCCTCATCGCTCTCATCGGAATCCTCGCCAGCGCCT
TCATCCTCCTCACCTACTACACTCTCATCTCCAAGTATTGCCACCGCCGTCGTGAAGCCT
CCTCCTCCTCCTCCATCAGCCGAGATCGCGAGATCTCTTTCTCCGTAACCGATACTCCTC
GGCAGGGAAACAACGAGGGTTCGAATCCGGTTGGAGACGGACTCGACGAGACTCTGATTA
AATCGATAACGGTTTACAAGTACAGGAAGGGAGATGGATTCGTGGAGTCTTCTGATTGCT
CTGTTTGTTTGAGCGAGTTTCAGGAGAACGAGCGGTTGAGGTTGTTGCCTGAGTGCAGCC
ACGCGTTTCACGTGCCGTGTATCGATACTTGGTTGAAGTCTCACTCTAACTGCCCTCTCT
GCCGCGCCTTCGTCGCGGGAGGAATTTCGAATTTTCTGGGGCGGAGTTCAGTGGCGGGTA
AATTTGTTAGAACCAGAAATTACCGTTTACCGAATTAAAGAGAAAAAAATTGATTAATAT
TTTAGGGGATTTGGATTTATTTTTAAAAAGTCAAAATGCGAGTTGGCTTATACG

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

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AAAAGATATAAGACAAAGAGGATACAATGCTCGCTTGACGTGGTGGGAGTTGTCAGATCT
TCCAATCAACTGAATAGAAGAAATACTGGATAAGGCATGTAAATGAGAGTGTGCAGGTCT
CCATACAAGCCTACTAGGTGCTGCTTCCCTTACTTCTTCAGCGTTGCGAGGAAGAACAGA
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TTCAAAGCAGCATCCCCTATGTTCTCCGTGGAATCATATCTCCACACCAGAGGGTTAGAG
GCGTGTGTCTTTTCAATCTCCTCTCTGAAGTTAGACTTCTTCTTCTTATTGAAAGGAATA
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BQ
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AF RR3D337JQ U 8
AF RR3D337TF C 1
BS 1 7 RR3D337TF
BS 8 630 RR3D337JQ
BS 631 689 RR3D337TF

RD RR3D337JQ 623 0 0
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ATAAGACAAAGAGGATACAATGCTCGCTTGACGTGGTGGGAGTTGTCAGATCTTCCAATC
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TCGCACTCGATTCCTTCACCGTCAAAAGCTTGAGTTTCAGACTCATCAAAGGGTACTACT
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CACTTATCTCTCGGGAACAGAGCAGCTTCAATGCTTTTAGTTTGTTCCTCTTCTGATAAT
TAGGTTCCTTGAAAGGCTTTGGT

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DS 

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AAAAGATATAAGACAAAGAGGATACAATGCTCGCTTGACGTGGTGGGAGTTGTCAGATCT
TCCAATCAACTGAATAGAAGAAATACTGGATAAGGCATGTAAATGAGAGTGTGCAGGTCT
CCATACAAGCCTACTAGGTGCTGCTTCCCTTACTTCTTCAGCGTTGCGAGGAAGAACAGA
AACTGGTTCGCACTCGATTCCTTCACCGTCAAAAGCTTGAGTTTCAGACTCATCAAAGGG
TACTACTAGTTCTCCAGGTTTGGAAACTCTCAATATGCTCAAGCAGCCTCCATTACTGCC
AGCTACTAGGATGTTCTTTTGGTGAGGCCTTGAGGTGTTTGTACATCAACCTCAAACTGT
TTCAAAGCAGCATCCCCTATGTTCTCCGTGGAATCATATCTCCACACCAGAGGGTTAGAG
GCGTGTGTCTTTTCAATCTCCTCTCTGAAGTTAGACTTCTTCTTCTTATTGAAAGGAATA
AGACTGCCACTTATCTCTCGGGAACAGAGCAGCTTCAATGCTTTTAGTTTGTTCCTCTTC
TGATAATTAGGTTCCTTGAAAGGCTTTGGTTCAGGCTTTTGTTTCGTTACTGAAGAAGAA
GAAGGTTTAGAACCTGGGATAGGACCTTT

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL7422Contig1 557 2 1 U
GGGGCAACACTACTCATATTTACCAAACTACAAGTATACAACAACTTTTGTTTTTACTTT
CACTTCTTGAGATAACATAATTTTTTCTGTTTTTTTTTTTCTAAACCGATAAAAGATGTC
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GGCCAAAACTACGGTTTCCGGCGAGGGAGATGAAAAGATCATCGGAAGTGCGCTCCGGGA
GGTCACGAAAACGCCCGTGAAACAGAATGGGACTAGAGGATTCGGACGGTGGTTTGTTGG
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AAGAAACGTGTTCTCTTGTTTTCCTTTTATTTTTCTTTCTTCCTTTCTTTCTTCATTTTG
TTTTATTTTCATGTGTATTTTTCATTTTATTGTGTGATTGCGATTTTATAAAATAGTTTG
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TGCTCCGCAGTATATAC


BQ
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AF RR3AX34JQ C 1
AF RR3AX34TF U 1
BS 1 557 RR3AX34TF

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TGCTCCGCAGTATATAC

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3AX34TF 557 0 0
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CACTTCTTGAGATAACATAATTTTTTCTGTTTTTTTTTTTCTAAACCGATAAAAGATGTC
GCTAGCTATCGCAGAGGTTTACACGGTGAGGAAGTTTCACAGAGAGAGTATGAAGAAACC
GGCCAAAACTACGGTTTCCGGCGAGGGAGATGAAAAGATCATCGGAAGTGCGCTCCGGGA
GGTCACGAAAACGCCCGTGAAACAGAATGGGACTAGAGGATTCGGACGGTGGTTTGTTGG
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AAGAAACGTGTTCTCTTGTTTTCCTTTTATTTTTCTTTCTTCCTTTCTTTCTTCATTTTG
TTTTATTTTCATGTGTATTTTTCATTTTATTGTGTGATTGCGATTTTATAAAATAGTTTG
TAAACGTTGTAAAATATGAACGAACATATGAGCAAGACTATACTAATACCAAGTATTCGT
TGCTCCGCAGTATATAC

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 2

CO CL7423Contig1 701 2 1 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A074JQ C 1
AF RR3A074TF U 1
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QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3A074TF 701 0 0
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ATCTGCAAATAACAGAACCCTGGCTACGAGAATATCAGGTGCTTCCATCAAGAAGTCACC
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CTTGACTTTCCTCATTCTTCTCTTTATCATTTTCAAGAACTGAGGTTTGTTTTCTTTTAT
CCTTTTTTTCAAAGGGTCTTTGTATTTTTGTTTGTTGTTGAGTTATATAGGAAAACATTC
ATGTTGTGACCTTTTTAAATTAATAAAACACTGTTTTGCTT

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

CO CL7424Contig1 772 2 1 U
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BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BD46TF U 1
AF RR3EE39TF U 1
BS 1 772 RR3BD46TF

RD RR3BD46TF 772 0 0
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CAAGCTTTTGGTAAGCGCTACAACGAGTACGGAACCGAGATGAAGAGATTCATAAACATC
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TCGGATTTCTTGACAATCTCACTGGTCTTAGTGCCCGTCTCAAGAGAGCTTTCAAGGAGC
TCGACACTTACCTTCAAGAACTCCTCGACGAGACTCTTGACCCTAACCGCCC

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3EE39TF 745 0 0
TTCTTGATTATTGCCGCCATGGTAGCGGTCGCAGCCTTCCTCCTCCTCCGGAGCTCCACG
AAGAAATCTCTCCGGCTGCCTCCGGGGCCAAAAGGTCTTCCTATTATTGGAAACCTCCAC
CAGATGGAAAAATTTAACCCCCAACACTTCCTTTTTCGTCTCTCCAAGCTCTACGGTCCA
ATTTTCACAATGAAAATCGGTGGACGCCGCCTTGCAGTGATCTCATCGGCGGAGTTAGCC
AAGGAACTCCTCAAGACCCAGGACCTCAATTTCACCGCTCGTCCTCTCCTGAAGGGGCAA
CAAACGATGTCATATCAAGGTCGTGAGCTTGGTTTCGGACAGTACACAGCGTACTATCGT
GAGATGAGGAAGATGTGTATGGTTAACCTATTCAGCCCAAATCGCGTCGCAAGTTTCCGA
CCCGTTAGAGAAGAAGAGTGCCAACGTATGATGGACAAGATCTACAAAGCCGCTGATCAA
TCAGGGACCGTTGATTTAAGTGAGCTTCTCTTGTCCTTCACCAACTGTGTCGTCTGTAGA
CAAGCTTTTGGTAGGCGCTACAACGAGTACGGAACCGAGATGAAGAGATTCATAAACATC
TTGTACGAGACTCAAGCCCTTTTGGG*TACTCTGTTTT**CTCCGACCTCTTCCCTTATT
TCGGATTTCTTGACA*TCTCACTGGTCTTAGTGCCCGTCTCA*GAGAGCTTTCA*GGAGC
TCGACACT
ACCTTCAGACTCTCGAC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL7425Contig1 783 2 4 U
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TTCTAGTTCTCAGCATTGTCATAGCCACCGAATATCATTATTATTCAACACCTAAAGTAA
AAAGAAGTGATTTTCCAAAAGATTTCATTTTTGGATCTTCAACATCTGCTTACCAGATTG
AAGGAGCGGCTCATGAGGATGGTAAAGGACCAAGTATCTGGGATACTTTCACTGAAAAAC
ATCCAGAGAGAATAAAGGATGGTAGCAATGGGTCTGTTGCAGCTGACTCTTACCATCTTT
ACAAGGAAGATGTGGCTTTAATGCATCAAATTGGTCTCAATGCTTACAGATTCTCTATCT
CATGGTCGAGAATATTGCCTCATGGGAATCTTAAAGGAGGAATCAACCAGGCTGGTATTG
ACTATTACAACAACTTGATCAATGAGCTTTTGTCCAAAGGAATTACACCGTTTGCCACCA
TTTATCATTGGGACACACCACAGGGCATTGAAGATGCTTACGGTGGACTTCTTGGCGCAG
AATTTGTAAACGATTTCCGCGATTATGCGGATATTTGCTTTAAGAATTTTGGAGATAGAG
TGAAGTACTGGTTGACAATGAACGAGCCATTATCAGTGGTGCAAGGAGGGTATGGTCAAA
GTAAAACAGCTCCAGGAAGATGCTCTAAATTCACAAACCCTAAATGCACCGCTGGAGATG
GAGCAACTGAGCCTTATATCGTTGGTCATAACCTCATCCTTTCTCACGGAGCCGCTGTAG
AAG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 

AF RR3G608TF U 1
AF RR3AP52TF U 5
BS 1 71 RR3G608TF
BS 72 72 RR3AP52TF
BS 73 641 RR3G608TF
BS 642 783 RR3AP52TF

RD RR3G608TF 641 0 0
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TTCTAGTTCTCGGCATTGTCATAGCCACCGAATATCATTATTATTCAACACCTAAAGTAA
AAAGAAGTGATTTTCCAAAAGATTTCATTTTTGGATCTTCAACATCTGCTTACCAGATTG
AAGGAGCGGCTCATGAGGATGGTAAAGGACCAAGTATCTGGGATACTTTCACTGAAAAAC
ATCCAGAGAGAATAAAGGATGGTAGCAATGGGTCTGTTGCAGCTGACTCTTACCATCTTT
ACAAGGAAGATGTGGCTTTAATGCATCAAATTGGTCTCAATGCTTACAGATTCTCTATCT
CATGGTCGAGAATATTGCCTCATGGGAATCTTAAAGGAGGAATCAACCAGGCTGGTATTG
ACTATTACAACAACTTGATCAATGAGCTTTTGTCCAAAGGAATTACACCGTTTGCCACCA
TTTATCATTGGGACACACCACAGGGCATTGAAGATGCTTACGGTGGACTTCTTGGCGCAG
AATTTGTAAACGATTTCCGCGATTATGCGGATATTTGCTTTAAGAATTTTGGAGATAGAG
TGAAGTACTGGTTGACAATGAACGAGCCATTATCAGTGGTG

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3AP52TF 779 0 0
GG
AAAAAGATAACAATCAAAAGAATAGAATGACAGGAAAATATCTTTCTTTACTAGTTCTAG
TTCTCAGCATTGTCATAGCCACCGGATATCATTATTATTCAACACCTAAAGTAAAAAGAA
GTGATTTTCCAAAAGATTTCATTTTTGGATCTTCAACATCTGCTTACCAGATTGAAGGAG
CGGCTCATGAGGATGGTAAAGGACCAAGTATCTGGGATACTTTCACTGAAAAACATCCAG
AGAGAATAAAGGATGGTAGCAATGGGTCTGTTGCAGCTGACTCTTACCATCTTTACAAGG
AAGATGTGGCTTTAATGCATCAAATTGGTCTCAATGCTTACAGATTCTCTATCTCATGGT
CGAGAATATTGCCTCATGGGAATCTTAAAGGAGGAATCAACCAGGCTGGTATTGACTATT
ACAACAACTTGATCAATGAGCTTTTGTCCAAAGGAATTACACCGTTTGCCACCATTTATC
ATTGGGACACACCACAGGGCATTGAAGATGCTTACGGTGGACTTCTTGGCGCAGAATTTG
TAAACGATTTCCGCGATTATGCGGATATTTGCTTTAAGAATTTTGGAGATAGAGTGAAGT
ACTGGTTGACAATGAACGAGCCATTGTCAGTGGTGCAAGGAGGGTATGGTCAAAGTAAAA
CAGCTCCAGGAAGATGCTCTAAATTCACAAACCCTAAATGCACCGCTGGAGATGGAGCAA
CTGAGCCTTATATCGTTGGTCATAACCTCATCCTTTCTCACGGAGCCGCTGTAGAAG

QA 3 779 3 779
DS 



AS 1 2

CO CL7426Contig1 1462 2 2 U
GCAAGATGAGATTGAGTCTGTTGAGAGACTAGTCCAAGAAAGACTTCAGCATTTACCTGA
AGACAAGAGGATGCTACTGCCACTGACTATCTTTGCTGGTCTTCCATCAGAGCAGCAGAT
GCGAGTCTTTGCCCCTGCGCCTATTGGTTTTCGTAAGGTGGTTTTGGCCACAAATATAGC
GGAGACATCGATTACAATTCCTGGAATAAGATATGTGGTAGACACTGGGGTTGTTAAGGC
ACGAACCTATGATCCGAACAAAGGAATGGAGTCGCTTGATGTTGTTCCAACATCAAAAGC
ACAGGCGCTTCAAAGAAGTGGACGTGCAGGACGTGAGGGTCCTGGGAAATGCTTCCGTCT
TTATCCTGAGAGGGAGTTTGAGAAGCTGGAGGATTCAACTAAACCAGAGATCAAGAGATG
CAATCTCTCAAATGTCATCTTGCAGCTCAAGTCTCTGGGGATTGATGATATTGGGGGATT
TGATTTTATAGATAAACCTTCAAGGGGAGCCATTGTAAAAGCATTGGAGGAGTTGCGGTT
GCTTGGCGCCTTGACTGTTGAGGGTAAACTAGAGAAACCCGTTGGCGAACAAATGGCACG
GCTCCCAATGGATCCAGTTTACTCCAGAGCTCTGATTTTGGCCAATCAGTTCAACTGTCT
TGAGGAAATGTTAATCACCGTTGCAATGCTCAATGTGGAATCCATATTTTATGATCCTCG
TGAGAAGAGAGAAGAGGCAAGAACTTCAAGAAACCGCTTTACTAGCGTTGAAGGGGATCA
TCTAACTTATCTTAGTGTTTATCGAGAGTTGAATGAGTTCTTGGAGAAGAGAAAGGAAGA
AAACAGTGAAGCCAAAGTTGATAAAATTATGAGAAAATGGTGCAAGGACAACTTCGTTAA
TAGTCGTTCCTTGAAACATGCTCGTGACACTTATAGACAAATTCGTGGATACGTTGAGCA
GATGGGGTTTAATGTGTCTTCATGCGGAAATGACATGCTTGAGTACCGTAGATGTCTTGC
TGCGTCGTTCTTCCTTAAAGCTGCTCAGAGACAAATGTATGGTACATACAGGGCGTTGGA
AAGTGGTGAGATTGTGCACATCCATCCAATCTCTGGTTTGTTCCGTTCGAAACCAGAGTG
CGTTGTCTTCAACGAGCTTATGCAAACCACCAAGAAGTACATCAAGAACCTGACAAGAAT
TGATCCTTTATGGTTGGCTGAGTTGGCTCCTCATCATTACAAAACAGAAGAGTGACGACG
TAACGCATCTTGTTAAAACACAACCAGTGTTCCTTAGAGATCAATTTTGCAGACTAATAA
ATTTTTTACAATTATCAGTGATTCTATTCTGTTGGAGATAAGTTCCTATGTAGCCTTCAA
AACTCGAAAGGGCTAATGTTCCCTTTGTTACTTCTTCTTATGTGTCATTTATGTTTCTCT
ATTATATATTTTAGCATGAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BE51TF U 1
AF RR3BE51JQ C 671
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RD RR3BE51TF 722 0 0
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GCGAGTCTTTGCCCCTGCGCCTATTGGTTTTCGTAAGGTGGTTTTGGCCACAAATATAGC
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CAATCTCTCAAATGTCATCTTGCAGCTCAAGTCTCTGGGGATTGATGATATTGGGGGATT
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GCTCCCAATGGATCCAGTTTACTCCAGAGCTCTGATTTTGGCCAATCAGTTCAACTGTCT
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TG

QA 1 722 1 722
DS 

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TTGAAACATGCTCGTGACACTTATAGACAAATTCGTGGATACGTTGAGCAGATGGGGTTT
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TGGTTGGCTGAGTTGGCTCCTCATCATTACAAAACAGAAGAGTGACGACGTAACGCATCT
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TTAGCATGAACT

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

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GCATTTACATAGCTTTGCATCTCTATCTTAGCCTCCGCTTCTTCCTCATTGAGCACGGTA
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TTCGAATCCGCCATCCAAGATCTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO51JQ U 1
AF RR3CK05TF C 112
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RD RR3FO51JQ 805 0 0
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GTCACGGTGACTGCTAGTTCTTTGAAAGCGGTTGAGATTTTTCGA*GCGGTCTCTCTGCG
TTCGA*TCCGCCATCCA
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QA 1 797 1 797
DS 

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TTTAAAGAATTATTACCTTCGGAAGCTATAATCTCTTCAAAAAGAGCCTTCACCATGCCA
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CCAAAGAGAGGCGAGACGAGGGAGCAAGCGTGTGAGAACTGCGCCACGGGGACTTGAGGA
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CTCTCTGCGTTCGAATCCGCCATCCAAGATCTCG

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BU83JQ C 1
AF RR3BU83TF U 1
BS 1 411 RR3BU83TF

RD RR3BU83JQ 411 0 0
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GGCTTGATTTAATTTTTTTTTCTTGTCTTTTCGAATTCAAATCATTTATTG

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DS 

RD RR3BU83TF 411 0 0
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CCGATGCCAGATGATCACTCGACTACTCCCTCTCCCTCTCCGTCTACCGAACCTAGCGAT
GTAATAAACCACAGCGACATTACTGGAGTGGAAGAGAAGAAATCATCCGGAGGAGGCGGT
GGAATGAGCGGCGGGACGAAGGCGGGGGTGGCGTTTGGGACGATAGCGGCGGTGTGTGTG
GTTGGATTAGCAGGGTTTGTGTACAAGAAACGGCAGGATAATATTCGCAGATCTCGCTAC
GGTTACGCCGCCAGAGATATTCTTTAATCTGTGTGAGAAAGATCCAGCGAGGCCTGGCTT
GGCTTGATTTAATTTTTTTTTCTTGTCTTTTCGAATTCAAATCATTTATTG

QA 1 411 1 411
DS 



AS 1 2

CO CL7429Contig1 839 2 6 U
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TAGAAAACAAATGAGGATAAGAACACTCAGATACAAACACACAGTAAAACACAAGCAGTC
TTCTTCTTTTGTTACATATATGTCTTGTATGAAAACGTTTTGGTGCGTTGTGTTGAAGTT
GACCTGATGTTGAAAGACACTACTACTTCACTGGACTTGTGATCAATCAAGCACATATGC
CAACCTGTTTCTTTTACTAATTCTGTCTCATTCCCTCTTATCTTCCTCAATATCTTCTTC
TTCCGTGTCCGAGTCAGTATTCTTGTCTAGCTTGACTAAGCTGATATCACCATCTTGCTT
CCCCCCTGTCAGAAATTGACCTTCCTCGTTTTCTTCATCCACTTCTCCCGAATACGCATA
CCTTTGAGAGTTCTGGGACGGGGTCCAGAGATAGCAAATTATACATAACAACACAAATGC
AATAACATCCCAGAAGGCAGTTATAGTCCAAGCAGTCTGCCATCGTTCATTGAATGGATC
TGTTGCTTTGAAGTGCACCTCATACACTATCCAAGCAACAGAGGCAACAAACAAAACAGC
AAGAGCATTTGAGAACTTCCGGTAAATATCCAACTTCACCGAGGTCCTCTTCATCTGTAA
CTGTTCCAGTGTTCTCGATAGAGAGGTAAAGATCCACAAAATGAGAAACGCATCCAGGAA
GCATCAGGCAGGACAAGAAAAGTTTCGCTCTTCAGACACATCATCGATATACCAACATTC
TCAGCATATCAAGCATCTCCGAGCCACAAAGTAAGTAGCACCACAAGAGAACCTTAGAA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CN40JQ U 1
AF RR3F580JQ U 1
BS 1 504 RR3CN40JQ
BS 505 505 RR3F580JQ
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BS 592 714 RR3CN40JQ
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RD RR3CN40JQ 714 0 0
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TAGAAAACAAATGAGGATAAGAACACTCAGATACAAACACACAGTAAAACACAAGCAGTC
TTCTTCTTTTGTTACATATATGTCTTGTATGAAAACGTTTTGGTGCGTTGTGTTGAAGTT
GACCTGATGTTGAAAGACACTACTACTTCACTGGACTTGTGATCAATCAAGCACATATGC
CAACCTGTTTCTTTTACTAATTCTGTCTCATTCCCTCTTATCTTCCTCAATATCTTCTTC
TTCCGTGTCCGAGTCAGTATTCTTGTCTAGCTTGACTAAGCTGATATCACCATCTTGCTT
CCCCCCTGTCAGAAATTGACCTTCCTCGTTTTCTTCATCCACTTCTCCCGAATACGCATA
CCTTTGAGAGTTCTGGGACGGGGTCCAGAGATAGCAAATTATACATAACAACACAAATGC
AATAACATCCCAGAAGGCAGTTATGGTCCAAGCAGTCTGCCATCGTTCATTGAATGGATC
TGTTGCTTTGAAGTGCACCTCATACACTATCCAAGCAACAGAGGCAACAACCAAAACAGC
AAGAGCATTTGAGAACTTCCGGTAAATATCCAACTTCACCGAGGTCCTCTTCATCTGTAA
CTGTTCCAGTGTTCTCGATAGAGAGGTAAAGATCCACAAAATGAGAAACGCATC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3F580JQ 839 0 0
GT
CGGCAAAAAGATTGAGATAACTGAATTTTTGTGGTGAGAAACATATGTTTTTATGTACTA
GAAAACAAATGAGGATAAGAACACTCAGATACAAACACACAGTAAAACACAAGCAGTCTT
CTTCTTTTGTTACATATATGTCTTGTATGAAAACGTTTTGGTGCGTTGTGTTGAAGTTGA
CCTGATGTTGAAAGACACTACTACTTCACTGGACTTGTGATCAATCAAGCACATATGCCA
ACCTGTTTCTTTTACTAATTCTGTCTCATTCCCTCTTATCTTCCTCAATATCTTCTTCTT
CCGTGTCCGAGTCAGTATTCTTGTCTAGCTTGACTAAGCTGATATCACCATCTTGCTTCC
CCCCTGTCAGAGATTGACCTTCCTCGTTTTCTTCATCCACTTCTCCCGAATACGCATACC
TTTTAGAGTTCTGGGACGGGGTCCAGAGATAGCAAATTATACATAACAACACAAATGCAA
TAACATCCCAGAAGGCAGTTATAGTCCAAGCAGTCTGCCATCGTTCATTGAATGGATCTG
TTGCTTTGAAGTGCACCTCATACACTATCCAAGCAACAGAGGCAACAAACAAAACAGCAA
GAGCATTTGAGAACTTCCGGTAAATATCCAACTTCACCGAGGTCCTCTTCATCTGTAACT
GTTCCAGTGTTCTCGATAGAGAGGTAAAGATCCACAAAATGAGAAACGCATCCAGGAAGC
ATCAGGCAGGACAAGAAAAGTTTCGCTCTTCAGACACATCATCGATATACCAACATTCTC
AGCATATCAAGCATCTCCGAGCCACAAAGTAAGTAGCACCACAAGAGAACCTTAGAA

QA 3 839 3 839
DS 



AS 1 2

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GTTAGCGTTCAAAGGAGGCGATCTAGCCACGAGGAAGTCGATCGAAAAGAAGAAGAAGAA
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TTCAGCGAATTCCTCCACCCCCGCAAACGACATCTACTCTATTGACGCTGCGAAGAAGAA
GAAGTACGACGATCTGTTCCCCGTGGAGGCAAAGAAATTCGGTTACATTCCCAAATCAAA
CTTCGAATCAGTAGCAGAGGCTCTTGACGATCGAGTCACGAAGAAAGCTGATCGCTACTG
TAAATAGAATGTTTTACCATCCCAACTTGTATGCGTTATTGCATTGGTGTTTGTAGAATC
TAATGACTTTCTTTTGATAAGAGTTAAATCTATTTGAAGTAGTTAAGAAAAAAATTGAGT
TGCAGTATATATATTTCAATACTTGAGTTTATTTCTGAGATATTCAATAGATAAATGTCT
CACAGCGTCTATACATAGACACTATTTAT


BQ
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AF RR3BW37TF U 1
AF RR3BW37JQ C 147
BS 1 613 RR3BW37TF
BS 614 629 RR3BW37JQ

RD RR3BW37TF 613 0 0
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GAAGTACGACGATCTGTTCCCCGTGGAGGCAAAGAAATTCGGTTACATTCCCAAATCAAA
CTTCGAATCAGTAGCAGAGGCTCTTGACGATCGAGTCACGAAGAAAGCTGATCGCTACTG
TAAATAGAATGTTTTACCATCCCAACTTGTATGCGTTATTGCATTGGTGTTTGTAGAATC
TAATGACTTTCTTTTGATAAGAGTTAAATCTATTTGAAGTAGTTAAGAAAAAAATTGAGT
TGCAGTATATATATTTCAATACTTGAGTTTATTTCTGAGATATTCAATAGATAAATGTCT
CACAGCGTCTATA

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3BW37JQ 483 0 0
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ACGACATCTACTCTATTGACGCTGCGAAGAAGAAGAAGTACGACGATCTGTTCCCCGTGG
AGGCAAAGAAATTCGGTTACATTCCCAAATCAAACTTCGAATCAGTAGCAGAGGCTCTTG
ACGATCGAGTCACGAAGAAAGCTGATCGCTACTGTAAATAGAATGTTTTACCATCCCAAC
TTGTATGCGTTATTGCATTGGTGTTTGTAGAATCTAATGACTTTCTTTTGATAAGAGTTA
AATCTATTTGAAGTAGTTAAGAAAAAAATTGAGTTGCAGTATATATATTTCAATACTTGA
GTTTATTTCTGAGATATTCAATAGATAAATGTCTCACAGCGTCTATACATAGACACTATT
TAT

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 2

CO CL7431Contig1 1244 2 2 U
CAACCATTCGCGCTTGGAACAATCGTGATTCTTTCATACCATGAATCAAAAATCGATACT
AGGAAACGCAACTTGTTTGGTTACATTCTGTTCACAATATCCACCTTCTTGCTGATAGTT
TTGGATTTGGCTACAAAAGGACGTGGTGGAGTAGGACCATATATTGGTTTATGCTTAATA
GTTGCTTCTTTCGGCCTTTCTGATGCTACCGTTCAAGGAGGAATGATCGGTGATTTATCA
TTGATGTGCTCTGAATTCATCCAGTCATTCATGGCGGGTTTGGCAGTAGCTGGTGCTCTA
ACTTCAGGGCTTAGGCTAATAACTAAAGCAGCTTTTGATAACTCACACGCTGGTCAACGT
AAAGGAGCAATGATATTCTTAGCGATCTCAACATTCATAGAGTTTCTTTGTGTGATGCTT
TACGCATATGTGTTCCCTAAACTCCCCATCGTTAAGTATTATCGAAGAAAAGCCGCTTTG
GAAGGATCTAAAACTGTTTCTGCTGATCTTGCTGCTGCTGGTATCCAAAACCAATCCGAC
TTGGCTGATGATGATTCCAAGAATCAACGACTAAGCAATAAAGAGCTATTGCGTCAAAAC
GTAGACTATGCAGTGAATCTAGCTCTCATCTACGTTTTGACATTATCCATTTTTCCCGGG
TTCTTATACGAGAACACGGGAGAACACGGGCTAGGTGCTTGGTACGCGCTTGTCCTAGTA
GCCATGTACAATTGTTGGGATCTGGTAGGGAGGTACACACCGCTGGTGAAATGGCTCAAA
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TTCTACTTCACCGCGAAATATGGGGATCAAGGATGGATGATTATGCTCACTTCTGTTTTG
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GCAGGAGTTGCATTGGATTGGTTATGGCTTATTGGTAAGAAAGATGCCTTCTGATTAATC
ATCGTCTCTCCAGACCAGTTTTTAATTAATTGGAGACTAAGCTGTTTTTTCTTTCACAAA
AAAAATACATCATTATTTGCTTGTAATCTGCAAATGTTATCTTGCTTGGAATCAGAGGAT
GTTTCGCTATCTGTGCTAAGTATAGTACTCACTTCTTCCTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C584TF U 1
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BS 743 1244 RR3C584JQ

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TTGGATTTGGCTACAAAAGGACGTGGTGGAGTAGGACCATATATTGGTTTATGCTTAATA
GTTGCTTCTTTCGGCCTTTCTGATGCTACCGTTCAAGGAGGAATGATCGGTGATTTATCA
TTGATGTGCTCTGAATTCATCCAGTCATTCATGGCGGGTTTGGCAGTAGCTGGTGCTCTA
ACTTCAGGGCTTAGGCTAATAACTAAAGCAGCTTTTGATAACTCACACGCTGGTCAACGT
AAAGGAGCAATGATATTCTTAGCGATCTCAACATTCATAGAGTTTCTTTGTGTGATGCTT
TACGCATATGTGTTCCCTAAACTCCCCATCGTTAAGTATTATCGAAGAAAAGCCGCTTTG
GAAGGATCTAAAACTGTTTCTGCTGATCTTGCTGCTGCTGGTATCCAAAACCAATCCGAC
TTGGCTGATGATGATTCCAAGAATCAACGACTAAGCAATAAAGAGCTATTGCGTCAAAAC
GTAGACTATGCAGTGAATCTAGCTCTCATCTACGTTTTGACATTATCCATTTTTCCCGGG
TTCTTATACGAGAACACGGGAGAACACGGGCTAGGTGCTTGGTACGCGCTTGTCCTAGTA
GCCATGTACAATTGTTGGGATC

QA 1 742 1 742
DS 

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TAAAGAGCTATTGCGTCAAAACGTAGACTATGCAGTGAATCTAGCTCTCATCTACGTTTT
GACATTATCCATTTTTCCCGGGTTCTTATACGAGAACACGGGAGAACACGGGCTAGGTGC
TTGGTACGCGCTTGTCCTAGTAGCCATGTACAATTGTTGGGATCTGGTAGGGAGGTACAC
ACCGCTGGTGAAATGGCTCAAAATTGAGAATAGGAAACTAATCACCGTTGCGGTTTTGTC
ACGTTATTTACTCGTTCCTGCGTTCTACTTCACCGCGAAATATGGGGATCAAGGATGGAT
GATTATGCTCACTTCTGTTTTGGGATTAACTAATGGACATCTCACAGTTTGCATTCTCAC
CGCAGCTCCTAAAGGTTACAAGGGTCCGGAGCAGAATGCATTAGGGAACTTGCTGGTGAT
ATTTCTATTAGGAGGAATATTTGCAGGAGTTGCATTGGATTGGTTATGGCTTATTGGTAA
GAAAGATGCCTTCTGATTAATCATCGTCTCTCCAGACCAGTTTTTAATTAATTGGAGACT
AAGCTGTTTTTTCTTTCACAAAAAAAATACATCATTATTTGCTTGTAATCTGCAAATGTT
ATCTTGCTTGGAATCAGAGGATGTTTCGCTATCTGTGCTAAGTATAGTACTCACTTCTTC
CTTTTC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3EC59JQ C 1
AF RR3EC59TF U 1
BS 1 627 RR3EC59TF
BS 628 657 RR3EC59JQ

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GGAAGAATAAGTAAGTATGAAACGGCAGGTCTGGCTCTGGCCACACTGAAATCAGCTGGA
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TATAATGCTGTTGTAACAAATTAAAAATTTACCATCAGTTTTGAGTAGTTTCTAAATTTA
TGTAATGTTATTGAACATTGTTAAACTAAATTAATATTGTTCCGTTTTTAAGTTACG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3EC59TF 627 0 0
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TCGGCACAATAATCAGACCAGACCGGATTCTTTTAGAGCGCAAAGGTGGGAAAAACGGAG
ATGTCACTTTCAACAGCTTGCTTCCCGGAGCAGGAGAGCCGTTGCCAATGTCGGCTAACG
GCAAAAGCAATGGAGGGCTTTTCTGCAACTGGCAACTCGAGGAAGACGAGGAAGGCTCGT
TCCCTAGAGGGGATGCTGTGAATGGAGACAGTACTCCTCCTGTACTAGTTGATACTCCTG
GTAAGGTAACCACTAAAGAGTCTTCTCGGAAGAAGAAGAGTAAGAGCAAGAGCAAGAAGA
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GGAAGAATAAGTAAGTATGAAACGGCAGGTCTGGCTCTGGCCACACTGAAATCAGCTGGA
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TATAATGCTGTTGTAACAAATTAAAAATTTACCATCAGTTTTGAGTAGTTTCTAAATTTA
TGTAATGTTATTGAACATTGTTAAACT

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL7433Contig1 635 2 1 U
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ATATTATCGTGTTTTTGGTTTTTGCTTTTTCTATGGTTCTTCGTTTCATACATATGTTTG
CGTGCTGTGTTGCCATGTATATTTTACATTTATCGGATGTAAAATTTGATACTTGTGTTT
GTCTATGATATATACTAGCTAGTATCTGTTGAACT


BQ
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AF RR3G758TF U 1
AF RR3G758JQ C 13
BS 1 635 RR3G758TF

RD RR3G758TF 635 0 0
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GGAGTATACTTGTCCTCTCGCTGTCAGCCCTGCCCCCCGGGCTCCTCCAACTGTTATACT
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GTCTATGATATATACTAGCTAGTATCTGTTGAACT

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3G758JQ 623 0 0
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ACCACCGTACGCTGTCAATCCATCAACGGCTCACCAGATACGTGCACACGCTCCGAGAAC
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TACTAGCTAGTATCTGTTGAACT

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

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TCAAATATAATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DJ34TF U 1
AF RR3DJ34JQ C 33
BS 1 727 RR3DJ34TF
BS 728 734 RR3DJ34JQ

RD RR3DJ34TF 727 0 0
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TCAAATA

QA 1 727 1 727
DS 

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ATGTAAATGTTTTCAAGCAATATGATGATCAAATATAATTTC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GS28JQ C 1
AF RR3GS28TF U 1
BS 1 518 RR3GS28TF

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QA 1 518 1 518
DS 

RD RR3GS28TF 518 0 0
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CCAAGGACAGTAGCTTCCATTATTCTTGGAGGTGGAGCAGGAACTCGACTCTTTCCTCTC
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GCAATTTATTTGGTAATGATGAAACTTCTCATATAACC

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 2

CO CL7436Contig1 726 2 2 U
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GCAAGAAGATACCGCAGATGAAAGTGTTATTGCTAATGCATTCAGCAGAGGAATGCAATT
TGGTTCGATAGATGCCTCCAGTTCGATAAGGTTCAACAGTAATCCCTCCACCTCATCATC
ATCAAATCCGGTAACCCAAAGGAGATATGTTCCCAATCAACCCTTTTCGCAAGTTGAGAT
TGGCAGCCCTCCAAGTAATGATCCTTATGCCAGATTTGGCCAACTTATGCCAGGATCGCA
ATTCACTCCTCATGTCACCCAGAACTCTCCAAGTCGCTTAGGGCAGCAACGGTCCAATCA
TGGGAGACCAAATACTGGAAGGGCTATGGATCGGAATCACGTCAACGCTCAGCTTCCTCC
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CCCTTGGGGCGGACGCAGGACTAACCATCATGTCCCGAATGTTCATGGAAGGATGGACTA
TGGAAGTATTGCCTGACTCCGCAGTCTTAAAACTCTCATTTATTTTGTTATTTCCCTTAG
TGTGCAATCTTCTTACTGGAGAAACCAAATTAGTTCATGGCTTGTGGGCTTTTGATCAGA
AAATGCTTATTCGTTGTGCTTTTTGCACAAACAAACCAAAAAGAAAACACCCAGTTTGTT
GTCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3CG24TF U 1
AF RR3CG24JQ C 8
BS 1 702 RR3CG24TF
BS 703 726 RR3CG24JQ

RD RR3CG24TF 702 0 0
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GCAAGAAGATACCGCAGATGAAAGTGTTATTGCTAATGCATTCAGCAGAGGAATGCAATT
TGGTTCGATAGATGCCTCCAGTTCGATAAGGTTCAACAGTAATCCCTCCACCTCATCATC
ATCAAATCCGGTAACCCAAAGGAGATATGTTCCCAATCAACCCTTTTCGCAAGTTGAGAT
TGGCAGCCCTCCAAGTAATGATCCTTATGCCAGATTTGGCCAACTTATGCCAGGATCGCA
ATTCACTCCTCATGTCACCCAGAACTCTCCAAGTCGCTTAGGGCAGCAACGGTCCAATCA
TGGGAGACCAAATACTGGAAGGGCTATGGATCGGAATCACGTCAACGCTCAGCTTCCTCC
GTCCAACACTAGTTCTGGGGGTCAGCGCTCACCCAGAAGTAGCTCATATACCAATGGTGC
CCCTTGGGGCGGACGCAGGACTAACCATCATGTCCCGAATGTTCATGGAAGGATGGACTA
TGGAAGTATTGCCTGACTCCGCAGTCTTAAAACTCTCATTTATTTTGTTATTTCCCTTAG
TGTGCAATCTTCTTACTGGAGAAACCAAATTAGTTCATGGCTTGTGGGCTTTTGATCAGA
AAATGCTTATTCGTTGTGCTTTTTGCACAAACAAACCAAAAA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3CG24JQ 719 0 0
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ATAGATGCCTCCAGTTCGATAAGGTTCAACAGTAATCCCTCCACCTCATCATCATCAAAT
CCGGTAACCCAAAGGAGATATGTTCCCAATCAACCCTTTTCGCAAGTTGAGATTGGCAGC
CCTCCAAGTAATGATCCTTATGCCAGATTTGGCCAACTTATGCCAGGATCGCAATTCACT
CCTCATGTCACCCAGAACTCTCCAAGTCGCTTAGGGCAGCAACGGTCCAATCATGGGAGA
CCAAATACTGGAAGGGCTATGGATCGGAATCACGTCAACGCTCAGCTTCCTCCGTCCAAC
ACTAGTTCTGGGGGTCAGCGCTCACCCAGAAGTAGCTCATATACCAATGGTGCCCCTTGG
GGCGGACGCAGGACTAACCATCATGTCCCGAATGTTCATGGAAGGATGGACTATGGAAGT
ATTGCCTGACTCCGCAGTCTTAAAACTCTCATTTATTTTGTTATTTCCCTTAGTGTGCAA
TCTTCTTACTGGAGAAACCAAATTAGTTCATGGCTTGTGGGCTTTTGATCAGAAAATGCT
TATTCGTTGTGCTTTTTGCACAAACAAACCAAAAAGAAAACACCCAGTTTGTTGTCATT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL7437Contig1 759 2 5 U
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AATCTCTACAGTGGTTTTGCGTGGGAGCACAGACAGCATTTTGGACGACCTTGAAAGAGC
CGTTGATGATGGAGTTAACACATACAAGGCCATGTGCAGAGACAGCCGTATCGTTCCTGG
CGCTGCAGCTACTGAAATAGAACTGGCTCAGAGATTGAAAGAATATGCCAACGCAGAAAC
AGGGTTGGACAAATATGCCATCACCAAATACGCAGAGAGCTTCGAGTTTGTACCCAAAAC
CCTTGCAGACAACGCTGGCCTAAATGCGATGGAAATCATTGCTTCTCTGTACACTGGACA
CGGATCTGGAAACACAAAGCTAGGCATTGACTTGGAGGAAGGTGCCTGTAAAGATGTCTC
AGAGACAAAAGTGTGGGATCTTTTTGCAACCAAGTTATTTGCTCTTAAGTACGCTTCTGA
TGCTGCATGCACGGTGCTACGCGTAGACCAGATTATAATGGCGAAACAAGCAGGTGGACC
AAGGAGAGACCTCGCAGCAGCCGCCGGTGCAGGCGCAGAGGAAGATTAAGGTTTTTTAAT
TCCTCGTAGTAAAAGTCTTCTCTTCTGTAACCTTTCTTTTTTTAATTCTGGGAAGATTTT
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TTGTTTTTTGGTTTGCGATGTTCGGTTCTTCTCAACTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GB38TF U 23
AF RR3GB38JQ C 1
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RD RR3GB38TF 640 0 0
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GGCATTGACTTGGAGGAAGGTGCCTGTAAAGATGTCTCAGAGACAAAAGTGTGGGATCTT
TTTGCAACCAAGTTATTTGCTCTTAAGTACGCTTCTGATGCTGCATGCACGGTGCTACGC
GTAGACCAGATTATAATGGCGAAACAAGCAGGTGGACCAAGGAGAGACCTCGCAGCAGCC
GCCGGTGCAGGCGCAGAGGAAGATTAAGGTTTTTTAATTCCTCGTAGTAAAAGTCTTCTC
TTCTGTAACCTTTCTTTTTT**ATTCTGGGAAGATTTTTG

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3GB38JQ 759 0 0
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AATCTCTACAGTGGTTTTGCGTGGGAGCACAGACAGCATTTTGGACGACCTTGAAAGAGC
CGTTGATGATGGAGTTAACACATACAAGGCCATGTGCAGAGACAGCCGTATCGTTCCTGG
CGCTGCAGCTACTGAAATAGAACTGGCTCAGAGATTGAAAGAATATGCCAACGCAGAAAC
AGGGTTGGACAAATATGCCATCACCAAATACGCAGAGAGCTTCGAGTTTGTACCCAAAAC
CCTTGCAGACAACGCTGGCCTAAATGCGATGGAAATCATTGCTTCTCTGTACACTGGACA
CGGATCTGGAAACACAAAGCTAGGCATTGACTTGGAGGAAGGTGCCTGTAAAGATGTTTC
AGAGACAAAAGTGTGGGATCTTTTTGCAACCAAGTTATTTGCTCTTAAGTACGCTTCTGA
TGCTGCATGCACGGTGCTACGCGTAGACCAGATTATAATGGCGAAACAAGCAGGTGGACC
AAGGAGAGACCTCGCAGCAGCCGCCGGTGCAGGCGCAGAGGAAGATTAAGGTTTTTTAAT
TCCTCGTAGTAAAAGTCTTTTCTTCTGTAACCTTTCTTTTTTTAATTCTGGGAAGATTTT
TGTCAGGCGCAGTTTGAGATTTGTGATCTTGTTTTGTACACAGACCATCAACTTAAGGTT
TTGTTTTTTGGTTTGCGATGTTCGGTTCTTCTCAACTTG

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL7438Contig1 1007 2 2 U
GCTTCTCGGATCAGAAAAGTCTCTCACCGGGTCAGAAGATTTGTTCTCTATCTTACTTTC
AAAGTCGTCTTATTTACGATTCTTCTTCTTCGCTGTAGTTTCCCAGATAATTGCCATCAA
TTATTATAATTTCCCCTAAGTTTAGGGTAAAATCGTCACAGGTTGATTCGTAAAGGAAAG
CTCTTGTTCTTTTTTCACTCTTTGTGCGCGGTCAAGTTATATAATGATGGAGGTCAAGTT
ATGGAACGACAAGAGAGAAAGAGAGATGTACGAGAACTTCGCAGAGCTTTTTGCAATCAT
CAAAGCCACAGAGAAGCTCGAGAAAGCTTACATCAGAGACCTAATCTCTCCTCCAGACTA
CGAATCCGAATGCAACAAACTCATCCTCCACTTCAAGACTCTCTCCGCTACCCTCATAGA
CACGGTCCCAAGCATCCAGAGATTCGCAGACACGTACAAAATGGACTGTCCGTCCGCTCT
TTACCGCCTCGTTACATCAGGTGTTCCCGCCACGGTTGAACACCGAGCCACCGTCGAAGC
ATCTACCTCCAACTCTGCTTCCATTGTTGCTGAATGTGTGCAGAACTTCATCACGTCGAT
GGATTCTTTGAAACTAAACATGGTTGCTGTCGATCAGGTTTATCCTCTCTTGTCTGATCT
GTCTGCTTCTCTCAACAAATTGAGTATTCTACCGCCGGATTTCGAAGGGAAGACAAAGAT
GAAAGAATGGCTTTCGAGGTTGTTTAAGATGGGAGCAGCTGATGAGCTCACGGAACAGCA
GTCAAGGCAACTTCACTTTGATCTTGAGTCTTCATACAACTCTTTCATGGCAGCTTTGCC
TAAAGGTGGTAATTGAAAAACCAATGTACGTTTGGTTTCTTGTTTTTGGTGTGTAAAGTA
TCGAATGTTCTTGCACACTTATAGTCGACCAAAAGTTTTGTAGCTCAAATAGTTTGAAAC
TACTAAAGTTACTCGTGATATCTATAAAGTGATCCGTTGTTACAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EC36TF U 1
AF RR3EC36JQ C 322
BS 1 610 RR3EC36TF
BS 611 1007 RR3EC36JQ

RD RR3EC36TF 610 0 0
GCTTCTCGGATCAGAAAAGTCTCTCACCGGGTCAGAAGATTTGTTCTCTATCTTACTTTC
AAAGTCGTCTTATTTACGATTCTTCTTCTTCGCTGTAGTTTCCCAGATAATTGCCATCAA
TTATTATAATTTCCCCTAAGTTTAGGGTAAAATCGTCACAGGTTGATTCGTAAAGGAAAG
CTCTTGTTCTTTTTTCACTCTTTGTGCGCGGTCAAGTTATATAATGATGGAGGTCAAGTT
ATGGAACGACAAGAGAGAAAGAGAGATGTACGAGAACTTCGCAGAGCTTTTTGCAATCAT
CAAAGCCACAGAGAAGCTCGAGAAAGCTTACATCAGAGACCTAATCTCTCCTCCAGACTA
CGAATCCGAATGCAACAAACTCATCCTCCACTTCAAGACTCTCTCCGCTACCCTCATAGA
CACGGTCCCAAGCATCCAGAGATTCGCAGACACGTACAAAATGGACTGTCCGTCCGCTCT
TTACCGCCTCGTTACATCAGGTGTTCCCGCCACGGTTGAACACCGAGCCACCGTCGAAGC
ATCTACCTCCAACTCTGCTTCCATTGTTGCTGAATGTGTGCAGAACTTCATCACGTCGAT
GGATTCTTTG

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3EC36JQ 686 0 0
GAAAGCTTACATCAGAGACCTAATCTCTCCTCCAGACTACGAATCCGAATGCAACAAACT
CATCCTCCACTTCAAGACTCTCTCCGCTACCCTCATAGACACGGTCCCAAGCATCCAGAG
ATTCGCAGACACGTACAAAATGGACTGTCCGTCCGCTCTTTACCGCCTCGTTACATCAGG
TGTTCCCGCCACGGTTGAACACCGAGCCACCGTCGAAGCATCTACCTCCAACTCTGCTTC
CATTGTTGCTGAATGTGTGCAGAACTTCATCACGTCGATGGATTCTTTGAAACTAAACAT
GGTTGCTGTCGATCAGGTTTATCCTCTCTTGTCTGATCTGTCTGCTTCTCTCAACAAATT
GAGTATTCTACCGCCGGATTTCGAAGGGAAGACAAAGATGAAAGAATGGCTTTCGAGGTT
GTTTAAGATGGGAGCAGCTGATGAGCTCACGGAACAGCAGTCAAGGCAACTTCACTTTGA
TCTTGAGTCTTCATACAACTCTTTCATGGCAGCTTTGCCTAAAGGTGGTAATTGAAAAAC
CAATGTACGTTTGGTTTCTTGTTTTTGGTGTGTAAAGTATCGAATGTTCTTGCACACTTA
TAGTCGACCAAAAGTTTTGTAGCTCAAATAGTTTGAAACTACTAAAGTTACTCGTGATAT
CTATAAAGTGATCCGTTGTTACAATT

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL7439Contig1 781 2 23 U
GCAAACTTGCGTCTGGTTGTCCATATTGCTAAACAGTATCAGAACCGTGGACTCAACTTT
CAGGACTTGTTGCAGGAAGGAAGCATGGGGCTAATGAAGAGCGTAGAGAAGTTCAAACCC
CAGTCCGGTTGCAGATTCGCTACCTACGCATACTGGTGGATTCGACAATCCATAAGAAAG
TCTATATTTCAAAACTCCAGGACTATACGTTTGCCGGAGAACGTGTACATGCTACTGGGC
AAAGTATCCGAAGCAAGAAAGACGTGCGTGCAAGAAGGGAACTACCGTCCAAGCAAAGAG
GAACTCGCAAGCCACGTCGGTGTTTCAACAGAGAAGCTTGATAAACTTCTTTACAACACA
AGAACACCTCTATCAATGCAACAGCCCATTTGGTCTGATCAAGACATCACCTTTCAGGAA
GTAACACCAGACAGTGGGATTGAGACACCGGACACGAGCGTAGGGAAGCAGATGATGAGG
AACCATGTAAGGAATCTACTCAATGTGCTGAGCCCCAAGGAGAGGAAGATCATCAAGCTG
AGGTTTGGGATTGATGGTGGGAAGCAGAGATCGTTGTCTGAGATAGGAGAGATTTATGGA
CTGTCCAAGGAGAGGGTAAGGCAGCTAGAGAGCCGAGCATTGTATAGGCTTAAGCAGAAC
ATGAACAGTCATGGACTCAATGCTTATGCTGATTTGCTTGTCTAGCTCATATGGTGATAC
TGGCTTTTTCAACTATTGTGTATACAAAAATATACTTTTGTTATAAAATGGTTTTGTTGA
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3DI60TF U 38
AF RR3CE84JQ C 1
BS 1 39 RR3CE84JQ
BS 40 101 RR3DI60TF
BS 102 102 RR3CE84JQ
BS 103 119 RR3DI60TF
BS 120 120 RR3CE84JQ
BS 121 164 RR3DI60TF
BS 165 165 RR3CE84JQ
BS 166 284 RR3DI60TF
BS 285 285 RR3CE84JQ
BS 286 308 RR3DI60TF
BS 309 309 RR3CE84JQ
BS 310 344 RR3DI60TF
BS 345 345 RR3CE84JQ
BS 346 356 RR3DI60TF
BS 357 357 RR3CE84JQ
BS 358 365 RR3DI60TF
BS 366 366 RR3CE84JQ
BS 367 371 RR3DI60TF
BS 372 372 RR3CE84JQ
BS 373 584 RR3DI60TF
BS 585 585 RR3CE84JQ
BS 586 616 RR3DI60TF
BS 617 781 RR3CE84JQ

RD RR3DI60TF 579 0 0
GG
CAGAACCGTGGACTCAACTTTCAGGACTTGTTGCAGGAAGGAAGCATGGGGCTAATGAAG
AGTGTAGAGAAGTTCAAACCTCAGTCCGGTTGCAGATTCGCTACCTACGCATACTGGTGG
ATTCGCCAATCCATAAGAAAGTCTATATTTCAAAACTCCAGGACTATACGTTTGCCGGAG
AACGTGTACATGCTACTGGGCAAAGTATCCGAAGCAAGAAAGACGTGCGTGCAAGAAGGG
AACTATCGTCCAAGCAAAGAGGAACTCGCGAGCCACGTCGGTGTTTCAACAGAGAAGCTT
GATAAGCTTCTTTACAATACAAGAACCCCTCTTTCAATGCAACAGCCCATTTGGTCTGAT
CAAGACATCACCTTTCAGGAAGTAACACCAGACAGTGGGATTGAGACACCGGACACGAGC
GTAGGGAAGCAGATGATGAGGAACCATGTAAGGAATCTACTCAATGTGCTGAGCCCCAAG
GAGAGGAAGATCATCAAGCTGAGGTTTGGGATTGATGGTGGGAAGCAGAGATCGTTGTCT
GAGATTGGAGAGATTTATGGACTGTCCAAGGAGAGGG

QA 3 579 3 579
DS 

RD RR3CE84JQ 781 0 0
GCAAACTTGCGTCTGGTTGTCCATATTGCTAAACAGTATCAGAACCGTGGACTCAACTTT
CAGGACTTGTTGCAGGAAGGAAGCATGGGGCTAATGAAGAGCGTGGAGAAGTTCAAACCC
CAGTCCGGTTGCAGATTCGCTACTTACGCGTACTGGTGGATTCGACAATCCATAAGAAAG
TCTATATTTCAAAACTCCAGGACTATACGTTTGCCGGAGAACGTGTACATGCTACTGGGG
AAAGTATCTGAAGCAAGAAAGACGTGCGTGCAAGAAGGGAACTACCGTCCAAGCAAAGAG
GAACTCGCAAGCCACGTCGGTGTTTCGACAGAGAGGCTTGATAAACTTCTTTACAACACA
AGAACACCTCTATCAATGCAACAGCCCATTTGGTCTGATCAAGACATCACCTTTCAGGAA
GTAACACCAGACAGTGGGATTGAGACACCGGACACGAGCGTAGGGAAGCAGATGATGAGT
AACCATGTAAGGAATCTACTTAATGTGCTGAGCCCCAAGGAGAGGAAGATCATCAAGCTG
AGGTTTGGGATTGATGGTGGGAAGCAGAGATCGTTGTCTGAGATAGGAGAGATTTATGGA
CTGTCCAAGGAGAGGGTAAGGCAGCTAGAGAGCCGAGCATTGTATAGGCTTAAGCAGAAC
ATGAACAGTCATGGACTCAATGCTTATGCTGATTTGCTTGTCTAGCTCATATGGTGATAC
TGGCTTTTTCAACTATTGTGTATACAAAAATATACTTTTGTTATAAAATGGTTTTGTTGA
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL7440Contig1 957 2 2 U
GGTACGAAGACGACGACGGAGATGTGGTGGACGAGAGCGAGATGGCTATGTATGATTTCG
AGGGGCCTGAGTCTCCGAAACAGAGCTCTATGTTCAAGGTCTCGAAGTTGATGGATAGTT
ATCTAGCTGAGGTGGCTCTCGACTCGAACCTCCCTCCTTTGAAGTTCATAGCTCTCGCTG
AGCTTCTCCCGGACCATGCCCGAGTCGTATGTGATAGTCTTCACCGAGCTATTGATATCT
TCCCTAAGGTTCATCCAAATATGAAAGATTCAGAGCGTTACCGTCTATGCAAGACAATCA
GCTGTCAGAAACTGTCTCAAGACGCAAGCAGCCATGCGGCACAGAATGAGAGACTTCCTA
TCCAGATAGCCGTTCAAGTCTTGTTCTATGAACAGACGCGGCTCAAGAACACGATGATGA
CCAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGCATGTGGTTCGAGTCAGAGCCAGTTCTTCTTGTTCC
CGGGACAGTTTCCCAACCGTTCGGGAAGCGGGATGGCAAGCGGCGCGATTTCGCCGCGGG
ACAACTACGCATCGGTGAGAAGAGAGAACAGAGAGCTTAGGCTTGAGGTGGCGAGGATGA
GGATGAGGCTGACTGATCTCGAGAAGGATCATGTTTCGATGAAGAGAGAATTCGTGAAGC
CGAGCAGAAGAACTCGTTATGGACTGTTTAGGAAACTCTCTAGAGGTCTGAACAAGTTGA
ACGCAATCATGTTGAGATTTAGAAGAAGCCAAAGTGTTGCCGGTAATGGTAAGCATATTG
AGGAGAAGACAAACTCGGAGAAACGCTTCATGTTTCAGAAGAGAAGGTGTCACTCTGTTT
CTTGAATTTGTAATTTCTGATGCTTTTGTTGTATTCCATAAAAGGAGAGTGGTGGGTGTG
TGTGTAAATTTGTAATTTACATATATTATAGAGAGAGAGTTCATAATAGTTTTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AT61TF U 1
AF RR3AT61JQ C 153
BS 1 778 RR3AT61TF
BS 779 957 RR3AT61JQ

RD RR3AT61TF 778 0 0
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AGGGGCCTGAGTCTCCGAAACAGAGCTCTATGTTCAAGGTCTCGAAGTTGATGGATAGTT
ATCTAGCTGAGGTGGCTCTCGACTCGAACCTCCCTCCTTTGAAGTTCATAGCTCTCGCTG
AGCTTCTCCCGGACCATGCCCGAGTCGTATGTGATAGTCTTCACCGAGCTATTGATATCT
TCCCTAAGGTTCATCCAAATATGAAAGATTCAGAGCGTTACCGTCTATGCAAGACAATCA
GCTGTCAGAAACTGTCTCAAGACGCAAGCAGCCATGCGGCACAGAATGAGAGACTTCCTA
TCCAGATAGCCGTTCAAGTCTTGTTCTATGAACAGACGCGGCTCAAGAACACGATGATGA
CCAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGCATGTGGTTCGAGTCAGAGCCAGTTCTTCTTGTTCC
CGGGACAGTTTCCCAACCGTTCGGGAAGCGGGATGGCAAGCGGCGCGATTTCGCCGCGGG
ACAACTACGCATCGGTGAGAAGAGAGAACAGAGAGCTTAGGCTTGAGGTGGCGAGGATGA
GGATGAGGCTGACTGATCTCGAGAAGGATCATGTTTCGATGAAGAGAGAATTCGTGAAGC
CGAGCAGAAGAACTCGTTATGGACTGTTTAGGAAACTCTCTAGAGGTCTGAACAAGTTGA
ACGCAATCATGTTGAGATTTAGAAGAAGCCAAAGTGTTGCCGGTAATGGTAAGCATAT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3AT61JQ 805 0 0
CCC
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AGTCTTCACCGAGCTATTGATATCTTCCCTAAGGTTCATCCAAATATGAAAGATTCAGAG
CGTTACCGTCTATGCAAGACAATCAGCTGTCAGAAACTGTCTCAAGACGCAAGCAGCCAT
GCGGCACAGAATGAGAGACTTCCTATCCAGATAGCCGTTCAAGTCTTGTTCTATGAACAG
ACGCGGCTCAAGAACACGATGATGACCAGTGGTGGTGGTGGTAGTGGTGCATGTGGTTCG
AGTCAGAGCCAGTTCTTCTTGTTCCCGGGACAGTTTCCCAACCGTTCGGGAAGCGGGATG
GCAAGCGGCGCGATTTCGCCGCGGGACAACTACGCATCGGTGAGAAGAGAGAACAGAGAG
CTTAGGCTTGAGGTGGCGAGGATGAGGATGAGGCTGACTGATCTCGAGAAGGATCATGTT
TCGATGAAGAGAGAATTCGTGAAGCCGAGCAGAAGAACTCGTTATGGACTGTTTAGGAAA
CTCTCTAGAGGTCTGAACAAGTTGAACGCAATCATGTTGAGATTTAGAAGAAGCCAAAGT
GTTGCCGGTAATGGTAAGCATATTGAGGAGAAGACAAACTCGGAGAAACGCTTCATGTTT
CAGAAGAGAAGGTGTCACTCTGTTTCTTGAATTTGTAATTTCTGATGCTTTTGTTGTATT
CCATAAAAGGAGAGTGGTGGGTGTGTGTGTAAATTTGTAATTTACATATATTATAGAGAG
AGAGTTCATAATAGTTTTTTGG

QA 4 805 4 805
DS 



AS 1 2

CO CL7441Contig1 622 2 1 U
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CCAGATCTGTGAGCAGAAGCTTCCACTCAACTGGAGCTAAGAGGATGAGCGGAGGAGGGC
ATGGTCATGACGAGCCATACTACCTACACGCAAAGCACATGTACAATTTGGACCGCATGA
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TTCCTATCTTTGCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACTGCCTCTGGTTGACTTCACTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCTTCTTCTCTGCTTCAATAATTTTGTTTTTAATTCTCAAACTCTG
CCTCTTGCTGCAAGAGAGACCTTTCTTGCTTCTTTTTGGGATCTTAGCCACAAGTCTGAT
CGTTATGGTAAAAGTACATTATTCATCCTCCTTTTTACTGGCTGTTTGACGCTGGAATAA
TCTAACTTTGATTGGAATCGCAAGTCAATTGTTTGAACATTTTTTCAGTTTGAGCAAACA
ATTTGTTTTATTCAACATGTAG


BQ
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AF RR3GY49JQ C 1
AF RR3GY49TF U 1
BS 1 622 RR3GY49TF

RD RR3GY49JQ 622 0 0
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CGATGAACACAGGAATCAGATCTATCTCAAAGATAATAGCTTCATCCGAATTATCAGTCT
CCAGATCTGTGAGCAGAAGCTTCCACTCAACTGGAGCTAAGAGGATGAGCGGAGGAGGGC
ATGGTCATGACGAGCCATACTACCTACACGCAAAGCACATGTACAATTTGGACCGCATGA
AGTACCAAGGTCTCAAGATGTCTCTCGGTGTCTTTACTGCTTTCAGCATTGGCGTTGGAG
TTCCTATCTTTGCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACTGCCTCTGGTTGACTTCACTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCTTCTTCTCTGCTTCAATAATTTTGTTTTTAATTCTCAAACTCTG
CCTCTTGCTGCAAGAGAGACCTTTCTTGCTTCTTTTTGGGATCTTAGCCACAAGTCTGAT
CGTTATGGTAAAAGTACATTATTCATCCTCCTTTTTACTGGCTGTTTGACGCTGGAATAA
TCTAACTTTGATTGGAATCGCAAGTCAATTGTTTGAACATTTTTTCAGTTTGAGCAAACA
ATTTGTTTTATTCAACATGTAG

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3GY49TF 622 0 0
GGGCGCCGTAGTCGTAGTCTATCTTATTCTTACCGTTTCTCGATTGATTTCTGATCATGG
CGATGAACACAGGAATCAGATCTATCTCAAAGATAATAGCTTCATCCGAATTATCAGTCT
CCAGATCTGTGAGCAGAAGCTTCCACTCAACTGGAGCTAAGAGGATGAGCGGAGGAGGGC
ATGGTCATGACGAGCCATACTACCTACACGCAAAGCACATGTACAATTTGGACCGCATGA
AGTACCAAGGTCTCAAGATGTCTCTCGGTGTCTTTACTGCTTTCAGCATTGGCGTTGGAG
TTCCTATCTTTGCTGTTGTCTTCCAGCAGAGGAAGACTGCCTCTGGTTGACTTCACTCTC
TCTCTCTCTCTCTCTCTTCTTCTCTGCTTCAATAATTTTGTTTTTAATTCTCAAACTCTG
CCTCTTGCTGCAAGAGAGACCTTTCTTGCTTCTTTTTGGGATCTTAGCCACAAGTCTGAT
CGTTATGGTAAAAGTACATTATTCATCCTCCTTTTTACTGGCTGTTTGACGCTGGAATAA
TCTAACTTTGATTGGAATCGCAAGTCAATTGTTTGAACATTTTTTCAGTTTGAGCAAACA
ATTTGTTTTATTCAACATGTAG

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

CO CL7442Contig1 911 2 6 U
GGGTCTCTCGAAGCCCTAGCTAAACCTATCTTCTCAACTTGTCTACAATGGAGAGATCCG
CGATCAAAGGGATGAGTCTGCTGACATTGGACGAAAGTGATCATACTAAGAGAACCAGAC
CAAAAAAGCGCGACATAGGGAGGATTCGCGTAAGAGGATATAACACTGACCTTCCCCATG
ATGATGTAGTAAACGCGTTGAGGAAACATTTCTCTTCGTGTGGAGAGATCACAGATGTTT
ATATCCGCGAAATGAAAGATGGTCTACACATTTTTGGTTTTATTTATTTTCTTGGAGAAG
GCGCAGTGGACAAGGCCTCGCAACTTAGTGGAATTGACGTGGGAGGATGGACCGTCATTG
CTGAGCCTTATCCGTTAAACGAACATGCGGGCTGTCTCCCTGCTGTAATTGTTCAAGGTT
ATGACACTCTTCTTGATAAAGCTGATATCGAGAAAATGTTGTTTGAACATTTCTCTTCAT
GTGGAGAGGTCACTAGAATCAATGTTCACGAAAGCATTGGTGCAGCTGTTGTATACCTTT
ATGGAGAAGATGCTGAAGAAAAGGTGATGTATCTTGATGGGAGCAACATGGTTGGACGCA
AAATAAGTGTTAAGCTTTATACTGTGCCGACTGTTTACAGTGTCCACCCTCGTCCTCGTC
GTAATCGTACTTATTATCCAGGTTAACAAGGCTAGGATGACTTCTAAAGAGTAGAAAAGC
TCTCTCTGATCTACTGTGAGAAGACAGACAAGCTCCACGTTGTTTCTATCTTTGTGAAAT
AAATGCAACCTTTTTACTCTATTCCCTTTTATATGCTTTTTTGTCTTCTGGATTTTAAAA
TATACTCTAATGCTTTCATTGTAACTCTTTTAAGTAGTGTGTTTTATGCTTCGACCTTTA
CACTAGAAGCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG50TF U 1
AF RR3EG50JQ C 376
BS 1 690 RR3EG50TF
BS 691 691 RR3EG50JQ
BS 692 707 RR3EG50TF
BS 708 708 RR3EG50JQ
BS 709 741 RR3EG50TF
BS 742 911 RR3EG50JQ

RD RR3EG50TF 747 0 0
GGGTCTCTCGAAGCCCTAGCTAAACCTATCTTCTCAACTTGTCTACAATGGAGAGATCCG
CGATCAAAGGGATGAGTCTGCTGACATTGGACGAAAGTGATCATACTAAGAGAACCAGAC
CAAAAAAGCGCGACATAGGGAGGATTCGCGTAAGAGGATATAACACTGACCTTCCCCATG
ATGATGTAGTAAACGCGTTGAGGAAACATTTCTCTTCGTGTGGAGAGATCACAGATGTTT
ATATCCGCGAAATGAAAGATGGTCTACACATTTTTGGTTTTATTTATTTTCTTGGAGAAG
GCGCAGTGGACAAGGCCTCGCAACTTAGTGGAATTGACGTGGGAGGATGGACCGTCATTG
CTGAGCCTTATCCGTTAAACGAACATGCGGGCTGTCTCCCTGCTGTAATTGTTCAAGGTT
ATGACACTCTTCTTGATAAAGCTGATATCGAGAAAATGTTGTTTGAACATTTCTCTTCAT
GTGGAGAGGTCACTAGAATCAATGTTCACGAAAGCATTGGTGCAGCTGTTGTATACCTTT
ATGGAGAAGATGCTGAAGAAAAGGTGATGTATCTTGATGGGAGCAACATGGTTGGACGCA
AAATAAGTGTTAAGCTTTATACTGTGCCGACTGTTTACAGTGTCCACCCTCGTCCTCGTC
GTAATCGTACTTATTATCCAGGTTAACAAG*CTAGGATGACTTCTAA*GAGTAGAAAAGC
TCTCTCTGATCTACTGTGAGA
GACAGA

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3EG50JQ 536 0 0
TAAACGAACATGCGGGCTGTCTCCCTGCTGTAATTGTTCAAGGTTATGACACTCTTCTTG
ATAAAGCTGATATCGAGAAAATGTTGTTTGAACATTTCTCTTCATGTGGAGAGGTCACTA
GAATCAATGTTCACGAAAGCATTGGTGCAGCTGTTGTATACCTTTATGGAGAAGATGCTG
AAGAAAAGGTGATGTATCTTGATGGGAGCAACATGGTTGGACGCAAAATAAGTGTTAAGC
TTTATACTGTGCCGACTGTTTACAGTGTCCACCCTCGTCCTCGTCGTAATCGTACTTATT
ATCCAGGTTAACAAGGCTAGGATGACTTCTAAAGAGTAGAAAAGCTCTCTCTGATCTACT
GTGAGAAGACAGACAAGCTCCACGTTGTTTCTATCTTTGTGAAATAAATGCAACCTTTTT
ACTCTATTCCCTTTTATATGCTTTTTTGTCTTCTGGATTTTAAAATATACTCTAATGCTT
TCATTGTAACTCTTTTAAGTAGTGTGTTTTATGCTTCGACCTTTACACTAGAAGCT

QA 1 536 1 536
DS 



AS 1 2

CO CL7443Contig1 962 2 2 U
GGTTAGTGAGGTAGAACAAAATCAAAGCTTTCAGATCTTGAACAAGAACCTCTAATCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCGGTTACTTCGAAAAAGATGACTTTTACTATTCCGATTGATA
ACGGAGATGCCGTGAAGAACGCAGAAGCTGATTCACAAAGAACACTGTACCCATATGTCA
CTGGGACATCGATTGTCGCAATCAAGTACAAAGATGGTGTTCTAATGGCTTCCGACATGG
GAGGTTTATATGGATCGACCTTAAGATACAAGAACATTGAGAGAGTGAAGGCTATTGGCA
AGCATTCTCTTCTCGGTGCCAGTGGAGAAATCAGCGACTTTCAGGAGATTCTTCGTTATC
TTGATGAGCTCGTCTTGAATGATAACATGTGGGATGATGGTAACTCTTTGGGACCAAAAG
AGGTTCACAACTATCTGACTCGTGTCATGTACAACCGCCGCAACAAGTTTAACCCTCTCT
GGAACACTCTCGTCCTTGGAGGTGTTAAAAATGGTGAAAGCTACCTTGGCATGGTGTCAA
TGATTGGTGTTAGTTTCGAGGACAATCATGTTGCCACTGGATTTGGAAACCACCTAGCTA
GGCCAATTCTTCGTGATGAGTGGCATGCGGATCTGAGCTTCGAAGAAAGTGTCAAGCTCC
TTGAGAAGTGTATGCGTGTGCTTCTTTACCGTGACAGATCTGCTATTAACAAGCTTCAGA
TTGCGAAGATCACGGAGGAAGGGGTGACGGTCTCTCAGCCCTACTCGTTGAATACGTTTT
GGGAGTTCCAGGCTTTCCACAACCCAACTGCTGGTGCTCAAGGCTCCTGGTAAGAAGCCT
ATTTATCAATCTTGAGATCAAGCTCTGCCTCTTTATTTTTATTTCATGTGATGTTGTTAA
CATACTATGTACTGGAGTGGATTTCCTGTTGGGTTATATCTCAATGAAAGTTTTCTGAAG
AT


BQ
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AF RR3A230TF U 1
AF RR3A230JQ C 93
BS 1 730 RR3A230TF
BS 731 962 RR3A230JQ

RD RR3A230TF 730 0 0
GGTTAGTGAGGTAGAACAAAATCAAAGCTTTCAGATCTTGAACAAGAACCTCTAATCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTCGGTTACTTCGAAAAAGATGACTTTTACTATTCCGATTGATA
ACGGAGATGCCGTGAAGAACGCAGAAGCTGATTCACAAAGAACACTGTACCCATATGTCA
CTGGGACATCGATTGTCGCAATCAAGTACAAAGATGGTGTTCTAATGGCTTCCGACATGG
GAGGTTTATATGGATCGACCTTAAGATACAAGAACATTGAGAGAGTGAAGGCTATTGGCA
AGCATTCTCTTCTCGGTGCCAGTGGAGAAATCAGCGACTTTCAGGAGATTCTTCGTTATC
TTGATGAGCTCGTCTTGAATGATAACATGTGGGATGATGGTAACTCTTTGGGACCAAAAG
AGGTTCACAACTATCTGACTCGTGTCATGTACAACCGCCGCAACAAGTTTAACCCTCTCT
GGAACACTCTCGTCCTTGGAGGTGTTAAAAATGGTGAAAGCTACCTTGGCATGGTGTCAA
TGATTGGTGTTAGTTTCGAGGACAATCATGTTGCCACTGGATTTGGAAACCACCTAGCTA
GGCCAATTCTTCGTGATGAGTGGCATGCGGATCTGAGCTTCGAAGAAAGTGTCAAGCTCC
TTGAGAAGTGTATGCGTGTGCTTCTTTACCGTGACAGATCTGCTATTAACAAGCTTCAGA
TTGCGAAGAT

QA 1 730 1 730
DS 

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AAGATGACTTTTACTATTCCGATTGATAACGGAGATGCCGTGAAGAACGCAGAAGCTGAT
TCACAAAGAACACTGTACCCATATGTCACTGGGACATCGATTGTCGCAATCAAGTACAAA
GATGGTGTTCTAATGGCTTCCGACATGGGAGGTTTATATGGATCGACCTTAAGATACAAG
AACATTGAGAGAGTGAAGGCTATTGGCAAGCATTCTCTTCTCGGTGCCAGTGGAGAAATC
AGCGACTTTCAGGAGATTCTTCGTTATCTTGATGAGCTCGTCTTGAATGATAACATGTGG
GATGATGGTAACTCTTTGGGACCAAAAGAGGTTCACAACTATCTGACTCGTGTCATGTAC
AACCGCCGCAACAAGTTTAACCCTCTTTGGAACACTCTCGTCCTTGGAGGTGTTAAAAAT
GGTGAAAGCTACCTTGGCATGGTGTCAATGATTGGTGTTAGTTTCGAGGACAATCATGTT
GCCACTGGATTTGGAAACCACCTAGCTAGGCCAATTCTTCGTGATGAGTGGCATGCGGAT
TTGAGCTTCGAAGAAGGTGTCAAGCTCCTTGAGAAGTGTATGCGTGTGCTTCTTTACCGT
GACAGATTTGCTATTAACAAGCTTCAGATTGCGAAGATCACGGAGGAAGGGGTGACGGTC
TCTCAGCCCTACTCGTTGAATACGTTTTGGGAGTTCCAGGCTTTCCACAACCCAACTGCT
GGTGCTCAAGGCTCCTGGTAAGAAGCCTATTTATCAATCTTGAGATCAAGCTCTGCCTCT
TTATTTTTATTTCATGTGATGTTGTTAACATACTATGTACTGGAGTGGATTTCCTGTTGG
GTTATATCTCAATGAAAGTTTTCTGAAGAT

QA 1 870 1 870
DS 



AS 1 2

CO CL7444Contig1 626 2 1 U
GAAGAACTGAGAACGCACCACAGATTGTCCCAGTAACCTTCCAAGCAAATCCTCCGTTCA
ATCTAAACACAGATGCTGCGGAGGTTCCTGCTCCGCTGTCTCTCAACCTTTCTCTGTCTT
TTATAACCTCAACGAACAGTCCAACTCAAGACATTCGGCTTTCACCATGTTGCCAAGCTT
CAGTGATGGAGATAGTAATGGCAGCATCATCAGAGTTGCTTAGACCTAAAAGCCAAGGCC
TTACTTTTGTCTTGGAAAAAAAGAACAATCAGGGGAAAAAAGAACAATAACAACAGAGGA
AGGGGGCTTTAGAGATGGACGAACTGTTGTTTAGGGGTTCTTCATCATCTATGTTTTGTA
TTGTTTGTATTGTTTGTAAAACTCTGCTCTCTCCGTATGTGTGGTTTGTTTTGTGGTATG
TAAGTTAAAAGAAGGTGTGACTCTCTCCTGTTGCCCATCTCAATCAATGGTTGGTGAATT
ATGGGGCTTTTGCTATATCTTATCTTTTGGGGATAAGCTAAAATGTATGTATGTGGTTCA
TCGAATATCTTATCAGGATCACCCTTTAATACCATAATAATGTAATGTTGCCACTTCGAC
TTTTTGATGGATTTTTGTTTTATTAC


BQ
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AF RR3D594JQ C 1
AF RR3D594TF U 1
BS 1 626 RR3D594TF

RD RR3D594JQ 626 0 0
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TTATAACCTCAACGAACAGTCCAACTCAAGACATTCGGCTTTCACCATGTTGCCAAGCTT
CAGTGATGGAGATAGTAATGGCAGCATCATCAGAGTTGCTTAGACCTAAAAGCCAAGGCC
TTACTTTTGTCTTGGAAAAAAAGAACAATCAGGGGAAAAAAGAACAATAACAACAGAGGA
AGGGGGCTTTAGAGATGGACGAACTGTTGTTTAGGGGTTCTTCATCATCTATGTTTTGTA
TTGTTTGTATTGTTTGTAAAACTCTGCTCTCTCCGTATGTGTGGTTTGTTTTGTGGTATG
TAAGTTAAAAGAAGGTGTGACTCTCTCCTGTTGCCCATCTCAATCAATGGTTGGTGAATT
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TTTTTGATGGATTTTTGTTTTATTAC

QA 1 626 1 626
DS 

RD RR3D594TF 626 0 0
GAAGAACTGAGAACGCACCACAGATTGTCCCAGTAACCTTCCAAGCAAATCCTCCGTTCA
ATCTAAACACAGATGCTGCGGAGGTTCCTGCTCCGCTGTCTCTCAACCTTTCTCTGTCTT
TTATAACCTCAACGAACAGTCCAACTCAAGACATTCGGCTTTCACCATGTTGCCAAGCTT
CAGTGATGGAGATAGTAATGGCAGCATCATCAGAGTTGCTTAGACCTAAAAGCCAAGGCC
TTACTTTTGTCTTGGAAAAAAAGAACAATCAGGGGAAAAAAGAACAATAACAACAGAGGA
AGGGGGCTTTAGAGATGGACGAACTGTTGTTTAGGGGTTCTTCATCATCTATGTTTTGTA
TTGTTTGTATTGTTTGTAAAACTCTGCTCTCTCCGTATGTGTGGTTTGTTTTGTGGTATG
TAAGTTAAAAGAAGGTGTGACTCTCTCCTGTTGCCCATCTCAATCAATGGTTGGTGAATT
ATGGGGCTTTTGCTATATCTTATCTTTTGGGGATAAGCTAAAATGTATGTATGTGGTTCA
TCGAATATCTTATCAGGATCACCCTTTAATACCATAATAATGTAATGTTGCCACTTCGAC
TTTTTGATGGATTTTTGTTTTATTAC

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

CO CL7445Contig1 855 2 4 U
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ATCATCTTCTCCTTAAGTGAAGACCAACTCAGGCACCTTAGGGAACCAGATCATGTTTGG
TTTGACGAGCAAGAGGCTCTCGCATTTACTAATGTGTGGAAACTCTTTCACGGCATACGG
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GAGATGGAGATCTATGTTGAAGAGAATGATCCTACACGGCTAGGAAACCGTGAGATTTCG
AAACTTGTCCAGGAGATGTTCGAGCTCTACAACAAGCTATCGAGTTGCAATGTCCAGCTC
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TTTTTTTTGCCAGAACTCCCTTTTGGAATTTGCCAACAGTTTGGCTTTTTGTTTTTTTAA
CTGTCTTGAAAACCGTCTCAGACTGAACCAGTATCATCAACCTTTTCTATCTATGGATGG
GCTTGTTTTCATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B159TF U 1
AF RR3B159JQ C 102
BS 1 695 RR3B159TF
BS 696 696 RR3B159JQ
BS 697 740 RR3B159TF
BS 741 855 RR3B159JQ

RD RR3B159TF 740 0 0
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TTTGACGAGCAAGAGGCTCTCGCATTTACTAATGTGTGGAAACTCTTTCACGGCATACGG
AATGTTCCGGATCTTAGCTTGCGTCCTGATACTATTGAGGCCCTTTGTATGTGCTCTGAA
TCGATCCCAGTGTTCAACAACCTCAAATCATTAGCTATTACGAGTAACAAGGATCGAGGA
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GGTCTGGTGCACCATGTGACAGACGAGTGCGGGGATGCTTGTGACTGCATTTCTCGGGAG
GAGAGAGGACTTTCACTCACGGTTTGTCCGGTGAAAGAGCTGGAGATTCAAGGGTTTCGA
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GAGATGGAGATCTATGTTGAAGAGAATGATCCTACACGGCTAGGAAACCGTGAGATTTCG
AAACTTGTCCAGGAGATGTTCGAGCTCTACAACAAGCTATCGAGTTGCAATGTCCAGCTC
CTGGTGAGCGAGTATTTGGGAGGAGAAGTGGCTGA*GAACAAAGCCATCTCCTAGTTTTT
TTTTTTTTGCCAGAACTCCC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3B159JQ 754 0 0
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GAGTAACAAGGATCGAGGATGGCAAGCAATGCCAGCTCTTCTAAGGAACTCTCCACATTT
AGAAACTCTACTCATTCAGGGTTTGGTGCACCATGTGACAGACGAGTGCGGGGATGCTTG
TGACTGCATTTCTCGGGAGGAGAGAGGACTTTCACTCACGGTTTGTCCGGTGAAAGAGCT
GGAGATTCAAGGGTTTCGAGGAACGATGAAAGAGATGGCAATGATAAAGCATTTCTTGGA
CTACTTTCCGTGTTTGAAGGAGATGGAGATCTATGTTGAAGAGAATGATCCTACACGGCT
AGGAAACCGTGAGATTTCGAAACTTGTCCAGGAGATGTTCGAGCTTTACAACAAGCTATC
GAGTTGCAATGTCCAGCTCCTGGTGAGCGAGTATTTGG*AGGAGAAGTGGCTGAAGAACA
AAGCCATCTCCTAGTTTTTTTTTTTTTGCCAGAACTCCCTTTTGGAATTTGCCAACAGTT
TGGCTTTTTGTTTTTTTAACTGTCTTGAAAACCGTCTCAGACTGAACCAGTATCATCAAC
CTTTTCTATCTATGGATGGGCTTGTTTTCATTTC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL7446Contig1 1412 2 2 U
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GCATTGTGGTGCTAGGATGGGTGTGAAGCAGGCTCTAAGGAGCATCGATGCGTTCCCAAG
AGCTGAGGATCATCTCCTTCAGAAAACTCAATCTGGTGCCGTTGTATCCATTGTTGGGCT
CTTTATAATGGTTACATTGTTCTTGAGCGAGCTGAGTTTCTATCTTAACACACTTACCGT
GCATCAGATGTCAGTGGACTTAAAGCGTGGAGAAACTCTTCCTATTCATGTAAATATGAC
GTTCCCATCTTTGCCTTGTGATGTATTGAGCATGGATGCTATCGACATGTCAGGGAAGCA
TGAAGTTGATCTTGATACAAACATTTGGAAGCTCCGTCTCAATAGTCATGGTCATATCAT
TGGCACGGAATATATATCTGATCTTGTTGAAAAGGAGCATGATCACTCATCTCACAAGCA
CGATGAACACAAGAATGAGACGGAAGCTTTAAATATACTTGGGTTTGATGAAGCTGCTGA
GACGTTGATTAAAAAGGTGAAGCAAGCATTGGCGGATGGAGAAGGATGTCAGGTTTATGG
TGTCCTAGATGTACAACGGGTTGCTGGAAACTTCCACGTTTCAGTTCACGGACTGAACAT
CTACGTTGCTCAAATGATATTTGGAGGGTCCAAAAACGTAAACGTGAGCCGTATGATTCA
TGATCTATCGTTTGGGCCCAAGTACCCTGGAATTCACAACCCACTTGATGACACAAACCG
AATGCTGCATGACACTAGTGGAACATTCAAGTACTACATTAAGATTGTTCCGACAGAATA
TAGATATCTTTCAAAAGACATACTGACAACGAATCAGTACTCTGTAACGGAATATTACAC
ACCTATGAACGAATTTGACCGGGCATGGCCAGCCGTCTACTTCTTGCATGATCTTTCACC
CATCACTGTGACCATAAAGGAAGAACGCCGTAGTTTTCTCCACTTGATCACTCGGCTTTG
CGCTGTATTAGGGGGTACCTTTGCTTTGACAGGAATGCTAGATCGTTGGATGTTCCGTTT
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AAGAGAAAAAGATCAAGGAAGGAAGAAGAATCTGTCAAACCCTAAATCATGAATCTACCC
TCTGAGACAACACCCACCAGAGAGATTACAAGAAACTCCTGGGGAGTGATACATTGCAAG
ATAAAAAATCAGAACATGGATGTAGTTTTGCATGTTGTCAGTCTTTTTGAGTATTTTTAT
CTCTTATGTATTCTCTGGTCCTCCCTACATCATCTAGTAGAATTATATGTAATTTTATAA
AAACATTGCATCTTGCGATATGATAGTTTTGT


BQ
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AF RR3GF51TF U 1
AF RR3GF51JQ C 633
BS 1 688 RR3GF51TF
BS 689 1412 RR3GF51JQ

RD RR3GF51TF 688 0 0
GGGTCGCACGCGCACGCCCACGCGCTTCAATCCTCATCAGCCTCGATTCAAGTTTGAGGA
GCATTGTGGTGCTAGGATGGGTGTGAAGCAGGCTCTAAGGAGCATCGATGCGTTCCCAAG
AGCTGAGGATCATCTCCTTCAGAAAACTCAATCTGGTGCCGTTGTATCCATTGTTGGGCT
CTTTATAATGGTTACATTGTTCTTGAGCGAGCTGAGTTTCTATCTTAACACACTTACCGT
GCATCAGATGTCAGTGGACTTAAAGCGTGGAGAAACTCTTCCTATTCATGTAAATATGAC
GTTCCCATCTTTGCCTTGTGATGTATTGAGCATGGATGCTATCGACATGTCAGGGAAGCA
TGAAGTTGATCTTGATACAAACATTTGGAAGCTCCGTCTCAATAGTCATGGTCATATCAT
TGGCACGGAATATATATCTGATCTTGTTGAAAAGGAGCATGATCACTCATCTCACAAGCA
CGATGAACACAAGAATGAGACGGAAGCTTTAAATATACTTGGGTTTGATGAAGCTGCTGA
GACGTTGATTAAAAAGGTGAAGCAAGCATTGGCGGATGGAGAAGGATGTCAGGTTTATGG
TGTCCTAGATGTACAACGGGTTGCTGGAAACTTCCACGTTTCAGTTCACGGACTGAACAT
CTACGTTGCTCAAATGATATTTGGAGGG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3GF51JQ 780 0 0
TCCACGTTTCAGTTCACGGACTGAACATCTACGTTGCTCAAATGATATTTGGAGGGTCCA
AAAACGTAAACGTGAGCCGTATGATTCATGATCTATCGTTTGGGCCCAAGTACCCTGGAA
TTCACAACCCACTTGATGACACAAACCGAATGCTGCATGACACTAGTGGAACATTCAAGT
ACTACATTAAGATTGTTCCGACAGAATATAGATATCTTTCAAAAGACATACTGACAACGA
ATCAGTACTCTGTAACGGAATATTACACACCTATGAACGAATTTGACCGGGCATGGCCAG
CCGTCTACTTCTTGCATGATCTTTCACCCATCACTGTGACCATAAAGGAAGAACGCCGTA
GTTTTCTCCACTTGATCACTCGGCTTTGCGCTGTATTAGGGGGTACCTTTGCTTTGACAG
GAATGCTAGATCGTTGGATGTTCCGTTTGATAGAATCATTCACCAAGAAACCGAGTACCA
GAAGCATACACAAGTGAGAAACCGAGAGAAGAGAAAAAGATCAAGGAAGGAAGAAGAATC
TGTCAAACCCTAAATCATGAATCTACCCTCTGAGACAACACCCACCAGAGAGATTACAAG
AAACTCCTGGGGAGTGATACATTGCAAGATAAAAAATCAGAACATGGATGTAGTTTTGCA
TGTTGTCAGTCTTTTTGAGTATTTTTATCTCTTATGTATTCTCTGGTCCTCCCTACATCA
TCTAGTAGAATTATATGTAATTTTATAAAAACATTGCATCTTGCGATATGATAGTTTTGT

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL7447Contig1 625 2 3 U
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GACTCAGGAAGAACAGGAAGAAGCGAGGTCACGTCAGCGCCGGACACGGTCGTATCGGGA
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TCTTCGACAAGTACCATCCCGGTTACTTCGGCAAAGTCGGTATGAGGTACTTCCACAAGC
TCCGCAACAAGTTCTACAACCCGATCGTCAACCTCGACAGGCTCTGGTCTCTGGTTCCCG
AGGATGTGAAGGCCAAGGCCACCAAGGATAAGGTGCCGATGATCGATGTGACGCAGCATG
GTTTCTTTAAGGTGCTCGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGAACAAGCCTTTTGTGGTGAAGG
CGAAGCTGATCTCGAAGACTGCTGAGAAGAAGATCAAGGAAGCTGGTGGTGCCGTGGTGC
TCACTGCTTAGGTTTATCTGCAAATTTATCTTTTGTTTTTGCTTTTTGTTTTTGAGTTTT
TGCTAAGACTTGTCATGTTTTGGATTTTGGAACATGGTTGTTATCACATTGAGGTTCTGG
CATTTTTGCCTTGCCATTTTCGATT


BQ
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AF RR3GJ73JQ C 1
AF RR3GJ73TF U 1
BS 1 501 RR3GJ73TF
BS 502 502 RR3GJ73JQ
BS 503 625 RR3GJ73TF

RD RR3GJ73JQ 625 0 0
GGAGCCGCACGCAGGAAGAAAGAAGGTGTGTCAAGAGAGATCGCCGAGAAATGACGACCA
GACTCAGGAAGAACAGGAAGAAGCGAGGTCACGTCAGCGCCGGACACGGTCGTATCGGGA
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TCTTCGACAAGTACCATCCCGGTTACTTCGGCAAAGTCGGTATGAGGTACTTCCACAAGC
TCCGCAACAAGTTCTACAACCCGATCGTCAACCTCGACAGGCTCTGGTCTCTGGTTCCCG
AGGATGTGAAGGCCAAGGCCACCAAGGATAAGGTGCCGATGATCGATGTGACGCAGCATG
GTTTCTTTAAGGTGCTCGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGAACAAGCCTTTTGTGGTGAAGG
CGAAGCTGATCTCGAAGACTGCTGAGAAGAAGATCAAGGAAGCTGGTGGTGCCGTGGTGC
TCACTGCTTAGGTTTATCTGCAAATTTATCTTTTGTTTTTGCTTTTTGTTTTTGAGTTTT
TGCTAAGACTTGTCATGTTTTGGATTTTGGAACATGGTTGTTATCACATTGAGGTTCTGG
CATTTTTGCCTTGCCATTTTCGATT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3GJ73TF 625 0 0
GGAGCCGCACGCAGGAAGAAAGAAGGTGTGTCAAGAGAGATCGCCGAGAAATGACGACCA
GACTCAGGAAGAACAGGAAGAAGCGAGGTCACGTCAGCGCCGGACACGGTCGTATCGGGA
AGCACCGCAAGCATCCCGGAGGTCGCGGTAACGCAGGAGGTATGCACCACCACAGGATCC
TCTTCGACAAGTACCATCCCGGTTACTTCGGCAAAGTCGGTATGAGGTACTTCCACAAGC
TCCGCAACAAGTTCTACAACCCGATCGTCAACCTCGACAGGCTCTGGTCTCTGGTTCCCG
AGGATGTGAAGGCCAAGGCCACCAAGGATAAGGTGCCGATGATCGATGTGACGCAGCATG
GTTTCTTTAAGGTGCTCGGGAAAGGTCATTTGCCTGAGAACAAGCCTTTTGTGGTGAAGG
CGAAGCTGATCTCGAAGACTGCTGAGAAGAAGATCAAGGAAGCTGGTGGTGCCGTGGTGC
TCACTGCTTAGGTTTATCTGCCAATTTATCTTTTGTTTTTGCTTTTTGTTTTTGAGTTTT
TGCTAAGACTTGTCATGTTTTGGATTTTGGAACATGGTTGTTATCACATTGAGGTTCTGG
CATTTTTGCCTTGCCATTTTCGATT

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

CO CL7448Contig1 860 2 10 U
GCAAGGAGATCTCTCAGATGCCGGCTTGGTCTAAGCTCGAGCTTTGTGGCTTCGCCGCCG
CTTGGGCTGGTCAAGATTGCGATTGCAAGGGGAAGATCGATGGGGATGGAGATAAAGTCT
TGGCGTTGACTAATGGAATTGGAGATTCGTCTTCTTTTAATGGAAGCAGTGAGATCGAGA
TCGAGGATGAGGAGGAGGAGGAACAGCTTGTTAGCCTTAACGGTGTTAGCGATAACGGCA
TTGGAGTTGGAGGAGGTGTGAGGATTCCACTTCCGTGGGAGCTGCTTCAACCGACGTTAA
GGATTCTTGGTCACTGCTTGCTTAGTCCGTTGAATAGTGAAGATGTGAAAGATGCAGCTT
CTAATGCGGTGAGGTCGTTGTACGCTAGAGCTTCTCATGATTTGAACCCGCAGGCGATTC
TAGCTACAAGGAGTTTAGTTAACCTTGATGCAAGCGCGCGGAGAGCAGCGAAGACTGCGT
CTGCGGAGAGTGTTGATGATGGGTCGTCGTCGAATGTTAACACTCCAAGTAAGTCGAAGA
AACCAGAGATTCTTCTGTCATCAAAGTGAGTGAGTGAGTTGAGTGCTCTTTCTTTTGGGT
TTTGTGAAGGTTTACGTGTTGTTCAATATGATGAGACAAATGTAGAATCCTTATTGTATT
ATCATTTGCTTGAGTGGTTTTCATTACATCTTTGCGTTTGGTTTAGGGAAAGTTTGTGAG
AAAAATGCTGGGAATGAACTTGTAATGTTGCTAATTCAAACTCTGTTTAGACTAATGATA
ATGTCTGGAACTTGGAGAGGCTTATGCGATCAAGTTTAAGATGTAATGATAACCATATAT
GTATGTTGTTTTAGATTGAC


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DD47TF U 1
AF RR3DD47JQ C 287
BS 1 710 RR3DD47TF
BS 711 711 RR3DD47JQ
BS 712 724 RR3DD47TF
BS 725 725 RR3DD47JQ
BS 726 744 RR3DD47TF
BS 745 745 RR3DD47JQ
BS 746 780 RR3DD47TF
BS 781 781 RR3DD47JQ
BS 782 797 RR3DD47TF
BS 798 860 RR3DD47JQ

RD RR3DD47TF 797 0 0
GCAAGGAGATCTCTCAGATGCCGGCTTGGTCTAAGCTCGAGCTTTGTGGCTTCGCCGCCG
CTTGGGCTGGTCAAGATTGCGATTGCAAGGGGAAGATCGATGGGGATGGAGATAAAGTCT
TGGCGTTGACTAATGGAATTGGAGATTCGTCTTCTTTTAATGGAAGCAGTGAGATCGAGA
TCGAGGATGAGGAGGAGGAGGAACAGCTTGTTAGCCTTAACGGTGTTAGCGATAACGGCA
TTGGAGTTGGAGGAGGTGTGAGGATTCCACTTCCGTGGGAGCTGCTTCAACCGACGTTAA
GGATTCTTGGTCACTGCTTGCTTAGTCCGTTGAATAGTGAAGATGTGAAAGATGCAGCTT
CTAATGCGGTGAGGTCGTTGTACGCTAGAGCTTCTCATGATTTGAACCCGCAGGCGATTC
TAGCTACAAGGAGTTTAGTTAACCTTGATGCAAGCGCGCGGAGAGCAGCGAAGACTGCGT
CTGCGGAGAGTGTTGATGATGGGTCGTCGTCGAATGTTAACACTCCAAGTAAGTCGAAGA
AACCAGAGATTCTTCTGTCATCAAAGTGAGTGAGTGAGTTGAGTGCTCTTTCTTTTGGGT
TTTGTGAAGGTTTACGTGTTGTTCAATATGATGAGACAAATGTAGAATCCTTATTGTATT
ATCATTTGCTTGAGTGGTTTTCATTACATCTTTGCGTTTGGTTTAGGGAA*GTTTGTGAG
AAAA*TGCTGGGAATGAACTTGTA*TGTTGCTAATTCAAACTCTGTTTAGACTAATGATA
*TGTCTGGAACTTGGAG

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3DD47JQ 574 0 0
TCAACCGACGTTAAGGATTCTTGGTCACTGCTTGCTTAGTCCGTTGAATAGTGAAGATGT
GAAAGATGCAGCTTCTAATGCGGTGAGGTCGTTGTACGCTAGAGCTTCTCATGATTTGAA
CCCGCAGGCGATTCTAGCTACAAGGAGTTTAGTTAACCTTGATGCAAGCGCGCGGAGAGC
AGCGAAGACTGCGTCTGCGGAGAGTGTTGATGATGGGTCGTCGTCGAATGTTAACACTCC
AAGTAAGTCGAAGAAACCAGAGATTCTTCTGTCATCAAAGTGAGTGAGTGAGTTGAGTGC
TCTTTCTTTTGGGTTTTGTGAAGGTTTACGTGTTGTTCAATATGATGAGACAAATGTAGA
ATCCTTATTGTATTATCATTTGCTTGAGTGGTTTTCATTACATCTTTGCGTTTGGTTTAG
GGAAAGTTTGTGAGAAAAATGCTGGGAATGAACTTGTAATGTTGCTAATTCAAACTCTGT
TTAGACTAATGATAATGTCTGGAACTTGGAGAGGCTTATGCGATCAAGTTTAAGATGTAA
TGATAACCATATATGTATGTTGTTTTAGATTGAC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

CO CL7449Contig1 998 2 2 U
GGAGTATGAAGTGTTTGATCTTAGAATCATTCACTGGAAAAATAGGACGGGGTTCGAAGA
GAACAAGGATCTACCGATTGTGCTGAACTCAGCGATTGGAGGAAGATACTACATTACAGA
ATACATTGGCTCAGCTGCATTTAGCAAGGTGGTTCAGGCTCAAGATCTACACAACGGTGT
CGATGTTTGCCTCAAGATTATCAAGAACGACAAAGATTTCTTCGACCAGAGTTTAGACGA
GATCAAACTCCTAAAACATGTCAATAAGCATGATCCCGCTGATGAGCATCACATCTTGCG
CCTCTATGATTACTTCTACCACCAAGAGCATCTGTTTATCGTCTGTGAACTACTCAGAGC
AAATTTATACGAGTTTCAAAAGTTCAACCAAGAGTCCGGAGGAGATCCATACTTCAACTT
AAGCAGACTTCAGGTTATAACGCGACAGTGTCTGGATGCTCTTGTGTTCCTTCATGGACT
AGGGATCATACACTGTGATCTCAAACCAGATAATATACTTATAAAGAGTTACAAAAAGTG
CGAGGTGAAAATCATTGATCTTGGAAGCAGTTGTTTCCGCTCTGATAACTTGTCATTGTA
TGTACAATCACGTTCCTATAGAGCTCCAGAAGTGATTCTTGGACTTCCATATGATGAGAA
GATTGATTTGTGGTCTCTTGGGTGTATTTTAGCAGAGCTCTGCTCTGGTGAGGTTCTGTT
TCCAAATGAAGCATTAGGGATGATATTGGCTCGGATTGTTGCGGTTTTAGGTCCTATAGA
AACGGAGATGCTAGAGAAAGGTCAAGAGACGGATAAATACTTCAAAGAGTTTGATCTTTA
CCACCTAAACGAGGAGAGCAATGAGGTTGAGTATATAATCACAGAAGAATCTTGCTTGGA
AGATCAGTTACATGTTAGTGATGAACTGTTCTTAGACTTTGTGAGAAGCCTACTTGAGAT
CAATCCATTGAGACGTCCAACAGCTCTTGAGGCACTTG


BQ
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AF RR3C168TF U 1
AF RR3C168JQ C 443
BS 1 685 RR3C168TF
BS 686 998 RR3C168JQ

RD RR3C168TF 685 0 0
GGAGTATGAAGTGTTTGATCTTAGAATCATTCACTGGAAAAATAGGACGGGGTTCGAAGA
GAACAAGGATCTACCGATTGTGCTGAACTCAGCGATTGGAGGAAGATACTACATTACAGA
ATACATTGGCTCAGCTGCATTTAGCAAGGTGGTTCAGGCTCAAGATCTACACAACGGTGT
CGATGTTTGCCTCAAGATTATCAAGAACGACAAAGATTTCTTCGACCAGAGTTTAGACGA
GATCAAACTCCTAAAACATGTCAATAAGCATGATCCCGCTGATGAGCATCACATCTTGCG
CCTCTATGATTACTTCTACCACCAAGAGCATCTGTTTATCGTCTGTGAACTACTCAGAGC
AAATTTATACGAGTTTCAAAAGTTCAACCAAGAGTCCGGAGGAGATCCATACTTCAACTT
AAGCAGACTTCAGGTTATAACGCGACAGTGTCTGGATGCTCTTGTGTTCCTTCATGGACT
AGGGATCATACACTGTGATCTCAAACCAGATAATATACTTATAAAGAGTTACAAAAAGTG
CGAGGTGAAAATCATTGATCTTGGAAGCAGTTGTTTCCGCTCTGATAACTTGTCATTGTA
TGTACAATCACGTTCCTATAGAGCTCCAGAAGTGATTCTTGGACTTCCATATGATGAGAA
GATTGATTTGTGGTCTCTTGGGTGT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3C168JQ 556 0 0
CGACAGTGTCTGGATGCTCTTGTGTTCCTTCATGGACTAGGGATCATACACTGTGATCTC
AAACCAGATAATATACTTATAAAGAGTTACAAAAAGTGCGAGGTGAAAATCATTGATCTT
GGAAGCAGTTGTTTCCGCTCTGATAACTTGTCATTGTATGTACAATCACGTTCCTATAGA
GCTCCAGAAGTGATTCTTGGACTTCCATATGATGAGAAGATTGATTTGTGGTCTCTTGGG
TGTATTTTAGCAGAGCTCTGCTCTGGTGAGGTTCTGTTTCCAAATGAAGCATTAGGGATG
ATATTGGCTCGGATTGTTGCGGTTTTAGGTCCTATAGAAACGGAGATGCTAGAGAAAGGT
CAAGAGACGGATAAATACTTCAAAGAGTTTGATCTTTACCACCTAAACGAGGAGAGCAAT
GAGGTTGAGTATATAATCACAGAAGAATCTTGCTTGGAAGATCAGTTACATGTTAGTGAT
GAACTGTTCTTAGACTTTGTGAGAAGCCTACTTGAGATCAATCCATTGAGACGTCCAACA
GCTCTTGAGGCACTTG

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

CO CL7450Contig1 613 2 1 U
GTATCGACAACCTGTGGACCAAACACAGCGATGGGAGGTTCGGATACAGCGTACAACGCA
AATATGGTTAAAAGCCAAGAAAGACTTCACAAGATTCTTCATTAAAGTCGAGTGGATGAA
GCTTCTTGATACAGAGGTGGTCCAGTACAACTACAGAGCTTTCCCTGATGAGTTCAAGTG
GGAGCTTAACGATGAAACGCCTCTAGGACACTTACCGCTAACAAACGCGTTGAGAGGAAC
GCAGCTTCTGAAATGCGTTTTGAGCCATCCTGCGTTTGAGATAGCTGGTGATGATGACAA
TGAAGAAGGAGAAGAAGCTGAGAACAGAGGTGGTGGTGGTAAAGCACAGACAAAAGACAC
AAGAGTGTTTAAAACAGATTACAGCTTCTGATGTCTTTGATTTTCATTTGGATTATGAAT
ATGTATGAACAGTCAAACTAGTTAATGAATATAAACCAAAAGTCTTTATTGGTTGATCAA
TGTAAGTTCCTGAAGATATTCATTCTCAGACAGATCAAATCTGAAACAACTTCAAACTCC
AGCTGTCCAAGTCCTGTTTGTACTCTTTGCTGATTTGATGAAAGGATACAAAGCTGTGGT
TTTGGCTCTGTTC


BQ
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AF RR3A133JQ C 1
AF RR3A133TF U 1
BS 1 613 RR3A133TF

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DS 

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AATATGGTTAAAAGCCAAGAAAGACTTCACAAGATTCTTCATTAAAGTCGAGTGGATGAA
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AAGAGTGTTTAAAACAGATTACAGCTTCTGATGTCTTTGATTTTCATTTGGATTATGAAT
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AGCTGTCCAAGTCCTGTTTGTACTCTTTGCTGATTTGATGAAAGGATACAAAGCTGTGGT
TTTGGCTCTGTTC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3H365TF U 1
AF RR3H365JQ C 43
BS 1 712 RR3H365TF
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TGTTCTTCTTCCTTGGATCATGACTTGGATCAAGACTTCTCTTGTATTACAAAATGATCC
AAGGACTCATCATCCGTCATAACTTGTTTGTGATCGAAGCCCATATATTTGTAGGCTGAG
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AACG*TTTAATTACGTACTAAAGTTTG

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3H365JQ 705 0 0
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TGTATTACAAAATGATCCAAGGACTCATCATCCGTCATAACTTGTTTGTGATCGAAGCCC
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GTTGAGACATTACTTTTTAACGGTTTAATTACGTACTAAAGTTTG

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL7452Contig1 911 2 4 U
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CTATGCCCATCACGCAAGACATGTCGAGAATTACTACTTGAAGAACTTTTGCCCTTTTAA
CTTCTTGTTCATCATCTTCCTCTTCTTCTACTTTGTGAACTGAATTCAATATCCGGTCTC
TAATAAAATTAGCATTTGCAAAGCATAGCAACGGAGAGCTGATTCGAAGAGTCAATAATC
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TCCCCACAGCGAGGAGAAGACCGATCTCTACGGAGGCAAACAAGACACCAAAGAAGGCGG
CTATGAGGACGAGAAAATCAAGCTTATCAAGCTTCCAAATGTGCAAAGCGCCAGAGATAT
CGATAAGGCCAGGAAGCGCCGAGAGAATGATGGAGGCCAGAATTGCGGTGGGTGTAAAAT
AGAGAAACCTT


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G720JQ U 1
AF RR3D633JQ U 123
BS 1 532 RR3G720JQ
BS 533 533 RR3D633JQ
BS 534 748 RR3G720JQ
BS 749 911 RR3D633JQ

RD RR3G720JQ 748 0 0
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TAGTAAATTCAACTATAAGCTTCTCGTAGTAAAGGTGCATACGGAGGCTCGGCGATATAT
CTATATGCAAAGGTCTAAAATTTGGTTTTTATTCAACGGCCATGACCTTTAAACGCTATC
TTATCAATACATTTGTGCCCATATATCAACACATATCGTGCGACGTAGTTCCTGCTCTTA
CGTAAACATCTACGGCTTCTCCTACTGTCATAAATATATTTTCTTTTTTCACTTTCTCCT
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CTATGCCCATCACGCAAGACATGTCGAGAATTACTACTTGAAGAACTTTTGCCCTTTTAA
CTTCTTGTTCATCATCTTCCTCTTCTTCTACTTTGTGAACTGAATTCAATATTCGGTCTC
TAATAAAATTAGCATTTGCAAAGCATAGCAACGGAGAGCTGATTCGAAGAGTCAATAATC
CTTGGGTCTTAGTAGCCATTGGGTACTGATTTATGTCACCGAAGATATCTGTTTTTGACA
ATCTGCCTAAAGCCTCGACTGTTGGTCGTATCGAACTCAAAATTATTCTCATAAAAGATA
TCCCCACAGCGAGGAGAAGACCGATCTC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3D633JQ 789 0 0
ATATGCAAAGGTCTAAAATTTGGTTTTTATTCAACGGCCATGACCTTTAAACGCTATCTT
ATCAATACATTTGTGCCCATATATCAACACATATCGTGCGACGTAGTTCCTGCTCTTACG
TAAACATCTACGGCTTCTCCTACTGTCATAAATATATTTTCTTTTTTCACTTTCTCCTCC
AGTTTCGCTCGCTTCAGTTTGTGAAGTACCCTCCATCTCGGACTAGAGATCACTAACCGG
GTGTCATTAGAAGCCAGCTCTTTATGTAATTCTTCAAGTGCGACTACTCCTGATGTATCT
ATGCCCATCACGCAAGACATGTCGAGAATTACTACTTGAAGAACTTTTGCCCTTTTAACT
TCTTGTTCATCATCTTCCTCTTCTTCTACTTTGTGAACTGAATTCAATATCCGGTCTCTA
ATAAAATTAGCATTTGCAAAGCATAGCAACGGAGAGCTGATTCGAAGAGTCAATAATCCT
TGGGTCTTAGTAGCCATTGGGTACTGATTTATGTCACCGAAGATATCTGTTTTTGACAAT
CTGCCTAAAGCCTCGACTGTTGGTCGTATCGAACTCAAAATTATTCTCATAAAAGATATC
CCCACAGCGAGGAGAAGACCGATCTCTACGGAGGCAAACAAGACACCAAAGAAGGCGGCT
ATGAGGACGAGAAAATCAAGCTTATCAAGCTTCCAAATGTGCAAAGCGCCAGAGATATCG
ATAAGGCCAGGAAGCGCCGAGAGAATGATGGAGGCCAGAATTGCGGTGGGTGTAAAATAG
AGAAACCTT

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL7453Contig1 864 2 4 U
GGGGTCATCGGAAAGTTCAAACCTTTCGGTCTAATCGCTGAAGCTAACGAAAGGACGTTG
ATGTTGCCGATTCCTACGAGTATTTTCTGTTCGATGCTCATCTCACCGGCCAGCTAGACG
ATGATAGTAATGGCAGTGAAGCTAACTTCTCCCGACAGAGAGAGCATGAGCTCTTCATCC
GAGACAACCGTTAAGAACCGTTATCATCTTCCTAACAGTTTAAAAAATGGCAGAGAAGAT
CTTTGTAACTCTGGGGAACACAACACGAGCCAAGTGCAAGAAAGAAGACCACAGAATATC
TCCAAGAGAAGCCTGAGCGAACACAAACGAGGATACAAGACGCTCCTTTTAGATCTATCA
GGCCATCATCGTCAGCTGATGGGACTGGAAGACCACAAAAGCAAAATACAGAACAGAGGA
TGAAGAACAAAGTGGTATCTGTTCACAAGTCTGAGAAGCCCATGATCCCAAGGAGGAAAC
CGCTTGCGAGACCACAACTTTTCTACTCTACTAGGCAGCTTTCCTTTGCGTCTTACAAAT
TGGTTGTTTAACAGTATACAGCACATCAGGTGAAGTTGTATCTGTTCCACTTTCACATAC
TGTCATATCAATATGGCCTCATGTGGTTAGGCCTAAAGGGAAACACCAAGCTATCTGGCT
ACTATATAGTATATGGCAAATGGGAGCCTGACTGATCATCTACATTGCATGCTCATGACT
CCTAAATGTTTGGCTATGTCCAGGCCATGATTTGGAGGAACACTTTGGTTGCAATTGTTT
CATTCAGTGTCCACATGTACAAGTATTTTTTTAAGAACCCCTAATGGGGTTTTACCATTG
GAGCAAAGAAAACAAAAATTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CI08TF U 1
AF RR3CI08JQ C 70
BS 1 757 RR3CI08TF
BS 758 758 RR3CI08JQ
BS 759 773 RR3CI08TF
BS 774 864 RR3CI08JQ

RD RR3CI08TF 773 0 0
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ATGATAGTAATGGCAGTGAAGCTAACTTCTCCCGACAGAGAGAGCATGAGCTCTTCATCC
GAGACAACCGTTAAGAACCGTTATCATCTTCCTAACAGTTTAAAAAATGGCAGAGAAGAT
CTTTGTAACTCTGGGGAACACAACACGAGCCAAGTGCAAGAAAGAAGACCACAGAATATC
TCCAAGAGAAGCCTGAGCGAACACAAACGAGGATACAAGACGCTCCTTTTAGATCTATCA
GGCCATCATCGTCAGCTGATGGGACTGGAAGACCACAAAAGCAAAATACAGAACAGAGGA
TGAAGAACAAAGTGGTATCTGTTCACAAGTCTGAGAAGCCCATGATCCCAAGGAGGAAAC
CGCTTGCGAGACCACAACTTTTCTACTCTACTAGGCAGCTTTCCTTTGCGTCTTACAAAT
TGGTTGTTTAACAGTATACAGCACATCAGGTGAAGTTGTATCTGTTCCACTTTCACATAC
TGTCATATCAATATGGCCTCATGTGGTTAGGCCTAAAGGGAAACACCAAGCTATCTGGCT
ACTATATAGTATATGGCAAATGGGAGCCTGACTGATCATCTACATTGCATGCTCATGACT
CCTAAATGTTTGGCTATGTCCAGGCCATGATTTGGAG*AACACTTTGGTTGCA

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3CI08JQ 795 0 0
GATT
CTACGAGTATTTTCTGTTCGATGCTCATCTCACCGGCCAGCTAGACGATGATAGTAATGG
CAGTGAAGCTAACTTCTCCCGACAGAGAGAGCATGAGCTCTTCATCCGAGACAACCGTTA
AGAACCGTTATCATCTTCCTAACAGTTTAAAAAATGGCAGAGAAGATCTTTGTAACTCTG
GGGAACACAACACGAGCCAAGTGCAAGAAAGAAGACCACAGAATATCTCCAAGAGAAGCC
TGAGCGAACACAAACGAGGATACAAGACGCTCCTTTTAGATCTATCAGGCCATCATCGTC
AGCTGATGGGACTGGAAGACCACAAAAGCAAAATACAGAACAGAGGATGAAGAACAAAGT
GGTATCTGTTCACAAGTCTGAGAAGCCCATGATCCCAAGGAGGAAACCGCTTGCGAGACC
ACAACTTTTCTACTCTACTAGGCAGCTTTCCTTTGCGTCTTACAAATTGGTTGTTTAACA
GTATACAGCACATCAGGTGAAGTTGTATCTGTTCCACTTTCACATACTGTCATATCAATA
TGGCCTCATGTGGTTAGGCCTAAAGGGAAACACCAAGCTATCTGGCTACTATATAGTATA
TGGCAAATGGGAGCCTGACTGATCATCTACATTGCATGCTCATGACTCCTAAATGTTTGG
CTATGTCCAGGCCATGATTTGGAGGAACACTTTGGTTGCAATTGTTTCATTCAGTGTCCA
CATGTACAAGTATTTTTTTAAGAACCCCTAATGGGGTTTTACCATTGGAGCAAAGAAAAC
AAAAATTCTTT

QA 5 795 5 795
DS 



AS 1 2

CO CL7454Contig1 505 2 4 U
GGACAGCTTACAAAAATGTTGACATTCCCACTTTGTGGTTGCGAGTTATCTTCAGAATCC
AAGATTCTAGCGTTTGCTGCTCCATTGGTTTCTATCTCGCATACCAAAAGACAGATTGTG
CTGGGACGGCGCGATTCCGTCAAAGTTTCTGCAGCAAAATCAGGAAATTTCTCGCTTGTT
GGTTCGATATTCAAAAGCTGTGACACTTGTGGAGCTAAAGGAGCAATTGAATGCCCCGGT
TGCAAGGGTAGAAATAAGAAGAATGGGAATATTTTCGAGAGGTGGAAATGTTTTGATTGC
CAAGGATTCGGTATGAAGAGCTGTCCTAAATGTGGGAAGGGAGGTTTGACGCCAGAACAG
AGAGGGGAAAGATAGAAGAACTATACTACTTGTTTTTAATAAACATGTACCTATTTCCAT
TACTTTTTAGTTGTATAACTTGCAAGATATACTAAAAATTACTGATAATTTATCTTCTGG
ACATAATCTGAGTTGCATTAAGTTT


BQ
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AF RR3EA76TF U 1
AF RR3EA76JQ C 1
BS 1 396 RR3EA76TF
BS 397 397 RR3EA76JQ
BS 398 429 RR3EA76TF
BS 430 505 RR3EA76JQ

RD RR3EA76TF 429 0 0
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AAGATTCTAGCGTTTGCTGCTCCATTGGTTTCTATCTCGCATACCAAAAGACAGATTGTG
CTGGGACGGCGCGATTCCGTCAAAGTTTCTGCAGCAAAATCAGGAAATTTCTCGCTTGTT
GGTTCGATATTCAAAAGCTGTGACACTTGTGGAGCTAAAGGAGCAATTGAATGCCCCGGT
TGCAAGGGTAGAAATAAGAAGAATGGGAATATTTTCGAGAGGTGGAAATGTTTTGATTGC
CAAGGATTCGGTATGAAGAGCTGTCCTAAATGTGGGAAGGGAGGTTTGACGCCAGAACAG
AGAGGGGAAAGATAGAAGAACTATACTACTTGTTTT*AATAAACATGTACCTATTTCCAT
TACTTTTTA

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR3EA76JQ 505 0 0
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AAGATTCTAGCGTTTGCTGCTCCATTGGTTTCTATCTCGCATACCAAAAGACAGATTGTG
CTGGGACGGCGCGATTCCGTCAAAGTTTCTGCAGCAAAATCAGGAAATTTCTCGCTTGTT
GGTTCGATATTCAAAAGCTGTGACACTTGTGGAGCTAAAGGAGCAATTGAATGCCCCGGT
TGCAAGGGTAGAAATAAGAAGAATGGGAATATTTTCGAGAGGTGGAAATGTTTTGATTGC
CAAGGATTCGGTATGAAGAGCTGTCCTAAATGTGGGAAGGGAGGTTTGACGCCAGAACAG
AGAGGGGAAAGATAGAAGAACTATACTACTTGTTTTTAATAAACATGTACCTATTTCCAT
TACTTTTTAGTTGTATAACTTGCAAGATATACTAAAAATTACTGATAATTTATCTTCTGG
ACATAATCTGAGTTGCATTAAGTTT

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 2

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ACCTAAACGGCCTGTTTGGAAGGCAGTCTGGGACAACAGCTGGTTACTCTTACTCTGCTG
CTAACAAGAACAAAGCTGTCGAATGGGAAGAGAAGACCTTGTACGATTACTTGCTCAACC
CCAAGAAGTACATTCCTGGAACTAAGATGGTCTTCCCTGGGCTTAAGAAGCCACAAGAAC
GCGCTGATCTCATCGCCTACTTGAAGGAAGCTACTGCTTAGTGAAATCAACCAACCAACC
AATGGTGGTGTGGGACATCATGAATTATTATTCTTTTTGACAAATAAAATCTCCAAACTA
TTTTTTGTTTTACTTTTGGAAATTTTCTCATCTCTATTTATATATGTTTTTGTTTTGAGT
ACCAAATGTACTCCGAATACTTTCATTTTCTTAGGTTCACTCGTATAAGTGCATCTATCT
AGAATAAACACATTTCTTTTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H301JQ C 1
AF RR3H301TF U 1
BS 1 622 RR3H301TF

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ACCTAAACGGCCTGTTTGGAAGGCAGTCTGGGACAACAGCTGGTTACTCTTACTCTGCTG
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CCAAGAAGTACATTCCTGGAACTAAGATGGTCTTCCCTGGGCTTAAGAAGCCACAAGAAC
GCGCTGATCTCATCGCCTACTTGAAGGAAGCTACTGCTTAGTGAAATCAACCAACCAACC
AATGGTGGTGTGGGACATCATGAATTATTATTCTTTTTGACAAATAAAATCTCCAAACTA
TTTTTTGTTTTACTTTTGGAAATTTTCTCATCTCTATTTATATATGTTTTTGTTTTGAGT
ACCAAATGTACTCCGAATACTTTCATTTTCTTAGGTTCACTCGTATAAGTGCATCTATCT
AGAATAAACACATTTCTTTTCT

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3H301TF 622 0 0
GGACAGAAACCTAACCCTAAGAGAAGCGAGTTCCGTCTCTTGTTGGCTATCTCTAAGCGA
AAATGGCGTCGTTTGATGAAGCACCACCAGGGAACCCCAAGGCCGGTGAGAAGATCTTCA
GGACCAAGTGCGCTCAGTGTCACACCGTCGACAAAGGCGCCGGTCACAAACAAGGACCAA
ACCTAAACGGCCTGTTTGGAAGGCAGTCTGGGACAACAGCTGGTTACTCTTACTCTGCTG
CTAACAAGAACAAAGCTGTCGAATGGGAAGAGAAGACCTTGTACGATTACTTGCTCAACC
CCAAGAAGTACATTCCTGGAACTAAGATGGTCTTCCCTGGGCTTAAGAAGCCACAAGAAC
GCGCTGATCTCATCGCCTACTTGAAGGAAGCTACTGCTTAGTGAAATCAACCAACCAACC
AATGGTGGTGTGGGACATCATGAATTATTATTCTTTTTGACAAATAAAATCTCCAAACTA
TTTTTTGTTTTACTTTTGGAAATTTTCTCATCTCTATTTATATATGTTTTTGTTTTGAGT
ACCAAATGTACTCCGAATACTTTCATTTTCTTAGGTTCACTCGTATAAGTGCATCTATCT
AGAATAAACACATTTCTTTTCT

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

CO CL7456Contig1 1223 2 4 U
GGTCTGATTCTTGTTCTGAGGGAAGATGGGTTAAAGAAAATGGGGGAGCTTCGCTCGCGA
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TACCGAAGGCACACTACAAATCTCCGCTCTCGATGGTTCAGACCGAGGATCTGCGGACGC
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ACTGGGAGAGGATTCTTAGAGTCGTTGCTCGGATGTTTGGTTGGTGTGTTTGGATTAATG
AAACGGTCAGATCCACGACGGATTTTCGTCCGAAAATCATTGCGTGTGTCGCAAGTTTAC
TCGTTGTGTTCGGTTGGTGGTACTGGATCTTGTGTCTGGCGGTTTGGCTTGTGATTCCGG
TTTACCTTGCGGTTATATCTCTTCGAGAGATGTTCAGATACTCGAGGGAGTGGTTCAACA
GGTTGGTGCTTGGGGTCGACGCTAATCCTCCTCCTCCTCCTTTGGTTCCCCTCGATCTGA
ACCTCTGGGGACTCGATTCGCCAGACCTAGACGAGTTAGATGAAGAGTTTGACACGTTTC
CGTCGTCGGTGGTCGATGTGGACGTTCTTAGGATGAGGTACGATAGGTTGAGGAGGGAGG
TGGGGGAGAAAGTGATGTTACTACTCGGTGATGTCGCTTCGCAATGCGAACGGCTTGTCG
CGCTCTGGTCGTTGTTTGTTGACGGTCCGCTGGCTTGGATATGCTTCTCGCTCGTATGTT
ATGTGATCGTGGTCTTTGTCTACGTGTTTTGGGATCACGTGGTTCTTTTTCAGAAGTTTG
TGTTTGTTTGGTTTGTTGTCCGTTGGGTTAACTTCCAGTGTTTTCGCAACGATTTGCCCA
GTGGTATCAGCAACTTCTTTAGAAGATTGCCCCCAAACGAAGGTCCCATGTTTTGAATCT
CAAGGTGTTTTAATAATCGAAATTTCTAGTTTCAAAATCTTTTTATTTTATCTCTTCATT
TTAATTTATCAGACTTTGATCTATCTGTTGGAACATGACATGATTTAGTATTTACTTTGG
ATTAATCCCAGAGAGATATTATGAAGTGGTTGTAAACACTCGGTTATAAACTGGGATATT
TCATAATTTTGTATGCCCTAATG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A383TF U 1
AF RR3A383JQ C 599
BS 1 691 RR3A383TF
BS 692 692 RR3A383JQ
BS 693 743 RR3A383TF
BS 744 1223 RR3A383JQ

RD RR3A383TF 743 0 0
GGTCTGATTCTTGTTCTGAGGGAAGATGGGTTAAAGAAAATGGGGGAGCTTCGCTCGCGA
TTCGTTGCCTTTGTGTAGCGACCCCATACGTACGAGCCACGTCTCCTTTCAGATGGATGC
TACCGAAGGCACACTACAAATCTCCGCTCTCGATGGTTCAGACCGAGGATCTGCGGACGC
AGGCTGTTTGTTTGAACTGGTTGAATCTGGCGAGGATGGACCCGCCGTTGAGAAACGACG
TCGTTTTGGAGATGTTGAGGCCGGCGAATAAGAGTTTCGGTATGAGGAGAACCAAGGCTA
ACTGGGAGAGGATTCTTAGAGTCGTTGCTCGGATGTTTGGTTGGTGTGTTTGGATTAATG
AAACGGTCAGATCCACGACGGATTTTCGTCCGAAAATCATTGCGTGTGTCGCAAGTTTAC
TCGTTGTGTTCGGTTGGTGGTACTGGATCTTGTGTCTGGCGGTTTGGCTTGTGATTCCGG
TTTACCTTGCGGTTATATCTCTTCGAGAGATGTTCAGATACTCGAGGGAGTGGTTCAACA
GGTTGGTGCTTGGGGTCGACGCTAATCCTCCTCCTCCTCCTTTGGTTCCCCTCGATCTGA
ACCTCTGGGGACTCGATTCGCCAGACCTAGACGAGTTAGATGAAGAGTTTGACACGTTTC
CGTCGTCGGTGGTCGATGTGGACGTTCTTAG*ATGAGGTACGATAGGTTGAGGAGGGAGG
TGGGGGAGAAAGTGATGTTACTA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3A383JQ 625 0 0
GAACCTCTGGGGACTCGATTCGCCAGACCTAGACGAGTTAGATGAAGAGTTTGACACGTT
TCCGTCGTCGGTGGTCGATGTGGACGTTCTTAGGATGAGGTACGATAGGTTGAGGAGGGA
GGTGGGGGAGAAAGTGATGTTACTACTCGGTGATGTCGCTTCGCAATGCGAACGGCTTGT
CGCGCTCTGGTCGTTGTTTGTTGACGGTCCGCTGGCTTGGATATGCTTCTCGCTCGTATG
TTATGTGATCGTGGTCTTTGTCTACGTGTTTTGGGATCACGTGGTTCTTTTTCAGAAGTT
TGTGTTTGTTTGGTTTGTTGTCCGTTGGGTTAACTTCCAGTGTTTTCGCAACGATTTGCC
CAGTGGTATCAGCAACTTCTTTAGAAGATTGCCCCCAAACGAAGGTCCCATGTTTTGAAT
CTCAAGGTGTTTTAATAATCGAAATTTCTAGTTTCAAAATCTTTTTATTTTATCTCTTCA
TTTTAATTTATCAGACTTTGATCTATCTGTTGGAACATGACATGATTTAGTATTTACTTT
GGATTAATCCCAGAGAGATATTATGAAGTGGTTGTAAACACTCGGTTATAAACTGGGATA
TTTCATAATTTTGTATGCCCTAATG

QA 1 625 1 625
DS 



AS 1 2

CO CL7457Contig1 765 2 6 U
GGGTAAAATAGACACAAAAGCAAACACAATATTCTCTGTTTTTCGTTAACTCTGTTTCTC
GTCAAGGTTTTCATTTTGTTCTCTGTTTTGGCAAAAAAAAAACGTGTGAACAAAGAGATG
GACTTTGACGAGGAGCTCAATCTTTGCATCACTAAAGGTAAAAATATCGATCCTTCTTTT
GGAGAATGGGATGGACGAGATCGACAACGGAACCAAGACTTTAGCCGAAGCCACAAACGA
CTACGGGAGAAAAGAATTTATCAAGAGTCACATCTTGATCATGGGTAAAGCCATCAGGCT
GCACAGTGTGAGGTTAAAGGGCTACTACATATGGTCGTTAATGGACAACTTCGAGTGGGA
GAGAGGGTATAAAATGAGGTTTGGACTATATTACGTAGATTTCAATGATAACTTGAAGCG
ACACATGAGGTCATCTGGAAAATGGCTAAGCGAGTTTCTTGATTCGAAAGAGTCTCTCCA
CAAATGCTACTTCGAAGGCCATCGTGAGAAAGGTTATGCTCCCAAGCTGTTCGATACTGA
GTATTTGGATCCTGATAACTGGCGTCTAAGCTACGCAAGCGATATCTAAAGAAGTTGTGA
GAGTATGATCATCGGTCTACGCTTTCCGGTTAACTTATATGTATAATAACTAGTGTGATG
AATAAAAAGCTGAGATGGTCATATCTATGTTTTTTCTATGTCGTGTGTTTGTGTGGGCAG
TCTAGTCTGTATACACGTGCTAATAATAAAAAAAATATTACGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CH34TF U 1
AF RR3CH34JQ C 46
BS 1 667 RR3CH34TF
BS 668 668 RR3CH34JQ
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BS 696 750 RR3CH34TF
BS 751 765 RR3CH34JQ

RD RR3CH34TF 750 0 0
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GTCAAGGTTTTCATTTTGTTCTCTGTTTTGGCAAAAAAAAAACGTGTGAACAAAGAGATG
GACTTTGACGAGGAGCTCAATCTTTGCATCACTAAAGGTAAAAATATCGATCCTTCTTTT
GGAGAATGGGATGGACGAGATCGACAACGGAACCAAGACTTTAGCCGAAGCCACAAACGA
CTACGGGAGAAAAGAATTTATCAAGAGTCACATCTTGATCATGGGTAAAGCCATCAGGCT
GCACAGTGTGAGGTTAAAGGGCTACTACATATGGTCGTTAATGGACAACTTCGAGTGGGA
GAGAGGGTATAAAATGAGGTTTGGACTATATTACGTAGATTTCAATGATAACTTGAAGCG
ACACATGAGGTCATCTGGAAAATGGCTAAGCGAGTTTCTTGATTCGAAAGAGTCTCTCCA
CAAATGCTACTTCGAAGGCCATCGTGAGAAAGGTTATGCTCCCAAGCTGTTCGATACTGA
GTATTTGGATCCTGATAACTGGCGTCTAAGCTACGCAAGCGATATCTAAAGAAGTTGTGA
GAGTATGATCATCGGTCTACGCTTTCCGGTTAACTTATATGTATAATAACTAGTGTGATG
AATAAAA*GCTGAGATGGTCATATCTATGTTTTT*CTATGTCGTGTGTTTGTGTGGGCAG
TCTAGTCTGTATACACGTGCTAATAATAAA

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3CH34JQ 720 0 0
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GTGAACAAAGAGATGGACTTTGACGAGGAGCTCAATCTTTGCATCACTAAAGGTAAAAAT
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CGAAGCCACAAACGACTACGGGAGAAAAGAATTTATCAAGAGTCACATCTTGATCATGGG
TAAAGCCATCAGGCTGCACAGTGTGAGGTTAAAGGGCTACTACATATGGTCGTTAATGGA
CAACTTCGAGTGGGAGAGAGGGTATAAAATGAGGTTTGGACTATATTACGTAGATTTCAA
TGATAACTTGAAGCGACACATGAGGTCATCTGGAAAATGGCTAAGCGAGTTTCTTGATTC
GAAAGAGTCTCTCCACAAATGCTACTTCGAAGGCCATCGTGAGAAAGGTTATGCTCCCAA
GCTGTTCGATACTGAGTATTTGGATCCTGATAACTGGCGTCTAAGCTACGCAAGCGATAT
CTAAAGAAGTTGTGAGAGTATGATCATCGGTCTACGCTTTCCGGTTAACTTATATGTATA
ATAACTAGTGTGATGAATAAAAAGCTGAGATGGTCATATCTATGTTTTTTCTATGTCGTG
TGTTTGTGTGGGCAGTCTAGTCTGTATACACGTGCTAATAATAAAAAAAATATTACGGAC

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL7458Contig1 661 2 1 U
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GTTCATCTCCGTCGCACTAGGGTTAGAGAAATTTGGAGAGAAGGAAGATGAGCAACACAC
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AACGCAAACCCCTATTTCAAAAAGAATTGCAGCATATGATGTATGGGTTCGGTGATGAGC
CAAACCCGCTTCCAGAGACTGTGGCGCTTGTAGAAGACATTGTTGTGGAATACGTCACTG
ATTTGACACATAAGGCCCAAGAGATAGGCACAAAGCGAGGAAGGCTATTAGTTGATGACT
TCTTGTATCTAATCCGCAAGGATTTGCCAAAACTTAACCGTTGTAGGGAACTCTTGGCAA
TGCAAGAAGAGCTGAAACAAGCTCGTAAAGCTTTTGATGTTGACGAAGAGAAGATTACTT
CTCTCGATTGATTAATAGTCTTTTTTTTTATGTGTGATAAACCTTCTGAAAGTTAGTCAG
TGACCTTTTGAAATCAAGACTGTAACTCAATGTAACAGCGAACTTATGTGCTCTGTTTTA
TTGTGTTTTGTGGGTTGCAGAAACTAAAAGCCTTTTAACAATGAAGTAACCATTTATTTC
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 

AF RR3AF86TF U 1
AF RR3AF86JQ C 21
BS 1 661 RR3AF86TF

RD RR3AF86TF 661 0 0
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GTTCATCTCCGTCGCACTAGGGTTAGAGAAATTTGGAGAGAAGGAAGATGAGCAACACAC
CAGCAACGCCGGCGTCTTCGTCGAAATCTAAAGCTACGGGCAATTCTCAACCGCCGGAAA
AACGCAAACCCCTATTTCAAAAAGAATTGCAGCATATGATGTATGGGTTCGGTGATGAGC
CAAACCCGCTTCCAGAGACTGTGGCGCTTGTAGAAGACATTGTTGTGGAATACGTCACTG
ATTTGACACATAAGGCCCAAGAGATAGGCACAAAGCGAGGAAGGCTATTAGTTGATGACT
TCTTGTATCTAATCCGCAAGGATTTGCCAAAACTTAACCGTTGTAGGGAACTCTTGGCAA
TGCAAGAAGAGCTGAAACAAGCTCGTAAAGCTTTTGATGTTGACGAAGAGAAGATTACTT
CTCTCGATTGATTAATAGTCTTTTTTTTTATGTGTGATAAACCTTCTGAAAGTTAGTCAG
TGACCTTTTGAAATCAAGACTGTAACTCAATGTAACAGCGAACTTATGTGCTCTGTTTTA
TTGTGTTTTGTGGGTTGCAGAAACTAAAAGCCTTTTAACAATGAAGTAACCATTTATTTC
G

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3AF86JQ 641 0 0
TGCCCCTTCCGTCATCGTCGCCGATTTGCTAATCCCGTCTGTTCATCTCCGTCGCACTAG
GGTTAGAGAAATTTGGAGAGAAGGAAGATGAGCAACACACCAGCAACGCCGGCGTTTTCG
TCGAAATCTAAAGCTACGGGCAATTCTCAACCGCCGGAAAAACGCAAACCCCTATTTCAA
AAAGAATTGCAGCATATGATGTATGGGTTCGGTGATGAGCCAAACCCGCTTCCAGAGACT
GTGGCGCTTGTAGAAGACATTGTTGTGGAATACGTCACTGATTTGACACATAAGGCCCAA
GAGATAGGCACAAAGCGAGGAAGGCTATTAGTTGATGACTTCTTGTATTTAATCCGCAAG
GATTTGCCAAAACTTAACCGTTGTAGGGAACTCTTGGCAATGCAAGAAGAGCTGAAACAA
GCTCGTAAAGCTTTTGATGTTGACGAAGAGAAGATTACTTCTCTCGATTGATTAATAGTC
TTTTTTTTTATGTGTGATAAACCTTTTGAAAGTTAGTCAGTGACCTTTTGAAATCAAGAC
TGTAACTCAATGTAACAGCGAACTTATGTGCTCTGTTTTATTGTGTTTTGTGGGTTGCAG
AAACTAAAAGCCTTTTAACAATGAAGTAACCATTTATTTCG

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL7459Contig1 622 2 1 U
GGAATATTAATAAACCTAAATCTATCTCTTTGGGGGTGGGTGCTTCACAGCTTCAAAAGT
TTTTTTAACCTATAAATCGCCGTACTTCCGTTTCTCATTCTGAATATTTCCAAGGAGATC
TGAAAAGTTTGCCGTTTTTCTGGATCGCTTTCATCGTCATCACACTCCGATCATCGTTTC
CTTTTCAGGCCGTTCATCAGGTAGAATGTTTTTGATTTGTTGGTGCTTTGATTGTTTTTC
GTCTTTCAAGTCTTTTACTTGTTTCAGGAAGATCTTTTGCTATTGGGTGATGATTAAACA
TATGTTTTTTGTATCCAAACTGTTGATTCCTCTGATGAACATAAAATATTACTGCTTTTT
GTTTGTGTGAAGATGAGAATCACCAGAGGTTTGTGTTGATGGTGTTTGATCAATATGTTC
TCAGCGATTAAACGATGATTTTTGATACTATTTGAGCCAAAAAGCTGATAACTTTACGCT
CTAAAATTTGGTTACCATTAGCTTTTGCTTCTCTGTTTGATTTGTTGGCTCCAAGTCCAA
GCCACTGATTCTCCTATTCTATTCAATTGTACTTACCTGTTCTCACAATAGCTTTGGTGT
CCTCTCTTGTACATTCTAAAGG


BQ
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AF RR3BC20JQ C 1
AF RR3BC20TF U 1
BS 1 622 RR3BC20TF

RD RR3BC20JQ 622 0 0
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TTTTTTAACCTATAAATCGCCGTACTTCCGTTTCTCATTCTGAATATTTCCAAGGAGATC
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CTTTTCAGGCCGTTCATCAGGTAGAATGTTTTTGATTTGTTGGTGCTTTGATTGTTTTTC
GTCTTTCAAGTCTTTTACTTGTTTCAGGAAGATCTTTTGCTATTGGGTGATGATTAAACA
TATGTTTTTTGTATCCAAACTGTTGATTCCTCTGATGAACATAAAATATTACTGCTTTTT
GTTTGTGTGAAGATGAGAATCACCAGAGGTTTGTGTTGATGGTGTTTGATCAATATGTTC
TCAGCGATTAAACGATGATTTTTGATACTATTTGAGCCAAAAAGCTGATAACTTTACGCT
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QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3BC20TF 622 0 0
GGAATATTAATAAACCTAAATCTATCTCTTTGGGGGTGGGTGCTTCACAGCTTCAAAAGT
TTTTTTAACCTATAAATCGCCGTACTTCCGTTTCTCATTCTGAATATTTCCAAGGAGATC
TGAAAAGTTTGCCGTTTTTCTGGATCGCTTTCATCGTCATCACACTCCGATCATCGTTTC
CTTTTCAGGCCGTTCATCAGGTAGAATGTTTTTGATTTGTTGGTGCTTTGATTGTTTTTC
GTCTTTCAAGTCTTTTACTTGTTTCAGGAAGATCTTTTGCTATTGGGTGATGATTAAACA
TATGTTTTTTGTATCCAAACTGTTGATTCCTCTGATGAACATAAAATATTACTGCTTTTT
GTTTGTGTGAAGATGAGAATCACCAGAGGTTTGTGTTGATGGTGTTTGATCAATATGTTC
TCAGCGATTAAACGATGATTTTTGATACTATTTGAGCCAAAAAGCTGATAACTTTACGCT
CTAAAATTTGGTTACCATTAGCTTTTGCTTCTCTGTTTGATTTGTTGGCTCCAAGTCCAA
GCCACTGATTCTCCTATTCTATTCAATTGTACTTACCTGTTCTCACAATAGCTTTGGTGT
CCTCTCTTGTACATTCTAAAGG

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

CO CL7460Contig1 764 2 6 U
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ACACCTTCATCTCCAAACCTCAGGGTTTCCGCAACGGAACCGTCTCAGCGCCAAGACCCA
GAAGCAATTTCGCAAGAGAGAGACAAAACAGTGTAAAACCCATCAAAGTTGCTTCTCTCG
AGACACAACCTTTCCCTCTGTTTCAGTCTCCTCCTTCCGAGGAATCCTCCTCGTCCGAGT
TGGAGACAGCAGATCCGGATTTCTACAAAATTGGATATGTTCGAAGAGTGAGAGCTTATG
GAGTTGAGTTTAAGGAAGGCCCTGATGGCTTTGGTGTCTATGCTTCTAAAGATATTGAAC
CTCGCCGTCGTGCTAGAGTGATAATGGAGATTCCTCATGAATTGATGATAACAATCAGAC
AGAAACACCCGTGGATGTTTTTCCCTGACATTTGTTCCAATCGGTCATCCCATTTTCGAT
ATCATCAACTCAACTGATCCTGAGAGAGATTGGGATCTCAGGTTAGCGTGTCTTCTGCTA
TTCTCATTTGATAGGGAAGATCATTTCTGGCGTCTCTATGGAGATTTTCTGCCTGCTGCT
GATGAGTGTAGCAGCTTGCTTCTAGCTACTGAGGAAGACCTTGCGGAGCTTCAAGATCCT
GAACTTGTTTCAACTATTAGACAACAACAGAAACGAGTCCTTGAATTTTGGGAAAGATTG
GCATTCAGTGTTCCTCTCAAGATCAAAAGCTTGCTGAGATGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BG54TF U 1
AF RR3CY04TF U 50
BS 1 89 RR3BG54TF
BS 90 90 RR3CY04TF
BS 91 507 RR3BG54TF
BS 508 508 RR3CY04TF
BS 509 515 RR3BG54TF
BS 516 764 RR3CY04TF

RD RR3BG54TF 518 0 0
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ACACCTTCATCTCCAAACCTCAGGGTTTCTGCAACGGAACCGTCTCAGCGCCAAGACCCA
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AGACACAACCTTTCCCTCTGTTTCAGTCTCCTCCTTCCGAGGAATCCTCCTCGTCCGAGT
TGGAGACAGCAGATCCGGATTTCTACAAAATTGGATATGTTCGAAGAGTGAGAGCTTATG
GAGTTGAGTTTAAGGAAGGCCCTGATGGCTTTGGTGTCTATGCTTCTAAAGATATTGAAC
CTCGCCGTCGTGCTAGAGTGATAATGGAGATTCCTCATGAATTGATGATAACAATCAGAC
AGAAACACCCGTGGATGTTTTTCCCTGACATTTGTTCCAATCGGTCATCCCATTTTCGAT
ATCATCAACTCAACTGATCCTGAGAGATATTGGGA
ACT

QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3CY04TF 715 0 0
G
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GCTTCTCTCGAGACACAACCTTTCCCTCTGTTTCAGTCTCCTCCTTCCGAGGAATCCTCC
TCGTCCGAGTTGGAGACAGCAGATCCGGATTTCTACAAAATTGGATATGTTCGAAGAGTG
AGAGCTTATGGAGTTGAGTTTAAGGAAGGCCCTGATGGCTTTGGTGTCTATGCTTCTAAA
GATATTGAACCTCGCCGTCGTGCTAGAGTGATAATGGAGATTCCTCATGAATTGATGATA
ACAATCAGACAGAAACACCCGTGGATGTTTTTCCCTGACATT*GTTCCAATCGGTCATCC
CATTTTCGATATCATCAACTCAACTGATCCTGAGAGAGATTGGGATCTCAGGTTAGCGTG
TCTTCTGCTATTCTCATTTGATAGGGAAGATCATTTCTGGCGTCTCTATGGAGATTTTCT
GCCTGCTGCTGATGAGTGTAGCAGCTTGCTTCTAGCTACTGAGGAAGACCTTGCGGAGCT
TCAAGATCCTGAACTTGTTTCAACTATTAGACAACAACAGAAACGAGTCCTTGAATTTTG
GGAAAGATTGGCATTCAGTGTTCCTCTCAAGATCAAAAGCTTGCTGAGATGCAG

QA 2 715 2 715
DS 



AS 1 2

CO CL7461Contig1 633 2 2 U
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AAGTTGATAATGATTTCTTCCTTGTTCTCGTCAAGATCTTGGATCATCAGGGACCGTTGT
CTTGTACCTTTCCGATAGAGAACCGGAACGTTGAAACAACAATGCGGGCTTTGAAAACCC
ATATGGATCGCGCAAGGAGCCTCCCTTTCGTGAAGAGGATCTCTGATTTTCATCTGCTTC
TCTTTGTGGCTCGGTTCCTAGACGTTACCTCGGATGTTCCTGCACTAGCTGAGTGCGTAC
GTCTTCAGTCTAATGTCCCTGAGGGCTATGAGTTGCTCATCGACTCAATGGCCAATACTT
GTTAAACATTTCGCAGTAGATGTCTGTTTTTATATTTCTCTCTGCTTCAGGGTTTGTTTT
ATGTACAACGTTTAGTTTCTTTCTTTTCAATAATCAAAATCATGTACAACGTTTAGTTTT
CTTTCTTTCAATAATCAAAATCATGTTTGACCC


BQ
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AF RR3CL38TF U 1
AF RR3CL38JQ C 1
BS 1 526 RR3CL38TF
BS 527 633 RR3CL38JQ

RD RR3CL38TF 526 0 0
GGCTGGAGGTGAATGAGGAGGAAGGTGGTGCTGATGTTCATTTTGAGGCGTTTCAGATGA
GTGACATGTGCGTTAGGTTGTTCAAGGAAGGGTGGTTTGAGACGGAGATTGGTCCCGAGG
ATGATCCTAAGCTCTCTAAGATGAAGAAAGAGGTGGTTGTTGGTGTCAAGGATCTTAAAG
AAGTTGATAATGATTTCTTCCTTGTTCTCGTCAAGATCTTGGATCATCAGGGACCGTTGT
CTTGTACCTTTCCGATAGAGAACCGGAACGTTGAAACAACAATGCGGGCTTTGAAAACCC
ATATGGATCGCGCAAGGAGCCTCCCTTTCGTGAAGAGGATCTCTGATTTTCATCTGCTTC
TCTTTGTGGCTCGGTTCCTAGACGTTACCTCGGATGTTCCTGCACTAGCTGAGTGCGTAC
GTCTTCAGTCTAATGTCCCTGAGGGCTATGAGTTGCTCATCGACTCAATGGCCAATACTT
GTTAAACATTTCGCAGTAGATGTCTGTTTTTATATTTCTCTCTGCT

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR3CL38JQ 633 0 0
GGCTGGAGGTGAATGAGGAGGAAGGTGGTGCTGATGTTCATTTTGAGGCGTTTCAGATGA
GTGACATGTGCGTTAGGTTGTTCAAGGAAGGGTGGTTTGAGACGGAGATTGGTCCCGAGG
ATGATCCTAAGCTCTCTAAGATGAAGAAAGAGGTGGTTGTTGGTGTCAAGGATCTTAAAG
AAGTTGATAATGATTTCTTCCTTGTTCTCGTCAAGATCTTGGATCATCAGGGACCGTTGT
CTTGTACCTTTCCGATAGAGAACCGGAACGTTGAAACAACAATGCGGGCTTTGAAAACCC
ATATGGATCGCGCAAGGAGCCTCCCTTTCGTGAAGAGGATCTCTGATTTTCATCTGCTTC
TCTTTGTGGCTCGGTTCCTAGACGTTACCTCGGATGTTCCTGCACTAGCTGAGTGCGTAC
GTCTTCAGTCTAATGTCCCTGAGGGCTATGAGTTGCTCATCGACTCAATGGCCAATACTT
GTTAAACATTTCGCAGTAGATGTCTGTTTTTATATTTCTCTCTGCTTCAGGGTTTGTTTT
ATGTACAACGTTTAGTTTCTTTCTTTTCAATAATCAAAATCATGTACAACGTTTAGTTTT
CTTTCTTTCAATAATCAAAATCATGTTTGACCC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

CO CL7462Contig1 763 2 2 U
GGGTCGCCCACTCCTCGCAGCCAAGCCCCAGCCGCAGCAGCTCTCCGTCTGGTCTTCTGC
TTCCACCGCAGGAAGTTGTGATCCAACTAGCCATCCACTTCTAGAAGGAAGTTGTGATCC
AACTACCCACCAATAAGGCCACCACACGATCGCATAGCGAGAAAGAGAGAGAGACCATCT
TCTTCTATATTAACGCTTCTCCTCTAACCCATTCCTCTCCTACCTCCTCCATTTATTAGT
TTTCCTCCTTCCCACTCACTCGACTCGGGTCGTGACCAGCTCTTTCGAGAAATGGCAACG
GGACAGCCTTTTCTCGGACGACACAAGCTCTGTTCTACAACTACAAGCAGCTTCCTGTCC
AACGAATGCTCGACTTCAACTTCCTCTGCGGTAAAAAATCATCAGATCACACTGTCTCCC
CTACAGCTCGGGAATGGCGAAAGCTCTCTCCGAGATGTAAGTTTGTGTAAGTATTGGGTT
GCAGAGGGACTGATGAAGCTGCATTTGAGTCTGTAGCAATATGTGGTAGCTTCTTCTTCG
CATGTGGTTTGTTTGGATTTGGTTAGTTGTTGTGCAGCTTCTTCACAGGATGTATTCAAC
GAGTGATATGTGTCCATTTCTGTGGATAAACAAAACCTTCTTTTTCCTTTAGTTCTTCTC
TCCACCTCGTTGTGTTTGGATAATGTCATGACTCTTGTCTCTTTTGTTCAATGCACTTGT
TTTCTTAGATCAGTGTAATGCATTTGAGATGTGAATTTTAACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ08TF U 1
AF RR3AJ08JQ C 50
BS 1 753 RR3AJ08TF
BS 754 763 RR3AJ08JQ

RD RR3AJ08TF 753 0 0
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TCTTCTATATTAACGCTTCTCCTCTAACCCATTCCTCTCCTACCTCCTCCATTTATTAGT
TTTCCTCCTTCCCACTCACTCGACTCGGGTCGTGACCAGCTCTTTCGAGAAATGGCAACG
GGACAGCCTTTTCTCGGACGACACAAGCTCTGTTCTACAACTACAAGCAGCTTCCTGTCC
AACGAATGCTCGACTTCAACTTCCTCTGCGGTAAAAAATCATCAGATCACACTGTCTCCC
CTACAGCTCGGGAATGGCGAAAGCTCTCTCCGAGATGTAAGTTTGTGTAAGTATTGGGTT
GCAGAGGGACTGATGAAGCTGCATTTGAGTCTGTAGCAATATGTGGTAGCTTCTTCTTCG
CATGTGGTTTGTTTGGATTTGGTTAGTTGTTGTGCAGCTTCTTCACAGGATGTATTCAAC
GAGTGATATGTGTCCATTTCTGTGGATAAACAAAACCTTCTTTTTCCTTTAGTTCTTCTC
TCCACCTCGTTGTGTTTGGATAATGTCATGACTCTTGTCTCTTTTGTTCAATGCACTTGT
TTTCTTAGATCAGTGTAATGCATTTGAGATGTG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3AJ08JQ 714 0 0
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AGTTGTGATCCAACTACCCACCAATAAGGCCACCACACGATCGCATAGCGAGAAAGAGAG
AGAGACCATCTTCTTCTATATTAACGCTTCTCCTCTAACCCATTCCTCTCCTACCTCCTC
CATTTATTAGTTTTCCTCCTTCCCACTCACTCGACTCGGGTCGTGACCAGCTCTTTCGAG
AAATGGCAACGGGACAGCCTTTTTTCGGACGACACAAGCTCTGTTCTACAACTACAAGCA
GCTTCCTGTCCAACGAATGCTCGACTTCAACTTCCTTTGCGGTAAAAAATCATCAGATCA
CACTGTCTCCCCTACAGCTCGGGAATGGCGAAAGCTCTCTCCGAGATGTAAGTTTGTGTA
AGTATTGGGTTGCAGAGGGACTGATGAAGCTGCATTTGAGTCTGTAGCAATATGTGGTAG
CTTCTTCTTCGCATGTGGTTTGTTTGGATTTGGTTAGTTGTTGTGCAGCTTCTTCACAGG
ATGTATTCAACGAGTGATATGTGTCCATTTCTGTGGATAAACAAAACCTTCTTTTTCCTT
TAGTTCTTCTCTCCACCTCGTTGTGTTTGGATAATGTCATGACTCTTGTCTCTTTTGTTC
AATGCACTTGTTTTCTTAGATCAGTGTAATGCATTTGAGATGTGAATTTTAACG

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

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CGTGTTCTTCATTTCTTGTGATATGTATTGGTGTGATTTTCCACATGTCAATAAAACTAG
TCTTTTGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CQ13JQ C 1
AF RR3CQ13TF U 1
BS 1 310 RR3CQ13TF

RD RR3CQ13JQ 310 0 0
GCTGGAAACACCGATATTTCCTGGCGAAGCTGAAAACGGAGAGAACGTCGTGGACCCTGA
AATGGAAGATCTGCAAACAAATGTTTTTTGAGAATTTGAAATGGACGATTCTTCTTTTCT
TAAAAATGGTTTCAAGAGACCTTTTGAATCTCTTGCTTTCCCAAAGCTTCACACGAGAGT
GCATGTTCTTTTAATTTCGTCTTTTTTCTTCTTCGTTGACATATTGGATTGGTTTTCCTA
CGTGTTCTTCATTTCTTGTGATATGTATTGGTGTGATTTTCCACATGTCAATAAAACTAG
TCTTTTGTCC

QA 1 310 1 310
DS 

RD RR3CQ13TF 310 0 0
GCTGGAAACACCGATATTTCCTGGCGAAGCTGAAAACGGAGAGAACGTCGTGGACCCTGA
AATGGAAGATCTGCAAACAAATGTTTTTTGAGAATTTGAAATGGACGATTCTTCTTTTCT
TAAAAATGGTTTCAAGAGACCTTTTGAATCTCTTGCTTTCCCAAAGCTTCACACGAGAGT
GCATGTTCTTTTAATTTCGTCTTTTTTCTTCTTCGTTGACATATTGGATTGGTTTTCCTA
CGTGTTCTTCATTTCTTGTGATATGTATTGGTGTGATTTTCCACATGTCAATAAAACTAG
TCTTTTGTCC

QA 1 310 1 310
DS 



AS 1 2

CO CL7464Contig1 150 2 1 U
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GAGGTTGGGTTTTCTCAGGTTCTTTCTTATCGAAAGGCCGGGAAAAAGAAGGTGTGAACA
TTGGTTTCGTTTAAATGTTTCAGTTCCACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AJ26JQ C 1
AF RR3AJ26TF U 1
BS 1 150 RR3AJ26TF

RD RR3AJ26JQ 150 0 0
AATTTAAAAATTTTAGATTATTATTTTTTGATCATTTATTATTGTAAATTGTAATTCTTG
GAGGTTGGGTTTTCTCAGGTTCTTTCTTATCGAAAGGCCGGGAAAAAGAAGGTGTGAACA
TTGGTTTCGTTTAAATGTTTCAGTTCCACC

QA 1 150 1 150
DS 

RD RR3AJ26TF 150 0 0
AATTTAAAAATTTTAGATTATTATTTTTTGATCATTTATTATTGTAAATTGTAATTCTTG
GAGGTTGGGTTTTCTCAGGTTCTTTCTTATCGAAAGGCCGGGAAAAAGAAGGTGTGAACA
TTGGTTTCGTTTAAATGTTTCAGTTCCACC

QA 1 150 1 150
DS 



AS 1 2

CO CL7465Contig1 1083 2 10 U
GGATTCTCTTTCTCTCTCTCTCGATCGACGACTGTTCTGTCGGAACCGGAGACGCGCGTC
ACGAGACGAATCTGATTGAGTCTCCGGCGATCTGATCGAGATGAGTAACAGCGAGCTTCT
CACCGTCGAGCCTCTCGACCTTCAGTTCCCTTTTGAATTGAAGAAACAGATCTCATGCTC
TCTTTACTTGACCAACAAGACCGACAATCATGTCGCCTTTAAGGTTAAGACAACGAATCC
GAAGAAGTATTGCGTTAGGCCTAACACTGGAGTTGTTCTTCCACGGTCCACTTGTGAAGT
TCTTGTGACCATGCAAGCTCAAAAGGAAGCTCCTGCGGATATGCAGTGCAAGGACAAGTT
TCTGCTTCAAGGTGTAACTGCTAGTCCTGGTATCACAGCCAAGGATGTTACTCCTGAGAT
GTTTAGTAAAGAGGCTGGGTATTTGGTTGAGGAGACTAAGCTGAGAGTTACTTATGTTGC
TCCACCACTACCACCATCACCAGTCCGCGAAGGTTCTGAAGAGGGATCTTCACCAAGGGC
TTCGGTTTCTGATAACGGACAGGCTTCTGAATTTTCTTTTCAGAAATTTAGCGCAGACAA
GGCTGAACCTCAAGAAAACACATCTGAGGCAAGGGCTCTCATCACGAAGCTAACCGAGGA
GAAACAGTCTGCCATTCAACTGAACAACAAACTTCAAAGAGAACTGGACCAGTCGAGGCG
TGACAGCAAGAGAAGCCAAAGTGGTATCCCTTTGATGTACGTTCTTCTGGTGGGACTAAT
CGGTCTAATTTTGGGATACATTATGAAGAGCACATAACCACCACCACCAACGCCCCTACC
CACCTCGAGTTTTAGTCCCACACACATCCACAGACTTATTTCTTAACTCCTTTTCCACTC
GGACATTTTTTCCCCTTTCTGTATTTGAATATTTCACCTAAGAAAGGTTGCCTCTCTAGA
TGATTTGTGTCCCTTACAATATACATAACTCAGTTTGTTTTTTAACTCTCTTTATTTGTA
ATCCAAAACCTTTTATTGCTGAAAATTTAATGCGAGAGATGGTGAAAAAGCCTTAGTTTA
TGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3FL02TF U 1
AF RR3FL02JQ C 338
BS 1 697 RR3FL02TF
BS 698 698 RR3FL02JQ
BS 699 702 RR3FL02TF
BS 703 703 RR3FL02JQ
BS 704 709 RR3FL02TF
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BS 711 728 RR3FL02TF
BS 729 729 RR3FL02JQ
BS 730 762 RR3FL02TF
BS 763 1083 RR3FL02JQ

RD RR3FL02TF 762 0 0
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ACGAGACGAATCTGATTGAGTCTCCGGCGATCTGATCGAGATGAGTAACAGCGAGCTTCT
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GAAGAAGTATTGCGTTAGGCCTAACACTGGAGTTGTTCTTCCACGGTCCACTTGTGAAGT
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TCTGCTTCAAGGTGTAACTGCTAGTCCTGGTATCACAGCCAAGGATGTTACTCCTGAGAT
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TCCACCACTACCACCATCACCAGTCCGCGAAGGTTCTGAAGAGGGATCTTCACCAAGGGC
TTCGGTTTCTGATAACGGACAGGCTTCTGAATTTTCTTTTCAGAAATTTAGCGCAGACAA
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QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3FL02JQ 746 0 0
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AAGCTGAGAGTTACTTATGTTGCTCCACCACTACCACCATCACCAGTCCGCGAAGGTTCT
GAAGAGGGATCTTCACCAAGGGCTTCGGTTTCTGATAACGGACAGGCTTCTGAATTTTCT
TTTCAGAAATTTAGCGCAGACAAGGCTGAACCTCAAGAAAACACATTTGAGGCAAGGGCT
CTCATCACGAAGCTAACCGAGGAGAAACAGTTTGCCATTCAACTGAACAACAAACTTCAA
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TACGTTCTTCTGGTGGGACTAATCGGTCTAATTTTGGGATACATTATGAAGAGCACATAA
CCACCACCACCAACGCCCCTACCCACCTCGAGTTTTAGTCCCACACACATCCACAGACTT
ATTTCTTAACTCCTTTTCCACTCGGACATTTTTTCCCCTTTCTGTATTTGAATATTTCAC
CTAAGAAAGGTTGCCTCTCTAGATGATTTGTGTCCCTTACAATATACATAACTCAGTTTG
TTTTTTAACTCTCTTTATTTGTAATCCAAAACCTTTTATTGCTGAAAATTTAATGCGAGA
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QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

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C


BQ
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20 

AF RR3A023JQ C 1
AF RR3A023TF U 1
BS 1 721 RR3A023TF

RD RR3A023JQ 721 0 0
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TGAGGCTTGAGCTGCAGTTTGATTATCAAATCACACCTCCGAGATTCCATACAACGATGT
CGAAAATCGCGATTCTTCCCCTTCTCCTCCTCGTCTTCTCAACGATTGTTCGAGCCACCA
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TATCTCCTAACCCTATAGCTCGAGGCGAGCCTGCTACCTTTACCATTTCTGCCACCACAG
GGCGTAGGATTACGGGTGGGAAGTTGGTGATTGAAGTTACATACTTTGGATGGCACATTC
ACTCTGAGACTCATGACCTTTGCTCTGAGACAACTTGTCCTGTTGAAACCGGAGACTTCT
TGGTTGCTCACTCCCAAGTTCTTCCTGGTTACACTCCTCCTGGTTCATACTCGCTGCAAA
TGAAGATGCTTGACGCGCAAAAGAAGGAGCTAACTTGCATTAAGTTCTCCATCGACATTG
GATCCTTACCATCTGTGGCCGACATGTAGACCAAAAATTTCACTGGCGAATCACTTTCTC
TACCTGTGTATATAAATAGTTTCTTAGATTTGGTTTTCTTTTATAGCTTCATCAGTTATG
TCACTAGACATTGATTTCATTAATCTTCTTCATCATAGATATATAAATACATGCTTTAGA
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3A023TF 721 0 0
GGGGAGAATATAAAAGAGAAAGTATCCTCCAAAGATATACTCTGCCTCCCTAACCTCCTT
TGAGGCTTGAGCTGCAGTTTGATTATCAAATCACACCTCCGAGATTCCATACAACGATGT
CGAAAATCGCGATTCTTCCCCTTCTCCTCCTCGTCTTCTCAACGATTGTTCGAGCCACCA
CCGAAGTCCAATACTGTGAGGAGAATGCAGAGTATGAAGTAAAAGTGAAAGAGGTTAATA
TATCTCCTAACCCTATAGCTCGAGGCGAGCCTGCTACCTTTACCATCTCTGCCACCACAG
GGCGTAGGATTACGGGTGGGAAGTTGGTGATTGAAGTTACATACTTTGGATGGCACATTC
ACTCTGAGACTCATGACCTTTGCTCTGAGACAACTTGTCCTGTTGAAACCGGAGACTTCT
TGGTTGCTCACTCCCAAGTTCTTCCTGGTTACACTCCTCCTGGTTCATACTCGCTGCAAA
TGAAGATGCTTGACGCGCAAAAGAAGGAGCTAACTTGCATTAAGTTCTCCATCGACATTG
GATCCTTACCATCTGTGGCCGACATGTAGACCAAAAATTTCACTGGCGAATCACTTTCTC
TACCTGTGTATATAAATAGTTTCTTAGATTTGGTTTTCTTTTATAGCTTCATCAGTTATG
TCACTAGACATTGATTTCATTAATCTTCTTCATCATAGATATATAAATACATGCTTTAGA
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL7467Contig1 749 2 5 U
ATGAATATTGATGTATTTTATTATAGTGCAACCAAAATTACACAAGTCTCTACTCTTCCA
TTACATACAGAAAGAGAGGACTTTCGAAATAAATTCAAGAAGAAATAATGCATGCAAGAC
ATACATTTATACACATGTATTTTCAGTCAAAAGTATAGAATAATAGTTATGAGATGGGTG
TGGTTTAGTAAGTGGGAGGAGGGAGGAGCCACAATGAGCCTTTGATGTAGCCGAGGGTAA
GGAAACTGTTAGCTCCGTTTTTGCCAATGTCTTGTGTGTGGGCCACTCTCTTCTCTTTGT
GTGATCCTGGTCCCGGACACATGTATTCTCCATAGAACACCGTCTTGTCATGGGCGCGGT
TCTTGTTCTCTTGCCATCCGGTTGGGTTGACGACACTGGACATCTCAGTGTAGGCATAGA
CGACCTTAGGGTGGCTCATCCATGCCCTACCCAAGTAGATCCCCGTTCCAACTCCAGTAA
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TGATCACTCTTAATCCATCTCCAACAGCGTGCAATTGCGTGTTCAAGTACAGGGAAGCTC
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CTATATCATCACAAAGAGTGTCTTGGAAACCATAGAATCTGCAGTTGTAGAAAGCCGCTT
TATCGCCGTTGATCCTCATAGCGAGCGCT


BQ
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AF RR3EQ22JQ U 32
AF RR3FL13JQ U 1
BS 1 263 RR3FL13JQ
BS 264 264 RR3EQ22JQ
BS 265 622 RR3FL13JQ
BS 623 623 RR3EQ22JQ
BS 624 749 RR3FL13JQ

RD RR3EQ22JQ 639 0 0
CT
AAAATTACACAAGTCTCTACTCTTCCATTACATACAGAAAGAGAGGACTTTCGAAATAAA
TTCAAGAAGAAATAATGCATGCAAGACATACATTTATACACATGTATTTTCAGTCAAAAG
TATAGAATAATAGTTATGAGATGGGTGTGGTTTAGTAAGTGGGAGGAGGGAGGAGCCACA
ATGAGCCTTTGATGTAGCCGAGGGTAAGGAAACTGTTAGCTTCGTTTTTGCCAATGTCTT
GTGTGTGGGCCACTCTCTTCTCTTTGTGTGATCCTGGTCCCGTACACATGTATTCTCCAT
AGAACACCGTCTTGTCATGGGCGCGGTTCTTGTTCTCTTGCCATCCGGT*GGGTTGACGA
CACTGGACATCTCAGTGTAGGCATAGACGACCTTAGGGTGGCTCATCCATGCCCTACCCA
AGTAGATCCCCGTTCCAACTCCAGTAATCTTGCAATGCACGAATGAATACCCATTCTGCT
GGTTCTCACTCTGTCGATTGTGTGCTGTGATCACTCTTAATCCATCTCCAACAGCGTGCA
ATTGCGTGTTCAAGTACAGGGAAGCTCCTCTTCCGAAGATAAAATCATAAGTTCCCTCGA
TGTAACAGTCCTTGAAGAAATGGTTGCCTATATCATC

QA 3 639 3 639
DS 

RD RR3FL13JQ 749 0 0
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TTACATACAGAAAGAGAGGACTTTCGAAATAAATTCAAGAAGAAATAATGCATGCAAGAC
ATACATTTATACACATGTATTTTCAGTCAAAAGTATAGAATAATAGTTATGAGATGGGTG
TGGTTTAGTAAGTGGGAGGAGGGAGGAGCCACAATGAGCCTTTGATGTAGCCGAGGGTAA
GGAAACTGTTAGCTCCGTTTTTGTCAATGTCTTGTGTGTGGGCCACTCTCTTCTCTTTGT
GTGATCCTGGTCCCGGACACATGTATTCTCCATAGAACACCGTCTTGTCATGGGCGCGGT
TCTTGTTCTCTTGCCATCCGGTTGGGTTGACGACACTGGACATCTCAGTGTAGGCATAGA
CGACCTTAGGGTGGCTCATCCATGCCCTACCCAAGTAGATCCCCGTTCCAACTCCAGTAA
TCTTGCAATGCACGAATGAATACCCATTCTGCTGGTTCTCACTCTGTCGATTGTGTGCTG
TGATCACTCTTAATCCATCTCCAACAGCGTGCAATTGCGTGTTCAAGTACAGGGAAGCTC
CTCTTCCGAAGATAAAATCATAGGTTCCCTCGATGTAACAGTCCTTGAAGAAATGGTTGC
CTATATCATCACAAAGAGTGTCTTGGAAACCATAGAATCTGCAGTTGTAGAAAGCCGCTT
TATCGCCGTTGATCCTCATAGCGAGCGCT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL7468Contig1 771 2 6 U
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TACTGTCACATCAATATTGTTGATTAGCTGTATAAATCGGCGCACAGCTTTTGACATTTT
AGTATAAGACAAAAAGTTACTTATTATATGCTAATTAGTCTCGTATAATCTCGTTGTTGA
TTGTGGTGTGGATATCTAAAATGTATATTACAGCTTATTAGGAAATGTCCATGGTATAAG
GGGAGGATAATATGGTATGACCAATGTCTTCTCACGTTTTCGTCCAATCATTCTACTGGA
ATGATCGATTACGACAATATCTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGTTGGGAGATAAGCTC
GGGTTTGCAAGTGTATGGAATACTCTCTTGGACAATCTTACGACTTTAGCTATCAGTCGA
GTTAATTACACTGAGCCAACAGCATTGTACTCTGTGGGGGAGACACGGTTCAAGGGTGAT
ACAATTTATGGAATGGTGCAGTGTACCAAAGACATAGGACCAGAAGCTTGTGAAGAGTGT
TTGGTTTTTAATAGGTTGCATTTTCAAGATTGCCTGAATGATAAACGAGGAGCGAAATTT
GTCGGTGGAAGCTGTACTTTTAGGTTTGAGTTTTATCCTTTTATTACCAAGCCGGTTCAA
AATATTTAAAGACCTAAATATATATATTTTTTGTTTGATTTTTTCAATCATAAGCTTATG
TAACATCAAGTGCTACTTTTTGAAAGAATAAAACAACAGAATAATGATAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G178TF U 1
AF RR3G178JQ C 18
BS 1 604 RR3G178TF
BS 605 605 RR3G178JQ
BS 606 623 RR3G178TF
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BS 625 642 RR3G178TF
BS 643 771 RR3G178JQ

RD RR3G178TF 642 0 0
GCCGTGGAGACTCCTACGGGACCAAATGCCACGACTGCTTTGCCACTGCCCTCGCTGCGG
TACTGTCACATCAATATTGTTGATTAGCTGTATAAATCGGCGCACAGCTTTTGACATTTT
AGTATAAGACAAAAAGTTACTTATTATATGCTAATTAGTCTCGTATAATCTCGTTGTTGA
TTGTGGTGTGGATATCTAAAATGTATATTACAGCTTATTAGGAAATGTCCATGGTATAAG
GGGAGGATAATATGGTATGACCAATGTCTTCTCACGTTTTCGTCCAATCATTCTACTGGA
ATGATCGATTACGACAATATCTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGTTGGGAGATAAGCTC
GGGTTTGCAAGTGTATGGAATACTCTCTTGGACAATCTTACGACTTTAGCTATCAGTCGA
GTTAATTACACTGAGCCAACAGCATTGTACTCTGTGGGGGAGACACGGTTCAAGGGTGAT
ACAATTTATGGAATGGTGCAGTGTACCAAAGACATAGGACCAGAAGCTTGTGAAGAGTGT
TTGGTTTTTAATAGGTTGCATTTTCAAGATTGCCTGAATGATAAACGAGGAGCGAAATTT
GTCG*TGGAAGCTGTACTTTTAG*TTTGAGTTTTATCCTTTT

QA 1 642 1 642
DS 

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GGGACCAAATGCCACGACTGCTTTGCCACTGCCCTCGCTGCGGTACTGTCACATCAATAT
TGTTGATTAGCTGTATAAATCGGCGCACAGCTTTTGACATTTTAGTATAAGACAAAAAGT
TACTTATTATATGCTAATTAGTCTCGTATAATCTCGTTGTTGATTGTGGTGTGGATATCT
AAAATGTATATTACAGCTTATTAGGAAATGTCCATGGTATAAGGGGAGGATAATATGGTA
TGACCAATGTCTTCTCACGTTTTCGTCCAATCATTCTACTGGAATGATCGATTACGACAA
TATCTTTTGTATGTCCAACGCGAAGAAGTTGGGAGATAAGCTCGGGTTTGCAAGTGTATG
GAATACTCTCTTGGACAATCTTACGACTTTAGCTATCAGTCGAGTTAATTACACTGAGCC
AACAGCATTGTACTCTGTGGGGGAGACACGGTTCAAGGGTGATACAATTTATGGAATGGT
GCAGTGTACCAAAGACATAGGACCAGAAGCTTGTGAAGAGTGTTTGGTTTTTAATAGGTT
GCATTTTCAAGATTGCCTGAATGATAAACGAGGAGCGAAATTTGTCGGTGGAAGCTGTAC
TTTTAGGTTTGAGTTTTATCCTTTTATTACCAAGCCGGTTCAAAATATTTAAAGACCTAA
ATATATATATTTTTTGTTTGATTTTTTCAATCATAAGCTTATGTAACATCAAGTGCTACT
TTTTGAAAGAATAAAACAACAGAATAATGATAGG

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL7469Contig1 1169 2 2 U
TTCGGATATCAGATCAGGTCATCTCAGTGAATGGATCACTGACTCTGGCTGTAGAAACTC
TGTTTCTATGGTTCTTGGAGGTCAGCCCCGTCCCAAATTATCAGACGAGATTGAAAATAT
ATGCAGCCAAAAGTCCTGGAAAGGTATAATGAAAAAACTATGGCCACAAACCATGTACGT
TGAAGCTATTGTTACGGGTTCAATGGTACAATATGTTCCCACATTGGAACATTACTGCGA
TGACCTACCTCTTGTCTCAATGGTTTATGCTTCTTCCGAGTCAATGTTTGGTATTAATAC
TGATCCTTTATGTAAACCTAAAGACACCTCTTACACGCTCTTGCCCAACCTATCTTACTT
CGAGTTTATACCAACGGAAGGAGGCAATGATGATGTTGTGGACCTAGCTGACGTCAAACT
CGGGTGTTCTTACCAGTTATTGATCACAAACTTATGGGGTTTGTATAGAATGAGAATCGG
GGATATTGTAAAGGTGACTGGATTCCACAACAAGGCACCTAAGTTTAAGGTTATAGGAAG
AGAGAACACGTTGTTAAACATTGATACGGACCGGACAACTGAAGAATACTTGTTAAAGGC
GGTGAATCGAGCAAGGCTGGTTCTTGAGTCATCAGATCTAAAGCTTGTAAATTTCACTAG
CTATGCTGATATCTCCAGTAGTCCGGGTCACTATGTGATATATTGGGAAGTAAAGGCTAA
AGAGGAAGACATGAAGGACCTTGATGAGAAGACATTATTGGAGTGTTGTTTAGTAATGGA
GGATACGTTTGACGAGGAATACATGTACTGTCGGTCTAACGAATTTCTTGGGCCTCTCGA
GATAAGAGTAGTGAATGATGGGACGTTTGATTCTCTTATGAACTTGTCCATCTCAAAAGG
TGCTTCGATTACTCAATACAAGACTCCAACATGCATCATATCTGAAGATGGTTTACAAGT
ATTGGAGACAAATGTGGTTGCTAGATTCTTCAGTACTCTTAAAGCGTCTCATGTGCTTAA
GCCATGATATGGTCCAAGAAACTGGGGACAAATGTTTGTGTTTTATTTGTATTGTCTTTT
TTATCAACATTTATTTGAATTATCTGGTTTTTCTTTTCTTGCTATATTTTACTATTTGCT
TGTTGTTTCATTAATAAAACTTATGCTCT


BQ
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AF RR3G893TF U 1
AF RR3G893JQ C 408
BS 1 726 RR3G893TF
BS 727 1169 RR3G893JQ

RD RR3G893TF 731 0 0
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TGTTTCTATGGTTCTTGGAGGTCAGCCCCGTCCCAAATTATCAGACGAGATTGAAAATAT
ATGCAGCCAAAAGTCCTGGAAAGGTATAATGAAAAAACTATGGCCACAAACCATGTACGT
TGAAGCTATTGTTACGGGTTCAATGGTACAATATGTTCCCACATTGGAACATTACTGCGA
TGACCTACCTCTTGTCTCAATGGTTTATGCTTCTTCCGAGTCAATGTTTGGTATTAATAC
TGATCCTTTATGTAAACCTAAAGACACCTCTTACACGCTCTTGCCCAACCTATCTTACTT
CGAGTTTATACCAACGGAAGGAGGCAATGATGATGTTGTGGACCTAGCTGACGTCAAACT
CGGGTGTTCTTACCAGTTATTGATCACAAACTTATGGGGTTTGTATAGAATGAGAATCGG
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AGAGAACACGTTGTTAAACATTGATACGGACCGGACAACTGAAGAATACTTGTTAAAGGC
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AGAGGA
GACAT

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DS 

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GAATGAGAATCGGGGATATTGTAAAGGTGACTGGATTCCACAACAAGGCACCTAAGTTTA
AGGTTATAGGAAGAGAGAACACGTTGTTAAACATTGATACGGACCGGACAACTGAAGAAT
ACTTGTTAAAGGCGGTGAATCGAGCAAGGCTGGTTCTTGAGTCATCAGATCTAAAGCTTG
TAAATTTCACTAGCTATGCTGATATCTCCAGTAGTCCGGGTCACTATGTGATATATTGGG
AAGTAAAGGCTAAAGAGGAAGACATGAAGGACCTTGATGAGAAGACATTATTGGAGTGTT
GTTTAGTAATGGAGGATACGTTTGACGAGGAATACATGTACTGTCGGTCTAACGAATTTC
TTGGGCCTCTCGAGATAAGAGTAGTGAATGATGGGACGTTTGATTCTCTTATGAACTTGT
CCATCTCAAAAGGTGCTTCGATTACTCAATACAAGACTCCAACATGCATCATATCTGAAG
ATGGTTTACAAGTATTGGAGACAAATGTGGTTGCTAGATTCTTCAGTACTCTTAAAGCGT
CTCATGTGCTTAAGCCATGATATGGTCCAAGAAACTGGGGACAAATGTTTGTGTTTTATT
TGTATTGTCTTTTTTATCAACATTTATTTGAATTATCTGGTTTTTCTTTTCTTGCTATAT
TTTACTATTTGCTTGTTGTTTCATTAATAAAACTTATGCTCT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

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GAAGATGGTTTCCAAAGCCAA


BQ
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AF RR3GH04TF U 1
AF RR3GH04JQ C 79
BS 1 690 RR3GH04TF
BS 691 741 RR3GH04JQ

RD RR3GH04TF 701 0 0
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TGTTCTTGATCGATCCTTGGCTACTCCTCTGTTCTTGACCGGTCTCGGAACGTGGCAGTC
TGATCCTGGTCTTGTCGGTAATGCTGTCGAAGCCGCCGCTAAGATCGGCTATCGCCACAT
TGATTGTGCTCAAATCTATGGCAACAAAAAGGAGATGTCATGACTAAGGAGAATATTGCT
GAGCCAATGAAGGATATCAGAAGAGCTCTCCTTGAAGCATATGTGAGCCTTCCTGTTGTT
AGAAAGTTTGTTCAATCTGTAAGTGACCAAGCCGTTGGAATGGGTGTCATTCGAGGATTC
AAACCAGATCAGCAGTTGGTCAAGATTGTACATGATGAGCTAGTGAAGGTGATGGGTGGA
GAAGTATCAGAGATACAGTTTTGAAGAAACTGGGCAGACCTGAGGAGCAACCCGGAGGTA
AAGCAGGAGAAAGCAATGGGCAAGGTCAAAATGCTTTGAAAGGCTTGTTGGGATTAGCGT
ACGAGTCTTCAGATGAAGATGACTGAGATGAGTGTATGAATCTTTCTCCTTTGTAGTCTT
GGTCGCGTTTTGTTTTGTCTGTCTCCAATATTTTATGTCGAAAAGCTTACAAGAGGTTTT
AGCTTTAGGATTCAATGCAGCTTTGTTGTA
TTGTTGAACCA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3GH04JQ 663 0 0
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AGAAGAGCTCTCCTTGAAGCATATGTGAGCCTTCCTGTTGTTAGAAAGTTTGTTCAATCT
GTAAGTGACCAAGCCGTTGGAATGGGTGTCATTCGAGGATTCAAACCAGATCAGCAGTTG
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TTTTGAAGAAACTGGGCAGACCTGAGGAGCAACCCGGAGGTAAAGCAGGAGAAAGCAATG
GGCAAGGTCAAAATGCTTTGAAAGGCTTGTTGGGATTAGCGTACGAGTCTTCAGATGAAG
ATGACTGAGATGAGTGTATGAATCTTTCTCCTTTGTAGTCTTGGTCGCGTTTTGTTTTGT
CTGTCTCCAATATTTTATGTCGAAAAGCTTACAAGAGGTTTTAGCTTTAGGATTCAATGC
AGCTTTGTTGTAATTGTTGAAACCAAACGGATTTGTTGGAATGAAGATGGTTTCCAAAGC
CAA

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL7471Contig1 817 2 10 U
AGATGTCTACTCAGTTAAAAATTATTAATTATTTGATTTTTTTTTCTCGACATTGCGAAA
CAATATAAAAGGCAGAAAATGTATAATGAAAAACAACATTGGATAAATACGAATAAGGCA
GCCTTAATCATTCTTCAATCTCTTTCAGTCTTCTTTTTCTCAAAGAGTAACGCCTGGAAA
CTTGCAGCGATCGTGTCCAGGGTTGACCGTGGTCATTCGAGCCAGTCCATTGAAGTAACA
TCTAACGTTATCGGTACGAAACTCAGCCCAGTACGAGCTAACCGCATAGCTTGCATGCCA
ATAAACAGTGACCGGCTCGTAACATTCTCTTCCCGGAGCCAAAGCCGCACACGTCGTGTT
GCCTCGGCCACAAGCCATCCTTAAAGCTTCCTCAAGCTGAGACTCGCTAGCTCCTTCCAC
CGGTACGCACCACACTATACCCTTGTATGGAACATTGTTCGTCGGTTTAGGCAATGGGTT
GAATCCGGTTAAGGGTTTTGAACCCGTGAAATCAATGTCGTAAATCGGTGTCCCGTTCGG
ATGCAAGACTCCATAATGTCTCTGTGTTCCCGAACCGGATTTATGGTTTTCGTCGAACAA
GGAGAAAAAAAATGTCGGTATAGCTAAACCGGGTCTAGCCGGTGTACCGATTGGTGGAAT
TGCGGTCACCTTCTTGATCAAATTCCGGTTATACGTCGCTGCGTTGAGTATGTTGGCGCC
GGTTTCGTCGATGTCCCCGGAGTTAGGCCATCCGGTTTCGGAGATTGCGACGCGGATGTG
TGGGTAACCGAGTTTGGTCATGGCGAAGATAACCGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3HB30JQ U 1
AF RR3BM90JQ U 48
BS 1 304 RR3HB30JQ
BS 305 305 RR3BM90JQ
BS 306 401 RR3HB30JQ
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BS 403 608 RR3HB30JQ
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BS 610 752 RR3HB30JQ
BS 753 753 RR3BM90JQ
BS 754 784 RR3HB30JQ
BS 785 817 RR3BM90JQ

RD RR3HB30JQ 784 0 0
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CTTGCAGCGATCGTGTCCAGGGTTGACCGTGGTCATTCGAGCCAGTCCATTGAAGTAACA
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ATAAGCAGTGACCGGCTCGTAACATTCTCTTCCCGGAGCCAAAGCCGCACACGTCGTGTT
GCCTCGGCCACAAGCCATCCTTAAAGCTTCCTCAAGCTGAGCCTCGCTAGCTCCTTCCAC
CGGTACGCACCACACTATACCCTTGTATGGAACATTGTTCGTCGGTTTAGGCAATGGGTT
GAATCCGGTTAAGGGTTTTGAACCCGTGAAATCAATGTCGTAAATCGGTGTCCCGTTCGG
ATGCAAGACTCCATAATGTCTCTGTGTTCCCGAACCGGATTTATGGTTTTCGTCGAACAA
GGAGAAAACAAATGTCGGTATAGCTAAACCGGGTCTAGCCGGTGTACCGATTGGTGGAAT
TGCGGTCACCTTCTTGATCAAATTCCGGTTATACGTCGCTGCGTTGAGTATGTTGGCGCC
GGTTTCGTCGATGTCCCCGGAGTTAGGCCATCTGGTTTCGGAGATTGCGACGCGGATGTG
TGGG

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3BM90JQ 770 0 0
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TACGAATAAGGCAGCCTTAATCATTCTTCAATCTCTTTCAGTCTTCTTTTTCTCAAAGAG
TAACGCCTGGAAACTTGCAGCGATCGTGTCCAGGGTTGACCGTGGTCATTCGAGCCAGTC
CATTGAAGTAACATCTAACGTTATCGGTACGAAACTCAGCCCAGTACGAGCTAACCGCAT
AGCTTGCATGCCAATAAACAGTGACCGGCTCGTAACATTCTCTTCCCGGAGCCAAAGCCG
CACACGTCGTGTTGCCTCGGCCACAAGCCATCCTTAAAGCTTCCTCAAGCTGAGACTCGC
TAGCTCCTTCCACCGGTACGCACCACACTATACCCTTGTATGGAACATTGTTCGTCGGTT
TAGGCAATGGGTTGAATCCGGTTAAGGGTTTTGAACCCGTGAAATCAATGTCGTAAATCG
GTGTCCCGTTCGGATGCAAGACTCCATAATGTCTCTGTGTTCCCGAACCGGATTTATGGT
TTTCGTCGAACAAGGAGAAAAAAAATGTCGGTATAGCTAAACCGGGTCTAGCCGGTGTAC
CGATTGGTGGAATTGCGGTCATCTTCTTGATCAAATTCCGGTTATACGTCGCTGCGTTGA
GTATGTTGGCGCCGGTTTCGTCGATGTCCCCGGAGTTAGGCCATCCGGTTTCGGAGATTG
CGACGCGGATGTGTGGGTAACCGAGTTTGGTCATGGCGAAGATAACCGAA

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL7472Contig1 1201 2 2 U
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CGGAGAAGAAGCTATAGCTCTGATGGACGTTTCTCCTTCTCCTTCTTCGCTCGGTGTTCT
CACTCGAGCCAAGTCCTTAGCTCTCCAACGCCGCCTCCAAAAACCTTCCTCTTCTCCTTC
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GCAGCAGCAGCGGAGGAAAGAGGGGCGAAACCCTAACCCTAATCCCCAAAATCTCGATTC
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TAAAGACAAGGACTTTAACGGTGGAATCAACATAGAGCTCGAGGCCAGTGAAAGGACCAC
AAGGGAATCCACACCATGCAGTTTGATAAGGAAGCAGGAAACCACCACCACAAGCCCTAG
ATCGTCTACCAAGCTTAGCAATGGTATCACTGACAAGAGCAACCAAAGAGAAGATAGTTT
TTCTGGGAGCCATCGTCACCTACCAACTACACCTGAAATGGACGAGTTTTTCTCGGGTGC
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ACCACTACCAGGACGGTTTGAATGGAAGAAGGTAGATGATTAGAAAACAACGAAAAAGGG
TGGTGGGGTGATTAATAGTTAATACAAGACTATGTTAACATTATTCCTGCTAATTATCGG
TTTGATCTTATTATCCATCATCCGTTTTTCTTAACTTTCCCAACATGTAAAGGAACTTAG
GAGCGTTTTTTTACATTGGTGTCTGTAACCATAAGTGGCTGAAAAAGGGTTTGTGTAACA
ACATAACTGATACCAATCCTTTTCAGGTCTAAAACAGATCACCTTAGTATTAGTAGTAGT
AGTACTAAACTAATAAGAGAGAGTCTGTCAGGGTTTTAGGGGTTTAGAGTTCTTTTGGTT
AATGGAGTGTATTCTGTTGTTATAACTCTCTGTCCTGTAACCATAATAAAAATCTATCTA
TTTATGTGTATACATGTACCGATCTGAAAAACTCTTTCAATAAAGACTTATCCTCCTTCT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3EN60TF U 1
AF RR3EN60JQ C 422
BS 1 676 RR3EN60TF
BS 677 1201 RR3EN60JQ

RD RR3EN60TF 676 0 0
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CGGAGAAGAAGCTATAGCTCTGATGGACGTTTCTCCTTCTCCTTCTTCGCTCGGTGTTCT
CACTCGAGCCAAGTCCTTAGCTCTCCAACGCCGCCTCCAAAAACCTTCCTCTTCTCCTTC
TCCGCCGTCGAAACAGAAGATCACTGAATCCTCAGGCGGCTCGTATCTTCAGCTGCGGAG
CCGCAGGCTCCAGAAGAAGCCTCCAATTGTCGTGATTCGCTCAACCAAACGGAGAAAGCC
GCAGCAGCAGCGGAGGAAAGAGGGGCGAAACCCTAACCCTAATCCCCAAAATCTCGATTC
TTCGGTTCGAGGGTCTGTTGGTGATGGGTCGAGTTCGGTTGGGGAGAGTGTCGTGTTTGG
TAAAGACAAGGACTTTAACGGTGGAATCAACATAGAGCTCGAGGCCAGTGAAAGGACCAC
AAGGGAATCCACACCATGCAGTTTGATAAGGAAGCAGGAAACCACCACCACAAGCCCTAG
ATCGTCTACCAAGCTTAGCAATGGTATCACTGACAAGAGCAACCAAAGAGAAGATAGTTT
TTCTGGGAGCCATCGTCACCTACCAACTACACCTGAAATGGACGAGTTTTTCTCGGGTGC
TGAAGAAGAACAACAA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3EN60JQ 780 0 0
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AGGGAATCCACACCATGCAGTTTGATAAGGAAGCAGGAAACCACCACCACAAGCCCTAGA
TCGTCTACCAAGCTTAGCAATGGTATCACTGACAAGAGCAACCAAAGAGAAGATAGTTTT
TCTGGGAGCCATCGTCACCTACCAACTACACCTGAAATGGACGAGTTTTTCTCGGGTGCT
GAAGAAGAACAACAAAGGCAATTCATTGAAAAGTACAACTTTGATCCTGTGAACGAGCAA
CCACTACCAGGACGGTTTGAATGGAAGAAGGTAGATGATTAGAAAACAACGAAAAAGGGT
GGTGGGGTGATTAATAGTTAATACAAGACTATGTTAACATTATTCCTGCTAATTATCGGT
TTGATCTTATTATCCATCATCCGTTTTTCTTAACTTTCCCAACATGTAAAGGAACTTAGG
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CATAACTGATACCAATCCTTTTCAGGTCTAAAACAGATCACCTTAGTATTAGTAGTAGTA
GTACTAAACTAATAAGAGAGAGTCTGTCAGGGTTTTAGGGGTTTAGAGTTCTTTTGGTTA
ATGGAGTGTATTCTGTTGTTATAACTCTCTGTCCTGTAACCATAATAAAAATCTATCTAT
TTATGTGTATACATGTACCGATCTGAAAAACTCTTTCAATAAAGACTTATCCTCCTTCTC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL7473Contig1 723 2 2 U
GGAAACTTAAAACATTCTCAATGACTTTTCCTTCTCCTTTTCTTTTTTCTACACGTCTCT
ATGACTCCTATAACTTCTCTAGGTCTCTGGACGAAGGATTTGCACTGTTAGTCATCTCCT
TTCGTCGTCTCTCTAGCTACACGTTTCACAGGAGATCAGAAACAACAATGAGTCAATACA
ATCAACATCCCGTTGGTGTTCCTCCTCCTCAAGGTTATCCGCCTGAGGGGTATCCACCGC
AAGGATATCCTCCTCAGGGATATCCGCCTCAAGGCTACCCACAGCAGGGATATCCACCAC
CGCAGGGTTATCCTCAGCAATCTCCTCCTTATGCACCGCAATATCCACAGCAGCATCAGC
AGCAACAACAGAGCAAGCCTGGGTGTCTAGACGGATGTCTTGCTGTTCTCTGCTGTTGTT
GTCTCTGTGATTTATGCATCTTCTGATTGGAGTACCTGCTCGGAGCTGCTTTTTAATTGC
AAGAGAGTGTTTGGCGACACAAGATCATTTGTTGCGTAATGGGCATTAAAATGAATTGCT
GGATACAATCTCTTGTATATCCTCTGTCGTATTATCTTTTATGTTTTTCGATTCGTAAAT
AACATATTGTCTATCGACTTTCTGGCTTGGTTTGGATTTGAGACTAGCGGGAATGCAAAT
TGGTGTGGTTGTGGAGACACTATTCCTTTTATTTACTTTCGTATGTCATTGGATTTTTTT
TTT


BQ
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20 10 10 

AF RR3AF41JQ C 1
AF RR3AF41TF U 1
BS 1 721 RR3AF41TF
BS 722 723 RR3AF41JQ

RD RR3AF41JQ 723 0 0
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TTT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3AF41TF 721 0 0
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TTCGTCGTCTCTCTAGCTACACGTTTCACAGGAGATCAGAAACAACAATGAGTCAATACA
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AAGGATATCCTCCTCAGGGATATCCGCCTCAAGGCTACCCACAGCAGGGATATCCACCAC
CGCAGGGTTATCCTCAGCAATCTCCTCCTTATGCACCGCAATATCCACAGCAGCATCAGC
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GTCTCTGTGATTTATGCATCTTCTGATTGGAGTACCTGCTCGGAGCTGCTTTTTAATTGC
AAGAGAGTGTTTGGCGACACAAGATCATTTGTTGCGTAATGGGCATTAAAATGAATTGCT
GGATACAATCTCTTGTATATCCTCTGTCGTATTATCTTTTATGTTTTTCGATTCGTAAAT
AACATATTGTCTATCGACTTTCTGGCTTGGTTTGGATTTGAGACTAGCGGGAATGCAAAT
TGGTGTGGTTGTGGAGACACTATTCCTTTTATTTACTTTCGTATGTCATTGGATTTTTTT
T

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL7474Contig1 929 2 6 U
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TCCAATTTACTCCCGCATCATTTCACTCTACGCGGAACAGAACGAGCTTCAGTTTGCTGT
TCCTGGAGGTCTAATTGGAGTTGGAACAACAATGGACCCTACTCTTACTCGTGCTGATCG
TTTGGTTGGTCAAGTCCTTGGTGAAATCGGTTCCCTTCCTGATGTCTTTGTCGAGCTCGA
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BQ
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AF RR3H649TF U 1
AF RR3A593JQ C 161
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TGATATTAAAGGTGGAGTTGCAGGTGGAAGTATCCTCCGGGGTGTATTGAAAGTGAACCA
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TCCAATTTACTCCCGCATCATTTCACTCTACGCGGAACAGAACGAGCTTCAGTTTGCTGT
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DS 

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CTTAGATGTTTGTTACATTTTTTTGTCTCATGTTTTAGTTAACTTCTCTGTTTAATTACT
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QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL7475Contig1 720 2 2 U
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GATGGCCGGTTTAGATGGTTTAGTGGTTTGGGCCAGTGGACCGGTTTTATTTATTTTTGA
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ATTTTGGATTCTCTAACAAAAAATACAAAAAAAAACTCATAGGAATTTTTTTATTGATAT
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AF RR3AI60TF U 1
AF RR3AI60JQ C 3
BS 1 718 RR3AI60TF
BS 719 720 RR3AI60JQ

RD RR3AI60TF 718 0 0
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AGAGTTGGGTTCGGTGGAGACTCTTGGGTTTCTGACCTCCGACGAACGTAGTGTGGCGGT
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CGTTCTGACGGTGAGGATTCACCCACGTGGTAAGCTTCCTTGAGACGTCGACTGTCCGAT
GATGGCCGGTTTAGATGGTTTAGTGGTTTGGGCCAGTGGACCGGTTTTATTTATTTTTGA
TGTAGCCCGCTGGGTGCTTGTGGGCTTGTTCTCTTTCCTGTTTTGGATTTAGTGTACTAG
GCTTGGCCCGTTTATTAATTAAAAAACAACTTGACGGAACAAAAAAGAGAGCAGAATAGA
ATTTTGGATTCTCTAACAAAAAATACAAAAAAAAACTCATAGGAATTTTTTTATTGATAT
TTCTATTCGAGTCTGAATATTTAGATCACCTATTGTTTGAAAATGACTGTTTGATGTC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3AI60JQ 718 0 0
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GGGTCACGGCGTATCGACTCTCCGCAGATGAGGAGGGTGCCGGTGACGGTGGTGACTTTC
GAGGGAGGAAAGTGATGGTTCGTATCTCGCTTGTCTAGGGTTTGACGCAGTGCAGAGCCG
GTGGAAATCGCGATGGTTCGGTGAAGATATCCGGCGTGAAGACAGCGAATCGAGACAAAG
AGTTGGGTTCGGTGGAGACTCTTGGGTTTCTGACCTCCGACGAACGTAGTGTGGCGGTTG
GTGTTCCGGCGTCGTATCAAGGCGGTGACGATCAAGTCGAGGCTAGGGCAACGCTTTGCG
TTCTGACGGTGAGGATTCACCCACGTGGTAAGCTTCCTTGAGACGTCGACTGTCCGATGA
TGGCCGGTTTAGATGGTTTAGTGGTTTGGGCCAGTGGACCGGTTTTATTTATTTTTGATG
TAGCCCGCTGGGTGCTTGTGGGCTTGTTCTCTTTCCTGTTTTGGATTTAGTGTACTAGGC
TTGGCCCGTTTATTAATTAAAAAACAACTTGACGGAACAAAAAAGAGAGCAGAATAGAAT
TTTGGATTCTCTAACAAAAAATACAAAAAAAAACTCATAGGAATTTTTTTATTGATATTT
CTATTCGAGTCTGAATATTTAGATCACCTATTGTTTGAAAATGACTGTTTGATGTCGC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL7476Contig1 973 2 2 U
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TGGGGATGTCTTCAGCGCAAGATCCATTCTACATTGTTAAAGAAGAGATCCAAGATTCTA
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AAGTCCACGTCACCAAGGAGCTTCTTGCTAATTGTGGCAGCATTGAGTGGCAGGTAGATG
AGCTGGAAAAAGCGGTGGCCGTTGCAGCTAAAGATCCTGCCTTGTATGGTATCGATGAAG
CTGAGCTTGAAAGACGCAGGAGATGGACTAGTAATGCTAGGACACAGGTGCGGAATGTGA
AGACTGGTGTGCTAACTGGTAAGGGTAGTGCTGGAGCTGCTAATGCAATTGAAGTGCGTC
GAGAGCTAATGAGAATGCCAAACTCGAATGAAGCAAGTAGATACGATCAGTACGGAGGAG
GAAGAGAGGATGACGGTTTTGTACAGTCAGAATCAGATAGGCAAATGCTATTGATAAAGC
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TGGACAGTACAAAGAACAGGCTAGACTTTGTACAGAAGAAAGTGGGGATGGTGATGAAGA
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TTTTCTTTCTCGTCTTCTTGACCTAAAACACCGGCGGAGTTATATCTTATAGAGATTGGT
CTTTTGATGTTATTTTATATGATGTTTGTGGTGAAACAGAAAAGAACATCAAAAATTATG
TTTGATTTTTTTGTTGAAGTCTATTGTATTGTATCTTTTTTTTTGCTTGAGAAGAAGTAA
AACATGATTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AR82TF U 1
AF RR3AR82JQ C 191
BS 1 807 RR3AR82TF
BS 808 973 RR3AR82JQ

RD RR3AR82TF 807 0 0
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TGGGGATGTCTTCAGCGCAAGATCCATTCTACATTGTTAAAGAAGAGATCCAAGATTCTA
TTGATAAGTTGCAATCTACATTCCACAAATGGGAGCGTGTCTCTCCAGGAATGGGGGATC
AAGTCCACGTCACCAAGGAGCTTCTTGCTAATTGTGGCAGCATTGAGTGGCAGGTAGATG
AGCTGGAAAAAGCGGTGGCCGTTGCAGCTAAAGATCCTGCCTTGTATGGTATCGATGAAG
CTGAGCTTGAAAGACGCAGGAGATGGACTAGTAATGCTAGGACACAGGTGCGGAATGTGA
AGACTGGTGTGCTAACTGGTAAGGGTAGTGCTGGAGCTGCTAATGCAATTGAAGTGCGTC
GAGAGCTAATGAGAATGCCAAACTCGAATGAAGCAAGTAGATACGATCAGTACGGAGGAG
GAAGAGAGGATGACGGTTTTGTACAGTCAGAATCAGATAGGCAAATGCTATTGATAAAGC
AACAAGACGAAGAATTGGATGAGCTGAGTAAAAGTGTAGAGAGGATTGGAGGAGTGGGGC
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TGGACAGTACAAAGAACAGGCTAGACTTTGTACAGAAGAAAGTGGGGATGGTGATGAAGA
AAGCAGGGGCGAAAGGGCAGATGATGATGATATGTTTCTTGCTCGTCCTGTTCATTATCC
TTTTCTTTCTCGTCTTCTTGACCTAAA

QA 1 807 1 807
DS 

RD RR3AR82JQ 783 0 0
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GCTAACTGGTAAGGGTAGTGCTGGAGCTGCTAATGCAATTGAAGTGCGTCGAGAGCTAAT
GAGAATGCCAAACTCGAATGAAGCAAGTAGATACGATCAGTACGGAGGAGGAAGAGAGGA
TGACGGTTTTGTACAGTCAGAATCAGATAGGCAAATGCTATTGATAAAGCAACAAGACGA
AGAATTGGATGAGCTGAGTAAAAGTGTAGAGAGGATTGGAGGAGTGGGGCTTACTATACA
TGATGAACTCGTTGCACAGGAGAGGATAATAGATGAACTGGGAACGGAGATGGACAGTAC
AAAGAACAGGCTAGACTTTGTACAGAAGAAAGTGGGGATGGTGATGAAGAAAGCAGGGGC
GAAAGGGCAGATGATGATGATATGTTTCTTGCTCGTCCTGTTCATTATCCTTTTCTTTCT
CGTCTTCTTGACCTAAAACACCGGCGGAGTTATATCTTATAGAGATTGGTCTTTTGATGT
TATTTTATATGATGTTTGTGGTGAAACAGAAAAGAACATCAAAAATTATGTTTGATTTTT
TTGTTGAAGTCTATTGTATTGTATCTTTTTTTTTGCTTGAGAAGAAGTAAAACATGATTG
ACC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL7477Contig1 822 2 17 U
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CCCTCTCTCTCTCTCTTCCACGATAAACCCTAAAAAATCATTAGTGTTTCTTCACGATGA
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TCCGGTTCTCCAATAGCAGCGACCATCTACTAGTCTCTTCATGGGATAAGAGTGTGAGAT
TGTATGATGCGAGCGCCGATTCGATGAGAGGAGAGTTCAAGCATGGAGGAGCGGTGCTCG
ATTGCTGCTTCCATGACGAGTCTTCTGGGTTCAGTGCCTGCGCCGATCATAAAGTCAGAC
GAATTGACTTCAATGCTGGCAAAGAGGACATTCTGGGAATGCATGATGAACCGGTTCGTT
GTGTTGAGTATTCTTATGCTGCAGGGCAAGTGATCACTGGAAGCTGGGATAAAACGATTA
AATGTTGGGACCCAAGAGCTGCGAGTGGCCCGGAGCGCTCACAGATTGGAACATATAAGC
AACCTGAGCGTGTTAACTCTCTTTCTCTCGTTGGAAATCATTTGGTTGTGGCCACAGCAG
GAAGACATGTCAACATTTATGACCTGAGGAATATGGCCCAGCCTGAGCAGAGAAGGGAGT
CCTCACTTAAGTACCAGACCAGATGTGTGCGTTGTTATCCCAATGGAACAGGGTATGCAC
TTAGCTCTGTTGAAAGGGAGGGTTTCAATGGAGTTTTTCGATCTATCAGAGCTGCTCAAG
CTAAAAAATATGCTTTCAAATGTCACCGGAAATCCGAGGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GN64TF U 41
AF RR3B107TF U 1
BS 1 289 RR3B107TF
BS 290 290 RR3GN64TF
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RD RR3GN64TF 650 0 0
GG
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AGTGTTTCT*CACGATGACTCTTGTACCATCCATAGGTTGCGAGCTCTCGAATCCACCGT
CCGATGGAATCTCTAATCTCCGGTTCTCCAATAGCAGCGACCATCTACTAGTCTCTTCAT
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ATGATGAACCGGTTCGTTGTGTTGAGTATTCTTATGCTGCAGGGCAAGTGATTACTGGAA
GCTGGGATAAAACGATTAAATGTTGGGACCCAAGAGCTGCGAGTGGCCCGGAGCGCTCAC
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TGGTTGTGGCCACAGCAGGGAGGCATGTCAACATTTATGACCTGAGGAATATGGCCCAGC
CTGAGCAGAGAAGGGAGTCCTCACTTAAGTACCAGACCAGATGTGTGC

QA 3 650 3 650
DS 

RD RR3B107TF 822 0 0
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CCCTCTCTCTCTCTCTTCCACGATAAACCCTAAAAAATCATTAGTGTTTCTTCACGATGA
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TCCGGTTCTCCAATAGCAGCGACCATCTACTAGTCTCTTCATGGGATAAGAGTGTGAGAT
TGTATGATGCGAGCGCCGATTCGATGAGAGGAGAGTTCAAGCATGGAGGGGCGGTGCTCG
ATTGCTGCTTCCATGACGAGTCTTCTGGGTTCAGTGCCTGCGCCGATCATAAAGTCAGAC
GAATTGACTTTAATGCTGGCAAAGAGGACATTCTGGGAATGCATGATGAACCGGTTCGTT
GTGTTGAGTATTCTTATGCTGCAGGGCAAGTTATCACTGGAAGCTGGGATAGAACGATTA
AATGTTGGGACCCAAGAGCTGCGAGTGGCCCGGAGCGTTCACAGATTGGAACATATAAGC
AACCTGAGCGTGTTAACTCTCTTTCTCTCGTTGGAAATCATTTGGTTGTGGCGACAGCAG
GAAGACATGTCAATATTTATGACCTGAGGAATATGGCCCAGCCTGAGCAGAGAAGGGAGT
CCTCACTTAAGTAC*AGACCAGATGTGTGCGTTGTTATCCCAATGGAACAGGGTATGCAC
TTAGCTCTGTTGAAAGGGAGGGTTTCAATGGAGTTTTTCGATCTATCAGAGCTGCTCAAG
CTAAAAAATATGCTTTCAAATGTCACCGGAAATCCGAGGATG

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

CO CL7478Contig1 908 2 2 U
GCGATGAGATCTTCAGGTCTTGTATTCATGTCCTGCGAAGAGCTGGAGAAAGATTCTTTG
ACTCTTTCCAACGAAATCTTCAAGGTCCCAGTCTTTGCGATTGGTCCGTTTCACAGCTAC
TTCTCTGCTTCGTCTAGTAGCCTTTTCAGACAAGACACTTGCGTCCACTGGTTAGATAAC
CAAGAGGATAAGTCCGTTATCTACGTGAGTCTAGGAAGCGTTGTGAACATAACCGAATCA
GAGTTTTTGGAGATTGCTTTGGGTTTAAGCAATAGCAAACAGCCTTTCTTGTGGGTGGTA
CTACCAGGCTTAATCTTGGGTGCAGAGTGGATCGAACCGCTCTCGGGAGAGCTCGTGAGG
AGCCTCGAAGAGAAAGGGAAGATAGTGAAATGGTCTCCACAACAGGAGGTTCTTGCCCAT
CGAGCCGTTGGAGGGTTCTTGACGCACAATGGATGGAACTCGACGCTTGAGAGTATATGC
GAAGGGGTTCCTATGATATGTTTACCTGGAGGTTGGGATCAGATGCTGAACGCAAGATTT
GTGAGCGATGTCTGGAGGGTTGGAATCCACTTGGAGGGTCAGATAGAGAGGAAGGAGATC
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GATGTTTTGAAAGATGAAGTTGGGAGATCGGTTACATGGTGGCTCTTCTTTTCGATCTAT
AGAAACCCTAGCGAATCATATACTTTCGTTGTAACGTTTCCTCTAAAATGCAAAACATGT
CTCAATATTGTTTTGATTGTGGAATAACCTACCTATGTTAAAACAACTTTTATTTAAAAT
GTAACAAAAAGCTACCTAATGTAAGTGATGTAATCGAAAAATTTCAATAAACTTGTTTAT
TTTATTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BE09TF U 1
AF RR3BE09JQ C 129
BS 1 844 RR3BE09TF
BS 845 908 RR3BE09JQ

RD RR3BE09TF 844 0 0
GCGATGAGATCTTCAGGTCTTGTATTCATGTCCTGCGAAGAGCTGGAGAAAGATTCTTTG
ACTCTTTCCAACGAAATCTTCAAGGTCCCAGTCTTTGCGATTGGTCCGTTTCACAGCTAC
TTCTCTGCTTCGTCTAGTAGCCTTTTCAGACAAGACACTTGCGTCCACTGGTTAGATAAC
CAAGAGGATAAGTCCGTTATCTACGTGAGTCTAGGAAGCGTTGTGAACATAACCGAATCA
GAGTTTTTGGAGATTGCTTTGGGTTTAAGCAATAGCAAACAGCCTTTCTTGTGGGTGGTA
CTACCAGGCTTAATCTTGGGTGCAGAGTGGATCGAACCGCTCTCGGGAGAGCTCGTGAGG
AGCCTCGAAGAGAAAGGGAAGATAGTGAAATGGTCTCCACAACAGGAGGTTCTTGCCCAT
CGAGCCGTTGGAGGGTTCTTGACGCACAATGGATGGAACTCGACGCTTGAGAGTATATGC
GAAGGGGTTCCTATGATATGTTTACCTGGAGGTTGGGATCAGATGCTGAACGCAAGATTT
GTGAGCGATGTCTGGAGGGTTGGAATCCACTTGGAGGGTCAGATAGAGAGGAAGGAGATC
GAGAGAGCTGTGAGGATGTTAATGGTGGAAAGTGAAGGAGAAAAGATTCGTGAGAGGATG
GATGTTTTGAAAGATGAAGTTGGGAGATCGGTTACATGGTGGCTCTTCTTTTCGATCTAT
AGAAACCCTAGCGAATCATATACTTTCGTTGTAACGTTTCCTCTAAAATGCAAAACATGT
CTCAATATTGTTTTGATTGTGGAATAACCTACCTATGTTAAAACAACTTTTATTTAAAAT
GTAA

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR3BE09JQ 780 0 0
TTCGTCTAGTAGCCTTTTCAGACAAGACACTTGCGTCCACTGGTTAGATAACCAAGAGGA
TAAGTCCGTTATCTACGTGAGTCTAGGAAGCGTTGTGAACATAACCGAATCAGAGTTTTT
GGAGATTGCTTTGGGTTTAAGCAATAGCAAACAGCCTTTCTTGTGGGTGGTACTACCAGG
CTTAATCTTGGGTGCAGAGTGGATCGAACCGCTCTCGGGAGAGCTCGTGAGGAGCCTCGA
AGAGAAAGGGAAGATAGTGAAATGGTCTCCACAACAGGAGGTTCTTGCCCATCGAGCCGT
TGGAGGGTTCTTGACGCACAATGGATGGAACTCGACGCTTGAGAGTATATGCGAAGGGGT
TCCTATGATATGTTTACCTGGAGGTTGGGATCAGATGCTGAACGCAAGATTTGTGAGCGA
TGTCTGGAGGGTTGGAATCCACTTGGAGGGTCAGATAGAGAGGAAGGAGATCGAGAGAGC
TGTGAGGATGTTAATGGTGGAAAGTGAAGGAGAAAAGATTCGTGAGAGGATGGATGTTTT
GAAAGATGAAGTTGGGAGATCGGTTACATGGTGGCTCTTCTTTTCGATCTATAGAAACCC
TAGCGAATCATATACTTTCGTTGTAACGTTTCCTCTAAAATGCAAAACATGTCTCAATAT
TGTTTTGATTGTGGAATAACCTACCTATGTTAAAACAACTTTTATTTAAAATGTAACAAA
AAGCTACCTAATGTAAGTGATGTAATCGAAAAATTTCAATAAACTTGTTTATTTTATTGC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL7479Contig1 629 2 1 U
GGATAAACTTTGATTTTCTCCAACAAGTCACACAAACAATGAATCCTTCGTCCAATGTCA
CACAAGGCCCTAGCCATGGTAAACCCAAGGGTTGGTCGACTGATCTATGCGAATGTTGGA
TGGACATAAACTCATGTTGCTTGACTTGTTGGTGTCCGTGTGTTGCGTTTGGACGCATAG
CCGAGATTGTTGACAGAGGAGGATCATCTTGTGGTGTGAGCGGAGCGATGTACATGATCA
TATTCATGCTTACTGGATACGCAGGGAGCAGTCTCTACTCTTGCTTTTACCGAACCAAAC
TTAGAGGCCAGTACAATCTCAAGGAGAGGCCTTGTTGTGATTGTTGCGCCCACTTCTGCT
GCGAGCCGTGCGCTCTCTGTCAAGAGTATAGGCAACTTGAACACAAACGCGCCTTCGACT
TGTCCATTGGGTGGCATGGGAACATGGAGCGACAGGCACGGATGGCTTTGTCTGCTTCTG
CGTCTGCGGTTCCTCCACCACATCAACTGCCCATGTCTAGGTTGAATTAGATTGGTTTCT
TTAATTTCTGTAATAACTATTAGTTGTTTGGATCATGTGACTTAAATTTGTATTAACTCT
TCAAGTGTCATTAATTACTTCTTCGATTG


BQ
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AF RR3AM76JQ C 1
AF RR3AM76TF U 1
BS 1 629 RR3AM76TF

RD RR3AM76JQ 629 0 0
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TATTCATGCTTACTGGATACGCAGGGAGCAGTCTCTACTCTTGCTTTTACCGAACCAAAC
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GCGAGCCGTGCGCTTTCTGTCAAGAGTATAGGCAACTTGAACACAAACGCGCCTTCGACT
TGTCCATTGGGTGGCATGGGAACATGGAGCGACAGGCACGGATGGCTTTGTCTGCTTCTG
CGTTTGCGGTTCCTCCACCACATCAACTGCCCATGTCTAGGTTGAATTAGATTGGTTTCT
TTAATTTCTGTAATAACTATTAGTTGTTTGGATCATGTGACTTAAATTTGTATTAACTCT
TCAAGTGTCATTAATTACTTCTTCGATTG

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3AM76TF 629 0 0
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CACAAGGCCCTAGCCATGGTAAACCCAAGGGTTGGTCGACTGATCTATGCGAATGTTGGA
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CCGAGATTGTTGACAGAGGAGGATCATCTTGTGGTGTGAGCGGAGCGATGTACATGATCA
TATTCATGCTTACTGGATACGCAGGGAGCAGTCTCTACTCTTGCTTTTACCGAACCAAAC
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GCGAGCCGTGCGCTCTCTGTCAAGAGTATAGGCAACTTGAACACAAACGCGCCTTCGACT
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CGTCTGCGGTTCCTCCACCACATCAACTGCCCATGTCTAGGTTGAATTAGATTGGTTTCT
TTAATTTCTGTAATAACTATTAGTTGTTTGGATCATGTGACTTAAATTTGTATTAACTCT
TCAAGTGTCATTAATTACTTCTTCGATTG

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 2

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GATGAAGAGGGTGGCAATCAAGAACATGAAGTGGAGGATTATGGTGGTGGTGAGAGGAAA
GGAGGGGATAATAGGGAGGAGTTAGCTGACCGGAATAATGGCTCAAGCAGAGGGTCAGGG
CGAGAGAACAGTGATGATCATGATGGTAGCCGAGGAGGAGGCCGAAGGTACAGGCCCTAC
TAAGCATCCCAGCTAATAGAAAGAAAAAAAGAAGCAAGTAGAAAAAAGAGAAAGCTGTAT
TGGATGTCTGTTTGTAGTTTGTTTCTTTCTTTGTGTTATATAAATGTGAAATCTAAAACT
TGCGGTTTCTAGTTTGATAAGGAGATTGCTGAGGGGGTTAGGGTTGAGTGGTATGATCAT
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BQ
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AF RR3AQ41TF U 1
AF RR3AQ41JQ C 1
BS 1 149 RR3AQ41TF
BS 150 654 RR3AQ41JQ

RD RR3AQ41TF 149 0 0
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QA 1 149 1 149
DS 

RD RR3AQ41JQ 654 0 0
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GATGAAGAGGGTGGCAATCAAGAACATGAAGTGGAGGATTATGGTGGTGGTGAGAGGAAA
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TGCGGTTTCTAGTTTGATAAGGAGATTGCTGAGGGGGTTAGGGTTGAGTGGTATGATCAT
ATTTTCTTTTTTAAGTTATGAGACTTTAATAATATCGGTTAACTTCAAGAACTT

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL7481Contig1 1270 2 6 U
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GGGGAAAAGCCAACTACTGGTGGTAATCAAGTGACCGAGCTATTTGATATGTTTGGTTCA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP80TF U 1
AF RR3AP80JQ C 481
BS 1 754 RR3AP80TF
BS 755 755 RR3AP80JQ
BS 756 846 RR3AP80TF
BS 847 847 RR3AP80JQ
BS 848 867 RR3AP80TF
BS 868 1270 RR3AP80JQ

RD RR3AP80TF 867 0 0
GGGAGCAGCTCAGAGAATACTGTGAAGCGAGAGACTGTTGTCGATTTACCTGACTTGATC
GACACAGGTGATTCAGACTATACAACAGAAGATACCTTGAACATGCCAAATGCTATTAGT
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ACTAACACTGGGTTGGAAAGCAGCGATAAAAAAAATGATGATGACCCCTTTGCAGATGTA
TCCTTTCATCCTAATGAAGAAAAAGAAACTGCAGATGACCTCTTCTCCGGAATGAATGTT
GGGGAAAAGCCAACTACTGGTGGTAATCAAGTGACCGAGCTATTTGATATGTTTGGTTCA
ACTGCAACACTTGAAGCAGAGCCCAAAGATTCTAATAGCATAAATGATCTAATGGGAAGC
TTCTCCATTGACGAAACGAAATCAAGTCAGAAAGGCTCGTCGTCATCAATCACCCTTCCG
AATAATTTATTTGCAATGCCGAGCACCACCAGCCACCAAGCACCGGAAAACCCTGTTGGA
GGCATTCTTGGCTCACAGAGTTCTGGGTTTATTCAAAACCCAATGGTTCCTGGGGGTGTC
ATGCCCTTTAATTTCCCCCCTGGGATGATGATGAATCCAGCCTTTGCGTCTCAACCTTTG
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ACTAGCGGAGGAAATCAGTCAGCATTCCCTGATATATTCCAGCCAAGCTTTGCTAATCAA
GCTCCA*CCTCAACAATGAATGGTGCG

QA 1 867 1 867
DS 

RD RR3AP80JQ 790 0 0
AATAATTTATTTGCAATGCCGAGCACCACCAGCCACCAAGCACCGGAAAACCCTGTTGGA
GGCATTCTTGGCTCACAGAGTTCTGGGTTTATTCAAAACCCAATGGTTCCTGGGGGTGTC
ATGCCCTTTAATTTCCCCCCTGGGATGATGATGAATCCAGCCTTTGCGTCTCAACCTTTG
AATTATGCTGCCATGGCAAGCTTGCTAGCTCAGCAGCAGCAGTACCTTGGTAATATATCA
AACTTCCAGCAGTTTGGTAACATGAACGCTCAAGGCAGTGGAAATGTTCTCCCTATGGGT
ACTAGCGGAGGAAATCAGTCAGCATTCCCTGATATATTCCAGCCAAGCTTTGCTAATCAA
GCTCCAACCTCAACAATGAATGGTGCGAAAAAAGAAGATACCAGAGCATTTGACTTCATC
TCCGATCATCTTTCATCTGCCCGCGACACAAAGAGAATATCTTGATACTTTGCCAATATC
CGGTGTTACATGCTATTTCATGAGATATGGACACAATGAGGAGGAGGCTTAAACGTTATC
TATGAGAGCTGTAAAAGACTTCAGGAGAATGTGGAGAACTTGAATTATATGGTAAGCTTT
TTGCTTTCTTTTTCTTCTTTGTTTGTTTTCGTTGTCTTATGTTTGGAATCATTGTTTCTG
TGGTATGAACATGTAGTTTTAGAATTGCTTTTGTTTTCACCTGTTGGATTCTAAATGTGT
TTTTTTTCTACTCGTTTGCTATATATATCTGAAGAGACTGTGTCTGTGTATCGAAATAGA
CAAGAAATGA

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

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GCTCGCAAGCTTTCGAGCAGAATTAGAAAGGAAAAAGTCAGATTTAAGAAAAGATCTTCG
GCAGTGCCTGAGGGATGATTCTCTTGCTACTGGCATTCGGCAGCTTTTGAAACAGCTTGG
AAAGACGTTGAAGAAGAAGGAAAAAGAAACTGTGAAGGAAATACTATCAAATGCACAGGT
TGTTTTCGCCACTAACATTGGATCAGCTGATCCTTTGATTAGGATGTTGGATACATTTGA
TTTGGTTGTTATAGATGAAGCTGGTCAGTCTATCGAGCCTTCGTGCTGGATTCCAATATT
GCAAGGGAAACGTTGTATTCTTGCTGGTGATCCATGCCAATTAGCACCAGTTGTTTTATC
ACGTAAAGCTTTAGAAGATGGGCTTGGTGTATCCTTACTGGAAAGAGCTGCATCTTTACA
TGATGGGCTTCTTGCCACAAAGTTATCAACTCAGTATCGTATGAATGATGTAATCGCTGG
CTGGGCATCAAAGGAGATGTATGGTGGATGGTTGAAATCGTCTCCAAGTGTGGCCTCTCA
TCTGCTTATCGATTCTCCTTTTGTGAAGCCTACTTGGATAACGCAATGCCCGCTGCTTCT
CCTGGACACAAGAATGCCATATGGGAGTTTGTCAGTGGGCTGCGAGGAGCGTCTAGATCC
AGCTGGTACAGGCTCATTATACAATGAAGGAGAAGCAGATATTGTGGTTAATCACGTCAT
CTCGTTGATTTATGCAGGGGTTAGTCCAATGGCTATAGCCGTTCAATCCCCATATGTTGC
TCAGGTGCAGCTTCCCAGAGAAAGGCTCGATGAATTTCCAGTGGCTGATGGAGTTGAGGT
CGCAACTATTGACAGCTTTCAAGGACGTGAGGCTAATGCAGTGATCATATCAATGGTACG
GTCCAACAACCTAGGTGCAGTGGGATTCCTAGGGGATAGCAGAAGGATGAACGTAGCCAT
AACAAGAGCCCGGAAGCACGTGGCGGTGGTATGTGATAGCTCAACAATCTGCCACAACAC
GTTCCTTGCAAGACTACTGCGTCACATACGCTATTTCGGAAGAGTGAAACATGCGGACCC
AGGTAGCTTGGGTGGTTCAGGACTAGGCTTGGACCCGATGTTGCCTTACCTTGGCTAAAC
CCCCGCAAACTTATAAAGTAAGTACTACCAACAACAAGAAACCAAAATCTTATTTTCTCT
CTCTCTCTCTCTATATATATCTTGGTATAATATGTTTCCATGGCGAGTTGTTCCTTGTAC
AGGAAAATATTTGTTTTCAGTTGTCGTTGCCACAGAAAGAAATTTGTATATGAGAAAAAA
CAGCAAAATTCATGTATATTTTATACAATTGGTGTGGCGTCATATTTTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B825TF U 1
AF RR3B825JQ C 598
BS 1 727 RR3B825TF
BS 728 1431 RR3B825JQ

RD RR3B825TF 727 0 0
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GCAGTGCCTGAGGGATGATTCTCTTGCTACTGGCATTCGGCAGCTTTTGAAACAGCTTGG
AAAGACGTTGAAGAAGAAGGAAAAAGAAACTGTGAAGGAAATACTATCAAATGCACAGGT
TGTTTTCGCCACTAACATTGGATCAGCTGATCCTTTGATTAGGATGTTGGATACATTTGA
TTTGGTTGTTATAGATGAAGCTGGTCAGTCTATCGAGCCTTCGTGCTGGATTCCAATATT
GCAAGGGAAACGTTGTATTCTTGCTGGTGATCCATGCCAATTAGCACCAGTTGTTTTATC
ACGTAAAGCTTTAGAAGATGGGCTTGGTGTATCCTTACTGGAAAGAGCTGCATCTTTACA
TGATGGGCTTCTTGCCACAAAGTTATCAACTCAGTATCGTATGAATGATGTAATCGCTGG
CTGGGCATCAAAGGAGATGTATGGTGGATGGTTGAAATCGTCTCCAAGTGTGGCCTCTCA
TCTGCTTATCGATTCTCCTTTTGTGAAGCCTACTTGGATAACGCAATGCCCGCTGCTTCT
CCTGGACACAAGAATGCCATATGGGAGTTTGTCAGTGGGCTGCGAGGAGCGTCTAGATCC
AGCTGGT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3B825JQ 834 0 0
TCATCTGCTTATCGATTCTCCTTTTGTGAAGCCTACTTGGATAACGCAATGCCCGCTGCT
TCTCCTGGACACAAGAATGCCATATGGGAGTTTGTCAGTGGGCTGCGAGGAGCGTCTAGA
TCCAGCTGGTACAGGCTCATTATACAATGAAGGAGAAGCAGATATTGTGGTTAATCACGT
CATCTCGTTGATTTATGCAGGGGTTAGTCCAATGGCTATAGCCGTTCAATCCCCATATGT
TGCTCAGGTGCAGCTTCCCAGAGAAAGGCTCGATGAATTTCCAGTGGCTGATGGAGTTGA
GGTCGCAACTATTGACAGCTTTCAAGGACGTGAGGCTAATGCAGTGATCATATCAATGGT
ACGGTCCAACAACCTAGGTGCAGTGGGATTCCTAGGGGATAGCAGAAGGATGAACGTAGC
CATAACAAGAGCCCGGAAGCACGTGGCGGTGGTATGTGATAGCTCAACAATCTGCCACAA
CACGTTCCTTGCAAGACTACTGCGTCACATACGCTATTTCGGAAGAGTGAAACATGCGGA
CCCAGGTAGCTTGGGTGGTTCAGGACTAGGCTTGGACCCGATGTTGCCTTACCTTGGCTA
AACCCCCGCAAACTTATAAAGTAAGTACTACCAACAACAAGAAACCAAAATCTTATTTTC
TCTCTCTCTCTCTCTATATATATCTTGGTATAATATGTTTCCATGGCGAGTTGTTCCTTG
TACAGGAAAATATTTGTTTTCAGTTGTCGTTGCCACAGAAAGAAATTTGTATATGAGAAA
AAACAGCAAAATTCATGTATATTTTATACAATTGGTGTGGCGTCATATTTTACC

QA 1 834 1 834
DS 



AS 1 2

CO CL7483Contig1 755 2 8 U
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AGAGAGACTATCTGAGGAAGAGATCGGTGGGCTCAAAGAGCTGTTCAGAATGATAGACAC
GGATAACAGTGGCACCATCACATTTGAAGAGTTGAAAGACGCTGTGAAGCGCGTTGGTGC
AGACCTTATGGAATCAGAGATCCAAGAACTCTTGCGCTCAGTAACTAAACGAACTCTCTT
CTTCTTCTTATCTATCATCTTCTCATTGTATGTGTGCGCGTCTGTCAGGCTGATGTTGAT
GAGAATGGATCAATAGACTATGGAGAGTTTTTAGCAGCAACAATCCATTTGAACAAGCTG
GAGAGAGAGGAGAATCTAGTGGCTGCATTCTCTTTCTTTGACAAAGATGGAAGTGGTTAC
ATCACTGTTGATGAGCTTCAACAGGCTTTGAAGGAGTTTGGTATAAATGATTCACATCTT
GATGAAATGATCAAAGACATTGATCAAGACAATGTGAGTAGTATTACAAAAACATGTCTG
AAAAGGTGCTTGGAAGAAGTAGTTATGGAGTTTGTTCCTTTTTTTTGTAGGATGGACAGA
TAGACTATGGAGAGTTTGTGGCAATGATGAGGAAAGGGAATGGCAGTGGGAGGGGTTGGT
AGGAGAACAATGAGGAACACTGTCAACTTTGCAAATTGGAAATCATGTTCCTGATGAAGT
CAATGAATGGCTAAATACTTGAGTAAAAAGTTGAC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS52TF U 1
AF RR3GS52JQ C 2
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BS 677 677 RR3GS52JQ
BS 678 701 RR3GS52TF
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RD RR3GS52TF 738 0 0
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GGATAACAGTGGCACCATCACATTTGAAGAGTTGAAAGACGCTGTGAAGCGCGTTGGTGC
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CTTCTTCTTATCTATCATCTTCTCATTGTATGTGTGCGCGTCTGTCAGGCTGATGTTGAT
GAGAATGGATCAATAGACTATGGAGAGTTTTTAGCAGCAACAATCCATTTGAACAAGCTG
GAGAGAGAGGAGAATCTAGTGGCTGCATTCTCTTTCTTTGACAAAGATGGAAGTGGTTAC
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GATGAAATGATCAAAGACATTGATCAAGACAATGTGAGTAGTATTACAAAAACATGTCTG
AAAAGGTGCTTGGAAGAAGTAGTTATGGAGTTTGTTCCTTTTTTTTGTAGGATGGACAGA
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AGGAGAACAATGAGGA*CACTGTCAACTTTGCAAATTGGAA*TCATGTTCCTGATGA*GT
CAATGAATGGCTAAATAC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3GS52JQ 754 0 0
GCG
CTGAAGAACTTTTCTGCAATGAACAGACTTAAGAAGATGGCTTTCAGAGTGATTGCAGAG
AGACTATCTGAGGAAGAGATCGGTGGGCTCAAAGAGCTGTTCAGAATGATAGACACGGAT
AACAGTGGCACCATCACATTTGAAGAGTTGAAAGACGCTGTGAAGCGCGTTGGTGCAGAC
CTTATGGAATCAGAGATCCAAGAACTCTTGCGCTCAGTAACTAAACGAACTCTCTTCTTC
TTCTTATCTATCATCTTCTCATTGTATGTGTGCGCGTCTGTCAGGCTGATGTTGATGAGA
ATGGATCAATAGACTATGGAGAGTTTTTAGCAGCAACAATCCATTTGAACAAGCTGGAGA
GAGAGGAGAATCTAGTGGCTGCATTCTCTTTCTTTGACAAAGATGGAAGTGGTTACATCA
CTGTTGATGAGCTTCAACAGGCTTTGAAGGAGTTTGGTATAAATGATTCACATCTTGATG
AAATGATCAAAGACATTGATCAAGACAATGTGAGTAGTATTACAAAAACATGTCTGAAAA
GGTGCTTGGAAGAAGTAGTTATGGAGTTTGTTCCTTTTTTTTGTAGGATGGACAGATAGA
CTATGGAGAGTTTGTGGCAATGATGAGGAAAGGGAATGGCAGTGG*AGGGGTTGGTAGGA
GAACAATGAGGAACACTGTCAACTTTGCAAATTGGAAATCATGTTCCTGATGAAGTCAAT
GAATGGCTAAATACTTGAGTAAAAAGTTGAC

QA 4 754 4 754
DS 



AS 1 2

CO CL7484Contig1 826 2 10 U
GGTATGGGAGAAGTTTCTTCCACCGGAGTATTCATCTCTGATTCATTCATCAAGAGTCTT
CTCATCCAATAAGAATCGTTTTTCTGCTCGATGTGAGGACTATGTCCTAATAGAAGATGG
CAAAATGAGTTTATGTTTAGACAAAGCGAGAGGGACGAGGACTATAATGTTATCTGGGAA
GGAACTTGATCTCACATTCTCTACCTTCTGGCGACTGATCTCAGATCCTGATTCTAGGTT
CAAGGAAGTCCCAAAACTTGTCAAAGGGTGTCCATTCAAGATTAACGGTGCGCTGAAAGC
TAATTTCCTGTCTCCTGATCACTACTCGGCTTACGTAATATACAAGGCAAAGGATCAAAT
TCCTGATGTGCAAAAAAGCTTTGGAGTTGGACTGATTGAACATGAAACTCCTGAGGGTAA
AAAGTGGGAAAGGCAGTATCTAACGAAACTAGAGAAGAGGAGAGACGGGTGGATGGAGGT
AAAATTTGGAGAATTCTTAAACCATGGAGGATTCATGGATGATCGCTATAAAATTGGTTT
TTATATTAGTGAAATCAAGTATAGCTATTGGACGCCTGGTTTCATCGTTCAAGGCGTTGA
GTTCCGGCCTGTGAAAAAACTCATGGTGAAGTAAGAACTAGTCCACGGACGAGCGATGTT
TGAGCAAGTGAATCCGTGTTATATGTTTATGTATCAAACCAAAAACATATTGTAACAGAG
TTTTCATGGTTGCATGTTTGATTGTAATTAATGTTTTTGATTTTTATTTTCTTTTGATGT
TTTCTTCACTCTGACATGTACCAGTTCAATAGAGTGTTTTTTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET34TF U 1
AF RR3ET34JQ C 168
BS 1 618 RR3ET34TF
BS 619 619 RR3ET34JQ
BS 620 704 RR3ET34TF
BS 705 705 RR3ET34JQ
BS 706 764 RR3ET34TF
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BS 766 774 RR3ET34TF
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BS 776 801 RR3ET34TF
BS 802 826 RR3ET34JQ

RD RR3ET34TF 802 0 0
GGTATGGGAGAAGTTTCTTCCACCGGAGTATTCATCTCTGATTCATTCATCAAGAGTCTT
CTCATCCAATAAGAATCGTTTTTCTGCTCGATGTGAGGACTATGTCCTAATAGAAGATGG
CAAAATGAGTTTATGTTTAGACAAAGCGAGAGGGACGAGGACTATAATGTTATCTGGGAA
GGAACTTGATCTCACATTCTCTACCTTCTGGCGACTGATCTCAGATCCTGATTCTAGGTT
CAAGGAAGTCCCAAAACTTGTCAAAGGGTGTCCATTCAAGATTAACGGTGCGCTGAAAGC
TAATTTCCTGTCTCCTGATCACTACTCGGCTTACGTAATATACAAGGCAAAGGATCAAAT
TCCTGATGTGCAAAAAAGCTTTGGAGTTGGACTGATTGAACATGAAACTCCTGAGGGTAA
AAAGTGGGAAAGGCAGTATCTAACGAAACTAGAGAAGAGGAGAGACGGGTGGATGGAGGT
AAAATTTGGAGAATTCTTAAACCATGGAGGATTCATGGATGATCGCTATAAAATTGGTTT
TTATATTAGTGAAATCAAGTATAGCTATTGGACGCCTGGTTTCATCGTTCAAGGCGTTGA
GTTCCGGCCTGTGAAAAA*CTCATGGTGAAGTAAGAACTAGTCCACGGACGAGCGATGTT
TGAGCAAGTGAATCCGTGTTATATGTTTATGTATCAAACCAAAA*CATATTGTAACAGAG
TTTTCATGGTTGCATGTTTGATTGTAATTAATGTTTTTGATTTT*ATTTTCTTT*GATGT
TTTCTTCACTCTGACATGTAC
A

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3ET34JQ 659 0 0
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CAAAGGATCAAATTCCTGATGTGCAAAAAAGCTTTGGAGTTGGACTGATTGAACATGAAA
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GGTGGATGGAGGTAAAATTTGGAGAATTCTTAAACCATGGAGGATTCATGGATGATCGCT
ATAAAATTGGTTTTTATATTAGTGAAATCAAGTATAGCTATTGGACGCCTGGTTTCATCG
TTCAAGGCGTTGAGTTCCGGCCTGTGAAAAAACTCATGGTGAAGTAAGAACTAGTCCACG
GACGAGCGATGTTTGAGCAAGTGAATCCGTGTTATATGTTTATGTATCAAACCAAAAACA
TATTGTAACAGAGTTTTCATGGTTGCATGTTTGATTGTAATTAATGTTTTTGATTTTTAT
TTTCTTTTGATGTTTTCTTCACTCTGACATGTACCAGTTCAATAGAGTGTTTTTTTATT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL7485Contig1 740 2 2 U
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GCAATCAAGGAGAGACAGTTGAAGGATGGAGAGGATGTGTTTTCGCGAGATGCTCTAGAT
GATCGCACAAAGAAAGCTGAAACATGGCACAGAGATGCTGCTGCGAGGGTACGGTACTCT
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CAGTATCACAGGGTCACGAACACAAGCATCAACCTCTTATCTTCGGTCCAGCAAGCATCG
TGAATGGAGGTCTTTCTACGGAGAGAGAGAGAATGATTGCTCAGGTTTTCCAACCAAGTC
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ATTGGCAAGAGCAGACGAAAAAAGCAATTGAAGAAGCAACCACCTCATGGCACAATGACA
AACCACTGAGAAGAAAGGAAGAGGATGAAGAAGATGATAATGAAGACGAAGATGCTGTGA
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GTTAGACTGAGTTAAGTACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET18TF U 1
AF RR3ET18JQ C 1
BS 1 717 RR3ET18TF
BS 718 740 RR3ET18JQ

RD RR3ET18TF 717 0 0
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CAGTATCACAGGGTCACGAACACAAGCATCAACCTCTTATCTTCGGTCCAGCAAGCATCG
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AACTCACTCCTTGTGGCTGAACCTTTGACTGTGACGATACACATTTTAAACACTTTCTCT
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QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3ET18JQ 740 0 0
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GATCGCACAAAGAAAGCTGAAACATGGCACAGAGATGCTGCTGCGAGGGTACGGTACTCT
GACCGGCACAACCAATCACTTGTGCCACATTTGCACAAGATGTGTTAGAAGGTAGAGCTT
CAGTATCACAGGGTCACGAACACAAGCATCAACCTCTTATCTTCGGTCCAGCAAGCATCG
TGAATGGAGGTCTTTCTACGGAGAGAGAGAGAATGATTGCTCAGGTTTTCCAACCAAGTC
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ATTGGCAAGAGCAGACGAAAAAAGCAATTGAAGAAGCAACCACCTCATGGCACAATGACA
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TGAAAGCCAGAGCTTTCGATGATTGGAAGGACGATAATCCTCGTGGTGCAGGTAACAAGA
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CCCTCTTTTGTTACTTATATCCGAACCCTTCTTTTTTCAATTATGTCTTGTAATGTAATC
GTTAGACTGAGTTAAGTACT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CK58JQ C 1
AF RR3CK58TF U 1
BS 1 616 RR3CK58TF

RD RR3CK58JQ 616 0 0
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CGGTGGACCCAAATGCCCTTGATTTATCCTCTTAATGCATAACTCCATGTAGTTTGTTAA
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AATAAAATTTTCTTAT

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3CK58TF 616 0 0
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TCTGTTATCTAAAATGGCAACTAATCTTAACACCATTGTTCTCTCCATCGTTATGTTACA
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TCCACCACAGTCCCAACCGCAACCACCGCATCACAATAGCTCCCAATACGGTACTACTGA
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ATACAAGAAGCCATGTTTGTTCTTCTGTAACAAATGTTGTGCCAAGTGCTTGTGTGTGCC
TCCAGGTACTTATGGCAACAAGCAAGTCTGTCCTTGTTACAATAACTGGAAGACTCAGCT
CGGTGGACCCAAATGCCCTTGATTTATCCTCTTAATGCATAACTCCATGTAGTTTGTTAA
ACTATCTATACCATAATGTTCTATATGTATTGGAATCATTGCCGTATTGGCATATTCACA
TCAATAGGATCAAGTCAAAAGTGCTTTGATGCTTACTTGTACTTTAAGACTTTGAGTGCA
AATAAAATTTTCTTAT

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL7487Contig1 939 2 2 U
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ATAGACTACATCATGGTTGGGCATCATCCAGAATTTGAGAACTCTCGATGTTTGTTTATA
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CAACTCAGATGAAGAAAGGCTTATTGTAGATTCTCAAACTCAACAGCCCTCTGAGATCCT
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BQ
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AF RR3DD02TF U 1
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BS 723 939 RR3DD02JQ

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TT

QA 1 722 1 722
DS 

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ATAGACTACATCATGGTTGGGCATCATCCAGAATTTGAGAACTCTCGATGTTTGTTTATA
GTTCAGAAAGATGGACAAGTAGTTGACTTCTCGTATTGGAAATGCATAAAAGGTTTGATA
AAACAGAAGTATCCTCTGTATGCAGACAGTTTCATCCTCCGACATTTTCGCAAACGTAGG
CAACTCAGATGAAGAAAGGCTTATTGTAGATTCTCAAACTCAACAGCCCTCTGAGATCCT
CGTCTCCCAACTACATCATATAAAGTTTTTCTCAATTCAGAAGATCCATTCCCATATTTT
TTTCTTCTTTTGAGTTGGAATTATGGATGGAATTTTTTAGAAGATATGGTTTTTGCAGGA
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TGTAGGGTTTAAATATTCAGATAAGAGTTTTTTTTTTTC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

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TTGGAAAGGGAAAGTGGATCTGCGACACTTCAAAATCTAGAATGGAGAGAGAAATGTCC


BQ
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AF RR3C335TF C 1
AF RR3C335JQ U 44
BS 1 43 RR3C335TF
BS 44 659 RR3C335JQ

RD RR3C335TF 659 0 0
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DS 

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GAGATGTGAAATTAGGGTTGGAAAGGGAAAGTGGATCTGCGACACTTCAAAATCTAGAAT
GGAGAGAGAAATGTCC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL7489Contig1 722 2 3 U
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GCTGCTAAATCAGATTCAGTCGCAGCTCCTGTTACCATTGAAGAGCCTGCAAGTGAAGAG
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AGCATGTGGATTAGACGAGGTAACCTTTACTTGTTGTTGTCAAACAAAGTTACTTGGGAC
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TC


BQ
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20 20 

AF RR3CX74JQ C 1
AF RR3CX74TF U 1
BS 1 679 RR3CX74TF
BS 680 680 RR3CX74JQ
BS 681 722 RR3CX74TF

RD RR3CX74JQ 722 0 0
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TGTTCTCGATGTTGATTTACAGATGTCGTCAGCGATGGAACAAGACACAAGGATGTTCAA
GGTCCAGCAAACCACCGAAGCGTCCTGTGCTGCAAGTGCGGCGTCCCCATTGAAGAGATT
GCTGCTAAATCAGATTCAGTCGCAGCTCCTGTTACCATTGAAGAGCCTGCAAGTGAAGAG
ATTGCTTAACTTGAATCTGAAAACGTCTGCAAACACTCCCTTGAAGTCTCGCACTGTTGA
TGAGATTAGAGAGGGATCATGCTGGTGGCAACGAGAAGATGAAGCAGTTGGTGCCTGGAA
TCTTTTTATTCACTTGTTCCTTCCCTAACAGGAGCCTACGTAGATCATCCTTCACGTCAC
TCACCCTAAGCTGCTTCTTTATCGGTTCACTGAATCGCTCCACCAAGTCAGCCACATTGC
TAGATAATGGATGCAAAAGGAGAGAACTCATTAGCATTGTTTCCAGCCAAGTTTCGTGAG
AGCATGTGGATTAGACGAGGTAACCTTTACTTGTTGTTGTCAAACAAAGTTACTTGGGAC
TTCTGTCAGACTTGTTTAAACATAAGAAAGAAATATTGAATCATTGCTTAGTGTTGTGTC
TC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3CX74TF 722 0 0
GGATTCTCTCTCCTCCGGGAGCTTGAGTCTGCGAGAAAAAAAAATTCGTTCTCTTTCCAG
GCTGATTGATTTCGTCATCGTTTATTGATTTTATTTGTGTTTGATTTGTATTTCGTTATC
TGTTCTCGATGTTGATTTACAGATGTCGTCAGCGATGGAACAAGACACAAGGATGTTCAA
GGTCCAGCAAACCACCGAAGCGTCCTGTGCTGCAAGTGCGGCGTCCCCATTGAAGAGATT
GCTGCTAAATCAGATTCAGTCGCAGCTCCTGTTACCATTGAAGAGCCTGCAAGTGAAGAG
ATTGCTTAACTTGAATCTGAAAACGTCTGCAAACACTCCCTTGAAGTCTCGCACTGTTGA
TGAGATTAGAGAGGGATCATGCTGGTGGCAACGAGAAGATGAAGCAGTTGGTGCCTGGAA
TCTTTTTATTCACTTGTTCCTTCCCTAACAGGAGCCTACGTAGATCATCCTTCACGTCAC
TCACCCTAAGCTGCTTCTTTATCGGTTCACTGAATCGCTCCACCAAGTCAGCCACATTGC
TAGATAATGGATGCAAAAGGAGAGAACTCATTAGCATTGTTTCCAGCCAAGTTTCGTGAG
AGCATGTGGATTAGACGAGGTAACCTTTACTTGTTGTTGTCAAACAAAGTTACTTGGGAC
TTCTGTCAGACTTGTTTAA*CATAAGAAAGAAATATTGAATCATTGCTTAGTGTTGTGTC
TC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL7490Contig1 618 2 2 U
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TGCGGTTGTACAGGGGTACATCTCGGAGCCGTTCTTCTGGACTGTTTTGGTGTGTATGTA
TGGGTATTCGAGGTTGGTGAAGAAGAGAGATGATGTGACTTCGGCGTTACCTTCTGCGGC
TGTTCTGGCGGGAGTAGGGGAACCGTGGGTGAGAGTGGTGGCTATCACAGGGTATTTGGC
TCTAGCCATGTATCATAATTCAACGAAGAAGACGTCTTCTTCTGAAGAAGAAGAGGGACA
GAACTTGAGGAAGGCACCACCAATGCCGTTGTTGGCTACAGCTTTGGCTATTGGGGTTCG
GCTTGCTGCAAAATGGGCTGGTTACAGGCACTTGACTTGGATGATTGTTTAAATTCTCTG
TTAGCAACGAAAATTAAAAGACCAAACTAAACTAGTTTGTGTTGTGCTTTGTAACCTCTA
CCCACTGGTTAGTTATGTTTCTTTTTTATGGCTCATTAAGTATTATACTAAGCTCGTCTT
GAGCCATTTTGATTTACAGCTAAACTATTAGGGCATTGCAAAGGACCCTCCCTGTATAAT
GGAATCACTCATCTCAGT


BQ
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AF RR3AP53JQ C 1
AF RR3AP53TF U 3
BS 1 2 RR3AP53JQ
BS 3 618 RR3AP53TF

RD RR3AP53JQ 618 0 0
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TGCGGTTGTACAGGGGTACATCTCGGAGCCGTTCTTCTGGACTGTTTTGGTGTGTATGTA
TGGGTATTCGAGGTTGGTGAAGAAGAGAGATGATGTGACTTCGGCGTTACCTTCTGCGGC
TGTTCTGGCGGGAGTAGGGGAACCGTGGGTGAGAGTGGTGGCTATCACAGGGTATTTGGC
TCTAGCCATGTATCATAATTCAACGAAGAAGACGTCTTCTTCTGAAGAAGAAGAGGGACA
GAACTTGAGGAAGGCACCACCAATGCCGTTGTTGGCTACAGCTTTGGCTATTGGGGTTCG
GCTTGCTGCAAAATGGGCTGGTTACAGGCACTTGACTTGGATGATTGTTTAAATTCTCTG
TTAGCAACGAAAATTAAAAGACCAAACTAAACTAGTTTGTGTTGTGCTTTGTAACCTCTA
CCCACTGGTTAGTTATGTTTCTTTTTTATGGCTCATTAAGTATTATACTAAGCTCGTCTT
GAGCCATTTTGATTTACAGCTAAACTATTAGGGCATTGCAAAGGACCCTCCCTGTATAAT
GGAATCACTCATCTCAGT

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3AP53TF 616 0 0
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TTCTGGCGGGAGTAGGGGAACCGTGGGTGAGAGTGGTGGCTATCACAGGGTATTTGGCTC
TAGCCATGTATCATAATTCAACGAAGAAGACGTCTTCTTCTGAAGAAGAAGAGGGACAGA
ACTTGAGGAAGGCACCACCAATGCCGTTGTTGGCTACAGCTTTGGCTATTGGGGTTCGGC
TTGCTGCAAAATGGGCTGGTTACAGGCACTTGACTTGGATGATTGTTTAAATTCTCTGTT
AGCAACGAAAATTAAAAGACCAAACTAAACTAGTTTGTGTTGTGCTTTGTAACCTCTACC
CACTGGTTAGTTATGTTTCTTTTTTATGGCTCATTAAGTATTATACTAAGCTCGTCTTGA
GCCATTTTGATTTACAGCTAAACTATTAGGGCATTGCAAAGGACCCTCCCTGTATAATGG
AATCACTCATCTCAGT

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL7491Contig1 992 2 4 U
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TGCTTCAAGACCCCTAGAAGGGCACAACTGCATTGGACACTATATAAGTCCCTTATAAGC
AGTCATGTATCTTTAACCTTTATGAAATATATGAGTCAGTTTGCCCCCTAGCAAATACAA
GTCTTTTGAGAGTTTGTGAGAAGCAATCTTGAGAGCAACTTCGTGATTTATCAAGCTCCT
ATCCATAGAGTTTGTGGCTTCACTTCGATCCATCTTGATTGTGTGAATCAATCATCTTCC
TTTCCATCTTTCCATCACTTGTTCTTGTGGGGTTGTTTATACGAGCAAACCACTAGAATC
CATCATCCATCAACACGCCATCTCTCATCCATAGATCCATCAAGTTGGTTATACGACCAA
GTGGTGAATCCCATCCTCCATTGGTGTTTCCTAGCCCCCTTTCAACCGGATCCATCCATC
CATTCATCATCAACACTAGATCCTTCCATCTCAAACCATAACTCATCAAACCGGTTCTTG
GATTCACTCCCTATCCAACCAGCTTGAGCAAGGCCCCCTTTGTGCCTATATCATTTTGGT
ATCAGAGCCTAAACGCTCCAAATCAGGTTGTCTCTATTTCCTTTAAGATAGATCGTTTAG
TTTTATTAAAGAAAAACCCATAAAAATTGTTCTTGCATTGTTTTGTTATTTTCGCCATTG
TTGAGTTCATATTGTTCTTGAAGTTTTATAAACCAAAAAGACAAAGAAAGAGTTCGATTT
CCTAGTTGTTTGATCCGTGAGTTTCCAAGAAAAATCTCAAGAAGTTGTTTTTCTCGATTG
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TACTTTCTTGCATCGAAAACCATTTGAAAAACAAAATAAAAAGTTTGTTGAATCTTTTCT
TTTCTTTCTTTGTCATTTCGAAACACATATTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD53TF U 1
AF RR3FD53JQ C 183
BS 1 626 RR3FD53TF
BS 627 627 RR3FD53JQ
BS 628 663 RR3FD53TF
BS 664 992 RR3FD53JQ

RD RR3FD53TF 669 0 0
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TGCTTCAAGACCCCTAGAAGGGCACAACTGCATTGGACACTATATAAGTCCCTTATAAGC
AGTCATGTATCTTTAACCTTTATGAAATATATGAGTCAGTTTGCCCCCTAGCAAATACAA
GTCTTTTGAGAGTTTGTGAGAAGCAATCTTGAGAGCAACTTCGTGATTTATCAAGCTCCT
ATCCATAGAGTTTGTGGCTTCACTTCGATCCATCTTGATTGTGTGAATCAATCATCTTCC
TTTCCATCTTTCCATCACTTGTTCTTGTGGGGTTGTTTATACGAGCAAACCACTAGAATC
CATCATCCATCAACACGCCATCTCTCATCCATAGATCCATCAAGTTGGTTATACGACCAA
GTGGTGAATCCCATCCTCCATTGGTGTTTCCTAGCCCCCTTTCAACCGGATCCATCCATC
CATTCATCATCAACACTAGATCCTTCCATCTCAAACCATAACTCATCAAACCGGTTCTTG
GATTCACTCCCTATCCAACCAGCTTGAGCAAGGCCCCCTTTGTGCCTATATCATTTTGGT
ATCAGAGCCTAAACGCTCCAAATCAG*TTGTCTCTATTTCCTTTAAGATAGATCGTTTAG
TTT
ATTAAA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3FD53JQ 810 0 0
CTTTTGAGAGTTTGTGAGAAGCAATCTTGAGAGCAACTTCGTGATTTATCAAGCTCCTAT
CCATAGAGTTTGTGGCTTCACTTCGATCCATCTTGATTGTGTGAATCAATCATCTTCCTT
TCCATCTTTCCATCACTTGTTCTTGTGGGGTTGTTTATACGAGCAAACCACTAGAATCCA
TCATCCATCAACACGCCATCTCTCATCCATAGATCCATCAAGTTGGTTATACGACCAAGT
GGTGAATCCCATCCTCCATTGGTGTTTCCTAGCCCCCTTTCAACCGGATCCATCCATCCA
TTCATCATCAACACTAGATCCTTCCATCTCAAACCATAACTCATCAAACCGGTTCTTGGA
TTCACTCCCTATCCAACCAGCTTGAGCAAGGCCCCCTTTGTGCCTATATCATTTTGGTAT
CAGAGCCTAAACGCTCCAAATCAGGTTGTCTCTATTTCCTTTAAGATAGATCGTTTAGTT
TTATTAAAGAAAAACCCATAAAAATTGTTCTTGCATTGTTTTGTTATTTTCGCCATTGTT
GAGTTCATATTGTTCTTGAAGTTTTATAAACCAAAAAGACAAAGAAAGAGTTCGATTTCC
TAGTTGTTTGATCCGTGAGTTTCCAAGAAAAATCTCAAGAAGTTGTTTTTCTCGATTGAT
AGCATCCAAGTTTCTCAAAATAGATTTTTGCATATCAATCATTTTGTCTTTCCTTATTTA
CTTTCTTGCATCGAAAACCATTTGAAAAACAAAATAAAAAGTTTGTTGAATCTTTTCTTT
TCTTTCTTTGTCATTTCGAAACACATATTT

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL7492Contig1 848 2 2 U
GGCCACCTCGTGTCCTCTCTCTTTCTCCCCCAACCTCAGAGACAAAACTGAGAACCAAAC
ACAAAGAAGAGAGCAATGGCAGCTTATAGAAGCTTTCATCAAATATTCGAGAGCCAAAGA
CAAGACAAGGCTCCAAAGTCGCTTCTTGATACTCTGACCTCCTCTTCTTCACCCTGGAAC
CCGCTCCCAATCAAAGGGCTCCACGTCACCGACCACAACGAAACGCCACCGTTTACAGAG
ATATTCGGTGAGCTCCACTTCAGGGAATCAGCTCATTCTTCTTTCGAGAAAACCTCATCA
GAGAACAGTAGCTTGCAGCTGTGTACTGAAGGTCTAGGGTCAGAGAGCTATTACGACTTG
GAAGATGGGAAAGTCAACTGTGACGGTAACGGAGAAGAAGATGATAATCATGAGACCGAA
GTGATGAAGGGTAAAGATAACGGAAGCAGCAATGAGGAGTGTGGACCATGGAGGAAAGAA
CGGAGAGAGTACCCTCCACCGATGACAAGGATGAGTTTCAAGACGTATAGAGAAGAAGGG
AGGCTTGTGTTGGAAGAAGTTAGAATTCCAAAGAGAGAGTTTCTTCTAGCCAGCCGTGAA
GACGGTAGACTCAAGCTGAAGTTGGTTCAACCAGAGGATGAGGATGAAGATGAGGACGAG
TACGAAGAAGAGAAGAAAGATAAACTGGTTTGACTGATTATCTGCGAAATAATTTTGCTG
ATTATGTGGAAGTTAATCCGCTATTCCATACTATTAATGACAATTATGATTGTTAGAACC
TTCTTTAGCATTCAAGAAGGATTTTGTAGTTAAATTAAGCTTATATCTCTAAATCACTAC
CATTCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AA42TF U 1
AF RR3AA42JQ C 180
BS 1 795 RR3AA42TF
BS 796 848 RR3AA42JQ

RD RR3AA42TF 795 0 0
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ACAAAGAAGAGAGCAATGGCAGCTTATAGAAGCTTTCATCAAATATTCGAGAGCCAAAGA
CAAGACAAGGCTCCAAAGTCGCTTCTTGATACTCTGACCTCCTCTTCTTCACCCTGGAAC
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GAAGATGGGAAAGTCAACTGTGACGGTAACGGAGAAGAAGATGATAATCATGAGACCGAA
GTGATGAAGGGTAAAGATAACGGAAGCAGCAATGAGGAGTGTGGACCATGGAGGAAAGAA
CGGAGAGAGTACCCTCCACCGATGACAAGGATGAGTTTCAAGACGTATAGAGAAGAAGGG
AGGCTTGTGTTGGAAGAAGTTAGAATTCCAAAGAGAGAGTTTCTTCTAGCCAGCCGTGAA
GACGGTAGACTCAAGCTGAAGTTGGTTCAACCAGAGGATGAGGATGAAGATGAGGACGAG
TACGAAGAAGAGAAGAAAGATAAACTGGTTTGACTGATTATCTGCGAAATAATTTTGCTG
ATTATGTGGAAGTTAATCCGCTATTCCATACTATTAATGACAATTATGATTGTTAGAACC
TTCTTTAGCATTCAA

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3AA42JQ 669 0 0
CCCGCTCCCAATCAAAGGGCTCCACGTCACCGACCACAACGAAACGCCACCGTTTACAGA
GATATTCGGTGAGCTCCACTTCAGGGAATCAGCTCATTCTTCTTTCGAGAAAACCTCATC
AGAGAACAGTAGCTTGCAGCTGTGTACTGAAGGTCTAGGGTCAGAGAGCTATTACGACTT
GGAAGATGGGAAAGTCAACTGTGACGGTAACGGAGAAGAAGATGATAATCATGAGACCGA
AGTGATGAAGGGTAAAGATAACGGAAGCAGCAATGAGGAGTGTGGACCATGGAGGAAAGA
ACGGAGAGAGTACCCTCCACCGATGACAAGGATGAGTTTCAAGACGTATAGAGAAGAAGG
GAGGCTTGTGTTGGAAGAAGTTAGAATTCCAAAGAGAGAGTTTCTTCTAGCCAGCCGTGA
AGACGGTAGACTCAAGCTGAAGTTGGTTCAACCAGAGGATGAGGATGAAGATGAGGACGA
GTACGAAGAAGAGAAGAAAGATAAACTGGTTTGACTGATTATCTGCGAAATAATTTTGCT
GATTATGTGGAAGTTAATCCGCTATTCCATACTATTAATGACAATTATGATTGTTAGAAC
CTTCTTTAGCATTCAAGAAGGATTTTGTAGTTAAATTAAGCTTATATCTCTAAATCACTA
CCATTCTAC

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL7493Contig1 628 2 2 U
GCATCAAAAAGCTAGCGGATGAAGTGTTCTCCATTGTTGGAAGGGATCCTCTTATTGAAG
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CGTTGGATGATCCTGACACCAAGATCATGAGGCCACAACAGGTGTACACGGGAGTGTGGC
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AGGTCCATATCATACAACACACTGAACCACAAAGAATAAGACAGAGTTCTCTAGCCAAAC
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TTTTGTATTCACAAATGATTCTGGTGGAGCCAGAGCTCTTTGGAACATTCAATAAACAAA
ATATACTTGATTACTGTTTGTTGGTGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC34JQ C 1
AF RR3DC34TF U 1
BS 1 616 RR3DC34TF
BS 617 628 RR3DC34JQ

RD RR3DC34JQ 628 0 0
GCATCAAAAAGCTAGCGGATGAAGTGTTCTCCATTGTTGGAAGGGATCCTCTTATTGAAG
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TCTTCACCGTCTTGTTTGCTATTCCTCGCATGGCTGGATACTTGTCTCACTGGAAAGAGT
CGTTGGATGATCCTGACACCAAGATCATGAGGCCACAACAGGTGTACACGGGAGTGTGGC
TGAGGCACTACACACCAGTTAGAGAGAGGATGGTGACGGATGAGTCGAAGGAGTCAGACA
AGTTGGGTCAAGTCTCGACTTCTAATGCATCAAGAAGACGTTTGGCTGGATCTTCAGCTT
AGGTCCATATCATACAACACACTGAACCACAAAGAATAAGACAGAGTTCTCTAGCCAAAC
GGAAAGACAGTCTCGAGTCTGTGATAAGACCACACTCCAAAACAAAATAAAGAATTTCTC
TTTTGTATTCACAAATGATTCTGGTGGAGCCAGAGCTCTTTGGAACATTCAATAAACAAA
ATATACTTGATTACTGTTTGTTGGTGTT

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3DC34TF 616 0 0
GCATCAAAAAGCTAGCGGATGAAGTGTTCTCCATTGTTGGAAGGGATCCTCTTATTGAAG
TAGCCGTTGCTCTGGAGAAGGCAGCTCTTTCGGATGATTACTTTGTTAAGAGAAAGCTTT
ATCCAAATGTTGATTTCTACTCTGGACTAATATACAGGGCAATGGGGTTTCCACCAGAGT
TCTTCACCGTCTTGTTTGCTATTCCTCGCATGGCTGGATACTTGTCTCACTGGAAAGAGT
CGTTGGATGATCCTGACACCAAGATCATGAGGCCACAACAGGTGTACACGGGAGTGTGGC
TGAGGCACTACACACCAGTTAGAGAGAGGATGGTGACGGATGAGTCGAAGGAGTCAGACA
AGTTGGGTCAAGTCTCGACTTCTAATGCATCAAGAAGACGTTTGGCTGGATCTTCAGCTT
AGGTCCATATCATACAACACACTGAACCACAAAGAATAAGACAGAGTTCTCTAGCCAAAC
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TTTTGTATTCACAAATGATTCTGGTGGAGCCAGAGCTCTTTGGAACATTCAATAAACAAA
ATATACTTGATTACTG

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

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TACCATCGTTGGGACG


BQ
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AF RR3CJ92JQ C 1
AF RR3CJ92TF U 1
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QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3CJ92TF 616 0 0
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CAGGAGGCTGCTACTGGGGGAATCGTGGTTAGTGAGGGGAATGTTGAAGAGCTGCCGGTA
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TACCATCGTTGGGACG

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL7495Contig1 498 2 1 U
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BQ
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AF RR3DI54JQ C 1
AF RR3DI54TF U 1
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QA 1 498 1 498
DS 

RD RR3DI54TF 498 0 0
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GATATAATCTATGAATCC

QA 1 498 1 498
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3EY48TF U 1
AF RR3EY48JQ C 1
BS 1 616 RR3EY48TF
BS 617 711 RR3EY48JQ

RD RR3EY48TF 616 0 0
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TCATAATGTTCCTCTAACAAACATCTTCGTCTGTTCTTCATCTCTTCTTCACCATTTACT
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TCTTTTTGTTGGCTTGCATGTTTGATTTTGGAGGTCTTAAGCTAAAGCTCCAGATCTGTT
TCAGATCTGTTTAGATTTAGCTTGTTTTAAGGTTAGAGCCCCGAATCTGTAAGATTAACG
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AAATCTGATATTGGTGGAAGTATTTCAGTTCGCTCCATGTCTTCACTCCAGAGGTATCTG
GTTCGTCGCCTCTTCTTCAAAGAACAGCTTGGAATATTGGTGTTATGTTGCTTAGGAGCA
TTTCTTCCTCTTCGTTTTTGTTGTCGGCTCTTAATCTTATTTTTTCGGTTTCTCCATCAT
TATCATTATGTTTTTAGTTTAAGTTTGTGATAATATGCTTCATTTGTCTGGGTTTTGGTT
CTGGAGAACTTGTTCA

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3EY48JQ 711 0 0
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TCATAATGTTCCTCTAACAAACATCTTCGTCTGTTCTTCATCTCTTCTTCACCATTTACT
GACTCTTGCCGCTTCCTCATGGCTGGAGTCGGATTTAGTTTCTTGTTTTTTCTTTAGTGT
TCTTTTTGTTGGCTTGCATGTTTGATTTTGGAGGTCTTAAGCTAAAGCTCCAGATCTGTT
TCAGATCTGTTTAGATTTAGCTTGTTTTAAGGTTAGAGCCCCGAATCTGTAAGATTAACG
GCTTGGTGTTGTGTCTTCTAAGTTGCATGCACTTTATCTCTGCTGTTGGTGTCTTTGGTC
AAATCTGATATTGGTGGAAGTATTTCAGTTCGCTCCATGTCTTCACTCCAGAGGTATCTG
GTTCGTCGCCTCTTCTTCAAAGAACAGCTTGGAATATTGGTGTTATGTTGCTTAGGAGCA
TTTCTTCCTCTTCGTTTTTGTTGTCGGCTCTTAATCTTATTTTTTCGGTTTCTCCATCAT
TATCATTATGTTTTTAGTTTAAGTTTGTGATAATATGCTTCATTTGTCTGGGTTTTGGTT
CTGGAGAACTTGTTCAGTCGGCTTAGATTTCGAATTATTCTGGTGTTGTTTTATCCAATA
ATGTATCTCTTTGTTAATGTTGATTGTTTAATTCAAGTATCTTTCAGTGTT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

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TTATTTTGTATTGTCCTGGTTTTACTTGGTAGTTTTCACGAAGATGATGCGCGGGGACCA
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AAGATCAAAGTGGATTGTGATGCGATTTGTAAACCCAAACGCCGTCTTTAATTTTCCAGA
AGAAATGTTCTATAATTATATATTTCAAATAATTCCGTACTTCTATTATTCTAATATTCT
AATTAAGTAATAAATAACAAATCCTGCTATACAGGAACAACTAGTGTTGTCTGCTAAAAG
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CAAGTGTATTTAATAAATCTATATATGTTTTAGTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G867JQ C 1
AF RR3G867TF U 26
BS 1 25 RR3G867JQ
BS 26 458 RR3G867TF

RD RR3G867JQ 458 0 0
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TTATTTTGTATTGTCCTGGTTTTACTTGGTAGTTTTCACGAAGATGATGCGCGGGGACCA
TATTGCTATAGAGAAACTAATACTAGATGGTGTTGCACTGCACAACCAAAACAGTGCCGA
AAGATCAAAGTGGATTGTGATGCGATTTGTAAACCCAAACGCCGTCTTTAATTTTCCAGA
AGAAATGTTCTATAATTATATATTTCAAATAATTCCGTACTTCTATTATTCTAATATTCT
AATTAAGTAATAAATAACAAATCCTGCTATACAGGAACAACTAGTGTTGTCTGCTAAAAG
ACTTATATATTTCTTCGAATTGTTCAATTTTTTTTTCTTTGGTTTATGTCTTACTTTCTG
CAAGTGTATTTAATAAATCTATATATGTTTTAGTTACG

QA 1 458 1 458
DS 

RD RR3G867TF 433 0 0
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TTTGTAAACCCAAACGCCGTCTTTAATTTTCCAGAAGAAATGTTCTATAATTATATATTT
CAAATAATTCCGTACTTCTATTATTCTAATATTCTAATTAAGTAATAAATAACAAATCCT
GCTATACAGGAACAACTAGTGTTGTCTGCTAAAAGACTTATATATTTCTTCGAATTGTTC
AATTTTTTTTTCTTTGGTTTATGTCTTACTTTCTGCAAGTGTATTTAATAAATCTATATA
TGTTTTAGTTACG

QA 1 433 1 433
DS 



AS 1 2

CO CL7499Contig1 884 2 6 U
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AGAAAGCTGAAACCACTAACAAGGAACTGAAAGAGGAGAAAGAGACTGTTTCGGGATTGG
AGAAAGAGGTGAAAGCAATGGAGAAGCAGATGTCGATGGACAGGGAAGCCATGAAATCCC
TTGAGACAGACCTGGAAGATGCAGTTAAGTCTTTAGATGAGATGAACAAGAACACAACGA
CACTTTCACGAGAGCTCCAGAAGGTGAATACCGATGTCTCTAGCTTGGAAGACGAGAAAG
AAGTGCTTCAAAGATCACTAGAAGAGGCAAAGAAGGCGTCAAAGGAAGCTAAAGCAAACG
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AAGTGAAGAAACTGGAGGAAGACTTGGGCTCTGCAAAGGGAGAGATACTGCGCATGAGGA
GCCAGCAGGATTCTGTAAAAGCTGTGAATAGTTCGGATGATGAAGAGAAGAGTGATGATA
AGGTTACTGCAAAGAAAGTTGTCAGGAGGAGAAAGAGCAGCACCAGTTCTTGAAAGAGAC
AAAAGGTTATATAATGACCAAAACTTGCTTCTTATCATATATAACTCTAATCCATTACTT
GTAGCCAGTTTTAAATTTGTGTAAATCTTGAGAAGAGTGAGAAGTTTAATTCATAAGCGA
TATGTTAAAGTTGAAAATTACATTTATTTATACAATTTAGCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK28TF U 1
AF RR3EK28JQ C 54
BS 1 608 RR3EK28TF
BS 609 609 RR3EK28JQ
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RD RR3EK28TF 682 0 0
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AGAAAGAGGTGAAAGCAATGGAGAAGCAGATGTCGATGGACAGGGAAGCCATGAAATCCC
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AG*TTACTGCAAAGAAAGTTGT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3EK28JQ 831 0 0
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GGTTGAAGAGTCTTCTGTCAAGAACCAGAGCCTCCAGAAGGAGCTAGTGGAGATTTACAA
GAAAGCTGAAACCACTAACAAGGAACTGAAAGAGGAGAAAGAGACTGTTTCGGGATTGGA
GAAAGAGGTGAAAGCAATGGAGAAGCAGATGTCGATGGACAGGGAAGCCATGAAATCCCT
TGAGACAGACCTGGAAGATGCAGTTAAGTCTTTAGATGAGATGAACAAGAACACAACGAC
ACTTTCACGAGAGCTCCAGAAGGTGAATACCGATGTCTCTAGCTTGGAAGACGAGAAAGA
AGTGCTTCAAAGATCACTAGAAGAGGCAAAGAAGGCGTCAAAGGAAGCTAAAGCAAACGT
GGAAGACGCACACAACGTTGTGATAAGTCTAGGAAAAGAGAGGGAAGTGCTGGAAAAGAA
AGTGAAGAAACTGGAGGAAGACTTGGGCTCTGCAAAGGGAGAGATACTGCGCATGAGGAG
CCAGCAGGATTCTGTAAAAGCTGTGAATAGTTCGGATGATGAAGAGAAGAGTGATGATAA
GGTTACTGCAAAGAAAGTTGTCAGGAGGAGAAAGAGCAGCACCAGTTCTTGAAAGAGACA
AAAGGTTATATAATGACCAAAACTTGCTTCTTATCATATATAACTCTAATCCATTACTTG
TAGCCAGTTTTAAATTTGTGTAAATCTTGAGAAGAGTGAGAAGTTTAATTCATAAGCGAT
ATGTTAAAGTTGAAAATTACATTTATTTATACAATTTAGCATC

QA 9 831 9 831
DS 



AS 1 2

CO CL7500Contig1 759 2 19 U
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AGTCCAAGTATGAAAAAGAAAGAAAGAAAGTGTGCTCATTAAGCGGTAATAATACCGGCT
AAAACATCACTCTTCCCTCTCGCATAAATCGTATACACCAAACGGATCGCATCCAGCCAT
CCATCCAACGCCTCCCATGAATCTGCTACCAAGTAAACTGGACCATGAACGGTATCAATG
CAGAGACCAGCACCAGGAGGCAGAGTCAGATCAGCACATGTCGTCACTGACACTATCTCT
GTTATGTTCACTTTTACCGTCTTCTTCTCCACGTTCGTGCTCATTGCCTCTGCTTTTCCA
GACAGGTTTCTCCCCATTTCTCTTGCTTCAGGTTTCAGTACCTGAAGAAGCCTCTCGTGA
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AAAGCACTGCTGTAAACCGAATAACTTGGCTTCAACGAATGAGCTACAGCGATGTAGATG
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CTAAGTGTGTCTTCTGCTAATCCATACAGAACGGTTCCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3F894JQ U 37
AF RR3DY32JQ U 1
BS 1 82 RR3DY32JQ
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RD RR3F894JQ 672 0 0
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TATGATTTTTAAAAACAAGGAGAGAGTCCAAGTATGAAAAAGAAAGAAAGAAAGTGTGCT
CATTAAGCGGTAATAATACCGGCTAAAACATCACTCTTCCCTCTCGCATAAATCGTATAC
ACCAAACGTATCGCATCCAGCCATCCATCCAACGCCTCCCATGAATCTGCTACCAAGTAA
ACTGGACCATGAACGGTATCAATGCAGAGACCAGCACCAGGAGGCAGAGTCAGATCAGCA
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GTGCTCATTGTCTCTGCTTTTCCAGACAGGTTTCTCCCCATTTCTCTTGCTTCAGGTTTC
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TTTCCGTTTCCT

QA 1 672 1 672
DS 

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AGTCCAAGTATGAAAAAGAAAGAAAGAAAGTGTGCTGATTAAGCGGTAATGATACCGGCT
AAAACATCACTCTTCCCTCTCGCATAAATCGTATACACCAAACGGATCGCATCCAGCCAT
CCATCCAACGCCTCCCATGAATCTGCTACCAAGTAAACTGGGCCATGAACTGTATCAATG
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GTTATGTTCACTTTTACCGTCTTCTTCTCCACGTTCGTGCTCATTGCCTCTGCTTTTCCT
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QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

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AATATTTCATTTATAC


BQ
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AF RR3CD16JQ C 1
AF RR3CD16TF U 1
BS 1 616 RR3CD16TF

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GCTGCTAAGGGATCTTCCAACAGCTATGCTATCAAGAAGAAAGATGAGATTGAGAGAGTT
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TAGTGAAGTTTTGACGGTTTAAACCACTTTTTATCTTGATCAAATGGTTTCATATTTAAG
AATATTTCATTTATAC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3CD16TF 616 0 0
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GGCAGGAACAACGGTAAGAAGTTGATGGCTGTGAGGATCATCAAGCACGCCATGGAGATT
ATCCACCTCTTGACTGACGCCAACCCCATTCAAGTCATCATTGACGCCATTGTTAACAGT
GGTCCACGTGAAGATGCTACCAGGATTGGATCTGCTGGTGTGGTTAGGAGGCAGGCTGTT
GATATCTCTCCTCTAAGACGTGTGAACCAAGCTATCTTCTTGCTCACCACCGGTGCACGT
GAAGCTGCCTTCAGAAACATCAAGACAATCGCTGAGTGTCTTGCTGATGAGCTCATCAAT
GCTGCTAAGGGATCTTCCAACAGCTATGCTATCAAGAAGAAAGATGAGATTGAGAGAGTT
GCCAAGGCCAACCGTTAAGGGATCTTCTTTTGTCCTGAGTTTGCATTGTATTTCAAAGAC
CTTTGTTGTGCTGCTTTCCTTAGCTTTTGGGTATGTTTCAAACGATGCTTGTCTTATCTT
TAGTGAAGTTTTGACGGTTTAAACCACTTTTTATCTTGATCAAATGGTTTCATATTTAAG
AATATTTCATTTATAC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL7502Contig1 919 2 10 U
TTTTTGATAACAATGGCTGGTGGTACAGCTTTGACTCCAACCTCTGTAGGATCTAAGTCA
CTACTTCCATTGAGAAACCAAGAAGCAGCAGAGAGAGTCAATAACAACAACAACCTGAAA
GCATTACCCAAAGAGGTCCAACCGGTTTCATCAATTGAAGGAGGGATGGTTAAAAGGCCA
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CTTTATCAGATTTTGCAAGAAGGAAACAGAGAGGACTCTGCATACTCAGTGCCAATGGTT
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GATAAGTAATTTGTTAACG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BM19TF U 1
AF RR3BM19JQ C 120
BS 1 708 RR3BM19TF
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BS 743 763 RR3BM19TF
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BS 765 777 RR3BM19TF
BS 778 919 RR3BM19JQ

RD RR3BM19TF 777 0 0
TTTTTGATAACAATGGCTGGTGGTACAGCTTTGACTCCAACCTCTGTAGGATCTAAGTCA
CTACTTCCATTGAGAAACCAAGAAGCAGCAGAGAGAGTCAATAACAACAACAACCTGAAA
GCATTACCCAAAGAGGTCCAACCGGTTTCATCAATTGAAGGAGGGATGGTTAAAAGGCCA
AGAGGTAGACCAGCTGGCTCCAAGAACAAACCAAAACCACCATCATTGTGACTCAGGACA
GTCCAAACTCCCTCAGAGCTCATGCCGTTGAGATAAGCTCAGGTAATGACATCTGTGAGG
CTTTATCAGATTTTGCAAGAAGGAAACAGAGAGGACTCTGCATACTCAGTGCCAATGGTT
GCGTCACTAACGTGACATTAAGGCAGCCAGCTTCATCAGGAGCTATTGTGACATTACACG
GACGTTTCGAGATCCTCTCATTGCTAGGATCAGTCTTGCCTCCACTAGCACCGCTTGGGA
TCACTGGTTTCACCATTTACTTAGCCGGGCATCAAGGACAGGTTGTTGGTGGAGGAGTGG
TTGGTGGGCTAATAGCATCTGGTCCTGTTGTTATCATGACTGCATCATTCATGAACGCTG
TGTTTGATCGTCTTCCCCTGGATGATGATGAAGCTGCTTCTATGCAGCAGAACCAGCAGT
ACTACCAGAATGGAAGAGCCCGTCCTTTAGATGGCGGCATTCATGGAT*ACCTCAAA*CC
TGCTCACTAATGGGAACTCAG*CTCTGATATATACCATTGGGG*CCTACGCAGCGTG

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3BM19JQ 800 0 0
AAGCA
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GTAGACCAGCTGGCTCCAAGAACAAACCAAAACCACCATCATTGTGACTCAGGACAGTCC
AAACTCCCTCAGAGCTCATGCCGTTGAGATAAGCTCAGGTAATGACATCTGTGAGGCTTT
ATCAGATTTTGCAAGAAGGAAACAGAGAGGACTTTGCATACTCAGTGCCAATGGTTGCGT
CACTAACGTGACATTAAGGCAGCCAGCTTCATCAGGAGCTATTGTGACATTACACGGACG
TTTCGAGATCCTCTCATTGCTAGGATCAGTCTTGCCTCCACTAGCACCGCTTGGGATCAC
TGGTTTCACCATTTACTTAGCCGGGCATCAAGGACAGGTTGTTGGTGGAGGAGTGGTTGG
TGGGCTAATAGCATCTGGTCCTGTTGTTATCATGACTGCATCATTCATGAACGCTGTGTT
TGATCGTCTTCCCCTGGATGATGATGAAGCTGCTTTTATGCAGCAGAACCAGCAGTACTA
CCAGAATGGAAGAGCCCGTCCTTTAGATGGCGGCATTCATGGATTACCTCAAAACCTGCT
CACTAATGGGAACTCAGGCTTTGATATATACCATTGGGGGCCTACGCAGCGTGTCATGTC
CAAGCCTTAATATTGCTAATAAAATTAGAGGGGGAACCATAAGTTACCTGAAACTAATCT
TCCTCTCCTCTGTAGTTTGTGTACCTGAAACATTACAAAGAAGAAACTAAAACAAAGATA
AGTAATTTGTTAACG

QA 6 800 6 800
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7504Contig1 770 2 2 U
TCTCCTCTTCCGCCACGTCATCATACGAATCCGAGAGTCACGACATTTCTCCTGAATTGT
CCGCCGCTTTCGCTTCCCGTCGCTTCTTCTTCTCTTCTCCTGGCCGATCAAATGCAATAA
CCGACTCACCGGAAACACGGTCAAGAGAACTCTCTGATAATAGCGACACTGCCGCTATCA
ACACAACAAAGAAAAAGAGCTACGACACTACCGTGAATACCACGAGGCTTCTAACCGGAG
GTTCCGCCGTGAAACAACACGTATACTCACCGGATCCGTTAACCTACTTCCGACAATCAA
TGCAGGATATGATTGATGCCGCCATTGTCGCCGGCGATCTTAGCCATCCCGACGACGGTT
ATGATTACTTGAACGAGCTGCTTCTCAGTTATTTAGCGTTGAATCCAACCGACATGCACA
AGTTCATCATAAGGGCTTTCTCCGACACCATGGTCTCACTCTTGTCGGAAGAACGTCGGA
TGTGATGACGCAGCGGCCGCCTAGATTAAAAAAAATGATCGTGTAATAAACGACCCACGT
GATTTTATTAATTAAGTCGATGGACCTAACATTTTTTTTACATTATCGTCTTCAAGGAAG
AGAAACCATCTCAGAAAACTACTGACAGATTTATCTTTATTTCCTTTTTTTGTATTTTGT
ATGTGTTTGTTAAATAAACCTCAGTTTCGTAACAGAGGTAAATTAATGTTTTTGCATGCA
TTTACGACCGAATGCCAAATGTAATTATTATGTAACGATATTTGATTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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AF RR3FR49TF U 1
AF RR3FR49JQ C 56
BS 1 683 RR3FR49TF
BS 684 770 RR3FR49JQ

RD RR3FR49TF 683 0 0
TCTCCTCTTCCGCCACGTCATCATACGAATCCGAGAGTCACGACATTTCTCCTGAATTGT
CCGCCGCTTTCGCTTCCCGTCGCTTCTTCTTCTCTTCTCCTGGCCGATCAAATGCAATAA
CCGACTCACCGGAAACACGGTCAAGAGAACTCTCTGATAATAGCGACACTGCCGCTATCA
ACACAACAAAGAAAAAGAGCTACGACACTACCGTGAATACCACGAGGCTTCTAACCGGAG
GTTCCGCCGTGAAACAACACGTATACTCACCGGATCCGTTAACCTACTTCCGACAATCAA
TGCAGGATATGATTGATGCCGCCATTGTCGCCGGCGATCTTAGCCATCCCGACGACGGTT
ATGATTACTTGAACGAGCTGCTTCTCAGTTATTTAGCGTTGAATCCAACCGACATGCACA
AGTTCATCATAAGGGCTTTCTCCGACACCATGGTCTCACTCTTGTCGGAAGAACGTCGGA
TGTGATGACGCAGCGGCCGCCTAGATTAAAAAAAATGATCGTGTAATAAACGACCCACGT
GATTTTATTAATTAAGTCGATGGACCTAACATTTTTTTTACATTATCGTCTTCAAGGAAG
AGAAACCATCTCAGAAAACTACTGACAGATTTATCTTTATTTCCTTTTTTTGTATTTTGT
ATGTGTTTGTTAAATAAACCTCA

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3FR49JQ 715 0 0
ATTGTCCGCCGCTTTCGCTTCCCGTCGCTTCTTCTTCTCTTCTCCTGGCCGATCAAATGC
AATAACCGACTCACCGGAAACACGGTCAAGAGAACTCTCTGATAATAGCGACACTGCCGC
TATCAACACAACAAAGAAAAAGAGCTACGACACTACCGTGAATACCACGAGGCTTCTAAC
CGGAGGTTCCGCCGTGAAACAACACGTATACTCACCGGATCCGTTAACCTACTTCCGACA
ATCAATGCAGGATATGATTGATGCCGCCATTGTCGCCGGCGATTTTAGCCATCCCGACGA
CGGTTATGATTACTTGAACGAGCTGCTTCTCAGTTATTTAGCGTTGAATCCAACCGACAT
GCACAAGTTCATCATAAGGGCTTTTTCCGACACCATGGTCTCACTCTTGTCGGAAGAACG
TCGGATGTGATGACGCAGCGGCCGCCTAGATTAAAAAAAATGATCGTGTAATAAACGACC
CACGTGATTTTATTAATTAAGTCGATGGACCTAACATTTTTTTTACATTATCGTCTTCAA
GGAAGAGAAACCATCTCAGAAAACTACTGACAGATTTATCTTTATTTCCTTTTTTTGTAT
TTTGTATGTTTTTGTTAAATAAACCTCAGTTTCGTAACAGAGGTAAATTAATGTTTTTGC
ATGCATTTACGACCGAATGCCAAATGTAATTATTATGTAACGATATTTGATTTTC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL7505Contig1 625 2 2 U
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TATAAACCCTATGAAGCAGGTAGCCTAGCCTATCCTTAAGCTAAGAGGAGCAAAAACAAT
TGGTGGAAAAACTCTCTCAAAGTACTTAAAAGCCATGGAGCCAAACACTAAGCTTGTCTT
TATTACCTTGGTTCTTGCCTTGGCACTCACGGCAGCAACCGCACAGTTCTGCGGCATGTC
TGTTGCTGATCTGTACTCTTGCAAGCCGTATGTGCAGACTAAGAACCCATTGACCACGGC
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CAAGCAGAAAACCAAAACCAATCCGTTTCTCAGTGGGATTGACCTTGACCTAGCTTCTAA
ACTCCCGGAGATGTGTGGTTTATCTACGGCAACTTGCTAAGACAAGATTTTTCTTTGTGT
TTTGATTTTCTTCATGAGTCCATTGTTTTTGTACTTGGTTTCTGTTGTTGTTCTTTGTTG
GCTTGTTGTTTCAGTTGTTGACTTAACTGAATTGTATCGCTATTGCTTGATTTCTTCAAA
ATAATAAAACGAAAAAAGATATTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CO80JQ C 1
AF RR3CO80TF U 1
BS 1 616 RR3CO80TF
BS 617 625 RR3CO80JQ

RD RR3CO80JQ 625 0 0
GGATCATAAATTTGTAGATCTAACCTCAGCAGTAACGTGCCTATCCTCTCTCCCTATCTA
TATAAACCCTATGAAGCAGGTAGCCTAGCCTATCCTTAAGCTAAGAGGAGCAAAAACAAT
TGGTGGAAAAACTCTCTCAAAGTACTTAAAAGCCATGGAGCCAAACACTAAGCTTGTCTT
TATTACCTTGGTTCTTGCCTTGGCACTCACGGCAGCAACCGCACAGTTTTGCGGCATGTC
TGTTGCTGATCTGTACTCTTGCAAGCCGTATGTGCAGACTAAGAACCCATTGACCACGGC
CATAGATCCCAAGGGTCCTTGCTGCACTGCCCTCTCTGGGGCAGACTTCCAGTGTCTGTG
CAAGCAGAAAACCAAAACCAATCCGTTTCTCAGTGGGATTGACCTTGACCTAGCTTCTAA
ACTCCCGGAGATGTGTGGTTTATCTACGGCAACTTGCTAAGACAAGATTTTTCTTTGTGT
TTTGATTTTCTTCATGAGTCCATTGTTTTTGTACTTGGTTTCTGTTGTTGTTCTTTGTTG
GCTTGTTGTTTCAGTTGTTGACTTAACTGAATTGTATCGCTATTGCTTGATTTCTTCAAA
ATAATAAAACGAAAAAAGATATTCG

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3CO80TF 624 0 0
GGATCATAAATTTGTAGATCTAACCTCAGCAGTAACGTGCCTATCCTCTCTCCCTATCTA
TATAAACCCTATGAAGCAGGTAGCCTAGCCTATCCTTAAGCTAAGAGGAGCAAAAACAAT
TGGTGGAAAAACTCTCTCAAAGTACTTAAAAGCCATGGAGCCAAACACTAAGCTTGTCTT
TATTACCTTGGTTCTTGCCTTGGCACTCACGGCAGCAACCGCACAGTTCTGCGGCATGTC
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TTTGATTTTCTTCATGAGTCCATTGTTTTTGTACTTGGTTTCTGTTGTTGTTCTTTGTTG
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ATAATAAAACGAAAAA
GATATTCG

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

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AAAGAACACATTTGTCG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G408JQ C 1
AF RR3G408TF U 1
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DS 

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AAAGAACACATTTGTCG

QA 1 617 1 617
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3DE06TF U 1
AF RR3DE42TF U 1
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TATGCAAGCATGTCACCTATTGTTCACATCGTCGATGTTGGGTCTGGTACAACCGAGTCT
CATGCAAATGTTACGGAGATCCATGATGGATTAGACTTCTCTTCTGATGAAGATGGAGGC
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QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3DS23TF U 1
AF RR3DS23JQ C 605
BS 1 738 RR3DS23TF
BS 739 739 RR3DS23JQ
BS 740 766 RR3DS23TF
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BS 768 792 RR3DS23TF
BS 793 1235 RR3DS23JQ

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TGTCACAGAGGT
GAGTA

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DS 

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CACTGCAGAGGAGAATGCTCCCCAAGTCCGCGTCTGCGATAGGTGCATGGCAGAAGTGTC
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AGACCTCGCTAGGAAGTTACAGGAGGAAATGCAGAGAAACCGCAAGTCTTCCTCTGGTTC
GAGGGAAGGATCTGGTAGGCGGATGAAGGAAGTAGCTTGTCCAACATGCACAGTGCACTT
GCAGGTTCAGGTTCCATCCTCAGGATCAGAGACCATCGAGTGCGGGGTTTGCCAAAACCC
TTTCCTTGTTAGCTCGCATTGATCTTCCTTCCTACCCACCTGTTTTGCTCTTTGACATAT
ATTACCAATTAAACGTATGAGATTTGGGTCATTTGGTTACTGAATTGGGTTTGATCACCA
AAAATAAGTTGTTGGTTGTCTCATGTGGTTGTTGCTTCCCTTTTGTGTGTGTATATGAAA
GTCTTTTGAGTGATGGAACAGTGTTACCTTC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

CO CL7510Contig1 929 2 4 U
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TACATAGCTTCTTGGATTGTTAAAATTTTGCTCCTCCGTGGCTACACCGTCAGGGCTACC
GTTCGAAACCCAACGGACACGGCTAAAACAGAACATCTTCTTGCACTTGAGGGTGCAAAA
GAAAGACTTAAACTGTTCAAAGCAGATCTTCTGGAAGAGTGTTCCTTCGAGCAAGCAATC
GAAGGTTGTGACGCTGTCTTTCATACTGCTGCTCCGGTCAAGTACATTGTCACGGATCCT
CAGACTGAGCTAATAGATCCAATCGTGAAGGGTACTATCAACGTCCTTAACGCATGCAAG
AAAACTTCCTCCGTCAAAAGAGTCATTGTAACATCGTCCACTGCTGCGGTTCTTGTTCGT
CAACCCCCTTTGGAGCCAAATGACGTGGTTGACGAGTCTTTCTTCTCTGATCCAAGTGTC
TGCACCGAATTTAAGTTATGGTATCCACTCTCCAAAACCTTGGCAGAAAATGCAGCTTGG
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AAGAACCCTTTCAACTTCATAAACTACAGGTTTGTGGACGTGAGGGATGTTGCCTTGGCT
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AAAGTGTGTGTGGAGAAAGTGAGATCTGG


BQ
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AF RR3B618TF U 1
AF RR3CQ91TF U 133
BS 1 805 RR3B618TF
BS 806 806 RR3CQ91TF
BS 807 865 RR3B618TF
BS 866 929 RR3CQ91TF

RD RR3B618TF 865 0 0
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TACATAGCTTCTTGGATTGTTAAAATTTTGCTCCTCCGTGGCTACACCGTCAGGGCTACC
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CAGACTGAGCTAATAGATCCAATCGTGAAGGGTACTATCAACGTCCTTAACGCATGCAAG
AAAACTTCCTCCGTCAAAAGAGTCATTGTAACATCGTCCACTGCTGCGGTTCTTGTTCGT
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TGCACCGAATTTAAGTTATGGTATCCACTCTCCAAAACCTTGGCAGAAAATGCAGCTTGG
CAATTTGCTAAAGACAATGGAATGGACATGGTCATGATAATTCCAGGATTTGTAATCGGG
CCACTTTTGCCACCAACACTTAATTTTTCGGCTGGGTTCATTGTGGACATGATAAATGGT
AAGAACCCTTTCAACTTCATAAACTACAGGTTTGTGGACGTGAGGGATGTTGCCTTGGCT
CATGTCAAAGCGTTGGAGACTCCTTCGGCCAATGGCAGATACCTCATCGATGGACCAACA
AGTATGACGATAAACGACATTCAAA*GACTATACGTGCACTATTTCCAGATTTGGGTATT
GCTGATACGATTAATGGAGAAAGTG

QA 1 865 1 865
DS 

RD RR3CQ91TF 797 0 0
G
CGGACACGGCTAAAACAGAACATCTTCTTGCACTTGAGGGTGCAAAAGAAAGACTTAAAC
TGTTCAAAGCAGATCTTCTGGAAGAGTGTTCCTTCGAGCAAGCAATCGAAGGTTGTGACG
CTGTCTTTCATACTGCTGCTCCGGTCAAGTACATTGTCACGGATCCTCAGACTGAGCTAA
TAGATCCAATCGTGAAGGGTACTATCAACGTCCTTAACGCATGCAAGAAAACTTCCTCCG
TCAAAAGAGTCATTGTAACATCGTCCACTGCTGCGGTTCTTGTTCGTCAACCCCCTTTGG
AGCCAAATGACGTGGTTGACGAGTCTTTCTTCTCTGATCCAAGTGTCTGCATCGAATTTA
AGTTATGGTATCCACTCTCCAAAACCTTGGCAGAAAATGCAGCTTGGCAATTTGCTAAAG
ACAATGGAATGGACATGGTCATGATAATTCGAGGATTTGTAATCGGGCCACTTTTGCCAC
CAACACTTAATTTTTCGGCTGGGTTCATTGTGGACATGATAAATGGTAAGAACCCTTTCA
ACTTCATAAACTACAGGTTTGTGGACGTGAGGGATGTTGCCTTGGCTCATGTCAAAGCGT
TGGAGACTCCTTCGGCCAATGGCAGATACCTCATCGATGGACCAACAAGTATGACGATAA
ACGACATTCAAAAGACTATGCGTGCACTATTTCCAGATTTGGGTATTGCTGATACGATTA
ATGGAGAAAGTGTGATGAAAGATATCATGAAGAAAGAAATCATTTACAAAGTGTGTGTGG
AGAAAGTGAGATCTGG

QA 2 797 2 797
DS 



AS 1 2

CO CL7511Contig1 772 2 3 U
TGTGTCGTCTTGTGACCATGTTACAGAACAAGTTTGTTTTATTCACAAGCTTACTGATCA
CCAACGCTGCGAATACGTTTCTGCAGATGAACCAAACTAGCAACTCTACGCATCGACTCT
GTTCTGTTCATTTTGCACCCAGTCAAGGCCTTGCTTTTGTTGCCTGAGCTGATCTCCGGT
GTGGTCACTTGGACGCTTGTGTCTCAAGCTCGCTCAGGTGTGCTTGCTTTCTTCTCCTGG
ATCGTCTAGCTGATTCCCTGTTAGAGAGCATCCTTTTGACACGCTTAACATTGGTGGGGT
TCATACTAGTTTCACCATCAGCTTCTTCTTCATTACCAGAAAGCTCAGAACCACTTGTTA
TGGCACTGCTCACCACTGGTGTGGCTTTGGAAGAAGGTAGAGAGCCTTGTTCTGAAGCAG
TGGATGTATAAGCTCCACCATTCTCAGATCTACCAGAGGTATCTTGAGGTTTGATGAAAG
CTCCCCTTTTCATGGCGACAGCAGCACAAGCTAAGTTGAGTTTACTCTTAAGAAACTCTC
TGTATTCCTCGGAATCAACAGGAACACTCGGAGGAGGAGAAGGAGGTCCAGAGACGGAAA
CGCCATACGCTTCTGACTCTTGTATGAAGTGTTGCAATGCCCACTCGGAGTCACTACGGT
TCATCCCATTTCTCTCTTTCGAGGCCAGCTCCGACCAGAGATGGTTACCAGACATTTTCT
TGGTTTCAAACTTTTGTTCTTCTTCTTCTCTCTGCAAAAGTTTTCTTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH60JQ U 62
AF RR3BH60TF C 1
BS 1 61 RR3BH60TF
BS 62 684 RR3BH60JQ
BS 685 772 RR3BH60TF

RD RR3BH60JQ 623 0 0
CAACGCTGCGAATACGTTTCTGCAGATGAACCAAACTAGCAACTCTACGCATCGACTCTG
TTCTGTTCATTTTGCACCCAGTCAAGGCCTTGCTTTTGTTGCCTGAGCTGATCTCCGGTG
TGGTCACTTGGACGCTTGTGTCTCAAGCTCGCTCAGGTGTGCTTGCTTTCTTCTCCTGGA
TCGTCTAGCTGATTCCCTGTTAGAGAGCATCCTTTTGACACGCTTAACATTGGTGGGGTT
CATACTAGTTTCACCATCAGCTTCTTCTTCATTACCAGAAAGCTCAGAACCACTTGTTAT
GGCACTGCTCACCACTGGTGTGGCTTTGGAAGAAGGTAGAGAGCCTTGTTCTGAAGCAGT
GGATGTATAAGCTCCACCATTCTCAGATCTACCAGAGGTATCTTGAGGTTTGATGAAAGC
TCCCCTTTTCATGGCGACAGCAGCACAAGCTAAGTTGAGTTTACTCTTAAGAAACTCTCT
GTATTCCTCGGAATCAACAGGAACACTCGGAGGAGGAGAAGGAGGTCCAGAGACGGAAAC
GCCATACGCTTCTGACTCTTGTATGAAGTGTTGCAATGCCCACTCGGAGTCACTACGGTT
CATCCCATTTCTCTCTTTCGAGG

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3BH60TF 772 0 0
TGTGTCGTCTTGTGACCATGTTACAGAACAAGTTTGTTTTATTCACAAGCTTACTGATCA
CCAACGCTGCGAATACGTTTCTGCAGATGATCCAAACTAGCAACTCTACGCATCGACTCT
GTTCTGTTCATTTTGCACCCAGTCAAGGCCTTGCTTTTGTTGCCTGAGCTGATCTCCGGT
GTGGTCACTTGGACGCTTGTGTCTCAAGCTCGCTCAGGTGTGCTTGCTTTCTTCTCCTGG
ATCGTCTAGCTGATTCCCTGTTAGAGAGCATCCTTTTGACACGCTTAACATTGGTGGGGT
TCATACTAGTTTCACCATCAGCTTCTTCTTCATTACCAGAAAGCTCAGAACCACTTGTTA
TGGCACTGCTCACCACTGGTGTGGCTTTGGAAGAAGGTAGAGAGCCTTGTTCTGAAGCAG
TGGATGTATAAGCTCCACCATTCTCAGATCTACCAGAGGTATCTTGAGGTTTGATGAAAG
CTCCCCTTTTCATGGCGACAGCAGCACAAGCTAAGTTGAGTTTACTCTTAAGAAACTCTC
TGTATTCCTCGGAATCAACAGGAACACTCGGAGGAGGAGAAGGAGGTCCAGAGACGGAAA
CGCCATACGCTTCTGACTCTTGTATGAAGTGTTGCAATGCCCACTCGGAGTCACTACGGT
TCATCCCATTTCTCTCTTTCGAGGCCAGCTCCGACCAGAGATGGTTACCAGACATTTTCT
TGGTTTCAAACTTTTGTTCTTCTTCTTCTCTCTGCAAAAGTTTTCTTCTTCC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL7512Contig1 1119 2 2 U
GCTGCTAACTTCCCTGTGAAGGAAGAAGTTCCATCAGGGAACTTGGAGTTCATGAGGAAG
AGGAAGCCAAACAGAGATCTCAACACTCTAATGGACAGAACGATCTTCACCTGCGAGAAC
ACTGGGTGTGCGCATGGCGATGTCAGCCGTGGTTTTCTGGATAGGAACTCGAGAGACAAC
CATCAGTTTGTTTGTCCACATCGAGACACCTGCTTACCCTATGGAGCAGCAGTAGCGGCA
GCACCGTCCAGGTTCCATGTTAACGAAGTTAAACCTGTCGTTGGCTTCTCTCAGCCAAGG
CCAGTGAACTCGGTTTCCCAGCCAATTGACTTAACCGGTATTGGAGTTCCTGAAGATGGA
CAGAAGATGATCTCAGAGCTCATGTCCATGTACGACAGAAACGTCCAGAGCAACCAAAAC
CAAACTGTCATGGAGAATCATGGCGTGTCGCTGCTTCAACCAACGGTTCAGAATCATCAA
GAACATCTTCAGTTCCAAGGAAACATGGTGGAAGGAAGCTTCTTTGAAGACTTGAACATA
CCAAACAGAGTCAACAACAACAACAACGGTAGCAACCAAGCGTTCTTCCAAGGGAACAAC
AACACTAGCAACCACCAAACGTTTTTCCAAGGGAACAACAACAATGGGTTCAAGTACGAC
ACTGCACACACCAACAACAGCTTCGAAGCTGCGCATAACAACAGTAGCAGCAACAGGTTT
CAGCTTGTGTTTGATTCTCCACCGTTTGATATGGCCTCATTCGATTACAGAGATGATATG
TCAATGCCGGGAACGATGGATGCTATGCAGCAGCAGAAGCAGCAAGATGTATCCATATGG
TTTTAAGTCTTGGGGGAATAGATTTCAACTCCTCTTTATTTTTATCTCTTGTGTTCTTCT
TACATTCACTCTCTACAATGTAATATTTTTCTGGGTCTGTCTCTCTGTCTCCTCGCTTGT
AATGTGTTTGTAAGAGTCTCTGAAACTCTGTTACTGTGTGTGTCTTGTTCTCGCCCTGGC
GAAACTCTCTTGTCGTCGGCTTCTTTTAGTTTATACACCCCATACTCGGGGGACGAACAT
AATGTAAGTTTTCATATTTTATAAATATAATTTGGAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EF34TF U 1
AF RR3EF34JQ C 354
BS 1 627 RR3EF34TF
BS 628 1119 RR3EF34JQ

RD RR3EF34TF 627 0 0
GCTGCTAACTTCCCTGTGAAGGAAGAAGTTCCATCAGGGAACTTGGAGTTCATGAGGAAG
AGGAAGCCAAACAGAGATCTCAACACTCTAATGGACAGAACGATCTTCACCTGCGAGAAC
ACTGGGTGTGCGCATGGCGATGTCAGCCGTGGTTTTCTGGATAGGAACTCGAGAGACAAC
CATCAGTTTGTTTGTCCACATCGAGACACCTGCTTACCCTATGGAGCAGCAGTAGCGGCA
GCACCGTCCAGGTTCCATGTTAACGAAGTTAAACCTGTCGTTGGCTTCTCTCAGCCAAGG
CCAGTGAACTCGGTTTCCCAGCCAATTGACTTAACCGGTATTGGAGTTCCTGAAGATGGA
CAGAAGATGATCTCAGAGCTCATGTCCATGTACGACAGAAACGTCCAGAGCAACCAAAAC
CAAACTGTCATGGAGAATCATGGCGTGTCGCTGCTTCAACCAACGGTTCAGAATCATCAA
GAACATCTTCAGTTCCAAGGAAACATGGTGGAAGGAAGCTTCTTTGAAGACTTGAACATA
CCAAACAGAGTCAACAACAACAACAACGGTAGCAACCAAGCGTTCTTCCAAGGGAACAAC
AACACTAGCAACCACCAAACGTTTTTC

QA 1 627 1 627
DS 

RD RR3EF34JQ 766 0 0
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CCAAAACCAAACTGTCATGGAGAATCATGGCGTGTCGCTGCTTCAACCAACGGTTCAGAA
TCATCAAGAACATCTTCAGTTCCAAGGAAACATGGTGGAAGGAAGCTTCTTTGAAGACTT
GAACATACCAAACAGAGTCAACAACAACAACAACGGTAGCAACCAAGCGTTCTTCCAAGG
GAACAACAACACTAGCAACCACCAAACGTTTTTCCAAGGGAACAACAACAATGGGTTCAA
GTACGACACTGCACACACCAACAACAGCTTCGAAGCTGCGCATAACAACAGTAGCAGCAA
CAGGTTTCAGCTTGTGTTTGATTCTCCACCGTTTGATATGGCCTCATTCGATTACAGAGA
TGATATGTCAATGCCGGGAACGATGGATGCTATGCAGCAGCAGAAGCAGCAAGATGTATC
CATATGGTTTTAAGTCTTGGGGGAATAGATTTCAACTCCTCTTTATTTTTATCTCTTGTG
TTCTTCTTACATTCACTCTCTACAATGTAATATTTTTCTGGGTCTGTCTCTCTGTCTCCT
CGCTTGTAATGTGTTTGTAAGAGTCTCTGAAACTCTGTTACTGTGTGTGTCTTGTTCTCG
CCCTGGCGAAACTCTCTTGTCGTCGGCTTCTTTTAGTTTATACACCCCATACTCGGGGGA
CGAACATAATGTAAGTTTTCATATTTTATAAATATAATTTGGAGCG

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL7513Contig1 883 2 2 U
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AAGCAAACATAAAATAATGAAGAAGGTAGCAGAATTCGTGAAGGATATAGTAAACATGTT
GAAGAGGAAGACAAGAGCGTTTAAGACACGTCTCGTAATATTCTCGCTGCTCCACGACAG
AAACATGATGGTGAGCTCGTGGTCTCACAAGCTTAAGGCCAAACCAACATCAAGGAAGCT
AGGGGGTAAAGATCATGAACAAGATCAAAACATGGTGGTGGTTTATAGCCACAACGCCTT
CTCCCGCACTCCTGCTGCCTCTCCAAAATATGTTCAATATTCTGAAGAAGAAGAAGAAGA
GGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAAAGTATCCAGACCTGAGACACTCGCTTTTTGAGGC
AGAGGGTTCCGTGATAGACATGGTGAAACACTCCAAAGAAGACAAGGGAGAAGAGTTTAA
GTTGGAAGACGAGATCGACAAAGTGGCTGATCTTTTCATTTCTCGGTTCCACCAACAGAT
GTGGTTGCAGAAGCAGATCTCTCTAGAGAATATTCAAGATACACCCTGAGCACCACACTA
CATCATCTAAGCACTTTGACTCCACCATAACGACCGTTACCTATCGTTTCATGGTCCATT
AAATAAGTTATATGGGCTCGTATATATACGAATTGCACGCTTGTTTTCAGCTTTTAAAGC
CTGTTAAGGCCCATTCACCAATATAACTCACTATGTAAGGTCACATTAGTGAAGAGTATG
GAGGGGTGAAATATTGCTGGTTAACTGCACATGATGCTTCTCTAGTCATGTGATTATGTC
TCTGTATCCCTTTTCTCCCCAAATATTTCTCCTATTATCTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CZ33TF U 1
AF RR3CZ33JQ C 411
BS 1 728 RR3CZ33TF
BS 729 883 RR3CZ33JQ

RD RR3CZ33TF 734 0 0
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AGGGGGTAAAGATCATGAACAAGATCAAAACATGGTGGTGGTTTATAGCCACAACGCCTT
CTCCCGCACTCCTGCTGCCTCTCCAAAATATGTTCAATATTCTGAAGAAGAAGAAGAAGA
GGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAAAGTATCCAGACCTGAGACACTCGCTTTTTGAGGC
AGAGGGTTCCGTGATAGACATGGTGAAACACTCCAAAGAAGACAAGGGAGAAGAGTTTAA
GTTGGAAGACGAGATCGACAAAGTGGCTGATCTTTTCATTTCTCGGTTCCACCAACAGAT
GTGGTTGCAGAAGCAGATCTCTCTAGAGAATATTCAAGATACACCCTGAGCACCACACTA
CATCATCTAAGCACTTTGACTCCACCATAACGACCGTTACCTATCGTTTCATGGTCCATT
AAATAAGTTATATGGGCTCGTATATATACGAATTGCACGCTTGTTTTCAGCTTTTAAAGC
CTGTTAAG
CCCATT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3CZ33JQ 473 0 0
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AAGAGTTTAAGTTGGAAGACGAGATCGACAAAGTGGCTGATCTTTTCATTTCTCGGTTCC
ACCAACAGATGTGGTTGCAGAAGCAGATCTCTCTAGAGAATATTCAAGATACACCCTGAG
CACCACACTACATCATCTAAGCACTTTGACTCCACCATAACGACCGTTACCTATCGTTTC
ATGGTCCATTAAATAAGTTATATGGGCTCGTATATATACGAATTGCACGCTTGTTTTCAG
CTTTTAAAGCCTGTTAAGGCCCATTCACCAATATAACTCACTATGTAAGGTCACATTAGT
GAAGAGTATGGAGGGGTGAAATATTGCTGGTTAACTGCACATGATGCTTCTCTAGTCATG
TGATTATGTCTCTGTATCCCTTTTCTCCCCAAATATTTCTCCTATTATCTCTC

QA 1 473 1 473
DS 



AS 1 2

CO CL7514Contig1 663 2 2 U
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TATTAACCAAGAAAAAAGCCTTTTGGAAAAGCTTATATTTGCAGCCAAAATGTATAAAAA
AAATAGTTTGGTGATTGATTTCTTATTAATTAGTAGAAACCTTTAATCAGTTTCCTTGAA
GCTCGTATGTTCCGATCAGCATAATGTGTTTTGTCTGGATCACCACTGAGCTCTAAGGTT
GCGCCCAAGAAACCAGTCTGAGTTCCATCGCTATCATTGTCGATGTCTCCTTCTATCGTC
AGTCCTTCAATCCTAGCGGCAATAGATTCCTCTCTCATCCCAACATCCACCACATCTGGA
TTTGAGAAGAGCCAAAGGACGAGAGCACATGCAAGAAGAACAAAAGGAATGATGTGAATA
GCCTTTTCTGCGAACTTGGCAGGTGACTTCTCCTTCTTAACCATCTCATCCGCTGGTGGA
TTATTGTAGGAAGGTGGCTCGTCTTCGTCAAGGGGACCGATCATGGAGCCCATCCACAAT
CCTTTGGGCGGTGCGGACGAGTAGTCTTCCGTGGCACGGTTCCAACTCGCAGATCTGTAC
ATATTCTTTGCTTTGTAGAATGTTGATGGTTTTGTAAACGAGCTTGATCAGTTTCTCCTT
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 

AF RR3GH70TF C 1
AF RR3GH70JQ U 46
BS 1 45 RR3GH70TF
BS 46 663 RR3GH70JQ

RD RR3GH70TF 663 0 0
CATGTAAAAGTTTTTTGAGATTAGAAATGTTACACTTGGATTTAAATTAAGCTGCTCCTT
TATTAACCAAGAAAAAAGCCTTTTGGAAAAGCTTATATTTGCAGCCAAAATGTATAAAAA
AAATAGTTTGGTGATTGATTTCTTATTAATTAGTAGAAACCTTTAATCAGTTTCCTTGAA
GCTCGTATGTTCCGATCAGCATAATGTGTTTTGTCTGGATCACCACTGAGCTCTAAGGTT
GCGCCCAAGAAACCAGTCTGAGTTCCATCGCTATCATTGTCGATGTCTCCTTCTATCGTC
AGTCCTTCAATCCTAGCGGCAATAGATTCCTCTCTCATCCCAACATCCACCACATCTGGA
TTTGAGAAGAGCCAAAGGACGAGAGCACATGCAAGAAGAACAAAAGGAATGATGTGAATA
GCCTTTTCTGCGAACTTGGCAGGTGACTTCTCCTTCTTAACCATCTCATCCGCTGGTGGA
TTATTGTAGGAAGGTGGCTCGTCTTCGTCAAGGGGACCGATCATGGAGCCCATCCACAAT
CCTTTGGGCGGTGCGGACGAGTAGTCTTCCGTGGCACGGTTCCAACTCGCAGATCTGTAC
ATATTCTTTGCTTTGTAGAATGTTGATGGTTTTGTAAACGAGCTTGATCAGTTTCTCCTT
TCC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3GH70JQ 618 0 0
ATTAAGCTGCTCCTTTATTAACCAAGAAAAAAGCCTTTTGGAAAAGCTTATATTTGCAGC
CAAAATGTATAAAAAAAATAGTTTGGTGATTGATTTCTTATTAATTAGTAGAAACCTTTA
ATCAGTTTCCTTGAAGCTCGTATGTTCCGATCAGCATAATGTGTTTTGTCTGGATCACCA
CTGAGCTCTAAGGTTGCGCCCAAGAAACCAGTCTGAGTTCCATCGCTATCATTGTCGATG
TCTCCTTCTATCGTCAGTCCTTCAATCCTAGCGGCAATAGATTCCTCTCTCATCCCAACA
TCCACCACATCTGGATTTGAGAAGAGCCAAAGGACGAGAGCACATGCAAGAAGAACAAAA
GGAATGATGTGAATAGCCTTTTCTGCGAACTTGGCAGGTGACTTCTCCTTCTTAACCATC
TCATCCGCTGGTGGATTATTGTAGGAAGGTGGCTCGTCTTCGTCAAGGGGACCGATCATG
GAGCCCATCCACAATCCTTTGGGCGGTGCGGACGAGTAGTCTTCCGTGGCACGGTTCCAA
CTCGCAGATCTGTACATATTCTTTGCTTTGTAGAATGTTGATGGTTTTGTAAACGAGCTT
GATCAGTTTCTCCTTTCC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 2

CO CL7515Contig1 619 2 1 U
GGATCAAACATTCTTCATTAGATATTTTCTCTTCTACTATTTTAAGCAAACAAAAGAATT
TTAGTAAAGAAATGGAAGAAATAAAGGAGAGAAAGATCGTAGTAGCAGTGGACGAGAGCG
AAGAGAGCATGGAAGCTCTTTCATGGAGTCTTGACAATCTTTTTCCATATGGTTCCAATA
ATACCCTCATCCTCCTCTACGTCAAGCCCCCTCTTCCCGTTTATTCTTCCATTACTGCCG
CAGGGTTTATAGTGACCGGAGATCCGGTTGCAGCCTTGAAGAAATACGAAAATGAGCTTG
TGGAATCAGTCATGGTTCGATCTCGAAACGTCTACCAAGATTTTGAGTCCGATTTTAATA
TAGAGAGAAAAGTTGGAAGAGGAGATGCGAAGGAAGTAATATGTAACGCAGTTCAGAACC
TTAAGGCTGATATGTTAGTTATGGGCACACATGACTATGGCTTCTTCAAAAGGGCTTTGC
TAGGCAGTGTGAGCGAGTATTGCGCCAAACGTGTGAAGTGTCCTGTGATTATTGTGAAGA
AGAATATGCCTCAAAATAATTGAGCTCAAAAGTCACAAGTCTTATAATTGTGTATGCTTG
AGAGCAATTGATGCAATAG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BD86JQ C 1
AF RR3BD86TF U 1
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DS 

RD RR3BD86TF 619 0 0
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QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GX38TF U 1
AF RR3GX38JQ C 98
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QA 1 729 1 729
DS 

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TTCAGTCG

QA 1 848 1 848
DS 



AS 1 2

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ATCATATATATTCCTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FT62JQ C 1
AF RR3FT62TF U 1
BS 1 196 RR3FT62TF

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ATCATATATATTCCTT

QA 1 196 1 196
DS 

RD RR3FT62TF 196 0 0
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TAGTTGGGTTCTATTTAAGACCGATACAATATCCTTTGAGCTCTTTGTTTCAATAACAAA
ATCATATATATTCCTT

QA 1 196 1 196
DS 



AS 1 2

CO CL7518Contig1 724 2 3 U
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AAGACAGAACAAAAAGAAACAAAGAAAAGAAAATCAAGCAAAGAGATAAAAGATGATTGA
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AATTGGCAAGCAAGCAAGCGAACGACAGCTTAAGGAAACATATGGACGAAACCCCTAGAA
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TGATGCTTCCTTGATCTCCTCCCCAGCATCATCATCCTGCATGTCGGATGTCCAGAGAGT
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AGGAGAGTTAAGGATCTCGTAGTAGAACACAGAGAAGTTCAATGCCAGACCAAGACGGAT
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AGTC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3FI44JQ U 2
AF RR3FI44TF C 1
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DS 

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AATTGGCAAGCAAGCAAGCGAACGACAGCTTAAGGAAACATATGGACGAAACCCCTAGAA
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GAGGTTGTCACGGAGAAGCTGCATGATCAAGGTGCTGTCTTTGTACGACTCTTCACCTAG
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AGGAGAGTTAAGGATCTCGTAGTAGAACACAGAGAAGTTCAATGCCAGACCAAGACGGAT
CGGGTGAGTTGGAGCTAGCTCTGCATTTGCAATATCCTGAGCAGACTTATAAGCAGAGAG
AGTC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

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AACAGGGTTGCAGTCCTTGTGCTATAAACCCTTTATTATTCAGTTAGTCTCACACAAAAA
TAAACAAATCAAAACATACAAAAGAAATTGCCCAAATTAGAGAATAAAAGAAATGCAAAA
AGAAGAAAGAAAAAACACTCAAAAAACTTCACCATACCTCATCCCAAACCCATGTCCTTG
CTTCTGTGAACCCATATCTCAAAAAAACAACAACCAACATGTATTATTTGGTTAATTCTA
TAGCTTTTACCTCTTTTACTTAGAGATTGTTAGATAAGACTGAAATTGACAGGTTTGCCA
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GGAGACGAAAATCCGTGTAGGCCTAGGCTCGGTGACATAGGGCCGAGGCTGAGTCCGAGC
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CTTCCTTTTCCTCTCCCTTTTCCCCATAATCCTCCAAGATTGTTGTCATCACCCTCGTTA
TCAATCTGATGCTCGGTTAAATGGAGACGTGGAGATTCTTCTCCAGATTCATAAGGACTT
TCATCATCTATGAGGATCCCATCAAAGTTTCTTCTGTGCTTGAGCACTGATTTGGGCGAG
CATCTAAGAAGCAGCCTCACACGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS79TF C 1
AF RR3DS79JQ U 7
BS 1 6 RR3DS79TF
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BS 735 745 RR3DS79TF

RD RR3DS79TF 745 0 0
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CTTCTGTGAACCCATATCTCAAAAAAACAACAACCAACATGTATTATTTGGTTAATTCTA
TAGCTTTTACCTCTTTTACTTAGAGATTGTTAGATAAGACTGAGATTGACAGGTTTGCCA
CGTCCCATAGTGAAGCCTCTTGTCCCATCAGGCATCCTTGGTCCCTTTGTTGCTGTTTTT
GGAGACGAAGATCCGTGTAGGCCTAGGCTCGGTGACATAGGGCCGAGGCTGAGTCCGAGC
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CTTCCTTTTCCTCTCCCTTTTCCCCATAATCCTCCAAGATTGTTGTCATCACCCTCGTTA
TCAATCTGATGCTCGGTTAAATGGAGACGTGGAGATTCTTCTCCAGATTCATAAGGACTT
TCATCATCTATGAGGATCCCATCAAAGTTTCTTCTGTGCTTGAGCACTGATTTGGGCGAG
CATCTAAGAAGCAGCCTCACACGGC

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3DS79JQ 728 0 0
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GTTGCAGTCCTTGTGCTATAAACCCTTTATTATTCAGTTAGTCTCACACAAAAATAAACA
AATCAAAACATACAAAAGAAATTGCCCAAATTAGAGAATAAAAGAAATGCAAAAAGAAGA
AAGAAAAAACACTCAAAAAACTTCACCATACCTCATCCCAAACCCATGTCCTTGCTTCTG
TGAACCCATATCTCAAAAAAACAACAACCAACATGTATTATTTGGTTAATTCTATAGCTT
TTACCTCTTTTACTTAGAGATTGTTAGATAAGACTGAAATTGACAGGTTTGCCACGTCCC
ATAGTGAAGCCTCTTGTCCCATCAGGCATCCTTGGTCCCTTTGTTGCTGTTTTTGGAGAC
GAAAATCCGTGTAGGCCTAGGCTCGGTGACATAGGGCCGAGGCTGAGTCCGAGCCCGATC
CCGAAGCTACGTTCTCCTCCTCCTCCTACGACATAGGTTCTTGGAGACCGTCCTCTTCCT
TTTCCTCTCCCTTTTCCCCATAATCCTCCAAGATTGTTGTCATCACCCTCGTTATCAATC
TGATGCTCGGTTAAATGGAGACGTGGAGATTCTTCTCCAGATTCATAAGGACTTTCATCA
TCTATGAGGATCCCATCAAAGTTTCTTCTGTGCTTGAGCACTGATTTGGGCGAGCATCTA
AGAAGCAG

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL7520Contig1 386 2 1 U
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TCTCCAATACATACGACGTATATGCTGTAAACTCATAGCTTGTGAACCCTTGCTCTGCTT
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CTTTTTCTTTTTGGGAACATTATGTCTGAAGATTGAATACTTTTAGAAGTGAAGATTGAG
GCTGATATTATTTTTTTCCGAGCTTTGTAGGGTTTTGTAATAACACTTTGTATTAATTAT
AGGCTCATGTCTTTATCCAACTCTCTTGTTTTCCTCTTTACCTGCTCTTTTTAAATTTAT
GAAGGTTAAAGTTTGCTTTTGTGTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DK31JQ C 1
AF RR3DK31TF U 1
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TCTCCAATACATACGACGTATATGCTGTAAACTCATAGCTTGTGAACCCTTGCTCTGCTT
TTGCTAAAGATGAATCCTCTTCTTGCTGAGGAAGCATTATGGAATGTGAAGTATTGCTCT
CTTTTTCTTTTTGGGAACATTATGTTTGAAGATTGAATACTTTTAGAAGTGAAGATTGAG
GCTGATATTATTTTTTTCCGAGCTTTGTAGGGTTTTGTAATAACACTTTGTATTAATTAT
AGGCTCATGTCTTTATCCAACTCTCTTGTTTTCCTCTTTACCTGCTCTTTTTAAATTTAT
GAAGGTTAAAGTTTGCTTTTGTGTTT

QA 1 386 1 386
DS 

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DS 



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ATCTTGGAAAGTCCCACTTCAAGCATGCATGCACACCGCCCCAGAAGACAAAACGCAACG
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CCAAAAACGAGAAAGAAGCTCAGAAGAGTTCTGGTGATCAAATTGATTTCGGTTGTTGCG
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C


BQ
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10 

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AF RR3DK81JQ C 481
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QA 1 669 1 669
DS 

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AAGGAAAAAGAAGGTTTGCTTTCTGTTCAGAAGTCAATTTGGCGACCCAAAGATGTAGAG
ACTCTCACTTACGCTATCGCCGATTGAGTTAGAAAGAAAAAAAAAAGACTCTTTTTGTAC
GTTAAACACACACAGTCTTGTGTTGTCGTAACTCCTCGTTATCATCGTCTCTCTTTTTCT
C

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 2

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CCGGAGAATCTCACCGTTGAAATCAAAGACGCTGTACCGTAAGCTACGGTATCGTACGGT
CATGGCAAAGAGCACAGGACCAAGCCGCTCATTGTGCGTTTTCACCATGAAGTTAACCAT
ATCCATACAATTTTCACCTGTCTTAAACTCTTGTCTCACTATCGGTAAACAACCAAGCGG
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ATGTTGATCATGTATATAGCTTCTGCTCGTTCTTTATCGCTCCATTTCTTATTTAACTCT
ATAAACTTTGTTATCTGTTGTCCAAAACTCATCTGCATGAACAAGAAACCCATTACAAAT
CCAGTTTAGTCTTAACCCTCTTCTTGTCC


BQ
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AF RR3F238TF U 1
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BS 725 725 RR3F238JQ
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BS 738 809 RR3F238JQ

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CCCTAACCATCAAAATCGCCATTAATATTTCATATTATAATCACTAGAACAAATATATCA
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CCGGAGAATCTCACCGTTGAAATCAAAGACGCTGTACCGTAAGCTACGGTATCGTACGGT
CATGGCAAAGAGCACAGGACCAAGCCGCTCATTGTGCGTTTTCACCATGAAGTTAACCAT
ATCCATACAATTTTCACCTGTCTTAAACTCTTGTCTCACTATCGGTAAACAACCAAGCGG
TCCCAAGTTCTGTACCGCAAACTTCCTCGCCCCACCTGACTTGTACAAACTCTGCATATC
ACTCAAAACAAAAAAATTTCCGGTTCAATGTTGACTAATAATGATTTCTCATTGTACGAT
CAAAAACTAATCAAAGCTAGACCGGACCAGATCTAAACCGTCCAGTAACGTTTGTAGAAA
CCTATACATACCATTAGATCTCTGGATAACTTTTGAAGAACATTGGCAACAAAAGCAACT
TGCTCCACAGGATTAGCATTTGGATTAGCCTTAGCGAAATTTAAGTAATCATCAGCTCCG
ATGTTGATCATGTATATAGCTTCTGCTCGTTCTTTATCGCTCCATTTCTTATTTAACTCT
ATAA*CTTTGTTATCTG

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3F238JQ 792 0 0
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GCCATTAATATTTCATATTATAATCACTAGAACAAATATATCATAAATGTTTTTAAAAGG
TTGTTTTTCTTTAATTACCGTAGCGTGATGGTTCATTGATCCTCCGGAGAATCTCACCGT
TGAAATCAAAGACGCTGTACCGTAAGCTACGGTATCGTACGGTCATGGCAAAGAGCACAG
GACCAAGCCGCTCATTGTGCGTTTTCACCATGAAGTTAACCATATCCATACAATTTTCAC
CTGTCTTAAACTCTTGTCTCACTATCGGTAAACAACCAAGCGGTCCCAAGTTCTGTACCG
CAAACTTCCTCGCCCCACCTGACTTGTACAAACTCTGCATATCACTCAAAACAAAAAAAT
TTCCGGTTCAATGTTGACTAATAATGATTTCTCATTGTACGATCAAAAACTAATCAAAGC
TAGACCGGACCAGATCTAAACCGTCCAGTAACGTTTGTAGAAACCTATACATACCATTAG
ATCTCTGGATAACTTTTGAAGAACATTGGCAACAAAAGCAACTTGCTCCACAGGATTAGC
ATTTGGATTAGCCTTAGCGAAATTTAAGTAATCATCAGCTCCGATGTTGATCATGTATAT
AGCTTCTGCTCGTTCTTTATCGCTCCATTTCTTATTTAACTCTATAAACTTTGTTATCTG
TTGTCCAAAACTCATCTGCATGAACAAGAAACCCATTACAAATCCAGTTTAGTCTTAACC
CTCTTCTTGTCC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL7523Contig1 1196 2 6 U
ATTCATCGCTTTTTCTCTAGAGCTCTCTGTTATACCGAATTGTTGGCGTATATGAAAACT
CTTCGAGTCAGCTCTGCCGTCGAATTCGATCTACGAATCGGCGTCGTATACATGGATCTA
GTAGCTCCGGTTTGATTCATGATCCAGAAGATGGATCCTAGCTGCTGAGATCTCAGACGT
ATCGGTTGAAGAGCTGATCTGATCAAGCATCATGATCTCTGCAAGCTAGGTTCGTCGGAT
CTGTGATATGCTTTGAGATGATGAGTACGAGGGAAGCAATTGAAGAAGAGGGAAGAGGAT
TCAGATTACTCGAATTGATAATGAGTTTGAAAGGATGTATGAGATGTTTGTTAAGGACGA
TGAGTTCTGATTAGCATCTTTGTCATCCGACCTTTGCCATGATAGGTGCGCTTGCATGGC
AGGTCACACAAAATATTAATAATAAAAATAATCGTTTTGTGTTTGGTGAGGGGGAGTTCG
CACGGGAGATTTTTTTTTTAAAAGCCCGGGTTCTCCCTCTCACCTTTGTGTCTTGCCCTC
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TCTCAACATCGGCTTTAATTTGCTCCTGGAGAAATGATTCTACTCATCTTTGGCATAGTA
ATGTTTATGTTCCAATTTTTATTTTCGTTAAAGAAACGTCCAACAGCTTAACAAACAGCC
TTAACTTTCATTTGGTCTAGTGAGTTGTTATTTTGGTGAGATCTATTGTTAAAATGGTAT
TTAATACAAAGAACGATCATTTAGAGTCGGATCAGTTTTCACTGTATTGCAAGTATATTG
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GTGTTATCAGCTCTTGCAGGATTATTTTCATGTTGATGCAATGAGGTATCTATAGAACGA
GTAACTTGTCTGACTTTGTTGTGTATGATTTGTCAAGAGTTCGAGCCTACAGCTCTGTTT
CTTTGTTCAAAAGAGTATTTTGTTCTTGACAAATTTAAAGTAATTATTGAATTTTG


BQ
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AF RR3AI94TF U 1
AF RR3AI94JQ C 426
BS 1 686 RR3AI94TF
BS 687 687 RR3AI94JQ
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BS 727 779 RR3AI94TF
BS 780 1196 RR3AI94JQ

RD RR3AI94TF 779 0 0
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CTTCGAGTCAGCTCTGCCGTCGAATTCGATCTACGAATCGGCGTCGTATACATGGATCTA
GTAGCTCCGGTTTGATTCATGATCCAGAAGATGGATCCTAGCTGCTGAGATCTCAGACGT
ATCGGTTGAAGAGCTGATCTGATCAAGCATCATGATCTCTGCAAGCTAGGTTCGTCGGAT
CTGTGATATGCTTTGAGATGATGAGTACGAGGGAAGCAATTGAAGAAGAGGGAAGAGGAT
TCAGATTACTCGAATTGATAATGAGTTTGAAAGGATGTATGAGATGTTTGTTAAGGACGA
TGAGTTCTGATTAGCATCTTTGTCATCCGACCTTTGCCATGATAGGTGCGCTTGCATGGC
AGGTCACACAAAATATTAATAATAAAAATAATCGTTTTGTGTTTGGTGAGGGGGAGTTCG
CACGGGAGATTTTTTTTTTAAAAGCCCGGGTTCTCCCTCTCACCTTTGTGTCTTGCCCTC
TCGCTTTCACTCTCTCTCTCTCTGATTCCATTCCATTGCGCCATAATATCTCTCCGTACA
CATACTTTTTTAATTTATGAACTCGAGCAGATCTGAAGTCAAACGCGGCCTTATCTAAGT
TCCAACATACTCCACAGAGGCAAAAG*TACTTTGAATTTGAGTCTTTATTCGTATTACAA
TCTCA*CATCGGCTTTAATTTGCTCCTGGAGAAATGATTCTACTCATCTTTGGCATAGT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3AI94JQ 771 0 0
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GAGATTTTTTTTTTAAAAGCCCGGGTTCTCCCTCTCACCTTTGTGTCTTGCCCTCTCGCT
TTCACTCTCTCTCTCTCTGATTCCATTCCATTGCGCCATAATATCTCTCCGTACACATAC
TTTTTTAATTTATGAACTCGAGCAGATCTGAAGTCAAACGCGGCCTTATCTAAGTTCCAA
CATACTCCACAGAGGCAAAAGGTACTTTGAATTTGAGTCTTTATTCGTATTACAATCTCA
ACATCGGCTTTAATTTGCTCCTGGAGAAATGATTCTACTCATCTTTGGCATAGTAATGTT
TATGTTCCAATTTTTATTTTCGTTAAAGAAACGTCCAACAGCTTAACAAACAGCCTTAAC
TTTCATTTGGTCTAGTGAGTTGTTATTTTGGTGAGATCTATTGTTAAAATGGTATTTAAT
ACAAAGAACGATCATTTAGAGTCGGATCAGTTTTCACTGTATTGCAAGTATATTGTACTG
TGTTTTTCATATAGCTAGAGTTTTGCAAAGTCTTTGGAGTCTGAAGACCTTGGCGGTGTT
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TTGTCTGACTTTGTTGTGTATGATTTGTCAAGAGTTCGAGCCTACAGCTCTGTTTCTTTG
TTCAAAAGAGTATTTTGTTCTTGACAAATTTAAAGTAATTATTGAATTTTG

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL7524Contig1 915 2 16 U
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ATAGAAAATGCTGGACTATTAGCCTTGACAAGAGTTGGTAGTAGAAGAGTTGTCCAGATA
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TCATCAGAACCTTTTGTTGCTGGCATGGTGGCCTTCTTCTTGGACAACACACTGCACAAG
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AAAGGTGATACAAGAAGTGAAGAGTTCTACTCTCTTCCTTTCAACCTCAACAAGTATTTC
CCTTCTGTCTAGAAGAGAAGAGAAGAAAGAGAAGAAGAAGCAAAGAGTTTACCGGGAAAA
GAAAAACAAAGAAAATGGTGAAAAGTGAAAACTCAAGAGTTTCTCATTGTTGGCTCGAGT
TCCTTGACGACCTCTGTGTCTTGGTTCTTTTGTTCTGTTCTGTTCCGTTCACAACTTCGG
AAACCTTTTTAAATATCTTTCACATTTTATATAGTCTTCTTGTTTACGATCATGAATCTA
AGAATCTTCAGTTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C514TF U 1
AF RR3A545JQ C 37
BS 1 334 RR3C514TF
BS 335 335 RR3A545JQ
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BS 661 661 RR3A545JQ
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BS 697 719 RR3C514TF
BS 720 722 RR3A545JQ
BS 723 734 RR3C514TF
BS 735 735 RR3A545JQ
BS 736 750 RR3C514TF
BS 751 751 RR3A545JQ
BS 752 782 RR3C514TF
BS 783 784 RR3A545JQ
BS 785 803 RR3C514TF
BS 804 915 RR3A545JQ

RD RR3C514TF 803 0 0
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CAGGGAGTCGCAATTCTGATATCAGGGTTGTTTGGTACTGGTGCTGGGTCCTCTGTCTCT
ATAGAAAATGCTGGACTATTAGCCTTGACAAGAGTTGGTAGTAGAAGAGTTGTCCAGATA
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GGCTATGGTCCGGTCCACACAGGCGGTCGTTGGTTCAACGATATGGTAAATGTCCCGTTC
TCATCAGAACCTTTTGTTGCTGGCATGGTGGCCTTCTTCTTGGACAACACACTGCACAAG
AAAGATTCATCGATAAGGAAAGACAGAGGAAAGCATTGGTGGGACAAGTTTAGATCTTTC
AAAGGTGATACAAGAAGTGAAGAGTTCTACTCTCTTCCTTTCAACCTCAACAAGTATTTC
TCTTCTGTCTAGAAGAGAAGAGAAGAAAGAGAAGA*GAAGCAAAGAGTTTACCGGGAAAG
**AAAACAAAGAAA*TGGTGAAAAGTGAAA*CTCAAGAGTTTCTCATTGTTGGCTCGAGT
TC**TGACGACCTCTGTGTCTTG

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3A545JQ 879 0 0
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TTCTTTGCCTACGTTGGAGCTGGAGGATTGAGTTTTCTTCAGTTCTGCAACTTAAACAGC
TTCAGGACTAAGTTCATCTTAGGCTTCTCTGTCTTTCTTGGCTTGTCAATCCCTCAGTAC
TTCAATGAGTACACTGCGATCAAAGGCTATGGTCCGGTCCACACAGGCGGTCGTTGGTTC
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TGGTGGGATAAGTTTAGATCTTTCAAAGGTGATACAAGAAGTGAAGAGTTCTACTCTCTT
CCTTTCAACCTCAACAAGTATTTCCCTTCTGTCTAGAAGAGAAGAGAAGAAAGAGAAGAA
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GTTCTGTTCCGTTCACAACTTCGGAAACCTTTTTAAATATCTTTCACATTTTATATAGTC
TTCTTGTTTACGATCATGAATCTAAGAATCTTCAGTTGT

QA 1 879 1 879
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BW07JQ C 1
AF RR3BW07TF U 1
BS 1 715 RR3BW07TF

RD RR3BW07JQ 715 0 0
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AGTTTCCATTTCGAATGCATCAAGAAGGCGTTTATCTGGATCTGCACTTTAAGTCTCAAA
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ACATTCTTTGTTGTTTCCATTCTCTTACAAACTCAATAATCCATTCCAGTTTACTGCATT
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QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3BW07TF 715 0 0
GATCAGAGATTGGGAGTGTTGAAAATATCCCAGAGTTCATAGAAGGCGTGAAGAACAGAA
AGAGGAAGATGTCAGGTTTTGGACATCGTGTTTACAAAAACTACGACCCGAGAGCAAAAG
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TAGCAGTTGCTCTAGAGAGGGCAGCACTCTCTGATGAATATTTTGTGAAGAGAAAGCTAT
ACCCAAATGTTGATTTCTACTCTGGATTAATCTATAGGGCAATGGATTCCCTCCTGAATT
CTTCACAGTCCTATTTGCAGTCCCGCGTATGGCTGGATACTTGTCTCATTGGCGTGAGTC
GTTGGATGATCCTGACGCTAAGATCATGAGACCCCAACAGGCCTACACTGGGGTGTGGCT
AAGGCACTACGAGCCGGTGAGAGAAAGAACTTTGTCAAGTGGTTCAGATAAGATGGGTCA
AGTTTCCATTTCGAATGCATCAAGAAGGCGTTTATCTGGATCTGCACTTTAAGTCTCAAA
CTCTACTACTACATACGAATAAAGACACAAACACCTCTGGGTAAACAAGAGGGTCTTCCA
ACATTCTTTGTTGTTTCCATTCTCTTACAAACTCAATAATCCATTCCAGTTTACTGCATT
ATTTGTCTGTTGTTCTGTACTTGATGATTTAAAACATATTTTCATACTTCCATCT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL7526Contig1 731 2 3 U
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AAACTCGGTGTGATCGCGTTAAGCGTCGCGTCTACAAACGCTTCGGACACGTCTTTCTAC
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AGCATATTGGA


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EU09TF U 1
AF RR3EU09JQ C 108
BS 1 714 RR3EU09TF
BS 715 715 RR3EU09JQ
BS 716 731 RR3EU09TF

RD RR3EU09TF 731 0 0
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ATCTTTCTCCTTTTCCTCTCCATCGTCGTCACGGTGGTCATTGCCGGAAAAGCTCCACCA
CCAACATTCACCGAGACAGGCAAAGCTTTAGCCGAGAAACTATGCGAGAAATCCGAGGAC
AAAGCGTTTTGCGTTGCGAGCCTAACCTCACGTCACGAGTCAGAAACCGCAACTGCGCCT
AAACTCGGTGTGATCGCGTTAAGCGTCGCGTCTACAAACGCTTCGGACACGTCTTTCTAC
ATCAAGTCGAAACTGAAACAGAGGAACCTTGAGCCGGCGTTGGAAGACACGCTTGATGAC
TGCTCCAAGAACTACTTAGACGCAGTCGCACAACTCGATGATTCTCTCGCCGCTTTGCTT
GCGAATGCGTATATTGATGTTGATATTTGGCTTAATACGGCAATTACCGATGGAGAAGCT
TGTGAAGATGCTTTGAACGAACGTGCTGGTAATGATGCTGAGCTTGCTCGTAGGAACACC
AACTTCTTGAAACTTTGCAAGGACGCTCTTCTCATCAACACTATTTTAACTCCATAAGCT
TAATGTTGTGGTTACTTCATTTATATTTTTATTTGTTATAATATCTAAAAAGGGTTTGGT
TGATTTATGGGTGTAAATGAAACGATATGTGATATACTTGTTTTGGGAAATTTT*GAATG
AGCATATTGGA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3EU09JQ 624 0 0
AAAAGCTCCACCACCAACATTCACCGAGACAGGCAAAGCTTTAGCCGAGAAACTATGCGA
GAAATCCGAGGACAAAGCGTTTTGCGTTGCGAGCCTAACCTCACGTCACGAGTCAGAAAC
CGCAACTGCGCCTAAACTCGGTGTGATCGCGTTAAGCGTCGCGTCTACAAACGCTTCGGA
CACGTCTTTCTACATCAAGTCGAAACTGAAACAGAGGAACCTTGAGCCGGCGTTGGAAGA
CACGCTTGATGACTGCTCCAAGAACTACTTAGACGCAGTCGCACAACTCGATGATTCTCT
CGCCGCTTTGCTTGCGAATGCGTATATTGATGTTGATATTTGGCTTAATACGGCAATTAC
CGATGGAGAAGCTTGTGAAGATGCTTTGAACGAACGTGCTGGTAATGATGCTGAGCTTGC
TCGTAGGAACACCAACTTCTTGAAACTTTGCAAGGACGCTCTTCTCATCAACACTATTTT
AACTCCATAAGCTTAATGTTGTGGTTACTTCATTTATATTTTTATTTGTTATAATATCTA
AAAAGGGTTTGGTTGATTTATGGGTGTAAATGAAACGATATGTGATATACTTGTTTTGGG
AAATTTTTGAATGAGCATATTGGA

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL7527Contig1 313 2 1 U
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AGTTTGGAGAGTTTGCGTTTACAAGAAAAGTGACCAAGCATCCTAGAGCAAAGTAAGTTT
AATGTTTTTTGAGAATGAATTGGGTCAGCTTGAGAGGATTTGTTGGAGTAAGAAAAAAAC
AAAAACGATTCAATAAGAATTTCCAAGTAGGGATAATTCATTTGAGCTTAGAAGTGTTGT
TTTTATTTTTTGTATCAGCCTCGAAGTCATGTTTTCAATTTTTATAATGATACGAAGTAT
GGGACATTAGACC


BQ
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AF RR3F931JQ C 1
AF RR3F931TF U 1
BS 1 313 RR3F931TF

RD RR3F931JQ 313 0 0
GGATCTACAATGGCAAAACTCATGTGCGTTGTAAGATCACAGAGGGGAAAGTTGGGCATA
AGTTTGGAGAGTTTGCGTTTACAAGAAAAGTGACCAAGCATCCTAGAGCAAAGTAAGTTT
AATGTTTTTTGAGAATGAATTGGGTCAGCTTGAGAGGATTTGTTGGAGTAAGAAAAAAAC
AAAAACGATTCAATAAGAATTTCCAAGTAGGGATAATTCATTTGAGCTTAGAAGTGTTGT
TTTTATTTTTTGTATCAGCCTCGAAGTCATGTTTTCAATTTTTATAATGATACGAAGTAT
GGGACATTAGACC

QA 1 313 1 313
DS 

RD RR3F931TF 313 0 0
GGATCTACAATGGCAAAACTCATGTGCGTTGTAAGATCACAGAGGGGAAAGTTGGGCATA
AGTTTGGAGAGTTTGCGTTTACAAGAAAAGTGACCAAGCATCCTAGAGCAAAGTAAGTTT
AATGTTTTTTGAGAATGAATTGGGTCAGCTTGAGAGGATTTGTTGGAGTAAGAAAAAAAC
AAAAACGATTCAATAAGAATTTCCAAGTAGGGATAATTCATTTGAGCTTAGAAGTGTTGT
TTTTATTTTTTGTATCAGCCTCGAAGTCATGTTTTCAATTTTTATAATGATACGAAGTAT
GGGACATTAGACC

QA 1 313 1 313
DS 



AS 1 2

CO CL7528Contig1 517 2 4 U
GGACATCTCTATCTCTTCCTTCTCTTCTTCTTTCACGATATCTCTCTCTCTCTTTCAAAA
TGAAGCTTTCTATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTTGTTGCCA
CAGGGATGGGTCCAGTCACGGTGGAGGCACGCACGTGTGAGTCGAAGAGCCATAGGTTCA
AGGGTACGTGTGTAAGCACAACAAACTGCGCAAACGTGTGTCACAACGAAGGCTTTCCTG
GTGGTAAATGCCGTGGATTCCGTCGTCGTTGCTTTTGCACAAGACATTGCTAATCCATCA
ACAAAATCTTCGATCCATCGTCTCGTGTTGTTTCTTTCTATCTAATCTTCCGAACAACTT
TCTATCTAATCTTCCGCACAGCACCGAGTCGTACTTGTGTGTGTGATGTGCTTTCAAATA
AGTCTTTGGTTTGTGTGTTTTCTCTCTTTTTTTTCTGTAACGTAAGTGTGTTTTCGGTAT
TCATGTAAGGTAATATCAACTTGCTTGTGGTTCTCTC


BQ
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AF RR3DL69TF U 1
AF RR3DL69JQ C 1
BS 1 184 RR3DL69TF
BS 185 185 RR3DL69JQ
BS 186 200 RR3DL69TF
BS 201 517 RR3DL69JQ

RD RR3DL69TF 200 0 0
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TGAAGCTTTCTATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTTGTTGCCA
CAGGGATGGGTCCAGTCACGGTGGAGGCACGCACGTGTGAGTCGAAGAGCCATAGGTTCA
AGGG*ACGTGTGTAAGCACA

QA 1 200 1 200
DS 

RD RR3DL69JQ 517 0 0
GGACATCTCTATCTCTTCCTTCTCTTCTTCTTTCACGATATCTCTCTCTCTCTTTCAAAA
TGAAGCTTTCTATGCGTTTGATCTCAGCTGTTCTCCTCTTGTTCATGATATTTGTTGCCA
CAGGGATGGGTCCAGTCACGGTGGAGGCACGCACGTGTGAGTCGAAGAGCCATAGGTTCA
AGGGTACGTGTGTAAGCACAACAAACTGCGCAAACGTGTGTCACAACGAAGGCTTTCCTG
GTGGTAAATGCCGTGGATTCCGTCGTCGTTGCTTTTGCACAAGACATTGCTAATCCATCA
ACAAAATCTTCGATCCATCGTCTCGTGTTGTTTCTTTCTATCTAATCTTCCGAACAACTT
TCTATCTAATCTTCCGCACAGCACCGAGTCGTACTTGTGTGTGTGATGTGCTTTCAAATA
AGTCTTTGGTTTGTGTGTTTTCTCTCTTTTTTTTCTGTAACGTAAGTGTGTTTTCGGTAT
TCATGTAAGGTAATATCAACTTGCTTGTGGTTCTCTC

QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 2

CO CL7529Contig1 1257 2 2 U
GGATTTACACAGATAGATTGAGAAGAAGATGGTGATGCGAACAGTGGATCTACGATCAGA
CACCGTGACTAGACCTACCGACGCGATGCGTGAAGCAATGGGAAGCGCAGAGGTCGACGA
TGACGTCCTCGGCTACGACCCAACGGCTCGACGACTTGAAGAGGAGATGGCCAAAATGAT
GGGGAAAGAAGCGGCTCTGTTCATGCCATCTGGTACAATGGGGAACCTCATATCCGTTAT
GGTTCACTGCGACGTGAGAGGCAGCGAGGTGATTCTTGGAGACAACTGTCACATCCATGT
TTACGAGAATGGACGTATATCAACAATAGGAGGCGTGCATCCCAAGACAATCAAGAATGA
AGAAGACGGTACAATGGACTTGGGGGCTATAGAAGCAGCCATTAGAGACCCTAAAGGAAG
CACGTTTTATCCATCAACGAGGTTGATTTGCTTGGAGAACACACACGCCAACTCTGGTGG
GAGATGTTTGAGCGTGGAATATACAGATAGGGTTGGAGAGATTGCCAAGAAACATGGATT
AAAGCTTCATATCGATGGAGCTCGCCTGTTTAATGCTTCCATTGCCCTTGGAGTTCCAGT
CCATAGGCTTGTACAGGCTGCTGACTCTGTTTCGGTGTGTCTCTCTAAAGGTCTTGGAGC
TCCTATAGGATCTGTTGTCGTTGGTTCACAGAGTTTCATAGAAAAGGCAAAAACGTTAAG
GAAAACATTAGGTGGAGGAATGAGACAAATAGGTGTTCTGTGTGCAGCTGCTTTGGTCGC
ACTTCAAGAGAACCTCCCAAAGTTACAGTTTGACCACAAGAAGACAAAATTGTTAGCTGA
AGGGTTGAATCAAATGAAAGGGATTAGAGTGAGCGTTGCAGCCGTGGAGACCAACATGAT
TTTCATGGATATGGAGGATGGATCAAAACTTACTGCTGAGAAATTGCGCAAGAGTCTAAC
TGAGTATGGCATTTTCGTCATCCCAGAAAACTCGTCCCGGATCAGAATGGTTATACACCA
CCAGATAACAACAAGTGATGTGCATTACACATTGTCTTGCTTTCAACAGGCAGTGCAAAT
GATTCAGGAACCAAGCAGAAACTAAATTTGCAGAACCGAAAAAAATGTTTTTATTCAAAT
GTTGTTTGTTTAAGTCACTTAATTTTATATAAAAACTTCAGAGATCGATCGATCTCTCAA
TGAAATTTGAATTGAATTTGTCACTCATTTTTTCCATTTTATTTATTATTTTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AI36TF U 1
AF RR3AI36JQ C 647
BS 1 705 RR3AI36TF
BS 706 1257 RR3AI36JQ

RD RR3AI36TF 708 0 0
GGATTTACACAGATAGATTGAGAAGAAGATGGTGATGCGAACAGTGGATCTACGATCAGA
CACCGTGACTAGACCTACCGACGCGATGCGTGAAGCAATGGGAAGCGCAGAGGTCGACGA
TGACGTCCTCGGCTACGACCCAACGGCTCGACGACTTGAAGAGGAGATGGCCAAAATGAT
GGGGAAAGAAGCGGCTCTGTTCATGCCATCTGGTACAATGGGGAACCTCATATCCGTTAT
GGTTCACTGCGACGTGAGAGGCAGCGAGGTGATTCTTGGAGACAACTGTCACATCCATGT
TTACGAGAATGGACGTATATCAACAATAGGAGGCGTGCATCCCAAGACAATCAAGAATGA
AGAAGACGGTACAATGGACTTGGGGGCTATAGAAGCAGCCATTAGAGACCCTAAAGGAAG
CACGTTTTATCCATCAACGAGGTTGATTTGCTTGGAGAACACACACGCCAACTCTGGTGG
GAGATGTTTGAGCGTGGAATATACAGATAGGGTTGGAGAGATTGCCAAGAAACATGGATT
AAAGCTTCATATCGATGGAGCTCGCCTGTTTAATGCTTCCATTGCCCTTGGAGTTCCAGT
CCATAGGCTTGTACAGGCTGCTGACTCTGTTTCGGTGTGTCTCTCTAAAGGTCTTGGAGC
TCCTATAGGATCTGTTGTCGTTGGTTCACAGAGTTTCATAGAAAA
CGC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3AI36JQ 611 0 0
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GCTGCTTTGGTCGCACTTCAAGAGAACCTCCCAAAGTTACAGTTTGACCACAAGAAGACA
AAATTGTTAGCTGAAGGGTTGAATCAAATGAAAGGGATTAGAGTGAGCGTTGCAGCCGTG
GAGACCAACATGATTTTCATGGATATGGAGGATGGATCAAAACTTACTGCTGAGAAATTG
CGCAAGAGTCTAACTGAGTATGGCATTTTCGTCATCCCAGAAAACTCGTCCCGGATCAGA
ATGGTTATACACCACCAGATAACAACAAGTGATGTGCATTACACATTGTCTTGCTTTCAA
CAGGCAGTGCAAATGATTCAGGAACCAAGCAGAAACTAAATTTGCAGAACCGAAAAAAAT
GTTTTTATTCAAATGTTGTTTGTTTAAGTCACTTAATTTTATATAAAAACTTCAGAGATC
GATCGATCTCTCAATGAAATTTGAATTGAATTTGTCACTCATTTTTTCCATTTTATTTAT
TATTTTTTTAT

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL7530Contig1 882 2 6 U
GGAATACAATTAAAAAAAATATGGCGATGCTATCAGCAGCAGCAGGAGGAAGCGCTAGTC
TGGTGAGAGCTGCATTAGATACGAAGCCTAAGCTCCCCCTCCGATACAATCCCAATGCGC
CGCGTAACGTCAAGAGAAACCCTAATTCTACCTCTTCTTTCGTCCCACCTCCTTCTTCTC
CGGCGACAGTCTTAACAACAACGGGAACAAGCGTCTCCTCCGTTTCTGATTTGCTCAAAC
GTCCCGCAAGCAAAGAAGAAGAGGTTGGTGGTGATTATGAGAAATGGTTTCCAAGTCCAC
CGAAAGTGGGTAAGCCTAGATCCGTCTTCAATGCTGCCTCCCTTGCTTACATTGGCGACT
CCATCTACGAGATATATGCTCGTCGCCATTTTCTATTCCCCCCACTTAGTATTGAAGAAT
ACAACGACCGTGTTCGAGCAGTGGTCCGATGCGAAGCACAATATGCTTTGCTTCACAAGC
TCCTTGATGAGGATTTCTTAACTAAAGCTGAAAGAGAGATCCTTCGGTGGGGAAAAAACG
TTGGCTCGGTTAAAACAAGGTCAACTAGGCGAGCTGGTGTTGCGGTCTATAACAAGGCCT
CATCACTGGAAACTCTTATTGGCTATTTGTATCTAGCAAACGGCAAGAGATTAGAAGAAA
TAATGCAGAAGCTGGGATTCTCAAGTGGTTCTTCAACAGAGATAATGGTCAAGGAGGCAA
AGCACAAACTATCAGCTTTAAAATAAAACTTTTATACGTATATAGCTGTATCGTTGAAAA
TGTTCAAAAACATTGATTCGACTTCATCAAAAACGTTACTGAGTTTTGGTGATGTTTTGT
TTTAACTTTTAACTAAGTCCTAAGAGAGAGTGTTTTGGTGAG


BQ
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AF RR3G371TF U 1
AF RR3AY93JQ C 115
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RD RR3G371TF 711 0 0
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TGGTGAGAGCTGCATTAGATACGAAGCCTAAGCTCCCCCTCCGATACAATCCCAATGCGC
CGCGTAACGTCAAGAGAAACCCTAATTCTACCTCTTCTTTCGTCCCACCTCCTTCTTCTC
CGGCGACAGTCTTAACAACAACGGGAACAAGCGTCTCCTCCGTTTCTGATTTGCTCAAAC
GTCCCGCAAGCAAAGAAGAAGAGGTTGGTGGTGATTATGAGAAATGGTTTCCAAGTCCAC
CGAAAGTGGGTAAGCCTAGATCCGTCTTCAATGCTGCCTCCCTTGCTTACATTGGCGACT
CCATCTACGAGATATATGCTCGTCGCCATTTTCTATTCCCTCCACTTAGTATTGAAGAAT
ACAACTACCGTGTTCGAGCAGTGGTCCGATGCGAAGCACAATATGCTTTGCTTCACAAGC
TCCTTGATGAGGATTTCTTAACTAAAGCTGAAAGAGAGATCCTTCGGTGGGGAAAAAACG
TTGGCTCGGTTAAAACAAGGTCAACTAGGCGAGCTGGTGTTGCGGTCTATAACAAGGCCT
CATCACTGGAAACTCTTATTGGCTATTTGTATCTAGCAAACGGCAAGAGATTAGAAGAAA
TAATGCAGAAGCTGGGATTCTCAAGTGGTTCTTCAACAGAGATAATGGTCA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3AY93JQ 768 0 0
ATGCGCCGCGTAACGTCAAGAGAAACCCTAATTCTACCTCTTCTTTCGTCCCACCTCCTT
CTTCTCCGGCGACAGTCTTAACAACAACGGGAACAAGCGTCTCCTCCGTTTCTGATTTGC
TCAAACGTCCCGCAAGCAAAGAAGAGGAGGTTGGTGGTGATTATGAGAAATGGTTTCCAA
GTCCACCGAAAGTGGGTAAGCCTAGATCCGTCTTCAATGCTGCCTCCCTTGCTTACATTG
GCGACTCCATCTACGAGATATATGCTCGTCGCCATTTTCTATTCCCCCCACTTAGTATTG
AAGAATACAACGACCGTGTTCGAGCAGTGGTCCGATGCGAAGCACAATATGCTTTGCTTC
ACAAGCTCCTTGATGAGGATTTCTTAACTAAAGCTGAAAGAGAGATCCTTCGGTGGGGAA
AAAACGTTGGCTCGGTTAAAACAAGGTCAACTAGGCGAGCTGGTGTTGCGGTCTATAACA
AGGCCTCATCACTGGAAACTCTTATTGGCTATTTGTATCTAGCAAACGGCAAGAGATTAG
AAGAAATAATGCAGAAGCTGGGATTCTCAAGTGGTTCTTCAACAGAGATAATGGTCAAGG
AGGCAAAGCACAAACTATCAGCTTTAAAATAAAACTTTTATACGTATATAGCTGTATCGT
TGAAAATGTTCAAAAACATTGATTCGACTTCATCAAAAACGTTACTGAGTTTTGGTGATG
TTTTGTTTTAACTTTTAACTAAGTCCTAAGAGAGAGTGTTTTGGTGAG

QA 1 768 1 768
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7532Contig1 703 2 2 U
GGACCAAAAACATTTTCTATTTAGAAAAAGAAAACTCAAAACCACTTTTTTTTTCTCTCT
CTCTAAGTTCATAAGAAAATGGAAGGAAGACAATATTACCCTCCAAGAGAAAACGTCGAC
GGGAACAGAACAGCCATGGGAGGACCTCACTCGCCGTGGCATTCACCTGTTCCTTATCTT
TTTGGTGGTTTGGCAGCGATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCTGATCCTCGCCTGC
TCTTACTGGCGTCTCTCCGGTTATCTCGACGGTGAGGAGGAGCAGAGCAGAGAGAGAGAT
CTTGAAGCTGGAGATGTCAAACCCACTTACTTGTGACGATGATGAAGATTGTGATGATGA
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AGAGATGAAGACAAAGAAAAAACAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTTCATGATAACTGT
TTGCATCTGACCCGGTTGCTTCTGGTATTCGGATCGGGTCTGGTCAGAGCTCTACATGAT
GAGATTTATAGGCTATATAGTCAAAACTAGAAAAAAGGGAATTGGTTCTGATTAATGCTA
TTTAATCTCAGCTTTTTGCATTAATTTACTTAGGCTTTTTAAGTTGTAAGTTTGTAATTC
ATCAGTCTTGTTCCAATTCTTAGTTATAATGAAAAAATATCGT


BQ
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10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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TCTTACTGGCGTCTCTCCGGTTATCTCGACGGTGAGGAGGAGCAGAGCAGAGAGAGAGAT
CTTGAAGCTGGAGATGTCAAACCCACTTACTTGTGACGATGATGAAGATTGTGATGATGA
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TGGTTTGGCAGCGATGCTTGGTCTCATAGCTTTCGCTCTTCTGATCCTCGCCTGCTCTTA
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AGCTGGAGATGTCAAACCCACTTACTTGTGACGATGATGAAGATTGTGATGATGACGTGA
AGGATGGTGATCAGGTGGTGCGTCGGAGTACTGAGAGTAACGGTGCGACACATTGAGAGA
TGAAGACAAAGAAAAAACAGAGGCTCGTCTTAGGTGAACAGTTCATGATAACTGTTTGCA
TCTGACCCGGTTGCTTCTGGTATTCGGATCGGGTCTGGTCAGAGCTCTACATGATGAGAT
TTATAGGCTATATAGTCAAAACTAGAAAAAAGGGAATTGGTTCTGATTAATGCTATTTAA
TTTCAGCTTTTTGCATTAATTTACTTAGGCTTTTTAAGTTGTAAGTTTGTAATTCATCAG
TCTTGTTCCAATTCTTAGTTATAATGAAAAAATATCGT

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

CO CL7533Contig1 477 2 3 U
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CAATAAATGATTTTCTATAACTATATAGAAACTGATATCTTGTGTTTTTAATAGATTTTG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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AF RR3ET88TF C 1
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AAGACCAAATCCAAACAAAAGAAAAAAACAAAGCATAGTCTTAAAGCAGAATAAGATCAG
TAATAAGACATCATTAGCCACTCCTGGCACGCTTGGCACCGTCCGACTCAACTCAGCGGC
CTTCTTTCCAGTCAACTCCTCACCGGCATCCCCAAGCAAGACGAAAAAGGCTTGATCATT
ATGGTCATAAACAGAGAGTTTCGACAGGTATCGGTAACACAAAAACATTAATTCCCATTT
CAATAAATGATTTTCTATAACTATATAGAAACTGATATCTTGTGTTTTTAATAGATTTTG
TCATTCTTTTATCTTGCATTTTGATCATTTAGCATAGCATTTAGACTTGTTTAGGTTGCA
TTTCATTGTATTTGTCCATATCAGGTGATGAAGATATCAAATGGTAACTTTGGAGCC

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CATTATGGTCATAAACAGAGAGTTTCGACAGGTATCGGTAACACAAAAACATTAATTCCC
ATTTCAATAAATGATTTTCTATAACTATATAGAAACTGATATCTTGTGTTTTTAATAGAT
TTTGTCATTCTTTTATCTTGCATTTTGATCATTTAGCATAGCATTTAGACTTGTTTAGGT
TGCATTTCATTGTATTTGTCCATATCAG

QA 1 388 1 388
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATAATATATTTGTAACTTTTCTCAATTTCCTCATTTTCGTCAACATCTCAAAGATGATGA
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GI21JQ C 1
AF RR3GI21TF U 1
BS 1 653 RR3GI21TF

RD RR3GI21JQ 653 0 0
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GTTTACAAGAAAGCACGCGATAATGTTTGAGGATGGTGTCACCGAGTTCATCGACATGTC
CAAAGAAGAAGATTGGGAGATTCTATTTGACTAATAGTGTTTTAAGCTTTTTTTTTTTTT
GCAGATTTCTTTGGAGCAAAAGTTGAACAAATCTGTCAGCCTTTAAAGTTTGATTTGGGG
ATTGGTGCAGTGACCTTGTTGTTTGCATCTAACAGAATGTAATGTTTGTAAGATTAATAC
ATAATATATTTGTAACTTTTCTCAATTTCCTCATTTTCGTCAACATTTCAAAGATGATGA
ACGATGTCTTTGCAAGAACTTTGTTGTGTATGTATGACATTGTTGCATGTACG

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3GI21TF 653 0 0
GCAGTTTGGTGCAGATCAAGACTGCCATTGTGGAGCCATAGGTTGCAGAAGGCAGCTTGG
GGTGAAACCGAGCAAGCCTAAATTACCCTCTGATGAAGCTCTTCATGTAGTGGTATCTGA
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AAAGTCATGGAACAAGCTTGAGCAAGGGGAGCCATGTCCTCGTAACTGCATTGGTGTGGT
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ATAATATATTTGTAACTTTTCTCAATTTCCTCATTTTCGTCAACATCTCAAAGATGATGA
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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3DQ59JQ C 1
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QA 1 617 1 617
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AF RR3EY08JQ C 1
AF RR3EY08TF U 1
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DS 

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GACGATATGTACATCCACATCGACTCAGTTTGGTCATGATTTCGAGGCCTAATCTGCCTT
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AAAAATGAAGGTGATTTGTTGTCTCTCTGCGTTTTCTTTTAATGTCTGTGTTTTATTTTA
CTTGCTTTTTGTTATTGTTGGTTGTGTTATGTCTATATCGAAGATCGTTTTAGAGAGAGC
CTTTTTTTTTTCCTTGTCATAAAGTCATGTGTATATAAACCGTGAATGTATATATGAGCT
CACGAAACTTTATGCCC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL7538Contig1 1134 2 4 U
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BQ
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AF RR3DK58TF U 1
AF RR3DK58JQ C 338
BS 1 363 RR3DK58TF
BS 364 364 RR3DK58JQ
BS 365 580 RR3DK58TF
BS 581 1134 RR3DK58JQ

RD RR3DK58TF 590 0 0
GTCGATATGAATCACGTCCTCGCTCGCGGCACTTACGGCACTGTCTACCGCGGTGTCTAC
GCCGGTCAACAAGTCGCTGTGAAGGTATTAGATTGGGGAGAAGATGGTGTCTCAACAGCA
GATGATCTCCGCATTTCCTTCGAACAAGAGGTTGCCGTCTGGCAGAAGCTCCATCATCCC
AACGTTACCAAGTTTATAGGAGCATCCATGGGAACCTCTGATCTGAAGATCCCTTCTTCT
AGTGATTCTCTTGGACATGGCAACTCTGCTCATCCTGCCAAGGCCTGTTGTGTTGTCGTT
GAGTATGTTGCTGGTGGCACCCTCAAGAAGTTCCTTATCAAGAAGTATCGCACCAAACTC
CCC*ATCAAGGATGTCATTCAGCTCGCTTTGGATCTCGCTAGAGGGCTGAGTTACCTCCA
CTCCAAGGTGATTGTACATCGGTACGTGAAGTCAGAGAACATGTTACTGGAGCCTAACAA
GACGCTCAAGATTGCTGATTTCGGAGTCGCTAGAGTCGAGGCTCAGAACCCTCAAGACAT
GACCGGTGAAACTGGAACTCTCGGCTACATGGCACCTGAG
TTCTAGAAAG

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3DK58JQ 797 0 0
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GCTAGAGGGCTGAGTTACCTCCACTCCAAGGTGATTGTACATCGGTACGTGAAGTCAGAG
AACATGTTACTGGAGCCTAACAAGACGCTCAAGATTGCTGATTTCGGAGTCGCTAGAGTC
GAGGCTCAGAACCCTCAAGACATGACCGGTGAAACTGGAACTCTCGGCTACATGGCACCT
GAGGTTCTAGAAGGAAAGGCTTACAACAGGAAATGCGATGTGTATAGCTTTGGTGTATGC
CTCTGGGAAATATACTGCTGCGACATGCCCTACGCTGACTGTAGTTTTGCTGAGATCTCT
CATGCCGTTGTTCATAAGAATCTGAGACCAGAGATTCCGAAATGCTGCCCACAGTCGGTG
GCAAACATAATGAGGAGATGCTGGGACCCGAATCCAGACAAGCGACCGGAGATGGAGGAG
GTAGTGAAGCTGCTTGAAGCGGTAAACACAAGCAAAGGCGGGGGAATGATACCACCCGAC
AAGTTTCAGGGGTGCCTCTGTTTCTTCAAACCTCGTGGCCCCTAATCTCTCTCTCCCTCT
CTCTCTCTCCCCCTTGGCTCTGAATATTCTTGAGAGCTGCGTGATTATTTTTTATTCCGA
ATTTTTGTCGAGACATTGGAGTTGGATTGGTGTGGTCTTTGTCATAACAACCCATCTCTC
TCTATATATGTATTTATACTACTAAGTACACAGTCCTGTTGTGTATAAAAACTGATGATA
AAAAGCTTTCTTTCTTT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL7539Contig1 752 2 2 U
TTTTTTAGTTCTCCCTCTCTGCGAGAAACCGTAATTAAAACCCCACAACCTCTCCATCTT
TCGTTGCATTCACGTTTCTACACCCTCCCTTCTATATCGCCCATTTAATAGCTTTGAACC
AGTTTCTCTAGTACAAAAACGTCGATGGCCGTTGATGCTCACCATTTAAACCCTATGTAT
TCTTCCAACAGAGAAATGATGCATACCGTTGAAGCCAACGATTTAGTCTATAACACCCAA
ATGAGATAACACTGTTCAAGCGACGACCATGCCGTTTAACCCCACCATGGAATGTCAAAC
TCCTCTGTTGAATCCAGTTTACAACCTCTCACCGATTGATTGTTTGGCTCAACGGTCCAT
GAAACCGATGATCCATTCCGTTGAAAGTTCCTTGACGTTCAACAGCGAGAATAATTGTAA
CAACGTTGATTTTCTAAGTCCTATTTCGTCTTCGTCTTTGAGGAAACGTCCCAGAGAAGA
TTTAGCCGCTGTTAACCATATAACGAGACAGAGACGTTGCACTGATCCTCTCATGTTTCT
AGGCCAAGACTTGTCTTCTAACGTCCAACATCACAACTTCGATATCGACCGCTTGATCTC
TCATCACGTTGAGATAATGAGAATGGAGATTGAACAGAAAAGAAAAGCGCAAGGTAGGAA
GATAATGGAAGTCATTGAACAAGGGTTGATGAAGACACTGAGAGCAAAAGACGAAGAGAT
CAATCACATCGGAAAACTAAACCTCTTTCTTG


BQ
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AF RR3BW48TF U 1
AF RR3BW48JQ C 39
BS 1 660 RR3BW48TF
BS 661 752 RR3BW48JQ

RD RR3BW48TF 660 0 0
TTTTTTAGTTCTCCCTCTCTGCGAGAAACCGTAATTAAAACCCCACAACCTCTCCATCTT
TCGTTGCATTCACGTTTCTACACCCTCCCTTCTATATCGCCCATTTAATAGCTTTGAACC
AGTTTCTCTAGTACAAAAACGTCGATGGCCGTTGATGCTCACCATTTAAACCCTATGTAT
TCTTCCAACAGAGAAATGATGCATACCGTTGAAGCCAACGATTTAGTCTATAACACCCAA
ATGAGATAACACTGTTCAAGCGACGACCATGCCGTTTAACCCCACCATGGAATGTCAAAC
TCCTCTGTTGAATCCAGTTTACAACCTCTCACCGATTGATTGTTTGGCTCAACGGTCCAT
GAAACCGATGATCCATTCCGTTGAAAGTTCCTTGACGTTCAACAGCGAGAATAATTGTAA
CAACGTTGATTTTCTAAGTCCTATTTCGTCTTCGTCTTTGAGGAAACGTCCCAGAGAAGA
TTTAGCCGCTGTTAACCATATAACGAGACAGAGACGTTGCACTGATCCTCTCATGTTTCT
AGGCCAAGACTTGTCTTCTAACGTCCAACATCACAACTTCGATATCGACCGCTTGATCTC
TCATCACGTTGAGATAATGAGAATGGAGATTGAACAGAAAAGAAAAGCGCAAGGTAGGAA

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3BW48JQ 714 0 0
AACCCCACAACCTCTCCATCTTTCGTTGCATTCACGTTTCTACACCCTCCCTTCTATATC
GCCCATTTAATAGCTTTGAACCAGTTTCTCTAGTACAAAAACGTCGATGGCCGTTGATGC
TCACCATTTAAACCCTATGTATTCTTCCAACAGAGAAATGATGCATACCGTTGAAGCCAA
CGATTTAGTCTATAACACCCAAATGAGATAACACTGTTCAAGCGACGACCATGCCGTTTA
ACCCCACCATGGAATGTCAAACTCCTCTGTTGAATCCAGTTTACAACCTCTCACCGATTG
ATTGTTTGGCTCAACGGTCCATGAAACCGATGATCCATTCCGTTGAAAGTTCCTTGACGT
TCAACAGCGAGAATAATTGTAACAACGTTGATTTTCTAAGTCCTATTTCGTCTTCGTCTT
TGAGGAAACGTCCCAGAGAAGATTTAGCCGCTGTTAACCATATAACGAGACAGAGACGTT
GCACTGATCCTCTCATGTTTTTAGGCCAAGACTTGTCTTCTAACGTCCAACATCACAACT
TCGATATCGACCGCTTGATCTCTCATCACGTTGAGATAATGAGAATGGAGATTGAACAGA
AAAGAAAAGCGCAAGGTAGGAAGATAATGGAAGTCATTGAACAAGGGTTGATGAAGACAC
TGAGAGCAAAAGACGAAGAGATCAATCACATCGGAAAACTAAACCTCTTTCTTG

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL7540Contig1 1277 2 2 U
GACGTCTGCTTTCTACATGGGTTCTATCGTTGGAGGGGTTTTCATGGCTATGATCCCAGA
CAGTTTCTTGGGAAGGAAGCAACTACTTTTATTCACAGCTCTTGTGATGTCATTCACTGG
AATCTCTCTTCTTCTCAACCAACATATGGATCTACGTTTCCTTAAAGTTCATCATCGGAT
TCGCGCGTTCCCAGATCTGCACGTACGCGCTCAATCTAATAGGCGAGCGAGTTTCCACCA
GATGGAGACCGCGAGTTGCAATGATTCCTTTTACTCTCTTTGTGTTAGGGTTCATGTCCT
TGTCTGGAATAGCCTACCTTGTTAGACACGTTTCTTGGAGAGTTCTCTATCTCTGCACAT
CCGTTCCAGCAGCTATCCACACTGTTTTCATCTATTTCTTCGCCCTAGAGTCTCCTCGTT
GGCTTCATGTGCAAGGAAACAACGAGGAAGCCATCCAAGTGCTCAAAAAGATTTCACCTG
CAAACAGAGGTTACTTGGAATCAGTATCTTCTAGGTTACCTTCAAAAGATGACGTGGAAA
ACACTCCAAGCAGCTCGATCAAGGACTTGTTCATCAGAAAATGGGCTTTTCGAAGAATCT
TGGTCGTTATGACCATAATGTTCGGTTTAGGAATGATGTACTACGGAGTTCCATTAGCGG
TTAGAGACATAGACGTGAACATCTACTTAAGCGAAGCACTAAACGCAGCGGTGGAGTTAC
CAACCTTTGTCATCGCACCAATCTTGCTAGAGAAGTTCAACAGGAGAAGCTCTGTGCTCG
CCAACTGCTTGGTGGGAGGAGCATTAGCAGTGTTCTGTTTCGTCCTGACGCTTTTAGGCC
TAACGAACATTGCTTTTGTCTTTGAACTTGGTTCTTTCTTCTGCGCTAGGATCGGGTTTA
ACTTGATGGCGGTTTATATGATCGAGATGTATCCAACATCCGTGAGGAACTTTGCGACAA
CGATGCTTAGACTATCCCTTGTACTTGGAGGAGCTGCTTGTCCAATCATTGCTTCTGTCG
GAAGAAATGTTCCGTCGCTCTCTTTTGCGGTTTTTGGTTTTACGGTGTTGGGTCTCGGAC
TTTTTACTTTGTTTCTTCCTGAGACCAAAGGTGCAAGTCTTTGTGATACAATGGAAGCAC
AAGAGCAGAGGGAGCAAGCCATGGAGACTAGCAATAGTAGTTGCTAATAATATAGTTTTT
GTGTGTAATTTTTTATATGCGAAAGTGAAATCTAAAAATATTATATCATAATAAATCGAA
CCATTTCGATCATTAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BE12TF U 1
AF RR3BE12JQ C 529
BS 1 748 RR3BE12TF
BS 749 1277 RR3BE12JQ

RD RR3BE12TF 748 0 0
GACGTCTGCTTTCTACATGGGTTCTATCGTTGGAGGGGTTTTCATGGCTATGATCCCAGA
CAGTTTCTTGGGAAGGAAGCAACTACTTTTATTCACAGCTCTTGTGATGTCATTCACTGG
AATCTCTCTTCTTCTCAACCAACATATGGATCTACGTTTCCTTAAAGTTCATCATCGGAT
TCGCGCGTTCCCAGATCTGCACGTACGCGCTCAATCTAATAGGCGAGCGAGTTTCCACCA
GATGGAGACCGCGAGTTGCAATGATTCCTTTTACTCTCTTTGTGTTAGGGTTCATGTCCT
TGTCTGGAATAGCCTACCTTGTTAGACACGTTTCTTGGAGAGTTCTCTATCTCTGCACAT
CCGTTCCAGCAGCTATCCACACTGTTTTCATCTATTTCTTCGCCCTAGAGTCTCCTCGTT
GGCTTCATGTGCAAGGAAACAACGAGGAAGCCATCCAAGTGCTCAAAAAGATTTCACCTG
CAAACAGAGGTTACTTGGAATCAGTATCTTCTAGGTTACCTTCAAAAGATGACGTGGAAA
ACACTCCAAGCAGCTCGATCAAGGACTTGTTCATCAGAAAATGGGCTTTTCGAAGAATCT
TGGTCGTTATGACCATAATGTTCGGTTTAGGAATGATGTACTACGGAGTTCCATTAGCGG
TTAGAGACATAGACGTGAACATCTACTTAAGCGAAGCACTAAACGCAGCGGTGGAGTTAC
CAACCTTTGTCATCGCACCAATCTTGCT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3BE12JQ 749 0 0
ATGACGTGGAAAACACTCCAAGCAGCTCGATCAAGGACTTGTTCATCAGAAAATGGGCTT
TTCGAAGAATCTTGGTCGTTATGACCATAATGTTCGGTTTAGGAATGATGTACTACGGAG
TTCCATTAGCGGTTAGAGACATAGACGTGAACATCTACTTAAGCGAAGCACTAAACGCAG
CGGTGGAGTTACCAACCTTTGTCATCGCACCAATCTTGCTAGAGAAGTTCAACAGGAGAA
GCTCTGTGCTCGCCAACTGCTTGGTGGGAGGAGCATTAGCAGTGTTCTGTTTCGTCCTGA
CGCTTTTAGGCCTAACGAACATTGCTTTTGTCTTTGAACTTGGTTCTTTCTTCTGCGCTA
GGATCGGGTTTAACTTGATGGCGGTTTATATGATCGAGATGTATCCAACATCCGTGAGGA
ACTTTGCGACAACGATGCTTAGACTATCCCTTGTACTTGGAGGAGCTGCTTGTCCAATCA
TTGCTTCTGTCGGAAGAAATGTTCCGTCGCTCTCTTTTGCGGTTTTTGGTTTTACGGTGT
TGGGTCTCGGACTTTTTACTTTGTTTCTTCCTGAGACCAAAGGTGCAAGTCTTTGTGATA
CAATGGAAGCACAAGAGCAGAGGGAGCAAGCCATGGAGACTAGCAATAGTAGTTGCTAAT
AATATAGTTTTTGTGTGTAATTTTTTATATGCGAAAGTGAAATCTAAAAATATTATATCA
TAATAAATCGAACCATTTCGATCATTAAT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL7541Contig1 767 2 2 U
GGGCCCACAGTTTTGCATTCACCTAGAGAGAGAGAGAGAGTAAAGAGAGAGATGCAGTCG
CTGCAGGAGAAGGCATCGGCATGGAGCGGCGTGGATCAGGCTGACTCGTTCGCCATCGAC
GAGTCCAATCTGTTCGAAAAGCTCGGTCTTCAGAGCTTCATCAACCTCTCCACCAACTTC
TACACCAGGGTATATGATGACGAAGAAGAATGGTTTCGATCTATGTTTGCTAAATCTACG
AAAGAAGACGCCATCCAGAACCAATATGAGTTCTTCGTCCAGCGTATGGGAGGCCCTCCT
CTCTATTCTCAAAGGAAAGGTCATCCTGCTCTGATTGCTCGTCACCGTCCTTTTCCGGTG
ACTCATGAAGCTGCAGAGAGATGGCTTCAGCATATGCAAAATGCCATGGACGAGTCGGTC
GACATTGACCAGGAGTCCAAAGTCAAAATGATGAATTTCTTCAGGCACACCGCTTTCTTC
CTTGTGGCTGGAAACGAGTTGAAAAACCAGGATCAGAATCAGAACAACCAAGTTACGTGC
AAGTGTAAGCACGCTCACGCTCACGCTGCCAATAAACCAGCAGAAGAGTAATCAACAACA
ACAGATTCTTGTTGTATTTTTTTTACTTTTTCATATTGAAAGAAAGAATCTTTCTTCGAA
ATGCTACGCAAGAGAACTAGGACTGGTCTTAGCTCTCATTGCAATAGCACTCCCTCTTTT
TAGACGGTCTGATACATTTGAAGATTCGAATAAAGCTGTATTACAAC


BQ
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AF RR3AK68TF U 1
AF RR3AK68JQ C 27
BS 1 746 RR3AK68TF
BS 747 767 RR3AK68JQ

RD RR3AK68TF 746 0 0
GGGCCCACAGTTTTGCATTCACCTAGAGAGAGAGAGAGAGTAAAGAGAGAGATGCAGTCG
CTGCAGGAGAAGGCATCGGCATGGAGCGGCGTGGATCAGGCTGACTCGTTCGCCATCGAC
GAGTCCAATCTGTTCGAAAAGCTCGGTCTTCAGAGCTTCATCAACCTCTCCACCAACTTC
TACACCAGGGTATATGATGACGAAGAAGAATGGTTTCGATCTATGTTTGCTAAATCTACG
AAAGAAGACGCCATCCAGAACCAATATGAGTTCTTCGTCCAGCGTATGGGAGGCCCTCCT
CTCTATTCTCAAAGGAAAGGTCATCCTGCTCTGATTGCTCGTCACCGTCCTTTTCCGGTG
ACTCATGAAGCTGCAGAGAGATGGCTTCAGCATATGCAAAATGCCATGGACGAGTCGGTC
GACATTGACCAGGAGTCCAAAGTCAAAATGATGAATTTCTTCAGGCACACCGCTTTCTTC
CTTGTGGCTGGAAACGAGTTGAAAAACCAGGATCAGAATCAGAACAACCAAGTTACGTGC
AAGTGTAAGCACGCTCACGCTCACGCTGCCAATAAACCAGCAGAAGAGTAATCAACAACA
ACAGATTCTTGTTGTATTTTTTTTACTTTTTCATATTGAAAGAAAGAATCTTTCTTCGAA
ATGCTACGCAAGAGAACTAGGACTGGTCTTAGCTCTCATTGCAATAGCACTCCCTCTTTT
TAGACGGTCTGATACATTTGAAGATT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3AK68JQ 741 0 0
AGAGAGAGAGAGAGTAAAGAGAGAGATGCAGTCGCTGCAGGAGAAGGCATCGGCATGGAG
CGGCGTGGATCAGGCTGACTCGTTCGCCATCGACGAGTCCAATCTGTTCGAAAAGCTCGG
TCTTCAGAGCTTCATCAACCTCTCCACCAACTTCTACACCAGGGTATATGATGACGAAGA
AGAATGGTTTCGATCTATGTTTGCTAAATCTACGAAAGAAGACGCCATCCAGAACCAATA
TGAGTTCTTCGTCCAGCGTATGGGAGGCCCTCCTCTCTATTCTCAAAGGAAAGGTCATCC
TGCTCTGATTGCTCGTCACCGTCCTTTTCCGGTGACTCATGAAGCTGCAGAGAGATGGCT
TCAGCATATGCAAAATGCCATGGACGAGTCGGTCGACATTGACCAGGAGTCCAAAGTCAA
AATGATGAATTTCTTCAGGCACACCGCTTTTTTCCTTGTGGCTGGAAACGAGTTGAAAAA
CCAGGATCAGAATCAGAACAACCAAGTTACGTGCAAGTGTAAGCACGCTCACGCTCACGC
TGCCAATAAACCAGCAGAAGAGTAATCAACAACAACAGATTCTTGTTGTATTTTTTTTAC
TTTTTCATATTGAAAGAAAGAATCTTTCTTCGAAATGCTACGCAAGAGAACTAGGACTGG
TCTTAGCTCTCATTGCAATAGCACTCCCTCTTTTTAGACGGTCTGATACATTTGAAGATT
CGAATAAAGCTGTATTACAAC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL7542Contig1 747 2 14 U
GGCCGGTAACAAAAAAAGGATAATCAAATAAACTAATCATCATCATCATCAACCCTTCCG
TCTTCAAATGTCTTCTCGCCGGAGAGTTCTGCTTAAGGTTATCATCCTCGGCGATAGCGG
GGTTGGGAAGACATCGTTGATGAATCAGTTTGTGAACCGCAAGTTTAGTAATCAGTACAA
AGCTACGATTGGAGCTGATTTCTTGACTAAAGAGGTTCAAATTGATGACCGCATCTTCAC
TTTACAGATTTGGGATACTGCGGGACAAGAAAGGTTCCAAAGCTTGGGAGTTGCGTTCTA
CAGAGGAGCTGACTGTTGTGTTCTTGTGTACGATGTCAATGTTATGAAATCTTTCGAGAA
TCTTAATAACTGGAGGGAAGAGTTCTTGATTCAGGCTGGTCCATCAGATCCTGACAACTT
CCCCTTTGTCGTCTTGGGGAACAAGACCGATGTTGATGGTGGCAAAAGCCGAGTGGTTTC
TGAGAAGAAAGCAAAGGCCTGGTGTGCGTCAAAAGGAAACATTCCTTACTTTGAGACATC
TGCCAAAGAAAGATTCAATGTAGACGCAGCTTTCGAGTGCATCACCAAAAATGCTTTCAA
GAATGAACCTGAAGAAGAACCGTACCTACCTGACCCGATTGATGTTGCTGGAGGTCAGCA
ACACAGATCAACAGGGTGTGAATGCTGATCAAGCGTAAAGTTTCTTTCAGTTCATTTGAA
TTATTACAGATTCTAACGAACTATTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ20TF U 1
AF RR3H673TF U 6
BS 1 90 RR3EJ20TF
BS 91 91 RR3H673TF
BS 92 261 RR3EJ20TF
BS 262 262 RR3H673TF
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BS 591 591 RR3H673TF
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BS 600 600 RR3H673TF
BS 601 610 RR3EJ20TF
BS 611 747 RR3H673TF

RD RR3EJ20TF 610 0 0
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TCTTCAAATGTCTTCTCGCCGGAGAGTTCTTCTTAAGGTTATCATCCTCGGCGATAGCGG
GGTTGGGAAGACATCGTTGATGAATCAGTTTGTGAACCGCAAGTTTAGTAATCAGTACAA
AGCTACGATTGGAGCTGATTTCTTGACTAAAGAGGTTCAAATTGATGACCGCATCTTCAC
TTTACAGATTTGGGATACTGCTGGACAAGAAAGGTTCCAAAGCTTGGGAGTTGCGTTCTA
CAGAGGAGCTGACTGTTGTGTTCTTGTGTACGATGTCAATGTTATGAAATCTTTCGAGAA
TCTTAATAACTGGAGGGAAGAGTTCTTGATTCAGGCTGGTCCATCAGATCCTGACAACTT
CCCGTTTGTCGTCTTGGGGAACAAGACCGATGTTGATGGTGGCAAAAGCCGAGTGGTTTC
TGAGAAGAAAGCAAAGGCGTGGTGTGCGTCAAAAGGAAACATTCCTTACTTTGAGACATC
TGCCAAAGAAAGATTCAATGTAGACGCAGCTTTCGAGTGCATCACCAAAA*TGCTTTCA*
GAATGAACCT

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3H673TF 742 0 0
GG
AACAAAAAAAGGATAATCAAATAAACTAATCATCATCATCATCAACCCTTCCGTCTTCAA
ATGTCTTCTCGCCGGAGAGTTCTGCTTAAGGTTATCATCCTCGGCGATAGCGGGGTTGGG
AAGACATCGTTGATGAATCAGTTTGTGAATCGCAAGTTTAGTAATCAGTACAAAGCTACG
ATTGGAGCTGATTTCTTGACTAAAGAGGTTCAAATTGATGACCGCATCTTCACTTTACAG
ATTTGGGATACTGCGGGACAAGAAAGGTTCCAAAGCTTGGGAGTTGCGTTCTACAGAGGA
GCTGACTGTTGTGTTCTTGTGTACGATGTCAATGTTATGAAATCTTTTGAGAATCTTAAT
AACTGGAGGGAAGAGTTCTTGATTCAGGCTGGTCCATCAGATCCTGACAACTTCCCCTTT
GTCGTCTTGGGGAACAAGACTGATGTTGATGGTGGCAAAAGCCGAGTGGTTTCTGAGAAG
AAAGCAAAGGCCTGGTGTGCGTCTAAAGGAAACATTCCTTACTTTGAGACATCTGCCAAA
GAAGGATTCAATGTAGACGCAGCTTTCGAGTGCATCACCAAAAATGCTTTCAAGAATGAA
CCTGAAGAAGAACCGTACCTACCTGACCCGATTGATGTTGCTGGAGGTCAGCAACACAGA
TCAACAGGGTGTGAATGCTGATCAAGCGTAAAGTTTCTTTCAGTTCATTTGAATTATTAC
AGATTCTAACGAACTATTAG

QA 3 742 3 742
DS 



AS 1 2

CO CL7543Contig1 1038 2 4 U
GGGAGCGTTTGGGAATGTGTACAGAGCGATGTTCGTTTCGTCTGGAACGATCTCTGCTGT
GAAGAGATCGAGGCATAACTCGACTGAAGGGAGGACGGAGTTTCTAGCTGAGCTTTCGAT
TATTGCTTGCTTGCGTCACAAGAATCTTGTTCAGCTGCAGGGTTGGTGTAACGAGAAGGG
AGAGTTGCTTCTTGTTTACGAGTTCATGCCTAATGGGAGCCTTGATAAGATTCTGTACCA
GGAGTCGGAGACGGGTGGTGTGTCTCTTGACTGGTCGCATAGGTTGAACATAGCGATTGG
TTTGGCGTCGGCTTTGTCGTATCTTCACCACGAGTGTGAGCAGCAAGTGGTTCACAGAGA
CATAAAGGCAAGCAACATTATGCTCGACATCAACTTCAACGCGAGGCTTGGTGATTTTGG
TCTGGCGAGGCTCACTGAGCACGATAAAAGCCCTATCTCGACTTTGACAGCTGGTACGAT
GGGGTATCTCGCACCGGAGTATCTTCAGTACGGGACTGCGACTGAGAAAACAGATGCGTT
TAGCTACGGAGTGGTGATTCTGGAGATTGCTTGCGGGAGAAGGCCGATAGATAAAGAACC
GGGAATCAAAAGACTGTGAACTTGGTGGATTGGGTTTGGAGATTGCACAGTGAAGGAAGA
GTTCTTGACGCTGTGGATGTGAGGTTGAAAGGTGTTTTGATGAGGGGATGATGAAGAAGC
TGTTGCTAGTTGGGCTTAAGTGTGCTCATCCAGATAGTAATGAGAGACCATCGATGAGAC
GTGTTCTACAGATACTGAACAATGAGGTTGAGCCTAGCCCTGTTCCGAAGATGAAACCAA
CGCTATCTTTCTCTATTGGGTTGATAAGTCTTGATGATATCGTTTCCAAAGATGATGGAG
ACAGCATCGTGTAGAAGTTTTTTTTTTATTCTTTTGTTTGAAATTTGTGTTGATTTGTAT
AACAATGTGTGTGGCCTTTGGTTCAATGAGTTTATATTGAACGATTAGGTTTTTGTATTC
GTATTAACTTCATCTCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CC06TF U 1
AF RR3CC06JQ C 215
BS 1 655 RR3CC06TF
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BS 657 672 RR3CC06TF
BS 673 1038 RR3CC06JQ

RD RR3CC06TF 672 0 0
GGGAGCGTTTGGGAATGTGTACAGAGCGATGTTCGTTTCGTCTGGAACGATCTCTGCTGT
GAAGAGATCGAGGCATAACTCGACTGAAGGGAGGACGGAGTTTCTAGCTGAGCTTTCGAT
TATTGCTTGCTTGCGTCACAAGAATCTTGTTCAGCTGCAGGGTTGGTGTAACGAGAAGGG
AGAGTTGCTTCTTGTTTACGAGTTCATGCCTAATGGGAGCCTTGATAAGATTCTGTACCA
GGAGTCGGAGACGGGTGGTGTGTCTCTTGACTGGTCGCATAGGTTGAACATAGCGATTGG
TTTGGCGTCGGCTTTGTCGTATCTTCACCACGAGTGTGAGCAGCAAGTGGTTCACAGAGA
CATAAAGGCAAGCAACATTATGCTCGACATCAACTTCAACGCGAGGCTTGGTGATTTTGG
TCTGGCGAGGCTCACTGAGCACGATAAAAGCCCTATCTCGACTTTGACAGCTGGTACGAT
GGGGTATCTCGCACCGGAGTATCTTCAGTACGGGACTGCGACTGAGAAAACAGATGCGTT
TAGCTACGGAGTGGTGATTCTGGAGATTGCTTGCGGGAGAAGGCCGATAGATAAAGAACC
GGGAATCAAAAGACTGTGAACTTGGTGGATTGGGTTTGGAGATTGCACAGTGAAG*AAGA
GTTCTTGACGCT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3CC06JQ 824 0 0
TGGGAGCC
TGATAAGATTCTGTACCAGGAGTCGGAGACGGGTGGTGTGTCTCT*GACTGGTCGCATAG
GTTGAACATAGCGATTGGTTTGGCGTCGGCTTTGTCGTATCTTCACCACGAGTGTGAGCA
GCAAGTGGTTCACAGAGACATAAAGGCAAGCAACATTATGCTCGACATCAACTTCAACGC
GAGGCTTGGTGATTTTGGTCTGGCGAGGCTCACTGAGCACGATAAAAGCCCTATCTCGAC
TTTGACAGCTGGTACGATGGGGTATCTCGCACCGGAGTATCTTCAGTACGGGACTGCGAC
TGAGAAAACAGATGCGTTTAGCTACGGAGTGGTGATTCTGGAGATTGCTTGCGGGAGAAG
GCCGATAGATAAAGAACCGGGAATCAAAAGACTGTGAACTTGGTGGATTGGGTTTGGAGA
TTGCACAGTGAAGGAAGAGTTCTTGACGCTGTGGATGTGAGGTTGAAAGGTGTTTTGATG
AGGGGATGATGAAGAAGCTGTTGCTAGTTGGGCTTAAGTGTGCTCATCCAGATAGTAATG
AGAGACCATCGATGAGACGTGTTCTACAGATACTGAACAATGAGGTTGAGCCTAGCCCTG
TTCCGAAGATGAAACCAACGCTATCTTTCTCTATTGGGTTGATAAGTCTTGATGATATCG
TTTCCAAAGATGATGGAGACAGCATCGTGTAGAAGTTTTTTTTTTATTCTTTTGTTTGAA
ATTTGTGTTGATTTGTATAACAATGTGTGTGGCCTTTGGTTCAATGAGTTTATATTGAAC
GATTAGGTTTTTGTATTCGTATTAACTTCATCTCAG

QA 9 824 9 824
DS 



AS 1 2

CO CL7544Contig1 660 2 16 U
GGAGATAAGGTTAAACCAAAACACTGTCTGAACAAAAAAATTTGTCTTTCCGTTTGAACC
AAAATCAAGAACAATGGCTTGCAGTAATCTAACAACAATGTGGGTTTCATCAAACGCATC
TCTTTCCGATTCCTCTTCCTTGTCCTTCCGTTCTGTTCTCAACCCACTTCCTCTCCCAAA
CCACAACCCCTCTCCTTCAAGATCCTCCTCCGTTGCTCCAATCCAATCCTCCCTCCGTGA
GCTCAGAGACCGAATCGACTCAGTCAAAAACACTCAGAAGATCACCGAAGCCATGAAGCT
TGTCGCTGCAGCAAAAGTCAGGAGAGCTCAAGAAGCTGTCGTCAACGGACGACCATTCTC
CGAAACCCTAGTCGAAGTTCTTTACAACATCAACGAACAGCTTCAAACCGATGATATCGA
TGTGCCCTTAACCAAGATAAGACCGGTTAAGAAGGTTGCACTCGTTGTCGTAACGGGAGA
CCGTGGATTATGCGGTGGGTTTAATAACTTCATTATCAAGAAAGCAGAGGCGAGGATCAA
GGAGCTTCAAGGGTTAGGTCTTGACTACACAGTCATTAGCGTGGGGAAGAAGGGAAACTC
TTACTTCCTCCGCCGTCCGTACATCCCCGTCGACAAGTACCTCGAGGCCGGAACCTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
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AF RR3ER03TF U 1
AF RR3GC63TF U 36
BS 1 187 RR3ER03TF
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BS 189 209 RR3ER03TF
BS 210 210 RR3GC63TF
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BS 311 609 RR3ER03TF
BS 610 610 RR3GC63TF
BS 611 646 RR3ER03TF
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RD RR3ER03TF 646 0 0
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CCACAACTCCTCTCCTTCAAGATCCTCCTTCGTTGTTCCAATCCAATCCTCCCTTCGTGA
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CGAAACCCTAGTCGAAGTTCTTTACAACATCAACGAACAGCTTCAAACCGATGATATCGA
TGTGCCCTTAACCAAGATAAGACCGGTTAAGAAGGTTGCACTCGTTGTCGTAACGGGAGA
CCGTGGATTATGCGGTGGGTTTAATAACTTCATTATCAAGAAAGCAGAGGCGAGGATCAA
GGAGCTTCAAGGGTTAGGTCTTGACTACACAGTCATTAGCGTGGGGAAGAAGGGAAACTC
TTACTTCCTTCGCCGTCCGTACATCCCCGTCGACAAGTACCTCGAG

QA 1 646 1 646
DS 

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GGAAAC
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GGGTTTCATCAAACGCATCTCTTTCCGATTCCTCTTCCTTGTCCTTCCGTTCTGTTCTCA
ACCCACTTCCTCTCCCAAACCACAACCTCTCTCCTTCAAGATCCTCCTCCGTTGCTCCAA
TCCAATCCTCCCTCCGTGAGCTCAGAGACCGAATCGACTCAGTCAAAAACACTCAGAAGA
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TCAACGGACGACCATTCTCCGAAACCCTAGTCGAAGTTCTTTACAATATCAACGAACAGC
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TCGTTGTCGTAACGGGAGACCGTGGATTATGCGGTGGGTTTAATAACTTCATTATCAAGA
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TGGGGAAGAAGGGAAACTCTTACTTCCTCCGCCGTCCGTACATCCCCGTCGACAAGTACC
TCGAGGCCGGAACCTTACC

QA 7 625 7 625
DS 



AS 1 2

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CCCCACATCTCTCACCGACTCATCTCTTTCCATCTTTCTCCTTACTATCTCTTCTGCCGT
CGATCCTTGGCCCTTTTCTATCTCCGTCTTCTAACATCAACCTCTGCTTTATCTCCGTTG
CGCGTTTCATTCAATCTATAAGAAAGATACGATCTTTTTAATGGGTTTTGAAGATCAAGA
AGAACAGAAACAGAGTCCAAAACAGAGTCAGAGCCAGATGGTGTTCAAGTTCCACTTTCA
TGTTCCCCATCTACACATACACCATCATCATAACCATCATTATGTTCCGAAAGGCTGTGT
CGCGATCATGGTGGGACACGAAGGAGATGAAGAAGGTCTACGCAGATTCGTGGTTCCTTT
GATGTTCTTGAGCCATCCTCTGTTTTTGAGTCTCTTGAAAGAAGCTGAAGAAGAGTACGG
ATTCAAACACGCGGGCCCGATTACGATTCCTTGCCGCGTCGATGAGTTTAAGCATGTTCA
GGAGATTATCGACGAGGAGACTCATCGCCGTCACAGTCATCACGGTAACGGGCACAACTA
CCATCATCACCACTACCACAACCATCTGCCATGTTTCTGAAGATCTGTACTTGGATTTGT
TGGTTTAGTTTGGTATTGGTTTGGTTTGACATATAATTGGGTATTGGTTTGGTTTGACTT
CTCTTTTGAGATTGTTTTAGTTTTTCCATAATTTTGGTTTGTAGTTAGTGATGATGATGA
AAAAAATAGAGAGCAATTGAATGTGAATTCTTCTCATCACGAATGTAATAAGAGGAATAC
GAAATTTCAACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AI18TF U 1
AF RR3AI18JQ C 149
BS 1 766 RR3AI18TF
BS 767 852 RR3AI18JQ

RD RR3AI18TF 766 0 0
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CGCGTTTCATTCAATCTATAAGAAAGATACGATCTTTTTAATGGGTTTTGAAGATCAAGA
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GATGTTCTTGAGCCATCCTCTGTTTTTGAGTCTCTTGAAAGAAGCTGAAGAAGAGTACGG
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GGAGATTATCGACGAGGAGACTCATCGCCGTCACAGTCATCACGGTAACGGGCACAACTA
CCATCATCACCACTACCACAACCATCTGCCATGTTTCTGAAGATCTGTACTTGGATTTGT
TGGTTTAGTTTGGTATTGGTTTGGTTTGACATATAATTGGGTATTGGTTTGGTTTGACTT
CTCTTTTGAGATTGTTTTAGTTTTTCCATAATTTTGGTTTGTAGTT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3AI18JQ 704 0 0
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ACGATCTTTTTAATGGGTTTTGAAGATCAAGAAGAACAGAAACAGAGTCCAAAACAGAGT
CAGAGCCAGATGGTGTTCAAGTTCCACTTTCATGTTCCCCATCTACACATACACCATCAT
CATAACCATCATTATGTTCCGAAAGGCTGTGTCGCGATCATGGTGGGACACGAAGGAGAT
GAAGAAGGTCTACGCAGATTCGTGGTTCCTTTGATGTTCTTGAGCCATCCTCTGTTTTTG
AGTCTCTTGAAAGAAGCTGAAGAAGAGTACGGATTCAAACACGCGGGCCCGATTACGATT
CCTTGCCGCGTCGATGAGTTTAAGCATGTTCAGGAGATTATCGACGAGGAGACTCATCGC
CGTCACAGTCATCACGGTAACGGGCACAACTACCATCATCACCACTACCACAACCATCTG
CCATGTTTCTGAAGATCTGTACTTGGATTTGTTGGTTTAGTTTGGTATTGGTTTGGTTTG
ACATATAATTGGGTATTGGTTTGGTTTGACTTCTCTTTTGAGATTGTTTTAGTTTTTCCA
TAATTTTGGTTTGTAGTTAGTGATGATGATGAAAAAAATAGAGAGCAATTGAATGTGAAT
TCTTCTCATCACGAATGTAATAAGAGGAATACGAAATTTCAACC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL7546Contig1 400 2 1 U
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GAAGGTAGCGAAGCAAGATAAGAAGAAGAAACCCAGAGGACGTGCTCACAAGCGTCTTCA
GCACAATCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCAACTC
TTCCGAGAAGTAGAAGGATAAATTTGCTTGAAAGAAACTCTTTCTTCTTTGCTATTTTGT
ATCCTTCGGGATGTTTTCTTTGTTTGTTTTAAGTCATGTTTCTTTGGAACTTGTGTTGTA
ACTCTATGCAATGAAATAGGACCGTTTACTTTTCCATCTG


BQ
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AF RR3CE88JQ C 1
AF RR3CE88TF U 1
BS 1 400 RR3CE88TF

RD RR3CE88JQ 400 0 0
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QA 1 400 1 400
DS 

RD RR3CE88TF 400 0 0
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AGCTATGGGCAAAGTTCACGGGTCACTTGCGCGTGCCGGTAAGGTGAGAGGGCAGACTCC
GAAGGTAGCGAAGCAAGATAAGAAGAAGAAACCCAGAGGACGTGCTCACAAGCGTCTTCA
GCACAATCGCCGTTTCGTTACCGCCGTTGTTGGTTTCGGTAAGAAGAGAGGACCCAACTC
TTCCGAGAAGTAGAAGGATAAATTTGCTTGAAAGAAACTCTTTCTTCTTTGCTATTTTGT
ATCCTTCGGGATGTTTTCTTTGTTTGTTTTAAGTCATGTTTCTTTGGAACTTGTGTTGTA
ACTCTATGCAATGAAATAGGACCGTTTACTTTTCCATCTG

QA 1 400 1 400
DS 



AS 1 2

CO CL7547Contig1 894 2 4 U
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CTGGTGGGGACAAAGGCAAGAAAACAGATGAAGTTATGCAAGATGTTGAAGCTAGAGGTA
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AGGAAAATGATAATGAGTAGTTTAATATTATCAACCAGGCCATGCGATTCTTCTGCTGTC
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GTGTAGTCAAAGGAGTAAATCTGTTTGCAAATTTGCACCATTATGTTAAGCCCTAGAAGC
ACAACTCTAAACTCAAATTTATGTTACATTTGTTTCAAAACAGTTTTTTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FJ38TF U 1
AF RR3FJ38JQ C 119
BS 1 721 RR3FJ38TF
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RD RR3FJ38TF 748 0 0
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CGCAAAGGATGGACGAGAGGTTTGATGATGTGAGCAAGAGGGCATGTTGTGAATGCTTTG
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GCCACATGAGGAATCTATGTCCCTGTCCGTATAACAAGAGGAGTTTTCTCTATAGGTATA
CCATAGATGAGTTGAACATTCTTGTAGAGGCGTTGGAACAACGTAAGCTCAGCTCTATGT
TCAAATGGGGAAACATAGATGGCAACTATTGTGCTTCTCCTGCCATCAGAAGTTCACAAC
CTGGTGGGGACAAAGGCAAGAAAACAGATGAAGTTATGCAAGATGTTGAAGCTAGAGGTA
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AGGAAAATGATAATGAGTAGTTTAATATTATCAACCAGGCCATGCGATTCTTCTGCTGTC
A*CATGGCAAAGAAACAGAAGCAGG
ATT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3FJ38JQ 776 0 0
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TGTGGATTTGCATCTTTCCGCTGTGCGGTGTTCATGTTCTGCTGATCGTTACTCGTGTTT
AAGCCACATGAGGAATCTATGTCCCTGTCCGTATAACAAGAGGAGTTTTCTCTATAGGTA
TACCATAGATGAGTTGAACATTCTTGTAGAGGCGTTGGAACAACGTAAGCTCAGCTCTAT
GTTCAAATGGGGAAACATAGATGGCAACTATTGTGCTTCTCCTGCCATCAGAAGTTCACA
ACCTGGTGGGGACAAAGGCAAGAAAACAGATGAAGTTATGCAAGATGTTGAAGCTAGAGG
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GCACAACTCTAAACTCAAATTTATGTTACATTTGTTTCAAAACAGTTTTTTTTGTT

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL7548Contig1 582 2 1 U
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TGAGAGCATTGGTTAAAGTAGCTCTCTGTTATGCAAAACTTTTGCCTTATTATATACTCT
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TTTTTGAACAAACAAGCTAGAATGTGGTATATTACTTTTGTCAAACCAACAATGTAATTG
TAAACGGAGCTTTTGGTTGTCATTAAATTAAAGTCTTTTATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CN51JQ C 1
AF RR3CN51TF U 1
BS 1 582 RR3CN51TF

RD RR3CN51JQ 582 0 0
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GAGAAGGGAGAAGAGAATGAGCATTGTGGATATTGTGGATGTGAAATGCGGGAATCCAGA
TCGAGCTTGGGCTAATCCGATAACCAGTAGACTCAAGAAGCTTGGCTTCTCTAAACTCAA
TGAGAGCATTGGTTAAAGTAGCTCTCTGTTATGCAAAACTTTTGCCTTATTATATACTCT
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TTTTTGAACAAACAAGCTAGAATGTGGTATATTACTTTTGTCAAACCAACAATGTAATTG
TAAACGGAGCTTTTGGTTGTCATTAAATTAAAGTCTTTTATT

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3CN51TF 582 0 0
GAAGAAATCTCAGATTTCAAAACCAAATCCAAGAAGACCAAAAGCAAGAAAATCATCCGA
CGAAGCTAGCAGCAGCAGCAATGTTAGAACACCAAAGGGTCACATCACCAAAAGCACTCA
TCAGCTTCCAGATGTTGTTGGTTCTGATAACGTTAAGACACCAAAGGGTCACAATGCTAA
AAAAAGCACTCATCAGCTTCCAATGCTTGGCTCTGATAATGTATCCTTGCAAGGAACTCC
GAGAAGGGAGAAGAGAATGAGCATTGTGGATATTGTGGATGTGAAATGCGGGAATCCAGA
TCGAGCTTGGGCTAATCCGATAACCAGTAGACTCAAGAAGCTTGGCTTCTCTAAACTCAA
TGAGAGCATTGGTTAAAGTAGCTCTCTGTTATGCAAAACTTTTGCCTTATTATATACTCT
GGCCCATCCGGTTTGTTTTATCGGTATGAACCAAATTGAACCAAATGAGAATGTGGTTTT
TTTTTGAACAAACAAGCTAGAATGTGGTATATTACTTTTGTCAAACCAACAATGTAATTG
TAAACGGAGCTTTTGGTTGTCATTAAATTAAAGTCTTTTATT

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 2

CO CL7549Contig1 618 2 1 U
GGAGCCAAATTAATACCCTAAGCTTACTCCGTATCTTCTCTTTCAGAACTCCCGAGGCAG
AGATGACGGTGGAAGCTGTGAACCCTAAGGCGTACCCTTTAGCTGATTCCCAGCTAGCGA
TAACAATCCTCGATCTTGTTCAGCAAGCCACGAATTACAAACAGCTCAAGAAAGGAGCTA
ACGAAGCTACCAAGACACTGAACCGTGGGATCTCTGAGTTCGTTGTTATGGCTGCTGATG
CTGAGCCTCTCGAGATTCTTCTTCATCCCCCTCTTCTCGCTGAAGATAAGAATGTGCCTT
ATGTGTTTGTGCCATCCAAACAAGCCCTTGGAAGAGCATGTGGGGTGACAAGACCCGTGA
TTGCTTGTTCGGTTACATCAAACGATGCTAGCCAGCTGAAGTCTCAAATTCAGCAGCTCA
AGGATGCCATTGAGAAGCTCCTCATCTAAAGATTTATGGTAGCTTATGAGTGATGATTTT
TATTGGGTTTTGAACAAGAATAATTATTTGTTTTCTTAGGTTTGGTTTGTTGGTTTGATG
ATTTTGGTCTACTCTTGAAACTTAATGTTGATGTAAGAAGCCAGATGAAGCATCAATAAA
CACAAATATTTCCTCCCC


BQ
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AF RR3AQ39JQ C 1
AF RR3AQ39TF U 1
BS 1 618 RR3AQ39TF

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DS 

RD RR3AQ39TF 618 0 0
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AGATGACGGTGGAAGCTGTGAACCCTAAGGCGTACCCTTTAGCTGATTCCCAGCTAGCGA
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CACAAATATTTCCTCCCC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BR60TF U 1
AF RR3BR60JQ C 77
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T
GTGTTCTTTA

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ATATACTCAACTAAGGTTC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

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TTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3E557TF U 2
AF RR3E557JQ C 1
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CGACCAAGAATGTCGGAGCTGGTCTTGACGACCAAAAGAACTTTGTTGCTTTTGCTGGCG
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TCGGTGGTGTCGCCGGAGTTCTGCCTGTAGGTGGAGTAGGCGGGGGAATTGGTGGTCTAG
GAGGGGGTGTAGGTGGTCTCGGTGGTGTAGGTGGTCTAGGCGGTGGTTCAGGTCTCGGTG
GTGGAATAGGTAGTGGTTCAGGTCTTGGTGGTGTAGGTGGACTCGGCGGTGTAGGCGGAC
TTGGTGGTTTGGGAGGAATTGGCGTTGGAAGCGATTGTGGTGGCGTTCTACCTCGCCCTT
GATAATAAAAACGTTCTTTTCCTTTATAAACCAAAGATCGATCCAAGGGTTTATAATGTT
TGTATCAGTTTTCTAAATGTTGTAAGTTTTTTATTTTCCCGATGTTATGT

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3E557JQ 723 0 0
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CCGACCAAGAATGTCGGAGCTGGTCTTGACGACCAAAAGAACTTTGTTGCTTTTGCTGGC
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GTCGGTGGTGTCGCCGGAGTTCTGCCTGTAGGTGGAGTAGGCGGGGGAATTGGTGGTCTA
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GGTGGAATAGGTAGTGGTTCAGGTCTTGGTGGTGTAGGTGGACTCGGCGGTGTAGGCGGA
CTTGGTGGTTTGGGAGGAATTGGCGTTGGAAGCGATTGTGGTGGCGTTCTACCTCGCCCT
TGATAATAAAAACGTTCTTTTCCTTTATAAACCAAAGATCGATCCAAGGGTTTATAATGT
TTGTATCAGTTTTCTAAATGTTGTAAGTTTTTTATTTTCCCGATGTTATGTTTTAGTGTT
TGCTTGCTTTATGTTATTTTCATGATGCTTGTTATGAATTAATTACTTGAGATAATACTT
GTGCTATAGTATATATTTTGTTTGCGTGAGGTAAAACAGTGTTGCTGGTGCTCCAAGTTA
TTC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL7552Contig1 694 2 2 U
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TAGTGCTTATAGCTTACATACTTGCAACTTAACCATGCTACACAACCCAGAGCTCTGTAC
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ATTTCTCGATGAGACAGAGCAGCCTGTGAGCCAAGACAAAAATACAAGTTGATCACCAAA
TCAACTCACAAGTTTCAGAAAACTAACAAAATACAAGTTTATATATTTTTTTTTGCTTGC
AAAAGAAAAACAAACATAGGCTGAGTTTCCTTCCCTTACTCCTCACAAACGGTTGATACG
ATATCAGTCTGCCCGAGCTCTCCCAGCTCTTTCTCCAAGAATCTGACTTCCTCTTCAACG
CGACCAAGCTCAGCAAGGATCCTGTGCTTTCCCCGTGCATCACCATCTTCCAATTCCATC
TCAGTAGGGCTACTACGGTCCTTTTGATTACCCGATTCGCATATCCTCAGATCTGACGAG
ACTCTCAGCCTCGGAGAGAGACACCATCGTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C490TF C 1
AF RR3C490JQ U 8
BS 1 7 RR3C490TF
BS 8 694 RR3C490JQ

RD RR3C490TF 663 0 0
TTTTTTTGCTCAAACTCGATTGCTCGGATGTCAGATTCTAATCTCATACATACAATATGG
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GATTTTTACTACCAGGAGGATATTAGATCAATTAACACCAAAACTGGCCAGGCCTATATT
ATGTAAACCCCAATCAAAGTATAAAGCAGCTGCAGCCATCTCCCCCATTTGGTCCTTCAA
ACCACCGGTCCCATCCTAAGTTCAAAGGCCCATTGGTCAGTGGCAAGAGAGGGTCGGGTG
ATTTCTCGATGAGACAGAGCAGCCTGTGAGCCAAGACAAAAATACAAGTTGATCACCAAA
TCAACTCACAAGTTTCAGAAAACTAACAAAATACAAGTTTATATATTTTTTTTTGCTTGC
AAAAGAAAAACAAACATAGGCTGAGTTTCCTTCCCTTACTCCTCACAAACGGTTGATACG
ATATCAGTCTGCCCGAGCTCTCCCAGCTCTTTCTCCAAGAATCTGACTTCCTCTTCAACG
CGACCAAGCTCAGCAAGGATCCTGTGCTTTCCCCGTGCATCACCATCTTCCAATTCCATC
TCAGTAGGGCTACTACGGTCCTTTTGATTACCCGATTCGCATATCCTCAGATCTGACGAG
ACT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3C490JQ 687 0 0
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TATAGCTTACATACTTGCAACTTAACCATGCTACACAACCCAGAGCTCTGTACGATTTTT
ACTACCAGGAGGATATTAGATCAATTAACACCAAAACTGGCCAGGCCTATATTATGTAAA
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GTCCCATCCTAAGTTCAAAGGCCCATTGGTCAGTGGCAAGAGAGGGTCGGGTGATTTCTC
GATGAGACAGAGCAGCCTGTGAGCCAAGACAAAAATACAAGTTGATCACCAAATCAACTC
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AAACAAACATAGGCTGAGTTTCCTTCCCTTACTCCTCACAAACGGTTGATACGATATCAG
TCTGCCCGAGCTCTCCCAGCTCTTTCTCCAAGAATCTGACTTCCTCTTCAACGCGACCAA
GCTCAGCAAGGATCCTGTGCTTTCCCCGTGCATCACCATCTTCCAATTCCATCTCAGTAG
GGCTACTACGGTCCTTTTGATTACCCGATTCGCATATCCTCAGATCTGACGAGACTCTCA
GCCTCGGAGAGAGACACCATCGTACCC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL7553Contig1 667 2 2 U
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TCGGTCC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BS51TF C 1
AF RR3BS51JQ U 3
BS 1 2 RR3BS51TF
BS 3 667 RR3BS51JQ

RD RR3BS51TF 667 0 0
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AATGTAGCAAACGGCCTAGGGGAAATGTAACACAAGCAGCTCAGAAACCATGGATCTTGA
TGTTGTCCTTCTTCACAAGGCCAGCCTGGACTAGGAACGTGGATACGTTCTTCCTCTGGT
CGCCTTGAAGCTGAATAACCTGTCCGAGTTCAGAGTCTTGAACCACAGTTCCGTTGCAAC
AAAACTCCTTCTTGAGGTCCTTAAGTATCTTGCTGTAACTATACTCTTTCTTCAGCCCCT
GGACTGTTGTCAAGCTTTTTCTACCATTCCCGCACCTGAGTCCTCAGCATCCACATCAGC
AAACGGGTCGAAGGCAGTAGGGACCTGGGAATCAAGTTCAGACATGAAACTTTGTTGATC
TGATGGGCAAACGACAGAGAAACTGAGACCCGATTCGAGGAGTAGCGTTTCGAGGATCTG
ATTTATCGGGAGAAGAGAAGAATGAAACCCTAGATTCGGATAAAGTATGCAACTTCTGTT
TCGGTCC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3BS51JQ 665 0 0
ATGAAGATTTCTTAAATTTTTCATATTAAAGAAGTGGCAAACCCAAAGTACATAAGATGG
TAGTCTCTTAGTATCATATTGCGAATATAAAAAAAAAAACAGTAACAATTGATCAAAGAT
GGAAGTTGAAGAAATGTTTTGGAACAGGGAGGATAACAGTAATGATCCACTAGAGCAGAA
TGTAGCAAACGGCCTAGGGGAAATGTAACACAAGCAGCTCAAAAACCATGGATCTTGATG
TTGTCCTTCTTCACAAGGCCAGCCTGGACTAGGAACGTGGATACGTTCTTCCTCTGGTCG
CCTTGAAGCTGAATAACCTGTCCGAGTTCAGAGTCTTGAACCACAGTTCCGTTGCAACAA
AACTCCTTCTTGAGGTCCTTAAGTATCTTGCTGTAACTATACTCTTTCTTCAGCCCCTGG
ACTGTTGTCAAGCTTTTTCTACCATTCCCGCACCTGAGTCCTCAGCATCCACATCAGCAA
ACGGGTCGAAGGCAGTAGGGACCTGGGAATCAAGTTCAGACATGAAACTTTGTTGATCTG
ATGGGCAAACGACAGAGAAACTGAGACCCGATTCGAGGAGTAGCGTTTCGAGGATCTGAT
TTATCGGGAGAAGAGAAGAATGAAACCCTAGATTCGGATAAAGTATGCAACTTCTGTTTC
GGTCC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL7554Contig1 656 2 1 U
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GACACTGTATTTATGAGGGTGGGTTTTGTAAGCTACACATCACATACTCACGCCACACCG
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TTGCGATGGCTCCACAGCCCGGGCATAATCCATACCCGAGTAATTCACCGCAATACCAGG
CAGCAGATGCGAGCCATTACCAGCAGCAGCAGCCACAAGGGGGATGGGGCAGCAATCAGG
AGGGCAAGGTCACAATCCCTACATGGGAGGACCACCGTCGATGCATCAAGGTGGTCCGGG
TGGTGGTTATATGCCGCCACACCATTATGGTAGTGGCCCTTCTGGTCCAATGCATTAGAA
TGAAAAAAAAAGAGAGAGTCCTTTTTATAAGTCGAAAGACAGAAGGTGTTTAATTCCTCT
CTTTTACGCATTCCTCTGTTTTCTTAGTTTTGTTGTTGTTCTGTTTATGGGACACGACTT
GTACTTCTGTCCAAAAAGATCACTATCATAAGATTCATAAACATTCGGTTTTTATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CK33JQ C 1
AF RR3CK33TF U 1
BS 1 656 RR3CK33TF

RD RR3CK33JQ 656 0 0
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TGAAAAAAAAAGAGAGAGTCCTTTTTATAAGTCGAAAGACAGAAGGTGTTTAATTCCTCT
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QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3CK33TF 656 0 0
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GACACTGTATTTATGAGGGTGGGTTTTGTAAGCTACACATCACATACTCACGCCACACCG
ACCTCAGCATAAAGGTGAACAACGATAGAAGCAGAGACTACACAATGCCTGACCCGGCTG
TTGCGATGGCTCCACAGCCCGGGCATAATCCATACCCGAGTAATTCACCGCAATACCAGG
CAGCAGATGCGAGCCATTACCAGCAGCAGCAGCCACAAGGGGGATGGGGCAGCAATCAGG
AGGGCAAGGTCACAATCCCTACATGGGAGGACCACCGTCGATGCATCAAGGTGGTCCGGG
TGGTGGTTATATGCCGCCACACCATTATGGTAGTGGCCCTTCTGGTCCAATGCATTAGAA
TGAAAAAAAAAGAGAGAGTCCTTTTTATAAGTCGAAAGACAGAAGGTGTTTAATTCCTCT
CTTTTACGCATTCCTCTGTTTTCTTAGTTTTGTTGTTGTTCTGTTTATGGGACACGACTT
GTACTTCTGTCCAAAAAGATCACTATCATAAGATTCATAAACATTCGGTTTTTATC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL7555Contig1 770 2 2 U
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CTCCAGTCCCTCGCCGTCTCCTCCGCAATGTGGCAAGGCGATTTTCTCGTGAAAATCCCG
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AACGCCGCCGTTTTGAACATCACTAGTGAACGTGTTTCTAGGGATGACACGTCTTTCTCG
TTGGTTTTCGTTGCTGAGGAGGGAAGCGGAAGCGACGACGTTTCTGGAGAGCTTGAGGTC
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CGGTGCCAAAATCTGACTCGGATTATATGTGAATCCTCTTTTACTGGTTTTAGGTTGTTT
ACTCTTTCAAAAATAAGACAACGAGCGACAGTTGAATAAATCGATTAGGCTTCTAGTTCT
AGTTTCTTTTTCATCTTCTTGTTTAATTGTCTGTTATGAATTATCCCACA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AZ22TF U 1
AF RR3AZ22JQ C 1
BS 1 656 RR3AZ22TF
BS 657 770 RR3AZ22JQ

RD RR3AZ22TF 656 0 0
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CTCCAGTCCCTCGCCGTCTCCTCCGCAATGTGGCAAGGCGATTTTCTCGTGAAAATCCCG
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TTGGTTTTCGTTGCTGAGGAGGGAAGCGGAAGCGACGACGTTTCTGGAGAGCTTGAGGTC
AAACTCATGGCGAAGCATAAGCGTTACGTGGATAATGATGAAGCTGGACACTTTAATATT
CGGTGCCAAAATCTGACTCGGATTATATGTGAATCCTCTTTTACTGGTTTTAGGTT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3AZ22JQ 770 0 0
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CAAAAAGAAATCAGTATGGCTTACCAAACCAACTTTCATCAAACGCAACCGTTTGCCGTC
GCTCTTCGTCGGTGGTGGTCACGTCCAATGCTGACTATCCCACCATCTAGTGAACGTAGT
TGCACTAAAAAAGAATGTGCGGCTATGTGTGCACCCTGCTTTGGCGCCTTACTCACCGTT
GTCGGCGTGTACTTAATCTTTCTGCTCAACGACAAAGCTCAACTCCACGCCAAAATCTCC
CTCCAGTCCCTCGCCGTCTCCTCCGCAATGTGGCAAGGCGATTTTCTCGTGAAAATCCCG
AGCTCGAGGTATTATATCTACTATGACGTCGATGAGGCTGCCGTGAGGCTAGGTTCTTTA
AACGCCGCCGTTTTGAACATCACTAGTGAACGTGTTTCTAGGGATGACACGTCTTTCTCG
TTGGTTTTCGTTGCTGAGGAGGGAAGCGGAAGCGACGACGTTTCTGGAGAGCTTGAGGTC
AAACTCATGGCGAAGCATAAGCGTTACGTGGATAATGATGAAGCTGGACACTTTAATATT
CGGTGCCAAAATCTGACTCGGATTATATGTGAATCCTCTTTTACTGGTTTTAGGTTGTTT
ACTCTTTCAAAAATAAGACAACGAGCGACAGTTGAATAAATCGATTAGGCTTCTAGTTCT
AGTTTCTTTTTCATCTTCTTGTTTAATTGTCTGTTATGAATTATCCCACA

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL7556Contig1 730 2 10 U
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AAGAATATGCATACAGATGGACAGATATGAGTGAGAGAGAGGGGAAACAAAATAAAAGCC
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GTAGTACCATCCTTAAAAGCTTGCTGTCCATCGGTTTCCATGCCGAGCTTGAACAAGCAA
GCCGCTTGTAAATACAATGCGGTTGGCCATTCTGGAAACACAACCTGTGCTTGCAGTGCA
TCGGTTAGAGCCTCTTGTGCGTTATCGTTCATCAAATATGACAGGCAACGCCTTGCGTGA
ACAGTTGGTGACACCATTGTTCCTCCATCTATGAACTGAGTGTAGCAATGGACTGCGGTT
GTATAATCTTTGGAACGAAAAGCTACGTCGCCTTGCTTCTTAGAGTTGAGAGATTCTTGC
ATCTGGTTGGTCCACATTTGAAACGAGAGCTCGTTAGCGATTCCTTCATCATCCTTGTAT
CCCATCTTACTTAGTATTTCGTGTATGGCCGTAAGATCCACTCTTAAACACGCGTCACCA
AAGGGCGTCAATGAAAGCTGCTGCTATTCCTCGGCCTGATCCGTTTCATGTGGTATACCC
ATAAGATCATATGAAGGCACGTCAGTTTCCTTCTGGAGCGGGGTGAGTGAAGTGATGAGA
GACTTCACAT


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AN66JQ U 1
AF RR3F156JQ U 2
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RD RR3AN66JQ 707 0 0
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QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3F156JQ 729 0 0
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QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3FH83JQ C 1
AF RR3FH83TF U 1
BS 1 614 RR3FH83TF

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AAATGTTTCGATAT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3FH83TF 614 0 0
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AGGAGACATTGGATCTGCTTCTCAAGAGTTTTGAAGTTTCAATCAAACCTTTGCTTTGTT
TGTTCTTTTGTTTTTCTGATTCCCTTTGTAAAATATCCAACTATGCTTTGAAGCTAATGG
AAATGTTTCGATAT

QA 1 614 1 614
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7559Contig1 692 2 2 U
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TTGTTCATAATTGAATTAGAGGATTTATCTTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BM23TF U 1
AF RR3BM23JQ C 1
BS 1 656 RR3BM23TF
BS 657 692 RR3BM23JQ

RD RR3BM23TF 656 0 0
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CAGCTCAGACGAAGAAACGTTTCTCAAGATTCAAAAGGCGTGGCAAGTCCTAAGCGACGC
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TGCTGCTGATGAGATTAGTGTAGAGGACATGTCGGTGGAGGTTTCTGGAGAAGAAGGCAT
GGAGGTTTTTTATCAGTGTAGGTGTGGTGATTACTTGTCTGTTGATTCCTCTGAGCTGGA
GACTATGGGGTTTGTGTTGGTGAGAGACGAGGGCGATTGTGTCGTTCGAGTTCGGAGATT
GGGTGCTTTTGTGACTTCTTCTGTTGTTCTTCCTTGTGGATCTTGTTCTTTGAAAACCCG
TGTTTGGGTTGGTTCAGACATGAAAATTCCTCTTGCTATGTGACCATCAGGGTTTG

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3BM23JQ 692 0 0
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TCACCCGTCGTCTTATGATTCAAAAACAATCATGCTTCTCGGTCAAAACACTCTCTACGA
GACATACTACCAGATTCTCTCCGTCAAAGAAGATGCGACCTACGACGAAATCCGCAACAG
CTATCGATCCGCCATCCTCCACTCTCACCCAGACAAGCTAAACAGTTCGCGTTCTCGCAG
CAGCTCAGACGAAGAAACGTTTCTCAAGATTCAAAAGGCGTGGCAAGTCCTAAGCGACGC
GGAGCTACGCGTCGTTTACGACAACGACCTTCGATCGTCGAGACAGGAGGGAGCCACTGC
TGCTGCTGATGAGATTAGTGTAGAGGACATGTCGGTGGAGGTTTCTGGAGAAGAAGGCAT
GGAGGTTTTTTATCAGTGTAGGTGTGGTGATTACTTGTCTGTTGATTCCTCTGAGCTGGA
GACTATGGGGTTTGTGTTGGTGAGAGACGAGGGCGATTGTGTCGTTCGAGTTCGGAGATT
GGGTGCTTTTGTGACTTCTTCTGTTGTTCTTCCTTGTGGATCTTGTTCTTTGAAAACCCG
TGTTTGGGTTGGTTCAGACATGAAAATTCCTCTTGCTATGTGACCATCAGGGTTTGGTTC
TTGTTCATAATTGAATTAGAGGATTTATCTTG

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL7560Contig1 1059 2 4 U
GGAAAATACAAAGATCAAGAGAAAAAATGGGAGAGATCAAAAGCGGTGAGAAAACGCGCG
TTTTAGTGGTAGGAGCGACGGGTTACTTAGGGAAGAGAATCGTGGGGCGTGTCTGGCTGA
AGGTCACGAGACTTACGTTTTGCAGCGGCCAGAGATTGGTCTCGACATCGAGAAAGTCCA
ACTCCTTCTCTCTTTCAAGAAACTCGGCGCTCGTCTAGTCGAAGCTTCATTCTCCGACCA
CCAAAGCCTCGTATCAGCGGTGAAACTCGTAGACGTCGTTGTCTCCGCCATGTCGGGCGT
TCACTTCCGTAGCCATAACATCCTTATCCATCTCAAGCTCGTTGAAGCCATCAAAGAGGC
TGGTAATGTCAAGCGGTTTTTACCATCTGAGTTTGGTATGGATCCGCCACGTATGGGACA
CGCATTACCACCAGGAAGAGAAACGTTTGATCAAAAATGGAAGTGCGTCATGCTATTGAA
GCTGTCGGAATACCTTATACTTACGTCGTTGGCGCTTGCTTCGCGGCATATTTTGCCGGA
AATTTATCTCAGATGGAAGCTTTACTTCCTCCAAAGAAAAAAACTAATATATATGGAGAT
GGAAACATAAAAGTGGTGTTCGCCGATGAAGACGATACCGCAAAATACACCGCAAAAACA
CTAGACGATCCACGAACAGCGAACAAAACCGTGTATATCAGACCTCAGGACAACGTTTTC
ACGCAAAATGAATTGGTTAAGATTTGGGAAAACCTAACCGGAAATGAATTAGAAAAGAAC
AATATTGCTGCAAAAGACTTCCTTGCCAACATTGAACACATGGAGATTCCACACCAAGCA
GGGATAGGACATTTTTATCATATTTTTTATGAAGGATGTCTCACTGATCACGAAGTCAGA
GAAGATGAAGAAGCGTCAAGTCTATATCCGGATGTCAAGTACAAGGGTATGGATGATTAT
TTAAGAATGTACCTCTGATTACAATTTGGTCAAAATCATAGCTATGATAAATATGCATAT
CATAAGTTTGAAGTTTTTATATTCATTTATTTTCGTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DU62TF U 1
AF RR3DU62JQ C 387
BS 1 657 RR3DU62TF
BS 658 658 RR3DU62JQ
BS 659 708 RR3DU62TF
BS 709 1059 RR3DU62JQ

RD RR3DU62TF 712 0 0
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TTTTAGTGGTAGGAGCGACGGGTTACTTAGGGAAGAGAATCGTGGGGCGTGTCTGGCTGA
AGGTCACGAGACTTACGTTTTGCAGCGGCCAGAGATTGGTCTCGACATCGAGAAAGTCCA
ACTCCTTCTCTCTTTCAAGAAACTCGGCGCTCGTCTAGTCGAAGCTTCATTCTCCGACCA
CCAAAGCCTCGTATCAGCGGTGAAACTCGTAGACGTCGTTGTCTCCGCCATGTCGGGCGT
TCACTTCCGTAGCCATAACATCCTTATCCATCTCAAGCTCGTTGAAGCCATCAAAGAGGC
TGGTAATGTCAAGCGGTTTTTACCATCTGAGTTTGGTATGGATCCGCCACGTATGGGACA
CGCATTACCACCAGGAAGAGAAACGTTTGATCAAAAATGGAAGTGCGTCATGCTATTGAA
GCTGTCGGAATACCTTATACTTACGTCGTTGGCGCTTGCTTCGCGGCATATTTTGCCGGA
AATTTATCTCAGATGGAAGCTTTACTTCCTCCAAAGAAAAAAACTAATATATATGGAGAT
GGAAACATAAAAGTGGTGTTCGCCGATGAAGACGATACCGCAAAATACACCGCAAAA*CA
CTAGACGATCCACGAACAGCGAACAAAACCGTGTATATCAGACCTCAG
ACAA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3DU62JQ 673 0 0
CTGAGTTTGGTATGGATCCGCCACGTATGGGACACGCATTACCACCAGGAAGAGAAACGT
TTGATCAAAAATGGAAGTGCGTCATGCTATTGAAGCTGTCGGAATACCTTATACTTACGT
CGTTGGCGCTTGCTTCGCGGCATATTTTGCCGGAAATTTATTTCAGATGGAAGCTTTACT
TCCTCCAAAGAAAAAAACTAATATATATGGAGATGGAAACATAAAAGTGGTGTTCGCCGA
TGAAGACGATACCGCAAAATACACCGCAAAAACACTAGACGATCCACGAACAGCGAACAA
AACCGTGTATATCAGACCTCAGGACAACGTTTTCACGCAAAATGAATTGGTTAAGATTTG
GGAAAACCTAACCGGAAATGAATTAGAAAAGAACAATATTGCTGCAAAAGACTTCCTTGC
CAACATTGAACACATGGAGATTCCACACCAAGCAGGGATAGGACATTTTTATCATATTTT
TTATGAAGGATGTCTCACTGATCACGAAGTCAGAGAAGATGAAGAAGCGTCAAGTCTATA
TCCGGATGTCAAGTACAAGGGTATGGATGATTATTTAAGAATGTACCTCTGATTACAATT
TGGTCAAAATCATAGCTATGATAAATATGCATATCATAAGTTTGAAGTTTTTATATTCAT
TTATTTTCGTGTT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL7561Contig1 909 2 2 U
GGAACCCAAAAGAGAAACACTTCCATGTCACAGAAAATACACACACATATAACAGAAGAA
ATCATGAAGAAACCTTCTCTTCATCAACCAATTCTCTTCTTCTTCTTAGCAACCCTTCTC
CCACTAATCCTGACCGTCCATTCTCAACCCTCTCCATCACCATCACCATCCCCATCCCCA
TCAGACGACTCAGATTTCATCCAGACGAGCTGCAACACCACGTTATACCCTGACGTCTGC
GTCTCCTCTCTCTCAAACTTCTCAACCTACGCCCACAACGACCCAGCACTCTTGGCTCGA
GCCGCAATCTCCGTCACTCTCTCCAAGGCCCTCGAGTTAGGCAAATACCTCTCCAACGTA
TCTACTCTCTCTGAAATCCACGTAGATGGTGGCCACCACCCAACCGCAGCCGCCGTTTTT
CATGACTGCTTCGAGAACCTCAAAGACGCAGTCGAAGAAATGAGAGGCTCAATGAAACAG
ATGAGGGATTTGGTCACCACTGGCTCGCTCGAATCTTTCAGGTTTCAGATGAGTAACGTG
CAGACTTGGCTTAGTGCGGCTTTAACCGATGAGGAGACTTGTACAGACGGGTTTAAAGAC
GTTCAAGATGAGCCTAGGAAAGATGAGGTGTGTGCTCGGGTCGATGATGTCAATAAGTTG
ACTAGTAATGCGTTGGCCCTAGTTAATCGATGTGTTGATAATGCGATAAATTGATTATTA
TTGCTAATCAAATATTCTTCTTCTTTTTCACTTTCTAAATAAATTATTGGTCTGTTTTTG
TTTTTTGTTTCTCACGCGTGCATGATAGGAATGTATAATAAGATAATTATGTTTGTTATT
GGCTGAAAATGAGTGTACTTGTTAACGCTTTTCGTTAGGTGGAAATTACGAAAATTAAGT
GTGGAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B202TF U 1
AF RR3B202JQ C 171
BS 1 843 RR3B202TF
BS 844 909 RR3B202JQ

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TCAGACGACTCAGATTTCATCCAGACGAGCTGCAACACCACGTTATACCCTGACGTCTGC
GTCTCCTCTCTCTCAAACTTCTCAACCTACGCCCACAACGACCCAGCACTCTTGGCTCGA
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TCTACTCTCTCTGAAATCCACGTAGATGGTGGCCACCACCCAACCGCAGCCGCCGTTTTT
CATGACTGCTTCGAGAACCTCAAAGACGCAGTCGAAGAAATGAGAGGCTCAATGAAACAG
ATGAGGGATTTGGTCACCACTGGCTCGCTCGAATCTTTCAGGTTTCAGATGAGTAACGTG
CAGACTTGGCTTAGTGCGGCTTTAACCGATGAGGAGACTTGTACAGACGGGTTTAAAGAC
GTTCAAGATGAGCCTAGGAAAGATGAGGTGTGTGCTCGGGTCGATGATGTCAATAAGTTG
ACTAGTAATGCGTTGGCCCTAGTTAATCGATGTGTTGATAATGCGATAAATTGATTATTA
TTGCTAATCAAATATTCTTCTTCTTTTTCACTTTCTAAATAAATTATTGGTCTGTTTTTG
TTTTTTGTTTCTCACGCGTGCATGATAGGAATGTATAATAAGATAATTATGTTTGTTATT
GGC

QA 1 843 1 843
DS 

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CTTGGCTCGAGCCGCAATCTCCGTCACTCTCTCCAAGGCCCTCGAGTTAGGCAAATACCT
CTCCAACGTATCTACTCTCTCTGAAATCCACGTAGATGGTGGCCACCACCCAACCGCAGC
CGCCGTTTTTCATGACTGCTTCGAGAACCTCAAAGACGCAGTCGAAGAAATGAGAGGCTC
AATGAAACAGATGAGGGATTTGGTCACCACTGGCTCGCTCGAATCTTTCAGGTTTCAGAT
GAGTAACGTGCAGACTTGGCTTAGTGCGGCTTTAACCGATGAGGAGACTTGTACAGACGG
GTTTAAAGACGTTCAAGATGAGCCTAGGAAAGATGAGGTGTGTGCTCGGGTCGATGATGT
CAATAAGTTGACTAGTAATGCGTTGGCCCTAGTTAATCGATGTGTTGATAATGCGATAAA
TTGATTATTATTGCTAATCAAATATTCTTCTTCTTTTTCACTTTCTAAATAAATTATTGG
TCTGTTTTTGTTTTTTGTTTCTCACGCGTGCATGATAGGAATGTATAATAAGATAATTAT
GTTTGTTATTGGCTGAAAATGAGTGTACTTGTTAACGCTTTTCGTTAGGTGGAAATTACG
AAAATTAAGTGTGGAAATT

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

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AAATGGGAAAGCTGTAGGACTCCTATTTGAAGACGATGGAGATGGATATGGCTACAGAGA
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GCTTGGTGGTGGTGCAATGCTTGATGCTTGGGGAATGGATGGAGAGACTATCCAGATTAA
GATGCCTTCAGAAAGTGAAGTTTCCGCGTTAATATCTACAAGCAATGAACGGTTTACACT
TCATATGGAAAATACAAAACTGATACCTGAGAAGGAAGTGCTACATGGACAAAAGGGAAT
GGAACTCTCAAGGGAACCCGTTGAGCTAAACAGTGGCGACTGGAAACTGAACATAGTTCC
TTGGATTGGTGGAAGGATATTATCTATGACACATGTTCCATCAGGAGTTCAATGGCTTCA
CAGCAGGATAGAGATGAATGGTTACGAAGAGTACAGTGGTACTGAGTACCGATCAGCTGG
ATGTACCGAGGAATATAATGTTATTGAGAGGGATTTGGAACAGGCAGGAGAAGAAGAATC
TCTTATCCTAGAAGGTGATGTAGGTGGTGGACTGGTTCTTCGGCGTAAAATCGCAATACC
TATAGACAATCCCCGACTTGTTCAGATTGCCTCTAGCATTGAAGCCCGTAGTGTTGGTGC
TGGTTCTGGTGGATTTTCAAGGCTGGTATGCTTAAGAGTCCATCCAACTTTCTGTCTAAT
GCATCCGACGGAATCGTTTGTCTCGTTCACATCGATTGATGGTACAAAGCATGAAGTTTG
GCCAGACTCTGGAGAGCAATTATATGAAGGGAACAACCTCCCACATGGTGAATGGATGTT
GGTAGATAAGAGCCTCAATCTAGGGCTGGTAAACAGATTCGACGTTAGTCAGGTCTTCAA
ATGTAGTATCCACTGGGACTGTGGAACCGTTAACTTGGAGTTATGGTCTGAAGACAGACC
TGTTTCCAAGGAATCACCTCTGAAAATAGAGCATGAATATGAAGTCACAAGTTTCCCATA
ACTGTGTTGGGTTATATGTATTTACGATATCAACTCATTACCCTGTTCTACTTGACTACT
TGGGGTTGTGTATAAATAAGTGAACGAGCAGTGTTCGTACGTTTAGATTTACAGTTTCAC
TGTGTTGTATTGGATTACTTTGCTAC


BQ
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AF RR3C521TF U 1
AF RR3C521JQ C 537
BS 1 639 RR3C521TF
BS 640 1286 RR3C521JQ

RD RR3C521TF 639 0 0
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GCTTGGTGGTGGTGCAATGCTTGATGCTTGGGGAATGGATGGAGAGACTATCCAGATTAA
GATGCCTTCAGAAAGTGAAGTTTCCGCGTTAATATCTACAAGCAATGAACGGTTTACACT
TCATATGGAAAATACAAAACTGATACCTGAGAAGGAAGTGCTACATGGACAAAAGGGAAT
GGAACTCTCAAGGGAACCCGTTGAGCTAAACAGTGGCGACTGGAAACTGAACATAGTTCC
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QA 1 639 1 639
DS 

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TACCTATAGACAATCCCCGACTTGTTCAGATTGCCTCTAGCATTGAAGCCCGTAGTGTTG
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TAATGCATCCGACGGAATCGTTTGTCTCGTTCACATCGATTGATGGTACAAAGCATGAAG
TTTGGCCAGACTCTGGAGAGCAATTATATGAAGGGAACAACCTCCCACATGGTGAATGGA
TGTTGGTAGATAAGAGCCTCAATCTAGGGCTGGTAAACAGATTCGACGTTAGTCAGGTCT
TCAAATGTAGTATCCACTGGGACTGTGGAACCGTTAACTTGGAGTTATGGTCTGAAGACA
GACCTGTTTCCAAGGAATCACCTCTGAAAATAGAGCATGAATATGAAGTCACAAGTTTCC
CATAACTGTGTTGGGTTATATGTATTTACGATATCAACTCATTACCCTGTTCTACTTGAC
TACTTGGGGTTGTGTATAAATAAGTGAACGAGCAGTGTTCGTACGTTTAGATTTACAGTT
TCACTGTGTTGTATTGGATTACTTTGCTAC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

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AACTAAAACTAAAACTAAACTGAGATCTAACCAAAAAGAAAAGAGGAAGAAGAATGTTGG
AGCTGTTTTTCACGATAGCGTTCTCGGCGGCGCCGTTAACGCTGTACATACCTCCGATAA
GATGTCTGACGATGTTCGTGGAGACGATGGAAGAGATGGGAATGGAAGGTAGGGTTTATA
GCAGGAGAGTCTTCCCTCGCCCCAGAACTGCTTGGACTCGCCTTCTCGATTGCTTCTTCT
CCTCTTCTCCTCCTCCTCGCCGTCCTTAAAAAATTAAATTACTCTCGTTCGTCTCCTTCC
CCTCCTGTAGATATATCTCATGTTTTACTTGCTGTGTGTGTTTTGATCACGATTTGGGAT
TATTCAAGATGATGATAGAGAGACTTGTTCTTGATTTTTTTTAATAATAGCAGACAGGAT
ATTATGAATCATCTTTTTTTTTGCTGTTGTCTCTGTGTTTTCATATAAACAAATTTATTG
TAATTGAGATTCACGTTGCTCAGAGATTACATGTTGAATCTGAGCTAAAATCATTATTAT
CTCGTTAGTTATTGTTAGTTGAATAAAATGGAAATTTACAAAAAAGAATGAAAGGAAATC
AGTTTAGAAATAACTTAATTTAGTTTTATTAGTTGGCCGTTGTGTTTCTTCTTTCTCTGT
TTGTTTGTGTTGCAGACTGTATTTGAATATATGGACGTTTCTCTAGTCTTTTGATCTCGT
GTATGTTGGCTGTTTCTAGTAGGAGAAAGAGCTGGAAGAAGACACCGTAGAGTTTGGTCC
TCTAAGGGCTTCAAAGAAGCTGTCCGGTAGAAGCATTGGTTGGGTTTTGTTCTTATTTTC
TGCTGCAACACCACTGCCTCATGTCCTTTTTGTTCTTTACATTCTCCAGTTCTAAATGAG
TTGTAGGAATGTTCTCCGCAT


BQ
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AF RR3A604TF U 1
AF RR3A604JQ C 159
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RD RR3A604TF 841 0 0
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T

QA 1 841 1 841
DS 

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ACATTCTCCAGTTCTAAATGAGTTGTAGGAATGTTCTCCGCAT

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 2

CO CL7564Contig1 1243 2 2 U
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GAGCGCTGAGCAAAATATATAATCATCTTGATCCGATAACTGATAGTGTGGTGCTTTGGC
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TATGTTGCTTCACGACAAAAGTAAATTACATCGACATGTGAAGAGAATTATTTACTTAAG
TATTTATTGCTACAGAAATATATTCTACACAAAGAGAAAAAGAACTATTTATTGCTACAG
AAAATAAGAAAGAGGACGCAAATGATATTCCTGCCAAAATACGGCGGAAAACTATAAACA
AAATGGTAGTCCATTCGTGTTAGAATGGGCACAAATGGTATTCAAAGGTGACTTTTTACA
AAAGTTCGAAAACGCTTGATTATTTGTTTTGTTCATGTTTGAAAAAACAAAGTTCGCACC
AACAAAATCAGTCAGTTGCCGAATCAGTAGCTTTTCACACAAAAGAAAACATTTCGTTAA
AAAGGCAGTCAAGTTATCACTAGTTATCATTTAAAGTGTTGTACCATTTTATAGTCATAA
AATCAGTCAGTGTTGTACCATTTCCAATCTAACAGGTTTTTACCATTTAAGTCATACAAT
TAATATAGATTGGTACCTTTTTTTGTTCAACATATAGATTACTACCTATGTTGCCTTACC
TATATCATGTGTACCTCTGAATCAGTGTCGATAATTTTGAGGAAAGAAACACAACAAATT
AAAAAAACTTGGGAAATTTGGGAGGGGAAAAAAATGCATGAAAAGGAGAGGCAAATGTCG
TGTTTTATATAGTAGTTTTTCTGTCACACAAGAAACATACAACGCATCGCATAAGAGAGA
CTTTCACTTTGTCAAGAATCTTTAACTTGGAGTGGCACTCTGGAGTCCTGAGGAGCGTCG
AGGTCCTGGCGATGTATAAACTTTCTAAGGCTATTAATTATTACATAGTTTTGGACAATC
TGTATATAAAAATTGAACAGTGAGTGAATACTGACATAACACGATATGGTTATTTACAAC
TTTTACGATTTTGTTAAGAAAAATACTATTACGAATCAGTTTC


BQ
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AF RR3A309TF U 1
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QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3A309JQ 841 0 0
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AAAAACAAAGTTCGCACCAACAAAATCAGTCAGTTGCCGAATCAGTAGCTTTTCACACAA
AAGAAAACATTTCGTTAAAAAGGCAGTCAAGTTATCACTAGTTATCATTTAAAGTGTTGT
ACCATTTTATAGTCATAAAATCAGTCAGTGTTGTACCATTTCCAATCTAACAGGTTTTTA
CCATTTAAGTCATACAATTAATATAGATTGGTACCTTTTTTTGTTCAACATATAGATTAC
TACCTATGTTGCCTTACCTATATCATGTGTACCTCTGAATCAGTGTCGATAATTTTGAGG
AAAGAAACACAACAAATTAAAAAAACTTGGGAAATTTGGGAGGGGAAAAAAATGCATGAA
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CGCATCGCATAAGAGAGACTTTCACTTTGTCAAGAATCTTTAACTTGGAGTGGCACTCTG
GAGTCCTGAGGAGCGTCGAGGTCCTGGCGATGTATAAACTTTCTAAGGCTATTAATTATT
ACATAGTTTTGGACAATCTGTATATAAAAATTGAACAGTGAGTGAATACTGACATAACAC
GATATGGTTATTTACAACTTTTACGATTTTGTTAAGAAAAATACTATTACGAATCAGTTT
C

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 2

CO CL7565Contig1 802 2 2 U
GGGTCGTTCTGACCAAACATGAAGAAGAGGATCGATCCCTCTCTCTAATTAGAATATTCC
TCCTTTCGCCGGATCTCTCTTGGGGAAGCAAAAATCAATGGAGGATCCGACCCCATCTCC
GTACGATCTTCTCTTTGAAGCTCTCTGGCTAATCCCAATTCGTCACTATCTCTACGCTCT
CTTCCTCATCTGGACCGTCTTCTTCTACAATTACGTGGAGTTCCATTTCATTGGTGACGT
GGTTCTTCAGTATTTTAGATGTCGAGTCAATCTCATCTACAACCCTGATTCTCCTATTTA
CCACGGTGTTGTCTCTCGCTGCCCGACTCTCCACGGCCGATATGTGGCGACGCCATGGTT
AGCGAGTCCCCATCTTCAGACTTGTTTCCTTAATTTCCATGGATTGCCTCCCGTTTTCAC
CTACACAAGAAAGCTCTTTCGTCCTTCTGATGGTGGAACCATTGCTTTGGATTGGCTTAC
CAACTCTCATGTTCTTGATGAAATCAGTAAAGAAGACACAACTCCCATTGCTGTTGTTAT
TCCAGGCCTAACTAGTGATTCTTCTTCTGCATATCTTAAGCACCTTGCCTACAACACTGC
AAAGTCCGGTTGGAATGTTGTTATTAGTAACCATAGAGGATTGGGTGGTGTTTCTGTTAC
TTCCGATTGCTTCTATAATGCTGGATGGACAGAGGATGTACGGGTTGTTCTTGATCATCT
TCACACGAGTTCCCTATGGCTCCTCTCTTTGCTATGGAACTAGCATGGAGCTATATTCTG
GTGAATACCTTGGGGAGAGGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G810TF U 1
AF RR3BM72TF U 30
BS 1 698 RR3G810TF
BS 699 802 RR3BM72TF

RD RR3G810TF 698 0 0
GGGTCGTTCTGACCAAACATGAAGAAGAGGATCGATCCCTCTCTCTAATTAGAATATTCC
TCCTTTCGCCGGATCTCTCTTGGGGAAGCAAAAATCAATGGAGGATCCGACCCCATCTCC
GTACGATCTTCTCTTTGAAGCTCTCTGGCTAATCCCAATTCGTCACTATCTCTACGCTCT
CTTCCTCATCTGGACCGTCTTCTTCTACAATTACGTGGAGTTCCATTTCATTGGTGACGT
GGTTCTTCAGTATTTTAGATGTCGAGTCAATCTCATCTACAACCCTGATTCTCCTATTTA
CCACGGTGTTGTCTCTCGCTGCCCGACTCTCCACGGCCGATATGTGGCGACGCCATGGTT
AGCGAGTCCCCATCTTCAGACTTGTTTCCTTAATTTCCATGGATTGCCTCCCGTTTTCAC
CTACACAAGAAAGCTCTTTCGTCCTTCTGATGGTGGAACCATTGCTTTGGATTGGCTTAC
CAACTCTCATGTTCTTGATGAAATCAGTAAAGAAGACACAACTCCCATTGCTGTTGTTAT
TCCAGGCCTAACTAGTGATTCTTCTTCTGCATATCTTAAGCACCTTGCCTACAACACTGC
AAAGTCCGGTTGGAATGTTGTTATTAGTAACCATAGAGGATTGGGTGGTGTTTCTGTTAC
TTCCGATTGCTTCTATAATGCTGGATGGACAGAGGATG

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3BM72TF 773 0 0
GATCGATCCCTCTCTCTAATTAGAATATTCCTCCTTTCGCCGGATCTCTCTTGGGGAAGC
AAAAATCAATGGAGGATCCGACCCCATCTCCGTACGATCTTCTCTTTGAAGCTCTCTGGC
TAATCCCAATTCGTCACTATCTCTACGCTCTCTTCCTCATCTGGACCGTCTTCTTCTACA
ATTACGTGGAGTTCCATTTCATTGGTGATGTGGTTCTTCAGTATTTTAGATGTCGAGTCA
ATCTCATCTACAACCCTGATTCTCCTATTTACCACGGTGTTGTCTCTCGCTGCCCGACTC
TTCACGGCCGATATGTGGCGACGCCATGGTTAGCGAGTCCTCATCTTCAGACTTGTTTCC
TTAATTTCCATGGATTGCCTCCCGTTTTCACCTACACAAGAAAGCTCTTTCGTCCTTCTG
ATGGTGGAACCATTGCTTTGGATTGGCTTACCAACTCTCATGTTCTTGATGAAATCAGTA
AAGAAGACACAACTCCCATTGCTGTTGTTATTCCAGGCCTAACTAGTGATTCTTCTTCTG
CATATCTTAAGCACCTTGCCTACAACACTGCAAAGTCCGGTTGGAATGTTGTTATTAGTA
ACCATAGAGGATTGGGTGGTGTTTCTGTTACTTCCGATTGCTTCTATAATGCTGGATGGA
CAGAGGATGTACGGGTTGTTCTTGATCATCTTCACACGAGTTCCCTATGGCTCCTCTCTT
TGCTATGGAACTAGCATGGAGCTATATTCTGGTGAATACCTTGGGGAGAGGGT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL7566Contig1 831 2 2 U
GGGTGGAGAGAGAGAGCATCGCACCGATGGAGAATGAGTACGAGGTGAATAGTGTTTCTG
TCGAGATGATGGATCGCGACGCGGAGGAAGCATCGGCGGCTGAAACTCAGAGCGAGTCTT
CGTCTCTCTCTAACTCGCTCGAGTCCGGTCTTACGGTTGAAAGCTCTCGTGGTGATTCTT
TGGAGAAAACATTTGTTAGGCAGTTGTATTCCTTGCTTGGACGAGGAGAGACTCAGAGAC
TTAATAGAACTCGTGGTGTGCAGTCTAACTCTCGCAAATTGACTGATCAGTTTACGGTTC
TACAAAATGGTTACCGGCAGAAGGTGAGCTTTGGGAATAAACGAGCTCATATGGGAACTG
CTGTCCAAGGAAACCTATTGTGCAACGACCAAATCAAGAGTTCTGGTGACAAGGGTTTTG
CTAGAACATCCATGAGAAATTCTTTAGGGCATGAGTTTCAAGCTCAAACCACTGCAGAGC
GTCAGGGCAGAATTTCAGAGAAGAAAAAGTAGAAGAAGAGAAGGGATTTAACAACTCAGA
GGCGTCCAGGAAACGCAGAAGAGGAGCTAATTTTGATGATAGTTCATTGAATGATCAGGT
TGTGCCTTAATGGTGGTGAAGCCCAGAACAATGATATAAAGCAAATATGAAGTGAAGTGT
AGATTAATTACTATGAATAGAGAGAAAAAAAATAGGAAGTGTGTGAGTGGGAGAATGAAC
GTGGAGGGTTTTGTTTGTTGTATAGTATGATGAGGCTAAAGACAGCCTCGTCGAATGGGG
ATGAAATTTAGTATTTTGATATAATTTAGTAGCATTATCTTCATTTCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX47TF U 1
AF RR3BX47JQ C 35
BS 1 691 RR3BX47TF
BS 692 831 RR3BX47JQ

RD RR3BX47TF 691 0 0
GGGTGGAGAGAGAGAGCATCGCACCGATGGAGAATGAGTACGAGGTGAATAGTGTTTCTG
TCGAGATGATGGATCGCGACGCGGAGGAAGCATCGGCGGCTGAAACTCAGAGCGAGTCTT
CGTCTCTCTCTAACTCGCTCGAGTCCGGTCTTACGGTTGAAAGCTCTCGTGGTGATTCTT
TGGAGAAAACATTTGTTAGGCAGTTGTATTCCTTGCTTGGACGAGGAGAGACTCAGAGAC
TTAATAGAACTCGTGGTGTGCAGTCTAACTCTCGCAAATTGACTGATCAGTTTACGGTTC
TACAAAATGGTTACCGGCAGAAGGTGAGCTTTGGGAATAAACGAGCTCATATGGGAACTG
CTGTCCAAGGAAACCTATTGTGCAACGACCAAATCAAGAGTTCTGGTGACAAGGGTTTTG
CTAGAACATCCATGAGAAATTCTTTAGGGCATGAGTTTCAAGCTCAAACCACTGCAGAGC
GTCAGGGCAGAATTTCAGAGAAGAAAAAGTAGAAGAAGAGAAGGGATTTAACAACTCAGA
GGCGTCCAGGAAACGCAGAAGAGGAGCTAATTTTGATGATAGTTCATTGAATGATCAGGT
TGTGCCTTAATGGTGGTGAAGCCCAGAACAATGATATAAAGCAAATATGAAGTGAAGTGT
AGATTAATTACTATGAATAGAGAGAAAAAAA

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3BX47JQ 797 0 0
TGAGTACGAGGTGAATAGTGTTTCTGTCGAGATGATGGATCGCGACGCGGAGGAAGCATC
GGCGGCTGAAACTCAGAGCGAGTCTTCGTCTCTCTCTAACTCGCTCGAGTCCGGTCTTAC
GGTTGAAAGCTCTCGTGGTGATTCTTTGGAGAAAACATTTGTTAGGCAGTTGTATTCCTT
GCTTGGACGAGGAGAGACTCAGAGACTTAATAGAACTCGTGGTGTGCAGTCTAACTCTCG
CAAATTGACTGATCAGTTTACGGTTCTACAAAATGGTTACCGGCAGAAGGTGAGCTTTGG
GAATAAACGAGCTCATATGGGAACTGCTGTCCAAGGAAACCTATTGTGCAACGACCAAAT
CAAGAGTTCTGGTGACAAGGGTTTTGCTAGAACATCCATGAGAAATTCTTTAGGGCATGA
GTTTCAAGCTCAAACCACTGCAGAGCGTCAGGGCAGAATTTCAGAGAAGAAAAAGTAGAA
GAAGAGAAGGGATTTAACAACTCAGAGGCGTCCAGGAAACGCAGAAGAGGAGCTAATTTT
GATGATAGTTCATTGAATGATCAGGTTGTGCCTTAATGGTGGTGAAGCCCAGAACAATGA
TATAAAGCAAATATGAAGTGAAGTGTAGATTAATTACTATGAATAGAGAGAAAAAAAATA
GGAAGTGTGTGAGTGGGAGAATGAACGTGGAGGGTTTTGTTTGTTGTATAGTATGATGAG
GCTAAAGACAGCCTCGTCGAATGGGGATGAAATTTAGTATTTTGATATAATTTAGTAGCA
TTATCTTCATTTCTTCC

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL7567Contig1 743 2 6 U
GGAAGAAAAGAAAGAAAAGGGTGGGGGGAGAGAGATGAAAGGCGTAAGAAAAACCTACGA
TAATTCTTACACCTTATCCTTCTTGTTTGTCTTTTACGTCTTGATTCTACTTCGTCCTGC
CTTTTCGATCAACACTTTGTCGTCTACAGAATCTCTTACAATTTCAAGCAACAGAACACT
TGTATCTCCCGGTAATGTCTTCGAGCTCGGTTTCTTCAGAACCACCTCAAGTTCTCGTTG
GTATCTCGGGATATGGTACAAGAAATTGTCCGAGAGAACCTATGTATGGGTTGCCAACAG
AGATAACCCTCTCTCCAACTCCATTGGAACCCTTAAAATCTCTGGCAATAATCTTGTCCT
CCAAGGTCATTCCAATAAATCTGTTTGGTCGACGAATCGTACTAGAGGAAATGAGAGGTC
TCCAGTAGTGGCAGAGCTTCTCGCTAATGGAAACTTTGTGATGCGAGACTCCAATAACAA
CGACGCAAATGAATTATTGTGGCAAAGTTTCGATTTCCCTACAGATACTTTGCTTCCAGA
GATGAAACTGGGTTACGACCTCAAAACAGGTCTGAACAGGTTTCTTACATCATGGAGAAG
TTCCGACGATCCGTCAAGCGGGGATTACTCGTACAAACTAGACACTCAAAGGGGATTGCC
TGAGTTTTATCTATTGCAAGCGACGCTCGAGAGCATCGGAGCGGTCCATGGAATGGAATC
GGATTTAATGGGATACAGAGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H194TF U 1
AF RR3CZ80TF U 29
BS 1 58 RR3H194TF
BS 59 59 RR3CZ80TF
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BS 193 713 RR3H194TF
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RD RR3H194TF 713 0 0
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TAATTCTTACACCTTATCCTTCTTGTTTGTCTTTTACGTCTTGATTCTACTTCGTCCTGC
CTTTTCGATCAACACTTTGTCGTCTACAGAATCTCTTACAATTTCAAGCAACAGAACACT
TGTATCTCCCGTTAATGTCTTCGAGCTCGGTTTCTTCAGAACCACCTCAAGTTCTCGTTG
GTATCTCGGGATATGGTACAAGAAATTGTCCGAGAGAACCTATGTATGGGTTGCCAACAG
AGATAACCCTCTCTCCAACTCCATTGGAACCCTTAAAATCTCTGGCAATAATCTTGTCCT
CCAAGGTCATTCCAATAAATCTGTTTGGTCGACGAATCGTACTAGAGGAAATGAGAGGTC
TCCAGTAGTGGCAGAGCTTCTCGCTAATGGAAACTTTGTGATGCGAGACTCCAATAACAA
CGACGCAAATGAATTATTGTGGCAAAGTTTCGATTTCCCTACAGATACTTTGCTTCCAGA
GATGAAACTGGGTTACGACCTCAAAACAGGTCTGAACAGGTTTCTTACATCATGGAGAAG
TTCCGACGATCCGTCAAGCGGGGATTACTCGTACAAACTAGACACTCAAAGGGGATTGCC
TGAGTTTTATCTATTGCAAGCGACGCTCGAGAGCATCGGAGCGGTCCATGGAA

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3CZ80TF 715 0 0
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GTCTTTTACGTCTTGATTCTACTTCGTCCTGCCTTTTCGATCAACACTTTGTCGTCTACA
GAATCTCTTACAATTTCAAGCAACAGAACACTTGTATCTCCCGGTAATGTCTTCGAGCTC
GGTTTCTTCAGAACCACCTCAAGTTCTCGTTGGTATCTCGGGATATGGTACAAGAAATTG
TCCGAGAGAACCTATGTATGGGTTGCCAACAGAGATAACCCTCTCTCCAACTCCATTGGA
ACCCTTAAAATCTCTGGCAATAATCTTGTCCTCCAAGGTCATTCCAATAAATCTGTTTGG
TCGACGAATCGTACTAGAGGAAATGAGAGGTCTCCGGTAGTGGCAGAGCTTCTCGCTAAT
GGAAACTTTGTGATGCGAGACTCCAATAACAACGACGCAAATGAATTATTGTGGCAAAGT
TTCGATTTCCCTACAGATACTTTGCTTCCAGAGATGAAACTGGGTTACGACCTCAAAACA
GGTCTGAACAGGTTTCTTACATCATGGAGAAGTTCCGACGATCCGTCAAGCGGGGATTAC
TCGTACAAACTAGACACTCAAAGGGGATTGCCTGAGTTTTATCTATTGCAAGCGACGCTC
GAGAGCATCGGAGCGGTCCATGGAATGGAATCGGATTTAATGGGATACAGAGGAC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

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CTCTCTTCCGAGTTTCAGACCAAGATTCCAAAATCCAGCTAAAACCCACCAATTATCTCC
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TGCTCTTCTTCTGCTTCACCAGGAAAAAAAACAATCATGGAGACTGTCTGCAACTCCAGA
GGAGATATCCCAGGAGATAGTTTCTTCTGATACTTCTTCTACAGAAGCTATTGTCTCTGG
TGGTGGTAGTCAAGATGGTGTTGCTTTGATTATACAAGTGCTTCTCATTGTCGCTTTTCT
TGCTCTCTGTGTTCTCACAATTGGTGTTGTTTACATAGGAGTGACCGAGTTTCTTGGGAA
GAGGGAGAGAGAGAAGTTTGAGAAAGAAGAGGCAGCAAAGAAGTCCAAGAAAAGTGGCAA
GAAGAAACCAACGAGGGCCAAAGCTGGACCAAGGGGGTTCGGTCAGAAGATTGAAGATGA
TGACTTTGACATTGATCTTGAATGATTCTTTTTTGTTCAATTGCGAGAGAGAGAGGGACA
AGATTGATCTCTGTTGGTAAGGTTCTGCGATTTTCATATCTATCATACTTTTCTTACTTG
ACAAGCAATATAAACAGGAAAAACTGCTAAAGAGTGCCTGTGTAAATAAAGTGTGTGGTT
TTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 10 10 

AF RR3ET24TF U 1
AF RR3ET24JQ C 68
BS 1 723 RR3ET24TF
BS 724 725 RR3ET24JQ

RD RR3ET24TF 724 0 0
GGAGGAACTGAAGAGATAAGAGGGTGGACGAACGATGTCTGCGACAACAACTCCATATCT
CTCTCTTCCGAGTTTCAGACCAAGATTCCAAAATCCAGCTAAAACCCACCAATTATCTCC
ACTCTCTTGGTCTGTTTCAAGGAGAAAGATCTTGTCTTCCGACAGACAACAAGCTCCTTC
TGCTCTTCTTCTGCTTCACCAGGAAAAAAAACAATCATGGAGACTGTCTGCAACTCCAGA
GGAGATATCCCAGGAGATAGTTTCTTCTGATACTTCTTCTACAGAAGCTATTGTCTCTGG
TGGTGGTAGTCAAGATGGTGTTGCTTTGATTATACAAGTGCTTCTCATTGTCGCTTTTCT
TGCTCTCTGTGTTCTCACAATTGGTGTTGTTTACATAGGAGTGACCGAGTTTCTTGGGAA
GAGGGAGAGAGAGAAGTTTGAGAAAGAAGAGGCAGCAAAGAAGTCCAAGAAAAGTGGCAA
GAAGAAACCAACGAGGGCCAAAGCTGGACCAAGGGGGTTCGGTCAGAAGATTGAAGATGA
TGACTTTGACATTGATCTTGAATGATTCTTTTTTGTTCAATTGCGAGAGAGAGAGGGACA
AGATTGATCTCTGTTGGTAAGGTTCTGCGATTTTCATATCTATCATACTTTTCTTACTTG
ACAAGCAATATAAACAGGAAAAACTGCTAAAGAGTGCCTGTGTAAATAAAGTGTGTGGTT
TTT
G

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3ET24JQ 658 0 0
CCGAGTTTCAGACCAAGATTCCAAAATCCAGCTAAAACCCACCAATTATCTCCACTCTCT
TGGTCTGTTTCAAGGAGAAAGATCTTGTCTTCCGACAGACAACAAGCTCCTTCTGCTCTT
CTTCTGCTTCACCAGGAAAAAAAACAATCATGGAGACTGTCTGCAACTCCAGAGGAGATA
TCCCAGGAGATAGTTTCTTCTGATACTTCTTCTACAGAAGCTATTGTCTCTGGTGGTGGT
AGTCAAGATGGTGTTGCTTTGATTATACAAGTGCTTCTCATTGTCGCTTTTCTTGCTCTC
TGTGTTCTCACAATTGGTGTTGTTTACATAGGAGTGACCGAGTTTCTTGGGAAGAGGGAG
AGAGAGAAGTTTGAGAAAGAAGAGGCAGCAAAGAAGTCCAAGAAAAGTGGCAAGAAGAAA
CCAACGAGGGCCAAAGCTGGACCAAGGGGGTTCGGTCAGAAGATTGAAGATGATGACTTT
GACATTGATCTTGAATGATTCTTTTTTGTTCAATTGCGAGAGAGAGAGGGACAAGATTGA
TCTCTGTTGGTAAGGTTCTGCGATTTTCATATCTATCATACTTTTCTTACTTGACAAGCA
ATATAAACAGGAAAAACTGCTAAAGAGTGCCTGTGTAAATAAAGTGTGTGGTTTTTTG

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL7569Contig1 1323 2 2 U
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CGATGACTCCTATACCAAACCCACGGGAAAGAACATCCGTAAGGCGCTCTCGGATCTCGT
CGGATCGGCTGATTCTGGGGATGTTCTCGTCGTTCATTACAGTGGACACGGTACGAGGTT
GCCCGCGGAGACAGGGAAGGATGATGACACTGGTTATGATGAATGTATTGTTCCTTGCGA
CATGAATCTGATCACTGATGATGACTTCAGAGATCTAGTGGACAGAGTTCCACAAGGTTG
TAGGATGACAATCATTTCAGACTCTTGTCACAGTGGTGGCTTGATCGATGAAGCCAAGGA
GCAGATTGGTGAGAGCCATAAGAAAGACGATGAGGAGGAAGAGGAAGAAGAGTCTTCTTC
CAGGTTCGGGTTCAGGAAGTTCTTGCGCAGCAAGGTGGAAAGCGCGATTAGAGGGAACAA
GAAGGAGGGAGATGAGGCGGATGAGATCGAGACCAAAGAGATAGAGCTAGAAGACGGAGA
AATGATCCTCGCCAAAGACAAGTCTCTGCCTCTGCAGACACTTATCGACATCCTCAAGCA
GCAGACAGGGAACGATGATATCGAAGTTGGGAAAATCAGGCCGAGTCTCTTCGATGCCTT
TGGTGATGACTCGAGCCCCAAAGTGAAGAAGTTCATGAAAGTGATCTTAGGTAAGCTCAA
AGCAGGAGAAGGAGAAGGTGGGCTGATGGGAATGCTTGGGAAGCTAGCTTCAGGGTTTCT
CGAAGGGAAACTAAACGATGATGACTATGTGAAACCCGCTATGCAGACGGAAGTTGGTAG
GAAAGAAGAGGTTTATGCAGGTGGGTCTAGAGGTTCGGTTCCCCTTCCAGACAGTGGGAT
ATTGATCAGCGGTTGTCAGACTGATCAGACCTCTGCTGATGCGACTCCACCGGGGAAACC
GAGTGAAGCTTATGGAGCGATGAGTAACTCGATACAAAGATATTGGAGGAGACGGACGGG
GAGATATCGAACAGGGAGATGGTGACGAGGGCAAGGAAGGCGTTGAAGAAGCAAGGGTTT
ACTCAGCAGCCAGGTTTGTATTGCCATGATGGTTATGCAAATGCTCCTTTTATCTGTTGA
GAAAAAACTATTTGATGCTTTTTATTTATAACGACCGTTGATGATGATTCTGGTTGGGAA
AATAAGCCTCGTGTTTGAGGGCATTTGTGTATGTTAAAAGATATGTGTGTTGTGTTTTGT
GGAACACTGATTTCATCTTGTTTTTATTGAGGACTATGTTTTGTTTTAAATTTCTTTTTG
AAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3A062TF U 1
AF RR3A062JQ C 457
BS 1 635 RR3A062TF
BS 636 1323 RR3A062JQ

RD RR3A062TF 635 0 0
CAAATGTCTCGTCGAACGGTACGGATTCTCCGAAGAGAACATCACGGTGCTGATCGACAC
CGATGACTCCTATACCAAACCCACGGGAAAGAACATCCGTAAGGCGCTCTCGGATCTCGT
CGGATCGGCTGATTCTGGGGATGTTCTCGTCGTTCATTACAGTGGACACGGTACGAGGTT
GCCCGCGGAGACAGGGAAGGATGATGACACTGGTTATGATGAATGTATTGTTCCTTGCGA
CATGAATCTGATCACTGATGATGACTTCAGAGATCTAGTGGACAGAGTTCCACAAGGTTG
TAGGATGACAATCATTTCAGACTCTTGTCACAGTGGTGGCTTGATCGATGAAGCCAAGGA
GCAGATTGGTGAGAGCCATAAGAAAGACGATGAGGAGGAAGAGGAAGAAGAGTCTTCTTC
CAGGTTCGGGTTCAGGAAGTTCTTGCGCAGCAAGGTGGAAAGCGCGATTAGAGGGAACAA
GAAGGAGGGAGATGAGGCGGATGAGATCGAGACCAAAGAGATAGAGCTAGAAGACGGAGA
AATGATCCTCGCCAAAGACAAGTCTCTGCCTCTGCAGACACTTATCGACATCCTCAAGCA
GCAGACAGGGAACGATGATATCGAAGTTGGGAAAA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3A062JQ 867 0 0
GGAAAGCGCGATTAGAGGGAACAAGAAGGAGGGAGATGAGGCGGATGAGATCGAGACCAA
AGAGATAGAGCTAGAAGACGGAGAAATGATCCTCGCCAAAGACAAGTCTCTGCCTCTGCA
GACACTTATCGACATCCTCAAGCAGCAGACAGGGAACGATGATATCGAAGTTGGGAAAAT
CAGGCCGAGTCTCTTCGATGCCTTTGGTGATGACTCGAGCCCCAAAGTGAAGAAGTTCAT
GAAAGTGATCTTAGGTAAGCTCAAAGCAGGAGAAGGAGAAGGTGGGCTGATGGGAATGCT
TGGGAAGCTAGCTTCAGGGTTTCTCGAAGGGAAACTAAACGATGATGACTATGTGAAACC
CGCTATGCAGACGGAAGTTGGTAGGAAAGAAGAGGTTTATGCAGGTGGGTCTAGAGGTTC
GGTTCCCCTTCCAGACAGTGGGATATTGATCAGCGGTTGTCAGACTGATCAGACCTCTGC
TGATGCGACTCCACCGGGGAAACCGAGTGAAGCTTATGGAGCGATGAGTAACTCGATACA
AAGATATTGGAGGAGACGGACGGGGAGATATCGAACAGGGAGATGGTGACGAGGGCAAGG
AAGGCGTTGAAGAAGCAAGGGTTTACTCAGCAGCCAGGTTTGTATTGCCATGATGGTTAT
GCAAATGCTCCTTTTATCTGTTGAGAAAAAACTATTTGATGCTTTTTATTTATAACGACC
GTTGATGATGATTCTGGTTGGGAAAATAAGCCTCGTGTTTGAGGGCATTTGTGTATGTTA
AAAGATATGTGTGTTGTGTTTTGTGGAACACTGATTTCATCTTGTTTTTATTGAGGACTA
TGTTTTGTTTTAAATTTCTTTTTGAAC

QA 1 867 1 867
DS 



AS 1 2

CO CL7570Contig1 926 2 4 U
GAACATGGGACCACAGACAGGGATGCCAATGCCTCAGGCAGCTCCTCAGCCTGACCCTTT
GGCAATGCCTTCTCTGGCCCTGGCTCTGGATTTATCCGAAGTGGGTTGGGAGCTTATGGT
GAGAGAATATTCGGATCCAGCTCTGAGTATGTGCAGAGCAACATAACTCGTTACTTCTCC
GATCCACAATACTATTTCCAAGTGAATGACCAGTATGTGAGGAACAAGTTGAAGATTGTT
CTTCTTCCTTTCCTTCACAGGGGACACTGGGCTAGAATCTCTGAGCCAGTTGGGGGAAGA
CTTTCATACAAGCCTCCTATATATGATATTAATGCGCCAGACTTGTACATTCCGCTCATG
GCCTTTGGCACCTATCTTGTTCTCGCTGGTCTATCACTAGGACTCTTTGGGAAGTAGTTC
TTTATTTATCTTCTTTTTTTATGTTTATGTCTTTCATGTTTTTAACTCTTTGATCCTTGC
TAGGTTTTCTCCGGAAGCTCTGAACTGGCTTTTTGTGAAAGGAATGGTTGGATGGTTTAT
GCAAGTCATGCTGCTCAAGATGACATTGCTTTCGTTGGGTAGTGGAGAAGCACCACTCTT
GGATATCGTGGCGTATGCAGGCTATGCTTTCACGGGTCTCTGCTTGGCTGTTCTTGGAAA
GATCATGTGGGGATACTCTTACTATGTTCTGATTCCATGGACCTGCTTGTGCACCGGGGT
TTTCTTAGTGAAGACAATGAAGCGAGTTCTCTTTGCTGAAGCTAGGAGTTATGACTCGAG
CAGGCGTCACTACCTCTTGATCTTTGTAGCGTTAGCTCAGTTCCCTCTTTTGATCTGGCT
TGGTAACATTAGTGTCAATTGGCCCTTTTGAAATGCCTTACGTTTAACATGTTGTTAAGA
GAACACCTCTGATGTCATTTTTTCAG


BQ
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AF RR3BS86TF U 1
AF RR3BS86JQ C 96
BS 1 736 RR3BS86TF
BS 737 737 RR3BS86JQ
BS 738 757 RR3BS86TF
BS 758 926 RR3BS86JQ

RD RR3BS86TF 757 0 0
GAACATGGGACCACAGACAGGGATGCCAATGCCTCAGGCAGCTCCTCAGCCTGACCCTTT
GGCAATGCCTTCTCTGGCCCTGGCTCTGGATTTATCCGAAGTGGGTTGGGAGCTTATGGT
GAGAGAATATTCGGATCCAGCTCTGAGTATGTGCAGAGCAACATAACTCGTTACTTCTCC
GATCCACAATACTATTTCCAAGTGAATGACCAGTATGTGAGGAACAAGTTGAAGATTGTT
CTTCTTCCTTTCCTTCACAGGGGACACTGGGCTAGAATCTCTGAGCCAGTTGGGGGAAGA
CTTTCATACAAGCCTCCTATATATGATATTAATGCGCCAGACTTGTACATTCCGCTCATG
GCCTTTGGCACCTATCTTGTTCTCGCTGGTCTATCACTAGGACTCTTTGGGAAGTAGTTC
TTTATTTATCTTCTTTTTTTATGTTTATGTCTTTCATGTTTTTAACTCTTTGATCCTTGC
TAGGTTTTCTCCGGAAGCTCTGAACTGGCTTTTTGTGAAAGGAATGGTTGGATGGTTTAT
GCAAGTCATGCTGCTCAAGATGACATTGCTTTCGTTGGGTAGTGGAGAAGCACCACTCTT
GGATATCGTGGCGTATGCAGGCTATGCTTTCACGGGTCTCTGCTTGGCTGTTCTTGGAAA
GATCATGTGGGGATACTCTTACTATGTTCTGATTCCATGGACCTGCTTGTGCACCGGGGT
TTTCTTAGTGAAGACA*TGAAGCGAGTTCTCTTTGCT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3BS86JQ 831 0 0
CCGAAGTGGGTTGGGAGCTTATGGTGAGAGAATATTCGGATCCAGCTCTGAGTATGTGCA
GAGCAACATAACTCGTTACTTCTCCGATCCACAATACTATTTCCAAGTGAATGACCAGTA
TGTGAGGAACAAGTTGAAGATTGTTCTTCTTCCTTTCCTTCACAGGGGACACTGGGCTAG
AATCTCTGAGCCAGTTGGGGGAAGACTTTCATACAAGCCTCCTATATATGATATTAATGC
GCCAGACTTGTACATTCCGCTCATGGCCTTTGGCACCTATCTTGTTCTCGCTGGTCTATC
ACTAGGACTCTTTGGGAAGTAGTTCTTTATTTATCTTCTTTTTTTATGTTTATGTCTTTC
ATGTTTTTAACTCTTTGATCCTTGCTAGGTTTTCTCCGGAAGCTCTGAACTGGCTTTTTG
TGAAAGGAATGGTTGGATGGTTTATGCAAGTCATGCTGCTCAAGATGACATTGCTTTCGT
TGGGTAGTGGAGAAGCACCACTCTTGGATATCGTGGCGTATGCAGGCTATGCTTTCACGG
GTCTCTGCTTGGCTGTTCTTGGAAAGATCATGTGGGGATACTCTTACTATGTTCTGATTC
CATGGACCTGCTTGTGCACCGGGGTTTTCTTAGTGAAGACAATGAAGCGAGTTCTCTTTG
CTGAAGCTAGGAGTTATGACTCGAGCAGGCGTCACTACCTCTTGATCTTTGTAGCGTTAG
CTCAGTTCCCTCTTTTGATCTGGCTTGGTAACATTAGTGTCAATTGGCCCTTTTGAAATG
CCTTACGTTTAACATGTTGTTAAGAGAACACCTCTGATGTCATTTTTTCAG

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 2

CO CL7571Contig1 673 2 1 U
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CATTAGCCTCTTCACCTTCCTTTCCTTCTTCGTCGTTGCTTCCTCCCTCCGTTCTCTCTT
ACTCTCACCAACGGTTCAAAAGGAGAGATCAAGAAGACTTAGCACTGCTACATTGAACCA
AGTGATAAGAGAAGCTGTTGCGTTTAAATCTCCTCCAAGAACCAGAGGAGGCAAACGAGG
CCGTGTTTATTATTGCACTCAGGCAGCAATAAGGCCACCGACGTTTGTGTTCTTTGTAAA
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TGCAGGCTTTGCTGGGACTCCTATTCGGCTTCTTTGGCGTAGCCGTAAACGATCTGACAA
AAATGGAGGAGGTGGAGGAACAATGAGAATGTCGAGTCTTTCACGTGAGAGAAAACTTGC
AACCAAAGGGTGATAATCAAGTAGTTTTTTGCTTAATTATGTGTGTATTTCTTGAGAAAT
AATGTATTTTGAAATTCAATATATATATTCAACTAGTTTATAGTCTCTGACTCTCTATTG
ATCTATCTTCCAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DB68JQ C 1
AF RR3DB68TF U 1
BS 1 673 RR3DB68TF

RD RR3DB68JQ 673 0 0
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CATTAGCCTCTTCACCTTCCTTTCCTTCTTCGTCGTTGCTTCCTCCCTCCGTTCTCTCTT
ACTCTCACCAACGGTTCAAAAGGAGAGATCAAGAAGACTTAGCACTGCTACATTGAACCA
AGTGATAAGAGAAGCTGTTGCGTTTAAATCTCCTCCAAGAACCAGAGGAGGCAAACGAGG
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AAATGGAGGAGGTGGAGGAACAATGAGAATGTCGAGTCTTTCACGTGAGAGAAAACTTGC
AACCAAAGGGTGATAATCAAGTAGTTTTTTGCTTAATTATGTGTGTATTTCTTGAGAAAT
AATGTATTTTGAAATTCAATATATATATTCAACTAGTTTATAGTCTCTGACTCTCTATTG
ATCTATCTTCCAT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3DB68TF 673 0 0
GGAGATGCTTTCGTCTCTCTTCTCTGCCAAAAAAAAAACAAACAATGGCGAGTCTACTCG
ACTCACTCACAACCAGAATCTTCTTCTCTCTTCCCTCATCAATACCTAGAATCTCTTCTC
CATTAGCCTCTTCACCTTCCTTTCCTTCTTCGTCGTTGCTTCCTCCCTCCGTTCTCTCTT
ACTCTCACCAACGGTTCAAAAGGAGAGATCAAGAAGACTTAGCACTGCTACATTGAACCA
AGTGATAAGAGAAGCTGTTGCGTTTAAATCTCCTCCAAGAACCAGAGGAGGCAAACGAGG
CCGTGTTTATTATTGCACTCAGGCAGCAATAAGGCCACCGACGTTTGTGTTCTTTGTAAA
CGACGCAAAGCTGTTTTCGGATACGTACAGAAGATATATGGAGAAGCAGCTACGCACTGA
TGCAGGCTTTGCTGGGACTCCTATTCGGCTTCTTTGGCGTAGCCGTAAACGATCTGACAA
AAATGGAGGAGGTGGAGGAACAATGAGAATGTCGAGTCTTTCACGTGAGAGAAAACTTGC
AACCAAAGGGTGATAATCAAGTAGTTTTTTGCTTAATTATGTGTGTATTTCTTGAGAAAT
AATGTATTTTGAAATTCAATATATATATTCAACTAGTTTATAGTCTCTGACTCTCTATTG
ATCTATCTTCCAT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL7572Contig1 526 2 2 U
GGCACCAAAAAAAAAACTTAAAATAGAGTAATCGAACTTTCATTACAGTACTGCAATTAC
AAAAACACTAACAAAGAAACGAACCGACCAAACACTATAGATTTCTTGACAGCAAGACTT
AAATCAGTAACAACAAGCACACACCAAACCAGATAAATTAACCACCGAATCCATAGAGAG
CGCGTCCTTGCCTCTTCAAAGCGTAAACAACATCCATCGCCGTGACCGTCTTCCTCCTCG
CGTGCTCAGTGTAAGTGACGGCGTCTCTGATGACATTCTCGAGAAAGATCTTCAGAACAC
CTCTGGTTTCTTCGTAGATCAAGCCGCTGATTCGCTTCACGCCTCCTCTGCGAGCGAGTC
TTCTGATCGCAGGCTTCGTGATCCCTTGGATGTTGTCTCTCAAAACTTTCCTGTGTCTCT
TCGCTCCTCCTTTTCCCAGTCCCTTTCCTCCTTTTCCTCTTCCTGACATTTTTAAAAAAC
TTACTCTAGAATCGAATGTAAGGAAAATTAGATGGTTTGTGAGTCC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BH84TF C 1
AF RR3BH84JQ U 2
BS 1 1 RR3BH84TF
BS 2 526 RR3BH84JQ

RD RR3BH84TF 526 0 0
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AAAAACACTAACAAAGAAACGAACCGACCAAACACTATAGATTTCTTGACAGCAAGACTT
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CGCGTCCTTGCCTCTTCAAAGCGTAAACAACATCCATCGCCGTGACCGTCTTCCTCCTCG
CGTGCTCAGTGTAAGTGACGGCGTCTCTGATGACATTCTCGAGAAAGATCTTCAGAACAC
CTCTGGTTTCTTCGTAGATCAAGCCGCTGATTCGCTTCACGCCTCCTCTGCGAGCGAGTC
TTCTGATCGCAGGCTTCGTGATCCCTTGGATGTTGTCTCTCAGAACTTTCCTGTGTCTCT
TCGCTCCTCCTTTTCCCAGTCCCTTTCCTCCTTTTCCTCTTCCTGACATTTTTAAAAAAC
TTACTCTAGAATCGAATGTAAGGAAAATTAGATGGTTTGTGAGTCC

QA 1 526 1 526
DS 

RD RR3BH84JQ 525 0 0
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AAAACACTAACAAAGAAACGAACCGACCAAACACTATAGATTTCTTGACAGCAAGACTTA
AATCAGTAACAACAAGCACACACCAAACCAGATAAATTAACCACCGAATCCATAGAGAGC
GCGTCCTTGCCTCTTCAAAGCGTAAACAACATCCATCGCCGTGACCGTCTTCCTCCTCGC
GTGCTCAGTGTAAGTGACGGCGTCTCTGATGACATTCTCGAGAAAGATCTTCAGAACACC
TCTGGTTTCTTCGTAGATCAAGCCGCTGATTCGCTTCACGCCTCCTCTGCGAGCGAGTCT
TCTGATCGCAGGCTTCGTGATCCCTTGGATGTTGTCTCTCAAAACTTTCCTGTGTCTCTT
CGCTCCTCCTTTTCCCAGTCCCTTTCCTCCTTTTCCTCTTCCTGACATTTTTAAAAAACT
TACTCTAGAATCGAATGTAAGGAAAATTAGATGGTTTGTGAGTCC

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

CO CL7573Contig1 520 2 1 U
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AAGAAGAAGGTCGAAGCCAAACAAATCTAAGATGCTTATCCAAGTTGTCGTTCTCTCTCT
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AGACCCTTTGGTTTTAATGCTATTGCCTGTCAAGCATTTTGGTATAAATCTTTCTCAGTT
TCGAGTTCTAGATTTAACTATTGAGGATGATCGTCTATTA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3HB72JQ C 1
AF RR3HB72TF U 1
BS 1 520 RR3HB72TF

RD RR3HB72JQ 520 0 0
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AATTCAAGCTAATCAATCAAGATGCAGAACGAAGAGGGTCAGATCACAGAACTATACGTT
CCTAGGAAATGCTCTGCTACTAACAGGATGATCACATCAAAGGATCATGCCTCTGTCCAG
CTCAACATTGGTCATTTAGATGCTGATGGCATCTACACTGGACAGTTCACTACCTTTGCT
CTCTGCGGTTTCGTTCGTGCCCAGGGAGATGCAGACAGTGGCGTGGACAGGTTGTGGCAG
AAGAAGAAGGTCGAAGCCAAACAAATCTAAGATGCTTATCCAAGTTGTCGTTCTCTCTCT
TTTGTTATTTAATTAAAAGAAAGACCATCGGATATTTTACTAAAGTAATGATTTTTTGCT
AGACCCTTTGGTTTTAATGCTATTGCCTGTCAAGCATTTTGGTATAAATCTTTCTCAGTT
TCGAGTTCTAGATTTAACTATTGAGGATGATCGTCTATTA

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3HB72TF 520 0 0
GGGCCGTTGCCGCACTTGCTTTGCTTCTCCTCAGTTTTTTGGATTTAGATTGATCTATAC
AATTCAAGCTAATCAATCAAGATGCAGAACGAAGAGGGTCAGATCACAGAACTATACGTT
CCTAGGAAATGCTCTGCTACTAACAGGATGATCACATCAAAGGATCATGCCTCTGTCCAG
CTCAACATTGGTCATTTAGATGCTGATGGCATCTACACTGGACAGTTCACTACCTTTGCT
CTCTGCGGTTTCGTTCGTGCCCAGGGAGATGCAGACAGTGGCGTGGACAGGTTGTGGCAG
AAGAAGAAGGTCGAAGCCAAACAAATCTAAGATGCTTATCCAAGTTGTCGTTCTCTCTCT
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AGACCCTTTGGTTTTAATGCTATTGCCTGTCAAGCATTTTGGTATAAATCTTTCTCAGTT
TCGAGTTCTAGATTTAACTATTGAGGATGATCGTCTATTA

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 2

CO CL7574Contig1 700 2 1 U
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TACCTCCCCGGCTCAAGCCACCATGGTCGCTCCATTCACCGGCTTGAAGTCTTCCTCTGC
ATTCCCAGTCACCCGCAAGGCCAGCAATGACATTACTTCCATCGCTAGCAACGGAGGAAT
AGTTAGCTGCATGAAGGTGTGGCCGCCAATTGGAAAGAAGAAGTTTGAGACCCTCTCTTA
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ATGTTATATCGGATTGTCAAGTGTCTGATTTATGAACATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AD68TF U 1
AF RR3AD68JQ C 42
BS 1 700 RR3AD68TF

RD RR3AD68TF 700 0 0
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CCTTCCTGACCTTTCCGATGTTGAGTTGGCTAAAGAAGTCGACTACCTTCTCCGAAACAA
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ACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAAAAAGGAGTACCCTAACGCC
TTCATCAGGATCATCGGATTCGACAACAACCGTCAAGTCCAATGCATCAGTTTCATCGCC
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QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3AD68JQ 659 0 0
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GCTTCCATTGTTCGGATGCACTGACTCTGCTCAAGTATTGAAGGAAGTCCAAGAGTGCAA
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GGCTTTTTGTTTATGAGACATGTTATATCGGATTGTCAAGTGTCTGATTTATGAACATG

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL7575Contig1 580 2 1 U
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GGAGCCTAGTCGGAAGAGAAAAATGGAAAGTCCTTGTGAAAAACAGTTAGGAGAAGGAAA
TAAGCAACACATGGACAAGAGTGAGGATGCTGAAGGAGGTGAAAAGACAAGCCATAATAG
TCATGGTGACTGGGAGGCAAGAAGACACTCCCAAGAGAGGTAAAAGTGATCTGTTTTTTT
TTTTTGAACATTCTCATGGGTCTCTTAGAGACAATTGGCAAAAACTTTGATTCCCAGCCA
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TGGTACTTGTACTACAACATAATCCAACAGTTGAGAAACC


BQ
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AF RR3AE12JQ C 1
AF RR3AE12TF U 1
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QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3AE12TF 580 0 0
CAGAGATAAGGTGAAGGCTAAACTAGAGGCTAAGAAGATCCAAGGTGAGAAGACGAAGAA
AAAGGATGTGATAGATGAGGATGATTTGATAGAAAGAGAACTGGAAGATGTGGAAATAGC
TGTTGACGATGCCAAAGACAACCAGAAGAAGATGGGTACAGAGAACGGCGAGATTCTTGA
TGGAAACAACTTGGTGGGCAACACCGAGGAAGGTGAGATGGTAGATGATGTTTCTTCGAC
GGAGCCTAGTCGGAAGAGAAAAATGGAAAGTCCTTGTGAAAAACAGTTAGGAGAAGGAAA
TAAGCAACACATGGACAAGAGTGAGGATGCTGAAGGAGGTGAAAAGACAAGCCATAATAG
TCATGGTGACTGGGAGGCAAGAAGACACTCCCAAGAGAGGTAAAAGTGATCTGTTTTTTT
TTTTTGAACATTCTCATGGGTCTCTTAGAGACAATTGGCAAAAACTTTGATTCCCAGCCA
TGGTGTAGAACGAGCTGAGTGTATTTATAATGCTGGATTTATATTCTCTCCCTTATTCTT
TGGTACTTGTACTACAACATAATCCAACAGTTGAGAAACC

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 2

CO CL7576Contig1 839 2 1 U
GATCCTTAAACTTCGCGATTGCTCGGATGAAATTACTACAAAACAAGAGAGACATGCATC
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GAATCCGGGTGGAGCATGTGATCAGAGAAATGAATCTATGGGCAGCTTATGAGATCTTGG
AGCTGTTCTGCGAGTTTGTGCTTGCTCGTGTTCCAATTCTTGAAAGTCAAAAGGAATGTC
CGAGAGAGTTGAGAGAAGCTATTGCTAGCATTATCTTTGCTGCTCCAAGGTGCTCTGAAG
TGCCTGATCTTCTTCAGCTTAAGAATCTTTTTGGTACTAAATATGGAAAAGAGTTTATCA
TAGTTTCTTCTGAGCTCCGTCCTGATTCTGGTGTCAATCGTACAATCATTGAAAAGCTTT
CTCCTGCAAGTCCCTCTGGAGAGGTAAGGCTCAAGGTTTTGAAGGAAATTGCCAAGGAGT
ACAGTTTGAATTGGGATTCTTCTGCCACGGAAGCTGAGTTCATGAAGAGCCATGAAGACT
TACTGGGTGGAACTAAGCAAATAGATCGTCAAGATATTGTCTCTGAATCTAGACCGTCCC
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AGAGCTCTGGCTGCTATACCAGCGCTGATCGTGCACTGCAGCAGCTCGTGCTGCAGTCC


BQ
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AF RR3AG83TF U 44
AF RR3CX25TF U 1
BS 1 839 RR3CX25TF

RD RR3AG83TF 658 0 0
G
AAGAGAGACATGCATCTCAAACACATGAAGAAGGAGATCGCTCAGTTCTTACAAGCTGGG
CAAGAACCCATCGCTCGAATCCGGGTGGAGCATGTGATCAGAGAAATGAATCTATGGGCA
GCTTATGAGATCTTGGAGCTGTTCTGCGAGTTTGTGCTTGCTCGTGTTCCAATTCTTGAA
AGTCAAAAGGAATGTCCGAGAGAGTTGAGAGAAGCTATTGCTAGCATTATCTTTGCTGCT
CCAAGGTGCTCTGAAGTGCCTGATCTTCTTCAGCTTAAGAATCTTTTTGGTACTAAATAT
GGAAAAGAGTTTATCATGGTTTCTTCTGAGCTCCGTCCTGATTCTGGTGTCAATCGTACA
ATCATTGAAAAGCTTTCTCCTGCAAGTCCCTCTGGAGAGGTAAGGCTCAAGGTTTTGAAG
GAAATTGCCAAGGAGTACAGTTTGAATTGGGATTCTTCTGCCACGGAAGCTGAGTTCATG
AAGAGCCATGAAGACTTACTGGGTGGAACTAAGCAAATAGATCGTCAAGATATTGTCTCT
GAATCTAGACCGTCCCAACAGGGTAACACTCAATCTTTGGTCTCTAGGGAAGCTGAGGTT
CTGTCTGCAGAGGCCACACAGAGACTCCAGAAGCTTCAAGCCCAAAACCCAGTGAGC

QA 2 658 2 658
DS 

RD RR3CX25TF 839 0 0
GATCCTTAAACTTCGCGATTGCTCGGATGAAATTACTACAAAACAAGAGAGACATGCATC
TCAAACACATGAAGAAGGAGATCGCTCAGTTCTTACAAGCTGGGCAAGAACCCATCGCTC
GAATCCGGGTGGAGCATGTGATCAGAGAAATGAATCTATGGGCAGCTTATGAGATCTTGG
AGCTGTTCTGCGAGTTTGTGCTTGCTCGTGTTCCAATTCTTGAAAGTCAAAAGGAATGTC
CGAGAGAGTTGAGAGAAGCTATTGCTAGCATTATCTTTGCTGCTCCAAGGTGCTCTGAAG
TGCCTGATCTTCTTCAGCTTAAGAATCTTTTTGGTACTAAATATGGAAAAGAGTTTATCA
TAGTTTCTTCTGAGCTCCGTCCTGATTCTGGTGTCAATCGTACAATCATTGAAAAGCTTT
CTCCTGCAAGTCCCTCTGGAGAGGTAAGGCTCAAGGTTTTGAAGGAAATTGCCAAGGAGT
ACAGTTTGAATTGGGATTCTTCTGCCACGGAAGCTGAGTTCATGAAGAGCCATGAAGACT
TACTGGGTGGAACTAAGCAAATAGATCGTCAAGATATTGTCTCTGAATCTAGACCGTCCC
AACAGGGTAACACTCAATCTTTGGTCTCTAGGGAAGCTGAGGTTCTGTCTGCAGAGGCCA
CACAGAGACTCCAGAAGCTTCAAGCCCAAAACCCAGTGAGCAAAACGTGTCATCATTACC
TAAGCTGCATGTAGCATCTCAAGCGCTCCTGATACAGACGAATCACAGTGATGTATGGAG
AGAGCTCTGGCTGCTATACCAGCGCTGATCGTGCACTGCAGCAGCTCGTGCTGCAGTCC

QA 1 839 1 839
DS 



AS 1 2

CO CL7577Contig1 795 2 2 U
GGAGAAGAAGATCGAAACACAATTTCGTTGAGCTCCTCCACTGAATCTCTCCGTCTCTCG
TCTCTTCGAATCCTAAAGGGTAGGTAGTAATCATGGATCCAGCTGAGATGAGGTACTTGG
AAGAAGAGGACGGCCCTATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTCACTGGCTTCGCAGCCG
GGACTATCTACGGAACCATTTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACG
TGGCTCTTCCGGGACTCATCAGAACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTTG
CTGCCATTGGAGGCGTTTACATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGCAAGA
GAGATTTTTTCAATGGTGCTGTTGGTGGGTTTGTTGCTGGAGCTTCTGTGCTTGGCTATA
GAGCAAGGAGCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACTCTAGCTGTTACCTCTGCTT
TGATTGACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGCAGAGAGTATTATCCTTACA
CCCCTGTCGAGAAAACAGCTCCAGCTGACGCCTGATTTCTCTTTATGGTGAGACTGAAGT
TAATAAAAGCTCCTGAGATCATCTCTCTTCCATGTCATGTCTGTTTTGTTTGCTGTATCT
GAGAGGTGTGAAATCATAAAAGCTCTTTTGTTCTTTGTTTCCTCCTGTTTTTATGGAGGG
TGACTTGCATCTTTTTGCTTGAAATGTTGAATGTAAGAAACGTTACAGTTCTAAGTATCT
GATATGTGTTTACTT


BQ
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AF RR3DW49TF U 1
AF RR3DW49JQ C 3
BS 1 660 RR3DW49TF
BS 661 795 RR3DW49JQ

RD RR3DW49TF 660 0 0
GGAGAAGAAGATCGAAACACAATTTCGTTGAGCTCCTCCACTGAATCTCTCCGTCTCTCG
TCTCTTCGAATCCTAAAGGGTAGGTAGTAATCATGGATCCAGCTGAGATGAGGTACTTGG
AAGAAGAGGACGGCCCTATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTCACTGGCTTCGCAGCCG
GGACTATCTACGGAACCATTTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACG
TGGCTCTTCCGGGACTCATCAGAACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTTG
CTGCCATTGGAGGCGTTTACATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGCAAGA
GAGATTTTTTCAATGGTGCTGTTGGTGGGTTTGTTGCTGGAGCTTCTGTGCTTGGCTATA
GAGCAAGGAGCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACTCTAGCTGTTACCTCTGCTT
TGATTGACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGCAGAGAGTATTATCCTTACA
CCCCTGTCGAGAAAACAGCTCCAGCTGACGCCTGATTTCTCTTTATGGTGAGACTGAAGT
TAATAAAAGCTCCTGAGATCATCTCTCTTCCATGTCATGTCTGTTTTGTTTGCTGTATCT

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3DW49JQ 793 0 0
AGAAGAAGATCGAAACACAATTTCGTTGAGCTC*TCCACTGAATCTCTCCGTCTCTCGTC
TCTTCGAATCCTAAAGGGTAGGTAGTAATCATGGATCCAGCTGAGATGAGGTACTTGGAA
GAAGAGGACGGCCCTATGATGAAGACAATCAAAGGCAGCGTCACTGGCTTCGCAGCCGGG
ACTATCTACGGAACCATTTTGGCCACGTGGAAAGACGTTCCGAGAGTGGAGAGGAACGTG
GCTCTTCCGGGACTCATCAGAACGCTGAAGATGATGGGAACCCACGGGCTCACTTTTGCT
GCCATTGGAGGCGTTTACATCGGTGTTGAACAGGTGGTTCAGAGTTATAGAGGCAAGAGA
GATTTTTTCAATGGTGCTGTTGGTGGGTTTGTTGCTGGAGCTTCTGTGCTTGGCTATAGA
GCAAGGAGCATCCCAACAGCGATAGCTGCAGGTGCAACTCTAGCTGTTACCTCTGCTTTG
ATTGACTCTGGAGGTCAGACCACAAGAGTAGACAACGGCAGAGAGTATTATCCTTACACC
CCTGTCGAGAAAACAGCTCCAGCTGACGCCTGATTTCTCTTTATGGTGAGACTGAAGTTA
ATAAAAGCTCCTGAGATCATCTCTCTTCCATGTCATGTCTGTTTTGTTTGCTGTATCTGA
GAGGTGTGAAATCATAAAAGCTCTTTTGTTCTTTGTTTCCTCCTGTTTTTATGGAGGGTG
ACTTGCATCTTTTTGCTTGAAATGTTGAATGTAAGAAACGTTACAGTTCTAAGTATCTGA
TATGTGTTTACTT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL7578Contig1 1423 2 2 U
GGGAATTCACAAAGCACTTTCTCACTCATACACACACACACTCTGTTTTATCTTCTTTTA
TTACAGAAAATGGAACTGTCGACTCAGATGAATGTGTTCGAAGAGCTTCTTGTTCAGACA
AAGCAAGAAACTACCGAAAACATCAACACCGACATCAACAATATGAGCTTCAGTGGCGGA
TTTGATCATCATCATCACCATCAACAATTATTCCCAAATGGATGGAATATTGATTACCTC
TGCTTCAACAACGAAGAAGAAGACGAAAATACCCTTCTGTACTCTTCATCTTTCATGGAT
CTAATCTCTCAACCTCCTCCGTTGCTTCTTCACCAAACACCACCATTACCACCACCCTCC
TCCTCATTTCCGCCGTTAACATCCTCCCCTTCACCTCCATTGATGCTTCCAACTTCTCAA
AAAGCTTGAAGGCCAACCTTCAAAGAATCTCATGGCCGAGAGACGTCGAAGAAAACGACT
TAATGATCGACTCTCTATGCTCCGTTCCATCGTTCCCAAAATCAGTAGGATGGACAGGAC
ATCGATATTAGGAGATGCCATAGATTACATGAAGGAGCTTTTAGACAAAATCAACAAACT
GCAAGACGAGGAACAAGAACTTGGAAATAGCAATGGCTCACATCATTCTAAGCTGTTCGG
TGATATCAAGGATCTCAATACAAACGAACCTATGGTCAGAAACTCACCAAAGGTATTAAA
CAAGGATGAGGATATTTTCCATGTCACTATTTTTGATTTTGATAGTTTTACATATCAGTC
CCTCTGTGCATGAATTGTCACATAAATACCCTCGAATTTTCACAAAGTAATGATTTGATG
CGGACTGATTTTGGTTAAAATTATGTTTGTTTTGGATAGTTTGAAGTGGACCGGAGAGTT
GTAGATACTCGGGTTGATATATGTTGCTCTCCCAAACCGGGACTGCTTCTATCAACTGTT
AATACATTAGAGACGCTAGGCCTGGAGATTGAACAATGTGTTATAAGCTGCTTTAGTGAT
TTCTCTTTGCAGGCTTCTTGCTCCGAGGTACAAAAAATATATATTATGTAAAGAGATTAT
ATGAATCAAATAATACATTTGCAATGGTAAGATTGATGAGTTTGTGTCTTTATAGGCAGC
TCAGCAGAGAGATTTCGTCACCTCGGAAGATATAAAGCAAGCACTATTTAGAAACGCAGG
TTATGGAGGAAATTGCTTGTAAGGCGTTTCAAAAAAAACTAATAAACGAAAATATTATTT
TGTTTTAATGATATTAGCACTTTTGAAGATTAGAGGAAGTTTGGTGTTTATTTTCCTTTT
TGTTTGTATTTTTCTAGGGAAAATAAAAGATAAGACAGATGTTTTCTTGGAGCATCCTTG
TAGGTTGTAACCTTAACTAAAATCCAACATCGAATTAAGAAGG


BQ
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AF RR3BO17TF U 1
AF RR3BO17JQ C 580
BS 1 665 RR3BO17TF
BS 666 1423 RR3BO17JQ

RD RR3BO17TF 665 0 0
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TTACAGAAAATGGAACTGTCGACTCAGATGAATGTGTTCGAAGAGCTTCTTGTTCAGACA
AAGCAAGAAACTACCGAAAACATCAACACCGACATCAACAATATGAGCTTCAGTGGCGGA
TTTGATCATCATCATCACCATCAACAATTATTCCCAAATGGATGGAATATTGATTACCTC
TGCTTCAACAACGAAGAAGAAGACGAAAATACCCTTCTGTACTCTTCATCTTTCATGGAT
CTAATCTCTCAACCTCCTCCGTTGCTTCTTCACCAAACACCACCATTACCACCACCCTCC
TCCTCATTTCCGCCGTTAACATCCTCCCCTTCACCTCCATTGATGCTTCCAACTTCTCAA
AAAGCTTGAAGGCCAACCTTCAAAGAATCTCATGGCCGAGAGACGTCGAAGAAAACGACT
TAATGATCGACTCTCTATGCTCCGTTCCATCGTTCCCAAAATCAGTAGGATGGACAGGAC
ATCGATATTAGGAGATGCCATAGATTACATGAAGGAGCTTTTAGACAAAATCAACAAACT
GCAAGACGAGGAACAAGAACTTGGAAATAGCAATGGCTCACATCATTCTAAGCTGTTCGG
TGATA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3BO17JQ 844 0 0
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ACATCATTCTAAGCTGTTCGGTGATATCAAGGATCTCAATACAAACGAACCTATGGTCAG
AAACTCACCAAAGGTATTAAACAAGGATGAGGATATTTTCCATGTCACTATTTTTGATTT
TGATAGTTTTACATATCAGTCCCTCTGTGCATGAATTGTCACATAAATACCCTCGAATTT
TCACAAAGTAATGATTTGATGCGGACTGATTTTGGTTAAAATTATGTTTGTTTTGGATAG
TTTGAAGTGGACCGGAGAGTTGTAGATACTCGGGTTGATATATGTTGCTCTCCCAAACCG
GGACTGCTTCTATCAACTGTTAATACATTAGAGACGCTAGGCCTGGAGATTGAACAATGT
GTTATAAGCTGCTTTAGTGATTTCTCTTTGCAGGCTTCTTGCTCCGAGGTACAAAAAATA
TATATTATGTAAAGAGATTATATGAATCAAATAATACATTTGCAATGGTAAGATTGATGA
GTTTGTGTCTTTATAGGCAGCTCAGCAGAGAGATTTCGTCACCTCGGAAGATATAAAGCA
AGCACTATTTAGAAACGCAGGTTATGGAGGAAATTGCTTGTAAGGCGTTTCAAAAAAAAC
TAATAAACGAAAATATTATTTTGTTTTAATGATATTAGCACTTTTGAAGATTAGAGGAAG
TTTGGTGTTTATTTTCCTTTTTGTTTGTATTTTTCTAGGGAAAATAAAAGATAAGACAGA
TGTTTTCTTGGAGCATCCTTGTAGGTTGTAACCTTAACTAAAATCCAACATCGAATTAAG
AAGG

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 2

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AAATGGAACTTTCTCTGATAGGGCTTCAGAATGCAGGGAAGACATCCCTTGTCAATGTTG
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TGACAAAAGGAAATGTTACTATCAAGCTATGGGATCTTGGTGGTCAACCTAGGTTCCGGA
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ATCCTGACAACCTAAGTGTCTCCAAAAGCGAACTCCATGATCTGTTGAGCAAGACTTCTC
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AAGAAGCTTTAACCCACGAAATGGAGCTTCAGTCGCTTACAGATAGAGAAGTTTGCTGTT
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TTGTCTCTATATTCTCCAGTCTTGTCTCTGTATATTAGATGTGGGATGGTATTCTATTCT
AAAGCATTTGCAATTTTTGGAAACTC


BQ
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AF RR3F106TF U 1
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BS 1 638 RR3F106TF
BS 639 639 RR3F106JQ
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BS 668 866 RR3F106JQ

RD RR3F106TF 682 0 0
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AAATGGAACTTTCTCTGATAGGGCTTCAGAATGCAGGGAAGACATCCCTTGTCAATGTTG
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TCATGATATCTTGCAAGAACTCTACCAACATTGGTCAG*TCATTGATTGGCTGGTGA*GC
ATTCAAA
TCAAAGACTAAAACT

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3F106JQ 767 0 0
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GTAGCCTCTTCTTCAAGCAAGAAATGGAACTTTCTCTGATAGGGCTTCAGAATGCAGGGA
AGACATCCCTTGTCAATGTTGTTGCAACTGGTGGTTATAGTGAGGACATGATTCCTACGG
TGGGTTTTAACATGAGGAAAGTGACAAAAGGAAATGTTACTATCAAGCTATGGGATCTTG
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TGTATGTAGTTGATGCTGCAGATCCTGACAACCTAAGTGTCTCCAAAAGCGAACTCCATG
ATCTGTTGAGCAAGACTTCTCTTAACGGTATCCCTCTTCTTGTTCTTGGTAACAAGATCG
ACAAACCTGGAGCTCTCTCTAAAGAAGCTTTAACCCACGAAATGGAGCTTCAGTCGCTTA
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TCATTGATTGGCTGGTGAAGCATTCAAAATCAAAGAACTAAAACTTCACCAAGAAGAACC
ACACATTCTCTCTTCTCAAGTCCTCTTCCTGTATTGTGTACCTGATGAAGACTATTTTTA
AACTCGTGTGGAAACAAGAGTTTGTCTCTATATTCTCCAGTCTTGTCTCTGTATATTAGA
TGTGGGATGGTATTCTATTCTAAAGCATTTGCAATTTTTGGAAACTC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL7580Contig1 634 2 2 U
GGAGACAAAGGCCAAAACTCATTTCATTCGCCCTCTAGTCTCATCTTATTCGTGGTTTGC
GATCCTTCTGATATCGCTAAGGAAAAAAAAGGAATCTGTATTTTAGTGGACTGATTCACC
GGATCAAATCTAAGAAGAAATGGGAGGAGCTGGAGGAGGAGGAGGAGAAGGCGGCGATTT
CAGAGCCAAAGTATGGAGCATGTCTGGCGGGCCTTACTGTAGGCCCAAGCACTGGCGTAG
GAACACCGCCTTTGCAATGCTCGGCGTTTTCCTTGTCTGCATCCCCATTGCCATGAAGTC
TGCCGAGCTCGAGCAAAGGCCGCACATGCCCGTACGTCCAATTCCTTCGCAGATTTGGTG
CAAGAACTTTGGAACCAAGGACGATTACGAAAAAGAGCATTAAATCTTGTTTTGCTTGCT
GTTGAGACAACTCTCTTTGGCTTGGTCTCTTCTTATTTTGCAGACGACAATGTGAGCATG
ACAAAACAAACCCCTTCTAGATTTTTCACAGTGTTTGTGACCATAATAATCTGTCTTTGC
CTTGCCATGTTGTTAGACCACATAAAATCTTCCCAAATTAAGACATTTCATGTTTTTCCA
GAAACCCAATTTGATCAGGGTCAGAAGTTTTATC


BQ
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GAGACAACTCTCTTTGGCTTGGTCTCTTCTTATTTTGCAGACGACAATGTGAGCATGACA
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QA 4 634 4 634
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3H560JQ C 1
AF RR3H560TF U 1
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TGACAGATACCAAAACGGCACAAATTCAGAAGTCTCCTAATAAAAGAATCCGACACACAC
ACTATAAATCATTCAAAGATGCTAACTAAAATGAAGATGTTGTCGAAGAAAAACTAAAAT
GTAGATCCATGTATCACACTTGTGATTACGTAAATTTCCTTACCACCAGTCCAATTTCTA
ACACGAAGGACTATAAATACTATTATTTTACTTTAAATATAGAGGAAAAATAATTGTACT
TTATATAATAGAATTGTTCCAGTTTTAG

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL7582Contig1 685 2 2 U
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TAATGTTACGTAACGCTTAAACCTGACATTATATATTTTTAAGTGTTTGAGTAATCTTAG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FA24TF U 1
AF RR3FA24JQ C 44
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BS 683 685 RR3FA24JQ

RD RR3FA24TF 682 0 0
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CCAAAGTCGCCGAAACTCAATCTCTCTAGGAGAAAGAGTTGCGGAGATGCCATTAACTCT
TCTGGAGAAGATAATCCGAAGTCAGTCTCTACCCAGAACCGACACAGCGTCGGCAAAACA
GAGTTGAAGCCTGTGGTTGTGAGTGAAGAAGCTTCCATGGATTAAGTGGTTATCATAACC
TAATTTGATCATACCGGAAAAAACCGAACCAAACCAAACTCTGATTGTTCAGTTTCACAA
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TAATGTTACGTAACGCTTAAACCTGACATTATATATTTTTAAGTGTTTGAGTAATCTTAG
AGCTAAAGATTGAATCCATTAT

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DS 

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AGGCTAATCCCGTCCCTAACTTCTATTACCAAGGACCTCCCGTGAAACCAGAGCTTAAGA
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GAGATGCCATTAACTTTTCTGGAGAAGATAATCCGAAGTCAGTCTCTACCCAGAACCGAC
ACAGCGTCGGCAAAACAGAGTTGAAGCCTGTGGTTGTGAGTGAAGAAGCTTCCATGGATT
AAGTGGTTATCATAACCTAATTTGATCATACCGGAAAAAACCGAACCAAACCAAACTCTG
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CTACTTGATTTCTGTTTTAATGTTACGTAACGCTTAAACCTGACATTATATATTTTTAAG
TGTTTGAGTAATCTTAGAGCTAAAGATTGAATCCATTATGCT

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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CTTTCTTGTGGCGTTTGCTGGAGAAGAGTTACGTTATGGAAGGCAATACAGAAGCTGTCG
TAACTGCATGTGAGAAAGCAAAGGCGTTGGAATCTTCATATTTCAAGTTTGATTGACTGA
ACCAAAAAAAAAAACAGCATCGTCATGTCATCCTTTTGACATGCTTTTGCACTTTGTTAC
AATAATTTAACTCTTTATGGCCATAGGTCAAATGTAAAAGTTGACCTTAAACATTCTCTG
TAAATTGCGGTTTGCCCCAAAGACCCAATAATAATAGACATTCTCGTAAGATCAC

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CTAGTGCGATTAAAGTATTGGAGAGGAGGATAAAACAGAGAGATGGTGCTCCTTTCTTGT
GGCGTTTGCTGGAGAAGAGTTACGTTATGGAAGGCAATACAGAAGCTGTCGTAACTGCAT
GTGAGAAAGCAAAGGCGTTGGAATCTTCATATTTCAAGTTTGATTGACTGAACCAAAAAA
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GTTTGCCCCAAAGACCCAATAATAATAGACATTCTCGTAAGATCAC

QA 1 466 1 466
DS 



AS 1 2

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CAAG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR3GO44JQ C 1
AF RR3GO44TF U 1
BS 1 653 RR3GO44TF
BS 654 654 RR3GO44JQ
BS 655 664 RR3GO44TF

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CAAG

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3GO44TF 664 0 0
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GTCATTGCCGTCCACTAGAGACGATGAAAGCAGCATCGCTAGTAGTAGTGTCTCTCAGTC
AGTTCCAGGATACATGGCGCTTACGCAAGCAGCTAAAGCGAGAGCACGGCTCTCAAACCT
TAGTCCTTTAGGCTCAGAGAAGACGGCGAAAAAGCGGCTTTCGTTCACTGACTCTCCTAA
TAAGAAGACTGTAAGGCGGTTTTCAGGTCCTCCTAAGCTGGAAAGAAGTGGTAGCAATAA
TAATAAAGATACTGGTGGTGTTGCTTAAGCAGGGGACTGGATATAGTTTAGACAAAAGTC
TGCAACAGAGGTGAGGTCAGAGCAGAGAAGAATCTGTTGTGTCTTTTGTCTATAACAGTT
GTCTTGATTTTGTTTTGGATTTTTTTGACTGCTTTAAACTTAACTATTTGTTTTGATTTT
TTGATTGGTTGTTATTTGGTAATGTAACTTTCCTAATTGATAAAAAGACAAAA*TATAAA
CAAG

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL7585Contig1 845 2 2 U
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TCATAGGTGGAGCAATAGAGTTTGTGAGAGAGCTGGAGCAACTCCTACAATGCCTGGAGT
CACAAAAGCGTCGGAGAATCCTCGGAGACACCGGTAATAGGCAAATTGGGGACATGACCA
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CAAGAAGAAGACCAGGACAACTGATTAAGACTATTGCTGCTTTGGAGGATCTTCATCTCT
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AGATTACAAGTGAGACGAGGTTTACTGCAGAAGACATTGCAAGTTCCATCCAAGAGATAT
TTAGTTTTATTCACGCAAATACCACCATGTAATAATTTTTATATTTCTCCTGTCATTTCT
GTTAAAGGTACTTTTCATAAGTTTATGTTGGTGGCTTATAAAAAAAAGTCTATGTTTGTT
CCATTTTAGATCTTACATGTCCTTTTGTTTTGTTTATTTTTACCTTTAGATGCAATTATT
TTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3ET59TF U 1
AF RR3ET59JQ C 114
BS 1 766 RR3ET59TF
BS 767 845 RR3ET59JQ

RD RR3ET59TF 766 0 0
GGGAGTTGAAGAGCAAGAGGAAGAGAGCAAGAACAAGCAAAACCAGTGAAGAAGTATAAA
GCCAACGTATGACTCATATCGCGGTCGAGAGGAACCGTAGAAAGCAAATGAACGAGCATC
TTCGTGTTCTCAGGTCTCTTATGCCTGGATCCTACGTTCAAAGGGGAGATCAAGCGTCGA
TCATAGGTGGAGCAATAGAGTTTGTGAGAGAGCTGGAGCAACTCCTACAATGCCTGGAGT
CACAAAAGCGTCGGAGAATCCTCGGAGACACCGGTAATAGGCAAATTGGGGACATGACCA
CGACAATGACTTCTTCTTCACCAATAACTTCGGTTGTTAACCCGCTAACTAGTACCGGAA
ATGTAACTGAACTAGAGGGTGGAGGAGGAGGGCTCCAGGAAGAAACAGCGGAGAACAAGT
CGTGCTTGGCTGATGTGGAGGTGAAGCTGCTAGGGTTTGACGCTATGATCAAGATACTTT
CAAGAAGAAGACCAGGACAACTGATTAAGACTATTGCTGCTTTGGAGGATCTTCATCTCT
CTATCCTTCACACTAACATCACTACCATGGAACAAACTGTCCTCTATTCCTTCAATGTCA
AGATTACAAGTGAGACGAGGTTTACTGCAGAAGACATTGCAAGTTCCATCCAAGAGATAT
TTAGTTTTATTCACGCAAATACCACCATGTAATAATTTTTATATTTCTCCTGTCATTTCT
GTTAAAGGTACTTTTCATAAGTTTATGTTGGTGGCTTATAAAAAAA

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3ET59JQ 732 0 0
GAGCATCTTCGTGTTCTCAGGTCTCTTATGCCTGGATCCTACGTTCAAAGGGGAGATCAA
GCGTCGATCATAGGTGGAGCAATAGAGTTTGTGAGAGAGCTGGAGCAACTCCTACAATGC
CTGGAGTCACAAAAGCGTCGGAGAATCCTCGGAGACACCGGTAATAGGCAAATTGGGGAC
ATGACCACGACAATGACTTCTTCTTCACCAATAACTTCGGTTGTTAACCCGCTAACTAGT
ACCGGAAATGTAACTGAACTAGAGGGTGGAGGAGGAGGGCTCCAGGAAGAAACAGCGGAG
AACAAGTCGTGCTTGGCTGATGTGGAGGTGAAGCTGCTAGGGTTTGACGCTATGATCAAG
ATACTTTCAAGAAGAAGACCAGGACAACTGATTAAGACTATTGCTGCTTTGGAGGATCTT
CATCTCTCTATCCTTCACACTAACATCACTACCATGGAACAAACTGTCCTCTATTCCTTC
AATGTCAAGATTACAAGTGAGACGAGGTTTACTGCAGAAGACATTGCAAGTTCCATCCAA
GAGATATTTAGTTTTATTCACGCAAATACCACCATGTAATAATTTTTATATTTCTCCTGT
CATTTCTGTTAAAGGTACTTTTCATAAGTTTATGTTGGTGGCTTATAAAAAAAAGTCTAT
GTTTGTTCCATTTTAGATCTTACATGTCCTTTTGTTTTGTTTATTTTTACCTTTAGATGC
AATTATTTTTTC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL7586Contig1 878 2 12 U
GGATAGCTCTCAACTCAATCAAACAAACAATCACAATCATGTCATCATTCCCATTGGTCT
CTTTTCTCGTCACTCTCCTGTTGGCTGCAGCCGTCTGCACCCACGGGCAAGAACTGGTGA
CAGACACCAACGGAAACATAGTTCGACTCAATGATCAATACTTCATCCAACCAGTCAATA
CCGGGAATAACGGAGGTGGTATTGTCCCACTTGCTTCTAAAATTTCCCTTTGTCTACTTG
GCATCACCCAAGCACTTCCGGATGAACCGGGCGTGCGGGTTAGCTTCTCCTTTCCACAGA
CGTTGATCCCTCCCATACCATTCACCCCTGTACTTACAAATGTCGATATAACCATCGAGT
TCAAGTCCAACATATGCAAGGAGTTCTCCAAGTTCTGGGAAGTCGATGCATCCGCACTGG
TTTCCGAAGAGCCTGCAATTCAAATCAATGGTAACCCGCGGCGAAGAAACAGCCGGTTTA
AGATAGAGAAAGTGGGAAAAGAAGGAAGAACAAACATTTACAGATTTACTACTTCTGATG
GAACCGTGGGAGCTGTCCCAGGGGCCTTGGAGAGTACACAGCTAGTTCTCACCAATGATG
TGGCTAAGACCATATTTGTCAAATTCATCAAATTTAATGCTGTTACTACCGATGTTGCTT
CTACTTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGACTAAGGATGATTTTGTAATGTAAAAGCCAAAGAC
TCCGTCCATGGCCAAAAATAAGGGGTTGAGATTAATACCCGCACGTACGCATGCACGTAA
ACTTTTTTTCTACTGTCAGGATAAGTAAACTATAAGCTATGTTTTGAAACATGAAATTCT
ATTTTCAGTATCCTAATAAATATTATTTGTTTTCGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CB73TF U 1
AF RR3CB73JQ C 120
BS 1 691 RR3CB73TF
BS 692 692 RR3CB73JQ
BS 693 726 RR3CB73TF
BS 727 727 RR3CB73JQ
BS 728 746 RR3CB73TF
BS 747 747 RR3CB73JQ
BS 748 752 RR3CB73TF
BS 753 753 RR3CB73JQ
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BS 781 781 RR3CB73JQ
BS 782 795 RR3CB73TF
BS 796 878 RR3CB73JQ

RD RR3CB73TF 795 0 0
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CTTTTCTCGTCACTCTCCTGTTGGCTGCAGCCGTCTGCACCCACGGGCAAGAACTGGTGA
CAGACACCAACGGAAACATAGTTCGACTCAATGATCAATACTTCATCCAACCAGTCAATA
CCGGGAATAACGGAGGTGGTATTGTCCCACTTGCTTCTAAAATTTCCCTTTGTCTACTTG
GCATCACCCAAGCACTTCCGGATGAACCGGGCGTGCGGGTTAGCTTCTCCTTTCCACAGA
CGTTGATCCCTCCCATACCATTCACCCCTGTACTTACAAATGTCGATATAACCATCGAGT
TCAAGTCCAACATATGCAAGGAGTTCTCCAAGTTCTGGGAAGTCGATGCATCCGCACTGG
TTTCCGAAGAGCCTGCAATTCAAATCAATGGTAACCCGCGGCGAAGAAACAGCCGGTTTA
AGATAGAGAAAGTGGGAAAAGAAGGAAGAACAAACATTTACAGATTTACTACTTCTGATG
GAACCGTGGGAGCTGTCCCAGGGGCCTTGGAGAGTACACAGCTAGTTCTCACCAATGATG
TGGCTAAGACCATATTTGTCAAATTCATCAAATTTAATGCTGTTACTACCGATGTTGCTT
CTACTTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGACTAAG*ATGATTTTGTAATGTAAAAGCCAAAGAC
TCCGTC*ATGGCCAAAAATAAGGGGT*GAGAT*AATACCCGCACGTACGCATGCACGTAA
*CTTTTTTTCTACTG

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3CB73JQ 759 0 0
ACAGACACCAACGGAAACATAGTTCGACTCAATGATCAATACTTCATCCAACCAGTCAAT
ACCGGGAATAACGGAGGTGGTATTGTCCCACTTGCTTCTAAAATTTCCCTTTGTCTACTT
GGCATCACCCAAGCACTTCCGGATGAACCGGGCGTGCGGGTTAGCTTCTCCTTTCCACAG
ACGTTGATCCCTCCCATACCATTCACCCCTGTACTTACAAATGTCGATATAACCATCGAG
TTCAAGTCCAACATATGCAAGGAGTTCTCCAAGTTCTGGGAAGTCGATGCATCCGCACTG
GTTTCCGAAGAGCCTGCAATTCAAATCAATGGTAACCCGCGGCGAAGAAACAGCCGGTTT
AAGATAGAGAAAGTGGGAAAAGAAGGAAGAACAAACATTTACAGATTTACTACTTCTGAT
GGAACCGTGGGAGCTGTCCCAGGGGCCTTGGAGAGTACACAGCTAGTTCTCACCAATGAT
GTGGCTAAGACCATATTTGTCAAATTCATCAAATTTAATGCTGTTACTACCGATGTTGCT
TCTACTTCTCGTGTTGAGAAGTTAGGACTAAGGATGATTTTGTAATGTAAAAGCCAAAGA
CTCCGTCCATGGCCAAAAATAAGGGGTTGAGATTAATACCCGCACGTACGCATGCACGTA
AACTTTTTTTCTACTGTCAGGATAAGTAAACTATAAGCTATGTTTTGAAACATGAAATTC
TATTTTCAGTATCCTAATAAATATTATTTGTTTTCGACC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL7587Contig1 913 2 4 U
ATCACAAAATGCAAGATTTTATTCAGAAATATAAAATTCAAAGATACAGGTCAAGTTACA
CTACAGAAGCTGTTTTCAATAACCATTATCTATAAGGTAAAAGCAGAGAGAAGATTCCGA
GTTCTTGATAAAGAGGCGACCAATCTCTCTGATAAGAGACTGGCTTGCTCAAGAAAAGAG
TGGCAAAGACTGCTCTCCTGAAGCATATGATATGATACGCTTTTTGAGAGGGGAAATGTA
ATGAGCCCCGTGAAATGCAGCCGCTCTCAATGCATTCAGCGGTCCGAAATTCACTGCATA
CATCTTCTGGATTCCATCTAAAACCGCCATCATTGCTATATTTGCAGGTTTTCTCTCCGC
TTCATATCGTTTGAGCAGATTCACCTCGCCAATATCAGTACCAAGAGCAATCCCTTCAGC
TATAGCTCTGGAGAGAGCACTCGCATCCGCAAATCCTAGATTAACTCCTTGGCCGGCCAA
CGGGTGAACAGTATGAGCTGAGTCACCCACGAGAGCCACACGGTTTGACACATAGTCTTT
TGCATGCCTTAAAGACAAAGGAAACATCATTCTCTCTGATGAAAGCCTCACAACCTTTGG
TGGAGTTTCAAACCTCTCCTTCGCGAATATGTTCACATCTCCTGTAAGCCAAGAGAGACT
ACTACCCCCTGAACTTGTTGTCTCTGGATGTGGACCATACCCATAATCCAGAGCGTCGTT
TACAGCTTTGATGAAGTCATCCTCGCTCATGGATTTGCGATCTGACGCCTCTGTTGGATC
CATAGTCCAGACTATGTTGCTAAACTTGTCACCAATGGGAAGAAGTGCGATGGGTCCATT
GGGTAAAAACCGTTGCCAAGCAGTGAAGTTTTCCACAGTGTGCTCAACTGTACAGATTAT
AGCGTTCTGAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H696JQ U 1
AF RR3BJ65JQ U 16
BS 1 32 RR3H696JQ
BS 33 33 RR3BJ65JQ
BS 34 685 RR3H696JQ
BS 686 913 RR3BJ65JQ

RD RR3H696JQ 685 0 0
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CTACAGAAGCTGTTTTCAATAACCATTATCTATAAGGTAAAAGCAGAGAGAAGATTCCGA
GTTCTTGATAAAGAGGCGACCAATCTCTCTGATAAGAGACTGGCTTGCTCAAGAAAAGAG
TGGCAAAGACTGCTCTCCTGAAGCATATGATATGATACGCTTTTTGAGAGGGGAAATGTA
ATGAGCCCCGTGAAATGCAGCCGCTCTCAATGCATTCAGCGGTCCGAAATTCACTGCATA
CATCTTCTGGATTCCATCTAAAACCGCCATCATTGCTATATTTGCAGGTTTTCTCTCCGC
TTCATATCGTTTGAGCAGATTCACCTCGCCAATATCAGTACCAAGAGCAATCCCTTCAGC
TATAGCTCTGGAGAGAGCACTCGCATCCGCAAATCCTAGATTAACTCCTTGGCCGGCCAA
CGGGTGAACAGTATGAGCTGAGTCACCCACGAGAGCCACACGGTTTGACACATAGTCTTT
TGCATGCCTTAAAGACAAAGGAAACATCATTCTCTCTGATGAAAGCCTCACAACCTTTGG
TGGAGTTTCAAACCTCTCCTTCGCGAATATGTTCACATCTCCTGTAAGCCAAGAGAGACT
ACTACCCCCTGAACTTGTTGTCTCT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3BJ65JQ 898 0 0
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TCAATAACCATTATCTATAAGGTAAAAGCAGAGAGAAGATTCCGAGTTCTTGATAAAGAG
GCGACCAATCTCTCTGATAAGAGACTGGCT*GCTCAAGAAAAGAGTGGCAAAGACTGCTC
TCCTGAAGCATATGATATGATACGCTTTTTGAGAGGGGAAATGTAATGAGCCCCGTGAAA
TGCAGCCGCTCTCAATGCATTCAGCGGTCCGAAATTCACTGCATACATCTTCTGGATTCC
ATCTAAAACCGCCATCATTGCTATATTTGCAGGTTTTCTCTCCGCTTCATATCGTTTGAG
CAGATTCACCTCGCCAATATCAGTACCAAGAGCAATCCCTTCAGCTATAGCTCTGGAGAG
AGCACTCGCATCCGCAAATCCTAGATTAACTCCTTGGCCGGCCAACGGGTGAACAGTATG
AGCTGAGTCACCCACGAGAGCCACACGGTTTGACACATAGTCTTTTGCATGCCTTAAAGA
CAAAGGAAACATCATTCTCTCTGATGAAAGCTTCACAACCTTTGGTGGAGTTTCAAACCT
CTCCTTCGCGGATATGTTCACATCTCCTGTAAGCCAAGAGAGACTACTACCCCCTGAACT
TGTTGTCTCTGGATGTGGACCATACCCATAATCCAGAGCGTCGTTTACAGCTTTGATGAA
GTCATCCTCGCTCATGGATTTGCGATCTGACGCCTCTGTTGGATCCATAGTCCAGACTAT
GTTGCTAAACTTGTCACCAATGGGAAGAAGTGCGATGGGTCCATTGGGTAAAAACCGTTG
CCAAGCAGTGAAGTTTTCCACAGTGTGCTCAACTGTACAGATTATAGCGTTCTGAGAG

QA 1 898 1 898
DS 



AS 1 2

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TGTATATAGTCATTTATGTAAATCAAAACTTACCTGTTTCCCCACTTAGCATGAAGTTCC
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TTCAGCCACCGGAGCCGGCAACTTTTCCCGATTTGGCGAGAGTGTTCCAAACGCCATCCC
CGTGGTTGGCGATATAGTTGATAAGAATAAGATCTTCTTCCATCGTCCATGGTCCTTTTC
TCACCTCTGTTTCTCCTGATGATCCCGAACCTCCACTACATATTCCTCCTCTTTTGTCCA
TTTTATTCTTATTTATTTATAACTCTTATAGCTAGAGGGAGGGGAATTTAAAAGAAAGAG
ACAAGTAAGAGAGAAGGTTGTGGTGAGTTGATATTGAAGGTCGTGGAAGGTGAGCAACTG
CTTTTATAGAGACTAAATTCACCGCGTGATTAGCAAAGCTTAATCCAAATTCTTAATTAA
TCCTGTATGGTCATTAGCTTAAAGTTTTAATTAATCATGTAATAAACTTTCGTAATTGTT
AGGATCTATACTATACTAATAACACATGTGACTATGTATAACACCTTTCACGACCTAACC
ATATACAATAACATAGTTTCTTCATCC


BQ
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AF RR3DB75TF U 1
AF RR3DB75JQ C 32
BS 1 687 RR3DB75TF

RD RR3DB75TF 687 0 0
GGGAGAAAGAAAGTTAGAAAATTTTGCCTTTGTTCTTTCGTTACACAGTGTATGTGTATT
TGTATATAGTCATTTATGTAAATCAAAACTTACCTGTTTCCCCACTTAGCATGAAGTTCC
ACGATGATAAGTTGCTCCTCCGGCGTGATGTTTCCACGTCGTACGTCAGGGCGGAGATAG
TTCAGCCACCGGAGCCGGCAACTTTTCCCGATTTGGCGAGAGTGTTCCAAACGCCATCCC
CGTGGTTGGCGATATAGTTGATAAGAATAAGATCTTCTTCCATCGTCCATGGTCCTTTTC
TCACCTCTGTTTCTCCTGATGATCCCGAACCTCCACTACATATTCCTCCTCTTTTGTCCA
TTTTATTCTTATTTATTTATAACTCTTATAGCTAGAGGGAGGGGAATTTAAAAGAAAGAG
ACAAGTAAGAGAGAAGGTTGTGGTGAGTTGATATTGAAGGTCGTGGAAGGTGAGCAACTG
CTTTTATAGAGACTAAATTCACCGCGTGATTAGCAAAGCTTAATCCAAATTCTTAATTAA
TCCTGTATGGTCATTAGCTTAAAGTTTTAATTAATCATGTAATAAACTTTCGTAATTGTT
AGGATCTATACTATACTAATAACACATGTGACTATGTATAACACCTTTCACGACCTAACC
ATATACAATAACATAGTTTCTTCATCC

QA 1 687 1 687
DS 

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GTTCTTTCGTTACACAGTGTATGTGTATTTGTATATAGTCATTTATGTAAATCAAAACTT
ACCTGTTTCCCCACTTAGCATGAAGTTCCACGATGATAAGTTGCTCCTCCGGCGTGATGT
TTCCACGTCGTACGTCAGGGCGGAGATAGTTCAGCCACCGGAGCCGGCAACTTTTCCCGA
TTTGGCGAGAGTGTTCCAAACGCCATCCCCGTGGTTGGCGATATAGTTGATAAGAATAAG
ATCTTCTTCCATCGTCCATGGTCCTTTTCTCACCTCTGTTTCTCCTGATGATCCCGAACC
TCCACTACATATTCCTCCTCTTTTGTCCATTTTATTCTTATTTATTTATAACTCTTATAG
CTAGAGGGAGGGGAATTTAAAAGAAAGAGACAAGTAAGAGAGAAGGTTGTGGTGAGTTGA
TATTGAAGGTCGTGGAAGGTGAGCAACTGCTTTTATAGAGACTAAATTCACCGCGTGATT
AGCAAAGCTTAATCCAAATTCTTAATTAATCCTGTATGGTCATTAGCTTAAAGTTTTAAT
TAATCATGTAATAAACTTTCGTAATTGTTAGGATCTATACTATACTAATAACACATGTGA
CTATGTATAACACCTTTCACGACCTAACCATATACAATAACATAGTTTCTTCATCC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL7589Contig1 756 2 5 U
GTGCGGCGAGTTAGGTACTTCTTCTTCGTCTGGAAGTGCGCAGATGCGTCCGGAGATGAA
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CCAGAAGAAAGTCGAGTCTACCCCTGAGATTGCAACTGGAGGAGGTGGTGGAGACATTGG
AAAGAGTGCCAATTTCGGTGGTGGCGACGGAGGTGACGATGATGGTGATGATGATGATTA
CTTTGACGAGTTTGATGATGACGATGATGGAGATGAAGGTGGTCTTTTCAGGCGTAGGAT
GTTCCTCGCTGAGCTTTTTGATAGGAAGTTCGTTGACGCTGTGTTGAACGAGTGGCAAAA
GACAACGCTGGATTTGCCTGCTGGCCTCCGCCAAGCATATGAAATGGGTTTGGTCAGCTC
AGCACAAATGGTTAAGTTCCTTGCTATTAATGCTCGTCCTACAACAACTAGATTCATCTC
TCGTGCTCTTCCTCAGGGATTGTCAAGAGCCTTTGTTGGCAGGATGTTGGCGGATCCTTC
TTTTCTCTATAGACTTCTCTTGGAGCAAGCTGCCACGGTTGGATGCTCGGTTTGGTGGGA
AGTGAAGACTCGCAAGGAAAGAATAAAAGAGGAATGGGATCTTGCGCTCATAAATGTGCT
TACCGTATCAGCATGCAATGCAGCTGCTGTTTGGTTGCTGGCCCCATGTCGTTCCTATGG
AAACACGTTCCGGTTTGACCTGCAAAATACGCTGCA


BQ
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AF RR3F559TF U 196
AF RR3FZ32TF U 1
BS 1 249 RR3FZ32TF
BS 250 250 RR3F559TF
BS 251 365 RR3FZ32TF
BS 366 366 RR3F559TF
BS 367 756 RR3FZ32TF

RD RR3F559TF 282 0 0
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TGATGATGATGATGGAGATGAAGGTGGTCTTTTCAGGCGTAGGATGTTCCTCGCTGAGCT
TTTTGATAGGAAGTTCGTTGACGCTGTGTTGAACGAGTGGCAAAAGACAACGCTGGATTT
GCCTGCTGGCCTCCGCCAAGCATATGAAATGGGTTTGGTCAGCTCAGCACAAATGGTTAA
GTTCCTTGCTATTAATGCTCGTCCTACAACAACTAGATTCAT

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR3FZ32TF 756 0 0
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CCAGAAGAAAGTCGAGTCTACCCCTGAGATTGCAACTGGAGGAGGTGGTGGAGACATTGG
AAAGAGTGCCAATTTCGGTGGTGGCGACGGAGGTGACGATGATGGTGATGATGATGATTA
CTTTGACGATTTTGATGATGACGATGATGGAGATGAAGGTGGTCTTTTCAGGCGTAGGAT
GTTCCTCGCTGAGCTTTTTGATAGGAAGTTCGTTGACGCTGTGTTGAACGAGTGGCAAAA
GACAATGCTGGATTTGCCTGCTGGCCTCCGCCAAGCATATGAAATGGGTTTGGTCAGCTC
AGCACAAATGGTTAAGTTCCTTGCTATTAATGCTCGTCCTACAACAACTAGATTCATCTC
TCGTGCTCTTCCTCAGGGATTGTCAAGAGCCTTTGTTGGCAGGATGTTGGCGGATCCTTC
TTTTCTCTATAGACTTCTCTTGGAGCAAGCTGCCACGGTTGGATGCTCGGTTTGGTGGGA
AGTGAAGACTCGCAAGGAAAGAATAAAAGAGGAATGGGATCTTGCGCTCATAAATGTGCT
TACCGTATCAGCATGCAATGCAGCTGCTGTTTGGTTGCTGGCCCCATGTCGTTCCTATGG
AAACACGTTCCGGTTTGACCTGCAAAATACGCTGCA

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL7590Contig1 653 2 1 U
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TGGGAAGTATCTTCTTCCATGGATATACAGCATAATGGTGAATCGTCGTCATTACATCAT
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AAGTGAAGATGAGGAGGAAGAAGATGTAGAAGAGCATTTCTATGGTGAGAAAGATAACGA
ATCAGAACTAAGCAGCGACGATGGAAATGATGAAGATGATACCTTGATGGAAGAGATATA
ATTAGTGAAGAAGAGAAGAGAAAGAAGCTTTGACTCATCTTCACACGATTTTGTCTTTTT
TGAGTTATTACTCAAACTTGTCTTTAGTAAAAACATAACCTGCTAATTGCTATAGTTGAC
GTTAGACTAAGTTCAAAGACGCAAGCTTTAAATGAATGTTTACAAAAATTTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E442JQ C 1
AF RR3E442TF U 1
BS 1 653 RR3E442TF

RD RR3E442JQ 653 0 0
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GATTGGTCCCGTGTGAACTGTTTCAGGGAAAGATGAATTTGGTGGACATTAAGGATGTGG
TGGGAAGTATCTTCTTCCATGGATATACAGCATAATGGTGAATCGTCGTCATTACATCAT
GTCCCAAGAAGCAAAAAACCAACAGCTGCTGACTACATTGCATAAGATTACTAATTCCAG
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GATCAATAAAGCTGCAGGGAATGGGACTCAAACAAGGGTTCATGAGCAAGAGACTGATGA
AAGTGAAGATGAGGAGGAAGAAGATGTAGAAGAGCATTTCTATGGTGAGAAAGATAACGA
ATCAGAACTAAGCAGCGACGATGGAAATGATGAAGATGATACCTTGATGGAAGAGATATA
ATTAGTGAAGAAGAGAAGAGAAAGAAGCTTTGACTCATCTTCACACGATTTTGTCTTTTT
TGAGTTATTACTCAAACTTGTCTTTAGTAAAAACATAACCTGCTAATTGCTATAGTTGAC
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QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3E442TF 653 0 0
GGAACAGAGTCACTCCTTTGGAAGCTGAAGAAAGGTTTTTTGTATTTCTCCGTCTCCCTT
GATTGGTCCCGTGTGAACTGTTTCAGGGAAAGATGAATTTGGTGGACATTAAGGATGTGG
TGGGAAGTATCTTCTTCCATGGATATACAGCATAATGGTGAATCGTCGTCATTACATCAT
GTCCCAAGAAGCAAAAAACCAACAGCTGCTGACTACATTGCATAAGATTACTAATTCCAG
AGGAACGGCTCTTCAGCAGTTACTACAGTTATCTGGGCGCTTACAGCTTGTTACAGCTCA
GATCAATAAAGCTGCAGGGAATGGGACTCAAACAAGGGTTCATGAGCAAGAGACTGATGA
AAGTGAAGATGAGGAGGAAGAAGATGTAGAAGAGCATTTCTATGGTGAGAAAGATAACGA
ATCAGAACTAAGCAGCGACGATGGAAATGATGAAGATGATACCTTGATGGAAGAGATATA
ATTAGTGAAGAAGAGAAGAGAAAGAAGCTTTGACTCATCTTCACACGATTTTGTCTTTTT
TGAGTTATTACTCAAACTTGTCTTTAGTAAAAACATAACCTGCTAATTGCTATAGTTGAC
GTTAGACTAAGTTCAAAGACGCAAGCTTTAAATGAATGTTTACAAAAATTTGC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL7591Contig1 809 2 2 U
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TCAGAGATTCTTGGTCACCTGAAGTATTCTACTCGAGCTTCTGCATGTGGGATTCTTTCA
TGGCTGGTGTTGCAGTTTCGGTCATGAGAAACTCTGGTAATAACAACAACAACAACAATG
GTGAGAACGATTTTGCAGAAATGGAGTACATGAATATAACCATTGTTACTTCAAACAAAC
CTTATGGATTACCAGACGCCTCAAATCCTTTTTTTGACAAACAAATAACTCCAAAGTTTA
ACCTAACCCTTGGAGGAGTTCACAGTGGTCATGTTCAGAGTGGTTTGAACGATCCAGTCT
GCATACAGAGAAGAGACAAAGGAAACTGCAAGGATGGTTACACACAAGAGATCTCTGGAC
CTGATTCAGTTCGAGTCCTTGTCGCGACACGTGCTAAACCCAACAAGAAGAACAATGAAA
GTGAACTGGATAGAGAGTTCTACGTCGATATCTTGGAAGTTTTGAATAGGCCTGAAGAAA
CAGGGAGGTTTAACTTATCAACTCAGTTTCCATACTATAGAGAAGAGCGGTTCATACCAG
ATCTTAGTAACACACAGCTCGGAAAGCCTGTTCTTTTCGATATGGACATGAGTGCAGGAG
ATTTCCTCACTCTCTTCTACCTCCTTAAAGTTCCTGTGGAGATTGTAGATTTGAAAGCAA
TTATTGTCAGCCCGACCGGTTGGGCTAACGCAGCGACAGTAGATGTGGTCTACGATCTGC
TTCATATGATGGGACGTGAAGACATTCCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A524TF U 1
AF RR3AD39TF U 1
BS 1 653 RR3A524TF
BS 654 809 RR3AD39TF

RD RR3A524TF 653 0 0
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CTTATGGATTACCAGACGCCTCAAATCCTTTTTTTGACAAACAAATAACTCCAAAGTTTA
ACCTAACCCTTGGAGGAGTTCACAGTGGTCATGTTCAGAGTGGTTTGAACGATCCAGTCT
GCATACAGAGAAGAGACAAAGGAAACTGCAAGGATGGTTACACACAAGAGATCTCTGGAC
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GTGAACTGGATAGAGAGTTCTACGTCGATATCTTGGAAGTTTTGAATAGGCCTGAAGAAA
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ATCTTAGTAACACACAGCTCGGAAAGCCTGTTCTTTTCGATATGGACATGAGT

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3AD39TF 809 0 0
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TCAGAGATTCTTGGTCACCTGAAGTATTCTACTCGAGCTTCTGCATGTGGGATTCTTTCA
TGGCTGGTGTTGCAGTTTCGGTCATGAGAAACTCTGGTAATAACAACAACAACAACAATG
GTGAGAACGATTTTGCAGAAATGGAGTACATGAATATAACCATTGTTACTTCAAACAAAC
CTTATGGATTACCAGACGCCTCAAATCCTTTTTTTGACAAACAAATAACTCCAAAGTTTA
ACCTAACCCTTGGAGGAGTTCACAGTGGTCATGTTCAGAGTGGTTTGAACGATCCAGTCT
GCATACAGAGAAGAGACAAAGGAAACTGCAAGGATGGTTACACACAAGAGATCTCTGGAC
CTGATTCAGTTCGAGTCCTTGTCGCGACACGTGCTAAACCCAACAAGAAGAACAATGAAA
GTGAACTGGATAGAGAGTTCTACGTCGATATCTTGGAAGTTTTGAATAGGCCTGAAGAAA
CAGGGAGGTTTAACTTATCAACTCAGTTTCCATACTATAGAGAAGAGCGGTTCATACCAG
ATCTTAGTAACACACAGCTCGGAAAGCCTGTTCTTTTCGATATGGACATGAGTGCAGGAG
ATTTCCTCACTCTCTTCTACCTCCTTAAAGTTCCTGTGGAGATTGTAGATTTGAAAGCAA
TTATTGTCAGCCCGACCGGTTGGGCTAACGCAGCGACAGTAGATGTGGTCTACGATCTGC
TTCATATGATGGGACGTGAAGACATTCCA

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 2

CO CL7592Contig1 677 2 11 U
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TTGTTTTTCTATCAACTATGGCAACGAAGAGAAGTGTAGGAACATTGAAGGAAGCGGATC
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ACATCACTGATGACACCAGGATTCGTGCAGCCGTTCCCACCATCAAGTACTTGATGGGTA
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TGCCATCGTTGGAGTTC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3DJ16TF U 1
AF RR3DS08TF U 2
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DS 

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AGCTCATGCTCCCACCGAGGGAGTTGCCAAATACTTGAAGCCTTCAGTCGCTGGTTTCCT
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GCCATCGTTGGAGTTC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FW46JQ C 1
AF RR3FW46TF U 1
BS 1 659 RR3FW46TF

RD RR3FW46JQ 659 0 0
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GTCTATGTATTGGATTTTATAACTGTAATCTTTATAAATTAGACAGACGCTCCTTGTTT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3FW46TF 659 0 0
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TAGGACAGATCGTGGTAGTGATGTCATAGTTGTGCTTGTTGGAAATAAAACCGACCTTGT
CGGCAAAAGGCAAGTGTCAATAGAGGAAGCAGAAGCCAAGGCTCGTGAGCTTAATGTAAT
GTTTATCGAAACCAGTGCCAAAGCAGGCTTCAACATAAAGGCGCTTTTCCGCAAGATTGC
AGCAGCTTTGCCCGGAATGGAAACACTGTCTTCGACAAAGCAAGAGGATATGGTTGATGT
TAATCTCAAGTCTTCCAACGCCAATGCATCTTTGGCTCAGCAGCAATCAGGAGGATGTTC
TTGTTAAAATTTGCAACAACCACAGCAAATTGATAGAGACGATAAGAAAAAACACAGATA
TAAAGTCCTCGAGCCTTTTTTCCATCAGATTGTTTTAGTTTATGGTCTTTGGATTTTCAA
ATGCTCTCTGCTTCAGTACTTTTTGTTAGTTTTTAACAACTTTTCCCAAAACTGTGATTT
GTCTATGTATTGGATTTTATAACTGTAATCTTTATAAATTAGACAGACGCTCCTTGTTT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL7594Contig1 822 2 2 U
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CACTGTTGTTACAAATGTAGATAGGCGATGATTAAGCCATTAATCGGTGGCCACTAAAAG
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AAGCTTGTTGTAAACTTTTTGGGTACCTTTTTATGAAAGTGACTCAACAGATTTGTTGTA
ATGACACTGATCCTCATTAGATCTTTAACTGGGGCTCCCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AR73TF U 1
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BS 679 822 RR3AR73JQ

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GATGGTAACTTCTTGAAAGCATGGGGTGGGATATCGTCTTTACAGTTTGTTTTACCAGTA
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GATAGACCTTCCAAACTCGCTGGACTACACTCTAAGGGAGCAATAGCGGTTGGGAAACAT
GCGGATATTGTTGTGTGGGAACCTGAAGTGGAGTTTGATCTTGATGAAGACCATCCTATT
CACTTCAAACACCCTAGCATCTCAGCTTTCTTGGGAAGAAAGTTATCAGGTAAAGTGGTT
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GGATCTCTGCTACTCGCGTCTTGAGACCGAAAAAAGGATTTTTTAACAGATCTTATTCCG
CACTGTTGTTACAAATGTAGATAGGCGATGATTAAGCCATTAATCGGTGGCCACTAAAAG
AAATAAGTCTCTTGTATA

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DS 

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CTTGAAAGCATGGGGTGGGATATCGTCTTTACAGTTTGTTTTACCAGTAACATGGTCATA
CGGAAGAAAGTATGGAGTGACTCTCGAGCAGGTAGCTTCTTGGTGGAGCGATAGACCTTC
CAAACTCGCTGGACTACACTCTAAGGGAGCAATAGCGGTTGGGAAACATGCGGATATTGT
TGTGTGGGAACCTGAAGTGGAGTTTGATCTTGATGAAGACCATCCTATTCACTTCAAACA
CCCTAGCATTTCAGCTTTCTTGGGAAGAAAGTTATCAGGTAAAGTGGTTTCAACATTTGT
AAGAGGAAACTTGGTCTTTGGAGAAGGAAATCATGCTTCTGATGCCTGTGGATCTCTGCT
ACTCGCGTCTTGAGACCGAAAAAAGGATTTTTTAACAGATCTTATTCCGCACTGTTGTTA
CAAATGTAGATAGGCGATGATTAAGCCATTAATCGGTGGCCACTAAAAGAAATAAGTCTC
TTGTATAAGATTGATTCAGTTGGTATTGTTGCTGTATAGACTCTCAAAGAAGCTTGTTGT
AAACTTTTTGGGTACCTTTTTATGAAAGTGACTCAACAGATTTGTTGTAATGACACTGAT
CCTCATTAGATCTTTAACTGGGGCTCCCATC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

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TGGCAGATTCCTCATTTTATGGCCCTTGCACACCTTTGCCGTAATGATTATGCTGCTGGA
GGTTACAAGATGCTGTCGCTGTTTGATCCATCAGGGAAGAGGTAGCAGCAGTGGCACTTA
GGAACTGCTTTTACATGGTCCCACTCGGTTTCATTGCCTATGACTGGGGTTTGACATCGA
GCTTTTTGTCTCGAATCAACACTTCTCACAATGGCAATTGCTGCTACCGCGTTTTCATTC
TACCGACACGGGACCATGGACAAAGCAAGGAAGATGTTCCACGCCAGTCTTCTCTTCCTT
CCTGTTTTCATGTCTGGTCTGCTTATACACCGCGTCTATGATGAGGACAAACAACCACTC
CTAGAAGTAGCCGGTTTACCGAACTCTGTATCCGGTGAAGTAAAAACTCAAAGAAGAAAG
AGACGTCCTGCACAGCCTCCTGTGGCTTATGCTTCTGCTGCACCATTTCCTTTCCTCCCA
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TGTTTCAATGTTCATTGACATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3ET51TF U 1
AF RR3ET51JQ C 104
BS 1 652 RR3ET51TF
BS 653 653 RR3ET51JQ
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BS 728 742 RR3ET51JQ

RD RR3ET51TF 729 0 0
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TGGCAGATTCCTCATTTTATGGCCCTTGCACACCTTTGCCGTAATGATTATGCTGCTGGA
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GGAACTGCTTTTACATGGTCCCACTCGGTTTCATTGCCTATGACTGGGGTTTGACATCGA
GCTTTTTGTCTCGAATCAACACTTCTCACAATGGCAATTGCTGCTACCGCGTTTTCATTC
TACCGACACGGGACCATGGACAAAGCAAGGAAGATGTTCCACGCCAGTCTTCTCTTCCTT
CCTGTTTTCATGTCTGGTCTGCTTATACACCGCGTCTATGATGAGGACAAACAACCACTC
CTAGAAGTAGCCGGTTTACCGAACTCTGTATCCGGTGAAGTAAAAACTCAAAGAAGAAAG
AGACGTCCTGCACAGCCTCCTGTGGCTTATGCTTCTGCTGCACCATTTCCTTTCCTCCCA
GCTCCTTCCTTCTATTCACCATAAAGCAAGCTCTTAAATTGTTGAGGATACACACATCAC
AAGTGATGAATATTGTGAAATTGTTTTTGAGTTACATCTTTGGTAATAAGGA*GTGGAGA
GAACACATACTAGAGGTT*ATGAATTTTGGCTCCACAGTATATTTATTTTGGTTGTTGAA
TGTTTCA
TG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3ET51JQ 639 0 0
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CTGGGGTTTGACATCGAGCTTTTTGTCTCGAATCAACACTTCTCACAATGGCAATTGCTG
CTACCGCGTTTTCATTCTACCGACACGGGACCATGGACAAAGCAAGGAAGATGTTCCACG
CCAGTCTTCTCTTCCTTCCTGTTTTCATGTCTGGTCTGCTTATACACCGCGTCTATGATG
AGGACAAACAACCACTCCTAGAAGTAGCCGGTTTACCGAACTCTGTATCCGGTGAAGTAA
AAACTCAAAGAAGAAAGAGACGTCCTGCACAGCCTCCTGTGGCTTATGCTTCTGCTGCAC
CATTTCCTTTCCTCCCAGCTCCTTCCTTCTATTCACCATAAAGCAAGCTCTTAAATTGTT
GAGGATACACACATCACAAGTGATGAATATTGTGAAATTGTTTTTGAGTTACATCTTTGG
TAATAAGGAAGTGGAGAGAACACATACTAGAGGTTTATGAATTTTGGCTCCACAGTATAT
TTATTTTGGTTGTTGAATGTTTCAATGTTCATTGACATC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL7596Contig1 685 2 3 U
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AGCTTGGTGGAAGATCTACTTGAAGATTCTACAGCATTCGAAGAAAAAGTAGCTAGTGCA
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GTTGGCACAAGCAAAGCTCCTGAACCCTATAAAGTTGGCAAAAAGACAACAGACTATGTA
CTTGAGATATTGAACTTGGACAAAACAGAAGTGATATCCATCGACATTATATCAAATCGA
GATTTCACTGAGGATGAATGCAATCGTCTAAGGCAGAGCATAAAATGTGGATTAATCAAC
AGGCTGACAGTGGGTGACATACAAGAAAAGGCCACAGCGCTGCAGGAAGTGAGGGTAAAA
AACTTGTTGGACGCAGAGATCCTACGTTTCAGTCATTTGCGTGATCGTGCTAGCGACATG
GGCCACAGAAAAGAGCTGCGAGAATGTGTTGAGAAGTTGCAACTGCTAAAGTCTCCAGAG
GAACGGCAGCGCAGGCTAGAAGAAATTCCAGAAATACATGCTGATCCCAAGATGGACCCA
GATTGTGAGTCGGAAGACGAAGATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A183JQ C 1
AF RR3A183TF U 1
BS 1 674 RR3A183TF
BS 675 675 RR3A183JQ
BS 676 685 RR3A183TF

RD RR3A183JQ 685 0 0
GGTGGGAAGGATAAGAAACGTAAAACACGTAAGAAGGGTGCAAGAAAAGGGCGTCAATCT
AATCTTGATGATTTTGCTGCTGTTGATTTGCACAACATTAATTTGATTTACTTGAGGCGG
AGCTTGGTGGAAGATCTACTTGAAGATTTTACAGCATTCGAAGAAAAAGTAGCTAGTGCA
TTTGTTAGGTCGAGGATATCTGGAAATCAAAAGCAAGATTTATATCGACTGGTTCAAGTT
GTTGGCACAAGCAAAGCTCCTGAACCCTATAAAGTTGGCAAAAAGACAACAGACTATGTA
CTTGAGATATTGAACTTGGACAAAACAGAAGTGATATCCATCGACATTATATCAAATCGA
GATTTCACTGAGGATGAATGCAATCGTTTAAGGCAGAGCATAAAATGTGGATTAATCAAC
AGGCTGACAGTGGGTGACATACAAGAAAAGGCCACAGCGCTGCAGGAAGTGAGGGTAAAA
AACTTGTTGGACGCAGAGATCCTACGTTTCAGTCATTTGCGTGATCGTGCTAGCGACATG
GGCCACAGAAAAGAGCTGCGAGAATGTGTTGAGAAGTTGCAACTGCTAAAGTCTCCAGAG
GAACGGCAGCGCAGGCTAGAAGAAATTCCAGAAATACATGCTGATCCCAAGATGGACCCA
GATTGTGAGTCGGAAGACGAAGATG

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3A183TF 685 0 0
GGTGGGAAGGATAAGAAACGTAAAACACGTAAGAAGGGTGCAAGAAAAGGGCGTCAATCT
AATCTTGATGATTTTGCTGCTGTTGATTTGCACAACATTAATTTGATTTACTTGAGGCGG
AGCTTGGTGGAAGATCTACTTGAAGATTCTACAGCATTCGAAGAAAAAGTAGCTAGTGCA
TTTGTTAGGTCGAGGATATCTGGAAATCAAAAGCAAGATTTATATCGACTGGTTCAAGTT
GTTGGCACAAGCAAAGCTCCTGAACCCTATAAAGTTGGCAAAAAGACAACAGACTATGTA
CTTGAGATATTGAACTTGGACAAAACAGAAGTGATATCCATCGACATTATATCAAATCGA
GATTTCACTGAGGATGAATGCAATCGTCTAAGGCAGAGCATAAAATGTGGATTAATCAAC
AGGCTGACAGTGGGTGACATACAAGAAAAGGCCACAGCGCTGCAGGAAGTGAGGGTAAAA
AACTTGTTGGACGCAGAGATCCTACGTTTCAGTCATTTGCGTGATCGTGCTAGCGACATG
GGCCACAGAAAAGAGCTGCGAGAATGTGTTGAGAAGTTGCAACTGCTAAAGTCTCCAGAG
GAACGGCAGCGCAGGCTAGAAGAAATTCCAGAAATACATGCTGATCCCAAGATGGACCCA
GATTGTGAGTCGGA*GACGAAGATG

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

CO CL7597Contig1 1017 2 2 U
GGGGGAAGTTTGATAAACTTCGATTGCTAGACATATTCTGTGAGACACTTGACCCAGAAG
CACGTTACTTGAAATATTTCTCACCTCCAGCAATTCTCAACAGTCAGAATAACGTTTCAG
GACGTACTAGTGTTATCAGACGGGTTCTGCGCAAGCTTAGGGATCTTTCACCTGCACAGT
TATCTAGCTTGTTGAAAAGCTGGGAAAGACTGACCGCGGAGTTCAGTGAGATTAATGACA
AAGTGATGGAATTGCATCCGTTCATGAGAACTGTGGAAGCAGCTGGTCAGAGACCAGGAA
TCCCTACCAGCCCAAAAAAGCATGCATCCCGGAGCAATTCAAAGCTTGAAAAGGAGCTTA
AAGCCATGACTGATAAGGTTTCCGCAGTCATAGAATTCATGCTAAGGGAATATATGAAGC
CAGTTGAGACTGTTCCTTTCCATGAAATTTTATGTTTCAAGAATGTCGAAAAACTTCAAT
CTGCTTTGCTTGGAGACCCGAGAGGCAGGATCCAATCAGATCTACTAGAATCTCACAATA
TCCTCCACTGTATGTGCTGCAGCCAAAGAGGCACAACTCTATTGCCTTCCATGCACGATA
CATCGATTTTGTACACGCTGGCGCAAGAGCATGCTGAAGTTATTAACCTCCATGACTGGT
ACCAATCTTTCAAGACGATACTTTCTCCCCGGAATAGCAAAGCAAAGACAACTTCAAAAT
CAAAGAAACGGAAGGATAGATGCGAAGAACCAGAACCACCTGCTGAAGCTTCAATTCAAG
CTCGATTTTGTAGAGCTGTAATGGAGCTTCAGATTGCTGGACTTATACGCATGCCTTCAA
AAAGACGTCCTGATTTTGTGCAAAGAGTGGCCTTTAGTTCTTAAGACTAGTTTTCACTAC
TTCCATTGTAAACTTACTTATACTATATAGTTTCTCACCCACATGTAATCTAACAGATGT
GTTTGGGGTTTTTTGAATTGCTTTTCTTATGTGGGTTCACATACAATTAAAAGTATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA33TF U 1
AF RR3CA33JQ C 311
BS 1 689 RR3CA33TF
BS 690 1017 RR3CA33JQ

RD RR3CA33TF 689 0 0
GGGGGAAGTTTGATAAACTTCGATTGCTAGACATATTCTGTGAGACACTTGACCCAGAAG
CACGTTACTTGAAATATTTCTCACCTCCAGCAATTCTCAACAGTCAGAATAACGTTTCAG
GACGTACTAGTGTTATCAGACGGGTTCTGCGCAAGCTTAGGGATCTTTCACCTGCACAGT
TATCTAGCTTGTTGAAAAGCTGGGAAAGACTGACCGCGGAGTTCAGTGAGATTAATGACA
AAGTGATGGAATTGCATCCGTTCATGAGAACTGTGGAAGCAGCTGGTCAGAGACCAGGAA
TCCCTACCAGCCCAAAAAAGCATGCATCCCGGAGCAATTCAAAGCTTGAAAAGGAGCTTA
AAGCCATGACTGATAAGGTTTCCGCAGTCATAGAATTCATGCTAAGGGAATATATGAAGC
CAGTTGAGACTGTTCCTTTCCATGAAATTTTATGTTTCAAGAATGTCGAAAAACTTCAAT
CTGCTTTGCTTGGAGACCCGAGAGGCAGGATCCAATCAGATCTACTAGAATCTCACAATA
TCCTCCACTGTATGTGCTGCAGCCAAAGAGGCACAACTCTATTGCCTTCCATGCACGATA
CATCGATTTTGTACACGCTGGCGCAAGAGCATGCTGAAGTTATTAACCTCCATGACTGGT
ACCAATCTTTCAAGACGATACTTTCTCCC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3CA33JQ 707 0 0
CCCAAAAAAGCATGCATCCCGGAGCAATTCAAAGCTTGAAAAGGAGCTTAAAGCCATGAC
TGATAAGGTTTCCGCAGTCATAGAATTCATGCTAAGGGAATATATGAAGCCAGTTGAGAC
TGTTCCTTTCCATGAAATTTTATGTTTCAAGAATGTCGAAAAACTTCAATCTGCTTTGCT
TGGAGACCCGAGAGGCAGGATCCAATCAGATCTACTAGAATCTCACAATATCCTCCACTG
TATGTGCTGCAGCCAAAGAGGCACAACTCTATTGCCTTCCATGCACGATACATCGATTTT
GTACACGCTGGCGCAAGAGCATGCTGAAGTTATTAACCTCCATGACTGGTACCAATCTTT
CAAGACGATACTTTCTCCCCGGAATAGCAAAGCAAAGACAACTTCAAAATCAAAGAAACG
GAAGGATAGATGCGAAGAACCAGAACCACCTGCTGAAGCTTCAATTCAAGCTCGATTTTG
TAGAGCTGTAATGGAGCTTCAGATTGCTGGACTTATACGCATGCCTTCAAAAAGACGTCC
TGATTTTGTGCAAAGAGTGGCCTTTAGTTCTTAAGACTAGTTTTCACTACTTCCATTGTA
AACTTACTTATACTATATAGTTTCTCACCCACATGTAATCTAACAGATGTGTTTGGGGTT
TTTTGAATTGCTTTTCTTATGTGGGTTCACATACAATTAAAAGTATA

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL7598Contig1 642 2 1 U
GGGTCTTTGCTCCTTCATTTGCTTGCCGCCGCATCATCATCTTCCTCGCAGGTAAGTAAG
TAAGTCACAGGTAAACTGAAAAGATGGGGCGTGTCCGAACCAAGACGGTGAAGAAATCAT
CTCGCCAGGTGATCGAGAAATACTACTCTCGCATGACACTCGACTTCCACACCAACAAGA
AGATCCTCGAAGAAGTCGCAATCATCCCTTCGAAGCGTCTCCGCAACAAGATCGCCGGAT
TCTCCACCCATCTCATGAAGAGGATCCAGAAGGGACCGGTGCGTGGCATCTCACTCAAGC
TCCAAGAGGAAGAGCGTGAGCGCCGCATGGACTTTGTCCCCGACGAGTCTGCTATCAGGA
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ACACTCCTGGCGTCTCTATAGTCGAGACACAGGCTCCGGCACCTACTTTTAACAGGCCAC
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CAAAAGAGTTGCATTTCGAGTGTTTATGTCTTTTGATTCTAGACTTATGTCTGAAACTGA
AAGTTAAGACTCTTTTTCTATTCCATGCTTTTTTGAGTTTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EX20JQ C 1
AF RR3EX20TF U 1
BS 1 642 RR3EX20TF

RD RR3EX20JQ 642 0 0
GGGTCTTTGCTCCTTCATTTGCTTGCCGCCGCATCATCATCTTCCTCGCAGGTAAGTAAG
TAAGTCACAGGTAAACTGAAAAGATGGGGCGTGTCCGAACCAAGACGGTGAAGAAATCAT
CTCGCCAGGTGATCGAGAAATACTACTCTCGCATGACACTCGACTTCCACACCAACAAGA
AGATCCTCGAAGAAGTCGCAATCATCCCTTCGAAGCGTTTCCGCAACAAGATCGCCGGAT
TCTCCACCCATCTCATGAAGAGGATCCAGAAGGGACCGGTGCGTGGCATCTCACTCAAGC
TCCAAGAGGAAGAGCGTGAGCGCCGCATGGACTTTGTCCCCGACGAGTCTGCTATCAGGA
CCGATGTGATCAAGGTCGACAAAGAGACTCTCGAGATGCTTGCTTCCCTTGGAATGGGTG
ACACTCCTGGCGTCTCTATAGTCGAGACACAGGCTCCGGCACCTACTTTTAACAGGCCAC
CCAGAAGGTTCTGAGGAGAGTGTGTTTGGCTGTTGTTCTTTTTTTCTTCACTGTTATGGA
CAAAAGAGTTGCATTTCGAGTGTTTATGTCTTTTGATTCTAGACTTATGTCTGAAACTGA
AAGTTAAGACTCTTTTTCTATTCCATGCTTTTTTGAGTTTTG

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3EX20TF 642 0 0
GGGTCTTTGCTCCTTCATTTGCTTGCCGCCGCATCATCATCTTCCTCGCAGGTAAGTAAG
TAAGTCACAGGTAAACTGAAAAGATGGGGCGTGTCCGAACCAAGACGGTGAAGAAATCAT
CTCGCCAGGTGATCGAGAAATACTACTCTCGCATGACACTCGACTTCCACACCAACAAGA
AGATCCTCGAAGAAGTCGCAATCATCCCTTCGAAGCGTCTCCGCAACAAGATCGCCGGAT
TCTCCACCCATCTCATGAAGAGGATCCAGAAGGGACCGGTGCGTGGCATCTCACTCAAGC
TCCAAGAGGAAGAGCGTGAGCGCCGCATGGACTTTGTCCCCGACGAGTCTGCTATCAGGA
CCGATGTGATCAAGGTCGACAAAGAGACTCTCGAGATGCTTGCTTCCCTTGGAATGGGTG
ACACTCCTGGCGTCTCTATAGTCGAGACACAGGCTCCGGCACCTACTTTTAACAGGCCAC
CCAGAAGGTTCTGAGGAGAGTGTGTTTGGCTGTTGTTCTTTTTTTCTTCACTGTTATGGA
CAAAAGAGTTGCATTTCGAGTGTTTATGTCTTTTGATTCTAGACTTATGTCTGAAACTGA
AAGTTAAGACTCTTTTTCTATTCCATGCTTTTTTGAGTTTTG

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

CO CL7599Contig1 905 2 2 U
GGAGACAGTGGTTAGTATAGCAATAATAAGATGGAGGGGATAGGGAACGACAAGAGTTCG
AGTTCGAGTTCAGGCCCGGGTCCTTGTCTAAGCAAATACGTGGATCCATCAAGCGAAGAG
TCTCACAGATACTATCTAGCGCGGCGGAACGCCTTGGAGATGCTCAGAGACAGAGGCTAC
GAAGTCTCCCTCTAAGACATCAATCTCTCCCTCAAGGATTTTCGAACTGTTTACGGCGAG
CGTCCCGACGTTGACCGTCTCCGTATCTCCGCTCACCATCGCTCCGATTCTTCCAATAAG
GTGAAGGTTGTCTTTTTTGGTACCGGTAAGGTTAAAGTCAACACAATTCGCAGTGTTGCA
GCAGAGATACTTAGCCAAAAGACCATAACCGGGCTGATACTGGTTCTGCAAAACCAAGTA
ACCGATAGAGCCTTGAAAGCCATTGAGCTTTTCACTTTCAAGGTCGAGATATTCCAGATA
ACCGACTTGCTAGTCAACCTAACCGAGCATGTACTGAGCCTGCGTCATCGTGTTCTGAAT
GATGGAGAGAAGAAAGCACTTCTCAAGCAGTACAATATCGAGGAAAAACAGCTTCCTCGG
ATCTCAAAGAAGGATGCGGTTGTGCGGTACTATGGATTAGAAAAAGGACAAGTTGTGAAA
GTGAATTACAGAGGTGAACTCACTGAGTCCTATGTTGCCTACAGATGTGTGTGGTGAAAT
GCAACCAATTAAAAAAAATCATTTTGTGTACTTATTTTCGGCATAAAAAAAACTTCTGAA
GATGCTTTGGACAAGATCCTTTGCTTTAAACACAAGACTTTAGTTTTTTCTTTCTTTCAA
GTAAAAAAAATGTATTAAAGATCCTTTGCTTGTTCTTGAAAACATTTCCCATTATGTGCT
TCCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR3AB55TF U 1
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BS 731 905 RR3AB55JQ

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ACCGACTTGCTAGTCAACCTAACCGAGCATGTACTGAGCCTGCGTCATCGTGTTCTGAAT
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QA 1 730 1 730
DS 

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ATACTGGTTCTGCAAAACCAAGTAACCGATAGAGCCTTGAAAGCCATTGAGCTTTTCACT
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GCCTACAGATGTGTGTGGTGAAATGCAACCAATTAAAAAAAATCATTTTGTGTACTTATT
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QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

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TT


BQ
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20 20 

AF RR3FV83JQ C 1
AF RR3FV83TF U 1
BS 1 662 RR3FV83TF

RD RR3FV83JQ 662 0 0
GGGTCTCTCTTCTGTTTCAGCTGTTTTGTTCCCCACCGCCGCAAAGGATGCAGATCTTCG
TGAAAACCCTAACGGGGAAGACGATAACCCTCGAGGTCGAGTCCTCCGACACCATCGACA
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TCGCCGGAAAGCAGCTCGAGGACGGACGCACCCTCGCCGACTACAACATCCAGAAGGAGT
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ACACGAAGCCGAAGAAGATCAAGCACAAGCACAAGAAGGTGAAGCTCGCGGTGCTCCAGT
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TGCGGTGCTGGGACTTTCATGGCGAGTCATTTTGATCGTCATTACTGTGGTAAGTGTGGG
CTTACTTACGTTTACCAGAAGGAGGGTGCCGAGGCTTGATCACTTGTCTCTTTTCTCTAT
CTTTAAGAACTGGTTTTAGTTTCGGTATGGTAATTTCATAAAGGTTCTTGTAATGGATTC
GATGTTGAACATGTCTTGTTTCTGGATTTCGTATCTGGATTGATGAAAGTTATTACATTT
TT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3FV83TF 662 0 0
GGGTCTCTCTTCTGTTTCAGCTGTTTTGTTCCCCACCGCCGCAAAGGATGCAGATCTTCG
TGAAAACCCTAACGGGGAAGACGATAACCCTCGAGGTCGAGTCCTCCGACACCATCGACA
ACGTCAAGGCCAAGATCCAAGACAAGGAAGGCATCCCTCCGGACCAGCAGCGCCTCATTT
TCGCCGGAAAGCAGCTCGAGGACGGACGCACCCTCGCCGACTACAACATCCAGAAGGAGT
CGACGCTTCACCTGGTTCTCCGTCTGAGAGGAGGAGCGAAGAAGAGGAAGAAGAAGACGT
ACACGAAGCCGAAGAAGATCAAGCACAAGCACAAGAAGGTGAAGCTCGCGGTGCTCCAGT
TCTACAAGGTCGATGGATCCGGCAAGGTGGTGGCTGAGGAAGGAGTGTCCTAACGCGACT
TGCGGTGCTGGGACTTTCATGGCGAGTCATTTTGATCGTCATTACTGTGGTAAGTGTGGG
CTTACTTACGTTTACCAGAAGGAGGGTGCCGAGGCTTGATCACTTGTCTCTTTTCTCTAT
CTTTAAGAACTGGTTTTAGTTTCGGTATGGTAATTTCATAAAGGTTCTTGTAATGGATTC
GATGTTGAACATGTCTTGTTTCTGGATTTCGTATCTGGATTGATGAAAGTTATTACATTT
TT

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL7601Contig1 810 2 6 U
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AATCCTACCGTTGCCAAATACCAAGTCATGGATCATGACAACATGCATAACTTGCCACCA
CCATCATCATCAATGGCAAATCAAACCAACCCCGACATGATGATGACGATGCACATGACG
TTCTTCTGGGGTAAGAATACGGAAGTTCTCTTCTCGGGATGGCCCGGGACAAGCTCCGGT
ATGTACGCTCTTAGCCTCATCGTTGTTTTCGTCATTGCCGTAATCACCGAGTGGGCTCGC
CCATTCTCCTATCCTCCGAGGTGTTGGCTCCACTAGCCGCGCCTCTGGGATCGTTCAGAC
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TAACGGCGGCATTTTTATTGTCGCTATGGCCGGGTTTGCCGTCGGTTTCTTGCTCTTCGG
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CTTTGCTTTGAATTTTAATATCTCGTTTTGGTTAAGTCGATTAATAGTGGATGTTTAATA
TTTTCAGTTGATTTTCTTTGGTAGTTGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BA72TF U 1
AF RR3BA72JQ C 98
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DS 

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DS 



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BQ
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AF RR3DB94JQ C 1
AF RR3DB94TF U 1
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AATTTTTGTGCC

QA 1 672 1 672
DS 



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BQ
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AF RR3GV58TF U 48
AF RR3AD24TF U 1
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GG
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GTATGCTTGATGAGATCATCAACTATGTCCAATCTCTGCAGCAACAAGTCGAGTTCTTGT
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QA 3 695 3 695
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TCTTTTCCGTTACAGCAGCATGGTTCTCTAGATTACTCTCTCATAAAT

QA 1 828 1 828
DS 



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BQ
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DS 

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TAAACAAAACGATGCATGCCTCATCCTTAGCGTAATGGATAATCAGCTTCTTCTAAACTA
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CTCTCCTCCTCCTCGCCACCTTCCTCTTCATCATCATCATCATTCTCCAATTCTGATTCA
TTGTATGACGGGTTTTTTGCAGTAAGTTCATTTTGCATCTGCTCTATTGTTTTCTCCAGT
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TGGCACTCGCGACCCTTGAAGCTTCTTCAATCATCTTTTCA

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL7605Contig1 1201 2 2 U
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ATCTTGGAAAAGTTCAGATGATCCATCAAGCGGCGACTTCTCGTTCAAACTCGAGACCAG
AGGGTTTCCCGAGGCTTTCTTGTGGAACAAAGCGACGCGAGTGTACCGGAGCGGTCCGTG
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C


BQ
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BQ
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QA 1 671 1 671
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BQ
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AF RR3C295JQ C 1
AF RR3C295TF U 1
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BS 668 668 RR3C295JQ

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AGAAAGTTATTGAAGCTATCCAGTACTCAATGGACCTTTATGCTGAGTACATTCTCCATA
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TTTATGATGATTTCTTTCTCTGAATTTTCTTGTTAAACTTTGAATTTGTCCTTGTGAACT
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AAAAGATTTTATTATTGTACACTAACTAAAAAACATAAGTATATATTAATATAAAACAAA
GATTTGCT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3C295TF 667 0 0
ACACCAACGACGCGTTTCACTTGTTTCTCCACTCCTCAGTTGTTTACCCTCACAACTATG
GTTTCGTTCCTCGCACCCTATGTGAAGACAATGACCCTATTGATGTTTTAGTCATCATGC
AGGAACCTGTGCTTCCAGGTTGTTTTCTGCGTGCTCGTGCTATTGGATTAATGCCTATGA
TTGACCAGGGTGAGAAAGATGACAAGATTATTGCAGTTTGTGTTGATGATCCTGAGTACA
AGCATTACACTGACATCAAGGAGCTTCCTCCTCACCGTCTCTCTGAGATCCGTCGTTTCT
TTGAAGACTACAAGAAGAATGAGAACAAGGAAGTTGCAGTTAATGATTTTCTCCCATCTG
AGAAAGTTATTGAAGCTATCCAGTACTCAATGGACCTTTATGCTGAGTACATTCTCCATA
CCCTGAGACGTTGAAGCTTTCTCCTCTCAACATTTCTGCAACGTCTTGTTTCTGTTTCTT
TCTATGATGATTTCTTTCTCTGAATTTTCTTGTTAAACTTTGAATTTGTCCTTGTGAACT
CAAATAATATTTTCTTCTAAATCATCTTTGTTATGTCTTAGAAATTGGAATACCTTCAAT
AAAAGATTTTATTATTGTACACTAACTAAAAAACATAAGTATATATTAATATAAAACAAA
GATTTGC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL7608Contig1 1031 2 2 U
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ATGCCAAACTACGCTTTCAAACATTGCTTCTTCAAGACAGGGGCCTTCTTCTTCTTTCTT
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TCAAATCAAGCGTGTCATCAGTCTTCTCTTTGAGACAAGGCAAGCCTTTACACCAGGGCA
AATAAATGAGAGGTGTTACGTTGATATGCATGCGAATAAGGCTGTTTTTGATAGTATGAG
AAAGAACCCTAAAGCTCACTACGACGGAAGAAGATTCTCTTACAAGGCTGAGCACAATGT
AAATGACAAGAGCGAGCTTCTTTCCTTGATAAACAAACATCCTGATGGTATTGCGGCTAC
TGAACTCAAAGACGCTTACCCTAACGTCATGGAGGATTTGCAAGCCTTGAAAGCTTCGGA
AGACATCTGGTTGCTATCAAACTCACAAGAGGACATTGCGTACCCAAATGATTTCAAGTG
CGAGATTACAGTTGACCACGACTTCAAAGCTCTGTTCCGAGACACAGAGGTCCCTATCGA
CTTCTTGGAAGTGGAGAAGGAGTTGAAGAAGTACGGTTTGAAGCCGGTGACAGACACTGC
AGCGAGGAGAGGTGCTGAACAGAGGTACGGGATAGTGATGAGTAAACCGAAGCATAAGAA
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CTTCCAGAGCCTTAGCGCCAGCACTTCCCGGAACTGAAAACCTCATTAATGGATTATGGA
TAATGATTATGTGATTAAATATTTAAAGTGATCCTTGACTTTTTTATTACTCATGAAATA
TGTTACAGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO83TF U 1
AF RR3EO83JQ C 412
BS 1 733 RR3EO83TF
BS 734 1031 RR3EO83JQ

RD RR3EO83TF 733 0 0
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ATGCCAAACTACGCTTTCAAACATTGCTTCTTCAAGACAGGGGCCTTCTTCTTCTTTCTT
GAGGCGGCCCGTGCCTGCAGCGGCTATAAGTCACAATAAGCTTAGTGCTCCTGTTAAGTT
TTCAAGCGATACAGAGCGGCTTCAGCTTATCAACAGTGTAAGAAAAGCTCCTGTTGGAGC
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AATAAATGAGAGGTGTTACGTTGATATGCATGCGAATAAGGCTGTTTTTGATAGTATGAG
AAAGAACCCTAAAGCTCACTACGACGGAAGAAGATTCTCTTACAAGGCTGAGCACAATGT
AAATGACAAGAGCGAGCTTCTTTCCTTGATAAACAAACATCCTGATGGTATTGCGGCTAC
TGAACTCAAAGACGCTTACCCTAACGTCATGGAGGATTTGCAAGCCTTGAAAGCTTCGGA
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CTTCTTGGAAGTG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3EO83JQ 620 0 0
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TGCGGCTACTGAACTCAAAGACGCTTACCCTAACGTCATGGAGGATTTGCAAGCCTTGAA
AGCTTCGGAAGACATCTGGTTGCTATCAAACTCACAAGAGGACATTGCGTACCCAAATGA
TTTCAAGTGCGAGATTACGGTTGACCACGACTTCAAAGCTCTGTTCCGAGACACAGAGGT
CCCTATCGACTTCTTGGAAGTGGAGAAGGAGTTGAAGAAGTACGGTTTGAAGCCGGTGAC
AGACACTGCAGCGAGGAGAGGTGCTGAACAGAGGTACGGGATAGTGATGAGTAAACCGAA
GCATAAGAAGAAGAGGAGACAAGAGATCACCAAGAGAACCAAACTCACCAATGCACATCT
TCCTGAGCTCTTCCAGAGCCTTAGCGCCAGCACTTCCCGGAACTGAAAACCTCATTAATG
GATTATGGATAATGATTATGTGATTAAATATTTAAAGTGATCCTTGACTTTTTTATTACT
CATGAAATATGTTACAGTGG

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

CO CL7609Contig1 1027 2 2 U
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GAAGAAAACGTACGGAGGATACCACAACGTGTTTGTGGAGACGTTTGGAGACGAAGGAGA
GCACTGGGACTCGTTTAGGGTTGTCGAAGGCGAGTTTCCTGAGGAAAAAGATCTTGAGAA
GTACGATGGTTTCGTTATTAGCGGAAGCTCTCATGATTCGTTCGAGAATGACCCTTGGAT
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TTGCTTCGGTCATCAGATCATAGCCAGAGTAAGAGGAGGAACAGTTGGAAGAGCAAGGAA
GGTACCAGAACTTAAGCTTGCGGATATAACCATCGTGAAAGATGCGATTACACCGGGAAG
TTACTTCGGAAACGAGATCCCAGATAGCATAGCGATTACAAAATTGCACCAGGACGAAGT
GTTAGTGTTGCCGGAAACTGCCAAAGTACTAGCTTATTCCGACAAGTACGAGGTGGAGAT
GTACACCATTGAGGATCATTTCTTCTGTCTTCAAGGACATCCCGAGTATAACAGAGACAT
TCTCTTCGAGATTGTTGATCGTGTCCTTCGTCTTGGCTACATCACGCAAGAAATAGCGGA
TACGGCAAAGGCCACTCTGGAGAAAAGAGGAGCAGACAGGAAACTTTTGGAGACGATTTG
CAAGAATTTTCTCAAAGGCAGAGTTCCAGCTAATTAGTTTCACTCCCATATGATCTATTT
GGCTCTTCTTATATTTGTGGATTTATCAGCTTGCTTGCTTTATCCTTATTCAATGTATAA
TAATTACCTAATAATCTCAAGCGTGGCATTTTTACTTATGTTTTGTGTGTACCATAAATG
AAATGAACTTAGTAAACACCATTTCTAGTTTTTGCATTGTTCACAATAATAATAGCAATA
ATTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT09TF U 1
AF RR3DT09JQ C 335
BS 1 629 RR3DT09TF
BS 630 1027 RR3DT09JQ

RD RR3DT09TF 629 0 0
GGATCACTCTCTTTCTCTCTCTTTCTCTCCGGCTCTCCCTCTTGTGTTTTCTTTCACCGA
GAAAATGGTTGAGCAGAAAAAGTATGCTCTGTTTCTAGCGACTCTTGATTCAGAGTTCGT
GAAGAAAACGTACGGAGGATACCACAACGTGTTTGTGGAGACGTTTGGAGACGAAGGAGA
GCACTGGGACTCGTTTAGGGTTGTCGAAGGCGAGTTTCCTGAGGAAAAAGATCTTGAGAA
GTACGATGGTTTCGTTATTAGCGGAAGCTCTCATGATTCGTTCGAGAATGACCCTTGGAT
TCTTAAGCTATGTGAGATCGTCAAGAAACTTGATGAGATGAAGAAGAAAGTTCTTGGCAT
TTGCTTCGGTCATCAGATCATAGCCAGAGTAAGAGGAGGAACAGTTGGAAGAGCAAGGAA
GGTACCAGAACTTAAGCTTGCGGATATAACCATCGTGAAAGATGCGATTACACCGGGAAG
TTACTTCGGAAACGAGATCCCAGATAGCATAGCGATTACAAAATTGCACCAGGACGAAGT
GTTAGTGTTGCCGGAAACTGCCAAAGTACTAGCTTATTCCGACAAGTACGAGGTGGAGAT
GTACACCATTGAGGATCATTTCTTCTGTC

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3DT09JQ 693 0 0
GAGATGAAGAAGAAAGTTCTTGGCATTTGCTTCGGTCATCAGATCATAGCCAGAGTAAGA
GGAGGAACAGTTGGAAGAGCAAGGAAGGTACCAGAACTTAAGCTTGCGGATATAACCATC
GTGAAAGATGCGATTACACCGGGAAGTTACTTCGGAAACGAGATCCCAGATAGCATAGCG
ATTACAAAATTGCACCAGGACGAAGTGTTAGTGTTGCCGGAAACTGCCAAAGTACTAGCT
TATTCCGACAAGTACGAGGTGGAGATGTACACCATTGAGGATCATTTCTTCTGTCTTCAA
GGACATCCCGAGTATAACAGAGACATTCTCTTCGAGATTGTTGATCGTGTCCTTCGTCTT
GGCTACATCACGCAAGAAATAGCGGATACGGCAAAGGCCACTCTGGAGAAAAGAGGAGCA
GACAGGAAACTTTTGGAGACGATTTGCAAGAATTTTCTCAAAGGCAGAGTTCCAGCTAAT
TAGTTTCACTCCCATATGATCTATTTGGCTCTTCTTATATTTGTGGATTTATCAGCTTGC
TTGCTTTATCCTTATTCAATGTATAATAATTACCTAATAATCTCAAGCGTGGCATTTTTA
CTTATGTTTTGTGTGTACCATAAATGAAATGAACTTAGTAAACACCATTTCTAGTTTTTG
CATTGTTCACAATAATAATAGCAATAATTTATT

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL7610Contig1 957 2 2 U
GGAAAACAAAGCTCGATCCTTTCTTTTAGGGTTCACACTAAGAGATCTCGTCTCTCTCTC
TCTCGAGCAAGAGTTTGGATTCGTACGCATTGGATTGCTCTATATGATATCTGGATTTGG
CGGGAGTTTGTTATCATCTCTCTTTAACCGGGAAGGTATATCCGTTGGTGCCTCTGGTGC
ATTGTTCGGCTTGCTCGGCGCTATGCTTTCAGAGCTTCTCACTAACTGGACTATATACGC
TAATAAGTTTGCAGCTCTTTTGACACTCATCTTCATCATAGCCATTAATCTAGCAGTAGG
TATACTTCCACACGTAGACAACTTTGCCCATCTCGGAGGATTCACTTCCGGGTTCCTTCT
AGGCTTTGTTTTCTTGATCCGTCCTCAGTATGGCTACTTCAACCAGAGGAACAACCCTCG
TGGCTACGCTGCACCTTCTGCTAAATCAAAACACAAGCCGTACCAATACGTTCTCTGGAT
CACTTCTCTACTTCTTTTGATTGCAGGATATACCGTTGGGCTCATTGTACTTCTTCGAGG
GACGGATTTGAACAAGCACTGTACATGGTGCCATTATCTCAGTTGTATGCCTACGTCTCT
ATGGAACTGTAAATCGCAAAATATGTACTGTCAGTCGAGCCAGATAGGGAAGCAGATGAA
CCTGACGTGTATAGCTAACGGGAGAACAGAGATGTATACGCTTGGTAGCGAGAACCAGTC
TAAGATTCAGCAAATGTGTTCCCAGCTATGCAGCTGATACACCCACCACTAAACCATCTA
ATTGCTTTGTAGACAGTAGGGAATTATCTTGAGAAGGGACAAAAGGGCGGTTCACTTGAT
TTGATTATTCTTGTTTGATCATATTATTGTCTGGTTCTACTTTTCTTTTTTCTTCATTGC
ATATGTAAAGACCATTTTCAGATTTATTTGAATTAGTAACAATGAAGCTGATGAGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AC32TF U 1
AF RR3AC32JQ C 147
BS 1 817 RR3AC32TF
BS 818 957 RR3AC32JQ

RD RR3AC32TF 819 0 0
GGAAAACAAAGCTCGATCCTTTCTTTTAGGGTTCACACTAAGAGATCTCGTCTCTCTCTC
TCTCGAGCAAGAGTTTGGATTCGTACGCATTGGATTGCTCTATATGATATCTGGATTTGG
CGGGAGTTTGTTATCATCTCTCTTTAACCGGGAAGGTATATCCGTTGGTGCCTCTGGTGC
ATTGTTCGGCTTGCTCGGCGCTATGCTTTCAGAGCTTCTCACTAACTGGACTATATACGC
TAATAAGTTTGCAGCTCTTTTGACACTCATCTTCATCATAGCCATTAATCTAGCAGTAGG
TATACTTCCACACGTAGACAACTTTGCCCATCTCGGAGGATTCACTTCCGGGTTCCTTCT
AGGCTTTGTTTTCTTGATCCGTCCTCAGTATGGCTACTTCAACCAGAGGAACAACCCTCG
TGGCTACGCTGCACCTTCTGCTAAATCAAAACACAAGCCGTACCAATACGTTCTCTGGAT
CACTTCTCTACTTCTTTTGATTGCAGGATATACCGTTGGGCTCATTGTACTTCTTCGAGG
GACGGATTTGAACAAGCACTGTACATGGTGCCATTATCTCAGTTGTATGCCTACGTCTCT
ATGGAACTGTAAATCGCAAAATATGTACTGTCAGTCGAGCCAGATAGGGAAGCAGATGAA
CCTGACGTGTATAGCTAACGGGAGAACAGAGATGTATACGCTTGGTAGCGAGAACCAGTC
TAAGATTCAGCAAATGTGTTCCCAGCTATGCAGCTGATACACCCACCACTAAACCATCTA
ATTGCTTTGTAGACAGTAGGGAATTATCTTGAGAAGG
AC

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3AC32JQ 811 0 0
ACCGGGAAGGTATATCCGTTGGTGCCTCTGGTGCATTGTTCGGCTTGCTCGGCGCTATGC
TTTCAGAGCTTCTCACTAACTGGACTATATACGCTAATAAGTTTGCAGCTCTTTTGACAC
TCATCTTCATCATAGCCATTAATCTAGCAGTAGGTATACTTCCACACGTAGACAACTTTG
CCCATCTCGGAGGATTCACTTCCGGGTTCCTTCTAGGCTTTGTTTTCTTGATCCGTCCTC
AGTATGGCTACTTCAACCAGAGGAACAACCCTCGTGGCTACGCTGCACCTTCTGCTAAAT
CAAAACACAAGCCGTACCAATACGTTCTCTGGATCACTTCTCTACTTCTTTTGATTGCAG
GATATACCGTTGGGCTCATTGTACTTCTTCGAGGGACGGATTTGAACAAGCACTGTACAT
GGTGCCATTATCTCAGTTGTATGCCTACGTCTCTATGGAACTGTAAATCGCAAAATATGT
ACTGTCAGTCGAGCCAGATAGGGAAGCAGATGAACCTGACGTGTATAGCTAACGGGAGAA
CAGAGATGTATACGCTTGGTAGCGAGAACCAGTCTAAGATTCAGCAAATGTGTTCCCAGC
TATGCAGCTGATACACCCACCACTAAACCATCTAATTGCTTTGTAGACAGTAGGGAATTA
TCTTGAGAAGGGACAAAAGGGCGGTTCACTTGATTTGATTATTCTTGTTTGATCATATTA
TTGTCTGGTTCTACTTTTCTTTTTTCTTCATTGCATATGTAAAGACCATTTTCAGATTTA
TTTGAATTAGTAACAATGAAGCTGATGAGGG

QA 1 811 1 811
DS 



AS 1 2

CO CL7611Contig1 1048 2 8 U
GAGCGCTGTAACCAGAATATAGGTCATCAATATATATTTGCAAAATGGATGATTCAATAA
CGAATTAATGAATACTACAAATGCAGTGAGCTTAGAAAAGGATTAGTCCTTAAATCAGAG
AAAGAAAAACCACTCTCTTGAGTTGGTTTTAAGCATAATGCAATTATAGCTTCTAGAAAA
CTTTTAACTATTATTTTTCTTCTTGTGCAGTGAGACAATCTGATGAAGTATAAATTTCAA
AATCAGAAACATATAAGTCATTAGAAACTATACACCATCCATAGTTTGGAAAACAGGTTC
TAAGGACCCATGGAAAACGCATTGTTACTAGAAAGCCCTCTACGCACAGGGACAAAAAAT
CACAGAAGTGCCATCAATAGCATCAAACTGAACAAATGATTTCCCATATAAACCTATCAA
ACACAGAACAGATCTAAACATGCGAGAAAAAGCTGTCTTTTTGACATCTGATCATTTAAA
GGCAGGTCGCAAAACCCATTTCACAAAATGACGCCTCAGGAACAGCACAAAGTAAGCGTA
ATAAAACCCATCACGTATAATAAATTATATCTAACTCTGACGCAGTCGAACATTAAAAAT
TGATATAAAAAAAAAAACCCACTAGTGGACAAACTCTCCATTGTGGTGAATTAGGAATGC
AATGTAGCTTCCTACTATTTCTTTGATATATCAGTCTTCTATCTCTTAGCTCTATAGCTG
GACTTTAAACCTCTATAGACTCTCTCTCCTTGGCAAACAGCATGAACAATTAGACCCACA
ACACACTTTTATTTGAAACCACAATGCTCAAAGTTGTATACGATCCTATCTCTGATTCAA
CAGCACATAACATATTTTTTTCCCTATCAACATTACAACAGAAGATGGGGCTTCTTCTTC
TAATCTCTCGGATGGTAGCCAGCCAGCCAACACCAGGGAGAAGAGATACGGTTACAATCC
GAAATCACGCTTTCAAAAATCTATCACCAGTGAGAAGACAAACACTAGGCTACTATAAAT
TACTAATCATAAACCCCCAAAATTACAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B062TF U 1
AF RR3B062JQ C 315
BS 1 803 RR3B062TF
BS 804 804 RR3B062JQ
BS 805 839 RR3B062TF
BS 840 840 RR3B062JQ
BS 841 849 RR3B062TF
BS 850 850 RR3B062JQ
BS 851 869 RR3B062TF
BS 870 1048 RR3B062JQ

RD RR3B062TF 872 0 0
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CGAATTAATGAATACTACAAATGCAGTGAGCTTAGAAAAGGATTAGTCCTTAAATCAGAG
AAAGAAAAACCACTCTCTTGAGTTGGTTTTAAGCATAATGCAATTATAGCTTCTAGAAAA
CTTTTAACTATTATTTTTCTTCTTGTGCAGTGAGACAATCTGATGAAGTATAAATTTCAA
AATCAGAAACATATAAGTCATTAGAAACTATACACCATCCATAGTTTGGAAAACAGGTTC
TAAGGACCCATGGAAAACGCATTGTTACTAGAAAGCCCTCTACGCACAGGGACAAAAAAT
CACAGAAGTGCCATCAATAGCATCAAACTGAACAAATGATTTCCCATATAAACCTATCAA
ACACAGAACAGATCTAAACATGCGAGAAAAAGCTGTCTTTTTGACATCTGATCATTTAAA
GGCAGGTCGCAAAACCCATTTCACAAAATGACGCCTCAGGAACAGCACAAAGTAAGCGTA
ATAAAACCCATCACGTATAATAAATTATATCTAACTCTGACGCAGTCGAACATTAAAAAT
TGATATAAAAAAAAAAACCCACTAGTGGACAAACTCTCCATTGTGGTGAATTAGGAATGC
AATGTAGCTTCCTACTATTTCTTTGATATATCAGTCTTCTATCTCTTAGCTCTATAGCTG
GACTTTAAACCTCTATAGACTCTCTCTCCTTGGCAAACAGCATGAACAATTAGACCCACA
ACACACTTTTATTTGAAACCACA*TGCTCAAAGTTGTATACGATCCTATCTCTGATTCA*
CAGCACATA*CATATTTTTTTCCCTATCA
CAT

QA 1 869 1 869
DS 

RD RR3B062JQ 734 0 0
AAACGCATTGTTACTAGAAAGCCCTCTACGCACAGGGACAAAAAATCACAGAAGTGCCAT
CAATAGCATCAAACTGAACAAATGATTTCCCATATAAACCTATCAAACACAGAACAGATC
TAAACATGCGAGAAAAAGCTGTCTTTTTGACATCTGATCATTTAAAGGCAGGTCGCAAAA
CCCATTTCACAAAATGACGCCTCAGGAACAGCACAAAGTAAGCGTAATAAAACCCATCAC
GTATAATAAATTATATCTAACTCTGACGCAGTCGAACATTAAAAATTGATATAAAAAAAA
AAACCCACTAGTGGACAAACTCTCCATTGTGGTGAATTAGGAATGCAATGTAGCTTCCTA
CTATTTCTTTGATATATCAGTCTTCTATCTCTTAGCTCTATAGCTGGACTTTAAACCTCT
ATAGACTCTCTCTCCTTGGCAAACAGCATGAACAATTAGACCCACAACACACTTTTATTT
GAAACCACAATGCTCAAAGTTGTATACGATCCTATCTCTGATTCAACAGCACATAACATA
TTTTTTTCCCTATCAACATTACAACAGAAGATGGGGCTTCTTCTTCTAATCTCTCGGATG
GTAGCCAGCCAGCCAACACCAGGGAGAAGAGATACGGTTACAATCCGAAATCACGCTTTC
AAAAATCTATCACCAGTGAGAAGACAAACACTAGGCTACTATAAATTACTAATCATAAAC
CCCCAAAATTACAG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL7612Contig1 750 2 4 U
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GATACACACAATATAAAGAAAGTGAAACATAAAGAAAGTGAAACAAATACTCGAATGAAA
ACTCCAGTTATTTTTTCATATCCATTGAGACAAGGAAACACTTTTCGATGTTGTTACTAG
TTCTTATCAAAATCCTCTACGACTACTCGTCCGAAACCATCATTACATCTTAGCCTGTGA
GTACAGGAAAGTTCCTAGAATGGCAATGGCAGCACCGAGTGCATTAACTGGTTGAACGGG
GGTATGGAAAATGATGATTGAAGCAACAATGACAGAGATCCTCTTCATCGTATTACCGAT
ACTGAATGTCAACGGTGAAATCTGGTCTAAGGACATGTATGAGACTTGATTATACAAATG
GTAGAACACACTCTGTGCCACTACCCACCAGACAAAGTTTGGTCCGATTTGAGAAACTGC
GTTTTCCCAACCAGCAGCCCACATTTTAGGACCTTCTACAGCTACTGCAAATGGTGTGAG
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TTTCATCCCTTTCTTCGAAAATATGTTCCGAAACACAAATGCTAAATTCGATATCATCGC
TCCCATAAACCCAATCATGTTGAAGTTAAGCTCGGTGACTGCGGCAAGAGCGCAGCCTCC
GATGATGGGTAAGAGAGAGAGATAAACTGG


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3H435JQ U 1
AF RR3A982JQ U 2
BS 1 201 RR3H435JQ
BS 202 202 RR3A982JQ
BS 203 683 RR3H435JQ
BS 684 750 RR3A982JQ

RD RR3H435JQ 683 0 0
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ACTCCAGTTATTTTTTCATATCCATTGAGACAAGGAAACACTTTTCGATGTTGTTACTAG
TTCTTATCAAAATCCTCTACGGCTACTCGTCCGAAACCATCATTACATCTTAGCCTGTGA
GTACAGGAAAGTTCCTAGAATGGCAATGGCAGCACCGAGTGCATTAACTGGTTGAACGGG
GGTATGGAAAATGATGATTGAAGCAACAATGACAGAGATCCTCTTCATCGTATTACCGAT
ACTGAATGTCAACGGTGAAATCTGGTCTAAGGACATGTATGAGACTTGATTATACAAATG
GTAGAACACACTCTGTGCCACTACCCACCAGACAAAGTTTGGTCCGATTTGAGAAACTGC
GTTTTCCCAACCAGCAGCCCACATTTTAGGACCTTCTACAGCTACTGCAAATGGTGTGAG
GATCAAAAGAGACATCATCGATAAGCAAGCGTAGTAATTCATTCCGCTCACTGACTTCCC
TTTCATCCCTTTCTTCGAAAATATGTTCCGAAACACAAATGCTAAATTCGATATCATCGC
TCCCATAAACCCAATCATGTTGA

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3A982JQ 749 0 0
G
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TACACACAATATAAAGAAAGTGAAACATAAAGAAAGTGAAACAAATACTCGAATGAAAAC
TCCAGTTATTTTTTCATATCCATTGAGACAAGGAAACACTTTTCGATGTTGTTACTAGTT
CTTATCAAAATCCTCTACGACTACTCGTCCGAAACCATCATTACATCTTAGCCTGTGAGT
ACAGGAAAGTTCCTAGAATGGCAATGGCAGCACCGAGTGCATTAACTGGTTGAACGGGGG
TATGGAAAATGATGATTGAAGCAACAATGACAGAGATCCTCTTCATCGTATTACCGATAC
TGAATGTCAACGGTGAAATCTGGTCTAAGGACATGTATGAGACTTGATTATACAAATGGT
AGAACACACTCTGTGCCACTACCCACCAGACAAAGTTTGGTCCGATTTGAGAAACTGCGT
TTTCCCAACCAGCAGCCCACATTTTAGGACCTTCTACAGCTACTGCAAATGGTGTGAGGA
TCAAAAGAGACATCATCGATAAGCAAGCGTAGTAATTCAT*CCGCTCACTGACTTCCCTT
TCATCCCTTTCTTCGAAAATATGTTCCGAAACACAAATGCTAAATTCGATATCATCGCTC
CCATAAACCCAATCATGTTGAAGTTAAGCTCGGTGACTGCGGCAAGAGCGCAGCCTCCGA
TGATGGGTAAGAGAGAGAGATAAACTGG

QA 2 749 2 749
DS 



AS 1 2

CO CL7613Contig1 672 2 1 U
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TGTACACCAGAACTTCAAGTCTTCCAAGGTTCTACTTGATGGAAAGCTCTCAGTACGTGT
TGCAGATAGCGGTTTGGCTTATATGTTACCACCACGTCCAACGAGTCAGATGGCGGGTTA
TGCGGCACCTGAGATTGAGTATGGAAGCTACACTTGTCAAAGCGATGTATATAGCCTTGG
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TCAGACACTAGCTCAGTGGGCTATGCCACGGCTTCATGACATAGATGCGTTGACAAGAAT
GGTTGATCCGTCGTTACATGGAGCATATTCAGTGAAATCGTTGTCACGTTTTGCAGATAT
CATATCACGTTCCCTCCAGATGGAACCAGGATTCAGACCGCGTGTATCAGAAATTGTCCA
AGATCTTCAACGTATGATCTAAGATATCTACAACCTTTTAAGACTACGACGCAGAAACAT
ACTATATTTTATTTGTTCAGATTCTTGTTTTATTGGGCATCATCAACACATCCTTTTGAT
GAATGTAACATATGATGTAACATAATTCTTGTATTGGTTATTACTTATATGTCGAACATG
TCTTAATTACCC


BQ
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AF RR3BP60JQ C 1
AF RR3BP60TF U 1
BS 1 672 RR3BP60TF

RD RR3BP60JQ 672 0 0
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DS 

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TGCAGATAGCGGTTTGGCTTATATGTTACCACCACGTCCAACGAGTCAGATGGCGGGTTA
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TCAGACACTAGCTCAGTGGGCTATGCCACGGCTTCATGACATAGATGCGTTGACAAGAAT
GGTTGATCCGTCGTTACATGGAGCATATTCAGTGAAATCGTTGTCACGTTTTGCAGATAT
CATATCACGTTCCCTCCAGATGGAACCAGGATTCAGACCGCGTGTATCAGAAATTGTCCA
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ACTATATTTTATTTGTTCAGATTCTTGTTTTATTGGGCATCATCAACACATCCTTTTGAT
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TCTTAATTACCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H707TF U 1
AF RR3H707JQ C 67
BS 1 640 RR3H707TF
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BS 687 698 RR3H707TF
BS 699 699 RR3H707JQ
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BS 755 757 RR3H707JQ
BS 758 773 RR3H707TF
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QA 1 773 1 773
DS 

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QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

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GTGCCTCGTAAACATCGAGAACAGCAGAGATGGGAATCCCATGACTGACGCGAACATTAT
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BQ
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AF RR3BM71JQ U 3
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GCCTCGTAAACATCGAGAACAGCAGAGATGGGAATCCCATGACTGACGCGAACATTATGT
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TCTCAGCAACGTACCTCATGACGGCACGTGACTCGAAGATTTTGTAGTCGCCGTCGACAA
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TCATGAGATCGACGGGGACGGTCTC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3BM71TF 756 0 0
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CAGAGAGGTAACATAACATTAAGAGGAGACATACAGTTATTAAAAC*TCACATAAACGCA
CACAAAAGACAACAACAACAACAAGAACATCATGTTCTTAAGCCGAGAATGAATACTTCT
CAAGAGTCTCCATCCACGCAGGACGGCTGCTGATGTCGTTCCACCACGCGCTCACGTGCT
TCCTATCTTTGATCATGTAAGCCTTCCCGATCGGACCGACCAAGTAATCAGTGAATGGGA
GGTGAGCCAAGTCAGCCAAGCTCACGAAATCACCGGCCAAGTACTTGCTCTTTGAGAGAT
GTGCCTCGTAAACATCGAGAACAGCAGAGATGGGAATCCCATGACTGACGCGAACATTAT
GTGAAGTGTCAGGTTCAGTAGCGGTGGGTGGTAAGTGGTCGCCTCCACGTCAAGCCATTG
CTCAACTTGTCCTCTTTCTTCCACGGTTTTCCCTAAAAGGTCAGGTCCTTGTGACCTGTA
CTTCTCAGCAACGTACCTCATGACGGCACGTGACTCGAAGATTTTGTAGTCGCCGTCGAC
AACAGCAGGGACGGTACCGAAAGGCTGCAAGGCGAGATAAGCAGGCTGTTTGTGTTCTCC
TTTCATGAGATCGACGGGGACGGTCTCGAAGGCGACGCCCTTCTCGATGAGCGTTACCAG
AGCTCGCTTCGGTGAAGCAAAGTGAGGTCCGTACCC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

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TGAAGAATTTGATTTTGAGGCAATGAATGACAAGTTCAATAAGAGTGAGCTGTGGGGCTT
TCTCGGAAAAAACAATCAAGTTAGTCACAGGGAAGAGACTGCAGTTGAGCCAAGCGAAGA
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ACCTGACCAAGCGGCAAGAAGCGGACAACAACAGCAAAACATCCAGTTCCCGGAGCACAT
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BQ
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AF RR3FG07TF U 1
AF RR3FG07JQ C 181
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BS 642 933 RR3FG07JQ

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QA 1 641 1 641
DS 

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ACCTGACCAAGCGGCAAGAAGCGGACAACAACAGCAAAACATCCAGTTCCCGGAGCACAT
GAGACGAGACCCTCAGGGGTTTGGTAACCATTTCCAAAGGCCACTTCAACCACAACCGGG
TCAGGGTGCATATCTAGCTGCACAAACCAATTACCATGGCGGATATAACAACAACAACTA
CTCAAACTCGGTTTATGGTTACTACTCTGGTGCTGGGAGGGGCCGAGGCAGAAACACACA
GTTCTAAACTGGTGAATTTCTGTCTTTCTTAAAAAGGGCTTTTGTTTGTCACTAGCTAGC
ACTTCCTTTTCTTACTTCTGTTTTTGATTTCAGCTTTTAGGGTAAAAACAGTTTTAATGG
TAACCCATATCTCAAGATTGGTAGGCATATCATATTGGCAAGTTCATGTTCCCTTTTTTT
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AACAAACAAAAAGTACTATTTGAACCTTTCGGC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL7617Contig1 1303 2 2 U
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GAGCTATGGTAATGACTTTGTACAAAGGTCCGGCCATCGAAATCGTGAAAGCTGCACATT
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AACTTTACCCGGCTGAGTTATCCCTCGTGACGTTGATATGTGGGATCGGATCGATCTTAA
ATTTTGCCGTTTCGATGATATTTGTCCGGGACTTGAGCGCCTGGAAAATCGGCATGGATT
CCGGGACGCTCGCAGCCGTTTACTCCGGAGTGGTTTGTTCAGGCATCGCGTATTACATAC
AAAACATTGTGATAAAGCAACGTGGCCCTGTGTTTACGACGTCGTTTAGTCCGATGTGTA
TGGTTATTACTTCATTCCTCGGTGCCCTTGTTTTGGCTGAGAAAATCCACCTAGGAAGTA
TAATTGGAGCAATTTTCATCGTCATTGGACTATATAGTGTGGTCTGGGGAAAAAGCAAAG
ATGTAGTGAATCCCTTGGATGAGAAAATAGTAGCTCAAGAGCTTCCGATCACTAGTGTAG
TCAAACAGCACGGTCATGATCTCTCGGGAGCACAACTGAACGGTCTTGATGTCTCGAGAG
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CAAAGACAAAGATGTGATTGAAATTTTGATATCTTTCTATGTTGTTCTTTGTTTTTAGTA
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BQ
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AF RR3H972TF U 1
AF RR3H972JQ C 642
BS 1 703 RR3H972TF
BS 704 1303 RR3H972JQ

RD RR3H972TF 703 0 0
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AGAAATTGAAGCCGATATTAGCGATAATATCATTGCAATTTGGGTATGCAGGCATGTACA
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ATATAGTTGCCACGCTAGTCATGGCTCCTTTCGCTCTAGTTTTCGAGAGGAAAATTAGGC
CTAAGATGACACTACCAATTTTCTATAGGCTTCTTGCTCTTGGAATACTAGAACCTCTTA
TGGACCAGAACTTCTACTACATAGGATTGAAATCCACGTCAGCATCGTACACTTCTGCCT
TTACCAATGCACTTCCAGCCGTCACCTTCATCCTCGCCCTCATTTTCAGGCTTGAGACAG
TGAACTTTAAAAAGATACACAGTATTGCAAAAGTTGTAGGAACGGTAATAACGTTGGGAG
GAGCTATGGTAATGACTTTGTACAAAGGTCCGGCCATCGAAATCGTGAAAGCTGCACATT
CTTCCTTCCACGGTGGCTCAACCACAGCCACTGGCCAGCACTGGGTCACCGGAACCTTAG
CCATCATGGGAAGTATCTCCACTTGGGCTGCTTTCTTCATTTTACAGTCGTTCACGTTAA
AACTTTACCCGGCTGAGTTATCCCTCGTGACGTTGATATGTGG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3H972JQ 662 0 0
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GGGATCGGATCGATCTTAAATTTTGCCGTTTCGATGATATTTGTCCGGGACTTGAGCGCC
TGGAAAATCGGCATGGATTCCGGGACGCTCGCAGCCGTTTACTCCGGAGTGGTTTGTTCA
GGCATCGCGTATTACATACAAAACATTGTGATAAAGCAACGTGGCCCTGTGTTTACGACG
TCGTTTAGTCCGATGTGTATGGTTATTACTTCATTCCTCGGTGCCCTTGTTTTGGCTGAG
AAAATCCACCTAGGAAGTATAATTGGAGCAATTTTCATCGTCATTGGACTATATAGTGTG
GTCTGGGGAAAAAGCAAAGATGTAGTGAATCCCTTGGATGAGAAAATAGTAGCTCAAGAG
CTTCCGATCACTAGTGTAGTCAAACAGCACGGTCATGATCTCTCGGGAGCACAACTGAAC
GGTCTTGATGTCTCGAGAGCACCAACTAAAGGTGGGTCTGCAAATACCTAAATCAGCCCC
GAAGAGAATAAGGAAGATACAAAGACAAAGATGTGATTGAAATTTTGATATCTTTCTATG
TTGTTCTTTGTTTTTAGTACTTTTTTAAATTTCTAAATCGTCCTACCCTTAACTTTAGTA
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL7618Contig1 740 2 3 U
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ACTAAAAAAATAATAAAAGCTAGACACATTATGTATCAGAAGGTGCTTCTTGTTCTAAAA
CCTCGCCGTTTGCTAGTTTCAGTACACAGTTTCCAAGAGGTTGAGAACTCTGACAGAGCA
TGGAGAGACAGAACATGCATAGTCCTGCATAAGCAACGGTTACACCTGATATGAGCCGTC
CCAGAGCTGACAAGAAGTATAAGCAGATTACGACCTTGAAAAAAAGCCGCTTGTCGTGTC
CCGTTGCTGCAACCCTCAGAACGGCCTCTGCTGCTCCAACAGTATTAGCTAAGCGCGCAA
CGATGTTACTTGCTGTGTCCTGTGATATTTGCCACTCTAGTGGATCCACTGGAACCGAGA
CATTGAGTTGGCGAAAAAGGAGACCGAGGATGGCGAATGAGCACAAGAGAACTATGAGTA
CATCGGCGAATAGAGAGAGAATAGTCGCGTTGCGATATGCGCAGTGGTAATACACAAGCG
TCCCACTAATCAGTAATCCCATCGCCTTCCCTACTTCTCCCATCTGTCTCCCCCACCACA
CTTTATTCAACTCCCAGATTTCCCCAGAGAGACTTTTTTTTCCCAGAAAGAAAATAAACT
GATTTTTTTTACTGGCTTCC


BQ
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AF RR3FV35JQ U 9
AF RR3FV35TF C 1
BS 1 8 RR3FV35TF
BS 9 694 RR3FV35JQ
BS 695 740 RR3FV35TF

RD RR3FV35JQ 686 0 0
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AAGGGAAACTATTCTGAAGATATGAACATGTAGGCATGAGGGAAAAAAAAAGACTAAAAA
AATAATAAAAGCTAGACACATTATGTATCAGAAGGTGCTTCTTGTTCTAAAACCTCGCCG
TTTGCTAGTTTCAGTACACAGTTTCCAAGAGGTTGAGAACTCTGACAGAGCATGGAGAGA
CAGAACATGCATAGTCCTGCATAAGCAACGGTTACACCTGATATGAGCCGTCCCAGAGCT
GACAAGAAGTATAAGCAGATTACGACCTTGAAAAAAAGCCGCTTGTCGTGTCCCGTTGCT
GCAACCCTCAGAACGGCCTCTGCTGCTCCAACAGTATTAGCTAAGCGCGCAACGATGTTA
CTTGCTGTGTCCTGTGATATTTGCCACTCTAGTGGATCCACTGGAACCGAGACATTGAGT
TGGCGAAAAAGGAGACCGAGGATGGCGAATGAGCACAAGAGAACTATGAGTACATCGGCG
AATAGAGAGAGAATAGTCGCGTTGCGATATGCGCAGTGGTAATACACAAGCGTCCCACTA
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AACTCCCAGATTTCCCCAGAGAGACT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3FV35TF 740 0 0
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GTGTACACAAGGGAAACTATTCTGAAGATATGAACATGTAGGCATGAGGGAAAAAAAA*G
ACTAAAAAAATAATAAAAGCTAGACACATTATGTATCAGAAGGTGCTTCTTGTTCTAAAA
CCTCGCCGTTTGCTAGTTTCAGTACACAGTTTCCAAGAGGTTGAGAACTCTGACAGAGCA
TGGAGAGACAGAACATGCATAGTCCTGCATAAGCAACGGTTACACCTGATATGAGCCGTC
CCAGAGCTGACAAGAAGTATAAGCAGATTACGACCTTGAAAAAAAGCCGCTTGTCGTGTC
CCGTTGCTGCAACCCTCAGAACGGCCTCTGCTGCTCCAACAGTATTAGCTAAGCGCGCAA
CGATGTTACTTGCTGTGTCCTGTGATATTTGCCACTCTAGTGGATCCACTGGAACCGAGA
CATTGAGTTGGCGAAAAAGGAGACCGAGGATGGCGAATGAGCACAAGAGAACTATGAGTA
CATCGGCGAATAGAGAGAGAATAGTCGCGTTGCGATATGCGCAGTGGTAATACACAAGCG
TCCCACTAATCAGTAATCCCATCGCCTTCCCTACTTCTCCCATCTGTCTCCCCCACCACA
CTTTATTCAACTCCCAGATTTCCCCAGAGAGACTTTTTTTTCCCAGAAAGAAAATAAACT
GATTTTTTTTACTGGCTTCC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL7619Contig1 626 2 1 U
AGGGCGTCCTTCAAAGCTTCAGAAAGAAGATGTCTGTCGTTTCCTGCCGTTTTCGATGCT
CTGTTGCCGGAATCTTTTAGTGCTCTGTTCGTGGGTTGGGACCGGAGTTGAGCCGATAAA
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GTCCGGATTCTCAGGGAGTTGCTTATCGTTTTCTGGAGTATAGCAGCGTCTGGAGTGGGC
TACTTTGGGTGTGATGGCCGGACCAGGGATTGCCGCCCCTGCTTCGCCTGTCTCAGCCTT
TATGGGGCCACCTTAGGGACGATCCGCGGCACCTCGGATTGTTCTCCGGTTGCTTTCTCC
TATGATTATTGTTCTTGTTGCAGGCTCCGGTGTCAAGGTAAAGCAATGATCTGCTGAAGT
TTAATGGCTGCTTCGGAGTCTTATTGTAGCCAAGCTTTAATTATAATCTATGGATTGTGA
TTAAACCTTTTTTTTTTAGAGAGTCTTTTTAGCTTTTTTTGGGGCTCTCTGAAACACCAC
TGCTTTGATTAGCTAATTAGATGCAATAGGATTTGATTTCATCAAAACACATTGTATCTC
CTCGTGTCATTACATGGTTAATGAAA


BQ
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AF RR3C808JQ C 1
AF RR3C808TF U 1
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CTGTTGCCGGAATCTTTTAGTGCTCTGTTCGTGGGTTGGGACCGGAGTTGAGCCGATAAA
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TATGGGGCCACCTTAGGGACGATCCGCGGCACCTCGGATTGTTCTCCGGTTGCTTTCTCC
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CTCGTGTCATTACATGGTTAATGAAA

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DS 

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CTGTTGCCGGAATCTTTTAGTGCTCTGTTCGTGGGTTGGGACCGGAGTTGAGCCGATAAA
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GTCCGGATTCTCAGGGAGTTGCTTATCGTTTTCTGGAGTATAGCAGCGTCTGGAGTGGGC
TACTTTGGGTGTGATGGCCGGACCAGGGATTGCCGCCCCTGCTTCGCCTGTCTCAGCCTT
TATGGGGCCACCTTAGGGACGATCCGCGGCACCTCGGATTGTTCTCCGGTTGCTTTCTCC
TATGATTATTGTTCTTGTTGCAGGCTCCGGTGTCAAGGTAAAGCAATGATCTGCTGAAGT
TTAATGGCTGCTTCGGAGTCTTATTGTAGCCAAGCTTTAATTATAATCTATGGATTGTGA
TTAAACCTTTTTTTTTTAGAGAGTCTTTTTAGCTTTTTTTGGGGCTCTCTGAAACACCAC
TGCTTTGATTAGCTAATTAGATGCAATAGGATTTGATTTCATCAAAACACATTGTATCTC
CTCGTGTCATTACATGGTTAATGAAA

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

CO CL7620Contig1 718 2 7 U
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GAAGTCGTTTTTCTCTCCCTAACATCCATGATCCGATGAGATTGGAGAGAGTTTACAATA
TGATGAGAACTAAGATTTTTTTCTTCTTCTTTTGCCTTTGGATAAAGATTTGCTATCCAA
ATGGTTTTTTTTCTGGACTAAAAACCTGTAAGATCCACCTATAGAAGATCATTCTCTACA
CGGATCATGTAAATATGGGGTTTTTTAGTTCGTTAGTTCGCCCTAAATGGGGTTCGTATT
CGATAGAATATTGATGTTTTTTTATGAAGTGGTGGCTTGTTTTTTTTGTTTCATCTAAAA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EE80TF U 1
AF RR3EE80JQ C 48
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GAAGTCGTTTTTCTCTCCCTAACATCCATGATCCGATGAGATTGGAGAGAGTTTACAATA
TGATGAGAACTAAGATTTTTTTCTTCTTCTTTTGCCTTTGGATAAAGATTTGCTATCCAA
ATGGTTTTTTTTCTGGACTAAAAACCTGTAAGATCCACCTATAGAAGATCATTCTCTACA
CGGATCATGTAAATATGGGGTTTTTTAGTTCGTTAGTTCGCCCTAAATGGGGTTCGTATT
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AA*TTCAGAGGTGTAATGAGTCCTTTTTAATAAAA*CTTGCTATCTCGCTTAATATGT

QA 1 718 1 718
DS 

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CGTAGGCGAAAAGCGTACGAGGTACATCGTACCAATCACCTTCCTGTCTCATCCCGAATT
TCTGATCCTACTTCGACAAGCAGAGGAAGAGTTCGGTTTCCACCACATGGGAGGACTCAC
TATCCCTTGTGAAGAAGTCGTTTTTCTCTCCCTAACATCCATGATCCGATGAGATTGGAG
AGAGTTTACAATATGATGAGAACTAAGATTTTTTTCTTCTTCTTTTGCCTTTGGATAAAG
ATTTGCTATCCAAATGGTTTTTTTTCTGGACTAAAAACCTGTAAGATCCACCTATAGAAG
ATCATTCTCTACACGGATCATGTAAATATGGGGTTTTTTAGTTCGTTAGTTCGCCCTAAA
TGGGGTTCGTATTCGATAGAATATTGATGTTTTTTTATGAAGTGGTGGCTTGTTTTTTTT
GTTTCATCTAAAAAAATTCAGAGGTGTAATGAGTCCTTTTTAATAAAAACTTGCTATCTC
GCTTAATATGT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

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TATACTCTGTTGGATTGGGAAGCAATGACTATCTTAATAATTACTTCATGCCTCAGTACT
ATTCCACTAGCAGACAGTACACTCCCGAACAATACGCTGATGATCTTATCAATCGTTACA
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AGGACATAATCGCCAACCCCTCTGCTTACGGGTTTAGGGTTACTAACGCTGCGTGTTGCG
GAGTTGGAAGGAACGGAGGTCAGCTAACATGTTTACCGGGACAAGGTCCGTGCCCGAACC
GAAATGAGTACGTGTTTTGGGATGCGTTTCATCCAACGGATGCTGCGAATACGATCATTG
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TTCAAGTTCTAAATTCAGTTACTGGGAAAAAGATTCTGAAGTAATGTTATATGTGTGTAC
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GTTTCTTGGGTTAATTGTC


BQ
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AF RR3DY55TF U 1
AF RR3DY55JQ C 281
BS 1 573 RR3DY55TF
BS 574 979 RR3DY55JQ

RD RR3DY55TF 573 0 0
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AACAGCTGGGACAAAGGGTAACATTTAGTGGACAAGTCCAGAATTATCAGAACACCGTGG
CACAAGTGGTGGAACTCCTTGGAGATGAAAATACAGCAGCTGATTATCTTAGGAAATGTA
TATACTCTGTTGGATTGGGAAGCAATGACTATCTTAATAATTACTTCATGCCTCAGTACT
ATTCCACTAGCAGACAGTACACTCCCGAACAATACGCTGATGATCTTATCAATCGTTACA
GCGACCAGCTCAATGCACTATACAACTACGGAGCTAGAAAGTTTGCACTGGTAGGAGTGG
GAGCCATAGGGTGTAGCCCGAACGCTCTGGCACAGGGCAGCACCGATGGAACAACTTGTG
TGGAGCGTTTTAACTCGGCCAACCGAATCTTCAACAGCAGGCTTAAGTCTATGGTCCAAG
AGCTCAACAACCAGCACTCGGATGCTAAGTTCACCTACATTAATGCTTATGGCGTTTTCC
AGGACATAATCGCCAACCCCTCTGCTTACGGGT

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3DY55JQ 699 0 0
TGATCTTATCAATCGTTACAGCGACCAGCTCAATGCACTATACAACTACGGAGCTAGAAA
GTTTGCACTGGTAGGAGTGGGAGCCATAGGGTGTAGCCCGAACGCTCTGGCACAGGGCAG
CACCGATGGAACAACTTGTGTGGAGCGTTTTAACTCGGCCAACCGAATCTTCAACAGCAG
GCTTAAGTCTATGGTCCAAGAGCTCAACAACCAGCACTCGGATGCTAAGTTCACCTACAT
TAATGCTTATGGCGTTTTCCAGGACATAATCGCCAACCCCTCTGCTTACGGGTTTAGGGT
TACTAACGCTGCGTGTTGCGGAGTTGGAAGGAACGGAGGTCAGCTAACATGTTTACCGGG
ACAAGGTCCGTGCCCGAACCGAAATGAGTACGTGTTTTGGGATGCGTTTCATCCAACGGA
TGCTGCGAATACGATCATTGCTAAGAGATCTTACAATGCGCAATCGTCTTCAGACGTTTA
TCCAATTGATATCTCGGCGTTGGCAAAGCTTTGAAAGAACATATAATAGGAGCTAGAGCT
TTCAAACAAATGTAATGATTTTCAAGTTCTAAATTCAGTTACTGGGAAAAAGATTCTGAA
GTAATGTTATATGTGTGTACCCAAATTGTTTTACTTTACAAAAATTGCACTCTCTGGTTC
GCTTCCACAGTTAATGCTTTGTTTCTTGGGTTAATTGTC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 1 2

CO CL7622Contig1 868 2 2 U
GGATCCAGTAACATTCAAACCTAATCAACTACATACACTCAAGAAAAAAAGGATGAAGCC
TATGTTTTACTTCCTTGTTGCCTTAACCGCTGTTTTGGCCGTGACCATAAACGCCCAACC
AGTTCTCGACACTGATGGTGATGTCATATTCGGTGGCAGTTACTACGTTCTCCCCGCCAT
CTTCGGTGCTGCTGGTGGCGGCCTGAATCTCGCCTCCCGTGGTAACAACCAATGTCCCCT
CTTTGTCGGACAGGAAATCTCAGAGGTCAACAGGGGGATCCCCGTAAAATTCTCAAACTG
GAGGATTAAAGTTCCGTTCGTTCCCGAATCAACTAACCTTAACATCGAGATGGACGTCAA
AGCCACGATATGCGTTCAGTCAACCTATTGGTGGGTCGCTGCGGCCCCAAGTCACTTTAG
GACATTGTTCATAACGGCTGGTCCTAACCCGGAAGCTGGAGAAGATTCGTCGAGGAGTTT
CTTCAAGATCGAGAAAACTAAAGGTTTTCCTGGCGGTTACCAGATCGTGTCTTGTCCTAA
CGGTAACGATTGCATCAACGTCGGTATAATTAACGACGAATATGGCGTGCGACGTTTGGC
TTTAACCTCTACACCATTCTCGTTTGTGTTCATGAAAGCTGATGAGACGTAGACTTATCC
CAAGACTATGTCTATCACAAACCCATCTCATATTTATATGATATTCACATTTTGGCAAAA
AAAAAGACTATGTCTATCATCTGAGAGAAATTAAAGACTAGATAAATTTAAGAAGATAAG
AGTTTTAACCTACGACTAATAATAAAACTCTATCTGCGTTTCTGTTTTCTTTGTTTGTTT
TTAATGGAATAAAACATCTTTCCTTTGT


BQ
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AF RR3GP56TF U 1
AF RR3GP56JQ C 104
BS 1 718 RR3GP56TF
BS 719 868 RR3GP56JQ

RD RR3GP56TF 718 0 0
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TATGTTTTACTTCCTTGTTGCCTTAACCGCTGTTTTGGCCGTGACCATAAACGCCCAACC
AGTTCTCGACACTGATGGTGATGTCATATTCGGTGGCAGTTACTACGTTCTCCCCGCCAT
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CTTTGTCGGACAGGAAATCTCAGAGGTCAACAGGGGGATCCCCGTAAAATTCTCAAACTG
GAGGATTAAAGTTCCGTTCGTTCCCGAATCAACTAACCTTAACATCGAGATGGACGTCAA
AGCCACGATATGCGTTCAGTCAACCTATTGGTGGGTCGCTGCGGCCCCAAGTCACTTTAG
GACATTGTTCATAACGGCTGGTCCTAACCCGGAAGCTGGAGAAGATTCGTCGAGGAGTTT
CTTCAAGATCGAGAAAACTAAAGGTTTTCCTGGCGGTTACCAGATCGTGTCTTGTCCTAA
CGGTAACGATTGCATCAACGTCGGTATAATTAACGACGAATATGGCGTGCGACGTTTGGC
TTTAACCTCTACACCATTCTCGTTTGTGTTCATGAAAGCTGATGAGACGTAGACTTATCC
CAAGACTATGTCTATCACAAACCCATCTCATATTTATATGATATTCACATTTTGGCAA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3GP56JQ 765 0 0
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TACGTTCTCCCCGCCATCTTCGGTGCTGCTGGTGGCGGCCTGAATCTCGCCTCCCGTGGT
AACAACCAATGTCCCCTCTTTGTCGGACAGGAAATCTCAGAGGTCAACAGGGGGATCCCC
GTAAAATTCTCAAACTGGAGGATTAAAGTTCCGTTCGTTCCCGAATCAACTAACCTTAAC
ATCGAGATGGACGTCAAAGCCACGATATGCGTTCAGTCAACCTATTGGTGGGTCGCTGCG
GCCCCAAGTCACTTTAGGACATTGTTCATAACGGCTGGTCCTAACCCGGAAGCTGGAGAA
GATTCGTCGAGGAGTTTCTTCAAGATCGAGAAAACTAAAGGTTTTCCTGGCGGTTACCAG
ATCGTGTCTTGTCCTAACGGTAACGATTGCATCAACGTCGGTATAATTAACGACGAATAT
GGCGTGCGACGTTTGGCTTTAACCTCTACACCATTCTCGTTTGTGTTCATGAAAGCTGAT
GAGACGTAGACTTATCCCAAGACTATGTCTATCACAAACCCATCTCATATTTATATGATA
TTCACATTTTGGCAAAAAAAAAGACTATGTCTATCATCTGAGAGAAATTAAAGACTAGAT
AAATTTAAGAAGATAAGAGTTTTAACCTACGACTAATAATAAAACTCTATCTGCGTTTCT
GTTTTCTTTGTTTGTTTTTAATGGAATAAAACATCTTTCCTTTGT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL7623Contig1 827 2 2 U
GGGAAAGAAAAGAAGAGAAGCTCGAATGATCCTGGAGAAGAAATAAGAAGAAGATTCTGT
CTTAGATCCTTTGATCTGATCAGAACCGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGGGAT
CCTGTTCACTCGGATGTTCTCTTCGGTGTTTGGCAACAAAGAAGCTCGTATCCTCGTCCT
CGGTCTGGACAATGCTGGCAAAACCACTATCCTCTATCGGCTTCAGATGGGGGAAGTGGT
CTCCACGATTCCTACTATTGGATTCAACGTGGAGACAGTGCAGTACAACAATATCAAGTT
TCAGGTCTGGGATTTTGGTGGACAAACGAGCATCAGGCCATACTGGCGATGCTATTTTCC
GAATACACAAGCAGTGATTTATGTTGTTGACTCGAGCGATACTGATCGAATTGGTGTGGC
TAAAGAGGAGTTCCATGCAATTTTGGAGGAAGAGGAATTGAAAGGTGCAGTTGTTCTCAT
ATTTGCAAACAAGCAGGATCTTCCTGGTGCACTTGATGATGCCGCTGTGACAGAAGCCTT
GGAGTTGCATAAGATAAAGAGTCGTCAGCGGGCAATCTTCAAAACCTGTGCTGTTAAAGG
CGAAGGTCTTTTTGAAGGATTGGACTGGTTGAGTAATACATTGAAGTCGGGAAGTGGCTA
GAATCATCTTCATACACCGTCCCCCTGGACGTTGTATCTTCTCTTCTTTACTTACTGGGT
TGTTTAGTAATTTTTTTAGTTCTTCATTTAAAGAGTTAAATATCAAATGACATGTTTACT
TATATTATTATTCTCTTCCTTTTGAGAAGATTAAAAAACCTTACACG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A684TF U 1
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CTTAGATCCTTTGATCTGATCAGAACCGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGGGAT
CCTGTTCACTCGGATGTTCTCTTCGGTGTTTGGCAACAAAGAAGCTCGTATCCTCGTCCT
CGGTCTGGACAATGCTGGCAAAACCACTATCCTCTATCGGCTTCAGATGGGGGAAGTGGT
CTCCACGATTCCTACTATTGGATTCAACGTGGAGACAGTGCAGTACAACAATATCAAGTT
TCAGGTCTGGGATTTTGGTGGACAAACGAGCATCAGGCCATACTGGCGATGCTATTTTCC
GAATACACAAGCAGTGATTTATGTTGTTGACTCGAGCGATACTGATCGAATTGGTGTGGC
TAAAGAGGAGTTCCATGCAATTTTGGAGGAAGAGGAATTGAAAGGTGCAGTTGTTCTCAT
ATTTGCAAACAAGCAGGATCTTCCTGGTGCACTTGATGATGCCGCTGTGACAGAAGCCTT
GGAGTTGCATAAGATAAAGAGTCGTCAGCGGGCAATCTTCAAAACCTGTGCTGTTAAAGG
CGAAGGTCTTTTTGAAGGATTGGACTGGTTGAGTAATACATTGAAGTCGGGAAGTGGCTA
GAATCATCTTCATACACCGTCCC

QA 1 683 1 683
DS 

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CGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATGGGGATCCTGTTCACTCGGATGTTCTCTTCGG
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ACGTGGAGACAGTGCAGTACAACAATATCAAGTTTCAGGTCTGGGATTTTGGTGGACAAA
CGAGCATCAGGCCATACTGGCGATGCTATTTTCCGAATACACAAGCAGTGATTTATGTTG
TTGACTCGAGCGATACTGATCGAATTGGTGTGGCTAAAGAGGAGTTCCATGCAATTTTGG
AGGAAGAGGAATTGAAAGGTGCAGTTGTTCTCATATTTGCAAACAAGCAGGATCTTCCTG
GTGCACTTGATGATGCCGCTGTGACAGAAGCCTTGGAGTTGCATAAGATAAAGAGTCGTC
AGCGGGCAATCTTCAAAACCTGTGCTGTTAAAGGCGAAGGTCTTTTTGAAGGATTGGACT
GGTTGAGTAATACATTGAAGTCGGGAAGTGGCTAGAATCATCTTCATACACCGTCCCCCT
GGACGTTGTATCTTCTCTTCTTTACTTACTGGGTTGTTTAGTAATTTTTTTAGTTCTTCA
TTTAAAGAGTTAAATATCAAATGACATGTTTACTTATATTATTATTCTCTTCCTTTTGAG
AAGATTAAAAAACCTTACACG

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 2

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TCTGGAAACACAGGCTCGCGCTTCTAGGAGCCGCGAACAAGTACGATATCACGGATCTGA
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TGTTCTCTCTATTTACGGTGGGTTTAACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AN24TF U 1
AF RR3AN24JQ C 157
BS 1 742 RR3AN24TF
BS 743 811 RR3AN24JQ

RD RR3AN24TF 742 0 0
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TCTGGAAACACAGGCTCGCGCTTCTAGGAGCCGCGAACAAGTACGATATCACGGATCTGA
AGGCGGCATGCGAGGAGAGCCTGATGGAAGATATAAACTCCGGGAACGTGCTGGAGAGGC
TGCAGGAGGCTTGGCTTTATCAGCTGGAGAAACTGAAGAAAGGGTGTTTGATGTATTTGT
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TGTCTATAATCATATGATATCT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3AN24JQ 655 0 0
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ATGTTTCAGTTTGATTGTGTTCTGTGTCTATAATCATATGATATCTTGCTTTCTTGTGTT
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QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CK81JQ C 1
AF RR3CK81TF U 1
BS 1 657 RR3CK81TF

RD RR3CK81JQ 657 0 0
GGAATCGCGAAAAAATCTTACGAATCTCTCTCTCTGTCTCCTACCTGCGATTCACAATGG
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GCGAAGTCAAGGGACTATCCGATTCTACCGATGAGAAGAAGGACGAAGCCGACTCTAAGG
CTGTCGGATCGACGGCTGGGGATGCATCATCTCCCGTCGATGATATTCAGAAGAAGATTC
GACGTGCTGAGAGGTTTGGCGTTTCGGTGAAGCTGACCGAAGAGGAGAAGCGCAATTCTC
GTGCTGAGAGGTTCGGTACTGTAGCAGCGGTGAGTGGCTCAGAGGGAACGAAGAAAGCAG
AGGAGTTGAAGCGAAAGGCTAGAGCTGACAGATTTGGGGTTCCTGCATCATCATCATCCA
CTACTAAAGTTGATAACACTGAGGAAGAGGCGAAGAAGAAAGCTAGACTCACACGTTTCG
GGAAAGACACAACTTCTCCGAGTCTGTAATAGTTTTTAGATAAAACTTTGTTGATAACTT
TGAATCAAGCGCCAGAAAACTTTTATAAAGGGAATGAAACATTCAGTTTTACTTCTT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3CK81TF 657 0 0
GGAATCGCGAAAAAATCTTACGAATCTCTCTCTCTGTCTCCTACCTGCGATTCACAATGG
CGAGCAACGGAGTGAAGGACACGACTACGGCGGAGAATGGCTCGGGGCTTACTACTAGTG
AAAACCCTAAGAAAATCCTCGACCTCAACACTGCGGAGCCAGATGACATTCTCGACGGAG
GCGAAGTCAAGGGACTATCCGATTCTACCGATGAGAAGAAGGACGAAGCCGACTCTAAGG
CTGTCGGATCGACGGCTGGGGATGCATCATCTCCCGTCGATGATATTCAGAAGAAGATTC
GACGTGCTGAGAGGTTTGGCGTTTCGGTGAAGCTGACCGAAGAGGAGAAGCGCAATTCTC
GTGCTGAGAGGTTCGGTACTGTAGCAGCGGTGAGTGGCTCAGAGGGAACGAAGAAAGCAG
AGGAGTTGAAGCGAAAGGCTAGAGCTGACAGATTTGGGGTTCCTGCATCATCATCATCCA
CTACTAAAGTTGATAACACTGAGGAAGAGGCGAAGAAGAAAGCTAGACTCACACGTTTCG
GGAAAGACACAACTTCTCCGAGTCTGTAATAGTTTTTAGATAAAACTTTGTTGATAACTT
TGAATCAAGCGCCAGAAAACTTTTATAAAGGGAATGAAACATTCAGTTTTACTTCTT

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

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CATGACCTTAAACAAATACTATATAATGAATATAATGACAAAATTGTGGTGGGTGAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BB21JQ C 1
AF RR3BB21TF U 1
BS 1 657 RR3BB21TF

RD RR3BB21JQ 657 0 0
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QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3BB21TF 657 0 0
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CCAACCAGGTTTCTCTTTGGTGGTCTTTTCAAATCGAAATCTTTTGTCAACTTTGGCTTG
GTTCGGTCCTACTCTTGAAGGAACATGTTAGCTTAAGTCTCATCTAGGTTTTTTTAATTG
CTTCTTTAAACTTGAGAAGAATGAATCTGTAAATATTTTTTCACCAGATATAAGCTTAGT
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CATGACCTTAAACAAATACTATATAATGAATATAATGACAAAATTGTGGTGGGTGAC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

CO CL7627Contig1 749 2 2 U
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TAGGATAATGGCTAGGAGGATTTGAAAGGCATTATGGCATTAAGATTTCCAAGGTTTAGC
CAAGGCTTAGCTCAGGACCCCACTACTCGTCGTATTTGGTTTGGTATTGCTACCGCACAT
GACTTCGAGAGTCATGATGATATTACTGAAGAACGTCTTTATCAGAATATTTTTGCTTCT
CATTTCGGGCAATTAGCAATAATTTTTCTGTGGACTTCCGGAAATTTGTTTCATGTAGCT
TGGCAAGGAAATTTTGAGACATGGATACAAGACCCTTTACATGTAAGACCGATTGCTCAT
GCTATTTGGGATCCTCATTTTGGTCAACCGGCTGTGGAAGCATTTACTCGAGGAGGTGCT
CTTGGCCCGGTGAATATAGCTTATTCTGGTGTTTATCAGTGGTGGTATACAATCGGTTTA
CGTACTAATGAATATCTTTATACTGGAGCTCTTTTTCTATTATTTCTTTCTGCCCTATCC
TTAATAGGGGGTTGGTTACACCTACAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3HA44TF U 1
AF RR3HA44JQ C 132
BS 1 589 RR3HA44TF
BS 590 749 RR3HA44JQ

RD RR3HA44TF 589 0 0
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CATTTCGGGCAATTAGCAATAATTTTTCTGTGGACTTCCGGAAATTTGTTTCATGTAGCT
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GCTATTTGGGATCCTCATTTTGGTCAACCGGCTGTGGAAGCATTTACTC

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3HA44JQ 618 0 0
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CTAGGAGGATTTGAAAGGCATTATGGCATTAAGATTTCCAAGGTTTAGCCAAGGCTTAGC
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TCATGATGATATTACTGAAGAACGTCTTTATCAGAATATTTTTGCTTCTCATTTCGGGCA
ATTAGCAATAATTTTTCTGTGGACTTCCGGAAATTTGTTTCATGTAGCTTGGCAAGGAAA
TTTTGAGACATGGATACAAGACCCTTTACATGTAAGACCGATTGCTCATGCTATTTGGGA
TCCTCATTTTGGTCAACCGGCTGTGGAAGCATTTACTCGAGGAGGTGCTCTTGGCCCGGT
GAATATAGCTTATTCTGGTGTTTATCAGTGGTGGTATACAATCGGTTTACGTACTAATGA
ATATCTTTATACTGGAGCTCTTTTTCTATTATTTCTTTCTGCCCTATCCTTAATAGGGGG
TTGGTTACACCTACAACC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 2

CO CL7628Contig1 711 2 2 U
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GTTACTGCACTGCAAATCTCTCATACGCTTTGAGCAGAGCGGAGGGTGGATCAAAGCCCT
TCTCGAGGAAGCAGAGAACGAGAGGATGCATCTCATGACGTTCATGGAAGTCGCTAAACC
CAAATGGTACGAGAGGGCTCTCGTCATCACCGTCCAAGGAGTCTTCTTCAACGCTTACTT
CCTCGGTTACCTGATCTCTCCGAAGTTTGCTCACCGTATGGTTGGGTACCTTGAGGAAGA
AGCTATCCACTCGTACACTGAGTTCCTCAAGGAACTTGACAAAGGTAACATCGAGAACGT
TCCTGCTCCGGCTATTGCTATTGATTACTGGAGGCTCCCTGCTGATGCCACCCTTCGCGA
TGTGGTGATGGTGGTCCGTGCCGACGAGGCTCATCACCGTGACGTTAACCATTTTGCATC
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TGTTCTAAAGAATTTGAGAGTGTGCCTCTTCTTCTTTGTATATAGATCCTATAGCCCATA
CGTTTGGATCGGCGTCCTTGAATGTTATAATTCGTTACGAATATTCACTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BV29TF U 1
AF RR3BV29JQ C 25
BS 1 704 RR3BV29TF
BS 705 711 RR3BV29JQ

RD RR3BV29TF 704 0 0
GGGATGCCGAGCTATGATGCCGGAAACTGTAGCAGCAGTACCCGGAATGGTAGGAGGAAT
GTTACTGCACTGCAAATCTCTCATACGCTTTGAGCAGAGCGGAGGGTGGATCAAAGCCCT
TCTCGAGGAAGCAGAGAACGAGAGGATGCATCTCATGACGTTCATGGAAGTCGCTAAACC
CAAATGGTACGAGAGGGCTCTCGTCATCACCGTCCAAGGAGTCTTCTTCAACGCTTACTT
CCTCGGTTACCTGATCTCTCCGAAGTTTGCTCACCGTATGGTTGGGTACCTTGAGGAAGA
AGCTATCCACTCGTACACTGAGTTCCTCAAGGAACTTGACAAAGGTAACATCGAGAACGT
TCCTGCTCCGGCTATTGCTATTGATTACTGGAGGCTCCCTGCTGATGCCACCCTTCGCGA
TGTGGTGATGGTGGTCCGTGCCGACGAGGCTCATCACCGTGACGTTAACCATTTTGCATC
TGATATTCATTACCAAGGTCGCGAGCTAAAGGAAGCTCCAGCTCCAATTGGATACCATTG
ATTTTAATTGCCAACTCGTTGAATAAGAAGAGCTTGTTTTTAACTAATGTTCTAAAACTT
TGTTCTAAAGAATTTGAGAGTGTGCCTCTTCTTCTTTGTATATAGATCCTATAGCCCATA
CGTTTGGATCGGCGTCCTTGAATGTTATAATTCGTTACGAATAT

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3BV29JQ 687 0 0
AACTGTAGCAGCAGTACCCGGAATGGTAGGAGGAATGTTACTGCACTGCAAATCTCTCAT
ACGCTTTGAGCAGAGCGGAGGGTGGATCAAAGCCCTTCTCGAGGAAGCAGAGAACGAGAG
GATGCATCTCATGACGTTCATGGAAGTCGCTAAACCCAAATGGTACGAGAGGGCTCTCGT
CATCACCGTCCAAGGAGTCTTCTTCAACGCTTACTTCCTCGGTTACCTGATCTCTCCGAA
GTTTGCTCACCGTATGGTTGGGTACCTTGAGGAAGAAGCTATCCACTCGTACACTGAGTT
CCTCAAGGAACTTGACAAAGGTAACATCGAGAACGTTCCTGCTCCGGCTATTGCTATTGA
TTACTGGAGGCTCCCTGCTGATGCCACCCTTCGCGATGTGGTGATGGTGGTCCGTGCCGA
CGAGGCTCATCACCGTGACGTTAACCATTTTGCATTTGATATTCATTACCAAGGTCGCGA
GCTAAAGGAAGCTCCAGCTCCAATTGGATACCATTGATTTTAATTGCCAACTCGTTGAAT
AAGAAGAGCTTGTTTTTAACTAATGTTCTAAAACTTTGTTCTAAAGAATTTGAGAGTGTG
CCTCTTTTTCTTTGTATATAGATCCTATAGCCCATACGTTTGGATCGGCGTCCTTGAATG
TTATAATTCGTTACGAATATTCACTCT

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL7629Contig1 1097 2 2 U
GGAGGATCTGTACAAGCAGAACGTGGCATCAAAGCAGCCGCCCGGAGATTTCAAAGGCTC
GACTTTTGAAAACCTAAAGCAAAACTTGAGGCAGATGAGACCGCATCAAGAGACCACCAG
ATGGTCTAATCTATCAAGCCTTCAGAGCATCATGAAGACTAAAAACAATGTCCGTTCAAA
CGTGTTTGAGGGATTGCCCATTTCAGTGTTTGGTGAGGAATTAGAAGAAAGGAAGAAGAT
GGGAGATGATGATGATGATTCAGAGGAGATGAAATCGGAGTTTATCAAGAGCTGCAACAC
TAAAGAACTCGGGGATATACTCAGACAGTACAGACCTGAGGAGGGTAAGAGAGAACATGG
TTGGTTCTCGTTGCAGGAGCTCAACCAGAGGCTTGTTAAGTTGAGACAAGTGGAAGAGGC
ATCAGCCCTGGGTACCAGGAAGGGGACTGCCTTCGATGATCTCAGGTCTGAGATTCAACT
TGCCAGAAAATCACAAGCCTTTCAGAACTTGGATTTCTTCAGCGTTTTAAATGGTACCCC
AAAGTATTTGCTCGAGCCTCCGAAAGATGAGCTAGTTCAAACTTATTTCCACCCGGATAA
CATGTCATCTGCGGAGAAGATGAAAATCGAGCTTGCAAAGGTCAGGGAAGAGTTCAAGAT
GTCTGAATCCGATTGTGGTTCTGCACGTGTTCAAGTGGCACAACTGACTACTAAAATCAA
GCATCTATCCTCTGTTCTACATAAAAAGGATAAGCATTCGAGAAAGGGACTTATAGCAAT
GGTGCATAGACGGAAGAAACTGCTCAAGTATATGAGAAGAACCGACTGGGACTCTTACTG
CCTTTCACTGTCAAAGCTCGGACTTCGTGACAACCCAGATTACAAGTTTTAAACTTCTTT
ATGCAAGGGACATAATGAATCGTGACCCCACAGTAAACACTCTTTTTGTTCCCTTCATTT
TGTCAAAAGAGATGATGTGGGTCTCTTGTATCCATCATTTTGGCGAGGAAAGTTGTTTTA
CTACAGTTAATGTTGCAGGCTGTTTAGGCAAAGAGTCTGACATTGTGAGAAGTTTGATAA
TAAAGTACAATTTTGAT


BQ
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AF RR3DZ64TF U 1
AF RR3DZ64JQ C 452
BS 1 636 RR3DZ64TF
BS 637 1097 RR3DZ64JQ

RD RR3DZ64TF 636 0 0
GGAGGATCTGTACAAGCAGAACGTGGCATCAAAGCAGCCGCCCGGAGATTTCAAAGGCTC
GACTTTTGAAAACCTAAAGCAAAACTTGAGGCAGATGAGACCGCATCAAGAGACCACCAG
ATGGTCTAATCTATCAAGCCTTCAGAGCATCATGAAGACTAAAAACAATGTCCGTTCAAA
CGTGTTTGAGGGATTGCCCATTTCAGTGTTTGGTGAGGAATTAGAAGAAAGGAAGAAGAT
GGGAGATGATGATGATGATTCAGAGGAGATGAAATCGGAGTTTATCAAGAGCTGCAACAC
TAAAGAACTCGGGGATATACTCAGACAGTACAGACCTGAGGAGGGTAAGAGAGAACATGG
TTGGTTCTCGTTGCAGGAGCTCAACCAGAGGCTTGTTAAGTTGAGACAAGTGGAAGAGGC
ATCAGCCCTGGGTACCAGGAAGGGGACTGCCTTCGATGATCTCAGGTCTGAGATTCAACT
TGCCAGAAAATCACAAGCCTTTCAGAACTTGGATTTCTTCAGCGTTTTAAATGGTACCCC
AAAGTATTTGCTCGAGCCTCCGAAAGATGAGCTAGTTCAAACTTATTTCCACCCGGATAA
CATGTCATCTGCGGAGAAGATGAAAATCGAGCTTGC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3DZ64JQ 646 0 0
TTCGATGATCTCAGGTCTGAGATTCAACTTGCCAGAAAATCACAAGCCTTTCAGAACTTG
GATTTCTTCAGCGTTTTAAATGGTACCCCAAAGTATTTGCTCGAGCCTCCGAAAGATGAG
CTAGTTCAAACTTATTTCCACCCGGATAACATGTCATCTGCGGAGAAGATGAAAATCGAG
CTTGCAAAGGTCAGGGAAGAGTTCAAGATGTCTGAATCCGATTGTGGTTCTGCACGTGTT
CAAGTGGCACAACTGACTACTAAAATCAAGCATCTATCCTCTGTTCTACATAAAAAGGAT
AAGCATTCGAGAAAGGGACTTATAGCAATGGTGCATAGACGGAAGAAACTGCTCAAGTAT
ATGAGAAGAACCGACTGGGACTCTTACTGCCTTTCACTGTCAAAGCTCGGACTTCGTGAC
AACCCAGATTACAAGTTTTAAACTTCTTTATGCAAGGGACATAATGAATCGTGACCCCAC
AGTAAACACTCTTTTTGTTCCCTTCATTTTGTCAAAAGAGATGATGTGGGTCTCTTGTAT
CCATCATTTTGGCGAGGAAAGTTGTTTTACTACAGTTAATGTTGCAGGCTGTTTAGGCAA
AGAGTCTGACATTGTGAGAAGTTTGATAATAAAGTACAATTTTGAT

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL7630Contig1 713 2 2 U
GCAACAAGAGTTACAGAAAAGGATCTTGAAGCACATTTCTCCAAGGAAGGAAAGGTTGCG
TCCTGCGTTCTAGTGGTGGAGCCGCGCACCCGTGAGTCTCGTGGTTTTGCCTTTGTTACC
ATGGATAGTCTTAAGGACGCTGAGCGGTGCATTAAGTATCTCAACCAATCTGTACTAGAA
GGCCGATACATAAAAGTCGAAAGGAAAAAAATATATTATCAAGCTAAGTGTTGGCAGCAA
TCAGAGATGATACTCATCCTTACACAACATCATATTAAGTGAAACACAACTTGGTCACTC
CAAATCAACTAATCATAAGCAACTATATTGCCTCATCTCTCAAGTAATCAAAGGACATTA
TCAAGTATCAACAACTATTAGTCAAGTGTTCTTCAGCCTAGGATTCATCTTGTTTCCCCT
GAGTATACAGTGGCTTTTTGTAACTTGAAGTATTGCGTCCCGTTTACATATTTTGTCTTA
TCTTCAGTCCCGAAGAAGAAGGTATCAACCCCGTGGCTCGAGATGACCTGTTTAGGTCTC
TTGACGAAGGAATTTTATGTTGTATGATTGATTATTATCATCTTTAAATAGTACAGAGAT
TTCGGTTGGAGACAGTTATGGCTTTATGAGTCTTTTCCTCTTATGTATGCTGCAGAACAC
AGTGAATGTGAAACTTACAATGTAATAGCTTATTAGCTTTTCTATGCTACTTT


BQ
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AF RR3CH54TF U 1
AF RR3CH54JQ C 1
BS 1 656 RR3CH54TF
BS 657 713 RR3CH54JQ

RD RR3CH54TF 662 0 0
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TCCTGCGTTCTAGTGGTGGAGCCGCGCACCCGTGAGTCTCGTGGTTTTGCCTTTGTTACC
ATGGATAGTCTTAAGGACGCTGAGCGGTGCATTAAGTATCTCAACCAATCTGTACTAGAA
GGCCGATACATAAAAGTCGAAAGGAAAAAAATATATTATCAAGCTAAGTGTTGGCAGCAA
TCAGAGATGATACTCATCCTTACACAACATCATATTAAGTGAAACACAACTTGGTCACTC
CAAATCAACTAATCATAAGCAACTATATTGCCTCATCTCTCAAGTAATCAAAGGACATTA
TCAAGTATCAACAACTATTAGTCAAGTGTTCTTCAGCCTAGGATTCATCTTGTTTCCCCT
GAGTATACAGTGGCTTTTTGTAACTTGAAGTATTGCGTCCCGTTTACATATTTTGTCTTA
TCTTCAGTCCCGAAGAAGAAGGTATCAACCCCGTGGCTCGAGATGACCTGTTTAGGTCTC
TTGACGAAGGAATTTTATGTTGTATGATTGATTATTATCATCTTTAAATAGTACAGAGAT
TTCGGTTGGAGACAGTTATGGCTTTATGAGTCTTTTCCTCTTATGTATGCTGCAGA
CACAGT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3CH54JQ 713 0 0
GCAACAAGAGTTACAGAAAAGGATCTTGAAGCACATTTCTCCAAGGAAGGAAAGGTTGCG
TCCTGCGTTCTAGTGGTGGAGCCGCGCACCCGTGAGTCTCGTGGTTTTGCCTTTGTTACC
ATGGATAGTCTTAAGGACGCTGAGCGGTGCATTAAGTATCTCAACCAATCTGTACTAGAA
GGCCGATACATAAAAGTCGAAAGGAAAAAAATATATTATCAAGCTAAGTGTTGGCAGCAA
TCAGAGATGATACTCATCCTTACACAACATCATATTAAGTGAAACACAACTTGGTCACTC
CAAATCAACTAATCATAAGCAACTATATTGCCTCATCTCTCAAGTAATCAAAGGACATTA
TCAAGTATCAACAACTATTAGTCAAGTGTTCTTCAGCCTAGGATTCATCTTGTTTCCCCT
GAGTATACAGTGGCTTTTTGTAACTTGAAGTATTGCGTCCCGTTTACATATTTTGTCTTA
TCTTCAGTCCCGAAGAAGAAGGTATCAACCCCGTGGCTCGAGATGACCTGTTTAGGTCTC
TTGACGAAGGAATTTTATGTTGTATGATTGATTATTATCATCTTTAAATAGTACAGAGAT
TTCGGTTGGAGACAGTTATGGCTTTATGAGTCTTTTCCTCTTATGTATGCTGCAGAACAC
AGTGAATGTGAAACTTACAATGTAATAGCTTATTAGCTTTTCTATGCTACTTT

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL7631Contig1 895 2 2 U
TTCTCCAAACGTATGCATCTTGCGAAACCCTAAATACCAAAATGTCATTCGCCGACGAAT
TTGAATCTAATCTTGTGTCGTTGGCCCATGTTTTGCAGAAGAAATATGCACTCCTCCGCG
ATTTGGATAAAAGTTTGCAAGAAAATCAAAGACAGAACGAACAACGGTGTGAAAAGGAGA
TAGAGGATATAAGAAGAGGCAGAACTGGAAATGTCACACCCAACACACACTTCTCCGAGT
AAGCAATTGATGAACAGAAGCACAGCGTCAGGATTGCTGATGAGAAAGTCGCTTTGGCTA
TGCAAGCTTATGATCTGATGATGTATTACTTCAGGTGGATATGCATGTTCAGCAACTTGA
CCAGTACATGAAAAGATCCAATGAGGAGATGCGCCGAGAGAAAGAAAATGCCTCTGCTTC
AAACCTCGAGAACAGCGCAGAAGCCGGTAAGGCAGGTGAAGGTAGAAGAGGAGGGCGAAA
GAAGACAAGGCTAGCAACAGCAGCGTCAACAGCAGCAGTAGCATCAGCATCAGCTGGTAT
GACTTCAACTGGGTATGGGATTTGGATCTGCCTGTGGATCCAAACGAACCAACTTACTGC
ATCTGCAACCAAGTTAGCTACGGAGAGATGATTGCCTGCGATAACAATGAGTGTAAGATT
GAGTGGTTCCATTTTGGTTGCGTGGGTCTGAAAGATCAACCCAAAGGGAAATGGTACTGT
CCGGATTGTGCTACAGTCAAGAAGAGCAGGAAAGGCCGATGATTCTGAATCTGAAAAGCT
CGTGTGTTTCGTTTAAAACGGTCTAGTAGTTGTATATCTACTTCCATGTAAACCACTAAC
CATTGAATAATGACTACGGGTTGCACATGCTCTATATATAAGACCTTCTATTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H552TF U 1
AF RR3H552JQ C 99
BS 1 620 RR3H552TF
BS 621 895 RR3H552JQ

RD RR3H552TF 620 0 0
TTCTCCAAACGTATGCATCTTGCGAAACCCTAAATACCAAAATGTCATTCGCCGACGAAT
TTGAATCTAATCTTGTGTCGTTGGCCCATGTTTTGCAGAAGAAATATGCACTCCTCCGCG
ATTTGGATAAAAGTTTGCAAGAAAATCAAAGACAGAACGAACAACGGTGTGAAAAGGAGA
TAGAGGATATAAGAAGAGGCAGAACTGGAAATGTCACACCCAACACACACTTCTCCGAGT
AAGCAATTGATGAACAGAAGCACAGCGTCAGGATTGCTGATGAGAAAGTCGCTTTGGCTA
TGCAAGCTTATGATCTGATGATGTATTACTTCAGGTGGATATGCATGTTCAGCAACTTGA
CCAGTACATGAAAAGATCCAATGAGGAGATGCGCCGAGAGAAAGAAAATGCCTCTGCTTC
AAACCTCGAGAACAGCGCAGAAGCCGGTAAGGCAGGTGAAGGTAGAAGAGGAGGGCGAAA
GAAGACAAGGCTAGCAACAGCAGCGTCAACAGCAGCAGTAGCATCAGCATCAGCTGGTAT
GACTTCAACTGGGTATGGGATTTGGATCTGCCTGTGGATCCAAACGAACCAACTTACTGC
ATCTGCAACCAAGTTAGCTA

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3H552JQ 797 0 0
AAGAAATATGCACTC*TCCGCGATTTGGATAAAAGTTTGCAAGAAAATCAAAGACAGAAC
GAACAACGGTGTGAAAAGGAGATAGAGGATATAAGAAGAGGCAGAACTGGAAATGTCACA
CCCAACACACACTTCTCCGAGTAAGCAATTGATGAACAGAAGCACAGCGTCAGGATTGCT
GATGAGAAAGTCGCTTTGGCTATGCAAGCTTATGATCTGATGATGTATTACTTCAGGTGG
ATATGCATGTTCAGCAACTTGACCAGTACATGAAAAGATCCAATGAGGAGATGCGCCGAG
AGAAAGAAAATGCCTCTGCTTCAAACCTCGAGAACAGCGCAGAAGCCGGTAAGGCAGGTG
AAGGTAGAAGAGGAGGGCGAAAGAAGACAAGGCTAGCAACAGCAGCGTCAACAGCAGCAG
TAGCATCAGCATCAGCTGGTATGACTTCAACTGG*TATGG*ATTTGGATCTGCCTGTGGA
TCCAAACGAACCAACTTACTGCATCTGCAACCAAGTTAGCTACGGAGAGATGATTGCCTG
CGATAACAATGAGTGTAAGATTGAGTGGTTCCATTTTGGTTGCGTGGGTCTGAAAGATCA
ACCCAAAGGGAAATGGTACTGTCCGGATTGTGCTACAGTCAAGAAGAGCAGGAAAGGCCG
ATGATTCTGAATCTGAAAAGCTCGTGTGTTTCGTTTAAAACGGTCTAGTAGTTGTATATC
TACTTCCATGTAAACCACTAACCATTGAATAATGACTACGGGTTGCACATGCTCTATATA
TAAGACCTTCTATTCAC

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL7632Contig1 1426 2 2 U
GGCATCGACCTGACGGGACGTTACCAGGGAGACTCCGACCTCCAGCTCGAGAGAGTTAAC
GTCTACTACAACGAGGCGAGCTGTGGGAGGTACGTTCCACGCGCCGTTCTCATGGACTTG
GAGCCTGGAACGATGGACAGCGTTAGATCTGGTCCGTACGGTCAGATCTTCCGTCCTGAT
AACTTCGTCTTCGGGCAGTCCGGTGCGGGGAATAACTGGGCGAAAGGTCACTACACGGAG
GGCGCTGAGCTTATCGATTCGGTCCTTGATGTTGTTCGCAAAGAGGCTGAGAACCGTGAC
TGCCTTCAAGGGTTTCAGGTGTGTCATTCGTTAGGAGGAGGAACTGGTTCTGGAATGGGG
ACTTTGTTGATTTCGAAGATCAGGTAGGAGTACCCGGACCGTATGATGCTGACGTTCTCT
GTGTTCCCGTCTCCCAAGGTCTCTGACACTGTCGTTGAGCCATACAACGCGACGCTATCT
GTGCATCAGCTCGTTGAAAACGCTGATGAGTGTATGGTGCTTGATAATGAAGCACTGTAT
GATATTTGCTTCCGTACCCTCAAGCTTAGCACTCCAAGCTTTGGTGATCTGAACCATTTG
ATCTCTGCTACCATGTCTGGTGTGACCTGCTGCCTTAGTTTCCCTGGACAGCTCAACTCT
GATCTCCGAAAGCTTGCCGTGAATCTGATCCCATTCCCTCGTCTCCACTTCTTCATGGTT
GGATTCGCTCCTCTCACCTCTCGTGGCTCTCAACAGTACCGTAACCTCACTGTCCCAGAA
CTGACTCAGCAAATGTGGGATGCAAAGAACATGATGTGCGCTGCTGACCCGAGACACGGT
CGCTACCTCACTGCCTCAGCTATGTTCCGCGGGAAGATGAGCACCAAGGAAGTTGACGAG
CAGATGCTGAACGTTCAGAACAAGAACTCCTCCTACTTCGTCGAGTGGATCCCCAACAAT
GTCAAGTCAACCGTCTGTGACATTCCACCGACGGGCTTGAAGATGGCTTCCACGTTCATT
GGCAACTCGACTTCGATCCAAGAGATGTTCAGGAGAGTCAGCGAGCAGTTCACTGCTATG
TTCAGGAGGAAAGCTTTCTTGCATTGGTACACAGGGGAAGGCATGGATGAGATGGAGTTT
ACTGAAGCTGAGAGCAACATGAACGATCTTGTCTCGGAGTACCAGCAGTACCAAGATGCC
ACGGCTGATGAAGAAGGAGAGTATGAAGATGAAGAGGCTGAGTACGAGCAAGAGGAAGGC
TATTGAAGAGACCAAAAACACAAGAATCTCAACTTCAACTTCCTGTTGCTGTTTTACTTT
TCAAAATTTCTACTAAGTATCTTTTTTTTTAATATAGTTTCTGTATCGGTTTCATTAGTA
GTTATGTACTCGGCGTAGACTGGCTAAGGGATTATCAAGATTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DP95TF U 1
AF RR3DP95JQ C 638
BS 1 735 RR3DP95TF
BS 736 1426 RR3DP95JQ

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GTGCATCAGCTCGTTGAAAACGCTGATGAGTGTATGGTGCTTGATAATGAAGCACTGTAT
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GGATTCGCTCCTCTC

QA 1 735 1 735
DS 

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AGATTTATT

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3DP46JQ C 1
AF RR3DP46TF U 1
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BS 682 712 RR3DP46JQ

RD RR3DP46JQ 712 0 0
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QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3DP46TF 681 0 0
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GCTCTGCTCACGTTCTCCGTCACGGCCCTCGCCTTCATCTGCGCAATCGCTTCTTTCTCT
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AAGAAGCAATCTTATGGCAATGATGAGGTTAGCTTGACATTGGACATAAGTGCAGACTTG
CAGTCACTCTTTACTTGGAACACCAAACAGGTTTTCGCTTTCGAGGCAGCTGAATACGAA
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CTATTGGATTTTTTTCTAAAT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL7634Contig1 700 2 1 U
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CTTTCATTCATGTTACTGATCTGTCGGGACGAGAAACTCTCGTTCGTATCACCGGTGGGA
TGAAGGTGAAGACTGACCGTGATGAATCCTCTTATGCAGCTATGCTTGCCGCTCAAGATG
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GTTCTGGCATGAAGATTGGTCGTATTGAGGACGTGACTCCAATTCCCACCGACAGTACAC
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CAGTTGTGCCCCTGACTCGTGTAGTTTGGGCACACACACTTTGAAGTTAGTTATGTCTCT
CCATTTCATCCTGTCAAGTTTGCTTCGAAAACTTGTGTCTTTCTTGAGCATTGTAAAACA
TTATATATTTGGAGTTATTTTGCATTTTCTTTCTTTAGTG


BQ
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AF RR3BX21TF U 1
AF RR3BX21JQ C 29
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RD RR3BX21TF 700 0 0
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TGAAGGTGAAGACTGACCGTGATGAATCCTCTTATGCAGCTATGCTTGCCGCTCAAGATG
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GTTCTGGCATGAAGATTGGTCGTATTGAGGACGTGACTCCAATTCCCACCGACAGTACAC
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CCATTTCATCCTGTCAAGTTTGCTTCGAAAACTTGTGTCTTTCTTGAGCATTGTAAAACA
TTATATATTTGGAGTTATTTTGCATTTTCTTTCTTTAGTG

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DS 

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GGCACACACACTTTGAAGTTAGTTATGTCTCTCCATTTCATCCTGTCAAGTTTGCTTCGA
AAACTTGTGTCTTTCTTGAGCATTGTAAAACATTATATATTTGGAGTTATTTTGCATTTT
CTTTCTTTAGTG

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

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CATCCTAAACCTAACGCTCCACGTCGACCTCACGTTAACAAACCCTAACCGGGTCGGGTT
CAGCTTCGGTTCGTCGTCGGCGTTGCTTAACTACGGAGGGAAACTGATCGGAGAAGCGCC
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BQ
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AF RR3CG94TF U 1
AF RR3CG94JQ C 122
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BS 780 897 RR3CG94JQ

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GCAA

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DS 

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ATCCTAAACCTAACGCTCCACGTCGACCTCACGTTAACAAACCCTAACCGGGTCGGGTTC
AGCTTCGGTTCGTCGTCGGCGTTGCTTAACTACGGAGGGAAACTGATCGGAGAAGCGCCG
TTCGCGGCGAGTCAAATCGGGCCGGAGAAAACGCTGCCTATGAACGTAACGCTGACGTTG
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AGTCAAGACTGTAAGTCTTCAACTAAGCTGTGAGATCATATTCTTCGGACATTATAAGAT
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QA 1 776 1 776
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CAGTTCTTGAAGGAGATTTGGATGGTTTCATATTGAGCTTCTTATCTTCTTCTCTGGACA
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AGTTAGTATTAAGAGAATTGTATTACAAAACTCTCAAACTCACTCATTCATTGTTTTCGG
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BQ
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AF RR3H544TF U 1
AF RR3H544JQ C 101
BS 1 654 RR3H544TF
BS 655 1002 RR3H544JQ

RD RR3H544TF 654 0 0
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TGGAGATGTACAAAACATGGGCTCAACGACGCAAATTCTCTGTCACTGTGGTCGATGAAA
TGCCTGGGGAGATGGCAGGAATCAAGCGTGCGACAATCAAAGTAAATGGTGAATACGCTT
ATGGATATGCGAAAGCAGAAGTTGGAGTTCATAGGCTGGTGCGTATATCACCGTTTGATA
GTGGAAAACGAAGGCACACATCGTTTGCTGCGGTTGCGGTGATTCCGATTCTAGGTGACG
GGTCGACCCGAGTGCAGATCAATGACTCGGAACTCCGGATTGAGCGGTTCCGTTCTGGAG
GAGCTGGTGGACAGCATGCTAACACTACGGACAGTGCTGTAAGAATCATTCACATACCAA
CTGGCATAACAGCAACTTGTCAGAATGAAAGGTCGCAGCATATGAACAAGGCTTCAGCAA
TGGCAGTGCTACAGTCACGACTAGACCAACTAGAGATGGCTCGTCAGACAGCTATGAATT
CGCAACATACACAATCACTAACCGAGATCAGCTGGGGAGATCAGATAAGAACTT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3H544JQ 902 0 0
ACGA
TGGGCGGCAATG*TAATGGAGATGTACAAAACATGGGCTCAACGACGCAAATTCTCTGTC
ACTGTG*TCGATGAAATGCCTGGGGAGATGGCAGGAATCAAGCGTGCGACAATCAAAGTA
AATGGTGAATACGCTTATGGATATGCGAAAGCAGAAGTTGGAGTTCATAGGCTGGTGCGT
ATATCACCGTTTGATAGTGGAAAACGAAGGCACACATCGTTTGCTGCGGTTGCGGTGATT
CCGATTCTAGGTGACGGGTCGACCCGAGTGCAGATCAATGACTCGGATCTCCGGATTGAG
CGGTTCCGTTCTGGAGGAGCTGGTGGACAGCATGCTAACACTACGGACAGTGCTGTAAGA
ATCATTCACATACCAACTGGCATAACAGCAACTTGTCAGAATGAAAGGTCGCAGCATATG
AACAAGGCTTCAGCAATGGCAGTGCTACAGTCACGACTAGACCAACTAGAGATGGCTCGT
CAGACAGCTATGAATTCGCAACATACACAATCACTAACCGAGATCAGCTGGGGAGATCAG
ATAAGAACTTACGTTCTCCATCCATACAGAATGGTGAAGGATCTGAGAACAAACTATGAA
GTCTCTGATCCTGACTCAGTTCTTGAAGGAGATTTGGATGGTTTCATATTGAGCTTCTTA
TCTTCTTCTCTGGACAAAGGTGATGATGAACATTAAGGTTTTTGAATCTTGAGCTGTCTC
TGCCACTTTAGTAGTTAGTTAGTATTAAGAGAATTGTATTACAAAACTCTCAAACTCACT
CATTCATTGTTTTCGGAAGGCTTAAGTTTGTAATCTTTATACTCAAAATTATTTCTTCTC
GAATTTGTATCAAACCTTTTAAATTTTCTTGTAATACAATAAATCATTACTTATTAGT

QA 5 902 5 902
DS 



AS 1 2

CO CL7638Contig1 1017 2 2 U
GGGGACAACAAGCTTGCTGGTGCTCAGTTACTGCTGAGCCGGTTGAGGCTGTTTTTGAGT
CCTGGATATCCATATGAAGAAATTCTCAGAACCTTCCATAATCAGACCAGCATAGTCATG
TGCTCATACCTGCCTTATTTCAACAAATTTAACAGAACCAGTGGAGGTTGATAGAGTTAA
ATCATGGAGACCCACAGCCTCTGCAGTATGCTGCAAATGCAGCCTTCTTAGCGACATTGT
ACAGTGACTATCTTGATGCTGCTGATACTCCTGGATGGTACTGTGGACCTAATTTCTATT
CAACCAATGTCCTACGAGAGTTTGCGAGGACTCAGATCGATTACATACTCGGTAAAAACC
CTCGGAAAATGAGTTATCTGGTGGGTTTTGGCACAAAATACCCGAAACGCGTGCATCATC
GAGGAGCTTCGATTCCCAAGAACAAAATATAACTGCAAAGGAGGATGGAAATGGAGAGAC
AGCAAGAAACCAAACCCAAACACGATTGAAGGAGCCATGGTTGCTGGTCCTGACAAACGT
GATGGGTTCCGCGATGTCCGGACCAACTACAACTACACTGAACCAACTCTTGCAGGAAAT
GCTGGTCTGGTCGCAGCTCTCGTGGCATTGTCTGGTGAAGAAGAGGCAACTTGTACTATA
GACAAAGTACTATCTTCTCAGCCGTTCCTCCGTTGTTCCCTACTCCACCTCCCCCACCAG
CACCATGGAAACCTTAATAAGAAAGCTAAAACCTGTGTGATTATGTCCCTGCTGCCAGAA
AATGAAAGAGGTGGAGACCAGAAGATTAGATGTGGTGCCTTGTGTGATACGCACAAGTCA
ACCATAATCAGCTAAGCATTTCATGTGGCTTTTACTAGATACGAACCCAATCTGGGTAGC
TTACCACGAGCGATTTTTAAATTTTCTTTTTCGGGGTTGTTCTTTTGAGATATACATATA
TGTATGCATTTTACTCTGCATATGTTCGATTCCACTTGTATTCGTTGATTTTAAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BB90TF U 1
AF RR3BB90JQ C 154
BS 1 786 RR3BB90TF
BS 787 1017 RR3BB90JQ

RD RR3BB90TF 786 0 0
GGGGACAACAAGCTTGCTGGTGCTCAGTTACTGCTGAGCCGGTTGAGGCTGTTTTTGAGT
CCTGGATATCCATATGAAGAAATTCTCAGAACCTTCCATAATCAGACCAGCATAGTCATG
TGCTCATACCTGCCTTATTTCAACAAATTTAACAGAACCAGTGGAGGTTGATAGAGTTAA
ATCATGGAGACCCACAGCCTCTGCAGTATGCTGCAAATGCAGCCTTCTTAGCGACATTGT
ACAGTGACTATCTTGATGCTGCTGATACTCCTGGATGGTACTGTGGACCTAATTTCTATT
CAACCAATGTCCTACGAGAGTTTGCGAGGACTCAGATCGATTACATACTCGGTAAAAACC
CTCGGAAAATGAGTTATCTGGTGGGTTTTGGCACAAAATACCCGAAACGCGTGCATCATC
GAGGAGCTTCGATTCCCAAGAACAAAATATAACTGCAAAGGAGGATGGAAATGGAGAGAC
AGCAAGAAACCAAACCCAAACACGATTGAAGGAGCCATGGTTGCTGGTCCTGACAAACGT
GATGGGTTCCGCGATGTCCGGACCAACTACAACTACACTGAACCAACTCTTGCAGGAAAT
GCTGGTCTGGTCGCAGCTCTCGTGGCATTGTCTGGTGAAGAAGAGGCAACTTGTACTATA
GACAAAGTACTATCTTCTCAGCCGTTCCTCCGTTGTTCCCTACTCCACCTCCCCCACCAG
CACCATGGAAACCTTAATAAGAAAGCTAAAACCTGTGTGATTATGTCCCTGCTGCCAGAA
AATGAA

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3BB90JQ 864 0 0
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CAAATGCAGCCTTCTTAGCGACATTGTACAGTGACTATCTTGATGCTGCTGATACTCCTG
GATGGTACTGTGGACCTAATTTCTATTCAACCAATGTCCTACGAGAGTTTGCGAGGACTC
AGATCGATTACATACTCGGTAAAAACCCTCGGAAAATGAGTTATCTGGTGGGTTTTGGCA
CAAAATACCCGAAACGCGTGCATCATCGAGGAGCTTCGATTCCCAAGAACAAAATATAAC
TGCAAAGGAGGATGGAAATGGAGAGACAGCAAGAAACCAAACCCAAACACGATTGAAGGA
GCCATGGTTGCTGGTCCTGACAAACGTGATGGGTTCCGCGATGTCCGGACCAACTACAAC
TACACTGAACCAACTCTTGCAGGAAATGCTGGTCTGGTCGCAGCTCTCGTGGCATTGTCT
GGTGAAGAAGAGGCAACTTGTACTATAGACAAAGTACTATCTTTTCAGCCGTTCCTCCGT
TGTTCCCTACTCCACCTCCCCCACCAGCACCATGGAAACCTTAATAAGAAAGCTAAAACC
TGTGTGATTATGTCCCTGCTGCCAGAAAATGAAAGAGGTGGAGACCAGAAGATTAGATGT
GGTGCCTTGTGTGATACGCACAAGTCAACCATAATCAGCTAAGCATTTCATGTGGCTTTT
ACTAGATACGAACCCAATCTGGGTAGCTTACCACGAGCGATTTTTAAATTTTCTTTTTCG
GGGTTGTTCTTTTGAGATATACATATATGTATGCATTTTACTCTGCATATGTTCGATTCC
ACTTGTATTCGTTGATTTTAAACT

QA 1 864 1 864
DS 



AS 1 2

CO CL7639Contig1 780 2 3 U
AGATCTAAATTGGTACAAGCGATAGTAAGGAAGACATGTATAATTTAAACGAAACCGGGA
CTGACTGTGACTCAGGATTGCACGGCCAGTTTCTGGAGATGCTCAAAAAAGACTTGCAGG
CTCACGTCGTCAGTGAAGATTACATCAGACCCAGCTGACATCTCGTTTGCACTGTTATAA
GTCCCTGATGGATTCAGCTTTGCCAATAAAAACCTTGCCTGAAATCCATGTTGATCACAC
ACAACTAATCTCGGGACAGGGAAACCCTCCCGCACTATCATCTGGGAATCCTCTTGGGGA
GCTTGCAATAGCTGAGCAAAGGCCTCATGCTCAGGCTGCTCATGATAACCCATGTTTCGC
CACTGTGCTATAGTCATTCCATGGAAGACAACAACACTAAAATATGCATCTAACAGAAGA
ATTCTGTCGGCTGCAATAGAAGCCACATCCAGCAAAGCTGGCTGAGGTGGTGAACTGAAT
GTATATGATGTCAGCGATGGTTGGATCATGACGTTGCATTCGAAATATTCTCCCTGTTTA
GCAACATGCGGAAGTATGCAGTTTCATCTGGACTATTGTTAAAGACCTGGACAAACTGCG
ACCTCCGCAGGTTAAACATGAATTGAGGGAACAACGAAAAATGTGGATTCAGCGTAAACG
ATGTTGGGTCATCCTTTCTATAGTCACCGAATTTTGAACACAGACGAATGAGAGTCCGAT
CTAGCCATCGAGTAGCATCAAATCCTTCCTCTGTTTCCATTTTAAAGGAAGCTAATCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EH90JQ U 152
AF RR3EH90TF C 1
BS 1 151 RR3EH90TF
BS 152 271 RR3EH90JQ
BS 272 780 RR3EH90TF

RD RR3EH90JQ 120 0 0
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ACCTTGCCTGAAATCCATGTTGATCACACACAACTAATCTCGGGACAGGGAAACCCTCCC

QA 1 120 1 120
DS 

RD RR3EH90TF 780 0 0
AGATCTAAATTGGTACAAGCGATAGTAAGGAAGACATGTATAATTTAAACGAAACCGGGA
CTGACTGTGACTCAGGATTGCACGGCCAGTTTCTGGAGATGCTCAAAAAAGACTTGCAGG
CTCACGTCGTCAGTGAAGATTACATCAGACCCAGCTGACATCTCGTTTGCACTGTTATAA
GTCGCTGATGGATTCAGCTTTGCCAATAAAAACCTTGCCTGAGATCCATGTTGATCACAC
ACAACTAATCTCGGGACAGGGAAACGCTCCCGCACTATCATCTGGGAATCCTCTTGGGGA
GCTTGCAATAGCTGAGCAAAGGCCTCATGCTCAGGCTGCTCATGATAACCCATGTTTCGC
CACTGTGCTATAGTCATTCCATGGAAGACAACAACACTAAAATATGCATCTAACAGAAGA
ATTCTGTCGGCTGCAATAGAAGCCACATCCAGCAAAGCTGGCTGAGGTGGTGAACTGAAT
GTATATGATGTCAGCGATGGTTGGATCATGACGTTGCATTCGAAATATTCTCCCTGTTTA
GCAACATGCGGAAGTATGCAGTTTCATCTGGACTATTGTTAAAGACCTGGACAAACTGCG
ACCTCCGCAGGTTAAACATGAATTGAGGGAACAACGAAAAATGTGGATTCAGCGTAAACG
ATGTTGGGTCATCCTTTCTATAGTCACCGAATTTTGAACACAGACGAATGAGAGTCCGAT
CTAGCCATCGAGTAGCATCAAATCCTTCCTCTGTTTCCATTTTAAAGGAAGCTAATCTTC

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL7640Contig1 602 2 1 U
GGAAGAACCCAACAACTATAATAGTACAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAATGGAGGCAGGGA
AGACACCACCGGCGACGACAACGACACCGACGGAGAAGAAACCAGAGCAAGAAGTGAAAA
ACGACGCCTTGCCGACAAACAGTCCTTACGTGGACGACTCTGGTAGCTTGGAGGATTATA
AAATGAAAGCTTATGGAGCCCAAGGCCACCAAGAGGTTAAGGCTGGCCTCGGTGGTGGAT
CTACCGATGCTCCTACTCCTTCTGGTGGAGGAACCACCGCTACTGCTGAGAAAGCTCCTT
GAAAGCTTAAAAAACTTTAATAATAATGGGTTAAAATACCAAGATTTGTAGCCACTTTAT
TCAAATCACTGATCCAAGTTCCGTTTGTATGGGTTATCTTTCTTTCTTTCTCAAGCTTCT
AAACTAATAAGGTTCCGAACCTGTTAGCCAACTCGGTGGGTTATGTACTAAAATGTAATT
GCATGTATTACTGAGTGTGAAAATAATTTCCTGAGTTTCATAAGGTAAATTAAATATTCG
TATGTTACTGACGAAACGTTTGTGCAACGGTTAGGTATCTAATACGATCTTACTTCTGGT
GC


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20 20 

AF RR3CI63JQ C 1
AF RR3CI63TF U 1
BS 1 602 RR3CI63TF

RD RR3CI63JQ 602 0 0
GGAAGAACCCAACAACTATAATAGTACAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAATGGAGGCAGGGA
AGACACCACCGGCGACGACAACGACACCGACGGAGAAGAAACCAGAGCAAGAAGTGAAAA
ACGACGCCTTGCCGACAAACAGTCCTTACGTGGACGACTCTGGTAGCTTGGAGGATTATA
AAATGAAAGCTTATGGAGCCCAAGGCCACCAAGAGGTTAAGGCTGGCCTCGGTGGTGGAT
CTACCGATGCTCCTACTCCTTCTGGTGGAGGAACCACCGCTACTGCTGAGAAAGCTCCTT
GAAAGCTTAAAAAACTTTAATAATAATGGGTTAAAATACCAAGATTTGTAGCCACTTTAT
TCAAATCACTGATCCAAGTTCCGTTTGTATGGGTTATCTTTCTTTCTTTCTCAAGCTTCT
AAACTAATAAGGTTCCGAACCTGTTAGCCAACTCGGTGGGTTATGTACTAAAATGTAATT
GCATGTATTACTGAGTGTGAAAATAATTTCCTGAGTTTCATAAGGTAAATTAAATATTCG
TATGTTACTGACGAAACGTTTGTGCAACGGTTAGGTATCTAATACGATCTTACTTCTGGT
GC

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3CI63TF 602 0 0
GGAAGAACCCAACAACTATAATAGTACAAAAAAAAAAGAAAAGAAAAATGGAGGCAGGGA
AGACACCACCGGCGACGACAACGACACCGACGGAGAAGAAACCAGAGCAAGAAGTGAAAA
ACGACGCCTTGCCGACAAACAGTCCTTACGTGGACGACTCTGGTAGCTTGGAGGATTATA
AAATGAAAGCTTATGGAGCCCAAGGCCACCAAGAGGTTAAGGCTGGCCTCGGTGGTGGAT
CTACCGATGCTCCTACTCCTTCTGGTGGAGGAACCACCGCTACTGCTGAGAAAGCTCCTT
GAAAGCTTAAAAAACTTTAATAATAATGGGTTAAAATACCAAGATTTGTAGCCACTTTAT
TCAAATCACTGATCCAAGTTCCGTTTGTATGGGTTATCTTTCTTTCTTTCTCAAGCTTCT
AAACTAATAAGGTTCCGAACCTGTTAGCCAACTCGGTGGGTTATGTACTAAAATGTAATT
GCATGTATTACTGAGTGTGAAAATAATTTCCTGAGTTTCATAAGGTAAATTAAATATTCG
TATGTTACTGACGAAACGTTTGTGCAACGGTTAGGTATCTAATACGATCTTACTTCTGGT
GC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 2

CO CL7641Contig1 633 2 1 U
GGGCGGCGAAGGTTGAGAAAGGAGAGAGAGATGCAATCCCAAGGAATTTGGAGCACACTA
TGGAGGAAATACGCAGATTATAAGTACAACAAGTTCGAGAGGTTCGCTGTCTGGGAGATG
ATCGAGCCTTACCGTCGACCCAAAACCTTCACAGCCTTGATTACTATCTACGTCGCCGCC
TTTTACACCGGCGTCATCGGCGCTGCGGTTACGGAGCAGCTTTACAAGGAGAAGTTTTGG
GAAGAGCACCCAGGCAAAACGGTGCCTCTGATGAAGCCATTATTCTATCGAGGACCGTGG
AGGGTTTATCGTGGTGAAGCTATTGCTTCTGATGCTAGCAGCAGCCAGTGAAGTTAACGA
TACGATCCAGAGACTATGGTCGAAGGATATATCTCCCATCATTAGTTGGTTTATGCTGGT
TCGCTAGTATATATACAAAACAACTTTGCGTTTAGTAGAATGCGCGTGTGTCGAGTTGTT
TAAATGTCTTCTAGGTTTCTATGGATTAAAGCTGGCTGGTGTATTTTTTCTTGTAGACAA
TAAGGTTAAGAATATGATTCTTAAAACTCATGTAATGGCAGTCTCTGTTATAACATTAAA
GTTTTGTTATGAGAAGTTTAAGGGTTTCCATCC


BQ
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AF RR3DM61JQ C 1
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QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3DM61TF 633 0 0
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TTTTACACCGGCGTCATCGGCGCTGCGGTTACGGAGCAGCTTTACAAGGAGAAGTTTTGG
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AGGGTTTATCGTGGTGAAGCTATTGCTTCTGATGCTAGCAGCAGCCAGTGAAGTTAACGA
TACGATCCAGAGACTATGGTCGAAGGATATATCTCCCATCATTAGTTGGTTTATGCTGGT
TCGCTAGTATATATACAAAACAACTTTGCGTTTAGTAGAATGCGCGTGTGTCGAGTTGTT
TAAATGTCTTCTAGGTTTCTATGGATTAAAGCTGGCTGGTGTATTTTTTCTTGTAGACAA
TAAGGTTAAGAATATGATTCTTAAAACTCATGTAATGGCAGTCTCTGTTATAACATTAAA
GTTTTGTTATGAGAAGTTTAAGGGTTTCCATCC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

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GAGATTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E781JQ C 1
AF RR3E781TF U 1
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GAGATTG

QA 1 667 1 667
DS 

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AATCTGGAATGTCTGGATTAGGGTTTGTAGAATTTCATTTCTTGCGATTGTAATCTCATC
TTTTTTGTAAAA*CGTTTGAAATCTACGTTGAATCATTGTGTCCTAAATCACATGCGTTT
GAGATTG

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL7643Contig1 742 2 3 U
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CTATTATCAACTGCTTTTCGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DJ72TF U 1
AF RR3DJ72JQ C 207
BS 1 688 RR3DJ72TF
BS 689 689 RR3DJ72JQ
BS 690 742 RR3DJ72TF

RD RR3DJ72TF 742 0 0
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TCAGGGGCAAGCATTGGGAATTGGTGCACTTTGTGAGTTGGCCACTACTTTCCTCATCTA
TTTATTTTAGGATTAAGCGCTTTTTATCTGGTTTTGATGTTTACTTTTTTGGTTTTTGTT
TCTAGCTATAATAAAATTACTCTGGATT*CTAAATAACAAAGCTAGATGATGACTATTTA
CTATTATCAACTGCTTTTCGGC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3DJ72JQ 536 0 0
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TATTCACCACCTCGTTGGTCACCGGTGGGATAGGACTCATACAGTTATCCAATAAGCTTA
GGATGGAGACTAGACATACTTTGGTCACACTCTTCCTCGTATGGCTGTTTTGTCTTTCTG
GCATTCATATGTGTTCTTCCTACGACCAAAACACTCAGGGGCAAGCATTGGGAATTGGTG
CACTTTGTGAGTTGGCCACTACTTTCCTCATCTATTTATTTTAGGATTAAGCGCTTTTTA
TCTGGTTTTGATGTTTACTTTTTTGGTTTTTGTTTCTAGCTATAATAAAATTACTCTGGA
TTTCTAAATAACAAAGCTAGATGATGACTATTTACTATTATCAACTGCTTTTCGGC

QA 1 536 1 536
DS 



AS 1 2

CO CL7644Contig1 654 2 1 U
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TGGTAGTTGAACACTCTTTCTTGCTTCTTTGTTTTATCGATCAACAATGCTTTCAAAAGA
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AATGTTATTTTTACTGTATTGTGGAATGAAAGTGATCTATAAGTCTGTTTTTGT


BQ
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AF RR3DE87JQ C 1
AF RR3DE87TF U 1
BS 1 654 RR3DE87TF

RD RR3DE87JQ 654 0 0
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QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3DE87TF 654 0 0
GGCTAGATGTCTCAACAGCTCACATTTTCAGGTGGCTGAAAGAGCTTTGTTTCTATGGAA
CAACGATCACATAAGGAACCTGATTACGCAAAACCATAAAGTGATAATGCCAATCGTGTT
CCCGGCCATGGAGAGGAACATGTGTGGGCATTGGAACCAGGCGGTGAAGAATCTGACTTT
GAATGTGAGGAAAGTGTTGGCGGAGACGGACCAGGCTCTGTTTGATGAGTGCTTAGCCAA
GTTTCAAGAAGATGAAGCGAGTAGAGCAGAGGTTGCAGTCAAACGAGAAGCAACGTGGAA
GCTTTTGGAAGATTTGGCGGCTTCCAAATCGGTAAGCGGCGGCGAGGCAGTGATGATGGT
TACAAGGTTTTCATCTTCGGTTACTATTACCACCAGGTCCACCACCTCAGGGAAAGCTTC
TGGTAGTTGAACACTCTTTCTTGCTTCTTTGTTTTATCGATCAACAATGCTTTCAAAAGA
TCAAGTAGAGTTGTTAAATTGTTTATTGATCCTGATCTCTTTTATGTTGTCAGCTCTTAG
AGGATGAAAGAACAATGTCTTGTAAGAAATATGGTTCTATAGATTATAGTTCTTGAGAGG
AATGTTATTTTTACTGTATTGTGGAATGAAAGTGATCTATAAGTCTGTTTTTGT

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL7645Contig1 721 2 20 U
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GAGGTCTCATATAACAGAGAGACCTGTATTCATCATTCATGTTCCACGCTTCTGGTGTCT
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GAAACCCTTTCTCTCTTTGTCCTTCTTGAATCATACAAGCTGCGACAGAGTAAGTGGTCC
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CATTCACCGCGCCACGTGTCCCTCCTCTCACCTTCATCACATTAAACTCATGGATCGTCT
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A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 

AF RR3FK44JQ U 1
AF RR3H701JQ U 5
BS 1 29 RR3FK44JQ
BS 30 30 RR3H701JQ
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BS 40 91 RR3FK44JQ
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BS 93 426 RR3FK44JQ
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BS 590 590 RR3H701JQ
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BS 594 720 RR3FK44JQ
BS 721 721 RR3H701JQ

RD RR3FK44JQ 720 0 0
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TAGTAAGTAGCTAGTACAGCTACAGGTGAAGTGTCTTAAGGATGGCCTCGTACGTTTCTT
GGAGACGGCTTCTGTGTTCACTGCTCTTTGCAATTTTCACATAACGAGCCACTTCTTTAA
ACCCATTGTGCTGTCTTGACAACAAATCACTTTCTTCTTCATCTCCCACCACTAAGTTCT
GCTTCGCTCCTCCAAAATTTTGCATTGGTGTCAATGCCCATTGTATAGCCCATATAGCAA
GAGGTCTCATATAACAGAGAGACCTGTATTCATCATTCATGTTCCACGCTTCTGGTGTCT
GAAACGCACAACTGATACCACGATCAGACCAAACAGCCTCATAGATTACACTTGCTGTCT
GAAACCCTTTCTCTCTTTGTCCTTCTTGAATCATACAAGCTGCGACAGAGTACGTGGTCC
CAGCCCAAACCTCTTTCGAAACCAGCGAGTTCGTGTCCACTTGTCCATCTGGTGACATCC
CATTCACCGCGCCACGTGTCCCTCCTCTCACCTTCATCACATTAAACTCATGGATCGTCT
CGAGTGCTTTCTTTATCCACTCTTCTTTCGTTATCGGCTTCAGTCCACACGCTCTCGCGT

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3H701JQ 717 0 0
GCTTAAG
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CTGTGTTCACTGCTCTTTGCAATTTTCACATAACGAGCCACTTCTTTAAACCCATTGTGC
TGTCTTGACAACAAATCACTTTCTTCTTCATCTCCCACCATTAAGTTCTGCTTCGCTCCT
CCAAAATTTTGCATTGGTGTCATTGCCCATTGTATCGCCCATATAGCAAGAGGTCTCATA
TAACAGAGAGACCTGTATTCATCATTCATGTTCCACGCTTCTGGTGTCTGAAACGAGCAA
CTGATACCACGATCAGACCAAACAGCCTCATAGATTCCACTGGCTGTCTGAAACCCTTTC
TCTCTTTGTCCTTCTTGAATCATACAAGCTGCGACAGAGTAAGTGGTCCCAGCCCAAACC
TCTTTCAAAACCAGCGAGTTCGTGTCCACTTGTCCATCCGGAGACATCCCATTCACCGCG
CCACGTGTCCCTCCTCTCACCTTCATCACATTAAACTCATGGATCGTCTCGAGTGCTTTC
TTTATCCACTCTTCTTTCGTTATCGGCTTCAGTCCACACGCTCTCGCGTA

QA 8 717 8 717
DS 



AS 1 2

CO CL7646Contig1 671 2 2 U
TTATTATCAAACTCCTAAAAGAAGACACTCACCTACCTAACCCCACCACAGATCGCACAA
ATGGATTCTTCATCGTCCAAAACCAAAACTTTAGCTCTTCCGCTTCACATCTTAGGCTTC
AAGATCGATGAACTATCTACAACACGTGTTACCGGTCGTCTTCCCGTTTCTCAAATCTGC
TGTCAGCCTTTTAAAGTGTTACACGGTGGTGTATCTGCTTTGATCGCTGAGTCTTTAGCA
AGTATAGGAGCTTACATGGCTACTGATCTCAAAAGGGTCGCTGGAATTCAACTCTCGATC
AACCACTTAAAGAGTGCCGATCTTGGAGACACTGTGTTCGCCGAAGCATCTCCTGTAAGC
TCAGGCAAAACCATTCAGGTTTGGGAAGTCAAGCTTTGGAAGTCAAGAAAAGAATCGGAT
AGCAAAACCTTAATATCTTCCTCTAGAGTAACACTCCTCTGTGATCTTCCTACCCCTGGT
CACGCCAAAAATGCATCGGACCCACTCAAAATGATCTCCAAATTGTAGACTACAAACCTC
TCTCTCTATATTTCTGAATATGATTCGTTGTATTTTATATTTTGCTAATGGCATTTTTAA
TTTTCACTTGTATGGATCTCTTATTCTAAACATTTACCCTTTTTGATGATGATGATAATA
AGTTAAGTGGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3GV17TF U 1
AF RR3GV17JQ C 41
BS 1 669 RR3GV17TF
BS 670 671 RR3GV17JQ

RD RR3GV17TF 669 0 0
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ATGGATTCTTCATCGTCCAAAACCAAAACTTTAGCTCTTCCGCTTCACATCTTAGGCTTC
AAGATCGATGAACTATCTACAACACGTGTTACCGGTCGTCTTCCCGTTTCTCAAATCTGC
TGTCAGCCTTTTAAAGTGTTACACGGTGGTGTATCTGCTTTGATCGCTGAGTCTTTAGCA
AGTATAGGAGCTTACATGGCTACTGATCTCAAAAGGGTCGCTGGAATTCAACTCTCGATC
AACCACTTAAAGAGTGCCGATCTTGGAGACACTGTGTTCGCCGAAGCATCTCCTGTAAGC
TCAGGCAAAACCATTCAGGTTTGGGAAGTCAAGCTTTGGAAGTCAAGAAAAGAATCGGAT
AGCAAAACCTTAATATCTTCCTCTAGAGTAACACTCCTCTGTGATCTTCCTACCCCTGGT
CACGCCAAAAATGCATCGGACCCACTCAAAATGATCTCCAAATTGTAGACTACAAACCTC
TCTCTCTATATTTCTGAATATGATTCGTTGTATTTTATATTTTGCTAATGGCATTTTTAA
TTTTCACTTGTATGGATCTCTTATTCTAAACATTTACCCTTTTTGATGATGATGATAATA
AGTTAAGTG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3GV17JQ 631 0 0
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CGCTTCACATCTTAGGCTTCAAGATCGATGAACTATCTACAACACGTGTTACCGGTCGTC
TTCCCGTTTCTCAAATCTGCTGTCAGCCTTTTAAAGTGTTACACGGTGGTGTATCTGCTT
TGATCGCTGAGTCTTTAGCAAGTATAGGAGCTTACATGGCTACTGATCTCAAAAGGGTCG
CTGGAATTCAACTCTCGATCAACCACTTAAAGAGTGCCGATCTTGGAGACACTGTGTTCG
CCGAAGCATCTCCTGTAAGCTCAGGCAAAACCATTCAGGTTTGGGAAGTCAAGCTTTGGA
AGTCAAGAAAAGAATCGGATAGCAAAACCTTAATATCTTCCTCTAGAGTAACACTCCTCT
GTGATCTTCCTACCCCTGGTCACGCCAAAAATGCATCGGACCCACTCAAAATGATCTCCA
AATTGTAGACTACAAACCTCTCTCTCTATATTTCTGAATATGATTCGTTGTATTTTATAT
TTTGCTAATGGCATTTTTAATTTTCACTTGTATGGATCTCTTATTCTAAACATTTACCCT
TTTTGATGATGATGATAATAAGTTAAGTGGC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

CO CL7647Contig1 896 2 8 U
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AGTTACAGATCATACAAGAGCAGTGATCGAAGAGACGATGAATTCATCACAAGGACCAAA
CGACGTAGCCACGAAAGGGAATCGTATCATCATCAAAACCACAGATCATCTCGTGAAAAG
AGTTGTTCAAATTACAAAACCAAAAGGGATGATGGTTATGGATGCCACAGTGGGGAACCT
AGGAAGCAAAACTCTTTTGAAGATAGATACAATCCATTAGAAAGAGATTGAAGTTTAAGA
GAAGAGGAGCATCTGCAGTTTTGTGTGAATCCGTATCCTCTTTTGTATCCTTTAACCATG
ATTTTTTTTTTACCTTCTTCTATGCATTTAGTGTTGATCAAAACCTTATCTTTTGATACT
CAAGTTTCTAGCTATTTCTCAAAGACCTTTAGGCTTATAGATTCAGTGTGGTTACCACTC
CTGTCTATATCATTTTTCAGTGTTACTTTTCTCGTCCCGTTTTTGACAGATTGAAGTTTT
GTCAAAGTGTGTTCTTGCTATCATCAACAAGCCATGAGCCATATGATTGCTGCGAAGAAA
TGAAAACTCCACAAGCAGAGCCGGGCTTGACCCTAGCTGAAGAGAGAGATTACAAGCGTT
GAAGAATGTCATACAATGGTAAGAAGGTTAAACGAACTACCTGTGATAATCACAGTTGCT
AGTGTTGTGAATGTTTCGCTGCAGTAAGTTTAGGATGTTGCTCTATCATACGTACTTTCA
TCATGCATATAAGACAATTCTAATTAGCAATAAACTTAAATCGAGTTTTCTCAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DK38TF U 1
AF RR3DK38JQ C 41
BS 1 320 RR3DK38TF
BS 321 321 RR3DK38JQ
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BS 365 381 RR3DK38TF
BS 382 896 RR3DK38JQ

RD RR3DK38TF 387 0 0
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CGACGTAGCCACGAAAGGGAATCGTATCATCATCAAAACCACAGATCATCTCGTGAAAAG
AGTTGTTCAAATTACAAAACCAAAAGGGATGATGGTTATGGATGCCACAGTGGGGAACCT
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GAA*AGGAGCATCTGCAGTTT
GTTGAT

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR3DK38JQ 856 0 0
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ACAGATCATCTCGTGAAAAGAGTTGTTCAAATTACAAAACCAAAAGGGATGATGGTTATG
GATGCCACAGTGGGGAACCTAGGAAGCAAAACTCTTTTGAAGATAGATACAATCCATTAG
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AAACCTTATCTTTTGATACTCAAGTTTCTAGCTATTTCTCAAAGACCTTTAGGCTTATAG
ATTCAGTGTGGTTACCACTCCTGTCTATATCATTTTTCAGTGTTACTTTTCTCGTCCCGT
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ATATGATTGCTGCGAAGAAATGAAAACTCCACAAGCAGAGCCGGGCTTGACCCTAGCTGA
AGAGAGAGATTACAAGCGTTGAAGAATGTCATACAATGGTAAGAAGGTTAAACGAACTAC
CTGTGATAATCACAGTTGCTAGTGTTGTGAATGTTTCGCTGCAGTAAGTTTAGGATGTTG
CTCTATCATACGTACTTTCATCATGCATATAAGACAATTCTAATTAGCAATAAACTTAAA
TCGAGTTTTCTCAATC

QA 1 856 1 856
DS 



AS 1 2

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AGTGGCGGTGTCGAGGTTTCAAGCACGAGAAGAAGAGATCGAGAGGAAGAGGATGACTGT
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GAAGGAAATCGACATGGCGAACCGAGAAATCAAATCTTTAGTTCAAAGCTGTCAGAAGAA
GGAGAAGGAATACAAAGAGACATTAGAAGCTTTCAACGAAAAGAACAAAGAGAAAACTCA
CCTTGTTTCCATGTTAATGGAGCTACTGGCTGAAAGCGAAAGAGTAAGGATGAAGAAACT
GGAGGAGATCAACAAGACTGTTGGAGCCTTGCAATGAGAAAGAAAGAAAAAGAATTGGAT
GTTGCATTTTAAAAGAGTTTTAAATTTGTTTTGAGGTTTTTTTGTTGTATTAGATTCTTT
TCAAGTCATCTCTATTAAAAGTGAACTACCATGTAACATATTATGTACCTCAATGAAAAT
GCAACCATATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED32TF U 1
AF RR3ED32JQ C 1
BS 1 629 RR3ED32TF
BS 630 671 RR3ED32JQ

RD RR3ED32TF 629 0 0
GGATAATAAAAGAATTATGAGTATCAAGAACTCAGGAGGAGCTGCTGCTGCTGCTGCAGT
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AGTGGCGGTGTCGAGGTTTCAAGCACGAGAAGAAGAGATCGAGAGGAAGAGGATGACTGT
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AACATTGGAAGAGCTGGAGATTATGGGAGATCCTATGAGAAAAGAAGTTGGAATTGTGAG
GAAGGAAATCGACATGGCGAACCGAGAAATCAAATCTTTAGTTCAAAGCTGTCAGAAGAA
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CCTTGTTTCCATGTTAATGGAGCTACTGGCTGAAAGCGAAAGAGTAAGGATGAAGAAACT
GGAGGAGATCAACAAGACTGTTGGAGCCTTGCAATGAGAAAGAAAGAAAAAGAATTGGAT
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DS 

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CAACAACACCAACGGTAAGCTTCCAATGGAGGAGAAGGACGAAGAAGAAGAGATATGGAA
AGTGGCGGTGTCGAGGTTTCAAGCACGAGAAGAAGAGATCGAGAGGAAGAGGATGACTGT
TAAGGAGAAAGTCCAGCAGAGGCTTGGTTTTGCTGAGGAAGCTACAAGATGCTTGACTCA
AACATTGGAAGAGCTGGAGATTATGGGAGATCCTATGAGAAAAGAAGTTGGAATTGTGAG
GAAGGAAATCGACATGGCGAACCGAGAAATCAAATCTTTAGTTCAAAGCTGTCAGAAGAA
GGAGAAGGAATACAAAGAGACATTAGAAGCTTTCAACGAAAAGAACAAAGAGAAAACTCA
CCTTGTTTCCATGTTAATGGAGCTACTGGCTGAAAGCGAAAGAGTAAGGATGAAGAAACT
GGAGGAGATCAACAAGACTGTTGGAGCCTTGCAATGAGAAAGAAAGAAAAAGAATTGGAT
GTTGCATTTTAAAAGAGTTTTAAATTTGTTTTGAGGTTTTTTTGTTGTATTAGATTCTTT
TCAAGTCATCTCTATTAAAAGTGAACTACCATGTAACATATTATGTACCTCAATGAAAAT
GCAACCATATT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

CO CL7649Contig1 953 2 2 U
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TGAAGTTGATAAGCATGGAGGGTTTCGAGTTCATCATCGACAGGGAAGCCGCCATGGTTT
CTCACACTATCCGGAGCATGCTCACTTCTCCAGGTTCTTCCTCCTCCTCTGTTTTCTTGT
TGAGTTTGTGATCGCAATCCCCCGCTTTCTCTTCTTCTGATCTAACTCGATTTTGATTAG
ATTTTGATCTAATTGAGCAAACCTAAAGTCGTAGCCTTTTACCGTTTCTTCCTGAGACTA
AGAGTGTTTAGATATCGACGTGTGATTAGGGCATTGAAAAAGTATTGATCTTGCAATAGT
GCGTTCAGTGTTAGAAAGAGATTGCAAGAAGCTCTGTTCTAGATGCAGAGTATATGGAGA
TCTGAGGAATACACTCTGTTTTTTTTTTCTTTTATATTGGTTGTGTGCAGGTGGCTTTTC
GGAATCGAAAGATGGTGTCGTGACTTTCCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGAGAAGAT
CTGCCAGTACTTCTATTGGTCTCTACAGTACTCCAGAGGCAAAGAGACGGAGTTCCACAT
CGAGCCTGAACTGACTCTAGAGTTAATGATGGCTGCTAATTATCTTCACACTTGAAGACT
TCAAATGATAACGCTGCTGGACATAACATGTAAATCCCTGGAGCATTTATGTGGGGTTAT
ACTTCAAACATTTGACAAAAAATTGAGTTCTTGGACAACTATTGAATAGCTCTGGGGGAA
ACTCGTCTACTTTGTTTACTAGTTAATGACTATTTAATGCAAACATCAAAGTTCCTGTGG
CGTTATTCGCTGCTTATGTTCAAATAGCTTACAATGCTTTTGTAATAAGCGACAAACATA
TGTCTTAATAACGATTGGTTTTGGTGCCGAATAGGTATGTTCCGTTTGATACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CW46TF U 1
AF RR3CW46JQ C 175
BS 1 700 RR3CW46TF
BS 701 953 RR3CW46JQ

RD RR3CW46TF 706 0 0
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TCAAATGATAACGCTGCTGGACATAACATGTAAATCCCTG
AGCATT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3CW46JQ 779 0 0
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TGGAGATTTGAGGAATACACTCTGTTTTTTTTTTCTTTTATATTGGTTGTGTGCAGGTGG
CTTTTCGGAATCGAAAGATGGTGTCGTGACTTTCCCTGATATCAGCACCACGATTCTAGA
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CCACATCGAGCCTGAACTGACTCTAGAGTTAATGATGGCTGCTAATTATCTTCACACTTG
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CTGTGGCGTTATTCGCTGCTTATGTTCAAATAGCTTACAATGCTTTTGTAATAAGCGACA
AACATATGTCTTAATAACGATTGGTTTTGGTGCCGAATAGGTATGTTCCGTTTGATACG

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

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CTCTGTTGTTTTTACTGGTCTTGCTCTTATTCTCATCCCTGGGCTCTTCATCTCTTGGCG
TCTAAGCGTGCCTATCTCCTTCAAAAATATCCTCGGATTCATTAAGCTCGCAACTTCTCG
GCACGATGATGAGGAAGAGAGGAACGAGAAACGTGACGAGGGAACTTATGTGAACGTGGG
AGAGGAGGGGACAACTTCAGGGCTTGTGAGAGAGCTGATGCCGAGACACGTGGCAGTGAT
AATGGACGGAAACAGGAGATGGGCCGAACGGGGCGGATTGCTGACGTTACAAGGCCACGA
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GATCCGAGTTTCTGTTATTGGGAATCTTGAAAAGATCCCGGAATCTCTCCTCAAGACAAT
TAAAGAGCTAAAGGAATCTACGAAGAGCTACAAGAAGAAGCATCTCATCTTGGCCATAGA
TTACAGCGGGAGATTCGACATCTTGCAAGCCTGCAAGAATCTTATGAAGAAATCACAACA
AAGTTTGATCAGTGAGGAAGACGTGGACGAGACGCTTTTCGAGGGAGAGCTTGTGACAAA
GTGTGCTGAGTTCCCAATTCCCGATCTATTGATTAGGACAAGTGGAGAACAGAGGATTAG
TAACTTCTTCTTGTGGCAGCTCGCTTATACGGAGCTCTTCTTCTCACCGGTCCTTTGGCC
TGATTTTAATGAAGACAAGTTGCTAGAGGCCCTGGTTTCGTACCAGTGCAGGGAAGGACG
ATTTGGACGTCGGCTTTGATCGCATATGATCCTATGTTCTATAGAAGAATCTAGGAGATC
GTAAATATCATTGTTAATATTGGATATTTATTGTATAATCTATTCGCATATATTTGTATC
TATATAGTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB83TF U 1
AF RR3BB83JQ C 287
BS 1 779 RR3BB83TF
BS 780 780 RR3BB83JQ
BS 781 811 RR3BB83TF
BS 812 1092 RR3BB83JQ

RD RR3BB83TF 811 0 0
GAATATTGAAAATAAAGACAACAATTTCTACCCAAAAAAAAAGGAAATGGTGTCATTGTT
CTCTGTTGTTTTTACTGGTCTTGCTCTTATTCTCATCCCTGGGCTCTTCATCTCTTGGCG
TCTAAGCGTGCCTATCTCCTTCAAAAATATCCTCGGATTCATTAAGCTCGCAACTTCTCG
GCACGATGATGAGGAAGAGAGGAACGAGAAACGTGACGAGGGAACTTATGTGAACGTGGG
AGAGGAGGGGACAACTTCAGGGCTTGTGAGAGAGCTGATGCCGAGACACGTGGCAGTGAT
AATGGACGGAAACAGGAGATGGGCCGAACGGGGCGGATTGCTGACGTTACAAGGCCACGA
GGCAGGAGCCAAACGGCTTTTAGAGTTCGCTGATCTCTGCTTCAAACTAGGGATAGAAAC
AGTGTCAGCTTTTGCTTTCTCCACTGAGAATTGGGGAAGACAAAAGGTCGAAGTTAATTG
CTTGATGTTTTTGTTCGAAAGATACCTCAGCTCAAAGTTACAATATTTCAAAAGAGAGGA
GATCCGAGTTTCTGTTATTGGGAATCTTGAAAAGATCCCGGAATCTCTCCTCAAGACAAT
TAAAGAGCTAAAGGAATCTACGAAGAGCTACAAGAAGAAGCATCTCATCTTGGCCATAGA
TTACAGCGGGAGATTCGACATCTTGCAAGCCTGCAAGAATCTTATGAAGAAATCACAACA
AAGTTTGATCAGTGAGGAAGACGTGGACGAGACGCTTTTCGAGGGAGAGCTTGTGACAA*
GTGTGCTGAGTTCCCAATTCCCGATCTATTG

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3BB83JQ 806 0 0
CACGTGGCAGTGATAATGGACGGAAACAGGAGATGGGCCGAACGGGGCGGATTGCTGACG
TTACAAGGCCACGAGGCAGGAGCCAAACGGCTTTTAGAGTTCGCTGATCTCTGCTTCAAA
CTAGGGATAGAAACAGTGTCAGCTTTTGCTTTCTCCACTGAGAATTGGGGAAGACAAAAG
GTCGAAGTTAATTGCTTGATGTTTTTGTTCGAAAGATACCTCAGCTCAAAGTTACAATAT
TTCAAAAGAGAGGAGATCCGAGTTTCTGTTATTGGGAATCTTGAAAAGATCCCGGAATCT
CTCCTCAAGACAATTAAAGAGCTAAAGGAATCTACGAAGAGCTACAAGAAGAAGCATCTC
ATCTTGGCCATAGATTACAGCGGGAGATTCGACATCTTGCAAGCCTGCAAGAATCTTATG
AAGAAATCACAACAAGGTTTGATCAGTGAGGAAGACGTGGACGAGACGCTTTTCGAGGGA
GAGCTTGTGACAAAGTGTGCTGAGTTCCCAATTCCCGATCTATTGATTAGGACAAGTGGA
GAACAGAGGATTAGTAACTTCTTCTTGTGGCAGCTCGCTTATACGGAGCTCTTCTTCTCA
CCGGTCCTTTGGCCTGATTTTAATGAAGACAAGTTGCTAGAGGCCCTGGTTTCGTACCAG
TGCAGGGAAGGACGATTTGGACGTCGGCTTTGATCGCATATGATCCTATGTTCTATAGAA
GAATCTAGGAGATCGTAAATATCATTGTTAATATTGGATATTTATTGTATAATCTATTCG
CATATATTTGTATCTATATAGTTTAG

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL7651Contig1 736 2 1 U
GGGACCGTGTCTAAAAAACCAATCGACGTCGTATTCTGAAAAGCACACGATCATGGCGAT
GCTCATGGCCTCAAGGTTTAACAGTGAAGCTAAGATCGCGTCTCGATTCCTGTCAACACT
CTTGAGAAACCAAAGAGCGATAGCCTCATCATCATCATCCATTGCATCCGCATCTTCCTC
CTCTGCTCTCTTCCTTAACCCGTTGACTTCCTCTACCCTCCGTCACTTCAGATCCTCGCC
GGAGATCTCTTCTCTCTCCTTCTCCTCTCTAACGACGAAGAGCCAGCAGAGTCGGAGCTA
TGGAGATGTCTCGAAGCGAGATCCGTCTGTTAAGCGTGGGGCTGGAGCTGATGGACTCAA
CATCGCTGAGAATGTATCTCAGCTCATTGGGAAAACTCCTATGGTGTACTTGAATAGTAT
GGCAAAAGGTTGTGTAGCTAACATTGCTGCTAAGCTCGAGATCATGGAGCCATGTTGCAG
TGTCAAGGACAGGATTGGGTTCAGTATGGTTACTGATGCTGAGCAAAAAGGATTCATATC
ACCTGGAAAGAGTGTTCTTGTGGAACCTACAAGTGGGAACACGGGTATCGGACTTGCGTT
TATCGCTGCTTCAAGAGGCTACCGACTTATCCTGACAATGCCTTCATCCATGAGTATGGA
GAGAAGAGTTCTCTTGAAGCCTTTGGAGCTGAGCTTGTGTTAACAGATCCTGCTAAAGCA
TGACTGGTGCAGTTCA


BQ
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AF RR3DY96TF U 113
AF RR3GI18TF U 1
BS 1 736 RR3GI18TF

RD RR3DY96TF 113 0 0
GTC
ACACTCTTGAGAA*CCAAAGAGCGATAGCCTCATCATCATCATCCATTGCATCCGCATCT
TCCTCCTCTGCTCTCTTCCTTAACCCGTTGACTTCCTCTACCCTCCGTCA

QA 4 113 4 113
DS 

RD RR3GI18TF 736 0 0
GGGACCGTGTCTAAAAAACCAATCGACGTCGTATTCTGAAAAGCACACGATCATGGCGAT
GCTCATGGCCTCAAGGTTTAACAGTGAAGCTAAGATCGCGTCTCGATTCCTGTCAACACT
CTTGAGAAACCAAAGAGCGATAGCCTCATCATCATCATCCATTGCATCCGCATCTTCCTC
CTCTGCTCTCTTCCTTAACCCGTTGACTTCCTCTACCCTCCGTCACTTCAGATCCTCGCC
GGAGATCTCTTCTCTCTCCTTCTCCTCTCTAACGACGAAGAGCCAGCAGAGTCGGAGCTA
TGGAGATGTCTCGAAGCGAGATCCGTCTGTTAAGCGTGGGGCTGGAGCTGATGGACTCAA
CATCGCTGAGAATGTATCTCAGCTCATTGGGAAAACTCCTATGGTGTACTTGAATAGTAT
GGCAAAAGGTTGTGTAGCTAACATTGCTGCTAAGCTCGAGATCATGGAGCCATGTTGCAG
TGTCAAGGACAGGATTGGGTTCAGTATGGTTACTGATGCTGAGCAAAAAGGATTCATATC
ACCTGGAAAGAGTGTTCTTGTGGAACCTACAAGTGGGAACACGGGTATCGGACTTGCGTT
TATCGCTGCTTCAAGAGGCTACCGACTTATCCTGACAATGCCTTCATCCATGAGTATGGA
GAGAAGAGTTCTCTTGAAGCCTTTGGAGCTGAGCTTGTGTTAACAGATCCTGCTAAAGCA
TGACTGGTGCAGTTCA

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL7652Contig1 1034 2 2 U
CCCTATGCCATGGTGGTTGGTGGTCTTAGAGAGTTCGCGCTCAGAAGAACCGGAGATGGC
TCACCAGCTCTGGACGAGACTAACGGAGAGGAGCTTATGCACGTGCAGCCCTCAGTCGCC
GCCGCTCTCGGCAATCGCTCCGTCGAGTCTCCCGGAACTCTCTACATCACTTCCAGGAAA
CTGATTTGGCTGAGTGATGTAGACGTGGCGAAAGGCTACGCCGTTGATTTCTTGTCGATA
TCGCTTCACGCGGTTTCTAGAGATCCACAAACTTATTCATCTCCTTGTATTTATACTCAG
ATTGAAGTTGTAGAAGATGATGAGGATGATACAGAGTCCGCTGGAGTGTTGGAATTGTCT
AAGATCAGAGAGATGAGGCTTGTTCCTTCAGATGCTACCCAATTGGATACTCTGTTTGAT
GTGTTCTGCGAATGTGCTGAGCTCAATCCTGAACCAGTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
AGTGGACATAACTGGGTGTTTAGTGCTGATCAGATGGTTGTTGGTGGTGGAGGGGAAGAA
GATGCAGAATGGCAAATATCTCAGAGCCCGACGAGTGTGATTGGTCATTCCAATGGAGGA
GATGAAAGTATTGCTCAACCTATGCTCGAGCTCCGGATCAATGATCAGAGGTTTGATGAT
GCTGAAGAGATGGTTCATGAAAGCGAGACCAAAGATCACTAACTTGTTAAAACAATGTAC
TCTAAATCCCAGAGTTGTTTCCTATGTTTGAAACAATGTTGTATCCGTCTGTGTTCTTTA
AAGTTTATGTGCTTTGTTAAATATGAGCTGAGATGCTCATCTTGTCATCTCTCTCATTAA
TCATTACTCGTTGAAGAACCAGAACGTGTAAGCATGAGCCTAACATCCGTGCTTAATTTC
ATCAGTTTACAATTATTATGGTGTTGCTGCTACCTGCAAGCATTACCTGTAACTGCAAGG
GTTTTTTTGTTTGACAATTCATGTCTATGAAATAATAGCTTCTATGTTATTGTATAAATT
AGTTTGAGTTATAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G712TF U 1
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TCGCTTCACGCGGTTTCTAGAGATCCACAAACTTATTCATCTCCTTGTATTTATACTCAG
ATTGAAGTTGTAGAAGATGATGAGGATGATACAGAGTCCGCTGGAGTGTTGGAATTGTCT
AAGATCAGAGAGATGAGGCTTGTTCCTTCAGATGCTACCCAATTGGATACTCTGTTTGAT
GTGTTCTGCGAATGTGCTGAGCTCAATCCTGAACCAGTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA
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GATGAAAGTATTGCT

QA 1 615 1 615
DS 

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GTGATTGGTCATTCCAATGGAGGAGATGAAAGTATTGCTCAACCTATGCTCGAGCTCCGG
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CACTAACTTGTTAAAACAATGTACTCTAAATCCCAGAGTTGTTTCCTATGTTTGAAACAA
TGTTGTATCCGTCTGTGTTCTTTAAAGTTTATGTGCTTTGTTAAATATGAGCTGAGATGC
TCATCTTGTCATCTCTCTCATTAATCATTACTCGTTGAAGAACCAGAACGTGTAAGCATG
AGCCTAACATCCGTGCTTAATTTCATCAGTTTACAATTATTATGGTGTTGCTGCTACCTG
CAAGCATTACCTGTAACTGCAAGGGTTTTTTTGTTTGACAATTCATGTCTATGAAATAAT
AGCTTCTATGTTATTGTATAAATTAGTTTGAGTTATAC

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

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TGTTTTGAGAGCTTCTGACAATGCTTGTAGGTTTAATGATTTCTCCTGAACAGCTGAGAG
TTTTGTTTGAACGACCTCCTTTATCATCCTTTTTTCACAAAATGATATAAAAAATTAATT
AGTATGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DW63TF U 1
AF RR3DW63JQ C 1
BS 1 654 RR3DW63TF
BS 655 668 RR3DW63JQ

RD RR3DW63TF 654 0 0
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TGTTTTGAGAGCTTCTGACAATGCTTGTAGGTTTAATGATTTCTCCTGAACAGCTGAGAG
TTTTGTTTGAACGACCTCCTTTATCATCCTTTTTTCACAAAATGATATAAAAAA

QA 1 654 1 654
DS 

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TCTTGGTCAAACAGTTCGGTAGAGGCAATGCCAAGGTTCAGTTCAGCAAGGAGACCAACA
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TTCAAGTAGCTGACAAGGAGCAAGGTGTGGTACTCGGAACCACCAAGACCAAGAAGCAAA
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AAGCTGTTGCCAACCAGGTGGTGGACAACTACTACAGTCCTGATCTGAAGAAGGCAGCAC
TTGCTAGGCTCAGCGTGATCAGCAAAGGTCTTAGAGTCGCTAAGTCTGGTCCCAAGAGGA
GAAACAGACAGGCCTGAAGAATCCGCCATTGGATGAAATATTTTACTTCTTATAAATCTT
TGTTTTGAGAGCTTCTGACAATGCTTGTAGGTTTAATGATTTCTCCTGAACAGCTGAGAG
TTTTGTTTGAACGACCTCCTTTATCATCCTTTTTTCACAAAATGATATAAAAAATTAATT
AGTATGGC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL7654Contig1 952 2 4 U
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AGGGTCTTTTGCCTAACTTATGTGGCTCTCCTTCAGACTGCAGAGATATGATCGAGAATG
CTTTGATTCTCATGGGAGAAATTGGAGGGAATGACTTAAATTACGCTTTCTTTGTGGGAA
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TCAAGGAGCTGATTGGTATGGGGGGAAGAACATTTCTGGTGCCTGGGAATTTCCCACTCG
GATGCTCAGTAGCCTATTTGACATTATATCAAACACCAAACATGGAAGAGTACGATCCTG
TAACAGGATGTTTGAAATGGCTTAACACGTTTGCAGAATACTACAACAAGCAGCTTCAGG
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ACAACGCTCTGTTACGCCTTTTCCAAGAATCAGCCAAATTCGGGTTTATGAACAGACCCT
TGCCCGCATGCTGCGGTTTGGGAGGACCGTATCACTACACATCTGGTAAGAAGTGTGGCT
TTGAAGGAGTTGAATATTGTAATGATCCTTCAAAGTATGTGAATTGGGATGGCGTTCATA
TGGCTGAGGATGCGTACAGATTGATAGCTGAGGGTTTACTTAAGGGATCCAATGCTATTC
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TTGAAGAACCACTGATATAATTTGGTCTGAATATTGAGATATATAAGGAAAAATACTGAT
ACAACCATGTAAGCAAAAAAAAATATTAAGTTTTTCAGTGCATTTTTGGATC


BQ
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AF RR3AS33TF U 1
AF RR3AS33JQ C 154
BS 1 728 RR3AS33TF
BS 729 729 RR3AS33JQ
BS 730 745 RR3AS33TF
BS 746 952 RR3AS33JQ

RD RR3AS33TF 745 0 0
GATCGGGAGTTAATTTTGCTGTTGGGGGAGCAACGGCACTGGAACGTTCCTTTATCGAGG
AGAGAGGGATTCATTTTGCTTACACCGACGTCAGTTTAGGAGTTCAGCTTCAGAGCTTCA
AGGGTCTTTTGCCTAACTTATGTGGCTCTCCTTCAGACTGCAGAGATATGATCGAGAATG
CTTTGATTCTCATGGGAGAAATTGGAGGGAATGACTTAAATTACGCTTTCTTTGTGGGAA
AACCCATTGAAGAGATCAGAGAGTTGTTTCCACTTGTGATCACTACTATTTCTTCTGCAA
TCAAGGAGCTGATTGGTATGGGGGGAAGAACATTTCTGGTGCCTGGGAATTTCCCACTCG
GATGCTCAGTAGCCTATTTGACATTATATCAAACACCAAACATGGAAGAGTACGATCCTG
TAACAGGATGTTTGAAATGGCTTAACACGTTTGCAGAATACTACAACAAGCAGCTTCAGG
CAGTGCTCAACAGACTCAGGAAGCTGTACCCTCATGTCAACATCATATACGCAGACTACT
ACAACGCTCTGTTACGCCTTTTCCAAGAATCAGCCAAATTCGGGTTTATGAACAGACCCT
TGCCCGCATGCTGCGGTTTGGGAGGACCGTATCACTACACATCTGGTAAGAAGTGTGGCT
TTGAAGGAGTTGAATATTGTAATGATCCTTCAAAGTATGTGAATTGGGATGGCGTTCATA
TGGCTGAG*ATGCGTACAGATTGAT

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3AS33JQ 799 0 0
CAGACTGCAGAGATATGATCGAGAATGCTTTGATTCTCATGGGAGAAATTGGAGGGAATG
ACTTAAATTACGCTTTCTTTGTGGGAAAACCCATTGAAGAGATCAGAGAGTTGTTTCCAC
TTGTGATCACTACTATTTCTTCTGCAATCAAGGAGCTGATTGGTATGGGGGGAAGAACAT
TTCTGGTGCCTGGGAATTTCCCACTCGGATGCTCAGTAGCCTATTTGACATTATATCAAA
CACCAAACATGGAAGAGTACGATCCTGTAACAGGATGTTTGAAATGGCTTAACACGTTTG
CAGAATACTACAACAAGCAGCTTCAGGCAGTGCTCAACAGACTCAGGAAGCTGTACCCTC
ATGTCAACATCATATACGCAGACTACTACAACGCTCTGTTACGCCTTTTCCAAGAATCAG
CCAAATTCGGGTTTATGAACAGACCCTTGCCCGCATGCTGCGGTTTGGGAGGACCGTATC
ACTACACATCTGGTAAGAAGTGTGGCTTTGAAGGAGTTGAATATTGTAATGATCCTTCAA
AGTATGTGAATTGGGATGGCGTTCATATGGCTGAGGATGCGTACAGATTGATAGCTGAGG
GTTTACTTAAGGGATCCAATGCTATTCCACCTTTTGATTGGTCTTGCCTCAGCTCTGAAA
TTAAGTACAAACCCAACAACGTATTCTTTGAAGAACCACTGATATAATTTGGTCTGAATA
TTGAGATATATAAGGAAAAATACTGATACAACCATGTAAGCAAAAAAAAATATTAAGTTT
TTCAGTGCATTTTTGGATC

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

CO CL7655Contig1 875 2 2 U
GGACCGCACTCTCTCTTCTTCCTCGTTCTTGAATCTTTTTATCTCCTCTGTTTAGATCCA
TGGATAATGTTAAGTTCGTGAAGAATGGTGTTATGAGATTATCACCTGGATTCAGGTTTC
ATCCCACTGATGAGGAGCTTGTGGTTCAGTATCTCAAGAGAAAAGTCCTTTCTTCTCCAT
TACCAGCTTCCGTCATTCCTGATTTTGATGTTTGCAGAGCTGATCCTTGGGACTTACCTG
GCAATTTGGAGAAAGAGAGGTACTTCTTTAGCACAAGGGAAGCCAAGTACCCAAATGGGA
ACCGGTCTAATAGGGCAACCGGTTCCGGTTATTGGAAAGCTACAGGTATTGATAAAATGA
TTGTGACCTCTAGAGGAAATCAAATCGTTGGTTTGAAGAAAACACTTGTGTTCTACAAAG
GCAAACCACCTCATGGTTCAAGAACCGATCGGATCATGCATGAATATCGTCTCTCTTCCT
CTCCTCCGAGTTCCTTGGGCCCTACTGAGAACTGGGTTCTTTGTCGTATCTTCCTTAAGA
AGAGAGCCAGTAACAACGATGACGACGGAGATAACCGGAATCTTGGTTATGGTAATGGAC
ATATTGAAATTACTACAGCAAACCAAACCGAAGATAAGACCAAACCAATCTTCTTTGATT
TCATGAGAAAAGAAAGGACTACGGACTTGAACCTTTTGCCGGGCTCTCCTACTTCCGACC
ACGCTTCAAGTGGACTCACGACGGAGATTTTCTCTTCAGATGAAGAGTCCAGTAGTAGTT
GCAATAGTTTCAGACGAAATCTTTAATTTAATTTTTACATGTTTTTGACTATCTTAATAA
TTTTATATCAATACGACTCTCCTTCCTTTTTCCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E767TF U 1
AF RR3E767JQ C 284
BS 1 566 RR3E767TF
BS 567 875 RR3E767JQ

RD RR3E767TF 569 0 0
GGACCGCACTCTCTCTTCTTCCTCGTTCTTGAATCTTTTTATCTCCTCTGTTTAGATCCA
TGGATAATGTTAAGTTCGTGAAGAATGGTGTTATGAGATTATCACCTGGATTCAGGTTTC
ATCCCACTGATGAGGAGCTTGTGGTTCAGTATCTCAAGAGAAAAGTCCTTTCTTCTCCAT
TACCAGCTTCCGTCATTCCTGATTTTGATGTTTGCAGAGCTGATCCTTGGGACTTACCTG
GCAATTTGGAGAAAGAGAGGTACTTCTTTAGCACAAGGGAAGCCAAGTACCCAAATGGGA
ACCGGTCTAATAGGGCAACCGGTTCCGGTTATTGGAAAGCTACAGGTATTGATAAAATGA
TTGTGACCTCTAGAGGAAATCAAATCGTTGGTTTGAAGAAAACACTTGTGTTCTACAAAG
GCAAACCACCTCATGGTTCAAGAACCGATCGGATCATGCATGAATATCGTCTCTCTTCCT
CTCCTCCGAGTTCCTTGGGCCCTACTGAGAACTGGGTTCTTTGTCGTATCTTCCTTAAGA
AGAGAGCCAGTAACAACGATGACGAC
AGA

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR3E767JQ 592 0 0
CAAGTACCCAAATGGGAACCGGTCTAATAGGGCAACCGGTTCCGGTTATTGGAAAGCTAC
AGGTATTGATAAAATGATTGTGACCTCTAGAGGAAATCAAATCGTTGGTTTGAAGAAAAC
ACTTGTGTTCTACAAAGGCAAACCACCTCATGGTTCAAGAACCGATCGGATCATGCATGA
ATATCGTCTCTCTTCCTCTCCTCCGAGTTCCTTGGGCCCTACTGAGAACTGGGTTCTTTG
TCGTATCTTCCTTAAGAAGAGAGCCAGTAACAACGATGACGACGGAGATAACCGGAATCT
TGGTTATGGTAATGGACATATTGAAATTACTACAGCAAACCAAACCGAAGATAAGACCAA
ACCAATCTTCTTTGATTTCATGAGAAAAGAAAGGACTACGGACTTGAACCTTTTGCCGGG
CTCTCCTACTTCCGACCACGCTTCAAGTGGACTCACGACGGAGATTTTCTCTTCAGATGA
AGAGTCCAGTAGTAGTTGCAATAGTTTCAGACGAAATCTTTAATTTAATTTTTACATGTT
TTTGACTATCTTAATAATTTTATATCAATACGACTCTCCTTCCTTTTTCCCG

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

CO CL7656Contig1 1117 2 2 U
GGACCCTTGTATAAGCATCTCTCGCCAAACGCAAGAAAATGCGAAAAACAAAATCAATCA
TGGTTCCCAAAGGTGCAAAGAACACGCTTCTAGAGCGACCTTGGTTCATCGTGCTGGCTC
TAGCTGGTCTTATAGGCGGCGCAGTGCTCATCACAAGTTTCATCCGAGCTACGGACAACA
CTTTATCACTATGTTCCACGGCTGAAACAACTGCAATCCATAGCCGAATACACAGCCACA
CCAATCCAGCTCCAATCCATCGTCCATTACGCAACCTCACGCACCGTCCCTCAACAAACC
TTCGCGGAGATCTCTATCTCCTTAGAAGTCCTTAAGGACCGTTTACCTTGCAATTTTCTT
GTCTTTGGCCTCGGTCGTGACTCCCTCATGTGGGCCTTCCTCAATCCAGGTGGTACCACT
GTGTTCATGGAGGAGGATCCAGAGTGGATCGAGGCCGTTCTCAAGGACGCACCGTCCCTA
AGAGCCCACCATGTGCAGTATCGGACCCAACTTTCTCAAGCGGACCGTCTTCTCAAAACC
TACCGGTCTGAACCCAAATGTTTGCCCGCCAACGCTTTCCCGATCCGGGACAACGAAAAG
TGTCCATTGGCGTTGACTTCACTTCCTGATGAGTTCTATGATACCGAGTGGGATCTGATC
ATGGTGGACGCACCAAAAGGATACTTCGCAACCGCGCCAGGGAGGATGGCAGCCATATTC
TCCTCAGCTGTCATGGCTCGTAACCGGAAGGGTGCAGGCACGACTCACGTTTTCCTTCAT
GACGTTGACCGCAAAGTGGAGAAAGCTTACGCCAACGAGTTCCTATGCGAGAAGTACAGA
GTCAAATCTGCTGGTAGGCTCTGGCACTTCGAAATACCCAACGCTGCTAACATGAGCGAC
CAGCCGGGAGATCGGTTCTGCTAGATTGCTCCGATATGCAGTCAGCTCATGGTTACTTTT
TTTTACATTAAACACCGCATACAACTATCCAAAGGCTTCTCATTAAAATAAAATCATGTA
TCCAAAGGCTTCTCAGCGCATACAACTATTGCTATTACTCTTTGTTTTTGTACGGTGTGC
TGCAGAAAATTATTGAATGAAAGATCTAGCAAGTTAT


BQ
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CTTTATCACTATGTTCCACGGCTGAAACAACTGCAATCCATAGCCGAATACACAGCCACA
CCAATCCAGCTCCAATCCATCGTCCATTACGCAACCTCACGCACCGTCCCTCAACAAACC
TTCGCGGAGATCTCTATCTCCTTAGAAGTCCTTAAGGACCGTTTACCTTGCAATTTTCTT
GTCTTTGGCCTCGGTCGTGACTCCCTCATGTGGGCCTTCCTCAATCCAGGTGGTACCACT
GTGTTCATGGAGGAGGATCCAGAGTGGATCGAGGCCGTTCTCAAGGACGCACCGTCCCTA
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TACCGGTCTGAACCCAAATGTTTGCCCGCCAACGCTTTCCCGATCCGGGACAACGAAAAG
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TCAAATCTGCTGGTAGGCTCTGGCACTTCGAAATACCCAACGCTGCTAACATGAGCGACC
AGCCGGGAGATCGGTTCTGCTAGATTGCTCCGATATGCAGTCAGCTCATGGTTACTTTTT
TTTACATTAAACACCGCATACAACTATCCAAAGGCTTCTCATTAAAATAAAATCATGTAT
CCAAAGGCTTCTCAGCGCATACAACTATTGCTATTACTCTTTGTTTTTGTACGGTGTGCT
GCAGAAAATTATTGAATGAAAGATCTAGCAAGTTAT

QA 1 636 1 636
DS 



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TCTTTCAATAATTTCAAGATTTTAACACTTGTTTTTGTGACATGCTCAATTTCTTTCTGT
GTAGTTTGTTTATTTG


BQ
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AF RR3BU12JQ C 1
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DS 

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GTAGTTTGTTTATTTG

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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GAAAAGGAAAGAGAGGAGAGTATTTTAAGTTCGAATTCAAATGAAAATGGTGATAAAGAC
TGGTGGGTTGGTCTATGTGATTCTTCGGAAGTTGGATTTGGGATTGGTGATGAGTTGCTT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B451TF U 1
AF RR3B451JQ C 283
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TAAAATTATAGTGTTTCATTCGCACGTGTCTTCTTTGTGCTTAACTTTTTGATTTGTGTA
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CTCATGAGTACTTTCGTCTGGGAATGTACTAGTGAAGAGGCTGTGACTAGAGTGAATGAT
GATGACTCTGATCAGAACAAGGTGTGTGAGAGTGGGGACACTAGTAGTTGTTGTGTGGAT
TTGTTTGATGAAGAACAGGGAAAGCTTGGTAGCCTACAGGTTGATCAAGACATGAATACT
GAAAAGGAAAGAGAGGAGAGTATTTTAAGTTCGAATTCAAATGAAAATGGTGATAAAGAC
TGGTGGGTTGGTCTATGTGATTCTTCGGAAGTTGGATTTGGGATTGGTGATGAGTTGCTT
GGTTGGGAGTTTCAAG*TGGTTTGACTTGTCAAAGTGATGATCTCTGGGATCTCTCAGAT
TTTGGAGAA*TGCATCAAG

QA 1 859 1 859
DS 

RD RR3B451JQ 869 0 0
CTTTCTTGGGAGCCAAGAACACGAACAAGACCAAGAAGAAGAAAGGAAGAACTAGTAGGT
CGTCCATGAAGAAACACAAGCAATGTCTCCCCACAACCGAATGAGCTAGAGAGTGATATC
AACGAGGGAGGGAACAGCGGGAACTACGAAGGAAAGTCTTTGGGAGCATATGAGTGGTTG
GATGGTGAGATAGAGCGGCTCATGAGTACTTTCGTCTGGGAATGTACTAGTGAAGAGGCT
GTGACTAGAGTGAATGATGATGACTCTGATCAGAACAAGGTGTGTGAGAGTGGGGACACT
AGTAGTTGTTGTGTGGATTTGTTTGATGAAGAACAGGGAAAGCTTGGTAGCCTACAGGTT
GATCAAGACATGAATACTGAAAAGGAAAGAGAGGAGAGTATTTTAAGTTCGAATTCAAAT
GAAAATGGTGATAAAGACTGGTGGGTTGGTCTATGTGATTCTTCGGAAGTTGGATTTGGG
ATTGGTGATGAGTTGCTTGGTTGGGAGTTTCAAGGTGGTTTGACTTGTCAAAGTGATGAT
CTCTGGGATCTCTCAGATTTTGGAGAAATGCATCAAGTGGATAGCATATGAGACCGAGCA
TAACCTGAAAAAATCTTTTGATTGTAAAGTCTAGTGTTTTTTTTGGTTAAAGTGGGTCTT
GAGGTTGTGTATTAGCTTATGGAGTGTTTTAAGGGAGTCAATTAGGATATATATAGCCTC
TAGCTTAGACCAGTTTGAAGCACATTATGTTCGTGTTGTCGTGACTTTTACTCTGTTTTG
TTGTTTTGTTTGTTGGTAGGTTCTATTAATAATATTGTGAAATAATAATGAAGATTTTGA
AGATTTATGTCACACGATGGTGAAAGTAT

QA 1 869 1 869
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7661Contig1 756 2 3 U
GGATATTATATAAATAGTACTTTACGTCGACGAAACTTAAAAAGAAAACTGGTTTATGAT
ATGGCTCCTATCATCCTAAGAAATAGTTACACCATCGTACCCTCTGAACCTACATGGGCT
GGTTGTTTTCCATTAGCCGAATGGGATCTAGTTGGTACTATAACTCACGTTCCTACCGTT
TACTTCTACAACAAGCCATCTGAATCGTTCCAGGGCAATGTAGTCGAAACCCTAAGAAAC
TCGTTGAGCCGTGCGCTTTTTCACTTCTACCCTATGGCCGGCCGTCTTAGGTGGCTCCCT
CGGGGCCGGTTAGAGCTCGATTGTAACGCCGAGGGAGTGTCATTCATGGAAGCCGAGTCC
GAGGCAAAGCTTTCAGATTTCAACGATTTCTCTCCTACGCCAGAATTTGAGAAACTTGTT
CCGCAAGTTGACTACAAACACCCTATTGAAACGATCCCTCTCTTCTTAGCTCAGGTCACC
AGATTTAAATGCGGGGGAATAAGCCTCGGCGTCAGCATTTCACACGCTGTGGTCGATGGA
CAAAGCGCGTTTCACTTCTTGTCGGAATGGGGAAGAATCGCTCGTGGGGAACCTCTTGAA
ACCATTCCAATTCTCGACCGCAAAATCCTCTGGACTGGTGAACCGCTTCCGCCGTTTGCC
TCGCCACCTCTGTGCGAACGCAAAGGGTTTGAACAGCCGCCGTTACTGATCGGAGAAACC
GACAATGTAGAAGAAAGAAAGAAGAAAACAACTGTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H020TF U 6
AF RR3AH79TF U 1
BS 1 449 RR3AH79TF
BS 450 450 RR3H020TF
BS 451 756 RR3AH79TF

RD RR3H020TF 644 0 0
GG
ATATAAATAGTACTTTACGTCGACGAAACTTAAAAAGAAAACTGGTTTATGATATGGCTC
CTATCATCCTAAGAAATAGTTACACCATCGTACCCTCTGAACCTACATGGGCTGGTTGTT
TTCCATTAGCCGAATGGGATCTAGTTGGTACTATAACTCACGTTCCTACCGTTTACTTCT
ACAACAAGCCATCTGAATCGTTCCAGGGCAATGTAGTCGAAACCCTAAGAAACTCGTTGA
GCCGTGCGCTTTTTCACTTCTACCCTATGGCCGGCCGTCTTAGGTGGCTCCCTCGGGGCC
GGTTAGAGCTCGATTGTAACGCCGAGGGAGTGTCATTCATGGAAGCCGAGTCCGAGGCAA
AGCTTTCAGATTTCAACGATTTCTCTCCTACGCCAGAATTTGAGAAACTTGTTCCGCAAG
TTGACTACAAACACCCTATTGAAACGATCCCTCTCTTCTTAGCTCAGGTCACCATATTTA
AATGCGGGGGAATAAGCCTCGGCGTCAGCATTTCACACGCTGTGGTCGATGGACAAAGCG
CGTTTCACTTCTTGTCGGAATGGGGAAGAATCGCTCGTGGGGAACCTCTTGAAACCATTC
CAATTCTCGACCGCAAAATCCTCTGGACTGGTGAACCGCTTC

QA 3 644 3 644
DS 

RD RR3AH79TF 756 0 0
GGATATTATATAAATAGTACTTTACGTCGACGAAACTTAAAAAGAAAACTGGTTTATGAT
ATGGCTCCTATCATCCTAAGAAATAGTTACACCATCGTACCCTCTGAACCTACATGGGCT
GGTTGTTTTCCATTAGCCGAATGGGATCTAGTTGGTACTATAACTCACGTTCCTACCGTT
TACTTCTACAACAAGCCATCTGAATCGTTCCAGGGCAATGTAGTCGAAACCCTAAGAAAC
TCGTTGAGCCGTGCGCTTTTTCACTTCTACCCTATGGCCGGCCGTCTTAGGTGGCTCCCT
CGGGGCCGGTTAGAGCTCGATTGTAACGCCGAGGGAGTGTCATTCATGGAAGCCGAGTCC
GAGGCAAAGCTTTCAGATTTCAACGATTTCTCTCCTACGCCAGAATTTGAGAAACTTGTT
CCGCAAGTTGACTACAAACACCCTATTGAGACGATCCCTCTCTTCTTAGCTCAGGTCACC
AGATTTAAATGCGGGGGAATAAGCCTCGGCGTCAGCATTTCACACGCTGTGGTCGATGGA
CAAAGCGCGTTTCACTTCTTGTCGGAATGGGGAAGAATCGCTCGTGGGGAACCTCTTGAA
ACCATTCCAATTCTCGACCGCAAAATCCTCTGGACTGGTGAACCGCTTCCGCCGTTTGCC
TCGCCACCTCTGTGCGAACGCAAAGGGTTTGAACAGCCGCCGTTACTGATCGGAGAAACC
GACAATGTAGAAGAAAGAAAGAAGAAAACAACTGTA

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL7662Contig1 680 2 2 U
TTTTTAATAAAGAAAAGATCGTCTTTCAAGATTACATAAGAAAACCATGCGCACAATCTG
TTCGACGAAACAACCCTAAACAAACTTAAACACCAGTAGAACCGAAACCTCCTTCACCAC
GAACAGTAGCGTCCAAATCCTCAACCTCCAGTACTTGCGGCGTCACGATCCTCTCGATAA
TCATCTGAGCGACTCTATCCCCCACCTTCACCTCGAAATCGACATCCGAGTGGTTGAACA
GAATCACACCAACGGCTCCTCTGTAGTCCGCGTCGATGACTCCCGCTCCCACGTCGATCG
AGTGTTTCCAGGCGAGTCCGGATCTCGGGGCGATCCTCGCGTACGTTCCTTCGGGGACGG
CGACGCTGAGATCCGTCGGGATGAGCGCCTTGCCTCTCGCGGGGACCTTCGAGTCAACGG
CGCTGGAGAGATCGTAGCCGGCGGAGAGAGGGGAGCCTCTCGTAGGCAAGACGGCTTTCT
CGGAGAGTTTCTTCACTTTGAAGAAGGGTTTGGATTCGAGCTTCTGGAGTTTCGCCGATG
GCTCCTTCACGTCGGGACTGTTGTTGCTCTTCGCTTCTACGCAGGCCATTGTGGGAAAAG
GAAGACGAGTTGTTGATGACGATAACCGCACAGAGTTTATAAACCCTAATTTCAATTGAG
GTTGAATTGTTGCTGTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GW83TF C 1
AF RR3GW83JQ U 6
BS 1 5 RR3GW83TF
BS 6 680 RR3GW83JQ

RD RR3GW83TF 680 0 0
TTTTTAATAAAGAAAAGATCGTCTTTCAAGATTACATAAGAAAACCATGCGCACAATCTG
TTCGACGAAACAACCCTAAACAAACTTAAACACCAGTAGAACCGAAACCTCCTTCACCAC
GAACAGTAGCGTCCAAATCCTCAACCTCCAGTACTTGCGGCGTCACGATCCTCTCGATAA
TCATCTGAGCGACTCTATCCCCCACCTTCACCTCGAAATCGACATCCGAGTGGTTGAACA
GAATCACACCAACGGCTCCTCTGTAGTCCGCGTCGATGACTCCCGCTCCCACGTCGATCG
AGTGTTTCCAGGCGAGTCCGGATCTCGGGGCGATCCTCGCGTACGTTCCTTCGGGGACGG
CGACGCTGAGATCCGTCGGGATGAGCGCCTTGCCTCTCGCGGGGACCTTCGAGTCAACGG
CGCTGGAGAGATCGTAGCCGGCGGAGAGAGGGGAGCCTCTCGTAGGCAAGACGGCTTTCT
CGGAGAGTTTCTTCACTTTGAAGAAGGGTTTGGATTCGAGCTTCTGGAGTTTCGCCGATG
GCTCCTTCACGTCGGGACTGTTGTTGCTCTTCGCTTCTACGCAGGCCATTGTGGGAAAAG
GAAGACGAGTTGTTGATGACGATAACCGCACAGAGTTTATAAACCCTAATTTCAATTGAG
GTTGAATTGTTGCTGTTGTC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3GW83JQ 675 0 0
AATAAAGAAAAGATCGTCTTTCAAGATTACATAAGAAAACCATGCGCACAATCTGTTCGA
CGAAACAACCCTAAACAAACTTAAACACCAGTAGAACCGAAACCTCCTTCACCACGAACA
GTAGCGTCCAAATCCTCAACCTCCAGTACTTGCGGCGTCACGATCCTCTCGATAATCATC
TGAGCGACTCTATCCCCCACCTTCACCTCGAAATCGACATCCGAGTGGTTGAACAGAATC
ACACCAACGGCTCCTCTGTAGTCCGCGTCGATGACTCCCGCTCCCACGTCGATCGAGTGT
TTCCAGGCGAGTCCGGATCTCGGGGCGATCCTCGCGTACGTTCCTTCGGGGACGGCGACG
CTGAGATCCGTCGGGATGAGCGCCTTGCCTCTCGCGGGGACCTTCGAGTCAACGGCGCTG
GAGAGATCGTAGCCGGCGGAGAGAGGGGAGCCTCTCGTAGGCAAGACGGCTTTCTCGGAG
AGTTTCTTCACTTTGAAGAAGGGTTTGGATTCGAGCTTCTGGAGTTTCGCCGATGGCTCC
TTCACGTCGGGACTGTTGTTGCTCTTCGCTTCTACGCAGGCCATTGTGGGAAAAGGAAGA
CGAGTTGTTGATGACGATAACCGCACAGAGTTTATAAACCCTAATTTCAATTGAGGTTGA
ATTGTTGCTGTTGTC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL7663Contig1 307 2 1 U
TATTGATACTTCCTCTCCGTTGCAACACTTCACACTCGACCCTGCTTCTCAACAAGAACA
ACAACAAGAACAGCCTTTTCTTTAGTTCTGTAGTTTTCTTCTTACTTAGTTTTTCATCAA
AGTTTTTTTAACCATATGTATTTCATATGATAACTGTTTTATCTTTTAGCTTTGAAACAA
AACATGTGTTTTGCTTTTTACAACTTTTTATTTAGCTTTTTTCTGAGAAATGTGTTTTCC
AATGCTTTGCTCTTGTACAAGAACACGTAGAACACACATGGAAAAAGAGTAAACAGTGCA
TCCACAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CN48JQ C 1
AF RR3CN48TF U 1
BS 1 307 RR3CN48TF

RD RR3CN48JQ 307 0 0
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AACATGTGTTTTGCTTTTTACAACTTTTTATTTAGCTTTTTTCTGAGAAATGTGTTTTCC
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TCCACAC

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DS 

RD RR3CN48TF 307 0 0
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ACAACAAGAACAGCCTTTTCTTTAGTTCTGTAGTTTTCTTCTTACTTAGTTTTTCATCAA
AGTTTTTTTAACCATATGTATTTCATATGATAACTGTTTTATCTTTTAGCTTTGAAACAA
AACATGTGTTTTGCTTTTTACAACTTTTTATTTAGCTTTTTTCTGAGAAATGTGTTTTCC
AATGCTTTGCTCTTGTACAAGAACACGTAGAACACACATGGAAAAAGAGTAAACAGTGCA
TCCACAC

QA 1 307 1 307
DS 



AS 1 2

CO CL7664Contig1 1236 2 2 U
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TTCGGTGGGGTTCCATAGGACTGATGATCTACTAGTAACATCTAGCGAGGACGATTCACT
ACGCCTCTTCGATATCGCCAACGCTAAACAGGTGAAGATTACATACCATAAGAAACATGG
CACCGATCGTGTATGCTTTACTCATCATCCCAGCTCTCTTATTTGCTCTTCTCTTTACAA
TCTTGAGTCCACTGGAGAATCTTTGAGATATCTCTCAATGTACGATAATAGGATTCTTCG
CTACTTTAAAGGCCACAAAGACAGAGTTGTATCCCTTTGTATGTCTCCTATTAATGATAG
CTTCATGTCTGGTTCTCTCGACCGAAGTGTCCGACTCTGGGATCTTCGTGTTAATGCCTG
CCAGGGAATTCTACACTTACGTGGGAGACCTGCAGTAGCTTATGACCAACAAGGCCTGGT
CTTTGCAATTGCAATGGAAGGAGGTGCTGTTAAATTGTTTGATTCCAGATTTTATGACAA
GGGTCCCTTTGATACGTTTCTGGTGGGTGGTGATACTGCTGAGGTCAATGATATAAAATT
CAGCAACGATGGAAAATCTATGCTTCTTACTACCACAAATAACAATATCTATGTTCTTGA
TGCTTATCATGGAGAGAAGAAATGCGGTTTTAGTTTGGAGGCTTCACAGGGTACATCCAT
AGAAGCCACCTTCACACCAGATGGCAAGTATGTTCTGTCAGGTTCAGGAGATGGAACCTT
ACATGCGTGGAACATCGAGAACCCATCTGAGGTGGCGAGGTGGGAGAACAACATAGGAGT
AGTGTCGTGTCTGAAATGGGCACCGCGTAGAGCAATGTTCGTTGCTGCCTCCTCGGTTCT
CACTTTTTGGATCCCCAACGTCGGTGAGGCACCAGCCCCCGCTGATCTTCCTGCCGACCA
ACAACCTCCTCAGTGACGACTTCATTGTTTGTTTCCGTTATGCAATATACACTTGATAAC
AATATCGGAAGTATTAGTACTTTTAATCACAATATACACTATTGAAATTTTGTTAACCAC
AAAATACAAAGTTTTTGAAAAATTACTAATTTTTGC


BQ
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AF RR3EF04TF U 1
AF RR3EF04JQ C 378
BS 1 616 RR3EF04TF
BS 617 1236 RR3EF04JQ

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TTCGGTGGGGTTCCATAGGACTGATGATCTACTAGTAACATCTAGCGAGGACGATTCACT
ACGCCTCTTCGATATCGCCAACGCTAAACAGGTGAAGATTACATACCATAAGAAACATGG
CACCGATCGTGTATGCTTTACTCATCATCCCAGCTCTCTTATTTGCTCTTCTCTTTACAA
TCTTGAGTCCACTGGAGAATCTTTGAGATATCTCTCAATGTACGATAATAGGATTCTTCG
CTACTTTAAAGGCCACAAAGACAGAGTTGTATCCCTTTGTATGTCTCCTATTAATGATAG
CTTCATGTCTGGTTCTCTCGACCGAAGTGTCCGACTCTGGGATCTTCGTGTTAATGCCTG
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CTTTGCAATTGCAATG

QA 1 616 1 616
DS 

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G
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ACGTGGGAGACCTGCAGTAGCTTATGACCAACAAGGCCTGGTCTTTGCAATTGCAATGGA
AGGAGGTGCTGTTAAATTGTTTGATTCCAGATTTTATGACAAGGGTCCCTTTGATACGTT
TCTGGTGGGTGGTGATACTGCTGAGGTCAATGATATAAAATTCAGCAACGATGGAAAATC
TATGCTTCTTACTACCACAAATAACAATATCTATGTTCTTGATGCTTATCATGGAGAGAA
GAAATGCGGTTTTAGTTTGGAGGCTTCACAGGGTACATCCATAGAAGCCACCTTCACACC
AGATGGCAAGTATGTTCTGTCAGGTTCAGGAGATGGAACCTTACATGCGTGGAACATCGA
GAACCCATCTGAGGTGGCGAGGTGGGAGAACAACATAGGAGTAGTGTCGTGTCTGAAATG
GGCACCGCGTAGAGCAATGTTCGTTGCTGCCTCCTCGGTTCTCACTTTTTGGATCCCCAA
CGTCGGTGAGGCACCAGCCCCCGCTGATCTTCCTGCCGACCAACAACCTCCTCAGTGACG
ACTTCATTGTTTGTTTCCGTTATGCAATATACACTTGATAACAATATCGGAAGTATTAGT
ACTTTTAATCACAATATACACTATTGAAATTTTGTTAACCACAAAATACAAAGTTTTTGA
AAAATTACTAATTTTTGC

QA 2 859 2 859
DS 



AS 1 2

CO CL7665Contig1 825 2 2 U
GGCGTACTCATCTCCCTCAATTGTCCTAGCTGCAAGAGGAGCCCATGGGAACAGAATCAT
CTTTGATGATTACCGCGAGGCCTACTACTGGCTTAGGCAGAATACTCCCACCGATGCTAA
GGTCATGTCATGGTGGGACTATGGGTACCAAATCACTGCTATGGGAAACAGAACGGTCAT
CGTCGATAACAACACCTGGAACAACACTCATATCGCTACTGTTGGACGTGCCATGTCTTC
TTATGAAGACGAGGCATATGACATCATGAGGTCACTTGATGTGAACTACGTATTGGTCGT
TTTTGGTGGCGTTACTGGCTATTCTTCAGATGATATCAACAAGTTCTTGTGGATGGTGAG
AATCGGAGGTGGAGTATACCCAGTGATCAAGGAACCTGATTACCTTGTGAATGGCGAGTT
CCGTGTTGACAAGGGCGCATCACCAAAGATGCTGAACTGTCTCATGTACAAGTTATGCTA
TTACAGGTTCGGCGAGCTGGTCACAGAATATGGCAAGCCAGCCGGGTATGATAGAGCAAG
AGGGGTGGAGATAGGGAACAAAGACATCAAACTGGAACACTTGGAAGAAGCCTACACAAC
ATCAAACTGGATTGTCCGTATTTACAGAGTCAAGCCTCCCACAAACAGGGTGTGACTCTG
TTAAGAGCTTCCATCATCAGAGAATGTGGCTTTAGATAGTTTGGTAGTTTTAAGGAGGAA
ACATATAATTTCGGATTTTTGTTGGACATGGTTTTGTTTTCTTGCAGAGACAACTTTTTG
GGACTTATTATCGCTTATAAGTATGAAACATATTTGCACTGGTCC


BQ
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AF RR3CP54TF U 1
AF RR3CP54JQ C 75
BS 1 712 RR3CP54TF
BS 713 825 RR3CP54JQ

RD RR3CP54TF 712 0 0
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CTTTGATGATTACCGCGAGGCCTACTACTGGCTTAGGCAGAATACTCCCACCGATGCTAA
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CGTCGATAACAACACCTGGAACAACACTCATATCGCTACTGTTGGACGTGCCATGTCTTC
TTATGAAGACGAGGCATATGACATCATGAGGTCACTTGATGTGAACTACGTATTGGTCGT
TTTTGGTGGCGTTACTGGCTATTCTTCAGATGATATCAACAAGTTCTTGTGGATGGTGAG
AATCGGAGGTGGAGTATACCCAGTGATCAAGGAACCTGATTACCTTGTGAATGGCGAGTT
CCGTGTTGACAAGGGCGCATCACCAAAGATGCTGAACTGTCTCATGTACAAGTTATGCTA
TTACAGGTTCGGCGAGCTGGTCACAGAATATGGCAAGCCAGCCGGGTATGATAGAGCAAG
AGGGGTGGAGATAGGGAACAAAGACATCAAACTGGAACACTTGGAAGAAGCCTACACAAC
ATCAAACTGGATTGTCCGTATTTACAGAGTCAAGCCTCCCACAAACAGGGTGTGACTCTG
TTAAGAGCTTCCATCATCAGAGAATGTGGCTTTAGATAGTTTGGTAGTTTTA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3CP54JQ 751 0 0
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GGGACTATGGGTACCAAATCACTGCTATGGGAAACAGAACGGTCATCGTCGATAACAACA
CCTGGAACAACACTCATATCGCTACTGTTGGACGTGCCATGTCTTCTTATGAAGACGAGG
CATATGACATCATGAGGTCACTTGATGTGAACTACGTATTGGTCGTTTTTGGTGGCGTTA
CTGGCTATTCTTCAGATGATATCAACAAGTTCTTGTGGATGGTGAGAATCGGAGGTGGAG
TATACCCAGTGATCAAGGAACCTGATTACCTTGTGAATGGCGAGTTCCGTGTTGACAAGG
GCGCATCACCAAAGATGCTGAACTGTCTCATGTACAAGTTATGCTATTACAGGTTCGGCG
AGCTGGTCACAGAATATGGCAAGCCAGCCGGGTATGATAGAGCAAGAGGGGTGGAGATAG
GGAACAAAGACATCAAACTGGAACACTTGGAAGAAGCCTACACAACATCAAACTGGATTG
TCCGTATTTACAGAGTCAAGCCTCCCACAAACAGGGTGTGACTCTGTTAAGAGCTTCCAT
CATCAGAGAATGTGGCTTTAGATAGTTTGGTAGTTTTAAGGAGGAAACATATAATTTCGG
ATTTTTGTTGGACATGGTTTTGTTTTCTTGCAGAGACAACTTTTTGGGACTTATTATCGC
TTATAAGTATGAAACATATTTGCACTGGTCC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

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TCATGTCAAATACTCCGAGGGAAGAGTTCTCAGCGCCAAGAAGTGTAAACTTCAGATAAA
ACTCGTCGACAATGCTAACAAGAACGGTCTAAATAAACGAAGACAGGAGTTGGAAACAGA
GGTTCGAGCTGTCAAGTCTCAACGTTCGTTTCTCGATCTGAATCTTCCAGTGGATGAGAC
AGAAGCAAACGCGGATGAAGAAGCAAATGCAGTGTCGGAGAACAGTAAAGCTTGGCTCGA
GGATTTTTTCGAGCAAGTAGACGGGAAAGTGACGTTCGAAACGATAGACTTCGATGGGTT
AGCGAAGAACATAGAAAGGAACATCTTGTCGCATTTTCATCGGTCGTTTGGGCATGAAAC
ACGTCTAGAGATCGAAAACGATGCGATCCTTCAGATTCTGGCGGCTTTGAGATGGTCACC
AGATGAAGAGAAAACAGTTGATCAGTGGATGCAAACTGTTCTTTCTTCAAGCTTCGCTGA
AGCGAGACAAAAGTATAATTCCAATTCTTCTTTCGTTGTGAAACTTGTCGTCGCCTCTTA
AAATTCAACCGCTGAAGAGGAAACGGCGGGAATACAGTTACCGCCGAGAGTTGAAGTGAT
CTAATCATTTCGGTTATTGTTTTATCATATCATAAATATGGTGATGATAGTTATATATAG
ATCTCCTGAGAGTTTTGTCATCGATGATCGGCTTGGTTTGAGTTTGTGCTTTGTCAACTA
AATGTATATTATTGTTATTATAAGCTTAAAGCTGAGCTAAACTGTGGTATATAGCTTTTA
ATGGAGGGCCAAATTACCACATGTTTTGGTTTTAGTTGGTTTTTTTTACCATGGTTTCTG
TAT


BQ
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10 10 10 

AF RR3E820TF U 1
AF RR3E820JQ C 347
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GAAGAATGTTATAGTTCTTGCTACTACTACTTCGGCGTTTGATAATAAAGACAGTGATCG
TCATGTCAAATACTCCGAGGGAAGAGTTCTCAGCGCCAAGAAGTGTAAACTTCAGATAAA
ACTCGTCGACAATGCTAACAAGAACGGTCTAAATAAACGAAGACAGGAGTTGGAAACAGA
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AGAAGCAAACGCGGATGAAGAAGCAAATGCAGTGTCGGAGAACAGTAAAGCTTGGCTCGA
GGATTTTTTCGAGCAAGTAGACGGGAAAGTGACGTTCGAAACGATAGACTTCGATGGGTT
AGCGAAGAACATAGAAAGGAACATCTTGTCGCATTTTCATCGGTCGTTTGGGCATGAAAC
ACGTCTAGAGATCGAAAACGATGCGATCCTTCAGATTCTGGCGGCTTTGAGATGGTCACC
AGATGAAGAGAAAACAGTTGATCAGTGGATGCAAACTGTTCTTTCTTCAAGCTTCGCTGA
*GCGAGACAAAAGTATAATTCCAATTCTTCTTTCGTTGTGAAACTTGTCGTCGC
TCT

QA 1 714 1 714
DS 

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TTTGGGCATGAAACACGTCTAGAGATCGAAAACGATGCGATCCTTCAGATTCTGGCGGCT
TTGAGATGGTCACCAGATGAAGAGAAAACAGTTGATCAGTGGATGCAAACTGTTCTTTCT
TCAAGCTTCGCTGAAGCGAGACAAAAGTATAATTCCAATTCTTCTTTCGTTGTGAAACTT
GTCGTCGCCTCTTAAAATTCAACCGCTGAAGAGGAAACGGCGGGAATACAGTTACCGCCG
AGAGTTGAAGTGATCTAATCATTTCGGTTATTGTTTTATCATATCATAAATATGGTGATG
ATAGTTATATATAGATCTCCTGAGAGTTTTGTCATCGATGATCGGCTTGGTTTGAGTTTG
TGCTTTGTCAACTAAATGTATATTATTGTTATTATAAGCTTAAAGCTGAGCTAAACTGTG
GTATATAGCTTTTAATGGAGGGCCAAATTACCACATGTTTTGGTTTTAGTTGGTTTTTTT
TACCATGGTTTCTGTAT

QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

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GAGCTTATGAAATTACCCAATTTATACCATGACCTATTGCAAAGGTATATAAAAAAGCCT
TGCAGCAACTGCACGAAAGTTATCGAAGAACCGGCAATATGTCTTCTCTGTGGAAGATTG
TGTTCTCCTATGTGGAGACCTTGTTGCAGAGAAAGTGGTTGTCAGACCCATGCAGTCACA
TGTGGTGCTGGTACTGGTGTATATCTTCTGATACGACGGACCACAATTTTGCTACAAAGA
TTTGCAAGACAATCACCTTGGCCATCTCCTTATTTGGATACGTTTGGAGAAGAGGATATT
GATATGCTCAGAGGAAAGCCACTATACCTGAATGAAGAACGTTATGCTGCACTAACTTAC
ATGGTTGGATCTCATGGACTAGATCACAGCTCGAAAGTTCTCAACCAAACCACAATCGGA
GCCTTCTTAACATAAAAGAAAAGGCCTTCGTTCTCTTTCTATCCTTCTCTTCTCAGGGAT
TGTTCTGTGTAGATTATATATGCTGCTTTTTAAATCATCATCATTAAAGATCCTAAAGAT
TTGAGAGATTTTCTGATGATTTCCTTTATTTTTATTAGAATATGTCACGTTGTTTGGTTG
ATTTCTTTATTTGTGGAGATGACATCATGTTTGTAAATAAAAGTATTTTTTTTGC


BQ
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GC

QA 1 652 1 652
DS 



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BQ
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CK63JQ C 1
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QA 1 680 1 680
DS 



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BQ
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AF RR3FB23JQ C 1
AF RR3FB23TF U 1
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QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL7670Contig1 675 2 1 U
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GTGGGCATGTACATACTAGGATGTGCATTATATGGTGTGATCAATGGCCACACATGGTTA
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ATGCAGATGAAGTGAGAAAATATAATGTAGGCAATAAAAGACACATAAAATTTGTTTATG
AGATTTGTTTCTTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BH17JQ C 1
AF RR3BH17TF U 1
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RD RR3BH17JQ 675 0 0
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QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL7671Contig1 878 2 2 U
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TTTTTAGTTGGACTCAACATGATATCAACTGGTCATGCCGAAGAATTAATAGAATAGATT
TATATAGAGTTTTTGGGCTAACACCTCATCAGTCATGGCTTGACTTTTGTGTTTTTTTTC
TCACTATCTTACTCTTATGTATATGAATATATGATATTTGACTTTGACTACACCAGCTAC
ATAAAAAAGGAAGAAATGTTCTACATTTGATTAAAAACGAACTTATGAATTTGATCAAAC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX06TF U 1
AF RR3GX06JQ C 29
BS 1 687 RR3GX06TF
BS 688 878 RR3GX06JQ

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TGCTGACAAATTCATCTACTCAGGTTGTAAATATTTAAATTTACTGATTACTGAGAAATT
AATTGATGATCACAAAAATCGCTTTTAAAGAGAATAAGATAACTGTTTTTGTGTAGAGAA
AATTATCACGTACAGTAGTTAGTATTTTGATATAATTGATGCAGTTATATAAAATCAGTT
TTTTTAGTTGGACTCAACATGATATCAACTGGTCATGCCGAAGAATTAATAGAATAGATT
TATATAGAGTTTTTGGGCTAACACCTCATCAGTCATGGCTTGACTTTTGTGTTTTTTTTC
TCACTATCTTACTCTTATGTATATGAATATATGATATTTGACTTTGACTACACCAGCTAC
ATAAAAAAGGAAGAAATGTTCTACATTTGATTAAAAACGAACTTATGAATTTGATCAAAC
GAGTTACTATGACACGGTTTGCATTTGACAACGGCTCTTTCCTCGAAACAGATATATAGC
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TTTACTTCGAGCCTTGCAAGATATTCT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3GX06JQ 850 0 0
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GATATAATTGATGCAGTTATATAAAATCAGTTTTTTTAGTTGGACTCAACATGATATCAA
CTGGTCATGCCGAAGAATTAATAGAATAGATTTATATAGAGTTTTTGGGCTAACACCTCA
TCAGTCATGGCTTGACTTTTGTGTTTTTTTTCTCACTATCTTACTCTTATGTATATGAAT
ATATGATATTTGACTTTGACTACACCAGCTACATAAAAAAGGAAGAAATGTTCTACATTT
GATTAAAAACGAACTTATGAATTTGATCAAACGAGTTACTATGACACGGTTTGCATTTGA
CAACGGCTCTTTCCTCGAAACAGATATATAGCACGTGCCCCGCATTAATACACTGAAGCA
AATCGTTCTTAATTTTGATTGGCTGTATAACTTTTACTTCGAGCCTTGCAAGATATTCTT
GAGGCTTGGCTTTACTTGGGAATTGGGATTCATGACATTTGCACCTTGGAAACTTGATCA
ACCACATGACTCGATCGTTCCGCCTTACACCTACAGAACCGGAAGATGGGAACCGAAGAA
AAATTTACAATACATCGGTGACTAAATTATAGATCCGGTTTATATCGGTTCTTTTTTGGT
TCTGGGATGC

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 2

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AGCGACTAATGGATAACCAAACCATTAACCAACCAATTAGAACAACGGTTTCTTGATGCT
GAGGATGCTGTCTCTGAGAAGCCTCCTCATGATTTTACCAGAGAGAGACTTGGGAATTGA
ATCCACAAAATATACGGCTCTGATCTTCTTGTAGTGAGCCACATTTGCCGCAACAAAGCT
AAGGATGTCTTCTTCTTTCTCTTTCGCTTTTGGATTCATCACAACACAAGCCACCGGAAT
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GAGTAGAATAGCTTCAAGCTCCGCCGGAGCCACCTGAAAGCCCTTGTACTTGATAAGTTC
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TCGTTTTGCAATTCCTTGTCCTTTATCAGGATCACCGTGAGTTAAAGTGATGCAGCTATG
CTCCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI96JQ U 15
AF RR3CV92JQB U 1
BS 1 148 RR3CV92JQB
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RD RR3CI96JQ 714 0 0
G
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*GAAGTTGATAATAAGACATTCTTAATAAAAGAAAGATAAAATTAAGCGACTAATGGATA
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GAGAAGCCTCCTCATGATTTTACCAGAGAGAGACTTGGGAATTGAATCCACAAAATGTAC
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AAGCTCCGCCGGAGCCACCTGAAAGCCCTTGTATTTGATAAGTTCTTTGATGCGATCAAC
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TTCATCGATAGTCTTCTCCGTCTCTTCCTTGTTCTCGAAGTAACCTTGCATCACACATTG
GCTCCTCACACAGAGCTCACCAGAAGTGTTTTTCGGAAGCGACCGGCCAGTGTCAGGATC
TATGAACTTCACCTCGAGATTGGGAAGTATAAAACCGACAGAGTTTCGTTTTG

QA 2 714 2 714
DS 

RD RR3CV92JQB 786 0 0
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AGCGACTAATGGATAACCAAACCATTAATCAACCAATTAGAACAACGTTTTCTTGATGCT
GAGGATGTTGTCTCTGAGAAGCCTCCTCATGATTTTACCAGAGAGAGACTTGGGAATTGA
ATCCACAAAATATACGGCTCTGATCTTCTTGTAGTGAGCCACATTTGCCGCAACAAAGCT
AAGGATGTCTTCTTCTTTCTCTTTCGCTTTTGGATTCATCACAACACAAGCCACCGGAAT
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GAGTAGAATAGCTTCAAGCTCCGCCGGAGCCACCTGAAAGCCCTTGTACTTGATAAGTTC
TTTGATGCGATCAACGATGAAGATATCTCCATCATCATCAATGTAACCTATATCTCCAGT
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CTCCGT

QA 1 786 1 786
DS 



AS 0 0

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BQ
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AF RR3BG03JQ C 1
AF RR3BG03TF U 1
BS 1 645 RR3BG03TF

RD RR3BG03JQ 645 0 0
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GGTTTCGGATTCGAGCCTGATTCGCAAGATTTGGATCCGAGGCTCAACGAAACTCTCCCA
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TCGTCTCTTTCGTCCATCGCGTCGGAAGGTGACGTAAGCAACTCGAGCACAACTATAGTT
GATCAAGGTGATGATCCGGAGACGATGAAGATGAGGTTGAAGCAGTGGGCTCAGTTGGTT
GCTTGTTCGGTGCGGCAATTTTCTGGCGAACCAAATTGATGTAATAAAAATGATTGTTGT
CTTAGAAGAATTATTGTTTGTTTGTTTGTTTTGATATGATTGTACAGAGGAATGACATTT
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QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3BG03TF 645 0 0
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CAACGCGCCGCCGTCACAACCGCCACCTAGACGCTAATAAAACAGCACTCGTGGTCACCG
GACGCCGATCGCGAAGAGGCGTGGCTTCGTAGGAAAGGTAAACGACAATCAGATCGACTC
GGGCGGAGTAAGAGCGTGACGGACGAAGATCTAGAGGAGCTCAGAGGCTGCATCGAGCTT
GGTTTCGGATTCGAGCCTGATTCGCAAGATTTGGATCCGAGGCTCAACGAAACTCTCCCA
GCTCTGGGTTTATACTGCGCCGTGAATAAACAGTATAGTAGTAGTAGATTGTCACGGACT
TCGTCTCTCTCGTCCATCGCGTCGGAAGGTGACGTAAGCAACTCGAGCACAACTATAGTT
GATCAAGGTGATGATCCGGAGACGATGAAGATGAGGTTGAAGCAGTGGGCTCAGTTGGTT
GCTTGTTCGGTGCGGCAATTCTCTGGCGAACCAAATTGATGTAATAAAAATGATTGTTGT
CTTAGAAGAATTATTGTTTGTTTGTTTGTTCTGATATGATTGTACAGAGGAATGACATTT
TTGTGAAATAGTTGTGATTCTTAGAAATTCAAATTTCATAAATTT

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL7675Contig1 691 2 2 U
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CTTGGATGTTTGGCTTGCGCCGCTCTTTCTGCTTTCACTCTCACTATGGCCTCTCCTGTC
ATTGCTGCTAATCAGAGACTTCCTCCGCTTTCAACGGATCCAACTCGGTGTGAACAGGCT
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TTCGACATTCGAGGAGGCAAACCTGGAGGATGTGGTCTTTGAGGACACCATCATTGGTTA
CATAGACCTTCAGAAGATATGTAGGAACGTGACAATAAACGAAGAAGGAAGACTCGTCTT
GGGTTGCAGATAAAGAGATGAAGAGACAAAAAGGGTTTTGGATTTGGTGTGTGTGTGTAA
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TTGTAATCAGACAAAAGGGTTTTTTTTTGTT


BQ
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AF RR3FF72TF U 1
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ATTGCTGCTAATCAGAGACTTCCTCCGCTTTCAACGGATCCAACTCGGTGTGAACAGGCT
TTTGTTGGTAACACGATAGGTCAAGCAAACGGGGTCTATGACAAGCCACTCGATCTCAGG
TTCGACATTCGAGGAGGCAAACCTGGAGGATGTGGTCTTTGAGGACACCATCATTGGTTA
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GAAG
ATA

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AGGAACGTGACAATAAACGAAGAAGGAAGACTCGTCTTGGGTTGCAGATAAAGAGATGAA
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AAAAGAATGTATGAACAAATAAAGTACGTTCAAGTGTTGAAGGATATTAGGACTCAGAAG
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TTTTTTGTT

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 2

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GTGAGGTTTAACTTAAAGTCTATATAGTGTCCATAACATGACGGATATTACAAATTAAAA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DQ96TF C 1
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CGCAGATATTACGTTTACCTTTTTCCC

QA 1 687 1 687
DS 

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TCTGTTTACCCATTTTGACGACGACGTAAGGATCACTACTGTTGAGATCGCGGACGGCGA
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QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL7677Contig1 1167 2 4 U
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GACTGGACAAAGATTGGTCGCTTGCATTGTTTATATCCTTGGTGGGAAGATGCAGCTGTT
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BQ
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AF RR3CQ35TF U 1
AF RR3CQ35JQ C 581
BS 1 668 RR3CQ35TF
BS 669 669 RR3CQ35JQ
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RD RR3CQ35TF 712 0 0
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CCATTGAG*CTGTATGCAAACTTCCTTTGCTTCAATGGTGTCTCGCTGGAAA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3CQ35JQ 587 0 0
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TAAAAAAGGTTTCACAGAAGACGCTGATAGTATGGGGAGAGGATGACCAAATCATTAGCA
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TTGTTAGAGAGACTTGCCGGTGTAAAGAGGTTGAAAATATATCATAGAGAGCCTTGAACA
CTTATTAAAGGTGTGTGTTTTTTTTTTACAAAAATTATTCTCTTTAAGCAGAAGTTGGTA
CTTCACTTAACCCATTGTTGGTTGGTTATGATTGATCATGATAATTT

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

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ATAATATATCTATAAAATATGGTCGATG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H381JQ C 1
AF RR3H381TF U 1
BS 1 628 RR3H381TF

RD RR3H381JQ 628 0 0
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TGTCGCATTCTTAACTAAGCATATGCCAAATGTATTTAGTATGATATTTGTATCAGTACT
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ATAATATATCTATAAAATATGGTCGATG

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3H381TF 628 0 0
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AAATAATAATAATAATAAGATGGTTAGGGCAAATTTTTTGAGCGTGATTATGCTGATGCA
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CAGAGGAAATCAGGGGTCCTCTTTTCAGACCAAACATTATCCAACACTCCAGCGACTAGG
AATATCGTTAATGGCTATGCCTTTAACCAAGCTAAGTTTTTCTTTGATTTCCAAATGGCC
ATGCAAAAGATGAGCAATCTTGATGTTAAACTTGGCTCTCAAGGTGAAGTCCGTAAAAAT
TGTCGCATTCTTAACTAAGCATATGCCAAATGTATTTAGTATGATATTTGTATCAGTACT
CCTACCTTTAGTTATGTCTCTACTCTCATCATATGATTCATGATGAATCTCTTCTGCTAC
CATATATAAAATTGGTGTTTGTAATATGTAATTGTCCACTTGTTGTTTGTGGGTTTTAGA
ATAATATATCTATAAAATATGGTCGATG

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL7679Contig1 892 2 2 U
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TTAGAAGAAAAGAGAACCTTTGCAGTTAGCAATTTATCACTTCAAATGTATTGGATTATT
ACGTACTCAGATATTACGTAGTCCACTTAAAGAGTTAAATCAGGCCTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E982TF U 1
AF RR3E982JQ C 396
BS 1 665 RR3E982TF
BS 666 892 RR3E982JQ

RD RR3E982TF 665 0 0
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GGGTCAAGTCATTGTTCATTCAATACTCTCCGGGCAACATTCGTCTGATGAAATGCGGAA
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TAGTTCTCCACAGACCCAAAGTATATAGGCACGTCCTCTTCAATGAAATTAATCAAGAAA
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AGGTTCTAATCGACGTCCTGTCTACAAATTTTGCATTTCTCTGCTCTTTTGCCCATGCTG
CTAAGAGTTTGCTAAATGAAGTTTCCAGAAAAAGGGAGATTCTTTTGGGGATATTAATCT
CAAGTTACTTCAAGATCTTTCTGCTAGCGATGCTGGTATGGGAGTTCCCAGTGTCAGTGA
TCTTCATTATAGATATACTTGTCCTAACATCCAACTCCATGGCTCTTAAAGTGATGACCG
AGTCAACCACGAGCACATGCATAGCTGTATGCTTAATCGCGCACACAGTTAGATTCTTGG
TAGCT

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3E982JQ 497 0 0
TTTT
TCTGCTCTTTTGCCCATGCTGCTAAGAGTTTGCTAAATGAAGTTTCCAGAAAAAGGGAGA
TTCTTTTGGGGATATTAATCTCAAGTTACTTCAAGATCTTTCTGCTAGCGATGCTGGTAT
GGGAGTTCCCAGTGTCAGTGATCTTCATTATAGATATACTTGTCCTAACATCCAACTCCA
TGGCTCTTAAAGTGATGACCGAGTCAACCACGAGCACATGCATAGCTGTATGCTTAATCG
CGCACACAGTTAGATTCTTGGTAGCTCAGGTCTTTGAGCCAACAACATTCTTCACACAGT
TTGGGTCTCTTGTATATCTGTCTTCTTTGTTCAGAATCCTATGATTCCACCAATCATCTT
CCACTACTGTAATCTTTTTCTTTAGAAGAAAAGAGAACCTTTGCAGTTAGCAATTTATCA
CTTCAAATGTATTGGATTATTACGTACTCAGATATTACGTAGTCCACTTAAAGAGTTAAA
TCAGGCCTTTACC

QA 5 497 5 497
DS 



AS 1 2

CO CL7680Contig1 784 2 2 U
GCTTTGTGTACTCTCTTGACTACGCACGCCCCGTCTTGCCAATGACTCTAAGGCGGCCAA
AGGGAGGTGAAAGGCAGTTCAATGGTCTTGTTGATGTCTACAAGAAGACCCTCAAGTCTG
ATGGTATTGCTGGGCTTTACCGTGGATTCAACATCTCCTGTGTTGGTATCATTGTCTACC
GTGGTCTCTACTTTGGACTGTACGACTCTTTGAAGCCTCTTCTCCCTGCCGACCTCCAGG
ACAGTTTCTTCGCTAGCTTTGCCCTTGGGTGGCTCATCACCAACGGTGCTGGTCTTGCAT
CTTACCCAATCGACACTGTCCGTAGAAGAATGATGATGACCTCCGGTGAAGCCGTCAAGT
ACAAGAGTTCGATGGATGCATTCCAACAGATCCTGAAGAAGGAAGGACCAAAGTCTCTGT
TCAAGGGTGCTGGTGCCAACATCCTGCGTGCCATTGCAGGTGCTGGTGTGCTCTCTGGAT
ACGACAAGCTGCAGTTACTTCTTCTCGGAAAGAAGTACGGATCTGGATCCGGCTAAGCGT
GCTAGTCACAAGTCGCCACCACCATGAAGCTTCTGCTTTATTTTTTTTTCTCGATTTATT
TTGCAGTTTCAAACTTTTTTAAAAAAGGATCAAGATGTTGATGAAATCTTTTACCATAAA
ACTAGAGATGATCATGGGAAAGCTTTATCATTTCGACGATAAGTTTTTTCTTATGGAATA
AATTTTTGTATGGGAGTTTGACTCCTTTGAACCAATTTTTATGATTACCAATTTTTGTTA
TATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3GL11TF U 1
AF RR3GL11JQ C 36
BS 1 663 RR3GL11TF
BS 664 784 RR3GL11JQ

RD RR3GL11TF 663 0 0
GCTTTGTGTACTCTCTTGACTACGCACGCCCCGTCTTGCCAATGACTCTAAGGCGGCCAA
AGGGAGGTGAAAGGCAGTTCAATGGTCTTGTTGATGTCTACAAGAAGACCCTCAAGTCTG
ATGGTATTGCTGGGCTTTACCGTGGATTCAACATCTCCTGTGTTGGTATCATTGTCTACC
GTGGTCTCTACTTTGGACTGTACGACTCTTTGAAGCCTCTTCTCCCTGCCGACCTCCAGG
ACAGTTTCTTCGCTAGCTTTGCCCTTGGGTGGCTCATCACCAACGGTGCTGGTCTTGCAT
CTTACCCAATCGACACTGTCCGTAGAAGAATGATGATGACCTCCGGTGAAGCCGTCAAGT
ACAAGAGTTCGATGGATGCATTCCAACAGATCCTGAAGAAGGAAGGACCAAAGTCTCTGT
TCAAGGGTGCTGGTGCCAACATCCTGCGTGCCATTGCAGGTGCTGGTGTGCTCTCTGGAT
ACGACAAGCTGCAGTTACTTCTTCTCGGAAAGAAGTACGGATCTGGATCCGGCTAAGCGT
GCTAGTCACAAGTCGCCACCACCATGAAGCTTCTGCTTTATTTTTTTTTCTCGATTTATT
TTGCAGTTTCAAACTTTTTTAAAAAAGGATCAAGATGTTGATGAAATCTTTTACCATAAA
ACT

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3GL11JQ 749 0 0
TTGCCAATGACTCTAAGGCGGCCAAAGGGAGGTGAAAGGCAGTTCAATGGTCTTGTTGAT
GTCTACAAGAAGACCCTCAAGTCTGATGGTATTGCTGGGCTTTACCGTGGATTCAACATC
TCCTGTGTTGGTATCATTGTCTACCGTGGTCTCTACTTTGGACTGTACGACTCTTTGAAG
CCTCTTCTCCCTGCCGACCTCCAGGACAGTTTCTTCGCTAGCTTTGCCCTTGGGTGGCTC
ATCACCAACGGTGCTGGTCTTGCATCTTACCCAATCGACACTGTCCGTAGAAGAATGATG
ATGACCTCCGGTGAAGCCGTCAAGTACAAGAGTTCGATGGATGCATTCCAACAGATCCTG
AAGAAGGAAGGACCAAAGTCTCTGTTCAAGGGTGCTGGTGCCAACATCCTGCGTGCCATT
GCAGGTGCTGGTGTGCTCTCTGGATACGACAAGCTGCAGTTACTTCTTCTCGGAAAGAAG
TACGGATCTGGATCCGGCTAAGCGTGCTAGTCACAAGTCGCCACCACCATGAAGCTTCTG
CTTTATTTTTTTTTCTCGATTTATTTTGCAGTTTCAAACTTTTTTAAAAAAGGATCAAGA
TGTTGATGAAATCTTTTACCATAAAACTAGAGATGATCATGGGAAAGCTTTATCATTTCG
ACGATAAGTTTTTTCTTATGGAATAAATTTTTGTATGGGAGTTTGACTCCTTTGAACCAA
TTTTTATGATTACCAATTTTTGTTATATT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL7681Contig1 833 2 10 U
GATCAAATCCATTCCTTCGAATTTAGACTCTTTCTTTAAAATACACTTTGATTTTATATT
TTGTTAGTTCATTGTATAAGCCATCATTATACTAACAAATTACATAAGCACGTACTTTTG
AATTAATTATTTATCAGAGAACTCTGCCGCAACGGAGAAAATTATCCGGTATGGGAGATT
CATCTCTCGTCGGAATATTCCTAGGATCTTCTTGTCCATCACCTTTAACCCTAAAGTAAA
GCTCTTCACCAAGATACCATTGTTCTGCTTTCTGTGATCCCACGTTCCACATCCCTTGAT
TATCCATCGCTATCAATATCGCCACCCACGAATACGGAAAAACCTGAATTGTCGACCGAG
AAACAGCGTCCACTAAGTTATATCCAGCTCTTTTGCCTTCGGACCAACCTCCAAACCCCA
GTCCGACGACCCAGAAGTTGTAACCGTCGATGTGCCAGCTCTGCGACTCATCAAGTGGAT
TCTCGAAAACTATGTGGACGAAGTCTCTGTAACGAATATCGACCACTGATGTTCCGAAAC
GCGGCGTTTTGTTGGAAGGATAAGTCGGGAACATGTCGGGGACGATCGTGTTCTTTAGCT
GGAAGTGATCAGCGAGCTTTAACGGTGTTTCGGGAAAGACAAACGAAACGCCGTTAATTG
TGTAACGTAGTCTGTTGGACGATGACATGACATCGTTTTGTAAGATTATCGTTCTGCTCA
CGTTTACGCGTCCGTAGTGGTACGAGCCTTGTGGGTTTGGTCTCGCCGCTCCAACAGCTA
AGTCCTCTCTAATAGATAGGGTTTGTCGAACCGAGGAGGCGTAATCCCACGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX28JQ U 1
AF RR3CN12JQ U 133
BS 1 616 RR3EX28JQ
BS 617 617 RR3CN12JQ
BS 618 621 RR3EX28JQ
BS 622 622 RR3CN12JQ
BS 623 771 RR3EX28JQ
BS 772 772 RR3CN12JQ
BS 773 791 RR3EX28JQ
BS 792 792 RR3CN12JQ
BS 793 806 RR3EX28JQ
BS 807 833 RR3CN12JQ

RD RR3EX28JQ 806 0 0
GATCAAATCCATTCCTTCGAATTTAGACTCTTTCTTTAAAATACACTTTGATTTTATATT
TTGTTAGTTCATTGTATAAGCCATCATTATACTAACAAATTACATAAGCACGTACTTTTG
AATTAATTATTTATCAGAGAACTCTGCCGCAACGGAGAAAATTATCCGGTATGGGAGATT
CATCTCTCGTCGGAATATTCCTAGGATCTTCTTGTCCATCACCTTTAACCCTAAAGTAAA
GCTCTTCACCAAGATACCATTGTTCTGCTTTCTGTGATCCCACGTTCCACATCCCTTGAT
TATCCATCGCTATCAATATCGCCACCCACGAATACGGAAAAACCTGAATTGTCGACCGAG
AAACAGCGTCCACTAAGTTATATCCAGCTCTTTTGCCTTCGGACCAACCTCCAAACCCCA
GTCCGACGACCCAGAAGTTGTAACCGTCGATGTGCCAGCTCTGCGACTCATCAAGTGGAT
TCTCGAAAACTATGTGGACGAAGTCTCTGTAACGAATATCGACCACTGATGTTCCGAAAC
GCGGCGTTTTGTTGGAAGGATAAGTCGGGAACATGTCGGGGACGATCGTGTTCTTTAGCT
GGAAGTGATCAGCGAGTTTTAGCGGTGTTTCGGGAAAGACAAACGAAACGCCGTTAATTG
TGTAACGTAGTCTGTTGGACGATGACATGACATCGTTTTGTAAGATTATCGTTCTGCTCA
CGTTTACGCGTCCGTAGTGGTACGAGCCTTGTGGGTTTGGTCTCGCCGCTC*AACAGCTA
AGTCCTCTCTA*TAGATAGGGTTTGT

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3CN12JQ 701 0 0
ATCAGAGAACTCTGCCGCAACGGAGAAAATTATCCGGTATGGGAGATTCATCTCTCGTCG
GAATATTCCTAGGATCTTCTTGTCCATCACCTTTAACCCTAAAGTAAAGCTCTTCACCAA
GATACCATTGTTCTGCTTTCTGTGATCTCACGTTCCACATCCCTTGATTATCCATCGCTA
TCAATATCGCCACCCACGAATACGGAAAAACCTGAATTGTCGACCGAGAAACAGCGTCCA
CTAAGTTATATCCAGCTCTTTTGCTTTCGGACCAACCTCCAAACCCCAGTCCGACGACCC
AGAAGTTGTAACCGTCGATGTGCCAGCTCTGCGACTCATCAAGTGGATTCTCGAAAACTA
TGTGGACGAAGTCTCTGTAACGAATATCGACCACTGATGTTCCGAAACGCGGCGTTTTGT
TGGAAGGATAAGTCGGGAACATGTCGGGGACGATCGTGTTCTTTAGCTGGAAGTGATCAG
CGAGCTTTAACGGTGTTTCGGGAAAGACAAACGAAACGCCGTTAATTGTGTAACGTAGTC
TGTTGGACGATGACATGACATCGTTTTGTAAGATTATCGTTCTGCTCACGTTTACGCGTC
CGTAGTGGTACGAGCCTTGTGGGTTTGGTCTCGCCGCTCCAACAGCTAAGTCCTCTCTAA
TAGATAGGGTTTGTCGAACCGAGGAGGCGTAATCCCACGAT

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

CO CL7682Contig1 690 2 2 U
TTTTTCCACAAGATTCTTGTTCAGCTTTCTCCGACAAATGGCTAACAAGAACAACATTGT
CATCGTATTTGATTTCGACAAGACGATCATCGACGTGGACAGCGATAATTGGGTTGTCGA
TGAACTTGGCTTCACTGATTTGTTCGACCAGCTTCTCCCCACTATGCCTTGGAACTCCCT
CATGGATCGGATGATGAAGGAGCTTCATGATCATGATAAAACCATTGAAGAAATCAAACA
AGTCTTGAAAAGAGTCCCTATTCATCCTCGTGTCATCGCTGCCATCAAATCTGCTCATGC
TTTAGGGTGCGAGCTGAGAATAGTGAGCGACGCGAACACGTTATTTATCGAAACGATCCT
TGAACATCTCAAGATTCGTGAGTATTTCTCTGAGATTAACACAAACCCTGGACTTGTAGA
TGAACAAGGAAGGTTAATAATCTCTCCTTACCACGACTTCACTAAATCCTCCCACGGTTG
CTCTCGTTGCCCTCCTAACATGTGCAAGGGATTGATAATTGAGAGGATTCAAGCTTCTTT
TGCCAAAGAAGGAAATAAGATGAAGATGATCTATCTAGGAGATGGTGCTAATGATTACTG
TCCGAGTCTTAGACTCAAATCTGAAGATTGCATGATGCCAAGGAAGAATTTCCCTGTTTG
GGATTTGATTAGTCAAAACCCGTCCTTGGT


BQ
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AF RR3H034TF U 1
AF RR3AW43TF U 6
BS 1 636 RR3H034TF
BS 637 690 RR3AW43TF

RD RR3H034TF 636 0 0
TTTTTCCACAAGATTCTTGTTCAGCTTTCTCCGACAAATGGCTAACAAGAACAACATTGT
CATCGTATTTGATTTCGACAAGACGATCATCGACGTGGACAGCGATAATTGGGTTGTCGA
TGAACTTGGCTTCACTGATTTGTTCGACCAGCTTCTCCCCACTATGCCTTGGAACTCCCT
CATGGATCGGATGATGAAGGAGCTTCATGATCATGATAAAACCATTGAAGAAATCAAACA
AGTCTTGAAAAGAGTCCCTATTCATCCTCGTGTCATCGCTGCCATCAAATCTGCTCATGC
TTTAGGGTGCGAGCTGAGAATAGTGAGCGACGCGAACACGTTATTTATCGAAACGATCCT
TGAACATCTCAAGATTCGTGAGTATTTCTCTGAGATTAACACAAACCCTGGACTTGTAGA
TGAACAAGGAAGGTTAATAATCTCTCCTTACCACGACTTCACTAAATCCTCCCACGGTTG
CTCTCGTTGCCCTCCTAACATGTGCAAGGGATTGATAATTGAGAGGATTCAAGCTTCTTT
TGCCAAAGAAGGAAATAAGATGAAGATGATCTATCTAGGAGATGGTGCTAATGATTACTG
TCCGAGTCTTAGACTCAAATCTGAAGATTGCATGAT

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3AW43TF 685 0 0
CCACAAGATTCTTGTTCAGCTTTCTCCGACAAATGGCTAACAAGAACAACATTGTCATCG
TATTTGATTTCGACAAGACGATCATCGACGTGGACAGCGATAATTGGGTTGTCGATGAAC
TTGGCTTCACTGATTTGTTCGACCAGCTTCTCCCCACTATGCCTTGGAACTCCCTCATGG
ATCGGATGATGAAGGAGCTTCATGATCATGATAAAACCATTGAAGAAATCAAACAAGTCT
TGAAAAGAGTCCCTATTCATCCTCGTGTCATCGCTGCCATCAAATCTGCTCATGCTTTAG
GGTGCGAGCTGAGAATAGTGAGCGACGCGAACACGTTATTTATCGAAACGATCCTTGAAC
ATCTCAAGATTCGTGAGTATTTCTCTGAGATTAACACAAACCCTGGACTTGTAGATGAAC
AAGGAAGGTTAATAATCTCTCCTTACCACGACTTCACTAAATCCTCCCACGGTTGCTCTC
GTTGCCCTCCTAACATGTGCAAGGGATTGATAATTGAGAGGATTCAAGCTTCTTTTGCCA
AAGAAGGAAATAAGATGAAGATGATCTATCTAGGAGATGGTGCTAATGATTACTGTCCGA
GTCTTAGACTCAAATCTGAAGATTGCATGATGCCAAGGAAGAATTTCCCTGTTTGGGATT
TGATTAGTCAAAACCCGTCCTTGGT

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

CO CL7683Contig1 1016 2 2 U
GCTCAACGCGGATATGAAGCAGCAAGCTCGGTTGAAGGCAATGGACCGTTTCCGCTCAAG
CGAAAATGGAGTACTCGTAGCAACGGATGTTGTAGCAAGGGGAATTGATATTAAGAATGT
CCGAACTATCATTCACTACCAACTTCCACATTCAGCAGAAGTTTATGTACATAGAAGTGG
GAGGACAGCTAGAGCATTCGCAGATGGATGCAGCATAGCTCTGATTGCGCCGAATGATAC
ATCAAAGTTCTACACGCTATGCAAGTCATTCTCGAAGGAAAGCGTAAACCTATTCCCTCT
GGATAGCTCTCTAATGCCAGATGTGAGGAAGCGGTTATCTCTAGCACGTCAAATAGACCA
GATTGAGCGAAAAGGGTCGCGGGAGAGAGTAGACAGGACGTGGTTTGAAAAACATGCTGA
GTTGATGGAGCTGGAGTTGGACGAAAATGAAAGCGAAGAAGAAAAAGTAGACAATGTTAG
GCAGAGGAAAGCGACCTCAGCACAACTTAAGAAGCTGAAGGAGGAACTTAGCTCGCTATT
ATCACGTCCTATGCAGCCTAAGAAATTTTCAGACCGTTACTTTGCTGGGCGTGGTATGTC
GCCACTATTACAGAATCAGCTAGCAGAGTTGACAAATCAGAAGCAGCAACAAGTGGCAAG
TGGTGGTGGAGATAAAAAGAGAAGAAAGCTTGTTGTGGTTTCACAGAATTGCATCGAACC
TCTTCAAGCCCTTCGTGATGGTAGTAAAGAGGTGATGAGCATGAAAGGTCAGAGTGCAGA
TAGGAGGCGTGATATAGCTACATTGAGGAAGAAGAAAAAGGAAGAGAAGATGGGTCGGCG
TGATCAGCGAAGGGATCAGAAGAAGAAGAGAAAACTAATGGCTTCTTCTTAAGTGGTCTT
TTCCAAACTTTTGTTTTCTCCAATCAGATGTTTTCTTTTTAATATAACTTATATTGAACC
TTATGTATGTTACTTTTTTGTTTCTCTAAAGAACGGTTCAACTCCTCTTTTTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BF86TF U 1
AF RR3BF86JQ C 178
BS 1 808 RR3BF86TF
BS 809 1016 RR3BF86JQ

RD RR3BF86TF 808 0 0
GCTCAACGCGGATATGAAGCAGCAAGCTCGGTTGAAGGCAATGGACCGTTTCCGCTCAAG
CGAAAATGGAGTACTCGTAGCAACGGATGTTGTAGCAAGGGGAATTGATATTAAGAATGT
CCGAACTATCATTCACTACCAACTTCCACATTCAGCAGAAGTTTATGTACATAGAAGTGG
GAGGACAGCTAGAGCATTCGCAGATGGATGCAGCATAGCTCTGATTGCGCCGAATGATAC
ATCAAAGTTCTACACGCTATGCAAGTCATTCTCGAAGGAAAGCGTAAACCTATTCCCTCT
GGATAGCTCTCTAATGCCAGATGTGAGGAAGCGGTTATCTCTAGCACGTCAAATAGACCA
GATTGAGCGAAAAGGGTCGCGGGAGAGAGTAGACAGGACGTGGTTTGAAAAACATGCTGA
GTTGATGGAGCTGGAGTTGGACGAAAATGAAAGCGAAGAAGAAAAAGTAGACAATGTTAG
GCAGAGGAAAGCGACCTCAGCACAACTTAAGAAGCTGAAGGAGGAACTTAGCTCGCTATT
ATCACGTCCTATGCAGCCTAAGAAATTTTCAGACCGTTACTTTGCTGGGCGTGGTATGTC
GCCACTATTACAGAATCAGCTAGCAGAGTTGACAAATCAGAAGCAGCAACAAGTGGCAAG
TGGTGGTGGAGATAAAAAGAGAAGAAAGCTTGTTGTGGTTTCACAGAATTGCATCGAACC
TCTTCAAGCCCTTCGTGATGGTAGTAAAGAGGTGATGAGCATGAAAGGTCAGAGTGCAGA
TAGGAGGCGTGATATAGCTACATTGAGG

QA 1 808 1 808
DS 

RD RR3BF86JQ 839 0 0
TGGGAGGACAGCTAGAGCATTCGCAGATGGATGCAGCATAGCTCTGATTGCGCCGAATGA
TACATCAAAGTTCTACACGCTATGCAAGTCATTCTCGAAGGAAAGCGTAAACCTATTCCC
TCTGGATAGCTCTCTAATGCCAGATGTGAGGAAGCGGTTATCTCTAGCACGTCAAATAGA
CCAGATTGAGCGAAAAGGGTCGCGGGAGAGAGTAGACAGGACGTGGTTTGAAAAACATGC
TGAGTTGATGGAGCTGGAGTTGGACGAAAATGAAAGCGAAGAAGAAAAAGTAGACAATGT
TAGGCAGAGGAAAGCGACCTCAGCACAACTTAAGAAGCTGAAGGAGGAACTTAGCTCGCT
ATTATCACGTCCTATGCAGCCTAAGAAATTTTCAGACCGTTACTTTGCTGGGCGTGGTAT
GTCGCCACTATTACAGAATCAGCTAGCAGAGTTGACAAATCAGAAGCAGCAACAAGTGGC
AAGTGGTGGTGGAGATAAAAAGAGAAGAAAGCTTGTTGTGGTTTCACAGAATTGCATCGA
ACCTCTTCAAGCCCTTCGTGATGGTAGTAAAGAGGTGATGAGCATGAAAGGTCAGAGTGC
AGATAGGAGGCGTGATATAGCTACATTGAGGAAGAAGAAAAAGGAAGAGAAGATGGGTCG
GCGTGATCAGCGAAGGGATCAGAAGAAGAAGAGAAAACTAATGGCTTCTTCTTAAGTGGT
CTTTTCCAAACTTTTGTTTTCTCCAATCAGATGTTTTCTTTTTAATATAACTTATATTGA
ACCTTATGTATGTTACTTTTTTGTTTCTCTAAAGAACGGTTCAACTCCTCTTTTTTTCT

QA 1 839 1 839
DS 



AS 1 2

CO CL7684Contig1 525 2 1 U
TTTTTTCAACCCTAATCCCAGAACCGAACCGATTCATACGAGATCAGATATCTTACCTGA
AACAAACAAAAAGGGTTGATTTGATTAATCATCATGGCACTTCTCGAGGGATTTTACAGA
GTCGTCATGCGCCGTAACTCCGTCTACGTCTCCTTCATCATCGCCGGCGCTTTCTTCGGC
GAACGGGCTGTGGATTACGGTGTTCATAAGCTCTGGGAAAGCAAAAATGTTGGGAAACGC
TATGAAGACATCTCTGTGTTGGGTCAAAGGCCTATTGAAGAATGAGATTTCTCCTCTGTT
GTTGTTGTTTTGCACTTGCAAAGTGACTCTCTTTCTTTGTTGAATAAATCATTTGGATGA
TGATTTTCATTTACTTTCACCTAAAGCTGCTATTTGATTCTGGTTAATTTAATGTTTTTT
TTGCATTGTGCAATACTTAAACCTTTAAAGACGTCTTTATTTCAAAAGTGTCTCGCTCCA
TTTCCTTTGTTGGATCACAAATAAAGAAAAGGTTATTGATTGATT


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AF RR3FU53JQ C 1
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QA 1 525 1 525
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BQ
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AF RR3DH33TF U 1
AF RR3AG94TF U 1
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BQ
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AF RR3GC72TF U 1
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BS 736 775 RR3GC72JQ

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TCTCGAACCAACGAAGCTCCTCCTCCGTCTGAGGAACTGGGAAATTCGTCTTCAACTGTC
TGGAGAGATCCAGTAGAATCCGGATCTCCAAACGAAGAAGAGCCAAATCAGCCAAAGCAA
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TGCAAGGAGTCGTTCACGGCATGAGAAGTGTGCGTGGAGGAAGCTGAGAAGAATAAGGAA
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ATTATTATAATCTGT

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3GC72JQ 670 0 0
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AATTCCGATTCCCAATCTCGAACCAACGAAGCTCCTCCTCCGTCTGAGGAACTGGGAAAT
TCGTCTTCAACTGTCTGGAGAGATCCAGTAGAATCCGGATCTCCAAACGAAGAAGAGCCA
AATCAGCCAAAGCAAGGAGACGCTGAGGAGGAGGAAGGAGAGTGCGGGTTTTGCTTGTTC
ATGAAAGGAGGGGGATGCAAGGAGTCGTTCACGGCATGAGAAGTGTGCGTGGAGGAAGCT
GAGAAGAATAAGGAAGACATCGTCACCAAGTGTATGGAGATCACTTCGACGCTTAAGAAG
CGTATGGACGAGCATTCCGATTACTACCAGCCGATTCTCGCTGCGGAGAGAGCTGCTGAG
CAACAGGTGAAGAAGGAGCTCGAAGCCGACAATGAGAAGGAGGAGAAGGTCTCTGAAGAA
GAAGCGGCGGCGATGAAGCTAGCTCAGGGTTAAAAACTGAGAGGAGATTTAGGTAATTTT
ACCAAGAGAATGTTGTTTAGATTCTCAAAACTTTGAAAAGACTTACCATTGATGATGGAC
GAGTTTCTTTACCTAATTATTATAATCTGTTACTTCTTTGTGTGGGGGATGAATAAGTGG
ATTGATTGAG

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL7687Contig1 899 2 6 U
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GTTGAAGATAGTTCTAGATCTGGTCCAAGAAGCACTACTGTAGGGAAGTTATTGAAACCG
TTGAATTCTGAATATGGTAAAGTAGCTCCTGGATGGGGAACGACCCCTTTGATGGGTGTT
GCAATGGCGCTATTTGCGGTATTCCTATCTATTATTTTGGAGATTTATAATTCTTCTGTT
CTACTGGATGGAATTTCAGTGAATTAGACTGAGAAGAATCTTGAAGTCCTAGCTTTTTGT
TCGATACAAAAAAGTCAAGTATGTAGGTCTAAAATTTTTAGCCTGTTCTCCTTTGGTAGT
TTGACCGCGAAATTTTTTTTCTGCATTGTATATTTCCGGAATATGAGTGTGTGACTTGTT
AGAATTGACCCTATGGATAGTACAGAGAAGGGGGTCTGTCATCTTTATCAAGATGGTTTT
ACTTCGTCGGATATTCATTCGAGTATCTGGAGCACGAAATAGATCAAATAGATCACAAAG
TTTTCGAACTATGATTCATACTTAATACTTAGACCTCGTAGCCGGACTTCTTTCCGTTCT
ATCTTATAAATTTTCATAAATCAAACTTTTTTCTGCTTTTAAACTCTTATTTAGATCAAA
GGACAAACGCTTCTTTGTATTTTATGTTTTTAATCATTATAGCTCTTTTTTTGATTGAAT
AAGTGATGATCCAATGGTTCTCACTCAGTGAACTTTGGACTTTGAAGGTTTCATTGAATT
ATCGTGGTTCTCGTATGAATCTGAGGTTTCAATTAATTAAGTAGGGTCTTAACAAGAAAA
TTCCTATCAATAATAAAGAAAACAAGAAGAAATACGTATTCCCATTCCATACAAATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CO77TF U 1
AF RR3CO77JQ C 123
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RD RR3CO77TF 768 0 0
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CTACTGGATGGAATTTCAGTGAATTAGACTGAGAAGAATCTTGAAGTCCTAGCTTTTTGT
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TTGACCGCGAAATTTTTTTTCTGCATTGTATATTTCCGGAATATGAGTGTGTGACTTGTT
AGAATTGACCCTATGGATAGTACAGAGAAGGGGGTCTGTCATCTTTATCAAGATGGTTTT
ACTTCGTCGGATATTCATTCGAGTATCTGGAGCACGAAATAGATCAAATAGATCACAAAG
TTTTCGAACTATGATTCATACTTAATACTTAGACCTCGTAGCCGGACTTCTTTCCGTTCT
ATCTTATAAATTTTCATAAATCAAACTTTTTTCTGCTTTTAAACTCTTATTTAGATCAAA
GGACAAACGCTTCTTTGTATTTTATGTTTTTAATCATTATAGCTCTTTTTT*GATTGAAT
AAGTGATGATCCAATGGTTCTCACTCAGTGAACTT*GGACTTTGAAG
T

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3CO77JQ 777 0 0
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GACCGCGAAATTTTTTTTCTGCATTGTATATTTCCGGAATATGAGTGTGTGACTTGTTAG
AATTGACCCTATGGATAGTACAGAGAAGGGGGTCTGTCATCTTTATCAAGATGGTTTTAC
TTCGTCGGATATTCATTCGAGTATCTGGAGCACGAAATAGATCAAATAGATCACAAAGTT
TTCGAACTATGATTCATACTTAATACTTAGACCTCGTAGCCGGACTTCTTTCCGTTCTAT
CTTATAAATTTTCATAAATCAAACTTTTTTCTGCTTTTAAACTCTTATTTAGATCAAAGG
ACAAACGCTTCTTTGTATTTTATGTTTTTAATCATTATAGCTCTTTTTTTGATTGAATAA
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QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL7688Contig1 1139 2 2 U
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CACCATCATTGGTCTTCTATGGGATATGATCACGGCGGGGATGGACACGACAGCTATAAC
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AGAGTTCGACAGAGTGGTTGGACAAGACCGGGTCTTAACCGAGCAAGATTTTGCACGCTT
ACCATACCTCCAATGCGTGGTTAAAGAATCATTCAGACTCCACCCTCCAACGCCTCTAAT
GCTCCCTCACCGATCCAACGCACACGTAAAGATCGGAGGCTACGACATTCCCAAAGGCTC
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GGTGACTTTTATGATGAGTCATTTGCTCCACCATTTCGTTTGGACACCGCCTCAGGGGAC
TAAACCAGATGAGATTGACATGTTTGAAAACCCTGGACTCGTTACTTACATGCGTGTTCC
TGTTCAAGCCGTTGCCACTCCTCGGTTGCCTTTTGATCTGCACAAACGTGTGCCGTACGA
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GATGAGATTAGTTGTGTCATTTGTCTCAAGGTTGAGCAAATAGACCAGCTTCTTTTGTT


BQ
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CATCCTCACTAGAGCAATCATGGAGGAACACACTTTGGCCCGTCAAAAGTCTAGTGGAGC
TAAGCAGCATTTCGTTGATGCGTTGCTTACGTTGAAGGATCAGTATGATCTTAGCGAAGA
CACCATCATTGGTCTTCTATGGGATATGATCACGGCGGGGATGGACACGACAGCTATAAC
AGCAGAATGGGGCATGGCTGAGATGATCAAGAATCCAAGAGTGCAACAAAAGGTACAAGA
AGAGTTCGACAGAGTGGTTGGACAAGACCGGGTCTTAACCGAGCAAGATTTTGCACGCTT
ACCATACCTCCAATGCGTGGTTAAAGAATCATTCAGACTCCACCCTCCAACGCCTCTAAT
GCTCCCTCACCGATCCAACGCACACGTAAAGATCGGAGGCTACGACATTCCCAAAGGCTC
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GCTGCTTCCGTTTGGT

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DS 

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TGTGGAAAAACCCATTAGAGTTTAGACCAGAGAGGTTCTTGGAAGAAGATGTTGACATGA
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AGCTTGGGATCAACTTGGTGACTTTTATGATGAGTCATTTGCTCCACCATTTCGTTTGGA
CACCGCCTCAGGGGACTAAACCAGATGAGATTGACATGTTTGAAAACCCTGGACTCGTTA
CTTACATGCGTGTTCCTGTTCAAGCCGTTGCCACTCCTCGGTTGCCTTTTGATCTGCACA
AACGTGTGCCGTACGATATGTAAATGTCTCTTTTTCATCTACCTTCCTGCTGTTGAAACT
GATGCTGATGGTCTTGGTGTTTCTTTTTTTTTTTTGTATACTTTGTTTCTTTTGAGGGTT
TTTATTATCTAAAACTGATGAGATTAGTTGTGTCATTTGTCTCAAGGTTGAGCAAATAGA
CCAGCTTCTTTTGTT

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BZ29TF C 1
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ATTCCACCAGTGATACGAACGAGAGTTTCCCGTCCGGACAGATCAGTCACATGGATGAAG
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GGCACGGAGCTTCACATGCATGGCTGTGATGCCTAGCTCCTTGCATCTTTGAGCAACATC
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GTCATTGAAGGAAGCAAAGATATGAACAACTCCAAAGACTTGCTCACCATCACGCACAGC
TGGTCCTAGAGTCACTGTTTCCTCCTTGGGTTCTCTTGTCTTTCTCCTCGACATAGCTGC
AGACTGTTAAGGTTTAGTGGATCTTCTTCTTCTTCGCTGAGAGCAGCTGTTACC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

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AAGATTTTATTGATTAGTAAAAAAAAGTCAATAATAAATGTTTTCCTCTTTTCTTGAGTT
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GAAAAAAAAAACACTAACCTCTGTTTTTCTCAGTTTCTTGTCATTAACTATATGGTTTTC
ATCAGTTTATTTAAATTTTTTACTTACCAATCATCAATATTAGAGATTTGGTGTCGTCAC
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GAATCCCCAAGACAACACCACGTGACTCCGGGAAGTTCATAACACACGTGACGATGGATC
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GGATGGCTAAGCTCTTCATTTTATGTTTCTTGTTTCTTGATTTTGGTACTATCAGAGAAG
TATGTGTTCGAGAGGGATGTTTTTAACGTGGTGTTTTGGTTGGAATATATGTAGCCACGA
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TGGATAGTGATTT


BQ
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GGTAACCAACCTGCATATATATACAATAATAATTCATATACTTAATCTTGTTTTCAATCC
AAGATTTTATTGATTAGTAAAAAAAAGTCAATAATAAATGTTTTCCTCTTTTCTTGAGTT
CATACTCTATCCTATAAACTAATCAAGATTCATAAAATATGAACATTGACCTCTGTTAAC
GAAAAAAAAAACACTAACCTCTGTTTTTCTCAGTTTCTTGTCATTAACTATATGGTTTTC
ATCAGTTTATTTAAATTTTTTACTTACCAATCATCAATATTAGAGATTTGGTGTCGTCAC
CATAAAGGGCATGGTAGAGCTGTGTAATAATAGCGCCACTAAGACCAACATATCCCTTGA
GAATCCCCAAGACAACACCACGTGACTCCGGGAAGTTCATAACACACGTGACGATGGATC
CGGTATTAGCGAAAGACTGTGAGTTAGCTCCAACGCAGATGTAGAGACACATGTGCCAAA
CTTGAGGCTTGGGGATCCGTTTTGTAACGGCAAGCCAGATCATGAAATA

QA 1 649 1 649
DS 

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ATAATAGCGCCACTAAGACCAACATATCCCTTGAGAATCCCCAAGACAACACCACGTGAC
TCCGGGAAGTTCATAACACACGTGACGATGGATCCGGTATTAGCGAAAGACTGTGAGTTA
GCTCCAACGCAGATGTAGAGACACATGTGCCAAACTTGAGGCTTGGGGATCCGTTTTGTA
ACGGCAAGCCAGATCATGAAATAGCCGAAGAAGTTAAGTATAGCTCCGATCATGAGAGTG
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TCTTTGAAGAAACCGAGGAGGTTGAGAGTGGTTTGGTCATAGCCTAAGGTTGTCTTGATG
TCACTTGAGTAGAGACTGAACATGTAAGTGGCTCCAGCCGCCGACATGATTAAGATACTC
GCGAAGAACATAAACCATCGTCCTTTCAAGATTTGGATGGCTAAGCTCTTCATTTTATGT
TTCTTGTTTCTTGATTTTGGTACTATCAGAGAAGTATGTGTTCGAGAGGGATGTTTTTAA
CGTGGTGTTTTGGTTGGAATATATGTAGCCACGAAGTGTGTGTGAAAGGGGAGAGAGAGA
GAGAGAGCAAAGACCTCTGTCGTTGACTTTGACTTGGATAGTGATTT

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BY42TF U 1
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BS 659 679 RR3BY42JQ

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GTATGGAGATTTTGTTAAGAGATTCAGCGTTCCATCTGTGGAGGAGAAATTTGAGCTTCT
GGGAATAATGGCGAACGTATTCATCGTTGCTCCAGAAAGTCTGGCGACTTTGTTCGAGGG
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ATGTTTAAAGAGACACTACTTGAACCAAGTCCTCTACTGCCCAGAGATATTTTATGTATA
TTAACTTGAATAATAATCATATGCCCTCTCTAAATTCTGAATCCTTATTTTGTACGAGTG
CAGCAAACAGTTTGAACCAGTCACACTCCTTTGTTAGTTGATTCTTATAACCAGTTTT

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DS 

RD RR3BY42JQ 679 0 0
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TAATAAGCAAGCCTTCCTGACTGAACTGGGGAACAGGCTAGACAAACTACTACTAACTCA
CTGGCAGAAGTTCGCATTCAATCCAAGTGGAGGACTGCGGCTGAAGCGTGACATAAACGA
GTATGGAGATTTTGTTAAGAGATTCAGCGTTCCATCTGTGGAGGAGAAATTTGAGCTTCT
GGGAATAATGGCGAACGTATTCATCGTTGCTCCAGAAAGTCTGGCGACTTTGTTCGAGGG
GAGTCCAAGCATTCGCAAAGACGCGCAAAGGTTTATACAACTGCGGGAAGACTATAAGAG
TGTGAAGCTGGCAACAAGACTCAGCTCGCTGTGGCCAAGCTTGAGCTGATGATGATACCA
ATGTTTAAAGAGACACTACTTGAACCAAGTCCTCTACTGCCCAGAGATATTTTATGTATA
TTAACTTGAATAATAATCATATGCCCTCTCTAAATTTTGAATCCTTATTTTGTACGAGTG
CAGCAAACAGTTTGAACCAGTCACACTCCTTTGTTAGTTGATTCTTATAACCAGTTTTAC
AAAAGAACAAATTTGAAGT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL7692Contig1 969 2 16 U
TTCTCTCCTATGCTAATCAACAAGTTCGGATGGCCATCAGTTTTCTATTCCTTTGGCTCC
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GTTACAGTCATTCCATTGAAGCTGATTCTGTCTAAGCCCCCTGTCTGGGCTCTCATCATT
TCCCACTTCTGCCATAATTGGGGAACATTCATACTCTTGACATGGATGCCCACATATTAC
AATCAGGTCTTGAAGTTCAACCTCACTGAGTCAGGGCTCCTATGCGTCTTGCCATGGTTT
ACCATGGCTGTATTGGCTAATGTTGGAGGTTGGATTGCTGATACTCTCGTGAGCAGAGGT
CTTTCAATTACATCCGTTCGGAAGATCATGCAATCAATTGGTTTTCTTGGTCCTGCCTTC
TTCCTGACTCAGCTGAGCCGTGTCAAAACTCCAGCAATGGCGGTTCTCTGCATGGCATGC
AGTCAGGGCGCTGATGCATTCTCTCAGTCGGGTCTCTACTCTAATCATCAAGACATTGGC
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CTTTGGCACTGCGGCCACTGGCTACATCCTCCAACGAGGTTCATGGGACGATGTGTTTAA
AGTAGCAGTTGGACTGTATTTAATCGGAACTCTGGTCTGGAACTTGTTCGCAACCGGAGA
GAAAGTTCTCGACTAGCTGCAGCAAAATAGTGTGGAAAAAGCTTTATATCTCTTTTTTTT
CTTTCCCTGCTTTAAGTTTGATCGGATAGTAAGATCAGACTGCGAAGTTGTTCGCTGCTC
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TCAAAGCTC


BQ
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ACCATGGCTGTATTGGCTAATGTTGGAGGTTGGATTGCTGATACTCTCGTGAGCAGAGGT
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CT

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DS 

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QA 1 888 1 888
DS 



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BQ
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AF RR3CA87JQ C 1
AF RR3CA87TF U 1
BS 1 631 RR3CA87TF

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QA 1 631 1 631
DS 

RD RR3CA87TF 631 0 0
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TATGGTTGCAGTAATTTACAAGTGTACAATC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

CO CL7694Contig1 720 2 2 U
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BQ
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AF RR3DT50TF U 1
AF RR3DT50JQ C 1
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BS 658 720 RR3DT50JQ

RD RR3DT50TF 657 0 0
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TCAACCCTAATGCTTATCGGGTTAAGTTACCTAGTCATCTTCGCACGTCTGACGTCTTCA
ATGTCAAGCATTTATCTCGGTTTCATGGTGATAACCTCCCTGCTGATTCGTGGTCGAATC
CTTCCCACCCGGAGGGACCTGATGTAGCACCACCCGTGATAAGCATCGATCACGACTCCC
TTTAGGATTCAGACTTTCCTTTTCTATGTTGTGTTAAGTTTTCCTTTTATTATTCTTATA
TATTTATTAGGAATAGGTTTCATGAATCCTTACGGATTGAGGTTTTATTAGCTAGTA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3DT50JQ 720 0 0
GGACGATTTGATTAATAAAGATTACAGTTGTTTTAAAGAGCTTTCACAAGCACTACGAAG
AGTATTCGTGATTCCCAAGAGTTCTAACGAACACTGCGAAGAGTATTCGCCTCCATTGCT
ATCGTTTTCCAGTTACCTTAAGCTTCAAGTCATCTCCTTAGGGTTCTTGACCTTGAAACT
TATCAACTAAAGCTTCCGCCTCTCTATCAGTTGGTATCAGATTCAGTACGTTTCTGGCGA
TATTCTTTCGTTTTTCAATGGCAAAGAAAACTACGGGAACTTCACAAGACATGAGTGAAC
TCCGAGAATATAACAAATTGAAGTCCAAGAAGATTGGCCCGGTGGAAGTTCTTGAACGTA
TCAACCCTAATGCTTATCGGGTTAAGTTACCTAGTCATCTTCGCACGTCTGACGTCTTCA
ATGTCAAGCATTTATCTCGGTTTCATGGTGATAACCTCCCTGCTGATTCGTGGTCGAATC
CTTCCCACCCGGAGGGACCTGATGTAGCACCACCCGTGATAAGCATCGATCACGACTCCC
TTTAGGATTCAGACTTTCCTTTTCTATGTTGTGTTAAGTTTTCCTTTTATTATTCTTATA
TTTTTATTAGGAATAGGTTTCATGAATCCTTACGGATTGAGGTTTTATTAGCTAGTATAT
AAACAGAGCCAAGCTCTAGTTGTTAGACACGATTTGATTAATAAAGATTACAGTTGTTTT

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL7695Contig1 686 2 2 U
GGGTCTTAAGCTGTGTACAGAATCAAGTTTCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAATTCACA
AAGACGACTAAAGAAATCTCAAAGGCCTCTGAATCATCCAGAAGGTTTTGGTCAAAGAAG
AAGATGAACTCTCGCGCGATCTACTCCGTCATCGCGATCCTCGCGCTCGTAATCTCAGCC
GTCAACGCCAGCGGCGGAGGCTTCGGAGACTCGTTTGATTTCGTACGGAGCGGATCTTCT
TCGCTCTTCTCCGGATGCGAAGGCTCCATCGCTGAGTGTATAGCGGAGGAAGAGGAGATG
GAGTTCGATTCAGAGATCAGCAGGCGCATGTTAGCGCAGAAGAAGTACATTAGCTACGGT
GCAATGAGGAAGAACAGTGTACCTTGCTCGCGACGTGGAGCTTCGTATTACAACTGCCAG
CGTGGCGCTCAGGCCAATCCTTACAGCCGTGGATGCAGCACTATTACAAGGTGCAGGCGT
TGAAGAGGAAGATGATGTGTACAATTCCTGTTTTGCCCTTGCGTGTTTGGCTTTATTTTT
TTTAATCTTTTTTATTTCCGGGATATATGGGTTTGATTGACACATTGAAAACTATAGTCT
TTGTTACGAAACAAAAAAAGACATATCGTTATTTTTATTTTTGCTGGTTGTTCATATAAA
TAATATAAAAAAATTCAAAGTTGGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GC78TF U 1
AF RR3GC78JQ C 1
BS 1 653 RR3GC78TF
BS 654 686 RR3GC78JQ

RD RR3GC78TF 653 0 0
GGGTCTTAAGCTGTGTACAGAATCAAGTTTCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAATTCACA
AAGACGACTAAAGAAATCTCAAAGGCCTCTGAATCATCCAGAAGGTTTTGGTCAAAGAAG
AAGATGAACTCTCGCGCGATCTACTCCGTCATCGCGATCCTCGCGCTCGTAATCTCAGCC
GTCAACGCCAGCGGCGGAGGCTTCGGAGACTCGTTTGATTTCGTACGGAGCGGATCTTCT
TCGCTCTTCTCCGGATGCGAAGGCTCCATCGCTGAGTGTATAGCGGAGGAAGAGGAGATG
GAGTTCGATTCAGAGATCAGCAGGCGCATGTTAGCGCAGAAGAAGTACATTAGCTACGGT
GCAATGAGGAAGAACAGTGTACCTTGCTCGCGACGTGGAGCTTCGTATTACAACTGCCAG
CGTGGCGCTCAGGCCAATCCTTACAGCCGTGGATGCAGCACTATTACAAGGTGCAGGCGT
TGAAGAGGAAGATGATGTGTACAATTCCTGTTTTGCCCTTGCGTGTTTGGCTTTATTTTT
TTTAATCTTTTTTATTTCCGGGATATATGGGTTTGATTGACACATTGAAAACTATAGTCT
TTGTTACGAAACAAAAAAAGACATATCGTTATTTTTATTTTTGCTGGTTGTTC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3GC78JQ 686 0 0
GGGTCTTAAGCTGTGTACAGAATCAAGTTTCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAATTCACA
AAGACGACTAAAGAAATCTCAAAGGCCTCTGAATCATCCAGAAGGTTTTGGTCAAAGAAG
AAGATGAACTCTCGCGCGATCTACTCCGTCATCGCGATCCTCGCGCTCGTAATCTCAGCC
GTCAACGCCAGCGGCGGAGGCTTCGGAGACTCGTTTGATTTCGTACGGAGCGGATCTTCT
TCGCTCTTCTCCGGATGCGAAGGCTCCATCGCTGAGTGTATAGCGGAGGAAGAGGAGATG
GAGTTCGATTCAGAGATCAGCAGGCGCATGTTAGCGCAGAAGAAGTACATTAGCTACGGT
GCAATGAGGAAGAACAGTGTACCTTGCTCGCGACGTGGAGCTTCGTATTACAACTGCCAG
CGTGGCGCTCAGGCCAATCCTTACAGCCGTGGATGCAGCACTATTACAAGGTGCAGGCGT
TGAAGAGGAAGATGATGTGTACAATTCCTGTTTTGCCCTTGCGTGTTTGGCTTTATTTTT
TTTAATCTTTTTTATTTCCGGGATATATGGGTTTGATTGACACATTGAAAACTATAGTCT
TTGTTACGAAACAAAAAAAGACATATCGTTATTTTTATTTTTGCTGGTTGTTCATATAAA
TAATATAAAAAAATTCAAAGTTGGGC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL7696Contig1 653 2 1 U
GGGCACTAAAGCTCTCCAAAGAAGAAGATAATATATGGCGACAAGCGCATCTGCTTTGCT
CTCACCCACAACAACCTTCTCCAAAGCAATCTCTCAGAAAAACCCAAACTCCATCTCATT
CCACGGCCTCCGTCCTCTCCGCCTCGGTGGCTCCTCCTCCGCCTTACCCAAGCTATCCAC
CACATCCGGAAGGAGATCTTCCTCCTCCGCCATCGTGAGAGCCGAGCTCAGCCCATCCGT
GGTCATAAGCCTCAGCACCGGTCTCTCCCTCTTTCTAGGACGGTTCGTCTTCTTCAACTT
CCAGAGAGAGAACGTGGCGAAGCAGGTGCCGGAGCAGAACGGGAAAACCCACTTCGAAGC
CGGAGATGATCGTGCTAAGGAGTACGTTAGCCTCCTGAAGTCGAACGATCCAGTTGGATT
CAACATTGTGGATGTTCTTGCTTGGGGTTCCATTGGTCACATCGTTGCTTACTATGTCTT
AGCCACTTCTAGCAATGGCTATGACCCCAGCTTCTTTGGCTGATTCATTTCCATATTCTG
TCTCGTTATATGTACGTATATCTTTGACTTGTATGGCAAGTTACCTCCTCTCTTGTTGTT
TGTCTATTGGCTTCTCTCTTTCGTTTGCAACATTTTTATATTTCGTGATCTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EW23JQ C 1
AF RR3EW23TF U 1
BS 1 653 RR3EW23TF

RD RR3EW23JQ 653 0 0
GGGCACTAAAGCTCTCCAAAGAAGAAGATAATATATGGCGACAAGCGCATCTGCTTTGCT
CTCACCCACAACAACCTTCTCCAAAGCAATCTCTCAGAAAAACCCAAACTCCATCTCATT
CCACGGCCTCCGTCCTCTCCGCCTCGGTGGCTCCTCCTCCGCCTTACCCAAGCTATCCAC
CACATCCGGAAGGAGATCTTCCTCCTCCGCCATCGTGAGAGCCGAGCTCAGCCCATCCGT
GGTCATAAGCCTCAGCACCGGTCTCTCCCTCTTTCTAGGACGGTTCGTCTTCTTCAACTT
CCAGAGAGAGAACGTGGCGAAGCAGGTGCCGGAGCAGAACGGGAAAACCCACTTCGAAGC
CGGAGATGATCGTGCTAAGGAGTACGTTAGCCTCCTGAAGTCGAACGATCCAGTTGGATT
CAACATTGTGGATGTTCTTGCTTGGGGTTCCATTGGTCACATCGTTGCTTACTATGTCTT
AGCCACTTCTAGCAATGGCTATGACCCCAGCTTCTTTGGCTGATTCATTTCCATATTCTG
TCTCGTTATATGTACGTATATCTTTGACTTGTATGGCAAGTTACCTCCTCTCTTGTTGTT
TGTCTATTGGCTTCTCTCTTTCGTTTGCAACATTTTTATATTTCGTGATCTAC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3EW23TF 653 0 0
GGGCACTAAAGCTCTCCAAAGAAGAAGATAATATATGGCGACAAGCGCATCTGCTTTGCT
CTCACCCACAACAACCTTCTCCAAAGCAATCTCTCAGAAAAACCCAAACTCCATCTCATT
CCACGGCCTCCGTCCTCTCCGCCTCGGTGGCTCCTCCTCCGCCTTACCCAAGCTATCCAC
CACATCCGGAAGGAGATCTTCCTCCTCCGCCATCGTGAGAGCCGAGCTCAGCCCATCCGT
GGTCATAAGCCTCAGCACCGGTCTCTCCCTCTTTCTAGGACGGTTCGTCTTCTTCAACTT
CCAGAGAGAGAACGTGGCGAAGCAGGTGCCGGAGCAGAACGGGAAAACCCACTTCGAAGC
CGGAGATGATCGTGCTAAGGAGTACGTTAGCCTCCTGAAGTCGAACGATCCAGTTGGATT
CAACATTGTGGATGTTCTTGCTTGGGGTTCCATTGGTCACATCGTTGCTTACTATGTCTT
AGCCACTTCTAGCAATGGCTATGACCCCAGCTTCTTTGGCTGATTCATTTCCATATTCTG
TCTCGTTATATGTACGTATATCTTTGACTTGTATGGCAAGTTACCTCCTCTCTTGTTGTT
TGTCTATTGGCTTCTCTCTTTCGTTTGCAACATTTTTATATTTCGTGATCTAC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL7697Contig1 209 2 3 U
GGGGGATGATCGATGATGTCATCGCGTCGTATCAGTAGAAACGTTATATAATAAGTAGAA
ATAATTAAATAAAGTTTGTAATAATAACTGCCGTTACGTTCTAATAAGGTTTGTAATGTG
ATGACATAAGCGACTGATGTTATTAATCTGTTGTCGTTTGTAATGCGTTCTTGTGACTCA
TTTCGAGCGTTACATTTACGGTTTGGGGT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3F089JQ C 1
AF RR3F089TF U 1
BS 1 3 RR3F089JQ
BS 4 205 RR3F089TF
BS 206 209 RR3F089JQ

RD RR3F089JQ 209 0 0
GGGGGATGATCGATGATGTCATCGCGTCGTATCAGTAGAAACGTTATATAATAAGTAGAA
ATAATTAAATAAAGTTTGTAATAATAACTGCCGTTACGTTTTAATAAGGTTTGTAATGTG
ATGACATAAGCGACTGATGTTATTAATCTGTTGTCGTTTGTAATGCGTTTTTGTGACTCA
TTTCGAGCGTTACATTTACGGTTTGGGGT

QA 1 209 1 209
DS 

RD RR3F089TF 209 0 0
GGT
GGATGATCGATGATGTCATCGCGTCGTATCAGTAGAAACGTTATATAATAAGTAGAAATA
ATTAAATAAAGTTTGTAATAATAACTGCCGTTACGTTCTAATAAGGTTTGTAATGTGATG
ACATAAGCGACTGATGTTATTAATCTGTTGTCGTTTGTAATGCGTTCTTGTGACTCATTT
CGAGCGTTACATTTACGGTTTG
TGGT

QA 4 205 4 205
DS 



AS 1 2

CO CL7698Contig1 984 2 2 U
GGACAACCCCAACAGACAAACAAAATCAACAAGTAGAAGTAACAAAGAAACAAGGACAAG
AAACCGGAAGATTCGTACGGTTACATCTCTCTCTACACTTTGTTCAAGAGAGAGAGAGAG
AGTAAGGAAAGGATCCAAAAATGAAGGAAGGAAACGACGGGTTTGTCCGAGCAGATCAGA
TTGATCTAAAGAGCTTAGATGAGCAACTAGAGAGACATTTAAGCAGAGCTTTGACTTTAG
AGAAGAACAAGAAGAGAGATGAAGAAGAATCCGCCGCCGCCGTCGCCATCGGAGTTGCTA
GAGTTGAAGCATCTAACCCTAATGACATGACAGGAGAGACTGGCACACTTGGCTACATGG
CTCCTGAGGTTCTCAATGGAAACCCTTATAATCGAAAATGCGATGTGTATAGTTTTGGTA
TCTGCTTATGGGAGATATATTGCTGTGACATGCCATACCCTGATCTCACTTTCTCTGAAG
TCACTTCAGCTGTCGTCCGACAGAACCTGAGACCAGATATTCCGAGGTGTTGCCCGAGCT
CGCTGGCTGCTGTGATGAAGCTATGCTGGGATGCAAATCCAGATAAGAGACCGGAGATGG
ACGAAGTTGTGCCAATGCTGGAGAATATTGATACGACTAAAGGAGGAGGGATGATCCCTG
TTGACCAGCAACAGGGTTGCCTCTGCTTCCGAAAGAAACGTGGTCCTTAAGTGCTATATC
TAAGATCATTCAAAACTCAAGACTTGTGTCCTGTTTGCTTTCGTCTTTTCTTTAATTATT
AATTCAGAAAGAGAAAGGCTTGTGAGGGTTTTAATGGTGGCTACGTAAAGTATGATATGT
TCTTCATATTCTCTTAAACTTTTTGTTTTTGTTTTTGCTCTGTTGGTGAGATTTTCTTAC
TATATTAGTGGTCACGTGTACCATCTACACATATGTTTTACTCGGTCGATGATATGACTA
AAAGTAAGATAGTTTGGTTTTAAC


BQ
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BS 788 984 RR3AG41JQ

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CTCCTGAGGTTCTCAATGGAAACCCTTATAATCGAAAATGCGATGTGTATAGTTTTGGTA
TCTGCTTATGGGAGATATATTGCTGTGACATGCCATACCCTGATCTCACTTTCTCTGAAG
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TTGACCAGCAACAGGGTTGCCTCTGCTTCCGAAAGAAACGTGGTCCTTAAGTGCTATATC
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AATTCAG

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GCCGCCGTCGCCATCGGAGTTGCTAGAGTTGAAGCATCTAACCCTAATGACATGACAGGA
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AATCCAGATAAGAGACCGGAGATGGACGAAGTTGTGCCAATGCTGGAGAATATTGATACG
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AAACGTGGTCCTTAAGTGCTATATCTAAGATCATTCAAAACTCAAGACTTGTGTCCTGTT
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TGCTCTGTTGGTGAGATTTTCTTACTATATTAGTGGTCACGTGTACCATCTACACATATG
TTTTACTCGGTCGATGATATGACTAAAAGTAAGATAGTTTGGTTTTAAC

QA 1 829 1 829
DS 



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BQ
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AF RR3FR03JQ C 1
AF RR3FR03TF U 1
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TAATATTCATATTGGACATTTCTCATGTTCAACGCT

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GGAGAATATGACAAGTTCTTCGAGGATGGAATTTTCAGCTGTGTCGGATGCAAAACTCCT
CTCTATAAATCTACCACCAAGTTCGACTCCGGATGTGGGTGGCCAGCTTTCTTTGAAGGA
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GCAGTATGCGACGGGCATTTAGGCCATGTTATTAAAGGAGAAGGTTATGGTACTCCTACC
GATGAACGCCACTGCGTTAACAGCGTCTCGATCATCTTCAACCCGCAAAAACCACCTGAG
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TAATATTCATATTGGACATTTCTCATGTTCAACGCT

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3F559JQ U 6
AF RR3FZ32JQ U 1
BS 1 89 RR3FZ32JQ
BS 90 90 RR3F559JQ
BS 91 286 RR3FZ32JQ
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RD RR3F559JQ 667 0 0
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GGACTTTTGAGAGTCATAAAGAAAGAAAAAAA*GCGCTTTAGAATTTTTCATACCATCAT
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TTTCTCTTCCACCGGGGCTCCGAAAATTGTGACAATTTTTAAAGGTTAGTTTAAGAGGCA
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CTTGACTCTGGCTTTGCTGCATTTTCCTCTGAGGGTCGGTTGTATGCTTTCGCCAGTAGA
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CCTAACTGAACGTTCATAATACTCACGGCTGTGCCAAAGAAGAGAGCTACTCCAATGACA
TCAAAGTGGTTGCCCATTGCTCTTTCAAATCCACATAACAGCTGATATCTCAAGTTTGCG
TATA
ACC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3FZ32JQ 756 0 0
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TTTAAGATCTGATATAAAATCACAACGCCTAAGAATATAAATGTCTTATCTCAAAAGAAA
TTGAAGGACTTTTGAGAGTCATAAAGAAAGAAAAAAAAGCGCTTTAGAATTTTTCATACC
ATCATCTCTCGCAGTTTGGTGATTCCTTCTGGCAACAAAACTTAGTGACAACACCAACTT
CACTGTTTCTCTTCCACCGGGGCTCCGAAAATTGTGACAATTTTTAGAGGTTAGTTTAAG
AGGCAGCCACCTTCTTCCATACAATCCTCTTTCGCCTAGCCTTTGGAGGTGGAGAATCTG
AAGCTGAGTCCTGTTGCTTCGTACCAAGTAGCCCTGAGACTATTGCATTCTTTGAGATGA
ACCATCTTGACTCTGGCTTTGCCGCATTTTCCTCTGAGGGTCGGTTGTATGCTTTCGCCA
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TTTCCCCTAACTGAACGTTCATAATCCTCACGGCTGTGCCAAAGAAGAGAGCTACTCCAA
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TCACAGATACTCTGTTTTTCTTCTTTGCCGCCAGAA

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3F996TF U 1
AF RR3F996JQ C 1
BS 1 598 RR3F996TF
BS 599 693 RR3F996JQ

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CCAAGCGCCAGCTTCTCAACAAGTTAATGGCTCCGTACATATCATCTGGTATCTTTTGGG
AGATCCTGAAACAATGGGTCAAAGGAGCTAAAGTGATAGTTGTCGATATCCCATTGCTGT
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CACAGCTCAATAGACTGATGGAGAGAGATGGACTGAGTGAGGAAGATGCAAGAAACAGAG
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CATTGACATGGATTGAGTTTTGGCGTTCAAGGCAAGGCGCCTTCTCGATCCTTGGTTTGG
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DS 

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CCAAGCGCCAGCTTCTCAACAAGTTAATGGCTCCGTACATATCATCTGGTATCTTTTGGG
AGATCCTGAAACAATGGGTCAAAGGAGCTAAAGTGATAGTTGTCGATATCCCATTGCTGT
TCGAAACTAAGATGGATAAATGGACAAAACCCGTTGTTGTTGTGTGGGTTAGTCAAGAAA
CACAGCTCAATAGACTGATGGAGAGAGATGGACTGAGTGAGGAAGATGCAAGAAACAGAG
TGATGGCTCAGATGTCTTTGGATTTGAAAAGAAGCAGAGCGGATATTGTGATTGATAATA
ATGGCGGTCTTGACGAGCTCCACCAACAGTTTGACAAGGTTTTGTCTGAGATCAGAAGAC
CATTGACATGGATTGAGTTTTGGCGTTCAAGGCAAGGCGCCTTCTCGATCCTTGGTTTGG
TGACTTCTGGACTACTTGTTTGCAAACAACTCAATTAGCTCTTACCATTTTATATTTTTC
TTTCTTTCAAACTGTTTTAACTCGAGTGTTCTTGTTGAGGTTTGGTCGATTTTAAGCTGC
TGGAAAGATGGTGTTGCCGTGTGGAGGCTAGGC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

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CCAACAGTGACAGTAAGCTGGACTTGGTTGAAGTGGGGTTCTTGTCTGGTGTCCATGGCC
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CTGGTAGAAGATGGCTAAAACAACAGTTGATGGGACAAGATAAGATTGATGAGGTTGAAT
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ATGATGTTGATCAGGTGAGACAACTAGTAGGCGCAACTCTTCTTGCTGAGGAAGATGATC
GTCCTGAGCTCGATGATGGAGAGTTTTACAGTCGTGATCTCGTAGGCATGAAAGTTCTTC
TCAAGGAGACTGGTCAACTTGTTGGAACTGTTGCTAATGTTTTCGACAATGGAGGAAATG
ATCTTCTACATGTCCTGCTTGATTCATCCATGGAAGCCTGCAACGGGAGTGCTAAAACGC
ACCAGCTCGTATGGATACCTTTCGTTGATACTATGTCCCCGACGTTGATTTAGAAAGAAA
GGAGATGTATATAACTCCTCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV05TF U 1
AF RR3A180TF U 115
BS 1 697 RR3BV05TF
BS 698 698 RR3A180TF
BS 699 716 RR3BV05TF
BS 717 717 RR3A180TF
BS 718 754 RR3BV05TF
BS 755 801 RR3A180TF

RD RR3BV05TF 759 0 0
GGAAAGTATTAGGAAGAAGAGAAGATGCTGAGAGCCTGTGCACTTCTCTGTTCCTCGACA
CCAATCAACTTCACAACAGTTCAACTATTTAACCCCAATACTTCCCTTCATTTCCAGACC
TCCGAACTATCTCGTCCCGTCTCGGGGGCTCTCGTGCTCCGTGTTACTTGAGCCTCGTCG
GGGCTCGTGGAAGATGTAGTTTCACCGTTCGTAGCACCGCTACTGAGGAAGCTGTGGAAA
CCAACAGTGACAGTAAGCTGGACTTGGTTGAAGTGGGGTTCTTGTCTGGTGTCCATGGCC
TACAAGGGGAGATTTGCATTAAACCAAACACTGATTTTCCTGATTTGCGTTTCTCTAAGC
CTGGTAGAAGATGGCTAAAACAACAGTTGATGGGACAAGATAAGATTGATGAGGTTGAAT
TAGTTGAAGGCAGACCTCACCCTGCACAGAAGAGCTGGATTCTCAAGTTTCGAGGGCTAG
ATGATGTTGATCAGGTGAGACAACTAGTAGGCGCAACTCTTCTTGCTGAGGAAGATGATC
GTCCTGAGCTCGATGATGGAGAGTTTTACAGTCGTGATCTCGTAGGCATGAAAGTTCTTC
TCAAGGAGACTGGTCAACTTGTTGGAACTGTTGCTAATGTTTTCGACAATGGAGGAAATG
ATCTTCTACATGTCCTGCTTGATTCATCCATGGAAGC*TGCAACGGGAGTGCTAAA*CGC
ACCAGCTCGTATGGATACCTTTCGTTGATACTAT
TGTCC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3A180TF 687 0 0
CAGACCTCCGAACTATCTCGTCCCGTCTCGGGGGCTCTCGTGCTCCGTGTTACTTGAGCC
TCGTCGGGGCTCGTGGAAGATGTAGTTTCACCGTTCGTAGCACCGCTACTGAGGAAGCTG
TGGAAACCAACAGTGACAGTAAGCTGGACTTGGTTGAAGTGGGGTTCTTGTCTGGTGTCC
ATGGCCTACAAGGGGAGATTTGCATTAAACCAAACACTGATTTTCCTGATTTGCGTTTCT
CTAAGCCTGGTAGAAGATGGCTAAAACAACAGTTGATGGGACAAGATAAGATTGATGAGG
TTGAATTAGTTGAAGGCAGACCTCACCCTGCACAGAAGAGCTGGATTCTCAAGTTTCGAG
GGCTAGATGATGTTGATCAGGTGAGACAACTAGTAGGCGCAACTCTTCTTGCTGAGGAAG
ATGATCGTCCTGAGCTCGATGATGGAGAGTTTTACAGTCGTGATCTCGTAGGCATGAAAG
TTCTTCTCAAGGAGACTGGTCAACTTGTTGGAACTGTTGCTAATGTTTTCGACAATGGAG
GAAATGATCTTCTACATGTCCTGCTTGATTCATCCATGGAAGCCTGCAACGGGAGTGCTA
AAACGCACCAGCTCGTATGGATACCTTTCGTTGATACTATGTCCCCGACGTTGATTTAGA
AAGAAAGGAGATGTATATAACTCCTCC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL7703Contig1 652 2 2 U
GTACAACACCATGATCAAAGCGGTTTGTCGTAAAGGTCGATGGAGGATATACTGTCGATC
TTGGAGGAGGTTGAGAGGAACGGGCTTGAGCCTGATATGATCACTTTCAATACGTTGTTG
GAGGAGTTTTACAGGAGGGATTTGTTTGCTGAAGGAGATAGGATTTGGGATCTGATACTG
TGACTTACTGTTTGTTGATCCCTCTCGTCTGTAAGAGAGGGGATCTTGATAGAGCTGTTG
AGATGTCGGAAGAAGCTATCGGACACAAGGTTCTGTCTCGCCCCAACATGTATAAACCAG
TGATCGGTGGTTTGGTGGGTGAAGGCAAGACTGATAAAGCAATGCAGTTGGTGAAGGATG
GTAAGTTACAGAGTTGCTTTCGCTACCTACCGGGCGTGTCCGCTGGTAAGAAAGATACCG
CTACCGTTCCTGTCTCTTCAAGTCCGGTCGAAGCTACTAGCGTGGGGGACGAGTAAGAAT
GCTTGATAGCAAATGTCCTAACGAAATGCGTTATAATGGTGGTTTCCTGTCTTGTTATCA
CTCGTTTAGATTTGTTAACCAGTTGACTCCACTTGCAAGGAAACAAGGTTATATTGGTCT
CTCTTGTGATCTTTTTTTCAATTTATAATTTGGAATTTTGCATTTTCTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EB40TF U 1
AF RR3EB40JQ C 43
BS 1 306 RR3EB40TF
BS 307 652 RR3EB40JQ

RD RR3EB40TF 308 0 0
GTACAACACCATGATCAAAGCGGTTTGTCGTAAAGGTCGATGGAGGATATACTGTCGATC
TTGGAGGAGGTTGAGAGGAACGGGCTTGAGCCTGATATGATCACTTTCAATACGTTGTTG
GAGGAGTTTTACAGGAGGGATTTGTTTGCTGAAGGAGATAGGATTTGGGATCTGATACTG
TGACTTACTGTTTGTTGATCCCTCTCGTCTGTAAGAGAGGGGATCTTGATAGAGCTGTTG
AGATGTCGGAAGAAGCTATCGGACACAAGGTTCTGTCTCGCCCCAACATGTATAAACCAG
TGATCG
TG

QA 1 306 1 306
DS 

RD RR3EB40JQ 610 0 0
GAGGATATACTGTCGATCTTGGAGGAGGTTGAGAGGAACGGGCTTGAGCCTGATATGATC
ACTTTCAATACGTTGTTGGAGGAGTTTTACAGGAGGGATTTGTTTGCTGAAGGAGATAGG
ATTTGGGATCTGATACTGTGACTTACTGTTTGTTGATCCCTCTCGTCTGTAAGAGAGGGG
ATCTTGATAGAGCTGTTGAGATGTCGGAAGAAGCTATCGGACACAAGGTTCTGTCTCGCC
CCAACATGTATAAACCAGTGATCGGTGGTTTGGTGGGTGAAGGCAAGACTGATAAAGCAA
TGCAGTTGGTGAAGGATGGTAAGTTACAGAGTTGCTTTCGCTACCTACCGGGCGTGTCCG
CTGGTAAGAAAGATACCGCTACCGTTCCTGTCTCTTCAAGTCCGGTCGAAGCTACTAGCG
TGGGGGACGAGTAAGAATGCTTGATAGCAAATGTCCTAACGAAATGCGTTATAATGGTGG
TTTCCTGTCTTGTTATCACTCGTTTAGATTTGTTAACCAGTTGACTCCACTTGCAAGGAA
ACAAGGTTATATTGGTCTCTCTTGTGATCTTTTTTTCAATTTATAATTTGGAATTTTGCA
TTTTCTTTAT

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL7704Contig1 928 2 6 U
GGGAATCCAAGCAAGAAACAATATTGATAGGTTATTGACAAAGCTGATGCAAGAACGAAG
AGAGTCAGGAGAAAGTTTCACAGACATGTTGGGTTACTTGATGAAGAAGGAAGATAACCG
ATACTTGTTATCTGATAAGGAGATAAGAGATCAAGTAGTAACGATATTGTATTCGGGTTA
TGAGACTGTCTCTACAACTTCCATGATGGTTCTTAAGTATCTCCATGATCATCCTAAAGC
TCTTGAAGAACTCAGGAGAGAACATTTGGCTATAAGAGACCGAAAACGACCTGACGAACC
GCTCAATCTTGACGATATAAAATCAATGGAATTCACACGAGCTGTAATCTTTGAGACATC
AAGATTGGCAACGGTAGTTAACGGAGTCCTGAGGAAAACTACTCACGACCTGGAACTCAA
CGGGTATTCAATCCCAAAAGGTTGGAGAATTTACGTATACACAAGAGAGATTAACTATGA
TACATCTCTGTATGAAGATCCTATGATCTTTAACCCATGGAGATGGATGGAAAAGAATTT
GGAATCAAAGAGCTATTTCTTACTCTTTGGAGGTGGAGCAAGACATTGCCCTGGGAAGGA
ACTAGGAATTTCTGAAGTCTCCAGCTTCATTCACTACTTTGTTACAAAATACAAATGGGA
GGAAAAGGGGGGAGAGAAACTAATGGTGTTTCCAAGAGTTTCAGCACCAAAAGGATATCA
TCTTAGGGTTTTACCTTACTGACTTTGTTTTGTCCCAATATTAGAACTATGATATAAAGT
TAAGGTTTTTTTTGTTAGGGTTAATTAACCTATTTTACCTCTCAAGCTTTGGAGGAATAT
AGAAGAAGCTGTTAGAAAATAATATATTTTAAAATGTTGAGCCCAGCTCTTATTTTGTAA
AGTTGCAACCCATAACCAGTTCTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DS51TF U 1
AF RR3DS51JQ C 74
BS 1 671 RR3DS51TF
BS 672 672 RR3DS51JQ
BS 673 700 RR3DS51TF
BS 701 701 RR3DS51JQ
BS 702 713 RR3DS51TF
BS 714 928 RR3DS51JQ

RD RR3DS51TF 720 0 0
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AGAGTCAGGAGAAAGTTTCACAGACATGTTGGGTTACTTGATGAAGAAGGAAGATAACCG
ATACTTGTTATCTGATAAGGAGATAAGAGATCAAGTAGTAACGATATTGTATTCGGGTTA
TGAGACTGTCTCTACAACTTCCATGATGGTTCTTAAGTATCTCCATGATCATCCTAAAGC
TCTTGAAGAACTCAGGAGAGAACATTTGGCTATAAGAGACCGAAAACGACCTGACGAACC
GCTCAATCTTGACGATATAAAATCAATGGAATTCACACGAGCTGTAATCTTTGAGACATC
AAGATTGGCAACGGTAGTTAACGGAGTCCTGAGGAAAACTACTCACGACCTGGAACTCAA
CGGGTATTCAATCCCAAAAGGTTGGAGAATTTACGTATACACAAGAGAGATTAACTATGA
TACATCTCTGTATGAAGATCCTATGATCTTTAACCCATGGAGATGGATGGAAAAGAATTT
GGAATCAAAGAGCTATTTCTTACTCTTTGGAGGTGGAGCAAGACATTGCCCTGGGAAGGA
ACTAGGAATTTCTGAAGTCTCCAGCTTCATTCACTACTTTGTTACAAAATACAAATGGGA
GGAAAAGGGGG*AGAGAAACTAATGGTGTTTCCAAGAGTT*CAGCACCAAAAG
ATATCAT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3DS51JQ 855 0 0
AGTTTCCCAGACATGTTGGGTTACTTGATGAAGAAGGAAGATAACCGATACTTGTTATCT
GATAAGGAGATAAGAGATCAAGTAGTAACGATATTGTATTCGGGTTATGAGACTGTCTCT
ACAACTTCCATGATGGTTCTTAAGTATCTCCATGATCATCCTAAAGCTCTTGAAGAACTC
AGGAGAGAACATTTGGCTATAAGAGACCGAAAACGACCTGACGAACCGCTCAATCTTGAC
GATATAAAATCAATGGAATTCACACGAGCTGTAATCTTTGAGACATCAAGATTGGCAACG
GTAGTTAACGGAGTCCTGAGGAAAACTACTCACGACCTGGAACTCAACGGGTATTCAATC
CCAAAAGGTTGGAGAATTTACGTATACACAAGAGAGATTAACTATGATACATCTCTGTAT
GAAGATCCTATGATCTTTAACCCATGGAGATGGATGGAAAAGAATTTGGAATCAAAGAGC
TATTTCTTACTCTTTGGAGGTGGAGCAAGACATTGCCCTGGGAAGGAACTAGGAATTTCT
GAAGTCTCCAGCTTCATTCACTACTTTGTTACAAAATACAAATGGGAGGAAAAGGGGGGA
GAGAAACTAATGGTGTTTCCAAGAGTTTCAGCACCAAAAGGATATCATCTTAGGGTTTTA
CCTTACTGACTTTGTTTTGTCCCAATATTAGAACTATGATATAAAGTTAAGGTTTTTTTT
GTTAGGGTTAATTAACCTATTTTACCTCTCAAGCTTTGGAGGAATATAGAAGAAGCTGTT
AGAAAATAATATATTTTAAAATGTTGAGCCCAGCTCTTATTTTGTAAAGTTGCAACCCAT
AACCAGTTCTGTTCC

QA 1 855 1 855
DS 



AS 1 2

CO CL7705Contig1 573 2 1 U
GGATAAACTCCAAGTCTCTCTCTAGGCTTTCATTTTTTCTCACAGATCAGAGTCTTTGGT
TCCTTGGAAAGACGGACAATCTGACAAAAGAAAGATGTCGAATCCTCATGAAGAAGACAA
GAACCCCGGAGACCAAGAAACTAAAATCATTCTCAAGGTCAAGAGCGAGGATGATGAAAT
GTTTTTTAAGATCAAGAAAAGCACTAAGCTAAAAAAGCTGATGTACGTTTACTGCGACAG
GCGAGGTTTGAAATTGGACGCATTCGCCTTCTTGTTTGATGGGAAACGTATATGTGTCAA
CGAGACTCCAGATGAGCTTGATATGAAAGATGGAGATACGATCGATGCTCTCCGAAGCCA
GGGTGGTGGTCTGCGAGCGAATCAGCGTCAGTGGTCTTATATGGTGTTCGATAAGGTCGT
ATGATACTAGTAAATTTCATGAATAAATTGTGCAGGCTTTCGTTTTTACTTTGACCAGTT
TCTTTAGTAGCGTCTGGGTGAAATACTCAAGTTACTGGATCCTAATACACTGGACTTGTT
TTTTGGGTTATTTTTAAATTATTGAGTCATTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3ES71TF U 1
AF RR3ES71JQ C 47
BS 1 573 RR3ES71TF

RD RR3ES71TF 573 0 0
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TCCTTGGAAAGACGGACAATCTGACAAAAGAAAGATGTCGAATCCTCATGAAGAAGACAA
GAACCCCGGAGACCAAGAAACTAAAATCATTCTCAAGGTCAAGAGCGAGGATGATGAAAT
GTTTTTTAAGATCAAGAAAAGCACTAAGCTAAAAAAGCTGATGTACGTTTACTGCGACAG
GCGAGGTTTGAAATTGGACGCATTCGCCTTCTTGTTTGATGGGAAACGTATATGTGTCAA
CGAGACTCCAGATGAGCTTGATATGAAAGATGGAGATACGATCGATGCTCTCCGAAGCCA
GGGTGGTGGTCTGCGAGCGAATCAGCGTCAGTGGTCTTATATGGTGTTCGATAAGGTCGT
ATGATACTAGTAAATTTCATGAATAAATTGTGCAGGCTTTCGTTTTTACTTTGACCAGTT
TCTTTAGTAGCGTCTGGGTGAAATACTCAAGTTACTGGATCCTAATACACTGGACTTGTT
TTTTGGGTTATTTTTAAATTATTGAGTCATTAA

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3ES71JQ 527 0 0
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GTTTACTGCGACAGGCGAGGTTTGAAATTGGACGCATTCGCCTTCTTGTTTGATGGGAAA
CGTATATGTGTCAACGAGACTCCAGATGAGCTTGATATGAAAGATGGAGATACGATCGAT
GCTCTCCGAAGCCAGGGTGGTGGTTTGCGAGCGAATCAGCGTCAGTGGTCTTATATGGTG
TTCGATAAGGTCGTATGATACTAGTAAATTTCATGAATAAATTGTGCAGGCTTTCGTTTT
TACTTTGACCAGTTTCTTTAGTAGCGTCTGGGTGAAATACTCAAGTTACTGGATCCTAAT
ACACTGGACTTGTTTTTTGGGTTATTTTTAAATTATTGAGTCATTAA

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 2

CO CL7706Contig1 595 2 1 U
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GTTTAGTGGAGAGGAAACGGCTCTTGCTTGCTCCAGCGGCTAGTAAACGGCGATCACTGT
TCCTCCGCCAGATTGCTTCTGGAAAGTCACATCTGAAGAACAAGTCTCTCGTCAGAACTA
TCGGCAAGACATGGCGTAAAACAATGGAAGGAGCTTCAAGAGTTTTCATCGAGAAGCATT
ATAATAGACACAGACGTCTCATCAGCGATGTTGTTTAATTAATGCAGCTTCTGCAACTTT
GAACTCTTTGTTTTTTTTTTAAATGTGTTATGTAATTTTATAAACGTGAATCTCTACGTC
TTATTTTTACATTTGTTATTCTTTTAAATTTCCAATAATACCAATGCTTTGATAC


BQ
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AF RR3F956JQ C 1
AF RR3F956TF U 1
BS 1 595 RR3F956TF

RD RR3F956JQ 595 0 0
GGAACGCTCCTCTCTTTCTTTCTCTCCTTTCCCTCTCCATGGATCTTGTTGTTGTTGTTG
TCACTGAAGCTAACTCTACACAAATCCAGCACGTGAACCGTAAGTCCTCCGACGAGTTGC
TCCGTAAGTTCGCCGATCCTGACGACGTAGACAAGTCAACGAAGCGCCGGAGGAAGTCAT
CAGCTACCAAAAACTCTCGAGAGAACGGCGTTGATGTCGAAAGCAACACTAGTACTGCTG
GTTTAGTGGAGAGGAAACGGCTCTTGCTTGCTCCAGCGGCTAGTAAACGGCGATCACTGT
TCCTCCGCCAGATTGCTTCTGGAAAGTCACATCTGAAGAACAAGTCTCTCGTCAGAACTA
TCGGCAAGACATGGCGTAAAACAATGGAAGGAGCTTCAAGAGTTTTCATCGAGAAGCATT
ATAATAGACACAGACGTCTCATCAGCGATGTTGTTTAATTAATGCAGCTTCTGCAACTTT
GAACTCTTTGTTTTTTTTTTAAATGTGTTATGTAATTTTATAAACGTGAATCTCTACGTC
TTATTTTTACATTTGTTATTCTTTTAAATTTCCAATAATACCAATGCTTTGATAC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3F956TF 595 0 0
GGAACGCTCCTCTCTTTCTTTCTCTCCTTTCCCTCTCCATGGATCTTGTTGTTGTTGTTG
TCACTGAAGCTAACTCTACACAAATCCAGCACGTGAACCGTAAGTCCTCCGACGAGTTGC
TCCGTAAGTTCGCCGATCCTGACGACGTAGACAAGTCAACGAAGCGCCGGAGGAAGTCAT
CAGCTACCAAAAACTCTCGAGAGAACGGCGTTGATGTCGAAAGCAACACTAGTACTGCTG
GTTTAGTGGAGAGGAAACGGCTCTTGCTTGCTCCAGCGGCTAGTAAACGGCGATCACTGT
TCCTCCGCCAGATTGCTTCTGGAAAGTCACATCTGAAGAACAAGTCTCTCGTCAGAACTA
TCGGCAAGACATGGCGTAAAACAATGGAAGGAGCTTCAAGAGTTTTCATCGAGAAGCATT
ATAATAGACACAGACGTCTCATCAGCGATGTTGTTTAATTAATGCAGCTTCTGCAACTTT
GAACTCTTTGTTTTTTTTTTAAATGTGTTATGTAATTTTATAAACGTGAATCTCTACGTC
TTATTTTTACATTTGTTATTCTTTTAAATTTCCAATAATACCAATGCTTTGATAC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

CO CL7707Contig1 654 2 1 U
GGAGAAAACGTTGTTGATCCAAATTCAAAGAGAATCTCCGAATCTCCCATCTCATCCAAG
AGGTTTTCTTCTCAGCTTTATCTCAGATCGCTTCTTAGCTGTTACCATGCCGAAGAACAA
GGGAAAGGGAGGAAAGAACAGGAAGAGAGGAAAGAACGAAGCCGATGACGAGAAGCGTGA
GCTTATATTCAAAGAAGACGGACAGGAGTACGCGCAAGTCCTTCGCATGCTCGGCAACGG
GAGATGCGAGTGCATGTGCATCGACGGCACCAAACGTCTCTGCCATATCCGCGGCAAGAT
GCACAAGAAGGTTTGGATCGCGGCAGGTGATATCATACTTGTCGGTCTGAGAGACTACCA
GGATGACAAGGCTGATGTCATCCTCAAGTACATGTCTGATGAGGCGAGGCTTCTCAAGGC
CTATGGTGAGCTTCCCGAGAACACTCGTCTCAACGAAGGTATTGCTGGTGATCTTGACGA
TGATGAGGAGAATGGCGCTGATGATGTTATTGATTTTGAGGACGAGGATATCGATAGGAT
CTAAGGTGTTTGTTTGGTTTTTGTTTTTGCTTTGAACCTTTTCTGGCAGCTTTGTATTGT
CAGTTTGAGACGCATGACTTCTGAGTTTACAGAAGAGTATACTTTACAACTGTT


BQ
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AF RR3G835JQ C 1
AF RR3G835TF U 1
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GAGATGCGAGTGCATGTGCATCGACGGCACCAAACGTCTCTGCCATATCCGCGGCAAGAT
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QA 1 654 1 654
DS 

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GGGAAAGGGAGGAAAGAACAGGAAGAGAGGAAAGAACGAAGCCGATGACGAGAAGCGTGA
GCTTATATTCAAAGAAGACGGACAGGAGTACGCGCAAGTCCTTCGCATGCTCGGCAACGG
GAGATGCGAGTGCATGTGCATCGACGGCACCAAACGTCTCTGCCATATCCGCGGCAAGAT
GCACAAGAAGGTTTGGATCGCGGCAGGTGATATCATACTTGTCGGTCTGAGAGACTACCA
GGATGACAAGGCTGATGTCATCCTCAAGTACATGTCTGATGAGGCGAGGCTTCTCAAGGC
CTATGGTGAGCTTCCCGAGAACACTCGTCTCAACGAAGGTATTGCTGGTGATCTTGACGA
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CTAAGGTGTTTGTTTGGTTTTTGTTTTTGCTTTGAACCTTTTCTGGCAGCTTTGTATTGT
CAGTTTGAGACGCATGACTTCTGAGTTTACAGAAGAGTATACTTTACAACTGTT

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL7708Contig1 661 2 2 U
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CATTTAGTCGCTCTGCTCTCCATAGGCAATATATCAAACCCAACTACACCCAAAGGCTGT
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T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 

AF RR3F072TF C 1
AF RR3F072JQ U 8
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RD RR3F072TF 661 0 0
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CAAGCCAAAGTAACAGTGAGTAACCCTGTAGCGAGCAGTATCCCTGTACCTTCCACAGCC
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TGCCTTCGAATGGCTGCAACCGCATCAGGATCTATCCCCGAAGAGCTCGTCCTGTTGTTC
T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3F072JQ 654 0 0
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QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL7709Contig1 665 2 2 U
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AAAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3BU62TF U 1
AF RR3BU62JQ C 1
BS 1 654 RR3BU62TF
BS 655 665 RR3BU62JQ

RD RR3BU62TF 654 0 0
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TGAATGGTTTAAAAGATGTCTTAAGTCATGATGATCTTTGTCATTGTTACCACGCAGTGA
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QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3BU62JQ 665 0 0
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CGGGTTCGAATCCCGCTCCTCCTCCGGGTTCGGATCCGAATCGGATTCCCCTCGCTCAGG
TCGTGGAGGATTGCGTGAGGCGGTGGTTCCAGGATACGCTCAAGGAAGCCAAATCCGGCG
ACGTTGGTATGCAGGTCTTGGTTGGTCAGATGTATTGCAGCGGCTATGGGATCCCCAAAG
ACGAACACAAGGGTCGTGCTTGGATTAACAAAGCTTCAAGAACTCGATCATCGGCTTGGC
AAGTGAGTGATAAGCCTCCAGGTTATAATGCAAGCGATTCAGATTCGAATGATAAGAAAG
AATGATGATGACCTTTTTAATGTTTGTAAAACTGGAATCACCAGTGTCTTTTGATTTGTT
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TGAATGGTTTAAAAGATGTCTTAAGTCATGATGATCTTTGTCATTGTTACCACGCAGTGA
AGTTGTTTAACTGTAGCTGAATTCGCTGTGTTATACATATAGGTTTTGCCATTTAAGAAA
AAAAA

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL7710Contig1 638 2 2 U
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TGGTTTGTTTTGTCCAGCCATGATCACAAGAATCTTTTCCTCGAAAACCTTTGCCGTCAC
CTTCTCACCGGACTCCGTCTGTTTCTCGCCGTCACCTTCACTGTTTGTCCGCCGTGAGAA
TGACCAGTAGGAGCAGGCCAGTAGCAAGAGAGCAAAGGTTATGAGTCCAAGCATCGCGGC
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TATTGTTGACATCTTGTGAGCTGGTATCTTTGGGAAATCCCTCATTGTGTTTTCTTGCTG
AAAATTGCAAATGTTTCTTTTGTTAACTGGGAGGCTCC


BQ
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ACGCATTCTGCGCTTGACATGCAAGTCTTGGCCGGGACAGGTGTGGCCAAGAAGGTTGGT
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TCACCGGACTCCGTCTGTTTCTCGCCGTCACCTTCACTGTTTGTCCGCCGTGAGAATGAC
CAGTAGGAGCAGGCCAGTAGCAAGAGAGCAAAGGTTATGAGTCCAAGCATCGCGGCTAAA
CCACCGAATAGGTAAGGGACCGGTGAACGCCATGGATGCCGTGTCTGAAACTCCACTATT
GTTGACATCTTGTGAGCTGGTATCTTTGGGAAATCCCTCATTGTGTTTTCTTGCTGAAAA
TTGCAAATGTTTCTTTTGTTAACTGGGAGGCTCC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

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CGCGACATGGCAGTTATGGAAGCAAACGATGGTGTTTGGCCTGGACTCAGAACTCCCAGC
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TATCTGC


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DS 



AS 1 2

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AF RR3BD93JQ C 1
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TCATTAGACTATTATTATTGCAAAAGATTTGAATAATCCCATACTTTCACATTTTGTTTT
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QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A637JQ C 1
AF RR3A637TF U 1
BS 1 630 RR3A637TF
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QA 1 633 1 633
DS 

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QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

CO CL7714Contig1 630 2 1 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A672JQ C 1
AF RR3A672TF U 1
BS 1 630 RR3A672TF

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QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3A672TF 630 0 0
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TTTTAATACAAAAGTTTTCATTCGTACTTC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

CO CL7715Contig1 692 2 2 U
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BQ
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AF RR3CY74TF U 1
AF RR3CY74JQ C 1
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BS 635 692 RR3CY74JQ

RD RR3CY74TF 634 0 0
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GATCCTCGTTTTGATTATACACCCAAAGCTTTTGATAGAGTGCCATGGAGATCAATAGCA
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CTTACTTTCCTCCCTTTCTACGAGACAAGGATTGCGTACTATTCATGGAGAGGAGCTGAA
GGGTACCGTTTCGCAGCCATTCCCTCCTACTGACTCTTCCAAGTAGCTGCAATCCATATA
TATATATCTGTGCATAGAAAAGTTGTTTTTTTTCTTTCTTTATTTATTTCTGAGCAAGTC
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DS 

RD RR3CY74JQ 692 0 0
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TCAGGTTTTTTTTGAGCCGGTTAAGCTTCTCAATCTCGGATCCGGTTTGTGTTAACCGGT
ATATTTCGCGTTGATAGTGAAGGGCTTATTATTATATACTGACTAGGAATGGCGTCAAGG
AGAAGTGTACGGTACGCTCAGCTTCCAGGAGATGATGATGATGGTGGAAGGAGAGATTTC
GATCCTCGTTTTGATTATACACCCAAAGCTTTTGATAGAGTGCCATGGAGATCAATAGCA
TTAGCTGTGTTTCTTCTCTTCCTTGGCTGCTTGCTTCTTCTTTTGGCAGTTTTCATCTTC
ACCGGTCACATGGAAGGAGATGGCAGCTCTCAGGGTTATGCTCTTCTTCTCCTTGGCTTC
CTTACTTTCCTCCCTTTTTACGAGACAAGGATTGCGTACTATTCATGGAGAGGAGCTGAA
GGGTACCGTTTCGCAGCCATTCCCTCCTACTGACTCTTCCAAGTAGCTGCAATCCATATA
TATATATCTGTGCATAGAAAAGTTGTTTTTTTTCTTTCTTTATTTATTTCTGAGCAAGTC
GTATTAGAGAAGTGTAATCCAAAAGAAGGACCCAATAGGCTTTTTAGCTGTTACATTAAA
AGCTTGGATTGTTGTTGATCCAGTTTGTAACC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL7716Contig1 975 2 2 U
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TCTCTAAACGCTCTAACCTCTTTCTAAGTTTCACAAAAAATCAAATCTACGCTCGGTGGC
CGGCGAGCTCTTTCGCCGCCGGTCGCCACCCCTTTTCCTTCCTTTTGTCTTTTGTTGTAG
TATAAATATCCTCGTCTCTTCGGATCAGCCGAATTTTCTTTTCCGATGCGGATATGTTTT
CCTTTGGCGATGTTTTTTTGTTGTGTTTTCTTGTTCTTCATTAAAGCTGAGCTTCAGTTA
ATTTTTTTTTATCTTTGATGAAGAATGATCAATCTACTTTCCACTGATTTTATAAGTATC
CCAATAGGGCCAATGAATTGGAATCACTGTTTTACTGTTTGACTTCAATCATTTCTTTAG
CGATTCACTCTTTCCTTGTTTATTAGCCATATAAGGCGTTTGTGGAAAGCATCTCTGTTT
GAGAATTGGTAGGGTTTGATGGAGGTCTACAGTCACTTTGGAGGAGATTCAAGAAGAGTT
GGTGCTTATAGCAGTCCAACGAATGTTCATTCTTCAGATTGACTAAAGCCTTCTAGGTCT
TAATCAACGGTGAATGAGGGCATCTCCGATTAGAAGGTCACGGTTGTGGTGGAAAGTATC
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AAAAAAAATTTGAGG


BQ
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AF RR3CE87TF U 1
AF RR3CE87JQ C 311
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BS 637 975 RR3CE87JQ

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CGGCGAGCTCTTTCGCCGCCGGTCGCCACCCCTTTTCCTTCCTTTTGTCTTTTGTTGTAG
TATAAATATCCTCGTCTCTTCGGATCAGCCGAATTTTCTTTTCCGATGCGGATATGTTTT
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ATTTTTTTTTATCTTTGATGAAGAATGATCAATCTACTTTCCACTGATTTTATAAGTATC
CCAATAGGGCCAATGAATTGGAATCACTGTTTTACTGTTTGACTTCAATCATTTCTTTAG
CGATTCACTCTTTCCTTGTTTATTAGCCATATAAGGCGTTTGTGGAAAGCATCTCTGTTT
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GGTGCTTATAGCAGTCCAACGAATGTTCATTCTTCAGATTGACTAAAGCCTTCTAGGTCT
TAATCAACGGTGAATGAGGGCATCTCCGATTAGAAG
T

QA 1 636 1 636
DS 

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GCTTATGGGCTTAAAATTGTAGATTTGTAATTATGTTGTTGGGTCTCGATGTTCAAAGCC
CGATTATGTAAACATGCCCTTTGGGCTGTTATAAATGAAACTGGGTCGACAAAAAAAATT
TGAGG

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL7717Contig1 1025 2 2 U
CCTAAGGTGTTTCATTGTGATGGCTTGTTGCTTTGCGACCTAAAGGATTTCACTAGGCTC
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ATCTTCGATGAGATTCGTCCTGATCCTGTTACACGGAGGTACGTTTCAGGGTTCGAACTC
TACGACTTTAGCTCGAGGTCTTGGAAGGCTCTTGATGATGTCACTCCCGAGCGGCAGATA
TGGTCTCGTTTAGACAACGGCGTTTCTGTGAAGGGGAACGCTTATTTTCACAACAGAAGG
TTCCAGGTTCCTTCGTCTGTTTTGATTTCACGACAGAGAGCTTCGGACCGCTTCTGCCTC
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AGATTAGTGTTACGGACAAGATTGGTCCTGATGTTGTGTCGTGGACAAAGTTTTTGAAAG
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TCATCGGACAAGATGGATACTTCAAATCTGTGAGAATCCGAGAAGCTTCCTATCTCAGTT
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AAATCAAGGCAACCAACCGTACTAATGGAAAGAATGTGCATCAGCTTTCTTTCGGATTAA
ATCGTTAAATATGTGTTTTGTCTTTTTGAATGTTTGTATCCTCTCTTTTCAGACTGTTCA
ATGTCTCTCGTGATATGTGTAATCTATGATACAGGTTCATCCTCTACTCACCTGTAAAAC
TTATT


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10 10 10 10 10 

AF RR3G973TF U 1
AF RR3G973JQ C 350
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BS 427 1025 RR3G973JQ

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TGCCGC

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DS 

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CGTCATCGGACAAGATGGATACTTCAAATCTGTGAGAATCCGAGAAGCTTCCTATCTCAG
TTCTCCTCATAACAGATATTATCCGCCACTGTTGTGCTCTTCATATCTTCCAAGCTTACT
ACAAATCAAGGCAACCAACCGTACTAATGGAAAGAATGTGCATCAGCTTTCTTTCGGATT
AAATCGTTAAATATGTGTTTTGTCTTTTTGAATGTTTGTATCCTCTCTTTTCAGACTGTT
CAATGTCTCTCGTGATATGTGTAATCTATGATACAGGTTCATCCTCTACTCACCTGTAAA
ACTTATT

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DS 



AS 1 2

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CATCATCAGTCC


BQ
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AF RR3FW21JQ C 1
AF RR3FW21TF U 1
BS 1 492 RR3FW21TF

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CATCATCAGTCC

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DS 

RD RR3FW21TF 492 0 0
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TCGCATTTCTTCAACGCAACAATGGTTCTCCAAAATGACATCGATCTGCTAAACCCTCCA
GCTGAGCTCGAGAAGAGAAAGCACAAGCTCAAGCGTCTCGTGCAATCTCCAAACTCTTTC
TTCATGGACGTTAAGTGCCAGGGATGCTTTAACATAACGACGGTATTCAGCCACTCTCAA
ACAGTTGTAGTGTGTGGTAACTGTCAGACGGTTCTGTGCCAGCCCACTGGTGGTAAAGCC
AGGCTCACTGAGGGATGCTCTTTCAGGAAGAAGTGAGAGATTTGATATTTCTCACGTTAA
TCATCTTTTCACAAATGTTGCTGTGAGAGATAGAAGTCAGTTCTTTTTTCAGTTTGCTTT
AGTACTTCTTATTGTCTTATGACAGTCTTTTTTCTTTTTATTATGAGAAGATTTTGAAAC
CATCATCAGTCC

QA 1 492 1 492
DS 



AS 1 2

CO CL7719Contig1 782 2 27 U
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CTTAACTACCTTCTCTGGACTCTCTTCCAAAACCACCTTATCACCCGACTTCGATCACTC
CTCTCGCCGCCGGAACTTTCTACCTCCGAACAGAGTTGGACTCAAGATCTCCTCTTCTTC
CTCCGAGTCAGAGCCTGATCTCAGTGTCACAGTAAACGGCCTAAAAATGCCGAATCCTTT
CGTGATCGGGTCGGGTCCACCCGGTACCAACTACACCGTCATGAAGAGAGCCTTCGATGA
AGGCTGGGGAGGCGTCATCGCCAAAACCGTTTCACTAGACGCATCCAAAGTCATCAACGT
AACGCCTAGATACGCCAGGCTACGAACCGGCTCAGCCAAAACAGATGTAATCGGGTGGCA
GAACATAGAACTCATAAGTGACCGTCCTCTCGAAACCATGCTCAAAGAGTTCAAGCAGCT
GAAACAAGAGTACCCTGACCGGATCCTCATCGCTTCCATCATGGAGGAATACACCAAAAC
CGGATGGGAAGAGCTCATTGACCGCGTTGAGCAAACCGGTGTTGATGCTTTAGAGATCAA
CTTCTCGTGTCCTCATGGCATGCCAGAGCGTAGATGGGTGCAGCTGTTGGACAGACTGTG
CGCTTCTTGAGGAGGTTGCGGATGGATAATGCTAAAGCTACTGTTCTGTCTGGCCAGATG
AC


BQ
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3DD96TF U 2
AF RR3GJ19TF U 1
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BS 654 782 RR3GJ19TF

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TCTCGCCGCCGGAACTTTCTACCTCCGAACAGAGTTGGACTCAAGATCTCCTCTTCTTCC
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TTCTCGTGTCCTCATGGTATGCCAGA

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DS 

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CTCCGAGTCAGAGCCTGATCTCAGTGTCACAGTAAACGGTCTGAAAATGCCGAATCCTTT
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AGGCTGGGGAGGCGTCATCGCCAAAACCGTTTCACTAGACGCATCCAAAGTCATCAACGT
AACGCCTCGGTACGCCAGGCTACGAACCGGCTCAGCCAAAACAGATGTAATCGGGTGGCA
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CTTCTCGTGTCCTCATGGCATGCCAGAGCGTAGATGGGTGCAGCTGTTGGACAGACTGTG
CGCTTCTTGAGGAGGTTGCGGATGGATAATGCTAAAGCTACTGTTCTGTCTGGCCAGATG
AC

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

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AATCACATCTCTTTCCTATGAAGCATGACTCTGAATGGTATGTTGATACTGTACCATTTT
CTACAAATTTCTTAATAAACCTTTATTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3GI15JQ C 1
AF RR3GI15TF U 1
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BS 509 510 RR3GI15JQ

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CTACAAATTTCTTAATAAACCTTTATTTTT

QA 1 510 1 510
DS 

RD RR3GI15TF 510 0 0
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TATGAGACTTGGCAAAGAAGCAACTCATGATGAAATATCACATAGAGAAGATTTGGCCTC
TATGTCTGATCCTATCTGAAAAATAGGAAAACTCTACTCTTGCACTTTCCTCTTTGTCTT
AATCACATCTCTTTCCTATGAAGCATGACTCTGAATGGTATGTTGATACTGTACCATTTT
CTACAAATTTCTTAATAAACCTTTATTT
CT

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 2

CO CL7721Contig1 918 2 6 U
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TTGATGGTATCTATGTGAGCGAGAAAGGCAAGATCGCTGTTGAAGAATGAAGCTATTGAA
GTGCTTTATTAGATTCATATTGTGGAAGAGTGATTTAGTTGTAGCGTTTTTTATTTACCG
TCTCTTATGGATTTGAAGTTTTATGGATTTGTAGTTTTGTTTCCGTTGGACCGTTATTGA
TGATGCAAACTCGCTGTCCCTTTATGTTTGGGTTTTTTATTTTCTCTGTTCTTGCAAAAG
TTTTTGACACTATTTTCACTTTTACTTGTTCTTGGAGCTGGTTTGAGTTATATGATATGT
TCTATTTTATTGATCGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DJ59TF U 1
AF RR3DJ59JQ C 111
BS 1 711 RR3DJ59TF
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GAAAGATGAAGACGATCTTATCATCCGAGACCATGGACATCCCCGAAGGCGTCTCCATCA
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AGCATCTCAACCTCGATTTCCAGCTCATCAAAGACGACGTCACGGGCAAGCGACAGCTCA
AGATCGACTCGTGGTTCGGCCCTCGCAAGGCCAGCGCCTCGATCAGAACCGCTCTGAGCC
ACGTCAGCAATCTCATCGCTGGCGTCACTCAGGGTTTCCTTTACAAGATGAGGTTCGTGT
ATGCTCATTTCCCCATCAACGCTTCCATCTCCGGCGACAACAAGTCCATCGAGATCCGTA
ACTTCCTCGGCGAGAAGAAGGTCAGGAAGGTTGATATGTTGGATGGTGTTACCATTGTTC
GGTCTGAGAAAGTCAAGGATGAGATTATTCTTGAGGGTAATGATATCGAGCTTGTCTCGC
GTTCTTGCGCTCTGATTAATCAGAAATGCCATGTGAAGAAGAAGGATATTAGGAAGTCTC
TTGATGGTATCTATGTGAGCGAGAAAGGCAAGATCGCTGTTGAAGAATGAAGCTATTGAA
GTGCTTTATTAGATTCATATTGTGGAAGAGTGATTTAGTTGTAGCGTTTTT*ATTTACCG
TCTCTTATGGATTTGA*GTTTTATGGATTTGTA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3DJ59JQ 808 0 0
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CGCGACTTCAAGCATCTCAACCTCGATTTCCAGCTCATCAAAGACGACGTCACGGGCAAG
CGACAGCTCAAGATCGACTCGTGGTTCGGCCCTCGCAAGGCCAGCGCCTCGATCAGAACC
GCTCTGAGCCACGTCAGCAATCTCATCGCTGGCGTCACTCAGGGTTTCCTTTACAAGATG
AGGTTCGTGTATGCTCATTTCCCCATCAACGCTTCCATCTCCGGCGACAACAAGTCCATC
GAGATCCGTAACTTCCTCGGCGAGAAGAAGGTCAGGAAGGTTGATATGTTGGATGGTGTT
ACCATTGTTCGGTCTGAGAAAGTCAAGGATGAGATTATTCTTGAGGGTAATGATATCGAG
CTTGTCTCGCGTTCTTGCGCTCTGATTAATCAGAAATGCCATGTGAAGAAGAAGGATATT
AGGAAGTCTCTTGATGGTATCTATGTGAGCGAGAAGGGCAAGATCGCTGTTGAAGAATGA
AGCTATTGAAGTGCTTTATTAGATTCATATTGTGGAAGAGTGATTTAGTTGTAGCGTTTT
TTATTTACCGTCTCTTATGGATTTGAAGTTTTATGGATTTGTAGTTTTGTTTCCGTTGGA
CCGTTATTGATGATGCAAACTCGCTGTCCCTTTATGTTTGGGTTTTTTATTTTCTCTGTT
CTTGCAAAAGTTTTTGACACTATTTTCACTTTTACTTGTTCTTGGAGCTGGTTTGAGTTA
TATGATATGTTCTATTTTATTGATCGTG

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL7722Contig1 1445 2 4 U
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TCTCATGGAGTCTTACGGAAGAGGAGGCAAATGCAACAACGCTGAAGCCATATTCAGGAG
GATGCAGTCCTCAGGACCAGAGCCATCTGCTGTGACTTATCAGATCATACTCAAGACTTT
CGTAGAAGGGAACAAGTTTAAGGAAGCCGAAGAGGTTTTCGAGACTCTTTTAGATGAGAA
GAGATCGCCGTTGAAGCCTGATCAGAAGATGTATCACATGATGATATATATGTACAAGAA
GGCTGGAAACTATGAGAAGGCTAGAAAAGTATTTGCTCGATGGCTGAGAAAGGAGTTCCA
CAGTCTACTGTCACTTACAATAGCCTTATGTCCTTTGAAACTAACTATAAAGAAGTTTCT
AAGATCTATGACCAGATGCAAAGATCTGGTATTCAACCTGATGTTGTAAGTTATGCTTTG
CTTATCAAAGCATATGGAAGAGCGAGAAGAGAGGAGGAAGCTCTATCTGTGTTTGAAGAG
ATGCTTGATGCTGGTGTAAGGCCGACGCATAAAGCTTATAACATTTTGCTTGATGCATTT
GCTATTTCTGGAATGGTGGAGCAAGCAAAGACCGTGTTTAAAAGCATGAGACGAGACAGA
TTTTATCCGGATCTGTGCTCTTACACAACAATGCTATCAGCGTATGTCAATGCTTCAGAC
ATGGAGGGTGCCGAGAAATTCTTCAAGAGGATAAAAGTAGATGGTTTTGAACCGAATGTA
GTAACCTATGGGACGATGATAAAAGGTTATGCGAAAGCAAACGATCTTGATAAGGTTATG
GAGGTATACGAGAAAATGAGGTTAAGTGGCATCAAAGCGAATCAAACCATCTTGACAACT
ATCATGGATGCGTCTGGGAGGTGTAAGGATTTCGGGAGCGCTCTTAGTTGGTACAAGGAG
ATGGAGAGCTGTGGAGTGCCACCTGATCAGAAAGCTAATAATGTGCTCTTGTCATTGGCT
TCGACTCAAGATGAGCTGGAGGAAGCTAAGGAAGTTACTGGTCTCGTAGATGAGAAGACA
GCGAGCCTTGCTGGAGTCTATCGAACTGATGATGATGATGATGAAGACAATTATATCACT
AGTAGTGATGAGGATGAGGATGAGGATGAAGATGAGGATGACAATGAAGAAGAAGATGAT
GATGTTGATGGTGCAAAAGAAACTGTGTTGTGTGATAACGAACAAGAAGAGTCTTTGGCT
TATGTTGGCTCACAGACGGAAGAACTTGTTGGGTTATGAAAACTACTACTATATGTGTTG
TAATCATCGAATGCTAAAAGAAAGATTTTGCAGAAGAGGACTTGGTAGGTTGTGTCCATT
ATTTGTGTCTGTAGTTTACAAGATGAAATATGTTACTCATTTGTAAGAAACATCTTTTGA
TTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3AI76TF U 1
AF RR3AI76JQ C 615
BS 1 805 RR3AI76TF
BS 806 806 RR3AI76JQ
BS 807 829 RR3AI76TF
BS 830 1445 RR3AI76JQ

RD RR3AI76TF 829 0 0
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TCTCATGGAGTCTTACGGAAGAGGAGGCAAATGCAACAACGCTGAAGCCATATTCAGGAG
GATGCAGTCCTCAGGACCAGAGCCATCTGCTGTGACTTATCAGATCATACTCAAGACTTT
CGTAGAAGGGAACAAGTTTAAGGAAGCCGAAGAGGTTTTCGAGACTCTTTTAGATGAGAA
GAGATCGCCGTTGAAGCCTGATCAGAAGATGTATCACATGATGATATATATGTACAAGAA
GGCTGGAAACTATGAGAAGGCTAGAAAAGTATTTGCTCGATGGCTGAGAAAGGAGTTCCA
CAGTCTACTGTCACTTACAATAGCCTTATGTCCTTTGAAACTAACTATAAAGAAGTTTCT
AAGATCTATGACCAGATGCAAAGATCTGGTATTCAACCTGATGTTGTAAGTTATGCTTTG
CTTATCAAAGCATATGGAAGAGCGAGAAGAGAGGAGGAAGCTCTATCTGTGTTTGAAGAG
ATGCTTGATGCTGGTGTAAGGCCGACGCATAAAGCTTATAACATTTTGCTTGATGCATTT
GCTATTTCTGGAATGGTGGAGCAAGCAAAGACCGTGTTTAAAAGCATGAGACGAGACAGA
TTTTATCCGGATCTGTGCTCTTACACAACAATGCTATCAGCGTATGTCAATGCTTCAGAC
ATGGAGGGTGCCGAGAAATTCTTCAAGAGGATAAAAGTAGATGGTTTTGAACCGAATGTA
GTAACCTATGGGACGATGATAAAAG*TTATGCGAAAGCAAACGATCTTG

QA 1 829 1 829
DS 

RD RR3AI76JQ 831 0 0
GGTGGAGCAAGCAAAGACCGTGTTTAAAAGCATGAGACGAGACAGATTTTATCCGGATCT
GTGCTCTTACACAACAATGCTATCAGCGTATGTCAATGCTTCAGACATGGAGGGTGCCGA
GAAATTCTTCAAGAGGATAAAAGTAGATGGTTTTGAACCGAATGTAGTAACCTATGGGAC
GATGATAAAAGGTTATGCGAAAGCAAACGATCTTGATAAGGTTATGGAGGTATACGAGAA
AATGAGGTTAAGTGGCATCAAAGCGAATCAAACCATCTTGACAACTATCATGGATGCGTC
TGGGAGGTGTAAGGATTTCGGGAGCGCTCTTAGTTGGTACAAGGAGATGGAGAGCTGTGG
AGTGCCACCTGATCAGAAAGCTAATAATGTGCTCTTGTCATTGGCTTCGACTCAAGATGA
GCTGGAGGAAGCTAAGGAAGTTACTGGTCTCGTAGATGAGAAGACAGCGAGCCTTGCTGG
AGTCTATCGAACTGATGATGATGATGATGAAGACAATTATATCACTAGTAGTGATGAGGA
TGAGGATGAGGATGAAGATGAGGATGACAATGAAGAAGAAGATGATGATGTTGATGGTGC
AAAAGAAACTGTGTTGTGTGATAACGAACAAGAAGAGTCTTTGGCTTATGTTGGCTCACA
GACGGAAGAACTTGTTGGGTTATGAAAACTACTACTATATGTGTTGTAATCATCGAATGC
TAAAAGAAAGATTTTGCAGAAGAGGACTTGGTAGGTTGTGTCCATTATTTGTGTCTGTAG
TTTACAAGATGAAATATGTTACTCATTTGTAAGAAACATCTTTTGATTCTC

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 2

CO CL7723Contig1 644 2 2 U
TTATTTCTCAAACGAGATAAAATAGATTCGAAACATACCAATCGCAGTACTTACAAAACG
TCAAATTAAATTGCAAACGAAACCGATAATGAAAAAACAAGAAAGGAACCCTAAAACTCG
TAAACTTAGGAGCTGGTGAACTTCGTGACGGCCTTGGTACCCTCGGAGACAGCATGTTTT
CGCCAACTCTCCAGGAAGCACAAGCCTCACCGCCGTCTGAATCTCCCTCGAAGTGATGGT
GGGCTTCTTGTTGTACCTCGCCAGCTTCGAGGCCTCGCCAGCGAGCTTCTCGAAAATATC
GTTGATGAAACTGTTCATGATCCCCATGGCCTTGCTGGAGATTCCGATGTCCGGGTGAAC
CTGCTTCAGGACCTTGAAGATGTAGATCTTGTACGTCTCGACGCTCTTCTTCTTCATCTT
CCTCTTCTTGTCGCCGCCTGCGCCTACCTCCTTGGGGAGCTTCTTCCCGGCCTTTGGTTT
CTTCTCCGCCGGAGCTTTCTCGGCGGCTTTCGATTTCTCCTCCGCCGGTTTCTTCTCCGC
GGGCTTCTTCTCTGCCTTGGGTGCCATTGATGAGGAAGTTGCGAATCTGAGTTCGATTTA
GGTTTAAAAGATGTTTTTTTGTGGTTTGCTTGATGAGTCTCTCC


BQ
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AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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TG

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G079JQ C 1
AF RR3G079TF U 1
BS 1 671 RR3G079TF

RD RR3G079JQ 671 0 0
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AAGCGACACCGAAGCAGAGAAGTCGATTCAAAAGGAGAATAAGAAGAAGGTTATCTCTCT
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TCAGAAAGCTGCTGGAAACAAATGCTTGAAGAGAGGCGTGAAGGAGGTTGTCAAGAGCAT
AAGACGTGGCCAGAAAGGATTATGTGTTATAGCTGGAAACATATCTCCCATTGATGTGAT
TACACATCTCCCTGTCTTGTGTGAAGAAGCTGGTGTTCCATACGTCTACGTTCCATCTAA
AGAAGATCTTGCACAAGCCGGGTCTACAAAACGACCCACTTGTTGTGTGTTGGTCATGCT
TAAACCGGCCAAAGGTGAACTAAGCGCGGAAGATCTTAAACAGTTGAAGACAGACTACGA
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TGGGTTTTGTACTAGCGATTGTAATTTAGGATCATAAAACATTGTTTCTTTTTATCGAGT
GATATTTTATT

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DS 

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AAGCGACACCGAAGCAGAGAAGTCGATTCAAAAGGAGAATAAGAAGAAGGTTATCTCTCT
TGCCCCTATCGCTAAACCTCTAGCCGGCAAAAAGCTCCAGAAGAGGACTTTTAAACTCAT
TCAGAAAGCTGCTGGAAACAAATGCTTGAAGAGAGGCGTGAAGGAGGTTGTCAAGAGCAT
AAGACGTGGCCAGAAAGGATTATGTGTTATAGCTGGAAACATATCTCCCATTGATGTGAT
TACACATCTCCCTGTCTTGTGTGAAGAAGCTGGTGTTCCATACGTCTACGTTCCATCTAA
AGAAGATCTTGCACAAGCCGGGTCTACAAAACGACCCACTTGTTGTGTGTTGGTCATGCT
TAAACCGGCCAAAGGTGAACTAAGCGCGGAAGATCTTAAACAGTTGAAGACAGACTACGA
ACAAGTCTCTGACGATGTTAAAGAGCTTTCAACTTCAGTAATCTGATTATTAGGCACTAG
AATCAAAGAAACACATGTTGTGCCCTTATTAGAAAGATTTAAGTCCCTTATAACGATTTT
TGGGTTTTGTACTAGCGATTGTAATTTAGGATCATAAAACATTGTTTCTTTTTATCGAGT
GATATTTTATT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

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AAAAAATAATAATAATCACAAGTTTGACATCAACAACAACAACAACAGTGTTACATGATC
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CTTTTGACTGAAGAAAACAGTCACAAGGGAAGAAAAACTTACATTTTAATGGCTCAAGCT
TGAACATTGCACAAATAACAAGGTTCTTCCCCCACTAATCAGCGGTTTTTGCTGCTAGCC
AGAATAAAGTAACTCCACTCGTTGTTTCAGGAGTTTTTTTAAGCAAAAATAGGCTCGTAT
GGGTATGAAAGCCAAGGGTGCTTGAAAGCCTCTGATGCAAAAGGACGCTTCTTTGGGTTT
ATCTCAAGAAGATGAGCCACAAAGTCTGTGAATCCTTGGTCTCCCATTGGCAGCCTATGT
CTCAGTGATGTTCTTTTAGGTATCAGGTACTCCAATCTATTGCTTTCCTGATTCCGCTCA
TAGAGCATTCTGTTTTTAGTAAAGTACTTGTGGGAATCACGTCCCTTGGTAAGCATTTCA
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TGGAAAAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER82JQ U 7
AF RR3ER82TF C 1
BS 1 6 RR3ER82TF
BS 7 430 RR3ER82JQ
BS 431 670 RR3ER82TF

RD RR3ER82JQ 424 0 0
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AGAA

QA 1 424 1 424
DS 

RD RR3ER82TF 670 0 0
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GAAAAATAATAATAATCACAAGTTTGACATCAACAACAACAACAACAGTGTTACATGATC
TAATCAAATTTCACAAAAGTTTTTTTTCTTGTCATCTCACCTTTGCACACACACAAACCT
CTTTTGACTGAAGAAGACAGTCACAAGGGAAGAAAAACTTACATTTTAATGGCTCAAGCT
TGAACATTGCACAGATAACAAGGTTCTTCCCCCACTAATCAGCGGTTTTTGCTGCTAGCC
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GGGTATGAAAGCCAAGGGTGCTTGAGAGCCTCTGATGCAGAAGGACGCTTCTTTGGGTTT
ATCTCAAGAAGATGAGCCACAAAGTCTGTGAATCCTTGGTCTCCCATTGGCAGCCTATGT
CTCAGTGATGTTCTTTTAGGTATCAGGTACTCCAATCTATTGCTTTCCTGATTCCGCTCA
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TGATCGATACTTCCTATGATTCCCATAACCCTTGCAAGCAAACTTGCTGGAGAATCATTC
TGGAAAAGAC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL7727Contig1 642 2 2 U
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CAGGTTTCTTTGATGATGTCGAAGATCAATCAAACTGATGGGCTCAACACTCTCTCTAAT
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TGTAATATTTTACTCTCAATTTAAATTTGAAAGCCTTTTTAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E251TF U 1
AF RR3E251JQ C 72
BS 1 641 RR3E251TF
BS 642 642 RR3E251JQ

RD RR3E251TF 641 0 0
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GAAACCATCTCTTTTTTGACTGTCCATTTGCGTTTACGATTTGGTCGGCGATGGCTTTTC
GTCGGAATATTCCTGCCTTGCAAAACTGGGATGTAACGGTCAATCAACTGCAGCAACAAA
CAGGCAACAAGCATGGAAAACGGCTCACCTTCCTCTGCTGGCAATTTACAATCTATTCGA
TATGGCGTGAGCGGAACGAAAGACTGCATCGTGCTATCTTTAGAACCCCTGACTTGATTA
TTGTAGGGCTTGATCGACTGATCCGAAACATGATTCAGAGTGTCAGAATCACTAATCCTC
GATCTGCTAGCGTGATGATGCGGTACTGGATGGGAGGAACTTGAACGGGTTCTGTTTCTA
CAGGTTTCTTTGATGATGTCGAAGATCAATCAAACTGATGGGCTCAACACTCTCTCTAAT
TGGACTTCTGAAACTCCATCTTACTACCTAATGGGCTTGGCTACTAGTTCTCTTAATATG
TGTCTTTGGTTATAACTCTATTGGGCCATTTGGCCTGCTCACTAGCCCTCTAAGTAGGTT
TGTAATATTTTACTCTCAATTTAAATTTGAAAGCCTTTTTA

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3E251JQ 571 0 0
TTTTTTGACTGTCCATTTGCGTTTACGATTTGGTCGGCGATGGCTTTTCGTCGGAATATT
CCTGCCTTGCAAAACTGGGATGTAACGGTCAATCAACTGCAGCAACAAACAGGCAACAAG
CATGGAAAACGGCTCCCCTTCCTCTGCTGGCAATTTACAATCTATTCGATATGGCGTGAG
CGGAACGAAAGACTGCATCGTGCTATCTTTAGAACCCCTGACTTGATTATTGTAGGGCTT
GATCGACTGATCCGAAACATGATTCAGAGTGTCAGAATCACTAATCCTCGATCTGCTAGC
GTGATGATGCGGTACTGGATGGGAGGAACTTGAACGGGTTCTGTTTCTACAGGTTTCTTT
GATGATGTCGAAGATCAATCAAACTGATGGGCTCAACACTCTCTCTAATTGGACTTCTGA
AACTCCATCTTACTACCTAATGGGCTTGGCTACTAGTTCTCTTAATATGTGTCTTTGGTT
ATAACTCTATTGGGCCATTTGGCCTGCTCACTAGCCCTCTAAGTAGGTTTGTAATATTTT
ACTCTCAATTTAAATTTGAAAGCCTTTTTAC

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 2

CO CL7728Contig1 1053 2 2 U
GGATCAACAAACATAGCTGAGATATCAATAGTACTCAGAAATCTATTAGAAAATGAAGCT
TTCCTGTGGTACAAGATTCGCATTCTTGGTTCTCTTTCTATTTGCAGCACAATCTGTGGC
TGTCTATGCTGGTAGCTTCCATAAAGACGTTCAGATACATTGGGGTGATGGCCGAGGAAA
GGTTCGTGACAGAGATGGAAAGCTTCTTTCTCTCTCGCTTGACAAATCCTCTGGTTCGGG
GTTTCAGTCCCATCAGGAGTTTCTATATGGTAAAGCTGAGGTTCAAATGAAACTTGTCCC
TGGTAACTCTGCTGGTACAGTCACAACATTCTATCTTAAATCGCCCGGAACTACATGGGA
TGAGATCGATTTCGAGTTCTTGGGAAACATTAGTGGTCATCCGTATACTCTTCATACTAA
TGTTTACACACGAGGCTCTGGAGACAAAGAACAGCAGTTTCATCTATGGTTCGACCCAAC
AAAGAACTTTCACACTTACTGTATCACATGGAATCCCCAAAGGATTATTTTTACAGTTGA
TGGCATTCCTATTAGAGAGTTCAAGAACTCTGAGTCAATGGGAGTTCCATTCCCGAAGAA
CCAGCCAATGAGGCTCTACGCAAGCCTTCGGGAAGCCGAGCATTGGGCCACAAGGGGAGG
ATTGGAGAAAACAGATTGGTCAAAAGCTCCTTTCACTGCCTTTTACAGAAACTACAATGT
GGAAGGATGTGTTTGGGCTAACGGAAAATCGTTTTGCCCCGGGAATGCTCCATGGTTCAC
TCAAAAAGTTGACCCGGAAGGCCAGAAAAAAATGAAATGGGCACAGAGTAAGTACATGAT
CTACAACTATTGCACCGATAAAAGAAGGTTTCCTCAAGGTGTTCCTGCAGTGTGCACTTA
AATTATTGGTTCTTGAGATAAGTTACTTGGCCATTGTCTTTGTAACTTGAATGAGTTTTA
TCTATTATTTTCGTTCATTTGTTTACGTGGTGTCTGTGTAAGATTTTTTTCAAGTAATAA
CAAATAATAAAAGAGAGTTTAATTTCGTTAAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3G407TF U 1
AF RR3G407JQ C 208
BS 1 738 RR3G407TF
BS 739 1053 RR3G407JQ

RD RR3G407TF 738 0 0
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TGTCTATGCTGGTAGCTTCCATAAAGACGTTCAGATACATTGGGGTGATGGCCGAGGAAA
GGTTCGTGACAGAGATGGAAAGCTTCTTTCTCTCTCGCTTGACAAATCCTCTGGTTCGGG
GTTTCAGTCCCATCAGGAGTTTCTATATGGTAAAGCTGAGGTTCAAATGAAACTTGTCCC
TGGTAACTCTGCTGGTACAGTCACAACATTCTATCTTAAATCGCCCGGAACTACATGGGA
TGAGATCGATTTCGAGTTCTTGGGAAACATTAGTGGTCATCCGTATACTCTTCATACTAA
TGTTTACACACGAGGCTCTGGAGACAAAGAACAGCAGTTTCATCTATGGTTCGACCCAAC
AAAGAACTTTCACACTTACTGTATCACATGGAATCCCCAAAGGATTATTTTTACAGTTGA
TGGCATTCCTATTAGAGAGTTCAAGAACTCTGAGTCAATGGGAGTTCCATTCCCGAAGAA
CCAGCCAATGAGGCTCTACGCAAGCCTTCGGGAAGCCGAGCATTGGGCCACAAGGGGAGG
ATTGGAGAAAACAGATTGGTCAAAAGCTCCTTTCACTGCCTTTTACAGAAACTACAATGT
GGAAGGATGTGTTTGGGC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3G407JQ 846 0 0
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TGGTAAAGCTGAGGTTCAAATGAAACTTGTCCCTGGTAACTCTGCTGGTACAGTCACAAC
ATTCTATCTTAAATCGCCCGGAACTACATGGGATGAGATCGATTTCGAGTTCTTGGGAAA
CATTAGTGGTCATCCGTATACTCTTCATACTAATGTTTACACACGAGGCTCTGGAGACAA
AGAACAGCAGTTTCATCTATGGTTCGACCCAACAAAGAACTTTCACACTTACTGTATCAC
ATGGAATCCCCAAAGGATTATTTTTACAGTTGATGGCATTCCTATTAGAGAGTTCAAGAA
CTCTGAGTCAATGGGAGTTCCATTCCCGAAGAACCAGCCAATGAGGCTCTACGCAAGCCT
TCGGGAAGCCGAGCATTGGGCCACAAGGGGAGGATTGGAGAAAACAGATTGGTCAAAAGC
TCCTTTCACTGCCTTTTACAGAAACTACAATGTGGAAGGATGTGTTTGGGCTAACGGAAA
ATCGTTTTGCCCCGGGAATGCTCCATGGTTCACTCAAAAAGTTGACCCGGAAGGCCAGAA
AAAAATGAAATGGGCACAGAGTAAGTACATGATCTACAACTATTGCACCGATAAAAGAAG
GTTTCCTCAAGGTGTTCCTGCAGTGTGCACTTAAATTATTGGTTCTTGAGATAAGTTACT
TGGCCATTGTCTTTGTAACTTGAATGAGTTTTATCTATTATTTTCGTTCATTTGTTTACG
TGGTGTCTGTGTAAGATTTTTTTCAAGTAATAACAAATAATAAAAGAGAGTTTAATTTCG
TTAAGG

QA 1 846 1 846
DS 



AS 1 2

CO CL7729Contig1 915 2 2 U
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TGAGTCGAGTGTGACGCGAAAGTCTGAATCTTTTTTCTTTGGGTATTGAGAAGCTGGTCT
CCCGTGTTGCGGCAGTCTTTTTCTTATAATGGATAGGAGTAAACGACTGTGATATATATA
CAATGGCGAGCTCGTCTCTTTCGAGTAAGAGATACACTTACATACACGAAAGTGGAAGTG
AGACACGTAGAGGAGCCATTGACATTCACCATGTGATCATCAACAGAATCAGATCAACTG
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TTTTTCTTGAAAAGGATAATCCACTTAGAACTCTTTCTTGGAGCTGCCTTTTAAGTGGTT
TCTTTGTTGTGATACAATGCCGGAAGTTAGTCAAGAAAGAATCTGTTATAATCATGCCAA
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CCATTGGTAAGATTTTGAAGCCTGTGCTTGTGGAATGTGTCACACCTGTTACATGTTATT
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GTAATTTTCATTGCCACTACAAGCAAATGAGCATGGAAGGACAGAATTTAAGTTTTAAAA
TACTCTTTTCACTGT


BQ
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AF RR3AI39TF U 1
AF RR3AI39JQ C 112
BS 1 779 RR3AI39TF
BS 780 915 RR3AI39JQ

RD RR3AI39TF 779 0 0
GGGCACACAGTCTGGAGATTTGGCGAGATTTGTGAGGCTTCGTTGTGAAACCAAGTGAAA
CTGGGTCATAATGCACGCAAGTTGTTCGACTGAAAGCCGCAGAGAAACCGTTTTGCTGTC
TGAGTCGAGTGTGACGCGAAAGTCTGAATCTTTTTTCTTTGGGTATTGAGAAGCTGGTCT
CCCGTGTTGCGGCAGTCTTTTTCTTATAATGGATAGGAGTAAACGACTGTGATATATATA
CAATGGCGAGCTCGTCTCTTTCGAGTAAGAGATACACTTACATACACGAAAGTGGAAGTG
AGACACGTAGAGGAGCCATTGACATTCACCATGTGATCATCAACAGAATCAGATCAACTG
GTTATGCCCGTCTTATGGGCCTTGCTTTCTTCCTTGTTAATTTGGGTGTCTCTATGTACT
TTTTTCTTGAAAAGGATAATCCACTTAGAACTCTTTCTTGGAGCTGCCTTTTAAGTGGTT
TCTTTGTTGTGATACAATGCCGGAAGTTAGTCAAGAAAGAATCTGTTATAATCATGCCAA
ACTTCGGGATCCAACTTGAAACCCAATATTTAAGTGGAAAAACTGTCTCCACGTTTATCC
CCATTGGTAAGATTTTGAAGCCTGTGCTTGTGGAATGTGTCACACCTGTTACATGTTATT
GGAGTCTCTCTTTATTTCTGCGCGATGAAGAACAGCTTACATTGGTGTTTAAGGAACTGC
GTCCGTCATTGAAGATGTTGGTTCCCATTTGGAAGGGATTGTGTGCTGTTATTGTCACA

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3AI39JQ 804 0 0
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AGCTGGTCTCCCGTGTTGCGGCAGTCTTTTTCTTATAATGGATAGGAGTAAACGACTGTG
ATATATATACAATGGCGAGCTCGTCTCTTTCGAGTAAGAGATACACTTACATACACGAAA
GTGGAAGTGAGACACGTAGAGGAGCCATTGACATTCACCATGTGATCATCAACAGAATCA
GATCAACTGGTTATGCCCGTCTTATGGGCCTTGCTTTCTTCCTTGTTAATTTGGGTGTCT
CTATGTACTTTTTTCTTGAAAAGGATAATCCACTTAGAACTCTTTCTTGGAGCTGCCTTT
TAAGTGGTTTCTTTGTTGTGATACAATGCCGGAAGTTAGTCAAGAAAGAATCTGTTATAA
TCATGCCAAACTTCGGGATCCAACTTGAAACCCAATATTTAAGTGGAAAAACTGTCTCCA
CGTTTATCCCCATTGGTAAGATTTTGAAGCCTGTGCTTGTGGAATGTGTCACACCTGTTA
CATGTTATTGGAGTCTCTCTTTATTTTTGCGCGATGAAGAACAGCTTACATTGGTGTTTA
AGGAACTGCGTCCGTCATTGAAGATGTTGGTTCCCATTTGGAAGGGATTGTGTGCTGTTA
TTGTCACAGATCAAAGTAAAATGATAACCGAAGAAAAACATGTTGTAGTATCTGGTTAAG
CATCTACGTGTAATTTTCATTGCCACTACAAGCAAATGAGCATGGAAGGACAGAATTTAA
GTTTTAAAATACTCTTTTCACTGT

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

CO CL7730Contig1 677 2 3 U
GTCGAGCAACTCCGCTTCCTATGAGCCCGCTCGAGAGTCTTGCGTCGTCGGCTGTACGTA
CCGCCAACAAAGCGCATGCGAAGCTCATCATCGTGTTGACTCGTGGAGGCTCGACCGCTA
ACCTTGCGGCTAAATACAGGCCTGCTGTTCCGATTCTCTCGGTGGTTGTTCCAGTTATGA
CAACGAATTCGTTTGACTGGACTTGTAGCGACGAGTCACCTGCGGGGCACAGTCTGATAT
ACAGAGGTTTGATCCCTATGTTGGCTGAAGGGTCCGCAAAGGCGACAGATAGCGAGTCCA
CTGAAGTTATCATTGAAGCCGCTTTGAAGTCTGCGACACAGAGAGGACTGTGCAACCATG
GTGATGCAGTTGTGGCGCTGCACCGTATTGGAGCTGCCTCGGTTATTAAGATCTGTTTGG
TGAAGTAAGTAAGATTCCAAACTTGCTTCAAACAAAAAAAACTCAAATATTGGCTCCTGA
TGATTGTTGGTAATCACAACTTGAGAGTTAGTTTTCGTTTGCATGAAATAAAGATAACAG
TGAAATGTTAAAGACATCTCTTTCCCTCCTTTTTTTTATTTAGCATTTCAAGATTATGAT
GGTCAGTGCTGACTTTTGATGTATAACACTGTTACTATTCATAAGCTTTGCTTACAAAAG
ATTTAAGCTTTAAAGAT


BQ
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DS 

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QA 1 677 1 677
DS 



AS 1 2

CO CL7731Contig1 1105 2 2 U
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BQ
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CA

QA 1 722 1 722
DS 

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QA 1 756 1 756
DS 



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TCAAGCCATGTATTATACCGTTAGAGGGTGGTGTTGCGTCTGGTTTCAAAACACCTGAAG
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AAGTTGTTCAGTACTTGAAAGACAAGTATCACGAAGGAACATGTGATGTTGCTATTGTTG
ATGATGGAAAACTAGATACAGAATCAGATTCTGGTGAGTTTTGGGTCCTCTTTGGTGGTT
TTGCTCCAATAGGAAGGAAAGTTGCCAATGATGATGATGTTATCCCGGAATCAACTCCAC
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CTATGATGGAAAACACTAAATGCTACCTATTGGACTGTGGTGCTGAGGTGTTTGTCTGGG
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BQ
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AF RR3GE39TF U 1
AF RR3GE39JQ C 205
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ATGATGGAAA
CTAGAT

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QA 8 845 8 845
DS 



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BQ
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AF RR3CP92TF U 1
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CTGTTTGGCTTTGG

QA 1 734 1 734
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CTGATTTTCAAAGAGAATGGTGTCAACGGAGAGTATCTCGAAAGCATGTCCGTGTTCACA
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GGCCATGGTGGGCACCTTCTTGCCTCTCAGTAGTCTTTGTTAAGGCGGCTAAGCGCAACC
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ATGTACCTACGTACTTGTCTCTCTACCTCTTCTCTTTTTTTCTTCTTTTTTTCTGGTTTG
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DS 



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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AU09JQ C 1
AF RR3AU09TF U 1
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QA 1 701 1 701
DS 

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QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CW09TF U 1
AF RR3CW09JQ C 6
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AAACATTATTTTT

QA 1 673 1 673
DS 

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AAGTCAATGGTAAACTTCATTTCTTCTTTTGAACATGTATTCGTTTTCTTCTTTTTTTTT
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TGTTTTCTCTACTAAGATTCAATTTATATCCTTTTTTCAC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3F456JQ C 1
AF RR3F456TF U 1
BS 1 513 RR3F456TF

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GCTTTTATGTTTTATCAAATCGTATTCTTTAGC

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3F456TF 513 0 0
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TGCAAACGCTATAGCTTGCGGTTACGCAGCAATCTCGATAGCGGTTCTAATGATCTGCAA
AGGCAGAAGAAGCAAAGGGTTGTTAGTTGCGGTTTTGGTAGGAGATCTAGTAATGGTGGG
CTTGCTATTTTCTGGCACTGGAGCCGCCGGTGCAATAGGGTTAATGGGTTCACAAGGGAA
TAAACATGTGATGTGGAAGAAAGTTTGTAACGTCTTTGGAAAGTTCTGTCACCAAGCTGC
TGCTTCTGTTGCCATCACTCTTCTTGCTTCAATTGTCTTTATGCTTCTTGTTGTTCTTGA
TGCTATGAAGCTTCCTTAAAATTTAATACCTAAAAACGAATGCTATTGCTGTTTCTAATT
GTTTCTTGTCGTTTGTTATGTGTCAAGTCATTATCAACAATCATGTGTAATTGTCTATTT
GCTTTTATGTTTTATCAAATCGTATTCTTTAGC

QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 2

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ACACAGACTCTATATGTAAATGCGAGACACACTTTGTAAACTGAATCTGTCAGCGTCTCG
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TCAACTTGTAAGGACTTGAAATAATCCTTCTCCGCGTTAGCCATTCTACTCTGGAACATG
GTCCATTCCTTTTTGCATCTATCCCTCACCCCTTGCCATGGCGCTTTGCCGTCTGTTGCC
TCACCTTGGCTGCCAAGGGAAGGGACAGTTTGATGAACGACCCATTGAGAATCTACTACA
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TGAACCAAATCATTCTGGATCATGTGCCACACGCATCGCCAGGCGTCTCTTGAAAATACA
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GGTTTTTCTTCTGTTATCTTGTGGACTTCAAGTTCTCCTCTTCTCTTTGTCATCTGCCAT
GTTAACCCCTTGTTTGGTTCCAAGCCAGGTTGGGAAATCTCCAGGCCATGCTTCTTCACA
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ATATAATCATATCTTGCAACAATATCAGGGTGCAAAAACCTCTTTGCATACCACCATTTT
GTCTGCTTCCGTACACTAATGTGTATAGCAGTCTTGGACCATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AE18JQ U 30
AF RR3AE18TF C 1
BS 1 32 RR3AE18TF
BS 33 697 RR3AE18JQ
BS 698 825 RR3AE18TF

RD RR3AE18JQ 668 0 0
AAA
AAGAGATGAGTATCCACTACATTAACATACACAGACTCTATATGTAAATGCGAGACACAC
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TCTGAGTGCAAAGTCAAGTCCCCAACCGTGAACCAAATCATTCTGGATCATGTGCCACAC
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AACCC

QA 4 668 4 668
DS 

RD RR3AE18TF 825 0 0
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TGAACCAAATCATTCTGGATCATGTGCCACACGCATCGCCAGGCGTCTCTTGAAAATACA
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GGTTTTTCTTCTGTTATCTTGTGGACTTCAAGTTCTCCTCTTCTCTTTGTCATCTGCCAT
GTTAACCCCTTGTTTGGTTCCAAGCCAGGTTGGGAAATCTCCAGGCCATGCTTCTTCACA
AGCTTTATGTACTCTTCTGCATTAAAATGTTCAACCCCAAGGTCTTCATCCCAGATGAAT
ATATAATCATATCTTGCAACAATATCAGGGTGCAAAAACCTCTTTGCATACCACCATTTT
GTCTGCTTCCGTACACTAATGTGTATAGCAGTCTTGGACCATTCC

QA 1 825 1 825
DS 



AS 1 2

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ATGCATACAGGGTTTCTGGAGAGAACATTTACGTGGTAGGCCATACTAGACCAACTAACT
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TTATCCAATCTAAGATCAGGATCTTCCTAATTATGCTCAGCACACTGTTCCTATGTTTTC
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ATCTCTGAACAAGACTAAAAGCTTAGCTGGGAGAGTGAATGAAGAATTATGTTGCAATCA
ATGTTCAACATTATCTGAACTAGATAAACCTTATGCAGAGGAATAATATATATCAGTATA
ATAGGGTTTAAGATTCACTACCTAAATAATACCAAAAGTTTATGATTAACAAGTAATGTA
TATTATGTTTGC


BQ
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AF RR3DN27TF U 1
AF RR3DN27JQ C 488
BS 1 538 RR3DN27TF
BS 539 1272 RR3DN27JQ

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TACTGTCTTGCCGACTCTGAGAGTGAATCAGTCCTAAGTATCAGGGACACGACAAGCTTC
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ATTCATGGTCACATAACTTGCTACGCTAGTCAGAGTCAGTAGTAAGAAGCGTTGATGTAT
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DS 

RD RR3DN27JQ 785 0 0
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CAAGAGAGGTTGTGGTGTGGGAACGCCACCAAATCCATGGCCAGAACAATCGATTTATGC
AATGATAATAGCTTCAGCTACATACAAAGCCTAATCCTTCTCCATCAAGTGACATCTCTG
AACAAGACTAAAAGCTTAGCTGGGAGAGTGAATGAAGAATTATGTTGCAATCAATGTTCA
ACATTATCTGAACTAGATAAACCTTATGCAGAGGAATAATATATATCAGTATAATAGGGT
TTAAGATTCACTACCTAAATAATACCAAAAGTTTATGATTAACAAGTAATGTATATTATG
TTTGC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

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CATTATAGTTTCAAAC


BQ
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AF RR3AG52JQ C 1
AF RR3AG52TF U 1
BS 1 665 RR3AG52TF
BS 666 676 RR3AG52JQ

RD RR3AG52JQ 676 0 0
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GACGGTGTTGCTGGAATCTCGATCAAGGACAAACAGATACCACTTAGTGGGCAGTATTCG
ATACTTGGGAGGGCGGTTGTTGTACATGGTGATCCTGATGATCTTGGCAGAGGAGGACAC
AAGCTTAGCAAATCAACAGGAAACGCAGGCGCACGAGTTGGATGCGGTATTATCGGACTT
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TACACTCAGTTTTTCATCTGTAGATGTACATCAGAGACCATAGTTTGTATATTGATATAC
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CATTATAGTTTCAAAC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3AG52TF 665 0 0
GGAACACACAGACAGAACCGATGGTAGCTCCTAATCTGAGAGCGGTGGCTCTTATCGCCG
GCGATAAAAACGTCCGAGGATGTATTCAATTCATCCAAGACACTTCCGGGACTACTCATG
TTACAGGAAAGATCTCAGGACTGTCTCCTGGCTTCCATGGATTTCATATTCACTCTTTCG
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ATGGGCCACCGGATGAGGAAGAGCGTCATGCTGGAGACTTGTAACATTCTTGCAGGATCA
GACGGTGTTGCTGGAATCTCGATCAAGGACAAACAGATACCACTTAGTGGGCAGTATTCG
ATACTTGGGAGGGCGGTTGTTGTACATGGTGATCCTGATGATCTTGGCAGAGGAGGACAC
AAGCTTAGCAAATCAACAGGAAACGCAGGCGCACGAGTTGGATGCGGTATTATCGGACTT
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TACACTCAGTTTTTCATCTGTAGATGTACATCAGAGACCATAGTTTGTATATTGATATAC
TGTTTGAGACGCAAGTCATAATAATGTAAGCCAATACGTGAATTCAAGTCGTCTTTAAAT
CATTA

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL7741Contig1 670 2 2 U
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AATCCAGATCTGCAAAAGATGTGGACGGGTAGCGTGTGGATGGGGGTTGCGTGGATAGGT
GGTGTGTGGATAACTGGAGCGTGGATGGTTGAATAGATCTCTGGTGACTAGTGGGTGGCT
TCTAGTGGTGTCTTGTTTGGTGAAGTTGTTGCAAGTGAGCCGTCCACATACAATGTTTTT
CTTCTATGTTATTGATTTGATACCCATATTCCGCTCTTATTGATTCAGTTAAGAGGTGAT
GTAAAATATGTTCCTTTTTTCTTGTGCTTCTTGTTTCGTTGGTTCTTGTTGTACGGATAT
AATGAATGATCGTCGCAAATTATTGATTTATTAATGTAATTTGTTTTTGCTAATCAACAA
AAATAGTTTC


BQ
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D128JQ C 1
AF RR3D128TF U 1
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AAATAGTTTC

QA 1 670 1 670
DS 

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CTTCTATGTTATTGATTTGATACCCATATTCCGCTCTTATTGATTCAGTTAAGAGGTGAT
GTAAAATATGTTCCTTTTTTCTTGTGCTTCTTGTTTCGTTGGTTCTTGTTGTACGGATAT
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AA
TAGTTTC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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AF RR3GE61TF U 1
AF RR3GE61JQ C 116
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GAT
CGAT

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DS 

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QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

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CTTATGTTTCCTTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GV10JQ C 1
AF RR3GV10TF U 1
BS 1 554 RR3GV10TF

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CTTATGTTTCCTTG

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3GV10TF 554 0 0
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ATCTCCCTCACACTCCGTCTCAAACACAGTAGCTGAATCTGTCTCATCAAACATATCATC
ATTGGCTGATGATGATGCAGAATACTCGAGCCCTGCTCCGGTTCAGAGACGAAACACCAG
CAACGTACGAGAAACAGAGATTACTGAAATGTAAACCAACTTAGAAGTGAAAGATTTACC
ATGGAAGAGTATGTGTCTGTATAAATAGGTGATGTCTCGACTTGGAAACGGAATCATGTC
AAAATAAAACCTTGAAGAAGTAACTGAAGTTTTTAAAATCTTGGTTAGCTATATAACCAA
CTTATGTTTCCTTG

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 2

CO CL7744Contig1 668 2 1 U
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AAGATGACATGTGAAACAGCAATACAGCTGAGGGAGAAAGGAAAAGTGGCTGTGCCCGAC
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GAAGAAGTGGAAGGAGCTTGGTCTAAAACTTATGATCACTTGGCTCTAGCCATTAAGACC
GAGATGAAACAGGAAGACGCATAAGTATCTGCTCATACATGAATCTTCAAACGATTCTGT
ATGAATTAGTTACATTCATTAAAATGGTGAATCTGTATGCAAAATTTCATCCCATCATCT
TTGTGAAATTTCTCTCAACTACTTTTGTTATTTCTTTAAATACAGAGCTACATGACAATC
AATAAATC


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AF RR3GS14JQ C 1
AF RR3GS14TF U 1
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RD RR3GS14JQ 668 0 0
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ATGAATTAGTTACATTCATTAAAATGGTGAATCTGTATGCAAAATTTCATCCCATCATCT
TTGTGAAATTTCTCTCAACTACTTTTGTTATTTCTTTAAATACAGAGCTACATGACAATC
AATAAATC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3GS14TF 668 0 0
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GCTTTGGTGAAGGAGTCCTGGGAGATACTGAAGAATGACATCCCCAAATACAGCCTTCAC
TTCTTCTCACAGATACTGGAGATAGCACCAGCAGCAAAAGACATGTTCTCTTTCCTAAGA
GACACAGATGAAGTTCCTCAGAACAATCCTAAACTCAAAGCTCATGCTGTTAAAGTCTTC
AAGATGACATGTGAAACAGCAATACAGCTGAGGGAGAAAGGAAAAGTGGCTGTGCCCGAC
ACAACCCTTCAGTACTTGGGCTCTGTTCATCTCAAAAGCGGTGTTCTTGATCCTCACTTT
GAGGTGGTGAAAGAGGCTTTGGTGAGGACACTGAAAGAAGGGTTGGGGGAGAAGTACAAT
GAAGAAGTGGAAGGAGCTTGGTCTAAAACTTATGATCACTTGGCTCTAGCCATTAAGACC
GAGATGAAACAGGAAGACGCATAAGTATCTGCTCATACATGAATCTTCAAACGATTCTGT
ATGAATTAGTTACATTCATTAAAATGGTGAATCTGTATGCAAAATTTCATCCCATCATCT
TTGTGAAATTTCTCTCAACTACTTTTGTTATTTCTTTAAATACAGAGCTACATGACAATC
AATAAATC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

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AF RR3BL45JQ C 1
AF RR3BL45TF U 1
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DS 

RD RR3BL45TF 464 0 0
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GTTTGTGCAGTAGCGTGGGTTTTCGTGTACCTCAAGGTACCGGAAACAAAAGGAATGCCA
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TGTATGTTGAACAAAAGTTAAATAATAAGAATTACCATACTTGG

QA 1 464 1 464
DS 



AS 1 2

CO CL7746Contig1 1160 2 2 U
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TCATGATCCTGATCAATACCAACATCATCAAATGACTATTCCTAACAATAATCCTTACCA
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CTCTAGGACTTTTTAAAACATATATGTGTCTAATCCATATTATTATAAATATTGTCTCTT
CTATCGTATCAAAACTTTAA


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AF RR3HB66TF U 1
AF RR3HB66JQ C 436
BS 1 597 RR3HB66TF
BS 598 1160 RR3HB66JQ

RD RR3HB66TF 597 0 0
CAAAGGGATTGTATAAATTATAATTGAAGCACACATCATGGACCATCATCACTATACTCA
TCATGATCCTGATCAATACCAACATCATCAAATGACTATTCCTAACAATAATCCTTACCA
CACCATCATCACCACACCACCACCAAGAACAACAACAGTGGATTCAACAACAATGATAAT
GGATGCTGAAAAGAAGATGATAACCACGATGACCAGTAGGCCACAAGAACCAAGAAACTG
TCCAAGATGCAACTCAAGCAACACCAAATTCTGTTACTACAACAACTACAGCTTAGCACA
GCCTAGGTACTTATGTAAGTCTTGTCGGAGATATTGGACTGAAGGTGGCTCTCTCCGTAA
CGTCCCCGTTGGCGGTGGTTCTAGAAAGAACAAGAAGCTTCCATTACTACAACCTAATTC
CTCTTCTTCTTCTCCCACCAAGAATCTCCCAGATCTCAACCCTCCTTTTGTCTTCACATC
TACATCAAACCCTAGCAAGAGTACCCATCAAAATAATGACCTCAGCCTTTCCTTCTCCTC
TCCTACTATGCGAGATAAGGAAGCTCAAGGGCACTATGGTCACTTTGCTGAGCAAGC

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3HB66JQ 725 0 0
CACCAAGAATCTCCCAGATCTCAACCCTCCTTTTGTCTTCACATCTACATCAAACCCTAG
CAAGAGTACCCATCAAAATAATGACCTCAGCCTTTCCTTCTCCTCTCCTACTATGCGAGA
TAAGGAAGCTCAAGGGCACTATGGTCACTTTGCTGAGCAAGCTATGACAGGAGGGCAAAA
CTGTCTTTTCACAGCTCCCATGGGAATGATTCAGTTTCGTCAGGATTATGATAATGATCA
CAGCAAAACCGATATTAGGTTTTCATTAGATAGAAACAAGCAGGAGATTAGTGGAGGAGG
AAGTAAGTTGATGTTTCCTTATGGAAATGGTGATGAACATCATCATGACCATGAGAGACA
CGACGATGGTAATAAGACGAGAGAAAGTGGTTCAAGCAATGAGCTATGGAGTGGAATCAT
CCTAGGTGGTGATAGTGGTGGACCAACATGGTGATATTGAAGAATATTGTCAAAGAAAAA
GACAATAAAGACAAAAACAAACAGTTTCGAGCAAAAATATGTGATTAGATTTGCGAGTTT
TCAGACCCGGAAGAGTCGCCTTCGGAGGAGCATGATGATTCTTCTTGCTGCTTTTTAAAA
GTCCCTCTGTTCATTTTCATTGTCTTATTGGGTTTTGGTTTGCTTCTCTAGGACTTTTTA
AAACATATATGTGTCTAATCCATATTATTATAAATATTGTCTCTTCTATCGTATCAAAAC
TTTAA

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL7747Contig1 185 2 1 U
GGGGGAATGAGGATGTTTATTAAACCATACGTCTGCAAATCTGAACTACAGTGTAGATTC
ATAGACATGCACTACCATCTGACCTCATGTTTTCTAACTATTTTTTGCTTCTATTTTTCT
TAAACCCGTCTTATAATTTGGTTTGCTGCAATCGATGATGAATAAAATCGTCCATATTTA
ATGAT


BQ
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AF RR3A794JQ C 1
AF RR3A794TF U 1
BS 1 185 RR3A794TF

RD RR3A794JQ 185 0 0
GGGGGAATGAGGATGTTTATTAAACCATACGTCTGCAAATCTGAACTACAGTGTAGATTC
ATAGACATGCACTACCATCTGACCTCATGTTTTCTAACTATTTTTTGCTTCTATTTTTCT
TAAACCCGTCTTATAATTTGGTTTGCTGCAATCGATGATGAATAAAATCGTCCATATTTA
ATGAT

QA 1 185 1 185
DS 

RD RR3A794TF 185 0 0
GGGGGAATGAGGATGTTTATTAAACCATACGTCTGCAAATCTGAACTACAGTGTAGATTC
ATAGACATGCACTACCATCTGACCTCATGTTTTCTAACTATTTTTTGCTTCTATTTTTCT
TAAACCCGTCTTATAATTTGGTTTGCTGCAATCGATGATGAATAAAATCGTCCATATTTA
ATGAT

QA 1 185 1 185
DS 



AS 1 2

CO CL7748Contig1 668 2 1 U
GGAAATCTAACTCATCTTCCCAATGGAACTTAAAACTTTGATATTCACCATTACCATCAC
CATCTCTATCATCACTCCACTTCCATCTCTCTCTTTTCAACTCCCATCCAACAAAACACC
AACACTAGCTTCTTCTCAATACCAAACCCTAACCCGCAACACCATTCAACAGCAGTTTCT
ACAACCACACAACATCTTAAGAGCCAAGCTTCGTCTCCCTCCTCTCAAATGGAGCAACAA
ACTCGCCCGCTACGCAACCCGGTGGGCACGAACCCGCCGTGGAGATTGCAACCTTATCCA
CTCCGGTGGACCTTACGGGGAGAATCTCTTTTGGGGAAGTGGAAAAGGGTGGAACCCTGG
GAACGCGGTGGGTGCGTGGGCCTCGGAGAGGAAATACTATGACCGGAAGACGTACCGATG
TAAGGCGAATGGAGATTGTTTGCATTACACGCAACTTGTGTGGAAGAAGAGTTTGAGGGT
TGGTTGTGCGATTGTGTTTTGCAGGAGCGGTGACACGTTTATCATTTGTAATTATGATCC
TCCTGGTAACATTGTTGGACAGCCACCCTTTTGAATGTTGTGTACACCTCATTTTTAAAT
TTTCTTTATATTTTCTGAAAACATGATGTAAATTTTATCACATGATATATCCATATGAGT
TCTTAAGT


BQ
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AF RR3AE67JQ C 1
AF RR3AE67TF U 1
BS 1 668 RR3AE67TF

RD RR3AE67JQ 668 0 0
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CATCTCTATCATCACTCCACTTCCATCTCTCTCTTTTCAACTCCCATCCAACAAAACACC
AACACTAGCTTCTTCTCAATACCAAACCCTAACCCGCAACACCATTCAACAGCAGTTTCT
ACAACCACACAACATCTTAAGAGCCAAGCTTCGTCTCCCTCCTCTCAAATGGAGCAACAA
ACTCGCCCGCTACGCAACCCGGTGGGCACGAACCCGCCGTGGAGATTGCAACCTTATCCA
CTCCGGTGGACCTTACGGGGAGAATCTCTTTTGGGGAAGTGGAAAAGGGTGGAACCCTGG
GAACGCGGTGGGTGCGTGGGCCTCGGAGAGGAAATACTATGACCGGAAGACGTACCGATG
TAAGGCGAATGGAGATTGTTTGCATTACACGCAACTTGTGTGGAAGAAGAGTTTGAGGGT
TGGTTGTGCGATTGTGTTTTGCAGGAGCGGTGACACGTTTATCATTTGTAATTATGATCC
TCCTGGTAACATTGTTGGACAGCCACCCTTTTGAATGTTGTGTACACCTCATTTTTAAAT
TTTCTTTATATTTTCTGAAAACATGATGTAAATTTTATCACATGATATATCCATATGAGT
TCTTAAGT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3AE67TF 668 0 0
GGAAATCTAACTCATCTTCCCAATGGAACTTAAAACTTTGATATTCACCATTACCATCAC
CATCTCTATCATCACTCCACTTCCATCTCTCTCTTTTCAACTCCCATCCAACAAAACACC
AACACTAGCTTCTTCTCAATACCAAACCCTAACCCGCAACACCATTCAACAGCAGTTTCT
ACAACCACACAACATCTTAAGAGCCAAGCTTCGTCTCCCTCCTCTCAAATGGAGCAACAA
ACTCGCCCGCTACGCAACCCGGTGGGCACGAACCCGCCGTGGAGATTGCAACCTTATCCA
CTCCGGTGGACCTTACGGGGAGAATCTCTTTTGGGGAAGTGGAAAAGGGTGGAACCCTGG
GAACGCGGTGGGTGCGTGGGCCTCGGAGAGGAAATACTATGACCGGAAGACGTACCGATG
TAAGGCGAATGGAGATTGTTTGCATTACACGCAACTTGTGTGGAAGAAGAGTTTGAGGGT
TGGTTGTGCGATTGTGTTTTGCAGGAGCGGTGACACGTTTATCATTTGTAATTATGATCC
TCCTGGTAACATTGTTGGACAGCCACCCTTTTGAATGTTGTGTACACCTCATTTTTAAAT
TTTCTTTATATTTTCTGAAAACATGATGTAAATTTTATCACATGATATATCCATATGAGT
TCTTAAGT

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL7749Contig1 1163 2 2 U
GGAACTTCAGTTTCCTTAACAAAGGAAAGGCGAAACGGTTGACAGAGGGGGTACAATGGT
AAAAGGTACGGACGGGAACAAGAAGAGAAAAGCTTATAAAGTACAAACCGATCACACAAA
CAGGCAATCGCTTGATACATCCCCCCACCCATCTTCACCGCTTCAGACGAAACTCTCAAA
ATCAATTTCTTTTTTCCGACAAAAGGGAGAGATGCCGAAGGATAGACGTGTATTGTCTGT
GCCAAGCAACAGGACCAGAGTATCACCGTACCCACTTCGCTCATCAAGGACCAAGAAAGA
GAAAGAACCCGAGCTGCCTATCCAGACAGAAGGCCCAAGCCAGTGGGAAGATGTCCGGCG
TGTGATCTGTCAGGAACCGCCGCACAATGCCGTCCTCTTGCGTTGCTCTTCGTCCTCTAC
CGGATGCCGCGCTTACATGTGCGACACGAGTGCTCGTCACTCCAACTGTTTCAAGCAGTA
CCGCGTTAAAAACAGGAACCGTTTAACCAAGACCTTTAACTGTCCGTACTGCAGAGGAGA
GGTTTACGAGACGATGAAGGTGTCGGGTGCGGTGAGATATCTGAACGCTAAACCGAGGTG
CTGCGCTTTCGAGGGCTGTGTCTTCTCGGGGAGTTATTCGCAGCTTAAAAGTCACCTGAG
AGCTGCGCACCCTGGTTTCACCGGACCCGTGGTGGACCAGAGGAGACATAGGGAGTGGGA
GCAGATGCAGAGAGCTTCTGAGTACACTGAAGTGATGACTGCAGCTGGTATTCCACATAG
CCATGAGGCTGTGGCGCAATACAGTCTCCCTCCAAATCCCGTGATTCGTCTCAGCATCAA
TGGAGTACCGCATGACCGTATCCCATTTAATCTTCCTCCAAATCCGGTGATTCGTCTCAG
CATCGATGGAGTGGAGCACTCTCAGTTTCTGCACGATCTTCCTCGTAATCCGATGATTCG
TATTAGTATCAGTGGAGTGCTGCATGACCTTTCTTTGGGGGTCAGGTAAAAGGAGCAGCA
AACCGGCCCATGACCATAATTTACAGTTGAAGAAATCCTAATTTGTTTAGCCGAACCCAA
GATTCTGAATATTTGTTCAAAGTTTTGATGTCTCACAGCTTTTTTCTTCATGTTTCAATG
CCATCCATAATGTTTAAATCATC


BQ
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AF RR3CQ12TF U 1
AF RR3CQ12JQ C 472
BS 1 707 RR3CQ12TF
BS 708 1163 RR3CQ12JQ

RD RR3CQ12TF 707 0 0
GGAACTTCAGTTTCCTTAACAAAGGAAAGGCGAAACGGTTGACAGAGGGGGTACAATGGT
AAAAGGTACGGACGGGAACAAGAAGAGAAAAGCTTATAAAGTACAAACCGATCACACAAA
CAGGCAATCGCTTGATACATCCCCCCACCCATCTTCACCGCTTCAGACGAAACTCTCAAA
ATCAATTTCTTTTTTCCGACAAAAGGGAGAGATGCCGAAGGATAGACGTGTATTGTCTGT
GCCAAGCAACAGGACCAGAGTATCACCGTACCCACTTCGCTCATCAAGGACCAAGAAAGA
GAAAGAACCCGAGCTGCCTATCCAGACAGAAGGCCCAAGCCAGTGGGAAGATGTCCGGCG
TGTGATCTGTCAGGAACCGCCGCACAATGCCGTCCTCTTGCGTTGCTCTTCGTCCTCTAC
CGGATGCCGCGCTTACATGTGCGACACGAGTGCTCGTCACTCCAACTGTTTCAAGCAGTA
CCGCGTTAAAAACAGGAACCGTTTAACCAAGACCTTTAACTGTCCGTACTGCAGAGGAGA
GGTTTACGAGACGATGAAGGTGTCGGGTGCGGTGAGATATCTGAACGCTAAACCGAGGTG
CTGCGCTTTCGAGGGCTGTGTCTTCTCGGGGAGTTATTCGCAGCTTAAAAGTCACCTGAG
AGCTGCGCACCCTGGTTTCACCGGACCCGTGGTGGACCAGAGGAGAC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3CQ12JQ 692 0 0
CAAGCAGTACCGCGTTAAAAACAGGAACCGTTTAACCAAGACCTTTAACTGTCCGTACTG
CAGAGGAGAGGTTTACGAGACGATGAAGGTGTCGGGTGCGGTGAGATATCTGAACGCTAA
ACCGAGGTGCTGCGCTTTCGAGGGCTGTGTCTTCTCGGGGAGTTATTCGCAGCTTAAAAG
TCACCTGAGAGCTGCGCACCCTGGTTTCACCGGACCCGTGGTGGACCAGAGGAGACATAG
GGAGTGGGAGCAGATGCAGAGAGCTTCTGAGTACACTGAAGTGATGACTGCAGCTGGTAT
TCCACATAGCCATGAGGCTGTGGCGCAATACAGTCTCCCTCCAAATCCCGTGATTCGTCT
CAGCATCAATGGAGTACCGCATGACCGTATCCCATTTAATCTTCCTCCAAATCCGGTGAT
TCGTCTCAGCATCGATGGAGTGGAGCACTCTCAGTTTCTGCACGATCTTCCTCGTAATCC
GATGATTCGTATTAGTATCAGTGGAGTGCTGCATGACCTTTCTTTGGGGGTCAGGTAAAA
GGAGCAGCAAACCGGCCCATGACCATAATTTACAGTTGAAGAAATCCTAATTTGTTTAGC
CGAACCCAAGATTCTGAATATTTGTTCAAAGTTTTGATGTCTCACAGCTTTTTTCTTCAT
GTTTCAATGCCATCCATAATGTTTAAATCATC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL7750Contig1 844 2 2 U
GATCTCTCGTGAGACATTTGGATGGACTCCTCAAGAAGCCAAATTTCACATGGTTCCTGA
TTACTTCAGTGTTTCGGAGTGGACTATAATTGCTGATGTTCTTGGAGCCAATTCTCGGCA
TCTGTTTGAGCTTTATGCCCTTAAGCAAAGCAATCATTACCAAAGTTTGATGGGGAACAA
AGCAGGTACGTTTGAAGATATTGTGGATGCATACTTGGCATATTTACAAGTTGCTGTGGT
TAATCCTGCAATGGAAAAAGCTTTGCTGCGGCTTCAACGGTATGCCGCTGATGTACGCAA
GGGAAGCATTCCAGATGAGAAATTACGCTTTGGTGCTGCATGGAGGCATCCTCCGAGCAG
TGAGGATCCTGCTCTATGCTCCGAATGGGCTAAAATTCAGCTGATGGACTTTGTCCAAGC
TCTTGTCAATACAGAATTCGCGGTAAATTATTTGGGTGACTACAGCCTTGAGATCTTTGA
AGACCCTTCTGCTATAGCATTGGTTGAGGTCGGGATACTATATACTCAGCGAGATCCGTC
TTTCTTCCGTCCTATATCCCAAGGCATTAAAAGATGCCTCGTTAGATGGCTCATCCAAGA
ACGAATGAAGATGAGTTATTACAGCTCAACCAAATATTGGTGGCAGAGAATTATCCGTGG
TCGTTATTACAAGCATTTGATGCTTGGCTACAGAACATAGGAGGTTTCACACAGGTTTTG
TTGTCACAGGAACGCTGATGAAAATTGTGGGTATCTTGTGGCTCGCAAATCCCCTTAGCT
AATAATCATTTGATTATTATATTTGTTTCTACAAATGTTTTTCCTTAACCAACTAGTGAA
TAGC


BQ
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AF RR3EX70TF U 1
AF RR3EX70JQ C 159
BS 1 556 RR3EX70TF
BS 557 844 RR3EX70JQ

RD RR3EX70TF 556 0 0
GATCTCTCGTGAGACATTTGGATGGACTCCTCAAGAAGCCAAATTTCACATGGTTCCTGA
TTACTTCAGTGTTTCGGAGTGGACTATAATTGCTGATGTTCTTGGAGCCAATTCTCGGCA
TCTGTTTGAGCTTTATGCCCTTAAGCAAAGCAATCATTACCAAAGTTTGATGGGGAACAA
AGCAGGTACGTTTGAAGATATTGTGGATGCATACTTGGCATATTTACAAGTTGCTGTGGT
TAATCCTGCAATGGAAAAAGCTTTGCTGCGGCTTCAACGGTATGCCGCTGATGTACGCAA
GGGAAGCATTCCAGATGAGAAATTACGCTTTGGTGCTGCATGGAGGCATCCTCCGAGCAG
TGAGGATCCTGCTCTATGCTCCGAATGGGCTAAAATTCAGCTGATGGACTTTGTCCAAGC
TCTTGTCAATACAGAATTCGCGGTAAATTATTTGGGTGACTACAGCCTTGAGATCTTTGA
AGACCCTTCTGCTATAGCATTGGTTGAGGTCGGGATACTATATACTCAGCGAGATCCGTC
TTTCTTCCGTCCTATA

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3EX70JQ 686 0 0
ACCAAAGTTTGATGGGGAACAAAGCAGGTACGTTTGAAGATATTGTGGATGCATACTTGG
CATATTTACAAGTTGCTGTGGTTAATCCTGCAATGGAAAAAGCTTTGCTGCGGCTTCAAC
GGTATGCCGCTGATGTACGCAAGGGAAGCATTCCAGATGAGAAATTACGCTTTGGTGCTG
CATGGAGGCATCCTCCGAGCAGTGAGGATCCTGCTCTATGCTCCGAATGGGCTAAAATTC
AGCTGATGGACTTTGTCCAAGCTCTTGTCAATACAGAATTCGCGGTAAATTATTTGGGTG
ACTACAGCCTTGAGATCTTTGAAGACCCTTCTGCTATAGCATTGGTTGAGGTCGGGATAC
TATATACTCAGCGAGATCCGTCTTTCTTCCGTCCTATATCCCAAGGCATTAAAAGATGCC
TCGTTAGATGGCTCATCCAAGAACGAATGAAGATGAGTTATTACAGCTCAACCAAATATT
GGTGGCAGAGAATTATCCGTGGTCGTTATTACAAGCATTTGATGCTTGGCTACAGAACAT
AGGAGGTTTCACACAGGTTTTGTTGTCACAGGAACGCTGATGAAAATTGTGGGTATCTTG
TGGCTCGCAAATCCCCTTAGCTAATAATCATTTGATTATTATATTTGTTTCTACAAATGT
TTTTCCTTAACCAACTAGTGAATAGC

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL7751Contig1 686 2 2 U
GGAGATTTATTATAGCAGCTTTTAACTCTCAGCTTCTCTCCTCACTTGAGTAGAAGAAAA
TGTCGATCATTCCAATCAACGATGATCGCCGGAGAATCTCTCCCGGCGATAGAATCTGGG
AGCCATTTGAACTCATGAACACCTTCCTCGACTTCCCCTCGCCATCCCTCCTGCTATCTC
GTCACTTTCCTTCACTTTCCCGAGACCTCTCCCCTTTCTCTTCTCCATCCACCGTCGAGA
CCCAGCTCAACTGGACGGAGACTCCTACGGCTCACGTTTTCAAAGCCTATCTTCCGGGAA
CGACTCAGGACGAAGCGATCGTGTTCGTGGACGACGAAGGGTTCCTCCAGATCTGCACGG
GAGACAACAAGTTCATGAGCAGGTTCAAGCTCCCCGACAACGCTTTGACGGATCAGGTGA
CGGCGTGGATGGAAGATGGTTTCCTCGTCGTGTTCGTCGCGAAAGATGTTGCTGCTTCTT
CGCTGTCAACGCCGGAGATAGAGGAGAATCGCGATGTGAGAGTGGTGGAGATCACCGGCG
ATGATGATTAAATTAAGTTTGGGACTTTTAAAATCTGTGTAATAAAATAAACAGAGTAAT
CGGGTACTTTAGATTTGTGATCGGAAGTCCTTTGTGATCTTGTTTGAAGTCCCTTGTGTT
ATAAAGGAATCTGTCTCGTTTTGCTT


BQ
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AF RR3DG35JQ C 1
AF RR3DG35TF U 1
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DS 

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CGGGTACTTTAGATTTGTGATCGGAAGTCCTTTGTGATCTTGTTTGAAGTCCCTTGTGTT
ATA

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

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TGAAAAAATTGTACCTGAACGGCTTTGATAACAGCGCCTCTGGCCAAGAAGAGAGTCATA
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BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G859TF C 1
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TGAAAAAATTGTACCTGAACGGCTTTGATAACAGCGCCTCTGGCCAAGAAGAGAGTCATA
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GGCCACATTTTTCTTGTCGTTGTTGCAGAGGTTTTCTTTGGGAGAGTAGAGAAAATATTT
GGAAGGATTACTT*TTCCCTTTCC

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DS 

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AGCTGTGATGAGTAGAAAAGCGGCGAAGCATGGGAGGAATACGACTGATTTGGAGAGTGG
CCACATTTTTCTTGTCGTTGTTGCAGAGGTTTTCTTTGGGAGAGTAGAGAAAATATTTGG
AAGGATTACTTGTTCCCTTTCC

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL7753Contig1 674 2 2 U
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AATTAAAGATCTGGAGCTTCTGGTTTCTTCATTTTTCTTGGTGTTTTTTTGTAGCCATGT
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ATGTTGAATGTGGT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BN90JQ C 1
AF RR3BN90TF U 8
BS 1 7 RR3BN90JQ
BS 8 674 RR3BN90TF

RD RR3BN90JQ 674 0 0
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GTCCTAGGACCATTGCCAGCTCATATGGTGCTCAGAGCCGACCGGCGATCGGAGAGATAC
TTCAGGAGAGGTGCAAAGTTGGATTGGCCTGAAGGTGCAACGTCTAGAGACAGCTTGAAA
GCAGTATTGAAACTTCCCCGGTTGCCGAACCTGATCATGCAGCATGTGGATCACTCGGCG
GGTGATTTGATAGATCTGTTACAAGGGCTGCTTCGGTATGATCCAACGGTGAGGCTCAAG
GCAAGGGAAGCACTGAACCATCCCTTCTTCACAAGAAGCCGGGAACAGAGTATTCCCTTT
AACCCAACCCCTCATCCATTTTTATATAACCACAAGAACTAATAAGAAGAATGTTTGGGG
AATTAAAGATCTGGAGCTTCTGGTTTCTTCATTTTTCTTGGTGTTTTTTTGTAGCCATGT
ATGTTATACATAATTTCATGTATAGAAATGAAAAGAAAGAAGGAAATGCCTTTTGTACCT
TATTTCGTGTGTCTGTTGTTTTTTTTTTGTTTCTTGTGTTCGGTCTCCGACCACGACCAA
CCAAGATTTGTTCCGTGGTTGTTCAAAAGTGTTACTACAGTTTCTTGCACTCAAAAGTTA
ATGTTGAATGTGGT

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3BN90TF 667 0 0
AGGCGCTTTTCCAAACGCATGAAAATTTGGAGCATTTGGCCATGATGGAAAGGGTCCTAG
GACCATTGCCAGCTCATATGGTGCTCAGAGCCGACCGGCGATCGGAGAGATACTTCAGGA
GAGGTGCAAAGTTGGATTGGCCTGAAGGTGCAACGTCTAGAGACAGCTTGAAAGCAGTAT
TGAAACTTCCCCGGTTGCCGAACCTGATCATGCAGCATGTGGATCACTCGGCGGGTGATC
TGATAGATCTGTTACAAGGGCTGCTTCGGTATGATCCAACGGTGAGGCTCAAGGCAAGGG
AAGCACTGAACCATCCCTTCTTCACAAGAAGCCGGGAACAGAGTATTCCCTTTAACCCAA
CCCCTCATCCATTTTTATATAACCACAAGAACTAATAAGAAGAATGTTTGGGGAATTAAA
GATCTGGAGCTTCTGGTTTCTTCATTTTTCTTGGTGTTTTTTTGTAGCCATGTATGTTAT
ACATAATTTCATGTATAGAAATGAAAAGAAAGAAGGAAATGCCTTTTGTACCTTATTTCG
TGTGTCTGTTGTTTTTTTTTTGTTTCTTGTGTTCGGTCTCCGACCACGACCAACCAAGAT
TTGTTCCGTGGTTGTTCAAAAGTGTTACTACAGTTTCTTGCACTCAAAAGTTAATGTTGA
ATGTGGT

QA 1 667 1 667
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7755Contig1 738 2 2 U
GCCTAAGTTCAGCAAACATGATGCCTTGCTTCTCTCTACTCCTCAGGTACTTGAATCAAG
AGCATTGTTATCTCATGAGCTGCTGCATAAGAGAAACAAAGCTGCAGTGATGGTTCCAGA
GAGTAGCGGTGATACAGGAACTGCTAGTGCCAGTGAGGAACCACTTACTGTGTCTTCACC
AGAGCCAGTCAAGACCATCTCTGTCGAAACAATACATTCGAGTGAGACATCTGAGGTTGA
GACGGAGAAGCACCCAATCGAGAGCAAGGAGATACAAGTTGTTGACAAGCCTGTGATTGA
AGAAAAGCCAGCACCAGCGCCTCAAGACAAGCCAGTCACTGGATCTTCACATAGAGTTAT
TGACGTTCAAGTCGATGACGATGATGATGATGTTGATGATTGGTTGAAGGATGAAGATAA
TGCTGGAACTGTTAGCTCCACCGTAGCAACCAAACATGTTGTGGATGAGGATGAAGATGT
AACGTTTAGTGATCTGGAAGAAGATGACGACGATGTGCCAGTGAATTACAAGAAATGATT
CTCGAATCCTCAGACCTAAGAAGTTAAGTTTTATTTAAACGCTGTCTGTCGAAGAAGAAT
GTGCCACGGCCGTGATCAGGTAAGCGAGAAGAAGAAAAGAATGAAACGTATGGGCTTTAT
TGTTGATGAAAAAAACGTTGATGCAGTATTGTGTGATCTGTGACCCTTACTATCCGTTTA
ATTGCAGTTATGTTTGTG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EN59TF U 1
AF RR3EN59JQ C 2
BS 1 675 RR3EN59TF
BS 676 738 RR3EN59JQ

RD RR3EN59TF 675 0 0
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AGAGCCAGTCAAGACCATCTCTGTCGAAACAATACATTCGAGTGAGACATCTGAGGTTGA
GACGGAGAAGCACCCAATCGAGAGCAAGGAGATACAAGTTGTTGACAAGCCTGTGATTGA
AGAAAAGCCAGCACCAGCGCCTCAAGACAAGCCAGTCACTGGATCTTCACATAGAGTTAT
TGACGTTCAAGTCGATGACGATGATGATGATGTTGATGATTGGTTGAAGGATGAAGATAA
TGCTGGAACTGTTAGCTCCACCGTAGCAACCAAACATGTTGTGGATGAGGATGAAGATGT
AACGTTTAGTGATCTGGAAGAAGATGACGACGATGTGCCAGTGAATTACAAGAAATGATT
CTCGAATCCTCAGACCTAAGAAGTTAAGTTTTATTTAAACGCTGTCTGTCGAAGAAGAAT
GTGCCACGGCCGTGATCAGGTAAGCGAGAAGAAGAAAAGAATGAAACGTATGGGCTTTAT
TGTTGATGAAAAAAA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3EN59JQ 737 0 0
G
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GTAGCGGTGATACAGGAACTGCTAGTGCCAGTGAGGAACCACTTACTGTGTCTTCACCAG
AGCCAGTCAAGACCATCTCTGTCGAAACAATACATTCGAGTGAGACATCTGAGGTTGAGA
CGGAGAAGCACCCAATCGAGAGCAAGGAGATACAAGTTGTTGACAAGCCTGTGATTGAAG
AAAAGCCAGCACCAGCGCCTCAAGACAAGCCAGTCACTGGATCTTCACATAGAGTTATTG
ACGTTCAAGTCGATGACGATGATGATGATGTTGATGATTGGTTGAAGGATGAAGATAATG
CTGGAACTGTTAGCTCCACCGTAGCAACCAAACATGTTGTGGATGAGGATGAAGATGTAA
CGTTTAGTGATCTGGAAGAAGATGACGACGATGTGCCAGTGAATTACAAGAAATGATTCT
CGAATCCTCAGACCTAAGAAGTTAAGTTTTATTTAAACGCTGTCTGTCGAAGAAGAATGT
GCCACGGCCGTGATCAGGTAAGCGAGAAGAAGAAAAGAATGAAACGTATGGGCTTTATTG
TTGATGAAAAAAACGTTGATGCAGTATTGTGTGATCTGTGACCCTTACTATCCGTTTAAT
TGCAGTTATGTTTGTG

QA 2 737 2 737
DS 



AS 1 2

CO CL7756Contig1 671 2 2 U
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TAGATGTTCGACTGCAATATAACGGTTTCACATCTCTGCAGCAAAAGACTTTCCACATCC
GCATGTTTGTGTAGCGTTAGGGTTCGAGAAAGAGAAGCCTCCACCGATTAAAGCATCACT
GTAATCAAGCTGCATTCCGAAAAGGAAGAGCATGCTCTTCGGATCACAGATTATGGTGAA
GCCTTGGTACTCGATGGTGGAATCATCTGGTCTTGCGTTGGCTCTGTTCTCAAAGTCCAT
GGTGTAAGACATCCCCGAGCAACCTCCTTGTTTGACACCGATCCTCAAACACAGATCTTC
CCCGCGTTCTGATCTCATCTTATTCAGATGCTTAAGTGCACTATCCGTAAGAGATATCGC
CGGCTTCAGTCCCTCCATTGCTGGTGCCACTGGAGCTGAACTGGATCGAACATAGAGACG
GCTTCTCCTATTGAGATTCACGTATGACGAAGAACGAGAAAATGAAACCGAATTACACGG
AGCCAGGGAACGTAAACTCGTGGTAGAGATCCTTAGCTGAACAAACGTCGGATTAGTCGC
GAGTCCAGCGAACGCCGCCATCCCGGAACGAAATCGCCGAGCTAAGGAGGAGGGGAAACG
TATAATATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FV41TF C 1
AF RR3FV41JQ U 9
BS 1 8 RR3FV41TF
BS 9 671 RR3FV41JQ

RD RR3FV41TF 671 0 0
TTTTTTTTGGGTTTATAGTTATAATTTATAAATGTTTCATTAGCTATAAGTCCACAATTA
TAGATGTTCGACTGCAATATAACGGTTTCACATCTCTGCAGCAAAAGACTTTCCACATCC
GCATGTTTGTGTAGCGTTAGGGTTCGAGAAAGAGAAGCCTCCACCGATTAAAGCATCACT
GTAATCAAGCTGCATTCCGAAAAGGAAGAGCATGCTCTTCGGATCACAGATTATGGTGAA
GCCTTGGTACTCGATGGTGGAATCATCTGGTCTTGCGTTGGCTCTGTTCTCAAAGTCCAT
GGTGTAAGACATCCCCGAGCAACCTCCTTGTTTGACACCGATCCTCAAACACAGATCTTC
CCCGCGTTCTGATCTCATCTTATTCAGATGCTTAAGTGCACTATCCGTAAGAGATATCGC
CGGCTTCAGTCCCTCCATTGCTGGTGCCACTGGAGCTGAACTGGATCGAACATAGAGACG
GCTTCTCCTATTGAGATTCACGTATGACGAAGAACGAGAAAATGAAACCGAATTACACGG
AGCCAGGGAACGTAAACTCGTGGTAGAGATCCTTAGCTGAACAAACGTCGGATTAGTCGC
GAGTCCAGCGAACGCCGCCATCCCGGAACGAAATCGCCGAGCTAAGGAGGAGGGGAAACG
TATAATATTCC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3FV41JQ 663 0 0
GGGTTTATAGTTATAATTTATAAATGTTTCATTAGCTATAAGTCCACAATTATAGATGTT
CGACTGCAATATAACGGTTTCACATCTCTGCAGCAAAAGACTTTCCACATCCGCATGTTT
GTGTAGCGTTAGGGTTCGAGAAAGAGAAGCCTCCACCGATTAAAGCATCACTGTAATCAA
GCTGCATTCCGAAAAGGAAGAGCATGCTCTTCGGATCACAGATTATGGTGAAGCCTTGGT
ACTCGATGGTGGAATCATCTGGTCTTGCGTTGGCTCTGTTCTCAAAGTCCATGGTGTAAG
ACATCCCCGAGCAACCTCCTTGTTTGACACCGATCCTCAAACACAGATCTTCCCCGCGTT
CTGATCTCATCTTATTCAGATGCTTAAGTGCACTATCCGTAAGAGATATCGCCGGCTTCA
GTCCCTCCATTGCTGGTGCCACTGGAGCTGAACTGGATCGAACATAGAGACGGCTTCTCC
TATTGAGATTCACGTATGACGAAGAACGAGAAAATGAAACCGAATTACACGGAGCCAGGG
AACGTAAACTCGTGGTAGAGATCCTTAGCTGAACAAACGTCGGATTAGTCGCGAGTCCAG
CGAACGCCGCCATCCCGGAACGAAATCGCCGAGCTAAGGAGGAGGGGAAACGTATAATAT
TCC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL7757Contig1 777 2 4 U
GCCGTAGTCTTTTAGAGCAGTCGATAGCTTCTCAAACCAGCATCTTGGTGCTTGCCGGAG
TCCATAGAGAGATTTCCTAAGCCGACATACTTTGGTTGGATCACTGGAGTTGAAACCCGG
TGGGAGCTTCATGTAAACTTCCTCAGTGAGATCTCCATGCAAAAATGCATTGTGTACATC
CATTTGATGTACATCCCACCCTCGTTTTGTCGCTACATCCAAGAACAGTCGTACCGTGCC
CATCTTTGCAACTGGTGCAAACGTGTCCTTATAATCAACACCCTCTACTTGTTTGTTTCC
TAGAGCCACCAAACGTGCCTTGAGCCGCTCTATGGTTCCGTCCGCTCTATATTTCACTGT
GTATACCCACTTGCAGCCGATAGCCTTTTTCCCTGCAGGCAAATCCACAACATCCCAAGT
TCTATTTGCTTCAAGAGCCACAACCTCAGTACCCATAGCATTTCTAAATCGTTCATCTTT
TACTGCCTGTTTGTAAGATCTTGGTGGAGTGATCTTACCAGTAGAAACCTGATACGCCGT
ATGTCGTGCTGAGAACCTTCCAAAACTCATATAGTTCGATATCGGGTAAAGCAAGTCTGC
TTGTCCTTTTGCCACTGTGGTCAGGAGTCTTGTTTGAGCTGAATTTGTGACGTAGTTCTT
TAGGGTAACCGATAGTGTGCGTTTCCGGTGGCCTCTTCCAAGCTCCGGTTCCGGAGCAAC
ACTAGATGGAGGTTCTGTTGCTAACAACAACACGTGAAAGAGAGAACATTTTTCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CP46TF U 1
AF RR3CP46JQ C 15
BS 1 624 RR3CP46TF
BS 625 625 RR3CP46JQ
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BS 688 777 RR3CP46JQ

RD RR3CP46TF 687 0 0
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CATTTGATGTACATCCCACCCTCGTTTTGTCGCTACATCCAAGAACAGTCGTACCGTGCC
CATCTTTGCAACTGGTGCAAACGTGTCCTTATAATCAACACCCTCTACTTGTTTGTTTCC
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GTATACCCACTTGCAGCCGATAGCCTTTTTCCCTGCAGGCAAATCCACAACATCCCAAGT
TCTATTTGCTTCAAGAGCCACAACCTCAGTACCCATAGCATTTCTAAATCGTTCATCTTT
TACTGCCTGTTTGTAAGATCTTGGTGGAGTGATCTTACCAGTAGAAACCTGATACGCCGT
ATGTCGTGCTGAGAACCTTCCAAAACTCATATAGTTCGATATCGGGTAAAGCAAGTCTGC
TTGTCCTTTTGCCACTGTGGTCAG*AGTCTTGTTTGAGCTGAATTTGTGACGTAGTTCTT
TAGGGTAACCGATAGTGTGCGTTTCCG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3CP46JQ 763 0 0
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CCCACCCTCGTTTTGTCGCTACATCCAAGAACAGTCGTACCGTGCCCATCTTTGCAACTG
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GTGCCTTGAGCCGCTCTATGGTTCCGTCCGCTCTATATTTCACTGTGTATACCCACTTGC
AGCCGATAGCCTTTTTCCCTGCAGGCAAATCCACAACATCCCAAGTTCTATTTGCTTCAA
GAGCCACAACCTCAGTACCCATAGCATTTCTAAATCGTTCATCTTTTACTGCCTGTTTGT
AAGATCTTGGTGGAGTGATCTTACCAGTAGAAACCTGATACGCCGTATGTCGTGCTGAGA
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GTGTGCGTTTCCGGTGGCCTCTTCCAAGCTCCGGTTCCGGAGCAACACTAGATGGAGGTT
CTGTTGCTAACAACAACACGTGAAAGAGAGAACATTTTTCCCC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

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TGGATGTTTTGTATGGTTCATGGTCGCCTGCAATGAGACTTAGTTCAATCTGTCTTAGCA
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TTCTCTCAGCCC


BQ
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AF RR3HA25JQ C 1
AF RR3HA25TF U 1
BS 1 663 RR3HA25TF
BS 664 672 RR3HA25JQ

RD RR3HA25JQ 672 0 0
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TGGATGTTTTGTATGGTTCATGGTCGCCTGCAATGAGACTTAGTTCAATCTGTCTTAGCA
TTCTCTCAATGCTCTCAAGCTCTGCTGTGAAGCAAAAGCCGAAAGACAACGACCACTATT
TGAAAAATTGCAAAAATGGACGATCCCCAAAAGAAACGAGGTGGCGCTACCATGACGACA
AAGTATAACATCTCCATGTGATCGCTGTGATGTGTACTTTGATATTGTAATTAGTAACTA
AATTTGTATGATCTCAAGTCGAGTTATTGACCTGTTTCTATCTTCAAAACAAAGAAGAGT
TTCTCTCAGCCC

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3HA25TF 663 0 0
GGGAACACACACACACAATCTTCTCGTTCTTACACTCACTGCAATAACTTTTTTAAACAC
AAATGACAACTTCATCCGAATCAACTCGCAAGGGCCTGACCAAAATTGCCGCCAATAGAG
TTCAGAAAGAGTTCATGGAGTGGCAGAGTAACCCTCCTTCTGGTTTCAAGCACAGAGTCT
CTGATAATCTCCAACGATGGACTATTGAAGTGAAGGGAGCTCCAGGAACTCTTTATGCCA
ATGAAACTTACCAACTTCTGGTGGAATTTCCTGAGCATTATCCTATGGAAGCTCCACAGG
TTATCTTTCAGCATCCAGCTCCGCTCCATCCTCATGTTTACAGCAACGGTCACATTTGCT
TGGATGTTTTGTATGGTTCATGGTCGCCTGCAATGAGACTTAGTTCAATCTGTCTTAGCA
TTCTCTCAATGCTCTCAAGCTCTGCTGTGAAGCAAAAGCCGAAAGACAACGACCACTATT
TGAAAAATTGCAAAAATGGACGATCCCCAAAAGAAACGAGGTGGCGCTACCATGACGACA
AAGTATAACATCTCCATGTGATCGCTGTGATGTGTACTTTGATATTGTAATTAGTAACTA
AATTTGTATGATCTCAAGTCGAGTTATTGACCTGTTTCTATCTTCAAAACAAAGAAGAGT
TTC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL7759Contig1 688 2 8 U
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GAGCTCGTAGCTGCTTAGGTTCGATGGACGACATCCGCGTCGTCTTCCAGCGATTCGACA
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TGTGAATCTGATGTTCCAATCTTGTTCC


BQ
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H628TF U 1
AF RR3H628JQ C 189
BS 1 601 RR3H628TF
BS 602 602 RR3H628JQ
BS 603 628 RR3H628TF
BS 629 629 RR3H628JQ
BS 630 652 RR3H628TF
BS 653 653 RR3H628JQ
BS 654 678 RR3H628TF
BS 679 688 RR3H628JQ

RD RR3H628TF 683 0 0
ACACGCTTTTATTTGGTACTATCAGATTCTCATCTGTTGCAATGTCCAAGAACAACGGCG
GAGCTCGTAGCTGCTTAGGTTCGATGGACGACATCCGCGTCGTCTTCCAGCGATTCGACA
AAAACGGAGACGGAAAAATCTCCGTCGACGAGCTCAAGGAGGTGATCCGCGCGCTGAGCC
CCACCTCGTCGCCGGAGGAGACAGTGAAGATGATGAAACAGTTCGATCTGGACGGAAACG
GATTCATCGACATGGACGAGTTCGTTTCTCTTTTCCAGATCGGAATGAACCAAGGAGGAG
GAGGAGGAAACAGCAAAAACGATCTGAAGGAAGCGTTCGAGCTGTACGATCTGGACGGTA
ACGGGCGGATCTCGGCGAAGGAGCTTCACTCGGTGATGAAGAATCTGGGGGAGAAGTGTT
CTGTTCAGGACTGCAGGAAGATGATTAGCAAAGTTGATACGGATGGCGATGGTTGCGTTA
ACTTCGAGGAGTTTAAGCTGATGATGAACAACAACGGCGGAGCTTGATTGATGAGATCGT
TGTATTAGGGATTGTTTGTATAGAGGAAAGCTAGAAAAGTTTGGTTTTATGAGTTTTTTT
T*ACTTTATGTGCTACAACTTCCCTTAT*CACTATTGAGATTGTTCTGATGGGCCTGACT
TGTGAATCTGATGTTCCA
TCTTG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3H628JQ 500 0 0
TCGCCGGAGGAGACAGTGAAGATGATGAAACAGTTCGATCTGGACGGAAACGGATTCATC
GACATGGACGAGTTCGTTTTTCTTTTCCAGATCGGAATGAACCAAGGAGGAGGAGGAGGA
AACAGCAAAAACGATCTGAAGGAAGCGTTCGAGCTGTACGATCTGGACGGTAACGGGCGG
ATCTCGGCGAAGGAGCTTCACTCGGTGATGAAGAATCTGGGGGAGAAGTGTTCTGTTCAG
GACTGCAGGAAGATGATTAGCAAAGTTGATACGGATGGCGATGGTTGCGTTAACTTCGAG
GAGTTTAAGCTGATGATGAACAACAACGGCGGAGCTTGATTGATGAGATCGTTGTATTAG
GGATTGTTTGTATAGAGGAAAGCTAGAAAAGTTTGGTTTTATGAGTTTTTTTTTACTTTA
TGTGCTACAACTTCCCTTATTCACTATTGAGATTGTTCTGATGGCCCTGACTTGTGAATC
TGATGTTCCAATCTTGTTCC

QA 1 500 1 500
DS 



AS 1 2

CO CL7760Contig1 719 2 2 U
GGAGGGGAAAGATAGTCTTTACTCTTCAGTGGTGGGTAGAGAGCGAAAGTTAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGCACATGACCTCACTATCATTGGGGCCTCAGCCTCCGGTTACTGCTCCGC
CTCCGCAGCAGCTTCGCGACGGAGATGCTTCTAGACGTCGTTCCGATATGGATACAGACA
AGGATATGTCTGCTGCTGTGATAGAGGGAAATGATGCTGTTACAGGCCACATCATTTCTA
CTACAATTGGAGGCAAAAACGGTGAACCTAAACAGACCATTAGTTACATGGCAGAAAGGG
TTGTTGGACAAGGATCATTCGGAATTGTATTCCAGGCCAAGTGCTTGGAAACTGGGGAAT
CTGTAGCCATTAAGAAGGTTTTGCAAGACGGCGCTACAAGAATCGTGAGCTGCAACTCAT
GCGATTAATGGACCACCCAAATGTGGTTTCCTTGAAGCATTGTTTCTTCTCTACAACGAG
TAGAGATGAGCTTTTCCTCAATCTCGTAATGGAGTATGTACCCGAGACTTTGTACCGGGT
TTTGAAGCACTATACTAGTTCAAGCCAAAGAATGCCAATTTTCTATGTCAAACTCTACAC
ATAAGGCGACAGATGAGTGGAGGCTTTCCAGTACAAGCTGGCCATTAGAAAAGGTAACTG
AGATGCTTTTGCAGAGCCTGATGGAAAAGAGGAGAGAGGGTTTTACTTATCTCTGATTT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E616TF U 1
AF RR3CQ70TF U 3
BS 1 259 RR3E616TF
BS 260 719 RR3CQ70TF

RD RR3E616TF 259 0 0
GGAGGGGAAAGATAGTCTTTACTCTTCAGTGGTGGGTAGAGAGCGAAAGTTAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGCACATGACCTCACTATCATTGGGGCCTCAGCCTCCGGTTACTGCTCCGC
CTCCGCAGCAGCTTCGCGACGGAGATGCTTCTAGACGTCGTTCCGATATGGATACAGACA
AGGATATGTCTGCTGCTGTGATAGAGGGAAATGATGCTGTTACAGGCCACATCATTTCTA
CTACAATTGGAGGCAAAAA

QA 1 259 1 259
DS 

RD RR3CQ70TF 717 0 0
G
GGGGAAAGATAGTCTTTACTCTTCAGTGGTGGGTAGAGAGCGAAAGTTAGAGAGAGAGAG
AGAGAG**CACATGACCTCACTATCATTGGGGCCTCAGCCTCCGGTTACTGCTCCGCCTC
CGCAGCAGCTTCGCGACGGAGATGCTTCTAGACGTCGTTCCGATATGGATACAGACAAGG
ATATGTCTGCTGCTGTGATAGAGGGAAATGATGCTGTTACAGGCCACATCATTTCTACTA
CAATTGGAGGCAAAAACGGTGAACCTAAACAGACCATTAGTTACATGGCAGAAAGGGTTG
TTGGACAAGGATCATTCGGAATTGTATTCCAGGCCAAGTGCTTGGAAACTGGGGAATCTG
TAGCCATTAAGAAGGTTTTGCAAGACGGCGCTACAAGAATCGTGAGCTGCAACTCATGCG
ATTAATGGACCACCCAAATGTGGTTTCCTTGAAGCATTGTTTCTTCTCTACAACGAGTAG
AGATGAGCTTTTCCTCAATCTCGTAATGGAGTATGTACCCGAGACTTTGTACCGGGTTTT
GAAGCACTATACTAGTTCAAGCCAAAGAATGCCAATTTTCTATGTCAAACTCTACACATA
AGGCGACAGATGAGTGGAGGCTTTCCAGTACAAGCTGGCCATTAGAAAAGGTAACTGAGA
TGCTTTTGCAGAGCCTGATGGAAAAGAGGAGAGAGGGTTTTACTTATCTCTGATTT

QA 2 717 2 717
DS 



AS 1 2

CO CL7761Contig1 931 2 2 U
GGAAATACCTCAATGGCGGCGCGAAAACAGATGCTGCTCCACCAGGTCGATGAACCTACA
GATTCACTCGTGGAATCAATGACCGAGGTGCAAACAACCATGGCTCAGCTCCACTCTTCC
CTCTCCGTCCTGATCGATTCCATGTCGGAGATGCTAAAATCCATGTCGAAGATGAAGACA
GCACTCCAACAACACCCGACGGCGGCGACGGCGACGGAACAACCAACAGTCACGGAGGCT
AAACAAGATCTCCCCTCCGAAGAGAAGAAGGAGCCTCGCCATCGCCACATCTATACGAAG
AGGATCGAAGTCGAGATGCCATCGTTCGACGGCCTGACACGAACCCTAAACCACTGGATC
ATCAAAGCCGAGAGATACTTCTCCTTCGGAGACTTCACCGACAAGGAGAAGATCGTAATA
TCTTCCCTAAGCTTCGACGGTCCAGCGCTGAACTGGTTCGTCGCCACGGATCGTCTCAAT
CCTTTTATAGATTGGGAAGATTTCAAGTCTCGGTTGCTAGAACGATTCGGGCATTCCGAA
TGTGCGATTACTCGTTTGCTTCAACTGGAGCAGGTGGGATCTGTCGTGGAGTATCTTACC
CAGTTCGAGGCCTCGCGTCGGAGTTACCGGAGGATAAGGATGGACACAGGGTGTTTTTGG
AAAGTGTGTTCGTCAAGGGGCTTAAAGATGAGATTAAAGATATGCTTCGTTTGTTTCAAC
CTAAAGGGTTGGACGAGATCATTGCAAAGGCTCGCAGGTTGGAGAATACTCGCCTCTTTT
GGAAAGCTTGTCCGCGGGATGATTAAACAACAATGAGGCTTGTTCCGTTAGGTTATAACA
CGTTTTCAGCAATCCAACATGTTTGGTTTCAGTTGTTTTGGACGATTGTTTCGTGGATTC
TTGATGCTTATTGCAACTGACTATAAATAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BF51TF U 1
AF RR3BF51JQ C 64
BS 1 744 RR3BF51TF
BS 745 931 RR3BF51JQ

RD RR3BF51TF 744 0 0
GGAAATACCTCAATGGCGGCGCGAAAACAGATGCTGCTCCACCAGGTCGATGAACCTACA
GATTCACTCGTGGAATCAATGACCGAGGTGCAAACAACCATGGCTCAGCTCCACTCTTCC
CTCTCCGTCCTGATCGATTCCATGTCGGAGATGCTAAAATCCATGTCGAAGATGAAGACA
GCACTCCAACAACACCCGACGGCGGCGACGGCGACGGAACAACCAACAGTCACGGAGGCT
AAACAAGATCTCCCCTCCGAAGAGAAGAAGGAGCCTCGCCATCGCCACATCTATACGAAG
AGGATCGAAGTCGAGATGCCATCGTTCGACGGCCTGACACGAACCCTAAACCACTGGATC
ATCAAAGCCGAGAGATACTTCTCCTTCGGAGACTTCACCGACAAGGAGAAGATCGTAATA
TCTTCCCTAAGCTTCGACGGTCCAGCGCTGAACTGGTTCGTCGCCACGGATCGTCTCAAT
CCTTTTATAGATTGGGAAGATTTCAAGTCTCGGTTGCTAGAACGATTCGGGCATTCCGAA
TGTGCGATTACTCGTTTGCTTCAACTGGAGCAGGTGGGATCTGTCGTGGAGTATCTTACC
CAGTTCGAGGCCTCGCGTCGGAGTTACCGGAGGATAAGGATGGACACAGGGTGTTTTTGG
AAAGTGTGTTCGTCAAGGGGCTTAAAGATGAGATTAAAGATATGCTTCGTTTGTTTCAAC
CTAAAGGGTTGGACGAGATCATTG

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3BF51JQ 868 0 0
TCACTCGTGGAATCAATGACCGAGGTGCAAACAACCATGGCTCAGCTCCACTCTTCCCTC
TCCGTC*TGATCGATTCCATGTCGGAGATGCTAAAATCCATGTCGAAGATGAAGACAGCA
CTCCAACAACACCCGACGGCGGCGACGGCGACGGAACAACCAACAGTCACGGAGGCTAAA
CAAGATCTCCCCTCCGAAGAGAAGAAGGAGCCTCGCCATCGCCACATCTATACGAAGAGG
ATCGAAGTCGAGATGCCATCGTTCGACGGCCTGACACGAACCCTAAACCACTGGATCATC
AAAGCCGAGAGATACTTCTCCTTCGGAGACTTCACCGACAAGGAGAAGATCGTAATATCT
TCCCTAAGCTTCGACGGTCCAGCGCTGAACTGGTTCGTCGCCACGGATCGTCTCAATCCT
TTTATAGATTGGGAAGATTTCAAGTCTCGGTTGCTAGAACGATTCGGGCATTCCGAATGT
GCGATTACTCGTTTGCTTCAACTGGAGCAGGTGGGATCTGTCGTGGAGTATCTTACCCAG
TTCGAGGCCTCGCGTCGGAGTTACCGGAGGATAAGGATGGACACAGGGTGTTTTTGGAAG
GTGTGTTCGTCAAGGGGCTTAAGGATGAGATTAAGGATATGCTTCGTTTGTTTCAACCTA
AAGGGTTGGACGAGATCATTGCAAAGGCTCGCAGGTTGGAGAATACTCGCCTCTTTTGGA
AAGCTTGTCCGCGGGATGATTAAACAACAATGAGGCTTGTTCCGTTAGGTTATAACACGT
TTTCAGCAATCCAACATGTTTGGTTTCAGTTGTTTTGGACGATTGTTTCGTGGATTCTTG
ATGCTTATTGCAACTGACTATAAATAAA

QA 1 868 1 868
DS 



AS 1 2

CO CL7762Contig1 742 2 4 U
GGAAAGAGATCAATGATAACTTCATGTCAAGTAGAAAGGGCTACGAAGAGGACAAACAAA
ACATAAGTTCAGCCATGTTCTTGGCAGCTCCTTACGACAAGGCATCAGAGGCATGGACAT
CACTTTCACCAAACTTATCGGAACTAAAAAGGTTGGTGGCTTATGCTCGAAGCAGTGCAA
ACGTATTAAGTAAGCTGGTACTACAAGAACACAATGATTCTGTTCAATGGGAGTGCCTTT
TCAGAACACCTTTGAACAACTATGACGCAGTTGTTCTTCTCCACAGAGAAAAATTACCTT
ACCCACATCATCTTTTGTTTCCCTCAGAACTTAACCAAGGGAAACATGTAGCTCGTGGAA
AGGCGAGCAAAGCGTTTAACCCGTTTTTATTGCCTGGAGATATGAAGAGAAGCCCTGAGG
AGCTTAAGAAGAAGTTAATGGTGGGCTTCGAGCCTACCAAGTGCTTCATGACTGGGTTTC
AGGAAGAATTTGGAACCTTGAAGACGTGGTATGATCATATAGGAGGCGACGTGATTGGTC
TGACTTGGACTCAACACAATTCAAAGAAATGAGAACGAGATGAAGAAGAAGAGGAAACTA
ATCCAGTAGAGATGTTGAAGGCGGTAGGTGAAATGGGTAAAGGATTGGTGAGAGATATCT
ACCTGCTCAAGACTCCACGTTTTGTCTAAAAGCTTCAAATCTCTTAGCTCTTTGGTCGAT
TAGAACTCCAAATGTTTATCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FV10TF U 1
AF RR3FV10JQ C 518
BS 1 539 RR3FV10TF
BS 540 540 RR3FV10JQ
BS 541 581 RR3FV10TF
BS 582 742 RR3FV10JQ

RD RR3FV10TF 581 0 0
GGAAAGAGATCAATGATAACTTCATGTCAAGTAGAAAGGGCTACGAAGAGGACAAACAAA
ACATAAGTTCAGCCATGTTCTTGGCAGCTCCTTACGACAAGGCATCAGAGGCATGGACAT
CACTTTCACCAAACTTATCGGAACTAAAAAGGTTGGTGGCTTATGCTCGAAGCAGTGCAA
ACGTATTAAGTAAGCTGGTACTACAAGAACACAATGATTCTGTTCAATGGGAGTGCCTTT
TCAGAACACCTTTGAACAACTATGACGCAGTTGTTCTTCTCCACAGAGAAAAATTACCTT
ACCCACATCATCTTTTGTTTCCCTCAGAACTTAACCAAGGGAAACATGTAGCTCGTGGAA
AGGCGAGCAAAGCGTTTAACCCGTTTTTATTGCCTGGAGATATGAAGAGAAGCCCTGAGG
AGCTTAAGAAGAAGTTAATGGTGGGCTTCGAGCCTACCAAGTGCTTCATGACTGGGTTTC
AGGAAGAATTTGGAACCTTGAAGACGTGGTATGATCATATAGGAGGCGACGTGATTGGTT
TGACTTGGACTCAACACAATTCAAAGAAATGAGAACGAGAT

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3FV10JQ 225 0 0
TATAGGAGGCGACGTGATTGGTCTGACTTGGACTCAACACAATTCAAAGAAATGAGAACG
AGATGAAGAAGAAGAGGAAACTAATCCAGTAGAGATGTTGAAGGCGGTAGGTGAAATGGG
TAAAGGATTGGTGAGAGATATCTACCTGCTCAAGACTCCACGTTTTGTCTAAAAGCTTCA
AATCTCTTAGCTCTTTGGTCGATTAGAACTCCAAATGTTTATCAG

QA 1 225 1 225
DS 



AS 1 2

CO CL7763Contig1 722 2 6 U
GCTAATGGTACGCTCCGGTTTATCCCGGTTATCCAATCAATCCGAAAAATGCAAATGTCA
ACATGAGTATCAATCACATTACAACAAAAGACTCCCGAGTGAAAAAGCTGCTCCGTTTTA
TTTGTTTTCTTTTTTCATAAAGAAAACTCAGAGAGAGCTACAAAAGTTATTTTTTTTTGC
TTAATAAGCAAAAGCCAATAAATCCCTCTCTCAAATCTTCTCAGGGTGATCTAAAAGCTT
CTCAGGGTGATCTAAAAGCTTCGCCGGCGTAACGCACGTTGCCAAGTTCCTCTTCAATAC
GGAGAAGCTGGTTGTATTTTGACAAGCGTTCACTTCGGCAAGGAGCACCAGTTTTGATCT
GTCCACTTGCCAAACCAACAGAAAGATCTGCAATGAAGTTATCCTCTGTCTCGCCACTCC
TGTGACTAACAATCACACCCCAGCCTGCAGCTTTGGAGTCAAGTGCTGCTTGAATTGACT
CAGTCACTGTCCCAATCTGGTTCACCTTCAACAACAGAGCATTGCAAGACTTTTTCTTGA
TAGCTTCAGCTATCCTCTTGGGGTTAGTGACCAACAAGTCATCACCCACGAGTTGGATAT
CAACAGATGATTGCAATGAAGCCCATGAGCTCCAATCATCCTGGTCAAAAGGATCCTCGA
TAGATACGATAGGGAAGTCCTTGATGAACTCTCTGTAGAGTTCAGCAAGACTCTCAGCTG
AT


BQ
10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3FY92JQ U 1
AF RR3C658JQ U 4
BS 1 110 RR3FY92JQ
BS 111 111 RR3C658JQ
BS 112 264 RR3FY92JQ
BS 265 265 RR3C658JQ
BS 266 683 RR3FY92JQ
BS 684 722 RR3C658JQ

RD RR3FY92JQ 683 0 0
GCTAATGGTACGCTCCGGTTTATCCCGGTTATCCAATCAATCCGAAAAATGCAAATGTCA
ACATGAGTATCAATCACATTACAACAAAAGACTCCCGAGTGAAAAAGCTGTTCCGTTTTA
TTTGTTTTCTTTTTTCATAAAGAAAACTCAGAGAGAGCTACAAAAGTTATTTTTTTTTGC
TTAATAAGCAAAAGCCAATAAATCCCTCTCTCAAATCTTCTCAGGGTGATCTAAAAGCTT
CTCAGGGTGATCTAAAAGCTTCGCTGGCGTAACGCACGTTGCCAAGTTCCTCTTCAATAC
GGAGAAGCTGGTTGTATTTTGACAAGCGTTCACTTCGGCAAGGAGCACCAGTTTTGATCT
GTCCACTTGCCAAACCAACAGAAAGATCTGCAATGAAGTTATCCTCTGTCTCGCCACTCC
TGTGACTAACAATCACACCCCAGCCTGCAGCTTTGGAGTCAAGTGCTGCTTGAATTGACT
CAGTCACTGTCCCAATCTGGTTCACCTTCAACAACAGAGCATTGCAAGACTTTTTCTTGA
TAGCTTCAGCTATCCTCTTGGGGTTAGTGACCAACAAGTCATCACCCACGAGTTGGATAT
CAACAGATGATTGCAATGAAGCCCATGAGCTCCAATCATCCTGGTCAAAAGGATCCTCGA
TAGATACGATAGGGAAGTCCTTG

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3C658JQ 719 0 0
AATGGTACGCTCTGGTTTATCCCGGTTATCCAATCAATCCGAAAAATGCAAATGTCAACA
TGAGTATCAATCACATTACAACAAAAGACTCCCGAGTGAAAAAGCTGCTCCGTTTTATTT
GTTTTCTTTTTTCATAAAGAAAACTCAGAGAGAGCTACAAAAGTTATTTTTTTTTGCTTA
ATAAGCAAAAGCCAATAAATCCCTCTCTCAAATCTTCTCAGGGTGATCTAAAAGCTTCTC
AGGGTGATCTAAAAGCTTCGCCGGCGTAACGCACGTTGCCAAGTTCCTCTTCAATACGGA
GAAGCTGGTTGTATTTTGACAAGCGTTCACTTCGGCAAGGAGCACCAGTTTTGATCTGTC
CACTTGCCAAACCAACAGAAAGATCTGCAATGAAGTTATCCTCTGTCTCGCCACTCCTGT
GACTAACCATCACACCCCAGCCTGCAGCTTTGGAGTCAAGTGCTGCTTGAATTGACTCAG
TCACTGTCCCAATCTGGTTCACCTTCAACAACAGAGCATTGCAAGACTTTTTCTTGATAG
CTTCAGCTATCCTCTTGGGGTTAGTGACCAACAAGTCATCACCCACGAGTTGGATATCAA
CAGATGATTGCAATGAAGCCCATGAGCTCCAATCATCCTGGTCAAAAGGATCCTCGATAG
ATACGATAGGGAAGTCCTTGATGAACTCTCTGTAGAGTTCAGCAAGACTCTCAGCTGAT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL7764Contig1 665 2 2 U
TTTTTCAAGAATCATAAAAGGAAAAGAGAGAGACAGAGATTCATAAATAAATAAAAAAAT
GGCGATCGTGGGTCCTCAATTTTGCGCACCGTACCCAGTAGATTTGGGTATCTTACGTAA
GGTGATGACAATAACAGACGGTAACTTCGCCGTCACTGACGTCAACGGAAACCTCCTTTT
CAAAGTGAAAGAACCATTGTTTAGCCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTTGATGCTTCAGA
CAATCCGATTCTGACCTTGAGAGAAAATAGGGTGAGCCTGCACGATAGGTGGCAAGTATT
TAGAGGGAAGAGCACAGACCAAAATGATTTGGTGTTCACGTTGAAACGATCGTCAATGAT
TCAAACATGATTAAGCCAAAACTAGATGTGTTTTTGGCTCAAAACAAGGAAATGAAGGTA
TGCGACTTCCATGTTAAAGGAAGTTGGATCGACCGGTCATGTGTCGTCTACGCCGGGAAA
TCTGATGCCATTGTTGCTCAGGTAATCACATTTATAGTTAGTTCATAACATAGTCTGTCT
GTTTTGGACACAACTAGATAAATCATTCGTCTTAGTCTTCAATTTTCTAAAGAAATATAA
TATTGTATTGTCTTAAATCATCATTTTTTTTTATTATAAGGTTATCATAGAAATATTTAT
GGTCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 10 

AF RR3CB32JQ C 1
AF RR3CB32TF U 1
BS 1 664 RR3CB32TF
BS 665 665 RR3CB32JQ

RD RR3CB32JQ 665 0 0
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TATTGTATTGTCTTAAATCATCATTTTTTTTTATTATAAGGTTATCATAGAAATATTTAT
GGTCG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3CB32TF 664 0 0
TTTTTCAAGAATCATAAAAGGAAAAGAGAGAGACAGAGATTCATAAATAAATAAAAAAAT
GGCGATCGTGGGTCCTCAATTTTGCGCACCGTACCCAGTAGATTTGGGTATCTTACGTAA
GGTGATGACAATAACAGACGGTAACTTCGCCGTCACTGACGTCAACGGAAACCTCCTTTT
CAAAGTGAAAGAACCATTGTTTAGCCTCTCCGACAAAAGGATCTTACTTGATGCTTCAGA
CAATCCGATTCTGACCTTGAGAGAAAATAGGGTGAGCCTGCACGATAGGTGGCAAGTATT
TAGAGGGAAGAGCACAGACCAAAATGATTTGGTGTTCACGTTGAAACGATCGTCAATGAT
TCAAACATGATTAAGCCAAAACTAGATGTGTTTTTGGCTCAAAACAAGGAAATGAAGGTA
TGCGACTTCCATGTTAAAGGAAGTTGGATCGACCGGTCATGTGTCGTCTACGCCGGGAAA
TCTGATGCCATTGTTGCTCAGGTAATCACATTTATAGTTAGTTCATAACATAGTCTGTCT
GTTTTGGACACAACTAGATAAATCATTCGTCTTAGTCTTCAATTTTCTAAAGAAATATAA
TATTGTATTGTCTTAAATCATCATTTTTTTTTATTATAAGGTTATCATAGAAATATTTAT
GGTC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

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TGAATCTCATCAGCGTTAAGACCCACTTCTCCTCTTCGGTGGGATAAGTTTCCCTTGCTG
CACATGGCGTCTCCTTCACCAGGTCTTAAAGCACCTCCATAACTGATGTGACCTTCAGCG
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BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CW50TF C 1
AF RR3CW50JQ U 7
BS 1 6 RR3CW50TF
BS 7 716 RR3CW50JQ

RD RR3CW50TF 679 0 0
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ACTATTGTTTAGTGGACTCATTAAAAGCTAATATCTTAACCTACGGAAAATACATACACA
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TGAATCTCATCAGCGTTAAGACCCACTTCTCCTCTTCGGTGGGATAAGTTTCCCTTGCTG
CACATGGCGTCTCCTTCACCAGGTCTTAAAGCACCTCCATAACTGATGTGACCTTCAGCG
ACCTCAGCTTCTTCTTCATCTTTAGGAGCTGCTAAAGCTTTCTTCTTTGACTCAATCATC
TCTTTGAACTTGTTCAACTCCTCTTCATCAAACTCAGGATCCTTCACTGTTTCTTCTACT
TTCGCCTTTGAATCAGTAT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3CW50JQ 710 0 0
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CATGTCGCATTTTACCAGTAAAAATGGTGACAACACCAATGATAAGATCAAAGCTCATGA
GGACTAAGTTTCCAACACTCTTATCATGTGCTAATCTCGTTTCAATAATCAAAAACTATT
GTTTAGTGGACTCATTAAAAGCTAATATCTTAACCTACGGAAAATACATACACACAGATA
AGTCAGAAACAGCTGTACAATACTGAAGTCAGAGTCTTCCCTTGATGCGAATAGCATTCA
TCCTTTGATGCCTACCTACTTCCACTCATCACATACCCAAGATCCTCAAACCTCTGAATC
TCATCAGCGTTAAGACCCACTTCTCCTCTTCGGTGGGATAAGTTTCCCTTGCTGCACATG
GCGTCTCCTTCACCAGGTCTTAAAGCACCTCCATAACTGATGTGACCTTCAGCGACCTCA
GCTTCTTCTTCATCTTTAGGAGCTGCTAAAGCTTTCTTCTTTGACTCAATCATCTCTTTG
AACTTGTTCAACTCCTCTTCATCAAACTCAGGATCCTTCACTGTTTCTTCTACTTTCGCC
TTTGAATCAGTATCAGAACCAGACGACTTCTTTCTCTTTGACTTGGTGTG

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL7766Contig1 1123 2 8 U
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ACAGGATTGATTACTTAGCCACTAAAAACCTTGTTGATGCTGCAACATCTGCAAAGGTTA
ATAACTTCATCTTGGTGACATCCTTGGGGACAAATAAATTTGGATTTCCCGCTGCCATTC
TCAACCTATTCTGGGGAGTTCTTTGCTGGAAGAGAAAAGCTGAAGAAGCCTTGATTGCAA
GCGGTCTCAACTACGCAATAGTTAGGCCTGGAGGAATGGAGAGACCAACTGATGCATACA
AAGAAAGACTCAATAGCAGCCAAAGAAGTAACACCAATCCCTGCAGAGCCTGTCACGCAA
GAATCAGTTGAAGCCAAAGAGATAACACCTGAGCCTGTCATGCAAGAACCAACACCTCCC
AAGGAGGATGAAGTACAAGTAAAAGAAGTGAAACCTAGACCGTTGTCTCCATATGCCGCC
TATGAAGACTTGAAACTCCAACATCTCCTATTCCGGCCACAGCACTTAGTGCCACCAAAG
CTAAGGAGGTGGATGCAACTCCGGTTCCGGAGGTGGAAGCAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AW77TF U 1
AF RR3ER67TF U 607
BS 1 619 RR3AW77TF
BS 620 620 RR3ER67TF
BS 621 715 RR3AW77TF
BS 716 716 RR3ER67TF
BS 717 763 RR3AW77TF
BS 764 764 RR3ER67TF
BS 765 810 RR3AW77TF
BS 811 1123 RR3ER67TF

RD RR3AW77TF 810 0 0
ACAGGACTAGTCAAGAACCCACCACATTTGACTCAGCGTCTTCTCTAACAATGGAAGGAA
CTAGTTTTCTCCGAGGGCAACCTCTAACAACAACAGTATCCTCCTCTCTTCCCAGACAGA
TGTTCCTTCTCCAAGGATGGAAGAGCAATCGGATTGTCAGGTTTTCTGGTTTGAAGAATC
ACTCTGATTCTCGAAAGTCCAGGTCTTCTTCCTTCGATCTTAGCCTCAGAGCTTCAGGTC
CTATAAAGGCAAGCTCTGCCGTAACAGAGGCAAACCCTGCAAAATCAGAATTCAAGGAAC
AAGACCTTGTCTTTGTAGCTGGTGCTACCGGTAAAGTTGGTTCTAGGACTGTAAGAGAGC
TACTGAAGCTCGGATTCCGAGTTAAAGCAGGAGTTCGAAGCGCTCAAAGAGCAGCAAGTC
TTGTGCAAAGTGTTAAGGATATGAAGACAGAAGAAGGAACTCAACCTGTAGAAAAGCTTG
AGATTGTGGAATGTGACTTGGAGAAGAAAGACTCAATACAGCCTGCTTTGGGGAATGCAT
CTGTGGTTATATGCTGTATAGGTGCTAGCGAGAAAGAAGTATCAGATATCACCGGTCCTT
ACAGGATTGATTACTTAGCTACTAAAAACCTTGTTGATGCTGCAACATCTGCAAAGGTTA
ATAACTTCATCTTGGTGACATCCTTGGGGACAAATAAATTTGGATTTCCCGCTGCTATTC
TCAACCTATTCTGGGGAGTTCTTTGCTGGAAGAGAAAAGCTGA*GAAGCCTTGATTGCAA
GCGGTCTCAACTACGCAATAGTTAGGCCTG

QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3ER67TF 517 0 0
G
TGATTACTTAGCCACTAAAAACCTTGTTGATGCTGCAACATCTGCAAGGGTTAATAACTT
CATCTTGGTGACATCCTTGGGGACAAATAAATTTGGATTTCCCGCTGCCATTCTCAATCT
ATTCTGGGGAGTTCTTTGCTGGAAGAGAAAAGCTGAAGAAGCCTTGATTGCAAGCGGTCT
CAACTACGCAATTGTTAGGCCTGGAGGAATGGAGAGACCAACTGATGCATACAAAGAAAG
ACTCAATAGCAGCCAAAGAAGTAACACCAATCCCTGCAGAGCCTGTCACGCAAGAATCAG
TTGAAGCCAAAGAGATAACACCTGAGCCTGTCATGCAAGAACCAACACCTCCCAAGGAGG
ATGAAGTACAAGTAAAAGAAGTGAAACCTAGACCGTTGTCTCCATATGCCGCCTATGAAG
ACTTGAAACTCCAACATCTCCTATTCCGGCCACAGCACTTAGTGCCACCAAAGCTAAGGA
GGTGGATGCAACTCCGGTTCCGGAGGTGGAAGCAAC

QA 2 517 2 517
DS 



AS 1 2

CO CL7767Contig1 818 2 10 U
GAGGGCTCACCAGATGTTCAAGACGGTGCTCGATCCTGTCCTCAGCTACTAGCAGCTGCT
CAAACACTCTGTGACTTTGCAGTCCAATCCGGAAACCATAACAACAACCCAAATGGAATC
CTCAGGTGGCCAACGAAGCTTTCTCAAAAGTCAATGAAAGCTCGAAAATCCAAACTAATA
GAAACACCTCTCGAAAGGCACGTAACAACTGAAGCATCCTCCTTACATCTTATCTCAAGC
AGCAAGAAGAGCAACCACGTGAGGAAAGATTCAGCAGCAGTGCATAATCATCATGATCGT
CATCATCTTCCTAAGCCCTCAAAGAGACTGAAACTATCAACGATGGAGATGGAGAACAAG
AAAGGGTCATTCCCAAGCTCACCATCCCATCAACCGCAGTAGAGTTAGATAGAAAACATT
CATCTTCAAACAAGTTCAAGAATCATTCCCGTATGATGATGCCACCGCCTCCACCTCCAG
CGAGAACACTCCAAAAGTCTTCCACTTATCCTCACAAAGCTAGAAGGTTTCCAGGAGTCG
GTTGATAGATACACATAAGGCCGGTCTGGTACTAAAAGGGGGACAAAATCACGTGTTAGG
AGTCGTCTGTAAATATGAATGTTGTCACTGTCTAAAGTAAGTTCTCTATTTGCACAGTTT
AGGAGGTGCAGAAGACTATATATATAGTTTATATATGTATTGCCTTCAATGTTGTAACAA
TTTTTTTTCATTTGTAGCTGTAGCCACACAGTTCTTTTAAGGTCTGTTGTGTTTAAAGAT
TATTAATTCTACGAGGTTAAATGATATAAATCCCAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CP34TF U 1
AF RR3CP34JQ C 94
BS 1 662 RR3CP34TF
BS 663 663 RR3CP34JQ
BS 664 708 RR3CP34TF
BS 709 709 RR3CP34JQ
BS 710 727 RR3CP34TF
BS 728 728 RR3CP34JQ
BS 729 761 RR3CP34TF
BS 762 762 RR3CP34JQ
BS 763 783 RR3CP34TF
BS 784 818 RR3CP34JQ

RD RR3CP34TF 783 0 0
GAGGGCTCACCAGATGTTCAAGACGGTGCTCGATCCTGTCCTCAGCTACTAGCAGCTGCT
CAAACACTCTGTGACTTTGCAGTCCAATCCGGAAACCATAACAACAACCCAAATGGAATC
CTCAGGTGGCCAACGAAGCTTTCTCAAAAGTCAATGAAAGCTCGAAAATCCAAACTAATA
GAAACACCTCTCGAAAGGCACGTAACAACTGAAGCATCCTCCTTACATCTTATCTCAAGC
AGCAAGAAGAGCAACCACGTGAGGAAAGATTCAGCAGCAGTGCATAATCATCATGATCGT
CATCATCTTCCTAAGCCCTCAAAGAGACTGAAACTATCAACGATGGAGATGGAGAACAAG
AAAGGGTCATTCCCAAGCTCACCATCCCATCAACCGCAGTAGAGTTAGATAGAAAACATT
CATCTTCAAACAAGTTCAAGAATCATTCCCGTATGATGATGCCACCGCCTCCACCTCCAG
CGAGAACACTCCAAAAGTCTTCCACTTATCCTCACAAAGCTAGAAGGTTTCCAGGAGTCG
GTTGATAGATACACATAAGGCCGGTCTGGTACTAAAAGGGGGACAAAATCACGTGTTAGG
AGTCGTCTGTAAATATGAATGTTGTCACTGTCTAAAGTAAGTTCTCTATTTGCACAGTTT
AG*AGGTGCAGAAGACTATATATATAGTTTATATATGTATTGCCTTCA*TGTTGTAACAA
TTTTTTT*CATTTGTAGCTGTAGCCACACAGTTCTTTTAAG*TCTGTTGTGTTTAAAGAT
TAT

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3CP34JQ 725 0 0
AACCATAACAACAACCCAAATGGAATCCTCAGGTGGCCAACGAAGCTTTCTCAAAAGTCA
ATGAAAGCTCGAAAATCCAAACTAATAGAAACACCTCTCGAAAGGCACGTAACAACTGAA
GCATCCTCCTTACATCTTATCTCAAGCAGCAAGAAGAGCAACCACGTGAGGAAAGATTCA
GCAGCAGTGCATAATCATCATGATCGTCATCATCTTCCTAAGCCCTCAAAGAGACTGAAA
CTATCAACGATGGAGATGGAGAACAAGAAAGGGTCATTCCCAAGCTCACCATCCCATCAA
CCGCAGTAGAGTTAGATAGAAAACATTCATCTTCAAACAAGTTCAAGAATCATTCCCGTA
TGATGATGCCACCGCCTCCACCTCCAGCGAGAACACTCCAAAAGTCTTCCACTTATCCTC
ACAAAGCTAGAAGGTTTCCAGGAGTCGGTTGATAGATACACATAAGGCCGGTCTGGTACT
AAAAGGGGGACAAAATCACGTGTTAGGAGTCGTCTGTAAATATGAATGTTGTCACTGTCT
AAGGTAAGTTCTCTATTTGCACAGTTTAGGAGGTGCAGAAGACTATATATATAGTTTATA
TATGTATTGCCTTCAATGTTGTAACAATTTTTTTTCATTTGTAGCTGTAGCCACACAGTT
CTTTTAAGGTCTGTTGTGTTTAAAGATTATTAATTCTACGAGGTTAAATGATATAAATCC
CAACC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL7768Contig1 824 2 8 U
GGCAGAAAGTGAAAGCAAAACAATGTAGAATCAATCTCCCAAGAAACGCAAATCTCCAAC
GAGAGATGACACAAATAGTTCGGCTGTGGTCGGTGGAGTGTCCGAGAGTAGCTCTACGGA
TCAAGATGATCAGTATCTGTGTAAGAAGCAAAGAGAAGAGACAGTTGCTAAGGAGAAAGT
CTCAAGGGTTTATTACAAGACCGAAGCTTCAGACACTACCCTTGTTGTGAAAGATGGGTT
TCAATGGAGGAAATATGGACAGAAGGTGACTAGAGACAATCCTTCTCCAAGAGCTTACTT
CAAATGTGCTTGTGCTCCAAGCTGTACTGTCAAAAAGAAGGTTCAAAGAAGTGTGGAGGA
TCAGTCCGTGTTAGTTGCAACTTATGAGGGGGAACATAACCATCCAATGCCGTCGCATAT
CGATTCAAACAGTGGCCTAAACCGTTCTCTTGGTGGTCCAGCTGCTGCAGCCAACAGAAG
TAGGAGCTTGGCTGAGCCTGTGACTAGCATCGATTTGACTGAATCCAAGAATGTGACAAG
CCCATCAAGAATAGATTTTCCAGAAGTTCAGAAACTTCTGGTGGAGCAAATGGCCTCTTC
CTTGACAAAAGATCCTAACTTCACAGCAGCATTAGCAGCAGCTGTTACCGGTAGATTGCA
CCAACAGAATCAGACCGATAAATAATTTAGTTTCAAATTCTGTTAGTGTCTTTTTAGATT
GAACTTGGCATATGAGAGAGAGAGAGAAGATCATATGATCACTTCCGATACTAAAAATGT
AACATTGTAATCATTTTCATGCAATCTCCAATACCTAGTTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FQ31TF U 1
AF RR3FQ31JQ C 80
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DS 

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DS 



AS 1 2

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ATCTACC


BQ
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AF RR3B576JQ C 1
AF RR3B576TF U 1
BS 1 667 RR3B576TF

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AACGGGGTGAGCCCCGAATGTTGTAAACTTTGGACCGGTAATCTATCGTACAAAACAAGA
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AATAATGTTACAGTTCAATAAGGAGAGAGAATTGTTACGACTCCATAATTTTGTTTCTAT
GTATTTTCTTATATTTTTAGCAAAAACAAAAATGTATAATCTACTTTGAATTTTCATTCT
ATCTACC

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DS 

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AACGGGGTGAGCCCCGAATGTTGTAAACTTTGGACCGGTAATCTATCGTACAAAACAAGA
TATTGTGCATGCTTTGCAATGACATATCGTAATCAAGAGAAGTTGCTTCGCGTTCTTTTA
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GCAAAGTTTATTGACATTAAGAACAGTTATTAACTAACCAGAACCTTCAAACCAAACTGG
AGATAATAAGATTAGCAATCAATTGGCCGGGTATTTCTTTATTTCTTTTTAATCATTTTT
AATAATGTTACAGTTCAATAAGGAGAGAGAATTGTTACGACTCCATAATTTTGTTTCTAT
GTATTTTCTTATATTTTTAGCAAAAACAAAAATGTATAATCTACTTTGAATTTTCATTCT
ATCTACC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GZ08TF U 1
AF RR3GZ08JQ C 134
BS 1 804 RR3GZ08TF
BS 805 864 RR3GZ08JQ

RD RR3GZ08TF 804 0 0
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GCTTATTCAGGCAATGGGAGCTGCTGGTCCTTCTGGTCCTGATGCTGGTCCTAGAACCAT
GAAGTACCTTGACCATTTCCATGTGCAAACAAAGAGAGAGCATGCCCTGTTGGGAGATAA
TGAGAATGGTGAGAATGACGAGGAATCAGGAGAGGTTGCAGACCCTAAATGGATCACTAT
CAAAGCAGCTTTGTTGCTACTCTTAGGAGCAGCCATTGCAGCTGCGTTTGCTGATCCTTT
AGTGGACACAGTTAACAACTTCTCAGCAGCCACTGGGATTCCATCTTTCTTCATCTCCTT
CATCGCTTTGCCTTTAGCCACCAACTCAAGTGAAGCAGTCTCTGCCATCATCTTCGCCTC
CCGCAAAAAGATCAGAACAGCTTCCTTGACATTCTCTGAGCTATGTGGTGGAGTGACAAT
GAACAACATTTTGTGTCTCTCGGTGTTCTTAGCAATCGTCTACGTTCGAGGGTTAACATG
GAACTTCTCATCAGAAGTGTTGGTGATTCTCATAGTTTGTCTTGTGATGGGAGGTTTTGC
TAGCTTCCGCACAACGTATCCTCTTTGGACATGTTTCATAGCTTACTTGCTTTACCCATT
CTCTTTGGGTCTGGTCTATATTCTTGATTACTGGTTTGGCTGGTCGTAGTTCGAAAGATT
TGGTGACAAGACTTGAGTTTGTTCTTGGCGTGTTTTGCTTTTATTTCTCTCTTTATGTTA
TGGATTTGTGAGTGTATAACTTAA

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3GZ08JQ 731 0 0
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AATGACGAGGAATCAGGAGAGGTTGCAGACCCTAAATGGATCACTATCAAAGCAGCTTTG
TTGCTACTCTTAGGAGCAGCCATTGCAGCTGCGTTTGCTGATCCTTTAGTGGACACAGTT
AACAACTTCTCAGCAGCCACTGGGATTCCATCTTTCTTCATCTCCTTCATCGCTTTGCCT
TTAGCCACCAACTCAAGTGAAGCAGTTTCTGCCATCATCTTCGCCTCCCGCAAAAAGATC
AGAACAGCTTCCTTGACATTCTCTGAGCTATGTGGTGGAGTGACAATGAACAACATTTTG
TGTCTCTCGGTGTTCTTAGCAATCGTCTACGTTCGAGGGTTAACATGGAACTTCTCATCA
GAAGTGTTGGTGATTCTCATAGTTTGTCTTGTGATGGGAGGTTTTGCTAGCTTCCGCACA
ACGTATCCTCTTTGGACATGTTTCATAGCTTACTTGCTTTACCCATTCTCTTTGGGTCTG
GTCTATATTCTTGATTACTGGTTTGGCTGGTCGTAGTTCGAAAGATTTGGTGACAAGACT
TGAGTTTGTTCTTGGCGTGTTTTGCTTTTATTTCTCTCTTTATGTTATGGATTTGTGAGT
GTATAACTTAAAGTTAGTTCTTGAGATTTGTCAGTGATGATGGTTGTTTGAAATACTCAC
TATTAAAGAAT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL7771Contig1 355 2 1 U
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AGATGATTTACGATGTCAACTCCGTTCTCTTCAGATCTTTCCTGAGCTCCAAGTTCTCTA
CCGACAAAAGGAGAGGCGAGGACAAGCCAAGAGAACAGAAGCCCAAAGCCAGCGACAACA
AGCCTGTGATGAATGAATAAGATTTGTCCTTGTGTTTCGACGTTGCGTTTCTATGTTCTA
AAAACATTTTCAGTTTGAATGTTTCATCTTTACTTAATTAGCTTTTGATCATATTCAGTT
TCTTATATGCAAATTGAAGATATCCAATTCACCTTAAGAAAAAAATTCGCAGTTC


BQ
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AF RR3CO68JQ C 1
AF RR3CO68TF U 1
BS 1 355 RR3CO68TF

RD RR3CO68JQ 355 0 0
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AGATGATTTACGATGTCAACTCCGTTCTCTTCAGATCTTTCCTGAGCTCCAAGTTCTCTA
CCGACAAAAGGAGAGGCGAGGACAAGCCAAGAGAACAGAAGCCCAAAGCCAGCGACAACA
AGCCTGTGATGAATGAATAAGATTTGTCCTTGTGTTTCGACGTTGCGTTTCTATGTTCTA
AAAACATTTTCAGTTTGAATGTTTCATCTTTACTTAATTAGCTTTTGATCATATTCAGTT
TCTTATATGCAAATTGAAGATATCCAATTCACCTTAAGAAAAAAATTCGCAGTTC

QA 1 355 1 355
DS 

RD RR3CO68TF 355 0 0
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AGATGATTTACGATGTCAACTCCGTTCTCTTCAGATCTTTCCTGAGCTCCAAGTTCTCTA
CCGACAAAAGGAGAGGCGAGGACAAGCCAAGAGAACAGAAGCCCAAAGCCAGCGACAACA
AGCCTGTGATGAATGAATAAGATTTGTCCTTGTGTTTCGACGTTGCGTTTCTATGTTCTA
AAAACATTTTCAGTTTGAATGTTTCATCTTTACTTAATTAGCTTTTGATCATATTCAGTT
TCTTATATGCAAATTGAAGATATCCAATTCACCTTAAGAAAAAAATTCGCAGTTC

QA 1 355 1 355
DS 



AS 1 2

CO CL7772Contig1 811 2 12 U
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TTAAGTTTGGTGTCAAACATGGACTTGGGTCGTACCATTTCAGGAATGGAGATAAGTACG
CAGGAGAGTATTATGGAGACAAGATCCATAGGTTTGGTGTTTACCATTTCGCTAATGGTC
ATTACTATGAAGGAGCTTGGCATGAAGGTCGCAAACAAGGGTATGGTACGTATGGGTTTA
GAACTGGAGATGCAAAGTGTGGTGAATGGGATGATGGTCATCTCGTTAACCGGCTTCCTC
TAGAGATCGGACCGGTTCATAAAGCTGTTCAGAGTGCTCGAGAGATGGCGAGAAGAGGCG
TGGATCAGAGACGGGTGGATGAGCAGGTGATGCGAGCTGTAGCTGCGGCTAACAAAGCTG
CAACGGCTGCGAGAGTTGCAGCTGTAAAAGCAGTTCAAAATCAGATGGATGGAAAACTTT
GTGAACGATGGAAGGGACAAAGTTAAAGATGACGTTAACAAAGGGTGTCTTTTTTTTATT
TGTAGCCCTTTGTGATCTTGAAACTATGAGAAGTTTTCTTTTTAACTAAGAATGTAAATG
TATATAGAAAAAGTCGTGTTCTGTTCATTTTTTTTTTTGTACAAAACTTATGTGGTTGAT
TGGTTTGAATCACTGACATATAGATTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CG42TF U 1
AF RR3CG42JQ C 212
BS 1 656 RR3CG42TF
BS 657 657 RR3CG42JQ
BS 658 702 RR3CG42TF
BS 703 703 RR3CG42JQ
BS 704 717 RR3CG42TF
BS 718 718 RR3CG42JQ
BS 719 729 RR3CG42TF
BS 730 730 RR3CG42JQ
BS 731 731 RR3CG42TF
BS 732 732 RR3CG42JQ
BS 733 748 RR3CG42TF
BS 749 811 RR3CG42JQ

RD RR3CG42TF 750 0 0
GGATCGAGTCTTGGTCCAAAGGGAGCAAGTACAAGGGACAGTACAAGCAAGGAGCTAGAC
ACGGTTACGGTGTTTACTGGTTCTACACTGGAGATTCTTACTCGGGAGAATGGTTCAACG
GTCAGAGCCATGGGTTTGGTGTTCAGACATGCGCTGATGGAGGCTCTTATGTCGGAGAGT
TTAAGTTTGGTGTCAAACATGGACTTGGGTCGTACCATTTCAGGAATGGAGATAAGTACG
CAGGAGAGTATTATGGAGACAAGATCCATAGGTTTGGTGTTTACCATTTCGCTAATGGTC
ATTACTATGAAGGAGCTTGGCATGAAGGTCGCAAACAAGGGTATGGTACGTATGGGTTTA
GAACTGGAGATGCAAAGTGTGGTGAATGGGATGATGGTCATCTCGTTAACCGGCTTCCTC
TAGAGATCGGACCGGTTCATAAAGCTGTTCAGAGTGCTCGAGAGATGGCGAGAAGAGGCG
TGGATCAGAGACGGGTGGATGAGCAGGTGATGCGAGCTGTAGCTGCGGCTAACAAAGCTG
CAACGGCTGCGAGAGTTGCAGCTGTAAAAGCAGTTCAAAATCAGATGGATGGAAAACTTT
GTGAACGATGGAAGGGACAAAGTTAAAGATGACGTTAACAAAGGGTGTCTTTTTTT*ATT
TGTAGCCCTTTGTGATCTTGAAACTATGAGAAGTTTTCTTTT*AACTAAGAATGTAA*TG
TATATAGAAGA*GTCGTGTTCTGTTCAT
CT

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3CG42JQ 600 0 0
GTACCATTTCAGGAATGGAGATAAGTACGCAGGAGAGTATTATGGAGACAAGATCCATAG
GTTTGGTGTTTACCATTTCGCTAATGGTCATTACTATGAAGGAGCTTGGCATGAAGGTCG
CAAACAAGGGTATGGTACGTATGGGTTTAGAACTGGAGATGCAAAGTGTGGTGAATGGGA
TGATGGTCATCTCGTTAACCGGCTTCCTTTAGAGATCGGACCGGTTCATAAAGCTGTTCA
GAGTGCTCGAGAGATGGCGAGAAGAGGCGTGGATCAGAGACGGGTGGATGAGCAGGTGAT
GCGAGCTGTAGCTGCGGCTAACAAAGCTGCAACGGCTGCGAGAGTTGCAGCTGTAAAAGC
AGTTCAAAATCAGATGGATGGAAAACTTTGTGAACGATGGAAGGGACAAAGTTAAAGATG
ACGTTAACAAAGGGTGTTTTTTTTTTATTTGTAGCCCTTTGTGATCTTGAAACTATGAGA
AGTTTTTTTTTTAACTAAGAATGTAAATGTATATAGAAAAAGTCGTGTTTTGTTCATTTT
TTTTTTTGTACAAAACTTATGTGGTTGATTGGTTTGAATCACTGACATATAGATTTGTTT

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

CO CL7773Contig1 744 2 3 U
TTTTTTGGAAATTATTGAATGGAATAAAGTACTAGACGACATAGACATGTTCTTGGGAAG
TCAACATGCCGTGGGACAAAGCAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAAGAGCATCGTGTTCATGT
TAACACATAGCACATGCTAAAAAAAGACATGATCCCAAAAACAAGAAAACAGGAATATGC
ATATTCGATATTAGTATCCCCTTCTTCCATGGCGGCCGCCTGCATTATCTTGCTGATATT
CACCCTCTGCCAGATTGGTCGCACGGTTAGCTTGAGCATCGGCCGCTGAATTGAATTCCC
TGGGAACGTGTTGAACATCGCATGAGTTAAACTGACTCATAAGCTCCTGTGCTTGTCCAC
AAAGCTGAGTCATTTTCGGGTCTCGGGTTGCCCATTCACCTCGAACCTGCTTACAGACGA
GCTGTGAATCACCCTGGACGCGCACATTTGTAAAGCCTTGGTTAAGAGCAGACTCGAGGC
CAAGATTGAGAGCTCGATACTCAGCAACGTTGTTTGTAGCAACCCCCAAACCCTCGCGAG
AAGAGTATATCACAGTGTTATCTGGAGCACGGAGAACGGCTCCTGCACCAGCTCTTCCTG
GGTTTCCTCTTGAAGCACCGTCAAACTCGATGGTACAATATGAGTCTTTGGGAAGAGAAC
GATCCTCACGACGAGCCATAGCAAGCAAAGCAAAAGGGTTTCCTGATTCCGAGTGCCGCT
CAAGAGAGTAAACAAGTGTAGCCC


BQ
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AF RR3GJ13JQ U 6
AF RR3GJ13TF C 1
BS 1 8 RR3GJ13TF
BS 9 692 RR3GJ13JQ
BS 693 744 RR3GJ13TF

RD RR3GJ13JQ 687 0 0
GGA
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CGACGAGCCATAGCAAGCAAAGCA

QA 4 687 4 687
DS 

RD RR3GJ13TF 744 0 0
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GCTGTGAATCACCCTGGACGCGCACATTTGTAAAGCCTTGGTTAAGAGCAGACTCGAGGC
CAAGATTGAGAGCTCGATACTCAGCAACGTTGTTTGTAGCAACCCCCAAACCCTCGCGAG
AAGAGTATATCACAGTGTTATCTGGAGCACGGAGAACGGCTCCTGCACCAGCTCTTCCTG
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GATCCTCACGACGAGCCATAGCAAGCAAAGCAAAAGGGTTTCCTGATTCCGAGTGCCGCT
CAAGAGAGTAAACAAGTGTAGCCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3EI19JQ C 1
AF RR3EI19TF U 1
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TTTTGGTATCT

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DS 

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GAGAAGATGACTGTCAAAACATATATATGGATCAATAAAGATGATCCTGATATCGGGGGA
GAATGGGAATTTGAGGAATGGAACCGATTACACATGAAGGAATTCATAGAGACATTTAAA
GAAATCATGGAATGGAAGAGGAATCCTCAAGGAAAGGGAAGGGACGAGTTCAGCAAGGCC
CTACGCGATGCTCCTTCGGTTTGAATGAAATTTGTGTTAAGAGTATGTTCTACGTATCAT
TTTTTCTCCAGTTTCCGAGTATAATAAAACCTAGAGACTGATAGTATTGTTGAGATCAGT
GAAAAGGATATAGTGCCATATGTTATCTTGTGGATTTTGTATTATTGTGCTTATATGGGA
TTTTGGTATCT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

CO CL7775Contig1 624 2 3 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
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AF RR3AS35TF C 1
AF RR3AS35JQ U 58
BS 1 57 RR3AS35TF
BS 58 616 RR3AS35JQ
BS 617 624 RR3AS35TF

RD RR3AS35TF 624 0 0
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GATTATCAATCACCACCAACTTGACGTTTCCATGAGTCTTCAACGATCAACTCATCAACT
CCCCACTCCTCAAAACTCCCATCAGGTAGGTAACGTCTAATAGTGAATGGTATCTTCCTT
TGCCTTAGCTCCTTCATAGCAATCTCAAGTGGGTCAGCCTCACCCTCAAGCTCGACCATG
ACAGGAGCATTCATGCTGATCTGGAGAGCGCGAGTGCCGAGGATACGTGCACGTTCGTAC
TTGGTCATAAACTTAGAGGTTTTACGAGGACGTTGAACAGGTTCTGTTTCGGCCTTATCT
TCAGTTTCAAAAGGCTCTCCATTGATATCCTCGTTATCCTTCATCTCAACATCTTCCTCT
ACTACTTCTTCAATTTCAGGCTCCACTGGCTCATCCTCATAACCCAAATCATCAACTTCG
TTATAATCATCGTCAGCCATTGAAATCGCTCTCTTCCTCTTTGCACAATCGGTAAACCCT
AAAGAGCTGTTGCAGAGAATACCC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3AS35JQ 559 0 0
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CAAGATTATCAATCACCACCAACTTGACGTTTCCATGAGTCTTCAACGATCAACTCATCA
ACTCCCCACTCCTCAAAACTCCCATCAGGTAGGTAACGTCTAATAGTGAATGGTATCTTC
CTTTGCCTTAGCTCCTTCATAGCAATCTCAAGTGGGTCAGCCTCACCCTCAAGCTCGACC
ATGACAGGAGCATTCATGCTGATCTGGAGAGCGCGAGTGCCGAGGATACGTGCACGTTCG
TACTTGGTCATAAACTTAGAGGTTTTACGAGGACGTTGAACAGGTTCTGTTTCGGCCTTA
TCTTCAGTTTCAAAAGGCTCTCCATTGATATCCTCGTTATCCTTCATCTCAACATCTTCC
TCTACTACTTCTTCAATTTCAGGCTCCACTGGCTCATCCTCATAACCCAAATCATCAACT
TCGTTATAATCATCGTCAGCCATTGAAATCGCTCTCTTCCTCTTTGCACAATCGGTAAAC
CCTAAAGAGCTGTTGCAGA

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

CO CL7776Contig1 1426 2 2 U
GAGATTGTGTGTATAATAACTCTTAGCTTATCTGTTCGCATCGGTTCTAAGATTTTAATG
TCAACAGGTACTGTTTAAGTTCTTGGATTACTATGCATCGTTTGATTGGGACAGCTACTG
TGTCACCGTCAATGGTCCAGTACCCATATCTTCTCTACCGGATATGACTGGTAAGGATTG
CTGAAAATCACAGACAAGGACACTTTCTCTTCTCTCCCCTCTTTAATTTTGAAACTCTTT
CATTTGTTTGCTTTCTCCAGAAACTAAGCATCATGAAGTTGTCTTGAACGAGAAGTTCTT
CAGAGAATGCATTGAGTTATACTCGGTTCCAACTAAACCTGTTGAAGCAAATGGCCATTA
CTTTCCTGTGAAGCATTTCAACATAGTGGATCCTCTGAAACACAGTAACAACCTCGGCCG
TAGTGTGACACAAGGTAAAACTAACTCTCATTTGATCAAAGATTTTGTAAACATAACCTC
ATGATTTGGTGGTGTCTCTCTTTTTGTTGTTGTTAGGCAATTTGCAACGTATAAGACATG
CTTTCACTCTAGGAGCTCGTAAGCTGAAAGATGTGCTTTCAGTACCTGGGGAAACCATGG
GCTGGAAACTGGAGAAGTTCTTCAGCAGTTCACTGGAGAGGAACGGTAAGGGACAGAGAC
AAGACGTGGAGGAACCTGTCGTGGCGTTTGGCACTGGGAGATCAGAAGCATCTGATCTCA
GAGGAGATTTTGAAGGGAACTCTAAAAGTCTTGTGTATGGGAAATGGTTTCATGGAGAAG
GCCATCAGCATAAGTGGATCCCTCAGGGGCAAGACGCGAGTTCTTGGGACATTGTTCGTT
GGTTCGTCACCGGACAGAAGGATGTTTTCTATAGGAGGAATCTGAATGGATCATCATCAT
CATCAGCCTCGTTGCAGAACATGCGGAGATCAAGAGGAACAGGCACTTACATTCCTGAAA
TGGTATTTATTTCATTCACACCATTTACTCTCCTTCACTCGTTTGTTTTATGAGGTTTGT
ATATGATCCATTGTGTTTTTGGTTCTGCAGAGTCAGCAATCTTATACAGACAGGTTCAGT
AACAAACCGAGCAAAGTGAAGAACTCACTGCCCTCAGCATCTCAGTCTCAACTCGTCAAA
CAGCGTATTTGAGTTGGTCTCTTAGGTTTGTCTCTTGCATATTTACAAACAGAAGACAAT
GAGAGTTTTGTTTGCTATGTTGCTAAATGTGAAAAAAGTTTCAGAGGTTCAAAGCATATG
TTTCCTTTTTAGGACTTTCCTTTAGGATTTGTAATTTATTATCTTTTCACCGTCTGGAGA
TTAATGGTTTGGTTTAGTAAATTACAGTAAATCTGATTAGTTCTTTATAGAGTAAACAAA
AAAAGTTCCCAGAAATTGAGCAGATATATAAATTGTAAGAGATGTC


BQ
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AF RR3HB31TF U 1
AF RR3HB31JQ C 667
BS 1 731 RR3HB31TF
BS 732 1426 RR3HB31JQ

RD RR3HB31TF 731 0 0
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TCAACAGGTACTGTTTAAGTTCTTGGATTACTATGCATCGTTTGATTGGGACAGCTACTG
TGTCACCGTCAATGGTCCAGTACCCATATCTTCTCTACCGGATATGACTGGTAAGGATTG
CTGAAAATCACAGACAAGGACACTTTCTCTTCTCTCCCCTCTTTAATTTTGAAACTCTTT
CATTTGTTTGCTTTCTCCAGAAACTAAGCATCATGAAGTTGTCTTGAACGAGAAGTTCTT
CAGAGAATGCATTGAGTTATACTCGGTTCCAACTAAACCTGTTGAAGCAAATGGCCATTA
CTTTCCTGTGAAGCATTTCAACATAGTGGATCCTCTGAAACACAGTAACAACCTCGGCCG
TAGTGTGACACAAGGTAAAACTAACTCTCATTTGATCAAAGATTTTGTAAACATAACCTC
ATGATTTGGTGGTGTCTCTCTTTTTGTTGTTGTTAGGCAATTTGCAACGTATAAGACATG
CTTTCACTCTAGGAGCTCGTAAGCTGAAAGATGTGCTTTCAGTACCTGGGGAAACCATGG
GCTGGAAACTGGAGAAGTTCTTCAGCAGTTCACTGGAGAGGAACGGTAAGGGACAGAGAC
AAGACGTGGAGGAACCTGTCGTGGCGTTTGGCACTGGGAGATCAGAAGCATCTGATCTCA
GAGGAGATTTT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3HB31JQ 760 0 0
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ATTTTGAAGGGAACTCTAAAAGTCTTGTGTATGGGAAATGGTTTCATGGAGAAGGCCATC
AGCATAAGTGGATCCCTCAGGGGCAAGACGCGAGTTCTTGGGACATTGTTCGTTGGTTCG
TCACCGGACAGAAGGATGTTTTCTATAGGAGGAATCTGAATGGATCATCATCATCATCAG
CCTCGTTGCAGAACATGCGGAGATCAAGAGGAACAGGCACTTACATTCCTGAAATGGTAT
TTATTTCATTCACACCATTTACTCTCCTTCACTCGTTTGTTTTATGAGGTTTGTATATGA
TCCATTGTGTTTTTGGTTCTGCAGAGTCAGCAATCTTATACAGACAGGTTCAGTAACAAA
CCGAGCAAAGTGAAGAACTCACTGCCCTCAGCATCTCAGTCTCAACTCGTCAAACAGCGT
ATTTGAGTTGGTCTCTTAGGTTTGTCTCTTGCATATTTACAAACAGAAGACAATGAGAGT
TTTGTTTGCTATGTTGCTAAATGTGAAAAAAGTTTCAGAGGTTCAAAGCATATGTTTCCT
TTTTAGGACTTTCCTTTAGGATTTGTAATTTATTATCTTTTCACCGTCTGGAGATTAATG
GTTTGGTTTAGTAAATTACAGTAAATCTGATTAGTTCTTTATAGAGTAAACAAAAAAAGT
TCCCAGAAATTGAGCAGATATATAAATTGTAAGAGATGTC

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL7777Contig1 712 2 1 U
GGACGGAGATTTCAATTTCAGACCATAGTACAAAGTCCCCCTCTCAAAAAAAAAAAAACC
ACACTCAGATCTCCAGATGGTGGATTCTCCAAGAGCATCGAGTTCATCTCCTCCAAGATC
GTACCTCATCTTTATGCGAATCATGAGCAAGAGAAGGACATGGGTCTGTCTCTTCGTCGC
TGTCTACGCCATTCTCCTGTCTTCCTCGTGGAACCTGTTGAGATCTGTGCTTAGCTGGTA
CAAGCTCCAGTACACGTCATCGCCGTCGCCGTCTCGAATACCGGCGGTTTACGCTTCCGT
GGTGCTGGGAGCAGTGTTCGGAGCGATGTCGATGGTTGCGGCGGCGGCGGTTGCTGTTCC
GGCGGTTATGGTGATATGGATATCGGTGGTTGTGTTGCTTGCTTTCTTTGGCAAGTCGAG
AAGAGATTTGGTTGTTGAAGCTCGGAAGATTACGAGAGAAGTGTTTGGATTTGTGTTTAA
GGTTCTTTTGAAAGAAGGCAATGCTGTTGCTGCGGTTTGTGCTATTTTGGGTTACTTTCT
TCTTATTAGAAAGGATTTTGATTCGGTTTAAAGGTTTTGATCTTGGAATCTGACGGTTTT
TATGAAGAAACTTTGTTCTCTTTCTGTTTCTTGTTTTTAACGTTTTGTTAATGTAGCAAC
TAGCAATGTATATGTACATTTTTTTAATGATCATATAACTGAGATTTTCACG


BQ
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GGCGGTTATGGTGATATGGATATCGGTGGTTGTGTTGCTTGCTTTCTTTGGCAAGTCGAG
AAGAGATTTGGTTGTTGAAGCTCGGAAGATTACGAGAGAAGTGTTTGGATTTGTGTTTAA
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TATGAAGAAACTTTGTTCTCTTTCTGTTTCTTGTTTTTAACGTTTTGTTAATGTAGCAAC
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ATGGTGATATGGATATCGGTGGTTGTGTTGCTTGCTTTCTTTGGCAAGTCGAGAAGAGAT
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AS 0 0

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BQ
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AF RR3GA82JQ C 1
AF RR3GA82TF U 1
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AAGTAT

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TACCACCAAGGAGCTAGGAACTGTGATGCGTTCTCTAGGACAGAACCCAACCGAAGCAGA
GCTCCAAGACATCAACGAAGTTGACGCTGACGGTAACGGCACCATCGATTTCCCCGAGTT
CTTGAACCTCATGGCTCGTAAGATGAAGGACACCGACTCCGAGGAAGAGCTCAAGGAAGC
TTTCCGTGTTTTCGACAAGGACCAGAACGGTTTCATCTCGGCTGCTGAGCTCCGTCACGT
GATGACAAACTTAGGCGAGAAGCTCACGGACGAAGAGGTCGATGAGATGATCAAGGAAGC
TGATGTTGATGGTGATGGTCAGATTAACTATGAGGAGTTTGTTAAGGTCATGATGGCTAA
GTGATGTGGTTTTGGTTTTGGTTTGCCTCTCTCTCTCTCTTACTAAAACTCTTTTATGTA
ATTCTTATATTTACTTATGTATGTTCTTAAATTTTTATTCATGGGACTCGGTTCTGTTTT
CTGGTGGTTTAAGACCAAATGCTATCTCTTTAATGCTTTGTGTCTGAAGTCTTGTCTTTT
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AAGTAT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CGTACCGTTTTATAACTATCTCGCTGTCTTTGTCTATTACCACACTCTCATCTTTTTTAG
CTTCTGTTGTGTTTCTCTCACTTCTTTCTCTAAACCCAACAACAGTCAAAATCAGGGAAG
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GCA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3FC20TF U 1
AF RR3AG09TF U 2
BS 1 98 RR3FC20TF
BS 99 99 RR3AG09TF
BS 100 411 RR3FC20TF
BS 412 412 RR3AG09TF
BS 413 598 RR3FC20TF
BS 599 599 RR3AG09TF
BS 600 671 RR3FC20TF
BS 672 672 RR3AG09TF
BS 673 697 RR3FC20TF
BS 698 723 RR3AG09TF

RD RR3FC20TF 697 0 0
GGGGCTCAAGTCTCTTCCAACTCCAAGATTAGAAACTGCTACATCATTCTATCTATCTTT
CTCTTGTTTTTGCTATGTGGTAATCAGTGGTAATTAACGGACAACAGTTTTTGTTTTGTC
CGTACCGTTTTATAACTATCTCGCTGTCTTTGTCTATTACCACACTCTCATCTTTTTTAG
CTTCTGTTGTGTTTCTCTCACTTCTTTCTCTAAACCCAACAACAGTCAAAATCAGGGAAG
CCAATATTTTCTTTGCTTTCTTCTCCTTTCGTCCTTTCTTTAAACCAAGACAGTTAGGTT
TAATAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGATGTGTGAGTACTCTCTTTCTGTCTGAGTAAG
AGGAAACAAAAATGAATATGGGTTCCAACTCGGGTCCTGGTCGTGGTCCAGTTCAAGCAG
AGTCGGGTGGTTCATCGACTGAGTCATCCTCTTTAAGCGGAGGGCTCATGTTTGGCCAGA
GGATCTACTTCGAGGACGCTGGAGGTGGAACCGGGTCTTCTTCCTCCGGCGGGTCAAACA
GAAGGGTACGTGGTGGCGGGTCGGGTCCTTCGGGTCAGATACCAAGATGCCAAGTGGA*G
GTTGTGGAATGGATCTAACCAATGCAAAGGGTTATTACTCTAGGCACAGAGTGTGTGGAG
TGCACTCTAAA*CACCCAAAGTCATTGTCGCTGGTAT

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3AG09TF 722 0 0
GGGCTCAAGTCTCTTCCAACTTCAAGATTAGAAACTGCTACATCATTCTATCTATCTTTC
TCTTGTTTTTGCTATGTGGTAATCAGTGGTAATTAACAGACAACAGTTTTTGTTTTGTCC
GTACCGTTTTATAACTATCTCGCTGTCTTTGTCTATTACCACACTCTCATCTTTTTTAGC
TTCTGTTGTGTTTCTCTCACTTCTTTCTCTAAACCCAACAACAGTCAAAATCAGGGAAGC
CAATATTTTCTTTGCTTTCTTCTCCTTTCGTCCTTTCTTTAAACCAAGACAGTTAGGTTT
AATAAAGAGAGAGAGAGAGAGGGAATGATGTGTGAGTACTCTCTTTCTGTCTGAGTAAGA
GGAAACAAAAATGAATATGGGTTCCAACTCGGGTCCTGGTCGTGGTCCAGGTCAAGCAGA
GTCGGGTGGTTCATCGACTGAGTCATCCTCTTTAAGCGGAGGGCTCATGTTTGGCCAGAG
GATCTACTTCGAGGACGCTGGAGGTGGAACCGGGTCTTCTTCCTCCGGCGGGTCAAACAG
AAGGGTACGTGGTGGCGGGTCGGGTCCTTCGGGTCAGATACCAAGGTGCCAAGTGGAAGG
TTGTGGAATGGATCTAACCAATGCAAAGGGTTATTACTCTAGGCACAGAGTGTGTGGAGT
GCACTCTAAAACACCCAAAGTCATTGTCGCTGGTATCGAACAAATGTTCTGTCAACAGTG
CA

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL7782Contig1 667 2 1 U
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CCTATATCGAGTTTATCGATAGAGAGAACGAACTAAGGCAATCAAACCCACCAACACCTC
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TGCTCTCTCACACCAAGAGATCATGTTTTTGTTGTCTCTCCTTGAACACATATCTTGTTT
GTGTCACACTATCATTCAATACATGTTTGACAATAATTGATTGAATGTAAGTTTACTTTA
CAAGATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3D638JQ C 1
AF RR3D638TF U 1
BS 1 667 RR3D638TF

RD RR3D638JQ 667 0 0
GGAGTCTCTCACTTTCCGATCGCTTCGCCGTCGCAGAAATGACGAAGCTCAGGAAGCTCG
GCCGGCACACGGGTCACCGTATGTCCATGCTCAGGACGCTGGTTTCTCAATTGGTGAAAC
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GAGGAGACGATGTGATTCACAAGATCTTCACAGAGTTTGCTTATCGATACAAAGATAGAG
CTGGTGGATACACAAGAATGCTTCGTACTCGCATACGGGTTGGTGACGCTGCACCAATGG
CCTATATCGAGTTTATCGATAGAGAGAACGAACTAAGGCAATCAAACCCACCAACACCTC
AACCGCTACAACGAGTCCCGCTCGACCCATGGCTAGATCACGTCTCATGAGGCAGTACGC
ACCACCAAAGGAGGAGAAAAATTCTGATTCCGATCTATTATGAACATAAAAGATCTCTTT
TGCTCTCTCACACCAAGAGATCATGTTTTTGTTGTCTCTCCTTGAACACATATCTTGTTT
GTGTCACACTATCATTCAATACATGTTTGACAATAATTGATTGAATGTAAGTTTACTTTA
CAAGATC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3D638TF 667 0 0
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GCCGGCACACGGGTCACCGTATGTCCATGCTCAGGACGCTGGTTTCTCAATTGGTGAAAC
ACGAGCGAATTGAGACCACTGTCACTAAGGCTAAAGAGGTTCGTCGTCTTGCTGATAACA
TGGTTCAACTCGGCAAAGAGGGCTCACTCGATGCAGCTAGGCGAGCTGCTGGGTTTGTTA
GAGGAGACGATGTGATTCACAAGATCTTCACAGAGTTTGCTTATCGATACAAAGATAGAG
CTGGTGGATACACAAGAATGCTTCGTACTCGCATACGGGTTGGTGACGCTGCACCAATGG
CCTATATCGAGTTTATCGATAGAGAGAACGAACTAAGGCAATCAAACCCACCAACACCTC
AACCGCTACAACGAGTCCCGCTCGACCCATGGCTAGATCACGTCTCATGAGGCAGTACGC
ACCACCAAAGGAGGAGAAAAATTCTGATTCCGATCTATTATGAACATAAAAGATCTCTTT
TGCTCTCTCACACCAAGAGATCATGTTTTTGTTGTCTCTCCTTGAACACATATCTTGTTT
GTGTCACACTATCATTCAATACATGTTTGACAATAATTGATTGAATGTAAGTTTACTTTA
CAAGATC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL7783Contig1 675 2 2 U
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TTTTTTTGTAGCAGGACTGTAATTTTGGTAAATGATAGACATTAATGTAAAATTGTTACT
ATCTTGCCATCCATTTTTCACTAGGATGGTCTGTTTCCAGTTTAATATTACTGAATAAAG
TTGTCATTTTCCCAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT11TF U 1
AF RR3GT11JQ C 1
BS 1 624 RR3GT11TF
BS 625 675 RR3GT11JQ

RD RR3GT11TF 624 0 0
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TAACCAATGGACTGCTTCAGTTTTCCATAGGAGAGCTAGATAAAGTTGGTGGTAATGGAA
GATCAATATCTGGTCCTGACTTTAGTTTGGAGTTGCTTTTTACTCCAGCTAGTTCCAAAT
CAGGAAAGCTTCTTTCCCGAGATGACCTTTGTCTCCCTTGAGGCCTCTGTTTCGGCTCCT
TCAAACCCGAGTAGTTGAAGCCACAAAAGAGTTATGAATACTGAGCTGATGCTGCAAACA
CCTCCATTTCTTACACCGGCATTTCTCCTGTTCAAAAGCAGAGGCAAATGAGAAATCTTG
AAACACTAGCAGCAAGTAGCTAATGCAAATGGCACATAACATATAGTTTTCTCAAGAATT
TTTTTTTGTAGCAGGACTGTAATTTTGGTAAATGATAGACATTAATGTAAAATTGTTACT
ATCTTGCCATCCATTTTTCACTAG

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3GT11JQ 675 0 0
GGAGACAAGAACCGCGTCTTGTTGTTCAAATGGATACAGAGAGTTCTATCATCGACGAGA
AAACATGTCTTGACTTCTACTTTGACAAACCTGTCAGAGTGAGTGGAGATATACGCATCA
CATTCTATCAGAAAATGATTGGAAGCCGTCTCTTTTATACTTGCTTCAACACAGCCTTTA
TAACCAATGGACTGCTTCAGTTTTCCATAGGAGAGCTAGATAAAGTTGGTGGTAATGGAA
GATCAATATCTGGTCCTGACTTTAGTTTGGAGTTGCTTTTTACTCCAGCTAGTTCCAAAT
CAGGAAAGCTTCTTTCCCGAGATGACCTTTGTCTCCCTTGAGGCCTCTGTTTCGGCTCCT
TCAAACCCGAGTAGTTGAAGCCACAAAAGAGTTATGAATACTGAGCTGATGCTGCAAACA
CCTCCATTTCTTACACCGGCATTTCTCCTGTTCAAAAGCAGAGGCAAATGAGAAATCTTG
AAACACTAGCAGCAAGTAGCTAATGCAAATGGCACATAACATATAGTTTTTTCAAGAATT
TTTTTTTGTAGCAGGACTGTAATTTTGGTAAATGATAGACATTAATGTAAAATTGTTACT
ATCTTGCCATCCATTTTTCACTAGGATGGTCTGTTTCCAGTTTAATATTACTGAATAAAG
TTGTCATTTTCCCAC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL7784Contig1 538 2 7 U
GGTCCTCTGATGACAAACCGTCTTTACAACTTCACCGGAAGAGGAGACAGCGACCCGAGT
TTGGACTCGGAGTATGCAGCTAACCTCAGGAAGAAATGCAAGCCGACCGATACAACGACG
GCTCTAGAGATGGATCCGGGAAGTTTCAAGACATTCGACGTGAGCTACTTCAAGCTAGTG
GCAAAGAGAAGAGGGCTTTTCCAGTCGGATGCTGCTCTGTTGGACAACTCAAAGACTAGG
GCTTATGTCTTGCAGCAGGCACGTGGGTCAACCTTCTTTCATGACTTTGGTGTCTCAATG
GTGAAAATGGGTCGGATCGGGTTTCTTACTGGTCGTACCGGGGAGATTCGTAAAATGTGT
CGCGTTCCTAATTAAAGAGATTATAAAAGAATGAAAACATATCTCTAGCCGAGTTTGATT
CTTGTTGGGGTTTGCTTCTATATGGGATTGTTGGGAATATGCTGTATTTAATGTGTCAAA
CAAATAACCCTTGTAAGTTGTACCTTTTTTTTTAAAAGGAAATTGGATTGTTCTGAAT


BQ
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DS 



AS 1 2

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BQ
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GC

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AAGGGTTTTTGC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

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T


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3F960TF U 27
AF RR3FH37TF U 1
BS 1 90 RR3FH37TF
BS 91 91 RR3F960TF
BS 92 132 RR3FH37TF
BS 133 133 RR3F960TF
BS 134 138 RR3FH37TF
BS 139 139 RR3F960TF
BS 140 226 RR3FH37TF
BS 227 228 RR3F960TF
BS 229 321 RR3FH37TF
BS 322 322 RR3F960TF
BS 323 346 RR3FH37TF
BS 347 347 RR3F960TF
BS 348 661 RR3FH37TF

RD RR3F960TF 420 0 0
GG
ACCATACCATGACTCTTCTCTTCAATATCTGTCTCTTCGTGGCACTATTCTTATGTCAGT
CCGTGGTTCATGCCGTTAATAACGGCTATTACGGGTATAACCCAACCGTCACCAGCTACC
TGCCGGAGAAACCTCAGAACATCATGAATCCAGTGGACTCGTGTTGGCGGCATAAATCTG
ACTGGTCCGCTAACCGGAAAGATTTAGCCGATTGCGCTGTTGGGTTCGGTTCATCTGCCT
TGGGTGGCAAGAAAGGTAATTTATATGTTGTCACAAACCCTAACGACAATGCACCGAATC
CTAAACCTGGTTCTCTTCCATACGGTGTGATTCAAGACAAGCCGCTGTGGATCACTTTCG
CTAAGGATATGGTCTTAACCTTAGAGAATGAGCTCATGGTCAATAGCTATAAGACTAT

QA 3 420 3 420
DS 

RD RR3FH37TF 661 0 0
GGATCCCTTCTCAATCCCTAAACCACGTACCATACCATGACTCTTCTCTTCAATATCTGT
CTCTTCGTGGCACTATTCTTATGTCAGTCCTTGGTTCACGCCGTTAATAACGGCTATTAC
GGGTATAACCCATCCGTCGCCAGCTACCTGCCGGAGAAACCTCAGAACATCATGAATCCA
GTGGACTCGTGTTGGCGGCATAAATCTGACTGGTCCACTAACCGGA**GATTTAGCCGAT
TGCGCTGTTGGGTTCGGTTCATCTGCCTTGGGTGGCAAAAAAGGTAATTTATATGTTGTC
ACAAACCCTAACGACAATGCAGCGAATCCTAAACCTGGTTCTCTTCGATACGGTGTGATC
CAAGACAAGCCGCTGTGGATCACTTTCGCTAAGGATATGGTCATAACCTTAGAGAATGAG
CTCATGGTCAATAGCTATAAGACTATAGATGGCAGGGGCGCAAAAGTGGAAATTGCTTAC
GTACCGTGCATTACGATACAACAAGTGACGAACATAATCGTGCATGGGATCAGCATCCAC
GACTGCAAACCGGCGAAGTATGGAATGGTGAGGAGTAGCACAACGCATGTCGGTCATCGA
AAGGGATCGGACGGTGATGCGATCGCTATTTCCGGTTCGTCTCATATTTGGATCGACCAT
T

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL7787Contig1 705 2 3 U
TTTTTTTTTGTGAATGCGAATAAATATATTATTAGTTTGATTGATAACGAGCTTTGCAGT
GCTCTTCTCTTTGTTCCAATATTTAGTTTTTAAGACGGTAACAATCAAATGTTAATAAGC
TCAGGTTCCACCGAAAATCCTGTTTAGTGTAGCTGCCAGTCTCACCCCTCCCTGTGCTAA
GCGCTGATAGACTATTGGTAGGCGTGAGTAAAAGTATTCATCGTCTAGAGTGTCCCCATC
CGTTACTCCTTTATATGCCCAGTCACAAGCTGCTTTGATTCCTTCGGATGCATAGATGTC
TGGGCATGCTGTCTTCCTTGTGCAACTCTCCCACATATTGACTTGATCTGCCCATTCTGT
CGTGATATTCTTGTTGATTGCATCCACCATGCCATCTAGCTCGGAGTTATAAAAATCTGC
TTCAGCGGTCTGAATAATACTGGAATCCCAAATATGGTGAAGGTTAGCTTTTCTCGTGTA
CCAATGCACTTCGATGGTGTTCCCTCCTTTGTCCGAAGCAAAACTCACATGTAGAGGCTG
ATGGATATCACCCATGAAATGAGACAGGAAGAGCAGTGCCTCTGTTAAGTTGTATTGTGG
CGTCGATGCAGCTGCAGTGTTGTAACTAAGAAGCTGTGTGGTGTAATTGTAGATGGCTCC
TGAAACGCATCTTCCTTTCACTCCGTCTTCGTCATTGCAATCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H607TF C 1
AF RR3H607JQ U 24
BS 1 23 RR3H607TF
BS 24 689 RR3H607JQ
BS 690 705 RR3H607TF

RD RR3H607TF 705 0 0
TTTTTTTTTGTGAATGCGAATAAATATATTATTAGTTTGATTGATAACGAGCTTTGCAGT
GCTCTTCTCTTTGTTCCAATATTTAGTTTTTAAGACGGTAACAATCAAATGTTAATAAGC
TCAGGTTCCACCGAAAATCCTGTTTAGTGTAGCTGCCAGTCTCACCCCTCCCTGTGCTAA
GCGCTGATAGACTATTGGTAGGCGTGAGTAAAAGTATTCATCGTCTAGAGTGTCCCCATC
CGTTACTCCTTTATATGCCCAGTCACAAGCTGCTTTGATTCCTTCGGATGCATAGATGTC
TGGGCATGCTGTCTTCCTTGTGCAACTCTCCCACATATTGACTTGATCTGCCCATTCTGT
CGTGATATTCTTGTTGATTGCATCCACCATGCCATCTAGCTCGGAGTTATAAAAATCTGC
TTCAGCGGTCTGAATAATACTGGAATCCCAAATATGGTGAAGGTTAGCTTTTCTCGTGTA
CCAATGCACTTCGATGGTGTTCCCTCCTTTGTCCGAAGCAAAACTCACATGTAGAGGCTG
ATGGATATCACCCATGAAATGAGACAGGAAGAGCAGTGCCTCTGTTAAGTTGTATTGTGG
CGTCGATGCAGCTGCAGTGTTGTAACTAAGAAGCTGTGTGGTGTAATTGTAGATGGCTCC
TGAAACGCATCTTCCTTTCACTCCGTCTTCGTCATTGCAATCCCC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3H607JQ 666 0 0
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GTGAGTAAAAGTATTCATCGTCTAGAGTGTCCCCATCCGTTACTCCTTTATATGCCCAGT
CACAAGCTGCTTTGATTCCTTCGGATGCATAGATGTCTGGGCATGCTGTCTTCCTTGTGC
AACTCTCCCACATATTGACTTGATCTGCCCATTCTGTCGTGATATTCTTGTTGATTGCAT
CCACCATGCCATCTAGCTCGGAGTTATAAAAATCTGCTTCAGCGGTCTGAATAATACTGG
AATCCCAAATATGGTGAAGGTTAGCTTTTCTCGTGTACCAATGCACTTCGATGGTGTTCC
CTCCTTTGTCCGAAGCAAAACTCACATGTAGAGGCTGATGGATATCACCCATGAAATGAG
ACAGGAAGAGCAGTGCCTCTGTTAAGTTGTATTGTGGCGTCGATGCAGCTGCAGTGTTGT
AACTAAGAAGCTGTGTGGTGTAATTGTAGATGGCTCCTGAAACGCATCTTCCTTTCACTC
CGTCTT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL7788Contig1 753 2 2 U
GGTAAAATAGGTCTTAAACTTGATTCTTATGTTTAGTAATCAAGAAATGAGAAAAGATTC
TTATGTTTTGCTTAACATTTTTGAAGACAGTAAACTCATTTTCCCCCCTCAAAAGAGTTA
GTTCGGAAGATAGAGGTGCAGTCTCTCATTTCCCCCTCAAAACGACGAAGTTCTGAGAAC
CTGCATTCTTCTGTATCTTTGAGAACTTCCTCAGAATATCAGCAAAAGCATTCTTGTCCT
CTTTGGTCTTAAGTCTTGCCTTAAACCTGGAGACAAGGTCCTGTGTTGTGACTTGCTTCT
TCTCCATGAGAACAGCTCGGATTTCATCTTCAGTCACAGGTCCTGTAGCAGCTGAGACTG
AGGTTGAGGCTGAGGCTGAAGCTGGAGTTGGTTTAGCTTTCACAGCCTTTGTTGGTGCCT
TGGATTTGGAAACCGAGTTATTCTTCTCTTCCTTCACTGAAGGTTTCGTCTCAGTTTCAG
TCTTCACTTTCTTTTGAACAGAGCTGCCGCTGGGTTTTTTAGAATCACCATCATTTAGTT
TTCTCTTTCCCTTTGATGGTTTTGCAGAAGGCGTTCCACGAGAAGATGAAGGGGGTGTAG
GCTTTGGAGGAGTGCTCTCAACAGGTTCTTCTTTGGCCGCTTCCTTCTGTTTAGAATTCG
CAACTGGATTGAAGTTTGTCTCCTCCTCATCATCTGAGTCATCATCGTCGTCTTCTTCGT
CAGACTCATTCAAACCATTAGACTTTCCGAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A489TF C 1
AF RR3A489JQ U 83
BS 1 82 RR3A489TF
BS 83 753 RR3A489JQ

RD RR3A489TF 753 0 0
GGTAAAATAGGTCTTAAACTTGATTCTTATGTTTAGTAATCAAGAAATGAGAAAAGATTC
TTATGTTTTGCTTAACATTTTTGAAGACAGTAAACTCATTTTCCCCCCTCAAAAGAGTTA
GTTCGGAAGATAGAGGTGCAGTCTCTCATTTCCCCCTCAAAACGACGAAGTTCTGAGAAC
CTGCATTCTTCTGTATCTTTGAGATCTTCCTCAGAATATCAGCAAAAGCATTCTTGTCCT
CTTTGGTCTTAAGTCTTGCCTTAAACCTGGAGACAAGGTCCTGTGTTGTGACTTGCTTCT
TCTCCATGAGAACAGCTCGGATTTCATCTTCAGTCACAGGTCCTGTAGCAGCTGAGACTG
AGGTTGAGGCTGAGGCTGAAGCTGGAGTTGGTTTAGCTTTCACAGCCTTTGTTGGTGCCT
TGGATTTGGAAACCGAGTTATTCTTCTCTTCCTTCACTGAAGGTTTCGTCTCAGTTTCAG
TCTTCACTTTCTTTTGAACAGAGCTGCCGCTGGGTTTTTTAGAATCACCATCATTTAGTT
TTCTCTTTCCCTTTGATGGTTTTGCAGAAGGCGTTCCACGAGAAGATGAAGGGGGTGTAG
GCTTTGGAGGAGTGCTCTCAACAGGTTCTTCTTTGGCCGCTTCCTTCTGTTTAGAATTCG
CAACTGGATTGAAGTTTGTCTCCTCCTCATCATCTGAGTCATCATCGTCGTCTTCTTCGT
CAGACTCATTCAAACCATTAGACTTTCCGAGCC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3A489JQ 671 0 0
GAAGACAGTAAACTCATTTTCCCCCCTCAAAAGAGTTAGTTCGGAAGATAGAGGTGCAGT
CTCTCATTTCCCCCTCAAAACGACGAAGTTCTGAGAACCTGCATTCTTCTGTATCTTTGA
GAACTTCCTCAGAATATCAGCAAAAGCATTCTTGTCCTCTTTGGTCTTAAGTCTTGCCTT
AAACCTGGAGACAAGGTCCTGTGTTGTGACTTGCTTCTTCTCCATGAGAACAGCTCGGAT
TTCATCTTCAGTCACAGGTCCTGTAGCAGCTGAGACTGAGGTTGAGGCTGAGGCTGAAGC
TGGAGTTGGTTTAGCTTTCACAGCCTTTGTTGGTGCCTTGGATTTGGAAACCGAGTTATT
CTTCTCTTCCTTCACTGAAGGTTTCGTCTCAGTTTCAGTCTTCACTTTCTTTTGAACAGA
GCTGCCGCTGGGTTTTTTAGAATCACCATCATTTAGTTTTCTCTTTCCCTTTGATGGTTT
TGCAGAAGGCGTTCCACGAGAAGATGAAGGGGGTGTAGGCTTTGGAGGAGTGCTCTCAAC
AGGTTCTTCTTTGGCCGCTTCCTTCTGTTTAGAATTCGCAACTGGATTGAAGTTTGTCTC
CTCCTCATCATCTGAGTCATCATCGTCGTCTTCTTCGTCAGACTCATTCAAACCATTAGA
CTTTCCGAGCC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

CO CL7789Contig1 705 2 2 U
GGACAACTGATTTATATTAGAAACTAAATGCCGAATAGGCTAAGTCGCATACAACCGGAG
CGAAAACTCGACGGTGAACTGAAAAACAAAAATAGCAAAAACATAAAAATGATAGATACG
GCTAAGGAGAGAAGAGACCCATAGAGAAGCTTCACTTGTAATCCTAGAGCCTGCATTCGA
AGGAACGCGCTGAAGTCGAGATCGACGTTGAAGAATCCAATCAATGGATTTTGAGAGCAG
CTGAAAACTGTCTCTGAAGATACATGGATCTCCTGACGTTGCAGTGAAGTACGGAAAGAC
TGCCGGAGTAGGACTACACACAGAGTCGTCGACGGTACAGCTTCTGAAGGATAGTAATTG
ATAGAGTCAGGAGATAACTTGCGGGGATGAGGTGGCGGAGAAACGAGTCTGGCTTGAGAT
AGGGATGGCGGTGGAGTCATGCGTTCTGGCCGACCACTCGTCGTTAACACTTCTGCAGAA
GTGAAGACTCAATGAGTAGGGGTACGACCTGAGCAAAGAATCTGAGATCCTTCGTTAACG
ATGACAGCTCCGGTTTGACAGTCGCATGGTAGACTCTGTGAAGAACCGTCGATGCTTGAG
ACGGCGTAATGTGATGAAAACGCAGCAGTGGTGAACTTAGCAGATCTGGAGATTCCACAC
TCTTGCACAGTAGTTCCAGCAACAAGGAGATTGGGAAAGCCACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AF67TF C 1
AF RR3AF67JQ U 39
BS 1 38 RR3AF67TF
BS 39 705 RR3AF67JQ

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DS 

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GCCACAC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 0 0

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TTGGGGT


BQ
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AF RR3H440JQ C 1
AF RR3H440TF U 1
BS 1 667 RR3H440TF

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TCGTATTCCATTTTTAGTTATACAATAATATGTCTCCAAAATCTTATTATAGTCTTATAC
TATGATTCGTGTATGCAGTATTGCAGTTTATAAGTTGCTATTTGATTCATTTTAATATTT
GATACAACAGGGTATAGAGGAGGGCAATGAAATAAAGGGGAGGGAGCTTGTGGAGTTTCA
CCTTGACTACGCAAGAACTGGAGCCAATCAAGATCACGAACCAGGGAAAGGAAGACCTTA
ATTATTCATAACTAAAATAACGAGCTTCGTTAACTCTACTACTTTCACAAATAAGCGTCT
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TATGAATCAAAGTTTTTATTATGTGATATTATTTTAAGTGCGAATGAAAGTACTATAAAT
TTGGGGT

QA 1 667 1 667
DS 

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TCGTATTCCATTTTTAGTTATACAATAATATGTCTCCAAAATCTTATTATAGTCTTATAC
TATGATTCGTGTATGCAGTATTGCAGTTTATAAGTTGCTATTTGATTCATTTTAATATTT
GATACAACAGGGTATAGAGGAGGGCAATGAAATAAAGGGGAGGGAGCTTGTGGAGTTTCA
CCTTGACTACGCAAGAACTGGAGCCAATCAAGATCACGAACCAGGGAAAGGAAGACCTTA
ATTATTCATAACTAAAATAACGAGCTTCGTTAACTCTACTACTTTCACAAATAAGCGTCT
TTACGTGTTAAGTATGTATATACACATAATATGATGTAATATAATAGCCTAATAGGCCAA
GCTTTTGGCAAGGTTAAAGTTGCATGTAAGAAACCTTGTGTATCAGTATGCATCCATGCA
TATGAATCAAAGTTTTTATTATGTGATATTATTTTAAGTGCGAATGAAAGTACTATAAAT
TTGGGGT

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL7792Contig1 686 2 2 U
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BQ
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AF RR3DN79TF U 1
AF RR3DN79JQ C 11
BS 1 677 RR3DN79TF
BS 678 686 RR3DN79JQ

RD RR3DN79TF 677 0 0
GGGACCTACGAAGAAGAAGAATGTCGAACAAGTCCCCTGTTTTCCCCATCCCTGACTCTC
AACATTTCAGCGACTATGGCTTTAACTACTTTCAGGTTATGGAAGAAGCGAGGAAGCATA
AGAGAGAAACGTCGACGAAGTCATCCATCATCAACAGTCTTCACTTCAAGATCCAGAAAC
CCATTTCGAAAGATGACCCGACCCGGTCCACAATGCACCACAACAAGAGGAAGAAACGGT
GGTGGTGGAAGAAGGCTTTACCCTTTTTCAAGTGGCGTAAATGGCCAATCTCCACCGTCG
CCGCCGTCATTGACGAAGATCGTAGGGTCAGGAACTTTCGCGCCGTAACCGGTTCGATGT
CGATGTCGAGTCCGGTTTACTCGATTGAGAGTCGAACGGGAACTAACACGCCGTACCGTA
CGAGTACTAGTAGACCTTCGTCGGGACCTATAGCGGGAACATTGACGCCGGCAAGAAAAG
GTGACGTGGCGTTCCCATATTTGAGTCTACGGGAGGTTAACATGGAGCAGCAGCAGAGGA
TCTCTATCTCTTCTTCTCCCATTTACTTGGTCACGTAAAAGTTTTTATAGTAAATTTAGT
AACCGGGACGGTGTGATGTTTTTAAAATCTTTTATGCAATTGGTGAAAGCTGTAAAGTTT
CATCTGTCTCACGTGAA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3DN79JQ 676 0 0
AAGAAGAAGAATGTCGAACAAGTCCCCTGTTTTCCCCATCCCTGACTCTCAACATTTCAG
CGACTATGGCTTTAACTACTTTCAGGTTATGGAAGAAGCGAGGAAGCATAAGAGAGAAAC
GTCGACGAAGTCATCCATCATCAACAGTCTTCACTTCAAGATCCAGAAACCCATTTCGAA
AGATGACCCGACCCGGTCCACAATGCACCACAACAAGAGGAAGAAACGGTGGTGGTGGAA
GAAGGCTTTACCCTTTTTCAAGTGGCGTAAATGGCCAATCTCCACCGTCGCCGCCGTCAT
TGACGAAGATCGTAGGGTCAGGAACTTTCGCGCCGTAACCGGTTCGATGTCGATGTCGAG
TCCGGTTTACTCGATTGAGAGTCGAACGGGAACTAACACGCCGTACCGTACGAGTACTAG
TAGACCTTCGTCGGGACCTATAGCGGGAACATTGACGCCGGCAAGAAAAGGTGACGTGGC
GTTCCCATATTTGAGTCTACGGGAGGTTAACATGGAGCAGCAGCAGAGGATCTCTATCTC
TTCTTCTCCCATTTACTTGGTCACGTAAAAGTTTTTATAGTAAATTTAGTAACCGGGACG
GTGTGATGTTTTTAAAATCTTTTATGCAATTGGTGAAAGCTGTAAAGTTTCATCTGTCTC
ACGTGAAGCAATTTTA

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

CO CL7793Contig1 603 2 6 U
CTCCACCACCGACTCCATCTCCGCCACCTCCAACCACGACCACTGCCTGTCCTCCGCCTC
CTAGCTCTGGCGGTGGTGGTAGTGGTGGTCCTTACTATTACTACCCACCTCCTTCTCAGT
CTAGCTCTTACCGTCCACCACCGTCTTCCTCCGGCGATGGTGGCTACGTTTATCCACCGC
CTAAAAGTGGAGGAAACTATCCTTTTACGCCGCCGCCGAACCCAATCGTTCCTTACTTTC
CGTTTTACTACTACAACCCTCCGCCACAATCTGTCGTGTTGTCTGGATCCGTTGGGAAAA
CAAGTTTCTCTTACGGGTTTTCATTTGCGTTAGTTTTTGCTCTTTGTTTCAGTATGTTGC
TTCTAAATAATACAGGTTAAAGAATATGATAGAGGTTACTTGTAACAACAAGAAAAATCC
TCATCTCTTTGCAGAGAAGATGACTTATGCATATGAGAGATCTTTACGCTACAGATTCAG
AACGGTGAATGTTGTTTCTTCATTTTCCTTTTTCTTTTTCTTCACTTGTCTTCGCTTGTA
TGAGTAGATATATATTTGTAATTCCATCTCTTTTAACAATTTTATGAATGTAGTTTCTTC
CCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3EK85JQ C 1
AF RR3DM96TF U 239
BS 1 248 RR3EK85JQ
BS 249 265 RR3DM96TF
BS 266 266 RR3EK85JQ
BS 267 512 RR3DM96TF
BS 513 513 RR3EK85JQ
BS 514 603 RR3DM96TF

RD RR3EK85JQ 564 0 0
CTCCACCACCGACTCCATCTCCGCCACCTCCAACCACGACCACTGCCTGTCCTCCGCCTC
CTAGCTCTGGCGGTGGTGGTAGTGGTGGTCCTTACTATTACTACCCACCTCCTTCTCAGT
CTAGCTCTTACCGTCCACCACCGTCTTCCTCCGGCGATGGTGGCTACGTTTATCCACCGC
CTAAAAGTGGAGGAAACTATCCTTTTACGCCGCCGCCGAACCCAATCGTTCCTTACTTTC
CGTTTTACTACTACAACCCTCCGCCACAATCTGTCGTGTTGTCTGGATCCGTTGGGAAAA
CAAGTTTCTCTTACGGGTTTTCATTTGCGTTAGTTTTTGTTCTTTGTTTCAGTATGTTGC
TTCTAAATAATACAGGTTAAAGAATATGATAGAGGTTACTTGTAACAACAAGAAAAATCC
TCATCTCTTTGCAGAGAAGATGACTTATGCATATGAGAGATCTTTACGCTACAGATTCAG
AACGGTGAATGTTGTTTCTTCATTTTCCTTTTTCTTTTTCTTCACTTGTCTTCGCTTGTA
TGAGTAGATATATATTTGTAATTC

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3DM96TF 365 0 0
GTTTCCGTTT
TACTACAACCCTCCGCCGCAATCTGTCGTGTTGTCTGGATCCGTTGGGAAAACAAGTTTC
TCTTACGGGTTTTCATTTGCGTTAGTTTTTGCTCTTTGTTTCAGTATGTTGCTTCTAAAT
AATACAGGTTAAAGAATATGATAGAGGTTACTTGTAACAACAAGAAAAATCCTCATCTCT
TTGCAGAGAAGATGACTTATGCATATGAGAGATCTTTACGCTACAGATTCAGAACGGTGA
ATGTTGTTTCTTCATTTTCCTTTT*CTTTTTCTTCACTTGTCTTCGCTTGTATGAGTAGA
TATATATTTGTAATTCCATCTCTTTTAACAATTTTATGAATGTAGTTTCTTCCCC

QA 11 365 11 365
DS 



AS 1 2

CO CL7794Contig1 678 2 3 U
GGATCTCCTTTCTCCATAACTCTCTCACCCTCTCCTTCTACAACCAAAAGCTTTTCTCTC
TCAAGAACCCCAAAACAAATGGCTATAATGAAGAAATCTTCAAAACTCACTCAAACAGCA
ATGCTGAAGCAGATTCTGAAAAGATGTTCGAGCTTAGGGAAGAAAAATGGAGGAGGCTAC
GATGAAGAGTGCCTTCCACTCGATGTACCAAAGGGACACTTCCCTGTCTATGTGGGAGAA
AACAGAAGCAGATACATTGTCCCAATCTCCTTCTTGACTCACCCTGAGTTCCAAACTCTT
CTAAGACGAGCTGAAGAAGAGTTTGGATTCGATCACGACATGGGTCTCACCATTCCTTGT
GATGAACTCGTCTTTCAGACCCTAACCTCAATGATCCGATGATATTTTTCAGTTAAACCA
TTTGAAGAAGAAGCAGACGCTTATCTTTACAAAAAGAAAATAGCATATCTTCTCTTATAT
TAGTTTTTTGTTCTCTATTTTTAAGCCCATCATCCAGGGTTTTTTACGAGTTAATTTACT
CGTCTAACAAGAAAGAAACCCGTATGAGAAGAGGTTATATGGGTTTAGATCTGTAAAAAG
AAGCTTGTAGTGTTTTCCTCGCAGATTTTGATTCTGTGAGAGAAGTTGATTAATGCAAGA
AAGAAATATTTCTCGACC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3HA64TF U 6
AF RR3HA64JQ C 1
BS 1 5 RR3HA64JQ
BS 6 653 RR3HA64TF
BS 654 678 RR3HA64JQ

RD RR3HA64TF 648 0 0
TCCTTTCTCCATAACTCTCTCACCCTCTCCTTCTACAACCAAAAGCTTTTCTCTCTCAAG
AACCCCAAAACAAATGGCTATAATGAAGAAATCTTCAAAACTCACTCAAACAGCAATGCT
GAAGCAGATTCTGAAAAGATGTTCGAGCTTAGGGAAGAAAAATGGAGGAGGCTACGATGA
AGAGTGCCTTCCACTCGATGTACCAAAGGGACACTTCCCTGTCTATGTGGGAGAAAACAG
AAGCAGATACATTGTCCCAATCTCCTTCTTGACTCACCCTGAGTTCCAAACTCTTCTAAG
ACGAGCTGAAGAAGAGTTTGGATTCGATCACGACATGGGTCTCACCATTCCTTGTGATGA
ACTCGTCTTTCAGACCCTAACCTCAATGATCCGATGATATTTTTCAGTTAAACCATTTGA
AGAAGAAGCAGACGCTTATCTTTACAAAAAGAAAATAGCATATCTTCTCTTATATTAGTT
TTTTGTTCTCTATTTTTAAGCCCATCATCCAGGGTTTTTTACGAGTTAATTTACTCGTCT
AACAAGAAAGAAACCCGTATGAGAAGAGGTTATATGGGTTTAGATCTGTAAAAAGAAGCT
TGTAGTGTTTTCCTCGCAGATTTTGATTCTGTGAGAGAAGTTGATTAA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3HA64JQ 678 0 0
GGATCTCCTTTCTCCATAACTCTCTCACCCTCTCCTTCTACAACCAAAAGCTTTTCTCTC
TCAAGAACCCCAAAACAAATGGCTATAATGAAGAAATCTTCAAAACTCACTCAAACAGCA
ATGCTGAAGCAGATTCTGAAAAGATGTTCGAGCTTAGGGAAGAAAAATGGAGGAGGCTAC
GATGAAGAGTGCCTTCCACTCGATGTACCAAAGGGACACTTCCCTGTCTATGTGGGAGAA
AACAGAAGCAGATACATTGTCCCAATCTCCTTCTTGACTCACCCTGAGTTCCAAACTCTT
CTAAGACGAGCTGAAGAAGAGTTTGGATTCGATCACGACATGGGTCTCACCATTCCTTGT
GATGAACTCGTCTTTCAGACCCTAACCTCAATGATCCGATGATATTTTTCAGTTAAACCA
TTTGAAGAAGAAGCAGACGCTTATCTTTACAAAAAGAAAATAGCATATCTTCTCTTATAT
TAGTTTTTTGTTCTCTATTTTTAAGCCCATCATCCAGGGTTTTTTACGAGTTAATTTACT
CGTCTAACAAGAAAGAAACCCGTATGAGAAGAGGTTATATGGGTTTAGATCTGTAAAAAG
AAGCTTGTAGTGTTTTCCTCGCAGATTTTGATTCTGTGAGAGAAGTTGATTAATGCAAGA
AAGAAATATTTCTCGACC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL7795Contig1 592 2 1 U
GGAACTAAAAAGAAAAAAACGCCGCTCGTCTCTTCAGAGAGTGTTCCACTTTCCAGGATT
TGCTCAAGAGAAAAAAAATGAGTAGAGGAAGTGCAGCCGTTGCCAAGGGAAAGAAGAAGG
GAGTTTCCTTCTCTATCGATTGCTCCAAGCCTGTCGATGACAAGATCATGGAGATTGCTT
CCCTCGAGAAGTTCCTTCAGGAGAGGATCAAAGTCGGGGGCAAAGCCGGTGCACTCGGTG
ATTCCGTCACGATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACCGTCACTTCCGATGGTCAATTCT
CCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAACGTGAGGGATT
GGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTACTTCAACA
TCGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGTTATTACATCTGTTTCCGGTTTT
TGTTTTGTGTTCGTTGTTGCTCAATACTATTTATCATCGACCTTGTGTTCTTCTTTATCG
ACACCTTATTTTAGTTTTGTTTAAGAAAAATATTTTGGTGATAATTCAAGAA


BQ
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AF RR3B853JQ C 1
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QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3B853TF 592 0 0
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ATTCCGTCACGATCACCCGTGAGAAGAACAAGATCACCGTCACTTCCGATGGTCAATTCT
CCAAGAGGTATCTCAAGTACTTGACGAAGAAGTACTTGAAGAAGCACAACGTGAGGGATT
GGCTCAGAGTGATTGCAGCCAACAAGGACCGTAACCTCTACGAGTTGAGGTACTTCAACA
TCGCTGAGAACGAGGGAGAGGAAGAAGACTAGAAGAGTTATTACATCTGTTTCCGGTTTT
TGTTTTGTGTTCGTTGTTGCTCAATACTATTTATCATCGACCTTGTGTTCTTCTTTATCG
ACACCTTATTTTAGTTTTGTTTAAGAAAAATATTTTGGTGATAATTCAAGAA

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

CO CL7796Contig1 402 2 3 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A012TF U 17
AF RR3A012JQ C 1
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TACAAACCTTTCACGCGAGTTACACTTTCACTTACAGAGAAATCGGGTGAACTCGAGTTG
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TTCTAATCATATTCCTCCTGATGGTTCAACTCCACCAAGAAGGTTACATCGAAACGGAGG
AAAATAAAAGGATCAATAGGAGGAGAAGGGTCGGGGAAGAAA

QA 1 402 1 402
DS 



AS 0 0

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TCCACAGG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3DP94JQ C 1
AF RR3DP94TF U 1
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DS 

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CATCAAAGTTGATACAAGTTCAGTCAAAGGCATGTGAGGCTTCCAAGTTTGTGGCCAAGC
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CTACGGTGGACAAGTGCCAAGAGTTGTCTAAGCAACTTCTCTACACCCGTCTTGCTAGCA
TTCCTGGACGCTGTGAAACCTTCCGGAAGGAAGTAGACTACGCGAAGAACTTGTGGAAGA
ACAGAACCGATCTGAAGGTAGAAGATGCCGGAATCGCTGCATTGTTTGGTCTCGAATGCT
TTGCCTGGTACTGCGCTGGTGAAATCATCGGCAGAGGCTTCACCTTCACCGGCTACTACC
CTTGAATGTGAGGAACACTAACTTGAACAACATTGTGTAATCCCCATATTTTAGTTCCCA
TGACTCAAAATTTTCTTCCAGCCTTTCTCTGAAACGGAAACAGAGCCTTTGGAGCTGTGA
AAGACATCCATTTTGCTAAACTCTTTTTGATAAAAATTGCGATCAATAAGAACAAAACTT
TCCACAG

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL7799Contig1 1020 2 2 U
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TTCACACACACACACAGAAAAGTCACAATATTGTAGAGATTTGATACTGGTTAGTATTAT
TATGTGTTTCTATTCTGGTTGAGTTGTGAAAGTATGCGATAATACACAGTTGACCTACTG


BQ
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AF RR3BK46TF U 1
AF RR3BK46JQ C 403
BS 1 473 RR3BK46TF
BS 474 1020 RR3BK46JQ

RD RR3BK46TF 473 0 0
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TCAGGAGACGTGACAGCATCCGTTGCGGGATCGCGGAGCCGAGCGGAGTGCCAGCTCCGG
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CGAGGAAGATGGACAAGTTTGGTGGCTCGAAGAAGAAGAAGAAGGATGAGACGAAGGAGA
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CCGGCGCTCCTGAACAGTTTAGAAAACTCTTCCCACCGACGAAATGGGCAGCA

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR3BK46JQ 618 0 0
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AATGGGCAGCAGAGTTCAATGCAGCTCTTACGGTGCCTTTCTTTCACTGGCTGGTTGGTC
CTTCTCAGGTCATAGAAGTGGAAGTGAATGGTGTGAAACAGAAAAGTGGCGTTCGTATAA
AGAAATGCAGGTATTTAGAGAACAGTGGGTGTGTAGGAATGTGTGTGAATATGTGCAAGA
TCCCAACACAAGATTTTTTCACCAATGAGTTTGGTCTCCCACTCACCATGAACCCAAATT
TTGAAGATATGAGTTGCGAGATGATATACGGACAAGTGCCTCCTACATTTGAGGAAGATC
CAGCCACCAAACAACCTTGTTTAGCAGACATATGTTCTATAGCCAATCCGAGCTCCCCAA
TTTGCCCTAAACTACAAGCATGAACAGCATTGGATCAGCCAGATGTGCTATTTCCAAAGA
TATACATTTACATACCTTTTCACACACACACACAGAAAAGTCACAATATTGTAGAGATTT
GATACTGGTTAGTATTATTATGTGTTTCTATTCTGGTTGAGTTGTGAAAGTATGCGATAA
TACACAGTTGACCTACTG

QA 1 618 1 618
DS 



AS 1 2

CO CL7800Contig1 708 2 2 U
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TAACATCCACAATCTCCTTCTCCCAAACAAGAAGGCTGGCTCATCTAAGCCTACCTATGA
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GTAGTAGTTGCAAGTTATATTTTGTTTCTGTTGTGTGAATATATGAAGAACATATGTTTC
CTTTCGTTTCCGGACACTTACATGCTTTAGGGATTCGTACTGTAATAC


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AF RR3AO12JQ C 1
AF RR3AO12TF U 1
BS 1 665 RR3AO12TF
BS 666 708 RR3AO12JQ

RD RR3AO12JQ 708 0 0
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TTAACCTTTCTAGAGAGTTTCTATAGAGATGGCGGGTCGAGGAAAACAACTCGGATCTGG
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TATCGCTCGATTTCTCAAGGCCGGAAAGTACGCCGAGCGTGTTGGAGCTGGAGCTCCGGT
TTATCTCGCCGCCGTTCTTGAATACCTCGCCGCTGAGGTGCTTGAGCTCGCTGGGAACGC
GGCAAGAGATAATAAGAAGACTCGGATTGTGCCTCGACACATTCAGCTTGCTGTGAGGAA
CGACGAGGAGCTAAGCAAGCTACTTGGAGATGTGACGATTGCTAATGGAGGAGTGATGCC
TAACATCCACAATCTCCTTCTCCCAAACAAGAAGGCTGGCTCATCTAAGCCTACCTATGA
AGATTAGGATATCCTAAGTGACAAAGAAGATAACGATGGATAAATGGTGTGATGTCAGAG
TGAAACACGCAATGATAGTAGAGGACGGTTACGCAACAGCTGTGTGGTTGGGTTGGATTA
GTAGTAGTTGCAAGTTATATTTTGTTTCTGTTGTGTGAATATATGAAGAACATATGTTTC
CTTTCGTTTCCGGACACTTACATGCTTTAGGGATTCGTACTGTAATAC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3AO12TF 665 0 0
GGAACCAACTCATAATTGTTATCGTCTCAAATACGCTTTGCTTTGTTCATATACAACTTT
TTAACCTTTCTAGAGAGTTTCTATAGAGATGGCGGGTCGAGGAAAACAACTCGGATCTGG
CGCCGCGAAGAAGGCCACTTCTCGTAGTAGCAAGGCCGGCCTCCAATTCCCTGTTGGTCG
TATCGCTCGATTTCTCAAGGCCGGAAAGTACGCCGAGCGTGTTGGAGCTGGAGCTCCGGT
TTATCTCGCCGCCGTTCTTGAATACCTCGCCGCTGAGGTGCTTGAGCTCGCTGGGAACGC
GGCAAGAGATAATAAGAAGACTCGGATTGTGCCTCGACACATTCAGCTTGCTGTGAGGAA
CGACGAGGAGCTAAGCAAGCTACTTGGAGATGTGACGATTGCTAATGGAGGAGTGATGCC
TAACATCCACAATCTCCTTCTCCCAAACAAGAAGGCTGGCTCATCTAAGCCTACCTATGA
AGATTAGGATATCCTAAGTGACAAAGAAGATAACGATGGATAAATGGTGTGATGTCAGAG
TGAAACACGCAATGATAGTAGAGGACGGTTACGCAACAGCTGTGTGGTTGGGTTGGATTA
GTAGTAGTTGCAAGTTATATTTTGTTTCTGTTGTGTGAATATATGAAGAACATATGTTTC
CTTTC

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL7801Contig1 730 2 2 U
AACTTAATAAACCACAACCCCAAACTCTGTATGGAGATCGGCTGCGGAAGCGGGTACGTC
ATCACTTCCCTCATCCTCCTCCTAAAAGACAATCTCCCCAACGTTCATCACATAGCCACC
GACACGAACCCCATCGCCGCACGTGCGACGAGCGAGACTCTACAAGCTCACGGCCTCTCT
GCCGAGATTGTATGCACGGACATAGCTTCTTGTCTAGAGGAGAGGCTCGCCGGCTGTGTA
GACGTGGTGGTGGTGAACCCTCCTTATGTCCCCACGCCTGAGTACGGGATTGGTGTTGAA
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CCTGTGGTTGATGGTTTGCTTTCGGATAGAGGTTGGTTCTACTTGGTGACGTTGACTTCG
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GTGCAGAGGTCGACGGAGGAGGAGAATCTTATTATTCTTAAGTTCTGGAGGGAGGAAGAG
GAGGTGGAGAGTGTGGACAAGGAGGCGTCTTCGGTGTCGTTTGTGGAGCAGTTTTCGAGG
TCTTTGTCGTCGTTTATGGAGAAACAGTGGCGATGATGATGATACTGAGAATGATGAAAT
CATCTCAGGAGCATCCTTTGTTACCATTTTGCAAAGACTCCTTTTGAAGTCTCTGTTAAC
CTTGAATCTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AP68TF U 1
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BS 665 730 RR3AP68JQ

RD RR3AP68TF 664 0 0
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ATCACTTCCCTCATCCTCCTCCTAAAAGACAATCTCCCCAACGTTCATCACATAGCCACC
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GCCGAGATTGTATGCACGGACATAGCTTCTTGTCTAGAGGAGAGGCTCGCCGGCTGTGTA
GACGTGGTGGTGGTGAACCCTCCTTATGTCCCCACGCCTGAGTACGGGATTGGTGTTGAA
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CCTGTGGTTGATGGTTTGCTTTCGGATAGAGGTTGGTTCTACTTGGTGACGTTGACTTCG
AACTACCCGTCGGAGATTTGTTTGGTGATGAGGAAGAGAGGTTTTGCGTCGAGGATCGTG
GTGCAGAGGTCGACGGAGGAGGAGAATCTTATTATTCTTAAGTTCTGGAGGGAGGAAGAG
GAGGTGGAGAGTGTGGACAAGGAGGCGTCTTCGGTGTCGTTTGTGGAGCAGTTTTCGAGG
TCTTTGTCGTCGTTTATGGAGAAACAGTGGCGATGATGATGATACTGAGAATGATGAAAT
CATC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3AP68JQ 454 0 0
CCTGAGTACGGGATTGGTGTTGAAGGGATAGCGTCTGCTTGGGCGGGAGGGGAGAACGGG
AGGAGTGTTATCGATAGAGTCTTGCCTGTGGTTGATGGTTTGCTTTCGGATAGAGGTTGG
TTCTACTTGGTGACGTTGACTTCGAACTACCCGTCGGAGATTTGTTTGGTGATGAGGAAG
AGAGGTTTTGCGTCGAGGATCGTGGTGCAGAGGTCGACGGAGGAGGAGAATCTTATTATT
CTTAAGTTCTGGAGGGAGGAAGAGGAGGTGGAGAGTGTGGACAAGGAGGCGTTTTGGGTG
TCGTTTGTGGAGCAGTTTTCGAGGTCTTTGTCGTCGTTTATGGAGAAACAGTGGCGATGA
TGATGATACTGAGAATGATGAAATCATCTCAGGAGCATCCTTTGTTACCATTTTGCAAAG
ACTCCTTTTGAAGTCTCTGTTAACCTTGAATCTT

QA 1 454 1 454
DS 



AS 1 2

CO CL7802Contig1 1374 2 4 U
GGGTCTGATCTTCCTCATCGCTAATCTACTAGCTTGGGCTGCTCGTGATTATGGTCAGCG
TGCCTTAACAGAAGTGACAAAATTCAAGAATTGTAAAGGTGGAGAAAAGTGTTTGGGGAC
AGAAGGAGTCTTAAGGGTTAGCTTGGGATGTTTTTTGTTCTATTTCGTTATGTTTCTATC
AACACTTGGCACGTCGAAAACGCATTCATCAAGAGATAAATGGCATTCGGGATGGTGGTC
GGCTAAGCTTATCATGTGGCCTGTCTTAACCATCATTCCTTTCTTGCTTCCTTCCACCAT
TATTCAGCTTTACGGAGAGGTTGCCCATTTTGGTGCAGGGGTATTTCTACTGATACAGCT
AATTAGTGTGATCAGTTTCATTACATGGCTTAACGAATGCTATCAGTCCAAAAAAGACGC
AGAAAGATGCCATGTCCATGTGATGCTACTAGCAACCACTTCATACACAGTGTGTATAGT
TGGGTTAATTTTGATGTACATATGGTACGCGCCTGATTCTTCATGTCTTCTCAATATATT
CTTCATAACTTGGACGTTGTTCCTCCTCCAACTCATGACAAGCATTGCTCTTCACCCTAA
AGTGAATGCTGGGTACTTGACTCCCGCTCTTATGGGACTCTACGTTGTGTTTATCTGCTG
GTGCGCTATCCGAAGTGAGCCGGTGGGAGAAAGCTGCAACAGAAAAGCAGCAGAGTCAAA
CAGAACGGACTGGCTTACCATTATTAGCTTCGTGGTTGCGTTACTTGCAATGGTTATTGC
GACATTTTCAACGGGAATAGACTCTCAGTGTTTCCAATTCAAGAAAGACTCGAACAGCCA
AGGAGATGAAGTAGAAGAGGAGGAAGATGATGTTCCATATGGATACGGATTCTTTCATTT
TGTATTTGCGACAGGAGCAATGTACTTTGCTATGCTACTCATTGGTTGGAACACTCATCA
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CGAGTGGCTTGCGGTTTGCGTATACATATGGATGCTGGTGGCTCCAATCATACTGAAGAG
CAGAAGACAAAGGACAACTGAGGCATAAGGAGATGGAGAGATTTTGGGAAAATGACAAAG
ACTGTCGTTTTTTATATATTCTCTCCTTATGTGGGATAGAACTACACCGACTAATTCATT
TACGGCGCCCAAGATGGAGGGCAAACCTGCTCTCATCTAATGGGGCTTGGTAGACGATTA
AAGATTGTAAAATTTTCAGAAATCATATATTTGTAAGTAGATTTATAGGAAACTGGATAC
AAATATAGTTATGAATTATTTATAATCATATATGTGATCTTAAAAGTTTGGATG


BQ
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AF RR3EX45TF U 1
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RD RR3EX45TF 730 0 0
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GGCTAAGCTTATCATGTGGCCTGTCTTAACCATCATTCCTTTCTTGCTTCCTTCCACCAT
TATTCAGCTTTACGGAGAGGTTGCCCATTTTGGTGCAGGGGTATTTCTACTGATACAGCT
AATTAGTGTGATCAGTTTCATTACATGGCTTAACGAATGCTATCAGTCCAAAAAAGACGC
AGAAAGATGCCATGTCCATGTGATGCTACTAGCAACCACTTCATACACAGTGTGTATAGT
TGGGTTAATTTTGATGTACATATGGTACGCGCCTGATTCTTCATGTCTTCTCAATATATT
CTTCATAACTTGGACGTTGTTCCTCCTCCAACTCATGACAAGCATTGCTCTTCACCCTAA
AGTGAATGCTGGGTACTTGACTCCCGCTCTTATGGGACTCTACGTTGTGTTTATCTGCTG
GTGCGCTATCCGAAGTGAGCCGGTGGGAGAAAGCTGCA*CAGAAAAGCAGCAGAGTCAAA
CAGAACGGAC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3EX45JQ 713 0 0
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AGAACGGACTGGCTTACCATTATTAGCTTCGTGGTTGCGTTACTTGCAATGGTTATTGCG
ACATTTTCAACGGGAATAGACTCTCAGTGTTTCCAATTCAAGAAAGACTCGAACAGCCAA
GGAGATGAAGTAGAAGAGGAGGAAGATGATGTTCCATATGGATACGGATTCTTTCATTTT
GTATTTGCGACAGGAGCAATGTACTTTGCTATGCTACTCATTGGTTGGAACACTCATCAC
CCCATGAAAAAGTGGACAATAGACGTGGGATGGACGAGTACTTGGGTAAGGATTGTGAAC
GAGTGGCTTGCGGTTTGCGTATACATATGGATGCTGGTGGCTCCAATCATACTGAAGAGC
AGAAGACAAAGGACAACTGAGGCATAAGGAGATGGAGAGATTTTGGGAAAATGACAAAGA
CTGTCGTTTTTTATATATTCTCTCCTTATGTGGGATAGAACTACACCGACTAATTCATTT
ACGGCGCCCAAGATGGAGGGCAAACCTGCTCTCATCTAATGGGGCTTGGTAGACGATTAA
AGATTGTAAAATTTTCAGAAATCATATATTTGTAAGTAGATTTATAGGAAACTGGATACA
AATATAGTTATGAATTATTTATAATCATATATGTGATCTTAAAAGTTTGGATG

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL7803Contig1 736 2 2 U
GGACCATTATTTCACAATCGAAGATGAAAGTTGCTTTCAAACTTTGGCTTATTGGTTTTT
TTATGCTCACAATTTTTCTGTTCGGTTTGTATTTTGATTTGCAACTTTATTAATATATTA
TATAACCCTTCTAATATATTATATAAGCCTTCTAATATAAATTTTATTGATGTGGTTTAT
TTTATACACCTATATAAATTGTATGTCTAATTCTGTAATATCGAGTTTAATGATTTTTTA
AGATGTTTTAGACTTTCAGTTTTTCTCTATTTGTGAAGGAAATTCCAAACATATATTTTA
CAAAACAATGATTTTCTGTTTTAAATATAAAAACTAAGATTATGTTTTAATTGTTATAAT
AATAGGTGAAACGGCGATTGCTCCGAAAGTAAAAGGTGGCAAGCAATGTAATAGGGTATT
ACGAAATAAAAGTGGAACATGTCCCTACCAGGTGTGTCAAGCCGAATGTGTCAAAAGGCA
TAAAGAAGGGGTAGGCAGTTGCACAACTAATCCAATAGACAAAAAATTGCGATGTGTATG
TCATTATCCGTGCGCTCGCTGATTTTTTTATCTACACAAGCACTCAAATAATATTGGGTT
ATAATATTATCATTTATTTGTCAAAGAAAATAAAAAAAAAGTTTAAATAATTGTTGTTGG
TTTTCTGGGATAATAAGGTGTGTTCAATGTTTTAAAATCCGATCGGACCACTAAATCGAA
CGACTAACTGGATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA36TF U 1
AF RR3CA36JQ C 15
BS 1 673 RR3CA36TF
BS 674 736 RR3CA36JQ

RD RR3CA36TF 673 0 0
GGACCATTATTTCACAATCGAAGATGAAAGTTGCTTTCAAACTTTGGCTTATTGGTTTTT
TTATGCTCACAATTTTTCTGTTCGGTTTGTATTTTGATTTGCAACTTTATTAATATATTA
TATAACCCTTCTAATATATTATATAAGCCTTCTAATATAAATTTTATTGATGTGGTTTAT
TTTATACACCTATATAAATTGTATGTCTAATTCTGTAATATCGAGTTTAATGATTTTTTA
AGATGTTTTAGACTTTCAGTTTTTCTCTATTTGTGAAGGAAATTCCAAACATATATTTTA
CAAAACAATGATTTTCTGTTTTAAATATAAAAACTAAGATTATGTTTTAATTGTTATAAT
AATAGGTGAAACGGCGATTGCTCCGAAAGTAAAAGGTGGCAAGCAATGTAATAGGGTATT
ACGAAATAAAAGTGGAACATGTCCCTACCAGGTGTGTCAAGCCGAATGTGTCAAAAGGCA
TAAAGAAGGGGTAGGCAGTTGCACAACTAATCCAATAGACAAAAAATTGCGATGTGTATG
TCATTATCCGTGCGCTCGCTGATTTTTTTATCTACACAAGCACTCAAATAATATTGGGTT
ATAATATTATCATTTATTTGTCAAAGAAAATAAAAAAAAAGTTTAAATAATTGTTGTTGG
TTTTCTGGGATAA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3CA36JQ 722 0 0
CAATCGAAGATGAAAGTTGCTTTCAAACTTTGGCTTATTGGTTTTTTTATGCTCACAATT
TTTCTGTTCGGTTTGTATTTTGATTTGCAACTTTATTAATATATTATATAACCCTTCTAA
TATATTATATAAGCCTTCTAATATAAATTTTATTGATGTGGTTTATTTTATACACCTATA
TAAATTGTATGTCTAATTCTGTAATATCGAGTTTAATGATTTTTTAAGATGTTTTAGACT
TTCAGTTTTTCTCTATTTGTGAAGGAAATTCCAAACATATATTTTACAAAACAATGATTT
TCTGTTTTAAATATAAAAACTAAGATTATGTTTTAATTGTTATAATAATAGGTGAAACGG
CGATTGCTCCGAAAGTAAAAGGTGGCAAGCAATGTAATAGGGTATTACGAAATAAAAGTG
GAACATGTCCCTACCAGGTGTGTCAAGCCGAATGTGTCAAAAGGCATAAAGAAGGGGTAG
GCAGTTGCACAACTAATCCAATAGACAAAAAATTGCGATGTGTATGTCATTATCCGTGCG
CTCGCTGATTTTTTTATCTACACAAGCACTCAAATAATATTGGGTTATAATATTATCATT
TATTTGTCAAAGAAAATAAAAAAAAAGTTTAAATAATTGTTGTTGGTTTTCTGGGATAAT
AAGGTGTGTTCAATGTTTTAAAATCCGATCGGACCACTAAATCGAACGACTAACTGGATT
AC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL7804Contig1 793 2 2 U
GAAGCCGTGAGGGAAGCGAACACGCTGCAGGAGCTTCTCTCTAGCAAGTATCACGAGCTT
GTCTACACTGTAGCGTGGCGTAGCCTTACAGACCCGTCTCGGTTGGCTTCGGAATCAGTA
AGGAGGCAGCTGGGACATAGTTTGCTTTCTGCATTGAAGTATACTTTTAAGTATGACCAG
AGAGACTCGTACTTGAGGCCAACGAGTGGGTACGCTTTCACATCTACTTCTCAGATTGGT
GGTCTTGCTCCTGATAGCCGAAGCCTACGCTTTTTAAAGCAGGAGATTGATCTTCGGTGT
GCTGTTCCTTTAGGGTTTTATCAAGCTGCTCTAAACTTCGGTGTGTCTGGGGGTGTCACG
TTTCCGTGGGGAAGCGGATACCGGAACCGAGCTTCTTCTGTGCCGGAGAGGTTCTTCTTG
GGTGGCAATTCGTCGCCTGTGTGCTCTTTGAGCGGGCCATCAGCGCTGTGGGGGTTCAGT
ACCAGAGGACTCGGTTTCAACGAGCCGAGGAGGAGAGGCGATGTTGAAAGAGATTTTGTT
GGGGGAGATGCTGCGGTGACTGCGTTTGCTGATCTCTCGTTTGACTTGCCGTTCAAATGG
TTGAGAGAGAGAGGAGTCCATGGGCATGTGTTTGCATGTGCGGGGAACATGGCAAAGCTA
ACGGAGAATGAGTTTAGAAACTTGAGTGGTTCAAAGTTGTTGGAGACGTTTAGAACTTCA
GTTGGTGCTGGGATCGTATTACCAGTTAGTCTCTTCCGTATGGAGATTAATTACTGCCAT
ATAGTGAAGAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A666TF U 1
AF RR3A666JQ C 96
BS 1 785 RR3A666TF
BS 786 793 RR3A666JQ

RD RR3A666TF 785 0 0
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GTCTACACTGTAGCGTGGCGTAGCCTTACAGACCCGTCTCGGTTGGCTTCGGAATCAGTA
AGGAGGCAGCTGGGACATAGTTTGCTTTCTGCATTGAAGTATACTTTTAAGTATGACCAG
AGAGACTCGTACTTGAGGCCAACGAGTGGGTACGCTTTCACATCTACTTCTCAGATTGGT
GGTCTTGCTCCTGATAGCCGAAGCCTACGCTTTTTAAAGCAGGAGATTGATCTTCGGTGT
GCTGTTCCTTTAGGGTTTTATCAAGCTGCTCTAAACTTCGGTGTGTCTGGGGGTGTCACG
TTTCCGTGGGGAAGCGGATACCGGAACCGAGCTTCTTCTGTGCCGGAGAGGTTCTTCTTG
GGTGGCAATTCGTCGCCTGTGTGCTCTTTGAGCGGGCCATCAGCGCTGTGGGGGTTCAGT
ACCAGAGGACTCGGTTTCAACGAGCCGAGGAGGAGAGGCGATGTTGAAAGAGATTTTGTT
GGGGGAGATGCTGCGGTGACTGCGTTTGCTGATCTCTCGTTTGACTTGCCGTTCAAATGG
TTGAGAGAGAGAGGAGTCCATGGGCATGTGTTTGCATGTGCGGGGAACATGGCAAAGCTA
ACGGAGAATGAGTTTAGAAACTTGAGTGGTTCAAAGTTGTTGGAGACGTTTAGAACTTCA
GTTGGTGCTGGGATCGTATTACCAGTTAGTCTCTTCCGTATGGAGATTAATTACTGCCAT
ATAGT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3A666JQ 698 0 0
CCCCGTCTCGGTTGCTCG
ATCAGTAAGGAGGCAGCTGGGACATAGTTTGCTTTCTGCATTGAAGTATACTTTTAAGTA
TGACCAGAGAGACTCGTACTTGAGGCCAACGAGTGGGTACGCTT*CACATCTACTTCTCA
GATTGGTGGTCTTGCTC*TGATAGCCGAAGCCTACGCTTTTTAAAGCAGGAGATTGATCT
TCGGTGTGCTGTTCCTTTAGGGTTTTATCAAGCTGCTCTAAACTTCGGTGTGTCTGGGGG
TGTCACGTTTCCGTGGGGAAGCGGATACCGGAACCGAGCTTCTTCTGTGCCGGAGAGGTT
CTTCTTGGGTGGCAATTCGTCGCCTGTGTGCTCTTTGAGCGGGCCATCAGCGCTGTGGGG
GTTCAGTACCAGAGGACTCGGTTTCAACGAGCCGAGGAGGAGAGGCGATGTTGAAAGAGA
TTTTGTTGGGGGAGATGCTGCGGTGACTGCGTTTGCTGATCTCTCGTTTGACTTGCCGTT
CAAATGGTTGAGAGAGAGAGGAGTCCATGGGCATGTGTTTGCATGTGCGGGGAACATGGC
AAAGCTAACGGAGAATGAGTTTAGAAACTTGAGTGGTTCAAAGTTGTTGGAGACGTTTAG
AACTTCAGTTGGTGCTGGGATCGTATTACCAGTTAGTCTCTTCCGTATGGAGATTAATTA
CTGCCATATAGTGAAGAAAC

QA 19 698 19 698
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7806Contig1 666 2 1 U
GGTTTGGCCAGGCTGTGTCGATCTTCCAGACTACAAGTCGATCTCGTTTGCTAAAGTGGA
GTCTCCTCTTGGTATAGAAGGGTGTCTTCCCGACCATTCAGGGGATGTGATAGCGCTGCT
CAAGAAGCTTATTTGTTACGATCCAGCTAGTAGAGCTACTGCTGTGGAGTTGTTGAATGA
CAAATATTTTAAGGAAGAGCCTCTTCCGGTTCCAGTTTCAGAGCTCTATGTGCCTCCGGC
AATGAGTGGGCCAGATGAGGATGATTCTCCTAGGAAGTGGGATGGTTACAGAGAAATGGA
TTCAGATTCAGATTTTGACGGCTTTGGTCCAGTGAATGTGAAGCCTACCAGCAGTGGATT
TACAATAGAGTTCCCCTGAAACTTGAATGGCCTTTTAAGATGGGTAAACATATTGGCCGG
GGACCATGATTGAGAATCTTGATCAGTCTGCTTCCCTGAATCCGTCTGCTGTGTCAAGAA
GATTGGTGTTGTGTATTGTGTCTCTGGAATAGAAAACAGTTACATTTTACAATCCAAGCT
AAAGAGCCTATAAAAAGCTTTGTATTATTATCTGTGCTATCCATTTTTGTACTTTGTGTA
ATAACTTCCTCTTTTCATGGTCATCACAGTTGATGATGGGTTCAATGAGTCAAAAACTAG
TTTCTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3B721JQ C 1
AF RR3B721TF U 1
BS 1 666 RR3B721TF

RD RR3B721JQ 666 0 0
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CAAATATTTTAAGGAAGAGCCTCTTCCGGTTCCAGTTTCAGAGCTCTATGTGCCTCCGGC
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TTCAGATTCAGATTTTGACGGCTTTGGTCCAGTGAATGTGAAGCCTACCAGCAGTGGATT
TACAATAGAGTTCCCCTGAAACTTGAATGGCCTTTTAAGATGGGTAAACATATTGGCCGG
GGACCATGATTGAGAATCTTGATCAGTCTGCTTCCCTGAATCCGTCTGCTGTGTCAAGAA
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AAAGAGCCTATAAAAAGCTTTGTATTATTATCTGTGCTATCCATTTTTGTACTTTGTGTA
ATAACTTCCTCTTTTCATGGTCATCACAGTTGATGATGGGTTCAATGAGTCAAAAACTAG
TTTCTG

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3B721TF 666 0 0
GGTTTGGCCAGGCTGTGTCGATCTTCCAGACTACAAGTCGATCTCGTTTGCTAAAGTGGA
GTCTCCTCTTGGTATAGAAGGGTGTCTTCCCGACCATTCAGGGGATGTGATAGCGCTGCT
CAAGAAGCTTATTTGTTACGATCCAGCTAGTAGAGCTACTGCTGTGGAGTTGTTGAATGA
CAAATATTTTAAGGAAGAGCCTCTTCCGGTTCCAGTTTCAGAGCTCTATGTGCCTCCGGC
AATGAGTGGGCCAGATGAGGATGATTCTCCTAGGAAGTGGGATGGTTACAGAGAAATGGA
TTCAGATTCAGATTTTGACGGCTTTGGTCCAGTGAATGTGAAGCCTACCAGCAGTGGATT
TACAATAGAGTTCCCCTGAAACTTGAATGGCCTTTTAAGATGGGTAAACATATTGGCCGG
GGACCATGATTGAGAATCTTGATCAGTCTGCTTCCCTGAATCCGTCTGCTGTGTCAAGAA
GATTGGTGTTGTGTATTGTGTCTCTGGAATAGAAAACAGTTACATTTTACAATCCAAGCT
AAAGAGCCTATAAAAAGCTTTGTATTATTATCTGTGCTATCCATTTTTGTACTTTGTGTA
ATAACTTCCTCTTTTCATGGTCATCACAGTTGATGATGGGTTCAATGAGTCAAAAACTAG
TTTCTG

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL7807Contig1 823 2 4 U
GTGCCATTGAAGCTATCAAGCTGGGTTCTACTGCAATTGGAGTAAAGACAAAAGAGGGAG
TTGTGCTTGCTGCCGAGAAGCGTATCACCTCCCCTTTACTGGAGCCGAGCAGTGTGGAGA
AGATTATGGAAATTGATGACCATATTGGCTGTGCCATGAGCGTCTTAATTGCTGATGCCC
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CAATGGCTGTAGAGTCCACAACCCAAGCGCTGTGTGATCTCGCTTTACGGTTTGGTGAAG
GAGATGAAGAATCAATGTCTCGGCCGTTTGGAGTCTCCCTCCTCATTGCTGGTCATGATG
AAAATGGACCGAGCTTGTACTACACGGATCCGTCTGGAACGTTTTGGCAGTGCAATGCAA
AAGCGATTGGTTCGGGATCAGAAGGAGCTGACAGTTCTCTTCAAGAGCAATTCAACAAAG
ATCTGTCACTTGATGAAGCTGAGACGATCGCTGTATCTATCCTCAAGCAAGTTATGGAAG
AAAAGGTGACTCCAAATAATGTGGACATTGCCAAGGTAGCTCCAGCGTACCATCTCTACA
CTCCACAGGAAGTTGAAGCAGTCAATAGTCGTCTTTGAGGGAGACTCTCTCAATACGGGT
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TTTCTGTTAGAGAGACTGATGTTTCATGAGACAGTTTAGTCTCTGTTGTGTAAGAGAATC
TTTCAGTTCCTTTCTCGGATTATAAAACTTCAACTATTATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FT80TF U 1
AF RR3FT80JQ C 100
BS 1 727 RR3FT80TF
BS 728 728 RR3FT80JQ
BS 729 771 RR3FT80TF
BS 772 823 RR3FT80JQ

RD RR3FT80TF 771 0 0
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GCACACTTGTTGAGCATGCCAGAGTTGAGACTCAAAACCACAGATTCTCGTATGGCGAGC
CAATGGCTGTAGAGTCCACAACCCAAGCGCTGTGTGATCTCGCTTTACGGTTTGGTGAAG
GAGATGAAGAATCAATGTCTCGGCCGTTTGGAGTCTCCCTCCTCATTGCTGGTCATGATG
AAAATGGACCGAGCTTGTACTACACGGATCCGTCTGGAACGTTTTGGCAGTGCAATGCAA
AAGCGATTGGTTCGGGATCAGAAGGAGCTGACAGTTCTCTTCAAGAGCAATTCAACAAAG
ATCTGTCACTTGATGAAGCTGAGACGATCGCTGTATCTATCCTCAAGCAAGTTATGGAAG
AAAAGGTGACTCCAAATAATGTGGACATTGCCAAGGTAGCTCCAGCGTACCATCTCTACA
CTCCACAGGAAGTTGAAGCAGTCAATAGTCGTCTTTGAGGGAGACTCTCTCAATACGGGT
GATGTATCTAATCCACTTTGTGTCTACTTCGAATCTTGACACCAAGTGGCTTTCTTTCAT
TTTCTGT*AGAGAGACTGATGTTTCATGAGACAGTTTAGTCTCTGTTGTGT

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3FT80JQ 724 0 0
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ACAGATTCTCGTATGGCGAGCCAATGGCTGTAGAGTCCACAACCCAAGCGCTGTGTGATC
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TCCTCATTGCTGGTCATGATGAAAATGGACCGAGCTTGTACTACACGGATCCGTCTGGAA
CGTTTTGGCAGTGCAATGCAAAAGCGATTGGTTCGGGATCAGAAGGAGCTGACAGTTCTC
TTCAAGAGCAATTCAACAAAGATCTGTCACTTGATGAAGCTGAGACGATCGCTGTATCTA
TCCTCAAGCAAGTTATGGAAGAAAAGGTGACTCCAAATAATGTGGACATTGCCAAGGTAG
CTCCAGCGTACCATCTCTACACTCCACAGGAAGTTGAAGCAGTCAATAGTCGTCTTTGAG
GGAGACTCTCTCAATACGGGTGATGTATCTAATCCACTTTGTGTCTACTTCGAATCTTGA
CACCAAGTGGCTTTCTTTCATTTTCTGTTAGAGAGACTGATGTTTCATGAGACAGTTTAG
TCTCTGTTGTGTAAGAGAATCTTTCAGTTCCTTTCTCGGATTATAAAACTTCAACTATTA
TCTC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL7808Contig1 675 2 6 U
CAAGCAAACATTCATATATAAAACTATAAAAAGCAATATATAAAATGGCTAAAGAGTCAA
ACTCATAATTGAAATTGAAATGATCCTTCTCATGTCCGCAACATAAATAAAACATTCGAC
CAAAGACAAAACAGTACTCTTAACGATTAAAACTAAAAAGATTAAAAACCTTTTTGTTTA
ATCAACGTTCTGCATAACATCCTCAGCAGTGAACTTGGTCCCCTTGTCCTTATCCGCCGC
CGCACGACCCTTGGCCTTCCTCTCCAAAAGCGACTTCCTGTCCTTGTCCAACCTCAGCTT
CGTTATCACAACCTTCGACGGCTGAACACCTACGTTCACAGTGGTCCCGTTCACCTTCTC
CCTCGTGATCCTCTCGATGTGGATCACCCACTTGCGACGGTACACCTGGACGACCTTTCC
CTCGCGCCCCTTGTAGGTCCCGCGGACGATCTGGACCTCGTCGTCCTTGCGGATGGGCAT
GGATCTGACGTTGTACTTGGCGCGTAGGTCGGTGGAGAGAGGCGAGCTCATGATGACGCG
TCTCTCGCTCGACGAGGCTGTGAAGTGAGCCTTGCGGTTCTTCCTGCGGGAGGAGGTGAC
TCTTGGGTTGTACTTCATCTTCGCCGCCGGGTCTTTTTGGGGGAAATGGAGGTCTCTTCT
AGGGTTTCTCTCTAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BI42TF C 1
AF RR3BI42JQ U 2
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RD RR3BI42TF 675 0 0
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ACTCATAATTGAAATTGAAATGATCCTTCTCATGTCCGCAACATAAATAAAACATTCGAC
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ATCAACGTTCTGCATAACATCCTCAGCAGTGAACTTGGTCCCCTTGTCCTTATCCGCCGC
CGCACGACCCTTGGCCTTCCTCTCCAAAAGCGACTTCCTGTCCTTGTCCAACCTCAGCTT
CGTTATCACAACCTTCGACGGCTGAACACCTACGTTCACAGTGGTCCCGTTCACCTTCTC
CCTCGTGATCCTCTCGATGTGGATCACCCACTTGCGACGGTACACCTGGACGACCTTTCC
CTCGCGCCCCTTGTAGGTCCCGCGGACGATCTGGACCTCGTCGTCCTTGCGGATGGGCAT
GGATCTGACGTTGTACTTGGCGCGTAGGTCGGTGGAGAGAGGCGAGCTCATGATGACGCG
TCTCTCGCTCGACGAGGCTGTGAAGTGAGCCTTGCGGTTCTTCCTGCGGGAGGAGGTGAC
TCTTGGGTTGTACTTCATCTTCGCCGCCGGGTCTTTTTGGGGGAAATGGAGGTCTCTTCT
AGGGTTTCTCTCTAC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3BI42JQ 674 0 0
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CTCATAATTGAAATTGAAATGATCCTTCTCATGTCCGCAACATAAATAAAACATTCGACC
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TCAACGTTCTGCATAACATCCTCAGCAGTGAACTTGGTCCCCTTGTCCTTATCCGCCGCC
GCACGACCCTTGGCCTTCCTCTCCAAAAGCGACTTCCTGTCCTTGTCCAACCTCAGCTTC
GTTATCACAACCTTCGACGGCTGAACACCTACGTTCACAGTGGTCCCGTTCACCTTCTCC
CTCGTGATCCTCTCGATGTGGATCACCCACTTGCGACGGTACACCTGGACGACCTTTCCC
TCGCGCCCCTTGTAGGTCCCGCGGACGATCTGGACCTCGTCGTCCTTGCGGATGGGCATG
GATCTGACGTTGTACTTGGCGCGTAGGTCGGTGGAGAGAGGCGAGCTCATGATGACGCGT
CTCTCGCTCGACGAGGCTGTGAAGTGAGCCTTGCGGTTCTTCCTGCGGGAGGAGGTGACT
CTTGGGTTGTACTTCATCTTCGCCGCCGGGTCTTTTTGGGGGAAATGGAGGTCTCTTCTA
GGGTTTCTCTCTAC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL7809Contig1 658 2 2 U
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AGGATTCAAATCCACAGCGAAATCAACGGCCATTCGCTTCGTTCGACTCGGATCGATCTC
ACCAGCTGTTATGAAAATGAATCCTATCCGGTTTCCGTAGTAGAAGAGCTGGATTCGGTT
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TAAGCTGAAGGAGCTGTTGGTCGCAGAGAACGACGGGACTTGAAGTTGACGGAGATCTCG
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CATGGAGTTAAAAGATTCTCGACTCCATATTCAACATTCTCTATAAACGGTTGTGAAATC
CTTAGGTGAGAGTTGTGTTTGGTAAAATCAAGTGAATTCTATTTTTTTTACATGGACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C819TF U 1
AF RR3C819JQ C 1
BS 1 567 RR3C819TF
BS 568 658 RR3C819JQ

RD RR3C819TF 567 0 0
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ACCAGCTGTTATGAAAATGAATCCTATCCGGTTTCCGTAGTAGAAGAGCTGGATTCGGTT
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TAAGCTGAAGGAGCTGTTGGTCGCAGAGAACGACGGGACTTGAAGTTGACGGAGATCTCG
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CATGGAGTTAAAAGATTCTCGACTCCA

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3C819JQ 658 0 0
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GGCTACAACGCTCTCCGATTTCTTTTATCATTTCCGGTGATCATCTCATGAAGATTCGAT
TCTCCAAGCTTGCAGGGACGACACTCTCTTCTTCTTCTCTCTCAATCTGATGCCGTCGCT
GTCACCGGAGGAAACAAGCTTTGTCATCTAACAATGATCCCTTCCGCAGCGGTGGAAGAG
AGGATTCAAATCCACAGCGAAATCAACGGCCATTCGCTTCGTTCGACTCGGATCGATCTC
ACCAGCTGTTATGAAAATGAATCCTATCCGGTTTCCGTAGTAGAAGAGCTGGATTCGGTT
GTTGCAGTGAGAGAAAGCCGCACGGTTGGGGTTTTCTGACGGAGGAGAGTTGGGAGTAGG
TAAGCTGAAGGAGCTGTTGGTCGCAGAGAACGACGGGACTTGAAGTTGACGGAGATCTCG
AGATCTCTTGGTTTGAAGACGATGAGGTGTAAGTAGTCAAAGCTGTGTTTCCTCACTACA
CATGGAGTTAAAAGATTCTCGACTCCATATTCAACATTCTCTATAAACGGTTGTGAAATC
CTTAGGTGAGAGTTGTGTTTGGTAAAATCAAGTGAATTCTATTTTTTTTACATGGACT

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL7810Contig1 826 2 2 U
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AAAAAAATGACATCAAGCAACCATGTCTTTCTCTACCTCAAACCTTCGAGGCGAAGACCT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FY96JQ U 1
AF RR3FU03JQ U 13
BS 1 673 RR3FY96JQ
BS 674 826 RR3FU03JQ

RD RR3FY96JQ 673 0 0
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ATCAACATTATATTTGATCCACAAGGCACTCTAATAAATATGTACGCAGAACAAGATATA
ATTACTCTCATTTTAGAATAGAATAGAACCAGAAATGACAAAAACCATATCGTATCGCAC
AAAAAAATGACATCAAGCAACCATGTCTTTCTCTACCTCAAACCTTCGAGGCGAAGACCT
CCTTCGTTCAGCCCCCGTGGCACCAGCTCGATACGCGTACCGATAGTGATGTGGTGATGA
ACGTGATGAGCTAGCAACAGCCGATTTAGTGGAAGAACGGTCTGAGACGACGTTAATGCG
TTGGATGTGTTCGAGTACCTCGACTACTTCCTTCATGTGGGGTCGGTTTTTCGGGTCTGG
CTCGATACAAGAGAGTGCGATGCGTCCCATTTCTGATGCGACTTTGGATGAGTACTGACC
TATGATTCCTTTGTCCATTATATGTTTTACTCGGTGTTTGTTTACGAGTTCTGGTCTTAA
CCAGTCAACTAGACTCTCTTGTCCGTTAGGTCGCTTTGGGTTATGTGCCCTTAATCCGGT
CATTACTTCTAGTAGTACCACACCGAAGGCGTAGACGTCACTCTTAACGTATAAATGGCC
TGTCGCCATATAT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3FU03JQ 814 0 0
AG
ACCTTACGTATTCAGACACGGAATTCATCCATTTGTAGGAATTTTTATCAACATTATATT
TGATCCACAGGGCACTCTAATAAATATGTACGCAGAACAAGATATAATTACTCTCATTTT
AGAATAGAATAGAACCAGAAATGACAAAAACCATATCGTATCGCACAAAAAAATGACATC
AAGCAACCATGTCTTTCTCTACCTCAAACCTTCGAGGCGAAGACCTCCTTCGTTCAGCCC
CCGTGGCACCAGCTCGATACGCGTACCGATAGTGATGTGGTGATGAACGTGATGAGCTAG
CAACAGCCGATTTAGTGGAAGAACGGTCTGAGACGACGTTAATGCGTTGGATGTGTTCGA
GTACCTCGACTACTTCCTTCATGTGGGGTCGGTTTTTCGGGTCTGGCTCGATACAAGAGA
GTGTGATGCGTCCCATTTCTGATGCGACTTTGGATGAGTACTGACCTATGATTCCTTTGT
CCATTATATGTTTTACTCGGTGTTTGTTTACGAGTTCTGGTCTTAACCAGTCAACTAGAC
TCTCTTGTCCGTTAGGTCGCTTTGGGTTGTGTGCCCTTAATCCGGTCATTACTTCTAGTA
GTACCACACCGAAGGCGTAGACGTCACTCTTAACGTATAAATGGCCTGTCGCCATATATT
CAGGAGCAGCGTAACCATACGTGCCCATGATCCTAGTCGTAACGTGTGACTTCTCTTGTG
ATGGTCCTAGCTTCGCTAAATCGAAATCTGAAATCTTCGCATCATAGTTCGAGTCGAGAA
GTATATTGGAGGCTTGAAGTCTCTATATATGA

QA 3 814 3 814
DS 



AS 1 2

CO CL7811Contig1 876 2 2 U
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CTTCAATTTTGACTAAACCGGAGAAAAGATAGAAAAAAATGACCGTAGGTCTCGTAAAAT
GCCGCAAGATCCACCACATTGTGAGTCTCAAGCAAATGCTCCGGCGATGGCGCAACAACG
CACGGTTGTCTTCACTCAGCCGTTGTGTACCGTCCGATGTTCCGTCTGGACACGTGGCGG
TCTGTGTTGGTAGCAGTTGCAGGAGATTCATAGTGCGCGCGGTGTACTTGAACCATCCGA
TCCTGAGTGATCTCCTTGTCCAAGCCGAGGAAGAGTACGGTTTCGAGAACCAGGGACCGT
TGGTTATCCCTTGCGAAGAATCGGCTTTCGAGGAAGCGATCCGGTTCATTTCCCGGTTTC
ATTCTTCCCGGTCAAGCCGGTTTACTTGCCCCGAAGATCTTCAGAAATGCCACGGAGGAA
TCAATAGAATGTTGATCGAATCTAGGCCGTTGCTTCACGGCGTCATTGAAAAAGTCGTAT
GGTGAAGAGTTTCGGTCTGTACGATTTCTGACCCGGTCTGATCGTTACTGACTCGGCTGA
GTTGCCACCGGTTTTGGTGGTGCTAATTTTAATCCGGTTCAGGCCTTCAGGGTTAAATTT
TTTAGGTTTTACTAAATATTTAATATTCAGGGCTGCTGGTGAGTTACTCAATACTCACTG
AGCCGAGACAGACGAGGTTACAGGTAGAGAAGGAGATGGTGGTGAGTCGTTCCACCGATG
TCATCCTGGGTTCGAATCCATGTTCAAGACTGTAAATGTAAATAAGACAAATGAACATTT
GCTTATCTAAAAAAAATATTTGCTTATATTAGTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BV07TF U 1
AF RR3BV07JQ C 172
BS 1 633 RR3BV07TF
BS 634 876 RR3BV07JQ

RD RR3BV07TF 633 0 0
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TCTGTGTTGGTAGCAGTTGCAGGAGATTCATAGTGCGCGCGGTGTACTTGAACCATCCGA
TCCTGAGTGATCTCCTTGTCCAAGCCGAGGAAGAGTACGGTTTCGAGAACCAGGGACCGT
TGGTTATCCCTTGCGAAGAATCGGCTTTCGAGGAAGCGATCCGGTTCATTTCCCGGTTTC
ATTCTTCCCGGTCAAGCCGGTTTACTTGCCCCGAAGATCTTCAGAAATGCCACGGAGGAA
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GGTGAAGAGTTTCGGTCTGTACGATTTCTGACCCGGTCTGATCGTTACTGACTCGGCTGA
GTTGCCACCGGTTTTGGTGGTGCTAATTTTAAT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3BV07JQ 705 0 0
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AGGGACCGTTGGTTATCCCTTGCGAAGAATCGGCTTTCGAGGAAGCGATCCGGTTCATTT
CCCGGTTTCATTCTTCCCGGTCAAGCCGGTTTACTTGCCCCGAAGATCTTCAGAAATGCC
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CTCGGCTGAGTTGCCACCGGTTTTGGTGGTGCTAATTTTAATCCGGTTCAGGCCTTCAGG
GTTAAATTTTTTAGGTTTTACTAAATATTTAATATTCAGGGCTGCTGGTGAGTTACTCAA
TACTCACTGAGCCGAGACAGACGAGGTTACAGGTAGAGAAGGAGATGGTGGTGAGTCGTT
CCACCGATGTCATCCTGGGTTCGAATCCATGTTCAAGACTGTAAATGTAAATAAGACAAA
TGAACATTTGCTTATCTAAAAAAAATATTTGCTTATATTAGTCAC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7813Contig1 1166 2 2 U
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AAAAAAAAATAGACAAAGAAAAGTTTCAAAAAAAAAAAAAAATAGACAAAACCTTGATGC
TTAATCAGCAGTTCTTGGTGTTTGAGACACATGTCTCCGATTATACTCAGTGAGATCTTC
CTCTCTGGGTTTATGTTAAACTCTACAATCAGGCGCAGGACCCATCTCGTTCAATCTTTC
TCTGTTGTCTTCCTTTACTGGCTTTACTACGTCTCATAGTTTCTCAACCTCTCCGTCTTT
TATTACATAGTCGTATAATTAAATCAAAACCCTAGTTTAAAAAAATAACTTTTTTTCTTT
TGTTTCTTCTTTGTTTTCGTCTTCGATCTGGGTCCTGTCCTGTCTTGTTCTTGACTTCTC
TTACAAGAAAACCCATTTTTAATATAATCTCTCTTCTCGTAAAAGACTTCTTTGTTTGTG
TGTGTGTGTGTGCTGGATGGGCTCGTCGTCGTCTGGAACAACTTCTTCGACGATTCAAAC
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GTAGCACTACTTAACCATTGAAGCAGAGAACTCTGTTCTCAGAGCTCAGCTCGATGAACT
TAGCCACAGGCTTGAATCTCTAAACGACATCATCGGTTTCCTCGACAATACCAACGGGAT
CTGTTCGAACCCTCTGTCTGTTCCAGAGTCTGATGATTTCCTCGTGAATCAGATTAATAT
GAACATGTTTTATTATATGAACCAGCCACTCATGGCAACAGAACCTCATGGCATCTTTTG
ATGCGTTACTGTATTAGAAGTGTGGACCTAGAAAACCTCGAAATTACAAAATGGGGTCGG
TTTTTTTTGTCTGATTTCAAGATATTTCCAAAGAAAATGAGAGAGAGATGTGTATAAATG
GGTTATGTTGTTTGATTGTTCCATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D159TF U 1
AF RR3D159JQ C 545
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BS 712 1166 RR3D159JQ

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AAAAAAAAATAGACAAAGAAAAGTTTCAAAAAAAAAAAAAAATAGACAAAACCTTGATGC
TTAATCAGCAGTTCTTGGTGTTTGAGACACATGTCTCCGATTATACTCAGTGAGATCTTC
CTCTCTGGGTTTATGTTAAACTCTACAATCAGGCGCAGGACCCATCTCGTTCAATCTTTC
TCTGTTGTCTTCCTTTACTGGCTTTACTACGTCTCATAGTTTCTCAACCTCTCCGTCTTT
TATTACATAGTCGTATAATTAAATCAAAACCCTAGTTTAAAAAAATAACTTTTTTTCTTT
TGTTTCTTCTTTGTTTTCGTCTTCGATCTGGGTCCTGTCCTGTCTTGTTCTTGACTTCTC
TTACAAGAAAACCCATTTTTAATATAATCTCTCTTCTCGTAAAAGACTTCTTTGTTTGTG
TGTGTGTGTGTGCTGGATGGGCTCGTCGTCGTCTGGAACAACTTCTTCGACGATTCAAAC
GTCGTCAGGACCTGAGGAGAGTCTCATGGAGCAGAGGAAACGGAAGAGAATGCTCTCGAA
CCGTGAATCAGCGAGGAGGTCGAGGATGAAGAAACAGAAGCTTCTTGACGA

QA 1 711 1 711
DS 

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CACTACTTAACCATTGAAGCAGAGAACTCTGTTCTCAGAGCTCAGCTCGATGAACTTAGC
CACAGGCTTGAATCTCTAAACGACATCATCGGTTTCCTCGACAATACCAACGGGATCTGT
TCGAACCCTCTGTCTGTTCCAGAGTCTGATGATTTCCTCGTGAATCAGATTAATATGAAC
ATGTTTTATTATATGAACCAGCCACTCATGGCAACAGAACCTCATGGCATCTTTTGATGC
GTTACTGTATTAGAAGTGTGGACCTAGAAAACCTCGAAATTACAAAATGGGGTCGGTTTT
TTTTGTCTGATTTCAAGATATTTCCAAAGAAAATGAGAGAGAGATGTGTATAAATGGGTT
ATGTTGTTTGATTGTTCCATTT

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

CO CL7814Contig1 238 2 1 U
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AGGTCATCTTCCTCCACCTCCCCCTCCTTCTACATCACAAGAATCCAGCCAAAACGGCAT
CAAGATCGATTCTTGAATAGCTTATTCCCTGAAGTATCATCCTTAGCCATTGATAAATGC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D752TF U 1
AF RR3D752JQ C 71
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CAAGATCGATTCTTGAATAGCTTATTCCCTGAAGTATCATCCTTAGCCATTGATAAATGC
TTTTTATTTCAAAAAACAAACAAACAAACAGATGTTTTGTTACTGTCTTTGTTTATAT

QA 1 238 1 238
DS 

RD RR3D752JQ 168 0 0
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AAAAAACAAACAAACAAACAGATGTTTTGTTACTGTCTTTGTTTATAT

QA 1 168 1 168
DS 



AS 1 2

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GCTTGTCCGGTCCGGTTCTC


BQ
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AF RR3BU34JQ C 1
AF RR3BU34TF U 1
BS 1 665 RR3BU34TF
BS 666 680 RR3BU34JQ

RD RR3BU34JQ 680 0 0
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GGGTCCTTTAAGGTGGGACAACCAGGTGGCTGCTTATGCCCGTAACCATGCGAACCAGCG
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GGTTGTGTGGAGAAACTCGGTGAAGTTGGGATGTGCAAAAGTAAGATGCAACAATGGTAA
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ATGTACTGTTTCTATGTTGTTTATCCATACCAATCTTCTGTTGTCAGCTAATAATGATTG
GCTTGTCCGGTCCGGTTCTC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3BU34TF 665 0 0
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CCAAGACACGCGACAAGACTTCTTGGATGCTCATAACCAAGCCCGAGCCGAGGTTGGGGT
GGGTCCTTTAAGGTGGGACAACCAGGTGGCTGCTTATGCCCGTAACCATGCGAACCAGCG
TAAAAGCGTCGGCTGTTCCATGAAACGCTCGAGTGGTGGGACCTATGGAGAGAACATCGC
TTGGAGCAGCGGTGACATGTCAGGCGTCGAAGCAGTTGACATGTGGGTGAAGGAGCAAAA
AGACTACAATTATGATTTCAACACATGTGCTCCGAACGAAGTGTGCGGCCACTATACGCA
GGTTGTGTGGAGAAACTCGGTGAAGTTGGGATGTGCAAAAGTAAGATGCAACAATGGTAA
CACCTTTATTACTTGCAACTATGATCCTCCCGGTAACTGGAATGGTCAGTGGCCTTACTA
AGACATCAAAATTAAAACCCTCGTTTGAATATGCTTCGAAATATATGTTATACACAACAC
ATGTACTGTTTCTATGTTGTTTATCCATACCAATCTTCTGTTGTCAGCTAATAATGATTG
GCTTG

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL7816Contig1 911 2 2 U
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GTGGAGTCGATTCTGGAAAAAGAGATGAGGAATAAGGCGAACTCGCTTCTGAAACGAGGA
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GGAGAGTTTTATTGACAAAAATATATGTTAACTGGTATATTTCCAATTAGTGGGACAAAA
AGATCTTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AX89TF U 1
AF RR3AX89JQ C 96
BS 1 756 RR3AX89TF
BS 757 911 RR3AX89JQ

RD RR3AX89TF 756 0 0
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GTGGAGTCGATTCTGGAAAAAGAGATGAGGAATAAGGCGAACTCGCTTCTGAAACGAGGA
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ATCTCTACCCCTCGTTTCCTGGGAGTTGAGACAGGTAAGCTAGGAGCTTTCAAGTTGGAT
TGTGATTCTCCGGGAAACGGAGACATTGTCCTGAGGAGGCAGTTTAATTCAGGAGAAGAG
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GTTTCCAAGGGGAGCTGTGGCCAAAGTGTGTATCAGTAAGCCTAGACTCAGCTCTGTCCT
GCAGTTTGATTGCCGTGTTTCTGAGACGGCTCGTGGAAGTTCTGATTTCGACATCGAGAG
AGCTTATTATATCCGCTCTTTATGTAGCTCTTCTTCGCCTTATGGAGGAGACTTTTTCAG
GGAATTAGATCCGAGACTGCAGGATGCACTGAAGCAGTACCTAACATCCAAGGGAATCAG
TGAAGGACTAACTAATTTCATCTTGTGTCATCTGAACAAGAAGGAGCAGGAGCAGTACGT
TAGCTGGCTACGCAAGCTTGAATCTACAGTGTCACACTCTATGAAGCCGTGAGGTGTTCA
CAATCACTCCATTTGCTCATTTTTGTTTTTTTTTGT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3AX89JQ 816 0 0
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GAGGCAGTTTAATTCAGGAGAAGAGGGTTGTCTCAGCTTTACTACAACAGGAGCCCATTG
ATGATGATGCTGATGATGATATAGCGTTTCCAAGGGGAGCTGTGGCCAAAGTGTGTATCA
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CGCCTTATGGAGGAGACTTTTTCAGGGAATTAGATCCGAGACTGCAGGATGCACTGAAGC
AGTACCTAACATCCAAGGGAATCAGTGAAGGACTAACTAATTTCATCTTGTGTCATCTGA
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TTTTATTCTTCTTGGTGTTTTCTTGCAATGGTCATTAATGACCTTGAGATTAGCATAATC
AGCTTTGCCATGGTTTTTGTTTTAGGGAGAGTTTTATTGACAAAAATATATGTTAACTGG
TATATTTCCAATTAGTGGGACAAAAAGATCTTATGC

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL7817Contig1 661 2 1 U
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C


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 

AF RR3CC86JQ C 1
AF RR3CC86TF U 1
BS 1 661 RR3CC86TF

RD RR3CC86JQ 661 0 0
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C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3CC86TF 661 0 0
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GTTATATTATAGGTCATGGTCCCATGTGCTTGGTCACCTCTGTTGTAACAGGAAATTTGG
AGTGAACTCTCAGTTTTTCCATCAATTAGGATGCTCGAGCAAATGGCATCATTGTATATG
GAACTAATTTAAAAGAATCAATACTAGTAGTTCAAGAAAAGAATATGCTTTGTCTACATA
ACTGAAACTCTAAAAGGAGGTTTTATAAATATTGCTTTTCAGATTGTTTACAAATCAGGG
TTAAAAGAAAGTGATGAGACATCTTTTACAAGGGTAATTTAGAAGGAGTACCTGCTTCAC
GGGGATACTTTTGTGGGGTGGAATGATCTTACGACATACAACAGTTGTTCGTTGTCCATA
TGGGCTATGTGAATCCACTACATAGTCACACAGATAAATCATTCCAAACAAGCAGATATA
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL7818Contig1 738 2 3 U
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TCCGCAGAAGCATAATCGATTTTCTGGTTAAATACATTACAAGAAGTTTTTCTATGCTTA
TAGCATTTAGTTTGAGCTTTTTCTGCTGCGTCTTTTAATCGACCAGAAAAACATATACGG
ATTCCCTCCACCCTTTTTGGAATCTCCTTCACTATTTTAGCAAAAATGGAATGAAATGAT
CTTCTTTTGTTCTTCAGTTGAAAAGAGATGTCTTGAGCAATCAGAGAAGCGCTTTGATAA
ACAGATTTGATTTTGACTGACTCAATTAAGGTCTTAGTGTTTGTTCTATTAGACAAGAAA
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TCAGTATGATTTCTATCC


BQ
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AF RR3DV17JQ U 9
AF RR3DV17TF C 1
BS 1 8 RR3DV17TF
BS 9 678 RR3DV17JQ
BS 679 738 RR3DV17TF

RD RR3DV17JQ 670 0 0
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ACCCATATCTTACCATTTCTTCGGAATTGTCCGCTCATAGCACGATGGAAGTGTCCGATT
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ATGCCATATCTTCCAAAACCCAGTTTTGTACCATCCGGTTTGCAACCCCTACTACATCTG
CCTTTACGATATTTACTATATTTCGTACGTTTCGGATATAGCACGTCCCCCTTTTTTTTG
ACTATATGAAATCCACACTTTGACACCTAAGATTCCGTAACGAGTAGATACTTCCGCAGA
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AGTTTGAGCTTTTTCTGCTGCGTCTTTTAATCGACCAGAAAAACATATACGGATTCCCTC
CACCCTTTTTGGAATCTCCTTCACTATTTTAGCAAAAATGGAATGAAATGATCTTCTTTT
GTTCTTCAGTTGAAAAGAGATGTCTTGAGCAATCAGAGAAGCGCTTTGATAAACAGATTT
GATTTTGACTGACTCAATTAAGGTCTTAGTGTTTGTTCTATTAGACAAGAAAGATCGCAT
TTTTTGACTT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3DV17TF 738 0 0
TTTTTTTTGCTCTTCCCATTCTTACTTCTGTAGGTTTCCCGGTAATAGGGAGATCCGCGA
AAACTCTTACCCATATCTTACCATTTCTTCGGAATTGTCCGCTCATAGCACGATGGAAGT
GTCCGATTATAGCCCGACGCGCTGCTTCAATGGCTCGATATGAAAGACGACCAGCTTTAC
AACTTTTAATGCCATATCTTCCAAAACCCAGTTTTGTACCATCCGGTTTGCAACCCCTAC
TACATCTGCCTTTACGATATTTACTATATTTCGTACGTTTCGGATATAGCACGTCCCCCT
TTTTTTTGACTATATGAAATCCACACTTTGACACCTAAGATTCCGTAACGAGTAGATACT
TCCGCAGAAGCATAATCGATTTTCTGGTTAAATACATTACAAGAAGTTTTTCTATGCTTA
TAGCATTTAGTTTGAGCTTTTTCTGCTGCGTCTTTTAATCGACCAGAAAAACATATACGG
ATTCCCTCCACCCTTTTTGGAATCTCCTTCACTATTTTAGCAAAAATGGAATGAAATGAT
CTTCTTTTGTTCTTCAGTTGAAAAGAGATGTCTTGAGCAATCAGAGAAGCGCTTTGATAA
ACAGATTTGATTTTGACTGACTCAATTAAGGTCTTAGTGTTTGTTCTATTAGACAAGAAA
GATCGCATTTTTTGACTTCGTAAAAAAAAGAGTTGTACCTATACGGAATTCCTCTCTTTC
TCAGTATGATTTCTATCC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL7819Contig1 680 2 2 U
GGATCATCGTTCATCAGTGTACAAACCAACAATGGCTAAAACCAGATGGTCTTGCTTCGC
TATCGCCCTTTTGGCTATTACCCAATTCGTCAACTGTGAAGAAGAAGCTGTCTTGTCTGA
GAAAGAGCAGGACAAGGTCTCGAGATTGCCTGGTCAGGATTTCGATATAGACTTTGCTTA
TTACTCCGGGTTCGTTACTACATGAGGAACTGGGAAGAGCACTCTTCTACTGGTTCTTTG
AAGCCGCCGAAGATGCAGCGTCTAAGCCTCTTGTTCTCTGGCTCAATGGAGGACCAGGAT
GTTCATCAGTTGGGTTTGGTGAAGCAGAAGAGATAGGACCGTTTCACATTAACCCAGATG
GGAAGACTCTTTACCTCAATCAATATTCTTGGAACCAAGTTGCCAATATTTTGTTCCTTG
ATACACCTGTTGGAGTTGGTTATTCATACTCAAACACCTCCTCTGATTTGCTTACCAATG
GTGATATGAGAACCGCGCAAGACTCACTGAAGTTTCTTCTGAAATGGGTTGAGCGTTATC
CGGAGTACAAAGGAAGAGAGTTTTATATAGTTGGAGAGAGCTATGCAGGGCATTACATTC
CTCAGCTGAGTCAAGCCATTGTAGAGCATAACCAAGCTTATGGCGATACCACCATTAATC
TGACGGGTTACATGGTAGTA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3AD32TF U 1
AF RR3DL42TF U 1
BS 1 676 RR3AD32TF
BS 677 680 RR3DL42TF

RD RR3AD32TF 676 0 0
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TATCGCCCTTTTGGCTATTACCCAATTCGTCAACTGTGAAGAAGAAGCTGTCTTGTCTGA
GAAAGAGCAGGACAAGGTCTCGAGATTGCCTGGTCAGGATTTCGATATAGACTTTGCTTA
TTACTCCGGGTTCGTTACTACATGAGGAACTGGGAAGAGCACTCTTCTACTGGTTCTTTG
AAGCCGCCGAAGATGCAGCGTCTAAGCCTCTTGTTCTCTGGCTCAATGGAGGACCAGGAT
GTTCATCAGTTGGGTTTGGTGAAGCAGAAGAGATAGGACCGTTTCACATTAACCCAGATG
GGAAGACTCTTTACCTCAATCAATATTCTTGGAACCAAGTTGCCAATATTTTGTTCCTTG
ATACACCTGTTGGAGTTGGTTATTCATACTCAAACACCTCCTCTGATTTGCTTACCAATG
GTGATATGAGAACCGCGCAAGACTCACTGAAGTTTCTTCTGAAATGGGTTGAGCGTTATC
CGGAGTACAAAGGAAGAGAGTTTTATATAGTTGGAGAGAGCTATGCAGGGCATTACATTC
CTCAGCTGAGTCAAGCCATTGTAGAGCATAACCAAGCTTATGGCGATACCACCATTAATC
TGACGGGTTACATGGT

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3DL42TF 680 0 0
GGATCATCGTTCATCAGTGTACAAACCAACAATGGCTAAAACCAGATGGTCTTGCTTCGC
TATCGCCCTTTTGGCTATTACCCAATTCGTCAACTGTGAAGAAGAAGCTGTCTTGTCTGA
GAAAGAGCAGGACAAGGTCTCGAGATTGCCTGGTCAGGATTTCGATATAGACTTTGCTTA
TTACTCCGGGTTCGTTACTACATGAGGAACTGGGAAGAGCACTCTTCTACTGGTTCTTTG
AAGCCGCCGAAGATGCAGCGTCTAAGCCTCTTGTTCTCTGGCTCAATGGAGGACCAGGAT
GTTCATCAGTTGGGTTTGGTGAAGCAGAAGAGATAGGACCGTTTCACATTAACCCAGATG
GGAAGACTCTTTACCTCAATCAATATTCTTGGAACCAAGTTGCCAATATTTTGTTCCTTG
ATACACCTGTTGGAGTTGGTTATTCATACTCAAACACCTCCTCTGATTTGCTTACCAATG
GTGATATGAGAACCGCGCAAGACTCACTGAAGTTTCTTCTGAAATGGGTTGAGCGTTATC
CGGAGTACAAAGGAAGAGAGTTTTATATAGTTGGAGAGAGCTATGCAGGGCATTACATTC
CTCAGCTGAGTCAAGCCATTGTAGAGCATAACCAAGCTTATGGCGATACCACCATTAATC
TGACGG*TTACATGGTAGTA

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL7820Contig1 967 2 4 U
GGATGCAACAATGGATCAAATCAAGCCAGCCGGTGATCAAATCAAGCCAGCTGAATCGTC
CTCGGGAACCTTCGTATCAAGCAGCCGTTGTTTCGTATTTAACCCTAGACGTTACGATTT
GTCTTCGTCTTAACTCCACCGACGTGAATCAAGGACAACTTCTCATTCAATGGTACTCAT
CTAACACCAGGGCGGTTTTCTTTTACCTATAAAAGGATAAGTCTTCTACCCTTAACATTA
TCCTCACATTTTGTGATTCTCCAAAACAAAGAAAATTCCCAATCATGGCTGACTCTTTTC
ACAATAAACTTGAAGGATTCCGGGATATCTAGGGGTTGTTGTTGCAAGTAGCAGAAACAC
AAAGATTGTAGGAGGACGTTTGTTCTTGAATGCCACCTCGGGAACACGTGTTTTCCGACG
AGGAGACTGATGCAGAAGCTAGACATGTCTCTTTCATTTAAAGATCAGTCAAAACAGAAG
ACACTCAGATCTCAATTCTTACTCTATAGTACATGAAGAAGTCTCAGGTAGATATTTCTT
TCCCTGTGTCATCTAATCCTCTTACTGTTCAAAGTATGAAGGCTGTCTCAAGAACGGAGA
TGTCGATTGCATCATCCTTAGCACGTTAAACATGACAAGACATGATCATTTGAAGAAAGA
AATAGATGTGTATCTGCTGCAGCTTTACGGCTACTGAGATAGAGGACACAAAAGAGGATA
AATACAAAACAGAGATCTGCAGTACTTTGATGAACTAGAGGCTACATTTGATGTGTGGCC
TTCTCCCAAACTGGAACCATCAACAACCTACTTTGTCTAAATATAAAAAGAGTCTTAACA
GCAAGTAGGGTGTAATCATATCTACTTAATATATAAGCCCACATGTAGAAAAAGCATACG
AGTGTACACAAGGATTTGGTCTATGTGTTTTTGTATATAATATTCTTTCTAGACTGCGAT
TCTACGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ61TF U 1
AF RR3CQ61JQ C 247
BS 1 689 RR3CQ61TF
BS 690 690 RR3CQ61JQ
BS 691 707 RR3CQ61TF
BS 708 967 RR3CQ61JQ

RD RR3CQ61TF 707 0 0
GGATGCAACAATGGATCAAATCAAGCCAGCCGGTGATCAAATCAAGCCAGCTGAATCGTC
CTCGGGAACCTTCGTATCAAGCAGCCGTTGTTTCGTATTTAACCCTAGACGTTACGATTT
GTCTTCGTCTTAACTCCACCGACGTGAATCAAGGACAACTTCTCATTCAATGGTACTCAT
CTAACACCAGGGCGGTTTTCTTTTACCTATAAAAGGATAAGTCTTCTACCCTTAACATTA
TCCTCACATTTTGTGATTCTCCAAAACAAAGAAAATTCCCAATCATGGCTGACTCTTTTC
ACAATAAACTTGAAGGATTCCGGGATATCTAGGGGTTGTTGTTGCAAGTAGCAGAAACAC
AAAGATTGTAGGAGGACGTTTGTTCTTGAATGCCACCTCGGGAACACGTGTTTTCCGACG
AGGAGACTGATGCAGAAGCTAGACATGTCTCTTTCATTTAAAGATCAGTCAAAACAGAAG
ACACTCAGATCTCAATTCTTACTCTATAGTACATGAAGAAGTCTCAGGTAGATATTTCTT
TCCCTGTGTCATCTAATCCTCTTACTGTTCAAAGTATGAAGGCTGTCTCAAGAACGGAGA
TGTCGATTGCATCATCCTTAGCACGTTAAACATGACAAGACATGATCATTTGAAGAAAGA
AATAGATGTGTATCTGCTGCAGCTTTACG*CTACTGAGATAGAGGAC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3CQ61JQ 721 0 0
CATTTTGTGATTCTCCAAAACAAAGAAAATTCCCAATCATGGCTGACTCTTTTCACAATA
AACTTGAAGGATTCCGGGATATCTAGGGGTTGTTGTTGCAAGTAGCAGAAACACAAAGAT
TGTAGGAGGACGTTTGTTCTTGAATGCCACCTCGGGAACACGTGTTTTCCGACGAGGAGA
CTGATGCAGAAGCTAGACATGTCTCTTTCATTTAAAGATCAGTCAAAACAGAAGACACTC
AGATCTCAATTCTTACTCTATAGTACATGAAGAAGTCTCAGGTAGATATTTCTTTCCCTG
TGTCATCTAATCCTCTTACTGTTCAAAGTATGAAGGCTGTCTCAAGAACGGAGATGTCGA
TTGCATCATCCTTAGCACGTTAAACATGACAAGACATGATCATTTGAAGAAAGAAATAGA
TGTGTATCTGCTGCAGCTTTACGGCTACTGAGATAGAGGACACAAAAGAGGATAAATACA
AAACAGAGATCTGCAGTACTTTGATGAACTAGAGGCTACATTTGATGTGTGGCCTTCTCC
CAAACTGGAACCATCAACAACCTACTTTGTCTAAATATAAAAAGAGTCTTAACAGCAAGT
AGGGTGTAATCATATCTACTTAATATATAAGCCCACATGTAGAAAAAGCATACGAGTGTA
CACAAGGATTTGGTCTATGTGTTTTTGTATATAATATTCTTTCTAGACTGCGATTCTACG
T

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL7821Contig1 835 2 10 U
GGCTCCTAAAGATCAAGAAGTCCCTAAACAACCCTTACCACCTCGCCTCATGGGATCCTG
ATAGCGACTGCTGCTCCTGGTACTGCCTCAAATGCGGCGACGCCACCGTTAACTACCGCG
TCATCTCCCTAACCATATTCGCCGGTCAGATATCCGGTCAGATCCCGCCTGAAGTCGGTG
ACTTACCGTATATTCAGAGACTTACGTTCCACAAGCTTACTAACATCACCGGTCAGATCC
CATCCACCATCACCAAGCTCAAGCATCTTCGTTTTCTCACGCTTAGCAGGTTGAACCTCA
CCGGCCCGGTTCCTGAGTTTCTGAATCAGCTCATGAATCTTGAATACTTAAACCTTTCCT
TCAATCAGCTTTCTGGTTCCATACCTAGCTCCCTTTCCTCGTTACCTAAACTTACGGGCA
TTGATATTAGTAGGAATAAGCTTACAGGTACGATACCAGAGTCATTTGGATCATTTGCAG
CACAAGTTCCTTACCTTATCTTATCACACAACCAGCTCTCCGGTTCGATACCCAAATCAC
TAGGAAACAATGATTTTCAATATGGCTTCAATGTTAGCTACAACAGACTTTGTGGACCCA
TCCCCACTGGAGGCAGTCTTCAGAGATTTGATTATTATACGTATTTTCACAACAAGTGTT
TGTGTGGTTCACCTCTTGATAGTTGCAAGTAAAAACCAAGCTTATCTCTAAGTTTCCCAA
AAAAAAATGTAATATCATCTGGATTTGATTAAATAAAACATGTATCACATCTTGTATTTG
ATGAGTTCTTAGAACATTTTCAAAGTGAAGATGAAGGTAGATGTTACCTTACCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CE42TF U 1
AF RR3CE42JQ C 92
BS 1 694 RR3CE42TF
BS 695 695 RR3CE42JQ
BS 696 725 RR3CE42TF
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BS 753 755 RR3CE42JQ
BS 756 786 RR3CE42TF
BS 787 835 RR3CE42JQ

RD RR3CE42TF 804 0 0
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ACTTACCGTATATTCAGAGACTTACGTTCCACAAGCTTACTAACATCACCGGTCAGATCC
CATCCACCATCACCAAGCTCAAGCATCTTCGTTTTCTCACGCTTAGCAGGTTGAACCTCA
CCGGCCCGGTTCCTGAGTTTCTGAATCAGCTCATGAATCTTGAATACTTAAACCTTTCCT
TCAATCAGCTTTCTGGTTCCATACCTAGCTCCCTTTCCTCGTTACCTAAACTTACGGGCA
TTGATATTAGTAGGAATAAGCTTACAGGTACGATACCAGAGTCATTTGGATCATTTGCAG
CACAAGTTCCTTACCTTATCTTATCACACAACCAGCTCTCCGGTTCGATACCCAAATCAC
TAGGAAACAATGATTTTCAATATGGCTTCAATGTTAGCTACAACAGACTTTGTGGACCCA
TCCCCACTGGAGGCAGTCTTCAGAGATTTGATTATTATACGTATTTTCACAACAAGTGTT
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AAAAA**TGTA*TATCATCTGGATTTGATTAAT**AAACATGTATCACATCTTGTATTTG
ATGAGT
CTAGACATTTCAAGTGAA

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3CE42JQ 744 0 0
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ATCCGGTCAGATCCCGCCTGAAGTCGGTGACTTACCGTATATTCAGAGACTTACGTTCCA
CAAGCTTACTAACATCACCGGTCAGATCCCATCCACCATCACCAAGCTCAAGCATCTTCG
TTTTCTCACGCTTAGCAGGTTGAACCTCACCGGCCCGGTTCCTGAGTTTCTGAATCAGCT
CATGAATCTTGAATACTTAAACCTTTCCTTCAATCAGCTTTCTGGTTCCATACCTAGCTC
CCTTTCCTCGTTACCTAAACTTACGGGCATTGATATTAGTAGGAATAAGCTTACAGGTAC
GATACCAGAGTCATTTGGATCATTTGCAGCACAAGTTCCTTACCTTATCTTATCACACAA
CCAGCTTTCCGGTTCGATACCCAAATCACTAGGAAACAATGATTTTCAATATGGCTTCAA
TGTTAGCTACAACAGACTTTGTGGACCCATCCCCACTGGAGGCAGTCTTCAGAGATTTGA
TTATTATACGTATTTTCACAACAAGTGTTTGTGTGGTTCACCTCTTGATAGTTGCAAGTA
AAAACCAAGCTTATCTTTAAGTTTCCCAAAAAAAAATGTAATATCATCTGGATTTGATTA
AATAAAACATGTATCACATCTTGTATTTGATGAGTTCTTAGAACATTTTCAAAGTGAAGA
TGAAGGTAGATGTTACCTTACCCC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL7822Contig1 751 2 4 U
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CAAGACTGACCCAGGCTTCGAATGAGCAAAGTCCAGCCAACGGTTCCCCCCTAGAGAGGA
GAGAAGACCTCGAGGTCTGTCACTTGTTTTG


BQ
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AF RR3D553TF U 1
AF RR3DI69TF U 1
BS 1 185 RR3D553TF
BS 186 186 RR3DI69TF
BS 187 233 RR3D553TF
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GCCTGACCTCAGCTTCTTTGTTCTTCTGGCTGCTCTGGGATGAAGCAATCAGCTCTTTGA
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QA 1 233 1 233
DS 

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GCTCTTGAGCATGAACCAGGAGATCGACTTCATCCTTCTTCTTGGAGAACTTCTCCTTGA
CAGCAACCAGAACTTTGTTGTAAGCATCAGCTACCTCCCTCTTTCCTCTCCGGATGGCTA
GCCTGACCTCAGCTTCTTTGTTCTTCTGGCTGCTCTGGGATGAAGCAATCAGCTCTTTGA
CTTGGTACTCGGCTATCTTCCGAGCAGCATCCAACTCCCCAATCTTCCTATTCTTCACCT
GGAGGTCAATCAACCGGCTCTCGATCGTCCCTTGCTGAGCATCAGATTTGGATCCAAGTC
TCTTAACCTCAGCTTGGAGTTCCGAGATCAGAGCCCGAGTCTGATTGAGCTCAGCCTTGG
TAGCCTTGACTAGATCAGTGACCTAAGCTAATTCCTCAGCACTGGGGGCATTGTGCACAG
CGTCGAACTTGAATTGAGCCCTGTTGATAGCCCCAGCCAGCTACAAAAACAAAAACAATT
ATTTAGTGAACATCATCCAAAAAGAATTAAGCCAAAAAGATGAAATAAAATTCATACATG
ACCCATGTGATGGGCAATATCAACGTACTCCTCTTTGTTGGAGAGGTTGGCGATCGAGGG
AAGAGCACATCCAGTTCTCTTCATATGCCTCATTAACGTAGCCAAACCCCATGAGTCATC
CAAGACTGACCCAGGCTTCGAATGAGCAAAGTCCAGCCAACGGTTCCCCCCTAGAGAGGA
GAGAAGACCTCGAGGTCTGTCACTTGTTTTG

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL7823Contig1 924 2 4 U
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GGAAGCAGCAGCAGCAGCGTCGCCGGAGATACCTTTTCTTCCTGTTTTCGCCTCCATGAA
GCGGCTTGCACGCTACAACTTAGGGTCTGTGGCTCTTGGTTCGCTTGTTGTCTCTTTTGT
GGAGTCTGTTCGGTTCATTCTCGAGGCTATTCGTCGTAGAACGAAAGTAAGAGGGACTAC
ACCTGATCACTGGCTTGGGAGAATGGGTCATTACACATCGCGTGGGTGTCTCAAAAGCGT
TGAGTGGACTATTAAATCGGTTAACCGCAATGCCTACATAATGATTGCTATAACAGGGAA
AAGCTTCTGTAAATCATCTGCAATCGCAACAGAGTTGATCATAAACAACATTATGAGGAT
AGGCAAGGTTAATGTAATAGGAGATGTTATATTGTTTCTAGAGAAGCTTTGTGTGAGTCT
CTTCAGTGCTCTCTTTGGCTTTCTCATGTTGGATTCTCACAAGTATCGGTCTTCTCACAA
CAAAGTCTCCTCCCCTCTACTACCCGTTTTTGCATGTTGGGCTCTGGGGTATGTTGTGGC
TACACTGTTCTTTGCGGTGGTTGAGATGTCGATAGACACAATCATACTCTCCTTCTGTCA
AGACTCAGAGGAGAATCAAGGGAATGCTCAGCACGCTCCATCACTTCTACTTGAAACTTT
AGATAATAATGAGGAAGAGGTTCAGAGACTCACCCACTGATAGAGATCCTTACTGTATAA
GTTTTGTTTCTTTGGGGGTTGCCGGTTTATATTGGTTTTAAAGAATGGAATCTCTACTCT
CTAAAAACATTATAAGCATATATTGTAATGTCAGATGGCTTTGAGGATTCTTCTATTCTG
AAACCAAAATATTATATTTCTGCC


BQ
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AF RR3DD77TF U 1
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CTTCAGTGCTCTCTTTGGCTTTCTCATGTTGGATTCTCACAAGTATCGGTCTTCTCACAA
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TAA

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DS 



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C


BQ
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20 

AF RR3DR40JQ C 1
AF RR3DR40TF U 1
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C

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TGAAGTAATTTGTGTTGTCAACATTAGCTTAATTATCTCTGCATTAGATGTTCCAAATCC
AATAACAGTTTGCTTTTTTTTTTTTTCTCCGGTCATTAGATTTTAGTATTAAGGGACCAT
TTTCTCATGTGTTGTCGTGTGGATGTAAAGCACATATGAAAGAATCCAATGTTTGTCTTG
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3FM70TF U 1
AF RR3FM70JQ C 132
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BS 683 764 RR3FM70JQ

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TGCTTCTGAGGTAAGTTTACACTTAGAATTTGATTAGTGATAAAGTTTATGATTTAAATT
GTCGTTAATTAAGAAGATTTATGTGGATTGTGGCAGGCTTGCACACTCTCGTGGGAGCTT
AGGGTTTTGGGTGCAGATGTGAGCTATGGGGCTCAGTTTGAACCGACCACAGAGGGAAGC
TATGTTGTGATAGTTTCTAAAAACCGTAAGATTGGGTTAACTGATGAGCCGGCGATAACC
GATTCATTTAAGGTGGGTGAACCAGGGAAGATTGTGATCACAATCGATAACCAGACTTCC
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ATCCGAGACCATATATTACTTGCCACAACCCAAATCTAAGGAGGAAGTATTTGGGAGAAC
AAATTTTTAATTAATTTAATTAGTTTGTTATTTGATATGTAATTTTGAAATCCCAAAAGC
TGGTTGTGTGTTTGCTGGAAGTGTTTGCTTTGTTTTCAGTATTGGGGTTGTTTTGTGTGT
GGAGAAATATGTGATTAAAATCCAAAAGCAAAAGAAAAAATAAACTTTGTTTCATTACTT
GGCCTTTTACTTTCTTTTACCC

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DS 

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TGCAGATGTGAGCTATGGGGCTCAGTTTGAACCGACCACAGAGGGAAGCTATGTTGTGAT
AGTTTCTAAAAACCGTAAGATTGGGTTAACTGATGAGCCGGCGATAACCGATTCATTTAA
GGTGGGTGAACCAGGGAAGATTGTGATCACAATCGATAACCAGACTTCCAAGAAGAAGAA
AGTGCTTTACAGGTTCAAAACTCAACCAATGTCTGATCTTTGAAATCATATCCGAGACCA
TATATTACTTGCCACAACCCAAATTTAAGGAGGAAGTATTTGGGAGAACAAATTTTTAAT
TAATTTAATTAGTTTGTTATTTGATATGTAATTTTGAAATCCCAAAAGCTGGTTGTGTGT
TTGCTGGAAGTGTTTGCTTTGTTTTCAGTATTGGGGTTGTTTTGTGTGTGGAGAAATATG
TGATTAAAATCCAAAAGCAAAAGAAAAAATAAACTTTGTTTCATTACTTGGCCTTTTACT
TTCTTTTACCCTTTTTATTGTACAATCTGTGTAAATCTTAATGTATTTAATATTTTTTTT
GATAAACCCATTAATGTATTAAATATTTGTATC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

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AGTTTGCAGACTCAGATGGACTAATTACCTAAGACCTGACATCAAGAGAGGCAAATTCAC
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GATTGCAACTCACTTAGCAAAAAGGACAGACAACGAGATCAAGAACTACTGGAACACACG
CTTGAAGAAACGTCTGGTTAAAATGGGGGATAGATCCAGTGACACACAAGCACAAAAACG
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TTCTGCTCGGTGATTCAGCTGATCGGAGTCTCTCCACCGTTAAAAACGACGAGGCGGCCG
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TTTTGTTGAAATTGAAACTTCATGAAAATGACCTTCTCTTTTTGC


BQ
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AF RR3AX92TF U 1
AF RR3AX92JQ C 100
BS 1 498 RR3AX92TF
BS 499 1005 RR3AX92JQ

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AGACTCTAATGTCTTCCACAGGTCAGTCCAAGAGCGCAGCAGCCACGCTTAGCCACATGG
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TCCACTTACAGCATTACCAAAACAAGAAAGCAGCAGCTCCTAATCATTGCTTGGTTCACA
AGGCATCAGCAAATTGGA

QA 1 498 1 498
DS 

RD RR3AX92JQ 906 0 0
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TAGCTAGAGAATCAAAGCTTCTCCACTTACAGCATTACCAAAACAAGAAAGCAGCAGCTC
CTAATCATTGCTTGGTTCACAAGGCATCAGCAAATTGGACAAAACCAAACAAAGGAAACG
GAGATCAACAGCTTGAATCACCGACATCGACGGTGACATTCTCCGAGAATCACCATCTGA
CGATCATGCCTTTGGGAGAGAATAACAACGTTCCGAACATGAACGAGTTCGCCGTGTCTT
CTTCCACCTCCTCCGATGTCAAAGATTCCGACCACGACTGGATGAGGCAGATCAACTGTC
CGACAGAAGGACTCACCAGCCTTCTGCTCGGTGATTCAGCTGATCGGAGTCTCTCCACCG
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ATTCATCAACCATGTTCTGATCTAATGGTCCACATTGATTGTTATGTCGATAGCTTTCCA
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TTTTGC

QA 1 906 1 906
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTTTAGAGATGTCATCACATCTGCAGTGGAATCCTTTCCGAGAGACTGCGGTGTACTGGC
GGAGAAGAAATTAAGTAACAGCTATGGATTCTCTCTTTTCCTTTCTCTCTCTCTCTCTAT
TTGATTATGATATTTTTTGTTCTTGGTAAAGAAAGGTGGATGAGGCAGATAAAGATGATG
TTTGGTTGTGAAGAGGAACCTTTCTATGATTCTATCTCGTGATGCCTCTCAGCTTCAAGC
CATCTGGATTTGTGGTGTTTGTTGACCTTCACGGCCTGCTCTGCATCCGGCTCGGCTCAA
GAGAATCTTTCTGACCTGAGACAATGAGACATGCTTAAGAGAATCAAGATGTGGAAGCGT
TACTATCGGACTTCTCTCCGCCAGTCGCAGTGCAGTAGTGGTGCTCCCAAGTCACAGGGT
TGTGGTGGTGGTCGTTGTAAGTCCAATTGAAGAGGCGGCGGTGAAGATGCAGGGAAGAGA
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ACAAAAGTTTCATTGGT


BQ
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AF RR3GK08JQ C 1
AF RR3GK08TF U 1
BS 1 666 RR3GK08TF
BS 667 677 RR3GK08JQ

RD RR3GK08JQ 677 0 0
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TTTTAGAGATGTCATCACATCTGCAGTGGAATCCTTTCCGAGAGACTGCGGTGTACTGGC
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TTGATTATGATATTTTTTGTTCTTGGTAAAGAAAGGTGGATGAGGCAGATAAAGATGATG
TTTGGTTGTGAAGAGGAACCTTTCTATGATTCTATCTCGTGATGCCTCTCAGCTTCAAGC
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GAGAATCTTTCTGACCTGAGACAATGAGACATGCTTAAGAGAATCAAGATGTGGAAGCGT
TACTATCGGACTTCTCTCCGCCAGTCGCAGTGCAGTAGTGGTGCTCCCAAGTCACAGGGT
TGTGGTGGTGGTCGTTGTAAGTCCAATTGAAGAGGCGGCGGTGAAGATGCAGGGAAGAGA
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TTTGTAAACCAATTTAATTTGTAAACCAATTTAGTTTGTAAACCAAATTTAGTTTATAAA
ACAAAAGTTTCATTGGT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3GK08TF 666 0 0
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TTTTAGAGATGTCATCACATCTGCAGTGGAATCCTTTCCGAGAGACTGCGGTGTACTGGC
GGAGAAGAAATTAAGTAACAGCTATGGATTCTCTCTTTTCCTTTCTCTCTCTCTCTCTAT
TTGATTATGATATTTTTTGTTCTTGGTAAAGAAAGGTGGATGAGGCAGATAAAGATGATG
TTTGGTTGTGAAGAGGAACCTTTCTATGATTCTATCTCGTGATGCCTCTCAGCTTCAAGC
CATCTGGATTTGTGGTGTTTGTTGACCTTCACGGCCTGCTCTGCATCCGGCTCGGCTCAA
GAGAATCTTTCTGACCTGAGACAATGAGACATGCTTAAGAGAATCAAGATGTGGAAGCGT
TACTATCGGACTTCTCTCCGCCAGTCGCAGTGCAGTAGTGGTGCTCCCAAGTCACAGGGT
TGTGGTGGTGGTCGTTGTAAGTCCAATTGAAGAGGCGGCGGTGAAGATGCAGGGAAGAGA
ACCCTTGTTTTAGGTTTATTTTTTTTATTTTTTTAGATTTTTCTTTTGATGTGGTTTATT
TTTGTAAACCAATTTAATTTGTAAACCAATTTAGTTTGTAAACCAAATTTAGTTTATAAA
ACAAAA

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL7829Contig1 568 2 1 U
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GACATAGCGCTTAGAGGTAGACCAGTTCTAAAAGACAGCTGGTTTCCTGGGTACGTATGG
ACGATTGCAAACTGTGCAACGTGTGAAACACAGCTGGGTTGGCTTTTCACAGCGGCAAAC
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CACTGAAAATATATTACATCACGCCTTTTATACCAAATTATCATATAAAAAGTTTCTTTA
TAGAGAGAAATACTACACCACATGTTTTTTTCTAGGTACATATGACCTCTTATTATAGAA
TTATGATTGGCTAGATCCTCTTTGAGGGTATGTAGACAGTCTTTCACCAGGTGCAGCCAC
AATCATTTAAATCTCTTTTATTCATCAT


BQ
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AF RR3D169JQ C 1
AF RR3D169TF U 1
BS 1 568 RR3D169TF

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QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3D169TF 568 0 0
GACAGATTGCATCGAGAAATAGAATTGCTCGAGAGCTTTGATCGTGTTCGATGTAAACAC
TGCCAGACTGTTATAGCAAGAGGAAGTGACATATTGATTATCTCTAATGATGGTCCTCTC
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CACTGAAAATATATTACATCACGCCTTTTATACCAAATTATCATATAAAAAGTTTCTTTA
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TTATGATTGGCTAGATCCTCTTTGAGGGTATGTAGACAGTCTTTCACCAGGTGCAGCCAC
AATCATTTAAATCTCTTTTATTCATCAT

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL7830Contig1 1264 2 2 U
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ACCTGGACATGGAATCAGCATTGGTAGTCTTGGGAATAATAACTCAACAGGTATTGTGAC
AAAAGTTGTGTTGGACACTGCGTTCTTGAAAGAGACAACTAATGGACTCAGAATCAAAAC
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ATACAGTTTTCTGAAGCATATGATACAGTAAACAAAGTTTATTTCGTATAGTCAACCATA
AGATTGTTCTTAATAGTATTGTTCACCTTTTGGATCATACAATAATAGCACGACTTTTTT
CAAC


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3AU61TF U 1
AF RR3AU61JQ C 494
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BS 674 1264 RR3AU61JQ

RD RR3AU61TF 673 0 0
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GTCAAATCCTTGCAAAAGTGCACCAACGGCACTAACTATAGAATCTAGTTCAGGTGTGAA
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CTCAGTTCGAATCTCCAAGGTTATGGTCTCCTCTCCAGGAGATAGTCCCAACACTGATGG
TATCCACATCACTGGATCCACCAACATCGTCCTTCAAGACTGTAAAATCGGCACAGGGGA
TGATTGTGTCTCGATTGTGAATGCGAGCTCTAATATAAAGATGAAGAGGATCTATTGTGG
ACCTGGACATGGAATCAGCATTGGTAGTCTTGGGAATAATAACTCAACAGGTATTGTGAC
AAAAGTTGTGTTGGACACTGCGTTCTTGAAAGAGACAACTAATGGACTCAGAATCAAAAC
ATATCACGGGGGT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3AU61JQ 771 0 0
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ATCAGCATTGGTAGTCTTGGGAATAATAACTCAACAGGTATTGTGACAAAAGTTGTGTTG
GACACTGCGTTCTTGAAAGAGACAACTAATGGACTCAGAATCAAAACATATCAGGGGGGT
TCAGGTTACGTTCAAGATGTTCGATTCACAAACGTGGAGATGCAAGATGTCTCTAACCCA
ATACTCATCGATCAGTTCTACTGCGATAATCCAACTTCCTGTCAAAACCAGACATCAGCG
GTTAAAATCAGCCAGATAATGTACCGGAACATAACAGGGACAACAAAAAGTGAGAAAGCT
ATCAAATTTGCGTGCAGCGACACAGTCCCATGCAGCCACATTGTCCTTAACAATGTGAAT
CTTGAAGGCAAAGACGGTCAAGTCGAAGCCTACTGTAACTCGGCTGAAGGTTTTGGGTAT
GGAGTGATTCATCCGTCTGCGGATTGTCTCTACTCGCACGACGACAAGGGGTTCGACCAG
AGTCACACGTCAGGACCTGTTTTGGTAACTCAGGAAGCTGAGATTGGCCACGACGAGCTC
TGATGGTGGTGTTCTATGTGTTGTAGTGAGGGATGCAGTAATGTGTTATACAGTTTTCTG
AAGCATATGATACAGTAAACAAAGTTTATTTCGTATAGTCAACCATAAGATTGTTCTTAA
TAGTATTGTTCACCTTTTGGATCATACAATAATAGCACGACTTTTTTCAAC

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

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ACTTTAAAGGACGATAACATTAATAACCACGATAAGATTACACTTGACGTTATATAATAA
CGAACCGAATAAAGCCATCCCTTGGACCAATGTCCTCTTGTGATCAGATTTTCGTCCAAA
CATAAAAACATATAGATAACTTAACATTTTTTTTTTTTTGATTAACTAATACACTCATTA
CTAGATTGAAGCCACAGCTTACAACTAGAGTTGACCATATGAATGAGCGAAGTAGGCAAG
AGCTCCAACGAGTGGTGCATTGATGTAAGTAGCCGACTCGGACTGCTCGTAGTCAGTCCG
TTCGTCTGGGAAGCGATCGTGCTGGTCAGGACCACCAACCACTGCACCGACGAGAATATT
AGGGTTCGGAGACTGAGAGTTCAAGATGGAGAAGCCTTCGTGACATTGGATCTTGGACGG
GTGGCTTGCAACGCAAGGTAAAGAGGAGCCACGGTGGTGAATTCTCCGTGGGAATTTCGG
ACCGTAACCAACCATGTAAGACATCCTCAATGGGTTGTCTCCAAGTAAATAATCCACCTG
CTTTTTGGCGATTGAACGGAGGCGGCCGGGAGTGTAGACTGAGCCACCGCAATGGACGAC
GGTTCTTGCGGAGGTTAAGTATTTGGCGTAGGTTAAGAGCAAGAACGATGTAGACGTCAC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CU91JQB U 1
AF RR3AJ92TF C 97
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RD RR3CU91JQB 883 0 0
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CATAAAAACATATAGATAACTTAACATTTTTT*****TTGATTAACTAATACACTCATTA
CTAGATTGAAGCCACAGCTTACAACTAGAGTTGACCATATGAATGAGCGAAGTAGGCAAG
AGCTCCAACGAGTGGTGCATTGATGTAAGTAGCTGGCTCGGACTGCTCGTAGTCAGTCCG
TTCGTCTGGGAAGCGATCGTGCTGGTCAGGACCACCAACCACTGCACCGACGAGGATATT
AGGGTTCGGAGACTGAGAGTTCAAGATGGAGAAGCCTTCGTGACATTGGATCTTGGACGG
GTGGCTTGCAACGCAAGGTAAAGAGGAGCCACGGTGGTGGATTCTCCGTGGGAATTTCGG
ACCGTAACCAACCATGTAGGACATCCTCAATGGGTTGTCTCCAAGTAAATAATCCACCTG
CTTTTTGGCGATTGAACGGAGGCGGCCGGGAGTGTAGACTGAGCCACCGCAATGGACGAC
GGTTCTTGCGGAGGTTAGGTATTTGGCGTAGGTTAAGAGCAAGAACGATGTAGACGTCAC
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AGAGAAAGGAGCGCCAGGAATAACAGAGCAAATGAAATTATCAGCATGACCTTTGTATTC
ACTCAGTGTCTTCATTTTCTGA*CCAGAAACGCCTTTGTAAGAA*AATTCTGGCTCCAGC
ATGCTTAT*ATCCCAACCAAA*GTGTTGTCATACTCAGCAGCT

QA 1 883 1 883
DS 

RD RR3AJ92TF 790 0 0
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AACCACTGCACCGACGAGAATATTAGGGTTTGGAGACTGAGAGTTCAAGATGGAGAAGCC
TTCGTGACATTGGATCTTGGCCGGGTGGCTTGCAACGCAAGGTAAGGAGGAGCCACGGTG
GTGAATTCTCCGTGGGAATTTTGGACCGTAACCAACCATGTAAGACATCCTTAATGGGTT
GTCTCCAAGTAGATAATCCACCTGCTTTTTGGCGATTGAACGGAGGCGGCCGGGAGTGTA
GACTGAGCCACCGCAATGGACGACGGTTCTTGCGGAGGTTAAGTATTTGGCGTAGGTTAA
GAGCAAGAACGATGTAGACGTCACGTATTGCATGTTAGCATCTGACATTTTAAACAATAA
TCCACCTGGAGTGTACTGAGAAGAAGAGAAAGGAGCACCGGGAATAACAGAGCAAATGAA
ATTATCAGCATGACCTTTGTATTCACTCAGTGTCTTCATTTTCTGAACCAGAAACGCCTT
TGTAAGAAGAATTCTGGCTCCAGCATGCTTATTATCCCAACCAAAAGTGTTGTCATACTC
AGCAGCTCCC

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

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CAGCTTTTAAATCGTGCAAATCTAATTTTTCCAACTAAACACATATATGTTGGCGATATG
TAATATGTTGTCAGTAATGGCTGATAGTATACTTCCTTTGTGGGTTTAGATGGTTACCTC
AAGGCTCAATGTTAGGATTTTGAATGAGGAAGCGAGCGTTGTGTAAGAGGGAAGTAGTCT
CCTCGTTAGATGCATCAAGCAAGCGCAATTCCTTGATCTCTTCCTGCCATTTCTCAACAT
GCTCCTTATGTATCATGATCAAGCGTTCTTCGAATTCGTTACTGAGTTCCTTGAACATTG
TCTTTCCTGTGTCGAGCAGATTAGAAACAGTCTGAGTGAAGCTCTCAATCTTGTCGAGAA
TCTGAGCAATGTTAAGTTCCATCTCATCAGAAGCAACAAGTTTCGTCTCAGTTTCTTCAG
TCACAGTTGTATCGAAGCTCATTCCATCTCTCGAATCTCCTTTTCCCTCTTCATCAGAAG
ATTTCATGCGTTTTCGAGACCCTCCGTTTCCTGCTTCTCCTTCCATTTTTCAGCGATTGT
GTAACGAAAAATGAAATCCACGCGACGATGAAGGAAGAGTTGCTCCGAAGGAACTTGAGA
GAAGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FR64TF C 1
AF RR3FR64JQ U 8
BS 1 7 RR3FR64TF
BS 8 668 RR3FR64JQ

RD RR3FR64TF 668 0 0
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TAATATGTTGTCAGTAATGGCTGATAGTATACTTCCTTTGTGGGTTTAGATGGTTACCTC
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CCTCGTTAGATGCATCAAGCAAGCGCAATTCCTTGATCTCTTCCTGCCATTTCTCAACAT
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TCTTTCCTGTGTCGAGCAGATTAGAAACAGTCTGAGTGAAGCTCTCAATCTTGTCGAGAA
TCTGAGCAATGTTAAGTTCCATCTCATCAGAAGCAACAAGTTTCGTCTCAGTTTCTTCAG
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GAAGATCC

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3FR64JQ 661 0 0
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ATGTATCATGATCAAGCGTTCTTCGAATTCGTTACTGAGTTCCTTGAACATTGTCTTTCC
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AATGTTAAGTTCCATCTCATCAGAAGCAACAAGTTTCGTCTCAGTTTCTTCAGTCACAGT
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GCGTTTTCGAGACCCTCCGTTTCCTGCTTCTCCTTCCATTTTTCAGCGATTGTGTAACGA
AAAATGAAATCCACGCGACGATGAAGGAAGAGTTGCTCCGAAGGAACTTGAGAGAAGATC
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3ER74TF U 1
AF RR3ER74JQ C 373
BS 1 581 RR3ER74TF
BS 582 873 RR3ER74JQ

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QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3ER74JQ 501 0 0
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CCTAGCTGTTATCCACTTGGC

QA 1 501 1 501
DS 



AS 1 2

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GATCC


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR3AO83JQ C 1
AF RR3AO83TF U 1
BS 1 545 RR3AO83TF

RD RR3AO83JQ 545 0 0
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GATCC

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3AO83TF 545 0 0
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GTGAAGGCAACTGCTTCTGGAGTCGACGGAGCTGAGCCCGAGAGTAATGAGGAACCACCT
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ATGAAGAAGCTCAAGAATGTTTAGAGCTAATGCTGATCCCTTTGCTCCCCTCTCATTTTA
ATTTTTCTTTGTAAACTTTCTTTGTTTTTCGGATTAATCTCAAGCTGAGTTATTTAAAAC
GATCC

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

CO CL7835Contig1 482 2 3 U
GGAGAGAGTAAAGAGCAGACATATAGATAAGATGGCCATGGCAACAAAATCAGTCTCTTC
TTTCACCCTCATTTTCATCCTCGTTTTGGTTATTTTTGAAGTGCCGGATATAATAGCACA
GGATAGCGAGTGCCTGAAAGAATACGGTGGTGATGTGGGTTTTGGCTTCTGTGCGCCTCG
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ATGCATTTGGGGAGATGCCGGTGCTGGTGATGTTAAATGCTTATGCGACTACTGCAACGA
CAGCCCTATCGATCAAATTCTAAGCGGTGGGATTTGAGTCATGCACGTGTCATGGTTTGA
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GTGGCCAAGTAATAATGTAATAACGAGTATGTGAAATAAGAAGCCGGAAATATATGAGGC
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 

AF RR3FQ82TF U 1
AF RR3FQ82JQ C 137
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BS 190 482 RR3FQ82TF

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TC

QA 1 482 1 482
DS 

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TGTTATACAAGATGCCGTGAGAACAAGGGGGCTAAAGGTGGAAGATGCATTTGGGGAGAT
GCCGGTGCTGGTGATGTTAAATGCTTATGCGATTACTGCAACGACAGCCCTATCGATCAA
ATTTTAAGCGGTGGGATTTGAGTCATGCACGTGTCATGGTTTGAGTAATAATAAATGTGA
AAGTGGCCAAGTGTGTCGTGGTTTGTGCAATAATAAATGTGAAAGTGGCCAAGTAATAAT
GTAATAACGAGTATGTGAAATAAGAAGCCGGAAATATATGAGGCTC

QA 1 346 1 346
DS 



AS 1 2

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TTTAGAAATAATGATTAGAACAGTGATCTCAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E552TF U 1
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BS 1 710 RR3E552TF
BS 711 754 RR3E552JQ

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GTCTCAATCTCTTAGTTCTCATTCTTCTCCAAAGCCTCGTAAACTATGGGAAGGAAAGGA
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TATCGATTCAGCACTTTTGATCTCTAAGAAGAAGAAGAAGAAGGAGGAAAAGGCTCCTCC
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CTTTCTCGGGGTCATGGCCGAGGCTAACAAGAAACTTGAGCAAGAAGCTGAGGAAGGGAA
CCACGAAGCTTTTGATCTCGAGGCACTTACGGGAGATGAGTCTCAAGTCATCGAGATGGA
TTTGATGCTCGGTGTGGCTGATCTCAACACTCCCGAAGCTGTCAAAGCTGCTGAAGCAGC
TATTGCCGGTAATGGTTTGGTTAATGGAAGAAGCGGAGAGTCGAGCAGCGACGATGATGA
TGAGAGTGATAGCGAGGAGGACGAAGATGATGATGAGAAGAGCTCTAAAGGTGAAGAAAG
TAGCGGAAAACGAGCAAAGATCGTTGAACTCTCTTAAAATTATGTTTTATCTTCTTAAGT
TTAATGCTTTATAAGAAACATCATCACTCATCAGTTGTGTTTTGTCGTAA

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3E552JQ 703 0 0
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CGAGATGGATTTGATGCTCGGTGTGGCTGATCTCAACACTCCCGAAGCTGTCAAAGCTGC
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TGAAGAAAGTAGCGGAAAACGAGCAAAGATCGTTGAACTCTCTTAAAATTATGTTTTATC
TTCTTAAGTTTAATGCTTTATAAGAAACATCATCACTCATCAGTTGTGTTTTGTCGTAAA
AGAACCACCTTTAGAAATAATGATTAGAACAGTGATCTCAAGC

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL7837Contig1 829 2 4 U
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TCTTTGAGATATTGAGTTTTCTCTTCAAGGCGAGAGAGATGAAGCGCATGTTTTCAGAAG
TAGAAATGTCTCGAGACGTGGCTATACCTGCCAAACACTTGAAGGGCCATTCGCCACCAC
ACCAACAGATTCTAACCAGACTACTCCAAGAACTGCTACACGAGAAAGCATGCAGGGAAC
ACGGGTTCTATCTCGCCATCACCGCCTTAAAAAGCATCGGTAACAACAACGATGATGACA
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CACGAGGAAACGTCATGGTAGGGACCGTAATGAAACTCCTTTTCAACGGTCCTAACGGAG
CTGCTACAGCAGTTTTGATAAGCTCTGGTCCACTCAGATACGCATACTTATCATACTTGA
AAATGCCTGATTACCATTTTGTCCCGGCCAAGTCTGAGGAGGAGGAGGAGGCGTGCTTTC
AGAAAGATGATCTCACCAAGATAGCTGTTGGAGTGGTTGTGCGGTTTCTGGTGCTGGGAC
GTCGGTTTAAGGTGAGTCCAGAGAAAAGAAGAACCGATGTTTACGTTCTGGCCTCTGTGG
AAAGCGATGATGATACACTTGGACCCGTCTCTCTTACAGGGTGCGATAGGCCTTATATGT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G226TF U 1
AF RR3G226JQ C 82
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BS 701 701 RR3G226JQ
BS 702 736 RR3G226TF
BS 737 829 RR3G226JQ

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TCTTTGAGATATTGAGTTTTCTCTTCAAGGCGAGAGAGATGAAGCGCATGTTTTCAGAAG
TAGAAATGTCTCGAGACGTGGCTATACCTGCCAAACACTTGAAGGGCCATTCGCCACCAC
ACCAACAGATTCTAACCAGACTACTCCAAGAACTGCTACACGAGAAAGCATGCAGGGAAC
ACGGGTTCTATCTCGCCATCACCGCCTTAAAAAGCATCGGTAACAACAACGATGATGACA
GTGACCAAGCAGGCACCCTCACATTCCCAGTCTCCTTCACATGCCGCACATTCTTGCCTT
CACGAGGAAACGTCATGGTAGGGACCGTAATGAAACTCCTTTTCAACGGTCCTAACGGAG
CTGCTACAGCAGTTTTGATAAGCTCTGGTCCACTCAGATACGCATACTTATCATACTTGA
AAATGCCTGATTACCATTTTGTCCCGGCCAAGTCTGAGGAGGAGGAGGAGGCGTGCTTTC
AGAAAGATGATCTCACCAAGATAGCTGTTGGAGTGGTTGTGCGGTTTCTGGTGCTGGGAC
GTCGGTTTAAGGTGAGTCCAGAGAAAAGAAGAACCGATGTTTACGTTCTGGCCTCTGTGG
AAAGCGATGATGATACACTTGGACCCGTCTCTCTTACAGG*TGCGATAGGCCTTATATGT
GATTGTTTCAACTCCC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3G226JQ 748 0 0
TCTTCAAGGCGAGAGAGATGAAGCGCATGTTTTCAGAAGTAGAAATGTCTCGAGACGTGG
CTATACCTGCCAAACACTTGAAGGGCCATTCGCCACCACACCAACAGATTCTAACCAGAC
TACTCCAAGAACTGCTACACGAGAAAGCATGCAGGGAACACGGGTTCTATCTCGCCATCA
CCGCCTTAAAAAGCATCGGTAACAACAACGATGATGACAGTGACCAAGCAGGCACCCTCA
CATTCCCAGTCTCCTTCACATGCCGCACATTCTTGCCTTCACGAGGAAACGTCATGGTAG
GGACCGTAATGAAACTCCTTTTCAACGGTCCTAACGGAGCTGCTACAGCAGTTTTGATAA
GCTCTGGTCCACTCAGATACGCATACTTATCATACTTGAAAATGCCTGATTACCATTTTG
TCCCGGCCAAGTCTGAGGAGGAGGAGGAGGCGTGCTTTCAGAAAGATGATCTCACCAAGA
TAGCTGTTGGAGTGGTTGTGCGGTTTCTGGTGCTGGGACGTCGGTTTAAGGTGAGTCCAG
AGAAAAGAAGAACCGATGTTTACGTTCTGGCCTCTGTGGAAGGCGATGATGATACACTTG
GACCCGTCTCTCTTACAGGGTGCGATAGGCCTTATATGTGATTGTTTCAACTCCCAAATT
TACTTTCAGTCTTCTTGTTACTTCTTTAGTAGTATAGGTGAACGAACTCATTACTCTTTT
CGTTAATGTACACAAAGTTTCTCTCTCT

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL7838Contig1 970 2 2 U
GGACACCATCCATCCTCTCTCTTTCTCTATCCCTCTCTGATTATTACGTTATGGCCAAGA
TTTGTTTGAAATCCGACCCGGTTACTCCTAACCCGATCCACAATAATGCAAAGGAGATTC
GTTATAGAGGCGTAAGGAAGCGTCCTTGGGGCCGTTACGCCGCCGAGATCCGAGATCCCG
GTAAGAAAACCCGCGTCTGGCTTGGTACCTTCGACACCGCTGAGGAGGCGGCGCGTGCTT
ACGATAAGGCAGCGCGTGATTTCCGCGGTGCCAAGGCGAAGACTAATTTTCCGAATTTTC
TTGAGCTGAACGAGAAAGTGACCTCCGGTGGTGGCGGTTTCGCGCGGAGCCCTAGCCAGA
GCAGCACCCTCGACTACGCTTCTCCTCCGGCGGCAGTTACACCGGCGACTGATGTGATTG
TTCCGCCGCAGCTTGAGTTAAGTCTTGGCGGCGGCGGCGGCGCGTGTTACAATATCCCGA
CGGCGCGTCCCTTCTACTTTTTGGATCTTATTGGAATCGGAAACGGAGGTCGTGGTCAGC
TTCCGGTGTCGTCGGCGTTTAGGTCGACGGTGATGCATGTATCTACGAAGATGGCTTGTG
GTGCCCAGAGCGATTCTGATTCGTCGTCAGTCGTCGATTCCGAAGGTGGCATGGAGAGGA
GATCTCAGCCATTAGATTTAGATCTAAACTTGCTCCCTCCGGCGGAACAGGTCTGAGCTT
TTGGCGGTTTTTGTATCATTTGCGACGCGCCTGCTTTTTTTTTTTGCGTTGCAGCTGTGA
TAATAATTTCACGTAGTTTTTTTCGTCTCACTCTAAAATAATTATATCGGTTTTTAGAAG
AAAAATATATTAGTCGAGGGAGAAAATATATAATGTTAGCTGACATGTATCGTTATGTAC
ATGACCGAAGATCTGAACTTTTGCTGTGTGCTTTTTTGCGACTTGGTTTTTTCACCATGT
TGTTTCTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H547TF U 1
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BS 1 558 RR3H547TF
BS 559 970 RR3H547JQ

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TTTGTTTGAAATCCGACCCGGTTACTCCTAACCCGATCCACAATAATGCAAAGGAGATTC
GTTATAGAGGCGTAAGGAAGCGTCCTTGGGGCCGTTACGCCGCCGAGATCCGAGATCCCG
GTAAGAAAACCCGCGTCTGGCTTGGTACCTTCGACACCGCTGAGGAGGCGGCGCGTGCTT
ACGATAAGGCAGCGCGTGATTTCCGCGGTGCCAAGGCGAAGACTAATTTTCCGAATTTTC
TTGAGCTGAACGAGAAAGTGACCTCCGGTGGTGGCGGTTTCGCGCGGAGCCCTAGCCAGA
GCAGCACCCTCGACTACGCTTCTCCTCCGGCGGCAGTTACACCGGCGACTGATGTGATTG
TTCCGCCGCAGCTTGAGTTAAGTCTTGGCGGCGGCGGCGGCGCGTGTTACAATATCCCGA
CGGCGCGTCCCTTCTACTTTTTGGATCTTATTGGAATCGGAAACGGAGGTCGTGGTCAGC
TTCCGGTGTCGTCGGCGT

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR3H547JQ 675 0 0
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CCCGACGGCGCGTCCCTTCTACTTTTTGGATCTTATTGGAATCGGAAACGGAGGTCGTGG
TCAGCTTCCGGTGTCGTCGGCGTTTAGGTCGACGGTGATGCATGTATCTACGAAGATGGC
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GAGGAGATCTCAGCCATTAGATTTAGATCTAAACTTGCTCCCTCCGGCGGAACAGGTCTG
AGCTTTTGGCGGTTTTTGTATCATTTGCGACGCGCCTGCTTTTTTTTTTTGCGTTGCAGC
TGTGATAATAATTTCACGTAGTTTTTTTCGTCTCACTCTAAAATAATTATATCGGTTTTT
AGAAGAAAAATATATTAGTCGAGGGAGAAAATATATAATGTTAGCTGACATGTATCGTTA
TGTACATGACCGAAGATCTGAACTTTTGCTGTGTGCTTTTTTGCGACTTGGTTTTTTCAC
CATGTTGTTTCTCTC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL7841Contig1 890 2 3 U
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GTTTGTTCCGATTGATGTTGTTAGTCAGAAGTTGATGGTGCAAGGATACTCGGGTCATGC
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GTTGTACAGGGGGTTTGGTCTTTCTGTTATGACATATTCTCCTTCCAGTGCCGCTTGGTG
GGCCAGCTATGGATCTAGCCAGCGTGTTATCTGGAGACTCTTAGGCTATGGTAGTGACTC
GGAGGCTACTGTTGCTCCTAGTCAGTCAAAAATAGTTCTTGTCCAGGCTTTGGGAGGAAT
CATCGCCGGTGCAACAGCATCCTCAATCACAACACCGTTGGATACAATCAAAACGCGACT
TCAGGTGATGGGACACCAAGAAAATAGACCTTCAGCGAAACAAGTGGTGAAGGATCTGAT
AGCACAAGATGGGTGGAAAGGATTCTATAGGGGTTTGGGTCCAAGATTCTTCAGCATGTC
CGCTTGGGGAACCTCCATGATATTGACTTACGAATACCTAAAGCGTCTGTGTGCAATAGA
AGATTAGAGAAAGCCTCACTACTGTTCGTTGGTTCTTCTCCTTCAGACTAACTCGAATAG
TACGCATAAACCCGATTCAATTCTCGGTTATTTGGGAGCTTCCGTGTTTAACAATCGGAC
CATTCTTTCAGTCTGAGTTCCGTTATTGTAATCATTCTTTCAACTTTTGCGTATTGGAGT
GTTTTCTTACAGCAGATGAAATTCTAGATCATGGTCTTCTGCTAGTTAAGAAGCTTCAAA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B844TF U 28
AF RR3B844JQ C 1
BS 1 27 RR3B844JQ
BS 28 686 RR3B844TF
BS 687 890 RR3B844JQ

RD RR3B844TF 659 0 0
GGGGATGACCGCGTCTCTTTTCTCCCAGGCCGTGTTTGTTCCGATTGATGTTGTTAGTCA
GAAGTTGATGGTGCAAGGATACTCGGGTCATGCTACGTATACTGGTGGGATTGATGTTGC
CACGAAGATCATCAAGTCGTATGGCGTGAGGGGGTTGTACAGGGGGTTTGGTCTTTCTGT
TATGACATATTCTCCTTCCAGTGCCGCTTGGTGGGCCAGCTATGGATCTAGCCAGCGTGT
TATCTGGAGACTCTTAGGCTATGGTAGTGACTCGGAGGCTACTGTTGCTCCTAGTCAGTC
AAAAATAGTTCTTGTCCAGGCTTTGGGAGGAATCATCGCCGGTGCAACAGCATCCTCAAT
CACAACACCGTTGGATACAATCAAAACGCGACTTCAGGTGATGGGACACCAAGAAAATAG
ACCTTCAGCGAAACAAGTGGTGAAGGATCTGATAGCACAAGATGGGTGGAAAGGATTCTA
TAGGGGTTTGGGTCCAAGATTCTTCAGCATGTCCGCTTGGGGAACCTCCATGATATTGAC
TTACGAATACCTAAAGCGTCTGTGTGCAATAGAAGATTAGAGAAAGCCTCACTACTGTTC
GTTGGTTCTTCTCCTTCAGACTAACTCGAATAGTACGCATAAACCCGATTCAATTCTCG

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3B844JQ 890 0 0
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GTTTGTTCCGATTGATGTTGTTAGTCAGAAGTTGATGGTGCAAGGATACTCGGGTCATGC
TACGTATACTGGTGGGATTGATGTTGCCACGAAGATCATCAAGTCGTATGGCGTGAGGGG
GTTGTACAGGGGGTTTGGTCTTTCTGTTATGACATATTCTCCTTCCAGTGCCGCTTGGTG
GGCCAGCTATGGATCTAGCCAGCGTGTTATCTGGAGACTCTTAGGCTATGGTAGTGACTC
GGAGGCTACTGTTGCTCCTAGTCAGTCAAAAATAGTTCTTGTCCAGGCTTTGGGAGGAAT
CATCGCCGGTGCAACAGCATCCTCAATCACAACACCGTTGGATACAATCAAAACGCGACT
TCAGGTGATGGGACACCAAGAAAATAGACCTTCAGCGAAACAAGTGGTGAAGGATCTGAT
AGCACAAGATGGGTGGAAAGGATTCTATAGGGGTTTGGGTCCAAGATTCTTCAGCATGTC
CGCTTGGGGAACCTCCATGATATTGACTTACGAATACCTAAAGCGTCTGTGTGCAATAGA
AGATTAGAGAAAGCCTCACTACTGTTCGTTGGTTCTTCTCCTTCAGACTAACTCGAATAG
TACGCATAAACCCGATTCAATTCTCGGTTATTTGGGAGCTTCCGTGTTTAACAATCGGAC
CATTCTTTCAGTCTGAGTTCCGTTATTGTAATCATTCTTTCAACTTTTGCGTATTGGAGT
GTTTTCTTACAGCAGATGAAATTCTAGATCATGGTCTTCTGCTAGTTAAGAAGCTTCAAA
ACTTTGAATATAGCACTATAATAATAATAATAATTATCCCATTTGCGAGC

QA 1 890 1 890
DS 



AS 1 2

CO CL7842Contig1 653 2 1 U
GGCAGAAGAGAGTGACGAGCAGCAACCTGCTGCTCTCGGAACTCGGAAACATAGACAGTT
TCACATAAGAGCGTTGGATTTGTAGAGTGAGAGAAGGAAACGAAAACACTGCGAGGCCTT
TGCTTTGTTCCTTCCTTCTCTTTCCTAAAGAGGGATAGAGAGAGAGCAGAGTGTGAAAGA
GACGAATACAAAGTCTTTTCTGACGGTTTTACTTAACGCCGTTAAAATTCGTTTGGTGGT
TACGGAACCCAAAACCGTACCATTTTTAATTTCCGAGTATATGTTTACGTTTAATTTTCT
TTTTTTAATAATGGAAATATTTCATCAGTTTCAAGTGTTTTTTTATTGTTCTGTTTGATC
ATCTCGGATCAGCAAATGGGAAAGTTTGATTGGTCTTCGGTTTAAACGAACCAAAGAAAC
ATAACGGTTTGACGAAATTGCTCGGCCGACGTGATGCCGTTAGTTTTTTAGCGGAGTAAT
TGACGTAAGGTGGACGGTGGCACGTCCCTGCTGCTGAGACGACAAAAAAGGAAGGGGAAG
CGAATAATTGACCGTCATTTTTACGAAGCGTCGTCGTCGTGACATTGGCGGGTTTGTAAA
TATAAAATAAAGTTAGAGGTGCCAAATAAAAACTTTATATTTTCAGAAGGACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AI64JQ C 1
AF RR3AI64TF U 1
BS 1 653 RR3AI64TF

RD RR3AI64JQ 653 0 0
GGCAGAAGAGAGTGACGAGCAGCAACCTGCTGCTCTCGGAACTCGGAAACATAGACAGTT
TCACATAAGAGCGTTGGATTTGTAGAGTGAGAGAAGGAAACGAAAACACTGCGAGGCCTT
TGCTTTGTTCCTTCCTTCTCTTTCCTAAAGAGGGATAGAGAGAGAGCAGAGTGTGAAAGA
GACGAATACAAAGTCTTTTCTGACGGTTTTACTTAACGCCGTTAAAATTCGTTTGGTGGT
TACGGAACCCAAAACCGTACCATTTTTAATTTCCGAGTATATGTTTACGTTTAATTTTCT
TTTTTTAATAATGGAAATATTTCATCAGTTTCAAGTGTTTTTTTATTGTTCTGTTTGATC
ATCTCGGATCAGCAAATGGGAAAGTTTGATTGGTCTTCGGTTTAAACGAACCAAAGAAAC
ATAACGGTTTGACGAAATTGCTCGGCCGACGTGATGCCGTTAGTTTTTTAGCGGAGTAAT
TGACGTAAGGTGGACGGTGGCACGTCCCTGCTGCTGAGACGACAAAAAAGGAAGGGGAAG
CGAATAATTGACCGTCATTTTTACGAAGCGTCGTCGTCGTGACATTGGCGGGTTTGTAAA
TATAAAATAAAGTTAGAGGTGCCAAATAAAAACTTTATATTTTCAGAAGGACC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3AI64TF 653 0 0
GGCAGAAGAGAGTGACGAGCAGCAACCTGCTGCTCTCGGAACTCGGAAACATAGACAGTT
TCACATAAGAGCGTTGGATTTGTAGAGTGAGAGAAGGAAACGAAAACACTGCGAGGCCTT
TGCTTTGTTCCTTCCTTCTCTTTCCTAAAGAGGGATAGAGAGAGAGCAGAGTGTGAAAGA
GACGAATACAAAGTCTTTTCTGACGGTTTTACTTAACGCCGTTAAAATTCGTTTGGTGGT
TACGGAACCCAAAACCGTACCATTTTTAATTTCCGAGTATATGTTTACGTTTAATTTTCT
TTTTTTAATAATGGAAATATTTCATCAGTTTCAAGTGTTTTTTTATTGTTCTGTTTGATC
ATCTCGGATCAGCAAATGGGAAAGTTTGATTGGTCTTCGGTTTAAACGAACCAAAGAAAC
ATAACGGTTTGACGAAATTGCTCGGCCGACGTGATGCCGTTAGTTTTTTAGCGGAGTAAT
TGACGTAAGGTGGACGGTGGCACGTCCCTGCTGCTGAGACGACAAAAAAGGAAGGGGAAG
CGAATAATTGACCGTCATTTTTACGAAGCGTCGTCGTCGTGACATTGGCGGGTTTGTAAA
TATAAAATAAAGTTAGAGGTGCCAAATAAAAACTTTATATTTTCAGAAGGACC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL7843Contig1 750 2 3 U
CATACATAACATGTCACAGATATATATTATATTCTATTGTGTCAACTCTACATGAGACAT
TACAAAGTCGGACAGGTTCCAGAAGTCCAACCATTTGAATTTCTGGAGCTGCCATGTTAG
ACCCATCAGCAGCTCATTTCTAATTGATCTCTGCTATTGGTAGCTTCCAGAAGTTCCATG
GGTTATAATCTTCCTGCTCAACAAGCGAAGTTGGAGGGAACATGTCGTTGACAAGTGTAT
GGAGTGATGTGTAAGACTTCTTGACATCCACTCGATGTCCTGTGGCTACCTCTCCCTTTG
GGTTGATTATGAATATCTTCCCCTTGGGGATTCCGAGTTTGCTGTAACTCAGCTCATCAG
TGTCTCTGTTTCCAAATCCAGCGTAAAACAGGTTGTGGTGCTCTGGGAAGAGTTTCTTGA
TATCCTCCAAACATGCGATCTTGAATTCGTGAGGTGCTCTTCTTATCACTTCACGGTATA
ATGCTGGAAACAGCCCGTCTGGTGAAATGACTACAGGACCGGTTGGCAGAGCTTTTCCGT
CCTGTTTTAGATTATTTAAGAAGTTTCTTGTTAGATATGCCTGAACAATGGCATGAGCGC
TCAGAAACAGCAACTGGTATCCATTCTCCTTTATGGCTGAAAAAAGCTTGGCAACACCAG
ACTGTGTCCAGTCCCTTCCAACCAAAGGCATGAACTGACTTAACACATCAGATTTAGTTA
TAGTTCCATCAACATCTGAAATCACAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FY16JQ U 109
AF RR3FY16TF C 1
BS 1 108 RR3FY16TF
BS 109 394 RR3FY16JQ
BS 395 750 RR3FY16TF

RD RR3FY16JQ 286 0 0
CTGCCATGTTAGACCCATCAGCAGCTCATTTCTAATTGATCTCTGCTATTGGTAGCTTCC
AGAAGTTCCATGGGTTATAATCTTCCTGCTCAACAAGCGAAGTTGGAGGGAACATGTCGT
TGACAAGTGTATGGAGTGATGTGTAAGACTTCTTGACATCCACTCGATGTCCTGTGGCTA
CCTCTCCCTTTGGGTTGATTATGAATATCTTCCCCTTGGGGATTCCGAGTTTGCTGTAAC
TCAGCTCATCAGTGTCTCTGTTTCCAAATCCAGCGTAAAACAGGTT

QA 1 286 1 286
DS 

RD RR3FY16TF 750 0 0
CATACATAACATGTCACAGATATATATTATATTCTATTGTGTCAACTCTACATGAGACAT
TACAAAGTCGGACAGGTTCCAGAAGTCCAACCATTTGAATTTCTGGAGCTGCCATGTTAG
ACCCATCAGCAGCTCATTTCTAATTGATCTCTGCTATTGGTAGCTTCCAGAAGTTCCATG
GGTTATAATCTTCCTGCTCAACAAGCGAAGTTGGAGGGAACATGTCGTTGACAAGTGTAT
GGAGTGATGTGTAAGACTTCTTGACATCCACTCGATGTCCTGTGGCTACCTCTCCCTTTG
GGTTGATTATGAATATCTTCCCCTTGGGGATTCCGAGTTTGCTGTAACTCAGCTCATCAG
TGTCTCTGTTTCCAAATCCAGCGTAGAACAGGTTGTGGTGCTCTGGGAAGAGTTTCTTGA
TATCCTCCAAACATGCGATCTTGAATTCGTGAGGTGCTCTTCTTATCACTTCACGGTATA
ATGCTGGAAACAGCCCGTCTGGTGAAATGACTACAGGACCGGTTGGCAGAGCTTTTCCGT
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TCAGAAACAGCAACTGGTATCCATTCTCCTTTATGGCTGAAAAAAGCTTGGCAACACCAG
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TAGTTCCATCAACATCTGAAATCACAATCC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

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BQ
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DS 

RD RR3E546TF 659 0 0
GGGGGTGTTTAATCCCATTAATTCGTTCGCTCTCTACAAGTTCTTCAATGCGTGTTTTGT
GTCGGTGAGATCTGTGATATCGGATATAAATAAGTCAGTATTTCTCATCTGGAAATCACG
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GTGCTTTCTGATTTGATGTCTTCTGGTTCTGTAGTAGTTATGAGATCTGTTAGATTGTAA
TTTGTTGTGTATATGACGATGGTTATTGTCTTTGAAGATGTGAAGAGAGAAGTGATGAT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

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GGTTTTCGAC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GY18JQ C 1
AF RR3GY18TF U 1
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DS 

RD RR3GY18TF 490 0 0
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QA 1 490 1 490
DS 



AS 1 2

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AATTTTAATCAATTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D656TF U 1
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TCGTCGTCGGAGACGATGAAGAAGAAGAAGAAGGAGAGACGTCGTTGTGGTCAGGGAAGA
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TCAAACCCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATAGAGGAGCTTCGTCTCTGGTTAGTGGTGA
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GT

QA 1 722 1 722
DS 

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ATCTGGTGCGGAAGAGTGTCGTCGTCGGAGACGATGAAGAAGAAGAAGAAGGAGAGACGT
CGTTGTGGTCAGGGAAGAAGACTAAGAGAAAGCCCATTCCTCTTCCGCTATTGTTTTTCG
TCTCTTTGGATGATGATATCAAACCCATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTATAGAGGAGCTTC
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GAGGAGACTGTTAATTCGAATTTTAATCAATTT

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

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ATGCATGGTTTTGCC


BQ
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AF RR3AE20JQ C 1
AF RR3AE20TF U 1
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GCCTTCTGGGATCAAAGAGTAAAGGAGTTTGCTTTGCTTTGCTTTATATCTTTAATAAGA
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ATGCATGGTTTTGCC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3AE20TF 675 0 0
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CTATGAATTGCATAATATTTCGCTGATTTCATGGCGTAATAATGTCTTCAGTTTTAGATC
TAGAGAAAGAAACCAAAGTAAAAAACTTCTCTTCTGAATGAGGATTTAAAGTACTGTGTC
ATGCATGGTTTTGCC

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL7848Contig1 976 2 8 U
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TTTTTCCATGATCTGCAAAGAAAATAAGATCAAACGTTGTAGTTTTTTGTTTTGTTTGGT
TAAAATGAGTTTTTTTTTTTTCTTCTTTCTCCCAGCAATTTTGCTCTAGCGTTGTTGTAC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AG76TF U 1
AF RR3AG76JQ C 154
BS 1 575 RR3AG76TF
BS 576 576 RR3AG76JQ
BS 577 798 RR3AG76TF
BS 799 799 RR3AG76JQ
BS 800 806 RR3AG76TF
BS 807 807 RR3AG76JQ
BS 808 826 RR3AG76TF
BS 827 976 RR3AG76JQ

RD RR3AG76TF 826 0 0
GCACGTGTTGCTTGGGAGCATGAACAATTTTCAAGACTCAGAGTAACTGCAGCCACTCTA
TCCGGACTTCCGACTCCACCCGAGTTACTGGAAAGTGCTGGAAGTCTGTCGGACACAAGG
CAACTTGTGGGTGAAGATGTTATCATTAAGGGTGTCAAATTGGTGGCTGAAAGCCTTGCT
AGACATATCTATGGTCACCAAAGAAAAGACATCAAGATTTTTGCAGATGACAGTAGTTTG
GCTGTAAATCCCTTCAATGTGAGATCATGTTTGGATCTTTTGTCACAAACTCCTCGGGTG
GCACCGTTTCTCTCAAAGGGTGAACCATTAATCATGGCTCTGAAGAAGGAACTAGAGGAT
TATACTGCTGAAGTGAGTGTTCAACATGAATCTTTAGATGGAATTTTCACCTTTTACGAC
TCAACAAAGGCTAGCCTTAACATATACCAGGTGGCGAGTGTAACATTCGACTTGCTCTTA
CTTCTAGTGCTAGGATCATACTTGATAGTGTTTTTCAGCTTCCTCGTAATCACAACTCGG
GGTGTGGATGACTTGATAAGCTTATTCCGCCGGCCTCCTTCCCGGAAAGTGAAAATGGTT
TGATCTTTCCCTGCCGGAATGTTACTTTACATTCTTCTCATCGGCGATTCACTCATCACA
TTTGTTTGGTGAGTCGTTAGAATCTGAATCATGAAGAGAAAAAGACAACGAAATGAGTTT
TGGTCCTGCCTTAACTATTTCTTCTGATGTATGCCTCTGTTTACGTGGCTTTATTGCTTT
TTTTTCCATGATCTGCAA*GAAAATA*GATCAAACGTTGTAGTTTT

QA 1 826 1 826
DS 

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AAGATTTTTGCAGATGACAGTAGTTTGGCTGTAAATCCCTTCAATGTGAGATCATGTTTG
GATCTTTTGTCACAAACTCCTCGGGTGGCACCGTTTCTCTCAAAGGGTGAACCATTAATC
ATGGCTCTGAAGAAGGAACTAGAGGATTATACTGCTGAAGTGAGTGTTCAACATGAATCT
TTAGATGGAATTTTCACCTTTTACGACTCAACAAAGGCTAGCCTTAACATATACCAGGTG
GCGAGTGTAACATTCGACTTGCTCTTACTTCTAGTGCTAGGATCATACTTGATAGTGTTT
TTCAGCTTCCTCGTAATCACAACTCGGGGTGTGGATGACTTGATAAGCTTATTCCGCCGG
CCCCCTTCCCGGAAAGTGAAAATGGTTTGATCTTTCCCTGCCGGAATGTTACTTTACATT
CTTCTCATCGGCGATTCACTCATCACATTTGTTTGGTGAGTCGTTAGAATCTGAATCATG
AAGAGAAAAAGACAACGAAATGAGTTTTGGTCCTGCCTTAACTATTTCTTCTGATGTATG
CCTCTGTTTACGTGGCTTTATTGCTTTTTTTTCCATGATCTGCAAAGAAAATAAGATCAA
ACGTTGTAGTTTTTTGTTTTGTTTGGTTAAAATGAGTTTTTTTTTTTTCTTCTTTCTCCC
AGCAATTTTGCTCTAGCGTTGTTGTACTCTTCCTATCCTTATTTGGCATTTCTGGTCGAT
TTTCCTTTCAGAATTTTTGTAACAAGGGTTGACTCGCTTAACC

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 2

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TCCTCATTCACTTACACAACACATCTATCTTTATAGTTACAGATAAGGAAGGATCTTTGT
CATCTTCCCTCAGTGATTTTCACTCCAAGCATCGGTTTAGAGTCGCGGCTTCCAGGTGAT
ATCTCGGAGCCAGGCGCCACAAAGCTCGTGGACAAGGAATCAGAAGCCCACGTCTCTTTG
GTTTGAAATCCACTTACAGAAGCGCTTGTGGTGTCATCAAATCTCCAGTCGGTCAGGTAG
CCTGGCTTAAAGGTGACATCACTCACCTCAACGTCTCCTGAAAGCATGGCCACCACTCTT
GACATTGGTGGTCTCAAGGCATGTGATGTCTGAGTGCACAGCAGAACAATGCCTATCATG
CGCTTCACTTCTTCCATGTTGAATTCAGTTAACTCACGATCAATAAGTTCCACTTCACGG
CTTTTCTCGTGTAGATCCCATGCCCATTCAAGAAGATATCTTTTTTCGTCCTCCACGTTC
TCATCAGAGTTTGGCCTTCCACTCACTAGCTCAAGGGCCACAACACCAAAGGCATACACA
TCAGTTTTCTCTGTTAGATGTCCACGCATGGCATACTCTGGCGCAAGATATCCAATAGTC
CCTGCTACTCGGC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BR86TF C 1
AF RR3BR86JQ U 6
BS 1 5 RR3BR86TF
BS 6 673 RR3BR86JQ

RD RR3BR86TF 673 0 0
TTTTTGACAGAATCAAAGTGATATAATATATATTTCTCTAATCGAAGAAGAAAATAGTGA
TCCTCATTCACTTACACAACACATCTATCTTTATAGTTACAGATAAGGAAGGATCTTTGT
CATCTTCCCTCAGTGATTTTCACTCCAAGCATCGGTTTAGAGTCGCGGCTTCCAGGTGAT
ATCTCGGAGCCAGGCGCCACAAAGCTCGTGGACAAGGAATCAGAAGCCCACGTCTCTTTG
GTTTGAAATCCACTTACAGAAGCGCTTGTGGTGTCATCAAATCTCCAGTCGGTCAGGTAG
CCTGGCTTAGAGGTGACATCACTCACCTCAACGTCTCCTGAAAGCATGGCCACCACTCTT
GACATTGGTGGTCTCAAGGCATGTGATGTCTGAGTGCACAGCAGAGCAATGCCTATCATG
CGCTTCACTTCTTCCATGTTGAATTCAGTTAACTCACGATCAATAAGTTCCACTTCACGG
CTTTTCTCGTGTAGATCCCATGCCCATTCAAGAAGATATCTTTTTTCGTCCTCCACGTTC
TCATCAGAGTTTGGCCTTCCACTCACTAGCTCAAGGGCCACAACACCAAAGGCATACACA
TCAGTTTTCTCTGTTAGATGTCCACGCATGGCATACTCTGGCGCAAGATATCCAATAGTC
CCTGCTACTCGGC

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3BR86JQ 668 0 0
GACAGAATCAAAGTGATATAATATATATTTCTCTAATCGAAGAAGAAAATAGTGATCCTC
ATTCACTTACACAACACATCTATCTTTATAGTTACAGATAAGGAAGGATCTTTGTCATCT
TCCCTCAGTGATTTTCACTCCAAGCATCGGTTTAGAGTCGCGGCTTCCAGGTGATATCTC
GGAGCCAGGCGCCACAAAGCTCGTGGACAAGGAATCAGAAGCCCACGTCTCTTTGGTTTG
AAATCCACTTACAGAAGCGCTTGTGGTGTCATCAAATCTCCAGTCGGTCAGGTAGCCTGG
CTTAAAGGTGACATCACTCACCTCAACGTCTCCTGAAAGCATGGCCACCACTCTTGACAT
TGGTGGTCTCAAGGCATGTGATGTCTGAGTGCACAGCAGAACAATGCCTATCATGCGCTT
CACTTCTTCCATGTTGAATTCAGTTAACTCACGATCAATAAGTTCCACTTCACGGCTTTT
CTCGTGTAGATCCCATGCCCATTCAAGAAGATATCTTTTTTCGTCCTCCACGTTCTCATC
AGAGTTTGGCCTTCCACTCACTAGCTCAAGGGCCACAACACCAAAGGCATACACATCAGT
TTTCTCTGTTAGATGTCCACGCATGGCATACTCTGGCGCAAGATATCCAATAGTCCCTGC
TACTCGGC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL7850Contig1 1474 2 2 U
GGATCAATGTTTGAGAGCTGATCAACCACAATCCTTAGTATATTGGGGTAAGAGGAAGAC
TCGCAGAGGAAAGACGGCAAGTCATTCGCATTCAACATAGGAAACGAAGGGAAAGATGCT
AACGTCGAGTGACCATACTTTGTAGACGGCACAAAGAAGGAGCCCTTGAAAACATGGTAG
TAAATAGCCGAGACAAGCCAAGGTTGCGTGAAGAACGCGGCACCGCTCAAACCATGAGCG
TGAGCTACATCAAGAAGCCACGGCATGGTGGAGTCGTACACGAGAGCCTTAGGAGGGTTT
CCTGACAGCTTCATGTCTTGTATCAACTCCGCCGTTGGAGATGGGGAAGACAGTGATTGA
ATCCTTCTCTGTTTTGTATGGCGGAGAGGGTTTGTCGGAGACGAGGATAAGAGTGGGCTT
AAGACCTTTGGAGGCTAAGCGTTTGCAGAACTGAGACAATGGAGTTATGTGGCCTTGTCC
CGGGAAAGGCATAAGATTGGATTAAGAAGACTTTGATATGACTACGTCTTTGGTGGGGCG
ATTTCTTGGACTAGAATACAAAAAAGGTAAAGGTTCCGTGGCGACCAAGATGTGTGGAAC
AGAAGCCGAGGTCAGTGATAATGCAACCCACCAATCTATATTGACATAATTATTTATTAT
TTATTGTAATTTGCATGTGACATAAGTACCCAGTGTACGACATGACATATATAATTCGCA
ACATGTATACGTATGTATACTTTTAACACCAACAAAAAAACATATACTTTATTAGGTTAT
TTCTGTCTTCCTCACCATGGGGAGACACATTCACTGCACCTCAGCTGTGTATTACTACTG
TTGATGTCATTGCTGATGCAACCCGGATCCAAAGTATAAATCATTGACAGATACCAATCT
CATGCTATCGAATCTAAAGCTATTTTTTGGGTTAGCCTTATCTTAAAGCTAATTGGTAAT
ATTAAAACAAATTAATTAAATAGTATTAAGGCTTAATTGATAGCTTCTCGTAGGTTTTTG
TTGTTGTGTGCTGAGAAGATCTACAATTTTTCAAGACTCATTAACCTCAAAATATTGTGT
ATATAAGAAATATTTGTTTTTTTTTTAAATTTGTTTGATAAGAAAAATAAATATTTGTTT
TTACAGCAGCAAGCTAATTAATTCTATTTAAAAGTAATATATCATATATTTACAAATAAT
TTTGTTTTAAAGAAGTGGTGTTTATAAACGATAACTTTGATGTCAAAAGAGACTGGAGTC
GTTGGCGACTTTTCTTTCTTGATGCTCAAGATTCTGCTGTCATTTTAACTTTGGATTCTG
AGTGGTCGAACATTATTTATTCATATAAATAAAAACATTTAGTTACACATATATGATTAG
TCTTCGTTACATTCTCTTTTTTTTTCCTTCGTTACATTCTCAGTATGTAAAAGAGTAGAG
AGTTCGAAATAATATTATACATGTGTTATTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B707TF U 1
AF RR3B707JQ C 676
BS 1 802 RR3B707TF
BS 803 1474 RR3B707JQ

RD RR3B707TF 802 0 0
GGATCAATGTTTGAGAGCTGATCAACCACAATCCTTAGTATATTGGGGTAAGAGGAAGAC
TCGCAGAGGAAAGACGGCAAGTCATTCGCATTCAACATAGGAAACGAAGGGAAAGATGCT
AACGTCGAGTGACCATACTTTGTAGACGGCACAAAGAAGGAGCCCTTGAAAACATGGTAG
TAAATAGCCGAGACAAGCCAAGGTTGCGTGAAGAACGCGGCACCGCTCAAACCATGAGCG
TGAGCTACATCAAGAAGCCACGGCATGGTGGAGTCGTACACGAGAGCCTTAGGAGGGTTT
CCTGACAGCTTCATGTCTTGTATCAACTCCGCCGTTGGAGATGGGGAAGACAGTGATTGA
ATCCTTCTCTGTTTTGTATGGCGGAGAGGGTTTGTCGGAGACGAGGATAAGAGTGGGCTT
AAGACCTTTGGAGGCTAAGCGTTTGCAGAACTGAGACAATGGAGTTATGTGGCCTTGTCC
CGGGAAAGGCATAAGATTGGATTAAGAAGACTTTGATATGACTACGTCTTTGGTGGGGCG
ATTTCTTGGACTAGAATACAAAAAAGGTAAAGGTTCCGTGGCGACCAAGATGTGTGGAAC
AGAAGCCGAGGTCAGTGATAATGCAACCCACCAATCTATATTGACATAATTATTTATTAT
TTATTGTAATTTGCATGTGACATAAGTACCCAGTGTACGACATGACATATATAATTCGCA
ACATGTATACGTATGTATACTTTTAACACCAACAAAAAAACATATACTTTATTAGGTTAT
TTCTGTCTTCCTCACCATGGGG

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3B707JQ 799 0 0
TGTGACATAAGTACCCAGTGTACGACATGACATATATAATTCGCAACATGTATACGTATG
TATACTTTTAACACCAACAAAAAAACATATACTTTATTAGGTTATTTCTGTCTTCCTCAC
CATGGGGAGACACATTCACTGCACCTCAGCTGTGTATTACTACTGTTGATGTCATTGCTG
ATGCAACCCGGATCCAAAGTATAAATCATTGACAGATACCAATCTCATGCTATCGAATCT
AAAGCTATTTTTTGGGTTAGCCTTATCTTAAAGCTAATTGGTAATATTAAAACAAATTAA
TTAAATAGTATTAAGGCTTAATTGATAGCTTCTCGTAGGTTTTTGTTGTTGTGTGCTGAG
AAGATCTACAATTTTTCAAGACTCATTAACCTCAAAATATTGTGTATATAAGAAATATTT
GTTTTTTTTTTAAATTTGTTTGATAAGAAAAATAAATATTTGTTTTTACAGCAGCAAGCT
AATTAATTCTATTTAAAAGTAATATATCATATATTTACAAATAATTTTGTTTTAAAGAAG
TGGTGTTTATAAACGATAACTTTGATGTCAAAAGAGACTGGAGTCGTTGGCGACTTTTCT
TTCTTGATGCTCAAGATTCTGCTGTCATTTTAACTTTGGATTCTGAGTGGTCGAACATTA
TTTATTCATATAAATAAAAACATTTAGTTACACATATATGATTAGTCTTCGTTACATTCT
CTTTTTTTTTCCTTCGTTACATTCTCAGTATGTAAAAGAGTAGAGAGTTCGAAATAATAT
TATACATGTGTTATTCTCC

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

CO CL7851Contig1 264 2 2 U
GGAAGCCACGGTAATGTTCCATCTACTCTCTCTAGCATCGTCAACTCTTAACAGTCTTAT
TATGTGCTCGTCACAAATTCCTCATGTTGATTTTGAATAGATCTGAATGATTGATCGTCT
TCGTAATTACTCTAGAATTTTTTTTTCTAAGATGAATCGTTAGATGTTTCTAAATCTGGA
ATATATTTTGTGCAGCAGATCCAATCACAGATGCAACAATGAAAATTTCTGTAGCTTGAT
CTCTTCTTTCTTTCTCTCACCGCC


BQ
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AF RR3CR13JQ C 1
AF RR3CR13TF U 8
BS 1 7 RR3CR13JQ
BS 8 264 RR3CR13TF

RD RR3CR13JQ 264 0 0
GGAAGCCACGGTAATGTTCCATCTACTCTCTCTAGCATCGTCAACTCTTAACAGTCTTAT
TATGTGCTCGTCACAAATTCCTCATGTTGATTTTGAATAGATCTGAATGATTGATCGTCT
TCGTAATTACTCTAGAATTTTTTTTTCTAAGATGAATCGTTAGATGTTTCTAAATCTGGA
ATATATTTTGTGCAGCAGATCCAATCACAGATGCAACAATGAAAATTTCTGTAGCTTGAT
CTCTTCTTTCTTTCTCTCACCGCC

QA 1 264 1 264
DS 

RD RR3CR13TF 257 0 0
ACGGTAATGTTCCATCTACTCTCTCTAGCATCGTCAACTCTTAACAGTCTTATTATGTGC
TCGTCACAAATTCCTCATGTTGATTTTGAATAGATCTGAATGATTGATCGTCTTCGTAAT
TACTCTAGAATTTTTTTTTCTAAGATGAATCGTTAGATGTTTCTAAATCTGGAATATATT
TTGTGCAGCAGATCCAATCACAGATGCAACAATGAAAATTTCTGTAGCTTGATCTCTTCT
TTCTTTCTCTCACCGCC

QA 1 257 1 257
DS 



AS 1 2

CO CL7852Contig1 1005 2 2 U
GGGGTCACAGACATCGGCCACACCACGAGTACCCGCATCGAAACGTTACGCTTCCACGCG
CCCATGTCGGAGACTCGTTGGAATCAATCTAGCCATGAACGTATCCACAACTCCGAGATT
CAACAACGAAGAGTTGTAATAATAGAGAACAGTCATGGTGAGAAGCTCGTGGGAGTTTTG
CATGATACCGGCTCAACTGAGACTGTTGTCATCTGCCATGGCATTCACTCATCAAAGGAT
CGGATTCCAATGCTGACTATTGCCAATGTCTTTGAAAGAGCTAAGATCAGTTCCTCCCGG
TTCGATTTCGCTGGCAACGGGGAAAGCCAAGGATCATTTCAGTATGGTAACTATCGCCGT
GAAGCTGAAGATTTGCGCTCTGTTCTTCAACACTTGCGTGGTGAAAACCGTGAAATTTCT
GCAATCATCGGACATAGCAAAGGTGGAAGTGTGGTGCTTTTATACGCAGCAAAGTACAAG
GATGTGCAGACTGTTGTGAATATCTCTGGACGGTTTTTTCTCTGGACGGTTTACTGTTAT
TAGAGACAAGCTCTTTGATCCTTTTGCAGGAAAGTTTGAATATAGAGTTACCGAAGAGAG
CCTAATGGACCGTCTCACAACCAATACTCATGAAGCATGTCTCTCGATTCATGAAAACTG
CAGGGTGTTAACAATTCATGGAACAAACGATAGAATAGTGCATGTAACAGAAGCATCAGA
ATTCGCCAGATACATAAAGAATCACAAACTGTGTTTAATTGAAGGAGCTGATCATGAGTT
CACATCTCACCAGCATGAGCTGGCTTCTACTGTTTTATCATTCTTCAAATTGAATCTCAA
GAAAGATGATGATTCAGGTGATCTCTGTACAAGTAACCGAGACCACATGAGATCAGTTGT
TGCGATTAAGTCTCGAATTTAAATAGATTTGTTCAAACAATCTGCCAGGTTTAACGTTTA
AGCACGTCAAAGGTTCTTATGAGTAATAAACTTTTCGTGCGAGCC


BQ
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AF RR3F629TF U 1
AF RR3F629JQ C 362
BS 1 565 RR3F629TF
BS 566 1005 RR3F629JQ

RD RR3F629TF 565 0 0
GGGGTCACAGACATCGGCCACACCACGAGTACCCGCATCGAAACGTTACGCTTCCACGCG
CCCATGTCGGAGACTCGTTGGAATCAATCTAGCCATGAACGTATCCACAACTCCGAGATT
CAACAACGAAGAGTTGTAATAATAGAGAACAGTCATGGTGAGAAGCTCGTGGGAGTTTTG
CATGATACCGGCTCAACTGAGACTGTTGTCATCTGCCATGGCATTCACTCATCAAAGGAT
CGGATTCCAATGCTGACTATTGCCAATGTCTTTGAAAGAGCTAAGATCAGTTCCTCCCGG
TTCGATTTCGCTGGCAACGGGGAAAGCCAAGGATCATTTCAGTATGGTAACTATCGCCGT
GAAGCTGAAGATTTGCGCTCTGTTCTTCAACACTTGCGTGGTGAAAACCGTGAAATTTCT
GCAATCATCGGACATAGCAAAGGTGGAAGTGTGGTGCTTTTATACGCAGCAAAGTACAAG
GATGTGCAGACTGTTGTGAATATCTCTGGACGGTTTTTTCTCTGGACGGTTTACTGTTAT
TAGAGACAAGCTCTTTGATCCTTTT

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3F629JQ 644 0 0
AAGCTGAAGATTTGCGCTCTGTTCTTCAACACTTGCGTGGTGAAAACCGTGAAATTTCTG
CAATCATCGGACATAGCAAAGGTGGAAGTGTGGTGCTTTTATACGCAGCAAAGTACAAGG
ATGTGCAGACTGTTGTGAATATCTCTGGACGGTTTTTTCTCTGGACGGTTTACTGTTATT
AGAGACAAGCTCTTTGATCCTTTTGCAGGAAAGTTTGAATATAGAGTTACCGAAGAGAGC
CTAATGGACCGTCTCACAACCAATACTCATGAAGCATGTCTCTCGATTCATGAAAACTGC
AGGGTGTTAACAATTCATGGAACAAACGATAGAATAGTGCATGTAACAGAAGCATCAGAA
TTCGCCAGATACATAAAGAATCACAAACTGTGTTTAATTGAAGGAGCTGATCATGAGTTC
ACATCTCACCAGCATGAGCTGGCTTCTACTGTTTTATCATTCTTCAAATTGAATCTCAAG
AAAGATGATGATTCAGGTGATCTCTGTACAAGTAACCGAGACCACATGAGATCAGTTGTT
GCGATTAAGTCTCGAATTTAAATAGATTTGTTCAAACAATCTGCCAGGTTTAACGTTTAA
GCACGTCAAAGGTTCTTATGAGTAATAAACTTTTCGTGCGAGCC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL7853Contig1 845 2 4 U
AGGGGAAATCCGTAAGACAGTGTTGGGACTATTTGCACCTGCAGAACTGGTTGAAGAACT
TAAAAGCACTATGAAAAGTTCGGACATGCCATGGCCGGGTGATGAAGGTGAACAGAGATG
GGAGCAAGCTTGGGCAGCCATTAAAAAGGTTTGGGCTTCGAAATGGAACGAGAGAGCCTA
CTTCAGCACGAAGAAAGTAAAACTGGATCATGACTATCTCTGCATGGCTGTCTTGGTCCA
AGAAGTCATCAGTGCTGACTATGCCTTCGTCATTCACACAACCAACCCTTCTTCTGGAGA
TTCATCAGAGATTTACGTTGAGGTTGTCAAAGGCCTCGGTGAAACTCTTGTAGGAGCGTA
TCCAGGTCGGTCTCTGAGTTTCATCTGCAGGAAAAACAACCTTGATTCACCTCTGTTGCT
AGGTTACCCGAGCAAACCTATCGGACTGTTCATAAGACGCTCCATCATCTTCAGATCCGA
TTCTAACGGAGAAGATCTCGAAGGTTATGCAGGTGCAGGTCTCTACGACAGTGTACCGAT
GGACGAGGAAGACAAAGTAGTGCTCGATTACACAACGGATCCTCTCATCACTGACGAGAG
CTTCCAGAAAAAGATCCTCGCAGACATTGCACGCGCAGGAGATGTCATCGAGAAGCTGTA
TGGGACTCCACAGGACATTGAAAGTGTGATCAGAGACGGGAAGCTTTATGTCGTCCAGAC
ACGACCACAAGTGTGATCAAATTCTCCGACCAGTTCTCAATGTGTAGTACGTTACTCTGT
AAGCAAAGAGTGTAAAGCATATAAATTAAGAACGTGTAGTACACAAACATGATTTGGGAT
TACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR3CY92TF U 1
AF RR3CY92JQ C 83
BS 1 673 RR3CY92TF
BS 674 674 RR3CY92JQ
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BS 696 845 RR3CY92JQ

RD RR3CY92TF 695 0 0
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TAAAAGCACTATGAAAAGTTCGGACATGCCATGGCCGGGTGATGAAGGTGAACAGAGATG
GGAGCAAGCTTGGGCAGCCATTAAAAAGGTTTGGGCTTCGAAATGGAACGAGAGAGCCTA
CTTCAGCACGAAGAAAGTAAAACTGGATCATGACTATCTCTGCATGGCTGTCTTGGTCCA
AGAAGTCATCAGTGCTGACTATGCCTTCGTCATTCACACAACCAACCCTTCTTCTGGAGA
TTCATCAGAGATTTACGTTGAGGTTGTCAAAGGCCTCGGTGAAACTCTTGTAGGAGCGTA
TCCAGGTCGGTCTCTGAGTTTCATCTGCAGGAAAAACAACCTTGATTCACCTCTGTTGCT
AGGTTACCCGAGCAAACCTATCGGACTGTTCATAAGACGCTCCATCATCTTCAGATCCGA
TTCTAACGGAGAAGATCTCGAAGGTTATGCAGGTGCAGGTCTCTACGACAGTGTACCGAT
GGACGAGGAAGACAAAGTAGTGCTCGATTACACAACGGATCCTCTCATCACTGACGAGAG
CTTCCAGAAAAAGATCCTCGCAGACATTGCACGCGCAGGAGATGTCATCGAGAAGCTGTA
TGGGACTCCACAG*ACATTGAAAGTGTGATCAGAG

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3CY92JQ 763 0 0
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AAAAAGGTTTGGGCTTCGAAATGGAACGAGAGAGCCTACTTCAGCACGAAGAAAGTAAAA
CTGGATCATGACTATCTCTGCATGGCTGTCTTGGTCCAAGAAGTCATCAGTGCTGACTAT
GCCTTCGTCATTCACACAACCAACCCTTCTTCTGGAGATTCATCAGAGATTTACGTTGAG
GTTGTCAAAGGCCTCGGTGAAACTCTTGTAGGAGCGTATCCAGGTCGGTCTTTGAGTTTC
ATCTGCAGGAAAAACAACCTTGATTCACCTCTGTTGCTAGGTTACCCGAGCAAACCTATC
GGACTGTTCATAAGACGCTCCATCATCTTCAGATCCGATTCTAACGGAGAAGATCTCGAA
GGTTATGCAGGTGCAGGTCTCTACGACAGTGTACCGATGGACGAGGAAGACAAAGTAGTG
CTCGATTACACAACGGATCCTCTCATCACTGACGAGAGCTTCCAGAAAAAGATCCTCGCA
GACATTGCACGCGCAGGAGATGTCATCGAGAAGCTGTATGGGACTCCACAGGACATTGAA
GGTGTGATCAGAGACGGGAAGCTTTATGTCGTCCAGACACGACCACAAGTGTGATCAAAT
TCTCCGACCAGTTCTCAATGTGTAGTACGTTACTCTGTAAGCAAAGAGTGTAAAGCATAT
AAATTAAGAACGTGTAGTACACAAACATGATTTGGGATTACCG

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL7854Contig1 598 2 1 U
GGATTGGCAGAGAGAAACAGAGAACAAGAAAAATACAAAACAAGATGGAGTTGGTTCAGA
TGCAGAAGAGTTTGCGAGATTACACTAAATCACTCTTCTTGGAAGGGGTTCTGGACAGCC
AGTTCTTGCAGCTGCAACAACTACAGGATGAAAGCAATCCAGATTTTGTTTCACAAGTTG
TCACTCTCTTTTTCCAAGATTCTGACAGGATCCTCAATGATCTCTCACTTTCCCTAGATC
AACAAGTTGTAGACTTCAAAAAGGTTGATCCTCATGTTCATCAACTCAAAGGTAGCAGCT
CCAGTATAGGAGCACAAAGAGTTAAGAATGCTTGTGTTGTCTTCCGCACCTTCTGCGAGC
AACAAAACGTTGAAGGATGTCATAGATGTTTGCAACAAGTAAAGCAAGAATACTATCTTG
TGAAGAACAGGCTAGAGACTCTGTTCAAGCTTGAGCAACAGATTGTAGCCTCTGGTGGAG
TGATCCCAGCTATGGAACTCGGATATTGAGTGGACTCATCATCACATCACCTTTCTATAT
AATAAAACTTTTCTGTAAAAGCATTGAAACTTGGGGAATTTGAACTATGGATGATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GE25TF U 1
AF RR3GE25JQ C 106
BS 1 598 RR3GE25TF

RD RR3GE25TF 598 0 0
GGATTGGCAGAGAGAAACAGAGAACAAGAAAAATACAAAACAAGATGGAGTTGGTTCAGA
TGCAGAAGAGTTTGCGAGATTACACTAAATCACTCTTCTTGGAAGGGGTTCTGGACAGCC
AGTTCTTGCAGCTGCAACAACTACAGGATGAAAGCAATCCAGATTTTGTTTCACAAGTTG
TCACTCTCTTTTTCCAAGATTCTGACAGGATCCTCAATGATCTCTCACTTTCCCTAGATC
AACAAGTTGTAGACTTCAAAAAGGTTGATCCTCATGTTCATCAACTCAAAGGTAGCAGCT
CCAGTATAGGAGCACAAAGAGTTAAGAATGCTTGTGTTGTCTTCCGCACCTTCTGCGAGC
AACAAAACGTTGAAGGATGTCATAGATGTTTGCAACAAGTAAAGCAAGAATACTATCTTG
TGAAGAACAGGCTAGAGACTCTGTTCAAGCTTGAGCAACAGATTGTAGCCTCTGGTGGAG
TGATCCCAGCTATGGAACTCGGATATTGAGTGGACTCATCATCACATCACCTTTCTATAT
AATAAAACTTTTCTGTAAAAGCATTGAAACTTGGGGAATTTGAACTATGGATGATATT

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3GE25JQ 493 0 0
GGGTTCTGGACAGCCAGTTCTTGCAGCTGCAACAACTACAGGATGAAAGCAATCCAGATT
TTGTTTCACAAGTTGTCACTCTCTTTTTCCAAGATTCTGACAGGATCCTCAATGATCTCT
CACTTTCCCTAGATCAACAAGTTGTAGACTTCAAAAAGGTTGATCCTCATGTTCATCAAC
TCAAAGGTAGCAGCTCCAGTATAGGAGCACAAAGAGTTAAGAATGCTTGTGTTGTCTTCC
GCACCTTCTGCGAGCAACAAAACGTTGAAGGATGTCATAGATGTTTGCAACAAGTAAAGC
AAGAATACTATCTTGTGAAGAACAGGCTAGAGACTCTGTTCAAGCTTGAGCAACAGATTG
TAGCCTCTGGTGGAGTGATCCCAGCTATGGAACTCGGATATTGAGTGGACTCATCATCAC
ATCACCTTTCTATATAATAAAACTTTTCTGTAAAAGCATTGAAACTTGGGGAATTTGAAC
TATGGATGATATT

QA 1 493 1 493
DS 



AS 1 2

CO CL7855Contig1 1187 2 2 U
GGGAATGACTGCTGGTGGGGCGTACAGAGGAAGGCATCGCCATCCTGCCTACTGTTGTGA
GAGATATAGGGAGCTTATGCAGCGACATATTTTGTCTGCTTCTGACAGTGTAGTGAACGA
AAAGAACCTTAATGCGGGTTCTGGGAAGGCCCTCCTTAAAGTCACTGAGGAAAATATGCG
GGCACTCCTAAATGTTGCAGCTGAGCAGCCAGATACGGAGATGCTCCTTCAAAAACACTT
TACTTGCTTGCTGGCAATTTGGAGGACGTCAACACGCTCTACAAACAATCAAATGCGCTC
CTTAAATAATCCCATATTCAACAGACAGGTTATGGGTTCTGCGAACCACACTCAAGAATT
AGGTAGAAAACCTTTTCAGGGGATGAAGATCACCAGCTTAAGTAGCAAGTTGGTAGAATC
CGCTCTCCAGGACTCGAGCACGAGCCAGCCACCCGATACTGTTTCTCGTTCTAGATTACA
GGAGGATCAACCTGTCCATAAAGTGGGATTAGACCTAACCTTGGAATTCCCACGTGGCGA
TAATGATGATTCCACTACTCATTTGCCACCCATCATAAAGCTAACTATTGATGGATCAGA
TTCATTCAATTATGTGAATGACCCTCCAAGTGGTGATAAGCTCAAAGCATCTCGGGTTGC
TGCAGAGGACCGTTACAGGAATGCTGCAAATGCGTGTATTGAAGATACATTTGGATGGGC
TTCAAACACGTTCCCCGCATATGATCCGAAGTCAAGAAGTGGAGTGAAAGCACCGTCTTT
GGGGAAGCACAAGCTATCCACCTCAGACACACCCAAGTCCTCAAAAAGCAAACAGCGAAA
ACTCTCAGCAGCAGAACAATCGGAAGTGGCATGGGTGAGACCAAATGACCCTAATTTCAA
GTTCGATTTTACCCCTGGGGATAGAGAAGAGGAGGAAGAGGAGAAGGAGGTTTCAGAAGA
GATAGAGATGATAGGTTGTTCACATTGGTATGATCCTTTGTTAACCTCAGGCCTTGATGA
TTGGTCATTAGAGTTTGAACCGTCAGGAATAGAGTAGTAAAGGGCTTTTGTAAAAGTAAA
AACTGCATGCAGACAAAAATGCTGATGATTGTGGATGACCCCAGCTTTGTAGGTTTTTCT
TGTTTCCAGAGATTTTGAAAATATTGAATCTCAAATATGGTTCTATT


BQ
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AF RR3BC87TF U 1
AF RR3BC87JQ C 596
BS 1 794 RR3BC87TF
BS 795 1187 RR3BC87JQ

RD RR3BC87TF 794 0 0
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GAGATATAGGGAGCTTATGCAGCGACATATTTTGTCTGCTTCTGACAGTGTAGTGAACGA
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GGCACTCCTAAATGTTGCAGCTGAGCAGCCAGATACGGAGATGCTCCTTCAAAAACACTT
TACTTGCTTGCTGGCAATTTGGAGGACGTCAACACGCTCTACAAACAATCAAATGCGCTC
CTTAAATAATCCCATATTCAACAGACAGGTTATGGGTTCTGCGAACCACACTCAAGAATT
AGGTAGAAAACCTTTTCAGGGGATGAAGATCACCAGCTTAAGTAGCAAGTTGGTAGAATC
CGCTCTCCAGGACTCGAGCACGAGCCAGCCACCCGATACTGTTTCTCGTTCTAGATTACA
GGAGGATCAACCTGTCCATAAAGTGGGATTAGACCTAACCTTGGAATTCCCACGTGGCGA
TAATGATGATTCCACTACTCATTTGCCACCCATCATAAAGCTAACTATTGATGGATCAGA
TTCATTCAATTATGTGAATGACCCTCCAAGTGGTGATAAGCTCAAAGCATCTCGGGTTGC
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GGGGAAGCACAAGC

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DS 

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TGGGCTTCAAACACGTTCCCCGCATATGATCCGAAGTCAAGAAGTGGAGTGAAAGCACCG
TCTTTGGGGAAGCACAAGCTATCCACCTCAGACACACCCAAGTCCTCAAAAAGCAAACAG
CGAAAACTCTCAGCAGCAGAACAATCGGAAGTGGCATGGGTGAGACCAAATGACCCTAAT
TTCAAGTTCGATTTTACCCCTGGGGATAGAGAAGAGGAGGAAGAGGAGAAGGAGGTTTCA
GAAGAGATAGAGATGATAGGTTGTTCACATTGGTATGATCCTTTGTTAACCTCAGGCCTT
GATGATTGGTCATTAGAGTTTGAACCGTCAGGAATAGAGTAGTAAAGGGCTTTTGTAAAA
GTAAAAACTGCATGCAGACAAAAATGCTGATGATTGTGGATGACCCCAGCTTTGTAGGTT
TTTCTTGTTTCCAGAGATTTTGAAAATATTGAATCTCAAATATGGTTCTATT

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

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AGACAAGCGCCCTTCACGGTGATTATGTTTGTGACGCTTGAACAAGTTAAGAAGGTGTTC
AAGGACTTTGACTTCTGAGAAGTTCAAAGATGATGGTGGCGATAATTTGGTTAAAACAAA
ATAAATTTTTGTTATTTAAATTGTATTTTCTTTTGGTTAATCTAATAGTTTAAACTTTTT
AATTGTTCTTCATTTATCTAGTAATTCTGTGGAATGAGATTTTCTATCTATGAGAAGAAG
AAACAGTTCATTTGATTC


BQ
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AF RR3DT21TF U 1
AF RR3GO87TF U 25
BS 1 174 RR3DT21TF
BS 175 175 RR3GO87TF
BS 176 341 RR3DT21TF
BS 342 342 RR3GO87TF
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RD RR3DT21TF 715 0 0
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GCCGACGGGAGGCTCCCTTTGGTCGACCGGAGAAACTACAATAGCGTTCTGGACGCGATC
GCGCAGATGGTCCGCGGCGAAGGCGTTACCTCTCTGTGGAGAGGCTCGTCGATGGCGATC
AACAGGGCGATGCTCGTGACGGCGTCGCAGCTTGCCACGTACGACTCGGTGAAAGAGACG
ATCTTGGAAAAGGGGGTGATGAGGGACGGGCTCGCGACTCACGTGGCGTCGAGTTTCGCG
GCGGGGTTTGTGGCTTCGGTGGCGTCGAACCCGGTGGATGTTATTAAGACGAGGGTGATG
AATATGAAGGTGGAGGCGGGGAAAACGGCGCCGTATAAGGGAGCGGTTGATTGCGCGCTA
AAGACGGTGAGAGCGGAAGGGGTCATGGCTTTGTACAAAGGGTTTCTGCCGACGGTGTCG
AGACAAGCGCCCTTCACGGTGATTATGTTTGTGACGCTTGAACAAGTTAAGAAGGTGTTC
AAGGACTTTGACTTCTGAGAAGTTCAAAGATGATGGTGGCGATAATTTGGTTAAAACAAA
ATAAATTTTTGTTATTTAAATTGTATTTTCTTTTGGTTAATCTAATAGTTTAAACTTTTT
AATTGTTCTTCATTTATCTAGTAATTCTGTGGAATGA*ATTTTCTATCTATGAGA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3GO87TF 714 0 0
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GACCGGAGAAACTACAATAGCGTTCTGGACGCGATCGCGCAGATGGTCCGCGGCGAAGGC
GTTACCTCTCTGTGGAGAGGCTCGTCGATGACGATCAACAGGGCGATGCTCGTGACGGCG
TCGCAGCTTGCCACGTACGACTCGGTGAAAGAGACGATCTTGGAAAAGGGGGTGATGAGG
GACGGGCTCGCGACTCACGTGGCGTCGAGTTTCGCGGCGGGGTTTGTGGCTTCGGTGGCG
TCGAACCCGGTGGATGTGATTAAGACGAGGGTGATGAATATGAAGGTGGAGGCGGGGAAA
ACGGCGCCGTATAAGGGAGCTGTTGATTGCGCGCTGAAGACGGTGAGAGCGGAAGGGGTC
ATGGCTTTGTACAAAGGGTTTCTGCCGACGGTGTCGAGACAAGCGCCCTTCACGGTGATT
ATGTTTGTGACGCTTGAACAAGTTAAGAAGGTGTTCAAGGACTTTGACTTCTGAGAAGTT
CAAAGATGATGGTGGCGATAATTTGGTTAAAACAAAATAAATTTTTGTTATTTAAATTGT
ATTTTCTTTTGGTTAATCTAATAGTTTAAACTTTTTAATTGTTCTTCATTTATCTAGTAA
TTCTGTGGAATGAGATTTTCTATCTATGAGAAGAAGAAACAGTTCATTTGATTC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL7857Contig1 689 2 5 U
TTTTGTGTAGATTATTAATGATTATTATTCAGTAACATGTACATTTTTAGTACCTCCAAA
ATAAACAAAAGAGAAGAAAAGACTATTCATCCTTCTCCTTGTCAACTTTCTTCCCAATCC
AATTAGCTACAATAGGAGTCAAAGCCACCGTAGGCGGAAACCTTATGGGAGAACCAGCTT
TATGCGCTGCGTAAGCCAAAGCAAAGGCTCCCACTTTCTCTCCCGTCTCATTCGTCGAGA
TCCCAACCTTGAGAAGGAGAGCTTGAACATCAACACCAGAAGTAACGAGAGCGTAGCAGA
AAGAGAAGGAGATGAGTGAAAGGGTGATGGACGTTGCAAGGTAAGCACCGCCGTACTTTG
CAAGCAACTCCTTAGCTTCATCTGTTTTCGACTTCTTCTTATTCTTCTTCTCTCCATCAC
TTTCTTCATCCTTTGAGGTCAATATCTTCCACAGACCAACTTCGAGCCCGTATTTCTTGG
TAACTTCCTCCGGAGACGACGGCGAAGTGTTCTTCTCCTCGGCTTTCTCTCGGACGGCTC
TGCATCTGAATCTCTTCGTATTAGACTCCGACGGAGCTTGAATTGAAGAGAAGGAGAATC
GGGTTTTAGGGTTTCTGGTGTGGCATAAGGAAGAGGGAGTGGAAGAAGGAGAGACTTGCA
GAATCATCGCCATTATTTTCAGCCACCCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FN29TF C 1
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TTCATCCTTTGAGGTCAATATCTTCCACAGACCAACTTCGAGCCCGTATTTCTTGGTAAC
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QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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QA 1 743 1 743
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TTATCAAAACTTTAATATGGGAGGTTTCTATGGACT

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DS 



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AAA


BQ
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20 20 20 

AF RR3H537TF C 1
AF RR3H537JQ U 2
BS 1 1 RR3H537TF
BS 2 663 RR3H537JQ

RD RR3H537TF 663 0 0
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TGCTCCGATGAATGGTCCCACCCAGAATATCCAGTGGTCATCCCAAGCGTGGTCCTTGTT
GTAGATGATTGCAGCTCCTAGACTCCGAGCAGGGTTAATTCCGGTTCCGGTGATTGGAAT
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GTCGCTATGAACTCTGCGATCCCGGCTCTCCAGAACGACCACGAACTCAGCTCACCTGGC
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ATTGGCTGCCTCTCTGGGAACTTGTTCGCACCAACTCTCACATCCTCTTCTTTCCCTTCC
ATTTTCCTTTTCTCTTTCTAGAAACGTTAAAGTTCTGAGCTTTTTCTTCTGCAATGGACA
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AAA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3H537JQ 662 0 0
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GCTCCGATGAATGGTCCCACCCAGAATATCCAGTGGTCATCCCAAGCGTGGTCCTTGTTG
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GTCGCCAAGTGAACCAAAAACACCGCGAATCCTATTGGGAGCGGAGCCAAAATCGGAATG
TCGCTATGAACTCTGCGATCCCGGCTCTCCAGAACGACCACGAACTCAGCTCACCTGGCT
CGAACAGCGGCGCAGGTGGTGGCTCCTTGTAGTCCTTGTCGCTCTGAGCCGATGTCCCGA
TTGGCTGCCTCTCTGGGAACTTGTTCGCACCAACTCTCACATCCTCTTCTTTCCCTTCCA
TTTTCCTTTTCTCTTTCTAGAAACGTTAAAGTTCTGAGCTTTTTCTTCTGCAATGGACAG
TGAGTGGTCTTATAGAGGAGAGGGATAACGTGTCTATAGCTTTTGTTTTTAAAAATGAAA
AA

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL7860Contig1 739 2 4 U
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ACGGCAAAACGAAAATGAAGTATCCAGATTATACAGAAACACCTTCTGGTCTTCAGTATA
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GGGATGGTTACACAATAGGTTACTATGGCCGCATATTCGAAGCACGCAATAAAACCAAAG
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ACACTTCTCTTTGATGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CP59TF U 1
AF RR3CT05TF U 29
BS 1 208 RR3CP59TF
BS 209 209 RR3CT05TF
BS 210 700 RR3CP59TF
BS 701 739 RR3CT05TF

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ATGGAGCCATCGCTGAAGCTTCTCAGTTCGCTGACATGCCAGCGATTAGAGGCAAAGATT
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GAGGTTCTTTTGAGGGGGATGAGAAGGAATTTTTCAAATTTACCTTGGGATCTAATGAGG
TGATACCTGCTTTCGAGGAGGCCGTTTCTGGGATGGCTCTTGGTGGTATCAGAAGGTTGG
TTGTACCTCCAGAGTTAGGATACCCAGAAAATGACTACAACAAGAGTGCGCCGAGACCGA
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QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3CT05TF 711 0 0
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TTTTGTGCTCAAGAACCAAGGCTCATAGACAGACACTTCTCTTTGATGTTG

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL7861Contig1 669 2 2 U
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TCTTGAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H840JQ C 1
AF RR3H840TF U 8
BS 1 7 RR3H840JQ
BS 8 669 RR3H840TF

RD RR3H840JQ 669 0 0
GCGCGTCCGGGTTCTCACCGTTGAAGCCGAAACCGTTGGATTCGATCATGGATTTGGATA
GAGCCAAAACCAAATCTCCGGAGGAGCTCACTGAGATCTGGGACGATTATCACTTGGGAC
GAGGGCATATTGGAATCACTATGAAAGCTCAGCTTTATCATCTGTTGGAGCAACGAGCAG
CTGAGTGCCGATACTTTGTCATTCCATTGTGGAGAGGAAGTGGTTACATTACAATGTTTG
CTCAAGTTGAAGCGCCTCACATGATTTTCACTGGTCTCGAAGACTACAAAGCGAGAGGAA
CTGAAGCGGCTCCTTACTTGACAAGCAAATTCTACACGGAGCTTTCAGAGACGAAAGACT
TGGTCTTTATCCGTGGTGATGTTGTGTTCACAAGCAAACTCACAGACGAGGAGGGGAAGT
GGCTCATGGAGACAGCTCAGTCGTTTTACTTGAACGACAACCGGTACAAACTGCTCGAGC
GGTTCAATAAACATACTCATGAGTTTGAGTTCAAGGATGTGTTACAAGCTCTGGATATGC
CTGTCCTCTGATTTGGTTAAAATCAGGACTAAAACTTCTCTGTTTTCTTTGAGATATCAT
TGTATTAGAATTGCTTGTGGGAATATTAAATTTCGAGAGATTTTGCTCTTAAATAAACGC
TCTTGAATG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3H840TF 662 0 0
CGGGTTCTCACCGTTGAAGCCGAAACCGTTGGATTCGATCATGGATTTGGATAGAGCCAA
AACCAAATCTCCGGAGGAGCTCACTGAGATCTGGGACGATTATCACTTGGGACGAGGGCA
TATTGGAATCACTATGAAAGCTCAGCTTTATCATCTGTTGGAGCAACGAGCAGCTGAGTG
CCGATACTTTGTCATTCCATTGTGGAGAGGAAGTGGTTACATTACAATGTTTGCTCAAGT
TGAAGCGCCTCACATGATTTTCACTGGTCTCGAAGACTACAAAGCGAGAGGAACTGAAGC
GGCTCCTTACTTGACAAGCAAATTCTACACGGAGCTTTCAGAGACGAAAGACTTGGTCTT
TATCCGTGGTGATGTTGTGTTCACAAGCAAACTCACAGACGAGGAGGGGAAGTGGCTCAT
GGAGACAGCTCAGTCGTTTTACTTGAACGACAACCGGTACAAACTGCTCGAGCGGTTCAA
TAAACATACTCATGAGTTTGAGTTCAAGGATGTGTTACAAGCTCTGGATATGCCTGTCCT
CTGATTTGGTTAAAATCAGGACTAAAACTTCTCTGTTTTCTTTGAGATATCATTGTATTA
GAATTGCTTGTGGGAATATTAAATTTCGAGAGATTTTGCTCTTAAATAAACGCTCTTGAA
TG

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL7862Contig1 275 2 1 U
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GCGAGAAGCTGAGGCAGGCGGAGGAGTCTCTGAGGACGGTTATGTTTCTTAGTTGTTGGG
GATCTTGTTAGTTAGATCTAGTGGCGTATAAATATGTGAATATTCTTTTTGATCTTTGTA
GTTGTTCGAGTTTCTGTAAATAAATGAAAAGTTGTGTTGTAAATGGTTAATCAGTTTTTT
CAGAAAATTTAATGAAGTAAAGTATGTTGGATGTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AN75JQ C 1
AF RR3AN75TF U 1
BS 1 275 RR3AN75TF

RD RR3AN75JQ 275 0 0
GGTCGTCCGTGAGGAGAATCAGAGGCGATCTGGAGTCGAGGCGATTTGGTGCGGCGGCGA
GCGAGAAGCTGAGGCAGGCGGAGGAGTCTCTGAGGACGGTTATGTTTCTTAGTTGTTGGG
GATCTTGTTAGTTAGATCTAGTGGCGTATAAATATGTGAATATTCTTTTTGATCTTTGTA
GTTGTTCGAGTTTCTGTAAATAAATGAAAAGTTGTGTTGTAAATGGTTAATCAGTTTTTT
CAGAAAATTTAATGAAGTAAAGTATGTTGGATGTC

QA 1 275 1 275
DS 

RD RR3AN75TF 275 0 0
GGTCGTCCGTGAGGAGAATCAGAGGCGATCTGGAGTCGAGGCGATTTGGTGCGGCGGCGA
GCGAGAAGCTGAGGCAGGCGGAGGAGTCTCTGAGGACGGTTATGTTTCTTAGTTGTTGGG
GATCTTGTTAGTTAGATCTAGTGGCGTATAAATATGTGAATATTCTTTTTGATCTTTGTA
GTTGTTCGAGTTTCTGTAAATAAATGAAAAGTTGTGTTGTAAATGGTTAATCAGTTTTTT
CAGAAAATTTAATGAAGTAAAGTATGTTGGATGTC

QA 1 275 1 275
DS 



AS 1 2

CO CL7863Contig1 669 2 4 U
TCCATTACATGTTACAGTCAGCTCCGCTGTTGCCTCTACAACTCTCTCTCTCTCTATCTC
CATGGCTCTCGCGTTTCAGTTCTGCCGATTATGCATCCGCCCGAATACTTTCTCCCCCGG
ATCCGGATCCGGATCCGGATCCAACCGCCGTCGGAAACCTTCATCACTCCGGTGCTCGGC
TGCCAACGAGGAAGCTCCTTCGCCATCTGTGGTGATGGACTCCGACTTCGACGCCAAGAC
GTTCCGTAGGAACTTAACAAGAAGCGATAATTACAATCGCAAAGGGTTTGGTCACAAGGA
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AAATGGGTATACGTACTCTTGGGGAGATGTTACCGTGAAGCTAGCCAAAGCTTATGGCTT
TTGCTGGGGTGTTGAGCGTGCTGTTCAGATTGCTTATGAAGCAAGAAGGCAGTTTCCTGA
GGAGAAGCTTTGGATTACTAACGAGATTATTCATAACCCCACTGTCAATAAGAGGTTAGA
AGAAATGGATGTTCAGATAATTCCCGTTGAGGATTCGAAGAAGCAGTTTGATGTGGTGGA
TAAAGATGACGTGGTGACCCTTCCTGCGTTTGGAGCTGGTGTTGATGAGATGTATGTTCT
TAATGATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI51TF U 1
AF RR3GF25TF U 18
BS 1 617 RR3GI51TF
BS 618 618 RR3GF25TF
BS 619 644 RR3GI51TF
BS 645 669 RR3GF25TF

RD RR3GI51TF 644 0 0
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CATGGCTCTCGCGTTTCAGTTCTGCCGATTATGCATCCGCCCGAATACTTTCTCCCCCGG
ATCCGGATCCGGATCCGGATCCAACCGCCGTCGGAAACCTTCATCACTCCGGTGCTCGGC
TGCCAACGAGGAAGCTCCTTCGCCATCTGTGGTGATGGACTCCGACTTCGACGCCAAGAC
GTTCCGTAGGAACTTAACAAGAAGCGATAATTACAATCGCAAAGGGTTTGGTCACAAGGA
GGAGACCCTCAAGCTCATGAATCGCGAGTACACCAGTGATGTGTTGGAGACGCTGAAAGC
AAATGGGTATACGTACTCTTGGGGAGATGTTACCGTGAAGCTAGCCAAAGCTTATGGCTT
TTGCTGGGGTGTTGAGCGTGCTGTTCAGATTGCTTATGAAGCAAGAAGGCAGTTTCCTGA
GGAGAAGCTTTGGATTACTAACGAGATTATTCATAACCCCACTGTCAATAAGAGGTTAGA
AGAAATGGATGTTCAGATAATTCCCGTTGAGGATTCGAAGAAGCAGTTTGATGTGGTGGA
TAAAGATGACGTGGTGATCCTTCCTGCGTTTGGAGCTGGTGTTG

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3GF25TF 652 0 0
GG
AGCTCCGCTGTTGCCTCTACAACTCTCTCTCTCTCTATCTCCATGGCTCTCGCGTTTCAG
TTCTGCCGATTATGCATCCGCCCGAATACTTTCTCCCCCGGATCCGGATCCGGATCCGGA
TCCAACCGCCGTCGGAAACCTTCATCACTCCGGTGCTCGGCTGCCAACGAGGAAGCTCCT
TCGCCATCTGTGGTGATGGACTCCGACTTCGACGCCAAGACGTTCCGTAGGAACTTAACA
AGAAGCGATAATTACAATCGCAAAGGGTTTGGTCACAAGGAGGAGACCCTCAAGCTCATG
AATCGCGAGTACACCAGTTATGTGTTGGAGACGCTGAAAGCAAATGGGTATACGTACTCT
TGGGGAGATGTTACCGTGAAGCTAGCCAAAGCTTATGGCTTTTGCTGGGGTGTTGAGCGT
GCTGTTCAGATTGCTTATGAAGCAAGAAGGCAGTTTCCTGAGGAGAAGCTTTGGATTACT
AACGAGATTATTCATAACCCCACTGTCAATAAGAGGTTAGAAGAAATGGATGTTCAGATA
ATTCCCGTTGAGGATTCGAAGAAGCAGTTTGATGTGGTGGATAAAGATGACGTGGTGACC
CTTCCTGCGTTTGGAGCTGGTGTTGATGAGATGTATGTTCTTAATGATAA

QA 3 652 3 652
DS 



AS 1 2

CO CL7864Contig1 879 2 6 U
GGGTATCAAGAGAACCCGGCGGCAATCCCATCCCAGTTGCGCTCGCTCTTTCTTTCTTTG
ATGGTAGAAGAAGAATGAGATCTCACCATCAAGGAGGTGGCCGCAGCAAGCTAACGATTC
TTCAACTCCTATGCGCCGTCGCAGTTTTCTCCGTTCTCCTTTCCACCATCCAATCTTCCT
TCTTCGCAGATAGCAAAGTAAATATTCTTCGCCCGGAGGATATTCAGATCTTATCAGAGT
TTCAGTCCAGCGTTCAACAGTGCGTGGGGGACAGAGGGCTTGGACTCTCTGCTCATATTA
TTGATCACTGCAATTTGATCCTCAAGTTCCCTCAAGGCACTAACAGCACTTGGTACAATG
CACAGTTTAAGATTTTCGAACCGTTGGAGTTCAAGTATAATGTTTGCGAGGCTGTTCTCC
TATGGGAGCAGTACCGCAATATGACAACAGTGTTGACAAGAGAATATCTTGATGTACGCC
CTGATGGATGGTTGGACTATGCTGCTATGAGAATTGCACAGCTGGGAGCTGATAAGTGTT
ATAATCGTACATTGTGTGAGGAGCATCTTAATGTGATCCTTCCAGCGAAGCCTCCTTTCC
ATCCACGACAGTTTCATAAGTGCGCTGTCGTTGGAAATTCCGGAGATCTGTTAAAAACAG
AGTTCGGGGAAGAGATTGACAGTCATGATGCTGTATTCCGAGATAATGAAGCTCCTGTCA
ATGAGAAGTATGCCAAGTACGTAGGGTGAAAAGGGATTTCTGGCTAGTTGTTCGTGGTGC
GGCTCGTAACATGGTTAAGATTCTCAGTGGGTCTGACACTGAGTGCTTATAATCAAAGTG
TGACCCACCGTGACTTCACGAATGATAAGACTATACCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC51TF U 1
AF RR3EV90TF U 65
BS 1 656 RR3DC51TF
BS 657 657 RR3EV90TF
BS 658 726 RR3DC51TF
BS 727 727 RR3EV90TF
BS 728 757 RR3DC51TF
BS 758 879 RR3EV90TF

RD RR3DC51TF 757 0 0
GGGTATCAAGAGAACCCGGCGGCAATCCCATCCCAGTTGCGCTCGCTCTTTCTTTCTTTG
ATGGTAGAAGAAGAATGAGATCTCACCATCAAGGAGGTGGCCGCAGCAAGCTAACGATTC
TTCAACTCCTATGCGCCGTCGCAGTTTTCTCCGTTCTCCTTTCCACCATCCAATCTTCCT
TCTTCGCAGATAGCAAAGTAAATATTCTTCGCCCGGAGGATATTCAGATCTTATCAGAGT
TTCAGTCCAGCGTTCAACAGTGCGTGGGGGACAGAGGGCTTGGACTCTCTGCTCATATTA
TTGATCACTGCAATTTGATCCTCAAGTTCCCTCAAGGCACTAACAGCACTTGGTACAATG
CACAGTTTAAGATTTTCGAACCGTTGGAGTTCAAGTATAATGTTTGCGAGGCTGTTCTCC
TATGGGAGCAGTACCGCAATATGACAACAGTGTTGACAAGAGAATATCTTGATGTACGCC
CTGATGGATGGTTGGACTATGCTGCTATGAGAATTGCACAGCTGGGAGCTGATAAGTGTT
ATAATCGTACATTGTGTGAGGAGCATCTTAATGTGATCCTTCCAGCGAAGCCTCCTTTCC
ATCCACGACAGTTTCATAAGTGCGCTGTCGTTGGAAATTCCGGAGATCTGTTAAAA*CAG
AGTTCGGGGAAGAGATTGACAGTCATGATGCTGTATTCCGAGATAATGAAGCTCCTGTCA
ATGAGA*GTATGCCAAGTACGTAGGGTGAAAAGGGAT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3EV90TF 815 0 0
GG
GAAGAAGAATGAGATCTCACCATCAAGGAGGTGGCCGCAGCAAGCTAACGATTCTTCAAC
TCCTAT*CGCTGTCGCAGTTTTCTCCGTTCTCCTTTTCACCATCCAATCTTCCTTCTTCG
CAGATAGCAAAGTAAATATTCTTCGCCCGGAGGATATTCAGATCTTATCAGAGTTTCAGT
CCAGCGTTCAACAGTGCGTGGGGGACAGAGGGCTTGGACTCTCTGCTCATATTATTGATC
ACTGCAATTTGATCCTCAAGTTCCCTCAAGGCACTAACAGCACTTGGTACAATGCACAGT
TTAAGATTTTCGAACCGTTGGAGTTCAAGTATAATGTTTGCGAGGCTGTTCTCCTATGGG
AGCAGTACCGCAATATGACAACAGTGTTGACAAGAGAATATCTTGATGTACGCCCTGATG
GATGGTTGGACTATGCTGCTATGAGAATTGCACAGCTGGGAGCTGATAAGTGTTATAATC
GTACATTGTGTGAGGAGCATCTTAATGTGATCCTTCCAGCGAAGCCTCCTTTCCATCCAC
GACAGTTTCATAAGTGCGCTGTCGTTGGAAATTCCGGAGATCTGTTAAAAACAGAGTTCG
GGGAAGAGATTGACAGTCATGATGCTGTATTCCGAGATAATGAAGCTCCTGTCAATGAGA
AGTATGCCAAGTACGTAGGGTGAAAAGGGATTTCTGGCTAGTTGTTCGTGGTGCGGCTCG
TAACATGGTTAAGATTCTCAGTGGGTCTGACACTGAGTGCTTATAATCAAAGTGTGACCC
ACCGTGACTTCACGAATGATAAGACTATACCAA

QA 3 815 3 815
DS 



AS 1 2

CO CL7865Contig1 629 2 1 U
GGAGAGGAAGTCCTGGAGGAAGAATCATCCTCATGGATTTGTGGCGAAGCCGGAGACTGG
AACTGATGGGTCTGTGAATCTAATGGTGTGGCATTGCACTATTCCTGGTAAAGCTGGGAC
TGATTGGGAAGGTGGATACTTTCCATTAACGATGCACTTCAGCGAGGACTATCCGAGCAA
GCCTCCTAAATGCAAATTCCCACCAGGCTTCTTCCACCCTAATGTCTATCCTTCCGGAAC
AGTCTGTCTCTCCATCCTTAACGAGGATTCCGGATGGAGACCAGCCATCACAGTGAAGCA
GATTCTTGTCGGTATTCAGGATTTGCTTGACACCCCTAATCCCGCTGACCCTGCACAGAC
TGATGGTTACCATCTCTTCATTCGGGATGCAGTTGAGTACAAGAAAAGGGTTAAGCTGCA
GTCCAAACAGTATCCTCCCATTGTCTAAAACCCTCAGAAGAGGACAGGACAAACACCAAA
ACTGATGACAAACGTCTCTGAATCTTTTTGTGGTCTTTGTGATTGTGTTTAAATGTCAAC
GGGTGATTGAAAACTCCTCATTTTGTTGCACCTTTGAGACACTACTAGAATCTCTTTGAT
TTTCATAAAAGAAAAACATCTCTTCTTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GA04JQ C 1
AF RR3GA04TF U 1
BS 1 629 RR3GA04TF

RD RR3GA04JQ 629 0 0
GGAGAGGAAGTCCTGGAGGAAGAATCATCCTCATGGATTTGTGGCGAAGCCGGAGACTGG
AACTGATGGGTCTGTGAATCTAATGGTGTGGCATTGCACTATTCCTGGTAAAGCTGGGAC
TGATTGGGAAGGTGGATACTTTCCATTAACGATGCACTTCAGCGAGGACTATCCGAGCAA
GCCTCCTAAATGCAAATTCCCACCAGGCTTCTTCCACCCTAATGTCTATCCTTCCGGAAC
AGTCTGTCTCTCCATCCTTAACGAGGATTCCGGATGGAGACCAGCCATCACAGTGAAGCA
GATTCTTGTCGGTATTCAGGATTTGCTTGACACCCCTAATCCCGCTGACCCTGCACAGAC
TGATGGTTACCATCTCTTCATTCGGGATGCAGTTGAGTACAAGAAAAGGGTTAAGCTGCA
GTCCAAACAGTATCCTCCCATTGTCTAAAACCCTCAGAAGAGGACAGGACAAACACCAAA
ACTGATGACAAACGTCTCTGAATCTTTTTGTGGTCTTTGTGATTGTGTTTAAATGTCAAC
GGGTGATTGAAAACTCCTCATTTTGTTGCACCTTTGAGACACTACTAGAATCTCTTTGAT
TTTCATAAAAGAAAAACATCTCTTCTTCT

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3GA04TF 629 0 0
GGAGAGGAAGTCCTGGAGGAAGAATCATCCTCATGGATTTGTGGCGAAGCCGGAGACTGG
AACTGATGGGTCTGTGAATCTAATGGTGTGGCATTGCACTATTCCTGGTAAAGCTGGGAC
TGATTGGGAAGGTGGATACTTTCCATTAACGATGCACTTCAGCGAGGACTATCCGAGCAA
GCCTCCTAAATGCAAATTCCCACCAGGCTTCTTCCACCCTAATGTCTATCCTTCCGGAAC
AGTCTGTCTCTCCATCCTTAACGAGGATTCCGGATGGAGACCAGCCATCACAGTGAAGCA
GATTCTTGTCGGTATTCAGGATTTGCTTGACACCCCTAATCCCGCTGACCCTGCACAGAC
TGATGGTTACCATCTCTTCATTCGGGATGCAGTTGAGTACAAGAAAAGGGTTAAGCTGCA
GTCCAAACAGTATCCTCCCATTGTCTAAAACCCTCAGAAGAGGACAGGACAAACACCAAA
ACTGATGACAAACGTCTCTGAATCTTTTTGTGGTCTTTGTGATTGTGTTTAAATGTCAAC
GGGTGATTGAAAACTCCTCATTTTGTTGCACCTTTGAGACACTACTAGAATCTCTTTGAT
TTTCATAAAAGAAAAACATCTCTTCTTCT

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 2

CO CL7866Contig1 1078 2 2 U
GCAACCGGTGAGCCTTTACGTCTAGTCTCGAAGAAGTTCGGTTTAGGTATCTCGACTTGT
CACAAGCTTGTTTTCGAGGTGTGCAAAGCGATCAAAGATGTTTTGATGCCCAAGTATCTA
CAGTGGCCTGATGATGAGTCGTTGAGAAGCATTAGAGAGACGTACGAGTCCATGTCTGGT
ATTCCTAACGTTGTTGGGTCTATGTATACAACTCACGTTCCGATCATAGCTCCTAAGATC
AGTGTGGCTGCTTATTTTAATAAAAGACATACCGAGAGGAACCAGAAGACTTCTTACTCT
ATTACAATCCAAGCGGTTGTGAACCCGAGGGGTGTGTTTACTGATTTGTGTATCGGATGG
CCTGGGTCGATGTCTGATGATCAGGTGTTGGAGAAGTCGTTGCTGTATCAAAGAGCTAAC
AACGGAGGTCTTTTGAAAGGGTTGTGGTTCGCTGGTGGGGCCGGTCACCCGCTGTTGGAC
TGGGGTGTTGGTTCCCTACACGCAGCATAACTTGACGTGGACGCAGCACGCGTTTAACGA
GAAGATGAGTGAGGTGCAGAGAGTGGCTAAGGAAGCGTTTGGGAGGTTGAAAGGAAGGTG
GGCGTGTCTTCAGAAGCGGACTGAAGTGAAGCTTCAGGATTTGCCTACGGTTTTGGGAGC
GTGCTGTGTGCTTCACAACATATGTGAGATGAGAGAGGAGAAGATGGAGGCGGAGCTGAT
GGTTGAAGTGGTTGATGATGAGGTTTTGCCTGAAAACGGATTGAGATCGGTTAGTGCAAT
GAAGGCAAGAGATGCTATATCGCATAATCTGTTGCGTCATGGACTAGCTGGTACTTCTTT
CTTATGAAAAGGACTGTGGGAATGTTCTTTTGGGTGTCTCCTCGTATAAGATATAAGACT
AAACTCACTTTGATTCTTTTGTTTATGTATATTGTATTGTACCTTTAGATCACAGATGCT
ATATGAAGCTGGTAAAAGATACAAAATATACATACTATAAGTAAGAATGTGTAATAGATG
AATGAGATATCACTATGCTAGTGTGGAATGTGAGATGAACCACCAAGGTGTTTTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL89TF U 1
AF RR3GL89JQ C 316
BS 1 703 RR3GL89TF
BS 704 1078 RR3GL89JQ

RD RR3GL89TF 703 0 0
GCAACCGGTGAGCCTTTACGTCTAGTCTCGAAGAAGTTCGGTTTAGGTATCTCGACTTGT
CACAAGCTTGTTTTCGAGGTGTGCAAAGCGATCAAAGATGTTTTGATGCCCAAGTATCTA
CAGTGGCCTGATGATGAGTCGTTGAGAAGCATTAGAGAGACGTACGAGTCCATGTCTGGT
ATTCCTAACGTTGTTGGGTCTATGTATACAACTCACGTTCCGATCATAGCTCCTAAGATC
AGTGTGGCTGCTTATTTTAATAAAAGACATACCGAGAGGAACCAGAAGACTTCTTACTCT
ATTACAATCCAAGCGGTTGTGAACCCGAGGGGTGTGTTTACTGATTTGTGTATCGGATGG
CCTGGGTCGATGTCTGATGATCAGGTGTTGGAGAAGTCGTTGCTGTATCAAAGAGCTAAC
AACGGAGGTCTTTTGAAAGGGTTGTGGTTCGCTGGTGGGGCCGGTCACCCGCTGTTGGAC
TGGGGTGTTGGTTCCCTACACGCAGCATAACTTGACGTGGACGCAGCACGCGTTTAACGA
GAAGATGAGTGAGGTGCAGAGAGTGGCTAAGGAAGCGTTTGGGAGGTTGAAAGGAAGGTG
GGCGTGTCTTCAGAAGCGGACTGAAGTGAAGCTTCAGGATTTGCCTACGGTTTTGGGAGC
GTGCTGTGTGCTTCACAACATATGTGAGATGAGAGAGGAGAAG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3GL89JQ 763 0 0
GTTGTGAACCCGAGGGGTGTGTTTACTGATTTGTGTATCGGATGGCCTGGGTCGATGTCT
GATGATCAGGTGTTGGAGAAGTCGTTGCTGTATCAAAGAGCTAACAACGGAGGTCTTTTG
AAAGGGTTGTGGTTCGCTGGTGGGGCCGGTCACCCGCTGTTGGACTGGG*TGTTGGTTCC
CTACACGCAGCATAACTTGACGTGGACGCAGCACGCGTTTAACGAGAAGATGAGTGAGGT
GCAGAGAGTGGCTAAGGAAGCGTTTGGGAGGTTGAAAGGAAGGTGGGCGTGTCTTCAGAA
GCGGACTGAAGTGAAGCTTCAGGATTTGCCTACGGTTTTGGGAGCGTGCTGTGTGCTTCA
CAACATATGTGAGATGAGAGAGGAGAAGATGGAGGCGGAGCTGATGGTTGAAGTGGTTGA
TGATGAGGTTTTGCCTGAAAACGGATTGAGATCGGTTAGTGCAATGAAGGCAAGAGATGC
TATATCGCATAATCTGTTGCGTCATGGACTAGCTGGTACTTCTTTCTTATGAAAAGGACT
GTGGGAATGTTCTTTTGGGTGTCTCCTCGTATAAGATATAAGACTAAACTCACTTTGATT
CTTTTGTTTATGTATATTGTATTGTACCTTTAGATCACAGATGCTATATGAAGCTGGTAA
AAGATACAAAATATACATACTATAAGTAAGAATGTGTAATAGATGAATGAGATATCACTA
TGCTAGTGTGGAATGTGAGATGAACCACCAAGGTGTTTTTTTC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

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GATGTTCTAGTGTTTAACTATAATCCGAGATTCCACAACGTGGTGGCGGTAGATAATGCA
GGGTACAACAATTGCAAAACGCCGGCACGTGCAAGAACATACACTTCAGGCAAAGATCGT
ATAACTTTGTCTAAAGGACAAAATTTCTTCATCTGCAACTTTCCCGGCCATTGTGAAGCC
GCTATGAAAATAGCAGTCACGGCCGTTTGATCTTGATCGATCATGCAATCAAAATAGTAC
TATGATCGTCACTACGTTGTGTTCTAAAAAAATATTAAGTATTCTAATAAAGTTTAC


BQ
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H962TF U 1
AF RR3FY35TF U 1
BS 1 295 RR3FY35TF
BS 296 296 RR3H962TF
BS 297 537 RR3FY35TF

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GATGTTCTAGTGTTTAACTATAATCCGAGATTCCACAACGTGGTGGCGGTAGATAATGCA
GGGTACAACAATTGCAAAACGCCGGCACGTGCAAGAACATACACTTCAGGCAAAGATCGT
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T

QA 1 417 1 417
DS 

RD RR3FY35TF 537 0 0
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GTCTCCCTGTTGGTGCTTCAAGCTGACTACGTTCGAGCTGCGACTTACACAGTCGGCGAA
TCCAACGTCTGGGCCTTTAACGCTGTGGGTTGGCCGAAAGGCAAACATTTTAAAGCCAAT
GATGTTCTAGTGTTTAACTATAATCCGAGATTCCACAACGTGGTGGCGGTAGATAGTGCA
GGGTACAACAATTGCAAAACGCCGGCACGTGCAAGAACATACACTTCAGGCAAAGATCGT
ATAACTTTGTCTAAAGGACAAAATTTCTTCATCTGCAACTTTCCCGGCCATTGTGAAGCC
GCTATGAAAATAGCAGTCACGGCCGTTTGATCTTGATCGATCATGCAATCAAAATAGTAC
TATGATCGTCACTACGTTGTGTTCTAAAAAAATATTAAGTATTCTAATAAAGTTTAC

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 2

CO CL7868Contig1 564 2 1 U
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TCACATCGTTCACTGGTTTACAAGTGCTCCGACGACTGAAGCTGAGAAACTTCGTTGGAG
TGTCCTAGAAGCTGAGCGCCAATCAATCAGGGCAGCGCAGTCCATAAAACCAAAGGAGAT
TGAAACCAAGGTTCCGGGGAAGGACATCCCTAAAGAGAAGGATTAGTGTGTGCGCTTTGT
TGTATACAGGACGGTTTTTTTTTTTAGTTAGAGTTGGAGTTATGACTTTGGTTTCAACAC
CATTGTCTCTGCTTAACTATTGTAGCTATCTTTGTTTTCTGTTTAAAGTTTGTTTGTTTG
TTTGTTTTCTGTATGTCTTACCTCTTAAACGTTTGAGCACTCTTGGAAGTGAAACTTAAT
AATATATAACATTATATCTCTAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BD50JQ C 1
AF RR3BD50TF U 1
BS 1 564 RR3BD50TF

RD RR3BD50JQ 564 0 0
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TGTATACAGGACGGTTTTTTTTTTTAGTTAGAGTTGGAGTTATGACTTTGGTTTCAACAC
CATTGTCTCTGCTTAACTATTGTAGCTATCTTTGTTTTCTGTTTAAAGTTTGTTTGTTTG
TTTGTTTTCTGTATGTCTTACCTCTTAAACGTTTGAGCACTCTTGGAAGTGAAACTTAAT
AATATATAACATTATATCTCTAGC

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3BD50TF 564 0 0
GGGAAGAGAGTCGTCGGCTGCCTGAGGATTCTCAATCGGCGAATCACTTCCTGCTTAGGG
AAAGCTAGGGTTTCGATGTTCCTCTCGTCGGCTAGGGATTTGGAATCAGCGATGATCGCA
GCTGCTGCCTCCGATGCGATTTGGAAGCTGTTGAAGAGCCAGGAGCAGAAGAACCCTGAT
TCACATCGTTCACTGGTTTACAAGTGCTCCGACGACTGAAGCTGAGAAACTTCGTTGGAG
TGTCCTAGAAGCTGAGCGCCAATCAATCAGGGCAGCGCAGTCCATAAAACCAAAGGAGAT
TGAAACCAAGGTTCCGGGGAAGGACATCCCTAAAGAGAAGGATTAGTGTGTGCGCTTTGT
TGTATACAGGACGGTTTTTTTTTTTAGTTAGAGTTGGAGTTATGACTTTGGTTTCAACAC
CATTGTCTCTGCTTAACTATTGTAGCTATCTTTGTTTTCTGTTTAAAGTTTGTTTGTTTG
TTTGTTTTCTGTATGTCTTACCTCTTAAACGTTTGAGCACTCTTGGAAGTGAAACTTAAT
AATATATAACATTATATCTCTAGC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL7869Contig1 756 2 3 U
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AGAGACCGAGCTCGAGAAGCTTCTCTTCGAGGAAGCCGAAGCTAGGAACAACTTGAGGAA
GAAGAAACGAGGAGGCGAGAGGAAGGATCTCGATCACGGGGAGTATAACAACAAGCTGGG
AGCTCTGTTAGCCGAAGGGAGGATCTTCTCCGACATGCCAGCGCTCGCGGACAGAAACAG
CATCCTCCTGAAAGACACACGTCTCGAGAACTCGCGGGTCTTGTGCCTTACTTCTTAGAA
GTCGATCACGTTGATTTTCTCAGACCAGTGGACGTTGGGGACTTCTTACGTTTCAAATCG
TGTGTGCTTTACACTCAGCTGGATAAGCTGGATTGTCCGCTCATCAATATCGAAGTTGTT
GCTCATGTTACTAGCCCGGAGATTCGTTCCAGCGAGGTTTCGAATACATTCTATTTCAAG
TTCACTGTGCGGCCAGAGGTAAAGGCTAGAAACAATGGGTTTAAGCTTCGGAGCGTTGTT
CCTGCCACAGAGGAAGAAGCTCGTCATATACTCGAGCGCATGGATGCATAAGCTTTGAAA
CAAAAGTACACATAACTATACAGTAATACCGGTAATAAAAATAAAAACTTTACTTATCAG
GTCCTATATCCTCTGACCACAGATTAACTAGAAATGTAGAGGCATTTCTTGTGTATCTAC
TTTATATAATAATTCAATCAAAGATTTGGTCTACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BA75TF U 1
AF RR3BA75JQ C 89
BS 1 599 RR3BA75TF
BS 600 600 RR3BA75JQ
BS 601 756 RR3BA75TF

RD RR3BA75TF 756 0 0
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AGAGACCGAGCTCGAGAAGCTTCTCTTCGAGGAAGCCGAAGCTAGGAACAACTTGAGGAA
GAAGAAACGAGGAGGCGAGAGGAAGGATCTCGATCACGGGGAGTATAACAACAAGCTGGG
AGCTCTGTTAGCCGAAGGGAGGATCTTCTCCGACATGCCAGCGCTCGCGGACAGAAACAG
CATCCTCCTGAAAGACACACGTCTCGAGAACTCGCGGGTCTTGTGCCTTACTTCTTAGAA
GTCGATCACGTTGATTTTCTCAGACCAGTGGACGTTGGGGACTTCTTACGTTTCAAATCG
TGTGTGCTTTACACTCAGCTGGATAAGCTGGATTGTCCGCTCATCAATATCGAAGTTGTT
GCTCATGTTACTAGCCCGGAGATTCGTTCCAGCGAGGTTTCGAATACATTCTATTTCAAG
TTCACTGTGCGGCCAGAGGTAAAGGCTAGAAACAATGGGTTTAAGCTTCGGAGCGTTGTT
CCTGCCACAGAGGAAGAAGCTCGTCATATACTCGAGCGCATGGATGCATAAGCTTTGAA*
CAAAAGTACACATAACTATACAGTAATACCGGTAATAAAAATAAAAACTTTACTTATCAG
GTCCTATATCCTCTGACCACAGATTAACTAGAAATGTAGAGGCATTTCTTGTGTATCTAC
TTTATATAATAATTCAATCAAAGATTTGGTCTACTC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3BA75JQ 668 0 0
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CTCGATCACGGGGAGTATAACAACAAGCTGGGAGCTCTGTTAGCCGAAGGGAGGATCTTC
TCCGACATGCCAGCGCTCGCGGACAGAAACAGCATCCTCCTGAAAGACACACGTCTCGAG
AACTCGCGGGTCTTGTGCCTTACTTCTTAGAAGTCGATCACGTTGATTTTCTCAGACCAG
TGGACGTTGGGGACTTCTTACGTTTCAAATCGTGTGTGCTTTACACTCAGCTGGATAAGC
TGGATTGTCCGCTCATCAATATCGAAGTTGTTGCTCATGTTACTAGCCCGGAGATTCGTT
CCAGCGAGGTTTCGAATACATTCTATTTCAAGTTCACTGTGCGGCCAGAGGTAAAGGCTA
GAAACAATGGGTTTAAGCTTCGGAGCGTTGTTCCTGCCACAGAGGAAGAAGCTCGTCATA
TACTCGAGCGCATGGATGCATAAGCTTTGAAACAAAAGTACACATAACTATACAGTAATA
CCGGTAATAAAAATAAAAACTTTACTTATCAGGTCCTATATCCTCTGACCACAGATTAAC
TAGAAATGTAGAGGCATTTCTTGTGTATCTACTTTATATAATAATTCAATCAAAGATTTG
GTCTACTC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL7870Contig1 372 2 2 U
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CTTAATCATAGATGATGATGTGGTACCTTTGCCCCCGGCAAACAAGGATTCAAAGCCCCT
TAACAGCGATGCACTCAGAGAAGTCATTGCTATGATTGCTGCTCGTGGGGAGTTGCGTTC
GAAGGATGAAGTTACTAAAGTGTTGGTGCAGCACCATTCGCCAGCCGGAGATGATGGTAG
CAAGCCTAGTGTCTAATCGTGGGCCTATTAGATCGAATAACAAAAACCAGATTTGGTTTT
TTTTTTCTTTGTTCTTTATTTTCGAAGTTTTCTTATTTCATAAAAATAATGTAACTCTCC
AGTTTCCGGTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN53TF U 1
AF RR3DN53JQ C 1
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BS 306 372 RR3DN53JQ

RD RR3DN53TF 319 0 0
TGTCGTCTCCAATTGTAATCGATTTAGATCTCGGACCTTCTCCATGGATAAGACGGAGAG
CTTAATCATAGATGATGATGTGGTACCTTTGCCCCCGGCAAACAAGGATTCAAAGCCCCT
TAACAGCGATGCACTCAGAGAAGTCATTGCTATGATTGCTGCTCGTGGGGAGTTGCGTTC
GAAGGATGAAGTTACTAAAGTGTTGGTGCAGCACCATTCGCCAGCCGGAGATGATGGTAG
CAAGCCTAGTGTCTAATCGTGGGCCTATTAGATCGAATAACAAAAACCAGATTTGGTTTT
TTTTT
CTTTGTCTTTATTT

QA 1 305 1 305
DS 

RD RR3DN53JQ 372 0 0
TGTCGTCTCCAATTGTAATCGATTTAGATCTCGGACCTTCTCCATGGATAAGACGGAGAG
CTTAATCATAGATGATGATGTGGTACCTTTGCCCCCGGCAAACAAGGATTCAAAGCCCCT
TAACAGCGATGCACTCAGAGAAGTCATTGCTATGATTGCTGCTCGTGGGGAGTTGCGTTC
GAAGGATGAAGTTACTAAAGTGTTGGTGCAGCACCATTCGCCAGCCGGAGATGATGGTAG
CAAGCCTAGTGTCTAATCGTGGGCCTATTAGATCGAATAACAAAAACCAGATTTGGTTTT
TTTTTTCTTTGTTCTTTATTTTCGAAGTTTTCTTATTTCATAAAAATAATGTAACTCTCC
AGTTTCCGGTTT

QA 1 372 1 372
DS 



AS 1 2

CO CL7871Contig1 1349 2 4 U
GGGTACAAAAAGGTAGAGGATGTAGGCTTTCGGTGGTTTGATGTAGAGCCTAGATTTTCT
GGGACCGCGGAAGATTCTGTTCCAAAGAAGTTGGCAAAGTATCAAATGTTGACTCGACCG
CTACGATAAAGATATGGCTCTGGCACCCAACCACTACCCACCACGGGGTTCAGGCTTGAT
GTGGGACATTCTGTTAAGATCCCCTCGGTTCTAGGCTGGTCAGGTCGGATATGGGCTAGG
ACCGGCTGCAACTTTGATGCTAACGGCGCGGGGAAATGTAAGACTGGTGACTGTGGTGGG
AAGCTGGAGTGTGCTGGTAATGGTGCTACTCCTCCCACATCACTTTTCGAGATTACGCTC
GGTCACGGTTCTAGTGACAAAGATTTCTACGATGTTAGTCTCGTTGATGGGTATAACCTC
CCCATAGTTGCTATCCCAACAGGTGGTGGCCTAGTTGGAGCTTGTAATGCTACAGGTTGT
GTTGCCGATATCAACGTTAGCTGTCCAAAGGAGCTTCAAGTGATGGGAGAGGAAGAGCAA
GAAAGAGGTGGAGGAGGAGGAGTTGTCGCTTGCAAGAGCGCTTGTGAGGCCTTTGGATTA
GACCAGTACTGTTGCAGCGGTCAGTTTGCTAACCCAAACACATGCCGGCCGTCTTCATAC
TCCACCATCTTCAAGAGAGCTTGTCCTAGGGCTTATAGCTATGCCTTTGATGATGGAAGC
AGTACTTTCACTTGCAAGGCTTCTGAATATGCCATTATTTTCTGCCCTGGCAGGGTAAAA
AGACCAAGCAGCCAAAACTCGGATCCCCCTAGCCAGCCAGACTCCATACGGACAACCTAT
GGCTCCTCCGACCCAGAATCCATACGGTCAACCAACGACTCCCCAGCCTCCCCCGACTCC
GAATCAGTATGGTCAACCAATGGCTCCACCAACTCAGAATCCATATGGCCAACCCATGGC
TCCACCAACTCAGAATCAGAACCCGCCTGGACCAAACCAGAATCCGATGACTCCACCTCA
GAATCAAAATGGGAATGGGCAGTTTGTGATGCCTCCTCCCAGTGTAAACCAAGCTCCAAA
TAACCAGTTTATGAATCCGCCAATGGAGGATGAGAGTCAAAGAGCTGAAACTGGGAGGGT
TGCCAAGAGCCCATCCTCGTCTGACATACTTCGACCTTACCCTGTCTTGTTGCTTCTTAC
CCTTAGTCTAATTGCTTTGAGACAATCATGGGCGACATAAATCATCACTATTATTCCTTT
TAAATGAGAAACTCGTACATATTTGTGTGTAAGGAAGCAAACAGACCATGTTTAGTGTGT
TCCCAGAGATTCAGAACTTTACTAATCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GS08TF U 1
AF RR3GS08JQ C 670
BS 1 690 RR3GS08TF
BS 691 691 RR3GS08JQ
BS 692 732 RR3GS08TF
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RD RR3GS08TF 732 0 0
GGGTACAAAAAGGTAGAGGATGTAGGCTTTCGGTGGTTTGATGTAGAGCCTAGATTTTCT
GGGACCGCGGAAGATTCTGTTCCAAAGAAGTTGGCAAAGTATCAAATGTTGACTCGACCG
CTACGATAAAGATATGGCTCTGGCACCCAACCACTACCCACCACGGGGTTCAGGCTTGAT
GTGGGACATTCTGTTAAGATCCCCTCGGTTCTAGGCTGGTCAGGTCGGATATGGGCTAGG
ACCGGCTGCAACTTTGATGCTAACGGCGCGGGGAAATGTAAGACTGGTGACTGTGGTGGG
AAGCTGGAGTGTGCTGGTAATGGTGCTACTCCTCCCACATCACTTTTCGAGATTACGCTC
GGTCACGGTTCTAGTGACAAAGATTTCTACGATGTTAGTCTCGTTGATGGGTATAACCTC
CCCATAGTTGCTATCCCAACAGGTGGTGGCCTAGTTGGAGCTTGTAATGCTACAGGTTGT
GTTGCCGATATCAACGTTAGCTGTCCAAAGGAGCTTCAAGTGATGGGAGAGGAAGAGCAA
GAAAGAGGTGGAGGAGGAGGAGTTGTCGCTTGCAAGAGCGCTTGTGAGGCCTTTGGATTA
GACCAGTACTGTTGCAGCGGTCAGTTTGCTAACCCAAACACATGCCGGCCGTCTTCATAC
TCCACCATCTTCAAGAGAGCTTGTCCTAGG*CTTATAGCTATGCCTTTGATGATGGAAGC
AGTACTTTCACT

QA 1 732 1 732
DS 

RD RR3GS08JQ 680 0 0
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ACTTGCAAGGCTTCTGAATATGCCATTATTTTCTGCCCTGGCAGGGTAAAAAGACCAAGC
AGCCAAAACTCGGATCCCCCTAGCCAGCCAGACTCCATACGGACAACCTATGGCTCCTCC
GACCCAGAATCCATACGGTCAACCAACGACTCCCCAGCCTCCCCCGACTCCGAATCAGTA
TGGTCAACCAATGGCTCCACCAACTCAGAATCCATATGGCCAACCCATGGCTCCACCAAC
TCAGAATCAGAACCCGCCTGGACCAAACCAGAATCCGATGACTCCACCTCAGAATCAAAA
TGGGAATGGGCAGTTTGTGATGCCTCCTCCCAGTGTAAACCAAGCTCCAAATAACCAGTT
TATGAATCCGCCAATGGAGGATGAGAGTCAAAGAGCTGAAACTGGGAGGGTTGCCAAGAG
CCCATCCTCGTCTGACATACTTCGACCTTACCCTGTCTTGTTGCTTCTTACCCTTAGTCT
AATTGCTTTGAGACAATCATGGGCGACATAAATCATCACTATTATTCCTTTTAAATGAGA
AACTCGTACATATTTGTGTGTAAGGAAGCAAACAGACCATGTTTAGTGTGTTCCCAGAGA
TTCAGAACTTTACTAATCAA

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL7872Contig1 746 2 3 U
AGCTTCTAGCTCTAGTTTGATCCAAGAAGAGTCTTTAAAATCCATTTCTAGCTCTAGCTT
GATCCAAGAAGAGAGTGAATCTGTTTCCGACTGCACATCATTCTATAACAACCAGAAATG
TCAGAAGAAGAAGATGATGCAGGGAGAAGAAATTGAAGTTAGCAGCATCAGCACTCTTAC
AGAGGCTGATGATTCCACACTCTCCTGCAACAAAAATTTCACAGATAGCAGACAAGACAG
TGAATATGAAGCCAACCAAACATTAAATGAAACATACTCTGCAGCAACAGTTGACTGGGA
GTTTGAGTACATAACCGAGATCCTCAAATCCAGCCAGCTAATGTTTCAAGACTTGGCCAC
TAATGAACTATTATTACCCTCAATGAGGCCTCTTTGATGAAAGGGAACGCTCTCGAGGAG
GTGTAATATCAATGAAGATGGAAAGAAAGGTGCTTTTCGACTGTGTGAATCAGTGCTTAG
CGGTGAAGTTTGAAAGGATGTTAGTTGGAAGCTGCAAAGGGATGATGGTGATGTTGTCGG
AACATAGAGACATGTTGGCTGAAGAAGTGAACAGAGAAGTCAAAGGGTTGAAGAAGATGA
GAGAGATGATGATAGACGAGCTTGTGGATCATGACATGAGCTGTTTGGAAGGGAGATGGA
TTGGTTTTGAGAGAGAGATGTTTGAGGAAGGCATTAATATATAGAAGGAGAGATAGTTCC
TTCTTTGGTTGATGATTTAGTTACTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG35TF U 11
AF RR3EG35JQ C 1
BS 1 10 RR3EG35JQ
BS 11 647 RR3EG35TF
BS 648 746 RR3EG35JQ

RD RR3EG35TF 637 0 0
TCTAGTTTGATCCAAGAAGAGTCTTTAAAATCCATTTCTAGCTCTAGCTTGATCCAAGAA
GAGAGTGAATCTGTTTCCGACTGCACATCATTCTATAACAACCAGAAATGTCAGAAGAAG
AAGATGATGCAGGGAGAAGAAATTGAAGTTAGCAGCATCAGCACTCTTACAGAGGCTGAT
GATTCCACACTCTCCTGCAACAAAAATTTCACAGATAGCAGACAAGACAGTGAATATGAA
GCCAACCAAACATTAAATGAAACATACTCTGCAGCAACAGTTGACTGGGAGTTTGAGTAC
ATAACCGAGATCCTCAAATCCAGCCAGCTAATGTTTCAAGACTTGGCCACTAATGAACTA
TTATTACCCTCAATGAGGCCTCTTTGATGAAAGGGAACGCTCTCGAGGAGGTGTAATATC
AATGAAGATGGAAAGAAAGGTGCTTTTCGACTGTGTGAATCAGTGCTTAGCGGTGAAGTT
TGAAAGGATGTTAGTTGGAAGCTGCAAAGGGATGATGGTGATGTTGTCGGAACATAGAGA
CATGTTGGCTGAAGAAGTGAACAGAGAAGTCAAAGGGTTGAAGAAGATGAGAGAGATGAT
GATAGACGAGCTTGTGGATCATGACATGAGCTGTTTG

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3EG35JQ 746 0 0
AGCTTCTAGCTCTAGTTTGATCCAAGAAGAGTCTTTAAAATCCATTTCTAGCTCTAGCTT
GATCCAAGAAGAGAGTGAATCTGTTTCCGACTGCACATCATTCTATAACAACCAGAAATG
TCAGAAGAAGAAGATGATGCAGGGAGAAGAAATTGAAGTTAGCAGCATCAGCACTCTTAC
AGAGGCTGATGATTCCACACTCTCCTGCAACAAAAATTTCACAGATAGCAGACAAGACAG
TGAATATGAAGCCAACCAAACATTAAATGAAACATACTCTGCAGCAACAGTTGACTGGGA
GTTTGAGTACATAACCGAGATCCTCAAATCCAGCCAGCTAATGTTTCAAGACTTGGCCAC
TAATGAACTATTATTACCCTCAATGAGGCCTCTTTGATGAAAGGGAACGCTCTCGAGGAG
GTGTAATATCAATGAAGATGGAAAGAAAGGTGCTTTTCGACTGTGTGAATCAGTGCTTAG
CGGTGAAGTTTGAAAGGATGTTAGTTGGAAGCTGCAAAGGGATGATGGTGATGTTGTCGG
AACATAGAGACATGTTGGCTGAAGAAGTGAACAGAGAAGTCAAAGGGTTGAAGAAGATGA
GAGAGATGATGATAGACGAGCTTGTGGATCATGACATGAGCTGTTTGGAAGGGAGATGGA
TTGGTTTTGAGAGAGAGATGTTTGAGGAAGGCATTAATATATAGAAGGAGAGATAGTTCC
TTCTTTGGTTGATGATTTAGTTACTG

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL7873Contig1 793 2 12 U
GGAAATCAAGCATGGCCGGCATCAAAGTTCACGGAGTTCCCATATCCACCACCACAATGC
GCGTTCTCGCTACTCTTTACGAGAAGGGTCTCGATTTCGAGTTAGTCCCCGTAGACATGA
AAGGCGGTGCTCACAAGCAGGAGCCTCTCATTTCTCTCAACCCCTTCGGTCAAATACCTG
CTCTCCTAGACGGTGATTTGACGCTTTTTGAGTCAAGAGCCATCACAGAGTACATAGCAG
AGGAGTACAGCGACAAAGGCGAGAAGCTTCTCTGCCAAGGCTGCAAGAAACTGAAGGCCA
TCACAAAGGTGTGGCTTCAAGTTGAAGGTCAACAGTTTGACCCTATCGCCTCTAAGTTAG
CCTACGAGCGTGTCTTCAAAGGCATGCTTGGCATGACCACTGATCCAGCCGCTGCGGAAG
AGCTCGAAGCTAAGTTGGTCAAGGTCTTGGATATCTACGAGGCCAGGCTCTCCAAATCCC
CCTTCTTGGCTGGTGATTGCTTCACTCTGGCTGATCTCCACCACCTCCCAATCATCTATT
ACTTGATGAGCACCGACTCCAAGAAGCTCTTTGAGTCCCGCCCTAAGGTTAGCGAGTGGA
TCAAGAAGATCACTGCAAGGCCTGCTTGGGTTAAGGTTCTTAACCTCCAGAAGAAGTGAC
ATGGTGCCTTTCTTACATCTCTGAGATATTTTCATGTGGTTTGACATAAATGATTTGTTC
CTTGTTGCTTAATTATCATTATTATTAGTTATGTACCTCTTACTCTCTTTCTCTTTGGTG
TTATGTGTTGCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BO94TF U 1
AF RR3AH62TF U 13
BS 1 214 RR3BO94TF
BS 215 215 RR3AH62TF
BS 216 537 RR3BO94TF
BS 538 538 RR3AH62TF
BS 539 565 RR3BO94TF
BS 566 566 RR3AH62TF
BS 567 577 RR3BO94TF
BS 578 578 RR3AH62TF
BS 579 635 RR3BO94TF
BS 636 636 RR3AH62TF
BS 637 696 RR3BO94TF
BS 697 793 RR3AH62TF

RD RR3BO94TF 696 0 0
GGAAATCAAGCATGGCCGGCATCAAAGTTCACGGAGTTCCCATATCCACCACCACAATGC
GCGTTCTCGCTACTCTTTACGAGAAGGGTCTCGATTTCGAGTTAGTCCCCGTAGACATGA
AAGGCGGTGCTCACAAGCAGGAGCCTCTCATTTCTCTCAACCCCTTCGGTCAAATACCTG
CTCTCCTAGACGGTGATTTGACGCTTTTTGAGTCCAGAGCCATCACAGAGTACATAGCAG
AGGAGTACAGCGACAAAGGCGAGAAGCTTCTCTGCCAAGGCTGCAAGAAACTGAAGGCCA
TCACAAAGGTGTGGCTTCAAGTTGAAGGTCAACAGTTTGACCCTATCGCCTCTAAGTTAG
CCTACGAGCGTGTCTTCAAAGGCATGCTTGGCATGACCACTGATCCAGCCGCTGCGGAAG
AGCTCGAAGCTAAGTTGGTCAAGGTCTTGGATATCTACGAGGCCAGGCTCTCCAAATCCC
CCTTCTTGGCTGGTGATTGCTTCACTCTGGCTGATCTCCACCACCTCCCAATCATCTGTT
ACTTGATGAGCACCGACTCCAAGAATCTCTTTGAGTCTCGCCCTAAGGTTAGCGAGTGGA
TCAAGAAGATCACTGCAAGGCCTGCTTGGGTTAAG*TTCTTAACCTCCAGAAGAAGTGAC
ATGGTGCCTTTCTTACATCTCTGAGATATTTTCATG

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3AH62TF 781 0 0
TGGCCGGCATCAAAGTTCACGGAGTTCCCATATCCACCACCACAATGCGCGTTCTCGCTA
CTCTTTACGAGAAGGGTCTCGATTTCGAGTTAGTCCCCGTAGACATGAAAGGCGGTGCTC
ACAAGCAGGAGCCTCTCATTTCTCTCAACCCCTTCGGTCAAATACCTGCTCTCCTAGACG
GTGATTTGACGCTTTTTGAGTCAAGAGCCATCACAGAGTACATAGCAGAGGAGTACAGCG
ACAAAGGCGAGAAGCTTCTCTGCCAAGGCTGCAAGAAACTGAAGGCCATCACAAAGGTGT
GGCTTCAAGTTGAAGGTCAACAGTTTGACCCTATCGCCTCTAAGTTAGCCTACGAGCGTG
TCTTCAAAGGCATGCTTGGCATGACCACTGATCCAGCCGCTGCGGAAGAGCTCGAAGCTA
AGTTGGTCAAGGTCTTGGATATCTACGAGGCCAGGCTCTCCAAATCCCCCTTCTTGGCTG
GTGATTGCTTCACTCTGGCTGATCTCCACCACCTCCCAATCATCTATTACTTGATGAGCA
CCGACTCCAAGAAGCTCTTTGAGTCCCGCCCTAAGGTTAGCGAGTGGATCAAGAAGATCA
CTGCAAGGCCTGCTTGGGTTAAGGTTCTTAACCTCCAGAAGAAGTGACATGGTGCCTTTC
TTACATCTCTGAGATATTTTCATGTGGTTTGACATAAATGATTTGTTCCTTGTTGCTTAA
TTATCATTATTATTAGTTATGTACCTCTTACTCTCTTTCTCTTTGGTGTTATGTGTTGCT
G

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL7874Contig1 677 2 3 U
CTCCTCTGTAAGCTCTTGAAAGAGAAGCTAAGATTGATTTTTGATTGCACAAGGAGCATG
GCAGGAACTGGACCGATGAGTCAGGACTGGGAGCCGGTGGTGATCCGTAAGAGAGCCCCT
AACTCTGCCGCCAAGCGCGACGAGAAAACTGTCAACGCCGCTCGTCGTGCCGGCGCCGAT
ATCGAAACCGTCCGAAAATACAATGCTGGAACCAACAAGGCAGCTTCAAGCAGCACTTCC
CTCAACACAAAGACGCTTGATGACGACACTGAGAACCTTACTCATTAGCGTGTCCCTACT
GAGCTAAAGAAAGCCATTATGCAAGCCCGCACTGAGAAGAAGCTAACTCAGTCCCAACTT
GCTCAACTCATCAATGAGAAGCCACAAGTGATCCAAGAGTATGAGTCTGGTAAAGCTATC
CCCAACCAGCAGATCCTTTCTAAGCTCGAGAGAGCTCTTGGTGCTAAACTCCGTGGTAAG
AAGTGATATATGATCATCAACTCCTCAATCTCAATTTGCAGTTTCACCTTTCCTAACGAC
ATTCACTGCTTTCATGCTTCCTTTCTTGTAATGTCGTGAACTCTGTCAAGAGTAATCTTT
TTTTTTCATGTAAGAAAGATCAACAATTGAACCTTTGCTTGATGTATCACTCTTTCCAGA
AACATATATATCATTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EH42JQ C 1
AF RR3EH42TF U 1
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DS 

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AACTCTGCCGCCAAGCGCGACGAGAAAACTGTCAACGCCGCTCGTCGTGCCGGCGCCGAT
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CTCAACACAAAGACGCTTGATGACGACACTGAGAACCTTACTCATTAGCGTGTCCCTACT
GAGCTAAAGAAAGCCATTATGCAAGCCCGCACTGAGAAGAAGCTAACTCAGTCCCAACTT
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CCCAACCAGCAGATCCTTTCTAAGCTCGAGAGAGCTCTTGGTGCTAAACTCCGTGGTAAG
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A*CATATATATCATTAT

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BT95JQ C 1
AF RR3BT95TF U 1
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GCGATACATTTCTGCACGATTTTGGTTTGTCTTCAACTGTTGTTGGAATGAAACTTTGAA
CAGCATCGGTAGTTAAAGAAAGACCGAATACTATTGTACCATAAGTTGATTAAAGCGATG
TAGTTATTACGC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL7876Contig1 677 2 2 U
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BQ
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AF RR3D485JQ C 1
AF RR3D485TF U 1
BS 1 675 RR3D485TF
BS 676 677 RR3D485JQ

RD RR3D485JQ 677 0 0
GCGGTGATACTGCAGCTTTTCGTCGTTCCTGCGTTTACGGTGACCCTATGGAAACTCCTC
TCGTTCTCTGACGAACCCATTTATACTTATTTGGTGATCTGCTTTGTTTTCCCGGCTGTG
ATACTCGTCTCCCTTCAGCTTTCCTTGGTGATTATCCTCCACCATAGCAGCTGTTTAAGA
CGTTCTCCCCTTTCCGGTTCCTCTCTCCCAGACCTAAATACTCGTCTCCCTTCAGCTTAT
CTTGCTGTTTAAGACGTTTTTTCAGCTGCTCCACCTTGAACTGAAACTTTTGCCTCGCAC
CTATGCTCACAGACATCGTTTGATAATGGCGTTACCTGGAGCGTCTCCCTTTTTAGGCGG
AAACGCAGCGAACCTGAACCTCTTGTCCAGGTTGGGCTGGAATGGGCCAAGACAAAATTG
GGCTTTTATCTCTACAGCTGTTTGATCAGCAAGGTCAAAGATCACTCCGGCAGCTGCACT
TACGTACAAAACGTTAAATAGAGCAACAAACTATCATAAACTTTATGAACTGAAGTATAA
ACAGGCTTTGCTATGATGTGTTCGGGGAAGAAGCCAAGTGAGTTCTAGGAAACTTTAATG
GACTGTAAAGCTAGGGAGAGAGAGACCTCGAACAATGTTAAATCAGTTCCACAAGTTATG
TTCGAAACAATTCCAGT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3D485TF 675 0 0
GCGGTGATACTGCAGCTTTTCGTCGTTCCTGCGTTTACGGTGACCCTATGGAAACTCCTC
TCGTTCTCTGACGAACCCATTTATACTTATTTGGTGATCTGCTTTGTTTTCCCGGCTGTG
ATACTCGTCTCCCTTCAGCTTTCCTTGGTGATTATCCTCCACCATAGCAGCTGTTTAAGA
CGTTCTCCCCTTTCCGGTTCCTCTCTCCCAGACCTAAATACTCGTCTCCCTTCAGCTTAT
CTTGCTGTTTAAGACGTTTTCTCAGCTGCTCCACCTTGAACTGAAACTTCTGCCTCGCAC
CTATGCTCACAGACATCGTTTGATAATGGCGTTACCTGGAGCGTCTCCCTTCTTAGGCGG
AAACGCAGCGAACCTGAACCTCTTGTCCAGGTTGGGCTGGAATGGGCCAAGACAAAATTG
GGCTTTTATCTCTACAGCTGTTTGATCAGCAAGGTCAAAGATCACTCCGGCAGCTGCACT
TACGTACAAAACGTTAAATAGAGCAACAAACTATCATAAACTTTATGAACTGAAGTATAA
ACAGGCTTTGCTATGATGTGTTCGGGGAAGAAGCCAAGTGAGTTCTAGGAAACTTTAATG
GACTGTAAAGCTAGGGAGAGAGAGACCTCGAACAATGTTAAATCAGTTCCACAAGTTATG
TTCGAAACAATTCCA

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL7877Contig1 839 2 2 U
GGGAGCTCTTGAAGGATCACATTTTCTGGCGACTAAAGAGCTTGTTAGCCTCAGTGAGCA
GCAGCTTGTGGATTGCGACCATGAGTGTGATCCAGAAGAGGCCAATTCATGTGACTCTGG
ATGCAGTGGAGGACTAATGAACAACGCTTTTGAGTACACTCTCAAAGCTGGTGGCCTTAT
GAAAGAATCAGACTATCCTTATACAGGACATGACAATTCCGGTTGCAAGTTCGACAAGAG
CATGATCGCTGCCAGAGTGTCTAACTTCGGCGTTGTCTCTGCTGATGAAGACCAAATAGC
TGCAAATCTAGTCCACCACGGTCCTCTTGCCATTGCTATCAATGCAATGTGGATGCAAAC
TTACATTGGCGGAGTCTCGTGCCCGTATGTATGTTCTAAGAGCCAAGACCATGGAGTGCT
CTTGGTTGGGTTTGGCTCGTCCGGTTATGCACCAATCCGTCTCAAGGAGAAGCCTTACTG
GATCATAAAGAACTCATGGGGAGAGACGTGGGGCGAGCATGGTTACTACAAAATCTGCAG
GGGACGTCATAACATCTGTGGTATGGACACAATGGTATCTACTGTTGCTGCTGTTCACAC
CTCAACTCAGTAGAAGTATTAGGACACTACTGGGTTTTACCTGTCCTTGTGTGTATATTA
TATATATATATGTATCTGAATAACAACTATGGACTGTTATTTTTAGTATTATCGTCAATT
TGTTTCAGTTTTAATGTAAAATATAGCCTTGGGGTGTCGTTATCCTTGTAGCATCGAATG
CTAAAGAAAAGTGATATGATGATCAGTTTATAAGTATGTAATAATGGAAGTTTTACATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FC56TF U 1
AF RR3FC56JQ C 280
BS 1 693 RR3FC56TF
BS 694 839 RR3FC56JQ

RD RR3FC56TF 693 0 0
GGGAGCTCTTGAAGGATCACATTTTCTGGCGACTAAAGAGCTTGTTAGCCTCAGTGAGCA
GCAGCTTGTGGATTGCGACCATGAGTGTGATCCAGAAGAGGCCAATTCATGTGACTCTGG
ATGCAGTGGAGGACTAATGAACAACGCTTTTGAGTACACTCTCAAAGCTGGTGGCCTTAT
GAAAGAATCAGACTATCCTTATACAGGACATGACAATTCCGGTTGCAAGTTCGACAAGAG
CATGATCGCTGCCAGAGTGTCTAACTTCGGCGTTGTCTCTGCTGATGAAGACCAAATAGC
TGCAAATCTAGTCCACCACGGTCCTCTTGCCATTGCTATCAATGCAATGTGGATGCAAAC
TTACATTGGCGGAGTCTCGTGCCCGTATGTATGTTCTAAGAGCCAAGACCATGGAGTGCT
CTTGGTTGGGTTTGGCTCGTCCGGTTATGCACCAATCCGTCTCAAGGAGAAGCCTTACTG
GATCATAAAGAACTCATGGGGAGAGACGTGGGGCGAGCATGGTTACTACAAAATCTGCAG
GGGACGTCATAACATCTGTGGTATGGACACAATGGTATCTACTGTTGCTGCTGTTCACAC
CTCAACTCAGTAGAAGTATTAGGACACTACTGGGTTTTACCTGTCCTTGTGTGTATATTA
TATATATATATGTATCTGAATAACAACTATGGA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3FC56JQ 560 0 0
TGCTGATGAAGACCAAATAGCTGCAAATTTAGTCCACCACGGTCCTTTTGCCATTGCTAT
CAATGCAATGTGGATGCAAACTTACATTGGCGGAGTTTCGTGCCCGTATGTATGTTTTAA
GAGCCAAGACCATGGAGTGCTTTTGGTTGGGTTTGGCTCGTCCGGTTATGCACCAATCCG
TTTCAAGGAGAAGCCTTACTGGATCATAAAGAACTCATGGGGAGAGACGTGGGGCGAGCA
TGGTTACTACAAAATTTGCAGGGGACGTCATAACATTTGTGGTATGGACACAATGGTATT
TACTGTTGCTGCTGTTCACACCTCAACTCAGTAGAAGTATTAGGACACTACTGGGTTTTA
CCTGTCCTTGTGTGTATATTATATATATATATGTATTTGAATAACAACTATGGACTGTTA
TTTTTAGTATTATCGTCAATTTGTTTCAGTTTTAATGTAAAATATAGCCTTGGGGTGTCG
TTATCCTTGTAGCATCGAATGCTAAAGAAAAGTGATATGATGATCAGTTTATAAGTATGT
AATAATGGAAGTTTTACATT

QA 1 560 1 560
DS 



AS 1 2

CO CL7878Contig1 860 2 2 U
GGATTATGGCTGCACAGTCGCTATCGCTTCCTCTCGCCGGCAGAGTAGCCATAGTCACCG
GCTCTTCTCGTGGTATCGGAAGAGCCATAGCGATCCACCTCGCCGAACTCGGTGCGAGGA
TCGTTGTCAATTACACAACTAAATCGGCAGACGCCGAGATTGTCGCGGCGGAGATCAACG
GCCTTCCATCCCCCGGAAATGATGGACCGAGAGCGATCGTGGTTCAGGCCAACGTCTCAG
AGGCAAGCCAGGTGAAATCGCTTTTCGATGCTGCGGAGAGCGCCTTCGAGTCGCCGGTTC
ATATTCTGGTTAACTCGGCGGGAGTACTCGATCCCAAGTACCCTTCCATCGCAAACACAT
CGGTTGAAGATTTTGATCGCACTTTCAGTGTCAATACAAAAGGGGCGTTTCTTTGCAGCA
AAGAAGCTGCCAATAGGCTCAAAAAGGGAGGCGGTGGTCGGATCATACTCCTCACATCTT
CCATGACCCGAGGTTTGAAGCCGGGATTCGGGGCATATGCAGCGTCAAAAGCAGCTGTGG
AAACTATGGTTAAGATTCTAGTGAAAGAGCTCAAAGGAACAGGAATCACTGCAAACTGTG
TAGCTCCGGGACCCATCGCCACTGAGATGTTCTTTGAAAGAAAGAGCTCGGAGTTGGTGG
AGAAGATAGCCGAAGAGAATCCTTTTGGGAGAGTCGGCGAAGTCAAAGATGTGGTGCCTC
TTGTTGGGTTCTTGGCTGGCGATGGTGGTGAATGGATCAACGGTCAGATCATTCCTGTTA
ATGGTGGATATGTGTAAAAGGATTGGTCTGTAGTAGCCTCTTTGCTGTTCTTTTGAGGCT
TACTGATGATATGTTTGCAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GF37TF U 1
AF RR3GF37JQ C 408
BS 1 691 RR3GF37TF
BS 692 860 RR3GF37JQ

RD RR3GF37TF 691 0 0
GGATTATGGCTGCACAGTCGCTATCGCTTCCTCTCGCCGGCAGAGTAGCCATAGTCACCG
GCTCTTCTCGTGGTATCGGAAGAGCCATAGCGATCCACCTCGCCGAACTCGGTGCGAGGA
TCGTTGTCAATTACACAACTAAATCGGCAGACGCCGAGATTGTCGCGGCGGAGATCAACG
GCCTTCCATCCCCCGGAAATGATGGACCGAGAGCGATCGTGGTTCAGGCCAACGTCTCAG
AGGCAAGCCAGGTGAAATCGCTTTTCGATGCTGCGGAGAGCGCCTTCGAGTCGCCGGTTC
ATATTCTGGTTAACTCGGCGGGAGTACTCGATCCCAAGTACCCTTCCATCGCAAACACAT
CGGTTGAAGATTTTGATCGCACTTTCAGTGTCAATACAAAAGGGGCGTTTCTTTGCAGCA
AAGAAGCTGCCAATAGGCTCAAAAAGGGAGGCGGTGGTCGGATCATACTCCTCACATCTT
CCATGACCCGAGGTTTGAAGCCGGGATTCGGGGCATATGCAGCGTCAAAAGCAGCTGTGG
AAACTATGGTTAAGATTCTAGTGAAAGAGCTCAAAGGAACAGGAATCACTGCAAACTGTG
TAGCTCCGGGACCCATCGCCACTGAGATGTTCTTTGAAAGAAAGAGCTCGGAGTTGGTGG
AGAAGATAGCCGAAGAGAATCCTTTTGGGAG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3GF37JQ 453 0 0
TTTT
TTTGCAGCAAAGAAGCTGCCAATAGGCTCAAAAAGGGAGGCGGTGGTCGGATCATACTCC
TCACATCTTCCATGACCCGAGGTTTGAAGCCGGGATTCGGGGCATATGCAGCGTCAAAAG
CAGCTGTGGAAACTATGGTTAAGATTCTAGTGAAAGAGCTCAAAGGAACAGGAATCACTG
CAAACTGTGTAGCTCCGGGACCCATCGCCACTGAGATGTTCTTTGAAGGAAAGAGCTCGG
AGTTGGTGGAGAAGATAGCCGAAGAGAATCCTTTTGGGAGAGTCGGCGAAGTCAAAGATG
TGGTGCCTCTTGTTGGGTTCTTGGCTGGCGATGGTGGTGAATGGATCAACGGTCAGATCA
TTCCTGTTAATGGTGGATATGTGTAAAAGGATTGGTCTGTAGTAGCCTCTTTGCTGTTCT
TTTGAGGCTTACTGATGATATGTTTGCAA

QA 5 453 5 453
DS 



AS 1 2

CO CL7879Contig1 904 2 4 U
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CGTGGAATATATCATGGCTGACGGTACTAACACCTTCGCGTGCGGCGTAAGTAAAGTGAT
TATGCTGTTCGGTTTTAGGGTCGTGCTTGATCCTATGAGAAAGGAGCGTTAGTTTGAACA
ACTTGTCTGAGTATGAGAATACTGAGGTCACCTTAAAGATCGTTGGAGAGGATGGAGATG
GACAAGACAAGAACAAAACATCCTCCTGTTACGCCTCGGCTGATGACGCTGTTCCGGTTT
CTTCTAATCGTGAGAGGAAACGAGGAGTTCCATGGACTGAGGAAGAGCACAAGCTGTTCC
TGCTTGGTTTGGAGAAAGTAGGAAAAGGAAATTGGAAAGGAATCTCCAAGAACTTTGTCA
AGAGCAGGACGTCTACGCAAGTTGCTAGTCATGCTCAGAAATACTTTCTCCGGCGAAGTA
ATCTCAACCGTCGCCGCCGGAGAAGATCTAGCCTTTTTGACATGACAACTGCTACGGTCT
TGCCCATGGAAGAAGTGCAGGAGAACACATCACAACCATCTTCTCTTGTACCGGATGTTA
ACAGCTTCACTAGTCACCCGCTTATGCAAATCTTTCCTGAGTTTACTTTTGAAGCAAGGC
CTACACCGATCTCTCTCAACCTCTCACTAGCTTCATCTACTCTTAATGAGCCATCTTCTA
CTTCAAGGCATTCAGCATTCAACACGATTGGAGTCGCTTGATGAAAATCCCAGAGGTGAA
TCTGCTACACATACACCGTGTTTGTTTCTCTCTTGTACAGATAGGTCTTGACTTTGTTAT
ATTTTAATCAAATTTATGTATTTGGCTGTGGTTAAAAAAGAATAATAGACAGAGGAGATT
GGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3AB70TF U 1
AF RR3AB70JQ C 143
BS 1 161 RR3AB70TF
BS 162 162 RR3AB70JQ
BS 163 816 RR3AB70TF
BS 817 904 RR3AB70JQ

RD RR3AB70TF 816 0 0
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TCTGCTACACATACACCGTGTTTGTTTCTCTCTTGT

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3AB70JQ 762 0 0
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TGCTAGTCATGCTCAGAAATACTTTTTCCGGCGAAGTAATCTCAACCGTCGCCGCCGGAG
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GAACACATCACAACCATCTTCTCTTGTACCGGATGTTAACAGCTTCACTAGTCACCCGCT
TATGCAAATCTTTCCTGAGTTTACTTTTGAAGCAAGGCCTACACCGATCTCTCTCAACCT
CTCACTAGCTTCATCTACTCTTAATGAGCCATCTTCTACTTCAAGGCATTCAGCATTCAA
CACGATTGGAGTCGCTTGATGAAAATCCCAGAGGTGAATTTGCTACACATACACCGTGTT
TGTTTCTCTCTTGTACAGATAGGTCTTGACTTTGTTATATTTTAATCAAATTTATGTATT
TGGCTGTGGTTAAAAAAGAATAATAGACAGAGGAGATTGGAG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL7880Contig1 651 2 1 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CF75JQ C 1
AF RR3CF75TF U 1
BS 1 651 RR3CF75TF

RD RR3CF75JQ 651 0 0
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CTTGCCCTGATCGTTATGTTGTTGGACTGGATATATCAAAAACTGTGGTTGAGCAATCAT
CAAAGAGATTTTCCTCTCTGCCCAATGAAAAGTACTTCTCCTTCTTGAATGAAGACTTTT
TCACTTGGGAGCCAGCTGAAAAATTTGATCTCATTTTCGACTATACCATGAGACCCCTAT
GGGGACAGCGAATGGAAAAACTTCTGAAACCGGATGGAGAGCTTATAACAATTGTGTATC
CTATCGATGAGCGTTCTGGAGGTCCTCCTTACAAAGTATCTGTGTCTGAGTACGAGAATG
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CACGCAAGGGAATAGAGAAGATTGGGAGATGGAAGAAGAAGACGAAAACTTCAACGTTTC
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AAGCTTCAATCTATGTATGTTTTCTCATGCTCTCACTCGTAATAAATATCTGTTTAATGT
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QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3CF75TF 651 0 0
GGCCTAAAGGCAGGACTCTTGTTCCTGGTTGTGGAATCGGTTATGATGTGGTGGCAATGG
CTTGCCCTGATCGTTATGTTGTTGGACTGGATATATCAAAAACTGTGGTTGAGCAATCAT
CAAAGAGATTTTCCTCTCTGCCCAATGAAAAGTACTTCTCCTTCTTGAATGAAGACTTTT
TCACTTGGGAGCCAGCTGAAAAATTTGATCTCATTTTCGACTATACCATGAGACCCCTAT
GGGGACAGCGAATGGAAAAACTTCTGAAACCGGATGGAGAGCTTATAACAATTGTGTATC
CTATCGATGAGCGTTCTGGAGGTCCTCCTTACAAAGTATCTGTGTCTGAGTACGAGAATG
TTCTGGTTCCATTGGGGTTTGAATCAATCTCAATTGCTGATAACGAACTAGCTGTGAAAC
CACGCAAGGGAATAGAGAAGATTGGGAGATGGAAGAAGAAGACGAAAACTTCAACGTTTC
ACCACACCTTGTGATTTGTGGTGATGCTTTATTGATCATTACAGAAGCTTATTCATAATT
AAGCTTCAATCTATGTATGTTTTCTCATGCTCTCACTCGTAATAAATATCTGTTTAATGT
ATGTAATTTTGTATTATTCTAAGATTTCATCCTTTTTACTTATTCTATTTC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL7881Contig1 1006 2 2 U
GGGGGAAGATAACTTTTGATGGCGAGGACGGGAACTGGGAAGAACGGTGCGGGGCAATTC
TTCCTGGCGACGCTGCTTCTATGGCTAGTCTCCGTCGTGTTCGAGATTGCCTTCAACCTA
AGGACCGAGCTTCTCTGGGTGATCAGCGGAGGATGCTTCTTTCAATCGGCGAATTGGTTC
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TCAATCATCACCTCCGCCTCAGTGGTTTTCATTCTGCTCAACCAATGCTTAGAGAAAGGT
GTAGAGGAGATGTTCGATCATTCTGAGCTCGTTGGTGGGACTTGGAACTGGGCACACCCT
GCTCTGTGTTTCTCTTGCGGTTACTTTGCTTATGACCAGTGGGATATGCTTCGGTACCGT
TTATACAGCGGTTTAATACCTTCTATCCTGGTCCACCATCTCGTCCTCCTCGTTTGCTTC
ACTTTGGCTCTGTACCGGAACGTTACCATCAACTACCTCATCCCTACTCTCATCTGCGAG
ATGCATTCGATCTTTCTGCACGTGAGGAAGCTAAGGAGGATGGCGGGAATCCGTGACAGC
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CTTGGGATGGATCTGTTTCATGCTTTTAGAAGAGAGAGAAGCAACAGAAGAAATCAAGAG
AAGAGAAACCATGTAGAATGATTAGCCATTTTTTTGGAAGCCATCCTTAGACCAAGGTTT
ATTGTAAGGTTTATAATACACATTACCACACTCTATCTGTTTTTTTATTTCTGAGGCTTT
GCTACTATGTTTCTATTTAGCTTTCAGATTCTTTCCTTTTTTTTTG


BQ
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AF RR3BZ80TF U 1
AF RR3BZ80JQ C 328
BS 1 713 RR3BZ80TF
BS 714 1006 RR3BZ80JQ

RD RR3BZ80TF 724 0 0
GGGGGAAGATAACTTTTGATGGCGAGGACGGGAACTGGGAAGAACGGTGCGGGGCAATTC
TTCCTGGCGACGCTGCTTCTATGGCTAGTCTCCGTCGTGTTCGAGATTGCCTTCAACCTA
AGGACCGAGCTTCTCTGGGTGATCAGCGGAGGATGCTTCTTTCAATCGGCGAATTGGTTC
GTTCGCGCTTGCCTCTCTCGTGACCCTCTCTTCGTTAATACCTCCGTCTCGCTTCTACAC
TCAATCATCACCTCCGCCTCAGTGGTTTTCATTCTGCTCAACCAATGCTTAGAGAAAGGT
GTAGAGGAGATGTTCGATCATTCTGAGCTCGTTGGTGGGACTTGGAACTGGGCACACCCT
GCTCTGTGTTTCTCTTGCGGTTACTTTGCTTATGACCAGTGGGATATGCTTCGGTACCGT
TTATACAGCGGTTTAATACCTTCTATCCTGGTCCACCATCTCGTCCTCCTCGTTTGCTTC
ACTTTGGCTCTGTACCGGAACGTTACCATCAACTACCTCATCCCTACTCTCATCTGCGAG
ATGCATTCGATCTTTCTGCACGTGAGGAAGCTAAGGAGGATGGCGGGAATCCGTGACAGC
GGCACGGCGTTGGTGAAACTGGAGTGGGTGCTGAACTGGGCAGCCTTTGTGTTTGCGAGA
TGCATTCCTCACATTCTCATCACTGTCAAGCTGATCAAAGACGCGCACAAGTT
GGGAGAGCGTG

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3BZ80JQ 679 0 0
CTCGTTGGTGGGACTTGGAACTGGGCACACCCTGCTCTGTGTTTCTCTTGCGGTTACTTT
GCTTATGACCAGTGGGATATGCTTCGGTACCGTTTATACAGCGGTTTAATACCTTCTATC
CTGGTCCACCATCTCGTCCTCCTCGTTTGCTTCACTTTGGCTCTGTACCGGAACGTTACC
ATCAACTACCTCATCCCTACTCTCATTTGCGAGATGCATTCGATCTTTCTGCACGTGAGG
AAGCTAAGGAGGATGGCGGGAATCCGTGACAGCGGCACGGCGTTGGTGAAACTGGAGTGG
GTGCTGAACTGGGCAGCCTTTGTGTTTGCGAGATGCATTCCTCACATTCTCATCACTGTC
AAGCTGATCAAAGACGCGCACAAGTTTGGGAGAGGCGTGGAGTGGCCGCTCGCTCTGTTT
GGTATGGCTGGAATGAACACCCTCAATGTGGGTCTTGGGATGGATCTGTTTCATGCTTTT
AGAAGAGAGAGAAGCAACAGAAGAAATCAAGAGAAGAGAAACCATGTAGAATGATTAGCC
ATTTTTTTGGAAGCCATCCTTAGACCAAGGTTTATTGTAAGGTTTATAATACACATTACC
ACACTCTATCTGTTTTTTTATTTCTGAGGCTTTGCTACTATGTTTCTATTTAGCTTTCAG
ATTCTTTCCTTTTTTTTTG

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL7882Contig1 938 2 2 U
CCAAAAAAATGTCGGCTTACTTGGTATCGTCTTCCCGGTGACCTTCACCGGCCACGGCCA
GCTCCCGGCGAAACTCCACTCTTCGCGACGGAGATTGGTGGTTAAGTCTTCGAACTCATC
CAGCGAACGTCAGACTCTATTCAACCGCATTGCTCCTGTTTACGATAACCTGAATGATCT
CTTAAGCTTAGGACAACATCGTATCTGGAAGAACATGGCTGTTTCCTGGACCGGAGCGAG
AACAGGAGATAAAGTTCTTGACTTGTGTTGTGGAAGTGGTGATTTAGCCTTCCTCTTGTC
TGAGAAAGTTGGTCCAAGTGGAAAGGTGATGGGTTTGGATTTCTCCTCTGAACAACTAGC
TGTTGCATCGTCAAGACAGAAGCTTAGAGGGAGGTCTTGCTACAAGTGTATAGAGTGGAT
TGAAGGTGATGCTACTGATTTGCCATTTGATGACTGTGAGTTCGATGCGGTAACGATGGG
TTATGGTCTTAGAAACGTTGTTGATAGGCGTAGAGCCATGAGGGAGATGTATCGGGTTCT
GAAACCAGGTTCCAGAGTGTCCATACTTGATTTCAATAAGAGCAACCAATCGGTTACGAC
GTTTATGCAGGATTGGATGATTGACAATATAGTTGTCCCTGTGGCTACTCTTTATGATCT
TGCAAAGGAGTATGAGTATCTAAAGTATTCAATCAGTGAGTACCTTACAGGAGAAGAGCT
GGAGACTCTTGCTCTAGAAGCTGGATTCTCAAGTGCACGCCATTATGAGATTAGTGGTGG
TTTCATGGGGAATTTGGTCGCCTTGAAGTAAACGAAAAGATTTGTTTTAAAATGTTGAAG
GACCTTCTTCGATGTGTTGAGACTTCTAATCAAATGTATTATGTCATAGCATTGCCCATC
TTCATATGATAAACAAGTTATCCAAAATAATGTAAATC


BQ
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AF RR3GO70TF U 1
AF RR3GO70JQ C 229
BS 1 663 RR3GO70TF
BS 664 938 RR3GO70JQ

RD RR3GO70TF 663 0 0
CCAAAAAAATGTCGGCTTACTTGGTATCGTCTTCCCGGTGACCTTCACCGGCCACGGCCA
GCTCCCGGCGAAACTCCACTCTTCGCGACGGAGATTGGTGGTTAAGTCTTCGAACTCATC
CAGCGAACGTCAGACTCTATTCAACCGCATTGCTCCTGTTTACGATAACCTGAATGATCT
CTTAAGCTTAGGACAACATCGTATCTGGAAGAACATGGCTGTTTCCTGGACCGGAGCGAG
AACAGGAGATAAAGTTCTTGACTTGTGTTGTGGAAGTGGTGATTTAGCCTTCCTCTTGTC
TGAGAAAGTTGGTCCAAGTGGAAAGGTGATGGGTTTGGATTTCTCCTCTGAACAACTAGC
TGTTGCATCGTCAAGACAGAAGCTTAGAGGGAGGTCTTGCTACAAGTGTATAGAGTGGAT
TGAAGGTGATGCTACTGATTTGCCATTTGATGACTGTGAGTTCGATGCGGTAACGATGGG
TTATGGTCTTAGAAACGTTGTTGATAGGCGTAGAGCCATGAGGGAGATGTATCGGGTTCT
GAAACCAGGTTCCAGAGTGTCCATACTTGATTTCAATAAGAGCAACCAATCGGTTACGAC
GTTTATGCAGGATTGGATGATTGACAATATAGTTGTCCCTGTGGCTACTCTTTATGATCT
TGC

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3GO70JQ 710 0 0
GACCGGAGCGAGAACAGGAGATAAAGTTCTTGACTTGTGTTGTGGAAGTGGTGATTTAGC
CTTCCTCTTGTCTGAGAAAGTTGGTCCAAGTGGAAAGGTGATGGGTTTGGATTTCTCCTC
TGAACAACTAGCTGTTGCATCGTCAAGACAGAAGCTTAGAGGGAGGTCTTGCTACAAGTG
TATAGAGTGGATTGAAGGTGATGCTACTGATTTGCCATTTGATGACTGTGAGTTCGATGC
GGTAACGATGGGTTATGGTCTTAGAAACGTTGTTGATAGGCGTAGAGCCATGAGGGAGAT
GTATCGGGTTCTGAAACCAGGTTCCAGAGTGTCCATACTTGATTTCAATAAGAGCAACCA
ATCGGTTACGACGTTTATGCAGGATTGGATGATTGACAATATAGTTGTCCCTGTGGCTAC
TCTTTATGATCTTGCAAAGGAGTATGAGTATCTAAAGTATTCAATCAGTGAGTACCTTAC
AGGAGAAGAGCTGGAGACTCTTGCTCTAGAAGCTGGATTCTCAAGTGCACGCCATTATGA
GATTAGTGGTGGTTTCATGGGGAATTTGGTCGCCTTGAAGTAAACGAAAAGATTTGTTTT
AAAATGTTGAAGGACCTTCTTCGATGTGTTGAGACTTCTAATCAAATGTATTATGTCATA
GCATTGCCCATCTTCATATGATAAACAAGTTATCCAAAATAATGTAAATC

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL7883Contig1 1289 2 2 U
GGCCATCAGCTCTGACTCTTCTTAAGATTCACAAAATTTAACTTCAATAACACTGATACA
AAAAAAGAATCAATAACCATGGAGGGCGTAAGTACGATCATTAAAAACTTTAGGCCGTTT
TTGTTAATGATATTTTTGCAATTTGGGGCAGCAGGCACGTATATTGTCATTATGGCCACT
CTCAACCAAGGCCAGAATCGTTACGTTCTGATTGTGTACCGTAATGCTGTGGCTGCTCTT
GTTCTCGCACCTTTTGCAATCTTCTTTGAAAGGAAAGTGAGGCCGAAGATGACCCTATCT
GTTTTCTGGAAAATAGTGCTACTCGGCTTTTTGGAGCCAATATTGGACCAGGGTTTTGGT
TACTTGGGGATGAACATGACATCAGCAACATATACATCTGCTATCATGAACGTTCTCCCT
TCTGTCACTTTCATAATCGCTTGGATTCTAAGAATGGAGAAAGTAAAGATAGCAGAGGTA
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GGACATAACAATAGTTCACAAGACCATAATCATTGGGTTGGTGGAACCTTGTTGATACTC
CTCGGTTGTGTTGCTTGGTCTTGCTTCTATGTTTTGCAGTCCATAACGATAAAGACATAT
CCTGCGGATCTTTCACTATCGGCCTTAATATGCCTATCTGGGGCAGTCCAAAGCACCGTA
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TTAGCACCTCTTTATACGGGCATAGTAAGCTCGGGTTTAACCTACTACGTGCAAGGGATG
GTTATGAGAACGAGAGGGCCTGTTTTTGTCACTGCCTTTAACCCTCTTTGCATGATTCTT
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GGGACAGTGATTGCCATGGGTTTGTATTTGGTTGTTTGGGGAAAAGGTAAGGACTATGAA
GTATCAGGATTAGCTATCCTTGAGAAGAATAGCCTTCAAGAACTACCAATCAGAACTCAA
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GCTGGTGCTCATCGTTAGACATCCGGAATATAAGAAAATTAAGAAAAGAGCCAATTAATA
TTTTATTAGTCTTGTAGTATGCAAAAAAA


BQ
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AF RR3HA01TF U 1
AF RR3HA01JQ C 567
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BS 802 1289 RR3HA01JQ

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TTGTACAAAGGTCCACTTATTCCTTTACCATGGTCTAACCCAGATATGAACCAACACAAC
GGACATAACAATAGTTCACAAGACCATAATCATTGGGTTGGTGGAACCTTGTTGATACTC
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CCTGCGGATCTTTCACTATCGGCCTTAATATGCCTATCTGGGGCAGTCCAAAGCACCGTA
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DS 

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AATATGCCTATCTGGGGCAGTCCAAAGCACCGTAGTAGCTCTTGTAGTGGAGCGCCACTC
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TGTCACTGCCTTTAACCCTCTTTGCATGATTCTTGTAGCTCTCCTTGCTTCTTTTATCCT
CCATGAACAAATACATTACGGATGTGTAATAGGAGGGACAGTGATTGCCATGGGTTTGTA
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AATATAAGAAAATTAAGAAAAGAGCCAATTAATATTTTATTAGTCTTGTAGTATGCAAAA
AAA

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL7884Contig1 824 2 10 U
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GAAGATGGTTTTTCGCAATGTCCCAAACACTTTCCTAAACGCGGTTTTATTGGCGTTTGC
CCTTTCTGTCTCCACGAACGACTCTCTTCCCTTTGCCCTGACTGTGCAAACGATCTCCCA
TGCTCCTGTAGCTCACGCGCCGCCGTGTGTTTCTCTCCGTCGTCTTCTTCGTCTTCCTCC
TCGTTTTCCCTCTTTGCCGGAGACATTACTTTCAGTTTCTCTGGGAGCAGCGGGTCCGTA
GGTCGAGTCGCGAGTTTGATCGAATGCGAACCGGCGTTTCGGAGATCGAAATCGATGGCG
GTTCCGATTAAACCGGATACGGTTGTCGATTCCGTGTCGGGTTTAGAACCAGGTCGTGTG
CGGAGAAGTAAAACGTTGTCGTTTTGGAGGATGTTAATGGGAAACAGAGGAGGTGATGCG
ACGAAGCCGGCAATCATGAGGAAGTCAAGATCCGTTGCGGTCGTCGGAGATATGAAATAT
TCTCCGGTGACGGGAAAAGGGAAAGGATGGAGTTTCCCGAGCCCGAGTAAGGTTTTCCGG
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ATCAAAGTTCTGCAAATTGAGGAATGATAAACTTCTGTTTAGCC


BQ
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DH77TF U 1
AF RR3DH77JQ C 44
BS 1 645 RR3DH77TF
BS 646 646 RR3DH77JQ
BS 647 677 RR3DH77TF
BS 678 678 RR3DH77JQ
BS 679 699 RR3DH77TF
BS 700 700 RR3DH77JQ
BS 701 721 RR3DH77TF
BS 722 722 RR3DH77JQ
BS 723 737 RR3DH77TF
BS 738 824 RR3DH77JQ

RD RR3DH77TF 738 0 0
ACACCAAGAAAACGAAGACAACGCGAGACAATTTTTGTAGAGAAAAAACAAAACATGGAC
GAAGATGGTTTTTCGCAATGTCCCAAACACTTTCCTAAACGCGGTTTTATTGGCGTTTGC
CCTTTCTGTCTCCACGAACGACTCTCTTCCCTTTGCCCTGACTGTGCAAACGATCTCCCA
TGCTCCTGTAGCTCACGCGCCGCCGTGTGTTTCTCTCCGTCGTCTTCTTCGTCTTCCTCC
TCGTTTTCCCTCTTTGCCGGAGACATTACTTTCAGTTTCTCTGGGAGCAGCGGGTCCGTA
GGTCGAGTCGCGAGTTTGATCGAATGCGAACCGGCGTTTCGGAGATCGAAATCGATGGCG
GTTCCGATTAAACCGGATACGGTTGTCGATTCCGTGTCGGGTTTAGAACCAGGTCGTGTG
CGGAGAAGTAAAACGTTGTCGTTTTGGAGGATGTTAATGGGAAACAGAGGAGGTGATGCG
ACGAAGCCGGCAATCATGAGGAAGTCAAGATCCGTTGCGGTCGTCGGAGATATGAAATAT
TCTCCGGTGACGGGAAAAGGGAAAGGATGGAGTTTCCCGAGCCCGAGTAAGGTTTTCCGG
CAATCGAAGATGATATTTCAACAAAGATCTCCATTGTACAGAGGT*GAGATTTTCTGTTA
ATTTCTTATTGTTTTTT*GTTTATTTGAGTTTACAGCAG*TTATTATTACTTTGAGTCAG
C*AATATGACTCTTCTT
A

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3DH77JQ 781 0 0
G
AAAACAAAACATGGACGAAGATGGTTTT*CGCAATGTCCCAAACACTTTCCTAAACGCGG
TTTTATTGGCGTTTGCCCTTTCTGTCTCCACGAACGACTCTCTTCCCTTTGCCCTGACTG
TGCAAACGATCTCCCATGCTCCTGTAGCTCACGCGCCGCCGTGTGTTTCTCTCCGTCGTC
TTCTTCGTCTTCCTCCTCGTTTTCCCTCTTTGCCGGAGACATTACTTTCAGTTTCTCTGG
GAGCAGCGGGTCCGTAGGTCGAGTCGCGAGTTTGATCGAATGCGAACCGGCGTTTCGGAG
ATCGAAATCGATGGCGGTTCCGATTAAACCGGATACGGTTGTCGATTCCGTGTCGGGTTT
AGAACCAGGTCGTGTGCGGAGAAGTAAAACGTTGTCGTTTTGGAGGATGTTAATGGGAAA
CAGAGGAGGTGATGCGACGAAGCCGGCAATCATGAGGAAGTCAAGATCCGTTGCGGTCGT
CGGAGATATGAAATATTCTCCGGTGACGGGAAAAGGGAAAGGATGGAGTTTCCCGAGCCC
GAGTAAGGTTTTCCGGCAATCGAAGATGATATTTCAACAAAGATCTCCATTGTACAGAGG
TTGAGATTTTCTGTTAATTTCTTATTGTTTTTTTGTTTATTTGAGTTTACAGCAGGTTAT
TATTACTTTGAGTCAGCCAATATGACTCTTCTTTATTAATTGTGTAATTGTCCTGATGCA
GCAAAGTTTTATCATTATCAAAGTTCTGCAAATTGAGGAATGATAAACTTCTGTTTAGCC

QA 2 781 2 781
DS 



AS 1 2

CO CL7885Contig1 670 2 1 U
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CTTCTTGAAAGCAATGGATCGGCAAAACTCCGATGACATCATGAAGTTTCTTGACGGAAT
GGCTAGCTCCGACGATGTTTTATTTGGTTTTCTCGACGAAGGAAACCATTCACCGGAGGA
TTACCATGATTCCGGTAGCTTCGCCGGTGGCGAAGAATCCGATGCTGACAACGATGCCGC
CGGTTGCAATTCCGAAGAGAGCAAAACGTTTTGGCATGAACAAGAACAACTTCTCCAGAC
GACACTATATAGGACAAGTTCAGTTGAGACAAATTCGACAAGCAACAAAAGAAGCGTTGA
AAGAAGTGAGATCAAAGGTTTGCAATGTGTTTGCCGGAGACCGGTGATCGGCGGTTGCCG
TAGCTGTTTGCGCGGTGAAGTGGCTAGCCGTCTCCGAGACGCCGGCTATGATTGCGTCAT
TTGCAAATCCAAGTGGAGAAGCAATCACGAGATTCCTGCAGGTGAGCATGAATATTTGGA
AATCGTGGACAAATCTGGATCAAAGAAAAGCGAGATCCGTGTGGTGATTGAGCTATCTTT
TAGGGCAACTCCTTGGACCCATTGTGGTATACACAACGTTCTAATTGAGATAAATTTAAA
TTGGCCGAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AH57JQ C 1
AF RR3AH57TF U 1
BS 1 670 RR3AH57TF

RD RR3AH57JQ 670 0 0
GGAACCCAAAACAACAAAAGAAGAATTAAAAGAAAGAAAAAAAGACATTTTCATCTCTCT
CTTCTTGAAAGCAATGGATCGGCAAAACTCCGATGACATCATGAAGTTTCTTGACGGAAT
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TTACCATGATTCCGGTAGCTTCGCCGGTGGCGAAGAATCCGATGCTGACAACGATGCCGC
CGGTTGCAATTCCGAAGAGAGCAAAACGTTTTGGCATGAACAAGAACAACTTCTCCAGAC
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AAGAAGTGAGATCAAAGGTTTGCAATGTGTTTGCCGGAGACCGGTGATCGGCGGTTGCCG
TAGCTGTTTGCGCGGTGAAGTGGCTAGCCGTCTCCGAGACGCCGGCTATGATTGCGTCAT
TTGCAAATCCAAGTGGAGAAGCAATCACGAGATTCCTGCAGGTGAGCATGAATATTTGGA
AATCGTGGACAAATCTGGATCAAAGAAAAGCGAGATCCGTGTGGTGATTGAGCTATCTTT
TAGGGCAACTCCTTGGACCCATTGTGGTATACACAACGTTCTAATTGAGATAAATTTAAA
TTGGCCGAAC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3AH57TF 670 0 0
GGAACCCAAAACAACAAAAGAAGAATTAAAAGAAAGAAAAAAAGACATTTTCATCTCTCT
CTTCTTGAAAGCAATGGATCGGCAAAACTCCGATGACATCATGAAGTTTCTTGACGGAAT
GGCTAGCTCCGACGATGTTTTATTTGGTTTTCTCGACGAAGGAAACCATTCACCGGAGGA
TTACCATGATTCCGGTAGCTTCGCCGGTGGCGAAGAATCCGATGCTGACAACGATGCCGC
CGGTTGCAATTCCGAAGAGAGCAAAACGTTTTGGCATGAACAAGAACAACTTCTCCAGAC
GACACTATATAGGACAAGTTCAGTTGAGACAAATTCGACAAGCAACAAAAGAAGCGTTGA
AAGAAGTGAGATCAAAGGTTTGCAATGTGTTTGCCGGAGACCGGTGATCGGCGGTTGCCG
TAGCTGTTTGCGCGGTGAAGTGGCTAGCCGTCTCCGAGACGCCGGCTATGATTGCGTCAT
TTGCAAATCCAAGTGGAGAAGCAATCACGAGATTCCTGCAGGTGAGCATGAATATTTGGA
AATCGTGGACAAATCTGGATCAAAGAAAAGCGAGATCCGTGTGGTGATTGAGCTATCTTT
TAGGGCAACTCCTTGGACCCATTGTGGTATACACAACGTTCTAATTGAGATAAATTTAAA
TTGGCCGAAC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL7886Contig1 735 2 2 U
GGATTTTCTTCTCTCTCTCTTGTCGCTCACTCACGCCAGATCTATCTCCAAGAAGAACGA
TGTTGGTGAAATCGCCGCCGGGATAAATCAGTTTCACTGAAGATCATACACATGCAAGAA
AACCCATCAATGACAGGGTTTCGAGCTTCCAAATTCCTACTCTTCATCTTGATTCAGTTT
CTACCTACTCAACTTCTAGCTCAAAGATATAAATCTCTCCACTGCAGATACTCACTTATT
TAAGCGTCAATGCTTACATTTTTGTAGCGGTGACAAGTGCTCCAGATATTGTTTTGTGGT
GTAACGAGATGGAACAACGTTCCTCCCTCATGGGATCCTGCTTCCCTAGCTAGTTTTATC
TAAAACTATGTCACTCATATTGTAACTTCGGTGACGATTGGTGGAAGAGATGTGGTTTGC
ACTAAGAAGCACATGTTCCAAGATACAGAGAGTCAATCTATTAGTGGGTCGTTGATCATA
CAAAGACAGTTCATCGCTCTCTAAAAAACCAGAACTTCGATGTCATTACTGTATGGAATC
TTGAGAAATCCACCTAATTGTCTAAATCGGGTTAGGATAACATTTTGAATGCTCGGCTAT
GTATGAATGGTTATGTTTATTCTGGTTTATATCCGGACATGTATTACATTAACTGGCTAT
GTTATTTTGTAATTAACCAGCTATGTTATTTTGTACTACCACTATGTATTTTGAAAAATA
AAAAACGGTATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP37TF U 1
AF RR3EP37JQ C 123
BS 1 555 RR3EP37TF
BS 556 735 RR3EP37JQ

RD RR3EP37TF 555 0 0
GGATTTTCTTCTCTCTCTCTTGTCGCTCACTCACGCCAGATCTATCTCCAAGAAGAACGA
TGTTGGTGAAATCGCCGCCGGGATAAATCAGTTTCACTGAAGATCATACACATGCAAGAA
AACCCATCAATGACAGGGTTTCGAGCTTCCAAATTCCTACTCTTCATCTTGATTCAGTTT
CTACCTACTCAACTTCTAGCTCAAAGATATAAATCTCTCCACTGCAGATACTCACTTATT
TAAGCGTCAATGCTTACATTTTTGTAGCGGTGACAAGTGCTCCAGATATTGTTTTGTGGT
GTAACGAGATGGAACAACGTTCCTCCCTCATGGGATCCTGCTTCCCTAGCTAGTTTTATC
TAAAACTATGTCACTCATATTGTAACTTCGGTGACGATTGGTGGAAGAGATGTGGTTTGC
ACTAAGAAGCACATGTTCCAAGATACAGAGAGTCAATCTATTAGTGGGTCGTTGATCATA
CAAAGACAGTTCATCGCTCTCTAAAAAACCAGAACTTCGATGTCATTACTGTATGGAATC
TTGAGAAATCCACCT

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3EP37JQ 613 0 0
CCCATCAATGACAGGGTTTCGAGCTTCCAAATTCCTACTCTTCATCTTGATTCAGTTTCT
ACCTACTCAACTTCTAGCTCAAAGATATAAATCTCTCCACTGCAGATACTCACTTATTTA
AGCGTCAATGCTTACATTTTTGTAGCGGTGACAAGTGCTCCAGATATTGTTTTGTGGTGT
AACGAGATGGAACAACGTTCCTCCCTCATGGGATCCTGCTTCCCTAGCTAGTTTTATCTA
AAACTATGTCACTCATATTGTAACTTCGGTGACGATTGGTGGAAGAGATGTGGTTTGCAC
TAAGAAGCACATGTTCCAAGATACAGAGAGTCAATCTATTAGTGGGTCGTTGATCATACA
AAGACAGTTCATCGCTCTCTAAAAA*CCAGAACTTCGATGTCATTACTGTATGGAATCTT
GAGAAATCCACCTAATTGTCTAAATCGGGTTAGGATAACATTTTGAATGCTCGGCTATGT
ATGAATGGTTATGTTTATTCTGGTTTATATCCGGACATGTATTACATTAACTGGCTATGT
TATTTTGTAATTAACCAGCTATGTTATTTTGTACTACCACTATGTATTTTGAAAAATAAA
AAACGGTATATCC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

CO CL7887Contig1 729 2 4 U
GGGCCAATCTTCTATTCATCACCATTGAACTGTCTTGTTCTCTCTATTATTTTCGTTTTT
ATATTTGTCATTATTTTCGTTTCCAAAACGTGTTTTGAAGAAAATGATGAAAGTTGTATA
TCGGTGATTCACATGATCGATAAAAATTTCAACTCGCTACGTTCTTTCTGATTCTTACCA
GTTCCTTGAAAGTTCGTTTTTAATGGTTTTCCTATGAATTCGTTTTCATGAAAAATTCAT
TATGTGTTTTTTGATATTAAAACATTGCATAAACTGGAGAAGTGATGAGAAATCAGATTA
ATATCTTAGGACACCTTCTGACACATTATTGTGTATGAGAATGACATCTATTTCTGATCT
TCAGTTTTAATTTTCTCTTTTCCTTCGTTTTCAATCAGATTAATATTTTTCAATCAAATT
TATCTCACTATATCTTTTATTAGATTGGTTGTCGACATTGTCAATTGTCAAGTTATTTTA
ATATGATTGAAATAGATTCTAGTATAAGTTGCTCAAAGCAGCAATGAGGTTGTGTTTCTT
TGGTTAGTAGCATTATCACCATTTCTCCATAACCAGGACAATTATTAAACATTCAATTAT
GTAGTCTCCAATTTAAAAGACAAGATCTGTTTTGTTACATGGTTTGCTCATATCATTTAC
CGTACAAACAAGTATATGATCCACCAGATCCTATAAGCGTTTTGTTGAAGCTCGTATGAT
CGCAAGAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3BW25TF U 1
AF RR3GA46TF U 70
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RD RR3BW25TF 445 0 0
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TATGTGTTTTTTGATATTAAAACATTGCATAAACTGGAGAAGTGATGAGAAATCAGATTA
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TATCTCACTATATCTTTTATTAGAT

QA 1 445 1 445
DS 

RD RR3GA46TF 660 0 0
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GACACCTTCTGACACATTATTGTGTATGAGAATGACATCTATTTCTGATCTTCAGTTTTA
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AATTTAAAAGACAAGATCTGTTTTGTTACATGGTTTGCTCATATCATTTACCGTACAAAC
AAGTATATGATCCACCAGATCCTATAAGCGTTTTGTTGAAGCTCGTATGATCGCAAGAGA

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

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CATCTTGTTC


BQ
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AF RR3GT02JQ C 1
AF RR3GT02TF U 1
BS 1 670 RR3GT02TF

RD RR3GT02JQ 670 0 0
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GAAGATCAAAGATGCTGTCAAGAAGATGTATGACATTCAGACCAAGAAAGTCAACACACT
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GGACGTTGCTAACAAAATTGGAATCATCTAAGTTAATTATCATACCATCTGAGCTGTCAT
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ATAATCTCTTTGTTGTGCTTTATCGTTGGGATTCTAAGCTATGTTTTGGTATTTATTTCT
CATCTTGTTC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3GT02TF 670 0 0
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GAAATCGGGGCAAATCATTAAGAAGAAGGCGAAGAAGATCAGGACGAAAGTGACATTCCA
CAGGCCAAAGACATTGACAAAGGCTAGAGACCCCAAGTACCCACGCATCAGTGCGACTCC
AAGGAACAAGTTGGACCATTACGGAATCCTCGAGTACCCACTCACCACCGAGTCTGCCAT
GAAGAAGATCGAAGACAACAACACCTTGGTCTTTATTGTTGATATCCGTGCTGACAAGAA
GAAGATCAAAGATGCTGTCAAGAAGATGTATGACATTCAGACCAAGAAAGTCAACACACT
CATCAGGCCTGATGGAACGAAGAAGGCGTACGTGAGATTGACTCCTGATTATGATGCTTT
GGACGTTGCTAACAAAATTGGAATCATCTAAGTTAATTATCATACCATCTGAGCTGTCAT
TTTACATTTGGAGTTTGAAAACAGGGTCTTGTCGTAGTCTCAGTTTTGCTAGAAAAAAGG
ATAATCTCTTTGTTGTGCTTTATCGTTGGGATTCTAAGCTATGTTTTGGTATTTATTTCT
CATCTTGTTC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL7889Contig1 804 2 6 U
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TCCTCACCACAAACTTTCAGATCACATTCGCATCTCGTAACCCTAACTCCAAGATCGGTA
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TCAAATCATTTTCTATTTACAAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CE59TF U 1
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DS 

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TCAACCTCTCGCAACCAAACCTCCTCACCACAAACTTTCAGATCACATTCGCATCTCGTA
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ACCAGATAACTCTCAGGACAGCAATCCCTCCGACGTACCAAGGGCACAAAGAAGACAACG
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CTTCTTTTTATTATTATATAATCAAATCATTTTCTATTTACAAGC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CX34TF U 1
AF RR3CX34JQ C 15
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CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AB14TF U 1
AF RR3AB14JQ C 10
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ATGGAGGACGTAGCCATTGAATGAGAATCTCGTGATATATTAATTAAGTTTCTTTTGTTT
TGTTTTAGGTGGTGTGGTTAGGGTGCATACAGTGATTATGTATGATCGTATCATATAATA
ATATGTTAATTATCC

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3AB14JQ 666 0 0
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AAACAAACAGCTCACCAAACACTCGCGGAAACAGCTGTACAGGAGTGTATGAGCAACATC
AACACCGTCATATCCAAATGGACTTCTCCTTCTTCTTCTTCTTCCGACCAATTCCTCTTC
TCCACCAACAGTCGTCGCGAAGCAGAGGAGTTCGTCGAAGCCGTCAGGCATCTGCACATC
ACGATGCACCGTCTTGCCGCCGTCAACCCCTCTTCCGACAAGCTAATCTACTTTCAGAAC
CTGATGCAATCAGCGATGAACCTTCTCGAATCGGAATTCAACCGAGTCTTGATGGAGAAC
CGACAAAAGGGTCCGGATCCGGAACCGGTTCGTCGGCTACCGGTAAATCTCATGGAGGAC
GTAGCCATTGAATGAGAATCTCGTGATATATTAATTAAGTTTCTTTTGTTTTGTTTTAGG
TGGTGTGGTTAGGGTGCATACAGTGATTATGTATGATCGTATCATATAATAATATGTTAA
TTATCC

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL7892Contig1 842 2 4 U
GTGACTCAGACGGAGAAGAGAGGAGAGCAAGGAGAGGCATGGAGACTGCGATATGTGGGA
GATTAGGTCTCGCACCAAGCACTCTCTTCAATTCTTCTATATCAGTTTGTGTTACTGGTT
TCAACTATTTGCTCCGATTGAGTCTTATTGAACGAGAACGATTGGTTTCTAAGGCGTTAA
GGGAACAAACATTCTGTCTCAAAAGGACCTCACTCGAGTAACCGTGGAGTTCTCATGACC
ATGTCTACGTCCACCGTAGTGGCTAAAGGAGGTGGTTTGTTGGACAAACCAATTATAGAA
AAAACTACTCCTGGTCGTGAATCCGAGTTTGATTTGAGGAAATCAAAGAAGATGGCTCCA
CCTTACAGAGTGATACTGCACAACGACAACTTCAACAAGAGGGAATATGTGGTTCAGGTG
TTGATGAAGGTCATACCAGGAATGACTGTAGACAACGCAGTTAACATTATGCAAGAAGCC
CATATCAACGGTTTGGCAGTTGTCATCGTCTGTGCTCAGGCCGATGCAGAGCAACACTGT
ATGCAGCTGCGCGGTAACGGTCTTCTCAGTTCTGTTGAACCTGATGGTGGAGGCTGCTGA
AACAAAACAAAAAAAACAGAACTAGTTTAAATTTCGTATAGGTTTTTCACACCTCTCAGG
ACACTCTATTTAGTAAAATAGGAAATGTCCTTTGGTGTATATAAATATCAGAAAATTTGG
TTCTAAGACTGTTACTATATGCAGTGAACCTTTGCCTTTTTTATAGATCTTTCGTTGGTT
TTATCATGGAGGGTCTTTTTAGGGAACTTGAGAATGCAAATAACATAACTTTCTTGAAGT
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3CP25TF U 1
AF RR3CP25JQ C 90
BS 1 615 RR3CP25TF
BS 616 616 RR3CP25JQ
BS 617 756 RR3CP25TF
BS 757 842 RR3CP25JQ

RD RR3CP25TF 756 0 0
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ATGTCTACGTCCACCGTAGTGGCTAAAGGAGGTGGTTTGTTGGACAAACCAATTATAGAA
AAAACTACTCCTGGTCGTGAATCCGAGTTTGATTTGAGGAAATCAAAGAAGATGGCTCCA
CCTTACAGAGTGATACTGCACAACGACAACTTCAACAAGAGGGAATATGTGGTTCAGGTG
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CATATCAACGGTTTGGCAGTTGTCATCGTCTGTGCTCAGGCCGATGCAGAGCAACACTGT
ATGCAGCTGCGCGGTAACGGTCTTCTCAGTTCTGTTGAACCTGATGGTGGAGGCTGCTGA
AACAAAACAAAAAAA*CAGAACTAGTTTAAATTTCGTATAGGTTTTTCACACCTCTCAGG
ACACTCTATTTAGTAAAATAGGAAATGTCCTTTGGTGTATATAAATATCAGAAAATTTGG
TTCTAAGACTGTTACTATATGCAGTGAACCTTTGCC

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3CP25JQ 753 0 0
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GAACGAGAACGATTGGTTTCTAAGGCGTTAAGGGAACAAACATTCTGTCTCAAAAGGACC
TCACTCGAGTAACCGTGGAGTTCTCATGACCATGTCTACGTCCACCGTAGTGGCTAAAGG
AGGTGGTTTGTTGGACAAACCAATTATAGAAAAAACTACTCCTGGTCGTGAATCCGAGTT
TGATTTGAGGAAATCAAAGAAGATGGCTCCACCTTACAGAGTGATACTGCACAACGACAA
CTTCAACAAGAGGGAATATGTGGTTCAGGTGTTGATGAAGGTCATACCAGGAATGACTGT
AGACAACGCAGTTAACATTATGCAAGAAGCCCATATCAACGGTTTGGCAGTTGTCATCGT
CTGTGCTCAGGCCGATGCAGAGCAACACTGTATGCAGCTGCGCGGTAACGGTCTTCTCAG
TTCTGTTGAACCTGATGGTGGAGGCTGCTGAAACAAAACAAAAAAAACAGAACTAGTTTA
AATTTCGTATAGGTTTTTCACACCTCTCAGGACACTCTATTTAGTAAAATAGGAAATGTC
CTTTGGTGTATATAAATATCAGAAAATTTGGTTCTAAGACTGTTACTATATGCAGTGAAC
CTTTGCCTTTTTTATAGATCTTTCGTTGGTTTTATCATGGAGGGTCTTTTTAGGGAACTT
GAGAATGCAAATAACATAACTTTCTTGAAGTTT

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL7893Contig1 833 2 1 U
AAAGAATCAGGTTTTTGTTTTGCTCATTAGAGTCGTTTGTGTAAGAAAAATGAAGTTAAC
AGTGATAAAACTCTTCAGAGGTTACTACATGATTACAAACAGACAAGCTATTGAAGCGCA
TTGTTTAGAGATATTCCCAAGGGTTTGTTGAAGCTAATCTTGCTGCAACTTATGGACTAA
CGGTCGGTGAGACACTCTTCTGCGTTTTGCTCCCCAAGATACAACCAAACAGTTTGGTTC
TTTCCTCTTTGTCCCAAGATAACCTTGACAGTTTTCAGAACCACAGTTACACTTTACTTC
AGGACCAAACTGCACAAATCTGTAATCATAAGTAAGTGGCTCTCCTGCTTCTATTTGACG
AGCTGCAAAGACACCTACACGGGTCTCACCTTCAACTTGCCACTTCTCCAAAACACAGTT
TGGGTTGCAGCTGTGATTTAGAAAGCGAGAAGCGTTTCCTTTGAAGGTGGCATCAATTGT
GAAGTCCTTTTGAATCTCACACATGTAAAAGTCTTTCATTCCTTTGTGCTTCATATCCCA
AAGCCTTTGCTCACACTGAGCATCACTAATCACTTCACCGATGTATTCAACAATGAAGTC
CTCTTTGTTAATGGATTCTCCTGCCTCTACTCCCCAACCGCAAAGTTTGGTCTTAACAAC
TTTGATCTTCTTATCCTTGCGGAATGGTCCGTTTCCACAAGTTTCAGGGCACCCACATCG
CTTTGAACAACTTACACACTGAACCCTGCAGACACAGCTTCTACAGCAAGTAGGCCACAG
TTAGTGCACCCAACACCATCATTAGCATTATCACGTTTCTTCTTCACAAGTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ81JQ U 23
AF RR3F550JQ U 1
BS 1 833 RR3F550JQ

RD RR3CZ81JQ 681 0 0
CTCATTAGAGTCGTTTGTGTAAGAAAAATGAAGTTAACAGTGATAAAACTCTTCAGGGGT
TACTACATGATTACAAACAGTCAAGCTATTGAAGCGCATTGTTTAGAGATATTCCCAAGG
GTTTGTTGAAGCTAATCTTGCTGCAACTTATGGACTAACGGTCGGTGAGACACTCTTCTG
CGTTTTGCTCCCCAAGATACAACCAAACAGTTTGGTTCTTTCCTCTTTGTCCCAAGATAA
CCTTGACAGTTTTCAGAACCACAGTTACACTTTACTTCAGGACCAAACTGCACAAATCTG
TAATCATAAGTAAGTGGCTCTCCTGCTTCTATTTGACGAGCTGCAAAGACACCTACACGG
GTCTCACCTTCAACTTGCCACTTCTCCAAAACACAGTTTGGGTTGCAGCTGTGATTTAGA
AAGCGAGAAGCGTTTCCTTTGAAGGTGGCATCAATTGTGAAGTCCTTTTGAATCTCACAC
ATGTAAAAGTCTTTCATTCCTTTGTGCTTCATATCCCAAAGCCTTTGCTCACACTGAGCA
TCACTAATCACTTCACCGATGTATTCAACAATGAAGTCCTCTTTGTTAATGGATTCTCCT
GCCTCTACTCCCCAACCGCAAAGTTTGGTCTTAACAACTTTGATCTTCTTATCCTTGCGG
AATGGTCTGTTTCCACAAGTT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3F550JQ 833 0 0
AAAGAATCAGGTTTTTGTTTTGCTCATTAGAGTCGTTTGTGTAAGAAAAATGAAGTTAAC
AGTGATAAAACTCTTCAGAGGTTACTACATGATTACAAACAGACAAGCTATTGAAGCGCA
TTGTTTAGAGATATTCCCAAGGGTTTGTTGAAGCTAATCTTGCTGCAACTTATGGACTAA
CGGTCGGTGAGACACTCTTCTGCGTTTTGCTCCCCAAGATACAACCAAACAGTTTGGTTC
TTTCCTCTTTGTCCCAAGATAACCTTGACAGTTTTCAGAACCACAGTTACACTTTACTTC
AGGACCAAACTGCACAAATCTGTAATCATAAGTAAGTGGCTCTCCTGCTTCTATTTGACG
AGCTGCAAAGACACCTACACGGGTCTCACCTTCAACTTGCCACTTCTCCAAAACACAGTT
TGGGTTGCAGCTGTGATTTAGAAAGCGAGAAGCGTTTCCTTTGAAGGTGGCATCAATTGT
GAAGTCCTTTTGAATCTCACACATGTAAAAGTCTTTCATTCCTTTGTGCTTCATATCCCA
AAGCCTTTGCTCACACTGAGCATCACTAATCACTTCACCGATGTATTCAACAATGAAGTC
CTCTTTGTTAATGGATTCTCCTGCCTCTACTCCCCAACCGCAAAGTTTGGTCTTAACAAC
TTTGATCTTCTTATCCTTGCGGAATGGTCCGTTTCCACAAGTTTCAGGGCACCCACATCG
CTTTGAACAACTTACACACTGAACCCTGCAGACACAGCTTCTACAGCAAGTAGGCCACAG
TTAGTGCACCCAACACCATCATTAGCATTATCACGTTTCTTCTTCACAAGTAA

QA 1 833 1 833
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7895Contig1 682 2 4 U
GAACGGCAACCCTTGAATGTCTGATCGCTTTAACAAGTTCTGGACCTACACATTCACCTC
GCTCGATCTTGTTATCAATGAAAACGATGATACCCTTGCTTTTGAACTTTTCCAAAACGT
GACTAAGAAAGCCTTTGCGCACGTCTTCTCCACGGAAGCTCAGGAAGACGTGATACAACC
AAATGAGAGCCAGAGATGACGATGAAGAAGAAGCCATCATCATCGTTAACAGCAAGAAGA
AGATGATCGCAAAGGGAGGTTTTAGATCTGAAGAAGGAAAAGGTAAAGACTTATACACAG
CTAGGTCTTGACTTCTTTTTAAGTGGAGAGCATCAGTCAAGAAATGCACTTTCGACAATA
TAAAATTTATTTATACACAGTGCACAGAAGGAGCTAAAATCTGATTATATGGTAAACTCC
GGTTTATCCCGGTTATCCGATCAATCTGAGAAAATGCCTGGTCGCATTACAAGAAACTAC
TCTGTGGGAGCTGTTGATTCTTTGTGATTGTTGTCTCAAAGGTCAAAATGGCAACCTAGT
TTTGGTAAACTCTGCAGAGAAAACAGCAGTGATAAGGACTTAACATATCTGTCAACAGTA
TTTACAGATTTGTGTTACCTTCCAATGATGGATTTGGCAGAGTAACACACACAAGAAAGA
GTTGAAAGAGACCTACAACAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AY32JQ C 1
AF RR3AY32TF U 16
BS 1 15 RR3AY32JQ
BS 16 657 RR3AY32TF
BS 658 658 RR3AY32JQ
BS 659 682 RR3AY32TF

RD RR3AY32JQ 682 0 0
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GCTCGATCTTGTTATCAATGAAAACGATGATACCCTTGCTTTTGAACTTTTCCAAAACGT
GACTAAGAAAGCCTTTGCGCACGTCTTCTCCACGGAAGCTCAGGAAGACGTGATACAACC
AAATGAGAGCCAGAGATGACGATGAAGAAGAAGCCATCATCATCGTTAACAGCAAGAAGA
AGATGATCGCAAAGGGAGGTTTTAGATCTGAAGAAGGAAAAGGTAAAGACTTATACACAG
CTAGGTCTTGACTTCTTTTTAAGTGGAGAGCATCAGTCAAGAAATGCACTTTCGACAATA
TAAAATTTATTTATACACAGTGCACAGAAGGAGCTAAAATCTGATTATATGGTAAACTCC
GGTTTATCCCGGTTATCCGATCAATCTGAGAAAATGCCTGGTCGCATTACAAGAAACTAC
TCTGTGGGAGCTGTTGATTCTTTGTGATTGTTGTCTCAAAGGTCAAAATGGCAACCTAGT
TTTGGTAAACTCTGCAGAGAAAACAGCAGTGATAAGGACTTAACATATCTGTCAACAGTA
TTTACAGATTTGTGTTACCTTCCAATGATGGATTTGGCAGAGTAACACACACAAGAAAGA
GTTGAAAGAGACCTACAACAAC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3AY32TF 667 0 0
AATGTCTGATCGCTTTAACAAGTTCTGGACCTACACATTCACCTCGCTCGATCTTGTTAT
CAATGAAAACGATGATACCCTTGCTTTTGAACTTTTCCAAAACGTGACTAAGAAAGCCTT
TGCGCACGTCTTCTCCACGGAAGCTCAGGAAGACGTGATACAACCAAATGAGAGCCAGAG
ATGACGATGAAGAAGAAGCCATCATCATCGTTAACAGCAAGAAGAAGATGATCGCAAAGG
GAGGTTTTAGATCTGAAGAAGGAAAAGGTAAAGACTTATACACAGCTAGGTCTTGACTTC
TTTTTAAGTGGAGAGCATCAGTCAAGAAATGCACTTTCGACAATATAAAATTTATTTATA
CACAGTGCACAGAAGGAGCTAAAATCTGATTATATGGTAAACTCCGGTTTATCCCGGTTA
TCCGATCAATCTGAGAAAATGCCTGGTCGCATTACAAGAAACTACTCTGTGGGAGCTGTT
GATTCTTTGTGATTGTTGTCTCAAAGGTCAAAATGGCAACCTAGTTTTGGTAAACTCTGC
AGAGAAAACAGCAGTGATAAGGACTTAACATATCTGTCAACAGTATTTACAGATTTGTGT
TACCTTCCAATGATGGATTTGGCAGAGTAACACACACAAGAA*GAGTTGAAAGAGACCTA
CAACAAC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

CO CL7896Contig1 881 2 4 U
GGGCCGGCGACGAACTTTGACGGAGATGGCACTGTCTCAGTCTACCTCACTCCCGACTTT
ACAGTCTCCGTTCCACAAACTTCAATTCGTCGGAGTATCTCGAAATCGGAGAGAACTTAC
AATCCCGACGACGGCGAAAACTCCAACCAGATGTTCTTTGGTTTCGTTATGTCATCATAC
GGCGAAGAGAAGCAATCCGCGGACAATCAGCTGCGTCGCCGGAGATTTTCCCGACGATGG
AGCCAGAGAAGCATCTTCGTCTACTTCTACTCCTACCTCGTCGATCTTCGTGAAGGGGCT
TGCGGATTCAGTGAGTGAAGGTCGTTTGAAGAAGGTCTTCTCGGAGTTTGGAGAAGTTAG
CCATGTAAACATCATCGTGAACGAAAGGACTCGCCAGTCTCTAGGATATGGCTATGTTTG
GTTTACTAAAAGAGATGATGCACAGTTGGCCGTGGAAGCTATGAACGGAAAGTTCTTTGA
TGGCAGGTTTATACTTGTGAAATTTGGTCAGCCTGGACTGTCCCGTCGCCGGAGATCACA
TTCCGATTTTCTTTTTGTGAATAAATGATCTTACTATATTTTATCTTTTGAGGGAATGTA
ATAAAAACTAGGATTCTAAAGCCGGGACCTGAATATTGTATGTCCCAATGGAACTAGGAG
TCATGGCTTAAGGGTGAGAAGCAAGATCCCTGCCATGTTCTTTGTCTTCATAAAATGGTT
TTGTTTTCTTTAGCAACCTCTCTTTCAATGTTGTATCACTTACTGTATTCCCTTCAAAGA
ATTAATGTCTCATCGATGAGAGAGAGAGAGAAACACCAAGGTTGTAACCAAATTTCATTG
GATCTTTGATCTTAAAACAAAGCATTGAAAAAGATTCAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CB84TF U 1
AF RR3CB84JQ C 133
BS 1 747 RR3CB84TF
BS 748 748 RR3CB84JQ
BS 749 799 RR3CB84TF
BS 800 881 RR3CB84JQ

RD RR3CB84TF 799 0 0
GGGCCGGCGACGAACTTTGACGGAGATGGCACTGTCTCAGTCTACCTCACTCCCGACTTT
ACAGTCTCCGTTCCACAAACTTCAATTCGTCGGAGTATCTCGAAATCGGAGAGAACTTAC
AATCCCGACGACGGCGAAAACTCCAACCAGATGTTCTTTGGTTTCGTTATGTCATCATAC
GGCGAAGAGAAGCAATCCGCGGACAATCAGCTGCGTCGCCGGAGATTTTCCCGACGATGG
AGCCAGAGAAGCATCTTCGTCTACTTCTACTCCTACCTCGTCGATCTTCGTGAAGGGGCT
TGCGGATTCAGTGAGTGAAGGTCGTTTGAAGAAGGTCTTCTCGGAGTTTGGAGAAGTTAG
CCATGTAAACATCATCGTGAACGAAAGGACTCGCCAGTCTCTAGGATATGGCTATGTTTG
GTTTACTAAAAGAGATGATGCACAGTTGGCCGTGGAAGCTATGAACGGAAAGTTCTTTGA
TGGCAGGTTTATACTTGTGAAATTTGGTCAGCCTGGACTGTCCCGTCGCCGGAGATCACA
TTCCGATTTTCTTTTTGTGAATAAATGATCTTACTATATTTTATCTTTTGAGGGAATGTA
ATAAAAACTAGGATTCTAAAGCCGGGACCTGAATATTGTATGTCCCAATGGAACTAGGAG
TCATGGCTTAAGGGTGAGAAGCAAGATCCCTGCCATGTTCTTTGTCTTCATAAAATGGTT
TTGTTTTCTTTAGCAACCTCTCTTTCA*TGTTGTATCACTTACTGTATTCCCTTCAAAGA
ATTAATGTCTCATCGATGA

QA 1 799 1 799
DS 

RD RR3CB84JQ 749 0 0
GGCGAAAACTCCAACCAGATGTTCTTTGGTTTCGTTATGTCATCATACGGCGAAGAGAAG
CAATCCGCGGACAATCAGCTGCGTCGCCGGAGATTTTCCCGACGATGGAGCCAGAGAAGC
ATCTTCGTCTACTTCTACTCCTACCTCGTCGATCTTCGTGAAGGGGCTTGCGGATTCAGT
GAGTGAAGGTCGTTTGAAGAAGGTCTTCTCGGAGTTTGGAGAAGTTAGCCATGTAAACAT
CATCGTGAACGAAAGGACTCGCCAGTCTCTAGGATATGGCTATGTTTGGTTTACTAAAAG
AGATGATGCACAGTTGGCCGTGGAAGCTATGAACGGAAAGTTCTTTGATGGCAGGTTTAT
ACTTGTGAAATTTGGTCAGCCTGGACTGTCCCGTCGCCGGAGATCACATTCCGATTTTCT
TTTTGTGAATAAATGATCTTACTATATTTTATCTTTTGAGGGAATGTAATAAAAACTAGG
ATTCTAAAGCCGGGACCTGAATATTGTATGTCCCAATGGAACTAGGAGTCATGGCTTAAG
GGTGAGAAGCAAGATCCCTGCCATGTTCTTTGTCTTCATAAAATGGTTTTGTTTTCTTTA
GCAACCTCTCTTTCAATGTTGTATCACTTACTGTATTCCCTTCAAAGAATTAATGTCTCA
TCGATGAGAGAGAGAGAGAAACACCAAGGTTGTAACCAAATTTCATTGGATCTTTGATCT
TAAAACAAAGCATTGAAAAAGATTCAGAC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL7897Contig1 919 2 12 U
GGAAGCGCATCCTCGCAAGCTCCACAACTCGGGAGAGGCGCAGAAAAAGAGCTGGTACGA
GATGACAATGGAAGAGGATGAGGAGATTACTGAAGCAGAATCAGAAACCATAGCCAAGAT
GCCCCTGAGCAATGAAGAATCAAAAGAGCTCCATGACCCAAATGGAGAAAAAATTCTGGA
AGAGGATGATTGGATTACTGATGGGGTTACCTTTAATGTAGAAGAGGATGATTTGATGGT
GGAAGAAGAATTGCTGGAAGATGAAGTCGTGACGGACCAGAAGCTCCACGCCTCTACGAC
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CACCTGATTCAATCCCCTGTCAAGAAGAAGAGAGCCTCACCGCGAGCTCAATTCACAGGC
GTCTCTTTACGACAGAGAAACTTGGCAAAGGCTCGGGCTTCTCCGAAGCAAAGAGAGACA
CGTGATGGGCCGAGTTTGGGCCAAGGGGAAAATCAGCCAGAAAAAGCCCATGGAGGAGCA
ATTTCGAAGCCCAAAAATTTCACAACTAAGGTGGTGGGGAAGTAAGCCACCGAAGATTCC
TAAATGAACGTGGTTGCGTGGAACTGCCAGGGCGTAGGTGCTGAATTTACAAAGGAGCAC
CTCGCAGAACTTTATCATTGCTTTTTACCTAGATTTCTTTTTCTCTCGGAAACAAAAAAT
TATCGGAGTGTTTTGCAAGATGTGCAAGTTACTTATGGATTTGATCATGTTTTTACGGTT
GACCCGGTTGGTCGGAGTGGAGGTTTAGCTCTTTTTTATATGGATGACCCATCTGTTACT
ATTTTATATGCGGATAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AI44TF U 1
AF RR3AI44JQ C 153
BS 1 696 RR3AI44TF
BS 697 697 RR3AI44JQ
BS 698 771 RR3AI44TF
BS 772 774 RR3AI44JQ
BS 775 797 RR3AI44TF
BS 798 798 RR3AI44JQ
BS 799 806 RR3AI44TF
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BS 808 837 RR3AI44TF
BS 838 838 RR3AI44JQ
BS 839 852 RR3AI44TF
BS 853 919 RR3AI44JQ

RD RR3AI44TF 852 0 0
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GATGACAATGGAAGAGGATGAGGAGATTACTGAAGCAGAATCAGAAACCATAGCCAAGAT
GCCCCTGAGCAATGAAGAATCAAAAGAGCTCCATGACCCAAATGGAGAAAAAATTCTGGA
AGAGGATGATTGGATTACTGATGGGGTTACCTTTAATGTAGAAGAGGATGATTTGATGGT
GGAAGAAGAATTGCTGGAAGATGAAGTCGTGACGGACCAGAAGCTCCACGCCTCTACGAC
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CACCTGATTCAATCCCCTGTCAAGAAGAAGAGAGCCTCACCGCGAGCTCAATTCACAGGC
GTCTCTTTACGACAGAGAAACTTGGCAAAGGCTCGGGCTTCTCCGAAGCAAAGAGAGACA
CGTGATGGGCCGAGTTTGGGCCAAGGGGAAAATCAGCCAGAAAAAGCCCATGGAGGAGCA
ATTTCGAAGCCCAAAAATTTCACAACTAAGGTGGTGGGGAAGTAAGCCACCGAAGATTCC
TAAATGAACGTGGTTGCGTGGAACTGCCAGGGCGTATGTGCTGAATTTACAAAGGAGCAC
CTCGCAGAACTTTATCATTGCTTTTTACCTAGATTTCTTTTTCTCTCGGAAC**AAAAAT
TATCGGAGTGTTTTGCA*GATGTGCA*GTTACTTATGGATTTGATCATGTTTTTACG*TT
GACCCGGTTGGT

QA 1 852 1 852
DS 

RD RR3AI44JQ 767 0 0
ATGACCCAAATGGAGAAAAAATTCTGGAAGAGGATGATTGGATTACTGATGGGGTTACCT
TTAATGTAGAAGAGGATGATTTGATGGTGGAAGAAGAATTGCTGGAAGATGAAGTCGTGA
CGGACCAGAAGCTCCACGCCTCTACGACGAACAGCCCAATTGACGAAGACGAGGCCGCAG
TGATAATGACAAAACGGAGGGGACACAGAGCAGGTCTGAGGGGATCGCGACTGGCTCAGG
CTCTAGGATTGAACATCGTTCCCCTTCTCACCTGATTCAATCCCCTGTCAAGAAGAAGAG
AGCCTCACCGCGAGCTCAATTCACAGGCGTCTCTTTACGACAGAGAAACTTGGCAAAGGC
TCGGGCTTCTCCGAAGCAAAGAGAGACACGTGATGGGCCGAGTTTGGGCCAAGGGGAAAA
TCAGCCAGAAAAAGCCCATGGAGGAGCAATTTCGAAGCCCAAAAATTTCACAACTAAGGT
GGTGGG*AAGTAAGCCACCGAAGATTCCTAAATGAACGTGGTTGCGTGGAACTGCCAGGG
CGTAGGTGCTGAATTTACAAAGGAGCACCTCGCAGAACTTTATCATTGCTTTTTACCTAG
ATTTCTTTTTCTCTCGGAAACAAAAAATTATCGGAGTGTTTTGCAAGATGTGCAAGTTAC
TTATGGATTTGATCATGTTTTTACGGTTGACCCGGTTGGTCGGAGTGGAGGTTTAGCTCT
TTTTTATATGGATGACCCATCTGTTACTATTTTATATGCGGATAAAA

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL7898Contig1 767 2 7 U
CAATGATTCAAATAGCTTTGATCTTGTTACTATTATAAACAATGATACAGAATATGATCT
TCATTACATTCGCATTTGTATACATACAAGCAACACTCATGCTGGTACAAAACCGTAAGC
AAGCAAAAGTCCTCTTTAAAACAACAACAAATGGTACAGCTTACCACATGTAGAAGATGA
GTCTCGTCTTCTTGATTTATTACTATATTTTACATAAGCAGTGAAGATGAAAAAAACGGT
TTGTTTCCTTTCATCCAAGAACACACCGAACTGCACATTTCACTCACGAGGTGCGTTCTT
CTTGAACAACGCATAAGCATCGCTGTAAATAGCGATCGCATTGGACAGCACCGCAAGAAC
AATCATGAAAACAGCTAAACTCGTGTCCCTGCTCGTTGCTCTGCTATGACGATCCTTTAG
AATGATAGAAGCTGGGAAGATGAAGCCGAAACAAACAGCAGCAGTAGCTCCAGTGAACTG
GAAAGCATCCCAGATGCTAGGGATGAAGTTTGCACCCAAGAAGACTACAGAGATGAGACC
TGCGGTGAGGCAACCGAACCTTACGTTCGAGGAAGTCAACGATGGAGCCGAAGGGAACAA
GAGGCCGTCGATGTTGATCCTCAACGGGTAAAAAACAATGGGGAACACCAGCATAAGATG
AAGCGCGTAGCTGACTCTAACCGCGTCGTTAAGGACAGAGCCTAAAGGGATGCCGAGATC
CGTGTCAAAGTTCGCAAGTACATCATCGAGAGTGTCGTCTCCAAACA


BQ
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AF RR3FN21JQ U 5
AF RR3G655JQ U 1
BS 1 338 RR3G655JQ
BS 339 339 RR3FN21JQ
BS 340 449 RR3G655JQ
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RD RR3FN21JQ 685 0 0
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TACATTTGCATTTGTATACATACAAGCAACACTCATGCTGGTACAAAACCGTAAGCAAGC
AAAAGTCCTCTTTAAAACAACAACAAATGGTACAGCTTACCACATGTAGAAGATGAGTCT
CGTCTTCTTGATTTATTACTATATTTTACATAAGCAGTGAAGATGAAAAAAACGGTTTGT
TTCCTTTCATCCAAGAACACACCGAACTGCACATTTCACTCACGAGGTGCGTTCTTCTTG
AACAACGCATAAGCATCGCTGTAAATAGCGATCGCATTGGACAGCACCGCAAGAACAATC
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ATAGAAGCTGGGAAGATGAAGCCGAAACAAACAGCAGCAGTAGCTCCAGTGAACTGGAAA
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GCGTAGCTGACTCTAACCGCGTCGT

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3G655JQ 767 0 0
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TCATTACATTCGCATTTGTATACATACAAGCAACACTCATGCTGGTACAAAACCGTAAGC
AAGCAAAAGTCCTCTTTAAAACAACAACAAATGGTACAGCTTACCACATGTAGAAGATGA
GTCTCGTCTTCTTGATTTATTACTATATTTTACATAAGCAGTGAAGATGAAAAAAACGGT
TTGTTTCCTTTCATCCAAGAACACACCGAACTGCACATTTCACTCACGAGGTGCGTTCTT
CTTGAACAACGCATAAGCATCGCTGTAAATAGCGATCGTATTGGACAGCACCGCAAGAAC
AATCATGAAAACAGCTAAACTCGTGTCCCTGCTCGTTGCTCTGCTATGACGATCCTTTAG
AATGATAGAAGCTGGGAAGATGAAGCCGAGACAAACAGCAGCAGTAGCTCCAGTGAACTG
GAAAGCATCCCAGATGCTAGGGATGAAGTTTGCACCCAAGAAGACTACAGAGATGAGACC
TGCGGTGAGGCAACCGAACCTTACGTTCGAGGAAGTCAACGATGGAGCCGAAGGGAACAA
GAGGCCGTCGATGTTGATCCTCAACGGGTAGAAAACAATGGGGAACACCAGCATAAGATG
AAGCGCGTAGCTGACTCTAACCGCGTCGTTAAGGACAGAGCCTAAAGGGATGCCGAGATC
CGTGTCAAAGTTCGCAAGTACATCATCGAGAGTGTCGTCTCCAAACA

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL7899Contig1 712 2 2 U
CGAGTGAGATCTCTAAGGCCAAGAAGATATATTAAGAAAACTACTAATCACCACTCTGTA
CAAGACAAAGTATTGACTGTACTACAAACAAATAAACAAACTGTAGTGAGCACAAAAGAC
AACCATAGTAAGAGTTTTTTTCTTCCAAATCCTAAAATGATATTACTAGTGATTAAGTCC
CAAGAATGTTTTTGTTTTCATGAGCGGCGTAGTGCAGTTGGGATATCATGATTGTGTCTT
CCTTCATAGGTAGTGAGAACCGCTCTTTCGTCTTCTGCAGATCTTTCTACTTGCTTCCTC
ACTCCACAACCTTGGTATGTGCACTTGTAGTAGCTCCTTGGATTAGTATTCCCCTTGACA
ACTTTTTGACCATACTTCCTCCATCTAAAGCCATCTACAAGAACATCAATGTCACTTATT
GTTTGAACAACAACTTTTGGTTCTTTCACTCCTCTGCTTACTTCCACAGACATTCCTTCA
TCTTCACCTTCTCTTTTCAGTCTCTTAATCTCAGGTTGTTCCCCCTCTTCATCCATCTCA
CCATATTCAGATTTAAAGCCTTTTTGCTCAAGATCACTGTAGTCAAACGAGATGGACGAG
TTCTCTGAATGACCATGTGTTTCACTAACAACAGAAGAAGGACTAAACATTCTTCTCGCA
TTAGCCAACGATGATGATGATGATGATATTGATGTTGATCCTGATGGTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DX90TF C 1
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QA 1 674 1 674
DS 



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BQ
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AF RR3DT75JQ C 1
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QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BM30TF U 1
AF RR3BM30JQ C 181
BS 1 551 RR3BM30TF
BS 552 552 RR3BM30JQ
BS 553 624 RR3BM30TF
BS 625 625 RR3BM30JQ
BS 626 657 RR3BM30TF
BS 658 658 RR3BM30JQ
BS 659 668 RR3BM30TF
BS 669 711 RR3BM30JQ

RD RR3BM30TF 675 0 0
GATGGGGAGCTTTCATCGGTGGTCTCATGGGTACTCTCTCCCCTGAGATGCCGCCTCGGA
ACTTTGCTGCTATTACTGGTGTTAATGCTGATATAGCTTGTGTAATGAAGCGGATTAGAG
GCAAAGAGGACCTTGAGTCTGCTGTGGTTGCGGCGTTTGGATCTGGAGTGGCATATTCTC
TGGTGAGCGCTGGATTACAAGGACAGCCTATGAATGCAATCACTACTGCCGCTGGTTTCT
CTCTTTTTCAAGGAGTTTTTTTCAAGTTAGGGGAAAGGTTCTCTAAACCAAGCGTTGAAG
ATCCGTACTATGCTCGGGCGAGATCTATGCTGCTGAAACTGGGTCTAGAGAAGTATGAGA
AGAACTTCAAGAAGGGTTTGCTAGCTGATCCCACTTTGCCATTGCTCACTGATAGTGCGC
TAAAAGACGTGAGCATCCCACCGGGACCAAGGCTACTGATACTAGATCACATCCAGAGGG
ACCCTGAGCTGAAGGGTAAACGAGGAAGCCGTGGTTGAGACTTGAGAAAGGGCCTCTTTG
TGTCTTTGGCA*AATCTTTGTATGGTTTCGTTATTCAAGTATCTCAAGCACTATTAGTTT
CTTGTACGGTGGTATTATTATTTT*ATTATTATTATTAATGGCTCATGTTGCTAGCA*TA
AACTTGTA
TGTCTCT

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3BM30JQ 531 0 0
TGGTGAGCGCTGGATTACAAGGACAGCCTATGAATGCAATCACTACTGCCGCTGGTTTCT
TTTTTTTTCAAGGAGTTTTTTTCAAGTTAGGGGAAAGGTTTTTTAAACCAAGCGTTGAAG
ATCCGTACTATGCTCGGGCGAGATTTATGCTGCTGAAACTGGGTCTAGAGAAGTATGAGA
AGAACTTCAAGAAGGGTTTGCTAGCTGATCCCACTTTGCCATTGCTCACTGATAGTGCGC
TAAAAGACGTGAGCATCCCCCCGGGACCAAGGCTACTGATACTAGATCACATCCAGAGGG
ACCCTGAGCTGAAGGGTAAACGAGGAAGCCGTGGTTGAGACTTGAGAAAGGGCCTCTTTG
TGTCTTTGGCAGAATCTTTGTATGGTTTCGTTATTCAAGTATCTCAAGCACTATTAGTTT
TTTGTACGGTGGTATTATTATTTTTATTATTATTATTAATGGCTCATGTTGCTAGCAATA
AACTTGTAATGTCTTTTTATGAACTATGATTACAGATTACTTCGATTACCA

QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 2

CO CL7902Contig1 997 2 2 U
GGATCCATTTTCTCTACCACAGAAGAAGAACCTAGAACCACAGAGACAGAGAGAGAGAAA
GACAGAACAAGAGAGCCAGAGATCGAGGTTTTAGTTTATAGAAGGAGTAAAATATGAAGG
CAGTAGAGACGTCGCAGCCGACGGTGCAAAGCCGACAGTTAGGAACTCAGCTGTCGGGAA
GCAAGAGTTTCAGCAGCCAAATGTCGAAGGAAGACGAAGAGATGTCGAGGAATGCTCTGT
CGGCTTTCAGGGCGAAAGAAGAGGAGATCGAGAAGAAGAAGATGGAGATTAGGGAAAGGG
TTCAGGCTCAGCTTGGTCGCGTCGAAGAAGAGACTAAGCGTCTCGCTTTGATCCGTGAGG
AACTTGAAGGTTTAGCTGACCCGATGAGGAAAGAAGTTGCTTTGGTCAGGTAGAAGGTTG
ACTCTGTCAACAAAGAGTTAAAGCCATTGGGTCTTACTGTTCAGAAAAAGGAACGAGAGT
ACAAAGAAGCTCTTGAGGCATTCAACGAAAAGAACAGAGAGAAGGTGCAGCTAATCACCA
AGCTAATGGAGTTGGTGGGAGAAAGCGAAAATATGAGAATGAAGAAGCTAGAAGAGCTAA
GCAAGAGCATAGATTCTTCTATACAACACTGACTTTGAGCCCAAGACAGAAGAGAAACTT
CTTGGGGGGGCCAGAGATCATTTCTCTGAGTCTTTTAACTCCACGTTTAGGTTTTGTGAT
GGTGAATGTAATTTCTATACTTTATAATCGTCGTGTGTTATATTACTACCATTGTTATTA
TTGTCTTTTATTAGGGTTTCCTAGAGATTTTATAATGTTTTTTAGGAAGTAACTCCAAAA
AAAATACTCATCGAGACAGGCTTGTAACTAAACACTACTCTCCTTCTTCTGTTTTATCCT
TTTTCTATGGTTTTAGCCTTTTTAATTGATTACACTTCTTTATCTCTGAGACTGATCTAT
GTTTTTAGCCTTTCTAATTGATTTACACTTCTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG25TF U 1
AF RR3AG25JQ C 256
BS 1 785 RR3AG25TF
BS 786 997 RR3AG25JQ

RD RR3AG25TF 785 0 0
GGATCCATTTTCTCTACCACAGAAGAAGAACCTAGAACCACAGAGACAGAGAGAGAGAAA
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CGGCTTTCAGGGCGAAAGAAGAGGAGATCGAGAAGAAGAAGATGGAGATTAGGGAAAGGG
TTCAGGCTCAGCTTGGTCGCGTCGAAGAAGAGACTAAGCGTCTCGCTTTGATCCGTGAGG
AACTTGAAGGTTTAGCTGACCCGATGAGGAAAGAAGTTGCTTTGGTCAGGTAGAAGGTTG
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ACAAAGAAGCTCTTGAGGCATTCAACGAAAAGAACAGAGAGAAGGTGCAGCTAATCACCA
AGCTAATGGAGTTGGTGGGAGAAAGCGAAAATATGAGAATGAAGAAGCTAGAAGAGCTAA
GCAAGAGCATAGATTCTTCTATACAACACTGACTTTGAGCCCAAGACAGAAGAGAAACTT
CTTGGGGGGGCCAGAGATCATTTCTCTGAGTCTTTTAACTCCACGTTTAGGTTTTGTGAT
GGTGAATGTAATTTCTATACTTTATAATCGTCGTGTGTTATATTACTACCATTGTTATTA
TTGTC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3AG25JQ 742 0 0
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GTCGCGTCGAAGAAGAGACTAAGCGTCTCGCTTTGATCCGTGAGGAACTTGAAGGTTTAG
CTGACCCGATGAGGAAAGAAGTTGCTTTGGTCAGGTAGAAGGTTGACTCTGTCAACAAAG
AGTTAAAGCCATTGGGTCTTACTGTTCAGAAAAAGGAACGAGAGTACAAAGAAGCTCTTG
AGGCATTCAACGAAAAGAACAGAGAGAAGGTGCAGCTAATCACCAAGCTAATGGAGTTGG
TGGGAGAAAGCGAAAATATGAGAATGAAGAAGCTAGAAGAGCTAAGCAAGAGCATAGATT
CTTCTATACAACACTGACTTTGAGCCCAAGACAGAAGAGAAACTTCTTGGGGGG*CCAGA
GATCATTTCTCTGAGTCTTTTAACTCCACGTTTAGGTTTTGTGATGGTGAATGTAATTTC
TATACTTTATAATCGTCGTGTGTTATATTACTACCATTGTTATTATTGTCTTTTATTAGG
GTTTCCTAGAGATTTTATAATGTTTTTTAGGAAGTAACTCCAAAAAAAATACTCATCGAG
ACAGGCTTGTAACTAAACACTACTCTCCTTCTTCTGTTTTATCCTTTTTCTATGGTTTTA
GCCTTTTTAATTGATTACACTTCTTTATCTCTGAGACTGATCTATGTTTTTAGCCTTTCT
AATTGATTTACACTTCTTTACC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL7903Contig1 648 2 1 U
GGATCGTTTGTATAAAAAGCGAAGTCTCTGCCCCTTCCGTCATCGTCGCCGATTTGCTAC
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TCTAATCCGCAAGGATTTGCCAAAACTTAACCGTTGTAGGGAACTCTTGGCAATGCAAGA
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TGGGTTGCAGAAACTAAAAGACTATAGCAATGAAGTAACCATTTATTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BR25JQ C 1
AF RR3BR25TF U 1
BS 1 648 RR3BR25TF

RD RR3BR25JQ 648 0 0
GGATCGTTTGTATAAAAAGCGAAGTCTCTGCCCCTTCCGTCATCGTCGCCGATTTGCTAC
TCCCGTCTGTTCATCTCCGAGAAATTTGGAGAGAAGGAAGATGAGTAACACACCAGCAAC
GCCGGCGTTTTCGTCGAAATCTAAAGCTACAGGCAATTCGCAACCGCCGGAAAAACGCAA
ACCCTTATTTCAAAAAGAATTGCAGCATATGATGTATGGGTTCGGTGATGAGCCAAACCC
GCTTCCAGAGACTGTGGCGCTTGTAGAAGACATTGTTGTGGAATACGTCACTGATTTGAC
ACATAAGGCTCAAGAGATAGGCACAAAGCGAGGAAGGCTACTAGTTGATGACTTCTTGTA
TCTAATCCGCAAGGATTTGCCAAAACTTAACCGTTGTAGGGAACTCTTGGCAATGCAAGA
GCTGAAACAAGCCCGTAAAGCTTTTGATGTTGACGAAGAGAAGATCACTTCTCTCGATTG
ATTAATAGTCTCTTTTTTTATGTGTGATAAACCTTCTGAAAGTTAGTCAGTGACCTTTTG
AAATCAAGACTGTAACTCAATGTAACAGCGAACTTATGTGCTCTGTTTTATTGTGTTTTG
TGGGTTGCAGAAACTAAAAGACTATAGCAATGAAGTAACCATTTATTT

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3BR25TF 648 0 0
GGATCGTTTGTATAAAAAGCGAAGTCTCTGCCCCTTCCGTCATCGTCGCCGATTTGCTAC
TCCCGTCTGTTCATCTCCGAGAAATTTGGAGAGAAGGAAGATGAGTAACACACCAGCAAC
GCCGGCGTCTTCGTCGAAATCTAAAGCTACAGGCAATTCGCAACCGCCGGAAAAACGCAA
ACCCTTATTTCAAAAAGAATTGCAGCATATGATGTATGGGTTCGGTGATGAGCCAAACCC
GCTTCCAGAGACTGTGGCGCTTGTAGAAGACATTGTTGTGGAATACGTCACTGATTTGAC
ACATAAGGCTCAAGAGATAGGCACAAAGCGAGGAAGGCTACTAGTTGATGACTTCTTGTA
TCTAATCCGCAAGGATTTGCCAAAACTTAACCGTTGTAGGGAACTCTTGGCAATGCAAGA
GCTGAAACAAGCCCGTAAAGCTTTTGATGTTGACGAAGAGAAGATCACTTCTCTCGATTG
ATTAATAGTCTCTTTTTTTATGTGTGATAAACCTTCTGAAAGTTAGTCAGTGACCTTTTG
AAATCAAGACTGTAACTCAATGTAACAGCGAACTTATGTGCTCTGTTTTATTGTGTTTTG
TGGGTTGCAGAAACTAAAAGACTATAGCAATGAAGTAACCATTTATTT

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL7904Contig1 643 2 1 U
GGCGTCGGAAGAAGAAGAAGAAAAAAGAGAGATGGGGAAGCAGCCGGTGAAGTTGAAGGC
GGTGGTATACGCGCTTTCGCCGTTTTAGCAGAAGATAATGACCGGACTCTGGAAGGATCT
CCCCGAGAAGATTCACCACAAGGTCTCCGGGAATTGGATCAGCGCCACTCTCCTCCTCAC
TCCTGTCCTCGGAACCTACTCGTAACTCTCCTCTCTCTCTCCATCTGCTGATTGTATGAT
AATTCTTCGATCTAGCTGGTGTTCGAGATTGTGTATAGGCTTTGATTTGTTGGTCTGGTG
GACAATGGTTTTTTGCCCTAACCTTGTTGCTTTTGCCTGAAAATATCACACTTAACGTTT
GTCTGAAAATACTAAGCTTCTTCGTATACGCAAAATGAAACTAGGTATGCTCAGCACTTC
CAGGAACAGGAGAAACTCGAGCACAGGTTCTGAAACATGAAGCCTGCTCCCTCCTCTACT
ACAACTATTTGAGACTTTGGTCGGAAGCCAAACTCTCTTAATAGAATTTTTGATTCAGTT
ATTTTCTGAAACTGGCTAATTTTCCAAATGTTTTGGTTCATGACAATCACTATTGGTTGA
AATGTATCTTTCTTGATATAATCACATGGACAACGTTTGCTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FY34JQ C 1
AF RR3FY34TF U 1
BS 1 643 RR3FY34TF

RD RR3FY34JQ 643 0 0
GGCGTCGGAAGAAGAAGAAGAAAAAAGAGAGATGGGGAAGCAGCCGGTGAAGTTGAAGGC
GGTGGTATACGCGCTTTCGCCGTTTTAGCAGAAGATAATGACCGGACTCTGGAAGGATCT
CCCCGAGAAGATTCACCACAAGGTCTCCGGGAATTGGATCAGCGCCACTCTCCTCCTCAC
TCCTGTCCTCGGAACCTACTCGTAACTCTCCTCTCTCTCTCCATCTGCTGATTGTATGAT
AATTCTTCGATCTAGCTGGTGTTCGAGATTGTGTATAGGCTTTGATTTGTTGGTCTGGTG
GACAATGGTTTTTTGCCCTAACCTTGTTGCTTTTGCCTGAAAATATCACACTTAACGTTT
GTCTGAAAATACTAAGCTTCTTCGTATACGCAAAATGAAACTAGGTATGCTCAGCACTTC
CAGGAACAGGAGAAACTCGAGCACAGGTTCTGAAACATGAAGCCTGCTCCCTCCTCTACT
ACAACTATTTGAGACTTTGGTCGGAAGCCAAACTCTCTTAATAGAATTTTTGATTCAGTT
ATTTTCTGAAACTGGCTAATTTTCCAAATGTTTTGGTTCATGACAATCACTATTGGTTGA
AATGTATCTTTCTTGATATAATCACATGGACAACGTTTGCTTC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3FY34TF 643 0 0
GGCGTCGGAAGAAGAAGAAGAAAAAAGAGAGATGGGGAAGCAGCCGGTGAAGTTGAAGGC
GGTGGTATACGCGCTTTCGCCGTTTTAGCAGAAGATAATGACCGGACTCTGGAAGGATCT
CCCCGAGAAGATTCACCACAAGGTCTCCGGGAATTGGATCAGCGCCACTCTCCTCCTCAC
TCCTGTCCTCGGAACCTACTCGTAACTCTCCTCTCTCTCTCCATCTGCTGATTGTATGAT
AATTCTTCGATCTAGCTGGTGTTCGAGATTGTGTATAGGCTTTGATTTGTTGGTCTGGTG
GACAATGGTTTTTTGCCCTAACCTTGTTGCTTTTGCCTGAAAATATCACACTTAACGTTT
GTCTGAAAATACTAAGCTTCTTCGTATACGCAAAATGAAACTAGGTATGCTCAGCACTTC
CAGGAACAGGAGAAACTCGAGCACAGGTTCTGAAACATGAAGCCTGCTCCCTCCTCTACT
ACAACTATTTGAGACTTTGGTCGGAAGCCAAACTCTCTTAATAGAATTTTTGATTCAGTT
ATTTTCTGAAACTGGCTAATTTTCCAAATGTTTTGGTTCATGACAATCACTATTGGTTGA
AATGTATCTTTCTTGATATAATCACATGGACAACGTTTGCTTC

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 2

CO CL7905Contig1 839 2 2 U
GGAGGAAGCAACCGTTCCAACCAACGTCGAAGAGACGGTGACTGCACCGGTTGCGAGTGA
GAAGAAAGCGAAGAAGACGAAGGAAGCTAAAGCTCCGAAGAAGAAGCCTGCAGCGAAAGC
TCCAAGGAAGAGATCTTCTTCTTCTCACCCAACCTACGAAGAGATGATTAAAGACGCGAT
CACGACGTTGAAGGAGAGAACCGGATCTAGCCAATACGCGATTCGGAAGTTCATAGAGGA
GAAGCAGAAGACGCTTCCTCCAACGTTCAGGAAGCTTCTCCTCGTCAATCTCAAGAGACT
CGTCGCTTCAGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGGCTCCTTCAAGCTCCCCTCCGCTACTAA
ATCAACCGCCGTTGCTGCTCCTGCTGCTCCTAAACCTAAACCGAAGACGAAGACAGTGGC
TGCTGTGTCCAAGACTAGAACTTCTCCAGGGAAGAAGAAGGCTGCTCCTCCTGCTAAGAA
AGCCGCCGCGGCTGTAACTAAGAAGGCAAAGGCCAAGGCTCCGGCTAAGAGCGTGAAGGC
GAAGGCTGTAAAGTCTCCGGCGAAGAGGGTTTCAACAAGGAAGGTGAAGAAGTGAAAGAA
GATTGGGGGTTTAGGGGGTAGTGAATTGGGGGAGATTGAATGAATGAATGAATGAATACA
TGTGTTGTAATGGTGGTTAGAGAGCTTCTCTTAGGGGTAGTCTTTGTATAATTTGAATCA
TATCCTTTGAAGAAGCTTTTTGCTTTTTATCTTTGTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCACC
CTTTTGTTCCTTGTTGTAATTTTTGTGTTTGTTTTGAAATTAAAGCTTCTTACATGGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AT69TF U 1
AF RR3AT69JQ C 88
BS 1 814 RR3AT69TF
BS 815 839 RR3AT69JQ

RD RR3AT69TF 814 0 0
GGAGGAAGCAACCGTTCCAACCAACGTCGAAGAGACGGTGACTGCACCGGTTGCGAGTGA
GAAGAAAGCGAAGAAGACGAAGGAAGCTAAAGCTCCGAAGAAGAAGCCTGCAGCGAAAGC
TCCAAGGAAGAGATCTTCTTCTTCTCACCCAACCTACGAAGAGATGATTAAAGACGCGAT
CACGACGTTGAAGGAGAGAACCGGATCTAGCCAATACGCGATTCGGAAGTTCATAGAGGA
GAAGCAGAAGACGCTTCCTCCAACGTTCAGGAAGCTTCTCCTCGTCAATCTCAAGAGACT
CGTCGCTTCAGGGAAGCTCGTCAAAGTCAAAGGCTCCTTCAAGCTCCCCTCCGCTACTAA
ATCAACCGCCGTTGCTGCTCCTGCTGCTCCTAAACCTAAACCGAAGACGAAGACAGTGGC
TGCTGTGTCCAAGACTAGAACTTCTCCAGGGAAGAAGAAGGCTGCTCCTCCTGCTAAGAA
AGCCGCCGCGGCTGTAACTAAGAAGGCAAAGGCCAAGGCTCCGGCTAAGAGCGTGAAGGC
GAAGGCTGTAAAGTCTCCGGCGAAGAGGGTTTCAACAAGGAAGGTGAAGAAGTGAAAGAA
GATTGGGGGTTTAGGGGGTAGTGAATTGGGGGAGATTGAATGAATGAATGAATGAATACA
TGTGTTGTAATGGTGGTTAGAGAGCTTCTCTTAGGGGTAGTCTTTGTATAATTTGAATCA
TATCCTTTGAAGAAGCTTTTTGCTTTTTATCTTTGTTTCTGGTTTCTTCTTGAAACCACC
CTTTTGTTCCTTGTTGTAATTTTTGTGTTTGTTT

QA 1 814 1 814
DS 

RD RR3AT69JQ 752 0 0
TAAAGCTCCGAAGAAGAAGCCTGCAGCGAAAGCTCCAAGGAAGAGATCTTCTTCTTCTCA
CCCAACCTACGAAGAGATGATTAAAGACGCGATCACGACGTTGAAGGAGAGAACCGGATC
TAGCCAATACGCGATTCGGAAGTTCATAGAGGAGAAGCAGAAGACGCTTCCTCCAACGTT
CAGGAAGCTTCTCCTCGTCAATCTCAAGAGACTCGTCGCTTCAGGGAAGCTCGTCAAAGT
CAAAGGCTCCTTCAAGCTCCCCTCCGCTACTAAATCAACCGCCGTTGCTGCTCCTGCTGC
TCCTAAACCTAAACCGAAGACGAAGACAGTGGCTGCTGTGTCCAAGACTAGAACTTCTCC
AGGGAAGAAGAAGGCTGCTCCTCCTGCTAAGAAAGCCGCCGCGGCTGTAACTAAGAAGGC
AAAGGCCAAGGCTCCGGCTAAGAGCGTGAAGGCGAAGGCTGTAAAGTTTCCGGCGAAGAG
GGTTTCAACAAGGAAGGTGAAGAAGTGAAAGAAGATTGGGGGTTTAGGGGGTAGTGAATT
GGGG*AGATTGAATGAATGAATGAATGAATACATGTGTTGTAATGGTGGTTAGAGAGCTT
CTCTTAGGGGTAGTCTTTGTATAATTTGAATCATATCCTTTGAAGAAGCTTTTTGCTTTT
TATCTTTGTTTCTGGTTTTTTCTTGAAACCACCCTTTTGTTCCTTGTTGTAATTTTTGTG
TTTGTTTTGAAATTAAAGCTTCTTACATGGTG

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL7906Contig1 659 2 5 U
TTTTTGTTTTCAATGGCGATTTCTCTGCCCACCTCCTATGTCTCTCCCCCTGAGTCGTGT
TTCTCCTTTTCATCCTCGTCGAGGCTGTTTTCTCATTCATCCCTGCGCTTACCGTCTCAG
ATTCGCCGCTTCGGAATCCGTCACGAAAGAGTGAACTCGCCGTCGTCGTCTCGCTGCGCC
CCACTCACTATGCAGGTTAGAGCAAAGAAGCAAACCTTCAACTCTTTTGATGATTTATTG
CTCAACTCTGACAAACCTTTACTTGTAGACTTTTATGCCACATGGTGTGGTCCATGCCAG
CTTATGGTACCTATACTCAATGAAGTGAGTGAAACTCTGAAAGATAAGATTACAGTTGTG
AAAATCGATACTGAAAAGTACCCAAAGGTTGCCAACAAATACCAGGTTGAGGCTTTACCT
ACATTCATTTTATTCAAAGACGGGAAACTTTGGGACCGTTTTGAGGGTGCCTTGCCAGCG
AACCAACTTGTGGAACGGATCGAGACTTCATTGCAAGTGAAGCAATAGATATGGTAACAA
GTGAAGCAATAGATATGATAAACAAAGAAAACTTGTCATTTCATGAACAAACAATCCGTT
GTAACAAAACGTTCATTGTTGATTGCTACCTATTCAATATATGGCATTAGCCATTTGAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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QA 1 659 1 659
DS 



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BQ
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QA 1 682 1 682
DS 



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BQ
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AF RR3CO85JQ C 1
AF RR3CO85TF U 1
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TGGGCTTACTGTGAGCAAGAAAAGTGAGCTTCTGCTTGTTCCTGTGAAGTACTTAGATCA
ATGATCACTTTAAAATAAATTCTTCATCGATTGTACCTTTTTCCGATTGTACTCAATATT
AAATAAAATCTACCTTTATCCG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3CO85TF 682 0 0
GGGAGGAATCGACACGTCTGCAATTACAATGACATGGGCAATGGCGGAACTTGCCAGAAA
CCCTAGAGTGATGAAGAAACTTCAAACCGAAATCAGAAGCCAAATCAAGAACAAAGAAAG
AATCAACTCCGATGACACGGATCAGCTCAAATACCTGAAAATGGTGATCAAAGAGACATG
GAGGCTACATCCTCCAATACCACTTCTACTTCCAAGAGAAGTAACCTCAGAATTTGAGAT
CGACGGCTACATGGTTCCCGTCAAGACACGTCTTCATGTGAATGTATGGGCTATTGGGCG
TGATCCGGATACCTGGAAGGATCCAGAGATGTTTTTCCCAGAGAGGTTTATGGATAATAA
CATTGATGCAAAAGGACGAAACTTTGAGCTGTTATCGTTTGGGAGTGGTAGGAGAATCTG
TCCTGGAATGTACATGGGGACAACTTCGGTGGAGTTTGGTCTGGCGAGTCTGTTGTATCA
TTTTGACTGGAAGCTACCTGAAGGCATGGTGGTTGAAGATGTCGACATGGAGGAAGCTCC
TGGGCTTACTGTGAGCAAGAAAAGTGAGCTTCTGCTTGTTCCTGTGAAGTACTTAGATCA
ATGATCACTTTAAAATAAATTCTTCATCGATTGTACCTTTTTCCGATTGTACTCAATATT
AAATAAAATCTACCTTTATCCG

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

CO CL7909Contig1 766 2 9 U
TTAGCTTGGATCCAACGTTTGAAAATTGCAGTTGATGTGGCACGTGGTCTAAACTACCTC
CATTTCGACAGAGCTGTTCCACATGGTAACCTCAAGGCAACAAACATACTCTTAGATGGA
GCAGAAGAGCTAAACGCACGTGTAGCAGATTACTGCCTCCACCGTCTCATGACACAAGCA
GGCACAGTGGAACAGATTGTAGACGCAGGGATCCTCGGTTACCGAGCTCCTGAGCTAGCA
GCTTCAAGGAAACCCTTACCTTCATTCAAATCAGATGTCTACGCATTTGGTGTGGTACTT
CTTGAGATCTTAACAGGGAGATGTGCAGGAGATGTGATCACAGGTGAGCAAGAAGGTGTT
GATCTAACGGATTGGGTTAGGTTACGTGTTGCTGAAGGTCGTGGTGGGGAATGCTTTGAC
TCGGTGTTGACACAGGAGATGGGAAGTGATCCTGTTACAGAGAAAGGGATGAAAGAAGTT
CTTGGGATCGCCTTGAGGTGTATAAGATCTGTGTCTGAGAGACCTGGTATTAAGACCATT
TTATGAAGATCTTTCTTCTATTTAGGAACAATGTTTTTTCTTTTAAATGTTTCGTAGGTT
CCAGTGGAGTTGTGTTTATCTCCTTTGTCAAGTCCATGCTTTTGTTTATGGAGAAGCATG
TTCTTTGGTTAAAGGAGGTTGTGTGTCGTTCCATCACATTTTCTTTGTAGAACAACGAAA
GCTAGCTGCTCATGTCTCATGAGTGGAATGCAATTTCATTTTAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FK18TF U 14
AF RR3FK18JQ C 1
BS 1 13 RR3FK18JQ
BS 14 597 RR3FK18TF
BS 598 599 RR3FK18JQ
BS 600 630 RR3FK18TF
BS 631 631 RR3FK18JQ
BS 632 646 RR3FK18TF
BS 647 647 RR3FK18JQ
BS 648 679 RR3FK18TF
BS 680 766 RR3FK18JQ

RD RR3FK18TF 666 0 0
AACGTTTGAAAATTGCAGTTGATGTGGCACGTGGTCTAAACTACCTCCATTTCGACAGAG
CTGTTCCACATGGTAACCTCAAGGCAACAAACATACTCTTAGATGGAGCAGAAGAGCTAA
ACGCACGTGTAGCAGATTACTGCCTCCACCGTCTCATGACACAAGCAGGCACAGTGGAAC
AGATTGTAGACGCAGGGATCCTCGGTTACCGAGCTCCTGAGCTAGCAGCTTCAAGGAAAC
CCTTACCTTCATTCAAATCAGATGTCTACGCATTTGGTGTGGTACTTCTTGAGATCTTAA
CAGGGAGATGTGCAGGAGATGTGATCACAGGTGAGCAAGAAGGTGTTGATCTAACGGATT
GGGTTAGGTTACGTGTTGCTGAAGGTCGTGGTGGGGAATGCTTTGACTCGGTGTTGACAC
AGGAGATGGGAAGTGATCCTGTTACAGAGAAAGGGATGAAAGAAGTTCTTGGGATCGCCT
TGAGGTGTATAAGATCTGTGTCTGAGAGACCTGGTATTAAGACCATTTTATGAAGATCTT
TCTTCTATTTAGGAACAATGTTTTTTCTTTTAAATGTTTCGTAG**TCCAGTGGAGTTGT
GTTTATCTCCTTTGTCA*GTCCATGCTTTTGTT*ATGGAGAAGCATGTTCTTTGGTTAAA
GGAGGT

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3FK18JQ 766 0 0
TTAGCTTGGATCCAACGTTTGAAAATTGCAGTTGATGTGGCACGTGGTCTAAACTACCTC
CATTTCGACAGAGCTGTTCCACATGGTAACCTCAAGGCAACAAACATACTCTTAGATGGA
GCAGAAGAGCTAAACGCACGTGTAGCAGATTACTGCCTCCACCGTCTCATGACACAAGCA
GGCACAGTGGAACAGATTGTAGACGCAGGGATCCTCGGTTACCGAGCTCCTGAGCTAGCA
GCTTCAAGGAAACCCTTACCTTCATTCAAATCAGATGTCTACGCATTTGGTGTGGTACTT
CTTGAGATCTTAACAGGGAGATGTGCAGGAGATGTGATCACAGGTGAGCAAGAAGGTGTT
GATCTAACGGATTGGGTTAGGTTACGTGTTGCTGAAGGTCGTGGTGGGGAATGCTTTGAC
TCGGTGTTGACACAGGAGATGGGAAGTGATCCTGTTACAGAGAAAGGGATGAAAGAAGTT
CTTGGGATCGCCTTGAGGTGTATAAGATCTGTGTCTGAGAGACCTGGTATTAAGACCATT
T*ATGAAGATCTTTCTTCTATTTAGGAACAATGTTTTTTCTTTTAAATGTTTCGTAGGTT
CCAGTGGAGTTGTGTTTATCTCCTTTGTCAAGTCCATGCTTTTGTTTATGGAGAAGCATG
TTCTTTGGTTAAAGGAGGTTGTGTGTCGTTCCATCACATTTTCTTTGTAGAACAACGAAA
GCTAGCTGCTCATGTCTCATGAGTGGAATGCAATTTCATTTTAGTC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL7910Contig1 365 2 1 U
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TTTCCTTTCATATTTTTTTTTCACAACTCCTGAAACAAGCTTTTAAATAAAGCCTTACAT
TTGCG


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR3CY49JQ C 1
AF RR3CY49TF U 1
BS 1 365 RR3CY49TF

RD RR3CY49JQ 365 0 0
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CGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAATGGAAACGTTGCTGGCCGTTTCTCACCGG
TTTCGCCGTAACCGGCGTCCTCATCACCAAGCTCACCGCTGGATTCACTGAGGAAGACGC
CAAGAACTCAAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCACTTGTGTTTATGAAAACTAT
TCCGCCAGCGCTTCTGCTTTCAAACCTATTCCAATGACATCAGAAGAGAGACTCTTCTCT
TTTCCTTTCATATTTTTTTTTCACAACTCCTGAAACAAGCTTTTAAATAAAGCCTTACAT
TTGCG

QA 1 365 1 365
DS 

RD RR3CY49TF 365 0 0
GGAACGCGAAGCAGTCAACAGGAGCCGAAGTTTTAGAGAGAGTATAGAGATGAGGTTGTT
CGATCCATGGCCAGTGTTCTTCAAGAGGGAATGGAAACGTTGCTGGCCGTTTCTCACCGG
TTTCGCCGTAACCGGCGTCCTCATCACCAAGCTCACCGCTGGATTCACTGAGGAAGACGC
CAAGAACTCAAAGTTCGTCCAACAACACAGGCGGTGATCACTTGTGTTTATGAAAACTAT
TCCGCCAGCGCTTCTGCTTTCAAACCTATTCCAATGACATCAGAAGAGAGACTCTTCTCT
TTTCCTTTCATATTTTTTTTTCACAACTCCTGAAACAAGCTTTTAAATAAAGCCTTACAT
TTGCG

QA 1 365 1 365
DS 



AS 1 2

CO CL7911Contig1 1139 2 2 U
GCACCTCATTTTGTTTTCTCATTGGATGATCAGAAAGAGATCATCTATGTAGCTAGCTTA
AGCACCACCAGCAGCTTTGGTTTCGACCGGAGTTCTCTAGACTATTCTTATTTGCTCCAT
CTGAAGAAAGGCCGTGGCTCTGAATTGGTTGGTAAACTAAAGGTATCAACATTGTTCTCT
GGCTCATCCAAGAATGAAACAGTCGTAGAGAGGCAGTTTGTTCTGTTCAGTAATGGTGTC
AATCCACAGTTACCAACCCACAACGATGTCAAGAAAAGCAGAGGACTGTCTAAGAAAGTG
GTTGATGCGCTCAAAAGCACCAGACGCGCTTCAAGGAAGAGAAGTGTATCAAGATTCAGT
ACAGCAAGCTCAGTAGCGGATTCTTGTTTTTGGGAGCCGTTTCAAGAACCAGATCTTGAA
GAACCTGTATGTTTACTAGATGACAACCTTCCACCAAATCTTGAAACCTTAGCTGTTGTG
GTGAGGGAAGAGTATGAGGAAGAGAAAGTTGGAGGAGGCTGGGGCATGAAGTTTCTCAAG
AAAACTCCCTTGGCTCGGACCAAGCATGCTAAGCATTCAACGAGCATAGACGCTGTGATT
CCTTCAGGGATTCACGGAGGGCCAAGAAGCAGAAACAACGGTGGTCCTTCGAGCTTGGTT
GAGAGATGGAAGTCTGGAGGAAGCTGTGATTGCTCCGGATGGGACTTGGGTTGTCCCTTG
ACCGTCTTTAAAGGCCAGGCTCGTAAAGATCAAAGTGAAGGTCGTCAATGCAATCTTTTT
GAGCTCTTCACAGAGGAATCAAAGCAGGGGGTTCCTGGACTGAGGATCATGAGCGTAAAA
GAAGGTCTTTACTTTGTTCAGTTTCAAGCAAACATATCTGTTTTACAATCGTTTTCAATA
GCTTTGGCATACGTTCATTGCCAGAGCCAGAGACTCAGGCCATGGTCGTCAGGGAAGTGT
TTATAGAGAAGCTTAACTTAGCTAAAGAGAGAGGACCCACACAAAAGTAAAAAAAAAAGG
CAAACTCATATATTTTTTGTTGTTTATTCGTTTCTACATTTAGTATTTTTTTTATACAAA
GTCTCTGTACTTGAAATCATATGTAAGTTTAGTATTGTTTGATGTGGTTTTGGTATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GX73TF U 1
AF RR3GX73JQ C 403
BS 1 676 RR3GX73TF
BS 677 1139 RR3GX73JQ

RD RR3GX73TF 676 0 0
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AGCACCACCAGCAGCTTTGGTTTCGACCGGAGTTCTCTAGACTATTCTTATTTGCTCCAT
CTGAAGAAAGGCCGTGGCTCTGAATTGGTTGGTAAACTAAAGGTATCAACATTGTTCTCT
GGCTCATCCAAGAATGAAACAGTCGTAGAGAGGCAGTTTGTTCTGTTCAGTAATGGTGTC
AATCCACAGTTACCAACCCACAACGATGTCAAGAAAAGCAGAGGACTGTCTAAGAAAGTG
GTTGATGCGCTCAAAAGCACCAGACGCGCTTCAAGGAAGAGAAGTGTATCAAGATTCAGT
ACAGCAAGCTCAGTAGCGGATTCTTGTTTTTGGGAGCCGTTTCAAGAACCAGATCTTGAA
GAACCTGTATGTTTACTAGATGACAACCTTCCACCAAATCTTGAAACCTTAGCTGTTGTG
GTGAGGGAAGAGTATGAGGAAGAGAAAGTTGGAGGAGGCTGGGGCATGAAGTTTCTCAAG
AAAACTCCCTTGGCTCGGACCAAGCATGCTAAGCATTCAACGAGCATAGACGCTGTGATT
CCTTCAGGGATTCACGGAGGGCCAAGAAGCAGAAACAACGGTGGTCCTTCGAGCTTGGTT
GAGAGATGGAAGTCTG

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3GX73JQ 737 0 0
CAAGAACCAGATCTTGAAGAACCTGTATGTTTACTAGATGACAACCTTCCACCAAATCTT
GAAACCTTAGCTGTTGTGGTGAGGGAAGAGTATGAGGAAGAGAAAGTTGGAGGAGGCTGG
GGCATGAAGTTTCTCAAGAAAACTCCCTTGGCTCGGACCAAGCATGCTAAGCATTCAACG
AGCATAGACGCTGTGATTCCTTCAGGGATTCACGGAGGGCCAAGAAGCAGAAACAACGGT
GGTCCTTCGAGCTTGGTTGAGAGATGGAAGTCTGGAGGAAGCTGTGATTGCTCCGGATGG
GACTTGGGTTGTCCCTTGACCGTCTTTAAAGGCCAGGCTCGTAAAGATCAAAGTGAAGGT
CGTCAATGCAATCTTTTTGAGCTCTTCACAGAGGAATCAAAGCAGGGGGTTCCTGGACTG
AGGATCATGAGCGTAAAAGAAGGTCTTTACTTTGTTCAGTTTCAAGCAAACATATCTGTT
TTACAATCGTTTTCAATAGCTTTGGCATACGTTCATTGCCAGAGCCAGAGACTCAGGCCA
TGGTCGTCAGGGAAGTGTTTATAGAGAAGCTTAACTTAGCTAAAGAGAGAGGACCCACAC
AAAAGTAAAAAAAAAAGGCAAACTCATATATTTTTTGTTGTTTATTCGTTTCTACATTTA
GTATTTTTTTTATACAAAGTCTCTGTACTTGAAATCATATGTAAGTTTAGTATTGTTTGA
TGTGGTTTTGGTATTTC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

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TTACAGAGCCCTCAGTAAAATTGGGAAGAAGAAGAAGAAGATGCTCGGGGAAAGAAGAAG
TGCTTCTAGAAGGAATGCCACCGGAGTATTATGATGATGAATGGCAAGCTCGGCAGAGGG
ATAAGACGAAAGAACTGAGGCGGATGCAGCGGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAGAGAAAGA
TTGAAGAGTACCGTGAAATCGGCTTGAGGTTGAAGGAATTTCCTGAGCAAGACTTGAGGA
AAGCTAGAAAGCTCGTCTCCACCTTCATCACTGCTGCTGAGGATGTCGAAGAGAGAATTG
AAGAAGCAGCTGAGAAAGGAGAACTGGACGAGCTTGTTCTCATGATCATATGGAACCGCC
TTGACCTTGCTCGCCGTGATGACGAGAAGGACGCTATAAGAAGTCTTGATCTCTTGTATA
GAAGAGTCGAGACAGAGATCTTAAAACGGCAAGCAAGTCCTGCCATGAAGCTGCTGAATG
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ACATTGATATGCATCAAGAACCGTTACGGTCGCCTGTTGGGACAGACGACACTCTTCTCA
GAGTAGACTTTGTAAGAGAAGTGGATGCATTGCTGCATGAAGTGAGACTAAT


BQ
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AF RR3DR96TF U 1
AF RR3A756TF U 1
BS 1 832 RR3A756TF

RD RR3DR96TF 682 0 0
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TGCTTCTAGAAGGAATGCCACCGGAGTATTATGATGATGAATGGCAAGCTCGGCAGAGGG
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GAATGGCTGACACATTCCCACG

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3A756TF 832 0 0
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TTACAGAGCCCTCAGTAAAATTGGGAAGAAGAAGAAGAAGATGCTCGGGGAAAGAAGAAG
TGCTTCTAGAAGGAATGCCACCGGAGTATTATGATGATGAATGGCAAGCTCGGCAGAGGG
ATAAGACGAAAGAACTGAGGCGGATGCAGCGGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAGAGAAAGA
TTGAAGAGTACCGTGAAATCGGCTTGAGGTTGAAGGAATTTCCTGAGCAAGACTTGAGGA
AAGCTAGAAAGCTCGTCTCCACCTTCATCACTGCTGCTGAGGATGTCGAAGAGAGAATTG
AAGAAGCAGCTGAGAAAGGAGAACTGGACGAGCTTGTTCTCATGATCATATGGAACCGCC
TTGACCTTGCTCGCCGTGATGACGAGAAGGACGCTATAAGAAGTCTTGATCTCTTGTATA
GAAGAGTCGAGACAGAGATCTTAAAACGGCAAGCAAGTCCTGCCATGAAGCTGCTGAATG
ATCTTCTAAACATGCATGATGGCTTTGGAGACGATGCTTGGCTGAAAGACTGCAGAAAAC
GAATGGCTGACACATTCCCACGGGAAGACCCCTTCAGCATTCTAATGCCACCCGGTTTCG
ACATTGATATGCATCAAGAACCGTTACGGTCGCCTGTTGGGACAGACGACACTCTTCTCA
GAGTAGACTTTGTAAGAGAAGTGGATGCATTGCTGCATGAAGTGAGACTAAT

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL7913Contig1 678 2 1 U
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TGATTCGAATCCATTTACTTTATTTAGGAGTAAACTAGCAATGGACTCAGAGCTGATACT
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GGTGGCATGGAGCTGCAACTACACAGACTGTTCAATGAGAGGCAACGTTCATTTCGTTCC
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GACTCACACGGCCAAGCACACCTTCTGCAAGGTCTGTGGGATCACATCGTTTTATACCCC
GAGGTCTAACCCTGATGGAGTTGCAGTCACGGTTAAGTGTGTCAAGTCGGGGACACTGGA
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TATTGCCTCGTTCTCCAAAGAGTGAAAGCTAAATTCAACTCAGGATTGTAATGACTAGTG
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AGCTCTGGATTTTGAGTC


BQ
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AF RR3BE52TF U 1
AF RR3BE52JQ C 27
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DS 

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QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

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GAAGAAATTGC


BQ
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AF RR3BH08TF C 1
AF RR3BH08JQ U 88
BS 1 87 RR3BH08TF
BS 88 731 RR3BH08JQ

RD RR3BH08TF 731 0 0
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DS 

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QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D622TF U 1
AF RR3D622JQ C 15
BS 1 696 RR3D622TF
BS 697 731 RR3D622JQ

RD RR3D622TF 696 0 0
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TACCTTCTCGTCAACTCCGAACGCTGGGAGATCGGGAACCGATCACGGTCAGAGCCTCAA
GACCTACTCTCCCTCGAAGATTCAGATCCACCAGAGAACCTCAAGTCTCCCATCTACGCC
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TTCAAGGAGCCGGAGTTAGTGACGTCGGAAACGGATGTAGAGTTTGACGGAGAAAGAGAC
GGACTTGGTCGGAAGATACGCCGGTGTTTCGGGGTGTAAGGTTTTTTTTTCCTGAAAAAA
TTGCATCGGCGTTTCAGTTACACGCGCGAGAGATAAATAGAGTTTAAACCGTTAATTGTA
AGCTAAGTAACCCAACATGTACGACTAAACTAGTAG

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3D622JQ 717 0 0
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CTCCGAACGCTGGGAGATCGGGAACCGATCACGGTCAGAGCCTCAAGACCTACTCTCCCT
CGAAGATTCAGATCCACCAGAGAACCTCAAGTCTCCCATCTACGCCTTCAAGTCCCAAAG
CGAGGCGGTTCTTGAGATACCCAAGAGCTGGGGGGAGAAGAATCACCGTGAGCCGTTGAA
TCACAGGCCTACTTTCTCGAAACAGGTGTCGTGGCCTGCACGGCTTGTGCTTCCCACGCA
TATGGAGACGACGACGAACGGGAATTATCAGCTTCTGGAGACGACGGAGACGTACGAGAG
CGCGAGTGCCTTGTCTCTGGCGACGTTCGCTTCGCTTCTCATAGAGTTTGTTGCGAGGTT
GCAGACCGTGGTCAACGCGTTCGAGGAATTGAGCTTCAGAGCTAATTTCAAGGAGCCGGA
GTTAGTGACGTCGGAAACGGATGTAGAGTTTGACGGAGAAAGAGACGGACTTGGTCGGAA
GATACGCCGGTGTTTCGGGGTGTAAGGTTTTTTTTTCCTGAAAAAATTGCATCGGCGTTT
CAGTTACACGCGCGAGAGATAAATAGAGTTTAAACCGTTAATTGTAAGCTAAGTAACCCA
ACATGTACGACTAAACTAGTAGTTAATAATGGTAACAAAACAGAGGCGTTTACAACC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL7916Contig1 834 2 2 U
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TTTTTTTAAAAATAAAAGCACTCATATTTATACTACACAATACATAATCACCGGAGGGGG
AAAATATTATCACAACAACAACGACAAAAACTAGAGAACATGAACTCAGTATGCATCTCT
AGCTGCATCGACGATGCACGTGACACACGCGTGCCTCGTACCACGTACGTGAATCTCTAT
AAATGGCCTGAGTCGGACGCCGAGTTCGTCCGCTCCGTCCGACGAGGAGGCGGCGTACCT
ACAGCGCGTGTGGTGGATAGCATCTCATACCGGCAGATGTATCTTCGGAGCTACACGTTC
TCTCGAGAAGACGACGATAAGAGCAAAGCGGAGAAGGTAGTGCCGTCATCGACGCAAACC
TCGTGTCTAGGGAGGTTTAAGGAAACGGCCTCGTTCAGGAAAGGGAATAAGGAGGAAAGT
GATGTTATTGTTGAGAAGTCAAAACCGGGTAGCCGTCGTGAGAAGAGAAGAGTTAGAAAG
AAGAAGAAGAAGAAGAGAGAACAAGCTTGTTCTGTTATGTTCAGGTTTTTTCGAAGGTTA
CTCTCTTGTGCTGCGACCGTAGATGTTGTTGATCCAAACTAGCTAAGTTCATGCATTACC
TTCTTGTATTAAGCTTTTAATTATATTTGAGTTTTTTTTTTCTTTGTTTTGAGAGTTATC
TTAAACTGGTTTATCTGCCTCCTCCATCTTCTTCTTTTTTTTTCTTTACTTTTGATTTTG
TTTTGTATTTAAACTTGTAGTATAGAGAATTTTAATGGTATATCTTGCTTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EV58TF U 1
AF RR3EV58JQ C 198
BS 1 590 RR3EV58TF
BS 591 834 RR3EV58JQ

RD RR3EV58TF 590 0 0
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TTTTTTTAAAAATAAAAGCACTCATATTTATACTACACAATACATAATCACCGGAGGGGG
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AGCTGCATCGACGATGCACGTGACACACGCGTGCCTCGTACCACGTACGTGAATCTCTAT
AAATGGCCTGAGTCGGACGCCGAGTTCGTCCGCTCCGTCCGACGAGGAGGCGGCGTACCT
ACAGCGCGTGTGGTGGATAGCATCTCATACCGGCAGATGTATCTTCGGAGCTACACGTTC
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GATGTTATTGTTGAGAAGTCAAAACCGGGTAGCCGTCGTGAGAAGAGAAGAGTTAGAAAG
AAGAAGAAGAAGAAGAGAGAACAAGCTTGTTCTGTTATGTTCAGGTTTTT

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3EV58JQ 637 0 0
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CGCCGAGTTCGTCCGCTCCGTCCGACGAGGAGGCGGCGTACCTACAGCGCGTGTGGTGGA
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TAAGAGCAAAGCGGAGAAGGTAGTGCCGTCATCGACGCAAACCTCGTGTCTAGGGAGGTT
TAAGGAAACGGCCTCGTTCAGGAAAGGGAATAAGGAGGAAAGTGATGTTATTGTTGAGAA
GTCAAAACCGGGTAGCCGTCGTGAGAAGAGAAGAGTTAGAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAG
AGAACAAGCTTGTTCTGTTATGTTCAGGTTTTTTCGAAGGTTACTCTCTTGTGCTGCGAC
CGTAGATGTTGTTGATCCAAACTAGCTAAGTTCATGCATTACCTTCTTGTATTAAGCTTT
TAATTATATTTGAGTTTTTTTTTTCTTTGTTTTGAGAGTTATCTTAAACTGGTTTATCTG
CCTCCTCCATCTTCTTCTTTTTTTTTCTTTACTTTTGATTTTGTTTTGTATTTAAACTTG
TAGTATAGAGAATTTTAATGGTATATCTTGCTTTTGC

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL7917Contig1 1384 2 2 U
GGACCAAAGACGATAGCTTTTCTTCGAGGGCTTGACTCCGACCCTTAACACTCACCGAAT
CCGATCTACAAAGATGGTGAAACCATCGGACTTCAGAGCAGTACACACGTTTATCCGGTC
ACATTACTCCAAGGTCAACCCAATCACCACCCGCCGGTCAATCCCACCCTCGAACGGCGT
CGCTTCCCACCACACCTCCTCACTACCACCCAAACCCCACTTGGGCTTATCTCAGATCCT
CTCCTTCAACCAAAAGCTCCAACCTTTAGGTCTCCCTCGCGTGAAAAACCCAAACTTTAC
ATTTACATGTGCGTTCAGGTTGCTGTCCACTAAGACCTCCGGGTTTCGTAAAGTCGATGG
GAGCTTCGCGAGGAAGGTCGTTGACAAGCCTGTGAAGGCTGTTAGCTCTAGCTTCGCTAG
GTACCGTGAGGCTATGGGGTTGCACGTTGATGCGTTCTGGAAGAAGAATAGTCTCTTCTT
GTACGGAGCTGGTGGTGTGTTTGTGTGTATCTTCCTTTGGAGGATTATGTTTGGTATTGC
GAGTACCTTTGTTGGCCTCTCTGAGGGTATGGCTAAGTATGGGTTCCTAGCTCTCTCCTC
TGCCATCGTTGCCTTCTCTGGACTGTACCTGCGGTCGAGGTTTACGATAAATCCGGATAA
AGTGTACAGGATGACGATGAGGAAGATCAACACAGCAGCTGATATTCTTGAAGTAATGGG
TGCGCCTCTGGCTGGATCAGATTTGAGAGCCTATGTGATGTCAGGTGGTGGGATAACGTT
CAAGAAATTCAAGCCAACGATTAGGAGCAAGCGTTGCTTTCTCCTCTTCCCTGTTCAAGG
TTCTGAGAGAAAGGGACTTGTCAGCGTCGAAGTTAAGAAGAAGAAAGGCCAGTATGACAT
GAAGCTTTTGGCGGTGGACATACCAATGGCGTCTGGTCCTGACCAACGGTTATTTTTGAT
TGGGGATGAAGAAGGGTACAAAGTCGGTGGTGGTTTAATCTCCGAGTTGAGAGACCCTGT
TGTGAAAGCCATGGCAGCAACTAAGGAGTTCGATAATCTTGACAGAATCGAAGAGGAAGA
AGACGCCGAAAGAGAGCTTGAAGAAGCTGAAAGAAAGCACCGTGAGGAGATTGAGAAGAT
CGAAAAAGAGAGCAGCTCTTAAACTCGTTTTTTTTTATTACTTCCCTGGAATGCTTGAAA
ACGTTTCTTTCACATCTTCCGGTATCTCATCAGTGGATATAATAAAAGAAACAACCCCTT
GAATCTTCTGAAAACCCTGTTTATTTTTCTGCTCACTTCTTGTATTACGTTTTTGATGGG
TATGCTACACTGATCTGTGATCTACATTGATGTAGAATGACAGCGAGGGCTACTCTCTGA
ACTA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3B710TF U 1
AF RR3B710JQ C 707
BS 1 760 RR3B710TF
BS 761 1384 RR3B710JQ

RD RR3B710TF 760 0 0
GGACCAAAGACGATAGCTTTTCTTCGAGGGCTTGACTCCGACCCTTAACACTCACCGAAT
CCGATCTACAAAGATGGTGAAACCATCGGACTTCAGAGCAGTACACACGTTTATCCGGTC
ACATTACTCCAAGGTCAACCCAATCACCACCCGCCGGTCAATCCCACCCTCGAACGGCGT
CGCTTCCCACCACACCTCCTCACTACCACCCAAACCCCACTTGGGCTTATCTCAGATCCT
CTCCTTCAACCAAAAGCTCCAACCTTTAGGTCTCCCTCGCGTGAAAAACCCAAACTTTAC
ATTTACATGTGCGTTCAGGTTGCTGTCCACTAAGACCTCCGGGTTTCGTAAAGTCGATGG
GAGCTTCGCGAGGAAGGTCGTTGACAAGCCTGTGAAGGCTGTTAGCTCTAGCTTCGCTAG
GTACCGTGAGGCTATGGGGTTGCACGTTGATGCGTTCTGGAAGAAGAATAGTCTCTTCTT
GTACGGAGCTGGTGGTGTGTTTGTGTGTATCTTCCTTTGGAGGATTATGTTTGGTATTGC
GAGTACCTTTGTTGGCCTCTCTGAGGGTATGGCTAAGTATGGGTTCCTAGCTCTCTCCTC
TGCCATCGTTGCCTTCTCTGGACTGTACCTGCGGTCGAGGTTTACGATAAATCCGGATAA
AGTGTACAGGATGACGATGAGGAAGATCAACACAGCAGCTGATATTCTTGAAGTAATGGG
TGCGCCTCTGGCTGGATCAGATTTGAGAGCCTATGTGATG

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3B710JQ 678 0 0
CTTGAAGTAATGGGTGCGCCTCTGGCTGGATCAGATTTGAGAGCCTATGTGATGTCAGGT
GGTGGGATAACGTTCAAGAAATTCAAGCCAACGATTAGGAGCAAGCGTTGCTTTCTCCTC
TTCCCTGTTCAAGGTTCTGAGAGAAAGGGACTTGTCAGCGTCGAAGTTAAGAAGAAGAAA
GGCCAGTATGACATGAAGCTTTTGGCGGTGGACATACCAATGGCGTCTGGTCCTGACCAA
CGGTTATTTTTGATTGGGGATGAAGAAGGGTACAAAGTCGGTGGTGGTTTAATCTCCGAG
TTGAGAGACCCTGTTGTGAAAGCCATGGCAGCAACTAAGGAGTTCGATAATCTTGACAGA
ATCGAAGAGGAAGAAGACGCCGAAAGAGAGCTTGAAGAAGCTGAAAGAAAGCACCGTGAG
GAGATTGAGAAGATCGAAAAAGAGAGCAGCTCTTAAACTCGTTTTTTTTTATTACTTCCC
TGGAATGCTTGAAAACGTTTCTTTCACATCTTCCGGTATCTCATCAGTGGATATAATAAA
AGAAACAACCCCTTGAATCTTCTGAAAACCCTGTTTATTTTTCTGCTCACTTCTTGTATT
ACGTTTTTGATGGGTATGCTACACTGATCTGTGATCTACATTGATGTAGAATGACAGCGA
GGGCTACTCTCTGAACTA

QA 1 678 1 678
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7919Contig1 706 2 20 U
GGAATACAGAACAGAGCCGTGAAGTCAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGACACACACACAC
ACATAGAGAATATCGCCGGAGACATCAGAATCTCCAGTCCCTTCTTCACCAGAAAAAAAA
TCATCGATCTCTAAGCGGAGAATCATCACAGTGAATCCATCAGCTTCTATTGAGATGAGC
CACCACAACAACAACAACAACAATGAGGTTCCTTACACAAGCGTTGTTGATGATGAGACT
CCATCTCCCAAAGCCACCGACAAGATTAGGAAAGTCTCAATGTTACCACTCATTTTCCTA
ATATTCGACGAAGTCTCAGGCGGTCCTTTCGGTGTGGAGGACAGTGTCAATGCAGCTGGA
CCCTTGTTAGCTCTTCTAGGCTTTATCATCTTCCCTTTCATTTGGAGTATCCCCGAGGCG
TTGATCACCGCTGAGATGGGCACAATGTTCCCTGAGAACGGCGGTTACGTCGTCTGGGTC
TCCTCAGCTTTGGGACCGTTCTGGGGGTTTCAGCAAGGTTGGATGAAGTGGCTAAGTGGT
GTTATCGACAACGCCTTGTATCCTGTTCTGTTTCTTGATTATTTGAAGTCAGGAATCCCG
GCTTTAGGTAGCGGTTTACCGAGAGTTGCAGCCATCTTGGTGTTGACTCTGATGCTTACT
TACTTGAACTACAGGGGTTTGACTATAGTTGGCTGGGCTGCTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C321TF U 1
AF RR3CT65TF U 50
BS 1 119 RR3C321TF
BS 120 120 RR3CT65TF
BS 121 182 RR3C321TF
BS 183 183 RR3CT65TF
BS 184 275 RR3C321TF
BS 276 276 RR3CT65TF
BS 277 299 RR3C321TF
BS 300 300 RR3CT65TF
BS 301 347 RR3C321TF
BS 348 348 RR3CT65TF
BS 349 413 RR3C321TF
BS 414 414 RR3CT65TF
BS 415 433 RR3C321TF
BS 434 434 RR3CT65TF
BS 435 593 RR3C321TF
BS 594 594 RR3CT65TF
BS 595 601 RR3C321TF
BS 602 602 RR3CT65TF
BS 603 670 RR3C321TF
BS 671 706 RR3CT65TF

RD RR3C321TF 670 0 0
GGAATACAGAACAGAGCCGTGAAGTCAGAGAGACAGAGAGAGAGAGAGACACACACACAC
ACATAGAGAATATCGCCGGAGACATCAGAATCTCCAGTCCCTTCTTCACCAGAAAAAAA*
TCATCGATCTCTAAGCGGAGAATCATCACAGTGAATCCATCAGCTTCTATTGAGATGAGC
CATCACAACAACAACAACAACAATGAGGTTCCTTACACAAGCGTTGTTGATGATGAGACT
CCATCTCCCAAAGCCACCGACAAGATTAGGAAAGTGTCAATGTTACCACTCATTTTCCTC
ATATTCGACGAAGTCTCAGGCGGTCCTTTCGGTGTGGAGGACAGTGTGAATGCAGCTGGA
CCCTTGTTAGCTCTTCTAGGCTTTATCATCTTCCCTTTCATTTGGAGTATCCCGGAGGCG
TTGATCACCGCTGGGATGGGCACAATGTTCCCTGAGAACGGCGGTTACGTCGTCTGGGTC
TCCTCAGCTTTGGGACCGTTCTGGGGGTTTCAGCAAGGTTGGATGAAGTGGCTAAGTGGT
GTTATCGACAACGCCTTGTATCCTGTTCTGTTTCTTGATTATTTGAAGTCAGGGATCCCG
GGTTTAGGTAGCGGTTTACCGAGAGTTGCAGCCATCTTGGTGTTGACTCTGATGCTTACT
TACTTGAACT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3CT65TF 657 0 0
GGG
ACACACACACATAGAGAATTTCGCCGGAGACATCAGAATCTCCAGTCCCTTCTTCACCAG
AAAAAAAATCATCGATCTCTAAGCGGAGAATCATCACAGTGAATCCATCAGCTTCTATTG
AGATGAGCCACCACAACAACAACAACAA***TGAGGTTCCTTACACAAGCGTTGTTGATG
ATGAGACTCCATCTCCCAAAGCCACCGACAAGGTTAGGAAAGTCTCAATGTTACCACTCA
TTTTCCTAATATTCTACGAAGTCTCAGGTGGTCCTTTCGGTGTGGAGGACAGTGTCAATG
CAGCTGGACCCTTGTTAGCTCTTCTAGGCTTTATCATCTTCCCTTTCGTTTGGAGTATCC
CCGAGGCGTTGATCACCGCTGAGATGGGCACAATGTTCCCTGAGAACGG*GGTTACGTCG
TCTGGGTCTCCTCTGCTTTGGGACCGTTCTGGGGGTTTCAGCAAGGTTGGATGAAGTGGC
TGAGTGGTGTTATCGATAACGCCTTGTATCCTGTTCTGTTTCTTGATTATTTGAAGTCAG
GAATCCCGGCTTTAGGTAGCGGTTTACTGAGAGTTGCAGCCATCTTGGTGTTGACTCTTA
TGCTTACTTACTTGAACTACAGGGGTTTGACTATAGTTGGCTGGGCTGCTGTGC

QA 4 657 4 657
DS 



AS 1 2

CO CL7920Contig1 1094 2 2 U
GATACCAAGCGATATGAGATTGTCACCGGTGTGGTTGAAGTTGAAGGTGCACCCGAAGAA
GTGAAAACTGAACAAGGAGGAGAAGATAAAGCCCCTGAAGAGAAAGGAGTACCTGATTTC
TGGCTTATTGCACTGAAGAACAATGAAATTACCGCTGAGGAGATAACTGAGCGGGATGAA
GGAGCTCTCAAGTATCTCAAAGACATCAAGTGGAACAAGGTTGAGGAACCAAAAGGGTTC
AAGCTTGAGTTTTTCTTTGATGAGAACCCTTACTTCAAGAACACTGTCTTGTCCAAGACA
TATCACATGATTGATGAAGATGAGCCTATCTCGAAAAGGCCATTGGGACGGAGATCGAGT
GGTATCCTGGAAAATGTTTGACTCAGAAGATCCTTAAAAAGAAGCCGAAGAAGGGATCCA
AAAACACAAAGCCGATCACTAAGACTGAGGACTGTGAGAGTTTCTTCAACTTTTTCAGTC
CACCTCAGGTTCCTGATGACGAGGATGATCTTGATGATGACATGGCTGAGGAACTTCAAG
GTCAAATGGAGAACGACTATGATATTGGATCAACCATTAAAGAGAAAATCATCTCTCATG
CGGTGTCATGGTTCACTGGGGAAGCTGTTGACCCAGATGACCTTGAGATGGATGACGATG
ATGATGAGATTGATGAAGATGATGATGAGGACGAGGAAGACGATGAGGAGGACGAAGATG
ATGATGAGGACGAGGAAGAAGAACAAGGAAAAAAGAGCGGAAAGAAGTCATCAGCTGGGC
ACAAGAAGTCTGGAAGAAGTCAGCTTGCCGAAGGTCAACAAGGTGAGAGACCACCGGAGT
GTAAGCAGCAGTGAGGAGTCTTCTTTACCGGCGAAGAAGCTGCTTCTTATTTATGAAGAA
GAAGAAAGAAAAGAGTCAGGTCTTTGAGACTAGGTCGTGTTTCTTAATTTGAAGTCATGG
TCTAGTTTATATGATATCAAGTTTTGGGTGGTGGTTTGCTTTTTCTTTTTCTTTTTAAAA
TGTTCTTCGGTTTGGTTTGTGTCTTATTTTTCATTTTGTATCGTGTGTTCTCAATGAACT
GGTCTGAATTATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB36TF U 1
AF RR3FB36JQ C 296
BS 1 686 RR3FB36TF
BS 687 1094 RR3FB36JQ

RD RR3FB36TF 686 0 0
GATACCAAGCGATATGAGATTGTCACCGGTGTGGTTGAAGTTGAAGGTGCACCCGAAGAA
GTGAAAACTGAACAAGGAGGAGAAGATAAAGCCCCTGAAGAGAAAGGAGTACCTGATTTC
TGGCTTATTGCACTGAAGAACAATGAAATTACCGCTGAGGAGATAACTGAGCGGGATGAA
GGAGCTCTCAAGTATCTCAAAGACATCAAGTGGAACAAGGTTGAGGAACCAAAAGGGTTC
AAGCTTGAGTTTTTCTTTGATGAGAACCCTTACTTCAAGAACACTGTCTTGTCCAAGACA
TATCACATGATTGATGAAGATGAGCCTATCTCGAAAAGGCCATTGGGACGGAGATCGAGT
GGTATCCTGGAAAATGTTTGACTCAGAAGATCCTTAAAAAGAAGCCGAAGAAGGGATCCA
AAAACACAAAGCCGATCACTAAGACTGAGGACTGTGAGAGTTTCTTCAACTTTTTCAGTC
CACCTCAGGTTCCTGATGACGAGGATGATCTTGATGATGACATGGCTGAGGAACTTCAAG
GTCAAATGGAGAACGACTATGATATTGGATCAACCATTAAAGAGAAAATCATCTCTCATG
CGGTGTCATGGTTCACTGGGGAAGCTGTTGACCCAGATGACCTTGAGATGGATGACGATG
ATGATGAGATTGATGAAGATGATGAT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3FB36JQ 799 0 0
AGACATATCACATGATTGATGAAGATGAGCCTATCTCGAAAAGGCCATTGGGACGGAGAT
CGAGTGGTATCCTGGAAAATGTTTGACTCAGAAGATCCTTAAAAAGAAGCCGAAGAAGGG
ATCCAAAAACACAAAGCCGATCACTAAGACTGAGGACTGTGAGAGTTTCTTCAACTTTTT
CAGTCCACCTCAGGTTCCTGATGACGAGGATGATCTTGATGATGACATGGCTGAGGAACT
TCAAGGTCAAATGGAGAACGACTATGATATTGGATCAACCATTAAAGAGAAAATCATCTC
TCATGCGGTGTCATGGTTCACTGGGGAAGCTGTTGACCCAGATGACCTTGAGATGGATGA
CGATGATGATGAGATTGATGAAGATGATGATGAGGACGAGGAAGACGATGAGGAGGACGA
AGATGATGATGAGGACGAGGAAGAAGAACAAGGAAAAAAGAGCGGAAAGAAGTCATCAGC
TGGGCACAAGAAGTCTGGAAGAAGTCAGCTTGCCGAAGGTCAACAAGGTGAGAGACCACC
GGAGTGTAAGCAGCAGTGAGGAGTCTTCTTTACCGGCGAAGAAGCTGCTTCTTATTTATG
AAGAAGAAGAAAGAAAAGAGTCAGGTCTTTGAGACTAGGTCGTGTTTCTTAATTTGAAGT
CATGGTCTAGTTTATATGATATCAAGTTTTGGGTGGTGGTTTGCTTTTTCTTTTTCTTTT
TAAAATGTTCTTCGGTTTGGTTTGTGTCTTATTTTTCATTTTGTATCGTGTGTTCTCAAT
GAACTGGTCTGAATTATAG

QA 1 799 1 799
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL7923Contig1 828 2 5 U
GGAATTGTGTTTCATTTTCTTCAAAAATAAAGCCCTAAAGAAAAGAGAAAAGTTAAGAGA
GATGAAGAAATCAGAGCTGATCTTCATCCCACTTCCGGAGACTGGCCATCTTTTGTCAAC
GATCGAATTCGGAAAGCGTTTGCTAGATCTCGGCCGTCGGATTTCGATGATCACAATCCT
CTCCATGAAGCTCCCTTACGCTCCTCATGCAGACGCTTCCTTGGCCTCGCTCACATCCTC
CGAGCCTGGGATCCGACTCATCGGCCTCCCGGAGATCCAAGACCCACCTCCCATCAAGCT
CCTCGACACTTCCTCCGAGACTTACATCATTGACTTCGTCGCTAAAAACATACCATTTCT
CAGACAAACAATCCAAGACTTGGTCTCGTCCGGAGAAGAAGACTCAAACCATGTCGCAGG
ATTGATTCTTGATTTCTTCTGCGTGGACTTGATCGACGTCGGGCGCGAGGTGAACCTTCC
TTCGTACATCTTCATGACTTCAAATTTCGGTTTCTTGGGGTTTCTACAGTATCTACCGGC
GTTTTTGGAACGAGTTCCGGCCAAGGTTCTGCCGCCTGGTGTGTTTGACAAACTCTCTTA
CGCAACTCTGGTCAAAATTGGCGAGCGGTTGACTCAAGCCAAGGGTATTTTGGTCAACTC
GTTCTCGGAAGTGGAGCCGTATGCTGTTGAACATTTTTCAAGTGGAGATTACCCGCGTGC
GTATCCTGTTGGGCCGGGTCTCACTTAACTGGCCGTACAAATCCTGCTTAGCTTCGCCCA
TACGAGAGATGATGAATGTCTAGCGAGCAACAGACTCGTCTGTTTTGT


BQ
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AF RR3CF23TF U 107
AF RR3BY03TF U 1
BS 1 690 RR3BY03TF
BS 691 691 RR3CF23TF
BS 692 734 RR3BY03TF
BS 735 735 RR3CF23TF
BS 736 828 RR3BY03TF

RD RR3CF23TF 656 0 0
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ATGATCACAATCCTCTCCATGAAGCTCCCTTACGCTCCTCATGCAGACGCTTCCTTGGCC
TCGCTCACATCCTCCGAGCCTGGGATCCGACTCATCGGCCTCCCGGAGATCCAAGACCCA
CCTCCCATCAAGCTCCTCGACACTTCCTCCGAGACTTACATCATTGACTTCGTCGCTAAA
AACATACCATTTCTCAGACAAACAATCCAAGACTTGGTCTCGTCCGGAGAAGAAGACTCA
AACCATGTCGCAGGATTGATTCTTGATTTCTTCTGCGTGGACTTGATCGACGTCGGGCGC
GAGGTGAACCTTCCTTCGTACATCTTCATGACTTCAAATTTCGGTTTCTTGGGGTTTCTA
CAGTATCTACCGGCGTTTTTGGAACGAGTTCCGGCCAAGGTTCTGCCGCCTGGTGTGTTT
GACAAACTCTCTTACGCAACTCTGGTCAAAATTGGCGAGCGGTTGACTCAAGCCAAGGGT
ATTTTGGTCAACTCGTTCTCGGAAGTGGAGCCGTATGCTGTTGAACATTTTTCAAGTGGA
GATTACCCGCGTGCGTATCCTGTTGGGCCGGTTCTCACTTAACTGGCCGTACAAAT

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3BY03TF 828 0 0
GGAATTGTGTTTCATTTTCTTCAAAAATAAAGCCCTAAAGAAAAGAGAAAAGTTAAGAGA
GATGAAGAAATCAGAGCTGATCTTCATCCCACTTCCGGAGACTGGCCATCTTTTGTCAAC
GATCGAATTCGGAAAGCGTTTGCTAGATCTCGGCCGTCGGATTTCGATGATCACAATCCT
CTCCATGAAGCTCCCTTACGCTCCTCATGCAGACGCTTCCTTGGCCTCGCTCACATCCTC
CGAGCCTGGGATCCGACTCATCGGCCTCCCGGAGATCCAAGACCCACCTCCCATCAAGCT
CCTCGACACTTCCTCCGAGACTTACATCATTGACTTCGTCGCTAAAAACATACCATTTCT
CAGACAAACAATCCAAGACTTGGTCTCGTCCGGAGAAGAAGACTCAAACCATGTCGCAGG
ATTGATTCTTGATTTCTTCTGCGTGGACTTGATCGACGTCGGGCGCGAGGTGAACCTTCC
TTCGTACATCTTCATGACTTCAAATTTCGGTTTCTTGGGGTTTCTACAGTATCTACCGGC
GTTTTTGGAACGAGTTCCGGCCAAGGTTCTGCCGCCTGGTGTGTTTGACAAACTCTCTTA
CGCAACTCTGGTCAAAATTGGCGAGCGGTTGACTCAAGCCAAGGGTATTTTGGTCAACTC
GTTCTCGGAAGTGGAGCCGTATGCTGTTGA*CATTTTTCAAGTGGAGATTACCCGCGTGC
GTATCCTGTTGGGC*GGGTCTCACTTAACTGGCCGTACAAATCCTGCTTAGCTTCGCCCA
TACGAGAGATGATGAATGTCTAGCGAGCAACAGACTCGTCTGTTTTGT

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 2

CO CL7924Contig1 727 2 1 U
GGAACCCAAACCTAAAAGAGGCTTCTACTTCTTTCATCCTCCTTACTGAGCCGCCATCTA
TCCTCCTCCGACCTCCGTCGTCTCTTTCGCTAAGCTTCTCCAAAGGGACGATGCCGAAGA
TTAAGACTAACAGAGTAAAGTACCCAGAAGGTTGGGAGTTGATTGAGCCTACTCTTCTTG
AGATAGAGGCCAAGATGAGAGAAGCTGAGATAGATACACATGATGGCAAGAGAAAGTGTG
AAGCCTTGTGGCCTATCTTCAAACTCTCTCATCAGAGGAGTCGCTATGTCTATGACCTCT
ATTACCGTAGGGAGGAGATCTCTAAAGACCTTTATGAGTTCTGCTTGGATCAGAACTATG
CTGATCGTAACCTCATTGCCAAGTGGAAAAAGTCAGGATATGAGCGTTTGTGCTGCTTGC
GCTGCATACAGCCAAGAGACCACAACTACGGAACAACATGCGTATGCCGTGTTCCCAAAC
ACTTGCGTGAAGAGAAAGTGGTTGAATGCGTTCACTGCGGTTGTCAAGGATGCGCCAGTG
GCGATTAATCTCCACCATTATGTTTTTCTTCACTGTTGCTGTATTCTATATCTTGTCAAA
ATCTGAATCATGTACCCTAAAAACACCCTGAAGAGACTACCTTTTGAAACCTCTACTCGT
TAACTATGTTGTTGAAACTATAAAGACGTTCCCGGTTTTGGTATATATATGAATTTAGAG
AATGACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AW18TF U 1
AF RR3AW18JQ C 37
BS 1 727 RR3AW18TF

RD RR3AW18TF 727 0 0
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TCCTCCTCCGACCTCCGTCGTCTCTTTCGCTAAGCTTCTCCAAAGGGACGATGCCGAAGA
TTAAGACTAACAGAGTAAAGTACCCAGAAGGTTGGGAGTTGATTGAGCCTACTCTTCTTG
AGATAGAGGCCAAGATGAGAGAAGCTGAGATAGATACACATGATGGCAAGAGAAAGTGTG
AAGCCTTGTGGCCTATCTTCAAACTCTCTCATCAGAGGAGTCGCTATGTCTATGACCTCT
ATTACCGTAGGGAGGAGATCTCTAAAGACCTTTATGAGTTCTGCTTGGATCAGAACTATG
CTGATCGTAACCTCATTGCCAAGTGGAAAAAGTCAGGATATGAGCGTTTGTGCTGCTTGC
GCTGCATACAGCCAAGAGACCACAACTACGGAACAACATGCGTATGCCGTGTTCCCAAAC
ACTTGCGTGAAGAGAAAGTGGTTGAATGCGTTCACTGCGGTTGTCAAGGATGCGCCAGTG
GCGATTAATCTCCACCATTATGTTTTTCTTCACTGTTGCTGTATTCTATATCTTGTCAAA
ATCTGAATCATGTACCCTAAAAACACCCTGAAGAGACTACCTTTTGAAACCTCTACTCGT
TAACTATGTTGTTGAAACTATAAAGACGTTCCCGGTTTTGGTATATATATGAATTTAGAG
AATGACG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3AW18JQ 691 0 0
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TCTCCAAAGGGACGATGCCGAAGATTAAGACTAACAGAGTAAAGTACCCAGAAGGTTGGG
AGTTGATTGAGCCTACTCTTCTTGAGATAGAGGCCAAGATGAGAGAAGCTGAGATAGATA
CACATGATGGCAAGAGAAAGTGTGAAGCCTTGTGGCCTATCTTCAAACTCTCTCATCAGA
GGAGTCGCTATGTCTATGACCTCTATTACCGTAGGGAGGAGATCTCTAAAGACCTTTATG
AGTTTTGCTTGGATCAGAACTATGCTGATCGTAACCTCATTGCCAAGTGGAAAAAGTCAG
GATATGAGCGTTTGTGCTGCTTGCGCTGCATACAGCCAAGAGACCACAACTACGGAACAA
CATGCGTATGCCGTGTTCCCAAACACTTGCGTGAAGAGAAAGTGGTTGAATGCGTTCACT
GCGGTTGTCAAGGATGCGCCAGTGGCGATTAATCTCCACCATTATGTTTTTCTTCACTGT
TGCTGTATTCTATATCTTGTCAAAATTTGAATCATGTACCCTAAAAACACCCTGAAGAGA
CTACCTTTTGAAACCTCTACTCGTTAACTATGTTGTTGAAACTATAAAGACGTTCCCGGT
TTTGGTATATATATGAATTTAGAGAATGACG

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL7925Contig1 659 2 2 U
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ATCAGCACCACCACCGCCGGCGGTTCGAATCCGGCCCCTTCCTCCGAACTACTTCCGATG
AAGTTTCTCGATGGCAGAGACTACTCCAATGCTACTACTACCAACGAGGAACAGAAGTTC
TCAAAGGATGGATATGAGCATCACATGCAAGTCAACCATTTAGCTCCAGCTTTGCTTTCC
TTACTCCTTTTGCCCTCCCTTAACCGTGGCTCTCCGACCCAAATCGTTAATGTCAACTCC
CACCCGAATCGTTAATGTCAACTCTGTTGTAAGTGCCATCATCAATGAAACGCCCAGCTG
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CCGAAAGCTTTAACTTCATATGCTTATCTCTGTGAAATTCTGCTGCGCTTCTGCTTTCAT
TGAATCTAATCAGCTTCAGTTATTTAACATCTCATGTAATATCATTGTTTTGTTTGAGT


BQ
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AF RR3AT09JQ C 1
AF RR3AT09TF U 1
BS 1 643 RR3AT09TF
BS 644 659 RR3AT09JQ

RD RR3AT09JQ 659 0 0
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TAGTTGGTTTCGATTCCGAAACTTCGTGAGATTTATCTCACTCTCCTCGTCTCGACGCTC
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ATCAGCACCACCACCGCCGGCGGTTCGAATCCGGCCCCTTCCTCCGAACTACTTCCGATG
AAGTTTCTCGATGGCAGAGACTACTCCAATGCTACTACTACCAACGAGGAACAGAAGTTC
TCAAAGGATGGATATGAGCATCACATGCAAGTCAACCATTTAGCTCCAGCTTTGCTTTCC
TTACTCCTTTTGCCCTCCCTTAACCGTGGCTCTCCGACCCAAATCGTTAATGTCAACTCC
CACCCGAATCGTTAATGTCAACTCTGTTGTAAGTGCCATCATCAATGAAACGCCCAGCTG
CAAATATTTTGTATCTATTTTTGGATTCTCTCTTGCATTAGTATATAGAACCTAAGCTAA
CCGAAAGCTTTAACTTCATATGCTTATCTCTGTGAAATTCTGCTGCGCTTCTGCTTTCAT
TGAATCTAATCAGCTTCAGTTATTTAACATCTCATGTAATATCATTGTTTTGTTTGAGT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3AT09TF 643 0 0
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TAGTTGGTTTCGATTCCGAAACTTCGTGAGATTTATCTCACTCTCCTCGTCTCGACGCTC
TCGTCGTCCCGCCAAGACCAATCTATGGAGCAGAATACATACAGGAGGAAACCGTCTCCG
ATCAGCACCACCACCGCCGGCGGTTCGAATCCGGCCCCTTCCTCCGAACTACTTCCGATG
AAGTTTCTCGATGGCAGAGACTACTCCAATGCTACTACTACCAACGAGGAACAGAAGTTC
TCAAAGGATGGATATGAGCATCACATGCAAGTCAACCATTTAGCTCCAGCTTTGCTTTCC
TTACTCCTTTTGCCCTCCCTTAACCGTGGCTCTCCGACCCAAATCGTTAATGTCAACTCC
CACCCGAATCGTTAATGTCAACTCTGTTGTAAGTGCCATCATCAATGAAACGCCCAGCTG
CAAATATTTTGTATCTATTTTTGGATTCTCTCTTGCATTAGTATATAGAACCTAAGCTAA
CCGAAAGCTTTAACTTCATATGCTTATCTCTGTGAAATTCTGCTGCGCTTCTGCTTTCAT
TGAATCTAATCAGCTTCAGTTATTTAACATCTCATGTAATATC

QA 1 643 1 643
DS 



AS 1 2

CO CL7926Contig1 867 2 2 U
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AATTGGAATCTCAACCGATAGATCTGAATCGATTTTCAACATGGGTAACACAGACAAGCT
AATGAATCAGATCTTCGACCTTAAATTCACGTCGAAATCTCTCCAGAGGCAGTCGAGGAA
GTGCGAGAAGGAGGAGAAGGCGGAGAAGCTCAAGGTGAAGAAGGCGATCGAGAAGGGGAA
CATGGACGGCGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGCGTAGCGAGCAGATGAA
CTACCTCCGCCTAGCTTCTCGCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAA
GATGGCGTCCATCACCAAATCGATGACTAACATCGTCAAATCGCTGGAGTCTTCCCTTGC
CACAGGCAACCTACAGAAGATGTCAGAGACGATGGATTCATTTGAAAAGCAGTTTGTGAA
CATGGAGGTGCAAGCTAAGTTCATGGAGAATGCCATGGCTGGTCATCATTGTCCACTCCA
GAAGGCGACGTCAACAACCTGATGCAGCAGGTGGCAGATGACTACGGTCTTGAAGTCTCT
GTTGGACTTCCTCAGGCTGCTGGCCATACCATCCCTACTGCTACAGAGGAGAAAGTCGAT
GAGGATGATCTGTCAAGGAGGCTTGCAGAGCTCAAGGCCAGAGGATGAACAATCTACCAC
TTAGGACAAGATCCTTATCGAAATGTTGCTACTATTATCTGCGAACACTGACGCATTTGT
GTATATTGCTCACTTTGAGACATGCTGTCTACTAACTTTATATTAAAATATTTGTGTTTG
TTTTACCACTTCATGATATGAGTTTGT


BQ
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AF RR3F777TF U 1
AF RR3CT94TF U 367
BS 1 523 RR3F777TF
BS 524 867 RR3CT94TF

RD RR3F777TF 540 0 0
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AATTGGAATCTCAACCGATAGATCTGAATCGATTTTCAACATGGGTAACACAGACAAGCT
AATGAATCAGATCTTCGACCTTAAATTCACGTCGAAATCTCTCCAGAGGCAGTCGAGGAA
GTGCGAGAAGGAGGAGAAGGCGGAGAAGCTCAAGGTGAAGAAGGCGATCGAGAAGGGGAA
CATGGACGGCGCTCGGATCTACGCCGAGAACGCGATCCGCAAGCGTAGCGAGCAGATGAA
CTACCTCCGCCTAGCTTCTCGCCTCGACGCTGTCGTTGCTCGCTTAGACACTCAGGCTAA
GATGGCGTCCATCACCAAATCGATGACTAACATCGTCAAATCGCTGGAGTCTTCCCTTGC
CACAGGCAACCTACAGAAGATGTCAGAGACGATGGATTCATTTGAAAAGCAGTTTGTGAA
CATGGAGGTGCAAGCTAAGTTCATGGAGAATGCCATGGCTGGT
TCAACATCATTGTCCAC

QA 1 523 1 523
DS 

RD RR3CT94TF 501 0 0
GA
CCATCACCAAGTCGATGACTAACATCGTCAAATCGCTGGAGTCTTCCTTTGCCACAGGCA
ACCTACAGAAGATGTCAGAGACGATGGATTCATTTGAGAAGCAGTTTGTGAACATGGAGG
TGCAAGCTGAGTTCATGGAGAATGCCATGGCTGGTCATCATTGTCCACTCCAGAAGGCGA
CGTCAACAACCTGATGCAGCAGGTGGCAGATGACTACGGTCTTGAAGTCTCTGTTGGACT
TCCTCAGGCTGCTGGCCATACCATCCCTACTGCTACAGAGGAGAAAGTCGATGAGGATGA
TCTGTCAAGGAGGCTTGCAGAGCTCAAGGCCAGAGGATGAACAATCTACCACTTAGGACA
AGATCCTTATCGAAATGTTGCTACTATTATCTGCGAACACTGACGCATTTGTGTATATTG
CTCACTTTGAGACATGCTGTCTACTAACTTTATATTAAAATATTTGTGTTTGTTTTACCA
CTTCATGATATGAGTTTGT

QA 3 501 3 501
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7928Contig1 683 2 2 U
GGGTTACCGGCGAGCGAACGGGCGAGGCTGAAGGCGCGGCAGGGGGTGAGAACCGTCGGA
TTTACGGAGATCGACGTGGTGGATCCTGTAACTGATCGGAGCGTTGAGAGAAACGGAGAA
ACGGTCGGGGAGATTGTGATGAGAGGGAGTTCGATCATGCTCGGTTACTTGAAAGATCCT
GTCGGAACAGAGAAGGCTTTGAAGAACGGGTGGTTTTTCACCGGAGATGTTGGGGTGATT
CATTCGGACGGGTACTTATAGATTAAAGATAGGTCGAAAGATATAATCATAACGGGAGGA
GAGAACGTGGGCAGCGTGGAGGTTGAAGCGGTTTTGTACACGAATCCGGCGGTGAACGAA
GTGGCGGTGGTTGCGAGACCGGACGAGTTTTGGGGAGAGACGCCGTGTGCGTTTGTGAGT
TTGAAGGATGGGTTGACTCGGAAACCAACGGAGGGAGAGTTGATAGAGTATTGTAAGAAG
AAGATGCCAAGGTATATGGTGCCTAAGACAGTGTCGTTTCAGGATGAGTTGCCGAAGACT
TCGACTGGTAAGGTTATGAAGTTTGTGCTTAGGGATATCGCGAAGAAGATGGGTTCGACG
AGGTTGAGTCGGATGTAATATGAATTATGCATGTACTTTGTTATAAGAAAATGTTTATAA
GTAATAAAACCGTCAGATTCACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN19TF U 1
AF RR3GN19JQ C 1
BS 1 642 RR3GN19TF
BS 643 683 RR3GN19JQ

RD RR3GN19TF 642 0 0
GGGTTACCGGCGAGCGAACGGGCGAGGCTGAAGGCGCGGCAGGGGGTGAGAACCGTCGGA
TTTACGGAGATCGACGTGGTGGATCCTGTAACTGATCGGAGCGTTGAGAGAAACGGAGAA
ACGGTCGGGGAGATTGTGATGAGAGGGAGTTCGATCATGCTCGGTTACTTGAAAGATCCT
GTCGGAACAGAGAAGGCTTTGAAGAACGGGTGGTTTTTCACCGGAGATGTTGGGGTGATT
CATTCGGACGGGTACTTATAGATTAAAGATAGGTCGAAAGATATAATCATAACGGGAGGA
GAGAACGTGGGCAGCGTGGAGGTTGAAGCGGTTTTGTACACGAATCCGGCGGTGAACGAA
GTGGCGGTGGTTGCGAGACCGGACGAGTTTTGGGGAGAGACGCCGTGTGCGTTTGTGAGT
TTGAAGGATGGGTTGACTCGGAAACCAACGGAGGGAGAGTTGATAGAGTATTGTAAGAAG
AAGATGCCAAGGTATATGGTGCCTAAGACAGTGTCGTTTCAGGATGAGTTGCCGAAGACT
TCGACTGGTAAGGTTATGAAGTTTGTGCTTAGGGATATCGCGAAGAAGATGGGTTCGACG
AGGTTGAGTCGGATGTAATATGAATTATGCATGTACTTTGTT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3GN19JQ 683 0 0
GGGTTACCGGCGAGCGAACGGGCGAGGCTGAAGGCGCGGCAGGGGGTGAGAACCGTCGGA
TTTACGGAGATCGACGTGGTGGATCCTGTAACTGATCGGAGCGTTGAGAGAAACGGAGAA
ACGGTCGGGGAGATTGTGATGAGAGGGAGTTCGATCATGCTCGGTTACTTGAAAGATCCT
GTCGGAACAGAGAAGGCTTTGAAGAACGGGTGGTTTTTCACCGGAGATGTTGGGGTGATT
CATTCGGACGGGTACTTATAGATTAAAGATAGGTCGAAAGATATAATCATAACGGGAGGA
GAGAACGTGGGCAGCGTGGAGGTTGAAGCGGTTTTGTACACGAATCCGGCGGTGAACGAA
GTGGCGGTGGTTGCGAGACCGGACGAGTTTTGGGGAGAGACGCCGTGTGCGTTTGTGAGT
TTGAAGGATGGGTTGACTCGGAAACCAACGGAGGGAGAGTTGATAGAGTATTGTAAGAAG
AAGATGCCAAGGTATATGGTGCCTAAGACAGTGTCGTTTCAGGATGAGTTGCCGAAGACT
TCGACTGGTAAGGTTATGAAGTTTGTGCTTAGGGATATCGCGAAGAAGATGGGTTCGACG
AGGTTGAGTCGGATGTAATATGAATTATGCATGTACTTTGTTATAAGAAAATGTTTATAA
GTAATAAAACCGTCAGATTCACT

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

CO CL7929Contig1 826 2 2 U
GGAGTATGGGTCTAACTGGACAGCGAAGAATAAAGTAGAGAGTGGCGACGAATAGTTTTC
TCAAACCGGAACCGCCATGGCTACAGCTTCAAGGTTTCTCCGGAAACTACAGAGGTCGCT
CAAGCTTCCTCCAACAACCCTTCTCCGTAGCAATGGCACGAGGGTTTTAACCTTTCCTGC
TCACAAAACTAACGAGCCATTAGGATCTCGTATCCGCCATGATTCTCCTATGACTACCAG
AAGCTTCTCTTCTCAAGGTCCTGCTCCTATCGATTATAGTTCGGTTTTGCAGGAGGATGA
GTTTCACAAATTAGCCAACTTCACTATAAATGACCTTCTTGAGAAGATTGAGGATTATGG
TGATAATGTCCAGATTGATGGTTTCGACATAGACTACGGGAATGAAGTTCTCACCCTTAA
GCTTGGATCTTTAGGCACATATGTAATGAATAAGCAAACCCCAAATCGGCAGATATGGAT
GTCTTCACCTGTCAGTGGTCCTTCTAGGTTCGACTGGAACCGTGATGCTAATGCGTGGAT
CTATCGACGAACAGAAGCGAAGTTGCATAAACTGTTGGAAGAGGAGTTAGAGAGCCTATG
TGGCGAACCAATTCAACTCTCATAGGAAAAAGCCTTAACACAGTATCTGTGAGTTTATCT
AGGAACTGCTCTGCCCTTTCAAGCTTATGTCTATGAAACATCCAGATGAATAAACAAACT
AAGCACATGAAAAAGTTGTTTCAGTGTGAAACCTGATTGATGTTTTTTTTATTGTACTTT
TGTTCAGTAATGTTATGTCTCATAGTGACACTGTTACACAATGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G137TF U 1
AF RR3G137JQ C 144
BS 1 785 RR3G137TF
BS 786 826 RR3G137JQ

RD RR3G137TF 785 0 0
GGAGTATGGGTCTAACTGGACAGCGAAGAATAAAGTAGAGAGTGGCGACGAATAGTTTTC
TCAAACCGGAACCGCCATGGCTACAGCTTCAAGGTTTCTCCGGAAACTACAGAGGTCGCT
CAAGCTTCCTCCAACAACCCTTCTCCGTAGCAATGGCACGAGGGTTTTAACCTTTCCTGC
TCACAAAACTAACGAGCCATTAGGATCTCGTATCCGCCATGATTCTCCTATGACTACCAG
AAGCTTCTCTTCTCAAGGTCCTGCTCCTATCGATTATAGTTCGGTTTTGCAGGAGGATGA
GTTTCACAAATTAGCCAACTTCACTATAAATGACCTTCTTGAGAAGATTGAGGATTATGG
TGATAATGTCCAGATTGATGGTTTCGACATAGACTACGGGAATGAAGTTCTCACCCTTAA
GCTTGGATCTTTAGGCACATATGTAATGAATAAGCAAACCCCAAATCGGCAGATATGGAT
GTCTTCACCTGTCAGTGGTCCTTCTAGGTTCGACTGGAACCGTGATGCTAATGCGTGGAT
CTATCGACGAACAGAAGCGAAGTTGCATAAACTGTTGGAAGAGGAGTTAGAGAGCCTATG
TGGCGAACCAATTCAACTCTCATAGGAAAAAGCCTTAACACAGTATCTGTGAGTTTATCT
AGGAACTGCTCTGCCCTTTCAAGCTTATGTCTATGAAACATCCAGATGAATAAACAAACT
AAGCACATGAAAAAGTTGTTTCAGTGTGAAACCTGATTGATGTTTTTTTTATTGTACTTT
TGTTC

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3G137JQ 683 0 0
TCCGTAGCAATGGCACGAGGGTTTTAACCTTTCCTGCTCACAAAACTAACGAGCCATTAG
GATCTCGTATCCGCCATGATTCTCCTATGACTACCAGAAGCTTCTCTTCTCAAGGTCCTG
CTCCTATCGATTATAGTTCGGTTTTGCAGGAGGATGAGTTTCACAAATTAGCCAACTTCA
CTATAAATGACCTTCTTGAGAAGATTGAGGATTATGGTGATAATGTCCAGATTGATGGTT
TCGACATAGACTACGGGAATGAAGTTCTCACCCTTAAGCTTGGATCTTTAGGCACATATG
TAATGAATAAGCAAACCCCAAATCGGCAGATATGGATGTCTTCACCTGTCAGTGGTCCTT
CTAGGTTCGACTGGAACCGTGATGCTAATGCGTGGATCTATCGACGAACAGAAGCGAAGT
TGCATAAACTGTTGGAAGAGGAGTTAGAGAGCCTATGTGGCGAACCAATTCAACTCTCAT
AGGAAAAAGCCTTAACACAGTATCTGTGAGTTTATCTAGGAACTGCTCTGCCCTTTCAAG
CTTATGTCTATGAAACATCCAGATGAATAAACAAACTAAGCACATGAAAAAGTTGTTTCA
GTGTGAAACCTGATTGATGTTTTTTTTATTGTACTTTTGTTCAGTAATGTTATGTCTCAT
AGTGACACTGTTACACAATGTGC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

CO CL7930Contig1 832 2 4 U
GAAAAGAAGATGTTTCAAAAAAACACAGTGAAGATGTACCTCATATTTTTTTGCGTTTCT
CTTCAATAGTTGCACAGCCAACAAAGTGGCAGATTCTCTGATTCAAAAATCTTGCAAGAA
AGCTGCAGAGTTTCTAGGTGAAGAAAACGAGCCACATTTCGAAAAGGATTGCATTGCATC
TCTCAGAGAGAATCCAGAGAGCCAGAAAGTGAGAAATCTCGAAGAACTGACCATGGTGGG
AGTGAATAATGCCATATCTAACTTAACGAACGTGAGAAGAATTGTGGAGAATATTATAAA
AGAGAAGAAATATAAGAGTAATCTTAATAAGAAGCTTTTGGAAGATTGCCTTAAACTTTA
CTCCAAGAGCTTTAAATCGTTAAGTTCAGGTTTGAATCACTGCAAGGTGCGGAATTTCGA
AAAGGCTAGAAATAATTTTTATGATGCAGAGGATGCACCGATATTTTGCGGAATGAAATT
CAACGGCGACAATCAACAGATATCTCCCGTGAAAAAGGAGAATGATTTTCTCATAACAAT
GATCGAAATACCTTTGCAGTTTGCTATAGATATCATATCTAGCCAGAGTGGAAGATTCTC
CACAGTAAAAGATTAAAATAAAAACAATGAGGAAGAAATAAGCTAGTGGAGTTTCTCATT
AGAAATAAATTAGGTTTTTGGAGATGCTTACCAGGCTAGCATCCAATTAAAGATAAGGGT
GTTAATTGAGTTCTACTTAAACAAAAGTTATGAAAATATAGTTAGTTCTTCTTAACAATA
ACTTTTTTTTGTTAGAAAATTGTTTTTTGTTTGGATCATGTAGTCAAATGAT


BQ
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AF RR3BX73TF U 1
AF RR3BX73JQ C 64
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QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3BX73JQ 769 0 0
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GAAGAAATATAAGAGTAATCTTAATAAGAAGCTTTTGGAAGATTGCCTTAAACTTTACTC
CAAGAGCTTTAAATCGTTAAGTTCAGGTTTGAATCACTGCAAGGTGCGGAATTTCGAAAA
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CGGCGACAATCAACAGATATCTCCCGTGAAAAAGGAGAATGATTTTCTCATAACAATGAT
CGAAATACCTTTGCAGTTTGCTATAGATATCATATCTAGCCAGAGTGGAAGATTCTCCAC
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AATTGAGTTCTACTTAAACAAAAGTTATGAAAATATAGTTAGTTCTTCTTAACAATAACT
TTTTTTTGTTAGAAAATTGTTTTTTGTTTGGATCATGTAGTCAAATGAT

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3H585TF U 1
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BS 775 862 RR3H585JQ

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CGTCCAATACCTCTCCCTGAAATGGTGGATTTTCTGGTGGATGTGTGGGAGCAAGAGGGC
TCGTATGATTGATTTATTTGCAACTCAAGAATATACTCAGTCTCATCTCCTTTT
CTTCTCTT

QA 1 774 1 774
DS 

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GCAACCCCAATGAATTTGTTAACAATGGATTGAGCCTCTGGTTGCAAACTAGACAACAGT
GGCTTGCGAATGGATCTTCTTCTCAAACAAAGGCCAAAGTTCGAGAACCTACAATAAGCT
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TCCCTGAAATGGTGGATTTTCTGGTGGATGTGTGGGAGCAAGAGGGCTCGTATGATTGAT
TTATTTGCAACTCAAGAATATACTCAGTCTCATCTCCTTTTTCTTCTTCTTCTTGTGTGT
GTTGTGTGTAATCAAACTTGGCTTCCTGAAAAGTATTTAAAATCTCAAGGAACTAAGATA
TTTTTACCT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL7932Contig1 1224 2 2 U
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CGAAAGTTCAACAGCATCCGTCAGGGACCACGTACGGTTGATGAATACGCCACTGAGTTT
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TTCATCGCAGGTCTCGAACCAAGACTTCAGAAAATGGTTAATCAATTCAATCCCGCCACG
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ATATGGGATTTCTGGTACCATTGATCCGACACGACCAATGACATACCAACTTGGTCATGC
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CAAGTTTAAGAATAGCTTACCAGTTTTTTTTTTGTTCAATGGCTGCAACTGCAAAATAGA
GTATCCAAAAGCTCATTATGTTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G745TF U 1
AF RR3G745JQ C 516
BS 1 722 RR3G745TF
BS 723 1224 RR3G745JQ

RD RR3G745TF 722 0 0
GACTTGAATTCAGCGTTACGGGTTCTTCACATCGATACAATGACTTCGAGAGATCCACAG
AAATACATCGTGGGAGATCAAGATTGGTCTTACTTTTTCGATGCTGACCATGCATCAGAG
AAAGTTTTTGAAGAATGTAAACCCACCACTGTGCACCGTAGGGTGGCTGAAGCTGCTGCA
ATAGAGAAACTTTGCGAAGATCTTCAAGCCACTTTACAAACTAGAGTGGCTGATGTCATA
CACCAAGTTTGTGAAGAGTTTAAAGCCACTTTGCCCCAAATAGTGGCCGATGCAATACAA
ACCACTGTTCCATCAGCCAATAGAGCCGAGCACGACGTTCCAACAGTTTCTCAAGATCGC
AAGGACCCTCCTCTCGTCGTCACTGACTGCTCAGACACCGAATCATCAGAGGACAGTCGT
TCGTCTCATGAAGATGTTCTGCCTCTACATCATAACAGAGAGAGAGACCATCATCATAGT
TGGGATTCTTCAGACTTCATAATCTCGATTCCTGAGTTTCATGGAGTATCCTCATCAGCA
GAAGCGTTTCTTGATTGGTTGGTTGCAGTGGAAGAGATTCTTGATTTCAAGAAAGTACCT
GAAGAACATCGTGTGTCTTTAGTAGCAACGAGTTTTCGCGGCTGCGCTGCAGCTTGGTGG
AACCGGTTCAAGCTCAAACGCTCTCGTACTTTCGGCAAAGAGAAGCTTGACTCTTGGGAC
AA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3G745JQ 709 0 0
GTTTCATGGAGTATCCTCATCAGCAGAAGCGTTTCTTGATTGGTTGGTTGCAGTGGAAGA
GATTCTTGATTTCAAGAAAGTACCTGAAGAACATCGTGTGTCTTTAGTAGCAACGAGTTT
TCGCGGCTGCGCTGCAGCTTGGTGGAACCGGTTCAAGCTCAAACGCTCTCGTACTTTCGG
CAAAGAGAAGCTTGACTCTTGGGACAAACTGAAGAAACACATGAAGAGAGTTTTTCTTCC
GGACAACTACAACCGCTTGCTGTCACGAAAGTTCAACAGCATCCGTCAGGGACCACGTAC
GGTTGATGAATACGCCACTGAGTTTTTCCAGTTGAGGTCTCGGATCGAGGATATACATGA
ATCCGAGCGTCAGCTGGTGGCACGGTTCATCGCAGGTCTCGAACCAAGACTTCAGAAAAT
GGTTAATCAATTCAATCCCGCCACGGTTACAGAAGCTCACCAACGAGCTGTTGTATTGGA
GCAACAGACTCGTGGAGGTTCATCTATATGGGATTTCTGGTACCATTGATCCGACACGAC
CAATGACATACCAACTTGGTCATGCTCCTAACTCGTTGCTTCCTTTACAAGTTTTCTCTT
TGTTTTGATTGTTTGTCCTTCTTTACAAGTTTAAGAATAGCTTACCAGTTTTTTTTTTGT
TCAATGGCTGCAACTGCAAAATAGAGTATCCAAAAGCTCATTATGTTGG

QA 1 709 1 709
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7934Contig1 663 2 2 U
CAACGGAAACAAACCACCCGTCATATAGAGAGAGAGATTCAACATCTTCACTGATTCTTT
CTTCATTTTTTACACACACAAAACAGACAAGAAACTGCAGTTCAAACAAATCCCGAAAGC
CCCCCTACATTATATAAAACTACAAAACATAAAACCTCTTAGTTAGGACTGGTCTCTGTT
CTGTCCTCTGGGCCAGCAAGCGTAACATTGCAATCACAAGCGAATCTGCGCGCAAGCATG
ATGGCAGCGTTTCTCTCTCTCTCAGATTCAAAAGCTACCACAAAGGACACTCCTTTCTTT
GCCTGCCAATACACTGCCTGAGCTGCCGCGTTCCCACCTCCTCTCACTCCACATAGCTGC
ATTGCACTAGAGTAATACTCTTTTGCAATCACCGTCTTTCCCTTGCAAAGTTTAATCCTC
ATTTTACCAACGTGAAACAAGTGGATAGATTCTGATGTATGGTCTTCCCCACTCATCTGA
GTCACTACTACATTGAAATCAACATCGTGTTTTCGTACTAATGCCTCCACATAGCTACCC
AGTCCAGCAGCTGGATCGATCTTTCCCACGGTGGATAATGAGAGCGTGTGGCCATTGTAA
ACGATATCAGCATGCAAGGCTCGTCCAACGTCAAAAGGCTCGGGAGCGTAAACTGATTTC
GTG


BQ
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10 10 10 

AF RR3EQ53JQ U 1
AF RR3ET84JQ U 6
BS 1 329 RR3EQ53JQ
BS 330 663 RR3ET84JQ

RD RR3EQ53JQ 329 0 0
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CTTCATTTTTTACACACACAAAACAGACAAGAAACTGCAGTTCAAACAAATCCCGAAAGC
CCCCCTACATTATATAAAACTACAAAACATAAAACCTCTTAGTTAGGACTGGTCTCTGTT
CTGTCCTCTGGGCCAGCAAGCGTAACATTGCAATCACAAGCGAATCTGCGCGCAAGCATG
ATGGCAGCGTTTCTCTCTCTCTCAGATTCAAAAGCTACCACAAAGGACACTCCTTTCTTT
GCCTGCCAATACACTGCCTGAGCTGCCGC

QA 1 329 1 329
DS 

RD RR3ET84JQ 658 0 0
GAAACAAACCACCCGTCATATAGAGAGAGGGATTCAACATCTTCACTGATTCTTTCTTCA
TTTTTTACACACACAAAACAGACAAGAAACTGCAGTTCAAACAAATCCCTAAAGCCCCCC
TATATTATATAAAACTACAAAACATAAAACCTCTTAGTTAGGACTGGTCTCTGTTCTGTC
CTCTGGGCCAGCAAGCGTCACATTGCAATCACAAGCGAATCTGCGCGCAAGCATGATGGC
AGCGTTTCTCTCTCTCTCAGATTCAAAAGCTACCACAAAGGACACTCCTTTCTTTGCCTG
CCAATACACTGCCTGAGCTGCCGCGTTCCCACCTCCTCTCACTCCACATAGCTGCATTGC
ACTAGAGTAATACTCTTTTGCAATCACCGTCTTTCCCTTGCAAAGTTTAATCCTCATTTT
ACCAACGTGAAACAAGTGGATAGATTCTGATGTATGGTCTTCCCCACTCATCTGAGTCAC
TACTACATTGAAATCAACATCGTGTTTTCGTACTAATGCCTCCACATAGCTACCCAGTCC
AGCAGCTGGATCGATCTTTCCCACGGTGGATAATGAGAGCGTGTGGCCATTGTAAACGAT
ATCAGCATGCAAGGCTCGTCCAACGTCAAAAGGCTCGGGAGCGTAAACTGATTTCGTG

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL7935Contig1 850 2 5 U
GGGCTTCTCTTTCTCGTGCCGTCATCTGCAAAAAAGAAAATCCTTAGAATTCTCACAGCA
AGAGAAAAGAATGGCGAAGAAACGTGATAGAATAGTCAACACAGAGCCCTTTATCAACGA
TGACGCCTCCGTCGCTTCTTCCCGGAAGCGTTCAAAGGCTCCAAAAACCCATCAGCAACA
GGAGAAGTTGATTGAGGCTGGTATAAGCTCGAAGATCATGAAGGTCGCACTTGCACAGCA
AAAGGAGATTGCTGATGAAGAAAACGCCGAGAGAAACCCCAGTGGTGCTGTCTTTGCTGC
TGCTGCCGCCAAGACTGCGGAAGAAGAGCAAAGAATCCTTGAAGAGGAGAAGGATATTGA
TGCGTTTGATGGAAAATTCGAAGACGATAGCTACCACCAAGAGGAGGAGATCAATGAGGA
CGACGAGAAGCTGTTCGAGTCATTCTTTGTTAAGGACGCCCCTCGTCAACGTACTCTCGC
TGATATCATCATCAAGAAAATCAAAGACAATGATGCTGACTTAGCTGAAGAAGAGCGTCC
TGATCCTGAGTTGGACCCTAAAGTAACTAAATTATACAAAGGTGTTGCCAAGATCATGAG
TGAGTACACGATTGGGAAAATGCCGAAAGCGTTTGTGCTCATTACTAAGATGGAGCGCTG
GGAGGATGTCTTGTACTTGACCGAGCCGGAGAAATGGTCGCCTAATGCCATGTATCAAGC
GACAAGAATCTTCGCTCACCACTTGAAAACAGCAGATTCAGCGGTTTACAGCTACGTGTG
CTTCCTCGAGTGAGAGAGATATCAGAAAGACAGAGCTGCATTTGCTCTATACAGGCTTTG
AGAGTCACTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E935TF U 1
AF RR3CB20TF U 1
BS 1 349 RR3CB20TF
BS 350 350 RR3E935TF
BS 351 452 RR3CB20TF
BS 453 453 RR3E935TF
BS 454 850 RR3CB20TF

RD RR3E935TF 691 0 0
GGGCTTCTCTTTCTCGTGCCGTCATCTGCAAAAAAGAAAATCCTTAGAATTCTCACAGCA
AGAGAAAAGAATGGCGAAGAAACGTGATAGAATAGTCAACACAGAGCCCTTTATCAACGA
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AAAGGAGATTGCTGATGAAGAAAACGCCGAGAGAAACCCCAGTGGTGCTGTCTTTGCTGC
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GGAGGATGTCTTGTACTTGACCGAGCCGGAG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3CB20TF 850 0 0
GGGCTTCTCTTTCTCGTGCCGTCATCTGCAAAAAAGAAAATCCTTAGAATTCTCACAGCA
AGAGAAAAGAATGGCGAAGAAACGTGATAGAATAGTCAACACAGAGCCCTTTATCAACGA
TGACGCCTCCGTCGCTTCTTCCCGGAAGCGTTCAAAGGCTCCAAAAACCCATCAGCAACA
GGAGAAGTTGATTGAGGCTGGTATAAGCTCGAAGATCATGAAGGTCGCACTTGCACAGCA
AAAGGAGATTGCTGATGAAGAAAACGCCGAGAGAAACCCCAGTGGTGCTGTCTTTGCTGC
TGCTGCCGCCAAGACTGCGGAAGAAGAGCAAAGAATCCTTGAAGAGGAGGAGGATATTGA
TGCGTTTGATGGAAAATTCGAAGACGATAGCTACCACCAAGAGGAGGAGATCAATGAGGA
CGACGAGAAGCTGTTCGAGTCATTCTTTGTTA*GGACGCCCCTCGTCAACGTACTCTCGC
TGATATCATCATCAAGAAAATCAAAGACAATGATGCTGACTTAGCTGAAGAAGAGCGTCC
TGATCCTGAGTTGGACCCTAAAGTAACTAAATTATACAAAGGTGTTGCCAAGATCATGAG
TGAGTACACGATTGGGAAAATGCCGAAAGCGTTTGTGCTCATTACTAAGATGGAGCGCTG
GGAGGATGTCTTGTACTTGACCGAGCCGGAGAAATGGTCGCCTAATGCCATGTATCAAGC
GACAAGAATCTTCGCTCACCACTTGAAAACAGCAGATTCAGCGGTTTACAGCTACGTGTG
CTTCCTCGAGTGAGAGAGATATCAGAAAGACAGAGCTGCATTTGCTCTATACAGGCTTTG
AGAGTCACTC

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 2

CO CL7936Contig1 789 2 2 U
GATGGGGAGCTGGAATCGGATGCAGTTACAGAGTTGAGCGGTGCTATATACTGAAGAAAG
GAGGTGGTACTATTGAACTCGAACCTTCTCTTACCCACTCCTCAACTGTTGAGCCAACAC
TTTCACCAATGGCTGTTGAGAGGTCTATGACCACCAGAGCAGCAGCTTCGAATGCTCTGC
GGCAACAAAGGTTTGTTCGAGAAGTAACAATACAATACAACCTCTGCAATGAACCTTGGA
TCAAGTATAGCATAAGCATTGTGGCCGATAAGGGTCTCAAGAAACCTCTCTTCACCTCTG
CCCGCTTGAAGAAAGGGGAAGTTTTGTACTTAGAAACACACTCATGCAGGTATGAGCTCT
GTTTCGCGGGAGAGAAGACTATGAAAGCATTCCAAGCCTCACAACAACAACAACACTTGT
CACAAGAAGCTATGGAGATCGATAAGAACAACAAGTCGCAGAACCATCTTCCTTCTTCAA
ACGGTGACAAAACAGAATCAGACAACAGTATAATAGATGTTTTCCGTTGGTCGAGATGTA
AGAAACCTCTCCCGCAGAAGCTTATGCGGTCTATCGGGTTTCCACTCCCACCAGATCATG
TCGAGGTGTTGGAGGAGAATCTTGATTGGGAAGATGTACAGTGGTCACAGACTGGTGTTT
GGATTGCTGGAAAGGAGTACACTCTTGCTCGCGTGCATTTCTTGGCTCCCAATTAAAAAA
AAAACTTTCATGTTTAATGTGTCCGTCTTTATTTGATCTTTATTGTTAAGACTTAAAAAG
ATTAATGGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B291TF U 1
AF RR3B291JQ C 292
BS 1 709 RR3B291TF
BS 710 789 RR3B291JQ

RD RR3B291TF 709 0 0
GATGGGGAGCTGGAATCGGATGCAGTTACAGAGTTGAGCGGTGCTATATACTGAAGAAAG
GAGGTGGTACTATTGAACTCGAACCTTCTCTTACCCACTCCTCAACTGTTGAGCCAACAC
TTTCACCAATGGCTGTTGAGAGGTCTATGACCACCAGAGCAGCAGCTTCGAATGCTCTGC
GGCAACAAAGGTTTGTTCGAGAAGTAACAATACAATACAACCTCTGCAATGAACCTTGGA
TCAAGTATAGCATAAGCATTGTGGCCGATAAGGGTCTCAAGAAACCTCTCTTCACCTCTG
CCCGCTTGAAGAAAGGGGAAGTTTTGTACTTAGAAACACACTCATGCAGGTATGAGCTCT
GTTTCGCGGGAGAGAAGACTATGAAAGCATTCCAAGCCTCACAACAACAACAACACTTGT
CACAAGAAGCTATGGAGATCGATAAGAACAACAAGTCGCAGAACCATCTTCCTTCTTCAA
ACGGTGACAAAACAGAATCAGACAACAGTATAATAGATGTTTTCCGTTGGTCGAGATGTA
AGAAACCTCTCCCGCAGAAGCTTATGCGGTCTATCGGGTTTCCACTCCCACCAGATCATG
TCGAGGTGTTGGAGGAGAATCTTGATTGGGAAGATGTACAGTGGTCACAGACTGGTGTTT
GGATTGCTGGAAAGGAGTACACTCTTGCTCGCGTGCATTTCTTGGCTCC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3B291JQ 498 0 0
TCACCTCTGCCCGCTTGAAGAAAGGGGAAGTTTTGTACTTAGAAACACACTCATGCAGGT
ATGAGTTTTGTTTCGCGGGAGAGAAGACTATGAAAGCATTCCAAGCCTCACAACAACAAC
AACACTTGTCACAAGAAGCTATGGAGATCGATAAGAACAACAAGTCGCAGAACCATCTTC
CTTTTTCAAACGGTGACAAAACAGAATCAGACAACAGTATAATAGATGTTTTCCGTTGGT
CGAGATGTAAGAAACCTCTCCCGCAGAAGCTTATGCGGTCTATCGGGTTTCCACTCCCCC
CAGATCATGTCGAGGTGTTGGAGGAGAATCTTGATTGGGAAGATGTACAGTGGTCACAGA
CTGGTGTTTGGATTGCTGGAAAGGAGTACACTCTTGCTCGCGTGCATTTCTTGGCTCCCA
ATTAAAAAAAAAACTTTCATGTTTAATGTGTCCGTCTTTATTTGATCTTTATTGTTAAGA
CTTAAAAAGATTAATGGT

QA 1 498 1 498
DS 



AS 1 2

CO CL7937Contig1 687 2 2 U
GGACCCACTCCTTTAACTACTGCAACCATGGAATGCTCGCCTGAAGATCACAAAGAGGTG
GAAAATCTCAAAAGTCAGATTGAGTTGCTGACTAATGAGAAGGACAGTCTGCAGGTAAAA
TTCAACGAACAATTAGTTAGGAACAACAAACTTATGGAAGAGATGTCTGAGCTCAAACAA
GAAACGCTTCACATGAAAGAGACTCCAAAACGATTATACGAGTCAGTTGCTAATTGCAAG
GATGTCTACAACGATGTTATAGTCACAATGAAGAGCTTAATGGCTGAGAAGGAATCTCCA
ACAGCAAAGCTGCTCTTTGGTGCAGCTGAAATCACGACGAACCTTCTTTCAACTCTAGAA
TCACAATTCTCAATGATTATGGATGGTCAGAAAGCGGGTAGCATCGTAGATCATCTTTTA
TCTGATCAATGGGAAACACTCCGTGTGAGTCTGAAGAACACAACCACATCGTTGGTGTCA
GACGCACAAGCAAAAGATGAGTTTCTGAACTGCCACAACAAGGTAGCTTCCTTGTCAAAA
TCGCCAACATATGGATCAATTTTGTTCATCTTTTCAGTACTTTTGTTAGGATACTTTGGC
TCTCTTTTTATGGCTTTAGTCCGATGAACGCCACTGTATATGTTAAAGTGAAAATAATTC
TAAATAAATGGCATTCTTTCTACGGGT


BQ
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AF RR3CC47JQ C 1
AF RR3CC47TF U 1
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QA 1 687 1 687
DS 

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QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GP49TF U 1
AF RR3GP49JQ C 31
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BS 674 808 RR3GP49JQ

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CCCTCATTGCACCCTTTATCGATACCGTGGTGGGAGGAGTTGATACAGTCATGGGACTTC
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DS 

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TGGGAGGAGTTGATACAGTCATGGGACTTCCTAAAGACCTCACCGAAAAATTCATCAGCG
ATGTATTGTAGCTCAACCCCCTCCCCCTTTGAAGATTCCTCATGTAGGGAAGGCTTAGAC
CGATATACTCTGAGATTCTTATTGCAACATTTAAATATTATGATGATGATCTTTAATCCA
CTTTTGGTATAAAAAGATTGAAATTCCTTCAACACAATCATATAACTAGATTTTTACC

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL7939Contig1 705 2 2 U
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AATAACATTTTGTATTAATTATAGGCTCGTGTACTTTATCCAACT


BQ
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AF RR3DJ87TF U 1
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BS 644 705 RR3DJ87JQ

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CTTT

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DS 

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ACCAACTTCATGGATGTTCTGCTCAGTTTATTCTTTGGTTTGGTTGGTCAGTTTTTCATG
TTGAACAGGAAGCTGTAGGGACATTATTAGGTTGGTTGGAGTATGGGTGGAAATGGGTTT
AGAGCTGTTGTGTCTCTTAGTATTATTGTGTTTCTTCTTGTCGGTATCTTAGCAAGCTCT
GCAACAAGTGTTCCATCAACAGATAAGTTCAAGAATTTGCGGTTTAGAAGCAAGGATACG
AATCTGTTTCACGAGAGCAAGCGCAAAGTTCCAAATGGACCTGATCCTATCCACAACAGG
AAAGCAAGAACTTCAAGACTGCCACCAAGAGTTTGATTTACATATATGCTGTAAACTCAT
AGCTTGCGAACCCTTGCTCTGCTTTTGCAAAAGATGAATCCTCTTCTTGCTGAGTAAGCA
TCATGGAAGGTGAAGTATTGCTCTCTTTTTCTTTTTGGGAACATTGTCTGAAGATTGAAT
ACTTTTAGAAGTGAAGATTGACGCTGATATATTTTTTTCCCGGGCTTTGTAGGTTTTTGT
AATAACATTTTGTATTAATTATAGGCTCGTGTACTTTATCCAACT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL7940Contig1 1023 2 2 U
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TATCGCTGCAGCGTGCCACTTCTATGCTTTTCCATACAAGGAGTACGCCGGTGCCAATGT
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CCATGACACTGTTCACCAGTTTGCTCCCACTTATCACGATTATGTACTCTATAACCATAC
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AGAGATGGAGGCGATGAGGAAGAACCAGACTGTGTATGCAAACAAGATAGATGGTGTTTC
GGTGGTCTCGAGTAGTGTATCTTCTTCGGTGGGAAGCTCACCGAAAAGCTCCAGCGTAAC
ACCTGAGGCTGCTGTGAACTCTTCGTTGCTTGTTGATGATGCCTCGGATTCTCTTGATAC
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AGCAAGTGAAAGTGGGTCCTAGATAGTGCAGAAAAAGGAAGATTGTTGTAGAAAGCACCG
TTTCAAAGGGTACAAAAACGTGGTCCTGATAGTTGGGTTCGGATGAATCTTCTGAGGTGT
GTTCTTAGTTGGAAAGTGTTAGTAGGAAACTTGAGGATAAATGAAAAAGCTTCTAAACCC
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TGTCCTTGCCTGCTGTGTAGATATACTAGGGCTTGAGACTGTTTCTCAAGCTTGTGTATT
GTTTCGCAGCTAGAAACATTCTTCGAATATACATGTAACTAGAATGAGTTTGGAGAATCT
TTAAAAGTCTACATGTTGTGTGTTCTTGGCATCAATTTCTTAAATAGGCTATGGAGCAGA
TGTGGAACTTGTGTACCGAACTTACACTTGTGAAATTGCAAACTTTTTTTTTTGCGACAT
TGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3BE58TF U 1
AF RR3BE58JQ C 114
BS 1 805 RR3BE58TF
BS 806 1023 RR3BE58JQ

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AGAGATGGAGGCGATGAGGAAGAACCAGACTGTGTATGCAAACAAGATAGATGGTGTTTC
GGTGGTCTCGAGTAGTGTATCTTCTTCGGTGGGAAGCTCACCGAAAAGCTCCAGCGTAAC
ACCTGAGGCTGCTGTGAACTCTTCGTTGCTTGTTGATGATGCCTCGGATTCTCTTGATAC
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AGCAAGTGAAAGTGGGTCCTAGATAGTGCAGAAAAAGGAAGATTGTTGTAGAAAGCACCG
TTTCAAAGGGTACAAAAACGTGGTCCTGATAGTTGGGTTCGGATGAATCTTCTGAGGTGT
GTTCTTAGTTGGAAAGTGTTAGTAGGAAACTTGAGGATAAATGAAAAAGCTTCTAAACCC
GTTTTGCGTTGAGCTCTTGTTGTAGCTTTGTGTGATGAGTCTTCTACTAAGCATGTATCT
TGTCCTTGCCTGCTGTGTAGATATA

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DS 

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TCCCCTCAGCAAGTGAAAGTGGGTCCTAGATAGTGCAGAAAAAGGAAGATTGTTGTAGAA
AGCACCGTTTCAAAGGGTACAAAAACGTGGTCCTGATAGTTGGGTTCGGATGAATCTTCT
GAGGTGTGTTCTTAGTTGGAAGGTGTTAGTAGGAAACTTGAGGATAAATGAAAAAGCTTC
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TGTATCTTGTCCTTGCCTGCTGTGTAGATATACTAGGGCTTGAGACTGTTTCTCAAGCTT
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AGAATCTTTAAAAGTCTACATGTTGTGTGTTCTTGGCATCAATTTCTTAAATAGGCTATG
GAGCAGATGTGGAACTTGTGTACCGAACTTACACTTGTGAAATTGCAAACTTTTTTTTTT
GCGACATTGC

QA 1 910 1 910
DS 



AS 1 2

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ATATCCTAGTGATTAAGAAAACAAATGGAGCTGATCAGTTGGCACAAATTTGCATTAGAG
AGATTGTGAGGTTGCATGGAGTTCTTGTAAGTATTGTATCAGATCATGATGCAAAAGTTC
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TTTGCCTACAACAACATCTATCATTCGAGTATGAGATGGCACCAGATGAGGCAGTTTATG
GTAGGCCTTGTCGTACACCACTTTTTGGACAAAAGTGTGGGAGAGTCAAGATTTGAATCA
GCAAAGTTCAGGAGATGGTAGAGCAAGTTGAGGTGCTCAAGGTTCGGCTTAAGGAAGCCC
ATGACCGTCAAAAGAGTTATGCAAATCAGCACAATAAAGATTTTGAGTTTTAGGTGCGAG
ACTTAGTATATATGAAAATGAGGCCATCTCAGAAAGGATCTAAGACTCGAAAGCTAAAGA
AGTTTAAACCAAGTTATATGAAACCATACCCTATTTGGAGTGGATTGGAGTAGTGGCTTA
TAGTTTAAAGTTATCAGCAGAGTTGTCAGGGTTTCAAGACGTAATCCATATGTCAGTTTT
GAGGAAGGTCAGGAGAGAGAGAG


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT57TF U 1
AF RR3FT57JQ C 2
BS 1 622 RR3FT57TF
BS 623 623 RR3FT57JQ
BS 624 634 RR3FT57TF
BS 635 636 RR3FT57JQ
BS 637 651 RR3FT57TF
BS 652 652 RR3FT57JQ
BS 653 669 RR3FT57TF
BS 670 803 RR3FT57JQ

RD RR3FT57TF 672 0 0
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ATATCCTAGTGATTAAGAAAACAAATGGAGCTGATCAGTTGGCACAAATTTGCATTAGAG
AGATTGTGAGGTTGCATGGAGTTCTTGTAAGTATTGTATCAGATCATGATGCAAAAGTTC
ACATCGACATTTTGGAGAGCTTTTCAGAAGACGCTTGGTACAAAATTTCACATGAGTACA
ACTTATCATTTGCAGACATATGAGCAGACAGAGAGGACTATTCAGACTTTGGAAGATACC
TTTAGGACTTGTATTTTGGATTGAGAAAGGAGCTGCAAAAAGTATCTACCTTTAGCAGAG
TTTGCCTACAACAACATCTATCATTCGAGTATGAGATGGCACCAGATGAGGCAGTTTATG
GTAGGCCTTGTCGTACACCACTTTTTGGACAAAAGTGTGGGAGAGTCAAGATTTGAATCA
GCAAAGTTCAGGAGATGGTAGAGCAAGTTGAGGTGCTCAAGGTTCGGCTTAAGGAAGCCC
ATGACCGTCAAAAGAGTTATGCAAATCAGCACAATAAAGATTTTGAGTTTTAGGTGCGAG
ACTTAGTATATATGAAAATGAG*CCATCTCAGAA**GATCTAAGACTCGAA*GCTAAAGA
AGTTTAAAC
AAG

QA 1 669 1 669
DS 

RD RR3FT57JQ 802 0 0
GCA
CTCAGGTGGGAAGAATGATATATGGGTGATCATGGAAAGACTCATCAAGTTTACCCATAT
CCTAGTGATTAAGAAAACAAATGGAGCTGATCAGTTGGCACAAATTTGCATTAGAGAGAT
TGTGAGGTTGCATGGAGTTCTTGTAAGTATTGTATCAGATCATGATGCAAAAGTTCACAT
CGACATTTTGGAGAGCTTTTCAGAAGACGCTTGGTACAAAATTTCACATGAGTACAACTT
ATCATTTGCAGACATATGAGCAGACAGAGAGGACTATTCAGACTTTGGAAGATACCTTTA
GGACTTGTATTTTGGATTGAGAAAGGAGCTGCAAAAAGTATCTACCTTTAGCAGAGTTTG
CCTACAACAACATCTATCATTCGAGTATGAGATGGCACCAGATGAGGCAGTTTATGGTAG
GCCTTGTCGTACACCACTTTTTGGACAAAAGTGTGGGAGAGTCAAGATTTGAATCAGCAA
AGTTCAGGAGATGGTAGAGCAAGTTGAGGTGCTCAAGGTTCGGCTTAAGGAAGCCCATGA
CCGTCAAAAGAGTTATGCAAATCAGCACAATAAAGATTTTGAGTTTTAGGTGCGAGACTT
AGTATATATGAAAATGAGGCCATCTCAGGAAGGATTTAAGACTCGAAAGCTAAAGAAGTT
TAAACCAAGTTATATGAAACCATACCCTATTTGGAGTGGATTGGAGTAGTGGCTTATAGT
TTAAAGTTATCAGCAGAGTTGTCAGGGTTTCAAGACGTAATCCATATGTCAGTTTTGAGG
AAGGTCAGGAGAGAGAGAG

QA 4 802 4 802
DS 



AS 1 2

CO CL7942Contig1 779 2 2 U
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AGTTGAAGTGAATCTTATAATTACAGATTATTGTATGCCAGGGATGACTGGTTATGATTT
GCTCAAGAAAGTCAAGGAATTTTAATATAAAACTTTGTTTTATAATTTTGAAGGAATCAT
CAGCTTATAAGAACATACCTGTAGTAATAATGTCCTCTGAGAACGTTCCTGCAAGGATCA
GCAGATGTTTAGAAGAAGGAGCTGAGGAGTTTTTCTTGAAACCAGTAAGATTAGCTGATC
TCAACAAGTTGAAACCTCTTATGATGAAAACAAAGTTGAAGAAGCAGAAGCTGGAAGAGA
TTGAAAAGACTTCAAAAGACGAAAATGGAACCGTAGGAGGAGCAGCAGCAGTTGAACCAG
GGGTCAAAATCTTGCCTCTGCAGTCAGAACTAGAACCGAAACAAGTGCATCTGCAAGTAG
TACAACAAGAGGAGCAAACATTGAGTAGCAACAAGAGGAAGTCGATGGAAGAAGGGGTGT
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TTATTATGTACATCAGTTAATCTTACATGGTGAATAATAACCCAGTCTCAGTTTTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS86TF U 1
AF RR3FS86JQ C 34
BS 1 681 RR3FS86TF
BS 682 779 RR3FS86JQ

RD RR3FS86TF 681 0 0
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AGTTGAAGTGAATCTTATAATTACAGATTATTGTATGCCAGGGATGACTGGTTATGATTT
GCTCAAGAAAGTCAAGGAATTTTAATATAAAACTTTGTTTTATAATTTTGAAGGAATCAT
CAGCTTATAAGAACATACCTGTAGTAATAATGTCCTCTGAGAACGTTCCTGCAAGGATCA
GCAGATGTTTAGAAGAAGGAGCTGAGGAGTTTTTCTTGAAACCAGTAAGATTAGCTGATC
TCAACAAGTTGAAACCTCTTATGATGAAAACAAAGTTGAAGAAGCAGAAGCTGGAAGAGA
TTGAAAAGACTTCAAAAGACGAAAATGGAACCGTAGGAGGAGCAGCAGCAGTTGAACCAG
GGGTCAAAATCTTGCCTCTGCAGTCAGAACTAGAACCGAAACAAGTGCATCTGCAAGTAG
TACAACAAGAGGAGCAAACATTGAGTAGCAACAAGAGGAAGTCGATGGAAGAAGGGGTGT
CAACAGATAGATCACGTCCTAGGTTCGAGGGCATCACAACCGCTGTCTAATTCTATCGCC
ATGAGGCTTCTTTTTTTTTTCGGTTTATTGATTTTAGAGATTTGTAGGATTGCTTCCACT
GGTACAAATACATTGTTTCAG

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3FS86JQ 746 0 0
TTGTTTGATTGTGACTTTT*GACAGGAAGTTGAAGTGAATCTTATAATTACAGATTATTG
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TTTGTTTTATAATTTTGAAGGAATCATCAGCTTATAAGAACATACCTGTAGTAATAATGT
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TCTTGAAACCAGTAAGATTAGCTGATCTCAACAAGTTGAAACCTCTTATGATGAAAACAA
AGTTGAAGAAGCAGAAGCTGGAAGAGATTGAAAAGACTTCAAAAGACGAAAATGGAACCG
TAGGAGGAGCAGCAGCAGTTGAACCAGGGGTCAAAATCTTGCCTCTGCAGTCAGAACTAG
AACCGAAACAAGTGCATCTGCAAGTAGTACAACAAGAGGAGCAAACATTGAGTAGCAACA
AGAGGAAGTCGATGGAAGAAGGGGTGTCAACAGATAGATCACGTCCTAGGTTCGAGGGCA
TCACAACCGCTGTCTAATTCTATCGCCATGAGGCTTCTTTTTTTTTTCGGTTTATTGATT
TTAGAGATTTGTAGGATTGCTTCCACTGGTACAAATACATTGTTTCAGTAGGGAATGCAG
AGCGGGAATAGGGAGGTATGGTAATGTTTATTATGTACATCAGTTAATCTTACATGGTGA
ATAATAACCCAGTCTCAGTTTTGTTC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL7943Contig1 908 2 2 U
CACGCACAGAGACCAAACGCTGTAAGAAAGAGAATGGCGAGCAATCACACCGATGACTTA
GACGAGCTTCTCGATAGTGCATTGGATGACTTCAAAGATCTCAATCTTGCTCAAAGAAAC
CATAGTGAAGACGAAGAGGGGAATGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGAAGAGCCGTCT
CCATTGCCGAGTGGAGTTCAAGGACTTGGAATGGGGTTACCTGATATGAGAATCAAGAAC
AAGGGAAAGCAGAAAGTCTCGAAACAGGATCATGTCGCAGAAGCTCTCGACAAGCTTAGG
GAACAAACTAGGGAAACTGTGGAATCTATCTCTTCCAAGCAGCAGCAGCAGCAGGCAGCT
TCTGGTGATGAGGATGCTATGGTTGAGGATTTTCTCAAGCAATTCGAGAGTCTCGCTGGA
TCTCAGGACTTGGAATCAATAGTGGAAACGATGATGCAACAGCTACTGTCGAAAGATATT
CTCCACGAACCAATGAAGGAGATCGGTGCAAGATATCCGAAATGGCTAGAAGAGAACGAA
AGCAGTATAAGCAAAGAAGACTATAACCGCTATTCGCAGCAGTACAAACTGATCAAAGAA
CTCAATGCGGTTTACGAGGACGAACCAAACAATTCAACTAAGATAATGGAGATCATGCAG
AAGATGCAAGAGTGCGGACAACCATCTAATGATATCGTCCAAGAGATGGATCCAGGGTTT
GATTTCGCAAGCCTAGGCCAAATATCTCCAGAGATGCTTGAGTCTTCACCAAATTGCTGT
ATAATGTGATGGAATCACTTTACGTCAAGGAACCAAAAAGCTTCAAGAAACTCTGTGTGA
TCAAAAGATATGATTTATGTACGATTGCATTTTCACCCATACAAATAAATGTGAGAGTCC
TTTTTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED63TF U 1
AF RR3ED63JQ C 226
BS 1 614 RR3ED63TF
BS 615 908 RR3ED63JQ

RD RR3ED63TF 614 0 0
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GACGAGCTTCTCGATAGTGCATTGGATGACTTCAAAGATCTCAATCTTGCTCAAAGAAAC
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CCATTGCCGAGTGGAGTTCAAGGACTTGGAATGGGGTTACCTGATATGAGAATCAAGAAC
AAGGGAAAGCAGAAAGTCTCGAAACAGGATCATGTCGCAGAAGCTCTCGACAAGCTTAGG
GAACAAACTAGGGAAACTGTGGAATCTATCTCTTCCAAGCAGCAGCAGCAGCAGGCAGCT
TCTGGTGATGAGGATGCTATGGTTGAGGATTTTCTCAAGCAATTCGAGAGTCTCGCTGGA
TCTCAGGACTTGGAATCAATAGTGGAAACGATGATGCAACAGCTACTGTCGAAAGATATT
CTCCACGAACCAATGAAGGAGATCGGTGCAAGATATCCGAAATGGCTAGAAGAGAACGAA
AGCAGTATAAGCAAAGAAGACTATAACCGCTATTCGCAGCAGTACAAACTGATCAAAGAA
CTCAATGCGGTTTA

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3ED63JQ 683 0 0
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CTCGACAAGCTTAGGGAACAAACTAGGGAAACTGTGGAATCTATCTCTTCCAAGCAGCAG
CAGCAGCAGGCAGCTTCTGGTGATGAGGATGCTATGGTTGAGGATTTTCTCAAGCAATTC
GAGAGTCTCGCTGGATCTCAGGACTTGGAATCAATAGTGGAAACGATGATGCAACAGCTA
CTGTCGAAAGATATTCTCCACGAACCAATGAAGGAGATCGGTGCAAGATATCCGAAATGG
CTAGAAGAGAACGAAGGCAGTATAAGCAAAGAAGACTATAACCGCTATTCGCAGCAGTAC
AAACTGATCAAAGAACTCAATGCGGTTTACGAGGACGAACCAAACAATTCAACTAAGATA
ATGGAGATCATGCAGAAGATGCAAGAGTGCGGACAACCATCTAATGATATCGTCCAAGAG
ATGGATCCAGGGTTTGATTTCGCAAGCCTAGGCCAAATATCTCCAGAGATGCTTGAGTCT
TCACCAAATTGCTGTATAATGTGATGGAATCACTTTACGTCAAGGAACCAAAAAGCTTCA
AGAAACTCTGTGTGATCAAAAGATATGATTTATGTACGATTGCATTTTCACCCATACAAA
TAAATGTGAGAGTCCTTTTTTAG

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

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CTGCTCTCTCTCGAGTTTCTCTCTGAGTCTCGAGACTCTCGACATCTCCGCCTCTCTCGA
TCGACGTCTCCGCTCCATCTCCTCTCTCTCTCGGCGTCTCCGCTCCATCTCCTCTCTCTC
TCGGCGTCTCGATCCCCTCTCTCTCTCTCGGCGTCTCGATCCCCTCTCTCTCTCTCGGCG
TCTCGTTCCTCTCTCGCGAGTCTCGGCGTCTCTATCTCCTCTCTCCCTCGGCGTCTCGAT
CCTCTCTCTCCCTCTCGGCGTCTCTATCTCCTCTCTCTCTCTCGCGACGTCTCGATCCTC
TCTCTCGCGACTCTCGATCCTCTCTCTCGCGACTCTCGATCGAACAGAAGAAGCTCACTC
TTTAGATCGAAGAACAGAAGAAGCTCACTCTTTAGATCGAAGAACAGAAGAAGCTCTTGA
CTCGACCCTTTTGCTTCATTGACACTGCATTGTAATTCTAATTTGAGGTGCTATACATAA
GGAGCTCAAGCATGACTTAGTTGAGGTGCTATACATAAGGAGCTCAAGCATGACTTAGTT
GAGTTTAGCTGCTTAGCTGCTTGAGTCTCACTCTTTGGATCGAAGAACAGAAGAATAGAA
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AAACTTATGAAACTTATGTATTTAT


BQ
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AF RR3D869TF U 1
AF RR3D869JQ C 176
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BS 733 762 RR3D869TF
BS 763 1045 RR3D869JQ

RD RR3D869TF 762 0 0
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CTGCTCTCTCTCGAGTTTCTCTCTGAGTCTCGAGACTCTCGACATCTCCGCCTCTCTCGA
TCGACGTCTCCGCTCCATCTCCTCTCTCTCTCGGCGTCTCCGCTCCATCTCCTCTCTCTC
TCGGCGTCTCGATCCCCTCTCTCTCTCTCGGCGTCTCGATCCCCTCTCTCTCTCTCGGCG
TCTCGTTCCTCTCTCGCGAGTCTCGGCGTCTCTATCTCCTCTCTCCCTCGGCGTCTCGAT
CCTCTCTCTCCCTCTCGGCGTCTCTATCTCCTCTCTCTCTCTCGCGACGTCTCGATCCTC
TCTCTCGCGACTCTCGATCCTCTCTCTCGCGACTCTCGATCGAACAGAAGAAGCTCACTC
TTTAGATCGAAGAACAGAAGAAGCTCACTCTTTAGATCGAAGAACAGAAGAAGCTCTTGA
CTCGACCCTTTTGCTTCATTGACACTGCATTGTAATTCTAATTTGAGGTGCTATACATAA
GGAGCTCAAGCATGACTTAGTTGAGGTGCTATACATAAGGAGCTCAAGCATGACTTAGTT
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GA*TCTCTCGAGCCTTACACTCCACTCTCTCGCCTCTCAG*TTGA*CAG*ATGGATACAC
TGAGTTTGA**CATGATGATGAGTACGTGAGTGACGATGGGG

QA 1 762 1 762
DS 

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CGGCGTCTCGT*CCTCTCTCGCGAGTCTCGGCGTCTCTATCTCCTCTCTCCCTCGGCGTC
TCGATCCTCTCTCTCCCTCTCGGCGTCTCTATCTCCTCTCTCTCTCTCGCGACGTCTCGA
TCCTCTCTCTCGCGACTCTCGATCCTCTCTCTCGCGACTCTCGATCGAACAGAAGAAGCT
CACTCTTTAGATCGAAGAACAGAAGAAGCTCACTCTTTAGATCGAAGAACAGAAGAAGCT
CTTGACTCGACCCTTTTGCTTCATTGACACTGCATTGTAATTCTAATTTGAGGTGCTATA
CATAAGGAGCTCAAGCATGACTTAGTTGAGGTGCTATACATAAGGAGCTCAAGCATGACT
TAGTTGAGTTTAGCTGCTTAGCTGCTTGAGTCTCACTCTTTGGATCGAAGAACAGAAGAA
TAGAAGAATCTCTCGAGCCTTACACTCCACTCTCTCGCCTCTCAGGTTGAACAGGATGGA
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AGAGGCTGAGAAGATAGAAGAATGATCATCAAAACTTCAGAAGCAATTGTGGGGCTACTG
AAGCAATATTTATTTATGCTTTAGATTGTGTAAAACTTATGAAACTTATGTATTTATGCT
TTGGATGTGTAAAACTTATTTTATGCTTTGGATGTGTAAAACATATTTTATGCTTTGGAT
GTGTAAAACTTATGAAACTTATGTATTTAT

QA 1 870 1 870
DS 



AS 1 2

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GGACAGTTCTCCTTTGCTACAGATAAACACATTTCTAAATCTCTTGTAAAGCTCAAGACA
ATGCTGGTGGATTTCAAACGCCGCAGCCAGAAACATGTGTATGACCCTAAATCCCTAATC
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TTGGTTTTAATGAAACTAGTGAATGTGAAAGCGGATCTGAGAAAAGCAGAGGATGAGCTC
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GGTTCAAACTTCTCCAAATGCGTTGCTGAGTACGGATCTATCATTCTGAACGGAAGTGAT
GCTCTAAGAGCAGGACCCTGTATCTAATGCAGCTTGTGCTCACTCGGATGCCGCAGATAT
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GTATTATACTTGACAGTGTTTATATAATTGAAAATTAATACATTTTTATGATC


BQ
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AF RR3DZ51JQ C 1
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QA 1 653 1 653
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AS 1 2

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BQ
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AF RR3EE17TF U 1
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AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3C937TF U 1
AF RR3C937JQ C 55
BS 1 652 RR3C937TF
BS 653 653 RR3C937JQ
BS 654 664 RR3C937TF
BS 665 665 RR3C937JQ
BS 666 747 RR3C937TF
BS 748 786 RR3C937JQ

RD RR3C937TF 751 0 0
GGATTGACGCGGCTTCTTCTTCTCCATGGACGCCGCTCTCTTCTCTTCTCCTTTGAGCTT
TCTCTACAGATGCATCTGGAGCTCTCTCCATCTCCAACCTCTCTCAAGCTCGCTCTCCAT
CTCTCTCAAACTCTCGACCCTCTCTCCATCTCGCACGATCTCGAGCTCTCCAACCTCTCT
CAAGCTCGCTCTCCATCTCCAACGCATCTCAAGCTCGCTCTCCACCTCTGGACCCTCTCT
CCATCAAGCTTCGTCTCGTCTCTCACACCATCTCCAGAGCTCTCTCTCGATCTCAAACCC
AGAACTTGAATGAGATTATAGCCTCACGAACTTGCTTTGTCTCAGGCTCTCCACCTCTCG
ACCCTCTCTCCACCAAGCTTCGTGCATCTCCTTCAAGGACTCTGCTTGTCGCTGCTTCGG
TTATATGGTGGTGTCTAAGAAGAAGTACATCTTCACTATTGACGACGATTGCTTCCTTTC
AAAGCAGACAACGCTTCAAGCAACAAGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTATACAAGG
AGTTTGCAGGCTAGATCGACCTCTATTCTCAGTATCTTCTTGGAGATGCAGGAAGTGAAG
GAAGATGAATGATATAAAAACTTGTGTGTTCTCTTTTGTTTATGAGAGCACGTTTCCTTT
CTTT*GTTATACATAGGGACACAATGCTAGTTCATTTAGGTTTGATCCAGCTTATACGAA
AACCGGTCTGTTCAACATGGTCTCAAA
CTGT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3C937JQ 732 0 0
GAGCTTTCTCTACAGATGCATCTGGAGCTCTCTCCATCTCCAACCTCTCTCAAGCTCGCT
CTCCATCTCTCTCAAACTCTCGACCCTCTCTCCATCTCGCACGATCTCGAGCTCTCCAAC
CTCTCTCAAGCTCGCTCTCCATCTCCAACGCATCTCAAGCTCGCTCTCCACCTCTGGACC
CTCTCTCCATCAAGCTTCGTCTCGTCTCTCACACCATCTCCAGAGCTCTCTCTCGATCTC
AAACCCAGAACTTGAATGAGATTATAGCCTCACGAACTTGCTTTGTCTCAGGCTCTCCAC
CTCTCGACCCTCTCTCCACCAAGCTTCGTGCATCTCCTTCAAGGACTCTGCTTGTCGCTG
CTTCGGTTATATGGTGGTGTCTAAGAAGAAGTACATCTTCACTATTGACGACGATTGCTT
CCTTTCAAAGCAGACAACGCTTCAAGCAACAAGAGTGGCGTCAAGCTTGGTGGAGACTAT
ACAAGGAGTTTGCAGGCTAGATCGACCTCTATTCTCAGTATCTTCTTGGAGATGCAGGAA
GTGAAGGAAGATGAATGATATAAAAACTTGTGTGTTCTCTTTTGTTTATGAGAGCAGGGT
TCCTTTCTTTTGTTATACATAGGGACACAATGCTAGTTCATTTAGGTTTGATCCAGCTTA
TACGAAAACCGGTCTGTTCAACATGGTCTCAAAACTGTTGCAAATAAATAAAAAAATTGA
CTTTCTCTCAGC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL7948Contig1 544 2 1 U
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AAAACCATGGATGCTATTGATTCCGTCGTCGATCCTCTCAGAGACTTCGCTAAGGATAGC
ATTCGTCTCGTCAAGCGTTGTCACAAACCAGATCGCAAAGAATTCACGAAAGTTGCTGTT
CGTACAGCGATTGGGTTCGTTGTGATGGGATTCGTGGGCTTCTTTGTGAAGCTCATCTTT
ATTCCAATCAACAACATTATCGTCGGTGCCACTTAGGGAGCAAAGGACAGAATGGGAGAA
AGGCAAAAAACTAGTTTTGAGATCGTTTTCAACAGTTCGCACTTATGTTTATGTAATCGA
ATTTCATTTGTTTCTATCTTTTTTTTTTTCTTTAATTTTGTTCACGACTGAAAAGATTGG
GCTCATCTTGAATGCAGATCAAACTAATTAGAAACTTGTGGCCGAGGATTTCATTTGAAA
CGCC


BQ
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20 20 20 20 

AF RR3FY14JQ C 1
AF RR3FY14TF U 1
BS 1 544 RR3FY14TF

RD RR3FY14JQ 544 0 0
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ATTCGTCTCGTCAAGCGTTGTCACAAACCAGATCGCAAAGAATTCACGAAAGTTGCTGTT
CGTACAGCGATTGGGTTCGTTGTGATGGGATTCGTGGGCTTCTTTGTGAAGCTCATCTTT
ATTCCAATCAACAACATTATCGTCGGTGCCACTTAGGGAGCAAAGGACAGAATGGGAGAA
AGGCAAAAAACTAGTTTTGAGATCGTTTTCAACAGTTCGCACTTATGTTTATGTAATCGA
ATTTCATTTGTTTCTATCTTTTTTTTTTTCTTTAATTTTGTTCACGACTGAAAAGATTGG
GCTCATCTTGAATGCAGATCAAACTAATTAGAAACTTGTGGCCGAGGATTTCATTTGAAA
CGCC

QA 1 544 1 544
DS 

RD RR3FY14TF 544 0 0
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AAAACCATGGATGCTATTGATTCCGTCGTCGATCCTCTCAGAGACTTCGCTAAGGATAGC
ATTCGTCTCGTCAAGCGTTGTCACAAACCAGATCGCAAAGAATTCACGAAAGTTGCTGTT
CGTACAGCGATTGGGTTCGTTGTGATGGGATTCGTGGGCTTCTTTGTGAAGCTCATCTTT
ATTCCAATCAACAACATTATCGTCGGTGCCACTTAGGGAGCAAAGGACAGAATGGGAGAA
AGGCAAAAAACTAGTTTTGAGATCGTTTTCAACAGTTCGCACTTATGTTTATGTAATCGA
ATTTCATTTGTTTCTATCTTTTTTTTTTTCTTTAATTTTGTTCACGACTGAAAAGATTGG
GCTCATCTTGAATGCAGATCAAACTAATTAGAAACTTGTGGCCGAGGATTTCATTTGAAA
CGCC

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

CO CL7949Contig1 1263 2 2 U
GGATTATCATTTTACTTTGTTCCCCTCATCACTAGTCTTCAGTGCAAAAGAGAGAAACCC
AAAAACCTCTGCAAAAACCTTTTCTATCCATCCGAAAAAGGATGCAGCTTTCGGTTCCAA
TTTCACCTTCCAACTTCTTCCCTTTCCCCAATCGACACCTCCCTCCCCCGATTCACCTCC
TCCCCGCCGCGGCGCCGCAGCACACGCATCACCACCACCGCGCCGGTTTCTCGACTCCAC
CCGTCAGAGTCTCCGGCTACTTCTCCTCCATAAGCCGAGCGATCGAGGAGGAAGAAGAGT
ACCGCAAGGCGCGCGCCGCCGTCAACCGCAAAGGCGTCGAGTTGGACGGTTACGCCGTCG
AGGGAATCTCCGTGGGAGGCCAAGAGACATGCGTCATCGTCCCCGAGCTCAAATGCGTCT
TCGACATCGGGAGGTGTCCTTCGCGCGCCATCCAGCAGAAGTTCCTTTTCATCACTCACG
CTCATCTCGATCACACCGGAGGTTTACCGATGTATGTAGCTAGCCGTGGGTTATACAATC
TAGAGCCACCTAAAGTATTCGTGCCACCGTCCATTAAAGAAGATGTTGAGAAACTCCTTG
ACATTCACAGGTCTATGGGTCAAGTTGACCTCAATGTTGAAATCATTCCCCTCCACGTTG
GTGAAACATATGAGTTGCGGAATGACATTGTCGTTAGACCATTTGCAACTAACCACGTCA
TACCCAGCCAGGGTTATGTTATTTACTCGGTTAGGAACAAGTTGAAGAAGCAGTATGTTC
ATCTTAAAGGCAAACAAATCGAAAAGATTAAAAAATCTGGCGAACAGATTACAGACACGA
TATTATCCCCTGAGATAGCTTTCACTGGAGATACAACTGCTGAGTATATGCTTGACCCTC
GTAACGCTGATGCTTTGAGGGCTAAAGTTCTTATTACCGAGGCTACCTTCTTGGATGAAA
GTTTTAGCAATGAGCATGCGCAGTCACTCGGTCACACTCATATATCTCAGATAATTGAGA
ATGCAAAATGGATCCGGAGCAAAACTGTGTTGCTAACGCATTTCTCATCACGTTACAATA
TAGAGGAAATTCGCGAAGCTGTGCTCAAGTTGCAATCAAAAGTGTCCGCAAAAGTCATTC
CTCTTACAGAAGGATTCAGGTCGAGATATTCTTGAAAGAGTGCAAGCTATTAGTGTGATT
CGAAACCATCTTTATCAACTAATGTAAGTTAACAAGGAGAAATGAAAAGAAATATATTCA
TTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3FQ90TF U 1
AF RR3FQ90JQ C 467
BS 1 742 RR3FQ90TF
BS 743 1263 RR3FQ90JQ

RD RR3FQ90TF 744 0 0
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AAAAACCTCTGCAAAAACCTTTTCTATCCATCCGAAAAAGGATGCAGCTTTCGGTTCCAA
TTTCACCTTCCAACTTCTTCCCTTTCCCCAATCGACACCTCCCTCCCCCGATTCACCTCC
TCCCCGCCGCGGCGCCGCAGCACACGCATCACCACCACCGCGCCGGTTTCTCGACTCCAC
CCGTCAGAGTCTCCGGCTACTTCTCCTCCATAAGCCGAGCGATCGAGGAGGAAGAAGAGT
ACCGCAAGGCGCGCGCCGCCGTCAACCGCAAAGGCGTCGAGTTGGACGGTTACGCCGTCG
AGGGAATCTCCGTGGGAGGCCAAGAGACATGCGTCATCGTCCCCGAGCTCAAATGCGTCT
TCGACATCGGGAGGTGTCCTTCGCGCGCCATCCAGCAGAAGTTCCTTTTCATCACTCACG
CTCATCTCGATCACACCGGAGGTTTACCGATGTATGTAGCTAGCCGTGGGTTATACAATC
TAGAGCCACCTAAAGTATTCGTGCCACCGTCCATTAAAGAAGATGTTGAGAAACTCCTTG
ACATTCACAGGTCTATGGGTCAAGTTGACCTCAATGTTGAAATCATTCCCCTCCACGTTG
GTGAAACATATGAGTTGCGGAATGACATTGTCGTTAGACCATTTGCAACTAACCACGTCA
TACCCAGCCAGGGTTATGTTAT
CT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3FQ90JQ 797 0 0
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TGGGTTATACAATCTAGAGCCACCTAAAGTATTCGTGCCACCGTCCATTAAAGAAGATGT
TGAGAAACTCCTTGACATTCACAGGTCTATGGGTCAAGTTGACCTCAATGTTGAAATCAT
TCCCCTCCACGTTGGTGAAACATATGAGTTGCGGAATGACATTGTCGTTAGACCATTTGC
AACTAACCACGTCATACCCAGCCAGGGTTATGTTATTTACTCGGTTAGGAACAAGTTGAA
GAAGCAGTATGTTCATCTTAAAGGCAAACAAATCGAAAAGATTAAAAAATCTGGCGAACA
GATTACAGACACGATATTATCCCCTGAGATAGCTTTCACTGGAGATACAACTGCTGAGTA
TATGCTTGACCCTCGTAACGCTGATGCTTTGAGGGCTAAAGTTCTTATTACCGAGGCTAC
CTTCTTGGATGAAAGTTTTAGCAATGAGCATGCGCAGTCACTCGGTCACACTCATATATC
TCAGATAATTGAGAATGCAAAATGGATCCGGAGCAAAACTGTGTTGCTAACGCATTTCTC
ATCACGTTACAATATAGAGGAAATTCGCGAAGCTGTGCTCAAGTTGCAATCAAAAGTGTC
CGCAAAAGTCATTCCTCTTACAGAAGGATTCAGGTCGAGATATTCTTGAAAGAGTGCAAG
CTATTAGTGTGATTCGAAACCATCTTTATCAACTAATGTAAGTTAACAAGGAGAAATGAA
AAGAAATATATTCATTG

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

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TACAGCTGGAAGGAAGAAGTGGAGTAGCGTCTGATCAAGAAACCGAAAAGAGCCCCGAGG
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GTTCGTGTTCTATCAGGGACGTTTGCTGAATTCGTTGGCAACCTAAAGAAACTGAACCGC
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TTTTGGTTAGTAAAGAGAATGCATTGTTGCTCCACATGTTTGTATGTCTATCTGTGTGTT
CCTTTAGCTTTGCCATGCGGGCACAACAATGTCGTTTTATCTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3ET10JQ C 1
AF RR3ET10TF U 1
BS 1 645 RR3ET10TF

RD RR3ET10JQ 645 0 0
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TACAGCTGGAAGGAAGAAGTGGAGTAGCGTCTGATCAAGAAACCGAAAAGAGCCCCGAGG
AAAGCCGCTCTTGCCACTGAAACAAAGACCAAGAAGAAGAAACTCGCTGCTGGTTCTACA
GTTCGTGTTCTATCAGGGACGTTTGCTGAATTCGTTGGCAACCTAAAGAAACTGAACCGC
AAAACCGCAAAGGCAACGGTGGGCTTTACTTTGTTTGGGAAGGAGACTCTAGTGGAGATT
GACATCAATGAACTTGTTCCTGAGATTCAGTCTTAACGTTGTTAACAATATGTGATTTTT
TTTTGGTTAGTAAAGAGAATGCATTGTTGCTCCACATGTTTGTATGTCTATCTGTGTGTT
CCTTTAGCTTTGCCATGCGGGCACAACAATGTCGTTTTATCTTCC

QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3ET10TF 645 0 0
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GAGACGATGATGAAGCTGCAAGGAGGACTTCTCCAGTGGAGTCCAAGCAGCTTAATTCCG
TCGGCAATCAGAACAACAACGCGTCTCTCTATCTCCGCCTGCGTCGTGGAGCGTAACCAC
CAGCTGACGGCGAGGGAGAGGCGGCAGCTCCGGAACGAGCGGAGGGAGAGCAGATCGGGG
TACAGCTGGAAGGAAGAAGTGGAGTAGCGTCTGATCAAGAAACCGAAAAGAGCCCCGAGG
AAAGCCGCTCTTGCCACTGAAACAAAGACCAAGAAGAAGAAACTCGCTGCTGGTTCTACA
GTTCGTGTTCTATCAGGGACGTTTGCTGAATTCGTTGGCAACCTAAAGAAACTGAACCGC
AAAACCGCAAAGGCAACGGTGGGCTTTACTTTGTTTGGGAAGGAGACTCTAGTGGAGATT
GACATCAATGAACTTGTTCCTGAGATTCAGTCTTAACGTTGTTAACAATATGTGATTTTT
TTTTGGTTAGTAAAGAGAATGCATTGTTGCTCCACATGTTTGTATGTCTATCTGTGTGTT
CCTTTAGCTTTGCCATGCGGGCACAACAATGTCGTTTTATCTTCC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL7951Contig1 678 2 3 U
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TCAAGCATCTTCGGCTATTGTCTGCCTCAGTTGTTGTTTGCCTGGAGAATGAGTGCGCAA
CCTCCGGCTAATTTATTGCTCATATGTGGTGATACTACACTGGAAACGTTATCTGAATCT
CTTTTCTGCATATGCGATGAGGGATGCTCCATTCTCGTGGCACATCCTGGACGAAAACCC
GTTTCAGCAGATCTCTGGAAAAGCTACCTTTCAGTTGTTTCTAGAGATTGGATCTTGGAA
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GGTTACGTTTCTTGCGAAATGTGCGAATTTTCTGGCTATAGCCTTGAAGATCTCGCCACT
CATTTCAGTAGTGATGAACATTTAGAGGAAGTGTCCGACCGTACTCCTCTAGACAAACAT
AGCTCTTCTACTTCTGCCGTAGAACCAAACGCAAGTTTTACTTAAAATATCTCAAACTTT
TATAATTTTTGCTGAAATTTGAAGCTAGACTTCTTTTTTTTGGTCGAATCTTAAATATAG
AATGCGTTTCTTATTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DX03TF U 1
AF RR3DX03JQ C 29
BS 1 640 RR3DX03TF
BS 641 641 RR3DX03JQ
BS 642 678 RR3DX03TF

RD RR3DX03TF 678 0 0
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GATCTCAACCCACGCACTGCTGACCTCCTGGAACCGCTCTTTTCCTCTGGAATCAATCTT
TCAAGCATCTTCGGCTATTGTCTGCCTCAGTTGTTGTTTGCCTGGAGAATGAGTGCGCAA
CCTCCGGCTAATTTATTGCTCATATGTGGTGATACTACACTGGAAACGTTATCTGAATCT
CTTTTCTGCATATGCGATGAGGGATGCTCCATTCTCGTGGCACATCCTGGACGAAAACCC
GTTTCAGCAGATCTCTGGAAAAGCTACCTTTCAGTTGTTTCTAGAGATTGGATCTTGGAA
AGCTTCCTAGGTTGTGCAGATGATAAAGAGGAGGCTCTTGAGTACAAGTATAGGAAAACG
GGTTACGTTTCTTGCGAAATGTGCGAATTTTCTGGCTATAGCCTTGAAGATCTCGCCACT
CATTTCAGTAGTGATGAACATTTAGAGGAAGTGTCCGACCGTACTCCTCTAGACAAACAT
AGCTCTTCTACTTCTGCCGTAGAACCAAACGCAAGTTTTACTTAAAATATCTCAAACTTT
TATAATTTTTGCTGAAATTTGAAGCTAGACTTCTTTTTTT*GGTCGAATCTTAAATATAG
AATGCGTTTCTTATTGAC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3DX03JQ 650 0 0
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TGGAACCGCTCTTTTCCTCTGGAATCAATCTTTCAAGCATCTTCGGCTATTGTCTGCCTC
AGTTGTTGTTTGCCTGGAGAATGAGTGCGCAACCTCCGGCTAATTTATTGCTCATATGTG
GTGATACTACACTGGAAACGTTATCTGAATCTCTTTTCTGCATATGCGATGAGGGATGCT
CCATTCTCGTGGCACATCCTGGACGAAAACCCGTTTCAGCAGATCTCTGGAAAAGCTACC
TTTCAGTTGTTTCTAGAGATTGGATCTTGGAAAGCTTCCTAGGTTGTGCAGATGATAAAG
AGGAGGCTCTTGAGTACAAGTATAGGAAAACGGGTTACGTTTCTTGCGAAATGTGCGAAT
TTTCTGGCTATAGCCTTGAAGATCTCGCCACTCATTTCAGTAGTGATGAACATTTAGAGG
AAGTGTCCGACCGTACTCCTCTAGACAAACATAGCTCTTCTACTTCTGCCGTAGAACCAA
ACGCAAGTTTTACTTAAAATATCTCAAACTTTTATAATTTTTGCTGAAATTTGAAGCTAG
ACTTCTTTTTTTTGGTCGAATCTTAAATATAGAATGCGTTTCTTATTGAC

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL7952Contig1 839 2 11 U
AGTTAACTATCTTGTTTGGTATCGACGTAAGACGAATTATACAGAAGTTTATAAGTTGAA
AAATGTAAAGTATTATACATGGTCGAGTGAATTAAAGATTTAACTCTCTTTTAAGGAATC
TGAGCGATCTCAAGAAGGATCTTGTGAAGAGACTGAGGTTTAGAGAAGAAAGGACAATGA
TCACTTCCTTTGATCTTATAAACTCCTTCCGGACTATTATCTCTCACAAGTTTCTCCTGA
ACGTCTGGGGAGAGAGCCAAGTCATCAAGCGTCTGAACATAGAATCTCCGACCTTTCCCA
TATCTTTCTACGCTCAGCGACAGTTTCTCCATCATTGGACCCAATGGTACTGCTCGCATT
GAGATCATCGACAATGCTATGTCCTTATTGGGTGACTGATTGAAGTACAAGCTTTTCATG
TGTTGCTTCTCAAAAATGAACCCCGTTGCGGGCTTGTCCTTTCCATTTCCATGGATCAAG
AACTGCGATTCTTTCATGAACCTTTCTGCAGAACCAAGCTGATCAGCAAAGACATCGAAG
GGTCTTTGTCCATCAGAAACCATAGTGGCACATATGAATACAGCTTTTGAGATTTTTTCA
GGAAACCGCTCTAACGCAAATGAAACACATGCACCTCATGTACTGTGACCTACGACAATC
ACCTTTTCTTCCTCTGGAAGATTTTGAAGGAGCTCGATCAATGGTTTTGAATATTCTTCT
AAAGTGGAAACACTATTTGCGTCAGCCATACTAAATCCAGATCCAGTAAGGTCAACTGTA
ACAGGAGATAGTCCAGACTCTTCCAATGAAGCAACAGTTTTGTACCAACACCAAGCCCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3G976JQ U 41
AF RR3BS94JQ U 1
BS 1 248 RR3BS94JQ
BS 249 249 RR3G976JQ
BS 250 309 RR3BS94JQ
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BS 638 638 RR3G976JQ
BS 639 839 RR3BS94JQ

RD RR3G976JQ 701 0 0
ACAGAAGTTTATAAGTTGAAAAATGTAAAGTATTATACATGGTCGAGTGAATTAAAGATT
TAACTCTCTTTTAAGGAATCTGAGCGATCTCAAGAAGGATCTTGTGAAGAGACTGAGGTT
TAGAGAAGAAAGGACAATGATCACTTCCTTTGATCTTATAAACTCCTTCGGGACTATTAT
CTCTCACAAGTTTCTCCTGAACGTCTGGGGAGAGAGCCAAGTCATCAAGCGTCTGAACAT
AGAATCTCCGACCTTTCCCATATCTTTCTACGCTCAGCGACAGTTTCTCCATCATTGGAC
CCAATGGTACTGCTCGCATTGAGATCATCGACAATGCTATG**CTTATTGGGTGACTGAT
TTAAGTACAAGCTTTTCATGTGTTGCTTCTCAAAAATGAACCCCGTTGCGGGCTTGTCCT
TTCCATTTCCATGGATCAAGAACTGCGATTCTTTCATGAACCTTTCTGCAGAACCAAGCT
GATCAGCAAAGACATCGAAGGGTCTTTGTCCATCAGAAACCATAGTGGCACATATGAATA
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TACTGTGACCTACGACAATCACCTTTTCTTCCTCTGGAAGATTTTGAATGAGCTCGATCA
ATGGTTTTGAATATTCTTCTAAAGTGGAAACACTATTTG
GG

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DS 

RD RR3BS94JQ 839 0 0
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TGAGCGATCTCAAGAAGGATCTTGTGAAGAGACTGAGGTTTAGAGAAGAAAGGACAATGA
TCACTTCCTTTGATCTTATAAACTCCTTCCGGACTATTATCTCTCACAAGTTTCTCCTGA
ACGTCTGGTGAGAGAGCCAAGTCATCAAGCGTCTGAACATAGAATCTCCGACCTTTCCCA
TATCTTTCTGCGCTCAGCGACAGTTTCTCCATCATTGGACCCAATGGTACTGCTCGCATT
GAGATCATCGACAATGCTATGTCCTTATTGGGTGACTGATTGAAGTACAAGCTTTTCATG
TGTTGCTTCTCAAAACTGAACCCCGTTGCGGGCTTGTCCTTTCCATTTCCATGGATCAAG
AACTGCGATTCTTTCATGAACCTTTCTGCAGAACCAAGCTGATCAGCAAAGACATCGAAG
GGTCTTTGTCCATCAGAAACCA**GTGGCACATATGAATACAGCTTTTGAGATTTTTTCA
GGAAACCGCTCTAACGCAAATGAAACACATGCACCTCCTGTACTGTGACCTACGACAATC
ACCTTTTCTTCCTCTGGAAGATTTTGAAGGAGCTCGATCAATGGTTTTGAATATTCTTCT
AAAGTGGAAACACTATTTGCGTCAGCCATACTAAATCCAGATCCAGTAAGGTCAACTGTA
ACAGGAGATAGTCCAGACTCTTCCAATGAAGCAACAGTTTTGTACCAACACCAAGCCCC

QA 1 839 1 839
DS 



AS 1 2

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AAATTCTTGACCAACAAAATTGATAAACTTTTCAACAAATCCTTTCTTCTCCTTTGCTTC
TTCTTCACCACAATTTTCTTCATCCACCGAATCACCACCAGCCAACTCTCCCGAACTCGA
GCCCAACTCATTGAGTCAGACTCGGCACGACCTAATTTGCTAAAATTGATTATTTTCTCG
ATCATCTCCTCTTCTTTCAACTCCAAGCTGTCTTCGAAAACGCCGATGGTCTCGTCAAGG
AGTTTGCTAATCCCACCTAAACCCAGAAAGGAGAAAATATTGTTGCGATATCTACCCTTG
CCATAAAGTCAGCTTCACCTAGATTTCTTCAACCATCCATATATAATGATACTACGATGG
GAGACTATTCATACATCTCTCAAAGAAAACATGTCAAACCAAAGAAAAATGTGTCTTATC
AAGGAACTCAAGCCTTACAGAGATGAATGGCGTCTGACTCTCAAACTGCTTCATTCCTGG
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GTTGGTGAATGGAAAGTCGTTGACACCTTTAAAATAACTGGGGCAGGAGATTAAATCTGC
CTAATGGAAAGAGTCATCCTCTGCTCTGTTGATCTTTGTCAAGAGATTAAATCTGCACAT
CTATTTCAAATTCAAACAGAAATATTTGTAAAAATTCATAATATGAATTTCACATGAAGG
AATATTGTGATGGAAACTTTGAAAATAACTTACGCTTTTTATATATCGCCTTTGATACAT
CTCG


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3B374TF U 1
AF RR3B374JQ C 121
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BS 707 707 RR3B374JQ
BS 708 810 RR3B374TF
BS 811 904 RR3B374JQ

RD RR3B374TF 810 0 0
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AAATTCTTGACCAACAAAATTGATAAACTTTTCAACAAATCCTTTCTTCTCCTTTGCTTC
TTCTTCACCACAATTTTCTTCATCCACCGAATCACCACCAGCCAACTCTCCCGAACTCGA
GCCCAACTCATTGAGTCAGACTCGGCACGACCTAATTTGCTAAAATTGATTATTTTCTCG
ATCATCTCCTCTTCTTTCAACTCCAAGCTGTCTTCGAAAACGCCGATGGTCTCGTCAAGG
AGTTTGCTAATCCCACCTAAACCCAGAAAGGAGAAAATATTGTTGCGATATCTACCCTTG
CCATAAAGTCAGCTTCACCTAGATTTCTTCAACCATCCATATATAATGATACTACGATGG
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AAGGAACTCAAGCCTTACAGAGATGAATGGCGTCTGACTCTCAAACTGCTTCATTCCTGG
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GCTAAGATACAGGCATCATGCAAAGGTTCTCAGATGTTTCGTGTTCAACGTTACCTACCT
GTTGGTGAATGGAAAGTCGTTGACACCTTTAAAATAACTGGGGCAG*AGATTAAATCTGC
CTAATGGAAAGAGTCATCCTCTGCTCTGTTGATCTTTGTCAAGAGATTAAATCTGCACAT
CTATTTCAAATTCAAACAGAAATATTTGTA

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DS 

RD RR3B374JQ 784 0 0
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GCCCAACTCATTGAGTCAGACTCGGCACGACCTAATTTGCTAAAATTGATTATTTTCTCG
ATCATCTCCTCTTCTTTCAACTCCAAGCTGTCTTCGAAAACGCCGATGGTCTCGTCAAGG
AGTTTGCTAATCCCACCTAAACCCAGAAAGGAGAAAATATTGTTGCGATATCTACCCTTG
CCATAAAGTCAGCTTCACCTAGATTTCTTCAACCATCCATATATAATGATACTACGATGG
GAGACTATTCATACATCTCTCAAAGAAAACATGTCAAACCAAAGAAAAATGTGTCTTATC
AAGGAACTCAAGCCTTACAGAGATGAATGGCGTCTGACTCTCAAACTGCTTCATTCCTGG
AAACAAAACACCAATTATGGAGGAAATACACTTGAATGCGTCCTGGTAGACCAAACAGGT
GCTAAGATACAGGCATCATGCAAAGGTTCTCAGATGTTTCGTGTTCAACGTTACCTACCT
GTTGGTGAATGGAAGGTCGTTGACACCTTTAAAATAACTGGGGCAGGAGATTAAATCTGC
CTAATGGAAAGAGTCATCCTCTGCTCTGTTGATCTTTGTCAAGAGATTAAATCTGCACAT
CTATTTCAAATTCAAACAGAAATATTTGTAAAAATTCATAATATGAATTTCACATGAAGG
AATATTGTGATGGAAACTTTGAAAATAACTTACGCTTTTTATATATCGCCTTTGATACAT
CTCG

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL7954Contig1 1082 2 2 U
CAACAAACTTTCTCCGACAATGGGTTGCGCTTCCTCCCAACCCCTGAATCAAAGCGATGA
CTTCTCTCAACTCGCCGGCTGCCACCACCACTTCGTCCAGCTTACTTCCTCCACTTACGG
CCTTCTCAATCTCGACCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCCTCCTCCGTTATCTCCGCACC
AGCAACACCCATGACTCCGCCTGAGAGGTTCACCTTCGTCGGTAAGGATCCAATAACCGT
CAAGTCAGAGCCGGAGGTTGTTAACTTCTGGGAGCTAATGTCTGGTCTCGACGCGTTCTC
TCCTCTTCCGGTGAAACGAAATGTCTCCTCCGGCGGAGTGAACAAAGAGAACTCGGATCC
TAACTGGAGAAGCCCTAGAAACCAATCCAACAACAACGAAGACGTTCTGAAACCGCTAGA
TCCGAGATTCGCGGAGGAGGAGTCGGAGAAGCTGTGTCCACGTGGCGGCGGAGTAGATAA
TAACCGCGCTGTGATCTACACGACGTCGTTGCGCGGCGTGAGGAGGACATTCGAGGCGTG
TAACGCCGTGAGAGCTGCGATAGAGAGCTTCGGCGTAGTGGTCTGCGAGAGGGACGTTTC
CATGGACAGAGGGTTCAGAGAAGAGCTCGCGAGTCTTATGGCCGGAGAGGGAGACGGAGA
GCCTGTGCTGCCGCCTAGGGTTTTTGTGAAGGGGAGGTATGTTGGTGGAGCAGAGGAGGT
GATGAGATTGGTGGAAGAAGGTAGGCTCGGAGATTTGCTCAGAGGGATTCCGAGGAAGAA
AGATCGAGGCGGCGGTTGCGACGGATGCGGTGGGTTAAGGTTCTTGCCGTGTTCTGATTG
TAATGGAAGCTGCAAAGTGGTGGAAGGATGGGGAAGCGGCGTTGTAGTGGTCATATGTAA
TAAGTGTAACGAGAATGGTCTTGTTCTTTGTCCGGTTTGCAGCTAAATATAGTAATAATC
TCTCAAACTGGAATCGTTAGCTAGTACTACTTCTGTAAGAAAACTTTTCAGTCTCTCTCT
TCTCTATGATTATGCTGGATCAAGGCAAAGATCTTGGTCCGGTAGAGATACTTTCTTGTT
AG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR3BZ66TF U 1
AF RR3BZ66JQ C 334
BS 1 682 RR3BZ66TF
BS 683 1082 RR3BZ66JQ

RD RR3BZ66TF 682 0 0
CAACAAACTTTCTCCGACAATGGGTTGCGCTTCCTCCCAACCCCTGAATCAAAGCGATGA
CTTCTCTCAACTCGCCGGCTGCCACCACCACTTCGTCCAGCTTACTTCCTCCACTTACGG
CCTTCTCAATCTCGACCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCCTCCTCCGTTATCTCCGCACC
AGCAACACCCATGACTCCGCCTGAGAGGTTCACCTTCGTCGGTAAGGATCCAATAACCGT
CAAGTCAGAGCCGGAGGTTGTTAACTTCTGGGAGCTAATGTCTGGTCTCGACGCGTTCTC
TCCTCTTCCGGTGAAACGAAATGTCTCCTCCGGCGGAGTGAACAAAGAGAACTCGGATCC
TAACTGGAGAAGCCCTAGAAACCAATCCAACAACAACGAAGACGTTCTGAAACCGCTAGA
TCCGAGATTCGCGGAGGAGGAGTCGGAGAAGCTGTGTCCACGTGGCGGCGGAGTAGATAA
TAACCGCGCTGTGATCTACACGACGTCGTTGCGCGGCGTGAGGAGGACATTCGAGGCGTG
TAACGCCGTGAGAGCTGCGATAGAGAGCTTCGGCGTAGTGGTCTGCGAGAGGGACGTTTC
CATGGACAGAGGGTTCAGAGAAGAGCTCGCGAGTCTTATGGCCGGAGAGGGAGACGGAGA
GCCTGTGCTGCCGCCTAGGGTT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3BZ66JQ 749 0 0
CGGAGTGAACAAAGAGAACTCGGATCCTAACTGGAGAAGCCCTAGAAACCAATCCAACAA
CAACGAAGACGTTCTGAAACCGCTAGATCCGAGATTCGCGGAGGAGGAGTCGGAGAAGCT
GTGTCCACGTGGCGGCGGAGTAGATAATAACCGCGCTGTGATCTACACGACGTCGTTGCG
CGGCGTGAGGAGGACATTCGAGGCGTGTAACGCCGTGAGAGCTGCGATAGAGAGCTTCGG
CGTAGTGGTCTGCGAGAGGGACGTTTCCATGGACAGAGGGTTCAGAGAAGAGCTCGCGAG
TCTTATGGCCGGAGAGGGAGACGGAGAGCCTGTGCTGCCGCCTAGGGTTTTTGTGAAGGG
GAGGTATGTTGGTGGAGCAGAGGAGGTGATGAGATTGGTGGAAGAAGGTAGGCTCGGAGA
TTTGCTCAGAGGGATTCCGAGGAAGAAAGATCGAGGCGGCGGTTGCGACGGATGCGGTGG
GTTAAGGTTCTTGCCGTGTTCTGATTGTAATGGAAGCTGCAAAGTGGTGGAAGGATGGGG
AAGCGGCGTTGTAGTGGTCATATGTAATAAGTGTAACGAGAATGGTCTTGTTCTTTGTCC
GGTTTGCAGCTAAATATAGTAATAATCTCTCAAACTGGAATCGTTAGCTAGTACTACTTC
TGTAAGAAAACTTTTCAGTCTCTCTCTTCTCTATGATTATGCTGGATCAAGGCAAAGATC
TTGGTCCGGTAGAGATACTTTCTTGTTAG

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL7955Contig1 657 2 2 U
TTTTTTTGAAACAAAACCAAAACAGAGCTTCGAATCCACGGATAAAGCACAACAAAGGGT
ATCTTTTTCTAGCAAAACTGAGACTAAGACAAAAGTCTGTTTTTAACTCCAAAAGTAAAA
TGACTGCTCAGATGATATTATAATAGCTTAGATGATTCCAATTTTATTAGCAACATCCAA
AGCATCATAATCAGGAGTCAATCTCACGTACGCCTTCTTCGTTCCATCAGGCCTGATGAG
TGTGTTGACTTTCTTGGTCTGAATGTCATACATCTTCTTGACAGCATCTTTGATTTTCTT
CTTGTCAGCACGGATATCAACAATGAAGACCAAGGTGTTGTTGTATTCGATCTTCTTCAT
GGCAGACTCGGTGGTGAGTGGGTACTTGAGGATTCCGTAGTGGTCCAACTTGTTCCTTGG
AGTTGCACTGATGCGTGGGTACTTGGGGTCTCTAGCCTTTGTCAATGTCTTTGGCCTGTG
GAATGTCACCTTTGTCCTGATCTTCTTCGCCTTCTTCTTAATGATTTGCCCTGATTTCAC
CGCTTTCGCAGCTTTCAAGGCCTTGGCCTTTGGGTCAGCCTTCTTAGTTACATCAACTTT
AGCTGGAGCCATTACTCAAAAGTCAGATCCTTTCCACAAAATCTGAGCGGCGAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CH91TF C 1
AF RR3CH91JQ U 7
BS 1 12 RR3CH91TF
BS 13 657 RR3CH91JQ

RD RR3CH91TF 657 0 0
TTTTTTTGAAACAAAACCAAAACAGAGCTTCGAATCCACGGATAAAGCACAACAAAGGGT
ATCTTTTTCTAGCAAAACTGAGACTAAGACAAAAGTCTGTTTTTAACTCCAAAAGTAAAA
TGACTGCTCAGATGATATTATAATAGCTTAGATGATTCCAATTTTATTAGCAACATCCAA
AGCATCATAATCAGGAGTCAATCTCACGTACGCCTTCTTCGTTCCATCAGGCCTGATGAG
TGTGTTGACTTTCTTGGTCTGAATGTCATACATCTTCTTGACAGCATCTTTGATTTTCTT
CTTGTCAGCACGGATATCAACAATGAAGACCAAGGTGTTGTTGTATTCGATCTTCTTCAT
GGCAGACTCGGTGGTGAGTGGGTACTTGAGGATTCCGTAGTGGTCCAACTTGTTCCTTGG
AGTTGCACTGATGCGTGGGTACTTGGGGTCTCTAGCCTTTGTCAATGTCTTTGGCCTGTG
GAATGTCACCTTTGTCCTGATCTTCTTCGCCTTCTTCTTAATGATTTGCCCTGATTTCAC
CGCTTTCGCAGCTTTCAAGGCCTTGGCCTTTGGGTCAGCCTTCTTAGTTACATCAACTTT
AGCTGGAGCCATTACTCAAAAGTCAGATCCTTTCCACAAAATCTGAGCGGCGAAAAA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3CH91JQ 651 0 0
GAAACA
AAAACCAAAACAGAGCTTCGAATCCACGGATAAAGCACAACAAAGGGTATCTTTTTCTAG
CAAAACTGAGACTAAGACAAAAGTCTGTTTTTAACTCCAAAAGTAAAATGACTGCTCAGA
TGATATTATAATAGCTTAGATGATTCCAATTTTATTAGCAACATCCAAAGCATCATAATC
AGGAGTCAATCTCACGTACGCCTTCTTCGTTCCATCAGGCCTGATGAGTGTGTTGACTTT
CTTGGTCTGAATGTCATACATCTTCTTGACAGCATCTTTGATTTTCTTCTTGTCAGCACG
GATATCAACAATGAAGACCAAGGTGTTGTTGTATTCGATCTTCTTCATGGCAGACTCGGT
GGTGAGTGGGTACTTGAGGATTCCGTAGTGGTCCAACTTGTTCCTTGGAGTTGCACTGAT
GCGTGGGTACTTGGGGTCTCTAGCCTTTGTCAATGTCTTTGGCCTGTGGAATGTCACCTT
TGTCCTGATCTTCTTCGCCTTCTTCTTAATGATTTGCCCTGATTTCACCGCTTTCGCAGC
TTTCAAGGCCTTGGCCTTTGGGTCAGCCTTCTTAGTTACATCAACTTTAGCTGGAGCCAT
TACTCAAAAGTCAGATCCTTTCCACAAAATCTGAGCGGCGAAAAA

QA 7 651 7 651
DS 



AS 1 2

CO CL7956Contig1 1127 2 14 U
GGCACATAACATTCCCCAAACTCCTCTAGGGTTTTCCAAGCGTTCCAACCCTTCGCCTGT
CTCTCATTCTCCCCAGAGCCTTAGATTCTTCTTTGTGAAAATGGCTGGTGTAGTTGATTG
TCCTGGGTCACTCAAATCCGTGAGGATCGTTGTGGTTGGTGACAAGGGGACTGGAAAATC
AAGCTTGATTGTTGCTGCCGCCACCGACTCTTTCCCTCCCAATGTCCCTCCTGTTTTGCC
TGACACCAAGCTCCCTTCTGAGTTCTTCCCTGACGGTATTCCCGTCACCATTGTCGACAC
TTCCTCCAGGCCGGAAGATAGGAACATGGTTGCGGAGGAATTGAAGCAGGCAGATGCGGT
GGTTTTGACATATGCCTGTGACCGACCTGAGACACTCGAAGGTTTGACTACATACTGGCT
TCCTGAGCTTCGGCGGTTGGAGGTTAAAGTTCCTATAATAGTAGCAGGTTGTAAGCTTGA
CTTCAGAGACGACAATAACCAGGTCAGCCTCGAACAAGTGATGTCACCTATAATGCAGCA
GTTTCGGGAGATTGAGACTTGCATCGAGTGCTCTGCCCTTAAGCAACTCCAGGCACAAGA
AGTTTTCTATTATGCGCAAAAAACTGTACTTCACCCAACAGGACCTCTGTTCGATCAAGA
AATCCAGGCATTGAAGCCCCGGTGCGTAAGGGCTTTGAAGCATATCTTTATACTCTGTGA
TCAGGACAGAGATGGTGCTCTTAGCGAGGCTGAATTAAATGATTTTCAGGTCAAGTGCTT
TCATGCACCATTGCAGCCTTCTGAAATTGAAGGTGTTAAGAGGGTTGTGCAAGAGAAGTT
GCCAGAAGGTGTGAATGAAAGAGGACTGACAGTGACTGGCTTCCTGTTTCTACATTCACT
TTTTATTGAGAAAGGGAGGCTCGAGACAACATGGACTGTACTTAGGAAGTTTGGGTATAA
CAATGAGATAAGACTTGCTGATGAATTGCTTCCACCTTCATTATTCAAACGAACACCTGA
TCAGAGTGTTGAGTTGACAGATGTAGCAATCGAATTCTTGAAAGGAGTGTTTATGATGTT
TGATGACGATGAGGATAATAATCTGAGACCTCAAGAGATCGAGGATC


BQ
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G
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DS 



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AS 1 2

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BQ
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AF RR3A029TF U 1
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BS 671 1169 RR3A029JQ

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TCTTTTTCAGGCGCAACCAAATAGAAACATAAACACTTAAGAGCATAAACCAACCATAGA
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CGGTGAAACGTTTGTTCTTATTTAAAATATCATACTCCTCTTTTCTTTCTCCTCCTTCTC
TACCTTGGAAACTAGGGTTCTTCAAGATCCTTTGTGAGCTAAATGGGTGTTGAGAAAATG
GTGTGTTTGGTTTCTCGCACTGGTCGTCAGTTTCAGAGATACAACAAAGGTCGTCGTCAA
GTCGTCGGATGTATACCGTACAGATTCAAGCTATCAAGTGATGGGAAAATTAGTGATGAA
TTAGAAATTCTTGTTATCTCTTCTCAAAAAGGTCATGCCATGATGTTCCCAAAGGGTGGT
TGGGAGCTTGATGAATCTGTAGAAGAAGCTGCTGCAAGAGAATCTCTCGAAGAAGCTGGA
GTTCTTGGCAATATTGGGCATCAACTAGGAAAATGGGATTTTTTGAGCAAAAGCAGGGGA
ACATATTATGAAGGACTAATGTTCCCTATGCTTGTTACAGAACAACTTGAGCTTTGGCCT
GAACAACATG

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DS 

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AGTGATGGGAAAATTAGTGATGAATTAGAAATTCTTGTTATCTCTTCTCAAAAAGGTCAT
GCCATGATGTTCCCAAAGGGTGGTTGGGAGCTTGATGAATCTGTAGAAGAAGCTGCTGCA
AGAGAATCTCTCGAAGAAGCTGGAGTTCTTGGCAATATTGGGCATCAACTAGGAAAATGG
GATTTTTTGAGCAAAAGCAGGGGAACATATTATGAAGGACTAATGTTCCCTATGCTTGTT
ACAGAACAACTTGAGCTTTGGCCTGAACAACATGCTAGGCAAAGAATCTGGATGAATCTA
GTTGACGCTAGAGAAGCTTGTAGAGATTGGTGGATGAAAGAAGCATTAGATGTTTTGGTC
GAGAGACTCTCATCACCAATGAATCAACCAAAGGAAGAGAAGAATATTTCAATATCTATC
GAAACAATGTGCTGATGATTTGCTACAAAAAAATTGCGGCTGATTGTGATGGGAGTTTTA
TGGACTAATGGATCTCTGTAGATAGAAATAGATGTGGTCTCCAATTAGAATTGAGAGAGT
GATTTGAAGAGCAGGTGCAGAACAGGAACAAAAAAGATGGGTAGATCTTTTAGGTTTAAT
TTGGAGCAATGAAAAAACATCATGTGATTTAAGAAGTCCTGTGTGTTGTGTTTATAACGT
TTCTGCATGATTTACTTAAGGGATGATGAAGGATTAGGAAGATAAACAAAGAGTTCAAGC
AAGACATGTACAATGTGTTTCCCTCTGTTTATTTTTTAATCTCATCTCTCTTT

QA 1 893 1 893
DS 



AS 1 2

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CGGTCCTATTCGCTCAAATAATTCACAAGATGCTCTTGGGAATGTTGCTTATAGCGTATA
CCGACTGCCACCGGGGATGAAGCAGAACAGCGTGACGTCTCCAGAGGGACAACACAACTC
TCCATCAGCCATGATGTTTTATCCATACGATCATAACTCTGTGGATGAAGCGCCGCATCT
TAATGACGGAAACCATTCCTGGTGGTGGTGGGGGATTTGAAGATCAGCCAAGGTATCGTG
GTGCTCATATGTCTTCTTCACCTGATGATCCTTCCTCGCCTCGCTTCCCTAGGGGAAAGT
AACATCAATGTGGGTGGTTAAGAGTAGCTGGAATAAACTCAAAAAACTTGGAAGAAACAA
TGTGATCACCTCATTAGGGATCTTTGGAAATTAATCAAAAGAAGGCAAAAAGCTGTGAAA
GACGGGAAAAGCAGAGTCGAGCAGGAATTGATCAACCTCCCGAGCGATCTGGAATTTTGT
TTTCAAGCAACAAAGAAAGAAACCAAGTGAATAGGAATAGCTAAGCAACACTCAGCGATC
CAAAAGCTGGCTGGTTAAAAACACACGCACGACTCTTTCTCAGTTGAATTACGGTTAGGC
AACTCTTTCACGCTTTCCATAGAAATTGTGCCCACATAGAGAAACTATTAGAATTCAGGG
CTTATCGTTAATCATGTTTCTGTAGAAATTTCAAGAAATAATTTGTCTACTTTCTTTTAG
AAACATGAAAATCGTACACTTTTAGCTGTACTTGTAGTTCTGCTTTGATTGTTGGGAGGT
AGAAAATGAAAATCGTACACTTTT


BQ
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AF RR3BU53TF U 1
AF RR3BU53JQ C 186
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QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3BU53JQ 859 0 0
T
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TATTCGCTCAAATAATTCACAAGATGCTCTTGGGAATGTTGCTTATAGCGTATACCGACT
GCCACCGGGGATGAAGCAGAACAGCGTGACGTCTCCAGAGGGACAACACAACTCTCCATC
AGCCATGATGTTTTATCCATACGATCATAACTCTGTGGATGAAGCGCCGCATCTTAATGA
CGGAAACCATTCCTGGTGGTGGTGGGGGATTTGAAGATCAGCCAAGGTATCGTGGTGCTC
ATATGTCTTCTTCACCTGATGATCCTTCCTCGCCTCGCTTCCCTAGGGGAAAGTAACATC
AATGTGGGTGGTTAAGAGTAGCTGGAATAAACTCAAAAAACTTGGAAGAAACAATGTGAT
CACCTCATTAGGGATCTTTGGAAATTAATCAAAAGAAGGCAAAAAGCTGTGAAAGACGGG
AAAAGCAGAGTCGAGCAGGAATTGATCAACCTCCCGAGCGATCTGGAATTTTGTTTTCAA
GCAACAAAGAAAGAAACCAAGTGAATAGGAATAGCTAAGCAACACTCAGCGATCCAAAAG
CTGGCTGGTTAAAAACACACGCACGACTCTTTCTCAGTTGAATTACGGTTAGGCAACTCT
TTCACGCTTTCCATAGAAATTGTGCCCACATAGAGAAACTATTAGAATTCAGGGCTTATC
GTTAATCATGTTTCTGTAGAAATTTCAAGAAATAATTTGTCTACTTTCTTTTAGAAACAT
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TGAAAATCGTACACTTTT

QA 2 859 2 859
DS 



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AAAAAATAAAGAACAAGAAGATGGCAGCATCGTCCAGCTCTTCCAAGTCTTCTTTGGCCA
TGCTCATGAAGATGGCCGTGCTGGTGGCGCTGGTCTTGACATCGACGGTGGTGGACGGCA
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GGACAAGACGAACCCGAGTGCCGAGTGTTGCAACGCTCTTGAAGCAGTGCCGAGCGAATG
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TTCATGCAGCTAATGTTATGGACGTGGTTATATTTATGAGAGGCATGGGGAGAGATCATG
GAGATAAGATATTTTAAGAATAAAACTCTGAGTTTGAGCTGTAGTTTCTTTTTTCTTTTC
TGTTAGTCGCTGTAAAACCAATGGGTTTGGAATAAAAAGATGAATAATATTAAATCATAA
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BQ
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QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

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BQ
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QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3EY91JQ C 1
AF RR3EY91TF U 1
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GCAACAATGGTGGGTTTTCAAGAAGAGCATTTTCGTTAGGGAAGAAGAAAAATGAGTCTC
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QA 1 505 1 505
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AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3CW32TF U 1
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DS 

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AAAGAAGGCAGATATTCGCATTCAGTTTAAGGATGTTCCTGGCGACATATTCAAATGTCA
AAAGCAAGGGAGGAACGAGTTTGTTATACGCTTGCAACCTTCAGAGGCCATGTACATGAA
GCTAACTGTGAAGCAACCGGGTCTTGAGATGCAAACCGTGCAAAGTGAACTAGACCTATC
GTACAAGCAACGTTACCAAGATGTCTCGATCCCAGAGGCTTACGAGCGCCTAATTCTTGA
CACAATTAAAGGTGACCAACAACACTTTGTTCGTAGAGACGAGCTGAAGGCAGCTTGGGA
GATCTTCACTCCGCTGCTTCACAGGATAGGAAGGGGAGAAGTGAAATCGATCCCATACAA
ACAAGGAAGCCGAGGCCCAGCAGAAGCAGATCAGCTACTAGAGAAAGCTGGATACTTGCA
GACCCATGGCTACATTTGGATCCCACCTACGCTGTAATAAACCGTATGAAACAAGGAGAT
GATGATAATGGGTAACCACACAAAATAAAGAGCTTTTCTGTTTTTTTTTCTTGTTTTCTT
TCTGAATAAAATCTCTTCATTGAGAGCTTGTAAGTGAATCTTATGTATACTAGTGATCTT
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ACTATCAAATTAAGAGAGA

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3A411JQ C 1
AF RR3A411TF U 1
BS 1 645 RR3A411TF
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RD RR3A411JQ 646 0 0
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DS 

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AGATGATGGATGATCTGAAAGAGGAGTATCTGGTGCTGCTCGCTGAAACCATACCATTCT
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TACAAAACCTTTATAGATTCCCCAGTTTTTGAGTCTTTTGTCTGTTGGTAATGATCATGA
CTTGATAATCGACCTGTTTCTCTGAAGGAAATAACTTTTGAACCC

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

CO CL7966Contig1 1095 2 4 U
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TCTTATTGAAGATTGTTGTATGTTCGGTGCCACTCTTCCTGACCAGGAAACTGAGAGACC
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ATGGTTTATGTAGCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC84TF U 1
AF RR3DC84JQ C 439
BS 1 709 RR3DC84TF
BS 710 710 RR3DC84JQ
BS 711 732 RR3DC84TF
BS 733 1095 RR3DC84JQ

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CATGTCACGACGACGACTAATACCCACTGAAAGTAACATGTTACGACGACCAATACCCAT
TGAAAAGATGGTGCAAGAGTTCAAGAAGAATCACCCAAATTCTCACTTGCTCAAGATAGA
CAATTTCTCTTTACTCACAAAGTATGGGGTTGCTCGTGTCGAATCTTCTGATTTTGATAT
CTGTGGTCGCAAATGGAAAATCAATGTGGAGTATGACAAGAATGCAGAGCATGTCTCCGT
TTTCTTAGAGAATCAAGATCCAGTAGACGTTGAGCTCAAGTTTCAGGTCTATGTCGTAAG
TCAGTTAAAGCCAGAATGGTACCCCAAAAACAATGTAATAATGGAATTTGATGCATCACC
AAATCCGATTCTACAAGGAATAAAATTGATGTCACTGTGTGGTCTTAAGAGCGAAGGGTT
TCTTATTGAAGATTGTTGTATGTTCGGTGCCACTCTTCCTGACCAGGAAACTGAGAGACC
TGGAACAGCTGAATGTTATAGCCTAATTGAGAAGCCTCTCAATGGCAAAGTCACTTGGAT
GATGACCAAGTTCACCTCTTTCGACCCTGAACAGGCTCATCTCTCCAATCCATTTGTCGT
TGGAAACCGCAAATGGAGAATTGAAGTTCATCCAAGTGGTTATGAGGAA*CAGACGAATC
ATTCTCTGTGTA

QA 1 732 1 732
DS 

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TATGTTCGGTGCCACTCTTCCTGACCAGGAAACTGAGAGACCTGGAACAGCTGAATGTTA
TAGCCTAATTGAGAAGCCTCTCAATGGCAAAGTCACTTGGATGATGACCAAGTTCACCTC
TTTCGACCCTGAACAGGCTCATCTCTCCAATCCATTTGTCGTTGGAAACCGCAAATGGAG
AATTGAAGTTCATCCAAGTGGTTATGAGGAAACAGACGAATCATTCTCTGTGTATTTAGT
GGGAGAAGGGTTTATCAACAATGAACCAAAGGCGGAGACTTTCGTGAAATTTAAGCTGAG
AGTATTGGATCAAGTTAACCGCAATCATGTTGAGAAAACAGATTCGTGTTTGGTTCGAGA
AGAATATGATGCCGATAAGGGTTTTGATGAGTTCATGCCTCTGTCGAAACTTTGTGAACC
TTATTTGGTGAAGGATAAGCTTTACGTGGGAGTTGAGTTTGAAGTCATTTCTGTGACTAA
ATATGTATGAACATCCTCCTATATATGTGTGAAGGATCGAACACTAGAATAAAATAAGAA
ATATAATGTTATGTTATGTAATAAATCAAAATGCTGGAGAATATGGTTTATGTAGCG

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

CO CL7967Contig1 661 2 2 U
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CATTGGGACACTTCATTTATGGTTTAACTACAGTCCATAACGAGATGTGACTGTAGCCTG
AACCGCTTTTGAACGAGGTCATTGACAGACATGTCCTAGTAGATAAGACTCAGGATATCT
AGATAGCCTTTTTGAAACGATTGGTACTGTTTTTGGATAATAATAATAAAAAATGATGTT
GAACTCTTTTATTATCTTGTTCTTAGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGATC
TGTCCTGAAAAGAAGGCTTGAAGCATCTTTTCTTGAGGTGGAAAGACAGGTGAGTTGAAT
TGACCTATAGATCACGTTTTTCGATTAGAAAGCTCGACATTTTTAATGAAACCGTAAGAG
TTTATGGTCCCTTGTGTTTTTGTTTTTTAACAGAGAATGAAGTGCTTCCCGTGAATCCTT
GTGAAGACCTTTCTTAAGTAAAATAACTGTCCAACAAAGAAAAACCGACATGTATGTTTG
C


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR3DQ88TF U 1
AF RR3DQ88JQ C 1
BS 1 644 RR3DQ88TF
BS 645 661 RR3DQ88JQ

RD RR3DQ88TF 644 0 0
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GTTTTGCTTTTTTTTTACCTTCTCTTTTGCAGCCGACGGAGCGGATCACCATTTTGTCGA
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CATTGGGACACTTCATTTATGGTTTAACTACAGTCCATAACGAGATGTGACTGTAGCCTG
AACCGCTTTTGAACGAGGTCATTGACAGACATGTCCTAGTAGATAAGACTCAGGATATCT
AGATAGCCTTTTTGAAACGATTGGTACTGTTTTTGGATAATAATAATAAAAAATGATGTT
GAACTCTTTTATTATCTTGTTCTTAGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGATC
TGTCCTGAAAAGAAGGCTTGAAGCATCTTTTCTTGAGGTGGAAAGACAGGTGAGTTGAAT
TGACCTATAGATCACGTTTTTCGATTAGAAAGCTCGACATTTTTAATGAAACCGTAAGAG
TTTATGGTCCCTTGTGTTTTTGTTTTTTAACAGAGAATGAAGTGCTTCCCGTGAATCCTT
GTGAAGACCTTTCTTAAGTAAAATAACTGTCCAACAAAGAAAAA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3DQ88JQ 661 0 0
GGTCTACTACTAGTAGCCTCACCGGTTTTGTTATTTGTTGGTCTCTGGCCTAGTAAACTA
GTTTTGCTTTTTTTTTACCTTCTCTTTTGCAGCCGACGGAGCGGATCACCATTTTGTCGA
CATACTATTACGGTAAATGCAAATCAAAATCCAATCAGTTTCTTAGACGTTTGATGTTGA
CATTGGGACACTTCATTTATGGTTTAACTACAGTCCATAACGAGATGTGACTGTAGCCTG
AACCGCTTTTGAACGAGGTCATTGACAGACATGTCCTAGTAGATAAGACTCAGGATATCT
AGATAGCCTTTTTGAAACGATTGGTACTGTTTTTGGATAATAATAATAAAAAATGATGTT
GAACTCTTTTATTATCTTGTTCTTAGACACTAAGATGGAGAGCTGTGAAGAGGAGAGATC
TGTCCTGAAAAGAAGGCTTGAAGCATCTTTTCTTGAGGTGGAAAGACAGGTGAGTTGAAT
TGACCTATAGATCACGTTTTTCGATTAGAAAGCTCGACATTTTTAATGAAACCGTAAGAG
TTTATGGTCCCTTGTGTTTTTGTTTTTTAACAGAGAATGAAGTGCTTCCCGTGAATCCTT
GTGAAGACCTTTCTTAAGTAAAATAACTGTCCAACAAAGAAAAACCGACATGTATGTTTG
C

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL7968Contig1 648 2 1 U
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CCTCCACAAGAGCGAGCCTTCATCTCCTTTTCCGGTCTCCAAAGAGACCCTTCGCTTCGT
TTCTATCAACTCTCTCATCTCCCGCCGCCGCGAGAAGCTCCAGTTCCAGATGTTTAAGCG
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TTGGTGCCGTGGACATTCGCGGCCGTGGGTTCAGTGCTAGATCCTCTCAGGTCAACGATG
CTGGGTCTGTTGATCAAACCCTTATGCAATCAATGGAGCTAAAGATCAAAGAACAGTTGA
ATGCAGAGTCGGATTCTGTCAAGGATATGTCTGGAGATGGACGCCATGTTTGCATAAATG
TGGTATCAGCGGCTTTTGAGGGACAGTCTGCAGTGAACAGACAGAGGATGGTCTACAAAG
CCATTTGGGAGGAGCTTCAGAACGTTGTGCATGCGGTTGATCAAATGACAACAAAGACCC
CTTCTGAAGTTTGAAACTTTTTTTCTTTCTGAACACTACAAGAATGAATATCTATTATTT
ATTTGAAGGACAAAGCTATTTATCAAATAAAATTTGAAGCTTTTTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C392JQ C 1
AF RR3C392TF U 1
BS 1 648 RR3C392TF

RD RR3C392JQ 648 0 0
GGGAGCTCTTCCCCGAAAGCTCAGCAATGGCAGCGACAACTCGTCCATACGTTCTCCTCT
CCTCCACAAGAGCGAGCCTTCATCTCCTTTTCCGGTCTCCAAAGAGACCCTTCGCTTCGT
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GAGAGACTCCTCCTCCGCCACCGTCCATTTTCGGCAGAGGAGTTTCTAGGGTTTCTGGGT
TTGGTGCCGTGGACATTCGCGGCCGTGGGTTCAGTGCTAGATCCTCTCAGGTCAACGATG
CTGGGTCTGTTGATCAAACCCTTATGCAATCAATGGAGCTAAAGATCAAAGAACAGTTGA
ATGCAGAGTCGGTTTCTGTCAAGGATATGTCTGGAGATGGACGCCATGTTTGCATAAATG
TGGTATCAGCGGCTTTTGAGGGACAGTCTGCAGTGAACAGACAGAGGATGGTCTACAAAG
CCATTTGGGAGGAGCTTCAGAACGTTGTGCATGCGGTTGATCAAATGACAACAAAGACCC
CTTCTGAAGTTTGAAACTTTTTTTCTTTCTGAACACTACAAGAATGAATATCTATTATTT
ATTTGAAGGACAAAGCTATTTATCAAATAAAATTTGAAGCTTTTTTCC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3C392TF 648 0 0
GGGAGCTCTTCCCCGAAAGCTCAGCAATGGCAGCGACAACTCGTCCATACGTTCTCCTCT
CCTCCACAAGAGCGAGCCTTCATCTCCTTTTCCGGTCTCCAAAGAGACCCTTCGCTTCGT
TTCTATCAACTCTCTCATCTCCCGCCGCCGCGAGAAGCTCCAGTTCCAGATGTTTAAGCG
GAGAGACTCCTCCTCCGCCACCGTCCATTTTCGGCAGAGGAGTTTCTAGGGTTTCTGGGT
TTGGTGCCGTGGACATTCGCGGCCGTGGGTTCAGTGCTAGATCCTCTCAGGTCAACGATG
CTGGGTCTGTTGATCAAACCCTTATGCAATCAATGGAGCTAAAGATCAAAGAACAGTTGA
ATGCAGAGTCGGATTCTGTCAAGGATATGTCTGGAGATGGACGCCATGTTTGCATAAATG
TGGTATCAGCGGCTTTTGAGGGACAGTCTGCAGTGAACAGACAGAGGATGGTCTACAAAG
CCATTTGGGAGGAGCTTCAGAACGTTGTGCATGCGGTTGATCAAATGACAACAAAGACCC
CTTCTGAAGTTTGAAACTTTTTTTCTTTCTGAACACTACAAGAATGAATATCTATTATTT
ATTTGAAGGACAAAGCTATTTATCAAATAAAATTTGAAGCTTTTTTCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL7969Contig1 803 2 2 U
GACTAGAGCCGATGGAGACGGTTTATCTATATACGGTTCGTCTAACATTTGGATTGACCA
TGTCTCCATGTCGCAATGTCAAGATGGACTCATTGATGCCATTGTTGGATCCACTGCCAT
TACAATCTCAACTCTCACTTCACTCACCACAACGATGTGATGTTGCTTGGTGCTCAAAAC
ACTTATGATTTGGACAAGAAGATGCAAGTGACAGTAGCTTATAACCATTTCGGTAAAGGA
CTTGTGCAGAGGATGCCAAGGATCAGGTGGGGATTTGTTCATGTTGTGAACAATGACTAC
ACTCATTGGGAGCTTTACGCTATCGGAGGCAGTCAAAGTCCAACAATTCTCAGCCAAGGA
AACCGATTCATAGCTCCTCCACACATACCTCATTACAGAGAGGTGACAAAGAGAGACTAT
GCTCCCGAAGAAGAGTGGAAACACTGGAACTGGAGATTTGAAAAAGATATATTCATGAAT
GGAGCTTATTTCAGACAATCTGGAGATCCTAATTACGAAACTGATCACACAAGACGTAAC
ATGATTAAACCGAAAAATGGATACGCTGTTTCAAAGCTGACCAAATACGCTGGAGCACTT
GATTGCAGAGTCGGAAGACGCTGTTAGAACAATTTTTTTTAATTACTGTCTTAATTAAAG
ACGAACGTTTTTTTCATTTTTGCTTCTATCTAGTTCAGGAAATAATGAATTAAGGGGTGA
AAATGAAAAACGTTATAACTTGTATATGTATTTTTGTGTAATGTACAAAAGAAAAGATGT
AAAAAGAGTAAGCAAATATAGCG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H130TF U 1
AF RR3H130JQ C 2
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BS 430 803 RR3H130JQ

RD RR3H130TF 429 0 0
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GCTCCCGAA

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR3H130JQ 802 0 0
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GTCTCCATGTCGCAATGTCAAGATGGACTCATTGATGCCATTGTTGGATCCACTGCCATT
ACAATCTCAACTCTCACTTCACTCACCACAACGATGTGATGTTGCTTGGTGCTCAAAACA
CTTATGATTTGGACAAGAAGATGCAAGTGACAGTAGCTTATAACCATTTCGGTAAAGGAC
TTGTGCAGAGGATGCCAAGGATCAGGTGGGGATTTGTTCATGTTGTGAACAATGACTACA
CTCATTGGGAGCTTTACGCTATCGGAGGCAGTCAAAGTCCAACAATTTTCAGCCAAGGAA
ACCGATTCATAGCTCCTCCACACATACCTCATTACAGAGAGGTGACAAAGAGAGACTATG
CTCCCGAAGAAGAGTGGAAACACTGGAACTGGAGATTTGAAAAAGATATATTCATGAATG
GAGCTTATTTCAGACAATCTGGAGATCCTAATTACGAAACTGATCACACAAGACGTAACA
TGATTAAACCGAAAAATGGATACGCTGTTTCAAAGCTGACCAAATACGCTGGAGCACTTG
ATTGCAGAGTCGGAAGACGCTGTTAGAACAATTTTTTTTAATTACTGTCTTAATTAAAGA
CGAACGTTTTTTTCATTTTTGCTTCTATCTAGTTCAGGAAATAATGAATTAAGGGGTGAA
AATGAAAAACGTTATAACTTGTATATGTATTTTTGTGTAATGTACAAAAGAAAAGATGTA
AAAAGAGTAAGCAAATATAGCG

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

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TTTGGATATATATAGAAAGAAAGTTAGAATGTGAAACAGAGCAAAGACTCTGTCATGTCC
AAAAAAACAAGGTCAAAGGATTTAATTTTGTTTCTAAAAGAAAATAAAAAAAAGTAAAGC
AGCAGTTGTTTTGGAATTCTAGAAGAGGCCTTTTTGAGGTGCATGAAGAGGAGCGAGATG
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ATCCATCCAACAAAAGGAATCTGGGAAAGGAACATCTTTACCGTCGACCAAAATCCACCG
AATAGGACGATGCAACCATACAGCTCAAGGATAATGCCGATTATTGGCCAACGTACAAAT
ATAAGAAAGAGTCCTAGCACGAAACACACTGTGCCCTTCAAGTTGTTAACGTTGGTAAAT
AGTCTCCAAGTTGACTGCCAACCAAGTAAAAGGCCAACACCTATCAACCAAAACAAGTTT
CCAAGAGCGAGCAAACCTCTGTCAAAGTATAAGATGACACCAAGAAACGAAAAGGATAAA
CCAAAACCAATGAGGCCTAACCCAACTTGCTTTTGCTCAGTTAGTTCATACGCCATCTTG
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TTTGACAACTTCCGACGACCC


BQ
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AF RR3G895TF C 1
AF RR3G895JQ U 4
BS 1 3 RR3G895TF
BS 4 681 RR3G895JQ

RD RR3G895TF 647 0 0
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AAAAAAACAAGGTCAAAGGATTTAATTTTGTTTCTAAAAGAAAATAAAAAAAAGTAAAGC
AGCAGTTGTTTTGGAATTCTAGAAGAGGCCTTTTTGAGGTGCATGAAGAGGAGCGAGATG
GATCTTTTTCAACGAGAACCTCGTACAAGTTGCTCACAAACCATGAGAGGATACTGTATC
ATCCATCCAACAAAAGGAATCTGGGAAAGGAACATCTTTACCGTCGACCAAAATCCACCG
AATAGGACGATGCAACCATACAGCTCAAGGATAATGCCGATTATTGGCCAACGTACAAAT
ATAAGAAAGAGTCCTAGCACGAAACACACTGTGCCCTTCAAGTTGTTAACGTTGGTAAAT
AGTCTCCAAGTTGACTGCCAACCAAGTAAAAGGCCAACACCTATCAACCAAAACAAGTTT
CCAAGAGCGAGCAAACCTCTGTCAAAGTATAAGATGACACCAAGAAACGAAAAGGATAAA
CCAAAACCAATGAGGCCTAACCCAACTTGCTTTTGCTCAGTTAGTTCATACGCCATCTTG
GTAACTCCACTCTGAGATCAAAGTGAGTGGGCGAATGCAAAGAGAAG

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3G895JQ 678 0 0
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AAAACAAGGTCAAAGGATTTAATTTTGTTTCTAAAAGAAAATAAAAAAAAGTAAAGCAGC
AGTTGTTTTGGAATTCTAGAAGAGGCCTTTTTGAGGTGCATGAAGAGGAGCGAGATGGAT
CTTTTTCAACGAGAACCTCGTACAAGTTGCTCACAAACCATGAGAGGATACTGTATCATC
CATCCAACAAAAGGAATCTGGGAAAGGAACATCTTTACCGTCGACCAAAATCCACCGAAT
AGGACGATGCAACCATACAGCTCAAGGATAATGCCGATTATTGGCCAACGTACAAATATA
AGAAAGAGTCCTAGCACGAAACACACTGTGCCCTTCAAGTTGTTAACGTTGGTAAATAGT
CTCCAAGTTGACTGCCAACCAAGTAAAAGGCCAACACCTATCAACCAAAACAAGTTTCCA
AGAGCGAGCAAACCTCTGTCAAAGTATAAGATGACACCAAGAAACGAAAAGGATAAACCA
AAACCAATGAGGCCTAACCCAACTTGCTTTTGCTCAGTTAGTTCATACGCCATCTTGGTA
ACTCCACTCTGAGATCAAAGTGAGTGGGCGAATGCAAAGAGAAGAGAGACGATTCTTTTT
GACAACTTCCGACGACCC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL7971Contig1 833 2 4 U
GTGACGAAAACGGAATCTCCACCGGAGGGCTATTTGGAACAGCTGTTGCTACTATGGGAA
TGCTGAGCACTGCGGCTTATGTTCTTACCATGGACATGTTTGGCCCCATAGCTGATAACG
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TTGATGCTGTTGGGAACACAACAAAAGCAACAACAAAAGGGTTTGCCATTGGATCTGCTG
CTCTGGCATCGTTCCTTCTTTTTAGTGCGTATATGGACGAGGTGTCAGCGTTTGCTAGTG
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CCATGCTTATATTCCTCTTTAGTGCTTGGGCATGCGCAGCAGTTGGCCGAACTGCACAAG
AGGTTGTTAACGAAGTAAGAAGACAGTTTATTGAGAGGCCTGGCATAATGGAGTACAAGG
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TAAAGCCAGGAGCTTTGGCTATAGCATCACCCATTGTTGTTGGTTTGGTGTTCCGGATCT
TGGGATACTACACGGGACAACCTCTGCTTGGAGCTAAAGTTGTAGCGTCTATGCTCATGT
CTGCAACAGTATGTGGTATCTTAATGGCACTTTTCCCAAACACAGCGGGTGGTGCTTGGG
ACAATGCAAAGAAATACATAGAGACTGGTGCACTCGGTGGTAAAGGAAGTGAAGCTCACA
AAGCAGCGGTGACTGGTGACACTGTGGGAGATCCGTTCAAGGACACGGCTGGT


BQ
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GA30TF U 1
AF RR3E195TF U 259
BS 1 660 RR3GA30TF
BS 661 661 RR3E195TF
BS 662 694 RR3GA30TF
BS 695 833 RR3E195TF

RD RR3GA30TF 694 0 0
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TGCTGAGCACTGCGGCTTATGTTCTTACCATGGACATGTTTGGCCCCATAGCTGATAACG
CTGGTGGGATCGTCGAGATGAGCCAGCAGCCAGAGAGTGTCCGTGAGATCACTGATCTTC
TTGATGCTGTTGGGAACACAACAAAAGCAACAACAAAAGGGTTTGCCATTGGATCTGCTG
CTCTGGCATCGTTCCTTCTTTTTAGTGCGTATATGGACGAGGTGTCAGCGTTTGCTAGTG
TGTCTTTCAAAGAGGTTGATATTGCTATCCCAGAAGTCTTCGTAGGTGGACTACTGGGTT
CCATGCTTATATTCCTCTTTAGTGCTTGGGCATGCGCAGCAGTTGGCCGAACTGCACAAG
AGGTTGTTAACGAAGTAAGAAGACAGTTTATTGAGAGGCCTGGCATAATGGAGTACAAGG
AGAAGCCAGATTATAGCCGCTGTGTAGCCATAGTCGCATCTGCAGCTTTGAGGGAAATGA
TAAAGCCAGGAGCTTTGGCTATAGCATCACCCATTGTTGTTGGTTTGGTGTTCCGGATCT
TGGGATACTACACGGGACAACCTCTGCTTGGAGCTAAAGTTGTAGCGTCTATGCTCATGT
TTGCAACAGTATGTGGTATCTTAATGGCACTTTT

QA 1 694 1 694
DS 

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ATATTGCTATCCCAGAAGTCTTCGTAGGTGGACTACTGGGTTCCATGCTTATATTCCTCT
TTAGTGCTTGGGCATGCGCAGCAGTTGGTCGAACTGCACAAGAGGTTGTTGACGAAGTAA
GAAGACAGTTTATTGAGAGGCCTGGCATAATGGAGTACAAGGAGAAGCCAGATTATAGCC
GCTGTGTAGCCATAGTCGCATCTGCAGCTTTGAGGGAAATGATAAAGCCAGGAGCTTTGG
CTATAGCATCACCCATTGTTGTTGGTTTGGTGTTCCGGATCTTGGGATACTACACGGGAC
AACCTCTGCTTGGAGCTAAAGTTGTAGCGTCTATGCTCATGTCTGCAACAGTATGTGGTA
TCTTAATGGCACTTTTCCCAAACACAGCGGGTGGTGCTTGGGACAATGCAAAGAAATACA
TAGAGACTGGTGCACTCGGTGGTAAAGGAAGTGAAGCTCACAAAGCAGCGGTGACTGGTG
ACACTGTGGGAGATCCGTTCAAGGACACGGCTGGT

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

CO CL7972Contig1 821 2 2 U
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TGCTCGTGGACTGGACGTTAAGGACATTAGGGCGGTCATAAACTATGATTTCCCCAATGG
AGTGGAAGACTATGTTCATAGAATCGGAAGAACAGGAAGAGCTGGAGCGACTGGTCAGGC
ATTCACATTCTTTGGCGATCAAGACTCGAAGCATGCTTCGGATCTGATCAAGATCTTGGA
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TAACAAATTCAGCCGTTGGGGTCCTCCTGGAGGTCGTGGTGGTCGTGGCAGTGGCTCTGG
TTATGGTGGCAGAGTTAGCTTCGGTTCACGTGACAGTGGAATGGGAAGCAGAAGCAGTAA
TGGATGGGCAAGAGATCGTGATAGGAGTCGTAGCCCGGAGAGATTCAACAGAGTTCCACC
ACCGTCTTCCAATGGATCTCCTCCTCGCAGCTTCCACTAGGCCATGTTGAAACACACAGA
TAAAGAGCAAACAAACTCGAGCCTACTGCCCAAATGAAGGTGTTATTGGGAGAATATTTC
TTACATCAAATGACACAACATTATATTATTTTTTTTGGCCGATGATGTTAAACTAGAATT
GTCTGTTTTCTTAGGTATTTCCTTATGTGTTATACTCCGACTTCCGCAGATTTGATACTC
AGAAATTGTTGTTTAGATATGGGATACTTATTTTAGCTTTT


BQ
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AF RR3B680TF U 1
AF RR3B680JQ C 49
BS 1 730 RR3B680TF
BS 731 821 RR3B680JQ

RD RR3B680TF 730 0 0
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CAATGTTCTGAATCAATTCCGCAGTGGCAGGACTCCGGTTCTTGTTGCAACTGATGTTGC
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ATTCACATTCTTTGGCGATCAAGACTCGAAGCATGCTTCGGATCTGATCAAGATCTTGGA
AGGAGCAGATCAGAGAGTTCCTCCTCAGATCCGCGAAATGGCTGCACGTGGTGGTGGGAT
TAACAAATTCAGCCGTTGGGGTCCTCCTGGAGGTCGTGGTGGTCGTGGCAGTGGCTCTGG
TTATGGTGGCAGAGTTAGCTTCGGTTCACGTGACAGTGGAATGGGAAGCAGAAGCAGTAA
TGGATGGGCAAGAGATCGTGATAGGAGTCGTAGCCCGGAGAGATTCAACAGAGTTCCACC
ACCGTCTTCCAATGGATCTCCTCCTCGCAGCTTCCACTAGGCCATGTTGAAACACACAGA
TAAAGAGCAAACAAACTCGAGCCTACTGCCCAAATGAAGGTGTTATTGGGAGAATATTTC
TTACATCAAATGACACAACATTATATTATTTTTTTTGGCCGATGATGTTAAACTAGAATT
GTCTGTTTTC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3B680JQ 773 0 0
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AACTGATGTTGCTGCTCGTGGACTGGACGTTAAGGACATTAGGGCGGTCATAAACTATGA
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GACTGGTCAGGCATTCACATTCTTTGGCGATCAAGACTCGAAGCATGCTTCGGATCTGAT
CAAGATCTTGGAAGGAGCAGATCAGAGAGTTCCTCCTCAGATCCGCGAAATGGCTGCACG
TGGTGGTGGGATTAACAAATTCAGCCGTTGGGGTCCTCCTGGAGGTCGTGGTGGTCGTGG
CAGTGGCTCTGGTTATGGTGGCAGAGTTAGCTTCGGTTCACGTGACAGTGGAATGGGAAG
CAGAAGCAGTAATGGATGGGCAAGAGATCGTGATAGGAGTCGTAGCCCGGAGAGATTCAA
CAGAGTTCCACCACCGTCTTCCAATGGATCTCCTCCTCGCAGCTTCCACTAGGCCATGTT
GAAACACACAGATAAAGAGCAAACAAACTCGAGCCTACTGCCCAAATGAAGGTGTTATTG
GGAGAATATTTCTTACATCAAATGACACAACATTATATTATTTTTTTTGGCCGATGATGT
TAAACTAGAATTGTCTGTTTTCTTAGGTATTTCCTTATGTGTTATACTCCGACTTCCGCA
GATTTGATACTCAGAAATTGTTGTTTAGATATGGGATACTTATTTTAGCTTTT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL7973Contig1 1023 2 2 U
GGGAGATATTTTCCAGTGACGAAGAAGAAACCATGGCGGGAATCGATACGCAGAAGCAGC
TTCTCTCTCTGATCCGCGACTTCACCTCCGAAAGATCTCGTGGAGAGCAAAGAGTGGCTG
GATTGAAGAAGCGGATCGAGTCTCTACAATTGGAAGTTGAAGCAGCCAACGAAGAAGTTG
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CGTCTTTGAACGATGCTACGATTCAATCTCTAGAGGCAAGGATTGCTCTTCTTCAGGATG
AAGTTTCAACTGTTGGCAATGAAGTGGATACTCTCAAGAACAAGGAAGGATTACTTAGAG
ATCAATTTATAAGCCAAATGGTTGAGCTGAACAAGGAAATAAGGGTGTTCCAGAGAACTG
TAGCCTCGAGTGTGGGGAATGATGATAGTACTAGCATAAGAACAAATGTCACAGTTTTTG
AGGATGGTCATGGAGCTGATCCACAAGCTATCAAGGATATGATATCTGATGTAAATTCTC
AGTTAGCACAAGAGGAGGAAGGATACCTAGCAGAGCTGAACATAAAAGAAAAGCTGCAGA
AAGAGTTGGATGAATATGAGAAGAAGATGTCACTCATGGAGGCTATAACAGAGAAAACAA
ATTCAGTGCAAAATCTCGCTAGGCAGAGTTCTGAGCTGGAACAGACATTGGCTTCACTGG
GTGAGGAGCTGCAGAAGAGGTGCCGATGCCAACATTGCCAGGCAGAAAATTTGGAAGTCT
TGAGCTTACTTCTCCAAGGAGACCAAGATATGGTGGTGTCTTAGTTAAAAAGAAGCTTAC
CTATGAGTTGCTTGAGGGATGATTGATTTACTCCGGTTCCAAAATAGTAAGACGTCTACT
TTCATATCTGAGGATATAAGTAACCAATTACTATAGAAATTTTACTAAATGCGTAATGAT
GAAGCAAACACTAGTCCTCTAGTGTCTTCAACACTTATTACGTTTTTTCTATTTTTATCT
CTT


BQ
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10 10 10 

AF RR3FZ60TF U 1
AF RR3FZ60JQ C 498
BS 1 722 RR3FZ60TF
BS 723 1023 RR3FZ60JQ

RD RR3FZ60TF 722 0 0
GGGAGATATTTTCCAGTGACGAAGAAGAAACCATGGCGGGAATCGATACGCAGAAGCAGC
TTCTCTCTCTGATCCGCGACTTCACCTCCGAAAGATCTCGTGGAGAGCAAAGAGTGGCTG
GATTGAAGAAGCGGATCGAGTCTCTACAATTGGAAGTTGAAGCAGCCAACGAAGAAGTTG
AACATGCGAAACGTATCAAAGAAGTGGCGGAAGAGGAGCTCAACGGCTATGAAGTTGAAT
CGTCTTTGAACGATGCTACGATTCAATCTCTAGAGGCAAGGATTGCTCTTCTTCAGGATG
AAGTTTCAACTGTTGGCAATGAAGTGGATACTCTCAAGAACAAGGAAGGATTACTTAGAG
ATCAATTTATAAGCCAAATGGTTGAGCTGAACAAGGAAATAAGGGTGTTCCAGAGAACTG
TAGCCTCGAGTGTGGGGAATGATGATAGTACTAGCATAAGAACAAATGTCACAGTTTTTG
AGGATGGTCATGGAGCTGATCCACAAGCTATCAAGGATATGATATCTGATGTAAATTCTC
AGTTAGCACAAGAGGAGGAAGGATACCTAGCAGAGCTGAACATAAAAGAAAAGCTGCAGA
AAGAGTTGGATGAATATGAGAAGAAGATGTCACTCATGGAGGCTATAACAGAGAAAACAA
ATTCAGTGCAAAATCTCGCTAGGCAGAGTTCTGAGCTGGAACAGACATTGGCTTCACTGG
GT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3FZ60JQ 526 0 0
GATCCACAAGCTATCAAGGATATGATATCTGATGTAAATTCTCAGTTAGCACAAGAGGAG
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GAGAAGAAGATGTCACTCATGGAGGCTATAACAGAGAAAACAAATTCAGTGCAAAATCTC
GCTAGGCAGAGTTCTGAGCTGGAACAGACATTGGCTTCACTGGGTGAGGAGCTGCAGAAG
AGGTGCCGATGCCAACATTGCCAGGCAGAAAATTTGGAAGTCTTGAGCTTACTTCTCCAA
GGAGACCAAGATATGGTGGTGTCTTAGTTAAAAAGAAGCTTACCTATGAGTTGCTTGAGG
GATGATTGATTTACTCCGGTTCCAAAATAGTAAGACGTCTACTTTCATATCTGAGGATAT
AAGTAACCAATTACTATAGAAATTTTACTAAATGCGTAATGATGAAGCAAACACTAGTCC
TCTAGTGTCTTCAACACTTATTACGTTTTTTCTATTTTTATCTCTT

QA 1 526 1 526
DS 



AS 1 2

CO CL7974Contig1 862 2 8 U
GGACAGCTTGAGGATGTAGATTATGTCTCTGTTGAATTCGAAGGCAAGAAGCTTGGCTGG
CAAGACATTGCTACTTACAAGCCTCCTGAAGATGCTTTATTCGCACACCCGAGGCTGTTC
AGAGCTTGTGTTCCACCTGGAATGCACCGTTTCAGAGGGAACATTTGGGATTTCGACAGC
AAACCTAAAGTCATGCAGGCTTTGGGCTACCCTTTACCGATGAACGATAGAATCCAAGAG
ATAACAGAAGCGAGAAACATCGAGCTTGGACTCGGTTTACAGCTCTGCTTCTTGCATCCT
TCAAAGCACAAGTTCGAACACCCTCGGTTCTGTTTCGAGCGGTTAGAATACGTAGGCCAA
AAGATACAGGACATAGCAATGGCGGAGCGTTTGTTGATGAAGCACCTTGACGCACCAGGC
AAATGGCTGCAAGAGAAACATAGGCGTCTGTTGATGAACAAGTTCTGCGGTAGGTATCTG
AGGGAGAAACGTCTTCACAACTTTATCATCTACTCGGAGGAGGTTCATGATCGGTATGAA
CACAACAGGAGACTTAGGAATCCCGCGACGACAGCTGTTCAACAAGCTATTCACGGACTA
GCGTACACCATCTATGGAAAGCCTGATCTTAGGAGGCTCATGTTTGAGGTTTTCGACTTC
GAGCAGATCCAACCTAAAGCTATCGTCTGAAAAAGCCTTTCTCACTGTGTTGTCTTTTAC
TGTGTTTTTGTATTCATTATTGTTAGTTTGCTTCTGGATTTGATTTCTTTTAGTTTAATT
CTTCAAACGTCAGATGATACCAAAGTTTTCAGACTCCAAAAACATAAACACCTGACTGCA
TTAAGTATACATTTGAATCGTT


BQ
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AF RR3GZ79TF U 1
AF RR3GZ79JQ C 93
BS 1 648 RR3GZ79TF
BS 649 649 RR3GZ79JQ
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BS 730 750 RR3GZ79TF
BS 751 862 RR3GZ79JQ

RD RR3GZ79TF 750 0 0
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AAACCTAAAGTCATGCAGGCTTTGGGCTACCCTTTACCGATGAACGATAGAATCCAAGAG
ATAACAGAAGCGAGAAACATCGAGCTTGGACTCGGTTTACAGCTCTGCTTCTTGCATCCT
TCAAAGCACAAGTTCGAACACCCTCGGTTCTGTTTCGAGCGGTTAGAATACGTAGGCCAA
AAGATACAGGACATAGCAATGGCGGAGCGTTTGTTGATGAAGCACCTTGACGCACCAGGC
AAATGGCTGCAAGAGAAACATAGGCGTCTGTTGATGAACAAGTTCTGCGGTAGGTATCTG
AGGGAGAAACGTCTTCACAACTTTATCATCTACTCGGAGGAGGTTCATGATCGGTATGAA
CACAACAGGAGACTTAGGAATCCCGCGACGACAGCTGTTCAACAAGCTATTCACGGACTA
GCGTACACCATCTATGGAAAGCCTGATCTTAGGAGGCTCATGTTTGAG*TTTTCGACTTC
GAGCAGATCCAACCTAAAGCTATCGTCTGAAAA*GCCTTTCTCACTGTGTTGTCTTTTAC
TGTGTTTT*GTATTCATTATTGTTAGTTTG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3GZ79JQ 770 0 0
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TTTACCGATGAACGATAGAATCCAAGAGATAACAGAAGCGAGAAACATCGAGCTTGGACT
CGGTTTACAGCTCTGCTTCTTGCATCCTTCAAAGCACAAGTTCGAACACCCTCGGTTCTG
TTTCGAGCGGTTAGAATACGTAGGCCAAAAGATACAGGACATAGCAATGGCGGAGCGTTT
GTTGATGAAGCACCTTGACGCACCAGGCAAATGGCTGCAAGAGAAACATAGGCGTCTGTT
GATGAACAAGTTCTGCGGTAGGTATCTGAGGGAGAAACGTCTTCACAACTTTATCATCTA
CTCGGAGGAGGTTCATGATCGGTATGAACACAACAGGAGACTTAGGAATCCCGCGACGAC
AGCTGTTCAACAAGCTATTCACGGACTAGCGTACACCATCTATGGAAAGCCTGATCTTAG
GAGGCTCATGTTTGAGGTTTTCGACTTCGAGCAGATCCAACCTAAAGCTATCGTCTGAAA
AAGCCTTTCTCACTGTGTTGTCTTTTACTGTGTTTTTGTATTCATTATTGTTAGTTTGCT
TCTGGATTTGATTTCTTTTAGTTTAATTCTTCAAACGTCAGATGATACCAAAGTTTTCAG
ACTCCAAAAACATAAACACCTGACTGCATTAAGTATACATTTGAATCGTT

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL7975Contig1 657 2 2 U
TTTTTTTTTCAATAACAAAACTTCTGCTATATAATAAAACCATGTTCTTGATTGAAGGCG
AAAGTCTTAAGTTGCTACAAAAGATATGAAGGAAAGAACCGAACAGACAAAAACACTGGG
GGAAAGAAAGTAGAAAAACTAATAGCCTCCTTTGAGATCGTTGACGACATCGTAAGGGAT
AGGAGTGACAGTCTCCAAGGTCATACCCTCAACCATGAATCCTGGTTTGGGGCCTTTAGG
TTGCCTCTTGGTGCTTATCGTCTCACCCTTGGCTTTGGCTGCAGCCTTGAGCTCATCGTT
CTTCTTCTTCCTCAGCTTGAACTCCTCTGCGCACCTTGACTGCTGCACGTGCTCCACACG
TACATGAAGCCTCTTCCTTATGATCCTGTTGCCAATCTGTTTATTGACTTCGACACCGAC
AGCACGTTTGGTGACGTTCCAGACACGACCGGTACGACCATGGTAGAACTTGTGAGGCAT
ACCCTTGTGGATCGCACCGTTCACCTTAACATCGACGTAGTCACCGACTTTGAAGGTCCT
GAGGTAGGTAGACAATGGAATTGTACCCTTCTTCCTGAACCCTCTCGCGAACAGATCTCT
TGTTCTAGCACGAACTCCATGTCCTGCCGGCATTTTTTCTCCTGCTACAAGTAAAAA


BQ
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AF RR3GW15TF C 1
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TACATGAAGCCTCTTCCTTATGATCCTGTTGCCAATCTGTTTATTGACTTCGACACCGAC
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AGCTTGAACTCCTCTGCGCACCTTGACTGCTGCACGTGCTCCACACGTACATGAAGCCTC
TTCCTTATGATCCTGTTGCCAATCTGTTTATTGACTTCGACACCGACAGCACGTTTGGTG
ACGTTCCAGACACGACCGGTACGACCATGGTAGAACTTGTGAGGCATACCCTTGTGGATC
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AATGGAATTGTACCCTTCTTCCTGAACCCTCTCGCGAACAGATCTCTTGTTCTAGCACGA
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QA 1 644 1 644
DS 



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GAAGATGGAAAACAACAAGAACAATGGCGGTAACAAAACGCAACATTGCCGCCAACTCAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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DS 

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GCTTTGATATATGGAATAAAATTGGTATTTTTGGCC

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DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GAACACGTACTAACATCAGTTTCTTATAGTTCATTTATATGTG


BQ
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AF RR3B982TF U 1
AF RR3B982JQ C 135
BS 1 784 RR3B982TF
BS 785 943 RR3B982JQ

RD RR3B982TF 784 0 0
GGAGGGTTTCTGCATATGTTTCGTCTCCGACAACAATCGATGTCGACGCAGAACCAGAGT
TCCTCTTTTGGCGCAGCCGATCTTTCACCTTCTTCCTGTCGGTTGCGAGATGAGACCAGT
AATCGAAATTCTGACATAAAGCCCTCCATCAATCGAGCACCTGGGACTGCAAGTCGGTGA
ACGTTTCACTACTATGAACGGCCGCTCTTCCTCCACCGCTTAAGTTCGTCGCGCGAGCAG
ACGACTGAGCTTTTTCCTGATCAGAGTCCACAATGATTTAAGGACTACAACTATTTGTCT
CAGTGCTTTTGATGTTCGGGCCAGCCAACTTCACCAGAACTTATCTAGGGTCGCCTGTAT
ATTCTATGATGATTCAAGATTATATTTTTTTGGAACTTGCAAATAAAGAGATGTTGACTT
GACCAACCGCTGGTTTGGGCAAGTCTGGAGCTAGCTGCTCCACAAGTACTACTAAATATA
GTGGTGTAAAGAAAATTGAGTCTGTTGCGGTGTCCGGGCTAAATGCATACGCTCTCAATG
CTTCTAGCAGTGTATATTGTAATGCATGTTGACAGGGTGGAAATAACCACCCCAGTGGTG
ATGCTATGCCTGGCGCTATATGTGTGTCCTGCATCTGCTCAAATGGGTCAGAAGTTAACA
GAAATTGACATAGCTATCGGCAGTGGTGAAGTCCCGGTGAACCCAACGCCTCTACTGAGT
GAAACCACAACAGCTGCTCAAACAACTCTGACGAAAGCTTAGCTGCATAAGTTACCCATG
TGAA

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3B982JQ 809 0 0
CATAAAGCCCTCCATCAATCGAGCACCTGGGACTGCAAGTCGGTGAACGTTTCACTACTA
TGAACGGCCGCTCTTCCTCCACCGCTTAAGTTCGTCGCGCGAGCAGACGACTGAGCTTTT
TCCTGATCAGAGTCCACAATGATTTAAGGACTACAACTATTTGTCTCAGTGCTTTTGATG
TTCGGGCCAGCCAACTTCACCAGAACTTATCTAGGGTCGCCTGTATATTCTATGATGATT
CAAGATTATATTTTTTTGGAACTTGCAAATAAAGAGATGTTGACTTGACCAACCGCTGGT
TTGGGCAAGTCTGGAGCTAGCTGCTCCACAAGTACTACTAAATATAGTGGTGTAAAGAAA
ATTGAGTCTGTTGCGGTGTCCGGGCTAAATGCATACGCTCTCAATGCTTCTAGCAGTGTA
TATTGTAATGCATGTTGACAGGGTGGAAATAACCACCCCAGTGGTGATGCTATGCCTGGC
GCTATATGTGTGTCCTGCATCTGCTCAAATGG*TCAGAAGTTAACAGAAATTGACATAGC
TATCGGCAGTGGTGAAGTCCCGGTGAACCCAACGCCTCTACTGAGTGAAACCACAACAGC
TGCTCAAACAACTCTGACGAAAGCTTAGCTGCATAAGTTACCCATGTGAATAGTTTCCTG
GAATTTCTGAAACTTCCTTTGCATTGTCTTTTTCTAAACATCGTTTGGTCTCGAGTTCAT
GTTTCCAACTTATTTATCGGTGAAAGCATATTTCAATATTGGACCCGAACACGTACTAAC
ATCAGTTTCTTATAGTTCATTTATATGTG

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 2

CO CL7979Contig1 1122 2 4 U
GAAATGGTAGACACGCGAGACTCAAAATCTCGTGCTAAAAAGCGTGGAGGTTCGAGTCCT
CTTCAAGGCATAATATTGAAATGGAATAAGTTCGGCAGCGGATCGCGAAATCTTTGCGAT
CTTCTCTATCTAATGAATGGGGAGGGGGAGTCCGCTTTGAAATCGTCCGCCCTGCGCCCC
GCAGTATATGATTCAACAGGAATCGCACAAGGGTAGATTGATACAATCTAAACCTCTGGT
AAAATGCCCCCGTAACCCAGCAGATAAAGTACATAGTCCGTTTTAGGGATTGGTGACTTA
CCCATTCAGTGACTTTGGCACTGGATGGACGTTACCAAAATTGGTACTATCGGGTCGGGT
GAATTCAATAATAGACGCCTGGCGGCATTCCAGCCTTCCTTCTCCTTTCAGGACCTATCC
TAAACAGAATCCAGTACTTCTTGGTCGTGAATATCTGAATAGGGCAAACCACTCCGTGGA
TATCTTTACTTCGGAACAAAACAATTAGAATTAGGCTCGGTCAACTGGAATGTGTATTAT
CCATATAGGGGATCTTCCAATTGAGAAGATCTATCGACCTGAGACGAAGAGAAAGGTCTA
TCTATTTTATTTAGTTATTCAGTTGATTCGTTATTGGAACAGATAGCAACAACAATTTCA
TCCGACATGCGTATTTTTGATTTTCCAATGGATTTCCATCCTTCATTAATGGAAATTTTT
TTGATGTAGTGAGTAATAGCTCTGGTTGTTCGCTGTTCAAGAATTCTTGTTTAGGCAGTT
CGTACCATCCATACATAGTGTTTTGATCTAAGATTTCAATTCTTCCATGTTTCCGTCGTA
GCATATTGTTCCATGGAGCTAAGTGGAAGAAACAGGTGTTTCTACAACTCTACCACCCAG
TCAATTCCGTTCCACTTAATCCCTATTTCATGGACACATATCTTTCCGGCTAAGTAATGG
GAAACCTTTCTCCTGTTACATTACATGAATCCTATTTTCATTTCATCCGGAAAAAGCCAT
CTTTTTTTCAACAATGTCTTTGTCATTCGATCCACTAGCGTTCCGTTAGATAGGAACAGA
TTTGATAAATACTGATAACTCTCGGATAGAGTATTAGAACGG


BQ
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AF RR3D009TF U 1
AF RR3D009JQ C 449
BS 1 721 RR3D009TF
BS 722 722 RR3D009JQ
BS 723 759 RR3D009TF
BS 760 1122 RR3D009JQ

RD RR3D009TF 759 0 0
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CTTCAAGGCATAATATTGAAATGGAATAAGTTCGGCAGCGGATCGCGAAATCTTTGCGAT
CTTCTCTATCTAATGAATGGGGAGGGGGAGTCCGCTTTGAAATCGTCCGCCCTGCGCCCC
GCAGTATATGATTCAACAGGAATCGCACAAGGGTAGATTGATACAATCTAAACCTCTGGT
AAAATGCCCCCGTAACCCAGCAGATAAAGTACATAGTCCGTTTTAGGGATTGGTGACTTA
CCCATTCAGTGACTTTGGCACTGGATGGACGTTACCAAAATTGGTACTATCGGGTCGGGT
GAATTCAATAATAGACGCCTGGCGGCATTCCAGCCTTCCTTCTCCTTTCAGGACCTATCC
TAAACAGAATCCAGTACTTCTTGGTCGTGAATATCTGAATAGGGCAAACCACTCCGTGGA
TATCTTTACTTCGGAACAAAACAATTAGAATTAGGCTCGGTCAACTGGAATGTGTATTAT
CCATATAGGGGATCTTCCAATTGAGAAGATCTATCGACCTGAGACGAAGAGAAAGGTCTA
TCTATTTTATTTAGTTATTCAGTTGATTCGTTATTGGAACAGATAGCAACAACAATTTCA
TCCGACATGCGTATTTTTGATTTTCCAATGGATTTCCATCCTTCATTAATGGAAATTTTT
T*GATGTAGTGAGTAATAGCTCTGGTTGTTCGCTGTTCA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3D009JQ 674 0 0
GAATATCTGAATAGGGCAAACCACTCCGTGGATATCTTTACTTCGGAACAAAACAATTAG
AATTAGGCTCGGTCAACTGGAATGTGTATTATCCATATAGGGGATCTTCCAATTGAGAAG
ATCTATCGACCTGAGACGAAGAGAAAGGTCTATCTATTTTATTTAGTTATTCAGTTGATT
CGTTATTGGAACAGATAGCAACAACAATTTCATCCGACATGCGTATTTTTGATTTTCCAA
TGGATTTCCATCCTTCATTAATGGAAATTTTTTTGATGTAGTGAGTAATAGCTCTGGTTG
TTCGCTGTTCAAGAATTCTTGTTTAGGCAGTTCGTACCATCCATACATAGTGTTTTGATC
TAAGATTTCAATTCTTCCATGTTTCCGTCGTAGCATATTGTTCCATGGAGCTAAGTGGAA
GAAACAGGTGTTTCTACAACTCTACCACCCAGTCAATTCCGTTCCACTTAATCCCTATTT
CATGGACACATATCTTTCCGGCTAAGTAATGGGAAACCTTTCTCCTGTTACATTACATGA
ATCCTATTTTCATTTCATCCGGAAAAAGCCATCTTTTTTTCAACAATGTCTTTGTCATTC
GATCCACTAGCGTTCCGTTAGATAGGAACAGATTTGATAAATACTGATAACTCTCGGATA
GAGTATTAGAACGG

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL7980Contig1 685 2 1 U
GAGGACAAAACGAGAAGAAACAGAGAGAAGAGAAAAGTAGTAGTAGTTTGAATCAAATAT
GGCTGGGAGAGCTTCAATCCCTGCTCGCAACTCTGCCCTTATCGCTATGATCGCTGACGA
GGACACTGTTGTTGGATTCTTGATGGCTGGAGTTGGTAATGTTGACATAAGGAGGAAGAC
TAATTACCTTATCGTGGATTCAAAGACAACGGTGAGACAAATTGAGGATGCTTTCAAGGA
ATTCTCATCAAGAGATGATATTGCTATCATCCTCATCAGCCAATATGTTGCCAATATGAT
CAGGTTCTTGGTGGATAGCTACAACAAGCCAGTTCCTGCGATCCTGGAGATCCCTTCCAA
GGACCATCCTTATGATCCTGCTCATGACTCTGTTCTCTCCCGTGTCAAGTACCTCTTCTC
TGCGGAATCTGTGTCACAGCGTTAAAAACATATACACATCCTGCAAAGCTTGCTGAGCTT
TTTATATCATTTGTTTGGTTTTTGACATTCTTGTATTTGAGTCTCGAATTTCAATAATGT
TCTCTCTTGATTTTTATTTAAAGATGGATGTTTATGTTATTAAGAAGCAACGGTAAAACA
CCATCTGGTTCTTTTTGCATTAAATAAAGAGAGTGAGTCTGTTGTGTATTCAAGAGACAA
GAGCAGACTATAAAGATTTTAAGTG


BQ
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AF RR3C879JQ C 1
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BQ
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AF RR3BJ67JQ C 1
AF RR3BJ67TF U 1
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QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BZ43TF U 1
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QA 1 194 1 194
DS 

RD RR3BZ43JQ 639 0 0
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CGGCCAGTTGTATGTTGCTCTCTCACTTGATGATACGGAAGGCACAACAAGAAAGTAAGG
TGCTACTAACATTGTTTATACAGAGATAGTAATCTCAGGACAAGAAGCAGCTTGGGAGAC
CAGTCCACCAAATATACACAGTTATTTCGTACAGCCAATGTGAGAACTGATTCAGAGACA
AATGTCTCACCACCGCGTTTTTGGAGGCTCTCTTTCTGCACATCTTAACCTTGGCGACTG
GTATCATTCCTCAGCTACTGCAAGTTTATCACATCTTAA

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL7983Contig1 780 2 4 U
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AATGGAGAAATCAACGGAGAAGAGCGTGAGCTCCGTTACTTCTGGGAACTCAATCAACTC
GAAGCTGAGGTATCCTCTCAGATCTGCTCTCAGATCCAAGGAAGGGAAGCCTCCTGTTCC
CGATTTCTCAAGCGCCTCTTCAGCGCCCAGAAGGGGACGAGTTGCATCTGCTGTTAGTCA
GAGTACTACGGCGCTTGATCTTTCTGCTAAGAAGAGTGTTGTTGATCGGGCCAAGCCACC
GAGAAGAATGTCGATTCCTAACAAGGCCTCGAGCAACTCTTCTGTTAGATCAGTCAGCAG
CAGCGTCACTTCTTTGTCGGAGAGCAAGGCGAAGAGACCTCCTCGAGGCATCAGCAATCC
CAGGAGCTTGTTTAATGTAACAACAACGCCTGTCTCTAGTAGTGTGATGAGATCAGGGGC
GAGAAGAAAAGTTGAGGATTTGTCTTCCTCTGCTTACTGGCTGGTGCATATCAAGCTTGC
TGAATCAGTGGAGAAACACTCGGTCTCTCTTGGGTTTTTTAAGCTTGCTCTTCATGCAGG
GTGTGAGCCACTTGACAAGATGAAAGAGGAGTTGAAATCATACGCTGCTCGCACAACATG
GATGGGCTTGCTGATGCTGTTAAGAACTTTCCGAGCTGTACTGTATCTCAGAGGATCCAA
GCAGACGCAGAAGTCTCAGAGAGCACTTCTGTAGTGGCTGAAGAAAAGATGTTCCTCTGA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D363TF U 1
AF RR3ES39TF U 1
BS 1 34 RR3D363TF
BS 35 36 RR3ES39TF
BS 37 230 RR3D363TF
BS 231 780 RR3ES39TF

RD RR3D363TF 230 0 0
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QA 1 230 1 230
DS 

RD RR3ES39TF 780 0 0
CTTCAGTTTCTTCCCACTCCAAACCAAAAAAAAAAAGCTAAAGAGAAAGTTGAGAGCATC
AATGGAGAAATCAACGGAGAAGAGCGTGAGCTCCGTTACTTCTGGGAACTCAATCAACTC
GAAGCTGAGGTATCCTCTCAGATCTGCTCTCAGATCCAAGGAAGGGAAGCCTCCTGTTCC
CGATTTCTCAAGCGCCTCTTCAGCGCCCAGAAGGGGACGAGTTGCATCTGCTGTTAGTCA
GAGTACTACGGCGCTTGATCTTTCTGCTAAGAAGAGTGTTGTTGATCGGGCCAAGCCACC
GAGAAGAATGTCGATTCCTAACAAGGCCTCGAGCAACTCTTCTGTTAGATCAGTCAGCAG
CAGCGTCACTTCTTTGTCGGAGAGCAAGGCGAAGAGACCTCCTCGAGGCATCAGCAATCC
CAGGAGCTTGTTTAATGTAACAACAACGCCTGTCTCTAGTAGTGTGATGAGATCAGGGGC
GAGAAGAAAAGTTGAGGATTTGTCTTCCTCTGCTTACTGGCTGGTGCATATCAAGCTTGC
TGAATCAGTGGAGAAACACTCGGTCTCTCTTGGGTTTTTTAAGCTTGCTCTTCATGCAGG
GTGTGAGCCACTTGACAAGATGAAAGAGGAGTTGAAATCATACGCTGCTCGCACAACATG
GATGGGCTTGCTGATGCTGTTAAGAACTTTCCGAGCTGTACTGTATCTCAGAGGATCCAA
GCAGACGCAGAAGTCTCAGAGAGCACTTCTGTAGTGGCTGAAGAAAAGATGTTCCTCTGA

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL7984Contig1 648 2 1 U
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AGCTTCCAGGTCAAGTTATGACAGAGACAGGAGAAGTTGCTGTGAACCCGAGAGCATATC
CTATCGCAGATTCTCAGTTATCGTTAACGATTCTGGACCTAGTTCAACAAGCCGCTTTCC
ATCAACAACTCAAGAAGGGTGCTAATGAAGCTACGAAGGCACTTAATCGTGGGATCGCTG
AGATTGTGGTCATGGCTATAGATGTTGATCCCCTGGATATTCTTCTTCATCTTCCTTTAA
TAGCTGAGGATAAGAATGTTCCGTATGTGTTTGTGCGTTCAAAGCAAGCCTTGGGAAGAG
CATGTGGTGTATCAAGATCTGTTATTGCTTGTTCTATCACATCAAATGATGATGGCGGTC
TGTTGGAAAAACAAATCGAGCATCTCAAGGATACTATTGAGAAGCTTCTCATCTAAAAAT
AAAAACCTCGAATTGACTGCTCGGTATGATGAGTCTCCCCTTACGGTAAGGCTTTGACTG
AAGTTTTGTGTAAGCAAATACCAAATCAAAAACCGTCCATATTTCTCTCTTATTTTTTAC
TTTTTGCTGTAAAGTATGACATGACATTGATAATTGACACATTTATCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GO13JQ C 1
AF RR3GO13TF U 1
BS 1 648 RR3GO13TF

RD RR3GO13JQ 648 0 0
GGAAAATAATTCAAGCCGAGAAACTCGTCCCCTTAAAACCCCAAGACTTCTCTGTGACCT
AGCTTCCAGGTCAAGTTATGACAGAGACAGGAGAAGTTGCTGTGAACCCGAGAGCATATC
CTATCGCAGATTCTCAGTTATCGTTAACGATTCTGGACCTAGTTCAACAAGCCGCTTTCC
ATCAACAACTCAAGAAGGGTGCTAATGAAGCTACGAAGGCACTTAATCGTGGGATCGCTG
AGATTGTGGTCATGGCTATAGATGTTGATCCCCTGGATATTCTTCTTCATCTTCCTTTAA
TAGCTGAGGATAAGAATGTTCCGTATGTGTTTGTGCGTTCAAAGCAAGCCTTGGGAAGAG
CATGTGGTGTATCAAGATCTGTTATTGCTTGTTCTATCACATCAAATGATGATGGCGGTC
TGTTGGAAAAACAAATCGAGCATCTCAAGGATACTATTGAGAAGCTTCTCATCTAAAAAT
AAAAACCTCGAATTGACTGCTCGGTATGATGAGTCTCCCCTTACGGTAAGGCTTTGACTG
AAGTTTTGTGTAAGCAAATACCAAATCAAAAACCGTCCATATTTCTTTCTTATTTTTTAC
TTTTTGCTGTAAAGTATGACATGACATTGATAATTGACACATTTATCT

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3GO13TF 648 0 0
GGAAAATAATTCAAGCCGAGAAACTCGTCCCCTTAAAACCCCAAGACTTCTCTGTGACCT
AGCTTCCAGGTCAAGTTATGACAGAGACAGGAGAAGTTGCTGTGAACCCGAGAGCATATC
CTATCGCAGATTCTCAGTTATCGTTAACGATTCTGGACCTAGTTCAACAAGCCGCTTTCC
ATCAACAACTCAAGAAGGGTGCTAATGAAGCTACGAAGGCACTTAATCGTGGGATCGCTG
AGATTGTGGTCATGGCTATAGATGTTGATCCCCTGGATATTCTTCTTCATCTTCCTTTAA
TAGCTGAGGATAAGAATGTTCCGTATGTGTTTGTGCGTTCAAAGCAAGCCTTGGGAAGAG
CATGTGGTGTATCAAGATCTGTTATTGCTTGTTCTATCACATCAAATGATGATGGCGGTC
TGTTGGAAAAACAAATCGAGCATCTCAAGGATACTATTGAGAAGCTTCTCATCTAAAAAT
AAAAACCTCGAATTGACTGCTCGGTATGATGAGTCTCCCCTTACGGTAAGGCTTTGACTG
AAGTTTTGTGTAAGCAAATACCAAATCAAAAACCGTCCATATTTCTCTCTTATTTTTTAC
TTTTTGCTGTAAAGTATGACATGACATTGATAATTGACACATTTATCT

QA 1 648 1 648
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7986Contig1 696 2 7 U
ATCAGAGTTAAGACGTTGATTATCAAGTGTTCTTTTTAAGTGTAGAACGAATATATAGGC
ACAAAACTTCCGTTTATGCTACTTTATACTTTCAGGGCATCACATCCATGAGTACATGAT
ACAATTGAACTGAAAAAAATTTCCTTTCAGTGTATCACGTGAACTGGCCATAACTGACGC
CAATCAGTCCTTAGTTGTTGTGGGGGATGAAAATTATACTGATTTAGGCATGGAAATGAT
CGATGATATGCTCTATGACATCTGCTCCTTCTATATGCATAGTTTCGCTTTTAACCTGCA
AACGGCATAACACATGCTATTAGATTTAATGTTTATACAAGAGGTAAGGTGGCCACTAAT
CTTATCTGAACGAATGAATTTAAAACTATTAGGAGGGAGGATAAACAAATGTTATTATCT
TAGAAGAGTGAGAGACCTGTATAACACTATGAGCAGCGAATCTCTGCCTACTACTGTGAA
AGCTAACATCAACTTTTTCCCATGAGACAATGGAGAGTCCTTTGATCATTTCTTCTTCAA
TGTCGTTTGAATGATTTTCGCCATCTGGTACGTCCTCAGCATCGCATGACTTGCAGAGTT
CTTCGTAAACAATATGTGGATACTTCTCGTCCAGAGAATTTTCCCACTTAGGCAATTCAC
TCACGTCTAATAGAAGCCGCCCTCCAGCCAACGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GR18JQ U 284
AF RR3GR18TF C 1
BS 1 283 RR3GR18TF
BS 284 354 RR3GR18JQ
BS 355 355 RR3GR18TF
BS 356 370 RR3GR18JQ
BS 371 371 RR3GR18TF
BS 372 415 RR3GR18JQ
BS 416 696 RR3GR18TF

RD RR3GR18JQ 132 0 0
TTCGCTTTTAACCTGCAAACGGCATAACACATGCTATTAGATTTAATGTTTATACAAGAG
GTAAGGTGGCCCCTAATCTTATCTGAATGAATGAATTTAAAACTATTAGGAGGGAGGATA
AACAAATGTTAT

QA 1 132 1 132
DS 

RD RR3GR18TF 696 0 0
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ACAAAACTTCCGTTTATGCTACTTTATACTTTCAGGGCATCACATCCATGAGTACATGAT
ACAATTGAACTGAAAAAAATTTCCTTTCAGTGTATCACGTGAACTGGCCATAACTGACGC
CAATCAGTCCTTAGTTGTTGTGGGGGATGAAAATTATACTGATTTAGGCATGGAAATGAT
CGATGATATGCTCTATGACATCTGCTCCTTCTATATGCATAGTTTCGCTTTTAACCTGCA
AACGGCATAACACATGCTATTAGATTTAATGTTTATACAAGAGGTAATGTGGCCACTAAT
CTTATCTGAACGAATGAATTTAAAACTATTAGGAGGGAGGATAAACAAATGTTATTATCT
TAGAAGAGTGAGAGACCTGTATAACACTATGAGCAGCGAATCTCTGCCTACTACTGTGAA
AGCTAACATCAACTTTTTCCCATGAGACAATGGAGAGTCCTTTGATCATTTCTTCTTCAA
TGTCGTTTGAATGATTTTCGCCATCTGGTACGTCCTCAGCATCGCATGACTTGCAGAGTT
CTTCGTAAACAATATGTGGATACTTCTCGTCCAGAGAATTTTCCCACTTAGGCAATTCAC
TCACGTCTAATAGAAGCCGCCCTCCAGCCAACGACC

QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL7987Contig1 640 2 1 U
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GAGAGAAGTATCAGATCCGGAAAAAAAAATGTGTCTGGTGTGTTTATGCGATGATGAAGA
GACAGAGTTAGGAAGACAACAAGCACCTGGGTCATGTCCGTATTGTGGAGGTAAAGTGCA
AATGCTTGATGTCGAAAGAAAATGGATGTTTTGTTTCGTTCCCCTCTGTTTCAAGATCAA
GAGGAAGTATTTGTGTTCTTCTTGCGATCGTCGTCTCGTTTTGTATTATTAAAATAATAA
TATTGTTATAATTAAAGTAGATTAATCTTTTCAAAAGTAGATTAATTAGCGTTTCAATCA
AGGGAAATAATTTTAGTTGGTGGCTTTTGGTACGATTTAGTAATTATCCGTGTCGTGTAA
AACCGACATTGATTTTTTAGAAGTTAGAAGTCTCTCGATATGATGTTCAAATATGATGTA
CCCTTTCTCTTTTGTCAGGCATTCTCTTCTTAAGTCGGTCCAAAATTAATATTATATATA
ATGGTTCTTTTAAATGTAATGATAAACTAGCTAGTTTGGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BW46JQ C 1
AF RR3BW46TF U 1
BS 1 640 RR3BW46TF

RD RR3BW46JQ 640 0 0
GGACTGAACAAAAACTTCAAAACATATATTTTCAATAAAAGCCTCCGTAAGAAGTTTCTC
AGAAACAGTGAGAAGAAGAAAAAAAACACTATAAATCTCCCCGGAAGAAACAAACAGAAA
GAGAGAAGTATCAGATCCGGAAAAAAAAATGTGTCTGGTGTGTTTATGCGATGATGAAGA
GACAGAGTTAGGAAGACAACAAGCACCTGGGTCATGTCCGTATTGTGGAGGTAAAGTGCA
AATGCTTGATGTCGAAAGAAAATGGATGTTTTGTTTCGTTCCCCTCTGTTTCAAGATCAA
GAGGAAGTATTTGTGTTCTTCTTGCGATCGTCGTCTCGTTTTGTATTATTAAAATAATAA
TATTGTTATAATTAAAGTAGATTAATCTTTTCAAAAGTAGATTAATTAGCGTTTCAATCA
AGGGAAATAATTTTAGTTGGTGGCTTTTGGTACGATTTAGTAATTATCCGTGTCGTGTAA
AACCGACATTGATTTTTTAGAAGTTAGAAGTCTCTCGATATGATGTTCAAATATGATGTA
CCCTTTCTCTTTTGTCAGGCATTCTCTTCTTAAGTCGGTCCAAAATTAATATTATATATA
ATGGTTCTTTTAAATGTAATGATAAACTAGCTAGTTTGGT

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3BW46TF 640 0 0
GGACTGAACAAAAACTTCAAAACATATATTTTCAATAAAAGCCTCCGTAAGAAGTTTCTC
AGAAACAGTGAGAAGAAGAAAAAAAACACTATAAATCTCCCCGGAAGAAACAAACAGAAA
GAGAGAAGTATCAGATCCGGAAAAAAAAATGTGTCTGGTGTGTTTATGCGATGATGAAGA
GACAGAGTTAGGAAGACAACAAGCACCTGGGTCATGTCCGTATTGTGGAGGTAAAGTGCA
AATGCTTGATGTCGAAAGAAAATGGATGTTTTGTTTCGTTCCCCTCTGTTTCAAGATCAA
GAGGAAGTATTTGTGTTCTTCTTGCGATCGTCGTCTCGTTTTGTATTATTAAAATAATAA
TATTGTTATAATTAAAGTAGATTAATCTTTTCAAAAGTAGATTAATTAGCGTTTCAATCA
AGGGAAATAATTTTAGTTGGTGGCTTTTGGTACGATTTAGTAATTATCCGTGTCGTGTAA
AACCGACATTGATTTTTTAGAAGTTAGAAGTCTCTCGATATGATGTTCAAATATGATGTA
CCCTTTCTCTTTTGTCAGGCATTCTCTTCTTAAGTCGGTCCAAAATTAATATTATATATA
ATGGTTCTTTTAAATGTAATGATAAACTAGCTAGTTTGGT

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL7988Contig1 699 2 4 U
GGGCCGAGTCTTATCCGACCAGTTAACTTTCTCACAATCAAAGCTCGACGAAGATGTCTT
GCTTGATCTCATCAACTTGCTCGCTCGTCCCCTTCGACTCGAGTCTCACTCGTTCAACTC
GCTCCAACAAACTCGGCTCTTCGCTCTCATGGCAATCTTCATTTCCCAAGTTCTCCATCG
ATATCGGCTCTGTTATCTCGTCTCCCATTGTCAAGAAGGACTCATTTGTGCAAGCTGCGT
GGACTAGAAGATCACGAGGTGAAGCAGCGAAAAGACCAAACAAGAAGTCATGGAAGCAAA
GAACAGACATGTACATGAGACCTTTCCTGCTCAACGTCTTCTTCTCCCGGAAGTTCATAC
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GAGACATAAGGACGAACATACCCTCTCTTGTCGATGACGAAGCCTGCAGGCTCATCGGTA
AGCTCATTGCCGAGCGTTCAATGGAAGCAGACGTCTATGCTGTGTCTTATGAGCCTAGAA
AGGGAGAGAGGATTGAAGGGAAGCTAGGGATTGTTATCGACACCATTAAGGAACATGGCA
TTGTTTTTGTTCCTTGATTATAGCCATTTTCATTCTGTTCTGGATTGCTTGCAATTCTTG
TGACAAGACAGTGTAGGGGAGTATTAAAAAGATGATCAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BU80JQ C 1
AF RR3BU80TF U 1
BS 1 678 RR3BU80TF
BS 679 679 RR3BU80JQ
BS 680 690 RR3BU80TF
BS 691 699 RR3BU80JQ

RD RR3BU80JQ 699 0 0
GGGCCGAGTCTTATCCGACCAGTTAACTTTCTCACAATCAAAGCTCGACGAAGATGTCTT
GCTTGATCTCATCAACTTGCTCGCTCGTCCCCTTCGACTCGAGTCTCACTCGTTCAACTC
GCTCCAACAAACTCGGCTCTTCGCTCTCATGGCAATCTTCATTTCCCAAGTTCTCCATCG
ATATCGGCTCTGTTATCTCGTCTCCCATTGTCAAGAAGGACTCATTTGTGCAAGCTGCGT
GGACTAGAAGATCACGAGGTGAAGCAGCGAAAAGACCAAACAAGAAGTCATGGAAGCAAA
GAACAGACATGTACATGAGACCTTTCCTGCTCAACGTCTTCTTCTCCCGGAAGTTCATAC
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GAGACATAAGGACGAACATACCCTCTCTTGTCGATGACGAAGCCTGCAGGCTCATCGGTA
AGCTCATTGCCGAGCGTTCAATGGAAGCAGACGTCTATGCTGTGTCTTATGAGCCTAGAA
AGGGAGAGAGGATTGAAGGGAAGCTAGGGATTGTTATCGACACCATTAAGGAACATGGCA
TTGTTTTTGTTCCTTGATTATAGCCATTTTCATTCTGTTCTGGATTGCTTGCAATTCTTG
TGACAAGACAGTGTAGGGGAGTATTAAAAAGATGATCAT

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3BU80TF 690 0 0
GGGCCGAGTCTTATCCGACCAGTTAACTTTCTCACAATCAAAGCTCGACGAAGATGTCTT
GCTTGATCTCATCAACTTGCTCGCTCGTCCCCTTCGACTCGAGTCTCACTCGTTCAACTC
GCTCCAACAAACTCGGCTCTTCGCTCTCATGGCAATCTTCATTTCCCAAGTTCTCCATCG
ATATCGGCTCTGTTATCTCGTCTCCCATTGTCAAGAAGGACTCATTTGTGCAAGCTGCGT
GGACTAGAAGATCACGAGGTGAAGCAGCGAAAAGACCAAACAAGAAGTCATGGAAGCAAA
GAACAGACATGTACATGAGACCTTTCCTGCTCAACGTCTTCTTCTCCCGGAAGTTCATAC
ACGCCAAAGTGATGCATAGACCTACAAGCAAAGTCATCTCGGTTGCCACCACTAACGCTA
GAGACATAAGGACGAACATACCCTCTCTTGTCGATGACGAAGCCTGCAGGCTCATCGGTA
AGCTCATTGCCGAGCGTTCAATGGAAGCAGACGTCTATGCTGTGTCTTATGAGCCTAGAA
AGGGAGAGAGGATTGAAGGGAAGCTAGGGATTGTTATCGACACCATTAAGGAACATGGCA
TTGTTTTTGTTCCTTGATTATAGCCATTTTCATTCTGTTCTGGATTGCTTGCAATTCTTG
TGACAAGACAGTGTAGGG*AGTATTAAAAA

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL7989Contig1 682 2 2 U
GGGAATTAAGTGCCGTCTACATGAGCTGGCAAACAAGAGGAGAATCTCTGTTTCTGGAGC
TTCAAAACTTCTGGCAAACATGCTCTACTCATACCGTGGAGTGGGTCTTTCTGTCGGCAC
TTTGATCGCTGGATGGGACGAAACTGGTCCTGGACTATACTATGTCGACAACGAAGGAGG
AAGGCTTAAGGGAGCCAGGTTTTCAGTCGGTTCTGGTTCACCATACGCTTACGGTGTACT
AGACAGCGGGTACAAATTTGATATGTCAGTTGAAGAAGCTTCCGAGTTAGCAAGGAGATC
AATCTACCATGCGACATTCCGTGATGGAGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGTGTACCACGT
GGGTCCTAATGGATGGAAGAAACTGTCAGGAGATGACGTTGGGGAGCTACACTATCACTA
CTACCCCGTGCCACCAGAAAGTGCTGAACAAGTCATGGAGGAAGCAGCCGCTGAGTAAGG
AGATCCGTTTTTACTTCCAAATGATTCGCTCTCTTTTATGTGTGTTTTGCTTCTAGTAAG
TATGCTGAGTTTTTATCTAGCTCTTAAGTACAAGGTTCTCCCTTTTTTTTATCTGCAAAT
ACATGTTCCCATTACTTTGTTCAAGCAGCTCTTTTTTACTCTCACACTGTGTTTTAACAT
GAAATAATATGTGATTGTTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CI13TF U 1
AF RR3CI13JQ C 20
BS 1 659 RR3CI13TF
BS 660 682 RR3CI13JQ

RD RR3CI13TF 659 0 0
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TTCAAAACTTCTGGCAAACATGCTCTACTCATACCGTGGAGTGGGTCTTTCTGTCGGCAC
TTTGATCGCTGGATGGGACGAAACTGGTCCTGGACTATACTATGTCGACAACGAAGGAGG
AAGGCTTAAGGGAGCCAGGTTTTCAGTCGGTTCTGGTTCACCATACGCTTACGGTGTACT
AGACAGCGGGTACAAATTTGATATGTCAGTTGAAGAAGCTTCCGAGTTAGCAAGGAGATC
AATCTACCATGCGACATTCCGTGATGGAGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGTGTACCACGT
GGGTCCTAATGGATGGAAGAAACTGTCAGGAGATGACGTTGGGGAGCTACACTATCACTA
CTACCCCGTGCCACCAGAAAGTGCTGAACAAGTCATGGAGGAAGCAGCCGCTGAGTAAGG
AGATCCGTTTTTACTTCCAAATGATTCGCTCTCTTTTATGTGTGTTTTGCTTCTAGTAAG
TATGCTGAGTTTTTATCTAGCTCTTAAGTACAAGGTTCTCCCTTTTTTTTATCTGCAAAT
ACATGTTCCCATTACTTTGTTCAAGCAGCTCTTTTTTACTCTCACACTGTGTTTTAACA

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3CI13JQ 663 0 0
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ATGCTCTACTCATACCGTGGAGTGGGTCTTTCTGTCGGCACTTTGATCGCTGGATGGGAC
GAAACTGGTCCTGGACTATACTATGTCGACAACGAAGGAGGAAGGCTTAAGGGAGCCAGG
TTTTCAGTCGGTTCTGGTTCACCATACGCTTACGGTGTACTAGACAGCGGGTACAAATTT
GATATGTCAGTTGAAGAAGCTTCCGAGTTAGCAAGGAGATCAATCTACCATGCGACATTC
CGTGATGGAGCCAGTGGTGGAGTTGCTAGCGTGTACCACGTGGGTCCTAATGGATGGAAG
AAACTGTCAGGAGATGACGTTGGGGAGCTACACTATCACTACTACCCCGTGCCACCAGAA
AGTGCTGAACAAGTCATGGAGGAAGCAGCCGCTGAGTAAGGAGATCCGTTTTTACTTCCA
AATGATTCGCTCTCTTTTATGTGTGTTTTGCTTCTAGTAAGTATGCTGAGTTTTTATCTA
GCTCTTAAGTACAAGGTTCTCCCTTTTTTTTATCTGCAAATACATGTTCCCATTACTTTG
TTCAAGCAGCTCTTTTTTACTCTCACACTGTGTTTTAACATGAAATAATATGTGATTGTT
TTG

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL7990Contig1 640 2 1 U
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CGGTGTACGATGGAACGCATTTGTACGATCCTGTCACCAAAGTGGATGACATGGAGCTTT
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TGGATGTTGTTGGTACAAGCAATGCCATGACCGGTGAGGAGAGCCTAGGGGATCTGCCTG
AGAGCTATGATGTGAAGAGAGAGGATAGAGAATCAAAGGCAGAAGACAATGATGCAGCAA
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AAAATGTTGCAGAATCGTCTTCACTTGGAAGAAGAGGAGAGAACTCTGTTGTGGCTTGAC
AAAGAAAGGCTGCAGAGAGGAAGTTGAGTTAGTTTTTCTGTTTTGTTTATTTAAACCTCT
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AGGTTACAGAAAAAAGAAGCATGAAACATGTTAGGTCATG


BQ
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AF RR3CI24JQ C 1
AF RR3CI24TF U 1
BS 1 640 RR3CI24TF

RD RR3CI24JQ 640 0 0
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TGGATGTTGTTGGTACAAGCAATGCCATGACCGGTGAGGAGAGCCTAGGGGATCTGCCTG
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AAAGAAAGGCTGCAGAGAGGAAGTTGAGTTAGTTTTTCTGTTTTGTTTATTTAAACCTCT
TTTTGTTGAAGTACTGTCTTTTTCTTTCTGTTAGAAGTATGTTCAATTTTTCTGTAAAAG
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QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3CI24TF 640 0 0
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TTGGACCTGTCCTTGAGGTTGATCAGTTGCATTTACCACTTACCCACCATCATGGCAACT
CGGTGTACGATGGAACGCATTTGTACGATCCTGTCACCAAAGTGGATGACATGGAGCTTT
GCGACGAGATACCTCAGTTGCCAGAGGCTCAAGAGATGAACAATATTGATGGGTCATCGC
TGGATGTTGTTGGTACAAGCAATGCCATGACCGGTGAGGAGAGCCTAGGGGATCTGCCTG
AGAGCTATGATGTGAAGAGAGAGGATAGAGAATCAAAGGCAGAAGACAATGATGCAGCAA
AGGAAAGTAATGAAGAAAACGTGAACAACAGAGAGGAAGAAGATGGAATAGACATGGGAG
AAAATGTTGCAGAATCGTCTTCACTTGGAAGAAGAGGAGAGAACTCTGTTGTGGCTTGAC
AAAGAAAGGCTGCAGAGAGGAAGTTGAGTTAGTTTTTCTGTTTTGTTTATTTAAACCTCT
TTTTGTTGAAGTACTGTCTTTTTCTTTCTGTTAGAAGTATGTTCAATTTTTCTGTAAAAG
AGGTTACAGAAAAAAGAAGCATGAAACATGTTAGGTCATG

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL7991Contig1 1098 2 2 U
GAAAAGAAAGAGACAAAGTCAGGAAGTACAAGAGGCTTCTATGCCTGGTTCGAATAAGCG
GACAAGGGTTTCAGTTTCGCACATGGGTCCTCATGGGGTTCCACAGCAACAGCTGGGGCA
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TATGCTAGGCAGAAGTAGTCAGTATCCAAATCAAAGTATTCAGAGGTTTTCGCCTCAGCA
AATTGAAGGAGTTATGAATCAGGAAGGTGGTCCTCCCATGCAATTCCCAGCTTCACAAAC
AATGCGTTACACTTCGAAAGAGGAGCCGTTTGAGACTGGTAAAATTGATGGTAACATCAG
AAACGATATGCCAGGGGTGGGAAGCGACGCAAATAATTTGGATCCGCGTATGCAGTCAAG
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CGAGTTCTCTGGTGGTTCAATGGGAACCCACTATGGAGCAGTTGCAGCAGCTCAAAAGGA
CAAGGCTGTTTCTTCTATTCCTGCTATTGGTGCTACTCAGTCAGTGGTTTCTAGTCCTAA
TGATGCTATGCAGCAGCAAATGAACCAAAGAACCCCTATGAGTCCTCAGATAAGCTCGGG
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AAGTTTTCAGACACATGGATCTGTGGGTAGCATCGCCAATTCCCCAATGGAGCTTCAAGG
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GTTTAAGAAAAGCCATTTTATCTTCAAAACATGTGTTGTAAGGCATTTGAAGTTTTACTT
GTGTCACAGTTTTAAGTTTTTCGTGTACATAAAATAATTAAGCTTTTTGTGCAGAGAAAG
TAAACAATCCTTTGTGAG


BQ
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AF RR3EJ19TF U 1
AF RR3EJ19JQ C 334
BS 1 556 RR3EJ19TF
BS 557 1098 RR3EJ19JQ

RD RR3EJ19TF 556 0 0
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GACAAGGGTTTCAGTTTCGCACATGGGTCCTCATGGGGTTCCACAGCAACAGCTGGGGCA
ACGCGTGGATGGGAATCAGGGAACCGATACAAGTTGGAAAAATGCGCTTCTACAACCAGA
TATGCTAGGCAGAAGTAGTCAGTATCCAAATCAAAGTATTCAGAGGTTTTCGCCTCAGCA
AATTGAAGGAGTTATGAATCAGGAAGGTGGTCCTCCCATGCAATTCCCAGCTTCACAAAC
AATGCGTTACACTTCGAAAGAGGAGCCGTTTGAGACTGGTAAAATTGATGGTAACATCAG
AAACGATATGCCAGGGGTGGGAAGCGACGCAAATAATTTGGATCCGCGTATGCAGTCAAG
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TCAAAGCCCTCGTTTA

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3EJ19JQ 765 0 0
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TAATTTGGATCCGCGTATGCAGTCAAGGATGCCTCCTAATGGACTGTTAAGATCGAATTA
CCCTCAAGCATCCTGGAATGTGAATCCAGACCCGAAGATTGAAAAAGATCTGAGAAAAGA
AGAGCAATTCAGTAGAAGGATATCGGCTCAAAGCCCTCGTTTATCAGCAGGTGGTCAACC
ACAGTCCCCATTCTCATCGAAGTCTGGCGAGTTCTCTGGTGGTTCAATGGGAACCCACTA
TGGAGCAGTTGCAGCAGCTCAAAAGGACAAGGCTGTTTCTTCTATTCCTGCTATTGGTGC
TACTCAGTCAGTGGTTTCTAGTCCTAATGATGCTATGCAGCAGCAAATGAACCAAAGAAC
CCCTATGAGTCCTCAGATAAGCTCGGGTACGATGCAGCACCCCATGAGCACAAGCAACCT
CGAGGCTTGTCCAGCGAGCCCGCAGCTAAGTTTTCAGACACATGGATCTGTGGGTAGCAT
CGCCAATTCCCCAATGGAGCTTCAAGGTCCCAAGAACAACAACTCTGCTTAGTACTAATA
ATCCTTAATCAAGAAACCTAATGATTAGTTTAAGAAAAGCCATTTTATCTTCAAAACATG
TGTTGTAAGGCATTTGAAGTTTTACTTGTGTCACAGTTTTAAGTTTTTCGTGTACATAAA
ATAATTAAGCTTTTTGTGCAGAGAAAGTAAACAATCCTTTGTGAG

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

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ACAAGAATGGCCAGCCATACTTATATGAGCTGTATGCAGTCAGCAACCATTACGGTGGAC
TTGGTGGTGGCCACTACACTGCTTACGCTAAGTTGATTGATGACAACAAATGGTATCATT
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TTTTGTTCTACCGAAGAGTTGGAAGTGGAACAGAGACCCAATCAGGTGAAATGTCGACCG
ATTTGGATTAGTCAACTCATAATGGGCACATCAAGAAGTTGCTGCATCGGTACAAAGATG
CATTGGTCTAACTCACTCTATTCTTTTGTCTATTCAAGCTGGTTGTTTGGTTGAGGTGTT
CTATCTTCAGATTTTGTGCTCTGTGGAACGGTGGGATTTAGGTTCGGAAAGATTGTTTTT
GATTATTAGGGAAGTTTCTAAGTGAGGGGGTAATTTTCTGGATACTGAATCAAGCGGCGA
ACAAATTTAGAGGTTTAGAGATATAGTTTGTGAAGAAACCTCTGTCAATATTTTAGTATG
TCCGACTCTGCTAAGATCTCTTCTTCGGCGGAACTTGGCC


BQ
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AF RR3BU22JQ C 1
AF RR3BU22TF U 1
BS 1 640 RR3BU22TF

RD RR3BU22JQ 640 0 0
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ACAAGAATGGCCAGCCATACTTATATGAGCTGTATGCAGTCAGCAACCATTACGGTGGAC
TTGGTGGTGGCCACTACACTGCTTACGCTAAGTTGATTGATGACAACAAATGGTATCATT
TCGATGACAGTCATGTTTCATCCGTAAATGAATCTGAAATAAAAAGCTCAGCAGCATATG
TTTTGTTCTACCGAAGAGTTGGAAGTGGAACAGAGACCCAATCAGGTGAAATGTCGACCG
ATTTGGATTAGTCAACTCATAATGGGCACATCAAGAAGTTGCTGCATCGGTACAAAGATG
CATTGGTCTAACTCACTCTATTCTTTTGTCTATTCAAGCTGGTTGTTTGGTTGAGGTGTT
CTATCTTCAGATTTTGTGCTCTGTGGAACGGTGGGATTTAGGTTCGGAAAGATTGTTTTT
GATTATTAGGGAAGTTTCTAAGTGAGGGGGTAATTTTCTGGATACTGAATCAAGCGGCGA
ACAAATTTAGAGGTTTAGAGATATAGTTTGTGAAGAAACCTCTGTCAATATTTTAGTATG
TCCGACTCTGCTAAGATCTCTTCTTCGGCGGAACTTGGCC

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3BU22TF 640 0 0
GGATTGATACGTTTGTGAACTTCCCAATTAACGATCTTGACTTGAGCAAGTACGTGAAAA
ACAAGAATGGCCAGCCATACTTATATGAGCTGTATGCAGTCAGCAACCATTACGGTGGAC
TTGGTGGTGGCCACTACACTGCTTACGCTAAGTTGATTGATGACAACAAATGGTATCATT
TCGATGACAGTCATGTTTCATCCGTAAATGAATCTGAAATAAAAAGCTCAGCAGCATATG
TTTTGTTCTACCGAAGAGTTGGAAGTGGAACAGAGACCCAATCAGGTGAAATGTCGACCG
ATTTGGATTAGTCAACTCATAATGGGCACATCAAGAAGTTGCTGCATCGGTACAAAGATG
CATTGGTCTAACTCACTCTATTCTTTTGTCTATTCAAGCTGGTTGTTTGGTTGAGGTGTT
CTATCTTCAGATTTTGTGCTCTGTGGAACGGTGGGATTTAGGTTCGGAAAGATTGTTTTT
GATTATTAGGGAAGTTTCTAAGTGAGGGGGTAATTTTCTGGATACTGAATCAAGCGGCGA
ACAAATTTAGAGGTTTAGAGATATAGTTTGTGAAGAAACCTCTGTCAATATTTTAGTATG
TCCGACTCTGCTAAGATCTCTTCTTCGGCGGAACTTGGCC

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL7993Contig1 928 2 4 U
GGATACTTTTATTTCTGAAAATCTAAACCATCCTCTTGTCTGTTTTCTTTTCTTTCCATA
TGAAGTCTTACGCTTGAAGAAGTATTGAGATTGTGGAAATCTACGACGGAAAAAATTAAT
CAGTAAATCATGGAAGGAGAGAATCTGATTAAAGATCGCGGCTTTGTGGCCGCTCCTCTG
ACGTTCTTCGTCGTCGTCGTGTTCCAGTTGCTGTCAAAGAGGCTAGACCAGTTGAAGAAG
AAAGGGTCGAAGAACACGAGGGAAGCGGAGCTGAGATCTGAGATTAAGCAGCTTTTGAGA
GAGGCCACTGGGTTGTCTCAGCCAGCCACGTTTGCGCAAGCGGCTAAGCTTAGGAGGTCT
GCAGCTAGTAAAGAGAAAGAACTTGCACAATATTTGGAGCATCACAATAAAGAAATTAAT
CTGTCATACGATCTGTATGGAAAAGTTCTGCTTGCTTCAAAGGTTGTGGTATATATAATC
TTGGTACTCTGGTTCTGGAGGACTCCAATTGCTATTATTGCTAAGCAGCTTGTTCAACCC
TTTGGGAGGCTGTTATCTTGGGGGACAGGAGGTCACTTGACAGGCCATGTGATGGTTGGG
ATCATACCGTGGCTAATACTCTCAACCAGAGTGAGCAAATATGTGTGTAGGTTCGTGGAG
TTCTAAACCACAGTCCTGAAGAGAGTGGAGTCTAATGTTTTAGGAGTCGCTTGTTGTCAG
ACTTGTTATTTTTCTCATCATCTACCTTGACACTTTTTTGTACATGATACGAATCTTATT
CTCCGGTTTGTGTTGGATTTGACCAATAACAAGTTTTTTTTTTGTGTGTTTTCATAGTTG
TAACGACATTGGCCGAATGTCATTACAGTAGATCTCCACTCTACGTATTGTCATTTTTCA
TCTTTTAATTAGCCGACTTTGGACAACC


BQ
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B430TF U 1
AF RR3B430JQ C 265
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BS 705 781 RR3B430TF
BS 782 928 RR3B430JQ

RD RR3B430TF 781 0 0
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TGAAGTCTTACGCTTGAAGAAGTATTGAGATTGTGGAAATCTACGACGGAAAAAATTAAT
CAGTAAATCATGGAAGGAGAGAATCTGATTAAAGATCGCGGCTTTGTGGCCGCTCCTCTG
ACGTTCTTCGTCGTCGTCGTGTTCCAGTTGCTGTCAAAGAGGCTAGACCAGTTGAAGAAG
AAAGGGTCGAAGAACACGAGGGAAGCGGAGCTGAGATCTGAGATTAAGCAGCTTTTGAGA
GAGGCCACTGGGTTGTCTCAGCCAGCCACGTTTGCGCAAGCGGCTAAGCTTAGGAGGTCT
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CTGTCATACGATCTGTATGGAAAAGTTCTGCTTGCTTCAAAGGTTGTGGTATATATAATC
TTGGTACTCTGGTTCTGGAGGACTCCAATTGCTATTATTGCTAAGCAGCTTGTTCAACCC
TTTGGGAGGCTGTTATCTTGGGGGACAGGAGGTCACTTGACAGGCCATGTGATGGTTGGG
ATCATACCGTGGCTAATACTCTCAACCAGAGTGAGCAAATATGTGTGTAGGTTCGTGGAG
TTCTAAACCACAGTCCTGAAGAGAGTGGAGTCTAATGTTTTAG*AGTCGCTTGTTGTCAG
ACTTGTTATTTTTCTCATCATCTACCTTGACACTTTTTTGTACATGATACGAATCTTATT
C

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3B430JQ 664 0 0
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GCCACGTTTGCGCAAGCGGCTAAGCTTAGGAGGTCTGCAGCTAGTAAAGAGAAAGAACTT
GCACAATATTTGGAGCATCACAATAAAGAAATTAATCTGTCATACGATCTGTATGGAAAA
GTTCTGCTTGCTTCAAAGGTTGTGGTATATATAATCTTGGTACTCTGGTTCTGGAGGACT
CCAATTGCTATTATTGCTAAGCAGCTTGTTCAACCCTTTGGGAGGCTGTTATCTTGGGGG
ACAGGAGGTCACTTGACAGGCCATGTGATGGTTGGGATCATACCGTGGCTAATACTCTCA
ACCAGAGTGAGCAAATATGTGTGTAGGTTCGTGGAGTTCTAAACCACAGTCCTGAAGAGA
GTGGAGTCTAATGTTTTAGGAGTCGCTTGTTGTCAGACTTGTTATTTTTCTCATCATCTA
CCTTGACACTTTTTTGTACATGATACGAATCTTATTCTCCGGTTTGTGTTGGATTTGACC
AATAACAAGTTTTTTTTTTGTGTGTTTTCATAGTTGTAACGACATTGGCCGAATGTCATT
ACAGTAGATCTCCACTCTACGTATTGTCATTTTTCATCTTTTAATTAGCCGACTTTGGAC
AACC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL7994Contig1 757 2 4 U
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GCCTCTCCCGGATGCTCTCACCCATCCCTGCCGTCGCTCTTACCCGAGACCGCGCCGCTG
ATGCTGCCCGCATGAGAAAACTCCTCGAGAAAGGTGATTTGGTGATCTGCCCTGAAGGCA
CCACTTGTAGAGAACCGTATCTACTACGATTTAGTGCTCTATTTGCTGAGCTAAGCGACC
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TTCCCTCGTCTTTTTGAATGATTAGTAATATACTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CB90TF U 1
AF RR3CB90JQ C 33
BS 1 651 RR3CB90TF
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BS 653 677 RR3CB90TF
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RD RR3CB90TF 677 0 0
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ATGCTGCCCGCATGAGAAAACTCCTCGAGAAAGGTGATTTGGTGATCTGCCCTGAAGGCA
CCACTTGTAGAGAACCGTATCTACTACGATTTAGTGCTCTATTTGCTGAGCTAAGCGACC
GGATCGTGCCTGTGGCCATGAACTGCAAGCAAGGGATGTTCAATGGAACGACAGTCAGAG
GTGCAAAATTCTGGGACCCTTACTTCTTCTTCATGAACCCCAGACCTAGCTACGAGGCCA
CTTTCTTGGACCGTCTGTCTGAAGAAATGACAGTAAACGGCGGCGGTAAAACGCCAATAG
AGGTGGCAAATTACGTGCAGAAGGTGATCGGTGGAGTATTGGGATTCGAGTGCACTGAGC
TTACAAGGAAGGATAAGTATCTTTTGCTTGGAGGCAACGACGGGAAGGTTGAGTCTATCA
ATAAGAGCAAGTCCAAGGAGTAATAAATCCATCCAGCTAGCTATTCTGCTTTCTGCTATT
TTACTTGGGAGTCAAGTTAGGCCTTTCTGTTTTTCGCCATTACTTTTTTTT*CCGATGGA
TTTGTTGGAGGCAAAGA

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3CB90JQ 725 0 0
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GTCGCTCTTACCCGAGACCGCGCCGCTGATGCTGCCCGCATGAGAAAACTCCTCGAGAAA
GGTGATTTGGTGATCTGCCCTGAAGGCACCACTTGTAGAGAACCGTATCTACTACGATTT
AGTGCTCTATTTGCTGAGCTAAGCGACCGGATCGTGCCTGTGGCCATGAACTGCAAGCAA
GGGATGTTCAATGGAACGACAGTCAGAGGTGCAAAATTCTGGGACCCTTACTTCTTCTTC
ATGAACCCCAGACCTAGCTACGAGGCCACTTTCTTGGACCGTCTGTCTGAAGAAATGACA
GTAAACGGCGGCGGTAAAACGCCAATAGAGGTGGCAAATTACGTGCAGAAGGTGATCGGT
GGAGTATTGGGATTCGAGTGCACTGAGCTTACAAGGAAGGATAAGTATCTTTTGCTTGGA
GGCAACGACGGGAAGGTTGAGTCTATCAATAAGAGCAAGTCCAAGGAGTAATAAATCCAT
CCAGCTAGCTATTCTGCTTTCTGCTATTTTACTTGGGAGTCAAGTTAGGCCTTTCTGTTT
TTCGCCATTACTTTTTTTTTCCGATGGATTTGTTGGAGGCAAAGATTTACTATTACATTT
GAATCAACCAACCGTACGTTTACTATTTTTCCCTCGTCTTTTTGAATGATTAGTAATATA
CTTCT

QA 1 725 1 725
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL7996Contig1 646 2 2 U
GGAACCAATCCACGTTCTTTATCTTCTTCCCCCAAATAAATAATAACACTCTTTACGTTT
TGCTAATTTCTCTCACGATCCATTACAATGGCTACAATCATCTCCTGCTCCGCTCTCCCT
TCGATCCGTGCATCTTCCGGATCCATCAGAAAACCCGATCCGACCGGAAAGAAACCCGGT
TCATAGTGGGCTCCTCTTTTCGGCTGGTCATCGGAACCTGATTACGTCGTGGATAACAAC
AGCAGCTCCTCAGCGAATCGGGAATCAGATCTGGATCAGAGGACTACGCGGAGGTGTCTC
ACGGAGGAGAAGGCTAAGCAACTGCGAATGAAAATCGCCCAAGTCTCCACGTTCCACGAA
GTCATGTATCATTCCGCCATCGCGTCACGACTCGCGTCTGACGTGTCCGTTCGGATGAAC
GAATAACCCGGATCGGGTCACGGGTTCTCTAATCGTTATACATACATAAATAATAATAGT
CCCATCCAACTAAAATGTTGTTTTTCGATCGATGATACTCAAAAGCCGTTGGATTGTGTA
TCGTCGTTTGTGTTTGTACGGTCTAGATCGTGCTTGATGTTGTTTCTTGTCAACCGTTGG
ATTCTCAATTAGTTTAGCTTTATTTCAACAATTATACAGTACTGAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL87TF U 1
AF RR3CL87JQ C 1
BS 1 574 RR3CL87TF
BS 575 646 RR3CL87JQ

RD RR3CL87TF 574 0 0
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TCGATCCGTGCATCTTCCGGATCCATCAGAAAACCCGATCCGACCGGAAAGAAACCCGGT
TCATAGTGGGCTCCTCTTTTCGGCTGGTCATCGGAACCTGATTACGTCGTGGATAACAAC
AGCAGCTCCTCAGCGAATCGGGAATCAGATCTGGATCAGAGGACTACGCGGAGGTGTCTC
ACGGAGGAGAAGGCTAAGCAACTGCGAATGAAAATCGCCCAAGTCTCCACGTTCCACGAA
GTCATGTATCATTCCGCCATCGCGTCACGACTCGCGTCTGACGTGTCCGTTCGGATGAAC
GAATAACCCGGATCGGGTCACGGGTTCTCTAATCGTTATACATACATAAATAATAATAGT
CCCATCCAACTAAAATGTTGTTTTTCGATCGATGATACTCAAAAGCCGTTGGATTGTGTA
TCGTCGTTTGTGTTTGTACGGTCTAGATCGTGCT

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3CL87JQ 646 0 0
GGAACCAATCCACGTTCTTTATCTTCTTCCCCCAAATAAATAATAACACTCTTTACGTTT
TGCTAATTTCTCTCACGATCCATTACAATGGCTACAATCATCTCCTGCTCCGCTCTCCCT
TCGATCCGTGCATCTTCCGGATCCATCAGAAAACCCGATCCGACCGGAAAGAAACCCGGT
TCATAGTGGGCTCCTCTTTTCGGCTGGTCATCGGAACCTGATTACGTCGTGGATAACAAC
AGCAGCTCCTCAGCGAATCGGGAATCAGATCTGGATCAGAGGACTACGCGGAGGTGTCTC
ACGGAGGAGAAGGCTAAGCAACTGCGAATGAAAATCGCCCAAGTCTCCACGTTCCACGAA
GTCATGTATCATTCCGCCATCGCGTCACGACTCGCGTCTGACGTGTCCGTTCGGATGAAC
GAATAACCCGGATCGGGTCACGGGTTCTCTAATCGTTATACATACATAAATAATAATAGT
CCCATCCAACTAAAATGTTGTTTTTCGATCGATGATACTCAAAAGCCGTTGGATTGTGTA
TCGTCGTTTGTGTTTGTACGGTCTAGATCGTGCTTGATGTTGTTTCTTGTCAACCGTTGG
ATTCTCAATTAGTTTAGCTTTATTTCAACAATTATACAGTACTGAT

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL7997Contig1 743 2 1 U
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AACGACGATTCTATGGAAACACCGTTGCTTTCGTCAAACGATGTTGAGGCTGAAGTTCAC
AAACCGAAGTTTACGGGTTTGGTTTCAACAATGAAATCAAATTTTTTCACGGATTTGCCT
CAAAAACTTCGATCTCAAATCGATCCGGAAGACCCTCTTCACATTGATGTCTCCAAAGCT
GTAGGTCTCAAAAGTGATGAGAAAGAATACTATGAACGACAAATAGCAACACTAAAATCT
TTTGAGGAAGTAGAAAGTTTTGTAGCTCGATCACAAGATTATGTCATAGATGAACAAATC
CTAGCAGAAGATCGAGCTGAGAGAGCTGCACAAGAGATAGCCATGCAAATCTCCAACTGG
GCTAACGTTTTTTTACTTACTCTCAAGACATATGCTACTATAAAGAGTGGATCGATAGCA
ATTGCAGCATCGACACTTGACCCTTTGCTTGATCTAATGGCGGGAGGAATACTTTGGTTC
ACACATATATCAATGAAGAACATCAATATTTACAAATATCCCATTGGAAAGCTTAGGGTG
CAACCAGTTGGAATCATCATTTTCGCAGCGGTTATGGCCACTCTTGGGTTTCAAGTGTTG
CTTGTGGCAGCTGAAAATTGATTACAAATGACCTTCAGAACATGAGTCATGAGCATTGAT
ATGGTTATATTCATCATGCTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EY36TF U 27
AF RR3FT69TF U 1
BS 1 743 RR3FT69TF

RD RR3EY36TF 648 0 0
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GCTTTCGTCAAACGATGTTGAGGCTGAAGTTCACAAACCGAAGTTTACGGGTTTGGTTTC
AACAATGAAATCAAATTTTTTCACGGATTTGCCTCAAAAACTTCGATCTCAAATCGATCC
GGAAGACCCTCTTCACATTGATGTCTCCAAAGCTGTAGGTCTCAAAAGTGATGAGAAAGA
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TCGATCACAAGATTATGTCATAGATGAACAAATCCTAGCAGAAGATCGAGCTGAGAGAGC
TGCACAAGAGATAGCCATGCAAATCTCCAACTGGGCTAACGTTTTTTTATTTACTCTCAA
GACATATGCTACTATAAAGAGTGGATCGATAGCAATTGCAGCATCGACACTTGACTCTTT
GCTTGATCTAATGGCGGGAGGAATACTTTGGTTCACACATATATCAATGAAGAACATCAA
TATTTACAAATATCCCATTGGAAAGCTTAGGGTGCAACCAGTTGGAATCATCATTTTCGC
AGCGGTTATGGCCACTCTTGGGTTTCAAGTGTTGCTTGTGGCAGCTGA

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3FT69TF 743 0 0
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AAACCGAAGTTTACGGGTTTGGTTTCAACAATGAAATCAAATTTTTTCACGGATTTGCCT
CAAAAACTTCGATCTCAAATCGATCCGGAAGACCCTCTTCACATTGATGTCTCCAAAGCT
GTAGGTCTCAAAAGTGATGAGAAAGAATACTATGAACGACAAATAGCAACACTAAAATCT
TTTGAGGAAGTAGAAAGTTTTGTAGCTCGATCACAAGATTATGTCATAGATGAACAAATC
CTAGCAGAAGATCGAGCTGAGAGAGCTGCACAAGAGATAGCCATGCAAATCTCCAACTGG
GCTAACGTTTTTTTACTTACTCTCAAGACATATGCTACTATAAAGAGTGGATCGATAGCA
ATTGCAGCATCGACACTTGACCCTTTGCTTGATCTAATGGCGGGAGGAATACTTTGGTTC
ACACATATATCAATGAAGAACATCAATATTTACAAATATCCCATTGGAAAGCTTAGGGTG
CAACCAGTTGGAATCATCATTTTCGCAGCGGTTATGGCCACTCTTGGGTTTCAAGTGTTG
CTTGTGGCAGCTGAAAATTGATTACAAATGACCTTCAGAACATGAGTCATGAGCATTGAT
ATGGTTATATTCATCATGCTACC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL7998Contig1 589 2 1 U
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TTGCGGTAGCTAAAAGCTAAGCTCAGTCAGTATATATACATATTTTATCTAAAATAACAC
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TAAGGGAGGTTCCACAAGAGTTACCGTGGGAAAGATGGAACAAAGAGCAAATCAAGAGGC
AGAGTCTGCATTGGCCCCGGATCCAGTCACGGGATACTACAGACCATCTAACTGTGCGGA
TGAGATTGATCCAGCAGAGCTCCGTGAGATGCTTTTGAAAAGTAAAGCCAAGCCTTTCTG
AGGATTTCAATTGGTTGGGTCCCACTAGACTATGTTGTAACCTTGTATGGGATTGGGATT
ACTGATTCCCGTCGTTATGTTTATCTTAATTATCTACTTTTTGGAGATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3ES51JQ C 1
AF RR3ES51TF U 1
BS 1 589 RR3ES51TF

RD RR3ES51JQ 589 0 0
GTCCCACCAAAAAACATCACCGGAGAATCTGACGGCGGCTTAGCACCGACTGCTACTGCA
GAAAGATTGTTTATCTTCTTGGGGGTATTTACTTACCTTTTGGAAGAAAAATAACGTCTT
TTGCGGTAGCTAAAAGCTAAGCTCAGTCAGTATATATACATATTTTATCTAAAATAACAC
AATGGCAGCTGCTCGTTCACTCTCAGGCGCCGTTAAATCTCTTTGCTCCGCCGCATCCCA
CAGCTTTTCTGGTTCCATTGTCTTGAGGAGGAGTTACGTTGCGACAGTACCAGGATTTGG
TAAGGGAGGTTCCACAAGAGTTACCGTGGGAAAGATGGAACAAAGAGCAAATCAAGAGGC
AGAGTCTGCATTGGCCCCGGATCCAGTCACGGGATACTACAGACCATCTAACTGTGCGGA
TGAGATTGATCCAGCAGAGCTCCGTGAGATGCTTTTGAAAAGTAAAGCCAAGCCTTTCTG
AGGATTTCAATTGGTTGGGTCCCACTAGACTATGTTGTAACCTTGTATGGGATTGGGATT
ACTGATTCCCGTCGTTATGTTTATCTTAATTATCTACTTTTTGGAGATC

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3ES51TF 589 0 0
GTCCCACCAAAAAACATCACCGGAGAATCTGACGGCGGCTTAGCACCGACTGCTACTGCA
GAAAGATTGTTTATCTTCTTGGGGGTATTTACTTACCTTTTGGAAGAAAAATAACGTCTT
TTGCGGTAGCTAAAAGCTAAGCTCAGTCAGTATATATACATATTTTATCTAAAATAACAC
AATGGCAGCTGCTCGTTCACTCTCAGGCGCCGTTAAATCTCTTTGCTCCGCCGCATCCCA
CAGCTTTTCTGGTTCCATTGTCTTGAGGAGGAGTTACGTTGCGACAGTACCAGGATTTGG
TAAGGGAGGTTCCACAAGAGTTACCGTGGGAAAGATGGAACAAAGAGCAAATCAAGAGGC
AGAGTCTGCATTGGCCCCGGATCCAGTCACGGGATACTACAGACCATCTAACTGTGCGGA
TGAGATTGATCCAGCAGAGCTCCGTGAGATGCTTTTGAAAAGTAAAGCCAAGCCTTTCTG
AGGATTTCAATTGGTTGGGTCCCACTAGACTATGTTGTAACCTTGTATGGGATTGGGATT
ACTGATTCCCGTCGTTATGTTTATCTTAATTATCTACTTTTTGGAGATC

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 2

CO CL7999Contig1 738 2 13 U
ATAATTCCACCAATAAACAAACAGTAGAAAAATAAAACAGATTAAACATTAAGTTTAGTT
TTGGATCATCCGGTCACCTACAAAATTGTACTACACAAGAAGGAATATACAAATAAAATT
CGTAATGTTGAATATACAAATACCATAATACCCAAAATACTAACAAAACATGGACGTCTC
AAACTCAACAAACTCACCATGTACAGAGCAACTAAAAACCATTGAGTTTCCATTTCTAGA
AGAGCCTCTTCTCTTCATGTCTCGATGAGGCGGTTTTAGTACTAGAGTTGGCTAATAACA
GTTCATGAGCTTCATTTAACATCCACTCTTCACCTGTCTGGCCACCAAAGACGACCAACC
TAGTCCCTCCCACCACACATGTCGTGTGTCCCCAAGCAAACTGCGGCGAGCTTCCCTTAA
CATTCAACACTCTCCAAGCCGGTTTCTCCTCCGTTGGATCAAGAAAATAAAGCTGAAAAG
CCGAGTCAAGGCCTGCAACCGAACCACCAAAGATCAAGATTTGCCCACCCGGAAAACTAA
TCGCCACATGATCCAACCTCGGAGCTGCAACGCCTCCAGGAAGGCTAGTTCCATACCCAA
CCACAGGTCTCCAGCATGGTGTATCCTCGCTAAGATTCATCGTGTATGCATCATTAGACC
GGAACCTCCTAGAACCATATTCCGCAAGACCACCGAACATAAGGATCTTCCGGTCACCGT
ACACTGTCAAAGTATGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GP15JQ U 1
AF RR3FO63JQ U 75
BS 1 215 RR3GP15JQ
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BS 634 738 RR3GP15JQ

RD RR3GP15JQ 738 0 0
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TTGGATCATCCGGTCACCTACAAAATTGTACTACACAAGAAGGAATATACAAATAAAATT
CGTAATGTTGAATATACAAATACCATAATACCCAAAATACTAACAAAACATGGACGTCTC
AAACTCAACAAACTCACCATGTACAGAGCAACTAAGAACGATTGAGTTTCCATTTCTAGA
AGAGCCTCTTCTCTTCATGTCTCGATGAGGCGGTTTTAGTACTAGAGTTGGCTAATAACA
GTTCATGAGCTTCATTTAACATCCACTCTTCACCTGTCTGGCCACCAAAGACGACCAACC
TAGTCCCTCCCACCACACATGTCGTGTGTCCCCAAGCAAACTGCGGCGAGCTTCCCTTAA
CATTCAACACTCTCCAAGCCGGTTTCTCCTCCGTTGGATCAAGAAGATAAAGCTGAGAAG
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TCGCCACATGATCCAACCTCGGAGCTGCAACGCCTCCAGGAAGGCTAGTTCCATACCCAA
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ACACTGTCAAAGTATGTC

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3FO63JQ 664 0 0
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CACCATGTACAGAGCAACTAAAAACCATTGAGTTTCCATTTCTAGAAGAGCCTCTTCTCT
TCATGTCTCGATGAGGCGGTTTTAGTACTAGAGTTGGCTAATAACAGTTCATGAGCTTCA
TTTAACATCCACTCTTCACCTGTCTGGCCACCAAAGACGACCAACCTAGTCCCTCCCACC
ACACATGTCGTGTGTCCCCAAGCAAACTGCGGCGAGCTTCCCTTAACATTCAACACTCTC
CAAGCCGGTTTCTCCTCCGTTGGATCAAGAAAATAAAGCTGAAAAGCCGAGTCAAGGCCT
GCAACCGAACCACCAAAGATCAAGATTTGCCCACCCGGAAAACTAATCGCCACATGATCC
AACCTCGGAGCTGCAACGCCTCCAGGAAGGCTAGTTCCATACCCAACCACAGGTCTCCAG
CATGGTGTATCCTCGCTAAGATTCATCGTGTATGCATCATTAGACCGGAACCTCCTAGAA
CCATATTCCGCAAGACCACCGAACATAAGGATCTTCCGGTCACCGTACACTGTCAAAGTA
TGTC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

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AACTATGTCGTTGATGGACAGCCAAAGGTGGCTAAGAAGAGGATTGAGGCACTGGAGCCG
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TTCTTGATCACTGTCCAGGCGACCCCAATGCAAAGAGGACCTGGAAGTGTGGTTAAGTGT
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TTGGATATCTGTTTATCCATCCATCTATCTATGATCTATTATCTGTCCGTCCATCTATTT
ATCTATTGTGTCTGGGTGTTTCGCTTGTACTTATCAATAATGTGCTCTCTCTAAGACTGA
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BQ
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AF RR3AG95TF U 1
AF RR3AG95JQ C 579
BS 1 780 RR3AG95TF
BS 781 809 RR3AG95JQ

RD RR3AG95TF 780 0 0
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ATGCAGTCTTCTATGGTAGGAGAGCTTGAGGTAGATGTTGAAATCAAAACCCCCGCCCAC
AAGTACTACCACATGCTCACCGGAAGACCACAGGATCTTCCGAAAGTCACTCCTGACAAC
ATCAAGAGATGTGATGTGCTCGAGGGAGAGCCTGGAGAAGTTGGAAGTATCCTATTCTTC
AACTATGTCGTTGATGGACAGCCAAAGGTGGCTAAGAAGAGGATTGAGGCACTGGAGCCG
GAGAAGAATCTGATGGTGGCTAGGATAATTGACGGAGATCTAATGCAAGAGTTCAAGAGC
TTCTTGATCACTGTCCAGGCGACCCCAATGCAAAGAGGACCTGGAAGTGTGGTTAAGTGT
CAGATGAAGTATGAGAGGATTGACGAGAAGGTGGCTGACCCAGAGAATCTACTTGCGGCT
TTTGTCAAAGCATCCAAAGACATGGACAAAATGCTTTCTTCTGAAGTCTAAGAGGATTCT
TTGGATATCTGTTTATCCATCCATCTATCTATGATCTATTATCTGTCCGTCCATCTATTT
ATCTATTGTGTCTGGGTGTTTCGCTTGTACTTATCAATAATGTGCTCTCTCTAAGACTGA
AGAGATCTAAATATGTAAGTTTGTAATAATTATACACGATGTCTAGCGTGTTACGTCCGT
TTGAAGTTGTGAAAGTTGTAAACCGAATAAGTTGTGTGATGCAACGTGTTCTCTTCCCAG

QA 1 780 1 780
DS 

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AATGTGCTCTCTTTAAGACTGAAGAGATCTAAATATGTAAGTTTGTAATAATTATACACG
ATGTCTAGCGTGTTACGTCCGTTTGAAGTTGTGAAAGTTGTAAACCGAATAAGTTGTGTG
ATGCAACGTGTTTTCTTCCCAGATCGTAAATTAAGTCCCACAATTCCTTTC

QA 1 231 1 231
DS 



AS 1 2

CO CL8001Contig1 716 2 2 U
GGGAACTATCCGTGTGACCTGTGGAGTATTGGTTGCATACTTGTTGAACTTTGTTCGGGA
GAGGCTCTTTTCCAAACGCATGAAAACTTGGAGCACTTGGCCATGATGGAAAGGGTCCTA
GGACCATTACCGCCTCATATGGTGCTCAGAGCCGACCGGCGCTCCGACAGATACTTCAGG
CGAGGTGCAAAATTAGACTGGCCTGAAGGTGCGACATCAAGAGACAGCTTAAAAACAGTA
TGGAAACTTCCCCGGTTACCGAATCTGATAATGCAGCGTGTGGATCACTCGGCAGGCGAT
CTGATAGATCTGATACTAGGGCTGTTACGATATGATCCAACGGAGAGACTCAAGGCAAGG
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AGCCCTCATCCATTTTTATATAACCACAAGAACTAAAAAGAAAAAAAAGAAACTGCAGAT
GAATGTTGTTTGCATAAAAATCTGCAGTTTCTGGTTTACTTGCATATTTTCATGTATAGA
AATGAAAAGAAAGAGAGAAAGGCATGTCCCTTGCTTGTTTTCTTTCAGTCTTTTGTTGTG
TGTTTGTTTCTTGTGTTCATCTTCCGACCACGACCAAAGTTGTCGTATCGTGGCGGGTTT
GAAAAGAGTTCTTACAGTTTACACCTCAAAGTCAATGTGATAGTCAGTGTGTTCAA


BQ
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AF RR3GJ52TF U 1
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QA 1 644 1 644
DS 

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CGAGGTGCAAAATTAGACTGGCCTGAAGGTGCGACATCAAGAGACAGCTTAAAAACAGTA
TGGAAACTTCCCCGGTTACCGAATCTGATAATGCAGCGTGTGGATCACTCGGCAGGCGAT
CTGATAGATCTGATACTAGGGCTGTTACGATATGATCCAACGGAGAGACTCAAGGCAAGG
GAAGCACTGAATCATCCTTTCTTCACAAGAAGCCGGGAACAGAGTATACCCTTTAACCAA
AGCCCTCATCCATTTTTATATAACCACAAGAACTAAAAAGAAAAAAAAGAAACTGCAGAT
GAATGTTGTTTGCATAAAAATCTGCAGTTTCTGGTTTACTTGCATATTTTCATGTATAGA
AATGAAAAGAAAGAGAGAAAGGCATGTCCCTTGCTTGTTTTCTTTCAGTCTTTTGTTGTG
TGTTTGTTTCTTGTGTTCATCTTCCGACCACGACCAAGGTTGTCGTATCGTGGCGGGTTT
GAAAAGAGTTCTTACAGTTTACACCTCAAAGTCAATGTGATAGTCAGTGTGTTCAA

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3EL15JQ C 1
AF RR3EL15TF U 1
BS 1 640 RR3EL15TF

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QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3EL15TF 640 0 0
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GACAAATATGGTAAAACGTATGTGTGTTTTAAAGCTGTTGAGAAATTTGTCACATCATTT
GTGGGTTGTTGTTTGTGTGTTTTCTTTGTTTCAATATTAATAGATGTGAATATGTTGATG
TACTTGTGATAAAAAAAAATATCAATATCAGATTTTCATT

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL8003Contig1 1038 2 6 U
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TAAATATAAATATTTCAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BA77TF U 1
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TCCTGCCCACTTATGAAGAGGTTTACATTTTGGCCTCAAGCATTTTTAGGGTTGACCATA
AACTGGGGAGCATTGTTAGGATGGGCTGCAGTTAAAGGAAGCGTAGAGCCAGCTGTTGTT
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CAGGACAAAGATGATGATGTGAAGGTTGGTGTGAAATCGACGGCTCTTAGGTTCGGTGAG
AATACAAAGCTTTGGCTCACTGGATTTGGCACAGCATCCATGGGGTTGCTTGTACTTTCT
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TTAGGATGGCAAATAGGGACAGCTGACTTATCATCTGGCGCTGACTGCAGTAGAAAATTT
GTGTCGAACAAGTGGTTTGGTGCTATTATATTTAGCGGAGTTGTACTTGGAAGAACTTTT
CAATAGAGATCTTTCTCTCTCTTGATGAAGCTGTTCTGAGAGTACACAGAGTAAAGCTGT
TCCTTCAG*ATCCGAAAAAGCTATTGTCATATATAAGCTGAAACTTTTGA*TCTTCTCTT
CTGTTAATAAGGACTGTTATTTTGGGATTTCACGTCTTTGTTCATAT
GTGA

QA 1 827 1 827
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TTCTCCCTCTTTATCTCTCAGGAATCTGCTGGACTCTTGTTTATGATACTATTTATGCAC
ATCAGGACAAAGATGATGATGTGAAGGTTGGTGTGAAATCGACGGCTCTTAGGTTCGGTG
AGAATACAAAGCTTTGGCTCACTGGATTTGGCACAGCATCCATGGGGTTGCTTGTACTTT
CTGGACTGAGTGCAGATCTTGGGTGGCAATACTACGCATCACTGGTGGCTGCATTGGGAC
AGTTAGGATGGCAAATAGGGACAGCTGACTTATCATCTGGCGCTGACTGCAGTAGAAAAT
TTGTGTCGAACAAGTGGTTTGGTGCTATTATATTTAGCGGAGTTGTACTTGGAAGAACTT
TTCAATAGAGATCTTTCTCTCTCTTGATGAAGCTGTTCTGAGAGTACACAGAGTAAAGCT
GTTCCTTCAGGATCCGAAAAAGCTATTGTCATATATAAGCTGAAACTTTTGAATCTTCTC
TTCTGTTAATAAGGACTGTTATTTTGGGATTTCACGTCTTTGTTCATATTGTTGACCAAG
TAAAACCTTCCAGCCAACACAGAGGCTTTTTCTTTTGGCTTTTATAAATAGTTAACACAC
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ATTTTAATTTCAATCTCAAAATGCAAAAGATTGAATTGGTCGTCTCATTTAAGGATAATA
CATAAATATAAATATTTCAC

QA 1 860 1 860
DS 



AS 0 0

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EA51TF U 5
AF RR3GU44TF U 1
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AGT
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QA 3 125 3 125
DS 

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TACCAGAGGACCTCTCTCTATGGAGATGATGTTGTCATCGTCGCGGCACATAGGACAGCA
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QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C457JQ U 7
AF RR3C457TF C 1
BS 1 6 RR3C457TF
BS 7 699 RR3C457JQ
BS 700 765 RR3C457TF

RD RR3C457JQ 693 0 0
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ATATCTGAAGCCTCTCAAAAGTCGAAACAAACAAAAACTGTGTGGGTGACATTGATTCTC
TCCCTCTCTCTCTCACACACACTGTACACAAAAAATGTTTGTGATCAGGCATTGATCTCG
GCGTTGCATTGGTTCTCTCTGCTACAGCTTCTTCTCCCCCAAAACATGCTCGAGCAAGTA
GTTGTCTTCCCAAGTCTTTGCCCTTCTCCTATCTCCTCCTGCTCAGTCGTCGTCCACCGA
GGAGGAGGAAAAGATTCGTCTCGTTCTTCTTCGCTATGTCTCTCTGTTCCATGCGTCTCA
AAGTTCGGACAGGTTCCATCGCTGCATGTGAGCATAGGAATGTTGACTGAAGGGAACGGG
CTGCATGTCACAGGACAGAACATATCAGACGAAACCGAGGCTGTCCGAGTCTTGCTGCTA
CGCTGTTGCTGTTCTGTTGTCGGTGAAAATTGATCTGTTGCGTCGCTTGTGTGAAGCATA
CACGGCGCACATAACCCGAGTGACATAGGTAGCTTCGCTTCTTTAGTTAAAGAGCTTGGG
AGACGTTTAAAGGAGACTATTCCGTGTCTGCAA

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3C457TF 765 0 0
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TAATTTATATCTGAAGCCTCTCAAAAGTCGAAACAAACAAAAACTGTGTGGGTGACATTG
ATTCTCTCCCTCTCTCTCTCACACACACTGTACACAAAAAATGTTTGTGATCAGGCATTG
ATCTCGGCGTTGCATTGGTTCTCTCTGCTACAGCTTCTTCTCCCCCAGAACATGCTCGAG
CAAGTAGTTGTCTTCCCAAGTCTTTGCCCTTCTCCTATCTCCTCCTGCTCAGTCGTCGTC
CACCGAGGAGGAGGAGAAGATTCGTCTCGTTCTTCTTCGCTATGTCTCTCTGTTCCATGC
GTCTCAAAGTTCGGACAGGTTCCATCGCTGCATGTGAGCATAGGAATGTTGACTGAAGGG
AACGGGCTGCATGTCACAGGACAGAACATATCAGACGAAACCGAGGCTGTCCGAGTCTTG
CTGCTACGCTGTTGCTGTTCTGTTGTCGGTGAAAATTGATCTGTTGCGTCGCTTGTGTGA
AGCATACACGGCGCACATAACCCGAGTGACATAGGTAGCTTCGCTTCTTTAGTTAAAGAG
CTTGGGAGACGTTTAAAGGAGACTATTCCGTGTCTGCAAAGAGGACAAGGAATTGAACCG
GACGGATCAACAGTCACTGAGGGAACATTGCTCGATGAGCAAAGC

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL8007Contig1 726 2 2 U
CTTTGGTCATCTAACATTGTTGTTCCACTTTGGTGGGGGATGCATTGATCATTCATCAAA
CAAAAGGTGTACGTACAATATAATATCTCTGTATTTAAAAGATCCGCTTCTGTTCACTTG
GCAAATCGCAATGTCCATTCTTTAGCTACCTCCTCATGCTTTTCTCTATCCGACAAGTAG
AGCCGTGCAATCACTGGTAAAGCTGGATTGTATGTCTCAGGTTTTAAGAAGATGGATCTG
ATGGCTTGTAAGACTTTTGTGATTGTAAGAGCCGGGCTCCAACTGTCTCTTAGAATCTCC
ACACTTAAATTCCCAGCTGTATCTACATTGCAATGGTAGATCCGAGTCTTGAACACCACC
TTTGGTGGTTTGAAAGGATAATCAGATGGAAAAATCATATCAAGAAAAAAAGATCCCTCC
TTCATACGGAGTCCCGGAGGGACCAATGATGGTGGCGTTCCAATGGTAGAGATTGTCTCC
TTTGGGTCCAGCTGAACACTGAGGAGGCGGATCCACGTTTAGCTCAGCCATCTCCCTCTG
TATCCTCTTCCCGGACGCGGAAACCGATGTCTTCGCTACCCAAGACGACGCCGTTCCCGA
GTATCCCGCGTACATCGCCGTCGGTAACGGCTTGAATCTCCCGCTGCTTCCACCTGGTGT
TGTCATCATCTCTTGTCGTCTTCTTCGTCGTTGTCCCTACTCCTCCTTTCTCTGCTTATC
CAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 10 10 10 

AF RR3A608TF C 1
AF RR3A608JQ U 515
BS 1 514 RR3A608TF
BS 515 726 RR3A608JQ

RD RR3A608TF 725 0 0
CTTTGGTCATCTAACATTGTTGTTCCACTTTGGTGGGGGATGCATTGATCATTCATCAAA
CAAAAGGTGTACGTACAATATAATATCTCTGTATTTAAAAGATCCGCTTCTGTTCACTTG
GCAAATCGCAATGTCCATTCTTTAGCTACCTCCTCATGCTTTTCTCTATCCGACAAGTAG
AGCCGTGCAATCACTGGTAAAGCTGGATTGTATGTCTCAGGTTTTAAGAAGATGGATCTG
ATGGCTTGTAAGACTTTTGTGATTGTAAGAGCCGGGCTCCAACTGTCTCTTAGAATCTCC
ACACTTAAATTCCCAGCTGTATCTACATTGCAATGGTAGATCCGAGTCTTGAACACCACC
TTTGGTGGTTTGAAAGGATAATCAGATGGAAAAATCATATCAAGAAAAAAAGATCCCTCC
TTCATACGGAGTCCCGGAGGGACCAATGATGGTGGCGTTCCAATGGTAGAGATTGTCTCC
TTTGGGTCCAGCTGAACACTGAGGAGGCGGATCCACGTTTAGCTCAGCCATCTCCCTCTG
TATCCTCTTCCCGGACGCGGAAACCGATGTCTTCGCTACCCAAGACGACGCCGTTCCCGA
GTATCCCGCGTACATCGCCGTCGGTAACGGCTTGAATCTCCCGCTGCTTCCACCTGGTGT
TGTCATCATCTCTTGTCGTCTTCTTCGTCGTTGTCCCTACTCCTCCTTTCTCTGCTTATC
CA
TCC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3A608JQ 212 0 0
ACGTTTAGCTCAGCCATCTCCCTCTGTATCCTCTTCCCGGACGCGGAAACCGATGTCTTC
GCTACCCAAGACGACGCCGTTCCCGAGTATCCCGCGTACATCGCCGTCGGTAACGGCTTG
AATCTCCCGCTGCTTCCACCTGGTGTTGTCATCATCTCTTGTCGTCTTCTTCGTCGTTGT
CCCTACTCCTCCTTTCTCTGCTTATCCAATCC

QA 1 212 1 212
DS 



AS 1 2

CO CL8008Contig1 817 2 2 U
GCATCTTGTCTGAACATCTCCGCATCAGACGTCACCTGAGAATCATCAGCCACCGGTTCC
GGACCTTCATTTTGTTGTCATTGATTCTTGTCACTGGAAGTCAGTTTTACTCTCTGCTTA
TTACCACTAAGGCTCATGCTGAATTGAATATCTACAAAACTGGAGAACTCGCACTATGTT
CAATGACGCTGGTCACTGCGCTGCTCATCCTACTAAGAAGTGCCTCGAAGATCACACACA
AGGCTCAGGCGGTGACTTGCCTTGCAGCCAAATGGCATGTCTGCGCGACAATAGAATCCT
TTGAGACAGTGGAAGGAGGGAGTCCAAGGTTAGTTGATAGAGAAAGCGGACAAGGGTTGT
CTTCGAAAGATGTTGATTCTGGAGATACAGACGACAGTGAGGATTATGGAGATGACGATG
ATGATTTTGATAACAATGATCTCATCCCTGCTTATGCTTATAGCACTATATCATTCCAAA
AACGACAAGCTCTAGTGAACTACTTTGAGAACAATAAGGCAGGAATCACGGTGTTTGGGT
TTACACTTGATAGAAGTACTCTTCATACAATATTCGGTATTGAAATGTCGCTTGTTCTCT
GGCTTTTGGGTAAGACCATTGGCATCTCTTGAATCAGTCTTTCTGATCAGAGTTTTGGCT
CTTTTGTTTGGTGATATTGCTACGTACACACATAAGAGGCTCTCTGTAAAAAGTATAATA
TTTACTGATTTTCACTTTTGTTATTGTAAATCATCTTATTTTGTAACAAGTTTTCACATT
TTTAACTAGAGATCATACATAAATTAGATTGGTTTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CA94TF U 1
AF RR3CA94JQ C 1
BS 1 694 RR3CA94TF
BS 695 817 RR3CA94JQ

RD RR3CA94TF 694 0 0
GCATCTTGTCTGAACATCTCCGCATCAGACGTCACCTGAGAATCATCAGCCACCGGTTCC
GGACCTTCATTTTGTTGTCATTGATTCTTGTCACTGGAAGTCAGTTTTACTCTCTGCTTA
TTACCACTAAGGCTCATGCTGAATTGAATATCTACAAAACTGGAGAACTCGCACTATGTT
CAATGACGCTGGTCACTGCGCTGCTCATCCTACTAAGAAGTGCCTCGAAGATCACACACA
AGGCTCAGGCGGTGACTTGCCTTGCAGCCAAATGGCATGTCTGCGCGACAATAGAATCCT
TTGAGACAGTGGAAGGAGGGAGTCCAAGGTTAGTTGATAGAGAAAGCGGACAAGGGTTGT
CTTCGAAAGATGTTGATTCTGGAGATACAGACGACAGTGAGGATTATGGAGATGACGATG
ATGATTTTGATAACAATGATCTCATCCCTGCTTATGCTTATAGCACTATATCATTCCAAA
AACGACAAGCTCTAGTGAACTACTTTGAGAACAATAAGGCAGGAATCACGGTGTTTGGGT
TTACACTTGATAGAAGTACTCTTCATACAATATTCGGTATTGAAATGTCGCTTGTTCTCT
GGCTTTTGGGTAAGACCATTGGCATCTCTTGAATCAGTCTTTCTGATCAGAGTTTTGGCT
CTTTTGTTTGGTGATATTGCTACGTACACACATA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3CA94JQ 817 0 0
GCATCTTGTCTGAACATCTCCGCATCAGACGTCAC*TGAGAATCATCAGCCACCGGTTCC
GGACCT*CATTTTGTTGTCATTGATTCTTGTCACTGGAAGTCAGTTTTACTCTCTGCTTA
TTACCACTAAGGCTCATGCTGAATTGAATATCTACAAAACTGGAGAACTCGCACTATGTT
CAATGACGCTGGTCACTGCGCTGCTCATCCTACTAAGAAGTGCCTCGAAGATCACACACA
AGGCTCAGGCGGTGACTTGCCTTGCAGCCAAATGGCATGTCTGCGCGACAATAGAATCCT
TTGAGACAGTGGAAGGAGGGAGTCCAAGGTTAGTTGATAGAGAAAGCGGACAAGGGTTGT
CTTCGAAAGATGTTGATTCTGGAGATACAGACGACAGTGAGGATTATGGAGATGACGATG
ATGATTTTGATAACAATGATCTCATCCCTGCTTATGCTTATAGCACTATATCATTCCAAA
AACGACAAGCTCTAGTGAACTACTTTGAGAACAATAAGGCAGGAATCACGGTGTTTGGGT
TTACACTTGATAGAAGTACTCTTCATACAATATTCGGTATTGAAATGTCGCTTGTTCTCT
GGCTTTTGGGTAAGACCATTGGCATCTCTTGAATCAGTCTTTCTGATCAGAGTTTTGGCT
CTTTTGTTTGGTGATATTGCTACGTACACACATAAGAGGCTCTCTGTAAAAAGTATAATA
TTTACTGATTTTCACTTTTGTTATTGTAAATCATCTTATTTTGTAACAAGTTTTCACATT
TTTAACTAGAGATCATACATAAATTAGATTGGTTTTT

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

CO CL8009Contig1 1425 2 2 U
GCAGTTTTATTTGGGTTCGCATCTTTCGATTCACTAGAGGAAGGAGTACCCAACGGACCT
TTCACCGGAGACCAGCCCATCGGCTCCTCGTCTCCGCTACAGTCCTTCCGGTGGTCTTCT
CTCCTTGGTAGATTTTCTCTACAGCGACGAGTAGAGGGGGTTCCCTCGCCATCGCTGCTT
TCGGGTTCTCGGGTTCAAATCCCGGTGACCCTCTCTCTGGCTGCCTACGGACATGTCTCG
ACGTCGATTCTGTCCGCGCTCTTCAACCATTCATGGAGTATAGATCTCAAAGTAAAAACT
CCCCCTTTCCATCTCAGGGAAGTTGTAAGACATCTAACCCAACAAAGGTTGCTCCTTTCT
CCATCTCCGGCGCCAGTTTACAAAGTATCTCAAGGTTAGATCCGAATCTCTTCGGAAGTT
CTTCACCTTCCTTGCCTTCTATTGAGATACCATCCCGCCCTACGTGTTCTCTTTTCAATG
GAGGCACTGTCCATCACCGGCGGAATGCTTCCGGTGACACTTCCTGTGTTCGTTTTATGT
GGATTGTCGGAGGAAGTAGATCTAGACGGATGTTACGACAGAGACGAGAGCTTCGACTCT
TCGTTGTGCTTCTCTCTGTGGTTCTCCCACTCCGATTGGTTCTTCTCCCAGCGATGAGTA
GAGAGGATTCTCTCACCGCCGCTCTGTTATGGTCTTCGGGTTTGGGTTCAGATCCCGTTG
TACCTCCATCTGAATGTCGTCTATCAAGCCAAGTTGTCGACTTGGTCCAAATATTTCAAC
TGCATACGGAGCTTCGTTCTCAACCGCCACACTTTATCTCTCCGTTTCCGAGGAGACTTG
AGTCCCACAGGCCAGTGTGCCCAGCTGCTCCTCATCTAACCGACGACAGATCCATAACCA
CCGCGAGTTCAGTTCCGAGTCTTTGCGGTGAAGCTTCAATCTATGGCGCCTGGGTTCAGG
CTAGTCATTTAGAGAGCTCAGTGAGTTCACCAGAGCTTGCTCTACCTCAATCACCTTCCT
CTTCGGAGGAGAAACCTTTACCACCATACACCCTTCCTATGGTAAGAGTTGCCTCCTCAG
ACTCGCTTCCGAGTGGTTGTTACAGTTTTCCTATCGTTTTGTTATCTTGCGGAGCGGTTT
CTACGGGACTAGAAGATACAAGCGAGATTACCTTGGTAGTTCTCGTAGATGGGGTTTGGA
CTCTAATGTCACTTGTGACTATTCTCCAGCTGTACGATTATATCGTGAAGGTTTTCTCGA
CGCATTCAAGCATCATCTTGAGTTCGCTGTCATCTTCGATTGAAGACCTATCTTATCTAG
CTTATCTATATGCTGTAGTTTATGCTTATTGCCAAAGAGGATGGATCATTCCCTCTTGCT
ATTGTAATGGAGAAATTTAATTATGAATGAAATTAGTTGTGTTTC


BQ
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TACCTCCATCTGAATGTCGTCTATCAAGCCAAGTTGTCGACTTGGT

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TGAATGAAATTAGTTGTGTTTC

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AS 0 0

AS 1 2

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ATCTTATTTTTCATGTAAATTTGGTAAAAAAATGCACTTCTTGTCAGTGTTAGGTGTTAT
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AF RR3DK77TF U 1
AF RR3DK77JQ C 600
BS 1 682 RR3DK77TF
BS 683 683 RR3DK77JQ
BS 684 696 RR3DK77TF
BS 697 1347 RR3DK77JQ

RD RR3DK77TF 696 0 0
GGGGAGATGGAAGTTATATGTCACCCTACAGTCTTCATAGCGACGTGCTATTAACAAATC
TTCTTGGCCAGCACATCCCACCGGGTGTTTTGCACCGCTTTGTCGCCGGTTTAAACGCAC
AGCTTAGGACTGTGAGGCACGGATCAATTCGTTCAGCATTACTTCCTGTCATTAGGTGGA
TAAACAGCCATGGAAATCCTCAGCTCGAATTCCACGGAGTAAGAATTGAGCTTGGATGGT
TTCAAGCTACAGCTTCTGGATATTACCAACTTGGGATATTGGTTTTTGTTGGCGATTTTC
CTATGAGCGATGTAAGCCGATCAGTTTCATTCAGCAGAAGTGACGACGATACCCCTCGGA
GCAGCTCTACATGTCCCAGCAAATCTCTTGTCGAGCTGCAACAAAACTTGATCCAACCTG
GACATGGCTTATCTCGGAAGAGAATCAATGGTGGAATAAACGGAGGCCTCATCAATGAGA
TTTCAATAGAATCTCTGGAGTACAGGAGGGACTTGCTTTTTCCGTTTTCACTTTTATTAA
ACAATACCCGACCCGTTGGTCGTCGGGATACTCTTCTACGTTTGATCTCCATCCTTCTTC
TTGCGGATCTTTCAGTTACGCTCCTTGCTTTACTTCAATTCTATTGGCTTGCCCTTGCAG
CCTTTCTAGCTATCCTCCTGAT*CTCCCTCTCGCTC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3DK77JQ 748 0 0
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GCCTTTCTAGCTATCCTCCTGATTCTCCCTCTCGCTCTGCTTTGCCCATTCCCGGCTGGC
CTTAACGCTTTATTAAGTAGAGAAATGAGAAGAGCCTCACTTACTCGTATCTACGCCCTT
TGGAACGCGACATCTCTAACAAACGTCATTGTGGCTTTCATTTGTGGCGTCATTCATTCT
GGGTTTTTCTCTGACCAACTAAGTGAGATGACAAACATCTGGGACGCCATCAGAGATGAT
GATAAGTGGTGGGTGTTACCAACAGTCCTCTTGTTACTCAAGTCGATTCAAGCTCGATTC
CTTGACTGGCACGTCGCAAATCTGGAAGTACCAGACTTTTCTCTTCTCTGTCCCGATCCA
GATACTTTCTGGGCATATGAATCTGGAGCTTGACGATCCAAAGACAAAAAAAGTTGGGTA
TATCTTATTTTTCATGTAAATTTGGTAAAAAAATGCACTTCTTGTCAGTGTTAGGTGTTA
TCTGGTTTTTATTTCTGGAGTAAGCTTAGGGTTTTGCCAGAAGAAATGGTAGTTTAAGAA
ACTAAAGAGAGCGAGAGAATGCGAGTTATGTGATTGCTTAGAGTTTTGCAACAACGTAAA
TGTTTTAGATGGATCTACCTGTGTTACATTCAGTTTTCTTTGGGTAACTATTTTCTTCTG
AACAGAACAATGAAAAAACATCTATCGC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL8012Contig1 816 2 8 U
GGGAGAGAAAGAGAGTGAGCTCTGAGAAAATCACCAATGGCTTCGAAGCTTGTAGTCATA
ATTGTGTTCATCCTCGATCTCGTCGCCGTTGGTTTAGCCATTGCCGCTGAGCAGAGAAGA
AGTGTCGGGAAGGTTGTAACGGACACTGAGAAGACATATGAGTACTGCGTGTACGGCACG
GACATTGCTACGAGCTATGGAGCTGGTGCATTCCTTCTCCTCTTTATAAGCCAAGTCCTT
ATTATGAGTGCTAGCCGCTGCTTCTGCTGTGGGAAGTCCCTAACCCCCGGCGGTTCAAGA
GCTTGTGCCCCCTTCTCTTCCTCATTTGCTGGGTATTCTTCCTGGTCGCCGAGGTATGTT
TGCTTGCGGCATCAATCAGAAACGCGTACCACACGAAATACAGGAAGATGTGGAACATCG
ATAACCCGCCGAGCTGTGAAGTTATAAGGAAAGGAGTCTTCGCAGCTGGTGCTGCTTTTA
CCCTCTTCACCGCCATCGTCTCTCAGTTCTATTACGTTTGCTACTCTCGTGCTAGAGATG
CTTACCAGAATCCGTCCTACTAAAATATGTCATACTTTCACAGCAAGCGACGTTTAGGCT
TCAAGAACCATATTCATGTGGGCAGTGAGTTTGTTTCCGATGTGATGTTAAAGATTTGAT
GGTTTGTCTTGAGGATGATACATTGAGAAGTGATTGTTTCTTGTGACCTAAGTATAGTGT
CGCGTCTCGTAATGTATAAGGAGTAAAAATCATGCTTTTGTATTAAAACAAAAAAACAGA
GAAAACATGCTTTGTGAATCATTGTTTTTCTTTTGG


BQ
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AF RR3FM76TF U 1
AF RR3FM76JQ C 84
BS 1 673 RR3FM76TF
BS 674 674 RR3FM76JQ
BS 675 698 RR3FM76TF
BS 699 699 RR3FM76JQ
BS 700 707 RR3FM76TF
BS 708 708 RR3FM76JQ
BS 709 731 RR3FM76TF
BS 732 816 RR3FM76JQ

RD RR3FM76TF 739 0 0
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ATTGTGTTCATCCTCGATCTCGTCGCCGTTGGTTTAGCCATTGCCGCTGAGCAGAGAAGA
AGTGTCGGGAAGGTTGTAACGGACACTGAGAAGACATATGAGTACTGCGTGTACGGCACG
GACATTGCTACGAGCTATGGAGCTGGTGCATTCCTTCTCCTCTTTATAAGCCAAGTCCTT
ATTATGAGTGCTAGCCGCTGCTTCTGCTGTGGGAAGTCCCTAACCCCCGGCGGTTCAAGA
GCTTGTGCCCCCTTCTCTTCCTCATTTGCTGGGTATTCTTCCTGGTCGCCGAGGTATGTT
TGCTTGCGGCATCAATCAGAAACGCGTACCACACGAAATACAGGAAGATGTGGAACATCG
ATAACCCGCCGAGCTGTGAAGTTATAAGGAAAGGAGTCTTCGCAGCTGGTGCTGCTTTTA
CCCTCTTCACCGCCATCGTCTCTCAGTTCTATTACGTTTGCTACTCTCGTGCTAGAGATG
CTTACCAGAATCCGTCCTACTAAAATATGTCATACTTTCACAGCAAGCGACGTTTAGGCT
TCAAGAACCATATTCATGTGGGCAGTGAGTTTGTTTCCGATGTGATGTTAAAGATTTGAT
GGTTTGTCTTGAG*ATGATACATTGAGAAGTGATTGTT*CTTGTGAC*TAAGTATAGTGT
CGCGTCTCGTA
TGTATAAG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3FM76JQ 733 0 0
CGCCGTTGGTTTAGCCATTGCCGCTGAGCAGAGAAGAAGTGTCGGGAAGGTTGTAACGGA
CACTGAGAAGACATATGAGTACTGCGTGTACGGCACGGACATTGCTACGAGCTATGGAGC
TGGTGCATTCCTTCTCCTCTTTATAAGCCAAGTCCTTATTATGAGTGCTAGCCGCTGCTT
CTGCTGTGGGAAGTCCCTAACCCCCGGCGGTTCAAGAGCTTGTGCCCCCTTCTCTTCCTC
ATTTGCTGGGTATTCTTCCTGGTCGCCGAGGTATGTTTGCTTGCGGCATCAATCAGAAAC
GCGTACCACACGAAATACAGGAAGATGTGGAACATCGATAACCCGCCGAGCTGTGAAGTT
ATAAGGAAAGGAGTCTTCGCAGCTGGTGCTGCTTTTACCCTCTTCACCGCCATCGTCTCT
CAGTTCTATTACGTTTGCTACTCTCGTGCTAGAGATGCTTACCAGAATCCGTCCTACTAA
AATATGTCATACTTTCACAGCAAGCGACGTTTAGGCTTCAAGAACCATATTCATGTGGGC
AGTGAGTTTGTTTCCGATGTGATGTTAAAGATTTGATGGTTTGTCTTGAGGATGATACAT
TGAGAAGTGATTGTTTCTTGTGACCTAAGTATAGTGTCGCGTCTCGTAATGTATAAGGAG
TAAAAATCATGCTTTTGTATTAAAACAAAAAAACAGAGAAAACATGCTTTGTGAATCATT
GTTTTTCTTTTGG

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL8013Contig1 727 2 4 U
GGGAGAGACGAAAGGCACTTTCGAAATAAAAATCATATCCACACACAGAGATTGAGAATT
GGGGAGAGAATCTGAATGTCTCTCGATCAACAACAACAACGAACGATGACGATTCTGAAG
ATGGAAGAGACGGCGATTGTTTGGACCCTGCTCCAGTCGGATCTCCGCCCGATCCAAGAC
GTTCTCACCGAATTCAACTCCAAGTTCCCTCGCCCTCGTCACTTCACCGTCTGCTCCGCT
CTTTCCATGCTCTTACAGGATCCGATGATACTCAAGAGTGCTGATCGTCTAATTGCATTC
GCTATCATGCACCAGTGCTACGCTTCCCGTAAACCTTCTTTAAACCCGTTTATATCGGAA
ATGATAAATGCTGCTTGTAATGAGCAAGCGGAGAAGTATGAGAGAGTTTTTATTCTCCAC
CTCTTTCAGTGGAATAGCTACAACAACGCGAAAGAGATTCTCAAACTGTCAGCTGTTGAT
TATATCAAATCGTTTGATCCTTCAACTAATGATTTTCCCGAGCTAGGAGAGCTGCAACGA
GAGTATGGCAGCAAAGCTGATGGACCATCTAGTCACATGTCTGCAGACTATGCCCTCAAA
AAGCTATTGCATGATCCTGATGTTCCTCGTGGTTGCGATCCCAACTCTCCAGAGTTTGAT
GTACAACCTGGAGGGAATACCAAAATTGGATATGGTGATAGAAACGAGGCCGTATGTGGA
TATTGGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX60TF U 1
AF RR3E093TF U 21
BS 1 317 RR3FX60TF
BS 318 318 RR3E093TF
BS 319 720 RR3FX60TF
BS 721 727 RR3E093TF

RD RR3FX60TF 723 0 0
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GGGGAGAGAATCTGAATGTCTCTCGATCAACAACAACAACGAACGATGACGATTCTGAAG
ATGGAAGAGACGGCGATTGTTTGGACCCTGCTCCAGTCGGATCTCCGCCCGATCCAAGAC
GTTCTCACCGAATTCAACTCCAAGTTCCCTCGCCCTCGTCACTTCACCGTCTGCTCCGCT
CTTTCCATGCTCTTACAGGATCCGATGATACTCAAGAGTGCTGATCGTCTAATTGCATTC
GCTATCATGCACCAGTGTTACGCTTCCCGTAAACCTTCTTTAAACCCGTTTATATCGGAA
ATGATAAATGCTGCTTGTAATGAGCAAGCGGAGAAGTATGAGAGAGTTTTTATTCTCCAC
CTCTTTCAGTGGAATAGCTACAACAACGCGAAAGAGATTCTCAAACTGTCAGCTGTTGAT
TATATCAAATCGTTTGATCCTTCAACTAATGATTTTCCCGAGCTAGGAGAGCTGCAACGA
GAGTATGGCAGCAAAGCTGATGGACCATCTAGTCACATGTCTGCAGACTATGCCCTCAAA
AAGCTATTGCATGATCCTGATGTTCCTCGTGGTTGCGATCCCAACTCTCCAGAGTTTGAT
GTACAACCTGGAGGGAATACCAAAATTGGATATGGTGATAGAAACGAGGCCGTATGTGGA
ATA

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3E093TF 707 0 0
GG
GAAATAAAAATCATATCCACACACAGAGATTGAGAATTGGGGAGAGAATCTGAATGTCTC
TCGATCAACAACAACAACGAACGATGACGATTCTGAAGATGGAAGAGACGGCGATTGTTT
GGACCCTGCTCCAGTCGGATCTCCGCCCGATCCAAGACGTTCTCACCGAATTCAACTCCA
AGTTCCCTCGCCCTCGTCACTTCACCGTCTGCTCCGCTCTTTCCATGCTCTTACAGGATC
CGATGATACTCAAGAGTGCTGATCGTCTAATTGCATTTGCTATCATGCACCAGTGCTACG
CTTCCCGTAAACCTTCTTTAAACCCGTTTATATCGGAAATGATAAATGCTGCTTGTAATG
AGCAAGCGGAGAAGTATGAGAGAGTTTTTATTCTCCACCTCTTTCAGTGGAATAGCTACA
ACAACGCGAAAGAGATTCTCAAACTGTCAGCTGTTGATTATATCAAATCGTTTGATCCTT
CAACTAATGATTTTCCCGAGCTAGGAGAGCTGCAACGAGAGTATGGCAGCAAAGCTGATG
GACCATCTAGTCACATGTCTGCAGACTATGCCCTCAAAAAGCTATTGCATGATCCTGATG
TTCCTCGTGGTTGCGATCCCAACTCTCCAGAGTTTGATGTACAACCTGGAGGGAATACCA
AAATTGGATATGGTGATAGAAACGAGGC*GTATGTGGATATTGGG

QA 3 707 3 707
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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GCGACGAAGCAGAGCGTTACAAACCGACTTCTCACCGTGAAGTCAGCCTCCGGCAAGACT
TACAGCCAATTAGCGGAGGAGACAGGTCTCACCAACGTCTACGTGGCTCAGCTGCTCCGT
CGCCAAGCCCAGCTCAAACCCGACACAGTCCCAAAGCTCCGTGAAGCTTTACCTGCTCTG
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ATCCAAGAACCTACCGTCTACAGGTTGAACGAAGCAGTGATGCATTTCGGTGAGAGTATA
AAAGAGATTATCAATGAAGATTTTGGCGATGGCATCATGTCGGCGATAGACTTCTATTGC
TCCGTGGACAAAGTTAAAGGAGTGGATGGTAATAACCGCGTTGTCGTGACACTTGATGGG
AAGTATCTTTCTCATTCCGAACAGAGGACGGAGAATATGGTCTCGAGGCTAAACCTCAAG
GGAAGTACAAGCGAATGATATGTAAAATGTAAGAATAAGACGATTCAGATGAATGTTATG
CAGCAATCCATGAAGGCTTTAATTATGCCTAAAACTGTAACATTGTACGATTTATTGGGT
TTGTTTATCTGTACTCTATGCAACTCCAGCCTCAAGCTGTTCCAGGTTGAATAAAATAAA
CACTATGAAACC


BQ
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AF RR3GH77TF U 1
AF RR3GH77JQ C 22
BS 1 649 RR3GH77TF
BS 650 732 RR3GH77JQ

RD RR3GH77TF 649 0 0
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GCGACGAAGCAGAGCGTTACAAACCGACTTCTCACCGTGAAGTCAGCCTCCGGCAAGACT
TACAGCCAATTAGCGGAGGAGACAGGTCTCACCAACGTCTACGTGGCTCAGCTGCTCCGT
CGCCAAGCCCAGCTCAAACCCGACACAGTCCCAAAGCTCCGTGAAGCTTTACCTGCTCTG
ACCGACGAACTCATCGCCGCCATGATGTCTCCTCCGTGGAGATCATATGATCCAAACCTT
ATCCAAGAACCTACCGTCTACAGGTTGAACGAAGCAGTGATGCATTTCGGTGAGAGTATA
AAAGAGATTATCAATGAAGATTTTGGCGATGGCATCATGTCGGCGATAGACTTCTATTGC
TCCGTGGACAAAGTTAAAGGAGTGGATGGTAATAACCGCGTTGTCGTGACACTTGATGGG
AAGTATCTTTCTCATTCCGAACAGAGGACGGAGAATATGGTCTCGAGGCTAAACCTCAAG
GGAAGTACAAGCGAATGATATGTAAAATGTAAGAATAAGACGATTCAGATGAATGTTATG
CAGCAATCCATGAAGGCTTTAATTATGCCTAAAACTGTAACATTGTACG

QA 1 649 1 649
DS 

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AACCGACTTCTCACCGTGAAGTCAGCCTCCGGCAAGACTTACAGCCAATTAGCGGAGGAG
ACAGGTCTCACCAACGTCTACGTGGCTCAGCTGCTCCGTCGCCAAGCCCAGCTCAAACCC
GACACAGTCCCAAAGCTCCGTGAAGCTTTACCTGCTCTGACCGACGAACTCATCGCCGCC
ATGATGTCTCCTCCGTGGAGATCATATGATCCAAACCTTATCCAAGAACCTACCGTCTAC
AGGTTGAACGAAGCAGTGATGCATTTCGGTGAGAGTATAAAAGAGATTATCAATGAAGAT
TTTGGCGATGGCATCATGTCGGCGATAGACTTCTATTGCTCCGTGGACAAAGTTAAAGGA
GTGGATGGTAATAACCGCGTTGTCGTGACACTTGATGGGAAGTATCTTTCTCATTCCGAA
CAGAGGACGGAGAATATGGTCTCGAGGCTAAACCTCAAGGGAAGTACAAGCGAATGATAT
GTAAAATGTAAGAATAAGACGATTCAGATGAATGTTATGCAGCAATCCATGAAGGCTTTA
ATTATGCCTAAAACTGTAACATTGTACGATTTATTGGGTTTGTTTATCTGTACTCTATGC
AACTCCAGCCTCAAGCTGTTCCAGGTTGAATAAAATAAACACTATGAAACC

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

CO CL8017Contig1 866 2 8 U
GACCCCTTCGGATATCACCAAATCCGATCAACGTCTGTGTAACGCCTTCGGTTTTCGTTA
GTGTGCTACATCAATCCAAGCATTAACGTCGTTGCCACCTCTCCTCCCCCTCTTTCACAT
TTAATCATCCCAAGCATCATCGAAAGTGACCGATTCAAGTTCCGCCTATAAGGCTATAAA
TATGTTTCTTGACTGCGATGAACAGCTTCACCGCTCTGAAATCTTTAAAAACAATCTCCG
TCAAGCATCAATTCCAACTATAGAGTGGTGATAGCTTTCTTGTCCTCCGGATTTTAAAAA
AAAGTTTGTGTCAGACAAAGAGATTATCTGCACGTTTGGCTCTGAATCTACAAGACTTTC
AGAAAGTAGTGTAACAACTCTTAAGTGAATTCTTATCAGGACATTTGATCGATATGGTCA
ATTGTATACCAGAAGATAAGGACAAGCCTTTTTCCACTACATGCAATATATTTCTACTAT
TTAGTACCTTACTTTTTTTCTGTTTAAAGTTTGAACCGAACTCCAAACTCACAGAAAAAG
TTATGGAAAGACCCTGATTGGTTAGCGAAAACACTAAAACGGTGCTGGAACAATCAGTCC
AACAAGACAGGAGAGCAGTCAGAAATCATTCAGTTTGGTACAATGCATTGTCTCTGTGAT
CTTGCTGATGCACAAAGATGTCAAAGTTAGGAAGATATTATAACCATTCAAGTCAGAGAT
CGATTTGATTCCGCACAACGTTATCACATTGCAGGTGATCATTTGTATTTTTTCCTACTC
TCTTATTGTTATATATTGCAAATTCATGTTGCTGATTGAGTAAAACATATTATAAAAACC
ACATAAGAGCAACTTTGGATTGCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ68TF U 1
AF RR3FZ68JQ C 114
BS 1 737 RR3FZ68TF
BS 738 738 RR3FZ68JQ
BS 739 741 RR3FZ68TF
BS 742 742 RR3FZ68JQ
BS 743 754 RR3FZ68TF
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BS 756 766 RR3FZ68TF
BS 767 866 RR3FZ68JQ

RD RR3FZ68TF 766 0 0
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GTGTGCTACATCAATCCAAGCATTAACGTCGTTGCCACCTCTCCTCCCCCTCTTTCACAT
TTAATCATCCCAAGCATCATCGAAAGTGACCGATTCAAGTTCCGCCTATAAGGCTATAAA
TATGTTTCTTGACTGCGATGAACAGCTTCACCGCTCTGAAATCTTTAAAAACAATCTCCG
TCAAGCATCAATTCCAACTATAGAGTGGTGATAGCTTTCTTGTCCTCCGGATTTTAAAAA
AAAGTTTGTGTCAGACAAAGAGATTATCTGCACGTTTGGCTCTGAATCTACAAGACTTTC
AGAAAGTAGTGTAACAACTCTTAAGTGAATTCTTATCAGGACATTTGATCGATATGGTCA
ATTGTATACCAGAAGATAAGGACAAGCCTTTTTCCACTACATGCAATATATTTCTACTAT
TTAGTACCTTACTTTTTTTCTGTTTAAAGTTTGAACCGAACTCCAAACTCACAGAAAAAG
TTATGGAAAGACCCTGATTGGTTAGCGAAAACACTAAAACGGTGCTGGAACAATCAGTCC
AACAAGACAGGAGAGCAGTCAGAAATCATTCAGTTTGGTACAATGCATTGTCTCTGTGAT
CTTGCTGATGCACAAAGATGTCAAAGTTAGGAAGATATTATAACCATTCAAGTCAGAGAT
CGATTTGATTCCGCACA*CGT*ATCACATTGCAG*TGATCATTTGT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3FZ68JQ 753 0 0
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CTATAAATATGTTTCTTGACTGCGATGAACAGCTTCACCGCTCTGAAATCTTTAAAAACA
ATCTCCGTCAAGCATCAATTCCAACTATAGAGTGGTGATAGCTTTCTTGTCCTCCGGATT
TTAAAAAAAAGTTTGTGTCAGACAAAGAGATTATCTGCACGTTTGGCTCTGAATCTACAA
GACTTTCAGAAAGTAGTGTAACAACTCTTAAGTGAATTCTTATCAGGACATTTGATCGAT
ATGGTCAATTGTATACCAGAAGATAAGGACAAGCCTTTTTCCACTACATGCAATATATTT
CTACTATTTAGTACCTTACTTTTTTTCTGTTTAAAGTTTGAACCGAACTCCAAACTCACA
GAAAAAGTTATGGAAAGACCCTGATTGGTTAGCGAAAACACTAAAACGGTGCTGGAACAA
TCAGTCCAACAAGACAGGAGAGCAGTCAGAAATCATTCAGTTTGGTACAATGCATTGTCT
CTGTGATCTTGCTGATGCACAAAGATGTCAAAGTTAGGAAGATATTATAACCATTCAAGT
CAGAGATCGATTTGATTCCGCACAACGTTATCACATTGCAGGTGATCATTTGTATTTTTT
CCTACTCTCTTATTGTTATATATTGCAAATTCATGTTGCTGATTGAGTAAAACATATTAT
AAAAACCACATAAGAGCAACTTTGGATTGCATC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL8018Contig1 758 2 3 U
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TCAAGTCTTTTAAATCAGAATGCTGGAAGGAGAAGAGTTTGAAGCCTATTGATAGACACA
CGCTCGAGGCTTTGACAGAGTCTAAAGTAGCAGTTGTCATGACCTCTGATGAAGAAGCTT
CTTCCATTGGGTTCCTTGAAGAGCTCCTTGTAATACTAGAGTTTCAAGAGAAGCGTTCAC
TCACCGTCATACCAATATTTTTAACAAAACATGCTTTGGATATGGAAGAAGTCTGTCGAC
TGTTTCCAGAGAGAGCTAGGATGTGGAGGACTGTGATTGCCAAGCTGGAGAACATAGCTA
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CTTATGCTGAGATCTCTGTAAAGTTTCAGACACATCTT


BQ
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AF RR3GS24TF U 1
AF RR3FB35TF U 1
BS 1 603 RR3FB35TF
BS 604 604 RR3GS24TF
BS 605 758 RR3FB35TF

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TCAAGTCTTTTAAATCAGAATGCTGGAAGGAGAAGAGTTTGAAGCCTATTGATAGACACA
CGCTCGAGGCTTTGACAGAGTCTAAAGTAGCAGTTGTCATGACCTCTGATGAAGAAGCTT
CTTCCATTGGGTTCCTTGAAGAGCTCCTTGTAATACTAGAGTTTCAAGAGAAGCGTTCAC
TCACCGTCATACCAATATTTTTAACAAAACATGCTTTGGATATGGAAGAAGTCTGTCGAC
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AAGTTCGTACTCTTGGCATTTGGGGTTGCG

QA 1 690 1 690
DS 

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CACCAATGACTTCTTCTTATTCTTTTTTATTGGCTGGAAGAGACTTGGATGTGTTCTTGA
GTTTCAGCGGTAAGAAAGCTCTTGACATCGATTTCGGTTATGATTTGTCTAGAAATGGCA
TCAAGTCTTTTAAATCAGAATGCTGGAAGGAGAAGAGTTTGAAGCCTATTGATAGACACA
CGCTCGAGGCTTTGACAGAGTCTAAAGTAGCAGTTGTCATGACCTCTGATGAAGAAGCTT
CTTCCATTGGGTTCCTTGAAGAGCTCCTTGTAATACTAGAGTTTCAAGAGAAGCGTTCAC
TCACCGTCATACCAATATTTTTAACAAAACATGCTTTGGATATGGAAGAAGTCTGTCGAC
TGTTTCCAGAGAGAGCTAGGATGTGGAGGACTGTGATTGCCAAGCTGGAGAACATAGCTA
CACAGTATTCACTTTCTAGGAATCTTGCGCTGATTCATGGAACGCATCGGATCAAGCAGG
TGGCTGATGGCACTAGGCTTATGTTTCTCTCTTGTGCGTCGAGTGACTTCAAAGGTCTTG
CAG*AATGGATCGTCACTTGAAAGCGTTTCATGAGCTGTTGGCTTTAGAATCTGATAAAG
AAGTTCGTACTCTTGGCATTTGGGGTTGCGCAGTGTGGGAAAGACACGCTTGCAAGTACT
CTTATGCTGAGATCTCTGTAAAGTTTCAGACACATCTT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL8019Contig1 1023 2 2 U
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AAAGGGATTATTACAAGTTCATAGGAACACTTATGCCATTGTAGTAAGCACAGAGAACAT
CACTCAGAACTTGTATCTGGGGAAAAACAAATCAATGCTAGTCACCAACTGTTTGTTCCG
GGTTGGTGGTGCGGCTATTCTGCTCTCCAACAGATCTAGAGACCGGGCACGCGCAAAGTA
CGAGCTTCTTCATGCCGTAAGGATCCATACCGGATCAGATGATAGGTCCTTTGAGTGTGC
AACACAAGAAGAAGATGAAGATGGTATAATCGGAGTTACCTTGACAAAGAATCTACCAAT
GGTGGCTGCAAGGACTCTTAAGATCAATATCGCGACTTTGGGTCCTCTTGTTCTTCCAAT
GAAAGAGAAGCTAGCTTTCTTTGTGACATTCCTCAAGAAGAAGTATTTTAGGCCGGAGTT
GAAAAACTATACGCCGGACTTCAAACTTGCCTTTGAGCATTTCTGTATCCACGCTGGTGG
AAGAGCTCTAATAGATGAGCTTGAGAAGAATCTTAAGCTGTCTCCATTACATGTTGAGGC
ATCTAGAATGACACTTCACAGGTTTGGTAATACTTCTTCAAGCTCGATTTGGTATGAGTT
GGCTTATACCGAAGCTAAAGGGAAGGATGAAGGAAGGAGACAGGATTTGGCAAATTGCTT
TGGGATCAGGTTTTAAGTGTAACAGTTCTGTTTGGGTGGCTTTACGAAACGTCAAGCCTT
CGGTTAACAGTCCGTGGGAAGATTGTATGGACAGATATCCTGTTGAGATTGATATCTAAT
TTTGTGGTTTAGGCCATCTTGGCTAATTATCAAACAATCTATCTTTGTTTAGTTTGTGAA
CCATTTTTTACGTTTGTTCTTTAAAGAGTTCGCATCGTTTAAGTAAGAATTTATGAACCA
TGGTTGTTTTTGTATGGTACTTGTTTAAGTAAGAATTTATGGATGCTACAGAATATTTTA
CCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3AY73TF U 1
AF RR3AY73JQ C 214
BS 1 726 RR3AY73TF
BS 727 1023 RR3AY73JQ

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CGAGCTTCTTCATGCCGTAAGGATCCATACCGGATCAGATGATAGGTCCTTTGAGTGTGC
AACACAAGAAGAAGATGAAGATGGTATAATCGGAGTTACCTTGACAAAGAATCTACCAAT
GGTGGCTGCAAGGACTCTTAAGATCAATATCGCGACTTTGGGTCCTCTTGTTCTTCCAAT
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GAAAAACTATACGCCGGACTTCAAACTTGCCTTTGAGCATTTCTGTATCCACGCTGGTGG
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GGCTTATACCGAAGCTAAAGGGAAGGATGAAGGAAGGAGACAGGATTTGGCAAATTGCTT
TGGGAT

QA 1 726 1 726
DS 

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GACTTTGGGTCCTCTTGTTCTTCCAATGAAAGAGAAGCTAGCTTTCTTTGTGACATTCCT
CAAGAAGAAGTATTTTAGGCCGGAGTTGAAAAACTATACGCCGGACTTCAAACTTGCCTT
TGAGCATTTCTGTATCCACGCTGGTGGAAGAGCTTTAATAGATGAGCTTGAGAAGAATCT
TAAGCTGTCTCCATTACATGTTGAGGCATCTAGAATGACACTTCACAGGTTTGGTAATAC
TTCTTCAAGCTCGATTTGGTATGAGTTGGCTTATACCGAAGCTAA*GGGAAGGATGAAGG
AAGGAGACAGGATTTGGCAAATTGCTTTGGGATCAGGTTTTAAGTGTAACAGTTCTGTTT
GGGTGGCTTTACGAAACGTCAAGCCTTCGGTTAACAGTCCGTGGGAAGATTGTATGGACA
GATATCCTGTTGAGATTGATATCTAATTTTGTGGTTTAGGCCATCTTGGCTAATTATCAA
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ATCGTTTAAGTAAGAATTTATGAACCATGGTTGTTTTTGTATGGTACTTGTTTAAGTAAG
AATTTATGGATGCTACAGAATATTTTACCC

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

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GAGAGAGAGAGGGAGAGA


BQ
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AF RR3A738TF C 1
AF RR3A738JQ U 94
BS 1 93 RR3A738TF
BS 94 287 RR3A738JQ
BS 288 288 RR3A738TF
BS 289 738 RR3A738JQ

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GAGAATTCAACCTAGTGGCAAACGAATATCTATCTGATAACGTAGAGCTAGCTAAGAAAC
AAGACTGCAGAACTAGTGTGTAGAGAGACACATGGGTTTGTGTAATAAATCACTGGCTTG
GAGAACTGGTCTCCATTTCTTTCTCCACGAGGGGCTTGGACTTCTAGCCCTGCTCTGACT
ATAAAGGACCGGGCTCTTGGCTTGTTCAGGCTTGTAGCTCCTGTTTCTTCTCGGGCTACG
AGCTCCTACTGTGGCTCTTCACTCTCTCATGACTTCCACTGCTAACCCTTTTTGGTGGTG
AATGAGAGTATGAGCTCTCCTTCTAGTGTTGTCTTTCCTGAGGTGAGACAGATCTTGATT
GATGTCTTTTAGGGGGAGGAGAACGTCTTCTGTCACTTGTCAGGGTTGAAGAGAGGAATA
ATCTCCAACTCACCTTTTCCACCTCGATCCCTCTTTCTCATTTCAGTTGTCCTCTTCCCG
TTTTCTTCTGCAAATAGCTCACGACCAAGAAGAAGATAGCCTCCATGTGATGTTTTGCCT
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GAGAGAGAGAGGGAGAG

QA 1 737 1 737
DS 

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GGGTTTGTGTAATAAATCACTGGCTTGGAGAACTGGTCTCCATTTCTTTCTCCACGAGGG
GCTTGGACTTCTAGTCCTGCTCTGACTATAAAGGACCGGGCTCTTGGCTTGTTCAGGCTT
GTAGCTCCTGTTTCTTCTCGGGCTACGAGCTCCTACTGTGGCTCTTCACTCTCTCATGAC
TTCCACTGCTAACCCTTTTTGGTGGTGAATGAGAGTATGAGCTCTCCTTCTAGTGTTGTC
TTTCCTGAGGTGAGACAGATCTTGATTGATGTCTTTTAGGGGGAGGAGAACGTCTTCTGT
CACTTGTCAGGGTTGAAGAGAGGAATAATCTCCAACTCACCTTTTCCACCTCGATCCCTC
TTTCTCATTTCAGTTGTCCTCTTCCCGTTTTCTTCTGCAAATAGCTCACGACCAAGAAGA
AGATAGCCTCCATGTGATGTTTTGCCTCAGGAGGATCTACATACGCAGCTAAGGAAAGTG
TTGAAAGAAGGAAGGACGGCGAAGAGAGAGAGAGAGAGGGAGAGA

QA 1 645 1 645
DS 



AS 1 2

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ATCCCCGAGAGAAAAAAAAAGGAGGAGGATGGCGGAAGAGAAAAAAGTAGCTCCGATTGG
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GACTGCAAAAGCAAGTGAGGCGAACGATGGGAAGCCACTACCTCTGTATCAGAAGGCTCT
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TTTCCATGCGCTTTACCGTATTAGCGCTGATGAAGGAGTCTTAGCACTTTGGAAAGGTTG
TGGTCCCACCGTGGTCAGAGCTATGGCTTTGAACATGGGAATGCTTGCTTCTTATGATCA
AAGTGCTGAATACATGAGAGATAACCTTGGTCTTGGGGAGACTTCCACTGTCGTAGGAGC
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TCAGATCCAGAAAATGCAACCGGACGCTCAGGGTAAATATCCATACACGGGTTCGCTAGA
CTGTGCCATGCAAACCTTGAAATCAGGAGGACCTTTGAAATTTTACACAGGTTTCCCTGT
TTACTGCGTCAGGATCGCCCCTCACGTCATGATGACATGGATCTTCCTGAACCAGATTAC
AAAGTTCCAAAAGACCATTGGTATGTGATTTTCAAGCAATCTTTGTGAAGTGCGGAGCCA
GTAATAAGATGGGAAGAACGAAATCACAATTTTGGAATTGTGTTCATTTACCTTTTTAAC
AATATACATGCCTTAGATGCATTATTGGAGCTGTTTGAGACCTGAGAGATTTTTTTTTTT
GCCGTCGTTGATTGGTCCGTGAACTTTTAAAATTTTTATTTGGTATAAGATTTTTGGCCG
AAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR67TF U 1
AF RR3BR67JQ C 475
BS 1 716 RR3BR67TF
BS 717 717 RR3BR67JQ
BS 718 739 RR3BR67TF
BS 740 740 RR3BR67JQ
BS 741 778 RR3BR67TF
BS 779 1207 RR3BR67JQ

RD RR3BR67TF 790 0 0
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ATCCCCGAGAGAAAAAAAAAGGAGGAGGATGGCGGAAGAGAAAAAAGTAGCTCCGATTGG
TGTGTGGAACACTGTGAAGCCCTTCGTCAATGGCGGTACCTCCGGTATGCTCGCTACCTG
CGTTATCCAGCCGATCGACATGATCAAGGTGAGGATTCAACTAGGTCAGGGATCTGCAGC
CAGTGTGACCTCTACCATGTTGAAGAATGAAGGTATCGGTACTTTCTACAAGGGATTATC
TGCTGGTTTGCTGAGGCAAGCAACTTACACCACTGCCCGTCTTGGATCATTCAAGATGCT
GACTGCAAAAGCAAGTGAGGCGAACGATGGGAAGCCACTACCTCTGTATCAGAAGGCTCT
ATGTGGTCTGACAGCTGGTGCAATTGGTGCTTGCGTCGGTAGTCCAGCTGATTTGGCGCT
TATCAGAATGCAAGCTGATAACACCTTGCCGTTAGCTCAGCGCAGGAACTATACCAATGC
TTTCCATGCGCTTTACCGTATTAGCGCTGATGAAGGAGTCTTAGCACTTTGGAAAGGTTG
TGGTCCCACCGTGGTCAGAGCTATGGCTTTGAACATGGGAATGCTTGCTTCTTATGATCA
AAGTGCTGAATACATGAGAGATAACCTTGGTCTTGGGGAGACTTCCACTGTCGTAG*AGC
AAGTGCTGTTTCGGGATCT*GCGCTGCGGCTTGCAGTCTTCCATTTGACTTTGTCAAA
CTCAGATCAGAA

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3BR67JQ 733 0 0
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TGATCAAAGTGCTGAATACATGAGAGATAACCTTGGTTTTGGGGAGACTTCCACTGTCGT
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CAAAACTCAGATCCAGAAAATGCAACCGGACGCTCAGGGTAAATATCCATACACGGGTTC
GCTAGACTGTGCCATGCAAACCTTGAAATCAGGAGGACCTTTGAAATTTTACACAGGTTT
CCCTGTTTACTGCGTCAGGATCGCCCCTCACGTCATGATGACATGGATCTTCCTGAACCA
GATTACAAAGTTCCAAAAGACCATTGGTATGTGATTTTCAAGCAATCTTTGTGAAGTGCG
GAGCCAGTAATAAGATGGGAAGAACGAAATCACAATTTTGGAATTGTGTTCATTTACCTT
TTTAACAATATACATGCCTTAGATGCATTATTGGAGCTGTTTGAGACCTGAGAGATTTTT
TTTTTTGCCGTCGTTGATTGGTCCGTGAACTTTTAAAATTTTTATTTGGTATAAGATTTT
TGGCCGAAAAAAA

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL8022Contig1 812 2 4 U
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AAGCAAATCTTTCCATTGCTGAGCTGCGATACAGAATATAAAACATTTTGACCTGATCCA
GCTATAATAATAGATAAGGGAAAATATATACTAGAGTCGTGTAATAAGCCACGTTAAGTT
GTTTTTAATAGTTTGAAATGGAAAATAATAAAACTGGAAATTTGCAAAACCTGTGAATTG
GTGGTTGTATAGTAGGTTAAACACAAAAATTGAAAATCATGAAATCATAAGTTGTAATGA
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TCATGATTCATGATTTGATAAAATACCTAAGACTATTTATTTCATATATATATTATACTT
TTGCATCGTCAATTAACGAGGATACCCAGGGGACACAACACAAAGTATTTGGTGTCATTA
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GAAGTATACAAGTCAACAGTAAAGAAATAAGGTACTTTCCCCGATGGGAAAGAAACGTGA
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GAAGAAAAAGGAAAAGAAAATGGTTTGTGCAC


BQ
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AF RR3A810TF U 1
AF RR3A810JQ C 82
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GCTATAATAATAGATAAGGGAAA*TATATACTAGAGTCGTGTAATAAGCCACGTTAAGTT
GTTTTTAATAGTTTGAAATGGAAAATAATAAAACTGGAAATTTGCAAAACCTGTGAATTG
GTGGTTGTATAGTAGGTTAAACACAAAAATTGAAAATCATGAAATCATAAGTTGTAATGA
CAAATTATAAATCGTTATTATTTTACTAAAATGACGCAATTTGGTAGAAAATCGTGGACA
TCATGATTCATGATTTGATAAAATACCTAAGACTATTTATTTCATATATATATTATACTT
TTGCATCGTCAATTAACGAGGATACCCAGGGGACACAACACAAAGTATTTGGTGTCATTA
AATACAATCCATAATTTTTTGGGAAACAAGAAACACAACCGTATAAGTGTCTGTTATTCT
AAACCTTAGCGTATAATGATACTGCTGGAGCATTGAAAAAACTTACATGACAGAACTGGT
GAAGTATACAAGTCAACAGTAAAGAAATAAGGTACTTTCCCCGATGGGAAAGAAACGTGA
TGCAGTTCACATGTAAAGATGTGAAATGCCAGGAAGTTTGTGAGACAGAGACATGCATGT
TAGTTATAAT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3A810JQ 731 0 0
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AAAATAATAAAACTGGAAATTTGCAAAACCTGTGAATTGGTGGTTGTATAGTAGGTTAAA
CACAAAAATTGAAAATCATGAAATCATAAGTTGTAATGACAAATTATAAATCGTTATTAT
TTTACTAAAATGACGCAATTTGGTAGAAAATCGTGGACATCATGATTCATGATTTGATAA
AATACCTAAGACTATTTATTTCATATATATATTATACTTTTGCATCGTCAATTAACGAGG
ATACCCAGGGGACACAACACAAAGTATTTGGTGTCATTAAATACAATCCATAATTTTTTG
GGAAACAAGAAACACAACCGTATAAGTGTCTGTTATTCTAAACCTTAGCGTATAATGATA
CTGCTGGAGCATTGAAAAAACTTACATGACAGAACTGGTGAAGTATACAAGTCAACAGTA
AAGAAATAAGGTACTTTCCCCGATGGGAAAGAAACGTGATGCAGTTCACATGTAAGGATG
TGAAATGCCAGGAAGTTTGTGAGACAGAGACATGCATGTTAGTTATAATGAACAAAGGGT
CCCAAGACAGGGGAGAGACTTTAAACAAGACGAGAAGAAGAAGAAAAAGGAAAAGAAAAT
GGTTTGTGCAC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL8023Contig1 692 2 2 U
TTTTTTTAGTTTAAACCATCTGAAATTGTACTAGACTGATTCAAAGTACCTCATTAAACA
CACAAAATGTCCCAGAAATGTCTTGAAAATTAAACACATCACCTCAAAAGAGGTTGAGAA
ATCAACGCCAACTTGAAGGCCAGTAGGGATGAATCCCATAGCCAGTCTTCCAATTATCCA
AGTAAACAACTTTCTTCACAGCCCAGAAGGATACAAAGAGAGCGACAAGCATCACCAATC
TCTGAACATTAAGATTCCTAACTCGAACAAGCACATTAGTAACAAACGCCAAGAGCAAGC
CAACAACAGTGTACAAGAAGCCCACAGCGAATCCCTCAGCTCCAAGCTGCATTCCAGATC
CTTGGTAGAAGAAAACAAGCTTGTTGGGATCGTTACGATCCTGAAGAAACATAGGCATCT
TCCTGATGATGTTGTGCATTGTTCCCGCGACGCTGAAGAAGTAGATAAAGATAGCACCTG
ATAACCAAAGCCTACGGTCATGGAGAAGAGTTTCTCCTTTCAGAATCCGTTTGATGACAA
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GCGGCCGTTGGATCGGACCGACGGAGAGCTTGGTTCTTTGCTCGACGAACTCAGCCATGG
ATTCAGCTAAACGAGAGAAATCAGATTGGTCC


BQ
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TTGGATCGGACCGACGGAGAGCTTGGTTCTTTGCTCGACGAACTCAGCCATGGATTCAGC
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QA 1 685 1 685
DS 



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BQ
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AF RR3D992TF U 1
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AATATGTGG

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX50TF U 1
AF RR3BX50JQ C 288
BS 1 680 RR3BX50TF
BS 681 681 RR3BX50JQ
BS 682 784 RR3BX50TF
BS 785 785 RR3BX50JQ
BS 786 804 RR3BX50TF
BS 805 1069 RR3BX50JQ

RD RR3BX50TF 804 0 0
GGATCATCATTCATCGTCAAATCTCTGCAATTCTCGTCTCGTCTCTCTCGTTGTGTGTGT
GTTGTTTGTGGTTTAACAACGACAAAAAGAAAAAAGGGAAAAAAAATGGCGACGAATAGT
TTAGTGATGGGACTGAAAGTGTTTTTACCGGTGATGTTCTGCGTCATGTTCGCCACTCTA
ATCTACACCATCATTACCGATGGCCTTCCCCTACCAGACCGTCGTGATGTCTTCACTCCA
TGGTTCGCTACGACGATTTTGGATTTCTACATCAATCTCGTTCCTATTGCGGTCTGGATT
GTGTATAAGGAGTCTACATGGTTTGGTTCTATTCTCTGGGCCATTCTGCTCATCGTATTT
GGAAGCCTGACGACGTGTGTGTATCTGTTTATGCAACTTATCAAGCTCACACCTCAAGAG
GCTTCTGAAGATCCTATGTACTATTTGTTACTCCGTGATTCCGTCAAGGATGGAGTGGGT
CTCAGAGACAAGAAATCCCTTGTCGTCCCAGCAAGATTTGTCTTTGGTGCCTTAGGCTGT
GTCATGCTCGGAGCTTTGGTTTACACTTGCTTGACTTATGGTTCTCCTTTCCACATGGAG
CTTCTTTACCCGTGGATGGTGGTTTTACTGGTTAGCTTCTACATACATGTTGCGGTTTTA
TCAGTTTGGGTTGTCTACAA*GAATCTAGCTGGATCATTGGAGTTCTCTGGGTTGCTCTA
TTACTATCTCTTGGCAGCTTTGGAACGAGCGTAGTCATTGTCGTGCAGCTATTCCGTCTC
TCTC*TCTTGACCCGCTATACCTC

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3BX50JQ 782 0 0
TGCGGTCTGGATTGTGTATAAGGAGTCTACATGGTTTGGTTCTATTCTCTGGGCCATTCT
GCTCATCGTATTTGGAAGCCTGACGACGTGTGTGTATCTGTTTATGCAACTTATCAAGCT
CACACCTCAAGAGGCTTCTGAAGATCCTATGTACTATTTGTTACTCCGTGATTCCGTCAA
GGATGGAGTGGGTCTCAGAGACAAGAAATCCCTTGTCGTCCCAGCAAGATTTGTCTTTGG
TGCCTTAGGCTGTGTCATGCTCGGAGCTTTGGTTTACACTTGCTTGACTTATGGTTCTCC
TTTCCACATGGAGCTTCTTTACCCGTGGATGGTGGTTTTACTGGTTAGCTTCTACATACA
TGTTGCGGTTTTATCAGTTTGGGTTGTCTACAAAGAATCTAGCTGGATCATTGGAGTTCT
CTGGGTTGCTCTATTACTATCTCTTGGCAGCTTTGGAACGAGCGTAGTCATTGTCGTGCA
GCTATTCCGTCTCTCTCCTCTTGACCCGCTATACCTCGTTCTGGTGAAATACAGCAATCG
GGCTGGAGATATGTATGAGCGCACTTATTCTGCGGTTCTGCGTATGTGAAGCTCCTTGAT
TTTATTTTTCCCACACATTTAGAGAAAAAAACATTTCTTTATCCACCCACACAATACATG
TTTGTATGATGCATTTATGTATTCCTCAAAATATGTGGATGATTCTTCTGTATATCAGTC
CTTTTATTTGACAGACATAAAAACCATTCCGTTAACCTGTTTGATAAAATAGTTGTCGTT
TT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL8026Contig1 310 2 2 U
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GAGGTGCTTTGTCTGCTCTAATATGAAGATATTGGGCTAAGTAGGTTTAGGGAAGAAAGT
GAGCTCGGCCGGAACATAACTTGGCCACTTGTGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGGGAGAGA
GAGAGAGATGTATTCAAGGCTTCTGTTTAGGGGCTTAAATAGAGAAGAGAAGGAAAAAAG
CACACTGTAAGTGTACATATGATGTTGGATGATATGTCGTTGCTAAAACCTCAATTGATA
AATTGAATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A382JQ C 1
AF RR3A382TF U 31
BS 1 30 RR3A382JQ
BS 31 310 RR3A382TF

RD RR3A382JQ 310 0 0
GATGGCATCAGAGGTGAGTTACAGACAGTAGATGGAGATAGACGGGTAAGTCCTACGCGG
GAGGTGCTTTGTTTGCTTTAATATGAAGATATTGGGCTAAGTAGGTTTAGGGAAGAAAGT
GAGCTCGGCCGGAACATAACTTGGCCACTTGTGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGGGAGAGA
GAGAGAGATGTATTCAAGGCTTTTGTTTAGGGGCTTAAATAGAGAAGAGAAGGAAAAAAG
CACACTGTAAGTGTACATATGATGTTGGATGATATGTCGTTGCTAAAACCTCAATTGATA
AATTGAATTC

QA 1 310 1 310
DS 

RD RR3A382TF 280 0 0
GATGGAGATAGACGGGTAAGTCCTACGCGGGAGGTGCTTTGTCTGCTCTAATATGAAGAT
ATTGGGCTAAGTAGGTTTAGGGAAGAAAGTGAGCTCGGCCGGAACATAACTTGGCCACTT
GTGAGAGAGAGAGGGAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGATGTATTCAAGGCTTCTGTTTAG
GGGCTTAAATAGAGAAGAGAAGGAAAAAAGCACACTGTAAGTGTACATATGATGTTGGAT
GATATGTCGTTGCTAAAACCTCAATTGATAAATTGAATTC

QA 1 280 1 280
DS 



AS 1 2

CO CL8027Contig1 830 2 12 U
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TGAGAGAGTCCATCGCATTCTCTCTCTCTCCTTTCGTTCCCAAACAGAGACTTATAGAGA
GAGAGATCACCACAAAAATGACTGTAAGGGAGATTCACCGACACAGACGATGGCATTTTC
CTCTTCTGATCACTATCTCCTTCGCCTCGTCGTTGCTCGGTGTTTCGTCGGAGACAGAAG
TCGGAACATTCGACTACAGTGAAGCATTGTCTAAAAGCTTACTCTACTTCGAAGCTCAGA
GATCAGGCCGACTTCCGTACAACCAGCGCGTGACGTGGCGTGATCACTCTGGTCTCACCG
ACGGTCTTGAGCAAGGGGTTGATTTAGTGGGAGGATATCATGACGCCGGAGACCATGTTA
AATTTGGACTTCCGATGGCTTTCACGGTAACGATGCTGTCGTGGAGTGTAATAGAATACG
GTGACTCACTCGCTTCCACCGGCGAGTTGTCTCACGCGCTAGAAGCCATCAAATGGGGAA
CCGATTACTTCATCAAGGCACACACAAGCCCAAATGTTCTATGGGCCGAAGTAGGCGACG
GTGACACTGATCACTACTGTTGGCAGAGACCGGAGGACATGACGACTTCACGGCGAGCTT
TCAAGATCGACGAGAATAATCCTGGATCAGATCTGGCAGGAGAAACAGCCGCGGCTATGG
CGGCAGCTTCGATCGTTTTCCGCACAACAAATCCACATTACTCTCACCTTCTCTTGCACA
TGCCCACAATTGTTTGAGTTGGAGACAGTACAGAGCAATACGATGAGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CE24TF U 1
AF RR3H665TF U 45
BS 1 113 RR3CE24TF
BS 114 114 RR3H665TF
BS 115 145 RR3CE24TF
BS 146 146 RR3H665TF
BS 147 238 RR3CE24TF
BS 239 239 RR3H665TF
BS 240 307 RR3CE24TF
BS 308 308 RR3H665TF
BS 309 553 RR3CE24TF
BS 554 554 RR3H665TF
BS 555 591 RR3CE24TF
BS 592 830 RR3H665TF

RD RR3CE24TF 591 0 0
GGAACTCCACACAGCTTTCAAATACCCCCTGCGACGAGCAGAGATAGAGAGAGAGACTAG
TGAGAGAGTCCATCGCATTCTCTCTCTCTCCTTTCGTTCCCAAACAGAGACTTCTAGAGA
GAGAGATCACCACAAAAATGACTGTTAGGGAGATTCACCGACACAGACGATGGCATTTTC
CTCTTCTGATCACTATCTCCTTCGCCTCGTCGTTGCTCGGTGTTTCGTCGGAGACAGAGG
TCGGAACATTCGACTACAGTGAAGCATTGTCTAAAAGCTTACTCTACTTCGAAGCTCAGA
GATCAGGTCGACTTCCGTACAACCAGCGCGTGACGTGGCGTGATCACTCTGGTCTCACCG
ACGGTCTTGAGCAAGGGGTTGATTTAGTGGGAGGATATCATGACGCCGGAGACCATGTTA
AATTTGGACTTCCGATGGCTTTCACGGTAACGATGCTGTCGTGGAGTGTAATAGAATACG
GTGACTCACTCGCTTCCACCGGCGAGTTGTCTCACGCGCTAGAAGCCATCAAATGGGGAA
CCGATTACTTCATTAAGGCACACACAAGCCCAAATGTTCTATGGGCCGAAG

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3H665TF 786 0 0
GG
GAGAGATAGACTAGTGAGAGAGTCCATCGCATTCTCTCTCTCTCCTTTCGTTCCCAAACA
GAGACTTATAGAGAGAGAGATCACCACAAAAATGACTGTAAGGGAGATTCACCGACACAG
ACGATGGCATTTTCTTGTTCTGATCACTATCTCCTTCGCCTCGTCGTTGCTCGGTGTTTC
GTCGGAGATAGAAGTCGGAACATTCGGCTACAGTGAAGCATTGTCTAAAAGCTTACTCTA
CTTCGAAGCTCAGAGATCAGGCCGACTTCCGTACAACCAGCGCGTGACGTGGCGTGATCA
CTCTGGTCTCACCGACGGTCTTGAGCAAGGGGTTGATTTAGTGGGAGGATATCGTGACGC
CGGAGACCATGTTAAATTTGGACTTCCGATGGCTTTCACGGTAACGATGCTGTCGTGGAG
TGTAATAGAATACGGTGACTCACTCGCTTCCACCGGCGAGTTGTCTCACGCGCTAGAAGC
CATCAAATGGGGAACCGATTACTTCATCAAGGCACACACAAGCCCAAATGTTCTATGGGC
CGAAGTAGGCGACGGTGACACTGATCACTACTGTTGGCAGAGACCGGAGGACATGACGAC
TTCACGGCGAGCTTTCAAGATCGACGAGAATAATCCTGGATCAGATCTGGCAGGAGAAAC
AGCCGCGGCTATGGCGGCAGCTTCGATCGTTTTCCGCACAACAAATCCACATTACTCTCA
CCTTCTCTTGCACATGCCCACAATTGTTTGAGTTGGAGACAGTACAGAGCAATACGATGA
GAGT

QA 3 786 3 786
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8029Contig1 686 2 2 U
TAGCAATCATTACATCGAACTCGATGATGACCAATTGACCATAGGTCTAAAACAACATAT
CAAACCATCTTACAAGACCAAACAATTACATAGAAATAAAACTCCACATACAAGACGCAT
TTATTATATTGAAAATACCCTAATAAGTAAATCGAGAGAGTGATGATGGTGATGGTGATG
GCGAGGTGGATGGTGATAATGATGATCATGATAATGTTATCATGATCATGATGGTGGTGA
TATAAATGATTAAGCTTTACTGACGTGGTGGTCCATGTCGGCGACTAAGCTCTTGACGAA
TTTCATGTAGGTGCTTGGTTCAGGAGAATCATCGTTGCGCTTCTCCCATACAAGAGTGAT
TTTGCAGGCACAGGTATCCTCAGTTTTGGGGATAAATTGGTAGATCACATCATACACCTT
GAGCTGCTCCATCACATGACCCTCAAGTCCTCGTAATGTCAACGTTAAGTTCTCATCGTC
TACCTCTCTCTTCTCCTTGAATATCTCTTCCTTTCCATCCCATGTGTAGTTCCAGCTCCT
GATAGAACCATGGGAGTCATGCTCGCCCTCGTGAACGGTGACATTTTGGATGTGGTGGCC
GATGGCGTCAGGGAAGACATGGTTCTCGCTCTTCCACCTCTTGTAGTGTTTCTCCGCTGT
TCCTTTCAACGGAACCTCCGTCACGC


BQ
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AF RR3FL87TF C 1
AF RR3FL87JQ U 2
BS 1 1 RR3FL87TF
BS 2 686 RR3FL87JQ

RD RR3FL87TF 686 0 0
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TTTGCAGGCACAGGTATCCTCAGTTTTGGGGATAAATTGGTAGATCACATCATACACCTT
GAGCTGCTCCATCACATGACCCTCAAGTCCTCGTAATGTCAACGTTAAGTTCTCATCGTC
TACCTCTCTCTTCTCCTTGAATATCTCTTCCTTTCCATCCCATGTGTAGTTCCAGCTCCT
GATAGAACCATGGGAGTCATGCTCGCCCTCGTGAACGGTGACATTTTGGATGTGGTGGCC
GATGGCGTCAGGGAAGACATGGTTCTCGCTCTTCCACCTCTTGTAGTGTTTCTCCGCTGT
TCCTTTCAACGGAACCTCCGTCACGC

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DS 

RD RR3FL87JQ 685 0 0
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AAACCATCTTACAAGACCAAACAATTACATAGAAATAAAACTCCACATACAAGACGCATT
TATTATATTGAAAATACCCTAATAAGTAAATCGAGAGAGTGATGATGGTGATGGTGATGG
CGAGGTGGATGGTGATAATGATGATCATGATAATGTTATCATGATCATGATGGTGGTGAT
ATAAATGATTAAGCTTTACTGACGTGGTGGTCCATGTCGGCGACTAAGCTCTTGACGAAT
TTCATGTAGGTGCTTGGTTCAGGAGAATCATCGTTGCGCTTCTCCCATACAAGAGTGATT
TTGCAGGCACAGGTATCCTCAGTTTTGGGGATAAATTGGTAGATCACATCATACACCTTG
AGCTGCTCCATCACATGACCCTCAAGTCCTCGTAATGTCAACGTTAAGTTCTCATCGTCT
ACCTCTCTCTTCTCCTTGAATATCTCTTCCTTTCCATCCCATGTGTAGTTCCAGCTCCTG
ATAGAACCATGGGAGTCATGCTCGCCCTCGTGAACGGTGACATTTTGGATGTGGTGGCCG
ATGGCGTCAGGGAAGACATGGTTCTCGCTCTTCCACCTCTTGTAGTGTTTCTCCGCTGTT
CCTTTCAACGGAACCTCCGTCACGC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

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AAGGAGACTGGACACATCCAAATCTTGAGAGGAGACCTTGCACCAGAGGGTTCTGTAGCA
AAGATAACCGGCAAAGAAGGGTTATATTTCTCTGGTCCCGCACTTGTATTTGAAGGAGAG
GAATCTATGTTGGCTGCTATATCAGCAGACCCGATGAGCTTTAAAGGAACAGTGGTTGTT
ATTAGAGGAGAAGGTCCTAAAGGAGGTCCAGGCATGCCTGAGATGTTGACACCAACAAGT
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GGTGGGTCACATGGTTTTGTTGTTGGCCACATTTGCCCTGAAGCTCAGGAGGGTGGTCCA
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AATTACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP95TF U 1
AF RR3EP95JQ C 367
BS 1 584 RR3EP95TF
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AAGATAACCGGCAAAGAAGGGTTATATTTCTCTGGTCCCGCACTTGTATTTGAAGGAGAG
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DS 

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T

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

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ATTGTCCTCAGATTCATTTCATCTCAATGAATCAACTCATAAGTCAT


BQ
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AF RR3FT70JQ C 1
AF RR3FT70TF U 7
BS 1 6 RR3FT70JQ
BS 7 647 RR3FT70TF

RD RR3FT70JQ 647 0 0
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CACGGCCAAGCTTCTTTCTGTGGTCGTGGACGGCGACTATTACGGCGGATCGTCTGCAGC
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AGGTTCTGATTCCGATTTTAATTCTCCTGTTTCAGCTTCACTCACACCTCCTCCTTCCTA
CTTCAGTGCTTCTCCTTCCTCTACAAAACCTAAAAGAGCCAGCGTTCGTTCTGGTTCCTT
GGTCAACAAGAACCGTAGTGTCCCGTCGTCTCCCGCTGCTTCATTTTCATCATCCTCGTC
TTCAACGTCCTCTGTGCCATCTTCTCCAATGAGGACTTCGGATTTGTACGGAAGGAACAG
CAGAACACCAATGTGGTACGGATCTAAACATTACAATGCTAGTAGGTCTTCGGGATGCTA
CGGTTCCATCATCAAGCTGTTTCTGAGAGATGTCGAATAGTTATGTTTTTCATAACATCT
CCAAAAATATGTTGGTTTTCTACTCCTTTTTGTAATCTTGGAAATAATTTTCTGAAACCA
ATTGTCCTCAGATTCATTTCATCTCAATGAATCAACTCATAAGTCAT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3FT70TF 641 0 0
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CAAGCTTCTTTCTGTGGTCGTGGACGGCGACTATTACGGCGGATCGTCTGCAGCGGTTCC
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TGATTCCGATTTTAATTCTCCTGTTTCAGCTTCACTCACACCTCCTCCTTCCTACTTCAG
TGCTTCTCCTTCCTCTACAAAACCTAAAAGAGCCAGCGTTCGTTCTGGTTCCTTGGTCAA
CAAGAACCGTAGTGTCCCGTCGTCTCCCGCTGCTTCATTTTCATCATCCTCGTCTTCAAC
GTCCTCTGTGCCATCTTCTCCAATGAGGACTTCGGATTTGTACGGAAGGAACAGCAGAAC
ACCAATGTGGTACGGATCTAAACATTACAATGCTAGTAGGTCTTCGGGATGCTACGGTTC
CATCATCAAGCTGTTTCTGAGAGATGTCGAATAGTTATGTTTTTCATAACATCTCCAAAA
ATATGTTGGTTTTCTACTCCTTTTTGTAATCTTGGAAATAATTTTCTGAAACCAATTGTC
CTCAGATTCATTTCATCTCAATGAATCAACTCATAAGTCAT

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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AF RR3DI17TF U 1
AF RR3DI17JQ C 60
BS 1 668 RR3DI17TF
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BS 670 703 RR3DI17TF
BS 704 776 RR3DI17JQ

RD RR3DI17TF 715 0 0
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CGCGAGGAGACGGGTCTCTTTCCCGGGCCGGGTTACGAAGACCCGAATCCAGAGCCGAGG
AGCTTCCCTTACAGCGTGAAGCAGCAGTGCTGGGAGAAGGCGGAGAAGATTAAAGGCAGA
GACCCTGAGCGTTGGAGGAGGGATCATTTAGGGAACATTGTGTTTAGGAAGCTCGTAGGT
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AGCACTCTGGACAACTGTCAGGTTCTGCAGGCAAAGGTAAACCGATCAAAGGGAAATAAA
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GGATGCAG*ATGCAATGATATGTATTCGCTTATCTTTGCGTAT
CTTTTATGTAAG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3DI17JQ 717 0 0
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CCGCGAGGAGACGGGTCTCTTTCCCGGGCCGGGTTACGAAGACCCGAATCCAGAGCCGAG
GAGCTTCCCTTACAGCGTGAAGCAGCAGTGCTGGGAGAAGGCGGAGAAGATTAAAGGCAG
AGACCCTGAGCGTTGGAGGAGGGATCATTTAGGGAACATTGTGTTTAGGAAGCTCGTAGG
TTGTCCTGGATGCTTGTGTCATGATTACGACCACATTGTTCCTTACTCCAAGGGTGGCAA
GAGCACTCTGGACAACTGTCAGGTTCTGCAGGCAAAGGTAAACCGATCAAAGGGAAATAA
AACCGACATTTCTAGAGCCGAGCTTATCCAGAGGAGTTCCTACTGCCGAGTTGCTGGACG
GGATATGGATCTCATTGAGCTAACAGCTTATGGGAATGTACAACGTGCCTCTGAGTCCAG
TGGATGCAGGATGCAATGATATGTATTCGCTTATCTTTGCGTATTCTTTTTATTGTAAAG
AATGTATTGATCGAAAGAAAATGAAGAGAAGAGATTTCTCAGTATTTTTATTTGACC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL8033Contig1 641 2 1 U
GATGGAATTCCTTATGCATACCCTGCTCCTCCTCCTCCGTATGGTTATCCACCAGTTGCT
TATCCTCCACACGGTGGTTACCATCCAACCGGTTATCCTCCTACCGGTTATCCACCTCAC
GGTTATCCATCTCACGGACACCACCACCACGGAGGTATAGGAGCGATGATCGCGGGTGGA
GCGGCTATGGCAGCTGCAGCAGTTGGTTCTCACCACCACGGACACTATGGTCACCATCAC
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TGATTTGTTTCCTGAAAAAGATTGATCCAATCCAGAGACTATACATTATATATATATATC
ACTATGTAACAACAATAAATGTTCAAGTCTCTGAAAATATTACATAGTTATTGTGAGCCT
TAAGAGGCTAGAATGTCATAATTTTTCTTTCTCGGTTTGGTATTATCAAGCTTTTCTTTT
GTTTTATATCCTCATGTATAAAGTTTGCTTCATGATCCACTTGTTTGAAAACGATCTTTA
ATACTGAAGGAGAATCTTCAATAAACCACTCATTTTCTCCT


BQ
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AF RR3EE44JQ C 1
AF RR3EE44TF U 1
BS 1 641 RR3EE44TF

RD RR3EE44JQ 641 0 0
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ATACTGAAGGAGAATCTTCAATAAACCACTCATTTTCTCCT

QA 1 641 1 641
DS 

RD RR3EE44TF 641 0 0
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TATCCTCCACACGGTGGTTACCATCCAACCGGTTATCCTCCTACCGGTTATCCACCTCAC
GGTTATCCATCTCACGGACACCACCACCACGGAGGTATAGGAGCGATGATCGCGGGTGGA
GCGGCTATGGCAGCTGCAGCAGTTGGTTCTCACCACCACGGACACTATGGTCACCATCAC
GGTCACGGCTATGGGTACGGGTATCACAAACACGGTAAGTTCAAGCATGGGAAGTTCGGG
AAACGCTGGAAACATGGCATATTTGGGAAGCACAAGGGAAAATTCTTCAAGAAATGGAAG
TGATTTGTTTCCTGAAAAAGATTGATCCAATCCAGAGACTATACATTATATATATATATC
ACTATGTAACAACAATAAATGTTCAAGTCTCTGAAAATATTACATAGTTATTGTGAGCCT
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GTTTTATATCCTCATGTATAAAGTTTGCTTCATGATCCACTTGTTTGAAAACGATCTTTA
ATACTGAAGGAGAATCTTCAATAAACCACTCATTTTCTCCT

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL8034Contig1 767 2 4 U
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BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DH07TF U 1
AF RR3DH07JQ C 3
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RD RR3DH07TF 649 0 0
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TGATGGATTTTTTTCTCTGAGCTAGCACTTAAAATCAAAAAGACCACCAAGTATAGCTTC
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AAGAACGAGATTAAACAAG*AGCGAGAGTTTTGGGTACGAACTGTGACG

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3DH07JQ 765 0 0
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TCAGGGTTTCGTAAGAGATGTCCGAGTAACAAAGGAGGAATAATTTGGTACGATCAATGT
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ATGGATTTTTTTCTCTGAGCTAGCACTTAAAATCAAAAAGACCACCAAGTATAGCTTCAT
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TGCTGAAAGGTAATATCTATTATATATCAATAAAAAGAGTGCTTT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL8035Contig1 646 2 1 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DF90JQ C 1
AF RR3DF90TF U 1
BS 1 646 RR3DF90TF

RD RR3DF90JQ 646 0 0
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GCACCGATATTGATGCAGAAGTAGAACCAGTTGAAGAAAGAAGACTTTCTAACACGTTCA
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CCCGTGCCAAGAGCTATAAGGTAAAGACCGAGAAAGAACGTTAAGTACTGAGGTGTGGTT
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TGGAGTTCAGCGGTGAGATAAGTAATGAGGTTGATAGCAATACCGTAGTAAGCCAACCGC
TCACAACATTCATTGCCCGCACATTTCAGAGAGATGATGATAACTC

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3DF90TF 646 0 0
GCGAAACCTAAACCCCAGCCGATATTCTCCTGAACCAACACAAGAAGAAAGGCTCCAAAC
GCACCGATATTGATGCAGAAGTAGAACCAGTTGAAGAAAGAAGACTTTCTAACACGTTCA
CTCGGGTCCTTGTCGTCAAACTGATCAGCACCAAAGGAGGAGACGCAGGGTTTGATTCCT
CCCGTGCCAAGAGCTATAAGGTAAAGACCGAGAAAGAACGTTAAGTACTGAGGTGTGGTT
GGTGAAGGGCAAAAGTCTCCGGTGCAGTCGGAGGGTTTCAGATATGGAACTGTAGCAGAG
AGAGTCAGAGCAGACATTCCCTTGAAGATCAAATAAAGACCAGAACAGAGTTCAACACAC
AAAACACAAGAATGTGATATTGTATAGATAAGACTTACGATGAAATAAATGGAGGAGAAG
CAAGCAATGGTCCAGTATCTACCCCAGTAAGCATCGGCTAAGACGGCTCCAATGAGAGAA
GTGATATAACAAGTTCCTTGCCATGTCGTGACGTTTCTAGCTGCGGAAACGTTTCCTTGG
TGGAGTTCAGCGGTGAGATAAGTAATGAGGTTGATAGCAATACCGTAGTAAGCCAACCGC
TCACAACATTCATTGCCCGCACATTTCAGAGAGATGATGATAACTC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL8036Contig1 395 2 1 U
GGAAGAAACACAAACATTGTTTATGCTATCTCTTATCAGATATTGAACCATGAAGTCTCA
TACTTTATTTGTTGTCTTTTGTGTTGTTTTATTGCTCATTTTGAGTTATCCTAAAGAAGC
AGAAGCTGCTCCAAACAGGTGCCCGGCTAAAAGCTATTTTCCTGGAAAATGCGGAAATGA
TGGAATACAAAGTTGTCTAAGGGATTTCAAGAAAAAATCCAAGAAAAGCCACATTATTGA
TCAGTGTAGTAAATGTCAGGATGCTAAATCCCCAAATGGCGTAGTTAGACGTGATTGTCA
CTGCAGTTACCCTTCTACTGTACCTTGCTTATAAATTCATTGCTGGAGTCAATTATGATA
TCTGATATAAAAATATATTTTAATTTTGTTTTATT


BQ
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AF RR3G762TF U 1
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TCTGATATAAAAATATATTTTAATTTTGTTTTATT

QA 1 395 1 395
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TTTT
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ATT

QA 5 367 5 367
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3F793TF U 1
AF RR3F793JQ C 1
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QA 1 641 1 641
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QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

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TGATTATCACATAACATGGTTTTCCAT


BQ
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AF RR3F825TF U 1
AF RR3F825JQ C 132
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BS 588 807 RR3F825JQ

RD RR3F825TF 587 0 0
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GACCCGGGAATATCTGCTTTCCCGGAGGAAGACAACATCTTCTGTTGGAAAGGGACGATA
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AATGACTATCCTTTCAAACCTCCCAAGATCAAGTTCCAGACTACTTGCTTCCACCCCAAT
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GATGTGAGGACAATACTACTATCGATTCAGAGCCTTCTGGGAGAACCGAACATCAGCTCA
CCATTGAACACTCAAGCAGCTCAGCTCTGGAGCAACCAAGAAGAGTA

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3F825JQ 676 0 0
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TGTTCTCAAAAGGCTGCAATCTGAACTCATGGGCTTGATGATGGGAGGTGACCCGGGAAT
ATCTGCTTTCCCGGAGGAAGACAACATCTTCTGTTGGAAAGGGACGATAACTGGAAGCAA
AGACACTGTCTTTGAAGGAACTGAGTACAGACTCTCCCTCTCTTTCTCCAATGACTATCC
TTTCAAACCTCCCAAGATCAAGTTCCAGACTACTTGCTTCCACCCCAATGTTGATCTCCA
CGGCAATATCTGTTTGGACATTTTTCAGGATAAATGGTCATCTGCATATGATGTGAGGAC
AATACTACTATCGATTCAGAGCCTTTTGGGAGAACCGAACATCAGCTCACCATTGAACAC
TCAAGCAGCTCAGCTCTGGAGCAACCAAGAAGAGTATAGGAAGATGGTTGAGAAGCTTTA
CAAGCCTCCCAGTGCATGATTTCTTCAACCCGCTCTGTTTAATAAATCTCGCTTGCCGTT
GGCCATATATCACATTATATGTTTTCCCCGAAGAAAGAATATGTCTTATTCATTTGCTTT
CTTTGTTTATGATCTGATCATCAACAGATTTATCTGTAACCTTTGCCTTTGATTATCACA
TAACATGGTTTTCCAT

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

CO CL8039Contig1 844 2 4 U
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TTTTTACATAAAACTTTTGGTTTCTTCTGCCCAATAATTTGTCCTTCTTCTACTTCGATT
CCTACTTCTTTTTGTTTTCTTTTTCTGTTGAAAAACAATCTGTGAGATGACAATGGAACA
AGATATTGAAGCTATGGACCAGTTTCCACTAGGGATGAGAGTTCTTGCCGTTGACGATGA
CCAAACTTGTCTCCGTATTCTCGAGACTTTGCTTCACCACTGCCAATACCACGTTACAAC
AACGGATAAGGCACAGACCGCACTGGAGTTGTTGAGGGAGAACAAGAAAAAGTTTGATCT
CGTTATCAGCGATGTTGACATGCCAAACCTGGATACAACAAATCAGACGTCTTTCTGCAG
AGACACAGATTTTGGATCCTCAAATGCTGCCCAAGCAGACTCTTTTGATCCATTACAGAT
GAAGCAGCAGCATGAAAACCTCTTTAGTCCGATGACAGTTGCTCAGCTGTTGAGAAGTAG
CAGTGGAAATGAAGGGTTATTCATGGGACAACAGAAGCTAGAGAACGGCTTCATGGCTTC
AGATACCGGTTCCTTGGATGATATAGTCAATTCCATGATGACTCAGTAGGAACAGAGCCA
AGCCGAGTTCTCGGAAGGAGATTGGGTTTGGGTGGCATAATAGCTCAGCATGAGAGTGTT
TTATTCAGACACAAGTCTTTGGTTCTGTCTTTTTGTTTTTGCTCTGTTCTTTCTTTGTAA
GGGAAAGGTAAGCTCTGTTTACAAGTTTTTTCATTGGTTTAATAAATACGTGTTTTAAGT
TTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR3G677TF U 1
AF RR3G677JQ C 129
BS 1 649 RR3G677TF
BS 650 650 RR3G677JQ
BS 651 759 RR3G677TF
BS 760 844 RR3G677JQ

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CAGTGGAAATGAAGGGTTATTCATGGGACAACAGAAGCTAGAGAACGGCTTCATGGCTTC
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TTATTCAGACACAAGTCTTTGGTTCTGTCTTTTTGTTTT
GCTCTGT

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3G677JQ 716 0 0
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AAGCTATGGACCAGTTTCCACTAGGGATGAGAGTTCTTGCCGTTGACGATGACCAAACTT
GTCTCCGTATTCTCGAGACTTTGCTTCACCACTGCCAATACCACGTTACAACAACGGATA
AGGCACAGACCGCACTGGAGTTGTTGAGGGAGAACAAGAAAAAGTTTGATCTCGTTATCA
GCGATGTTGACATGCCAAACCTGGATACAACAAATCAGACGTCTTTCTGCAGAGACACAG
ATTTTGGATCCTCAAATGCTGCCCAAGCAGACTCTTTTGATCCATTACAGATGAAGCAGC
AGCATGAAAACCTCTTTAGTCCGATGACAGTTGCTCAGCTGTTGAGAAGTAGCAGTGGAA
ATGAAGGGTTATTCATGGGACAACAGAAGCTAGAGAACGGCTTCATGGCTTCAGATACCG
GTTCCTTGGATGATATAGTCAATTCCATGATGACTCAGTAGGAACAGAGCCAAGCCGAGT
TCTCGGAAGGAGATTGGGTTTGGGTGGCATAATAGCTCAGCATGAGAGTGTTTTATTCAG
ACACAAGTCTTTGGTTCTGTCTTTTTGTTTTTGCTCTGTTCTTTCTTTGTAAGGGAAAGG
TAAGCTCTGTTTACAAGTTTTTTCATTGGTTTAATAAATACGTGTTTTAAGTTTTG

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL8040Contig1 1141 2 6 U
GGTTGGAAGTAGCTATGGCTTCTTCTTCTTCTCCATCTGGTTTCTTCTGTCTGTTACGCC
GCTACTCGTGTATTCACGAACGCTCTCAGGTGATCCTGATCCTGATCCGTGCGATGCAAT
GAAACAGAGAGAGTTTGAGAAACTCAGATCGGATCAGATCACCGTCCTAATCAACGGTTA
CTCCGAGTCCCGTATCCCTCTTCTTCGATCCATCGTAGCCGCGTATTCAGGATCCTCAAT
CGTCTCATCGATCTTACTCCTCTGGGGAAACCCTACCACGCCTCCTCAAGTGCTTCACCA
GTTACACCACAGTCTCACTCGTCACGCTCTCGGTACAGCTTCGATATCTCTGATCCAGCA
ATCGTCGAGCAGCCTCAACGCTAGGTTCCTCCCTCGCGCTTCTGGTGTAGACACTCGCGC
TGTTTTGATCTGCGATGATGACGTGGAGGTGGACAGGAAGTCGCTGGAGTTCGCCTTCTC
CGTGTGGAGGTCGAACCCTGATCGTCTCGTAGGGATGTTTGTGAGGTCGCACGGTTTTGA
TCTGCAGGGGAAATAGTGGATCTACACTGTTCACCCGGACAAGTACTCCATCCTCCTCAC
CAAGTTCATGATGATGAAACAAGATTATCTCTTCGAGTACAGCTGCAACGGAGGTGTGGA
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TTTTGTGGCTTCTGACAAGTTGAGAGCAAGTCCAATCATGGTGGGAGCAGAGAGAGTTAG
GGATTGGGGAGATGCGCGTAACGAAGAGCAAGAGCAAGAGCAAGAAGAAGTGAGAGAAGT
TGGGTTGAGTAGTAGAAGAGTGGAACACAGGAAGAGAAGAGGCAATTGCATTAGGGAGTT
TCATAGAGTGTTGGGGAAGATGCCGTTGATGTATAGTTATGGTAAGGTTGTCAACTCTGT
TGGGGAACAAGGGCTTTGTCGTAAATCCGGAAAGCTTGTGTTTTGTGACCGAGATTGAAC
CTGCCTTCAAAGCATTATAGCAACTTGTAAACTAAATGCTTCAGTTCAAATGAGTGTATT
GTTACGATTGGACAAAGAGGTATGTAACCACTAAACTAATGTTTATAATAAAATATTAGA
G


BQ
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10 

AF RR3FN07TF U 1
AF RR3FN07JQ C 564
BS 1 653 RR3FN07TF
BS 654 654 RR3FN07JQ
BS 655 777 RR3FN07TF
BS 778 778 RR3FN07JQ
BS 779 798 RR3FN07TF
BS 799 1141 RR3FN07JQ

RD RR3FN07TF 798 0 0
GGTTGGAAGTAGCTATGGCTTCTTCTTCTTCTCCATCTGGTTTCTTCTGTCTGTTACGCC
GCTACTCGTGTATTCACGAACGCTCTCAGGTGATCCTGATCCTGATCCGTGCGATGCAAT
GAAACAGAGAGAGTTTGAGAAACTCAGATCGGATCAGATCACCGTCCTAATCAACGGTTA
CTCCGAGTCCCGTATCCCTCTTCTTCGATCCATCGTAGCCGCGTATTCAGGATCCTCAAT
CGTCTCATCGATCTTACTCCTCTGGGGAAACCCTACCACGCCTCCTCAAGTGCTTCACCA
GTTACACCACAGTCTCACTCGTCACGCTCTCGGTACAGCTTCGATATCTCTGATCCAGCA
ATCGTCGAGCAGCCTCAACGCTAGGTTCCTCCCTCGCGCTTCTGGTGTAGACACTCGCGC
TGTTTTGATCTGCGATGATGACGTGGAGGTGGACAGGAAGTCGCTGGAGTTCGCCTTCTC
CGTGTGGAGGTCGAACCCTGATCGTCTCGTAGGGATGTTTGTGAGGTCGCACGGTTTTGA
TCTGCAGGGGAAATAGTGGATCTACACTGTTCACCCGGACAAGTACTCCATCCTCCTCAC
CAAGTTCATGATGATGAAACAAGATTATCTCTTCGAGTACAGCTGCAACGGAG*TGTGGA
GATGGAGGAGATGAGGAAGATCGTTGACCGGATGCGTAATTGTGAGGATATATTAATGAA
TTTTGTGGCTTCTGACAAGTTGAGAGCAAGTCCAATCATGGTGGGAGCAGAGAGAGT*AG
GGATTGGGGAGATGCGCG

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3FN07JQ 578 0 0
ACACTGTTCACCCGGACAAGTACTCCATCCTCCTCACCAAGTTCATGATGATGAAACAAG
ATTATCTCTTCGAGTACAGCTGCAACGGAGGTGTGGAGATGGAGGAGATGAGGAAGATCG
TTGACCGGATGCGTAATTGTGAGGATATATTAATGAATTTTGTGGCTTCTGACAAGTTGA
GAGCAAGTCCAATCATGGTGGGAGCAGAGAGAGTTAGGGATTGGGGAGATGCGCGTAACG
AAGAGCAAGAGCAAGAGCAAGAAGAAGTGAGAGAAGTTGGGTTGAGTAGTAGAAGAGTGG
AACACAGGAAGAGAAGAGGCAATTGCATTAGGGAGTTTCATAGAGTGTTGGGGAAGATGC
CGTTGATGTATAGTTATGGTAAGGTTGTCAACTCTGTTGGGGAACAAGGGCTTTGTCGTA
AATCCGGAAAGCTTGTGTTTTGTGACCGAGATTGAACCTGCCTTCAAAGCATTATAGCAA
CTTGTAAACTAAATGCTTCAGTTCAAATGAGTGTATTGTTACGATTGGACAAAGAGGTAT
GTAACCACTAAACTAATGTTTATAATAAAATATTAGAG

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

CO CL8041Contig1 864 2 8 U
GGGGGTGAACTCAGCTCGATCGAAGGAGATCGTCTCCCCTGCGGCGGCGACGAAGCGTCT
GAGCTTCCTTTCGCTAACTGAAACGGCGAGTCGTGATTTCTGTATAAATATGTGTTTTTC
TCATCCTGAGCTCATCCTCTCATCCTCTCATCCTCTCTTCCTAACTCTTTCGACTTACTC
CTCACACATCAATGAATGCATCCCTCTTTACTCCTTCTCTCTGAATCGTCGAGTATAAAT
AGATTCTGGAAGGCTCTCCCTTTCCATTTTATCATCCCTCTACCAGGTATGTAATTGGTT
TCTGTTTGAAGTTTGTCTTTGAATTTTTATCTTCAGTTGCGATCTGACTTGAGCTTCCTA
ACCAGGAGCAATCATTGTGAATTCCTATTTTGATTTTTAAAAGAGCCCATTTCAAAGGAT
GTACGCTGCTCAGGTAAGTTCATATCTCTTTCAGATGTTATGTACTTTCAGAATAAAAAA
GTGGAGATATGGCAATATGGAGTGAAATGTGCATTTCTTCAAGACCAGATGGCAAAGATT
TGAGTTTCTCCCAAAGAGTTCCTAAACAAAGAAGTTGATATGGATTTGGATGATGTTGAG
GGAACCCATATGCTTACTTTTGTTTTTAATTTCTTGGGCAGCCATGGCTTCCCATTTCGT
TATCCCCTTTCCTCCTTTCCCCTTTTCAGGTCAAGCTTGGAGAGCTAGAAGCTGAAAAAT
TGTGGTGTTTATGTCTCCTCGCAACTGTTCTTATACATATCCTTAGTGTCTTACATGGAA
CTCTTCCAAAGGTTTATTGTTACATCTGCTCTATTGTTTGAAACGTTGTTGCCTAGGATT
GTCTCAGACATCATCATTTGATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI09TF U 1
AF RR3DI09JQ C 130
BS 1 687 RR3DI09TF
BS 688 688 RR3DI09JQ
BS 689 718 RR3DI09TF
BS 719 719 RR3DI09JQ
BS 720 743 RR3DI09TF
BS 744 744 RR3DI09JQ
BS 745 785 RR3DI09TF
BS 786 864 RR3DI09JQ

RD RR3DI09TF 785 0 0
GGGGGTGAACTCAGCTCGATCGAAGGAGATCGTCTCCCCTGCGGCGGCGACGAAGCGTCT
GAGCTTCCTTTCGCTAACTGAAACGGCGAGTCGTGATTTCTGTATAAATATGTGTTTTTC
TCATCCTGAGCTCATCCTCTCATCCTCTCATCCTCTCTTCCTAACTCTTTCGACTTACTC
CTCACACATCAATGAATGCATCCCTCTTTACTCCTTCTCTCTGAATCGTCGAGTATAAAT
AGATTCTGGAAGGCTCTCCCTTTCCATTTTATCATCCCTCTACCAGGTATGTAATTGGTT
TCTGTTTGAAGTTTGTCTTTGAATTTTTATCTTCAGTTGCGATCTGACTTGAGCTTCCTA
ACCAGGAGCAATCATTGTGAATTCCTATTTTGATTTTTAAAAGAGCCCATTTCAAAGGAT
GTACGCTGCTCAGGTAAGTTCATATCTCTTTCAGATGTTATGTACTTTCAGAATAAAAAA
GTGGAGATATGGCAATATGGAGTGAAATGTGCATTTCTTCAAGACCAGATGGCAAAGATT
TGAGTTTCTCCCAAAGAGTTCCTAAACAAAGAAGTTGATATGGATTTGGATGATGTTGAG
GGAACCCATATGCTTACTTTTGTTTTTAATTTCTTGGGCAGCCATGGCTTCCCATTTCGT
TATCCCCTTTCCTCCTTTCCCCTTTTC*GGTCAAGCTTGGAGAGCTAGAAGCTGAAAA*T
TGTGGTGTTTATGTCTCCTCGCA*CTGTTCTTATACATATCCTTAGTGTCTTACATGGAA
CTCTT

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3DI09JQ 735 0 0
GCTCATCCTCTCATCCTCTCATCCTCTCTTCCTAACTCTTTCGACTTACTCCTCACACAT
CAATGAATGCATCCCTCTTTACTCCTTCTCTCTGAATCGTCGAGTATAAATAGATTCTGG
AAGGCTCTCCCTTTCCATTTTATCATCCCTCTACCAGGTATGTAATTGGTTTCTGTTTGA
AGTTTGTCTTTGAATTTTTATCTTCAGTTGCGATCTGACTTGAGCTTCCTAACCAGGAGC
AATCATTGTGAATTCCTATTTTGATTTTTAAAAGAGCCCATTTCAAAGGATGTACGCTGC
TCAGGTAAGTTCATATCTCTTTCAGATGTTATGTACTTTCAGAATAAAAAAGTGGAGATA
TGGCAATATGGAGTGAAATGTGCATTTCTTCAAGACCAGATGGCAAAGATTTGAGTTTCT
CCCAAAGAGTTCCTAAACAAAGAAGTTGATATGGATTTGGATGATGTTGAGGGAACCCAT
ATGCTTACTTTTGTTTTTAATTTCTTGGGCAGCCATGGCTTCCCATTTCGTTATCCCCTT
TCCTCCTTTCCCCTTTTCAGGTCAAGCTTGGAGAGCTAGAAGCTGAAAAATTGTGGTGTT
TATGTCTCCTCGCAACTGTTCTTATACATATCCTTAGTGTCTTACATGGAACTCTTCCAA
AGGTTTATTGTTACATCTGCTCTATTGTTTGAAACGTTGTTGCCTAGGATTGTCTCAGAC
ATCATCATTTGATAC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL8042Contig1 748 2 5 U
TTTATTTTAACCAAAACAATAGAAGGATAATTTCTATGTAGAGTAATAAAATTCCATCCC
CTAATCGAAACCAAACATATCGCTTGATCCAAAATTCAACAATGAAAATCAAAGGATTGA
ATGCAGTAGATCTCACAGTAGATATTCTCCACAACTGTCCGGCCAAACTTCTCTTGTACA
TCCTTTGGCGTTTCCACCGCACTCAACGCCTTCAATACTGCTTTGACTGTGTTGTATGAA
TTCCTTGAACCAATCACCTTAGACTTGATGTTCTTGAACCCCGCTAGGAGCAACATTGTT
TTCACAACTCTCCCAGCTTTCATTCCCGTTGTTGTTGGTGCAGGCCATAAATACAACTTA
GTTTTCTTGTAAGAAGTCTGTATTGCGTGTGCAATGGTGTGCTCCTCATGACGCTCTATG
TAATGCAGATTCTGAAAGCATTTCTCATACGCCTTCTGCATTGCAGCCTGGCCGGTCTCA
GCTTTTGCTTTTGCATACCCAATGACACCTTCGTAGTTCCCGCATACCATCAACGCAGTG
TACCTTTCGACCCTGCCACCCTTTGTGACCTTGGCAACTTTTTTAACATCAATTACATGC
ACATCGTATCCTTTTCTGTATAAAGGTTGCCTTTTCTTCTCAGTCAAAGCATTTCTCTCC
TCAGCGAGATCTCTAATCTCCTCTTCCAACCGCTTCCCCTTCTTGCCGAATGTATGATCA
AGCTCAGAAAGCTTGCTTTCAAGCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK50JQ U 127
AF RR3DK50TF C 1
BS 1 144 RR3DK50TF
BS 145 150 RR3DK50JQ
BS 151 151 RR3DK50TF
BS 152 250 RR3DK50JQ
BS 251 748 RR3DK50TF

RD RR3DK50JQ 124 0 0
AAATTTCACAGTAAATAT
TTCTCCCCAACTGTCCGGCCAAACTTCTCTTGTACATCCTTTGGCGTTTCCACCGCACTC
AACGCCTTCAATACTGCTTTGACTGTGTTGTATGAATTCCTTGAAC

QA 19 124 19 124
DS 

RD RR3DK50TF 748 0 0
TTTATTTTAACCAAAACAATAGAAGGATAATTTCTATGTAGAGTAATAAAATTCCATCCC
CTAATCGAAACCAAACATATCGCTTGATCCAAAATTCAACAATGAAAATCAAAGGATTGA
ATGCAGTAGATCTCACAGTAGATATTCTCCACAACTGTCCGGCCAAACTTCTCTTGTACA
TC*TTTGGCGTTTCCACCGCACTCAACGCTTTCAATACTGCTTTGACTGTGTTGTATGAA
TTCCTTGAACCAATCACCTTAGACTTGATGTTCTTGAACCCCGCTAGGAGCAACATTGTT
TTCACAACTCTCCCAGCTTTCATTCCCGTTGTTGTTGGTGCAGGCCATAAATACAACTTA
GTTTTCTTGTAAGAAGTCTGTATTGCGTGTGCAATGGTGTGCTCCTCATGACGCTCTATG
TAATGCAGATTCTGAAAGCATTTCTCATACGCCTTCTGCATTGCAGCCTGGCCGGTCTCA
GCTTTTGCTTTTGCATACCCAATGACACCTTCGTAGTTCCCGCATACCATCAACGCAGTG
TACCTTTCGACCCTGCCACCCTTTGTGACCTTGGCAACTTTTTTAACATCAATTACATGC
ACATCGTATCCTTTTCTGTATAAAGGTTGCCTTTTCTTCTCAGTCAAAGCATTTCTCTCC
TCAGCGAGATCTCTAATCTCCTCTTCCAACCGCTTCCCCTTCTTGCCGAATGTATGATCA
AGCTCAGAAAGCTTGCTTTCAAGCTTCC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL8043Contig1 655 2 2 U
GGATCACCACATTTCTCATTAACATTCTCTAGAGAAGTAATTTCAAATTTCGATATGGCT
CGTACCAAGCAAACCGCCAGGAAATCCACCGGAGGCAAAGCCCCCAGGAAGCAGCTCGCG
ACGAAAGCCGCCAGGAAATCCGCTCCGGCCACCGGAGGAGTGAAGAAGCCGCACAGATTC
CGTCCCGGGACCGTGGCGCTGAGGGAGATAAGGAAGTACCAGAAGAGCACGGAGCTTCTC
ATCCGCAAGCTCCCCTTCCAGCGTCTCGTCCGTGAGATCGCTCAGGATTTCAAGACGGAT
CTGAGGTTCCAGAGCAGCGCCGTCGCGGCTCTCCAGGAGGCTGCGGAGGCTTACCTTGTC
GGGTTGTTTGAAGATACTAATCTCTGCGCGATTCACCCAAGAGGGTCACGATCATGCCCA
AAGATATCCAGCTCGCGAGGAGAATCCGTGGTGAAAGAGCTTGAAGAGTACCTAGCTTTG
TCTAGTTCGTTAATTAGTATCGTTTCCTGTGTTGTAGAGCTTGGCTCGTTTTCTAATTCT
GGGTTTGCTAAGGTTTAGCCTTTAAGGTGTTCGACGAAATACCCCAATGAAGATGTTCTC
TTTGTTCAATATAACTTATATTAGCCCACTTATATTTGATATGTGTTTGCTACCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BA92JQ C 1
AF RR3BA92TF U 1
BS 1 654 RR3BA92TF
BS 655 655 RR3BA92JQ

RD RR3BA92JQ 655 0 0
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CGTCCCGGGACCGTGGCGCTGAGGGAGATAAGGAAGTACCAGAAGAGCACGGAGCTTTTC
ATCCGCAAGCTCCCCTTCCAGCGTTTCGTCCGTGAGATCGCTCAGGATTTCAAGACGGAT
TTGAGGTTCCAGAGCAGCGCCGTCGCGGCTCTCCAGGAGGCTGCGGAGGCTTACCTTGTC
GGGTTGTTTGAAGATACTAATCTCTGCGCGATTCACCCAAGAGGGTCACGATCATGCCCA
AAGATATCCAGCTCGCGAGGAGAATCCGTGGTGAAAGAGCTTGAAGAGTACCTAGCTTTG
TCTAGTTCGTTAATTAGTATCGTTTCCTGTGTTGTAGAGCTTGGCTCGTTTTCTAATTCT
GGGTTTGCTAAGGTTTAGCCTTTAAGGTGTTCGACGAAATACCCCAATGAAGATGTTCTC
TTTGTTCAATATAACTTATATTAGCCCACTTATATTTGATATGTGTTTGCTACCG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3BA92TF 654 0 0
GGATCACCACATTTCTCATTAACATTCTCTAGAGAAGTAATTTCAAATTTCGATATGGCT
CGTACCAAGCAAACCGCCAGGAAATCCACCGGAGGCAAAGCCCCCAGGAAGCAGCTCGCG
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CGTCCCGGGACCGTGGCGCTGAGGGAGATAAGGAAGTACCAGAAGAGCACGGAGCTTCTC
ATCCGCAAGCTCCCCTTCCAGCGTCTCGTCCGTGAGATCGCTCAGGATTTCAAGACGGAT
CTGAGGTTCCAGAGCAGCGCCGTCGCGGCTCTCCAGGAGGCTGCGGAGGCTTACCTTGTC
GGGTTGTTTGAAGATACTAATCTCTGCGCGATTCACCCAAGAGGGTCACGATCATGCCCA
AAGATATCCAGCTCGCGAGGAGAATCCGTGGTGAAAGAGCTTGAAGAGTACCTAGCTTTG
TCTAGTTCGTTAATTAGTATCGTTTCCTGTGTTGTAGAGCTTGGCTCGTTTTCTAATTCT
GGGTTTGCTAAGGTTTAGCCTTTAAGGTGTTCGACGAAATACCCCAATGAAGATGTTCTC
TTTGTTCAATATAACTTATATTAGCCCACTTATATTTGATATGTGTTTGCTACC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL8044Contig1 870 2 10 U
TTCCGGTGCAGATCCATTCCCTCTTACCGAAAGTAAACAAAATAGAGAGAGGGGCGGGGA
TGTACGGGAGAAAAGGGTATCAGCTGATTAAAGATTTTGCGAGCGGGGAGAAGGGCCACC
ACCTCAAACCTTTCAATAGCAAGCTCTTTGACGAGGCTATCGAAGAATGCGACCAGAATC
ACCATCTCATCCAGTCTCTCATAAGGAAAATGCAACAAGAAGGGTTGGATGTTCACAGCA
ACAGAAATGCTGATCACTATGGAGCACTCGTTCATCACCTTTCTTTGATCCGCAACAAGC
GCTGCCTCATGGCCTATGTGCACAATAGAGCAGACATTTTGCGTGATCTGGTGTGGAGCA
TAGGACTTGAGCTTCTCGACCTTCCACCTGATATCCAAGAGAAGCTCACCGCACTGGAGA
AAGACTACTTCAAGAACCATTCCGTAGCTATCACATCATACATGGGTAAAGTAGGAATCG
AGTTGAATGTTGATATGGTGCCTCCAAAAGATCCATACATCAAGATCAGAGTTGTGGGAG
ATATCGACCAAGGAATAGTGATGAGCGACAAGACAACAAATTTCACCCGTCACTCTATGC
ATTTCCTCAAACGAACAGATGCTGAACCCTACATTGCTCGGGGGCAAATGGAGGAACTGA
CACGTTGATTCATCTAAAGAAGCTCTGGTGATCTATCTCAGATTTATTTATACGCTCTTG
CTGCTCTGTGATCAAAAAGAGTGTAAGCTTATTTGTATAGTTGTAAGATAGGACCAATGA
AAAGAAACCTCATACCAAAAAAACTCAAGTACAACGTTATTTCACTGCTTCTGTAAGTTT
GAATCTTCATTACAATCATCATCATGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CE58TF U 1
AF RR3CE58JQ C 134
BS 1 704 RR3CE58TF
BS 705 705 RR3CE58JQ
BS 706 737 RR3CE58TF
BS 738 738 RR3CE58JQ
BS 739 774 RR3CE58TF
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BS 786 802 RR3CE58TF
BS 803 870 RR3CE58JQ

RD RR3CE58TF 802 0 0
TTCCGGTGCAGATCCATTCCCTCTTACCGAAAGTAAACAAAATAGAGAGAGGGGCGGGGA
TGTACGGGAGAAAAGGGTATCAGCTGATTAAAGATTTTGCGAGCGGGGAGAAGGGCCACC
ACCTCAAACCTTTCAATAGCAAGCTCTTTGACGAGGCTATCGAAGAATGCGACCAGAATC
ACCATCTCATCCAGTCTCTCATAAGGAAAATGCAACAAGAAGGGTTGGATGTTCACAGCA
ACAGAAATGCTGATCACTATGGAGCACTCGTTCATCACCTTTCTTTGATCCGCAACAAGC
GCTGCCTCATGGCCTATGTGCACAATAGAGCAGACATTTTGCGTGATCTGGTGTGGAGCA
TAGGACTTGAGCTTCTCGACCTTCCACCTGATATCCAAGAGAAGCTCACCGCACTGGAGA
AAGACTACTTCAAGAACCATTCCGTAGCTATCACATCATACATGGGTAAAGTAGGAATCG
AGTTGAATGTTGATATGGTGCCTCCAAAAGATCCATACATCAAGATCAGAGTTGTGGGAG
ATATCGACCAAGGAATAGTGATGAGCGACAAGACAACAAATTTCACCCGTCACTCTATGC
ATTTCCTCAAACGAACAGATGCTGAACCCTACATTGCTCGGGGGCAAATGGAGGAACTGA
CACGTTGATTCATCTAAAGAAGCTCTGGTGATCTATCTCAGATT*ATTTATACGCTCTTG
CTGCTCTGTGATCAAAA*GAGTGTAAGCTTATTTGTATAGTTGTAAGATAGGAC*AATGA
AAG**AACCTCATACCAAAAAA

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3CE58JQ 737 0 0
CAATAGCAAGCTCTTTGACGAGGCTATCGAAGAATGCGACCAGAATCACCATCTCATCCA
GTCTCTCATAAGGAAAATGCAACAAGAAGGGTTGGATGTTCACAGCAACAGAAATGCTGA
TCACTATGGAGCACTCGTTCATCACCTTTCTTTGATCCGCAACAAGCGCTGCCTCATGGC
CTATGTGCACAATAGAGCAGACATTTTGCGTGATCTGGTGTGGAGCATAGGACTTGAGCT
TCTCGACCTTCCACCTGATATCCAAGAGAAGCTCACCGCACTGGAGAAAGACTACTTCAA
GAACCATTCCGTAGCTATCACATCATACATGGGTAAAGTAGGAATCGAGTTGAATGTTGA
TATGGTGCCTCCAAAAGATCCATACATCAAGATCAGAGTTGTGGGAGATATCGACCAAGG
AATAGTGATGAGCGACAAGACAACAAATTTCACCCGTCACTCTATGCATTTCCTCAAACG
AACAGATGCTGAACCCTACATTGCTCGGGGGCAAATGGAGGAACTGACAGGTTGATTCAT
CTAAAGAAGCTCTGGTGATCTATCTCAGATTTATTTATACGCTCTTGCTGCTCTGTGATC
AAAAAGAGTGTAAGCTTATTTGTATAGTTGTAAGATAGGACCAATGAAAAGAAACCTCAT
ACCAAAAAAACTCAAGTACAACGTTATTTCACTGCTTCTGTAAGTTTGAATCTTCATTAC
AATCATCATCATGAACC

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL8045Contig1 1164 2 2 U
GCGTCCGCTATGGATCGTGTTCAAACGCGACATGGTGATCACCCTGAAACAGGAGCTGAT
CATGAACAGCTTCAAGACCATCGACGGGAGAGGCGTGAACGTCGCGATCGCGGGAGGCGC
GTGTATCACGATCCAGTATGTGACGAACATCATTATACATGGGATTAATATCCATGATTG
TAGGCGGACGGGTAACGCGATGGTGAGAAGCTCGCCTTCGCATTACGGGTGGAGGACGAT
GGCGGACGGTGACGGGATTTCGATTTTTGGATCGAGTCATATTTGGATTGATCACAACTC
TTCGTCTAATTGTGCTGATGGGTTGATTGATGCGATTATGGGGTCTACAGCCATTACCAT
CTCTAATAACTATCTCACCCATCACAACGAGGTTATGTTGATGGGGCACAGTGATTCATA
CACAAGAGACAAGGTGATGCAAGTGACCATAGCATACAATCATTTTGGGGAGGGGCTTAT
ACAGAGAATGCCAAGGTGTAGGCACGGTTATTTCCATGTTGTAAACAATGATTACACACA
CTGGGCAATGTATGCGATTGGTGGAAGTGCTAACCCAACCATCAACAGCCAAGGCAATCG
GTTCCTTGCCCCAGCAAACCCTTTTGCCAAAGAGGTGACAAAGAGGGTCGGTTCATGGCA
AGGAGAATGGAAGCAATGGAACTGGAGATCGCAAGGAGACTTAATGCTCAATGGTGCTTA
CTTCACTAAATCTGGAGCTGCTACTCCTGCAAGCTATGCCAGAGCCTCTAGCTTGGGAGC
TAAACCATCTTCCGTTGTAAGTATGCTCACCTACAGCTCTGGTGCCCTCAAATGCCGGAT
TGGTATGCGGTGTTAGCTAATTGTATAACCCTCAAAGTCAAGACCTAAGACGATATCTGA
ATAGCTAAGGGAAACAAAGAAGAAAAATAACTTGTTTTCTTCGTTCCCGTTCTTTACTTT
TTCACTGTGTCCTTTTCTTTTCCTTTTACCATCGTAGTGCCCTTCCTATCCGCATCTAGT
CGTCAACCTGGGCCAGCTTTCGTGGGCCACAGTGTTGTTCGATTCCATATTGTAGTACAG
TGCATTCTTCTTTTTCTTCCTTATTACTCTTTTGGTGTATCATCATTGTATCATATATTC
TTCTATCAATGTAATGTCTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C909TF U 1
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BS 673 1164 RR3C909JQ

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GGCGGACGGTGACGGGATTTCGATTTTTGGATCGAGTCATATTTGGATTGATCACAACTC
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CTCTAATAACTATCTCACCCATCACAACGAGGTTATGTTGATGGGGCACAGTGATTCATA
CACAAGAGACAAGGTGATGCAAGTGACCATAGCATACAATCATTTTGGGGAGGGGCTTAT
ACAGAGAATGCCAAGGTGTAGGCACGGTTATTTCCATGTTGTAAACAATGATTACACACA
CTGGGCAATGTATGCGATTGGTGGAAGTGCTAACCCAACCATCAACAGCCAAGGCAATCG
GTTCCTTGCCCCAGCAAACCCTTTTGCCAAAGAGGTGACAAAGAGGGTCGGTTCATGGCA
AGGAGAATGGAA

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DS 

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ATGGGTGATGATGCGATAT
GGGTCTACAGCCATTACCATCTCTAATAACTATCTCACCCATCACAACGAGGTTATGTTG
ATGGGGCACAGTGATTCATACACAAGAGACAAGGTGATGCAAGTGACCATAGCATACAAT
CATTTTGGGGAGGGGCTTATACAGAGAATGCCAAGGTGTAGGCACGGTTATTTCCATGTT
GTAAACAATGATTACACACACTGGGCAATGTATGCGATTGGTGGAAGTGCTAACCCAACC
ATCAACAGCCAAGGCAATCGGTTCCTTGCCCCAGCAAACCCTTTTGCCAAAGAGGTGACA
AAGAGGGTCGGTTCATGGCAAGGAGAATGGAAGCAATGGAACTGGAGATCGCAAGGAGAC
TTAATGCTCAATGGTGCTTACTTCACTAAATCTGGAGCTGCTACTCCTGCAAGCTATGCC
AGAGCCTCTAGCTTGGGAGCTAAACCATCTTCCGTTGTAAGTATGCTCACCTACAGCTCT
GGTGCCCTCAAATGCCGGATTGGTATGCGGTGTTAGCTAATTGTATAACCCTCAAAGTCA
AGACCTAAGACGATATCTGAATAGCTAAGGGAAACAAAGAAGAAAAATAACTTGTTTTCT
TCGTTCCCGTTCTTTACTTTTTCACTGTGTCCTTTTCTTTTCCTTTTACCATCGTAGTGC
CCTTCCTATCCGCATCTAGTCGTCAACCTGGGCCAGCTTTCGTGGGCCACAGTGTTGTTC
GATTCCATATTGTAGTACAGTGCATTCTTCTTTTTCTTCCTTATTACTCTTTTGGTGTAT
CATCATTGTATCATATATTCTTCTATCAATGTAATGTCTTTTAT

QA 20 843 20 843
DS 



AS 1 2

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CTCTGCCTCAGTGGGTTGTTGAAGAGGTTGACAAGGATCCAGATCTTGCATACACTGATC
AGTGGGGAAGAAGGAACCACGAGTATATCTCACTTGGCGCTGATACACTCCCTGTTCTCA
AAGGTAGAACACCCGTCCAATGCTATTCCGATTTCATGCGTGCTTTCAGAGACAACTTCA
AGCATCTTCTCGGAGACACCATTGTGGAAATCCAAGTGGGAATGGGACCCGCAGGAGAGC
TGCGTTATCCTTCATACCCCGAGCAAGACGGAACATGGAGGTTCCCGGGGATTGGAGCCT
TCCAGTGTTATGACAAGTACTCGTTGAGCAGCTTGAAAGCAGCAGCTGAATCTTATGGAG
AGCCAGAGTGGGGCGGTACTGGCCCAACTGATGCTGGTCACTACAATAACTGGCCGGAAG
ACACTCAGTTCTTCAAAAAGGAAGACGGTGGTTGGAACACAGAGTACGGAGAGTTCTTCC
TCACGTGGTACTCCCAGATGTTGCTGGATCACGGCGAGCGTATCCTTTCCTCAGCCAAAT
CGATATTCCAAGACACAGGTGTCAAAATCTCGGTCAAAGTCGCTGGAATCCACTGGCACT
ACGGGACACGCTCTCACGCCCCTGAGCTCACAGCAGGATACTATAACACTAGGTTCAGAG
ACGGATACCTCCCGATCGCTCAAATGCTAGCCAGACACAACGCCATATTCAACTTCACGT
GCATCGAGATGAGAGACCACGAGCAGCCTCAAGACGCGCTTTGTGCACCAGAGAAGCTAG
TGAACCAGGTGGCTCTAGCTACTCTAGCTGCAGAAGTTCCTCTGGCTGGTGAAAACGCAT
TGCCTAGGTACGATGACTACGCGCACGAGCAGATCCTCAAGGCGTCTGCACTGAGCTTTG
ATCAGAACCAAGAGGGAGAAAACAGAGAGATGTGTGCGTTTACGTACCTGAGGATGAACC
CGGAGCTGTTTAAGGCCGAAAATTGGGGGAAGTTTGTAGGGTTTGTGAAAAAAATGGGTG
AAGGGAGAGACTCTGACAGGTGTCGGGAAGAAGTGGAGCGTGAAGCTGAGCATTTTGTGC
ATGTTACTCAGCCTCTGGTTCAAGAAGCTGCAGTGGCTCTCACTCACTAGAAAGAGAGAT
TGTGGCATGGTTCGACCCAATGGTTTATGTTTGTATGCGATGTGATGAAATGATTACTGT
GATGATGCCGAAAAGATGTTTAGGCTAAGGTTGTGTATGTATCGGCGGTATAAAAAATGA
TTATGGGCCATAGCTGTGGTTTTTTGGCTCAGGGTTGTGGCGTTTGTACTATTTCTGATA
CATACTAGAATAATATGTATATGTTTTCTTCTTTTTGTTCTTATATAATAGCATGAGGAA
GATGATTTCAGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AO75TF U 1
AF RR3AO75JQ C 568
BS 1 618 RR3AO75TF
BS 619 619 RR3AO75JQ
BS 620 690 RR3AO75TF
BS 691 1453 RR3AO75JQ

RD RR3AO75TF 690 0 0
TTCAGGCTGTTATGTCGTTTCATCAGTGCGGTGGTAACGTTGGTGACTCTGTCACTATTC
CTCTGCCTCAGTGGGTTGTTGAAGAGGTTGACAAGGATCCAGATCTTGCATACACTGATC
AGTGGGGAAGAAGGAACCACGAGTATATCTCACTTGGCGCTGATACACTCCCTGTTCTCA
AAGGTAGAACACCCGTCCAATGCTATTCCGATTTCATGCGTGCTTTCAGAGACAACTTCA
AGCATCTTCTCGGAGACACCATTGTGGAAATCCAAGTGGGAATGGGACCCGCAGGAGAGC
TGCGTTATCCTTCATACCCCGAGCAAGACGGAACATGGAGGTTCCCGGGGATTGGAGCCT
TCCAGTGTTATGACAAGTACTCGTTGAGCAGCTTGAAAGCAGCAGCTGAATCTTATGGAG
AGCCAGAGTGGGGCGGTACTGGCCCAACTGATGCTGGTCACTACAATAACTGGCCGGAAG
ACACTCAGTTCTTCAAAAAGGAAGACGGTGGTTGGAACACAGAGTACGGAGAGTTCTTCC
TCACGTGGTACTCCCAGATGTTGCTGGATCACGGCGAGCGTATCCTTTCCTCAGCCAAAT
CGATATTCCAAGACACAG*TGTCAAAATCTCGGTCAAAGTCGCTGGAATCCACTGGCACT
ACGGGACACGCTCTCACGCCCCTGAGCTCA

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3AO75JQ 886 0 0
ATCACGGCGAGCGTATCCTTTC*TCAGCCAAATCGATATTCCAAGACACAGGTGTCAAAA
TCTCGGTCAAAGTCGCTGGAATCCACTGGCACTACGGGACACGCTCTCACGCCCCTGAGC
TCACAGCAGGATACTATAACACTAGGTTCAGAGACGGATACCTCCCGATCGCTCAAATGC
TAGCCAGACACAACGCCATATTCAACTTCACGTGCATCGAGATGAGAGACCACGAGCAGC
CTCAAGACGCGCTTTGTGCACCAGAGAAGCTAGTGAACCAGGTGGCTCTAGCTACTCTAG
CTGCAGAAGTTCCTCTGGCTGGTGAAAACGCATTGCCTAGGTACGATGACTACGCGCACG
AGCAGATCCTCAAGGCGTCTGCACTGAGCTTTGATCAGAACCAAGAGGGAGAAAACAGAG
AGATGTGTGCGTTTACGTACCTGAGGATGAACCCGGAGCTGTTTAAGGCCGAAAATTGGG
GGAAGTTTGTAGGGTTTGTGAAAAAAATGGGTGAAGGGAGAGACTCTGACAGGTGTCGGG
AAGAAGTGGAGCGTGAAGCTGAGCATTTTGTGCATGTTACTCAGCCTCTGGTTCAAGAAG
CTGCAGTGGCTCTCACTCACTAGAAAGAGAGATTGTGGCATGGTTCGACCCAATGGTTTA
TGTTTGTATGCGATGTGATGAAATGATTACTGTGATGATGCCGAAAAGATGTTTAGGCTA
AGGTTGTGTATGTATCGGCGGTATAAAAAATGATTATGGGCCATAGCTGTGGTTTTTTGG
CTCAGGGTTGTGGCGTTTGTACTATTTCTGATACATACTAGAATAATATGTATATGTTTT
CTTCTTTTTGTTCTTATATAATAGCATGAGGAAGATGATTTCAGTC

QA 1 886 1 886
DS 



AS 1 2

CO CL8047Contig1 646 2 1 U
GGGCGAAGAAGCACATTTATAAACCCTAGATTTCTCCACCATTAGGGTTAGTGAGCGATG
GCGACAACAGGAACTGCGACGGCGAAGAGAAAACCGGTGTTCGTGAAGGTTGAACAGCTG
AAGCCTGGGACGACGGGTCACACGTTGACTGTTAAGGTCGTTGATTCCAACCCTGTGGTT
CCGACGACCCGTAAGGCTCGTCCGGGGAGTTCTATGAGTCGTCCGTCTCAGCCTAGTCGA
ATCGCCGAGTGTCTCATCGGAGACGAGACCGGGTGTATTCTCTTCACTGCTCGTAACGAT
CAAGTTGATCTTATGAAGGCGGGAGAAACGGTGATACTGCGCAACTCGAGGATAGACATG
TTCAAGGGTACGATGAGGCTAGGGGTTGATAAATGGGGACGCATCGAAGCCACTGAACCA
GCATCTTTCACTGTCAAAGAGGATAACAATCTCTCTCTTGTTGAATATGAACTGATTAAC
GTTAACGATCAGTGAGATCTTCTTTAGTGTGTGTTTCGGTGGAGTTAGAGGGTTATGATT
CTTCTTCTACCGTTATGGTCTTTGATTTAGTTTTTGAAGCTTTGTATGGACTTGTCCAGA
GATGCTTTCTTTTACGAATGCTTTCTATTTATTTTCTCTGTCTCCG


BQ
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AF RR3BW02JQ C 1
AF RR3BW02TF U 1
BS 1 646 RR3BW02TF

RD RR3BW02JQ 646 0 0
GGGCGAAGAAGCACATTTATAAACCCTAGATTTCTCCACCATTAGGGTTAGTGAGCGATG
GCGACAACAGGAACTGCGACGGCGAAGAGAAAACCGGTGTTCGTGAAGGTTGAACAGCTG
AAGCCTGGGACGACGGGTCACACGTTGACTGTTAAGGTCGTTGATTCCAACCCTGTGGTT
CCGACGACCCGTAAGGCTCGTCCGGGGAGTTCTATGAGTCGTCCGTCTCAGCCTAGTCGA
ATCGCCGAGTGTCTCATCGGAGACGAGACCGGGTGTATTCTCTTCACTGCTCGTAACGAT
CAAGTTGATCTTATGAAGGCGGGAGAAACGGTGATACTGCGCAACTCGAGGATAGACATG
TTCAAGGGTACGATGAGGCTAGGGGTTGATAAATGGGGACGCATCGAAGCCACTGAACCA
GCATCTTTCACTGTCAAAGAGGATAACAATCTCTCTCTTGTTGAATATGAACTGATTAAC
GTTAACGATCAGTGAGATCTTCTTTAGTGTGTGTTTCGGTGGAGTTAGAGGGTTATGATT
CTTCTTCTACCGTTATGGTCTTTGATTTAGTTTTTGAAGCTTTGTATGGACTTGTCCAGA
GATGCTTTCTTTTAGGAATGCTTTCTATTTATTTTCTCTGTCTCCG

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3BW02TF 646 0 0
GGGCGAAGAAGCACATTTATAAACCCTAGATTTCTCCACCATTAGGGTTAGTGAGCGATG
GCGACAACAGGAACTGCGACGGCGAAGAGAAAACCGGTGTTCGTGAAGGTTGAACAGCTG
AAGCCTGGGACGACGGGTCACACGTTGACTGTTAAGGTCGTTGATTCCAACCCTGTGGTT
CCGACGACCCGTAAGGCTCGTCCGGGGAGTTCTATGAGTCGTCCGTCTCAGCCTAGTCGA
ATCGCCGAGTGTCTCATCGGAGACGAGACCGGGTGTATTCTCTTCACTGCTCGTAACGAT
CAAGTTGATCTTATGAAGGCGGGAGAAACGGTGATACTGCGCAACTCGAGGATAGACATG
TTCAAGGGTACGATGAGGCTAGGGGTTGATAAATGGGGACGCATCGAAGCCACTGAACCA
GCATCTTTCACTGTCAAAGAGGATAACAATCTCTCTCTTGTTGAATATGAACTGATTAAC
GTTAACGATCAGTGAGATCTTCTTTAGTGTGTGTTTCGGTGGAGTTAGAGGGTTATGATT
CTTCTTCTACCGTTATGGTCTTTGATTTAGTTTTTGAAGCTTTGTATGGACTTGTCCAGA
GATGCTTTCTTTTACGAATGCTTTCTATTTATTTTCTCTGTCTCCG

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL8048Contig1 855 2 3 U
GGCATTATATTATTGGTTCGTATGTAAATAAAACGAACTTTATTATTTCCCCGGTAATCA
AACATTGATAAGTGAGTTGTGTTAAGGTGCATAATTTTGCACACCATTTAACACAGTCAA
ACGGTGATTATCGTTTTTATTGCTACTTACAAATGATTAACACAGTAATTATTTATTTAT
GTTGAGATTTTGGATTTTGATCTAACGGCACAAAAAGAGAGAGGGAGGTGATTAGTTTTA
GTTCTGGCCGTAGATCCACTTCTCAGCATTGCTGGTGTAAGAAACGAGTTCTTCAGGGTT
AAACCACAGACTAATCTCCTCTTTAGCTGTCTCTGCTCCGTCACTTCCATGGATAACGTT
CCTTCCAAAAACAACTGCAAGATCGCCTCGGATTGTTCCAGGTTCAGATTTTTGAGGATC
AGTGGCTCCAATCATTTTACGTCCGTATCTTACCACTCCTTCACCTTCCCATACCATGGC
AACAACAGGGCCTGAGCTAAGGAAGTTACACAAGCCGTTGACGAAAGGTCTTTCCTTTAG
ACCGTGGTAATGCTTCTGCGCGAAACCGTTCGAAGGAACCATGATTTTGATACCAACAAG
CTTGAATCCTTTGCGTTCGAACCGGGTAATGATTTCTGATATCAGTCCTCGCTGCACTCC
ATCAGGTTTGATAGCGATGAAAGTGCGTTCCATCAGCTCAGCAGCATGGACTTCCTGATC
TTGTAGCATGAAGGCTGCGGTAGGAAGAGCGAGGAGACCGGTGATCCAGCTCTTAGAGGC
GAAGCCAGAACCTGATTGTCTGAAGTTGGATGCATACTGAGGAACTTTTCCAGACGCATA
CACCACTGTTGCAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CE31JQ U 223
AF RR3CS37JQB U 1
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QA 1 295 1 295
DS 

RD RR3CS37JQB 855 0 0
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AACATTGATAAGTGAGTTGTGTTAAGGTGCATAATTTTGCACACCATTTAACACAGTCAA
ACGGTGATTATCGTTTTTATTGCTACTTACAAATGATTAACACAGTAATTATTTATTTAT
GTTGAGATTTTGGATTTTGATCTAACGGCACAAAAAGAGAGAGGGAGGTGATTAGTTTTA
GTTCTGGCCGTAGATCCACTTCTCAGCATTGCTGGTGTAAGAAACGAGTTCTTCAGGGTT
AAACCACAGACTAATCTCCTCTTTAGCTGTCTCTGCTCCGTCACTTCCATGGATAACGTT
CCTTCCAAGAACAACTGCAAGATCGCCTCGGATTGTTCCAGGTTCAGATTTTTGAGGATC
AGTGGCTCCAATCATTTTACGTCCGTATCTTACCACTCCTTCACCTTCCCATACCATGGC
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ACCGTGGTAATGCTTCTGCGCGAAACCGTTCGAAGGAACCATGATTTTGATACCAACAAG
CTTGAATCCTTTGCGTTCGAACCGGGTAATGATTTCTGATATCAGTCCTCGCTGCACTCC
ATCAGGTTTGATAGCGATGAAAGTGCGTTCCATCAGCTCAGCAGCATGGACTTCCTGATC
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CACCACTGTTGCAGC

QA 1 855 1 855
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D091JQ U 10
AF RR3D091TF C 1
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QA 1 556 1 556
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TCTCAGTCTGTTCCGCCATGGCTGCTCTTCTGCTCCCGTGAAAGCTTTGTGGCAAGGATG
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QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

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GTTTATGGATTAAGCAATAACACATTTTTCC


BQ
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GTTTATGGATTAAGCAATAACACATTTTTCC

QA 1 451 1 451
DS 

RD RR3G995TF 451 0 0
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GTTTATGGATTAAGCAATAACACATTTTTCC

QA 1 451 1 451
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GN90TF U 1
AF RR3GN90JQ C 58
BS 1 679 RR3GN90TF
BS 680 680 RR3GN90JQ
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RD RR3GN90TF 757 0 0
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TTGTGTTCATGGGAATTATAGAAACAAATGATTTCATATCTCTTAATACAAAAGTAAGTA
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TTCTTTTTGTTCTTATATGCAGAAATAAAATGGCAGCTGGGCTGATGAATCATTAGTAGC
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AATTTGGACTCAAAGAATGATGTATCATCTGCTATCGATTGAAGAAAGTCAGCAAAACAT
CTTGAAACGGGAGTCTCTGTGATTGATTCATGTGAAGAAAGTCTTTGATCAACAAGAACG
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AGAGCCTCATGAACAATAG*CTTGTCACTGTTTTTT*GGTTAGTTATTGTGTGTCTAGAA
TTGTAGGATTTGGTTTAGTTTGAGTTGGTATCCAGAT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3GN90JQ 723 0 0
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AAGTTTTCAATTATTGAATTAAAGTTCGATCCTTTCTTATCAAAGTTTCATTCTTTCTCT
TCTTTGTGTTCATGGGAATTATAGAAACAAATGATTTCATATCTCTTAATACAAAAGTAA
GTAAAAGTTTTGATTTCAAGTCTTGGTTTGACTCTCCACTATGAATTCAAAAGTAAGTAA
AGTTTGAATCTTTAAGCTCTTTAATGGTTGGTTTTGGTTGTAGAAACTCTTAATTAAAGC
TTCTTCTTTTTGTTCTTATATGCAGAAATAAAATGGCAGCTGGGCTGATGAATCATTAGT
AGCAGAGATGAGAAATTTGAAGCTTGAGTATGAGAAGCTTGCTTCTGAAAAAATTGTGAG
TTGAATTTGGACTCAAAGAATGATGTATCATCTGCTATCGATTGAAGAAAGTCAGCAAAA
CATCTTGAAACGGGAGTCTCTGTGATTGATTCATGTGAAGAAAGTCTTTGATCAACAAGA
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ACT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8053Contig1 937 2 2 U
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TTCAGTACCAAGGAAATCTTTTTGGTGTTTGCTTATC


BQ
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AF RR3AF81TF U 1
AF RR3AF81JQ C 147
BS 1 787 RR3AF81TF
BS 788 937 RR3AF81JQ

RD RR3AF81TF 787 0 0
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GGAGACGATATAAAGTTGAACAACAAGGGGGGAGATGAAGAGAAGAAGAAAAAGAGAAAG
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AAAACAGAAGATACACTCCGAGAAAACTTCCCCAAGCATGAGCAGATCAGATTTGGTGAT
GTCGTTCAAGCTCCACCGAAGCTGGCCGTTGTTCCAAAGGCACGAAAGACTCCTATGAGT
GCTTCCAAGGAGAGACTGCGGTTAGAGGCCATTGAAGCTTACAGATCTCGCAATGGATGG
ACCTCGAGACCAGGCGTTCAGATTCCTACCGTCACCATGCAATGAGATTTTGGTTGGGTC
ATATGAA

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3AF81JQ 791 0 0
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GGGATACACAACCTCTTCTGATCATGAGAATGATGGAGACGATATAAAGTTGAACAACAA
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CGAACAGGAACTTGCAGAGTTGGATGGTCGGTCCAAAAGGAAAGAACGCAAGAAGAAGTA
TTGGGAGGCAAAGAAGCAAAAGAAGAATAAAGGAAAAACAGAAGATACACTCCGAGAAAA
CTTCCCCAAGCATGAGCAGATCAGATTTGGTGATGTCGTTCAAGCTCCACCGAAGCTGGC
CGTTGTTCCAAAGGCACGAAAGACTCCTATGAGTGCTTCCAAGGAGAGACTGCGGTTAGA
GGCCATTGAAGCTTACAGATCTCGCAATGGATGGACCTCGAGACCAGGCGTTCAGATTCC
TACCGTCACCATGCAATGAGATTTTGGTTGGGTCATATGAACTCAGTTTTGTGTTACTAG
CTAGCTGGCTGTTAAACTAGTTTGGATTCTAACGTTGTGATAGTTTGAATTACCCAAACA
TCTCTTCCAATATGTAAAAGTGGATTATTTAAATTTCAGTACCAAGGAAATCTTTTTGGT
GTTTGCTTATC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AGGAAAATCTCCTGTGAACCTTGGTTTTGCTTTGCTTGAAGAACATTGTAAAGCAGTAGC
AGATCCGAAAGAAGAGCACCTGAAGAAGTCAGATGAAGGTACTAATGGTAATCATCATCT
TAACAGCAACAACACAGAGAAGCTACAAGGAGACGAGATGGTATGTGGTATGGTCTCCTT
TGTAGGCGATTAAATCTCATGGAACCACACTCAAAGCCTCGGGTCTATGTATAAATCTCT
ATGGTAAATAGTTATCAGAACTCCCGAAGGCGTTCTGGAGTTTGTAAATGTATAAAGATG
ATCAACACTTTGGCCTTGAACTAATTTTTGTACAGTTGGATCCATGTAAGATCATCAACA
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TTAAATGATTCGTGGTGATTTCTTCTGTGACTTGTTTCTCGAGTATTTACAGTTGTCGGA
ATAAAATCATCTGCTATTACTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DU23TF U 1
AF RR3DU23JQ C 112
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RD RR3DU23TF 795 0 0
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TAACAGCAACAACACAGAGAAGCTACAAGGAGACGAGATGGTATGTGGTATGGTCTCCTT
TGTAGGCGATTAAATCTCATGGAACCACACTCAAAGCCTCGGGTCTATGTATAAATCTCT
ATGGTAAATAGTTATCAGAACTCCCGAAGGCGTTCTGGAGTTTGTAAATGTATAAAGATG
ATCAACACTTTGGCCTTGAACTAATTTTTGTACAGTTGGATCCATGTAAGATCATCAACA
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TTAAATGATTCGTGG

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3DU23JQ 752 0 0
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TCTCTCTACAGGAAAATCTCCTGTGAACCTTGGTTTTGCTTTGCTTGAAGAACATTGTAA
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TCATCATCTTAACAGCAACAACACAGAGAAGCTACAAGGAGACGAGATGGTATGTGGTAT
GGTCTCCTTTGTAGGCGATTAAATCTCATGGAACCACACTCAAAGCCTCGGGTCTATGTA
TAAATCTCTATGGTAAATAGTTATCAGAACTCCCGAAGGCGTTCTGGAGTTTGTAAATGT
ATAAAGATGATCAACACTTTGGCCTTGAACTAATTTTTGTACAGTTGGATCCATGTAAGA
TCATCAACACCTTGGCCTTGAACTTCACCAAATCGTCCTTTTATTTGTTTGTGGCTTTCT
CGTGCTGTATTAAATGATTCGTGGTGATTTCTTCTGTGACTTGTTTCTCGAGTATTTACA
GTTGTCGGAATAAAATCATCTGCTATTACTGC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DK69JQ C 1
AF RR3DK69TF U 1
BS 1 298 RR3DK69TF

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QA 1 298 1 298
DS 

RD RR3DK69TF 298 0 0
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QA 1 298 1 298
DS 



AS 1 2

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TTATTTTGTATGAAAATATTTATATCTTGGAGGGGGTCTCTGTGGTTAGTTAGAGTCAGA
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AGATACAATTTTCTTAC


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E407TF U 1
AF RR3E407JQ C 3
BS 1 635 RR3E407TF
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BS 637 691 RR3E407TF
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RD RR3E407TF 691 0 0
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GATGAGAGACTCTATATGTTGACGACAAGTAAGCACCGTTTCTACCTTTTTTTTCATTAT
TTATTTTGTATGAAAATATTTATATCTTGGAGGGG*TCTCTGTGGTTAGTTAGAGTCAGA
ATATACTTTGATGCACATCATAAGATTCATT

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3E407JQ 735 0 0
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CTATTGACAGGCAGTGTTCTTCAGGTGCTGCTGCTGCTGCTGAAGAAATCTTGGGTGGTT
CTATCTACGACCCTGCTTACTACACCTCTCTTTTTGATGACGCCCAATCCAATTTGAGTT
CACCAAAGGTGAATCATTATTCAGCTGAGAACAATGGATCACCATCTGCTGCAGAAGCCT
CTCGGATTATGTCCCCCGGATCCAGATCATTGCATGCAATTGATGAAGAGAAAGGTCTGA
AACAACCACCGGGAATGTCTTCATCATCATTATGAGCAAACTCCATTCAGGAACGGTGGT
GCTATTTTGGCATCTAAAGAAAGAAGAAGTAACTGCTTCGCCAGCTCTGAGGTTTAGGAT
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TGAGAGACTCTATATGTTGACGACAAGTAAGCACCGTTTCTACCTTTTTTTTCATTATTT
ATTTTGTATGAAAATATTTATATCTTGGAGGGGGTCTCTGTGGTTAGTTAGAGTCAGAAT
ATACTTTGATGCACATCATAAGATTCATTCCGGGTTTTTTTTTCTGTTGTGTAAATGGAG
ATACAATTTTCTTAC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL8058Contig1 661 2 2 U
GAACATCAAAGAGTGAGCAGATCAGAATCAATGGCTCAGGCTCATCCAGAGCTGGAGACA
AACAAAACCAATGGAGAGAGAGAGAAAGCAACGCAAGTGGAAACAAGAGAGTGGCCAAGG
ATCTACATTGCCTTGTCTAGGAAAGAGAAGGAAGAAGATTTCTTGGTTACGAAAGGCACA
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TCCCAGGGATGTGGTTATCTGATTTGACCAAAATCGTTATGAAGTTAGGGAGAAGAAAAA
TGTGAAGAAGCAGCCGAAACGGAGAGGATTGAAAGGGTTGGAGAATTTGGATACCGACTC
CGAGTAAATTCTGCTTCTTTTTCTGGTTATCGATTGAGTTTATATAAAGAGTTGGGGAGG
ACGAATGTACGTGTGGCTTGCTTGTGATGCTCGTGCCAACAAGAACCCAGTGGAGCGAGA
GAGCTATCGAGAAGTTCACCCTTTTTCTTTTTGTTGCTGTTAGTGTAACAAAGAGAAGAA
GGTGACAATGCATCTAAATAAACATAATTCAGTTTTTAATCTTTTTTTGTCACAAATTCA
GTTTTCTTAATCATTTACAAAAATGAAACGAAAAACGGAATCCTTACCTGTTTTGAAACC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3D144TF U 1
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BS 636 661 RR3D144JQ

RD RR3D144TF 635 0 0
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ATCTACATTGCCTTGTCTAGGAAAGAGAAGGAAGAAGATTTCTTGGTTACGAAAGGCACA
TGCTTCCTCACCGACCCAGGAAACGAGCTAAGAACATTGATAAATCCCTGCAGTATTGTT
TCCCAGGGATGTGGTTATCTGATTTGACCAAAATCGTTATGAAGTTAGGGAGAAGAAAAA
TGTGAAGAAGCAGCCGAAACGGAGAGGATTGAAAGGGTTGGAGAATTTGGATACCGACTC
CGAGTAAATTCTGCTTCTTTTTCTGGTTATCGATTGAGTTTATATAAAGAGTTGGGGAGG
ACGAATGTACGTGTGGCTTGCTTGTGATGCTCGTGCCAACAAGAACCCAGTGGAGCGAGA
GAGCTATCGAGAAGTTCACCCTTTTTCTTTTTGTTGCTGTTAGTGTAACAAAGAGAAGAA
GGTGACAATGCATCTAAATAAACATAATTCAGTTTTTAATCTTTTTTTGTCACAAATTCA
GTTTTCTTAATCATTTACAAAAATGAAACGAAAAA

QA 1 635 1 635
DS 

RD RR3D144JQ 467 0 0
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TTATCTGATTTGACCAAAATCGTTATGAAGTTAGGGAGAAGAAAAATGTGAAGAAGCAGC
CGAAACGGAGAGGATTGAAAGGGTTGGAGAATTTGGATACCGACTCCGAGTAAATTCTGC
TTCTTTTTCTGGTTATCGATTGAGTTTATATAAAGAGTTGGGGAGGACGAATGTACGTGT
GGCTTGCTTGTGATGCTCGTGCCAACAAGAACCCAGTGGAGCGAGAGAGCTATCGAGAAG
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TAAATAAACATAATTCAGTTTTTAATCTTTTTTTGTCACAAATTCAGTTTTTTTAATCAT
TTACAAAAATGAAACGAAAAACGGAATCCTTACCTGTTTTGAAACCC

QA 1 467 1 467
DS 



AS 1 2

CO CL8059Contig1 1160 2 2 U
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ACGCACGACCTTCCTCTGCAGCAACTCCATGGAGCCTGCGTTGACCGCGTCATCCTCTTT
CGGTGGGTCTTCTCGACTCTCCGCCTTGGCCCAGCAACTGCGCATGTACAAGCCACCGCC
TTCTTCTTCATCGTTCGAAAACGATGATGAGGAGACGCAGGCGGATCAGGAGAGCGCAGG
GAAGGTGGTTTCTCAGGTTGGGTTTCAGGAATCCATGACCCCGGTTCCGAAAGATCCTGA
GAGGTTCAGACCGAAGCGAGCTGCTGTCTTGATCTGTATTTTCGAAGGAGAGGAGGGCGA
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ACTGCCGGGTGGTAAGGCGGAGGAGGATGATAAAGATGATGGGATGACTGCTACCAGAGA
GGCCGAGGAAGAGATTGGTTTGGACCCTTCTCTTGTTGATGTTGTCACTTCTCTCGAACC
TTTTCTGTCCAAGCATCTCCTCAGAGTAATACCTGTGATAGGAATCTTGAAGGACAAAAA
CGCATTCAATCCAAAACCAAATCCTGCGGAAGTGGAAGCTGTGTTTGATGCACCTTTGGA
AATGTTCCTCAAGGATGAAAACAGAAGATCCGAAGAGAGAGATTGGATGGGAGAAAAGTA
TTTGATCCACTACTTTGACTACCGAACAGGAGATAAAGATTATACTATATGGGGTTTAAC
TGCCGGGATCTTGATCAGAGCTGCATCTGTGACTTATCAAAGACCACCTGCTTTCACCGA
GCAGTGCCCTAAGTTTAAGTACCCTAAAATGGTAGAGAAACATACTTGTATGCCTTAATG
TGGTCCTAGATTTGGTCTTCTTCCAGTAGAAGACCAAACAAGAAAGGCAATAACACTCCC
AAAACTGATTATGTACCAGTGAATGCAGAACTAGGCTACTTACTTATGTATATGCGGACA
GCTCTTAGTTCATGTCCAGACGAGATATCTCATTGACAATTTTTCCATGAATCTTCTATT
TATGAGGAGATAAGTGGAGGGGTTTGGTTTTCATCTCGTTATGATCTAGGTCACTCTGTA
TTCTTGAATTTTTTATATAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AW15TF U 1
AF RR3AW15JQ C 291
BS 1 745 RR3AW15TF
BS 746 1160 RR3AW15JQ

RD RR3AW15TF 745 0 0
CTGAAATCAGATTCTTTTCTTTTTGATGTTTTTACTCCATCGCAGGCTTCCTTTACTTGC
ACGCACGACCTTCCTCTGCAGCAACTCCATGGAGCCTGCGTTGACCGCGTCATCCTCTTT
CGGTGGGTCTTCTCGACTCTCCGCCTTGGCCCAGCAACTGCGCATGTACAAGCCACCGCC
TTCTTCTTCATCGTTCGAAAACGATGATGAGGAGACGCAGGCGGATCAGGAGAGCGCAGG
GAAGGTGGTTTCTCAGGTTGGGTTTCAGGAATCCATGACCCCGGTTCCGAAAGATCCTGA
GAGGTTCAGACCGAAGCGAGCTGCTGTCTTGATCTGTATTTTCGAAGGAGAGGAGGGCGA
TCTTCGCGTCATCCTCACTAAGAGGTCTTCCAGATTGTCTACTCACTCGGGAGAAGTTTC
ACTGCCGGGTGGTAAGGCGGAGGAGGATGATAAAGATGATGGGATGACTGCTACCAGAGA
GGCCGAGGAAGAGATTGGTTTGGACCCTTCTCTTGTTGATGTTGTCACTTCTCTCGAACC
TTTTCTGTCCAAGCATCTCCTCAGAGTAATACCTGTGATAGGAATCTTGAAGGACAAAAA
CGCATTCAATCCAAAACCAAATCCTGCGGAAGTGGAAGCTGTGTTTGATGCACCTTTGGA
AATGTTCCTCAAGGATGAAAACAGAAGATCCGAAGAGAGAGATTGGATGGGAGAAAAGTA
TTTGATCCACTACTTTGACTACCGA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3AW15JQ 870 0 0
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AGGAGGGCGATCTTCGCGTCATCCTCACTAAGAGGTCTTCCAGATTGTCTACTCACTCGG
GAGAAGTTTCACTGCCGGGTGGTAAGGCGGAGGAGGATGATAAAGATGATGGGATGACTG
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CTCTCGAACCTTTTCTGTCCAAGCATCTCCTCAGAGTAATACCTGTGATAGGAATCTTGA
AGGACAAAAACGCATTCAATCCAAAACCAAATCCTGCGGAAGTGGAAGCTGTGTTTGATG
CACCTTTGGAAATGTTCCTCAAGGATGAAAACAGAAGATCCGAAGAGAGAGATTGGATGG
GAGAAAAGTATTTGATCCACTACTTTGACTACCGAACAGGAGATAAAGATTATACTATAT
GGGGTTTAACTGCCGGGATCTTGATCAGAGCTGCATCTGTGACTTATCAAAGACCACCTG
CTTTCACCGAGCAGTGCCCTAAGTTTAAGTACCCTAAAATGGTAGAGAAACATACTTGTA
TGCCTTAATGTGGTCCTAGATTTGGTCTTCTTCCAGTAGAAGACCAAACAAGAAAGGCAA
TAACACTCCCAAAACTGATTATGTACCAGTGAATGCAGAACTAGGCTACTTACTTATGTA
TATGCGGACAGCTCTTAGTTCATGTCCAGACGAGATATCTCATTGACAATTTTTCCATGA
ATCTTCTATTTATGAGGAGATAAGTGGAGGGGTTTGGTTTTCATCTCGTTATGATCTAGG
TCACTCTGTATTCTTGAATTTTTTATATAA

QA 1 870 1 870
DS 



AS 1 2

CO CL8060Contig1 989 2 4 U
GAGATTTTGATGTTTTCAGCTACATTTCCCGTCACTGTCAAGTACTTCAAGGATCGTTAT
CTCAGGAAGCCTTACATTATTAATCTCATGGACCAGCTGACACTTATGGGTGTCACACAG
TACTATGCTTTTGTTGAAGAGAGGCAGAAGGTGCACTGCCTTAACACGCTTTTCTCCAAG
CTTCAAATAAACCAATCCATTATCTTTTGCAACTCTGTCAATCGTGTGGAGCTGCTAGCC
AAGAAAATAACAGAACTTGGTTACTCATGCTTCTATATCCATGCAAAGATGGCTCAAGAC
CACCGTAACAGGGTCTTCCATGATTTCCGCAACGGTGCATGCAGAAACCTTGTTTGCACT
GATTTGTTTACACGTGGAATTGACATTCAAGCTGTGAATGTGGTCATTAATTTTGATTTC
CCGAGGACTTCTGAGTCGTATCTACACAGGGTTGGTCGATCAGGAAGGTATGGACACCTT
GGGTTGGCTGTGAACTTGGTAACGTATGAGGACCGCTTCAAAATGTACCAAACTGAGCAA
GAACTTGGAACCGAAATCAAGCCAATTCCGTCACTTATCGACAAGGCAATCTACTGTCAG
TAACTTCAACAAGGTTCACATTCTCCAGGCGGTGTGTTGTGGAGGCAAATCGTTAAGCTT
TGGCAGTTGCAAGCTCGTTCCAGAGATGAAGGCAACACTCAGGCAAGAAGAAAGGCCGTA
TTAATAGCGGTTGATTATATTTGAACCTTTCAACCCGAGGACTGGTGGTTTGGTTTTGCT
TTGAAGAATTCTTCTGCATGATGTGCATCTTTAAGTGACCTTCGGTCAACTTTCGTTTTT
CATATTTTAAGAAACCTTTTACCCTTTGGGATTTGGGTGTTTGATGACTTTTCATGTTTT
TTTTCTTATTTCAAGACTTGAGGCCTAATTTCCTAGTAGTAAGATCAAACAGAAGAAGAC
AATTTTACTACACTTTTTTTATTGCTCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FO70TF U 1
AF RR3FO70JQ C 182
BS 1 621 RR3FO70TF
BS 622 622 RR3FO70JQ
BS 623 689 RR3FO70TF
BS 690 989 RR3FO70JQ

RD RR3FO70TF 698 0 0
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TACTATGCTTTTGTTGAAGAGAGGCAGAAGGTGCACTGCCTTAACACGCTTTTCTCCAAG
CTTCAAATAAACCAATCCATTATCTTTTGCAACTCTGTCAATCGTGTGGAGCTGCTAGCC
AAGAAAATAACAGAACTTGGTTACTCATGCTTCTATATCCATGCAAAGATGGCTCAAGAC
CACCGTAACAGGGTCTTCCATGATTTCCGCAACGGTGCATGCAGAAACCTTGTTTGCACT
GATTTGTTTACACGTGGAATTGACATTCAAGCTGTGAATGTGGTCATTAATTTTGATTTC
CCGAGGACTTCTGAGTCGTATCTACACAGGGTTGGTCGATCAGGAAGGTATGGACACCTT
GGGTTGGCTGTGAACTTGGTAACGTATGAGGACCGCTTCAAAATGTACCAAACTGAGCAA
GAACTTGGAACCGAAATCAAGCCAATTCCGTCACTTATCGACAAGGCAATCTACTGTCAG
TAACTTCAACAAGGTTCACAT*CTCCAGGCGGTGTGTTGTGGAGGCAAATCGTTAAGCTT
TGGCAGTTGCAAGCTCGTTCCAGAGATGA
GGCACACTC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3FO70JQ 808 0 0
TTCAAATAAACCAATCCATTATCTTTTGCAACTCTGTCAATCGTGTGGAGCTGCTAGCCA
AGAAAATAACAGAACTTGGTTACTCATGCTTCTATATCCATGCAAAGATGGCTCAAGACC
ACCGTAACAGGGTCTTCCATGATTTCCGCAACGGTGCATGCAGAAACCTTGTTTGCACTG
ATTTGTTTACACGTGGAATTGACATTCAAGCTGTGAATGTGGTCATTAATTTTGATTTCC
CGAGGACTTTTGAGTCGTATCTACACAGGGTTGGTCGATCAGGAAGGTATGGACACCTTG
GGTTGGCTGTGAACTTGGTAACGTATGAGGACCGCTTCAAAATGTACCAAACTGAGCAAG
AACTTGGAACCGAAATCAAGCCAATTCCGTCACTTATCGACAAGGCAATTTACTGTCAGT
AACTTCAACAAGGTTCACATTCTCCAGGCGGTGTGTTGTGGAGGCAAATCGTTAAGCTTT
GGCAGTTGCAAGCTCGTTCCAGAGATGAAGGCAACACTCAGGCAAGAAGAAAGGCCGTAT
TAATAGCGGTTGATTATATTTGAACCTTTCAACCCGAGGACTGGTGGTTTGGTTTTGCTT
TGAAGAATTCTTCTGCATGATGTGCATCTTTAAGTGACCTTCGGTCAACTTTCGTTTTTC
ATATTTTAAGAAACCTTTTACCCTTTGGGATTTGGGTGTTTGATGACTTTTCATGTTTTT
TTTCTTATTTCAAGACTTGAGGCCTAATTTCCTAGTAGTAAGATCAAACAGAAGAAGACA
ATTTTACTACACTTTTTTTATTGCTCCG

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL8061Contig1 684 2 1 U
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TAAGGTCGAAAGTCCTCCTCTGCCACGAGACGATGCTGCTGCCTGCTCCACGTCCGGTGC
ACAGTCTCTTAATCAGGCGCCACAAGCTGCAGTGTGTGAGCCTGTATTGAGTGTTCCCTC
AACTTCTCAGGCTGTAATAGAAGAAACTAAGAAGATATGTGAGCTTGAAGTGAAGTTCCC
CTCAGCATCAGTGGCCGCAATTTCTGAAACGAAAAAGAAGAAGAAACATAAGCCGACCAA
AGAAGATCGATACAATGCTTTGTTTGAGGACTGGACTCCACCTTCCTTCATTTCCATGGA
TGTTGATTCTTCCTCCACGAACGATGACGACTGGCTATTTGGGAGTAGGACGAAAGAGAG
AACAAGCCGCAAGGCAGCAGCAGATAAGAGTGATGAAGATGTGTGCACATCTAGTGATTC
GTCTTGGCCTAGAGCTCAGTTTATGTCTCAAGTCGGGATCTATTCTTTACCTTACACTGT
CCCGTTTTAATGTTTGTCAAGTCTAGCATTTGTACAGTAACTGATTGTAACAACACTTCT
CTAATCTACTAACCCAATTTTGAC


BQ
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AF RR3GQ72JQ C 1
AF RR3GQ72TF U 1
BS 1 684 RR3GQ72TF

RD RR3GQ72JQ 684 0 0
GGGAAGCCAGAATAGCAAGAAGAGGAAGAGAGATGTCTCTCCTCCGGCTGTTGAAAGTGT
CATCAAAGCTGCACCTGTAGCAGGTAAACCTCTGCGGATTCGTTTGCTATTCAAAAAACC
TAAGGTCGAAAGTCCTCCTCTGCCACGAGACGATGCTGCTGCCTGCTCCACGTCCGGTGC
ACAGTCTCTTAATCAGGCGCCACAAGCTGCAGTGTGTGAGCCTGTATTGAGTGTTCCCTC
AACTTCTCAGGCTGTAATAGAAGAAACTAAGAAGATATGTGAGCTTGAAGTGAAGTTCCC
CTCAGCATCAGTGGCCGCAATTTCTGAAACGAAAAAGAAGAAGAAACATAAGCCGACCAA
AGAAGATCGATACAATGCTTTGTTTGAGGACTGGACTCCACCTTCCTTCATTTCCATGGA
TGTTGATTCTTCCTCCACGAACGATGACGACTGGCTATTTGGGAGTAGGACGAAAGAGAG
AACAAGCCGCAAGGCAGCAGCAGATAAGAGTGATGAAGATGTGTGCACATCTAGTGATTC
GTCTTGGCCTAGAGCTCAGTTTATGTCTCAAGTCGGGATCTATTCTTTACCTTACACTGT
CCCGTTTTAATGTTTGTCAAGTCTAGCATTTGTACAGTAACTGATTGTAACAACACTTCT
CTAATCTACTAACCCAATTTTGAC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3GQ72TF 684 0 0
GGGAAGCCAGAATAGCAAGAAGAGGAAGAGAGATGTCTCTCCTCCGGCTGTTGAAAGTGT
CATCAAAGCTGCACCTGTAGCAGGTAAACCTCTGCGGATTCGTTTGCTATTCAAAAAACC
TAAGGTCGAAAGTCCTCCTCTGCCACGAGACGATGCTGCTGCCTGCTCCACGTCCGGTGC
ACAGTCTCTTAATCAGGCGCCACAAGCTGCAGTGTGTGAGCCTGTATTGAGTGTTCCCTC
AACTTCTCAGGCTGTAATAGAAGAAACTAAGAAGATATGTGAGCTTGAAGTGAAGTTCCC
CTCAGCATCAGTGGCCGCAATTTCTGAAACGAAAAAGAAGAAGAAACATAAGCCGACCAA
AGAAGATCGATACAATGCTTTGTTTGAGGACTGGACTCCACCTTCCTTCATTTCCATGGA
TGTTGATTCTTCCTCCACGAACGATGACGACTGGCTATTTGGGAGTAGGACGAAAGAGAG
AACAAGCCGCAAGGCAGCAGCAGATAAGAGTGATGAAGATGTGTGCACATCTAGTGATTC
GTCTTGGCCTAGAGCTCAGTTTATGTCTCAAGTCGGGATCTATTCTTTACCTTACACTGT
CCCGTTTTAATGTTTGTCAAGTCTAGCATTTGTACAGTAACTGATTGTAACAACACTTCT
CTAATCTACTAACCCAATTTTGAC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL8062Contig1 690 2 2 U
TTTTTTTTGTCCATTGGACAACCTATGTCCATGAAACCCAAAACCCATAAAGACCATTTT
TTAAATGGTCATCCATATTTTGTCCATTAATAACCCATGAAAAAAATGGGTGTGTCCATA
TTAAGTCCATTTAAATATGGGCGTGGACGACCAATGGACGACCCGCCCATTTGACACCTA
TACATGATGGCTCAAAGGAGACAAGATCACCCAAAGAACAGGAGCGATGCTGAACTATAT
CTCGGTATAACAGAACCATATCTAACTTTTATGGTACAACAACTTAAGGCAGTTTCTTCC
ATCTCCTACGTATACTTATCTTTAGTCGGGTTCATGAATACACTAAGAATAAATCATGTT
TAACGTTTACTTTTCTCAGATTTGATTTCATTGAAACCCACAACTTTAGGCGATGTAGAA
TGGGAACCGTTGCGCAAAGTCTCGTCAGTCTGATACATAGCTTTTGTATTATTCATGATG
ACTTAGATGAATAAGTTGTTCCAAATTTTTAGAATCTACTTTCGAATCCAGCCTCCTTTT
GCATTGACAATAGACATGCTATTCATATATGATGTGTACTACATACATATCATGAACGCA
AAACATCATGAGGGAAACAATCTGAAGTGTCATTAGTCAAACCAAACTGCTGTTAACATA
CATTCAGCAACATATTAGACGAACTTTTTC


BQ
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AF RR3DG65JQ C 1
AF RR3DG65TF U 1
BS 1 688 RR3DG65TF
BS 689 690 RR3DG65JQ

RD RR3DG65JQ 690 0 0
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CATTCAGCAACATATTAGACGAACTTTTTC

QA 1 690 1 690
DS 

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TTAAATGGTCATCCATATTTTGTCCATTAATAACCCATGAAAAAAATGGGTGTGTCCATA
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CTCGGTATAACAGAACCATATCTAACTTTTATGGTACAACAACTTAAGGCAGTTTCTTCC
ATCTCCTACGTATACTTATCTTTAGTCGGGTTCATGAATACACTAAGAATAAATCATGTT
TAACGTTTACTTTTCTCAGATTTGATTTCATTGAAACCCACAACTTTAGGCGATGTAGAA
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GCATTGACAATAGACATGCTATTCATATATGATGTGTACTACATACATATCATGAACGCA
AAACATCATGAGGGAAACAATCTGAAGTGTCATTAGTCAAACCAAACTGCTGTTAACATA
CATTCAGCAACATATTAGACGAACTTTT
C

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

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AAGTTTCATCTGATAGCATATCTGCTATTGAGGAAGCTTACAAGAGTATGGCATCAGCGC
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AAAGAATAGATAATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AF30TF U 1
AF RR3AF30JQ C 548
BS 1 710 RR3AF30TF
BS 711 1395 RR3AF30JQ

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AAAAGCCGAGCGCCTTCATCACATTGCTACTATATTAAAGAACATTGCCCAGTCTAAGTT
GAAAAATGCTGCTGATAAGCATTGGAGTGACGGCGCCTTAGAGGCTGATC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3AF30JQ 848 0 0
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GCTGCTGATAAGCATTGGAGTGACGGCGCCTTAGAGGCTGATCTAAGGCGAGCGGACTTC
CGCGGCTAAACAACGGGCAATGGAAGATGCATTAATGGCTTTAGAGTTTATCAAGAACAT
TCATGATATGATGGTGCAAAAAATGGTTGATAGCTTGGTAACATCCGAAACTGGTACCAA
GGACCGCATATCGCTTGAGAAGAATGGAGAAGCTCTAGAGTTTTTCCTAGGGGAAGTTTC
ATCTGATAGCATATCTGCTATTGAGGAAGCTTACAAGAGTATGGCATCAGCGCTCTCAGA
AGCCGACGGGATTGACTACACTGATCCTGAAGAGCTTGAACTGTTAGTAACTACTCTGAT
CGACCTCGATGCAATGGATGGTAAAAGTAGTGCATCTCTATTAGCTGAATGCTCTAGCTC
TCCAGACGTCAATACCAGGAAAGCGTTGGCAAATGCCTTAGCAGTTGCGCCGTCGATGTG
GACGTTGGGAAATGCGGGCATGGGAGCATTACAGAGACTCGCGGAAGACAGTAACCCGTC
GATTGCAGCTGCTGCTTCCAGAGCGATCATTGCGTTGAAGAAGCAATGGGAAGTCGAAGA
AGGTGATGCACTTAGGTTTATGATGAACTTGGAGAACCCAAACGATGATGAAGATGGAGA
CAGTGACCTAATGACCAATGATTAAATCTGAAAATAGTTATTTTTTTCATGTAAAAGAAT
AGATAATT

QA 1 848 1 848
DS 



AS 1 2

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CTCAGATGGATGATGGGAAGCTGTGGACGAGTGCCTTCTTCGTGGTGGTCCAGATCGTGG
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ATGTACTGTAAAGCGGTTCGCGGAGAGCTTGCTTGGGAGATTGCTGAGGAGTTTGCGAGA
GAGTATGTGAGTTTGCCGTTTGATGATGGTAAAGTTCCTTACTTGGTCTCTGTGGCTTAC
AACAACAACAACAACCACGTCTGATGGATGATGATGAAGTGTGAAGGTGTCAGTGTTTGA
AGTTTTTTGTATGATAAAGCTAGTTTGTGTATTGGAATCTTGTTTAGTGTTTTGACTGAA
TCCGACAGGGTTTGTGTTTGTTCTTGGGAATGTTTTAGCTTTAGTAATGTCTATGATGAA
ACTATGAATGGTCTTAAGTTTTATGGCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BO30JQ C 1
AF RR3BO30TF U 1
BS 1 688 RR3BO30TF

RD RR3BO30JQ 688 0 0
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QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3BO30TF 688 0 0
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CTCAGATGGATGATGGGAAGCTGTGGACGAGTGCCTTCTTCGTGGTGGTCCAGATCGTGG
TGACGTCTGCTGTTCTAACGGTTTTGATGTTGTACTACGTGGTCGACGACCGTGATGTAT
ATGTACTGTAAAGCGGTTCGCGGAGAGCTTGCTTGGGAGATTGCTGAGGAGTTTGCGAGA
GAGTATGTGAGTTTGCCGTTTGATGATGGTAAAGTTCCTTACTTGGTCTCTGTGGCTTAC
AACAACAACAACAACCACGTCTGATGGATGATGATGAAGTGTGAAGGTGTCAGTGTTTGA
AGTTTTTTGTATGATAAAGCTAGTTTGTGTATTGGAATCTTGTTTAGTGTTTTGACTGAA
TCCGACAGGGTTTGTGTTTGTTCTTGGGAATGTTTTAGCTTTAGTAATGTCTATGATGAA
ACTATGAATGGTCTTAAGTTTTATGGCT

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL8065Contig1 662 2 4 U
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GC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR3DG63TF U 1
AF RR3DG63JQ C 1
BS 1 142 RR3DG63TF
BS 143 143 RR3DG63JQ
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BS 646 662 RR3DG63JQ

RD RR3DG63TF 645 0 0
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TACTTTACACACACACTCGAGGTCTCCTCGTGGTCGATCTAGGGTTTCCGCGAGATCTAA
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TACTTTGGTGTAGTTTGTCCCTAATATCGTAAGATGTCTCGGTGCTTCCCGTTCCCGCCA
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QA 1 645 1 645
DS 

RD RR3DG63JQ 662 0 0
GGACGACGCTTCTTTGACTATCAGCGTTGCCGAAGAAGGCTTTTTGGCCCATGTAGGGTC
GTTCCTTCTTTCTTCTTCGGCTATAAATACAGCTTCTATGCATTGAGAGGCGACAATTTT
TTTCATCGGAGAGTTTCCGAAGAAATTCGAGGTCTGGCGGCTCCTTCTTTCTTCTCCGAT
CAACCGTCCGGACCTGTTGCCCGTAATGATTTTGGCGCGTTATTAGAAGCCCCGATATCT
TACTTTACACACACACTCGAGGTCTCCTCGTGGTCGATCTAGGGTTTCCGCGAGATCTAA
GATTTACATCTTTTTTTGTCCCGTATTGATTCCGAGTTTCATCTTCTTCGCATCCAAATA
TACTTTGGTGTAGTTTGTCCCTAATATCGTAAGATGTCTCGGTGCTTCCCGTTCCCGCCA
CCTGGCTATGTACTGAACGGAAGCCGCGATGAGGCTCTGATCGAATCGATCAAGGTTTGT
TTGAGCATCTAATCTCGTGGTTTCGGTTATTGGGGGGTTTTTCCTGGTTCCTTTCGAAAA
AAAAACTATCTTTTTCCTGTAATTGGAATGATTTTTCTTTGCTGTTTGAGGATACATTTG
CCTCTGTCTGTCTGTTATGATGACTTACGGTTAATAATAAAAAAAACTGAGCTTTCTCAC
GC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL8066Contig1 641 2 1 U
GGGTGCACGTTGGAGACCTAATAACACCATTCAAACCAATGATGTATCCACCAAGATTAT
TCTCCCCCTCCTCTCTTCTTCCCCCGCCACCACCATTTGTGCAACCTTATATATATCCAC
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TATTTCGCACCCTCTACCTCCACATGATCATGGGATATAGCTAAGAAAATGGAAAAATTG
TTAGATTTTCTCCATTAAATGTTAGATTTCTTTTTATCTATATAGTTTTGTCGGATTACT
GAAAGAGACTTGACAAAGCAATTGATGATATGACAAAAAAGTGAACTGCTCCCTTCTCTC
CAACCATTATCGTTTTATGTTATTTTTTCGGAATATTATAAGCATTTTTAAAACAATAGT
TTCTTTGTTTGTGTTCGATTTGTTTGCTAGTCAATTCTTCGTTGTCACGTTATACGTAGA
CATGATAAAAACAATTTGAATTTGACAAATTAGTTTCTTCC


BQ
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AF RR3AG89JQ C 1
AF RR3AG89TF U 1
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QA 1 641 1 641
DS 

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TCTCCCCCTCCTCTCTTCTTCCCCCGCCACCACCATTTGTGCAACCTTATATATATCCAC
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CATGATAAAAACAATTTGAATTTGACAAATTAGTTTCTTCC

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GG52TF C 1
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DS 

RD RR3GG52JQ 644 0 0
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GAGAGTGAAGTATAAGAAGAAGGGGTTTGTGTATGTGACGACCC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D517JQ U 8
AF RR3D517TF C 1
BS 1 8 RR3D517TF
BS 9 667 RR3D517JQ
BS 668 803 RR3D517TF

RD RR3D517JQ 660 0 0
G
GTAAAAGATGAGAGAAGCATTAACATTCAATTGCACTCTGTATTTTTCATCATCATCATC
ATCACTAAGCAAACTAAACCAATATCAAACGAAAAGTCAAACCAAACCAAACCAATATCA
ATTACATGTCAAACCAAACAAAACCAAACACAGATCTTCAGAAACATCGCAGATGGTTGT
TGTGGTGGTGGTGGTTATGGTTGTTGTGTCCGTTACCGTGACCACGACGTCGATGAGTCT
CCTCGTCGATAATCTCCTGAACATGCTTAAACTCATCGACACGGCAAGGAATCGTGATCG
GACCAGCGTGTTTGAAACCGTACTCTTCTTCAGCTTCTTTCAAGAGCCTCAGGAACAGAG
GATGGCTCAAGAACATCAAGGGAACAACGAATCTGTGTAGACCTTCTTCATCTCCCTCGT
GACCAACCATGATCGCAACACAGCCTTTCGGAACATGATGATGGTTATGATGGAGTATGT
GGAGATGAGGAAAGTGAAACTTGAACACCATCTGTTTATGTACGTGTTCTTCAAAACCCA
TCAAAAAGATCGAATCTCTCTTACCAAAACACCTATAGAGAAACACGAAGATTGATTGAA
AAACGATTAACGTCGACGGAGAAGAGCAGCTCGTGTTAAAAGACGGTGATAGAAAAGGG

QA 2 660 2 660
DS 

RD RR3D517TF 803 0 0
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TCATCATCATCACTAAGCAAACTAAACCAATATCAAACGAAA*GTCAAACCAAACCAAAC
CAATATCAATTACATGTCAAACCAAACAAAACCAAACACAGATCTTCAGAAACATCGCAG
ATGGTTGTTGTGGTGGTGGTGGTTATGGTTGTTGTGTCCGTTACCGTGACCACGACGTCG
ATGAGTCTCCTCGTCGATAATCTCCTGAACATGCTTAAACTCATCGACACGGCAAGGAAT
CGTGATCGGACCAGCGTGTTTGAAACCGTACTCTTCTTCAGCTTCTTTCAAGAGCCTCAG
GAACAGAGGATGGCTCAAGAACATCAAGGGAACAACGAATCTGTGTAGACCTTCTTCATC
TCCCTCGTGACCAACCATGATCGCAACACAGCCTTTCGGAACATGATGATGGTTATGATG
GAGTATGTGGAGATGAGGAAAGTGAAACTTGAACACCATCTGTTTATGTACGTGTTCTTC
AAAACCCATCAAAAAGATCGAATCTCTCTTACCAAAACACCTATAGAGAAACACGAAGAT
TGATTGAAAAACGATTAACGTCGACGGAGAAGAGCAGCTCGTGTTAAAAGACGGTGATAG
AAAAGGGCCAAGGATCGACTGCAGAAGATATGGTTAGAAGAAATATAGAGAGCGATGAGT
CGGTGAGAGATCTAGGGATGTTGCTCATGATAGGCTAAGCATATATGTATTATGTTGATA
AAATGTTTTTTGAGGAGGTTCCT

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

CO CL8070Contig1 743 2 4 U
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AGATGTCTCGTTCCCTTTCGATCTCTCTCTCCAAAACCCGACTCACCGCCGCAGCTGCAT
CTTCTCTCCTCCCGTCGTCACACCTCTTATCCTTCCGATCTCAATCCTCCGATCGTCGCG
GCGATCTCCAAGAAACCGACACCGCCTCGCCATCTGATCCCTTAATACAGAAGCTAGAGG
ACGCTGTTCACCGGATATTTGTAAGAAGAGCGGCACCTGATTGGCTCCCGTTTGTTCCAG
GCGCTTCTTATTACGTCCCGCCTCCAGGATCCGGGTCGCAGACTCACGGGGTCGCACAGC
TCGTTGCGAAACTAGCCAATCCTTTAACCGACGAAGAAACGCTCTCCACCAATTCTTCTC
ACGGTTGGCCTTCCTCTGATTATTTCCTCAAAGGTGCACAGCCTCGATTGATGGAGACTA
AGATGGAGACTAGTTCAAATACTGAGTATCACTCTGAGGACGAGGAAGGTTGAAACTGCA
CTATTTTGAAGATAAGGATCATATGAAAACGAGCAGGGAGGACTGTTATGACTACGGCCA
TACCAAAGTGCAACCATGTTTCTTTATTAATCCCAAAATTCGAATAAGACTAGACTTGTT
GTATACTTGTATCCTGTAAGCATTTCCCCCTTTTAATGTTAATCTTTTAACCTTTGCTCT
TTGTATATATTTCTGTTCACGAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GP30TF U 1
AF RR3GP30JQ C 1
BS 1 643 RR3GP30TF
BS 644 644 RR3GP30JQ
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BS 690 743 RR3GP30JQ

RD RR3GP30TF 692 0 0
TTTTTCTAATTTACAGCTTTTGAACAGAACACAAAACCAAACATCTCTACTTCCGTCTCT
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TTT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3GP30JQ 743 0 0
TTTTTCTAATTTACAGCTTTTGAACAGAACACAAAACCAAACATCTCTACTTCCGTCTCT
AGATGTCTCGTTCCCTTTCGATCTCTCTCTCCAAAACCCGACTCACCGCCGCAGCTGCAT
CTTCTCTCCTCCCGTCGTCACACCTCTTATCCTTCCGATCTCAATCCTCCGATCGTCGCG
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GCGCTTCTTATTACGTCCCGCCTCCAGGATCCGGGTCGCAGACTCACGGGGTCGCACAGC
TCGTTGCGAAACTAGCCAATCCTTTAACCGACGAAGAAACGCTCTCCACCAATTCTTCTC
ACGGTTGGCCTTCCTCTGATTATTTCCTCAAAGGTGCACAGCCTCGATTGATGGAGACTA
AGATGGAGACTAGTTCAAATACTGAGTATCACTCTGAGGACGAGGAAGGTTGAAACTGCA
CTATTTTGAAGATAAGGATCATATGAAAACGAGCAGGGAGGACTGTTATGACTACGGCCA
TACCAAAGTGCAACCATGTTTCTTTATTAATCCCAAAATTCGAATAAGACTAGACTTGTT
GTATACTTGTATCCTGTAAGCATTTCCCCCTTTTAATGTTAATCTTTTAACCTTTGCTCT
TTGTATATATTTCTGTTCACGAG

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL8071Contig1 745 2 3 U
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TGCATCAAGCCTTGTCGTCATGGAACCACCACCTCGTCTCCTTAGGGGACCTCCCGTTCT
TACAATTCTTGACGTAACGATCATTATCTGCGGGGCGTTCCTTTGCAGGTGAACTTGATA
GCATGGAGAGAATGCTGATGCAGACCGAACTCACAGTCATTGCTGGTGACCACGAGTCAT
ATAGAATATCCAAACAAATATGTCCATTGCTGTAAATATGTGGATGTGACGGTGCCGGAG
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GGTAAGTCTCGTTTGCGTAGAGCGTCCCCGGAGCTCCGGTCACATCAATTGTCCATTTTT
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TTCACGGTTTTTTTTTCTTCTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE80JQ U 7
AF RR3DE80TF C 1
BS 1 6 RR3DE80TF
BS 7 656 RR3DE80JQ
BS 657 745 RR3DE80TF

RD RR3DE80JQ 650 0 0
CCGGCAATGTTTCTCTTCTCTGAGTTATTGGGAAGTGCGAGTTTGACATTCCATAGATAA
AAGTGAAAAAGATGGAGACAACAAGTTAAAAGGAAACATTTAAATGTGTGATGATTCGAC
ATTTTCAAGTGTCATCATCTTCATATTACAATAGAGGGGGCTTCTCTTGGTCGTTGCATC
AAGCCTTGTCGTCATGGAACCACCACCTCGTCTCCTTAGGGGACCTCCCGTTCTTACAAT
TCTTGACGTAACGATCATTATCTGCGGGGCGTTCCTTTGCAGGTGAACTTGATAGCATGG
AGAGAATGCTGATGCAGACCGAACTCACAGTCATTGCTGGTGACCACGAGTCATATAGAA
TATCCAAACAAATATGTCCATTGCTGTAAATATGTGGATGTGACGGTGCCGGAGGAACAA
AAACTACCTGGGGGGCTTCCATAGGGTAATTAACGGGAAATTCAACCTGAAGCTGGTAAG
TCTCGTTTGCGTAGAGCGTCCCCGGAGCTCCGGTCACATCAATTGTCCATTTTTGAAGAT
TATCGGTAACTTTGTGCCTAAATCCAGTGGGAGGATTTAATTGCCACTCGGTAAGCTCTT
TCTGCAACCTATCGCACGCGATCTTGCTTAAAGCCTTGCGTGAGGGAGCG

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3DE80TF 745 0 0
TTTTTTCCGGCAATGTTTCTCT*CTCTGAGTTAT*GGGAAGTGCGAGTTTGACATTCCAT
AGATAAAAGTGAAAAAGATGGAGACAACAAGTTAAAAGGAAACATTTAAATGTGTGATGA
TTCGACATTTTCAAGTGTCATCATCTTCATATTACAATAGAGGGGGCTTCTCTTGGTCGT
TGCATCAAGCCTTGTCGTCATGGAACCACCACCTCGTCTCCTTAGGGGACCTCCCGTTCT
TACAATTCTTGACGTAACGATCATTATCTGCGGGGCGTTCCTTTGCAGGTGAACTTGATA
GCATGGAGAGAATGCTGATGCAGACCGAACTCACAGTCATTGCTGGTGACCACGAGTCAT
ATAGAATATCCAAACAAATATGTCCATTGCTGTAAATATGTGGATGTGACGGTGCCGGAG
GAACAAAAACTACCTGGGGGGCTTCCATAGGGTAATTAACGGGAAATTCAACCTGAAGCT
GGTAAGTCTCGTTTGCGTAGAGCGTCCCCGGAGCTCCGGTCACATCAATTGTCCATTTTT
GAAGATTATCGGTAACTTTGTGCCTAAATCCAGTGGGAGGATTTAATTGCCACTCGGTAA
GCTCTTTCTGCAACCTATCGCACGCGATCTTGCTTAAAGCCTTGCGTGAGGGAGCGGAAG
AGCTGGTCATGGCGGAGAAAGAGAGAATACAAGGTGTGCGATGCTCCGGCTCCTTTACTC
TTCACGGTTTTTTTTTCTTCTATCC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL8072Contig1 910 2 2 U
GGATTCATTAAACAAATTAATCAGTTAAAAATCTTCTTGCAGCGACACAAAGAAAAACAG
AGAAATATCATTTTACATGATGATGATTAAGCAATCACCATTCTTGCTTTTGACAGCAAT
CTTCTTGTTCACACTTGCTGTTTTTGCAGCAGCAATTGAACTTCCACCTGAAGACCCCAT
TTTCGAGCTCTACATGCACGATATACTTGGAGGAAGCAGCCCCACGGCGAGGCCCATCAC
AGGTTTGCTCGGCAACATTTACAACGGCCAAGTTCCTTTTGCTAAGCAGATCGGTTTCAC
TCCTCCCGAAAACGGTATTGCCATACCCAATGCAAACGGCGCCCTTCCGACCGTTAACGG
CATCAACGGTGTGCCTCTCGGTACAGGCTTGTCCGGTACAGCTTACTCTGGTCAGAACCT
GAACGGGATACAGACTCAGCTGGGTCCTGATGGTCTGAGTCTCGGGTTCGGCACTATCAC
CGTCATCGACGACATACTCACATCTGGTCCTGACTTGGGTTCGCAGCCGCTTGGTAAGGC
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TATGCTTGAAGGTGGAGAGTACAACGACAACCTCAACTTCTATGGTATTTACAGGATCGG
AAGCGCCATGTCGCATCTGTCAGTGACTGGAGGAACAGGTAGGTTCAAGAGCGCTTGTGG
CTTTGCAGAGGTCAGGCCTTTGATTCCGTCTGGTCAGCATCAAGTGGATGGTGCAGAGTC
TTTGCTGAGGATCATTGTCCATCTAAAGTACTAAGAGATGTGTTTATTATGTGTGAAAGT
TATTTTTGTTTGTTTGTTATGTGTAACACTTATTGATTGAAAGCAAATCACAAAAGTCTT
GTTTGTACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB03TF U 1
AF RR3HB03JQ C 459
BS 1 692 RR3HB03TF
BS 693 910 RR3HB03JQ

RD RR3HB03TF 692 0 0
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AGAAATATCATTTTACATGATGATGATTAAGCAATCACCATTCTTGCTTTTGACAGCAAT
CTTCTTGTTCACACTTGCTGTTTTTGCAGCAGCAATTGAACTTCCACCTGAAGACCCCAT
TTTCGAGCTCTACATGCACGATATACTTGGAGGAAGCAGCCCCACGGCGAGGCCCATCAC
AGGTTTGCTCGGCAACATTTACAACGGCCAAGTTCCTTTTGCTAAGCAGATCGGTTTCAC
TCCTCCCGAAAACGGTATTGCCATACCCAATGCAAACGGCGCCCTTCCGACCGTTAACGG
CATCAACGGTGTGCCTCTCGGTACAGGCTTGTCCGGTACAGCTTACTCTGGTCAGAACCT
GAACGGGATACAGACTCAGCTGGGTCCTGATGGTCTGAGTCTCGGGTTCGGCACTATCAC
CGTCATCGACGACATACTCACATCTGGTCCTGACTTGGGTTCGCAGCCGCTTGGTAAGGC
TCAAGGAGTTTACGTTGCGAGTTCTGGAGATGGAAGCACGCAGATGATGGCTTTCACAGC
TATGCTTGAAGGTGGAGAGTACAACGACAACCTCAACTTCTATGGTATTTACAGGATCGG
AAGCGCCATGTCGCATCTGTCAGTGACTGGAG

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3HB03JQ 452 0 0
GTT
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CGCAGCCGCTTGGTAAGGCTCAAGGAGTTTACGTTGCGAGTTCTGGAGATGGAAGCACGC
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ATGGTATTTACAGGATCGGAAGCGCCATGTCGCATCTGTCAGTGACTGGAGGAACAGGTA
GGTTCAAGAGCGCTTGTGGCTTTGCAGAGGTCAGGCCTTTGATTCCGTCTGGTCAGCATC
AAGTGGATGGTGCAGAGTCTTTGCTGAGGATCATTGTCCATCTAAAGTACTAAGAGATGT
GTTTATTATGTGTGAAAGTTATTTTTGTTTGTTTGTTATGTGTAACACTTATTGATTGAA
AGCAAATCACAAAAGTCTTGTTTGTACAC

QA 4 452 4 452
DS 



AS 1 2

CO CL8073Contig1 985 2 6 U
GGATAAATAAATCACAATAGATCTTCCAACTCTGGTGCCCAAAAAAAAAGATCTTCCAAC
TCTGCCCACCCAAGAGGATCTATTTAGTGTTTTCCTTGGTCGTCAACTTCAGATTCTCCT
TGCAAAACCAACTCCAAGAGAGAATGGATCAAAATGAGCATGGACAGCCAGGAGCCATGA
GCTACGGCACAAACCCATACCAAACCAATCCCATGACAACCACCGTAGCCGGGAGTGTGG
GCTCTGCAGCACCACCAGGCCAGCTGGCGTTTCACCAGACTCATCAGCAGCAGCAACAGC
TGGCCCAGCAGCTTCAAGTCTTTTGGGAGAACCAATTCAAAGAGATTGAGAAAACAGCCG
ATTTCAAGAACCACAGCCTTCCCCTTGCAAGGATCAAGAAAATTATTAAAGCTGATGAGG
ATGTACGTATGATCTCGGCCGAGGCTCCTGTAGTGTTTGCAAGGGCCTGCGAGATGTTCA
TCTTGGAGCTGACACTCAGGTCGTGGAACCACACGGAAGAGAACAAGAGAAAGACGCTGC
AGAAGAATGATATAGCAGCTGCTGTGACTAGAACCGATATCTTTGATTTCCTTGTGGACA
TTGTTCCGAGGGAGGATCTCAGGGATGAGGTTTTGGGAAGTATTCCAAGAGGGACTGTCC
CTGAGGCTGCTACTGCTGGTCACCCATATGGATACTTGCCTCCAGGAACTGGCATGGTTA
TGGGTAACCCTGGTGGTGCTTACCCAACTAACCCGTATATGGGTCAACGAATGTGGCAAC
AGCAGGGACCTGGCCAACCTGACCAGTAAAACTAGCCTAGATAGTTTTAGTCTTGTCCAA
GTGGAATTAAGAAAGGAGGAGAATTCAAAGAAAATGCAAAGAATATTCTATGTTTATGTG
TATTCAATCCTTTCTTTAAGGAATTTTTGAAGAAGTGTGGTTGACATGTTTTTTTTATTT
GAATGTTATTGTCTATCTTTATTGC


BQ
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AF RR3G276TF U 1
AF RR3G276JQ C 281
BS 1 665 RR3G276TF
BS 666 666 RR3G276JQ
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RD RR3G276TF 735 0 0
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TCTGCCCACCCAAGAGGATCTATTTAGTGTTTTCCTTGGTCGTCAACTTCAGATTCTCCT
TGCAAAACCAACTCCAAGAGAGAATGGATCAAAATGAGCATGGACAGCCAGGAGCCATGA
GCTACGGCACAAACCCATACCAAACCAATCCCATGACAACCACCGTAGCCGGGAGTGTGG
GCTCTGCAGCACCACCAGGCCAGCTGGCGTTTCACCAGACTCATCAGCAGCAGCAACAGC
TGGCCCAGCAGCTTCAAGTCTTTTGGGAGAACCAATTCAAAGAGATTGAGAAAACAGCCG
ATTTCAAGAACCACAGCCTTCCCCTTGCAAGGATCAAGAAAATTATTAAAGCTGATGAGG
ATGTACGTATGATCTCGGCCGAGGCTCCTGTAGTGTTTGCAAGGGCCTGCGAGATGTTCA
TCTTGGAGCTGACACTCAGGTCGTGGAACCACACGGAAGAGAACAAGAGAAAGACGCTGC
AGAAGAATGATATAGCAGCTGCTGTGACTAGAACCGATATCTTTGATTTCCTTGTGGACA
TTGTTCCGAGGGAGGATCTCAGGGATGAGGTTTTGGGAAGTATTCCAAGAGGGACTGTCC
CTGAG*CTGCTACTGCTGGTCACCCATATGGATACTTGCCTCCAGGA*CTGGCATGGTTA
TGGGTAACCCTGGTG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3G276JQ 705 0 0
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AAGGGCCTGCGAGATGTTCATCTTGGAGCTGACACTCAGGTCGTGGAACCACACGGAAGA
GAACAAGAGAAAGACGCTGCAGAAGAATGATATAGCAGCTGCTGTGACTAGAACCGATAT
CTTTGATTTCCTTGTGGACATTGTTCCGAGGGAGGATCTCAGGGATGAGGTTTTGGGAAG
TATTCCAAGAGGGACTGTCCCTGAGGCTGCTACTGCTGGTCACCCATATGGATACTTGCC
TCCAGGAACTGGCATGGTTATGGGTAACCCTGGTGGTGCTTACCCAACTAACCCGTATAT
GGGTCAACGAATGTGGCAACAGCAGGGACCTGGCCAACCTGACCAGTAAAACTAGCCTAG
ATAGTTTTAGTCTTGTCCAAGTGGAATTAAGAAAGGAGGAGAATTCAAAGAAAATGCAAA
GAATATTCTATGTTTATGTGTATTCAATCCTTTCTTTAAGGAATTTTTGAAGAAGTGTGG
TTGACATGTTTTTTTTATTTGAATGTTATTGTCTATCTTTATTGC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL8074Contig1 584 2 3 U
TTCGTCGTTGATGGACAAAATGGGAAGGAAAAGTCTTCTACTTACTAGCTTTGGTGGAAT
GGCGTTGTCGATGCTGTTGCTCTCTTTGTCCTTCACATGGAAAGCTCTAGCTGCATATTC
AGGCACTCTCGCTGTTGTTGGAACTGTTCTATATGTCCTGTCATTCTCACTTGGTGCGGG
CCCAGTACCAGCTCTTCTTCTTCCAGAGATATTCGCATCCCGGATCAGAGCAAAAGCCGT
TGCTCTTTCTCTCGGCATGCACTGGATCTCAAACTTTGTGATTGGACTCTACTTCCTGAG
CGTTGTGACTGAATTCGGAATCAGCAGTGTGTACTTGGGGTTCGCAGGAGTGTGTGTCCT
TGCCGTCATGTACATTGCAGGAAACGTGGTGGAGACTAAAGGACGATCACTCGAGGAAAT
AGAGCTTGCTCTTACCTCCGGTGCTTGAAATTAAACAAAAAAGAACAATCCCACTTTGTT
TCATCACTGATCTTGTTAGTCTTTCGTTCTACTCTTATTGCTCTTTAATAACTTGTACAA
TGGACTAAGTAATCAATCAATAACGAGAAATCGATTCTATCACC


BQ
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AF RR3EV87JQ C 1
AF RR3H670TF U 13
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BS 13 575 RR3H670TF
BS 576 584 RR3EV87JQ

RD RR3EV87JQ 584 0 0
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AGGCACTCTCGCTGTTGTTGGAACTGTTCTATATGTCCTGTCATTCTCACTTGGTGCGGG
CCCAGTACCAGCTCTTCTTCTTCCAGAGATATTCGCATCCCGGATCAGAGCAAAAGCCGT
TGCTCTTTCTCTCGGCATGCACTGGATCTCAAACTTTGTGATTGGACTCTACTTCCTGAG
CGTTGTGACTGAATTCGGAATCATCAGTGTGTACTTGGGGTTCGCAGGAGTGTGTGTCCT
TGCCGTCATGTACATTGCAGGAAACGTGGTGGAGACTAAAGGACGATCACTCGAGGAAAT
AGAGCTTGCTCTTACCTCCGGTGCTTGAAATTAAACAAAAAAGAACAATCCCACTTTGTT
TCATCACTGATCTTGTTAGTCTTTCGTTCTACTCTTATTGCTCTTTAATAACTTGTACAA
TGGACTAAGTAATCAATCAATAACGAGAAATCGATTCTATCACC

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3H670TF 563 0 0
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GCTGTTGCTCTCTTTGTCCTTCACATGGAAAGCTCTAGCTGCATATTCAGGCACTCTCGC
TGTTGTTGGAACTGTTCTATATGTCCTGTCATTCTCACTTGGTGCGGGCCCAGTACCAGC
TCTTCTTCTTCCAGAGATATTCGCATCCCGGATCAGAGCAAAAGCCGTTGCTCTTTCTCT
CGGCATGCACTGGATCTCAAACTTTGTGATTGGACTCTACTTCCTGAGCGTTGTGACTGA
ATTCGGAATCAGCAGTGTGTACTTGGGGTTCGCAGGAGTGTGTGTCCTTGCCGTCATGTA
CATTGCAGGAAACGTGGTGGAGACTAAAGGACGATCACTCGAGGAAATAGAGCTTGCTCT
TACCTCCGGTGCTTGAAATTAAACAAAAAAGAACAATCCCACTTTGTTTCATCACTGATC
TTGTTAGTCTTTCGTTCTACTCTTATTGCTCTTTAATAACTTGTACAATGGACTAAGTAA
TCAATCAATAACGAGAAATCGAT

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 2

CO CL8075Contig1 781 2 3 U
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ATATATCACACCAGTTAAACTCATAGTGGTGCGGAACATATATAGCTAGTTGTTTTAAAA
ATGGACCTTGGGGGCCCATCCTGCGATCACATACTTCTCCTCAGCCTTTGTTTTCTCAAA
GGAGTGGAGGGAGAACAAAGCATGCATGTAGTTATGAACATGGGTCAAGCTCCCAGGGAC
AGACCAGCTTTTAAAATGGCCTAGAGCGACCTGGAGATGGTATAGCTTTGGTGCTAAGCT
AAGATCCACCGCGCTGACCCTTTCCCCGGCTATAAAAGGACCATCATGAGACCTGAGATG
ATTCTCCAAGGCTTCTAGCTCATGAAGCAAAGGACCGTCACTGGCGTCTTTTGTCGTCAA
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GAGAGATGGCTCAGGATACTTCTTCTCGAGAAGGCTGACGATGATGTCGGAATCAGGCAC
CCATTTGCCGTCGATCTTAAGTACTGGTACTTTCCCTCCAGGATTAATGTCTAAGAACCA
CTTAGGCTTGTCGGAGAGGTTGATCAGATGCATTTTGTAGGGCAGACTCTTCTCCTCGAG
GGTGAGAAGAACCCTTTGGCTGAACGGGCAGTCGCCAAGAACATCAGGGGCACCAACGGC
GGCTTTCACGCAGACTTCGAGAGCCATCTTTAGTTTTTTTTTTTTCGTTTGCAGCGATCC
C


BQ
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10 

AF RR3CW08JQ U 25
AF RR3CW08TF C 1
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BS 36 214 RR3CW08JQ
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QA 12 190 12 190
DS 

RD RR3CW08TF 781 0 0
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GAGAGATGGCTCAGGATACTTCTTCTCGAGAAGGCTGACGATGATGTCGGAATCAGGCAC
CCATTTGCCGTCGATCTTAAGTACTGGTACTTTCCCTCCAGGATTAATGTCTAAGAACCA
CTTAGGCTTGTCGGAGAGGTTGATCAGATGCATTTTGTAGGGCAGACTCTTCTCCTCGAG
GGTGAGAAGAACCCTTTGGCTGAACGGGCAGTCGCCAAGAACATCAGGGGCACCAACGGC
GGCTTTCACGCAGACTTCGAGAGCCATCTTTAGTTTTTTTTTTTTCGTTTGCAGCGATCC
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CR09JQ C 1
AF RR3CR09TF U 1
BS 1 538 RR3CR09TF

RD RR3CR09JQ 538 0 0
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ACTTGTTAAAATTTGAAGGATAAAATTGTGTTTCTACCCGTTCAGACAGCTATTGTAAGA
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QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3CR09TF 538 0 0
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GACAGACACAGAGACCATGGTAGGAATCATAGAAAGCATTACGACAGGAGACCCAGGAGT
GGGAGAGATGGTCGTGACCGAAGCAGGTCTCGGTCTCCTCATGGAAGGTCTGGTCGCAGA
AGGGTTTCGAGAAGTCCGGCTCGCTAGTACTAGTTTGAGAGAACTTTGCAAACTCATGAG
GTAGAACTTGTGACTTCTCCCTAAGTTTCTTCATTGGAATGTGTGTTTTCTTTATTTGGA
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GTTTAAGGCCTTTACCCAACCTCCATCGCATTTGTTAAGAGGTCAAAAGCGTTGAGGTAG
GTAAAACCTGTATAACTTTTTTACATTTTTCATTGTATTTCTCGACATTGGAGATGCC

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 2

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TCAATGGCTGCTGCTCACTAGTAGCTAAGAAAGATCTTTATGAATATATATTGTATAATT
ATAGATATCACTGTGTTCTCATCTTAAATTTTGTTGTTGATGACTTTTGGTGATTGTTAG
CTTTTTAAGCAATGTTAAAAAAGTTTTGCACG


BQ
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AF RR3FL39JQ C 1
AF RR3FL39TF U 1
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TCAATGGCTGCTGCTCACTAGTAGCTAAGAAAGATCTTTATGAATATATATTGTATAATT
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QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3FL39TF 681 0 0
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ATGCTTTGTTGCCCAACCAATACCATGGGTGAAAGTGGAGGAGAGGCTCATCATCATAAC
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TCAATGGCTGCTGCTCACTAGTAGCTAAGAAAGATCTTTATGAATATATATTGTATAATT
ATAGATATCACTGTGTTCTCATCTTAAATTTTGTTGTTGATGACTTTTGGTGATTGTTAG
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QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3EJ22JQ C 1
AF RR3EJ22TF U 1
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DS 

RD RR3EJ22TF 655 0 0
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TGAGAGGAATGTTGCTGCTGAGTTTCTTGAAAATCTGCAAGAGTCTGTTTTTTTAGTGAT
TTCATTCCAACCCGATAATCTGTTTCCAATATAATAGGGGAATATTCTGCGAATCTTATT
CTTTATGTTCCGGGAGGACCAAAGACAGTCTACCAGCACCACCGTAAAACTCCAGCCCAC
CACCGTCAGCGGAGAATCCAGAGGATGTCTGAGTTTCATGTGCAGGTGAATCTGATTCTC
TAGATCGATTGAGGCTATCGATTCTTTCTTTATCGAAGCGTTAGTCTGTTCTTCCATCGA
ATTTGGTCTTCTTCATTACGGTTGCTCTTTGTTGAGCTTTCCCCGGTGAGGACCTCGCTT
TCGACGTTGAAGAAGTGGAAAGCTAAATAAATTGAGTCTGACATCTCGTGGAGCAATTGG
AGAAAAAGAGTTCATCTGATTGTGCCTCTAGATCTTGAAGGGATTGAGCTTAGGACATGT
TGAGGTATAGTTGATAATTTTTTTTTTTAAAGTGTTGTTGATGTGGTTCCGCTGAAAAGT
TTCAGAGATTTGTGAATTTGATATATAATGGTGGTAACAAATAAGTTTAATCGCC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL8079Contig1 650 2 1 U
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BQ
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AF RR3G207JQ C 1
AF RR3G207TF U 1
BS 1 650 RR3G207TF

RD RR3G207JQ 650 0 0
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TCTTGCTATCATACTCGTCTCATGCTATCTCACGTCTCTAGTCACAGCAAGTGATTTGGA
GTCAATGCCATCATCGCGTAACGAAAAGCTCGAATGGTGGCATTACCATTCCTACCCTTA
CTTTCACCCCAAGCCACCACTTTGGCCGTTCCCATGTTCTTCCGAAAAAGCCTTTCCGCC
ACCCCCCGCCGGCTACAACCATTTCCACCCTGTTCCATTCCATCCACCACCGGTAGTCAC
CAAGTGCTTGTCTGATTGCAAGGATGTAAAAACATGTATGGCGGATATCCAGAAAGCTTT
CTTCACCCGCAAACCTGCTATTGGATCGGAATGTTGTGCTTCGATACAGAAGATGGATGA
AGACTGTGACAAGACTGTCTTTGGAGCTTACCATAACCCTTTCTTTGACTGCTTTGTTAA
GCTACATTGTGCCACCAAAGCTGGATCTACTCCATCTGCTCCCTCGCCAGCTTAGAGGTT
TTAGTTAGTTATTAGAATTATAAATAATGAGTTTTAGTTGGTATTATAATTTTCCTTTTT
AATTATGCTTCTCCATATTAAGCTTCGAGGAAATAAAGTGCATCCTTCTT

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3G207TF 650 0 0
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TCTTGCTATCATACTCGTCTCATGCTATCTCACGTCTCTAGTCACAGCAAGTGATTTGGA
GTCAATGCCATCATCGCGTAACGAAAAGCTCGAATGGTGGCATTACCATTCCTACCCTTA
CTTTCACCCCAAGCCACCACTTTGGCCGTTCCCATGTTCTTCCGAAAAAGCCTTTCCGCC
ACCCCCCGCCGGCTACAACCATTTCCACCCTGTTCCATTCCATCCACCACCGGTAGTCAC
CAAGTGCTTGTCTGATTGCAAGGATGTAAAAACATGTATGGCGGATATCCAGAAAGCTTT
CTTCACCCGCAAACCTGCTATTGGATCGGAATGTTGTGCTTCGATACAGAAGATGGATGA
AGACTGTGACAAGACTGTCTTTGGAGCTTACCATAACCCTTTCTTTGACTGCTTTGTTAA
GCTACATTGTGCCACCAAAGCTGGATCTACTCCATCTGCTCCCTCGCCAGCTTAGAGGTT
TTAGTTAGTTATTAGAATTATAAATAATGAGTTTTAGTTGGTATTATAATTTTCCTTTTT
AATTATGCTTCTCCATATTAAGCTTCGAGGAAATAAAGTGCATCCTTCTT

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL8080Contig1 714 2 4 U
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GACCTCTCCAGATGAATCTTCCAGACGTCGAATCGGTCCGGTCGATGCTCAAAGGTTGTC
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TGGATGGATTTGGTGATGGTGGACGTCAATGGTGCCATGATGCAAGCTGTTATTGGTTCT
AGCCTTCTTCCCAAGTACCGTGAAAGACTCACGGCTGGAACCGTGTTCTCTGTCTCTGGA
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GCATTCCGGTTCCGTAACCAGTCTGAGTTGATTGGCTTAGCCAACAGTAACACTCAGTTG
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AAGAACCGGGTTATGGTGACTGTGAAGCTGGAGAGTGAGGAGACTGTCACTCTAAGTTTG
TTTGACTCTCAGCTGTTGCCTTTCATAGCAACTAGAGGCTATCCGTGATGACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU05TF U 1
AF RR3FJ57TF U 26
BS 1 142 RR3GU05TF
BS 143 143 RR3FJ57TF
BS 144 687 RR3GU05TF
BS 688 714 RR3FJ57TF

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ATTCGTAACGGCGGCGTCGTGTAACTCCCACTTTAACCCTTTGTCTTTAATGGTGATTAC
GACCTCTCCAGATGAATCTTCCGGACGTCGAATCGGTCCGGTCGATGCTCAAAGGTTGTC
GAAGCTAGGCTTCTGAGGTTCTGGGAAGCTCGGAACATCAAGCGTGGTGGGGAGCTCATG
TGGATGGATTTGGTGATGGTGGACGTCAATGGTGCCATGATGCAAGCTGTTATTGGTTCT
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TTTGATGTCTCCAGATGTGCCCAAAACTTCCGACTCACTGACTCCCCGTTGATGATCCGG
TTCAATGAGAACACCTCTTTCGAGGAGTTGGCGGAACCTGTCTCTCCTTTGCCAGAAGAA
GCATTCCGGTTCCGTAACCAGTCTGAGTTGATTGGCTTAGCCAACAGTAACACTCAGTTG
CCAGACGTCATTGGTGAACTGGTTAGTGTGAGAAGCACCGTTTCAGACCCTCCGGAGGAG
AAGAACCGGGTTATGGTGACTGTGAAGCTGGAGAGTGAGGAGACTGTCACTCTAAGTTTG
TTTGACTCTCAGCTGTTGCCTTTCATA
TGCAACT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3FJ57TF 689 0 0
GG
GCGGCGGTGTAGCTG*TGGCGATGGCGTTTGAGATTCGTAACGGCGGCGTGGTGTAACTC
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GCTCGGAACATCAAGCGTGGTGGGGAGCTCATGTGGATGGATTTGGTGATGGTGGACGTC
AATGGTGCCATGATGCAAGCTGTTATTGGTTCTAGCCTTCTTCCCAAGTACCGTGAAAGA
CTCACGGCTGGAACCGTGTTCTCTGTCTCTGGATTTGATGTCTCCAGATGTGCCCAAAAC
TTCCGACTCACTGACTCCCCGTTGATGATCCGGTTCAATGAGAACACCTCTTTCGAGGAG
TTGGCGGAACCTGTCTCTCCTTTGCCAGAAGAAGCATTCCGGTTCCGTAACCAGTCTGAG
TTGATTGGCTTAGCCAACAGTAACACTCAGTTGCCAGACGTCATTGGTGAACTGGTTAGT
GTGAGAAGCACCGTTTCAGACCCTCCGGAGGAGAAGAACCGGGTTATGGTGACTGTGAAG
CTGGAGAGTGAGGAGACTGTCACTCTAAGTTTGTTTGACTCTCAGCTGTTGCCTTTCATA
GCAACTAGAGGCTATCCGTGATGACCC

QA 3 689 3 689
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATGTGGTACAGATTCACCCCTCCAACATACTCTTCCTCATGAGGATGCAGAATGTTCCAT
TTGTCTTTCAGTTTATGAAGACGAGACAGAGCTAAGAGAACTTCCTTGTGGCCACCATTT
CCATTGCAATTGTGTGGACAAATGGCTTTACATTAACGCTACCTGTCCTCTCTGTAAATA
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ACAAACTTGCAAATATGCGGATACATGTATCACATTAGCAGCGAGGAACACGAGAAATAA
AAAAGAGTTCAAACATTGATCAAGTTGTAGTTTTATCTTTTGCTTGTTGTGTTATTGTAA
TACAAAGTTTAGTTATGTTGTTTTAACATTTTCTGGTTCTTACTTGCTCAACAAGACAAC
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ATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR3F946TF U 1
AF RR3F946JQ C 10
BS 1 646 RR3F946TF
BS 647 647 RR3F946JQ
BS 648 664 RR3F946TF

RD RR3F946TF 664 0 0
CTTGCCTTGCATCATTGCGGTTCTCTACGCAGTTGCGGAACAGTTGAAAATGCAGGAAGG
AGCTTCTAAAGAAGACATTGACCAACTTACGAAATTCAAATTCCGAAAGGTTGGTGTGTC
TGAGAAACATACTTTTGATGAAGAACAAGCAAAAGGAGATTCAGGAGGAGTGATGACTGA
ATGTGGTACAGATTCACCCCTCCAACATACTCTTCCTCATGAGGATGCAGAATGTTCCAT
TTGTCTTTCAGTTTATGAAGACGAGACAGAGCTAAGAGAACTTCCTTGTGGCCACCATTT
CCATTGCAATTGTGTGGACAAATGGCTTTACATTAACGCTACCTGTCCTCTCTGTAAATA
CAACATCCTCAAGAGTAGCAACTATGAAGATGGCGAGGTAGTCTAAACACAGAAGAAGAA
ACAAACTTGCAAATATGCGGATACATGTATCACATTAGCAGCGAGGAACACGAGAAATAA
AAAAGAGTTCAAACATTGATCAAGTTGTAGTTTTATCTTTTGCTTGTTGTGTTATTGTAA
TACAAAGTTTAGTTATGTTGTTTTAACATTTTCTGGTTCTTACTTGCTCAACAAGACAAC
ATCTTGTTTCATGATTAGTGGATAGCGTAAATTCTTATTAACTGGA*GAAGACTCGTTTG
ATAC

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3F946JQ 655 0 0
CATCATTGCGGTTCTCTACGCAGTTGCGGAACAGTTGAAAATGCAGGAAGGAGCTTCTAA
AGAAGACATTGACCAACTTACGAAATTCAAATTCCGAAAGGTTGGTGTGTCTGAGAAACA
TACTTTTGATGAAGAACAAGCAAAAGGAGATTCAGGAGGAGTGATGACTGAATGTGGTAC
AGATTCACCCCTCCAACATACTCTTCCTCATGAGGATGCAGAATGTTCCATTTGTCTTTC
AGTTTATGAAGACGAGACAGAGCTAAGAGAACTTCCTTGTGGCCACCATTTCCATTGCAA
TTGTGTGGACAAATGGCTTTACATTAACGCTACCTGTCCTCTCTGTAAATACAACATCCT
CAAGAGTAGCAACTATGAAGATGGCGAGGTAGTCTAAACACAGAAGAAGAAACAAACTTG
CAAATATGCGGATACATGTATCACATTAGCAGCGAGGAACACGAGAAATAAAAAAGAGTT
CAAACATTGATCAAGTTGTAGTTTTATCTTTTGCTTGTTGTGTTATTGTAATACAAAGTT
TAGTTATGTTGTTTTAACATTTTCTGGTTCTTACTTGCTCAACAAGACAACATCTTGTTT
CATGATTAGTGGATAGCGTAAATTCTTATTAACTGGAAGAAGACTCGTTTGATAC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL8083Contig1 880 2 2 U
GGGAGATCATAACATTCGCAGCAATCAATCTCTATTAGAGCCAGAGAGAGAGACCACATC
CTCCCTCCATTACCTCACTCCCAATGGCATCAAACACCACCGACAACTCCTCCTCTCAGG
CGCCTCGCCAAAGACCCCGCCAAAGAAACGGACCTCCTCCTCCTCGCCGCCACGGAAGAA
ACCCGCCGCCTCGTTATCACCAGACGACGGCCACGGCCACTCCTCAGGCTCCCCAGGAGA
AGAAGAAACCCGTCTTCGTCAAGGTCGATCAGCTCAAACCAGGCACGAGCGGACACACCC
TGACCGTCAAAGTCGTCGATCAGACCTCCGTCCCTCAGGAACCGAACGCCGCCGCCGCCT
CTTCCCACCTCCGTCCTAATCGGATCTCCGAGTGCCTCGTCGGAGACGAGACCGCTTCCA
TCCTCTTCACCGCTCGCAACGATCAAGTGAACTTGATGAAGCCGGGAGCTACTGTGAATC
TCCGGAATGCCAAGATTGATATGTTCAAGGGGTCGATGAGGCTTGCGGTTGACAAATGGG
GTCTTATTGAGGTCACTGAGCCTGTTGAAATGACTGTTAGAGAGGATAACAATCTGTCTC
TTGTGGAGTATGAGCTCGTCAATGTCGAGGAATGATCGATCAAGCGTCCACAATGGGGTT
TTGTTTTGTGGTAATGTAACACGCGAAATGAAATGAAGAAAATGTTGGGGGGTTTTTATT
ATCTTATGACAGTTGCAAGTTTGGTACATTATGTTGATCTTTGGGTTTTGGTGCACACAA
TATGTCATCATGGGTATGTATGTACTCTTTCAGTTTGTGGCCTTTTCTCTGTTTTTTTTA
TGGTTATTGAACAGAGAGGTTAATGCAAAAAAACTTGGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM24TF U 1
AF RR3DM24JQ C 255
BS 1 690 RR3DM24TF
BS 691 880 RR3DM24JQ

RD RR3DM24TF 690 0 0
GGGAGATCATAACATTCGCAGCAATCAATCTCTATTAGAGCCAGAGAGAGAGACCACATC
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CGCCTCGCCAAAGACCCCGCCAAAGAAACGGACCTCCTCCTCCTCGCCGCCACGGAAGAA
ACCCGCCGCCTCGTTATCACCAGACGACGGCCACGGCCACTCCTCAGGCTCCCCAGGAGA
AGAAGAAACCCGTCTTCGTCAAGGTCGATCAGCTCAAACCAGGCACGAGCGGACACACCC
TGACCGTCAAAGTCGTCGATCAGACCTCCGTCCCTCAGGAACCGAACGCCGCCGCCGCCT
CTTCCCACCTCCGTCCTAATCGGATCTCCGAGTGCCTCGTCGGAGACGAGACCGCTTCCA
TCCTCTTCACCGCTCGCAACGATCAAGTGAACTTGATGAAGCCGGGAGCTACTGTGAATC
TCCGGAATGCCAAGATTGATATGTTCAAGGGGTCGATGAGGCTTGCGGTTGACAAATGGG
GTCTTATTGAGGTCACTGAGCCTGTTGAAATGACTGTTAGAGAGGATAACAATCTGTCTC
TTGTGGAGTATGAGCTCGTCAATGTCGAGGAATGATCGATCAAGCGTCCACAATGGGGTT
TTGTTTTGTGGTAATGTAACACGCGAAATG

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3DM24JQ 626 0 0
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GTCGATCAGACCTCCGTCCCTCAGGAACCGAACGCCGCCGCCGCCTCTTCCCACCTCCGT
CCTAATCGGATCTCCGAGTGCCTCGTCGGAGACGAGACCGCTTCCATCCTTTTCACCGCT
CGCAACGATCAAGTGAACTTGATGAAGCCGGGAGCTACTGTGAATTTCCGGAATGCCAAG
ATTGATATGTTCAAGGGGTCGATGAGGCTTGCGGTTGACAAATGGGGTCTTATTGAGGTC
ACTGAGCCTGTTGAAATGACTGTTAGAGAGGATAACAATCTGTCTCTTGTGGAGTATGAG
CTCGTCAATGTCGAGGAATGATCGATCAAGCGTCCACAATGGGGTTTTGTTTTGTGGTAA
TGTAACAGGCGAAATGAAATGAAGAAAATGTTGGGGGGTTTTTATTATCTTATGACAGTT
GCAAGTTTGGTACATTATGTTGATCTTTGGGTTTTGGTGCACACAATATGTCATCATGGG
TATGTATGTACTCTTTCAGTTTGTGGCCTTTTCTCTGTTTTTTTTATGGTTATTGAACAG
AGAGGTTAATGCAAAAAAACTTGGCG

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

CO CL8084Contig1 555 2 1 U
GGCTGTGGGCGTCGTAGTTCCACACAGTTCAAAAGCTATGGGGTTTTCAAGATTTGACCC
GTTTCAAATTGTAGAGAAAAAAATAAAAAAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCGGGAGGT
CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGGCACGCTTAGCTGCAGAGTTCTGATGGGATCC
GGTGCATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCATTAGTACATGACTCGCAATTTCATATATCG
TTTTAATCCGAGAATACGAGTAGATTTGCATGGGGTCCACCTGAGTTTTTTTTTTTTTTT
TTTGTAATTTTGCCATGCACCAAAATGTATGGATATTGATGTAGCAAACTACAAAAAACA
TCCGCAAACAGCGAATCGCATCTCAATCACGACCCATAACATTCGAAAGCCTATTTAAGG
CTCTAAACGGCAGAATTTGGGCTCGAAAAATCGCCAGCCCTATTCACTGGCCTAGATGGT
TTTGGGGGCTTTCCGAAATAGTTCCACACGGTTCAAAAGTTATGGGGTTTTCAAGATTTG
ACCCGTTTCAAATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AA32TF U 1
AF RR3AA32JQ C 15
BS 1 555 RR3AA32TF

RD RR3AA32TF 555 0 0
GGCTGTGGGCGTCGTAGTTCCACACAGTTCAAAAGCTATGGGGTTTTCAAGATTTGACCC
GTTTCAAATTGTAGAGAAAAAAATAAAAAAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCGGGAGGT
CACCCATCCTAGTACTACTCTCGCCCAGGCACGCTTAGCTGCAGAGTTCTGATGGGATCC
GGTGCATTAGTGCTAGTATGATCGCACCCATTAGTACATGACTCGCAATTTCATATATCG
TTTTAATCCGAGAATACGAGTAGATTTGCATGGGGTCCACCTGAGTTTTTTTTTTTTTTT
TTTGTAATTTTGCCATGCACCAAAATGTATGGATATTGATGTAGCAAACTACAAAAAACA
TCCGCAAACAGCGAATCGCATCTCAATCACGACCCATAACATTCGAAAGCCTATTTAAGG
CTCTAAACGGCAGAATTTGGGCTCGAAAAATCGCCAGCCCTATTCACTGGCCTAGATGGT
TTTGGGGGCTTTCCGAAATAGTTCCACACGGTTCAAAAGTTATGGGGTTTTCAAGATTTG
ACCCGTTTCAAATTG

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3AA32JQ 541 0 0
TAGTTCCACACAGTTCAAAAGCTATGGGGTTTTCAAGATTTGACCCGTTTCAAATTGTAG
AGAAAAAAATAAAAAAGGGGTGCAACACGAGGACTTCCCGGGAGGTCACCCATCCTAGTA
CTACTTTCGCCCAGGCACGCTTAGCTGCAGAGTTTTGATGGGATCCGGTGCATTAGTGCT
AGTATGATCGCACCCATTAGTACATGACTCGCAATTTCATATATCGTTTTAATCCGAGAA
TACGAGTAGATTTGCATGGGGTCCACCTGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAATTTTGCC
ATGCACCAAAATGTATGGATATTGATGTAGCAAACTACAAAAAACATCCGCAAACAGCGA
ATCGCATCTCAATCACGACCCATAACATTCGAAAGCCTATTTAAGGCTCTAAACGGCAGA
ATTTGGGCTCGAAAAATCGCCAGCCCTATTCACTGGCCTAGATGGTTTTGGGGGCTTTCC
GAAATAGTTCCACACGGTTCAAAAGTTATGGGGTTTTCAAGATTTGACCCGTTTCAAATT
G

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 2

CO CL8085Contig1 886 2 4 U
GGGGCAGAAACGAAGAGAACAACAAAAAAAATGGGACCAAAGGGCTGGTTTATCCTCAAG
CTTTTGATGTTTCAGGGTCTTTTCATTTCATATTCCCAAGACCAAGAAGACTTTGATTTC
TTCTACTTAGTTCTTCAGTGGCCAGGAGCCTATTGTGATACAAAACGTAGTTGTTGCTAT
CCAACATCAGGTAAACCTGCGGCAGATTTTGTCATCCACGGTCTTTGGCCTAATTACAAT
GATGGTTCATATCCATCAAACTGTGATCCCGACAGTAAATTTGATAAATCTCAGATAACG
GATCTGGTAAGTAGTTTGAAAAAGACGTGGCCAACATTAGCGTGTCCGAGCAACGAAGGG
TTCAAGTTTTGGACGCACGAGTGGGAAAAACATGGTACATGTTCTCAATCAGCAATGGAC
CAGCATGACTACTTCGAAAATGCTCTTAAACTCAGAGACAGAGCCAATCTCCTTGAAGCC
CTCACAAACTCCGGAATCAAACCAGATGATAAATTCTATGATCTTGAAAAGATCAAAAAC
GCGATAACAGATGCGATTGGGTTTACTCCAGGGATTGAATGTAACAAAGATCCCGAGCGC
AACGACCAGCTTCACCAAATCTACATCTGCGTCGATACATCAGGAACTGAGTTTATTGAA
TGTCCAATTTTCCCTAGAGGAAGATGTCCGTCTAAACTCCAGTTTGCGAAGTTTTAATTG
TATCTTTCTTTGAATGTGGCTTTCAAACAACGTTATCTCTTGTTTTGGAATCTTTTCTAA
GTTTATCTTCCTTTCCTGAGTCCAAATTCACGCGGACTCTAAAGTGTAATGTTTCATGTT
ACTTTATCTAAATTTAAATAAGATAAAAAAAACTTTTTTTTTGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BX88TF U 1
AF RR3BX88JQ C 87
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BS 588 639 RR3BX88TF
BS 640 886 RR3BX88JQ

RD RR3BX88TF 639 0 0
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CTTTTGATGTTTCAGGGTCTTTTCATTTCATATTCCCAAGACCAAGAAGACTTTGATTTC
TTCTACTTAGTTCTTCAGTGGCCAGGAGCCTATTGTGATACAAAACGTAGTTGTTGCTAT
CCAACATCAGGTAAACCTGCGGCAGATTTTGTCATCCACGGTCTTTGGCCTAATTACAAT
GATGGTTCATATCCATCAAACTGTGATCCCGACAGTAAATTTGATAAATCTCAGATAACG
GATCTGGTAAGTAGTTTGAAAAAGACGTGGCCAACATTAGCGTGTCCGAGCAACGAAGGG
TTCAAGTTTTGGACGCACGAGTGGGAAAAACATGGTACATGTTCTCAATCAGCAATGGAC
CAGCATGACTACTTCGAAAATGCTCTTAAACTCAGAGACAGAGCCAATCTCCTTGAAGCC
CTCACAAACTCCGGAATCAAACCAGATGATAAATTCTATGATCTTGAAAAGATCAAAAAC
GCGATAACAGATGCGATTGGGTTTACTCCAGGGATTGAATGTAACAGAGATCCCGAGCGC
AACGACCAGCTTCACCAAATCTACATCTGCGTCGATACA

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3BX88JQ 800 0 0
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AGC*TATTGTGATACAAAACGTAGTTGTTGCTATCCAACATCAGGTAAACCTGCGGCAGA
TTTTGTCATCCACGGTCTTTGGCCTAATTACAATGATGGTTCATATCCATCAAACTGTGA
TCCCGACAGTAAATTTGATAAATCTCAGATAACGGATCTGGTAAGTAGTTTGAAAAAGAC
GTGGCCAACATTAGCGTGTCCGAGCAACGAAGGGTTCAAGTTTTGGACGCACGAGTGGGA
AAAACATGGTACATGTTCTCAATCAGCAATGGACCAGCATGACTACTTCGAAAATGCTCT
TAAACTCAGAGACAGAGCCAATCTCCTTGAAGCCCTCACAAACTCCGGAATCAAACCAGA
TGATAAATTCTATGATCTTGAAAAGATCAAAAACGCGATAACAGATGCGATTGGGTTTAC
TCCAGGGATTGAATGTAACAAAGATCCCGAGCGCAACGACCAGCTTCACCAAATCTACAT
CTGCGTCGATACATCAGGAACTGAGTTTATTGAATGTCCAATTTTCCCTAGAGGAAGATG
TCCGTCTAAACTCCAGTTTGCGAAGTTTTAATTGTATCTTTCTTTGAATGTGGCTTTCAA
ACAACGTTATCTCTTGTTTTGGAATCTTTTCTAAGTTTATCTTCCTTTCCTGAGTCCAAA
TTCACGCGGACTCTAAAGTGTAATGTTTCATGTTACTTTATCTAAATTTAAATAAGATAA
AAAAAACTTTTTTTTTGGCC

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL8086Contig1 818 2 2 U
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CTTCTCGTTCGGCTCGTTTTGCAGCTAAGGCATCATCGCATTACGGTAGCTTCTCCAATG
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AAAGAATCACACTTTTCACCTCTGATGGGCTGATTCAGATTGGTGGCAACATGGTTCCTC
GTCGCATCAACTCATCTAATAAGAAACATGGGAGGTCCAAGAAACATCCAAAGTTTCAGG
AAAGTTCCTACATGGATCCTGCTCAAGGTCTATGCCTTGGAGCTCTTTTCGACATCGCTG
CTACAAACGGACTTGATATGGGAAGAAGACTCTGTATCTATGGATTCTGTCGCTCCGTCG
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AATAATGGTGCTCTAACCTCACAAGTCACAAGTGTTTTATAAATCATTCATTGTACAGAA
CTTTACACTTGGTATAAATTCCCTAATTGTATTCAACG


BQ
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AF RR3DL31TF U 1
AF RR3DL31JQ C 15
BS 1 513 RR3DL31TF
BS 514 818 RR3DL31JQ

RD RR3DL31TF 513 0 0
GGGATTAGAATTTGGTTATGGCGGAGACATCTGCGCTTCTCTTCTCTCACCTCACCATCT
CTCGCGTCTTGGCCACGACTTCTTCTTCTTCTCGATTCTCTCTTCTTTCTCGCGCTCGGC
CTTCTCGTTCGGCTCGTTTTGCAGCTAAGGCATCATCGCATTACGGTAGCTTCTCCAATG
ACGATGCCTTCTTCCCATGGTCCGATGGAGGAGATAAAGGCATTGAATGGGTTCATGAAG
AAAGAATCACACTTTTCACCTCTGATGGGCTGATTCAGATTGGTGGCAACATGGTTCCTC
GTCGCATCAACTCATCTAATAAGAAACATGGGAGGTCCAAGAAACATCCAAAGTTTCAGG
AAAGTTCCTACATGGATCCTGCTCAAGGTCTATGCCTTGGAGCTCTTTTCGACATCGCTG
CTACAAACGGACTTGATATGGGAAGAAGACTCTGTATCTATGGATTCTGTCGCTCCGTCG
AGATGCTCAGTGATGTTGTTGAAGACACTGTCT

QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3DL31JQ 804 0 0
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ACGACTTCTTCTTCTTCTCGATTCTCTCTTCTTTCTCGCGCTCGGCCTTCTCGTTCGGCT
CGTTTTGCAGCTAAGGCATCATCGCATTACGGTAGCTTCTCCAATGACGATGCCTTCTTC
CCATGGTCCGATGGAGGAGATAAAGGCATTGAATGGGTTCATGAAGAAAGAATCACACTT
TTCACCTCTGATGGGCTGATTCAGATTGGTGGCAACATGGTTCCTCGTCGCATCAACTCA
TCTAATAAGAAACATGGGAGGTCCAAGAAACATCCAAAGTTTCAGGAAAGTTCCTACATG
GATCCTGCTCAAGGTCTATGCCTTGGAGCTCTTTTCGACATCGCTGCTACAAACGGACTT
GATATGGGAAGAAGACTCTGTATCTATGGATTCTGTCGCTCCGTCGAGATGCTCAGTGAT
GTTGTTGAAGACACTGTCTTAGAATATGGTGGAGAGGTTGTTGCTGCAGAGAAAGAGAGC
AAAGGGGGTTTACAAGAGAAGCTAAAAATGTCAGTGGCCGTTCCATATCTCTGGGGAGTT
CCTCCCACTGCAGAGAGGCTTCACCTTGCTGTTCGAACTGGTGGAGGCATTGTTGACAAA
GTTTATTGGCAATGGGATTTCTTGTGAATCATCATGAAAGTTCTATAATAATGGTGCTCT
AACCTCACAAGTCACAAGTGTTTTATAAATCATTCATTGTACAGAACTTTACACTTGGTA
TAAATTCCCTAATTGTATTCAACG

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

CO CL8087Contig1 1252 2 2 U
GGATGCATTCTTGAAACCTGGATTGTTAGAGCAGATTAACACAACAGCTGATAAAAGTGA
CTACTTGTGGTACTCCCTAAGGGTGGACATAAAAGGAGATGAGACTTTCCTTGACGAAGG
ATCTAAAGCAGTTCTTCACATCCAATCCATAGGCCAAGTGGTGTATGCTTTTATAAATGG
AAAACTTACCGGAAATGGAAATGGCAAACAGAAGATTTCTTTGGACATCCCAATCAATCT
TGTCACTGGGAAGAACACAATTGATCTTCTTAGTGTGACCGTAGGGCTTGCGAACTATGG
AGCTTTCTTTGACTTAGTTGGAGCAGGAATAACTGGTCCTGTGTCACTTAAAAGCGCAAA
GAGTGGTAGCTCAATAGATCTGTCTTCACAGCAGTGGACTTATCAGGTTGGACTCAAAGG
GGAAGACACAGATTTAGGAAGTGGAGACTCTTCTGAATGGGTTTCAAAGTCTCCTTTGCC
CACTATGCTGCCACTGATTTGGTACAAGACAACATTTGATGCTCCTTCTGGGAGTGATCC
AGTAGCTATAGACTTCACAGGTACAGGAAAAGGCATTGCGTGGGTGAACGGACAGAGTAT
AGGTCGGTACTGGCCAACCAGTATTGCAAGAAATGATGGTTGCACAGATTCATGTAACTA
CAGAGGATCATACAGTGCCAACAAATGCCTCAAGAACTGTGGAAACCCTTCACAGACATT
GTATCACGTGCCTCGCTCGTGGATAAAACCAAGCGGGAACACTCTTGTTCTGTTGGAAGA
AATGGGAGGAGATCCGACAAAGATATCACTCGCTACAAAACAAACAGGAAGCAGTCTGTG
TTTGACGGTGTCACAGTCTCATCCAGCTCCGGTGGAGTCGTGGACTTCTGACTCAAAGGT
CTTAAACAGAACAAGTCCGGTTCTTTTGCTAAAATGCCCTGTCTCCACTCATGTGATCAC
TTCTATAGAATTTGCAAGCTTTGGTACGCCCAAAGGTAACTGTGGTAGCTTCAGCCATGG
CCGTTGCAATAGCCCTCGTTCTCTCTCCGTCGTCCGCAAGGCATGTGTTGGATCGAGGAG
TTGCAAAGTCGAAGTCTCTACTAGAGTCTTCGGAGACCCTTGTCGTGACCTCGTCAAGAG
CTTAGCTGTTGAAGCTTCTTGTTCATGAGTGTCATGTTCCCTTACCTCCGCAGATTTGAT
AATATGATATGAAGCATGTAATTGTTTAAAATAAATAAATGAAATGGATGAC


BQ
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AF RR3GN38TF U 1
AF RR3GN38JQ C 529
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BS 744 1252 RR3GN38JQ

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AAAACTTACCGGAAATGGAAATGGCAAACAGAAGATTTCTTTGGACATCCCAATCAATCT
TGTCACTGGGAAGAACACAATTGATCTTCTTAGTGTGACCGTAGGGCTTGCGAACTATGG
AGCTTTCTTTGACTTAGTTGGAGCAGGAATAACTGGTCCTGTGTCACTTAAAAGCGCAAA
GAGTGGTAGCTCAATAGATCTGTCTTCACAGCAGTGGACTTATCAGGTTGGACTCAAAGG
GGAAGACACAGATTTAGGAAGTGGAGACTCTTCTGAATGGGTTTCAAAGTCTCCTTTGCC
CACTATGCTGCCACTGATTTGGTACAAGACAACATTTGATGCTCCTTCTGGGAGTGATCC
AGTAGCTATAGACTTCACAGGTACAGGAAAAGGCATTGCGTGGGTGAACGGACAGAGTAT
AGGTCGGTACTGGCCAACCAGTATTGCAAGAAATGATGGTTGCACAGATTCATGTAACTA
CAGAGGATCATACAGTGCCAACAAATGCCTCAAGAACTGTGGAAACCCTTCACAGACATT
GTATCACGTGCCTCGCTCGTGGA
AAAA

QA 1 743 1 743
DS 

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TTCACAGACATTGTATCACGTGCCTCGCTCGTGGATAAAACCAAGCGGGAACACTCTTGT
TCTGTTGGAAGAAATGGGAGGAGATCCGACAAAGATATCACTCGCTACAAAACAAACAGG
AAGCAGTCTGTGTTTGACGGTGTCACAGTCTCATCCAGCTCCGGTGGAGTCGTGGACTTC
TGACTCAAAGGTCTTAAACAGAACAAGTCCGGTTCTTTTGCTAAAATGCCCTGTCTCCAC
TCATGTGATCACTTCTATAGAATTTGCAAGCTTTGGTACGCCCAAAGGTAACTGTGGTAG
CTTCAGCCATGGCCGTTGCAATAGCCCTCGTTCTCTCTCCGTCGTCCGCAAGGCATGTGT
TGGATCGAGGAGTTGCAAAGTCGAAGTCTCTACTAGAGTCTTCGGAGACCCTTGTCGTGA
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CGCAGATTTGATAATATGATATGAAGCATGTAATTGTTTAAAATAAATAAATGAAATGGA
TGAC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

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GAGTGTAGATACGCCCTTGTAGCCTTTGAAGGACCTGGGAAAAGCTCTCCGATCCTCTTC
AAGATATCGTAATAGAACGTCTTCGGTGCGAAGCTAAGAATCACTCTCTTCTCAGCTAAC
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CC


BQ
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20 20 

AF RR3CB47TF C 1
AF RR3CB47JQ U 7
BS 1 6 RR3CB47TF
BS 7 662 RR3CB47JQ

RD RR3CB47TF 662 0 0
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AAACTGGTCTACATTGGAACTGCTTCGATAAGCCTAGAGAAGTAGAACTGGGTGGTAATG
AGTCCTCTCTTGCTGATTCTCCACCCGACCTTGCGCAATGCGTTTTCAACATCCGCCTCT
GAGTGTAGATACGCCCTTGTAGCCTTTGAAGGACCTGGGAAAAGCTCTCCGATCCTCTTC
AAGATATCGTAATAGAACGTCTTCGGTGCGAAGCTAAGAATCACTCTCTTCTCAGCTAAC
GAAGCGACCATAGCTGCAGAGATATCGCTAGCGGAGACGATCGCACCTTCCTTAGCGAGC
GGAGTCGAGAGCAGACCTGTTCCGCAACCAGCGTCGCAGACCGTTACGCCGGCCAACGAA
CCTTCTTCCGTCAGCATGAGCATCGTCTTCTCGACGGTTTTGGCGTGGCCGATCCGTATA
TCCTTCTGGACGCGGTTCACTTCGTCGGTCTCGCCGTAGATCTTCCTCCACCGCTCGAAC
CC

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3CB47JQ 656 0 0
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TTACATTAAACAGTGAAAGAGGAGCTACAGAACTATAGACCAAGTCCTGAAGAAGTGCAT
GTTTGTAGACACTATCCTCAATAATAGTCAACAGATGAATGCCTTTTTCTTTCAAAACTG
GTCTACATTGGAACTGCTTCGATAAGCCTAGAGAAGTAGAACTGGGTGGTAATGAGTCCT
CTCTTGCTGATTCTCCACCCGACCTTGCGCAATGCGTTTTCAACATCCGCCTCTGAGTGT
AGATACGCCCTTGTAGCCTTTGAAGGACCTGGGAAAAGCTCTCCGATCCTCTTCAAGATA
TCGTAATAGAACGTCTTCGGTGCGAAGCTAAGAATCACTCTCTTCTCAGCTAACGAAGCG
ACCATAGCTGCAGAGATATCGCTAGCGGAGACGATCGCACCTTCCTTAGCGAGCGGAGTC
GAGAGCAGACCTGTTCCGCAACCAGCGTCGCAGACCGTTACGCCGGCCAACGAACCTTCT
TCCGTCAGCATGAGCATCGTCTTCTCGACGGTTTTGGCGTGGCCGATCCGTATATCCTTC
TGGACGCGGTTCACTTCGTCGGTCTCGCCGTAGATCTTCCTCCACCGCTCGAACCC

QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

CO CL8089Contig1 678 2 7 U
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TTCGTGGGGAACTTCGAGTATGAGACTCGCCAATCGGATCTGGAACGGTTGTTCAGCAAG
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AGAGCGTGATATTGAGAGGCACTTTGAGCCGTATGGTAAAGTTCTCAATGTCCGCATAAG
ACGCAACTTTGCATTCGTTCAGTTTGCAACTCAAGAAGATGCAACCAAGGCCCTTGAGTC
TACACAAAACAACAAATTAATGGACAGGGTTGTTTCTATTGAGTACGCTTTGAGGGATGA
TGATGAAAGAGATGATCGATATGCTCCTAGTCCCAGAAGGAGATCTCCTAGTCCTGTCTA
CAGGAGGCGTCCCAGTCCTGATTACGGCCGTCCTCGCAGTCCTGAGTATGACAGGTACAA
GGGTCCAGCTCCTTATGA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F857TF U 1
AF RR3BO49TF U 1
BS 1 104 RR3BO49TF
BS 105 105 RR3F857TF
BS 106 453 RR3BO49TF
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BS 492 492 RR3F857TF
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RD RR3F857TF 611 0 0
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CAGGAGGCGTC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3BO49TF 678 0 0
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TTCGTGGGGAACTTCGAGTATGAGACTCGCCAATCGGATCTGGAGCGGTTGTTCAGCAAG
TACGGGAGAGTGGAGCGAGTTGACATGAAGTCTGGTTATGCTTTTGTGTATTTTGAGGAT
GAGCGTGATGCTGAAGATGCTATCCGTGGGATTGACAATATCCCTTTTTGGCTATGAGAA
ACGCAAGCTCTCTGTCGAATGGGCTAAGGGTGAACGTGGGAAGCCTCATGGAAAGGCAGC
TTCCAATCAGAGGCCTACAAAGACACTCTTTGTCATCAACTTTGACCCTATCCGCACTAA
AGAGCGTGATATTGAGAGGCACTTTGAGCCGTATGGTAAAGTTCTCAATGTCCGCATAAG
ACGCAACTTTGCATTCGTTCAGTTTGCAACTCAGGAAGATGCAACCAAGGCCCTTGAGTC
TACACAAAACAGCAAATTAATGGACAGGGTTGTTTCTATTGAGTACGCTTTGAGGGATGA
TGATGAAAGAGATGATCGATATGCTCCTAGTCCCAGAAGGAGATCTCCTAGTCCTGTCTA
CAGGAGGCGTCCCAGTCCTGATTACGGCCGTCCTCGCAGTCCTGAGTATGACAGGTACAA
GGGTCCAGCTCCTTATGA

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

CO CL8090Contig1 851 2 3 U
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CACATGGTTACGAACATACTAGAATCCGAGTTATATAAAACTAACGGTCAATCAATCACT
TGCTTGCTTCATCGCTTGCTGGATAAGCTAAAAGAGCTGACTTTCATGGGAGTTGCAATG
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ACGATAGATTCATTCCGAAGGACTATCTTGTAGCAGTAGCATTTCTTCAGCCCTTCCTGG
TCCTGATAGCATTCATGAGATCCATTCTTCACTTGCTGAAAGTTCCATATCACACTGAAT
TTGCCTACAGTTGCCACCACATGAGCTCTTGTTTCCCATCCTCCGTCACCCATGAAAACT
GAGCATTACGGAACTTATTGGTAGAACCAGCCAAATGGGCGTCGAGAGGTCTCAGCTTCA
GCAACCTCGGTGCAGCAATCTTATTCCCCATGCGACCCTCAAACCCAGTCCTCGTCTTAC
CAGCCTTATCAGTGAAAAGAGTACAGATAACAATCAGATACGTATCAGTCGTACCAACAA
TCCACTTCCCATCGTAAGTAGCATCCACATGAGACACAGGCGCACCGAGTCCAGGGAAAG
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CAACAACAATCGAGCCATCACCAGTAGTCGCAAAGCACTGGAAGTTCGTCCCTCTAGAAA
ACTGATGCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AU22JQ U 41
AF RR3AU22TF C 1
BS 1 40 RR3AU22TF
BS 41 726 RR3AU22JQ
BS 727 851 RR3AU22TF

RD RR3AU22JQ 686 0 0
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GAGCCAGAACATTGGAATTTCACATGGTTACGAACATACTAGAATCCGAGTTATATAAAA
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CTTTCATGGGAGTTGCAATGACCAGAGGCGCTTCAGGGGAGCCAGAGTCTGCAAAGTTGT
CGTTCATGAAGCGGCTGTCCACGATAGATTCATTCCGAAGGACTATCTTGTAGCAGTAGC
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AGTTCCATATCACACTGAATTTGCCTACAGTTGCCACCACATGAGCTCTTGTTTCCCATC
CTCCGTCACCCATGAAAACTGAGCATTACGGAACTTATTGGTAGAACCAGCCAAATGGGC
GTCGAGAGGTCTCAGCTTCAGCAACCTCGGTGCAGCAATCTTATTCCCCATGCGACCCTC
AAACCCAGTCCTCGTCTTACCAGCCTTATCAGTGAAAAGAGTACAGATAACAATCAGATA
CGTATCAGTCGTACCAACAATCCACTTCCCATCGTAAGTAGCATCCACATGAGACACAGG
CGCACCGAGTCCAGGGAAAGCCGTCT

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3AU22TF 851 0 0
AATGAAAACCAAATATGGCCAACTTAAAAGTCAAAGTCACACCAAAGTAGTTTACCAACA
TCTCTAGATGTCTTT*CTCGAAATCTAACAAACTTACTAAGAGCCAGAACATTGGAATTT
CACATGGTTACGAACATACTAGAATCCGAGTTATATAAAACTAACGGTCAATCAATCACT
TGCTTGCTTCATCGCTTGCTGGATAAGCTAAAAGAGCTGACTTTCATGGGAGTTGCAATG
ACCAGAGGCGCTTCAGGGGAGCCAGAGTCTGCAAAGTTGTCGTTCATGAAGCGGCTGTCC
ACGATAGATTCATTCCGAAGGACTATCTTGTAGCAGTAGCATTTCTTCAGCCCTTCCTGG
TCCTGATAGCATTCATGAGATCCATTCTTCACTTGCTGAAAGTTCCATATCACACTGAAT
TTGCCTACAGTTGCCACCACATGAGCTCTTGTTTCCCATCCTCCGTCACCCATGAAAACT
GAGCATTACGGAACTTATTGTTAGAACCAGCCAAATGGGCGTCGAGAGGTCTCAGCTTCA
GCAACCTCGGTGCAGCAATCTTATTCCCCATGCGACCCTCAAACCCAGTCCTCGTCTTAC
CAGCCTTATCAGTGAAAAGAGTACAGATAACAATCAGATACGTATCAGTCGTACCAACAA
TCCACTTCCCATCGTAAGTAGCATCCACATGAGACACAGGCGCACCGAGTCCAGGGAAAG
CCGTCTTCGCCTGCCTCATAGTATTACTCGAGTAGAGCCTAATCTTCCCATCAAGAGAAC
CAACAACAATCGAGCCATCACCAGTAGTCGCAAAGCACTGGAAGTTCGTCCCTCTAGAAA
ACTGATGCCCC

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 2

CO CL8091Contig1 669 2 2 U
GGAAAAGGTATGATTAGAACCCAAAGAGACTCATGAAAACCCTTTAACTTTCTGCATATC
TTTTTTTTCTTTCTGATCGTTGATTGTGAAAAACCTGAGAAGGTGGATCCATGGGTGATG
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GCAATGTGGTAATGTGGGGATGTTATGTAAACAGCTTAAGAGCTCTCTCTTCTCTACAAG
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TTCACGAGTCCTTATCATTCCGTTGGTTTGCGGGAGCTTTATCGATCACCATTGGAGTTG
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TATAATACCTACGATTGAATTTCCTGATTTTGTAGTTAGATATTACTATAATAAAAATCT
CAAAGATGC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H251TF U 1
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TTCACGAGTCCTTATCATTCCGTTGGTTTGCGGGAGCTTTATCGATCACCATTGGAGTTG
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TTTTTCTTTCTGATCGTTGATTGTGAAAAACCTGAGAAGGTGGATCCATGGGTGATGTAC
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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3D339TF U 1
AF RR3E553TF U 3
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QA 1 681 1 681
DS 



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BQ
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AF RR3FF90TF U 1
AF RR3EQ56TF U 95
BS 1 302 RR3FF90TF
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GATGTTTGAGTTGTCTATGTGGCGTTGCAATGATGAGCTGCGTGTGCGTGCTGATGAACT
TCACGTAAACAGGAGGAAAGACGCTGCAAAACATTACATAGAGTTTTGGAAGTCAATCCC
ACCAACCGAACCATACCGTGTGGTTCTTGGTGACGTAAGGGACAAGCTTTATCACACACG
TGAACGAGCTCGCCAACTGCTCAGCAATGGAACATCTGATGTACCTGAAGAAGCTACTTT
CAACAACTTGGAAGAGTTTTTGGAACCGCTCGAGCTTTGTTACAGATCGCTATGTTCATG
TGGTGACCGTCCAATAGCTGATGGAAGCCTTCTTGATTTTTTGAGGCAAGTCTCAACCTT
TGGTCTCTCTCTTGTAAGGCTCGACATAAGGCAAGAATCTGACCGCCACACCGATGTGTT
AGACGCTATCACCACCCATTTAGACATTGGATCGTACAGAGAGTGGTCTGAAGAGCGCCG
CCAAGAATGGCTTTTGTCTGAGCTAAGTGGCAAACGTCCTCTCTTCGGGTCTGATCTTCC
TAAAACAGAAGAAATCGCTGACGTTCTCGACACTTTCCATGTCATCGCTGAGCTACCTTC
AGACAGCTTTGGTGCTTACATCATCTCCATGGCTACAGCGCCATCTGATGTGTTAGCTGT
TGAGCTTTTACAGCGTGAATGCCGAGTGAAACGGCCTTTGAGAGTTGTTCCTCTCTTTGA
*AAGCTAGCTGATCTTGAAGCAGCTCCTGCTGCGGTTGCTAG
GTC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3EQ56TF 765 0 0
G
ACATAGAGTTTTGGAAGTCAATCCCACCAACCGAACCATACCGTGTGGTTCTTGGTGACG
TAAGGGACAAGCTTTATCACACACGTGAACGAGCTCGCCAACTGCTCAGCAATGGAACAT
CTGATGTACCTGAAGAAGCTACTTTCAACAACTTGGAAGAGTTTTTGGAACCGCTCGAGC
TTTGTTACAGATCGCTATGTTCATGTGATGACCGTCCAATAGCTGATGGAAGCCTTCTTG
ATTTTTTGAGGTAAGTCTCAACCTTTGGTCTCTCTCTTGTAAGGCTCGACATAAGGCAAG
AATCTGACCGCCACACCGATGTGTTAGACGCTATCACCACCCATTTAGACATTGGATCGT
ACAGAGAGTGGTCTGAAGAGCGCCGCCAAGAATGGCTTTTGTCTGAGCTAAGTGGCAAAC
GTCCTCTCTTCGGGTCTGATCTTCCTAAAACAGAAGAAATCGCTGACGTTCTCGACACTT
TCCATGTCATCGCTGAGCTACCTTCAGACAGCTTTGGTGCTTACATCATCTCCATGGCTA
CAGCGCCGTCTGATGTGTTAGCTGTTGAGCTTTTACAGCGTGAATGCCGAGTGAAACGGC
CTTTGAGAGTTGTTCCTCTCTTTGAGAAGCTAGCTGATCTTGAAGCAGCTCCTGCTGCGG
TTGCTAGCTCTTCTCTGTTGACTGGTACAAGAACCGTATCACGGGAAGCAAGAGGTATGA
TCGGTATTCAGACTCAGCAAGATGCTGGACGTTTGTCTGCTGCC

QA 2 765 2 765
DS 



AS 1 2

CO CL8094Contig1 722 2 3 U
AGAGAGAGAGAGAGAGAAAGCTGTCCTCCCAATAAATAAAGAAACGAATATGCCAGCAAA
GTAACGGAGACCAAAGTAAATGGGAAGCAACGACGACTGACTGACTCATCTCTCTCCTCC
TCCTCCACCTCCTCCTCTTTCTAGCTCTGAGATTGATCGGAACTAAAGCTATTGAGATTC
CGATTTTGATTTATTTCGATCATCAGCCTTCTCATAGTTTTATCAAGTAACCAAAGTCAA
GGGATTCGTGCTTGTGAAGCTCCAGGTGAATATTGGAGAGATTGAAAGACTACAAGATTG
GAAAGGATGCTTGAGGGACCACCAAGGTTCGATGTGCTCGCTGCTGGCAATCACAACACC
GACCACAATTACTATCCATTCACCCAAGACTTCTATAAAAAGCTCGGTGAAGATGGTACA
AACATGTCCACAGACAGTATGCAGACAAGTAACGCCGGAGGCTCTGTCTCCATGTCCGTG
GATAACAGTAGCGTTGGTTCAAGCGATGCTCTCATCGGCCATCCCGGTTTAAAACCCATG
CGCCATCCCTACTCTCTCTCCGTTGGACAAAGCGTGTTTCGTCCCGGAAGAGTTACACAT
GCGCTTAATGATGATGCCTTAGCACAAGCGTTGATGAATGGTAGCTACCCAACCCAGGGA
CTCGCAAACTACGAAGAGTGGACGATAGATCTTAGAAGCTTCACATGGGACCCGCTTTTG
CT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3DY58TF U 61
AF RR3CC59TF U 1
BS 1 126 RR3CC59TF
BS 127 127 RR3DY58TF
BS 128 722 RR3CC59TF

RD RR3DY58TF 163 0 0
GG
AACGGAGACCAAAGTAAATGGGAAGCAACGACGACTGACTGACTCATCTCTCTCCTCCTC
CTCCACCTCCTCCTCTTTCTAGCTCTGAGATTGATCGGAACTAAAGCTATTGAGATTCCG
ATTTTGATTTATTTCGATCATCAGCCTTCTCATAGTTTTAT

QA 3 163 3 163
DS 

RD RR3CC59TF 722 0 0
AGAGAGAGAGAGAGAGAAAGCTGTCCTCCCAATAAATAAAGAAACGAATATGCCAGCAAA
GTAACGGAGACCAAAGTAAATGGGAAGCAACGACGACTGACTGACTCATCTCTCTCCTCC
TCCTCCTCCTCCTCCTCTTTCTAGCTCTGAGATTGATCGGAACTAAAGCTATTGAGATTC
CGATTTTGATTTATTTCGATCATCAGCCTTCTCATAGTTTTATCAAGTAACCAAAGTCAA
GGGATTCGTGCTTGTGAAGCTCCAGGTGAATATTGGAGAGATTGAAAGACTACAAGATTG
GAAAGGATGCTTGAGGGACCACCAAGGTTCGATGTGCTCGCTGCTGGCAATCACAACACC
GACCACAATTACTATCCATTCACCCAAGACTTCTATAAAAAGCTCGGTGAAGATGGTACA
AACATGTCCACAGACAGTATGCAGACAAGTAACGCCGGAGGCTCTGTCTCCATGTCCGTG
GATAACAGTAGCGTTGGTTCAAGCGATGCTCTCATCGGCCATCCCGGTTTAAAACCCATG
CGCCATCCCTACTCTCTCTCCGTTGGACAAAGCGTGTTTCGTCCCGGAAGAGTTACACAT
GCGCTTAATGATGATGCCTTAGCACAAGCGTTGATGAATGGTAGCTACCCAACCCAGGGA
CTCGCAAACTACGAAGAGTGGACGATAGATCTTAGAAGCTTCACATGGGACCCGCTTTTG
CT

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL8095Contig1 781 2 2 U
GGTGGAGACTATGGTTCTACCTCTTGAGCTTCTCCAGCAGCTCAAAGCCACAGACTTTCC
TGATCACGAAGAGTATATCTCATGGCAAAGAAGAAACTTGAAGCTTCTAGAAGCCGGTTT
GATCTTACACCCTCATGTGCCTTTGAGTAAGTCTGATAGATCTGTTCAACAGCTTAAGCA
AATCATCCGTTCCGGTCTCGAGAGGCCGTTAGACACCGGGAAGATCACCGGAGAGTCGCA
GAACCTCAGGAGTATAGTAATGTCTCTCGCTACTCGTTCTAACAACGATGGGATTGGTCC
TGACACTTGTCATTGGGCTGATGGGTTTCCGTTGAATCTTAGAATCTATCAGATGCTTTT
GGAGTCTTGTTTCGATGTGAACGATGAGTTATCGGTTGTTGAGGAGGTGGATGAAGTTTT
GGAGCTTATAAAGAAAACATGGCCTGTGTTGGGTATGAACCAGATGGTTCACAATGTTTG
TTTCCTCTGGGTGTTGTTTAACCGGTATGTTGCGACTGGTCAAGTGGAGAATGACTTGCT
TGTGGCTGCTCATAACTTGATACTCGAAGTTGAGAACGATGCAAAGGAGACGAATGATCC
TAAGTATTCCAAGATCTCCAGCTCTGTTTTGAGTTTGATGTTGGATTGGGCTGAGAAGAG
ACTTCTTGCGTACCATGATACTTTCAACATCGATAACGTCGAGACCCTTGAAACGACGGT
TTCTCTGGGGATCTCGGTAGCTAAAGTGCTAGGTGAAGATGCTTCTAGCGAGTATAGAGG
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3BE07TF U 1
AF RR3BE07JQ C 38
BS 1 714 RR3BE07TF
BS 715 781 RR3BE07JQ

RD RR3BE07TF 714 0 0
GGTGGAGACTATGGTTCTACCTCTTGAGCTTCTCCAGCAGCTCAAAGCCACAGACTTTCC
TGATCACGAAGAGTATATCTCATGGCAAAGAAGAAACTTGAAGCTTCTAGAAGCCGGTTT
GATCTTACACCCTCATGTGCCTTTGAGTAAGTCTGATAGATCTGTTCAACAGCTTAAGCA
AATCATCCGTTCCGGTCTCGAGAGGCCGTTAGACACCGGGAAGATCACCGGAGAGTCGCA
GAACCTCAGGAGTATAGTAATGTCTCTCGCTACTCGTTCTAACAACGATGGGATTGGTCC
TGACACTTGTCATTGGGCTGATGGGTTTCCGTTGAATCTTAGAATCTATCAGATGCTTTT
GGAGTCTTGTTTCGATGTGAACGATGAGTTATCGGTTGTTGAGGAGGTGGATGAAGTTTT
GGAGCTTATAAAGAAAACATGGCCTGTGTTGGGTATGAACCAGATGGTTCACAATGTTTG
TTTCCTCTGGGTGTTGTTTAACCGGTATGTTGCGACTGGTCAAGTGGAGAATGACTTGCT
TGTGGCTGCTCATAACTTGATACTCGAAGTTGAGAACGATGCAAAGGAGACGAATGATCC
TAAGTATTCCAAGATCTCCAGCTCTGTTTTGAGTTTGATGTTGGATTGGGCTGAGAAGAG
ACTTCTTGCGTACCATGATACTTTCAACATCGATAACGTCGAGACCCTTGAAAC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3BE07JQ 744 0 0
CAGCTCAAAGCCACAGACTTTCCTGATCACGAAGAGTATATCTCATGGCAAAGAAGAAAC
TTGAAGCTTCTAGAAGCCGGTTTGATCTTACACCCTCATGTGCCTTTGAGTAAGTCTGAT
AGATCTGTTCAACAGCTTAAGCAAATCATCCGTTCCGGTCTCGAGAGGCCGTTAGACACC
GGGAAGATCACCGGAGAGTCGCAGAACCTCAGGAGTATAGTAATGTCTCTCGCTACTCGT
TCTAACAACGATGGGATTGGTCCTGACACTTGTCATTGGGCTGATGGGTTTCCGTTGAAT
CTTAGAATCTATCAGATGCTTTTGGAGTCTTGTTTCGATGTGAACGATGAGTTATCGGTT
GTTGAGGAGGTGGATGAAGTTTTGGAGCTTATAAAGAAAACATGGCCTGTGTTGGGTATG
AACCAGATGGTTCACAATGTTTGTTTCCTCTGGGTGTTGTTTAACCGGTATGTTGCGACT
GGTCAAGTGGAGAATGACTTGCTTGTGGCTGCTCATAACTTGATACTCGAAGTTGAGAAC
GATGCAAAGGAGACGAATGATCCTAAGTATTCCAAGATCTCCAGCTCTGTTTTGAGTTTG
ATGTTGGATTGGGCTGAGAAGAGACTTCTTGCGTACCATGATACTTTCAACATCGATAAC
GTCGAGACCCTTGAAACGACGGTTTCTCTGGGGATCTCGGTAGCTAAAGTGCTAGGTGAA
GATGCTTCTAGCGAGTATAGAGGG

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL8096Contig1 659 2 2 U
TTTTTGCCTCGAATCTTTGTTTCTCTCTGTTTATTAGATAAGTTGTATTTCAACGAGAGA
ACACTGGCACTGCATATGATTATCAAATGCATTTCAAACGACAGAACATCGTAGTTGTAC
TAGAAAAAGAAAGCTACTCAGTGTTCTAAACCTTATTACCACTAACATCATCAGCTTCAT
CTTCGTCTTTAACAAACACGTAGGCAAGAATAGCCAACAAAGGATAACTTACCGTAGTGA
GTGACCAATTTATAACAAGCTGTGACGTTAACGGTACCTTACGTGTATCTATTTGCCAAG
CCACAGCAGCTCCTGCGCTCTGCACTCCTTTGTAGAATCCACTGTATCTACTCAAAGTCA
GAGAATCATTCGCAAGTGCACCAATCAACCAATACACCATACTCTGATACATCGCATCTA
ACAAACCGTAGCTCATGTACAGCATGAACGGTCCGGCGAAGTCTCTGCCTGAATCTTTGA
AGTCGAGTTTCTTCACCGGAAGATGTCAAAGGAGTAACCGTGCTGGTTCGCTAACCCACC
TGCCCATATCACGGTTCCGATCACCGCCACTAAAGATATTCCGGCGAAGCCTCTCGCCCT
CCTGCTTTTGAAGCTGAAGTCCATTATGTAGCCGATGGCGAAAGAGCCAGCCATCCCCT


BQ
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AF RR3CH45TF C 1
AF RR3CH45JQ U 6
BS 1 5 RR3CH45TF
BS 6 659 RR3CH45JQ

RD RR3CH45TF 659 0 0
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CTTCGTCTTTAACAAACACGTAGGCAAGAATAGCCAACAAAGGATAACTTACCGTAGTGA
GTGACCAATTTATAACAAGCTGTGACGTTAACGGTACCTTACGTGTATCTATTTGCCAAG
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QA 1 659 1 659
DS 

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TCTTTAACAAACACGTAGGCAAGAATAGCCAACAAAGGATAACTTACCGTAGTGAGTGAC
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TCATTCGCAAGTGCACCAATCAACCAATACACCATACTCTGATACATCGCATCTAACAAA
CCGTAGCTCATGTACAGCATGAACGGTCCGGCGAAGTCTCTGCCTGAATCTTTGAAGTCG
AGTTTCTTCACCGGAAGATGTCAAAGGAGTAACCGTGCTGGTTCGCTAACCCACCTGCCC
ATATCACGGTTCCGATCACCGCCACTAAAGATATTCCGGCGAAGCCTCTCGCCCTCCTGC
TTTTGAAGCTGAAGTCCATTATGTAGCCGATGGCGAAAGAGCCAGCCATCCCCT

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

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GACTATGAGAAACCAAGAACCCTCAAAACCACAAAGGAAAGTGTCACATAGATATACAAC
AAATAAGTTTAACTAACTAACTCATTCTTTCTTTTTACTCTTCTTCTCTTCTTCCTTCTC
ATCATATATCCACGAGGTGAACACCAGGGGAATCACAACGCATATCGCTTCCACAGCCAA
TCCACCACCAAACCCCGAGTAATCATCAACCGTCACTTCCACAAACGACGCCAGAACGAT
CCCAAGATAACCACTAACTATGAAAGCAAGCGCAATAGCCGACATCACAAACGCCATGAG
AGACCCTTCACACCCACGAGGACACACCCTGGTCATCAGCACAGTGAAAGGAAGGTTCTT
GAAATAAAACAAACTCTCCAACACTCCCGAAACAAAGAGCACGTACACAGAGTCCGGCAC
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CGCGTCGATTCCTAAGATCTTCGTCTGC


BQ
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AF RR3AR11JQ U 43
AF RR3AR11TF C 1
BS 1 42 RR3AR11TF
BS 43 692 RR3AR11JQ
BS 693 748 RR3AR11TF

RD RR3AR11JQ 650 0 0
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CTTCTCTTCTTCCTTCTCATCATATATCCACGAGGTGAACACCAGGGGAATCACAACGCA
TATCGCTTCCACAGCCAATCCACCACCAAACCCCGAGTAATCATCAACCGTCACTTCCAC
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QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3AR11TF 748 0 0
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AAATAAGTTTAACTAACTAACTCATTCTTTCTTTTTACTCTTCTTCTCTTCTTCCTTCTC
ATCATATATCCACGAGGTGAACACCAGGGGAATCACAACGCATATCGCTTCCACAGCCAA
TCCACCACCAAACCCCGAGTAATCATCAACCGTCACTTCCACAAACGACGCCAGAACGAT
CCCAAGATAACCACTAACTATGAAAGCAAGCGCAATAGCCGACATCACAAACGCCATGAG
AGACCCTTCACACCCACGAGGACACACCCTGGTCATCAGCACAGTGAAAGGAAGGTTCTT
GAAATAAAACAAACTCTCCAACACTCCCGAAACAAAGAGCACGTACACAGAGTCCGGCAC
TCCAATACCCCTGTACACGCCTCTCACGAACAATAGATCGGACACAACGAAGACAGCCAT
CGTTCCCTGAACGGCCGCGATCAGTTTCCTCGGTGAAGTTGTTTTAAGCCAGCGGTCGTA
AGCAACGCCCCACAGTAGCATCGCGACCTGACCGACGACTTTCGAGACTCCCACGAGCGA
CGCGTCGATTCCTAAGATCTTCGTCTGC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL8098Contig1 858 2 4 U
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TTTTTCTATGTTGATGTTAGTTAGATTACTATTTACTACAAACGAGAAGCTTGCTTACTG
TATATACAAACGATCAGCAATAAAAACATCAACCGGCTGCACCTGCTGCAGGCCAAATGC
AACCGCCTATTTAATAGGATAAAAACGGGGGACAGTTTTTCTTTACTAAGTGTATACCTT
TGCTTCCAGGTTGAACAAGTGATTGCTCCAGCAGCAGAGAACGTTGAGGTGGCAGCAAAG
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GGAGTTTTGCTGGTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

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BQ
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CTCTCCGCATCTTCTTGTTCCATTCCGACAACAACAGGCTCTTGTTCTTGTATAGTGTAT
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CCGTCTCTAGGGAGAGCC

QA 1 678 1 678
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BQ03TF U 1
AF RR3BQ03JQ C 246
BS 1 680 RR3BQ03TF
BS 681 1041 RR3BQ03JQ

RD RR3BQ03TF 680 0 0
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CACTAATGAATCTTCTGGTGATGGATTGCAGTTTCCTGACTTGACAGTTGAGCTTTTTGT
ATCTACCTATGAAGCTGCTTCTAAAGCTGTTCATGATTTCTCAAAGCCGTTGATCATCAT
GATGAAAGCTGCGGGATGGGATCTTGATTCTGCAGCTGATTCCATTGAGCCTCATGTTGT
TTACGCCAAGAGGCCTCACAAGAAATATGCTTTTGAATCATACATATGCCAGAGGATGTT
CAGTGGGTTTCAGCAGGAAACTTTCTCATTAGAGTCAGATGACACTGACACTTTCTTCCC
TCAGTTTCTTGCTTTAAAGGACATGGATCCATTAGATGCTCTGGCTACAAACCCTGATTC
CAACTTTGGTAAGTTCTGTAAGAGCAAGTATCTCATCTTGATCCACCCAAAGATGGAAGC
TTCTTTCTTTGGAAACCTAGACCAGCGTGACTACGTGGCAGGAGGTGGCCACCCGAGGAC
CGCGTTTTACCAGGCCTTTTTGAAACTAGCAAAGTCTATATGGTTATTGCACAGGCTGGC
TTACTCGTTTGACCCAGCTGCAAAGATCTTTCAAGTGAAAAAGGGTAGTGAGTTTTCTGA
TTCGTATATGGAAAGTGTTT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3BQ03JQ 796 0 0
CCAAGAGGCCTCACAAGAAATATGCTTTTGAATCATACATATGCCAGAGGATGTTCAGTG
GGTTTCAGCAGGAAACTTTCTCATTAGAGTCAGATGACACTGACACTTTCTTCCCTCAGT
TTCTTGCTTTAAAGGACATGGATCCATTAGATGCTCTGGCTACAAACCCTGATTCCAACT
TTGGTAAGTTCTGTAAGAGCAAGTATCTCATCTTGATCCACCCAAAGATGGAAGCTTCTT
TCTTTGGAAACCTAGACCAGCGTGACTACGTGGCAGGAGGTGGCCACCCGAGGACCGCGT
TTTACCAGGCCTTTTTGAAACTAGCAAAGTCTATATGGTTATTGCACAGGCTGGCTTACT
CGTTTGACCCAGCTGCAAAGATCTTTCAAGTGAAAAAGGGTAGTGAGTTTTTTGATTCGT
ATATGGAAAGTGTTTTGAAGAACATAGTTGTGGATGAAAAGGGAGAGAGCCCAAGTGTTG
GTCTTATGGTGATGCCTGGGTTTTGGATTGGTGGAAGTGTGATTCAGAGCCGAGTTTATG
TCTCAGGTGTGAAGGTCGTTGAATGAAGGAGATTCTGGTCTTGTCCTAGAGCTCTCACTT
TGCTGTGCAACTTTTATTTTTCTGCTTGTTATAAATTATATTTTTCAGTAAGCTTGCATG
TAACTGTTGAGAACTCGTAAGCAAACGAGATATTTATTCTCCCAATTAATTAGCTATCAT
GTTTTTAATTTTTTTACTATGGGACCAATATTTTTAGGTCAGACAATTTATTAACACAAG
TAAGAAAATTATTTCT

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

CO CL8101Contig1 1028 2 2 U
GCATTACAAGGTTTCAACGAAGCCTGCCTTCGTTTGAGAGAGAGAACCCAAAGAACGTCA
TCAGTTTATGTCAAAACCCAAGCTTACAAGTCTATGGTTTCTGGACTATGCAACATGGAC
CAACCTCATGATGCTGAAACTGTCATCGAGGAGATGAGAGTCGAAAAGCTAAAGCCGGGG
GTGTTTGAATATAAGTCCGTTCTATACGGTTACGGAAGATTAGGATTGTTCGATGACATG
AACAGAATAGTGCATAGGATGGAGACAGAAGGTCACAGAATCGACACGGTTTGTTCGAAT
ATGGTTTTGTCTTCTTACGGAGCTCACGATGCTCTTCCCCAAATGGGTTCTTGGCTACAG
AAACTTAAGGACTTCAACGTTCCTCTGTCCTTGAGAACGTATAACACGGTCTTGAATTCT
TGTCCTACGGTCACATCGATGTTAAAAGACTTGGATAGCTGTCCGCTTTCTGTTTCCGAG
CTGTTTACTTTTCTGAACGAAGACGAGGTGACTCTGGTAAGAGAATTGACTCAGTCTTCG
GTTTTAGATGAGGCTATGGAGTGGAGTTCGTTAGAATGCAAGCTGGATTTACATGGTATG
CACTTGAGCTCGTCGTATTTGATAATGTTGGAGTGGATAGATGAGATCAAGGTTAGGTTT
AGTGAAGAGAAGTGTGTGGTTCCTGCAGAGATTGTAGTTGTTTCTGGCTCAGGGAAGCAC
AGTAGCGTAAGAGGAGAGTCACCGGTTAAAGCATTGGTTAAAAAGATAATGGTTCGTACC
GGAAGCCCCATGAGAATCGACAGGAAGAATGTTGGTTGTTTTGTTGCTAAGGGAAAAACT
GTAAAAGAATGGCTTTGCTAGTGAGTGAAGTTATTATAACTGTTGAGTTTGATCATTGTG
TTCACAAGTTTTAATAGTATTTTTAACAGTACATAGAGCACAAAGATGTGATAGTGGATA
TGATTTTTTTTAAACAGTCATTGTAACAAATGAGTTTTAGTTTCAATAGTGAACTAGATC
TCGGACCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AU39TF U 1
AF RR3AU39JQ C 178
BS 1 827 RR3AU39TF
BS 828 1028 RR3AU39JQ

RD RR3AU39TF 827 0 0
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TCAGTTTATGTCAAAACCCAAGCTTACAAGTCTATGGTTTCTGGACTATGCAACATGGAC
CAACCTCATGATGCTGAAACTGTCATCGAGGAGATGAGAGTCGAAAAGCTAAAGCCGGGG
GTGTTTGAATATAAGTCCGTTCTATACGGTTACGGAAGATTAGGATTGTTCGATGACATG
AACAGAATAGTGCATAGGATGGAGACAGAAGGTCACAGAATCGACACGGTTTGTTCGAAT
ATGGTTTTGTCTTCTTACGGAGCTCACGATGCTCTTCCCCAAATGGGTTCTTGGCTACAG
AAACTTAAGGACTTCAACGTTCCTCTGTCCTTGAGAACGTATAACACGGTCTTGAATTCT
TGTCCTACGGTCACATCGATGTTAAAAGACTTGGATAGCTGTCCGCTTTCTGTTTCCGAG
CTGTTTACTTTTCTGAACGAAGACGAGGTGACTCTGGTAAGAGAATTGACTCAGTCTTCG
GTTTTAGATGAGGCTATGGAGTGGAGTTCGTTAGAATGCAAGCTGGATTTACATGGTATG
CACTTGAGCTCGTCGTATTTGATAATGTTGGAGTGGATAGATGAGATCAAGGTTAGGTTT
AGTGAAGAGAAGTGTGTGGTTCCTGCAGAGATTGTAGTTGTTTCTGGCTCAGGGAAGCAC
AGTAGCGTAAGAGGAGAGTCACCGGTTAAAGCATTGGTTAAAAAGATAATGGTTCGTACC
GGAAGCCCCATGAGAATCGACAGGAAGAATGTTGGTTGTTTTGTTGC

QA 1 827 1 827
DS 

RD RR3AU39JQ 851 0 0
GGGGTGTTTGAATATAAGTCCGTTCTATACGGTTACGGAAGATTAGGATTGTTCGATGAC
ATGAACAGAATAGTGCATAGGATGGAGACAGAAGGTCACAGAATCGACACGGTTTGTTCG
AATATGGTTTTGTCTTCTTACGGAGCTCACGATGCTCTTCCCCAAATGGGTTCTTGGCTA
CAGAAACTTAAGGACTTCAACGTTCCTCTGTCCTTGAGAACGTATAACACGGTCTTGAAT
TCTTGTCCTACGGTCACATCGATGTTAAAAGACTTGGATAGCTGTCCGCTTTCTGTTTCC
GAGCTGTTTACTTTTCTGAACGAAGACGAGGTGACTCTGGTAAGAGAATTGACTCAGTCT
TCGGTTTTAGATGAGGCTATGGAGTGGAGTTCGTTAGAATGCAAGCTGGATTTACATGGT
ATGCACTTGAGCTCGTCGTATTTGATAATGTTGGAGTGGATAGATGAGATCAAGGTTAGG
TTTAGTGAAGAGAAGTGTGTGGTTCCTGCAGAGATTGTAGTTGTTTCTGGCTCAGGGAAG
CACAGTAGCGTAAGAGGAGAGTCACCGGTTAAAGCATTGGTTAAAAAGATAATGGTTCGT
ACCGGAAGCCCCATGAGAATCGACAGGAAGAATGTTGGTTGTTTTGTTGCTAAGGGAAAA
ACTGTAAAAGAATGGCTTTGCTAGTGAGTGAAGTTATTATAACTGTTGAGTTTGATCATT
GTGTTCACAAGTTTTAATAGTATTTTTAACAGTACATAGAGCACAAAGATGTGATAGTGG
ATATGATTTTTTTTAAACAGTCATTGTAACAAATGAGTTTTAGTTTCAATAGTGAACTAG
ATCTCGGACCC

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 2

CO CL8102Contig1 799 2 4 U
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GTGGGAGATAACGCTGGGAACAGCCTACTTCTTGGGGCTGAGGCGGACTTATAGGCTCGC
CTTGAAGATCCAACGTCGGGTTGTTGGTCCCAAGCATCCAAAAATCCGTCAATTTCTTCA
TCGAAGGACTCGTAAAATATTCGATGTGGCAGTTTCAGTTCACAAGAACATACAGCAGAG
AGACATTGAAGTTGGTCGGAATCTCGGCAACTGGATTCTCCGTTGGCTCGACCGGATTAA
ACCAGCTGCTCAGATCCGTACTCGACCTGAACCAAACTCCAACGTCGACAAGGCAAAAAG
GCTATCGGAGTCGGCTCGTCCCAAATCAAACACGACGCAGAGTCCACAGAAACGTGAATC
CGATAGGCACTTGTTCTCTTCACTGAAACACTTCCAGCACAGGCCTTTCCCGACGATGAT
CCAGCCACCAAGACCTAATGGAATTACTACTCAGTACAGACATTACAGTCCCGCCAGTCT
GATTCCTCCGAGCTATGTAAGAGGCAGCGGGTTAATCAGGAAGGACATTTTGCAGTGGAT
GTTACAGAGATGACGACCAAGTAGAAAAATCCCCATCATCTTTTTTTAACGACATAGTTT
AGCACCTTTGTACTTGTTAATTCCAGAAACTAATGTGATTGTGGATCGTTTCGGAAGTAT
TGTCTCAAACCTCTGTCTTCATCAAGAATCTGTGACCAATGATGTAAAGTTTCCAAGTGT
GAATAACGATCACTTGGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ73TF U 1
AF RR3CQ73JQ C 127
BS 1 728 RR3CQ73TF
BS 729 729 RR3CQ73JQ
BS 730 780 RR3CQ73TF
BS 781 799 RR3CQ73JQ

RD RR3CQ73TF 780 0 0
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GTGGGAGATAACGCTGGGAACAGCCTACTTCTTGGGGCTGAGGCGGACTTATAGGCTCGC
CTTGAAGATCCAACGTCGGGTTGTTGGTCCCAAGCATCCAAAAATCCGTCAATTTCTTCA
TCGAAGGACTCGTAAAATATTCGATGTGGCAGTTTCAGTTCACAAGAACATACAGCAGAG
AGACATTGAAGTTGGTCGGAATCTCGGCAACTGGATTCTCCGTTGGCTCGACCGGATTAA
ACCAGCTGCTCAGATCCGTACTCGACCTGAACCAAACTCCAACGTCGACAAGGCAAAAAG
GCTATCGGAGTCGGCTCGTCCCAAATCAAACACGACGCAGAGTCCACAGAAACGTGAATC
CGATAGGCACTTGTTCTCTTCACTGAAACACTTCCAGCACAGGCCTTTCCCGACGATGAT
CCAGCCACCAAGACCTAATGGAATTACTACTCAGTACAGACATTACAGTCCCGCCAGTCT
GATTCCTCCGAGCTATGTAAGAGGCAGCGGGTTAATCAGGAAGGACATTTTGCAGTGGAT
GTTACAGAGATGACGACCAAGTAGAAAAATCCCCATCATCTTTTTTTAACGACATAGTTT
AGCACCTTTGTACTTGTTAATTCCAGAAACTAATGTGATTGTGGATCGTTTCGGAAGTAT
TGTCTCAA*CCTCTGTCTTCATCAAGAATCTGTGACCAATGATGTAAAGTTTCCAAGTGT

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3CQ73JQ 673 0 0
GATCCAACGTCGGGTTGTTGGTCCCAAGCATCCAAAAATCCGTCAATTTCTTCATCGAAG
GACTCGTAAAATATTCGATGTGGCAGTTTCAGTTCACAAGAACATACAGCAGAGAGACAT
TGAAGTTGGTCGGAATCTCGGCAACTGGATTCTCCGTTGGCTCGACCGGATTAAACCAGC
TGCTCAGATCCGTACTCGACCTGAACCAAACTCCAACGTCGACAAGGCAAAAAGGCTATC
GGAGTCGGCTCGTCCCAAATCAAACACGACGCAGAGTCCACAGAAACGTGAATCCGATAG
GCACTTGTTCTCTTCACTGAAACACTTCCAGCACAGGCCTTTCCCGACGATGATCCAGCC
ACCAAGACCTAATGGAATTACTACTCAGTACAGACATTACAGTCCCGCCAGTCTGATTCC
TCCGAGCTATGTAAGAGGCAGCGGGTTAATCAGGAAGGACATTTTGCAGTGGATGTTACA
GAGATGACGACCAAGTAGAAAAATCCCCATCATCTTTTTTTAACGACATAGTTTAGCACC
TTTGTACTTGTTAATTCCAGAAACTAATGTGATTGTGGATCGTTTCGGAAGTATTGTCTC
AAACCTCTGTCTTCATCAAGAATCTGTGACCAATGATGTAAAGTTTCCAAGTGTGAATAA
CGATCACTTGGCC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8104Contig1 820 2 2 U
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GGTGAAAGCGAGCCAAGAGTGGGGGATCTTTCACGTGGTGAATCATGGGGTCTCGATGGA
TCTGATACGGAGGCTCAAGGAGGTTGGCACGCAGTTCTTCGAGCTACCGGAGACTGAGAA
GCGTTAAAGGAAGGACTCGGTGGCGAAAAGACGGAGTATGTGCTGAGAATTAACAACTTC
CCGCCTAATCCACAACCGGGTGCGACCTTGGGACTGCCGGAGCACACTGATATCATCGCA
ATGGCACTCATCGTCACCAATGAAGTTCCAGGTCTTCAGGTTTTCCATGAAGATCACTGG
TTCGATGTCCAGTACGTCCCCTCTTCCATAACAGTCACTATCGGTGATCAGATACTGAGG
CTGAGCAACGGGAAGTACAAGAATGTGTTGCATAGAGTAACGGTGGATAAAGAAAAGCAG
AGGATGTCGTGGCCGGTTTTTGTCGATGCTAATCCTGATGCCGTCATCCGTCCATTGCCA
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TACCGTAGGCTTTTCAAGCTTCCGGTTGACTGATCCAAATGATAATCAGTTTATTTTTCG
TTCTCCTTTCTACGAATCAAAATTCCCAGTCCTGTGTGTGTGTTGTGTGTTTATGCTACG
TATTGTAAAATTAATTTTCTATGTAAAAGTGTATTTCTGC


BQ
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AF RR3BA39TF U 1
AF RR3BA39JQ C 1
BS 1 649 RR3BA39TF
BS 650 820 RR3BA39JQ

RD RR3BA39TF 649 0 0
GGACCATTGTACATCGACAACAATGGGAGTCCAGAGAGACCAGCACACATCTCCACCGTC
CGAGAAGATCCCCATCGTCGATCTAAGCAACCCTGACGAAGAGCTAGTGTGTCATGCTGT
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TCTGATACGGAGGCTCAAGGAGGTTGGCACGCAGTTCTTCGAGCTACCGGAGACTGAGAA
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CCGCCTAATCCACAACCGGGTGCGACCTTGGGACTGCCGGAGCACACTGATATCATCGCA
ATGGCACTCATCGTCACCAATGAAGTTCCAGGTCTTCAGGTTTTCCATGAAGATCACTGG
TTCGATGTCCAGTACGTCCCCTCTTCCATAACAGTCACTATCGGTGATCAGATACTGAGG
CTGAGCAACGGGAAGTACAAGAATGTGTTGCATAGAGTAACGGTGGATAAAGAAAAGCAG
AGGATGTCGTGGCCGGTTTTTGTCGATGCTAATCCTGATGCCGTCATCCGTCCATTGCCA
GAACTCATTACCGATGATACTCCTTCTATGTTCGAGCCTATTATCTGCA

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3BA39JQ 820 0 0
GGACCATTGTACATCGACAACAATGGGAGTCCAGAGAGACCAGCACACATCTCCACCGTC
CGAGAAGATCCCCATCGTCGATCTAAGCAACCCTGACGAAGAGCTAGTGTGTCATGCTGT
GGTGAAAGCGAGCCAAGAGTGGGGGATCTTTCACGTGGTGAATCATGGGGTCTCGATGGA
TCTGATACGGAGGCTCAAGGAGGTTGGCACGCAGTTCTTCGAGCTACCGGAGACTGAGAA
GCGTTAAAGGAAGGACTCGGTGGCGAAAAGACGGAGTATGTGCTGAGAATTAACAACTTC
CCGCCTAATCCACAACCGGGTGCGACCTTGGGACTGCCGGAGCACACTGATATCATCGCA
ATGGCACTCATCGTCACCAATGAAGTTCCAGGTCTTCAGGTTTTCCATGAAGATCACTGG
TTCGATGTCCAGTACGTCCCCTCTTCCATAACAGTCACTATCGGTGATCAGATACTGAGG
CTGAGCAACGGGAAGTACAAGAATGTGTTGCATAGAGTAACGGTGGATAAAGAAAAGCAG
AGGATGTCGTGGCCGGTTTTTGTCGATGCTAATCCTGATGCCGTCATCCGTCCATTGCCA
GAACTCATTACCGATGATACTCCTTCTATGTTCGAGCCTATTATCTGCAAGGACTTTAAA
TACCGTAGGCTTTTCAAGCTTCCGGTTGACTGATCCAAATGATAATCAGTTTATTTTTCG
TTCTCCTTTCTACGAATCAAAATTCCCAGTCCTGTGTGTGTGTTGTGTGTTTATGCTACG
TATTGTAAAATTAATTTTCTATGTAAAAGTGTATTTCTGC

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

CO CL8105Contig1 1008 2 2 U
GAACGTTCACCATAACTTGCAGGGTGCTGTCATTCCAAGCTCTGGATCAGTTGGCATGAG
GATCCAATTTTCCAAGAATCCATATGGGAAAAGGAAGGACGGCGGAGGAGGCCACTCCTT
CTTTCCTTCACCAAGCACTAATGGTGCTCAAGGAGCCTTGACGTATCAGTAGACTACCGT
GAAGGGGATGTTCTCTCTTCTCTATCTATCTCCCAAGAATAGGATGCATCTTGCAGGCAG
TCTGCATTTGCATCCATTTCATTCTCGAGCATCAGCATTACTTCTTGTTCATGTGATGGT
TGCATATAGTGTGACATCATCAACATATAAACATGTGTCACACCTATTAGCTTTTCTACA
TGCATTCTCATGTGTGGTTTTTAAAATCTCTAGGAGTTGGGTTTGCCATTTGTTTCTCTT
CTTGCTGCTTTATCGCATTTACTTTGTGGGATTCGTTTTCATCATATCGACCAATGAAAC
TCCACTTAATATGCCAGCTAGGAATTAATATAACATGATGACATCCAGATGCCTTCTCGC
CTATCACATGAATAACATAATATTACATTTTTTGGCATGCGGCTCTCACTTCTCACGTTG
GTGTCATTCTTCTTTCATTTCCTATTTGATCATTCTCTCTTCTTATGCTGATGAACATTC
GCATGCAATTTAGTTGAAGAAATGCACTCAAACATTACAATGTAGGCAATAGGTATATAT
ATCCATCCTAGGTCTGGTTTGGCCTATGCAGGGAAAATCAGGTTGGAATATTTCAGGTGA
GGTTTCAGTTGAGGAACAGAGCCTGACGCAGGAGTTTTTAAGAGCTATTTTGGAGTCTAC
TTATCATTTGTCCAGAGATTTCAGTATCATGCTGCTTTAGGCTAGTTGATTCTGGACGTT
AAACAAAAAGCTATATATAGTCTCTTCCCATTTTGTTTTCTTTTTAAACACTTAGCTTGC
CTCTGTTTACTTATCAGAGTCACTTAATCAAAGCCTATACAGTTAGCT


BQ
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AF RR3DR37TF U 1
AF RR3DR37JQ C 338
BS 1 670 RR3DR37TF
BS 671 1008 RR3DR37JQ

RD RR3DR37TF 670 0 0
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CTTTCCTTCACCAAGCACTAATGGTGCTCAAGGAGCCTTGACGTATCAGTAGACTACCGT
GAAGGGGATGTTCTCTCTTCTCTATCTATCTCCCAAGAATAGGATGCATCTTGCAGGCAG
TCTGCATTTGCATCCATTTCATTCTCGAGCATCAGCATTACTTCTTGTTCATGTGATGGT
TGCATATAGTGTGACATCATCAACATATAAACATGTGTCACACCTATTAGCTTTTCTACA
TGCATTCTCATGTGTGGTTTTTAAAATCTCTAGGAGTTGGGTTTGCCATTTGTTTCTCTT
CTTGCTGCTTTATCGCATTTACTTTGTGGGATTCGTTTTCATCATATCGACCAATGAAAC
TCCACTTAATATGCCAGCTAGGAATTAATATAACATGATGACATCCAGATGCCTTCTCGC
CTATCACATGAATAACATAATATTACATTTTTTGGCATGCGGCTCTCACTTCTCACGTTG
GTGTCATTCTTCTTTCATTTCCTATTTGATCATTCTCTCTTCTTATGCTGATGAACATTC
GCATGCAATT

QA 1 670 1 670
DS 

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TGGGTTTGCCATTTGTTTCTCTTCTTGCTGCTTTATCGCATTTACTTTGTGGGATTCGTT
TTCATCATATCGACCAATGAAACTCCACTTAATATGCCAGCTAGGAATTAATATAACATG
ATGACATCCAGATGCCTTCTCGCCTATCACATGAATAACATAATATTACATTTTTTGGCA
TGCGGCTCTCACTTCTCACGTTGGTGTCATTCTTCTTTCATTTCCTATTTGATCATTCTC
TCTTCTTATGCTGATGAACATTCGCATGCAATTTAGTTGAAGAAATGCACTCAAACATTA
CAATGTAGGCAATAGGTATATATATCCATCCTAGGTCTGGTTTGGCCTATGCAGGGAAAA
TCAGGTTGGAATATTTCAGGTGAGGTTTCAGTTGAGGAACAGAGCCTGACGCAGGAGTTT
TTAAGAGCTATTTTGGAGTCTACTTATCATTTGTCCAGAGATTTCAGTATCATGCTGCTT
TAGGCTAGTTGATTCTGGACGTTAAACAAAAAGCTATATATAGTCTCTTCCCATTTTGTT
TTCTTTTTAAACACTTAGCTTGCCTCTGTTTACTTATCAGAGTCACTTAATCAAAGCCTA
TACAGTTAGCT

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

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ATGGGAGGACGAGTGGTCCACTTCGCGCATCTTCCGATCAAGCTTCTGATGCCGACGAAG
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AAGAGAGTCCTGGAGTCTCTCTACGGGTTCGAGATCGAAAAGGTGAACACTTTGAACATG
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TACGTCACGCTCAAACACCCTCTGTCGATCTCGAGGGATCTGTTTCCGGTGAAGTTCGTC
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AAGAGTCATTGGCTTGATCAGAAGGAGAAGAGGGAGATCGGCGGTTACGGTGGTGGTAAA
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GAGGCGAAGTTTCCGTGGAGTAACATGAGATTTGGTGGAAAGTGAGGGTTTTTGGGTAAT
TCCAGTTAGGGTTTATGACCAAACTGGTTTGTGTTTCGTTTAGCTGTCGGATTATTTTAT
GGATTTTGTTTATGTTAAGCTCTCAGTATTTTAAAAATAACAAATAATGCTATTAATTTT
TTAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3EQ26TF U 1
AF RR3EQ26JQ C 25
BS 1 689 RR3EQ26TF
BS 690 726 RR3EQ26JQ

RD RR3EQ26TF 689 0 0
GGGAACCTATCAGAGAAGAAAGAAACTCCGACACCAAAATCCGTAGAAATGGGAAGTCAA
ATGGGAGGACGAGTGGTCCACTTCGCGCATCTTCCGATCAAGCTTCTGATGCCGACGAAG
CTAACGAACATCAACGAATTCGCGCTGAAAACGGTCCCATCAGCGACCAAGATCGAGATC
AAGAGAGTCCTGGAGTCTCTCTACGGGTTCGAGATCGAAAAGGTGAACACTTTGAACATG
GACGGGAAGAAGAAGAAGCGCGGAGGGCTGCTGATAGCCAAGGCTGACTACAAGAAGGCT
TACGTCACGCTCAAACACCCTCTGTCGATCTCGAGGGATCTGTTTCCGGTGAAGTTCGTC
GAGGAAGATAGGAAGAGCAAAGTGAAAGGATCTAGCTTTGTTGAAGAGGAGGATGATAAG
AAGAGTCATTGGCTTGATCAGAAGGAGAAGAGGGAGATCGGCGGTTACGGTGGTGGTAAA
AGTCGTCACGGTGGTGGGAGAGTGAATTCGCCGGCGAGAGGTGCTGCGGCGGCGGGTGCG
GAGGCGAAGTTTCCGTGGAGTAACATGAGATTTGGTGGAAAGTGAGGGTTTTTGGGTAAT
TCCAGTTAGGGTTTATGACCAAACTGGTTTGTGTTTCGTTTAGCTGTCGGATTATTTTAT
GGATTTTGTTTATGTTAAGCTCTCAGTAT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3EQ26JQ 702 0 0
ACTCCGACACCAAAATCCGTAGAAATGGGAAGTCAAATGGGAGGACGAGTGGTCCACTTC
GCGCATCTTCCGATCAAGCTTCTGATGCCGACGAAGCTAACGAACATCAACGAATTCGCG
CTGAAAACGGTCCCATCAGCGACCAAGATCGAGATCAAGAGAGTCCTGGAGTCTCTCTAC
GGGTTCGAGATCGAAAAGGTGAACACTTTGAACATGGACGGGAAGAAGAAGAAGCGCGGA
GGGCTGCTGATAGCCAAGGCTGACTACAAGAAGGCTTACGTCACGCTCAAACACCCTCTG
TCGATCTCGAGGGATCTGTTTCCGGTGAAGTTCGTCGAGGAAGATAGGAAGAGCAAAGTG
AAAGGATCTAGCTTTGTTGAAGAGGAGGATGATAAGAAGAGTCATTGGCTTGATCAGAAG
GAGAAGAGGGAGATCGGCGGTTACGGTGGTGGTAAAAGTCGTCACGGTGGTGGGAGAGTG
AATTCGCCGGCGAGAGGTGCTGCGGCGGCGGGTGCGGAGGCGAAGTTTCCGTGGAGTAAC
ATGAGATTTGGTGGAAAGTGAGGGTTTTTGGGTAATTCCAGTTAGGGTTTATGACCAAAC
TGGTTTGTGTTTCGTTTAGCTGTCGGATTATTTTATGGATTTTGTTTATGTTAAGCTCTC
AGTATTTTAAAAATAACAAATAATGCTATTAATTTTTTAGGC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL8107Contig1 603 2 1 U
GGAAGAAAAAAAAGAATAGAGAGAAAAAATGGACTTTCAGAGGATTCAAATGACACCATG
GGAGTATCTTCTATCTACTCGAGCTTTTAATGGCTACCAAGTTACTCAAGAGAATCATAT
TCGTTGGTCTCAGACTCCAGATTCTCACATTTTCTCTGTTGATCTTCCTGGTTTGAGGAA
AGAAGAAATAAAAGTGGAAATCGAAGATTCCATCTACTTAATCATACGCACGGAGACCAC
GGAAAGATCCCCGGAACCACCGGTCAGGAGTTTCAAGAGGAAATTCCGGTTACCAGAATC
GATAGATATAACCGGGATATCAGCTGGTTATGAAGACGGTGTATTGACTGTGACTGTACC
AAAGGTGGTTTTGAGAAGGAGGAGTTTCTTCATTGATCCTTCTGATGTTCCTGAAAGTCT
TCAAGTTCTTGCAGGAGCTGCTTAATAAGTAGCTTTTGTTTCTTTATTGATCCTTCTTGA
TGTTACTGAAAGTCTTCTTCTTGCAAGAGCTGCTTAATAAGTAGCTTTTGTTTCTTCCTA
TTTTTTTAATAGGAGTTTGATATTTTCTTCACAAGTCTAGTTTCTAATCTTTCTTTTCCT
GGT


BQ
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20 20 20 

AF RR3GO60JQ C 1
AF RR3GO60TF U 1
BS 1 603 RR3GO60TF

RD RR3GO60JQ 603 0 0
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GGT

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3GO60TF 603 0 0
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TCGTTGGTCTCAGACTCCAGATTCTCACATTTTCTCTGTTGATCTTCCTGGTTTGAGGAA
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GGAAAGATCCCCGGAACCACCGGTCAGGAGTTTCAAGAGGAAATTCCGGTTACCAGAATC
GATAGATATAACCGGGATATCAGCTGGTTATGAAGACGGTGTATTGACTGTGACTGTACC
AAAGGTGGTTTTGAGAAGGAGGAGTTTCTTCATTGATCCTTCTGATGTTCCTGAAAGTCT
TCAAGTTCTTGCAGGAGCTGCTTAATAAGTAGCTTTTGTTTCTTTATTGATCCTTCTTGA
TGTTACTGAAAGTCTTCTTCTTGCAAGAGCTGCTTAATAAGTAGCTTTTGTTTCTTCCTA
TTTTTTTAATAGGAGTTTGATATTTTCTTCACAAGTCTAGTTTCTAATCTTTCTTTTCCT
GGT

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 2

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AATCATCACTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3GX71TF U 1
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AATCATCACTT

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3GX71JQ 687 0 0
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AAAAACGCCTGTTGTGGTGGAGGGCGCTTTGAAGCAGTTTTGTGTGAGAGGATGGTGGCA
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QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G559TF U 1
AF RR3G559JQ C 55
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BS 720 736 RR3G559TF
BS 737 742 RR3G559JQ

RD RR3G559TF 736 0 0
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GAGCTGTATTTTCGGGAAGCTGCAGCCTTTTGTCGGTGAGACCTTAGATTTCATCACAAG
GGAGGAAGAGAAGAAGGGTGTTTCTGTTACCAAAGAAGATCTCGTCAAATGGGCTGAACA
GCTTAAAAAGGATGGCAAATTTGAACATGCCTACGAGATCTTTGAGTGGATGGATAAAAA
GAAGAAGATGGAATTTTCTCCTTGGGAGCTTGCTGTTTACGTTGGTCTCATTTGTCAGAC
TAAAGGCATAGATGTGGCTCAAGAATACTTCAATAAAGTAGAACCAGTCTTTGACGGAAG
CAACAACCTTGCCAAGAATGCGCCTGCTTATGTTACTATTGTGGTGAGGATCCTTGAATA
TGATAGGAAAAACTCTTTGTGTCAAGAAAGGCCAAGGCGTGTTCGTCGCATTCGCAAGAA
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TGTTCTCCTTGTTTTAATCTCTCGCCCAAAACAATAGTTATGTAGTTCCTCTTTGTTA*T
TTTTATAAACCGTTTG

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3G559JQ 688 0 0
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TGAGAACCCCAACAGGCAGATCACTACTCCTGCGTTTATTATGACTTCTCCTGCTGTTGC
TGAGAAGAGCTGTATTTTCGGGAAGCTGCAGCCTTTTGTCGGTGAGACCTTAGATTTCAT
CACAAGGGAGGAAGAGAAGAAGGGTGTTTCTGTTACCAAAGAAGATCTCGTCAAATGGGC
TGAACAGCTTAAAAAGGATGGCAAATTTGAACATGCCTACGAGATCTTTGAGTGGATGGA
TAAAAAGAAGAAGATGGAATTTTCTCCTTGGGAGCTTGCTGTTTACGTTGGTCTCATTTG
TCAGACTAAAGGCATAGATGTGGCTCAAGAATACTTCAATAAAGTAGAACCAGTCTTTGA
CGGAAGCAACAACCTTGCCAAGAATGCGCCTGCTTATGTTACTATTGTGGTGAGGATCCT
TGAATATGATAGGAAAAACTCTTTGTGTCAAGAAAGGCCAAGGCGTGTTCGTCGCATTCG
CAAGAACGTTTAATTCGAGAGTTGGTGGAATTAGTTTGTTTGTGTGTGTTTTCATCTCTA
CTTTTCTGTTCTCCTTGTTTTAATCTCTCGCCCAAAACAATAGTTATGTAGTTCCTCTTT
GTTAATTTTTATAAACCGTTTGCTTTCC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

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AAGATATAAAGAGAAAGAGAGTCATCATTTGGTTGGTTCTTTAAATGAGCTCCCATCAAC
AAAAACATGTTTTAACTTTTAACCACCTACGCAAAACAAAAACAAGAATGGTAAAAAAAG
AAAGAAGAGAGGGTTTTGAATCGATAGCCAATATCTTCTTCTTCATCATCATCTTTCTTC
TTCGCTCAGGGTTTGAGTTTAGAGGTACTTGAAAAGGATACCACCGTGAGTGGCAAAGAA
GGGAGCAAAGACGAGAGACTCAACAGCCATGAGCTTGATCAAGATGTTCAACGAAGGTCC
TGATGTATCCTTCAGTGGGTCTCCGATAGTGTCTCCGATCACAGCTGCCTTGTGTGGCTC
CGAGCCCTTTGGTCCTAGACTCTTTGCATGCTCCGATACACCCGCCTCGATGTATTTCTT
GGCGTTGTCCCAGGCACCACCAGTGTTAGATGCAGAAATAGCAATCTGAACACCGGAAAC
AAGAGAGCCAGCCAAAACACCAGAGAGAGTCTCAACACCAAAGAAGAAACCAACAATGAG
AGGCGTGAGCATGACAAGGCAACCAGGAGGAATCATCTCCTTGATGGAAGCGTCTGTTGA
GATCTTGACGCACGTGGCGTAGTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DW81TF C 1
AF RR3DW81JQ U 38
BS 1 37 RR3DW81TF
BS 38 687 RR3DW81JQ

RD RR3DW81TF 687 0 0
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AAAAACATGTTTTAACTTTTAACCACCTACGCAAAACAAAAACAAGAATGGTAAAAAAAG
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GATCTTGACGCACGTGGCGTAGTCTGC

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3DW81JQ 650 0 0
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ATCACAGCTGCCTTGTGTGGCTCCGAGCCCTTTGGTCCTAGACTCTTTGCATGCTCCGAT
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QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL8111Contig1 1276 2 2 U
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AACCACTCTACGAAGTTCTCTTCGCCGGAGAGTTACTTGTCGCCTGGGATAAGGCAGCAG
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TATATTAAGAAGTCAGGTTGGAGGAAGATATCGTTTTACTTCAATGTGTCTTACGAAATA
AGGGACAAGAACATTGAGTTTGATGAAAACAGAAACGTCCAGCGTGCTGAGTTCATCGTC
CGAGCTATAATGCAAGGAGGAAGATTCGCTGATGGATGGGGCTCTTGTGAGCGACGTGAG
AAGAAGTTTCTCAAACCAAATCATGATATCCCCAGTACCGCTGAGACCAGAGCCAAGAAC
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CGATGATCAGACGTCATCAAATGTGTTTCCCGACTTCATCAGTACCAAGCTAAACAATCA
AAACAACCAGACCAAGATCGATAAGGTATGCCTCTTCATTGATTTTCGTGGATTTAAGTC
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AAAGTATTTCACATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB84TF U 1
AF RR3FB84JQ C 569
BS 1 682 RR3FB84TF
BS 683 1276 RR3FB84JQ

RD RR3FB84TF 682 0 0
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TATACCTTCGATGACAAAGATCTAGAAGACGCTGATCTCTGGGCGGTTATCGATTCCGCC
GCAGCTTCTCTCGCTCAGAAGAGTACTACTACTACCTCCTCCTCCTCCGGGAAATCTCCG
AAACCTCTCACTGTTAGGTATCCAAACTTCAATTCCCCTCCGACGCCTGTTTCCAACGCT
CCTCCGCCGTCTAAGCTTCTTCTCCAGGTCGCGAATCATAATAACCCTAGGTCACACCAG
GAGTCGCCGCGCCCGAGCAAAATCGCCAGATCTCGCGTCTTGTGCGAAGTGAACAGTAGT
CCGATGGCTCTCGTTACTACGACGTCGTCGCATCGGAGCTCGAATCCGATTATCCACTCG
ACGAAGTTTTCTTCGCCGGAGAGTTACTATTCGCCTGGGATCAGACAGTCCACGACCTTA
CCGGAATCACCGCGTCCGATGGCTCTTGTTACAACGGCGAACCGGGATTTGACTCCGGTT
AACCACTCTACGAAGTTCTCTTCGCCGGAGAGTTACTTGTCGCCTGGGATAAGGCAGCAG
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DS 

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AATCTGATTACACGATGATCTCCGGGAAAGCATATATTAAGAAGTCAGGTTGGAGGAAGA
TATCGTTTTACTTCAATGTGTCTTACGAAATAAGGGACAAGAACATTGAGTTTGATGAAA
ACAGAAACGTCCAGCGTGCTGAGTTCATCGTCCGAGCTATAATGCAAGGAGGAAGATTCG
CTGATGGATGGGGCTCTTGTGAGCGACGTGAGAAGAAGTTTCTCAAACCAAATCATGATA
TCCCCAGTACCGCTGAGACCAGAGCCAAGAACAGAGCTTGCCAGGATCTTCTAGGAATCG
GTGAATACCGAGAAAGCCCAATTGGGTTTCCACGATGATCAGACGTCATCAAATGTGTTT
CCCGACTTCATCAGTACCAAGCTAAACAATCAAAACAACCAGACCAAGATCGATAAGGTA
TGCCTCTTCATTGATTTTCGTGGATTTAAGTCTTGACTTCACAGGAAGAAAACGAATGAA
AAACTTGTTTGTAATGGATTATGATTTGTGTCAAAGTATTTCACATCC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

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GTGAGAAGCCAGTCTTTAAAAAATGGTTATTATTCAGCTTCATGTCCAAGAGCTGAGTCC
ATAGTAAGATCCACAGTTGAATCTCACTTTGATTCTGATCCCACCATCTCTCCTGGCTTG
CTTAGGCTTCATTTCCATGACTGTTTTGTTCAGGGTTGTGATGGATCGGTTTTAATCAAA
GGAAAAACTGCGGAGCAAACCGCTCTAGCTAATGGTGGTCTTAGAGGGTTCGAAGTGATT
GATGATGCCAAATCACAACTTGAGTTAGAGTGTCCAGGAATTGTGTCATGTGCAGATATA
CTTGCACTTGCTGCTCGTGACGCTGTTGACTTGAGTTCTGGACCAAGCATCGAATCTACC
TTCACCATTTGACACTGTTGCTGTTCAAAAGCAAAAGTTCGAAGCTAAAGGGCTGGATGC
TCATGATCTAGTTACTCTACTTGGTGCACACACAATAGGACAAACGGATTGTCTCTTTTT
CCGTTACCGTTTATACAACTACACGGTGACCGGTAACTCCGACCCAACCATAAGCCCATC
GTTTCTTACGCAGCTCAAGACTCTTTGTCCACCCAATGGAGACCCATCAAAACGTGTTGC
TCTTGACATTGGCAGTCCATCAAAATTCGATGTAAGCTTCTTCAAGAACCTAAGAGACGG
TAACGGCATTTTGGAGTCGGACCAACGTCTTTGGTCGGACTCTGAGACGAATGACGTGGT
GAGGAAGTATGCTAGTACTATTAGAGGTTTGTTAGGGTTAAGGTTTGATAAGGAGTTCGG
TCAAGCTATGGTTAAGATGAGTTCCATTGAGGTAAAGACAGACGTTGATGGTGAGGTCAG
GAAAGTTTGTTCTAAGATCAACTATTGAGTAGAACATACAAATACATATAAATAATATCA
AATGCATGGAGGTAGTTGAGATCTTGTCGTTAACAAGGAGTGTTTTGTATAAATGTCGAC
AAGTTCGAGCCTCATGCATGTAATATTTCAACGGCTGATCGCAGGCCAAATAAAATTTTG
GACCCAAGGTCTAAAAAATCATGTCATAATTAAAAATATATAGAAATGTTTTCTCTGGTT
T


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3DJ21TF U 1
AF RR3DJ21JQ C 305
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BS 699 1141 RR3DJ21JQ

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GGAAAAACTGCGGAGCAAACCGCTCTAGCTAATGGTGGTCTTAGAGGGTTCGAAGTGATT
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DS 

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GATCTAGTTACTCTACTTGGTGCACACACAATAGGACAAACGGATTGTCTCTTTTTCCGT
TACCGTTTATACAACTACACGGTGACCGGTAACTCCGACCCAACCATAAGCCCATCGTTT
CTTACGCAGCTCAAGACTCTTTGTCCACCCAATGGAGACCCATCAAAACGTGTTGCTCTT
GACATTGGCAGTCCATCAAAATTCGATGTAAGCTTCTTCAAGAACCTAAGAGACGGTAAC
GGCATTTTGGAGTCGGACCAACGTCTTTGGTCGGACTCTGAGACGAATGACGTGGTGAGG
AAGTATGCTAGTACTATTAGAGGTTTGTTAGGGTTAAGGTTTGATAAGGAGTTCGGTCAA
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GTTTGTTCTAAGATCAACTATTGAGTAGAACATACAAATACATATAAATAATATCAAATG
CATGGAGGTAGTTGAGATCTTGTCGTTAACAAGGAGTGTTTTGTATAAATGTCGACAAGT
TCGAGCCTCATGCATGTAATATTTCAACGGCTGATCGCAGGCCAAATAAAATTTTGGACC
CAAGGTCTAAAAAATCATGTCATAATTAAAAATATATAGAAATGTTTTCTCTGGTTT

QA 1 837 1 837
DS 



AS 1 2

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ATCACCGACGATCTAGACGACGTGGAGGACAACGAAGAAGACGAAACGTGGAAGCAGTGG
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GATCAGATCCAAGAGGAGATGGCTAAACGTACTTTCGGACCGGTTGTCGGATTCGTCAAG
CTCCGGATAGGCGTCCAGCGTTCTAAGGATATGGTGGTGGAGATTGCTATGAAATGGACG
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ATGTTCAATATGCAAAACGGGAAGGAAGTGACTGAGCTAAGGGAGTTCGTGCTGAGCCAA
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CTTGATGATGTTGTTGAGAAACTTAAGGCGAAGCAGAGCAAGGGTGATGAAGATGGTGAT
AGTGATAACAAGAACGATGCTACCAAGGATGAACTATAGGAAAGCTTTTGTAATTCTGGG
AACCAAGTTTATGTATGAGACTGAAAGTTCAAACTCTTTAGCTTGAGATCTTAGAATACA
ACAAAGAAGGGAGACTTGTTTTTTTTTCTTTCGTATGAGTATGCACTTATTGTTAAATGT
TGAAAGCTCAATAATCTGGATCCTGGGAAGATACTTTGCCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AACCAAGTTTATGTATGAGACTGAAAGTTCAAACTCTTTAGCTTGAGATCTTAGAATACA
ACAAAGAAGGGAGACTTGTTTTTTTTTCTTTCGTATGAGTATGCACTTATT

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DS 

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CCTCCGGATTTCTCCAACATGAGATTCGATCAGATCCAAGAGGAGATGGCTAAACGTACT
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TTCATGGCCGTGGATCGGAGCACGGTGATGTTCAATATGCAAAACGGGAAGGAAGTGACT
GAGCTAAGGGAGTTCGTGCTGAGCCAAGAAGAGGCTTACGAGGTCAAGATAGGGAAGCAA
GAGTTTCGAAGACCTGGAGATCCTCCACTTGATGATGTTGTTGAGAAACTTAAGGCGAAG
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CTATAGGAAAGCTTTTGTAATTCTGGGAACCAAGTTTATGTATGAGACTGAAAGTTCAAA
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TATGAGTATGCACTTATTGTTAAATGTTGAAAGCTCAATAATCTGGATCCTGGGAAGATA
CTTTGCCAC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL8114Contig1 994 2 4 U
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GAACAATTGAAGATCACAGTATCACACTGTAAATCACTAACTGGATCAACTCCCCTGCTT
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GGGATCTACATTCCGACCCCAAGTTGACTACTTTGTCGAGTATTTAAAGATCCAGAACGA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FJ61TF U 1
AF RR3FJ61JQ C 242
BS 1 667 RR3FJ61TF
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TTTCCCGGACATGTCGGA
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DS 

RD RR3FJ61JQ 753 0 0
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GGATCTACATTCCGACCCCAAGTTGACTACTTTGTCGAGTATTTAAAGATCCAGAACGAC
TACAAGGTCATAAACATGGATCAATGGATGGGCTTTTACAAGTTCTGCAATGAGATAAGT
TTCCCGGACATGTCGGAATACAATCCAGGGCTTGCATGGCCGTTGCTTCTCAACAATTTT
GTTGAGTGGGTTCGCGGAAAACAAGCCTGAAAGGAGCTTATCATCTTTACGAGTACTTGA
GATCATTGGGCTCAACAAACAGATTCAGCGAAAATTGATCCCAGTTCTCATCCTTCAAAA
CTTTTTATCAATAATAAAAACACAATAGCCTCGGTAGAGGGAACACTCTGTTTGAAATAT
TATATCCAGTTGTATTATTATCGCTTAATGAGG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

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GGGCGTTCTTGAATGAGCCAAGGGAGGAAGAGGGTCGACCCAATAATTACGTTCCGCAGT
TCCAGGTGGCTCACATCGCCAAAATCTCGGGCTAATTAATAGCGCTACAGTCACCAGCTT
GTCAGAATTCACCTAGGTGAATTGTGATTTTAGTTTTCTTTTGGGGTGGTTTAATTACCG
GGCGGTCACATGTTATATAATATATATGATATTGTGGTTACTTGTTGGCCGTATTAGTAT
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CTTTTGTTATGTGCCATGTATACCATGTATATTTTTTTGGTTGTGTGGGTAAGGAAAGTA
ATCTGAAATGTGGATTTGTAC


BQ
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AF RR3H019JQ C 1
AF RR3H019TF U 1
BS 1 681 RR3H019TF

RD RR3H019JQ 681 0 0
GGACAGATAGATCTACTGATCAAATAAATTTAAAAGACTATTGGAAAAAAATACTAAAAG
CAAATGGGTTCTTTAATGTCAGGATGGGACTCTCCAACAATGGATCCCAACTCAGTGAGA
AGGTGCAAGTCACTTACAAGAGAAGAAATCGACGCTTTTTGGAAGACAAAGAAGAAGACT
GAAGAGGAACATGTCAAGCCGTTTCCAAGTTGGTTACTGAGGAAGTTGCGGAAAGTCAAG
GGATAGAGGATCCTTACGAAAACCAAAGCAAGAAGAGTGGATGGTGGAGAAGAAGCAACT
GGGCGTTCTTGAATGAGCCAAGGGAGGAAGAGGGTCGACCCAATAATTACGTTCCGCAGT
TCCAGGTGGCTCACATCGCCAAAATCTCGGGCTAATTAATAGCGCTACAGTCACCAGCTT
GTCAGAATTCACCTAGGTGAATTGTGATTTTAGTTTTCTTTTGGGGTGGTTTAATTACCG
GGCGGTCACATGTTATATAATATATATGATATTGTGGTTACTTGTTGGCCGTATTAGTAT
CAGGATGTGAGTATAAAACATGTAACAGGGGTGTGGGGTTTTAAATTTTTTTTTTTTTCT
CTTTTGTTATGTGCCATGTATACCATGTATATTTTTTTGGTTGTGTGGGTAAGGAAAGTA
ATCTGAAATGTGGATTTGTAC

QA 1 681 1 681
DS 

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GGACAGATAGATCTACTGATCAAATAAATTTAAAAGACTATTGGAAAAAAATACTAAAAG
CAAATGGGTTCTTTAATGTCAGGATGGGACTCTCCAACAATGGATCCCAACTCAGTGAGA
AGGTGCAAGTCACTTACAAGAGAAGAAATCGACGCTTTCTGGAAGACAAAGAAGAAGACT
GAAGAGGAACATGTCAAGCCGTTTCCAAGTTGGTTACTGAGGAAGTTGCGGAAAGTCAAG
GGATAGAGGATCCTTACGAAAACCAAAGCAAGAAGAGTGGATGGTGGAGAAGAAGCAACT
GGGCGTTCTTGAATGAGCCAAGGGAGGAAGAGGGTCGACCCAATAATTACGTTCCGCAGT
TCCAGGTGGCTCACATCGCCAAAATCTCGGGCTAATTAATAGCGCTACAGTCACCAGCTT
GTCAGAATTCACCTAGGTGAATTGTGATTTTAGTTTTCTTTTGGGGTGGTTTAATTACCG
GGCGGTCACATGTTATATAATATATATGATATTGTGGTTACTTGTTGGCCGTATTAGTAT
CAGGATGTGAGTATAAAACATGTAACAGGGGTGTGGGGTTTTAAATTTTTTTTTTTTTCT
CTTTTGTTATGTGCCATGTATACCATGTATATTTTTTTGGTTGTGTGGGTAAGGAAAGTA
ATCTGAAATGTGGATTTGTAC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

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GTGTTTGTGAGGATAGAGCTATTAGGATCGATGTGGGGATGTCCAAGGGGTGTTCGGATG
GGTTGCCTGAGGTTTTGGAGATACGGAAGGACTCTGGTGTGCGGATAGTTACGTCGAATC
CGTTGTATAAGGAGAAGGGTGATGATGGTAAAATGGGTCTCGGGTTGTTGGTACCAGCTC
AACATGTTCCTAAGCAAGTGGAAGTCAAAGCTTAAACTAAGTTGATATTCTCTGTTTAGA
TGATTGATTACTTTTTGCTAGTGAAACAGTATTGGATTCTTTGTATGAACATCAGCAGAT
TCTTGTGCTCTTCTTGGAGCATTATTGTGGTTTTCATTTAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP11TF U 1
AF RR3EP11JQ C 1
BS 1 563 RR3EP11TF
BS 564 642 RR3EP11JQ

RD RR3EP11TF 563 0 0
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TGATTGATTACTTTTTGCTAGTG

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3EP11JQ 642 0 0
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AGTATGGACTCGAGAGGATTAACGAGGAGGTTAGGGATTGGATCAGAGGAGGTGGAGGAA
GAGGAGGGAGGTATGCGCCTGTGTATTGTAGAGGAGGGAACTCTGTGGTGTGGCTGAGGA
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GTATTCCTGGGGTTAAGAGGATGATCATGGGGCATACGATACAGGACGGTGGGATCAACG
GTGTTTGTGAGGATAGAGCTATTAGGATCGATGTGGGGATGTCCAAGGGGTGTTCGGATG
GGTTGCCTGAGGTTTTGGAGATACGGAAGGACTCTGGTGTGCGGATAGTTACGTCGAATC
CGTTGTATAAGGAGAAGGGTGATGATGGTAAAATGGGTCTCGGGTTGTTGGTACCAGCTC
AACATGTTCCTAAGCAAGTGGAAGTCAAAGCTTAAACTAAGTTGATATTCTCTGTTTAGA
TGATTGATTACTTTTTGCTAGTGAAACAGTATTGGATTCTTTGTATGAACATCAGCAGAT
TCTTGTGCTCTTCTTGGAGCATTATTGTGGTTTTCATTTAGC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

CO CL8117Contig1 971 2 4 U
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AGTTGAATGTTTGTTATGTGTATCTTCACGCCGTTAGATCGCTCACTAAGCAGATGAAAT
CGAGCGGGGTGATTCCAGATACGTTTGTGTTGAACATGATAATCAAGGCTTACGCGAAGT
GTCTCGAGGTAGATGAAGCTATTAGGGTGTTCCGTGAGATGGCACTGTACGGGTCTGAGC
CTAATGCTTATACTTACGGTTACTTAACCAAAGGGCTTTGTGAGAAAGGGAGGGTGGCGC
AGGGTTTAGGGTTTTACGAGGAGATGAGAAGCAAAGGGATGGTTCCTAGTGGGAGTTGTT
ACATGGTTTTGATTTGTAGTCTTGCAATGGAAAGGAGATTGGAAGAAGCGGTTGAGATTG
TGTTTGACATGTTGGCGAATTCTCTGTCTCCGGATATGTTGACTTACAATACGGTCTTGG
CGGAGTTGTGCAGAGAAAGTAGAGGGAATGGAGCTCTTGAGCTGCTTGAGGAATGGAAGA
AAAGAGATCCGGTGATGGGTGAAAGGAATTACAGAACATTGATGGATGAGGTGTATTTTT
TGAATAAAGGATGATCGGGGTATGCTCGAATCTGCTAAAACGTTTATAAGAGATGAGATT
TCTATGTGAAGGACCCCCCAGATCTCAGAAATGATCTAAATGATTTGGGTTATAATCAAG
TTTTGATATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BA82TF U 1
AF RR3BA82JQ C 126
BS 1 772 RR3BA82TF
BS 773 773 RR3BA82JQ
BS 774 782 RR3BA82TF
BS 783 971 RR3BA82JQ

RD RR3BA82TF 787 0 0
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CCTGCGAGATGAGCGTTCCTCTCTACAACACCATCATCCGATTCTGCTGTGGCCGTAAGT
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CGAGACCTGACCTTGAGACCTATACTTTGCTTCTAAGCTCACTGCTCAAGAGGTTCAACA
AGTTGAATGTTTGTTATGTGTATCTTCACGCCGTTAGATCGCTCACTAAGCAGATGAAAT
CGAGCGGGGTGATTCCAGATACGTTTGTGTTGAACATGATAATCAAGGCTTACGCGAAGT
GTCTCGAGGTAGATGAAGCTATTAGGGTGTTCCGTGAGATGGCACTGTACGGGTCTGAGC
CTAATGCTTATACTTACGGTTACTTAACCAAAGGGCTTTGTGAGAAAGGGAGGGTGGCGC
AGGGTTTAGGGTTTTACGAGGAGATGAGAAGCAAAGGGATGGTTCCTAGTGGGAGTTGTT
ACATGGTTTTGATTTGTAGTCTTGCAATGGAAAGGAGATTGGAAGAAGCGGTTGAGATTG
TGTTTGACATGTTGGCGAATTCTCTGTCTCCGGATATGTTGACTTACAATACGGTCTTGG
CGGAGTTGTGCAGAGAAAGTAGAGGGAATGGAGCTCTTGAGCTGCTTGAGGA*TGGAAGA
AA
GAGAT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3BA82JQ 846 0 0
GAGATGAGCGTTCCTCTCTACAACACCATCATCCGATTCTGCTGTGGCCGTAAGTTCCTT
TTCAATCGAGCTTTCGATGTTTACAACAAGATGCTTCGATCAGATAATAACGAAGCGAGA
CCTGACCTTGAGACCTATACTTTGCTTCTAAGCTCACTGCTCAAGAGGTTCAACAAGTTG
AATGTTTGTTATGTGTATCTTCACGCCGTTAGATCGCTCACTAAGCAGATGAAATCGAGC
GGGGTGATTCCAGATACGTTTGTGTTGAACATGATAATCAAGGCTTACGCGAAGTGTCTC
GAGGTAGATGAAGCTATTAGGGTGTTCCGTGAGATGGCACTGTACGGGTCTGAGCCTAAT
GCTTATACTTACGGTTACTTAACCAAAGGGCTTTGTGAGAAAGGGAGGGTGGCGCAGGGT
TTAGGGTTTTACGAGGAGATGAGAAGCAAAGGGATGGTTCCTAGTGGGAGTTGTTACATG
GTTTTGATTTGTAGTCTTGCAATGGAAAGGAGATTGGAAGAAGCGGTTGAGATTGTGTTT
GACATGTTGGCGAATTCTCTGTCTCCGGATATGTTGACTTACAATACGGTCTTGGCGGAG
TTGTGCAGAGAAGGTAGAGGGAATGGAGCTCTTGAGCTGCTTGAGGAATGGAAGAAAAGA
GATCCGGTGATGGGTGAAAGGAATTACAGAACATTGATGGATGAGGTGTATTTTTTGAAT
AAAGGATGATCGGGGTATGCTCGAATCTGCTAAAACGTTTATAAGAGATGAGATTTCTAT
GTGAAGGACCCCCCAGATCTCAGAAATGATCTAAATGATTTGGGTTATAATCAAGTTTTG
ATATTC

QA 1 846 1 846
DS 



AS 1 2

CO CL8118Contig1 775 2 9 U
AACGAAAACTCAAGTTTTGATAAGACACATGTTCGGATAAAAAAGACACATGTTCGGATT
TACCCACACCAGCCAATAGTACATGAAAAACATTTTAAAGAAACAGAATCCACATTTGTC
TTTTCTTCAAAAGAGTTTTATCCTCTTCTCTTTTCTTTTTGGTTTATTTGGTAAATTCTC
ACCTGAAATAGATGGAGACGAGAGGAATATCGACGTCATTGTCATCTTCATCCTCGCAAG
CCACCACTACATCAAGATGGCGACGGTAAGGAGGCAACTCCACTTTAGCGATATCCCGAG
CTAGATCCACCACTTTCTTGTCCATCCTCTCCTTGGGCCTCGGGAACATACTGTTGAACA
GGAAACAGCTCCCACAAAAAATGCTGTATGCGTTAAAACCTTTGTCCTCCAGCCACTGCA
ACACCTCACGCAGAGTTGGGTTTCCTTTTAAAACCCATCTGTCCCAAACGGTCCAAGCCA
TGTCGCGGTGCTTCACCACCTTTGGCGGAACCGGTTCAGCCATGGAGAAGAGTGGAAGCG
CCAGGTTGGCAAATGTGTTCCTGTAGGCTTCCACTTTGTGTCCTCCATCAAGGACCTTGT
AAAGCTCGAGGCAGACCAGACCAGTGGCCATGGCTGTTGAGGTCGCAATCGCTGGGATGA
TTCTCCCTGCAATGAACTTTGCTTTCAGCTTGTCGACTTCAGGTATGCTGTAGTTCCTCG
CCCTCATGTTGGCTAGACCTGCTATCACATCCATGTGATAGTTTGTATCATCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A504JQ U 308
AF RR3CE27JQ U 1
BS 1 335 RR3CE27JQ
BS 336 336 RR3A504JQ
BS 337 363 RR3CE27JQ
BS 364 364 RR3A504JQ
BS 365 377 RR3CE27JQ
BS 378 378 RR3A504JQ
BS 379 396 RR3CE27JQ
BS 397 397 RR3A504JQ
BS 398 775 RR3CE27JQ

RD RR3A504JQ 122 0 0
CACCACTTTCTTGTCCATCCTCTCCTTGGGCCTCGGGAACATACTGTTGAACAGGAAACA
GCTCCCACAAAAAATGCTGTATGCGTTAAAACCTTTGTCCTCCAGCCACTGCAACACCTC
AC

QA 1 122 1 122
DS 

RD RR3CE27JQ 775 0 0
AACGAAAACTCAAGTTTTGATAAGACACATGTTCGGATAAAAAAGACACATGTTCGGATT
TACCCACACCAGCCAATAGTACATGAAAAACATTTTAAAGAAACAGAATCCACATTTGTC
TTTTCTTCAAAAGAGTTTTATCCTCTTCTCTTTTCTTTTTGGTTTATTTGGTAAATTCTC
ACCTGAAATAGATGGAGACGAGAGGAATATCGACGTCATTGTCATCTTCATCCTCGCAAG
CCACCACTACATCAAGATGGCGACGGTAAGGAGGCAACTCCACTTTAGCGATATCCCGAG
CTAGATCCACCACTTTCTTGTCCATCCTCTCCTTGTGCCTCGGGAACATACTGTTGAACA
GGAGACAGCTCCCACAAGAAATGCTGTATGCGTTAAGACCTTTGTCCTCCAGCCACTGCA
ACACCTCACGCAGAGTTGGGTTTCCTTTTAAAACCCATCTGTCCCAAACGGTCCAAGCCA
TGTCGCGGTGCTTCACCACCTTTGGCGGAACCGGTTCAGCCATGGAGAAGAGTGGAAGCG
CCAGGTTGGCAAATGTGTTCCTGTAGGCTTCCACTTTGTGTCCTCCATCAAGGACCTTGT
AAAGCTCGAGGCAGACCAGACCAGTGGCCATGGCTGTTGAGGTCGCAATCGCTGGGATGA
TTCTCCCTGCAATGAACTTTGCTTTCAGCTTGTCGACTTCAGGTATGCTGTAGTTCCTCG
CCCTCATGTTGGCTAGACCTGCTATCACATCCATGTGATAGTTTGTATCATCATC

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL8119Contig1 1009 2 2 U
GGACACTTTTCTCTGTTCCCAGTTCGAGCCCACCGCCGCAAGCTGTAGCCATCGACGCCA
TTGTTGCCGCGCCTTCCGCTTCTCTCATTCAAAGATGGGCAGCGAAATTGAGAAAGAGAG
AGAAGAAGAAGAAGAGGAAGATATAGTTTGCTTAGATGAGTCCTTCTTCGTCAACGATGA
TTATCAGTTGACGACCTTTACGTTTGGGTCCAACGTTCTTGAGCTCTACTGTCTCCAGCT
TCAACTGATTTTGATTTAACAGGGCAACTGGTTTGGCCTGGTGCTATGCTTATGAACGGT
TATCTCTCTGATAATGCTGACATTCTCCAGGGATGTTCTGTTTTGGAGTTTGGATCTGGC
GTTGGTATAACAGGGGTCCTTTGTAGCAAATTTTGCCGTAAAGTTGTTTTTACTGACCAC
AACGATGAAGTGCTCAAGATACTGAAGAAAAACATCGAGCTTCATGAACATTCAAGCGGT
CCAAACCCCTCAGCTGAATTAGAGGCTGCAAAGCTAGAATGGGGAAACAGTGATCATCTT
GGTGAAATTTTGCAGAAACACAGTGATGGCTTTGATCTTATTCTTGGAGCTGATATCTGC
TTTCAGCAATCTAGCGTGCCGTTGCTATTTGACAGTGTAGAACAGCTTCTGCGGATCAGA
GGACATGGAAATTGCAAGTTCATACTAGCATACGTATCACGGGCTAGACAGATGGACTCA
GCAATCTTGAGAGAAGGCTCTCAGCACGGGATGCTGATGAATGAGGTTCCTGGGACTCGA
TGTACCGTTGGAAACTTGGAAGGTGTTATATTTGAGATCACTCTTAAATAAAATATGAAA
ACGCATAATATTTGGACTAGTTTCCTCCTTTTTATGGTTTTATAGCTGCATACATTTGGT
GAACTCGACTAGTAAAGTTAGTCTTTGAAAAGTATGCATTGACATTCTGGATGCTTTAAA
GATAAACCTCACCGGTTGGTGAGGAACTGTTGCAACTAACATTATCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BZ48TF U 1
AF RR3BZ48JQ C 281
BS 1 514 RR3BZ48TF
BS 515 1009 RR3BZ48JQ

RD RR3BZ48TF 514 0 0
GGACACTTTTCTCTGTTCCCAGTTCGAGCCCACCGCCGCAAGCTGTAGCCATCGACGCCA
TTGTTGCCGCGCCTTCCGCTTCTCTCATTCAAAGATGGGCAGCGAAATTGAGAAAGAGAG
AGAAGAAGAAGAAGAGGAAGATATAGTTTGCTTAGATGAGTCCTTCTTCGTCAACGATGA
TTATCAGTTGACGACCTTTACGTTTGGGTCCAACGTTCTTGAGCTCTACTGTCTCCAGCT
TCAACTGATTTTGATTTAACAGGGCAACTGGTTTGGCCTGGTGCTATGCTTATGAACGGT
TATCTCTCTGATAATGCTGACATTCTCCAGGGATGTTCTGTTTTGGAGTTTGGATCTGGC
GTTGGTATAACAGGGGTCCTTTGTAGCAAATTTTGCCGTAAAGTTGTTTTTACTGACCAC
AACGATGAAGTGCTCAAGATACTGAAGAAAAACATCGAGCTTCATGAACATTCAAGCGGT
CCAAACCCCTCAGCTGAATTAGAGGCTGCAAAGC

QA 1 514 1 514
DS 

RD RR3BZ48JQ 729 0 0
GTGCTATGCTTATGAACGGTTATCTCTCTGATAATGCTGACATTCTCCAGGGATGTTCTG
TTTTGGAGTTTGGATCTGGCGTTGGTATAACAGGGGTCCTTTGTAGCAAATTTTGCCGTA
AAGTTGTTTTTACTGACCACAACGATGAAGTGCTCAAGATACTGAAGAAAAACATCGAGC
TTCATGAACATTCAAGCGGTCCAAACCCCTCAGCTGAATTAGAGGCTGCAAAGCTAGAAT
GGGGAAACAGTGATCATCTTGGTGAAATTTTGCAGAAACACAGTGATGGCTTTGATCTTA
TTCTTGGAGCTGATATCTGCTTTCAGCAATCTAGCGTGCCGTTGCTATTTGACAGTGTAG
AACAGCTTCTGCGGATCAGAGGACATGGAAATTGCAAGTTCATACTAGCATACGTATCAC
GGGCTAGACAGATGGACTCAGCAATCTTGAGAGAAGGCTCTCAGCACGGGATGCTGATGA
ATGAGGTTCCTGGGACTCGATGTACCGTTGGAAACTTGGAAGGTGTTATATTTGAGATCA
CTCTTAAATAAAATATGAAAACGCATAATATTTGGACTAGTTTCCTCCTTTTTATGGTTT
TATAGCTGCATACATTTGGTGAACTCGACTAGTAAAGTTAGTCTTTGAAAAGTATGCATT
GACATTCTGGATGCTTTAAAGATAAACCTCACCGGTTGGTGAGGAACTGTTGCAACTAAC
ATTATCTTC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL8120Contig1 845 2 4 U
GGAAATCTAAACTAATAATAATATGGCCACTAAAATCTTCTCTCCAACTCCTCCCGTCAT
CTCCGCCACCTCAGCCACCACCAAAACGCCGGTCCTCCCCAAGGCGATAGTATCGCGATG
TCTAGGAACCTCTCTTTCTGCCGTTGTCGCCGCGACTGCCGTCCTGACGATGGTTCCGGC
GTTGCCTGCTGCGGGTGAGGGAAACCAAGCTTACAAATTATACTACGGGACAGCAGCGAG
CGCGGCGAACTACGGGGGATACGGAGGGAACTCGGACAGGAAGACATCGGCCGAGTATGT
TTACGACGTGCCGGAAGGGTGGAAGGAGAGACTGGTGTCGAAAGTGGAGAAGGGCACAAA
CGGAACAGACAGCGAATTCTACAACCCGAAGAAGAGGACAGAGAAGGAGTACCTTACGTT
CTTGTCGGGGTTCAGACAGCTGGCGCCGAGGGATGTGATCCTCAACAACCTTGCCTTGTC
GGACGTGGAGCTCCAGAATATGATAGCAAGCGCTGATAAAGTGGTGTCTGAGGAAAAGAA
AGATGAAGAGACAGGGCAGGTGTACTATCTGTACGAGATCGATGGAGTAGGGAAGCACAG
TCTGATAACCGTCACGTGCGCTAAGAACAAGCTATATGCCCATTTCGTCAACGCCCCTGC
GCCCGAGTGGAACCGCGACCAAGACACATTAACCCACCTTCGGGACTCCTTCAAGACCGT
ATCTTCTTCTTCTTGATTCTCCTACTCGTTTCTTGTTGATTTGGATGTATCGATATGATC
AATCATCCTTGTTGGACTGTATCTTGTTGAATATTGTACATGGAAGAGTTGAAGTTTGCA
TTGCG


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3BU54TF U 1
AF RR3BU54JQ C 19
BS 1 656 RR3BU54TF
BS 657 657 RR3BU54JQ
BS 658 699 RR3BU54TF
BS 700 845 RR3BU54JQ

RD RR3BU54TF 699 0 0
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QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3BU54JQ 827 0 0
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ATACGGAGGGAACTCGGACAGGAAGACATCGGCCGAGTATGTTTACGACGTGCCGGAAGG
GTGGAAGGAGAGACTGGTGTCGAAAGTGGAGAAGGGCACAAACGGAACAGACAGCGAATT
CTACAACCCGAAGAAGAGGACAGAGAAGGAGTACCTTACGTTCTTGTCGGGGTTCAGACA
GCTGGCGCCGAGGGATGTGATCCTCAACAACCTTGCCTTGTCGGACGTGGAGCTCCAGAA
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GGTGTACTATCTGTACGAGATCGATGGAGTAGGGAAGCACAGTCTGATAACCGTCACGTG
CGCTAAGAACAAGCTATATGCCCATTTCGTCAACGCCCCTGCGCCCGAGTGGAACCGCGA
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CTCCTACTCGTTTCTTGTTGATTTGGATGTATCGATATGATCAATCATCCTTGTTGGACT
GTATCTTGTTGAATATTGTACATGGAAGAGTTGAAGTTTGCATTGCG

QA 1 827 1 827
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3C051TF U 1
AF RR3C051JQ C 119
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AAATCAGTGAAGAGTCATCATCATCCGGATTCCGAGGTCCTAGACGAAGACGATAAGGCT
AATCTGGTCCGGTTCGATACGGCGTCGATTTCGCGTATTAGAAAAGACGACCGTGGATGG
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TCTGGTTTCTTTCTT*CTTTCGAGCTCT**ATTGTATAGAATAG*CTTTGTTTCTTTTGT
CATTGTTACTGTGAT
ATAAC

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DS 

RD RR3C051JQ 698 0 0
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GTGTTTCCATTCATGTTGGTGAGATTAAGCCTGGTGGATTGAGGGGAAACTACAGGCACC
ATACTTGTAACGAGACGTTCGTCTTATGGGGAGCCAAGACGAGGTTCAGGCTGGAGAATC
ACAATGTCGAAAAAGGTTATGCGGAAGTGTTAATTGGAGAGGATGAAGTTGCTGTAGCTG
TTAGTCCGAGTGGCACAGCGCATTCTATAGTTAATGTTGATCCTGTACGTTCTACTTTCT
TAATCGGCTGCCAAGACAGTAATCTGCACAACAGCTCAACTAGCGACTACAAAGTATGGA
AAGATCTTTAATCCACGTTTGTTTTCTTTGGCTTTTAAACCAGATTACTTCTTCCTATGT
AATCTGGTTTCTTTCTTTCTTTCGAGCTCTTATTTGTATAGAATAGGCTTTGTTTCTTTT
GTCATTGTTACTGTGATTATAACCCTGAAACTTCTAAT

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL8124Contig1 442 2 1 U
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ACCTCGATTCGATTCGATTCGATTCGATTCGACTCAGCTACAGAAACCATCATGGGATTC
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CGTTTCTTAGCTCCCAAAGGATGGACACTCGCAGAGCTTCACCAAACCGGCAAAAGAAAC
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ATGCTCTTCAACTTAATTGTCATCGTCTTTAAACTCTTCTCCGGTTAACAAAAAAAACAC
AATTTCAAATACTTTCAATCCAAACACTTCTACAACTTTATTGTTGATTCATCCATGTTC
ATTTTATAATGAATTTCAAATT


BQ
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AF RR3DL35JQ C 1
AF RR3DL35TF U 1
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QA 1 442 1 442
DS 

RD RR3DL35TF 442 0 0
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ATTTTATAATGAATTTCAAATT

QA 1 442 1 442
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3F929JQ C 1
AF RR3F929TF U 1
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QA 1 656 1 656
DS 



AS 1 2

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AAAGC


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR3DL96JQ C 1
AF RR3DL96TF U 1
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ATGGGGCTAAAAAAAATGCAAGAAGATACCAAAGAAATAAAATAAGTATCTATACGTAAT
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QA 1 425 1 425
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CM16TF U 1
AF RR3CM16JQ C 100
BS 1 686 RR3CM16TF
BS 687 687 RR3CM16JQ
BS 688 696 RR3CM16TF
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BS 747 747 RR3CM16JQ
BS 748 774 RR3CM16TF
BS 775 874 RR3CM16JQ

RD RR3CM16TF 774 0 0
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TGGAGCTTGGATCTGGTACAAGCTCAAACCCCTCCTTGAATCCGCCTGTCACCACGTCAC
TGCCGTCGAACTCGCCGCCTCCGGGATCGATCCACGACCAATCCAAGCCGTTGAATCTTT
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TATTCGCTGGATGATTGATAATTTCA*CGTCTCAAA*GTGTACGAGATCGACG*TGGAGA
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QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3CM16JQ 775 0 0
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GCCCGACACAACCCACGTGCCCTCTCACGTGCTCGATAAGTATATGGAAATGCCTGGTGA
TTTTGAAGATTGTGAGTTGTCGTCTCATGAAACAAAAAATGGAACAATGAGTTTGTTGAA
GATGGGACCTAAGTTCATGAAGAACCGTCTTTACCAAGAGTGTCCTGTCCAGGATTACGA
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AAAGTTTAGCGAGGAAGGGTATGGCTCGGTCCGACGAGTTTACATAATGGGTAGTGAAGA
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GTACGAGATCGACGGTGGAGATCACATGGTGATGCTCTCCAAACCCCAACAACTCTTTGA
GTGTCTCTCTGCTATCGCCGTGGATTCTGAATAATAACAATAACAAACTTGAGTTGTAAT
GAAATAAACTCTGGACTTATGTTATGTGTCAATATATCATCGTTTTGTTTACTAG

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3A396JQ C 1
AF RR3A396TF U 1
BS 1 673 RR3A396TF
BS 674 696 RR3A396JQ

RD RR3A396JQ 696 0 0
GGGACGACGACAATGCAGAGATTCTGCACTAAGCTGCGTTCGATTTCCCTCCACCCAAAT
TTGAACCTCTCTTTAACCACTGTTCCTCGCCGTCTCATCCACCACTCTCCGAGTCCTCGG
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CCTCCTACCTCCATCGGATCTCTCTCCGTTCCTCATCATTTTGTTCAAGTAAGGAATATC
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TCCAAAGTCAAGAAAGTCAAGATCAAGTTTTACTCGTCATACAAGGACAGGTTTAGACCA
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TCAAAGAAATCAAAACGTAGATTGAGACAGCCTGGACTAGTACCACCAGCATATGCCAAA
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TTCCAAATTTCCAGATAATTATCTTTTAGCTGGTACCCAGAGGTTTAACCAAACTTCAGT
TCTTTTTTTGTTTTTGTGTTTCTTTTTTTTTTTT*CTGCTTGTTTGTGTTTCAGTTTTAA
CCTTAGCACAAAGTAATAAAATTGTCATTTTTTGCG

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3A396TF 673 0 0
GGGACGACGACAATGCAGAGATTCTGCACTAAGCTGCGTTCGATTTCCCTCCACCCAAAT
CTGAACCTCTCTTTAACCACTGTTCCTCGCCGTCTCATCCACCACTCTCCGAGTCCTCGG
TCAACCCTAGCTTTAGGTTTCGCAACGACGACCAAATGGACCTTCGTTTCTCCGTCGAAT
CCTCCTACCTCCATCGGATCTCTCTCCGTTCCTCATCATTTTGTTCAAGTAAGGAATATC
ACTTCCAAGGATAAGATGGCGAAATGGAAGAAGAAGTGGAGACCTAGGACTCCAATCACA
TCCAAAGTCAAGAAAGTCAAGATCAAGTTTTACTCGTCATACAAGGACAGGTTTAGACCA
CTGAATGATGGTACCATCCGTCGCTGGAAAGAAGGCAAGCGCCACAACGCACACTTGAAG
TCAAAGAAATCAAAACGTAGATTGAGACAGCCTGGACTAGTACCACCAGCATATGCCAAA
GTCATGAAGAAACTCAATTTCTGCAATTGAGAGATAGAGAATGAAACTGTTCAATCTCTC
TTCCAAATTTCCAGATAATTATCTTTTAGCTGGTACCCAGAGGTTTAACCAAACTTCAGT
TCTTTTTTTGTTTTTGTGTTTCTTTTTTTTTTTTTCTGCTTGTTTGTGTTTCAGTTTTAA
CCTTAGCACAAAG

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL8129Contig1 631 2 3 U
TTTTTTTAAGACGAGTAAAAGAAACCACACACAAAAAAAAAAAACAGTCATGTTTTAAAA
TTCAAACTTCAAAACAAAGATGCAAAGGGGGAAAGCAACAAAAATAACAGTGGAAAAACA
TGTTTTGAATGATGGAATCATTCGTAAATCCAAGAGTGGAGGCTGCTCTGCCAGTTCACA
GGTCCATCAGGGAACCACAACGCACATTCTTTGTTAGCGCTATCCACTGAGTCACTCCCA
TGGATAATGTTCCTGCCAATGTCAATTGCAAAATCCCCACGGATGGTTCCTGGTTCAAAA
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CAAATCATTGCAACGACTGGACCAAAAATTATGTAATCAACAAGGCCACTGAAAAAGGGC
TTAGCTGACAAATCTTGGTAGTGCTTCTCAGCAAAAGGACGGTCAACTGTGATCAGCTTT
AAACCTTTCAAAGTGAAACCCTTCTGCTCGAACCTGCAAATGATTTGACCGACCAAACCC
CTCTGGACACCGTCAGGCTTGATCATGATGAAAGTTTGCTCCATTGTCGATTCTTTTTTT
TTTAATGCTGTTACTCGTCGGCGATACCTCC


BQ
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV14JQ U 8
AF RR3GV14TF C 1
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BS 8 545 RR3GV14JQ
BS 546 631 RR3GV14TF

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TGTTCCTGCCAATGTCAATTGCAAAATCCCCACGGATGGTTCCTGGTTCAAAAGCTGCAG
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QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3GV14TF 631 0 0
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GGTCCATCAGGGAACCACAACGCACATTCTTTGTTAGCGCTATCCACTGAGTCACTCCCA
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CTCTGGACACCGTCAGGCTTGATCATGATGAAAGTTTGCTCCATTGTCGATTCTTTTTTT
TTTAATGCTGTTACTCGTCGGCGATACCTCC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

CO CL8130Contig1 715 2 4 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CM68JQ C 1
AF RR3CM68TF U 1
BS 1 605 RR3CM68TF
BS 606 606 RR3CM68JQ
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BS 682 715 RR3CM68JQ

RD RR3CM68JQ 715 0 0
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GGTCACTGTCAAAAGGGTCAGAAGCTTCGCCTTGTCGTTTACATTCCTCATGTCTCTGCT
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QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3CM68TF 681 0 0
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ACAAGAGAGGCTTACGAGAAATGCAACACCACGAGCCCGAAAGCCAGCTACACAACAGAT
GGGAACACCAAGGTGAAGCTAGACCAACCCGGTCCGGTCTACTTCATAAGTGGAACGCAA
GGTCACTGTCAAAAGGGTCAGAAGCTTCGCCTTGTCGTTTACATTCCTCATGTCTCTGCT
TTCTCTCCGGCTCCTTCACCGTTTGACGGTCCCGCCGTCGCGCCTACTAGTGGCGCTGCT
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GAGAA*CTTGAATCTGAAATTATATTCTATTTATTAATTTTTCGAACATCTCCCTAGTCT
TGTTGTTACTAATTTAGTACT

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

CO CL8131Contig1 803 2 2 U
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ATATTATGATTAGTTTTTAGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C969TF U 1
AF RR3C969JQ C 86
BS 1 694 RR3C969TF
BS 695 803 RR3C969JQ

RD RR3C969TF 694 0 0
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TCCCTTGTCCTCTCCCACCTCTCGCGGTTCGAAGCGGAGACTCATCACTGAACAGTTACC
AAACGGCGGGTCTTTGCTAAGACATCCGCTTTTCGCTATCTCGGTTCCGTCTAGTCCTAC
ACGGCGCGGCGGCCATCAAACACCGCCTACGATACCTGAATGCGACGAGTCAGAGGAGGA
TTCTGTAGATGATTCAGGAAGGTGGATCAGTTTTCAATCTACAGCTCCTCCTTCGCCGAC
GTTTAACCTTGTTCAGCAGACGTCTATGGACATTGACATGAAAAGACCAGAGTGGGGGAT
GTCTGGGAGAGGTTCGGAGTTTGAGTTCGAGAACGGTACTGTTAAGCCATGGGAAGGCGA
AATGATTCATGAAGTTGGCGTAGAAGATCTTGAGCTCACTCTCGGTGGCGCTAAGACAAG
ATGCTAAAGAGCCTCGATCATAACAGAGCTAAATCTTTTTAGGCATTGTACAGGAGCTCT
CGTGTGGTCAAAGCCAAAAGGGTCGAACCTTTTACATAACCGTTTATACTTCAATGTTTT
TTTTCTATGGTTATAATGTTATTTGGAGGTATAA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3C969JQ 718 0 0
CCTCTCAGAATCTCCAACAGCGCTCCCGTGACTCCTCCCTTGTCCTCTCCCACCTCTCGC
GGTTCGAAGCGGAGACTCATCACTGAACAGTTACCAAACGGCGGGTCTTTGCTAAGACAT
CCGCTTTTCGCTATCTCGGTTCCGTCTAGTCCTACACGGCGCGGCGGCCATCAAACACCG
CCTACGATACCTGAATGCGACGAGTCAGAGGAGGATTCTGTAGATGATTCAGGAAGGTGG
ATCAGTTTTCAATCTACAGCTCCTCCTTCGCCGACGTTTAACCTTGTTCAGCAGACGTCT
ATGGACATTGACATGAAAAGACCAGAGTGGGGGATGTCTGGGAGAGGTTCGGAGTTTGAG
TTCGAGAACGGTACTGTTAAGCCATGGGAAGGCGAAATGATTCATGAAGTTGGCGTAGAA
GATCTTGAGCTCACTCTCGGTGGCGCTAAGACAAGATGCTAAAGAGCCTCGATCATAACA
GAGCTAAATCTTTTTAGGCATTGTACAGGAGCTCTCGTGTGGTCAAAGCCAAAAGGGTCG
AACCTTTTACATAACCGTTTATACTTCAATGTTTTTTTTCTATGGTTATAATGTTATTTG
GAGGTATAATGTGTGTTCAGTCACATGATTAAGAAAAGGTTTTTGGAGTTAATGTTATTG
TGTTTTTCCCGATTCTAATTGTTTTATTATGAAATATATTATGATTAGTTTTTAGAGT

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL8132Contig1 730 2 4 U
GGGGGTTTGGTAGAAGCAGAGAGAGAGACATCGGTTTCTCTATCAACAATGGATGAGGAA
AGAGAAGGAGAGAAAGAAGAAGGAGAAGTGAAGAAGGAGTAGCTTCAATAGCTTTACTGC
CATGTGGTTCTATCTCCGGCCATTTCATCCAGATGCCTCTCTCCATCTGTTATGGCCTCC
ATGGCACTGAACTGGCTTGTGAGACTGAGTGCAGCCGCGGTGAGGATTATCGGTTGATGA
AGCTCACCATCATAGACTTCAATAGGAAGAAGGGACAAACAGTTGTGGTGGAATGCAAAG
GCCACGATGCTGCTCGGATTAATGATGTTGAGCATGCTCATGGTTGGGAGGAAGATGTGA
TAGGATTAGTCGAAGAGAAGCACGGAAAGAAGAAAGTATCTGTTTCCTTCGAGCGTGAGA
CATTAAAGGCCGATCAAGCAGCAGAGGACCATATAAAACAGTTTATGCCCAAGTTAGCTG
GACTTGATGCTGTTATTAACATTGGACCAATGAAGATCACCGGCCTCGATTTTGCTGCGG
TGGAAGAGGAACGCGCAAACTAAGACAGCTTTCAACTCCTTTCCTTTTTGTTTCATCTGG
TAAAACACAATCAGATTTTGTTAAGTGCAAATGCAATCAAGGATCTAGTTTTGTTGAAAA
AGGACTTAGCAGTTGTAATCTTTCAACGCTCTTCTCATCTTAATGCTAATAAGAGGCTGC
AATTGTGCAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW22TF U 1
AF RR3FW22JQ C 1
BS 1 641 RR3FW22TF
BS 642 642 RR3FW22JQ
BS 643 661 RR3FW22TF
BS 662 730 RR3FW22JQ

RD RR3FW22TF 661 0 0
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CATTAAAGGCCGATCAAGCAGCAGAGGACCATATAAAACAGTTTATGCCCAAGTTAGCTG
GACTTGATGCTGTTATTAACATTGGACCAATGAAGATCACCGGCCTCGATTTTGCTGCGG
TGGAAGAGGAACGCGCAAACTAAGACAGCTTTCAACTCCTTTCCTTTTTGTTTCATCTGG
TAAAACACAATCAGATTTTGTTAAGTGCAAATGCAATCAAG*ATCTAGTTTTGTTGAAAA
A

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3FW22JQ 730 0 0
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AGAGAAGGAGAGAAAGAAGAAGGAGAAGTGAAGAAGGAGTAGCTTCAATAGCTTTACTGC
CATGTGGTTCTATCTCCGGCCATTTCATCCAGATGCCTCTCTCCATCTGTTATGGCCTCC
ATGGCACTGAACTGGCTTGTGAGACTGAGTGCAGCCGCGGTGAGGATTATCGGTTGATGA
AGCTCACCATCATAGACTTCAATAGGAAGAAGGGACAAACAGTTGTGGTGGAATGCAAAG
GCCACGATGCTGCTCGGATTAATGATGTTGAGCATGCTCATGGTTGGGAGGAAGATGTGA
TAGGATTAGTCGAAGAGAAGCACGGAAAGAAGAAAGTATCTGTTTCCTTCGAGCGTGAGA
CATTAAAGGCCGATCAAGCAGCAGAGGACCATATAAAACAGTTTATGCCCAAGTTAGCTG
GACTTGATGCTGTTATTAACATTGGACCAATGAAGATCACCGGCCTCGATTTTGCTGCGG
TGGAAGAGGAACGCGCAAACTAGGACAGCTTTCAACTCCTTTCCTTTTTGTTTCATCTGG
TAAAACACAATCAGATTTTGTTAAGTGCAAATGCAATCAAGGATCTAGTTTTGTTGAAAA
AGGACTTAGCAGTTGTAATCTTTCAACGCTCTTCTCATCTTAATGCTAATAAGAGGCTGC
AATTGTGCAT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL8133Contig1 908 2 14 U
GGAGGATCCCTTGAAGAAAAAAAATGGAAGATCCTTTGATAGGTAGAGAGTCGTGGTGGT
GGTACGGAACGGATCGTTCGTAGATCAGAAGCTATTACTCATGGTACCACGTTTCAGAAA
GCTGCTGCTCTCGTCGATCTGGCTGAAGATTGTATAGGTCTACCTGAGCAAATACTTGAC
CAGTCCAGCTTCGGAGAGTCTGCCAAGTACTACTTTATCTACACACGATTAGATCTCATC
TGGTCACTCAACTATTTCGCTCTCATTCTGATTAACTTCTTTGAGCAACCATTGTGGTGT
GAAAATAAGCCTACGCCGTCTTGCAAAGACAGAGATTACTATTACCTCGGGGAGTTACCC
TACTTGACCAATGCAGAATCCATTATCTTTGAGGTACTTACCCTGGTTATACTACTTGTA
CATACTTTTTTCCCAATCTCCTATGAAGGGTCCCGTATCTTTTGGACAAGCCGCCTTAAC
CTAGTGAAGGTTGCTTGCGTGGTAGTTTTGATTGTTGATGTGCTTGTTGACATTCTATAC
TTGTCTCCAGTGGCTTTCGGATATCGACATGATAGTCATCCTGGTCCGTACAGGAGTCCT
GACCCAAAGAAGATCACTAAAAGGGGACCGGATGGACGACCTCCACCTCAAGACTGCTTG
CACTGGTGCATGCCGGGACCGGTTGATACATGGAACGAAATGGTGTTGGAGCTCATAAGG
AGAGACGTGGAAGGCAGTAAAAGGAATAGCTGATGAGTTACATATACTATTAATATGATT
ATTGATCGATATGATAAACTCTCACTTGTAGAGTTTTTGTCAACCACGGTGAGGTAGAAT
TAGGATTGTTTTGATCGTATTTCTTCCACGTTCGCTTGTGTCTTTGAGATTTAAAGCTAT
TTTCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GW26TF U 1
AF RR3GW26JQ C 212
BS 1 719 RR3GW26TF
BS 720 720 RR3GW26JQ
BS 721 733 RR3GW26TF
BS 734 734 RR3GW26JQ
BS 735 743 RR3GW26TF
BS 744 745 RR3GW26JQ
BS 746 772 RR3GW26TF
BS 773 773 RR3GW26JQ
BS 774 780 RR3GW26TF
BS 781 781 RR3GW26JQ
BS 782 797 RR3GW26TF
BS 798 798 RR3GW26JQ
BS 799 817 RR3GW26TF
BS 818 908 RR3GW26JQ

RD RR3GW26TF 835 0 0
GGAGGATCCCTTGAAGAAAAAAAATGGAAGATCCTTTGATAGGTAGAGAGTCGTGGTGGT
GGTACGGAACGGATCGTTCGTAGATCAGAAGCTATTACTCATGGTACCACGTTTCAGAAA
GCTGCTGCTCTCGTCGATCTGGCTGAAGATTGTATAGGTCTACCTGAGCAAATACTTGAC
CAGTCCAGCTTCGGAGAGTCTGCCAAGTACTACTTTATCTACACACGATTAGATCTCATC
TGGTCACTCAACTATTTCGCTCTCATTCTGATTAACTTCTTTGAGCAACCATTGTGGTGT
GAAAATAAGCCTACGCCGTCTTGCAAAGACAGAGATTACTATTACCTCGGGGAGTTACCC
TACTTGACCAATGCAGAATCCATTATCTTTGAGGTACTTACCCTGGTTATACTACTTGTA
CATACTTTTTTCCCAATCTCCTATGAAGGGTCCCGTATCTTTTGGACAAGCCGCCTTAAC
CTAGTGAAGGTTGCTTGCGTGGTAGTTTTGATTGTTGATGTGCTTGTTGACATTCTATAC
TTGTCTCCAGTGGCTTTCGGATATCGACATGATAGTCATCCTGGTCCGTACAGGAGTCCT
GACCCAAAGAAGATCACTAAAAGGGGACCGGATGGACGACCTCCACCTCAAGACTGCTTG
CACTGGTGCATGCCGGGACCGGTTGATACATGGAACGAAATGGTGTTGGAGCTCATAAG*
AGAGACGTGGAAG*CAGTAAAAG**ATAGCTGATGAGTTACATATACTATTA*TATGATT
*TTGATCGATATGATAA*CTCTCACTTGTAGAGTTTT
GTCACCACGGTGAGTAGA

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3GW26JQ 697 0 0
ACTTTATCTACACACGATTAGATCTCATCTGGTCACTCAACTATTTCGCTCTCATTCTGA
TTAACTTCTTTGAGCAACCATTGTGGTGTGAAAATAAGCCTACGCCGTCTTGCAAAGACA
GAGATTACTATTACCTCGGGGAGTTACCCTACTTGACCAATGCAGAATCCATTATCTTTG
AGGTACTTACCCTGGTTATACTACTTGTACATACTTTTTTCCCAATCTCCTATGAAGGGT
CCCGTATCTTTTGGACAAGCCGCCTTAACCTAGTGAAGGTTGCTTGCGTGGTAGTTTTGA
TTGTTGATGTGCTTGTTGACATTCTATACTTGTCTCCAGTGGCTTTCGGATATCGACATG
ATAGTCATCCTGGTCCGTACAGGAGTCCTGACCCAAAGAAGATCACTAAAAGGGGACCGG
ATGGACGACCTCCACCTCAAGACTGCTTGCACTGGTGCATGCCGGGACCGGTTGATACAT
GGAACGAAATGGTGTTGGAGCTCATAAGGAGAGACGTGGAAGGCAGTAAAAGGAATAGCT
GATGAGTTACATATACTATTAATATGATTATTGATCGATATGATAAACTCTCACTTGTAG
AGTTTTTGTCAACCACGGTGAGGTAGAATTAGGATTGTTTTGATCGTATTTCTTCCACGT
TCGCTTGTGTCTTTGAGATTTAAAGCTATTTTCCTCC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL8134Contig1 836 2 2 U
GTAATCGGTGCATCTCTACTCCTTTATGAAGAAGAAACCGTGAGCGTTTCCAGATCTAGG
TCTCACCCGCCGGATCTGACACCATCCCCGCTGTCCATCATGTTCGGTTCAGCTCTGAAG
ATTTTGCTTCCTCTCCGAGAAGGTGAGGATCTCAGTCAAGTTTCTCCGCAGTGCTATACC
ATATCGTCAACAGATCGGAGAGCCGAACCGTCCATCAATTTGCCACGAAAAAGCCACCAG
CCGTTCACATGTCACTGCTCCGTTTGCGCCGAGTTGGGATTCCACCGGCAAAGACAATTT
GATACATCAATTGGGCTGGGTTTACAAAGTTTGGGTGTGGGCCTAACAAGTCCAAAATCT
ATCACTGATAGTTTGCTTTCAACGCCTTATTTATCTTTTGTGAAGAGCTTTGTCGCTCAA
TTACTGGTGGATTCATCAGGATTTCTGAAGAAGCGAACCTTATCAACCCCTGCCTCAGTC
AAGAGGAATGTTTCCCCTCCAAACGTTAAATGGAGGTGTATGCTCATATCTATAACTGTT
TTGTTATCTTTTGTACCGGTCCGTTTGGGACCTGAAGATGCAACGGATTTCGTTACGACG
ATATTTGGAAGTGCGGATTGGGTATTAACGTCATGTCTCAAAGTGACTAAATTTCAAGTG
TCCGGCAGTGCCGCGAACCTTGCTTTGACGCATTCGAGCCCGACTCTGAATTCGCTGTCA
TCATATTTCAGTGTCTTAGCTATGTTTTATTTTGTAATGTTTTCTGATTGTAGAGTTTTA
AGCTCTCTTTCCTGTTGTAGTTCTGAAGTTTAAGTTATGAAATGAAAGTTGTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G245TF U 1
AF RR3G245JQ C 91
BS 1 742 RR3G245TF
BS 743 836 RR3G245JQ

RD RR3G245TF 742 0 0
GTAATCGGTGCATCTCTACTCCTTTATGAAGAAGAAACCGTGAGCGTTTCCAGATCTAGG
TCTCACCCGCCGGATCTGACACCATCCCCGCTGTCCATCATGTTCGGTTCAGCTCTGAAG
ATTTTGCTTCCTCTCCGAGAAGGTGAGGATCTCAGTCAAGTTTCTCCGCAGTGCTATACC
ATATCGTCAACAGATCGGAGAGCCGAACCGTCCATCAATTTGCCACGAAAAAGCCACCAG
CCGTTCACATGTCACTGCTCCGTTTGCGCCGAGTTGGGATTCCACCGGCAAAGACAATTT
GATACATCAATTGGGCTGGGTTTACAAAGTTTGGGTGTGGGCCTAACAAGTCCAAAATCT
ATCACTGATAGTTTGCTTTCAACGCCTTATTTATCTTTTGTGAAGAGCTTTGTCGCTCAA
TTACTGGTGGATTCATCAGGATTTCTGAAGAAGCGAACCTTATCAACCCCTGCCTCAGTC
AAGAGGAATGTTTCCCCTCCAAACGTTAAATGGAGGTGTATGCTCATATCTATAACTGTT
TTGTTATCTTTTGTACCGGTCCGTTTGGGACCTGAAGATGCAACGGATTTCGTTACGACG
ATATTTGGAAGTGCGGATTGGGTATTAACGTCATGTCTCAAAGTGACTAAATTTCAAGTG
TCCGGCAGTGCCGCGAACCTTGCTTTGACGCATTCGAGCCCGACTCTGAATTCGCTGTCA
TCATATTTCAGTGTCTTAGCTA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3G245JQ 746 0 0
CTGTCCATCATGTTCGGTTCAGCTCTGAAGATTTTGCTTCCTCTCCGAGAAGGTGAGGAT
CTCAGTCAAGTTTCTCCGCAGTGCTATACCATATCGTCAACAGATCGGAGAGCCGAACCG
TCCATCAATTTGCCACGAAAAAGCCACCAGCCGTTCACATGTCACTGCTCCGTTTGCGCC
GAGTTGGGATTCCACCGGCAAAGACAATTTGATACATCAATTGGGCTGGGTTTACAAAGT
TTGGGTGTGGGCCTAACAAGTCCAAAATCTATCACTGATAGTTTGCTTTCAACGCCTTAT
TTATCTTTTGTGAAGAGCTTTGTCGCTCAATTACTGGTGGATTCATCAGGATTTCTGAAG
AAGCGAACCTTATCAACCCCTGCCTCAGTCAAGAGGAATGTTTCCCCTCCAAACGTTAAA
TGGAGGTGTATGCTCATATCTATAACTGTTTTGTTATCTTTTGTACCGGTCCGTTTGGGA
CCTGAAGATGCAACGGATTTCGTTACGACGATATTTGGAAGTGCGGATTGGGTATTAACG
TCATGTCTCAAAGTGACTAAATTTCAAGTGTCCGGCAGTGCCGCGAACCTTGCTTTGACG
CATTCGAGCCCGACTCTGAATTCGCTGTCATCATATTTCAGTGTCTTAGCTATGTTTTAT
TTTGTAATGTTTTCTGATTGTAGAGTTTTAAGCTCTCTTTCCTGTTGTAGTTCTGAAGTT
TAAGTTATGAAATGAAAGTTGTGTTC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL8135Contig1 757 2 3 U
AACAAATGGAACACGAAACTTATTATTATGGTAAATAATGTACACAAGGCCTTGGGATTC
GTTTGCTATATACAGACGCGGATACTTGACACTTACACTTGACACATTTCAATAGTAAGA
TGCGTTTTTATGCATCAACAGAGACCGACACAGCGTTAAGCTCGACATGTTGTCTACCAT
GGCATTGTGGATGGACTGTTAGCGTTGCACGAGCTTCAGCTTGAGGGTTTTCATCATCCC
CTGGTCTAGAGACCGATATGGAGCTCACTGTTGACGCATCATTCTTGTTGCCGTCCGATA
TGATATCCCACGATTCCTTCACGGAAGCAACTTCGACTCCGTTCTGGTGGTGTTCCTCCA
TTTCGAATGTGGTGGGAAGGATGACGTAGTCGTTTATAGGGTTGTAGAACGGGTCAGGCT
CGCCTACGTTAAGCCATTGCTTGAGCATCCTGAAAACACGGTGGTCGTTGAGGATTCCAC
GGTGCTCACCAGGGACTCCAACTCTTGCCACTGCTTCAAGCCCATCCGCCATTGCAGATT
CCACCGGGACAGTGCCATCACCGTCAACACATATATACGTGGGCTGGAAGTATCTTAGGT
TGGTTAGATCTTTGACAGGCATGTTCTCATTCCCATAGCAAACACTATGAGGGGTTGCTA
GATTGGTCCCATATATGTTGTAGAATTTAACTTTAGGAGGAAGCTTGGCAGTGTGTAACA
CTTTCTTGGTTTCGCGAGCCCATTCCATGATCTTCCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C661JQ U 9
AF RR3FJ39JQ U 1
BS 1 183 RR3FJ39JQ
BS 184 184 RR3C661JQ
BS 185 757 RR3FJ39JQ

RD RR3C661JQ 684 0 0
GAACACGAAACTTATTATTATGGTAAATAATGTACACAAGGCCTTGGGATTCGTTTGCTA
TATACAGACGCGGATACTTGACACTTACACTTGACACATTTCAATAGTAAGATGCGTTTT
TATGCATCAACAGAGACCGACACAGCGTTAAGCTCGACATGTTGTCTACCATGGCATTGT
GGATGGACTGTTAGCGTTGCACGAGCTTCAGCTTGAGGGTTTTCATCATCCCCTGGTCTA
GAGACCGATATGGAGCTCACTGTTGACGCATCATTCTTGTTGCCGTCCGATATGATATCC
CACGATTCCTTCACGGAAGCAACTTCGACTCCGTTCTGGTGGTGTTCCTCCATTTCGAAT
GTGGTGGGAAGGATGACGTAGTCGTTTATAGGGTTGTAGAACGGGTCAGGCTCGCCTACG
TTAAGCCATTGCTTGAGCATCCTGAAGACACGGTGGTCGTTGAGGATTCCACGGTGCTCA
CCAGGGACTCCAACTCTTGCCACTGCTTCAAGCCCATCCGCCATTGCAGATTCCACCGGG
ACAGTGCCATCACCGTCAACACATATATACGTGGGCTGGAAGTATCTTAGGTTGGTTAGA
TCTTTGACAGGCATGTTCTCATTCCCATAGCAAACACTATGAGGGGTTGCTAGATTGGTC
CCATATATGTTGTAGAATTTAACT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3FJ39JQ 757 0 0
AACAAATGGAACACGAAACTTATTATTATGGTAAATAATGTACACAAGGCCTTGGGATTC
GTTTGCTATATACAGACGCGGATACTTGACACTTACACTTGACACATTTCAATAGTAAGA
TGCGTTTTTATGCATCAACAGAGACCGACACAGCGTTAAGCTCGACATGTTGTCTACCAT
GGCCTTGTGGATGGACTGTTAGCGTTGCACGAGCTTCAGCTTGAGGGTTTTCATCATCCC
CTGGTCTAGAGACCGATATGGAGCTCACTGTTGACGCATCATTCTTGTTGCCGTCCGATA
TGATATCCCACGATTCCTTCACGGAAGCAACTTCGACTCCGTTCTGGTGGTGTTCCTCCA
TTTCGAATGTGGTGGGAAGGATGACGTAGTCGTTTATAGGGTTGTAGAACGGGTCAGGCT
CGCCTACGTTAAGCCATTGCTTGAGCATCCTGAAAACACGGTGGTCGTTGAGGATTCCAC
GGTGCTCACCAGGGACTCCAACTCTTGCCACTGCTTCAAGCCCATCCGCCATTGCAGATT
CCACCGGGACAGTGCCATCACCGTCAACACATATATACGTGGGCTGGAAGTATCTTAGGT
TGGTTAGATCTTTGACAGGCATGTTCTCATTCCCATAGCAAACACTATGAGGGGTTGCTA
GATTGGTCCCATATATGTTGTAGAATTTAACTTTAGGAGGAAGCTTGGCAGTGTGTAACA
CTTTCTTGGTTTCGCGAGCCCATTCCATGATCTTCCA

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL8136Contig1 1251 2 12 U
GGTTGAGACATTATGTCATTTCCAAGTAAAGATTGTGCGTGGTCTGGTTTATGTTCTAAA
GAGGCTTCCCGTTTATGCTAGCAAAGAGCAAGAAGAGACAAGTCAGGTTCTTATGCAGAT
TCTTAGAGTGGTTAATAATGTCGACGAAGCAAACAGTGAAGCACGTAGGAAAAGCTTTCA
AGATGTAGTAGAATATCTTGCTACAGAGCTGTTCAATCCTAACGCATCAATCCCTGTGAG
AAAAAATGTACAGAACTGCCTTGCACTTTTGGCTAGCCGAACTGGAAGTGATGTAACTGA
GTTGCTTGAGCCTTTGTACCAACTGCTGCTGCAGCCACTTATAATTCGTCCACTCCGATC
AAAGACAGTTGATCAACAGGTTGGAACAGTTTCAGCTCTGAATTTTTTCTTGGCACTGAG
GCCTCCCCTTCTGAAAGTGACTCCAGAGTTGGTTAACTTTCTGCAAGAAGCATTACAAAT
AGCTGAGGCTGATGAAACTGTCTGGGCTGTGAAGCTGATGAATCCTAAAGTGCTTACATC
ATTGAACAGGCTTCGAACAGCTTGTATTGAGCTTCTGTGCACAACTATGGCATGGACTGA
TTTCCGAACGCAAACTCATAATGAACTACGTGCCAAAATAATTTCCATGTTTTTCAAGTC
TTTAACATGTAGAGCTCCAGAAATCGTGGCGGTTGCTAAAGAGGGTTTAAGACAGGTTAT
TAATCAACAAAGAATGCCCAAGGAGCTTCTTCAGAGTAGCCTCAGGCCAATACTAGTTAA
TTTGGCGCACACAAAGAATCTCAGTATGCCTTTACTGCAAGGTCTGGCACGCCTGCTTGA
ACTTCTGTCAAATTGGGTTAATGTGACATTAGGAGGAAAGTTGCTGGAGCACCTGAAGAA
ATGGTTGGAGCCGGAGAAACTTGCCCAGTCCCAAAAATCATGGAAAACTGGAGAAGAGCC
AAAAATAGCAGCGGCTATCATCGAGCTCTTCCACTTACTTCCACATGCTGCTTCGAAATT
TCTAGATGAACTTGTAACCTTAACAATTGACTTAGAAGCAGCTCTTCCTCCTGGGCAAGT
GTACAGTGAGATTAATAGCCCATACCGTCTACCGCTTACCAAGTTCTTGAACCGATATGC
GAGCCTCGCTGTTGATTATTTTCTTTCTAGATTAAGTGAACCAAAATATTTCCGAAGGTT
TATGTATATAATCCGATCAGATGCGGGTCAACCGTTAAGAGAAGAGCTAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AC14TF U 1
AF RR3AC14JQ C 318
BS 1 763 RR3AC14TF
BS 764 764 RR3AC14JQ
BS 765 819 RR3AC14TF
BS 820 821 RR3AC14JQ
BS 822 832 RR3AC14TF
BS 833 833 RR3AC14JQ
BS 834 840 RR3AC14TF
BS 841 841 RR3AC14JQ
BS 842 859 RR3AC14TF
BS 860 860 RR3AC14JQ
BS 861 866 RR3AC14TF
BS 867 1251 RR3AC14JQ

RD RR3AC14TF 866 0 0
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GAGGCTTCCCGTTTATGCTAGCAAAGAGCAAGAAGAGACAAGTCAGGTTCTTATGCAGAT
TCTTAGAGTGGTTAATAATGTCGACGAAGCAAACAGTGAAGCACGTAGGAAAAGCTTTCA
AGATGTAGTAGAATATCTTGCTACAGAGCTGTTCAATCCTAACGCATCAATCCCTGTGAG
AAAAAATGTACAGAACTGCCTTGCACTTTTGGCTAGCCGAACTGGAAGTGATGTAACTGA
GTTGCTTGAGCCTTTGTACCAACTGCTGCTGCAGCCACTTATAATTCGTCCACTCCGATC
AAAGACAGTTGATCAACAGGTTGGAACAGTTTCAGCTCTGAATTTTTTCTTGGCACTGAG
GCCTCCCCTTCTGAAAGTGACTCCAGAGTTGGTTAACTTTCTGCAAGAAGCATTACAAAT
AGCTGAGGCTGATGAAACTGTCTGGGCTGTGAAGCTGATGAATCCTAAAGTGCTTACATC
ATTGAACAGGCTTCGAACAGCTTGTATTGAGCTTCTGTGCACAACTATGGCATGGACTGA
TTTCCGAACGCAAACTCATAATGAACTACGTGCCAAAATAATTTCCATGTTTTTCAAGTC
TTTAACATGTAGAGCTCCAGAAATCGTGGCGGTTGCTAAAGAGGGTTTAAGACAGGTTAT
TAATCAACAAAGAATGCCCAAGGAGCTTCTTCAGAGTAGCCTC*GGCCAATACTAGTTAA
TTTGGCGCACACAAAGAATCTCAGTATGCCTTTACTGCA**GTCTGGCACGC*TGCTTGA
*CTTCTGTCAAATTGGGTTTATGTGA

QA 1 866 1 866
DS 

RD RR3AC14JQ 934 0 0
ACCAACTGCTGCTGCAGCCACTTATAATTCGTCCACTCCGATCAAAGACAGTTGATCAAC
AGGTTGGAACAGTTTCAGCTCTGAATTTTTTCTTGGCACTGAGGCCTCCC*TTCTGAAAG
TGACTCCAGAGTTGGTTAACTTTCTGCAAGAAGCATTACAAATAGCTGAGGCTGATGAAA
CTGTCTGGGCTGTGAAGCTGATGAATCCTAAAGTGCTTACATCATTGAACAGGCTTCGAA
CAGCTTGTATTGAGCTTCTGTGCACAACTATGGCATGGACTGATTTCCGAACGCAAACTC
ATAATGAACTACGTGCCAAAATAATTTCCATGTTTTTCAAGTCTTTAACATGTAGAGCTC
CAGAAATCGTGGCGGTTGCTAAGGAGGGTTTAAGACAGGTTATTAATCAACAAAGAATGC
CCAAGGAGCTTCTTCAGAGTAGCCTCAGGCCAATACTAGTTAATTTGGCGCACACAAAGA
ATCTCAGTATGCCTTTACTGCAAGGTCTGGCACGCCTGCTTGAACTTCTGTCAAATTGGT
TTAATGTGACATTAGGAGGAAAGTTGCTGGAGCACCTGAAGAAATGGTTGGAGCCGGAGA
AACTTGCCCAGTCCCAAAAATCATGGAAAACTGGAGAAGAGCCAAAAATAGCAGCGGCTA
TCATCGAGCTCTTCCACTTACTTCCACATGCTGCTTCGAAATTTCTAGATGAACTTGTAA
CCTTAACAATTGACTTAGAAGCAGCTCTTCCTCCTGGGCAAGTGTACAGTGAGATTAATA
GCCCATACCGTCTACCGCTTACCAAGTTCTTGAACCGATATGCGAGCCTCGCTGTTGATT
ATTTTCTTTCTAGATTAAGTGAACCAAAATATTTCCGAAGGTTTATGTATATAATCCGAT
CAGATGCGGGTCAACCGTTAAGAGAAGAGCTAGC

QA 1 934 1 934
DS 



AS 1 2

CO CL8137Contig1 657 2 1 U
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CTTTGCATTATGTTTTCTCACAACGTCTTCCTCTGCGAGATCCTTCATCACCATAAAACC
TCAGCCGATTGATTCATTTCTTCCTAAACCACAGCTAGAGAATGCCGGTGGGTGTTCTTA
CACGGTGATCATTAAGACAAGCTGTTCCTCGGTGTCTTACACCAGAGATAAGATCAGTAT
CGCGTTTGGTGATGTCTACGGCAACGAGGTATACGTAAAGAGACTAGACGATCCACACTC
GAGGGCATTTGAAAGGTGTTCTTCGGACACATACAAGATAACAGGACCGTGTATGCATGA
CGTCTGTTATCTCTACCTACTCAGACAAGGATACGACGGCTGGAAACCAGAGAGCGTCAA
GATTTATGGCTCGTACATCAGATCAGCCACTTTCTACTATAACCTCTTCTTGCCTAACTC
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AAAAAATGTAATGTAAAATTAAAATAACGCTTTAAATCAATAAATGCAATGTTGTTT


BQ
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AF RR3BS10TF U 1
AF RR3BS10JQ C 95
BS 1 657 RR3BS10TF

RD RR3BS10TF 657 0 0
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CTTTGCATTATGTTTTCTCACAACGTCTTCCTCTGCGAGATCCTTCATCACCATAAAACC
TCAGCCGATTGATTCATTTCTTCCTAAACCACAGCTAGAGAATGCCGGTGGGTGTTCTTA
CACGGTGATCATTAAGACAAGCTGTTCCTCGGTGTCTTACACCAGAGATAAGATCAGTAT
CGCGTTTGGTGATGTCTACGGCAACGAGGTATACGTAAAGAGACTAGACGATCCACACTC
GAGGGCATTTGAAAGGTGTTCTTCGGACACATACAAGATAACAGGACCGTGTATGCATGA
CGTCTGTTATCTCTACCTACTCAGACAAGGATACGACGGCTGGAAACCAGAGAGCGTCAA
GATTTATGGCTCGTACATCAGATCAGCCACTTTCTACTATAACCTCTTCTTGCCTAACTC
TTTTTGGTACGGCTTTAACGTCTGCAACGGCATTGCCAAGTCTTCTCATCCCAACATTGC
CTCCGTTGCAGCTATGTAAAATTGAAGAGAAGCAACCTGTTTTGAGTGTATTTGTGAGAG
AAAAAATGTAATGTAAAATTAAAATAACGCTTTAAATCAATAAATGCAATGTTGTTT

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3BS10JQ 563 0 0
GCGAGATCCTTCATCACCATAAAACCTCAGCCGATTGATTCATTTCTTCCTAAACCACAG
CTAGAGAATGCCGGTGGGTGTTCTTACACGGTGATCATTAAGACAAGCTGTTCCTCGGTG
TCTTACACCAGAGATAAGATCAGTATCGCGTTTGGTGATGTCTACGGCAACGAGGTATAC
GTAAAGAGACTAGACGATCCACACTCGAGGGCATTTGAAAGGTGTTTTTCGGACACATAC
AAGATAACAGGACCGTGTATGCATGACGTCTGTTATCTCTACCTACTCAGACAAGGATAC
GACGGCTGGAAACCAGAGAGCGTCAAGATTTATGGCTCGTACATCAGATCAGCCACTTTT
TACTATAACCTCTTCTTGCCTAACTCTTTTTGGTACGGCTTTAACGTTTGCAACGGCATT
GCCAAGTCTTCTCATCCCAACATTGCCTCCGTTGCAGCTATGTAAAATTGAAGAGAAGCA
ACCTGTTTTGAGTGTATTTGTGAGAGAAAAAATGTAATGTAAAATTAAAATAACGCTTTA
AATCAATAAATGCAATGTTGTTT

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 2

CO CL8138Contig1 860 2 2 U
TTTTTGCAAATGAATTAAGTCAATGCAAGGAGATCATGGACATTCTAGAAACATATGGGA
AGGCGTCAGGAGAACAACTATATGCTTCAAAATCCTCTATGTTTTTTGGAAACCGAGCGG
AGTTATCTCTAAGGCGAGATATAAAAGAAGCCCTTGGTTTCTCTTCTGAAGGAGGCATGG
GGATGTACCTAGGATTACTTGAACAAATATGTGGCTCGAAGATGAACGCGTTCTCTTTTG
TACAAGATAGATTGAATGGGCGAACCAACACTTGGTCATCTAGACTTCTCTCCAAAGGGG
GAAGTCCAGATTAAATATGTTGCTAAAGCAGTCCCGATTTTTGTGATGTCGTGTTATTTG
CTTCTACAAGGCATTACTGATGAGATGGAATGTTTACTCAAAATCATCCGTAATACGAAG
AGCTCAGCGCCCATCTGGTCCTTCAGACTCCACCCTAAGCCACTTACGCTACCATGATGA
GAGCAACAGGAGCCTCTCATCTCTGCATGATGAGATGGAATGTTTACTTTGAGTAACCTC
ATGTTTGAGAGACAGGATGATAACCTCGATACGGTTCGAGACGGACTGCTTGGACCTAGT
GGACATGACTACTAACCAGAGGTATTGGCCAACTTTTGCGACAGAGATCGAGGTGTTCGA
GAGACTACAGGAGGGCTTCGAGGATGTGAGGTTGTCTCATATTCCTCGGAGTAAGAATGG
TCGGACGGACGCACTTGCAAAAGAAGCGAGGAACAGAGGATACATTTTCTCCCATATAGA
TAAGACCCGGACAGACGGAGATGCTCTTCGGAGATCGGCTCGTTTGCCACCATTTGATCT
AGCATAGATGGATAGCCGAC


BQ
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AF RR3DU45TF U 1
AF RR3DU45JQ C 246
BS 1 647 RR3DU45TF
BS 648 860 RR3DU45JQ

RD RR3DU45TF 647 0 0
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AGGCGTCAGGAGAACAACTATATGCTTCAAAATCCTCTATGTTTTTTGGAAACCGAGCGG
AGTTATCTCTAAGGCGAGATATAAAAGAAGCCCTTGGTTTCTCTTCTGAAGGAGGCATGG
GGATGTACCTAGGATTACTTGAACAAATATGTGGCTCGAAGATGAACGCGTTCTCTTTTG
TACAAGATAGATTGAATGGGCGAACCAACACTTGGTCATCTAGACTTCTCTCCAAAGGGG
GAAGTCCAGATTAAATATGTTGCTAAAGCAGTCCCGATTTTTGTGATGTCGTGTTATTTG
CTTCTACAAGGCATTACTGATGAGATGGAATGTTTACTCAAAATCATCCGTAATACGAAG
AGCTCAGCGCCCATCTGGTCCTTCAGACTCCACCCTAAGCCACTTACGCTACCATGATGA
GAGCAACAGGAGCCTCTCATCTCTGCATGATGAGATGGAATGTTTACTTTGAGTAACCTC
ATGTTTGAGAGACAGGATGATAACCTCGATACGGTTCGAGACGGACTGCTTGGACCTAGT
GGACATGACTACTAACCAGAGGTATTGGCCAACTTTTGCGACAGAGA

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3DU45JQ 615 0 0
GATAGATTGAATGGGCGAACCAACACTTGGTCATCTAGACTTCTCTCCAAAGGGGGAAGT
CCAGATTAAATATGTTGCTAAAGCAGTCCCGATTTTTGTGATGTCGTGTTATTTGCTTCT
ACAAGGCATTACTGATGAGATGGAATGTTTACTCAAAATCATCCGTAATACGAAGAGCTC
AGCGCCCATCTGGTCCTTCAGACTCCACCCTAAGCCACTTACGCTACCATGATGAGAGCA
ACAGGAGCCTCTCATCTCTGCATGATGAGATGGAATGTTTACTTTGAGTAACCTCATGTT
TGAGAGACAGGATGATAACCTCGATACGGTTCGAGACGGACTGCTTGGACCTAGTGGACA
TGACTACTAACCAGAGGTATTGGCCAACTTTTGCGACAGAGATCGAGGTGTTCGAGAGAC
TACAGGAGGGCTTCGAGGATGTGAGGTTGTCTCATATTCCTCGGAGTAAGAATGGTCGGA
CGGACGCACTTGCAAAAGAAGCGAGGAACAGAGGATACATTTTCTCCCATATAGATAAGA
CCCGGACAGACGGAGATGCTCTTCGGAGATCGGCTCGTTTGCCACCATTTGATCTAGCAT
AGATGGATAGCCGAC

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

CO CL8139Contig1 1419 2 6 U
GAACAAACCCGAAGAGTTACAGAACAACCGATGATGTTAAACCAGAATCTGCAGACTTGC
AAAAAAGCAACTGCAGCAACAAAAATGGCGGGTGTTCATCAAAAGCCTCGAAGTCAGCAC
CTCTGGGAGTCATCATGGGACTAATAGGATCAATACTCGCATTTGCAGTATTGGGTGGCT
CAACTTTCACATGGTACAGACGTAGGAAACAGAGGATTGGAAGCAGTCTTGATGCTACTA
TGGACGGTAGGATCAGCACCGAGTACAACTTCAAAGAAACTTCTAGAAGAAAAAGCTCTT
CTCCGTTGATCAGCTTAGAGTACTCCAGAGGTTGGGATCCCTTAGGGAGAGGACAGAACA
GTACCGACAACAGCGCATTGTCTCAAGAAGTCTTCGACAGCTTTATGTTCAACCTCGAGG
AGATTGAGAGAGCTACTCAGAGTTTCTCCGAGGTGAATCTGTTGGGGAAGAGTAACGTCT
CTTCGGTTTACAAAGGTATCCTCAGAGACGGCTCTGTTGCGGCTATCAAATGTGTAGCGA
AGTCGAGCTGTAAGTCCGATGAATCAGAGTTTCTCAGAGGGTTGAAGATGCTGACGTTGC
TGAAACATGAGAACTTAGTGAGGCTGAGAGGCTTTTGCTGCTCTAAAGGGAGAGGAGAGT
GTCTCCTTATCTACTAGTTTGTCCCTAATGGTAATCTTTTGAAGTATCTTGATGTCAAGG
ATGAGAGTGGAGATGTTCTTGAATGGTCTACTCGAGTTTCCATCATAAATGGAATCGCCA
GAGGCATTGTTTACTTGCATGGAGAAAATGGGAACAAGCCTGCAATAGTTCACCAGAATC
TATCAGCAGAGAAGATCCTCGTTGATCACTGGTATAATCCATATCTTGCGGATTCTGGTC
TTCACAAGCTTTTCACGGATGATATCGTCTTCTCCAAGCTCAAAGCGAGTGCTGCAATGG
GTTACTTGGCTCCTGAGTACATAACTACAGGAAGGTTCACTGACAAGAGCGACGTCTATG
CCTTTGGTATGATTCTGTTGCAGATACTCAGTGGTAAAAGCAAGATCAGCCATTTGATGA
TCTTACAAGCTGTAGAGTCTGGACGGCTGAATGAAGATTTCATCGATCCAAATCTTAGAA
TGAACTTTCCGGAGGCAGAAGCTGCTCAGCTTTCTAGACTTGGTCTCCTCTGCACTCATG
AGTCCTCAAACCTGAGACCATCAATGGAAGATGTTATGCTAGAACTGAATAAACTCGCAG
CGAGTTGTTAGTTGCCGTTTAGCAAGTTTTTTTGATTGTCCTAGAATATAAAAGCTCACC
AAAGTTTCAGACTATCATATCAATCTTATCTCCTTGTAACTGTAGCTGATGCACTTAATG
TATAAACAACTGAATGAATATGTTGTGACATTGTCTTTC


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AF RR3DU90TF U 1
AF RR3DU90JQ C 560
BS 1 702 RR3DU90TF
BS 703 703 RR3DU90JQ
BS 704 742 RR3DU90TF
BS 743 743 RR3DU90JQ
BS 744 778 RR3DU90TF
BS 779 1419 RR3DU90JQ

RD RR3DU90TF 778 0 0
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AAAAAAGCAACTGCAGCAACAAAAATGGCGGGTGTTCATCAAAAGCCTCGAAGTCAGCAC
CTCTGGGAGTCATCATGGGACTAATAGGATCAATACTCGCATTTGCAGTATTGGGTGGCT
CAACTTTCACATGGTACAGACGTAGGAAACAGAGGATTGGAAGCAGTCTTGATGCTACTA
TGGACGGTAGGATCAGCACCGAGTACAACTTCAAAGAAACTTCTAGAAGAAAAAGCTCTT
CTCCGTTGATCAGCTTAGAGTACTCCAGAGGTTGGGATCCCTTAGGGAGAGGACAGAACA
GTACCGACAACAGCGCATTGTCTCAAGAAGTCTTCGACAGCTTTATGTTCAACCTCGAGG
AGATTGAGAGAGCTACTCAGAGTTTCTCCGAGGTGAATCTGTTGGGGAAGAGTAACGTCT
CTTCGGTTTACAAAGGTATCCTCAGAGACGGCTCTGTTGCGGCTATCAAATGTGTAGCGA
AGTCGAGCTGTAAGTCCGATGAATCAGAGTTTCTCAGAGGGTTGAAGATGCTGACGTTGC
TGAAACATGAGAACTTAGTGAGGCTGAGAGGCTTTTGCTGCTCTAAAGGGAGAGGAGAGT
GTCTCCTTATCTACTAGTTTGTCCCTAATGGTAATCTTTTGA*GTATCTTGATGTCAAGG
ATGAGAGTGGAGATGTTCTTGA*TGGTCTACTCGAGTTTCCATCATAAATGGAATCGC

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3DU90JQ 860 0 0
ATG
ATCAGAGTTTCTCAGAGGGTTGAAGATGCTGACGT*GCTGAAACATGAGAACTTAGTGAG
GCTGAGAGGCTTT*GCTGCTCTAAAGGGAGAGGAGAGTGTCTC*TTATCTACTAGTTTGT
CCCTAATGGTAATCTTTTGAAGTATCTTGATGTCAAGGATGAGAGTGGAGATGTTCTTGA
ATGGTCTACTCGAGTTTCCATCATAAATGGAATCGCCAGAGGCATTGTTTACTTGCATGG
AGAAAATGGGAACAAGCCTGCAATAGTTCACCAGAATCTATCAGCAGAGAAGATCCTCGT
TGATCACTGGTATAATCCATATCTTGCGGATTCTGGTCTTCACAAGCTTTTCACGGATGA
TATCGTCTTCTCCAAGCTCAAAGCGAGTGCTGCAATGGGTTACTTGGCTCCTGAGTACAT
AACTACAGGAAGGTTCACTGACAAGAGCGACGTCTATGCCTTTGGTATGATTCTGTTGCA
GATACTCAGTGGTAAAAGCAAGATCAGCCATTTGATGATCTTACAAGCTGTAGAGTCTGG
ACGGCTGAATGAAGATTTCATCGATCCAAATCTTAGAATGAACTTTCCGGAGGCAGAAGC
TGCTCAGCTTTCTAGACTTGGTCTCCTCTGCACTCATGAGTCCTCAAACCTGAGACCATC
AATGGAAGATGTTATGCTAGAACTGAATAAACTCGCAGCGAGTTGTTAGTTGCCGTTTAG
CAAGTTTTTTTGATTGTCCTAGAATATAAAAGCTCACCAAAGTTTCAGACTATCATATCA
ATCTTATCTCCTTGTAACTGTAGCTGATGCACTTAATGTATAAACAACTGAATGAATATG
TTGTGACATTGTCTTTC

QA 4 860 4 860
DS 



AS 1 2

CO CL8140Contig1 655 2 1 U
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GATTACTCGGCGGTTGATCCGAAGATGGAGGCGTCGGAGAATAGCTCCGGCAACGACGGA
GTCGTTCCTGTTCAGACAAGAGCTCTGTTTCTCAACGAAGATTACTTCAACTTCGATGTC
TCGCCTTCCAAAACAGACTTTCCACACGGATACAGCTACATTAATCAAACTGTTTCTTCA
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AGGGAGAAGAGGAAGAATCGGAAGTTCGAGAAGACGATTCGGTATGCATCACGTAAAACA
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GTCTTTCTTCAGTGCACGTTGTAAGAAACACTGATGATAGTAATAAGTAACGGTTTTGAT
AAAAAAAGTACTAATAAGTAACGGTAAAACAAAATTAAAAAAATGGCCTTATTAC


BQ
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AF RR3CR24JQ C 1
AF RR3CR24TF U 1
BS 1 655 RR3CR24TF

RD RR3CR24JQ 655 0 0
GCTAACCCGAGTGTCAAGGAAGGAGTCGTTGTGGAGATCCCTAACTTGTTTGCCGATCTT
GATTACTCGGCGGTTGATCCGAAGATGGAGGCGTCGGAGAATAGCTCCGGCAACGACGGA
GTCGTTCCTGTTCAGACAAGAGCTCTGTTTCTCAACGAAGATTACTTCAACTTCGATGTC
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AGGGAGAAGAGGAAGAATCGGAAGTTCGAGAAGACGATTCGGTATGCATCACGTAAAACA
TACGCCGAGGTTAGGCCGAGGATCAAAGGACGTTTTGCTAAGCGGACTGATTCAAGAGTT
AATGATGGAGGAGGAGGTGTTGGAGTCTACGGTGGGTTCGGAGTGGTCCCGAGTTTTTGA
GTCTTTCTTCAGTGCACGTTGTAAGAAACACTGATGATAGTAATAAGTAACGGTTTTGAT
AAAAAAAGTACTAATAAGTAACGGTAAAACAAAATTAAAAAAATGGCCTTATTAC

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3CR24TF 655 0 0
GCTAACCCGAGTGTCAAGGAAGGAGTCGTTGTGGAGATCCCTAACTTGTTTGCCGATCTT
GATTACTCGGCGGTTGATCCGAAGATGGAGGCGTCGGAGAATAGCTCCGGCAACGACGGA
GTCGTTCCTGTTCAGACAAGAGCTCTGTTTCTCAACGAAGATTACTTCAACTTCGATGTC
TCGCCTTCCAAAACAGACTTTCCACACGGATACAGCTACATTAATCAAACTGTTTCTTCA
ACATCATTAGAGGTGCCATTGGTGCCTGAAGGCGGAGCTGTGACAACGACTACGACGACG
ACGGCAACACCAGCCGTGCAGCTGACACCGGCGGAGAGGGAGGCTAGGGTTTTGAGGTAT
AGGGAGAAGAGGAAGAATCGGAAGTTCGAGAAGACGATTCGGTATGCATCACGTAAAACA
TACGCCGAGGTTAGGCCGAGGATCAAAGGACGTTTTGCTAAGCGGACTGATTCAAGAGTT
AATGATGGAGGAGGAGGTGTTGGAGTCTACGGTGGGTTCGGAGTGGTCCCGAGTTTCTGA
GTCTTTCTTCAGTGCACGTTGTAAGAAACACTGATGATAGTAATAAGTAACGGTTTTGAT
AAAAAAAGTACTAATAAGTAACGGTAAAACAAAATTAAAAAAATGGCCTTATTAC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL8141Contig1 1053 2 6 U
CAGAGAGAGTTATGCTTTGCCAGTTGACTCATCGAACCCATAACTGCATCATCTCCGAAG
ATTTCCTAGGATTTGATTCCCTGAAGCTCTGTATTTTGTTCCGAATCTGATGATCAATCT
GAGTGAAGAGAGAGTCCCCAGATCGGAATTGGTTCGCATGCAGTTGTTAATTACGCTCGT
GCCAGATCCAATACATAATAGCCTGCCATCCCAGAAGAGTTAGCGATCGAGTTGCAGTTG
ATGATGTGAGGGAGATCATCTGATTAAGGGAGCTCTCCCATCGACGTTGTGGCCGCACTC
TGCATCTACTTGAAACCCGATTCCACAAGTCAAAACCAAAATCACACTCCCAGTAGAGGT
GATCTCGGGATTCGTTAGCTGTGTTACAGAAGAGGCAAAGAGATGGAACAGCGAGACCCC
AGCTTATCAGCCTGTCGCGTGTAGGGATCCGGTCTTGTACCACCAGCCAAGCATGGAAGC
TTTGTCGCGGGATGCTTCTGGAAGTCCAGATAGTACGGTGCCAATCAACCTCCTGCACTT
CTCCTTGCAGTTATAAATGAGAGGACCTGTAGTTGATGATCAGTTCTCGCCGCCGGTAGC
CTCCAAACACCATTCCGATAGAGGGAGGCCAGTGTTGCATTTCTACGAATTCCTAGGCGC
GTTCCTTCACCATCTAAATAGTCCCACAGGCTCCCAAAAGGACTCCAGTTATCAGACCAG
AATCTACTACTCTCGCCATTTTATTGTGTGCTTTATATAAGTACTTTATTTCAACCTATT
ATTGTGTGCTTTATATAAGTACTTGTGTGCATCTTCCATGCAGGGACAGATCTTGCTATG
CAGAGAAAGTGCAACCTCAAAGTTTGCATTCCCTTTAAAATTCATGTTTTTTCATTGATT
TAAACACTTCGTCAGATTGCTGGAACCACTCAAGTTGTTGTTTGATAAATCCCAGCATGT
TAACTTTTTTGCCAAGGTACTCAATCCCAGCATGTTAAAACCTTTTTGTAAAATTTACAT
ACCTTTTTTACTTTTAATGGAATTCACATATTG


BQ
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AF RR3A118TF U 1
AF RR3A118JQ C 172
BS 1 824 RR3A118TF
BS 825 825 RR3A118JQ
BS 826 833 RR3A118TF
BS 834 834 RR3A118JQ
BS 835 844 RR3A118TF
BS 845 1053 RR3A118JQ

RD RR3A118TF 844 0 0
CAGAGAGAGTTATGCTTTGCCAGTTGACTCATCGAACCCATAACTGCATCATCTCCGAAG
ATTTCCTAGGATTTGATTCCCTGAAGCTCTGTATTTTGTTCCGAATCTGATGATCAATCT
GAGTGAAGAGAGAGTCCCCAGATCGGAATTGGTTCGCATGCAGTTGTTAATTACGCTCGT
GCCAGATCCAATACATAATAGCCTGCCATCCCAGAAGAGTTAGCGATCGAGTTGCAGTTG
ATGATGTGAGGGAGATCATCTGATTAAGGGAGCTCTCCCATCGACGTTGTGGCCGCACTC
TGCATCTACTTGAAACCCGATTCCACAAGTCAAAACCAAAATCACACTCCCAGTAGAGGT
GATCTCGGGATTCGTTAGCTGTGTTACAGAAGAGGCAAAGAGATGGAACAGCGAGACCCC
AGCTTATCAGCCTGTCGCGTGTAGGGATCCGGTCTTGTACCACCAGCCAAGCATGGAAGC
TTTGTCGCGGGATGCTTCTGGAAGTCCAGATAGTACGGTGCCAATCAACCTCCTGCACTT
CTCCTTGCAGTTATAAATGAGAGGACCTGTAGTTGATGATCAGTTCTCGCCGCCGGTAGC
CTCCAAACACCATTCCGATAGAGGGAGGCCAGTGTTGCATTTCTACGAATTCCTAGGCGC
GTTCCTTCACCATCTAAATAGTCCCACAGGCTCCCAAAAGGACTCCAGTTATCAGACCAG
AATCTACTACTCTCGCCATTTTATTGTGTGCTTTATATAAGTACTTTATTTCAACCTATT
ATTGTGTGCTTTATATAAGTACTTGTGTGCATCTTCCATGCAGG*ACAGATCT*GCTATG
CAGA

QA 1 844 1 844
DS 

RD RR3A118JQ 882 0 0
TACGCTCGTGCCAGATCCAATACATAATAGC*TGCCATCCCAGAAGAGTTAGCGATCGAG
TTGCAGTTGATGATGTGAGGGAGATCATCTGATTAAGGGAGCTCTCCCATCGACGTTGTG
GCCGCACTCTGCATCTACTTGAAACCCGATTCCACAAGTCAAAACCAAAATCACACTCCC
AGTAGAGGTGATCTCGGGATTCGTTAGCTGTGTTACAGAAGAGGCAAAGAGATGGAACAG
CGAGACCCCAGCTTATCAGCCTGTCGCGTGTAGGGATCCGGTCTTGTACCACCAGCCAAG
CATGGAAGCTTTGTCGCGGGATGCTTCTGGAAGTCCAGATAGTACGGTGCCAATCAACCT
CCTGCACTTCTCCTTGCAGTTATAAATGAGAGGACCTGTAGTTGATGATCAGTTCTCGCC
GCCGGTAGCCTCCAAACACCATTCCGATAGAGGGAGGCCAGTGTTGCATTTTTACGAATT
CCTAGGCGCGTTCCTTCACCATCTAAATAGTCCCACAGGCTCCCAAAAGGACTCCAGTTA
TCAGACCAGAATTTACTACTCTCGCCATTTTATTGTGTGCTTTATATAAGTACTTTATTT
CAACCTATTATTGTGTGCTTTATATAAGTACTTGTGTGCATCTTCCATGCAGGGACAGAT
CTTGCTATGCAGAGAAAGTGCAACCTCAAAGTTTGCATTCCCTTTAAAATTCATGTTTTT
TCATTGATTTAAACACTTCGTCAGATTGCTGGAACCACTCAAGTTGTTGTTTGATAAATC
CCAGCATGTTAACTTTTTTGCCAAGGTACTCAATCCCAGCATGTTAAAACCTTTTTGTAA
AATTTACATACCTTTTTTACTTTTAATGGAATTCACATATTG

QA 1 882 1 882
DS 



AS 1 2

CO CL8142Contig1 1413 2 2 U
GCTCTTGGACCATTTGCTGAAGCATATCGATGGGAATGTGACTCCCGGGGGAGCTGATCG
GTTCAGGAGGTGTCACGATACCGAAGGGACCATGCAGTATTGGCTTGAGAGTGCTGATTT
GCTCAAGATCAAACGCGAGTCTGGGATTCCTGATCCTAATTGGGTCCCCCCTCCTTGGTG
GAAGCTTCACGGTGGTGGTGGTGGCAACGGGGTGATCAAGATTGAGTCTGGGGTTGATGA
TGATGAGCCGTCTGCTTCCGAGCTTAAGGAAGAGATGGATAGGATGAAGAGTGAGATCAA
AGAGCTTGTGTCTGAATTGGCTCTGATTAAACGTGAATGTGGAATTACTGATCCGGATTT
GATTCCCCTTGCTCAATGGAAGATTCAGAGTTCATCATCGCATTCACATGGAGCCTCATC
TGCTGTCTCCTCCAAGCTTAGGGAAGAAATTGATCAAATCAAGAGTGATATCAAAAAACT
TGTATCCAAGCCAAAGTTACCAGATCATGCTACTGATGCAAATGAGAAACTATTTAAGGA
GATTATGAGTTGGAAGGTAAAGACTGATAAGCAGATTGCTGAGATCTCAAAGTCGTTGAC
ATCAACACAGGGCATGGTTAAGGAACTAGTTTTGTGGAAAGATAAAGTAGAACAGAAGCT
GGTGGGAATTTCAAACAATGTGCAGGCAAACGGGACCAACTCCTTCAATCCAGCTCCTCA
AAGCTGGGAGCATATATTGCATAATGCGAACTTGGATGACTTCACAGTGAATGGTTTCGA
ACCATGGGATGTTGATGCTGACCTTATCGATGTTCTGCCACAGGCTGTCAGGCCTGATAC
CTACTCGCTTCCACCAAATGCTCGCAAAAGCTCTTTCCAAGACCATATGTGGTTTGAGGA
GCAGTCAGTGCTCAACTCCGAGATGCAAAGGACAGGAAGCTGCATGACCAGAGGTGATTC
CAGAAGCTCCAATCAGGACAAAGCTGAGATGCCTCCAGGTCCAAGACCAGATATTGACGA
CGCAAATATTGATTCTCAGGAAACATTGAAAGAGTTGGTGAATTGGAAAGCCAAAGCGGA
GCAGCAGCTAATGGAAATGTCAGACGTTGTCCGTGTCTGCAGGGATAGAGTCAGAAACAC
ACACTAGGCACATGAATTGATGGATTCACTTACATAGATTCCCTTGGAGACTTGTACAGG
GTTTCTGGTTAAAAGAAAAAGGAAAAACAAAGAGAGTAGAGATCAAATAGGCATCTGGAA
AGTTTATTTAGGAAGAAGAGGTAGAGAAGTGATCCTCTCTACATGAAAAGTGATATTTGA
AGGTAGAGACGCTTTTTTAAACAGTAGTTGGTTTTGCTGTATATTCTCTCTGACTAACGA
CTCTCTTATTCAACAACCAAGTTTTGGATTAAT


BQ
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AF RR3AV08TF U 1
AF RR3AV08JQ C 596
BS 1 681 RR3AV08TF
BS 682 1413 RR3AV08JQ

RD RR3AV08TF 681 0 0
GCTCTTGGACCATTTGCTGAAGCATATCGATGGGAATGTGACTCCCGGGGGAGCTGATCG
GTTCAGGAGGTGTCACGATACCGAAGGGACCATGCAGTATTGGCTTGAGAGTGCTGATTT
GCTCAAGATCAAACGCGAGTCTGGGATTCCTGATCCTAATTGGGTCCCCCCTCCTTGGTG
GAAGCTTCACGGTGGTGGTGGTGGCAACGGGGTGATCAAGATTGAGTCTGGGGTTGATGA
TGATGAGCCGTCTGCTTCCGAGCTTAAGGAAGAGATGGATAGGATGAAGAGTGAGATCAA
AGAGCTTGTGTCTGAATTGGCTCTGATTAAACGTGAATGTGGAATTACTGATCCGGATTT
GATTCCCCTTGCTCAATGGAAGATTCAGAGTTCATCATCGCATTCACATGGAGCCTCATC
TGCTGTCTCCTCCAAGCTTAGGGAAGAAATTGATCAAATCAAGAGTGATATCAAAAAACT
TGTATCCAAGCCAAAGTTACCAGATCATGCTACTGATGCAAATGAGAAACTATTTAAGGA
GATTATGAGTTGGAAGGTAAAGACTGATAAGCAGATTGCTGAGATCTCAAAGTCGTTGAC
ATCAACACAGGGCATGGTTAAGGAACTAGTTTTGTGGAAAGATAAAGTAGAACAGAAGCT
GGTGGGAATTTCAAACAATGT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3AV08JQ 818 0 0
TTGACATCAACACAGGGCATGGTTAAGGAACTAGTTTTGTGGAAAGATAAAGTAGAACAG
AAGCTGGTGGGAATTTCAAACAATGTGCAGGCAAACGGGACCAACTCCTTCAATCCAGCT
CCTCAAAGCTGGGAGCATATATTGCATAATGCGAACTTGGATGACTTCACAGTGAATGGT
TTCGAACCATGGGATGTTGATGCTGACCTTATCGATGTTCTGCCACAGGCTGTCAGGCCT
GATACCTACTCGCTTCCACCAAATGCTCGCAAAAGCTCTTTCCAAGACCATATGTGGTTT
GAGGAGCAGTCAGTGCTCAACTCCGAGATGCAAAGGACAGGAAGCTGCATGACCAGAGGT
GATTCCAGAAGCTCCAATCAGGACAAAGCTGAGATGCCTCCAGGTCCAAGACCAGATATT
GACGACGCAAATATTGATTCTCAGGAAACATTGAAAGAGTTGGTGAATTGGAAAGCCAAA
GCGGAGCAGCAGCTAATGGAAATGTCAGACGTTGTCCGTGTCTGCAGGGATAGAGTCAGA
AACACACACTAGGCACATGAATTGATGGATTCACTTACATAGATTCCCTTGGAGACTTGT
ACAGGGTTTCTGGTTAAAAGAAAAAGGAAAAACAAAGAGAGTAGAGATCAAATAGGCATC
TGGAAAGTTTATTTAGGAAGAAGAGGTAGAGAAGTGATCCTCTCTACATGAAAAGTGATA
TTTGAAGGTAGAGACGCTTTTTTAAACAGTAGTTGGTTTTGCTGTATATTCTCTCTGACT
AACGACTCTCTTATTCAACAACCAAGTTTTGGATTAAT

QA 1 818 1 818
DS 



AS 1 2

CO CL8143Contig1 623 2 1 U
GAGCATCGTGAGACCGGCGGCGTTCTTCAAGAGCTTAGGAGGACAGGTGGAGATAGTCAA
AGACGGGAAGCCTTACGTCATGTTCGGAGATGGGAAGCTCTGCGCTTGCAAACCCATCAG
CGAGGAGTATTTGGCTTCATTCATAGCGGACTGCGTGTTGGAAGAGGAGAAGATCAATAA
GGTGTTGCCTATCGGTGGTCCGGGGAAGGCGTTGACGCCGTTGGAGCAAGGGGAGATTCT
GTTTAGGATACTAGGGAGAGAGCCTAAGTTCTTGAAAGTGCCTATTGAGATTATGGACTT
TGTGATTGGGGTGCTTGATGGTGTGGCGAAGGTGTTTCCTGGTGTTGCGGAGGCTGCTGA
GTTTGGGAAGATTGGGAGGTACTATGCGGCGGAGAGTATGTTGATTCTTGATCCGGAGAC
TGGGGAGTATAGTGAGGAGATGACGCCGAGTTATGGGAAGGACACGCTTGAGGAGTTTTT
TTGAGAAGGTTGTTAGAGAAGGGATGGCTGGTCAAGAGCTTGGTGAACAGTTCTTCTAGT
TGGGAGAGTTTGAGCTGTGTTGAATTGTTGTAACTGTTGAGGTTATGAAACATATTATAT
ATCACAGGTAATTTTCCTGGATC


BQ
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AF RR3CR67JQ C 1
AF RR3CR67TF U 1
BS 1 623 RR3CR67TF

RD RR3CR67JQ 623 0 0
GAGCATCGTGAGACCGGCGGCGTTCTTCAAGAGCTTAGGAGGACAGGTGGAGATAGTCAA
AGACGGGAAGCCTTACGTCATGTTCGGAGATGGGAAGCTCTGCGCTTGCAAACCCATCAG
CGAGGAGTATTTGGCTTCATTCATAGCGGACTGCGTGTTGGAAGAGGAGAAGATCAATAA
GGTGTTGCCTATCGGTGGTCCGGGGAAGGCGTTGACGCCGTTGGAGCAAGGGGAGATTCT
GTTTAGGATACTAGGGAGAGAGCCTAAGTTCTTGAAAGTGCCTATTGAGATTATGGACTT
TGTGATTGGGGTGCTTGATGGTGTGGCGAAGGTGTTTCCTGGTGTTGCGGAGGCTGCTGA
GTTTGGGAAGATTGGGAGGTACTATGCGGCGGAGAGTATGTTGATTCTTGATCCGGAGAC
TGGGGAGTATAGTGAGGAGATGACGCCGAGTTATGGGAAGGACACGCTTGAGGAGTTTTT
TTGAGAAGGTTGTTAGAGAAGGGATGGCTGGTCAAGAGCTTGGTGAACAGTTCTTCTAGT
TGGGAGAGTTTGAGCTGTGTTGAATTGTTGTAACTGTTGAGGTTATGAAACATATTATAT
ATCACAGGTAATTTTCCTGGATC

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3CR67TF 623 0 0
GAGCATCGTGAGACCGGCGGCGTTCTTCAAGAGCTTAGGAGGACAGGTGGAGATAGTCAA
AGACGGGAAGCCTTACGTCATGTTCGGAGATGGGAAGCTCTGCGCTTGCAAACCCATCAG
CGAGGAGTATTTGGCTTCATTCATAGCGGACTGCGTGTTGGAAGAGGAGAAGATCAATAA
GGTGTTGCCTATCGGTGGTCCGGGGAAGGCGTTGACGCCGTTGGAGCAAGGGGAGATTCT
GTTTAGGATACTAGGGAGAGAGCCTAAGTTCTTGAAAGTGCCTATTGAGATTATGGACTT
TGTGATTGGGGTGCTTGATGGTGTGGCGAAGGTGTTTCCTGGTGTTGCGGAGGCTGCTGA
GTTTGGGAAGATTGGGAGGTACTATGCGGCGGAGAGTATGTTGATTCTTGATCCGGAGAC
TGGGGAGTATAGTGAGGAGATGACGCCGAGTTATGGGAAGGACACGCTTGAGGAGTTTTT
TTGAGAAGGTTGTTAGAGAAGGGATGGCTGGTCAAGAGCTTGGTGAACAGTTCTTCTAGT
TGGGAGAGTTTGAGCTGTGTTGAATTGTTGTAACTGTTGAGGTTATGAAACATATTATAT
ATCACAGGTAATTTTCCTGGATC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

CO CL8144Contig1 246 2 1 U
GAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGGCGGAATCGGACAT
CACTAAGCTGAAACCCATGACGTTGCATTGAATGCATGCCTCACGTACACTTGAGTTTAT
AAGCCTTGAGCATTTCCAAATATACTAGCTTTATGTACTTTGAATTACGACGAGGAATGA
GTTTCGCTATACGCATTTCAATAATATAGATTATATCATGTTGAACACCAGAAGTGTATC
TGGTCG


BQ
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AF RR3BM63JQ C 1
AF RR3BM63TF U 1
BS 1 246 RR3BM63TF

RD RR3BM63JQ 246 0 0
GAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGGCGGAATCGGACAT
CACTAAGCTGAAACCCATGACGTTGCATTGAATGCATGCCTCACGTACACTTGAGTTTAT
AAGCCTTGAGCATTTCCAAATATACTAGCTTTATGTACTTTGAATTACGACGAGGAATGA
GTTTCGCTATACGCATTTCAATAATATAGATTATATCATGTTGAACACCAGAAGTGTATC
TGGTCG

QA 1 246 1 246
DS 

RD RR3BM63TF 246 0 0
GAACTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTACCATGGTGGTAACGGGTGGCGGAATCGGACAT
CACTAAGCTGAAACCCATGACGTTGCATTGAATGCATGCCTCACGTACACTTGAGTTTAT
AAGCCTTGAGCATTTCCAAATATACTAGCTTTATGTACTTTGAATTACGACGAGGAATGA
GTTTCGCTATACGCATTTCAATAATATAGATTATATCATGTTGAACACCAGAAGTGTATC
TGGTCG

QA 1 246 1 246
DS 



AS 1 2

CO CL8145Contig1 937 2 10 U
GGGTAGTTTCCCAGCTATCGTCTTCTTTGCCGTTTCCTTCCACGGCTCCCTGTCACCACC
ACCACCGCCGGCAAACTGAATTCTCTATGTTCAATATATCTTCGTGAAATATCCACAGTC
TCCGTTTCCCCATCTGAGAGTCAAAAAAAACTCAGTATCGAAGTCGATTCCCAATTCCCT
TTCCAGATCTTCTTCACAAAAAAAAAAAAAAATGAAGATTCCTATAGTCGTAGTCGTAGT
AATGCTTGTATGCTACTCGTTCTTCGCCTCTATTTCCGGAGACGCGACTATTCACACGAA
CAATTGGGCTGTCTTGGTCTGCACCTCTCGATTCTGGTTTAACTACCGGCACATGGCCAA
TACACTCTCCCTCTACAGGACAGTCAAGAGACTCTGAATACCTGATGAAAGGATCATCCT
CATGCTAGCTGATGATATGGCCTGTAATTCTAGAAATCAATATCCTGCTCAAGTTTTCAA
CAACGAGAACCACCACATTAACCTCTACGGTGATAACGTCGAGGTGGATTATCGTGGCTA
CGAGGTGACGGTTGAGAATTTCCTGCGGGTTTTGACTGGGCGTCATGAGAATGCTGTTCC
TAGGTCCAAGCGTCTCCTCAGCGATGAGGGTAGCCATATTCTACTCTACATGACTGGCCA
CGGAGGTGATGAGTTCCTCAAGTTTCAAGATGCTGAAGAACTCCAGAGCCACGATTTAGC
TGATGCTGTCAAACAGATGAAAGAGAAGCGTAGATTCAAGGAGCTGATGATAATGGTTGA
TACTTGCCAAGCTGCCACCCTCTTTAACCAGCTTCAATCTCCTGGTGTTTTGACCATTGG
TAGCAGTCTTAAAGGAGAGAACTCATACTCTCACCACCTGGACTCAGATATTGGTGTATC
TGTTGTAGACCGGTTTACTTATTACACTCTTGCCTTC


BQ
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AF RR3FN10TF U 1
AF RR3EA90TF U 453
BS 1 562 RR3FN10TF
BS 563 563 RR3EA90TF
BS 564 633 RR3FN10TF
BS 634 634 RR3EA90TF
BS 635 699 RR3FN10TF
BS 700 700 RR3EA90TF
BS 701 756 RR3FN10TF
BS 757 757 RR3EA90TF
BS 758 798 RR3FN10TF
BS 799 937 RR3EA90TF

RD RR3FN10TF 798 0 0
GGGTAGTTTCCCAGCTATCGTCTTCTTTGCCGTTTCCTTCCACGGCTCCCTGTCACCACC
ACCACCGCCGGCAAACTGAATTCTCTATGTTCAATATATCTTCGTGAAATATCCACAGTC
TCCGTTTCCCCATCTGAGAGTCAAAAAAAACTCAGTATCGAAGTCGATTCCCAATTCCCT
TTCCAGATCTTCTTCACAAAAAAAAAAAAAAATGAAGATTCCTATAGTCGTAGTCGTAGT
AATGCTTGTATGCTACTCGTTCTTCGCCTCTATTTCCGGAGACGCGACTATTCACACGAA
CAATTGGGCTGTCTTGGTCTGCACCTCTCGATTCTGGTTTAACTACCGGCACATGGCCAA
TACACTCTCCCTCTACAGGACAGTCAAGAGACTCTGAATACCTGATGAAAGGATCATCCT
CATGCTAGCTGATGATATGGCCTGTAATTCTAGAAATCAATATCCTGCTCAAGTTTTCAA
CAACGAGAACCACCACATTAACCTCTACGGTGATAACGTCGAGGTGGATTATCGTGGCTA
CGAGGTGACGGTTGAGAATTTCTTGCGGGTTTTGACTGGGCGTCATGAGAATGCTGTTCC
TAGGTCCAAGCGTCTCCTCAGCGATGAGGGTAGTCATATTCTACTCTACATGACTGGCCA
CGGAGGTGATGAGTTCCTCAAGTTTCAAGATGCTGAAGA*CTCCAGAGCCACGATTTAGC
TGATGCTGTCAAACAGATGAAAGAGAAGCGTAGATTTAAGGAGCTGATGATAATGGTTGA
TACTTGCCAAGCTGCCAC

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3EA90TF 485 0 0
GAAATCAATATCCTGCTCAAGTTTTCAACAACGTGAACCACCAGATTAACCTCTACGGTG
ATAACGTTGAGGTGGATTATCGTGGCTACGAGGTGACGGTTGAGAATTTCCTGCGGGTTT
TGACTGGGCGTCATGAGAATGCTGTTCCTAGGTCCAAGCGTCTCCTCAGCGATGAGGGTA
GCCATATTCTACTCTACATGACTGGCCACGGAGGTGATGAGTTCCTCAAGTTTCAAGATG
CTGAAGAACTCCAGAGTCACGATTTAGCTGATGCTGTCAAACAGATGAAAGAGAAGCGTA
GATTCAAGGAGCTGATGATAATGGTTGATACTTGCCAAGCTGCCACCCTCTTTAACCAGC
TTCAATCTCCTGGTGTTTTGACCATTGGTAGCAGTCTTAAAGGAGAGAACTCATACTCTC
ACCACCTGGACTCAGATATTGGTGTATCTGTTGTAGACCGGTTTACTTATTACACTCTTG
CCTTC

QA 1 485 1 485
DS 



AS 1 2

CO CL8146Contig1 700 2 2 U
GATTGAGCATTCACTCAAATGTCCAAGCCGGGTTATCAACTTATGTCTCAGCTCCAGCCA
TCATTCAGCAGATAGTTTCTCTTCAATCGGATCTATCATCTCTACAGTCTGACCTCGAAA
ATTCCCTTCCAGATGACAGAAATAGATGCATTAACGAGCTGTGTACCCTTATTCAGAATC
TGCAGCAACTACTCTTTGCATCTTCAACTACGGCGCAGCCCATATTGACACCATGGCCGC
TGATGAAAGAACTTGATGAGATGGGAAAAATCAACTCCAAACTCTCTACAGCAGTGGAGG
AGGTAACGCTAGAGCACCGCGAGAAAAGGGAGATCGTGAAGCATCACTCCAAGGACGTGG
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AAAGCGTTTCGACTCCGGTCTTTTATCTAGTAGTTGATTGCTTCTTCAGGATGGTTTATG
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TACTGCCTGAACTCTAAAAATTTCATGAGCCAACAATTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AA14JQ C 1
AF RR3AA14TF U 1
BS 1 675 RR3AA14TF
BS 676 700 RR3AA14JQ

RD RR3AA14JQ 700 0 0
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DS 

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QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

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ATAAAAAAACTAAAACTGAAAATTAATACCCGTGCGGTCGCACGGATCAAGATCTAGTGT
TACTATTATTTGTGATTACTATTTAAATCAAAGTAATTCCACTAATGTGCACGTGCTGTC
TCCAAATGAACACCACTTTCAATAACTAGTATCAAATGGCGTTGGTATGTGTCGTGTGGG
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TTTATTTTCGGCTGCATTTCGGGTAAGCAATCGTTTTTTATGAAATAAAAGATCACATAG
AGCGTAATCTATCTATCTTATTAAAGGTAAAGTACAAATTCGGTGCGTTTGGATACTTGG
ATAAAATTATTAAAAAAATTTAGTGTGTTTGGCTATAGGTGTAACAAATGGTTCACGATT
ATTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3FK54TF U 1
AF RR3FK54JQ C 65
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RD RR3FK54TF 602 0 0
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ATAAAAAAACTAAAACTGAAAATTAATACCCGTGCGGTCGCACGGATCAAGATCTAGTGT
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TCCAAATGAACACCACTTTCAATAACTAGTATCAAATGGCGTTGGTATGTGTCGTGTGGG
AT

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3FK54JQ 782 0 0
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ATTATTTGTGATTACTATTTAAATCAAAGTAATTCCACTAATGTGCACGTGCTGTCTCCA
AATGAACACCACTTTCAATAACTAGTATCAAATGGCGTTGGTATGTGTCGTGTGGGATGT
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TTTTCGGCTGCATTTCGGGTAAGCAATCGTTTTTTATGAAATAAAAGATCACATAGAGCG
TAATCTATCTATCTTATTAAAGGTAAAGTACAAATTCGGTGCGTTTGGATACTTGGATAA
AATTATTAAAAAAATTTAGTGTGTTTGGCTATAGGTGTAACAAATGGTTCACGATTATTG
CT

QA 1 782 1 782
DS 



AS 1 2

CO CL8148Contig1 598 2 5 U
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ATATCTTTAGCTTCGTTGATCTTAAACCCAAGGGAATGGCTTCCTCCTGCGTCTGGATGG
TTAGCCACCATCACCCTCCTGTGAGCTTCCTTCACCTTCTCCGCCGCTACACTCTCCCTA
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BQ
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AF RR3CX93JQ U 8
AF RR3CX93TF C 1
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BS 8 246 RR3CX93JQ
BS 247 247 RR3CX93TF
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BS 335 598 RR3CX93TF

RD RR3CX93JQ 327 0 0
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ATACATCAATGTCTGATCAACCACATGGCTTTTGTCGATGGGATCAATCAATCTCACCAA
AAAAAAAAAAGTCTCAAAACGGAAAGCCAGGGCTCTTGGATTTGCCAAGCATCATATCTT
TAGCTTCGTTGATCTTAAACCCAAGGGAATGGCTTCCTCCTGCGTCTGGATGGTTAGCCC
CCATCACCCTCCTGTGAGCTTCCTTCACCTTCTCCGCCGCTACACTCTCCCTAACACCGA
AAATGAAAGCAGCTTCTCTCCGAGTCA

QA 1 327 1 327
DS 

RD RR3CX93TF 598 0 0
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ATGAAACATACATCAATGTCTGATCAACCACATGGCTTTTGTCGATGGGATCAATCAATC
TCACCAAAAAAAAAAAAGTCTCAAAACGGAGAGCCAGGGCTCTTGGATTTGCCAAGCATC
ATATCTTTAGCTTCGTTGATCTTAGACGCAAGGTAATGGCTTCCTCCTGCGTCTGGATGG
TTAGCCACCATCACCCTCCTGTGAGCTTCCTTCACCTTCTCCGCCGCTACACTCTCCCTA
ACACCGAGAATGAGAGCAGCTTCTCTCCGAGTCATAGCAGCTTGGAAACCACCTTCGTAG
AACTTGCGCAACTTAGGCCTCGGTGGTCTTGCCTTGAACGCTTGCCACGCCTCGATTCCG
TATTTACCAGCATAAGCAGCTGCTGCAACCGCAACGCCTGCAAGTATCGGTGCAACCATT
TTCGGGGAGAGATTCAAGAGTTTGATCTGATGAGATTAGTAACACAACTCTTCAACAACG
TTGGATGATCTCGATCGATTAGGGTTTCGGCCACTTCTTTGAGTTACCTGGACTTTGT

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

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TTTTTTTTATGAAATAATGCTCTCC


BQ
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AF RR3BJ51JQ C 1
AF RR3BJ51TF U 1
BS 1 685 RR3BJ51TF

RD RR3BJ51JQ 685 0 0
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GGTCCAGATGACATGCCAGCTCATATCAAATTTTCGATGTTTGGATGTCAGCTCACAATC
CCAATTACAAAAGGAAAACTTGGCTTGGGAACCTGGCAGGGAGTATGGCTGTGTGAACAC
CGTGATGCCCCAACAGCACACAAAGTTGTGGTCACACTCAATGGAATCTAGATATCTTAA
GGGCTTTGTAACCATAACCTCGTGCATTTACTTACGGTCTTGTAATGGATGCTGTTCACT
TTTTTTTTATGAAATAATGCTCTCC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3BJ51TF 685 0 0
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GAAATTAGACAAGATCTGTCGGGTTTCAACTGTGGTCTTGCTCATGTCTTCTTACAACAC
ACGAGTGCTTCTCTTACAATCAATGAGAATTATGATCCAGATGTTCAGGCTGATACTGAG
ACTTTCTTGAACACCATTGTTCCTGAGGGGAGGTCAGCTCCTTGGAGGCATACCATGGAA
GGTCCAGATGACATGCCAGCTCATATCAAATCTTCGATGTTTGGATGTCAGCTCACAATC
CCAATTACAAAAGGAAAACTTGGCTTGGGAACCTGGCAGGGAGTATGGCTGTGTGAACAC
CGTGATGCCCCAACAGCACACAAAGTTGTGGTCACACTCAATGGAATCTAGATATCTTAA
GGGCTTTGTAACCATAACCTCGTGCATTTACTTACGGTCTTGTAATGGATGCTGTTCACT
TTTTTTTTATGAAATAATGCTCTCC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

CO CL8150Contig1 1116 2 2 U
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ATTCGATACAAAAGGGGCAGCTGTGACCATCTCTCACGTGTGATCTCACATGCAACTAAG
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CCAATTTTTTGAGTTAAAGGACAACAATAAGTGAGGATAAATGTTTAGGTATGTATATTA
TAAGTATGTAACCGAACGTATCACCAAAACTTTTTTTCTTCCACCAAAAGGTCCAAAACC
TTTTAAATGACTATAATGCCACGTCAGTCTGGCCAGAACCTTGAGGAGAGACCACGACCC
CGACGTATTTTAAAATAAGAACACCCATGATGATATTGCACAGTTTTAACGTATTCTCTA
TTTCTTTTTCTTTTCTTTGTGAACCTTGCTTCTACAATTCTTCGCTCGAGTATGAACGGC
AATATCTGATCACGGTATATGTTATTATATTTGAACACAATACACTTGGTATTTTCGCGA
TAGACCATCAATTTTTGTCAAAGATCAGCGAGCAACATGGTTGTTATCATGTTTTAATAA
TTTGTTTGAATGTTTGTGCATATTGATGATATGAAAATGTAATATTTAAATATTTCGACC
ACATATATCGTCATTTCATATTTATGGTTCGACAGAATCCTGAACTAATTAAGAAAATAG
CTTTTAAACGGAGTGATGAAGTATTATAACCGAATATTTGAAGAATTACATGTCAAATAA
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AAACCCGGCCACAGCGATTTAACATCCTTACTGCTGGGGCGCTGGACCCCTTCGGGGGAT
ATTTGGGAAAGTGGCTGCCCAGACACCAGAGATATC


BQ
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AF RR3BE03TF U 1
AF RR3BE03JQ C 371
BS 1 760 RR3BE03TF
BS 761 1116 RR3BE03JQ

RD RR3BE03TF 760 0 0
GAACGTATCATATAGTATACTATTATGAATCACTCATGAGGGAAAAGAGGGGGATGGTGT
GTAAGCATGTGTGTTTATCCTCTCAAGTTGCTAGACTCAGCCACGTGTAATGACGTGGCA
CTTACAAATTTATATGACTTGCAGGGAACTAGTATTATAGTGATCGGTGTACCAACAAGA
CTAATAGTTTACAAGTGTGTGTATATACAAACTTCGAGCGTTTATCGTCAGTGGGTTAAC
ATTCGATACAAAAGGGGCAGCTGTGACCATCTCTCACGTGTGATCTCACATGCAACTAAG
AGATGTTAAAGCTAAGTCTTCCAGCGCGACAATAGTTAAAGAAGGTAGTTTTAAAATCAA
CCAATTTTTTGAGTTAAAGGACAACAATAAGTGAGGATAAATGTTTAGGTATGTATATTA
TAAGTATGTAACCGAACGTATCACCAAAACTTTTTTTCTTCCACCAAAAGGTCCAAAACC
TTTTAAATGACTATAATGCCACGTCAGTCTGGCCAGAACCTTGAGGAGAGACCACGACCC
CGACGTATTTTAAAATAAGAACACCCATGATGATATTGCACAGTTTTAACGTATTCTCTA
TTTCTTTTTCTTTTCTTTGTGAACCTTGCTTCTACAATTCTTCGCTCGAGTATGAACGGC
AATATCTGATCACGGTATATGTTATTATATTTGAACACAATACACTTGGTATTTTCGCGA
TAGACCATCAATTTTTGTCAAAGATCAGCGAGCAACATGG

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3BE03JQ 746 0 0
GAGTTAAAGGACAACAATAAGTGAGGATAAATGTTTAGGTATGTATATTATAAGTATGTA
ACCGAACGTATCACCAAAACTTTTTTTCTTCCACCAAAAGGTCCAAAACCTTTTAAATGA
CTATAATGCCACGTCAGTCTGGCCAGAACCTTGAGGAGAGACCACGACCCCGACGTATTT
TAAAATAAGAACACCCATGATGATATTGCACAGTTTTAACGTATTCTCTATTTCTTTTTC
TTTTCTTTGTGAACCTTGCTTCTACAATTCTTCGCTCGAGTATGAACGGCAATATCTGAT
CACGGTATATGTTATTATATTTGAACACAATACACTTGGTATTTTCGCGATAGACCATCA
ATTTTTGTCAAAGATCAGCGAGCAACATGGTTGTTATCATGTTTTAATAATTTGTTTGAA
TGTTTGTGCATATTGATGATATGAAAATGTAATATTTAAATATTTCGACCACATATATCG
TCATTTCATATTTATGGTTCGACAGAATCCTGAACTAATTAAGAAAATAGCTTTTAAACG
GAGTGATGAAGTATTATAACCGAATATTTGAAGAATTACATGTCAAATAACCGGGCTTCG
CAGCCTGGTGGTAATGGAACCTCGGCTGAGGTGCCCGTCACCCAGCTTCGAAACCCGGCC
ACAGCGATTTAACATCCTTACTGCTGGGGCGCTGGACCCCTTCGGGGGATATTTGGGAAA
GTGGCTGCCCAGACACCAGAGATATC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL8151Contig1 844 2 6 U
GGGAAAAGTTTCGATCTTGTTGTTTGGAGTAATGGTGGGTGCTCTGTTTGTTGTTGGCTC
ATCGGTGATGGATTCATGTTTATGTCTGGATGCTCACACTAGGACCAGGAGCAAGAAGAA
GATCCTTGGCAGTGCCAGTGCAAGAAAGATGGAACTAGGGAGCTCCTTTACTGGTTCAGG
CATTGTTTTCAGGATTTCTTCCAAGAAGCGTGTCCCAAGGATTGCGAATCGAAGAAAGAA
ACTCTTGATTGTGAGTGAGGACGTTGCTGGGAACTACGATGATACCTTCGGGGATGTCAA
AACGAACCTTGTTAACTATTTCACATACAAAGCTGTGAGGACGGTTCTTCATCAGCTCTA
CGAAATGAATCCTCCTCAATACACTTGGTTCTATAATTACGTCGTATCGAACAGACCAAC
CGATGGTAAACGATTCCTCCGCAAACTCGGCAAGGAAAATCAGGAGCTTGCAGAAAGAGT
GATGATCACGCGTCTCCACTTGTATGGCAAGTGGATCAAGTGTTGTTGTTGTCTGAAATG
CGACCATGGGAAGATATACCAAGATATATCGGATGAGAACTTGGCGTTGATGCGTGAACG
CCTCATGGAGACGGTGATATGGCCTTCCGATGACTCGAACTCCGAGGTTATTGGCTGAAG
AAGGCTGTGTCACAAACGCAGCATTTACTTTGCTTTCGTCAACTCGCTTCACAATTTTAG
GATCTTGAGTTTCTTTTAGTTTGATTTACATATAATGAATCATTAATGATACAGTCATTG
AGCATTGTGTATATCAGTATATGTATCTATTCTTTCTTGGCATGTACTATTTATGACAAT
AGGG


BQ
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AF RR3EC33TF U 1
AF RR3EC33JQ C 3
BS 1 613 RR3EC33TF
BS 614 614 RR3EC33JQ
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ATCGGTGATGGATTCATGTTTATGTCTGGATGCTCACACTAGGACCAGGAGCAAGAAGAA
GATCCTTGGCAGTGCCAGTGCAAGAAAGATGGAACTAGGGAGCTCCTTTACTGGTTCAGG
CATTGTTTTCAGGATTTCTTCCAAGAAGCGTGTCCCAAGGATTGCGAATCGAAGAAAGAA
ACTCTTGATTGTGAGTGAGGACGTTGCTGGGAACTACGATGATACCTTCGGGGATGTCAA
AACGAACCTTGTTAACTATTTCACATACAAAGCTGTGAGGACGGTTCTTCATCAGCTCTA
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CGATGGTAAACGATTCCTCCGCAAACTCGGCAAGGAAAATCAGGAGCTTGCAGAAAGAGT
GATGATCACGCGTCTCCACTTGTATGGCAAGTGGATCAAGTGTTGTTGTTGTCTGAAATG
CGACCATGGGAAGATATACCAAGATATATCGGATGAGAACTTGGCGTTGATGCGTGAACG
CCTCATGGAGACG*TGATATGGCCTTCCGATGACTCGAACTCCGAGGT*ATTGGCTGAAG
AA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3EC33JQ 842 0 0
GAAAAGTTTCGATCTTGTTGTTTGGAGTAATGGTGGGTGCTCTGTTTGTTGTTGGCTCAT
CGGTGATGGATTCATGTTTATGTCTGGATGCTCACACTAGGACCAGGAGCAAGAAGAAGA
TCCTTGGCAGTGCCAGTGCAAGAAAGATGGAACTAGGGAGCTCCTTTACTGGTTCAGGCA
TTGTTTTCAGGATTTCTTCCAAGAAGCGTGTCCCAAGGATTGCGAATCGAAGAAAGAAAC
TCTTGATTGTGAGTGAGGACGTTGCTGGGAACTACGATGATACCTTCGGGGATGTCAAAA
CGAACCTTGTTAACTATTTCACATACAAAGCTGTGAGGACGGTTCTTCATCAGCTCTACG
AAATGAATCCTCCTCAATACACTTGGTTCTATAATTACGTCGTATCGAACAGACCAACCG
ATGGTAAACGATTCCTCCGCAAACTCGGCAAGGAAAATCAGGAGCTTGCAGAAAGAGTGA
TGATCACGCGTCTCCACTTGTATGGCAAGTGGATCAAGTGTTGTTGTTGTCTGAAATGCG
ACCATGGGAAGATATACCAAGATATATCGGATGAGAACTTGGCGTTGATGCGTGAACGCC
TCATGGAGACGGTGATATGGCCTTCCGATGACTCGAACTCCGAGGTTATTGGCTGAAGAA
GGCTGTGTCACAAACGCAGCATTTACTTTGCTTTCGTCAACTCGCTTCACAATTTTAGGA
TCTTGAGTTTCTTTTAGTTTGATTTACATATAATGAATCATTAATGATACAGTCATTGAG
CATTGTGTATATCAGTATATGTATCTATTCTTTCTTGGCATGTACTATTTATGACAATAG
GG

QA 1 842 1 842
DS 



AS 1 2

CO CL8152Contig1 958 2 6 U
GGACCATGGGGAACAACGGAGTGAAGGACACGGCTACGGCGGAGAATGTCTCTGGTGAAA
ACCCTAAGAACATCGTTGACCTCAACACTGCGGAGCATGATGATGGCATTCTCGACGGAG
AAGTCAAGGGAGTATCAGATTCGACTGATGTTTCCGGTGAGAAGAAGGACGAAGCCAACT
CCAAGGCTATTGGATCTACCGATTCTGGGGATGATGTATCTCCGGTGGATGATATTCAGA
AGAAGATTCGACGCGCGGAGAGGTTTGGTGTTTCCGTGAAGCTAACCGAAGCGGAGAAGC
GCAATTCTCGTGCTGAGAGGTTTGGTACTGTAGCAGCGGTGAAGGACTCACAGGGAACGA
AGAAAGCAGAGGAATTGAAGCGAAAGGCTAGAACTGACAGATTCGGTGTTCCTGCATCAT
CATCCGCTACTAAAGTGGATAGCACTGAGGAGGAAGAGGCAAAGAAGAAAGCTAGGCTCG
CCCGTTTCGGGAACGGTAGTAAAGTTGATTCTGCTGAAGATGATAAACGCAAGCTAGGGC
ACTTAGGTTTTCAAAACCTGCTTCTGATCCATCTTCAGGTTTACCTGGGAAGCTAAATAT
TGGCAAGGAGGCAGCGGTGTCAGCAAACGCTGCATAACGTTCCTGAATCTTCTATCTTTG
TAGTTAGGTAGTACTAGCGTTTTATCATTCCCTCTCTGGCTTCTCGATTCTCCCTTTATT
TTCTGCAATTAGGAGTCCCCTTGTGTAGTATCATTATTAAGGTCGAAGTTTGGTCGTGGA
GCAATAATCTTCTCAGATGGAGGGAAGCTAAGTTGTCACCAGATGAGAGATCATGTGAAA
CCAATGAGTAAACTATAGTTTTCATCGTGTTAGGACCTATAGGAATTCTGAAGTGGCTGG
TGTTGGTGTTTTCCATGTTGCAGGTGCTTAAATTGGTAAGTATAAGACTTTTTATTTC


BQ
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AF RR3E804TF U 1
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TGG

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CTTAAATTGGTAAGTATAAGACTTTTTATTTC

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3EA89JQ C 1
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CATCTCCGATTCTCGGACAGGGTCAGTTAGATCCTTACGCCACTGATCTAGAGCAGAAGC
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AAATGCGTTTGTCTCG

QA 1 676 1 676
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3AG34TF U 1
AF RR3AG34JQ C 23
BS 1 702 RR3AG34TF

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GGCTTCTTTACATAAGAACTCTAGGAAGAGATACTTTAGAGTTTAAGTTACCATTTTGAA
CTTGAAAAGATCTGTCAAAGACGTACTTAGTGTTAAGAGAAGAAGGATTAACTTGCATGA
AAAGGTAATTACCAGCAAATAGATCACCAAAGTGAGTTTGACTCTCCTTCAACCTCTTCA
ATATCTTTAAAACTCCAATTTTAACCTTACTCGCTTTCTTCCTCACAAATCCCCTAAGTC
TCCGGATCTTAACTCTAATTCTAATCCTCCTCCTTCCTCTCAGTGACAGCACTCTCTTGA
ACCTATATATACAAGAAAACCTTATTGCAGAAAACTCTTTCATGCAATACTTCTATGTAT
ATATCATGGGATTGTGATGATGACGATTGTGTACATATTCATTAGTATTCCTAAATTTAT
AAAAAATCGATCCAAACCTGTGAGGATATGATGATGATGAGGGTCTTGTTGTTGTTTCTT
CCAAGACATCATCTTCTAGAGAAAGCCTCTGGTATGGAAGACTGCTGATTTTGAGAGAAG
AAGCCATGGAAATTAGATCAAATTGGTGATATAGAATAGTCTCTTAGAGAGATGTATATC
ATACATTAACTATATGAGTTGTCATTATTGTTGATGTTTCAATGTGTATAGTTGGTGGGT
GGTTAGGTTGTGGTACATGAATTTAATGCGATACCTCAATCT

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3AG34JQ 680 0 0
AGGAAGAGATACTTTAGAGTTTAAGTTACCATTTTGAACTTGAAAAGATCTGTCAAAGAC
GTACTTAGTGTTAAGAGAAGAAGGATTAACTTGCATGAAAAGGTAATTACCAGCAAATAG
ATCACCAAAGTGAGTTTGACTCTCCTTCAACCTCTTCAATATCTTTAAAACTCCAATTTT
AACCTTACTCGCTTTCTTCCTCACAAATCCCCTAAGTCTCCGGATCTTAACTCTAATTCT
AATCCTCCTCCTTCCTCTCAGTGACAGCACTCTCTTGAACCTATATATACAAGAAAACCT
TATTGCAGAAAACTCTTTCATGCAATACTTCTATGTATATATCATGGGATTGTGATGATG
ACGATTGTGTACATATTCATTAGTATTCCTAAATTTATAAAAAATCGATCCAAACCTGTG
AGGATATGATGATGATGAGGGTCTTGTTGTTGTTTCTTCCAAGACATCATCTTCTAGAGA
AAGCCTTTGGTATGGAAGACTGCTGATTTTGAGAGAAGAAGCCATGGAAATTAGATCAAA
TTGGTGATATAGAATAGTCTCTTAGAGAGATGTATATCATACATTAACTATATGAGTTGT
CATTATTGTTGATGTTTCAATGTGTATAGTTGGTGGGTGGTTAGGTTGTGGTACATGAAT
TTAATGCGATACCTCAATCT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL8156Contig1 884 2 2 U
GGTGAACAAGCTAGGGTTCCCTAGTCGTGCCAGCTATGAAATATACTTGCAACAGATTTT
TCACGAGCATGCCTTTGGCAAAGCTAGAGATCAGCCCAAGTCAAAAAACAACCGAGCATC
CAATCAAAACGCAAAGGAGAACAACTCCGGGCTTCTTGACCATTTCTGCTTATCTTTGGC
TCATAGAATCTTCTCATCTAGAGTTCTCGTGTAACTAGAAAGCGTGGTTTGCAAGGTCCC
GTACCTTCATTTGGTATCTCACCCTACATGGAATTCTCGGACATCTTCATGGACTGTCTT
AATGACTGTTCCTCCTTCAATCATCCCTCAAGGGAGTTCTGAAAGTCAGTCTCCAGATGG
TAAGAGGAAGCTTAAGACGCAGTTCCGGACAAAGGTGGTGGTGAAGGATGATTGTACCAG
TATAGAAGCGGAATGCACGCCCAATGTGGTTGGCTTGCTGAAAAGCACTTCCTGCAATTT
ATTCTCCATGAACAAATACGAGTGCGACTTGGCCGACCTTCCCGTGATAATTCTCCAACA
GGTGGCGAGCCAGATAGTGTGTTGGCTGCTGGAGGAAGCAAGGACGGTAGGGACAAAAGC
GAGCAGGGATTTTCTGTCTTTGTCGTTAGAGATAGTGGAAGGGGAGAGAGTGAGCCTTGT
GGGGCAAGTAAACCCGGAAGACGCAAAGGGATGCATCTCGTGGTGGCTTGTGATGGAGAA
TGGGTGCACGGAGGAGAGGAAAGGGGTGTCGGAGAGTAGGAAGTCGTTGGGGCATTTGTC
TCTGGATGTGTTGTACTCTGTTCTTATGGATTTGATCAACTTATGTGGTAGTGGTCGGAA
TGCTTTAGACTGATTGTAAAAGAACAAGACATGATGACTCTTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT24TF U 1
AF RR3GT24JQ C 250
BS 1 418 RR3GT24TF
BS 419 884 RR3GT24JQ

RD RR3GT24TF 418 0 0
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TCACGAGCATGCCTTTGGCAAAGCTAGAGATCAGCCCAAGTCAAAAAACAACCGAGCATC
CAATCAAAACGCAAAGGAGAACAACTCCGGGCTTCTTGACCATTTCTGCTTATCTTTGGC
TCATAGAATCTTCTCATCTAGAGTTCTCGTGTAACTAGAAAGCGTGGTTTGCAAGGTCCC
GTACCTTCATTTGGTATCTCACCCTACATGGAATTCTCGGACATCTTCATGGACTGTCTT
AATGACTGTTCCTCCTTCAATCATCCCTCAAGGGAGTTCTGAAAGTCAGTCTCCAGATGG
TAAGAGGAAGCTTAAGACGCAGTTCCGGACAAAGGTGGTGGTGAAGGATGATTGTACC

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR3GT24JQ 635 0 0
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TCCTCCTTCAATCATCCCTCAAGGGAGTTCTGAAAGTCAGTCTCCAGATGGTAAGAGGAA
GCTTAAGACGCAGTTCCGGACAAAGGTGGTGGTGAAGGATGATTGTACCAGTATAGAAGC
GGAATGCACGCCCAATGTGGTTGGCTTGCTGAAAAGCACTTCCTGCAATTTATTCTCCAT
GAACAAATACGAGTGCGACTTGGCCGACCTTCCCGTGATAATTCTCCAACAGGTGGCGAG
CCAGATAGTGTGTTGGCTGCTGGAGGAAGCAAGGACGGTAGGGACAAAAGCGAGCAGGGA
TTTTCTGTCTTTGTCGTTAGAGATAGTGGAAGGGGAGAGAGTGAGCCTTGTGGGGCAAGT
AAACCCGGAAGACGCAAAGGGATGCATCTCGTGGTGGCTTGTGATGGAGAATGGGTGCAC
GGAGGAGAGGAAAGGGGTGTCGGAGAGTAGGAAGTCGTTGGGGCATTTGTCTCTGGATGT
GTTGTACTCTGTTCTTATGGATTTGATCAACTTATGTGGTAGTGGTCGGAATGCTTTAGA
CTGATTGTAAAAGAACAAGACATGATGACTCTTTA

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

CO CL8157Contig1 870 2 2 U
GCTGCGAGCGGAGCCGGTTTTATTGCAAGAGACATAACATTCGAAAACTGGGCTGGTCCG
GCAAAGCACCAGGCAGTCGCTCTCCGCATTGGGGCTGACCATGCGGTGATTTATCGATGC
AATATAATTGGTTACCAAGACACACTATACGTCCATTCAAACCGCCAATTCTTCCGTGAA
TGTGATATTTACGGTACAGTCGATTTCATTTTCGGTAATGCAGCCGTAGTGCTACAAAAC
TGTAGCATCTATGCACGCAAACCCATGGACCTTCAGAAAAATACAATCACGGCTCAAAAC
CGAAAAGATCCGAACCAAAACACCGGAATATCGATACATGCGTCTAGAGTTTTGGCCACC
CCTGATCTCCAAGCAGCCAATGGTACCATCCAGACGTATCTATGCCGACCGTGGAAGCTA
TTCTCTAGGACGGTTTACATGTTATCGTATATCGGTAGTCATGTACATACGAGAGGATGG
CTGGAGTGGAATACAACATTTGCTTTAGATACTCTATACTACGGTGAGTATTTGAACACG
GGTCCAGGGTCAAACCTTTCGCAACGTGTGAATTGGCCAGGGTATCGGGTCATCAATTCG
ACAGCTGAGGCAAACCGGTTTACGGTGACGGAGTTTATATACGGTTCGTCGTGGTTACCT
TCAACCGGGGTTTCTTTCTTGGCCGGATTAAACATTTAGAAAATAAAATGATTTTCTTTC
CGATGCATTGTTTCATTCTTGTGTCCTTATATTAATGGACATATGATTAATCTTATCCTA
TTTATATACATAATTTTAACTTTTTAATTGTATGATTTCTGGATATATATTATTCAATAA
GATCGTGACTCGAGGATAATTTACATCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EO82TF U 1
AF RR3EO82JQ C 204
BS 1 610 RR3EO82TF
BS 611 870 RR3EO82JQ

RD RR3EO82TF 610 0 0
GCTGCGAGCGGAGCCGGTTTTATTGCAAGAGACATAACATTCGAAAACTGGGCTGGTCCG
GCAAAGCACCAGGCAGTCGCTCTCCGCATTGGGGCTGACCATGCGGTGATTTATCGATGC
AATATAATTGGTTACCAAGACACACTATACGTCCATTCAAACCGCCAATTCTTCCGTGAA
TGTGATATTTACGGTACAGTCGATTTCATTTTCGGTAATGCAGCCGTAGTGCTACAAAAC
TGTAGCATCTATGCACGCAAACCCATGGACCTTCAGAAAAATACAATCACGGCTCAAAAC
CGAAAAGATCCGAACCAAAACACCGGAATATCGATACATGCGTCTAGAGTTTTGGCCACC
CCTGATCTCCAAGCAGCCAATGGTACCATCCAGACGTATCTATGCCGACCGTGGAAGCTA
TTCTCTAGGACGGTTTACATGTTATCGTATATCGGTAGTCATGTACATACGAGAGGATGG
CTGGAGTGGAATACAACATTTGCTTTAGATACTCTATACTACGGTGAGTATTTGAACACG
GGTCCAGGGTCAAACCTTTCGCAACGTGTGAATTGGCCAGGGTATCGGGTCATCAATTCG
ACAGCTGAGG

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3EO82JQ 667 0 0
TTTCATTTTCGGTAATGCAGCCGTAGTGCTACAAAACTGTAGCATCTATGCACGCAAACC
CATGGACCTTCAGAAAAATACAATCACGGCTCAAAACCGAAAAGATCCGAACCAAAACAC
CGGAATATCGATACATGCGTCTAGAGTTTTGGCCACCCCTGATCTCCAAGCAGCCAATGG
TACCATCCAGACGTATCTATGCCGACCGTGGAAGCTATTCTCTAGGACGGTTTACATGTT
ATCGTATATCGGTAGTCATGTACATACGAGAGGATGGCTGGAGTGGAATACAACATTTGC
TTTAGATACTCTATACTACGGTGAGTATTTGAACACGGGTCCAGGGTCAAACCTTTCGCA
ACGTGTGAATTGGCCAGGGTATCGGGTCATCAATTCGACAGCTGAGGCAAACCGGTTTAC
GGTGACGGAGTTTATATACGGTTCGTCGTGGTTACCTTCAACCGGGGTTTCTTTCTTGGC
CGGATTAAACATTTAGAAAATAAAATGATTTTCTTTCCGATGCATTGTTTCATTCTTGTG
TCCTTATATTAATGGACATATGATTAATCTTATCCTATTTATATACATAATTTTAACTTT
TTAATTGTATGATTTCTGGATATATATTATTCAATAAGATCGTGACTCGAGGATAATTTA
CATCTGC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

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TCCACTAGATGAAAAGTAGATTACAAGTTAATTGCAAAAGCACTACTAAATAGAAACAGA
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GTTGACCAACCACAGTGGCTGCAATCGTGGCAGCCAGCTCTCCCATTCCTTTCAAGTCAG
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ATGACCCGTTGATTCCATCGGTCACCGAAACAAATGGGACAAAGTGGCTCAAGTACCTTG
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TGGCAAATATAATGTCTGCATAGTTGCCCACAATGTCCCAGAAATCATCATAATGCCTCT
CAATGCAAGACACATCAGATGCAGTAACAGCAACAAGCGCTCCATTTCTATGAGCTTCTT
CGCAGGCTTTAGTTATGGTCTTAATAGTATCAGGAAGCTCAAACAAGTAGCCTTCCACAA
CAAAGACATTTGTCTTTGATATCAAACTA


BQ
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP20JQ U 5
AF RR3GU72JQ U 1
BS 1 483 RR3GU72JQ
BS 484 484 RR3EP20JQ
BS 485 749 RR3GU72JQ

RD RR3EP20JQ 685 0 0
G
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CAAGACACATCAGATGCAGTAACAGCAACAAGCGCTCCATTTCTATGAGCTTCTTCGCAG
GCTTTAGTTATGGTCTTAATAGTA

QA 2 685 2 685
DS 

RD RR3GU72JQ 749 0 0
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GTTGACCAACCACAGTGGCTGCAATCGTGGCAGCCAGCTCTCCCATTCCTTTCAAGTCAG
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ATGACCCGTTGATTCCATCGGTCACCGAAACAAATGGGACAAAGTGGCTCAAGTACCTTG
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TGGCAAATATAATGTCTGCATAGTTGCCCACAATGTCCCAGAAATCATCATAATGCCTCT
CAATGCAAGACACATCAGATGCAGTAACAGCAACAAGCGCTCCATTTCTATGAGCTTCTT
CGCAGGCTTTAGTTATGGTCTTAATAGTATCAGGAAGCTCAAACAAGTAGCCTTCCACAA
CAAAGACATTTGTCTTTGATATCAAACTA

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

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CCTTCTAGCAAGGCACGGGTTCTGTGACTATCATCGGTTTCCTTAGGCAAGACTGGCTCA
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CATTCTTGATCCGTCCAGGTCGTTAATACCCACTTCATGAAGATGGCGCCACCACTAGGA
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CCATCGTAGCCGTCCAATATAGCTTTCATGAACGGCACCGATACGCCTGACATCGCCTTC
TGCATGAGACCGTTCATCCC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GD44TF C 1
AF RR3GD44JQ U 5
BS 1 4 RR3GD44TF
BS 5 680 RR3GD44JQ

RD RR3GD44TF 680 0 0
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CCATCGTAGCCGTCCAATATAGCTTTCATGAACGGCACCGATACGCCTGACATCGCCTTC
TGCATGAGACCGTTCATCCC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3GD44JQ 676 0 0
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AATCGATGTAGAAAGGTTGAAAAGAAGAGAATCCAACAGAGAGACCAAGTTCTTTAAACT
CTTCTTCAGTTCTATGCTTACCTTTGGTCCTATAGATTGTCATAACGAAGATGTCGCCTT
CTAGCAAGGCACGGGTTCTGTGACTATCATCGGTTTCCTTAGGCAAGACTGGCTCACAAG
CGATTAGCTTTCCTCCAATTGGTAAAGCATTGTAGCAATTTTTCATTATCTGCTTGCATT
CTTGATCCGTCCAGGTCGTTAATACCCACTTCATGAAGATGGCGCCACCACTAGGAACTG
ACTGGAACATATCCCCACCCACGTGAGTCACTCCAGGAATCTTGGGGGCTCTGGCAACAA
CTTCAGGCAAATCAAAGTTAATCCCTTCACGGACATTAGGAAACTGCTCGAGGATCATAC
GTAGACAATCTCCTGCGCTCCCTCCCACGTCAACTAAACGCTCCACGGATTTAAAGCCAT
CGTAGCCGTCCAATATAGCTTTCATGAACGGCACCGATACGCCTGACATCGCCTTCTGCA
TGAGACCGTTCATCCC

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

CO CL8160Contig1 695 2 2 U
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CTATTGACCACAAGGAAAAAAAAAAAAAAAACCTACTGTGTTAGTTAATTAAAAAAGAAC
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AGTCTTGCAACTTCCTCCTTGGGCACTGTGTTCCTTTTAGACCACAACCTCGCAGCTGTC
AGTAGGAAACGAAAACGGATGTCCACGAGAAGATGACAGAAGCGTGAATAAACAGAGAGA
AAGGGTGGTTAGTTCAACTAAACTAACCTTTTCCATCAGAAAGAACGGTCAAGATCCGCT
CCACAAGTTCCTGTACAATCAATCAATCACACATAAGTATTCAACAGTAACCCTATGAAG
CTTATCTGATATCCAAAACAGTACATTACTTAAAATTTAAAACGGAAACAGATAACACTA
TAATGTCTTATAGATTGAAACTCTAAACACTCATAATCTAAAACAAACAAACAAACAAAC
AGTCACCTGCTTCTTTCCCTGTTTCGAAAGTCCGAGCTGAGTGAGCACATCCTTGAGTTC
TTTAATCCGAAAATGTAATAGCTTATCCTGTAAACACACACACAACACGCATATATGTAT
TAAAAAGGTTCAAAACTAACACACGCATATATATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GW46TF U 1
AF RR3GW46JQ C 64
BS 1 663 RR3GW46TF
BS 664 695 RR3GW46JQ

RD RR3GW46TF 663 0 0
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CTATTGACCACAAGGAAAAAAAAAAAAAAAACCTACTGTGTTAGTTAATTAAAAAAGAAC
AAAGCAAGGCGTTTCCTTAAAAGAAATGATTCAATTCAACACCTATAAGTATCATCCACT
AGTCTTGCAACTTCCTCCTTGGGCACTGTGTTCCTTTTAGACCACAACCTCGCAGCTGTC
AGTAGGAAACGAAAACGGATGTCCACGAGAAGATGACAGAAGCGTGAATAAACAGAGAGA
AAGGGTGGTTAGTTCAACTAAACTAACCTTTTCCATCAGAAAGAACGGTCAAGATCCGCT
CCACAAGTTCCTGTACAATCAATCAATCACACATAAGTATTCAACAGTAACCCTATGAAG
CTTATCTGATATCCAAAACAGTACATTACTTAAAATTTAAAACGGAAACAGATAACACTA
TAATGTCTTATAGATTGAAACTCTAAACACTCATAATCTAAAACAAACAAACAAACAAAC
AGTCACCTGCTTCTTTCCCTGTTTCGAAAGTCCGAGCTGAGTGAGCACATCCTTGAGTTC
TTTAATCCGAAAATGTAATAGCTTATCCTGTAAACACACACACAACACGCATATATGTAT
TAA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3GW46JQ 632 0 0
TTGACCACAAGGAAAAAAAAAAAAAAAACCTACTGTGTTAGTTAATTAAAAAAGAACAAA
GCAAGGCGTTTCCTTAAAAGAAATGATTCAATTCAACACCTATAAGTATCATCCACTAGT
CTTGCAACTTCCTCCTTGGGCACTGTGTTCCTTTTAGACCACAACCTCGCAGCTGTCAGT
AGGAAACGAAAACGGATGTCCACGAGAAGATGACAGAAGCGTGAATAAACAGAGAGAAAG
GGTGGTTAGTTCAACTAAACTAACCTTTTCCATCAGAAAGAACGGTCAAGATCCGCTCCA
CAAGTTCCTGTACAATCAATCAATCACACATAAGTATTCAACAGTAACCCTATGAAGCTT
ATCTGATATCCAAAACAGTACATTACTTAAAATTTAAAACGGAAACAGATAACACTATAA
TGTCTTATAGATTGAAACTCTAAACACTCATAATCTAAAACAAACAAACAAACAAACAGT
CACCTGCTTCTTTCCCTGTTTCGAAAGTCCGAGCTGAGTGAGCACATCCTTGAGTTCTTT
AATCCGAAAATGTAATAGCTTATCCTGTAAACACACACACAACACGCATATATGTATTAA
AAAGGTTCAAAACTAACACACGCATATATATC

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL8161Contig1 809 2 8 U
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TCAAGAGATGTCGGTGTGTCTCCTTCCATTGTTGGGTCTTTCTCCAGTAAAGAAGCTGCT
CTTGTCGAGTACTTCATGGATGAATGCCTACAACTGCTTATCGACAGAGTTGACTCTGGA
TTGGGTTTGCAAAACATGATTCCAAGTGAACGCATCTCCAAGCTCGTCAGAATCCGGTTA
GAAATGCAGGTTCCTTACATGTCAAAATGGCCTCAAGCTCTCAGCATCCAAGCGCATCCA
GTGAACGTACCAACGAGTTTTAAGCAGAGGGCAATGCTGGTTGATGAGATATGGCACAGT
GTTGGAGATGGAGCCTCGGATTTAGATTGGTATGTGAAACGCACTGTTCTTGGAGGTGTT
TACTCAACCACCGAGATTTACATGCTTACAGATGACTCCCCAGAGTATAGGGATACATGG
GCACTCCTTGATGACAGAGTCAAAGGTGCTTTTGATCTCAAGAAAAGCATACAAGAGGCC
AAGTATTTTGCACAAGACATTGGAGCTGGAGTAGGGAAATCGTTTGAAGGTCTGATGAAT
GGAGTTATGCACACCATGTCCACACGTCGTGGGTGGTGGTGGTAGTAGCTCTACGTTTTG
AGAAGATGCACACCTTTAGAAAAAAAATAATTTGCTTCATCCTTATAGAGATAATCACAA
TATTTTGAGTTTGAGATATGCTTATAATAAAATTGTATCACTATGTATGACTTGAGAAGT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GJ18TF U 1
AF RR3GJ18JQ C 90
BS 1 686 RR3GJ18TF
BS 687 687 RR3GJ18JQ
BS 688 713 RR3GJ18TF
BS 714 714 RR3GJ18JQ
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BS 753 762 RR3GJ18TF
BS 763 809 RR3GJ18JQ

RD RR3GJ18TF 762 0 0
GGAGCGTCTCTCCGTCACGTGCCGAGGTTAGGTTGGACGGAGGAAGCGATGATGGCTGGT
TCAAGAGATGTCGGTGTGTCTCCTTCCATTGTTGGGTCTTTCTCCAGTAAAGAAGCTGCT
CTTGTCGAGTACTTCATGGATGAATGCCTACAACTGCTTATCGACAGAGTTGACTCTGGA
TTGGGTTTGCAAAACATGATTCCAAGTGAACGCATCTCCAAGCTCGTCAGAATCCGGTTA
GAAATGCAGGTTCCTTACATGTCAAAATGGCCTCAAGCTCTCAGCATCCAAGCGCATCCA
GTGAACGTACCAACGAGTTTTAAGCAGAGGGCAATGCTGGTTGATGAGATATGGCACAGT
GTTGGAGATGGAGCCTCGGATTTAGATTGGTATGTGAAACGCACTGTTCTTGGAGGTGTT
TACTCAACCACCGAGATTTACATGCTTACAGATGACTCCCCAGAGTATAGGGATACATGG
GCACTCCTTGATGACAGAGTCAAAGGTGCTTTTGATCTCAAGAAAAGCATACAAGAGGCC
AAGTATTTTGCACAAGACATTGGAGCTGGAGTAGGGAAATCGTTTGAAGGTCTGATGAAT
GGAGTTATGCACACCATGTCCACACGTCGTGGGTGGTGGTGGTAGTAGCTCTACGTTTTG
AGAAGATGCACACCTTTAGAAAAAAA*TAATTTGCTTCATCCTTATAGAGATA*TCACAA
TATTTTGAGTTTGAGATATGCTTATAATAAA*TTGTATCACT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3GJ18JQ 720 0 0
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GCCTCAAGCTTTCAGCATCCAAGCGCATCCAGTGAACGTACCAACGAGTTTTAAGCAGAG
GGCAATGCTGGTTGATGAGATATGGCACAGTGTTGGAGATGGAGCCTCGGATTTAGATTG
GTATGTGAAACGCACTGTTCTTGGAGGTGTTTACTCAACCACCGAGATTTACATGCTTAC
AGATGACTCCCCAGAGTATAGGGATACATGGGCACTCCTTGATGACAGAGTCAAAGGTGC
TTTTGATCTCAAGAAAAGCATACAAGAGGCCAAGTATTTTGCACAAGACATTGGAGCTGG
AGTAGGGAAATCGTTTGAAGGTCTGATGAATGGAGTTATGCACACCATGTCCACACGTCG
TGG*TGGTGGTGGTAGTAGCTCTACGTTTTGAGAAGATGCACACCTTTAGAAAAAAAATA
ATTTGCTTCATCCTTATAGAGATAATCACAATATTTTGAGTTTGAGATATGCTTATAATA
AAATTGTATCACTATGTATGACTTGAGAAGTGTATAAACTTTTTTTTGTCGAGTAAAAAA

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL8162Contig1 844 2 2 U
GGGGAGAGCACAACCCTATAAAAGAGTGAGATTTTCCTTATCCCCCAAAGACGACGGAAC
GTTCGCCGCAGTTCTACTCCGACATCAGCCTCTTAGTCAGAGAGGAGACACACGAAGATG
GATCTCACCATCAATAACGTTACAGAGACTTGGATCAAAGGGACTACTTCCTCAGACCCA
ACTCCTTCCAGTGTCATTCCGAAGTTCTGGACCACGTGTCCATTCTGTTCCGTGTGTTAC
AGATTACACAGAAGCTCTGTCTGCAAACAGACCAGATGTCGATCTTGCAACAAGGAGTTC
ACCGCGCGTGAGAGACCTCTTCAAGGCCTTTCATCTAAGGATAGTTCCATTAAAGGGGTG
CTGAGTCAAATCCTCCGTGAAACACAGCAGAGACACCCGGTTGCTCCTTCCAGTTCCGGT
CCAAGCTTTTGGACAACGTGTCGGAACTGTGGGTGTAGACATCGTTTTCTTAGGGTGTAT
CTGGACAAATGGTTCGTTTGTCCGAGTTGCAAGGAGGAAACCATTGCAATGGAAGTCCTT
TCAAGTTCAGGTGAGGTTGTGTTCAACAAACAGTTCGAAGATTTTAGATCCCACTGTAAG
AAAGAGGCTACAACATCTGTCTCTGGAAAGTTGAAAGAACTTTTCGAACTTGATTCTACA
GCAGTGCCTGCATTGTGAGGTTTTCAAGAGCATTGAGCATTGAGAAAGATAAGTCCCTTT
TGTTAGCTTTTTGGTGCATTCTGACTCTCAAGGTTTGTTCTTTCTTTAAAGATCTAAAAC
CCTTAAAACTTACTTAAGACTGTATCCATGGGACATGTACGTTTTTATTTTATTGGTTCA
AACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3B526TF U 1
AF RR3B526JQ C 98
BS 1 748 RR3B526TF
BS 749 844 RR3B526JQ

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AGATTACACAGAAGCTCTGTCTGCAAACAGACCAGATGTCGATCTTGCAACAAGGAGTTC
ACCGCGCGTGAGAGACCTCTTCAAGGCCTTTCATCTAAGGATAGTTCCATTAAAGGGGTG
CTGAGTCAAATCCTCCGTGAAACACAGCAGAGACACCCGGTTGCTCCTTCCAGTTCCGGT
CCAAGCTTTTGGACAACGTGTCGGAACTGTGGGTGTAGACATCGTTTTCTTAGGGTGTAT
CTGGACAAATGGTTCGTTTGTCCGAGTTGCAAGGAGGAAACCATTGCAATGGAAGTCCTT
TCAAGTTCAGGTGAGGTTGTGTTCAACAAACAGTTCGAAGATTTTAGATCCCACTGTAAG
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QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3B526JQ 747 0 0
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CGGTTGCTCCTTCCAGTTCCGGTCCAAGCTTTTGGACAACGTGTCGGAACTGTGGGTGTA
GACATCGTTTTCTTAGGGTGTATCTGGACAAATGGTTCGTTTGTCCGAGTTGCAAGGAGG
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AAGATTTTAGATCCCACTGTAAGAAAGAGGCTACAACATCTGTCTCTGGAAAGTTGAAAG
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TACGTTTTTATTTTATTGGTTCAAACC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

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GCAAAGTCTTTGGAGTCGGGAGGCCTTGGGGGTGTTCTCAGCTCTTGCAGGAGTGTTTTC
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CATTATACATTATTTAAGC


BQ
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AF RR3G479JQ C 1
AF RR3G479TF U 1
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RD RR3G479JQ 679 0 0
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TTTGTAAGATTTAATGTTTAAATGATATTTAATACTGAGAACAATCATCTAGAGTCGTTC
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CATTATACATTATTTAAGC

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DS 

RD RR3G479TF 679 0 0
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TAGACTTTTTTTTTTCAGAATATGTTTCATTTTCTGTTTATTCTTTGATCTTATAACTTA
CATTATACATTATTTAAGC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL8164Contig1 649 2 2 U
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BQ
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AF RR3CH11JQ C 1
AF RR3CH11TF U 1
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BS 613 649 RR3CH11JQ

RD RR3CH11JQ 649 0 0
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QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3CH11TF 612 0 0
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GAGCAAGAGCTGGTGCAGATGATTGAGAAGATAGATCTCAACGGGGATGGGTATGTGGAC
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CTGAGATCTGTGCTAGCTTCCTTGGGACTCAAGCAAGGAAGAACGCTAGATGAATGCAAG
AGGATGATTGGCAAAGTTGATGTTGATGGAGATGGAATGGTGGATTTCAAGGAATTTAAG
AAAATGATGAAAGCTGGTGGATTTGCAGCCTTGTGATCAAAACTTGTAAAAGAAGAAAAA
GAAGCCCATTTTAGGGTTAGGGTTTGTGACCCAAAATCATTGTTTTATTCTTCGGAATGG
TTAGGGCAAAAA

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 2

CO CL8165Contig1 647 2 2 U
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CCATGTCAGGTGTTTGGGTGTTCAAAAACAACGGAGTTCAACGTCTGGTGGAGAATCCAA
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CGACCGGTGAAGTAATCTCTACTTACTCGTCACTCGAAGAGATCCTAAAGAGCCTTGGGT
GGGAAAGATACCACGAAGGAGACGTAGATCTCATCCAGTACCGAAAACACTCCTCCATCG
ACCTCATCTCATTACCAAGAGACTTCTCCAAGTTCAAATCCATTTACATGTACGACATCG
TCGTCAAGAACCCTAATTCCTTCCAAGTCCGTGATTCAACTGAATAATTGCACGGTTTGA
TTTTCGACCAATAGGTCTAGGTTGTGTTTGTTTAATCTGTTCTAACCAATAAATTCCAGA
CAGGACGATCTGCAGTAATCATGACTTCGTTTTTTTTCCCAATTTGCATCATCACCTTTT
TTTCTCCAAGTTTGTTGCATGTGTTTGCTTCTATCTTCATCATCTTTGTGTGGCTGCATT
TTATAATCGTGTTGATCGATGTAATAAAGGTGTGTTTCTTTTGGGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EF40JQ C 1
AF RR3EF40TF U 1
BS 1 622 RR3EF40TF
BS 623 647 RR3EF40JQ

RD RR3EF40JQ 647 0 0
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TCGTCAAGAACCCTAATTCCTTCCAAGTCCGTGATTCAACTGAATAATTGCACGGTTTGA
TTTTCGACCAATAGGTTTAGGTTGTGTTTGTTTAATCTGTTCTAACCAATAAATTCCAGA
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TTTCTCCAAGTTTGTTGCATGTGTTTGCTTCTATCTTCATCATCTTTGTGTGGCTGCATT
TTATAATCGTGTTGATCGATGTAATAAAGGTGTGTTTCTTTTGGGTT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3EF40TF 622 0 0
GGCCCAGATTTACACCAACTCTCTACGTAACAAAGATTAAACACACATAATTTTGTGAGA
CCATGTCAGGTGTTTGGGTGTTCAAAAACAACGGAGTTCAACGTCTGGTGGAGAATCCAA
ACCAGACCGATGGAGACGCCACCCAGTCGCACGGACAGAGGTAAGTTTTGGTTTACTTGC
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GGGAAAGATACCACGAAGGAGACGTAGATCTCATCCAGTACCGAAAACACTCCTCCATCG
ACCTCATCTCATTACCAAGAGACTTCTCCAAGTTCAAATCCATTTACATGTACGACATCG
TCGTCAAGAACCCTAATTCCTTCCAAGTCCGTGATTCAACTGAATAATTGCACGGTTTGA
TTTTCGACCAATAGGTCTAGGTTGTGTTTGTTTAATCTGTTCTAACCAATAAATTCCAGA
CAGGACGATCTGCAGTAATCATGACTTCGTTTTTTTTCCCAATTTGCATCATCACCTTTT
TTTCTCCAAGTTTGTTGCATGTGTTTGCTTCTATCTTCATCATCTTTGTGTGGCTGCATT
TTATAATCGTGTTGATCGATGT

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

CO CL8166Contig1 651 2 1 U
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CGTAGCTGCTTAGGTTCGATGGACGACAACCGCCGCGTCTTCCAGCGATTCGATAAAAAC
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GGAGGAGGGAACAGCAAGAACGATCTGAAGGAAGCGTTCGAGCTGTACGATCTGGACGGT
AACGGGCGGATCTCGGCGAAGGAGCTTCACTCGGTGATGAAGAATCTGGGGGAGAAGTGT
TCTGTTCAGGACTGCAGGAAGATGATTAGCAAAGTTGATACGGATGGTGATGGTTGCGTT
AACTTTGAGGAGTTTAAGCTGATGATGAACAACGGCGGAGCTTGAGGATGATCGGTTGTA
TTAGGGATTGTTTGTATAGAGGAAGCTAGAAAAGTTTGGTTTTATGAGTTTTTTTTTACT
TTATGTGCAACAACTTCCGTTCTTCACTATTGAGATTGTTCTGATGGGCCC


BQ
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AF RR3GC82JQ C 1
AF RR3GC82TF U 1
BS 1 651 RR3GC82TF

RD RR3GC82JQ 651 0 0
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CGTAGCTGCTTAGGTTCGATGGACGACAACCGCCGCGTCTTCCAGCGATTCGATAAAAAC
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ATCGACATGGACGAGTTCGTCTCTCTTTTCCAGATCGGAATGAGTCAAGGAGGAGGTGGA
GGAGGAGGGAACAGCAAGAACGATCTGAAGGAAGCGTTCGAGCTGTACGATCTGGACGGT
AACGGGCGGATCTCGGCGAAGGAGCTTCACTCGGTGATGAAGAATCTGGGGGAGAAGTGT
TCTGTTCAGGACTGCAGGAAGATGATTAGCAAAGTTGATACGGATGGTGATGGTTGCGTT
AACTTTGAGGAGTTTAAGCTGATGATGAACAACGGCGGAGCTTGAGGATGATCGGTTGTA
TTAGGGATTGTTTGTATAGAGGAAGCTAGAAAAGTTTGGTTTTATGAGTTTTTTTTTACT
TTATGTGCAACAACTTCCGTTCTTCACTATTGAGATTGTTCTGATGGGCCC

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3GC82TF 651 0 0
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CGTAGCTGCTTAGGTTCGATGGACGACAACCGCCGCGTCTTCCAGCGATTCGATAAAAAC
GGAGACGGAAAGATCTCCGTCGACGAGCTCAAGGAGGTGATCCGCGCGCTGAGCCCCACC
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ATCGACATGGACGAGTTCGTCTCTCTTTTCCAGATCGGAATGAGTCAAGGAGGAGGCGGA
GGAGGAGGGAACAGCAAGAACGATCTGAAGGAAGCGTTCGAGCTGTACGATCTGGACGGT
AACGGGCGGATCTCGGCGAAGGAGCTTCACTCGGTGATGAAGAATCTGGGGGAGAAGTGT
TCTGTTCAGGACTGCAGGAAGATGATTAGCAAAGTTGATACGGATGGTGATGGTTGCGTT
AACTTTGAGGAGTTTAAGCTGATGATGAACAACGGCGGAGCTTGAGGATGATCGGTTGTA
TTAGGGATTGTTTGTATAGAGGAAGCTAGAAAAGTTTGGTTTTATGAGTTTTTTTTTACT
TTATGTGCAACAACTTCCGTTCTTCACTATTGAGATTGTTCTGATGGGCCC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL8167Contig1 1078 2 2 U
TTTTGTTCATTTAGTTTGTTCTTTTACAAACTCTCTTAGCTTTGAGGAGGAGCCTTAATT
GGCATCAAAGCAAACTTGTGTTCTAAGATATCAAAGGGGTGATTGAGTTTACTCCTAACA
ATTGGTATCAGAGCACGTTCTATCCTGCGAATTCATTTCACCGATTTGATCCGGACCACT
TCATTGTGGTATCAAGTCAAAACACTCCACAAAAAAAAAAAAAGTTACGTAATGGATGTA
CGGGAAAACATTGGCAATCTAAAAAAAGAGATGGCCAATATGAAGCTGGATCTAACAAAG
GGGGTGGCCAAGATGACGTTGGATCTAAAAGAGGAGATGACCAAGATGAGGCTAGATATG
GGAGATCAATTCCAACACCTTATCGCCTCCATCAGCCGGCTCAAAGAAAGATTTAAGAGT
TTCCGACAAGGGTTAGACACATGTCGACGTGATCACAACTTTGATAATACAAAATCAAAG
AGTCAAAAAACTCTTGGGAATCAAAGAGTCATGAAGACAACAAAGAAAAGTGAGCCTACA
ACCGGACTGGTTAAGAAGCCTCAACATTACTATCCCGAAGTCGTTATTGTTCTCAAGATG
ACGAGAAGAAATAAGCCTAGCACTAGAGGAGACGGTAAGTCTTTTCGTTTATGTTCCAGA
ACGACTCCTATCCATGATGATATCCTTACCTTTCAAAAGTGTAAAGGGGTTGGTAATACG
AAAGTCTTCCTTTCAACGTCTTGTTCATGAGCGTGGTGGAGATATTGTTCTGCATGAAAC
ACAAATGAAAGGACAAGAATTGCCAGTAGATGAGAGGACTTGGCAGATCATGAATCGGTT
TCAACACTGTTCTCCATTGTTGAACCTTGAGGACAAGGTTCATTTCGAGGGCGGTAGTAT
TGATGAGATACAAGAAGATGACGTGGCCTTAAATCAAAATAACGGTTTCAAACATTTATT
TTTATTTAATATTTTGTTTAGTGGAAGGGTGTGTAGTGGATGTGTTAGTTGTGCATGTTC
ACGTAGTAGTTAGTTTATTTCTAGTCTTGTATTTAAGCATGAATTGGGAAGTTAATGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AG30TF U 1
AF RR3AG30JQ C 291
BS 1 778 RR3AG30TF
BS 779 1078 RR3AG30JQ

RD RR3AG30TF 779 0 0
TTTTGTTCATTTAGTTTGTTCTTTTACAAACTCTCTTAGCTTTGAGGAGGAGCCTTAATT
GGCATCAAAGCAAACTTGTGTTCTAAGATATCAAAGGGGTGATTGAGTTTACTCCTAACA
ATTGGTATCAGAGCACGTTCTATCCTGCGAATTCATTTCACCGATTTGATCCGGACCACT
TCATTGTGGTATCAAGTCAAAACACTCCACAAAAAAAAAAAAAGTTACGTAATGGATGTA
CGGGAAAACATTGGCAATCTAAAAAAAGAGATGGCCAATATGAAGCTGGATCTAACAAAG
GGGGTGGCCAAGATGACGTTGGATCTAAAAGAGGAGATGACCAAGATGAGGCTAGATATG
GGAGATCAATTCCAACACCTTATCGCCTCCATCAGCCGGCTCAAAGAAAGATTTAAGAGT
TTCCGACAAGGGTTAGACACATGTCGACGTGATCACAACTTTGATAATACAAAATCAAAG
AGTCAAAAAACTCTTGGGAATCAAAGAGTCATGAAGACAACAAAGAAAAGTGAGCCTACA
ACCGGACTGGTTAAGAAGCCTCAACATTACTATCCCGAAGTCGTTATTGTTCTCAAGATG
ACGAGAAGAAATAAGCCTAGCACTAGAGGAGACGGTAAGTCTTTTCGTTTATGTTCCAGA
ACGACTCCTATCCATGATGATATCCTTACCTTTCAAAAGTGTAAAGGGGTTGGTAATACG
AAAGTCTTCCTTTCAACGTCTTGTTCATGAGCGTGGTGGAGATATTGTTCTGCATGAA
C

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3AG30JQ 788 0 0
TCTAACAAAGGGGGTGGCCAAGATGACGTTGGATCTAAAAGAGGAGATGACCAAGATGAG
GCTAGATATGGGAGATCAATTCCAACACCTTATCGCCTCCATCAGCCGGCTCAAAGAAAG
ATTTAAGAGTTTCCGACAAGGGTTAGACACATGTCGACGTGATCACAACTTTGATAATAC
AAAATCAAAGAGTCAAAAAACTCTTGGGAATCAAAGAGTCATGAAGACAACAAAGAAAAG
TGAGCCTACAACCGGACTGGTTAAGAAGCCTCAACATTACTATCCCGAAGTCGTTATTGT
TCTCAAGATGACGAGAAGAAATAAGCCTAGCACTAGAGGAGACGGTAAGTCTTTTCGTTT
ATGTTCCAGAACGACTCCTATCCATGATGATATCCTTACCTTTCAAAAGTGTAA*GGGGT
TGGTAATACGAAAGTCTTCCTTTCAACGTCTTGTTCATGAGCGTGGTGGAGATATTGTTC
TGCATGAAACACAAATGAAAGGACAAGAATTGCCAGTAGATGAGAGGACTTGGCAGATCA
TGAATCGGTTTCAACACTGTTCTCCATTGTTGAACCTTGAGGACAAGGTTCATTTCGAGG
GCGGTAGTATTGATGAGATACAAGAAGATGACGTGGCCTTAAATCAAAATAACGGTTTCA
AACATTTATTTTTATTTAATATTTTGTTTAGTGGAAGGGTGTGTAGTGGATGTGTTAGTT
GTGCATGTTCACGTAGTAGTTAGTTTATTTCTAGTCTTGTATTTAAGCATGAATTGGGAA
GTTAATGA

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL8168Contig1 935 2 4 U
AGGGGACTCGTATGTGAGACATATGTTGTTACGAGCTCGAAGTAAGAAATAGGCGTTGTG
TTGTGTTTAATAGCAGAGGTTGTGGAGATAGTCCTGTCACTACTCCTCAGTTCTACTCTG
CTTCCTTTTTAGGAGACATTAGTGAAGTGGTTGCTCACGTTGGCGCTAGATTCCCTAGAG
CTAATTTGTATGCAGCAGGGTGGTCTCTTGGTGGCAACATTCTTGTTAACTATCTCGGTC
AGGAATCTCATAACTGCACTCTCTCTGCTGCTGTTTCTTTGTGTAATCCTTTTGATTTGG
TTATAGCGGATGAGGATTTCCACAAGGGTTTTAACAATGTTTATGATAAGGCTCTCTCCA
GATCTCTTCGTAGAATCTTTAGCAAACATTCTCTTCTTTTTGAAGATATAGGAGGGGGAT
TCAACATTCCCATGGCTGCTAATGCTGAGACTGTTAGGGATTTCGATGAAGGCTTAACCC
GAGTCTCATTTGGTTTCAAGACAGTAGACGAGTACTATTCCAAGTCTAGCAGCTCCAGAG
CGATCAAACATGTCCGTATTCCCTTGCTTTGCATTCAGGCAGCAAATGACCCGATTGCTC
CTGATATAGGGATCCCTCGCGATGACATCAAGGCAAACCCAAACTGCATGCTGATTGTAA
CACCAAGAGGAGGGCACTTGGGGTGGGTGGCAGGTGAAGGAGCTCCAAATGGAGCTCCTT
GGACCGACCCGGTGGTTATGGAGTTTTTGCAACATGTCGAGAGTTGTAAAACCATTAATG
GGGAGAGATTGTTGGAGGATGTTCACCAAATTCAAGTCTAGTTTTGTTGATTAGTGTGTT
TCACTTGTATTTATACATTATTGTTGTCACCAAGAATTATAAACAGGCAAAGAATTATGG
TATATAAGAGTTCTTGCACAAAATAATTATTTGTT


BQ
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AF RR3G020TF U 1
AF RR3G020JQ C 402
BS 1 415 RR3G020TF
BS 416 416 RR3G020JQ
BS 417 684 RR3G020TF
BS 685 935 RR3G020JQ

RD RR3G020TF 684 0 0
AGGGGACTCGTATGTGAGACATATGTTGTTACGAGCTCGAAGTAAGAAATAGGCGTTGTG
TTGTGTTTAATAGCAGAGGTTGTGGAGATAGTCCTGTCACTACTCCTCAGTTCTACTCTG
CTTCCTTTTTAGGAGACATTAGTGAAGTGGTTGCTCACGTTGGCGCTAGATTCCCTAGAG
CTAATTTGTATGCAGCAGGGTGGTCTCTTGGTGGCAACATTCTTGTTAACTATCTCGGTC
AGGAATCTCATAACTGCACTCTCTCTGCTGCTGTTTCTTTGTGTAATCCTTTTGATTTGG
TTATAGCGGATGAGGATTTCCACAAGGGTTTTAACAATGTTTATGATAAGGCTCTCTCCA
GATCTCTTCGTAGAATCTTTAGCAAACATTCTCTTCTTTTTGAAGATATAGGAGGTGGAT
TCAACATTCCCATGGCTGCTAATGCTGAGACTGTTAGGGATTTCGATGAAGGCTTAACCC
GAGTCTCATTTGGTTTCAAGACAGTAGACGAGTACTATTCCAAGTCTAGCAGCTCCAGAG
CGATCAAACATGTCCGTATTCCCTTGCTTTGCATTCAGGCAGCAAATGACCCGATTGCTC
CTGATATAGGGATCCCTCGCGATGACATCAAGGCAAACCCAAACTGCATGCTGATTGTAA
CACCAAGAGGAGGGCACTTGGGGT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3G020JQ 534 0 0
GAAGATATAGGAGGGGGATTCAACATTCCCATGGCTGCTAATGCTGAGACTGTTAGGGAT
TTCGATGAAGGCTTAACCCGAGTTTCATTTGGTTTCAAGACAGTAGACGAGTACTATTCC
AAGTTTAGCAGCTCCAGAGCGATCAAACATGTCCGTATTCCCTTGCTTTGCATTCAGGCA
GCAAATGACCCGATTGCTCCTGATATAGGGATCCCTCGCGATGACATCAAGGCAAACCCA
AACTGCATGCTGATTGTAACACCAAGAGGAGGGCACTTGGGGTGGGTGGCAGGTGAAGGA
GCTCCAAATGGAGCTCCTTGGACCGACCCGGTGGTTATGGAGTTTTTGCAACATGTCGAG
AGTTGTAAAACCATTAATGGGGAGAGATTGTTGGAGGATGTTCACCAAATTCAAGTCTAG
TTTTGTTGATTAGTGTGTTTCACTTGTATTTATACATTATTGTTGTCACCAAGAATTATA
AACAGGCAAAGAATTATGGTATATAAGAGTTCTTGCACAAAATAATTATTTGTT

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL8169Contig1 926 2 2 U
GGAATCACATCCATTCCATACGTTCTTCTTCCTCTTGCTTCGCGAAACCAAAAAGCGCTT
CTTCATTGCTCGTTTTCGATCTCAATTTTCTCTCTCTGCGGAATCGTTTGTGAATGGTGG
AAACGAATCGGCTCGGTAGTAAGTCTACGCTCTCCCTTCCAATCGAAAGGGCGAGCCTTT
TACTCCCTCTCTCTGCCTCCTCTGTTTTCGCTTTCGGTTCCTGCAAAGAAGGCTGGTACT
TCCGCTGCTTCGGCATCGACCCGTGAATCCAATCTCCCCCCCCCCACCCACAATAGCCCT
CATCTCGATCTGAGATCTGTTTATTTATTTTCTTTAAATCACTCTTGAAAATTTCGAAAA
AGATGTTGCTTTACAACAAGCAGAAGAAGAACCAGAACAACGCAAAGGGAAACAGAATCC
TAATCAGCGTTACGGTTCTCGGTAGCGCCGGTCCGATCCGGTTCGTTGCTTACGAGGAAG
ATCTCGTCGCCTCGGTTATTGATACTGCTCTTAAATGCTACGCTCGCGAAGGTCGTCTTC
CTCTTCTCGGATCTGATTTCAACGATTTCCTTCTCTATTGCCCCATGGTTGGACCTGAAG
CTTTAAGCGCGTGGAGTGCAATTGGATCGCTTGGTGCGAGGAACTTTACTCTGTGTAGGA
AACCAGAGGAGAAGAAAGTGGTCAAGGAAGGAGAATCTAATTCCATTAATGGAGCTAGGA
AAGGAGGAAGCTTGAAGGCTTGGATCAACAAGTCCTTTAGCCTCAAAGTCTCCACCCATT
GAAGAAAATCTTCTTTTTCAGACAAGACAGTGTCTAGTTTTTATGTCTCTTTTACTTTCG
CTTTTTGATTTGATTCCGTACTCTGTCTGAAGCTTCCATTGACATTGAAGCTTTTTCTTT
TTTTTTCCCATCTCTCATTCACCGGT


BQ
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AF RR3CL35TF U 1
AF RR3CL35JQ C 336
BS 1 682 RR3CL35TF
BS 683 926 RR3CL35JQ

RD RR3CL35TF 682 0 0
GGAATCACATCCATTCCATACGTTCTTCTTCCTCTTGCTTCGCGAAACCAAAAAGCGCTT
CTTCATTGCTCGTTTTCGATCTCAATTTTCTCTCTCTGCGGAATCGTTTGTGAATGGTGG
AAACGAATCGGCTCGGTAGTAAGTCTACGCTCTCCCTTCCAATCGAAAGGGCGAGCCTTT
TACTCCCTCTCTCTGCCTCCTCTGTTTTCGCTTTCGGTTCCTGCAAAGAAGGCTGGTACT
TCCGCTGCTTCGGCATCGACCCGTGAATCCAATCTCCCCCCCCCCACCCACAATAGCCCT
CATCTCGATCTGAGATCTGTTTATTTATTTTCTTTAAATCACTCTTGAAAATTTCGAAAA
AGATGTTGCTTTACAACAAGCAGAAGAAGAACCAGAACAACGCAAAGGGAAACAGAATCC
TAATCAGCGTTACGGTTCTCGGTAGCGCCGGTCCGATCCGGTTCGTTGCTTACGAGGAAG
ATCTCGTCGCCTCGGTTATTGATACTGCTCTTAAATGCTACGCTCGCGAAGGTCGTCTTC
CTCTTCTCGGATCTGATTTCAACGATTTCCTTCTCTATTGCCCCATGGTTGGACCTGAAG
CTTTAAGCGCGTGGAGTGCAATTGGATCGCTTGGTGCGAGGAACTTTACTCTGTGTAGGA
AACCAGAGGAGAAGAAAGTGGT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3CL35JQ 591 0 0
AAATCACTCTTGAAAATTTCGAAAAAGATGTTGCTTTACAACAAGCAGAAGAAGAACCAG
AACAACGCAAAGGGAAACAGAATCCTAATCAGCGTTACGGTTCTCGGTAGCGCCGGTCCG
ATCCGGTTCGTTGCTTACGAGGAAGATCTCGTCGCCTCGGTTATTGATACTGCTCTTAAA
TGCTACGCTCGCGAAGGTCGTCTTCCTCTTCTCGGATCTGATTTCAACGATTTCCTTCTC
TATTGCCCCATGGTTGGACCTGAAGCTTTAAGCGCGTGGAGTGCAATTGGATCGCTTGGT
GCGAGGAACTTTACTCTGTGTAGGAAACCAGAGGAGAAGAAAGTGGTCAAGGAAGGAGAA
TCTAATTCCATTAATGGAGCTAGGAAAGGAGGAAGCTTGAAGGCTTGGATCAACAAGTCC
TTTAGCCTCAAAGTCTCCACCCATTGAAGAAAATCTTCTTTTTCAGACAAGACAGTGTCT
AGTTTTTATGTCTCTTTTACTTTCGCTTTTTGATTTGATTCCGTACTCTGTCTGAAGCTT
CCATTGACATTGAAGCTTTTTCTTTTTTTTTCCCATCTCTCATTCACCGGT

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 2

CO CL8170Contig1 941 2 8 U
CGAAAGAGTGAGTGTACAGTCACACTGTAGACAACTTTGAAGAGAGAGAGAGAATAGAAT
GGGAAGTGCTTCACTTGTCTTGTTTGCGCGACTCTCGGGTTTAGTAATAGCGGTTTTGGT
TGTGTACTGGGCTCTGTTGCTCGTCCCTCATCAAGGCCTCACATACTCTACTCTTCATCC
TCTGTTTATGGTGATTGGCTTCATTCTTGTAAGTGGAGAAGCGATTCTGATACACAGATG
GTTGCCTGGTTCAAGAAAAACGAAGAAAGCAGTTCATCTATGGCTGCAAGGAATAGCATT
GGTCTCTGGTGTGTTTGGGATATGGACAAAGTTCCATTACCAATCTGGAGTTTTCTCAAA
CTTCTACAGTCTCCATTCTTGGATGGGTCTACTCTCTCTTTCTCTCTTCGCTGCTCAGTG
GGTGACTGGATTCTTGAGCTTCTGGCATAGAGGAGAAGTCCGGACAACAAGAACCACGTT
TCTTCCATGGCATGTCTTCCTCGGACTTTACACCTACGGTCTAGCCATTGCCACCGCCGA
GACCGGACTACTTGAGAAGCTCATTTTCCTTCAGACAAAGCGAATCGTCCCAAGACGCTG
TCATGAGTCAACGATCGTCAACGGTCTCGGGCTAGGCTTGGTTCTGCTCAGTGGCGTTGT
TATAACAGCCGCTGTTTTGCCAAAGTATCAGAGCCATTCTGGTAATTAGAAACTCGTTTA
TTCATCTCAAGATCGTCCCAAATGTTTGACTTCTTGAGTTCTTTTTTTTCTTTCAAATTT
TAGTTTTGTATTGATTTTTGGAGACAACTACACACGTCTCTCTGGTTGTACAAATGAATG
TATTATTACCGCATTGTGATGATGAGACTTGTGTCAACAAACTTGGCTCCTCCAACTCTT
CCTTGAATCTGAGACGGTAAAGGAATCACTCTTCTTTGGTC


BQ
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AF RR3G327TF U 1
AF RR3G327JQ C 107
BS 1 635 RR3G327TF
BS 636 636 RR3G327JQ
BS 637 729 RR3G327TF
BS 730 730 RR3G327JQ
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BS 743 768 RR3G327TF
BS 769 941 RR3G327JQ

RD RR3G327TF 777 0 0
CGAAAGAGTGAGTGTACAGTCACACTGTAGACAACTTTGAAGAGAGAGAGAGAATAGAAT
GGGAAGTGCTTCACTTGTCTTGTTTGCGCGACTCTCGGGTTTAGTAATAGCGGTTTTGGT
TGTGTACTGGGCTCTGTTGCTCGTCCCTCATCAAGGCCTCACATACTCTACTCTTCATCC
TCTGTTTATGGTGATTGGCTTCATTCTTGTAAGTGGAGAAGCGATTCTGATACACAGATG
GTTGCCTGGTTCAAGAAAAACGAAGAAAGCAGTTCATCTATGGCTGCAAGGAATAGCATT
GGTCTCTGGTGTGTTTGGGATATGGACAAAGTTCCATTACCAATCTGGAGTTTTCTCAAA
CTTCTACAGTCTCCATTCTTGGATGGGTCTACTCTCTCTTTCTCTCTTCGCTGCTCAGTG
GGTGACTGGATTCTTGAGCTTCTGGCATAGAGGAGAAGTCCGGACAACAAGAACCACGTT
TCTTCCATGGCATGTCTTCCTCGGACTTTACACCTACGGTCTAGCCATTGCCACCGCCGA
GACCGGACTACTTGAGAAGCTCATTTTCCTTCAGACAAAGCGAATCGTCCCAAGACGCTG
TCATGAGTCAACGATCGTCAACGGTCTCGGGCTAG*CTTGGTTCTGCTCAGTGGCGTTGT
TATAACAGCCGCTGTTTTGCCAAAGTATCAGAGCCATTCTGGTAATTAGAAACTCGTTTA
TTCATCTCA*GATCGTCCCAA*TGTTTGACTTCTTGAGTTCTTTTTTT
CTTTCAATT

QA 1 768 1 768
DS 

RD RR3G327JQ 835 0 0
ATAGCGGTTTTG*TTGTGTACTGGGCTCTGTTGCTCGTCCCTCATCAAGGCCTCACATAC
TCTACTCTTCATCCTCTGTTTATGGTGATTGGCTTCATTCTTGTAAGTGGAGAAGCGATT
CTGATACACAGATGGTTGCCTGGTTCAAGAAAAACGAAGAAAGCAGTTCATCTATGGCTG
CAAGGAATAGCATTGGTCTCTGGTGTGTTTGGGATATGGACAAAGTTCCATTACCAATCT
GGAGTTTTCTCAAACTTCTACAGTCTCCATTCTTGGATGGGTCTACTCTCTCTTTCTCTC
TTCGCTGCTCAGTGGGTGACTGGATTCTTGAGCTTCTGGCATAGAGGAGAAGTCCGGACA
ACAAGAACCACGTTTCTTCCATGGCATGTCTTCCTCGGACTTTACACCTACGGTCTAGCC
ATTGCCACCGCCGAGACCGGACTACTTGAGAAGCTCATTTTCCTTCAGACAAAGCGAATC
GTCCCAAGACGCTGTCATGAGTCAACGATCGTCAACGGTCTCGGGCTAGGCTTGGTTCTG
CTCAGTGGCGTTGTTATAACAGCCGCTGTTTTGCCAAAGTATCAGAGCCATTCTGGTAAT
TAGAAACTCGTTTATTCATCTCAAGATCGTCCCAAATGTTTGACTTCTTGAGTTCTTTTT
TTTCTTTCAAATTTTAGTTTTGTATTGATTTTTGGAGACAACTACACACGTCTCTCTGGT
TGTACAAATGAATGTATTATTACCGCATTGTGATGATGAGACTTGTGTCAACAAACTTGG
CTCCTCCAACTCTTCCTTGAATCTGAGACGGTAAAGGAATCACTCTTCTTTGGTC

QA 1 835 1 835
DS 



AS 1 2

CO CL8171Contig1 722 2 3 U
TTTTTTGGGTAACTGTATCATAGTATCTGATTACAAACATGAAATGGAGTAGAGAAAGAA
GGATTCTCGTGCCCTTTAAGGGAACCGAAACAAATAGGTCTTAGGCAAATGATTATACAA
ACATGAATTACTTAGTGAAACTGTATTCATAAAATCTGATTACAAACAATGAAATGAAAA
GCAGAAAAAGAAGGATTCTCATGCCTTTTTAAGGGAACTGAAACTGAAAAAAGTCCTGTC
TCCCAGCAGGAGGGTTGATATACACCCAGAGCATAGAGACGATGATCGATAGCAAACCTG
ACCACACAAACACAATAGTAGGCACTCTGCCTCTTCTTCCCATCAACCCTTTAGCAAACG
GATACAGGTGACAAAGCACCCAGAAGCTGAAGAACACTCCACCCACAAGCTTACTCCACT
GCGGAAACGGACTGTACAGAGTCCTCGCAACCCCAACTGCAATAGCAATCATGTTCACCA
TCATGATCGTCAGTGGAGGTACATCAAGAAGCTCCACTTCACAAGGTACAGATCCGCAAA
CTCGTCGTCTCCATCTTCTGGTGTAGCTGACTTGGAAGTCAATGTGAACGAGATATCAAC
TCCTGCAATAACCTTGAGAAGACCTTGAAGAACGGCTGCAGGGTGTGCGCTCGTTCCACC
AATCACCCAAAACTGCTCGTTTCTCCACCACTCGTGGAGAGTAACACCTGACCACTTGAT
CC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR3EA42JQ U 21
AF RR3EA42TF C 1
BS 1 20 RR3EA42TF
BS 21 684 RR3EA42JQ
BS 685 722 RR3EA42TF

RD RR3EA42JQ 664 0 0
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CTGTATTCATAAAATCTGATTACAAACAATGAAATGAAAAGCAGAAAAAGAAGGATTCTC
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TACACCCAGAGCATAGAGACGATGATCGATAGCAAACCTGACCACACAAACACAATAGTA
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CAGAAGCTGAAGAACACTCCACCCACAAGCTTACTCCACTGCGGAAACGGACTGTACAGA
GTCCTCGCAACCCCAACTGCAATAGCAATCATGTTCACCATCATGATCGTCAGTGGAGGT
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GTGTAGCTGACTTGGAAGTCAATGTGAACGAGATATCAACTCCTGCAATAACCTTGAGAA
GACCTTGAAGAACGGCTGCAGGGTGTGCGCTCGTTCCACCAATCACCCAAAACTGCTCGT
TTCT

QA 1 664 1 664
DS 

RD RR3EA42TF 722 0 0
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GGATTCTCGTGCCCTTTAAGGGA*CCGAAACAAATAGGTCTTAGGCAAATGATTATACAA
ACATGAATTACTTAGTGAAACTGTATTCATAAAATCTGATTACAAACAATGAAATGAAAA
GCAGAGAAAGAAGGATTCTCATGCCTTTTTAAGGGAACTGAAACTGAGAAAAGTCCTGTC
TCCCAGCAGGAGGGTTGATATACACCCAGAGCATAGAGACGATGATCGATAGCAAACCTG
ACCACACAAACACAATAGTAGGCACTCTGCCTCTTCTTCCCATCAACCCTTTAGCAAACG
GATACAGGTGACAAAGCACCCAGAAGCTGAAGAACACTCCACCCACAAGCTTACTCCACT
GCGGAAACGGACTGTACAGAGTCCTCGCAACCCCAACTGCAATAGCAATCATGTTCACCA
TCATGATCGTCAGTGGAGGTACATCAAGAAGCTCCACTTCACAAGGTACAGATCCGCAAA
CTCGTCGTCTCCATCTTCTGGTGTAGCTGACTTGGAAGTCAATGTGAACGAGATATCAAC
TCCTGCAATAACCTTGAGAAGACCTTGAAGAACGGCTGCAGGGTGTGCGCTCGTTCCACC
AATCACCCAAAACTGCTCGTTTCTCCACCACTCGTGGAGAGTAACACCTGACCACTTGAT
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL8172Contig1 753 2 3 U
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GAAAAATCCGCTGATTCCTTCAGATGAGAAAACCGAATCGAAGGAGGAGAGCAAGAGTCC
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CAAGGATCCACAAATGTCTCCTTTCTTGGATGCTTTCTCGAACCCTGAAACAGCTGAGAA
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BQ
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AF RR3G477TF U 1
AF RR3FL89TF U 1
BS 1 69 RR3FL89TF
BS 70 70 RR3G477TF
BS 71 753 RR3FL89TF

RD RR3G477TF 134 0 0
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GAAAA*TCCGCTGATTCCTTCAGATGAGAAAACCGAATCGAAGGAGGAGAGCAAGAGTCC
TAAACCGGAATCAG

QA 1 134 1 134
DS 

RD RR3FL89TF 753 0 0
GGGCCACCACAACGTTGTCTTCTCGGGGTTTAAGTTTGATCTAATGGCTTCGAATCCAGA
GAAAAATCCTCTGATTCCTTCAGATGAGAAAACCGAATCGAAGGAGGAGAGCAAGAGTCC
TAAACCGGAATCAGCAGCAGCAGCAGCATCTGGGAGTTCACCTTCATCACCTAATCCTCC
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ACAAGTTATGCATAACCCCGAGTTTCAGACCATGGCTGAACGACTTGGTAACGCCTTAGT
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AAGCTTGGTGAAGCAATGGGTATGCCTGTTGCTGGCTTGCCTGACAGACTCCTTCAGCTG
AACCCGAGTGGCTGAGAAGAGAGAGTCTATTGT

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL8173Contig1 1048 2 2 U
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CCGCAAATCCCTGAAAGCCTTGGACCCTTCCCTCCGAATCCAACAAGACGATGCCATTCA
AAGCACTGTTCTCGAAGCTCCTTGGTTCAAATCAAGCCAGGGACTGTGTGCTTACATTAG
CTGCAAGTCTCTCAATGAAGTTGACACTTCTAAAATCTTGTCTAAGATTTTACAACAATC
TGATTCAGATACAATGGCACGGAAAAAGCTATATGTCCCATGGGTAGAGGATAAGAACAG
TAACATGCGTATGCTTCACATATCTCATATGGATGATCTTATTGCAAACTCTATGAACAT
TTTGGAACCAGCTCCAGTTGATGTTCAAGGGAATGAGCGTGAAGATGTGTTGCAAGCAGA
TGAACCAATCGATCTATTCATCTTGCCAGGGCTTGCGTTTGACAGATGTGGGCGACGTTT
AGGCCGTGGGGGTGGCTACTATGACACTTTCTTGAAGAGGTACCAGGACCGTGCAAAGGA
GATGGGCTGGAACTATCCACTTAAGGTTGCATTGTCATATTCACCTCAGATTCTTGAGGA
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TGTGGTTCCCATTAGTCCTCGTGCTATCGAGAGAATGTGAGCTCAGGAGCTTGTGTCTGG
AGATGAAGCTCAGATCACTCTGTTTGTTGGCGCTTGAAGGTTGCATTTTGGATTTTATCA
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CTTGAGTGATGAGATATGAAAGACGTTGAAAACAAAGATTGTTTAGTGTCACCCGTTCAT
TTAATATACAATAAGCTTTTATAGTTCC


BQ
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AF RR3D824TF U 1
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DS 

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ACCAATCGATCTATTCATCTTGCCAGGGCTTGCGTTTGACAGATGTGGGCGACGTTTAGG
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GGGCTGGAACTATCCACTTAAGGTTGCATTGTCATATTCACCTCAGATTCTTGAGGACGG
AAGTATTCCTGTAACACCAAATGATGTTCTGATCGATGCCCTTGTGACACCTTCTGGTGT
GGTTCCCATTAGTCCTCGTGCTATCGAGAGAATGTGAGCTCAGGAGCTTGTGTCTGGAGA
TGAAGCTCAGATCACTCTGTTTGTTGGCGCTTGAAGGTTGCATTTTGGATTTTATCAATT
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GAGTGATGAGATATGAAAGACGTTGAAAACAAAGATTGTTTAGTGTCACCCGTTCATTTA
ATATACAATAAGCTTTTATAGTTCC

QA 1 685 1 685
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BH32JQ C 1
AF RR3BH32TF U 1
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BS 680 681 RR3BH32JQ

RD RR3BH32JQ 681 0 0
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GGTGTTTTCATCCGTGCCTCCTTGTTTGATATCATCACTTAAGTTTGTTGAGTTGAATAG
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CATTCTCCAGGAACTCCTTGCAATACCAAGATGCTCCAGCACTTGTGAAGTTGTTTTTCT
TTAGTTGGCAAAGAACATTGTTTAACATGTGAGGTTATTCAACCTTTCTTATGTTTCTTG
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QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3BH32TF 679 0 0
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ACCTATCCCAGTTGAGCGCTAGCTTTCTGTGTTCGATCTGAACGTTTTACCAATGATTCT
TAAGAGCTGCCCAAAGCTAAAATCTCTCATCTTGGACTTGGTTGATGGAGAGCCAAAGGT
GGTGTTTTCATCCGTGCCTCCTTGTTTGATATCATCACTTAAGTTTGTTGAGTTGAATAG
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AGTCCTGGACAAATTGTGTCTAAGGTTTGAGAAACATAAAATGAAAAAAGCAAAGTATAT
CATTCTCCAGGAACTCCTTGCAATACCAAGATGCTCCAGCACTTGTGAAGTTGTTTTTCT
TTAGTTGGCAAAGAACATTGTTTAACATGTGAGGTTATTCAACCTTTCTTATGTTTCTTG
ATACCTGCTTTCGTGTAATAACAATGTCTGTTTTTACTTTTATTTGATATCTTATGAAAT
AAAGTAAGGTCTTCTATAT

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

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TGACAGTCTCTTGCGCGGTATCGCTGCTTGTGAGAATCTGAGAGTCTTGAGGCTTGTGGG
GAGCGTAGACGGGTTGTATGCTTCTTCTGTTTCTGATATCGGTTTAACGATATTAGCTCA
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AGAGCCATTGGGCAGTGCTGTGAGTTGCTTGAAGAGCTTAGTGTTTGTGACCATAGGATG
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ATGAGAGTAGCGTCATGTAAGAACATAAAAGACAGCGAGATTTCACCGGCGCTCTCGTCT
TTGTTCTCCCTTCTCAAAGAACTGACGTGGAGACCAGACACAAGGTCTCATCTCTCATCG
AGACTCCAAGGTGCTGGAATTGGAAAGAGAGGTAGCAAATTCTTCAAGAAGAGATAATGC
CATTAAAGATGTATCTTTATGTGCCCTTAAAGATGTTGATGTTAGTACACAAAACTCTTT
TATATTTTACTTTGTTGTAATTGATAAAAACATATTTGTAGAAACTCTTATGTATTTGCA
ATGTTTTGTTATGTATAATTTGT


BQ
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AF RR3F587TF U 1
AF RR3F587JQ C 284
BS 1 603 RR3F587TF
BS 604 1103 RR3F587JQ

RD RR3F587TF 603 0 0
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GTTAGGAAGAGGAAACTGCGACTTACTCAAACTCGTAGTGATCAACGCTACTGAGATGGG
TTTGTTAGGTTTTGCTGAGCAGTGTTGTGATCTGCAAGAGCTTGAATTGCACAAGTGCAA
TGACAGTCTCTTGCGCGGTATCGCTGCTTGTGAGAATCTGAGAGTCTTGAGGCTTGTGGG
GAGCGTAGACGGGTTGTATGCTTCTTCTGTTTCTGATATCGGTTTAACGATATTAGCTCA
AGGGTGTAAGAGGCTTGTGAAGCTTGAGCTTAGTGGTTGGAAGGTGGGTTTGATGGGATT
AGAGCCATTGGGCAGTGCTGTGAGTTGCTTGAAGAGCTTAGTGTTTGTGACCATAGGATG
GATGATGGTTGGATTGGTGCGCTTTCTTGCTTTGAGAGTTTGAAGACGCTGAGAGTATCG
TCTTGCGGAAAGATGGATGGGAGTCCTGGACCGGTGGAGTTGCTGGGGTCTTGTCCGGGT
CTGGAGAGTTTGCAACTCGAGAGGTGTTGTCTGAGTGATAGAGACGGGGTGAGAGCGTTG
TTT

QA 1 603 1 603
DS 

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GTGGGTTTGATGGGATTAGAGCCATTGGGCAGTGCTGTGAGTTGCTTGAAGAGCTTAGTG
TTTGTGACCATAGGATGGATGATGGTTGGATTGGTGCGCTTTCTTGCTTTGAGAGTTTGA
AGACGCTGAGAGTATCGTCTTGCGGAAAGATGGATGGGAGTCCTGGACCGGTGGAGTTGC
TGGGGTCTTGTCCGGGTCTGGAGAGTTTGCAACTCGAGAGGTGTTGTCTGAGTGATAGAG
ACGGGGTGAGAGCGTTGTTTAAGGTGTGTGATGGAGCAACGACTGTTCATATTCAGGATT
GCTGGGGACTGGATGATGATTGTTTCAGTTTGGCGAAAGCTTTCAGGAGGGTTAGGTTTT
TGTCTTTGGAAGGATGCTCGGTCCTAACAACAGGCGGTTTAGAGTCCGTGGTTCTGCGCT
GGGAAGAGCTGGAGAGCATGAGAGTAGCGTCATGTAAGAACATAAAAGACAGCGAGATTT
CACCGGCGCTCTCGTCTTTGTTCTCCCTTCTCAAAGAACTGACGTGGAGACCAGACACAA
GGTCTCATCTCTCATCGAGACTCCAAGGTGCTGGAATTGGAAAGAGAGGTAGCAAATTCT
TCAAGAAGAGATAATGCCATTAAAGATGTATCTTTATGTGCCCTTAAAGATGTTGATGTT
AGTACACAAAACTCTTTTATATTTTACTTTGTTGTAATTGATAAAAACATATTTGTAGAA
ACTCTTATGTATTTGCAATGTTTTGTTATGTATAATTTGT

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

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CAAGAACCATGACCACTTGTCCGACACAGTGAACCACCCTCTGGACCCACTCACTGTCAT
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TTGCTTCCCGTTATCAAGTGGTTGGTACGGTAG


BQ
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AF RR3DN12TF U 1
AF RR3DN12JQ C 508
BS 1 565 RR3DN12TF
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RD RR3DN12TF 667 0 0
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GTCTACCACGGGGCTTCTTGACTGCACCGACTCTTCCTCTTCACCTCTTTGCGCATCAAG
AAACTTCCTCTTCAACAAACAAAAACCACCATTTACTAAACAAGATCCTAAACCAAAACC
CAAGAACCATGACCACTTGTCCGACACAGTGAACCACCCTCTGGACCCACTCACTGTCAT
GGAGTTTAACAAAGTCCGATCTCTCCTCTTCTCTCACGCGCTCTTCTCCTCAGGCGCACC
ACACGCGTTCCACTCCATCGTCCTTGAAGAGCCGGAAAAGAATCTCGTTAGAGCATGGGA
AAAAGGAAACCCACTTCCTCCGAGAAAAGCATCCGTCATCGCACGCGTTGGCCCCGACAC
GCACGTGCTAACCGTTGACCTTTCTTCTTCTGGGGTCGACATAGTGGATAGTCCGGTTCG
TGCTTCGGGTTACCCGATGATGACTCTAGAAGAGATGAATGACGTGACGTTCGCACCGTT
TACAAACGCTGATGTCAACCGTACGATTGTCGCTCGTGGAGTTAATCTGACGGATGTGTG
TTGCTTC

QA 1 667 1 667
DS 

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TTCTGGGGTCGACATAGTGGATAGTCCGGTTCGTGCTTCGGGTTACCCGATGATGACTAT
AGAAGAGATGAATGACGTGACGTTCGCACCGTTTACAAACGCTGATGTCAACCGTAAGAT
TGTCGCTCGTGGAGTTAATTTGACGGATGTGTGTTGCTTCCCGTTATCAAGTGGTTGGTA
CGGTAG

QA 1 186 1 186
DS 



AS 1 2

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ATTCCTATTTTAATCTCATCAAAAACCTATAAAATGGCACGTCAATTTGTCATATTGGCC
CTATTGGCTTTGACCGTGGCCACCGTTTTCGCTGCAGACGCTCCCTCAGCCTCTCCCAAA
AAATCTCCATCACCAACCACTGCCCCAACCAAGGCTCCCGCCGCCCCAACCAAAGCTCCG
GCCGCTGCACCTAAGTCAACCTCAGCCTCTCCTCCTAAAGCATCTTCCCCTGCTGCGGAA
GGACCTGCTGCTGAAGGACCTGCTGCCGAAGATGACTACTCCGCGGCTGGCCCCAGTGAT
GCTGGTGTGGCGCCCGGCGTCTCCTCTCCACCGGCTCCTACACCCGATAGCACATCAGCA
GACGGACCAAGTGAGGCAGAGGCACCAAGTAGCAGCGCCGTGGCCACCGTCAGGCTCTCT
GTTGCCGGCACTATCATCACCGCCGTCAGCTTCCTCTTCTTTTCTCTCTAAGTTTAAAGC
AGTCCACATTTTGCCAGACAATTATTTTTTGAGATGAGCTCGTAAATGTATCTTATAATA
TACGTTTATAAATCGAGGTTAACTGGAGTTAATATAAACTCGAGTATC


BQ
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AF RR3B987JQ C 1
AF RR3B987TF U 1
BS 1 648 RR3B987TF

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QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3B987TF 648 0 0
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TACGTTTATAAATCGAGGTTAACTGGAGTTAATATAAACTCGAGTATC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AC08JQ C 1
AF RR3AC08TF U 1
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QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3AC08TF 651 0 0
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TCATGTCTCAAGAAAAAACTAGTGTTCTTTCTAATGAAATGATTTCTGTTT

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL8179Contig1 647 2 1 U
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TTTCAGTTCTGGATTTCTCTTTTGTTGGTTTTGTTATTGGGTTGTTA


BQ
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AF RR3G174JQ C 1
AF RR3G174TF U 1
BS 1 647 RR3G174TF

RD RR3G174JQ 647 0 0
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QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3G174TF 647 0 0
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CCATCCCTACTTGCCAGATCTCTTACATCCTCAAGAGTGCCACAAGGACGATCGCATCGG
GCACGATACCGGACCCGGGTTCGTTGGTTGGGAAGGGCACCACGGTTCTGGACGTACCGG
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TTCCTGTGTCTACTCAGGGTGAGATCAAGCTCCCTTCCCTTCGCGACTTCTTTTAATTTC
AACTGTGTTCTTCTTAATTATAATCTAATTTTCAATAAAACATAGACGATCACATGAATG
TTTCAGTTCTGGATTTCTCTTTTGTTGGTTTTGTTATTGGGTTGTTA

QA 1 647 1 647
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8181Contig1 960 2 2 U
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TGTTGGATATAGAAGTAATATAGATATACACATCCCCCTGTATATATACATGTCCTTCCT
TGACATTGTTATTACATTTTGATCTTATGTTGTTTGAATGATTGTTTGAGTAGTAGTTCC


BQ
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AF RR3B370TF U 1
AF RR3B370JQ C 312
BS 1 728 RR3B370TF
BS 729 960 RR3B370JQ

RD RR3B370TF 728 0 0
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TTCTCCATACACGACGGCTTCAACAAGCAACCCAGAAACAGATTACGCTCCAAAGGACGG
AGCTTTGGTCCTTCTCTGCTCGGAAACAAGTCGGGATTAAGAGCTAGCATGATTGAGCTT
CGTCAGAGACGGCCAGCGATGATGGGTCGGAAAGAAACTGGATTTCTAGCAAGAGAGAGA
GCTCTCAATCGTAAAAGAAGAGTCTTTAAGGTTAGCTGTAACAAAGGTTTAGGCTTTAAC
GGCGGCGGAGATAACAACGGGAACGGGAACGGGAGGATCCTCGGGAACCTCGCTTTGGCT
ATTGGTTTGACTTATCTCTCTATGACTGGTCAGCTTGGTTGGGTTCTCGACGCTATTGTA
TCCGTCTGGCTGGTTGTGGTGATTGTTCCAATTTTGGGGTTGGGAGCTTTTCTTTGGTGG
GCACAACGAGATATTGTCCAGAGCAGTTGTCCAAATTGCGGAAACGAGTTTCAGATATTC
AAGTCATCGTTGGACGATGAAGTACAGCTTTGCCCTTTCTGCACTCAGCCATTCTCAGTT
GCGGATGATAAGTTTGTTAAGGAACCAGTGAAATTTTCCAACCAAACTACTGCTTTCGGA
CAAGACCTAAATGGGTTTTCTTCTCCACCTAAGAAAGGAAAGGGTTTCTCAACAGCGGTA
GTGGACAT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3B370JQ 649 0 0
TAACAACGGGAACGGGAACGGGAGGATCCTCGGGAACCTCGCTTTGGCTATTGGTTTGAC
TTATCTCTCTATGACTGGTCAGCTTGGTTGGGTTCTCGACGCTATTGTATCCGTCTGGCT
GGTTGTGGTGATTGTTCCAATTTTGGGGTTGGGAGCTTTTTTTTGGTGGGCACAACGAGA
TATTGTCCAGAGCAGTTGTCCAAATTGCGGAAACGAGTTTCAGATATTCAAGTCATCGTT
GGACGATGAAGTACAGCTTTGCCCTTTCTGCATTCAGCCATTTTCAGTTGCGGATGATAA
GTTTGTTAAGGAACCAGTGAAATTTTCCAACCAAACTACTGCTTTCGGACAAGACCTAAA
TGGGTTTTTTTCTCCACCTAAGAAAGGAAAGGGTTTCTCAACAGCGGTAGTGGACATAGA
AGCTGAAGTAACAGATGCAGACTGAAAATGCGACCCAACATATTTTCAAGTAGACCGAGC
AAAGAAGATATTGTAGAGACAAAACAACAAATTCGTGCAAAGAGCTCGGTGTTGGATATA
GAAGTAATATAGATATACACATCCCCCTGTATATATACATGTCCTTCCTTGACATTGTTA
TTACATTTTGATCTTATGTTGTTTGAATGATTGTTTGAGTAGTAGTTCC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL8182Contig1 751 2 8 U
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CAGCACCATTTCGGAAAGCCCCCAAAACCATCTAGGTCAGTGAATAGGCCAAGCCATTTT
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TTTTGATGCATGGAAAAAGTCAAAAAAAAAAAACTTGTGGGCTCCACGCAAATCTACTCG
TGCTCTCCGACGAAAAGGATATATGGAATCGCGAGTCATGTACTAACGGGTGCGATCATA
CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTCAAGCGTGCTTGGGCGAGAGT
AGTACTAGGATGGGTGACCTCCCGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTTTTTATTTTTTTT
TCTTCATTTTGAAACGCGTCTCATTCTTAAAACCCCATAACTTTTTAACCGTGAGGAACT
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TGGCCATTTTTCGAGCCCAAATTCAGCCGTTTAGAGCCTCAAACAGGCTGCCGAATGTTA
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ATTTCATACATTTTGATGCATGGAAAAAGTC


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AF RR3CO21TF U 1
AF RR3CO21JQ C 44
BS 1 646 RR3CO21TF
BS 647 647 RR3CO21JQ
BS 648 695 RR3CO21TF
BS 696 696 RR3CO21JQ
BS 697 702 RR3CO21TF
BS 703 703 RR3CO21JQ
BS 704 740 RR3CO21TF
BS 741 751 RR3CO21JQ

RD RR3CO21TF 740 0 0
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CAGCACCATTTCGGAAAGCCCCCAAAACCATCTAGGTCAGTGAATAGGCCAAGCCATTTT
TCGAGCCCAAATTCAGCCGTTTAGAGCCTCAAACAGGCTGCCGAATGTTACGGGCTGTGA
ACGAGATGCGATTCGCTGTTTCCGGGTGCTTTTGCAGTTTACTACATCAAATTTCATACA
TTTTGATGCATGGAAAAAGTCAAAAAAAAAAAACTTGTGGGCTCCACGCAAATCTACTCG
TGCTCTCCGACGAAAAGGATATATGGAATCGCGAGTCATGTACTAACGGGTGCGATCATA
CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTCAAGCGTGCTTGGGCGAGAGT
AGTACTAGGATGGGTGACCTCCCGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCTTTTTATTTTTTTT
TCTTCATTTTGAAACGCGTCTCATTCTTAAAACCCCATAACTTTTTAACCGTGAGGAACT
ACGCCGCCCACAGCACCATTTCGGAAAGCCCCCAAAACCATCTAGGTCAGTGAATAGGTC
TGGCCATTTTTCGAGCCCAAATTCAGCCGTTTAGAGCCTCAAACAG*CTGCCGAATGTTA
CGGGCTGTGAACGAGATGCGATTCGCTGTTTCCGG*TGCTTT*GCACTTTACTACATCAA
ATTTCATACATTTTGATGCA

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3CO21JQ 708 0 0
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ATAGGCCAAGCCATTTTTCGAGCCCAAATTCAGCCGTTTAGAGCCTCAAACAGGCTGCCG
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ACATCAAATTTCATACATTTTGATGCATGGAAAAAGTCAAAAAAAAAAAACTTGTGGGCT
CCACGCAAATCTACTCGTGCTCTCCGACGAAAAGGATATATGGAATCGCGAGTCATGTAC
TAACGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTCAAG
CGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCCGGGAAGTCCTCGTGTTGCAC
CCCTTTTTATTTTTTTTTTTTCATTTTGAAACGCGTCTCATTCTTAAAACCCCATAACTT
TTTAACCGTGAGGAACTACGCCGCCCACAGCACCATTTCGGAAAGCCCCCAAAACCATCT
AGGTCAGTGAATAGGTCTGGCCATTTTTCGAGCCCAAATTCAGCCGTTTAGAGCCTCAAA
CAGGCTGCCGAATGTTACGGGCTGTGAACGAGATGCGATTCGCTGTTTCCGGGTGCTTTT
GCACTTTACTACATCAAATTTCATACATTTTGATGCATGGAAAAAGTC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL8183Contig1 719 2 2 U
GTGATTCAGATGGAGCGGTTGCGGAAACCGATCATCGGAGCAATTGACGGTTTCGCCATC
ACCGCAGGGTTCGAGCTCGCCTTGGCCTGCGATATCTTGGTCGCTTCCAGAGGAGCTAAG
TTCATGGATACTCACGCCAGGTTTGGGATATTCCCTTCGTGGGGTCTGTCTCAGAAGCTG
TCGAGGATCATCGGAGCAAACAAAGCTCGTGAAGTTTCGCTAACATCGATGCCGTTGACA
GCTGACGTGGCTGAGAAGTTAGGGTTTGTAAACCACGTGGTTGAGGAAGGAGAAGCTTTG
AAGAAAGCTAAAGCAATCGCAGAGGCTATCATCAAGAATGAACAAGGCATGGTTCTGCGG
ATTAAATCTGTCATCAATGATGGACTCAAGCTTGATCTTGGTCATGCTCTTACCCTCGAA
AAGGAGCGAGCTCACGCGTACTACAGTGGGATGACAAAGGAACAGTTCAAGAAGATGCAG
GAGTTCATAGCTGGACGTGGTTCCAAGAAACCTTCTTCCAAGTTATAGATAAACATCTGT
TTATCTTTTACATAATACTCTGTCTCTTGAATAATAATAATATCTTCTGTTTGTTTTTGA
AGTGTAACGCTCATCAAATTAAAGTAGCGTGAGATTCCTGTCTCAGTCGAAGACATGTGT
ATAACTGGGAAGATGAATCTGTACTCATTGAATAAATCTGGTAGAAATAATCATTCAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F560TF U 1
AF RR3F560JQ C 1
BS 1 647 RR3F560TF
BS 648 719 RR3F560JQ

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AGTGTAACGCTCATCAAATTAAAGTAGCGTGAGATTCCTGTCTCAGT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3F560JQ 719 0 0
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ACCGCAGGGTTCGAGCTCGCCTTGGCCTGCGATATCTTGGTCGCTTCCAGAGGAGCTAAG
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GCTGACGTGGCTGAGAAGTTAGGGTTTGTAAACCACGTGGTTGAGGAAGGAGAAGCTTTG
AAGAAAGCTAAAGCAATCGCAGAGGCTATCATCAAGAATGAACAAGGCATGGTTCTGCGG
ATTAAATCTGTCATCAATGATGGACTCAAGCTTGATCTTGGTCATGCTCTTACCCTCGAA
AAGGAGCGAGCTCACGCGTACTACAGTGGGATGACAAAGGAACAGTTCAAGAAGATGCAG
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TTATCTTTTACATAATACTCTGTCTCTTGAATAATAATAATATCTTCTGTTTGTTTTTGA
AGTGTAACGCTCATCAAATTAAAGTAGCGTGAGATTCCTGTCTCAGTCGAAGACATGTGT
ATAACTGGGAAGATGAATCTGTACTCATTGAATAAATCTGGTAGAAATAATCATTCAGC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

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TCGAAAAAGATGCTTCACCTAATTTCCAGTTATCCTCTGCGTGACCCCGATAGCCCACAC
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TGATTGCTATTCTGATTCATCATCATCATACACATCCAAATCCTCATCAAAAGCAGTCAT
GTCGAGCTGGTAACGAAGTATCCCTCCTATTCCTCCAAACCCTCTGCAAAACTGAGACCC
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CTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 

AF RR3EB49JQ U 1
AF RR3GT34JQ U 7
BS 1 665 RR3EB49JQ
BS 666 783 RR3GT34JQ

RD RR3EB49JQ 665 0 0
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TCGAAAAAGATGCTTCACCTAATTTCCAGTTATCCTCTGCGTGACCCCGATAGCCCACAC
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TGATTGCTATTCTGATTCATCATCATCATACACATCCAAATCCTCATCAAAAGCAGTCAT
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CAGCCACTCCAGCAGCGACATCTTATCCTCCACGTCCAAGTCGCTATTGTCTGCTTTGAA
GTTCTCAGTGTTGGCTTCCTGTTCCTTGTTCAGGTGCTTTATCACAGTTTCACCAGTGGC
ACTGT

QA 1 665 1 665
DS 

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G
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AGATGCTTCACTTAATTTCCAGTTATCTTCTGCGTGACCCCGATAGCCCACACAGGCTGG
TTCGAGCTTGGTGATGGACCATCTCCAAGAACCAGCGATGCTAGTGATTGGATTGATTGC
TATTCTGATTCATCATCATCATACACATCCAAATCCTCATCAAAAGCAGTCATGTCGAGC
TGGTAACGAAGTATCCCTCCTATTCCTCCAAACCCTCTGCAAAACTGAGACCCTTCCTGC
GACTTGTTGGTCACAAACTCCAGCGCACACCCGAAACGCTTGTACTCGTTAGCCAGCCAC
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TTCAACACGTATCTGTTGATGTCAAGGTTCTCCCATACGATCAGCGTCTCGACAGCACCT
GAGTCCAAAGCGTTCAGAGTGTCCTCCACGCCAAACACATACTTCCCCGTGTCCTG

QA 2 777 2 777
DS 



AS 1 2

CO CL8185Contig1 845 2 2 U
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GCGGATCCGAGATAAGCCCGTCGCCTCCCGTCCCAACGGCGAGTGGAAACAACGCGCACA
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TCCACACGCTCAACCCTCAGCAAGATCACAAGCTCATGTTCGGTCTCCTCTTCTCCCTCA
AATCCCTAACCGCCAAAATGGATCCCATCAATGCGGATAAGGGGAACCTAGGGGTCCCAC
AGTTGCCGGGGCAAGGATGCTCTTTCCACAGTTTCAGAACCAACACTTACAAGCTTAGCT
TCATGGAGACTCCCTCTGGTATTAAGATTATCTTGGTAACTCATCCAAAGACGGGAGATT
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TCTACAGCCCAGGATCTCCAATCAAGTCAGAGTTGTTCAACACTGCACTTGACCAATATG
TGAGGAGCATCTCATAGTGTCTGCATTACAAGATTTGGCCATTGGAACTTCTGCTTCACA
AAACTTTCTTCTGAACAATCTCCTAGATAAGAGAGAATTGTGGTAGAAAGATCAATCTCG
AATTCACTGCTTTCCTCTGCATATATATGTTTCGTTCTCTTTTTTAAAATCAATGTATTT
GCTTGTTTTTTCTCCGATAAGTTACTGTATTGGCTTGTTTACAAAGATGTTTATGGTTAG
CGCATTTTTTTTTGTTAACGCAAATCTTGAGAGATACCATTTGAGCAAGAAACCGTGATT
TGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3GX13TF U 1
AF RR3GX13JQ C 100
BS 1 697 RR3GX13TF
BS 698 845 RR3GX13JQ

RD RR3GX13TF 697 0 0
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GCGGATCCGAGATAAGCCCGTCGCCTCCCGTCCCAACGGCGAGTGGAAACAACGCGCACA
TGATGTACGTGTTCAACCGCAACGGCGTGTGTCTCCTCTACAAAGAATGGAACCGGCCTC
TCCACACGCTCAACCCTCAGCAAGATCACAAGCTCATGTTCGGTCTCCTCTTCTCCCTCA
AATCCCTAACCGCCAAAATGGATCCCATCAATGCGGATAAGGGGAACCTAGGGGTCCCAC
AGTTGCCGGGGCAAGGATGCTCTTTCCACAGTTTCAGAACCAACACTTACAAGCTTAGCT
TCATGGAGACTCCCTCTGGTATTAAGATTATCTTGGTAACTCATCCAAAGACGGGAGATT
TACGCGAATCCCTCAAGTACATATACGGTTTATACGTTGAGTATGTGGTGAAAAACCCTA
TCTACAGCCCAGGATCTCCAATCAAGTCAGAGTTGTTCAACACTGCACTTGACCAATATG
TGAGGAGCATCTCATAGTGTCTGCATTACAAGATTTGGCCATTGGAACTTCTGCTTCACA
AAACTTTCTTCTGAACAATCTCCTAGATAAGAGAGAATTGTGGTAGAAAGATCAATCTCG
AATTCACTGCTTTCCTCTGCATATATATGTTTCGTTC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3GX13JQ 746 0 0
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ACAAAGAATGGAACCGGCCTCTCCACACGCTCAACCCTCAGCAAGATCACAAGCTCATGT
TCGGTCTCCTCTTCTCCCTCAAATCCCTAACCGCCAAAATGGATCCCATCAATGCGGATA
AGGGGAACCTAGGGGTCCCACAGTTGCCGGGGCAAGGATGCTCTTTCCACAGTTTCAGAA
CCAACACTTACAAGCTTAGCTTCATGGAGACTCCCTCTGGTATTAAGATTATCTTGGTAA
CTCATCCAAAGACGGGAGATTTACGCGAATCCCTCAAGTACATATACGGTTTATACGTTG
AGTATGTGGTGAAAAACCCTATCTACAGCCCAGGATCTCCAATCAAGTCAGAGTTGTTCA
ACACTGCACTTGACCAATATGTGAGGAGCATCTCATAGTGTCTGCATTACAAGATTTGGC
CATTGGAACTTCTGCTTCACAAAACTTTCTTCTGAACAATCTCCTAGATAAGAGAGAATT
GTGGTAGAAAGATCAATCTCGAATTCACTGCTTTCCTCTGCATATATATGTTTCGTTCTC
TTTTTTAAAATCAATGTATTTGCTTGTTTTTTCTCCGATAAGTTACTGTATTGGCTTGTT
TACAAAGATGTTTATGGTTAGCGCATTTTTTTTTGTTAACGCAAATCTTGAGAGATACCA
TTTGAGCAAGAAACCGTGATTTGGAT

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL8186Contig1 698 2 2 U
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CTCTCGATTCCGCTCGCTAAGGAAGGTGCGATCGTCTCCGCTAGCGATATCTCTGCAGCT
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TTTGAAGTGAATGATTTAGAGAGCCTGAGTGGGAAGTATAACACTGTTGTCTGCCTAGAC
GTGCTCATACATTACCCTCAGAACAAAGCTGACGGGATGATCGCACACCTCGCTTCGTTA
GCTGAGAAGAGAGTGATTCTTAGCTTCGCACCGAAGACGTTCTATTACGATATCTTGAAG
AGGATCGGAGAGCTTTTCCCAGGTCCTTCAAAGGCTACAAGGGCGTATCTACACTCAGAG
GCGGATGTTGAAAACGCATTGCGCAAGGTCGGGTGGAGAATCAGCAAGAGAGGACTCATT
ACCACCCAGTTCTTTCTCTAGGCTTATCGAAGCAGTTCCAATGTAGACCAGTTTTGAAAG
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TGTAACTTGGGGATATATATGCTCAGGAGCTCTTGCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BK09JQ C 1
AF RR3BK09TF U 53
BS 1 52 RR3BK09JQ
BS 53 698 RR3BK09TF

RD RR3BK09JQ 698 0 0
GGGGAAGAAGGTTCGGTTGCCGGCGTAACGGTCTGCGACGCTGGTTGCGGAACAGGTCTG
CTCTCGATTCCGCTCGCTAAGGAAGGTGCGATCGTCTCCGCTAGCGATATCTCTGCAGCT
ATGGTCGCCGAAGCTGAGATGAAGGCAAAGCAGCAGTTATCATCTGAGAATCTACCGAGA
TTTGAAGTGAATGATTTAGAGAGCCTGAGTGGGAAGTATAACACTGTTGTCTGCCTAGAC
GTGCTCATACATTACCCTCAGAACAAAGCTGACGGGATGATCGCACACCTCGCTTCGTTA
GCTGAGAAGAGAGTGATTCTTAGCTTCGCACCGAAGACGTTCTATTACGATATCTTGAAG
AGGATCGGAGAGCTTTTCCCAGGTCCTTCAAAGGCTACAAGGGCGTATCTACACTCAGAG
GCGGATGTTGAAAACGCATTGCGCAAGGTCGGGTGGAGAATCAGCAAGAGAGGACTCATT
ACCACCCAGTTCTTTCTCTAGGCTTATCGAAGCAGTTCCAATGTAGACCAGTTTTGAAAG
AAAAAGGCATTCATCTGTTGATTATTATTGAGGATAGTGTCTACAAACATGCACTTCTTC
AGGACTTGGTCTATAGTTCTGTAGCTCCTCTTTCACTGTTTAATGTAATCAAATGTAATA
TGTAACTTGGGGATATATATGCTCAGGAGCTCTTGCAG

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3BK09TF 646 0 0
CAGGTCTGCTCTCGATTCCGCTCGCTAAGGAAGGTGCGATCGTCTCCGCTAGCGATATCT
CTGCAGCTATGGTCGCCGAAGCTGAGATGAAGGCAAAGCAGCAGTTATCATCTGAGAATC
TACCGAGATTTGAAGTGAATGATTTAGAGAGCCTGAGTGGGAAGTATAACACTGTTGTCT
GCCTAGACGTGCTCATACATTACCCTCAGAACAAAGCTGACGGGATGATCGCACACCTCG
CTTCGTTAGCTGAGAAGAGAGTGATTCTTAGCTTCGCACCGAAGACGTTCTATTACGATA
TCTTGAAGAGGATCGGAGAGCTTTTCCCAGGTCCTTCAAAGGCTACAAGGGCGTATCTAC
ACTCAGAGGCGGATGTTGAAAACGCATTGCGCAAGGTCGGGTGGAGAATCAGCAAGAGAG
GACTCATTACCACCCAGTTCTTTCTCTAGGCTTATCGAAGCAGTTCCAATGTAGACCAGT
TTTGAAAGAAAAAGGCATTCATCTGTTGATTATTATTGAGGATAGTGTCTACAAACATGC
ACTTCTTCAGGACTTGGTCTATAGTTCTGTAGCTCCTCTTTCACTGTTTAATGTAATCAA
ATGTAATATGTAACTTGGGGATATATATGCTCAGGAGCTCTTGCAG

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL8187Contig1 779 2 8 U
GGACATATAATCCATCTCTTCTGCCTTCCTACTCCACGAAATCACCAAGAATCGTGACGT
CTCCTCTCCTCCTCTGCCTCTCTTCTCTGGCTCTATCTCACTCTTGATGTCTGTTCTTCT
CTTTCTTCTGATCTCTGCTCATGTCTCTCCATCTCTACTACTGGCTCTGTCAATTGTAAC
GAATCACCACCTCCTTTTTAATTATTTACTTTCTCGTCATCCCTCTTCTCTGTGGCTTTG
ATTTTGGTGCAGGTTGAAGAATCCAAAGCTTAAGATGAACCAGAGGAGCGATCCGGTGAT
GGCAGAGGAAGAGGGGTCGGTTTCTAATGGTGTATGCTACATATGTCTACTCGGCAGTGG
CAATCCTCTGATTGTGAATTGTGGATGATGGATTATATATAGTTTATATAGGCTGGAAAA
GACAATGAGAGTGATATACAGAAAAAGTAACTAATGTTTATGTCATCTAATCAAAGTTTT
GAGGGACACAGACATATCAAAGCATGACTTACTGTTTTATTTGGAGAGACCATGGTGGAA
GAGACGCATCGGAGAAAGGCTTTGACAATGAATCCTTCACATTTAACGCCAGGGAGAAAG
ACAGGAGAGCTGCAGCAGGAGACTCGGGCAAGCTCCGTCACGAGGATATGGTGCTACAAA
AACAGAGATATGTCAAGGTCATAGTTAGTGTTTCACTGTATTTCAGACAGTAGCTTTGGT
TGGATAGAGCGTAAGCTAGAGACACATTAATTTCTTCTTTTTTTCACTGTTTACACTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 
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AF RR3C356TF U 1
AF RR3H703TF U 36
BS 1 52 RR3C356TF
BS 53 53 RR3H703TF
BS 54 309 RR3C356TF
BS 310 310 RR3H703TF
BS 311 360 RR3C356TF
BS 361 361 RR3H703TF
BS 362 614 RR3C356TF
BS 615 779 RR3H703TF

RD RR3C356TF 614 0 0
GGACATATAATCCATCTCTTCTGCCTTCCTACTCCACGAAATCACCAAGAATTGTGACGT
CTCCTCTCCTCCTCTGCCTCTCTTCTCTGGCTCTATCTCACTCTTGATGTCTGTTCTTCT
CTTTCTTCTGATCTCTGCTCATGTCTCTCCATCTCTACTACTGGCTCTGTCAATTGTAAC
GAATCACCACCTCCTTTTTAATTATTTACTTTCTCGTCATCCCTCTTCTCTGTGGCTTTG
ATTTTGGTGCAGGTTGAAGAATCCAAAGCTTAAGATGAACCAGAGGAGCGATCCGGTGAT
GGCAGAGGAGGAGGGGTCGGTTTCTAATGGTGTATGCTACATATGTCTACTCGGCAGTGG
TAATCCTCTGATTGTGAATTGTGGATGATGGATTATATATAGTTTATATAGGCTGGAAAA
GACAATGAGAGTGATATACAGAAAAAGTAACTAATGTTTATGTCATCTAATCAAAGTTTT
GAGGGACACAGACATATCAAAGCATGACTTACTGTTTTATTTGGAGAGACCATGGTGGAA
GAGACGCATCGGAGAAAGGCTTTGACAATGAATCCTTCACATTTAACGCCAGGGAGAAAG
ACAGGAGAGCTGCA

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3H703TF 744 0 0
GG
GAAATCACCAAGAATCGTGACTTCTCCTCTCCTCCTCTGCCTCTCTTCTCTGGCTCTATC
TCACTCTTGATGTCTGTTCTTCTCTTTCTTCTGATCTCTGCTCATGTCTCTCCATCTCTA
CTACTGGCTCTGTCAATTGTAACGAATCACCACCTCCTTTTTAATTATTTACTTTCTCGT
CATCCCTCTTCTCTGTGGCTTTGATTTTGGTGCAGGTTGAAGAATCCAAAGCTTAAGATG
AACCAGAGGAGCGATCCGGTGATGGCAGAGGAAGAGGGGTCGGTTTCTAATGGTGTATGC
TACATATGTCTACTCGGCAGTGGC**********TTGTGAATTGTGGATGATGGATTATA
TATAGTTTATATAGGCTGGAAAAGACAATGAGAGTGATATACAGAAAAAGTAACTAATGT
TTATGTCATCTAATCAAAGTTTTGAGTGACACAGACATATCAAAGCATGACTTACTGTTT
TATTTGGAGAGACCATGGTGGAAGAGACGCATCGGAGAAAGGCTTTGACAATGAATCCTT
CACATTTAACGCCAGGGAGAAAGACAGGAGGGCTGCAGCAGGAGACTCGGGCAAGCTCCG
TCACGAGGATATGGTGCTACAAAAACAGAGATATGTCAAGGTCATAGTTAGTGTTTCACT
GTATTTCAGACAGTAGCTTTGGTTGGATAGAGCGTAAGCTAGAGACACATTAATTTCTTC
TTTTTTTCACTGTTTACACTGC

QA 3 744 3 744
DS 



AS 1 2

CO CL8188Contig1 676 2 2 U
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GCAGTTTCTTTGCGTGGCAATGGGAAACGAGAACAAGACCCTTGACGATTTCGTAAAAGC
TCACGACGATTGCGTGAAGGATGTCATGTACTTCCCCACTCGAAATGCTTACGGGCCCTC
AAGTGTTGCTGTGAAGGCAGAGAAAGTTGCGGCTTTGCAAGTGGAGATGGAGAATGCGAG
AAAAAAGATGGAGGAGGATGAGAAGAAGGCAGAACACATGAAGGCCAAGTATAGAACACG
AAGGAAGAGACATGCGACTTTGTTGACGTTATAGTACGATGCAATCTTCAGTCTCTTGCT
AAGATAGCTGATATATCTGCGGCGGAGGGGAACAAGAAGACGTCCATTTGATATGTGTTT
ACGTCGTCTGAATAGTTTCGTTGAGATCCGACGTCGTTTTTTGATTTTTTTAGCCGTCGT
GTGATCTATGTTTTTACCGGCTTATTGTGTGAAAAAATGAAAAATACATTAGTAAATTAA
TCTCTCATGCATCATAATCTTATATAATTATTTACTTCTTTTGTATTTTATATCCATAAA
GAACCGATTCGGATAAGCCCTTTTCCGGCTTTCACCACGCAAAGATAATAAAAACTAATG
ATAGGAGAATTTGGTT


BQ
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AF RR3GE34TF U 1
AF RR3GE34JQ C 1
BS 1 646 RR3GE34TF
BS 647 676 RR3GE34JQ

RD RR3GE34TF 646 0 0
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TCACGACGATTGCGTGAAGGATGTCATGTACTTCCCCACTCGAAATGCTTACGGGCCCTC
AAGTGTTGCTGTGAAGGCAGAGAAAGTTGCGGCTTTGCAAGTGGAGATGGAGAATGCGAG
AAAAAAGATGGAGGAGGATGAGAAGAAGGCAGAACACATGAAGGCCAAGTATAGAACACG
AAGGAAGAGACATGCGACTTTGTTGACGTTATAGTACGATGCAATCTTCAGTCTCTTGCT
AAGATAGCTGATATATCTGCGGCGGAGGGGAACAAGAAGACGTCCATTTGATATGTGTTT
ACGTCGTCTGAATAGTTTCGTTGAGATCCGACGTCGTTTTTTGATTTTTTTAGCCGTCGT
GTGATCTATGTTTTTACCGGCTTATTGTGTGAAAAAATGAAAAATACATTAGTAAATTAA
TCTCTCATGCATCATAATCTTATATAATTATTTACTTCTTTTGTATTTTATATCCATAAA
GAACCGATTCGGATAAGCCCTTTTCCGGCTTTCACCACGCAAAGAT

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3GE34JQ 676 0 0
AGGGGAAGACTTTGAGGAAACTGAACTCGAAGAGGCTGACAAAATGGTAAAGGAAGAGGC
GCAGTTTCTTTGCGTGGCAATGGGAAACGAGAACAAGACCCTTGACGATTTCGTAAAAGC
TCACGACGATTGCGTGAAGGATGTCATGTACTTCCCCACTCGAAATGCTTACGGGCCCTC
AAGTGTTGCTGTGAAGGCAGAGAAAGTTGCGGCTTTGCAAGTGGAGATGGAGAATGCGAG
AAAAAAGATGGAGGAGGATGAGAAGAAGGCAGAACACATGAAGGCCAAGTATAGAACACG
AAGGAAGAGACATGCGACTTTGTTGACGTTATAGTACGATGCAATCTTCAGTCTCTTGCT
AAGATAGCTGATATATCTGCGGCGGAGGGGAACAAGAAGACGTCCATTTGATATGTGTTT
ACGTCGTCTGAATAGTTTCGTTGAGATCCGACGTCGTTTTTTGATTTTTTTAGCCGTCGT
GTGATCTATGTTTTTACCGGCTTATTGTGTGAAAAAATGAAAAATACATTAGTAAATTAA
TCTCTCATGCATCATAATCTTATATAATTATTTACTTCTTTTGTATTTTATATCCATAAA
GAACCGATTCGGATAAGCCCTTTTCCGGCTTTCACCACGCAAAGATAATAAAAACTAATG
ATAGGAGAATTTGGTT

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

CO CL8189Contig1 1416 2 2 U
GGGTGGCCACTCTTCACAGTCCACACCTTCTTCACACGGAGAAGACATAGGTTTCGGTAC
CTTCAGATCGGCGCCAGATTGTCCGCCGCATCTTCTCTTCACTATCTCCGATATGATGGA
ATCTGGAGCTGGTTTGGCGGCGATGGAAGAGAGGATCCTTCCGGGAAGCTTCTTCCAGTT
TCCTCTTCCTGGATTCAGTGCTTCTCCCAATCGGTTATCCCCTTGTCCTCCTCCTCCTCC
CACTGGTCGTGAGAGGTACTTGGCTGAATTGTTGCAAGAGAGACAAAAGTTGGGTCCTTT
CTCTCAACTTATGCCACATTGCTGCAGACTACTCAATCAAGAAATTCGGAGGGTCTCCTG
TTTATCAGATGTTGATAGGTATGAGCCTGGCAGTCCATTTAGATCGCCTGGTCTGCCCCC
GACAAATGGAAAGCTTGATTTTGACGGATGGTCAATGATGGAAGCAGAGGAGAATTTTCA
TCACCAGAGAGCTTCCCCATTTCGTGCTCCTCCTGCTCCAGTAGGCTGGGGACTCCATTC
TCCACCCATTGCGAAAAGAGTCATTAGGCTTGATGTGCCTGTCGATCAATTTCCAACCTT
CAATTTCGTTGGGCGGATTCTCGGGCCACGTGGGAACTCTCTTAAAAGAGTCGAGCTGGC
AACACAGTGTAGGGTCTTTATTAGAGGACGAGGATCTGTCAAAGATACTGTCAAGGAGGA
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GTCGCTCCTAAAGCCAATGGACGAATCAGTGGATCACTACAAGGGGAACAGCTGAAGGAG
TTAGCGGCTTTGAATGGTACTTTAAGGGAAGAGAGTCCAAGTCCGAGTTTGAGCCCTTGT
CTGAGTCCAAGCATGTCCCCTTTCAACACCAAGCGTGCCAAGACTGGACAATAAAGATTT
CTACACGAGAGATGATTTCCTTTTTTTTTTTCTGATTCGGACAGAGAAACTATGGCATGG
TCGTGTGGACTTGGGGCAAATGCTCTCTCTCTCTATGCATCATTGCCTATCTATCTGCGA
GCTGATAACGTTCTAACGTTTTTGACGAGACACTTCAATTAATTTGTTTTGGTCATTAAG
TTTATTCTTTATTTTTCAAAGTTTTGATGGCTAGCAGAGATTATCATTGACCAGTGGGTA
ATAACAATCTTAATAATGGTGTTTATGAAATGTAATCTCGTTCTGATTCATGTAACTTCT
TATTTCTTTAAACTCTGAAGCCTTCATTTGAATCATTCCACTGCTACATCATTTCAAAGT
ATATGTAAAAATAAAATTTCGTGTGCATTATTATAT


BQ
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AF RR3DH50TF U 1
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CACTGGTCGTGAGAGGTACTTGGCTGAATTGTTGCAAGAGAGACAAAAGTTGGGTCCTTT
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TCCACCCATTGCGAAAAGAGTCATTAGGCTTGATGTGCCTGTCGATCAATTTCCAACCTT
CAATTTCGTTGGGCGGATTCTCGGGCCACGTGGGAACTCTCTTAAAAGAGTCGAGCTGGC
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QA 1 682 1 682
DS 

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TCAACACCAAGCGTGCCAAGACTGGACAATAAAGATTTCTACACGAGAGATGATTTCCTT
TTTTTTTTTCTGATTCGGACAGAGAAACTATGGCATGGTCGTGTGGACTTGGGGCAAATG
CTCTCTCTCTCTATGCATCATTGCCTATCTATCTGCGAGCTGATAACGTTCTAACGTTTT
TGACGAGACACTTCAATTAATTTGTTTTGGTCATTAAGTTTATTCTTTATTTTTCAAAGT
TTTGATGGCTAGCAGAGATTATCATTGACCAGTGGGTAATAACAATCTTAATAATGGTGT
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TTCATTTGAATCATTCCACTGCTACATCATTTCAAAGTATATGTAAAAATAAAATTTCGT
GTGCATTATTATAT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GC88JQ C 1
AF RR3GC88TF U 1
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AAGCTTGATGAGGTTGGTCTGTGGTGGTTTGCTGATCTTGTGCTTGGTGTTGAAGGTATG
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TCTTTTATCTCTCGGATTGACAAGTACAAGGCTTTCAAGATTGTGCCTTGATTCATCTTC
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TCTCTAAATCTCAGTTCGTTGTTGTCTTTGAAAAAAAGAAATATTTCCTTCTCTAGTCTT
GTAAACTCTTTGTTACCCTTTTGAAATTCTACTATTACCATTACAATTTGT

QA 1 651 1 651
DS 

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CAGTTTGGGATCGAGGAGTATGGGTTCGAAGAAGGGAAGAATGTGGGGTTGGTGGAGATG
ATGAAAGGGAAAGAGAGAGTGTGGGAGGAGATGGTGAAGGAGAATCAGCTGCAGGAGAAG
AAGCTTGATGAGGTTGGTCTGTGGTGGTTTGCTGATCTTGTGCTTGGTGTTGAAGGTATG
ATTGATAGTATGAACAAGAGCAAAGAGTATGGTTTCCTTGGTTTCAGGAACTCCAACAAC
TCTTTTATCTCTCGGATTGACAAGTACAAGGCTTTCAAGATTGTGCCTTGATTCATCTTC
TACACAAACATACGCTTTGGATGTTTCTCTTGTTTCTTCTTCGTTTCATGTTTATGTTTC
TCTCTAAATCTCAGTTCGTTGTTGTCTTTGAAAAAAAGAAATATTTCCTTCTCTAGTCTT
GTAAACTCTTTGTTACCCTTTTGAAATTCTACTATTACCATTACAA

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

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GAGTTTCATATTTACACATCCATTTTTGGTTAGGCGTACTTGCATTTGAGTATTTTTTTT
ACCTCCATTTGTATGGAGTATGCTTATGCCAATCATATGTTGAGTCCTCCATTTTTGCTT
GTCCGGTGATGAGTTTCTCCTATGTGTTTTAGGTTGTAGCTCCGGTTAAAATGACATTTG
AAATGTAAGCCAGCTTACTCGGTATCTTTTTTCATATAATTATATGTACACGAGTTCCAG
CATATCTCTATTTAAACACACTTTTTGGGTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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GAGTTTCATATTTACACATCCATTTTTGGTTAGGCGTACTTGCATTTGAGTATTTTTTTT
ACCTCCATTTGTATGGAGTATGCTTATGCCAATCATATGTTGAGTCCTCCATTTTTGCTT
GTCCGGTGATGAGTTTCTCCTATGTGTTTTAGGTTGTAGCTCCGGTTAAAATGACATTTG
AAATGTAAGCCAGCTTACTCGGTATCTTTTTTCATATAATTATATGTACACGAGTTCCAG
CATATCTCTATTTAAACACACTTTTTGGG

QA 1 449 1 449
DS 

RD RR3A556JQ 312 0 0
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GCTTATGCCAATCATATGTTGAGTCCTCCATTTTTGCTTGTCCGGTGATGAGTTTCTCCT
ATGTGTTTTAGGTTGTAGCTCCGGTTAAAATGACATTTGAAATGTAAGCCAGCTTACTCG
GTATCTTTTTTCATATAATTATATGTACACGAGTTCCAGCATATCTCTATTTAAACACAC
TTTTTGGGTCAC

QA 1 312 1 312
DS 



AS 1 2

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GTTCCGTTAGGTGGTGTGATCCATTTGTTCATTTGTTCTTCAAAGCTTCCCATGACAGCA
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CTTTCAAGTATCTGTACTCGTCTTCCATGCAGTTTATCAATCACTATTTGACCGTCTCTT
GATTCATAACCTTGGGCGATCACTTTGACTTGCTCATCTCGTAGTTTTGGCTTCAACGCA
GCATGGTCTCCTCCCAAGAACAATGCTCCAAGGACCTCTCCTAAGAACATTCCCACATGC
TTGTAGCTCCTGTGATCCTGATGAAGGGCGTGTAGTCTAGCGAGCAACCGGTGCACAAAA
TGAGATTCAGGTGTTTGAACCGTAGAGTTGAGACTGTTGAGCATCATCTGGAAAGAAGTC
AAGTTGCGTTGGGTGGCTAGAGGGATGAGTGTGATGTTTAGACCGGATTCGAGAGCAGTC
TTTGCTGCTAAAGGATCAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 

AF RR3AD39JQ U 1
AF RR3A524JQ U 160
BS 1 678 RR3AD39JQ
BS 679 679 RR3A524JQ

RD RR3AD39JQ 678 0 0
ATAAACACATATATAGACTTATATATTGAATAGTAACGCAAGAAAGTGCACGGCATCGGT
AACAAAAATCTCTACGTATATCTATTCAGAGCATTGGTCATATCTTTTACAGGTTGTGTG
ATCCATTTCTTCCTTCTGAGCGTTCTGCTTGGTGGTGTGATCCATTTCTTCCTTCTGAGC
GTTCCGTTAGGTGGTGTGATCCATTTGTTCATTTGTTCTTCAAAGCTTCCCATGACAGCA
GATTGTCTCTTGTCATTGAGCTTTGAAGTGAAACTCTCATAGCAGCCTCTTGAATCGATA
CTTTCAAGTATCTGTACTCGTCTTCCATGCAGTTTATCAATCACTATTTGACCGTCTCTT
GATTCATAACCTTGGGCGATCACTTTGACTTGCTCATCTCGTAGTTTTGGCTTCAACGCA
GCATGGTCTCCTCCCAAGAACAATGCTCCAAGGACCTCTCCTAAGAACATTCCCACATGC
TTGTAGCTCCTGTGATCCTGATGAAGGGCGTGTAGTCTAGCGAGCAACCGGTGCACAAAA
TGAGATTCAGGTGTTTGAACCGTAGAGTTGAGACTGTTGAGCATCATCTGGAAAGAAGTC
AAGTTGCGTTGGGTGGCTAGAGGGATGAGTGTGATGTTTAGACCGGATTCGAGAGCAGTC
TTTGCTGCTAAAGGATCA

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3A524JQ 520 0 0
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TCAAAGCTTCCCATGACAGCAGATTGTCTCTTGTCATTGAGCTTTGAAGTGAAACTCTCA
TAGCAGCCTCTTGAATCGATACTTTCAAGTATCTGTACTCGTCTTCCATGCAGTTTATCA
ATCACTATTTGACCGTCTCTTGATTCATAACCTTGGGCGATCACTTTGACTTGCTCATCT
CGTAGTTTTGGCTTCAACGCAGCATGGTCTCCTCCCAAGAACAATGCTCCAAGGACCTCT
CCTAAGAACATTCCCACATGCTTGTAGCTCCTGTGATCCTGATGAAGGGCGTGTAGTCTA
GCGAGCAACCGGTGCACAAAATGAGATTCAGGTGTTTGAACCGTAGAGTTGAGACTGTTG
AGCATCATCTGGAAAGAAGTCAAGTTGCGTTGGGTGGCTAGAGGGATGAGTGTGATGTTT
AGACCGGATTCGAGAGCAGTCTTTGCTGCTAAAGGATCAA

QA 1 520 1 520
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TGACGGCGATGACGACTATCGATCTTCTTCGTTAATCCTGTAACGGATCGATTTATGATC
TCTACTAATGGCTCTTCAATGCGAGCATCGAAAGAAGAAGAAATCTCACTAGATGAGAAT
CTTCCGTTTTTTGTGGTTCCAGGGTTCAAGAGATTCGTGTATTGAGTGAAAAAAACAAAG
ACAAGTTTTGTGCTCTGTATTTTTGGAAATTTAGTTGATAAACCTCATCGCTATCAATGG
AGAACGGAGGCTCCACCTCCTCCTCCTCGGGATCATCATCATCATCCCTTCAAGCCTCTA
TGCAATAATTTAAACTCTTTGAAACTCAATCGAATTTCTATATGATTGGTTGGAATGGTA
ATAGAGTGTATAGAGTACTAAAGGTAGACCGTTTTGATGCATCTGAGATTACTCTGAGGA
TTCCACTGCTTATACCAAAAAAGAATGCTACGAGTTGCTTAAACGGATACACGAAGACAA
CAAGGCCACAGGCAGCCTCAAACTGGTCACTCTCTGTTATGGCATCACTGGGTTCATTAA
GTTTTGGGGACCATACTACATGTGGTCACAAGGTCTATGAAGTGTCCAAGATTGAGATCA
TTTCTTTGCGTAATTCTTGCGTGCTTTCCACCATTGCAAATTCAAGAGACGAGAACATGT
GTTTTGTTCTACCTTTTACTATATTATGCCCTTTTTTTTGTTCCGAGTTTATTGTTGAAG
AAAGGTTCTGTTTTACCTTTCTTTTTGGTGACATGAGAGTACAAGAAGCTCCTGTGTACG
GTGGACCTTACAAAGGACTTCTTTTTCAGCTATTATTTCAGTATAATGCGTAGTTTCCAT
AAAATTATATGTGACCATGAAAGTGGTGATATTCTCTATAAGAAAATGTTTGTGTGGTAC
GAGTTCTTGACTCGGGGAATTCAACATCATCTTTAGAATACCGTCTGGACTGTAGCATTT
GTGTATGGTTTCTCTAAGCATGTATGAATCGGATATA


BQ
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AF RR3EU35TF U 1
AF RR3EU35JQ C 365
BS 1 724 RR3EU35TF
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BS 751 1057 RR3EU35JQ

RD RR3EU35TF 750 0 0
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TGACGGCGATGACGACTATCGATCTTCTTCGTTAATCCTGTAACGGATCGATTTATGATC
TCTACTAATGGCTCTTCAATGCGAGCATCGAAAGAAGAAGAAATCTCACTAGATGAGAAT
CTTCCGTTTTTTGTGGTTCCAGGGTTCAAGAGATTCGTGTATTGAGTGAAAAAAACAAAG
ACAAGTTTTGTGCTCTGTATTTTTGGAAATTTAGTTGATAAACCTCATCGCTATCAATGG
AGAACGGAGGCTCCACCTCCTCCTCCTCGGGATCATCATCATCATCCCTTCAAGCCTCTA
TGCAATAATTTAAACTCTTTGAAACTCAATCGAATTTCTATATGATTGGTTGGAATGGTA
ATAGAGTGTATAGAGTACTAAAGGTAGACCGTTTTGATGCATCTGAGATTACTCTGAGGA
TTCCACTGCTTATACCAAAAAAGAATGCTACGAGTTGCTTAAACGGATACACGAAGACAA
CAAGGCCACAGGCAGCCTCAAACTGGTCACTCTCTGTTATGGCATCACTGGGTTCATTAA
GTTTTGGGGACCATACTACATGTGGTCACAAGGTCTATGAAGTGTCCAAGATTGAGATCA
TTTCTTTGCGTAATTCTTGCGTGCTTTCCACCATTGCAAATTCAAGAGACGAGAACATGT
GTTT*GTTCTACCTTT*ACTATATTATGCC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3EU35JQ 693 0 0
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AGTGTATAGAGTACTAAAGGTAGACCGTTTTGATGCATCTGAGATTACTCTGAGGATTCC
ACTGCTTATACCAAAAAAGAATGCTACGAGTTGCTTAAACGGATACACGAAGACAACAAG
GCCACAGGCAGCCTCAAACTGGTCACTCTCTGTTATGGCATCACTGGGTTCATTAAGTTT
TGGGGACCATACTACATGTGGTCACAAGGTCTATGAAGTGTCCAAGATTGAGATCATTTC
TTTGCGTAATTCTTGCGTGCTTTCCACCATTGCAAATTCAAGAGACGAGAACATGTGTTT
TGTTCTACCTTTTACTATATTATGCCCTTTTTTTTGTTCCGAGTTTATTGTTGAAGAAAG
GTTCTGTTTTACCTTTCTTTTTGGTGACATGAGAGTACAAGAAGCTCCTGTGTACGGTGG
ACCTTACAAAGGACTTCTTTTTCAGCTATTATTTCAGTATAATGCGTAGTTTCCATAAAA
TTATATGTGACCATGAAAGTGGTGATATTCTCTATAAGAAAATGTTTGTGTGGTACGAGT
TCTTGACTCGGGGAATTCAACATCATCTTTAGAATACCGTCTGGACTGTAGCATTTGTGT
ATGGTTTCTCTAAGCATGTATGAATCGGATATA

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL8195Contig1 934 2 2 U
GGGAGGTCCACAGTTCCACCTTTGTACCAACACCCAAGTGGTTCTTTAGAGAGAGAGAGA
GGGAGATAGAAAGCGTGAGAGAGATTTATAAGTTTCTCTTTGGGCATTGCGATTTTTTGT
GAACATAGAAACACTCAAAACTTAACCAAAAACAAAAATGGGAGAGGAAGAGAAGAAGCA
AGAAGTACCAGAGGAGAAGAAAATGGAGGAGAACAAACCAGAGGAGGATAAAAAAGAAGA
AGGAAAGAAAGTTGAGGTTGGTGAGGAAAAAGGAGAAGATTCCGAGAAGAAAACTCAAGA
AGGAGAAGCTACTAAAGATTCCAAAGATGAGTCTCCACCGGCGGCGCCGGAAGCTCCAGC
GCCACCTCCACCACCGCAAGAGATTATTCTCAAGGTGTACATGCACTGTGAAGGCTGTGC
AAGAAAAGTCCGCCGTTGCCTCAAAGGTTTCGAAGGAGTGGAAGATGTGATGACTGATTG
TAAAGCGGGTAAAGTGGTGGTGAAGGGAGAAAAAGCTGACCCATTGAAAGTATTGGCCCG
AGTTCAAAAGAAGACCCACCGTGAAGTGGTGCTTATTTCTCCTATTCCTCCACCATCTCA
GCCACCAGAGAACAAACCAGAGGAGGATAAAAAAGAAGAAGGAAAGAAAGCAGAGGAGAT
GAAGAGGAGCTTTCAAAGGAGAACGTGAAAAACACGGCAGCTTCGGTGGGAGAGATCACT
CTTAAAGTGACTAAGAGCAAACCTGAGACAGGAGAAGTGATCGGAGTGTTCGAGAGTCTT
CAGCCTTCGGACACTGACTTGGGTGCCAAGGTGCCAAAGGATGTGAAGATCCAAGGTGTG
TGGTATGGTCAACTTGAGTGATCTTATGTTATTTCCAAAAACTATTCTTCTGTTAATTGT
ATTTGGTGATAATGAGAATATCTTTTCATGCGTC


BQ
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AF RR3AU78TF U 1
AF RR3AU78JQ C 123
BS 1 687 RR3AU78TF
BS 688 934 RR3AU78JQ

RD RR3AU78TF 687 0 0
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GCCACCAGAGAACAAACCAGAGGAGGATAAAAAAGAAGAAGGAAAGAAAGCAGAGGAGAT
GAAGAGGAGCTTTCAAAGGAGAACGTG

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3AU78JQ 812 0 0
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AAGTACCAGAGGAGAAGAAAATGGAGGAGAACAAACCAGAGGAGGATAAAAAAGAAGAAG
GAAAGAAAGTTGAGGTTGGTGAGGAAAAAGGAGAAGATTCCGAGAAGAAAACTCAAGAAG
GAGAAGCTACTAAAGATTCCAAAGATGAGTCTCCACCGGCGGCGCCGGAAGCTCCAGCGC
CACCTCCACCACCGCAAGAGATTATTCTCAAGGTGTACATGCACTGTGAAGGCTGTGCAA
GAAAAGTCCGCCGTTGCCTCAAAGGTTTCGAAGGAGTGGAAGATGTGATGACTGATTGTA
AAGCGGGTAAAGTGGTGGTGAAGGGAGAAAAAGCTGACCCATTGAAAGTATTGGCCCGAG
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CACCAGAGAACAAACCAGAGGAGGATAAAAAAGAAGAAGGAAAGAAAGCAGAGGAGATGA
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TAAAGTGACTAAGAGCAAACCTGAGACAGGAGAAGTGATCGGAGTGTTCGAGAGTCTTCA
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GTATGGTCAACTTGAGTGATCTTATGTTATTTCCAAAAACTATTCTTCTGTTAATTGTAT
TTGGTGATAATGAGAATATCTTTTCATGCGTC

QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B649JQ C 1
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DS 

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CCTTAATGCTTTTTGCTGGTTGGTTCCATTATCACAAAGCAGCTCCAAAATTGGCTTGGT
TCCAAGATGTAGAATCTATGTTGAATCACCATTTAGCAGGGCTACTAGGACTTGGGTCCC
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GAGTAGATCCT

QA 1 311 1 311
DS 



AS 1 2

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AACTATGTCGTTGATGGACAGCCAAAGGTGGCTAAGGAGAGGATCGAGGCACTGGAGCCA
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TTTGTCAAAGCAGCCAAAGACATGGACAAAATGCTTTCTTCTGAAGTCTAAGAGGATTCC
TTGGATATCTGTTTATCCATCCATCTATCTATCTATTATCTGTCGGTCCATCTATTTATC
TATTGTGTCTGGGTGTTTTGCTTGTACTTATCAATAATGTGCTCTCTCTAAGACTGAAGA
GATCTAAATAAGTAAGTATGTCATAATCATACACGATGTCTAGCGTGTTACGTATGTTTG
AAGTTGAAAGTTGTAAACTGTAAGTTGTGTGATGCAATGTGTTTTCTTCTCAAATCT


BQ
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AF RR3GE27TF U 1
AF RR3GE27JQ C 21
BS 1 534 RR3GE27TF
BS 535 535 RR3GE27JQ
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BS 687 717 RR3GE27TF
BS 718 777 RR3GE27JQ

RD RR3GE27TF 717 0 0
TCACTCACATAAACACCTAAAGAAGCAAAACATCAGTCTGAAAAAATGGCACAGGCAACG
AGGCAGTCTTCTATGGTAGGGGAGCTTGAGGTAGATGTTGAAATCAAAGCCCCCGCCCAC
AAGTTCTACCACATGCTCACCGGAAGACCACAAGATATTCCGAAAGCCACTCCTGACAAC
ATCAAGAGATGTGATGTGCTCGAGGGAGAGCCTGGAAAAGTTGGAAGTATCATGTTCTTC
AACTATGTCGTTGATGGACAGCCAAAGGTGGCTAAGGAGAGGATCGAGGCACTGGAGCCA
GAGAAGAATCTGATGGTGGGTAGGATAATTGACGGAGATCTAATGCACGAGTTCAAGAGC
TTCTTGATCACTTTCCAGGCGACCCCAATGCAAAGAGGACCTGGAAGTCTGGTTAAGTGT
CAGATGAAGTATGAGAAGATTGATGAGAAGGTGGCTGACCCAGAGAATCTACTTGCGGCT
TTTGTCAAAGCAGCCAAAGACATGGACAAAATGCTTTCTTCTGAAGTCTAAGAG*ATTCC
TTGGATATCTGTTTATCCATCCATCTATCTATCTATTATCTGTCGGTCCATCTATTTATC
TATTGTGTCTGGGTGTTTTGCTTGTACTTATCAATAATGTGCTCTCTCTA*GACTGA*GA
GATCTAAATAAGTAAGTATGTCATA*TCATACACGATGTCTAGCGTGTTACGTATGT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3GE27JQ 757 0 0
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CGGAAGACCACAAGATATTCCGAAAGCCACTCCTGACAACATCAAGAGATGTGATGTGCT
CGAGGGAGAGCCTGGAAAAGTTGGAAGTATCATGTTCTTCAACTATGTCGTTGATGGACA
GCCAAAGGTGGCTAAGGAGAGGATCGAGGCACTGGAGCCAGAGAAGAATCTGATGGTGGG
TAGGATAATTGACGGAGATCTAATGCACGAGTTCAAGAGCTTCTTGATCACTTTCCAGGC
GACCCCAATGCAAAGAGGACCTGGAAGTCTGGTTAAGTGTCAGATGAAGTATGAGAAGAT
TGATGAGAAGGTGGCTGACCCAGAGAATCTACTTGCGGCTTTTGTCAAAGCAGCCAAAGA
CATGGACAAAATGCTTTCTTCTGAAGTCTAAGAGGATTCCTTGGATATCTGTTTATCCAT
CCATCTATCTATCTATTATCTGTCGGTCCATCTATTTATCTATTGTGTCTGGGTGTTTTG
CTTGTACTTATCAATAATGTGCTCTCTCTAAGACTGAAGAGATCTAAATAAGTAAGTATG
TCATAATCATACACGATGTCTAGCGTGTTACGTATGTTTGAAGTTGAAAGTTGTAAACTG
TAAGTTGTGTGATGCAATGTGTTTTCTTCTCAAATCT

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

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GGCTCCGGCGTGCCTCTTCATCTCTCCTGTTCGAGACGGAGAGTTTTTGTTTTCTTTTTC
AGATATTTTTTCTTATAGATCCAATGTTTTTTTTTGGTTATAACTGAAAGATTCCCGGTT
TTCTGTTAAACCGTCGGATTCAGGTCAGACTAGCACAGTTCTTCTATCTCCGGTTAAACT
GCTTGGATTTATTACCAAATTCTATAAAATTACGTTGACTGGTAGGGATTTGACAATTTA
CAGCCTAAATGATTTCTAACACATAAACGTTTTAAAATTGGTATAGTATCTTTCTACAGC
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TCATTTTTTACATTTTAAAAAAAATTATTGTAGGAAATAATTAAATTTAAACACTTTTTT
AGTTTTAGAAAATTTATATATATCTATATGTAAGTTTTTTTTGGATCAAATCTATATGTA
AGTTATTAACTTAATATAATGATAAAATAAAATGAAAGATTTTGACG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D701JQ C 1
AF RR3D701TF U 1
BS 1 647 RR3D701TF

RD RR3D701JQ 647 0 0
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GCTTGGATTTATTACCAAATTCTATAAAATTACGTTGACTGGTAGGGATTTGACAATTTA
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QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3D701TF 647 0 0
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GGCTCCGGCGTGCCTCTTCATCTCTCCTGTTCGAGACGGAGAGTTTTTGTTTTCTTTTTC
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TTCTGTTAAACCGTCGGATTCAGGTCAGACTAGCACAGTTCTTCTATCTCCGGTTAAACT
GCTTGGATTTATTACCAAATTCTATAAAATTACGTTGACTGGTAGGGATTTGACAATTTA
CAGCCTAAATGATTTCTAACACATAAACGTTTTAAAATTGGTATAGTATCTTTCTACAGC
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TCATTTTTTACATTTTAAAAAAAATTATTGTAGGAAATAATTAAATTTAAACACTTTTTT
AGTTTTAGAAAATTTATATATATCTATATGTAAGTTTTTTTTGGATCAAATCTATATGTA
AGTTATTAACTTAATATAATGATAAAATAAAATGAAAGATTTTGACG

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

CO CL8199Contig1 700 2 1 U
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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C415TF U 1
AF RR3E445TF U 1
BS 1 700 RR3C415TF

RD RR3C415TF 700 0 0
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CTTTTTGACTGATCTTTGTGGCAGGACATTCAACTCATCGAACGCACTTGAGTCTCACAC
CAAGGCCAAGCACTCTGCTACCGCCAAGTGAAGTGGTTTCCTAAGAGTAACAACTTCCGC
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TCTCGGATTTGTATTTACCAGTTACCGATATCTTTCAGTA

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3E445TF 684 0 0
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AGATGATTCTGAGGAAGAAGAGGAGACTCCTAAGGCTGAAACAAGAAGAAAGAGAGCACA
TGAAGTCGCACCCGGACCCAAGACACCTGTGTCTGCGAAGAAGGCCAAAGCAGAAGCTAC
TCCCAAGAAAACAGAGGAGAAGAAGAAAGGTGGACCTGCAACCCCCCACCCGGCAAAGAA
AGGTGGAAACACTCCCGCAACTGCAACGCAGAGCCCAAAGTCTGCAAGTTAATAACAATT
CTTTTTGACTGATCTTTGTGGCAGGACATTCAACTCATCGAACGCACTTGAGTCTCACAC
CAAGGCCAAGCACTCTGCTACCGCCAAGTGAAGTGGTTTCCTAAGAGTAACAACTTCCGC
TGTTTTGGATTTAGTTGGAGACTTATCTTTTTGAACTTTGGCTGTAGTCTTTTTGAA*CC
TCTCGGATTTGTATTTACCAGTTA

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL8200Contig1 757 2 4 U
CATCTCTGATTAAACTACATTCATATGATTCAACCCATAACATTCAACACACAACTTGCA
CGGCACATTTCAAACCATACATCTTATCGTTAAACTCACCAACTCTCACTAACAAAAACT
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TCCACGATTCAGGTTTGATTCTGTTTAGTGGTGCAATGTTTCCTTTCTTAAAGCTTGAAC
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CCTTCCCTTTAGTATCAGTAAATTCAACATCTAATAAAGCAGGATTTACAGTTTTCTCTT
CAACTTTCTTTTCCATAACGATACAGATTTGGTTCGGCATTTGACCACCAATGACTTGTG
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CAATTGTGCCTAATGTATTCTCCCTCATGTTAACCCC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FK83JQ U 1
AF RR3E121JQ U 27
BS 1 389 RR3FK83JQ
BS 390 391 RR3E121JQ
BS 392 558 RR3FK83JQ
BS 559 757 RR3E121JQ

RD RR3FK83JQ 558 0 0
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CGGCACATTTCAAACCATACATCTTATCGTTAAACTCACCAACTCTCACTAACAAAAACT
AGTAAAACTCAATATTATCTCACTCGGACCAAAACTTCACAAAGGCTGTCAAAAAAAACT
TCAACACTACCAAAAGCGGATTTGTTTCACGTCCTCCTCCTGTCACATTAAATTGCCCTT
TCCACGATTCAGGTTTGATTCTGTTTAGTGGTGCAATGTTTCCTTTCTTAAAGCTTGAAC
TATCTGAAGCATTGAGTTTCCCTTTCTCCACGCTTGCCTTCTCGACACTTGTGACTTCAT
TCCTAGCTATGTCCTCCTTTAATCTTCCA**CTCAGTGCTAAATTTTGGCATTGTTGTCA
AACTGCCATTACTAAATTCCTTAGTCTCATGAATGCTGCTAATCACAGCATTGTCAACCA
CCTTCCCTTTAGTATCAGTAAATTCAACATCTAATAAAGCAGGATTTACAGTTTTCTCTT
CAACTTTCTTTTCCATAA

QA 1 558 1 558
DS 

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TCGTTAAACTCACCAACTCTCACTAACAAAAACTAGTAAAACTCAATATTATCTCACTCG
GACCAAAACTTCACAAAGGCTGTCAAAAAAGACTTCAACACTACCAAAAGCGGATTTGTT
TCACGTCCTCCTCCTGTCACATTAGATTGCCCTTTCCACGATTCAGGTTTGATTCTGTTT
AGTGGTGCAATGTTTCCTTTCTTAGAGCTTGAACTATCTGAAGCATTGAGTTTCCCTTTC
TCCACGCTTGCCTTCTCGACACTTGTGACTTCATTCCTAGCTATGTCCTCCTTTAATCTT
CCAGACTCAGTGCTAGATTTTGGCATTGTTGTCAAACTGCCATTACTAAATTCCTTAGTC
TCATGAATGCTGCTAATCACAGCATTGTCAACCACTTTCCCTTTAGTATCAGTAGATTCA
ACATCTAATAAAGCAGGATTTACAGTTTTCTCTTCAACTTTCTTTTCCATAACGATACAG
ATTTGGTTCGGCATTTGACCACCAATGACTTGTGTCCCTCGTTCTTCAGGTACGGCAGAA
ATGGATGAAGAAATCTCTCCAAGATCAACACAAGTTTCAGTGCTGCTATCACTTTCCACC
TTTGTCTCAACAACAACTGCTTCTGCTGGCAAATCAATTGTGCCTAATGTATTCTCCCTC
ATGTTAACCCC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

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GGTTCACTTACTGCTTTATCATCCTTCTCTACTCTTCTGCCGCCTGAGATACAGAAGTGT
CTGCATCAAAAGCACGAGAGCAATCAGTGTATGCAGAGCCAATACCGATTCCAGCACCAA
AGGCAATAGACGCCCATCTTGTAACAGGACTCCTGAAGAAGAAAAGACCGGCGAAGGCGC
CGCCCAGGGAGGAGTAGACGAAACGGCGCGTCGTGAGATCGATGCACGCATCCCACTTAG
CGTTCACGTCGTATTCCCGTGGCACCATCTCCTTCTTCTCTCCCATATTTTTTTTCCGAA
ATTGACTTATCTCTCTCCGATTTGATTCTTCTGTGTTTGC


BQ
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AF RR3GG22JQ U 45
AF RR3GG22TF C 1
BS 1 44 RR3GG22TF
BS 45 373 RR3GG22JQ
BS 374 520 RR3GG22TF

RD RR3GG22JQ 329 0 0
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QA 1 329 1 329
DS 

RD RR3GG22TF 520 0 0
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GGTTCACTTACTGCTTTATCATCCTTCTCTACTCTTCTGCCGCCTGAGATACAGAAGTGT
CTGCATCAAAAGCACGAGAGCAATCAGTGTATGCAGAGCCAATACCGATTCCAGCACCAA
AGGCAATAGACGCCCATCTTGTAACAGGACTCCTGAAGAAGAGAAGACCGGCGAAGGCGC
CGCCGAGGGAGGAGTAGACGAAACGGCGCGTCGTGAGATCGATGCACGCATCCCACTTAG
CGTTCACGTCGTATTCCCGTGGCACCATCTCCTTCTTCTCTCCCATATTTTTTTTCCGAA
ATTGACTTATCTCTCTCCGATTTGATTCTTCTGTGTTTGC

QA 1 520 1 520
DS 



AS 1 2

CO CL8202Contig1 1016 2 8 U
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TCAACTTTCAAGTCCCTTCCCTCAGTTCTCCTCCTGACCGCATAACTCGAACCTGGAGAA
TCAGAAGTTCACAGGAAGAGAACGCAGCAAACTCGAGCGGCGGCGGCGGAGGAGATTTGA
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AGCTCGCTGAGATCGAGAGGCGAGAACTCGAGGCGAAGTTGTTGCAGGGTTATGTTGATA
AGCTCGAATCAAGAGCCGCTGAGATCGCAGAATGCCAGCAGGAGATTGTGGCAGCAAGGA
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CGATTGCAGCTGCGGTTGGGACCGTTGCGGAAGTCCCGTTTGCTCTTTCTCAAGTCTCGA
GCATTGAGTAGCTTGTTCTCCCCCTGGGAGTAGCGTTTGCAAGCTGTGCGTTGTTTGGTG
TCACATTCACGTATGTAATCAGAAGAGACTTGGATGATAGTCATCTCAAATCAGGAGCCG
TTGCAGCCTTTGGATTTGTCAAAGGACTTGGTATGTTAAGCAGAGGACCGCCACTGGAGC
TGAGCTGGGAAAGCTTGTTTTCTCATGGAATAGACGGCGCCGTTTTAATATCTCAGAGCG
TGTTGATATTCGCGTTTGCGTCTATAAGTTTGGACTTTTGTTTTAAAATGAAGCTCTTGA
AACCATTTCCAAGCTCTGCTCAGATGTAGAAGCAGCAGTTAAAAAGGTAGAAACGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AW87TF U 1
AF RR3AW87JQ C 194
BS 1 774 RR3AW87TF
BS 775 775 RR3AW87JQ
BS 776 804 RR3AW87TF
BS 805 805 RR3AW87JQ
BS 806 825 RR3AW87TF
BS 826 826 RR3AW87JQ
BS 827 858 RR3AW87TF
BS 859 1016 RR3AW87JQ

RD RR3AW87TF 858 0 0
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AGAAGTCTCTGTCGGGTATTGTAGGAAACCAAGTCGAGGAGCTGCTGAGCAGAGAAGAGA
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CGATTGCAGCTGCGGTTGGGACCGTTGCGGAAGTCCCGTTTGCTCTTTCTCAAGTCTCGA
GCATTGAGTAGCTTGTTCTCCCCCTGGGAGTAGCGTTTGCAAGCTGTGCGTTGTTTGGTG
TCACATTCACGTATGTAATCAGAAGAGACTTGGATGATAGTCATCTCAAATCAG*AGCCG
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TGAGCTGGGAAAGCTTGT

QA 1 858 1 858
DS 

RD RR3AW87JQ 823 0 0
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TGACGGTCTAGAAAAAGCTTCCATGAGGGTGGAGATTGCGAAGAGAGAGCTCGCTGAGAT
CGAGAGGCGAGAACTCGAGGCGAAGTTGTTGCAGGGTTATGTTGATAAGCTCGAATCAAG
AGCCGCTGAGATCGCAGAATGCCAGCAGGAGATTGTGGCAGCAAGGACAATGGTTGAGGA
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TGTAATCAGAAGAGACTTGGATGATAGTCATCTCAAATCAGGAGCCGTTGCAGCCTTTGG
ATTTGTCAAAGGACTTGGTATGTTAAGCAGAGGACCGCCACTGGAGCTGAGCTGGGAAAG
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CTCTGCTCAGATGTAGAAGCAGCAGTTAAAAAGGTAGAAACGC

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 2

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TTACAAGTGTACAATCATTAATTATTCTATCGAAATATGCTTGCAGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AC54JQ C 1
AF RR3AC54TF U 1
BS 1 647 RR3AC54TF

RD RR3AC54JQ 647 0 0
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CAAGACAAAGAAGGTATCCCTCCGGATCAGCAGCGTCTGATCTTCGCCGGTAAACAGCTC
GAAGATGGCCGTACTTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAATCGACGCTTCATCTTGTG
TTGAGGCTTAGGGGAGGTATCATTGAGCCTTCTTTGATGGCGTTGGCTCGTAAGTACAAC
CAAGATAAGATGATTTGCCGCAAATGCTATGCTCGTCTTCATCCAAGAGCTGTGAACTGC
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CGTTTCAAGAATCTATCTTGTTTGCCTCTTTTTAATTGTCTTTCCCTTGACTACGTCGTT
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TATTCCTTTATCTGTATGTTTGTTTCTGATTGTCTTCTTCCGAAATATGGTTGCAGTAAT
TTACAAGTGTACAATCATTAATTATTCTATCGAAATATGCTTGCAGT

QA 1 647 1 647
DS 

RD RR3AC54TF 647 0 0
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CAAGACAAAGAAGGTATCCCTCCGGATCAGCAGCGTCTGATCTTCGCCGGTAAACAGCTC
GAAGATGGCCGTACTTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAATCGACGCTTCATCTTGTG
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CAAGATAAGATGATTTGCCGCAAATGCTATGCTCGTCTTCATCCAAGAGCTGTGAACTGC
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TATTCCTTTATCTGTATGTTTGTTTCTGATTGTCTTCTTCCGAAATATGGTTGCAGTAAT
TTACAAGTGTACAATCATTAATTATTCTATCGAAATATGCTTGCAGT

QA 1 647 1 647
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8205Contig1 754 2 3 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CN82TF U 1
AF RR3CN82JQ C 102
BS 1 709 RR3CN82TF
BS 710 710 RR3CN82JQ
BS 711 754 RR3CN82TF

RD RR3CN82TF 754 0 0
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CGCCGGTCCCATCTCCTCCGAGCAGTCGGCACAACTGTTCCTCTCCGAGGTCCGAGATCC
TCGCGCTTCGCACAACTGCTGGGCTTATAAGGTTGGTGATCAACATCGATCTAGTGATGA
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TTTCAAGTCTAAAGTTCAAATGGGAGTCGAGGTGACATTTGATCTTTTAGGTGTTGTTTA
CAATCAGTCATGCCAGGCTGAAGACATCAAGGAAGACTATGATACTGGTAAAGATGGTAC
CACCATGGTTTCCTTCAAGGTTGATTTTGACCAGGTTGATAAACTAGAGGATGCTATCAA
ATCAAACTGCAAACGAGACCTTGTCTTTTTCAAAAACCTAGCGAATGGTAGCCAACTCGG
CAAAAACATTATCCAGTAATTGTTACAGAATACTGCCAAAAAGTAAAGCTATTTTTTGTT
CTTAGCAACATAGTGAAGAATGCCTCGTCCAAGATTATGACTTGTTTCA*CTATATGTTA
CGTTATGTATGTTGATAGCCTACTAGTTTAGTCC

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3CN82JQ 653 0 0
TCTCCGAGGTCCGAGATCCTCGCGCTTCGCACAACTGCTGGGCTTATAAGGTTGGTGATC
AACATCGATCTAGTGATGATGGTGAGCCATCGGGCACAGCAGGAAAGCCGATGCTGTCTG
CTATTTGTTCCTCTGGATTAGACAGAGTTATGATTGTTGTCATTAGGTATTTTGGGGGCA
TCAAACTCGGAACCGGAGGTTTTGTTAGAGCATATAGTGGGGTTACCTCTGATTGCTTGA
AAACTGCTTCAACTTGCCTTTTCAAGTCTAAAGTTCAAATGGGAGTCGAGGTGACATTTG
ATCTTTTAGGTGTTGTTTACAATCAGTCATGCCAGGCTGAAGACATCAAGGAAGACTATG
ATACTGGTAAAGATGGTACCACCATGGTTTCCTTCAAGGTTGATTTTGACCAGGTTGATA
AACTAGAGGATGCTATCAAATCAAACTGCAAACGAGACCTTGTCTTTTTCAAAAACCTAG
CGAATGGTAGCCAACTCGGCAAAAACATTATCCAGTAATTGTTACAGAATACTGCCAAAA
AGTAAAGCTATTTTTTGTTCTTAGCAACATAGTGAAGAATGCCTCGTCCAAGATTATGAC
TTGTTTCAACTATATGTTACGTTATGTATGTTGATAGCCTACTAGTTTAGTCC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL8206Contig1 664 2 9 U
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ACAAACTTGGCACTGGGTATATAGCAAATCCCCAAAGCCTTTTTAGGCTCAGTGACTTGA
AAAAGACTCTGAGGCCAAACATACAGAATCAAACACTGATCGAAACCTTTATTACATAAG
ATGTCTGAAGATGCCGATGCATCGCGCAAACTTGACAATGAATTTTAAAAAAGGAGAAAA
AAGAGACTGGAGATTTTTCATGACTTTCAGAATGTTGCCTTAGTGATGATGATCTTGAAC
ATAACGAAGGCCACAGTACTTGCAGACGGCAGGCTCGTCTAGGTCGAGGCAAATGAACTC
AATTGGATGACCGAGTGCTGGATTGGTGTCTCCTTCACAAGCAGCAATCCTTCCATCAAC
TTTGATAGGTGGGACCTCATTGATCAGCTCCATCGGTGACTTCTTGCTTCTATCCTGCAT
CCAATTGGCGGTGTGATTTCCGACTAGATCGTCTGTTGGCACGCCGAATTGTGTGGTAGC
CGGTGCACTAAAGTGCCTCCTCGTAGATGGAACAATCTGCGATCGGATTAGGGCTTTCAC
CAGCTTCGACGCCATTTTTTTTATTTGCTCCTCTACCGAAAATAATCAGAGGAAGTCTCT
TTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3GO68JQ U 256
AF RR3BP73TF C 1
BS 1 255 RR3BP73TF
BS 256 277 RR3GO68JQ
BS 278 278 RR3BP73TF
BS 279 303 RR3GO68JQ
BS 304 304 RR3BP73TF
BS 305 525 RR3GO68JQ
BS 526 526 RR3BP73TF
BS 527 572 RR3GO68JQ
BS 573 664 RR3BP73TF

RD RR3GO68JQ 319 0 0
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GTACTTGCAGACGGCAGGCTCGTCTAGGTCGAGGCAAATGAACTCAATTGGATGACCGAG
TGCTGGATTGGTGTCTCCTTCACAAGCAGCAATCCTTCCATCAACTTTGATAGGTGGGAC
CTCATTGATCAGCTCCATCGGTGACTTCTTGCTTCTATCCTGCATCCAATTGGCGGTGTG
ATTTCCGACTAGATCGTCTGTTGGCACGCCTAATTGTGTGGTAGCCGGTGCACTAAAGTG
CCTCCTCGTAGATGGAA
GC

QA 1 317 1 317
DS 

RD RR3BP73TF 664 0 0
GCAAAGCTTAAACAATAATTCGAATAAATATTGACACTAATATCATTTTATCAAGATGGA
ACAAACTTGGCACTGGGTATATAGCAAATCCCCAAAGCCTTTTTAGGCTCAGTGACTTGA
AAAAGACTCTGAGGCCAAACATACAGAATCAAACACTGATCGAAACCTTTATTACATAAG
ATGTCTGAAGATGCCGATGCATCGCGCAAACTTGACAATGAATTTTAAAAAAGGAGAAAA
AAGAGACTGGAGATTTTTCATGACTTTCAGAATGTTGCCTTAGTGATGATGATCTTGAAC
ATAACGAAGGCCACAGTACTTGCAGACGGCAGGCTCGTCTAGGTCGAGGCAAATGAACTC
AATTGGATGACCGAGTGCTGGATTGGTGTCTCCTTCACAAGCAGCAATCCTTCCATCAAC
TTTGATAGGTGGGACCTCATTGATCAGCTCCATCGGTGACTTCTTGCTTCTATCCTGCAT
CCATTTGGCGGTGTGGTTTCCGACTAGATCGTCTGTTGGCACGCCGAGTTGTGTGGTAGC
CGGTGCACTGAAGTGCCTCCTCGTAGATGGAACAATCTGCGATCGGATTAGGGCTTTCAC
CAGCTTCGACGCCATTTTTTTTATTTGCTCCTCTACCGAAAATAATCAGAGGAAGTCTCT
TTCC

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL8207Contig1 793 2 29 U
GGTAAAAAAACAAACCTTTACGATGAACAACGACGAATCCGCACAAAAACCAACGGATGA
CGATAAAGTCTGTGGCGAGTGCAAGTCGAATCAATGGAAGTACAAATGCCCAGGATGTTC
AATTCGATCGTGCGGCCTTCCATGTGTCAAAGCTCACAAGAAGCGAACAGGCTGTACCGG
AAAAAGGAAACTCACCGACTTCGTTCCCCTCTCCAAGTTCGACGATAATCTCCTCCTCTC
TGACTACAATATGCTGGAGGAGACAAAGAGAGTGGCGGAGTCTGCTCTGAGAAGGAGACA
ACAGTTATGTAAAAACAACCCTAACTTTAGGTTTCTTTATGCTAAGAACCCTTACTTTAA
GTTACCCGGTGATCTTCGGAGCCTTAAGTGCGCTGCTGATGGCCGCGGAACTAAGCTGTG
GCTTCTCCCTAGTGGGATGTTGAAGAGGGATAAGAACCAGACCCGATACGATAACCGGAG
AAAGTGCATTCATTGGACAGTTGAGTGGCGGTTTCACTCTACAGATGTGGTTCTTGTTGA
TCATGGTGTTGGTGAAAATACAAGCCTCTGCTCTGTGATAGAGAATCATCTTAAGCCAGG
CCCTTGGATTCACAAGCTCAAGCCTTTTTGCGACGTGGATCTTGATTCTCTCAAGCTTTT
TATCCGCAAGTACCCAAAGGGTGCAAAGGTTCCTTACAAGGAGCTGGACATCAAGCTTCT
TTGAGCAGCAGCTTGCTCAAGTACTATCTAGAGTACCCGGTGATCATGTATATCTCCTCG
CACACTATGACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED82TF U 10
AF RR3H429TF U 1
BS 1 171 RR3H429TF
BS 172 172 RR3ED82TF
BS 173 184 RR3H429TF
BS 185 185 RR3ED82TF
BS 186 234 RR3H429TF
BS 235 235 RR3ED82TF
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BS 760 760 RR3ED82TF
BS 761 793 RR3H429TF

RD RR3ED82TF 774 0 0
GG
AAACCTTTACGATGAACAACGTCGAATCCGTACAAAAACCAACGGATGACGATAAAGTCT
GTGGCGAGTGCAAGTCGAATCAATGGAAGTACAAATGCCCAGGATGTTCAATTCGATCGT
GCGGCCTTCCCTGTGTCAAAGCTCACAAGAAGCGAACAGGCTGTACCGGAAAAAGGAAAC
TCACCGACTTCGTTCCCCTCTCCAAGTTCGACGATAATCTCCTCCTCTCTGACTACAATA
TGCTGGAGGAGACGAAGAGAGTGGCGGAGTCTGCTCTGAGAAGGAGACAACAGTTATGTA
AAAACAACCCTAACTTTAGGTTTCTTTATGCTAAGAACCCTTACTTTAAGTTGCCCGGTG
ATCTTCGTAGCCTTAAGTGCGCTGCTGATGGCCGCGGAACTAAGCTGTGGCTTCTCCCTA
GTGGGATGTTGAAGAGGGATAAGAACCAGACTCGTTACGATAACCGGAGAAAGTGCATTC
ATTGGACAGTTGAGTGGCGGTTTCACTCTACAGATGTGGTTCTTGTTGATCATGGTGTTG
GTGAAGATACAAGCCTCTGCTCTGTGATTGAGAATCATCTTAAGCCAGGCCCTTGGATTC
ACAAGCTCAAGCCTTTTTGTGACGTGGATCTTGATTCTCTCAAGCTTTTTATCCGCAAGT
ACCCAAAGGGTGTAAAGGTTCCTTACAAGGAGCTGGACATCAAGCTTCTTTGAGCAGCAG
CTTGCTCAAGTACTATCTAGAGTACCCGGTGATCATGTTTATCT
TCTTCGCA

QA 3 766 3 766
DS 

RD RR3H429TF 793 0 0
GGTAAAAAAACAAACCTTTACGATGAACAACGACGAATCCGCACAAAAACCAACGGATGA
CGATAAAGTCTGTGGCGAGTGCAAGTCGAATCAATGGAAGTACAAATGCCCAGGATGTTC
AATTCGATCGTGCGGCCTTCCATGTGTCAAAGCTCACAAGAAGCGAACAGGTTGTACCGG
AAAA*GGAAACTCACCGACTTCGTTCCCCTCTCCAAGTTCGACGATAATCTCCTTCTCTC
TGACTACAATATGCTGGAGGAGACAAAGAGGGTGGCGGAGTCTGCTCTGAGAAGGAGACA
ACAGTTATGTAAAAACAACCCTAACTTTAGGTTTCTTTATGCTAAGAACCCTTACTTTAA
GTTACCCTTTGATCTTCGGAGCCTTAAGTGTGCTGCTGATGGCCGCGGAACTAAGCTGTG
GCTTCTCCCTAGTGGGATGTTGAAGAGGGATAAGAACCAGACCCGATTCGATAACCGGAG
AAAGTGCATTCATTGGACAGTTGAGTGGTGGTTTCACTCTACAGATGTGGTTCTTGTTGA
TCATGGTGTTGGTGAAAATACAAGTCTTTGCTCTGTGATAGAGAATCATCTTAAGCCAGG
CCCTTGGATTCACAAGCTCAAGCCTTTTTGCGACGTGGATCTTGATTCTCTCAAGCTTTT
TATCCGCAAGTACCCAAAGGGTGCAAAGGTTCCTTACAAG*AGCTGGACATCAAGCTTCT
TTGAGCA*CAGCTTGCTCA*GTACTATCTAGAGTACCCG*TGATCATGTATATCTCCTCG
CACACTATGACTT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL8208Contig1 657 2 2 U
GGTCTCTTCGCTTAGGCGATTTCTAGTTTCGCGTCGGCGATTTTCAATTTCGCGTTGGCG
ATCTTTTTGTTGTGTTTTAGCTTTTCTCCTTATGAGTTTATCTTTAACCCATCTATTCTA
AAGGATAGACAATCCTTTCACTAGAAAAGCTCAACTCTTGATTCGGATTCGGAATCAATC
TTCTTGTATGAAAAGAAGTATCCATGAAGATCAAGACAAGAGGGAGATTCGAAGATACTA
GGAAGATTCGAAGCGGAAATAGAAGAGTCGGAGCTGCTGTTCAAGGTAGTGTTCCAACAA
TGTTCTGTCTCGGGTTTTTTTCGAAGGTCTTCGTTGGAAGTTAAATCAAGTGGTTGGAGA
AGATATCCTTGATGAACGGGTGGCGATTGAAGGAGATTGAAGCGAACAAGCAGTTTCAAG
GGAGTCGGAGATGGTGAACGTGATCGTCCGGCAGAGTTCGGCGGCGTTTCTCGTTCTTCG
ATTCAGAAGACGTTGAAGCCTAGGAAGAGAACACGTGTCCTATACGTGTTACACATGCGT
TTAATGTTTATCTTTAATTTTAAATTGGGCTTAATTGGGCTGAATGTATCTATCATAATC
TTGAGCTGTTTGTAACTATGCCCTGTTGGGCTTCGTTTTATAAAACGAAAGGTTGAC


BQ
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AF RR3BL75JQ C 1
AF RR3BL75TF U 1
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RD RR3BL75JQ 657 0 0
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QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3BL75TF 649 0 0
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GGAGTCGGAGATGGTGAACGTGATCGTCCGGCAGAGTTCGGCGGCGTTTCTCGTTCTTCG
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TTAATGTTTATCTTTAATTTTAAATTGGGCTTAATTGGGCTGAATGTATCTATCATAATC
TTGAGCTGTTTGTAACTATGCCCTGTTGGGCTTCGTTTTATAAAACGAA

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL8209Contig1 1150 2 2 U
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AGAAGATGGCTATTCAAGAAAGCTTCTTCTGATTCTTGTGCAAGAGACGTCGGAATAAAC
ATTAAAAATGCAGCCAACACTAATTCTTCCGCTGTTGACGCGATTGCGGCGGATGAAACA
GACAAAAACGCGTCTCCGGCGGCAAAGGAAGCCGTCTTTTTCTGTCGGACATCTGCCTAC
CTTAAAAGACACTTGGCTGCTATTCTCATTCAGACAGCTTACCGAGGATACCTGGCACGA
AAGGCCTTTAAAGCCCTAAAGGGAGTTGTGCTACTACAAGCCTTAGTGAGAGGCCACAAC
GTGCGTAGACGAGCTAGCATTACTTTGCTTCGGGTCCAGGCCTTGGTTCGGGTCCAGGCT
CGGGTTCTAGATCACCGGAAGAAACTCACGGCCAATCCCGGCGACGGAACTACCTTGTCT
CGTGCTTTCTCTAAACAGATGTGGAGAACCACAGCGAGAGAAGCACATAGTGAAAGCGAG
TTAGAGGACAAGAAACCTATTAGATTAAACCGGTTCGGTTATCAAGATATCGGAAGGAGA
ATGTCAACTGATCAGACAATCGTTGAACCGGTCAAGATAGTTGAGATCGACACGTACAAT
ACATACTCACACCACCACCAACAATTCAACGACCGAACACCGCGCGGGAATTCTCGCGCC
ACGAGGCAAGGCCATTCGATGCCAAATTACATGTTTACGACTGCCTCACCCGTGGCTAGG
TTCCGACCACAAAGCGCACCTAGGCAGAGATCAAACCAGACCGGTTTAGATGACAACGAA
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GGTTATTTTTGGTACGATAAGAAAACGGATGATAACGAATCGCGAGGATGTTCAGCACTA
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AGTATGGACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV22TF U 1
AF RR3DV22JQ C 576
BS 1 684 RR3DV22TF
BS 685 1150 RR3DV22JQ

RD RR3DV22TF 684 0 0
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GTTAAGAATGTTTTCCGGTCACCGGAGAAGAAATGCCCCAGAAGAAGAGACCGTCAACAA
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AGAAGATGGCTATTCAAGAAAGCTTCTTCTGATTCTTGTGCAAGAGACGTCGGAATAAAC
ATTAAAAATGCAGCCAACACTAATTCTTCCGCTGTTGACGCGATTGCGGCGGATGAAACA
GACAAAAACGCGTCTCCGGCGGCAAAGGAAGCCGTCTTTTTCTGTCGGACATCTGCCTAC
CTTAAAAGACACTTGGCTGCTATTCTCATTCAGACAGCTTACCGAGGATACCTGGCACGA
AAGGCCTTTAAAGCCCTAAAGGGAGTTGTGCTACTACAAGCCTTAGTGAGAGGCCACAAC
GTGCGTAGACGAGCTAGCATTACTTTGCTTCGGGTCCAGGCCTTGGTTCGGGTCCAGGCT
CGGGTTCTAGATCACCGGAAGAAACTCACGGCCAATCCCGGCGACGGAACTACCTTGTCT
CGTGCTTTCTCTAAACAGATGTGGAGAACCACAGCGAGAGAAGCACATAGTGAAAGCGAG
TTAGAGGACAAGAAACCTATTAGA

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3DV22JQ 575 0 0
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CGGTTATCAAGATATCGGAAGGAGAATGTCAACTGATCAGACAATCGTTGAACCGGTCAA
GATAGTTGAGATCGACACGTACAATACATACTCACACCACCACCAACAATTCAACGACCG
AACACCGCGCGGGAATTCTCGCGCCACGAGGCAAGGCCATTCGATGCCAAATTACATGTT
TACGACTGCCTCACCCGTGGCTAGGTTCCGACCACAAAGCGCACCTAGGCAGAGATCAAA
CCAGACCGGTTTAGATGACAACGAACCAAGATTACAATTGGTTAGAAAGCGATTGTCATT
TCACAAAGATATCCCGCAATCGCATGGTTATTTTTGGTACGATAAGAAAACGGATGATAA
CGAATCGCGAGGATGTTCAGCACTAATGGTAGTTGATTGAATCGGTTCACGATTGATTTT
TTATATTATTTTTATATATGTATTGAGTATGGACC

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

CO CL8210Contig1 822 2 6 U
GGATTTTATGTTATATATAATTATACATATACAATATTTTTGATAGAGTCTGTCTTTATT
CTCACAATTAGATTACAAAACGGGGAATAACCAAAACAGAGGGCAGCTTATAAGAGAACT
GGATATCCCTCTTGGAAGGAGAGAAAAAGAGATGGTGAGGTTGAGAGAAACAGAAGTGAT
CCTGAGACTCTGTATCGTCTTTCTTCTTATACTCACTTCTATTCTTATTGGTTTGGATTC
TCAGACCAAAGATATTGCTTATATCCACAAGAAAGTCACTTTCAGATACTTGTTTGCTCT
GGAGGTTGAGTTGTACATAAATGCTGTGGTTGCTGCATATAATATCGTTCAGTTAGGATT
TGGTTGGTACGGTGTTGCACAAAAAAACTCCAATTCTAAATGGCTCTCTTACCTCTTGGA
TCAGACGGCGGTGTACGTGGTGTTCGCCGGGGCATCTGCGGCGGCACAACACTCATTGCT
TGTGGTGACTGGTTCGAAGGAGCTTCAGTGGATGAAGTGGTGCTACAAGTTCACAAGGTT
CTGCTTTCAGATCGGAGGTGCCATCATCTTAAACTACATCGCCGCGGTGCTCATGATCAT
CCTCTCCTTCATCTCAGCCTTCAGTCTCTTCCGCCTCTATTCCCCTAAACGTTATTTTCA
GTTTAAGTCCTCCTCTTAATTATTTACTAGGTTAAATCCTTTTCATGATCTAAAATAATG
TTGATTAATGCGAAGAATATGATTATTCGTCCCTAAATTATAATTCTGTATCTTTAAGTA
AATGCAAAATTTTCTTACATAAATATCGTTAGTCCATTGCCG


BQ
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AF RR3D938TF U 1
AF RR3D938JQ C 2
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CCTGAGACTCTGTATCGTCTTTCTTCTTATACTCACTTCTATTCTTATTGGTTTGGATTC
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GTTTAAGTCCTCCTCTTAATTATTTACT

QA 1 688 1 688
DS 

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GAGGTTGAGTTGTACATAAATGCTGTGGTTGCTGCATATAATATCGTTCAGTTAGGATTT
GGTTGGTACGGTGTTGCACAAAAAAACTCCAATTCTAAATGGCTCTCTTACCTCTTGGAT
CAGACGGCGGTGTACGTGGTGTTCGCCGGGGCATCTGCGGCGGCACAACACTCATTGCTT
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TGCTTTCAGATCGGAGGTGCCATCATCTTAAACTACATCGCCGCGGTGCTCATGATCATC
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ATGCAAAATTTTCTTACATAAATATCGTTAGTCCATTGCCG

QA 1 821 1 821
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CGGAATAAACCATTGAACTTGAGACT


BQ
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AF RR3AE82TF U 1
AF RR3AE82JQ C 102
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BS 759 806 RR3AE82JQ

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CAGAAGAGAACGCTGGTGAAGCTCAGAAGCAAGTACCAGAGAGAGATCCAGCAGTGGGAG
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TCTTCCGCGTCTGTTTTCCTCGACGAACTTCTCTCTATGGCGGAAGCACAAGAAGTGATA
ATCAATGATGTGTCAAACCTGTGCGAAGTTGTAGAAGAAATAATTAGAGTGGAAGAAGAA
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TCGCTCTGTGCTGATTAATCACTAGCTTCTTCTACTCTAGTCGGTCCATCAGGCTCTGTA
CATTCTTGTCTTGTGTTTGAACTGTTTCAATAAGATGTGAATCTGCAGCATTAACTTAGA
ATCACACTGAGTTTAGTGTTATATGTATGTGTAACCGTGTGTTGTTCAAAAAAAAAAATG
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QA 1 758 1 758
DS 

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AATTAGAGTGGAAGAAGAAGAGACGAAGCAGTCGTTATTTGATCTTGATGTTTGGAGTTC
ACCTAGGAATCTAATGGCGTCGCTCTGTGCTGATTAATCACTAGCTTCTTCTACTCTAGT
CGGTCCATCAGGCTCTGTACATTCTTGTCTTGTGTTTGAACTGTTTCAATAAGATGTGAA
TCTGCAGCATTAACTTAGAATCACACTGAGTTTAGTGTTATATGTATGTGTAACCGTGTG
TTGTTCAAAAAAAAAAATGTATGTGTACCTATGTAACATGTTTCAAACACAAGATGAAGC
AGGGAAAGTTATTAAACCTCGGAATAAACCATTGAACTTGAGACT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL8213Contig1 725 2 1 U
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ATGTGATAGACCCGAAACTTGACTCTTGTTTCAAAGAAGAGATAAGCAAAATCCTCAACA
TTGGGCTTCTCTGCACCAGTCCTTTGCCCATAAACCGACCTTCCATGAGACGTGTGGTTA
AGATGTTGCAAGAAATTGGCGGTGGAGACGACGTGAGCCATAACAAGACTAAGGATGGAA
AGTTAACACCTTACTACAATGAAGAAGCCTCAGACCAGGGAAGTGTAGCTTGAGACACAA
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ATTGGTGTTTCAGCTTCCACTGTAAAGCTTTTAGTAGTGACTCTGGTTTGTAAGAGTTTT
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ATTTT


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR3GU06TF U 1
AF RR3GU06JQ C 48
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ATTTT

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GGTGTTAACATGCATTTT

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DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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ATGAATCCTATGCTTCTCGGTAGATCAAATGGACATAGCAACAACAATAGAGTGCCATTA
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CCTTCCTTAAACTCCCAAACTAACTTTCATTTGCAGAGAATAAGAAACACTCAAACTCAC
CATCCTGCCCCAACCACTAACCCCTATGGCTGGACTACTGAAACTCACAACGATTCAGCA
TGGCCGAAAAATGTGTGGACTGATGAAACAAGAAGCGGGGCTTTATACAACTTAATATTG
ATATATCTATGCATCTCTCATATGTAAATTTAACCATGAGAAAAAACATTTGTGAGAACA
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GAACCTGTCTTTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B573TF U 1
AF RR3B573JQ C 685
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GTGACGCCTGGAGAAGTTGGTGTCACTTCTTCATTACTTGCTGAGGTGAAAAAATCTGGT
GTACCGATCAAGCAGGTTACTAGTGGATCATCGAGAGATTATTCTGATGATGATGACCTT
GATGAAGAGAATGAGACCACTGGTTCCTTGAAACCAGAGGACGTTAAAAAATCCAGAAGG
ATGCTGTCAAATCGAGAGTCTGCTAGGCGGTCTAGAAAGAGAAAGCAGGAGCAAACATGT
GATCTTGAGACACAGGTTAATGAGCTAAAAGGTGAACATTCATCACTTCTCAAGCAACTG
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ATTGAGACATTAAGAGCTAAG*TGAAAATGGC

QA 1 872 1 872
DS 

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CTAAAAGGTGAACATTCATCACTTCTCAAGCAACTGAGCAACATGAATCACAAGTATGAT
GACGCTGCTGTTGGCAATAGAATACTAAAAGCCGACATTGAGACATTAAGAGCTAAGGTG
AAAATGGCGGAAGAGACCGTTAAGAGAGTAACAGGAATGAATCCTATGCTTCTCGGTAGA
TCAAATGGACATAGCAACAACAATAGAGTGCCATTAACTGGTAACAGCAGGATGGCTTTT
TCATGCCTTCCACCTTTTCAACCACAATCAAACCTAAACATGGGGGCACTACCAACCATT
CCATTTCCAGGACTCGAAAACAGTTTCATTCCTACTCCTTCCTTAAACTCCCAAACTAAC
TTTCATTTGCAGAGAATAAGAAACACTCAAACTCACCATCCTGCCCCAACCACTAACCCC
TATGGCTGGACTACTGAAACTCACAACGATTCAGCATGGCCGAAAAATGTGTGGACTGAT
GAAACAAGAAGCGGGGCTTTATACAACTTAATATTGATATATCTATGCATCTCTCATATG
TAAATTTAACCATGAGAAAAAACATTTGTGAGAACAGTCTCATGGCTTGCTTATACAGTC
TGTCTTGTTAACATTACAAGACTACTATTAATAAGAGAACCTGTCTTTTT

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL8217Contig1 719 2 5 U
GAGGAGAACGGTTTGCTTAAACGAGCCGTGGTGACGCAGCAGAAGCGGCAGAGGGAAACC
GAAGATCAAAGCCAGGAGTTGCAGCGTTTGAGGCAGATGGTTAGTCAGTACCAGGAGCAG
CTGAGGACTCTCGAGGTGAATAATTATGCTCTGACGCTTCATCTGAAGCAAGCGCAGCAG
AACAGTAGTTCCATCCCGGGTCGGTTCCATCCAGACGTGTTCTGATGTTGCTTTGTTAGT
CAGAGGAGTGCTCAGAGGTATATCTAATTTCATTTCCAGTGTTTGTTGTTTTTCTCTGCT
TCTCCGTTGTGACTATGGTTCTAACTGGTGACCAAGGAATGAAGAGGAATAATGCATTCT
TTAATGTTCCTAACAAATTTTACCATTCATTAGGAATAGTCATTCCTTTTCATTTCTTCT
CATTCCTTTTATTGTAGAGAATTAAAGAACAAATTTATTCCTCACTAAATTTGATATGGA
ATAACCGTTCCTCATCATTTCCATAATTTTATTCCCATCAATTATTTTCCTTTTTGTTCC
TACTATTCCCGAGATGGTCACCAGTTAGACCCTATGTTTTATTGTCTTATGAATTCTGGA
ATGATTGGTGAATAGTTATACTGTGGGGAACAACGATGTCTCCAAAACAGTTTACTTGTA
TTTTTTAGACAAAACCTTTGATACCTGATTCTGTAAGGTTGCAAGTGTATATTCCATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EF20TF U 1
AF RR3EF20JQ C 33
BS 1 673 RR3EF20TF
BS 674 674 RR3EF20JQ
BS 675 697 RR3EF20TF
BS 698 698 RR3EF20JQ
BS 699 719 RR3EF20TF

RD RR3EF20TF 719 0 0
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GAAGATCAAAGCCAGGAGTTGCAGCGTTTGAGGCAGATGGTTAGTCAGTACCAGGAGCAG
CTGAGGACTCTCGAGGTGAATAATTATGCTCTGACGCTTCATCTGAAGCAAGCGCAGCAG
AACAGTAGTTCCATCCCGGGTCGGTTCCATCCAGACGTGTTCTGATGTTGCTTTGTTAGT
CAGAGGAGTGCTCAGAGGTATATCTAATTTCATTTCCAGTGTTTGTTGTTTTTCTCTGCT
TCTCCGTTGTGACTATGGTTCTAACTGGTGACCAAGGAATGAAGAGGAATAATGCATTCT
TTAATGTTCCTAACAAATTTTACCATTCATTAGGAATAGTCATTCCTTTTCATTTCTTCT
CATTCCTTTTATTGTAGAGAATTAAAGAACAAATTTATTCCTCACTAAATTTGATATGGA
ATAACCGTTCCTCATCATTTCCATAATTTTATTCCCATCAATTATTTTCCTTTTTGTTCC
TACTATTCCCGAGATGGTCACCAGTTAGACCCTATGTTTTATTGTCTTATGAATTCTGGA
ATGATTGGTGAATAGTTATACTGTGGGGAACAACGATGTCTCCAAAACAGTTTACTTGTA
TTTTTTAGACAAA*CCTTTGATACCTGATTCTGTAAG*TTGCAAGTGTATATTCCATAC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3EF20JQ 687 0 0
GACGCAGCAGAAGCGGCAGAGGGAAACCGAAGATCAAAGCCAGGAGTTGCAGCGTTTGAG
GCAGATGGTTAGTCAGTACCAGGAGCAGCTGAGGACTCTCGAGGTGAATAATTATGCTCT
GACGCTTCATCTGAAGCAAGCGCAGCAGAACAGTAGTTCCATCCCGGGTCGGTTCCATCC
AGACGTGTTCTGATGTTGCTTTGTTAGTCAGAGGAGTGCTCAGAGGTATATCTAATTTCA
TTTCCAGTGTTTGTTGTTTTTCTCTGCTTCTCCGTTGTGACTATGGTTCTAACTGGTGAC
CAAGGAATGAAGAGGAATAATGCATTCTTTAATGTTCCTAACAAATTTTACCATTCATTA
GGAATAGTCATTCCTTTTCATTTCTTCTCATTCCTTTTATTGTAGAGAATTAAAGAACAA
ATTTATTCCTCACTAAATTTGATATGGAATAACCGTTCCTCATCATTTCCATAATTTTAT
TCCCATCAATTATTTTCCTTTTTGTTCCTACTATTCCCGAGATGGTCACCAGTTAGACCC
TATGTTTTATTGTCTTATGAATTCTGGAATGATTGGTGAATAGTTATACTGTGGGGAACA
ACGATGTCTCCAAAACAGTTTACTTGTATTTTTTAGACAAAACCTTTGATACCTGATTCT
GTAAGGTTGCAAGTGTATATTCCATAC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8219Contig1 812 2 18 U
GGCTGTGGTCATCAAATGATCTCAGGCCGAATCTTATGTTAACATCTACGGAAGAGGAAG
TCACTCATTCGCCTGATAGAAGCCCTGCTGTTCAAAGCTCCAACTTGGCTGGTGACTGGG
AAATTCTTGAGGTTTATCTTAAGAGGTACAAAGACATACACGCTAGAATGCCAGTTATTG
TTGCATCAACCCTTCTTCAGGCAGATTCTTGTATAGAATTGCCTCTTTGGCTGGTTCACA
TGTTCAAGGACGGTAAGAAGGAGAAAGCTTTGGGAATGGGTGGGCAAGAAGCAAGTCCTG
CTTCCTTGTTTCAGTTATATGTTGACTATGGGCGTCTTACAGAGGCCACTAATTTGCTAT
TGGAGTACATGGAATCATTTGCATCATCGAAACCAGCAGAAGTATTGAAAAGGAAAAAGG
TATCAGGGGTTTGGTTTCCTTACACAACAGTGGAAAGACTATGGTGGGCGCTAGAGAAAA
CGATGAACTCAGGACGGATGCTGGAGCAGTGCCAGAAGCTCAAGGGACAACTCCAACAAG
CGTTACTCAATCACTTAAAGCTGCTGAAGGTTGACTCGGATGACGCTGTGTCGTCTGCAA
CTGGTTGAAGAAACTCGAACTTGAAATGGGAGGCCTCATGACTGATTTGTGTGAATCTGA
ACATGTATCAGTGTTTTCGGTTTTGTTTATAGTACATTGTTATGGGTGGTTGCTGGAGTA
CATTATTGGTCCTCAGTTGTCTAAGGGGGTGTGTATTGAATTGAAGATCTTGAATAGTTT
TGGTTTTGTTTTAAAATTCCCAGTTATCAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF83TF U 1
AF RR3D273JQ C 93
BS 1 148 RR3EF83TF
BS 149 149 RR3D273JQ
BS 150 167 RR3EF83TF
BS 168 168 RR3D273JQ
BS 169 214 RR3EF83TF
BS 215 215 RR3D273JQ
BS 216 283 RR3EF83TF
BS 284 284 RR3D273JQ
BS 285 400 RR3EF83TF
BS 401 401 RR3D273JQ
BS 402 569 RR3EF83TF
BS 570 570 RR3D273JQ
BS 571 583 RR3EF83TF
BS 584 584 RR3D273JQ
BS 585 660 RR3EF83TF
BS 661 661 RR3D273JQ
BS 662 670 RR3EF83TF
BS 671 812 RR3D273JQ

RD RR3EF83TF 677 0 0
GGCTGTGGTCATCAAATGATCTCAGGCCGAATCTTATGTTAACATCTACGGAAGAGGAAG
TCACTCATTCGCCTGATAGAAGCCCTGCTGTTCAAAGCTCCAACTTGGCTGGTGACTGGG
AAATTCTTGAGGTTTATCTTAAGAGGTATAAAGACATACACGCTAGATTGCCAGTTATTG
TTGCATCAACCCTTCTTCAGGCAGATTCTTGTATCGAATTGCCTCTTTGGCTGGTTCACA
TGTTCAAGGACGGTAAGAAGGAGAAAGCTTTGGGAATGGGTGG*CAAGAAGCAAGTCCTG
CTTCCTTGTTTCAGTTATATGTTGACTATGGGCGTCTTACAGAGGCCACTAATTTGCTAT
TGGAGTACATGGAATCATTTGCATCATCGAAACCAGCAGAGGTATTGAAAAGGAAAAAGG
TATCAGGGGTTTGGTTTCCTTACACAACAGTGGAAAGACTATGGTGGGCGCTAGAGAAAA
CGATGAACTCAGGACGGATGCTGGAGCAGTGCCAGAAGCTCAAGGGACAACTCCAACAAG
CGTTACTCAATCACTTAAAGCTGCTGAAG*TTGACTCGGATGATGCTGTGTCGTCTGCAA
CTGGTTGAAGAAACTCGAACTTGAAATGGGAGGCCTCATGACTGATTTGTGTGAATCTGA
*CATGTATCA
TATCAGT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3D273JQ 720 0 0
CAAAGCTCCAACTTGGCTGGTGACTGGGAAATTCTTGAGGTTTATCTTAAGAGGTACAAA
GACATACACGCTAGAATGCCAGTTATTGTTGCTTCAACCCTTCTTCAGGCAGATTCTTGT
ATAGAGTTGCCTCTTTGGCTGGTTCACATGTTCAAGGATGGTAAGAAGGAGAAAGCTTTG
GGAATGGGTGGGCAAGAAGCAAGTCCTGCTTCCTTGTTTCAGTTATATGTTGACTATGGG
CGTCTTACAGAGGCCACTAATTTGCTATTGGCGTACATGGAATCATTTGCATCATCGAAA
CCAGCAGAAGTATTGAAAAGGAAAAAGGTATCCGGGGTTTGGTTTCCTTACACAACAGTG
GAAAGACTATGGTGGGCGCTAGAGAAAACGATGAACTCAGGACGTATGCTGGAGCAGTGC
CAGAAGCTTAAGGGACAACTCCAACAAGCGTTACTCAATCATTTAAAGCTGCTGAAGGTT
GACTCGGATGACGCTGTGTCGTCTGCAACTGGTTGAAGAAACTGGAACTTGAAATGGGAG
GCCTCATGACTGATTTGTGTGAATCTGAACATGTATCAGTGTTTTCGGTTTTGTTTATAG
TACATTGTTATGGGTGGTTGCTGGAGTACATTATTGGTCCTCAGTTGTCTAAGGGGGTGT
GTATTGAATTGAAGATCTTGAATAGTTTTGGTTTTGTTTTAAAATTCCCAGTTATCAGTG

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL8220Contig1 1113 2 4 U
GGGAGAGAAGGTGTGGGGGCGCATCACATACGAAAGCAGCGCTGTAACTTACAAAATCAA
CCTGCCCCCTTGCCTTCTCACTCTCACTTCCAAATAAATAGAGAAGAAACATGACGCCGG
AATCTTCAGAGGCGGAGCGATGGTGCGTCGTCACCGGTGGCAGAGGATTCGCGGCTAGAC
ATCTCGTCGAAATGCTTGTACGCTACGAGATGTTCCTCGTCCGAATCGCCGATTTGGCCC
CGGCGATTCAGCTCGATCCTCAGGAGCAGAGCGGAGTTCTCGGCGAAGCAATGAGATCTG
GCCGTGTTCAATACGTATCAGCTGATCTCCGCGATAAATCTCAAGTCGTCAAAGCTTTTC
AGGGAGCGGAGGTGGTGTTCCACATGGCAGCTCCGGATTCGTCTATCAATAATCACCAGC
TTCATTACTCGGTTAATGTTCAAGGAACGAAGAATGTAATTGATGCTTGTGTGAATAGTG
GAGTTAAAAGGCTTATCTACACGAGCTCTCCTAGCGTCGTCTTTGATGGTGTTCATGGTA
TTTTGAATGGTAGTGAATCCTTGCCTTACCCATCCAAGCACAACGATTCTTATTCAACGA
CTAAAGCTGAAGGAGAAGCGTTGATCATGGATGCGAATGGCACTAATGGACTACTCACTT
GCTGCATACGTCCCAGCAGCATTTTTGGTCCCGGTGATAGATTGTTGGTTCCCTCACTTG
TTGCTGCTGCTCTCGCTGGAAAATCTAAGTTTATCATAGGTGACGGGAATAATCTCTACG
ATTTCACTTACGTTGAAAATGTTTCTCATGCCCATGTTTGTGCTGAGCGTGCTCTAGCTT
CAGGAGGAGATGTTTCTACAAAAGCTTCAGGGCAGGCATATTCATTACCAACATGGAACC
AATTAAATTTTGGGAATTTATGTCGCAGCTTCTTGAAGGACTTGGCTATGAGAGGCCAAG
CATAAAAATCCCTGCGTTTGTCATGATGCCGATCGCATATGTGGTTGAACTAATATATAA
ATTGTTGGGACCATATGGGATGAAAGTACCACAACTAACGCCTTCAAGAGTTACGCTGCT
CTCGTGCAGCAGAACTTTTGATTGCACAAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EQ01TF U 1
AF RR3AS52TF U 363
BS 1 394 RR3EQ01TF
BS 395 395 RR3AS52TF
BS 396 490 RR3EQ01TF
BS 491 1113 RR3AS52TF

RD RR3EQ01TF 490 0 0
GGGAGAGAAGGTGTGGGGGCGCATCACATACGAAAGCAGCGCTGTAACTTACAAAATCAA
CCTGCCCCCTTGCCTTCTCACTCTCACTTCCAAATAAATAGAGAAGAAACATGACGCCGG
AATCTTCAGAGGCGGAGCGATGGTGCGTCGTCACCGGTGGCAGAGGATTCGCGGCTAGAC
ATCTCGTCGAAATGCTTGTACGCTACGAGATGTTCCTCGTCCGAATCGCCGATTTGGCCC
CGGCGATTCAGCTCGATCCTCAGGAGCAGAGCGGAGTTCTCGGCGAAGCAATGAGATCTG
GCCGTGTTCAATACGTATCAGCTGATCTCCGCGATAAATCTCAAGTCGTCAAAGCTTTTC
AGGGAGCGGAGGTGGTGTTCCACATGGCAGCTCCTGATTCGTCTATCAATAATCACCAGC
TTCATTACTCGGTTAATGTTCAAGGAACGAAGAATGTAATTGATGCTTGTGTGAATAGTG
GAGTTAAAAG

QA 1 490 1 490
DS 

RD RR3AS52TF 751 0 0
GGAGCGGAGGTGGTGTTCCACATGGCAGCTCCGGATTCGTCTATCAATAATCACCAGCTT
CATTACTCGGTTAGTGTTCAAGGAACGAAGAATGTAATTGATGCTTGTGTGAATAGTGGA
GTTAAAAGGCTTATCTACACGAGCTCTCCTAGCGTCGTCTTTGATGGTGTTCATGGTATT
TTGAATGGTAGTGAATCCTTGCCTTACCCATCCAAGCACAACGATTCTTATTCAACGACT
AAAGCTGAAGGAGAAGCGTTGATCATGGATGCGAATGGCACTAATGGACTACTCACTTGC
TGCATACGTCCCAGCAGCATTTTTGGTCCCGGTGATAGATTGTTGGTTCCCTCACTTGTT
GCTGCTGCTCTCGCTGGAAAATCTAAGTTTATCATAGGTGACGGGAATAATCTCTACGAT
TTCACTTACGTTGAAAATGTTTCTCATGCCCATGTTTGTGCTGAGCGTGCTCTAGCTTCA
GGAGGAGATGTTTCTACAAAAGCTTCAGGGCAGGCATATTCATTACCAACATGGAACCAA
TTAAATTTTGGGAATTTATGTCGCAGCTTCTTGAAGGACTTGGCTATGAGAGGCCAAGCA
TAAAAATCCCTGCGTTTGTCATGATGCCGATCGCATATGTGGTTGAACTAATATATAAAT
TGTTGGGACCATATGGGATGAAAGTACCACAACTAACGCCTTCAAGAGTTACGCTGCTCT
CGTGCAGCAGAACTTTTGATTGCACAAAAGC

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL8221Contig1 765 2 2 U
AGGGGAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGATGGGGCTACAAGGTCAGCTCAGT
GACGTCTCTTCCGATTCGATCCCTCTGATGCTCCTCTCTCTCCTCGCCGTATTCCTCAGC
CGTCTCCGCTCTCTCCTCCACCGCCCCTGCGATTCCAACTCCGACGACTCCTCCGTCATA
GCGTCGGGACTCGCCAACATCATCGTCCTCGCCGATCAGCTGAGCCTGAACCGTCTCTTC
TCGTACCGGTTCGGAGGAGGCGGAGGCGAAGGAGGTTCCGATTGCGTGGTGTGTCTGTCG
AAGCTGCAGGAGGGAGAAGAGGTGAGGAAGCTGGAGTGTCGACACGTGTTCCACAAGCGG
TGCTTGGAGGGATGGCTCCACTGTCTTAATTTCACATGTCCTCTCTGTAGATCTGCTTTG
GTCGCCGATGGTTGCGTCTCCAAAACGCAGCGGCGCGTGGGAAGGGATTTGATCTCCTGC
CTCGCTCCCCACTGATTCTCACGCGTGCGATCGGGTTTAGGAGATTCCCTGGATCGGAAT
CCAACGGCTGTGATTCACCCATCTTCAACTGTTCTTTTATGTAGAGAGATCGGAAAAATT
ATAGAGGCTGTCTGGTCGATTTGACCACGCGCGCCCTTGTTTTCTTGATCTTTTTTTTTT
GAGTTTTTTTTTCTCATGGACTTGTAATATCCGGACATATCTCATAATGTACAGAAGCAT
GTTTGATGTATCCTTAAATTGTTCAATGATCGATATGCAAAACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AM68TF U 1
AF RR3AM68JQ C 127
BS 1 764 RR3AM68TF
BS 765 765 RR3AM68JQ

RD RR3AM68TF 764 0 0
AGGGGAGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGATGGGGCTACAAGGTCAGCTCAGT
GACGTCTCTTCCGATTCGATCCCTCTGATGCTCCTCTCTCTCCTCGCCGTATTCCTCAGC
CGTCTCCGCTCTCTCCTCCACCGCCCCTGCGATTCCAACTCCGACGACTCCTCCGTCATA
GCGTCGGGACTCGCCAACATCATCGTCCTCGCCGATCAGCTGAGCCTGAACCGTCTCTTC
TCGTACCGGTTCGGAGGAGGCGGAGGCGAAGGAGGTTCCGATTGCGTGGTGTGTCTGTCG
AAGCTGCAGGAGGGAGAAGAGGTGAGGAAGCTGGAGTGTCGACACGTGTTCCACAAGCGG
TGCTTGGAGGGATGGCTCCACTGTCTTAATTTCACATGTCCTCTCTGTAGATCTGCTTTG
GTCGCCGATGGTTGCGTCTCCAAAACGCAGCGGCGCGTGGGAAGGGATTTGATCTCCTGC
CTCGCTCCCCACTGATTCTCACGCGTGCGATCGGGTTTAGGAGATTCCCTGGATCGGAAT
CCAACGGCTGTGATTCACCCATCTTCAACTGTTCTTTTATGTAGAGAGATCGGAAAAATT
ATAGAGGCTGTCTGGTCGATTTGACCACGCGCGCCCTTGTTTTCTTGATCTTTTTTTTTT
GAGTTTTTTTTTCTCATGGACTTGTAATATCCGGACATATCTCATAATGTACAGAAGCAT
GTTTGATGTATCCTTAAATTGTTCAATGATCGATATGCAAAACC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3AM68JQ 639 0 0
CGCTCTCTCCTCCACCGCCCCTGCGATTCCAACTCCGACGACTCCTCCGTCATAGCGTCG
GGACTCGCCAACATCATCGTCCTCGCCGATCAGCTGAGCCTGAACCGTCTCTTCTCGTAC
CGGTTCGGAGGAGGCGGAGGCGAAGGAGGTTCCGATTGCGTGGTGTGTCTGTCGAAGCTG
CAGGAGGGAGAAGAGGTGAGGAAGCTGGAGTGTCGACACGTGTTCCACAAGCGGTGCTTG
GAGGGATGGCTCCACTGTCTTAATTTCACATGTCCTCTCTGTAGATCTGCTTTGGTCGCC
GATGGTTGCGTCTCCAAAACGCAGCGGCGCGTGGGAAGGGATTTGATCTCCTGCCTCGCT
CCCCACTGATTCTCACGCGTGCGATCGGGTTTAGGAGATTCCCTGGATCGGAATCCAACG
GCTGTGATTCACCCATCTTCAACTGTTCTTTTATGTAGAGAGATCGGAAAAATTATAGAG
GCTGTCTGGTCGATTTGACCACGCGCGCCCTTGTTTTCTTGATCTTTTTTTTTTGAGTTT
TTTTTTCTCATGGACTTGTAATATCCGGACATATCTCATAATGTACAGAAGCATGTTTGA
TGTATCCTTAAATTGTTCAATGATCGATATGCAAAACCC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL8222Contig1 662 2 3 U
TTTTTTTAGTCTCTATGGTCTCTCTTAGCTTTTCTTATACAAGGAAGATGAAACGACATC
GTTGTGTCCGCATGGCAAAGCTAAAGGAACACACAGAGAGCCAGACATAAAAACCTGTGG
AGCAACAATGAATTTTCTTTACTAACCAAAAAAAAATCACATGTTGTTAACAACGTTAAG
ACTGAATCTCAGGAACAAGTTCATTGATGTCAATCTCCACTAGAGTCTCCTTCCCAAACA
AAGTAAAGCTCACCGTTGCCTTTGCGGTTTTGCGGTTCAGTTTCTTTAGGTTGCCAACGA
ATTCTGCAAACGTCCCTGATAGAACACGAACTGTAGAACCAGCCGCAAGTTTCTTCTTCT
TCCCCTTTGTTTCAGTGGCAAGAGCAGCTTTCCTCGGAGCTCTTTTCGGTTTAGCTTCTG
CGAGAGATTCTACAGTCTCAGTACCATCTGAATTAGAAGCAAGAGCTTTCTGCAACGCTA
AACTCGCTTCTTCCTCGGCTAGTTCTCCCTCATCAAACTCACTGTCTGCTTTCTCTTGCT
CTTCTTTCGCTTGTTTGAAAATCGCTTCCAAGTCACTGTCGTCCACAGGTCTCGGCTTAT
TAATCTGCCTCTTGGTGTTTCCAACTTTTGAACCTATGAAACCTCCAACTCCCTCAACTT
CC


BQ
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10 10 

AF RR3GH87JQ U 8
AF RR3GH87TF C 1
BS 1 7 RR3GH87TF
BS 8 656 RR3GH87JQ
BS 657 662 RR3GH87TF

RD RR3GH87JQ 649 0 0
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CGCTTGTTTGAAAATCGCTTCCAAGTCACTGTCGTCCACAGGTCTCGGCTTATTAATCTG
CCTCTTGGTGTTTCCAACTTTTGAACCTATGAAACCTCCAACTCCCTCA

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3GH87TF 662 0 0
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TCCCCTTTGTTTCAGTGGCAAGAGCAGCTTTCCTCGGAGCTCTTTTCGGTTTAGCTTCTG
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CTTCTTTCGCTTGTTTGAAAATCGCTTCCAAGTCACTGTCGTCCACAGGTCTCGGCTTAT
TAATCTGCCTCTTGGTGTTTCCAACTTTTGAACCTATGAAACCTCCAACTCCCTCAACTT
CC

QA 1 662 1 662
DS 



AS 1 2

CO CL8223Contig1 857 2 4 U
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CCAGCTCCAGGCCCTGCTGGTCCTATCAACCTCACGGCAATCCTCGAAAAAGGCGGTCAA
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CACGTCAGCCCCAAATTCTACACTTTGGACGATCTCCTCTCCGTGAGTAACCCGGTTAGG
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BQ
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AF RR3AV44TF U 1
AF RR3AV44JQ C 138
BS 1 681 RR3AV44TF
BS 682 682 RR3AV44JQ
BS 683 824 RR3AV44TF
BS 825 857 RR3AV44JQ

RD RR3AV44TF 824 0 0
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QA 1 824 1 824
DS 

RD RR3AV44JQ 720 0 0
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TCTTTTGAAAATCACTCAAATCGGTAGCCAAGTGGACACTCAAGTCAACAGTTCATCCGA
AGGCATGACCGTGTTCGCTCCAACGGACAATGCTTTCCAAAACCTCAAAGCCGGAACTCT
AAACAAGTTGAGCGCAGACGAACAAGTCAAACTCATTCTCTACCACGTCAGCCCCAAATT
CTACACTTTGGACGATCTCCTCTCCGTGAGTAACCCGGTTAGGACTCAAGCTTCCGGCCG
TGACAACGGTGTTTACGGACTTAACTTCACCGGTGAAGCTAACCAAGTCAATGTCTCAAC
CGGTTACGTGGAGACACGTGTCAGCAATGCGTTGAGATCACAGCGTCCTCTCGCGGTGTA
TGTTGTCGACATGGTTTTGTTGCCTGGTGAGATGTTCGTAGAGCACAAGCTTTCCCCGAT
CGCTCCTGCCCCTAAATCTCCGACCACTGGGGTTTCCGATGACAACACCAACTCCGCTAA
AAAGGCTCCTGCGTCGGCAGATAAGTCAGCATCTGGTGAGAGGAGAGTTGGACTAGGGTT
TGGTTTTGGACTTGTTATCTTGTGTTTGAAGTTTATCTTCTGAATATAATTGTGATCGTT
GCATTGTATTTGTTTCTGATGATTCTATCCGGTTTGGGTTATGAAATTTGTTCATTAAAT

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL8224Contig1 852 2 2 U
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CTGTCGTGTAGGTGGTAGTGTTGTATAATCCGATCTTTCCTGTTGTTTGCTATGATGTTC
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TTTCAATGTTAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DG33TF U 1
AF RR3DG33JQ C 2
BS 1 694 RR3DG33TF
BS 695 852 RR3DG33JQ

RD RR3DG33TF 694 0 0
AGGGGACATCACTCATTCTCATAATAACTTCTCATCTTCTCTTAAAAGCTTTACATTTAC
GGTTTCAGATGACGAGTCTAGCGGTCGATCAAGAGAATATTCCTCCTCCTATGGACGGAA
TCAACACGGCTGTTACGACGGAGCCTGCTGCGAAGGGAGGCAAGACGAAGAAAGCTAAGG
AAGTGAAGGCGGCGAAGAAGAAGCCTGCTGCTGCGGCTGCGAAGAAGAAGTCTGTCTCAA
CTCATCCTACTTACGAAGAGATGATCAAGGATGCGATTGTATCGTTGAAGGAGAGGACTG
GATCTAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCACAAGGTGCTTTCGCCTT
CGTTCAGGAATCTCCTGCTTCTCAACCTCAAGAGACTCGTGGCCTCCGAGAAGCTCGTGA
AGGTGAAAGCCTCGTTTAAGATTCCGTCTGCTGCTGCTAAGCCGTCGTCTCCGAAGGCGG
TTACGGAGAAGAAGAAACCTGCTGCGAAGCCCAAGGCAAAGGCGGCTAAAACATCTACGG
TGACATCTCCGGGTAAAAAGGCTGCGGTTAAGAAGAAGACTACCAAGGTGGCGACGAAGA
AGAAGACTCCGGTGAAGAAGGTTGTCAAGCCAAAGACGGTCAAGTCTCCAGCGAAGAGGG
CTTCGAAGAGGGCGGTGAAGTGAAAACTAGGGTT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3DG33JQ 851 0 0
A
GGGACATCACTCATTCTCATAT**ACTTCTCATCT*CTCTTAAAAGCTTTACATTTACGG
TTTCAGATGACGAGTCTAGCGGTCGATCAAGAGAATATTCCTCCTCCTATGGACGGAATC
AACACGGCTGTTACGACGGAGCCTGCTGCGAAGGGAGGCAAGACGAAGAAAGCTAAGGAA
GTGAAGGCGGCGAAGAAGAAGCCTGCTGCTGCGGCTGCGAAGAAGAAGTCTGTCTCAACT
CATCCTACTTACGAAGAGATGATCAAGGATGCGATTGTATCGTTGAAGGAGAGGACTGGA
TCTAGCCAATACGCGATTCAGAAGTTCATCGAGGAGAAGCACAAGGTGCTTTCGCCTTCG
TTCAGGAATCTCCTGCTTCTCAACCTCAAGAGACTCGTGGCCTCCGAGAAGCTCGTGAAG
GTGAAAGCCTCGTTTAAGATTCCGTCTGCTGCTGCTAAGCCGTCGTCTCCGAAGGCGGTT
ACGGAGAAGAAGAAACCTGCTGCGAAGCCCAAGGCAAAGGCGGCTAAAACATCTACGGTG
ACATCTCCGGGTAAAAAGGCTGCGGTTAAGAAGAAGACTACCAAGGTGGCGACGAAGAAG
AAGACTCCGGTGAAGAAGGTTGTCAAGCCAAAGACGGTCAAGTCTCCAGCGAAGAGGGCT
TCGAAGAGGGCGGTGAAGTGAAAACTAGGGTTTTAGGAATACATGCTTGTAGCTTTCTCT
GTCGTGTAGGTGGTAGTGTTGTATAATCCGATCTTTCCTGTTGTTTGCTATGATGTTCTT
GTAATCCATGGTTTACTTGAGAACTATCCTTTGAATCATATATAATAGCTTAATCTCTTT
TCAATGTTAG

QA 2 851 2 851
DS 



AS 1 2

CO CL8225Contig1 960 2 12 U
GGTTCACTCGGCGACTTGTCATTGCACGAAAGGACATCTTAGTGAAGAAGTACTGTTCCT
TATGGTTCAGCATCTTAACTGGAACCCTAATGTAATCGCCACTCTGTCTTGTGTCTGCAA
ATGGTTTGATGATCTTGCTAAGAGACTGCTGTGGAAAGAGTTCTGCAGAGCCAGAGCGCC
CAAGATGATGTGTGATCTCCAGTCTAGTGGTAGCCACAGTGTTGATGGTAGTTGGAGAGC
ACTTGGGAAGCTTTTGATTTACTGCTCAGGTTCAAGTAAAGGTGGACTCTTTGACAATGT
TCAAGTCCCTGGCCACTTTGTTCACAGGACACGATTCTCTAGAACTTCAGGAAGGAGCTT
CCTTCCTCCGCAGTGTCGAAACGATGACATTCTGTATGTTTCTGACCCTTGTGAGCATTT
GGATCAAGGAGGAGAAGATGGTGATTTGGGTTTCTTCCGTGGGATCTTCAAATCGTTTTC
AATGTCAAAGGTGAGGAAGTTGCTCATTAGGAAAGGGACATCGTTTCATCCCACAGAGGT
TTGTCCTTATTGCAAAGCGAAGCTGTGGAGTATGCTTCAGGCGAGGATGATACCACAGAG
CGCTAGCTGTAGATTGGGGGCTTATGAAGATAGCATTGAGTATTATGTTTGCCTCAATGG
GCATATGCTTGGAGTTTGTACTCTCTTACCTTTGTCTGATTCTGAAGGAGCATCCGAGGT
TCAGTGACTCTATACAAGTTGCTTGAAGCTGTCGTTAATGTATTTTCTGCTGGTGAATTC
TTGTTGCTGCTAGACTTGGGATCATCACTTTTGCATAGAGCTGGTGTGAAGTTGTGGCAA
CTTCAGATTCTCAGTCTTATCATTGTTGTGCAAACTATTTATTGTCACAGTTCATGAATG
TGTATGAACAACATTTGCTTGTGCTAAATTTATCATTACATGACCCAAATAAATCTAGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GW74TF U 1
AF RR3GW74JQ C 140
BS 1 707 RR3GW74TF
BS 708 708 RR3GW74JQ
BS 709 720 RR3GW74TF
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BS 737 737 RR3GW74JQ
BS 738 757 RR3GW74TF
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BS 759 776 RR3GW74TF
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BS 778 811 RR3GW74TF
BS 812 960 RR3GW74JQ

RD RR3GW74TF 811 0 0
GGTTCACTCGGCGACTTGTCATTGCACGAAAGGACATCTTAGTGAAGAAGTACTGTTCCT
TATGGTTCAGCATCTTAACTGGAACCCTAATGTAATCGCCACTCTGTCTTGTGTCTGCAA
ATGGTTTGATGATCTTGCTAAGAGACTGCTGTGGAAAGAGTTCTGCAGAGCCAGAGCGCC
CAAGATGATGTGTGATCTCCAGTCTAGTGGTAGCCACAGTGTTGATGGTAGTTGGAGAGC
ACTTGGGAAGCTTTTGATTTACTGCTCAGGTTCAAGTAAAGGTGGACTCTTTGACAATGT
TCAAGTCCCTGGCCACTTTGTTCACAGGACACGATTCTCTAGAACTTCAGGAAGGAGCTT
CCTTCCTCCGCAGTGTCGAAACGATGACATTCTGTATGTTTCTGACCCTTGTGAGCATTT
GGATCAAGGAGGAGAAGATGGTGATTTGGGTTTCTTCCGTGGGATCTTCAAATCGTTTTC
AATGTCAAAGGTGAGGAAGTTGCTCATTAGGAAAGGGACATCGTTTCATCCCACAGAGGT
TTGTCCTTATTGCAAAGCGAAGCTGTGGAGTATGCTTCAGGCGAGGATGATACCACAGAG
CGCTAGCTGTAGATTGGGGGCTTATGAAGATAGCATTGAGTATTATGTTTGCCTCAATGG
GCATATGCTTGGAGTTTGTACTCTCTTACCTTTGTCTGATTCTGAAG*AGCATCCGAGGT
*CAGTGACTCTATACA*GTTGCTTGAAGCTGTCGTTA*TGTATTTTCTGCTGGTGA*TTC
TTGTTGCTGCTAGACTTGGGATCATCACTTT

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3GW74JQ 821 0 0
AAGAGACTGCTGTGGAAAGAGTTCTGCAGAGCCAGAGCGCCCAAGATGATGTGTGATCTC
CAGTCTAGTGGTAGCCACAGTGTTGATGGTAGTTGGAGAGCACTTGGGAAGCTTTTGATT
TACTGCTCAGGTTCAAGTAAAGGTGGACTCTTTGACAATGTTCAAGTCCCTGGCCACTTT
GTTCACAGGACACGATTCTCTAGAACTTCAGGAAGGAGCTTCCTTCCTCCGCAGTGTCGA
AACGATGACATTCTGTATGTTTCTGACCCTTGTGAGCATTTGGATCAAGGAGGAGAAGAT
GGTGATTTGGGTTTCTTCCGTGGGATCTTCAAATCGTTTTCAATGTCAAAGGTGAGGAAG
TTGCTCATTAGGAAAGGGACATCGTTTCATCCCACAGAGGTTTGTCCTTATTGCAAAGCG
AAGCTGTGGAGTATGCTTCAGGCGAGGATGATACCACAGAGCGCTAGCTGTAGATTGGGG
GCTTATGAAGATAGCATTGAGTATTATGTTTGCCTCAATGGGCATATGCTTGGAGTTTGT
ACTCTCTTACCTTTGTCTGATTCTGAAGGAGCATCCGAGGTTCAGTGACTCTATACAAGT
TGCTTGAAGCTGTCGTTAATGTATTTTCTGCTGGTGAATTCTTGTTGCTGCTAGACTTGG
GATCATCACTTTTGCATAGAGCTGGTGTGAAGTTGTGGCAACTTCAGATTCTCAGTCTTA
TCATTGTTGTGCAAACTATTTATTGTCACAGTTCATGAATGTGTATGAACAACATTTGCT
TGTGCTAAATTTATCATTACATGACCCAAATAAATCTAGGT

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 2

CO CL8226Contig1 785 2 4 U
GATCCCAAAGCTCGAGATAAACATAAGAAAATTATCTTAAAAAAAAACTCTAAAGAAATC
AAAGTAGAAGAGATGATGAAGTTCAAGTCCAAGAGGTTTGGGATTCGATTTGGTTTTGGT
AAAAGAACCAACAACAAAGGCACACAACAAGATCAACAACAAAAGGGATCTAGTAATAAC
AACAACAATATTAGCTGCTGCAATAATGAGATTAAATGGGAACTTAGGCCAGGAGGCATG
CTTGTTCAGAAAAGACAAGAGAGCATTGGTGAAGACTTGATCTCCATTAGAGTCTCTACT
TTTGCTAATTTTCATGATCTCTCCATTGAAGCTACCTCCACTTTTGGAGAACTTAAGATG
GTACTATCACTGCTTACCGGGTTAGAGCCAAAACAGCAACGTCTACTATTCAAAGGGAAA
GAGATAGAGGATGATGAATATCTACACATGGTCGGTGTTGGAGAAAAAGACAAAGTGTTG
TTACTAGAAGATCCTGCATTCAGAGAGAAAAAGCTTCTTGATCTTAACAACATTTCCGCT
TCTTGTCCCACTATAATCGTATAAACAGCTAAACCAGTTTCTTAAATTAGTTGCGTGTTA
ACTTCTTGGTGAAGTATAAGATCAGCCAAGAATAGTTACTTGATAGGATTGTCATGCATG
ATGCATACAGATTATATAAATCTCATGTAGTCACTCTATTTCAAAGTTGTAAAATTAATG
TTTACATGTTGTCATATAGTTAAAAAAAAATGTTGTAATATAGTTGTCAATGTTTTTATA
CTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E529TF U 1
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BQ
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AF RR3DG73JQ C 12
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QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

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TTTTCTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FS50TF U 1
AF RR3FS50JQ C 215
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BS 657 967 RR3FS50JQ

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TTAATGCAAGGCTTTGCTAACAGAGAGGCTCTCTCCACAACAATCACTTCTCGTAAAGCT
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ATCAATGTCCTTGATGTTTACCTTGACTGTGATCGTGATTCGATAATTTACCTTGGAACA
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TGGACTCGTCGGTTACTGACTGACGATGCTCTGCTTTGCTCAAAGATCAGGGAAGA

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DS 

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CTTGCTACTACACTTCTGTTTTCGATCAATTAGCAGATTATGAGGCTTCAGGAGATAAGC
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CATTTCCTCAAGAAGGCAAACCGTCTTGGACTCGTCGGTTACTGACTGACGATGCTCTGC
TTTGCTCAAAGATCAGGGAAGAAGCAGACGAGTTATGCAGAACGCTTGAGGATAAGGAGG
AAGTATCAAGAACAGCATCAGAGATGGCGGATGTGTTGTACCATGCGATGGTGCTTCTGT
CTAAAAGGGATGTCAAGTTTGAAGATGTTCTTGAAATTCTTAGGAAACGCTTCTCTCAAT
CTGGTATCGAGGAGAAGCAAAGCCGTTCAAAGTGACCGTATAAACTGTTGTATTTGCGAG
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CATTTGCTAAAGATATTGTTACATCTTTTTCTT

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

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TATGAAAGTTTATT


BQ
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AF RR3CL90TF U 1
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TATATAAGTTGGGGTGAAGGTGAAAAAGTAAGCACTTATATGTCCGAGGAGTATGTTTCA
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TTTCTCTGTTGAATAAAGAAGAAACATTTTTAGGCCATGTGAAATAAATGGACTGGATCA
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QA 1 743 1 743
DS 

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GGAAAATAACAGTGCCATGCCTTAGATTGGTCCTGTTCCCTTGAACTCTAAATGGATGAT
CCGGAGGCATCATATATAAGTTGGGGTGAAGGTGAAAAAGTAAGCACTTATATGTCCGAG
GAGTATGTTTCACAGGAGGTTACTCCACCTGGCATCAGTGATTCAGACAAATCCTTTGTT
GAGAATATATATTTTCTCTGTTGAATAAAGAAGAAACATTTTTAGGCCATGTGAAATAAA
TGGACTGGATCATGCAGATACAAGATTCTTCAGTGCTGATCTGGTTATTGTTGAAAGGAG
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TCTTTCTCTTCTTGGATTGTTGTAGCAATGAGTGAAGAGTGTGGAAATTCTTGTCTGTGG
TCCAAAGATATGAGAGTGTGGAAAACGTATGACATTGTTTTCTTTAGATGGGTTTCTTTA
AATTGTTAGATATTTTTTAAATTTCAGTTTTATAAACATTATTGTTAGTATTTGAATATC
TACTTTGAGTTGTATGAAAGTTTATT

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

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ATTTTTGTAATATATACGTGTTTCTAATTCAAAGATTCGTATCCAGTC


BQ
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AF RR3G109JQ C 1
AF RR3G109TF U 1
BS 1 648 RR3G109TF

RD RR3G109JQ 648 0 0
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TCTTTGTTTCGAACAATTGTGAAAGTGAATTCTATTTTTGTATAATGTCGCTTATGTTTT
ATTTTTGTAATATATACGTGTTTCTAATTCAAAGATTCGTATCCAGTC

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3G109TF 648 0 0
GGGGTCTCAGTGCTTTGACAAAGTAATCTTCACCGTTTTAGATGACTTGCTCGAGATCGC
TTCAGGGTCACAGAAAGACTACCGTAACATGGAAGGCACGTTGCTTCTGGCAATCAAACT
CCTCTCCAAAGTGTTTCTTCAGCTACTCCAAGAGCTATCCCAGTTATCAACCTTCTGCAA
GCTATGGCTGGGCGTCCTAACCCGGATGGAGAAATACATGAAAGTGAAAGTAAGGGGCAA
GAAAAGCGAGAAGCTACAAGAAACCGTGCCAGAGCTTCTCAAGAACATATTGCTTGTGAT
GAAGACGAAAGGAGTGCTTTTGCAGAGAAGCGCTCTTGGCGGAGATAGCTTATGGGAGTT
AACATGGCTTCACGTTAACAACATCGCTCCGTCTATGAGGCTGGAGCTCTTCCCTGATCA
AGAATCTGCAGTGCCTTGCGATGATGAGAGCAATGGCTTAGCTTCTGCTGAAGCTGGAGC
GACATAACTGGTTAGTGGTGACCTCTCTATAAATGACGATCATTAGGTGAGTTGCTAAAG
TCTTTGTTTCGAACAATTGTGAAAGTGAATTCTATTTTTGTATAATGTCGCTTATGTTTT
ATTTTTGTAATATATACGTGTTTCTAATTCAAAGATTCGTATCCAGTC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL8231Contig1 892 2 2 U
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GCGCCGCCGTCCTCTGCTCGAAGCCCTTAAACTTCGTCTTCAAGATCCGAAGCGGCGGGC
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TTATGACCGGGTTTGTGAGCAAGAACCCTAGGAATGCTTACTTGAACTACAGAGATGTTG
ACATCGGTGTGAATGATCACGGGGTGAATAGTTACAAGGAAGGAGAGGTGTATGGAAGGA
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CTTTACCTTTTGCCTTTATTATTTGAAAATGTTTGGTTTCTTACTAGTTACTACGAAAAA
ACCAATAATGTTTGGTGAAGGAGAATATATTAATATCTAATTTGGAATATTG


BQ
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AF RR3D935TF U 1
AF RR3D935JQ C 403
BS 1 632 RR3D935TF
BS 633 892 RR3D935JQ

RD RR3D935TF 632 0 0
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TGAGGAAGTTCGGTTTGTCTGTGGACTACGTGGAGGACGCGAACATCGTCGACGTGAACG
GTCGTGTTTTGGACAGGAAAGCGATGGGAGAGGATCTTTTCTGGGCGATCTCCGGGGGAG
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TTATGACCGGGTTTGTGAGCAAGAACCCTAGGAATGCTTACTTGAACTACAGAGATGTTG
ACATCGGTGTGAATGATCACGGGGTGAATAGT

QA 1 632 1 632
DS 

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GAGAGGTGTATGGAAGGAAGTATTTTGGTAATAACTTTGATCGACTAGTGAAGATAAAAA
CCGCGGTTGACCCTGGGAACTTCTTCAGGAATGAGCAGAGTATACCTACCTTGCCAAAAA
AGGCATAAGTGAAAAAGACTTTACCTTTTGCCTTTATTATTTGAAAATGTTTGGTTTCTT
ACTAGTTACTACGAAAAAACCAATAATGTTTGGTGAAGGAGAATATATTAATATCTAATT
TGGAATATTG

QA 1 490 1 490
DS 



AS 1 2

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AGTAGTCGTCGAGGTGGTAATGATGAGTTAGAAGATGGAGAAGTTGGGGAAGATGGCGAA
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TTTTCTTTCTTTTTCGTTTCTTTAATAATCGGATATAATGTTCCTAAAGAAGACGGGGTT
CGAAAGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ33TF U 1
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QA 1 652 1 652
DS 

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GAGACGCCATCCAATTCTGATGAAGATTTCAGTTCTGATAGGGATGACAGAGAGGAGTCG
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AACACGCCAGAATCAGACAGTGAAAGTCGGCATAAAAGACAGAAGAAAGAGCAGCGTGAG
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TTTTCTTTCTTTTTCGTTTCTTTAATAATCGGATATAATGTTCCTAAGGAAGACGGGGTT
CGAAAGC

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H478JQ C 1
AF RR3H478TF U 1
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AGCAACAAAAGGTAACGGTGGTTGGAAACGTGGAGCCGGAGCTTCTGATAAAGAAGATCA
TGAAAGCCGGTAGACACGCCGAACTATGGCCGACGTCGATGGACAACAACAACAACGAGT
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TTGACGGCGGAACATGCATTGGCGGACCTCCCGGAGGCGGTGGTGATCAGGTGAAGCAAG
TTGTGACGTTTGTAAACGGACAACCTCAACCACAGTCTGGGTGGAGATGGAGCTCCG

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

CO CL8234Contig1 670 2 2 U
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TATACAGTGTGACGTTCTTCTGAGGGAAATGCACTCAAAGCGGAGGATCGACCGTGATTG
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TTCAGCTTCATCAGTTTGTTACCTCCTTTCGCCATTTCAAATTTGGTTTTGAGAATCTGA
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ATGTCGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EB29TF C 1
AF RR3EB29JQ U 23
BS 1 22 RR3EB29TF
BS 23 670 RR3EB29JQ

RD RR3EB29TF 670 0 0
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TCGTCAGCGTCGGCGTTCTCAAGCATCCAAAGCAAATGTTCGAACAAGACAACCTCGCAC
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TATACAGTGTGACGTTCTTCTGAGGGAAATGCACTCAAAGCGGAGGATCGACCGTGATTG
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TTCAGCTTCATCAGTTTGTTACCTCCTTTCGCCATTTCAAATTTGGTTTTGAGAATCTGA
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ATGTCGATCC

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3EB29JQ 648 0 0
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CGGAGCTCACGTGGTACAGACGCCGTGTACTTCCGACGTATACAGTGTGACGTTCTTCTG
AGGGAAATGCACTCAAAGCGGAGGATCGACCGTGATTGGCCGTAGCCGGTGGCTGGTTTG
GCTTGGTGTTGAAGGAGTTGAGCTTCTTCAAAACTGATTTCAGCTTCATCAGTTTGTTAC
CTCCTTTCGCCATTTCAAATTTGGTTTTGAGAATCTGAAGTCAGAAATGTACGTCGGAGT
GAGTTTCCGGCGAAAGGGATAGAGAAGGAGAGAGAGAGATGTCGATCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL8235Contig1 704 2 2 U
GCAAGAAAGGCGGCCCTGGGGGGGACTCTATCGCATAAGTAAGCAAGCTACCTTTCGGGA
TGGGCTTTTGCTTCTTTCTTTATTTTTCGATATGCCGCTTCTTCGCCAGCAAGGAGCGAG
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AGTCTGCTAGTTTCTTTGATCCTACTCGGTGTTCCTTTTCCATTTGCTTCCAATAGTTCT
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AGTCGTTTCGATATACGATTTTATCTTGTTTCAATTTTATTTTTAATCTTTGATCTGGAA
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CGAGAACACCGAAAAAACCGAATTCCGCTCTACGTAAGATAGCC


BQ
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AF RR3AF36JQ C 1
AF RR3AF36TF U 1
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BS 672 704 RR3AF36JQ

RD RR3AF36JQ 704 0 0
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DS 

RD RR3AF36TF 671 0 0
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ACCTACCCAGAAAAATTGTCGGCCTACGAATGTGGTTTCGATCCTTCCGGTGATGCCAGA
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TCCATGATGGCCTTTTTATTTATTTTGACGATTGGATTTCTCTATGAATGGAAAAGGGGT
GCTTTGGATTGGGAGTAAAGTGATAGGGCAAAAAATGGGGGGGGAAAAAGAAAGGAAAGA
GAATAATGCCTACGTTGAATCAATTGATTCGTCATGGTAGAGAAGAAAAACGGCGCACGG
ACCGTACTCGAGCTTTGGATAAATGTCCCCAGAAGCTAGGAGCATGCCTGCGTGTTTCAA
CGAGAACACCG

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3EJ26TF U 1
AF RR3EJ26JQ C 3
BS 1 611 RR3EJ26TF
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BS 613 655 RR3EJ26TF
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RD RR3EJ26TF 655 0 0
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QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3EJ26JQ 756 0 0
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GAGTATGTGGGAGTGGATCCTTTGCAAGCAGGTAATGCTGTACAGCTGATATTGGTGCTA
GGCTTGACACTAGGTTGGATATCGACTTACATCTTTAGAGTCGGTAACAAGGAGATGACT
TATGCTCAGCAGCTTCGTGACTACGAGTCTCAAGTCATGCAGAAACGGTTGGAGAGCTTA
TCTGAGGCCGAGTTAGAGGCGTTGATGGAACAAGTTGATGAAGAGAAGAGACAAGTTTAG
TGGGCTTAGGCTCCTCTACTGTTCCGTTCACCTGCAAAATTAGTAAAAGAATCACAGGCA
GGTTTTCATGTTGGTTCTTGTTCCTCAATGTTGGTTGTATGATACAAAAAAGAATACAAA
TCAAAGAATATGTTGAAACGGTTGAAGGAATCTATC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL8237Contig1 1349 2 4 U
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CAGACCTATGACGGTGATGTTTATTCAGTCGCCGGAGATCTCCACAATACCGTTGTCAAT
ACACCTGTCCAGGTCTCAGGTAAACTTACAAGTCTAAAGGGTTCAAATGATTTGAACTTC
TCTGAGATATTTCACTGTAACGGTTTAATGTTGTGCTCTGCAAATGGAAATGATAGACTT
GTGGTTTGGAACCCATGTACTGGCCAAACGAGGAATATCAAAGCAAGAACTTGTTTCCAG
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BQ
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AF RR3BD38TF U 1
AF RR3BD38JQ C 628
BS 1 780 RR3BD38TF
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ACACCTGTCCAGGTCTCAGGTAAACTTACAAGTCTAAAGGGTTCAAATGATTTGAACTTC
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GTGGTTTGGAACCCATGTACTGGCCAAACGAGGAATATCAAAGCAAGAACTTGTTTCCAG
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TACAAAATCTTGAGGTGTTTCGATTATCGAAACGATCAGGAAGAGTGGGTTCCTCAGTGT
GAGATCTATGAGCTTAGATCTGATTCTTGGAGGGTTCTCGATTCCTTCCCTCTTCACTAC
ATCATGTTTCGGGATGGCATATCTTTGAAAGGAAACACTTATTGGGTTGCTGGAGATAAC
GAAAGTGGCTATTTCTTGCTCAAGTTTGATTTCACCACAGAGATATTTGTGCGTCTCCCT
CTTCCGATTCCGATTCAGACAGAGAGATTTGTGAGTAGATTTGTTCTTTCAGTTGTCAGG
*ATGAAAAGCTCTCGGTGTTACAAATTG

QA 1 808 1 808
DS 

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TTTGTGAGTAGATTTGTTCTTTCAGTTGTCAGGGATGAAAAGCTCTCGGTGTTACAAATT
GTGGACAATTCAGATGTCATGTTATATGGCTGGTCAAATGTGATGAGAATATGTGTGAGC
AATAAAATTAGTGAGGATGCTAATAAAGACTTGTCGTGGAGAAGCGACTTGTTCTTGGAA
GTTGATTTTGATAACTATAACACGTATTTCCGAAGCTTCTTGTTGGACGAGGAGAATAAA
GTGGCATTACTGTGTTGTTCTATAGAAATGGTAACAGATGATTCTACGACCATAATATAC
ATTATTGGAGAGGACATGCTTAAAGAAGTTTATAGATGTACTATAGAGGAATCTCGTTCC
AACTCCCCCCTTGTCATCACTTATGTTCCAAGCTTGGTTCACATTTAGAAAAGAGGGCAA
ATAAATGGAGGTTAGCCCTTAAATGAATTACTTTCTTTTTTAGGTGTTGGCGATCTTCTG
GTTTGTACGTACTTTTGGCTGATGCTTGATAATGATTTTTTCCGTTCCTCTTTTTTTTTC
TCTGTGCTTTTGGGTATTGTTCAAGTACATTGTAAATTCTGCTTATAGCCATGTTCACTT
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3A934JQ C 1
AF RR3A934TF U 1
BS 1 679 RR3A934TF

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CCAACCTCTGTCTTGCCCCACCGAAGCTTCTCACCACCGGAATCAACCTCCGATTGGAAT
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TCACAATTGTGATGCTATTGCCGAGAGGATGCAAACTGATTGGATCTGGTTCAGCTGTCA
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QA 1 679 1 679
DS 

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CCAACCTCTGTCTTGCCCCACCGAAGCTTCTCACCACCGGAATCAACCTCCGATTGGAAT
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AAAATCTCCGGATGCTGAGGTTTGGACGTCGAAGACCGGCAAGCACGGTCACGCTAAGTG
TCACTTTGTTGCCATTGATATCTCCACTGCCAAGAAGCTCGAAGATATTGTTCCTTTTTA
TCACAATTGTGATGCTATTGCCGAGAGGATGCAAACTGATTGGATCTGGTTCAGCTGTCA
CTAGTCTTCTCATTTCTAATGAAGATCTTGCAAAGATTGTCTATACAAGTGATGAGTGAA
TTGCTACTCAACTAGTAATTTCAACCGTGACTTGTTCCAGGTAAATGTTGCATTAAGCGT
TGAACTATACATAAGAGAGAGACACTGATTTTGTAAAACTCACAATTGACTTCCTAACCC
AAGTTCATTTTACTTGTTC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

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TTGCTTGGCGATAAGGAACGACGAGGAGTTGGGGAAGCTGCTCCACGGAGTCACCATCGC
GAGCGGTGGAGTTCTTCCGAACATCAACCCGGTGCTTCTTCCCAAGAGATCTGCATCTCA
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GTGTAGGTTGGTTGCTTTCTATGTTTACTCTCTGTTTGTGGTTTGTTTATGGATCCTCGG
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CTACTCAGTTTCTCAGTCGTATATCAAATAAATAAAAGTTTCTTTCTGG


BQ
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AF RR3CN21JQ C 1
AF RR3CN21TF U 102
BS 1 101 RR3CN21JQ
BS 102 592 RR3CN21TF
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RD RR3CN21JQ 769 0 0
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DS 

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BT18TF U 1
AF RR3BT18JQ C 1
BS 1 657 RR3BT18TF
BS 658 777 RR3BT18JQ

RD RR3BT18TF 657 0 0
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AATAGTGGCTGTCAAATCAGTTCGAGATGAAGAGACTGGCCTGGAACTCAATGCGGAAAA
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QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B804TF U 1
AF RR3B804JQ C 1
BS 1 649 RR3B804TF
BS 650 772 RR3B804JQ

RD RR3B804TF 649 0 0
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TCATGCTGAATCGATGAGCCGCGAGAAGGTTCACTTCTCCCTCTCCAAATGGGCCGATGG
AAAGCCCCAGAAACCAGGTATCTTCTTCTTCTTCACTCCCTTTCCTCTGGGATCCTTGAT
CGAGATCTCGTTGTTTGTTTCTGTGTTGTTCTCTCTGTTTCGAGACGGTTAAAGGTTCGA
ACTTTAATTAGAACCCATCAGAACTAGGGTTCCGTTTCGGTTGAGGAAGGGATTGTTCAC
TCTGAAATGGTTCTTTTGAGCTCGCATTTTGATGATATTTTGTTCGATCTTTTTTACCTC
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ACAGTTTTGCGGTCAGACGCACCTCAAGTTTGAGGCTTTTGATCAAAGCATGGATGGATA
AAAGGGATGTTGTAACGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3B804JQ 772 0 0
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CGTATATAACGTACTCAAACATCTGCGCGAATCTGGTCAGGAACTGTCTCAAAGAACCCT
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AAAGCCCCAGAAACCAGGTATCTTCTTCTTCTTCACTCCCTTTCCTCTGGGATCCTTGAT
CGAGATCTCGTTGTTTGTTTCTGTGTTGTTCTCTCTGTTTCGAGACGGTTAAAGGTTCGA
ACTTTAATTAGAACCCATCAGAACTAGGGTTCCGTTTCGGTTGAGGAAGGGATTGTTCAC
TCTGAAATGGTTCTTTTGAGCTCGCATTTTGATGATATTTTGTTCGATCTTTTTTACCTC
AGTTTCGTTCAGACAGGGGGCTTTTTATGTGTTTATGCAACTTTGTGTGGTCTTTTGTTG
ACAGTTTTGCGGTCAGACGCACCTCAAGTTTGAGGCTTTTGATCAAAGCATGGATGGATA
AAAGGGATGTTGTAACGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTG
ACAATTTGTTTCCTTCTGCTTGTTGTCTGCAATGAAAACTTTATGCTCAGGCAATCAATA
ATGAAAAACACTTCTTCTGTTTCTTGCTCAATACAAATTATTTTTTTGTTGC

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL8242Contig1 381 2 1 U
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CTACTATGACTGTATGTCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTGACCTTCCCTGCTTGCTTCCTT
TCCATCTCTCTGTCTTCTTTGTGCAGATTCTGTGTTAGGTAGGTGCTATGTAATCCTTGG
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TTAATAGTTTCTTCTCTTCAC


BQ
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AF RR3E380JQ C 1
AF RR3E380TF U 1
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CTACTATGACTGTATGTCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTGACCTTCCCTGCTTGCTTCCTT
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TTAATAGTTTCTTCTCTTCAC

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR3E380TF 381 0 0
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CCCGCCGGGTCGACCCATTGACGTTGCTCAGGCTATTGGTTACAAACGCCTCGAGAAGCG
CTACTATGACTGTATGTCCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTGACCTTCCCTGCTTGCTTCCTT
TCCATCTCTCTGTCTTCTTTGTGCAGATTCTGTGTTAGGTAGGTGCTATGTAATCCTTGG
TCATGATCTAGTGAATAGCTAGCTGTGTGATTCCAAGCTCTTGTTGTTGACTGTATACTC
TTAATAGTTTCTTCTCTTCAC

QA 1 381 1 381
DS 



AS 1 2

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AAATGAAAACAAGGCGGTTTTGGATACAGTATCTTCTTGAGTCTGGTTCATGTTATTTGT
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GCTCTTCTTCTCGGTTTTGTTTCTATCGCTTATTTGCGGTTATTACATTTTTTTTTGGCT
ACATATCTTATGCCTAATAACAAGAACTTTTCTTT


BQ
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AF RR3GU46JQ C 1
AF RR3GU46TF U 1
BS 1 515 RR3GU46TF

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AAATGAAAACAAGGCGGTTTTGGATACAGTATCTTCTTGAGTCTGGTTCATGTTATTTGT
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QA 1 515 1 515
DS 

RD RR3GU46TF 515 0 0
GGAGACTCGAAACAAATCTGTGGGGTTCGTTGTCTCCTTCAGGTCTCGATCTCCGTTCTA
GGACAGTTTTACAAGCTTCAGATTTGACTTTTCGCCATGGCAGAGGATGAAGTTGTTGAT
CCAAAGAAGTACCTCGAGGAATCTTGCAAACCGAAATGTGTGAAGCCGCTGCTTGAATAT
CAGGCGTGTGTGAAGAGAATCCAAGGTGATGACTCTGGCCACAAGCATTGCACCGGGCAG
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AAATGAAAACAAGGCGGTTTTGGATACAGTATCTTCTTGAGTCTGGTTCATGTTATTTGT
AAGAGGATGTATAAAACGCAGTGGATGTTGTCATAACTGCAAACCTGAATATGCCAAATG
GCTCTTCTTCTCGGTTTTGTTTCTATCGCTTATTTGCGGTTATTACATTTTTTTTTGGCT
ACATATCTTATGCCTAATAACAAGAACTTTTCTTT

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 2

CO CL8244Contig1 928 2 2 U
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AGGTAGAAGCATTCTTTTTCTAAAAAAATGGGTGGGGGCTGTATATTAACAGTGTCTAAA
AGAGTACAGATCAACTCCTTGTGTACTT


BQ
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AF RR3AW02TF U 1
AF RR3AW02JQ C 103
BS 1 786 RR3AW02TF
BS 787 928 RR3AW02JQ

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AGGACT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3AW02JQ 826 0 0
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GAAATTAGATACTGCTTATCGAGATGCTGAGAAGACGGGTGGGAAATGTCCAATTTTTCT
CTTCTTTTCGGTAAATGCTAGTGGACAGTTCTGTGGGGTGTCTGAAATGGTTGGACCTGT
AGATTTTGAGAAGGATGCTGGTTACTGGCAGCAAGGCAGGTGGAGTGGGCAGTTCCCAGT
GAAATGGCATATTTTGAAAGACGTACCGAATAGCCGGTTTAGTCATATTCTTTTGCAAAA
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QA 1 826 1 826
DS 



AS 0 0

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BQ
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AF RR3AF38JQ C 1
AF RR3AF38TF U 1
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RD RR3AF38TF 445 0 0
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GATGTGGGAGAAAAATCACATGAACCTGGAGGAAGATGGGCTGTGTTACAATCCTACGCA
GGAAGACATAAACGAGATGGGTGCTGCCCCATGTGTGAATCGCCGGAGCTTTCTTAGCGC
TGGTGACACATTCGGTCTAAGTCTCAAAGCTTCCTACACTGAGATGTCTTCTTACGAAGG
GTGGCCAATAATGGATCCAAACCGCTTTTGCCTTCATAAACTACCAATGAAGAGTCCTGG
AGATGACGAAGAGCATGCCGGTTTGTGGGGAGGAACGTTTGGGTGGCCACCTGGGAGATG
TAATGAAGATGAAACCAGAAATGCTTTTTATCTACTGATGCTCTCTTACGCAGAATCCAA
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QA 1 445 1 445
DS 



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TGGGCTTGTGATGGAGGAGATAACAACTCGAGATGAAAGCAGTCACATCTCTGCAAATGG
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TACAGGTATTGACCGGATGGCCTTTCTACAAGCCAACATCACCCGTGACAATACCAAGTT
TGTCAACGGGGCTGTTGTTGGAGAGAGGAACGTGTTTCAGGTGGATCAAGGCTTGGGTAT
TGGAAGCACATTCCCTTTCTTCAACCGCCACCAATTGACTCTAACAAGATTCATTCAGCT
GCAGCAAGTGGAAGAAGGCGCTGGGAAGCCACCTCCACCGGTTCTAGTCCTCCATGGACA
TTACGGTGGCTGTGTTGGCGACCTTCCGAGCTACGACGCTTTCGTCCTGGGTGGTCCATA
CTCTGTCCGTGGCTACAACATGGGTGAGCTCGGTGCAGCCAGGAACATTCTCGAGCTGGG
TGCTGAGATTAGAGTACCTGTGAAGAACACGCATGTGTATGCATTTGCTGAGCATGGGAA
CGATTTGGGAAGCTCCAAGGATGTGAAGGGGAACCCAACAGCAGTCTATAGGAGAGTGGG
GCAAGGTTCTTCATACGGTTTAGGTGTGAAGCTTGGTTTGGTAAGAGCTGAGTATGCTTT
AGATCACAACAACGGAACTGGGGCTCTATTCTTCCGGTTTGGAGAGAGGTATTAATGTAA
TGAGAGAGGTGACCTTCGGCTTGACATTATTCTCTTCAAGGATTTGTTCAACTCTGTATT
TTTTTTCCTTTTTTCTTTCCTTTTATGGATTTTAAAATCTTTTTTAATAATTGATTAATA
TTTGTTAAAGTAACCATAAGTATTTACTAGATACTTTTAATACAATAGTTTGATTTACC


BQ
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AF RR3A865TF U 1
AF RR3A865JQ C 206
BS 1 679 RR3A865TF
BS 680 959 RR3A865JQ

RD RR3A865TF 679 0 0
GCGAGCTGGCGTAAAAGCTAACATAACTGAGAACTTCACCCGTCAGAGTAAGTTTACATA
TGGGCTTGTGATGGAGGAGATAACAACTCGAGATGAAAGCAGTCACATCTCTGCAAATGG
TCAGAGGCTACTACCTAGTGGAGGAATCAGTGCTGATGGACCTCCAACAACTCTCAGTGG
TACAGGTATTGACCGGATGGCCTTTCTACAAGCCAACATCACCCGTGACAATACCAAGTT
TGTCAACGGGGCTGTTGTTGGAGAGAGGAACGTGTTTCAGGTGGATCAAGGCTTGGGTAT
TGGAAGCACATTCCCTTTCTTCAACCGCCACCAATTGACTCTAACAAGATTCATTCAGCT
GCAGCAAGTGGAAGAAGGCGCTGGGAAGCCACCTCCACCGGTTCTAGTCCTCCATGGACA
TTACGGTGGCTGTGTTGGCGACCTTCCGAGCTACGACGCTTTCGTCCTGGGTGGTCCATA
CTCTGTCCGTGGCTACAACATGGGTGAGCTCGGTGCAGCCAGGAACATTCTCGAGCTGGG
TGCTGAGATTAGAGTACCTGTGAAGAACACGCATGTGTATGCATTTGCTGAGCATGGGAA
CGATTTGGGAAGCTCCAAGGATGTGAAGGGGAACCCAACAGCAGTCTATAGGAGAGTGGG
GCAAGGTTCTTCATACGGT

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3A865JQ 754 0 0
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AGGAACGTGTTTCAGGTGGATCAAGGCTTGGGTATTGGAAGCACATTCCCTTTCTTCAAC
CGCCACCAATTGACTCTAACAAGATTCATTCAGCTGCAGCAAGTGGAAGAAGGCGCTGGG
AAGCCACCTCCACCGGTTCTAGTCCTCCATGGACATTACGGTGGCTGTGTTGGCGACCTT
CCGAGCTACGACGCTTTCGTCCTGGGTGGTCCATACTCTGTCCGTGGCTACAACATGGGT
GAGCTCGGTGCAGCCAGGAACATTCTCGAGCTGGGTGCTGAGATTAGAGTACCTGTGAAG
AACACGCATGTGTATGCATTTGCTGAGCATGGGAACGATTTGGGAAGCTCCAAGGATGTG
AAGGGGAACCCAACAGCAGTCTATAGGAGAGTGGGGCAAGGTTCTTCATACGGTTTAGGT
GTGAAGCTTGGTTTGGTAAGAGCTGAGTATGCTTTAGATCACAACAACGGAACTGGGGCT
CTATTCTTCCGGTTTGGAGAGAGGTATTAATGTAATGAGAGAGGTGACCTTCGGCTTGAC
ATTATTCTCTTCAAGGATTTGTTCAACTCTGTATTTTTTTTCCTTTTTTCTTTCCTTTTA
TGGATTTTAAAATCTTTTTTAATAATTGATTAATATTTGTTAAAGTAACCATAAGTATTT
ACTAGATACTTTTAATACAATAGTTTGATTTACC

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL8248Contig1 441 2 1 U
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ATGAGGTGTACTACTTTGTTTATGGTTTCTTGTGTTTTCATATTTTACATTCTGAGTCAT
GGTAAAGAGGGAGACGCTAGAGACACTGACTGTTGGGATAATGTCAATTTCTCTGATGGA
GTCTGCGGATGGCACGGAAATAAGAAATGCTTCAAAGAAATGCGTTCAAACAACGAAGCA
AAAACAATACGGTATCGTCAGTGCAAATGTACCGTCGTAGGATTCTTTGGCAACGAACAT
TCATGCTTTTGCCGACGGGCTGATCCCCCTAATTGCTTATAGAAATCTACAGAAATTTCA
GCCAATTAATACCAAAATCTATGCACCGATGATAACTCAAAAAGAAATTGCGTAAGAGAG
TTTTTGGTGTTTACAAATAGT


BQ
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AF RR3AI04JQ C 1
AF RR3AI04TF U 1
BS 1 441 RR3AI04TF

RD RR3AI04JQ 441 0 0
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ATGAGGTGTACTACTTTGTTTATGGTTTCTTGTGTTTTCATATTTTACATTCTGAGTCAT
GGTAAAGAGGGAGACGCTAGAGACACTGACTGTTGGGATAATGTCAATTTCTCTGATGGA
GTCTGCGGATGGCACGGAAATAAGAAATGCTTCAAAGAAATGCGTTCAAACAACGAAGCA
AAAACAATACGGTATCGTCAGTGCAAATGTACCGTCGTAGGATTCTTTGGCAACGAACAT
TCATGCTTTTGCCGACGGGCTGATCCCCCTAATTGCTTATAGAAATCTACAGAAATTTCA
GCCAATTAATACCAAAATCTATGCACCGATGATAACTCAAAAAGAAATTGCGTAAGAGAG
TTTTTGGTGTTTACAAATAGT

QA 1 441 1 441
DS 

RD RR3AI04TF 441 0 0
GGAACAAAAAAAGTTGTAATACATTCCTCCATTTACATAGAGACACCAAATTTTGAAATC
ATGAGGTGTACTACTTTGTTTATGGTTTCTTGTGTTTTCATATTTTACATTCTGAGTCAT
GGTAAAGAGGGAGACGCTAGAGACACTGACTGTTGGGATAATGTCAATTTCTCTGATGGA
GTCTGCGGATGGCACGGAAATAAGAAATGCTTCAAAGAAATGCGTTCAAACAACGAAGCA
AAAACAATACGGTATCGTCAGTGCAAATGTACCGTCGTAGGATTCTTTGGCAACGAACAT
TCATGCTTTTGCCGACGGGCTGATCCCCCTAATTGCTTATAGAAATCTACAGAAATTTCA
GCCAATTAATACCAAAATCTATGCACCGATGATAACTCAAAAAGAAATTGCGTAAGAGAG
TTTTTGGTGTTTACAAATAGT

QA 1 441 1 441
DS 



AS 1 2

CO CL8249Contig1 1285 2 2 U
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GATTCTTATATCGAACGAAAGGCTTTCGATGAGACGCAAGAAGGAGTAAAAGGACTTGTC
GACGCTAAAATCACCGAAGTCCCACGCATCTTCCACGTCCCAAAAGATACCTTGATCAAC
GAGAAACCCTCTGTTTCAGACCTAGGGATCCCTATCATCGACTTTGCAAGCGTCCACGTG
GACACAGCCTCACGTGAAACCGTCGTGGAGAAGGTAAAACACGCGGCGGAGAAGTGGGGA
TTCTTCCAGGTGATCAATCATGGTATTCCTTTGAACGTTCTTAAAGAGATTGAAGATGGA
GTTCGTAGGTTTCATGAGGAAGATCCTGAGGTCAAGAAACGATACTTCTCGCGCGATTTC
AGCGCTAACAAATTTGTCTACAATAGTAACTTCGATCTATACAGTGCTTCTCCTTCTGTT
AATTGGAGAGATGCTTTCTCTTGTTACATGGCTCCAGATCCTCCACCTCCTGAGGATCTC
CCAGTGGCTTGCAGGGATGCTATGATCGAATACACAAAGCATGTGATGAGTTTAGGTGAT
TTGCTATTTGAGCTTCTTTCAGAAGCACTAGGTTTGAAATCTGAAACCTTGAAGAACATG
GATTGCTTGAAGAGTTTGCTTATGATATGCAATTATTACCCACCTTGTCCACAACCTGAC
TTAACTATGGGGATAAGTCAGCACTCTGACAACTCTTTCCTCACGATTCTTCTTCAAGAC
AACATCGGCGGTCTTCAGATTCTTCATCAAGATTCTTGGGTCGATGTCTCTCCTATCCCC
GGAGCTCTTGTCATCAACATGGGAGATTTCTTGCAGTTGATAACGAACGATAAATTTGTG
AGTGCCAACCATAGAGTGCCCGCGAACAGAAAAGGGCCAAGGGTTTCAATAGCGAGCTTT
TTCAGCTCAAGTGCACTCCCTAATGCGACAGTTTATGGACCCATGAAAGAGCTTGTGTCT
GAGGAAAACCCTCCAAAATACAGAGACATAACCATAAAAGAATACACCGAAGGATATTTT
GTGAAAGGTCTAGATGGAACATCCCATCTGTCGAATATTAGGATATGAATTAAGCGCATG
ATCAGCTACTCTGTTCTTGGCTATGCAGTAGCTAACCTAATGTATCAAAAATAAGAAAGC
ATAGCCTATGTGTGTGTGTGTGTATTAGTGTATGTGTTGAGCTACTCTGTTTGGATCTTT
CTAATTTAGCCAGACGTACCAGACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FB12TF U 1
AF RR3FB12JQ C 550
BS 1 629 RR3FB12TF
BS 630 1285 RR3FB12JQ

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GACGCTAAAATCACCGAAGTCCCACGCATCTTCCACGTCCCAAAAGATACCTTGATCAAC
GAGAAACCCTCTGTTTCAGACCTAGGGATCCCTATCATCGACTTTGCAAGCGTCCACGTG
GACACAGCCTCACGTGAAACCGTCGTGGAGAAGGTAAAACACGCGGCGGAGAAGTGGGGA
TTCTTCCAGGTGATCAATCATGGTATTCCTTTGAACGTTCTTAAAGAGATTGAAGATGGA
GTTCGTAGGTTTCATGAGGAAGATCCTGAGGTCAAGAAACGATACTTCTCGCGCGATTTC
AGCGCTAACAAATTTGTCTACAATAGTAACTTCGATCTATACAGTGCTTCTCCTTCTGTT
AATTGGAGAGATGCTTTCTCTTGTTACATGGCTCCAGATCCTCCACCTCCTGAGGATCTC
CCAGTGGCTTGCAGGGATGCTATGATCGAATACACAAAGCATGTGATGAGTTTAGGTGAT
TTGCTATTTGAGCTTCTTTCAGAAGCACT

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3FB12JQ 736 0 0
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GAGCTTCTTTCAGAAGCACTAGGTTTGAAATCTGAAACCTTGAAGAACATGGATTGCTTG
AAGAGTTTGCTTATGATATGCAATTATTACCCACCTTGTCCACAACCTGACTTAACTATG
GGGATAAGTCAGCACTCTGACAACTCTTTCCTCACGATTCTTCTTCAAGACAACATCGGC
GGTCTTCAGATTCTTCATCAAGATTCTTGGGTCGATGTCTCTCCTATCCCCGGAGCTCTT
GTCATCAACATGGGAGATTTCTTGCAGTTGATAACGAACGATAAATTTGTGAGTGCCAAC
CATAGAGTGCCCGCGAACAGAAAAGGGCCAAGGGTTTCAATAGCGAGCTTTTTCAGCTCA
AGTGCACTCCCTAATGCGACAGTTTATGGACCCATGAAAGAGCTTGTGTCTGAGGAAAAC
CCTCCAAAATACAGAGACATAACCATAAAAGAATACACCGAAGGATATTTTGTGAAAGGT
CTAGATGGAACATCCCATCTGTCGAATATTAGGATATGAATTAAGCGCATGATCAGCTAC
TCTGTTCTTGGCTATGCAGTAGCTAACCTAATGTATCAAAAATAAGAAAGCATAGCCTAT
GTGTGTGTGTGTGTATTAGTGTATGTGTTGAGCTACTCTGTTTGGATCTTTCTAATTTAG
CCAGACGTACCAGACC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL8250Contig1 896 2 2 U
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GCCCTCCTCTTTGTCCAATCCTCTTATTTTTATAATTCATCAAAATCGCCCGAGAGAAGA
GCGACCATCCGTTCACCTAGAAGAATCTTTAAGGGGATGGGTAAGAAGAGAAAAGCTACA
GCGACGTGCCTCGATGAGGTAGATCGGACTGTTTACGCCTCCTTTCGAACCGCCGCGAAC
TCGCTGTCTCAGCTTTACACTCAGTCCATGAACCACCAGAAACTATCTTTCCAAGCCGGT
GAACGCCATGGTCTGGAAAAACTGTACCAATGGATATGGAGACAACAAGAAGGAGGGTCA
AGAGTGACTCCTGTGGATATAATCAATTACATTCAGAACGAGCTGGAGTGCTGCACAGAG
GAACCCCCAATGCGTATCACAAGTACAGGTCTCATTGCTTCTTCAGACACGTCTTGCCCA
ACATCTGTTCCGGTGGTTCGGTCTGAGCAATGCGAAAACCACGCCAAGAACTCGGTTTTC
TCAAACGCCCTTTCAAGTCCAATACGTCGTAGTCTGCAGAACTATCAAATTCCGCAGGGA
GGCTACATATCTGGTGGAACCAGAAGCAGTGAACTGAACAGGGGATCTACCTCTCCAAGT
TCTTTTGATACTTCAATGGACATGCATGCAGACTAAGAAGCTATAAGATGTAATACCCCC
CTCTTGCGATGATGTTTGCTCTAATACAAAACTGGTTTGGTTTTTCATTATGTATCAATT
GGTTGTCATCTTGAAGGTGGTTTGCTGGTATTTTGGTTAGGATTTCTGATGGTCACATGT
AAATCATTGTGTCTGGAATTCATATCTCTTGATTAACTTTTTAGTGTTCATGTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CG83TF U 1
AF RR3CG83JQ C 141
BS 1 695 RR3CG83TF
BS 696 896 RR3CG83JQ

RD RR3CG83TF 695 0 0
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GCCCTCCTCTTTGTCCAATCCTCTTATTTTTATAATTCATCAAAATCGCCCGAGAGAAGA
GCGACCATCCGTTCACCTAGAAGAATCTTTAAGGGGATGGGTAAGAAGAGAAAAGCTACA
GCGACGTGCCTCGATGAGGTAGATCGGACTGTTTACGCCTCCTTTCGAACCGCCGCGAAC
TCGCTGTCTCAGCTTTACACTCAGTCCATGAACCACCAGAAACTATCTTTCCAAGCCGGT
GAACGCCATGGTCTGGAAAAACTGTACCAATGGATATGGAGACAACAAGAAGGAGGGTCA
AGAGTGACTCCTGTGGATATAATCAATTACATTCAGAACGAGCTGGAGTGCTGCACAGAG
GAACCCCCAATGCGTATCACAAGTACAGGTCTCATTGCTTCTTCAGACACGTCTTGCCCA
ACATCTGTTCCGGTGGTTCGGTCTGAGCAATGCGAAAACCACGCCAAGAACTCGGTTTTC
TCAAACGCCCTTTCAAGTCCAATACGTCGTAGTCTGCAGAACTATCAAATTCCGCAGGGA
GGCTACATATCTGGTGGAACCAGAAGCAGTGAACTGAACAGGGGATCTACCTCTCCAAGT
TCTTTTGATACTTCAATGGACATGCATGCAGACTA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3CG83JQ 756 0 0
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AGATCGGACTGTTTACGCCTCCTTTCGAACCGCCGCGAACTCGCTGTCTCAGCTTTACAC
TCAGTCCATGAACCACCAGAAACTATCTTTCCAAGCCGGTGAACGCCATGGTCTGGAAAA
ACTGTACCAATGGATATGGAGACAACAAGAAGGAGGGTCAAGAGTGACTCCTGTGGATAT
AATCAATTACATTCAGAACGAGCTGGAGTGCTGCACAGAGGAACCCCCAATGCGTATCAC
AAGTACAGGTCTCATTGCTTCTTCAGACACGTCTTGCCCAACATCTGTTCCGGTGGTTCG
GTCTGAGCAATGCGAAAACCACGCCAAGAACTCGGTTTTCTCAAACGCCCTTTCAAGTCC
AATACGTCGTAGTCTGCAGAACTATCAAATTCCGCAGGGAGGCTACATATCTGGTGGAAC
CAGAAGCAGTGAACTGAACAGGGGATCTACCTCTCCAAGTTCTTTTGATACTTCAATGGA
CATGCATGCAGACTAAGAAGCTATAAGATGTAATACCCCCCTCTTGCGATGATGTTTGCT
CTAATACAAAACTGGTTTGGTTTTTCATTATGTATCAATTGGTTGTCATCTTGAAGGTGG
TTTGCTGGTATTTTGGTTAGGATTTCTGATGGTCACATGTAAATCATTGTGTCTGGAATT
CATATCTCTTGATTAACTTTTTAGTGTTCATGTTCT

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL8251Contig1 583 2 3 U
ATCAATGTATCGCTTATCAACGCATCGGTTAACTAGAGCCAACGCATTACTAGTCAACTT
CTTGACGTCATCAACCCGAGTGCACACCTCATCTTTTCTCGGCTCATCTTGAACGTCTTT
AAACCACCTGTACAAGTCTCCTCATCGGTTAAAGCCGCACTAAGCCAAGTCTGCACGTTG
CTCATCTGGAACCTGAACGACTCAAGCGAGCCAGTGGAGACTAAGTCCCTCATCTGTTTC
ATCGAGTCTTTCATTTCGCTGACGGCGTCTTTAAGATTCTCAAAGCAGTCATGGAAGACG
GCGGCTGCGGTTGGGTGGCCCCCATTGTCCTCCTGGCTCTTGAGGAGAGCGGTAACGTTG
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AAGAGAGCTGAGTCGTTGTTGACGGAGCTTGAGAAGTTTGAAAGAGAGGAGACGCAGAGG
TCGGGGTATAAGGTTGCGTTGCAGCTCGTACGGATGAAATCTGAATCGTCTGATGGTAAT
GGAGAGGGTTGGGAGTGGACGGTCAATATTAATGGGAGGAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CA85JQ U 27
AF RR3CA85TF C 1
BS 1 26 RR3CA85TF
BS 27 472 RR3CA85JQ
BS 473 583 RR3CA85TF

RD RR3CA85JQ 446 0 0
GGTTAACTAGAGCCAACGCATTACTAGTCAACTTCTTGACGTCATCAACCCGAGTGCACA
CCTCATCTTTTCTCGGCTCATCTTGAACGTCTTTAAACCACCTGTACAAGTCTCCTCATC
GGTTAAAGCCGCACTAAGCCAAGTCTGCACGTTGCTCATCTGGAACCTGAACGACTCAAG
CGAGCCAGTGGAGACTAAGTCCCTCATCTGTTTCATCGAGTCTTTCATTTCGCTGACGGC
GTCTTTAAGATTCTCAAAGCAGTCATGGAAGACGGCGGCTGCGGTTGGGTGGCCCCCATT
GTCCTCCTGGCTCTTGAGGAGAGCGGTAACGTTGGAGAGGTATGAGCCTAGCTCGAGAGC
CTTGGTGAGAGTGACGGAGATTGCGGCCCGAGCCAAGAGAGCTGAGTCGTTGTTGACGGA
GCTTGAGAAGTTTGAAAGAGAGGAGA

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3CA85TF 583 0 0
ATCAATGTATCGCTTATCAACGCATCGGTTAACTAGAGCCAACGCATTACTAGTCAACTT
CTTGACGTCATCAACCCGAGTGCACACCTCATCTTTTCTCGGCTCATCTTGAACGTCTTT
AAACCACCTGTACAAGTCTCCTCATCGGTTAAAGCCGCACTAAGCCAAGTCTGCACGTTG
CTCATCTGGAACCTGAACGACTCAAGCGAGCCAGTGGAGACTAAGTCCCTCATCTGTTTC
ATCGAGTCTTTCATTTCGCTGACGGCGTCTTTAAGATTCTCAAAGCAGTCATGGAAGACG
GCGGCTGCGGTTGGGTGGCCCCCATTGTCCTCCTGGCTCTTGAGGAGAGCGGTAACGTTG
GAGAGGTATGAGCCTAGCTCGAGAGCCTTGGTGAGAGTGACGGAGATTGCGGCCCGAGCC
AAGAGAGCTGAGTCGTTGTTGACGGAGCTTGAGAAGTTTGAAAGAGAGGAGACGCAGAGG
TCGGGGTATAAGGTTGCGTTGCAGCTCGTACGGATGAAATCTGAATCGTCTGATGGTAAT
GGAGAGGGTTGGGAGTGGACGGTCAATATTAATGGGAGGAGAG

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

CO CL8252Contig1 555 2 1 U
GACTCGAGTGGTACTTGACAGTTCCGACACATTATGTCTTCCTCGCACGTTTCATCAAAG
CTTCCATTGCAGACCAGCGAATGGAGAACATGGTGCACTATCTGGCGGAGTTAGGTGTAA
TGCATTACGACACAACCATAATGTTCAGCCCATCAATGGTTGCTGCAGCTGCAATCTACG
CAGCAAGATCAGCTCTTCACCAAGTTCCCGTTTGGACCGACACTCTCAAGCACCACACTG
GCTATTCCGAAACTCAGCTCATGGATTGTGCGAAGCTTTTGGCGTTTCAGCAGTGGAAGC
AGCAGCAGCAGCAACAATAAGGGAGTGAGGGTAGTAAGAAGGGAGCCTTACGAAAGAAGT
ACTCCAAGGAGGAACGGTTCGCTGTGGCTATGATCCCTCCGGCCAAATCTTTGTTGACCG
GAAGCGACTCTGCTTAGGAGTTATAAGACCACCACCATAAAGAAGGCTTTTCATTAGATT
TAAAGTTTTGTATAAGTCTAATGAGTTACTTTGAAAACATAATTCTCTATTGAATGAATC
CAAATGCTTCTTACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CL12JQ C 1
AF RR3CL12TF U 1
BS 1 555 RR3CL12TF

RD RR3CL12JQ 555 0 0
GACTCGAGTGGTACTTGACAGTTCCGACACATTATGTCTTCCTCGCACGTTTCATCAAAG
CTTCCATTGCAGACCAGCGAATGGAGAACATGGTGCACTATCTGGCGGAGTTAGGTGTAA
TGCATTACGACACAACCATAATGTTCAGCCCATCAATGGTTGCTGCAGCTGCAATCTACG
CAGCAAGATCAGCTCTTCACCAAGTTCCCGTTTGGACCGACACTCTCAAGCACCACACTG
GCTATTCCGAAACTCAGCTCATGGATTGTGCGAAGCTTTTGGCGTTTCAGCAGTGGAAGC
AGCAGCAGCAGCAACAATAAGGGAGTGAGGGTAGTAAGAAGGGAGCCTTACGAAAGAAGT
ACTCCAAGGAGGAACGGTTCGCTGTGGCTATGATCCCTCCGGCCAAATCTTTGTTGACCG
GAAGCGACTCTGCTTAGGAGTTATAAGACCACCACCATAAAGAAGGCTTTTCATTAGATT
TAAAGTTTTGTATAAGTCTAATGAGTTACTTTGAAAACATAATTCTCTATTGAATGAATC
CAAATGCTTCTTACC

QA 1 555 1 555
DS 

RD RR3CL12TF 555 0 0
GACTCGAGTGGTACTTGACAGTTCCGACACATTATGTCTTCCTCGCACGTTTCATCAAAG
CTTCCATTGCAGACCAGCGAATGGAGAACATGGTGCACTATCTGGCGGAGTTAGGTGTAA
TGCATTACGACACAACCATAATGTTCAGCCCATCAATGGTTGCTGCAGCTGCAATCTACG
CAGCAAGATCAGCTCTTCACCAAGTTCCCGTTTGGACCGACACTCTCAAGCACCACACTG
GCTATTCCGAAACTCAGCTCATGGATTGTGCGAAGCTTTTGGCGTTTCAGCAGTGGAAGC
AGCAGCAGCAGCAACAATAAGGGAGTGAGGGTAGTAAGAAGGGAGCCTTACGAAAGAAGT
ACTCCAAGGAGGAACGGTTCGCTGTGGCTATGATCCCTCCGGCCAAATCTTTGTTGACCG
GAAGCGACTCTGCTTAGGAGTTATAAGACCACCACCATAAAGAAGGCTTTTCATTAGATT
TAAAGTTTTGTATAAGTCTAATGAGTTACTTTGAAAACATAATTCTCTATTGAATGAATC
CAAATGCTTCTTACC

QA 1 555 1 555
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8254Contig1 1029 2 2 U
GAGATATGAAGACATGATGTTCCAACTAATCTTCATATGGCTAGGCATTGAAGCTACAAA
CCGCAAGAGATCCGGCTTGCTGGTGATCCCTGGACGAAGAAGTGGATCCGCGTCTTCCTT
TTGGTTCAAGACGTGGAGAAACTTGGCAATGTTCGGAAGCACCATTTCCCGGCAATGCAG
ATGCAACAAAGGAACTTTCGACAAGACGCTTCCCTTTTGGACATCAAGACCTTCTGGTCT
GCGCAGTTTATACTGTTTCCCAGTGGTCGGTTCGATGTCAACCTGAGGCATCTGTTTCCA
CCTCTTGTGCACAAACCAACCGTACTTATAGTCACCTACTATTGGAGTGCCGAGAGCTTC
GGCACAGTGTACACGTAGCTGTTTCAAGAAACAACACACAAAAAAAGTTAGGGGAGAAAC
AACACGCAAAATGGTGGTCCAACAAGAGTACTACTACCTGATGCTTTCTGCCAGTGATAG
GACGAAGTTCTAACCATGAACATCCGTTGATCATTGGTCCTAACACTCTATACTTTGTTA
TTGCTTCTTGTGAGGCTTCAAAGCCTGAACCTTGCGCCAAAACCACCCTGTCTGTTTTTC
CATCATCTAGTAGCACCTAAACACATGTTTTCTTTCGAATCATTTTCTTTAGATCCATGC
ATCAGAAGCATAATTAATGAGAGAGAGAGATACCTTTGAAAGAGGAGCTGAAATGACTCC
TTCCTTGTCTTTTGGAGAACCAATCACCAGTGCCCAATATCGCTGATACATTGCTTCACA
TGCTTTGTTCCAAGCCTATGTATTAACGATTCACTTAACAATATTATGCTCGACTTTTCT
TTTGCTTAGGAGGCCGTAGTGTGCTGTTAGTGTACGTACCTTACACCTTGAGTTTCTCCC
TTTGAAATCACTGAACACGGAGTGAAGATGATCTATACTTTCTTTGGTTCGACCCATTAC
TAAGAGACCACTAGTTTCCCTATCAAGACGATGCACCTGACCACAGAAGAAAACTCAAAT
AAGATTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX02TF U 1
AF RR3FX02JQ C 460
BS 1 756 RR3FX02TF
BS 757 1029 RR3FX02JQ

RD RR3FX02TF 757 0 0
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CCGCAAGAGATCCGGCTTGCTGGTGATCCCTGGACGAAGAAGTGGATCCGCGTCTTCCTT
TTGGTTCAAGACGTGGAGAAACTTGGCAATGTTCGGAAGCACCATTTCCCGGCAATGCAG
ATGCAACAAAGGAACTTTCGACAAGACGCTTCCCTTTTGGACATCAAGACCTTCTGGTCT
GCGCAGTTTATACTGTTTCCCAGTGGTCGGTTCGATGTCAACCTGAGGCATCTGTTTCCA
CCTCTTGTGCACAAACCAACCGTACTTATAGTCACCTACTATTGGAGTGCCGAGAGCTTC
GGCACAGTGTACACGTAGCTGTTTCAAGAAACAACACACAAAAAAAGTTAGGGGAGAAAC
AACACGCAAAATGGTGGTCCAACAAGAGTACTACTACCTGATGCTTTCTGCCAGTGATAG
GACGAAGTTCTAACCATGAACATCCGTTGATCATTGGTCCTAACACTCTATACTTTGTTA
TTGCTTCTTGTGAGGCTTCAAAGCCTGAACCTTGCGCCAAAACCACCCTGTCTGTTTTTC
CATCATCTAGTAGCACCTAAACACATGTTTTCTTTCGAATCATTTTCTTTAGATCCATGC
ATCAGAAGCATAATTAATGAGAGAGAGAGATACCTTTGAAAGAGGAGCTGAAATGACTCC
TTCCTTGTCTTTTGGAGAACCAATCACCAGTGCCCA
T

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3FX02JQ 570 0 0
GATGCTTTCTGCCAGTGATAGGACGAAGTTCTAACCATGAACATCCGTTGATCATTGGTC
CTAACACTCTATACTTTGTTATTGCTTCTTGTGAGGCTTCAAAGCCTGAACCTTGCGCCA
AAACCACCCTGTCTGTTTTTCCATCATCTAGTAGCACCTAAACACATGTTTTCTTTCGAA
TCATTTTCTTTAGATCCATGCATCAGAAGCATAATTAATGAGAGAGAGAGATACCTTTGA
AAGAGGAGCTGAAATGACTCCTTCCTTGTCTTTTGGAGAACCAATCACCAGTGCCCAATA
TCGCTGATACATTGCTTCACATGCTTTGTTCCAAGCCTATGTATTAACGATTCACTTAAC
AATATTATGCTCGACTTTTCTTTTGCTTAGGAGGCCGTAGTGTGCTGTTAGTGTACGTAC
CTTACACCTTGAGTTTCTCCCTTTGAAATCACTGAACACGGAGTGAAGATGATCTATACT
TTCTTTGGTTCGACCCATTACTAAGAGACCACTAGTTTCCCTATCAAGACGATGCACCTG
ACCACAGAAGAAAACTCAAATAAGATTTCC

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 2

CO CL8255Contig1 1078 2 2 U
CCCGCTTACAAGAGGAGGCCGTTAAGGAAAAGGCAATGCGTGACAATTCACAGCAAATTG
TGAATGCAATAACGAACTTCGTGAGCAAAGAGTTAAACGCATTTGAAAAAACGATAAAGA
AGGAGCTTGCTACAATTGTTCCAGCCATAGCTCGTGCAACAACACCTGTTATTGAGAAAA
CCGTATCTTCTTCAATCACGGAATCCTTCCAGAGGGGACTTAGTGACAAAGCAGTCAATC
ATCTTGACAAATCTGTTAATTCAAAGGTGGAGGTAACCATAACTAAGCAAATTCAAACCC
AGTTTCAGACATCTGGCAGGCAAGCCCTCCAGGAAGCTCTTAGGTCTGGTCTTGAGGCCT
CACTCATACCTTCGTTCGAGAGGTCATGCAAGACCATGTTTGAGAAAGTAGACACAGCCT
TCCAGAAAGGGATGGCAGAGCACACAAACGCAGCACAACAAAGGTTTGAAGCTGGACACT
CCCAGCTTGCTCATACTTTAAAGGAAACCATTACCTCTGCGACGTCAGTTACTCAAGCCT
TGAGCCGTGAATTAGCGGAGAGCCAAAGGAATCACTTAGCTCTCGCAGCCGCTGGAGCAA
ATTCTAGTGGATCAAACACCTTGGTTTCTCAACGAAGTGGTGGACCTTTGGGGGCTCTTC
TTGAAAAGGTTGAAGCAGACCCAATAGCAGAACTATCCAGGTTGATATCCGAACGCAAAT
ACGAGGAATCTTTTACGTCAGCTTTACAAAGAAGCGATGTCTCCATAGTTTCATGGCTTT
GCTCACAGGTGGATCTGCGTGGACTATTGGCGATGAATCCACTTCCTTTGAGCCAAGGCG
TACTTCTGTCTTTGCTGCAGCAGCTAGCCTGCGACATCAGCAAGGACACGTCCCGTAAGC
TTGCGTGGATGACTGATGTGGTTACAGCAATTAACCCATCAGATTCTGCACCACCACCGC
AACGTACCAGGCAGCGACGTTTCTGCCACGAGACTTATAATGCATGTGATAAACTCCATG
CTTATGGCCTGCAAATGATACTTTCTAGCTCTATTTCATCTTTGTTCTCTTTCGCGTT


BQ
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AF RR3A530TF U 1
AF RR3A530JQ C 430
BS 1 666 RR3A530TF
BS 667 1078 RR3A530JQ

RD RR3A530TF 666 0 0
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CCGTATCTTCTTCAATCACGGAATCCTTCCAGAGGGGACTTAGTGACAAAGCAGTCAATC
ATCTTGACAAATCTGTTAATTCAAAGGTGGAGGTAACCATAACTAAGCAAATTCAAACCC
AGTTTCAGACATCTGGCAGGCAAGCCCTCCAGGAAGCTCTTAGGTCTGGTCTTGAGGCCT
CACTCATACCTTCGTTCGAGAGGTCATGCAAGACCATGTTTGAGAAAGTAGACACAGCCT
TCCAGAAAGGGATGGCAGAGCACACAAACGCAGCACAACAAAGGTTTGAAGCTGGACACT
CCCAGCTTGCTCATACTTTAAAGGAAACCATTACCTCTGCGACGTCAGTTACTCAAGCCT
TGAGCCGTGAATTAGCGGAGAGCCAAAGGAATCACTTAGCTCTCGCAGCCGCTGGAGCAA
ATTCTAGTGGATCAAACACCTTGGTTTCTCAACGAAGTGGTGGACCTTTGGGGGCTCTTC
TTGAAA

QA 1 666 1 666
DS 

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CTCATACTTTAAAGGAAACCATTACCTCTGCGACGTCAGTTACTCAAGCCTTGAGCCGTG
AATTAGCGGAGAGCCAAAGGAATCACTTAGCTCTCGCAGCCGCTGGAGCAAATTCTAGTG
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TTGAAGCAGACCCAATAGCAGAACTATCCAGGTTGATATCCGAACGCAAATACGAGGAAT
CTTTTACGTCAGCTTTACAAAGAAGCGATGTCTCCATAGTTTCATGGCTTTGCTCACAGG
TGGATCTGCGTGGACTATTGGCGATGAATCCACTTCCTTTGAGCCAAGGCGTACTTCTGT
CTTTGCTGCAGCAGCTAGCCTGCGACATCAGCAAGGACACGTCCCGTAAGCTTGCGTGGA
TGACTGATGTGGTTACAGCAATTAACCCATCAGATTCTGCACCACCACCGCAACGTACCA
GGCAGCGACGTTTCTGCCACGAGACTTATAATGCATGTGATAAACTCCATGCTTATGGCC
TGCAAATGATACTTTCTAGCTCTATTTCATCTTTGTTCTCTTTCGCGTT

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

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ATCTGCTTCCGACGTCTATGATCGTGTTTCAAGTTTCTTGGAGTCTCTATGGAGAGACGT
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GTACACTTTTGGGATACACCATACTAAAGAAGAGATGTTGGCTTGGGGCATGTCTAAAGA
TATGATTGATGATCAAATGGTTCGTGTTGATGGTTCTCGTGAAACATTGGACGATTGTTG
TACATTGCATCTCGATGAGTATTTCGATTGGTTAGATGTGACTGACGACGAAGAATGATG
CTGATTGTTTTTATGTACATTGTTATTGTGTTCGCTTTTCGGAAAAAAATTACTAGTAGT
TGTCTCATCTGTTGTTTGGTTTCATCACTTGTAAATCAAGTTTAGTAGTATTGAAAATGC
CTTTTTTCGTAT


BQ
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AF RR3GH62JQ C 1
AF RR3GH62TF U 114
BS 1 113 RR3GH62JQ
BS 114 588 RR3GH62TF
BS 589 589 RR3GH62JQ
BS 590 672 RR3GH62TF

RD RR3GH62JQ 672 0 0
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AGTTGTGAAGGAGACGAGGGAGCGTTTCGGAAGATTCTTTTACCGTTTCCCGGAGGGTGA
ATCTGCTTCCGACGTCTATGATCGTGTTTCAAGTTTCTTGGAGTCTCTATGGAGAGACGT
GGACATGAACAGGCATCAAGTAGATCCATCGAGTGAACTAAACCTAGTGATCGTATCCCA
TGGGCTGACCTCTCGTGTGTTTCTAATGAAATGGTTCAAGTGGACGGTGGAAGAGTTTGA
GCGGTTGAACAACTTAGGGAACTGCGAGTTTAGAGTGATGGAGTTAGGTGCAGGAGGAGA
GTACACTTTTGGGATACACCATACTAAAGAAGAGATGTTGGCTTGGGGCATGTCTAAAGA
TATGATTGATGATCAAATGGTTCGTGTTGATGGTTCTCGTGAAACATTGGACGATTGTTG
TACATTGCATCTCGATGAGTATTTCGATTGGTTAGATGTGACTGACGACGAAGAATGATG
CTGATTGTTTTTATGTACATTGTTATTGTGTTCGCTTTTCGGAAAAAAATTACTAGTAGT
TGTCTCATCTGTTGTTTGGTTTCATCACTTGTAAATCAAGTTTAGTAGTATTGAAAATGC
CTTTTTTCGTAT

QA 1 672 1 672
DS 

RD RR3GH62TF 559 0 0
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GAGACGTGGACATGAACAGGCATCAAGTAGATCCATCGAGTGAACTAAACCTAGTGATCG
TATCCCATGGGCTGACCTCTCGTGTGTTTCTAATGAAATGGTTCAAGTGGACGGTGGAAG
AGTTTGAGCGGTTGAACAACTTAGGGAACTGCGAGTTTAGAGTGATGGAGTTAGGTGCAG
GAGGAGAGTACACTTTTGGGATACACCATACTAAAGAAGAGATGTTGGCTTGGGGCATGT
CTAAAGATATGATTGATGATCAAATGGTTCGTGTTGATGGTTCTCGTGAAACATTGGACG
ATTGTTGTACATTGCATCTCGATGAGTATTTCGATTGGTTAGATGTGACTGACGACGAAG
AATGATGCTGATTGTTTTTATGTACATTGTTATTGTGTTCGCTTTTCGGAAAAAA*TTAC
TAGTAGTTGTCTCATCTGTTGTTTGGTTTCATCACTTGTAAATCAAGTTTAGTAGTATTG
AAAATGCCTTTTTTCGTAT

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

CO CL8257Contig1 898 2 4 U
GGGAGACGAGGAGCAGAATATTGATCCAAAGGTTACTATGGCGATTGCAAGGGAGGTCGC
AGCAGTGACTCGACTTGGCATTGAGGTTGCAATTGTTGTTGGAGGAGGAAACATCTTTCG
TGGATCCACCTGGGCTGGGTGCAGTGGCCTTGACCGCTCCTCTGCTGATTACATCGGGAT
GCTGGCAACTGTGATGAATGCAATATTTCTTCAAGCGACAATGGAGAGCATCGGCATCCC
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AGCTATTAGACATCTAGAAAAAGGCAGAGTTGTGATATTCGCAGCCGGAACAGGCAATCC
GTTTTTCACTACCGATACTGCAGCAGCTCTTCGATGTGCTGAGATTAACGCAGAAGTAGT
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TCGCCTCCACGAATCACTAACTTACCAAGAAGTAACCTCAAAGGATCTCTCCGTGATGGA
TATGACTGCTATCACTTTATGCCAAGAAAACAACATCCCAGTTGTGGTCTTCAATCTGTC
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AACTTGGAACTCTACTGTTGCAACCACATGAAGAAACTTAGATCTTTCTTTATATAGAAC
TATTACTTAATATAGTATCTTAGGTCAGGAGTATCTTTCAACTCCTGTCTATATAGTTTG
AAGAAACCTTTTGATCACTATCTTAGGAATCTCTGTCTGAAATTTTTGAAGTTGAATGAA
GATGTTATTAGCTTACATTACAATTACACTAACCTCTCATCATATGTCAAAATGAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GP92TF U 1
AF RR3GP92JQ C 161
BS 1 682 RR3GP92TF
BS 683 683 RR3GP92JQ
BS 684 723 RR3GP92TF
BS 724 898 RR3GP92JQ

RD RR3GP92TF 723 0 0
GGGAGACGAGGAGCAGAATATTGATCCAAAGGTTACTATGGCGATTGCAAGGGAGGTCGC
AGCAGTGACTCGACTTGGCATTGAGGTTGCAATTGTTGTTGGAGGAGGAAACATCTTTCG
TGGATCCACCTGGGCTGGGTGCAGTGGCCTTGACCGCTCCTCTGCTGATTACATCGGGAT
GCTGGCAACTGTGATGAATGCAATATTTCTTCAAGCGACAATGGAGAGCATCGGCATCCC
GACACGTGTTCAAACCGCATTCCGCATGTCTGAAGTCGCAGAGCCTTACATTAGAAGACG
AGCTATTAGACATCTAGAAAAAGGCAGAGTTGTGATATTCGCAGCCGGAACAGGCAATCC
GTTTTTCACTACCGATACTGCAGCAGCTCTTCGATGTGCTGAGATTAACGCAGAAGTAGT
ACTGAAAGCAACAAATGTAGACGGAGTCTTTGACGATGATCCCAAGAGAAACCCAAACGC
TCGCCTCCACGAATCACTAACTTACCAAGAAGTAACCTCAAAGGATCTCTCCGTGATGGA
TATGACTGCTATCACTTTATGCCAAGAAAACAACATCCCAGTTGTGGTCTTCAATCTGTC
TGAGCCTGGAAACATCGCTAAAGCAATTAAAGGAGAGAGAGTTGGCACATTGATTGGAGG
AACTTGGAACTCTACTGTTGCA*CCACATGAAGAAACTTAGATCTTTCTTTATATAGAAC
TAT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3GP92JQ 738 0 0
TCTGCTGATTACATCGGGATGCTGGCAACTGTGATGAATGCAATATTTCTTCAAGCGACA
ATGGAGAGCATCGGCATCCCGACACGTGTTCAAACCGCATTCCGCATGTCTGAAGTCGCA
GAGCCTTACATTAGAAGACGAGCTATTAGACATCTAGAAAAAGGCAGAGTTGTGATATTC
GCAGCCGGAACAGGCAATCCGTTTTTCACTACCGATACTGCAGCAGCTTTTCGATGTGCT
GAGATTAACGCAGAAGTAGTACTGAAAGCAACAAATGTAGACGGAGTCTTTGACGATGAT
CCCAAGAGAAACCCAAACGCTCGCCTCCACGAATCACTAACTTACCAAGAAGTAACCTCA
AAGGATCTCTCCGTGATGGATATGACTGCTATCACTTTATGCCAAGAAAACAACATCCCA
GTTGTGGTCTTCAATCTGTCTGAGCCTGGAAACATCGCTAAAGCAATTAAAGGAGAGAGA
GTTGGCACATTGATTGGAGGAACTTGGAACTCTACTGTTGCAACCACATGAAGAAACTTA
GATCTTTCTTTATATAGAACTATTACTTAATATAGTATCTTAGGTCAGGAGTATCTTTCA
ACTCCTGTCTATATAGTTTGAAGAAACCTTTTGATCACTATCTTAGGAATCTCTGTCTGA
AATTTTTGAAGTTGAATGAAGATGTTATTAGCTTACATTACAATTACACTAACCTCTCAT
CATATGTCAAAATGAATC

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL8258Contig1 670 2 2 U
GGTCCCTTTCTTCTCCTAAATCCCTAATTCGCAAAGAACCTAAGCTCGACCCAAAGTTTT
CGGAGATGGCATCGAAACGGATTTTGAAAGAATTGAAGGATCTCCAGAAGGATCCTCCTA
CTTCTTGTAGCGCAGGACCTGTAGCTGAAGACATGTTTCATTGGCAAGCTACGATAATGG
GTCCATCCGACAGCCCTTACTCTGGTGGTGTTTTTCTTGTTACCATCCATTTCCCTCCTG
ATTATCCCTTTAAACCTCCTAAGGTGGCTTTTAGGACGAAGGTGTTCCACCCAAACATTA
ACAGCAATGGGAGCATCTGTCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACTA
TCTCCAAGGTGCTGCTATCGATCTGCTCGCTGTTAACGGATCCAAACCCCGATGATCCCT
TGGTTCCGGAGATAGCTCACATGTACAAGACAGACAAGACCAAGTACGAGTCCACTGCTC
GGACCTGGACCCAAAAGTCCGCCATGGGCTGACGCTGTGTTATTATCTATCTGTCCGTGA
GGATGAATTTTAATAATTAAAAAACTCTTCTTTATTTCTTTGTAATGAAACTCTGTCCGT
CTTATAAAAAAATTGTGAAGGACAGAATCAGTAACAAATCATATGATCTCCATTTTCATC
ACATTTCCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP27TF U 1
AF RR3EP27JQ C 44
BS 1 605 RR3EP27TF
BS 606 670 RR3EP27JQ

RD RR3EP27TF 605 0 0
GGTCCCTTTCTTCTCCTAAATCCCTAATTCGCAAAGAACCTAAGCTCGACCCAAAGTTTT
CGGAGATGGCATCGAAACGGATTTTGAAAGAATTGAAGGATCTCCAGAAGGATCCTCCTA
CTTCTTGTAGCGCAGGACCTGTAGCTGAAGACATGTTTCATTGGCAAGCTACGATAATGG
GTCCATCCGACAGCCCTTACTCTGGTGGTGTTTTTCTTGTTACCATCCATTTCCCTCCTG
ATTATCCCTTTAAACCTCCTAAGGTGGCTTTTAGGACGAAGGTGTTCCACCCAAACATTA
ACAGCAATGGGAGCATCTGTCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTGGAGTCCTGCCCTCACTA
TCTCCAAGGTGCTGCTATCGATCTGCTCGCTGTTAACGGATCCAAACCCCGATGATCCCT
TGGTTCCGGAGATAGCTCACATGTACAAGACAGACAAGACCAAGTACGAGTCCACTGCTC
GGACCTGGACCCAAAAGTCCGCCATGGGCTGACGCTGTGTTATTATCTATCTGTCCGTGA
GGATGAATTTTAATAATTAAAAAACTCTTCTTTATTTCTTTGTAATGAAACTCTGTCCGT
CTTAT

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3EP27JQ 627 0 0
GCTCGACCCAAAGTTTTCGGAGATGGCATCGAAACGGATTTTGAAAGAATTGAAGGATCT
CCAGAAGGATCCTCCTACTTCTTGTAGCGCAGGACCTGTAGCTGAAGACATGTTTCATTG
GCAAGCTACGATAATGGGTCCATCCGACAGCCCTTACTCTGGTGGTGTTTTTCTTGTTAC
CATCCATTTCCCTCCTGATTATCCCTTTAAACCTCCTAAGGTGGCTTTTAGGACGAAGGT
GTTCCACCCAAACATTAACAGCAATGGGAGCATCTGTCTCGACATCTTGAAGGAGCAGTG
GAGTCCTGCCCTCACTATCTCCAAGGTGCTGCTATCGATTTGCTCGCTGTTAACGGATCC
AAACCCCGATGATCCCTTGGTTCCGGAGATAGCTCACATGTACAAGACAGACAAGACCAA
GTACGAGTCCACTGCTCGGACCTGGACCCAAAAGTCCGCCATGGGCTGACGCTGTGTTAT
TATCTATCTGTCCGTGAGGATGAATTTTAATAATTAAAAAACTTTTCTTTATTTCTTTGT
AATGAAACTCTGTCCGTCTTATAAAAAAATTGTGAAGGACAGAATCAGTAACAAATCATA
TGATCTCCATTTTCATCACATTTCCTG

QA 1 627 1 627
DS 



AS 1 2

CO CL8259Contig1 554 2 1 U
GGCTTCCGACAGATTTTAAGGAGCTTCAGATTCCAGGATACGTACTTAAGACGCTTTACG
TCATCGGTTTCTTTAGAGACCTGGTCGATGCTCTTTGTCCTTACATCGGCTTACCTCGGT
TTCTAGACCACGAGATTCATCGACCGGACACGATAAGACCCGAGACCCTCACGACGGTGA
GTCTTGCTGACAAGATTTCCCCGGTGATTCCTTTCTCGGATATTCAAACCGATCTTGAAG
ACTGCTGCACGGTGTGTCTCTCTGATTTTGAGTCCGATGATAAAATTAGGCAGCTTCCGA
ACTGTCGGCACGTGTTTCATAATCATTGCTTGGACCGTTGGATTGTGGATTGCCGCAAGA
TGACGTGTCCGATTTGTCGGGATCGGTTCTTATCGGCCGAAAAATACGCACGGTCTGGTC
CGGTTTGGTATAGTGATGAATGGGAGAGTAGCATTACTTACTAACGGTGGGCTTTAATTT
CTTGTCGGCAGTATCTGATTTTGCTGTGTAATTTCACTTATACTCTGTATATATCTGGTG
CGACCAATATTTTC


BQ
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AF RR3CN52JQ C 1
AF RR3CN52TF U 1
BS 1 554 RR3CN52TF

RD RR3CN52JQ 554 0 0
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CGACCAATATTTTC

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3CN52TF 554 0 0
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TCATCGGTTTCTTTAGAGACCTGGTCGATGCTCTTTGTCCTTACATCGGCTTACCTCGGT
TTCTAGACCACGAGATTCATCGACCGGACACGATAAGACCCGAGACCCTCACGACGGTGA
GTCTTGCTGACAAGATTTCCCCGGTGATTCCTTTCTCGGATATTCAAACCGATCTTGAAG
ACTGCTGCACGGTGTGTCTCTCTGATTTTGAGTCCGATGATAAAATTAGGCAGCTTCCGA
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TGACGTGTCCGATTTGTCGGGATCGGTTCTTATCGGCCGAAAAATACGCACGGTCTGGTC
CGGTTTGGTATAGTGATGAATGGGAGAGTAGCATTACTTACTAACGGTGGGCTTTAATTT
CTTGTCGGCAGTATCTGATTTTGCTGTGTAATTTCACTTATACTCTGTATATATCTGGTG
CGACCAATATTTTC

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 2

CO CL8260Contig1 778 2 2 U
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ACTTAAGTCTTCTTCTACATCTCTGATTTGTAACCAACGATTCTGCTTCGAGAAGTGAAA
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ATAGCCCACAACAAGCGGGTAATGAAGGAAAGGTACAGGATCCAAATATCACCCGCTATT
CTGTGAAAGTCGTACCTTACAATTATGATATGAGCCCTTATGGGTTCAGAGAGTTCTTCA
AGCGCCAGGGAGTTCGTACTTCGGATCCTAAATGAACAACTTGAAAGTTTGGTGCGTATT
CAAAAACCTTTTGAGTGTATCAATGGCTTCTATTAGCTACCAATGATTTGTTTTTTTAAG
AACTATTGTAATACTATACTACACTTCCCTCTTCCTTCAAAATAAATAAACTTTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
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AF RR3DQ48TF U 1
AF RR3DQ48JQ C 121
BS 1 703 RR3DQ48TF
BS 704 778 RR3DQ48JQ

RD RR3DQ48TF 703 0 0
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CAAAAACCTTTTGAGTGTATCAATGGCTTCTATTAGCTACCAA

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3DQ48JQ 658 0 0
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ATAGCCCACAACAAGCGGGTAATGAAGGAAAGGTACAGGATCCAAATATCACCCGCTATT
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AGCGCCAGGGAGTTCGTACTTCGGATCCTAAATGAACAACTTGAAGGTTTGGTGGGTATT
CAAAAACCTTTTGAGTGTATCAATGGCTTTTATTAGCTACCAATGATTTGTTTTTTTAAG
AACTATTGTAATACTATACTACACTTCCCTCTTCCTTCAAAATAAATAAACTTTTGTG

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL8261Contig1 877 2 2 U
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TGGAGAGAAAGTGCGGCTGGGATGAGCAGCTTGGCTAGTTTCCTTGCCAAAGACACAATA
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AATCCGAGATCCACTTTTTGGGATCATTATAGCGTCTTGGTATGCCTGGTATATTGTGTG
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GTACTTCTTCCGGTAGTTTTAACACTTTTTGCAACTACACCAACGGATAGTAAATTTATG
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GCGGAAAAGTACTCTGGTGTATGGATGCTCACTCGGTGTGGAGCACTTCTGAAGAGTGGC
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CGTACGATCGCCTTTGTTGGGATGGTTATACTTCAAAAGAGGTGAAGATAAAAAGGTCTT
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CATGGTTCTACGTTTTGGTTTATATTCGACCAAGAAAACTATTATGTACAGCTTTCGTTG
TGTAATCATTTGTTCATCTTAGTTCATTGTCATATTG


BQ
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AF RR3FB13TF U 1
AF RR3FB13JQ C 138
BS 1 692 RR3FB13TF
BS 693 877 RR3FB13JQ

RD RR3FB13TF 692 0 0
GCTAAATTACAAGCAACAGACTACTTGATCTTATTGCTAGCTGGAGCTTGTTTAGGATTA
CTGAAGAAAGGAAGTGATGAGAACTTTGGAGCACCTGGTTATATCTACAGTATTATCGCC
GTATCTCTTCTGTGCAAAATAGCAGCATTAAGATCATTCTCACTAGACAAGGTACATTAC
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GACTGTTTCAACACACTTGTGAAGCCATTGGTTTATCTCTCCATGTTCTACTTCTTCACT
AATCCGAGATCCACTTTTTGGGATCATTATAGCGTCTTGGTATGCCTGGTATATTGTGTG
ACAGGTATAGCTTATGCGCTGGCTATCTTCTTTCAGCCTGGCTCCGCTCAGCTGTTTGCT
GTACTTCTTCCGGTAGTTTTAACACTTTTTGCAACTACACCAACGGATAGTAAATTTATG
AAGATCTTAACTGATTTATGTTATCCAAAGTGGGCTTTGCAAGCATTTGTTATTGGAAAT
GCGGAAAAGTACTCTGGTGTATGGATGCTCACTCGGTGTGGAGCACTTCTGAAGAGTGGC
TACGACATTAATGAGTGGTATCTATGTATTATGATATTGCTTCTCATTGGTGTGGCCACT
CGTACGATCGCCTTTGTTGGGATGGTTATACT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3FB13JQ 740 0 0
AATAGCAGCATTAAGATCATTCTCACTAGACAAGGTACATTACTGGAGAGAAAGTGCGGC
TGGGATGAGCAGCTTGGCTAGTTTCCTTGCCAAAGACACAATAGACTGTTTCAACACACT
TGTGAAGCCATTGGTTTATCTCTCCATGTTCTACTTCTTCACTAATCCGAGATCCACTTT
TTGGGATCATTATAGCGTCTTGGTATGCCTGGTATATTGTGTGACAGGTATAGCTTATGC
GCTGGCTATCTTCTTTCAGCCTGGCTCCGCTCAGCTGTTTGCTGTACTTCTTCCGGTAGT
TTTAACACTTTTTGCAACTACACCAACGGATAGTAAATTTATGAAGATCTTAACTGATTT
ATGTTATCCAAAGTGGGCTTTGCAAGCATTTGTTATTGGAAATGCGGAAAAGTACTCTGG
TGTATGGATGCTCACTCGGTGTGGAGCACTTCTGAAGAGTGGCTACGACATTAATGAGTG
GTATCTATGTATTATGATATTGCTTCTCATTGGTGTGGCCACTCGTACGATCGCCTTTGT
TGGGATGGTTATACTTCAAAAGAGGTGAAGATAAAAAGGTCTTCTTTCCATCACGGTTTT
AGTCCGCAGGACTCTAAAGCTTGGAGGTAGGAGAGAAGAGTTTCATGGTTCTACGTTTTG
GTTTATATTCGACCAAGAAAACTATTATGTACAGCTTTCGTTGTGTAATCATTTGTTCAT
CTTAGTTCATTGTCATATTG

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL8262Contig1 743 2 4 U
GGGAAGGAGAGTTTACCGTTGTCAACTCTCTGTTCCGTTTCAAGAACCTTTTGGATGAGA
CCGTTGTGGTGAACAGTCCGAGAGACGCGGTGTTGAAGCTGATAAGGCAAGTTAACCCTA
ACGTCTTCATCCAGGCAGTGCTGAGCGGTTCTTACAACGCGCCCTTCTTCGTCACGAGGT
TCAGAGAGGCTTTGTTCCACTACTCGGCGCTGTTCGACATGTGCGACTCGAAGCTGAGTA
GGGAGGACGAGATGAGGCTGATGTTTGAGAAGGAGTTCTACGGGAGAGAGATCATGAACG
TGGTGGCTTGCGAAGGGACGGAGAGAGTGGAGAGGCCTGAGACGTATAAGCAGTGGCAGG
CGAGGGTGATCAGAGCAGGGTTTAGGCAGCTTCCGGTGGAGAAGGAGCTGATGCAGAATC
TGAAGGCGAAGATTGAGAACGGGTATGATAAGAATTTCGATATTGATCAGAATGGGATCT
GGTTGCTTCAGGGCTGGAAAGGTAGGATCGTGTATGCCTCGTCTGTTTGGGTTCCTTCTT
CTTCTTCTTGATAGTTGTTTTTTTCTTTCTTGTGTCCTAAGTAAGCTGGGGCTGGATTGG
TGTTTGAGAGTTAGGGTTTACTGGTGTTTTATGCTTGTGACATAGCGTGTGTGTAAGAGT
ATAGCGTAAGAGACAGAGTGAGAGAGTGTACTCTATGTTCACACAATCTTATGTTCGCAT
AAATAATGAAAAGCTAACTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DZ56TF U 1
AF RR3DZ56JQ C 52
BS 1 282 RR3DZ56TF
BS 283 283 RR3DZ56JQ
BS 284 610 RR3DZ56TF
BS 611 743 RR3DZ56JQ

RD RR3DZ56TF 610 0 0
GGGAAGGAGAGTTTACCGTTGTCAACTCTCTGTTCCGTTTCAAGAACCTTTTGGATGAGA
CCGTTGTGGTGAACAGTCCGAGAGACGCGGTGTTGAAGCTGATAAGGCAAGTTAACCCTA
ACGTCTTCATCCAGGCAGTGCTGAGCGGTTCTTACAACGCGCCCTTCTTCGTCACGAGGT
TCAGAGAGGCTTTGTTCCACTACTCGGCGCTGTTCGACATGTGCGACTCGAAGCTGAGTA
GGGAGGACGAGATGAGGCTGATGTTTGAGAAGGAGTTCTACGTGAGAGAGATCATGAACG
TGGTGGCTTGCGAAGGGACGGAGAGAGTGGAGAGGCCTGAGACGTATAAGCAGTGGCAGG
CGAGGGTGATCAGAGCAGGGTTTAGGCAGCTTCCGGTGGAGAAGGAGCTGATGCAGAATC
TGAAGGCGAAGATTGAGAACGGGTATGATAAGAATTTCGATATTGATCAGAATGGGATCT
GGTTGCTTCAGGGCTGGAAAGGTAGGATCGTGTATGCCTCGTCTGTTTGGGTTCCTTCTT
CTTCTTCTTGATAGTTGTTTTTTTCTTTCTTGTGTCCTAAGTAAGCTGGGGCTGGATTGG
TGTTTGAGAG

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3DZ56JQ 692 0 0
TGGATGAGACCGTTGTGGTGAACAGTCCGAGAGACGCGGTGTTGAAGCTGATAAGGCAAG
TTAACCCTAACGTCTTCATCCAGGCAGTGCTGAGCGGTTCTTACAACGCGCCCTTCTTCG
TCACGAGGTTCAGAGAGGCTTTGTTCCACTACTCGGCGCTGTTCGACATGTGCGACTCGA
AGCTGAGTAGGGAGGACGAGATGAGGCTGATGTTTGAGAAGGAGTTCTACGGGAGAGAGA
TCATGAACGTGGTGGCTTGCGAAGGGACGGAGAGAGTGGAGAGGCCTGAGACGTATAAGC
AGTGGCAGGCGAGGGTGATCAGAGCAGGGTTTAGGCAGCTTCCGGTGGAGAAGGAGCTGA
TGCAGAATCTGAAGGCGAAGATTGAGAACGGGTATGATAAGAATTTCGATATTGATCAGA
ATGGGATCTGGTTGCTTCAGGGCTGGAAAGGTAGGATCGTGTATGCCTCGTCTGTTTGGG
TTCCTTCTTCTTCTTCTTGATAGTTGTTTTTTTCTTTCTTGTGTCCTAAGTAAGCTGGGG
CTGGATTGGTGTTTGAGAGTTAGGGTTTACTGGTGTTTTATGCTTGTGACATAGCGTGTG
TGTAAGAGTATAGCGTAAGAGACAGAGTGAGAGAGTGTACTCTATGTTCACACAATCTTA
TGTTCGCATAAATAATGAAAAGCTAACTTTTT

QA 1 692 1 692
DS 



AS 1 2

CO CL8263Contig1 793 2 16 U
GGAAATCAAAAACCATCTTTACACTTAGTCGCATTGTGTGACATGGCTTCGACTCTGTTC
TCCAGAACCTTTCTGTCTGCAAGCCACCGCTTGATCACTCCTTCTCTTCTCCCCCAAAAG
ACCACCCTTAATCTCCCCTCCTTTCTCACTAGGAGAGGGTTCTACTCTCAGTTAGGCTTT
TCCTCTACAGCTTATAGATCAGCTCGAGCTATGGCTTCTACTGTGATTGGGGCAAGAGCA
GGCTACTCGACTTCATCTGTGCCGACCAATGAGCCTGTTGTTTCTGTTGATTGGCTCCAT
TCTAATCTCAGAGAGCCTGATTTGAAGGTATTGGATGCGTCATGGTACATGCCTGATGAG
CAGAGGAATCCCATCCAAGAATATCAGGTTGCTCATATCCCCGGTGCTCTCTTCTTTGAT
TTGGATGGAATATCAGATCGATCAACAAGTTTGCCACATATGTTACCGTCTGAAGAAGCT
TTTGCTGCTGGTTGCTCTGCTCTTGGAATTGAGAACAAGGACGGAGTGGTTGTTTATGAT
GCAAAGGGTGTCTTTAGTGCAGCTCGCGTATGGTGGATGTTCCGAGTTTTCGGACATGAC
AAAGTGTGGGTGCTGGATGGAGGACTACCGAGATGGCGTGCTTCAGTTACGATGTTGAAT
CTAGTGCATCACGTGATGCTATTTTGAAAGCCAGTGCTGCAAGTGAGCTATAGAGAAAAT
CTACCAAGGACATACCGTGAGCCCAATAACCTTTCAGACAAGTTCCAGCCGCATCTAGTG
TGGACACTTGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ES21TF U 1
AF RR3DZ74TF U 34
BS 1 134 RR3ES21TF
BS 135 135 RR3DZ74TF
BS 136 153 RR3ES21TF
BS 154 154 RR3DZ74TF
BS 155 323 RR3ES21TF
BS 324 324 RR3DZ74TF
BS 325 473 RR3ES21TF
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BS 475 590 RR3ES21TF
BS 591 591 RR3DZ74TF
BS 592 593 RR3ES21TF
BS 594 594 RR3DZ74TF
BS 595 623 RR3ES21TF
BS 624 624 RR3DZ74TF
BS 625 643 RR3ES21TF
BS 644 793 RR3DZ74TF

RD RR3ES21TF 643 0 0
GGAAATCAAAAACCATCTTTACACTTAGTCGCATTGTGTGACATGGCTTCGACTCTGTTC
TCCAGAACCTTTCTGTCTGCAAGCCACCGCTTGATCACTCCTTCTCTTCTCCCCCAAAAG
ACCACCCTTAATCTTCCCTCCTTTCTCACTAGGGGAGGGTTCTACTCTCAGTTAGGCTTT
TCCTCTACAGCTTATAGATCAGCTCGAGCTATGGCTTCTACTGTGATTGGGGCAAGAGCA
GGCTACTCGACTTCATCTGTGCCGACCAATGAGCCTGTTGTTTCTGTTGATTGGCTCCAT
TCTAATCTCAGAGAGCCTGATTT*AAGGTATTGGATGCGTCATGGTACATGCCTGATGAG
CAGAGGAATCCCATCCAAGAATATCAGGTTGCTCATATCCCCGGTGCTCTCTTCTTTGAT
TTGGATGGAATATCAGATCGATCAACAAGTTTGCCACATATGTTACCGTCTGAGGAAGCT
TTTGCTGCTGGTTGCTCTGCTCTTGGAATTGAGAACAAGGACGGAGTGGTTGTTTATGAT
GCAAAGGGTGTCTTTAGTGCAGCTCGCGTATGGTGGATGTTCCGAGTTTTTGGGCATGAC
AAAGTGTGGGTGCTGGATGGAGGTCTACCGAGATGGCGTGCTT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3DZ74TF 760 0 0
GGGTGG
GACATGGCTTCGACTCTGTTCTCCAGAACCTTTCTGTCTGCAAGCCACCGCTTGATCACT
CCTTCTCTTCTCCCCCAAAAGACCACCCTTAATCTCCCCTCCTTTCTCACTAGGAGAGGG
TTCTACTCTCAGTTAGGCTTTTCCTCTACAGCTTATAGATCAGCTCGAGCTATGGCTTCT
ACTGTGATTGGGGCAAGAGCAGGCTACTCGACTTCATCTGTGCCGACCAATGAGCCTGTT
GTTTCTGTTGATTGGCTCCATTCTAATCTCAGAGAGCCTGATTTGAAGGTATTGGATGCG
TCATGGTACATGCCTGATGAGCAGAGGAATCCCATCCAAGAATATCAGGTTGCTCATATC
CCCGGTGCT*TCTTCTTTGATTTGGATGGAATATCAGATCGATCAACAAGTTTGCCACAT
ATGTTGCCGTCTGAAGAGGCTTTTGCTGCTGGTTGCTCTGCTCTTGGAATTGAGAACAAG
GACGGAGTGGTTGTTTATGATGCAAAGGGTGTCTTTAGTGCAGCTCGTGTATGGTGGATG
TTCCGAGTTTTCGGACATGACAAAGTGTGGGTGCTGGATGGAGGATTACCGAGATGGCGT
GCTTCAGTTACGATGTTGAATCTAGTGCATCACGTGATGCTATTTTGAAAGCCAGTGCTG
CAAGTGAGCTATAGAGAAAATCTACCAAGGACATACCGTGAGCCCAATAACCTTTCAGAC
AAGTTCCAGCCGCATCTAGTGTGGACACTTGATC

QA 7 760 7 760
DS 



AS 1 2

CO CL8264Contig1 899 2 2 U
GGACCTTTTCTCCGAGCAGCAAGCCGCGTTAACCTAGTTGTTCTCTTCTTCTCCAAACGA
CACTTACTACGAGCCATGGCCGCCGCCGCAGAGATTGACGCTGAGATTCAGCAACAGCTT
ACCAACGAGGTCAAGCTCTTCAACCGTTGGAGCTTTGATGACGTTTCGGTCACAGACATT
AGTCTTGTTGACTACATTGGTGTTCAGCCAGCTAAGCATGCGACCTTTGTGCCCCACACT
GCTGGAAGATACTCTGTGAAGAGGTTCAGAAAGGCTCAATGCCCAATCGTCGAGAGGCTC
ACAAACTCTCTCATGATGCACGGGAGGAACAACGGTAAGAAGCTGATGGCTGTGAGGATC
ATCAAGCACGCCATGGAGATCATCCATCTCTTGACTGACTTGAACCCAATTCAGGTCATC
ATCGATGCCATTGTCAACAGTGGTCCACGTGAAGATGCCACCAGGATTGGATCTGCTGGT
GTGGTTAGGAGGCAGGCTGTTGATATCTCTCCTCTGAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTC
TTGCTCACCACCGGTGCACGTGAAGCTGCGTTTAGAAACATCAAGACCATCGCTGAGTGC
CTTGCTGATGAGCTCATCAATGCTGCCAGGGGTTCTTCCAACAGCTATGCTATCAAGAAG
AAGGATGAGATTGAGAGAGTTGCAAAGGCCAACCGTTAAGGAAGATCGTCCTATGCCTTG
AGTTTGCACTACATCTCAAAGACCTTATTTTGCTGTTTCTCATTAGAGCTTTGGATGTGT
TTCGGAAGATGTCCGTCTCTTTTAATGAAGTTTTTTGACACTTTGGCATCTTGATCAAAA
CCGTTTCATGTTTAAGAATATTTTCATCTTTATATTTCTAATTTAAAAATTGTTATTTC


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AGTCTTGTTGACTACATTGGTGTTCAGCCAGCTAAGCATGCGACCTTTGTGCCCCACACT
GCTGGAAGATACTCTGTGAAGAGGTTCAGAAAGGCTCAATGCCCAATCGTCGAGAGGCTC
ACAAACTCTCTCATGATGCACGGGAGGAACAACGGTAAGAAGCTGATGGCTGTGAGGATC
ATCAAGCACGCCATGGAGATCATCCATCTCTTGACTGACTTGAACCCAATTCAGGTCATC
ATCGATGCCATTGTCAACAGTGGTCCACGTGAAGATGCCACCAGGATTGGATCTGCTGGT
GTGGTTAGGAGGCAGGCTGTTGATATCTCTCCTCTGAGACGTGTGAACCAAGCCATCTTC
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AAACATCAAGACCATCGCTGAGTGCCTTGCTGATGAGCTCATCAATGCTGCCAGGGGTTC
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TTTCTCATTAGAGCTTTGGATGTGTTTCGGAAGATGTCCGTCTCTTTTAATGAAGTTTTT
TGACACTTTGGCATCTTGATCAAAACCGTTTCATGTTTAAGAATATTTTCATCTTTATAT
TTCTAATTTAAAAATTGTTATTTC

QA 1 384 1 384
DS 



AS 1 2

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ACAATCATACGGATATAAATATATATTTGTCAAGGTGACCTACACGGCGGCGGAAACTCT
CTCTCCTTTGCCGGTTCCGGCGGCGGACTTAACCAAGCCCTTCTCTTTCCTCTCGTCCAC
CGTAATCTGCTGTTGCCTGCACTCTAAGCTACAAAACGCCCTATCTCCTCTATACATATA
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AF RR3H909TF C 1
AF RR3H909JQ U 44
BS 1 43 RR3H909TF
BS 44 618 RR3H909JQ

RD RR3H909TF 602 0 0
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CGTAATCTGCTGTTGCCTGCACTCTAAGCTACAAAACGCCCTATCTCCTCTATACATATA
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GACGTGAGTGGAGTAATCTTCTGAGTGTCTCCTCGGTGTACCTCTTGGTGAAACCGTCGC
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GTCT

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AATAATAATAACCATATACAATCATACGGATATAAATATATATTTGTCAAGGTGACCTAC
ACGGCGGCGGAAACTCTCTCTCCTTTGCCGGTTCCGGCGGCGGACTTAACCAAGCCCTTC
TCTTTCCTCTCGTCCACCGTAATCTGCTGTTGCCTGCACTCTAAGCTACAAAACGCCCTA
TCTCCTCTATACATATAGATGTCTCGGCCGGGAACAAGATGACGTTTACAGAGAGAGCAA
GACCTCAGAAAATCTCCGACGTGAGTGGAGTAATCTTCTGAGTGTCTCCTCGGTGTACCT
CTTGGTGAAACCGTCGCTAAGAGACGTTGATCTAATAAACCATGATGAACCTGGCGATGT
TCATCTACGGCCACGAGCTTACTTTTCCTCGGACTCGACATCTGAACCTGATGATGATCG
GACGGCTCTTCTGGTTCGCTAGGTAAGTTCAAGTCGAACTTTATCTCCGAAAGACTCGTG
GTTCTCTTTATCTCTTGTCTCTGTCTCTTCCCTAA

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

CO CL8266Contig1 967 2 2 U
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TTAAAAACAAACAATGAAAGCTGCTGTCTTTCCCTCTAAAATCGCAAATCTAGGCCTCCT
CCCTTCTGGCCGTTGCTGCACACTGTTCTTCCGGTCACCGGCATTGTCTTCCGCGATATC
TACAACTCCTTGTCGGAAGCTGACAAGAGGGAGACGAGGTAGTAGTCAAGGATTGATGTC
TCAGTCTTCGTCGTCATCTTCTCAATTGTTTTCGTCTCTATCGAATTCATTCTCCTCTCA
GTCGGAATCGGAGTTACCTCAGGGATATCCATGAACACTGTTAACTTCAAGGCCTTGTTT
GGCAAAGGCGTTATTGGAAACATACCGATTATGCTGGCGAAACCTCAGACTTTCATGAAC
GCCAGTGGTGAGTCTGTTGGACAAATTGTTTCCTTTTACAAGATCCCGCTAAAGCAAGTA
CTTGTGATTTACGATGATTTAGACTTGTCCTTTGGTAAACTGCGTTTATTGCCAAAAGGT
GGCCACGGAGGGCACAATGGGATGAGAAGCATTATAGACCGGCTAAAAGGGAGCCGTGAT
TTTCCCCGTCTAAGAATAGGGATTGGACGGCCTCCAGGGAAGATGGATACAGCCAATTAT
GTTCTTCGCCAGTTTAATAAACAAGAACAAGAAGAGTTGGATTATACATTTCAAACAGGG
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ACTCAGAAATCTATGCAACAACTCAGTTGAGAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGATTGTCAAG
AACTGCAGATTTTTCAGGCCGATTCATTTATTAGAAAATCAATTCATATATCCTTTGAGC
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TTTAAAC


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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AZ72TF U 1
AF RR3AZ72JQ C 194
BS 1 748 RR3AZ72TF
BS 749 967 RR3AZ72JQ

RD RR3AZ72TF 748 0 0
GGAAGAGAAGGAATCCTATTCGGAGAGAAATGAACTAAACCCTAATTCGGACAGCAGAAA
TTAAAAACAAACAATGAAAGCTGCTGTCTTTCCCTCTAAAATCGCAAATCTAGGCCTCCT
CCCTTCTGGCCGTTGCTGCACACTGTTCTTCCGGTCACCGGCATTGTCTTCCGCGATATC
TACAACTCCTTGTCGGAAGCTGACAAGAGGGAGACGAGGTAGTAGTCAAGGATTGATGTC
TCAGTCTTCGTCGTCATCTTCTCAATTGTTTTCGTCTCTATCGAATTCATTCTCCTCTCA
GTCGGAATCGGAGTTACCTCAGGGATATCCATGAACACTGTTAACTTCAAGGCCTTGTTT
GGCAAAGGCGTTATTGGAAACATACCGATTATGCTGGCGAAACCTCAGACTTTCATGAAC
GCCAGTGGTGAGTCTGTTGGACAAATTGTTTCCTTTTACAAGATCCCGCTAAAGCAAGTA
CTTGTGATTTACGATGATTTAGACTTGTCCTTTGGTAAACTGCGTTTATTGCCAAAAGGT
GGCCACGGAGGGCACAATGGGATGAGAAGCATTATAGACCGGCTAAAAGGGAGCCGTGAT
TTTCCCCGTCTAAGAATAGGGATTGGACGGCCTCCAGGGAAGATGGATACAGCCAATTAT
GTTCTTCGCCAGTTTAATAAACAAGAACAAGAAGAGTTGGATTATACATTTCAAACAGGG
TTAGAGGCAATAAGGATCATGTTGCTTG

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3AZ72JQ 774 0 0
CGGAAGCTGACAAGAGGGAGACGAGGTAGTAGTCAAGGATTGATGTCTCAGTCTTCGTCG
TCATCTTCTCAATTGTTTTCGTCTCTATCGAATTCATTCTCCTCTCAGTCGGAATCGGAG
TTACCTCAGGGATATCCATGAACACTGTTAACTTCAAGGCCTTGTTTGGCAAAGGCGTTA
TTGGAAACATACCGATTATGCTGGCGAAACCTCAGACTTTCATGAACGCCAGTGGTGAGT
CTGTTGGACAAATTGTTTCCTTTTACAAGATCCCGCTAAAGCAAGTACTTGTGATTTACG
ATGATTTAGACTTGTCCTTTGGTAAACTGCGTTTATTGCCAAAAGGTGGCCACGGAGGGC
ACAATGGGATGAGAAGCATTATAGACCGGCTAAAAGGGAGCCGTGATTTTCCCCGTCTAA
GAATAGGGATTGGACGGCCTCCAGGGAAGATGGATACAGCCAATTATGTTCTTCGCCAGT
TTAATAAACAAGAACAAGAAGAGTTGGATTATACATTTCAAACAGGGTTAGAGGCAATAA
GGATCATGTTGCTTGAAGGGTTCAACAAAAGTGCAACCTTTGTCAACACTCAGAAATCTA
TGCAACAACTCAGTTGAGAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGATTGTCAAGAACTGCAGATTTT
TCAGGCCGATTCATTTATTAGAAAATCAATTCATATATCCTTTGAGCAAATTTGTATATC
ACAAGAAAACCAAAAGTTTATAAGCCTCGATATAATTTGCTCTTGATTTTAAAC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL8267Contig1 862 2 2 U
TTCTGATCTTTACCAGGTTAACCAGCGGAAGCCATACCACGGTGTAAATTTCATAATTGC
GCATGATGGATTCACGTTGCGAGATCTTGTAACATACAACTCTAAGCACAATGAAGCTAA
TGGAGAAGGCGGAAATGATGGATGTAACGACAATTATAGCTGGAACTGTGGTTCGGAAGG
GGAAACTGGTGATGTGCACATCAAGTCCTTACGTGTTCGACAAATGAAGAATTTTCATTT
AGCTTTGATGATTTCTCAGGGGACACCAATGATGCTAATGGGAGACGAATATGGACATAC
ACGATATGGTAATAACAATAGCTACGGACATGATACTGCTCTCGACAATTTCCAGTGGAA
AGAGCTCGACGCAAAGAAACAGAACCATTTCAGGTTCTTTTCAGAGTTGATCAAGTTCCG
ACATTCACACCATGTACTAAAGCATGAAAATTTCCTAAGCAAAGGAGAGATTACGTGGCA
TGAAGATAATTGGGGCAATCCTGAGAGCAAGTTCCTAGCCTTCACGCTCCATGATGGTGT
AAACGGCCAAGACGTCTATGCGGCTTTCAACGCCCATGACTACTTTGTCAAGGCTCTGAT
TCCACTGCCACCTGCGGGAAAGCAATGGTTCCGTCTGGCTGACACAAACCTCGAGTCACC
AGATGACTTTGTAAAGGAAGGTGTGGTTGGCGTGGCTGAGACATACAATGTGGCTCCATT
CTCTTCCATCCTTCTCAAGTCCATGTAAAGCAAATTACATCCTTGGTAAAAAGATCCATA
AGTGTTTATTTGATTATATAAAATTCTAAAATAGACAACATTTCCAATCAAAAGATACAA
TATATACATATATATATCGAGT


BQ
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AF RR3FO75TF U 1
AF RR3FO75JQ C 55
BS 1 408 RR3FO75TF
BS 409 862 RR3FO75JQ

RD RR3FO75TF 408 0 0
TTCTGATCTTTACCAGGTTAACCAGCGGAAGCCATACCACGGTGTAAATTTCATAATTGC
GCATGATGGATTCACGTTGCGAGATCTTGTAACATACAACTCTAAGCACAATGAAGCTAA
TGGAGAAGGCGGAAATGATGGATGTAACGACAATTATAGCTGGAACTGTGGTTCGGAAGG
GGAAACTGGTGATGTGCACATCAAGTCCTTACGTGTTCGACAAATGAAGAATTTTCATTT
AGCTTTGATGATTTCTCAGGGGACACCAATGATGCTAATGGGAGACGAATATGGACATAC
ACGATATGGTAATAACAATAGCTACGGACATGATACTGCTCTCGACAATTTCCAGTGGAA
AGAGCTCGACGCAAAGAAACAGAACCATTTCAGGTTCTTTTCAGAGTT

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3FO75JQ 808 0 0
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AGCTAATGGAGAAGGCGGAAATGATGGATGTAACGACAATTATAGCTGGAACTGTGGTTC
GGAAGGGGAAACTGGTGATGTGCACATCAAGTCCTTACGTGTTCGACAAATGAAGAATTT
TCATTTAGCTTTGATGATTTCTCAGGGGACACCAATGATGCTAATGGGAGACGAATATGG
ACATACACGATATGGTAATAACAATAGCTACGGACATGATACTGCTCTCGACAATTTCCA
GTGGAAAGAGCTCGACGCAAAGAAACAGAACCATTTCAGGTTCTTTTCAGAGTTGATCAA
GTTCCGACATTCACACCATGTACTAAAGCATGAAAATTTCCTAAGCAAAGGAGAGATTAC
GTGGCATGAAGATAATTGGGGCAATCCTGAGAGCAAGTTCCTAGCCTTCACGCTCCATGA
TGGTGTAAACGGCCAAGACGTCTATGCGGCTTTCAACGCCCATGACTACTTTGTCAAGGC
TCTGATTCCACTGCCACCTGCGGGAAAGCAATGGTTCCGTCTGGCTGACACAAACCTCGA
GTCACCAGATGACTTTGTAAAGGAAGGTGTGGTTGGCGTGGCTGAGACATACAATGTGGC
TCCATTCTCTTCCATCCTTCTCAAGTCCATGTAAAGCAAATTACATCCTTGGTAAAAAGA
TCCATAAGTGTTTATTTGATTATATAAAATTCTAAAATAGACAACATTTCCAATCAAAAG
ATACAATATATACATATATATATCGAGT

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL8268Contig1 995 2 2 U
GGGGCAGAGATATCGTGATCTCTCTCTCTCCAACTCTTATCACTTCCGGCGATCTCTCCC
TCCGACGTTCGATGGACGCAGTCGTCCACGCTTGTCCACTCTCCATCATGCGCCTACGCG
CACCGCTCTCAGCTTCTTCTCCAACTCTTTTCCCGCCGAGATTCCTCTCCATCAACTCCA
CCTTCTCTCCCACTCTCAGCTCCCTCTCCAACTCCCGAGGTCCTTCACCTTCCGCCGCCA
GCGCCACGTTTACGGCGAAGTCCTCTTCGCCAAGAAGTGGAGTGTACACTGTTGGTGAGT
TCATGACTAAGAAGGATGACTTGCATGTGGTCAAACCTACCACCACTGTTGATCAAGCTC
TAGAAATCCTTGTGGAGGATAGGATTACAGGATTTCCTGTGATCGACCAAGACTGGAAGC
TGGTTGGGCTTGTTTCAGATTATGATTTGTTGGCTTTGGACTCCATCTCTGGTAGTGGAA
GTACAGAAAATGCCATGTTCCCTGAGGTTGACAGCACCTGGAAAACGTTCAATGCAGCGC
AAAAGCTACTGAGCAAAACCAATGGGAAGCTTGTTGGAGATTTAATGACACCAGCTCCAG
TTGTTGTTGAGGAAGATACCAACCTCGAAGATGCTGCTAAAATCTTACTCGAGACCAAAT
ATCGGAGGCTCCCTGTGGTAGATTCCAATGGCAAATTGGTTGGTATTATCACAAGAGGTA
ACGTGGTTAGAGCCGCACTTCAAATAAAGCGCACTGGTGATAGGAACGCTTGAATAAGAT
ACAAACAAAAACCAAGAAAATAGGTTGTAGAGAGGAAATCAACATGGAACAAACATTATC
CAGATAATAAGAGTGAGTGCTCAACAGTGTACCTTGTACTAGAATTATATTAACTTGTAT
TACAAGAGTTCCGCATCTTATGTCGGTCACAAGGAACTCAGCTTTTGTTGAACTCTGTCT
GGTAAGTGGTAAGTACACTACTTACTTTTTTTCCT


BQ
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AF RR3BJ25TF U 1
AF RR3BJ25JQ C 227
BS 1 781 RR3BJ25TF
BS 782 995 RR3BJ25JQ

RD RR3BJ25TF 781 0 0
GGGGCAGAGATATCGTGATCTCTCTCTCTCCAACTCTTATCACTTCCGGCGATCTCTCCC
TCCGACGTTCGATGGACGCAGTCGTCCACGCTTGTCCACTCTCCATCATGCGCCTACGCG
CACCGCTCTCAGCTTCTTCTCCAACTCTTTTCCCGCCGAGATTCCTCTCCATCAACTCCA
CCTTCTCTCCCACTCTCAGCTCCCTCTCCAACTCCCGAGGTCCTTCACCTTCCGCCGCCA
GCGCCACGTTTACGGCGAAGTCCTCTTCGCCAAGAAGTGGAGTGTACACTGTTGGTGAGT
TCATGACTAAGAAGGATGACTTGCATGTGGTCAAACCTACCACCACTGTTGATCAAGCTC
TAGAAATCCTTGTGGAGGATAGGATTACAGGATTTCCTGTGATCGACCAAGACTGGAAGC
TGGTTGGGCTTGTTTCAGATTATGATTTGTTGGCTTTGGACTCCATCTCTGGTAGTGGAA
GTACAGAAAATGCCATGTTCCCTGAGGTTGACAGCACCTGGAAAACGTTCAATGCAGCGC
AAAAGCTACTGAGCAAAACCAATGGGAAGCTTGTTGGAGATTTAATGACACCAGCTCCAG
TTGTTGTTGAGGAAGATACCAACCTCGAAGATGCTGCTAAAATCTTACTCGAGACCAAAT
ATCGGAGGCTCCCTGTGGTAGATTCCAATGGCAAATTGGTTGGTATTATCACAAGAGGTA
ACGTGGTTAGAGCCGCACTTCAAATAAAGCGCACTGGTGATAGGAACGCTTGAATAAGAT
A

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3BJ25JQ 769 0 0
ACCTTCCGCCGCCAGCGCCACGTTTACGGCGAAGTCCTCTTCGCCAAGAAGTGGAGTGTA
CACTGTTGGTGAGTTCATGACTAAGAAGGATGACTTGCATGTGGTCAAACCTACCACCAC
TGTTGATCAAGCTCTAGAAATCCTTGTGGAGGATAGGATTACAGGATTTCCTGTGATCGA
CCAAGACTGGAAGCTGGTTGGGCTTGTTTCAGATTATGATTTGTTGGCTTTGGACTCCAT
CTCTGGTAGTGGAAGTACAGAAAATGCCATGTTCCCTGAGGTTGACAGCACCTGGAAAAC
GTTCAATGCAGCGCAAAAGCTACTGAGCAAAACCAATGGGAAGCTTGTTGGAGATTTAAT
GACACCAGCTCCAGTTGTTGTTGAGGAAGATACCAACCTCGAAGATGCTGCTAAAATCTT
ACTCGAGACCAAATATCGGAGGCTCCCTGTGGTAGATTCCAATGGCAAATTGGTTGGTAT
TATCACAAGAGGTAACGTGGTTAGAGCCGCACTTCAAATAAAGCGCACTGGTGATAGGAA
CGCTTGAATAAGATACAAACAAAAACCAAGAAAATAGGTTGTAGAGAGGAAATCAACATG
GAACAAACATTATCCAGATAATAAGAGTGAGTGCTCAACAGTGTACCTTGTACTAGAATT
ATATTAACTTGTATTACAAGAGTTCCGCATCTTATGTCGGTCACAAGGAACTCAGCTTTT
GTTGAACTCTGTCTGGTAAGTGGTAAGTACACTACTTACTTTTTTTCCT

QA 1 769 1 769
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8270Contig1 844 2 4 U
GGATGGAGGAGGAGGAGACGATGATGGCAACGAAGGTGATGGAGAGAGGATTCAAGCTGA
TTCTAGGATCTCAATCGATTGCGAGAAAAAGGATTTTGGGTGAAATGGGCTATGATTTCA
CTATCGTGATTGCAGACATCGACGAGAAAGCTATCAGGAGAGACAGTCCTCAAGACTTGG
TTGTCGCTCTCGCTCAAGCCAAGGCAGATGAGATAATATCGAAGCTTGGAGATCAAAGCC
AGTTTGCTCAAGATCCTCTACCAACCTTGTTGATTACTGCTGACACTGTAGTTGTGTACG
AAGGTATTATCCGAGAAAAACCAACCTCCAAAGAAGAAGCTCGCCAATTTATCAAAGGCT
ATTCCGGGTCACACGGAGGCGTTATTGGATCTGTTATAGTAAGCAACTTGAAAACTGGTG
TTCGAAGAGTTGGATGGGACAAAGCTGAGGTTTATTTCCATGAGATACCAGCAAAAGTCA
TAGACGATCTTATTGATGATGCCATAACTTTCAAGGTTGCTGGAGGTTTAACCTTGGAGC
ATCCCCTCATTTTACCCTTTATCGATACCGTGGTGGGAGGAGTTGATACAGTCATGGGAC
TTCCTAAAGAACTCACTGAAAAATTCATCACCGATGTGTTGTAGCTCTAGCAAGGCTTTT
GAAGATTCCCCCCCTAGAAAGGCTTAGATTGGTTATGCTCTGTGGTTCTTAAGATTTTTG
TTTGTTTGATTGTGAAATCAAATCGTATATGTTGTAAGTGGATAAAACATAGATTCACCT
TATCGCTATCCCCAAGTTGATGATGTTTCCGGACTCCAAATTCCTCATTTACCCGAAATG
AACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3EW60TF U 1
AF RR3EW60JQ C 115
BS 1 654 RR3EW60TF
BS 655 655 RR3EW60JQ
BS 656 673 RR3EW60TF
BS 674 844 RR3EW60JQ

RD RR3EW60TF 677 0 0
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TTCTAGGATCTCAATCGATTGCGAGAAAAAGGATTTTGGGTGAAATGGGCTATGATTTCA
CTATCGTGATTGCAGACATCGACGAGAAAGCTATCAGGAGAGACAGTCCTCAAGACTTGG
TTGTCGCTCTCGCTCAAGCCAAGGCAGATGAGATAATATCGAAGCTTGGAGATCAAAGCC
AGTTTGCTCAAGATCCTCTACCAACCTTGTTGATTACTGCTGACACTGTAGTTGTGTACG
AAGGTATTATCCGAGAAAAACCAACCTCCAAAGAAGAAGCTCGCCAATTTATCAAAGGCT
ATTCCGGGTCACACGGAGGCGTTATTGGATCTGTTATAGTAAGCAACTTGAAAACTGGTG
TTCGAAGAGTTGGATGGGACAAAGCTGAGGTTTATTTCCATGAGATACCAGCAAAAGTCA
TAGACGATCTTATTGATGATGCCATAACTTTCAAGGTTGCTGGAGGTTTAACCTTGGAGC
ATCCCCTCATTTTACCCTTTATCGATACCGTGGTGGGAGGAGTTGATACAGTCATGGGAC
TTCCTAAAGAACTCACTGAAAAATTCATCACCGATGTGTTGTAGCTCTAGCAAG*CTTTT
GAAGATTCCCCCC
TAGA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3EW60JQ 730 0 0
ATTTCACTATCGTGATTGCAGACATCGACGAGAAAGCTATCAGGAGAGACAGTCCTCAAG
ACTTGGTTGTCGCTCTCGCTCAAGCCAAGGCAGATGAGATAATATCGAAGCTTGGAGATC
AAAGCCAGTTTGCTCAAGATCCTCTACCAACCTTGTTGATTACTGCTGACACTGTAGTTG
TGTACGAAGGTATTATCCGAGAAAAACCAACCTCCAAAGAAGAAGCTCGCCAATTTATCA
AAGGCTATTCCGGGTCACACGGAGGCGTTATTGGATCTGTTATAGTAAGCAACTTGAAAA
CTGGTGTTCGAAGAGTTGGATGGGACAAAGCTGAGGTTTATTTCCATGAGATACCAGCAA
AAGTCATAGACGATCTTATTGATGATGCCATAACTTTCAAGGTTGCTGGAGGTTTAACCT
TGGAGCATCCCCTCATTTTACCCTTTATCGATACCGTGGTGGGAGGAGTTGATACAGTCA
TGGGACTTCCTAAAGAACTCACTGAAAAATTCATCACCGATGTGTTGTAGCTCTAGCAAG
GCTTTTGAAGATTCCCCCCCTAGAAAGGCTTAGATTGGTTATGCTCTGTGGTTCTTAAGA
TTTTTGTTTGTTTGATTGTGAAATCAAATCGTATATGTTGTAAGTGGATAAAACATAGAT
TCACCTTATCGCTATCCCCAAGTTGATGATGTTTCCGGACTCCAAATTCCTCATTTACCC
GAAATGAACC

QA 1 730 1 730
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8272Contig1 983 2 2 U
GAGAAGCTGAAGCAGAGATGTGTTGAAGGTTTTAAAGACGGTGTTGTGAGTGTTGAGCAG
TTAGCTTCTGTTGATGGGTTATGCGAATGGGTTTTAAAGGCTATTGGCGGGTCGGATCCG
GTTCAGACTTACAATATTAACCTCTCGGTTTTCACTTCGGTTTAAAGGCTATGGGGGATT
GAGCAGCTGTTTCCTATAGTCCCCATCCATAAGCTCGACCAAAGGCCAGGGACACGTGGC
GTATTGTCGGATTTGACGTGTGACAGCGATGGGAAGATTGATAAGTTCATAGGCGGCGAG
TCTAGCTTGCCGCTGCATGAGCTAGAGAGCGATGGAGGGAGGTACTTCTTGGGGATGTTT
CTTGGAGGGGCTTACGAGGAGGCGCTAGGTGGAGTGCACAACTTGTTTGGTGGGCCGAGC
GTTGTACGTGTCTTGCAGAGTGATGGGCCTCATGGCTTTGCTGTGACACGAGCCGTGCCT
GGTCAGTCCTCTGCTGATGTTCTTCGTGGGATGCAGCATGAGCCTGAGATGATGTTTCAG
ACGTTGAAGCACCGAGCAGAGGAGGTTATGCATCATCATACCAAAGGTGGTGAAGAAGAA
GATGATGATGATGATGAAGCTGAGTTCGGTAATGTCGCGGCTTCTCTTGACCGTTCGTTT
CATAACATGCCGTATCTAGCGACCGAGGAGGTGTCTATGAGTAACTCTCTTTCAGCTGCG
GTCAGTAACCTTGGCTTTTACTATTGCGATGAAGATGACTACCTCTCTGCGTGAGGAAAG
GTGGTTTGTTGTTTGCATTCTTGTGTTATCGTATGTTTCTTTTAATAAAGTAGTAAAATA
ATCACAATGATGAGATTCATCGTTGTTTAATGTTGTTTTTTTATTTTAATTTAGAGGATC
CGAATGATGAAAGTACTTTTGTGAAATTCGGATCTTTGTACTATGTTATTTGATGTTTGA
AATGTAACGTTCTTGTTTCATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DS35TF U 1
AF RR3DS35JQ C 218
BS 1 770 RR3DS35TF
BS 771 983 RR3DS35JQ

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TTAGCTTCTGTTGATGGGTTATGCGAATGGGTTTTAAAGGCTATTGGCGGGTCGGATCCG
GTTCAGACTTACAATATTAACCTCTCGGTTTTCACTTCGGTTTAAAGGCTATGGGGGATT
GAGCAGCTGTTTCCTATAGTCCCCATCCATAAGCTCGACCAAAGGCCAGGGACACGTGGC
GTATTGTCGGATTTGACGTGTGACAGCGATGGGAAGATTGATAAGTTCATAGGCGGCGAG
TCTAGCTTGCCGCTGCATGAGCTAGAGAGCGATGGAGGGAGGTACTTCTTGGGGATGTTT
CTTGGAGGGGCTTACGAGGAGGCGCTAGGTGGAGTGCACAACTTGTTTGGTGGGCCGAGC
GTTGTACGTGTCTTGCAGAGTGATGGGCCTCATGGCTTTGCTGTGACACGAGCCGTGCCT
GGTCAGTCCTCTGCTGATGTTCTTCGTGGGATGCAGCATGAGCCTGAGATGATGTTTCAG
ACGTTGAAGCACCGAGCAGAGGAGGTTATGCATCATCATACCAAAGGTGGTGAAGAAGAA
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CATAACATGCCGTATCTAGCGACCGAGGAGGTGTCTATGAGTAACTCTCTTTCAGCTGCG
GTCAGTAACCTTGGCTTTTACTATTGCGATGAAGATGACTACCTCTCTGC

QA 1 770 1 770
DS 

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GGAGGTACTTCTTGGGGATGTTTCTTGGAGGGGCTTACGAGGAGGCGCTAGGTGGAGTGC
ACAACTTGTTTGGTGGGCCGAGCGTTGTACGTGTCTTGCAGAGTGATGGGCCTCATGGCT
TTGCTGTGACACGAGCCGTGCCTGGTCAGTCCTCTGCTGATGTTCTTCGTGGGATGCAGC
ATGAGCCTGAGATGATGTTTCAGACGTTGAAGCACCGAGCAGAGGAGGTTATGCATCATC
ATACCAAAGGTGGTGAAGAAGAAGATGATGATGATGATGAAGCTGAGTTCGGTAATGTCG
CGGCTTCTCTTGACCGTTCGTTTCATAACATGCCGTATCTAGCGACCGAGGAGGTGTCTA
TGAGTAACTCTCTTTCAGCTGCGGTCAGTAACCTTGGCTTTTACTATTGCGATGAAGATG
ACTACCTCTCTGCGTGAGGAAAGGTGGTTTGTTGTTTGCATTCTTGTGTTATCGTATGTT
TCTTTTAATAAAGTAGTAAAATAATCACAATGATGAGATTCATCGTTGTTTAATGTTGTT
TTTTTATTTTAATTTAGAGGATCCGAATGATGAAAGTACTTTTGTGAAATTCGGATCTTT
GTACTATGTTATTTGATGTTTGAAATGTAACGTTCTTGTTTCATTT

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

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TGGCGTATGATACCGATT


BQ
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AF RR3F962JQ U 1
AF RR3D745JQ U 19
BS 1 772 RR3F962JQ
BS 773 798 RR3D745JQ

RD RR3F962JQ 772 0 0
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AGTTTATAGCATATATCAATTTTGTGTTCACGAGGCAACAACGAGCGTCTTCTTTGCACC
TCGCCAAAACCGATTAAGTAACCACACAGAATCTGCTTCCACGGAGTACCCATCTTGGTT
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GCTAGGTTCTCGGAAGGCGGAGTAGCTTGGCTGCGGCTGCATCATGTCAGTAAGCAAGCC
TTCTGAGTTTCCTCCGTCACCGATTGTTATGTAAACAGGAGCCGACTCATCCGATATTGG
CTCACACAATCCATTGACAATGTTGTAGGCAATGTTAGAAACACGCTCCGATCTCTCATA
GGCATGAACATGGCCTGCAAACACGACATCAACCTTGTACTTGACGAACCACTGCTCGTA
CATGACCCTCACTGTTTCACATTCCATGTAATGATGCACATAGCTATGGTAGAAGGGGCA
ATGTATTAATACTATAAGCCATGGAGTCTCTGTTCGGTTTACTCTTTCGAACTCCTTTGC
TAGCAATTTGTACTGAGGAGTGTATATCCCATAAGATGAGTAACAAGACATGACAATAAT
ATAAGCTGAAGCCCTCTTGATGGAATACCACAATGGAGAGATACTTCCTGAT

QA 1 772 1 772
DS 

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ATTTTGTGTTCACGAGGCAACAACGAGCGTCTTCTTTGCACCTCGCCAAAACCGATTAAG
TAACCACACAGAATCTGCTTCCACGGAGTACCCATCTTGGTTCCGATTCCAGTTGAAGTA
GGCATGAGTTCTATTTTTGATATCCAGCAACCCGTGGCCGAAGCTAGGTTCTCGGAAGGC
GGAGTAGCTTGGCTGCGGCTGCATCATGTCAGTAAGCAAGCCTTCTGAGTTTCCTCCGTC
ACCGATTGTTATGTAAACAGGAGCCGACTCATCCGATATTGGCTCACACAATCCATTGAC
AATGTTGTAGGCAATGTTAGAAACACGCTCCGATCTCTCATAGGCATGAACATGGCCTGC
AAACACGACATCAACCTTGTACTTGACGAGCCACTGCTCGTACATGACCCTCACTGTTTC
ACCTTCCATGTAATGATGCACATAGCTATGGTAGAAGGGGCAATGTATTAATACTATAAG
CCATGGAGTCTCTGTTCGGTTTACTCTTTCGAACTCCTTTGCTAGCCATTTGTACTGAGG
AGTGTATATCCCATAAGATGAGTAACAAGACATGACAATAATATAAGCTGAAGCCCTCTT
GATGGAATACCACAATGGAGAGATACTTCCTGATGCCTTATATGGCGTATGATACCGATT

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

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GGATCAAAGAAGAGGACCGAAAGAGAGAAAGAGAGAGAGATATCTAGAGGAAGAAGAAGA
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GTCATTTTGACCCTACCTTACCCGATGCTGGTGAAGAAACGCATCGTGTCACTTGTCTCG
CTCATACTCCAGCCTGCCGCCTCCATCGTCGCCTTCGCTGGATTTCAACTCCTCGATCTT
TACTGGAAGAATGAGCATAGACTAATGTGCTCATCTGAGGTTTGCACTGCCACCGAGCGT
GATCGCTACGAGAAATCAATCTACAAGGCTCAGCGAAATGTGGTTCTGTGTGCGGCTGGG
ATCCTTCTCTACTGGTGTATTTTCCGCATCTGCAAGTACAATAAAGACCTTGAGCATTTG
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CTGTTATAAATATAACCTCGTCTTGTGAGTAGTTTCGAAATTTGAAACAAGACAATGATT
TATCTCCACAATATCATTGCACAGACCTT


BQ
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AF RR3FO69JQ C 1
AF RR3FO69TF U 1
BS 1 569 RR3FO69TF

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QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3FO69TF 569 0 0
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AAAATGGCATTGCAATGGCTGATTCTATCTTACGTGGTTGCAGCCGAGGTAGCGATCGCA
GTCATTTTGACCCTACCTTACCCGATGCTGGTGAAGAAACGCATCGTGTCACTTGTCTCG
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TACTGGAAGAATGAGCATAGACTAATGTGCTCATCTGAGGTTTGCACTGCCACCGAGCGT
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ATCCTTCTCTACTGGTGTATTTTCCGCATCTGCAAGTACAATAAAGACCTTGAGCATTTG
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CTGTTATAAATATAACCTCGTCTTGTGAGTAGTTTCGAAATTTGAAACAAGACAATGATT
TATCTCCACAATATCATTGCACAGACCTT

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

CO CL8275Contig1 538 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CY56TF C 1
AF RR3CY56JQ U 49
BS 1 48 RR3CY56TF
BS 49 538 RR3CY56JQ

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QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3CY56JQ 490 0 0
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QA 1 490 1 490
DS 



AS 1 2

CO CL8276Contig1 717 2 7 U
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BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA57TF U 2
AF RR3EZ77TF U 1
BS 1 27 RR3EZ77TF
BS 28 28 RR3EA57TF
BS 29 153 RR3EZ77TF
BS 154 154 RR3EA57TF
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BS 195 196 RR3EA57TF
BS 197 717 RR3EZ77TF

RD RR3EA57TF 569 0 0
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CGGAGAGGGCATCCTCTTTCTTGGGAATT

QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3EZ77TF 717 0 0
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CATTGAGAGAAAGATACTGTTTCTCTGGCCCTGGGGAAACCCACGGATTTAAGGCTCTAA
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CGAAACCGTCGGTTATTAGAGATTCAACTGTAGAAACCACTTCGCGTGAAGAAGATGCAG
ACAAGAAAAGTAAAAGTAGCAGCAACGAGTTCGGTTCCGACAAGACTCCTTATGTTTCTT
CAAGGCCATCAACTGAATCGCCTATTGATCCGACATACAGCAGCTTCCAAATAGACTCTT
TTAAGCTAATGGAGCTTCTTGGACCAGAGAGAGTAGATCCTGCAGATGTCAAGTTAATAA
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TCGGAGAGGGCATCCTCTTTCTTGGGAATTTAAGAGGAAAAAGGGAAGATGTTTTTGCAA
AGCTTCAAAGAAAACTGGCAGAGCTTGCTGGCGATAAGTATAATTTGTTCATGATCGAGA
GCCTAACTCTGAAGACCAGATCCACGTGGCGGTGCACGTGTTAGCTTTGGTTTGCTT

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL8277Contig1 1003 2 2 U
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ATACGAAGACGAGACTTGGAGGCCTTGTCTCCGCAATATTCACCCGGCTTGGCTTCTTGC
TTTTCGAGCTGTTGCCTTCTTCGTTCTTCTCATCATGCTCATCATTATTGGGCTTGTCGA
TGGACCTACCATCTTCTTCTACTATACACAGTGGACTTTTGCTTTGATCACTCTCTATTT
TGGACTAGGTTCTCTTCTTTCGCTGCATGGATGCTACAAATACAACAAAAGAGCGGCTGG
CGATAGAGTAGATAGCATTGAAGCCATAGACTCAGAGAGGGCAAGATCCAAAGGCTCTGA
TCATACTCTTCAACAGAGTCAATACTCTAGTAATCCTGCTAATTTTTGGGGATATGTTTT
CCAAATAATTTTTCAGATGAATGCAGGTGCAGTTTTGCTCACTGACTGTGTGTTCTGGTT
CATCCTTGTTCCTTTCCTTGAGATCCATGATTATAGCCTCAATGTTTTGGTGATCAACAT
GCACTCTCTTAACGCCATTTTCTTGCTTGGTGATGCTGCTTTGAATTCTCTGAGCTTTCC
ATGCTTCAGAATTGCTTACTTCTTCTCTTGGACTATAGCTTATGTTTTGTTCCAATGGAC
TCTCCACTCGTTAGTCCATATATGGTGGCCTTACCCCTTCCTGGACTTATCATCACACTA
TGCTCCACTATGGTATTTCTCAGTTGCAGTGATGCATTTGCCATGCTATGGAGCCTTTGC
CTTGTTGGTCAAGCTAAAACATCGGCTTCTTCAGAGATGGTTCCCTGAGTCATACCAAAG
TCCTCGGTAGTAGCTTGCTAAGAAAGCAACCACGTTTGATTGGAAGATTTATTTAAGTAG
AAAGAGGGGTTTTTTTGTTTGAAAGATACATTAAGGAAACAAAAAAAAAGTGTGAAGCAA
CAAACTCATGCTTGATTATAAATATGATTAATTCTTTGCTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BA48TF U 1
AF RR3BA48JQ C 253
BS 1 805 RR3BA48TF
BS 806 1003 RR3BA48JQ

RD RR3BA48TF 805 0 0
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TTTTCGAGCTGTTGCCTTCTTCGTTCTTCTCATCATGCTCATCATTATTGGGCTTGTCGA
TGGACCTACCATCTTCTTCTACTATACACAGTGGACTTTTGCTTTGATCACTCTCTATTT
TGGACTAGGTTCTCTTCTTTCGCTGCATGGATGCTACAAATACAACAAAAGAGCGGCTGG
CGATAGAGTAGATAGCATTGAAGCCATAGACTCAGAGAGGGCAAGATCCAAAGGCTCTGA
TCATACTCTTCAACAGAGTCAATACTCTAGTAATCCTGCTAATTTTTGGGGATATGTTTT
CCAAATAATTTTTCAGATGAATGCAGGTGCAGTTTTGCTCACTGACTGTGTGTTCTGGTT
CATCCTTGTTCCTTTCCTTGAGATCCATGATTATAGCCTCAATGTTTTGGTGATCAACAT
GCACTCTCTTAACGCCATTTTCTTGCTTGGTGATGCTGCTTTGAATTCTCTGAGCTTTCC
ATGCTTCAGAATTGCTTACTTCTTCTCTTGGACTATAGCTTATGTTTTGTTCCAATGGAC
TCTCCACTCGTTAGTCCATATATGGTGGCCTTACCCCTTCCTGGACTTATCATCACACTA
TGCTCCACTATGGTATTTCTCAGTTGCAGTGATGCATTTGCCATGCTATGGAGCCTTTGC
CTTGTTGGTCAAGCTAAAACATCGG

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR3BA48JQ 751 0 0
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TAGCATTGAAGCCATAGACTCAGAGAGGGCAAGATCCAAAGGCTCTGATCATACTCTTCA
ACAGAGTCAATACTCTAGTAATCCTGCTAATTTTTGGGGATATGTTTTCCAAATAATTTT
TCAGATGAATGCAGGTGCAGTTTTGCTCACTGACTGTGTGTTCTGGTTCATCCTTGTTCC
TTTCCTTGAGATCCATGATTATAGCCTCAATGTTTTGGTGATCAACATGCACTCTCTTAA
CGCCATTTTCTTGCTTGGTGATGCTGCTTTGAATTCTCTGAGCTTTCCATGCTTCAGAAT
TGCTTACTTCTTCTCTTGGACTATAGCTTATGTTTTGTTCCAATGGACTCTCCACTCGTT
AGTCCATATATGGTGGCCTTACCCCTTCCTGGACTTATCATCACACTATGCTCCACTATG
GTATTTCTCAGTTGCAGTGATGCATTTGCCATGCTATGGAGCCTTTGCCTTGTTGGTCAA
GCTAAAACATCGGCTTCTTCAGAGATGGTTCCCTGAGTCATACCAAAGTCCTCGGTAGTA
GCTTGCTAAGAAAGCAACCACGTTTGATTGGAAGATTTATTTAAGTAGAAAGAGGGGTTT
TTTTGTTTGAAAGATACATTAAGGAAACAAAAAAAAAGTGTGAAGCAACAAACTCATGCT
TGATTATAAATATGATTAATTCTTTGCTCAT

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL8278Contig1 671 2 2 U
ATTGGTCAAATCTCGTTTAAACTGAGTAAAATCATTACACCACATATTAGACATAAAATG
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TGCTACATCCAGATAATCTCCAATCTCGAAATGAAGGTCAGCGAGTGTTTCAGTGTCGTC
TGGCTGTTTTCGGTTCGGATAAGACATAGTCTGACCAACCTGTCTCAAAAGAAACGGCCA
TTCTTGTCGGGATAAACAAACGCAAAAGACAACCTTGCATCTCTTCTCCTAGCTGCAACA
GAGACTTCTTTGACCAAATCAGTTAACTCGCGAAGATTAGCATCTTTCCAAGTGTAAATT
TGAACTTCATCCTTTGGTTCTTTGCCTCTCACAGCATAATCTTCCTTAGTATGATGACCA
CCGCTCTTTGTAAAAACGCGAAGAAGCAGGGGACATGTCTTCTCACGATCGACAGGTTCG
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CCTTGTCTTCTCGCTGTTTCAGCCATCTCTAGCTTAGTGAATACCTCCGACGAAGGTGCA
GTCAGTAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AS06TF C 1
AF RR3AS06JQ U 119
BS 1 118 RR3AS06TF
BS 119 671 RR3AS06JQ

RD RR3AS06TF 671 0 0
ATTGGTCAAATCTCGTTTAAACTGAGTAAAATCATTACACCACATATTAGACATAAAATG
TTGTCTGAACGAAGTTTTGAGTTGGGAACAACCATGAATGAGTTGTTTCCCTTGTCCACA
CACACACACACACCTAAATCTCTTCACTTGACGAGAAACAGAAACCTCCTACTAGTAGAT
TGCTACATCCAGATAATCTCCAATCTCGAAATGAAGGTCAGCGAGTGTTTCAGTGTCGTC
TGGCTGTTTTCGGTTCGGATAAGACATAGTCTGACCAACCTGTCTCAAAAGAAACGGCCA
TTCTTGTCGGGATAAACAAACGCAAAAGACAACCTTGCATCTCTTCTCCTAGCTGCAACA
GAGACTTCTTTGACCAAATCAGTTAACTCGCGAAGATTAGCATCTTTCCAAGTGTAAATT
TGAACTTCATCCTTTGGTTCTTTGCCTCTCACAGCATAATCTTCCTTAGTATGATGACCA
CCGCTCTTTGTAAAAACGCGAAGAAGCAGGGGACATGTCTTCTCACGATCGACAGGTTCG
GATTTAACGCGAGGAGGTTGATTGACGCCTCTCGGAGGAGGAGGCAATGGCCTCCCACCG
CCTTGTCTTCTCGCTGTTTCAGCCATCTCTAGCTTAGTGAATACCTCCGACGAAGGTGCA
GTCAGTAGTCC

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3AS06JQ 553 0 0
CACACACACACACACCTAAATCTCTTCACTTGACGAGAAACAGAAACCTCCTACTAGTAG
ATTGCTACATCCAGATAATCTCCAATCTCGAAATGAAGGTCAGCGAGTGTTTCAGTGTCG
TCTGGCTGTTTTCGGTTCGGATAAGACATAGTCTGACCAACCTGTCTCAAAAGAAACGGC
CATTCTTGTCGGGATAAACAAACGCAAAAGACAACCTTGCATCTCTTCTCCTAGCTGCAA
CAGAGACTTCTTTGACCAAATCAGTTAACTCGCGAAGATTAGCATCTTTCCAAGTGTAAA
TTTGAACTTCATCCTTTGGTTCTTTGCCTCTCACAGCATAATCTTCCTTAGTATGATGAC
CACCGCTCTTTGTAAAAACGCGAAGAAGCAGGGGACATGTCTTCTCACGATCGACAGGTT
CGGATTTAACGCGAGGAGGTTGATTGACGCCTCTCGGAGGAGGAGGCAATGGCCTCCCAC
CGCCTTGTCTTCTCGCTGTTTCAGCCATCTCTAGCTTAGTGAATACCTCCGACGAAGGTG
CAGTCAGTAGTCC

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

CO CL8279Contig1 847 2 6 U
GGATTGAAAAAAAAAGTGATCAGACCAGTTGAAAACATGAGACACCTGATTCATTCTATT
ACTCCTATCTGATATGACAGAGTTTTGCTAAATGGATTACTTGACTTTCATGGATCCGGT
TTATGTAGATTCGGTGCCATCAATGTCCAGGACTTGGAAACGATTTCTCAGCTCTATACG
TTATGGGATGTGATGCTTATCTTCCAGTTCTAGGCTAGTTTTTTTCCTTTTCTTCTTCTC
TCCTACTTCTCTGTTTTGTTGAATTGATCATTAGTGTTTGATTATAAACCGAAGGAACTT
ATTGCAATACCCTCGACGCCAATTTCAGAAAAGGCGAACCTTGTTTTCTTTGGGTCGAGA
TGTTAAATGCGAAACCTTGGGTTGAATTAGAATCTTCACGGAAGTTAGGGATTATGATGA
TGATGATCCTTTGCGTTTATTTAGGGTTTCCGTGTGAAGAATTGGAGAAACAAAATAGGT
TTTGCTGATTCATGAAGATGATGTGTATCTTGTGTGTGTTTCAGATAGGAACTCTGGAGC
GTTAAACGGTCTTACCATCTCTGAGAACGCAGCTCCAGCAGATGCAAGAATCTGCGCATT
AAGATTTTGCTGATTCATGAAGATGATGTGTATATTGACACTGATTTATTGCTTAAAATT
ATTCTTTCTTTCAATAGCTAAGGAAGTCCATGTTTTTAATGATCTATGGTCTTGCTGTTA
TATTTGATTGTTAATGATGGGTGGTAAGAAAGCTCAGTATTGGGTTAAAGTATTTTTTCA
AGTGGCTCCACTTCCTAAATGTTTTGGGGATTCATGCAATAGCTTATGAATGAAAATAGA
CTTACAG


BQ
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AF RR3DC87TF U 1
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TG
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QA 3 842 3 842
DS 



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AF RR3DQ68JQ C 1
AF RR3DQ68TF U 1
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TGAAGTATTTCCTATATGACTTCATCACTCTTATGATGATAAATAGTATTAAACAATAAC
TAAGAAACTAAGTCTAGATCTATCATAAACAAACACACCATCCATAAACAAAACCGCGAT
TAATACTACAAGTTAAAGAGTATATCATATTGAACTTCAAGATGTATACAGAGCAGGATC
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AAAAGATGTCATAGATAGAACATGTAATGAAATATAGCACGAAACAACCACAAGGGTGTA
AATATAAATCTGC

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BK13TF U 1
AF RR3BK13JQ C 100
BS 1 599 RR3BK13TF
BS 600 600 RR3BK13JQ
BS 601 619 RR3BK13TF
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BS 654 654 RR3BK13JQ
BS 655 667 RR3BK13TF
BS 668 828 RR3BK13JQ

RD RR3BK13TF 675 0 0
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ACTTTTCTCTATCGTTTTCTGTATTTGTGTCTTCATCATCACGTTTGGGCTTGGGCAATG
AGCGCGTCAAGGTTCATAAAGTGCGTCACGGTTGGTGACGGAGCTGTCGGTAAAACATGT
TTGCTCATTTCTTACACAAGCAACACCTTTCCCACGGACTATGTCCCCACTGTTTTCGAT
AACTTTAGCGCCAATGTGGTTGTTAACGGAGCAACGGTCAATCTTGGATTGTGGGATACT
GCGGGGCAGGAAGACTATAACAGATTAAGACCTTTGAGTTACCGAGGTTCTGATGTTTTC
ATTCTAGCCTTCTCTCTTATTAGTAAGGCTAGTTACGAGAATGTCTCCAAGAAGTGGATC
CCAGAGCTGAAGCACTATGCTCCTGGTGTCCCTATCGTCCTTGTCGGAACCAAACTTGAT
CTTCGGGATGACAAACAGTTTGTCATCGACCATCCTGGTGCCGTCCCTATTACCAGTGCT
CAGGGAGAGGAGCTCAAGAAGCTAATTGAAGCGCCTGCTTACATCGAGTGCAGTTCAAA*
TCACAAGAGAACGTGAAGG*AGTCTTTGATGCAGCTATCAAAGTGGTCCTTCA*CCTCCA
AAGCAGA
GAAAAAAA

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3BK13JQ 729 0 0
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GGAGCTGTCGGTAAAACATGTTTGCTCATTTCTTACACAAGCAACACCTTTCCCACGGAC
TATGTCCCCACTGTTTTCGATAACTTTAGCGCCAATGTGGTTGTTAACGGAGCAACGGTC
AATCTTGGATTGTGGGATACTGCGGGGCAGGAAGACTATAACAGATTAAGACCTTTGAGT
TACCGAGGTTCTGATGTTTTCATTCTAGCCTTCTCTCTTATTAGTAAGGCTAGTTACGAG
AATGTCTCCAAGAAGTGGATCCCAGAGCTGAAGCACTATGCTCCTGGTGTCCCTATCGTC
CTTGTCGGAACCAAACTTGATTTTCGGGATGACAAACAGTTTGTCATCGACCATCCTGGT
GCCGTCCCTATTACCAGTGCTCAGGGAGAGGAGCTCAAGAAGCTAATTGAAGCGCCTGCT
TACATCGAGTGCAGTTCAAAATCACAAGAGAACGTGAAGGGAGTCTTTGATGCAGCTATC
AAAGTGGTCCTTCAACCTCCAAAGCAGAAGAAAAAGAAGAACAAAGCACAAAAGGCTTGC
TCCATTTTGTAAGAAGCTCGATGACAGGGTCTTAAAAGAAAGTGTTTTCGTTTTCATTTT
TTTTTTTTTCTTTTCAGTGTTCATTGCTCTCTTAGTTCCTCTAAATACGAATTCTGTTGA
GTTTAATTT

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL8282Contig1 787 2 4 U
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TTTCGAGTTTGATCTTTTTCGATCTCCTTTCTAGCATTCGACTTCATTTCTATTTTTTGT
AGTCGATCTCTTACTAATAAAAGTCCATTTTTGTCAATCGATTTCCGATTACATCGTTGT
GTTCTAAGGGTATAGTTGTCTACATATATTTTTTCACTTCCCAGTTTACATTACAAACAC
TATCAAATATTTAGTCTAGATTTTAGGATCTACATTTTGGCGCTAACTGTGGAGAAGATA
AATAAAAAACGTCATTTCTAAGAATCCGATCTAGGATTTCTAATCACAACTATGGATCCT
AATCAATCCAGACAGGAGTTCGACAGATCGGGATCAAAATGATTATGCAACCTCTAAGAA
TTCCGGAAACATCGCCCCGCTCCGCTCTCGAAACGGGAGGAAGCGTAGCCAACATCTTAT
CACGAGAAACCCTCGAGAAAATCAATCAACACGATGTGGTAATTGACCGTCAAGCGCCTC
CCCTCTTTAGTTTCAGAGGAAGCAGGGTACAATTGTTAGGGAACGTAACAATAATCACCA
AAACACACGATCCCGAACAGGAGATCGAATTCTCTGTGATGGACGACCTTTCACCTTTCG
ATCCTGTCCTAGGATGACTATGACTCCATCGTATGACTCCATCGTATGAAAGCAATTCCC
TCGATCTACCATCAAGCTCTTGTACTTTAGCTTATCTGTATTGATCCGTATGGAGTTTTT
TTTATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FZ85TF U 1
AF RR3FZ85JQ C 148
BS 1 672 RR3FZ85TF
BS 673 673 RR3FZ85JQ
BS 674 704 RR3FZ85TF
BS 705 787 RR3FZ85JQ

RD RR3FZ85TF 704 0 0
GGACATCGAAAACCCTAGAGAGAGCACACTACACATATCGACCTTTTTTTTTTTACTTTG
TTTCGAGTTTGATCTTTTTCGATCTCCTTTCTAGCATTCGACTTCATTTCTATTTTTTGT
AGTCGATCTCTTACTAATAAAAGTCCATTTTTGTCAATCGATTTCCGATTACATCGTTGT
GTTCTAAGGGTATAGTTGTCTACATATATTTTTTCACTTCCCAGTTTACATTACAAACAC
TATCAAATATTTAGTCTAGATTTTAGGATCTACATTTTGGCGCTAACTGTGGAGAAGATA
AATAAAAAACGTCATTTCTAAGAATCCGATCTAGGATTTCTAATCACAACTATGGATCCT
AATCAATCCAGACAGGAGTTCGACAGATCGGGATCAAAATGATTATGCAACCTCTAAGAA
TTCCGGAAACATCGCCCCGCTCCGCTCTCGAAACGGGAGGAAGCGTAGCCAACATCTTAT
CACGAGAAACCCTCGAGAAAATCAATCAACACGATGTGGTAATTGACCGTCAAGCGCCTC
CCCTCTTTAGTTTCAGAGGAAGCAGGGTACAATTGTTAGGGAACGTAACAATAATCACCA
AAACACACGATCCCGAACAGGAGATCGAATTCTCTGTGATGGACGACCTTTCACCTTTCG
ATCCTGTCCTAG*ATGACTATGACTCCATCGTATGACTCCATCG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3FZ85JQ 640 0 0
TTTTTGTCAATCGATTTCCGATTACATCGTTGTGTTCTAAGGGTATAGTTGTCTACATAT
ATTTTTTCACTTCCCAGTTTACATTACAAACACTATCAAATATTTAGTCTAGATTTTAGG
ATCTACATTTTGGCGCTAACTGTGGAGAAGATAAATAAAAAACGTCATTTTTAAGAATCC
GATCTAGGATTTCTAATCACAACTATGGATCCTAATCAATCCAGACAGGAGTTCGACAGA
TCGGGATCAAAATGATTATGCAACCTCTAAGAATTCCGGAAACATCGCCCCGCTCCGCTC
TCGAAACGGGAGGAAGCGTAGCCAACATCTTATCACGAGAAACCCTCGAGAAAATCAATC
AACACGATGTGGTAATTGACCGTCAAGCGCCTCCCCTCTTTAGTTTCAGAGGAAGCAGGG
TACAATTGTTAGGGAACGTAACAATAATCACCAAAACACACGATCCCGAACAGGAGATCG
AATTCTCTGTGATGGACGACCTTTCACCTTTCGATCCTGTCCTAGGATGACTATGACTCC
ATCGTATGACTCCATCGTATGAAAGCAATTCCCTCGATCTACCATCAAGCTCTTGTACTT
TAGCTTATCTGTATTGATCCGTATGGAGTTTTTTTTATCT

QA 1 640 1 640
DS 



AS 1 2

CO CL8283Contig1 1168 2 2 U
GGATCATCGTCAACAACAACGTCTTCCAACACCTGAGCAGAAAATGAATCGGAACTTAAG
AAACGCCATTATCGCATTCCTTGCTCCACTCCCTTCCGTCTTCTACCTCTCCTTTCTCCG
TAGCTACTCTTCAACCTCCGAACCCGAGCTCTCCTACATTCATTCATGGTGTTCGAATCA
CCCGCTTCTTCTCGCAAACCTTCTCTTCTTCTTCAACGTCAATGTCCTCTTCTGGGTCAT
CGGTTTACTCCAATCCAGCCACTGGATGATCGATGTGTATTGGACTGTGATACCCGTAAT
GCTGGTTCACTACTTCGCGACGCATCCGTTGGGACAGTACAACAAGTGGAGATCCATGAT
TGTCGTCATCCTGACATGGGTTTGGAGTGTTCGGTTGACTCATAACTACTTCCGGCGGGA
AAATTGGGAGTGGGGTGCGAGAGAAGACTGGAGTTCAACGACTTACGGAAACAGTACGGG
AAACACTGGTGGTGGCTCTCGTTCTTCTCCGTCTACGTTTCTCAGCAGATCTTCCTCATT
GGGATTTGTCTACCTTTATACACCATCCACGCCGTTGATGCGCCTTTGAATATTTGGGAC
TTCGTTTCCTCGGCTATCTGTTTAACGGGTATTGTCATGGCCTACTTCGCCGACACGCAG
CTCCACGAGTTTGTAACCGGAAACCAGAAGCTGAAGGAGCAAGGGAAGCCCAAAATCCCC
AATCTAGACACGGGTTTGTGGTATTACTCAAGGCATCCTAATTACTTGGGTGAACAGTTG
TGGTGGTGGGGTTTGGTCGTGTTTGCTTGGAACCTTGGGCAAGGATGGACTTTGATAGGT
GCGTTGGTCAATACTCTGTGTCTAGTCTATGTAACAATCCTTGTAGAGCGTCGGATGGTG
AAACAAGAATACAGAGCTGAAGCTTATAGAGCGTATCAGAAGACAACTTCTGTGTGGATT
CCATGGTTCAAGAAGTCTCAGGTTACTGCGGCCAGTAAAGATAAGAACACTTGATTATTG
TTGGCATGATTAGTTTGTTTCAATGGGGTCTCTACCAATCCTTCAATTGTGTATTATTGG
CATTGTTTTTTTTTGTCTTTATTGTGTCTTTGTGTTGCTTCATTTTGTCTATGAAAATTT
GTATTAAAATGGGTTTGGAGGTGGGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AM23TF U 1
AF RR3AM23JQ C 517
BS 1 692 RR3AM23TF
BS 693 1168 RR3AM23JQ

RD RR3AM23TF 692 0 0
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AAACGCCATTATCGCATTCCTTGCTCCACTCCCTTCCGTCTTCTACCTCTCCTTTCTCCG
TAGCTACTCTTCAACCTCCGAACCCGAGCTCTCCTACATTCATTCATGGTGTTCGAATCA
CCCGCTTCTTCTCGCAAACCTTCTCTTCTTCTTCAACGTCAATGTCCTCTTCTGGGTCAT
CGGTTTACTCCAATCCAGCCACTGGATGATCGATGTGTATTGGACTGTGATACCCGTAAT
GCTGGTTCACTACTTCGCGACGCATCCGTTGGGACAGTACAACAAGTGGAGATCCATGAT
TGTCGTCATCCTGACATGGGTTTGGAGTGTTCGGTTGACTCATAACTACTTCCGGCGGGA
AAATTGGGAGTGGGGTGCGAGAGAAGACTGGAGTTCAACGACTTACGGAAACAGTACGGG
AAACACTGGTGGTGGCTCTCGTTCTTCTCCGTCTACGTTTCTCAGCAGATCTTCCTCATT
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TTCGTTTCCTCGGCTATCTGTTTAACGGGTATTGTCATGGCCTACTTCGCCGACACGCAG
CTCCACGAGTTTGTAACCGGAAACCAGAAGCT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3AM23JQ 652 0 0
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GATGCGCCTTTGAATATTTGGGACTTCGTTTCCTCGGCTATCTGTTTAACGGGTATTGTC
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CCTAATTACTTGGGTGAACAGTTGTGGTGGTGGGGTTTGGTCGTGTTTGCTTGGAACCTT
GGGCAAGGATGGACTTTGATAGGTGCGTTGGTCAATACTCTGTGTCTAGTCTATGTAACA
ATCCTTGTAGAGCGTCGGATGGTGAAACAAGAATACAGAGCTGAAGCTTATAGAGCGTAT
CAGAAGACAACTTCTGTGTGGATTCCATGGTTCAAGAAGTCTCAGGTTACTGCGGCCAGT
AAAGATAAGAACACTTGATTATTGTTGGCATGATTAGTTTGTTTCAATGGGGTCTCTACC
AATCCTTCAATTGTGTATTATTGGCATTGTTTTTTTTTGTCTTTATTGTGTCTTTGTGTT
GCTTCATTTTGTCTATGAAAATTTGTATTAAAATGGGTTTGGAGGTGGGTCT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL8284Contig1 621 2 2 U
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TCTAGTTTTATTTTATTCATCTATGCTTGATTTAGCTTCAAGTACGTACATTTTTAGTGA
TGCAAGAGGCATCAAAACCGATAGTAACCTGAAACGTTTTCTCTCTAATTCTAATCATCA
ACATGGCAAGGAATATAAGCAATGTATAAGTCTAGAAGCAGATATGGACCAGATGAGAGT
TTCATGTGATAAATCTAAAGATATTATTACAAAGATCAATTTCGCTGATTATGGCAATCC
TACCGATTGTGAAGATAATAAAGATAGTAGACACGGAAAGTGCGGTGCACCATCTACCTT
GAGGCTCGTCAAAAAGAATTGTCTTGGAAAACACATGTGTTATCTTCTTATTTCGGACGA
GATGTTTGGTCCGAGCCACTGCAAGAAAGATATTAAACTCACTGTTGAATACACGTGCAC
AAAAGCTTAGGTTTTTTATTTGCTCCTTAGTTAAAGTCTTTAAAAAATAATTCTGGTTTG
TTTCCTTGTATGGATCAAAGTTCTTGTTGATTTTATTTGTTATTTTTCAACAAGGTTTTT
TTTCAAACAAAGGTTGATATT


BQ
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AF RR3BN54JQ C 1
AF RR3BN54TF U 111
BS 1 110 RR3BN54JQ
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RD RR3BN54JQ 621 0 0
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TCTAGTTTTATTTTATTCATCTATGCTTGATTTAGCTTCAAGTACGTACATTTTTAGTGA
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ACATGGCAAGGAATATAAGCAATGTATAAGTCTAGAAGCAGATATGGACCAGATGAGAGT
TTCATGTGATAAATCTAAAGATATTATTACAAAGATCAATTTCGCTGATTATGGCAATCC
TACCGATTGTGAAGATAATAAAGATAGTAGACACGGAAAGTGCGGTGCACCATCTACCTT
GAGGCTCGTCAAAAAGAATTGTCTTGGAAAACACATGTGTTATCTTCTTATTTCGGACGA
GATGTTTGGTCCGAGCCACTGCAAGAAAGATATTAAACTCACTGTTGAATACACGTGCAC
AAAAGCTTAGGTTTTTTATTTGCTCCTTAGTTAAAGTCTTTAAAAAATAATTTTGGTTTG
TTTCCTTGTATGGATCAAAGTTCTTGTTGATTTTATTTGTTATTTTTCAACAAGGTTTTT
TTTCAAACAAAGGTTGATATT

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3BN54TF 511 0 0
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CTAATCATCAACATGGCAAGGAATATAAGCAATGTATAAGTCTAGAAGCAGATATGGACC
AGATGAGAGTTTCATGTGATAAATCTAAAGATATTATTACAAAGATCAATTTCGCTGATT
ATGGCAATCCTACCGATTGTGAAGATAATAAAGATAGTAGACACGGAAAGTGCGGTGCAC
CATCTACCTTGAGGCTCGTCAAAAAGAATTGTCTTGGAAAACACATGTGTTATCTTCTTA
TTTCGGACGAGATGTTTGGTCCGAGCCACTGCAAGAAAGATATTAAACTCACTGTTGAAT
ACACGTGCACAAAAGCTTAGGTTTTTTATTTGCTCCTTAGTTAAAGTCTTTAAAAAATAA
TTCTGGTTTGTTTCCTTGTATGGATCAAAGTTCTTGTTGATTTTATTTGTTATTTTTCAA
CAAGGTTTTTTTTCAAACAAAGGTTGATATT

QA 1 511 1 511
DS 



AS 1 2

CO CL8285Contig1 554 2 1 U
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GTTGTGTTGGACACAAGTTTTTCGATTTCTCTGTTGAATTTTAAAGCTTGTTGAGTTCAA
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GCGTCGTTTTTTGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AA12JQ C 1
AF RR3AA12TF U 1
BS 1 554 RR3AA12TF

RD RR3AA12JQ 554 0 0
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GGTACTACCGGCGAGTTTTTCCGGCGAAGAGACGAATGGAGGAAGCACCCGATGCTTTCG
AATCAAATGAGGCACGCTCTTCCCGGGCTCGGCATCGGCGTCGCGGCCTTTTGCGTGTAC
CTCGTGGGTGAGCAGATCTACAGCAAAGCCTTGGCTCCTTCCAAATCATCATCTCACCAC
AATCAGAAACAGCCTGCTCCTTCTCACTGAAATGGCTTTTGATCAGATGCCCGAAAGTCG
AAACAGTGGGCACAAGATGAACACCAAGGCTTCTTCTGGGCTTGTATTAATAATATGTTG
GTTGTGTTGGACACAAGTTTTTCGATTTCTCTGTTGAATTTTAAAGCTTGTTGAGTTCAA
AGTTACTCTTTGTCTCCCGTAAGTTATGTTTTTTTCTTCTAAACGTTGAAGGTTGATTTG
TCTTGTTTGATTGTCTTTTGTAATCGTGACTTGTTGTTGAGTAGACGCTCAGCTAAAACT
GCGTCGTTTTTTGC

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3AA12TF 554 0 0
GGGGTCGTCGGTCGCAGGAGATTCCAATCGAACACCGGAAAAAAAATGGCGAAGCCTTTA
GGTACTACCGGCGAGTTTTTCCGGCGAAGAGACGAATGGAGGAAGCACCCGATGCTTTCG
AATCAAATGAGGCACGCTCTTCCCGGGCTCGGCATCGGCGTCGCGGCCTTTTGCGTGTAC
CTCGTGGGTGAGCAGATCTACAGCAAAGCCTTGGCTCCTTCCAAATCATCATCTCACCAC
AATCAGAAACAGCCTGCTCCTTCTCACTGAAATGGCTTTTGATCAGATGCCCGAAAGTCG
AAACAGTGGGCACAAGATGAACACCAAGGCTTCTTCTGGGCTTGTATTAATAATATGTTG
GTTGTGTTGGACACAAGTTTTTCGATTTCTCTGTTGAATTTTAAAGCTTGTTGAGTTCAA
AGTTACTCTTTGTCTCCCGTAAGTTATGTTTTTTTCTTCTAAACGTTGAAGGTTGATTTG
TCTTGTTTGATTGTCTTTTGTAATCGTGACTTGTTGTTGAGTAGACGCTCAGCTAAAACT
GCGTCGTTTTTTGC

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 2

CO CL8286Contig1 782 2 2 U
GGTTATCGAACTCGGTGTTCCTTACTCTGATCCTTTAGCTGATGGTCCAGCAATCCAGGC
TGCTGCGAGACGTTCTTTGCTTAAAGGAACCAACTTTAACTCCATTATCTCCATGCTTAA
AGAGGTTATACCGCAGTTATCTTGTCCTATTGCATTGTTTACGTATTACAACCCGATCTT
AAGGCGAGGAATCGAGAACTACATGACTATCATTAAGGATGCTGGAGTTCATGGGCTTCT
TGTACCTGATGTTCCACTCGAAGAGTCTGAGACTCTGCGGAAGGAAGCTCAAAAGCATCA
GATTGAACTTGTACTGCTCACAACACCCACAACTCCCAAAGAACGAATGAATGCCATCGT
TGAAGCATCCCAAGGATTCATCTATCTTGTAAGTTCGGTAGGAGTAACTGGTACGAGAGA
GTCTGTTAACGAACACGTTCAGTCTCTTCTACAACAGATCAAAGAGGCTACAAGCAAGCC
AGTCGCTGTTGGATTTGGCATATCGAAACCTGAGCATGTGAAACAGGTAGCTGAGTGGGG
AGCAGATGGAGTCATTGTAGGAAGCGCAATGGTAAAGATATTGGGAGAGGCTGAGTCACC
TGAGCAAGGACTTAAGGAGCTTGAAGTCTTCACTAAGTCTTTAAAGTCTGCCCTTGACTC
TTGAATACAAACACCAATGGCAATCTTCTATTATTTCAATGAAAAAGGAACCGGATGGTG
CTACCATTGATTCTCAATAATATAACAATCATTTCCGAATAAAAATCAAGAGTTTTACAT
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3EH21TF U 1
AF RR3EH21JQ C 57
BS 1 610 RR3EH21TF
BS 611 782 RR3EH21JQ

RD RR3EH21TF 610 0 0
GGTTATCGAACTCGGTGTTCCTTACTCTGATCCTTTAGCTGATGGTCCAGCAATCCAGGC
TGCTGCGAGACGTTCTTTGCTTAAAGGAACCAACTTTAACTCCATTATCTCCATGCTTAA
AGAGGTTATACCGCAGTTATCTTGTCCTATTGCATTGTTTACGTATTACAACCCGATCTT
AAGGCGAGGAATCGAGAACTACATGACTATCATTAAGGATGCTGGAGTTCATGGGCTTCT
TGTACCTGATGTTCCACTCGAAGAGTCTGAGACTCTGCGGAAGGAAGCTCAAAAGCATCA
GATTGAACTTGTACTGCTCACAACACCCACAACTCCCAAAGAACGAATGAATGCCATCGT
TGAAGCATCCCAAGGATTCATCTATCTTGTAAGTTCGGTAGGAGTAACTGGTACGAGAGA
GTCTGTTAACGAACACGTTCAGTCTCTTCTACAACAGATCAAAGAGGCTACAAGCAAGCC
AGTCGCTGTTGGATTTGGCATATCGAAACCTGAGCATGTGAAACAGGTAGCTGAGTGGGG
AGCAGATGGAGTCATTGTAGGAAGCGCAATGGTAAAGATATTGGGAGAGGCTGAGTCACC
TGAGCAAGGA

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3EH21JQ 726 0 0
AGGCTGCTGCGAGACGTTCTTTGCTTAAAGGAACCAACTTTAACTCCATTATCTCCATGC
TTAAAGAGGTTATACCGCAGTTATCTTGTCCTATTGCATTGTTTACGTATTACAACCCGA
TCTTAAGGCGAGGAATCGAGAACTACATGACTATCATTAAGGATGCTGGAGTTCATGGGC
TTCTTGTACCTGATGTTCCACTCGAAGAGTCTGAGACTCTGCGGAAGGAAGCTCAAAAGC
ATCAGATTGAACTTGTACTGCTCACAACACCCACAACTCCCAAAGAACGAATGAATGCCA
TCGTTGAAGCATCCCAAGGATTCATCTATCTTGTAAGTTCGGTAGGAGTAACTGGTACGA
GAGAGTCTGTTAACGAACACGTTCAGTCTCTTCTACAACAGATCAAAGAGGCTACAAGCA
AGCCAGTCGCTGTTGGATTTGGCATATCGAAACCTGAGCATGTGAAACAGGTAGCTGAGT
GGGGAGCAGATGGAGTCATTGTAGGAAGCGCAATGGTAAAGATATTGGGAGAGGCTGAGT
CACCTGAGCAAGGACTTAAGGAGCTTGAAGTCTTCACTAAGTCTTTAAAGTCTGCCCTTG
ACTCTTGAATACAAACACCAATGGCAATCTTCTATTATTTCAATGAAAAAGGAACCGGAT
GGTGCTACCATTGATTCTCAATAATATAACAATCATTTCCGAATAAAAATCAAGAGTTTT
ACATTT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL8287Contig1 1072 2 2 U
GGATTCCCCTATGTGAAAAGGGAGATAATTAATCACAGGTCCTTAAGACATCCCAATATA
GTCATATTAACACCAACCCATTTGGCTATTGTTATGGAATACGCAGCCGGAGGAGAACTC
TTTGAGCGTATCTGCAATGCAGGCCGGTTCAGCGAAGATGAGGCAAGGTTTTTCTTCCAG
CAACTCATTTCAGGAGTTAGTTACTGTCATGCTATGCAAGTATGTCACCGCGATTTGAAG
CTCGAGAATACGCTACTAGATGGTAGCCCTGCACCTCGTCTAAAGATATGTGATTTTGGA
TATTCCAAGTCCTCGGTGTTACATTCACAGCCAAAATCAACTGTTGGAACCCCTGCTTAT
ATTGCTCCAGAGGTTTTACTAAAGAAAGAATATGATGGCAAGCTTGCAGATGTTTGGTCT
TGTGGGGTAACACTGTATGTGATGCTTGTTGGTGCATACCCTTTTGAAGATCCAGATGAG
CCTAAAAATTTCAAGAAAACAATACATAGAATCTTGAATGTTCAGTACGCTATTCCAGAT
TATGTTCACATATCTCCTGAATGTCAACATCTGATCTCCAGAATATTCGTTGCTGATTCT
GCAAAGAGGATATCAATCCCTGAGATAAGGAACCATGAATGGTTTCTCAAGAATCTACCG
GCAGATATCATGAACGATAACGTGATGAATAGCCAGTTTGATGAATCAGACCAACCAGGT
CAAAGCATTGAAGAGATCATGCAAATTGTTGCAGAAGCGACTGTTCCTCCTGCTGGCACT
CAGTGTCTCAACCATTATCTCACAGGAAGCTTGGATTTGGAGGATGATATGGATGAAGAT
CTAGAGAGCGACTTGGATGATCTTGACATCGATAGTAGCGGAGGGATTGTGTATGCAATG
TGATGTGATATCTCAATGGTTTCTGATACGAAAAAAAAATGAACAATAAGGTGTGTTGTT
TGGTATTAATATTTGAGTTCTCTTGATATTTCCCCAACTTTGTCAATGGGCACAGTTTGT
AACCGTTGTTGATATACAAAAAAAAGATAAGGGCGCTAGTAGTGTACTGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C426TF U 1
AF RR3C426JQ C 211
BS 1 782 RR3C426TF
BS 783 1072 RR3C426JQ

RD RR3C426TF 782 0 0
GGATTCCCCTATGTGAAAAGGGAGATAATTAATCACAGGTCCTTAAGACATCCCAATATA
GTCATATTAACACCAACCCATTTGGCTATTGTTATGGAATACGCAGCCGGAGGAGAACTC
TTTGAGCGTATCTGCAATGCAGGCCGGTTCAGCGAAGATGAGGCAAGGTTTTTCTTCCAG
CAACTCATTTCAGGAGTTAGTTACTGTCATGCTATGCAAGTATGTCACCGCGATTTGAAG
CTCGAGAATACGCTACTAGATGGTAGCCCTGCACCTCGTCTAAAGATATGTGATTTTGGA
TATTCCAAGTCCTCGGTGTTACATTCACAGCCAAAATCAACTGTTGGAACCCCTGCTTAT
ATTGCTCCAGAGGTTTTACTAAAGAAAGAATATGATGGCAAGCTTGCAGATGTTTGGTCT
TGTGGGGTAACACTGTATGTGATGCTTGTTGGTGCATACCCTTTTGAAGATCCAGATGAG
CCTAAAAATTTCAAGAAAACAATACATAGAATCTTGAATGTTCAGTACGCTATTCCAGAT
TATGTTCACATATCTCCTGAATGTCAACATCTGATCTCCAGAATATTCGTTGCTGATTCT
GCAAAGAGGATATCAATCCCTGAGATAAGGAACCATGAATGGTTTCTCAAGAATCTACCG
GCAGATATCATGAACGATAACGTGATGAATAGCCAGTTTGATGAATCAGACCAACCAGGT
CAAAGCATTGAAGAGATCATGCAAATTGTTGCAGAAGCGACTGTTCCTCCTGCTGGCACT
CA

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3C426JQ 862 0 0
GCTATGCAAGTATGTCACCGCGATTTGAAGCTCGAGAATACGCTACTAGATG*TAGCC*T
GCACCTCGTCTAAAGATATGTGATTT*GGATATTCCAAGTCCTCGGTGTTACATTCACAG
CCAAAATCAACTGTTGGAACCCCTGCTTATATTGCTCCAGAGGTTTTACTAAAGAAAGAA
TATGATGGCAAGCTTGCAGATGTTTGGTCTTGTGGGGTAACACTGTATGTGATGCTTGTT
GGTGCATACCCTTTTGAAGATCCAGATGAGCCTAAAAATTTCAAGAAAACAATACATAGA
ATCTTGAATGTTCAGTACGCTATTCCAGATTATGTTCACATATCTCCTGAATGTCAACAT
CTGATCTCCAGAATATTCGTTGCTGATTTTGCAAAGAGGATATCAATCCCTGAGATAAGG
AACCATGAATGGTTTCTCAAGAATCTACCGGCAGATATCATGAACGATAACGTGATGAAT
AGCCAGTTTGATGAATCAGACCAACCAGGTCAAAGCATTGAAGAGATCATGCAAATTGTT
GCAGAAGCGACTGTTCCTCCTGCTGGCACTCAGTGTCTCAACCATTATCTCACAGGAAGC
TTGGATTTGGAGGATGATATGGATGAAGATCTAGAGAGCGACTTGGATGATCTTGACATC
GATAGTAGCGGAGGGATTGTGTATGCAATGTGATGTGATATCTCAATGGTTTCTGATACG
AAAAAAAAATGAACAATAAGGTGTGTTGTTTGGTATTAATATTTGAGTTCTCTTGATATT
TCCCCAACTTTGTCAATGGGCACAGTTTGTAACCGTTGTTGATATACAAAAAAAAGATAA
GGGCGCTAGTAGTGTACTGTCG

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DS 



AS 1 2

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AGGTTTTATTACTTAGCAAATCCAATTCTTTCTGTGAGATAATATTACTTTTGAGAGAGA
GAGACTGAGACAATGTTTGGTTTGAGGAAATCACCGGCTAAGCTTCCCAAGCACCACTCT
GCTGATCCAGGTGTCCACAAATCTTCCAAGCCCAATCCTTTCGACTCAGACGATGAATTG
GACAGCAACAACAACAAGAACAACAAACACACACTTAACCCCTCCAAGAGGACTTCCTCT
GAACCTTCCTTGGCTGAAATGACCACCACCAACCCTTTTGATGGTGGTGATAAGGTTCAT
ACTTCTTCATCCAAGCCGTCCTCTAACTCCAGATACCAGTACAAGAACAACTTCCGCGAT
TCCGGAGGCGTTGAAAGCCAGTCTGTTCAGGAGCTTGAGGGCTATGCTGTTTACAAGGCT
GAGGAGACTACCAAATCTGTACAGGGCTGTCTCAAGGTGGCTGAGGATATTAGGTCTGAT
GCGACTAGGACTTTGGTTATGTTGCACGAGCAGGGCGAGCAGATCACCAGGACGCACCAT
CAAGCCGTTGAAATTGATCATGATCTCAGTAGAGGTGAGAAGCTTCTTGGAAGCCTTGGA
GGTATGTTTTCAAAGACTTGGAAGCCCAAGAAGACTCGCCCTATAAATGGTCCAGTCATA
ACTAGAGATCACTCACCAACGAGAAGAATTAACCATTTGGAGAAAAGGGAGAAACTGGGA
CTGAACCCACCACCAAAAGCACAATCAAGAAGCAGAGAACCGCTTCCTGAATCAGCTGAT
GCTTATCAAAGAGTGGAGATGGAGAAGCCAAGCAAGACGATGGGCTTTCAGATTTGAGTG
ATATACTGGGAGAGCTAAAGAACATGGCAGTCGACATGGGAAGTGAAATCGAAAAGCAGA
ACAAAGGACTGGATCATCTTCAAGATGATGTTGACGAACTCAACTTCAGAGTCCAACAAT
CTAACCAACGCGGCCGCCATTTACTCCGAAAGTAATGAGCAGATCTCATTAGTCACTACA
CTACTTGCTCTTTTGTTCGATCTTCTCTGATCTTCGTTGCTTAAAACTCAACCCGGTTCT
TATCATTGTTATATACATACGTTTCTGTCTATGTTTGCATTTGATAGTATGATGAAAAAC
CAATACTCTTTATTGTGCAAACTTAGGCAATCTTGCTGTTGTTTTTCTGTATCATAAAGA
TGAATAGTGTTTTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AA06TF U 1
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BS 1 743 RR3AA06TF
BS 744 1276 RR3AA06JQ

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GAACCTTCCTTGGCTGAAATGACCACCACCAACCCTTTTGATGGTGGTGATAAGGTTCAT
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QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3AA06JQ 850 0 0
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AGGACTTTGGTTATGTTGCACGAGCAGGGCGAGCAGATCACCAGGACGCACCATCAAGCC
GTTGAAATTGATCATGATCTCAGTAGAGGTGAGAAGCTTCTTGGAAGCCTTGGAGGTATG
TTTTCAAAGACTTGGAAGCCCAAGAAGACTCGCCCTATAAATGGTCCAGTCATAACTAGA
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GACTGGATCATCTTCAAGATGATGTTGACGAACTCAACTTCAGAGTCCAACAATCTAACC
AACGCGGCCGCCATTTACTCCGAAAGTAATGAGCAGATCTCATTAGTCACTACACTACTT
GCTCTTTTGTTCGATCTTCTCTGATCTTCGTTGCTTAAAACTCAACCCGGTTCTTATCAT
TGTTATATACATACGTTTCTGTCTATGTTTGCATTTGATAGTATGATGAAAAACCAATAC
TCTTTATTGTGCAAACTTAGGCAATCTTGCTGTTGTTTTTCTGTATCATAAAGATGAATA
GTGTTTTTGT

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3D525JQ C 1
AF RR3D525TF U 1
BS 1 561 RR3D525TF

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ATTTTAATGTCCACAAATCTCACAAAATGGTTGGTTTCCTTTGGTTATAGAAGCCTTCTT
TTGTCTCGTGGGGGCTTAAACTAATGATTTGCAAGTTTGTTACAGTTGCTCGATGATGAG
TTTACGATGATCTTTGTTTAATATTTTCTTGTTCATCAAATAACTGAGATAACTTTGTTT
CCTAGAATGTAGGACAAAGTAACTCATGTTCTTTTCACGTTTGTTTGTGCTTCCTTGTTG
CTAGGGATCCATGATCCCACATTTTATTTCATGTTCCTTCTTCTATTTAAGTCAATGAAA
AAGCCAAAAAGAGGCAATGATTAATTGCCCAAAAAAGTATCTGTGTTTTTATTTTCAGTT
TTAAAGCTTTGATCAAGTTCC

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3D525TF 561 0 0
GACTTCCTTGCTTGAGAGAAAGAAGTATTGTCCTCAAGATCAGAGGTGTGAGATCTCTGC
TGGAGAGAAAATGAGCACGGCTAGTGAGGAAGCTGTCAAGCAATTACGTACTTTTATGGA
AGATGAACATACATCAAGGGTATCCAACAGAGACCTTGTTGCGCTTTCTTAAAGCCAGAG
ATTTTAATGTCCACAAATCTCACAAAATGGTTGGTTTCCTTTGGTTATAGAAGCCTTCTT
TTGTCTCGTGGGGGCTTAAACTAATGATTTGCAAGTTTGTTACAGTTGCTCGATGATGAG
TCTACGATGATCTTTGTTTAATATTTTCTTGTTCATCAAATAACTGAGATAACTTTGTTT
CCTAGAATGTAGGACAAAGTAACTCATGTTCTTTTCACGTTTGTTTGTGCTTCCTTGTTG
CTAGGGATCCATGATCCCACATTTTATTTCATGTTCCTTCTTCTATTTAAGTCAATGAAA
AAGCCAAAAAGAGGCAATGATTAATTGCCCAAAAAAGTATCTGTGTTTTTATTTTCAGTT
TTAAAGCTTTGATCAAGTTCC

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

CO CL8290Contig1 892 2 6 U
GGAACACGAACATTCACTAGTTACAAGTCTGTCTTTCTCTTAGTTTCTTCTTCCTCTGCC
GGCGACATCCTCTAGTAACCCAGGTTTGAAAAAGATATAATCGTTCAAAAAATGGCAGAA
GAATCAACTGATATGGAAATTCAATCAGCAACTGAACCGGAGACACTGCCTGCTAAGCCA
ATCTTTAAGCCACTCAAGGCTCACGAAATGTCTGATGGCAAGGTCCAGCTCAGGAAGGTA
TCCGTCCCACCAAACCGCTACTCTCCTCTCAAGAAAGCTTGGTTAGACATCAGCACTACC
GTCTGCGACCAGATGAGAGTTGACATCCGCATGAACCACAACTCCCGCAGAGTCGAGCTC
AAAACCATAGCCGACACCCCCGACGTCAGTAACCTTCAAAAATCTGCTGATTTCGTACAC
GCTTTCATACTCGGTTTCGATGTCCCTGATGCCATCTCCCTCCTGAGGATGGACGAGCTC
TACGTTGAGTCTTTTGAGATCAAGGATGTCAAGACTCTTAAAGGCGAGCATCTGTCCATA
GCTATAGGGAGGTTGTCGGGGAAAGGAGGGAAGACCAAGTTTGCGATTGAGAATTCTACA
AAGACGAGGATTGTGATCGCTGACACGAGGATCCACATCTTGGGAGCATTCTCCAACATT
AAAATCGCGAGGGATTCTTTGTGTAGCCTCATCATGGGGTCTCCAGCTGGCAAGGTTTAC
TCTAAGCTCCGAGCAGCCTCTGCTAGATTAGCAGAACGGTTTTGATATGTTTGATTTTTT
CTTTTCGTATGAAGATTTTGCATTATAGAACTTTTATTTGAACGTTTCTAATTGTCACAT
ACGCTAAAATGTCTTGAGATGAGCAATTTTAACTGGGAACATAAGCTTTGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FY18TF U 1
AF RR3FY18JQ C 174
BS 1 687 RR3FY18TF
BS 688 688 RR3FY18JQ
BS 689 714 RR3FY18TF
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BS 716 737 RR3FY18TF
BS 738 892 RR3FY18JQ

RD RR3FY18TF 743 0 0
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GGCGACATCCTCTAGTAACCCAGGTTTGAAAAAGATATAATCGTTCAAAAAATGGCAGAA
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TCCGTCCCACCAAACCGCTACTCTCCTCTCAAGAAAGCTTGGTTAGACATCAGCACTACC
GTCTGCGACCAGATGAGAGTTGACATCCGCATGAACCACAACTCCCGCAGAGTCGAGCTC
AAAACCATAGCCGACACCCCCGACGTCAGTAACCTTCAAAAATCTGCTGATTTCGTACAC
GCTTTCATACTCGGTTTCGATGTCCCTGATGCCATCTCCCTCCTGAGGATGGACGAGCTC
TACGTTGAGTCTTTTGAGATCAAGGATGTCAAGACTCTTAAAGGCGAGCATCTGTCCATA
GCTATAGGGAGGTTGTCGGGGAAAGGAGGGAAGACCAAGTTTGCGATTGAGAATTCTACA
AAGACGAGGATTGTGATCGCTGACACGAGGATCCACATCTTGGGAGCATTCTCCAACATT
AAAATCGCGAGGGATTCTTTGTGTAGC*TCATCATGGGGTCTCCAGCTGGCAAG*TTTAC
TCTAAGCTCCGAGCAGC
TCTGCT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3FY18JQ 719 0 0
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GAAGGTATCCGTCCCACCAAACCGCTACTCTCCTCTCAAGAAAGCTTGGTTAGACATCAG
CACTACCGTCTGCGACCAGATGAGAGTTGACATCCGCATGAACCACAACTCCCGCAGAGT
CGAGCTCAAAACCATAGCCGACACCCCCGACGTCAGTAACCTTCAAAAATCTGCTGATTT
CGTACACGCTTTCATACTCGGTTTCGATGTCCCTGATGCCATCTCCCTCCTGAGGATGGA
CGAGCTTTACGTTGAGTCTTTTGAGATCAAGGATGTCAAGACTCTTAAAGGCGAGCATCT
GTCCATAGCTATAGGGAGGTTGTCGGGGAAAGGAGGGAAGACCAAGTTTGCGATTGAGAA
TTCTACAAAGACGAGGATTGTGATCGCTGACACGAGGATCCACATCTTGGGAGCATTCTC
CAACATTAAAATCGCGAGGGATTCTTTGTGTAGCCTCATCATGGGGTCTCCAGCTGGCAA
GGTTTACTCTAAGCTCCGAGCAGCCTCTGCTAGATTAGCAGAACGGTTTTGATATGTTTG
ATTTTTTCTTTTCGTATGAAGATTTTGCATTATAGAACTTTTATTTGAACGTTTCTAATT
GTCACATACGCTAAAATGTCTTGAGATGAGCAATTTTAACTGGGAACATAAGCTTTGTG

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL8291Contig1 1167 2 4 U
GGAGGAGCCAAAGGAGAGAGAGAGTCTGAAACACCACCGAAGACCAGGGCCACAATTTAA
TCTCTGGTGATTTCATCTTTCAATCTCTGGACGAGATGCCGCCGAACGGAGATCTAGACC
GTCAGATCGAACATCTGATGGAGTGCAAACCTTTATCAGAGGACGATGTCAAGACTCTCT
GCGATCAAGCTAAAGCGATCCTCGTCGAGGAATGGAACGTCCAGCCCGTGAAATGCCCCG
TCACCGTCTGCGGCGATATCCACGGCCAGTTCTACGACCTTCTCGAGCTCTTTCGAATCG
GTGGTAACGCCCCCGATACGAACTACCTCTCCATGGGTGACTACGTAGACCGTGGTTACT
ATTCAGTGGAAACGGTTTCGCTATTGGTGGCGTTGAAAGTTCGGTACAGGGATCGAATTA
CAATCCTGCGAGGGAACCACGAGAGTCGGCAGATCACCCAAGTATATGGTTTTTATGACG
AGTGCTTGAGAAAGTACGGAAATGCAAATGTGTGGAAGTTTTTCACAGACCTTTTCGATT
ATCTTCCTCTTACTGCCCTTATCGAGAGTCAGGTTTTCTGTTTGCATGGAGGGCTATCAC
CTTCTCTGGATACACTTGATAATATTCGAAGCTTGGACCGCATTCAGGAGGTTCCACACG
AAGGACCAATGTGTGATTTGCTATGGTCTGATCCCGATGATCGATGTGGGTGGGGAATAT
CTCCACGAGGTGCTGGCTATACATTTGGACAAGATATCGCAACTCAGTTTAATCACAACA
ATGGACTCAGTCTCATATCAAGAGCCCATCAGCTTGTCATGGAAGGTTTTAACTGGGCTC
AGGATAAGAACGTGGTGACGGTGTTTAGCGCACCAAACTATTGCTACCGGTGTGGAAACA
TGGCAGCGATACTAGAGATAGGAGAGAACATGGAGCAGAACTTCCTTCAGTTTGATCCAG
CTCCTCGACAAGTCGAACCAGATACTACCCGTAAGACCCCTGATTATTTTTTGTGATTTT
TATTTGTATTTTCTTTTTCTAAGTGGAGTTCCGAGTTTCCCTCAAAAAAGAAAGAAGAAA
ACATCATTTGTTGTTGTTGATGTGATTGATGAGAACAAAAGTTTGTAGGAGAAGCGTCTA
TATATAGAATAGTGTCTTCTCATTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E190TF U 1
AF RR3E190JQ C 470
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BS 573 573 RR3E190JQ
BS 574 644 RR3E190TF
BS 645 1167 RR3E190JQ

RD RR3E190TF 644 0 0
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TCTCTGGTGATTTCATCTTTCAATCTCTGGACGAGATGCCGCCGAACGGAGATCTAGACC
GTCAGATCGAACATCTGATGGAGTGCAAACCTTTATCAGAGGACGATGTCAAGACTCTCT
GCGATCAAGCTAAAGCGATCCTCGTCGAGGAATGGAACGTCCAGCCCGTGAAATGCCCCG
TCACCGTCTGCGGCGATATCCACGGCCAGTTCTACGACCTTCTCGAGCTCTTTCGAATCG
GTGGTAACGCCCCCGATACGAACTACCTCTCCATGGGTGACTACGTAGACCGTGGTTACT
ATTCAGTGGAAACGGTTTCGCTATTGGTGGCGTTGAAAGTTCGGTACAGGGATCGAATTA
CAATCCTGCGAGGGAACCACGAGAGTCGGCAGATCACCCAAGTATATGGTTTTTATGACG
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ATCTTCCTCTTACTGCCCTTATCGAGAGTCAG*TTTTCTGTTTGCATGGAGGGCTATCAC
CTTCTCTGGATACACTTGATAATATTCGAAGCTTGGACCGCATT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3E190JQ 698 0 0
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GGTTCCACACGAAGGACCAATGTGTGATTTGCTATGGTCTGATCCCGATGATCGATGTGG
GTGGGGAATATCTCCACGAGGTGCTGGCTATACATTTGGACAAGATATCGCAACTCAGTT
TAATCACAACAATGGACTCAGTCTCATATCAAGAGCCCATCAGCTTGTCATGGAAGGTTT
TAACTGGGCTCAGGATAAGAACGTGGTGACGGTGTTTAGCGCACCAAACTATTGCTACCG
GTGTGGAAACATGGCAGCGATACTAGAGATAGGAGAGAACATGGAGCAGAACTTCCTTCA
GTTTGATCCAGCTCCTCGACAAGTCGAACCAGATACTACCCGTAAGACCCCTGATTATTT
TTTGTGATTTTTATTTGTATTTTCTTTTTCTAAGTGGAGTTCCGAGTTTCCCTCAAAAAA
GAAAGAAGAAAACATCATTTGTTGTTGTTGATGTGATTGATGAGAACAAAAGTTTGTAGG
AGAAGCGTCTATATATAGAATAGTGTCTTCTCATTGTC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL8292Contig1 553 2 1 U
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GTATGCATGTGTGAGCGTTGTTTTTTTATAAAATAAAATAAAATAGTACGTAGGACGAAG
CTAGTGAGTTTGCTTCCCTCTACGTCTATGTTGTATGTTATTTTGATTTAAATAATAATA
GAGTTGTTTTGCG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H674JQ C 1
AF RR3H674TF U 1
BS 1 553 RR3H674TF

RD RR3H674JQ 553 0 0
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CTAGTGAGTTTGCTTCCCTCTACGTCTATGTTGTATGTTATTTTGATTTAAATAATAATA
GAGTTGTTTTGCG

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3H674TF 553 0 0
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GAGCTACAGAAATGGCAAAGACCATCAGTTCCATCTGCTTCACCACTCTTTTGCTCGTTG
TCTTATTCATTTCGGCTGAAATCCCAAAGAGCGAGGCGACTTGTACTAAGTATTTAGGCG
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ACCACGAGTCATGCAGAGGAGAGTGTGAGGATCACCACCACGACGGAGTGCATTTGACAA
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AATCTCGTATCGAAATTAAAAAAAAATTATGTAAGCGTGGTGGTTTCGTTGAATTTAAGT
GTATGCATGTGTGAGCGTTGTTTTTTTATAAAATAAAATAAAATAGTACGTAGGACGAAG
CTAGTGAGTTTGCTTCCCTCTACGTCTATGTTGTATGTTATTTTGATTTAAATAATAATA
GAGTTGTTTTGCG

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

CO CL8293Contig1 934 2 2 U
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TGTTTGCTTTAGATGGTTCTTTCTCAAAGTGGAAAGATGTTGCTGGAATCGCAGGCAACA
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AATCAACCGAGCAATTCTCTGGTTTACCATACATTTACGCTCTCTTAAACTGCTTGATCT
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AGGAACGGTTCTTGGTACTGTGCAGCTATCTTTGTACTGTTACTACCACAGAAACTCTGC
AGAGGAAGAAGCAAAAGAGCCTTTGATTGTTTCTTATGTGTGAGTTTCGGCAAAAGAGGC
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CCATATATTGTTTTTTCTAAAAGAAGATTATTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AN47TF U 1
AF RR3AN47JQ C 192
BS 1 747 RR3AN47TF
BS 748 934 RR3AN47JQ

RD RR3AN47TF 747 0 0
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AATCAACCGAGCAATTCTCTGGTTTACCATACATTTACGCTCTCTTAAACTGCTTGATCT
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AACTGGAAGTTTGCAGATACCTGACAAGGTCACACGATGGTACCTTGTCGGGTTCTTGAG
CTGTGGTTCTCTTGTCTCCATGTTTGCCTCTCCCTTGTTTGTTATTAACTTAGTGATTAA
GACAAAGAGCGTTGAGTTTATGCCGTTTTATCTCTCTCTATCTACTTTCTTGATGAGTGC
TTCCTTCTTCATGTTCGGACTATTCAACAATGACGCCTTTGTTTATACACCAAATGGAAT
AGGAACGGTTCTTGGTACTGTGCAGCTATCTTTGTACTGTTACTACCACAGAAACTCTGC
AGAGGAAGAAGCAAAAGAGCCTTTGAT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3AN47JQ 743 0 0
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GGTCTTTTCGTTTCACCGATGCCAACGTTTAGGAGAATCATGAGGAACAAATCAACCGAG
CAATTCTCTGGTTTACCATACATTTACGCTCTCTTAAACTGCTTGATCTGCCTTTGATGA
GGATGCTTGTTCTGCTTCTTGTGGTGTTTGCTGTGGTTGCGTTGATTGTAACTGGAAGTT
TGCAGATACCTGACAAGGTCACACGATGGTACCTTGTCGGGTTCTTGAGCTGTGGTTCTC
TTGTCTCCATGTTTGCCTCTCCCTTGTTTGTTATTAACTTAGTGATTAAGACAAAGAGCG
TTGAGTTTATGCCGTTTTATCTCTCTCTATCTACTTTCTTGATGAGTGCTTCCTTCTTCA
TGTTCGGACTATTCAACAATGACGCCTTTGTTTATACACCAAATGGAATAGGAACGGTTC
TTGGTACTGTGCAGCTATCTTTGTACTGTTACTACCACAGAAACTCTGCAGAGGAAGAAG
CAAAAGAGCCTTTGATTGTTTCTTATGTGTGAGTTTCGGCAAAAGAGGCTAGTTTTGATG
TCTCGATCGCTGAAGATTATGTGAGACCACATGAAAGATTCACTGATGTGGATTTTGTTT
TTTGTGTGTGATGGAGATCTCTGGTGGGTTGATTTTGAAGAACATTTGTCCATATATTGT
TTTTTCTAAAAGAAGATTATTCT

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL8294Contig1 557 2 1 U
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GGAGATTCCCGAATAGGTTAACCTTTTGAACTGCTGCTGAATCCATGGGCAGGCAAGAGA
CAACCTGGCGAACTGAAACATCTTGGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCTGAGCACGACCGTG
TTTTCAAGAAGTTTGATGCCAACGGAGATGGAAAAATCTCTGCCACCGAGCTTGGAGATG
CTCTCAAGAACCTTGGCTCGGCCACACACGATGACATTAAGCGTATGATGGCTGAGATTG
ACACCGACGGTGATGGATACATATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCAAGTGCCAACC
GTGGTCTCATGAAAGATGTTGCCAAGATTTTCTAAGAGGAGTTTCAAAATCTATAATTCA
CATGAAAATGATTTGAGGTCTAATCATGTTTAATTCGTTTTTAATGACATCATTTGATTA
AGTATGTATTTTTGGTTGTAAAAGTAAAAGAATTATAGTTAACTCAGTGATATCTTAATA
ATACTTTCTCTCTTTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G161JQ C 1
AF RR3G161TF U 1
BS 1 557 RR3G161TF

RD RR3G161JQ 557 0 0
GCGAGGAAGGGCGTAGTAAGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAATAAGCGTAGATCC
GGAGATTCCCGAATAGGTTAACCTTTTGAACTGCTGCTGAATCCATGGGCAGGCAAGAGA
CAACCTGGCGAACTGAAACATCTTGGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCTGAGCACGACCGTG
TTTTCAAGAAGTTTGATGCCAACGGAGATGGAAAAATCTCTGCCACCGAGCTTGGAGATG
CTCTCAAGAACCTTGGCTCGGCCACACACGATGACATTAAGCGTATGATGGCTGAGATTG
ACACCGACGGTGATGGATACATATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCAAGTGCCAACC
GTGGTCTCATGAAAGATGTTGCCAAGATTTTCTAAGAGGAGTTTCAAAATCTATAATTCA
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AGTATGTATTTTTGGTTGTAAAAGTAAAAGAATTATAGTTAACTCAGTGATATCTTAATA
ATACTTTCTCTCTTTTC

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3G161TF 557 0 0
GCGAGGAAGGGCGTAGTAAGCGACGAAATGCTTCGGGGAGTTGAAAATAAGCGTAGATCC
GGAGATTCCCGAATAGGTTAACCTTTTGAACTGCTGCTGAATCCATGGGCAGGCAAGAGA
CAACCTGGCGAACTGAAACATCTTGGTAGCCAGAGGAAAAGAAAGCTGAGCACGACCGTG
TTTTCAAGAAGTTTGATGCCAACGGAGATGGAAAAATCTCTGCCACCGAGCTTGGAGATG
CTCTCAAGAACCTTGGCTCGGCCACACACGATGACATTAAGCGTATGATGGCTGAGATTG
ACACCGACGGTGATGGATACATATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCAAGTGCCAACC
GTGGTCTCATGAAAGATGTTGCCAAGATTTTCTAAGAGGAGTTTCAAAATCTATAATTCA
CATGAAAATGATTTGAGGTCTAATCATGTTTAATTCGTTTTTAATGACATCATTTGATTA
AGTATGTATTTTTGGTTGTAAAAGTAAAAGAATTATAGTTAACTCAGTGATATCTTAATA
ATACTTTCTCTCTTTTC

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 2

CO CL8295Contig1 825 2 2 U
GGGTCGGAAGAAAGAGATAAAAAAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGCGACAATGGCGTTGC
ACGTCATATCATCATCATCTTCAGCCACTTGTGTGACCTTGGCTTCCACCATCAGAGCCT
TCGTCAGACCTTCTATCTCCCTCAGAACTACTCCATTTACTCGCTCTCCGTCCAAGCTTA
ACCTCCTTCCTCCCTCCGTCTCTCCTTCATCATTTCCTCCGCTTCGTCTTTGTAGACGAG
GCTTCCACGGTGGTTGTGTCAAAGCGATGGCTTCTTCTGCTCCCGGATCGGTCAACAAGC
CAGAGGAAGAGTGGCGTGCCATCCTGTCTCCTGAGCAATTCAGGATTCTAAGGGAGAAAG
GCACTGAATATCCAGGAACAGGAGAATACAACAAACTATTCGAAGACGGCATATATTCCT
GTGCAGGATGTGGAACTCCTCTTTACAAATCTGCCACCAAGTTCGATTCCGGTTGTGGCT
GGCCAGCCTTCTTTGACGGCATTCCCGGTGCTATAAACCGAACTCCTGATCCAGATGGGA
GAAGAATCGAGATCACTTGTGCGGCTTGTGGAGGTCATCTCGGCCACGTTTTCAAAGGAG
AAAGTTTCCCTACACCTACCGATGAGCGACACTGTGTGAACAGTGTCTCTCTCAAGTTCG
CACCAGGGAATTCAACCTTGTAATAATGCACTTGTGTTGTGTAATGCATCTATCTATTTC
TTGTGTCGTCCTGCTCTTTGTAACCGGTGTTTAGTCCCATTAATGTCATAATCATATATA
AGATTTTACACAAGCTGGTGAATAAAGTAACTTCATTTCTTTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV94TF U 1
AF RR3GV94JQ C 151
BS 1 711 RR3GV94TF
BS 712 825 RR3GV94JQ

RD RR3GV94TF 711 0 0
GGGTCGGAAGAAAGAGATAAAAAAGAGAGAGGGAGAGAGAGAGAGCGACAATGGCGTTGC
ACGTCATATCATCATCATCTTCAGCCACTTGTGTGACCTTGGCTTCCACCATCAGAGCCT
TCGTCAGACCTTCTATCTCCCTCAGAACTACTCCATTTACTCGCTCTCCGTCCAAGCTTA
ACCTCCTTCCTCCCTCCGTCTCTCCTTCATCATTTCCTCCGCTTCGTCTTTGTAGACGAG
GCTTCCACGGTGGTTGTGTCAAAGCGATGGCTTCTTCTGCTCCCGGATCGGTCAACAAGC
CAGAGGAAGAGTGGCGTGCCATCCTGTCTCCTGAGCAATTCAGGATTCTAAGGGAGAAAG
GCACTGAATATCCAGGAACAGGAGAATACAACAAACTATTCGAAGACGGCATATATTCCT
GTGCAGGATGTGGAACTCCTCTTTACAAATCTGCCACCAAGTTCGATTCCGGTTGTGGCT
GGCCAGCCTTCTTTGACGGCATTCCCGGTGCTATAAACCGAACTCCTGATCCAGATGGGA
GAAGAATCGAGATCACTTGTGCGGCTTGTGGAGGTCATCTCGGCCACGTTTTCAAAGGAG
AAAGTTTCCCTACACCTACCGATGAGCGACACTGTGTGAACAGTGTCTCTCTCAAGTTCG
CACCAGGGAATTCAACCTTGTAATAATGCACTTGTGTTGTGTAATGCATCT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3GV94JQ 675 0 0
CTCCATTTACTCGCTCTCCGTCCAAGCTTAACCTCCTTCCTCCCTCCGTCTCTCCTTCAT
CATTTCCTCCGCTTCGTCTTTGTAGACGAGGCTTCCACGGTGGTTGTGTCAAAGCGATGG
CTTCTTCTGCTCCCGGATCGGTCAACAAGCCAGAGGAAGAGTGGCGTGCCATCCTGTCTC
CTGAGCAATTCAGGATTCTAAGGGAGAAAGGCACTGAATATCCAGGAACAGGAGAATACA
ACAAACTATTCGAAGACGGCATATATTCCTGTGCAGGATGTGGAACTCCTCTTTACAAAT
CTGCCACCAAGTTCGATTCCGGTTGTGGCTGGCCAGCCTTCTTTGACGGCATTCCCGGTG
CTATAAACCGAACTCCTGATCCAGATGGGAGAAGAATCGAGATCACTTGTGCGGCTTGTG
GAGGTCATCTCGGCCACGTTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCTACACCTACCGATGAGCGAC
ACTGTGTGAACAGTGTCTCTCTCAAGTTCGCACCAGGGAATTCAACCTTGTAATAATGCA
CTTGTGTTGTGTAATGCATCTATCTATTTCTTGTGTCGTCCTGCTCTTTGTAACCGGTGT
TTAGTCCCATTAATGTCATAATCATATATAAGATTTTACACAAGCTGGTGAATAAAGTAA
CTTCATTTCTTTTGT

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL8296Contig1 963 2 2 U
GGATCAGCAAAATCGACGACAAGGACGTGCTCTCCAGACATCTTCAAAAAAATGTCTTTC
TGCACCAAACTTGCGGTTTTACAAAACAGAAATGTTCAAATGCTGCTCCCTTCACTCCGG
TACATGTCCACAAAGCTTTTCATTGGTGGCCTATCACCCGGAACTGACGACCACTCCTTG
AAGGATGCTTTCTCTACCTTCAACGGAGTTACAGAGGCAAGAGTCATGACTAACAAAGTG
ACTGGGAGGTCTAGAGGTTATGGATTTGTTAACTTCATCAGTGAGGATTCTGCCAAGTCT
GCTATTTCAGCTATGGATGGACAGGAGTTGAATGGGTTTAACATCCATGTGGACGTTGCA
AAAGAATGGCCAAGCATGCCATTGTCTTTGGATCAGGGAGCTATAGTAGATGAGAAGAAA
AGCAATAAGATGGTGAGCCGATCTGTATGGAAAGATCCATTCGTTGATGCCTTCTTGATG
AAGAAGAAAAACGCAGCTCTGAACAGGAAGATATGGTCAAGGAGATCGACAATTCTGCCA
GAGTATGTTGATTCGTCGGTGAGAATCTACAATGGCAAAACTCATGTGCGTTGTAAGATC
ACTGAAGGGAAAGTTGGGCATAAGTTTGGAGAGTTTGCGTTTACAAGGAAAGTGACCAAG
CATCCTAGAGCAAAGTAAGTGTTAGTTCTTGAGAATGAGAATTGGTCACAGCTTGAGATG
AACCAGAAACGAATCAATAAGAATACTGAGCAGTTAAGCTTTGCAGTCTATTTAACAGTC
TCTGAAGCTGTGCAAGTGTTTTCCATAATTCATCAGACCTGAGGAAACTTTTGTAACACT
GTTGATCCTCCAAAGTGTTTTTTGTAGTTGTTTTTGATTCTTCTGGTGATACGAGTATGA
GATATTTGATCCACTTTAAGGCCAAGATAGCCATTTACAATGTTGAAGATCAATTTAGAG
TCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3AN85TF U 1
AF RR3AN85JQ C 262
BS 1 818 RR3AN85TF
BS 819 963 RR3AN85JQ

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AAGGATGCTTTCTCTACCTTCAACGGAGTTACAGAGGCAAGAGTCATGACTAACAAAGTG
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AAAGAATGGCCAAGCATGCCATTGTCTTTGGATCAGGGAGCTATAGTAGATGAGAAGAAA
AGCAATAAGATGGTGAGCCGATCTGTATGGAAAGATCCATTCGTTGATGCCTTCTTGATG
AAGAAGAAAAACGCAGCTCTGAACAGGAAGATATGGTCAAGGAGATCGACAATTCTGCCA
GAGTATGTTGATTCGTCGGTGAGAATCTACAATGGCAAAACTCATGTGCGTTGTAAGATC
ACTGAAGGGAAAGTTGGGCATAAGTTTGGAGAGTTTGCGTTTACAAGGAAAGTGACCAAG
CATCCTAGAGCAAAGTAAGTGTTAGTTCTTGAGAATGAGAATTGGTCACAGCTTGAGATG
AACCAGAAACGAATCAATAAGAATACTGAGCAGTTAAGCTTTGCAGTCTATTTAACAGTC
TCTGAAGCTGTGCAAGTGTTTTCCATAATTCATCAGAC

QA 1 818 1 818
DS 

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AAGTTTGGAGAGTTTGCGTTTACAAGGAAAGTGACCAAGCATCCTAGAGCAAAGTAAGTG
TTAGTTCTTGAGAATGAGAATTGGTCACAGCTTGAGATGAACCAGAAACGAATCAATAAG
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TCCATAATTCATCAGACCTGAGGAAACTTTTGTAACACTGTTGATCCTCCAAAGTGTTTT
TTGTAGTTGTTTTTGATTCTTCTGGTGATACGAGTATGAGATATTTGATCCACTTTAAGG
CCAAGATAGCCATTTACAATGTTGAAGATCAATTTAGAGTCC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GZ73TF U 1
AF RR3GZ73JQ C 139
BS 1 674 RR3GZ73TF
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BS 709 805 RR3GZ73JQ

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QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3GZ73JQ 667 0 0
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TTCCTACTTAATTTTATCACTTTCTTACTTTTTTTTCTAGACCTTGTTCAGAGTCTTATG
TATGTGTGTCTGTCATTTGAAGTCGTTGATTCTATATATGCCTAGAATGACATGAAATAA
AAGGGAT

QA 1 667 1 667
DS 



AS 1 2

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AAGAGCCTCGAAAAAATTCACAGACTTGTCTCCCCCTCTCTCTTTCAGAGTTTAGTAGCT
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ACTTAGGCGCTGGTCCACTGGTGATGTTGGTGTATCCATTGTACGCATCGGTGGTGGCAA
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TTCTCACCCTCACGGAGCTGATTCTGCAATCGCTTCTTGGGTGGATCCCGATTTGGTATT
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CTCACACCAAACACTCCAAGCACTCCAAACCCAACATCATCCACTCCATTTTCCACCGGG
AGGGACACGAGGCTCACTCTCACTAAGGCCAGGAGAAGCTCGAATAGCATTGTAATGGAT
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BQ
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AF RR3GF21TF U 1
AF RR3GF21JQ C 177
BS 1 695 RR3GF21TF
BS 696 696 RR3GF21JQ
BS 697 738 RR3GF21TF
BS 739 740 RR3GF21JQ

RD RR3GF21TF 738 0 0
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AAGAGCCTCGAAAAAATTCACAGACTTGTCTCCCCCTCTCTCTTTCAGAGTTTAGTAGCT
TCTGAAAAATTTCACTAAGAAAAAAAATGAGCAAGTTCTGGACTTTCCTCACTGCTCTCC
ACTTAGGCGCTGGTCCACTGGTGATGTTGGTGTATCCATTGTACGCATCGGTGGTGGCAA
TGGAGAGCACAACGAAAGTAGACGACGAGCAGTGGCTTGCGTACTGGATCATTTACTCCT
TTCTCACCCTCACGGAGCTGATTCTGCAATCGCTTCTTGGGTGGATCCCGATTTGGTATT
CTGTGAAACTGGTCTTCGTAGCCTGGTTGGTCCTACCTCAGTTCCATGACGCAGCTTTCA
TCTACAACCGCGTGGTGAGAGAACAGTTCAAGAAACACGGCGTCTTCGGCTCCTCCTCCT
CTCACACCAAACACTCCAAGCACTCCAAACCCAACATCATCCACTCCATTTTCCACCGGG
AGGGACACGAGGCTCACTCTCACTAAGGCCAGGAGAAGCTCGAATAGCATTGTAATGGAT
GGGAGTTGGTGGTGGCCCCTTCTTGTCTTCAAGTCTAATCTTACTTTTGCTTTAGTCTTT
CATTTAATAATTTGAGAAATATGATAATGACTGAG*AGGTGTGTGATCGTTTTAATTTAG
AAATGGCTTCTTGTTGTT

QA 1 738 1 738
DS 

RD RR3GF21JQ 564 0 0
CTCCACTTAGGCGCTGGTCCACTGGTGATGTTGGTGTATCCATTGTACGCATCGGTGGTG
GCAATGGAGAGCACAACGAAAGTAGACGACGAGCAGTGGCTTGCGTACTGGATCATTTAC
TCCTTTCTCACCCTCACGGAGCTGATTCTGCAATCGCTTCTTGGGTGGATCCCGATTTGG
TATTCTGTGAAACTGGTCTTCGTAGCCTGGTTGGTCCTACCTCAGTTCCATGACGCAGCT
TTCATCTACAACCGCGTGGTGAGAGAACAGTTCAAGAAACACGGCGTCTTCGGCTCCTCC
TCCTCTCACACCAAACACTCCAAGCACTCCAAACCCAACATCATCCACTCCATTTTCCAC
CGGGAGGGACACGAGGCTCACTCTCACTAAGGCCAGGAGAAGCTCGAATAGCATTGTAAT
GGATGGGAGTTGGTGGTGGCCCCTTCTTGTCTTCAAGTCTAATCTTACTTTTGCTTTAGT
CTTTCATTTAATAATTTGAGAAATATGATAATGACTGAGGAGGTGTGTGATCGTTTTAAT
TTAGAAATGGCTTCTTGTTGTTGC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL8299Contig1 872 2 2 U
GGAGCTTCTCGCATTTCATAAAAAGTGAGGCAAATTACGAAGGGACGAGAGTGATCCAAG
AACATGAACCACACGATGGATGATCAAAACTTGGCTTTTATCTCTCAGTTGTACCCTGAT
GTCTACACTCAGATACTACCTCAACAAGGAGCAGTGAAGCCACCGAAGCGAAGGAGGAAG
AAGAGTAAAGGAGCCGTGGCTACTGGAGATGTAAGCAACTGCTTTTTTAGGAAGAGAAAG
CTTACCGATGAACAAGTGAACATGTTGGAGATGAGTTTTGGCGATGAGCACAAGCTTGAG
TCGGAGAGGAAAGATAGACTTGCGGCAGAGCTAGGGCTTGACCCTCGTCAAGTTGCCGTT
TGGTTTCAGAACCGTCGTGCACGATGGAAGAACAAAAGGCTCGAGGAAGAATACAACAAA
CTCAAAAATTCACATGACAACGTCGTTGGCGACAAGTGCCGACTTGAGTCAGAGCTCCTT
CAGCTCAAGGAACAACTCTATGATGCAGAGAGGGAGATCCAAAGATTGGCAGAAAGAGTA
GAAAGAGGCTCGAGCAACAGTCCCATTTCTTCTTCAGTTTCTGTCGAAGCCAGTGAAACA
CCGTTTTTCGGAGATTATAACGTCGGAGACGACGGTGATGACTACGATAACCTCTTTTAT
CCGGTGCCGGAAAACACCTACATGGACGGAGTAGAATGGGCGAGTCTATACATATAACAT
TACTAGCTTAATGTAATGTTTTAACTGTATTAATTAGGGAAGAATATTTTTAAGTAATCT
TAATAGATTATGTAACTGCTGGATTTCTAATGACAAATAAGTATAACGACGATGGGTTTT
CAGAAATTCATAATCTTATTTTTTTTATACTT


BQ
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AF RR3GE92TF U 1
AF RR3GE92JQ C 185
BS 1 753 RR3GE92TF
BS 754 872 RR3GE92JQ

RD RR3GE92TF 753 0 0
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GTCTACACTCAGATACTACCTCAACAAGGAGCAGTGAAGCCACCGAAGCGAAGGAGGAAG
AAGAGTAAAGGAGCCGTGGCTACTGGAGATGTAAGCAACTGCTTTTTTAGGAAGAGAAAG
CTTACCGATGAACAAGTGAACATGTTGGAGATGAGTTTTGGCGATGAGCACAAGCTTGAG
TCGGAGAGGAAAGATAGACTTGCGGCAGAGCTAGGGCTTGACCCTCGTCAAGTTGCCGTT
TGGTTTCAGAACCGTCGTGCACGATGGAAGAACAAAAGGCTCGAGGAAGAATACAACAAA
CTCAAAAATTCACATGACAACGTCGTTGGCGACAAGTGCCGACTTGAGTCAGAGCTCCTT
CAGCTCAAGGAACAACTCTATGATGCAGAGAGGGAGATCCAAAGATTGGCAGAAAGAGTA
GAAAGAGGCTCGAGCAACAGTCCCATTTCTTCTTCAGTTTCTGTCGAAGCCAGTGAAACA
CCGTTTTTCGGAGATTATAACGTCGGAGACGACGGTGATGACTACGATAACCTCTTTTAT
CCGGTGCCGGAAAACACCTACATGGACGGAGTAGAATGGGCGAGTCTATACATATAACAT
TACTAGCTTAATGTAATGTTTTAACTGTATTAA

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3GE92JQ 688 0 0
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CCGATGAACAAGTGAACATGTTGGAGATGAGTTTTGGCGATGAGCACAAGCTTGAGTCGG
AGAGGAAAGATAGACTTGCGGCAGAGCTAGGGCTTGACCCTCGTCAAGTTGCCGTTTGGT
TTCAGAACCGTCGTGCACGATGGAAGAACAAAAGGCTCGAGGAAGAATACAACAAACTCA
AAAATTCACATGACAACGTCGTTGGCGACAAGTGCCGACTTGAGTCAGAGCTCCTTCAGC
TCAAGGAACAACTTTATGATGCAGAGAGGGAGATCCAAAGATTGGCAGAAAGAGTAGAAA
GAGGCTCGAGCAACAGTCCCATTTTTTTTTCAGTTTCTGTCGAAGCCAGTGAAACACCGT
TTTTCGGAGATTATAACGTCGGAGACGACGGTGATGACTACGATAACCTCTTTTATCCGG
TGCCGGAAAACACCTACATGGACGGAGTAGAATGGGCGAGTCTATACATATAACATTACT
AGCTTAATGTAATGTTTTAACTGTATTAATTAGGGAAGAATATTTTTAAGTAATCTTAAT
AGATTATGTAACTGCTGGATTTCTAATGACAAATAAGTATAACGACGATGGGTTTTCAGA
AATTCATAATCTTATTTTTTTTATACTT

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL8300Contig1 759 2 2 U
GGAATTAAAATAATGTTCTAACGTACTTTTCCATCATTCTCTTTCCGTCTTCACACACAT
GGGCCCATTTTTCTTCTTAACCATCAAATGTCAACTGCCTCGTCCTCCTTTCCATCGTCC
TCCTATCCTCCTACATCTGCTGCCGCGACTCTCGCCGCCGAACAACCGCTGTTGAAACCG
CCGAGGAACGTGGCAGAAGCGTTAATCTCCCTCGCATAATCTTCATCTCGGAAGACAACA
ACCAAGATCTCGAAGCGGGTGACGTCATCGCGGGACTAGACCAAGCCGTCATAAACTCTT
ACCCGAAGTTCCACTTCTCCAAAGAAACCTCCGCCGCGTCTTCCGATGGATTTGGCGGGG
GAGGAGATACGGCGTGCTCGATATGTTTGTCTGAGTATAAAGAGGGAGAGATGTTGAGGA
TGATGCCCGAGTGTAAACACTACTTCCATTTATGCTGTCTTGACGCGTGGCTTAAACTCA
ACGGTTCTTGTCCCGTTTGTCGGAACTCGCCGCTTCCGACGCCAACATCTACACCTATGT
CAACACCTTTGTCGGAAGTTGTGCCGCTCTCGCAGTATGCCGCTGATCGGAGGAGAGCAA
GAAGATGAGATATTTTAACATAGATCCATTGGCCTAATAAATTAGGGTTATATTATTATT
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GAGTTTGCCATTAATATCATCGACATGAAATTTAGTTTG


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AA66TF U 1
AF RR3B363TF U 1
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QA 1 740 1 740
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ACCAAGATCTCGAAGCGGGTGACGTCATCGCGGGACTAGACCAAGCCGTCATAAACTCTT
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GAGGAGATACGGCGTGCTCGATATGTTTGTCTGAGTATAAAGAGGGAGAGATGTTGAGGA
TGATGCCCGAGTGTAAACACTACTTCCATTTATGCTGTCTTGACGCGTGGCTTAAACTCA
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QA 1 759 1 759
DS 



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BQ
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AF RR3EZ11TF U 1
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QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3G651TF U 1
AF RR3G651JQ C 176
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RD RR3G651TF 751 0 0
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CATATGAATGTGGAAAA*TCAAAATGCTAT
G

QA 1 750 1 750
DS 

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CATCTAACGGCGATGTTTTGAAGAAACTGAATCCGTACATTGAGAGCGGGAAGGTGAAGC
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QA 1 595 1 595
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BA93JQ C 1
AF RR3BA93TF U 1
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DS 

RD RR3BA93TF 557 0 0
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ATGTTATTTTCTTGACC

QA 1 557 1 557
DS 



AS 1 2

CO CL8305Contig1 714 2 2 U
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BQ
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AF RR3BL38JQ C 1
AF RR3BL38TF U 1
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QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL8306Contig1 777 2 2 U
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BQ
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AF RR3AK67TF U 1
AF RR3AK67JQ C 202
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BS 768 777 RR3AK67JQ

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CTTAAACGTCAAGAGTTATGGTGAGAGTCTTTCTTCTCTACAATCTCTTAAACTCATTTC
TTCTCTGTTTGGTTCCCAAGAAGCTTAGAGTTCTATTCCCTCCTTCTTGGTACACCGACG
ACAAGATCCCACCACCGTCTGAATCGGATTGTTCTCTGAGAACAGACCCGGTGGATCTTA
AACGAGTGTTTCAGATGTTTGACAAGAACGGAGACGGCCGCATCACAAAGGAAGAGCTAA
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AAAAGATGGACGCAAATGGAGATGGATGTGTAGACATCAACGAGTTTGAGTCTCTTTACG
GTTCGATCGTCCAAGAGAAAGAGGAAGAGGATATGAGAGATGCGTTCAATGTGTTTGATC
AAAACGGTGATGGGTTTATCAGCGTTGAGGAGTTAAAGTCTGTGATGGCTTCCTTGGGAC
TCAAGCAAGGTAAAACTCTAAAGTGTTGTAAAGAGATGATTACTCAAGTGGATGAAGATG
GTGATGGTAGAGTCAATTACAATGAGTTTCTTCAGATGATGAAGTCTGGTGGGTTTAGCA
ATAGATCATAATCAGATTAAGCTGATTTGATCCCTTTTTACTTTGTAAATAGTTTCTTTT
TATGCTTTGTTTAATCTTGAGCTGAATTGTTTAAACAACACTCTGTT

QA 1 767 1 767
DS 

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GAATTTTCATGCCAGACAAAGATTTGATCCAGATGATCCAAAAGATGGACGCAAATGGAG
ATGGATGTGTAGACATCAACGAGTTTGAGTCTCTTTACGGTTCGATCGTCCAAGAGAAAG
AGGAAGAGGATATGAGAGATGCGTTCAATGTGTTTGATCAAAACGGTGATGGGTTTATCA
GCGTTGAGGAGTTAAAGTCTGTGATGGCTTCCTTGGGACTCAAGCAAGGTAAAACTCTAA
AGTGTTGTAAAGAGATGATTACTCAAGTGGATGAAGATGGTGATGGTAGAGTCAATTACA
ATGAGTTTCTTCAGATGATGAAGTCTGGTGGGTTTAGCAATAGATCATAATCAGATTAAG
CTGATTTGATCCCTTTTTACTTTGTAAATAGTTTCTTTTTATGCTTTGTTTAATCTTGAG
CTGAATTGTTTAAACAACACTCTGTTTTTTTCCTAG

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

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TACTTCCAAGCCAGAGAAGAATGCTTGCTCGTCTACGATTACTTCCCCAATGGAAGTCTC
TTCTCTCTTATCCATGGAAGTAGAGTTTATGGGAGTGGGAAGCCTCTTCACTGGACATCA
TGTCTGAAAATAGCTGAGGATTTGGCGATGGGTCTTGTCTACATTCACCAGAATCCAAAC
TTAGCTCATGGCAACTTAAAATCATCCAATGTTTTGTTAGGTCCTGACTTCGAGTCCTGC
CTCACGGACTACGGTCTGAGAGATCTCCGTGATCCTCCAGACTCAGTTGAAGACACAAGC
GCTGCCTCTCTCTTCTATAAAGCTCCTGAGTGCAGAGACTCACGCCGCAAGGCGTCGACA
CAACCCTCTGACGTCTACAGCTTTGGGGTCCTCCTTGTAGAGCTTCTAACAGGTAAAACT
TCGTTCCATGAACACGGGTCTGATATCTCCAGATGGGTGCGTGCGGTGAGAGAGGCAGAG
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GCGACGAGTTGTGTGGCTATTCAGCCTGAAAAGCGGCCTGTGATGAGAGAGGTGTTGAAG
ATGGTGAAGGATGCAAGAGCGGAGGCAGCAGTGTTGTCATCTTACAGCAGTGATCATTCA
CCAGGGAGATGGTCAGATACAGTTCAGAGTTTGCCAAGGGAGGATCATATGAGCATATGA
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ACCTATCAGAAGAAATGGAAGTATATGTATATTGGATTT


BQ
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AF RR3F775TF U 1
AF RR3F775JQ C 303
BS 1 669 RR3F775TF
BS 670 670 RR3F775JQ
BS 671 684 RR3F775TF
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CCAGGGAGATGGTCAGATACAGT

QA 1 743 1 743
DS 

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CTATCAGAAGAAATGGAAGTATATGTATATTGGATTT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL8308Contig1 889 2 2 U
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TGTTTTGTTTAATGTTCCAATGAAAAATCATAAAGATTGCAACTTCTCTTATGCTGGTTT
GAAGACACAAGTGAGGCTAGCCATTGCAGCCAGAGAAATTGATGTTAAATGTCCTGTTTC
TTCTGCAACAAAGAAAGACAGAAGAAACAGAGCTGATATTGCTGCTTCTTTCCAGCGAGT
GGCTGTCTTGCATCTGGAGGAAAAGTGTGGGCGAGCAATAGACTGGGCAATGAAACTCGA
GCCTTCTATAAAACATATGGTAGTCTCTGGTGGTGTTGCTTCAAACCAGTATGTACGGTT
TCGACTCAACAACATTGTCGAAAACAAGAAGAACCTGAAACTTGTTTGCCCTCCTCCTAG
CCTTTGCACAGACAATGGAGTGATGGTGGCTTGGACTGGTCTCGAGCATTTTCGTGTAGG
AAGATTCGATCCACCTCCACCTGCAGTTGAACCTGACGATTTCATGTATGATATTCGACC
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CGCACGGGTTCATCCCTCTCTTACTTCAATCATCCGAGGAGCAGACTCTCTTCAACAACA
AACAAACACAAATATATAAACATTTATTTTTCGGGTTAATTATTTAAATCAATTTCAGTA
AAACCAATGAATGGGGTTTATCTATTAAATAATAATAATCTTTCTCTGC


BQ
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AF RR3AL51TF U 1
AF RR3AL51JQ C 238
BS 1 803 RR3AL51TF
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RD RR3AL51TF 803 0 0
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TATGCGCAGAAGTGGCGGACCAGCTGTTGAAGAACTTGCTCTTGAGGGTGATTCTAGATC
TGTTTTGTTTAATGTTCCAATGAAAAATCATAAAGATTGCAACTTCTCTTATGCTGGTTT
GAAGACACAAGTGAGGCTAGCCATTGCAGCCAGAGAAATTGATGTTAAATGTCCTGTTTC
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GGCTGTCTTGCATCTGGAGGAAAAGTGTGGGCGAGCAATAGACTGGGCAATGAAACTCGA
GCCTTCTATAAAACATATGGTAGTCTCTGGTGGTGTTGCTTCAAACCAGTATGTACGGTT
TCGACTCAACAACATTGTCGAAAACAAGAAGAACCTGAAACTTGTTTGCCCTCCTCCTAG
CCTTTGCACAGACAATGGAGTGATGGTGGCTTGGACTGGTCTCGAGCATTTTCGTGTAGG
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AAAGTGGCCTCTTGGAGAGGAGTACGCACAAAGAAGAAGCGAAGCTCGTTCTTTGAGAAC
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AACAAACACAAATATATAAACAT

QA 1 803 1 803
DS 

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TTCTTCTGCAACAAAGAAAGACAGAAGAAACAGAGCTGATATTGCTGCTTCTTTCCAGCG
AGTGGCTGTCTTGCATCTGGAGGAAAAGTGTGGGCGAGCAATAGACTGGGCAATGAAACT
CGAGCCTTCTATAAAACATATGGTAGTCTCTGGTGGTGTTGCTTCAAACCAGTATGTACG
GTTTCGACTCAACAACATTGTCGAAAACAAGAAGAACCTGAAACTTGTTTGCCCTCCTCC
TAGCCTTTGCACAGACAATGGAGTGATGGTGGCTTGGACTGGTCTCGAGCATTTTCGTGT
AGGAAGATTCGATCCACCTCCACCTGCAGTTGAACCTGACGATTTCATGTATGATATTCG
ACCAAGGTGGCCTCTTGGAGAGGAGTACGCACAAGGAAGAAGCGAAGCTCGTTCTTTGAG
AACCGCACGGGTTCATCCCTCTCTTACTTCAATCATCCGAGGAGCAGACTCTCTTCAACA
ACAAACAAACACAAATATATAAACATTTATTTTTCGGGTTAATTATTTAAATCAATTTCA
GTAAAACCAATGAATGGGGTTTATCTATTAAATAATAATAATCTTTCTCTGC

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

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GGATCCCACTTTTATGTGGCC


BQ
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AF RR3BV40TF U 1
AF RR3BV40JQ C 1
BS 1 713 RR3BV40TF
BS 714 741 RR3BV40JQ

RD RR3BV40TF 713 0 0
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TATCGGTGACAGAGTGCTGGTCCTAATGACATACCGATGAGACGCTGGGGTGG

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3BV40JQ 741 0 0
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GAAGCGATAGAGTATGATGTGGTCGAAGTAGTTGAAGGGTATACTGAGGAGTATGGTGTT
TCAGTGGTTCCTCTGATGAAAGTTGCTGGTTTCAAATCAGTTTTTCACCATCATTTGGAT
CCCAAAGATGTCAGAAGGATCTCGAGGGATGAGTTATCAAGATTCTCTCATCGGATACCA
TCTTACTTGCTCACAGGTAGAGAAGCGCCCGGTGCACCCAGAGGTTGCGTACAACTCGAC
CCAGCAGCAACACCATCACATCTTCTTCAAGTTATAGATATGTGATTGTAAGACTTATTG
TATCCTTTGGTAATGTAGTTTACCTATATCAACGAACCGTATGATGTTTTGTTTCTAATT
TATCGGTGACAGAGTGCTGGTCCTAATGACATACCGATGAGACGCTGGGGTGGGAATGTG
GGATCCCACTTTTATGTGGCC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CAGTATATTATAGTGTCTAGGCTCTTCGAAACACTACTTAGCTTTTGAGGAACTTCTTCT
ATCAGTTTGGTTCGGTTTTAAGTTTGTAATATGTTAAACGTGTGGTTTGTTATAAAGTCA
CCAAAATTCTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX53TF U 1
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BS 652 653 RR3EX53JQ
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BS 740 748 RR3EX53TF
BS 749 792 RR3EX53JQ

RD RR3EX53TF 749 0 0
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TCCGAGTCCAGGTGAAACTGGAGCGGCGGCGGAGACGGATCCGGCAAGGGAATGCGAGGG
AAAAGGAGCTTGTGAATTCAAACAGACTCGTTTCGCTGATACAATCATGCCTCATATCCT
CAACTTGTACGGGTCATGTGCAAAAGCAAACGATTTTGACATGTACGCGCCAAATGCTTC
GTTTGAGGACCCTTTAACACATGCTCAAGGGGTTAAGCAAATCAAATCAGCATTTTACTC
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TGCCCCGGGGAGAAAAGAGATACTAATAGACAACAAACAACGCTACAAGATCATGGGAAA
GGACATAGATATGATCTCTCTCATCAAACTCTCTGTCGAAAATGGGAAGATCGTCCGACA
CGAAGACTGGTGGGACAAGAAACCTCTGAGGAACAGAGACACGGTTAGCTTCCCATTAGT
CGGTCGGTTTATGGAGATGGGTCGAAGAGGCATGATGCTAGCTACTCATGCCATGATGGG
TTTTGGTAAAGATCCTGACTCACACTGAATAAAGATGAATCATGGGTTCAG**AAAAAAA
CAGTATATTATAGTGTCTAG*CTCTTCGAAACACTACTTAGCTTT*GAGGA*CTTCT*CT
ATCAGTTTGGTTCGGTTT*AAGTTTGTA
T

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3EX53JQ 633 0 0
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CATGTACGCGCCAAATGCTTCGTTTGAGGACCCTTTAACACATGCTCAAGGGGTTAAGCA
AATCAAATCAGCATTTTACTCACTCTCTAAGTTTTTTGGTGAGTCGAAGATTGTTGAATA
CCACGTTCAAGAAAGTGATATTGCCCCGGGGAGAAAAGAGATACTAATAGACAACAAACA
ACGCTACAAGATCATGGGAAAGGACATAGATATGATCTCTCTCATCAAACTCTCTGTCGA
AAATGGGAAGATCGTCCGACACGAAGACTGGTGGGACAAGAAACCTCTGAGGAACAGAGA
CACGGTTAGCTTCCCATTAGTCGGTCGGTTTATGGAGATGGGTCGAAGAGGCATGATGCT
AGCTACTCATGCCATGATGGGTTTTGGTAAAGATCCTGACTCACACTGAATAAAGATGAA
TCATGGGTTCAGGAAAAAAAACAGTATATTATAGTGTCTAGGCTCTTCGAAACACTACTT
AGCTTTTGAGGAACTTCTTCTATCAGTTTGGTTCGGTTTTAAGTTTGTAATATGTTAAAC
GTGTGGTTTGTTATAAAGTCACCAAAATTCTCC

QA 1 633 1 633
DS 



AS 1 2

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CGGTCGTCTTCTTACCTACGAAGGATCTGTGACTCCGAAATCTTAAATCCATGGTGAAAA
TCGAAGTTCTACGACATATATTTGCGAAAGACAACCTCGTAATCAAGTTCAGATCCTAAC
ATGCAGCTGAAGAGTTTCTTATATCTGCTCTATTTTGAAAGAAATCGGAAGGACATCGTC
CTAATTTTTACTGAGAGACTTTAAGAGATGCGAAGGTTCGAACAAAGAGGGGAAAGAAAC
ACTTACTGAAGACAATCGAGAGAAGAGCTTCCTTTGCTTCCACATTTTCATCGATTGAAG
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ACAGCAGCAGCAAACAGGGAGACCTTACATCAAATCCATGAAACAGAGGATTGAAGGAGC
AGAGAAGAAACAGAGACAGATGATGTCTTTCTTGGCTATAGCGATGCAGAGTCATTCTCT
GTATCAGTTTCTCAAGCAGAGAGATATGAGACTTAAGGATCTTGAGGCGGAGGAAGAAGA
GAGAGGAAGAGGTTCTCCCGTGTCCGAACTGGAAGCTCTTGCTTTGGAGATGCAAGGCTA
TGGAAAAAGAGGAATGTGAAAGAAGAAAAGGATAAGTTGATCTGCATGATGATGACGACA
TTCCAAGTCGAACCAAAAGGACAGGAGGAGAAGGCCAATCAGACGTGCAGTTAAAGATTT
AGAGACAAAACTTTATTCAACTGAAGGGCATGTGACAGAGACATAACGACAAAGCAATAA
GAACCCAAGTTGAAGTTGCAGAACCTCTGTCCAAACTTGGTCTCGAGTTCACAATCTTTG
GCATATACGATCTTCTTCTCAGGGTGTTACCGGATATCCAGACAAACAAAACATCTTCAA
AATAAAAAAGGGTTCATTTATCTAAAGT


BQ
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AF RR3EV03TF U 1
AF RR3EV03JQ C 367
BS 1 654 RR3EV03TF
BS 655 988 RR3EV03JQ

RD RR3EV03TF 654 0 0
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ATGCAGCTGAAGAGTTTCTTATATCTGCTCTATTTTGAAAGAAATCGGAAGGACATCGTC
CTAATTTTTACTGAGAGACTTTAAGAGATGCGAAGGTTCGAACAAAGAGGGGAAAGAAAC
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ACAGCAGCAGCAAACAGGGAGACCTTACATCAAATCCATGAAACAGAGGATTGAAGGAGC
AGAGAAGAAACAGAGACAGATGATGTCTTTCTTGGCTATAGCGATGCAGAGTCATTCTCT
GTATCAGTTTCTCAAGCAGAGAGATATGAGACTTAAGGATCTTGAGGCGGAGGAAGAAGA
GAGAGGAAGAGGTTCTCCCGTGTCCGAACTGGAAGCTCTTGCTTTGGAGATGCA

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DS 

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AAGAGGAATGTGAAAGAAGAAAAGGATAAGTTGATCTGCATGATGATGACGACATTCCAA
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AAAACTTTATTCAACTGAAGGGCATGTGACAGAGACATAACGACAAAGCAATAAGAACCC
AAGTTGAAGTTGCAGAACCTCTGTCCAAACTTGGTCTCGAGTTCACAATCTTTGGCATAT
ACGATCTTCTTCTCAGGGTGTTACCGGATATCCAGACAAACAAAACATCTTCAAAATAAA
AAAGGGTTCATTTATCTAAAGT

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

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GGCGCAAGTGGAGGTTCATGAAAGCAAAGAAAAAATATCTAATCGAAAAGGCTAAAACGG
GAGTGTAGAGGAATGGCTATCCAAATGGCAAACACGGGATTGTGCGACCTTAAAGAGACG
TCCCTCTGTGATTCGAGTCTAGTGACCACGACTCATCTTAACTTTCGGCATTGACTTCTT
CATCTGGCGTGCACGTTCCTTTGCCCCTTTCTTCCTCAGAGCCTCACCGCTAAGCTTTGC
CTCCGCCTCCTCCAGTAACCTCTTCTTCTCTGCTTTCTTTCTCTGCAATGCCTCTTGCCT
CACACTCTCAAGTTCCTTGTACGCTTACTGCGCCACCTTTTGCCTAGCTCCGTCAGTTTT
GTTCCGTGCCTGGGAGCTGAGCTTGTAGCGTCCAATTAAGTCAATGTAATACGGAATTAG
CGCTATCAACCGGACCCATATCATCCATGTGCTTAGCATCAGGTAAGGCAAACTTGAAAA
GTAGCATCTTCCTGTGTTTGCCAGGATGTTGGTCCGAAAAATGCATTGAGATGAAATACT
TGCCAAACTTTTCGAAGGATTTGTCACCAAAAACCTGATCAAGAACAACATCAGTGATCA
TATCCCCAGCCACCTCCTTAGACTCAGACACAACAGCCAACTCCCC


BQ
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AF RR3GO53TF C 1
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QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CB48JQ C 1
AF RR3CB48TF U 1
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DS 

RD RR3CB48TF 562 0 0
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TATCATTTTAGTAGAATTGTAATCATAGAGGTTTTGAGAATTCGTTCTTGAGATCTAGTA
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GTCTAAGATTTATATCCACATTATATATTTATGTTGAATATAAATTTTCATTATTAAATG
TAAGTAACAAACAATTGGGAGC

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

CO CL8315Contig1 986 2 4 U
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TATTTGAACTATCATCTTGTTATGGC


BQ
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AF RR3GC38TF U 1
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TCTGAAAGTTGGTCTCAAAGGACAAGATCCAATCATCGATGGGGAGTTCTTCAATGCTGT
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CGTT

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3GC38JQ 768 0 0
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GAGAAGAAGAAGAAGGAGAAGGAAACCGTGAATCCCATGGAGGTGGAGAAGCCAAAGAAG
GAAAGCTTGAAGACCACGGAACCCATGGAGGTGGATAAGCCTAAGGAGGAAGAGAAACCA
GGTCCCATTGTTCCTAACAAAGGCAATGGACTTGATTTTGAGAAGTACTCATGGACACAG
AATCTCCAGGAGGTCACCGTCACCATCCAGTGCCTAGCGGCACTAAATCACGCTCTGTCA
CCTGTGAAATCAAGAAGAACCGTCTGAAAGTTGGTCTCAAAGGACAAGATCCAATCATCG
ATGGGGAGTTCTTCAATGCTGTCAAGCCTGACGACTGCTTCTGGAACATTGAGGATCAAA
AGGTCATATCAGTGCTCTTGACAAAGCAGGACCAGATGCAGTGGTGGAAGTACTGTGTGA
AGGGTGAGCCTGAGATTGACACTCAGAAAGTTGAACCAGAGAGCAGCAAACTGTCTGATT
TGGACCCGGAAACTCGAAGTAGCGTTGAGAAGATGATGTTTGATCAGAGGCAGAAGCAGA
TGGGACCTCCAACGAGTGATGAGATAGAGAAGCAAGATATGATGAAGAAGTTTATGTCTC
AGCATCCTGAGATGAACTTCTCTAATGCAAAGTTTAACTGATCTTTTTCTTGTTCTCTCT
TCTTGTCTTTAAGCCAAATTTGTATTTGAACTATCATCTTGTTATGGC

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL8316Contig1 1042 2 2 U
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GCCTCCTCTTTGTAACTCTGACAGTGACCCTGATGCTGTCTATGGTGTCAACATGGAAGC
TTGCATTACTCACTACAGTGAACATGACCACAAAACCAAGGGAAGTGGATTGTCTCCATG
GCCAGCTAGATTAACCTCTCCTCCACCTAGGCTTGCTGATTTTGGATATTCCACTGACAT
GTTTGAGAAGGATACGGAAACTTGGAAGCATAGGGTAGATGCATACTGGGATCTCTTGAG
TCCTGCAATTCAATCAGACACTGTGAGGAACATAATGGACATGAAAGCAAGCATGGGTTC
CTTTGCTGCCGCTCTGAATGACAAAGACGTTTGGGTTATGAATGTTGTTCCTGAAGACGG
ACCTAACACGCTTAAACTAATATACGACAGAGGCCTGATGGGTGCTGTTCATAGCTGGTG
TGAAGCGTTCTCAACGTACCCTAGGACATATGATTTACTCCATGCTTGGGACATCATTTC
CGATATCAAGAAGAGAGGTTGCAGCGCAGAGGATTTGCTGTTGGAGATGGATCGTATACT
TCGCCCGAGCGGCTTCATACTCATAAAGGGACAAACAGTCCGTAGTTGATCTTGTCAAGA
AGTATCTCAAGGCTTTGCATTGGGAAGCAGTTGATACCAAGGCAACCTCCGATTCGGACC
AAGACTCGGACAATGTCATACTCATTGTCCAGAAGAAGCTCTGGTTGACAAGTGAAAGCC
TCAGAGACCTGGAGTGATGATCATGATTAAAACGAGGACAAAAACAAGATTCACAGAAGA
TTTTGAGATCATCTAATCAAAGCATACAATGAAGAAACATTCGTTTTATAGCGGCATTTA
AACGTTTTTTTTCTTTTTCTGTTTAATGTTTTCTTTCTTTTACATATTCATATATGTTCT
TTTGTATGGTTCAGTAGAGAGGACTCAGTTTCCTATCAACTACAACTTTTTTTGGATGCA
ATTAGATGTAAAACATTCAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F753TF U 1
AF RR3F753JQ C 211
BS 1 686 RR3F753TF
BS 687 1042 RR3F753JQ

RD RR3F753TF 686 0 0
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GCCTCCTCTTTGTAACTCTGACAGTGACCCTGATGCTGTCTATGGTGTCAACATGGAAGC
TTGCATTACTCACTACAGTGAACATGACCACAAAACCAAGGGAAGTGGATTGTCTCCATG
GCCAGCTAGATTAACCTCTCCTCCACCTAGGCTTGCTGATTTTGGATATTCCACTGACAT
GTTTGAGAAGGATACGGAAACTTGGAAGCATAGGGTAGATGCATACTGGGATCTCTTGAG
TCCTGCAATTCAATCAGACACTGTGAGGAACATAATGGACATGAAAGCAAGCATGGGTTC
CTTTGCTGCCGCTCTGAATGACAAAGACGTTTGGGTTATGAATGTTGTTCCTGAAGACGG
ACCTAACACGCTTAAACTAATATACGACAGAGGCCTGATGGGTGCTGTTCATAGCTGGTG
TGAAGCGTTCTCAACGTACCCTAGGACATATGATTTACTCCATGCTTGGGACATCATTTC
CGATATCAAGAAGAGAGGTTGCAGCGCAGAGGATTTGCTGTTGGAGATGGATCGTATACT
TCGCCCGAGCGGCTTCATACTCATAAAGGGACAAACAGTCCGTAGTTGATCTTGTCAAGA
AGTATCTCAAGGCTTTGCATTGGGAA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3F753JQ 832 0 0
GCTTGCTGATTT*GGATATTCCACTGACATGTTTGAGAAGGATACGGAAACTTGGAAGCA
TAGGGTAGATGCATACTGGGATCTCTTGAGTCCTGCAATTCAATCAGACACTGTGAGGAA
CATAATGGACATGAAAGCAAGCATGGGTTCCTTTGCTGCCGCTCTGAATGACAAAGACGT
TTGGGTTATGAATGTTGTTCCTGAAGACGGACCTAACACGCTTAAACTAATATACGACAG
AGGCCTGATGGGTGCTGTTCATAGCTGGTGTGAAGCGTTCTCAACGTACCCTAGGACATA
TGATTTACTCCATGCTTGGGACATCATTTCCGATATCAAGAAGAGAGGTTGCAGCGCAGA
GGATTTGCTGTTGGAGATGGATCGTATACTTCGCCCGAGCGGCTTCATACTCATAA*GGG
ACAAACAGTCCGTAGTTGATCTTGTCAAGAAGTATCTCAAGGCTTTGCATTGGGAAGCAG
TTGATACCAAGGCAACCTCCGATTCGGACCAAGACTCGGACAATGTCATACTCATTGTCC
AGAAGAAGCTCTGGTTGACAAGTGAAAGCCTCAGAGACCTGGAGTGATGATCATGATTAA
AACGAGGACAAAAACAAGATTCACAGAAGATTTTGAGATCATCTAATCAAAGCATACAAT
GAAGAAACATTCGTTTTATAGCGGCATTTAAACGTTTTTTTTCTTTTTCTGTTTAATGTT
TTCTTTCTTTTACATATTCATATATGTTCTTTTGTATGGTTCAGTAGAGAGGACTCAGTT
TCCTATCAACTACAACTTTTTTTGGATGCAATTAGATGTAAAACATTCAATC

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL8317Contig1 856 2 4 U
GGCTCCTTCACTCCATCATCACTTTCCTCTTTGACATTTCCCGTAAACACTTTCGTAGAC
CACTCTAAAACTCACCTGAACTCTAATGGCAAGACCACAACAACGGTTCCGAGGCGTGAG
GCAGAGACATTGGGGCTCTTGGGTCTCTGAAATCCGCCACCCTCTGTTAAAAACAAGAAT
CTGGCTCGGGACTTTTGAGACTGCGGAAGATGCGGCAAGAGCCTACGACTAGGCGGCTAG
GCTAATGTGTGGCAATAGAGCTCGTACCAACTTCCCTTACAACCCAAACGCCATTCCTTC
TCCCTCTTCTACGCTACTCTCCGCCACTCTCACCGCTAAACTCCACAAGTGCTACATGGC
TTCTCTTCAGCTGACCAAACAAACGCAAACGCAGACTCAAACACAGATGCAGAACGCGAG
ATATGAAGGGGGCATGAATATGACGTCTGACGGTAACGAGTATAACAGGGGAGGAGGAGT
AACGGAGATCAAGTGGGAAGATGCGGATATGCAACATAATTTAAGGCCGTTAGAGGAAGA
TGATATCGAGCAAATGATCGAAGAGCTGCTTCACTACGGTTCCATTGAGCTCCGCTCTGT
TTTACCTACTCAGTCGCTATGAGAAACGGCCCGTCCCTGTCGTTTTTAAGCATTATTTTT
TAATTTTATATTTAGTTATATTTTCCTTCAACCAATCGGCGTCGTTATGAGATTAGTAGT
GAGGTAAAAGGCTAATTCCAAGACATTTGATCTGAATTGGCCTCTTTTGAAACACTCATT
CTAGTTTCTACAAGAGCAATCGATCATATGCTATGTAATGTATAGTATTTTTATGATATT
AAAACATGTTATAATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H064TF U 1
AF RR3H064JQ C 165
BS 1 690 RR3H064TF
BS 691 691 RR3H064JQ
BS 692 725 RR3H064TF
BS 726 856 RR3H064JQ

RD RR3H064TF 725 0 0
GGCTCCTTCACTCCATCATCACTTTCCTCTTTGACATTTCCCGTAAACACTTTCGTAGAC
CACTCTAAAACTCACCTGAACTCTAATGGCAAGACCACAACAACGGTTCCGAGGCGTGAG
GCAGAGACATTGGGGCTCTTGGGTCTCTGAAATCCGCCACCCTCTGTTAAAAACAAGAAT
CTGGCTCGGGACTTTTGAGACTGCGGAAGATGCGGCAAGAGCCTACGACTAGGCGGCTAG
GCTAATGTGTGGCAATAGAGCTCGTACCAACTTCCCTTACAACCCAAACGCCATTCCTTC
TCCCTCTTCTACGCTACTCTCCGCCACTCTCACCGCTAAACTCCACAAGTGCTACATGGC
TTCTCTTCAGCTGACCAAACAAACGCAAACGCAGACTCAAACACAGATGCAGAACGCGAG
ATATGAAGGGGGCATGAATATGACGTCTGACGGTAACGAGTATAACAGGGGAGGAGGAGT
AACGGAGATCAAGTGGGAAGATGCGGATATGCAACATAATTTAAGGCCGTTAGAGGAAGA
TGATATCGAGCAAATGATCGAAGAGCTGCTTCACTACGGTTCCATTGAGCTCCGCTCTGT
TTTACCTACTCAGTCGCTATGAGAAACGGCCCGTCCCTGTCGTTTTTAAGCATTATTTTT
TAATTTTATATTTAGTTATATTTTCCTTCA*CCAATCGGCGTCGTTATGAGATTAGTAGT
GAGGT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3H064JQ 692 0 0
TGTTAAAAACAAGAATCTGGCTCGGGACTTTTGAGACTGCGGAAGATGCGGCAAGAGCCT
ACGACTAGGCGGCTAGGCTAATGTGTGGCAATAGAGCTCGTACCAACTTCCCTTACAACC
CAAACGCCATTCCTTCTCCCTCTTCTACGCTACTCTCCGCCACTCTCACCGCTAAACTCC
ACAAGTGCTACATGGCTTCTCTTCAGCTGACCAAACAAACGCAAACGCAGACTCAAACAC
AGATGCAGAACGCGAGATATGAAGGGGGCATGAATATGACGTCTGACGGTAACGAGTATA
ACAGGGGAGGAGGAGTAACGGAGATCAAGTGGGAAGATGCGGATATGCAACATAATTTAA
GGCCGTTAGAGGAAGATGATATCGAGCAAATGATCGAAGAGCTGCTTCACTACGGTTCCA
TTGAGCTCCGCTCTGTTTTACCTACTCAGTCGCTATGAGAAACGGCCCGTCCCTGTCGTT
TTTAAGCATTATTTTTTAATTTTATATTTAGTTATATTTTCCTTCAACCAATCGGCGTCG
TTATGAGATTAGTAGTGAGGTAAAAGGCTAATTCCAAGACATTTGATCTGAATTGGCCTC
TTTTGAAACACTCATTCTAGTTTCTACAAGAGCAATCGATCATATGCTATGTAATGTATA
GTATTTTTATGATATTAAAACATGTTATAATC

QA 1 692 1 692
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8319Contig1 836 2 2 U
AAAGGACACCATATTCATTGATCTAAGTGAAAGTATAGTAAAACACAAAAGGAATAGATA
AAAAAGTTACAGGCAATAGTAGTAGTATATTACACCCACTCCTTTCTAATCTAAAGAGAA
CAATTCACTTACCAAAAAGGGAGAAACTAAGAAGAAGAAACATAAGCCCCTCACTGAAGA
ATATATATATGCTCCAAACTTCCTCCATCTTAATTTCCCTCTACTGAGTTTATATAATAT
ATGTAAACCCCATAAGAAGCTTTCTTCTACATCGGATGTCTTTCCTCCTTTTAGATGTAT
CATCTAATCGCACTTGATGTTTCTATAAATTCTCCTTACAAACAGATTTGAGCCCAGGAA
TCCAACAGCTCCGCAAAGGATTCCAAGGCCAAGGCAGAACATCATGGTGTATCCAAAGTA
GAAGCTTGTCTGGAAGAATCCGGACATCTTGGTCTTTACGTAGTAGTAATAGATGGAGTA
TAAGTAGACATAGACAGCCGTTGAAGCAGCTGAGCAAAACGAAGTCCATTGCCAGTGATA
GTTCTCTGCATTCAGCAGGAAATATGTTCCCACGATTGTCACACAGACCGTCACTATGAC
CAAAATCACAAATACCAGCAGCATGAATCCATACACATAGTACACCTTGTAATTCCAGAA
GGATGTGAAGACAAAGTACATCTCGATGAAGATGCTTCCGAATGGTAGCAAACCTCCCAT
CAGGGAGACAACTGATGGAGTTAAGTACCATTTCTTCTCAGGAATTGGACGTGGAATGGT
CTTCACACGGCATGGATTGTTAGGAGCACCGCTCCAGTTTCTTCCAACGACTGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK37JQ U 1
AF RR3DU60TF C 138
BS 1 693 RR3EK37JQ
BS 694 836 RR3DU60TF

RD RR3EK37JQ 693 0 0
AAAGGACACCATATTCATTGATCTAAGTGAAAGTATAGTAAAACACAAAAGGAATAGATA
AAAAAGTTACAGGCAATAGTAGTAGTATATTACACCCACTCCTTTCTAATCTAAAGAGAA
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ATATATATATGCTCCAAACTTCCTCCATCTTAATTTCCCTCTACTGAGTTTATATAATAT
ATGTAAACCCCATAAGAAGCTTTCTTCTACATCGGATGTCTTTCCTCCTTTTAGATGTAT
CATCTAATCGCACTTGATGTTTCTATAAATTCTCCTTACAAACAGATTTGAGCCCAGGAA
TCCAACAGCTCCGCAAAGGATTCCAAGGCCAAGGCAGAACATCATGGTGTATCCAAAGTA
GAAGCTTGTCTGGAAGAATCCGGACATCTTGGTCTTTACGTAGTAGTAATAGATGGAGTA
TAAGTAGACATAGACAGCCGTTGAAGCAGCTGAGCAAAACGAAGTCCATTGCCAGTGATA
GTTCTCTGCATTCAGCAGGAAATATGTTCCCACGATTGTCACACAGACCGTCACTATGAC
CAAAATCACAAATACCAGCAGCATGAATCCATACACATAGTACACCTTGTAATTCCAGAA
GGATGTGAAGACAAAGTACATCTCGATGAAGAT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3DU60TF 699 0 0
AGGGAGAAACTAAGAAGAAGAAACATAAGCCCCTCACTGAAGAATATATATATGCTCCAA
ACTTCCTCCATCTTAATTTCCCTCTACTGAGTTTATATAATATATGTAAACCCCATAAGA
AGCTTTCTTCTACATCGGATGTCTTTCCTCCTTTTAGATGTATCATCTAATCGCACTTGA
TGTTTCTATAAATTCTCCTTACAAACAGATTTGAGCCCAGGAATCCAACAGCTCCGCAAA
GGATTCCAAGGCCAAGGCAGAACATCATGGTGTATCCAAAGTAGAAGCTTGTCTGGAAGA
ATCCGGACATCTTGGTCTTTACGTAGTAGTAATAGATGGAGTATAAGTAGACATAGACAG
CCGTTGAAGCAGCTGAGCAAAACGAAGTCCATTGCCAGTGATAGTTCTCTGCATTCAGCA
GGAAATATGTTCCCACGATTGTCACACAGACCGTCACTATGACCAAAATCACAAATACCA
GCAGCATGAATCCATACACATAGTACACCTTGTAATTCCAGAAGGATGTGAAGACAAAGT
ACATCTCGATGAAGATGCTTCCGAATGGTAGCAAACCTCCCATCAGGGAGACAACTGATG
GAGTTAAGTACCATTTCTTCTCAGGAATTGGACGTGGAATGGTCTTCACACGGCATGGAT
TGTTAGGAGCACCGCTCCAGTTTCTTCCAACGACTGTCC

QA 1 699 1 699
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8321Contig1 794 2 2 U
GTACATGAAGCCTCTGCTTGACTTCTTTGATCAGATTGGCTCTCCCTTTTGTTTGAACGC
TTACCCTTTCCTGGCCTACACTTATAATCCCACTCAGATCGATATCAACTATGCGCTTTT
CAAGCCAACCGAAGGGATCTACGACGCGAAAACCAATCTGCGGTATGATAACATGCTTGA
TGCTCAGATTGATGCCGCTTACATGGCGCTGGAAGATGCTGGGTTCAAGGAGATGGAGGT
CATGATTACTGAGACAGGGTGGGCTTCTAAAGGAGATTCAGATGAACCAGCTGCGACCCC
TGAGAACGCGAGGACCTATAACTATAACCTCAGGAAGAGGCTTGCGAAGAAGAAAGGGAC
ACCTCTTAGACCCAAAACTGTGCTCAAAGCATACATCTTTGCTCTGTTCAATGAAAATTC
TAAACCGGGCAAAAGTTCTGAGACCCACTTTGGACTTTTTAAGCCTGATGGAACCATATC
ATATGATATTGGATTCAACAGCCTAAAGTCAGATTCATCCTCAAAGGCAGCTTCGTGCTA
TGTGGCATCATTACTCATCTCTATCTCTGTTTTCCTCCTGATGATATAACTGCTGAAATG
GTATGAGATTTGTCGATTGGATCCTCGGGTTTTGTCATATCATTACTACTAGGAGTTGAG
AGGCTAACGAATTGCTGAGAGCACAAAATTTATTGGGAATTCTCGTACAATCGTAGCCAA
GAGATATCATATATTATATCAATCTTATTATGTATACATAAATTTGGCTCTCTGCTTAGA
TTAAAAGGATTATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BK59TF U 1
AF RR3BK59JQ C 50
BS 1 782 RR3BK59TF
BS 783 794 RR3BK59JQ

RD RR3BK59TF 782 0 0
GTACATGAAGCCTCTGCTTGACTTCTTTGATCAGATTGGCTCTCCCTTTTGTTTGAACGC
TTACCCTTTCCTGGCCTACACTTATAATCCCACTCAGATCGATATCAACTATGCGCTTTT
CAAGCCAACCGAAGGGATCTACGACGCGAAAACCAATCTGCGGTATGATAACATGCTTGA
TGCTCAGATTGATGCCGCTTACATGGCGCTGGAAGATGCTGGGTTCAAGGAGATGGAGGT
CATGATTACTGAGACAGGGTGGGCTTCTAAAGGAGATTCAGATGAACCAGCTGCGACCCC
TGAGAACGCGAGGACCTATAACTATAACCTCAGGAAGAGGCTTGCGAAGAAGAAAGGGAC
ACCTCTTAGACCCAAAACTGTGCTCAAAGCATACATCTTTGCTCTGTTCAATGAAAATTC
TAAACCGGGCAAAAGTTCTGAGACCCACTTTGGACTTTTTAAGCCTGATGGAACCATATC
ATATGATATTGGATTCAACAGCCTAAAGTCAGATTCATCCTCAAAGGCAGCTTCGTGCTA
TGTGGCATCATTACTCATCTCTATCTCTGTTTTCCTCCTGATGATATAACTGCTGAAATG
GTATGAGATTTGTCGATTGGATCCTCGGGTTTTGTCATATCATTACTACTAGGAGTTGAG
AGGCTAACGAATTGCTGAGAGCACAAAATTTATTGGGAATTCTCGTACAATCGTAGCCAA
GAGATATCATATATTATATCAATCTTATTATGTATACATAAATTTGGCTCTCTGCTTAGA
TT

QA 1 782 1 782
DS 

RD RR3BK59JQ 745 0 0
TGTTTGAACGCTTACCCTTTCCTGGCCTACACTTATAATCCCACTCAGATCGATATCAAC
TATGCGCTTTTCAAGCCAACCGAAGGGATCTACGACGCGAAAACCAATCTGCGGTATGAT
AACATGCTTGATGCTCAGATTGATGCCGCTTACATGGCGCTGGAAGATGCTGGGTTCAAG
GAGATGGAGGTCATGATTACTGAGACAGGGTGGGCTTCTAAAGGAGATTCAGATGAACCA
GCTGCGACCCCTGAGAACGCGAGGACCTATAACTATAACCTCAGGAAGAGGCTTGCGAAG
AAGAAAGGGACACCTCTTAGACCCAAAACTGTGCTCAAAGCATACATCTTTGCTCTGTTC
AATGAAAATTCTAAACCGGGCAAAAGTTCTGAGACCCACTTTGGACTTTTTAAGCCTGAT
GGAACCATATCATATGATATTGGATTCAACAGCCTAAAGTCAGATTCATCCTCAAAGGCA
GCTTCGTGCTATGTGGCATCATTACTCATCTCTATCTCTGTTTTCCTCCTGATGATATAA
CTGCTGAAATGGTATGAGATTTGTCGATTGGATCCTCGGGTTTTGTCATATCATTACTAC
TAGGAGTTGAGAGGCTAACGAATTGCTGAGAGCACAAAATTTATTGGGAATTCTCGTACA
ATCGTAGCCAAGAGATATCATATATTATATCAATCTTATTATGTATACATAAATTTGGCT
CTCTGCTTAGATTAAAAGGATTATG

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL8322Contig1 1021 2 2 U
GGATTGATTCACTTCGTCCTCTCCGCTTGCACTTCGTCCCACTTCGTCTTCTCCGCATCA
ATACCATAGAAACCGAATCACTTTTCTTCAATCAATACTCTACTTAACTTCGATCAATCA
ATATCTTCTTAATGATTTCGTTTCAGCTCCCTCTTTTCCTCATTCTTTATATATTGATCT
TCAATAACTATAATAAGGCCATTGTTGTTGTTGTTGGAAGGAAGCTTTGGTCATGGAGAG
ATGCTTCGTCTTATCCACCTCAGCCAGTTCATACTATTCTATTGCATATATATCATCAAG
AATGGTTTTGCTAAAAGGATTTGATGAGAATGGATTTGTCAGAGATGTTGTTGAAGCCGT
TGTGCCTCACATGGGTGAATCAATCACCAATGGAACCCTCACCAACTTTCTGAAGAAACC
TGGTGAAAGAGTCTAGGCTGATGATGCTATTGTACAAATTGAAACTGACAAGTTGTTTAA
CAATTACTTGCTTTCGTTCCTCTAGAAGTTTAATGTTTATAAGGTGGCAATAGATATTGC
TAGCCTTGACGAGCTTGCTGGGAAGGAGTTATTTTTTCCAAATCCGTGTTACACCCTACA
ATTTCACAGCTAATGACCTTACTTTCACGGTATCAACTCACTGAAGATCTCACTATCGAG
AACCAGCCGGAGAGTGCCACCAGAAACATAGAAGCATCATCCAGTGACCATGTTGTTGCG
AAGGAGCAAACCAAGTTTCACAGGAACCCCACATGGCATCAAGACCGTGGAGAAAACACG
CAAGTGCCCCCGCGAGTGATAAGTTTGTTTGACTCGGTGAATCAAATATAGCAATCCTCT
TAAGTCAAACTTGAACACGAAATCAGGAATCCAGTGAGAAGAGAATAGGAAATGATGTCA
ACGACCCCTGTTTCATTGGTTATTTAGTGATATGGCCAACTTCTTTTTGTTTTTTTGGTA
AAAAACATGGCCAACTTTTCAGAAGAAACATGGAGAAATAAAAACTCAGATGTTATATAG
G


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR3EI14TF U 1
AF RR3EI14JQ C 175
BS 1 644 RR3EI14TF
BS 645 1021 RR3EI14JQ

RD RR3EI14TF 644 0 0
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ATACCATAGAAACCGAATCACTTTTCTTCAATCAATACTCTACTTAACTTCGATCAATCA
ATATCTTCTTAATGATTTCGTTTCAGCTCCCTCTTTTCCTCATTCTTTATATATTGATCT
TCAATAACTATAATAAGGCCATTGTTGTTGTTGTTGGAAGGAAGCTTTGGTCATGGAGAG
ATGCTTCGTCTTATCCACCTCAGCCAGTTCATACTATTCTATTGCATATATATCATCAAG
AATGGTTTTGCTAAAAGGATTTGATGAGAATGGATTTGTCAGAGATGTTGTTGAAGCCGT
TGTGCCTCACATGGGTGAATCAATCACCAATGGAACCCTCACCAACTTTCTGAAGAAACC
TGGTGAAAGAGTCTAGGCTGATGATGCTATTGTACAAATTGAAACTGACAAGTTGTTTAA
CAATTACTTGCTTTCGTTCCTCTAGAAGTTTAATGTTTATAAGGTGGCAATAGATATTGC
TAGCCTTGACGAGCTTGCTGGGAAGGAGTTATTTTTTCCAAATCCGTGTTACACCCTACA
ATTTCACAGCTAATGACCTTACTTTCACGGTATCAACTCACTGA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3EI14JQ 847 0 0
TGATCTTCAATAACTATAATAAGGCCATTGTTGTTGTTGTTGGAAGGAAGCTTTGGTCAT
GGAGAGATGCTTCGTCTTATCCAC*TCAGCCAGTTCATACTATTCTATTGCATATATATC
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GAAACCTGGTGAAAGAGTCTAGGCTGATGATGCTATTGTACAAATTGAAACTGACAAGTT
GTTTAACAATTACTTGCTTTCGTTCCTCTAGAAGTTTAATGTTTATAAGGTGGCAATAGA
TATTGCTAGCCTTGACGAGCTTGCTGGGAAGGAGTTATTTTTTCCAAATCCGTGTTACAC
CCTACAATTTCACAGCTAATGACCTTACTTTCACGGTATCAACTCACTGAAGATCTCACT
ATCGAGAACCAGCCGGAGAGTGCCACCAGAAACATAGAAGCATCATCCAGTGACCATGTT
GTTGCGAAGGAGCAAACCAAGTTTCACAGGAACCCCACATGGCATCAAGACCGTGGAGAA
AACACGCAAGTGCCCCCGCGAGTGATAAGTTTGTTTGACTCGGTGAATCAAATATAGCAA
TCCTCTTAAGTCAAACTTGAACACGAAATCAGGAATCCAGTGAGAAGAGAATAGGAAATG
ATGTCAACGACCCCTGTTTCATTGGTTATTTAGTGATATGGCCAACTTCTTTTTGTTTTT
TTGGTAAAAAACATGGCCAACTTTTCAGAAGAAACATGGAGAAATAAAAACTCAGATGTT
ATATAGG

QA 1 847 1 847
DS 



AS 1 2

CO CL8323Contig1 1146 2 4 U
GGATCTAAGAGTTGAGATCACTAGAGTAGCTTAGAGCAGAGAAGAGTTATGGGAAAAGGA
GGAATGTCTCAGGGAGAGGGCTCAAAGGTTGAAGAAGAGAACATGGCTGCCTGGTTGGTT
GGTGTCAACACTCTCAAGATCCAACCTTTTCCTCTTCCTTCCCTTGGTCCTCATGATGTG
AGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGAATTTGTGGAAGTGATGTTCATTACCCCAAGACCATG
AGATGTGCGGATTTCATTGTGAAAGAACCGATGGTGATTGGACATGAATGTGCCGGGATC
ATTGAAGAGGTAGGTGAAGGAGTGAAACATCTAGTGGTCGGTGACCGAGTGGCTCTTGAG
CCTGGGATTAGTTGCTGGAGATGCAACCTCTGCAAGGAAGGAAGATACAATCTTTGTCCT
GAGATGAAGTTCTTTGCAACCCCACCCGGTTCATGGCTCTCTAGCTAACCAAGTGGTTCA
CCCTGCGGATCTGTGCTTTAAATTGCCTGACAATGTGAGTTTGGAGGAAGGAGCAATGTG
TGAGCCACTAAGTGTTGGTGTGCATGCTTGTCGCCGAGCTGAGGTTGGTCCTGAGACAAA
CGTGTTGGTAATGGGAGCCGGACCTATTGGACTTGTCACCATGTTGGCTGCTCGTGCCTT
TGGTGTGCCAAGGATTGTGATTGTGGATGTTGATGATAACCGTTTATCTGTAGCCAAACA
GCTAGGCGCAGATGGGATTGTTAAAGTGACAACAAGCTTAGAGGATGTTGGTTTTGAGGT
TGAACAAATTAAGAAAGCTATAGGGTCAAACATCGATGTGACATTCGATTGTGCGGGTTT
CAACAAAACCATGTCGACGGCATTAGCAGCCACTCGATGCGGCGGTAAAGTCTGCCTTGT
CGGAATGGGTCATGGTATAATGACTGTCCCTCTCACTCCTGCAGCTGCAAGGGAGGTAGA
TGTGGTGGGTGTGTTCAGGTACAAGAACACATGGCCTTTATGTCTTGAGTTCCTTACAAG
TGGTAAGATTGATGTGAAGCCACTCATAACCCACAGATTTGGTTTCTCTCAGAAGGAAGT
GGAAGATGCCTTTGAAACTAGTGCTCGTGGAAGCAATGCTATTAAAGTTATGTTCAATCT
CTGAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3AD13TF U 1
AF RR3AD13JQ C 401
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GGAATGTCTCAGGGAGAGGGCTCAAAGGTTGAAGAAGAGAACATGGCTGCCTGGTTGGTT
GGTGTCAACACTCTCAAGATCCAACCTTTTCCTCTTCCTTCCCTTGGTCCTCATGATGTG
AGAGTTAGGATGAAGGCTGTTGGAATTTGTGGAAGTGATGTTCATTACCCCAAGACCATG
AGATGTGCGGATTTCATTGTGAAAGAACCGATGGTGATTGGACATGAATGTGCCGGGATC
ATTGAAGAGGTAGGTGAAGGAGTGAAACATCTAGTGGTCGGTGACCGAGTGGCTCTTGAG
CCTGGGATTAGTTGCTGGAGATGCAACCTCTGCAAGGAAGGAAGATACAATCTTTGTCCT
GAGATGAAGTTCTTTGCAACCCCACC*GGTTCATGGCTCTCTAGCTAACCAAGTGGTTCA
CCCTGCGGATCTGTGCTTTAAATTGCCTGACAATGTGAGTTTGGAGGAAGGAGCAATGTG
TGAGCCACTAAGTGTTGGTGTGCATGCTTGTCGCCGAGCTGAGGTTGGTCCTGAGACAAA
CGTGTTGGTAATGGGAGCCGGACCTATTGGACTTGTCACCATGTTGGCTGCTCGTGCCTT
TGGTGTGCCAAGGATTGTGATTGTGGATGTTGATGATAACCGTTTATCTGTAGCCAAACA
GCTAGGCGCAGATGGGATTGTTA

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3AD13JQ 746 0 0
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CTAGCTAACCAAGTGGTTCACCCTGCGGATCTGTGCTTTAAATTGCCTGACAATGTGAGT
TTGGAGGAAGGAGCAATGTGTGAGCCACTAAGTGTTGGTGTGCATGCTTGTCGCCGAGCT
GAGGTTGGTCCTGAGACAAACGTGTTGGTAATGGGAGCCGGACCTATTGGACTTGTCACC
ATGTTGGCTGCTCGTGCCTTTGGTGTGCCAAGGATTGTGATTGTGGATGTTGATGATAAC
CGTTTATCTGTAGCCAAACAGCTAGGCGCAGATGGGATTGTTAAAGTGACAACAAGCTTA
GAGGATGTTGGTTTTGAGGTTGAACAAATTAAGAAAGCTATAGGGTCAAACATCGATGTG
ACATTCGATTGTGCGGGTTTCAACAAAACCATGTCGACGGCATTAGCAGCCACTCGATGC
GGCGGTAAAGTCTGCCTTGTCGGAATGGGTCATGGTATAATGACTGTCCCTCTCACTCCT
GCAGCTGCAAGGGAGGTAGATGTGGTGGGTGTGTTCAGGTACAAGAACACATGGCCTTTA
TGTCTTGAGTTCCTTACAAGTGGTAAGATTGATGTGAAGCCACTCATAACCCACAGATTT
GGTTTCTCTCAGAAGGAAGTGGAAGATGCCTTTGAAACTAGTGCTCGTGGAAGCAATGCT
ATTAAAGTTATGTTCAATCTCTGAAA

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

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TAGAATGAGAGAAGTTTTATCATTTTAACAACATTTCATAAATACTAAAGAAGGTGCATT
TTCACTTCACCAAAGCGAGGTTGAGCCGCCTTTGAGTGGCACCATACAAGCGGAAGAGAC
TAAAAGCGGAAATGCAAGACACGAACACCATAGCAACTGAGGCAATAGAGGCGCTAGCAA
CCACTCCAGCCCCTTGGTAGCAAAACTTGGAATACATATTACACACTTTCATCCACTGCA
GCTTTTCCTCACCTCTTATTCCAATCACACCAGACTCTGATGCAGCTGCTATAGCCGCAA
CACTCACGTAAGCCATAGCCTGGTCAACAGAAAAAATGGCCCAAGCAAGTGGCTTGCTGA
ACAAAACACTTCCTTTCATCGAGCCCGCCACGCAACGAACTGATTGTAACGATGAATAAG
CTGCAGCTATTCCATTTGGCCACCACCAAGAATACAAGAGACTTCATGTCGGTGTACGTG
GCCCTCTTCTCAACTACGAAGATACGCTTGACCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C328TF C 1
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BS 180 556 RR3C328JQ
BS 557 575 RR3C328TF

RD RR3C328TF 575 0 0
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TAAAAGCGGAAATGCAAGACACGAACACCATAGCAACTGAGGCAATAGAGGCGCTAGCAA
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CACTCACGTAAGCCATAGCCTGGTCAACAGAGAAAATGGCCCAAGCAAGTGGCTTGCTGA
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GCCCTCTTCTCAACTACGAAGATACGCTTGACCTC

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR3C328JQ 377 0 0
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ACCACTCCAGCCCCTTGGTAGCAAAACTTGGAATACATATTACACACTTTCATCCACTGC
AGCTTTTCCTCACCTCTTATTCCAATCACACCAGACTCTGATGCAGCTGCTATAGCCGCA
ACACTCACGTAAGCCATAGCCTGGTCAACAGAAAAAATGGCCCAAGCAAGTGGCTTGCTG
AACAAAACACTTCCTTTCATCGAGCCCGCCACGCAACGAACTGATTGTAACGATGAATAA
GCTGCAGCTATTCCATTTGGCCACCACCAAGAATACAAGAGACTTCATGTCGGTGTACGT
GGCCCTCTTCTCAACTA

QA 1 377 1 377
DS 



AS 1 2

CO CL8325Contig1 1093 2 2 U
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CTTGAAATACCATCCGGAATGTAGCGAACAACTTGCAATGGGTGAGACATTTGGAATAAA
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GATCAAAGTGATGGCTGATATCAACATAGACGTGGAATCCGCAGAGATAGACACAGAAGG
ACTGGTTGCGAAAGACAAATTTCATGTAAGCTACCAAGGGCAAGCACTAAACAGTTCTTT
GTCACAGGAGCTGGTCAACTGTTTGCGTTACTTCCTGAGAAGGCCTGAAACTGACATCGA
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AAACTTTCAAGTCTTCTGTTTCGAAGATGATGTGGAAGTTCCTAATACTACAACCGAACC
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CTCGTTTTTTTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB47TF U 1
AF RR3EB47JQ C 511
BS 1 613 RR3EB47TF
BS 614 1093 RR3EB47JQ

RD RR3EB47TF 613 0 0
GGGGAAGGAAAAAAAAAAGTCAGTTACAATAATGGCGCTCTCGAATACTATCTTCTCTGC
TACTCATCCTCTCCCTTCTTCCGCGAGCAGCCGGCGAACTCGTTTTCCCGCTCAAATTCC
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GACGATGAGTATGAGAAACCGTGTATATACTTCGATTAACAGCACTGATGATGCCTCAGC
TCCTTATCCGAAATCAGAAGACAACGACGATGACTCTGTTCCAATTCCAATGGTTTTTAT
AGACCAGGATGCTGACCCTGAAGCTACTATTGTACAACTCAGTTTTGGAGATCGTCTTGG
GGCTCTCATTGACACTATGAGGGCGCTGAAAGATTTGGGATTGGATGTAATAAAAGGAAC
TGTCACAACTGAAGGATCTGTTAAACAGACAAGGGTTTCTATAACGAAACTAGACACTGG
TCGGAAAGTGGAAGATCCTGACTTGTTGGAGCAAATTCGGTTAACAATCATCAACAATCT
CTTGAAATACCATCCGGAATGTAGCGAACAACTTGCAATGGGTGAGACATTTGGAATAAA
GGCTCCAGAAAAT

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3EB47JQ 583 0 0
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ACTTGCAATGGGTGAGACATTTGGAATAAAGGCTCCAGAAAATAAGGTTGATGTTGATAT
AGCGACTCATATACATGTTAAGGAAGACGGACCAAAGAGGAGCCTGCTTTGCATAGAGAC
AGCGGACAGGCCAGGTCTGGTTGTAGAGATGATCAAAGTGATGGCTGATATCAACATAGA
CGTGGAATCCGCAGAGATAGACACAGAAGGACTGGTTGCGAAAGACAAATTTCATGTAAG
CTACCAAGGGCAAGCACTAAACAGTTCTTTGTCACAGGAGCTGGTCAACTGTTTGCGTTA
CTTCCTGAGAAGGCCTGAAACTGACATCGATAGCTACTAAGTGAACTTTGTCTGTTCAAA
AATATAAACAGCTTTCTATCCTTCTTCTCGAAACTTTCAAGTCTTCTGTTTCGAAGATGA
TGTGGAAGTTCCTAATACTACAACCGAACCATTGTGGCTAAAAATAAATAAACAGATGGG
ATTTTGAGCCCTTTTGAAAATAGTAAAAAACTCGTTTTTTTTG

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

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TTCTCTCTCTGAAAAAACCCTTTTATCCAAAAACTTTTGGGAGCTTACTCAGAAAAGTTT
GCTCTTTTACTGCATTCGGACAATGGCCATTGAAGAACACGAGAACCCAAATCGAGAAAT
CAATCCTAAGAACAGAACAATCATGGTATGTCTTATACAAAGTTCCTCTCTTTTTTAGAC
TATTACATTATTGGCTCTGTTTTTTTCATTGCTATGCATAGGGACGTCAATTGGGCTGTC
CGGACGGAAGTGGACATGTCCAGATAGACTTTTTTTTTTTGGCGTTTCTGGTCTTGATGT
CCAAATAGGTCCATGTCCAAATAGTCCATGTCCAAATAGGGCCATGTCCAGTTGGACTGT
CCATGGAGTCCAGTTCGCCCACTTGATATAAAACATATACAGATTCTAAATTTTATATAT
AACAACAGATACTTAGATTAAAACTCCATGTTTTACAAAAGGTATTTAGATTTAAACTCC
ATGTTTTAGCCGAAAAAAAAAAATCCATGTTTCACAAAAGACTGAAAAGAAGAGAGAGAG
AAAGCTCGTCGGAGAAGAGAGAGAGCTCGCGTCGGAGAAGAGAGAGAGCTCATCGGAGAA
GATAGAGAGCTCGTCGGAGATGGGTTTTCGTCAGAGAGATGGAGGGCTCGAGATCGAGAG
AGATGGAGTCATAGAGAGCTCACGTCGGAAAAGAGAGAGAGCTCGTCGGAAAAGAGAGAG
AGCTCGCGTCGAAAAAGAGAGAGAGTTCGTCAGAGAAGATAGAGAGCTCGTCGGAGATGG
ATTTTCGTCAGAGAGATGGAGAGCTCGAGATCGAGAGAGATTGAGTCATGGAAAGCTTGA
GATCGAGAGATATGAGATCGAGAGATAAGAGTGACGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GJ46TF U 1
AF RR3GJ46JQ C 200
BS 1 751 RR3GJ46TF
BS 752 752 RR3GJ46JQ
BS 753 764 RR3GJ46TF
BS 765 938 RR3GJ46JQ

RD RR3GJ46TF 764 0 0
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TTCTCTCTCTGAAAAAACCCTTTTATCCAAAAACTTTTGGGAGCTTACTCAGAAAAGTTT
GCTCTTTTACTGCATTCGGACAATGGCCATTGAAGAACACGAGAACCCAAATCGAGAAAT
CAATCCTAAGAACAGAACAATCATGGTATGTCTTATACAAAGTTCCTCTCTTTTTTAGAC
TATTACATTATTGGCTCTGTTTTTTTCATTGCTATGCATAGGGACGTCAATTGGGCTGTC
CGGACGGAAGTGGACATGTCCAGATAGACTTTTTTTTTTTGGCGTTTCTGGTCTTGATGT
CCAAATAGGTCCATGTCCAAATAGTCCATGTCCAAATAGGGCCATGTCCAGTTGGACTGT
CCATGGAGTCCAGTTCGCCCACTTGATATAAAACATATACAGATTCTAAATTTTATATAT
AACAACAGATACTTAGATTAAAACTCCATGTTTTACAAAAGGTATTTAGATTTAAACTCC
ATGTTTTAGCCGAAAAAAAAAAATCCATGTTTCACAAAAGACTGAAAAGAAGAGAGAGAG
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QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3GJ46JQ 739 0 0
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TTTTTTTCATTGCTATGCATAGGGACGTCAATTGGGCTGTCCGGACGGAAGTGGACATGT
CCAGATAGACTTTTTTTTTTTGGCGTTTCTGGTCTTGATGTCCAAATAGGTCCATGTCCA
AATAGTCCATGTCCAAATAGGGCCATGTCCAGTTGGACTGTCCATGGAGTCCAGTTCGCC
CACTTGATATAAAACATATACAGATTCTAAATTTTATATATAACAACAGATACTTAGATT
AAAACTCCATGTTTTACAAAAGGTATTTAGATTTAAACTCCATGTTTTAGCCGAAAAAAA
AAAATCCATGTTTCACAAAAGACTGAAAAGAAGAGAGAGAGAAAGCTCGTCGGAGAAGAG
AGAGAGCTCGCGTCGGAGAAGAGAGAGAGCTCATCGGAGAAGATAGAGAGCTCGTCGGAG
ATGGGTTTTCGTCAGAGAGATGGAGGGCTCGAGATCGAGAGAGATGGAGTCATAGAGAGC
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AGAGAGTTCGTCAGAGAAGATAGAGAGCTCGTCGGAGATGGATTTTCGTCAGAGAGATGG
AGAGCTCGAGATCGAGAGAGATTGAGTCATGGAAAGCTTGAGATCGAGAGATATGAGATC
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QA 1 739 1 739
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GCCGTTGTCCCAGTGGCTGATAAATATGCCGGAGCCACCAACTATGTGGCAAGAGCTTGT
TGGGTATATAAGAACAAACGTGTTGTCCAAGAAGCAGAACAAAACGAAGAAGAAATCATC
CAAGCCAGTTTACTCTTGTCTTAAATCGGTTTTCCCTATACTTATATGGGGAAGACAATA
CAAACTCAACATGTTTAAGAAAGATTTGATGGCTGGTCTTACTCTCGCTAGTCTTTGCAT
TCCTCAGAGTATAGGATATGCTAATTTGGCTGGACTTGATCCAGAGTACGGTCTATTATA
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AGCCATTGGTCCTGTGGCTGTAGTTTCGCTTCTGCTTTCTTCAATGGTTCGTGACCTTCA
AGATCCTGTCACCGACCCAATTGCTTACCGGAAAATTGTCTTCACGGTCACGTTTTTCGC
TGGCGCGTTTCAAGCCATCTTTGGACTCTTCAGGTTAGGGTTTTTAGTGGATTTTCTGTC
ACATGCTGCCCTTGTTGGGTTCATGGCTGGTGCTGCCATTGTCATTGGTTTACAACAACT
AAAAGGTTTATTTGGTTTGTCTCACTTCACCAACAAAACCGATGTGGTTTCGGTTTTATC
TTCGGTTTTCCACTCACTTCATCATCCGTGGCAACCTCTGAACTTTGTGATTGGTAGCTC
ATTCCTTATCTTCATCCTCCTAGCGAGATTAATCGGGAAAGAAACAAAAATTGTTCTGGA
TTCCGCGATGGCACCACTAATATCAGTGATATTAACAACCCTAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G720TF U 1
AF RR3D633TF U 111
BS 1 161 RR3G720TF
BS 162 162 RR3D633TF
BS 163 408 RR3G720TF
BS 409 409 RR3D633TF
BS 410 489 RR3G720TF
BS 490 492 RR3D633TF
BS 493 654 RR3G720TF
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BS 656 707 RR3G720TF
BS 708 885 RR3D633TF

RD RR3G720TF 707 0 0
GGGAACCAAAATGAGCATAGAGATGCAGAGCCACCAGGCGGAAGCCGGCCCCGCAGAAGA
GCCGTTGTCCCAGTGGCTGATAAATATGCCGGAGCCACCAACTATGTGGCAAGAGCTTGT
TGGGTATATAAGAACAAACGTGTTGTCCAAGAAGCAGAACAGAACGAAGAAGAAATCATC
CAAGCCAGTTTACTCTTGTCTTAAATCGGTTTTCCCTATACTTATATGGGGAAGACAATA
CAAACTCAACATGTTTAAGAAAGATTTGATGGCTGGTCTTACTCTCGCTAGTCTTTGCAT
TCCTCAGAGTATAGGATATGCTAATTTGGCTGGACTTGATCCAGAGTACGGTCTATTATA
ATCAGATACAAGTGTGGTACCACCTCTAATATATTCCATGATGGGAAGTTCGAGAGAGTT
AGCCATTGGTCCTGTGGCTGTAGTTTCGCTTCTGCTTTCTTCAATGGTTCGTGACCTTCA
AGATCCTGT***CGACCCAATTGCTTACCGGAAAATTGTCTTCACGGTCACGTTTTTCGC
TGGCGCGTTTCAAGCCATCTTTGGACTCTTCAGGTTAGGGTTTTTAGTGGATTTTCTGTC
ACATGCTGCCCTTGTTGGGTTCATGGCTGGTGCTGCCATTGTCATTGGTTTACA*CAACT
AAAAGGTTTATTTGGTTTGTCTCACTTCACCAACAAAACCGATGTGG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3D633TF 775 0 0
G
AGAGCTTGTTGGGTATATAAGAACAAACGTGTTGTCCAAGAAGCAGAACAAAACGAAGAA
GAAATCATCCAAGCCAGTTTACTCTTGTCTTAAATCGGTTTTCCCTATACTTATATGGGG
AAGACAATACAAACTCAACGTGTTTAAGAAAGATTTGATGGCTGGTCTTACTCTCGCTAG
TCTTTGCATTCCTCAGAGTATAGGATATGCTAATTTGGCTGGACTTGATCCAGAGTACGG
TCTATTATAATCAGATACAAGTGTGGTACCACCTCTAATATATTCCATGATGGGAAGA**
GAGAGAGTTAGCCATTGGTCCTGTGGCTGTAGTTTCGCTTCTGCTTTCTTCAATGGTTCG
TGACCTTCAAGATCCTGTCACCGACCCAATTGCTTACCGGAAAATTGTCTTCACGGTCAC
GTTTTTCGCTGGCGCGTTTCAAGCCATCTTTGGACTCTTCAGGTTAGGGTTTTTAGTGGA
TTTTCTGTCACATGCTGCCCTTGTTGGGTTCATGGCTGGTGCTGCCATTGTCATTGGTTT
ACAACAACTAAAAGGTTTATTTGGTTTGTCTCACTTCACCAACAAAACCGATGTGGTTTC
GGTTTTATCTTCGGTTTTCCACTCACTTCATCATCCGTGGCAACCTCTGAACTTTGTGAT
TGGTAGCTCATTCCTTATCTTCATCCTCCTAGCGAGATTAATCGGGAAAGAAACAAAAAT
TGTTCTGGATTCCGCGATGGCACCACTAATATCAGTGATATTAACAACCCTAAT

QA 2 775 2 775
DS 



AS 1 2

CO CL8329Contig1 832 2 5 U
TTTTTTGCCATGATCACTAGGAAGCTGCTGCAACATGAGCTTTTGCTCTCTTGATCTTTT
CCTCAAAACTGACACATGGATTACGTCTTGAAACCCAGACAACTCTGCTGATAACTTTAA
ACTATAAGCCACTGCTCCAATACGCTCCACAACGGAGTATGGCCTCATCTATCTTGGTTT
AAACTTCTTTAGTTTTCGAGTCTTATATCCTTCCTAAGATGTCCTCATTTTCATATATAC
TAAGTCTCGCATCTGAAACTCCAAATCCTTACGGCACCGCTTTGCATAATTCTTTTGACG
GTCATGGAATTCCTTAAGTCGACCTTGAGCATGTCCATTTGCTCTACCGTCTCTGGAAAC
ATTGATGGTTCTAAGTCTTGTCTCTCCCCCACTTATGTCCAACTAAGTGGTGTACGACAA
GACCTACAATAAAGTGTCTCATATGGTGCCATCTCATACTCGAATGATAACTTACGTTGT
AGGAAAACTCTGCTAGATGTAGATACTTTCCCCAGTTTCCTTCCCGATATAAAACACGAG
TTCTGAGCATATCCTTTAATGTCTGAATAGTCCTCTCTGACTGCCCATATGTCTGTGGTT
GGTAGGCTGTAATCATGTGGACCTTTGTCTCAAGCGCCTTCTGAAAGGCTCTCCGAAAAT
CATATGTGAACTTAGTATCCCAATCTGATACAATGCTAACAGGAACTTCATGCAACCTCA
CAATCTCTTTGATGTACATCTGCGCAAACCCAACTGATCAAATTCATTTGTTTTCGTAAT
CGCTATGAAAGGAGCAGACTTGGTGAATCTATCCACAATAACCCAAATAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ89JQ U 7
AF RR3CZ89TF C 1
BS 1 6 RR3CZ89TF
BS 7 18 RR3CZ89JQ
BS 19 19 RR3CZ89TF
BS 20 778 RR3CZ89JQ
BS 779 832 RR3CZ89TF

RD RR3CZ89JQ 775 0 0
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AACTGACACATGGATTACGTCTTGAAACCCAGACAACTCTGCTGATAACTTTAAACTATA
AGCCACTGCTCCAATACGCTCCACAACGGAGTATGGCCTCATCTATCTTGGTTTAAACTT
CTTTAGTTTTCGAGTCTTATATCCTTCCTAAGATGTCCTCATTTTCATATATACTAAGTC
TCGCATCTGAAACTCCAAATCCTTACGGCACCGCTTTGCATAATTCTTTTGACGGTCATG
GAATTCCTTAAGTCGACCTTGAGCATGTCCATTTGCTCTACCGTCTCTGGAAACATTGAT
GGTTCTAAGTCTTGTCTCTCCCCCACTTATGTCCAACTAAGTGGTGTACGACAAGACCTA
CAATAAAGTGTCTCATATGGTGCCATCTCATACTCGAATGATAACTTACGTTGTAGGAAA
ACTCTGCTAGATGTAGATACTTTCCCCAGTTTCCTTCCCGATATAAAACACGAGTTCTGA
GCATATCCTTTAATGTCTGAATAGTCCTCTCTGACTGCCCATATGTCTGTGGTTGGTAGG
CTGTAATCATGTGGACCTTTGTCTCAAGCGCCTTCTGAAAGGCTCTCCGAAAATCATATG
TGAACTTAGTATCCCAATCTGATACAATGCTAACAGGAACTTCATGCAACCTCACAATCT
CTTTGATGTACATCTGCGCAAACCCAACTGATCAAATTCATTTGTTTTCGTA
TCG

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3CZ89TF 832 0 0
TTTTTTGCCATGATCACTAG*AAGCTGCTGCAACATGAGCTTT*GCTCTCT*GATCTTT*
CCTCAAAACTGACACATGGAT*ACGTCT*GAAACCCAGACAACTCTGCTGATA*CTTTAA
ACTATAAGCCACTGCTCCAATACGCTCCACAACGGAGTATGGC*TCATCTATCTTGGTTT
AAACTTCTTTAGTTTTCGAGTCTTATATCCTTCCTAAGATGTCCTCATTTTCATATATAC
TAAGTCTCGCATCTGAAACTCCAAATCCTTACGGCACCGCTTTGCATAATTCTTTTGACG
GTCATGGAATTCCTTAAGTCGACCTTGAGCATGTCCATTTGCTCTACCGTCTCTGGAAAC
ATTGATGGTTCTAAGTCTTGTCTCTCCCCCACTTATGTCCAACTAAGTGGTGTACGACAA
GACCTACAATAAAGTGTCTCATATGGTGCCATCTCATACTCGAATGATAACTTACGTTGT
AGGAAAACTCTGCTAGATGTAGATACTTTCCCCAGTTTCCTTCCCGATATAAAACACGAG
TTCTGAGCATATCCTTTAATGTCTGAATAGTCCTCTCTGACTGCCCATATGTCTGTGGTT
GGTAGGCTGTAATCATGTGGACCTTTGTCTCAAGCGCCTTCTGAAAGGCTCTCCGAAAAT
CATATGTGAACTTAGTATCCCAATCTGATACAATGCTAACAGGAACTTCATGCAACCTCA
CAATCTCTTTGATGTACATCTGCGCAAACCCAACTGATCAAATTCATTTGTTTTCGTAAT
CGCTATGAAAGGAGCAGACTTGGTGAATCTATCCACAATAACCCAAATAGAC

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL8330Contig1 813 2 2 U
GAAGAACGAGGATTCACTAACGCATTCTCAGAGGCTGGGGTTGAAATATTTTGATGATAT
TAGAACAAGGATTCCACGTCAGGAGTGCAAGAGATGGAACAACTTCTACAAAGAGTGGGC
GAGGAAGTTTTACCTGGTGTGGATATTGTATGTGGAGGATCATATAGACGTGGGAAGGCT
ACTTGCGGAGATCTAGATATCGTTATCACACATCCTGATGGACAAAGCCACAAGGGATTC
TTGACAATGTTTGTTAAGCGTTTGAAGGAAATAAACTTTCTTAGAGAAGATCTCATCTTC
AGTACCCACAGTGAAGAGGGTACAGGTTCAGGTGTCGACACGTATTTTGGTCTGTGCACT
TATCCTGGACAGGAGCTGAGGCGCCGTATTGATCTCAAGGTTTATCCAAGGGATATACAT
GCATTCGGACTCATAGCTTGGACAGGGAACGACGTGTTGAACAGAAGGCTGAGATTGCTA
GCAGAATCCAAGGGATATCGACTCGACGACACTGGACTGTTCCCAGCTACTCACAGCTCA
AGTGGTAACAGGGGTGGTAAAGCAAGTGCCAGCATGAAACTCTCCACGGAAAGACAAGCT
TTCGATTTCTTAGGGTTTCCTTGGCTGGAGCCACACGAGAGGAATCTTTAAGTAACTCAC
AAATCCTCTTTTGGTTCTTGTTTAAGTTTTTGTTCTTTTGTAGTTCTGTAAGTAATCGGT
TGTTTTTGTAACTGCATATCTATTCTATGGGCGAATTTATGTATTAAGTGCTCTGTAATA
TTCCTTCTAATGTTAAAAACTTTGGTTTTGATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EP05TF U 1
AF RR3EP05JQ C 1
BS 1 562 RR3EP05TF
BS 563 813 RR3EP05JQ

RD RR3EP05TF 562 0 0
GAAGAACGAGGATTCACTAACGCATTCTCAGAGGCTGGGGTTGAAATATTTTGATGATAT
TAGAACAAGGATTCCACGTCAGGAGTGCAAGAGATGGAACAACTTCTACAAAGAGTGGGC
GAGGAAGTTTTACCTGGTGTGGATATTGTATGTGGAGGATCATATAGACGTGGGAAGGCT
ACTTGCGGAGATCTAGATATCGTTATCACACATCCTGATGGACAAAGCCACAAGGGATTC
TTGACAATGTTTGTTAAGCGTTTGAAGGAAATAAACTTTCTTAGAGAAGATCTCATCTTC
AGTACCCACAGTGAAGAGGGTACAGGTTCAGGTGTCGACACGTATTTTGGTCTGTGCACT
TATCCTGGACAGGAGCTGAGGCGCCGTATTGATCTCAAGGTTTATCCAAGGGATATACAT
GCATTCGGACTCATAGCTTGGACAGGGAACGACGTGTTGAACAGAAGGCTGAGATTGCTA
GCAGAATCCAAGGGATATCGACTCGACGACACTGGACTGTTCCCAGCTACTCACAGCTCA
AGTGGTAACAGGGGTGGTAAAG

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3EP05JQ 813 0 0
GAAGAACGAGGAT*CACTAACGCATTCTCAGAGGCTGGGGTTGAAATATTTTGATGATAT
TAGAACAAGGATTCCACGTCAGGAGTGCAAGAGATGGAACAACTTCTACAAAGAGTGGGC
GAGGAAGTTTTACCTGGTGTGGATATTGTATGTGGAGGATCATATAGACGTGGGAAGGCT
ACTTGCGGAGATCTAGATATCGTTATCACACATCCTGATGGACAAAGCCACAAGGGATTC
TTGACAATGTTTGTTAAGCGTTTGAAGGAAATAAACTTTCTTAGAGAAGATCTCATCTTC
AGTACCCACAGTGAAGAGGGTACAGGTTCAGGTGTCGACACGTATTTTGGTCTGTGCACT
TATCCTGGACAGGAGCTGAGGCGCCGTATTGATCTCAAGGTTTATCCAAGGGATATACAT
GCATTCGGACTCATAGCTTGGACAGGGAACGACGTGTTGAACAGAAGGCTGAGATTGCTA
GCAGAATCCAAGGGATATCGACTCGACGACACTGGACTGTTCCCAGCTACTCACAGCTCA
AGTGGTAACAGGGGTGGTAAAGCAAGTGCCAGCATGAAACTCTCCACGGAAAGACAAGCT
TTCGATTTCTTAGGGTTTCCTTGGCTGGAGCCACACGAGAGGAATCTTTAAGTAACTCAC
AAATCCTCTTTTGGTTCTTGTTTAAGTTTTTGTTCTTTTGTAGTTCTGTAAGTAATCGGT
TGTTTTTGTAACTGCATATCTATTCTATGGGCGAATTTATGTATTAAGTGCTCTGTAATA
TTCCTTCTAATGTTAAAAACTTTGGTTTTGATT

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL8331Contig1 978 2 12 U
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CCATCACACCTGAAGCCTCTAGTGAAATTGTTCCAGCTCAACAATACGAGGCAAATGACA
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ACAGTCTCATCTTTGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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TTTT

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DS 

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QA 1 898 1 898
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GGTGGTCTTGTAGCAACGGGATCCTTGGTCGCCGGCTTTTGTGCTGCTTTGGCTTTGGCT
CTGGTTAGACCTTGTATTGGTGTTTCGACTGGCTTCTCTGGCTCGGTTACTCTGGTTCTG
GGTTCTTGTTTCAGCTTGGTGGTTTGGAAGCTTGGCTCTCGGATCGGAGATTGCTGTGAC
GGCATCTACTTTCTTGGCTCTTCTGTCCTTGTGGCATTGTGAGACGTCAAGACGTCGCAG
TGGTCTCGGCTTTCTTGTCTTCTCTTGCGAGGAGGTGTCTTGTCCTGAGTCTGTAGGTGG
CTTTGGCTGGATTGCTGTGTCCGCGTGTAAGACTGGAGGTCCTCTTTGCCAGGTTTCCGG
CTGTTCTTCATTGTGCTTATGGTTTTCAGCTGTCTCGGTATCTTCGGTTTCTAGAGTGGT
TGTGGTGGGTGTTGGTTGCTGCGCTTGGCTCTCCTGTGTTTTTCTTGCTTTGTTTCG
CTGGT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3H646JQ 790 0 0
TCTGGTTAGACCT*GTATTGGTGTTTCGACTGGCTTCTCTGGCTCGGTTACTCTGGTTCT
GGGTTCTTGTTTCAGCTTGGTGGTTTGGAAGCTTGGCTCTCGGATCGGAGATTGCTGTGA
CGGCATCTACTTTCTTGGCTCTTCTGTCCTTGTGGCATTGTGAGACGTCAAGACGTCGCA
GTGGTCTCGGCTTTCTTGTCTTCTCTTGCGAGGAGGTGTCTTGTCCTGAGTCTGTAGGTG
GCTTTGGCTGGATTGCTGTGTCCGCGTGTAAGACTGGAGGTCCTCTTTGCCAGGTTTCCG
GCTGTTCTTCATTGTGCTTATGGTTTTCAGCTGTCTCGGTATCTTCGGTTTCTAGAGTGG
TTGTGGTGG*TGTTGGTTGCTGCGCTTGGCTCTCCTGTGTTTTTCTTGCTTTGTTTCGGC
TGGTCTTTGTGGTCTTGTAGCTTGTGGCTGTGTGCTGGTATGTTCCGCTTTGCCTCTGCT
ATCCCTGGTTCAGCTTTGATGCCCCTTCTGTTGGGGTTTAATGGCATTTGGAGAGTTTTG
GTGTTGGCCGTGGTCTCTTGTTTCTTTTGGCCTCAAGCTCTGTTTATGTTTCATAATCTC
TCCATTGGGATCTTTTGTCTCTGGAGGTAGTATAACCTGTTAGCTTTGTTTGTGCTTTAG
TTGCGGAGTCTAGTATTTGTCCTTTCTGATAACTCTTAGGTCGCCCCGGAGTGGGTTTTA
GCTGCCTGTTCTTTAGGCTTTTGTTTCTGGGGATGTCTTTTATCCGCCAGCTTATTGTAT
TATTCTATCG

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

CO CL8333Contig1 698 2 4 U
TTTTTTTCTTCTTTAGTTTACAGAATCAAATTTCTTTATTTGTATATGCAAAGCTTCCCA
TCCCATCTTTTAGAGATGTCATCACACCTGCAGTGGAATCCTTTCCGAGAGACTGCTGTG
TACTGGCGGAGAAGAAATTAAGAAATAGCTATGGATTCTCTCTTTTCCTTTCTCTCTCTC
TCTCTCTCTCTCTATTTGATTATGATATTTTTTGTTCTTGGTAAAGAAAGGTGGATGAGG
CAGAAGAAGATGATGTTTGGTTGTGAAGAGGAACCTTGCTATTTCCCCTGGTCTCGTGAA
TCCGTGATGCCTCTCAGCTTCAAGCCATCTGGATTTGTGGTGTTTGTTGACCTTCACGGC
CTGCTCCGAATCCGGCTCAAGAGAATCTTTCTGACCTGAGACAATGAGACATGCTTAAGA
GAATCAAGATGTGGAAGCGTTACTATCGGACTTCTCTCCGCAGTCGCAGTGCAGTAGTGG
TGCTCGCAGTCACAGGGTTGTAATGGTGGTCGCTGCAAGTCCAAGGGAAGAGGCGGCGGT
GAAGATGCAGAGAAGAGAAGAGAATCCTTGTTTTTGGTTTAGTTTTTTTTTGGTTTAGAT
TTTTCTTTTGATTTGGTTTATTTTTTAAACCAATTTAATTTGTAAACCAATTTAGTTTGT
AAACAAAATTTAATTTATAAAACAAATTTTTTATTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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AF RR3E160TF U 1
AF RR3E160JQ C 116
BS 1 590 RR3E160TF
BS 591 591 RR3E160JQ
BS 592 688 RR3E160TF
BS 689 698 RR3E160JQ

RD RR3E160TF 688 0 0
TTTTTTTCTTCTTTAGTTTACAGAATCAAATTTCTTTATTTGTATATGCAAAGCTTCCCA
TCCCATCTTTTAGAGATGTCATCACACCTGCAGTGGAATCCTTTCCGAGAGACTGCTGTG
TACTGGCGGAGAAGAAATTAAGAAATAGCTATGGATTCTCTCTTTTCCTTTCTCTCTCTC
TCTCTCTCTCTCTATTTGATTATGATATTTTTTGTTCTTGGTAAAGAAAGGTGGATGAGG
CAGAAGAAGATGATGTTTGGTTGTGAAGAGGAACCTTGCTATTTCCCCTGGTCTCGTGAA
TCCGTGATGCCTCTCAGCTTCAAGCCATCTGGATTTGTGGTGTTTGTTGACCTTCACGGC
CTGCTCCGAATCCGGCTCAAGAGAATCTTTCTGACCTGAGACAATGAGACATGCTTAAGA
GAATCAAGATGTGGAAGCGTTACTATCGGACTTCTCTCCGCAGTCGCAGTGCAGTAGTGG
TGCTCGCAGTCACAGGGTTGTAATGGTGGTCGCTGCAAGTCCAAGGGAAGAGGCGGCGGT
GAAGATGCAGAGAAGAGAAGAGAATCCTTGTTTTTGGTTTAGTTTTTTTT*GGTTTAGAT
TTTTCTTTTGATTTGGTTTATTTTTTAAACCAATTTAATTTGTAAACCAATTTAGTTTGT
AAACAAAATTTAATTTATAAAACAAATT

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3E160JQ 583 0 0
CTGTGTACTGGCGGAGAAGAAATTAAGAAATAGCTATGGATTCTCTCTTTTCCTTTCTCT
CTCTCTCTCTCTCTCTCTATTTGATTATGATATTTTTTGTTCTTGGTAAAGAAAGGTGGA
TGAGGCAGAAGAAGATGATGTTTGGTTGTGAAGAGGAACCTTGCTATTTCCCCTGGTCTC
GTGAATCCGTGATGCCTTTCAGCTTCAAGCCATCTGGATTTGTGGTGTTTGTTGACCTTC
ACGGCCTGCTCCGAATCCGGCTCAAGAGAATCTTTTTGACCTGAGACAATGAGACATGCT
TAAGAGAATCAAGATGTGGAAGCGTTACTATCGGACTTCTTTCCGCAGTCGCAGTGCAGT
AGTGGTGCTCGCAGTCACAGGGTTGTAATGGTGGTCGCTGCAAGTCCAAGGGAAGAGGCG
GCGGTGAAGATGCAGAGAAGAGAAGAGAATCCTTGTTTTTGGTTTAGTTTTTTTTTGGTT
TAGATTTTTCTTTTGATTTGGTTTATTTTTTAAACCAATTTAATTTGTAAACCAATTTAG
TTTGTAAACAAAATTTAATTTATAAAACAAATTTTTTATTGGT

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

CO CL8334Contig1 1359 2 6 U
GTCTGACTTGTCCTCCCGCCGTTAAGGCTCCGTCGTACCTTGCCTCCACATCTTCGTCTC
TATTCTCCCGCTCCTCCTCGATTTCCTTCAGCACCATTGAGTCTCGCTCCCGAATCTGCG
TTTCCAATTCCGCGAAATGCAATTTGGCCAAGGCACTGAATGTTGGCAATGGGAACGCTA
GTATTCCGATAATCAATGGGACGACACTTCCAAAGTACTTTGATTCTCCTTCTTCCCGGT
TGGAGAAACCAGTCAGTAGCAGAGCCAACACAAAGCTCAAGCTCTTCTCTGGTACTGCAA
ATCCTGCACTTTCTCAGGAAATTGCTTGGTATATGGGCTTGGAGCTCGGCAAGATTAGCA
TAAAGAGGTTTGCTGATGGAGAGGTCTACGTTCAGCTCCAAGAGAGTGTTAGAGGCTGTG
ATGTCTTCTTGGTCCAGCCTACTTGCACTCCCACTAATGAGAATCTCATGGAGCTTTTGA
TCATGGTCGATGCTTGTCGTCGAGCTTCCGCTAAGAAAGTTACTGCTGTGATTCCCTATT
TTGGATACGCAAGAGCTGATAGAAAGACACAAGGGCGTGAATCCATTGCTGCGAAACTGG
TGGCTAACCTTATAACAGAGGCAGGTGCGGATCGGGTTCTTGCATGTGATCTTCATTCAG
GACAGTCCATGGGTTATTTTGACATACCTGTGGATCATGTCTATTGTCAGCCTGTGATAC
TAGATTATCTTGCTAGCAAGTCAATTTCATCAGAGGATTTGGTAGTGGTTTCTCCTGATG
TTGGTGGAGTAGCTAGGGCTCGTGCTTTTGCCAAGAAACTATCCGATGCTCCTCTTGCCA
TTGTTGATAAAAGACGTCACGGCCACAATGTTGCTGAGGTTATGAACCTAATAGGTGATG
TTAAAGGCAAAGTGGCAGTAATGGTGGATGACATGATTGATACCGCTGGAACCATTGTGA
AAGGAGCAGCTCTTTTGCATGAGGAGGGTGCTCGTGAGGTTTACGCTTGCTGCACGCACG
CTGTTTTCAGTCCGCCTGCGATAGAGCGGTTATCGAGCGGTTTGCTGCAAGAAGTGATAG
TGACGAATACTTTACCAGTAGCGGAGAAGAATTACTTTCCGCAGCTAACGATATTGTCGG
TGGCTAATCTTCTGGGTGAGACCATTTGGCGTGTCCATGATGATAGCTCTGTTAGTAGCA
TTTTTCTTTGAGGCTTCCTTGTTGTTTAAGGTTTTAGGATGGGGTTCTTTCTTCTCTTCA
CAGTTTCTATAGCCTAACTATGTTTTTGATTCTCTCTACCCCAAACTTTTGTCACTTGTC
TGAGTTGTACCCTTTTTATTTATTTATGAGCTTAGTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H392TF U 1
AF RR3H392JQ C 606
BS 1 660 RR3H392TF
BS 661 661 RR3H392JQ
BS 662 725 RR3H392TF
BS 726 726 RR3H392JQ
BS 727 743 RR3H392TF
BS 744 1359 RR3H392JQ

RD RR3H392TF 749 0 0
GTCTGACTTGTCCTCCCGCCGTTAAGGCTCCGTCGTACCTTGCCTCCACATCTTCGTCTC
TATTCTCCCGCTCCTCCTCGATTTCCTTCAGCACCATTGAGTCTCGCTCCCGAATCTGCG
TTTCCAATTCCGCGAAATGCAATTTGGCCAAGGCACTGAATGTTGGCAATGGGAACGCTA
GTATTCCGATAATCAATGGGACGACACTTCCAAAGTACTTTGATTCTCCTTCTTCCCGGT
TGGAGAAACCAGTCAGTAGCAGAGCCAACACAAAGCTCAAGCTCTTCTCTGGTACTGCAA
ATCCTGCACTTTCTCAGGAAATTGCTTGGTATATGGGCTTGGAGCTCGGCAAGATTAGCA
TAAAGAGGTTTGCTGATGGAGAGGTCTACGTTCAGCTCCAAGAGAGTGTTAGAGGCTGTG
ATGTCTTCTTGGTCCAGCCTACTTGCACTCCCACTAATGAGAATCTCATGGAGCTTTTGA
TCATGGTCGATGCTTGTCGTCGAGCTTCCGCTAAGAAAGTTACTGCTGTGATTCCCTATT
TTGGATACGCAAGAGCTGATAGAAAGACACAAGGGCGTGAATCCATTGCTGCGAAACTGG
TGGCTAACCTTATAACAGAGGCAGGTGCGGATCGGGTTCTTGCATGTGATCTTCATTCAG
*ACAGTCCATGGGTTATTTTGACATACCTGTGGATCATGTCTATTGTCAGCCTGTGATAC
TAGAT*ATCTTGCTAGCAAGTCA
TTTCAT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3H392JQ 754 0 0
TAA
CTTATAACAGAGGCAGGTGCGGATCGGGTTCTTGCATGTGATCTTCATTCAGGACAGTCC
ATGGGTTATTTTGACATACCTGTGGATCATGTCTATTGTCAGCCTGTGATACTAGATTAT
CTTGCTAGCAAGTCAATTTCATCAGAGGATTTGGTAGTGGTTTCTCCTGATGTTGGTGGA
GTAGCTAGGGCTCGTGCTTTTGCCAAGAAACTATCCGATGCTCCTCTTGCCATTGTTGAT
AAAAGACGTCACGGCCACAATGTTGCTGAGGTTATGAACCTAATAGGTGATGTTAAAGGC
AAAGTGGCAGTAATGGTGGATGACATGATTGATACCGCTGGAACCATTGTGAAAGGAGCA
GCTCTTTTGCATGAGGAGGGTGCTCGTGAGGTTTACGCTTGCTGCACGCACGCTGTTTTC
AGTCCGCCTGCGATAGAGCGGTTATCGAGCGGTTTGCTGCAAGAAGTGATAGTGACGAAT
ACTTTACCAGTAGCGGAGAAGAATTACTTTCCGCAGCTAACGATATTGTCGGTGGCTAAT
CTTCTGGGTGAGACCATTTGGCGTGTCCATGATGATAGCTCTGTTAGTAGCATTTTTCTT
TGAGGCTTCCTTGTTGTTTAAGGTTTTAGGATGGGGTTCTTTCTTCTCTTCACAGTTTCT
ATAGCCTAACTATGTTTTTGATTCTCTCTACCCCAAACTTTTGTCACTTGTCTGAGTTGT
ACCCTTTTTATTTATTTATGAGCTTAGTAGC

QA 4 754 4 754
DS 



AS 1 2

CO CL8335Contig1 1269 2 6 U
GATCAAACAAAAGTTTGTTAGATCAAACAAAAGTATATGTTAAAATTCAGTTATTTCTCT
CGCCAATAGATGTTATAATCCTTTTCTTATTAAAACAGAAGCAATTATTAGGAGTAACCT
TCCTTTGGTAATTTAATTACAAACATGTCATTATGATGATGTGTCACTTCTACATTTACT
CTCAGCCATGTTTTATAATTACCCTTTCTTTACTAGATTTATTACATATAGTGTCATTGG
TAACACTCATATTTGACTTAACATGTTATAATTTATTATACAATATTTTGTTAAGTTTAA
GTTGACCCAAAAAAGCTTACGAGACATCAACTTAATATTTATTATTAATATGATTCAAAA
TAACATGTCAATAAGACATCAAACCATCGTAATATATAACAATATAATATTAAACTTATG
GTCTATTTGTTACAAAGACAAAACTAAATAAATTATTGATTTACTTTAAATATTTAAAAA
CTCATATAACTTTATACTATATAAGGTGAGCCCATTTTAATAACATGTATTTTTTTAAGC
ATAATAACATGTACTTTATGTATTGTAACTGAGATAAACAAGTATTATGATAAGTAATAT
GTTAATATGAAAATTTTGTAACTGAGACTTTTTGAAAAACTAAATGTATTTTAAATTTAT
TTGTGAAATATTCATTCCCAAACTGTGTAGATATACTTCTAGAAATAAAAAAATGTGTAT
TTGTAATCTTTAGAAATACCCACAAAACAATATATACGCTATCACAATTTAATTTTTACT
ATAATTATATAAGGTTTTTAATATGTTTTCCTAATTTATTGGCGACCTAATTTAATGCCA
TAAATATACCATATTTCAAATTTGAATGATGTATAATTTATATTTCTTCATGATTTTATG
AATGGATAATCAATGCGCCATCACAACATTAATCTATATTAATGCAAAATGGAATTAAAA
TTATATAACTAAAAAAATTAGTTTGAAACCATCATTTTGGCACAAGACTTGATAAATTAA
TTATGAACCCTTTTTATTGTTCCACCAATTATTATGTCTAATTTTCAAAATAATTGATTT
GCCATATATCGTAAAATCAAAATTAGTGATAAAAACATTTTATAAATTTTTTTATCCTGC
GCAAGGCGCATGTCTCTATCTAGTAAAATAATAATCCGCAATCAATCGAGGTTCCTTACT
TCACATAAGAAGTTGGTGGGAAGACCATGAACGATTTTTATTGTAAGAAGTTGTTATTAA
CATTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH20TF U 1
AF RR3FH20JQ C 482
BS 1 638 RR3FH20TF
BS 639 639 RR3FH20JQ
BS 640 671 RR3FH20TF
BS 672 672 RR3FH20JQ
BS 673 704 RR3FH20TF
BS 705 1269 RR3FH20JQ

RD RR3FH20TF 706 0 0
GATCAAACAAAAGTTTGTTAGATCAAACAAAAGTATATGTTAAAATTCAGTTATTTCTCT
CGCCAATAGATGTTATAATCCTTTTCTTATTAAAACAGAAGCAATTATTAGGAGTAACCT
TCCTTTGGTAATTTAATTACAAACATGTCATTATGATGATGTGTCACTTCTACATTTACT
CTCAGCCATGTTTTATAATTACCCTTTCTTTACTAGATTTATTACATATAGTGTCATTGG
TAACACTCATATTTGACTTAACATGTTATAATTTATTATACAATATTTTGTTAAGTTTAA
GTTGACCCAAAAAAGCTTACGAGACATCAACTTAATATTTATTATTAATATGATTCAAAA
TAACATGTCAATAAGACATCAAACCATCGTAATATATAACAATATAATATTAAACTTATG
GTCTATTTGTTACAAAGACAAAACTAAATAAATTATTGATTTACTTTAAATATTTAAAAA
CTCATATAACTTTATACTATATAAGGTGAGCCCATTTTAATAACATGTATTTTTTTAAGC
ATAATAACATGTACTTTATGTATTGTAACTGAGATAAACAAGTATTATGATAAGTAATAT
GTTAATATGAAAATTTTGTAACTGAGACTTTTTGAAAA*CTAAATGTATTTTAAATTTAT
TTGTGAAATAT*CATTCCCAAACTGTGTAGATATACTTCTAGAA
TA

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3FH20JQ 788 0 0
TCATATAACTTTATACTATATAAGGTGAGCCCATTTTAATAACATGTATTTTTT*AAGCA
TAATAACATGTACTTTATGTATTGTAACTGAGATAAACAAGTATTATGATAAGTAATATG
TTAATATGAAAATTTTGTAACTGAGACTTTTTGAAAAACTAAATGTATTTTAAATTTATT
TGTGAAATATTCATTCCCAAACTGTGTAGATATACTTCTAGAAATAAAAAAATGTGTATT
TGTAATCTTTAGAAATACCCACAAAACAATATATACGCTATCACAATTTAATTTTTACTA
TAATTATATAAGGTTTTTAATATGTTTTCCTAATTTATTGGCGACCTAATTTAATGCCAT
AAATATACCATATTTCAAATTTGAATGATGTATAATTTATATTTCTTCATGATTTTATGA
ATGGATAATCAATGCGCCATCACAACATTAATCTATATTAATGCAAAATGGAATTAAAAT
TATATAACTAAAAAAATTAGTTTGAAACCATCATTTTGGCACAAGACTTGATAAATTAAT
TATGAACCCTTTTTATTGTTCCACCAATTATTATGTCTAATTTTCAAAATAATTGATTTG
CCATATATCGTAAAATCAAAATTAGTGATAAAAACATTTTATAAATTTTTTTATCCTGCG
CAAGGCGCATGTCTCTATCTAGTAAAATAATAATCCGCAATCAATCGAGGTTCCTTACTT
CACATAAGAAGTTGGTGGGAAGACCATGAACGATTTTTATTGTAAGAAGTTGTTATTAAC
ATTTTACC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL8336Contig1 1000 2 4 U
GGACAGTCCAGCCACCAATCCACTGTTTCGCAGAGATGCTGCGAGTAGCAGGGAGGAGGC
TTTTCTCTGTTTCGCAGAGATCTACGAACGCGACCTCCTTCGTCCTCTCCCGAGACCATA
CCTTCTCCGATGGCGGCGGCGAATCCTCTCTCCCCTCTGCAGATCTTTCGCGTTTCGATT
CTTACCACCGTAGTAGCCTTGTAAGAGGTTTCGCTTCTCAAGTCCTTACTCAAGGAGGAA
ATGAGATTGGTTTTAGCTCAGAACCGGCTACCGCGGAGGCTGTCAAGACACCTAACTCAA
AGATTGTCTACGACGGCCATAACCATGAGCGTTACCCGCCTGGTGACCCTAGCAAGCGTG
CATTCGCTTACTTCGTCTTATCAGGCGGGAGGTTTGTTTACGCCTCTGTTCTCCGCCTCC
TTGTTCTGAAGCTCATTGTCAGCATGTCCGCAAGTAAAGACGTCCTTGCCCTTGCATCCC
TCGAGGTTGACCTCGGGAGCATCGAACCGGGAACCACTGTGACTGTCAAGTGGCGTGGGA
AGCCTGTGTTCATCAGGAGAAGAACAGAGGATGACATCAAGCTGGCCAATAGCGTGGATC
TTGGATCTCTGAGGGATCCGCAAGAAGACTCGGTCAGGGTCAAGAATCCGGAGTGGTTAG
TGGTTGTTGGAGTGTGCACTCACCTGGGGTGCATCCCTTTGCCGAATGCTGGTGATTACG
GTGGTTGGTTTTGTCCGTGTCACGGTTCGCATTATGACATCTCAGGAAGGATTAGGAAAG
GTCCTGCACCGTATAACCTGGAGGTACCAACCTACAGCTTCTTAGAAGAGAATAAGTTAC
TCATTGGTTGATGATGACGAATAAAAGCAAGACAACAGACTGTCTCTGTGTCTCAAAGAT
TCTCATCTGTTTTATTTTTATTTTTAAAATACTCTGGCAATTTAGAGCAAGATTGTCTTG
GTTTTGGCTGAATAATAAAAACTTGCACATTTATGGAACC


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B531TF U 1
AF RR3B531JQ C 202
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*TGGTTGGTTTTGTCCGTGTCACGGTTCGCATTATGACATCTC

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DS 

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GCATGTCCGCAAGTAAAGACGTCCTTGCCCTTGCATCCCTCGAGGTTGACCTCGGGAGCA
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ACGGTTCGCATTATGACATCTCAGGAAGGATTAGGAAAGGTCCTGCACCGTATAACCTGG
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TTTTAAAATACTCTGGCAATTTAGAGCAAGATTGTCTTGGTTTTGGCTGAATAATAAAAA
CTTGCACATTTATGGAACC

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3FA73JQ U 15
AF RR3FA73TF C 1
BS 1 19 RR3FA73TF
BS 20 514 RR3FA73JQ
BS 515 702 RR3FA73TF

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ATTAT
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QA 6 500 6 500
DS 

RD RR3FA73TF 702 0 0
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TGAATCGATATAATTACTACATAAGAGGTGAAAGTTTTATAGAATCAGCCGAAAGCTTAG
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CGTAAGACGACTCAATGACCCGAGAATTGGCGAAGCTCAGCATCATACTGACGTAAGCAT
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ACTTCTGCCAATACCTTATCTTCATCACACTCTCTCACCGTATATCTATGATCTATAGAT
CTAGAGAGAGAGAAAGAGTGAGCAGTAGGGGGTTTAACTTCC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL8338Contig1 759 2 4 U
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TGTAGTTGAAGGTTCTTGAAGGGCAAGAGGGAATGGCTGGTCTCCAAGTTGTTGCCTCAG
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CTTTCAGTCCAGCTCGCTGAATAGAAACATTAAACTGAAAGCCCATACAAAATGAGCACC
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TTGTGCCCATAAGAAATCGCGGAGCCACCCATTAATAGTAATGGAACTCTGTGCAAAGTT
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TAAGAAGACATGATCCCAAGCAGATACTTGACATGTTCCTCCTCTTCCAGGCCCATCACA
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BQ
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AF RR3BM51TF C 1
AF RR3BM51JQ U 2
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BS 2 210 RR3BM51JQ
BS 211 211 RR3BM51TF
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RD RR3BM51TF 759 0 0
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QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3BM51JQ 758 0 0
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GTAGTTGAAGGTTCTTGAAGGGCAAGAGG*AATGGCTGGTCTCCAAGTTGTTGCCTCAGG
ACTATCCATCAAAGCAATCCCAACATTTGCCAACTCTTTCCTAATTGCATCAGATCTTTC
GTATTCTTTATTCTTCCTTGCGTCTGTCCTCTCCTTCACTCTCTGCAACACATCTTCCTC
TTTCAGTCCAGCTCGCTGAATAGAAACATTAAACTGAAAGCCCATACAAAATGAGCACCT
AGGAAAAAAAGACCATATGCAGATAACGAAGAACCATAAGATTGAATTACCTGAGATGCT
TGTGCCCATAAGAAATCGCGGAGCCACCCATTAATAGTAATGGAACTCTGTGCAAAGTTT
CCTCCAGTAATATGAGTTACCACCCCTTGATCGCTTATACTACCCCAAACATCTGACTGC
ATTTTCCAACTGAAATGGAATATTACTACTGAAATAGAATTGTACATCCAGAATAGTCCT
AAGAAGACATGATCCCAAGCAGATACTTGACATGTTCCTCCTCTTCCAGGCCCATCACAA
GGGAAACGAAAACCAAGATTTGCTTTATCTGGTATTAC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

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AACTCGATATCTTGATCAATAATGCAGGGGTTGGTGGTACAATCACTGATGTTGAAACTC
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TCTTTGATCGCAAGCAACTTTCAGAGTTCTGAATTTCTGTATGAAGAAATGTTATAAACT
ACCAAAAGTAATTATTGTAATGCGATAATGATTGTCTTAGAGATTGAGCTGGCTTAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F225TF U 1
AF RR3F225JQ C 224
BS 1 546 RR3F225TF
BS 547 1019 RR3F225JQ

RD RR3F225TF 546 0 0
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GTCAAC

QA 1 546 1 546
DS 

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AACTCCTTCTGGTTGTTTCTTTGATCGCAAGCAACTTTCAGAGTTCTGAATTTCTGTATG
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TTGAGCTGGCTTAGAT

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

CO CL8340Contig1 605 2 1 U
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TGGTCTTGAATGCTTCGCTTGGTACTGTGCGGGTGAGATCGTTGGAAGAGGCTTCACTTT
CACCGGCTACTACCCTTGAAGCAAACAAAAAGCAAACATGCCTTTCATGGCTGTGATATT
TTTAGCAAAAGTTTAAATTTTTATTTCTGTCTTTGGATAGTTAAGTAGACACTTAACTAA
TCATTATATTACTCATGCCTAGCGCTTAATAATAATATCAGTCGACAACTGGTTTGCTTT
TTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR3FN03TF U 1
AF RR3FN03JQ C 57
BS 1 605 RR3FN03TF

RD RR3FN03TF 605 0 0
GGGATTCCCATTGATCCACAGCTGCTCCTGCACTCTCTCGTTCTTCACCAGCAAAGTTTT
TTTGAGAAAAATGGCATCAAAGTTGCTACAGCTGAAGTCAAAAGCGTGTGAAGCATCAAA
GTTTGTGTCCAAGCACGGGACTAGTTACTACAAACAGTTGCTGGAGAAGAACAAGCACTA
TATCCAGGACCCAGCCACTGTTGAGAAATGCCAAGAGTTGTCTAAGCAGCTTCTCTACAC
TCGTCTTGCTAGCATTCCTGGACGTTCAGAGTCGTTGTGGAAGGAAGTAGATCACGTGAA
GGGCTTGTGGAAGAACCGGGCGGATCTGAAGGTTGAAGATGCTGGGATTGCGGCACTTTT
TGGTCTTGAATGCTTCGCTTGGTACTGTGCGGGTGAGATCGTTGGAAGAGGCTTCACTTT
CACCGGCTACTACCCTTGAAGCAAACAAAAAGCAAACATGCCTTTCATGGCTGTGATATT
TTTAGCAAAAGTTTAAATTTTTATTTCTGTCTTTGGATAGTTAAGTAGACACTTAACTAA
TCATTATATTACTCATGCCTAGCGCTTAATAATAATATCAGTCGACAACTGGTTTGCTTT
TTTCC

QA 1 605 1 605
DS 

RD RR3FN03JQ 549 0 0
TTTTTTTGAGAAAAATGGCATCAAAGTTGCTACAGCTGAAGTCAAAAGCGTGTGAAGCAT
CAAAGTTTGTGTCCAAGCACGGGACTAGTTACTACAAACAGTTGCTGGAGAAGAACAAGC
ACTATATCCAGGACCCAGCCACTGTTGAGAAATGCCAAGAGTTGTCTAAGCAGCTTCTCT
ACACTCGTCTTGCTAGCATTCCTGGACGTTCAGAGTCGTTGTGGAAGGAAGTAGATCACG
TGAAGGGCTTGTGGAAGAACCGGGCGGATCTGAAGGTTGAAGATGCTGGGATTGCGGCAC
TTTTTGGTCTTGAATGCTTCGCTTGGTACTGTGCGGGTGAGATCGTTGGAAGAGGCTTCA
CTTTCACCGGCTACTACCCTTGAAGCAAACAAAAAGCAAACATGCCTTTCATGGCTGTGA
TATTTTTAGCAAAAGTTTAAATTTTTATTTCTGTCTTTGGATAGTTAAGTAGACACTTAA
CTAATCATTATATTACTCATGCCTAGCGCTTAATAATAATATCAGTCGACAACTGGTTTG
CTTTTTTCC

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 2

CO CL8341Contig1 839 2 2 U
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AGACTCTCATCATCGCTTCCTCGTAACCACGGTGATGGAGGTTACATACTTCAGGGAATG
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AGCTTTAGTTCACAACAAACCTCTCTAATGGTTGCTCCCAATAATCAGCTGGTTCTCCAG
CAGCCATCATATGCATCCTTAAACCCTGGGGGGTTCTCTCCTCACTTGGAGATCAACAAG
CGTCTTGAAGATTGGTCAAACACTTTATTGTCAACCAACATCCCACAGAGTGATGTTCAT
TCAAAACCAGACGCCTTGGAATGGAACCACTTCTGCAATTCAGATGCTGCACAAGCAGGC
TTTTCTGGTGCAAACAACTTAGGTCCAGTTACTGATGCTCAACTGTTGAGAAGTAGCAGT
CCAAGTGAAGGTTTATTTGTGGGACAACAGAAGCTAGAGAATGGTTCAATGCCTTCAGAT
GCTGGTTCCTTGGATGATATTGTCAACTCCATGATGCCAAAGGAGCAGAGCCAGGCTGAG
TTCTTTGAAGGAGATTTGGGGTTTGGATGGCATAATAGCTCACTCAGAACATGCATATGA
GAATCTGTTTTTTTATGTTTTCTTTGTAACTTGGTCAACATGAGAAAGAGTGTTTTAATC
AGACACAATCAATTATTATTACCTTTGGTTCTGTCTTTTCTTTTTCTTGCTCTCTTGTAA
AAAACTGTAAGCCCTCTTTGCAACTTATGTTTCAAGCATGATGGCAGTCTCTTCGTGCC


BQ
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AF RR3DT65TF U 1
AF RR3DT65JQ C 119
BS 1 667 RR3DT65TF
BS 668 839 RR3DT65JQ

RD RR3DT65TF 667 0 0
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AGACTCTCATCATCGCTTCCTCGTAACCACGGTGATGGAGGTTACATACTTCAGGGAATG
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AGCTTTAGTTCACAACAAACCTCTCTAATGGTTGCTCCCAATAATCAGCTGGTTCTCCAG
CAGCCATCATATGCATCCTTAAACCCTGGGGGGTTCTCTCCTCACTTGGAGATCAACAAG
CGTCTTGAAGATTGGTCAAACACTTTATTGTCAACCAACATCCCACAGAGTGATGTTCAT
TCAAAACCAGACGCCTTGGAATGGAACCACTTCTGCAATTCAGATGCTGCACAAGCAGGC
TTTTCTGGTGCAAACAACTTAGGTCCAGTTACTGATGCTCAACTGTTGAGAAGTAGCAGT
CCAAGTGAAGGTTTATTTGTGGGACAACAGAAGCTAGAGAATGGTTCAATGCCTTCAGAT
GCTGGTTCCTTGGATGATATTGTCAACTCCATGATGCCAAAGGAGCAGAGCCAGGCTGAG
TTCTTTGAAGGAGATTTGGGGTTTGGATGGCATAATAGCTCACTCAGAACATGCATATGA
GAATCTG

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3DT65JQ 721 0 0
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CGAGCTTTAGTTCACAACAAACCTCTCTAATGGTTGCTCCCAATAATCAGCTGGTTCTCC
AGCAGCCATCATATGCATCCTTAAACCCTGGGGGGTTCTCTCCTCACTTGGAGATCAACA
AGCGTCTTGAAGATTGGTCAAACACTTTATTGTCAACCAACATCCCACAGAGTGATGTTC
ATTCAAAACCAGACGCCTTGGAATGGAACCACTTCTGCAATTCAGATGCTGCACAAGCAG
GCTTTTCTGGTGCAAACAACTTAGGTCCAGTTACTGATGCTCAACTGTTGAGAAGTAGCA
GTCCAAGTGAAGGTTTATTTGTGGGACAACAGAAGCTAGAGAATGGTTCAATGCCTTCAG
ATGCTGGTTCCTTGGATGATATTGTCAACTCCATGATGCCAAAGGAGCAGAGCCAGGCTG
AGTTCTTTGAAGGAGATTTGGGGTTTGGATGGCATAATAGCTCACTCAGAACATGCATAT
GAGAATCTGTTTTTTTATGTTTTCTTTGTAACTTGGTCAACATGAGAAAGAGTGTTTTAA
TCAGACACAATCAATTATTATTACCTTTGGTTCTGTCTTTTCTTTTTCTTGCTCTCTTGT
AAAAAACTGTAAGCCCTCTTTGCAACTTATGTTTCAAGCATGATGGCAGTCTCTTCGTGC
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL8342Contig1 780 2 3 U
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TCTCTTTGTTGTCTAAGGTTTACCTCCATCAACCAAACGCAATGGCGAACGCAGCGTCGG
GAATGGCGGTGGTAGACGAATGTAAGCTCAAGTTTTTGGAGCTAAAGGCGAAAAGAAACT
ATAGGTTCATAATATTCAGGATAGATGGGCAACAAGTGGTTGTCGAAAAGCTTGGAAGTC
CCGAGGAGAACTACGATGATTTCTCCAATTCTCTTCCGGCCAACGAGTGCCGCTATGCCG
TCTATGACTTCGACTTCACCACCGTTGAGAATTGCCAGAAAAGCAAAATCTTCTTCATAG
CATGGTCACCGGATTCTTCGAGTGTGAGGATGAAGATGGTGTATGCCAGCTCAAAGGACA
GGTTCAAGAGAGAATTGGATGGTATTCAGGTGGAATTACAAGCCACGGACCCGAGTGAGA
TGAGTTTTGACATCATCAAAAGTCGTGCTCTCTAGATTCATATGTGCCTGATTTCTTATC
ATATATCCATAAGTGCTCCATCATCATTATTCAAAGAACTTCTCCATGTTATGTTATGTA
ACTTTCTTGTTTTTTGTAACTTTCTTGGTTTCATTCCTTCTTCCTCTTGACTCTTTTTTA
TCTTTTTATTTACATCTTAAATTGACATGGATTTTATACATGGGGTTTGGACATGTTAAA
ACCATGTAGTTTTCCGTGTAATAGCTGCATATTTTGTTGAAAAATAAAACATATTTTCAG


BQ
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AF RR3FI80TF U 73
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BS 73 620 RR3FI80TF
BS 621 780 RR3FI80JQ

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TATTCAGGATAGATGGGCAACAAGTGGTTGTCGAAAAGCTTGGAAGTCCCGAGGAGAACT
ACGATGATTTCTCCAATTCTCTTCCGGCCAACGAGTGCCGCTATGCCGTCTATGACTTCG
ACTTCACCACCGTTGAGAATTGCCAGAAAAGCAAAATCTTCTTCATAGCATGGTCACCGG
ATTCTTCGAGTGTGAGGATGAAGATGGTGTATGCCAGCTCAAAGGACAGGTTCAAGAGAG
AATTGGATGGTATTCAGGTGGAATTACAAGCCACGGACCCGAGTGAGATGAGTTTTGACA
TCATCAAAAGTCGTGCTCTCTAGATTCATATGTGCCTGATTTCTTATCATATATCCATAA
GTGCTCCATCATCATTATTCAAAGAACTTCTCCATGTTATGTTATGTAACTTTCTTGTTT
TTTGTAAC

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3FI80JQ 780 0 0
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TCTCTTTGTTGTCTAAGGTTTACCTCCATCAACCAAACGCAATGGCGAACGCAGCGTCGG
GAATGGCGGTGGTAGACGAATGTAAGCTCAAGTTTTTGGAGCTAAAGGCGAAAAGAAACT
ATAGGTTCATAATATTCAGGATAGATGGGCAACAAGTGGTTGTCGAAAAGCTTGGAAGTC
CCGAGGAGAACTACGATGATTTCTCCAATTCTCTTCCGGCCAACGAGTGCCGCTATGCCG
TCTATGACTTCGACTTCACCACCGTTGAGAATTGCCAGAAAAGCAAAATCTTCTTCATAG
CATGGTCACCGGATTCTTCGAGTGTGAGGATGAAGATGGTGTATGCCAGCTCAAAGGACA
GGTTCAAGAGAGAATTGGATGGTATTCAGGTGGAATTACAAGCCACGGACCCGAGTGAGA
TGAGTTTTGACATCATCAAAAGTCGTGCTCTCTAGATTCATATGTGCCTGATTTCTTATC
ATATATCCATAAGTGCTCCATCATCATTATTCAAAGAACTTCTCCATGTTATGTTATGTA
ACTTTCTTGTTTTTTGTAACTTTCTTGGTTTCATTCCTTCTTCCTCTTGACTCTTTTTTA
TCTTTTTATTTACATCTTAAATTGACATGGATTTTATACATGGGGTTTGGACATGTTAAA
ACCATGTAGTTTTCCGTGTAATAGCTGCATATTTTGTTGAAAAATAAAACATATTTTCAG

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL8343Contig1 427 2 1 U
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ATAGTATGGCGTTGTTATTTAAGGGATGGCCCTCACTTTATTTATATATCGATAGCATAC
AGAGGAGCCGCCAGAGCTCGATGCAAACAGATACGCGCATATATGGTTAAATCTGATGCC
ACTTACTTAGTGAGAAATAATAAACCGACCGACCAAAAATTTGTTTGGATGTTGGCACGT
TCCTAAATAAGTCCTTTTTTCAAAATCGGGGTTATAATATAAAAAGAGAATAGTAAAGTA
CTGTATCAATCTTCTAGAAAGGAATAATAAAGTATGAGTTTATTTGATATATGTATTGTA
TCCATCTTTCAACAATTATATCGCATTGCTTTTCCCTTATTTGTGTATGAATTTTCTCTT
CGAAACG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3AL44TF U 1
AF RR3AR63TF U 1
BS 1 427 RR3AL44TF

RD RR3AL44TF 427 0 0
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AGAGGAGCCGCCAGAGCTCGATGCAAACAGATACGCGCATATATGGTTAAATCTGATGCC
ACTTACTTAGTGAGAAATAATAAACCGACCGACCAAAAATTTGTTTGGATGTTGGCACGT
TCCTAAATAAGTCCTTTTTTCAAAATCGGGGTTATAATATAAAAAGAGAATAGTAAAGTA
CTGTATCAATCTTCTAGAAAGGAATAATAAAGTATGAGTTTATTTGATATATGTATTGTA
TCCATCTTTCAACAATTATATCGCATTGCTTTTCCCTTATTTGTGTATGAATTTTCTCTT
CGAAACG

QA 1 427 1 427
DS 

RD RR3AR63TF 427 0 0
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ATAGTATGGCGTTGTTATTTAAGGGATGGCCCTCACTTTATTTATATATCGATAGCATAC
AGAGGAGCCGCCAGAGCTCGATGCAAACAGATACGCGCATATATGGTTAAATCTGATGCC
ACTTACTTAGTGAGAAATAATAAACCGACCGACCAAAAATTTGTTTGGATGTTGGCACGT
TCCTAAATAAGTCCTTTTTTCAAAATCGGGGTTATAATATAAAAAGAGAATAGTAAAGTA
CTGTATCAATCTTCTAGAAAGGAATAATAAAGTATGAGTTTATTTGATATATGTATTGTA
TCCATCTTTCAACAATTATATCGCATTGCTTTTCCCTTATTTGTGTATGAATTTTCTCTT
CGAAACG

QA 1 427 1 427
DS 



AS 1 2

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AAGAGGAAGGCTATCGTCGAGAGAGCTTCTCAGCTTGATATTGTTGTCACCAACAGGCTT
GCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGATAACAAGAAGAAGCTACTTGAGATATT
TAGTTGTTTCTGGTTTGTTGCATTTCCCTTTTTGTTATCAGACTGTTTTGGTTTCTTTTG
TGTTTGCTGTCAAAACAGACAAGAGTTTTGGTTTAAGACAGACTATGTTGAGATGGTTCG
TAAACTATTTCAGCTTCAGT


BQ
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AF RR3E857TF U 1
AF RR3E857JQ C 1
BS 1 548 RR3E857TF
BS 549 620 RR3E857JQ

RD RR3E857TF 548 0 0
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GCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGATAACAAGAAGAAGCTACTTGAGATATT
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TGTTTGCT

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3E857JQ 620 0 0
GGACGGAGTAGTCAGTCGCATCGAGATCGATCTTAGGAAGCAGCAAAAATGGCCGTTCCT
TTGCTTACGAAGAAGGTGGTGAAGAAGAGGTCCGCCAAGTTCATCAGGCCCCAGAGCGAC
CGCAGAATCACCGTAAAGGAAAGCTGGAGGAGGCCAAAGGGTATTGACTCCAGGGTCAGA
AGGAAGTTCAAGGGTGTCACCTTGATGCCCAATGTTGGATACGGATCTGACAAGAAGACC
CGCCATTACCTCCCCAACGGGTTCAAGAAGTTCGTTGTGCACAACACGAGTGACCTTGAG
TTGTTGATGATGCACAACAGGACTTACTGCGCTGAGATTGCACACAACGTTTCCACCAAG
AAGAGGAAGGCTATCGTCGAGAGAGCTTCTCAGCTTGATATTGTTGTCACCAACAGGCTT
GCTAGGCTCCGTAGCCAAGAAGACGAGTGAAGATAACAAGAAGAAGCTACTTGAGATATT
TAGTTGTTTCTGGTTTGTTGCATTTCCCTTTTTGTTATCAGACTGTTTTGGTTTCTTTTG
TGTTTGCTGTCAAAACAGACAAGAGTTTTGGTTTAAGACAGACTATGTTGAGATGGTTCG
TAAACTATTTCAGCTTCAGT

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

CO CL8345Contig1 582 2 2 U
GGGAAACCTCGAAACCAAAAAACCCTAAGCAGCAGAGATCGAAGCAGAAGGAAGGAGCGA
TTTGTTTCATCTCAGTCCTCGACGATTCAATCTCTTCGTTCCCTAAAACCATGGCTACCA
TACCGGTTAACCCGAAGCCATTCTTGAACAATTTGACCGGAAAGACGGTTATTGTTAAGC
TTAAATGGGGAATGGAATACAAAGGTTTCCTTGCCTCTGTTGACTCCTACATGAACTTGC
AGCTGGGAAACACCGAGGAATATATCGATGGACAATTGACAGGAAACCTTGGAGAGATCT
TGATCAGATGCAACAACGTTTTGTATGTCCGAGGTGTGCCAGAAGATGAAGAACTCGCGG
ACGCTGAACAAGACTAGCCTGGTACCAATGACGTAGAGATCGCTAGTCTGTTTGAAGTCG
TGTCGTGTATTCTATGAGCGTTTTAAACCCATTTTACTCTTCTTAAATATTTTTAAGTTG
TTTGATACCTTAAAACCAGAACGTTACAAGCGGTTTAACTCTTTATGAGAGAAATCGAAC
TTCTTTCTGGCTTTCTGTTATTGAAAAGGTATGCTTGTCGTT


BQ
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AF RR3EO73TF U 1
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BS 561 582 RR3EO73JQ

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TTTGTTTCATCTCAGTCCTCGACGATTCAATCTCTTCGTTCCCTAAAACCATGGCTACCA
TACCGGTTAACCCGAAGCCATTCTTGAACAATTTGACCGGAAAGACGGTTATTGTTAAGC
TTAAATGGGGAATGGAATACAAAGGTTTCCTTGCCTCTGTTGACTCCTACATGAACTTGC
AGCTGGGAAACACCGAGGAATATATCGATGGACAATTGACAGGAAACCTTGGAGAGATCT
TGATCAGATGCAACAACGTTTTGTATGTCCGAGGTGTGCCAGAAGATGAAGAACTCGCGG
ACGCTGAACAAGACTAGCCTGGTACCAATGACGTAGAGATCGCTAGTCTGTTTGAAGTCG
TGTCGTGTATTCTATGAGCGTTTTAAACCCATTTTACTCTTCTTAAATATTTTTAAGTTG
TTTGATACCTTAAAACCAGAACGTTACAAGCGGTTTAACTCTTTATGAGAGAAATCGAAC
TTCTTTCTGGCTTTCTGTTA

QA 1 560 1 560
DS 

RD RR3EO73JQ 570 0 0
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CAGTCCTCGACGATTCAATCTCTTCGTTCCCTAAAACCATGGCTACCATACCGGTTAACC
CGAAGCCATTCTTGAACAATTTGACCGGAAAGACGGTTATTGTTAAGCTTAAATGGGGAA
TGGAATACAAAGGTTTCCTTGCCTCTGTTGACTCCTACATGAACTTGCAGCTGGGAAACA
CCGAGGAATATATCGATGGACAATTGACAGGAAACCTTGGAGAGATCTTGATCAGATGCA
ACAACGTTTTGTATGTCCGAGGTGTGCCAGAAGATGAAGAACTCGCGGACGCTGAACAAG
ACTAGCCTGGTACCAATGACGTAGAGATCGCTAGTCTGTTTGAAGTCGTGTCGTGTATTC
TATGAGCGTTTTAAACCCATTTTACTCTTCTTAAATATTTTTAAGTTGTTTGATACCTTA
AAACCAGAACGTTACAAGCGGTTTAACTCTTTATGAGAGAAATCGAACTTCTTTCTGGCT
TTCTGTTATTGAAAAGGTATGCTTGTCGTT

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 2

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CCTCCTCGCCTATCTCTGGCACGCGCCACCTTACGCGCTCCCTCTTATCCAGCGCCTCCA
TAGTGCCTCCTCGAACTCCTTCCTCCGTTCGCTGCACTGGATTTGGATCTCGGTTAGCTT
ACTCGACCCGGTACGTCTCAATCCGATGCCGAGCTAACCGGTCAGGCTCCGCTTACTCGC
CGCTTAACTCAAACTCTAACTTCAGCGATCGGCCTCCGACGGAGATGGCGCCTCTGTTTC
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AAGAGGCGAAGAAGCGAATCTACAATGTTTCGTGCGAGAGGTATTTAGGGTTTGGGTGTG
AGATTGATGAAGAGACTTCTACTAAGCTTGAAGGTTTGCCTGGTGTTCTGTTTGTGCTAC
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AGATAGTCCAGCGATCACCAGAGAGGCAGAGGAGAGTTGAGCCGCAGCCACAGAGAGCTC
AAGACAGGCCAAGATACAATGACAGAACTCGCTATTCTCGCCGCAGAGAAAACACACGTT
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TTTGTATGATAGTGATCATGAAGATGATGTTGCTACCCGGCGAAGTACTTTGCAGTGAGT
GAATCGACCAACTTTGGATATTGTTAAAATGCCAAGTTTTGATTATAATGTATAACCTTT
TTATATAATAATGTAAA


BQ
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AF RR3G811TF U 1
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CCTCCTCGCCTATCTCTGGCACGCGCCACCTTACGCGCTCCCTCTTATCCAGCGCCTCCA
TAGTGCCTCCTCGAACTCCTTCCTCCGTTCGCTGCACTGGATTTGGATCTCGGTTAGCTT
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AAGAGGCGAAGAAGCGAATCTACAATGTTTCGTGCGAGAGGTATTTAGGGTTTGGGTGTG
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CAGATTCTTATGTTGATCCTGAAAACAAAGATTATGGAGCCGAGCTGTTTGTGAATGGTG
AGATAGTCCAGCGATCACCAGAGAGGCAGAGGAGAGTTGAGCCGCAGCCACAGAGAGCTC
AAGACAGGCCAAGATACAATGACAGAACTCGCTATTCTCGCCGCAGAGAAAA*ACACGTT
GAAGTGCGGCTGAAGAGGATGGATCATAAACCTACAC

QA 1 757 1 757
DS 

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ACATCCAGACCTTAGCCAAAGTCGTTGGAAGTGAGGAAGAGGCGAAGAAGCGAATCTACA
ATGTTTCGTGCGAGAGGTATTTAGGGTTTGGGTGTGAGATTGATGAAGAGACTTCTACTA
AGCTTGAAGGTTTGCCTGGTGTTCTGTTTGTGCTACCAGATTCTTATGTTGATCCTGAAA
ACAAAGATTATGGAGCCGAGCTGTTTGTGAATGGTGAGATAGTCCAGCGATCACCAGAGA
GGCAGAGGAGAGTTGAGCCGCAGCCACAGAGAGCTCAAGACAGGCCAAGATACAATGACA
GAACTCGCTATTCTCGCCGCAGAGAAAACACACGTTGAAGTGCGGCTGAAGAGGATGGAT
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TGATGTTGCTACCCGGCGAAGTACTTTGCAGTGAGTGAATCGACCAACTTTGGATATTGT
TAAAATGCCAAGTTTTGATTATAATGTATAACCTTTTTATATAATAATGTAAA

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

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AATTTGCTCACGCAAAATCACAAGAGGTATCAAAAAAGAAGCTTGTTGGACAATCTCAAA
TATTACTGCTGGGAATAAAGTTCAGATAGAGGCTGTGGTTGGCGCTGGGATTGTCCTCCC
TCTTGTGCATTTGCTCCAACACGCGGAGTTTGATATAAAGAAGGAAGCTGCGTGGGCTAT
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CATCAAACCTCTTTGTGATCTTCTTATCTGCCCTGATCCGAGGATTGTGACGGTGTGCTT
AGAGGGGCTTGAGAACATTCTCAAGATTGGTGAGGCTGACAAGGAGATGGGGTTAAACGG
TGGGGTGAATCTCTATGCTCAGCTAATTGAAGAATCCGATGGGTTGGACAAAATCGAAAA
CCTTCATTCCCATGACAACAACGAGATATATGAGAAAGCCGTTAAGATCTTGGAGAGATA
TTGGGCTGAAGAAGAGGATGAGCAGATTCTGCCAGACGGAGAACCAGAACAAGGCTTCAG
TTTTGGGAATAACCAGGCTGCTGCTCCCCCTGGTGGATTCAAATTTGGTTGAACAAAGGG
TATAGAACATTGAAAATCATTTGGTGTTGGGGGGACCTGAGATTCATCTTTTGCTACTGT
TATTGAAGGTTGGTTTTTGAAATACTGGCGCAAAAAGGCTTTTATACCATTTTTTGTTCG
TTGTCATTTGTCTGAATCATTCTCTGCTTCTGTATCTTAATATCTTAAAACTTTGGGATG
AATCATGTCCAGTGTGGTTACTGGTTTAGGATCG


BQ
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AF RR3CC25TF U 1
AF RR3CC25JQ C 344
BS 1 588 RR3CC25TF
BS 589 1114 RR3CC25JQ

RD RR3CC25TF 588 0 0
GCACCAACACCATTTGAAGAGGTGAAGCCTGCCCTGCCAGTTCTTCGGCAGCTTATTTAT
CTAAATGATGAAGAAGTTCTTACTGATGCCTGTTGGGCTCTCTCCTACCTTTCATATGGC
CCTAATGATAAAATTCAGGCTGTGATTGAGGCAGGTGTCTGTCCTCGACTTGTGGAGCTT
CTAAGTCATCCATCACCAACGGTTCTCATTCCTGCTCTCCGAACTGTTGGGAACATCGTA
ACTGGCGATGACTCTCAGACACAGTTTATAATTGATAGTGGGGTACTTCCACACCTTTAC
AATTTGCTCACGCAAAATCACAAGAGGTATCAAAAAAGAAGCTTGTTGGACAATCTCAAA
TATTACTGCTGGGAATAAAGTTCAGATAGAGGCTGTGGTTGGCGCTGGGATTGTCCTCCC
TCTTGTGCATTTGCTCCAACACGCGGAGTTTGATATAAAGAAGGAAGCTGCGTGGGCTAT
TTCAAATGCTACCTCAGGAGGGTCTCATGAGCAGATTCAGTATTTGGTAGCACAAGGTTG
CATCAAACCTCTTTGTGATCTTCTTATCTGCCCTGATCCGAGGATTGT

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3CC25JQ 771 0 0
TGTTGGACAATCTCAAATAT*ACTGCTGGGAATAAAGTTCAGATAGAGGCTGTGGTTGGC
GCTGGGATTGTCCTCCCTCTTGTGCATTTGCTCCAACACGCGGAGTTTGATATAAAGAAG
GAAGCTGCGTGGGCTATTTCAAATGCTACCTCAGGAGGGTCTCATGAGCAGATTCAGTAT
TTGGTAGCACAAGGTTGCATCAAACCTCTTTGTGATCTTCTTATCTGCCCTGATCCGAGG
ATTGTGACGGTGTGCTTAGAGGGGCTTGAGAACATTCTCAAGATTGGTGAGGCTGACAAG
GAGATGGGGTTAAACGGTGGGGTGAATCTCTATGCTCAGCTAATTGAAGAATCCGATGGG
TTGGACAAAATCGAAAACCTTCATTCCCATGACAACAACGAGATATATGAGAAAGCCGTT
AAGATCTTGGAGAGATATTGGGCTGAAGAAGAGGATGAGCAGATTCTGCCAGACGGAGAA
CCAGAACAAGGCTTCAGTTTTGGGAATAACCAGGCTGCTGCTCCCCCTGGTGGATTCAAA
TTTGGTTGAACAAAGGGTATAGAACATTGAAAATCATTTGGTGTTGGGGGGACCTGAGAT
TCATCTTTTGCTACTGTTATTGAAGGTTGGTTTTTGAAATACTGGCGCAAAAAGGCTTTT
ATACCATTTTTTGTTCGTTGTCATTTGTCTGAATCATTCTCTGCTTCTGTATCTTAATAT
CTTAAAACTTTGGGATGAATCATGTCCAGTGTGGTTACTGGTTTAGGATCG

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL8348Contig1 1011 2 6 U
GGAAACCCGCGTCGTCTCTCTCGCTGCTTCTCTTGTCCATCGCCGACTATGGCCAAGGAG
AAACTGAAGCCTCTTCTCACCTCTGATGGAGGTGAAATCGCAGAGACTCCTCCCCGAGAG
AAGAAGCATAAGAAGAAGAACAACAAGAAGCGATCCGAACCTGATCTAGACTTACCTTCA
ACGCGTGATTCCGGTGTTATTGATGAAGATAGAGACGGAGTGTTAGTTGACGACGAGCCA
ACGATGGGTGATAAGTTCTCGAGTCTTAACTTACTAGGCGGAGAGAAAGTTGTCACTGAT
GATAATAAGCCTCCTACTGCAGCCTCTGTTAATGTTCTTCTGAGACAAGCATTGCATGCT
GATGATCGCTCGCTTCTACTCGATTGCTTGTACAACCGAGATGAACAGGTGATTGCTAAC
TCGGTTGCTAAGTTGAATTCAGCAGAAGTACTCAAGCTTTTGAATTCTCTTTTACCAATA
TTACAGTCAAGGGGTGCAGTGTTAGCTTGTGCGATTCCTTGTATAAAGTGTCTGTTACTT
ACTCATTCCAGTGGGATTATGTCCCAGGAGTCATCGTTGCTTGCGTTGAACCCCATGTAC
CAGCTCATTGAATCACGGATATCAACTCTTCACACTGCTGTACAAGTTTCAAGCGAATTG
GACTTGATTGTGGACGACTTGGATGAAGAAGAAGAAGATGAAAGTCCTGTGATCTATGAG
GACAAGGACAGTGATGAAGAAGAAGAAGGAGAAGGAGCAGAGGAAGCAATGGAGACAGAT
GAAGAGGCAGACGAATCGGAGGATGAAGAAGCTGCTGATGGTGTCAATAGTTTTGAAGAT
TTTGACGACATGAGCGATTGAGAAGACTTCCTTAAAACGGAAATAGTTTTGATTTGTGTT
GAGGTACAAGTCTCGGCACGAATTTTGTAATACGCAATGGTTTGTATCAGCTATAGACTA
TGTACTAAGAAAGAGTTTTATTTTTCTTAAAAGAAGGTTGAGGTCAATACG


BQ
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AF RR3AP92TF U 1
AF RR3AP92JQ C 197
BS 1 720 RR3AP92TF
BS 721 721 RR3AP92JQ
BS 722 726 RR3AP92TF
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BS 749 1011 RR3AP92JQ

RD RR3AP92TF 756 0 0
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AAACTGAAGCCTCTTCTCACCTCTGATGGAGGTGAAATCGCAGAGACTCCTCCCCGAGAG
AAGAAGCATAAGAAGAAGAACAACAAGAAGCGATCCGAACCTGATCTAGACTTACCTTCA
ACGCGTGATTCCGGTGTTATTGATGAAGATAGAGACGGAGTGTTAGTTGACGACGAGCCA
ACGATGGGTGATAAGTTCTCGAGTCTTAACTTACTAGGCGGAGAGAAAGTTGTCACTGAT
GATAATAAGCCTCCTACTGCAGCCTCTGTTAATGTTCTTCTGAGACAAGCATTGCATGCT
GATGATCGCTCGCTTCTACTCGATTGCTTGTACAACCGAGATGAACAGGTGATTGCTAAC
TCGGTTGCTAAGTTGAATTCAGCAGAAGTACTCAAGCTTTTGAATTCTCTTTTACCAATA
TTACAGTCAAGGGGTGCAGTGTTAGCTTGTGCGATTCCTTGTATAAAGTGTCTGTTACTT
ACTCATTCCAGTGGGATTATGTCCCAGGAGTCATCGTTGCTTGCGTTGAACCCCATGTAC
CAGCTCATTGAATCACGGATATCAACTCTTCACACTGCTGTACAAGTTTCAAGCGAATTG
GACTTGATTGTGGACGACTTGGATGAAGAAGAAGAAGATGAAAGTCCTGTGATCTATGAG
*ACAAG*ACAGTGATGAAGAAGAAGAAG
AGAAGAGC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3AP92JQ 815 0 0
TTATTGATGAAGATAGAGACGGAGTGTTAGTTGACGACGAGCCAACGATGGGTGATAAGT
TCTCGAGTCTTAACTTACTAGGCGGAGAGAAAGTTGTCACTGATGATAATAAGCCTCCTA
CTGCAGCCTCTGTTAATGTTCTTCTGAGACAAGCATTGCATGCTGATGATCGCTCGCTTC
TACTCGATTGCTTGTACAACCGAGATGAACAGGTGATTGCTAACTCGGTTGCTAAGTTGA
ATTCAGCAGAAGTACTCAAGCTTTTGAATTCTCTTTTACCAATATTACAGTCAAGGGGTG
CAGTGTTAGCTTGTGCGATTCCTTGTATAAAGTGTCTGTTACTTACTCATTCCAGTGGGA
TTATGTCCCAGGAGTCATCGTTGCTTGCGTTGAACCCCATGTACCAGCTCATTGAATCAC
GGATATCAACTCTTCACACTGCTGTACAAGTTTCAAGCGAATTGGACTTGATTGTGGACG
ACTTGGATGAAGAAGAAGAAGATGAAGGTCCTGTGATCTATGAGGACAAGGACAGTGATG
AAGAAGAAGAAGGAGAAGGAGCAGAGGAAGCAATGGAGACAGATGAAGAGGCAGACGAAT
CGGAGGATGAAGAAGCTGCTGATGGTGTCAATAGTTTTGAAGATTTTGACGACATGAGCG
ATTGAGAAGACTTCCTTAAAACGGAAATAGTTTTGATTTGTGTTGAGGTACAAGTCTCGG
CACGAATTTTGTAATACGCAATGGTTTGTATCAGCTATAGACTATGTACTAAGAAAGAGT
TTTATTTTTCTTAAAAGAAGGTTGAGGTCAATACG

QA 1 815 1 815
DS 



AS 1 2

CO CL8349Contig1 873 2 2 U
TGCAGATATGTTTCGAAGGATGCAAACTCTGGTCCGTCTCCAAGCACAAGCTCGTACACG
AGCCTCACGTTCCTCTCACTCCTCTGCTTCATTCCACTCCTCAACCGCTCTACTCTTCCC
TTCTTCCACTCCTTCTCCTCGTTCCCTCCACACCCGCTCCCTTTCAAACGCCGAAGCCAT
CCCTATGGACCACCACCGCGGCAGCTCCAAACGCGTGGATTGGCAACCGAGGAAGACGTG
GACAAGATCCTAGAAGTCGACACTTGGAAGCCACGTCTACATCATCATCCTAAGCCGCTA
CGTTCGGAGAGAAACAACGAGTCTCCGAGGAAAAGACAGCAGCCTCTATTGGCTCCGAGA
ATTACAGAGAATAGTCCTCAAGTTGGGTCTAGTGGCTCGAGGAGAAGAACCCCGTTTACG
CCCACGACGACAAGAAGCGAGTATTCTTGGGGGTGTAGTAACTATTACTACTCGGGTTAT
CACCCGAACTACATGGCTAACACGGAGTCTTACAAAGCTAAAGTCCGGTCACAAAGCGCG
CCGAAGCAGAGACTTGAGGTCTCTAACGAGACCAGTGGATACAAGAAGTCTGTTCAGGGA
CAGTATTATTACTACACGGCGGTTGCGGAGGAGAGTTTGGACGTTGGAAGCCCTGGTTAC
TACGGAGGAGAAGGAGGAGGAGGAGGAGCTTCTGAACGATTGAATCGGAACCAGAGCGAG
AAGACAAGGATGCGTTCTTCGTTTCTTGTTTAGATTTTTATGGTTTTTTAATGTGTAAAT
CTCAATGTTTTTTTTTTTTAACAAGTTTCGATTGCTTGCATAAGAAGGAACACAACTCTG
TTCTTTTTATCTTTCTTGATTAAATGTTCAATC


BQ
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AF RR3C103TF U 1
AF RR3C103JQ C 102
BS 1 660 RR3C103TF
BS 661 873 RR3C103JQ

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ATTACAGAGAATAGTCCTCAAGTTGGGTCTAGTGGCTCGAGGAGAAGAACCCCGTTTACG
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CAGTATTATTACTACACGGCGGTTGCGGAGGAGAGTTTGGACGTTGGAAGCCCTGGTTAC

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DS 

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GGTTTTTTAATGTGTAAATCTCAATGTTTTTTTTTTTTAACAAGTTTCGATTGCTTGCAT
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QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

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TATTTGTGGC


BQ
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AF RR3D789JQ C 1
AF RR3D789TF U 1
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TATTTGTGGC

QA 1 550 1 550
DS 

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TCGAATTCGGGGGTGGTTTAGAGCTTCTCTGTGATTCTGAGAAGATCCATAAAGTAAACG
TCGATTTGCCCCGTGGAACAGATGAGTTAACAATGAAGCATTTGCTTTCGTGGGTTCGCA
CAAATGTGATCAAAGAGAGGCCTGAGATGTTCCTCAAGGGAGATACTGTGAGACCTGGTG
TTCTTGTGCTTGTGAATGACTGTGATTGGGAGCTTAGCGGTCAGCTCGAGACCACCATTG
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CCGTGTGGATCATCATCACACAAGAACCTTTTAACTATCTATGTTCTTCACTTCTGTTAT
GTAATCTCTGCAACTAATGAGAAAGAAACTGATAAATGTGATACATTAATCTCAATACGC
TATTTGTGGC

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 2

CO CL8351Contig1 828 2 2 U
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AATCAAGATTAGGAATAAAAGATGAGTTATCTAGGAGTTGGAGTCAGTCCCGGGAACGTC
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TGTTCTGTTTGTGCCCTCGCTCTCGTAGCTGCGGTTCTCATTGCTACAGACACTCAAGTC
AAAGAGATTTTCACCATCCAGAAGAAGGCCAAGTACACCGACATGAAGGCGCTTGTGTTA
TTGGTGGTCGTCAATGGGATAGCTGCGGCTTATTCTTTGGTGCATGGTGTTCGTTGCGTT
GTGGGTTTGATGAAAGGAAGCGTTTTGTTCAGTAAGCCTCTGGCTTGGGCCATTTTCTCC
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GCCTTTGCAAAGCTGAGTGAGCCAGAGCTTCAGTGGATTAAGATATGCACAATGTATGGG
AAGTTCTGTAACCAAGTAGGTGAAGGGATTGCGACAGCCTTGCTTGCTAGCATTGGTATG
GTTTTGGTCTCTTGCATTTCAGCTTTGGGTCTCTTTCGTTTGTATGGGGGTAACAAAGCC
AGGCAAAGCTCACGGTGGTGAAGGCCATGGCTCATACCGGTCTTGGACTAAAATCTTATT
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TCACGTTCTCGTTTGGTCAATAATAATCGAAATTGTAGTTTGGTAACG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F525TF U 1
AF RR3F525JQ C 79
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BS 679 828 RR3F525JQ

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DS 

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ATAGCTGCGGCTTATTCTTTGGTGCATGGTGTTCGTTGCGTTGTGGGTTTGATGAAAGGA
AGCGTTTTGTTCAGTAAGCCTCTGGCTTGGGCCATTTTCTCCGGTGATCAGGCGGTAGCC
TACTTGACTGTGGCTAGCGTTGGAGCAGCGGCGCAGTTTGCAGCCTTTGCAAAGCTGAGT
GAGCCAGAGCTTCAGTGGATTAAGATATGCACAATGTATGGGAAGTTCTGTAACCAAGTA
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GTGTGTGCTCTCACTCAATGTGGATACCGTCTGTTACTACTTTCACGTTCTCGTTTGGTC
AATAATAATCGAAATTGTAGTTTGGTAACG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

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CTTCTTAAACCTCGCCTTTGACGGATTCACAAACGCCACCCAAGACTCCATTGCCTCGAG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CX81TF U 1
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GGT

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DS 

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GGGGTTCGAAGCGTATCCGTTCTGTAAACAACACCCGGAAGCGGCATGGGACATTCTGAA
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TGGTTTGTCTTATCAGATTTTCCTCAAGTGGAGC

QA 1 514 1 514
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AV75JQ C 1
AF RR3AV75TF U 1
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TAACACTATATTTATTATTGTGTTTTGTGCC

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3AV75TF 571 0 0
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ATCATCAACTGATGAAGCCGTAGAATCTAGATATTTCGAGTTCTTGAGAGGAGGTGGCTG
CAAAGATGTGGTTAACGCTCTGGAACATTGTGAAGGACCTCGTAGCACTAAGTGTAAGCA
AATCGCCGGGATGTTGTTAAATTGTATGTGTTCTCACCCTGATTACTATCAACCGGTTAT
AGCTCTGTGGGAAACTTTTTACAAACAGTTAGCCAAAGACCTAGACGCCTTTCATGCGAA
GAAACAAAGAGATGAGAGCTATGGGAAAGCTAATCTCTTTAAAGGTTTCAAGAGATTTTA
AGTTTGTTTTAATAGTAGTTTCTTTTGTTGATGCCCATGAATACTATTTCCTCCTTACTT
GAATGATTTACATCTTGTTCTTTTCACTTTGTGCTTATGATTTATATTAGAACTAGTGTT
AGGCCCATACTGCGTACGGGTAAAAATTTCTTTTAATTTCATATCAAAATTAAGATGTAT
TAACACTATATTTATTATTGTGTTTTGTGCC

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 2

CO CL8355Contig1 553 2 1 U
GGCCGAGAAACGGCGGATTCCACTTAGGAAGTGGCGAAGAGACCATCATAGACGTGCCGG
ATAAATGGTCCGGTCGTATATGGGGTCGACAAGGCTGCACCTTCAACCAAAACGGTAAAG
GATCGTGCCAAACCGTAGATTGCAACGGCGGCTCCATCAACTGCCAAGGAACCGGCGGTG
TTCCACCAGCAACCGTCGTGGAAATGACACTAGGTTCATCATCCTCGCCGATTCATTTCT
ACGACGTGAGCCTTGTAGACGGATTCAACCTCCCCGTGTCGATGAAACCAATCGGAGGTG
GAGTTGGATGCGGCGTGGCGGCTTGTAAAGCGGATTTGAACGTTTGCTGTCCTTCGGCTT
TGGAAGTGAAGAGAGATGGCAAAGTCGTAGGGTGTAAAAGCGCTTGCTTGGCGATGCGAT
CAGCCAAGTACTGTTGCACCGGTGAATATGCGAATCCTAAGGCATGTAAGCCGACGCTGT
ACGCGAATCTGTTTAAAGCGATTTGTCCGAAAGCTTGATTACATACAGTAACTTCAATAC
ACTGTATATTACC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EC66JQ C 1
AF RR3EC66TF U 1
BS 1 553 RR3EC66TF

RD RR3EC66JQ 553 0 0
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GATCGTGCCAAACCGTAGATTGCAACGGCGGCTCCATCAACTGCCAAGGAACCGGCGGTG
TTCCACCAGCAACCGTCGTGGAAATGACACTAGGTTCATCATCCTCGCCGATTCATTTTT
ACGACGTGAGCCTTGTAGACGGATTCAACCTCCCCGTGTCGATGAAACCAATCGGAGGTG
GAGTTGGATGCGGCGTGGCGGCTTGTAAAGCGGATTTGAACGTTTGCTGTCCTTCGGCTT
TGGAAGTGAAGAGAGATGGCAAAGTCGTAGGGTGTAAAAGCGCTTGCTTGGCGATGCGAT
CAGCCAAGTACTGTTGCACCGGTGAATATGCGAATCCTAAGGCATGTAAGCCGACGCTGT
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ACTGTATATTACC

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DS 

RD RR3EC66TF 553 0 0
GGCCGAGAAACGGCGGATTCCACTTAGGAAGTGGCGAAGAGACCATCATAGACGTGCCGG
ATAAATGGTCCGGTCGTATATGGGGTCGACAAGGCTGCACCTTCAACCAAAACGGTAAAG
GATCGTGCCAAACCGTAGATTGCAACGGCGGCTCCATCAACTGCCAAGGAACCGGCGGTG
TTCCACCAGCAACCGTCGTGGAAATGACACTAGGTTCATCATCCTCGCCGATTCATTTCT
ACGACGTGAGCCTTGTAGACGGATTCAACCTCCCCGTGTCGATGAAACCAATCGGAGGTG
GAGTTGGATGCGGCGTGGCGGCTTGTAAAGCGGATTTGAACGTTTGCTGTCCTTCGGCTT
TGGAAGTGAAGAGAGATGGCAAAGTCGTAGGGTGTAAAAGCGCTTGCTTGGCGATGCGAT
CAGCCAAGTACTGTTGCACCGGTGAATATGCGAATCCTAAGGCATGTAAGCCGACGCTGT
ACGCGAATCTGTTTAAAGCGATTTGTCCGAAAGCTTGATTACATACAGTAACTTCAATAC
ACTGTATATTACC

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

CO CL8356Contig1 954 2 6 U
TTTTTTCTGCTGCTACATTATACACACACTTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGGTA
GCCATGGCTTCGGCTACTTTCTCTGTGGCCAAACCATCTCTTCAGGGTTTCTCTGACTTC
TCAGGACTCAGAAACTCCTCTGCTCTTCCCTTGGGCAAGAAAACTTCTTCTGATGAGTTT
GTTTCCTTCGTCAGTTTCCAGACTTCTGCAATGGGAAGCAGTGGAGGATACAGGAAAGGA
GTGACCGAGGCCAAGCTAAAGGTAGCCATCAATGGATTCGGTAGGATCGGTAGGAACTTC
TTGAGATGTTGGCATGGTCGTAAAGACTCTCCTCTTGATGTCATTGCCATTAACGACACT
GGCGGTGTTAAACAAGCGACGCATCTCCTCAAATACGACTCAACTCTTGGAATCTTCGAT
GCTGACGTCAAGCCTTCAGGAGACTCTGCTCTCTCTGTTGATGGAAAGATCATCAAGATT
GTCTCTGACCGCAACCCATCCAACCTCCCCTGGGGGGAACTAGGCATTGACTTGGTCGTG
CAGGTCTCGAAGAAGACTTTCGCTGAGGAAGTCAACGCTGCCTTCAGGGATGCGGCTGAG
AAAGAGCTTAAAGGTATACTCGATGTCTGCGACGAGCCTCTTGTCTCTGTCGACTTCAGG
TGCTCTGACGTGTCGTCCACGATTGATTCTTCTCTGACCATGGTTATGGGAGATGATATG
GTTAAAGTGATTGCTTGGTATGATAACGAATGGGGTTACTCGCAGAGAGTCGTTGATTTG
GCTGACATTGTTGCCAATAACTGGAAGTGAAAAAGACTCAACTGTTTGATGTTGTTCTGC
TCCATTTTTTATTTTACTGTTATTATTATGATTCGGAATGTATAATTGTAGTTCCTGAGT
TTATATGTATTTGTGCTCTTCAAAATTTAATAGTAATAAACTCTATATTCGGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GI81TF U 1
AF RR3GI81JQ C 191
BS 1 659 RR3GI81TF
BS 660 660 RR3GI81JQ
BS 661 698 RR3GI81TF
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BS 700 748 RR3GI81TF
BS 749 954 RR3GI81JQ

RD RR3GI81TF 748 0 0
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GCCATGGCTTCGGCTACTTTCTCTGTGGCCAAACCATCTCTTCAGGGTTTCTCTGACTTC
TCAGGACTCAGAAACTCCTCTGCTCTTCCCTTGGGCAAGAAAACTTCTTCTGATGAGTTT
GTTTCCTTCGTCAGTTTCCAGACTTCTGCAATGGGAAGCAGTGGAGGATACAGGAAAGGA
GTGACCGAGGCCAAGCTAAAGGTAGCCATCAATGGATTCGGTAGGATCGGTAGGAACTTC
TTGAGATGTTGGCATGGTCGTAAAGACTCTCCTCTTGATGTCATTGCCATTAACGACACT
GGCGGTGTTAAACAAGCGACGCATCTCCTCAAATACGACTCAACTCTTGGAATCTTCGAT
GCTGACGTCAAGCCTTCAGGAGACTCTGCTCTCTCTGTTGATGGAAAGATCATCAAGATT
GTCTCTGACCGCAACCCATCCAACCTCCCCTGGGGGGAACTAGGCATTGACTTGGTCGTG
CAGGTCTCGAAGAAGACTTTCGCTGAGGAAGTCAACGCTGCCTTCAGGGATGCGGCTGAG
AAAGAGCTTAAAGGTATACTCGATGTCTGCGACGAGCCTCTTGTCTCTGTCGACTTCAG*
TGCTCTGACGTGTCGTCCACGATTGATTCTTCTCTGAC*ATGGTTATGGGAGATGATATG
GTTAAAGTGATTGCTTGGTATGATAACG

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3GI81JQ 764 0 0
TCAGTTTCCAGACTTCTGCAATGGGAAGCAGTGGAGGATACAGGAAAGGAGTGACCGAGG
CCAAGCTAAAGGTAGCCATCAATGGATTCGGTAGGATCGGTAGGAACTTCTTGAGATGTT
GGCATGGTCGTAAAGACTCTCCTCTTGATGTCATTGCCATTAACGACACTGGCGGTGTTA
AACAAGCGACGCATCTCCTCAAATACGACTCAACTCTTGGAATCTTCGATGCTGACGTCA
AGCCTTCAGGAGACTCTGCTCTCTCTGTTGATGGAAAGATCATCAAGATTGTCTCTGACC
GCAACCCATCCAACCTCCCCTGGGGGGAACTAGGCATTGACTTGGTCGTGCAGGTCTCGA
AGAAGACTTTCGCTGAGGAAGTCAACGCTGCCTTCAGGGATGCGGCTGAGAAAGAGCTTA
AAGGTATACTCGATGTCTGCGACGAGCCTCTTGTCTCTGTCGACTTCAGGTGCTCTGACG
TGTCGTCCACGATTGATTCTTCTCTGACCATGGTTATGGGAGATGATATGGTTAAAGTGA
TTGCTTGGTATGATAACGAATGGGGTTACTCGCAGAGAGTCGTTGATTTGGCTGACATTG
TTGCCAATAACTGGAAGTGAAAAAGACTCAACTGTTTGATGTTGTTCTGCTCCATTTTTT
ATTTTACTGTTATTATTATGATTCGGAATGTATAATTGTAGTTCCTGAGTTTATATGTAT
TTGTGCTCTTCAAAATTTAATAGTAATAAACTCTATATTCGGAC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL8357Contig1 1044 2 4 U
GGGAAAAGCGGTGGAGAAACTGCAAGAGAACATTCCAAAAGGGTGCATAGTAGTAGTGAG
AATGTGAACGAGCATGTTGGTCGTGAAGACCCGCCGTTTACAGGTTCAGTACATCACACC
AATCCAGTAGCTGTGATACAAGAGGATATGCATCTCCAATACTCTGGCCACTTTGTTACG
GACACCCCAAATTCGCTGTCCGAACTCACAGGAGATTACGAGAGCCAGCTCAACAGCTTA
CGGTATGGGCGTTGGTGGTTTGATTACGTCCAAAACGGTCCTCTGTCTCCACTATCTCCC
CATGGACTGTCTCAGCTTCCGAACAACAATTCATGGGAAGTAGTTCGACATGCAATGCCG
TTCGGTCGGAATGCACCCGGACCAGTGAACGTCAACGGAGTTGTTCCAAGACAAGTCTTC
TTTCATATGAACCCTCAGATGATTCCAAATGCTAATTTTGGTATGGAGGAGTTGCCTAAG
CCACGAGGAACTGGGACATACTTTCCAAATGCGAACTTCTACAGAGATAGACCGTTGCCA
CCAAGAAGAAACTCGAACCAAACTAGGTCGCCACGTAACAATGGGCGTAGTGGCATGGCG
CATTTTCATTCAGACCATCGTCGTCAACAACAACTTCATCATCATCATAATCATCATCCC
AACCAAGCAAATGGTTCTTGTGACATGAGTCAAGTTGATTCGTTTGAAAGCTTCTCTGAT
GCCAATGGGTCTGCTGCAAATCATCAATATGAGAGATCTACTGAACCTTTTCAAGCTGAG
CTACGCTCCCCTCCCGAGGGAAGTAGTCAGAGTGACCTGAGCGTTGAAGGTTGTTATAAT
CAATCACATCGCCCAGCATCTATACCCTCCTCCACGGAGGAAGAACGGGTAACACAAACG
CAGTCATACTATTTGGCGGATGATCATGAGTTCCCTCCCTTGTAGCTCTGATCTGATCTC
TCACGAACACATGCTCCTTAGATCGTTATAGGAACAAGTATAGCTTTTTCTAACTTGTTT
TGTCTCCCTTCGCTCTCTCCACAG


BQ
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BQ
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AF RR3GJ01JQ C 1
AF RR3GJ01TF U 1
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QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AI13JQ U 6
AF RR3AI13TF C 1
BS 1 5 RR3AI13TF
BS 6 735 RR3AI13JQ
BS 736 810 RR3AI13TF

RD RR3AI13JQ 730 0 0
TACACTCTCTTGCATAGAACATATATACGTTTATATGTAAAGACACCAAAAAACAAAAAC
TCTTTAATTTTTCATAGCTCGAAACGTACAACAGTTTTGATTCCGATGTTGACCACATAG
TTGCTACGTACTATCATCAATCACTGGTGGTAAGTGCCATTCTTTCTTTCTGAGCTTCTG
ATGGCAGCTTAACATCGGTTGCTAATCCAATGGCTTGGAGGAATCTAACGACGTACCAAG
TCATATCAAATTGCCACCATTCAAGTCCATGTCGAGCAGAAAACTCGAAAGCATGGTGAT
TGTTGTGCCATCCTTCTCCAAATGCTAGAGCTGCTACCCACCAGTTGTTCTTAGACAAAT
CTCCAGTGTTCCATGCTTGGTTTCCCCAAACGTGACAAGCTGAGTTTACTAGCCACGTTA
TGTGATATACCCATACTATTCTTACACCCATTCCCCAAACTATGAAGGGGAAGCCACCCA
TTGCGTAAAGAGCCACCGCCAGAGCCACCGGATGCCAAATGTAGGTGTTTTTAAGGAACT
GATAGAAAGGCTGCTTCTCCAAGTCCCCAACATTATTAGGCTCTCAACCCTTTGCGTGAT
AGTATTGGTATCAAACATCCAATTCATGTGACTAAACCAAAACCCTTCAAGCGGGCTATG
AGGATCCTTGTCTGAATCACAAAACTGATGATGGTACCTATGTGTACTCACCCAATCAAT
AGGGTGCCCC

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3AI13TF 810 0 0
TCGCATACACTCTCTTGCATAGAACATATATACGTTTATATGTAAAGACACCAAAAAACA
AAAACTCTTTAATTTTTCATAGCTCGAAACGTACAACAGTTTTGATTCCGATGTTGACCA
CATAGTTGCTACGTACTATCATCAATCACTGGTGGTAAGTGCCATTCTTTCTTTCTGAGC
TTCTGATGGCAGCTTAACATCGGTTGCTAATCCAATGGCTTGGAGGAATCTAACGACGTA
CCAAGTCATATCAAATTGCCACCATTCAAGTCCATGTCGAGCAGAGAACTCGAAAGCATG
GTGATTGTTGTGCCATCCTTCTCCAAATGCTAGAGCTGCTACCCACCAGTTGTTCTTAGA
CAAATCTCCAGTGTTCCATGCTTGGTTTCCCCAAACGTGACAAGCTGAGTTTACTAGCCA
CGTTATGTGATATACCCATACTATTCTTACACCCATTCCCCAAACTATGAAGGGGAAGCC
ACCCATTGCGTAAAGAGCCACCGCCAGAGCCACCGGATGCCAAATGTAGGTGTTTTTAAG
GAACTGATAGAAAGGCTGCTTCTCCAAGTCCCCAACATTATTAGGCTCTCAACCCTTTGC
GTGATAGTATTGGTATCAAACATCCAATTCATGTGACTAAACCAAAACCCTTCAAGCGGG
CTATGAGGATCCTTGTCTGAATCACAAAACTGATGATGGTACCTATGTGTACTCACCCAA
TCAATAGGGTGCCCCTGAAGAGCTTGAGCTCCACAATAAGCAAACAAGTACTCAAGCCAC
TTAGGAAGCTTGAAGCTCCTATGAGTAACC

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL8360Contig1 1031 2 6 U
GGGCGAGTAGAGAGGGAGATAGAGAGAGAGAGATGAACTCGTCGCCGGCGATTGAACCAG
ACGTCCCGGACCTCGTTTGCCAGCTCGATAATGTCCAAGGCATGGTAGATGCCCTCACTT
GCGTCCGATGGAAACGCCACCAGGATGCTTTAGTGGAGTTATCCGAGCACGGAATCGTCT
TGATCGTTGAGGAATCAGGCTGTCTTCAAGCCAAGGTCTATCTTCAACGCGAGCTATTCA
CGAAGTACGAGTACGGAGCTGAAGGGAGACCGAGATTTGGAATCAGCTTAGGGCTTCTTG
TGGATTGCTTGAACACATTCTCATCACCTGGACATTCAAATACTATAGAAATCAAGTATC
CAGGCCCTGACATGGAGCTTCTTCTCAAGTCTGTTGATACTCTGAACTCATGCATCTACT
CTGAGATAAGAACGAGGATCCCAGAGACTAGTGAATGGGACTATAACTTTGAGCAGGCTG
GAACCTCGCCACTTACTTTTACCGTGAAGTCACGGCGTTGAAAGAAGCTATTGATGATCT
TGAGTGGCCTGGATCAGGCGTGCAGATTAGCCTTCAAAAGTCTCCTCCTTGTGTTACCTT
TAGAGGAGAAGGACATTGAGACTTGCAGATAGACTTCATGTATTATGCCAACACAGATCT
TCTCCTTGCCTTTCATTGCGATACTGAAGTCTCTTACAGGTACAAATACAAGTTCTTGAA
GGCGACAACAGCAAATATTCCTGGAAACGTCGCGAGGGAAAACAGGGGAAGTAAGCTGAC
AATAGGGAGAGGAGGGATGTTGAAAGTTCAGCACTTGGTTTCGGTTTCTAAACCGTTAGC
TCCACAAGTGGATTCTGCAGGTTATCAGCCGCCGAGTCGGATTGCTTATATAGAGTTCTT
TGTCAAGCCTGAAGAAACTGCTTAGTTTACAATCTTTTTCTGTTGGTCCAACAGATTGCT
AAAAGGCTTTGCAAAGAAAAGAAAAAAAGTGTAATTGGAGACTTATGTGTTGTTTTTGAT
CGTTTAGCCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B186TF U 1
AF RR3B186JQ C 223
BS 1 721 RR3B186TF
BS 722 722 RR3B186JQ
BS 723 761 RR3B186TF
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BS 763 778 RR3B186TF
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RD RR3B186TF 778 0 0
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ACGTCCCGGACCTCGTTTGCCAGCTCGATAATGTCCAAGGCATGGTAGATGCCCTCACTT
GCGTCCGATGGAAACGCCACCAGGATGCTTTAGTGGAGTTATCCGAGCACGGAATCGTCT
TGATCGTTGAGGAATCAGGCTGTCTTCAAGCCAAGGTCTATCTTCAACGCGAGCTATTCA
CGAAGTACGAGTACGGAGCTGAAGGGAGACCGAGATTTGGAATCAGCTTAGGGCTTCTTG
TGGATTGCTTGAACACATTCTCATCACCTGGACATTCAAATACTATAGAAATCAAGTATC
CAGGCCCTGACATGGAGCTTCTTCTCAAGTCTGTTGATACTCTGAACTCATGCATCTACT
CTGAGATAAGAACGAGGATCCCAGAGACTAGTGAATGGGACTATAACTTTGAGCAGGCTG
GAACCTCGCCACTTACTTTTACCGTGAAGTCACGGCGTTGAAAGAAGCTATTGATGATCT
TGAGTGGCCTGGATCAGGCGTGCAGATTAGCCTTCAAAAGTCTCCTCCTTGTGTTACCTT
TAGAGGAGAAGGACATTGAGACTTGCAGATAGACTTCATGTATTATGCCAACACAGATCT
TCTCCTTGCCTTTCATTGCGATACTGAAGTCTCTTACAGGTACAAATACAAGTTCTTGAA
G*CGACAACAGCAAATATTCCTGGAAACGTCGCGAGGGAAA*CAGGGGAAGTAAGCTG

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3B186JQ 809 0 0
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TCAGCTTAGGGCTTCTTGTGGATTGCTTGAACACATTCTCATCACCTGGACATTCAAATA
CTATAGAAATCAAGTATCCAGGCCCTGACATGGAGCTTCTTCTCAAGTCTGTTGATACTC
TGAACTCATGCATCTACTCTGAGATAAGAACGAGGATCCCAGAGACTAGTGAATGGGACT
ATAACTTTGAGCAGGCTGGAACCTCGCCACTTACTTTTACCGTGAAGTCACGGCGTTGAA
AGAAGCTATTGATGATCTTGAGTGGCCTGGATCAGGCGTGCAGATTAGCCTTCAAAAGTC
TCCTCCTTGTGTTACCTTTAGAGGAGAAGGACATTGAGACTTGCAGATAGACTTCATGTA
TTATGCCAACACAGATCTTCTCCTTGCCTTTCATTGCGATACTGAAGTCTCTTACAGGTA
CAAATACAAGTTCTTGAAGGCGACAACAGCAAATATTCCTGGAAACGTCGCGAGGGAAAA
CAGGGGAAGTAAGCTGACAATAGGGAGAGGAGGGATGTTGAAAGTTCAGCACTTGGTTTC
GGTTTCTAAACCGTTAGCTCCACAAGTGGATTCTGCAGGTTATCAGCCGCCGAGTCGGAT
TGCTTATATAGAGTTCTTTGTCAAGCCTGAAGAAACTGCTTAGTTTACAATCTTTTTCTG
TTGGTCCAACAGATTGCTAAAAGGCTTTGCAAAGAAAAGAAAAAAAGTGTAATTGGAGAC
TTATGTGTTGTTTTTGATCGTTTAGCCCG

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 2

CO CL8361Contig1 1101 2 4 U
TCTCAACGTTGTACTATCCGTCTCTCTCCCTCGTCTCCAAAAGCTTTCGATCCCTCCTTA
TTTCACCGGAGCTTTACAAGGTCCGTTCACTCTCGGACCACACCAATAATTGTCTATACG
TGTGCATACATTTCTCTTCGGGCCAGGGACCTTCCTGGTACACCCTATGCCGGAAACCTG
ACCAAACCCTAACCAAGTCATTGTCATCTTATGTTTTGGCTAAAGCTCCAATACCAAATT
CTCCTCGTGCGTCCTTTAAAGGTGTCGTGTCGGTCGGTCATAATATCTACAACATTAATA
ACGGACTGGTCTCGATACTAGACTGCCGGTCTCATACATGGAGCGAGGCTCCAAGCTTGC
GCGTTGAGCTCCCTTCAGTTTCCGCTACCGTCATTGATCGAAAGATATATATAGCAGGTC
GTTCCAGAGATTCCGAGAACTCGTTACAAGTGTTCGACACGCAAACTCGAACTTGGGATC
CTGTAGCCATCCGGTTAAGAGACGGATTCCACAAAAAAACCACATCTGTTGACGGATACT
TACACGTGGTGGCTAAACAAGAGGTGGTTGCTTACGATCATAAGAAAGGTAGATGGGGAC
TGGGCAGATCAAGGATGGATTGTTATATGGATTTATCTGCTTATTGCGAGATAGACAAAG
TACTGTACTCTGCTTCGAGGGGAGTGTTCAGATGGTTTGACACTAAATGGGGAAGGTGGA
GAAAGTTGAAGGGCTTGGCAGGACTTCCTGAGATCACTTGTGAAGCTCGTGTTAGATTGG
CTGATTATGGAGGAAAGATGGCGGTTTTGTGGCACCAACATTTGTCTTTTTATAATCGCT
TCTCACCTAAGAAGATGATTTGGTGTGCGGAGATTTCACTTGAAAGGCGCAACAACGATT
GCGAAATTTGGGGGAATGTTTAGTGGTTTGATCATGTGCTTACTCTCCCTCCAGGATGTC
ATGTAGTGAAGGTTCTTGGTGTTACTGTCTGAGGAATGAATATTCGTGCACGTGTGTTCT
TTTGGTGTCTGTATGCATTCAACTATGATCATTGTACGTGTTGTTGGCTCTTCAAGACAA
TAACACTCATAGGAATGGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AW86TF U 1
AF RR3AW86JQ C 275
BS 1 741 RR3AW86TF
BS 742 742 RR3AW86JQ
BS 743 788 RR3AW86TF
BS 789 1101 RR3AW86JQ

RD RR3AW86TF 788 0 0
TCTCAACGTTGTACTATCCGTCTCTCTCCCTCGTCTCCAAAAGCTTTCGATCCCTCCTTA
TTTCACCGGAGCTTTACAAGGTCCGTTCACTCTCGGACCACACCAATAATTGTCTATACG
TGTGCATACATTTCTCTTCGGGCCAGGGACCTTCCTGGTACACCCTATGCCGGAAACCTG
ACCAAACCCTAACCAAGTCATTGTCATCTTATGTTTTGGCTAAAGCTCCAATACCAAATT
CTCCTCGTGCGTCCTTTAAAGGTGTCGTGTCGGTCGGTCATAATATCTACAACATTAATA
ACGGACTGGTCTCGATACTAGACTGCCGGTCTCATACATGGAGCGAGGCTCCAAGCTTGC
GCGTTGAGCTCCCTTCAGTTTCCGCTACCGTCATTGATCGAAAGATATATATAGCAGGTC
GTTCCAGAGATTCCGAGAACTCGTTACAAGTGTTCGACACGCAAACTCGAACTTGGGATC
CTGTAGCCATCCGGTTAAGAGACGGATTCCACAAAAAAACCACATCTGTTGACGGATACT
TACACGTGGTGGCTAAACAAGAGGTGGTTGCTTACGATCATAAGAAAGGTAGATGGGGAC
TGGGCAGATCAAGGATGGATTGTTATATGGATTTATCTGCTTATTGCGAGATAGACAAAG
TACTGTACTCTGCTTCGAGGGGAGTGTTCAGATGGTTTGACACTAAATGGGGAAGGTGGA
GAAAGTTGAAGGGCTTGGCAG*ACTTCCTGAGATCACTTGTGAAGCTCGTGTTAGATTGG
CTGATTAT

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3AW86JQ 827 0 0
CGGTCATAATATCTACAACATTAATAACGGACTGGTCTCGATACTAGACTGCCGGTCTCA
TACATGGAGCGAGGCTCCAAGCTTGCGCGTTGAGCTCCCTTCAGTTTCCGCTACCGTCAT
TGATCGAAAGATATATATAGCAGGTCGTTCCAGAGATTCCGAGAACTCGTTACAAGTGTT
CGACACGCAAACTCGAACTTGGGATCCTGTAGCCATCCGGTTAAGAGACGGATTCCACAA
AAAAACCACATCTGTTGACGGATACTTACACGTGGTGGCTAAACAAGAGGTGGTTGCTTA
CGATCATAAGAAAGGTAGATGGGGACTGGGCAGATCAAGGATGGATTGTTATATGGATTT
ATCTGCTTATTGCGAGATAGACAAAGTACTGTACTCTGCTTCGAGGGGAGTGTTCAGATG
GTTTGACACTAAATGGGGAAGGTGGAGAAAGTTGAAGGGCTTGGCAGGACTTCCTGAGAT
CACTTGTGAAGCTCGTGTTAGATTGGCTGATTATGGAGGAAAGATGGCGGTTTTGTGGCA
CCAACATTTGTCTTTTTATAATCGCTTCTCACCTAAGAAGATGATTTGGTGTGCGGAGAT
TTCACTTGAAAGGCGCAACAACGATTGCGAAATTTGGGGGAATGTTTAGTGGTTTGATCA
TGTGCTTACTCTCCCTCCAGGATGTCATGTAGTGAAGGTTCTTGGTGTTACTGTCTGAGG
AATGAATATTCGTGCACGTGTGTTCTTTTGGTGTCTGTATGCATTCAACTATGATCATTG
TACGTGTTGTTGGCTCTTCAAGACAATAACACTCATAGGAATGGTGC

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

CO CL8362Contig1 881 2 6 U
CCATCTCTTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTATCCTTCTTCCTCTCCTCTTTGCTTCCCTTT
TCTTTAATTTATTCTTCCAAGATCAAATAGTTCCTTCTTTGATCTCATTGGCATACCAAA
ATTTTCAATATAACCCAAATAAGAAGTGAGATATCATTGAAGAGAACCCACAAGTTCAAA
AATGTCTTTAGATTTATCATCTGATCGTGTTTGCTATGTTCACTGCAACTTCTGCACCAC
GACTTTAGCGGTAAGTGTACCATACGCAAGTTTGTTCACACTTGTGACGGTGAGATGTGG
CCATTGTACCAATCTACTCTCTCTCAACATGGGTGTTTCACTTCATCAAAGCTCGCCTCC
TCCCATTCATCAAGATCTTCAGCAGCCTAAGCAACACATAACCTCTTCGGTAACAAGGAA
AGAATGGGGATCATCTTCCAGGAGCTCCAACCATTACTCAACCACATTGTCAGAAAAATG
TCGATCGGGAGGCTCCTAGAATGCCTCCGATTCGTCCACCAGAGAAAAGACAACGCGTTC
CTTCGGCCTACAACAGATTCATCAAAGAGGAAATCCAAAGGATCAAAGCTGGCAATCCAG
CGATCAGCCACCGTGAGGCGTTTAGCACAGCTGCTAAAAATTGGGCACATTTTCCTCACA
TTCACTTTGGATTAAAGCTGGATGGCAACAAGAAAGGCAAGCAATTAGACCAGACAGTTG
CAGGCCACAAGTCTAATGGCTATTTCTAAAGCCTTTACATATATATTGGTAATGACTATT
ATATATATACATATATGTGTGTGTGTTTGCTGATGATGGAAGAGAAGGCTAGGAAGAAGA
TCATACATAACTTTACATATATATTATATATGCATGTATGC


BQ
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AF RR3FJ55TF U 1
AF RR3FJ55JQ C 129
BS 1 639 RR3FJ55TF
BS 640 640 RR3FJ55JQ
BS 641 672 RR3FJ55TF
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BS 690 881 RR3FJ55JQ

RD RR3FJ55TF 689 0 0
CCATCTCTTCTCTCTCTCTGTCTCTCTCTATCCTTCTTCCTCTCCTCTTTGCTTCCCTTT
TCTTTAATTTATTCTTCCAAGATCAAATAGTTCCTTCTTTGATCTCATTGGCATACCAAA
ATTTTCAATATAACCCAAATAAGAAGTGAGATATCATTGAAGAGAACCCACAAGTTCAAA
AATGTCTTTAGATTTATCATCTGATCGTGTTTGCTATGTTCACTGCAACTTCTGCACCAC
GACTTTAGCGGTAAGTGTACCATACGCAAGTTTGTTCACACTTGTGACGGTGAGATGTGG
CCATTGTACCAATCTACTCTCTCTCAACATGGGTGTTTCACTTCATCAAAGCTCGCCTCC
TCCCATTCATCAAGATCTTCAGCAGCCTAAGCAACACATAACCTCTTCGGTAACAAGGAA
AGAATGGGGATCATCTTCCAGGAGCTCCAACCATTACTCAACCACATTGTCAGAAAAATG
TCGATCGGGAGGCTCCTAGAATGCCTCCGATTCGTCCACCAGAGAAAAGACAACGCGTTC
CTTCGGCCTACAACAGATTCATCAAAGAGGAAATCCAAAGGATCAAAGCTGGCAATCCAG
CGATCAGCCACCGTGAGGCGTTTAGCACAGCTGCTAAAA*TTGGGCACATTTTCCTCACA
TTCACTTTGGAT*AAAGCTGGATGGCAAC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3FJ55JQ 753 0 0
TATAACCCAAATAAGAAGTGAGATATCATTGAAGAGAACCCACAAGTTCAAAAATGTCTT
TAGATTTATCATCTGATCGTGTTTGCTATGTTCACTGCAACTTCTGCACCACGACTTTAG
CGGTAAGTGTACCATACGCAAGTTTGTTCACACTTGTGACGGTGAGATGTGGCCATTGTA
CCAATCTACTCTCTCTCAACATGGGTGTTTCACTTCATCAAAGCTCGCCTCCTCCCATTC
ATCAAGATCTTCAGCAGCCTAAGCAACACATAACCTCTTCGGTAACAAGGAAAGAATGGG
GATCATCTTCCAGGAGCTCCAACCATTACTCAACCACATTGTCAGAAAA*TGTCGATCGG
GAGGCTCCTAGAATGCCTCCGATTCGTCCACCAGAGAAAAGACAACGCGTTCCTTCGGCC
TACAACAGATTCATCAAAGAGGAAATCCAAAGGATCAAAGCTGGCAATCCAGCGATCAGC
CACCGTGAGGCGTTTAGCACAGCTGCTAAAAATTGGGCACATTTTCCTCACATTCACTTT
GGATTAAAGCTGGATGGCAACAAGAAAGGCAAGCAATTAGACCAGACAGTTGCAGGCCAC
AAGTCTAATGGCTATTTCTAAAGCCTTTACATATATATTGGTAATGACTATTATATATAT
ACATATATGTGTGTGTGTTTGCTGATGATGGAAGAGAAGGCTAGGAAGAAGATCATACAT
AACTTTACATATATATTATATATGCATGTATGC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL8363Contig1 932 2 2 U
AGGGTGCGTCTCACTTCTTTTCTGAAACTATCACTTCTTTCTAGTGACCTTAAACTATCC
CCTTGATACAAAAAAGAACTTTCCTTGTTTTTCCTTTCTGTTTTGTAGTACTGAAAAAAA
TATCAAAATGGACTCAGTTCAGTTTCAACACTTAAAGATGAAGAAACCGAGGGGAATCTT
GAACTTCCAAACAATAAGATCATTCAAAAGTTTATTCAGACTCATTGAACTGATTCTTCT
TCTAATCTTGATCTCCAAACTCTCTTTCCTTCAGTGAGACTCTCCTCTGACATTTTCAGG
GAAGCAGCAGAGTTTCTCGTTAGCCAGAGATTCGTCTTCTTCATCGGGAACGCAATTGTA
ATTACTCTTTTTGCGATATCAAGACGATACAACTCAGCTCACGAGCCTGTCTCAAATACA
ACAGAAGCTGTAAGCAACGATCTTTACCAAGAGTTTCTTCACGAGAGTGAGAAGAAGAGG
TCCGAAGTTTATGAGAACACGAAAACAGAACGGCCTAAGAAGCCGAGTGGAGTGAAAAGG
GTTAGTTTCGAGAGAAGCCAAACGCAGAAAGCGTTTGAGGTGGTCCACCCGCTCGAGAGT
ACAAGTGGTGGGAGAATCATGAAGAGGAATGCGTCGGAGAAGCATCTGAGGATTTGTGAT
TCGGACAAGAAAGTAGTGGCGAGAGCTAAGAAAGCAGAAGACAGAATGAGCAACGAACAG
TTTAGGACAAAGATCGAAGCCTTCATCGCGAGGCAAAAGAGGATTCAGAAGGAGGAAGAA
CACTTGATAATCTAGCTCCTCTTTGATTCTGAATGCTTTCTTTCTTTTGGTTATAAACTT
GGATATGCTCTGTTTCAAAACATTTCATAATCTTGTAGCTTTGCCTTAGTAAAACTATGT
ATCTTAAGTCTTAACGCTTGTAAACCTTTAGC


BQ
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AF RR3F591TF U 1
AF RR3F591JQ C 391
BS 1 575 RR3F591TF
BS 576 932 RR3F591JQ

RD RR3F591TF 575 0 0
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CCTTGATACAAAAAAGAACTTTCCTTGTTTTTCCTTTCTGTTTTGTAGTACTGAAAAAAA
TATCAAAATGGACTCAGTTCAGTTTCAACACTTAAAGATGAAGAAACCGAGGGGAATCTT
GAACTTCCAAACAATAAGATCATTCAAAAGTTTATTCAGACTCATTGAACTGATTCTTCT
TCTAATCTTGATCTCCAAACTCTCTTTCCTTCAGTGAGACTCTCCTCTGACATTTTCAGG
GAAGCAGCAGAGTTTCTCGTTAGCCAGAGATTCGTCTTCTTCATCGGGAACGCAATTGTA
ATTACTCTTTTTGCGATATCAAGACGATACAACTCAGCTCACGAGCCTGTCTCAAATACA
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TCCGAAGTTTATGAGAACACGAAAACAGAACGGCCTAAGAAGCCGAGTGGAGTGAAAAGG
GTTAGTTTCGAGAGAAGCCAAACGCAGAAAGCGTT

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR3F591JQ 542 0 0
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GAGTTTCTTCACGAGAGTGAGAAGAAGAGGTCCGAAGTTTATGAGAACACGAAAACAGAA
CGGCCTAAGAAGCCGAGTGGAGTGAAAAGGGTTAGTTTCGAGAGAAGCCAAACGCAGAAA
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GCGTCGGAGAAGCATCTGAGGATTTGTGATTCGGACAAGAAAGTAGTGGCGAGAGCTAAG
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GAATGCTTTCTTTCTTTTGGTTATAAACTTGGATATGCTCTGTTTCAAAACATTTCATAA
TCTTGTAGCTTTGCCTTAGTAAAACTATGTATCTTAAGTCTTAACGCTTGTAAACCTTTA
GC

QA 1 542 1 542
DS 



AS 1 2

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CTACTAAAACGAGTGTGCGAGTCTCATTTCGAAAACACTTTGCTCAACAAAGAGAATGTG
ATTGATGTGTTTCAGCTAGCTCTTCTCTGTGACGCTCCTCGTCTAGGTCTTCTCTGTCAC
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ATGGAAGCTTTTGTCCACATATGTAGAGATGGATGCAGAGAGATTGGTCCAACAAAGATC
GAAACCCCGCATGTCTCTTGTGGGTTTCAAGCGTGCAACGGTTTGGAGATGTTGTTGAAA
CATTTGGCGGTATGTAAACTGAGATCAATCCCTGGTGGCTGCAGCCGTTGTAAGAGAATG
TGGCAGCTTCTTGAGCTTCATCCACGTATTTGTGTAGACTCGGAGCAATGCAAAGTCCCT
CTTTGCAGTAGCTTCAAAGAGAGGATGAAGAAACAAAGCAGGAAAGATGAGAAGAGATGG
AAACTGTTGGTGAAGAATGTTTTGAGCACCAAGAGAATAGGAGGATCTCCTTTCTTTTTG
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TTCAAACAATTTTCAGTCTCT


BQ
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AF RR3BM48TF U 1
AF RR3BM48JQ C 91
BS 1 637 RR3BM48TF
BS 638 861 RR3BM48JQ

RD RR3BM48TF 637 0 0
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CTACTAAAACGAGTGTGCGAGTCTCATTTCGAAAACACTTTGCTCAACAAAGAGAATGTG
ATTGATGTGTTTCAGCTAGCTCTTCTCTGTGACGCTCCTCGTCTAGGTCTTCTCTGTCAC
AGAATGATTCTAAAGAGCTTTGAAGAAGTCTCTAATTCTCAAGGATGGATAGCGATGAAA
CAAAGTCACCCTAGTCTTCATAAAGAGCTCTTACGCTCTGTCTCTTACGAACTTAACAGC
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ATGGAAGCTTTTGTCCACATATGTAGAGATGGATGCAGAGAGATTGGTCCAACAAAGATC
GAAACCCCGCATGTCTCTTGTGGGTTTCAAGCGTGCAACGGTTTGGAGATGTTGTTGAAA
CATTTGGCGGTATGTAAACTGAGATCAATCCCTGGTGGCTGCAGCCGTTGTAAGAGAATG
TGGCAGCTTCTTGAGCTTCATCCACGTATTTGTGTAGACTCGGAGCAATGCAAAGTCCCT
CTTTGCAGTAGCTTCAAAGAGAGGATGAAGAAACAAA

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3BM48JQ 771 0 0
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ATACAGACATACACTCAGCTGTATGATGCAATGGAAGCTTTTGTCCACATATGTAGAGAT
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GCGTGCAACGGTTTGGAGATGTTGTTGAAACATTTGGCGGTATGTAAACTGAGATCAATC
CCTGGTGGCTGCAGCCGTTGTAAGAGAATGTGGCAGCTTCTTGAGCTTCATCCACGTATT
TGTGTAGACTCGGAGCAATGCAAAGTCCCTCTTTGCAGTAGCTTCAAAGAGAGGATGAAG
AAACAAAGCAGGAAAGATGAGAAGAGATGGAAACTGTTGGTGAAGAATGTTTTGAGCACC
AAGAGAATAGGAGGATCTCCTTTCTTTTTGCAGGCAATTGATGTTACTATGTGAAATTAT
TATTTCATTTCATAATACAGTTAGAGATTAGATATGTAATATACATAGGTAGCAGATTTT
TTTTTTTGTAAAGAGAGAAAGAGAGAGAAATTCAAACAATTTTCAGTCTCT

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL8365Contig1 1178 2 4 U
GGACTCTCTCTTGTCTCTCTTTGACTTACATTCATCCAGAGTACTTATCCAACTCTCTAG
TCCCCATTGCTTCTCAGCTATGTCGACATCCGAGAACAAAGTGGAAATCGTGGACAGAGG
CCACAAGGAAGAGGAAAAAGAAGAAGGCAAAGACTTCATCCACGACAGCGACGTAGAACC
CATTTTCTTTCATGAACCAACCGCGGACGTCCCCGCCATTACCATCCACAAGATCAACCT
CGAGAGAGCAGACATCGTCGTGTACGTCCGCGTCAATAACCCCAACATATTCCCCACCAA
TCCGATCGACATCCACTACCTCGTCGACGGGAGGAAACTCGTCTCCGGAGAGATCCTCGG
CGCAGGAACCATCGGGTCGTTCGAAGAAGAAATCTTCGAGATACCGTTGACTCTGAACTA
CGACGACATCAAAAGCACTGATGACGACGTCAGCCCCGGGATATCGATGAACATACCTTA
CAGGATCTACTTCACACTCTTTGTCTGCATCCCGATCTTTGGGAGTGCAACGTTACGGTT
GGAGAATCGCGGTGAGATTCGGATACCTAAGAAGCCTGATGTCGAGATAGAGATGATCAA
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GAATGACTTCGACTTGGGGGTTAACGACTTGGACTGTGAGGTTTGGCTGTGTGATTCGAG
CATTGGGGGAGCGGATATATCTTTCTCTATTAAGCTTGATAAGAACGGGAGTGGTTTGGT
TAACGTGCCGATCACGTTTAGGCTGCTGGATTTCTACGGGTCTGCGCTTTGGTATAAGAT
TCGTGGTAAAAGGATTGGGTATACTATTAAAGGTAATGTGGATGTTGATACGCCGTTTGG
TGCTCTAAGGCTTCCAATTATCAAGGAAGGTGGTGAGACTCGTTTGAAGAAGGAAGATGA
TGATGATGATGATGATGACGACGATGAGGAGTAAGAGAAGGAGCTCAAGAGAATGAGTGT
GTGTTGAGTACTGAATCTTCCATCTTTAAAAATAAAATAAAAATTTGAGGACTTGTTTGG
TGTGTACTTTTGATGACTGATGGATCAGTCTTTTCAATAGTGCTCTCTTTTGTTCGGACT
TCCTATATCAGTGTGGTCCGGTTCATTCGGTTATGTTT


BQ
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AF RR3AQ88TF U 1
AF RR3AQ88JQ C 477
BS 1 484 RR3AQ88TF
BS 485 485 RR3AQ88JQ
BS 486 758 RR3AQ88TF
BS 759 1178 RR3AQ88JQ

RD RR3AQ88TF 758 0 0
GGACTCTCTCTTGTCTCTCTTTGACTTACATTCATCCAGAGTACTTATCCAACTCTCTAG
TCCCCATTGCTTCTCAGCTATGTCGACATCCGAGAACAAAGTGGAAATCGTGGACAGAGG
CCACAAGGAAGAGGAAAAAGAAGAAGGCAAAGACTTCATCCACGACAGCGACGTAGAACC
CATTTTCTTTCATGAACCAACCGCGGACGTCCCCGCCATTACCATCCACAAGATCAACCT
CGAGAGAGCAGACATCGTCGTGTACGTCCGCGTCAATAACCCCAACATATTCCCCACCAA
TCCGATCGACATCCACTACCTCGTCGACGGGAGGAAACTCGTCTCCGGAGAGATCCTCGG
CGCAGGAACCATCGGGTCGTTCGAAGAAGAAATCTTCGAGATACCGTTGACTCTGAACTA
CGACGACATCAAAAGCACTGATGACGACGTCAGCCCCGGGATATCGATGAACATACCTTA
CAGGGTCTACTTCACACTCTTTGTCTGCATCCCGATCTTTGGGAGTGCAACGTTACGGTT
GGAGAATCGCGGTGAGATTCGGATACCTAAGAAGCCTGATGTCGAGATAGAGATGATCAA
GCTCCAGAAGTTTTCTCTGGAAGAGACCGTGGCGATCCTCCACGTGAGGTTTGAGAACAT
GAATGACTTCGACTTGGGGGTTAACGACTTGGACTGTGAGGTTTGGCTGTGTGATTCGAG
CATTGGGGGAGCGGATATATCTTTCTCTATTAAGCTTG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3AQ88JQ 702 0 0
CTTACAGGATCTACTTCACACTCTTTGTCTGCATCCCGATCTTTGGGAGTGCAACGTTAC
GGTTGGAGAATCGCGGTGAGATTCGGATACCTAAGAAGCCTGATGTCGAGATAGAGATGA
TCAAGCTCCAGAAGTTTTCTCTGGAAGAGACCGTGGCGATCCTCCACGTGAGGTTTGAGA
ACATGAATGACTTCGACTTGGGGGTTAACGACTTGGACTGTGAGGTTTGGCTGTGTGATT
CGAGCATTGGGGGAGCGGATATATCTTTCTCTATTAAGCTTGATAAGAACGGGAGTGGTT
TGGTTAACGTGCCGATCACGTTTAGGCTGCTGGATTTCTACGGGTCTGCGCTTTGGTATA
AGATTCGTGGTAAAAGGATTGGGTATACTATTAAAGGTAATGTGGATGTTGATACGCCGT
TTGGTGCTCTAAGGCTTCCAATTATCAAGGAAGGTGGTGAGACTCGTTTGAAGAAGGAAG
ATGATGATGATGATGATGATGACGACGATGAGGAGTAAGAGAAGGAGCTCAAGAGAATGA
GTGTGTGTTGAGTACTGAATCTTCCATCTTTAAAAATAAAATAAAAATTTGAGGACTTGT
TTGGTGTGTACTTTTGATGACTGATGGATCAGTCTTTTCAATAGTGCTCTCTTTTGTTCG
GACTTCCTATATCAGTGTGGTCCGGTTCATTCGGTTATGTTT

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL8366Contig1 671 2 3 U
GAAAATAACCCGATACATATAAAACTGTAAGAAGAAACACAACGGGAAATGCCAATCTCT
CTCGTCCAAGTCATTTCAATGTTTCAACTTTGAAGCTACATGGATGGAACTGAGACGACA
AAACTGAGAAAAACAATGCATTTGGTTTTATTCAGTTTGCGCGATTTCTGAAAATCTCGA
CCCCCAAGTAATCGAGAGCGCTACAAACAAGCGGAACATTTGGCTTCCACAGCTTCACCC
GAACAGCTGTTATCCGGGAAAACGTGGTCAGAGTTTTGGAGGCTATGAGTTCCGCTACTG
CCTCCAGAAGGTTTCTTGATGGCCCTTCTACAACTTCCTTAGCCAAGTTGTAAATGTCGA
CATAGCTGACTGAATCTTCTAAGTTGTCTGAAAGACCTGCCTTTTTAAGACACATGTATG
CATCAATGTCAAGCATAAACATCTGGCCCAGCGTCTTCTCTTCAGGAATAGCTCCATGGT
AACCGTAAAATTTCAAGCCTCTAAGTACCAGTTTGTCCCCCATCATATCATTCTCCATTT
GATTAAGATTTGTGAAAGAGAGAGAGAAAGAGTTAAGCGTAGCAGCAAGCAGCACAGGGG
GATTGACACGAAGGAGAAGACGGTGACGACTAATACCGTGAGCTCCTGACGAGAGAGAGT
CCTGGAGTCCC


BQ
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AF RR3ET02JQ U 42
AF RR3ET02TF C 1
BS 1 41 RR3ET02TF
BS 42 500 RR3ET02JQ
BS 501 671 RR3ET02TF

RD RR3ET02JQ 459 0 0
ACGGGAAATGCCAATCTCTCTCGTCCAAGTCATTTCAATGTTTCAACTTTGAAGCTACAT
GGATGGAACTGAGACGACAAAACTGAGAAAAACAATGCATTTGGTTTTATTCAGTTTGCG
CGATTTCTGAAAATCTCGACCCCCAAGTAATCGAGAGCGCTACAAACAAGCGGAACATTT
GGCTTCCACAGCTTCACCCGAACAGCTGTTATCCGGGAAAACGTGGTCAGAGTTTTGGAG
GCTATGAGTTCCGCTACTGCCTCCAGAAGGTTTCTTGATGGCCCTTCTACAACTTCCTTA
GCCAAGTTGTAAATGTCGACATAGCTGACTGAATCTTCTAAGTTGTCTGAAAGACCTGCC
TTTTTAAGACACATGTATGCATCAATGTCAAGCATAAACATCTGGCCCAGCGTCTTCTCT
TCAGGAATAGCTCCATGGTAACCGTAAAATTTCAAGCCT

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR3ET02TF 671 0 0
GAAAATAACCCGATACATATAAAACTGTAAGAAGAAACACAACGGGAAATGCCAATCTCT
CTCGTCCAAGTCATTTCAATGTTTCAACTTTGAAGCTACATGGATGGAACTGAGACGACA
AAACTGAGAAAAACAATGCATTTGGTTTTATTCAGTTTGCGCGATTTCTGAAAATCTCGA
CCCCCAAGTAATCGAGAGCGCTACAAACAAGCGGAACATTTGGCTTCCACAGCTTCACCC
GAACAGCTGTTATCCGGGAAAACGTGGTCAGAGTTTTGGAGGCTATGAGTTCCGCTACTG
CCTCCAGAAGGTTTCTTGATGGCCCTTCTACAACTTCCTTAGCCAAGTTGTAAATGTCGA
CATAGCTGACTGAATCTTCTAAGTTGTCTGAAAGACCTGCCTTTTTAAGACACATGTATG
CATCAATGTCAAGCATAAACATCTGGCCCAGCGTCTTCTCTTCAGGAATAGCTCCATGGT
AACCGTAAAATTTCAAGCCTCTAAGTACCAGTTTGTCCCCCATCATATCATTCTCCATTT
GATTAAGATTTGTGAAAGAGAGAGAGAAAGAGTTAAGCGTAGCAGCAAGCAGCACAGGGG
GATTGACACGAAGGAGAAGACGGTGACGACTAATACCGTGAGCTCCTGACGAGAGAGAGT
CCTGGAGTCCC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8368Contig1 749 2 1 U
GGGGATAAGCCGAAGAGGAGTAGGAGTAGGGACAACGACGATCTCGACGACAAGAGATGA
TGACAACACCAGGCGGAAGCAGCAGCGGGAGATTCAAGCCGTTACCGACGGCGATGTACG
TGGGATACTCAGGAACGGCGTCGTCTTGGGTAGCGAAGACATCGGTATCAGCGTCCGGGA
AGAGGATACAGAGGGAGATGGCTGAGCTAAACGTGGATCCGCCTCCTCAGTGTTCAGCTG
GACCCAAAGGAGATAATCTCTACCATTGGATCGCCACCATCATTGGTCCCTCCGGGACAC
CGTATGAAGGAGGGATCTTTTTTCTTGATATGATTTTTCCTTCTGATTATCCTTTCAAAC
CACCAAAGGTGGTGTTCAAGACTCGGATCTACCATTGCAATGTAGATACAGCTGGGAATT
TAAGTGTCGAGATTCTAAGAGACAGTTGGAGCCCGGCTCTTACAATCACAAAAGTCTTGC
AAGCCATTAGATCCATCTTCTTAAAACCTGAGACATACAATCCAGCTTTACCAGTGATTG
CACGGCTCTACTTGTCGGATAGAGAAAAGCATGAGGAGGTAGCTAAAGAATGGACATTGC
GATTTGCCAAGTGAACAGAAGTTTCGGATCTTTTAATACAGCGATATTATTTTGTACGTA
CACCTTTTGTTTGATGAATGATCAAAGCATCCCCCACCAAAGTGGAACAACAATGTTAGA
TGACCAAAGAAATATTGTTTGCTCTTAGC


BQ
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AF RR3BC21JQ C 1
AF RR3BC21TF U 1
BS 1 749 RR3BC21TF

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DS 

RD RR3BC21TF 749 0 0
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QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL8369Contig1 931 2 6 U
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BQ
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AF RR3EK25TF U 1
AF RR3EK25JQ C 183
BS 1 724 RR3EK25TF
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RD RR3EK25TF 743 0 0
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GACT*ATTCT*CAAGAGTTCAGT

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3EK25JQ 749 0 0
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CGTTTTTTTTTTTCTGGTTTTATGGGGTCTGTTAATGGAGAAGATCCGATTCTATTTGAG
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QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3C135JQ C 1
AF RR3C135TF U 1
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QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3C135TF 564 0 0
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AGATCTAGAATTGGGTCAATTACGTTTATTAGAAGTGGACAATAGAGTGGTTGTACCAGC
CAAAACTCATCTACGTATTATTGTAACATCTGCTGATGTACTTCATAGTTGGGCTGTACC
TTCCTTAGGTGTCAAATGTGATGCTGTACCTGGTCGTTTAAATCAAATCTCTATTTTGGT
ACAACGAGAAGGAGTTTACTATGGTCAGTGCAGTGAGATTTGTGGAACTAATCATGCCTT
TATGCCTATCGTCGTAGAAGCTGTTTCTAGGAAAGATTATGGTTCTTGGGTATCCAATCA
ATTAATCCCCCAAACCGGGGAAGCTTAAGCGGAAATTGAAGAGTAAGGTGAGGGAGGGGG
AAGAGCTATCAAACTTTAGAGGCTTAACTCGCTCGCTCTAACGCTCGTTTAGTAGACAGC
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TTCTGGCGAAGCTTCTAGCACTAG

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

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C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 

AF RR3EH85JQ U 1
AF RR3A421TF C 146
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C

QA 1 721 1 721
DS 

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TTCGA
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GCTATCGATTATTGTCCCTGGGGGGACGTTGTCGGGAGAGCTCGTCTGGAAAAACTTGGT
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CTTGCATGCCTCTATGTTCTGGTCGAGTTCAATGTTCAGAACCTGGTTGAACTGAGATTC
ACTAACACCATCCCTGAAGATTATGATATGC

QA 6 576 6 576
DS 



AS 1 2

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AGAGGAACCACACATCCTTTCAAGATTAATTTTATATATACTACATATGCGAAGAAGCCC
TCTCAGATGATTCCAAATCTCTCCCGCTTCAACTTAAGCCCCTTTCCAGATATTTTATCT
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TACGTGAAGAACAACA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET71TF U 1
AF RR3AX70TF U 1
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BS 72 72 RR3ET71TF
BS 73 235 RR3AX70TF
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BS 768 768 RR3ET71TF
BS 769 856 RR3AX70TF

RD RR3ET71TF 801 0 0
GGAAATTA
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AAAATACAAAAAATAAAAAGAGATAAATCTACAATAGACGTGTATTCACACGATCCTCCT
AATTAATCTCAACTTCCCATCATCACACGATTCTTTTTCACCGTTTCATCTTTCTCCTCC
TCTTCTCTATATCATTTCATCTTTTCCTTTTCTCTTCTCTTTCTCCTACATCGCAATCAA
AAACTCTCTGTTCTAGAATTTATATCGAAGATGCCACTGGAGTATACTCCTATATCTCAG
CTCAATGCGTCTAAGAAGGAATGGAAAATCAGAGTGCTGATCTCGCGGATTTGGGATTAC
TTTGCCAAATATAAACCTGATGTTGTTCTTGGAATGGAAGCGATCCTTGTGGATGAAAAG
GATTCAAGCTTCTCTGAAACCGAAACTGATTAAAAAATACAAAAGGGAGCTACAAGAAGG
AGAGTATCTAGATGTGATGAATTTTGAAGTAGTGGATAACAATGGTGATTACAGAGGAAC
CACACATCCTTTCAAGATTAATTTTATATATACTACATATGCGAAGAAGCCCTCTTAGAT
GATTCCAAATCTCTCCCGCTTCAACTTAAGCCCCTTTTCAGATATTTTATCTCTGTCAAA
TGTTGATGATGCCTTCATAGACATACTTGGTGAAATTGCTGGCATGGGTCAGATTACCGA
CAGAAACTATGCTGGAA*TTTAACAAA*CTGTTGGACATCCA*CTACGTGATCTGAGTGA
A*CAATCATTGA
T

QA 9 800 9 800
DS 

RD RR3AX70TF 856 0 0
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TGACCAAAAAA*TACAAAAAATAAAAAGAGATAAATCTACAATAGACGTGTATTCACACG
ATCCTCCTAATTAATCTCAACTTCCCATCATCACACGATTCTTTTTCACCGTTTCATCTT
TCTCCTCCTCTTCTCTATATCATTTCATCTTTTCCTTTTCTCTTCTCTTTCTCCTGCATC
GCAATCAAAAACTCTCTGTTCTAGAATTTATATCGAAGATGCCACTGGAGTATACTCCTA
TATCTCAGCTCAATGCGTCTAAGAAGGAATGGAAAATCAGAGTGCTGATCTCGCGGATTT
GGGATTACTTTGCCAAATATAAACCTGATGTTGTTCTTGGAATGGAAGCGATCCTTGTGG
ATGAAAAGGATTCAAGCTTCTCTGAAACCGAAACTGATTAAAAAATACAAAAGGGAGCTA
CAAGAAGGAGAGTATCTAGATGTGATGAATTTTGAAGTAGTGGATAACAATGGTGATTAC
AGAGGAACCACACATCCTTTCAAGATTAATTTTATATATACTACATATGCGAAGAAGCCC
TCTCATATGATTCCAAATCTCTCCCGCTTCAACTTAAGCCCCTTTCCAGATATTTTATCT
CTGTCAAATGTTGATGATGCCTTCATAGACATACTTGGTGAAATTGTTGGCATGGGTCAG
ATTACCGACAGAAACTATGCTGGAAATTTAACAAAACTGTTGGACATTCAACTACGTGAT
CTGAGTGAAACAATCATTGAATGTACTCTATGGAAAAAACATGCTGAGGATGTGCACTCT
TACGTGAAGAACAACA

QA 1 856 1 856
DS 



AS 1 2

CO CL8373Contig1 1008 2 2 U
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ACGCTTCTCTTATCTCTTATTGACAAACAAACTGAACTTTTTTTTTGCAGATACTTCTTT
CTTCATTGACTGCGGAAGCCCAACACCTTCCACCGACGCCTTCAACCGCACATGGCTCCC
CGACCAATTCTGATCCAGCGGATCCACCGCCGTCGTCTTCCAGCCTCTCCTCTTCCGCCA
CGTCGCTGAGAAGACAGTCCGCTATTTCCCCCTCTCCTTCGACAAGAAAAACTGCTATGC
CCTCCACTCCCCTCCTCCAGTCGCTACTATACATCAGAACCTTCACCGTCTACGACAACT
AAGACAACTACACGGTAAATCGCACTCCCCGTCTTCGACATCGAATAATTTGGAGTGGGG
GATAGATAGGTGAGAGAATAGGGTGATTTCAAAATTTCTTCTGACAAGAAGATTTGGTAG
ATAATAGATCTTTGCGAATCTTACAGAATGATTTGTTTCTTTTGTTTATAGATAGGTTTA
TGAAATAGTGGTAGAAGGGTAAAAAAATACCATGAACAGTTGTCATATTCCGTACCATTG
GTATATTGCCAATTTTAGGTAAATGTGTTGGTAAGGCTCCAAATTCCTCAACGAACAAAA
CATTGTCGTATATAAATAATTTGATGTATAATTAATTTTCTTGAGATCATAAATATAGTT
TATCATGATGGTCTTTGAATTATAATATATTAATAAGTAACTAAAAGTGACTATGTCCGT
ATTTGTAAGTGAAACACCTGGTTACTTTTTTTTCTTTTAAAAAGGGCTTCCTAGTTACTT
TTACTTTCACTGCATATATTATGCTAATGTATATCTCAATTATTTTTTACATTTACAGTT
ATTAAACTATTTAATATTGATTCTTTTCATTTAATCCTTCGTTTTTCAGTAACCTAATAA
AATTATATCAAAGCATAAACTGGATAAAATACTATAACTCTTTAAAGC


BQ
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AF RR3EL50TF U 1
AF RR3EL50JQ C 352
BS 1 751 RR3EL50TF
BS 752 1008 RR3EL50JQ

RD RR3EL50TF 751 0 0
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ACGCTTCTCTTATCTCTTATTGACAAACAAACTGAACTTTTTTTTTGCAGATACTTCTTT
CTTCATTGACTGCGGAAGCCCAACACCTTCCACCGACGCCTTCAACCGCACATGGCTCCC
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CGTCGCTGAGAAGACAGTCCGCTATTTCCCCCTCTCCTTCGACAAGAAAAACTGCTATGC
CCTCCACTCCCCTCCTCCAGTCGCTACTATACATCAGAACCTTCACCGTCTACGACAACT
AAGACAACTACACGGTAAATCGCACTCCCCGTCTTCGACATCGAATAATTTGGAGTGGGG
GATAGATAGGTGAGAGAATAGGGTGATTTCAAAATTTCTTCTGACAAGAAGATTTGGTAG
ATAATAGATCTTTGCGAATCTTACAGAATGATTTGTTTCTTTTGTTTATAGATAGGTTTA
TGAAATAGTGGTAGAAGGGTAAAAAAATACCATGAACAGTTGTCATATTCCGTACCATTG
GTATATTGCCAATTTTAGGTAAATGTGTTGGTAAGGCTCCAAATTCCTCAACGAACAAAA
CATTGTCGTATATAAATAATTTGATGTATAATTAATTTTCTTGAGATCATAAATATAGTT
TATCATGATGGTCTTTGAATTATAATATATT

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3EL50JQ 657 0 0
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GGAGTGGGGGATAGATAGGTGAGAGAATAGGGTGATTTCAAAATTTCTTCTGACAAGAAG
ATTTGGTAGATAATAGATCTTTGCGAATCTTACAGAATGATTTGTTTCTTTTGTTTATAG
ATAGGTTTATGAAATAGTGGTAGAAGGGTAAAAAAATACCATGAACAGTTGTCATATTCC
GTACCATTGGTATATTGCCAATTTTAGGTAAATGTGTTGGTAAGGCTCCAAATTCCTCAA
CGAACAAAACATTGTCGTATATAAATAATTTGATGTATAATTAATTTTCTTGAGATCATA
AATATAGTTTATCATGATGGTCTTTGAATTATAATATATTAATAAGTAACTAAAAGTGAC
TATGTCCGTATTTGTAAGTGAAACACCTGGTTACTTTTTTTTCTTTTAAAAAGGGCTTCC
TAGTTACTTTTACTTTCACTGCATATATTATGCTAATGTATATCTCAATTATTTTTTACA
TTTACAGTTATTAAACTATTTAATATTGATTCTTTTCATTTAATCCTTCGTTTTTCAGTA
ACCTAATAAAATTATATCAAAGCATAAACTGGATAAAATACTATAACTCTTTAAAGC

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

CO CL8374Contig1 862 2 4 U
GGGGAGAACGGAGAGAAGGCGAAAGAAATGGTGGCGTTGAAGCTCCAGAAGCGTATCGCA
GCCTCAGTGCTCAAGTGCGGAAAGGGCAAAGTATGGCTCGATCCAAACGAAGGCAACGAC
ATCGCCATGGCCAACTCTCGCCAAAACATAAGGAGGCTAGTGAATGATGGATTCATCATC
AAGAAGCCAACAAAGATCCACTCACGTTCCAGAGCACGACGCATGAAGATCGCCAAGATG
AAGGGACGTCACTCTGGTTACGGTAAAAGGAAGGGTACCAGGGAGGCGAGGCTGCCTACT
AAAGTGTTGTGGATGAGGAGGATGAGAGTGTTGAGGCGTCTCTTGAAGAAGTACCGTGAG
TCCAAGAAGATTGACAGGCATATGTACCATGACATGTACATGAAGGTGAAGGGAAACGTT
TTCAAGAACAAGCGTGTGTTGATGGAGAGTATTCATAAGTCCAAGGCTGAGAAGGCGAGA
GAGAAGACTCTGTCTGATCAGTTTGAGGCTAAGAGGGCTAAGAACAAGGCTAGTAGAGAG
AGGAAACATGCTCGTAGAGAGGAAAGACTTGCCATGGGTCCTGGAGGAAATGTACCTGCC
GCCGCACCACCTGCCTAAACTGCAGAGGTCCCAGCGAAAAGGTCGAAGAAGTGAGAAGAA
GAATAAGTTTTGTTCTTTAGTGACTTTTTATTTAGCAGATAATTTTGGAACGGTTTTTTT
TTTATTTAGCTTCCTGTCAAAACAGTTTATCTGCGACAAGTGTGAGAGTCTTTCATTATT
GTCGTCAGCAGTTCGCTGTGTTTTAGTCTTTTAAACACTTTTTTATTTCCCATCATCTCA
GTAATATGTCCTTTACGACTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CD83TF U 1
AF RR3CD83JQ C 110
BS 1 641 RR3CD83TF
BS 642 642 RR3CD83JQ
BS 643 662 RR3CD83TF
BS 663 862 RR3CD83JQ

RD RR3CD83TF 662 0 0
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GCCTCAGTGCTCAAGTGCGGAAAGGGCAAAGTATGGCTCGATCCAAACGAAGGCAACGAC
ATCGCCATGGCCAACTCTCGCCAAAACATAAGGAGGCTAGTGAATGATGGATTCATCATC
AAGAAGCCAACAAAGATCCACTCACGTTCCAGAGCACGACGCATGAAGATCGCCAAGATG
AAGGGACGTCACTCTGGTTACGGTAAAAGGAAGGGTACCAGGGAGGCGAGGCTGCCTACT
AAAGTGTTGTGGATGAGGAGGATGAGAGTGTTGAGGCGTCTCTTGAAGAAGTACCGTGAG
TCCAAGAAGATTGACAGGCATATGTACCATGACATGTACATGAAGGTGAAGGGAAACGTT
TTCAAGAACAAGCGTGTGTTGATGGAGAGTATTCATAAGTCCAAGGCTGAGAAGGCGAGA
GAGAAGACTCTGTCTGATCAGTTTGAGGCTAAGAGGGCTAAGAACAAGGCTAGTAGAGAG
AGGAAACATGCTCGTAGAGAGGAAAGACTTGCCATGGGTCCTGGAGGAAATGTACCTGCC
GCCGCACCACCTGCCTAAACTGCAGAGGTCCCAGCGAAAAG*TCGAAGAAGTGAGAAGAA
GA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3CD83JQ 753 0 0
AAGGCAACGACATCGCCATGGCCAACTCTCGCCAAAACATAAGGAGGCTAGTGAATGATG
GATTCATCATCAAGAAGCCAACAAAGATCCACTCACGTTCCAGAGCACGACGCATGAAGA
TCGCCAAGATGAAGGGACGTCACTCTGGTTACGGTAAAAGGAAGGGTACCAGGGAGGCGA
GGCTGCCTACTAAAGTGTTGTGGATGAGGAGGATGAGAGTGTTGAGGCGTCTCTTGAAGA
AGTACCGTGAGTCCAAGAAGATTGACAGGCATATGTACCATGACATGTACATGAAGGTGA
AGGGAAACGTTTTCAAGAACAAGCGTGTGTTGATGGAGAGTATTCATAAGTCCAAGGCTG
AGAAGGCGAGAGAGAAGACTCTGTCTGATCAGTTTGAGGCTAAGAGGGCTAAGAACAAGG
CTAGTAGAGAGAGGAAACATGCTCGTAGAGAGGAAAGACTTGCCATGGGTCCTGGAGGAA
ATGTACCTGCCGCCGCACCACCTGCCTAAACTGCAGAGGTCCCAGCGAAAAGGTCGAAGA
AGTGAGAAGAAGAATAAGTTTTGTTCTTTAGTGACTTTTTATTTAGCAGATAATTTTGGA
ACGGTTTTTTTTTTATTTAGCTTCCTGTCAAAACAGTTTATCTGCGACAAGTGTGAGAGT
CTTTCATTATTGTCGTCAGCAGTTCGCTGTGTTTTAGTCTTTTAAACACTTTTTTATTTC
CCATCATCTCAGTAATATGTCCTTTACGACTTG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL8375Contig1 770 2 10 U
CCCCAACGGAGAAGTTATAATCATCAACGGAGTGAGACGTGGAACCTCCGGATGGGGTAA
CGGCAGAGACCCACTATTCACCCCGATCATTTACGCGCCGAACAAACCGTTAGGCCAACG
TTTCAAAGAGCTCGCTCCTTCCCCTATCCCCCGCGTCTACCACTCCATCGCGGTCGCTCT
CCCCGACGGCAAAGTCCTCGTAGGTGGAAGCAACACTAACGACGGTTACAAGTACGACGT
CATGTTCCCGACCGAGCTCCGCATCCAGAAATACTCCCCGCCTTACCTCGACCCGGCTCT
TGCCTACTTGAGACCATCCATCGTGAACAGCGCCACACCGAAACAGATCAGGTACGGAGA
GAGGTTTAACATAAGGATCCAACTTAACCAGAAAGACGTGACGAAGGAGAATGTTATAGT
TACAATGTCGGCACCACCGTTTACCACGCATGCCGTGTCGATGAACATGAGGTTGCTCAT
GTTGGGTATCTTTGATGTCAAGAAAGAGGTTCGCGACCTTCATCAGATCCAGGCCGTTGC
TCCTCCCAGTGGAAGAGTTGCTCCTCCTGGCTATTATCTTCTCTCTGTTGTCTACCAAGG
CGTTCCAAGCGTTGGAGAATGGATCCAAATCGTCTGATTCTTTTTAGTTTCCTCCAAGGA
TAATTTAATAATGACCTTATTTTTTTGATACCAACCCTCACCCATAATAAATGTAAAATA
AAACCATATTTTTGCTCATTGTGAATAAAAGTTTTTGATACTTCGTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GS65JQ C 1
AF RR3AK70TF U 184
BS 1 184 RR3GS65JQ
BS 185 478 RR3AK70TF
BS 479 479 RR3GS65JQ
BS 480 624 RR3AK70TF
BS 625 625 RR3GS65JQ
BS 626 655 RR3AK70TF
BS 656 656 RR3GS65JQ
BS 657 671 RR3AK70TF
BS 672 672 RR3GS65JQ
BS 673 770 RR3AK70TF

RD RR3GS65JQ 764 0 0
CCCCAACGGAGAAGTTATAATCATCAACGGAGTGAGACGTGGAACCTCCGGATGGGGTAA
CGGCAGAGACCCACTATTCACCCCGATCATTTACGCGCCGAACAAACCGTTAGGCCAACG
TTTCAAAGAGCTCGCTCCTTCCCCTATCCCCCGCGTCTACCACTCCATCGCGGTCGCTCT
CCCCGACGGTAAAGTCCTCGTAGGTGGAAGCAACACTAACGACGGTTACAAGTACGACGT
CATGTTCCCGACCGAGCTCCGCATCCAGAAATACTCCCCGCCTTACCTCGACCCGGCTCT
TGCCTACTTGAGACCATCCATCGTGAACAGCGCTACACCGAAACAGATCAGGTACGGAGA
GAGGTTTAACATAAGGATCCAACTTAACCAGAAAGACGTGACGAAGGAGAATGTTATAGT
TACAATGTCGGCACCACCGTTTACCACGCATGCCGTGTCGATGAACATGAGGTTGCTCAT
GTTGGGTATCTTTGATGTCAAGAAAGAGGTTCGCGACCTTCATCAGATCCAGGCCGTTGC
TCCTCCCAGTGGAAGAGTTGCTCCTCCTGGCTATTATCTTCTCTCTGTTGTCTACCAAGG
CGTTCCAAGCGTTGGAGAATGGATCCAAATCGTCTGATT*TTTTTAGTTTCCTCCAAGGA
TAATTTAATAATGACCTTTTTTTTTTGATACCAACCCTCACCCATAATAAATGTAAAATA
AAACCATATTTTTGCTCATTGTGAATAAAAGTTTTTGATACTTC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3AK70TF 587 0 0
G
GACGGCAAAGTCCTCGTAGGTGGAAGCAACACTAACGACGGTTACAAGTACGACGTCATG
TTCCCGACCGAGCTCCGCATCCAGAAATACTCCCCGCCTTACCTCGACCCGGCTCTTGCC
TACTTGAGACCATCCATCGTGAACAGCGCCACACCGAAACAGATCAGGTACGGAGAGAGG
TTTAACATAAGGATCCAACTTAACCAGAAAGACGTGACGAAGGAGAATGTTATAGTTACA
ATGTCGGCACCACCGTTTACCACGCATGCCGTGTCGATGAACATGAGGTTGCTCGTGTTG
GGTATCTTTGATGTCAAGAAAGAGGTTCGCGACCTTCATCAGATCCAGGCCGTTGCTCCT
CCCAGTGGAAGAGTTGCTCCTCCTGGCTATTATCTTCTCTCTGTTGTCTACCAAGGCGTT
CCAAGCGTTGGAGAATGGATTCAAATCGTCTGATTCTTTTTAGTTTCCTCCCAGGATAAT
TTAATAA*GACCTTATTTTTTTGATACCAACCCTCACCCATAATAAATGTAAAATAAAAC
CATATTTTTGCTCATTGTGAATAAAAGTTTTTGATACTTCGTAATT

QA 2 587 2 587
DS 



AS 1 2

CO CL8376Contig1 1399 2 2 U
GGCTCTCGAAGAGGGTTTCGAGCTTGAACTTAACCAGGAATGTTCGAGGTGCTTCGCCCT
TCAGGGTGCTTGTGGATATAATCGGACCTCAAATAGATTCGCATGCTATTACATCGTCGA
GCCCAATGACCGTACCAGGAAAAAAGGTGTCTCTCCTGGAGCTATAGCAGGAATTGAGTA
TGCTTCCGGGTCGGTGGCCATAATTCTTATAGCCGGAGGTTTGTTCTGCCTTATAAGCCA
GCGAAGGAAGACATCAGATGTTCCTAGACAACTTAATCTAAAGGCCCTTATTCCACTAGA
ACACTATAGCTACGCGCAAGTAAAGAGAATTACAAAGTCATTTGCAGAAGTGATTGGGAA
AGGAGGATTTGGCACTGTGTATAGAGGAACCCTTTGTGATGGCCGCAAGGTTGCTGTCAA
AGTCTTGAATGATACAATGGGTAACGGTGAAGACTTCGTTAACGAAGTTGTAAGCATGAG
CAAGACATCTCATGTCAACATTGTTAACTTGCTAGGATTCTGTGCTGAAGGTACCAAGAG
AGCGATTCTTTACGAATATTTAGAAAATGGATCTCTGGATAAGTACATCACAAGCAAGAG
ATCATCAGATACGGATTGGATGGAACTATATGGAATCGCATTAGGCGTTGCTCGTGGTCT
AGAGTACTTGCACCACGGATGCAGAACAAGGATTGTACATTTCGACATCAAACCACAGAA
TGTACTCTTAGATGGCAATCTTTGTCCCAAGGTTTCAGACTTTGGCCTTGCTAAGCTATG
CGAGAGGAAAGAAAGCATCTTGTCACTATTAGACACAAGAGGTACGATGGGTACATTGCA
CCCGAAGTGTTTTCAAGAATGTACGGTAGAGTGTCACACAAGTCAGATGTGTATAGCTAT
GGAATGTTGGTTCTTGAGATGATAGGAGCAAGGACCAAAACATCAAGTGAAAACACTGCA
TCAAGCACAAGCTCAATGTACTTTCCCGAATGGATCTATAAGGATCTTGAGAAGGGAAAC
AGTGGAACGCCTACCGGGGATGGAATCAGCAATGAAGAAGAGGAGATAGCAAAGAAGATG
ACATTGGTGGGTCTGTGGTGTGTTCAATATTCCCCTCTAGATCGCCCACCAATGAACAGA
GTGGTGGAGATGATGGAAGGAAGTCTTGATGCTATTGAAGTCCCTCCTAGGCCTGTTTTG
CAAAACCCCACAAGCCCTCTTCCAGAATCTTCTACGGTTTCAGAGGACATTTCAGTTTAC
ACAGAAGTATGTTCACTAAATATTGCATAAAGACGAGAGGCTAGATTCAACTAGAAGATA
CCCTAACTATTGTGTCAGAGTTATCTGGTTCTGGTAACTACAAAGACGAAACTACCTATT
ATATAATGTGGTTTCAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A907TF U 1
AF RR3A907JQ C 521
BS 1 811 RR3A907TF
BS 812 1399 RR3A907JQ

RD RR3A907TF 811 0 0
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TCAGGGTGCTTGTGGATATAATCGGACCTCAAATAGATTCGCATGCTATTACATCGTCGA
GCCCAATGACCGTACCAGGAAAAAAGGTGTCTCTCCTGGAGCTATAGCAGGAATTGAGTA
TGCTTCCGGGTCGGTGGCCATAATTCTTATAGCCGGAGGTTTGTTCTGCCTTATAAGCCA
GCGAAGGAAGACATCAGATGTTCCTAGACAACTTAATCTAAAGGCCCTTATTCCACTAGA
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AGTCTTGAATGATACAATGGGTAACGGTGAAGACTTCGTTAACGAAGTTGTAAGCATGAG
CAAGACATCTCATGTCAACATTGTTAACTTGCTAGGATTCTGTGCTGAAGGTACCAAGAG
AGCGATTCTTTACGAATATTTAGAAAATGGATCTCTGGATAAGTACATCACAAGCAAGAG
ATCATCAGATACGGATTGGATGGAACTATATGGAATCGCATTAGGCGTTGCTCGTGGTCT
AGAGTACTTGCACCACGGATGCAGAACAAGGATTGTACATTTCGACATCAAACCACAGAA
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CGAGAGGAAAGAAAGCATCTTGTCACTATTA

QA 1 811 1 811
DS 

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AAGTACATCACAAGCAAGAGATCATCAGATACGGATTGGATGGAACTATATGGAATCGCA
TTAGGCGTTGCTCGTGGTCTAGAGTACTTGCACCACGGATGCAGAACAAGGATTGTACAT
TTCGACATCAAACCACAGAATGTACTCTTAGATGGCAATCTTTGTCCCAAGGTTTCAGAC
TTTGGCCTTGCTAAGCTATGCGAGAGGAAAGAAAGCATCTTGTCACTATTAGACACAAGA
GGTACGATGGGTACATTGCACCCGAAGTGTTTTCAAGAATGTACGGTAGAGTGTCACACA
AGTCAGATGTGTATAGCTATGGAATGTTGGTTCTTGAGATGATAGGAGCAAGGACCAAAA
CATCAAGTGAAAACACTGCATCAAGCACAAGCTCAATGTACTTTCCCGAATGGATCTATA
AGGATCTTGAGAAGGGAAACAGTGGAACGCCTACCGGGGATGGAATCAGCAATGAAGAAG
AGGAGATAGCAAAGAAGATGACATTGGTGGGTCTGTGGTGTGTTCAATATTCCCCTCTAG
ATCGCCCACCAATGAACAGAGTGGTGGAGATGATGGAAGGAAGTCTTGATGCTATTGAAG
TCCCTCCTAGGCCTGTTTTGCAAAACCCCACAAGCCCTCTTCCAGAATCTTCTACGGTTT
CAGAGGACATTTCAGTTTACACAGAAGTATGTTCACTAAATATTGCATAAAGACGAGAGG
CTAGATTCAACTAGAAGATACCCTAACTATTGTGTCAGAGTTATCTGGTTCTGGTAACTA
CAAAGACGAAACTACCTATTATATAATGTGGTTTCAGGC

QA 1 879 1 879
DS 



AS 1 2

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CTGTTTGGAGGTTCGGATTTTGATGATCTCTTTGGGTTTTAATCGGATTGGGGCTAGCAT
GCAGTAGATCTGTGGTTCCATTTTGGGGTCTCCCTTCTTAACAGTTGTGCTGATTCCTCT
ATATCTTGGTCTCGAGTTGCAGAAGCTTCTCTTTCGTAGATCCTGGTTTGTCTGCTCCGG
TCGATCTTCCTCTCTCCTCAATCGTTTGTGGCTGGAGGTACTGGTGTGGTCTGTGTTCGC
TCCCTGTCATCTCTCAACATCGAGATCTGGTATTTTCATGAAGCTGCTCTTTAGGCGTTT
CTTTTTTGTCTTATATAATGCCGTTTCCGAAAAAATTTTCCCGGCTATGAAGCTCTTGTT
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TGGCATCCACTCTATGTTTTAGTTTTGGGTTTCCTTGGTTCTTCTAGTCTTATGTTAGCC
ATGTAAGTGATGTTATATTTAGTCCTTTGTGTTTCATCAAGCTTCCCTTGTTTGGGCTTC
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BQ
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AF RR3AE46JQ C 1
AF RR3AE46TF U 1
BS 1 745 RR3AE46TF

RD RR3AE46JQ 745 0 0
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CTGTTTGGAGGTTCGGATTTTGATGATCTCTTTGGGTTTTAATCGGATTGGGGCTAGCAT
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ATATCTTGGTCTCGAGTTGCAGAAGCTTCTCTTTCGTAGATCCTGGTTTGTCTGCTCCGG
TCGATCTTCCTCTCTCCTCAATCGTTTGTGGCTGGAGGTACTGGTGTGGTCTGTGTTCGC
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CTTTTTTGTCTTATATAATGCCGTTTCCGAAAAAATTTTCCCGGCTATGAAGCTCTTGTT
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TGGCATCCACTCTATGTTTTAGTTTTGGGTTTCCTTGGTTCTTCTAGTCTTATGTTAGCC
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QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3AE46TF 745 0 0
GACACAGAGCCGGAGTCGGGGTTGCATCTCTAAAATTTCCGTTTTGTACTCTTTTTGTGT
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CTGTTTGGAGGTTCGGATTTTGATGATCTCTTTGGGTTTTAATCGGATTGGGGCTAGCAT
GCAGTAGATCTGTGGTTCCATTTTGGGGTCTCCCTTCTTAACAGTTGTGCTGATTCCTCT
ATATCTTGGTCTCGAGTTGCAGAAGCTTCTCTTTCGTAGATCCTGGTTTGTCTGCTCCGG
TCGATCTTCCTCTCTCCTCAATCGTTTGTGGCTGGAGGTACTGGTGTGGTCTGTGTTCGC
TCCCTGTCATCTCTCAACATCGAGATCTGGTATTTTCATGAAGCTGCTCTTTAGGCGTTT
CTTTTTTGTCTTATATAATGCCGTTTCCGAAAAAATTTTCCCGGCTATGAAGCTCTTGTT
CCTAAATTCCTTGGTTTATTCACTATGGGAGGGCACATCTTTAGTGGTTTGGCCAAGATT
TGGCATCCACTCTATGTTTTAGTTTTGGGTTTCCTTGGTTCTTCTAGTCTTATGTTAGCC
ATGTAAGTGATGTTATATTTAGTCCTTTGTGTTTCATCAAGCTTCCCTTGTTTGGGCTTC
TGTCTCAAGAGACATATCTGCCGTCCGCCGGCTAAGATTACCATATGATGTAAACTTATG
ATGTTAATGATATAATCTTTCCAGT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL8378Contig1 551 2 1 U
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CACTTCCTGTAAGAGCATCATCCTCTAGCCAAGCGATATCATCTTTATAGAACTCATCTA
CAGCATTGTGGTTCCACAGAGAAGTTTCTTCTTTACTTCCTAATTTTTAAAAGAATCAAA
AGAAATCAACAACACTCACAATCTATAAAAAAAAAAAATTGAAGAGATTACCTTTGATTC
TGGACACTCTAGTGATAAATCTGGAGCTCTCGTTGCTCTTTGTAGCAGCATCCCAAACAG
AGGTTTGGAAAGTAACAGTTGAATCATCATTCAACGGATCCATCGCTTCAACCGTTATAT
AGTACGTAGTAAACGAAGCATACTCCTCGTTTGCTTTCTGAACACTCCTGAACTGTAAAT
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GAGTGGATCCAGATTGGTATAAGCTTCCATAGACAGGGAAAAAGTCAACATCGAACCCCT
AACGCCCCGCC


BQ
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AACGCCCCGCC

QA 1 551 1 551
DS 



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BQ
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AF RR3FV94TF U 1
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QA 1 547 1 547
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FN28TF U 1
AF RR3FN28JQ C 430
BS 1 658 RR3FN28TF
BS 659 659 RR3FN28JQ
BS 660 693 RR3FN28TF
BS 694 1036 RR3FN28JQ

RD RR3FN28TF 693 0 0
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TGAGCAAAGTAGGAGGGATGATCTGGAATCTCTGGGTTATATGCTTATGTACTTTCTCCG
AGGAAGCCTTCCATGGCAGGGACTTCGTGCAGGAACCAAAAAACAAAAGTATGACAAGAT
CAGTGAAAAGAAAAGACTTACGCCAGTGGATGTCCTCTGTAGAAACTTCCCACCTGAGTT
CACATCCTATTTCCTCTACGTCCGTTCATTGCGGTTCGAAGACAAACCAGACTATTCATA
CTTAAAGAAGCTTTTCAGAGACCTATTCATCCGACAAGGTTATCAGTTTGACTATGTATT
CGATTGGACAATACTGAGGTATCAGCACGACTCCAGTTCCAGTTCCAATGCTACACCAAG
ACCAAGCCTAAGACCAGCTCTGAATATTCCAATACCATCTGCCGAGAAAGCAGAAAAGCC
TTCAACCGGGCGAGACAGATTCTCAGGCGTTTTCGAGGCATATAACAGAAGAACTGGCCC
AGGGACTGGCCTTCAAGATGATCGGTTTAGTAGACCAAGAACCTCAGAGAACGTTCTTAC
ATCTAGAGACACGCTTAACAAGGAGAGACCAATCACTATATCCAGGAACCATAGTTTT*C
AAGAAAAGCAGTTACTGGATCTAGTGTTCGAGC

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3FN28JQ 607 0 0
AAGACCAGCTCTGAATATTCCAATACCATCTGCCGAGAAAGCAGAAAAGCCTTCAACCGG
GCGAGACAGATTTTCAGGCGTTTTCGAGGCATATAACAGAAGAACTGGCCCAGGGACTGG
CCTTCAAGATGATCGGTTTAGTAGACCAAGAACCTCAGAGAACGTTCTTACATCTAGAGA
CACGCTTAACAAGGAGAGACCAATCACTATATCCAGGAACCATAGTTTTTCAAGAAAAGC
AGTTACTGGATTTAGTGTTCGAGCCACTTCCTCAGCTGATTTCGCAGAGAACGGGTCGAG
CAGAGTCGTCCTAAACAATGGCCGTCCTTTTACAACTCAGAGGACACAGTTCCCTCCTTC
GTCATCCTCTTTAGCTACAAAGGCTGCAGCATCAAGACTTCCTCCTGACGTTACCCTTGA
GTTCCTCACTATTGGGAACGGCAAGAGGAAGTGAGTCTCCATATTATCGGTCAAGAAACA
AACAAACAAACAATGCCTTGTTTTAATTGTGTTCAGTGTTATAGTTACTATCACCAATTT
ATCCTCGTCGTTATTACACTGATAAAAAGTATGTATATAAATATGCATGAACATGTTTTA
TAAGCTG

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

CO CL8381Contig1 804 2 2 U
GGGAATTCGTACGAGTTTGAGATCCGGAAAGATTTCTTGGAGCTGATGACTTGTGGACAC
AAGAGCATTCTGCAGTTCTATGGCGTTTGCATCGAAGAGAGTCATGGATTATGCGTTGTG
ACGAAACTGATGGAAGGCGGGTCACTCCATGAACTGATGTTGAAGAACAGGAAGCTTCAA
ACGAAGCAGATACTGCGAATCGCTATTGATATAGCGGAAGGGCTGAAGTTTGTGAATGAT
CATGGTGTTGCGTATAGGGACCTTAACGCACAGAGAATACTACTAGATAAACATGGCAAC
GCATGTTTGGGGGATATTGGGATAGTTACCGCTTGTAAGAGCTTTGGTGAGGCCGTGGAG
TATGAAACTGATGGCTATCGATGGCTTGCACCTGAGATAATAGCTGGTGACCCGGAGAAC
ACAGCAGAGACTTGGATGAGCAATGCTTATAGTTTTGGGATGGTACTGTGGGAGATGGTG
ACAGGAGAGGCTGCTTATGCCTCTTGCTCGCCTGTGCAGGCAGCTGTTGGGATAGCTGCT
TGTGGCCTAAGACCAGAGATCCCAAAGGAGTGCCCTCAAGCTCTCAGAACTCTGATGATC
AATTGTTGGAGCAACTCTCCCTCCAAACGCCCCAACTTCTCTGATATCCATAGCACGTTG
CTTCGCGCCATGTCACGCTAAGTTTGCTTTTGTTTCTTTTTTTTGTGTTTCGTAAGGTCA
TATTGTATATCCAGACTGTAACATTAAAAAATCGTAAGTAGTATTGTATCCATCGTAATA
GTGATATGATATGGATGGGTTGGT


BQ
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AF RR3D834TF U 1
AF RR3D834JQ C 152
BS 1 703 RR3D834TF
BS 704 804 RR3D834JQ

RD RR3D834TF 705 0 0
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ACGAAACTGATGGAAGGCGGGTCACTCCATGAACTGATGTTGAAGAACAGGAAGCTTCAA
ACGAAGCAGATACTGCGAATCGCTATTGATATAGCGGAAGGGCTGAAGTTTGTGAATGAT
CATGGTGTTGCGTATAGGGACCTTAACGCACAGAGAATACTACTAGATAAACATGGCAAC
GCATGTTTGGGGGATATTGGGATAGTTACCGCTTGTAAGAGCTTTGGTGAGGCCGTGGAG
TATGAAACTGATGGCTATCGATGGCTTGCACCTGAGATAATAGCTGGTGACCCGGAGAAC
ACAGCAGAGACTTGGATGAGCAATGCTTATAGTTTTGGGATGGTACTGTGGGAGATGGTG
ACAGGAGAGGCTGCTTATGCCTCTTGCTCGCCTGTGCAGGCAGCTGTTGGGATAGCTGCT
TGTGGCCTAAGACCAGAGATCCCAAAGGAGTGCCCTCAAGCTCTCAGAACTCTGATGATC
AATTGTTGGAGCAACTCTCCCTCCAAACGCCCCAACTTCTCTGATATCCATAGCACGTTG
CTTCGCGCCATGTCACGCTAAGTTTGCTTTTGTTTCTTTTTTT
GT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3D834JQ 653 0 0
AACTGATGTTGAAGAACAGGAAGCTTCAAACGAAGCAGATACTGCGAATCGCTATTGATA
TAGCGGAAGGGCTGAAGTTTGTGAATGATCATGGTGTTGCGTATAGGGACCTTAACGCAC
AGAGAATACTACTAGATAAACATGGCAACGCATGTTTGGGGGATATTGGGATAGTTACCG
CTTGTAAGAGCTTTGGTGAGGCCGTGGAGTATGAAACTGATGGCTATCGATGGCTTGCAC
CTGAGATAATAGCTGGTGACCCGGAGAACACAGCAGAGACTTGGATGAGCAATGCTTATA
GTTTTGGGATGGTACTGTGGGAGATGGTGACAGGAGAGGCTGCTTATGCCTCTTGCTCGC
CTGTGCAGGCAGCTGTTGGGATAGCTGCTTGTGGCCTAAGACCAGAGATCCCAAAGGAGT
GCCCTCAAGCTCTCAGAACTCTGATGATCAATTGTTGGAGCAACTCTCCCTCCAAACGCC
CCAACTTCTCTGATATCCATAGCACGTTGCTTCGCGCCATGTCACGCTAAGTTTGCTTTT
GTTTCTTTTTTTTGTGTTTCGTAAGGTCATATTGTATATCCAGACTGTAACATTAAAAAA
TCGTAAGTAGTATTGTATCCATCGTAATAGTGATATGATATGGATGGGTTGGT

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

CO CL8382Contig1 1093 2 6 U
GGAAAGTCATCATTTTCGCAGTCCTTGTCTCTCTCTCTCTTCGGAATCATCCGACTCCCA
CGTTTACAATCCTGCCTGAATCAAATCTCTCCATCTATTCTCATTGGATCGTATGCTTCA
AGTTCCAATGATTCTCGTCTAGATTGTGCAACATTTGATTGTCATATGAATAACACCTAT
CATCACTTTTTTCGTGTGTTAAGAAATGTGGGTGCCTACTTTGAGCTCAAGCTCATGTTC
AAGTGATGAGAGGGAAGAGAACACTGGAGAAGAGGCCCGGCTTACTCCGGTTTATCTCAA
TGTCTATGATCTAACACCTGTCAACAATTACCTCTATTGGTTCGGTATCGGCATTTTCCA
TTCTGGCATCGAGTCTCATGGTTTGGAGTATTGCTACGGAGCTCACGAGTACCCAACGAG
TGGGGTATACGAGGTCGAGCCCAAGAACTGCCCAGGCTTCATCTACCGACGCTCCCTTTT
GCTGGGAACTACAACCATGTCCCGTTCTGATTTCCGCTCCTACATGGAGAAGCTTTCGAG
AAAATACCACGGCGACACTTACCACTTGATTGCCAAGAACTGTAACCATTTCACCGAACA
AGTATGCTTGCAGCTCACTGGAAAGCCTGTTCCTGGTTGGATCAATCGCCTCGCCAGAGT
CGGTTCGTTCTGTAATTGTCTTTTACCGGAAAGCATTCAGCTTACAGCTGTTAGTGTTCC
TTCCGAACGCCTTGAGTTCTCTGATGAGGATGATACAAACTCAGAGGCGTCTTCTCTGTC
AGATGAAGAAGGACCAGAGCATCGTCTTATAAATGTAGTAGACAGAGAGGTTGTGTATCT
ACAAAACAAACCAGTGCGACTTACCAGAGAGGGGATCCATTGAGAAGACTTCCTTCTTTA
AGCAATCCAACCAATCATTGCAGAGCGTTACACAACGTAGTAAGCCATGGAAACCCAAAG
AAAGTTGAGTGCTATTTGGTCTTTTTTGGCTCATTGTTCTGCTGGAAATCGATTTAGTAT
TCTTCACATTTCAGGAATGTAAAAAAAGAAAAACTTAGTTCAAGATTTATTAAAATTGGA
ACACCGTTTTTGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AG77TF U 1
AF RR3AG77JQ C 352
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CGTTTACAATCCTGCCTGAATCAAATCTCTCCATCTATTCTCATTGGATCGTATGCTTCA
AGTTCCAATGATTCTCGTCTAGATTGTGCAACATTTGATTGTCATATGAATAACACCTAT
CATCACTTTTTTCGTGTGTTAAGAAATGTGGGTGCCTACTTTGAGCTCAAGCTCATGTTC
AAGTGATGAGAGGGAAGAGAACACTGGAGAAGAGGCCCGGCTTACTCCGGTTTATCTCAA
TGTCTATGATCTAACACCTGTCAACAATTACCTCTATTGGTTCGGTATCGGCATTTTCCA
TTCTGGCATCGAGTCTCATGGTTTGGAGTATTGCTACGGAGCTCACGAGTACCCAACGAG
TGGGGTATACGAGGTCGAGCCCAAGAACTGCCCAGGCTTCATCTACCGACGCTCCCTTTT
GCTGGGAACTACAACCATGTCCCGTTCTGATTTCCGCTCCTACATGGAGAAGCTTTCGAG
AAAATACCACGGCGACACTTACCACTTGATTGCCAAGAACTGTAACCATTTCACCGAACA
AGTATGCTTGCAGCTCACTGGAAAGCCTGTTCCTGGTTGGATCAATCGCCTCGCCAGAGT
CGGTTCGTTCTGTAATTGTCTTTTACCGGAAAGCATTCAGCTTACAGCTGTTAGTGTTCC
TTCCGAACGCCTTGAGTTCTCTGATGAGGATGATACAAACTCAGAGGCGTCTTCTCTGTC
AGATGAAGAAG*ACCAGAGCATCGTCTTATAAATGTAGTAGACAGAGAGGTTGTGTATCT
ACAAAC**AACCAGTGCGACTTAC

QA 1 864 1 864
DS 

RD RR3AG77JQ 742 0 0
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CCCAACGAGTGGGGTATACGAGGTCGAGCCCAAGAACTGCCCAGGCTTCATCTACCGACG
CTCCCTTTTGCTGGGAACTACAACCATGTCCCGTTCTGATTTCCGCTCCTACATGGAGAA
GCTTTCGAGAAAATACCACGGCGACACTTACCACTTGATTGCCAAGAACTGTAACCATTT
CACCGAACAAGTATGCTTGCAGCTCACTGGAAAGCCTGTTCCTGGTTGGATCAATCGCCT
CGCCAGAGTCGGTTCGTTCTGTAATTGTCTTTTACCGGAAAGCATTCAGCTTACAGCTGT
TAGTGTTCCTTCCGAACGCCTTGAGTTTTCTGATGAGGATGATACAAACTCAGAGGCGTC
TTTTCTGTCAGATGAAGAAGGACCAGAGCATCGTCTTATAAATGTAGTAGACAGAGAGGT
TGTGTATCTACAAAACAAACCAGTGCGACTTACCAGAGAGGGGATCCATTGAGAAGACTT
CCTTCTTTAAGCAATCCAACCAATCATTGCAGAGCGTTACACAACGTAGTAAGCCATGGA
AACCCAAAGAAAGTTGAGTGCTATTTGGTCTTTTTTGGCTCATTGTTCTGCTGGAAATCG
ATTTAGTATTCTTCACATTTCAGGAATGTAAAAAAAGAAAAACTTAGTTCAAGATTTATT
AAAATTGGAACACCGTTTTTGC

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

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CCTTTTCAACTTTCTTCTCTCTCTCTCTCTATAAGGAACATGAAAGTGAAAAAATGAGTT
TTACACAAACTCGGTTTCAATCGATCTCAATGATCCAAAATGGAAAAAAGTAGCATAGCT
GCTTGGTGTGAAGGCTGTGTTTCTTCTCCCCTGTCCATGGTCGAATCGCTCCTAATGTTG
AATGTTTGGTAATCTTCCACAGACAAGGCACCACCACCTTTCTCATCCAACCCGAGCAAC
CCATCGATATTCTCATCGGCATTTCGTCGAACAGATAGCGCGCACACCGCCCGTTCCCAC
AGAAACGACACGAGGGCTTTCTCCGGGACGGCGACTTTAAAGCCCTGGAGAACACGGCGG
AGCGAGGTTTTGAGACCGTGCCATTTGTTCATTGTGGCGAAAATCTGCTGCGAGCTTAAA
GTCCGAGCTTGATAGCTTTGTGGGTCATTGATTCGAGGCAATTCTCGAGGTGGGTTTTGC
AGTTCGATAGCGATGGTTGCATCATTGCTTCAAGCTGCAATATCGAGAGCTCCTCTGAAT
GTTCCTGGAAGTGCTTCTGGTTCTGGTCCTGGCACCTCAGCGGAAATGACCACCCAGTCG
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GCGTGAATGAAGGTGGGTGTATCGAAACTGCCCATGTTTAAGGTGGAGAAGATGAGCGCC
AAGTACAAACTCAGGTGAAGGTGGAACCTAAGCGAGGATGCTCAAGTCAACATGAACAAT
TTGGGTCCTCCGGAAATAAACCACGGACTGAGTAATGGAGCTCATTTCAACTACAATAAC
TGAAAGATCAAGCTCTGCTATTCCACCAAAACCAAGGTAATTAATTGCTCACTGAGCAAA
GGTATGCAAATTCTTTATCCAAAAAGAAGATGCTCCTATGTAATGCAGTTGTGGTTTCTT
TGAATTTGCTCTCCACGGGAAAGAGCTGAAGAATGTATTTTGGGCCTTTTTTGTGGCATA
AGTGAAGAATGGGCCTTTTG


BQ
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AF RR3CJ46TF U 1
AF RR3CJ46JQ C 291
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TTACACAAACTCGGTTTCAATCGATCTCAATGATCCAAAATGGAAAAAAGTAGCATAGCT
GCTTGGTGTGAAGGCTGTGTTTCTTCTCCCCTGTCCATGGTCGAATCGCTCCTAATGTTG
AATGTTTGGTAATCTTCCACAGACAAGGCACCACCACCTTTCTCATCCAACCCGAGCAAC
CCATCGATATTCTCATCGGCATTTCGTCGAACAGATAGCGCGCACACCGCCCGTTCCCAC
AGAAACGACACGAGGGCTTTCTCCGGGACGGCGACTTTAAAGCCCTGGAGAACACGGCGG
AGCGAGGTTTTGAGACCGTGCCATTTGTTCATTGTGGCGAAAATCTGCTGCGAGCTTAAA
GTCCGAGCTTGATAGCTTTGTGGGTCATTGATTCGAGGCAATTCTCGAGGTGGGTTTTGC
AGTTCGATAGCGATGGTTGCATCATTGCTTCAAGCTGCAATATCGAGAGCTCCTCTGAAT
GTTCCTGGAAGTGCTTCTGGTTCTGGTCCTGGCACCTCAGCGGAAATGACCACCCAGTCG
ACGATACGCCAGGGGCTGGAGCTGTCA*CAGAAGCCACATTGATAGGGTCA*TAGCAGTG
GCGTG

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3CJ46JQ 810 0 0
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CGAGCTTAAAGTCCGAGCTTGATAGCTTTGTGGGTCATTGATTCGAGGCAATTCTCGAGG
TGGGTTTTGCAGTTCGATAGCGATGGTTGCATCATTGCTTCAAGCTGCAATATCGAGAGC
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CACCCAGTCGACGATACGCCAGGGGCTGGAGCTGTCAACAGAAGCCACATTGATAGGGTC
AATAGCAGTGGCGTGAATGAAGGTGGGTGTATCGAAACTGCCCATGTTTAAGGTGGAGAA
GATGAGCGCCAAGTACAAACTCAGGTGAAGGTGGAACCTAAGCGAGGATGCTCAAGTCAA
CATGAACAATTTGGGTCCTCCGGAAATAAACCACGGACTGAGTAATGGAGCTCATTTCAA
CTACAATAACTGAAAGATCAAGCTCTGCTATTCCACCAAAACCAAGGTAATTAATTGCTC
ACTGAGCAAAGGTATGCAAATTCTTTATCCAAAAAGAAGATGCTCCTATGTAATGCAGTT
GTGGTTTCTTTGAATTTGCTCTCCACGGGAAAGAGCTGAAGAATGTATTTTGGGCCTTTT
TTGTGGCATAAGTGAAGAATGGGCCTTTTG

QA 1 810 1 810
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GTATTTCAGCGCTGCTCGACTGCCCTCAGCTCCATCGATTTCTTCTCCGTCGCGTCTCTT
CCCAGTAGTCACTAGCTTCTCCCCTCGCTCACCACTACGATCCCTCGTATCTTCTTCCTC
TGGCTCTCGCCTCCGATTCTCTCCTCTCTGCGTACGTGATCCCAAGCAGCTGAAGTTACA
CAAAGTTCGTGGGAGAACTCGGTCCTGAAAAGCGAAACGCCTGTGCTAGTAGAATTCTAC
ACGAGCTGGTGCGGTCCATGCAGGATGGTCCACCGGATAATCAACGAAATTGCAGGCGAT
TATGCTGGAAAGCTAAACTGCTATGTCTTGGATGCAGACAGTGACTCCTTGGTGGCTGAA
GAGTACGAGATAAAGGCTGTACCTGTAGTTCTCCTCTTCAAGAACGGTGAGAAACGAGAG
TCGATCGTGGGTACAATGCCCAAAGAGTTTTACATTTCCGCCATTGAAAGAGTCTTGAAC
TCGTGAAGAAGGTAAACATCATTGATGAGAATTTGATATGGGTTAATATCTCATTGATAC
CCAAGGACGTGTCTTTTGTCTTGAGTCTGAACCTCCTTTGATTTTTCTTTCTTCTTTTGT
GTTCTGTGAATATAACTGTTGGATTTGTGGAAAGATGACTCGGGGATTATTGTGAATACA
CATTTTCCATCTTCAGTTTATCT


BQ
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AF RR3AD51JQ C 1
AF RR3AD51TF U 1
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QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK84TF U 1
AF RR3AK84JQ C 141
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BS 693 846 RR3AK84JQ

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QA 1 692 1 692
DS 

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AAGCGGTGACGTCCAAAAAAAAACACGTAGTTTACACGTGTTAGTTTTAGGTTTCATTCT
TATCTTCAATCCTGGACTCACTTTGGACTGAATGTAAAATCTAAATTCTTGAACTTCTTG
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QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AW50JQ C 1
AF RR3AW50TF U 1
BS 1 657 RR3AW50TF

RD RR3AW50JQ 657 0 0
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TCTCTCTCTATGCGCTGCAATCCGTTGCTTTCTCCGGCCAACAACTCCCGAGACTGACGG
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TGTCTACTCCTCAGACCTCGAGCTTGCGGGAGCTGAAGCAGAGTGTGCCATTTGCTTGTC
TGAATTTGAAGAAGGTGAGAGCATCCAAGTGCTGGAGAAATGTCATCATGGGTTCCATGT
TAAGTGCATCCACAAGTGGCTCTCTTCCCACTCATCCTGTCCTACTTGCCGGACTTCTAT
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CAATGCTTAGCTTTCCTCACTTGAACTCCCACTTTCTCATATTTCTTTCATCCAAATCTT
AGAGTTATATCATGTTTTGCTTAGAGTTGTAACATGTTTTGCTTGAGATTACTACCG

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3AW50TF 657 0 0
GGAAATTAAGATGCGTTTGCTAGTAGCAGAAGTAGCTGCAGCAGCAGCTTCACCATTGTC
CTCTGCTTCTACAGAATGTAACTCTCCTACTTGCAGATGGAAGCCTTACTCCAACTCTAC
TGACTTCCAAGCAAACGCATCCGTCCTCCTCATCCTTCTCTTCTCTGCTCTCATATGTGC
TCTCTCTCTATGCGCTGCAATCCGTTGCTTTCTCCGGCCAACAACTCCCGAGACTGACGG
CAACGACTACAAGCCTGACCCTGAAGCGGATGGTTCATCCATTATAGCAACTCCTACGCT
TGTCTACTCCTCAGACCTCGAGCTTGCGGGAGCTGAAGCAGAGTGTGCCATTTGCTTGTC
TGAATTTGAAGAAGGTGAGAGCATCCAAGTGCTGGAGAAATGTCATCATGGGTTCCATGT
TAAGTGCATCCACAAGTGGCTCTCTTCCCACTCATCCTGTCCTACTTGCCGGACTTCTAT
CTTCATACAAAGCACCTTAGACTCTGAACCATCAACCGAAGCTCCTTCAACAAACCAGAT
CAATGCTTAGCTTTCCTCACTTGAACTCCCACTTTCTCATATTTCTTTCATCCAAATCTT
AGAGTTATATCATGTTTTGCTTAGAGTTGTAACATGTTTTGCTTGAGATTACTACCG

QA 1 657 1 657
DS 



AS 1 2

CO CL8388Contig1 739 2 2 U
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GTCTACTCTCCATCCGACCTTTCTTCGTCCATCGCTCTCGTTAGTGTGGCTGGCAACGAC
TATATTACTTTCATCCACGAGCATCGTAATTCGCCTGCCGAATTATTAAAGATTGGATCA
TTCATCGAGAAAATTGTGAATCAAATCGAGGTGAATTTGAGGCGAATCCACACTTTGGAA
GTGAAGAAGATAGCAATACCATCATTGACACCGCTCGGGTACATCCCCTTTTTTGCAAAC
GGCTCCAAACTTATCAGTGACATTGTCAACAACATTCTGTTAGCAAAACATAACAGCTTG
TCGCAAAAAGTAGTGGCCAAACTCAACAATGAGACCAATCATTCGGCTTTTACAATCTTT
GATTACTACAAGGGCTTCTCGACTGTCTTCAATAACAAAGGAGAAATCCCAGGGATACCG
ATATTTAAAACCCCGTTCATCGAATGTTACAAGAATGGTACCTTATGTCATGATCCTAAG
TCTGCTTTCTTCTGGGATGGGATTCACCCTACTCAAGAAGGATGGAAATCGGTTTACACG
GTTTTAGGAAAAGATATCACCGCAGCTTTGATGTCCAAGCTCAAAGCGTAAAACCACTTA
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AATAAACGAATAAAAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DO15TF U 1
AF RR3DO15JQ C 222
BS 1 728 RR3DO15TF
BS 729 739 RR3DO15JQ

RD RR3DO15TF 728 0 0
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GTCTACTCTCCATCCGACCTTTCTTCGTCCATCGCTCTCGTTAGTGTGGCTGGCAACGAC
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TTCATCGAGAAAATTGTGAATCAAATCGAGGTGAATTTGAGGCGAATCCACACTTTGGAA
GTGAAGAAGATAGCAATACCATCATTGACACCGCTCGGGTACATCCCCTTTTTTGCAAAC
GGCTCCAAACTTATCAGTGACATTGTCAACAACATTCTGTTAGCAAAACATAACAGCTTG
TCGCAAAAAGTAGTGGCCAAACTCAACAATGAGACCAATCATTCGGCTTTTACAATCTTT
GATTACTACAAGGGCTTCTCGACTGTCTTCAATAACAAAGGAGAAATCCCAGGGATACCG
ATATTTAAAACCCCGTTCATCGAATGTTACAAGAATGGTACCTTATGTCATGATCCTAAG
TCTGCTTTCTTCTGGGATGGGATTCACCCTACTCAAGAAGGATGGAAATCGGTTTACACG
GTTTTAGGAAAAGATATCACCGCAGCTTTGATGTCCAAGCTCAAAGCGTAAAACCACTTA
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AATAAACG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3DO15JQ 518 0 0
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AGAAATCCCAGGGATACCGATATTTAAAACCCCGTTCATCGAATGTTACAAGAATGGTAC
CTTATGTCATGATCCTAAGTCTGCTTTCTTCTGGGATGGGATTCACCCTACTCAAGAAGG
ATGGAAATCGGTTTACACGGTTTTAGGAAAAGATATCACCGCAGCTTTGATGTCCAAGCT
CAAAGCGTAAAACCACTTATCGGGATCGAAAATATGTATTTGAAACGTGTATTGTGCGGC
GTCTCTCGGTTTCTTGAGTAATAAACGAATAAAAGACC

QA 1 518 1 518
DS 



AS 1 2

CO CL8389Contig1 564 2 3 U
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AGTTCACTGAGGACTACCCAAACAAACCACCAGTGGTTCGCTTTGTCTCACGGATGTTTC
ATCCAAACATTTATGCTGATGGAAGCATTTGCTTGGATATATTACAAAACCAGTGGAGTC
CCATATATGATGTCTCAGCAATCCTCACATCTATTCAGTCTCTGCTTTGTGATCCAAATC
CTAACTCGCCAGCGAACTCTGAAGCTGCGAGGCTGTTCAGTGAGAACAAACGAGAGTACA
ACAGGAAAGTTATGGAGATTGTGGAGCAGAGCCATGCATAATAGTAATAATATGATGTAA
CTATGTATTTATTGACTGTTGAGT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AM33JQ C 1
AF RR3AM33TF U 1
BS 1 167 RR3AM33TF
BS 168 168 RR3AM33JQ
BS 169 564 RR3AM33TF

RD RR3AM33JQ 564 0 0
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TTTAAAGCAAATGGCAACTCCAGCTAGGAAGGGACTCATGTGGGACTTCAAGAGACTACA
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AGTTCACTGAGGACTACCCAAACAAACCACCAGTGGTTCGCTTTGTCTCACGGATGTTTC
ATCCAAACATTTATGCTGATGGAAGCATTTGCTTGGATATATTACAAAACCAGTGGAGTC
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CTATGTATTTATTGACTGTTGAGT

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3AM33TF 564 0 0
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TTTAAAGCAAATGGCAACTCCAGCTAGGAAGGGACTCATGTGGGACTTCAAGAGACTACA
GAAAGATCCTCCCTTGGGGATCAGGAGCTCCTCAAGATAACAACATCGTGCATTGGAACG
CTCTCATCTTTGGACCTGATGACAGTCCATGGGATGGAGGTACCTTCAAGTTGACTCTTC
AGTTCACTGAGGACTACCCAAACAAACCACCAGTGGTTCGCTTTGTCTCACGGATGTTTC
ATCCAAACATTTATGCTGATGGAAGCATTTGCTTGGATATATTACAAAACCAGTGGAGTC
CCATATATGATGTCTCAGCAATCCTCACATCTATTCAGTCTCTGCTTTGTGATCCAAATC
CTAACTCGCCAGCGAACTCTGAAGCTGCGAGGCTGTTCAGTGAGAACAAACGAGAGTACA
ACAGGAAAGTTATGGAGATTGTGGAGCAGAGCCATGCATAATAGTAATAATATGATGTAA
CTATGTATTTATTGACTGTTGAGT

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL8390Contig1 1350 2 4 U
GGACTTTCTACAATAAACACTTTTATCTCTTTTCTCTCTTCCCAGTGTTCCTTTACAATG
TGGGGCGTCACCGTCGTGTCTCTCGTCCTTCTTCTCATTGCCACAGCTAATTCCGCCGTT
GTCCCCTTCCGTGATGGTATTTTACCGAACGGCGACTTCGAGCTAGGACCAAAGTCATCC
GACATGAAAGGAACCGAAATAATAAACAAGATGGCAATCCCGAGTTGGGAAGTCACGGGT
TTCGTCGAGTACATAAGCTCAGGACACAAACAAGGAGACATGCTCCTCGTCGTCCCCGCC
GGAAAATTCGCAGTCAGGCTCGGAAACGAAGCGTCGATCAAACAAAGAATCAAAAGTGAA
AGGAATGTATTACTCGCTCACTTTCAGCGCCGCGAGGACGTGCGCTCAAGACGAAAGGCT
CAACATCTCCGTGGCACCTGACTCTGGCGTCATTCCTGTGCAGACGGTGTACAGTAGCAG
TGGGTGGGATCTATACGCTTGGGCGTTTCAGGCGGAGGGTGAGGTCGCTGAGATAGTGAT
TCATAATCCAGGTGAAGAAGAGGATCCAGCTTGTGGTCCTCTCATTGATGGTGTTGCCAT
GAGAGCTCTTTACCCTCCACGACCAACAAACAAGAACATTTTGAAGAACGGAGGATTTGA
AGAAGGTCCACTAGTACTACCAGGCTCAACCACAGGAGTTTTAATCCCACCGTTCATAGA
AGACGACCACACTCCTTTACCCGGATGGATGGTGGAGTCTCTCAAAGCCGTCAAGTACGT
AGACACAGAACACTTCTCGGTCCCACAAGGTCGCCGAGCCATCGAGCTGGTAGCGGGCAA
AGAGAGCGCCATCGCCCAAGTGGCTAGGACCATCATCGGGAAGACTTACGTCCTTTCGTT
CGCGGTCGGAGACGCCAACAACGCCTGCAAAGGATCGATGGTGGTTGAGGCTTTCGCGGG
AAGAGATACCCTCAAGGTACCTTACGAGTCGCGTGGCACTGGAGGGTTTAAACGAGCTTC
TATCAGGTTCGTGGCGGTTTCGACGAGAACTAGAGTTATGTTTTACAGCACTTTCTATTC
CATGAGGAGCGATGATTTCTCGTCTTTGTGTGGGCCTGTGATTGACGACGTTAAGCTTAT
AAGCGTTCGTAAGAGGTAGATGATCATGAATTATTATTATTACAAGAAATGAAGTGTGTG
TGTGGGTTTTATTTTCAAAAAAGAAAAAAAAAATACTGTCTTTTGGTGTGTTTTGATTTT
TATTCAAAAGATATGTATAAGGTGACGGTTTATTTAGGGTTATGATGTATTTTCTTGTAC
GAGAAGGCAAATGAAGGTTGCCATTTATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BU79TF U 1
AF RR3BU79JQ C 471
BS 1 664 RR3BU79TF
BS 665 665 RR3BU79JQ
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RD RR3BU79TF 690 0 0
GGACTTTCTACAATAAACACTTTTATCTCTTTTCTCTCTTCCCAGTGTTCCTTTACAATG
TGGGGCGTCACCGTCGTGTCTCTCGTCCTTCTTCTCATTGCCACAGCTAATTCCGCCGTT
GTCCCCTTCCGTGATGGTATTTTACCGAACGGCGACTTCGAGCTAGGACCAAAGTCATCC
GACATGAAAGGAACCGAAATAATAAACAAGATGGCAATCCCGAGTTGGGAAGTCACGGGT
TTCGTCGAGTACATAAGCTCAGGACACAAACAAGGAGACATGCTCCTCGTCGTCCCCGCC
GGAAAATTCGCAGTCAGGCTCGGAAACGAAGCGTCGATCAAACAAAGAATCAAAAGTGAA
AGGAATGTATTACTCGCTCACTTTCAGCGCCGCGAGGACGTGCGCTCAAGACGAAAGGCT
CAACATCTCCGTGGCACCTGACTCTGGCGTCATTCCTGTGCAGACGGTGTACAGTAGCAG
TGGGTGGGATCTATACGCTTGGGCGTTTCAGGCGGAGGGTGAGGTCGCTGAGATAGTGAT
TCATAATCCAGGTGAAGAAGAGGATCCAGCTTGTGGTCCTCTCATTGATGGTGTTGCCAT
GAGAGCTCTTTACCCTCCACGACCAACAAACAAGAACATTTTGAAGAACGGAGGATTTGA
AGAATGTCCACTAGTACTACCAGGCTCAAC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3BU79JQ 880 0 0
ACAGTAGCAGTGGG*GGGATCTATACGCTTGGGCGTTTCAGGCGGAGGGTGAGGTCGCTG
AGATAGTGATTCATAATCCAGGTGAAGAAGAGGATCCAGCTTGTGGTCCTCTCATTGATG
GTGTTGCCATGAGAGCTCTTTACCCTCCACGACCAACAAACAAGAACATTTTGAAGAACG
GAGGATTTGAAGAAGGTCCACTAGTACTACCAGGCTCAACCACAGGAGTTTTAATCCCAC
CGTTCATAGAAGACGACCACACTCCTTTACCCGGATGGATGGTGGAGTCTCTCAAAGCCG
TCAAGTACGTAGACACAGAACACTTCTCGGTCCCACAAGGTCGCCGAGCCATCGAGCTGG
TAGCGGGCAAAGAGAGCGCCATCGCCCAAGTGGCTAGGACCATCATCGGGAAGACTTACG
TCCTTTCGTTCGCGGTCGGAGACGCCAACAACGCCTGCAAAGGATCGATGGTGGTTGAGG
CTTTCGCGGGAAGAGATACCCTCAAGGTACCTTACGAGTCGCGTGGCACTGGAGGGTTTA
AACGAGCTTCTATCAGGTTCGTGGCGGTTTCGACGAGAACTAGAGTTATGTTTTACAGCA
CTTTCTATTCCATGAGGAGCGATGATTTCTCGTCTTTGTGTGGGCCTGTGATTGACGACG
TTAAGCTTATAAGCGTTCGTAAGAGGTAGATGATCATGAATTATTATTATTACAAGAAAT
GAAGTGTGTGTGTGGGTTTTATTTTCAAAAAAGAAAAAAAAAATACTGTCTTTTGGTGTG
TTTTGATTTTTATTCAAAAGATATGTATAAGGTGACGGTTTATTTAGGGTTATGATGTAT
TTTCTTGTACGAGAAGGCAAATGAAGGTTGCCATTTATAG

QA 1 880 1 880
DS 



AS 1 2

CO CL8391Contig1 704 2 3 U
ATTCCAAGAACTGGCTCGTACGTAGAGACACAAATAGTATAATAGTTAAATTTTGATCAT
TATATGTTTGATGACTTGTAACCGAAACTTACCGGCAAAGAGGGATGCCACAAGAATCAG
AATCATCATCACAGGCACAGGCGTTCAATGCAGGAGATGGAGGAGTCTTCACTGACGCCC
ATATATCAGCTCCGTTGCTTTGAGCGACTCCTACAGTAGAATCCATTGGAAAAAGACACA
ATCCTCTGTTTCTCAGGCTGTACTGCTCCATCTCCACCTGCGTAGCAGGGGATATTGTTT
GCAGATACGGAGCGCTTAACACCTTGACTTGTTCGTGAAGAAACTCTATGTAGTTCATCG
CGTCTAGAAGAACTGACGCAGTGTCGGTCTTTCCGTAAGGGGAAACTATCTGTTGAAGAG
CTGACATACTTCCAGCTTTTTCTTTCCTCTCCTTGGAACTGAAAGAGAGATCAGACTTAT
GGCGTTTGATGTTGTTTTTTTCGAGAGAGCAGACATCATTCCTCTTATTCTCCATCATCA
TTCCAGCGCTACTAGAAAAGTCCATCCCAATGCATTGGGAGACAGGACATGGATTAGAAT
ATTAAACCAGGACAAAGGTACAGATCCGTTGCTCAACGAAGTAGGCAAGGAGTTCTGATC
AGAGGCTAAGACCTTTGAGTTCATATCAGCTTAAGCACAATTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GX64JQ U 109
AF RR3GX64TF C 1
BS 1 108 RR3GX64TF
BS 109 660 RR3GX64JQ
BS 661 704 RR3GX64TF

RD RR3GX64JQ 552 0 0
CACAAGAATCAGAATCATCATCACAGGCACAGGCGTTCAATGCAGGAGATGGAGGAGTCT
TCACTGACGCCCATATATCAGCTCCGTTGCTTTGAGCGACTCCTACAGTAGAATCCATTG
GAAAAAGACACAATCCTCTGTTTCTCAGGCTGTACTGCTCCATCTCCACCTGCGTAGCAG
GGGATATTGTTTGCAGATACGGAGCGCTTAACACCTTGACTTGTTCGTGAAGAAACTCTA
TGTAGTTCATCGCGTCTAGAAGAACTGACGCAGTGTCGGTCTTTCCGTAAGGGGAAACTA
TCTGTTGAAGAGCTGACATACTTCCAGCTTTTTCTTTCCTCTCCTTGGAACTGAAAGAGA
GATCAGACTTATGGCGTTTGATGTTGTTTTTTTCGAGAGAGCAGACATCATTCCTCTTAT
TCTCCATCATCATTCCAGCGCTACTAGAAAAGTCCATCCCAATGCATTGGGAGACAGGAC
ATGGATTAGAATATTAAACCAGGACAAAGGTACAGATCCGTTGCTCAACGAAGTAGGCAA
GGAGTTCTGATC

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR3GX64TF 704 0 0
ATTCCAAGAACTGGCTCGTACGTAGAGACACAAATAGTATAATAGTTAAATTTTGATCAT
TATATGTTTGATGACTTGTAACCGAAACTTACCGGCAAAGAGGGATGCCACAAGAATCAG
AATCATCATCACAGGCACAGGCGTTCAATGCAGGAGATGGAGGAGTCTTCACTGACGCCC
ATATATCAGCTCCGTTGCTTTGAGCGACTCCTACAGTAGAATCCATTGGAAAAAGACACA
ATCCTCTGTTTCTCAGGCTGTACTGCTCCATCTCCACCTGCGTAGCAGGGGATATTGTTT
GCAGATACGGAGCGCTTAACACCTTGACTTGTTCGTGAAGAAACTCTATGTAGTTCATCG
CGTCTAGAAGAACTGACGCAGTGTCGGTCTTTCCGTAAGGGGAAACTATCTGTTGAAGAG
CTGACATACTTCCAGCTTTTTCTTTCCTCTCCTTGGAACTGAAAGAGAGATCAGACTTAT
GGCGTTTGATGTTGTTTTTTTCGAGAGAGCAGACATCATTCCTCTTATTCTCCATCATCA
TTCCAGCGCTACTAGAAAAGTCCATCCCAATGCATTGGGAGACAGGACATGGATTAGAAT
ATTAAACCAGGACAAAGGTACAGATCCGTTGCTCAACGAAGTAGGCAAGGAGTTCTGATC
AGAGGCTAAGACCTTTGAGTTCATATCAGCTTAAGCACAATTCC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL8392Contig1 943 2 4 U
GGGCTCAAAGATTTTCTCTCTCTCTCAATAGTATTTTGAGTTTAATATTTGTCGTCGTCG
TCGTCACACAGCTTCAGATCTACAAAAGAAAGAGTGTTGTTGAGAGAGAGAGAGAGACCC
ATTTTAAACCCTCAAGAAATCAAAGTGTCAGTCTTGGAAGGAAACTCGTGACAATGGGGG
TCACAGATGCTGAAAGTCCTCATCTTGGGGAGATCACTTGTGGTACTTTACTTCAAAAGT
TGCAGGAAATATGGGATGAAGTTGGTGAGAGCGATGAGCAACGAGACAAGATGCTTCTTC
AGATAGAGCAAGAGTGTCTCGATGTTTACAAGAGGAAAGTTGAACAGGCTGCCAAGTCCC
GCGCCGAGCTTCTCCAGACCTTGTCTGATGCTAATTCTGAACTCTCCAGCCTCACTACCT
CTCTTGGAGACAAAAGCCTGATAAGTTTGCAGCCTGATAAGTCTTCTGGAACGATTAAAG
AACAGCTTGCTGCTATAGCACCAGCACTCGAACAACTGTGGCAACAGAAAGAGGAGAGAG
TCAGAGACTTCTCTGATGTGCTATCACAGATCCAGAAGATATCTGGAGAGATTGCTGGTA
GTTTGAGTAACGAGCTTCCTCCTATAGTCGATGAATCTGATCTCTCTCTCAAGAAACTAG
ACTCCCTCCACAGCCAACTCCTACAAACTACGTTGCCATTTCGAAAGAGGAAGCTGCTTC
CTCTCCTGGTTCTGGTGCTGCAGATCATGTTCAAGCTTCACCGTGAAGATGAGAAAGGAA
AATATCTCTATATTTCTTTCTGTTTGTGAGTTGTTTTAGGGAGAGAGAGAGTTCTATGAA
ACAACGAGAGAAGACTGAAAAAGACGTTTGAGAGTAGAATGGTGTAGTAGAAAGTGTATG
TGTATGTTTTGTTAATGTGTTTTGTGAATGTTGTTTGCCGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BX26TF U 1
AF RR3BX26JQ C 211
BS 1 709 RR3BX26TF
BS 710 710 RR3BX26JQ
BS 711 766 RR3BX26TF
BS 767 943 RR3BX26JQ

RD RR3BX26TF 785 0 0
GGGCTCAAAGATTTTCTCTCTCTCTCAATAGTATTTTGAGTTTAATATTTGTCGTCGTCG
TCGTCACACAGCTTCAGATCTACAAAAGAAAGAGTGTTGTTGAGAGAGAGAGAGAGACCC
ATTTTAAACCCTCAAGAAATCAAAGTGTCAGTCTTGGAAGGAAACTCGTGACAATGGGGG
TCACAGATGCTGAAAGTCCTCATCTTGGGGAGATCACTTGTGGTACTTTACTTCAAAAGT
TGCAGGAAATATGGGATGAAGTTGGTGAGAGCGATGAGCAACGAGACAAGATGCTTCTTC
AGATAGAGCAAGAGTGTCTCGATGTTTACAAGAGGAAAGTTGAACAGGCTGCCAAGTCCC
GCGCCGAGCTTCTCCAGACCTTGTCTGATGCTAATTCTGAACTCTCCAGCCTCACTACCT
CTCTTGGAGACAAAAGCCTGATAAGTTTGCAGCCTGATAAGTCTTCTGGAACGATTAAAG
AACAGCTTGCTGCTATAGCACCAGCACTCGAACAACTGTGGCAACAGAAAGAGGAGAGAG
TCAGAGACTTCTCTGATGTGCTATCACAGATCCAGAAGATATCTGGAGAGATTGCTGGTA
GTTTGAGTAACGAGCTTCCTCCTATAGTCGATGAATCTGATCTCTCTCTCAAGAAACTAG
ACTCCCTCCACAGCCAACTCCTACAAACTACGTTGCCATTTCGAAAGAG*AAGCTGCTTC
CTCTCCTGGTTCTGGTGCTGCAGATCATGTTCAAGCTTCACCGTGA
GATGAGAAGAAATATCTCT

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3BX26JQ 733 0 0
AGATCACTTGTGGTACTTTACTTCAAAAGTTGCAGGAAATATGGGATGAAGTTGGTGAGA
GCGATGAGCAACGAGACAAGATGCTTCTTCAGATAGAGCAAGAGTGTCTCGATGTTTACA
AGAGGAAAGTTGAACAGGCTGCCAAGTCCCGCGCCGAGCTTCTCCAGACCTTGTTTGATG
CTAATTTTGAACTCTCCAGCCTCACTACCTCTCTTGGAGACAAAAGCCTGATAAGTTTGC
AGCCTGATAAGTCTTCTGGAACGATTAAAGAACAGCTTGCTGCTATAGCACCAGCACTCG
AACAACTGTGGCAACAGAAAGAGGAGAGAGTCAGAGACTTTTTTGATGTGCTATCACAGA
TCCAGAAGATATCTGGAGAGATTGCTGGTAGTTTGAGTAACGAGCTTCCTCCTATAGTCG
ATGAATCTGATCTCTCTCTCAAGAAACTAGACTCCCTCCACAGCCAACTCCTACAAACTA
CGTTGCCATTTCGAAAGAGGAAGCTGCTTCCTCTCCTGGTTCTGGTGCTGCAGATCATGT
TCAAGCTTCACCGTGAAGATGAGAAAGGAAAATATCTCTATATTTCTTTCTGTTTGTGAG
TTGTTTTAGGGAGAGAGAGAGTTCTATGAAACAACGAGAGAAGACTGAAAAAGACGTTTG
AGAGTAGAATGGTGTAGTAGAAAGTGTATGTGTATGTTTTGTTAATGTGTTTTGTGAATG
TTGTTTGCCGTGG

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL8393Contig1 805 2 6 U
AACGTACAACTTTTCAACAGCCTTCTTCTGCGTAAAGAGTGCTGTACATTCAGCAATGGA
GAATTCGTTAAATCCGGGCTTGCCGAGCTAGAGCTGTGGTGTTGCCAAGCCAAAGAATAT
GCTGGACCGTCTTGGGAAGAACTTAAACAAATCAGACAAGCCGTTGGATTCCTGGTTATA
CACCAGAAGTACAGAATCTCATACGATGAAATAGCACACGATCTTTGCCCGGGCCTCAGT
GTCCAGCAGCTTTACCGTATTTGCACATTATACTGGGACGATAGCTATAACACCCGAAGC
GTCTCTCAAGAAGTTATATCGAGTATGCGGGCACTCATGACAGAGGAATCCAATGATGCA
GACAGTGATTCCTTCTTATTGGATGATGATTCCAGCATTCCATTCTCAATCGAAGATATT
TCAAGTTCGATGCAAGAGAAGGACTTTGTAGGAATCAAACCAGCAGAAGAGCTTCTTGAG
AATCCGGCTTTTGTATTCTTGCACTAAGACGCTCATGAAAGTTGAGAAGCTCAGATACTA
AAACCTTCTTGTCCTCTGTGGTTTTTGTTTTAGTCCTGTGAGGTGGAGCGAAGGGGCCTC
CCAGAACCAAGAGGAAAAGATAGGTAAAAGTGTAAATTTCTTTGTTGTGGGGTTGTTTTG
AACGTATTCATCTGTTTTTCTCAACTATTCATTCATTTATTATTTTTGACCTCAGATTTG
TTTCATTATTCAAAGTTTTAGACCTGACGATTATATGTTGCAAAGATTAAGATCCTTATG
TTGTTTTGTTGTACAAAGTTATCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CN71TF U 1
AF RR3CN71JQ C 197
BS 1 706 RR3CN71TF
BS 707 707 RR3CN71JQ
BS 708 738 RR3CN71TF
BS 739 739 RR3CN71JQ
BS 740 763 RR3CN71TF
BS 764 805 RR3CN71JQ

RD RR3CN71TF 773 0 0
AACGTACAACTTTTCAACAGCCTTCTTCTGCGTAAAGAGTGCTGTACATTCAGCAATGGA
GAATTCGTTAAATCCGGGCTTGCCGAGCTAGAGCTGTGGTGTTGCCAAGCCAAAGAATAT
GCTGGACCGTCTTGGGAAGAACTTAAACAAATCAGACAAGCCGTTGGATTCCTGGTTATA
CACCAGAAGTACAGAATCTCATACGATGAAATAGCACACGATCTTTGCCCGGGCCTCAGT
GTCCAGCAGCTTTACCGTATTTGCACATTATACTGGGACGATAGCTATAACACCCGAAGC
GTCTCTCAAGAAGTTATATCGAGTATGCGGGCACTCATGACAGAGGAATCCAATGATGCA
GACAGTGATTCCTTCTTATTGGATGATGATTCCAGCATTCCATTCTCAATCGAAGATATT
TCAAGTTCGATGCAAGAGAAGGACTTTGTAGGAATCAAACCAGCAGAAGAGCTTCTTGAG
AATCCGGCTTTTGTATTCTTGCACTAAGACGCTCATGAAAGTTGAGAAGCTCAGATACTA
AAACCTTCTTGTCCTCTGTGGTTTTTGTTTTAGTCCTGTGAGGTGGAGCGAAGGGGCCTC
CCAGAACCAAGAGGAAAAGATAGGTAAAAGTGTAAATTTCTTTGTTGTGGGGTTGTTTTG
AACGTATTCATCTGTTTTTCTCAACTATTCATTCATTTATTATTTT*GACCTCAGATTTG
TTTCATTATTCAAAGTTT*AGACCTGACGATTATATGTTGCAA
GATAAGATCC

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3CN71JQ 609 0 0
TCTCATACGATGAAATAGCACACGATCTTTGCCCGGGCCTCAGTGTCCAGCAGCTTTACC
GTATTTGCACATTATACTGGGACGATAGCTATAACACCCGAAGCGTCTCTCAAGAAGTTA
TATCGAGTATGCGGGCACTCATGACAGAGGAATCCAATGATGCAGACAGTGATTCCTTCT
TATTGGATGATGATTCCAGCATTCCATTCTCAATCGAAGATATTTCAAGTTCGATGCAAG
AGAAGGACTTTGTAGGAATCAAACCAGCAGAAGAGCTTCTTGAGAATCCGGCTTTTGTAT
TCTTGCACTAAGACGCTCATGAAAGTTGAGAAGCTCAGATACTAAAACCTTCTTGTCCTC
TGTGGTTTTTGTTTTAGTCCTGTGAGGTGGAGCGAAGGGGCCTCCCAGAACCAAGAGGAA
AAGATAGGTAAAAGTGTAAATTTTTTTGTTGTGGGGTTGTTTTGAACGTATTCATCTGTT
TTTTTCAACTATTCATTCATTTATTATTTTTGACCTCAGATTTGTTTCATTATTCAAAGT
TTTAGACCTGACGATTATATGTTGCAAAGATTAAGATCCTTATGTTGTTTTGTTGTACAA
AGTTATCAG

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

CO CL8394Contig1 998 2 8 U
GGGGAGGAGGTGTGAGCTCGCTCAACGTGCAGCTGAGGAAGGAGCTTGATCTGTTCGCGT
CTCTGGTCAACTGCTTTAACTTGCCTGGTTTGCCGACGAGGCATGAGAACGTTGACATCG
TTGTGATTAGGGAGAATACTGAGGGAGAGTATGCTGGGCTTGAGCATGAGGTTGTTCCTG
GGGTCGTTGAGAGTCTTAAGGTGATCACGAAGTTTTGTTCGGAGCGTATAGCAAAGTATG
CGTTTGAGTATGCGTACCTGAACAACAGGAAGAAAGTGACGGCAGTGCACAAGGCTAATA
TTATGAAACTTGCTGGTGGTTTGTTCTTGGAGTCTTGCCGAGAGGTCGCTAAAAAGTATC
CGGGCATCACTTACAATGAGATTATTGTTGATAACTGCTGCATGCAACTTGTAGCGAAAC
CTGAGCAATTCGACGTCATGGTGACACCCAATCTCTATGGTAACTTAGTTGCAAACACTG
CTGCTGGTATTGCTGGAGGCACCGGAGTCATGCCTGGAGGAAATGTTGGGGCTGACCATG
CGGTCTTTGAGCAAGGTGCATCAGCAGGAAACGTGGGGAAAGACAAGATAGTAAGAGAAA
ACAAAGCAAATCCAGTGGCGTTGCTTCTCTCATCAGCCATGATGCTAAGACACCTTCAGT
TTCCTTCATTTGCTGACCGGCTCGAAACAGCGGTGAAAAGAGTCATCTCTGATGGAAAGT
GCCGGACTAAAGATCTTGGTGGACAGAGCACTACTCAAGAGGTGGTTGATGCCGTCATCG
CAAATCTCGAGTGACCTTTGAACAAAGTTACTTGTTCCCTCCATTCCCTCTCTGCAAAAT
TCATCAAAAAGTTCCTTGGTGCTACTGTTGCTAAAAGTATATGGGTATAATCCACGGTGT
CTGGTTTTGTACCTCAAGAGTTTTACATTCTTTAGACGTTAACTCGTCAAAAACTCTCGA
ATCATATTTTTCTATTCCAAATAATTCATGTGGCTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DA96TF U 1
AF RR3DA96JQ C 334
BS 1 567 RR3DA96TF
BS 568 568 RR3DA96JQ
BS 569 600 RR3DA96TF
BS 601 601 RR3DA96JQ
BS 602 609 RR3DA96TF
BS 610 610 RR3DA96JQ
BS 611 670 RR3DA96TF
BS 671 998 RR3DA96JQ

RD RR3DA96TF 670 0 0
GGGGAGGAGGTGTGAGCTCGCTCAACGTGCAGCTGAGGAAGGAGCTTGATCTGTTCGCGT
CTCTGGTCAACTGCTTTAACTTGCCTGGTTTGCCGACGAGGCATGAGAACGTTGACATCG
TTGTGATTAGGGAGAATACTGAGGGAGAGTATGCTGGGCTTGAGCATGAGGTTGTTCCTG
GGGTCGTTGAGAGTCTTAAGGTGATCACGAAGTTTTGTTCGGAGCGTATAGCAAAGTATG
CGTTTGAGTATGCGTACCTGAACAACAGGAAGAAAGTGACGGCAGTGCACAAGGCTAATA
TTATGAAACTTGCTGGTGGTTTGTTCTTGGAGTCTTGCCGAGAGGTCGCTAAAAAGTATC
CGGGCATCACTTACAATGAGATTATTGTTGATAACTGCTGCATGCAACTTGTAGCGAAAC
CTGAGCAATTCGACGTCATGGTGACACCCAATCTCTATGGTAACTTAGTTGCAAACACTG
CTGCTGGTATTGCTGGAGGCACCGGAGTCATGCCTGGAGGAAATGTTGGGGCTGACCATG
CGGTCTTTGAGCAAGGTGCATCAGCAG*AAACGTGGGGAAAGACAAGATAGTAAGAGAAA
*CAAAGCAA*TCCAGTGGCGTTGCTTCTCTCATCAGCCATGATGCTAAGACACCTTCAGT
TTCCTTCATT

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3DA96JQ 665 0 0
CTTGCCGAGAGGTCGCTAAAAAGTATCCGGGCATCACTTACAATGAGATTATTGTTGATA
ACTGCTGCATGCAACTTGTAGCGAAACCTGAGCAATTCGACGTCATGGTGACACCCAATC
TCTATGGTAACTTAGTTGCAAACACTGCTGCTGGTATTGCTGGAGGCACCGGAGTCATGC
CTGGAGGAAATGTTGGGGCTGACCATGCGGTCTTTGAGCAAGGTGCATCAGCAGGAAACG
TGGGGAAAGACAAGATAGTAAGAGAAAACAAAGCAAATCCAGTGGCGTTGCTTCTCTCAT
CAGCCATGATGCTAAGACACCTTCAGTTTCCTTCATTTGCTGACCGGCTCGAAACAGCGG
TGAAAAGAGTCATCTCTGATGGAAAGTGCCGGACTAAAGATCTTGGTGGACAGAGCACTA
CTCAAGAGGTGGTTGATGCCGTCATCGCAAATCTCGAGTGACCTTTGAACAAAGTTACTT
GTTCCCTCCATTCCCTCTCTGCAAAATTCATCAAAAAGTTCCTTGGTGCTACTGTTGCTA
AAAGTATATGGGTATAATCCACGGTGTCTGGTTTTGTACCTCAAGAGTTTTACATTCTTT
AGACGTTAACTCGTCAAAAACTCTCGAATCATATTTTTCTATTCCAAATAATTCATGTGG
CTACG

QA 1 665 1 665
DS 



AS 1 2

CO CL8395Contig1 742 2 10 U
TAAACCGTGGCGTAACGGTCTGAGAGAAGTAACAACACAAAATGTATATAGTAATCTCAA
AAATCATGTTTAATTATGAGGAAGACGTTTTTAATTTTCGTTATTATCCTCATAAAACTC
CCAATAGATACTCAAAAGGAACAGAAGTTGAGGTCTTTCCACCTTCCCATCGAAAATTTT
TATGTCACATGAAAAAATGGAGATATGAAGAGGACTTGTGTGTAGCCACTGCAAAAGCTT
ACTACGCAATACTTTTAGTTCACCACGTCGAGGACCAGCTTGCGGGACTTGAGAACGGAC
CATTTGAGTCGCCTGTAGTACGCTGCTTGGAGCAAAGCAAGAGATAGAAGGAATATCCAT
TTGAATCCCATCAATTTCCTCTCTTCCATTTCTGGTTCAGCTGCCCAAGACAAGAATGAC
ACAACATCTTTACCCATCTGAGCCTCTGTGGCGGGGACACCATCTTCATACTCAACAGCT
TCATCATTGAGCATTTTCGGCATAGCAATTGCTCCCCCGGGGAAATAAGGATTGTAGTGT
AGCCCCTCTCTGATTGAAATGCCAGCAGGAGGATCGCGGTAACCCGTCAGAAGAGCAAAG
ACGTAGTTTTGACCGTTGTGACGTGCCTTGGTGATAAGACTAAGATCAGGAGGATACGCT
CCACCATTAGCGAACCTTGCAGCTGATTCATTAGCATAAGGCTGAGGCAAGCGGTCACTG
AGTTTGCCTGGACGGGTGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E887JQ U 1
AF RR3CA31TF C 11
BS 1 320 RR3E887JQ
BS 321 321 RR3CA31TF
BS 322 412 RR3E887JQ
BS 413 413 RR3CA31TF
BS 414 526 RR3E887JQ
BS 527 527 RR3CA31TF
BS 528 552 RR3E887JQ
BS 553 553 RR3CA31TF
BS 554 588 RR3E887JQ
BS 589 742 RR3CA31TF

RD RR3E887JQ 588 0 0
TAAACCGTGGCGTAACGGTCTGAGAGAAGTAACAACACAAAATGTATATAGTAATCTCAA
AAATCATGTTTAATTATGAGGAAGACGTTTTTAATTTTCGTTATTATCCTCATAAAACTC
CCAATAGATACTCAAAAGGAACAGAAGTTGAGGTCTTTCCACCTTCCCATCGAAAATTTT
TATGTCACATGAAAAAATGGAGATATGAAGAGGACTTGTGTGTAGCCACTGCAAAAGCTT
ACTACGCAATACTTTTAGTTCACCACGTCGAGGACCAGCTTGCGGGACTTGAGAACGGAC
CATTTGAGTCGCCTGTAGTA*GCTGCTTGGAGCAAAGCAAGAGATAGAAGGAATATCCAT
TTGAATCCCATCAATTTCCTCTCTTCCATTTCTGGTTCAGCTGCCCAAGACAGGAATGAC
ACAACATCTTTACCCATCTGAGCCTCTGTGGCGGGGACACCATCTTCATACTCAACAGCT
TCATCATTGAGCATTTTCGGCATAGCAATTGCTCCCCCGGGGAAATGAGGATTGTAGTGT
AGCCCCTCTCTGGTTGAAATGCCAGCAGGAGGATCGCGGTAACCCGTC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3CA31TF 732 0 0
CGTAACGGTCTGAGAGAAGTAACAACACAAAATGTATATAGTAATCTCAAAAATCATGTT
TAATTATGAGGAAGACGTTTTTAATTTTCGTTATTATCCTCATAAAACTCCCAATAGATA
CTCAAAAGGAACAGAAGTTGAGGTCTTTCCACCTTCCCATCGAAGATTTTTATGTCACAT
GAAAAAATGGAGATATGAAGAGGACTTGTGTGTAGCCACTGCAAAAGCTTACTACGCAAT
ACTTTTAGTTCACCACGTCGAGGACCAGCTTGCGGGACTTGAGAACGGACCATTTGAGTC
GCCTGTAGTACGCTGCTTGGAGCAGAGCAAGAGATAGAAGGAATATCCATTTGAATCCCA
TCAATTTCCTCTCTTCCATTTCTGGTTCAGCTGCCCAAGACAAGAATGACACAACATCTT
TACCCATCTGAGCCTCTGTGGCGGGGACACCATCTTCATACTCAACAGCTTCATCATTGA
GCATTTTCGGCATAGCAATTGCTCCCCCGGGGAAATAAGGATTGTAGTGTAGCCCCTCTC
TGATTGAAATGCCAGCAGGAGGATCGCGGTAACCCGTCAGAAGAGCAAAGACGTAGTTTT
GACCGTTGTGACGTGCCTTGGTGATAAGACTAAGATCAGGAGGATACGCTCCACCATTAG
CGAACCTTGCAGCTGATTCATTAGCATAAGGCTGAGGCAAGCGGTCACTGAGTTTGCCTG
GACGGGTGAACC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL8396Contig1 553 2 1 U
GGAGAGAGGATGATTTGAAGTTCTTTGGAAACACCATAGTGTCGTCAACCTCAGCTCGTT
TGACAGGCTCGGATTCTGAAGTTTCAGACAGTACCGAAATAAAGCACTTGGAGGACAAAG
AAGATGCGAAGATCAAGAACGGAGCCTCTTTAGATACAACAAGAATCTAAACATGAAGCG
GAGAATAGAAGAAACTTCTGGTTGCTAAAAATCAAACTGCAGCTTCTTAAATGTTTCACA
CGGTATAATGTTTATGTTCTTTAAGATATTGGCAACAATTATTTCTTATCCAAGTTGGCG
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TTAAACTAATTTC


BQ
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QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CW49JQ C 1
AF RR3CW49TF U 1
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DS 

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CGTAGCAGTGAAAGCG

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FL43JQ C 1
AF RR3FL43TF U 1
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TATCCGAGCTTATCTCAACTTTTGTGAGCAAAAGACTATGTTTAGATATTTTGTTTTAAG
TTTTCAATGATG

QA 1 552 1 552
DS 

RD RR3FL43TF 552 0 0
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TATCCGAGCTTATCTCAACTTTTGTGAGCAAAAGACTATGTTTAGATATTTTGTTTTAAG
TTTTCAATGATG

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 2

CO CL8399Contig1 768 2 5 U
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AGAGGCCTTTTCCGACGTGGACGATCCTTTTTGTTCTTTGTCGTCTTCTTTTCCGGCAAG
GAAGTATCCGGGATAAAAAAATAGATGCTTCCACGCTTAAGCTCAGATTCAGGAGACAAG
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CP21JQ U 262
AF RR3CP21TF C 1
BS 1 261 RR3CP21TF
BS 262 352 RR3CP21JQ
BS 353 353 RR3CP21TF
BS 354 441 RR3CP21JQ
BS 442 768 RR3CP21TF

RD RR3CP21JQ 180 0 0
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CTTACCATATGATCACTATTACTATCGTTGGGGTTTTCAAGAGGCCTTTTCCGACGTGGA
CGATCCTTTTTGTTCTTTGTCGTCTTCTTTTCCGGCAAGGAAGTATCCGGGATAAAAAAA

QA 1 180 1 180
DS 

RD RR3CP21TF 768 0 0
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AAAATATTCTCGCTGGGGATGTTAATAAAAATAAAGAAAATAGAGACATCATTAACGAAG
GAAGAAAGCAAACACTAGTTTAGATCCTCAGAGATGCTATCAAGGTGAGGCCGCCACATG
GACACCGACGCCGACCGACTATGTCTCCGACGGTGACGGTTCTCTTTACCGGCCGAACAA
TGCTTCTCTGACGATGACATCATAACATCTTCCAAATATTTCTCACACAACGTCAAATAA
AGATCATTATTATTAGTAGTACTTACCATATGATCACTATTACTATCGTTGGCGTTTTCA
AGAGGCCTTTTCCGACGTGGACGATCCTTTTTGTTCTTTGTCGTCTTCTTTTCCGGCAAG
GAAGTATCCGGTATAAGAAAATAGATGCTTCCACGCTTAAGCTCAGATTCAGGAGACAAG
ACCAAGATCTTACGAACAACTCCTTGAGAACATGGTTTGCTTAAGACATGATTAGGATTC
GCCTGAAGGATCTCTCCCGCGGTCATTAGACGAGTTATTTCGTCGACGTGGCCGTTGAGA
TGTACGATTCGGATCAAATCTAAAGCTCCACATGGAAGTACACAAGCCAAACAGCACCGT
AAACTGTTTCCCATATCTTCTTAGTTTGCAAATATATCTCTCAAGTTATTCTTTAGCAAA
AACAAAAAAAGTTTTCAAGCTTTTTGTAGTTTATTCTTTGTTTGTTGT

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL8400Contig1 749 2 2 U
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GTGAAGAACAGTCTCCTCCTCTGACTTGTCTCGATGGCCATCTAGCTTGTTCTGGTGAGC
TCTGCAACCCACCGACCACTGCTCTTTGTCTTTCAACCGGGGATCTCCTCGCCCCTTCCG
ACTCGTTCTCCAGATCTACAACGTCCCTTGCCAATGAGCCAGCAGCTATTGGACCAAGAT
TCAAATCTTCACGGGCCTGGCCCAGTACTTTGGCTAAAGCTACCAGCCCAGTTATCAATC
TACCAAAATCCAGAAACCTGCAACACATCTTTTCGGTGGATTCACCGGATCTGTTATCGT
TTCATCATCCTCCTTGGTCGAGGACAGAATCCTACAATCATGTCTCCATTCTATGAACGG
GGATGTTCTTTCGGATCCTTTTCTGAGTTATTGTTTCAGCTTACTCACCGGTTTGTTATC
TTGCATAGCGGTCTGTACGGGCCAGAAGGTGCAATCAAGATCACTTCGGTTTTTCTTTTT
GGTGAGGGTTGTCTCAGCTATCCGACTTTGCCAGAAAGGCTTTGTCGATGCATTCAGACT
ATGTCTCGAATTCGCTGTCAACTTCATATGAAGATTTATTATGTTTAATTGCTTTTGCTA
TTGTAGTTTATGGTTTGTCTCCAAGAGGATGCTTAGTTCCCTCTTGTTATTGTAGTCTTC
AAATTTGAGTTTAACAAAAGTTGTGTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AR23TF U 1
AF RR3AR23JQ C 126
BS 1 682 RR3AR23TF
BS 683 749 RR3AR23JQ

RD RR3AR23TF 682 0 0
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GTGAAGAACAGTCTCCTCCTCTGACTTGTCTCGATGGCCATCTAGCTTGTTCTGGTGAGC
TCTGCAACCCACCGACCACTGCTCTTTGTCTTTCAACCGGGGATCTCCTCGCCCCTTCCG
ACTCGTTCTCCAGATCTACAACGTCCCTTGCCAATGAGCCAGCAGCTATTGGACCAAGAT
TCAAATCTTCACGGGCCTGGCCCAGTACTTTGGCTAAAGCTACCAGCCCAGTTATCAATC
TACCAAAATCCAGAAACCTGCAACACATCTTTTCGGTGGATTCACCGGATCTGTTATCGT
TTCATCATCCTCCTTGGTCGAGGACAGAATCCTACAATCATGTCTCCATTCTATGAACGG
GGATGTTCTTTCGGATCCTTTTCTGAGTTATTGTTTCAGCTTACTCACCGGTTTGTTATC
TTGCATAGCGGTCTGTACGGGCCAGAAGGTGCAATCAAGATCACTTCGGTTTTTCTTTTT
GGTGAGGGTTGTCTCAGCTATCCGACTTTGCCAGAAAGGCTTTGTCGATGCATTCAGACT
ATGTCTCGAATTCGCTGTCAACTTCATATGAAGATTTATTATGTTTAATTGCTTTTGCTA
TTGTAGTTTATGGTTTGTCTCC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3AR23JQ 624 0 0
AACCCACCGACCACTGCTCTTTGTCTTTCAACCGGGGATCTCCTCGCCCCTTCCGACTCG
TTCTCCAGATCTACAACGTCCCTTGCCAATGAGCCAGCAGCTATTGGACCAAGATTCAAA
TCTTCACGGGCCTGGCCCAGTACTTTGGCTAAAGCTACCAGCCCAGTTATCAATCTACCA
AAATCCAGAAACCTGCAACACATCTTTTCGGTGGATTCACCGGATCTGTTATCGTTTCAT
CATCCTCCTTGGTCGAGGACAGAATCCTACAATCATGTCTCCATTCTATGAACGGGGATG
TTCTTTCGGATCCTTTTCTGAGTTATTGTTTCAGCTTACTCACCGGTTTGTTATCTTGCA
TAGCGGTCTGTACGGGCCAGAAGGTGCAATCAAGATCACTTCGGTTTTTCTTTTTGGTGA
GGGTTGTTTCAGCTATCCGACTTTGCCAGAAAGGCTTTGTCGATGCATTCAGACTATGTC
TCGAATTCGCTGTCAACTTCATATGAAGATTTATTATGTTTAATTGCTTTTGCTATTGTA
GTTTATGGTTTGTCTCCAAGAGGATGCTTAGTTCCCTCTTGTTATTGTAGTCTTCAAATT
TGAGTTTAACAAAAGTTGTGTTCC

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL8401Contig1 633 2 2 U
GGGTCGGAATTGGTAAAGAGGAATTGAGCGAATAGGTTGATTGATTGATTTAGAAAGTAG
TAATGGGAAGCGCACCAGCACAGATTCCGACTAGCTTCGGCCATGAGCTTAGGGCTTGTC
TTCGCTGCCGACTCGTCAAGACCTATGACCAGTTCAGGGACGCAGGGTGCGAGAATTGTC
CGTTCTTCAAGATGGAAGAGGATCACGAGCGTATCGTCGAAGTTACTACTCCTAATTTCA
ATGGCATAATATCTGTGATGGATCCAAGTAGAAGCTGGGCGGCTAGGTGGTTAAGAATCG
GGAAGTTTGCTCCTGGTTGCTACACTCTCGCTGTCTCCGAGCCACTCACAGAGGAAATGC
AGCACATATGCCAAGAAGAGCGTGTACAATACGTTCCTCCGAAACGCATGTAAAAGCAAA
TACATCAAGACATAGAACGCAAGTAGTACTCTTTCTTATGTTTAGCTTCATGTTAACAAT
ACCAGGTGCTTATATGTGTCTTCATGTTGACAGTTTCCAAGATGTCGTTGCTTCTTTGAG
TACCTTAGGTTTCCATCTATGTAAGGTCGTTATGTATAACTTTTGAACTTCCCAGACCAA
ATGCTTCTCTGAGAGAAAACGTTTTGTTAGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H557JQ C 1
AF RR3H557TF U 78
BS 1 77 RR3H557JQ
BS 78 633 RR3H557TF

RD RR3H557JQ 633 0 0
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TTCGCTGCCGACTCGTCAAGACCTATGACCAGTTCAGGGACGCAGGGTGCGAGAATTGTC
CGTTCTTCAAGATGGAAGAGGATCACGAGCGTATCGTCGAAGTTACTACTCCTAATTTCA
ATGGCATAATATCTGTGATGGATCCAAGTAGAAGCTGGGCGGCTAGGTGGTTAAGAATCG
GGAAGTTTGCTCCTGGTTGCTACACTCTCGCTGTCTCCGAGCCACTCACAGAGGAAATGC
AGCACATATGCCAAGAAGAGCGTGTACAATACGTTCCTCCGAAACGCATGTAAAAGCAAA
TACATCAAGACATAGAACGCAAGTAGTACTCTTTCTTATGTTTAGCTTCATGTTAACAAT
ACCAGGTGCTTATATGTGTCTTCATGTTGACAGTTTCCAAGATGTCGTTGCTTCTTTGAG
TACCTTAGGTTTCCATCTATGTAAGGTCGTTATGTATAACTTTTGAACTTCCCAGACCAA
ATGCTTTTCTGAGAGAAAACGTTTTGTTAGGAT

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3H557TF 556 0 0
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AAGACCTATGACCAGTTCAGGGACGCAGGGTGCGAGAATTGTCCGTTCTTCAAGATGGAA
GAGGATCACGAGCGTATCGTCGAAGTTACTACTCCTAATTTCAATGGCATAATATCTGTG
ATGGATCCAAGTAGAAGCTGGGCGGCTAGGTGGTTAAGAATCGGGAAGTTTGCTCCTGGT
TGCTACACTCTCGCTGTCTCCGAGCCACTCACAGAGGAAATGCAGCACATATGCCAAGAA
GAGCGTGTACAATACGTTCCTCCGAAACGCATGTAAAAGCAAATACATCAAGACATAGAA
CGCAAGTAGTACTCTTTCTTATGTTTAGCTTCATGTTAACAATACCAGGTGCTTATATGT
GTCTTCATGTTGACAGTTTCCAAGATGTCGTTGCTTCTTTGAGTACCTTAGGTTTCCATC
TATGTAAGGTCGTTATGTATAACTTTTGAACTTCCCAGACCAAATGCTTCTCTGAGAGAA
AACGTTTTGTTAGGAT

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

CO CL8402Contig1 888 2 2 U
ACACGGTACGAGTATTACACGCTTGGCAAATACTATCCTAAGAAGGACCGGTACGTACCA
AACGGTGATTCACCTGATGGTTGGGACGGTTTAAGATTTGATTACGGTAATTTCTATGCA
TCCAAGACGTTCTTTGACTACAAAAAGAACAGAAGAATCTTGTGGGGCTGGGCCAATGAA
TCTGACACAGTTGAAGATGATGTATCCAAGGGTTGGGCTGGTCTTCAGGTAATTCCAAGA
ACGGTGCTTCTTGACTCATCAAACAAGAAGCAACTAGTGTTTTGGCCTATTGAAGAAATA
GAGTCACTAAGAAGTAGTTATGTCCGGGTGAACAACAAAGACATCGAGATGGGTCAACGC
TTAGAAGTCAAAGGAATCACTCCGGCTCAGGCGGATGTGGAAGTGACATTTAACGTTGGA
AGTCTAGAGAAAGCTGAGCCATTTGACACGAGCTACACATACAAGCCGTTAGATTTGTGT
AGAGTGAAGGGCTCGAACGTAACAGGTGGTGTAGGACCTTTTGGTCTGATCACATTGGCC
ACCATTTGCTGGCTTTGTGGATGTTGATCTAGCAGATGGAAGGATCTCTCTAAGGAGTTT
GATTGACCATTCAGTAGTAGAGAGCTTTGGAGCTTTGGGGAAGACAGTGATAACGTCAAG
AGTGTATCCAGTAAAAGCAGTGAAAGAGAATGCACATTTGTATGTGTTTAACAATGGAAC
ACAAACTGTGAACGTAGAGAGTGTTGATGCTTGGAGTATGGATAGGCCTTTGCAAATGAA
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GGAATTTTCTGTTTTTTATCAACTTGATTAGTGAAATCCATGTTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GM16TF U 1
AF RR3GM16JQ C 88
BS 1 638 RR3GM16TF
BS 639 888 RR3GM16JQ

RD RR3GM16TF 638 0 0
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TCTGACACAGTTGAAGATGATGTATCCAAGGGTTGGGCTGGTCTTCAGGTAATTCCAAGA
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GAGTCACTAAGAAGTAGTTATGTCCGGGTGAACAACAAAGACATCGAGATGGGTCAACGC
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GATTGACCATTCAGTAGTAGAGAGCTTTGGAGCTTTGG

QA 1 638 1 638
DS 

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ACGAGCTACACATACAAGCCGTTAGATTTGTGTAGAGTGAAGGGCTCGAACGTAACAGGT
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TCTAGCAGATGGAAGGATCTCTCTAAGGAGTTTGATTGACCATTCAGTAGTAGAGAGCTT
TGGAGCTTTGGGGAAGACAGTGATAACGTCAAGAGTGTATCCAGTAAAAGCAGTGAAAGA
GAATGCACATTTGTATGTGTTTAACAATGGAACACAAACTGTGAACGTAGAGAGTGTTGA
TGCTTGGAGTATGGATAGGCCTTTGCAAATGAATAATGGAGCTACTTAATTATTAGTTAG
TTGTTGATGTGTCATTATAATAAGAGAAACTTCGGAATTTTCTGTTTTTTATCAACTTGA
TTAGTGAAATCCATGTTTTAT

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 2

CO CL8403Contig1 831 2 3 U
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ATAGAAACGATAAGTGCGTTTGCGTCCCCTCCTACTTGACTCGCGGGTCCTAACGCAGGA
GGAAAGTTCCCTCCCGTTCCGTTTGCGTTTAAGCTTCCCGTATAAGCACATGTTCTGTAG
CTAGGATCTCTAGGGGTAGTGATGGCAGTACCATCAAAGTCACAAGTCCCACCAGCACTC
TTCATCTTCTGGTAATAATCATTATAAGCAAAAAAAGCATGGCTCTTGATATCGTTCGGT
AAATAACAAGGCTGTCCCGGCTGAAGCGCAGCGCAGTTAGCTCGTCCCTGTCCACAAGCC
CAGTTCAAACCGTCCTCCAACTTATCATCATCAGCATCAGCTTTCGCCACGCAGAACAAC
AACGTCGTCCCGTTCAAATCAGCTGAGTTGCCGCCGCCGCCACCGCTTAAGCCGAGAGGA
TAAACAGAAGTACCGTTGGGATAAAACATCCCCCAGTTCTTCTCCGACTCTGGTCCGGAC
CTTTTGTCCTCGTTGTAGAGCTCGTAGATGTACGTGTTGATAGGTATCCCCGGCTGGCTA
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CCAATGTTGGCAGCTGTTTCGTCGCTTCCACCGGAAGAAGGCCAGCCGGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A252JQ U 186
AF RR3A252TF C 1
BS 1 185 RR3A252TF
BS 186 564 RR3A252JQ
BS 565 831 RR3A252TF

RD RR3A252JQ 379 0 0
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GTTCCCTCCCGTTCCGTTTGCGTTTAAGCTTCCCGTATAAGCACATGTTCTGTAGCTAGG
ATCTCTAGGGGTAGTGATGGCAGTACCATCAAAGTCACAAGTCCCACCAGCACTCTTCAT
CTTCTGGTAATAATCATTATAAGCAAAAAAAGCATGGCTCTTGATATCGTTCGGTAAATA
ACAAGGCTGTCCCGGCTGAAGCGCAGCGCAGTTAGCTCGTCCCTGTCCACAAGCCCAGTT
CAAACCGTCCTCCAACTTATCATCATCAGCATCAGCTTTCGCCACGCAGAACAACAACGT
CGTCCCGTTCAAATCAGCT

QA 1 379 1 379
DS 

RD RR3A252TF 831 0 0
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ACTAAAACAAATAATACCGATAACCGGGATATAACCAGACTTCTCCGGTTACTACAACAC
TGAAGTTACAGTACTAGTAGTAGCGTGAGAGCTAACGTTGCCAAGAATGGAAGATGGCAG
ATAGAAACGATAAGTGCGTTTGCGTCCCCTCCTACTTGACTCGCGGGTCCTAACGCAGGA
GGAAAGTTCCCTCCCGTTCCGTTTGCGTTTAAGCTTCCCGTATAAGCACATGTTCTGTAG
CTAGGATCTCTAGGGGTAGTGATGGCAGTACCATCAAAGTCACAAGTCCCACCAGCACTC
TTCATCTTCTGGTAATAATCATTATAAGCAAAAGAAGCATGGCTCTTGATATCGTTCGGT
AGATAACAAGGCTGTCCCGGCTGAAGCGCAGCGCAGTTAGCTCGTCCCTGTCCACAAGCC
CAGTTCAAACCGTCCTCCAACTTATCATCATCAGCATCAGCTTTCGCCACGCAGAACAAC
AACGTCGTCCCGTTCAAATCAGCTGAGTTGCCGCCGCCGCCACCGCTTAAGCCGAGAGGA
TAAACAGAAGTACCGTTGGGATAAAACATCCCCCAGTTCTTCTCCGACTCTGGTCCGGAC
CTTTTGTCCTCGTTGTAGAGCTCGTAGATGTACGTGTTGATAGGTATCCCCGGCTGGCTA
GGAGGGCCGGAGTTGTTCAACACGCGCTTGATCAAGTTGTTATTGAACGTCTCCGCGTAA
CCAATGTTGGCAGCTGTTTCGTCGCTTCCACCGGAAGAAGGCCAGCCGGCC

QA 1 831 1 831
DS 



AS 1 2

CO CL8404Contig1 805 2 2 U
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CACCCATCTCTTTTGCCTCTGTTTTAGACTTTTGTGTAGCTGATCCAAAGGGTCCTCAAA
ACCCATCAGGATACTCTTGCAAGAACCCTGACCAAGTCACCGAGAATGACTTCGCGTTCT
CCGGTCTCGCCAAAGCCGGAAACACTTCCAACATCATTAAAGCCGCTGTGACTCCAGCCT
TTGCACCTGCCTTCGCAGGTCTCAATGGCCTTGATGTCTCATTGGCTCGTCTTGACTTAG
CCGGTGGAGGTGTCATCCCTCTTCATACTCACCCTGGTGCCTCCGAGGTCCTTGTAGTCA
TACAAGGAACCATACGCGCAGGATTTATCTCTTCTGCTAATAAGGTTTACTTGAAGACTC
TCTCTCGAGGAGATTCCATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTCTG
GGAAAGGACCTGCGTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCTTCTCCAGGGCTTCAGATTC
TACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAGCCACGACGTTCC
TTAGCGATGAAGAGGTTAAGAAGCTTAAGGGTCTGCTTGGAGGAACTAATTAAGCTTCTC
TTCCTGATTTTTTTCCTAAATTTTAGCGTGTTTTATGAGTTATTTTATTCAAATTCTTCT
AGCACTCTCATGTTTATTCGAATGGTTGTGTGTTCTTTGTGTTGCTACTTGTCTCATTGG
TTTCAATTGTACTAAGTAATAAGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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AF RR3AT49TF U 1
AF RR3AT49JQ C 56
BS 1 798 RR3AT49TF
BS 799 805 RR3AT49JQ

RD RR3AT49TF 798 0 0
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CCGGTGGAGGTGTCATCCCTCTTCATACTCACCCTGGTGCCTCCGAGGTCCTTGTAGTCA
TACAAGGAACCATACGCGCAGGATTTATCTCTTCTGCTAATAAGGTTTACTTGAAGACTC
TCTCTCGAGGAGATTCCATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAACTCTG
GGAAAGGACCTGCGTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCTTCTCCAGGGCTTCAGATTC
TACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAGCCACGACGTTCC
TTAGCGATGAAGAGGTTAAGAAGCTTAAGGGTCTGCTTGGAGGAACTAATTAAGCTTCTC
TTCCTGATTTTTTTCCTAAATTTTAGCGTGTTTTATGAGTTATTTTATTCAAATTCTTCT
AGCACTCTCATGTTTATTCGAATGGTTGTGTGTTCTTTGTGTTGCTACTTGTCTCATTGG
TTTCAATTGTACTAAGTA

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3AT49JQ 750 0 0
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GTTCTCCGGTCTCGCCAAAGCCGGAAACACTTCCAACATCATTAAAGCCGCTGTGACTCC
AGCCTTTGCACCTGCCTTCGCAGGTCTCAATGGCCTTGATGTCTCATTGGCTCGTCTTGA
CTTAGCCGGTGGAGGTGTCATCCCTCTTCATACTCACCCTGGTGCCTCCGAGGTCCTTGT
AGTCATACAAGGAACCATACGCGCAGGATTTATCTCTTCTGCTAATAAGGTTTACTTGAA
GACTCTCTCTCGAGGAGATTCCATGGTGTTTCCTCAAGGGCTTCTTCATTTTCAGCTTAA
CTCTGGGAAAGGACCTGCGTTGGCCTTTGTTGCCTTTGGAAGCTCTTCTCCAGGGCTTCA
GATTCTACCATTTGCTCTGTTTGCAAATGATTTGCCTTCAGAACTCGTTGAAGCCACGAC
GTTCCTTAGCGATGAAGAGGTTAAGAAGCTTAAGGGTCTGCTTGGAGGAACTAATTAAGC
TTCTCTTCCTGATTTTTTTCCTAAATTTTAGCGTGTTTTATGAGTTATTTTATTCAAATT
CTTCTAGCACTCTCATGTTTATTCGAATGGTTGTGTGTTCTTTGTGTTGCTACTTGTCTC
ATTGGTTTCAATTGTACTAAGTAATAAGCA

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL8405Contig1 848 2 8 U
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GGTGTAGTGATAAGCTGGGGTTAAGTCTTGAACTAGGTTCTTTTGCCGCAGGGGTCATGA
TATCAACTACTGACCTCGCTGAACATACACTGGAGCAAATAGAACCAATCCGTAACTTAT
TTGCTGCTCTTTTCCTAGCCAGCATTGGGATGTTGGTTAACGTCAATTTTCTTTGGACAC
ATGTGGATATACTGTTAGCTTCTGTAATATTAGTAATTATTATAAAGACAACTATAGTTA
CAACAGTTGTCAAGGGATTTGGATACAGCAACAAAACTGCTCTTCTTGTTGGTATATCTT
TGGCTCAGATAGGGGAATTTGCCTTTGTACTACTTAGCCGTGTCTCCAATCTCCACCTGA
TCGAGGGCAAACTCTACTTGCTTCTCCTGGGGACAACCGCACTTAGCCTGGTTACAACAC
CTCTGGTTTTCAAAGTGATACCAGCGGTTGTGCATCTTGGAGTACTGTTAAGGTGGTTTC
CTCCAGACACTTCTATTGAGAAAGGAGAGATAGTAAGATCATTAAGTGCTAAGCAACGGA
TGATACTGATGTCACGCCAATCCCACAGCTCATAAAAACCACAAATGTTTCTTCTCAGCT
AAAATTTTGTTACATCAATATTGACAACAAGAAGAAAAAACTATATGGAACCCTAAGATT
GCTTCCTGGAACCCACTAACCTCTTCCCTTTTCACCATTTGTTTCAATTGTAATTAGTAT
TGTTTTTTTTTCTTTACCTTCAGTTTAATCTGTAATGAAAATATCTAATTAAATATTTCA
TATTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CH76TF U 1
AF RR3CH76JQ C 190
BS 1 686 RR3CH76TF
BS 687 687 RR3CH76JQ
BS 688 699 RR3CH76TF
BS 700 700 RR3CH76JQ
BS 701 730 RR3CH76TF
BS 731 731 RR3CH76JQ
BS 732 751 RR3CH76TF
BS 752 848 RR3CH76JQ

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GGTGTAGTGATAAGCTGGGGTTAAGTCTTGAACTAGGTTCTTTTGCCGCAGGGGTCATGA
TATCAACTACTGACCTCGCTGAACATACACTGGAGCAAATAGAACCAATCCGTAACTTAT
TTGCTGCTCTTTTCCTAGCCAGCATTGGGATGTTGGTTAACGTCAATTTTCTTTGGACAC
ATGTGGATATACTGTTAGCTTCTGTAATATTAGTAATTATTATAAAGACAACTATAGTTA
CAACAGTTGTCAAGGGATTTGGATACAGCAACAAAACTGCTCTTCTTGTTGGTATATCTT
TGGCTCAGATAGGGGAATTTGCCTTTGTACTACTTAGCCGTGTCTCCAATCTCCACCTGA
TCGAGGGCAAACTCTACTTGCTTCTCCTGGGGACAACCGCACTTAGCCTGGTTACAACAC
CTCTGGTTTTCAAAGTGATACCAGCGGTTGTGCATCTTGGAGTACTGTTAAGGTGGTTTC
CTCCAGACACTTCTATTGAGAAAGGAGAGATAGTAAGATCATTAAGTGCTAAGCAACGGA
TGATACTGATGTCACGCCAATCCCACAGCTCATAAAAACCACAAATGTTTCTTCTCAGCT
AAAATTTTGTTACATCAATATTGACA*CAAGAAGAAAAA*CTATATGGAACCCTAAGATT
GCTTCCTGGA*CCCACTAACCTCTTCCCTTT
CACATTTGTTC

QA 1 751 1 751
DS 

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TACTGTTAGCTTCTGTAATATTAGTAATTATTATAAAGACAACTATAGTTACAACAGTTG
TCAAGGGATTTGGATACAGCAACAAAACTGCTCTTCTTGTTGGTATATCTTTGGCTCAGA
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AACTCTACTTGCTTCTCCTGGGGACAACCGCACTTAGCCTGGTTACAACACCTCTGGTTT
TCAAAGTGATACCAGCGGTTGTGCATCTTGGAGTACTGTTAAGGTGGTTTCCTCCAGACA
CTTCTATTGAGAAAGGAGAGATAGTAAGATCATTAAGTGCTAAGCAACGGATGATACTGA
TGTCACGCCAATCCCACAGCTCATAAAAACCACAAATGTTTCTTCTCAGCTAAAATTTTG
TTACATCAATATTGACAACAAGAAGAAAAAACTATATGGAACCCTAAGATTGCTTCCTGG
AACCCACTAACCTCTTCCCTTTTCACCATTTGTTTCAATTGTAATTAGTATTGTTTTTTT
TTCTTTACCTTCAGTTTAATCTGTAATGAAAATATCTAATTAAATATTTCATATTTCTC

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

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AAGAGGAGATGGTGGTTGGAGCGGTAACTTGCAGGAAGAGAAAGGAGAAAGTTGGTGGAG
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CTTCATAAGAAGTTTTAGCAGTGGAAAGAAGAAGATCAGAAGAGATGTGGATTTCACGTA
CGATCTCAAAAACTACAGTCTTAATTTTGACGACGGCGGCACCGGCGAAAGTCCTTTACC
GGAGAGATATGTAGCTCCTCCGGCTGTTGTAAAAGTTTGATATGTTTATCTCCTTTTTTG
TATTATTTTTATTGATCGTGTTATAAATGTTAATACCAAACATAGATAAAGTGGTTATAA
AATAATTTAGGCGTT


BQ
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AF RR3BE25JQ C 1
AF RR3BE25TF U 1
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AATAATTTAGGCGTT

QA 1 555 1 555
DS 

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AAGAGGAGATGGTGGTTGGAGCGGTAACTTGCAGGAAGAGAAAGGAGAAAGTTGGTGGAG
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CTTCATAAGAAGTTTTAGCAGTGGAAAGAAGAAGATCAGAAGAGATGTGGATTTCACGTA
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GGAGAGATATGTAGCTCCTCCGGCTGTTGTAAAAGTTTGATATGTTTATCTCCTTTTTTG
TATTATTTTTATTGATCGTGTTATAAATGTTAATACCAAACATAGATAAAGTGGTTATAA
AATAATTTAGGCGTT

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 2

CO CL8407Contig1 551 2 1 U
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CAGTTGTTGCT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B474JQ C 1
AF RR3B474TF U 1
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CAGTTGTTGCT

QA 1 551 1 551
DS 

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AATCGAATCAAGCCCTGTTGGAAACCGACCTCAGCTACAAAACCAAAATCCGGTTCAGCC
ATCAACCGGTTTGTTTCCTTCACATCAAACCGGTCCTAGTCCAATGTTATTCAAGTCTCC
AGCATCACAGTTTGTTTTGTCGCCACCCCCTAGATCGCCGTTTCCGTTATTATCACCCAA
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AGGCTTTTTCTTCCCGTTGCTCAGTCCATTATGGAAAAATCAATAGCTTCATAGATAGTG
TATTGATTATACTTTTAAAATAGTGCAGCACTATGTAAAATGTAACATGTAAGATGAAGA
CAGTTGTTGCT

QA 1 551 1 551
DS 



AS 1 2

CO CL8408Contig1 801 2 2 U
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TGTTGATTGTCCAAATAATATGGCTTCCTTCGAGATGGATGACCTTAAAAAGATTGGGCT
AGGCTTAACTGGATTTGGTGTCTTCTTTACATTCCTGGGAGTCATTTTCGTGTTTGACAA
GGGACTCATCGCCATGGGAAATATACTCTTCTTAGCTGGTGTCACTCTAACCATAGGGAT
TCAACCAGCCATCCAATTCTTTACAAAACGGCGCAACTTTAAGGGAACTATATCATTTGG
TTTGGGATTCTTGTTGGTTGTGTTTGGATGGCCTATTTTCGGTTTGCTTCTAGAATCTTA
TGGATTCCTTGTTCTCTTCAGTGGTTTCTGGCCTACACTCGCTGTCTTCCTTCAAAGGAT
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ACATAGGAACATATGTATATAACACTCTAGCAACTCATCGTTAGTGCGTTGTAAATGGTT
CTTGTAATTGGGCATGTAGTCTAATCTTTGGCTTTTCCTCTCTTCTCGTTAATTCTCTTA
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TCTATCTTATTAAAACAGAAACATTCTGTTGGACCTAACATTTATTTTGTAAGTTTTTAA
ATTAAATACATCTTTATACTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D185TF U 1
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GGGACTCATCGCCATGGGAAATATACTCTTCTTAGCTGGTGTCACTCTAACCATAGGGAT
TCAACCAGCCATCCAATTCTTTACAAAACGGCGCAACTTTAAGGGAACTATATCATTTGG
TTTGGGATTCTTGTTGGTTGTGTTTGGATGGCCTATTTTCGGTTTGCTTCTAGAATCTTA
TGGATTCCTTGTTCTCTTCAGTGGTTTCTGGCCTACACTCGCTGTCTTCCTTCAAAGGAT
ACCTATACTGGGCTGGCTTTTGCAGCACCCATACATCAGATCGTTGCTGGATCGCTACCG
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ACATAGGAACATATGTATATAACACTCTAGCAACTCATCGTTAGTGCGTTGTAAATGGTT
CTTGTAATTGGGCATGTAGTCTAATCTTTGGCTTTTCCTCTCTTCTCGTTAATTCTCTTA
TTATTTTTAAAGCTTATTCTATTTTAGAGAGTTGTA

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TCTGGCCTACACTCGCTGTCTTCCTTCAAAGGATACCTATACTGGGCTGGCTTTTGCAGC
ACCCATACATCAGATCGTTGCTGGATCGCTACCGTGGAAGGCGTGTTCCTGTCTAATCCT
CTCTTTGCACATATGTACATACTGTCGATACTGTACATAGGAACATATGTATATAACACT
CTAGCAACTCATCGTTAGTGCGTTGTAAATGGTTCTTGTAATTGGGCATGTAGTCTAATC
TTTGGCTTTTCCTCTCTTCTCGTTAATTCTCTTATTATTTTTAAAGCTTATTCTATTTTA
GAGAGTTGTATAGTTTATAGATAGGTTGATGATATCTATCTTATTAAAACAGAAACATTC
TGTTGGACCTAACATTTATTTTGTAAGTTTTTAAATTAAATACATCTTTATACTC

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

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GAAGATCTTCAAGTCTTATTAGAGTGTCTATATATATGTAGATGAAATTAAGTGTCTCTG
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TTTTGATGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F896TF U 1
AF RR3F896JQ C 1
BS 1 562 RR3F896TF
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QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3F896JQ 609 0 0
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GAAGATCTTCAAGTCTTATTAGAGTGTCTATATATATGTAGATGAAATTAAGTGTCTCTG
CGTGTGTATTCTGCTTGTATTCAAAATTCCTTTTAAAAAATGAGATGTGGATAATAAAAA
TTTTGATGC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FD24TF C 1
AF RR3FD24JQ U 4
BS 1 3 RR3FD24TF
BS 4 691 RR3FD24JQ

RD RR3FD24TF 691 0 0
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ATGTGTCCAAGCTTATTTTCCTGCTTACCGCGTCCATGAACACATCAAATTCGTCCATTG
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TTCCTTTCTTTGCTAACTGATTGTTGAATCCCCAAGTTAATACGAGTGTCGCAGCATATT
TATTGTGTTGGAGCTTCTTCCACCGTGAATCTACCGCATCTTTGCAGACCTGATCAAACA
GTGTTTCTCCACATAAATGAATTGGCCATCC

QA 1 691 1 691
DS 

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AAGAACGAGGAGCAGCCATTTGTTGCTTCTTTATCCTCTCATGCGACTTCACCATACTGA
TATCATGAGGAGTGATGAACATCCACTGTGAACCTTTCTCTAATGCAAAATCAACCAATG
TGTCCAAGCTTATTTTCCTGCTTACCGCGTCCATGAACACATCAAATTCGTCCATTGCTC
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GTTCTCCACCTGAAAGCCCTCTAGTGTCTCGAACACCTCTGCTTGATGCATCTTGAGGCA
TCTTAACCGCTATGGACAAAGTTTTGTCTTCATAAGAGACCTTGATTTTTCCGCTGATTC
CTTTCTTTGCTAACTGATTGTTGAATCCCCAAGTTAATACGAGTGTCGCAGCATATTTAT
TGTGTTGGAGCTTCTTCCACCGTGAATCTACCGCATCTTTGCAGACCTGATCAAACAGTG
TTTCTCCACATAAATGAATTGGCCATCC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL8411Contig1 1240 2 2 U
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GGATCGAGAGAGGGAGGAACGAGTGCGTCGAATTAGGGTTTGCGAATCGTGTGATAGTGT
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CATCATCTCATCGTCCTTCAATTTGGCATCTCTGCATCTTCAAGTTTACTTCTCAGATTC
TCTGGTGACTCCTCCTCCTCCATGTTAGACTAATACAGATCATAGGCATGGCGTTAAGGT
GGACTGTTTGGTTTGCAGTTTTTGTTTCCGGTTCATCGGATCAATAGAGAAACAGATCGG
GAGGAAGCTCTATTTCAAGAACTTGGGTCTCTCTGGTTGTTGTGGTGGTGGTGGTGTTTC
ATCTGAAAGCGAGGGAGATGAATGTGTCAAGTACAGTGAATGTGATGGTGCAGCAAGCAG
CAGTTCGAATCCTCATTCTATACCACAAGGAATTGTTAGTTCTCTGATGAACGGTGAAAT
GGCACTGCCTCATACTGATAAGTTTCCTTTGCCTACTCCCCTTTCCTGTCCCGGAGGATG
TCAGGAGGCTTTCTACTGCAGTGGATCATGCGCAGAGGCGGATTGGGAAAGTTCTCATTC
TTTACTCTCTGCACTGGTGAGAGGTCGGAATCAGTATCCAGAGAGGCTCTTCGAGAGTTT
ATTATACATTCTAATGAGACAAATGATATCTTTCTCCTGGCTGCAAAGGTATATATATAT
AATATCAGTTGTTATGTCTGCTTCTAGACTATCTTGGATATTGTAATTATAGAATCTTTT
AACATGTTTTAGCTAATTGTGGTAGAGCTTATCATAGAGTCTGTGACCTTTTTCTTTTCT
CTAGTATTTAAAAAAAAAAAGAAACTAACAATTTCTGGAC


BQ
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GGATCGAGAGAGGGAGGAACGAGTGCGTCGAATTAGGGTTTGCGAATCGTGTGATAGTGT
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GTGTGGTGG

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DS 

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TCTCTCTGGTTGTTGTGGTGGTGGTGGTGTTTCATCTGAAAGCGAGGGAGATGAATGTGT
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AGGAATTGTTAGTTCTCTGATGAACGGTGAAATGGCACTGCCTCATACTGATAAGTTTCC
TTTGCCTACTCCCCTTTCCTGTCCCGGAGGATGTCAGGAGGCTTTCTACTGCAGTGGATC
ATGCGCAGAGGCGGATTGGGAAAGTTCTCATTCTTTACTCTCTGCACTGGTGAGAGGTCG
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ATCTTTCTCCTGGCTGCAAAGGTATATATATATAATATCAGTTGTTATGTCTGCTTCTAG
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CTTATCATAGAGTCTGTGACCTTTTTCTTTTCTCTAGTATTTAAAAAAAAAAAGAAACTA
ACAATTTCTGGAC

QA 1 853 1 853
DS 



AS 1 2

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TCTCTCCTGGTTCGACAAAACTCTCCACATGAACTCTCCACCTCCACCATCATCGTCCCC
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ACGGAGACGGTCGGATCACCAAAGAAGAGCTCAACGACTCGCTAGAGAATCTTGGAATCT
ACATACCAGACAAAGACCTCACTCAGATGATCCACAACATCGACGCCAACGGTGATGGAT
GCGTGGACATAGACGAGTTCGAGTCTCTGTACAGATCCATTGTGGATGAGCACCACAAGG
ATGGTGAAACAGAGGAAGAGGACATGAAGGACGCGTTTAACGTGTTTGACCAGGACGGTG
ATGGGTTTATCACTGTGGAGGAGTTGAAGTCTGTGATGGGTTCTTTGGGACTCAACCAAG
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GAGTCAATTACAAAGAGTTTCTTCAGATGATGAGAGGTGATGGTTTTAGCTGCAGTAACT
GATCTTTATTTAGAGTTTTAACATAAGAGTGTGTTTGTGTTTATTTGTGTTTCTTTTTAT
GTGTAAATAATTTTTTTGATGATGCATCAAGTGTGTAATTTTTTTTTCCTTTTTAGGATT
TCTCTTAAGGTTATGT


BQ
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AF RR3E414JQ C 205
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BS 697 697 RR3E414JQ
BS 698 727 RR3E414TF
BS 728 728 RR3E414JQ
BS 729 738 RR3E414TF
BS 739 739 RR3E414JQ
BS 740 745 RR3E414TF
BS 746 746 RR3E414JQ
BS 747 761 RR3E414TF
BS 762 762 RR3E414JQ
BS 763 771 RR3E414TF
BS 772 856 RR3E414JQ

RD RR3E414TF 787 0 0
GGTACCATAAAAGCTCTGTTTCTAAGCTCTCTGTTTCCTCGAATCTCCTCTCTGTTTCCA
TCAGATATCTAAAAAGCAGAGTTTGATTTCAACAATTATGGTGAGAATCTTCCTTCTATA
CAATCTCTTAAACTCTTTTCTCCTCTCCTTAGTACCAAAGAAGCTGCGAAGTCTATTCTC
TCTCTCCTGGTTCGACAAAACTCTCCACATGAACTCTCCACCTCCACCATCATCGTCCCC
TGCTCCAACGAGAAAAACAGATCCTTCCGAGCTGAAACGTGTTTTCCAGACATTCGACAA
ACGGAGACGGTCGGATCACCAAAGAAGAGCTCAACGACTCGCTAGAGAATCTTGGAATCT
ACATACCAGACAAAGACCTCACTCAGATGATCCACAACATCGACGCCAACGGTGATGGAT
GCGTGGACATAGACGAGTTCGAGTCTCTGTACAGATCCATTGTGGATGAGCACCACAAGG
ATGGTGAAACAGAGGAAGAGGACATGAAGGACGCGTTTAACGTGTTTGACCAGGACGGTG
ATGGGTTTATCACTGTGGAGGAGTTGAAGTCTGTGATGGGTTCTTTGGGACTCAACCAAG
GTAAGACATTAGAAGGTTGCAAGAAGATGATTATGCAAGTGGATGCTGATGGTGATGGTA
GAGTCAATTACAAAGAGTTTCTTCAGATGATGAGAG*TGATGGTTTTAGCTGCAGTAACT
GATCTTT*TTTAGAGTTT*AACATA*GAGTGTGTTTGTGTT*ATTTGTGTT
CTTTTATGTGTAATAA

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3E414JQ 652 0 0
CCACATGAACTCTCCACCTCCACCATCATCGTCCCCTGCTCCAACGAGAAAAACAGATCC
TTCCGAGCTGAAACGTGTTTTCCAGACATTCGACAAACGGAGACGGTCGGATCACCAAAG
AAGAGCTCAACGACTCGCTAGAGAATCTTGGAATCTACATACCAGACAAAGACCTCACTC
AGATGATCCACAACATCGACGCCAACGGTGATGGATGCGTGGACATAGACGAGTTCGAGT
CTCTGTACAGATCCATTGTGGATGAGCACCACAAGGATGGTGAAACAGAGGAAGAGGACA
TGAAGGACGCGTTTAACGTGTTTGACCAGGACGGTGATGGGTTTATCACTGTGGAGGAGT
TGAAGTCTGTGATGGGTTCTTTGGGACTCAACCAAGGTAAGACATTAGAAGGTTGCAAGA
AGATGATTATGCAAGTGGATGCTGATGGTGATGGTAGAGTCAATTACAAAGAGTTTCTTC
AGATGATGAGAGGTGATGGTTTTAGCTGCAGTAACTGATCTTTATTTAGAGTTTTAACAT
AAGAGTGTGTTTGTGTTTATTTGTGTTTCTTTTTATGTGTAAATAATTTTTTTGATGATG
CATCAAGTGTGTAATTTTTTTTTCCTTTTTAGGATTTCTCTTAAGGTTATGT

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

CO CL8413Contig1 642 2 7 U
GGAATCTTCTCCACCTAACAGCTCATCCACCCACCTCTTTCCTTGAAGCGATTCTTTTCT
CATCAAATCGTTCCTCCCACACGCCTCTTCCTCTCATCACTTTGTTCCTCCGTCGTCGGC
GTCTTCCGTCTCTTATCCATTCTTCTCCTTTTTTTCCAACACAACAAAGAATGGCTAATT
GTTCGGGAGACTCCAACGACATGGCGGCTTCTCAGTTTGACATTCTCCGATGCCCTTTCT
TGAGGAACATCAACGAGCCCACTAACCTCTCCTTCTCTTCCTCCTTGCCTTTCCCCATCC
CTGCACCAGCAGCAGGTCAAGGCCCTATATTCGAGGATGGACCCAATTTTGATACCGCGT
TTAGGCTTTTCCACGGCCAAGATGGTGTTGTCCCACTCTCTGACAGGGCCAGACCCGAAG
CTGAGAAGAAGCCCGTCCCTCTGTTCAATCCACTCGCTGCTAAGGCCGCCACCATCAGTC
TCTCATCTTTTGGACCTGGAGGCCCTTTTGGATTCGATGCGTTTTCTCACATGTTTAAAA
ACCAAAAGAGAAACTCTGACTCTTCCAAAAACAACAAGGATTCTTCCAAGGGAGGAAACC
ACGAATCTATGAGTGACGACTGGCTACAAACAGGAAACTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AE13TF U 1
AF RR3F530TF U 23
BS 1 29 RR3AE13TF
BS 30 30 RR3F530TF
BS 31 253 RR3AE13TF
BS 254 254 RR3F530TF
BS 255 265 RR3AE13TF
BS 266 266 RR3F530TF
BS 267 642 RR3AE13TF

RD RR3AE13TF 642 0 0
GGAATCTTCTCCACCTAACAGCTCATCCATCCACCTCTTTCCTTGAAGCGATTCTTTTCT
CATCAAATCGTTCCTCCCACACGCCTCTTCCTCTCATCACTTTGTTCCTCCGTCGTCGGC
GTCTTCCGTCTCTTATCCATTCTTCTCCTTTTTTTCCAACACAACAAAGAATGGCTAATT
GTTCGGGAGACTCCAACGACATGGCGGCTTCTCAGTTTGACATTCTCCGATGCCCTTTCT
TGAGGAACATCAATGAGCCCACTAATCTCTCCTTCTCTTCCTCCTTGCCTTTCCCCATCC
CTGCACCAGCAGCAGGTCAAGGCCCTATATTCGAGGATGGACCCAATTTTGATACCGCGT
TTAGGCTTTTCCACGGCCAAGATGGTGTTGTCCCACTCTCTGACAGGGCCAGACCCGAAG
CTGAGAAGAAGCCCGTCCCTCTGTTCAATCCACTCGCTGCTAAGGCCGCCACCATCAGTC
TCTCATCTTTTGGACCTGGAGGCCCTTTTGGATTCGATGCGTTTTCTCACATGTTTAAAA
ACCAAAAGAGAAACTCTGACTCTTCCAAAAACAACAAGGATTCTTCCAAGGGAGGAAACC
ACGAATCTATGAGTGACGACTGGCTACAAACAGGAAACTGCC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3F530TF 607 0 0
GG
ATCCACCCACCTCTTTCCTTGAAGCGATTCTTTTCTCATCGAATCGTTCCTCCCACACGC
CTCTTCCTCTCATCACTTTGTTCCTCCGTCGTCGGCGTCTTCCGTCTCTTATCCATTCTT
CTCCTTTTTTTCCAACACAACAAAGAATGGCTAATTGTTCGGGAGACTCCAACGACATGG
CTGCTTCTCAGTTTGACATTCTCCGATGCCCTTTCTTGAGGAACATCAACGAGTCCACTA
ACCTCTCCTTCTCTTCCTCCTTGCCTTTCCCCATCCCTGCACCAGCAG***GTCAAGGGC
CTATATTCGAGGATGGACCCAATTTTGATACCGCGTTTAGGCTTTTCCACGGGCATGATG
GTGTTGTCCCACTCTCTGACAGGGCCAGACCTGAAGCTGAGAAGAAGCCCGTCCCTCTGT
TCAATCCACTCGCTGCTAAGGCCGCCACCATCAGTCTCTCATCTTTTGGACCTGGAGGCC
CTTTTGGATTCGATGCGTTTTCTCACATGTTTAAAAACCAAAAGAGAAACTCTGACTCTT
CCAAAAACAACAAGGATTCTTCCAAGGGAGGAAACCACGAATCTATGAGTGACGACTGGC
TACAA

QA 3 607 3 607
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8415Contig1 894 2 2 U
CACCAAACCCCTTCAATCTAAGGACAGAAGAACGAGGCGCTGAAAAGGAGAAAAAGTTTG
TAATGGAAGTCACTCATAAGTTGATCGGAGATGAAAGGGCCAGAGTTCCAAAAGCAACCC
CATATCCTTACACAACCGACTATCCCGTGGTACCACCAAGACCAGAACCCAAGCAATGCA
CAAAACCAGCACCGTTTCAGTTAGAGAGTCTAGTGAGGCACGAAGAAGAAATGCGAAGAG
AAAGGGAGGAGAGGATGAGAATGGAGAGAGAAGAAGCTCAGAAGAGACTCTTCAAAGCAC
AACCAGTTATAAAAGAGGACCCAATCCCTGTTCCGGAGAAAGTAAGAAAGCCTCTCACAG
AGATTCAGGAGTTCAACCTCCATGTAGAGCATCGAGCTGTCGAGAGAGCAGACTTCGATC
AGAAAATCAAAGAGAAGGAAATCAGTACAAGAGATACCGTGAAGAGAGTGAAGCTGCTAA
AATGGTGGAGGAAGAGCGGTTTCTAAAGCAAATGAGGAAGACGATGGTTCCTCATGCTAG
ACCTGTGCCTAACTTCAACAAACCCTTCTTACCTCAGAAGTCCAACAAGGAGATCACGAA
ACCGAAATCCCCAAATCTTAGAGTGATCAAAAGAACCGAGAGAAGAACTATGATGGCTCC
TCCACCAACTGTGTCAGCAGCGACCAGTGCTTCAGCTGGGCAGATGAGATAGTTTGCAGC
AGTCTTTTCCTGAAGCAGCTTCGCTGAAATGTTCATGAATGCTTGAACCTACATTTCCTT
AGAACTCTTACTAATATATTAGTAGTAGTAGTACATTCTCTTATGTGCCTTTGTTCAAAT
GTATTAAACTTGAAATGATTATCCTGATGATATAAAATTTGTTTAATGTTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE01TF U 1
AF RR3EE01JQ C 289
BS 1 362 RR3EE01TF
BS 363 894 RR3EE01JQ

RD RR3EE01TF 362 0 0
CACCAAACCCCTTCAATCTAAGGACAGAAGAACGAGGCGCTGAAAAGGAGAAAAAGTTTG
TAATGGAAGTCACTCATAAGTTGATCGGAGATGAAAGGGCCAGAGTTCCAAAAGCAACCC
CATATCCTTACACAACCGACTATCCCGTGGTACCACCAAGACCAGAACCCAAGCAATGCA
CAAAACCAGCACCGTTTCAGTTAGAGAGTCTAGTGAGGCACGAAGAAGAAATGCGAAGAG
AAAGGGAGGAGAGGATGAGAATGGAGAGAGAAGAAGCTCAGAAGAGACTCTTCAAAGCAC
AACCAGTTATAAAAGAGGACCCAATCCCTGTTCCGGAGAAAGTAAGAAAGCCTCTCACAG
AG

QA 1 362 1 362
DS 

RD RR3EE01JQ 606 0 0
TCTTCAAAGCACAACCAGTTATAAAAGAGGACCCAATCCCTGTTCCGGAGAAAGTAAGAA
AGCCTCTCACAGAGATTCAGGAGTTCAACCTCCATGTAGAGCATCGAGCTGTCGAGAGAG
CAGACTTCGATCAGAAAATCAAAGAGAAGGAAATCAGTACAAGAGATACCGTGAAGAGAG
TGAAGCTGCTAAAATGGTGGAGGAAGAGCGGTTTCTAAAGCAAATGAGGAAGACGATGGT
TCCTCATGCTAGACCTGTGCCTAACTTCAACAAACCCTTCTTACCTCAGAAGTCCAACAA
GGAGATCACGAAACCGAAATCCCCAAATCTTAGAGTGATCAAAAGAACCGAGAGAAGAAC
TATGATGGCTCCTCCACCAACTGTGTCAGCAGCGACCAGTGCTTCAGCTGGGCAGATGAG
ATAGTTTGCAGCAGTCTTTTCCTGAAGCAGCTTCGCTGAAATGTTCATGAATGCTTGAAC
CTACATTTCCTTAGAACTCTTACTAATATATTAGTAGTAGTAGTACATTCTCTTATGTGC
CTTTGTTCAAATGTATTAAACTTGAAATGATTATCCTGATGATATAAAATTTGTTTAATG
TTTGAC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

CO CL8416Contig1 792 2 9 U
GGAAAGTAGCCGCCTCATCTTCATCGTCTCACCTCCTTGGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT
CGATGGGAAGCCCGATTTAGGGTTTATTTCGATTTTATCTATCGATTTGACCATCGCCAC
AACGCCCTAGACTCTTCCTGTTTTAAAAGACAGTTTCTTTTTAGAGAATTATTATGCCGA
AAGAGAGGAAAGACCGATCTGTATCTCACGAAAGGTTAAGAGCATCATCATCGCCTTTGT
ATTGTGAGTCAAGCCGTGCTTTGAAGAAGCCGAGTGAGAAGCAAGTTAAGGAATGGGAAG
AAGCTCGATGTCCCGTCTGTATGGAACATCCTCACAACGGCATCCTTCTCATTTGCTCTT
CCTTTGATAAAGGTTGCCGTCCTTACATGTGTGACACTAGCCACCGTCATTCCAACTGTT
TCGATCAGTACCGTAAAGCTTCTAAACAGACACCAACTGAGACTGAAGGTGGTGGTGGTG
TAGCTTCAGGCTCCAACACTGTAGATTTAAGAGAAGAGGCTGCATCTGAGGTAACAGAGG
GAGAAAAAACCAAACCGAAGCTTACTTGTCCGTTATGCCGTGGACATATAAAAGAATGGG
TGGCTGTTGAAGATGCTCGAGGTTTCATGAACGCGAAACGTAGAGCTGTTCTTCTGAGAG
TTGTGAGTTCAGTGGAACTTACTCTGATCTGAGAAGCACGCGAGCTCCAGCATCCAGGGG
TAAGCCATCAGAAGCTGATCAGAGAGACAGAGAAGCTGGAGAGCTAGAGAGCAGAGGGAT
TTAGGGATTGCT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GE96TF U 1
AF RR3FW64TF U 1
BS 1 34 RR3FW64TF
BS 35 36 RR3GE96TF
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QA 1 586 1 586
DS 

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ATTGTGAGTCAAGCCGTGCTTTGAAGAAGCCGAGTGAGAAGCAAGTTAAGGAATGGGAAG
AAGCTCGATGTCCCGTCTGTATGGAACATCCTCACAACGGCATCCTTCTCATTTGCTCTT
CCTTTGATAAAGGTTGCCGTCCTTACATGTGTGACACTAGCCGCCGTCATTCCAACTGTT
TCGATCAGTACCGTAAAGCTTCTAAACAGACACCAACTGAGACTGAAGGTGGTGGTGGTG
TAGCTTCAGGCTCCAACACTGTAGATTTAAGAGAAGAGGCTGCATCTGAGGTAACAGAGG
GAGAAAAAACCAAACCGAAGCTTACTTGTCCGTTATGCCGTGGACATATAAAAGAATGGG
TGGCTGTTGAAGATGCTCGAGGTTTCATGAACGCGAAACGTAGAGCTGTTCTTCTGAGAG
TTGTGAGTTCAGTGGAACTTACTCTGATCTGAGAAGCACGCGAGCTCCAGCATCCAGGGG
TAAGCCATCAGAAGCTGATCAGAGAGACAGAGAAGCTGGAGAGCTAGAGAGCAGAGGGAT
TTAGGGATTGCT

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL8417Contig1 1123 2 4 U
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TACGGACAGACCTAAACCATCTCTTCCACTTGATTCAATCATAACTCCTCTCATAGCCTC
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TGGGACAAAAACATATCAAGGAAAGAGTAGAACACTTCATGGAAAGGGGATCACTGAGAT
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TTGGTGAAGATGTCAGCTAGCTGGTCTTCACTTCTGGTGTAACATGGAAGGATGATCTTC
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TGTTGCAGCTTCAATTCCCAAATCTTTCAGCAACCCCTTTATCCAAATCAACTCGCTTGT
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CTTGCTTTTCCAAGTCACCAAGTTGCCTCCAATGAATGTGCAGTAACCAGTGGTTGATCT
CCTATCAACTCTATCTCCTGCCCAATCAGCATCACAATAGCCTACAATCTCAGTATTCTT
GTTGCATCCCATCCATACTCCTTGTCCTGGTGCCTCTCTTTGGTACCTTATTATCCTCTC
GACCAAATTTTACGGCGAAGTGACTCAACAAATGCTCAAACATGCTGACTTCCCTGGTAG
CAACAATGGAACTGGTCTTTTCCAGACCATTGTTGGATTGAAGATCAGAGATCTCTATGA
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AQ47TF U 1
AF RR3AQ47JQ C 397
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TGGGACAAAAACATATCAAGGAAAGAGTAGAACACTTCATGGAAAGGGGATCACTGAGAT
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GTTGCATCCCATCCATACTCCTTGTCCTGGTGCCTCTCTTTGGTACCTTATTATCCTCTC
GA

QA 1 842 1 842
DS 

RD RR3AQ47JQ 727 0 0
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TTCAATGTGTTTGGTTCTTTCATGGAAGACTGAGTTGCTGGCAATGCGTATAGCAGCCTG
ATTATCACAATGCATAGTGATTGGTGTTGCAGCTTCAATTCCCAAATCTTTCAGCAACCC
CTTTATCCAAATCAACTCGCTTGTAAGCTTCCTCATGGCTCTATATTCAGCTTCAGCACT
TGAACATGACACAACCTTTTGCTTCTTGCTTTTCCAAGTCACCAAGTTGCCTCCAATGAA
TGTGCAGTAACCAGTGGTTGATCTCCTATCAACTCTATCTCCTGCCCAATCAGCATCACA
ATAGCCTACAATCTCAGTATTCTTGTTGCATCCCATCCATACTCCTTGTCCTGGTGCCTC
TCTTTGGTACCTTATTATCCTCTCGACCAAATTTTACGGCGAAGTGACTCAACAAATGCT
CAAACATGCTGACTTCCCTGGTAGCAACAATGGAACTGGTCTTTTCCAGACCATTGTTGG
ATTGAAGATCAGAGATCTCTATGAGCAGCTCATTGCCAACAAAGCCACTGCTCCTTCAGA
AGCTGCAAAAGCCTAAAACAAATAGAAGCAAAACAGAACGCGTCGATAAACCCCATTTGT
TGTTTCTTCTTCTTTCTTTCTTTCTTTAAGCTTTGTTTCCCGCGGATTTTCATGGTGAAA
AGGACGG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL8418Contig1 1212 2 2 U
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GTTGAGCTGTTTGAAGTGTCTCTGGCTTTCCCTACAAAAGAAGAACCAAAGCATTCTGAT
GTTGCGGAATCTTCTCTGGTAGTCTCGGGAGAGTGTCAAAGTGATATATCTGCCCCTGAG
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TCGCAGTACGGTTCAAACGACCCCGACCAGTATATGTTCGACCTCTTGGATTCGACTTTC
CAGATTCTTTATGAGTTACCAGAGATGAAACATCTAGAGCAACCGATGCCAGAACAGATT
ATATATGAGCCACAGAGCCTTGTCAACACGAGTAACAAGATCAATAACGATGCATCTGAA
ACAGGAATCAAGATTAGGACAAGAAGGGCACAAGCCCCACCTTGTGCCGAACAGTTTGTA
ATGCAGGGCAGTGCCTCAAGAAGGTTGCGTCTTCAGGTTAACCATAACAGTCCCAAGCCA
GAAGCTGATAGTCCTCAGCTCCAATGTATCAAGAAAGAGGTCAAGGACACAACATGTGGA
AGTTTCACGAGATCAAGTAGCAGGACTGAGTTAATATTCAAGAAGGTTGCAGCTATGGGA
TGTTCATACAGAGGGCTACTCAAAGCTGGAGTTGTAGCGGTTGTGTTTGCCATGTCGGTT
TGCAGTCTAACCGGTAAATTTCGTTGAAGCTTTATGCTTGTTGGTCAATAGCAATCCAAG
AAGGAAGGGGTTGAGAGCGCTAGTCTGTGTGTATGAAATAGGGGATTAGCCCTGGTTTAC
GCTTAACCATGGCCGGTTTGGTAGGGTAGTAGTTAACTTGTACTGGTTATAGTTCTGTCT
GTATGTTTTAGATGTAAGAGAGAATCTTAAAGCTCGTAGAGTTTTATCCCCCTGACCATA
TACGTCATTAGTTGTCTCCATCATTACCAAATAGTCATGTTGTAAGAATTTGTATTTTGT
TCTCTCTGTTTGAACGCATGTTGAATTTTAAAACATTTTACATTGCATGTTGAATAATAT
GTTAATGACGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK28TF U 1
AF RR3AK28JQ C 406
BS 1 834 RR3AK28TF
BS 835 1212 RR3AK28JQ

RD RR3AK28TF 834 0 0
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GTTGAGCTGTTTGAAGTGTCTCTGGCTTTCCCTACAAAAGAAGAACCAAAGCATTCTGAT
GTTGCGGAATCTTCTCTGGTAGTCTCGGGAGAGTGTCAAAGTGATATATCTGCCCCTGAG
GTTACAACAACTGAGCTTGACCATATCGATTGGAGCTCGTATCTGGAGTTCGAGTCCCTG
GATCAAGCCATGTTCTCTCCCTTGCACTCTCAGGTGCAATCCGAGCTCGGATCCGCTTTC
AGTGGTTTTGGTTATGGATCAAACGAACCGTTCAGAGACCAGAATGACGCTCACATTCAG
TCGCAGTACGGTTCAAACGACCCCGACCAGTATATGTTCGACCTCTTGGATTCGACTTTC
CAGATTCTTTATGAGTTACCAGAGATGAAACATCTAGAGCAACCGATGCCAGAACAGATT
ATATATGAGCCACAGAGCCTTGTCAACACGAGTAACAAGATCAATAACGATGCATCTGAA
ACAGGAATCAAGATTAGGACAAGAAGGGCACAAGCCCCACCTTGTGCCGAACAGTTTGTA
ATGCAGGGCAGTGCCTCAAGAAGGTTGCGTCTTCAGGTTAACCATAACAGTCCCAAGCCA
GAAGCTGATAGTCCTCAGCTCCAATGTATCAAGAAAGAGGTCAAGGACACAACATGTGGA
AGTTTCACGAGATCAAGTAGCAGGACTGAGTTAATATTCAAGAAGGTTGCAGCTATGGGA
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QA 1 834 1 834
DS 

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TTGGATTCGACTTTCCAGATTCTTTATGAGTTACCAGAGATGAAACATCTAGAGCAACCG
ATGCCAGAACAGATTATATATGAGCCACAGAGCCTTGTCAACACGAGTAACAAGATCAAT
AACGATGCATCTGAAACAGGAATCAAGATTAGGACAAGAAGGGCACAAGCCCCACCTTGT
GCCGAACAGTTTGTAATGCAGGGCAGTGCCTCAAGAAGGTTGCGTCTTCAGGTTAACCAT
AACAGTCCCAAGCCAGAAGCTGATAGTCCTCAGCTCCAATGTATCAAGAAAGAGGTCAAG
GACACAACATGTGGAAGTTTCACGAGATCAAGTAGCAGGACTGAGTTAATATTCAAGAAG
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TTTGCCATGTCGGTTTGCAGTCTAACCGGTAAATTTCGTTGAAGCTTTATGCTTGTTGGT
CAATAGCAATCCAAGAAGGAAGGGGTTGAGAGCGCTAGTCTGTGTGTATGAAATAGGGGA
TTAGCCCTGGTTTACGCTTAACCATGGCCGGTTTGGTAGGGTAGTAGTTAACTTGTACTG
GTTATAGTTCTGTCTGTATGTTTTAGATGTAAGAGAGAATCTTAAAGCTCGTAGAGTTTT
ATCCCCCTGACCATATACGTCATTAGTTGTCTCCATCATTACCAAATAGTCATGTTGTAA
GAATTTGTATTTTGTTCTCTCTGTTTGAACGCATGTTGAATTTTAAAACATTTTACATTG
CATGTTGAATAATATGTTAATGACGAG

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

CO CL8419Contig1 832 2 2 U
GACACTATACGTATCAACCAATGGGTCGTGTTACTACTCCACAAAGGGAGAATCCAGATG
ACAGTTCACCAGTTCAGCAAACCGGTATACCGGTCCAACAAACCGGAGTTCCCATGAGCC
AGTTTGCACCGCCTAGTTATCATCAAGCTAATGTTAACATATCGGTTGGGACTCCATGGA
GAAGTGGTTTGTTTGATTGTCAAGAAGACCAAACCAATGCCGTGATGACAGCAATCTTAC
CATGTTTGACATTTGGACAAATAGCTGAGGTGTTGGATGAAGGCGAGATGACTTGTCCTC
TTGGAAGTTTCATATACTTGTTGATGATGCCGGCTTTGTGCTCACAGTGGGTGATGGGAT
CAAAGTATAGGGAAAAAATGAGGAGAAGATTTAATCTTGTGGAAGCTCCATATTCAGATT
GTGCCACTCATGTCTTATGCTCTTGTTGCTCTCTTTGTCAAGAATATAGAGAGCTCAAGG
CTAGGAATCTTGATCCTTCTTTGGGTTGGAATGGGATACTTGCTCAAAGGCAAGGACAAC
ATGAGAGTGACGCACCAAGCTTTGCTCCACCAAAGCAATATATGTCTAAGTAAAGATTTA
TACCGTAGTTAACCTCCAAATTTTATATACATTATTTGCGACCATCATACAATGCCAGTG
TGGTATATGTATTATATAATGTAAAACAAAAGACATCCACATCTTCAAGTTTTTGGACTT
TGTTGTTTTCGTTTTTTCTTTACGTAACTAAATTGGTTTGATTTATTTTTCAGTTGTTGG
TTATTGTGAAAGTGTTATTTGTTGAAGTAACTAAATTGGTTTTTGTTTTGTC


BQ
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AF RR3EM59TF U 1
AF RR3EM59JQ C 1
BS 1 734 RR3EM59TF
BS 735 832 RR3EM59JQ

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TACCGTAGTTAACCTCCAAATTTTATATACATTATTTGCGACCATCATACAATGCCAGTG
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TGTTGTTTTCGTTT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3EM59JQ 832 0 0
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ACAGTTCACCAGTTCAGCAAACCGGTATACCGGTCCAACAAACCGGAGTTCCCATGAGCC
AGTTTGCACCGCCTAGTTATCATCAAGCTAATGTTAACATATCGGTTGGGACTCCATGGA
GAAGTGGTTTGTTTGATTGTCAAGAAGACCAAACCAATGCCGTGATGACAGCAATCTTAC
CATGTTTGACATTTGGACAAATAGCTGAGGTGTTGGATGAAGGCGAGATGACTTGTCCTC
TTGGAAGTTTCATATACTTGTTGATGATGCCGGCTTTGTGCTCACAGTGGGTGATGGGAT
CAAAGTATAGGGAAAAAATGAGGAGAAGATTTAATCTTGTGGAAGCTCCATATTCAGATT
GTGCCACTCATGTCTTATGCTCTTGTTGCTCTCTTTGTCAAGAATATAGAGAGCTCAAGG
CTAGGAATCTTGATCCTTCTTTGGGTTGGAATGGGATACTTGCTCAAAGGCAAGGACAAC
ATGAGAGTGACGCACCAAGCTTTGCTCCACCAAAGCAATATATGTCTAAGTAAAGATTTA
TACCGTAGTTAACCTCCAAATTTTATATACATTATTTGCGACCATCATACAATGCCAGTG
TGGTATATGTATTATATAATGTAAAACAAAAGACATCCACATCTTCAAGTTTTTGGACTT
TGTTGTTTTCGTTTTTTCTTTACGTAACTAAATTGGTTTGATTTATTTTTCAGTTGTTGG
TTATTGTGAAAGTGTTATTTGTTGAAGTAACTAAATTGGTTTTTGTTTTGTC

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

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CCTCTGAGTATCTCTGAGCTCATCGAGAAAGTTGCTCAAACTGACGTGGCTTACACACTC
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GGCTGAAGGGAGTAACAGCGGAAGTGGCAGTAGTTCATCTGAGGCGTACAAAGTTCCAAA
GTTGAAGATTGCCTCGCTGGTTGCAGACATTTTTGGTAACACGGCAGTGGCAGAAAATAA
GGTAGTAGAAGTTTCTACAGATCCATCCGCACCGTCACGGCCATTCGATGAGCTTTTCAG
TGTAATCCCGGAAGACGGGAGGAGGAAAGTGTACGCAGAAGCGATGGCAAGGCAAGAGCC
GAGGAAGAAGCTAAAGTCGCTGCTGAGAGAGCCCGAGAGGCAGCGGAAGCAGCCAAAGAG
CTCGAGATGCAAATGCTGAGGCTCTCTGAGAAAGAAGCAGAAGCTGCAAGCCTAGCTTAG
GACGCGCAGCAAAAGGCAGAAGCTGTGGGAATCTCAGTGGACGGTCTATTTAACAAGGCG
AAAGATATTGGATCCGGACTCTCCTGGAATACACTCGGTTCTCAGCTTGCTACCGCGGTT
CAGAACGCTTCAGAACCGCCGAAAGTGCAGGTCGCTACTGTCAGAGGACAGGCAAAGGCT
AGAAACTTGCCACCCAAGAAAGCAGTGGTGAAACCAGCCACAGCTGCGTTTGCGTCAAAA
CAAAAAGAAGAGCGTCCTAAGAAACCAGAGAAAGAGGTGAGGAAAGTGTTCGGAGGCCTG
TTTAAGCAGGAGACCATCTACGTTGACGACGATTGAATACGCCATTCAACCATATCTCTG
TGGTGTTCCGTATAGCTCTTCTTTTGTCTCTCCTCTGTTTCAAATTAAATGTCTGCAACT
CTATTAACTATTATAAATCAACTGTTCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB26TF U 1
AF RR3AB26JQ C 212
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RD RR3AB26TF 777 0 0
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GTTGAAGATTGCCTCGCTGGTTGCAGACATTTTTGGTAACACGGCAGTGGCAGAAAATAA
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AAAGATATTGGATCCGGACTCTCCTGGAATACACTCGGTTCTCAGCTTGCTACCGCG

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3AB26JQ 899 0 0
G
TGCTCAAACTGACGTGGCT*ACACACTCATAAAGACGAGCTTGACGGAGGATTTCTCCCC
CAGAGAAATCTTATAACGTCGTCGTT*CGGCTGAAGGGAGTAACAGCGGAAGTGGCAGTA
GTTCATCTGAGGCGTACAAAGTTCCAAAGTTGAAGATTGCCTCGCTGGTTGCAGACATTT
TTGGTAACACGGCAGTGGCAGAAAATAAGGTAGTAGAAGTTTCTACAGATCCATCCGCAC
CGTCACGGCCATTCGATGAGCTTTTCAGTGTAATCCCGGAAGACGGGAGGAGGAAAGTGT
ACGCAGAAGCGATGGCAAGGCAAGAGCCGAGGAAGAAGCTAAAGTCGCTGCTGAGAGAGC
CCGAGAGGCAGCGGAAGCAGCCAAAGAGCTCGAGATGCAAATGCTGAGGCTCTCTGAGAA
AGAAGCAGAAGCTGCAAGCCTAGCTTAGGACGCGCAGCAAAAGGCAGAAGCTGTGGGAAT
CTCAGTGGACGGTCTATTTAACAAGGCGAAAGATATTGGATCCGGACTCTCCTGGAATAC
ACTCGGTTCTCAGCTTGCTACCGCGGTTCAGAACGCTTCAGAACCGCCGAAAGTGCAGGT
CGCTACTGTCAGAGGACAGGCAAAGGCTAGAAACTTGCCACCCAAGAAAGCAGTGGTGAA
ACCAGCCACAGCTGCGTTTGCGTCAAAACAAAAAGAAGAGCGTCCTAAGAAACCAGAGAA
AGAGGTGAGGAAAGTGTTCGGAGGCCTGTTTAAGCAGGAGACCATCTACGTTGACGACGA
TTGAATACGCCATTCAACCATATCTCTGTGGTGTTCCGTATAGCTCTTCTTTTGTCTCTC
CTCTGTTTCAAATTAAATGTCTGCAACTCTATTAACTATTATAAATCAACTGTTCACT

QA 2 899 2 899
DS 



AS 1 2

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GTGTGACGGTCGGAGATGGAGCTGTGGGGAAGACTTGTATGCTAATTTCATATACCAGCA
ATACTTTTCCTACGGATTACGTTCCGACAGTTTTTGACAATTTCAGTGCGAATGTGGTGG
TCGATGGAAGTACTGTCAATCTCGGCCTGTGGGATACTGCTGGGCAGGAAGATTACAACA
GGCTTCGGCCTTTGAGTTACAGAGGAGCAGATGTGTTTTTATTGGCATTTTCCCTAATAA
GCAAGGCCAGTTACGAGAACATTTACAAAAAGTGGCTTTCGGAGCTGAAACATTATGCGC
CTAGCATCCCCATTGTGCTCGTCGGAACCAAATTAGATTTGAGGGATGACAAGCAGTTCT
TAAAAGATCATCCAGGAGCAGCTTCTATAACAACTGCTCAGGGAGAAGACCTAAGAAAGA
TGATTGGAGCTGTCAGGTACTTAGAATGCAGCTCCAAAACCCAGCAGAATGTGAAGGCAG
TGTTTGATACAGCGATTCGGGTAGCGTTAAGGCCACCAAAGGCAAAAAAGAAGATAAAGC
CATTGAGGACCAAGAGATCACGAACATGCTTTTTCTTTTAAAATTTCATCATTTAAATAA
AAATAATATACACATGTATTTCAATTTTTTTTCTTATATTTGTAATGACAAAAGGGATTC
ATTAGCCATAAACAATTTCTGCC


BQ
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AF RR3A611JQ C 1
AF RR3A611TF U 1
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QA 1 743 1 743
DS 

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CTAGCATCCCCATTGTGCTCGTCGGAACCAAATTAGATTTGAGGGATGACAAGCAGTTCT
TAAAAGATCATCCAGGAGCAGCTTCTATAACAACTGCTCAGGGAGAAGACCTAAGAAAGA
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QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3FB21TF U 1
AF RR3FB21JQ C 56
BS 1 606 RR3FB21TF
BS 607 734 RR3FB21JQ

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QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AO57TF U 1
AF RR3AO57JQ C 599
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RD RR3AO57TF 705 0 0
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TCTGGTAGTTTATTAGACTCTCTACTTGACTATCCAACAACACTTCAAACCATTATCGGC
GTTGACATCTCACCCAAAGGTCTAGCCCGTGCTGCTAAGATGCTACATTTAAAACTAAAC
AAGGAAGCTTGCAACGTCAACACTGCGACACTTTATGATGGTTCCATCCTCGAGTTTGAC
TCCAGGCTATATGACATTGACATTGGCACTTGCTTGGAGGTCATTGAACACATGGAAGAA
TACCAAGCTTGCGAGTTTGGTGAAAAGGTTCTAAGCTTGTTCCGCCCGAAGCTCCTGATC
GTCTCAACACCGAACTTCGAGTACAACACAATTCTCCAGCGGTCTACTACCCCAGAAAAC
CAAGAAGAAACCAAATCTGAGGCGCAGCTTCCTAAATTCAGGAACCATGACCACAAGTTC
GAGTGGACAAGGGAACAGTTTAACCACTGGGCTACTAAACTCGCGGAACGCCATAACTAC
AGCGTCGAGTTCAGCGGTGTTGGTGGGTCTGGTGAAGTAGAGCCAGGGTTTGCTTCTCAG
ATAGCTGTGTTTAAACGGGAAGCTTTGGCTGTTGAGAGTGTTGCA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3AO57JQ 325 0 0
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AGATAGCTGTGTTTAAACGGGAAGCTTTGGCTGTTGAGAGTGTTGCAGAAGGGTCGATGC
AGCCTTATAAAGTCATATGGGAATGGAAGAAAGGCAGTGGAGAAAAGAAAGACTGATGGG
AACTTACTTTTGCATTAGGGAGTATGGAGTAGAGAATATTGCAAGCAGTATGATGATATG
TATTAAAACCTCAAAGCTTGCTTTTTGTTCTTTTGCCTTGGCTTTTGCAGATTATTAACC
ATAGAAAATGGTACATTTATGTTAG

QA 1 325 1 325
DS 



AS 1 2

CO CL8424Contig1 934 2 2 U
GGATCTCTGTACAAAAAAAAACACAATGCCAAGAACCATGTGGAAAGACTTCCATCTTTG
CTTCCCATCAAATCTCATCAAGCCCTCATCCAACGCCTCCGAAGAAGAAGCCAACCGGCC
ACCCATTCTTCTCATCAACAACCTTTACAACGATACCACACCACTGGCCACCGCATATCT
AAGCCTCTTATTGAAGTCATCCCACCTTCCTCCACTACAACCACCACAACATTCACTGCC
TCCGCCTCCACCTCCACCACCGGTAATTCCTCGTCCTTCTCCGCCTCCTTGTATGAGTCT
GATAATTACGGTATTGCCCCTGACGACACTCTCCCTCCGGACTTAACCGCCGTTCTTGCC
TCACGTCGCTTTTTCTTCTCTTCACCTGGCCGCTCCAACTCAATCACCGATTCTCCTGAT
CTCCGTCCCCGGTTTGATCACAAAACTTCCATTGCTACTACCGCTGCTACTAGGCTTCTA
ACCGGTGGAGCCGCCATGAAGCAATGCGTGCAATCTCCTGATCCTTACAACGACTTTCGC
CGATCGATGCAAGAGATGCTTGACGCCGTTACAGACGCAGGAGATGCTCGCCGTTACGAG
TTCTTGCACGAGCTGTTAGCTAGCTACCTCTCATTGAACGCATAAGATACACATAAGTTC
ATTATCAGAGCTTTCGCCGACGTTCTCGTCTCTCTCTTATCGGACGGTCACCGGACTAAC
TGACGTGGCAAGTTCTTATGTTATGTAAAAAACCACTAATGTTTTTGGGATTAGCGCTTT
AGGACAAAAAAGGAAATATATCAAATGTAATAATTGTATTATGATACGAGAAAATCGAGA
GAGGCGTGAGGTTTTGTCTCGATCGCATGCAGTTAGATTGCTTTTTTAATTTAGTTTTGT
TTTTACCTTCTTAAATAAATGATGAATCGGGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB28TF U 1
AF RR3AB28JQ C 189
BS 1 746 RR3AB28TF
BS 747 934 RR3AB28JQ

RD RR3AB28TF 746 0 0
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ACCCATTCTTCTCATCAACAACCTTTACAACGATACCACACCACTGGCCACCGCATATCT
AAGCCTCTTATTGAAGTCATCCCACCTTCCTCCACTACAACCACCACAACATTCACTGCC
TCCGCCTCCACCTCCACCACCGGTAATTCCTCGTCCTTCTCCGCCTCCTTGTATGAGTCT
GATAATTACGGTATTGCCCCTGACGACACTCTCCCTCCGGACTTAACCGCCGTTCTTGCC
TCACGTCGCTTTTTCTTCTCTTCACCTGGCCGCTCCAACTCAATCACCGATTCTCCTGAT
CTCCGTCCCCGGTTTGATCACAAAACTTCCATTGCTACTACCGCTGCTACTAGGCTTCTA
ACCGGTGGAGCCGCCATGAAGCAATGCGTGCAATCTCCTGATCCTTACAACGACTTTCGC
CGATCGATGCAAGAGATGCTTGACGCCGTTACAGACGCAGGAGATGCTCGCCGTTACGAG
TTCTTGCACGAGCTGTTAGCTAGCTACCTCTCATTGAACGCATAAGATACACATAAGTTC
ATTATCAGAGCTTTCGCCGACGTTCTCGTCTCTCTCTTATCGGACGGTCACCGGACTAAC
TGACGTGGCAAGTTCTTATGTTATGT

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3AB28JQ 746 0 0
TATTGAAGTCATCCCACCTTCCTCCACTACAACCACCACAACATTCACTGCCTCCGCCTC
CACCTCCACCACCGGTAATTCCTCGTCCTTCTCCGCCTCCTTGTATGAGTCTGATAATTA
CGGTATTGCCCCTGACGACACTCTCCCTCCGGACTTAACCGCCGTTCTTGCCTCACGTCG
CTTTTTCTTCTCTTCACCTGGCCGCTCCAACTCAATCACCGATTCTCCTGATCTCCGTCC
CCGGTTTGATCACAAAACTTCCATTGCTACTACCGCTGCTACTAGGCTTCTAACCGGTGG
AGCCGCCATGAAGCAATGCGTGCAATCTCCTGATCCTTACAACGACTTTCGCCGATCGAT
GCAAGAGATGCTTGACGCCGTTACAGACGCAGGAGATGCTCGCCGTTACGAGTTCTTGCA
CGAGCTGTTAGCTAGCTACCTCTCATTGAACGCATAAGATACACATAAGTTCATTATCAG
AGCTTTCGCCGACGTTCTCGTCTCTCTCTTATCGGACGGTCACCGGACTAACTGACGTGG
CAAGTTCTTATGTTATGTAAAAAACCACTAATGTTTTTGGGATTAGCGCTTTAGGACAAA
AAAGGAAATATATCAAATGTAATAATTGTATTATGATACGAGAAAATCGAGAGAGGCGTG
AGGTTTTGTCTCGATCGCATGCAGTTAGATTGCTTTTTTAATTTAGTTTTGTTTTTACCT
TCTTAAATAAATGATGAATCGGGGGC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL8425Contig1 930 2 6 U
GGAAATGTATTATAAGAGTGATTCCAATCTGGTTTGCTTGCGCTATCTACTACCTTGCAA
TAAGCATGCAAATGACTTATCCTGTCTTCCAAGCGCAACAGAGCGACAGGAGATTAGGTT
CCGGTGGCTTCAAGATCCCCGCAGCCACCTACGTAGTGTTCTTGATGACCGGTATGACGG
TTTTCATCATAATCTACGACCGTGTCCTCGTCCCTTCGCTCAAAAGAGTGACCGGTCTAG
ACACTGGTATAACACTCTTGCAAAGAATAGGAGCGGGGATCTTCTTTGCGGTGTTGAGTT
TATTGGTCTCCGGGTTCATAGAGGAACGTAGAAGAAGCATTGCGCTGACAAGACAGACCC
TAGGGATGGAGCCTAGAGCGGGAGAGATCTCATCCATGTCAGCGATGTGGTTGATTCCGC
AGCTGGTTTTTGCAGGGATAGCTGAAGCTTTTGCAGCCATTGGACAGATGGAGTTTTACT
ACAAGCAGTTTCCTGAGAACATGAGGAGCTTCGCTGGTTCGATCTTCTATGTCGGTGGAG
GTGTTTCTAGCTACCTTGCTAGCTTCTTGATCTCCACTGTTCATCGGACGACTGAACATT
CACCTTCGGGGAACTGGTTAGCTGAGGATCTGAACAAGGCGAAATTGGATTACTTCTATT
TCATGCTCACGGGGCTCATGGTCGTTAACATGGTTTACTTCTTGATAGTGGCTAAGTTTT
ATAGATACAAAGGCAGTGATGATAAAGGCATCCCTGCTATTGAGACCAATGGAGATGAGC
AGAAGCAGCGAGAGAAGAACTCGGTCTAATCTGTAAACTTTTATTATTTTTATTCTGGTC
ATCTAATTCAGTCTCATCTTTGTTGTTGTTGTACTGTAATCTCCTTAGATTTAAATGAAT
GAATGTAAAACAATATTTTGTTGCTCGGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GX05TF U 1
AF RR3GX05JQ C 205
BS 1 638 RR3GX05TF
BS 639 639 RR3GX05JQ
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RD RR3GX05TF 778 0 0
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TAAGCATGCAAATGACTTATCCTGTCTTCCAAGCGCAACAGAGCGACAGGAGATTAGGTT
CCGGTGGCTTCAAGATCCCCGCAGCCACCTACGTAGTGTTCTTGATGACCGGTATGACGG
TTTTCATCATAATCTACGACCGTGTCCTCGTCCCTTCGCTCAAAAGAGTGACCGGTCTAG
ACACTGGTATAACACTCTTGCAAAGAATAGGAGCGGGGATCTTCTTTGCGGTGTTGAGTT
TATTGGTCTCCGGGTTCATAGAGGAACGTAGAAGAAGCATTGCGCTGACAAGACAGACCC
TAGGGATGGAGCCTAGAGCGGGAGAGATCTCATCCATGTCAGCGATGTGGTTGATTCCGC
AGCTGGTTTTTGCAGGGATAGCTGAAGCTTTTGCAGCCATTGGACAGATGGAGTTTTACT
ACAAGCAGTTTCCTGAGAACATGAGGAGCTTCGCTGGTTCGATCTTCTATGTCGGTGGAG
GTGTTTCTAGCTACCTTGCTAGCTTCTTGATCTCCACTGTTCATCGGACGACTGAACATT
CACCTTCGGGGAACTGGTTAGCTGAGGATCTGAACAAG*CGAAATTGGATTACTTCTATT
TCATGCTCACGGGGCTCATGGTCGTTAACATGGTTTACTTCTTGATAGTGGCTAAGTTTT
ATAGATACAAAGGCAGTGATGATAAAG*CATCCCTGCTATTGAGACCAATGGAGATGA

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3GX05JQ 726 0 0
TCCTCGTCCCTTCGCTCAAAAGAGTGACCGGTCTAGACACTGGTATAACACTCTTGCAAA
GAATAGGAGCGGGGATCTTCTTTGCGGTGTTGAGTTTATTGGTCTCCGGGTTCATAGAGG
AACGTAGAAGAAGCATTGCGCTGACAAGACAGACCCTAGGGATGGAGCCTAGAGCGGGAG
AGATCTCATCCATGTCAGCGATGTGGTTGATTCCGCAGCTGGTTTTTGCAGGGATAGCTG
AAGCTTTTGCAGCCATTGGACAGATGGAGTTTTACTACAAGCAGTTTCCTGAGAACATGA
GGAGCTTCGCTGGTTCGATCTTCTATGTCGGTGGAGGTGTTTCTAGCTACCTTGCTAGCT
TCTTGATCTCCACTGTTCATCGGACGACTGAACATTCACCTTCGGGGAACTGGTTAGCTG
AGGATCTGAACAAGGCGAAATTGGATTACTTCTATTTCATGCTCACGGGGCTCATGGTCG
TTAACATGGTTTACTTCTTGATAGTGGCTAAGTTTTATAGATACAAAGGCAGTGATGATA
AAGGCATCCCTGCTATTGAGACCAATGGAGATGAGCAGAAGCAGCGAGAGAAGAACTCGG
TCTAATCTGTAAACTTTTATTATTTTTATTCTGGTCATCTAATTCAGTCTCATCTTTGTT
GTTGTTGTACTGTAATCTCCTTAGATTTAAATGAATGAATGTAAAACAATATTTTGTTGC
TCGGTC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL8426Contig1 956 2 2 U
GGAGAGTCCCCCTTATTTTGATTTGGAGGGTGAGATCGAGAGCTCTGTGTTGGTTGGTTC
ACGTGAGATGAATTCTTAAGAAGAAAGAAATAAAGATGAGTAAAGAGACCTCGTTTCTGG
TACGGCGGCCCAGGTGCCTTCTTCTCATCGTTGCCCTTACGATTCTTCTCTTATTCGCGC
TCACACACCCGACGTAAAGAGGAGGAGCAGAAGCAAGTCATCGAGGAGGATTACCAAGTT
ACACACAGAGTATTCCTCGATATTGATGTCGACGGCCAGCGCTTAGGCAGGATCGTTATA
GGATTATACGGCACTCTTGTACCCAAAACCGTTGAAAATTTCAGGGCTTTGTGCACAGGA
GAGAAGGGAAAAGCTTTAGGCGGAAAGCCTCTACATTACAAAGGAACACAGTTTCACCGT
ATAGTATCTGGATTCGTAGTCCAAGGAGGAGACGTAATCCACGGTGATGGAAAAGGGAGC
GAATCAATCTATGGTGGTGCCTTTCTTGACGAAAATTTCAAAGCAAAGCATTCACATGCA
GGTGTTGTAGCGATGGGTAATACAGGACCTGATTCTAATGTCTCACAGTTCTTTATCACC
ACTGTCAAGGCTTCCTGGTTGGAAGGGGAACATGTTGTGTTTGGGAAGGTGATACAAGGG
ATGGACTATGTGTTCGCCATTGAAGGTGGGGCTGGTACTTACAGTGGCAAACCAAGGAAG
AAAGTTGTGATTGCTGATTTTGGAGAGATCCCTAAAGACAAATGGGATGAAGAATGATGA
CAAACACACAACCTCAAACTTGCTGATCTCGCTCTGTTCATGTGAGATCCTCTCTCTCTC
TCTTTTTATTTATAGTTTTGGTAGATGTGATGATTTGAATTTTGAACACTATGCCAATGT
TGTCCACAAACGTTGCAATGAGCAATAACGCACGACCAGTAGTATGGTCTTGGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BU46TF U 1
AF RR3BU46JQ C 208
BS 1 712 RR3BU46TF
BS 713 956 RR3BU46JQ

RD RR3BU46TF 712 0 0
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TACGGCGGCCCAGGTGCCTTCTTCTCATCGTTGCCCTTACGATTCTTCTCTTATTCGCGC
TCACACACCCGACGTAAAGAGGAGGAGCAGAAGCAAGTCATCGAGGAGGATTACCAAGTT
ACACACAGAGTATTCCTCGATATTGATGTCGACGGCCAGCGCTTAGGCAGGATCGTTATA
GGATTATACGGCACTCTTGTACCCAAAACCGTTGAAAATTTCAGGGCTTTGTGCACAGGA
GAGAAGGGAAAAGCTTTAGGCGGAAAGCCTCTACATTACAAAGGAACACAGTTTCACCGT
ATAGTATCTGGATTCGTAGTCCAAGGAGGAGACGTAATCCACGGTGATGGAAAAGGGAGC
GAATCAATCTATGGTGGTGCCTTTCTTGACGAAAATTTCAAAGCAAAGCATTCACATGCA
GGTGTTGTAGCGATGGGTAATACAGGACCTGATTCTAATGTCTCACAGTTCTTTATCACC
ACTGTCAAGGCTTCCTGGTTGGAAGGGGAACATGTTGTGTTTGGGAAGGTGATACAAGGG
ATGGACTATGTGTTCGCCATTGAAGGTGGGGCTGGTACTTACAGTGGCAAAC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3BU46JQ 749 0 0
CAGAAGCAAGTCATCGAGGAGGATTACCAAGTTACACACAGAGTATTCCTCGATATTGAT
GTCGACGGCCAGCGCTTAGGCAGGATCGTTATAGGATTATACGGCACTCTTGTACCCAAA
ACCGTTGAAAATTTCAGGGCTTTGTGCACAGGAGAGAAGGGAAAAGCTTTAGGCGGAAAG
CCTCTACATTACAAAGGAACACAGTTTCACCGTATAGTATCTGGATTCGTAGTCCAAGGA
GGAGACGTAATCCACGGTGATGGAAAAGGGAGCGAATCAATCTATGGTGGTGCCTTTCTT
GACGAAAATTTCAAAGCAAAGCATTCACATGCAGGTGTTGTAGCGATGGGTAATACAGGA
CCTGATTCTAATGTCTCACAGTTCTTTATCACCACTGTCAAGGCTTCCTGGTTGGAAGGG
GAACATGTTGTGTTTGGGAAGGTGATACAAGGGATGGACTATGTGTTCGCCATTGAAGGT
GGGGCTGGTACTTACAGTGGCAAACCAAGGAAGAAAGTTGTGATTGCTGATTTTGGAGAG
ATCCCTAAAGACAAATGGGATGAAGAATGATGACAAACACACAACCTCAAACTTGCTGAT
CTCGCTCTGTTCATGTGAGATCCTCTCTCTCTCTCTTTTTATTTATAGTTTTGGTAGATG
TGATGATTTGAATTTTGAACACTATGCCAATGTTGTCCACAAACGTTGCAATGAGCAATA
ACGCACGACCAGTAGTATGGTCTTGGGTT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL8427Contig1 769 2 4 U
GGAAACACTGAAGAGAGAGAGAAAAAATGGAATCTTTAGAATCGACTCGCTTCTGCTCTG
TAGCTCTTCTGCTTCTTCCCATCTCCCTTCTCTGGTCTCAACTACCTACAAGCTTAGCTC
AACAAGAACATGAACGAAACCCAACGATTAGAACAATGGAGGATTTCTCCGGATACCCAA
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CAGGGCTTCAAAAACAGATAGAAGAGCTGTCTAGTTTCTCTGATGCTCCTTCTCCATCAG
TCACAAGAGTTCTCTACACTGACAAAGATGTCTTGGCACGAAGTTATGTGAAGAATTTGA
TGACACTTGCTGGACTTTCTGTTAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGCAAATGGG
ATGGTTCAGAGCCAGATCTTCCTGCTGTAGCAACTGGTTCTCACATCGATGCTATTCCAT
ATTCAGGGAAGTATGATGGCGTTGTTGGTGTTTTGGGTGCCATTGAAGCTATCAATGTGT
TGAAAAGGTCGGGGTTTAAACCGAAGAGGTCTTTGGAGATAATCTTGTTCACATCTGAAG
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TTGCAGAAGCATTAAAGACAACAGTTGTTGATGGACAGAATGTGTCCTTTATAGAAGCAG
CTAGATCAGCTGGGTACGCAGAGATGAAGACTTGTCGAGTGTGTTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP14TF U 1
AF RR3FA43TF U 5
BS 1 672 RR3FP14TF
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BS 674 733 RR3FP14TF
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RD RR3FP14TF 733 0 0
GGAAACACTGAAGAGAGAGAGAAAAAATGGAATCTTTAGAATCGACTCGCTTCTGCTCTG
TAGCTCTTCTGCTTCTTCCCATCTCCCTTCTCTGGTCTCAACTACCTACAAGCTTAGCTC
AACAAGAACATGAACGAAACCCAACGATTAGAACAATGGAGGATTTCTCCGGATACCCAA
TTCACGAACCGGGTCAATTCGGCTCCATCAGTCTCGCTTCCCCACTCTCCGTTGATGCTC
CAGGGCTTCAAAAACAGATAGAAGAGCTGTCTAGTTTCTCTGATGCTCCTTCTCCATCAG
TCACAAGAGTTCTCTACACTGACAAAGATGTCTTGGCACGAAGTTATGTGAAGAATTTGA
TGACACTTGCTGGACTTTCTGTTAGAGAGGATGCTGTTGGTAACATATTTGGCAAATGGG
ATGGTTCAGAGCCAGATCTTCCTGCTGTAGCAACTGGTTCTCACATCGATGCTATTCCAT
ATTCAGGGAAGTATGATGGCGTTGTTGGTGTTTTGGGTGCCATTGAAGCTATCAATGTGT
TGAAAAGGTCGGGGTTTAAACCGAAGAGGTCTTTGGAGATAATCTTGTTCACATCTGAAG
AACCTACCCGATTTGGGATCAGTTGTTTGGGAAGCCGCTTACTCGCTGGAAGCAAAGAGC
TTGCAGAAGCAT*AAAGACAACAGTTGTTGATGGACAGAATGTGTCCTTTATAGAAGCAG
CTAGATCAGCTGG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3FA43TF 765 0 0
GG
ACTGAAGAGAGAGAGAAAAAATGGAATCTTTAGAATCGACTCGCTTCTGCTCTGTAGCTC
TTCTGCTTCTTCTCATCTCCCTTCTCTGGTCTCAACTACCTACAAGCTTAGCTCAACAAG
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AACCGGGTCAATTCGGCTCCATCAGTCTCGCTTCCTCACTCTCCGTTGATGCTCCAGGGC
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GGTCGGGGTTTAAACCGAAGAGGTCTTTGGAGATAATCTTGTTCACATCTGAAGAACCTA
CCCGATTTGGGATCAGTTGTTTGGGAAGCCGCTTACTCGCTGGAAGCAAAGAGCTTGCAG
AAGCATTAAAGACAACAGTTGTTGATGGACAGAATGTGTCCTTTATAGAAGCAGCTAGAT
CAGCTGGGTACGCAGAGATGAAGACTTGTCGAGTGTGTTCTTG

QA 3 765 3 765
DS 



AS 1 2

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GGTGGAATAATGGCGTCAGAGTTAGTGCCGATGAGAATGGAATCACCGTTAGGATGTTCG
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AAACAAAACAAAAAACTTTTTAAATATTGGTTACGAGAAATCTAGCTTGTATTTTCCCCC
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FU57JQ C 1
AF RR3FU57TF U 1
BS 1 569 RR3FU57TF

RD RR3FU57JQ 569 0 0
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QA 1 569 1 569
DS 

RD RR3FU57TF 569 0 0
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CGTGAACACGACCACGTAGAGATCCAGGTAAGGGCGATAATAGAGATGGCGAGCAAGGAG
GGTGGAATAATGGCGTCAGAGTTAGTGCCGATGAGAATGGAATCACCGTTAGGATGTTCG
GTGAAGAGATCGGTGAAGAGTTTTTTGGAGCAGAGGAAGCAAAGATGCAAAACTTTTGCA
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AAACAAAACAAAAAACTTTTTAAATATTGGTTACGAGAAATCTAGCTTGTATTTTCCCCC
TGGAATTGGTATTTCTCTCGCTTTCTTTT

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

CO CL8429Contig1 749 2 2 U
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GAGTCATATGGACAGTTTCTGTCCTTATGCTAGCGGCTGTGTCGGATGCCATCTTCCCTC
TGCCGTTTCTTCCGTTCCTCCCTGGCTTCCACAACGACGTTCACGGCAACAACGATGCTT
TGGAGGTTTCCAAACCAGTGGCTACCGGTGGAAACGCTGGAGGAAAAAGGAGATCAGGCG
GTGGTCAAGAAGCTCAGACAAACTGGCCTGGAAAGTGGGAGTTATTCTTGGAAAACTCAG
GTGTGTCGGCGATGCATGCAGGTCTGATGCCACTCATCAACCAGGTCCAATTCTACGACG
CAACCATCTGGAGAATTTCAAAGATCAAGCTGCCTCCGGGTGTTCCATGTCACGTGGTTA
ATGCCAAGACAAACAAGATCGATTGTTGGGCTCATTCGGTTCTCGTTGATGTCAACACTG
GTGCCCTTAAGCCTCTATCCCTTGCTACTGATACATGGTGCTCATCTGGAGGTTTGACCG
TATGGTATGCCGTAACATCTTTATTATGTAAAAGAAAAATCTCGTAATGTCAAGTTTTTT
TTTGTATTTTTCTTTATATTTTGTATATGCCATGTTTAATGTTATCCAAATTCCCCTGTG
TGTTTCTCAGTGATTCCATGGTTCGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GE52TF U 1
AF RR3GE52JQ C 106
BS 1 670 RR3GE52TF
BS 671 749 RR3GE52JQ

RD RR3GE52TF 671 0 0
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GTGCCCTTAAGCCTCTATCCCTTGCTACTGATACATGGTGCTCATCTGGAGGTTTGACCG
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TTTGTATTTT
C

QA 1 670 1 670
DS 

RD RR3GE52JQ 644 0 0
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ATGCCATCTTCCCTCTGCCGTTTCTTCCGTTCCTCCCTGGCTTCCACAACGACGTTCACG
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TCTTGGAAAACTCAGGTGTGTCGGCGATGCATGCAGGTCTGATGCCACTCATCAACCAGG
TCCAATTCTACGACGCAACCATCTGGAGAATTTCAAAGATCAAGCTGCCTCCGGGTGTTC
CATGTCACGTGGTTAATGCCAAGACAAACAAGATCGATTGTTGGGCTCATTCGGTTCTCG
TTGATGTCAACACTGGTGCCCTTAAGCCTCTATCCCTTGCTACTGATACATGGTGCTCAT
CTGGAGGTTTGACCGTATGGTATGCCGTAACATCTTTATTATGTAAAAGAAAAATCTCGT
AATGTCAAGTTTTTTTTTGTATTTTTCTTTATATTTTGTATATGCCATGTTTAATGTTAT
CCAAATTCCCCTGTGTGTTTCTCAGTGATTCCATGGTTCGTCCC

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

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GCTTGAGGATCTCGAGGACGACAAAGATCTCGACGACGATCGCTTCCTCGAAGAATACAG
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TGTTGTGTGTCTCTACAAAGATGGTTTTGCAGAGTGTGGATTGTTATTGGGTTGTCTAGA
GGAACTGGCTGGTAGATACCCGGGAACGAAGTTTGTTAAGATTGTATCAACTGATTGTAT
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AGGAACTCATGTTGGCTTGAAGAGCGTTGGCCGTAGGTGTACCCCTGAGAGTGTAGCCTT
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AAGGGAAGCTGTGATGGCTGGCGTTCGAAGACAGTTCATAGAACGAGTGGTCAAAGACCA
TGAAGACAAGGATAATGATGATGATGGTTACAATAGCGATTAAGTCTCTTAAAAGCTTCT
CTGTTTATCTGTGTTGGCTATGTTTGTTGCCTTTGTGACTGGTAAACAAGAGTGCTGTCT
CCATTTGTGTTGTACTGCTTTTCCGCAACTATTTGATTCTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EM58TF U 1
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TCCCAACTACCCTGATTGCAATCTCCCTACCTTGCTTGTGTACCATCATGGTGCTGTTAA
AGGAACTCATGTTGGCTTGAAGAGCGTTGGCCGT

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GAGTGCTGTCTCCATTTGTGTTGTACTGCTTTTCCGCAACTATTTGATTCTCT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3ET19JQ C 1
AF RR3ET19TF U 1
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DS 

RD RR3ET19TF 508 0 0
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CTTCAAAAAAATCCTACAAATAATAAATGTCGTATTGAGAAGGGTGCTCCTCCCCGTCCT
GCCAACAATTACAGTCGTGGTTGCTCTAAAGCACACCGATGCCGCGGCAAGTAAATCTCA
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CATCTGTTTACAAGTTTTAAGGCCCCCGATTGATAATTTCGTTTTGTTTTAACCAATAAC
TAAATTTTTGCCCGTACTTTTGTTTTACATTTTTAGAATGTTTTAATAATTGTATTACAA
TAATTGGACTAAACTTATATTAATAGAC

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 2

CO CL8432Contig1 925 2 2 U
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TCTTCTCACCCTTCTCTGCCACTAAAAGCTACGATTCACAAGTGCATGAACCATCCTTCT
TACATCGCTGGAGACTGGTAAATCGTCTATATTTTCTCATCACCATCTCCTTTTTAGATT
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CTTTCTGTCTGATACATGTGTCCCTTTGAAAACCAAGGTGTATCACGGTGATCTCTCTGA
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TGGATGAGTAACAGACTGAAGTTAGCCCTTTTCATGATGAATAGCAACGTATGGATCTTT
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AGTGGCATGTGACTCTAAGCTACTCACACAGTGAGATGTTATAGATTTTTCAGTTTTCCT
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BQ
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AF RR3E237TF U 1
AF RR3E237JQ C 179
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BS 750 925 RR3E237JQ

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TCTTCTCACCCTTCTCTGCCACTAAAAGCTACGATTCACAAGTGCATGAACCATCCTTCT
TACATCGCTGGAGACTGGTAAATCGTCTATATTTTCTCATCACCATCTCCTTTTTAGATT
CGTGAAGTTCTTTTATTTTTTTTGTCAAAACTATTCAGATTCCCGATTCGTTAACTTTAG
TTGCGAAATTCGATTTCAATGATTTGAGTTTGCCTGGATTTGAATCAGCGGATCGTTAGA
TAATGGCAACGTTTGAGCTATACAGCAGATCGATGATAGGGATGTGTATGACGGAGACTT
TGGACGAGATGGTTCTGAGCGGTACCTTGAGCCCTGAGCTAGCAATCCAAGTCCTTGTTC
AGTTTGACAAGGTGACTGATCTTGGAGACTTTTGGTTTTGCTTCTGTTGTTTTTTGTTTT
CTTTCTGTCTGATACATGTGTCCCTTTGAAAACCAAGGTGTATCACGGTGATCTCTCTGA
CGTTGGTTATCTCACGAAAAACTAGCATTTTCATGAAATCTATCAAGATTACTGTTTGTT
TGGATGAGTAACAGACTGAAGTTAGCCCTTTTCATGATGAATAGCAACGTATGGATCTTT
ATTACATGACGCAATGTTCAAGATAAACC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3E237JQ 747 0 0
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TTCGTGAAGTTCTTTTATTTTTTTTGTCAAAACTATTCAGATTCCCGATTCGTTAACTTT
AGTTGCGAAATTCGATTTCAATGATTTGAGTTTGCCTGGATTTGAATCAGCGGATCGTTA
GATAATGGCAACGTTTGAGCTATACAGCAGATCGATGATAGGGATGTGTATGACGGAGAC
TTTGGACGAGATGGTTCTGAGCGGTACCTTGAGCCCTGAGCTAGCAATCCAAGTCCTTGT
TCAGTTTGACAAGGTGACTGATCTTGGAGACTTTTGGTTTTGCTTCTGTTGTTTTTTGTT
TTCTTTCTGTCTGATACATGTGTCCCTTTGAAAACCAAGGTGTATCACGGTGATCTTTCT
GACGTTGGTTATCTCAGGAAAAACTAGCATTTTCATGAAATCTATCAAGATTACTGTTTG
TTTGGATGAGTAACAGACTGAAGTTAGCCCTTTTCATGATGAATAGCAACGTATGGATCT
TTATTACATGACGCAATGTTCAAGATAAACCAACGTCAAGAGGATGTGAGCCGGGTCAAG
ATAGTGGCATGTGACTCTAAGCTACTCACACAGTGAGATGTTATAGATTTTTCAGTTTTC
CTTTTTCACTTTGTAAAACTCAGGCACTTGCTATATGTTTATCTGTCCAAAGACACATGG
GACTCATGTTGCTATGAGAAAGTACTT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

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CTTTTGTTCGGAGACGTGTACGAGATGGTGAATGATCCTTCAACTGATTCAGTTGTCTCC
TGGGGTGATAGCGGCAAGAGCTTCATCGTCTGGAATGAATCTGAGTTCCTCGGAGATGTT
CTTCCTAGGTGCTTATCCTACGATTACAAAGATATGACATCTTTCACCACCAAGTTTCAT
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TAATCGTATTTTATCGTCCTGTTTGGAAACATTGGGTTTGGTCTCTCTTCTCCTTTTCTT
TTAACTTATGGTTGTAAGATAAAAGATGTTTGCATTTTAATAAAAGGTAGATCATTATGA
TC


BQ
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10 10 

AF RR3DR54TF U 1
AF RR3DR54JQ C 1
BS 1 569 RR3DR54TF
BS 570 722 RR3DR54JQ

RD RR3DR54TF 569 0 0
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GCCCTCGGCTATAATAAAGTTGAAGAATCTGTGCATTGGGAATACACAGCCGATTATTTG
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CGCAAACAATAAGCTCTGTTGGTTCTGTT

QA 1 569 1 569
DS 

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CTTCCTAGGTGCTTATCCTACGATTACAAAGATATGACATCTTTCACCACCAAGTTTCAT
GCCCTCGGCTATAATAAAGTTGAAGAATCTGTGCATTGGGAATACACAGCCGATTATTTG
GTAAGAGGACAGCCTCCCCCCCCTAAGGATCCATCCCCATGTACTCCTGCTGATCTTTTG
ACGATGGTTACTCCAGAATATGCCAAAATGTACGAGTGGTCCTTTGCTTACATTAAGGAT
CGCAAACAATAAGCTCTGTTGGTTCTGTTCGATGGAGTTGCTTTGCTCTCGTTGTTTTCT
TAATCGTATTTTATCGTCCTGTTTGGAAACATTGGGTTTGGTCTCTCTTCTCCTTTTCTT
TTAACTTATGGTTGTAAGATAAAAGATGTTTGCATTTTAATAAAAGGTAGATCATTATGA
TC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL8434Contig1 932 2 2 U
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AGGACTTCACTGGCTTTGGCATGTCGGTTCCATTCGGTGGGAGTAGAGGATTAGAATCAG
TAAAACATGAACCCTTTGCTGAGCAAGGTAGGATTCAACACATAGATGGTGGTCAATATC
ATATTGACTTGGATAGAATTGCTACTGGAGATGATATCCGGACTACATTAGTCATCAAAA
ACATCCCAAACAAGTATACTTACAAGATGCTGGTGGCTGAAATTGACGAGAAGCACAAGG
GAGACTATGACTTTCTCTGCTTACCTATAGACTTTAAGAATAAGTGCAACATTGGTCACG
CTTTTGTCAACATGGTCTCTCCATTGCACATCGTTCCCTTCCAACAGACCTTCAATGGTA
AGATATGGGAGAAATTCAACAGTGGGAAAGTTGCTTCATTGGCATATGCAGAGATTCAAG
GAAAGTCTGCTCTTGCTTCATACATGCAGAATCTAAGTACTATGAAAGAAGAAAAGCAAT
TGTTTCAAGAAGTCTCCCACCACAATGATGGGAGTCAAGACTCCAAGGATCAGGACCAAC
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TTTTCGAGGATCCGAGGAAGAACATTGCATAAGAGTCTTCTTAAATCCCAAGCCAGTAAG
CAGGGAACTCTAACTCACCATCAAAGGTAAGTGTACAGATCGGGTGCTGATATGGAAGAA
ACATATGTACAGTATCAAGGCTTGTATCTTCC


BQ
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AF RR3AS10TF U 1
AF RR3AS10JQ C 261
BS 1 825 RR3AS10TF
BS 826 932 RR3AS10JQ

RD RR3AS10TF 825 0 0
GGTACCAGCATCATGTGGGCTCTGCTCCTTCAAGCACTCATTTTAATAGCTACACTGGTT
CATCAGAGACATCCTCTCTGATACCCTTTGGGTTTGGCTATATGGGAGTTAACAAAACCT
ATGCCAATGCTCTTGGAAAAGCGAACTTTGGAGTGAGTCTACAAGGGAACCAGAACAAAC
AGGACTTCACTGGCTTTGGCATGTCGGTTCCATTCGGTGGGAGTAGAGGATTAGAATCAG
TAAAACATGAACCCTTTGCTGAGCAAGGTAGGATTCAACACATAGATGGTGGTCAATATC
ATATTGACTTGGATAGAATTGCTACTGGAGATGATATCCGGACTACATTAGTCATCAAAA
ACATCCCAAACAAGTATACTTACAAGATGCTGGTGGCTGAAATTGACGAGAAGCACAAGG
GAGACTATGACTTTCTCTGCTTACCTATAGACTTTAAGAATAAGTGCAACATTGGTCACG
CTTTTGTCAACATGGTCTCTCCATTGCACATCGTTCCCTTCCAACAGACCTTCAATGGTA
AGATATGGGAGAAATTCAACAGTGGGAAAGTTGCTTCATTGGCATATGCAGAGATTCAAG
GAAAGTCTGCTCTTGCTTCATACATGCAGAATCTAAGTACTATGAAAGAAGAAAAGCAAT
TGTTTCAAGAAGTCTCCCACCACAATGATGGGAGTCAAGACTCCAAGGATCAGGACCAAC
TTTTTTCAAGCATTTGGAACATAACAGCGCCTGATTCAGATTGGTCTTACGCAATGGATG
TTTTCGAGGATCCGAGGAAGAACATTGCATAAGAGTCTTCTTAAA

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR3AS10JQ 672 0 0
GAGCAAGGTAGGATTCAACACATAGATGGTGGTCAATATCATATTGACTTGGATAGAATT
GCTACTGGAGATGATATCCGGACTACATTAGTCATCAAAAACATCCCAAACAAGTATACT
TACAAGATGCTGGTGGCTGAAATTGACGAGAAGCACAAGGGAGACTATGACTTTCTCTGC
TTACCTATAGACTTTAAGAATAAGTGCAACATTGGTCACGCTTTTGTCAACATGGTCTCT
CCATTGCACATCGTTCCCTTCCAACAGACCTTCAATGGTAAGATATGGGAGAAATTCAAC
AGTGGGAAAGTTGCTTCATTGGCATATGCAGAGATTCAAGGAAAGTCTGCTCTTGCTTCA
TACATGCAGAATCTAAGTACTATGAAAGAAGAAAAGCAATTGTTTCAAGAAGTCTCCCAC
CACAATGATGGGAGTCAAGACTCCAAGGATCAGGACCAACTTTTTTCAAGCATTTGGAAC
ATAACAGCGCCTGATTCAGATTGGTCTTACGCAATGGATGTTTTCGAGGATCCGAGGAAG
AACATTGCATAAGAGTCTTCTTAAATCCCAAGCCAGTAAGCAGGGAACTCTAACTCACCA
TCAAAGGTAAGTGTACAGATCGGGTGCTGATATGGAAGAAACATATGTACAGTATCAAGG
CTTGTATCTTCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8436Contig1 748 2 2 U
GGCCGAACTTGAGCCTTGTCTCGAATCTTCATGGCCAGCAGTATTCAGGAGAGTGCTCTC
TAGATTCCACCGCTCGGATAAAGATCGCCACAAGATCCGCTCAAGCACTTGCCTACCTGC
ACAACCATGCAACTCCACATGTAGTCCATGGAGATGTCAGAGCTAGCAACGTGTTGCTAG
ACTCTGAGTTTGAACCTCGTGTTATGGATTTTGGATATGGTAAACTGATGGCAGAAGATG
GAGCTGGTAAAGACAGAAGTAACAATGGGTATCTCTCACCAGAATGTGTTGCATCAGGGA
AAGAAACAGAAGCAGGGGACGTGTACAGTTTCGGTATCTTATTACTGGAGCTGGTCACTG
GCAAGAGACCTATTGAGAGACTAAACGCGACAACAAAGCGCGGTATAACCGAGTGGGTGT
TACCACTAGTTTACGAGGGAAAGTTTAGTGAAATAGTGGATCAGAAGCTGAAGGAAGAGA
AGGTGGAAGAGAAGCTGAAGAAGTTTGTCTTGGTAGGGGTCATGTGTGCTCAGACAGATC
CGGAGAAGAGACCAACAACGTCTCAAGTGGTGGAGATGCTAATGAATGAATCAAAGGAGA
AAATGTCTGAACTTGAAGCCAATCCTTTCTTCAAGAATCCATATAGAGAGGTTGCAGATG
AAAACTCAGATGTGATCTCAGAAGAACAATAATAGGGGTTTTTTTTAGGCACATTAACAT
TTGTTTTTTTTCCTCAGATTATTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G980TF U 1
AF RR3G980JQ C 121
BS 1 685 RR3G980TF
BS 686 748 RR3G980JQ

RD RR3G980TF 690 0 0
GGCCGAACTTGAGCCTTGTCTCGAATCTTCATGGCCAGCAGTATTCAGGAGAGTGCTCTC
TAGATTCCACCGCTCGGATAAAGATCGCCACAAGATCCGCTCAAGCACTTGCCTACCTGC
ACAACCATGCAACTCCACATGTAGTCCATGGAGATGTCAGAGCTAGCAACGTGTTGCTAG
ACTCTGAGTTTGAACCTCGTGTTATGGATTTTGGATATGGTAAACTGATGGCAGAAGATG
GAGCTGGTAAAGACAGAAGTAACAATGGGTATCTCTCACCAGAATGTGTTGCATCAGGGA
AAGAAACAGAAGCAGGGGACGTGTACAGTTTCGGTATCTTATTACTGGAGCTGGTCACTG
GCAAGAGACCTATTGAGAGACTAAACGCGACAACAAAGCGCGGTATAACCGAGTGGGTGT
TACCACTAGTTTACGAGGGAAAGTTTAGTGAAATAGTGGATCAGAAGCTGAAGGAAGAGA
AGGTGGAAGAGAAGCTGAAGAAGTTTGTCTTGGTAGGGGTCATGTGTGCTCAGACAGATC
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AAATGTCTGAACTTGAAGCCAATCCTTTCTTCAAGAATCCATATAGAGAGGTTGCAGATG
AAAACTCAGATGTGATCTCAGAAGA
CAATA

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3G980JQ 628 0 0
ACAACCATGCAACTCCACATGTAGTCCATGGAGATGTCAGAGCTAGCAACGTGTTGCTAG
ACTCTGAGTTTGAACCTCGTGTTATGGATTTTGGATATGGTAAACTGATGGCAGAAGATG
GAGCTGGTAAAGACAGAAGTAACAATGGGTATCTCTCACCAGAATGTGTTGCATCAGGGA
AAGAAACAGAAGCAGGGGACGTGTACAGTTTCGGTATCTTATTACTGGAGCTGGTCACTG
GCAAGAGACCTATTGAGAGACTAAACGCGACAACAAAGCGCGGTATAACCGAGTGGGTGT
TACCACTAGTTTACGAGGGAAAGTTTAGTGAAATAGTGGATCAGAAGCTGAAGGAAGAGA
AGGTGGAAGAGAAGCTGAAGAAGTTTGTCTTGGTAGGGGTCATGTGTGCTCAGACAGATC
CGGAGAAGAGACCAACAACGTCTCAAGTGGTGGAGATGCTAATGAATGAATCAAAGGAGA
AAATGTCTGAACTTGAAGCCAATCCTTTCTTCAAGAATCCATATAGAGAGGTTGCAGATG
AAAACTCAGATGTGATCTCAGAAGAACAATAATAGGGGTTTTTTTTAGGCACATTAACAT
TTGTTTTTTTTCCTCAGATTATTTTTCC

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL8437Contig1 566 2 1 U
GCTCTTAAAGGGCGGAGAGCCTGATTTGATGACAGGAGCAAAGATGATACTCCATGACTG
GCAAAGAGGTCGCATACCATTCTTTGTACCACCTCCTAAGCTAGAGGACAAGACTTCAGT
AGCAGAAGTAGAAGCAGAAGTCACAGTGCCAGGTATAGACCAGGAAGCTATCGCTGATAA
CAATCAAGCAACTGCTGCACTGAAAGCCATCGCTGGCATCATGTCTTCACAACAACAGAA
AGGTGTTCCTGTCCAAAGGGATTTCTTCGACGAGAAAGACCTCGAGGGTGATGATAAAGC
AAAGGAGTCTGCTGAAACAGATGAGGAAAACGGAACGGATGCTTCAGAAGATGAGGACTT
GGTCTCAGAAGATGGAGAGGATAGTGCAAATGATTCAGATGAGGATGTGATGTCAGAAAA
TGAAGAAGAAAACGAGTCAGATTCTTGCTGAGTAATGAATATTGCAAAATTTTGTTTTTG
TTACCTGTAGCTTGTCTTGACTCAAAAGTGAGAATTTTTGTTAAACTATTTATGATTAAT
AGAACCAAGATAATCGTGACGAGTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GF06JQ C 1
AF RR3GF06TF U 1
BS 1 566 RR3GF06TF

RD RR3GF06JQ 566 0 0
GCTCTTAAAGGGCGGAGAGCCTGATTTGATGACAGGAGCAAAGATGATACTCCATGACTG
GCAAAGAGGTCGCATACCATTCTTTGTACCACCTCCTAAGCTAGAGGACAAGACTTCAGT
AGCAGAAGTAGAAGCAGAAGTCACAGTGCCAGGTATAGACCAGGAAGCTATCGCTGATAA
CAATCAAGCAACTGCTGCACTGAAAGCCATCGCTGGCATCATGTCTTCACAACAACAGAA
AGGTGTTCCTGTCCAAAGGGATTTCTTCGACGAGAAAGACCTCGAGGGTGATGATAAAGC
AAAGGAGTCTGCTGAAACAGATGAGGAAAACGGAACGGATGCTTCAGAAGATGAGGACTT
GGTCTCAGAAGATGGAGAGGATAGTGCAAATGATTCAGATGAGGATGTGATGTCAGAAAA
TGAAGAAGAAAACGAGTCAGATTCTTGCTGAGTAATGAATATTGCAAAATTTTGTTTTTG
TTACCTGTAGCTTGTCTTGACTCAAAAGTGAGAATTTTTGTTAAACTATTTATGATTAAT
AGAACCAAGATAATCGTGACGAGTGC

QA 1 566 1 566
DS 

RD RR3GF06TF 566 0 0
GCTCTTAAAGGGCGGAGAGCCTGATTTGATGACAGGAGCAAAGATGATACTCCATGACTG
GCAAAGAGGTCGCATACCATTCTTTGTACCACCTCCTAAGCTAGAGGACAAGACTTCAGT
AGCAGAAGTAGAAGCAGAAGTCACAGTGCCAGGTATAGACCAGGAAGCTATCGCTGATAA
CAATCAAGCAACTGCTGCACTGAAAGCCATCGCTGGCATCATGTCTTCACAACAACAGAA
AGGTGTTCCTGTCCAAAGGGATTTCTTCGACGAGAAAGACCTCGAGGGTGATGATAAAGC
AAAGGAGTCTGCTGAAACAGATGAGGAAAACGGAACGGATGCTTCAGAAGATGAGGACTT
GGTCTCAGAAGATGGAGAGGATAGTGCAAATGATTCAGATGAGGATGTGATGTCAGAAAA
TGAAGAAGAAAACGAGTCAGATTCTTGCTGAGTAATGAATATTGCAAAATTTTGTTTTTG
TTACCTGTAGCTTGTCTTGACTCAAAAGTGAGAATTTTTGTTAAACTATTTATGATTAAT
AGAACCAAGATAATCGTGACGAGTGC

QA 1 566 1 566
DS 



AS 1 2

CO CL8438Contig1 693 2 2 U
GTTCTTAGGATTGAGTCTAGATCATATAGATTGCATTCACTTGCATATGGTGCAGTTGTT
GATAATGCCTTGTAAAGAACACTTGTTTGCACTGAATTTGACGCCCTACTTAAGCATATC
AAGTAGCTTGTGCATCTCTTGAAAGCCTTGCATGCTTCGTGCCTTGAAAACTCTTCTTGA
AACATGTTTGCTTGCTTGATATCAGCATTGTTCTCGAAACCAGCTCCAACCTGAATCTTG
AGTTAAATGAACTTAATCTCTCTTGCATATGGGCATTTGCATACTTGATCATGGATCTCA
TACACATTTGGGTTATCTTTTCCATTGAGCCACTCTTTGTTAACCCAAATGGCACTCCCT
TACCCTAAAACCCTTACCATTCTTTGAAGCCTTCATTGATTTGCATGAGTGAGGCCTCTT
TTGATAGTTTGTCATGTGCAAAATCTTGAGAGTATTGGGAGCGACATGGATTTGTTCTCA
TCTCTTGCTAGCATAGGGTCATCATTTGAGCTAGCTTCTAGGATGGTGAGTGGGTGTATG
TTTCTTAAAGGTTTAATGTCTTGGGTTTGGAGTGTGAGAAAGATGAGCAATAGAGTATTA
TGAGAAAGAAAAGCCCTAAGGACCTAGAATAGAAAGAAAAAAAAAATGCTCTTGTTTGTA
TTGTTTGAGACCTTCCCCCTATAAAAGGAAAAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AF01TF U 1
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TACCCTAAAACCCTTACCATTCTTTGAAGCCTTCATTGATTTGCATGAGTGAGGCCTCTT
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TCTCTTGCTAGCATAGGGTCATCATTTGAGCTAGCTTCTAGGATGGTGAGTGGGTGTATG
TTTTTTAAAGGTTTAATGTCTTGGGTTTGGAGTGTGAGAAAGATGAGCAATAGAGTATTA
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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CD92TF U 1
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DS 

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CTTCCATGCAACCAGATCAAAACTCTTTTTTTCCCAATCAATGGAAGTTC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3H014JQ C 1
AF RR3H014TF U 1
BS 1 574 RR3H014TF

RD RR3H014JQ 574 0 0
TTTTTGACTCTTCAAAGCAATCTCTCTGTCCCCTTCTAACAATCTCCTCCCCAATCAGAC
AAAAATCCATCCAGTCTATCTCTCCTTAAGGTTCTGTTCAAACAAAAGAGAGCTACATTA
AGATAAAAGACAATCGATCAGACGGTGAAATGCAAACGTTTCAGAAACATCACAGTGCGG
CTGGACTGCACATGCTGTATCCTCAAGTCCACTGTTCACCTCAGTTCCAAGTCATAGACA
ATAATAATAAGAAGAAGAATAAGAATAATGCCTTTTCTGACACCACCCCATCCAAAGAAA
GCTTCTTCACTCTCAAATCCTCCACTGCTTCTGTTGGTCCTCTTCCTTCATACGAGTCCC
CTTCCGTGAGCATCACGTCTGGTCCAAGCTAGAGCTGTCAAATGGGAAAGCCCATGTCCA
TTAGCCCATATCCGTTTGTCCATTTATAGTTTGTGGACAGAGAGTGACCATGTCCATTAA
GGATCAGTCCATTAAAGACCATGTCCATCAGAACCCATATTTATATGGGCTGCCATGGAA
TCCATTAGTGACCATTTATGAATTTTTTTAATTT

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3H014TF 574 0 0
TTTTTGACTCTTCAAAGCAATCTCTCTGTCCCCTTCTAACAATCTCCTCCCCAATCAGAC
AAAAATCCATCCAGTCTATCTCTCCTTAAGGTTCTGTTCAAACAAAAGAGAGCTACATTA
AGATAAAAGACAATCGATCAGACGGTGAAATGCAAACGTCTCAGAAACATCACAGTGCGG
CTGGACTGCACATGCTGTATCCTCAAGTCCACTGTTCACCTCAGTTCCAAGTCATAGACA
ATAATAATAAGAAGAAGAATAAGAATAATGCCTTCTCTGACACCACCCCATCCAAAGAAA
GCTTCTTCACTCTCAAATCCTCCACTGCTTCTGTTGGTCCTCTTCCTTCATACGAGTCCC
CTTCCGTGAGCATCACGTCTGGTCCAAGCTAGAGCTGTCAAATGGGAAAGCCCATGTCCA
TTAGCCCATATCCGTTTGTCCATTTATAGTTTGTGGACAGAGAGTGACCATGTCCATTAA
GGATCAGTCCATTAAAGACCATGTCCATCAGAACCCATATTTATATGGGCTGCCATGGAA
TCCATTAGTGACCATTTATGAATTTTTTTAATTT

QA 1 574 1 574
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8442Contig1 733 2 2 U
GCGGGTCTAAGCGGAAGGATAACGATTGGTAATTAATTAAAGCAACAGCTAGTAGTAAAT
GTTGTTAGAAAATTTAATATGAATGGATCTGTTTTGGTCTGAAATGTAGGCACAACGCTT
TTGGATGCCATCAAAGCAATAGTTGGAGACCAAACAGATGTAATATATGAGAAAAATCCT
TCGGAGGAATCCTTAGCCTCGAGTGAAGCCTTCTCTTATGCAATTGTTGCGGTTGGCGAA
TCGCCGTATGCAGAGACTATGGGGGATAACTCAGAACTCACAATACCTTTCAACGGGAGT
GATATTGTAACTACAGTTGCAGAGAGAGTCCCAACTCTTATGATCTTGTTCTCAGGACGG
CCTGTGGTTCTTGAGCCGACGGTTCTTGAAAAGACGGAGGCTGTAGTCTCTGCTTGGCTT
CCTGGAAGCGAAGGGCAAGGAATGGCTGATGTCATATTTGGAGATTATGACTTTGAGGGA
AAGTTACCAGTGAGCTGGTTCAAACGCGTTGAACAGTTGCCCCTAAACGCTGATTCTAAT
TTGTATGACCCATTGTTCCCTCTTGGTTTCGGTCTCAGTTCCAGCGGTGATTCAAACCAT
CTTTAATTTCACTGGCCTGGGTAAACATTGATCCATTATTGAACAATAAATGATTGAATT
TGAGTGTGTGTGTGTAATATTATCAACTGATATGAGCATGTGTGTATTGATATTTTACTA
GATTTTGATCCGC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DU30TF U 1
AF RR3DU30JQ C 2
BS 1 711 RR3DU30TF
BS 712 733 RR3DU30JQ

RD RR3DU30TF 711 0 0
GCGGGTCTAAGCGGAAGGATAACGATTGGTAATTAATTAAAGCAACAGCTAGTAGTAAAT
GTTGTTAGAAAATTTAATATGAATGGATCTGTTTTGGTCTGAAATGTAGGCACAACGCTT
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TCGGAGGAATCCTTAGCCTCGAGTGAAGCCTTCTCTTATGCAATTGTTGCGGTTGGCGAA
TCGCCGTATGCAGAGACTATGGGGGATAACTCAGAACTCACAATACCTTTCAACGGGAGT
GATATTGTAACTACAGTTGCAGAGAGAGTCCCAACTCTTATGATCTTGTTCTCAGGACGG
CCTGTGGTTCTTGAGCCGACGGTTCTTGAAAAGACGGAGGCTGTAGTCTCTGCTTGGCTT
CCTGGAAGCGAAGGGCAAGGAATGGCTGATGTCATATTTGGAGATTATGACTTTGAGGGA
AAGTTACCAGTGAGCTGGTTCAAACGCGTTGAACAGTTGCCCCTAAACGCTGATTCTAAT
TTGTATGACCCATTGTTCCCTCTTGGTTTCGGTCTCAGTTCCAGCGGTGATTCAAACCAT
CTTTAATTTCACTGGCCTGGGTAAACATTGATCCATTATTGAACAATAAATGATTGAATT
TGAGTGTGTGTGTGTAATATTATCAACTGATATGAGCATGTGTGTATTGAT

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3DU30JQ 732 0 0
CGGGTCTAAGCGGAAGGATAACGATTGGTAATTAATTAAAGCAACAGCTAGTAGTAAATG
TTGTTAGAAAATTTAATATGAATGGATCTGTTTTGGTCTGAAATGTAGGCACAACGCTTT
TGGATGCCATCAAAGCAATAGTTGGAGACCAAACAGATGTAATATATGAGAAAAATCCTT
CGGAGGAATCCTTAGCCTCGAGTGAAGCCTTCTCTTATGCAATTGTTGCGGTTGGCGAAT
CGCCGTATGCAGAGACTATGGGGGATAACTCAGAACTCACAATACCTTTCAACGGGAGTG
ATATTGTAACTACAGTTGCAGAGAGAGTCCCAACTCTTATGATCTTGTTCTCAGGACGGC
CTGTGGTTCTTGAGCCGACGGTTCTTGAAAAGACGGAGGCTGTAGTCTCTGCTTGGCTTC
CTGGAAGCGAAGGGCAAGGAATGGCTGATGTCATATTTGGAGATTATGACTTTGAGGGAA
AGTTACCAGTGAGCTGGTTCAAACGCGTTGAACAGTTGCCCCTAAACGCTGATTCTAATT
TGTATGACCCATTGTTCCCTCTTGGTTTCGGTCTCAGTTCCAGCGGTGATTCAAACCATC
TTTAATTTCACTGGCCTGGGTAAACATTGATCCATTATTGAACAATAAATGATTGAATTT
GAGTGTGTGTGTGTAATATTATCAACTGATATGAGCATGTGTGTATTGATATTTTACTAG
ATTTTGATCCGC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL8443Contig1 611 2 1 U
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ACCAGGATCTACTGCAAAGGTGTATCAAAAAACGTTGCAGCAACTGCACGAAAGTTATAG
ATGAACCTGCATTATGTCTTCTCTGTGGAATGTTGTGTTCTCCCATATGGAACCCTTGTT
GCAGAGAAACTAGTTGTCAGACGCATGCAATAACTTGTGGTGCTGGTATCGGTGTATATC
TTCTGATACGACGAACCACAATTTTGCTACAAAGATTTGCAAGACAATCACCTTGGCCAT
CTCCGTACTTGGATACGTTTGGAGAAGAGGATATCGAAATGATCAGAGGAAAACCACTAT
ACCTGAATGAAGAGCGTTATGCTGCATTAACTTACATGGTTGGTTCTTATGGACTGGATC
ACATTTCGAAAGTTCTCAATCAAACTACAATCGGAGGAGCCTTCTTCACTTGAGAGACGA
AAGTTCTTTCTTTCCATCTTTGTTCTCTGTGTGTAATTTGCATATGGTGCTTTTAAGATT
CTGATGATTTTTCGTTAAAAAAAATAATTCTCACTTTGTTTGGTTGATTAGGGAGATGCC
ATCACGTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DU78TF U 1
AF RR3DU78JQ C 154
BS 1 611 RR3DU78TF

RD RR3DU78TF 611 0 0
GAGGGCCCCTTTGCATAAGCCCTGTAGTTCCTTTCCAGCTTATGAAATTACCCAATTTAT
ACCAGGATCTACTGCAAAGGTGTATCAAAAAACGTTGCAGCAACTGCACGAAAGTTATAG
ATGAACCTGCATTATGTCTTCTCTGTGGAATGTTGTGTTCTCCCATATGGAACCCTTGTT
GCAGAGAAACTAGTTGTCAGACGCATGCAATAACTTGTGGTGCTGGTATCGGTGTATATC
TTCTGATACGACGAACCACAATTTTGCTACAAAGATTTGCAAGACAATCACCTTGGCCAT
CTCCGTACTTGGATACGTTTGGAGAAGAGGATATCGAAATGATCAGAGGAAAACCACTAT
ACCTGAATGAAGAGCGTTATGCTGCATTAACTTACATGGTTGGTTCTTATGGACTGGATC
ACATTTCGAAAGTTCTCAATCAAACTACAATCGGAGGAGCCTTCTTCACTTGAGAGACGA
AAGTTCTTTCTTTCCATCTTTGTTCTCTGTGTGTAATTTGCATATGGTGCTTTTAAGATT
CTGATGATTTTTCGTTAAAAAAAATAATTCTCACTTTGTTTGGTTGATTAGGGAGATGCC
ATCACGTTTGC

QA 1 611 1 611
DS 

RD RR3DU78JQ 458 0 0
TGTGTTCTCCCATATGGAACCCTTGTTGCAGAGAAACTAGTTGTCAGACGCATGCAATAA
CTTGTGGTGCTGGTATCGGTGTATATCTTCTGATACGACGAACCACAATTTTGCTACAAA
GATTTGCAAGACAATCACCTTGGCCATCTCCGTACTTGGATACGTTTGGAGAAGAGGATA
TCGAAATGATCAGAGGAAAACCACTATACCTGAATGAAGAGCGTTATGCTGCATTAACTT
ACATGGTTGGTTCTTATGGACTGGATCACATTTCGAAAGTTCTCAATCAAACTACAATCG
GAGGAGCCTTCTTCACTTGAGAGACGAAAGTTCTTTCTTTCCATCTTTGTTCTCTGTGTG
TAATTTGCATATGGTGCTTTTAAGATTCTGATGATTTTTCGTTAAAAAAAATAATTCTCA
CTTTGTTTGGTTGATTAGGGAGATGCCATCAGGTTTGC

QA 1 458 1 458
DS 



AS 1 2

CO CL8444Contig1 925 2 6 U
GGGCTACAGGAGGAGGTTTCCAGTACACGAGAGTCATTAAAGGAGCAATCTTCTAGAAAG
TCGATCATCCAACAGAACATTACATCTTTCATGGATAAAATTGTGTTCATAGAGAAGCGG
ATGCCGGAGCTTGAAGCAGAGAAGAAAGTGGCTACGTCAACGAGAAATTTCAAAGAAGCT
GGAAGAATAGCAGCAGAACTTAAGTCCTTAAATCTGGAGAAGGATAAGATACAGATCGAA
ACAGGGCAAGCGAACTCTGAGCTCGAAAAAGCAGAGCAGGAGATTGAAGAAACAATCAAG
AAACTACAGGAGTTAGAGAGGTTGATTTTGTCTAAAGAAAAGGAATTGTCTGTCAGTAGA
TTCCAGAGGTTGCGGATTGACAGCGGCACTGCAAAAGCCGAGAGATCAGCTGCTCTGGAG
CTCAGCGATCTGGAAGAAGCTAATCTTCTACTTGAGGAAGCACAGGAAGCAGAATCCGAA
GCAGATAAGCTTAAACTCACGTGCGGTCTCAAAGAAGAAGACGAAGAAGAAGATGCTAAA
GAATGTTTTGTCTCCATGGAACTTATAGCCACCTTTGGTCTGAAGAAACTACAGGAACTA
GCAGAATCTGTTCCTTCGTAACCAAAAGCTGCTTCAGGACCAACCGTCACGACTAAAAGC
GCTCACCATGATCAAGCAACCTATTTAAAAGGCGGAGTTGATGAGTCAACAACGTTTAAG
CCCGTGTTCCTTAGTCCACATCAACATGTATGGTTTTGTTTTTCGGATCCGTGTTTGATT
TATTTCTTGATGAAAGAAGAGAGTTCAAGCTTGTTCAAGCAATACACTTGTAAGTTGCGT
CCCAATACTTCGTATACCTTTTTGTACTTCTCAGTGAACATTGCAAAAGATGAGCATTGG
TTCAGAGTAAAAGAATATTATTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E335TF U 1
AF RR3E335JQ C 213
BS 1 637 RR3E335TF
BS 638 638 RR3E335JQ
BS 639 736 RR3E335TF
BS 737 737 RR3E335JQ
BS 738 761 RR3E335TF
BS 762 925 RR3E335JQ

RD RR3E335TF 761 0 0
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TCGATCATCCAACAGAACATTACATCTTTCATGGATAAAATTGTGTTCATAGAGAAGCGG
ATGCCGGAGCTTGAAGCAGAGAAGAAAGTGGCTACGTCAACGAGAAATTTCAAAGAAGCT
GGAAGAATAGCAGCAGAACTTAAGTCCTTAAATCTGGAGAAGGATAAGATACAGATCGAA
ACAGGGCAAGCGAACTCTGAGCTCGAAAAAGCAGAGCAGGAGATTGAAGAAACAATCAAG
AAACTACAGGAGTTAGAGAGGTTGATTTTGTCTAAAGAAAAGGAATTGTCTGTCAGTAGA
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GAATGTTTTGTCTCCATGGAACTTATAGCCACCTTTGGTCTGAAGAAACTACAGGAACTA
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GCTCACCATGATCAAGCAACCTATTTAAAAGGCGGAGTTGATGAGTCAACAACGTTTAAG
CCCGTGTTCCTTAGTC*ACATCAACATGTATGGTTTTGTTT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3E335JQ 713 0 0
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AGAGCAGGAGATTGAAGAAACAATCAAGAAACTACAGGAGTTAGAGAGGTTGATTTTGTC
TAAAGAAAAGGAATTGTCTGTCAGTAGATTCCAGAGGTTGCGGATTGACAGCGGCACTGC
AAAAGCCGAGAGATCAGCTGCTCTGGAGCTCAGCGATCTGGAAGAAGCTAATCTTCTACT
TGAGGAAGCACAGGAAGCAGAATCCGAAGCAGATAAGCTTAAACTCACGTGCGGTCTCAA
AGAAGAAGACGAAGAAGAAGATGCTAAAGAATGTTTTGTCTCCATGGAACTTATAGCCAC
CTTTGGTCTGAAGAAACTACAGGAACTAGCAGAATCTGTTCCTTCGTAACCAAAAGCTGC
TTCAGGACCAACCGTCAGGACTAAAAGCGCTCACCATGATCAAGCAACCTATTTAAAAGG
CGGAGTTGATGAGTCAACAACGTTTAAGCCCGTGTTCCTTAGTCCACATCAACATGTATG
GTTTTGTTTTTCGGATCCGTGTTTGATTTATTTCTTGATGAAAGAAGAGAGTTCAAGCTT
GTTCAAGCAATACACTTGTAAGTTGCGTCCCAATACTTCGTATACCTTTTTGTACTTCTC
AGTGAACATTGCAAAAGATGAGCATTGGTTCAGAGTAAAAGAATATTATTGCC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL8445Contig1 709 2 2 U
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TATCTATAAAGACACCATTGCTAGAAATATTGCTGCTGTTATTTACAGAGATGAGAAGGA
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CGAGCTCCCAACCCAGGACCAGCTTAAAACAGTATTGGACAAAGTGAAAGACTTTTTTGG
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AAGTTCACTGGATAGGACGAGATTGTCCACTACTTTGTGCACATTTTTCTTTATACACCC
TCTGAGAGAAACAGTTTCTCCTAAATCTCTTGTAACATATAACTTATTG


BQ
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AF RR3CC95TF U 1
AF RR3CC95JQ C 74
BS 1 639 RR3CC95TF
BS 640 709 RR3CC95JQ

RD RR3CC95TF 639 0 0
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CCACTGAAGAACACGGGAAGACTCGAAGAGTTCGGTTTAGCGAGACACTCTCTGTTCACC
TCCTCGAGAACGCCATGCCAAGATCATGGTTGCTGCTAAAGACAACCTCTTGGGGAAGTA
TATCTATAAAGACACCATTGCTAGAAATATTGCTGCTGTTATTTACAGAGATGAGAAGGA
GATACAAAAGACAGCAATTAAGCAGCATCGTGTCTTGCGGACAGCCACTGAGTTTCGATA
TGGCTACAAACTTGTTGAAAATGGAAATATGAGAGTTGCACTTAGTACCTCAGATGTCAT
CGAGCTCCCAACCCAGGACCAGCTTAAAACAGTATTGGACAAAGTGAAAGACTTTTTTGG
GGATGCAAAAGAGTCCTTCGGAAAGATATCATCACTGAATCCTGGGACAGATGAAGAAAC
CGAAGGAAGAACTGATGAGAAAGCCAAGTAAGTATACATTATAAACAGGGTCCAAGGCTG
AACGATTGACACATGATGGGCTGATTCCGAATGTCTCAACCGTCTTGATATGGAATGCAG
AAGTTCACTGGATAGGACGAGATTGTCCACTACTTTGTG

QA 1 639 1 639
DS 

RD RR3CC95JQ 636 0 0
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CATGCCAAGATCATGGTTGCTGCTAAAGACAACCTCTTGGGGAAGTATATCTATAAAGAC
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GCAATTAAGCAGCATCGTGTCTTGCGGACAGCCACTGAGTTTCGATATGGCTACAAACTT
GTTGAAAATGGAAATATGAGAGTTGCACTTAGTACCTCAGATGTCATCGAGCTCCCAACC
CAGGACCAGCTTAAAACAGTATTGGACAAAGTGAAAGACTTTTTTGGGGATGCAAAAGAG
TCCTTCGGAAAGATATCATCACTGAATCCTGGGACAGATGAAGAAACCGAAGGAAGAACT
GATGAGAAAGCCAAGTAAGTATACATTATAAACAGGGTCCAAGGCTGAACGATTGACACA
TGATGGGCTGATTCCGAATGTCTCAACCGTCTTGATATGGAATGCAGAAGTTCACTGGAT
AGGACGAGATTGTCCACTACTTTGTGCACATTTTTCTTTATACACCCTCTGAGAGAAACA
GTTTCTCCTAAATCTCTTGTAACATATAACTTATTG

QA 1 636 1 636
DS 



AS 1 2

CO CL8446Contig1 948 2 8 U
GGACTTTTCAGCGTTGAATCAAATCTCTTCGTGTTCCCCTCTTTCCTTCTTCAGGTAATA
TTTGAACCAAATTGCTTACCTACCATGGGATCCACTGTTGATGCAGCAGCAAACAAGGGT
GTTAATGGAACCGCAACTGCCAAGAAACCCACTGTTATATTTGTCCTTGGGGGTCCAGGA
AGTGGGAAAGGTACACAGTGTGCCTATATCGTTGAACATTATGGCTACACACATCTGAGT
GCTGGAGACCTTCTTAGAGCTGAAATTAAATCTGGCAATGAAAATGGAACTATGATCCAG
AATATGATTAAAGAAGGGAAGATTGTACCATCTGAGGTTACAATCAAGCTTCTGCAGAAA
GCAATTCAGGAAAACGGGAATGACAAGTTCCTCATTGATGGTTTCCCTCGTAATGAGGAG
AACCGAGCAGCCTTTGAAAAAGTTACTGAGATTGAGCCCAAGTTTGTCTTGTTCTTTGAT
TGTCCTGAGGAAGAGATGGAGAGGCGCCTGTTGGGCAGAAACCAGGGGAGAGAGGATGAC
AATATCGAGACTATAAGGAAGCGTTTCAAGGTGTTTCTTGAATCTAGCTTACCTGTGATT
CAGTACTACGAAGCTAAGGGGAAAGTTAGGAAGATTCATGCCGCAGAGCCCATTGAAGAT
GTGTTTCAGGAGGTGAGGGCAGTCTTTACTCCTGAAGCTGAGAAGGTTGAAGCCTAGGCT
GAAGACATATACGGATAAATTGATCAGGTAGCTGGGTGGGTGGCATCTTCTTTACTGGGA
AGTCTCTGCTTGGCCTTACCTTTTTTCTATATAACTATATATGATATGATTACTGTTATT
ATTATACAGATTGTTACCTATTGATATCATTTTTGATTTTGTACTTGATGGGATTTGTGA
TTGGCTTTTCTGTAATTTCATAAAGCAAATTCATTGGATTTTTCTAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BF14TF U 1
AF RR3BF14JQ C 170
BS 1 669 RR3BF14TF
BS 670 670 RR3BF14JQ
BS 671 705 RR3BF14TF
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BS 748 948 RR3BF14JQ

RD RR3BF14TF 751 0 0
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TAGC

QA 1 747 1 747
DS 

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GGGATTTGTGATTGGCTTTTCTGTAATTTCATAAAGCAAATTCATTGGATTTTTCTAAT

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

CO CL8447Contig1 564 2 1 U
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BQ
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AF RR3AN42JQ C 1
AF RR3AN42TF U 1
BS 1 564 RR3AN42TF

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QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3AN42TF 564 0 0
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GTTGACTGAGATAAGGTTTACCTTGGGCCTTGGCGCCTATATGCTATATCCATTCTCATG
AATTTCTTTTTGGCCTCTGATGAGAAAAAAAATGTCAAAACTTTGTAGACTCTTCAAGAT
TTGTTGATTTTAGGAACACGGATCAAAGAAGAATTGAACCACCAAGAGCAGATGCGAAGA
CGTGACATGGTTTAGACTTGAAAGATAGGGTAGAGTAAGCAAAACCTTTTACAGACACAT
AGATCCTATCAAGTTCTGAAATGT

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL8448Contig1 568 2 1 U
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ATTTTATTCCACTAATTCTACTAGTCAT


BQ
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AF RR3FD43JQ C 1
AF RR3FD43TF U 1
BS 1 568 RR3FD43TF

RD RR3FD43JQ 568 0 0
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ACATCTTTCAAGGATCCCCAGACCGGTTATGGGGCAAAGACGAGGCTAGAGTCAACAAGC
TCGTCTTCATTGGCAAGAATCTGAACCGTGAGGAGCTAGAGAAGGGTTTTAAATCTTGCT
TGATTTGAATTCTCTTATCATTTACAATTCAAATCCATCCTATTTCCGGCAGATGTTGTA
TCCCGTTGTCCTAAAGTACAAACTTTTGTTTTTCTATTTCACTTAACTCCGTTCTACTAA
ATTTTATTCCACTAATTCTACTAGTCAT

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3FD43TF 568 0 0
GAGATGTTAAGGAAGGTCAAAATGAGTGTCACGACGAACATCACCATGATCATCATGACC
ATCATCATGATCACCATCACCACAATGAACATGAGCATAATCATTCTCATGATCATGATC
ACACCCATGATCCTGGTGTTTCTTCAGTCAGTATAGTTTGCGAAGGGAGCTTAGACCTTG
ACAAGGCAAACATGTGGCTAGGGACGTTACTGATGGAACGAAGTGAGGATATCTACAGGA
TGAAAGGTCTGCTCTCGGTCCACACCATGGAGGAGAGATTCGTGTTTCAAGGAGTCCATG
ACATCTTTCAAGGATCCCCAGACCGGTTATGGGGCAAAGACGAGGCTAGAGTCAACAAGC
TCGTCTTCATTGGCAAGAATCTGAACCGTGAGGAGCTAGAGAAGGGTTTTAAATCTTGCT
TGATTTGAATTCTCTTATCATTTACAATTCAAATCCATCCTATTTCCGGCAGATGTTGTA
TCCCGTTGTCCTAAAGTACAAACTTTTGTTTTTCTATTTCACTTAACTCCGTTCTACTAA
ATTTTATTCCACTAATTCTACTAGTCAT

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL8449Contig1 1056 2 2 U
GTACTTTGGTTTCAAAGTCTCTCTCATACAAAGAGGTTGCTCTGGCACCACCAGGTACCG
TTCTGAAGCCGATGCTAGAAAAATTAGAACTGAATTTGGAAAGAACTGAAACTCAGATAT
ACAGGATCTCATCAAGTTCATCGACTGGAGAAGAAAGCAAGTCTGATGCTGTAATGTTAG
ATTTGGCAGTGGAGGAGGGCACAGAGGTTCCTTGTGAAAAACAAGAATCAGAAGAAAGTG
TTGTTGAGTCAGTAGAAAATCTAACGTCAGAGTCTGAAGGGGATCTAGGAGGGTCCTGTC
GTGAGCAAAAGGCTTCTGATATTATCAGCAGGAGAAAGCTGTCGGCCGCCGCAGAGCCTT
ACAACCCTGGAGGTTTCTTGGTTACTGATCCGCATAGTCTAATTGCAGAATCTGTTTCCG
GAACTGGACTTCATTCACCACCATATCATGGTGCTACTTACTCAAATGGAATTGGGACGC
CAAAAACCATGAATCCGGATGCACCAGAGTTTGTTCCGAGGAGTTCCGTGCTGAATAGCT
CTCAACATGCGAGAAGCCAAGAGGTTGAGAAAAACGCAGCTGTTTTGAAGAAGGAAGAGC
TGGCGAGACAGATCCTGCTTAGCTTCATGGTAAATTCATCCCACAAAGGAGGTTGTAGCT
GCTCGGAAGAAGGTAAACAAGCCTAAAGATGAGTTGGAAGATACCTCTGTAAAGGATGAT
AGTACAGTAACAGAGATAGTCTACGGAAGAGAAGAGGACAGTGCAGCGAAGGAAAGTGAG
ACGGATGGAGGTGAAGGATTTGTGATTGTGGCGAAGAGGAGGAGGAAGAAGCGACTTACC
AACGATGCAGCTGGGATGTACCATCAGCCATCGTCCGTTTGTGCATGATCTGATAAGTGG
GTTTGATAAGGCTAACAAAATAAAGTTTCTTGTGAAGCAGAGTATACTCTCATCTCTTTT
GGTTTATTGGATTTCTTTTCGGGACTGGGTGGTTCTGTTCTTTATGTATGATGCACTTTA
GACCTGTTGTGTTGTAAAATTTTCGCACGTTTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GU21TF U 1
AF RR3GU21JQ C 368
BS 1 667 RR3GU21TF
BS 668 1056 RR3GU21JQ

RD RR3GU21TF 667 0 0
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TTCTGAAGCCGATGCTAGAAAAATTAGAACTGAATTTGGAAAGAACTGAAACTCAGATAT
ACAGGATCTCATCAAGTTCATCGACTGGAGAAGAAAGCAAGTCTGATGCTGTAATGTTAG
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TTGTTGAGTCAGTAGAAAATCTAACGTCAGAGTCTGAAGGGGATCTAGGAGGGTCCTGTC
GTGAGCAAAAGGCTTCTGATATTATCAGCAGGAGAAAGCTGTCGGCCGCCGCAGAGCCTT
ACAACCCTGGAGGTTTCTTGGTTACTGATCCGCATAGTCTAATTGCAGAATCTGTTTCCG
GAACTGGACTTCATTCACCACCATATCATGGTGCTACTTACTCAAATGGAATTGGGACGC
CAAAAACCATGAATCCGGATGCACCAGAGTTTGTTCCGAGGAGTTCCGTGCTGAATAGCT
CTCAACATGCGAGAAGCCAAGAGGTTGAGAAAAACGCAGCTGTTTTGAAGAAGGAAGAGC
TGGCGAGACAGATCCTGCTTAGCTTCATGGTAAATTCATCCCACAAAGGAGGTTGTAGCT
GCTCGGA

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3GU21JQ 689 0 0
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ACTTCATTCACCACCATATCATGGTGCTACTTACTCAAATGGAATTGGGACGCCAAAAAC
CATGAATCCGGATGCACCAGAGTTTGTTCCGAGGAGTTCCGTGCTGAATAGCTCTCAACA
TGCGAGAAGCCAAGAGGTTGAGAAAAACGCAGCTGTTTTGAAGAAGGAAGAGCTGGCGAG
ACAGATCCTGCTTAGCTTCATGGTAAATTCATCCCACAA*GGAGGTTGTAGCTGCTCGGA
AGAAGGTAAACAAGCCTAAAGATGAGTTGGAAGATACCTCTGTAAAGGATGATAGTACAG
TAACAGAGATAGTCTACGGAAGAGAAGAGGACAGTGCAGCGAAGGAAAGTGAGACGGATG
GAGGTGAAGGATTTGTGATTGTGGCGAAGAGGAGGAGGAAGAAGCGACTTACCAACGATG
CAGCTGGGATGTACCATCAGCCATCGTCCGTTTGTGCATGATCTGATAAGTGGGTTTGAT
AAGGCTAACAAAATAAAGTTTCTTGTGAAGCAGAGTATACTCTCATCTCTTTTGGTTTAT
TGGATTTCTTTTCGGGACTGGGTGGTTCTGTTCTTTATGTATGATGCACTTTAGACCTGT
TGTGTTGTAAAATTTTCGCACGTTTTCCC

QA 1 689 1 689
DS 



AS 1 2

CO CL8450Contig1 736 2 2 U
GGACTACTTCTCTTCCTACTCCGTCTTTCGCTTGTACAAACTTAATCAGAAATGGCAACG
GCGTCGTTTAGCATGCTGTCAGTGTTCGCCGCTCCTTCCGGTGGATTGGGCTCTCGCAAC
ATCATAAACACGAACCAAATCTTCTCCAGTAGGAATCCTTTGGTGGGAGTCAGGTGCATG
GCTCAGGACGATCCTATCAAGGAAGAATCTCCTCTGCCCTCGACCTCGGCCACTCAACCA
CCACAGACGCCGTTGTATTCTCCTCCACCACTTAGCAAGCCTAAGGTGAGTACGAAGTTT
GGAGATCTGTTAGCGTTTAGCGGTCCAGCGCCCGAAAGAATAAACGGGAGACTAGCTATG
GTAGGGTTCGTAGCGGCCATTGCGGTGGAGCTTTCGAAGGGAGAGAACGTGTTTGCTCAA
ATCTCCGACGGTGGAGTCGGATGGTTTCTAGGAACAACGACGTTACTAACGTTGGCATCG
ATGGTTCCATTGTTCAAGGGAGTAAGGGCAGAGTCAAAGTCCAAAGGGTTTATGACGTCA
GATGCCGAGCTATGGAATGGTCGATTCGCCATGCTTGGCCTCGTGGCCTTGGCTTTCACT
GAGTACGTCAAGGGCGGGACTCTTGTCTAAGTCTTCTTTTTTTGCATTTCTTGTTTTGCC
CCTTGGCTATGTTTCAGGGGAGAAATTTGAGGATACTGTAATAAGTAAATCATAGTTTCC
TTTTTAATATGATTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E312TF U 1
AF RR3E312JQ C 116
BS 1 679 RR3E312TF
BS 680 736 RR3E312JQ

RD RR3E312TF 679 0 0
GGACTACTTCTCTTCCTACTCCGTCTTTCGCTTGTACAAACTTAATCAGAAATGGCAACG
GCGTCGTTTAGCATGCTGTCAGTGTTCGCCGCTCCTTCCGGTGGATTGGGCTCTCGCAAC
ATCATAAACACGAACCAAATCTTCTCCAGTAGGAATCCTTTGGTGGGAGTCAGGTGCATG
GCTCAGGACGATCCTATCAAGGAAGAATCTCCTCTGCCCTCGACCTCGGCCACTCAACCA
CCACAGACGCCGTTGTATTCTCCTCCACCACTTAGCAAGCCTAAGGTGAGTACGAAGTTT
GGAGATCTGTTAGCGTTTAGCGGTCCAGCGCCCGAAAGAATAAACGGGAGACTAGCTATG
GTAGGGTTCGTAGCGGCCATTGCGGTGGAGCTTTCGAAGGGAGAGAACGTGTTTGCTCAA
ATCTCCGACGGTGGAGTCGGATGGTTTCTAGGAACAACGACGTTACTAACGTTGGCATCG
ATGGTTCCATTGTTCAAGGGAGTAAGGGCAGAGTCAAAGTCCAAAGGGTTTATGACGTCA
GATGCCGAGCTATGGAATGGTCGATTCGCCATGCTTGGCCTCGTGGCCTTGGCTTTCACT
GAGTACGTCAAGGGCGGGACTCTTGTCTAAGTCTTCTTTTTTTGCATTTCTTGTTTTGCC
CCTTGGCTATGTTTCAGGG

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3E312JQ 621 0 0
GCAACATCATAAACACGAACCAAATCTTCTCCAGTAGGAATCCTTTGGTGGGAGTCAGGT
GCATGGCTCAGGACGATCCTATCAAGGAAGAATCTCCTCTGCCCTCGACCTCGGCCACTC
AACCACCACAGACGCCGTTGTATTCTCCTCCACCACTTAGCAAGCCTAAGGTGAGTACGA
AGTTTGGAGATCTGTTAGCGTTTAGCGGTCCAGCGCCCGAAAGAATAAACGGGAGACTAG
CTATGGTAGGGTTCGTAGCGGCCATTGCGGTGGAGCTTTCGAAGGGAGAGAACGTGTTTG
CTCAAATCTCCGACGGTGGAGTCGGATGGTTTCTAGGAACAACGACGTTACTAACGTTGG
CATCGATGGTTCCATTGTTCAAGGGAGTAAGGGCAGAGTCAAAGTCCAAAGGGTTTATGA
CGTCAGATGCCGAGCTATGGAATGGTCGATTCGCCATGCTTGGCCTCGTGGCCTTGGCTT
TCACTGAGTACGTCAAGGGCGGGACTCTTGTCTAAGTCTTCTTTTTTTGCATTTCTTGTT
TTGCCCCTTGGCTATGTTTCAGGGGAGAAATTTGAGGATACTGTAATAAGTAAATCATAG
TTTCCTTTTTAATATGATTCG

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

CO CL8451Contig1 773 2 4 U
GGACATCATTATCTCCACTCAATAATCCCTTCTTTCACCGGAAAACGAGTCACGACTCAC
GAGTCAACTCAACAAGTCACCAAGAATCATATTAACACGTACATATGGGTATATGCAGTT
CAAGCGAGTCGATACAAGTGGCGTCAGCAAAACTGATCTTGCAAGACGGGAAGATGATGG
AGTTTGCAAACCCCGTGAAAGTCGGATACGTGTTGCAGAAGTATCCCATGTGTTTTATCT
GTAACTCAGACGATATGGACTTCGACGACGCCGTTTCAGCTATCAGTGCCGATGAAGAGC
TTCAGCTAGGTCAGATATACTTCGCTCTTCCTCTTCGTTGGCTTCGTGAGCCACTTGGAG
CGGAGGAGATGGCTGCATTGGCCGTTAAAGCTAGCTCTGCTCTCATGAGAAGTGGTGGTG
GTGGTGGAGGAAGTTGTCGCCGGAAGTGTATTGATCCTATTGTTGTGTCTGGTAAATATA
GTCTTGGAGTTGGCTCCGGTGATGAAACGGTGGGATCTGGTGGGGTGAGGAGGAAAGGGA
GAAACACTGACGGTGGTGGTAGCAGTAGTAGTGGTCGGAGGAGGAAGTGTTACGCGGTGG
AGTTGAGTACGATAGAAGAGTGAAGGATAGTTTTGGAATTTGTGGATAGTTGTAATTATG
TTGGTAGTCATTTAATTAAGAAGCAATTTGCAAATTAGCAATGTTCGGAAAGTTCTCTTT
TGGGAATTTAGTAGTTAGACCATCATTAATATCAAGGATATCTTTTTACAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C966TF U 1
AF RR3C966JQ C 25
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BS 701 701 RR3C966JQ
BS 702 740 RR3C966TF
BS 741 773 RR3C966JQ

RD RR3C966TF 743 0 0
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CAAGCGAGTCGATACAAGTGGCGTCAGCAAAACTGATCTTGCAAGACGGGAAGATGATGG
AGTTTGCAAACCCCGTGAAAGTCGGATACGTGTTGCAGAAGTATCCCATGTGTTTTATCT
GTAACTCAGACGATATGGACTTCGACGACGCCGTTTCAGCTATCAGTGCCGATGAAGAGC
TTCAGCTAGGTCAGATATACTTCGCTCTTCCTCTTCGTTGGCTTCGTGAGCCACTTGGAG
CGGAGGAGATGGCTGCATTGGCCGTTAAAGCTAGCTCTGCTCTCATGAGAAGTGGTGGTG
GTGGTGGAGGAAGTTGTCGCCGGAAGTGTATTGATCCTATTGTTGTGTCTGGTAAATATA
GTCTTGGAGTTGGCTCCGGTGATGAAACGGTGGGATCTGGTGGGGTGAGGAGGAAAGGGA
GAAACACTGACGGTGGTGGTAGCAGTAGTAGTGGTCGGAGGAGGAAGTGTTACGCGGTGG
AGTTGAGTACGATAGAAGAGTGAAGGATAGTTTTGGAATTTGTGGATAGTTGTAATTATG
TTGGTAGTCATTTAATTAAGAAGCAATTTGCAAATTAGCA*TGTTCGGAAAGTTCTCTTT
TGGGAATTTAGTAGTTAGAC
ATC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3C966JQ 749 0 0
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AATCATATTAACACGTACATATGGGTATATGCAGTTCAAGCGAGTCGATACAAGTGGCGT
CAGCAAAACTGATCTTGCAAGACGGGAAGATGATGGAGTTTGCAAACCCCGTGAAAGTCG
GATACGTGTTGCAGAAGTATCCCATGTGTTTTATCTGTAACTCAGACGATATGGACTTCG
ACGACGCCGTTTCAGCTATCAGTGCCGATGAAGAGCTTCAGCTAGGTCAGATATACTTCG
CTCTTCCTCTTCGTTGGCTTCGTGAGCCACTTGGAGCGGAGGAGATGGCTGCATTGGCCG
TTAAAGCTAGCTCTGCTCTCATGAGAAGTGGTGGTGGTGGTGGAGGAAGTTGTCGCCGGA
AGTGTATTGATCCTATTGTTGTGTCTGGTAAATATAGTCTTGGAGTTGGCTCCGGTGATG
AAACGGTGGGATCTGGTGGGGTGAGGAGGAAAGGGAGAAACACTGACGGTGGTGGTAGCA
GTAGTAGTGGTCGGAGGAGGAAGTGTTACGCGGTGGAGTTGAGTACGATAGAAGAGTGAA
GGATAGTTTTGGAATTTGTGGATAGTTGTAATTATGTTGGTAGTCATTTAATTAAGAAGC
AATTTGCAAATTAGCAATGTTCGGAAAGTTCTCTTTTGGGAATTTAGTAGTTAGACCATC
ATTAATATCAAGGATATCTTTTTACAATT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL8452Contig1 1018 2 4 U
GGGAGAGGAGAAGCTACAGGTAACTTACACCACAAGCAAAAAAGCGATCTGGTCTCTCTC
TCTCTATACTCTGATATCGTCAATGGCGGAGGTGGAAGAGCTTAAGAATCTGTAGACAAA
TAAATGCAAACACAACAAGCGGAAGCCATGGGACGATGGCCCCTGCCTGGACCGTTGGGA
AATCGAGAAGTTCGATCCGTCATGGAATCCGAGTGGTATACTCGAAGTCGGCTCCTTCTC
CAGAGCGTATCCTCGACGCAGAGAGAAGCATCTTCTCAAGTGTTGGCCCAGAGTCAAATC
CGCTCTCGAGGAACACGGCGTCTCCTGCGAGCTCAACGTGGTTGGACGTTATATGAGTGT
TTCGAAGACCAAGATGACGAGAGATCCGGACATCATCGTCAAAGCTAGAGACTTGCTTAG
ACTTCTGGCGAGAAGTGTCCCTGCTCGTCAGGCACTTAAGATTCTGGAAGACGACATGGC
TTATGATATCATGAATATCCGCCGTATGGTGGTTGGATCAAAGGAGTATTTTCTAATAAG
AAGGAATCGTTTTTGGGGTCATAATAAGTCTTCTACCTTAAAGGCGCTAGAAACATCAAC
CAACTGTTTCATTCGGATGCAGGGTAACACTATTTCCGCAATGGGTTCTTTCGGAGGTCT
CAGACGACTGAGAAGTATTGTTGAAACATGCTTCTATTCTCATAATCGTCCTTTGGATGT
CTTGAGAGTGATGGATGCAGGGGATAGCTGCAATGGGCTTGAAGAGATGGATGCAGAGAT
GAGTCCTCCACCTATAAACTATGAATACATACGGAGGAGGTCTTTGCAAGTTCGAGGATC
TATGCTTCCTTGGTGTTCTCCAGTAGGTTTTAAGAGATTGAAGCATACTGGAGTTTAATC
ACTCTGTGGACAAATCAACCTTAACCTATCTTATCTATGTCTCTCATCCTGCTTTGTTTT
ATTTACGCCAACTTAATCTATGTATTTTCTTTATGGACTCGAACTGAATCAGTCTGGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A169TF U 1
AF RR3A169JQ C 241
BS 1 656 RR3A169TF
BS 657 657 RR3A169JQ
BS 658 809 RR3A169TF
BS 810 1018 RR3A169JQ

RD RR3A169TF 809 0 0
GGGAGAGGAGAAGCTACAGGTAACTTACACCACAAGCAAAAAAGCGATCTGGTCTCTCTC
TCTCTATACTCTGATATCGTCAATGGCGGAGGTGGAAGAGCTTAAGAATCTGTAGACAAA
TAAATGCAAACACAACAAGCGGAAGCCATGGGACGATGGCCCCTGCCTGGACCGTTGGGA
AATCGAGAAGTTCGATCCGTCATGGAATCCGAGTGGTATACTCGAAGTCGGCTCCTTCTC
CAGAGCGTATCCTCGACGCAGAGAGAAGCATCTTCTCAAGTGTTGGCCCAGAGTCAAATC
CGCTCTCGAGGAACACGGCGTCTCCTGCGAGCTCAACGTGGTTGGACGTTATATGAGTGT
TTCGAAGACCAAGATGACGAGAGATCCGGACATCATCGTCAAAGCTAGAGACTTGCTTAG
ACTTCTGGCGAGAAGTGTCCCTGCTCGTCAGGCACTTAAGATTCTGGAAGACGACATGGC
TTATGATATCATGAATATCCGCCGTATGGTGGTTGGATCAAAGGAGTATTTTCTAATAAG
AAGGAATCGTTTTTGGGGTCATAATAAGTCTTCTACCTTAAAGGCGCTAGAAACATCAAC
CAACTGTTTCATTCGGATGCAGGGTAACACTATTTCCGCAATGGGTTCTTTCGGAG*TCT
CAGACGACTGAGAAGTATTGTTGAAACATGCTTCTATTCTCATAATCGTCCTTTGGATGT
CTTGAGAGTGATGGATGCAGGGGATAGCTGCAATGGGCTTGAAGAGATGGATGCAGAGAT
GAGTCCTCCACCTATAAACTATGAATACA

QA 1 809 1 809
DS 

RD RR3A169JQ 778 0 0
CAGAGCGTATCCTCGACGCAGAGAGAAGCATCTTCTCAAGTGTTGGCCCAGAGTCAAATC
CGCTCTCGAGGAACACGGCGTCTCCTGCGAGCTCAACGTGGTTGGACGTTATATGAGTGT
TTCGAAGACCAAGATGACGAGAGATCCGGACATCATCGTCAAAGCTAGAGACTTGCTTAG
ACTTCTGGCGAGAAGTGTCCCTGCTCGTCAGGCACTTAAGATTCTGGAAGACGACATGGC
TTATGATATCATGAATATCCGCCGTATGGTGGTTGGATCAAAGGAGTATTTTCTAATAAG
AAGGAATCGTTTTTGGGGTCATAATAAGTCTTCTACCTTAAAGGCGCTAGAAACATCAAC
CAACTGTTTCATTCGGATGCAGGGTAACACTATTTCCGCAATGGGTTCTTTCGGAGGTCT
CAGACGACTGAGAAGTATTGTTGAAACATGCTTCTATTCTCATAATCGTCCTTTGGATGT
CTTGAGAGTGATGGATGCAGGGGATAGCTGCAATGGGCTTGAAGAGATGGATGCAGAGAT
GAGTCCTCCACCTATAAACTATGAATACATACGGAGGAGGTCTTTGCAAGTTCGAGGATC
TATGCTTCCTTGGTGTTCTCCAGTAGGTTTTAAGAGATTGAAGCATACTGGAGTTTAATC
ACTCTGTGGACAAATCAACCTTAACCTATCTTATCTATGTCTCTCATCCTGCTTTGTTTT
ATTTACGCCAACTTAATCTATGTATTTTCTTTATGGACTCGAACTGAATCAGTCTGGA

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL8453Contig1 782 2 4 U
GAGGTGTGGTGGGAGTCGCTGATCCGCTGAAGCGAGAAGCCAATGTTGTTGTGGAAGGTC
TACTTAGAATGGGTGTTCGACCTATAATGGTTACAGGTGATAACTGGAGAACAGCAAGAG
CAGTCGCCAAAGAGGTTGGTATTGAAGACGTGAGAGCGGAAGTAATGCCAGCAGGAAAAG
CTGAAGTGATCCGTTCACTGCAAAAAGACGGAAGCACGGTGGCGATGGTTGGAGATGGAA
TCAATGACTCTCCAGCTCTAGCCGCTGCTGACGTGGGAATGGCCATTGGTGCAGGGACTG
ATGTAGCAATAGAAGCAGCTGATTACGTTCTGATGAGAAACAACTTGGAAGATGTTATTA
CAGCCGTTGATCTCTCTCGCAAAACACTAACATGAATCAGGTTAAACTACGTTTTCGCCA
TGGCTTACAATGTAGTGTCGATACCGATAGCAGCAGGAGTGTTCTTCCCGATCCTGAGGG
TGCAGCTGCCGCCGTGGGCCGCAGGAGCGTGCATGGCGCTCTCATCGGTGAGTGTTGTTT
GCTCCTCTTTGCTTCTTAGAAGATACAAGAAGCCGAGACTTACCACTATTTTGGAGATTA
CCAAGGAGTAAAGCCTTTTTCTTTTTCTTTCTTAATTGGAGTGATTTACTTTTGTTTTGG
TTTGTTGTTTGTAATCGATCATGTAACGACACGATAAAAAAAATGGTCTTGAGAGATGTT
TCTTGTCTGTATGTAAGAGATTTTCTCGGCCTTTGTTGTAAAAAAATGGCGTCCTTTCTT
GT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 

AF RR3C302TF U 1
AF RR3C302JQ C 86
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BS 606 606 RR3C302JQ
BS 607 654 RR3C302TF
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CTGAAGTGATCCGTTCACTGCAAAAAGACGGAAGCACGGTGGCGATGGTTGGAGATGGAA
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CAGCCGTTGATCTCTCTCGCAAAACACTAACATGAATCAGGTTAAACTACGTTTTCGCCA
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DS 

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TCTTTCTTAATTGGAGTGATTTACTTTTGTTTTGGTTTGTTGTTTGTAATCGATCATGTA
ACGACACGATAAAAAAAATGGTCTTGAGAGATGTTTCTTGTCTGTATGTAAGAGATTTTC
TCGGCCTTTGTTGTAAAAAAATGGCGTCCTTTCTTGT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

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TCTATTCTTCTCCGTCTGCTCTTGTTGTTTTGCCTTTCGTATATGTATTGAAGATTTAAT
GGCTTCAAGTGCTTCAAAGTTCACAAAATGCGTGACTGTTGGAGATGGCGCCGTTGGCAA
AACCTGTATGCTCATCTGCTACACCAGCAACAAATTCCCTACCGACTACATACCAACAGT
TTTTGACAACTTTAGCGCAAACGTTGTAGTTGAAGGCACCACTGTTAATCTAGGACTATG
GGATACTGCTGGGCAAGAAGACTATAACAGATTGAGGCCTTTAAGTTACAGAGGAGCAGA
TGTTTTCGTCTTGTCTTTCTCATTGGTCAGCCGAGCTAGCTACGAGAACGTTTTCAAAAA
GTGGATCCCTGAGCTCCAACACTTTGCCCCAGGAGTTCCTTTGGTCCTTGTTGGTACCAA
ATTAGATCTCCGCGAAGATAAGCATTATTTGGCTGACCATCCTGGACTATCCCCTGTAAC
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BQ
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AF RR3D326TF U 1
AF RR3FL16TF U 126
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TGGTGTTTGTTGTCTTTCTACTCCTCGTCTAAAGTAAATCACTTCATTTAATCTCTCTAC
TCTATTCTTCTCCGTCTGCTCTTGTTGTTTTGCCTTTCGTATATGTATTGAAGATTTAAT
GGCTTCAAGTGCTTCAAAGTTCATAAAATGCGTGACTGTTGGAGATGGCGCCGTTGGCAA
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TTTTGACAACTTTAGCGCAAACGTTGTAGTTGAAGGCACCACTGTTAATCTAGGACTATG
GGATACTGCTGGGCAAGAAGACTATAACAGATTGAGGCCTTTAAGTTACAGAGGAGCAGA
TGTTTTCGTCTTGTCTTTCTCATTGGTCAGCCGAGCTAGCTACGAGAACGTTTTCAAAAA
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ATTAGATCTCCGCGAAGATAAGCATTATTTGGCTGACCATCCTGGACTATCCCCTGTAAC
CACTGCACAGGGAGAGGAACTGCGTAAGCTAATTGGTGCAACATATTACATTGAATGTAG
CTCAAAA*CTCAACAGAACGTGAAAGCAGTTTTTGATTCTGTAATCAAGGA
GT

QA 1 711 1 711
DS 

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G
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AAGTGCTTCAAAGTTCACAAAATGCGTGACTGTTGGAGATGGCGCCGTTGGCAAAACCTG
TATGCTCATCTGCTACACCAGCAACAAATTCCCTACCGACTACATACCAACAGTTTTTGA
CAACTTTAGCGCAAACGTTGTAGTTGAAGGCACCACTGTTAATCTAGGACTATGGGATAC
TGCTGGGCAAGAAGACTATAACAGATTGAGGCCTTTAAGTTACAGAGGAGCAGATGTTTT
CGTCTTGTCTTTCTCATTGGTCAGCCGAGCTAGCTACGAGAACGTTTTCAAAAAGTGGAT
CCCTGAGCTCCAACACTTTGCCCCAGGAGTTCCTTTGGTCCTTGTTGGTACCAAATTAGA
TCTCCGCGAAGATAAGCATTATTTGGCTGACCATCCTGGACTATCCCCTGTAACCACTGC
ACAGGGAGAGGAACTGCGTAAGCTAATTGGTGCAACATATTACATTGAATGTGGCTCAAA
AACTCAACAGAACGTGAAAGCAGTTTTTGATTCTGCAATCAAGGAAGTGATCAAACCTGT
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QA 2 641 2 641
DS 



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CAAAGAGAACACGTGGAGCGTGGATAACGAGATGGCTGAGAACGAGAAGCGTAAGAGGAA
GCCAAAGGGGAGGAAGAGAGGGAAGAGATTAGGCGGAGAACGTTTGCGAGCAGTGTGAGT
GGGATATGGAAAGGCGTGGGAGCTGTGTTCTCTCCCATAACAGCAGAGATGGAGCCTCTT
GAGATGGGTAAGAAGAACGAGAGTCTTTACGATTGCTACACTCTCTCACGGATCGAAGCC
TTGCCATCTGGAGAGTCTTCATCTGAGACTGAGATACAGAGGAAGATCAATTGGGTTACT
CTGAATCCTCACGGAGAGTTTTTCCAGAACGATGAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3D604TF U 1
AF RR3E660TF U 1
BS 1 576 RR3D604TF

RD RR3D604TF 576 0 0
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CTGAATCCTCACGGAGAGTTTTTCCAGAACGATGAG

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3E660TF 564 0 0
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TCTCTGCAAAAGCTTCACTTCTTCTTCTCCACTTCCATGTGGAAACAACAATCTAGGCTT
CGAGATTCCCAATTCGCGGAGACTGAACGGAAACAATGGGGGAAAGATCTTCGCGCAGAA
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CAAAGAGAACACGTGGAGCGTGGATAACGAGATGGCTGAGAACGAGAAGCGTAAGAGGAA
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GGGATATGGAAAGGCGTGGGAGCTGTGTTCTCTCCCATAACAGCAGAGATGGAGCCTCTT
GAGATGGGTAAGAAGAACGAGAGTCTTTACGATTGCTACACTCTCTCACGGATCGAAGCC
TTGCCATCTGGAGAGTCTTCATCTGAGACTGAGATACAGAGGAAGATCAATTGGGTTACT
CTGAATCCTCACGGAGAGTTTTTC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL8456Contig1 817 2 2 U
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GTGCCTTGGAGCTATCTGTGGTGCTGGTGTGGTCAAGGGTTTTCAGCCAGGGCCATATCA
GTCTAATGGAGGTGGAGCCAACATGGTGGCTCATGGATACACAAAGGGTTCAGGTCTTGG
TGCAGAGATTATTGGCACTTTTGTTCTTGTCTATACTGTCTTCTCAGCTACTGATGCTAA
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CTTCTTGGTGCACTTGGCCACTATTCCAATCACTGGAACTGGTATTAACCCGGCCAGGAG
TCTTGGAGCTGCCATCATGTACAGCAAGAATCATGCTTGGGACGACCATTGGATCTTCTG
GGTCGGTCCATTCATTGGTGCTGCTCTTGCTGCTCTGTACCATCAGATAGTCATCAGAGC
TATTCCTTTCAAGTCCAAGACATAAAGCTTCCAGCATATTCTTTGATAATCATCAAGCTA
CAATTAATATGTATCGATCTTTTATTCCATGTGCATTCCTCTAAATAATCTCTATATATC
TTCAGTGGCAGATTCTATCTTAATGTGCCACTGGAGTTCGATCTTGTAGCATTGTATATG
TGTAATTTATTATGTGCCAATGGAATTGTATCTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EJ45TF U 1
AF RR3EJ45JQ C 128
BS 1 680 RR3EJ45TF
BS 681 817 RR3EJ45JQ

RD RR3EJ45TF 680 0 0
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GTGCCTTGGAGCTATCTGTGGTGCTGGTGTGGTCAAGGGTTTTCAGCCAGGGCCATATCA
GTCTAATGGAGGTGGAGCCAACATGGTGGCTCATGGATACACAAAGGGTTCAGGTCTTGG
TGCAGAGATTATTGGCACTTTTGTTCTTGTCTATACTGTCTTCTCAGCTACTGATGCTAA
GAGAAGTGCCAGAGACTCGCATGTCCCTATATTGGCTCCGCTTCCAATTGGGTTTGCTGT
CTTCTTGGTGCACTTGGCCACTATTCCAATCACTGGAACTGGTATTAACCCGGCCAGGAG
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GGTCGGTCCATTCATTGGTGCTGCTCTTGCTGCTCTGTACCATCAGATAGTCATCAGAGC
TATTCCTTTCAAGTCCAAGACATAAAGCTTCCAGCATATTCTTTGATAATCATCAAGCTA
CAATTAATATGTATCGATCT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3EJ45JQ 690 0 0
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GCCAGAGACTCGCATGTCCCTATATTGGCTCCGCTTCCAATTGGGTTTGCTGTCTTCTTG
GTGCACTTGGCCACTATTCCAATCACTGGAACTGGTATTAACCCGGCCAGGAGTCTTGGA
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CCATTCATTGGTGCTGCTCTTGCTGCTCTGTACCATCAGATAGTCATCAGAGCTATTCCT
TTCAAGTCCAAGACATAAAGCTTCCAGCATATTCTTTGATAATCATCAAGCTACAATTAA
TATGTATCGATCTTTTATTCCATGTGCATTCCTCTAAATAATCTCTATATATCTTCAGTG
GCAGATTCTATCTTAATGTGCCACTGGAGTTCGATCTTGTAGCATTGTATATGTGTAATT
TATTATGTGCCAATGGAATTGTATCTTGCC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL8457Contig1 564 2 1 U
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ATTGTAAGCTAAGAACTGTGTTATAGCTTAGCTGTCTGTTTGTACACTATATAAACAAAA
CCATCATCAGATTTGCTTGGATCCTTTGAACAATCTCATAAATTGGAACTTTCTCAAAGC
TTTTCTTAAGTTATTCGTTCTACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AF60JQ C 1
AF RR3AF60TF U 1
BS 1 564 RR3AF60TF

RD RR3AF60JQ 564 0 0
GGGGTTAGGAAATCGGGTTGAAGATCCGGAGGATGAGGAGGATCATACTTCTCAGGAAGC
GTGGGACGAGATGGATCCTGATGAGCTTTCATATGAGGAGTTACTTGCACTTGGCGATAT
TGTAGGAACCGAGAGTAGAGGGTTGTCTGCTGATATGATTGCATCTTTGCCTTCAAAAAG
ATATAAAGATGGAGACAATCAGAACGGAACCAATGAATCGTGTGTTATATGTCGTTTAGA
CTATGAGGATGACGATAACTTGATACTGCTTCCATGCAAACATTCTTACCATTCGGAGTG
CATAAATAACTGGTTGAAGATAAACAAGATTTGCCCGGTATGCAGCGCAGAAGTTTCAAC
TTCCACAGCTGGACAAGAAAGCTAATGAGAGGAAACGAAAAGGTTTCCAGGAGAGAAAAA
ATTGTAAGCTAAGAACTGTGTTATAGCTTAGCTGTCTGTTTGTACACTATATAAACAAAA
CCATCATCAGATTTGCTTGGATCCTTTGAACAATCTCATAAATTGGAACTTTCTCAAAGC
TTTTCTTAAGTTATTCGTTCTACT

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3AF60TF 564 0 0
GGGGTTAGGAAATCGGGTTGAAGATCCGGAGGATGAGGAGGATCATACTTCTCAGGAAGC
GTGGGACGAGATGGATCCTGATGAGCTTTCATATGAGGAGTTACTTGCACTTGGCGATAT
TGTAGGAACCGAGAGTAGAGGGTTGTCTGCTGATATGATTGCATCTTTGCCTTCAAAAAG
ATATAAAGATGGAGACAATCAGAACGGAACCAATGAATCGTGTGTTATATGTCGTTTAGA
CTATGAGGATGACGATAACTTGATACTGCTTCCATGCAAACATTCTTACCATTCGGAGTG
CATAAATAACTGGTTGAAGATAAACAAGATTTGCCCGGTATGCAGCGCAGAAGTTTCAAC
TTCCACAGCTGGACAAGAAAGCTAATGAGAGGAAACGAAAAGGTTTCCAGGAGAGAAAAA
ATTGTAAGCTAAGAACTGTGTTATAGCTTAGCTGTCTGTTTGTACACTATATAAACAAAA
CCATCATCAGATTTGCTTGGATCCTTTGAACAATCTCATAAATTGGAACTTTCTCAAAGC
TTTTCTTAAGTTATTCGTTCTACT

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL8458Contig1 966 2 2 U
GGACAATCCGGCGACCAAGGAGAATCTTTGCGCGTGCGGAGAAGAAGAACGCCGAGAAAT
CGAATCTCGCGACTTTTCGAAGCTTAATCCCTCATAAAGCACTTGACTTTACTGCTGCTT
GTGTGTGGTGTGGGCTTAGGATGGATCTGGAAACTGAAAACCGAATAGCTTCGGTTCTGT
TAAGAGAAGCAGCAGAGTTGAGGAGACAAGCTGAAAAAGATGGTGTCCGAGCTTATCTTG
AGAAGCCTAACGTAAGGCATCGACCTAACTCAAGGTTTCTCACAGCAACTGTCCTCGGTG
TTCAGCAATCTAACAGAGCGGTAGAGACCAATGAGATGTGGAAGGCTCGGGAGAAAGAGA
TTGAGCTAGAAAACGAGAGACTCAAAAAAAAATCAAGAGAGGAAAGTAGCAGCAGTAGCC
AAATGAAGAAGCGGAGTGGTAGTTTCTCGAGAAGGAGTTTGGATAAGAGATGTAGTAGTT
CCAGTGATGAGAAAAAGGTCACTCATCCATCATCGTCAGACAAGAGATTGTACTTGGATG
ATGATGATGAAGAAGGTTTAGGAGATGATGAGATTGAGTCTTTTCTCCAATCACGGAACA
AACGTGGCAGAGGCTCTATCGGTCCTAGGATGGATGAAACTGGCCCTTATCTTCCCGCCG
GGAAGGTTGATAAGTTGCAAAGTTGTGATACAGGGGAAAGGAAGGTAGTCTTGGGTCCAG
AGAGACCACCTTCACTGAGACAACATTCAGATGATAAGGAGCCTGGTCGGAGAAAGTGTA
TGGACTCAACGAAGAAGCTTAGTAAGAAAGACGAGAAAACAGAGAAGAAGAGAAAACGTG
ACAAACACTAGACGTTTCTTTTAGTAGAAGTTGGTGTTGACACTTCTTGCTGCTTTAGTT
CCGAACAATTTGTAGATTATATACGATTTGGAGATTATACAGTTTGTAACTCCATCTTCT
CAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3B611TF U 1
AF RR3B611JQ C 193
BS 1 757 RR3B611TF
BS 758 966 RR3B611JQ

RD RR3B611TF 765 0 0
GGACAATCCGGCGACCAAGGAGAATCTTTGCGCGTGCGGAGAAGAAGAACGCCGAGAAAT
CGAATCTCGCGACTTTTCGAAGCTTAATCCCTCATAAAGCACTTGACTTTACTGCTGCTT
GTGTGTGGTGTGGGCTTAGGATGGATCTGGAAACTGAAAACCGAATAGCTTCGGTTCTGT
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AGAAGCCTAACGTAAGGCATCGACCTAACTCAAGGTTTCTCACAGCAACTGTCCTCGGTG
TTCAGCAATCTAACAGAGCGGTAGAGACCAATGAGATGTGGAAGGCTCGGGAGAAAGAGA
TTGAGCTAGAAAACGAGAGACTCAAAAAAAAATCAAGAGAGGAAAGTAGCAGCAGTAGCC
AAATGAAGAAGCGGAGTGGTAGTTTCTCGAGAAGGAGTTTGGATAAGAGATGTAGTAGTT
CCAGTGATGAGAAAAAGGTCACTCATCCATCATCGTCAGACAAGAGATTGTACTTGGATG
ATGATGATGAAGAAGGTTTAGGAGATGATGAGATTGAGTCTTTTCTCCAATCACGGAACA
AACGTGGCAGAGGCTCTATCGGTCCTAGGATGGATGAAACTGGCCCTTATCTTCCCGCCG
GGAAGGTTGATAAGTTGCAAAGTTGTGATACAGGGGAAAGGAAGGTAGTCTTGGGTCCAG
AGAGACCACCTTCACTGAGACAACATTCAGATGATAA
AGGAGCCT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3B611JQ 774 0 0
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TAAGGCATCGACCTAACTCAAGGTTTCTCACAGCAACTGTCCTCGGTGTTCAGCAATCTA
ACAGAGCGGTAGAGACCAATGAGATGTGGAAGGCTCGGGAGAAAGAGATTGAGCTAGAAA
ACGAGAGACTCAAAAAAAAATCAAGAGAGGAAAGTAGCAGCAGTAGCCAAATGAAGAAGC
GGAGTGGTAGTTTCTCGAGAAGGAGTTTGGATAAGAGATGTAGTAGTTCCAGTGATGAGA
AAAAGGTCACTCATCCATCATCGTCAGACAAGAGATTGTACTTGGATGATGATGATGAAG
AAGGTTTAGGAGATGATGAGATTGAGTCTTTTCTCCAATCACGGAACAAACGTGGCAGAG
GCTCTATCGGTCCTAGGATGGATGAAACTGGCCCTTATCTTCCCGCCGGGAAGGTTGATA
AGTTGCAAAGTTGTGATACAGGGGAAAGGAAGGTAGTCTTGGGTCCAGAGAGACCCCCTT
CACTGAGACAACATTCAGATGATAAGGAGCCTGGTCGGAGAAAGTGTATGGACTCAACGA
AGAAGCTTAGTAAGAAAGACGAGAAAACAGAGAAGAAGAGAAAACGTGACAAACACTAGA
CGTTTCTTTTAGTAGAAGTTGGTGTTGACACTTCTTGCTGCTTTAGTTCCGAACAATTTG
TAGATTATATACGATTTGGAGATTATACAGTTTGTAACTCCATCTTCTCAGTTT

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL8459Contig1 666 2 2 U
GGGAGGCAGATGCTGCGGCTAAGGCTGCACTATCTTGTCTCTCTAACTCTGTTTAGTTTG
AGTATTTGAAGTAATGAAGGTTTGTTCAAAAAAAAAAAGATTATTCGATTGTTATGAGAG
CATATATTGTCATTTGGTTATTCACTTGAAACTTGTCCGGATTTATTTCCTGAAGCAGGG
AAAGGAACCTATGGGAACCGAACCATCCACAAAGATTCAAGATGATTTTACTGATAGCTT
CAAACAGTGGGTAGCATACGGAGAAGCACTCTGCCATTGAAGCTCTTTCAACTTTCCATT
TCCAGCAAGAACCATACTTCGCCTTCAGCATACTATAATGGTTTATGGACATTTGAGTAT
ATTACGGTGCAAACATGGAGAAGGTGGACTGGTAGAGAGATTCTCAGTACCACATATTTG
AAACTTCGCGGTGATGACCAAACGGTCAAATGAGGTATTATACATTATAAAGAGGAGCAA
ATAAAAAAATAGCTGAGAGGTTTGAGTTTAGGGGAATTATCATCTTTGTGGAGAGAAACT
TATGATAATCTGAGACTTTTGTTAGAATATTTTATTGGTTCTTGTTTGTAGTCTACTGTA
AATATATGTTTGGTTTATTGATCCATCATGTAACTTCTTTTCCATTGGTAAAAAGTCATT
TTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 

AF RR3EE27TF U 1
AF RR3EE27JQ C 78
BS 1 661 RR3EE27TF
BS 662 666 RR3EE27JQ

RD RR3EE27TF 666 0 0
GGGAGGCAGATGCTGCGGCTAAGGCTGCACTATCTTGTCTCTCTAACTCTGTTTAGTTTG
AGTATTTGAAGTAATGAAGGTTTGTTCAAAAAAAAAAAGATTATTCGATTGTTATGAGAG
CATATATTGTCATTTGGTTATTCACTTGAAACTTGTCCGGATTTATTTCCTGAAGCAGGG
AAAGGAACCTATGGGAACCGAACCATCCACAAAGATTCAAGATGATTTTACTGATAGCTT
CAAACAGTGGGTAGCATACGGAGAAGCACTCTGCCATTGAAGCTCTTTCAACTTTCCATT
TCCAGCAAGAACCATACTTCGCCTTCAGCATACTATAATGGTTTATGGACATTTGAGTAT
ATTACGGTGCAAACATGGAGAAGGTGGACTGGTAGAGAGATTCTCAGTACCACATATTTG
AAACTTCGCGGTGATGACCAAACGGTCAAATGAGGTATTATACATTATAAAGAGGAGCAA
ATAAAAAAATAGCTGAGAGGTTTGAGTTTAGGGGAATTATCATCTTTGTGGAGAGAAACT
TATGATAATCTGAGACTTTTGTTAGAATATTTTATTGGTTCTTGTTTGTAGTCTACTGTA
AATATATGTTTGGTTTATTGATCCATCATGTAACTTCTTTTCCATTGGTAAAAAGTCATT
T
CTTCT

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3EE27JQ 589 0 0
AGGTTTGTTCAAAAAAAAAAAGATTATTCGATTGTTATGAGAGCATATATTGTCATTTGG
TTATTCACTTGAAACTTGTCCGGATTTATTTCCTGAAGCAGGGAAAGGAACCTATGGGAA
CCGAACCATCCACAAAGATTCAAGATGATTTTACTGATAGCTTCAAACAGTGGGTAGCAT
ACGGAGAAGCACTCTGCCATTGAAGCTCTTTCAACTTTCCATTTCCAGCAAGAACCATAC
TTCGCCTTCAGCATACTATAATGGTTTATGGACATTTGAGTATATTACGGTGCAAACATG
GAGAAGGTGGACTGGTAGAGAGATTTTCAGTACCACATATTTGAAACTTCGCGGTGATGA
CCAAACGGTCAAATGAGGTATTATACATTATAAAGAGGAGCAAATAAAAAAATAGCTGAG
AGGTTTGAGTTTAGGGGAATTATCATCTTTGTGGAGAGAAACTTATGATAATTTGAGACT
TTTGTTAGAATATTTTATTGGTTTTTGTTTGTAGTTTACTGTAAATATATGTTTGGTTTA
TTGATCCATCATGTAACTTTTTTTCCATTGGTAAAAAGTCATTTTTTTT

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 2

CO CL8460Contig1 812 2 14 U
GCTTGCGCTCATGCTTCCCATAACGACAGGTTGCCGCTCAGAGTTGTTCTTCAAGTCCTA
TTCTTCGAACAAATGCATCTCAGAACCGCACTTGCAGGGGGCACAAACACCGGAACAGCT
CGCATTCCAGGACAAGAAATAGTTGAGAGAGATGGGTGGGTGACGGTGGTGCGCCAAAAC
CAGGTTTTAAAAGTTGATATGCAGAAAATGAGGTCAAGGGTTGGAGAGCTGGAAGAGGAG
TTTCAGAATATGAAGCAGGAAATGAAGAAGAAGAGAGTGAGCTCGCCTCGTCTGGTCAAG
ATGGGCTGCAAGTTTCTTCTTCCACGACCCTCTGATGCCAAGAATGATACAGTCCATGGA
TCTGTGTCCAGCACTCCCAGATCTGCTGCTGAACACTCACTGCCTCGCTCTTCCCGCCAT
TCCAAACACCGGAAAAGCTTCTCATTTTTCGGATGAATCTCCCTCCCAAGCGGAGCAGAA
GCTGTGTCATTTGGAACTGGATCTCTTTCCGTTAAGCAAAGCCTTCTGATCCTCTATTAC
TCTTCGGTTTAAGAGTATTTACTGCGGTTTTCTCTCAAGGTAAAAGTTTTGAATACTCTT
GATAGTGTTCTCGGACAAGTCATGCCTTTGTGATCTTGGTGGTGGTTTTTGGGAAATGGG
GTATACTGTAAAAGTAAATAACTAGAGTTAGGATCTATAGAGAAAAGAGGGTATAATTCT
TGTCTGATTTGATATGATTCTGTTTGAATCTTCGTAGATGTGTTGGTGTGTCAACCTGTG
TGTAACACTTTCTTCTGTATCTACCTACAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H009TF U 1
AF RR3H009JQ C 68
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BS 785 785 RR3H009JQ
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BS 795 809 RR3H009TF
BS 810 812 RR3H009JQ

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DS 

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GCAAGTTTCTTCTTCCACGACCCTCTGATGCCAAGAATGATACAGTCCATGGATCTGTGT
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ACCGGAAAAGCTTCTCATTTTTCGGATGAATCTCCCTCCCAAGCGGAGCAGAAGCTGTGT
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CTTTCTTCTGTATCTACCTACAACC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CF96TF U 1
AF RR3D533TF U 1
BS 1 229 RR3CF96TF
BS 230 230 RR3D533TF
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TCAAGATAGACAACTTCTCGTTATTCAAAAAATACAAAATCGAGAAGGTCTATTCCTCAG
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CCAACCACAAAGTCACTTGGATGATGACCAGGTTCTCGTCTTTCGATCCTGAGAAGGTTC
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DS 



AS 1 2

CO CL8462Contig1 830 2 5 U
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BQ
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AF RR3CL25TF U 41
AF RR3CL25JQ C 1
BS 1 40 RR3CL25JQ
BS 41 145 RR3CL25TF
BS 146 146 RR3CL25JQ
BS 147 157 RR3CL25TF
BS 158 830 RR3CL25JQ

RD RR3CL25TF 117 0 0
GAAAGAATCGTCGGAAATGTCTACGTTCAGTGGTGATGAAACCGCTCCTTTCTTCGGCTT
CCTTGGCGCTGCCGCAGCCCTCGTCTTCTCCTGCATGGGAGCTGCTTACGGGACAGC

QA 1 117 1 117
DS 

RD RR3CL25JQ 830 0 0
GGAGAAAGATCAGATTCAAACGGCGTCTACCTAAGATCCAGAAAGAATCGTCGGAAATGT
CTACGTTCAGTGGTGATGAAACCGCTCCTTTCTTCGGCTTCCTTGGCGCTGCCGCAGCCC
TCGTCTTCTCCTGCATGGGAGCTGCATACGGGACAGCCAAGAGTGGTGTGGGAGTGGCAT
CGATGGGTGTGATTAGGCCAGAGTTGGTGATGAAGTCTATCGTCCCTGTTGTCATGGCTG
GTGTCTTGGGTATCTACGGTTTGATTATTGCTGTTATCATCAGTACCGGTATCAACCCCA
AGGCCAAATCTTACTACCTCTTCGACGGATATGCGCATCTCTCTTCTGGTCTCGCTTGTG
GTCTTGCTGGTCTTTCTGCTGGAATGGCCATTGGTATTGTTGGCGATGCTGGTGTCAGGG
CCAATGCTCAGCAGCCGAAGCTTTTCGTTGGTATGATTCTTATCCTCATTTTCGCTGAAG
CTCTGGCTCTATACGGTCTCATCGTTGGGATCATCTTGTCTTCCCGAGCTGGTCAGTCCA
GAGCCGAATGAGGAAGATAATGCTGCTTCTTCTTGGATTCTTTCTTTTGCTTTCCACCGG
GATGTTCTTATATTATTTATCAGGTTAGCAGGCACAACAGTGGTTTTGCTACGTGTAGAC
AAAAACCACACCTCATCAAACTGTTGTTCGTTTTTCACTCTTATGTTATGTTTTTGTAAT
ATTCGACCGTGACGGATTCCTCTGTTCCCAGTAAGATGTAACTGTGAGAGATACTCTCCA
CTATTTATGTTCTTATCACTCCAATAAATCACAGAAAACTCGATTTAATC

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 2

CO CL8463Contig1 852 2 2 U
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CCCGATATTATTCTCTTCAAGGCTCTGCTATCACTTTGTTCTGATGAGCTAGTATCAGCA
AGAACTGCAATTGAACTATGCATCAACCAAATGAAGAACGTATTGAACTCCAAGAAGTTA
TCAGAGGCTGCATCTGTTGAAACAATTGGCCGAGCATATCATGCAACGGAGGCATTTGTG
CAGGGTTTAACTTATGCGAAATCATTGCTGAGAAAGCTTCTAGGTGCCTCTGAATTTACC
AACAACAACGGTGATAGAAGTAGAGATCTTGATGATATATCTTCTGATACTGGCAGCTCC
AGTGTTGGCAGTCAATCAACGGACGAACCATCCGAAGTTCTCTCACTTGCAGAAATTTGG
CTGGGGCGTGCTGAGTTGCTCCAAAGTCTCCTAGGGTCTGGAATTTCTGCTTCTCTTGAT
GACATTGCTGATAAATTGTCATCCGAATCTCTACGAGACCGATTAGTATCTGATGAACGG
TATAGTATGGCCGTTTATATGTGCAAGAAATGCAAGATCGATGTTTTTCCTGTGTGGAAA
GCATGGGGTCTTGCTTTGTTGCGGATGGAGCGCTATGCCCAAGCTCGAGTCAAATTCAAG
CAAGCCTTTCAATTAAAGGGGGAAGACATTCCTGATGTCATTCAGGAGATAATAAATACA
ATAGAGGGAGGACCGCCTGTGGACGTGTCAACTGTTCGTTCCATGTAAGTGTCTATGTTT
AGCTAAATCTGTTCCTGTATGGAGGATATTCTAGAGTTGTTTTATTGTTAAATATCTTGC
TAATCAAACTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH18TF U 1
AF RR3GH18JQ C 104
BS 1 671 RR3GH18TF
BS 672 852 RR3GH18JQ

RD RR3GH18TF 673 0 0
TTAACTGGCGAAACAACCAAAGATGAAGCTGTACGTGCATCTCACAAATATGAAAGCACC
CCCGATATTATTCTCTTCAAGGCTCTGCTATCACTTTGTTCTGATGAGCTAGTATCAGCA
AGAACTGCAATTGAACTATGCATCAACCAAATGAAGAACGTATTGAACTCCAAGAAGTTA
TCAGAGGCTGCATCTGTTGAAACAATTGGCCGAGCATATCATGCAACGGAGGCATTTGTG
CAGGGTTTAACTTATGCGAAATCATTGCTGAGAAAGCTTCTAGGTGCCTCTGAATTTACC
AACAACAACGGTGATAGAAGTAGAGATCTTGATGATATATCTTCTGATACTGGCAGCTCC
AGTGTTGGCAGTCAATCAACGGACGAACCATCCGAAGTTCTCTCACTTGCAGAAATTTGG
CTGGGGCGTGCTGAGTTGCTCCAAAGTCTCCTAGGGTCTGGAATTTCTGCTTCTCTTGAT
GACATTGCTGATAAATTGTCATCCGAATCTCTACGAGACCGATTAGTATCTGATGAACGG
TATAGTATGGCCGTTTATATGTGCAAGAAATGCAAGATCGATGTTTTTCCTGTGTGGAAA
GCATGGGGTCTTGCTTTGTTGCGGATGGAGCGCTATGCCCAAGCTCGAGTCAAATTCAAG
CAAGCCTTTCA
TT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3GH18JQ 749 0 0
ATGAGCTAGTATCAGCAAGAACTGCAATTGAACTATGCATCAACCAAATGAAGAACGTAT
TGAACTCCAAGAAGTTATCAGAGGCTGCATCTGTTGAAACAATTGGCCGAGCATATCATG
CAACGGAGGCATTTGTGCAGGGTTTAACTTATGCGAAATCATTGCTGAGAAAGCTTCTAG
GTGCCTCTGAATTTACCAACAACAACGGTGATAGAAGTAGAGATCTTGATGATATATCTT
CTGATACTGGCAGCTCCAGTGTTGGCAGTCAATCAACGGACGAACCATCCGAAGTTCTCT
CACTTGCAGAAATTTGGCTGGGGCGTGCTGAGTTGCTCCAAAGTCTCCTAGGGTCTGGAA
TTTCTGCTTCTCTTGATGACATTGCTGATAAATTGTCATCCGAATCTCTACGAGACCGAT
TAGTATTTGATGAACGGTATAGTATGGCCGTTTATATGTGCAAGAAATGCAAGATCGATG
TTTTTCCTGTGTGGAAAGCATGGGGTCTTGCTTTGTTGCGGATGGAGCGCTATGCCCAAG
CTCGAGTCAAATTCAAGCAAGCCTTTCAATTAAAGGGGGAAGACATTCCTGATGTCATTC
AGGAGATAATAAATACAATAGAGGGAGGACCGCCTGTGGACGTGTCAACTGTTCGTTCCA
TGTAAGTGTCTATGTTTAGCTAAATCTGTTCCTGTATGGAGGATATTCTAGAGTTGTTTT
ATTGTTAAATATCTTGCTAATCAAACTTA

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL8464Contig1 564 2 1 U
GGGAGAGACGACAGCCAGAGACAGAGAGAGAGATGAGGCTGATAACGCACAACATACTTT
CCTGCAACATCAAAGGAGTCACAAACGGCTTTCCCCTGAAGATCGAAGCTGAGAAAGTGA
TCGAGAAGGAAGTCGACTTCAACCCCGATTTTCTGAGGCACATGTTCGCCAAGATCGAGT
GGAAGGCTCTTGCAGAAGCTGCTCGTTCCATGGGATACGCTGAGCTACCGGAGGATTCTC
CAGACGCGACGGTGATTGAATCCGCCGACGAGACCTTCCTCAGGAAACTCCACCACGCGT
TGCTCGAGCTTCACTTGGAGGAAGGCGCGCTTGTCTGCCCCGAGACTGGTCGGAAGTTTC
CAGTCAACAAGGGTATTCCCAACATGCTTCTCCACGAAGACGAGGTTTAATTGAATTTGA
GTCATCTTTCGATTACAATGTTTTTGTTAGGGTTTTGTCAGAATTTGATGGTGATGATAT
GCCTTCTTTTGAATTGAGTAAACCGATTGGATGTTTTAATATTCCGAGTCTCTGTTAAAC
CGGTTTAATTAGATTTGATTCCCG


BQ
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AF RR3GN14JQ C 1
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QA 1 564 1 564
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RD RR3GN14TF 564 0 0
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CGGTTTAATTAGATTTGATTCCCG

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AM20JQ C 1
AF RR3AM20TF U 1
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DS 

RD RR3AM20TF 529 0 0
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QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 2

CO CL8466Contig1 727 2 1 U
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TTATGTG


BQ
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AF RR3B211JQ C 1
AF RR3B211TF U 1
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QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3B211TF 727 0 0
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GCCATATTCCAAGAAGTCGGGAGCAAGATGTTGAGCCAGCTCTCAGATGGACTGTGGGGG
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GGATCAGTAGAAGAAAACAAAGGAGAAGCAGCATGTAGTAGCACTAACAACAATAACTGT
GATGATGATGAAGAAGATCCTGAACTCCCTCCTGGTTTTGGCTAAACGTGTAATTAGTAT
TTCTTTTCTGCTAAATTTAGATGATTTTATTCGTGTAAGAAAGATAAATAGCACCAAACT
CAAATCTTGTAAGAACAACCAAATTATTCTGTTATTTAAAAATAAATAAAGCCAGCGACT
TTATGTG

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL8467Contig1 939 2 4 U
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GATATCAGAGTAAAAGTTCTGATGATTTTTTTACAGGGT


BQ
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AF RR3G525TF U 1
AF RR3G525JQ C 343
BS 1 682 RR3G525TF
BS 683 683 RR3G525JQ
BS 684 723 RR3G525TF
BS 724 939 RR3G525JQ

RD RR3G525TF 728 0 0
GGGTCTCTCTACCATATTTAACAAAAACATAAACATAATTCCTCGAGAAAGTTTCTCCAC
TTTTTATAAAGTTTTTAAAAAAAAAAATCTATCTAAAAGTCGACGCCGGTGAATGGGTTC
GTCTTCGTCGTCGCTTAACAAGTCCCCGCTTAGAACAGACAATATGGTAACACCAGAGTC
TCCCACGAAACATATTAGTTCAGTGCGGAAAAACGAAGCCGTCGTCTCGATCGTAGCCAA
TTCGTCTCCTTCCACCAAGAAAACCTTCGAATCGCCTAGAAAGAGTACAACATCGATTCC
TCCGGTGGCTTCTCCGGCCGTCAAATCTCGGTGGTCGTTTTCTTCTTCTAAGAAAAGCTT
CGGAAGTAAAGATGAAACTTTCTTTGATACGCAGCAGCAGTGGCTACAATCTGACTCGGA
CGATGATTTCCACAGCGTTAATGGCGATTTCACACCGTCGCGTGGAAACACTCCAAAGTG
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TAGTGGCTCTTCTCCAGCGCCAAGACCGAGGAGTAAGAAGCTTGGTGAGCTTTTCAGAGA
TAGTATTAGAGAACAACCAGTGGAAAGCTCTGGAGCGTCATCATCTCTCAGCTCTCCTTA
CCTCTCGGGTGTAAACTCAGGG*AACTCAACAACACGGCCATTGAAGACATTAGCGTGAA
GGA
GAGAA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3G525JQ 597 0 0
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GCTACAATCTGACTCGGACGATGATTTCCACAGCGTTAATGGCGATTTCACACCGTCGCG
TGGAAACACTCCAAAGTGCAGCTTTTCGGACAGGCCTCCTCGTATCCAAAGTCTTATATT
CCACGAGAGGAAGTCTTCTAGTGGCTCTTCTCCAGCGCCAAGACCGAGGAGTAAGAAGCT
TGGTGAGCTTTTCAGAGATAGTATTAGAGAACAACCAGTGGAAAGCTCTGGAGCGTCATC
ATCTCTCAGCTCTCCTTACCTCTCGGGTGTAAACTCAGGGGAACTCAACAACACGGCCAT
TGAAGACATTAGCGTGAAGGAAGAGAAGAAGAAGAAGTCTAACTGGCAGCATCATCGATG
TCTTCCTGGTTTCTCATCATGTGGTGGAGGTTTCGGGGAGAGGAGGAAGAAGTTGAGTTC
TGAAACTGAGGTTGTTAATGGGAAATGAGATGTAGAGAATAATAATAACGCTTTGTGTAT
ATGAAAAGATGAGAAAGAGATATCAGAGTAAAAGTTCTGATGATTTTTTTACAGGGT

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 2

CO CL8468Contig1 957 2 2 U
GGATTCAAATTGAGAAGTAACGATAAATGGATAAAAACGCAAGAAGCTCACCGTCTTTCC
CTTTGGCCGGTCGTGTAGCCATAGTGACTGGAACCACAAGAGGCATCGGCCGTGCGATTG
CCATTCACCTCCACAGCTTTGGCGCAAGAGTCACCCTCAATTATGTCTCGAGCTCATCAG
AAGCTGAACTTCTGGCTTCGGAACTAAACGCGTCATCTCAACAAAACTCAGCAATAGCAG
TGAGAGCAGATGTTTCAGATCCTGACCAGATCAACAACTTGTTTGATCAAACCGAACAAG
AGTTCGGATCAAAAGTTCACATTCTCATAAATTGTGCAGGTGTCTTGGACCCAAAGTATC
CATCTATATCCGAGACTACACTTGACGATTTCGAGAAAACGTTCAGAACTAACACGAGAG
GGGCTTTCGTGTGTTGCAAGGAAGCCGCTAAGAGGGTTGCTAGAGGAGGTGGTGGAAGAA
TCATTACGATGTCTACTTCGCAGGTCGGAGCACTCTCGCCAGGTTATGGAGTCTATACCG
CGTCAAAGGCTGCGGTGGAAACTATGGTAAGAGTGTTGGCAAAAGAACTGAAGGGAAGCC
AGATTACCGCAAACTGTGTTGCTCCAGGGCCGGTTGCGACTGAGATGTTCTATGCAGGAA
AAAGTGATGAAACGGTGAAGATGCTTGCAAGCGCGTCTCCAATGGGGAGGATTGGCGAGC
CAAAGGATGTTGCGGAGATTGTAGGATTTTTGGCAGGTGATGGTGGGGAATGGATCAACG
GTCAGGTTATTAGGGCCAATGGAGGCTTTGTTGTGTGAAAATAGGAAGATTAAACTATAA
AATATTTGATGTTAACGTCTTTTGGTGTGTTGATGTTGTGATTCTCACTTTAATTTGTTT
CTCTCTTTTGTACCTCTGTTTTTCTCTGTTTTATTGTGCAAGATTTGATCTTTTACC


BQ
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AF RR3BF69TF U 1
AF RR3BF69JQ C 162
BS 1 740 RR3BF69TF
BS 741 957 RR3BF69JQ

RD RR3BF69TF 740 0 0
GGATTCAAATTGAGAAGTAACGATAAATGGATAAAAACGCAAGAAGCTCACCGTCTTTCC
CTTTGGCCGGTCGTGTAGCCATAGTGACTGGAACCACAAGAGGCATCGGCCGTGCGATTG
CCATTCACCTCCACAGCTTTGGCGCAAGAGTCACCCTCAATTATGTCTCGAGCTCATCAG
AAGCTGAACTTCTGGCTTCGGAACTAAACGCGTCATCTCAACAAAACTCAGCAATAGCAG
TGAGAGCAGATGTTTCAGATCCTGACCAGATCAACAACTTGTTTGATCAAACCGAACAAG
AGTTCGGATCAAAAGTTCACATTCTCATAAATTGTGCAGGTGTCTTGGACCCAAAGTATC
CATCTATATCCGAGACTACACTTGACGATTTCGAGAAAACGTTCAGAACTAACACGAGAG
GGGCTTTCGTGTGTTGCAAGGAAGCCGCTAAGAGGGTTGCTAGAGGAGGTGGTGGAAGAA
TCATTACGATGTCTACTTCGCAGGTCGGAGCACTCTCGCCAGGTTATGGAGTCTATACCG
CGTCAAAGGCTGCGGTGGAAACTATGGTAAGAGTGTTGGCAAAAGAACTGAAGGGAAGCC
AGATTACCGCAAACTGTGTTGCTCCAGGGCCGGTTGCGACTGAGATGTTCTATGCAGGAA
AAAGTGATGAAACGGTGAAGATGCTTGCAAGCGCGTCTCCAATGGGGAGGATTGGCGAGC
CAAAGGATGTTGCGGAGATT

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3BF69JQ 796 0 0
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CAAAACTCAGCAATAGCAGTGAGAGCAGATGTTTCAGATCCTGACCAGATCAACAACTTG
TTTGATCAAACCGAACAAGAGTTCGGATCAAAAGTTCACATTCTCATAAATTGTGCAGGT
GTCTTGGACCCAAAGTATCCATCTATATCCGAGACTACACTTGACGATTTCGAGAAAACG
TTCAGAACTAACACGAGAGGGGCTTTCGTGTGTTGCAAGGAAGCCGCTAAGAGGGTTGCT
AGAGGAGGTGGTGGAAGAATCATTACGATGTCTACTTCGCAGGTCGGAGCACTCTCGCCA
GGTTATGGAGTCTATACCGCGTCAAAGGCTGCGGTGGAAACTATGGTAAGAGTGTTGGCA
AAAGAACTGAAGGGAAGCCAGATTACCGCAAACTGTGTTGCTCCAGGGCCGGTTGCGACT
GAGATGTTCTATGCAGGAAAAAGTGATGAAACGGTGAAGATGCTTGCAAGCGCGTCTCCA
ATGGGGAGGATTGGCGAGCCAAAGGATGTTGCGGAGATTGTAGGATTTTTGGCAGGTGAT
GGTGGGGAATGGATCAACGGTCAGGTTATTAGGGCCAATGGAGGCTTTGTTGTGTGAAAA
TAGGAAGATTAAACTATAAAATATTTGATGTTAACGTCTTTTGGTGTGTTGATGTTGTGA
TTCTCACTTTAATTTGTTTCTCTCTTTTGTACCTCTGTTTTTCTCTGTTTTATTGTGCAA
GATTTGATCTTTTACC

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

CO CL8469Contig1 860 2 4 U
TTTTTTTTTCTTGTATTTAGAAAGAAGGTAAGAAGAGTCTGAGATATGTTTACTTCCCCC
CAAAAGAAATCAAGATCTCTCTGAGAGCACAAAGAGGTGATTCTTCTGATGATTGTTTTC
CAAAGTTCTTCAAAGTGTATCTACCTGATGATTCTGGAGATGATCTGGACATACCGATTT
CTTTCAACAGCTACTTACCAAAGTCCTTGCCTGAATACATAATTGTTAGAAGCATTTATG
GAAACATTTGGAAACTGAAGTTGATGAGGAAACGTTGTGGTAATGTTGAGAAAATTTCTA
TGGTTAATGGATGGAAGAGAATCGTCAAGGACGAAGATCTAAAGGGCGGAGAGTTCTTGG
CTTTCGAGTTTGATGGCTCTCGTCTTTTCAACTTCTGTATCTACGGCCACTCAACTTGTA
AAAGGCTTGGAGGTTCAGTGAAAACTAAAGAGAGATCTGAGAGTGAAGATGGTAAATCTG
GTGCTGATATCATAGTCATTGATGATGATGATGATAATCAAGATTCTGGTGACGAAGATA
TCGTAGTTATTGATGATGATAGTAGTGGACAAGGTTCTGGTATGGAAGATCAATCTACAA
AAGATATCATAGTTATTGATGAGGATAGTAGTGATGATGATTATACTGATGGCGATGAAG
ATGATGATGGAAGGAGTGGAGTTGAGACAGAGTTAAGAGAGTGAAGTCTACGGATAAAAT
GATATGCGAATTAAATAATGGTCTGGCTCGTGACATCGAAGTCCATGTTATAAGTGGATA
TATGAAGCATTATGTGTTACTTCCATAATGTGTAAGGATGCTAAAACATCTTGGTAGGTT
TTAATAAAGACAGTTTATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DO05TF U 1
AF RR3DO05JQ C 9
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BS 730 860 RR3DO05JQ

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CAAAAGAAATCAAGATCTCTCTGAGAGCACAAAGAGGTGATTCTTCTGATGATTGTTTTC
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CTTTCAACAGCTACTTACCAAAGTCCTTGCCTGAATACATAATTGTTAGAAGCATTTATG
GAAACATTTGGAAACTGAAGTTGATGAGGAAACGTTGTGGTAATGTTGAGAAAATTTCTA
TGGTTAATGGATGGAAGAGAATCGTCAAGGACGAAGATCTAAAGGGCGGAGAGTTCTTGG
CTTTCGAGTTTGATGGCTCTCGTCTTTTCAACTTCTGTATCTACGGCCACTCAACTTGTA
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AAGATATCATAGTTATTGATGAGGATAGTAGTGATGATGATTATACTGATGGCGATGA*G
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GATATGCGA
T

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3DO05JQ 852 0 0
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CTCTCTGAGAGCACAAAGAGGTGATTCTTCTGATGATTGTTTTCCAAAGTTCTTCAAAGT
GTATCTACCTGATGATTCTGGAGATGATCTGGACATACCGATTTCTTTCAACAGCTACTT
ACCAAAGTCCTTGCCTGAATACATAATTGTTAGAAGCATTTATGGAAACATTTGGAAACT
GAAGTTGATGAGGAAACGTTGTGGTAATGTTGAGAAAATTTCTATGGTTAATGGATGGAA
GAGAATCGTCAAGGACGAAGATCTAAAGGGCGGAGAGTTCTTGGCTTTCGAGTTTGATGG
CTCTCGTCTTTTCAACTTCTGTATCTACGGCCACTCAACTTGTAAAAGGCTTGGAGGTTC
AGTGAAAACTAAAGAGAGATCTGAGAGTGAAGATGGTAAATCTGGTGCTGATATCATAGT
CATTGATGATGATGATGATAATCAAGATTCTGGTGACGAAGATATCGTAGTTATTGATGA
TGATAGTAGTGGACAAGGTTCTGGTATGGAAGATCAATCTACAAAAGATATCATAGTTAT
TGATGAGGATAGTAGTGATGATGATTATACTGATGGCGATGAAGATGATGATGGAAGGAG
TGGAGTTGAGACAGAGTTAAGAGAGTGAAGTCTACGGATAAAATGATATGCGAATTAAAT
AATGGTCTGGCTCGTGACATCGAAGTCCATGTTATAAGTGGATATATGAAGCATTATGTG
TTACTTCCATAATGTGTAAGGATGCTAAAACATCTTGGTAGGTTTTAATAAAGACAGTTT
ATCG

QA 9 852 9 852
DS 



AS 1 2

CO CL8470Contig1 895 2 2 U
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TAAAGACAAAAACAGTGTCTTCTTGAAACGGGTCGGGTCAAGAACGAAGAGGGATCTTTC
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TAACGGGACACACGAGGACATCAGGAGCCGGCTTCCGACGGGAAACGTTGAACCGGTGTA
TCCCGGTTTAGATGGGATGACCCGGTTTGCTTCCGGGAGAAGAGGGGATTTGTTAGATGG
TTGTTGACGCGTCGACAAGTGTAATGTTTAGTGATTGGTTGGTTTTGGTGGGACCGGCTA
AAACTGTTGTTGTGTGTGTTTGAAATATCGTTGGCGCTGACGCGGCAAAGTGGTGAACGT
TCTTCAGGAACACGGCAACGCGATGGCGGTGATTCTTACCCCACCACCAACCACACTTCT
TGTATTTGTTCATGTACATTTTTTCACATTATAATCATTGATATTTCTTTTTTTTTAATT
GTAAATTGTTATAGAGATACATTTTGTATTTATGCACCAGTTAAACCATACGTCTACCAT
TACGAGACTAATGGTAATTTCTTTCTTTTTTTGAATGAAATGTTAAATTTAATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F479TF U 1
AF RR3F479JQ C 79
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BS 651 895 RR3F479JQ

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AAAGCCGCAGAACACGTGTCTAAACGAGGCGAAGCAGAGGAGAAAAGCTGGCAAGACCGA
TAAAGACAAAAACAGTGTCTTCTTGAAACGGGTCGGGTCAAGAACGAAGAGGGATCTTTC
GCAGCTGGAGCCTTCTTCTCCTAAAGTCTCGTGCATGGGTAGAGTGAGATCCAAAAGAGA
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GTTCTTGGCGAGTTTCAGAGCCATCTTCCGTATAGGAGGTGGCTGCAAACATGCGTCATC
TAACGGGACACACGAGGACATCAGGAGCCGGCTTCCGACGGGAAACGTTGAACCGGTGTA
TCCCGGTTTAGATGGGATGACCCGGTTTGCTTCCGGGAGAAGAGGGGATTTGTTAGATGG
TTGTTGACGCGTCGACAAGTGTAATGTTTAGTGATTGGTTGGTTTTGGTGGGACCGGCTA
AAACTGTTGTTGTGTGTGTTTGAAATATCGTTGGCGCTGACGCGGCAAAG

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3F479JQ 817 0 0
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CTTCTTGAAACGGGTCGGGTCAAGAACGAAGAGGGATCTTTCGCAGCTGGAGCCTTCTTC
TCCTAAAGTCTCGTGCATGGGTAGAGTGAGATCCAAAAGAGAACGTAGCCGCCGTCAAAA
ATCGGTTCGACCCGAGAAGCCAAACCGGGTCAAGAAACCCGGGTTCTTGGCGAGTTTCAG
AGCCATCTTCCGTATAGGAGGTGGCTGCAAACATGCGTCATCTAACGGGACACACGAGGA
CATCAGGAGCCGGCTTCCGACGGGAAACGTTGAACCGGTGTATCCCGGTTTAGATGGGAT
GACCCGGTTTGCTTCCGGGAGAAGAGGGGATTTGTTAGATGGTTGTTGACGCGTCGACAA
GTGTAATGTTTAGTGATTGGTTGGTTTTGGTGGGACCGGCTAAAACTGTTGTTGTGTGTG
TTTGAAATATCGTTGGCGCTGACGCGGCAAAGTGGTGAACGTTCTTCAGGAACACGGCAA
CGCGATGGCGGTGATTCTTACCCCACCACCAACCACACTTCTTGTATTTGTTCATGTACA
TTTTTTCACATTATAATCATTGATATTTCTTTTTTTTTAATTGTAAATTGTTATAGAGAT
ACATTTTGTATTTATGCACCAGTTAAACCATACGTCTACCATTACGAGACTAATGGTAAT
TTCTTTCTTTTTTTGAATGAAATGTTAAATTTAATTC

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

CO CL8471Contig1 607 2 1 U
GGGCTTATCTTCTATACATTTACAGTCTCGCTACATCTTCTCTCGTAACAGGTAAGTACA
AAAAAAGGGTGGTGAAAAGATGGGTCGTGTCCGTACCAAAACAGTGAAGAAATCGTCACG
TCAGGTGATCGAGAAGTACTACTCGAGGATGACACTCGACTTCCACACGAACAAGAAGAT
CTTGGAGGAAGTCGCAATCATCCCTTCCAAAAGACTACGCAACAAGATCGCTGGATTCTC
CACCCACTTGATGAAGCGTATCCAAAAGGGACCGGTGCGCGGGATCTCGCTCAAGCTACA
GGAGGAGGAGCGCGAACGAAGAATGGACTTTGTCCCCGACGAGTCGGCGATCAAGACCGA
TGGTGTGAAGGTGGACAAGGAGACGCTGGAGATGCTTGCGTCTTTGGGAATGTCTGACGT
TACCGGGTTTTCTCAAGTGGAGACGCAAGCGGCCGTGGCGCCAGGCAATGCTTTTGGCCG
TGGTGGAAGAAGATTCTAAGGCATATGAGTTATGTTTTTTGTTGGAGTGTTATGGATTCA
TTCAACCATTGTTTCCTTCTGTTCAAAGATTGATCTCTTTAGTAAATTTGCAGTACTGTT
TCTATGC


BQ
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AF RR3H709TF U 1
AF RR3H709JQ C 41
BS 1 607 RR3H709TF

RD RR3H709TF 607 0 0
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AAAAAAGGGTGGTGAAAAGATGGGTCGTGTCCGTACCAAAACAGTGAAGAAATCGTCACG
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TACCGGGTTTTCTCAAGTGGAGACGCAAGCGGCCGTGGCGCCAGGCAATGCTTTTGGCCG
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TCTATGC

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DS 

RD RR3H709JQ 567 0 0
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ACAGTGAAGAAATCGTCACGTCAGGTGATCGAGAAGTACTACTCGAGGATGACACTCGAC
TTCCACACGAACAAGAAGATCTTGGAGGAAGTCGCAATCATCCCTTCCAAAAGACTACGC
AACAAGATCGCTGGATTCTCCACCCACTTGATGAAGCGTATCCAAAAGGGACCGGTGCGC
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TCTTTGGGAATGTCTGACGTTACCGGGTTTTCTCAAGTGGAGACGCAAGCGGCCGTGGCG
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GTTGGAGTGTTATGGATTCATTCAACCATTGTTTCCTTCTGTTCAAAGATTGATCTCTTT
AGTAAATTTGCAGTACTGTTTCTATGC

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL8472Contig1 1106 2 6 U
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TTACCGCACATTCTTGTCAGAGGAAGAGTGTGATCATCTGATATCTCTGAGAAAGGAGAG
TTCAGAGGTTAAGTCAGGGGATGCTGATGGGAAGACGCAACTTGATTCAGTAGTTGCTGG
AATTGAAGAAAAGATTTCTGCATGGACTTTCCTACCAAGAGAAAACAGTAGTCCGATCAA
GGTAAGAAGTTACACGTCGGAAAAGACAGGCAAGAAGTTGGATTATTTTGGAGAAGATTC
TAGCTCAGTATGGCATGAATCTCTGTTGGCAACTATCATTCTCTACGTCTCAAATACAAC
TCAAGGTGGAGAGCTTCTCTTCCCATATTCAGAGGTGAAAAGCACACAGAGTTGGTCAGA
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BQ
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AF RR3A861TF U 1
AF RR3A861JQ C 261
BS 1 782 RR3A861TF
BS 783 783 RR3A861JQ
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AAGTCGGAAGGAACTCCGAGATAAAGATGAGAGTTATACACAGTCGAGTTATGTTGTTGG
ATCTAAATCTGTGGACCCGAGACGTGTTCTTCAACTCTCATGGCAACCAAGGGTCTTTCT
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TTCAGAGGTTAAGTCAGGGGATGCTGATGGGAAGACGCAACTTGATTCAGTAGTTGCTGG
AATTGAAGAAAAGATTTCTGCATGGACTTTCCTACCAAGAGAAAACAGTAGTCCGATCAA
GGTAAGAAGTTACACGTCGGAAAAGACAGGCAAGAAGTTGGATTATTTTGGAGAAGATTC
TAGCTCAGTATGGCATGAATCTCTGTTGGCAACTATCATTCTCTACGTCTCAAATACAAC
TCAAGGTGGAGAGCTTCTCTTCCCATATTCAGAGGTGAAAAGCACACAGAGTTGGTCAGA
CTGCTCACAGACCGGTAACATTTTAAGACCAGTAAAAGGAAACGCAGTTCTGTTCTTCAC
AAGCCACTTGAATGTATCTTTGGATCCAACAAGCACTCATTTTAGATGTCCTGTGCTGAA
AG*TGAACTGTTGGTGGCAACAAAACTGATATACGCCA*GAAACAAGCAATAAAGCA

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR3A861JQ 846 0 0
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ATGCTGATGGGAAGACGCAACTTGATTCAGTAGTTGCTGGAATTGAAGAAAAGATTTCTG
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AAAAGACAGGCAAGAAGTTGGATTATTTTGGAGAAGATTCTAGCTCAGTATGGCATGAAT
CTCTGTTGGCAACTATCATTCTCTACGTCTCAAATACAACTCAAGGTGGAGAGCTTCTCT
TCCCATATTCAGAGGTGAAAAGCACACAGAGTTGGTCAGACTGCTCACAGACCGGTAACA
TTTTAAGACCAGTAAAAGGAAACGCAGTTCTGTTCTTCACAAGCCACTTGAATGTATCTT
TGGATCCAACAAGCACTCATTTTAGATGTCCTGTGCTGAAAGGTGAACTGTTGGTGGCAA
CAAAACTGATATACGCCAAGAAACAAGCAATAAAGCATGAGGAGAGCGGTGAATGCAGCG
ATGAAGATGAGAACTGTGGACAATGGGCTGAGCTTGGAGAATGCAAGAAGAACCCTGTTT
ATATGATTGGCTCTCCTGATTACTTTGGTACCTGCAGAAAGAGTTGTAACGCTTGTTGAT
TCTTGATATCATTCTGATCATATTGAAAAATAATGGGGGCAGCCATTAATTGAAACATTT
TTTTCAGTTTCTAACAGACTGAATGTTATCGAGCTCTGAAGTCTCAAATATATATTTCCT
TCAAAC

QA 1 846 1 846
DS 



AS 1 2

CO CL8473Contig1 713 2 1 U
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TCACACTCTCTGCTTTGTGGTAACTTTGAAACTTGCTTCTCTCGAAGGTTGCCGTCAAAA
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CGACAACACTTGATGTGTATCGATCGATTATAATCTTCTAGTATGCGGATCTTCTCAGCT
ACATCGATCGACAACTCTGGATGAGTATCGATCGATTCTTATCGCAATGTTGACTTCCGA
CTTGGTCTTGAATGGTCAACTCGGGTGTATCATCTCTTGTACTCCAAAATGCTTCAAAAA
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ATTAAATATATAATAAATGCTAGTATACCATGATAGAAAACGGGTAAAATCCATGGTATA
TCATTTGTCGATCGAGGTTTGACTTTGATGTCAACTCTCGGCTGGTTCAATGGGCAGCTA
CGAGTTTCTTCTATCTTTATCTCCAAAATGCTCCAAAACACCTGAACATGTAAATAATCT
AAAAAGACTTCAAAGCATAGTAAATAGACTCTAAAACACTTATATATCACCGC


BQ
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AF RR3AO51JQ C 1
AF RR3AO51TF U 1
BS 1 713 RR3AO51TF

RD RR3AO51JQ 713 0 0
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TCACACTCTCTGCTTTGTGGTAACTTTGAAACTTGCTTCTCTCGAAGGTTGCCGTCAAAA
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CGTAATTTGGTGAAGTCTTGGTGAAGTAGTCGGCTAAACCATTTCGTCCTCGATATCGAT
CGACAACACTTGATGTGTATCGATCGATTATAATCTTTTAGTATGCGGATCTTCTCAGCT
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CTTGGTCTTGAATGGTCAACTCGGGTGTATCATCTCTTGTACTCCAAAATGCTTCAAAAA
CATCACTTTATCACAAAACGCTCATGAACCTGAAAACATACCTAACAGGCTAGAAAACAG
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QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3AO51TF 713 0 0
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TCACACTCTCTGCTTTGTGGTAACTTTGAAACTTGCTTCTCTCGAAGGTTGCCGTCAAAA
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CGTAATTTGGTGAAGTCTTGGTGAAGTAGTCGGCTAAACCATTTCGTCCTCGATATCGAT
CGACAACACTTGATGTGTATCGATCGATTATAATCTTCTAGTATGCGGATCTTCTCAGCT
ACATCGATCGACAACTCTGGATGAGTATCGATCGATTCTTATCGCAATGTTGACTTCCGA
CTTGGTCTTGAATGGTCAACTCGGGTGTATCATCTCTTGTACTCCAAAATGCTTCAAAAA
CATCACTTTATCACAAAACGCTCATGAACCTGAAAACATACCTAACAGGCTAGAAAACAG
ATTAAATATATAATAAATGCTAGTATACCATGATAGAAAACGGGTAAAATCCATGGTATA
TCATTTGTCGATCGAGGTTTGACTTTGATGTCAACTCTCGGCTGGTTCAATGGGCAGCTA
CGAGTTTCTTCTATCTTTATCTCCAAAATGCTCCAAAACACCTGAACATGTAAATAATCT
AAAAAGACTTCAAAGCATAGTAAATAGACTCTAAAACACTTATATATCACCGC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL8474Contig1 889 2 2 U
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AAGTCATTTCTTTATCTGCTTCACAAAAATGGAGCTCTAGGCATGGCTCAGTTCTCTGTA
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TGTTAAATTCTCTTAAGAGCTCTTTGAAGGACGAGAAGTTTCCACTACGTGAAACCTCGA
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TCCGAAGAAGAGCTCTCTCTTCACTTAAAGCTTTTGCAAAAAACAACCCGGCAGCAACCA
GTGACAATGTAAGTGTTATAGGGCCTCCGCTTGCTGAATGTTTGAAAGATGGAAGCACAC
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AAAATGTTCAAGCAGCTCAGAAATATATCACAGGATTGGATGCCCGACGGTTATCCAAGT
TGCCTGAACAAAGCGATGACAGCGACGATAGTGAAGATGATAATGGGCGTGGGTAGGAGG
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ATATTTCTGCAAAAGCATTATCCCGTGAGTTGCGGATGATACTTGATCTCGATTCCTTGG
CTTGAGACTATAGTACTAGCAGTTACACCAATGATATAAGACCATACCTTGTTTTGGTTT
ATCAAATATTTGGGTTTTTGGTTGGAAATTATATATCAATTTTTAGTGC


BQ
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AF RR3GA65TF U 1
AF RR3GA65JQ C 176
BS 1 733 RR3GA65TF
BS 734 889 RR3GA65JQ

RD RR3GA65TF 749 0 0
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TCCGAAGAAGAGCTCTCTCTTCACTTAAAGCTTTTGCAAAAAACAACCCGGCAGCAACCA
GTGACAATGTAAGTGTTATAGGGCCTCCGCTTGCTGAATGTTTGAAAGATGGAAGCACAC
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AAAATGTTCAAGCAGCTCAGAAATATATCACAGGATTGGATGCCCGACGGTTATCCAAGT
TGCCTGAACAAAGCGATGACAGCGACGATAGTGAAGATGATAATGGGCGTGGGTAGGAGG
AAACTTGTGTTCTCTCCTCTTCCACTTCTTAGAAGAGGTTCATTGGTTTTCCCTATACAC
ATATTTCTGCAAA
GCATATCCCGTGAGTT

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3GA65JQ 714 0 0
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AGCAAGAGTGGTTATCGATGTCCTTTCATCGATAGTCTCAGCTTTGCATGATGATTCGAG
TGAGGTCCGAAGAAGAGCTCTCTCTTCACTTAAAGCTTTTGCAAAAAACAACCCGGCAGC
AACCAGTGACAATGTAAGTGTTATAGGGCCTCCGCTTGCTGAATGTTTGAAAGATGGAAG
CACACCAGTGAGACTTGCTGCAGAAAGATGTGCTATGCACGTGTTCCAATTAACAAAGGG
CGCAGAAAATGTTCAAGCAGCTCAGAAATATATCACAGGATTGGATGCCCGACGGTTATC
CAAGTTGCCTGAACAAAGCGATGACAGCGACGATAGTGAAGATGATAATGGGCGTGGGTA
GGAGGAAACTTGTGTTCTCTCCTCTTCCACTTCTTAGAAGAGGTTCATTGGTTTTCCCTA
TACACATATTTCTGCAAAAGCATTATCCCGTGAGTTGCGGATGATACTTGATCTCGATTC
CTTGGCTTGAGACTATAGTACTAGCAGTTACACCAATGATATAAGACCATACCTTGTTTT
GGTTTATCAAATATTTGGGTTTTTGGTTGGAAATTATATATCAATTTTTAGTGC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

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CTGACTTCATGTCTCGGTATTGATTCGATGAATTCAAGGTCGTTGTCCCAGGAGCTTGGC
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GATTCTCCACAGTTTTTGCTTTGCTGGTCTAACTCAGCCACTCGGATCAGTTTCTGTTTT
TTTCGGGAGTGATAAACATTCTCCTTTCTTTTCATTTAGTTAACAATTTCTTTTGAAATT
TTGTACACTTCCAACGCATCGCGATTGAACAATAATGGTCTTTTTGTCTATGTCCATTGG
TGTTACTGGAATTGATGATACATTTTATGAT


BQ
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QA 1 571 1 571
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AS 1 2

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BQ
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AF RR3DI10TF U 1
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G

QA 1 661 1 661
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BQ
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AF RR3BU72JQ C 1
AF RR3BU72TF U 1
BS 1 709 RR3BU72TF

RD RR3BU72JQ 709 0 0
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GAAAGAGAGAGATAGAGAGCGGTGAGCTTGCGTAGGAGATAACGTCTCTTTTCCCGTCGT
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CTTTTTTGAGATATGGAACAAGGTTACATCTGCTCAGGCTGCTACCTGTTTCGGGTTTCT
TCATTGCAAGAAGCACTCGATTTACGGTTTCTTGCCATCTCAGGCTTCCTTGGTGGCTCT
TTCGTTAACTGCACTTAGTGGGCTCATGTCTGCAAGTTATCCTTTCTTGGCATAGTCCTG
AAGGCTCATCTAAACCTGTCCTTACCGTAAAATAAACTGTTCAAGTGCCTATTCCATGTC
CGGTTCTTGTGGGAGCTTCTTTTCAAGTTTTGGCATGTCGTAGCTTTGATAGTCTTTTCC
TAGAGTCTCTGAACCCCCTTGAGTGAAGCGTTGATTCCTTACCCAGATAACGTTCCTTCT
TGTTGGTTCATTGCGTCTTCCAGTCCTCGACATGTTTTGCCTTCTTCTCTTGGTGTCTTT
CTTTTTCTTTGCTGGTCAACCGATTGATTTTCAAAGTAAATAACGGCCGGCTTACCTAGC
GGGAGTAACTCTTGAGTTTGCTACTATAAGAACAACTGGAAACTGAAGT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3BU72TF 709 0 0
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GAAAGAGAGAGATAGAGAGCGGTGAGCTTGCGTAGGAGATAACGTCTCTTTTCCCGTCGT
CGGAGACGGAGGTTATGCCTCTTGGCTGTTGAGGTTAATACTAAGCTTTCATTTCTAGTG
CTTTTTTGAGATATGGAACAAGGTTACATCTGCTCAGGCTGCTACCTGTTTCGGGTTTCT
TCATTGCAAGAAGCACTCGATTTACGGTTTCTTGCCATCTCAGGCTTCCTTGGTGGCTCT
TTCGTTAACTGCACTTAGTGGGCTCATGTCTGCAAGTTATCCTTTCTTGGCATAGTCCTG
AAGGCTCATCTAAACCTGTCCTTACCGTAAAATAAACTGTTCAAGTGCCTATTCCATGTC
CGGTTCTTGTGGGAGCTTCTTTTCAAGTTTTGGCATGTCGTAGCTTTGATAGTCTTTTCC
TAGAGTCTCTGAACCCCCTTGAGTGAAGCGTTGATTCCTTACCCAGATAACGTTCCTTCT
TGTTGGTTCATTGCGTCTTCCAGTCCTCGACATGTTTTGCCTTCTTCTCTTGGTGTCTTT
CTTTTTCTTTGCTGGTCAACCGATTGATTTTCAAAGTAAATAACGGCCGGCTTACCTAGC
GGGAGTAACTCTTGAGTTTGCTACTATAAGAACAACTGGAAACTGAAGT

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

CO CL8478Contig1 776 2 8 U
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TCAAATCTTTTCTTTGCGTTTTCCCCACACAATCATGTCGACGAAGAAGATCGTGTTGAA
GAGCTCCGATGGCGAGTCTTTCGAGGTGGACGAGGCGGTGGCCCTCGAGTCTCAGACCAT
AGCCCACATGGTCGAAGACGACTGCGTCGACAACGGTGTCCCTCTTCCCAACGTCACGAG
CAAGATCCTCGCCAAGGTGATCGAGTACTGCAAGAAGCACGTCGACGCTGCCGCTTCCAA
GAGCGAGGCCGTCGACGGTGGCGGTTCCTCCGACGATGACCTCAAGGCCTGGGATGCTGA
GTTCATGAAGATCGATCAAGCCACCCTCTTCGAACTCATCCTGGCTGCTAATTATTTGAA
CATCAAGAACCTGCTTGACCTTACATGCCAGACTGTGGCTGATATGATCAAGGGCAAGAC
TCCGGAAGAGATTCGCACGACCTTCAACATCAAGAACGACTTTACACCCGAGGAAGAAGA
GGAGGTGCGCAGGGAGAACCAATGGGCTTTTGAATGATGTGTGTGAGAGAGAGGTCGTTG
AAGCAAACCAACCAGTTTCTTGCTTTTTATTTTGTTCTTTTTTTTTCTGTGGATGATCAG
TGTGGATGATGATGACTTTGCTATTTTCCTTTTGTAATTCATGACCTATGTTCGTCTTGA
AGAACCAATGCTGGATGTTTGCTTTTAATGTCTTAAAAGAGTGATGTTGGTTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DK68TF U 1
AF RR3DK68JQ C 175
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BS 646 646 RR3DK68JQ
BS 647 717 RR3DK68TF
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BS 760 776 RR3DK68JQ

RD RR3DK68TF 759 0 0
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TCAAATCTTTTCTTTGCGTTTTCCCCACACAATCATGTCGACGAAGAAGATCGTGTTGAA
GAGCTCCGATGGCGAGTCTTTCGAGGTGGACGAGGCGGTGGCCCTCGAGTCTCAGACCAT
AGCCCACATGGTCGAAGACGACTGCGTCGACAACGGTGTCCCTCTTCCCAACGTCACGAG
CAAGATCCTCGCCAAGGTGATCGAGTACTGCAAGAAGCACGTCGACGCTGCCGCTTCCAA
GAGCGAGGCCGTCGACGGTGGCGGTTCCTCCGACGATGACCTCAAGGCCTGGGATGCTGA
GTTCATGAAGATCGATCAAGCCACCCTCTTCGAACTCATCCTGGCTGCTAATTATTTGAA
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TCCGGAAGAGATTCGCACGACCTTCAACATCAAGAACGACTTTACACCCGAGGAAGAAGA
GGAGGTGCGCAGGGAGAACCAATGGGCTTTTGAATGATGTGTGTGAGAGAGAGGTCGTTG
AAGCAAACCAACCAGTTTCTTGCTTTTTATTTTGTTCTTTTTTTT*CTGTGGATGATCAG
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QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3DK68JQ 602 0 0
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TTCCAAGAGCGAGGCCGTCGACGGTGGCGGTTCCTCCGACGATGACCTCAAGGCCTGGGA
TGCTGAGTTCATGAAGATCGATCAAGCCACCCTCTTCGAACTCATCCTGGCTGCTAATTA
TTTGAACATCAAGAACCTGCTTGACCTTACATGCCAGACTGTGGCTGATATGATCAAGGG
CAAGACTCCGGAAGAGATTCGCACGACCTTCAACATCAAGAACGACTTTACACCCGAGGA
AGAAGAGGAGGTGCGCAGGGAGAACCAATGGGCTTTTGAATGATGTGTGTGAGAGAGAGG
TCGTTGAAGCAAACCAACCAGTTTCTTGCTTTTTATTTTGTTCTTTTTTTTTCTGTGGAT
GATCAGTGTGGATGATGATGACTTTGCTATTTTCCTTTTGTAATTCATGACCTATGTTCG
TCTTGAAGGACCAATGCTGGATGTTTGCTTTTAATGTCTTAAAAGAGTGATGTTGGTTTG
CC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 2

CO CL8479Contig1 760 2 4 U
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CTCTACTCGGTTTCAATTCCATTCATCAATCCGTTGTGCTCTTCCAACAATCTTCAATCT
TTCTTCACGAGCCGGGAGTTCGTGCGCAATCAAACCGACCCAGTTTCTTCACCGGCGTTT
GACAGCCAAATCCACGAACTTTTCTCTTTCTTCTTTGCCACGGAGAGGGTTCTTATGCAG
AGCTGCGGAGTACAAGTTCCCGGATCCCATACCTGAATTCGCCGAAGCTGAGACGAAGAA
ATTCAAGGACCATATGACAAAGAAACTATCAAAGAGGGATCTTTTTGAAGACTCTGTTGA
TGAGATTGTGGGAGTTTGCACTGAGATCTTCGAGACGTTCTTGCGCAGCGAGTATGGAGG
ACCTGGAACACTTTTGGTCATACCCTTCATCGACATGGCTGATACGCTCAATGAAAGGGA
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CAAGGATTGGAAAGAATGGACTGGCACTGATTAGTAACACCACCCGAACCTCAAATCATC
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TTTCCTAGTTGATTCATGTATGGTTCAGTAGATTAGCTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE23TF U 1
AF RR3DE23JQ C 170
BS 1 722 RR3DE23TF
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RD RR3DE23TF 742 0 0
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CTCTACTCGGTTTCAATTCCATTCATCAATCCGTTGTGCTCTTCCAACAATCTTCAATCT
TTCTTCACGAGCCGGGAGTTCGTGCGCAATCAAACCGACCCAGTTTCTTCACCGGCGTTT
GACAGCCAAATCCACGAACTTTTCTCTTTCTTCTTTGCCACGGAGAGGGTTCTTATGCAG
AGCTGCGGAGTACAAGTTCCCGGATCCCATACCTGAATTCGCCGAAGCTGAGACGAAGAA
ATTCAAGGACCATATGACAAAGAAACTATCAAAGAGGGATCTTTTTGAAGACTCTGTTGA
TGAGATTGTGGGAGTTTGCACTGAGATCTTCGAGACGTTCTTGCGCAGCGAGTATGGAGG
ACCTGGAACACTTTTGGTCATACCCTTCATCGACATGGCTGATACGCTCAATGAAAGGGA
ACTGCCTGGAGGTCCACAAGCCGCACGTGCAGCTATCAAATGGGCTCAGGATCATGTAGA
CAAGGATTGGAAAGAATGGACTGGCACTGATTAGTAACACCACCCGAACCTCAAATCATC
AAAATATAGTTCAGTACTCATGTATCAGATGATAGATTGTCTTTGTAAAACTCTGAATTT
TGCAGATTTCGGTATTCTGTTAGCTCTGTTGTTATACAATCGCATGGTCTCATCAGCTTT
TT*CCTAGTTGATTCATGTATG

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3DE23JQ 591 0 0
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TTCTTATGCAGAGCTGCGGAGTACAAGTTCCCGGATCCCATACCTGAATTCGCCGAAGCT
GAGACGAAGAAATTCAAGGACCATATGACAAAGAAACTATCAAAGAGGGATCTTTTTGAA
GACTCTGTTGATGAGATTGTGGGAGTTTGCACTGAGATCTTCGAGACGTTCTTGCGCAGC
GAGTATGGAGGACCTGGAACACTTTTGGTCATACCCTTCATCGACATGGCTGATACGCTC
AATGAAAGGGAACTGCCTGGAGGTCCACAAGCCGCACGTGCAGCTATCAAATGGGCTCAG
GATCATGTAGACAAGGATTGGAAAGAATGGACTGGCACTGATTAGTAACACCACCCGAAC
CTCAAATCATCAAAATATAGTTCAGTACTCATGTATCAGATGATAGATTGTCTTTGTAAA
ACTCTGAATTTTGCAGATTTCGGTATTCTGTTAGCTCTGTTGTTATACAATCGCATGGTC
TCATCAGCTTTTTTCCTAGTTGATTCATGTATGGTTCAGTAGATTAGCTGG

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 2

CO CL8480Contig1 556 2 1 U
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ACTGTGGCGGAGGGGAGGAGAATCAGTTTGAGTAAAGCTTGTGAGAACCCTAACTGCATT
GAGATTAGTGACTGCTGCAAGCATCTCAAACTCCCTGCCGCCGTCGAGATTGACAAAGCT
TATCCGCGTGATTTCATGCAAGTAGGGAGAGTTAGAGTGCAGTTGAAAAAAGAGGATGGG
ACTTTTGATAATCCTGCCATTACTTCAAGGAAGCAATTGATGCAGAAAATTGCAGAATTG
GTACCCAGACATCCAGAGAGGATGAAGAAGCAGGAATCTCAGAAGGCGAAGAAGCAAGAA
CCTCAGGCAACAACATCAACCTCTGGGACTTCTTCAAAGTCGGGCAAAGGTGGCAAGAAG
AAGAGATAAATTAACAAGCTCTCTCACTCTTTTTTTCTCCTTCGTATCAGATTCTATGGT
TTTTAATTTCATAAACTCACAAGGACTTGTTCGCAGATGTAAAAGATTTTGTTTGTTTTA
ATCACTGTGCTTTACC


BQ
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ATCACTGTGCTTTACC

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

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BQ
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BS 791 925 RR3BY87JQ

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C

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QA 1 707 1 707
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AS 1 2

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AF RR3DO79TF U 1
AF RR3DO79JQ C 89
BS 1 758 RR3DO79TF
BS 759 937 RR3DO79JQ

RD RR3DO79TF 758 0 0
GCTGCGCCGGATTACAAGAAGATTGATAGACAGAGAAATGAGCCTGTTAGTTTCAAAACC
TTCTTCAACTGATTTGAAGCCGCCGTCTGAACATCTTGACCAATGTAATATTGGACAGGC
AGAAGGTGGGGATGATAACTCAAGCAATGAAAGTATTGAAAAAGGCATCAGCTCAATACG
TGAAAAAACACCGCTGCATGATCTAGATCCTTCTACTTCCCTGGCACTTCATGAGCTTAT
TTCCTTAGTCCATGACCACGTTAATGCTGTGGATACAAGTAAGGAACTGCAGCACACTTC
ACCCAGTTATTCAAACCCAGCGTCCGAGAGGGACAATAGCAAGATCCTGGTGAATTCATT
GTCTTGTTTAGAAGATGATCGTGTTGCGCATATGCTTTGGAATCTTGAAGCATCTAAACT
TCGGGATGTTCTCCTTGCAATGGCACGTTATTTCCCAAGAACCTTAGAAGCGTTAATACT
CCACATGCTATCACCTGTTGCTGCGGAAGTCCTAACACAGAAGTTTGATGAGATTGACCA
ACAGAGTGGTGAAGAAGATAGGGGCCAGTTCTATCGGGAATTTTATGGTGCCTTCGATGA
TGAATCAGCTGCGATGGATATCATTTTAACTAGGAAAGAAGCTTTTGCATTTCACGCCTT
TGAGAATGTACTAGACAAGTATTTGGGGGTCAACATTGCTTCACCAACAACAAACATATG
AAGCATGTCTCCGTAGTGTCTGGAGACATTTACATGTG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3DO79JQ 849 0 0
TGAACATC
TGACCAATGTAATATTGGACAG*CAGAAGGTGGGGATGATAACTCAAGCAATGAAAGTAT
TGAAAA*GGCATCAGCTCAATACGTGAAAAAACACCGCTGCATGATCTAGATCTTTCTAC
TTCCCTGGCACTTCATGAGCTTATTTC*TTAGTCCATGACCACGTTAATGCTGTGGATAC
AAGTAAGGAACTGCAGCACACTTCACCCAGTTATTCAAACCCAGCGTCCGAGAGGGACAA
TAGCAAGATCCTGGTGAATTCATTGTCTTGTTTAGAAGATGATCGTGTTGCGCATATGCT
TTGGAATCTTGAAGCATCTAAACTTCGGGATGTTCTCCTTGCAATGGCACGTTATTTCCC
AAGAACCTTAGAAGCGTTAATACTCCACATGCTATCACCTGTTGCTGCGGAAGTCCTAAC
ACAGAAGTTTGATGAGATTGACCAACAGAGTGGTGAAGAAGATAGGGGCCAGTTCTATCG
GGAATTTTATGGTGCCTTCGATGATGAATCAGCTGCGATGGATATCATTTTAACTAGGAA
AGAAGCTTTTGCATTTCAGGCCTTTGAGAATGTACTAGACAAGTATTTGGGGGTCAACAT
TGCTTCACCAACAACAAACATATGAAGCATGTCTCCGTAGTGTCTGGAGACATTTACATG
TGATCGGATGAGAGGGAGAGCATGTTGCTATCGATATAGTAGTAAAGGGTGATAAAAGAG
ACATGTTGCTGTTGATGTCCAAAGACTTAAAACTTGTTTCTTTAAGCTTCTGCTCCAAAA
AGAAAAAGTCATAATAACCACCATATAATTAAGCTATAACATATATGAAGAATTTCGTAC
C

QA 9 849 9 849
DS 



AS 1 2

CO CL8483Contig1 889 2 2 U
GCCACCCTCTAACAACGCAGATAAAGATGCCGAGGTGGTTCAAGTATCATCGTCAGCTGC
GTTGGAACAATCTGTTCCAGTCACATCAGAAGCTCAACCTCCAATACTGCCATTGCCTTC
CTCTGCAAGGCCAACTCAGAAGCCAAACGGACACTCCTTCCAAACCCATAATGGTTACAG
GGGACGTGGGAGAGGAAGAGGAAGAGGAGCAGGGCGATCACACCAGGTAATGAAGTTCAC
TGAAGATTTTGATTTCACAGCGATGAATGAAAAGTTCAATAAGTATGAAGTATGGGGTCA
TCTTGGGAAAACCAATGGTGATGGTGATGAGGATTATCCAGTCATAGATGAGCCGGAGGT
GCCTAAAATCGAGGTCAAACCTGTTTACAACAAAGACGACTTTTTCGATAGCCTCTCGTC
AAATTCCGGTGACAGAGATTCCCAAAATCCAAGGCCTAGGTTCTCAGAGCTACGTAAACT
AGATACTGAGACATTTGGTGAGTTCTCAAGATTCAGAGGAGGCCGAGGAGGTCGTGGTGG
TTATGGTCGAAACGGTCATTCCCGTGGTGGTTATGGTGGTCGTGGCTATGGCGGCTATAA
TGGACGTGGCGGTGGTGGAGGCTACGGGTATGGTGGTCGTGGCCAAGGGAGAGGCGTGTG
AAATAGTACTACCCTAAAAGTTGTGCTAAGAGGATTTCTAAAAGACTCTGGAATCCGATG
GAGCTCATCATACTTTGAGTGCTTTTGGTATGTTGCAATAAAACAAAACACTTGAAGAGT
CTTATGTAATGCATTTTGTTGTTAGAGAAACCCCCCCTGTGTGGTTTTCGAGTGTATCAA
TTTGATTTGCGATCTTTTGTTATAAGACTTGGTACGACCGTCTTTCAGC


BQ
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AF RR3BB32TF U 1
AF RR3BB32JQ C 141
BS 1 505 RR3BB32TF
BS 506 889 RR3BB32JQ

RD RR3BB32TF 505 0 0
GCCACCCTCTAACAACGCAGATAAAGATGCCGAGGTGGTTCAAGTATCATCGTCAGCTGC
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CTCTGCAAGGCCAACTCAGAAGCCAAACGGACACTCCTTCCAAACCCATAATGGTTACAG
GGGACGTGGGAGAGGAAGAGGAAGAGGAGCAGGGCGATCACACCAGGTAATGAAGTTCAC
TGAAGATTTTGATTTCACAGCGATGAATGAAAAGTTCAATAAGTATGAAGTATGGGGTCA
TCTTGGGAAAACCAATGGTGATGGTGATGAGGATTATCCAGTCATAGATGAGCCGGAGGT
GCCTAAAATCGAGGTCAAACCTGTTTACAACAAAGACGACTTTTTCGATAGCCTCTCGTC
AAATTCCGGTGACAGAGATTCCCAAAATCCAAGGCCTAGGTTCTCAGAGCTACGTAAACT
AGATACTGAGACATTTGGTGAGTTC

QA 1 505 1 505
DS 

RD RR3BB32JQ 749 0 0
AGCCAAACGGACACTCCTTCCAAACCCATAATGGTTACAGGGGACGTGGGAGAGGAAGAG
GAAGAGGAGCAGGGCGATCACACCAGGTAATGAAGTTCACTGAAGATTTTGATTTCACAG
CGATGAATGAAAAGTTCAATAAGTATGAAGTATGGGGTCATCTTGGGAAAACCAATGGTG
ATGGTGATGAGGATTATCCAGTCATAGATGAGCCGGAGGTGCCTAAAATCGAGGTCAAAC
CTGTTTACAACAAAGACGACTTTTTCGATAGCCTCTCGTCAAATTCCGGTGACAGAGATT
CCCAAAATCCAAGGCCTAGGTTCTCAGAGCTACGTAAACTAGATACTGAGACATTTGGTG
AGTTCTCAAGATTCAGAGGAGGCCGAGGAGGTCGTGGTGGTTATGGTCGAAACGGTCATT
CCCGTGGTGGTTATGGTGGTCGTGGCTATGGCGGCTATAATGGACGTGGCGGTGGTGGAG
GCTACGGGTATGGTGGTCGTGGCCAAGGGAGAGGCGTGTGAAATAGTACTACCCTAAAAG
TTGTGCTAAGAGGATTTCTAAAAGACTCTGGAATCCGATGGAGCTCATCATACTTTGAGT
GCTTTTGGTATGTTGCAATAAAACAAAACACTTGAAGAGTCTTATGTAATGCATTTTGTT
GTTAGAGAAACCCCCCCTGTGTGGTTTTCGAGTGTATCAATTTGATTTGCGATCTTTTGT
TATAAGACTTGGTACGACCGTCTTTCAGC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL8484Contig1 598 2 2 U
GGAGGCACTGTGACCACTATGGTCTGCTATAGCGGCAAAATTACCGGGAAGAACAGACAA
CGAAATAAAAAATGTGTGGCACACTCATTTAAAGAAAAGAATCCAGCATAATCAAGATCA
GAATATCAGCGAAAAGATTTGCGACAATGATGACAACTCGTCTCAGTTATGGATGAAAAG
AGGCCAAGCTCTCCGCAACAACAGTCTAGCAGTAGTACCAACATTTCAGCGGTTACAACC
TCGAGCAACAATAACGACGTGTCCAATAACAGCAGCAAAGACTCTGCTACGTCACCAGAA
GATGTTCTTCCATTGATAGATGAGAGCTTTTGGTCAGAAGCAGTATCGATGGATTGCAAC
ATATCGGGAGATGAGAATAAAGAGATAAAGTTAGAGGGTTGGGATAGTTCATCATTAGAT
AGCAATATTAAGGGATATAACCATGACATGGAGAGTTGGTTTGATAATCTTCTCACTAGT
AATCTTACAACTGGAGAAAATTCCGACATTTTCTGAGTTTTTAATTGTTTTATTAAGCTA
GTTAATACTTAAAATCTTCGTTTGTGACCCACATGAATAAAAATGCTTTACGTTTCCT


BQ
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DS 



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BQ
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AF RR3B656JQ C 1
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DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D766TF U 1
AF RR3D766JQ C 179
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BS 764 764 RR3D766JQ
BS 765 778 RR3D766TF
BS 779 940 RR3D766JQ

RD RR3D766TF 778 0 0
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AGGTCAAATGAAAGTTAGATTCTGATCTGCTCATAAAGAGAACAGATGAAGAATCCGATG
ATGAGGACATGATAAAAATGAAGTCTTTTGGGCATAATAGCTCTTCAAGCACGCCTTCAA
TAATCACCAAGAGCAAGTCTTGGAATGGCTCTGTGCATCTCGAGAATGCTAATAACAACG
AATCAATAGGAAATATCAAGAAAAAGTCGCCGCCGCCTCCACCACACGGGTGTTTCGCAG
TTTACGTGGGTCCCACGAGACAGAGGGTCGTGGTGAAAACAAAATTGTTGAACCATCCTT
TGTTCAAGAACTTGTTAGAAGAAGCAGAGACTGAATATGGATATAGATGTGATGGGCCCA
TTGTTCTTCCTTGCGAGGTTGACTTCTTTTTCAATATTTTGGCTAATATGAGGTCTAATG
GTGATGAGTATGATGAAGATGATGATGATGACGATGGTATGATGAATCTTCCGATCTGCG
GTTTGGGTAGTCCCTACAGATGTGCTGGTCTCGGTTCCATGAGCGTGAGACGTATCGGCT
CGTACAAGCTTCTTCGATCTCCATCTTTGTTTAAATTAAATAGATTTTGACAAAGAAAAA
GAAATGCTTTTGATTTTGTTTTTATTTTTCTTTTTCATAATACTAGATATAGTTTTTGTT
CATAGCATTAGCGTATGCATATAAGTTTTAAGCTTGAGTAAAA*TGTGAGGAAAAAAA

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3D766JQ 762 0 0
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CGAATCAATAGGAAATATCAAGAAAAAGTCGCCGCCGCCTCCACCACACGGGTGTTTCGC
AGTTTACGTGGGTCCCACGAGACAGAGGGTCGTGGTGAAAACAAAATTGTTGAACCATCC
TTTGTTCAAGAACTTGTTAGAAGAAGCAGAGACTGAATATGGATATAGATGTGATGGGCC
CATTGTTTTTCCTTGCGAGGTTGACTTCTTTTTCAATATTTTGGCTAATATGAGGTCTAA
TGGTGATGAGTATGATGAAGATGATGATGATGACGATGGTATGATGAATCTTCCGATTTG
CGGTTTGGGTAGTCCCTACAGATGTGCTGGTTTCGGTTCCATGAGCGTGAGACGTATCGG
CTTGTACAAGCTTTTTCGATCTCCATCTTTGTTTAAATTAAATAGATTTTGACAAAGAAA
AAGAAATGCTTTTGATTTTGTTTTTATTTTTTTTTTTCATAATACTAGATATAGTTTTTG
TTCATAGCATTAGCGTATGCATATAAGTTTTAAGCTTGAGTAAAAATGTGAGGGAAAAAA
AAAAGAACCCTTACATTTCCGAATCGCAACTATTTGCTTAAATTATGTTCTATTTGTTTT
CCTAAGATTTTGATGTCTTGTTTTGTATCTTAATACATGTGAGTGTTTTTGGATGGCTCA
AACTTTGAATTACAGAAATTAATAAAAGCACTAAATTTATTG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL8487Contig1 743 2 8 U
AATAGTTTCTCTCATTATAATCATCATCAAAAATAATCATGGCGTATGGAGACAGCAGAT
CAGGACCCTCCATCTTGGATTCATTCTCGCTCTCGCCTCTACCGTACCCGGTCCTTTTAA
TCCTAGCCGTCGCTTCGGTGTTCCTAATGACATCATGGTACTTGAGCTTCGAAGATGCAG
CAGAATCCGCGGGAGAGCAGATGAATCTTGCTCTTCTCTTGATCCCTCTCTTTCTCATAG
TCTTGGTTCGGTGGTTATCCACCGTGGAGAATCCAGAGGCGTTTCTAGGGATGTTTTCAA
ACCGTCGTCAGACGTACGGGACTCCCAACGCCGGTGACGGAGGTGGAAGCTCGCCGTGGG
GAGTGGCGGCGATTATAGTTCTGTTGCTTGTTTTGCTTCAGTATCAGTCAAGTTTCTTGG
AGATGTGGTTTGGTTGATTAATTGATTATAGTGTAAGAGCATCTCCACTAGCAAACTTCT
CCCATATCAATTCCCAATGTAATTTTATATTTTTTTTTTTTTTGTTTGACTTTTCCTAAA
AAAAGAGAAAAAAATTAATATCCTAACTTATCGCGGACTGCTACGTGTCGTGGGATCCAC
AGAACAGTTAAGATACAAGCTCACTCCACTGATCCCAACGATACAGGTTCACGGATAAAA
GAATATTATATTATTTTTCTTTTTTGGTTTGCGTGTAAACTTCCTTTAATATTTTTTAAT
GGAGATGCTCTAAGCTTCGAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H785TF U 1
AF RR3AO36TF U 58
BS 1 193 RR3H785TF
BS 194 194 RR3AO36TF
BS 195 321 RR3H785TF
BS 322 322 RR3AO36TF
BS 323 520 RR3H785TF
BS 521 522 RR3AO36TF
BS 523 642 RR3H785TF
BS 643 743 RR3AO36TF

RD RR3H785TF 642 0 0
AATAGTTTCTCTCATTATAATCATCATCAAAAATAATCATGGCGTATGGAGACAGCAGAT
CAGGACCCTCCATCTTGGATTCATTCTCGCTCTCGCCTCTACCGTACCCGGTCCTTTTAA
TCCTAGCCGTCGCTTCGGTGTTCCTAATGACATCATGGTACTTGAGCTTCGAAGATGCAG
CAGAATCCGCGGGGGAGCAGATGAATCTTGCTCTTCTCTTGATCCCTCTCTTTCTCATAG
TCTTGGTTCGGTGGTTATCCACCGTGGAGAATCCAGAGGCGTTTCTAGGGATGTTTTCAA
ACCGTCGTCAGACGTACGGGAGTCCCAACGCCGGTGACGGAGGTGGAAGCTCGCCGTGGG
GAGTGGCGGCGATTATAGTTCTGTTGCTTGTTTTGCTTCAGTATCAGTCAAGTTTCTTGG
AGATGTGGTTTGGTTGATTAATTGATTATAGTGTAAGAGCATCTCCACTAGCAAACTTCT
CCCATATCAATTCCCAATGTAATTTTATATTTTTTTTTTT**TGTTTGACTTTTCCTAAA
AAAAGAGAAAAAAATTAATATCCTAACTTATCGCGGACTGCTACGTGTCGTGGGATCCAC
AGAACAGTTAAGATACAAGCTCACTCCACTGATCCCAACGAT

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3AO36TF 686 0 0
GATCAGGACCCTCCATCTTGGATTCATTCTCGCTCTCGCCTCTACCGTACCCGGTCCTTT
TAATCCTAGCCGTCGCTTCGGTGTTCCTAATGACATCATGGTACTTGAGCTTCGAAGATG
CAGCAGAATCCGCGGGAGAGCAGATGAATCTTGCTCTTCTCTTGATCCCTCTCTTTCTCA
TAGTCTTGGTTCGGTGGTTATCCACCGTGGAGAATCCAGAGGCGTTTCTAGGGATGTTTT
CAAACCGTCGTCAGACGTACGGGACTCCCAACGCCGGTGACGGAGGTGGAAGCTCGCCGT
GGGGAGTGGCGGCGATTATAGTTCTGTTGCTTGTTTTGCTTCAGTATCAGTCAAGTTTCT
TGGAGATGTGGTTTGGTTGATTAATTGATTATAGTGTAAGAGCATCTCCACTAGCAAACT
TCTCCCATATCAATTCCCAATGTAATTTTATATTTTTTTTTTTTTTGTTTGACTTTTCCT
AAAAAAAGAGAAAAAAATTAATATCCTAACTTATCGCGGACTGCTACGTGTCGTGGGATC
CACAGAACAGTTAAGATACAAGCTCACTCCACTGATCCCAACGATACAGGTTCACGGATA
AAAGAATATTATATTATTTTTCTTTTTTGGTTTGCGTGTAAACTTCCTTTAATATTTTTT
AATGGAGATGCTCTAAGCTTCGAATG

QA 1 686 1 686
DS 



AS 1 2

CO CL8488Contig1 794 2 3 U
GAGCAACGACTTGATACAGCAGATGAAGGTAAGTTCAAGCACCAACGAACAACATCTATG
ACATATTTGAAGTGAACCATATTTTCCAGAGAGCTCAATGGATTACAGAAGAATAAAGAT
AAGAGACTGATCATTCTGGAGATAAGTCCAAGGGATCGCAGACATAACTTCCAGATCCTA
TCTTAAAATAAAATAAAATCCAAACTAAAGATTAGATCTCACTTAGCACTGTCTGAAGCC
AATGATGATGCCCTTCTTCTAGCAACTCTAAGTATGTTTGCTGCTTCTCTCATTCCACTT
AAGAAGGCTCCGTGCATTGTAGCCGGATATTGTTTGTTCGTCGCTTCACCAGCAAAGAAC
ACTCTCCCATCTCCAACACTCTCAGCTAAAATGTCATAATCATCTCCAGATGAACCCACC
GCAACATACGAGTAAGAACCGTACGAAAACTTGTCTTGTCCCCATCTGGAACAGAGGGCT
TGAACCGGATCAGGAACAACGATTCCTTTCGGGTGATAAATCCCACGCAGTATCTGCAAC
ACCCTTTTAACGGAATCAGTAGGCGACATTTTCTCAAACCTCTCTGCGGCGTCTCCAGCT
ACAAGTGCTACGAGCAACGGACCACCAGAGACCGAAGAGTAGCTGTAGAACAAGAAGAAC
TCTCCTCTCGTGCTAGAATCTTCGGTTAATCTCCCAAACGTATCAATCTCCTCCCCCAAA
AGTTATAAGGAAACAACATGGCAACCTTGTTCAACAGTCCGTACCCGAGTCTCTGAATCG
CTTATCTCTTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BG36TF C 1
AF RR3BG36JQ U 221
BS 1 220 RR3BG36TF
BS 221 788 RR3BG36JQ
BS 789 794 RR3BG36TF

RD RR3BG36TF 794 0 0
GAGCAACGACTTGATACAGCAGATGAAGGTAAGTTCAAGCACCAACGAACAACATCTATG
ACATATTTGAAGTGAACCATATTTTCCAGAGAGCTCAATGGATTACAGAAGAATAAAGAT
AAGAGACTGATCATTCTGGAGATAAGTCCAAGGGATCGCAGACATAACTTCCAGATCCTA
TCTTAAAATAAAATAAAATCCAAACTAAAGATTAGATCTCACTTAGCACTGTCTGAAGCC
AATGATGATGCCCTTCTTCTAGCAACTCTAAGTATGTTTGCTGCTTCTCTCATTCCACTT
AAGAAGGCTCCGTGCATTGTAGCCGGATATTGTTTGTTCGTCGCTTCACCAGCAAAGAAC
ACTCTCCCATCTCCAACACTCTCAGCTAAAATGTCATAATCATCTCCAGATGAACCCACC
GCAACATACGAGTAAGAACCGTACGAAAACTTGTCTTGTCCCCATCTGGAACAGAGGGCT
TGAACCGGATCAGGAACAACGATTCCTTTCGGGTGATAAATCCCACGCAGTATCTGCAAC
ACCCTTTTAACGGAATCAGTAGGCGACATTTTCTCAAACCTCTCTGCGGCGTCTCCAGCT
ACAAGTGCTACGAGCAACGGACCACCAGAGACCGAAGAGTAGCTGTAGAACAAGAAGAAC
TCTCCTCTCGTGCTAGAATCTTCGGTTAATCTCCCAAACGTATCAATCTCCTCCCCCAAA
AGTTATAAGGAAACAACATGGCAACCTTGTTCAACAGTCCGTACCCGAGTCTCTGAATCG
CTTATCTCTTCTTC

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3BG36JQ 568 0 0
ACTTAGCACTGTCTGAAGCCAATGATGATGCCCTTCTTCTAGCAACTCTAAGTATGTTTG
CTGCTTCTCTCATTCCACTTAAGAAGGCTCCGTGCATTGTAGCCGGATATTGTTTGTTCG
TCGCTTCACCAGCAAAGAACACTCTCCCATCTCCAACACTCTCAGCTAAAATGTCATAAT
CATCTCCAGATGAACCCACCGCAACATACGAGTAAGAACCGTACGAAAACTTGTCTTGTC
CCCATCTGGAACAGAGGGCTTGAACCGGATCAGGAACAACGATTCCTTTCGGGTGATAAA
TCCCACGCAGTATCTGCAACACCCTTTTAACGGAATCAGTAGGCGACATTTTCTCAAACC
TCTCTGCGGCGTCTCCAGCTACAAGTGCTACGAGCAACGGACCACCAGAGACCGAAGAGT
AGCTGTAGAACAAGAAGAACTCTCCTCTCGTGCTAGAATCTTCGGTTAATCTCCCAAACG
TATCAATCTCCTCCCCCAAAAGTTATAAGGAAACAACATGGCAACCTTGTTCAACAGTCC
GTACCCGAGTCTCTGAATCGCTTATCTC

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL8489Contig1 1158 2 8 U
GGACGAGTCTACGACGCCGTTCTCTTCAGCAACGAGCTCGACATCCTCGCCGTCCGCTGG
AGAGAGCTCTACCCTTACATCACTCAGTTCGTCCTCCTCGAATCCAACTCCACCTTCACT
GGCCTCCCCAAGCCTCTCGTCTTTGCCTCCCACAGGGGAGAGTTCGAGTTTATAGAGCCG
CGTCTCACTTACGGCTCTCTCGGTGGGAGGTTTGTTAAAGGGATGAATCCTTTCTGCGAG
GAGGCGTATCAGCGAGTGGCGTTAGACCAGCTTCTCAGGATCGCTGGGATCACTGATGAT
GACTTGCTGCTCATGTCTGACGTGGACGAGATTCCGAGTAGGCACACTATAAACCTCCTG
AGATGGTGTGACGAGGTGCCTAAGATACTCCACCTGAGGCTCAAGAACTATCTTTACTCC
TTCGAGTTCCCTGTGGACAACAAGAGCTGGAGAGCTTCGGTGCATAGATACGAGACCGGG
AAGACGCGGTACGCTCATTACCGGCAGTCTGATGAGATCTTGGCTGATGCGGGGTGGCAT
TGCAGCTTTTGCTTAGACGGATCAGCGAGTTTATATTCAAGATGAAGGCTTATAGCCATA
GTGATAGAGTGAGGTTTAGCCGTTTCTTGAATCCTAAAAGGGTTCAGAGAGTTATATGCA
AAGGAGGTGATCTTTTCGATATGTTACCTGAAGAGTATACTTTCAAGGACATTATAGGGA
AGATGGGTCCCATTCCTCACTCTTACTCGGCTGTTCATCTTCCTTCTTATCTCCTGGAGA
ACGCGGATAAGTATAGATTCCTCTTGCCGGGAAACTGCATGAGAGAAAGCGAATGATAGA
GAGGAGACAAAGATCGTTCATCTGAAGATATCTCTCTCTCTACATTGAGAGAGGAGACAA
AAAGGTTGGCTTGAATCATCCAGTGGCCTAATAAACACTCACAGAACTGAACTGATAGAT
ATAATCTCTCTGCTTTTTTTGTCTGAGGCACTTTCAAGAAGATTATTATAGGGTGAAGAG
TTTTTGTTGTATATAGATAGAGATCTGTTTGTTTCTTTCTTTCAGGATTTCTGATTTTGG
AAATCAGAACATGAAAACCTTCCATTTCTTGTGATCTTTCTATCTTTCAAACATGAGTAT
GTATGTGTTCGTTCTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD90TF U 1
AF RR3FD90JQ C 435
BS 1 666 RR3FD90TF
BS 667 667 RR3FD90JQ
BS 668 712 RR3FD90TF
BS 713 713 RR3FD90JQ
BS 714 720 RR3FD90TF
BS 721 721 RR3FD90JQ
BS 722 767 RR3FD90TF
BS 768 1158 RR3FD90JQ

RD RR3FD90TF 779 0 0
GGACGAGTCTACGACGCCGTTCTCTTCAGCAACGAGCTCGACATCCTCGCCGTCCGCTGG
AGAGAGCTCTACCCTTACATCACTCAGTTCGTCCTCCTCGAATCCAACTCCACCTTCACT
GGCCTCCCCAAGCCTCTCGTCTTTGCCTCCCACAGGGGAGAGTTCGAGTTTATAGAGCCG
CGTCTCACTTACGGCTCTCTCGGTGGGAGGTTTGTTAAAGGGATGAATCCTTTCTGCGAG
GAGGCGTATCAGCGAGTGGCGTTAGACCAGCTTCTCAGGATCGCTGGGATCACTGATGAT
GACTTGCTGCTCATGTCTGACGTGGACGAGATTCCGAGTAGGCACACTATAAACCTCCTG
AGATGGTGTGACGAGGTGCCTAAGATACTCCACCTGAGGCTCAAGAACTATCTTTACTCC
TTCGAGTTCCCTGTGGACAACAAGAGCTGGAGAGCTTCGGTGCATAGATACGAGACCGGG
AAGACGCGGTACGCTCATTACCGGCAGTCTGATGAGATCTTGGCTGATGCGGGGTGGCAT
TGCAGCTTTTGCTTAGACGGATCAGCGAGTTTATATTCAAGATGAAGGCTTATAGCCATA
GTGATAGAGTGAGGTTTAGCCGTTTCTTGAATCCTAAAAGGGTTCAGAGAGTTATATGCA
AAGGAG*TGATCTTTTCGATATGTTACCTGAAGAGTATACTTTCAAGGACAT*ATAGGGA
*GATGGGTCCCATTCCTCACTCTTACTCGGCTGTTCATCTTCCTTCT
ATCTCCTGAGAA

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3FD90JQ 724 0 0
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TCATTACCGGCAGTCTGATGAGATCTTGGCTGATGCGGGGTGGCATTGCAGCTTTTGCTT
AGACGGATCAGCGAGTTTATATTCAAGATGAAGGCTTATAGCCATAGTGATAGAGTGAGG
TTTAGCCGTTTCTTGAATCCTAAAAGGGTTCAGAGAGTTATATGCAAAGGAGGTGATCTT
TTCGATATGTTACCTGAAGAGTATACTTTCAAGGACATTATAGGGAAGATGGGTCCCATT
CCTCACTCTTACTCGGCTGTTCATCTTCCTTCTTATCTCCTGGAGAACGCGGATAAGTAT
AGATTCCTCTTGCCGGGAAACTGCATGAGAGAAAGCGAATGATAGAGAGGAGACAAAGAT
CGTTCATCTGAAGATATCTCTCTCTCTACATTGAGAGAGGAGACAAAAAGGTTGGCTTGA
ATCATCCAGTGGCCTAATAAACACTCACAGAACTGAACTGATAGATATAATCTCTCTGCT
TTTTTTGTCTGAGGCACTTTCAAGAAGATTATTATAGGGTGAAGAGTTTTTGTTGTATAT
AGATAGAGATCTGTTTGTTTCTTTCTTTCAGGATTTCTGATTTTGGAAATCAGAACATGA
AAACCTTCCATTTCTTGTGATCTTTCTATCTTTCAAACATGAGTATGTATGTGTTCGTTC
TTCT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL8490Contig1 559 2 1 U
GGAACCACAGTGAGGAATTAAAACCCCTCCGACCAGAGACTGCTGTTGATAATTCTATCG
TTAAATCCCTAAAATCATTAATCGGAAAATCTATTTGAATCCGTGAGTCTTCTTCTGCTG
AAGATCTGGGAAGGGAAGAGGGGAAAGATGAAGCGGGCTAGATTTCTGGATTGGTATCTG
AAAATCGCGATTGGATCTGCTATCATCGGCGGTGGAATGGAGTTCTTCATGATCAAGACT
GGCTTCTACGACAAGGTTACTGTACTAGAAGCTGAGAAACGAGCCTATGAAAATTCCCCT
GAAGCTCAAGCCGTGCGAGAAGCGCTTAATCCCTGGAGAAACAAGGACGCTCAAGCTACC
AAAACACCTTAGAAGCTCAATCATGAAGTTACTTCCACTTACTCTCAAACTTTGCAAATG
CTGCTTCAGCCTTTGCTGTTTTTGAGATATTAAGTTTTTCATTTGCTAAAATGTAGCAGC
TTTGAACACATTTACATGTTATGAATGAAGAAGATAAATGATGCTGAAATAAAAACAAAG
ATATGGGTTTTGAAGGTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E405JQ C 1
AF RR3E405TF U 1
BS 1 559 RR3E405TF

RD RR3E405JQ 559 0 0
GGAACCACAGTGAGGAATTAAAACCCCTCCGACCAGAGACTGCTGTTGATAATTCTATCG
TTAAATCCCTAAAATCATTAATCGGAAAATCTATTTGAATCCGTGAGTCTTCTTCTGCTG
AAGATCTGGGAAGGGAAGAGGGGAAAGATGAAGCGGGCTAGATTTCTGGATTGGTATCTG
AAAATCGCGATTGGATCTGCTATCATCGGCGGTGGAATGGAGTTCTTCATGATCAAGACT
GGCTTCTACGACAAGGTTACTGTACTAGAAGCTGAGAAACGAGCCTATGAAAATTCCCCT
GAAGCTCAAGCCGTGCGAGAAGCGCTTAATCCCTGGAGAAACAAGGACGCTCAAGCTACC
AAAACACCTTAGAAGCTCAATCATGAAGTTACTTCCACTTACTCTCAAACTTTGCAAATG
CTGCTTCAGCCTTTGCTGTTTTTGAGATATTAAGTTTTTCATTTGCTAAAATGTAGCAGC
TTTGAACACATTTACATGTTATGAATGAAGAAGATAAATGATGCTGAAATAAAAACAAAG
ATATGGGTTTTGAAGGTTT

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3E405TF 559 0 0
GGAACCACAGTGAGGAATTAAAACCCCTCCGACCAGAGACTGCTGTTGATAATTCTATCG
TTAAATCCCTAAAATCATTAATCGGAAAATCTATTTGAATCCGTGAGTCTTCTTCTGCTG
AAGATCTGGGAAGGGAAGAGGGGAAAGATGAAGCGGGCTAGATTTCTGGATTGGTATCTG
AAAATCGCGATTGGATCTGCTATCATCGGCGGTGGAATGGAGTTCTTCATGATCAAGACT
GGCTTCTACGACAAGGTTACTGTACTAGAAGCTGAGAAACGAGCCTATGAAAATTCCCCT
GAAGCTCAAGCCGTGCGAGAAGCGCTTAATCCCTGGAGAAACAAGGACGCTCAAGCTACC
AAAACACCTTAGAAGCTCAATCATGAAGTTACTTCCACTTACTCTCAAACTTTGCAAATG
CTGCTTCAGCCTTTGCTGTTTTTGAGATATTAAGTTTTTCATTTGCTAAAATGTAGCAGC
TTTGAACACATTTACATGTTATGAATGAAGAAGATAAATGATGCTGAAATAAAAACAAAG
ATATGGGTTTTGAAGGTTT

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

CO CL8491Contig1 567 2 1 U
GGATTCAAGCTACCGCCGGCGAAAATGGTTTTCAAGAGGTACGTCGAGATCGGGAGAGTC
GCTCTTGTGAACTATGGAAAGGACCATGGAAAGCTCGTCGTCATCGTCGACGTCGTGGAC
CAGAACAGGGCTTTAGTAGATGCCCCTGACATGGAGAGGATCCAGATGAACTTCAAGAGG
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BQ
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DS 

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GGATTCAAGCTACCGCCGGCGAAAATGGTTTTCAAGAGGTACGTCGAGATCGGGAGAGTC
GCTCTTGTGAACTATGGAAAGGACCATGGAAAGCTCGTCGTCATCGTCGACGTCGTGGAC
CAGAACAGGGCTTTAGTAGATGCCCCTGACATGGAGAGGATCCAGATGAACTTCAAGAGG
TTGTCTCTTACTGACATCGTGATCGAGATCAACCGAGTGCCTAAGAAGAAGGCATTGATT
GAGGCCATGGAGAAAGCTGACGTGAAGAACAAGTGGGAGAAGAGCTCCTGGGGTAGGAAG
CTCATCGTTCAGAAGCGTAGGGCCAGCCTTAATGATTTTGACAGATTCAAGATCATGTTG
GCCAAGATCAAGAAAGCTGGTGTCGTCAGGCAAGAACTTGCTAAACTCAAGAAGGAGATC
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QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3D813TF U 1
AF RR3B742TF U 1
BS 1 506 RR3B742TF
BS 507 507 RR3D813TF
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BS 700 700 RR3D813TF
BS 701 808 RR3B742TF

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CA

QA 1 740 1 740
DS 

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TCCTTCAAGCGCCCATGATTCGCCCTTCTTCACGACAAACTCTGGTGCTCCTGTCTGGAA
CAACAACTCTTCTCTGACTGCTGGAACCAGAGGTCCGATCCTTCTGGAAGACTACCATCT
ACTTGAGAAACTCGCCAACTTCGACAGGGAGCGGATCCCTGAGAGGGTTGTGCATGCCAG
AGGTGCCAGTGCAAAGGGTTTCTTTGAAGTCACTCAGGACATTACCCACCTCACTTGTGC
TGATTTTCTCCGAGGACCCGGTGTCCAGACTCCCGTCATTGTTCGTTTCTCCACCGTCAT
CCACGAGCGTGGCAGCCCCGAGACTCTCAGAGATCCTCGTGGTTTTGCCGTCAAGTTCTA
CACCAGAGAAGGCAACTTCGATCTCGTTGGCAACAACTTCCCCGTCTTCTTCGTCCGCGA
CGGCATGGAGTTCCCCGACATGGTCCACGCCCTGAAACCGAATCCCAAATCACACATTCA
GGAGAACTGGAGGATACTGGACTTCTTCTCGCACCACCCTGAGAGTCTTCACATGTTTTC
GTTCCTTTTCGATGATCTCGGTATCCCACAGGACTACAGGCACATGGATGGCTTTGGTGT
CAACACTTACATGCTTATCAACAGATCCGGAAAAGCTCACTATGTGAAGTTCCACTGGAA
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QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

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TGTGGCCTTGTTCTGATTCAGCTGCTTGCTGTTCAAATCGATGCTCAAAGACCCAAGACT
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AGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTTGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCT
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BQ
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AF RR3CF26TF U 1
AF RR3CF26JQ C 152
BS 1 616 RR3CF26TF
BS 617 617 RR3CF26JQ
BS 618 663 RR3CF26TF
BS 664 664 RR3CF26JQ
BS 665 707 RR3CF26TF
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BS 709 715 RR3CF26TF
BS 716 716 RR3CF26JQ
BS 717 735 RR3CF26TF
BS 736 937 RR3CF26JQ

RD RR3CF26TF 748 0 0
ACGAGAATCCCACAAAACGAAACAGCTAGACTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCCACCTAACC
TCTCTGTAAAAAGAAGCCGGTGAAGTCAGTCGCCGGCGATAAGAGAATAACAGGTTAGTA
CGAATCTCCGGCGAGCTAGTCCCCACAATGCGAGGGTCACGAGCTTCTTCGCTGTTACTC
TGTGGCCTTGTTCTGATTCAGCTGCTTGCTGTTCAAATCGATGCTCAAAGACCCAAGACT
CCATGGAAGACGCTCTCTGGCCGTTCTCCTCGTGTGATTGCTCGTGGAGGGTTCTCAGGA
CTGTTTCCAGATTCGAGCCTAGATGCTTACAACTTCGCGTTGCAGACAGGTGTAGCAGAT
ACTGTTCTATGGTGTGATCTTCAATTAACCAAAGACGGAGCTGGGATTTGCTTCCCTGAT
CTAACCATGAGCAATGCTTCAAACGTTGAAGTTGTTTACCCAATCCTGACACGGGGAGGT
AGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTTGAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCT
AAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCAACTCCTGGAACACCATCAACCACTGCACC
GCCACCTAGTGGACAA*CCAGACTCGCTCTATCTCTTCTCCTCTCTGTTTTTGCAATGGT
TTT*GCCTCTCTTCTACTTATGTGATCACATCTTCTCGCTGTTGATA*TGTCTTT*CCTG
GGCGTGACTCAGTCA
TATCTTACAGCCG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3CF26JQ 786 0 0
GAGGGTCACGAGCT*CTTCGCTGTTACTCTGTGGCCTTGTTCTGATTCAGCTGCTTGCTG
TTCAAATCGATGCTCAAAGACCCAAGACTCCATGGAAGACGCTCTCTGGCCGTTCTCCTC
GTGTGATTGCTCGTGGAGGGTTCTCAGGACTGTTTCCAGATTCGAGCCTAGATGCTTACA
ACTTCGCGTTGCAGACAGGTGTAGCAGATACTGTTCTATGGTGTGATCTTCAATTAACCA
AAGACGGAGCTGGGATTTGCTTCCCTGATCTAACCATGAGCAATGCTTCAAACGTTGAAG
TTGTTTACCCAATCCTGACACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATACCGGGCTCTTT
GAGTCTGGTAATTGGAATGAGTACAATCTAAATCCCTTAACGAGGATCCATTGGAGGGCA
ACTCCTGGAACACCATCAACCACTGCACCGCCACCTAGTGGACAAACCAGACTCGCTCTA
TCTCTTCTCCTCTCTGTTTTTGCAATGGTTTTTGCCTCTCTTCTACTTATGTGATCACAT
CTTCTCGCTGTTGATAATGTCTTTTCCTGGGCGTGACTCAGTCAATATCTTAACAGCCGG
AACCGTAAATTCTTTTCCTGTTTATATTTTTAGTTCTGTCCAAAAGAACAGGAGATTCTT
GGAGTGTTGTAACTTTTCCGCATATTCATTTGTTGTTGTAACATAATACTCTTGCATTGT
GTCTTGTACTATTTATGAGATTGTATCTATTCTTAAAGACGTAGTAATCAATTTCGTATT
CCACTG

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL8494Contig1 1017 2 2 U
GCCGAGCCGAGGAGATTATGGGCCAGGCGATTCGCGAGCTCGGCTGGCGCAGATCCGACG
TCGTCGTCTCCACCAAGATCTTCTGGGGTGGTCCTGGTCCTAACGACAAAGGTTTGTCGA
GGAAACATATCGTCGAAGGAACCAAAGCTTCTCTCAAACGACTCGATATGGACTACGTCG
ATGTCCTCTATTGCCACAGGCCTGATGCTTCAACACCTATAGAAGAGACGGTGAGGGCGA
TGAACTACGTGATTGATAAGGGTTGGGCGTTTTATTGGGGAACAAGTGAATGGTCGGCTC
AACAAATCACTGAGGCATGGGGAGCTGCTGAGAGATTGGATTTGGTCGGTCCAATCGTGG
AACAGCCTGAGTACAACATGTTTGCTAGGCACAAAGTTGAGTTAGAGTTTCTTCCTTTGT
ACACCAACCATGGCACGGGTCTGACTACTTGGAGCCCACTCGCATCTGGTGTGCTCACTG
GTAAATACAACAAGGGATCTATTCCCTCTGACAGCCGATTTGCATTGGAGAATTACAAAA
ACCTTGCCAATAGATCACTTGTGGATGACGTGCTGAAGAAAGTCAGCGGGCTCAAACCGA
TTGCAGATGAGCTAGGTGTAACCTTGGCTCAGCTTGCAATCGCTTGGTGTGCTTCTAATC
CTAACGTGTCATCCGTTATCACCGGTGCCACAAAGGGAGTCACAGATTCAAGAAAACATG
AAAGCTGTTGATGTGATCCCGTTGTTGACACCACATGTTCTGGACAAGATCGAGCAAGTG
ATACCGAGCAAACCTAAACGTCCTGAATCGTACCGGTAAAAACCAAAATCCTGAGATTAT
TTGGAGGCTGTGTGATGGTTGTTCTTGGAAGTTGCCACGTGTTGTCTTTGTTTGTTTTCA
TATGCATTTTAAGACTCAGAGACAGAGAGAGTACTAATGTGTTGTTTTCTAGTTTTGTTG
GTTCCACATTTAAAACGGTTCTATTGTTAGTGAAAACTTAAAAAAGTTGGTTCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A257TF U 1
AF RR3A257JQ C 223
BS 1 763 RR3A257TF
BS 764 1017 RR3A257JQ

RD RR3A257TF 763 0 0
GCCGAGCCGAGGAGATTATGGGCCAGGCGATTCGCGAGCTCGGCTGGCGCAGATCCGACG
TCGTCGTCTCCACCAAGATCTTCTGGGGTGGTCCTGGTCCTAACGACAAAGGTTTGTCGA
GGAAACATATCGTCGAAGGAACCAAAGCTTCTCTCAAACGACTCGATATGGACTACGTCG
ATGTCCTCTATTGCCACAGGCCTGATGCTTCAACACCTATAGAAGAGACGGTGAGGGCGA
TGAACTACGTGATTGATAAGGGTTGGGCGTTTTATTGGGGAACAAGTGAATGGTCGGCTC
AACAAATCACTGAGGCATGGGGAGCTGCTGAGAGATTGGATTTGGTCGGTCCAATCGTGG
AACAGCCTGAGTACAACATGTTTGCTAGGCACAAAGTTGAGTTAGAGTTTCTTCCTTTGT
ACACCAACCATGGCACGGGTCTGACTACTTGGAGCCCACTCGCATCTGGTGTGCTCACTG
GTAAATACAACAAGGGATCTATTCCCTCTGACAGCCGATTTGCATTGGAGAATTACAAAA
ACCTTGCCAATAGATCACTTGTGGATGACGTGCTGAAGAAAGTCAGCGGGCTCAAACCGA
TTGCAGATGAGCTAGGTGTAACCTTGGCTCAGCTTGCAATCGCTTGGTGTGCTTCTAATC
CTAACGTGTCATCCGTTATCACCGGTGCCACAAAGGGAGTCACAGATTCAAGAAAACATG
AAAGCTGTTGATGTGATCCCGTTGTTGACACCACATGTTCTGG

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3A257JQ 795 0 0
AAGAGACGGTGAGGGCGATGAACTACGTGATTGATAAGGGTTGGGCGTTTTATTGGGGAA
CAAGTGAATGGTCGGCTCAACAAATCACTGAGGCATGGGGAGCTGCTGAGAGATTGGATT
TGGTCGGTCCAATCGTGGAACAGCCTGAGTACAACATGTTTGCTAGGCACAAAGTTGAGT
TAGAGTTTCTTCCTTTGTACACCAACCATGGCACGGGTCTGACTACTTGGAGCCCACTCG
CATCTGGTGTGCTCACTGGTAAATACAACAAGGGATCTATTCCCTCTGACAGCCGATTTG
CATTGGAGAATTACAAAAACCTTGCCAATAGATCACTTGTGGATGACGTGCTGAAGAAAG
TCAGCGGGCTCAAACCGATTGCAGATGAGCTAGGTGTAACCTTGGCTCAGCTTGCAATCG
CTTGGTGTGCTTCTAATCCTAACGTGTCATCCGTTATCACCGGTGCCACAA*GGGAGTCA
CAGATTCAAGAAAACATGAAGGCTGTTGATGTGATCCCGTTGTTGACACCACATGTTCTG
GACAAGATCGAGCAAGTGATACCGAGCAAACCTAAACGTCCTGAATCGTACCGGTAAAAA
CCAAAATCCTGAGATTATTTGGAGGCTGTGTGATGGTTGTTCTTGGAAGTTGCCACGTGT
TGTCTTTGTTTGTTTTCATATGCATTTTAAGACTCAGAGACAGAGAGAGTACTAATGTGT
TGTTTTCTAGTTTTGTTGGTTCCACATTTAAAACGGTTCTATTGTTAGTGAAAACTTAAA
AAAGTTGGTTCTTGC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL8495Contig1 765 2 4 U
GGGTGCCCTAGCTTCTCACACAGCCGTTTATATCACAGAGGAGGCGACAGTATGGTGCAC
GTTTGCTACTACCGCAACTATGGAAAAACATTCAAGGGACCACGTCGTCCTTTCGAGAAG
GAGCGTCTCGACTCCGAGTTGAAGCTAGTTGGCGAGTACGGTCTCCGTAACAAGCGTGAG
CTCTGGAGAGTGCAGTACTCTCTTAGCCGTATCCGTAACGCCGCTAGGGATCTTCTCACA
CTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCGAAGGTGAGGCGCTACTACGTAAGATGAAC
CGTTACGGTCTTCTCGATGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCTTTGACCGTT
GAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACAATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCG
ATCCATCACTCCCGTGTCCTAATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGGAAGAGTGAAGAG
AAGGAATGAGAAGTCTGCCTCCAAGAAAGCCTCTGGTGGTGATGCAGATGGTGATGACGA
AGAGTAATTCTAACTCTCACCTGTTTTAGCTATGGAGCAATCTGCCTTTTGATCACTTGT
AGTTTGTTATTTCTCAGTGGATTGTTCTGTGTTTTCTTTCGCTTTCTCCTGTCCAACTTT
TTTACTTATTGTTTACAAACATCATCTCTTAAAAAGTTTTGTTTCTTTCTTATGCTGAGA
TCCCAAAAACTCATATAGTTCTTCTCAATAATATCTTACATTGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DY06TF U 1
AF RR3DY06JQ C 94
BS 1 497 RR3DY06TF
BS 498 498 RR3DY06JQ
BS 499 502 RR3DY06TF
BS 503 765 RR3DY06JQ

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GTTTGCTACTACCGCAACTATGGAAAAACATTCAAGGGACCACGTCGTCCTTTCGAGAAG
GAGCGTCTCGACTCCGAGTTGAAGCTAGTTGGCGAGTACGGTCTCCGTAACAAGCGTGAG
CTCTGGAGAGTGCAGTACTCTCTTAGCCGTATCCGTAACGCCGCTAGGGATCTTCTCACA
CTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCGAAGGTGAGGCGCTACTACGTAAGATGAAC
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GAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACAATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCG
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AAGGAATGAGAAGTCTGTCTCC

QA 1 502 1 502
DS 

RD RR3DY06JQ 672 0 0
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GAGTACGGTCTCCGTAACAAGCGTGAGCTCTGGAGAGTGCAGTACTCTCTTAGCCGTATC
CGTAACGCCGCTAGGGATCTTCTCACACTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTCGAA
GGTGAGGCGCTACTACGTAAGATGAACCGTTACGGTCTTCTCGATGAGAGCCAGAACAAG
CTCGATTACGTCTTGGCTTTGACCGTTGAGAATTTCCTCGAGCGTAGGCTTCAGACAATT
GTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCGATCCATCACTCCCGTGTCCTAATCAGGCAGAGG
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TGGTGGTGATGCAGATGGTGATGACGAAGAGTAATTCTAACTCTCACCTGTTTTAGCTAT
GGAGCAATCTGCCTTTTGATCACTTGTAGTTTGTTATTTCTCAGTGGATTGTTCTGTGTT
TTCTTTCGCTTTCTCCTGTCCAACTTTTTTACTTATTGTTTACAAACATCATCTCTTAAA
AAGTTTTGTTTCTTTCTTATGCTGAGATCCCAAAAACTCATATAGTTCTTCTCAATAATA
TCTTACATTGCC

QA 1 672 1 672
DS 



AS 1 2

CO CL8496Contig1 740 2 1 U
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AGAAAATGGAGAAGAGTGGAGGAAGAAAAGTGATGGATGAGATAAGAAGCTTTGAGAAGG
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GTTTTGACTCGAGCAGCATGGGTCCACCGTCTGAGGACACCGGCAGCAAGAAACATAGGT
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GAAAAGAATCTCTCCAATGGGGGCTAGCAGCTGGATTATACTCTGGTATAACTTACGGTA
TGAAGGAGGCTCGTGGAGGAGCTCATGATTGGAGAAACAGTGCAGTGGCCGGAGCATTGA
CAGGAGCGGCAATGGCTATGACAACCTCGGAGAGGACAAGCCATGAGCAAGTGGTTCAGT
CTGCTCTTACTGGAGCAGCCATTTCCACTGCTGCTAATCTCCTTTCCAGCGTTTTCTAGA
TGATTTTTCTTTATAAGGTTGTTGTTTGTGTTAGTTTTAAGTTTTAACATAAATATGTCT
TCGTCTCCTTTTAAGTCCTGTCTGAAACTCAAAACTCTTGAAGCCACACATCACATATCA
CATTTTCCTCTGTTTGAATC


BQ
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AF RR3H383TF U 1
AF RR3H383JQ C 171
BS 1 740 RR3H383TF

RD RR3H383TF 740 0 0
GGGTGAAGAGAGAAGTGTTTAACAGAAAGAAAGAAAGAAAGAGAGAAACAAGAAAAAAGA
AGAAAATGGAGAAGAGTGGAGGAAGAAAAGTGATGGATGAGATAAGAAGCTTTGAGAAGG
CAAGCTTGTTCGATCTTGGCCATCCTCTTCTCAACCGCATCGCCGACTCCTTCGTCAAAG
CCGCCGGTGTCGGAGCTTTGCAAGCTGTGTCGAGGGAAGCTTACTTTACAGTGGTCGATG
GTTTTGACTCGAGCAGCATGGGTCCACCGTCTGAGGACACCGGCAGCAAGAAACATAGGT
TCCCTAATCTCAGAGGTGAAAACAACAGCAAATCTCTGGAGGCATTGGTGAAGAATACAG
GAAAAGAATCTCTCCAATGGGGGCTAGCAGCTGGATTATACTCTGGTATAACTTACGGTA
TGAAGGAGGCTCGTGGAGGAGCTCATGATTGGAGAAACAGTGCAGTGGCCGGAGCATTGA
CAGGAGCGGCAATGGCTATGACAACCTCGGAGAGGACAAGCCATGAGCAAGTGGTTCAGT
CTGCTCTTACTGGAGCAGCCATTTCCACTGCTGCTAATCTCCTTTCCAGCGTTTTCTAGA
TGATTTTTCTTTATAAGGTTGTTGTTTGTGTTAGTTTTAAGTTTTAACATAAATATGTCT
TCGTCTCCTTTTAAGTCCTGTCTGAAACTCAAAACTCTTGAAGCCACACATCACATATCA
CATTTTCCTCTGTTTGAATC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3H383JQ 570 0 0
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AAGAATACAGGAAAAGAATCTCTCCAATGGGGGCTAGCAGCTGGATTATACTCTGGTATA
ACTTACGGTATGAAGGAGGCTCGTGGAGGAGCTCATGATTGGAGAAACAGTGCAGTGGCC
GGAGCATTGACAGGAGCGGCAATGGCTATGACAACCTCGGAGAGGACAAGCCATGAGCAA
GTGGTTCAGTCTGCTCTTACTGGAGCAGCCATTTCCACTGCTGCTAATCTCCTTTCCAGC
GTTTTCTAGATGATTTTTCTTTATAAGGTTGTTGTTTGTGTTAGTTTTAAGTTTTAACAT
AAATATGTCTTCGTCTCCTTTTAAGTCCTGTCTGAAACTCAAAACTCTTGAAGCCACACA
TCACATATCACATTTTCCTCTGTTTGAATC

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 2

CO CL8497Contig1 913 2 6 U
GGACAATTACTAGCTACAAAAAAACCACGTACGAGGAAAAAAAAAGTTCTTAGTGAGATT
AATCAAGGAGTAAAAATGGCAGACGAGGTGATTCTTCTGAGCGTCTGGGCGAGTATGTTT
GGAATGAGAACGAGGATCGCTCTGGAGGAGAAAAAAGTCAAGTACGATTACAGAGAAGAA
GATTTATGGAACAAGAGCTCTTTTCTCCTCGAGATGAACCCGGTTCACAAGAAAATCCCG
GTTCTCATCCACAATGATAAACCGGTATGTGAATCTCTCATCCAGGTCGAGTACATCGAC
GAAACTTGGCCCGTTGAAAACCCACTTCTTCCTTCCGATCCTTACCAAAGAGCTCATGCC
AAGTTTTGGGCAGATTTCGTCGACAAAAAGGTGAATGTTACGGCGAGGAGGATTTGGGCG
ATAAAAGGTGAGGAGAAAGAAGCATCCAAAGAGTTAATCGAGATATTCAAGACGCTTGAA
TCCGAGCTTGGAGACAAGCATTACTTCGGAGGCGAAACGTTTGGGTATGTGGATATAGCT
CTCATTGGGTTCTACAGCTGGTTTGGAGTCTACAACAAGTTTGGGAATATGAGTATCGAA
TCAGAGTGTCCAGAGTTGGCTGGGTGGGCCAATAGATGTTTGCAGAGAGAGAGCGTTTCT
AAAGTTCTGCCTGAGTCGGAGAAAGTCACTGCGTTCATTTGCCAACGTCTTGGCCTCGAG
TAGATAATCTTATGATGTTCTGATGTACTATGTCTGCTCTTGTTGTCTGTTTCTCTATCT
TTTTAAGGTTTCTTTCTGCTTAATAATGTGATTATGTGAGGTTGTTTAAGTGCATGTAAG
TGTTGATCCGATTCCTCCGATGCACAGTTGCTTTTTCTTTCTTGTATCTTCTCTGTATTT
GGAAATAAAATTC


BQ
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AF RR3BR80TF U 1
AF RR3BR80JQ C 206
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BS 781 913 RR3BR80JQ

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QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3BR80JQ 708 0 0
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AGTTGCTTTTTCTTTCTTGTATCTTCTCTGTATTTGGAAATAAAATTC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

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AAACCTGGTCATGACC


BQ
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AF RR3AG22JQ C 1
AF RR3AG22TF U 1
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AAACCTGGTCATGACC

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3AG22TF 556 0 0
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ATTGCCTTCTGCTTGCGTCGGAGACATGGTGATGGCCACCGTCAAGAAGGGAAAGCCTGA
TCTCCGTAAAAAGGTTATGCCAGCTGTCATCGTTAGGCAGAGGAAGCCGTGGCGCCGAAA
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GATTGCTAGTGCTGCCAATGCCATTGTCTAATGATCAGTGCAATTACTAGTCTGTCTTTG
CTGGTTTTTGATTATCATTCTAAACTTTGTTGGAGTTTTTGTAGTTTTGTTATTGAAATT
AAACCTGGTCATGACC

QA 1 556 1 556
DS 



AS 1 2

CO CL8499Contig1 869 2 4 U
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AACTTCATGGTTCTGGCAAGATTCTCCAATTCTAAACCGAACGACAATAGCAAAAGCTGT
TGGAGATTGGGTTTATGACAGAAAATTGTTTCAGAAGATAGATTGTCCTTATCCCTGTAA
CCCTACTTGCCACCACAGGGTTTTCACTCCTCAAGATGCTCCTCCAATTTAAGAAATACA
TATAGATTTACTATTCATTATAAAAAAGAAAAAAATACTTATAAATGACTCATTTGTCAT
ATTACAGTGATATATTTGTAGGGTTTAGCTATAGAAAAAGAAAAAGTGGTGATTGATTCT
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EC89TF U 1
AF RR3EC89JQ C 103
BS 1 634 RR3EC89TF
BS 635 635 RR3EC89JQ
BS 636 677 RR3EC89TF
BS 678 869 RR3EC89JQ

RD RR3EC89TF 677 0 0
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AGATGTGGTTACTCTGCATGGATCAGCAAAGAACTTGCCGAGGTCATGCACATCAAGATT
GACCCCTGCAATGTGCTTCTTCCCGCAATACGTAGCTCGCCAGATTAGAACTCCTGTATT
CATTCTTAATGCCGCATACGACTCTTGGCAGATAAAGAACATTTTGGCTCCCCGTGCTGC
TGATCCTTATGGAAAATGGCAAAGTTGTCAACTTGACATCAAGAATTGCCAACCAAACCA
GCTGAAAGTTATGCAAGATTTCAGGTTAGAGTTCTTGAGTGCGGTGATAGGTCTAGGTAG
ATCTTCATCAAGAGGGATTTTCATAGACTCTTGTTACACTCACTGCCAAACCGAGACACA
AACTTCATGGTTCTGGCAAGATTCTCCAATTCTAAACCGAACGACAATAGCAAAAGCTGT
TGGAGATTGGGTTTATGACAGAAAATTGTTTCAGAAGATAGATTGTCCTTATCCCTGTAA
CCCTACTTGCCACCACAGGGTTTTCACTCCTCAAGATGCTCCTCCAATTTAAGAAATACA
TATAGATTTACTATTCATTATAAAAAAGAAAAAA*TACTTATAAATGACTCATTTGTCAT
ATTACAGTGATATATTT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3EC89JQ 767 0 0
GTCATGCACATCAAGATTGACCC*TGCAATGTGCTTCTTCCCGCAATACGTAGCTCGCCA
GATTAGAACTCCTGTATTCATTCTTAATGCCGCATACGACTCTTGGCAGATAAAGAACAT
TTTGGCTCCCCGTGCTGCTGATCCTTATGGAAAATGGCAAAGTTGTCAACTTGACATCAA
GAATTGCCAACCAAACCAGCTGAAAGTTATGCAAGATTTCAGGTTAGAGTTCTTGAGTGC
GGTGATAGGTCTAGGTAGATCTTCATCAAGAGGGATTTTCATAGACTCTTGTTACACTCA
CTGCCAAACCGAGACACAAACTTCATGGTTCTGGCAAGATTCTCCAATTCTAAACCGAAC
GACAATAGCAAAAGCTGTTGGAGATTGGGTTTATGACAGAAAATTGTTTCAGAAGATAGA
TTGTCCTTATCCCTGTAACCCTACTTGCCACCACAGGGTTTTCACTCCTCAAGATGCTCC
TCCAATTTAAGAAATACATATAGATTTACTATTCATTATAAAAAAGAAAAAAATACTTAT
AAATGACTCATTTGTCATATTACAGTGATATATTTGTAGGGTTTAGCTATAGAAAAAGAA
AAAGTGGTGATTGATTCTTGATTGTTGAGAATACGCAAAAGGAGTAATTTTCTTCAGCAC
ATGTGTGTGCTGAAGTTGCTCTGTTTTCTCTTCCATTCTTATTCTCATGTAAAATGCAAA
TTTGTTACTTGTATCCGAATAAATAAAGTATATTCTTTTCATAACTC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL8500Contig1 974 2 4 U
TTCTGTCGTTTCAGATTACATCCATCTCCTCTGATTCTTTACGGAATATATTACTCGTTC
AATGCTATTTCTCTCCCTCAAAATCGGTGGAACTCTATTTATAAATAAGATGCGCCTTCT
CCGACAACGGTACGTCAACACAAGCTTCTGATCATGTTTATTCAACCACCGTCAAGATTC
CAAAGCCTGCTTCGGTTTCGTAGAGACGGCGTCGGCTAAATCTCCAACGGACAGCTCCTC
CCTCCCCGTCTGATAATAGAGGAGACAAGACTGTTTTGCCAACCCACGACGGAAATCATT
GTTTCAGATTACGAAGTGGGTTAATGGAACTTTGGATCTGGTAAAATTTCGGGAAAGAAG
GTAAAACAGATTGAGATCTGGTAATAGTTGCTGGTTAGATCCTCTAAAGCTCGAATCTTT
ATTTCAGTTCCACCCTTATGTTATGTAATTTGGAGTAATGTTTTGTTTCTCCGTCATAAT
ATTGAAACAGAACGAATGAGGTTTAAAAACGATAGTGTTGGTCAACGTTATGTTATTAGA
AAGCTTCTTGCTTTTCTACTACTACTGAATTTTGATCAAGTACCCCTTCTGAAATGGAAT
TGCGACATAACTTGGGTTCTATAGCGCCAGCAACAGAGCATGAAGACAATCATGTGGCTA
GAGAGCATGTTAAGAAGGCAAAAGCCGGAGATGCTGTGTTTCCAGTTGTCAAAAGGCAGC
ACCAACAAAGGCAATAGTTGAGCTCTAAATTCCAATAAGATGGTATATCTTCAATTTAAT
TTGTTTCAAATTCTTCGTTTGATTATTCTTAAGCTGGTTATCTCAGTGACTAAATTGCTT
TATTGTGGTATATGCTGTAAACAGATTAAGTTTTACTGTAGAGATGTTGTGGAAGTTTCA
GTATTGCACAAAACCAGTGTAAAAATTTGTTTATCTCTCTGATTATCAATCTGTCTGTGC
GAAATGATACTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F535TF U 1
AF RR3F535JQ C 251
BS 1 583 RR3F535TF
BS 584 584 RR3F535JQ
BS 585 589 RR3F535TF
BS 590 974 RR3F535JQ

RD RR3F535TF 589 0 0
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AATGCTATTTCTCTCCCTCAAAATCGGTGGAACTCTATTTATAAATAAGATGCGCCTTCT
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CAAAGCCTGCTTCGGTTTCGTAGAGACGGCGTCGGCTAAATCTCCAACGGACAGCTCCTC
CCTCCCCGTCTGATAATAGAGGAGACAAGACTGTTTTGCCAACCCACGACGGAAATCATT
GTTTCAGATTACGAAGTGGGTTAATGGAACTTTGGATCTGGTAAAATTTCGGGAAAGAAG
GTAAAACAGATTGAGATCTGGTAATAGTTGCTGGTTAGATCCTCTAAAGCTCGAATCTTT
ATTTCAGTTCCACCCTTATGTTATGTAATTTGGAGTAATGTTTTGTTTCTCCGTCATAAT
ATTGAAACAGAACGAATGAGGTTTAAAAACGATAGTGTTGGTCAACGTTATGTTATTAGA
AAGCTTCTTGCTTTTCTACTACTACTGAATTTTGATCAAGTACGCCTTC

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3F535JQ 724 0 0
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ACGAAGTGGGTTAATGGAACTTTGGATCTGGTAAAATTTCGGGAAAGAAGGTAAAACAGA
TTGAGATCTGGTAATAGTTGCTGGTTAGATCCTCTAAAGCTCGAATCTTTATTTCAGTTC
CACCCTTATGTTATGTAATTTGGAGTAATGTTTTGTTTCTCCGTCATAATATTGAAACAG
AACGAATGAGGTTTAAAAACGATAGTGTTGGTCAACGTTATGTTATTAGAAAGCTTCTTG
CTTTTCTACTACTACTGAATTTTGATCAAGTACCCCTTCTGAAATGGAATTGCGACATAA
CTTGGGTTCTATAGCGCCAGCAACAGAGCATGAAGACAATCATGTGGCTAGAGAGCATGT
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GCAATAGTTGAGCTCTAAATTCCAATAAGATGGTATATCTTCAATTTAATTTGTTTCAAA
TTCTTCGTTTGATTATTCTTAAGCTGGTTATCTCAGTGACTAAATTGCTTTATTGTGGTA
TATGCTGTAAACAGATTAAGTTTTACTGTAGAGATGTTGTGGAAGTTTCAGTATTGCACA
AAACCAGTGTAAAAATTTGTTTATCTCTCTGATTATCAATCTGTCTGTGCGAAATGATAC
TGCC

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL8501Contig1 876 2 2 U
GGACGTCTCTCTCGATTACATTGCGGCTTAGAACTGAGTCAGTGAGTCTCCGGATCGAGT
TAAGGAACGGGAGGCAACGGAGAATTGAAGTACGAGATCTCACAGAACGCGTACATCAAA
CTCGTTCTCCACTCTCTGCGCCACAAAACGGCGGCGGTCAACGGAGTCCTCGTCGGTCGA
ATCAGCTCAAAGGACGAAGGAGTCGTGGAGATCTCCGACTCCGTGCCGCTCTTTCACTCC
GACCTCGCTCTCCTCCCTCCTCTCGAGATCTCCCTCATCATGATAGAGGAGCATTACGTG
GCTCAAGGTTTGAGTATTGTTGGCTACTTTCATGCCAACGAGAGGTTCGACGATGTGGAG
CTCTCTGGTGCGGCTAAGAACATCGGTGATCACATCTCTCGTTATTTCCCGCAGGCGCCA
ATTCTCTTGTTGGACAACAAAAAGCTTGAAGCCTTATCAAAGGGTAAAGATCGAAGCCCT
GTGATGCAGCTTTGTGTGAAAGATGCTTCCAAGAACTGGAGAGTGGTTGGAACAGATGGA
GGAAGCAAGCTACTCTTGAAAGAGCCATCTGCCAATGTAGTTTTGTCAGATTACATTTCA
TCTGAGAAATGGAAGGACGTCACAGATTTTGATGATCATCTTGATGATGTCACCAGGGAC
TGGCTAAACTCTGGACTTTTCAACTGAAGACGGGTTTGTGATATAACTTATCAGAGTTTT
GCTTTTATCATCTTCAGTCGAAAACAAAAACATGACCCTCGTTTACAATTTCCCTTGAAT
CTTGTTCAAGTATTATCTTAGCTTGCGCAACGGTCATATCTCAAACCCCAGTTTTATCAT
TTGAATGATATCTTTTGGGGCTTGTTCTAGTGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B589TF U 1
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BS 843 876 RR3B589JQ

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GGAAGCAAGCTACTCTTGAAAGAGCCATCTGCCAATGTAGTTTTGTCAGATTACATTTCA
TCTGAGAAATGGAAGGACGTCACAGATTTTGATGATCATCTTGATGATGTCACCAGGGAC
TGGCTAAACTCTGGACTTTTCAACTGAAGACGGGTTTGTGATATAACTTATCAGAGTTTT
GCTTTTATCATCTTCAGTCGAAAACAAAAACATGACCCTCGTTTACAATTTCCCTTGAAT
CTTGTTCAAGTATTATCTTAGCTTGCGCAACGGTCATATCTCAAACCCCAGTTTTATCAT
TT

QA 1 842 1 842
DS 

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GAAGCCTTATCAAAGGGTAAAGATCGAAGCCCTGTGATGCAGCTTTGTGTGAAAGATGCT
TCCAAGAACTGGAGAGTGGTTGGAACAGATGGAGGAAGCAAGCTACTCTTGAAAGAGCCA
TCTGCCAATGTAGTTTTGTCAGATTACATTTCATCTGAGAAATGGAAGGACGTCACAGAT
TTTGATGATCATCTTGATGATGTCACCAGGGACTGGCTAAACTCTGGACTTTTCAACTGA
AGACGGGTTTGTGATATAACTTATCAGAGTTTTGCTTTTATCATCTTCAGTCGAAAACAA
AAACATGACCCTCGTTTACAATTTCCCTTGAATCTTGTTCAAGTATTATCTTAGCTTGCG
CAACGGTCATATCTCAAACCCCAGTTTTATCATTTGAATGATATCTTTTGGGGCTTGTTC
TAGTGATCC

QA 1 609 1 609
DS 



AS 1 2

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AGAATTGTCAATATACAAACTCTAAATCGGATTTTTGCATTAACGTGTTTTCTTTCTATT
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CCTTGAAATAGTTTTTTTTTCTAATGTAAAACAGAGGATTTGATTTTACCGATAACTTCG
TGGCCATGGACCGGAATCGTTCATTGATAATTGAGAAGACTTTCTGGAGATTTCATCTTC
ATCATTGTATGAGACATGGACTCGACTTTCTTCATCATCGGTCTGAAACAAAATGTCACT
TTCTTGCTCCTCAGGCTTCATCTTCGCTGTCTCAAGCTTTGAGTCAAAACAGCGAGCAAC
AGATTTTAGGGCAGAACACAGGAAACATGAAGAAAGGGAGAACAGAGGAGCTTGATGAAA
GACTTGAACAAATCAAGAATGAGATCTGTTGTCACGTCGATCATATTATAGTATATATTA
TAATCATCTGGCTGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS87TF U 1
AF RR3DS87JQ C 586
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RD RR3DS87TF 785 0 0
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CACCCTCCTTCTTTTACCGCGTAAGGCATTGTGAGTAGACTTACTCCACATAGGAGATTG
ATTCCTGCACCACAATAGGTTCAACGGTGGTGAAATGTTGAATCTGGAGTGACTTAATTT
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GCCTTTAATAGACAAAAGAGTTGTAATAACACAATTAATCAGATGTTAAGAAAATAGACA
AAAGAATTTTCATAAATGAAAAAATAAATTACATGTTTAAGAGATTGTAAATTATTCATT
AGAATTGTCAATATACAAACTCTAAATCGGATTTTTGCATTAACGTGTTTTCTTTCTATT
TTTTTTTAATTCCTGTTTGATTTGCGTTTATTTTAATAGTGTCTGAACTCTGAACCAATA
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TTCTTCGAATGGGAGATCGGCGATTGATAACTTGAGCTGAGATGAAACGAATGATTTGAT
CGAGACATCGTCTTTCTCGGTGAGCAAGGGCTGTTTGCTTGTGGAG*AAGCAA*CGAGTT
TAGAG

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3DS87JQ 750 0 0
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TCCGGTTAAGATATCCACAGATTGTCTGAATATTGTCCAAGGGAGAAGAAACTTTATTTT
TACAAAGTTACAAACCCTTGAAATAGTTTTTTTTTCTAATGTAAAACAGAGGATTTGATT
TTACCGATAACTTCGTGGCCATGGACCGGAATCGTTCATTGATAATTGAGAAGACTTTCT
GGAGATTTCATCTTCATCATTGTATGAGACATGGACTCGACTTTCTTCATCATCGGTCTG
AAACAAAATGTCACTTTCTTGCTCCTCAGGCTTCATCTTCGCTGTCTCAAGCTTTGAGTC
AAAACAGCGAGCAACAGATTTTAGGGCAGAACACAGGAAACATGAAGAAAGGGAGAACAG
AGGAGCTTGATGAAAGACTTGAACAAATCAAGAATGAGATCTGTTGTCACGTCGATCATA
TTATAGTATATATTATAATCATCTGGCTGT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

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CTTAGTGGTTCGTACCATCATTAATTTATCGAATCAATAATTTATACGAATTCCTTTCTC
CACGACAAGAAGAGAGCAATGTGTATTGTGTAAACACTTTTTAAGACTTGGGGTTTGTTG
ATCGCCCTCGCTCATAACTAATAAATTGATCATTCGCTCTTGAATTATCTTGTGGATTGG
CTCTTTAGGGTCTCCGACATCAGTTAATGTCTCTGCTTTAATCCCATGATTTCCACTTAT
CTTCTTGGCTTTTTCTAATATACCCAAAGCAATCTTCATATTCTTTTCTTGAGCTAGTCT
TATAAGTTCTGCCCTAGGTGAAAATGGATAGAAAAGCTGTGCAAATCCCAACGATGAAGA
GAGCGAGATAGGACCAACAAAACTTTGTGGCTGTTTTGCAAATATCAAAAGTTTATTGCT
GTTACTTATATCTTGAAGATTTTCAAGGACCCAAACGAGTAAATCATAACTTGAGCTGCT
CTCGTCAATAACGACCATAACATTCTTCATCTTCTTCAAGTTTGTGTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C683JQ U 3
AF RR3C683TF C 1
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CTTCTTGGCTTTTTCTAATATACCCAAAGCAATCTTCATATTCTTTTCTTGAGCTAGTCT
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QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GV71TF U 1
AF RR3GV71JQ C 167
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BS 738 824 RR3GV71JQ

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ATGATGGCTGCATGAGCGAACAGTTCGGAATGAAGCTGTCTCGAGAAGATGCGGCAAAAG
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QA 1 737 1 737
DS 

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CGTAATCTTATAAAGCATATATCGTACCTTTCTCGACCAAGAGAGTAAACTTTTTTCG

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CA59TF C 1
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QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AO09JQ C 1
AF RR3AO09TF U 1
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DS 

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QA 1 571 1 571
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3AV64TF U 1
AF RR3AV64JQ C 44
BS 1 773 RR3AV64TF
BS 774 818 RR3AV64JQ

RD RR3AV64TF 773 0 0
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CCTGCTCCCCCGCAGATGATCCTCCCTTCACCGACTTCTCCCTCCGACAAAAATTCTGGA
CAAACCGATGTTCATAATTCTACTCCACGCTCTGCTTCTCTAGCTCACTTATGTTCTTCT
CTTTCTGTTCCATCGATGATGTTGTTTGTTTCGGTTATGTATGCATTGATCAT

QA 1 773 1 773
DS 

RD RR3AV64JQ 775 0 0
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AGAGCGATCCTAGACCCGAGACATTGGCCTTTTGCTTGTTTCAGCCTAATCCTGGCCGTG
TCGACGCAAACAGCAAGATCAAGTATATGAATATGTTCGATGCTCAGGTTGATGCGGTGT
ATTCAGCTCTTAGCTCGTTTGGGTTCAAGGACGTAGAGATAGTGGTGGCTGAGACTGGGT
GGCCATACAAGGGAGACCCGGACGAGGTTGGCGCGACAATTGAGAACGCTAAAGCTTACA
ATAAAAATCTTATCGCACATTTGAAATCAATGGTCGGAACACCGCTGATGCCTGGGAAAG
TGATCGAGACATACTTGTTTGCATTGTACGACGAGAATCTCAAGCCCGGGAAAGGATTTG
AACGAGCCTTCGGTTTGTTCAAACCTGATCTAACCATGACTTATGATATCGGTCTCACCA
AAACTACCAACCAAACTTCCATGGCTCCGCAGTCTCCACGTTTACCACCAGCTGCAGCTC
CGACGAGTCAAACTTTGCCTGCTCCCCCGCAGATGATCCTCCCTTCACCGACTTCTCCCT
CCGACAAAAATTCTGGACAAACCGATGTTCATAATTTTACTCCACGCTTTGCTTCTCTAG
CTCACTTATGTTTTTCTCTTTCTGTTCCATCGATGATGTTGTTTGTTTCGGTTATGTATG
CATTGATCATATAAACATTGTGGAGTATTTTCATCCATTTTCAAGTTTAAGTGTT

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL8509Contig1 724 2 2 U
TTTTTTTACCAAATGAAATATTCATTGATAGTAAGTTAGTAACATAGAAGAAATAGAATA
TACAAGAGAATTAATACATTTGTTTTCTTTCTAGTAAGTGTAAATGGTGAATGCAAGTAA
AATGAGTATATAGGCCCCAAAAGAAAAATTAAATGAGAACATGTTTAATTGGAATTTGAA
ATAGAGAGAGGGAGAAATGAAATAAAAAGAAGAGATTGACCAGAAAAATAAGAATAAGAA
GAGACTCTCTCTTTCTCTTTGCTGCGCCTCCTTTTTGCTTCTTCTCTCTTCTTCCTCGTC
CTCCTCCCTTGGTGCTGTGCTCTCTGTCACTCTCTCTCTCTCCCCATTGTAGTCAACCAA
CCAATTGGATTCACTCGAGGAGGAGCAGAGGAAGAAAGCAACGTGAGTTAGATTTGGCGT
TTTATCTGGGTTTCATTGGAAGAAGAATTAGCAAAGTTTGGCCCTTTTGCTGGTACGGCG
TCGTTTTCTCGTGTCTTCCCTCCCCCCTTCACCAGATGATTTCTGGGTTTATTTTTTCTG
ATCTGTTTTTTTTTATTGTTTTGAGATTTTCAGAAAGGAGGTGAGAGAGAGATCTTGGAG
AAAGTTTTGTGCTTTCTTTGGGATTTGAATGTCCTACTACCACATTGCTAGGGTTTCCTT
TCCGCCATGACTTCTACCAAGCGAGCCTACAAGCTACGTATCCTTTTCTTCTTCTTATGC
CTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR3GB34TF C 1
AF RR3GB34JQ U 10
BS 1 9 RR3GB34TF
BS 10 724 RR3GB34JQ

RD RR3GB34TF 718 0 0
TTTTTTTACCAAATGAAATATTCATTGATAGTAAGTTAGTAACATAGAAGAAATAGAATA
TACAAGAGAATTAATACATTTGTTTTCTTTCTAGTAAGTGTAAATGGTGAATGCAAGTAA
AATGAGTATATAGGCCCCAAAAGAAAAATTAAATGAGAACATGTTTAATTGGAATTTGAA
ATAGAGAGAGGGAGAAATGAAATAAAAAGAAGAGATTGACCAGAAAAATAAGAATAAGAA
GAGACTCTCTCTTTCTCTTTGCTGCGCCTCCTTTTTGCTTCTTCTCTCTTCTTCCTCGTC
CTCCTCCCTTGGTGCTGTGCTCTCTGTCACTCTCTCTCTCTCCCCATTGTAGTCAACCAA
CCAATTGGATTCACTCGAGGAGGAGCAGAGGAAGAAAGCAACGTGAGTTAGATTTGGCGT
TTTATCTGGGTTTCATTGGAAGAAGAATTAGCAAAGTTTGGCCCTTTTGCTGGTACGGCG
TCGTTTTCTCGTGTCTTCCCTCCCCCCTTCACCAGATGATTTCTGGGTTTATTTTTTCTG
ATCTGTTTTTTTTTATTGTTTTGAGATTTTCAGAAAGGAGGTGAGAGAGAGATCTTGGAG
AAAGTTTTGTGCTTTCTTTGGGATTTGAATGTCCTACTACCACATTGCTAGGGTTTCCTT
TCCGCCATGACTTCTACCAAGCGAGCCTACAAGCTACGTATCCTTTTCTTCTTCTTAT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3GB34JQ 715 0 0
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ATTAATACATTTGTTTTCTTTCTAGTAAGTGTAAATGGTGAATGCAAGTAAAATGAGTAT
ATAGGCCCCAAAAGAAAAATTAAATGAGAACATGTTTAATTGGAATTTGAAATAGAGAGA
GGGAGAAATGAAATAAAAAGAAGAGATTGACCAGAAAAATAAGAATAAGAAGAGACTCTC
TCTTTCTCTTTGCTGCGCCTCCTTTTTGCTTCTTCTCTCTTCTTCCTCGTCCTCCTCCCT
TGGTGCTGTGCTCTCTGTCACTCTCTCTCTCTCCCCATTGTAGTCAACCAACCAATTGGA
TTCACTCGAGGAGGAGCAGAGGAAGAAAGCAACGTGAGTTAGATTTGGCGTTTTATCTGG
GTTTCATTGGAAGAAGAATTAGCAAAGTTTGGCCCTTTTGCTGGTACGGCGTCGTTTTCT
CGTGTCTTCCCTCCCCCCTTCACCAGATGATTTCTGGGTTTATTTTTTCTGATCTGTTTT
TTTTTATTGTTTTGAGATTTTCAGAAAGGAGGTGAGAGAGAGATCTTGGAGAAAGTTTTG
TGCTTTCTTTGGGATTTGAATGTCCTACTACCACATTGCTAGGGTTTCCTTTCCGCCATG
ACTTCTACCAAGCGAGCCTACAAGCTACGTATCCTTTTCTTCTTCTTATGCCTCC

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL8510Contig1 579 2 1 U
GGGAGAATCTCTTAATTGTTCGGCAACGAAGCAAAACAAAAGAAAAAAAAGAAAGTTTTT
TCTCAATCTCTATCTGGAGATGGATGACGCCGATCAAGAAAGCTCAGCCCTCTGCTCACG
ACATCTTTGTTGGTAACTGGAAACCAACGAAGAATGATACGTTGTCCAAGCGTGGACCGA
CTTTTGGCACAACCATGAATGTCTTGTACGGAGAGTACACATGTGGTCAAGGTGACATTG
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GAGAAGACGCGGGTCCAAACGAGGAGCTCAGTTGCGCTGAGCAGAAAGCATTCAACCCTG
CAACTGCACCTACTTCTTCCACTTCGTAAGTCTCTCTCCTCCGTATTTGCGGTTGTTCTC
AAGATCGTTTGCTTCTTCACTCGACAAGTGTTTACGTAATAAGTGTGCTATTTTTCTTTA
GGGGTTGTCCTCCCTGACTCCCTGTAGAACTTATACAAACGAAATTTTATATCTGTATGT
ATGTCGTATTGAATGAATTGTTGTATTTGCAGAGTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G431TF U 1
AF RR3G431JQ C 13
BS 1 579 RR3G431TF

RD RR3G431TF 579 0 0
GGGAGAATCTCTTAATTGTTCGGCAACGAAGCAAAACAAAAGAAAAAAAAGAAAGTTTTT
TCTCAATCTCTATCTGGAGATGGATGACGCCGATCAAGAAAGCTCAGCCCTCTGCTCACG
ACATCTTTGTTGGTAACTGGAAACCAACGAAGAATGATACGTTGTCCAAGCGTGGACCGA
CTTTTGGCACAACCATGAATGTCTTGTACGGAGAGTACACATGTGGTCAAGGTGACATTG
AGCCGATGAACAATATAGTCTCGCACTACTTGTACTTCCTGGACCTCTTGGGTATCGGAA
GAGAAGACGCGGGTCCAAACGAGGAGCTCAGTTGCGCTGAGCAGAAAGCATTCAACCCTG
CAACTGCACCTACTTCTTCCACTTCGTAAGTCTCTCTCCTCCGTATTTGCGGTTGTTCTC
AAGATCGTTTGCTTCTTCACTCGACAAGTGTTTACGTAATAAGTGTGCTATTTTTCTTTA
GGGGTTGTCCTCCCTGACTCCCTGTAGAACTTATACAAACGAAATTTTATATCTGTATGT
ATGTCGTATTGAATGAATTGTTGTATTTGCAGAGTGTGC

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3G431JQ 567 0 0
TAATTGTTCGGCAACGAAGCAAAACAAAAGAAAAAAAAGAAAGTTTTTTCTCAATCTCTA
TCTGGAGATGGATGACGCCGATCAAGAAAGCTCAGCCCTCTGCTCACGACATCTTTGTTG
GTAACTGGAAACCAACGAAGAATGATACGTTGTCCAAGCGTGGACCGACTTTTGGCACAA
CCATGAATGTCTTGTACGGAGAGTACACATGTGGTCAAGGTGACATTGAGCCGATGAACA
ATATAGTCTCGCACTACTTGTACTTCCTGGACCTCTTGGGTATCGGAAGAGAAGACGCGG
GTCCAAACGAGGAGCTCAGTTGCGCTGAGCAGAAAGCATTCAACCCTGCAACTGCACCTA
CTTCTTCCACTTCGTAAGTCTCTCTCCTCCGTATTTGCGGTTGTTCTCAAGATCGTTTGC
TTCTTCACTCGACAAGTGTTTACGTAATAAGTGTGCTATTTTTCTTTAGGGGTTGTCCTC
CCTGACTCCCTGTAGAACTTATACAAACGAAATTTTATATCTGTATGTATGTCGTATTGA
ATGAATTGTTGTATTTGCAGAGTGTGC

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL8511Contig1 842 2 2 U
GTTAATTAACCGGTTGTCCAATGGCGGCAGCAAAGACAGGCCTCCTACTCTCGTGGCTTA
TCCCATCATCATCGGCGGCGGCTCCGCTGTTTTCAGTTGCTGTGAAGTTGCCAGTGGTGA
GAGAGAGGAGAACAGAGAAGGATGTATCTGTCTCTGTCGCCTTCAATCCTTCTGGCAATT
TCGATATCTCTGCCTTGGACTCTCACGACGATTCAGATAAAGTGGAACCTCCGATGCCTC
CAACGAGCGGCCGATACGAAGTAGTCATAGATAACGACTCTATTCAGCGCCTTGACTTAT
CTCCTTTTCAGACTGCCACCGGCATCACCTCACCTCCCTCAGCTGATCCAAGAGAGTATA
TGGATCGGAGCATCGGATTCACGATCAATTACAAGAGAGAAGACCCAGGGGATCCCCGTG
AGCTTTCCGAGTATCCGGACATAAGGCTTTGGTTCGTCAGACTCGATGCCATGTACCCTT
GGCTTCCTCTCCTCCTTGACTGGAGAGCCGGTGAGCTTGCTCGTTACGCCGCCATGCTTG
TCCCTCACCAGATGAGCTTGAGAATGGGTGTTGTTTTCAATCCTGAGGCTTTGGAGCTCT
TCGTCATGACCAAAGTCTTTGTGGTTTATCCTTGGCTCAAACGTCACGGTGTCCCCAAGC
CTAGGCTCAAGACCTCTGACATGGCTAGGATGCTCGGCTTCGGTATCGGCGACCAGCTCT
TCGACTTGATCGATCATCATACCGATTCTCTTTAGGTCTCTTCTTTCCTCCAGTTTCCTT
GGTCTGATTCTCAATAATGTAAGAACCATTCCCATGAATACTTATTATTGATAGCATAGC
CT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR3BV24TF U 1
AF RR3BV24JQ C 49
BS 1 615 RR3BV24TF
BS 616 842 RR3BV24JQ

RD RR3BV24TF 615 0 0
GTTAATTAACCGGTTGTCCAATGGCGGCAGCAAAGACAGGCCTCCTACTCTCGTGGCTTA
TCCCATCATCATCGGCGGCGGCTCCGCTGTTTTCAGTTGCTGTGAAGTTGCCAGTGGTGA
GAGAGAGGAGAACAGAGAAGGATGTATCTGTCTCTGTCGCCTTCAATCCTTCTGGCAATT
TCGATATCTCTGCCTTGGACTCTCACGACGATTCAGATAAAGTGGAACCTCCGATGCCTC
CAACGAGCGGCCGATACGAAGTAGTCATAGATAACGACTCTATTCAGCGCCTTGACTTAT
CTCCTTTTCAGACTGCCACCGGCATCACCTCACCTCCCTCAGCTGATCCAAGAGAGTATA
TGGATCGGAGCATCGGATTCACGATCAATTACAAGAGAGAAGACCCAGGGGATCCCCGTG
AGCTTTCCGAGTATCCGGACATAAGGCTTTGGTTCGTCAGACTCGATGCCATGTACCCTT
GGCTTCCTCTCCTCCTTGACTGGAGAGCCGGTGAGCTTGCTCGTTACGCCGCCATGCTTG
TCCCTCACCAGATGAGCTTGAGAATGGGTGTTGTTTTCAATCCTGAGGCTTTGGAGCTCT
TCGTCATGACCAAAG

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3BV24JQ 794 0 0
TCTCGTGGCTTATCCCATCATCATCGGCGGCGGCTCCGCTGTTTTCAGTTGCTGTGAAGT
TGCCAGTGGTGAGAGAGAGGAGAACAGAGAAGGATGTATCTGTCTCTGTCGCCTTCAATC
CTTCTGGCAATTTCGATATCTCTGCCTTGGACTCTCACGACGATTCAGATAAAGTGGAAC
CTCCGATGCCTCCAACGAGCGGCCGATACGAAGTAGTCATAGATAACGACTCTATTCAGC
GCCTTGACTTATCTCCTTTTCAGACTGCCACCGGCATCACCTCACCTCCCTCAGCTGATC
CAAGAGAGTATATGGATCGGAGCATCGGATTCACGATCAATTACAAGAGAGAAGACCCAG
GGGATCCCCGTGAGCTTTCCGAGTATCCGGACATAAGGCTTTGGTTCGTCAGACTCGATG
CCATGTACCCTTGGCTTCCTCTCCTCCTTGACTGGAGAGCCGGTGAGCTTGCTCGTTACG
CCGCCATGCTTGTCCCTCACCAGATGAGCTTGAGAATGGGTGTTGTTTTCAATCCTGAGG
CTTTGGAGCTCTTCGTCATGACCAAAGTCTTTGTGGTTTATCCTTGGCTCAAACGTCACG
GTGTCCCCAAGCCTAGGCTCAAGACCTCTGACATGGCTAGGATGCTCGGCTTCGGTATCG
GCGACCAGCTCTTCGACTTGATCGATCATCATACCGATTCTCTTTAGGTCTCTTCTTTCC
TCCAGTTTCCTTGGTCTGATTCTCAATAATGTAAGAACCATTCCCATGAATACTTATTAT
TGATAGCATAGCCT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL8512Contig1 995 2 6 U
GGCACTCCAGGGGGATTCTCGTGGCGAAATAGAGGTCAAGTTCTACGGATCTTTCTCCTC
AAACACAGAGGTCCCAGCTCACATCCGCAGATACTTCCCAGTGTATCACGGCACTCAAGC
TGTCGAAAGCTCTGATGGAGCATCCATGATTGTGCTGGAGAATCTCCTTTCCAAGTACTC
TAAGCCATCGGTGGTGGATGTCAAGATGGGTTCGAGAACATGGTACCCTGAAGCATCCGA
AATACATCCAAAAATGCTTGAGGAAAGACGCCAGGAGCACCACCGTGTCCTCTGGTTTCA
GGATCTCCGGCTTCGAGGTGTACGACCACAAAGAACTGAGTTTCTGGAAGCCAGACAGGA
AGCTTCTCAACGGGATCGATGTTGACGGCGTGAGGCTGGCTCTTCGGAAGTTTGTCTCTT
CCAACACACTCTCTGACACCAGCTCGAAGCCTGACTCTGCTTTTGCGTCGAGCGTTTACG
GCGGTTCTAACGGGATCTTGACGCAGCTGTTGGAGCTCAAGACCTGGTTCGAGAACCAGA
CGTTCTACCATTTCAACTCGTGTTCGATTCTGATAATCTATGAGAACGAATCCATACACG
ATGATGGTGCAAGAGCACAAGTCAAGCTGGTGGATTTCGCTCATGTTCATGATGGTAATG
GCGTCATTGACCATAACTTCTTGGGTGGGCTCTGTTCTTTCATCAACTTCGTTCGTGAGA
TTCTTCAGAGCTCAGATGATCAGTCTACACAAGACTGAAGAGTATTTACATATACATGGC
ATGGCACCACTGAAGGGCATTAGATTTAAAGTTTTTTTTTTTAATATTACTTTTGGGTTG
GCTGATTCATTTTTGTGGATTTATACCATGTCTCCCTCGAATATTCTTGGTTATCTGAAG
AGTATACAAACATTCGTACTACTCTTTTGTCTTCTCTTCATATATGCTATGGACTTTGCG
ATTCATTGCGATTTGTGAAAAATAATACCACATCG


BQ
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AF RR3H370TF U 1
AF RR3H370JQ C 232
BS 1 721 RR3H370TF
BS 722 722 RR3H370JQ
BS 723 751 RR3H370TF
BS 752 752 RR3H370JQ
BS 753 769 RR3H370TF
BS 770 995 RR3H370JQ

RD RR3H370TF 769 0 0
GGCACTCCAGGGGGATTCTCGTGGCGAAATAGAGGTCAAGTTCTACGGATCTTTCTCCTC
AAACACAGAGGTCCCAGCTCACATCCGCAGATACTTCCCAGTGTATCACGGCACTCAAGC
TGTCGAAAGCTCTGATGGAGCATCCATGATTGTGCTGGAGAATCTCCTTTCCAAGTACTC
TAAGCCATCGGTGGTGGATGTCAAGATGGGTTCGAGAACATGGTACCCTGAAGCATCCGA
AATACATCCAAAAATGCTTGAGGAAAGACGCCAGGAGCACCACCGTGTCCTCTGGTTTCA
GGATCTCCGGCTTCGAGGTGTACGACCACAAAGAACTGAGTTTCTGGAAGCCAGACAGGA
AGCTTCTCAACGGGATCGATGTTGACGGCGTGAGGCTGGCTCTTCGGAAGTTTGTCTCTT
CCAACACACTCTCTGACACCAGCTCGAAGCCTGACTCTGCTTTTGCGTCGAGCGTTTACG
GCGGTTCTAACGGGATCTTGACGCAGCTGTTGGAGCTCAAGACCTGGTTCGAGAACCAGA
CGTTCTACCATTTCAACTCGTGTTCGATTCTGATAATCTATGAGAACGAATCCATACACG
ATGATGGTGCAAGAGCACAAGTCAAGCTGGTGGATTTCGCTCATGTTCATGATGGTAATG
GCGTCATTGACCATAACTTCTTGGGTGGGCTCTGTTCTTTCATCAACTTCGTTCGTGAGA
T*CTTCAGAGCTCAGATGATCAGTCTACACA*GACTGAAGAGTATTTAC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3H370JQ 764 0 0
AGCATCCGAAATACATCCAAAAATGCTTGAGGAAAGACGCCAGGAGCACCACCGTGTCCT
CTGGTTTCAGGATCTCCGGCTTCGAGGTGTACGACCACAAAGAACTGAGTTTCTGGAAGC
CAGACAGGAAGCTTCTCAACGGGATCGATGTTGACGGCGTGAGGCTGGCTCTTCGGAAGT
TTGTCTCTTCCAACACACTCTCTGACACCAGCTCGAAGCCTGACTCTGCTTTTGCGTCGA
GCGTTTACGGCGGTTCTAACGGGATCTTGACGCAGCTGTTGGAGCTCAAGACCTGGTTCG
AGAACCAGACGTTCTACCATTTCAACTCGTGTTCGATTTTGATAATCTATGAGAACGAAT
CCATACACGATGATGGTGCAAGAGCACAAGTCAAGCTGGTGGATTTCGCTCATGTTCATG
ATGGTAATGGCGTCATTGACCATAACTTCTTGGGTGGGCTCTGTTCTTTCATCAACTTCG
TTCGTGAGATTCTTCAGAGCTCAGATGATCAGTCTACACAAGACTGAAGAGTATTTACAT
ATACATGGCATGGCACCACTGAAGGGCATTAGATTTAAAGTTTTTTTTTTTAATATTACT
TTTGGGTTGGCTGATTCATTTTTGTGGATTTATACCATGTCTCCCTCGAATATTCTTGGT
TATCTGAAGAGTATACAAACATTCGTACTACTCTTTTGTCTTCTCTTCATATATGCTATG
GACTTTGCGATTCATTGCGATTTGTGAAAAATAATACCACATCG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL8513Contig1 950 2 2 U
GCATCCTCTTCTCTTGAACCGGAGATGATGATGTCCTCCAACTTACTAGGAAAATCTCCA
TCCATTGGTCGAAACTTCTCATTCAACGACTCAACAGTAGCTCGGTGCTACTCGTCAAAA
CAGTCTACTACTGCGTCCACAAGAGACGAGGAAGAAGACTTGCGTCTCCTCATCAACACA
CTCTTATCATCAGCTCATCTCGATGAAGAGCCAGAGTCATCATCTCCATCTTCCATCATA
GACAGTCTTTTGTCTAGATGGCATTCCGTAGAAAGCCCGTTAGACCCATCTCTGAGAGAG
AGCTACGCAGACTCCTCAACAGAACATCAGAGACTGGGACCAAACGTGAAGAAGCTAGTG
TTTGACCTCGTTAACACACTGCTCTTGGAGCTAACACCGAGCTATCTTGGACATGGTAGT
CATATGCTTCTTCTTCTCTCTGGTAAGACATTGAGGGTTTATGTGATGAACAGAATGCAA
GAATGTTTAAAGGGTAACGGAAGAGTGGAGTGTCGGTGGTGGGATGAAGACGGAGACTTG
AGCAGTTTGGCGGTGAATAGAGTGGTGAGGACTGAAGTGGCAGAGATTGGTTCAAGGGAG
AGGTTGAGTTTGGAAATGGAATGCATGGGAGAAGAAGTAGAGTTGAAGTTGCTGGAGGAG
TTAGTGGAGGAGGTGTTGATGGATTTTTCAGAACAAACCAAATCATTCATTCCAAGTATT
TGTTAGTCATGTGAATGTATATTATATATTTATATGGTCTTGTCGTGTGTATATGTTTGA
ATCACATTGTTTTTTTTCTGTGGTTTCTATTTTGGCGTGAATGGTAATTCCTGAAGTTCT
ACTGAGGTTTAATCCAAGAGGTGCAAACAAGGCTGCTGACAGGATAGCAAAGGAGACTTT
TACATTTATGTCTAATGTCCCTAAGTTATATTCTGTAGAGCCAATTTGGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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AF RR3AQ42TF U 1
AF RR3AQ42JQ C 296
BS 1 846 RR3AQ42TF
BS 847 950 RR3AQ42JQ

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CATATGCTTCTTCTTCTCTCTGGTAAGACATTGAGGGTTTATGTGATGAACAGAATGCAA
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ACTGAG
TTTA

QA 1 846 1 846
DS 

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QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GI10TF C 1
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BS 1 6 RR3GI10TF
BS 7 738 RR3GI10JQ
BS 739 745 RR3GI10TF

RD RR3GI10TF 745 0 0
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TGACAAAAAAAAGAAACAACTAAGTCTATAGTATCACTCGAGTCTACGACTAAGAAACCC
AAGATGTACCCCTATGGATATCCAACAAGGAGTAATCAAATAGGAGATCTTGGTCATCAG
TTCTAGTGGCCTTGCTCGCTAGGGTTTACCCGCTCACCGCTGCAACAGAAGAAATGTGGC
AGCTTGACTCACCCGCAACTCCTGCAACGGATGATGACAGGAACAGGCTTAAGAGCCTTT
GGCCCATTTCTTATCCCTCTCTTGTGTTTAGAAACCTTCTTCTTGGGCACAGCCATTAGC
TCCATGGATCCACTGAAAGCAAAACTAGGAAACCCAAATCCGAAGCTCTTCTCATCGATC
GAACCCGGTTGGTTCTGATTCTCAGGTGCAATCAGCGGCGGCATAGCGATGGGTCGATCG
ATGACGCTGTTAAAAGGCGGAGGCATACCCGCGACGTGGCTGAAGCTTCGATTTTCAAGA
AGCGGCATGACTCAGCCGCGGCGCGTTTCAGCGATGCCAGTCTCAACGCCATTGATTCAG
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QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3GI10JQ 732 0 0
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TACCCCTATGGATATCCAACAAGGAGTAATCAAATAGGAGATCTTGGTCATCAGTTCTAG
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ACTCACCCGCAACTCCTGCAACGGATGATGACAGGAACAGGCTTAAAAGCCTTTGGCCCA
TTTCTTATCCCTCTCTTGTGTTTAAAAACCTTCTTCTTGGGCACAGCCATTAGCTCCATG
GATCCACTGAAAGCAAAACTAGGAAACCCAAATCCGAAGCTCTTCTCATCGATCGAACCC
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ATGACTCAGCCGCGGCGCGTTTCAGCGATGCCAGTCTCAACGCCATTGATTCAGTTTCTT
CTCTAAAGCTAA

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL8515Contig1 510 2 1 U
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GCTACACTTCTTGCTGTGTTAATGTATTATGAATATCTCGAAAAATTGGCTCTCACCAAA
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DY56JQ C 1
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AACTTCTGTGTGGATAGAATCCAATCCATC

QA 1 510 1 510
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3EK38TF U 1
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QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A243TF U 1
AF RR3A243JQ C 160
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RD RR3A243TF 731 0 0
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TGCTGAAACTTGGTTCAAAATTAAAGGAAACATGTTATTGGTTCTATAATTTAAAAATCA
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ATTCAATGGCA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3A243JQ 572 0 0
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CTCCTCCGACTTGGATTCCTTGTCTGAAGTCGATTTAGAGAGCGGTGGTGTGACGTTTCC
TGTGAAGAAGCTACATTTTGGTGGTGGTAAGAGGAGGCCGGCGAGGAGGAGAAAGACAAA
GAAGAAGAGGAAAGAAGGTAGAGATTGCAGGATCTGTCATCTGCCTTTGGAGACTAACAA
AGAAGATGAAGAAGAAGATGGTTTTGATGAACAAGAAGAAGAAAACGAAGCAAGAGAAGG
TGAAGAAGAAGAGTATTATGGGCTGCCTTTGCAATTGGGTTGCTCTTGTAAAGGTGATTT
GGGTGTAGCTCACAGTAAGTGTGCTGAAACTTGGTTCAAAATTAAAGGAAACATGTTATT
GGTTCTATAATTTAAAAATCAATTTTCAAATCCACTGTTATTGGTTTAATGACTTTTAAA
CAGATTTTAGAATCAAGTGTTATTCAATGGCA

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL8518Contig1 1110 2 4 U
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GTTTCAGGCTCTTGAACTGGCACTTCTTCTTCACGGCTATGTTGTTTGTCTATGGACGCA
TACTTCAGCAGCAGCTAGTCAACACTGTCTCTTCGGATAGGTTTATCTACAAGCTTGTTA
GTGGTTTGATCAAGTACCAGATGGTCATCTGCTACTTCTTGTACATTGCAGGTTTCATGT
GGTTTATACTTACGTTGAAGAAGAAGATGTATAAGTATTAGTTTGGGCAGTACGCTTGGA
CGCATATGATCCTCATCGTTGTGTTTACTCAATCTTCTTTCGTTGTGGCCAATATTTTCG
AAGGGATCTTCTGGTTTCTCCTTCCAGCTGCGCTGATTGCTATGAACGATGTAGCAGCTT
ACTTCTTTGGTTTCTATTTTGGGAGGACTCCATTGATAAAGTTGTCTCCGAAGAAGACAT
GGGAAGGTTTCATTGGAGCATCGGTGGCAACTACAATCTCTGCGTTTCTTTTTGCAAACG
TCTTAGGCCAGTTCCAGTGGCTTACATGTCCAAGGAAGGATTTGTCGACTGGTTGGCTTC
ATTGTGATCCAGGCCCTCTGTTCAGGCCAGAGTATTACCCACTGCCCTCTTGGATTGCTT
CATTTTCTCCATGGAAAGAGATATCGACTCTACCCGTGCAGTGGCACGCTTTCTCTCTCG
GTCTATTTGCATCTGTTATAGCTCCTTTTGGTGGTTTCTTTGCAAGCGGTTTCAAAAGAG
CTTTCAAGATCAAGGACTTTGGAGACAGCATACCAGGACATGGAGGGTTCACTGACAGAA
TGGACTGCCAAATGGTTATGGCGGTTTTCGCATACATCTACATACAATCTTTCATTGTTC
ATCAAGACTACAGTGTCGAGATGCTCCTAGACCAGATATCGAGGAGCCTGGGACATGAGG
AACAGAAAATGCTCTATGCAAAGCTCGGAGACATTCTCCGACACAAATTGCAAGGCGGGT
TTTAAGAAGAAGAGCGTAGGTTTTGTCACTCTGTTTACAGTTTCTGTTCTTTTGGTTAAT
TTCTGATTGTATTGGACCCCATGTAAAAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FT08TF U 1
AF RR3GT47TF U 539
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BS 627 665 RR3FT08TF
BS 666 1110 RR3GT47TF

RD RR3FT08TF 669 0 0
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GGTTTATACTTACGTTGAAGAAGAAGATGTATAAGTATTAGTTTGGGCAGTACGCTTGGA
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AAGGGATCTTCTGGTTTCTCCTTCCAGCTGCGCTGATTGCTATGAACGATGTAGCAGCTT
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GGGAAGGTTTCATTGGAGCATCGGTGGCAACTACAATCTCTGCGTTTCTTTTTGCAAACG
TCTTAGGCCAGTTCCAGTGGCTTACATGTCCAAGGAAGGATTTGTCGACTGGTTGGCTTC
ATTGTGATCCAGGCCCTCTGTTCAG*CCAGAGTATTACCCACTGCCCTCTTGGATTGCTT
CATTT
CTCC

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3GT47TF 572 0 0
G
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CATTGTGATCCAGGCCCTCTGTTCAGGCCAGAGTATTACCCACTGCCCTCTTGGATTGCT
TCATTTTCTCCATGGAAAGAGATATCGACTCTACCCGTGCAGTGGCACGCTTTCTCTCTC
GGTCTATTTGCATCTGTTATAGCTCCTTTTGGTGGTTTCTTTGCAAGCGGTTTCAAAAGA
GCTTTCAAGATCAAGGACTTTGGAGACAGCATACCAGGACATGGAGGGTTCACTGACAGA
ATGGACTGCCAAATGGTTATGGCGGTTTTCGCATACATCTACATACAATCTTTCATTGTT
CATCAAGACTACAGTGTCGAGATGCTCCTAGACCAGATATCGAGGAGCCTGGGACATGAG
GAACAGAAAATGCTCTATGCAAAGCTCGGAGACATTCTCCGACACAAATTGCAAGGCGGG
TTTTAAGAAGAAGAGCGTAGGTTTTGTCACTCTGTTTACAGTTTCTGTTCTTTTGGTTAA
TTTCTGATTGTATTGGACCCCATGTAAAAAA

QA 2 572 2 572
DS 



AS 1 2

CO CL8519Contig1 1170 2 2 U
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GTCATTGTATCATGGAGGCTCATCATTTCAGTAAGAGACCTTTTGGAAAGACCAATGTTC
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ATCTTATAGAGCAGTGTGAGAAGAAGCCTTGGGAGAATTTCACTTATGTTACAAAACCAA
TGCTTAATCCTTCAGCGGATCTTGCAAACGAGAACGTGCAACCCACGTGCGGCTGTAGCG
GTTCAGTGTGCTCGCCTGCGACTTGTGATCACGTATACCTTTTCGGCAACGATTTTGAGG
AAGCTAGAGACATATATGGAAAATCCATGAGGTGTAGGTTCCCATATGATGACAAAGAAC
GTATCATTCTAGAGGAGGGTTCTCCTGTTTATGAATGCAATGAGCTCTGCGGATGCTCTA
GAACATGTCAGAATCGTGTTCTGCAGAATGGAATACGCACTAAACTTGAAGTCTTTAGAA
CAGAAAGCAAGGGATGGGGAGTACGAGCTTGTGAGCATATACTGCGTGGCACATTCGTCT
GCGAATACATTGGAGAAGTTCTTGATCAGCAAGAAGCAAACAAGAGGCGAACTCAGTATG
GAGAAGATGGTTGCAGCTACATACATGATGTTGATGCTAACGTCAACGACATTGGTAGAT
TAATCGAAGGAGAGCCTGATTATGTTATTGATGCTACTACTCATGGAAACGTCTCTAGAT
TCATCAACCACAGCTGCTCTCCGAATCTTGTTACTTACCAAGTTGTTGTGGAAAGCATGG
AGTCCCCTCTTGCTCATATCGGTTTATACGCCAGTGCAGATATAGCTGCAGGAGATGAGA
TCACGTGGGACTATGGACGCAGACAGGCAACATCTGGACAAGAAAACGGACATCCATGCC
ATTGTAGAGCTACAAACTGCAGAGGTTGTTTCTTTTAGATTTTTGGTTTTGAATAGGGTT
CTATTCTCTGCAGATTTGTTTCGATAACTTACTTCAAGCTCTAACTTTTTTTGTTGTTTT
ACATTGAATCTTTAGACCAGCTTCGGACTGTTTGATTCTGCAAGTTTTTTTTTTCAGTAT
TGATAATCAAATGTTGATTTCTTCTTTCAC


BQ
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AF RR3AA37TF U 1
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TGTGCAGTGACATAAGCTTTGGTAAGGAGCCAGTTCCCATATCTTGTGTCGTGGATGAAG
ATCTTATAGAGCAGTGTGAGAAGAAGCCTTGGGAGAATTTCACTTATGTTACAAAACCAA
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GCGAATACATTGGAGAAGTTCTTGATCAGCAAGAAGCAAACAAGAGGCGAACTCAGTATG
GAGAAGATGGTTGCAGCTACATACATGATGTTGATGCTAACGTCAACGACATTGGTAGAT
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TCATCAACCACAGCTGCTCTCCGAATCTTGTTACTTAC

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DS 

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GCCTGCGACTTGTGATCACGTATAC*TTTTCGGCAACGATTTTGAGGAAGCTAGAGACAT
ATATGGAAAATCCATGAGGTGTAGGTTCCCATATGATGACAAAGAACGTATCATTCTAGA
GGAGGGTTCTCCTGTTTATGAATGCAATGAGCTCTGCGGATGCTCTAGAACATGTCAGAA
TCGTGTTCTGCAGAATGGAATACGCACTAAACTTGAAGTCTTTAGAACAGAAAGCAAGGG
ATGGGGAGTACGAGCTTGTGAGCATATACTGCGTGGCACATTCGTCTGCGAATACATTGG
AGAAGTTCTTGATCAGCAAGAAGCAAACAAGAGGCGAACTCAGTATGGAGAAGATGGTTG
CAGCTACATACATGATGTTGATGCTAACGTCAACGACATTGGTAGATTAATCGAAGGAGA
GCCTGATTATGTTATTGATGCTACTACTCATGGAAACGTCTCTAGATTCATCAACCACAG
CTGCTCTCCGAATCTTGTTACTTACCAAGTTGTTGTGGAAAGCATGGAGTCCCCTCTTGC
TCATATCGGTTTATACGCCAGTGCAGATATAGCTGCAGGAGATGAGATCACGTGGGACTA
TGGACGCAGACAGGCAACATCTGGACAAGAAAACGGACATCCATGCCATTGTAGAGCTAC
AAACTGCAGAGGTTGTTTCTTTTAGATTTTTGGTTTTGAATAGGGTTCTATTCTCTGCAG
ATTTGTTTCGATAACTTACTTCAAGCTCTAACTTTTTTTGTTGTTTTACATTGAATCTTT
AGACCAGCTTCGGACTGTTTGATTCTGCAAGTTTTTTTTTTCAGTATTGATAATCAAATG
TTGATTTCTTCTTTCAC

QA 1 917 1 917
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CA40TF C 1
AF RR3CA40JQ U 5
BS 1 4 RR3CA40TF
BS 5 717 RR3CA40JQ

RD RR3CA40TF 717 0 0
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AATATATCAACCCATCTCTGTTAATGGTTTAGGAAAGGTCAAAAATCTTACTTGGCATTC
TACTTGTCTTCATAAAGCTAAAACAAGAAACGCATCTAAGAAGAAAGAAGATTCTGATAC
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TTTTCTTGTATTCGTACGAGTTTATGTCCACCTTCCCTTGCATAGCCTTGAGTTCGTCTT
CGATGGAAGCGTTTTTAGGTTTGTAAGCATCGACTGGTCCAGTTCTAGAAAGAGCCTTTC
TCGTCTCGATAATCTCCCATTCCTGGTCGTCTTTCACCTTTGCAATGTCCTTACTGCCTT
GGAGGAGTTGGCTGAGTCCAAGGGCTCCAAAAACAGTGAGAGAGATCATGGGAAGTCCGT
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TGAGAGTAGTGGAAGGAGATGATGGCTTTTGAGTTTTTGGACCTGTTTCGATTGTTGTCA
TCTTTGTATATCCACAAAGAAAATGACTTTGCTTGGCGTCTCAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AAGAAGAGAGTTCGAAAGGAGAATCGGAATTAGAGAGAGAAGCTATTACATGCATCC

QA 1 717 1 717
DS 

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CTCGATAATCTCCCATTCCTGGTCGTCTTTCACCTTTGCAATGTCCTTACTGCCTTGGAG
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TGTATATCCACAAAGAAAATGACTTTGCTTGGCGTCTCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAGA
AGAGAGTTCGAAAGGAGAATCGGAATTAGAGAGAGAAGCTATTACATGCATCC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL8521Contig1 668 2 7 U
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TCACGATTTCTTCAATCCAAAAGGACTCTAAAGAAAGTTGAGTTTGACAAAGACAGACAA
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AAAAAACAGAGATTATGGCATTGATTTTGGTGAGGCTTTTTAGTGAAGCCTAGTGAGCTC
TTCAACTCTCTTACACAACTCTTCAACTTGAACATTCATGGATTTAGATATCTCCTCCAT
CTTGTTCCTACTCAGATCCAGAAACGACTCGATCAAGTCCCCATCCAAGAAGTTCCTTGC
TTCCACGGTTCTCTTCTCGTTATTAAACGATCTCCACTGCTCGTGGCTCAGTCCCCCAAC
TCCTTTGATCACTTTCCTCAAACTAGACTGCAACTTATCCAAGAAAGCATACTGTTCTTG
GGGCAGTGAAGCAATCACTCCAATCATTCCATTGACTGTACCGAAGATAACGGTTGGGAT
CTGACCAATCTCTGAATCAGGTAGCCTCATCACCAGTGATCCATGGCAGAATCTGTTCAC
GAATTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AD04JQ U 61
AF RR3DY28TF C 1
BS 1 60 RR3DY28TF
BS 61 182 RR3AD04JQ
BS 183 183 RR3DY28TF
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BS 638 668 RR3DY28TF

RD RR3AD04JQ 577 0 0
TCACGATTTCTTCAATCCAAAAGGACTCTAAAGAAAGTTGAGTTTGACAAAGACAGACAA
CACTTGAGCCACAAGTTATTACAAAGACAACAACTCAATCAAACTTCAAAAGATGTTGAT
GATAACAAAACCAAAGGTAAAGACTTTTAACTTAACATAAGTTTTTAAAAGGAAAAGAAA
AAAAA*CAGAGATTATGGCATTGATTTTGGTGAGGCTTTTTAGTGAAGCCTAGTGAGCTC
TTCAACTCTCTTACACAACTCTTCAACTTGAACATTCATGGATTTAGATATCTCCTCCAT
CTTGTTCCTACTCAGATCCAGAAACGACTCGATCAAGTCCCCATCCAAGAAGTTCCTTGC
TTCCACGGTTCTCTTCTCGTTATTAAACGATCTCCACTGCTCGTGGCTCAGTCCCCCAAC
TCCTTTGATCACTTTCCTCAAACTAGACTGCAACTTATCCAAGAAAGCATACTGTTCTTG
GGGCAGTGAAGCAATCACTCCAATCATTCCATTGACTGTACCGAAGATAACGGTTGGGAT
CTGACCAATCTCTGAATCAGGTAGCCTCATCACCAGT

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3DY28TF 668 0 0
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TCACGATTTTTTCAATCCAAAAGGACTCTAAAGAAAGTTG*GTTTGACAAAGACAGACAA
CACTTGAGCCACAAGTTATTACAAAGACAACAACTCAATCAAACTTCAAAAGATGTTGAT
GACAACAAAACCAAAGGTAAAGACTTTTAACTTAACATAAGTTTTTAAAAGGAAAAGAAA
AAAAAACAGAGATTATGGCATTGATTTTGGTGAGGCTTTTTAGTGAAGCCTAGTGAGCTC
TTCAACTCTCTTACACAACTCTTCAACTTGAACATTCATGGATTTAGATATCTCCTCCAT
CTTGTTCCTACTCAGATCCAGAAACGACTCGATCAAGTCCCCATCCAAGAAGTTCCTTGC
TTCCACGGTTCTCTTCTCGTTATTAAACGATCTCCACTGCTCGTGGCTCAGTCCCCCAAC
TCCTTTGATCACTTTCCTCAAACTAGACTGCAACTTATCCAAGAAAGCATACTGTTCTTG
GGGCAGTGAAGCAATCACTCCAATCATTCCATTGACTGTACCGAAGATAACGGTTGGGAT
CTGACCAATCTCTGAATCAGGTAGCCTCATCACCAGTGATCCATGGCAGAATCTGTTCAC
GAATTCCC

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL8522Contig1 751 2 6 U
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TGGGATTGTTAAAGGATGCTTTTTTCACGGACTTGATCCGTATGAGGAGATGTCTCATTC
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TCAAGGTTTGTTTGAAGCTGGAGATCCTGTTGGAGTATTGGCAGCTACCGCCATGTCAAA
TCCTGCATATAAAGCGGTGCTTGATTCTTCCCCAAATAGCAATTCATCATGGGAGCTAAT
GATGAAGTGCTACTCTGCAAAGTTAACTTCCAAAACACTGCCAATGATAGGCGTGCGATT
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TACAGAAAGCAACAAGCGATTTCAGAAATTTTTGGAATGGATATATGCCTACATGGCCAT
ATTCATCTTAACAAGACATTGTTGGAAGGGTGGAACATCAGCATGCAGGACATACTTCAA
AAGTGTGAGGATGCAATCAACTCGCTAGTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C567JQ C 1
AF RR3C567TF U 1
BS 1 689 RR3C567TF
BS 690 690 RR3C567JQ
BS 691 708 RR3C567TF
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RD RR3C567JQ 751 0 0
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QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3C567TF 724 0 0
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CTTCAAGAATCTGATGGCCGTTCTACGGGACATAGTCATTACCAACGACGGGACTGTACG
AAATACATGCAGCGACTCCATCGTGCAGTTCAAGTATGAGCTGAGTTCTGACAATGAGAA
TCAAGGTTTGTTTGAAGCTGGAGATCCTGTTGGAGTATTGGCAGCTACCGCCATGTCAAA
TCCTGCATATAAAGCGGTGCTTGATTCTTCCCCAAATAGCAATTCATCATGGGAGCTAAT
GATGAAGTGCTACTCTGCAAAGTTAACTTCCAAAACACTGCCAATGATAGGCGTGCGATT
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TACAGAAAGCAACAAGCGATTTCAGAAATTTTTGGAATGGATATATGCCTACATGGCCAT
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A
GTG

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL8523Contig1 565 2 2 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C222JQ C 1
AF RR3C222TF U 1
BS 1 561 RR3C222TF
BS 562 565 RR3C222JQ

RD RR3C222JQ 565 0 0
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TCAATAATCCTTGGGCGTATTTCTCTTTTTTTGCTGCACTTGTCCTCCTAGTTCTCACGC
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TGCCGAACATTGTGTATTTTTTTTC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3C222TF 565 0 0
GCAAAAATGGTTATCTAGAGATACCCAAACTACTCATTCATGACGGTACCAAATCTCTCT
TCTCGAATCTTATTGCTTTTGAGCAGTGCCATATCGACTCCAGCAACGACATAACATCCT
ATATAATCTTCATGGATAATCTGATAGATTCTCCACAAGATGTTAGCTATTTGCATTACT
GTGGTATTATCGAGCATTGGCTAGGAAATGATCTCGAGGTTGCGGATTTGTTTAACCGGC
TATGTCAAGAAGTAGCTTTCGACCCTCAAAATAGCTATTTATCTCAGTTGTCTAACAAGG
TTGACCGTAACTATAGCCGAAAGTGGAATGTTATGAAGGCGGTCTTGAAACACAAGTACT
TCAATAATCCTTGGGCGTATTTCTCTTTTTTTGCTGCACTTGTCCTCCTAGTTCTCACGC
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TGTTCCATAGTTTATTTCACTCAATTAATTTGGAATGTTTGTATTATCTCCTCCTTTTTT
TGCCGAACATTGTGTATTTTT
CTTC

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

CO CL8524Contig1 561 2 1 U
GGAGCAATCGTTTGTTTATAGTCTCATTTGCTTGCTTACTCATCGCGGAGATGGCGTTTT
TGCTTAAAAACAACTCGATTTCATCTCACCTCCGATCTTACCCCCAGAAGAAGGATGGTG
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TTTTGGCTGAGAACGATGCATTGAGGAGATTCAAGTCGCATAAGAAAGGAGTGCGTCAAT
TGAAAAGAATTGGAGATGTCATCACTGCTGTCGTTGTTGCTGGGTGCTGCTATGAGATCT
ATACGAGAGCAACGGTTAAAAAGGAAGCTTAGGCTGCTGCTTGAGGAAGCTCATGTGTCC
TCTCCTTTCGCTTTTATCATCAATCTTCCCTTTTCTAGCATATGTCTCTGGGAATTCATG
TTGCCTAATTGTTGCTCAGCGGTCTCTGAATAAGTGAATAATCGAAAAGTATTTGGTTGT
TTTCGAGAAATGGAATAAACCAGAAAGACTCGTTTGTTGAGCTCGTAAACTTGAATGATT
CGTCAAATGTTATTTCTATTG


BQ
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AF RR3C850JQ C 1
AF RR3C850TF U 1
BS 1 561 RR3C850TF

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TGCTTAAAAACAACTCGATTTCATCTCACCTCCGATCTTACCCCCAGAAGAAGGATGGTG
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TTTTGGCTGAGAACGATGCATTGAGGAGATTCAAGTCGCATAAGAAAGGAGTGCGTCAAT
TGAAAAGAATTGGAGATGTCATCACTGCTGTCGTTGTTGCTGGGTGCTGCTATGAGATCT
ATACGAGAGCAACGGTTAAAAAGGAAGCTTAGGCTGCTGCTTGAGGAAGCTCATGTGTCC
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CGTCAAATGTTATTTCTATTG

QA 1 561 1 561
DS 

RD RR3C850TF 561 0 0
GGAGCAATCGTTTGTTTATAGTCTCATTTGCTTGCTTACTCATCGCGGAGATGGCGTTTT
TGCTTAAAAACAACTCGATTTCATCTCACCTCCGATCTTACCCCCAGAAGAAGGATGGTG
GAGCTCTAGGTCAATCCCGTCGGGGATTCCATGTGGAGCTAGGAGCTCGCGAGAAAGATC
TTTTGGCTGAGAACGATGCATTGAGGAGATTCAAGTCGCATAAGAAAGGAGTGCGTCAAT
TGAAAAGAATTGGAGATGTCATCACTGCTGTCGTTGTTGCTGGGTGCTGCTATGAGATCT
ATACGAGAGCAACGGTTAAAAAGGAAGCTTAGGCTGCTGCTTGAGGAAGCTCATGTGTCC
TCTCCTTTCGCTTTTATCATCAATCTTCCCTTTTCTAGCATATGTCTCTGGGAATTCATG
TTGCCTAATTGTTGCTCAGCGGTCTCTGAATAAGTGAATAATCGAAAAGTATTTGGTTGT
TTTCGAGAAATGGAATAAACCAGAAAGACTCGTTTGTTGAGCTCGTAAACTTGAATGATT
CGTCAAATGTTATTTCTATTG

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

CO CL8525Contig1 673 2 1 U
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TAGACGAAGATCTCTTCCCTTTAGCCATGGCAACTGGTAAGACTGTGAAAGACGTATCTC
CTCACGACTTCGTGAAGGCTTACGCTTATCATCTCAAGCGATCTGGCAAGATCGAGCTTC
CCTCATGGACAGACATTGTGAAGACTGGTAAGCTGAAGGAGCTTGCCCCATATGATCCAG
ATTGGTACTACATCAGAGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTGTACCTGCGGGGAGGTCTTG
GAGTCGGTGCTTTCCGTAGAATCTATGGTGGAAGCAAGAGAAACGGAAGTCGCCCACCAC
ATTTCTGCAAAAGCAGCGGTGGCATTGCCCGTCACATCCTTCAGCAGTTGGAGACTATGA
ACATTGTTGAGATTGATACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCCAGTGGGCAAAGGGATT
TGGACCAAGTCGCTGGACGTATTGCGGTTGAAGTTTGAAGAATCAAAATAGTGTTTTGAG
TTTTTTCTTCTACTACTTTTGAAGCCAATGTGTTGTTTTCAGTGTTTAATCTTTTACCAA
TATCATTGCTGAGACTTGCACTCATATATCTTGCTGTTTGTGTCTTCAGACATTTAAGTC
TCATCTTCTTCCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H193TF U 1
AF RR3H193JQ C 70
BS 1 673 RR3H193TF

RD RR3H193TF 673 0 0
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ATTGGTACTACATCAGAGCTGCATCTATGGCAAGGAAGGTGTACCTGCGGGGAGGTCTTG
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ACATTGTTGAGATTGATACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCCAGTGGGCAAAGGGATT
TGGACCAAGTCGCTGGACGTATTGCGGTTGAAGTTTGAAGAATCAAAATAGTGTTTTGAG
TTTTTTCTTCTACTACTTTTGAAGCCAATGTGTTGTTTTCAGTGTTTAATCTTTTACCAA
TATCATTGCTGAGACTTGCACTCATATATCTTGCTGTTTGTGTCTTCAGACATTTAAGTC
TCATCTTCTTCCG

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3H193JQ 604 0 0
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AGATTGATACCAAAGGAGGAAGAAGAATCACTTCCAGTGGGCAAAGGGATTTGGACCAAG
TCGCTGGACGTATTGCGGTTGAAGTTTGAAGAATCAAAATAGTGTTTTGAGTTTTTTCTT
CTACTACTTTTGAAGCCAATGTGTTGTTTTCAGTGTTTAATCTTTTACCAATATCATTGC
TGAGACTTGCACTCATATATCTTGCTGTTTGTGTCTTCAGACATTTAAGTCTCATCTTCT
TCCG

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL8526Contig1 1122 2 2 U
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ACGAGGTCCAGATGCCCTTTTCGTCACCACTTATTATTTTGCTGATGTTGGTCTGAACAC
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CTCCGAGTTTGGCCTAGACAACGCCACCACTTGTGAAGTTTTCGATTTTAACACTAAAGC
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CGACCTTTATAGCGTCACCATTTGTATCCTTGATAATCGCTTGTGCGTATCCAAAAAACT
GGCCCACCCAAGAGATATGGTCGTTTGATTCTTCTTCAAGTGCGTGGATGTTAATGTGTT
CGATAGATCTCACCAAAACTTTTTCTTGGTTTGGCGAACCCAAGTTTGCGCTCTCACCAG
TAGCAATTCTGGACAAGAGCAAGTTGTTGCTCCAAGGTCGTGACTACTTTGACGCATTGG
TGATACATGATCTATGTACCAAATCTTATGATATTCTCTTCA


BQ
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AF RR3GH43TF U 1
AF RR3GH43JQ C 541
BS 1 742 RR3GH43TF
BS 743 1122 RR3GH43JQ

RD RR3GH43TF 742 0 0
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GGTGGTATTGAGAAGACATGGCTCGAGTGTGGAAGCAATTCCACTCGATGTTCTAGAGCT
GATACTGGAGAGACTTCCGGTGAAGTCTCTGCTGAGATTCAGGTCTGTGTCCAAGAAGTG
GAAATCTGCAATCGATTCCCCAAGTTTCCAGGAAAGACAGTCGATCCGTCGTAGGCAAGC
ACGAGGTCCAGATGCCCTTTTCGTCACCACTTATTATTTTGCTGATGTTGGTCTGAACAC
AGATGCTCGAAGGTTTGTGATTGGGTCATCAACAGCTTATACGGTCAGGTTCCCTACTTT
GGGCAGTTCGCTCTGCCATGGTACTTGTGACGGTCTAGTATGCCTCTACTCTGTTTTCGA
CCCGAGGGTCAACGTCGTGGTTAATCCCGCCACTAGATGGGATCGAACTTTTCCTCTTTC
CACCATTCAACACTTCATAAACGACATGTCTGAAAAACACGTGTATTTCACACCTCCTAA
ACTTGGATTCGGTAAAGACAAACTCACCGGCACATACAAGACGGTTTTTCTATATAACTC
CTCCGAGTTTGGCCTAGACAACGCCACCACTTGTGAAGTTTTCGATTTTAACACTAAAGC
TTGGAGGTACGTTCACCCTGCTTCTCCTTATCGGATAAATCCTCACCGTCATCCCGTGTA
TTTAGATGGTTCACTTTACTGG

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3GH43JQ 582 0 0
ACTTGGATTCGGTAAAGACAAACTCACCGGCACATACAAGACGGTTTTTCTATATAACTC
CTCCGAGTTTGGCCTAGACAACGCCACCACTTGTGAAGTTTTCGATTTTAACACTAAAGC
TTGGAGGTACGTTCACCCTGCTTCTCCTTATCGGATAAATCCTCACCGTCATCCCGTGTA
TTTAGATGGTTCACTTTACTGGCTCGCCGAGTGCGAAGAAGATACCAAGGTTTTATCTTT
TGATCTTCACACCGAATCTTTCCAAGTCATCTGTAATGCTCCCTTTGCTCATGTACCTGA
CGACCTTTATAGCGTCACCATTTGTATCCTTGATAATCGCTTGTGCGTATCCAAAAAACT
GGCCCACCCAAGAGATATGGTCGTTTGATTCTTCTTCAAGTGCGTGGATGTTAATGTGTT
CGATAGATCTCACCAAAACTTTTTCTTGGTTTGGCGAACCCAAGTTTGCGCTCTCACCAG
TAGCAATTCTGGACAAGAGCAAGTTGTTGCTCCAAGGTCGTGACTACTTTGACGCATTGG
TGATACATGATCTATGTACCAAATCTTATGATATTCTCTTCA

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 2

CO CL8527Contig1 1076 2 4 U
GCATGAGACTAACTTCAGCTTCACGCAAGGTCTTAAGAACACGGAACCGCAGCTAGAAGA
AGGCACAGTCTCAGGAAGACCTCCATCACTAAGCGGGTGGGTGGTTGACAAGAAGGAAGA
GAATGGAGGAGTAAGTAATCCAAAAGGGTTAAGCAGTATTGATGAGACAAGTCCTGTCAC
ATCCTTTGATAGTCTCTCAACTTCTTTATATTCACCTCCTACTCCATCTGCTCCATTACT
TCCTGAAGACGCTTCTTGGTTTCATAATGAAGTTAGTACGCAAGCAGAGACAGAGAGCTC
CAGTTTCATAAATTCATACACAAACCCGCCACTTGTTGGGATGTCTTCTTCTGAGTGGTT
ACGCAGGTACAGACAGAGTAGGAATGTTGGACCAGCCTATTCCTATCATCAAGCTCAGGG
GACAGACAATCTGAGGAACTTCTTGGCTCATGGGTCTTCCAAGTTCAGTCTCTTAGCAAT
GTACGGTACACCAAATGATCAATCGATGATCACTTCTGAAAACTCATTGTTTCATCCTCA
CCTTTACAATGAAACTAGAGGAGAGAAGCTCTGCAACGGTCTAGAAAGTACAAGAAACGC
TTATGGATTCAGTGATGATCCTGGACCGTTTCTTCGGTACTTGAGAGAGAAAGAGTGGCT
GAATGAGAATGGTGAGAGGTTAAGAGAACCTTCTCCTGCATATATGAACAATTAGAGATG
CTTACGAGAATGACTGAGTGGGTTGACAAGAAGCTGTCTCAAGGTGGCACAAGTTGTAAC
GAACCTGTAGTTATCCTCTTGTCTACTTCGGTCTGTTTGCTAAATTTTTCAAGATAACGA
AAACACATTAACAATAAGTTTGGTTGTACATAAACAAAGGAAACAAGAAATATGAAGTAT
TGTTGAGCAAGCCAAATCCTGATCAAGATGAAGGTCTTGACTCAGTTCCCTTGCTCTTTG
TTCTTCTGCTGCCTCAAGCAAAAGAAAGAAAATATAACAAGAAGAAGGAACCAATGAAAG
AGTTTGAGCAAACAAAAGCCTATTGTATACTTTCCAAAAGAAACTAGTTTTTTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FX31TF U 1
AF RR3FX31JQ C 310
BS 1 662 RR3FX31TF
BS 663 663 RR3FX31JQ
BS 664 686 RR3FX31TF
BS 687 1076 RR3FX31JQ

RD RR3FX31TF 686 0 0
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AGGCACAGTCTCAGGAAGACCTCCATCACTAAGCGGGTGGGTGGTTGACAAGAAGGAAGA
GAATGGAGGAGTAAGTAATCCAAAAGGGTTAAGCAGTATTGATGAGACAAGTCCTGTCAC
ATCCTTTGATAGTCTCTCAACTTCTTTATATTCACCTCCTACTCCATCTGCTCCATTACT
TCCTGAAGACGCTTCTTGGTTTCATAATGAAGTTAGTACGCAAGCAGAGACAGAGAGCTC
CAGTTTCATAAATTCATACACAAACCCGCCACTTGTTGGGATGTCTTCTTCTGAGTGGTT
ACGCAGGTACAGACAGAGTAGGAATGTTGGACCAGCCTATTCCTATCATCAAGCTCAGGG
GACAGACAATCTGAGGAACTTCTTGGCTCATGGGTCTTCCAAGTTCAGTCTCTTAGCAAT
GTACGGTACACCAAATGATCAATCGATGATCACTTCTGAAAACTCATTGTTTCATCCTCA
CCTTTACAATGAAACTAGAGGAGAGAAGCTCTGCAACGGTCTAGAAAGTACAAGAAACGC
TTATGGATTCAGTGATGATCCTGGACCGTTTCTTCGGTACTTGAGAGAGAAAGAGTGGCT
GA*TGAGAATGGTGAGAGGTTAAGAG

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3FX31JQ 767 0 0
AAATTCATACACAAACCCGCCACTTGTTGGGATGTCTTCTTCTGAGTGGTTACGCAGGTA
CAGACAGAGTAGGAATGTTGGACCAGCCTATTCCTATCATCAAGCTCAGGGGACAGACAA
TCTGAGGAACTTCTTGGCTCATGGGTCTTCCAAGTTCAGTCTCTTAGCAATGTACGGTAC
ACCAAATGATCAATCGATGATCACTTCTGAAAACTCATTGTTTCATCCTCACCTTTACAA
TGAAACTAGAGGAGAGAAGCTCTGCAACGGTCTAGAAAGTACAAGAAACGCTTATGGATT
CAGTGATGATCCTGGACCGTTTCTTCGGTACTTGAGAGAGAAAGAGTGGCTGAATGAGAA
TGGTGAGAGGTTAAGAGAACCTTCTCCTGCATATATGAACAATTAGAGATGCTTACGAGA
ATGACTGAGTGGGTTGACAAGAAGCTGTCTCAAGGTGGCACAAGTTGTAACGAACCTGTA
GTTATCCTCTTGTCTACTTCGGTCTGTTTGCTAAATTTTTCAAGATAACGAAAACACATT
AACAATAAGTTTGGTTGTACATAAACAAAGGAAACAAGAAATATGAAGTATTGTTGAGCA
AGCCAAATCCTGATCAAGATGAAGGTCTTGACTCAGTTCCCTTGCTCTTTGTTCTTCTGC
TGCCTCAAGCAAAAGAAAGAAAATATAACAAGAAGAAGGAACCAATGAAAGAGTTTGAGC
AAACAAAAGCCTATTGTATACTTTCCAAAAGAAACTAGTTTTTTCAT

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL8528Contig1 691 2 3 U
AAGATTTGTCAACGCCTAACTGACTGAAGAAAAGCTCCGGCGATAATGGCGTGGATGCAA
ATGATACAGAGCGCGAGATTTCTTCTAAGGACAACACAACCTTCCTCCACTCTAAACCTC
TCCAGATTCTATTCCAAACCACCTCCTTACGCCGTGAAGGTTGGGATCCCAGAGTTCTTG
AGTGGGATTGGGGGAGGAGTTGAGACTCATATTGCTAAACTCGAAACTGAGATTGGTGAC
CTTTCGAAACTGCTTGTGACCCGTACCCTCAGGCTCAAGAAGCATGGCGTCCCTTGCAAA
CATAGGAAGCTGATACTGAAGTATAGCCATAAGTACAGGCTAGGGCTATGGAAACCTAGA
GTTGACGCTATAAAGGCCTGAGATTAGTTCCTCGTGTGTCATGCTTTGTTTTTTTTTCAG
AGTGGTCTTAGGCATAACAACGTTGCCAATTACTTGAAACTCAGTCATTTTTTTTCTGCA
TTCATGTCCTTGTTATCTCCATGGGTCTGGAAACGTTAAAGCCAGGCTTGGAAATCATGA
AGGAGTAGGATTTTGAAGTGGTGAATGTTTTGTCTTGGGGTTCTCTTTTTTTCTTTTTTT
TTTTTGTTGTTGTCTCGGATTGTTGATCACCTGCTATGGCTACAAAACTACATGAACATG
GATGTTTGTTTCAGTTAAATTCAATTTTCCC


BQ
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AF RR3FG43TF U 1
AF RR3FG43JQ C 127
BS 1 646 RR3FG43TF
BS 647 647 RR3FG43JQ
BS 648 691 RR3FG43TF

RD RR3FG43TF 691 0 0
AAGATTTGTCAACGCCTAACTGACTGAAGAAAAGCTCCGGCGATAATGGCGTGGATGCAA
ATGATACAGAGCGCGAGATTTCTTCTAAGGACAACACAACCTTCCTCCACTCTAAACCTC
TCCAGATTCTATTCCAAACCACCTCCTTACGCCGTGAAGGTTGGGATCCCAGAGTTCTTG
AGTGGGATTGGGGGAGGAGTTGAGACTCATATTGCTAAACTCGAAACTGAGATTGGTGAC
CTTTCGAAACTGCTTGTGACCCGTACCCTCAGGCTCAAGAAGCATGGCGTCCCTTGCAAA
CATAGGAAGCTGATACTGAAGTATAGCCATAAGTACAGGCTAGGGCTATGGAAACCTAGA
GTTGACGCTATAAAGGCCTGAGATTAGTTCCTCGTGTGTCATGCTTTGTTTTTTTTTCAG
AGTGGTCTTAGGCATAACAACGTTGCCAATTACTTGAAACTCAGTCATTTTTTTTCTGCA
TTCATGTCCTTGTTATCTCCATGGGTCTGGAAACGTTAAAGCCAGGCTTGGAAATCATGA
AGGAGTAGGATTTTGAAGTGGTGAATGTTTTGTCTTGGGGTTCTCTTTTTTTCTTTTTTT
TTTTTGTTGTTGTCTCGGATTGTTGATCACCTGCTATGGCTACAAA*CTACATGAACATG
GATGTTTGTTTCAGTTAAATTCAATTTTCCC

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3FG43JQ 565 0 0
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ATTGGGGGAGGAGTTGAGACTCATATTGCTAAACTCGAAACTGAGATTGGTGACCTTTCG
AAACTGCTTGTGACCCGTACCCTCAGGCTCAAGAAGCATGGCGTCCCTTGCAAACATAGG
AAGCTGATACTGAAGTATAGCCATAAGTACAGGCTAGGGCTATGGAAACCTAGAGTTGAC
GCTATAAAGGCCTGAGATTAGTTCCTCGTGTGTCATGCTTTGTTTTTTTTTCAGAGTGGT
CTTAGGCATAACAACGTTGCCAATTACTTGAAACTCAGTCATTTTTTTTCTGCATTCATG
TCCTTGTTATCTCCATGGGTCTGGAAACGTTAAAGCCAGGCTTGGAAATCATGAAGGAGT
AGGATTTTGAAGTGGTGAATGTTTTGTCTTGGGGTTCTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTG
TTGTTGTCTCGGATTGTTGATCACCTGCTATGGCTACAAAACTACATGAACATGGATGTT
TGTTTCAGTTAAATTCAATTTTCCC

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

CO CL8529Contig1 882 2 2 U
GGCTCACGGCGGGGAGTAGTAAAGGTTATAGGATGGTGAGAGCTACGAGAGGTGTTGTGG
AAGGAGCTTGGTACTTTGAGGTTAAAGTTGTGAGCTTGGGAGAGACGGGGCACACGAGGC
TTGGTTGGTCGACTGAGAAAGGGGATTTACAGGCTCCGGTTGGGTATGATGGGAATAGTT
TTGGGTTTAGGGATGTTGATGGGTGTAAGGTGCATAAGGCTGTGAGAGGGGAGTATGCTG
AGGAAGGGTATAAGGAAGGTGATGTTATTGGGTTTTATATTAACTTGCCTGATGGGGAAA
GTTTTGCTCCTAAGCCGCCTCGTTATGTGTGGTATAAAGGGCAGAGATATGTGTGTGCGC
CTGATACTAAAGAGGAGCCTCCTAAAGTCGTACCAGGTAGTGAAATATCGTTCTTCAAAA
ATGGTGTATGTCAGGGAGTTGCTTTCAAAGATCTTTTTGGCGGTCGTTACTTCCCTGCTG
CTTCCATGTACACTCTCCCTGACCAGCCAAACTGTGTTGTCAAGTTCAATTTTGGCCCTG
ATTTCGAGTTTTACCCTGAGGATTTTGGTGGGCGTGCAACCCCGAGGCCCATGTTGGAGG
TTCCGTATCATGGATTCAATGGTAAACCTGAAAATGATGGTTCTGATGATATGAAGAGTT
AGGTAGAACAAGCAGGCGTTATCTTAACATTTTTAACACAGTTTTTTATATCTAGTCATT
GGTTCAGATACGATTTTATGAGTAGAAAATGAGCGAATGTGTTTGTACATGTCTGCTCCA
ATACGCTGGAAACTAGCATTTTTTTTTCTTACTTTCAGAACTTGATGTAGTTCTTTCTGG
ATTAGCCATATTCGTCAAAAGTTATTGATTGTTCATTTGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C226TF U 1
AF RR3C226JQ C 104
BS 1 671 RR3C226TF
BS 672 882 RR3C226JQ

RD RR3C226TF 671 0 0
GGCTCACGGCGGGGAGTAGTAAAGGTTATAGGATGGTGAGAGCTACGAGAGGTGTTGTGG
AAGGAGCTTGGTACTTTGAGGTTAAAGTTGTGAGCTTGGGAGAGACGGGGCACACGAGGC
TTGGTTGGTCGACTGAGAAAGGGGATTTACAGGCTCCGGTTGGGTATGATGGGAATAGTT
TTGGGTTTAGGGATGTTGATGGGTGTAAGGTGCATAAGGCTGTGAGAGGGGAGTATGCTG
AGGAAGGGTATAAGGAAGGTGATGTTATTGGGTTTTATATTAACTTGCCTGATGGGGAAA
GTTTTGCTCCTAAGCCGCCTCGTTATGTGTGGTATAAAGGGCAGAGATATGTGTGTGCGC
CTGATACTAAAGAGGAGCCTCCTAAAGTCGTACCAGGTAGTGAAATATCGTTCTTCAAAA
ATGGTGTATGTCAGGGAGTTGCTTTCAAAGATCTTTTTGGCGGTCGTTACTTCCCTGCTG
CTTCCATGTACACTCTCCCTGACCAGCCAAACTGTGTTGTCAAGTTCAATTTTGGCCCTG
ATTTCGAGTTTTACCCTGAGGATTTTGGTGGGCGTGCAACCCCGAGGCCCATGTTGGAGG
TTCCGTATCATGGATTCAATGGTAAACCTGAAAATGATGGTTCTGATGATATGAAGAGTT
AGGTAGAACAA

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3C226JQ 779 0 0
AGAC
GGGCACACGAGGCTTGGTTG*TCGACTGAGAAAGGGGATTTACAGGCTCCGGTTGGGTAT
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GGGGAGTATGCTGAGGAAGGGTATAAGGAAGGTGATGTTATTGGGTTTTATATTAACTTG
CCTGATGGGGAAAGTTTTGCTCCTAAGCCGCCTCGTTATGTGTGGTATAAAGGGCAGAGA
TATGTGTGTGCGCCTGATACTAAAGAGGAGCCTCCTAAAGTCGTACCAGGTAGTGAAATA
TCGTTCTTCAAAAATGGTGTATGTCAGGGAGTTGCTTTCAAAGATCTTTTTGGCGGTCGT
TACTTCCCTGCTGCTTCCATGTACACTCTCCCTGACCAGCCAAACTGTGTTGTCAAGTTC
AATTTTGGCCCTGATTTCGAGTTTTACCCTGAGGATTTTGGTGGGCGTGCAACCCCGAGG
CCCATGTTGGAGGTTCCGTATCATGGATTCAATGGTAAACCTGAAAATGATGGTTCTGAT
GATATGAAGAGTTAGGTAGAACAAGCAGGCGTTATCTTAACATTTTTAACACAGTTTTTT
ATATCTAGTCATTGGTTCAGATACGATTTTATGAGTAGAAAATGAGCGAATGTGTTTGTA
CATGTCTGCTCCAATACGCTGGAAACTAGCATTTTTTTTTCTTACTTTCAGAACTTGATG
TAGTTCTTTCTGGATTAGCCATATTCGTCAAAAGTTATTGATTGTTCATTTGTAT

QA 5 779 5 779
DS 



AS 1 2

CO CL8530Contig1 817 2 2 U
GGGGGTCGGGTCAAGTCAAAACAAAAGCCTTATCTTCTCCGCTTCACTCTCTCTCACATA
TCCACACAAAAAAAAAAGAAATGGCTCTCACCGTGAGCACCGGTGGCGGAGGAGCTAGCC
TCCGCTCCATAGACCTCACGAATTCTTCTCGTAATCCCTTCTCCACCTCCAAACTCCATT
ACCCATCGAGAGCCCGTCTTCACATAGTCTCTGCCTCCAAAAAAACATCCTCCCAAACCG
GTCGGTTCGACAGCAAGAAGCGTCGAACCCTCGTCCCGACAACAACAACCAAAGAACAGC
CGGAAGAAAGCAACGGTCTCTACGACGAGAACCCGCCGTCTCAGCTCGAAACCGCTTACG
ACGACGACGACGAAGATAGGTTTGCTGTGAACACTCGCTTCAGAGGTGATCCAAAAGACG
CGCCAAAGATTTCGGTTAAGGATCTTCCCGGGCTTGAACCAGATCCCTTCGAAGGTCCTC
AATGGGATGGTTTAGGGTTCTCCGTTCAGTACCTATGGGCTTTCGGAATCCTCTTCGCGT
TAATCTCCGGCGCTATTGCTGCTGGGACGTACAACGAAGGTGCGACGGACTTCAAGGAGA
CGCCAGTGTATAAGGAGGTGATGGAGTCACGTGACCTTCTTGATGAAGCAGAGGGTTCGA
ACTCTGAAGATGTGTTCGAGTCTAATCCGACAGAAGTGGCGCCTAGTTTGGAATAGTTTT
TAAGTTCTGTGTGTTTTAGATGTGTTTAAAGTACATCATGAACTTCTTGTGTTCATAAAT
GTTACAGTTACAGAATCAAAAAGCTAAAGTGATTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H023TF U 1
AF RR3H023JQ C 214
BS 1 551 RR3H023TF
BS 552 817 RR3H023JQ

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TCCGCTCCATAGACCTCACGAATTCTTCTCGTAATCCCTTCTCCACCTCCAAACTCCATT
ACCCATCGAGAGCCCGTCTTCACATAGTCTCTGCCTCCAAAAAAACATCCTCCCAAACCG
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CGGAAGAAAGCAACGGTCTCTACGACGAGAACCCGCCGTCTCAGCTCGAAACCGCTTACG
ACGACGACGACGAAGATAGGTTTGCTGTGAACACTCGCTTCAGAGGTGATCCAAAAGACG
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TAATCTCCGGC

QA 1 551 1 551
DS 

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TCCCGACAACAACAACCAAAGAACAGCCGGAAGAAAGCAACGGTCTTTACGACGAGAACC
CGCCGTCTCAGCTCGAAACCGCTTACGACGACGACGACGAAGATAGGTTTGCTGTGAACA
CTCGCTTCAGAGGTGATCCAAAAGACGCGCCAAAGATTTCGGTTAAGGATCTTCCCGGGC
TTGAACCAGATCCCTTCGAAGGTCCTCAATGGGATGGTTTAGGGTTCTCCGTTCAGTACC
TATGGGCTTTCGGAATCCTCTTCGCGTTAATCTCCGGCGCTATTGCTGCTGGGACGTACA
ACGAAGGTGCGACGGACTTCAAGGAGACGCCAGTGTATAAGGAGGTGATGGAGTCACGTG
ACCTTCTTGATGAAGCAGAGGGTTCGAACTCTGAAGATGTGTTCGAGTCTAATCCGACAG
AAGTGGCGCCTAGTTTGGAATAGTTTTTAAGTTCTGTGTGTTTTAGATGTGTTTAAAGTA
CATCATGAACTTCTTGTGTTCATAAATGTTACAGTTACAGAATCAAAAAGCTAAAGTGAT
TATC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL8533Contig1 993 2 2 U
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CAATCAATCAAATCCCCAAACACTCACAAAACAAGAAGATCAGCTTCCAGCTTCGATCGA
AGGTTTTTTTCTTCTTACAAAAAATGTCTATGTCGTCTATGTCTTCTCCTTCCTCAGCTG
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GTGAGACAATTCTTGCGGTTAGTGTTCCTTACACAAGCATGTTCAAGACCGTAACCGTCC
GATGCGGTTGCTGTACTAATCTTCTATCTGTGAACATGAGATCGGCTGGCCTCCCAGCTT
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AGGAGCTGAGAGATGCACCATCAAACATGAACATGATGGTGATGAATCAACATCCGAATA
TGAATGACATACCGTCTTTCATGAATATTCATCAACAACATGAGATTCCTAAAGCACCAC
CCGTTAACCGCCCTCCAGAGAAAAGACAGAGAGTCCCATCCGCATATAACCGATTTATCA
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AATCGATAAGTATTCGAGAATTTGAATCCAATATCTGTAAGATTTATGTTGTCCAAAAAG
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TTCTAATTAATGAGGTTTATTATGTTAGTTTCG


BQ
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AF RR3BE77TF U 1
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BS 748 993 RR3BE77JQ

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AGGTTTTTTTCTTCTTACAAAAAATGTCTATGTCGTCTATGTCTTCTCCTTCCTCAGCTG
TTTTTTCGCCAGAGCACCTCTCTCCTTCCGACCATCTCTGCTATGTCCAATGCAACTTTT
GTGAGACAATTCTTGCGGTTAGTGTTCCTTACACAAGCATGTTCAAGACCGTAACCGTCC
GATGCGGTTGCTGTACTAATCTTCTATCTGTGAACATGAGATCGGCTGGCCTCCCAGCTT
CTAACCAGCTGCAGCTCCAGCTTGGTCCTCACTCTTACTTCAATACCCAGAATATTCTGG
AGGAGCTGAGAGATGCACCATCAAACATGAACATGATGGTGATGAATCAACATCCGAATA
TGAATGACATACCGTCTTTCATGAATATTCATCAACAACATGAGATTCCTAAAGCACCAC
CCGTTAACCGCCCTCCAGAGAAAAGACAGAGAGTCCCATCCGCATATAACCGATTTATCA
AGGAGGAGATCCAACGTATCAAAGCTGGTAATCCTGATATAAGCCACAGAGAAGCCTTTA
GTGCTGCTGCCAAGAATTGGGCCCACTTCCCTCACATACACTTCGGACTAGCACCAGACA
ATCAACCCGTGAAGAAAACCAGCATGC

QA 1 747 1 747
DS 

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AATTCTTGCGGTTAGTGTTCCTTACACAAGCATGTTCAAGACCGTAACCGTCCGATGCGG
TTGCTGTACTAATCTTCTATCTGTGAACATGAGATCGGCTGGCCTCCCAGCTTCTAACCA
GCTGCAGCTCCAGCTTGGTCCTCACTCTTACTTCAATACCCAGAATATTCTGGAGGAGCT
GAGAGATGCACCATCAAACATGAACATGATGGTGATGAATCAACATCCGAATATGAATGA
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CCGCCCTCCAGAGAAAAGACAGAGAGTCCCATCCGCATATAACCGATTTATCAAGGAGGA
GATCCAACGTATCAAAGCTGGTAATCCTGATATAAGCCACAGAGAAGCCTTTAGTGCTGC
TGCCAAGAATTGGGCCCACTTCCCTCACATACACTTCGGACTAGCACCAGACAATCAACC
CGTGAAGAAAACCAGCATGCCCCAACAGGAGGGGGAGGATAACGTGGGGATGAAAGAAGG
GTTTTACGCTCCTGCGGCTAACATTGGTGTGGCTCCTTACTAAAGACAAATATAATCGAT
AAGTATTCGAGAATTTGAATCCAATATCTGTAAGATTTATGTTGTCCAAAAAGCTGGGTT
TCTTTTATGTATTATGTATGCATGCGTCTACTTCTGTTGAGTGATCAAAATCTTTCTAAT
TAATGAGGTTTATTATGTTAGTTTCG

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

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GGCGACACCTGAACGAGCTGTGGTCCATGCTTGTTCACCTCATTAACGAGAATAGATGTC
TGATCGATGAGCTAAGCCGAGCCAATGAGGGCAACGAGAATGTTGTTGAAGAGAACAAGA
AACTTCGGGAAGAAAATTCCAATTTGAGAAAGATGATTGGTGAGATAGGTTTCTAATGTA
GAGAGCGATCATATTTTGGACCTTTTGATCGTCTCGTAGTCGGTTTGTTTTCATCTTTTT
TTTTCATCTTTTTAATGGAGATCAGCGAGTACAAAATATTTTGTAACCAGACCTACAAAA
TAATCAAATGCTTTCTTT


BQ
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AF RR3HA40JQ C 1
AF RR3HA40TF U 1
BS 1 558 RR3HA40TF

RD RR3HA40JQ 558 0 0
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TGGTTTTGTCTATAACCTTCCGGGCGCAAACCCCAATCAACAGTTCTTTAATAACCAAGT
TCCACTTGTAAACTTGTCTGCCACGTCAGACGAGTCTAACCGGAGTGCAGATGATGATGA
GAAGAAGCAAAGAAGGAAGGTTTCGAATCGCGAGTCAGCTCGGAGATTGTATGCGAAAAA
GGCGACACCTGAACGAGCTGTGGTCCATGCTTGTTCACCTCATTAACGAGAATAGATGTC
TGATCGATGAGCTAAGCCGAGCCAATGAGGGCAACGAGAATGTTGTTGAAGAGAACAAGA
AACTTCGGGAAGAAAATTCCAATTTGAGAAAGATGATTGGTGAGATAGGTTTCTAATGTA
GAGAGCGATCATATTTTGGACCTTTTGATCGTCTCGTAGTCGGTTTGTTTTCATCTTTTT
TTTTCATCTTTTTAATGGAGATCAGCGAGTACAAAATATTTTGTAACCAGACCTACAAAA
TAATCAAATGCTTTCTTT

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR3HA40TF 558 0 0
GGACCAACTACCATCATAATTAAGTCACGAGCGAACACAAATATTTTTCTCTAACATGGA
TGGTTTTGTCTATAACCTTCCGGGCGCAAACCCCAATCAACAGTTCTTTAATAACCAAGT
TCCACTTGTAAACTTGTCTGCCACGTCAGACGAGTCTAACCGGAGTGCAGATGATGATGA
GAAGAAGCAAAGAAGGAAGGTTTCGAATCGCGAGTCAGCTCGGAGATTGTATGCGAAAAA
GGCGACACCTGAACGAGCTGTGGTCCATGCTTGTTCACCTCATTAACGAGAATAGATGTC
TGATCGATGAGCTAAGCCGAGCCAATGAGGGCAACGAGAATGTTGTTGAAGAGAACAAGA
AACTTCGGGAAGAAAATTCCAATTTGAGAAAGATGATTGGTGAGATAGGTTTCTAATGTA
GAGAGCGATCATATTTTGGACCTTTTGATCGTCTCGTAGTCGGTTTGTTTTCATCTTTTT
TTTTCATCTTTTTAATGGAGATCAGCGAGTACAAAATATTTTGTAACCAGACCTACAAAA
TAATCAAATGCTTTCTTT

QA 1 558 1 558
DS 



AS 1 2

CO CL8535Contig1 784 2 2 U
GATGCCTAAGAAGGTTCTTGGACAGGGTTAGCTACTAGGCAAGTTCCTTGTGCGTGCTCT
TTTCCTTACTCTTGGTTTTGTCCCACGAGGTTTTCCAGGAGAAGGTTTTTAACGAGGCCA
CAACTAGCTTACAAGTCACCTTGAAGCATCTCGGTCCAAGACTAAGAAGAAACCATTTCT
TCTTTGTTTCCTTATTTGAACCATATTCTATTTTAAGTTATTTCAATTTGTGTGTCGACA
AGGAGCATGTTCCTTTAGTCTTTATATTGTTTGCAAAACTCATTGAGAAGGTTACACTTG
ATATTTTATAAAACTTTCTTTCAAAGAAACCTAGTTCTCTCTCAAGAACTCGCCGCCTCC
ATAGCCTTGTGAGACCAGCACCTCCACGGCTTGAAGGTCCCTTGTGTTGTATCACGAGCT
CTCCATCTCTCGTGTGGTGCACTTCACTCCCCTGGTTCCATCTCTCACGGTTTCTCTTGG
TTGATTAGATCAAACAAAAGAGCCACCTCTTGATCTAGATCGGCTCCATCTCTCTTACTT
GGATCACACAGCCTTTGTCAGCCTAGGCTTGTATCATTTCTGGTATCAGAGCTGAAGTTC
CTTCAGCATCAGGTTGTAACTATCCTCTCTACTAGTTTCTTTAGATCATTCGTTTGTACT
TTCATCCATTCAAAAAAAAAAGAAAATCGTTTGTCATCTCATATAGTTTGCTTTGCATAT
TCATATCTTGTTTTCCATCTTGTCATCATTAGATCGAGTCCTTTGCTAGTTAGATCATCT
CGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3G071TF U 1
AF RR3G071JQ C 51
BS 1 608 RR3G071TF
BS 609 784 RR3G071JQ

RD RR3G071TF 608 0 0
GATGCCTAAGAAGGTTCTTGGACAGGGTTAGCTACTAGGCAAGTTCCTTGTGCGTGCTCT
TTTCCTTACTCTTGGTTTTGTCCCACGAGGTTTTCCAGGAGAAGGTTTTTAACGAGGCCA
CAACTAGCTTACAAGTCACCTTGAAGCATCTCGGTCCAAGACTAAGAAGAAACCATTTCT
TCTTTGTTTCCTTATTTGAACCATATTCTATTTTAAGTTATTTCAATTTGTGTGTCGACA
AGGAGCATGTTCCTTTAGTCTTTATATTGTTTGCAAAACTCATTGAGAAGGTTACACTTG
ATATTTTATAAAACTTTCTTTCAAAGAAACCTAGTTCTCTCTCAAGAACTCGCCGCCTCC
ATAGCCTTGTGAGACCAGCACCTCCACGGCTTGAAGGTCCCTTGTGTTGTATCACGAGCT
CTCCATCTCTCGTGTGGTGCACTTCACTCCCCTGGTTCCATCTCTCACGGTTTCTCTTGG
TTGATTAGATCAAACAAAAGAGCCACCTCTTGATCTAGATCGGCTCCATCTCTCTTACTT
GGATCACACAGCCTTTGTCAGCCTAGGCTTGTATCATTTCTGGTATCAGAGCTGAAGTTC
CTTCAGCA

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3G071JQ 734 0 0
TGCGTGCTCTTTTCCTTACTCTTGGTTTTGTCCCACGAGGTTTTCCAGGAGAAGGTTTTT
AACGAGGCCACAACTAGCTTACAAGTCACCTTGAAGCATCTCGGTCCAAGACTAAGAAGA
AACCATTTCTTCTTTGTTTCCTTATTTGAACCATATTCTATTTTAAGTTATTTCAATTTG
TGTGTCGACAAGGAGCATGTTCCTTTAGTCTTTATATTGTTTGCAAAACTCATTGAGAAG
GTTACACTTGATATTTTATAAAACTTTCTTTCAAAGAAACCTAGTTCTCTCTCAAGAACT
CGCCGCCTCCATAGCCTTGTGAGACCAGCACCTCCACGGCTTGAAGGTCCCTTGTGTTGT
ATCACGAGCTCTCCATCTCTCGTGTGGTGCACTTCACTCCCCTGGTTCCATCTCTCACGG
TTTCTCTTGGTTGATTAGATCAAACAAAAGAGCCACCTCTTGATCTAGATCGGCTCCATC
TCTCTTACTTGGATCACACAGCCTTTGTCAGCCTAGGCTTGTATCATTTCTGGTATCAGA
GCTGAAGTTCCTTCAGCATCAGGTTGTAACTATCCTCTCTACTAGTTTCTTTAGATCATT
CGTTTGTACTTTCATCCATTCAAAAAAAAAAGAAAATCGTTTGTCATCTCATATAGTTTG
CTTTGCATATTCATATCTTGTTTTCCATCTTGTCATCATTAGATCGAGTCCTTTGCTAGT
TAGATCATCTCGCC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL8536Contig1 939 2 2 U
GGTCCTTTCGCCTGTTAACTTCGCCGTCGCCGGATGGATCAACCGCCGTCGTTCGCTCAC
TACCGAAACCCTAAACCCAATTTCTTCCACCAGCATCCTCCTCTAAACTCTCCCAGTTTC
TTCCAGCAACCTCCTCCTCCTCTGCAAACTCCCAACACTTACTCCACCATAGCCCCATCT
CCGTCAACAATCCGCGACCTCTCCGGCACACTCTCCTCTCTACAGTCTCTGTTATCATAA
TGTCAACGCACCTTAGATTCACTCTCGCGAAATCTATCTCTAGAACACTCTTCTCCTCCT
CCTCTCCACAAGGACTGTTTTGTTCGGTGCCCTTTTGATCACAATCACCTCATGCCACCG
GAAGCTCTCTTCCTCCATTCACTTCGCTGCCCAAACACTCGAGATCTCACTCACCTCTTG
GGATCGTTCAGTAGCTACCGAAACACCCTCGAGTTGCCGATTGAACCAGAGCTGAACAAC
GGCGACCTCTGTTTCTCCTTAGATGACGTCATAGATTTCGGGAACAACGTCTTCTGCAAC
GATTGCCCAGGAGCTGTTAACTTCTATGAGCTCGATGGTAAAACGCGACGTTTTACACTT
CCTAGTGTTCTTCTAACTGTGGAATATGCAGCGAGTTTGAAAGTTCTTCTATATTGGTGT
TATGACAGCTAAAGCTGATGAAGAACGGAAAGGGACGTCCTAGTTACCGACCTATTATTG
ATCATGATGGTCTTCCCCGACAACGCTTGTCGAATCAGGTTAATACTTAACTATAATTGA
GTTTGTTTCTTTCAAATTTTCGTACTTTTTCGTCTTACTGCAAAACACTCTTTCGTAGTT
TTTTTCCTTTATATTCTTTTTTTTGTTTGTAATTGAATATCATTGGAGGATAACAGATTT
GTGTAGTGTTTCATGGTGTATATAGTGCACAAGATTGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AQ07TF U 1
AF RR3AQ07JQ C 187
BS 1 754 RR3AQ07TF
BS 755 939 RR3AQ07JQ

RD RR3AQ07TF 754 0 0
GGTCCTTTCGCCTGTTAACTTCGCCGTCGCCGGATGGATCAACCGCCGTCGTTCGCTCAC
TACCGAAACCCTAAACCCAATTTCTTCCACCAGCATCCTCCTCTAAACTCTCCCAGTTTC
TTCCAGCAACCTCCTCCTCCTCTGCAAACTCCCAACACTTACTCCACCATAGCCCCATCT
CCGTCAACAATCCGCGACCTCTCCGGCACACTCTCCTCTCTACAGTCTCTGTTATCATAA
TGTCAACGCACCTTAGATTCACTCTCGCGAAATCTATCTCTAGAACACTCTTCTCCTCCT
CCTCTCCACAAGGACTGTTTTGTTCGGTGCCCTTTTGATCACAATCACCTCATGCCACCG
GAAGCTCTCTTCCTCCATTCACTTCGCTGCCCAAACACTCGAGATCTCACTCACCTCTTG
GGATCGTTCAGTAGCTACCGAAACACCCTCGAGTTGCCGATTGAACCAGAGCTGAACAAC
GGCGACCTCTGTTTCTCCTTAGATGACGTCATAGATTTCGGGAACAACGTCTTCTGCAAC
GATTGCCCAGGAGCTGTTAACTTCTATGAGCTCGATGGTAAAACGCGACGTTTTACACTT
CCTAGTGTTCTTCTAACTGTGGAATATGCAGCGAGTTTGAAAGTTCTTCTATATTGGTGT
TATGACAGCTAAAGCTGATGAAGAACGGAAAGGGACGTCCTAGTTACCGACCTATTATTG
ATCATGATGGTCTTCCCCGACAACGCTTGTCGAA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3AQ07JQ 753 0 0
ACAATCCGCGACCTCTCCGGCACACTCTCCTCTCTACAGTCTCTGTTATCATAATGTCAA
CGCACCTTAGATTCACTCTCGCGAAATCTATCTCTAGAACACTCTTCTCCTCCTCCTCTC
CACAAGGACTGTTTTGTTCGGTGCCCTTTTGATCACAATCACCTCATGCCACCGGAAGCT
CTCTTCCTCCATTCACTTCGCTGCCCAAACACTCGAGATCTCACTCACCTCTTGGGATCG
TTCAGTAGCTACCGAAACACCCTCGAGTTGCCGATTGAACCAGAGCTGAACAACGGCGAC
CTCTGTTTCTCCTTAGATGACGTCATAGATTTCGGGAACAACGTCTTCTGCAACGATTGC
CCAGGAGCTGTTAACTTCTATGAGCTCGATGGTAAAACGCGACGTTTTACACTTCCTAGT
GTTCTTCTAACTGTGGAATATGCAGCGAGTTTGAAGGTTCTTCTATATTGGTGTTATGAC
AGCTAAAGCTGATGAAGAACGGAA*GGGACGTCCTAGTTACCGACCTATTATTGATCATG
ATGGTCTTCCCCGACAACGCTTGTCGAATCAGGTTAATACTTAACTATAATTGAGTTTGT
TTCTTTCAAATTTTCGTACTTTTTCGTCTTACTGCAAAACACTCTTTCGTAGTTTTTTTC
CTTTATATTCTTTTTTTTGTTTGTAATTGAATATCATTGGAGGATAACAGATTTGTGTAG
TGTTTCATGGTGTATATAGTGCACAAGATTGGG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL8537Contig1 1278 2 6 U
GACCTTACAATCACAAGACCTGATATCACATATTCAGTAAATAAGCTATGTCAATTTTCC
TCTGCTCCCAAGATACCTCATCTCAAAGCTGTTTACAGAGTTTTACAGTACATCAAAGGA
ACGATTGGACAAGGTCTATTCTACTCTTCCTCCACGGATTTATCTTTGAAGGGATTTGCT
GATGCTGACTGGTCTTCATGTCGAGATAGTAGACGTTCTACTACAGGCTTGTCTATTTTC
CTTGGTGACTCTTTGATTTCATGGCGTTCTAAGAAGCAGGATACAGTGTCATGTTCATCT
GCAGAAGCAGAGTACAGAGCTCTGAATCAGGCTTCAAAGGAACTTGTTTGGTTGATCAAG
CTCACGAATGATTTGAAGGTTCCTCAGTTGAAGCCTCCGGTGTTGTTTTCTGATAGCACA
GCTGCAATATACATTGCCACCAACCCGGTGTTTCACGAGAGGACGAAACATGTTGAGAAT
GATTGCCATTTCGTTCGAGAGCGACTTGATCGAGGTGTTCTGAAGACTCTTCATGTTCGA
ACAGCCGATCAAATTGCTGATATTATGACTAAACCACTCTTTCCTTCTCAATTTCACCAT
CTCATGTCCAAGATGAGTCTTCACAACATCTTCGAAGTCTCATCTTGAGGGGGCCTATTG
GTTTATATAACCGGTTTATCGGTTTAGTTATTTAAATTAGAGTAGTGGTTTAGTGTACAG
TGTATAACGGCTTACTATATATACATGTAAATATCTCTTTAATCAATACACAAGATATTT
CTATAACAAACTTCTTCCTCCTCTCTACGAAGCTTGATCGTAATAGAATAGCAATCTATT
AGAAAATAAAATAAATGGGTTTTGGAAAACACGTTTCACTGATAAAACAATGAGACCTGA
ACATATGATTAGGTTGTTTTACTAGTAAATATCCATGTTCCAGAACACTGGCTCAGGAGG
CTAATTAACTGCGTCGAAGAGTTCTACAGTGGATGGCCGTGGTGATTTTGGCCATACTCA
GGCAAAAAATTGTGCTCATCAGTTTTATTTTTTTGATTTTGAATGACAAATTGTAAGAAT
ATGGTAGATCAATTCATTCAACTATAGAACGAAGAGGATAATGCAAAAAAATCAATGGAA
TATGATTAAAATATGCATTACTGGCCATGGAGTAAATTGCAGAAAAAACAGAAAGATCTA
AGGAAGATGATAAATAAATTACGATATTGCCACTCGAAAAAAAGGAAGATGATAAATAAA
TTACGCTATTGCCACTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB81TF U 1
AF RR3CB81JQ C 406
BS 1 652 RR3CB81TF
BS 653 653 RR3CB81JQ
BS 654 726 RR3CB81TF
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BS 728 750 RR3CB81TF
BS 751 1278 RR3CB81JQ

RD RR3CB81TF 755 0 0
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TCTGCTCCCAAGATACCTCATCTCAAAGCTGTTTACAGAGTTTTACAGTACATCAAAGGA
ACGATTGGACAAGGTCTATTCTACTCTTCCTCCACGGATTTATCTTTGAAGGGATTTGCT
GATGCTGACTGGTCTTCATGTCGAGATAGTAGACGTTCTACTACAGGCTTGTCTATTTTC
CTTGGTGACTCTTTGATTTCATGGCGTTCTAAGAAGCAGGATACAGTGTCATGTTCATCT
GCAGAAGCAGAGTACAGAGCTCTGAATCAGGCTTCAAAGGAACTTGTTTGGTTGATCAAG
CTCACGAATGATTTGAAGGTTCCTCAGTTGAAGCCTCCGGTGTTGTTTTCTGATAGCACA
GCTGCAATATACATTGCCACCAACCCGGTGTTTCACGAGAGGACGAAACATGTTGAGAAT
GATTGCCATTTCGTTCGAGAGCGACTTGATCGAGGTGTTCTGAAGACTCTTCATGTTCGA
ACAGCCGATCAAATTGCTGATATTATGACTAAACCACTCTTTCCTTCTCAATTTCACCAT
CTCATGTCCAAGATGAGTCTTCACAACATCTTCGAAGTCTCATCTTGAGGGG*CCTATTG
GTTTATATAACCGGTTTATCGGTTTAGTTATTTAAATTAGAGTAGTGGTTTAGTGTACAG
TGTATA*CGGCTTACTATATATACATGTAA
TATCT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3CB81JQ 873 0 0
G
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AACATGTTGAGAATGATTGCCATT*CGTTCGAGAGCGACTTGATCGAGGTGTTCTGAAGA
CTCTTCATGTTCGAACAGCCGATCAAATTGCTGATATTATGACTAAACCACTCTTTCCTT
CTCAATTTCACCATCTCATGTCCAAGATGAGTCTTCACAACATCTTCGAAGTCTCATCTT
GAGGGGGCCTATTGGTTTATATAACCGGTTTATCGGTTTAGTTATTTAAATTAGAGTAGT
GGTTTAGTGTACAGTGTATAACGGCTTACTATATATACATGTAAATATCTCTTTAATCAA
TACACAAGATATTTCTATAACAAACTTCTTCCTCCTCTCTACGAAGCTTGATCGTAATAG
AATAGCAATCTATTAGAAAATAAAATAAATGGGTTTTGGAAAACACGTTTCACTGATAAA
ACAATGAGACCTGAACATATGATTAGGTTGTTTTACTAGTAAATATCCATGTTCCAGAAC
ACTGGCTCAGGAGGCTAATTAACTGCGTCGAAGAGTTCTACAGTGGATGGCCGTGGTGAT
TTTGGCCATACTCAGGCAAAAAATTGTGCTCATCAGTTTTATTTTTTTGATTTTGAATGA
CAAATTGTAAGAATATGGTAGATCAATTCATTCAACTATAGAACGAAGAGGATAATGCAA
AAAAATCAATGGAATATGATTAAAATATGCATTACTGGCCATGGAGTAAATTGCAGAAAA
AACAGAAAGATCTAAGGAAGATGATAAATAAATTACGATATTGCCACTCGAAAAAAAGGA
AGATGATAAATAAATTACGCTATTGCCACTCG

QA 2 873 2 873
DS 



AS 1 2

CO CL8538Contig1 546 2 1 U
GGAGTGTCATTTGTTTTCATCTGCAGCCGGACACTCTTCAACGCAACGAGGATAACTTGA
TCATATATAATGGCAGCAACAAGAAGCGCTATCAGATTTGTGACTCGCAGGTTCTCCAGT
GGCAAAGTTCTTAGCGAAGAGGAAAAGGCTGCTGAGAATGTTTTCATCAAGAAAATGGAG
CAGGAGAAGCTTGAGAAGATAGCTCGACAGGGTCCGGGAGAACAAGCAGCAGGTTCAGCC
CAGGCTAGTTGTGGTGGAACTTCATCAGCTGAATCCGCGGGACCAAAGGTGTCAGAAGAC
AAGGACAGAAACTATGCGGTTGTGGCGGGTGTGGTGGCTGTCGTTGGTACCATTGGTTGG
TACATGAAATCAGGCGGAAAGAAGCAGCAGCCAGAGGCTCAAGAGTGAAGAAAGGGTAGT
AGATTGCTGGACTTTGGAATGGCTTCCTAGTTCCTATAATAAATAGAGAGTGGCTTACTC
TTTGTATGAGAAACTTTTGAATTGACTACTACTCTTTTCTTTTGGTTTCGATTTACAAAG
TTCGAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3H288JQ C 1
AF RR3H288TF U 1
BS 1 546 RR3H288TF

RD RR3H288JQ 546 0 0
GGAGTGTCATTTGTTTTCATCTGCAGCCGGACACTCTTCAACGCAACGAGGATAACTTGA
TCATATATAATGGCAGCAACAAGAAGCGCTATCAGATTTGTGACTCGCAGGTTCTCCAGT
GGCAAAGTTCTTAGCGAAGAGGAAAAGGCTGCTGAGAATGTTTTCATCAAGAAAATGGAG
CAGGAGAAGCTTGAGAAGATAGCTCGACAGGGTCCGGGAGAACAAGCAGCAGGTTCAGCC
CAGGCTAGTTGTGGTGGAACTTCATCAGCTGAATCCGCGGGACCAAAGGTGTCAGAAGAC
AAGGACAGAAACTATGCGGTTGTGGCGGGTGTGGTGGCTGTCGTTGGTACCATTGGTTGG
TACATGAAATCAGGCGGAAAGAAGCAGCAGCCAGAGGCTCAAGAGTGAAGAAAGGGTAGT
AGATTGCTGGACTTTGGAATGGCTTCCTAGTTCCTATAATAAATAGAGAGTGGCTTACTC
TTTGTATGAGAAACTTTTGAATTGACTACTACTCTTTTCTTTTGGTTTCGATTTACAAAG
TTCGAG

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3H288TF 546 0 0
GGAGTGTCATTTGTTTTCATCTGCAGCCGGACACTCTTCAACGCAACGAGGATAACTTGA
TCATATATAATGGCAGCAACAAGAAGCGCTATCAGATTTGTGACTCGCAGGTTCTCCAGT
GGCAAAGTTCTTAGCGAAGAGGAAAAGGCTGCTGAGAATGTTTTCATCAAGAAAATGGAG
CAGGAGAAGCTTGAGAAGATAGCTCGACAGGGTCCGGGAGAACAAGCAGCAGGTTCAGCC
CAGGCTAGTTGTGGTGGAACTTCATCAGCTGAATCCGCGGGACCAAAGGTGTCAGAAGAC
AAGGACAGAAACTATGCGGTTGTGGCGGGTGTGGTGGCTGTCGTTGGTACCATTGGTTGG
TACATGAAATCAGGCGGAAAGAAGCAGCAGCCAGAGGCTCAAGAGTGAAGAAAGGGTAGT
AGATTGCTGGACTTTGGAATGGCTTCCTAGTTCCTATAATAAATAGAGAGTGGCTTACTC
TTTGTATGAGAAACTTTTGAATTGACTACTACTCTTTTCTTTTGGTTTCGATTTACAAAG
TTCGAG

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL8539Contig1 927 2 2 U
GGACACACTCTCTCTTCAATCCTTCTAGTTAAGAAAGACTTGGATCAGAAATGGCCACCT
CAGCAATCCAGCAATCCTCCTTCGCAGGCCAAACGGCCCTCAAGCCTTCCAACGATCTCC
TCCGCAAGGTCGGTGTCTCCGACGGCGGCCGCGTGACCATGCGCCGCACCGTTAAGTCTA
CTCCTCAAAGCATTTGGTACGGACCAGACCGTCCAAAGTACTTGGGACCGTTCTCCGAGA
ACACACCGTCCTACCTAACCGGAGAATACCCCGGAGACTACGGCTGGGACACCGCCGGGC
TTTCTGCCGACCCAGAGACATTCGCTAAGAACCGTGAGCTCGAAGTAATCCACAGCAGAT
GGGCAATGCTGGGAGCCTTAGGCTGCACGTTCCCCGAGATCCTCTCCAAGAACGGAGTCA
AATTCGGAGAAGCCGTGTGGTTCAAGGCAGGATCCCAGATCTTCTCAGAAGGAGGTCTTG
ACTACCTCGGAAACCCTAACTTGATCCACGCGCAAAGCATCTTAGCCATCTGGGCTTGTC
AGGTCGTGCTCATGGGTTTGATAGAAGGGTACAGAATCGGAGGTGGTCCTCTGGGGAGAA
GGTCTTGACCCGCTTTACCCTGGAGGTGCGTTCGACCCGTTGAATTTGGCAGAGGACCCG
GAGGCCTTCGCTGAGTTGAAGGTGAAGGAGTTCAAGAACGGACGTCTTGCCATGTTCTCC
ATGTTTGGATTCTTTGTTCAAGCAATTGTTACTGGTAAAGATCCCATCGAGAACTTGTTT
GATCACTTGGCAGATCCTGTGGCTAACAACGCCTGGTCTTTCGCTACCAACTTTGTCCCC
GGAAAGTGATTTATCTATCTTATGGATTTGCTTCACCGTCTTATCTTACTTTGTAAAAGC
ATCAATGTATTGTTCGTGTTTTATGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC16TF U 1
AF RR3DC16JQ C 112
BS 1 678 RR3DC16TF
BS 679 927 RR3DC16JQ

RD RR3DC16TF 678 0 0
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CTCCTCAAAGCATTTGGTACGGACCAGACCGTCCAAAGTACTTGGGACCGTTCTCCGAGA
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TTTCTGCCGACCCAGAGACATTCGCTAAGAACCGTGAGCTCGAAGTAATCCACAGCAGAT
GGGCAATGCTGGGAGCCTTAGGCTGCACGTTCCCCGAGATCCTCTCCAAGAACGGAGTCA
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ACTACCTCGGAAACCCTAACTTGATCCACGCGCAAAGCATCTTAGCCATCTGGGCTTGTC
AGGTCGTGCTCATGGGTTTGATAGAAGGGTACAGAATCGGAGGTGGTCCTCTGGGGAGAA
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GAGGCCTTCGCTGAGTTG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3DC16JQ 816 0 0
ACGATCTCCTCCGCAAGGTCGGTGTCTCCGACGGCGGCCGCGTGACCATGCGCCGCACCG
TTAAGTCTACTCCTCAAAGCATTTGGTACGGACCAGACCGTCCAAAGTACTTGGGACCGT
TCTCCGAGAACACACCGTCCTACCTAACCGGAGAATACCCCGGAGACTACGGCTGGGACA
CCGCCGGGCTTTCTGCCGACCCAGAGACATTCGCTAAGAACCGTGAGCTCGAAGTAATCC
ACAGCAGATGGGCAATGCTGGGAGCCTTAGGCTGCACGTTCCCCGAGATCCTCTCCAAGA
ACGGAGTCAAATTCGGAGAAGCCGTGTGGTTCAAGGCAGGATCCCAGATCTTCTCAGAAG
GAGGTCTTGACTACCTCGGAAACCCTAACTTGATCCACGCGCAAAGCATTTTAGCCATCT
GGGCTTGTCAGGTCGTGCTCATGGGTTTGATAGAAGGGTACAGAATCGGAGGTGGTCCTC
TGGG*AGAAGGTCTTGACCCGCTTTACCCTGGAGGTGCGTTCGACCCGTTGAATTTGGCA
GAGGACCCGGAGGCCTTCGCTGAGTTGAAGGTGAAGGAGTTCAAGAACGGACGTCTTGCC
ATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTTGTTCAAGCAATTGTTACTGGTAAAGATCCCATCGAG
AACTTGTTTGATCACTTGGCAGATCCTGTGGCTAACAACGCCTGGTCTTTCGCTACCAAC
TTTGTCCCCGGAAAGTGATTTATCTATCTTATGGATTTGCTTCACCGTCTTATCTTACTT
TGTAAAAGCATCAATGTATTGTTCGTGTTTTATGTG

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL8540Contig1 402 2 13 U
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AGAAAAATGGCGGGAAAAGTGTGTATGGTGATGGCACTTATCATGATAGGGTGTGTTTTA
CAAGCATGCAATGGAGCCAGTGTTGACGAAGCCAAGCCGAAAGAATCAAGATTCATTTGC
TTCACAGCCTGTTCCATAGCCTGTGGCAAACAAAACAAACCTTGTTACGAGGAATGTTTG
ACCAAGTGCGGTCTCCCAAAACGACCTTCTAAACCAACATCATCTCCATCAACTTCTACC
ACCGCTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTGTCTTTATTGCTAAGGATGTCATC
TTTATGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAGAATTATCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FT86TF U 1
AF RR3HA47TF U 1
BS 1 10 RR3FT86TF
BS 11 11 RR3HA47TF
BS 12 149 RR3FT86TF
BS 150 150 RR3HA47TF
BS 151 151 RR3FT86TF
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BS 153 232 RR3FT86TF
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BS 292 292 RR3HA47TF
BS 293 374 RR3FT86TF
BS 375 376 RR3HA47TF
BS 377 402 RR3FT86TF

RD RR3FT86TF 402 0 0
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AGAAAAATGGCGGGAAAAGTGTGTATGGTGATGGCACTTATCATGATAGGGTGTGTTTTA
CAAGCATGCAATGGAGCCAGTGTTGACGAGGTCAAGCCGAAAGAATCAAGATTCATTTGC
TTCACAGCCTGTTCCATAGCCTGTGGCAAACAAAACAAACCTTGTTACGAGGGATGTTTG
ACCAAGTGCGGTCTCCCAAAACGACCTTCTAAACCAACATCATCTCCATCACCTTCTACC
ACCGCTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTGTCTTTATTGCTAAGGATGTCATC
TTTATGTATTTCTT**ACATGAATATTAAGTGAGAATTATCT

QA 1 402 1 402
DS 

RD RR3HA47TF 400 0 0
GGGCACATCTAAAATCTATCAATAACTAAATAAAACACAAGTCCTAATAAACTTGTAAAG
AGAAAAATGGCGGGAAAAGTGTGTATGGTGATGGCACTTATCATGATAGGGTGTGTTTTA
CAAGCATGCAATGGAGCCAGTGTTGACGAAGCCAAGCCGAAAGAATCAAGATTCATTTGC
TTCACAGCCTGTTCCATAGCCTGTGGCAAACAAAACAAACCTTGTTACGAGGAATGTTTG
ACCAAGTGCGGTCTCCCAAAACGACCTTCTAAACCAACATCATC**CATCAACTTCTACC
ACCGCTTGATCTGATCTTATTCTATTTGTGATTTGTGTCTTTATTGCTAAGGATGTCATC
TTTATGTATTTCTTTAACATGAATATTAAGTGAGAATTAT

QA 1 400 1 400
DS 



AS 1 2

CO CL8541Contig1 598 2 2 U
AGTAATGATCATCTTTTATTTGAATACTTATTTAGTACAATATAGATAGAACAAGCTCCT
TATCTATGAAGCAAGTAGTAGAGATATGAAGATGATCATGATGGTGGGAAAAAGTGTTTC
ATGCATCTGCGAGCTTCTTCTTCTGGTTCTGGAATGAGAGGTTTGGGCGGCGGAAATCTT
GTTTGGCAGGGTTCTTTGTAGTACCGTTAATAAAGCTTTGGTACCATTTGCCAGATTCTT
TGAGATTTCTATAATCGAGGTTTGTCTAGTTAACGTAACTAAGTCCGAATCTAACGGTAA
AACCTTTGCAGAATTCATAATTGTCTCCAAGAGCCCATGCAAAGTATCCTTTTATGTTGA
CACCCTTCTCCCTGATGACCTTACGGAGAAAACATAGATGACTGCAGAGATAATCGATCC
GCTTGGAATCGGCAATAGCTTCCTCACGGGTTTCTTCACCGGGAGTACTGAATCCGTTCT
CAGTGATATAGATCAAAGGGTTATTGTATTTGGTTTTGAAGTAGTCCATAACGTAATAAA
TGCCTTTTGGGTAGTAATAGGCATTGCCGTTTTTTGCGTCTTTTACGAACAGTGGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GG73TF C 1
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QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3GG73JQ 558 0 0
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GTTTGGGCGGCGGAAATCTTGTTTGGCAGGGTTCTTTGTAGTACCGTTAATAAAGCTTTG
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TTTTACGAACAGTGGACC

QA 1 558 1 558
DS 



AS 1 2

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AAGAGTGAAGATCC


BQ
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AF RR3GK75JQ U 6
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DS 

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QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3EN27TF U 1
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GTTATCCTTTTGAGTTTT

QA 1 558 1 558
DS 

RD RR3EN27TF 558 0 0
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CAGATTCACAAGATCAGAATCACTCTCTCCTCTAAGAACGTCAAGAACCTTGAGAAGGTG
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ACATGGGACAGATTTGAGCTGCGTGTACACAAGCGTGTGATTGATCTCTTCAGCTCGCCT
GATGTTGTGAAGCAGATCACTTCCATCACCATCGAGCCTGGTGTCGAAGTCGAGGTCACC
ATCACTGATTCTTAGATGCATGCTGTTTAGTTTTATAAACTTTGTCTTTGAATTCCAGCT
ACTTCTCGCTTTCTTTTTCTTGTTGCAAGGTTCAGACTTCTTGTTCTCTTCCTTATATAT
GTTATCCTTTTGAGTTTT

QA 1 558 1 558
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AM93TF U 1
AF RR3AM93JQ C 142
BS 1 700 RR3AM93TF
BS 701 710 RR3AM93JQ

RD RR3AM93TF 700 0 0
GATAGAACTTGGTGGAGAACTCCGGCGGCGACATGGGTGGTTCAATTTCTGTGTCCGAAA
AATCCATCCATGAATTCACTGTCAAGAATAGCTCCGGCAAGGAGGTTGACCTTAGCGTTT
ACCAAGGGAAGGTTCTTCTCGTCGTCAACGTCGCGTCTAAATGTGGTTTCACGGAATCCA
ATTACACACAGCTTACTGAACTTTACCGGAAATACAAAGATCAAGGGTTTGTGATATTGG
CGTTTCCTTGCAACCAGTTTTTGAACCAAGAGCCTGGTACAAGCCAAGATGCTCATGAAT
TTGCTTGTACCAGATTTAAGGCCGAGTACCCTGTCTTCCAAAAGGTGCGTGTAAATGGAC
AAAACACAGCACCAGTCTACAAATTCCTCAAGTCTATGAAACCGTCATTCCTTGGAAGCA
GGATCAAATGGAACTTCACCAAGTTCTTGGTCGGCAAAGATGGTCAAGTCATTGATCGTT
ATGGCCCCACTGTTCCACCTCTCTCCATCGAGAAAGACATCAAGAAAGCCCTCGGAGACG
CAGAAGCGTTTCCAAGTACTTAGCCCTTGAAGAAGAAGAAGATAGAGGGAGAGGCGAGAG
GCTCTTGAAGAATTCGTCTCTTTACTCTTTGATATCCACTCATTTTGTAGTTTCTCTGGT
GATGATGTACAAGTTTCTTCCATATACCTATTTGGGCCTT

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3AM93JQ 569 0 0
TCGTCAACGTCGCGTCTAAATGTGGTTTCACGGAATCCAATTACACACAGCTTACTGAAC
TTTACCGGAAATACAAAGATCAAGGGTTTGTGATATTGGCGTTTCCTTGCAACCAGTTTT
TGAACCAAGAGCCTGGTACAAGCCAAGATGCTCATGAATTTGCTTGTACCAGATTTAAGG
CCGAGTACCCTGTCTTCCAAAAGGTGCGTGTAAATGGACAAAACACAGCACCAGTCTACA
AATTCCTCAAGTCTATGAAACCGTCATTCCTTGGAAGCAGGATCAAATGGAACTTCACCA
AGTTCTTGGTCGGCAAAGATGGTCAAGTCATTGATCGTTATGGCCCCACTGTTCCACCTC
TCTCCATCGAGAAAGACATCAAGAAAGCCCTCGGAGACGCAGAAGCGTTTCCAAGTACTT
AGCCCTTGAAGAAGAAGAAGATAGAGGGAGAGGCGAGAGGCTCTTGAAGAATTCGTCTCT
TTACTCTTTGATATCCACTCATTTTGTAGTTTCTCTGGTGATGATGTACAAGTTTCTTCC
ATATACCTATTTGGGCCTTAGCATGAACG

QA 1 569 1 569
DS 



AS 1 2

CO CL8545Contig1 905 2 2 U
GATACGAAGTTTTGGTGTCTGTGTATTGAGTTGACTCCTATTTGTTTTTTTCTTCCTTTT
TTCATGATTCGATCAGAGTGAACCAAGTTTCCACCTGTTTGGATTCATAATGTGCGTTGC
AGCCACAGCTGCGAGAGCCCTTAAATCAGTTCTTCAAGGGATTTTGCTATCTTCAGAAGG
GGAGAAGCTAAACTCAATGAATCTCCTCCTCTACATGGCTCCCATAGCTGTTGTGTTCCT
TCTTCCTGCTACCCTTATCATGGAGAAAAACGTTGTCGGCATCACAATTGCACTCGCCAG
AGACGATTTTAGAATCGTTTGGTATCTGCTATTCAATTCCGCCCTCGCTTATTTCGTGAA
CTTGACTAACTTCTTAGTCACGAAACACACCAGCGCTCTGACTCTCCAGGTGCTAGGAAA
CGCCAAAGGAGCAGTAGCAGTGGTGGTTTCCATCTTAATATTCAAGAATCCTGTCTCGGT
GACTGGAATGTTAGGTTACTCTCTAACGGTCATTGGAGTAATCCTCTACAGTGAAGCCAA
GAAACGAAGCAAATGAAGTTAAAGAAAGCTTCTTCAATTTTTATTTGTTAGGTCCTTGCA
GGTTAAAACACAAAGGCAAAGTTTCTTTTGATGTGAACAAAAGCATCTCTGGACCAGAAG
CAAAAAGTATATGTAAAGGCAACACCAAAAGGATCAGGGAGAGTACCATAAGCAATAAGT
GATTTTGTTTCCTTCTTTGTTCTTTTTTGTTTTTGTTTATGGATCTTCTACAGCTTTTGT
CATAGGTTGTTCTAAGAGTAACTTGGATGTAGCTTCCTTTTTTTGGTCGATTCTTTACAT
CTACTTTCGTGATATCAACATTTATAACACTGATTAATTAATGGAAAAGACAATGCTTTT
TTTTC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3FL24TF U 1
AF RR3FL24JQ C 534
BS 1 666 RR3FL24TF
BS 667 905 RR3FL24JQ

RD RR3FL24TF 666 0 0
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TTCATGATTCGATCAGAGTGAACCAAGTTTCCACCTGTTTGGATTCATAATGTGCGTTGC
AGCCACAGCTGCGAGAGCCCTTAAATCAGTTCTTCAAGGGATTTTGCTATCTTCAGAAGG
GGAGAAGCTAAACTCAATGAATCTCCTCCTCTACATGGCTCCCATAGCTGTTGTGTTCCT
TCTTCCTGCTACCCTTATCATGGAGAAAAACGTTGTCGGCATCACAATTGCACTCGCCAG
AGACGATTTTAGAATCGTTTGGTATCTGCTATTCAATTCCGCCCTCGCTTATTTCGTGAA
CTTGACTAACTTCTTAGTCACGAAACACACCAGCGCTCTGACTCTCCAGGTGCTAGGAAA
CGCCAAAGGAGCAGTAGCAGTGGTGGTTTCCATCTTAATATTCAAGAATCCTGTCTCGGT
GACTGGAATGTTAGGTTACTCTCTAACGGTCATTGGAGTAATCCTCTACAGTGAAGCCAA
GAAACGAAGCAAATGAAGTTAAAGAAAGCTTCTTCAATTTTTATTTGTTAGGTCCTTGCA
GGTTAAAACACAAAGGCAAAGTTTCTTTTGATGTGAACAAAAGCATCTCTGGACCAGAAG
CAAAAA

QA 1 666 1 666
DS 

RD RR3FL24JQ 372 0 0
AAGCCAAGAACCGAAGCAAATGAAGTTAAAGAAAGCTTCTTCAATTTTTATTTGTTAGGT
CCTTGCAGGTTAAAACACAAAGGCAAAGTTTCTTTTGATGTGAACAAAAGCATCTCTGGA
CCAGAAGCAAAAAGTATATGTAAAGGCAACACCAAAAGGATCAGGGAGAGTACCATAAGC
AATAAGTGATTTTGTTTCCTTCTTTGTTCTTTTTTGTTTTTGTTTATGGATCTTCTACAG
CTTTTGTCATAGGTTGTTCTAAGAGTAACTTGGATGTAGCTTCCTTTTTTTGGTCGATTC
TTTACATCTACTTTCGTGATATCAACATTTATAACACTGATTAATTAATGGAAAAGACAA
TGCTTTTTTTTC

QA 1 372 1 372
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8547Contig1 709 2 3 U
CCGATCTTTGTCACGCCCCTTTTCTATTCTGTATTTGTTAGATCTTTAATCGATCTTCAT
CGACTAGTTTTCGCAATTTGTGATTGATTCTCGAGATTGAAATTGAGACAAAAGTAAAGT
GCAAACTAGCTTTTGATCAAATTGCGTTCGATTAAGAGATCAATTTCTAGGCAAAGTGAA
TGTTTTTATAGCAAATTTTTGTTTTTGTGTGGATCTAAATGTAGTCGGTGAGATTCAGAC
ATGGCTCCTGTTGGTCCTCGTTCCAGTGATGCCATCTTCTCCAGCATCGATCGCGTGGTA
AAAAAAAAAAAAGTTCAGATTTTTAACAAATCTGTTTCTCGTTTTAGAGGCCAATGTTTG
ATTCTCTTTGGATTTCGATAAATTTTGTAGAATGCAGAGTTGTTCACATTGACGTACGGT
GCAATCGTGCGTCAATTGCTTACTGACCTCGAAGATGTCGATGAAGTCAACAAACAGCTT
GATCAAATGTATTCTTCTTCTTCTTCTTCAACGCTTTTTCTTAGCTCATAGCATTTAGAT
TTTGATCCAAAGTTAGTTCCTTTATTCGTATGCCATGTTAAAAAAAAAAACTAATCATTA
GCTCAACTTGGAAGGGATCTTGGCCATTGTGTGAGAGGTCTCAGTTAGAGTGACTACTGG
GACGAAACTAATATTATACGTTGTGGTTGCCATGAGCCTCCTGATATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CE92TF U 21
AF RR3CE92JQ C 1
BS 1 20 RR3CE92JQ
BS 21 579 RR3CE92TF
BS 580 709 RR3CE92JQ

RD RR3CE92TF 559 0 0
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TGATTGATTCTCGAGATTGAAATTGAGACAAAAGTAAAGTGCAAACTAGCTTTTGATCAA
ATTGCGTTCGATTAAGAGATCAATTTCTAGGCAAAGTGAATGTTTTTATAGCAAATTTTT
GTTTTTGTGTGGATCTAAATGTAGTCGGTGAGATTCAGACATGGCTCCTGTTGGTCCTCG
TTCCAGTGATGCCATCTTCTCCAGCATCGATCGCGTGGTAAAAAAAAAAAAAGTTCAGAT
TTTTAACAAATCTGTTTCTCGTTTTAGAGGCCAATGTTTGATTCTCTTTGGATTTCGATA
AATTTTGTAGAATGCAGAGTTGTTCACATTGACGTACGGTGCAATCGTGCGTCAATTGCT
TACTGACCTCGAAGATGTCGATGAAGTCAACAAACAGCTTGATCAAATGTATTCTTCTTC
TTCTTCTTCAACGCTTTTTCTTAGCTCATAGCATTTAGATTTTGATCCAAAGTTAGTTCC
TTTATTCGTATGCCATGTT

QA 1 559 1 559
DS 

RD RR3CE92JQ 709 0 0
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CGACTAGTTTTCGCAATTTGTGATTGATTCTCGAGATTGAAATTGAGACAAAAGTAAAGT
GCAAACTAGCTTTTGATCAAATTGCGTTCGATTAAGAGATCAATTTCTAGGCAAAGTGAA
TGTTTTTATAGCAAATTTTTGTTTTTGTGTGGATCTAAATGTAGTCGGTGAGATTCAGAC
ATGGCTCCTGTTGGTCCTCGTTCCAGTGATGCCATCTTCTCCAGCATCGATCGCGTGGTA
AAAAAAAAAAAAGTTCAGATTTTTAACAAATCTGTTTCTCGTTTTAGAGGCCAATGTTTG
ATTCTCTTTGGATTTCGATAAATTTTGTAGAATGCAGAGTTGTTCACATTGACGTACGGT
GCAATCGTGCGTCAATTGCTTACTGACCTCGAAGATGTCGATGAAGTCAACAAACAGCTT
GATCAAATGTATTCTTCTTCTTCTTCTTCAACGCTTTTTCTTAGCTCATAGCATTTAGAT
TTTGATCCAAAGTTAGTTCCTTTATTCGTATGCCATGTTAAAAAAAAAAACTAATCATTA
GCTCAACTTGGAAGGGATCTTGGCCATTGTGTGAGAGGTCTCAGTTAGAGTGACTACTGG
GACGAAACTAATATTATACGTTGTGGTTGCCATGAGCCTCCTGATATCC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

CO CL8548Contig1 1003 2 10 U
GCGATCGACTACATGGCTTACTCATCAGCGATCTTGTTCAATGCGGACAAAGACAGACCT
ATTGTTTACAACACGATTCAGGCCTACTTGCGAGACGCTGGTGAGAGGTTGCATTTGGCT
GTACAAGAAGCCGAGAAAGAAAATGTTCCTATGGGGTTTAAGTTGGTGAGAGGTGCTTAT
ATGTCTAGCGAAGCTAAGTTGGCAGATTCCTTGGGACACAAGTCACCAGTTCATGATACA
ATTCAGAACACGCATGATTGCTACAATAACTGCATGACTTTCCTAATGGAGAAAGCCTCG
AACGGTTCAGTTTTGGTGTGGTTCTTGCAACACATAACGCTGATTCTGGTAAGCCATTGA
AACACAATTTAAACAGATGATTTTCGTTCTTTTTTTTGGGTGAAATAGATTGCTGACTAG
AGTAACGTTTTTAAAATTTTAGGGAGACTTGCATCAAAGAAGGCGAGTGAGCTCAATATC
GATAAAGAGAATGGGAAGATAGAGTTTGCACAGCTATACGGTATGTCAGATGCATTGTCC
TTCGGTTTAAAGAGAGCCGGGTTCAATGTTAGCAAGTACATGCCATTCGGACCGGTCGAA
ACCGCTATACCTTATCTTGTCCGACGTGCTTATGAGAACCGAGGAATGATGGCCACTGGC
GCCACTGACCGTCAACTCATGAGGTAATTAATTAACTTCAAAACATATTTAACTTATACA
TATCATTAGTCCGGTTAACATCGATTTTGGATTTAGCTGAGCAATGTTGATATTGGTTAT
TGCAGGATGGAACTTAAGAGGAGATTACTCGCCGGAAATGCGTGAAGAGAAGAGTTTAAT
TGCCCTTATGTATGGAGCCATTAAATGGAATTGGGAAATGTAGATCAACGAATTTGTTCT
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GGTTTTGTTGTAAGGGGAAATATATTTAATTAAATCATTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FX13TF U 1
AF RR3FX13JQ C 254
BS 1 702 RR3FX13TF
BS 703 703 RR3FX13JQ
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BS 777 1003 RR3FX13JQ

RD RR3FX13TF 776 0 0
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ATTGTTTACAACACGATTCAGGCCTACTTGCGAGACGCTGGTGAGAGGTTGCATTTGGCT
GTACAAGAAGCCGAGAAAGAAAATGTTCCTATGGGGTTTAAGTTGGTGAGAGGTGCTTAT
ATGTCTAGCGAAGCTAAGTTGGCAGATTCCTTGGGACACAAGTCACCAGTTCATGATACA
ATTCAGAACACGCATGATTGCTACAATAACTGCATGACTTTCCTAATGGAGAAAGCCTCG
AACGGTTCAGTTTTGGTGTGGTTCTTGCAACACATAACGCTGATTCTGGTAAGCCATTGA
AACACAATTTAAACAGATGATTTTCGTTCTTTTTTTTGGGTGAAATAGATTGCTGACTAG
AGTAACGTTTTTAAAATTTTAGGGAGACTTGCATCAAAGAAGGCGAGTGAGCTCAATATC
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TTCGGTTTAAAGAGAGCCGGGTTCAATGTTAGCAAGTACATGCCATTCGGACCGGTCGAA
ACCGCTATACCTTATCTTGTCCGACGTGCTTATGAGAACCGAGGAATGATGGCCACTGGC
GCCACTGACCGTCAACTCATGAGGTAATTAATTAACTTCAAA*CATATTTAACTTATACA
TATCATTAGTCCG*TTAACATCGATTT*GGATTTAGCTGAGCA*TGTTGATATTGG

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3FX13JQ 750 0 0
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GAGCCGGGTTCAATGTTAGCAAGTACATGCCATTCGGACCGGTCGAAACCGCTATACCTT
ATCTTGTCCGACGTGCTTATGAGAACCGAGGAATGATGGCCACTGGCGCCACTGACCGTC
AACTCATGAGGTAATTAATTAACTTCAAAACATATTTAACTTATACATATCATTAGTCCG
GTTAACATCGATTTTGGATTTAGCTGAGCAATGTTGATATTGGTTATTGCAGGATGGAAC
TTAAGAGGAGATTACTCGCCGGAAATGCGTGAAGAGAAGAGTTTAATTGCCCTTATGTAT
GGAGCCATTAAATGGAATTGGGAAATGTAGATCAACGAATTTGTTCTGTGTAGATTATAA
GAAAAATATATATTGTAAGAAATTGAGTAGGTAAGAAAATTTCATCTGGTTTTGTTGTAA
GGGGAAATATATTTAATTAAATCATTCACC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL8549Contig1 156 2 3 U
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TCCTTAATCTACCTATATATTTGTTGTGATTATGCT


BQ
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AF RR3H941JQ C 1
AF RR3H941TF U 1
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BS 46 156 RR3H941TF

RD RR3H941JQ 156 0 0
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GTTGTTGTCTTTAATCTACCTATATATTTGTTGATGTAATATTTCCTTGTCATTGTTATG
TCCTTAATCTACCTATATATTTGTTGTGATTATGCT

QA 1 156 1 156
DS 

RD RR3H941TF 156 0 0
GGATTATTGATCTTTATTATATACTGTGTATTAATAAATTTAAATAAGTGCGTACTAAAC
GTTGTTGTCTTTAATCTACCTATATATTTGTTGATGTAATATTTCCTTGTCATTGTTATG
TCCTTAATCTACCTATATATTTGTTGTGATTATGCT

QA 1 156 1 156
DS 



AS 1 2

CO CL8550Contig1 1160 2 4 U
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AGAGAAGAAGAAGACGAGGAGAAACTCCCGGGGCGTCGCTCGTGTGATGTTGTGGATCCT
AGATTGTCTAGGATCTCGTTCGAGAAACCTAGGGCGTCTTGGGATGGATGTTTGATCGAG
AAATCATATAGCAAGCCGGCGCTGCCATTGGAAACCTTCCCGGAGAAGAAAGAAGAAGAA
GAGGAGGAGGAGAAGAGTCCAGGCGGGACGGTTCAAACGAGGAACTATTACTGTCGAAGA
AGAAGCTTTGATAAGAGACAAGGATCGCTGGAGGTTGATGAGTTGAAAGCTATCTCCAAC
GCGAAGGTGTCACCTGAGACTGTTGGTTTGTTTCACGGCGCTAAGGTGTTGGTTACGGAG
AAGGAGCTTAGGGATTCGAATTGGTATTCTGTTAAGAATCACAAACCAGAGAGCAGAGAG
TTAGGCTCTAAAGCAAAGATTTGCGTAGCTGCTAGTAGTGAGAAAGCGGGATGATAGTGT
AGAGCTGAAGAAACCTAAAAAGAAATGGGCAAAGGGATGGAACCTTTGGGGACTGATACA
GAGGAAGAATAAAGAAACCAAAACCGAGCAATGTTTGAAACTTGAAGGAAATGCGGTGGA
GGGTTCGTTGGCTGAGTCTCTGTTAAAGCTTAGGAAAGTATCTAAAGGAGAAACCAATGG
TGGTGTTAGTGAGAAGCTTCTGAAAAGCTACAGTGTAAGCGCGAGAAAGTCTTGTGATGG
TGTGTTTAGTGGTGCTAATATTGTTAGTGGCTTTGAAGGTGGAAGGAGCTCGTGTGATGG
TCTGTTTCATGGATCTATTAACAGTGTTGAGGTTGGGAGAAGCGCATGTGACGGATTTGT
TAACGGCATTGAGGCCAAAGAAAGTCATCATCATCTTCACCAGAGGAAAGCAAATGATGG
CACTAGAGAAACCCTTGACAACAGTTTGTTAAGATTGTATTTGACTCCGGTAAGGAGCCA
TAAGGCTAGCAAATCCGGGAAGAGTAGACTGATGAGTTAAGTTTAATCTGAGATTGTGTT
AACCCCATGAATACTCTGTGTAGTCAGCAACTAATGTATTTGTTATTTTGGTTAATATAG
ATATGCGAACTAAAGATCAC


BQ
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AF RR3A873TF U 1
AF RR3A873JQ C 468
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TGTGTTTAGTGGTGCTAATATTGTTAGTGGCTTT

QA 1 814 1 814
DS 

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GAGAAACCAATGGTGGTGTTAGTGAGAAGCTTCTGAAAAGCTACAGTGTAAGCGCGAGAA
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CTGAGATTGTGTTAACCCCATGAATACTCTGTGTAGTCAGCAACTAATGTATTTGTTATT
TTGGTTAATATAGATATGCGAACTAAAGATCAC

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3BT93TF C 1
AF RR3BT93JQ U 9
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BS 9 726 RR3BT93JQ

RD RR3BT93TF 726 0 0
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TCTGGATTGAACAAGTAATAAGAGATGAATATAGAAAAAGAAATGTGATATTAATAAGGC
TGAAAAAGAGGGAAGCTATATATTAGTAGAAATAGAGGGTTCGTATTTATCCCACAAGTT
TTGTATTGCGTTGAAGATGTAAAAGAAGGAAGAGAAGAGATCAAGATGTAAAAGAAGCAA
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ATATCC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3BT93JQ 718 0 0
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QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL8552Contig1 753 2 2 U
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CGACAAAGTCTCATTTTATTGAAGAAGAAGATGATCTGGGTTCTTCTTTATCGGAGATGG
AAGCTGGATTTTCTGGTAACAGTGAAAACCCACAACACGGCGTCGTTTCGAGACCTTTCT
CCTATACGAGGATGAACAGTATCAACAACAGGGGCACGAACCGTTATTATAACAACTACC
CTTGTTATTACCGACAATACTCTGTTTCGTCTCCGAGATCTGTTGTGTCCGGAAGATTCC
ATGATTTGAGATTCGATAATCAACAGCCTCATTTCTTGGATTCGTGTTTCCTCTGCAAGA
AACCACTTGGTGATAACAGAGATATCTACATGTACAGAGGAGACACACCGTTTTGCAGCG
AAGAGTGTAGACAAGAACAGATAGAGAGAGATGAAGCAAAAGAGAAGAAAAAGAATCTGT
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CTGATAATGAGTTTGAGAATTATAATAATAAAAATAATTATGTTAAAAAATGGAAAAAAG
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AAGATTATTTTACTTCAGCTTGAAGTTTGCAGC


BQ
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AF RR3BE93TF U 1
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BS 697 753 RR3BE93JQ

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CTTGTTATTACCGACAATACTCTGTTTCGTCTCCGAGATCTGTTGTGTCCGGAAGATTCC
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AACCACTTGGTGATAACAGAGATATCTACATGTACAGAGGAGACACACCGTTTTGCAGCG
AAGAGTGTAGACAAGAACAGATAGAGAGAGATGAAGCAAAAGAGAAGAAAAAGAATCTGT
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CTAGATCTCGTGACTATGCTTTTCACAACGGAACTGTTGCTGCTGCTTGAAATTCCGAAT
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TGAGATTTTCTCTTTAAGCTTCGAAGCTGGTTTTGG

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GCAATGAGGAGAAAAGAACAACGAAGCTCATCTTCGTCGCCTACTAGATCTCGTGACTAT
GCTTTTCACAACGGAACTGTTGCTGCTGCTTGAAATTCCGAATCTGATAATGAGTTTGAG
AATTATAATAATAAAAATAATTATGTTAAAAAATGGAAAAAAGTGAGATTTTCTCTTTAA
GCTTCGAAGCTGGTTTTGGGATTCTCTTTAGATCTTTTCCTTAAAGATTATTTTACTTCA
GCTTGAAGTTTGCAGC

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

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GTGCAAGTC


BQ
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AF RR3GH57TF U 1
AF RR3GH57JQ C 1
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BS 658 729 RR3GH57JQ

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CACT

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DS 

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GAAGGGCTCTATCAGAGGAGACATGGAGGATCTTGTGGGACTTCTTAGAATCCGAGTGAA
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TATGGGTCCTCAGACATTGAAGACTAGTCGTGTGGAAAATAACTGTAACCCTGAGTGGAA
CGACGAATTGACGCTTGCATTCAATGATCATAATCAACCTGTGAATCTCGAAGTTTATGA
TAAAGATACATTCACTTCCCATGACAAGATGGGAGATGCGGAAATAGACGTCAGGCCGTT
TCTTGAGATCCAAGCAATGGGTCTTCAAAAACTCCCTGATGGAACCGAGGTCAAGAGAGT
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GATCGTCCAAGGCATGATTCTCAAGCTGAGAAATGTCGAAAGAGGTGAGGTTGAGATTCA
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ACTATTGTGAATTTTTTTTTTTTTAACTATTGTGAATTGAATTGTACGCACACCGGAAGA
GTGCAAGTC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CM43TF U 1
AF RR3CM43JQ C 204
BS 1 746 RR3CM43TF
BS 747 747 RR3CM43JQ
BS 748 774 RR3CM43TF
BS 775 1006 RR3CM43JQ

RD RR3CM43TF 774 0 0
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TCTCTCTTGAATCAACGTTGCAGAAGGGATCAAATTCGTTGTTGCGAGAAGGCAGGAGGA
GTAGGTGATGTGTCAAAAAAAACGGGAGTGTGGTGGGACTTGAACACGTGTCCTCTTCCG
GCTGGTTTTGACCCTCGTTGGGTCCGTCCGTGTATAGAATCTGCCGTGGAAGAGGAGATT
GGTTTTCGTACTGAAGTCACCATATTTGCAATGGGCAACCTAGAATACATCTCTATTGAC
CTCTTGGAAAAGATCTCTTCCTCTGGGATCATCCTTACTCACTCCCCCTGCGATTGTAAA
ACAAACAACCCCAAAGGCTTAATGTTATTTATGGACGACTGGTTTGGTGATGACTTTAGC
AACCCACATCCTCCGGGTTACGTAATGATCATCTCGGGTGATCAGAAAATTCTTGATCCT
TGGCGTTTTCGGAGTTTTGGGCACACTACTTTTGTTGCATTTCCAAAAGGTGTTCGCCTA
CTTGCACCTCATGCCGAACTACAATTTATTGGCGAACTGTTTGAGTACGTGTTTGCCAAA
CAGTTTGTCTGGGAAACTTTATTTACTTATAATTTGGCTCAAGAAACTTTATTATACACA
TGTGATTACGAACCTCGCTGCATTTGCTACATATGCGATGATGTATACGAAGTATGTGAC
GAATTCATCACTCATCTCAAGAGTGA*GAGCACAGAAAAGAGCTGTTTCTACTT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3CM43JQ 803 0 0
TCCGT
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CAATGGGCAACCTAGAATACATCTCTATTGACCTCTTGGAAAAGATCTCTTCCTCTGGGA
TCATCCTTACTCACTCCCCCTGCGATTGTAAAACAAACAACCCCAAAGGCTTAATGTTAT
TTATGGACGACTGGTTTGGTGATGACTTTAGCAACCCACATCCTCCGGGTTACGTAATGA
TCATCTCGGGTGATCAGAAAATTCTTGATCCTTGGCGTTTTCGGAGTTTTGGGCACACTA
CTTTTGTTGCATTTCCAAAAGGTGTTCGCCTACTTGCACCTCATGCCGAACTACAATTTA
TTGGCGAACTGTTTGAGTACGTGTTTGCCAAACAGTTTGTCTGGGAAACTTTATTTACTT
ATAATTTGGCTCAAGAAACTTTATTATACACATGTGATTACGAACCTCGCTGCATTTGCT
ACATATGCGATGATGTATACGAAGTATGTGACGAATTCATCACTCATCTCAAGAGTGAAG
AGCACAGAAAAGAGCTGTTTTTACTTCAAGAAGAGGCAAGACGCCATCTTTTGGACCTTT
TGGAAGAAGAAGAAATCTCTTTGATCGAGGCGGAAAAGAAGAGGCAAGAAGCTGCATCCC
CATGGGGTCTTTGTGTTAAAGAGTTTACTGAATGGAAATAAATGGGAACCCTTGTCTTTT
TTCTCCTATTTCATGTAGCATATCAATATGTTTCCATGTATGATTGCTTTATGAGCCTAA
TAATATTTCTTAAAACTT

QA 6 803 6 803
DS 



AS 1 2

CO CL8555Contig1 1090 2 4 U
GGAAGAGGTCCTAGCGGAAGCCCTAGCCGCCTCGTTCAGCTTTTCAGATCTTTCACCTTC
CTCGGTGGTCTGGCTTTGCCACCGCCGAGGGAGGATCTTCGTCCTATTTCCTGTTTATGT
ATGATAAACGAAAATAGTTTTGTTAGGGTATGAGTTGTCTTGTACGAATTTCCGATGTGT
ATGGCGTCGTATTGCTCTCCGTTATTGATCTATGGTTGTTTGTGCTCTTGAGCACGGGAC
TCAAAGCTGAATCTTCCAGCTCTGTGTTTGCGGAACCTCTCTCCCAAGTCTGGTCTCTAT
GTTTGAGGTTATGTTTGCTCCCTAGCCTCGGTTCCACCGGCTCGGATCTGTATATGCTTT
GTTTTTACGTTTTACAAAGTGGTTCTTGGTTGATTAAGTTAGTTGGGGTTCTGCTTCATG
GTGCTTTTGGAAGTTTCTAGTGGTGGTGAAGCTTTGTTTTGGATAAGACTTTCTTCTCCA
TTTACCACTGGGCAAGTGTTTTGGTTTCTTCAATTTTTGGATTTCGACAGCAGGAGAAAG
AGAAGCCTTTCTTCACTGGATTAAGACATGTTTCTGGCGACGAGTTTCCTTCATGTTCAA
GCTAAGCTCTACTCAAGCTGCTAATGTGGATAAAAGCAGGGCATCTAGCTGTGAAGTAAA
ATTAACTTTGAACAATGCAGTCTCCTTTGTATCTCAAGACACCTTTGTTTGGGATAAAGC
ACATGTACCAATCATATATATCTTCTGGTGGTCTTAGCTGGTTGAGAGATCAGAGTAATA
CTGAAGCGGAGGCCTCACGTTTCTCTTCTTCAATGGGTACACTACCGTCTTACTTCCACC
TTTGAAGTGAGAGTGGTTTGTTATGGTGTGTTGTCTTTTATGACGGCCTTTTTTACTTTC
TTCACCTGCCTACTGGTATGGTTTTCTTTTCTTTTTTGTCTTGAAAGCTTTGTTGGACTC
TTGCTTTGATGGCTTAATAAGTGTTAAAAAAAAAATATACTATGTCCACAGAAAATGTTT
ATGTATATATGCCGAAAAATATTCATATATCCATTCATGTTCACAAACATCTTTATCTTC
TCATTAAAAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BJ78TF U 1
AF RR3BJ78JQ C 270
BS 1 284 RR3BJ78TF
BS 285 285 RR3BJ78JQ
BS 286 835 RR3BJ78TF
BS 836 1090 RR3BJ78JQ

RD RR3BJ78TF 835 0 0
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CTCGGTGGTCTGGCTTTGCCACCGCCGAGGGAGGATCTTCGTCCTATTTCCTGTTTATGT
ATGATAAACGAAAATAGTTTTGTTAGGGTATGAGTTGTCTTGTACGAATTTCCGATGTGT
ATGGCGTCGTATTGCTCTCCGTTATTGATCTATGGTTGTTTGTGCTCTTGAGCACGGGAC
TCAAAGCTGAATCTTCCAGCTCTGTGTTTGCGGAACCTCTCTCC*AAGTCTGGTCTCTAT
GTTTGAGGTTATGTTTGCTCCCTAGCCTCGGTTCCACCGGCTCGGATCTGTATATGCTTT
GTTTTTACGTTTTACAAAGTGGTTCTTGGTTGATTAAGTTAGTTGGGGTTCTGCTTCATG
GTGCTTTTGGAAGTTTCTAGTGGTGGTGAAGCTTTGTTTTGGATAAGACTTTCTTCTCCA
TTTACCACTGGGCAAGTGTTTTGGTTTCTTCAATTTTTGGATTTCGACAGCAGGAGAAAG
AGAAGCCTTTCTTCACTGGATTAAGACATGTTTCTGGCGACGAGTTTCCTTCATGTTCAA
GCTAAGCTCTACTCAAGCTGCTAATGTGGATAAAAGCAGGGCATCTAGCTGTGAAGTAAA
ATTAACTTTGAACAATGCAGTCTCCTTTGTATCTCAAGACACCTTTGTTTGGGATAAAGC
ACATGTACCAATCATATATATCTTCTGGTGGTCTTAGCTGGTTGAGAGATCAGAGTAATA
CTGAAGCGGAGGCCTCACGTTTCTCTTCTTCAATGGGTACACTACCGTCTTACTT

QA 1 835 1 835
DS 

RD RR3BJ78JQ 821 0 0
GCGGAACCTCTCTCCCAAGTCTGGTCTCTATGTTTGAGGTTATGTTTGCTCCCTAGCCTC
GGTTCCACCGGCTCGGATCTGTATATGCTTTGTTTTTACGTTTTACAAAGTGGTTCTTGG
TTGATTAAGTTAGTTGGGGTTCTGCTTCATGGTGCTTTTGGAAGTTTCTAGTGGTGGTGA
AGCTTTGTTTTGGATAAGACTTTCTTCTCCATTTACCACTGGGCAAGTGTTTTGGTTTCT
TCAATTTTTGGATTTCGACAGCAGGAGAAAGAGAAGCCTTTCTTCACTGGATTAAGACAT
GTTTCTGGCGACGAGTTTCCTTCATGTTCAAGCTAAGCTCTACTCAAGCTGCTAATGTGG
ATAAAAGCAGGGCATCTAGCTGTGAAGTAAAATTAACTTTGAACAATGCAGTCTCCTTTG
TATCTCAAGACACCTTTGTTTGGGATAAAGCACATGTACCAATCATATATATCTTCTGGT
GGTCTTAGCTGGTTGAGAGATCAGAGTAATACTGAAGCGGAGGCCTCACGTTTCTCTTCT
TCAATGGGTACACTACCGTCTTACTTCCACCTTTGAAGTGAGAGTGGTTTGTTATGGTGT
GTTGTCTTTTATGACGGCCTTTTTTACTTTCTTCACCTGCCTACTGGTATGGTTTTCTTT
TCTTTTTTGTCTTGAAAGCTTTGTTGGACTCTTGCTTTGATGGCTTAATAAGTGTTAAAA
AAAAAATATACTATGTCCACAGAAAATGTTTATGTATATATGCCGAAAAATATTCATATA
TCCATTCATGTTCACAAACATCTTTATCTTCTCATTAAAAG

QA 1 821 1 821
DS 



AS 1 2

CO CL8556Contig1 669 2 2 U
TTGCAGAAGAAAATATAAGTTTTTTATTTGCTTTCACGTAAGAGTCAAAGAAAATGTCGA
GCACTGTGATGACTACACTGCCTCAGTTCAATGGTCTTCGAGCTAGCAAGATCTCTGCAG
CTCCAGTGCAAGGCCTGGCAACTGTTGTGCCCATGAGACGCAAGGGGAATGGAGCTTTGG
GTGCAAAGTGTGACTTCATTGGTTCATCAACAAATCTGGTAACTAAAACAAATATGAAAA
AACCTTAATTAAGTATCAGCAGCAATAAATAGATTATTATGCTCTCTAATTAGATAATGG
TAACGTCGACGACTCTGATGTTGTTCGCTGGGAGATTCGGACTAGCACCATCAGCCAATA
GGAAGGCGACAGCTGGGCTTAAGTTAGAGGCACGTGACTCGGGTCTACAAACGGGTGACC
CAGCCGGGTTCACTCTCGCCGACACTTTGGCTTGTGGTACCGTTGGTCATATCATCGGCG
TCGGAGTTGTCCTTGGTCTCAAAAAACATTGGTGTTATTTAAAAACATGTTCATTTGTAT
TCTGTCAACTTGTAGATTTTTAAAAAACAAAGTTCTCAAGAACCCGAGGGGAGATCTAGT
CAATGTTTATAATGTTTGTATCGCATTGTATTCCTCTTTAAAACAACTAGAACGACCGCA
TCTTCAAGG


BQ
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AF RR3G064TF U 1
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TCTGTCAACTTGTAGATTTTTAAAAAA

QA 1 567 1 567
DS 

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CAATGTTTATAATGTTTGTATCGCATTGTATTCCTCTTTAAAACAACTAGAACGACCGCA
TCTTCAAGG

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

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ACTTATTTTATATTCTACCAAATTTATTTT


BQ
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AF RR3BY96JQ C 1
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ACTTATTTTATATTCTACCAAA

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3FR37JQ C 1
AF RR3FR37TF U 1
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GGTCAAAATCCACCTTTTT

QA 1 439 1 439
DS 

RD RR3FR37TF 439 0 0
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AACTTGGTGTTCCTCTAGAGGTATATGGACCAGAATCAACGATGACAGGAATATGCAAGA
GAGCCATTGACTGCATCATGTTACCTGATGCATAACCAACCAAACCTTTGATCTCTTCAG
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CTTTATCTCTTTTTGTCTATATGAATATGAAAAGCTCTATGAAACTTTTGCTTGTGTGGG
TGTAATATTGAAAACAAAATCATCGTGTGTTGTGTTGCATATTGTAACTGTAATCAAAAC
GGTCAAAATCCACCTTTTT

QA 1 439 1 439
DS 



AS 1 2

CO CL8559Contig1 571 2 1 U
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GGAGTCTTTCAGGGATAGGATCAAGAACGGGGTTCTTGATCTTGGTTTAACTATTCAGGC
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TGAAGTATATTTAATCTCATGAAAAATATTG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DA93JQ C 1
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DS 

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QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3H779JQ C 1
AF RR3H779TF U 1
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QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3H779TF 562 0 0
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ATATGATAATAGAGGAAAATCC

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BO66JQ U 6
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BS 1 5 RR3BO66TF
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QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3BO66TF 620 0 0
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AGCACAAGCGCTCCGCAGAAACTGCAAGGCCCTTCTCCTTCTTGCTCACACACAATCTTC
CCGCAGGACAAGCAGTTGCTCACTAATCTGTGCCTACGAGCTTGGCAAGCACACGGTTTG
CCTTGCTGAAACACTATCGC

QA 1 620 1 620
DS 



AS 1 2

CO CL8562Contig1 720 2 2 U
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GACTCGAGACTTTCCCTGGTGTGAAACGTATCACCATCAAGCCACAGACTGATAGGTGGG
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TTCTTTGTTTGTTTTTCGTTTTCTATCTTATATCAATCATGGTTTTAACCTTTTGAAGCT


BQ
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AF RR3B587JQ C 1
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TGAAGAACAACGCCATTGTCTGCAACATTGGTCACTTTGACAACGAAATCGACATGCTCG
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TGTTTCCGGACACCAAGTCAGGCATCATTGTGCTAGCCGAGGGTCGTCTTATGAACTTGG
GATGTGCTACTGGACACCCGAGTTTCGTGATGTCGTGCTCGTTCACCAACCAGGTGATTG
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GCCTAAGCACTTGGATGAGAAGGTAGCTGCACTTCACTTGGGCAAGCTCGGTGCTAGACT
CACCAAGCTCACCAAGGACCAGTCTGACTACGTCAGCATACCCGTTGAAGGTCCCTACAA
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ATGTGTGGTTCGGGTTTGGTTGGTCTGGTCGTGGAAATTATGAGATATTGGTCTTCTTAT
GAGGTTGACCAAATATTGGTAATGAATAAGGGGTTGTTGTTATTGGTTTTGAGAGGCTGT
TTCTTTGTTTGTTTTTCGTTTTCTATCTTATATCAATCATGGTTTTAACCTTTTGAAGCT

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TGAAGAACAACGCCATTGTCTGCAACATTGGTCACTTTGACAACGAAATCGACATGCTCG
GACTCGAGACTTTCCCTGGTGTGAAACGTATCACCATCAAGCCACAGACTGATAGGTGGG
TGTTTCCGGACACCAAGTCAGGCATCATTGTGCTAGCCGAGGGTCGTCTTATGAACTTGG
GATGTGCTACTGGACACCCGAGTTTCGTGATGTCGTGCTCGTTCACCAACCAGGTGATTG
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ATGTGTGGTTCGGGTTTGGTTGGTCTGGTCGTGGAAATTATGAGATATTGGTCTTCTTAT
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TTCTTTGTTTGTTTTTCGTTTTCTATCTTATATCAATCATGGTTTTAACCT

QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

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GTCCAACATCTGAAGGTATTAACAGGGCAAGGTTTTTCAAATGGTTCATCAATGATGAAC
TATGGTTCTTTTGGATCAAATCAGCAATTCTATAATCAATCCAGGCACACTATGTTAGCG
GCACAAGTTCCAGCAGCTCCAGATCCAGTCACAGAAACATCAGCAGGAACTGTATCAGCT
TCAGCAACAGCAGCAACGCATTCAACAGCAGGAACAACAAAGCGGTGTTACTGAGCTGAG
AAGGCCCATGTCTTCTTCGAGTCAGAAAGAGAGTGTACCGTCGCCTGATCTTGAGGCCTT
CTCGACAAAAGACTGAAGTTGCTAGTGAAAGCCTATGTTTGTTGTCTGCTCGTAGTTTAC
AGTCTTCTCTTTGTATGATCCTAAGCTCTTAAATTGTTCTTGAATTTACAGGCTTGTCTT
TAAATCCAAGTCTGTAGTCTTTTGTAACCAAATTCAGTTTCTTAGGCTTATGCTCTTTTC
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BQ
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AF RR3FV62JQ C 1
AF RR3FV62TF U 1
BS 1 574 RR3FV62TF

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CTCGACAAAAGACTGAAGTTGCTAGTGAAAGCCTATGTTTGTTGTCTGCTCGTAGTTTAC
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TAAATCCAAGTCTGTAGTCTTTTGTAACCAAATTCAGTTTCTTAGGCTTATGCTCTTTTC
GGTTATTTAAAATGTCTCCTTTGGTTTTGGCTAG

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DS 

RD RR3FV62TF 574 0 0
GAGTCAATGGAGCAACAAGTTCACCTGCAGGATGCGTTGAATGAGGCACTGAAGGAGGAA
GTCCAACATCTGAAGGTATTAACAGGGCAAGGTTTTTCAAATGGTTCATCAATGATGAAC
TATGGTTCTTTTGGATCAAATCAGCAATTCTATAATCAATCCAGGCACACTATGTTAGCG
GCACAAGTTCCAGCAGCTCCAGATCCAGTCACAGAAACATCAGCAGGAACTGTATCAGCT
TCAGCAACAGCAGCAACGCATTCAACAGCAGGAACAACAAAGCGGTGTTACTGAGCTGAG
AAGGCCCATGTCTTCTTCGAGTCAGAAAGAGAGTGTACCGTCGCCTGATCTTGAGGCCTT
CTCGACAAAAGACTGAAGTTGCTAGTGAAAGCCTATGTTTGTTGTCTGCTCGTAGTTTAC
AGTCTTCTCTTTGTATGATCCTAAGCTCTTAAATTGTTCTTGAATTTACAGGCTTGTCTT
TAAATCCAAGTCTGTAGTCTTTTGTAACCAAATTCAGTTTCTTAGGCTTATGCTCTTTTC
GGTTATTTAAAATGTCTCCTTTGGTTTTGGCTAG

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

CO CL8564Contig1 743 2 6 U
CCTCCTCCTTCTCGTCGCGATCACCGTCTCTTCCCTTTCAATCTCCACCACCTCCGCACG
TCCCTGCAAAACCTTCCTCATCTCCTCATACTCCCTCTCCATAACTCCACAAAACCCCAC
CCTCGATCCCCAATCCGATCTCTCCTCCACCCGATTCGTCACCGTCTTCACGATCCGCCG
CCTCAACCCCAACCCGATCGTCCCTTTCTTCGTCAATCGCCACGGATTCGAGAAGCAGCC
TCATCAGATCCAGGAGGAGAATCGTCCTTCTCAGCTGTCTTTCCCTTTCGTCTCCGAGAA
CGTCAAAGACCGCACGAGGGACATCCTCAGCGTCGTGATGGCTCTCTTGTTCGGTGTCGG
ATGCGGCGCCTTGACCGCGGCGACTATGTACCTCGTGTGGGCTCTGGTTGTGAATCGCCG
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AGTTATCCTATTTACCCAACCAAACAGACACTTCTGCATATTATTTACGTTATTGTCTAT
CTATCTATGTTGCGTTGCTTATCAGTCATTCGAATGTTTGTATGGATTTATCTATAGCTT
AATATATAATAATGATGAGATATTATCAATGCTTTACAATTTGTGTTGTGGATGTAATGT
TTATAATGTAAAGTGTGATTATG


BQ
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20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ40TF U 1
AF RR3FQ40JQ C 120
BS 1 661 RR3FQ40TF
BS 662 662 RR3FQ40JQ
BS 663 688 RR3FQ40TF
BS 689 689 RR3FQ40JQ
BS 690 698 RR3FQ40TF
BS 699 743 RR3FQ40JQ

RD RR3FQ40TF 698 0 0
CCTCCTCCTTCTCGTCGCGATCACCGTCTCTTCCCTTTCAATCTCCACCACCTCCGCACG
TCCCTGCAAAACCTTCCTCATCTCCTCATACTCCCTCTCCATAACTCCACAAAACCCCAC
CCTCGATCCCCAATCCGATCTCTCCTCCACCCGATTCGTCACCGTCTTCACGATCCGCCG
CCTCAACCCCAACCCGATCGTCCCTTTCTTCGTCAATCGCCACGGATTCGAGAAGCAGCC
TCATCAGATCCAGGAGGAGAATCGTCCTTCTCAGCTGTCTTTCCCTTTCGTCTCCGAGAA
CGTCAAAGACCGCACGAGGGACATCCTCAGCGTCGTGATGGCTCTCTTGTTCGGTGTCGG
ATGCGGCGCCTTGACCGCGGCGACTATGTACCTCGTGTGGGCTCTGGTTGTGAATCGCCG
CGGGTACAGTTTCGAGGAAGAAGAAGATGATTACGAGAACGAGGAGTCGGATGCAGCTAG
CTTGAAGAAGCTGGGCTACGTCAAGATCCCTGAACCTGTCAAGGAAGCTGCTTAAATTGA
AGTTATCCTATTTACCCAACCAAACAGACACTTCTGCATATTATTTACGTTATTGTCTAT
CTATCTATGTTGCGTTGCTTATCAGTCATTCGAATGTTTGTATGGATTTATCTATAGCTT
A*TATATAATAATGATGAGATATTATCA*TGCTTTACA

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3FQ40JQ 624 0 0
CCCTCGATCCCCAATCCGATCTCTCCTCCACCCGATTCGTCACCGTCTTCACGATCCGCC
GCCTCAACCCCAACCCGATCGTCCCTTTTTTCGTCAATCGCCACGGATTCGAGAAGCAGC
CTCATCAGATCCAGGAGGAGAATCGTCCTTTTCAGCTGTCTTTCCCTTTCGTCTCCGAGA
ACGTCAAAGACCGCACGAGGGACATCCTCAGCGTCGTGATGGCTCTCTTGTTCGGTGTCG
GATGCGGCGCCTTGACCGCGGCGACTATGTACCTCGTGTGGGCTCTGGTTGTGAATCGCC
GCGGGTACAGTTTCGAGGAAGAAGAAGATGATTACGAGAACGAGGAGTCGGATGCAGCTA
GCTTGAAGAAGCTGGGCTACGTCAAGATCCCTGAACCTGTCAAGGAAGCTGCTTAAATTG
AAGTTATCCTATTTACCCAACCAAACAGACACTTCTGCATATTATTTACGTTATTGTCTA
TCTATCTATGTTGCGTTGCTTATCAGTCATTCGAATGTTTGTATGGATTTATCTATAGCT
TAATATATAATAATGATGAGATATTATCAATGCTTTACAATTTGTGTTGTGGATGTAATG
TTTATAATGTAAAGTGTGATTATG

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL8565Contig1 898 2 4 U
GGGAAAACCCTAATTTCGTTCGCGAAAAAAGGTGTTTTTTTGGGTTCTAATCTTAACGAT
GGTGCATCACTCAACCGACGATGATTCGGAGTTGGAAGTAAGACCTGATGGTGCTACTAT
GCTCGTCCAACAAACCGTCGAGGCTGCCTCCTCCTCTGACTCACGACCTCTCCAGGATCC
CGACTCTTCTTCTACTCACACCATCACTATCACCGTTTCCCATGACTCCTCGGACCACCT
TCTTCATCTTCCTCACCACGCCACTTTCGGGGATGTTAAGAAAGCCCTTGTCCAGAAAAC
TGGGTTGGAGGCTAGTGATATGAAGATCTTGTTCAGGGGAGATGAGAAAGATGATGACGC
TGAGCTATTGCAAGCTGCTGGTGTTATTGACGGTTCTAATCTTGTCCTTGTGGATGAACC
TAATGAGAGAGAGGTCCATGTTGAACCGCCTCCTGTGATGATGATGACCGAAGAGATTGC
CAAGGCTATTGCTGCTGTTCAAGCGGTCACTGGAGAGATCGATGAGCTCTCGGATAGAGT
TTCTGCTTTAGAGGCTGCTGTCGATGGAGGGACGATAGTTGCGGTAAAGGAGTTTGACAT
GACTGCTGAGCTGCTCATGAGACAGTTGCTTAAATTGGATGGCATCAAGGCAGATGGAGA
AGCTAGAGTACAGCGAAAGGCAGAGGTACGTAGGGTCCAAAAGTTGCAGGAGGATGTGGA
TACGTTGAAGGCAAGATGTTACAGAGCAAAGCCGCAGCTGTAACCACTGAGTGGGATTCG
TTCTGAAACCGGTCTTGGAAAGCTTGAACCCTCCTCCGCCAGCTTTCGCTTTGTACCATT
GTAAACCCAAGATTGGGAGAAATTTTACTGACATTTTTATTATTCTGTTACGTTGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A032TF U 1
AF RR3A032JQ C 139
BS 1 685 RR3A032TF
BS 686 686 RR3A032JQ
BS 687 705 RR3A032TF
BS 706 898 RR3A032JQ

RD RR3A032TF 705 0 0
GGGAAAACCCTAATTTCGTTCGCGAAAAAAGGTGTTTTTTTGGGTTCTAATCTTAACGAT
GGTGCATCACTCAACCGACGATGATTCGGAGTTGGAAGTAAGACCTGATGGTGCTACTAT
GCTCGTCCAACAAACCGTCGAGGCTGCCTCCTCCTCTGACTCACGACCTCTCCAGGATCC
CGACTCTTCTTCTACTCACACCATCACTATCACCGTTTCCCATGACTCCTCGGACCACCT
TCTTCATCTTCCTCACCACGCCACTTTCGGGGATGTTAAGAAAGCCCTTGTCCAGAAAAC
TGGGTTGGAGGCTAGTGATATGAAGATCTTGTTCAGGGGAGATGAGAAAGATGATGACGC
TGAGCTATTGCAAGCTGCTGGTGTTATTGACGGTTCTAATCTTGTCCTTGTGGATGAACC
TAATGAGAGAGAGGTCCATGTTGAACCGCCTCCTGTGATGATGATGACCGAAGAGATTGC
CAAGGCTATTGCTGCTGTTCAAGCGGTCACTGGAGAGATCGATGAGCTCTCGGATAGAGT
TTCTGCTTTAGAGGCTGCTGTCGATGGAGGGACGATAGTTGCGGTAAAGGAGTTTGACAT
GACTGCTGAGCTGCTCATGAGACAGTTGCTTAAATTGGATGGCATCAAGGCAGATGGAGA
AGCTAGAGTACAGCGAAAGGCAGAG*TACGTAGGGTCCAAAAGTT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3A032JQ 760 0 0
CGAGGCTGCCTCCTCCTCTGACTCACGACCTCTCCAGGATCCCGACTCTTCTTCTACTCA
CACCATCACTATCACCGTTTCCCATGACTCCTCGGACCACCTTCTTCATCTTCCTCACCA
CGCCACTTTCGGGGATGTTAAGAAAGCCCTTGTCCAGAAAACTGGGTTGGAGGCTAGTGA
TATGAAGATCTTGTTCAGGGGAGATGAGAAAGATGATGACGCTGAGCTATTGCAAGCTGC
TGGTGTTATTGACGGTTCTAATCTTGTCCTTGTGGATGAACCTAATGAGAGAGAGGTCCA
TGTTGAACCGCCTCCTGTGATGATGATGACCGAAGAGATTGCCAAGGCTATTGCTGCTGT
TCAAGCGGTCACTGGAGAGATCGATGAGCTCTCGGATAGAGTTTCTGCTTTAGAGGCTGC
TGTCGATGGAGGGACGATAGTTGCGGTAAAGGAGTTTGACATGACTGCTGAGCTGCTCAT
GAGACAGTTGCTTAAATTGGATGGCATCAAGGCAGATGGAGAAGCTAGAGTACAGCGAAA
GGCAGAGGTACGTAGGGTCCAAAAGTTGCAGGAGGATGTGGATACGTTGAAGGCAAGATG
TTACAGAGCAAAGCCGCAGCTGTAACCACTGAGTGGGATTCGTTCTGAAACCGGTCTTGG
AAAGCTTGAACCCTCCTCCGCCAGCTTTCGCTTTGTACCATTGTAAACCCAAGATTGGGA
GAAATTTTACTGACATTTTTATTATTCTGTTACGTTGCTT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL8566Contig1 563 2 1 U
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TGGTATCAGAACCATGGATGATTCTTCTGGTTTTCTCTCTTCTTAGATACCTATGGTTCA
TCTTAAATATGTTAGATGTCTAAAGACTACCAACTGAAAACAAAATCTTCAATTTACAAC
AAAAAATCTTAATATTTAGGGGATTTTAAGATTTGATTTGTGTAAACAAATTTGGGCAAA
AATATCTTCAAATAGCAGTGCATTAATCTGAAGGATTTTACCAGTTTGGATAACAAAGTC
TATATGAGTCTGTTTTTTGTTGCTGTCAAAAAAAAAAAAAATCTGAAGGATTTTACTAGC
AACAACAACTGAAAAGGTATAAAGTTTTCCAAAGAGAGGTATCATGGCTGAGGACATGAT
CAGTCAGTTGCCTGAATATTTGATTCTGCAAATCCTTTCTTTAGTTCCAATAAAAAATGT
CGTGTCAACGAGTGTCTTGTCTAAAGAATGGCAGTTTCGTTGGAAGTCAGTGCCAAAACT
CAAATTTAATTCTGAGGATTACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C859JQ C 1
AF RR3C859TF U 1
BS 1 563 RR3C859TF

RD RR3C859JQ 563 0 0
GGAAAGCAAAACTAAATAATTTTCTTCAAATCTTTTCATCCCTTTTGAGTTTTTTTTGTG
TGGTATCAGAACCATGGATGATTCTTCTGGTTTTCTCTCTTCTTAGATACCTATGGTTCA
TCTTAAATATGTTAGATGTCTAAAGACTACCAACTGAAAACAAAATCTTCAATTTACAAC
AAAAAATCTTAATATTTAGGGGATTTTAAGATTTGATTTGTGTAAACAAATTTGGGCAAA
AATATCTTCAAATAGCAGTGCATTAATCTGAAGGATTTTACCAGTTTGGATAACAAAGTC
TATATGAGTCTGTTTTTTGTTGCTGTCAAAAAAAAAAAAAATCTGAAGGATTTTACTAGC
AACAACAACTGAAAAGGTATAAAGTTTTCCAAAGAGAGGTATCATGGCTGAGGACATGAT
CAGTCAGTTGCCTGAATATTTGATTCTGCAAATCCTTTCTTTAGTTCCAATAAAAAATGT
CGTGTCAACGAGTGTCTTGTCTAAAGAATGGCAGTTTCGTTGGAAGTCAGTGCCAAAACT
CAAATTTAATTCTGAGGATTACC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3C859TF 563 0 0
GGAAAGCAAAACTAAATAATTTTCTTCAAATCTTTTCATCCCTTTTGAGTTTTTTTTGTG
TGGTATCAGAACCATGGATGATTCTTCTGGTTTTCTCTCTTCTTAGATACCTATGGTTCA
TCTTAAATATGTTAGATGTCTAAAGACTACCAACTGAAAACAAAATCTTCAATTTACAAC
AAAAAATCTTAATATTTAGGGGATTTTAAGATTTGATTTGTGTAAACAAATTTGGGCAAA
AATATCTTCAAATAGCAGTGCATTAATCTGAAGGATTTTACCAGTTTGGATAACAAAGTC
TATATGAGTCTGTTTTTTGTTGCTGTCAAAAAAAAAAAAAATCTGAAGGATTTTACTAGC
AACAACAACTGAAAAGGTATAAAGTTTTCCAAAGAGAGGTATCATGGCTGAGGACATGAT
CAGTCAGTTGCCTGAATATTTGATTCTGCAAATCCTTTCTTTAGTTCCAATAAAAAATGT
CGTGTCAACGAGTGTCTTGTCTAAAGAATGGCAGTTTCGTTGGAAGTCAGTGCCAAAACT
CAAATTTAATTCTGAGGATTACC

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 2

CO CL8567Contig1 635 2 2 U
GGGATCCACGAAAACCCACTAAAGTCATTCTCTTCACCATGGCCACTTTTCTCTGTTTCC
TTTTTTTCTCTTCTGTAGCCCTGTCTCTCGTTCTAGTTTCGGTCACAGCAGAATCCCTCG
AACGTGATTTCTTGCGTCATAAAAAAGAGAAGCTGACTCATTTTAGAGTGTATTGGCGCG
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AGGTGGGATTGTTGATGGCAATGAACTTCGCGATTCTGGACGGAAAGTACAGTGGAAGTA
CGATCACAGTGTTTGGACGAAACTCTGTGCTTGATAAAGTGAGGGAGATGCCAGTGATCG
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ATCAAGACAGGGAACGCTGTTGTCGAGTATAATTGTTATGTTTTGCACTACTAATTATAT
TATTGTGGTTTATTATATGTATTTTTTCTGAAACT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AH54JQ C 1
AF RR3AH54TF U 86
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BS 86 635 RR3AH54TF

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AGGTGGGATTGTTGATGGCAATGAACTTCGCGATTCTGGACGGAAAGTACAGTGGAAGTA
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DS 

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QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 2

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ATATGCCTCTGTCAAAGTTGTGGTTGGACCAAAATGGTATGTTTAAGGTCACCAATATGC
AAACTATGTTCACCCATTGGGATTCTCCTCTTACCATACTCATCCACTACACCAAGATGC
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TGAGATAAACTGTGAAA


BQ
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AF RR3CF49JQ U 239
AF RR3FY57JQ U 1
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QA 1 384 1 384
DS 

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ATATGCCTCTGTCAAAGTTGTGGTTGGACCAAAATGGTATGTTTAAGGTCACCGATATGC
AAAGTATGTTTACCCATTGGGATTCTCCTCTTACCATACTCATCCACTACACCAAGATGC
TTGCAAGCATCAACATCTACTTGAACAGTCCGTTTTGCACCTGCCGTGATATGAACTTTC
TCAAACGCTATCAATTGTTTGTTCACATCCAGTCCTTTTATCCCGTTCCTTGGCGGCTCA
GCAAAGACCAAAACTGTGTGTGTTCCGTCCACTTCACCAGTGTTTGATACTTCAACATGG
ATAGGCATTTTTGAAAACGTTTCACAGTTGGCATGAGACACTTTGATGGAGTTAGATGAG
GAGTTGAAAATGGCAGAGTTGAGTTTGTAGGGTGAAACCAATAGTTGGGATGGTAGGCTT
TGAGATAAACTGTGAAA

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL8569Contig1 1072 2 2 U
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GCACAGTAAAAAAAAAAAAAAGCTTGGACTAAAAAAATGGCGTCTTTGGGTGTGTCGGAA
ATGCTTGGTACGCCCCTTAACTTCAGGGCAGTGTCAAGACCGTCTGCTCCATTGGCGTCA
AGTCCCGCCACGTTCAAGACAGTTGCTCTGTTCTCCAAGAAGAAGCCAGCTCCTCCTCCA
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AGAATTTTCTTGCCGGATGGTCTTTTGGACAGATCAGAAGTCCCAGAGTACTTGAACGGT
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GCTAAATACCAAGCCTTTGAACTGATCCACGCGAGATGGGCTATGTTGGGAGCAGCTGGT
TGCATCATCCCTGAAGCCTTAAACAAATATGGCGCTAACTGTGGCCCTGAAACCGTCTGG
TTTAAGACTGGTGCCCTGCTTCTTGATGGAAACACATTGAGCTACTTTGGCAAGAACATC
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TACCGAATCATCAATGGATTGGACTTCGAAGACAAGCTTCACCCAGGAGGTCCATTTGAT
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AACGGGAGATTAGCCATGTTTTCCATGTTCGCTTTCTTCATCCAAGCTTATGTTACCGGA
GAAGGTCCTGTTGAGAACCTTTCAAAGCATCTAAGTGATCCTTTCGGAAACAATTTGCTT
ACCGTCATCGCTGGAACTGCTGAGAGAGCCCCCACTCTCTAAGACATTTCTCATTTTAAG
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AAACTTCCATCTGCATCTTCTTGATATATTCCAATGGTACTTAATTATTGCT


BQ
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15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CQ59TF U 1
AF RR3EJ46TF U 563
BS 1 702 RR3CQ59TF
BS 703 1072 RR3EJ46TF

RD RR3CQ59TF 702 0 0
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GCACAGTAAAAAAAAAAAAAAGCTTGGACTAAAAAAATGGCGTCTTTGGGTGTGTCGGAA
ATGCTTGGTACGCCCCTTAACTTCAGGGCAGTGTCAAGACCGTCTGCTCCATTGGCGTCA
AGTCCCGCCACGTTCAAGACAGTTGCTCTGTTCTCCAAGAAGAAGCCAGCTCCTCCTCCA
AAGGCCAAGACCGTCTCTGCTGCCAACGACGAGCTTGCCAAGTGGTATGGTCCTGACAGG
AGAATTTTCTTGCCGGATGGTCTTTTGGACAGATCAGAAGTCCCAGAGTACTTGAACGGT
GAAGTTGCTGGAGACTATGGCTATGACCCATTTGGACTTGGCAAGAAACCTGAGAACTTT
GCTAAATACCAAGCCTTTGAACTGATCCACGCGAGATGGGCTATGTTGGGAGCAGCTGGT
TGCATCATCCCTGAAGCCTTAAACAAATATGGCGCTAACTGTGGCCCTGAAACCGTCTGG
TTTAAGACTGGTGCCCTGCTTCTTGATGGAAACACATTGAGCTACTTTGGCAAGAACATC
CCAATCAACCTTGTTCTCGCTGTAGTTGCTGAGGTTGTCCTCCTTGGTGGAGCTGAGTAC
TACCGAATCATCAATGGATTGGACTTCGAAGACAAGCTTCAC

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3EJ46TF 510 0 0
G
TGATGGAAACACATTGAGCTACTTTGGCAAGAACATCCCAATTAACCTTGTTCTCGCTGT
AGTTGCTGAGGTTGTTCTCCTTGGTGGAGCTGAGTACTACCGAATCATCAATGGATTGGA
CTTCGAAGACAAGCTTCACCCAGGAGGTCCATTTGATCCTTTGGGACTTGCTAAAGACCC
TGAACAAGCAGCTCTTCTCAAGGTTAAAGAGATCAAGAACGGGAGATTAGCCATGTTTTC
CATGTTCGCTTTCTTCATCCAAGCTTATGTTACCGGAGAAGGTCCTGTTGAGAACCTTTC
AAAGCATCTAAGTGATCCTTTCGGAAACAATTTGCTTACCGTCATCGCTGGAACTGCTGA
GAGAGCCCCCACTCTCTAAGACATTTCTCATTTTAAGCAGCTTCGAAGATGCTTTGTACA
CTTTGTTTGATGAGAGTTTCTGTTGACATTGTGAAAAAAACTTCCATCTGCATCTTCTTG
ATATATTCCAATGGTACTTAATTATTGCT

QA 2 510 2 510
DS 



AS 1 2

CO CL8570Contig1 765 2 3 U
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GAAAAGGCTCTCGACTTCTCCAAAAGAGCTCAGTGGCTACGAGCCGCCGTCCTCGGTGCC
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GTTAAAACCATGATGTTATCTGGTTTTGCCGGTTTAGTCGCCGGGGCTTGTAGCATGGCG
ATCGGAGAGTTTGTCTCTGTTTACTCTCAGTACGACATGGAGGTGGCTCAGATGAAGAGA
GAAAGCGGAGGGGAGATCGAGAAAGAAAAGCTTCCGAGCCCGATGCAAGCGGCTGCTGCG
TCTGCGTTAGCGTTTTCTGTTGGAGCGATTGTGCCTTTATTGGCGGCTGCGTTTGTGAAA
GAGTATAAAGTGAGGGTTGGAGTGATTCTGGCGGCGGTGACGTTGGCTTTGGTTATGTTT
GGGTGGTTAGGAGCGGTTTTGGGGAAAGCACCGGTGGTTAAGTCATCGGCTCGGGTTTTG
ATTGGAGGATGGTTAGCTATGGCCGTTACGTTTGGTTTGACCAAACTGGTCGGATCACAT
GGTATGTGATAGTTTGTGTGTGTGTTTTACATACGTGACCGAACACTTCTTCATGTTTCA
TGCAACACACTTTAAGCGGTTACGTTTCTTTTTTATGTAAGAAACTTTGGAATATATGGA
TTCATGACTTGTTTTTTTATGTAAGCCAATATGTTTATAAATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BK24JQ C 1
AF RR3BK24TF U 19
BS 1 18 RR3BK24JQ
BS 19 733 RR3BK24TF
BS 734 765 RR3BK24JQ

RD RR3BK24JQ 765 0 0
ATCACTATGGAGTCCCACAACGTGAACAACAGCTTGAACGTAGACATGGAGAAAGATCAA
GAAAAGGCTCTCGACTTCTCCAAAAGAGCTCAGTGGCTACGAGCCGCCGTCCTCGGTGCC
AACGATGGTCTTGTCTCCACGGGTTCGCTTATGATGGGTGTCGGTGCGGTTAAGGGAGAC
GTTAAAACCATGATGTTATCTGGTTTTGCCGGTTTAGTCGCCGGGGCTTGTAGCATGGCG
ATCGGAGAGTTTGTCTCTGTTTACTCTCAGTACGACATGGAGGTGGCTCAGATGAAGAGA
GAAAGCGGAGGGGAGATCGAGAAAGAAAAGCTTCCGAGCCCGATGCAAGCGGCTGCTGCG
TTTGCGTTAGCGTTTTCTGTTGGAGCGATTGTGCCTTTATTGGCGGCTGCGTTTGTGAAA
GAGTATAAAGTGAGGGTTGGAGTGATTCTGGCGGCGGTGACGTTGGCTTTGGTTATGTTT
GGGTGGTTAGGAGCGGTTTTGGGGAAAGCACCGGTGGTTAAGTCATCGGCTCGGGTTTTG
ATTGGAGGATGGTTAGCTATGGCCGTTACGTTTGGTTTGACCAAACTGGTCGGATCACAT
GGTATGTGATAGTTTGTGTGTGTGTTTTACATACGTGACCGAACACTTCTTCATGTTTCA
TGCAACACACTTTAAGCGGTTACGTTTCTTTTTTATGTAAGAAACTTTGGAATATATGGA
TTCATGACTTGTTTTTTTATGTAAGCCAATATGTTTATAAATCTC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3BK24TF 715 0 0
AACGTGAACAACAGCTTGAACGTAGACATGGAGAAAGATCAAGAAAAGGCTCTCGACTTC
TCCAAAAGAGCTCAGTGGCTACGAGCCGCCGTCCTCGGTGCCAACGATGGTCTTGTCTCC
ACGGGTTCGCTTATGATGGGTGTCGGTGCGGTTAAGGGAGACGTTAAAACCATGATGTTA
TCTGGTTTTGCCGGTTTAGTCGCCGGGGCTTGTAGCATGGCGATCGGAGAGTTTGTCTCT
GTTTACTCTCAGTACGACATGGAGGTGGCTCAGATGAAGAGAGAAAGCGGAGGGGAGATC
GAGAAAGAAAAGCTTCCGAGCCCGATGCAAGCGGCTGCTGCGTCTGCGTTAGCGTTTTCT
GTTGGAGCGATTGTGCCTTTATTGGCGGCTGCGTTTGTGAAAGAGTATAAAGTGAGGGTT
GGAGTGATTCTGGCGGCGGTGACGTTGGCTTTGGTTATGTTTGGGTGGTTAGGAGCGGTT
TTGGGGAAAGCACCGGTGGTTAAGTCATCGGCTCGGGTTTTGATTGGAGGATGGTTAGCT
ATGGCCGTTACGTTTGGTTTGACCAAACTGGTCGGATCACATGGTATGTGATAGTTTGTG
TGTGTGTTTTACATACGTGACCGAACACTTCTTCATGTTTCATGCAACACACTTTAAGCG
GTTACGTTTCTTTTTTATGTAAGAAACTTTGGAATATATGGATTCATGACTTGTT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8572Contig1 915 2 2 U
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CTGTAACATCTTTTAAAGATCCAGCTTGGAGCTCTATAAGTGAGGAAGTTTGGTCTGCTG
TTGCTGTATCGCTTGGTGCCAACCGTCTTGCACGCCAAGGACGTGTGGAAGCCAACGGTA
CAAGGGATAGTACATTGGAGATTCTTGTGGGAGACGATGGATGGGTGGATCATCGTGAAA
ATGGAATCTTGTACTCTTTTAATGCTACCAAGTGTATGTTCTCGTGGGGTAATCTCTCGG
AAAAGCTGCGTATGGGTAACGTGGCCTGCGAAAATGAAGTTGTGGTGGACCTGTTCGCTG
GAATTGGATACTTTACCCTCCCTTTCCTTGTGAGGGCAAAGGCAACGATGGTATATGCTT
GTGAATGGAATCCTCATGCCATTGAAGCACTTCGACATAACGTTGAAACAAATTTTGTTT
CTGACCGTTGTATGGTTCTTGAAGGAGATAACCGGATCACTGCACCCAAAGGAGTAGCTG
ACAGAGTCTGTCTTGGTCTTATTCCAACTAGCGAAGGAAGCTGGGTCACAGCTATCCAGG
CGTTAAGGCCCGAGGGAGGAATACTCCATGTGCATGGAAACGTCAAGGACACGGATGTGA
CAAGTTGGGCCGAGCATGTCTCCAAATCATTAAGTGATATCGCCAAAGCCGAAGGTCGTA
GCTGGGAAGTTACAGTAGAACATATAGAGAAAGTGAAATGGTATGCTCCTCGGATTCGTC
ATCTTGTAGCCTATGTTAGATGCAGCTGAAGATGATTACAGCAAAGAGACTATCCCATTG
TATTGTGTAACTTTGTAAGATCACAGTTTCGATGACCGGTTTTTTCCCTTTCTGTGACAT
TGATTTCACTAGCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AM15TF U 1
AF RR3AM15JQ C 148
BS 1 710 RR3AM15TF
BS 711 915 RR3AM15JQ

RD RR3AM15TF 710 0 0
GGGAGCTTTTGGATGAGCTTCCACAGAAATGGGAACGTCTTGGAGATATTGTCGTACTAC
CTGTAACATCTTTTAAAGATCCAGCTTGGAGCTCTATAAGTGAGGAAGTTTGGTCTGCTG
TTGCTGTATCGCTTGGTGCCAACCGTCTTGCACGCCAAGGACGTGTGGAAGCCAACGGTA
CAAGGGATAGTACATTGGAGATTCTTGTGGGAGACGATGGATGGGTGGATCATCGTGAAA
ATGGAATCTTGTACTCTTTTAATGCTACCAAGTGTATGTTCTCGTGGGGTAATCTCTCGG
AAAAGCTGCGTATGGGTAACGTGGCCTGCGAAAATGAAGTTGTGGTGGACCTGTTCGCTG
GAATTGGATACTTTACCCTCCCTTTCCTTGTGAGGGCAAAGGCAACGATGGTATATGCTT
GTGAATGGAATCCTCATGCCATTGAAGCACTTCGACATAACGTTGAAACAAATTTTGTTT
CTGACCGTTGTATGGTTCTTGAAGGAGATAACCGGATCACTGCACCCAAAGGAGTAGCTG
ACAGAGTCTGTCTTGGTCTTATTCCAACTAGCGAAGGAAGCTGGGTCACAGCTATCCAGG
CGTTAAGGCCCGAGGGAGGAATACTCCATGTGCATGGAAACGTCAAGGACACGGATGTGA
CAAGTTGGGCCGAGCATGTCTCCAAATCATTAAGTGATATCGCCAAAGCC

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3AM15JQ 768 0 0
TTGCACGCCAAGGACGTGTGGAAGCCAACGGTACAAGGGATAGTACATTGGAGATTCTTG
TGGGAGACGATGGATGGGTGGATCATCGTGAAAATGGAATCTTGTACTCTTTTAATGCTA
CCAAGTGTATGTTCTCGTGGGGTAATCTCTCGGAAAAGCTGCGTATGGGTAACGTGGCCT
GCGAAAATGAAGTTGTGGTGGACCTGTTCGCTGGAATTGGATACTTTACCCTCCCTTTCC
TTGTGAGGGCAAAGGCAACGATGGTATATGCTTGTGAATGGAATCCTCATGCCATTGAAG
CACTTCGACATAACGTTGAAACAAATTTTGTTTCTGACCGTTGTATGGTTCTTGAAGGAG
ATAACCGGATCACTGCACCCAAAGGAGTAGCTGACAGAGTCTGTCTTGGTCTTATTCCAA
CTAGCGAAGGAAGCTGGGTCACAGCTATCCAGGCGTTAAGGCCCGAGGGAGGAATACTCC
ATGTGCATGGAAACGTCAAGGACACGGATGTGACAAGTTGGGCCGAGCATGTCTCCAAAT
CATTAAGTGATATCGCCAAAGCCGAAGGTCGTAGCTGGGAAGTTACAGTAGAACATATAG
AGAAAGTGAAATGGTATGCTCCTCGGATTCGTCATCTTGTAGCCTATGTTAGATGCAGCT
GAAGATGATTACAGCAAAGAGACTATCCCATTGTATTGTGTAACTTTGTAAGATCACAGT
TTCGATGACCGGTTTTTTCCCTTTCTGTGACATTGATTTCACTAGCTT

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL8573Contig1 1094 2 2 U
GGGGAACTCTACTTATCTCCAAGATAAGGGAGGAGTATCCTGACCGTATGATGATGACCT
TCTCGGTTTTCCCTTCTCCTAAGGTCTCCGACACCGTTGTTGAGCCATACAATTCTACAC
TCTCCGTTCACCAGCTTGTTGAGAACCTGACGAGTGTATGGTTTTGGATAACGAAGCTCT
CTACGACATCTGTTTCCGCACACTGAAGCTCTCTAATCCTTCATTTGGTGACCTTAGCCA
CCTCATCTCAGCTACCATGAGCGGTGTCACGTGCTGCCTCCGTTTCCCTGGTCAACTAAA
CTCCGACCTTAGAAAGCTCGCTGTCAACCTCATCCCTTTCCCGAGGCTCCACTTCTTCAT
GGTTGGTTTTGCACCACTGACATCAAGAGGGTCGCAGCAATACAGCGCCTTAAGCGTCCC
TGAGCTAACCCAGCAGATGTGGGATGCCAAAAACATGATGTGCGCAGCTGATCCTCGCCA
CGGACGTTACTTGACCGCGTCTGCTCTGTTCCGTGGGAAGATGAGTACTAAAGAGTTTGA
TGAACAGATGATGAACGTCCAGAACAAGAACTCGTCGTACTTTGTTGAGTGGATTCCAAA
CAACGTGAAATCAAGCGTCTGCGATATTGCTCCAACTGGTTTAAAAATGGCGTCGACTTT
TATAGGAAACTCGACTTCGATCCAAGAGATGTTTAGGCGTGTGAGTGAACAGTTCACTGC
TATGTTCAGGAGAAAAGCTTTCCTTCATTGGTACACGGGAGAAGGAATGGACGAGATGGA
GTTCACCGAAGCTGAGAGTAACATGAACGATCTTGTTGCTGAGTACCAGCAATATCAGGA
TGCTACAGTCGGTGAAGAAGAGTATGAGGAGGACGAAGAGGAAGAAGAAGAAGCTTAAGA
AGACATATGATTGATTACTACTTTCACACAAGCTGTAAGTCGTGTCATTCATTTCTTTGT
TATTTTTGTTCACTGAATTGAAGTTTCTCTCTTTATGTGCTTTGTGTGTTTTGTTATTGA
ACCAAGATTTGTACTGGAATGTAAAATCACATAATGCCTATGCAAACATTTCAATGTCAA
GACTATACAGTTTA


BQ
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AF RR3AK38TF U 1
AF RR3AK38JQ C 425
BS 1 725 RR3AK38TF
BS 726 1094 RR3AK38JQ

RD RR3AK38TF 725 0 0
GGGGAACTCTACTTATCTCCAAGATAAGGGAGGAGTATCCTGACCGTATGATGATGACCT
TCTCGGTTTTCCCTTCTCCTAAGGTCTCCGACACCGTTGTTGAGCCATACAATTCTACAC
TCTCCGTTCACCAGCTTGTTGAGAACCTGACGAGTGTATGGTTTTGGATAACGAAGCTCT
CTACGACATCTGTTTCCGCACACTGAAGCTCTCTAATCCTTCATTTGGTGACCTTAGCCA
CCTCATCTCAGCTACCATGAGCGGTGTCACGTGCTGCCTCCGTTTCCCTGGTCAACTAAA
CTCCGACCTTAGAAAGCTCGCTGTCAACCTCATCCCTTTCCCGAGGCTCCACTTCTTCAT
GGTTGGTTTTGCACCACTGACATCAAGAGGGTCGCAGCAATACAGCGCCTTAAGCGTCCC
TGAGCTAACCCAGCAGATGTGGGATGCCAAAAACATGATGTGCGCAGCTGATCCTCGCCA
CGGACGTTACTTGACCGCGTCTGCTCTGTTCCGTGGGAAGATGAGTACTAAAGAGTTTGA
TGAACAGATGATGAACGTCCAGAACAAGAACTCGTCGTACTTTGTTGAGTGGATTCCAAA
CAACGTGAAATCAAGCGTCTGCGATATTGCTCCAACTGGTTTAAAAATGGCGTCGACTTT
TATAGGAAACTCGACTTCGATCCAAGAGATGTTTAGGCGTGTGAGTGAACAGTTCACTGC
TATGT

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3AK38JQ 670 0 0
CTAACCCAGCAGATGTGGGATGCCAAAAACATGATGTGCGCAGCTGATCCTCGCCACGGA
CGTTACTTGACCGCGTCTGCTCTGTTCCGTGGGAAGATGAGTACTAAAGAGTTTGATGAA
CAGATGATGAACGTCCAGAACAAGAACTCGTCGTACTTTGTTGAGTGGATTCCAAACAAC
GTGAAATCAAGCGTTTGCGATATTGCTCCAACTGGTTTAAAAATGGCGTCGACTTTTATA
GGAAACTCGACTTCGATCCAGGAGATGTTTAGGCGTGTGAGTGAACAGTTCACTGCTATG
TTCAGGAGAAAAGCTTTCCTTCATTGGTACACGGGAGAAGGAATGGACGAGATGGAGTTC
ACCGAAGCTGAGAGTAACATGAACGATCTTGTTGCTGAGTACCAGCAATATCAGGATGCT
ACAGTCGGTGAAGAAGAGTATGAGGAGGACGAAGAGGAAGAAGAAGAAGCTTAAGAAGAC
ATATGATTGATTACTACTTTCACACAAGCTGTAAGTCGTGTCATTCATTTCTTTGTTATT
TTTGTTCACTGAATTGAAGTTTCTCTCTTTATGTGCTTTGTGTGTTTTGTTATTGAACCA
AGATTTGTACTGGAATGTAAAATCACATAATGCCTATGCAAACATTTCAATGTCAAGACT
ATACAGTTTA

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL8574Contig1 1413 2 4 U
GGATGTAAAGGTTCTGGCTTTGTAAGAAAGCTAGAGAGAATATTCTCCTGTCATGTCTTG
AGCTTTGATTATTGTTGCCTTCGTCGATTAACATAGAGAAAACTAAAAAAAATGGTCACT
GTAGGCAATGCGTTTCTCTTGCCCGGAGCAACGGTGGCTACTATCCTTATGCTTTGAGCT
CTTCATGGTCGCCGTCTCTATGAAGTCAAGAAGATTGAAGAAAAACGGGAAAGGGGGATC
GAACTTGAGTTCCACCAAGATGTTAAAGCCTCCTTCCTTGGGATTCTCCTCTGCGTTCCA
TCTCAAGAGCTTGGGGTTCTTTGACGAGCGTGGAAATTCCGGTCTGGATGCGGCCGTTTG
TTTATAAAGCCTGGTCTCGAGCTTTTCATTCAAATCTTGAAGAAGCAGCTTTGCCTCTAG
AAGAATATGCTTCACTACGGGACTTCTTTGTTCGCAGCTTGAAAGAAGGTTGCAGACCTA
TCGACCCCGATCCTCGTTGTCTGGTAACTGGTTAGTCCTGTGGATGGCACCGTTCTGAGG
TTTGGAGAGCTAAAAGAAAGTAGAGGGATGATCGAGCAAGTGAAAGGACATTCTTACTCA
GTGCCGGCTCTTCTCGGAACAAACTCTCTGCTTCCCATGGTACCTGTAGGTAATGATGAG
TCTGGAGAGGAAGCTGTTGTAGATAATAAAGGCGACAAGTCTTGGTTGAGAGTCCCTTTG
GCCTCTCCAAAGTTACGGGATAGCATCTCGGCTAGTCCGATGAAGGGGCTCTATTATTGT
GTGATATACCTAAAACCAGGGGACTATCATCGAATACACTCTCCGGCTGACTGGAATGCA
TTGGTTCGTCGACACTTTGCAGGACGGTTGTTTCCTGTGAACGAGCGTGCTACAAGGACG
ATAAAAAATCTCTATGTCGAGAATGAAAGGGTCGTGCTTGAAGGGATATGGAAGCAAGGT
TTTATGGCACTTGCTGCTGTTGGAGCGGCCAACATTGGATCCATTGAGCTATTCATCGAA
CCTGAACTAAGAACAAACAAGCCAAAGAAGAAGCTGTTTCCTACAGAGCCACCAGAGGAG
CGGGTGTATGATCCACAAGGTCAAGGCGTCCAGCTCGAGAAAGGAAAGGAGGCAGGTGTA
TTCAACATGGGATCAACCGTGGTGCTTGTTTTCCAAGCACCAACCGCAAACTCACTGGAC
GGTTCAAGCAGTTCATCAGATTACAGATTCTGTGTCAAACAAGGAGATAGAGTTCGCGTT
GGACAAGCATTGGGAAGGTGGAAAGAGGAATGAGTACATGTCATTATGTACCTCACTACA
AGTTTTACGTATTATGCTCAAACATGAGCCCCCATATCTACAACATTTTGTAGTTTATTG
AAACTTCTAATAGAATCCTAGTTTATGCTTGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B712TF U 1
AF RR3B712JQ C 706
BS 1 767 RR3B712TF
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BS 769 792 RR3B712TF
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RD RR3B712TF 792 0 0
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AGCTTTGATTATTGTTGCCTTCGTCGATTAACATAGAGAAAACTAAAAAAAATGGTCACT
GTAGGCAATGCGTTTCTCTTGCCCGGAGCAACGGTGGCTACTATCCTTATGCTTTGAGCT
CTTCATGGTCGCCGTCTCTATGAAGTCAAGAAGATTGAAGAAAAACGGGAAAGGGGGATC
GAACTTGAGTTCCACCAAGATGTTAAAGCCTCCTTCCTTGGGATTCTCCTCTGCGTTCCA
TCTCAAGAGCTTGGGGTTCTTTGACGAGCGTGGAAATTCCGGTCTGGATGCGGCCGTTTG
TTTATAAAGCCTGGTCTCGAGCTTTTCATTCAAATCTTGAAGAAGCAGCTTTGCCTCTAG
AAGAATATGCTTCACTACGGGACTTCTTTGTTCGCAGCTTGAAAGAAGGTTGCAGACCTA
TCGACCCCGATCCTCGTTGTCTGGTAACTGGTTAGTCCTGTGGATGGCACCGTTCTGAGG
TTTGGAGAGCTAAAAGAAAGTAGAGGGATGATCGAGCAAGTGAAAGGACATTCTTACTCA
GTGCCGGCTCTTCTCGGAACAAACTCTCTGCTTCCCATGGTACCTGTAGGTAATGATGAG
TCTGGAGAGGAAGCTGTTGTAGATAATAAAGGCGACAAGTCTTGGTTGAGAGTCCCTTTG
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GTGATATACCTA

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3B712JQ 708 0 0
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GGGCTCTATTATTGTGTGATATACCTAAAACCAGGGGACTATCATCGAATACACTCTCCG
GCTGACTGGAATGCATTGGTTCGTCGACACTTTGCAGGACGGTTGTTTCCTGTGAACGAG
CGTGCTACAAGGACGATAAAAAATCTCTATGTCGAGAATGAAAGGGTCGTGCTTGAAGGG
ATATGGAAGCAAGGTTTTATGGCACTTGCTGCTGTTGGAGCGGCCAACATTGGATCCATT
GAGCTATTCATCGAACCTGAACTAAGAACAAACAAGCCAAAGAAGAAGCTGTTTCCTACA
GAGCCACCAGAGGAGCGGGTGTATGATCCACAAGGTCAAGGCGTCCAGCTCGAGAAAGGA
AAGGAGGCAGGTGTATTCAACATGGGATCAACCGTGGTGCTTGTTTTCCAAGCACCAACC
GCAAACTCACTGGACGGTTCAAGCAGTTCATCAGATTACAGATTCTGTGTCAAACAAGGA
GATAGAGTTCGCGTTGGACAAGCATTGGGAAGGTGGAAAGAGGAATGAGTACATGTCATT
ATGTACCTCACTACAAGTTTTACGTATTATGCTCAAACATGAGCCCCCATATCTACAACA
TTTTGTAGTTTATTGAAACTTCTAATAGAATCCTAGTTTATGCTTGCC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL8575Contig1 567 2 1 U
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GTGGTGTCGAACAAGATGCAGAAGTCGGTGGTGGTAGCCGTGGACAGACTCTTCCACAAC
AAGCTATACAATCGCCACGTCAAGCGTACTTCCAAGTTCATGGCTCACGACGAGAAGAAC
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AATTGGATTGTTGCTGAAATCATAAAGAAAGCAAGAATCTATTCTCCACAGGCTGCTGCT
GCTCTCAATTTCTCAGCTGCGAAGGCTCCCTCTGAGTCTTCGATTCCCCCTGTTTCATCT
TCTTAAGCTGATTGCTATGTGTGTGGATTGTATCAGACTTCTTGGTTTTGAGTCTTATTT
GCAAGTTCAGTATGGTGTGTCTCTTGGCACCTTAGGTAGTTTCATTGTTGAGGAACGTCA
TGTGACTTTGCTGTTTCTGAAAAATAAGTTATCTGACATTCGGCATATGTGGCAATGTAG
CTTTGTTGGGCATTTCGGTTTTACGTC


BQ
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AF RR3EP51JQ C 1
AF RR3EP51TF U 1
BS 1 567 RR3EP51TF

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GGAGATTCTCGCTCACTTGTTTGTTCAGGTCTGTAGAAAATGAAGCCGGTGATAGGTACG
GTGGTGTCGAACAAGATGCAGAAGTCGGTGGTGGTAGCCGTGGACAGACTCTTCCACAAC
AAGCTATACAATCGCCACGTCAAGCGTACTTCCAAGTTCATGGCTCACGACGAGAAGAAC
GCCTGTAACATCGGCGATCGAGTGAAATTGGATCCTTCGAGACCTTTGAGCAAGCATAAG
AATTGGATTGTTGCTGAAATCATAAAGAAAGCAAGAATCTATTCTCCACAGGCTGCTGCT
GCTCTCAATTTTTCAGCTGCGAAGGCTCCCTCTGAGTCTTCGATTCCCCCTGTTTCATCT
TCTTAAGCTGATTGCTATGTGTGTGGATTGTATCAGACTTCTTGGTTTTGAGTCTTATTT
GCAAGTTCAGTATGGTGTGTCTCTTGGCACCTTAGGTAGTTTCATTGTTGAGGAACGTCA
TGTGACTTTGCTGTTTCTGAAAAATAAGTTATCTGACATTCGGCATATGTGGCAATGTAG
CTTTGTTGGGCATTTCGGTTTTACGTC

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3EP51TF 567 0 0
GGAGATTCTCGCTCACTTGTTTGTTCAGGTCTGTAGAAAATGAAGCCGGTGATAGGTACG
GTGGTGTCGAACAAGATGCAGAAGTCGGTGGTGGTAGCCGTGGACAGACTCTTCCACAAC
AAGCTATACAATCGCCACGTCAAGCGTACTTCCAAGTTCATGGCTCACGACGAGAAGAAC
GCCTGTAACATCGGCGATCGAGTGAAATTGGATCCTTCGAGACCTTTGAGCAAGCATAAG
AATTGGATTGTTGCTGAAATCATAAAGAAAGCAAGAATCTATTCTCCACAGGCTGCTGCT
GCTCTCAATTTCTCAGCTGCGAAGGCTCCCTCTGAGTCTTCGATTCCCCCTGTTTCATCT
TCTTAAGCTGATTGCTATGTGTGTGGATTGTATCAGACTTCTTGGTTTTGAGTCTTATTT
GCAAGTTCAGTATGGTGTGTCTCTTGGCACCTTAGGTAGTTTCATTGTTGAGGAACGTCA
TGTGACTTTGCTGTTTCTGAAAAATAAGTTATCTGACATTCGGCATATGTGGCAATGTAG
CTTTGTTGGGCATTTCGGTTTTACGTC

QA 1 567 1 567
DS 



AS 1 2

CO CL8576Contig1 547 2 1 U
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 

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QA 1 547 1 547
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AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 

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QA 1 724 1 724
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BQ
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AF RR3CR46JQ C 1
AF RR3CR46TF U 1
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RD RR3CR46JQ 565 0 0
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TGAATGGGAAGCTTAGCGAGACTATAGCTGAGATTCTCCAAATTAAGCTCTTTATTGATA
GCTCCCGCTTTTACATCAAGTTCTACGATTCCCCACGACCCTTCTTTGGATTCAACGGAT
CAACTTTCTGAACACACGGGTTCAATCGTTGTGGCCAAGAGGCGGAGAATTCAGCTTCCT
AATGAAATTATTGTTTGCCTCTTTTGAGTTCAGAAGCTATAGATTCTTGAGCTTGGTTTA
TAATATGGTACTTCCCTTAAAAGCT

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3CR46TF 565 0 0
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TCTGAAACAAGAAGAAGAAGAAGATGCCAACTTTGAATCTATTCACGAACATACCAGTCG
ACGCTGTCACATGCTCCGACATCCTCAAGGACGCTACTAAGGCCGTCGCTAAGATCATCG
GCAAACCTGAATCCTATGTGATGATACTGCTTAACAGCGGAGTGCCCATTGCATTTGCTG
GTACCGAGGAACCTGCTGCTTATGGAGAACTGATATCTATTGGAGGATTAGGTGCCGGCG
TGAATGGGAAGCTTAGCGAGACTATAGCTGAGATTCTCCAAATTAAGCTCTTTATTGATA
GCTCCCGCTTTTACATCAAGTTCTACGATTCCCCACGACCCTTCTTTGGATTCAACGGAT
CAACTTTCTGAACACACGGGTTCAATCGTTGTGGCCAAGAGGCGGAGAATTCAGCTTCCT
AATGAAATTATTGTTTGCCTCTTTTGAGTTCAGAAGCTATAGATTCTTGAGCTTGGTTTA
TAATATGGTACTTCCCTTAAAAGCT

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

CO CL8579Contig1 933 2 8 U
GAGAAAGAAACGTGCCCAGTGTTTCTTCTGTTCTCTGTAAACGCTAGCTCTCAGTTCTGG
AGTAGCGGAGATGATAGGACCTGTGGATTTTGAGAAGAGCGTTGATTACTGGCAACAAGA
CAAATGGAACGGACAGTTCCCGGTGAAATGGCACATCATCAAAGATGTTCCAAACAGTCA
GTTCCGCCACATTATATTGGAAAACAATGACAATAAGCCTGTGACGAACAGTCGAGACAC
TCAAGAAGTGAAACTAGAACAAGGCATTGAGATGCTGAAGATTTTCAAGAACTATGATGC
TGAGACTTCAATCTTGGATGATTTTGGGTTTTATGAAGAGAGGGAGAAGATAATACAAGA
ACGGAAGGCAAGAAGACAGCCAAGCTTGCCATCTGCAGGAGGAGGAGGAGAAAACGAACA
TAAACCTGCTGCTGCATCTGCTGCATTGCAGACAGACTTTATCAAGAACATGTCTAAAAG
TTTTGCTCAAGTCGTCCGCTTGGAGGAGGGAAGCAAAGAAGCAGGGAAGGCAAGTTCATC
TCCAGATGCAATCACAGCAACATTAGCAGTCTCTTCTGGTTAATCCAACTAGTAAGTAAA
AGGCACAATCAATTAGCAAAGACTTTATGTTTTTTTTTCAGTTTCCATAATGATCCTTTG
TTTGTTCTAAAGAAGGGTGGTGGGTGGGGTATTCAAATGAAATTTAAAGTCTGGCCTGGT
CTGGTTTTTGTGTAAAGTAAGCTTCTTTTCGCTTGGGGTATTTAAGCCATTTTGATTCAT
TTCCCTCTTTTTCAAAGTTATGTATTCTCTCTCTTTGGGGTTGATAGAAGAAGAAGATGA
TGTGTATCAAAGACAATATAAATGTTGCTCTTGTAAAGTAGCTTCACATGTCTTTGCAGG
CAATATTTAATAATGATGCAGATTACACCCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CS66TF U 1
AF RR3AW48JQ C 85
BS 1 375 RR3CS66TF
BS 376 376 RR3AW48JQ
BS 377 404 RR3CS66TF
BS 405 405 RR3AW48JQ
BS 406 436 RR3CS66TF
BS 437 439 RR3AW48JQ
BS 440 667 RR3CS66TF
BS 668 933 RR3AW48JQ

RD RR3CS66TF 667 0 0
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TCAAGAAGTGAAACTAGAACAAGGCATTGAGATGCTGAAGATTTTCAAGAACTATGATGC
TGAGACTTCAATCTTGGATGATTTTGGGTTTTATGAAGAGAGGGAGAAGATAATACAAGA
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TAAACCTGCTGCTGCA***GCTGCATTGCAGACAGACTTTATCAAGAACATGTCTAAAAG
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TCCAGATGCAATCACAGCAACATTAGCAGTCTCTTCTGGTTAATCCAACTAGTAAGTAAA
AGGCACAATCAATTAGCAAAGACTTTATGTTTTTTTTTCAGTTTCCATAATGATCCTTTG
TTTGTTC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3AW48JQ 849 0 0
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GAAGTGGCACATCATCAAAGATGTTCCAAACAGTCAGTTCCGCCACATTATATTGGAAAA
CAATGACAATAAGCCTGTGACGAACAGTCGAGACACTCAAGAAGTGGAACTAGAACAAGG
CATTGAGATGCTGAAGATTTTCAAGAACTATGATGCTGAGACTTCAATCTTGGATGATTT
TGGGTTTTATGAAGAGAGGGAGAAGATAATACAAGAACGGAAGGCAAGAAGACAGCCAAG
CTTGCCATCTGCAGGAGGAGGAGGAGAAAACGAACATAAACCTGCTGCTGCTTCTGCTGC
ATTGCAGACAGACTTTATCGAGAACATGTCTAAAAGTTTTGCTCAAGTCGTCCGCTTGGA
GGAGGGAAGCAAAGAAGCAGGGAAGGCAAGTTCATCTCCAGATGCAATCACAGCAACATT
AGCAGTCTCTTCTGGTTAATCCAACTAGTAAGTAAAAGGCACAATCAATTAGCAAAGACT
TTATGTTTTTTT**CAGTTTCCATAATGATCTTTTGTTTGTTCTAAAGAAGGGTGGTGGG
TGGGGTATTCAAATGAAATTTAAAGTCTGGCCTGGTCTGGTTTTTGTGTAAAGTAAGCTT
CTTTTCGCTTGGGGTATTTAAGCCATTTTGATTCATTTCCCTCTTTTTCAAAGTTATGTA
TTCTCTCTCTTTGGGGTTGATAGAAGAAGAAGATGATGTGTATCAAAGACAATATAAATG
TTGCTCTTGTAAAGTAGCTTCACATGTCTTTGCAGGCAATATTTAATAATGATGCAGATT
ACACCCACC

QA 1 849 1 849
DS 



AS 1 2

CO CL8580Contig1 716 2 1 U
GGTTTGGCCCAAGACTGAGAATCCGGGAACTCTTTCAAGTAACAACAACAACTTCAGGGA
AGAGCTTGTTTGCTACTGTCAATGGAGAGTGTGTTGATGATCCTAAATCAATGGCATCGG
AGTTAACCGGAGAGTCACTTCTAGACTTTGCTGTTGCAACAAACAGAGACATTATAAGCA
TTGCTCTCTCCAATCTCATTAGGGTTCATTGGAGGCGTGCTTCGAAGCCAACACCTGGAC
AAATGCTGACTGCTCCGCTTAGTGAACTTAACAACTTTAGGATTTCTAATTTTCCATTGT
TGCGGCCTCAAGATCTTAGGTTGGCTATTGCGGCTGCAGAAAGGCTGTTGATATTGGAAC
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TTGGTTGTGTAGTTCTTTTACTTTCTTCTGATCAGAGTAATAAACAATTGATTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BE94JQ C 1
AF RR3BE94TF U 1
BS 1 716 RR3BE94TF

RD RR3BE94JQ 716 0 0
GGTTTGGCCCAAGACTGAGAATCCGGGAACTCTTTCAAGTAACAACAACAACTTCAGGGA
AGAGCTTGTTTGCTACTGTCAATGGAGAGTGTGTTGATGATCCTAAATCAATGGCATCGG
AGTTAACCGGAGAGTCACTTCTAGACTTTGCTGTTGCAACAAACAGAGACATTATAAGCA
TTGCTCTCTCCAATCTCATTAGGGTTCATTGGAGGCGTGCTTCGAAGCCAACACCTGGAC
AAATGCTGACTGCTCCGCTTAGTGAACTTAACAACTTTAGGATTTCTAATTTTCCATTGT
TGCGGCCTCAAGATCTTAGGTTGGCTATTGCGGCTGCAGAAAGGCTGTTGATATTGGAAC
CTAATAACTGGATAGTTCGAAGAGAACTTGGCATGTTGTACTACTACGTCAGGCAATGTA
GAGATGCGATTTTTGAGCTGAGCATATGCATAGCCAACTTTGCGATTGGGGAAGAAGAAG
CAAAAGAGTTGGAGCTTTTTGTTGAGAAACTTCATCGACTCTTTTCATTGATGTCTCCTT
TAGACTCTGATCGCTTTGCCGTTCATCATTAGAAAACTCTCTGTTTCACTTGTAAATACT
CTCTTTCTATTAGTTTCTGTTGTGTTTGGAAAATAGCCTTTTGTGGGAGACATGTAGCTT
TTGGTTGTGTAGTTCTTTTACTTTCTTCTGATCAGAGTAATAAACAATTGATTTCC

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3BE94TF 716 0 0
GGTTTGGCCCAAGACTGAGAATCCGGGAACTCTTTCAAGTAACAACAACAACTTCAGGGA
AGAGCTTGTTTGCTACTGTCAATGGAGAGTGTGTTGATGATCCTAAATCAATGGCATCGG
AGTTAACCGGAGAGTCACTTCTAGACTTTGCTGTTGCAACAAACAGAGACATTATAAGCA
TTGCTCTCTCCAATCTCATTAGGGTTCATTGGAGGCGTGCTTCGAAGCCAACACCTGGAC
AAATGCTGACTGCTCCGCTTAGTGAACTTAACAACTTTAGGATTTCTAATTTTCCATTGT
TGCGGCCTCAAGATCTTAGGTTGGCTATTGCGGCTGCAGAAAGGCTGTTGATATTGGAAC
CTAATAACTGGATAGTTCGAAGAGAACTTGGCATGTTGTACTACTACGTCAGGCAATGTA
GAGATGCGATTTTTGAGCTGAGCATATGCATAGCCAACTTTGCGATTGGGGAAGAAGAAG
CAAAAGAGTTGGAGCTTTTTGTTGAGAAACTTCATCGACTCTTTTCATTGATGTCTCCTT
TAGACTCTGATCGCTTTGCCGTTCATCATTAGAAAACTCTCTGTTTCACTTGTAAATACT
CTCTTTCTATTAGTCTCTGTTGTGTTTGGAAAATAGCCTTTTGTGGGAGACATGTAGCTT
TTGGTTGTGTAGTTCTTTTACTTTCTTCTGATCAGAGTAATAAACAATTGATTTCC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL8581Contig1 764 2 4 U
TTTTTAATTGACCGGACTATTTCAGAGAGTTCAGCTGATGCAGCAGCAGCAAATACTCCT
GGTGGAGATAGCTCAAGACTATCCGGTGCTTACAATCTAAGAAGAATACCTCCTTCTGCT
AGAATCAACCATTACAGCGAGAACCAAAGCAGCTTGTTGATTGATTGGGAGAAGGAGTTC
CCACCTTCGGTTATAAAGGCCGTCAACAAATACGGAATGAAGAATGTCGACGAGAACAGG
CGAGATTCTTACTTCCTGAACGTCCCTACTTGCTTGCAAGAAGCTTCGGTTTGTACAACT
CTTGAGGATGGTTTAAAACAGTTAACTCCAGTTGGGTTGAATACTGAATATGGGTACGCC
AGGAGTCTAGCACGATATGCTGCAAATCTTGGTCCTGTTACTTGGAGACTTGCTGAAAAG
AGGATTGAGACAGTGTTGCCAACTGGAACCGAGTTTGGTCCAGGTTGGGTTGGAGAGAAG
CCAGAAGCTCCTCCTCCTCAGCAACAAAAGTGTTGGAATGACTTGGCAACTGAGCAGTAC
CACCATCATTCAAGCAGTATCATGTCTCCGACCACCTCTGTCATAGGAAACACACGTTCT
TCCGATGAAAGTAAAGAGACTGCAACAGCTGCTCGCTTGGTGAATCAAGAAACCGTGAAG
TCAGAAATCAATCCTGAGAGCAACGGTCTAATCCGTGGTTGCAGAGAAGTTAACCGTAAT
CCAAACTACATGATGGAAACAGCTTTGTTGCCTAACATAAAAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GA25TF U 1
AF RR3GA25JQ C 400
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BS 711 711 RR3GA25JQ
BS 712 751 RR3GA25TF
BS 752 764 RR3GA25JQ

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CGAGATTCTTACTTCCTGAACGTCCCTACTTGCTTGCAAGAAGCTTCGGTTTGTACAACT
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CCAAACTACATGATGGAAACAGCTTTGTTGC
TAAATAAA

QA 1 751 1 751
DS 

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CCAGGTTGGGTTGGAGAGAAGCCAGAAGCTCCTCCTCCTCAGCAACAAAAGTGTTGGAAT
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GTCATAGGAAACACACGTTCTTCCGATGAAAGTAAAGAGACTGCAACAGCTGCTCGCTTG
GTGAATCAAGAAACCGTGAAGTCAGAAATCAATCCTGAGAGCAACGGTTTAATCCGTGGT
TGCAGAGAAGTTAACCGTAATCCAAACTACATGATGGAAACAGCTTTGTTGCCTAACATA
AAAAA

QA 1 365 1 365
DS 



AS 1 2

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TGTGAGGAGATTTGACAGTTTGGGAGATTCCGAGATAACGACGAGACGGAGGCGACAATG
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TGTCAAAGATGTATTTCTTCCATGGTACAATGCGTATCGCTTCCTTGTTCAGAATGCAAA
GAGGCTTGAGATTGAGGGTTCTGGACCATTTGTTCCTACTGATCTAGCAACTTTAGGGTC
ATCAAACGTTCTAGATCGACGGACCGGATTTGACGGCGAGGCGGAGGCGACCAGGCATTT
ATGAGTTGGTTACATACAATTATATGTTTCAGTCTATGTACGGCGAAAACGTAATCCACA
TGTAACAAATTTTCAAAGTCTACATGTACACCGGATCGTAAAGCTTCACAATAGTATCCA
TATGTACACATTCTTTTAAGAGCTACATGTACACCTGGTAGCAAGATCATTTGTACACCA
CAATTACTTTTAGTTTTGGTCAAGAAATATGAAACAATTTGAAAGAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FL28TF U 1
AF RR3AD33TF U 249
BS 1 701 RR3FL28TF
BS 702 708 RR3AD33TF

RD RR3FL28TF 701 0 0
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TGTGAGGAGATTTGACAGTTTGGGAGATTCCGAGATAACGACGAGACGGAGGCGACAATG
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TGTCAAAGATGTATTTCTTCCATGGTACAATGCGTATCGCTTCCTTGTTCAGAATGCAAA
GAGGCTTGAGATTGAGGGTTCTGGACCATTTGTTCCTACTGATCTAGCAACTTTAGGGTC
ATCAAACGTTCTAGATCGACGGACCGGATTTGACGGCGAGGCGGAGGCGACCAGGCATTT
ATGAGTTGGTTACATACAATTATATGTTTCAGTCTATGTACGGCGAAAACGTAATCCACA
TGTAACAAATTTTCAAAGTCTACATGTACACCGGATCGTAAAGCTTCACAATAGTATCCA
TATGTACACATTCTTTTAAGAGCTACATGTACACCTGGTAGCAAGATCATTTGTACACCA
CAATTACTTTTAGTTTTGGTCAAGAAATATGAAACAATTTG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3AD33TF 460 0 0
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ATGTATTTCTTCCATGGTACAATGCGTATCGCTTCCTTGTTCAGAATGCAAAGAGGCTTG
AGATTGAGGGTTCTGGACCATTTGTTCCTACTGATCTAGCAACTTTAGGGTCATCAAACG
TTCTAGATCGACGGACCGGATTTGACGGCGAGGCGGAGGCGACCAGGCATTTATGAGTTG
GTTACATACAATTATATGTTTCAGTCTATGTACGGCGAAAACGTAATCCACATGTAACAA
ATTTTCAAAGTCTACATGTACACCGGATCGTAAAGCTTCACAATAGTATCCATATGTACA
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TTTAGTTTTGGTCAAGAAATATGAAACAATTTGAAAGAAG

QA 1 460 1 460
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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GAATTCACATGCAAAGAAAGGATGGGAACAATTCACTGATGCTGTCATTCGAAGTATCTC
ACAGCAGAAGGAAGGTGTTGTCTTTCTCCTCTGGGGAAAATACGCTCAAGAGAAATCCAA
GTTGATAGATGGGAATAAACATCACATTCTCACAGCAGCTCATCCATCTGGTTTGTCTGC
GCATAGAGGCTTCTTCAATTGCAGGCATTTCTCTCAAGCAAACCAGCTACTCGAGCAAAT
GGGCACTGCCCCTATAGACTGGCAACTCTAACCTCTTAAGTGCCTTAACGCCAAGACGAA
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TATCTCGTCATGGTGTGTATTAAATTGCTGCTGCTTACTTGTAGAACCTCCTTGTTGCTA
CAAAGCATGAAAAAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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AF RR3DS80TF U 1
AF RR3DS80JQ C 57
BS 1 617 RR3DS80TF

RD RR3DS80TF 617 0 0
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GAATTCACATGCAAAGAAAGGATGGGAACAATTCACTGATGCTGTCATTCGAAGTATCTC
ACAGCAGAAGGAAGGTGTTGTCTTTCTCCTCTGGGGAAAATACGCTCAAGAGAAATCCAA
GTTGATAGATGGGAATAAACATCACATTCTCACAGCAGCTCATCCATCTGGTTTGTCTGC
GCATAGAGGCTTCTTCAATTGCAGGCATTTCTCTCAAGCAAACCAGCTACTCGAGCAAAT
GGGCACTGCCCCTATAGACTGGCAACTCTAACCTCTTAAGTGCCTTAACGCCAAGACGAA
GTGCTCCTGGGAAGACAAATTTTTACAATCTCGTTTGGTTAACAAAGCTTTAAGCTTTCA
CACCTCAACGCTCTCCTTTTGTGATTTATTATGTTATCATGGAAGTCTAGACGACTAACC
TGCGTAAGACAAAGTAGCTGAAAACTGTATCTCGTCATTTTGTACTACTGAAGAATACTG
TATCTCGTCATGGTGTGTATTAAATTGCTGCTGCTTACTTGTAGAACCTCCTTGTTGCTA
CAAAGCATGAAAAAGTT

QA 1 617 1 617
DS 

RD RR3DS80JQ 561 0 0
AGCCGAATTCACATGCAAAGAAAGGATGGGAACAATTCACTGATGCTGTCATTCGAAGTA
TCTCACAGCAGAAGGAAGGTGTTGTCTTTCTCCTCTGGGGAAAATACGCTCAAGAGAAAT
CCAAGTTGATAGATGGGAATAAACATCACATTCTCACAGCAGCTCATCCATCTGGTTTGT
CTGCGCATAGAGGCTTCTTCAATTGCAGGCATTTCTCTCAAGCAAACCAGCTACTCGAGC
AAATGGGCACTGCCCCTATAGACTGGCAACTCTAACCTCTTAAGTGCCTTAACGCCAAGA
CGAAGTGCTCCTGGGAAGACAAATTTTTACAATCTCGTTTGGTTAACAAAGCTTTAAGCT
TTCACACCTCAACGCTCTCCTTTTGTGATTTATTATGTTATCATGGAAGTCTAGACGACT
AACCTGCGTAAGACAAAGTAGCTGAAAACTGTATCTCGTCATTTTGTACTACTGAAGAAT
ACTGTATCTCGTCATGGTGTGTATTAAATTGCTGCTGCTTACTTGTAGAACCTCCTTGTT
GCTACAAAGCATGAAAAAGTT

QA 1 561 1 561
DS 



AS 1 2

CO CL8586Contig1 873 2 6 U
GGCTAACCCTTCTCAAGAAAGAAAAAAGAAAAGAAAACTATATTTTGTGATGTCTTCGAT
GAGTTCAGTACAACAAGTACTCCAACATTCCACCCATATCCACCCATTAAAGAAGATTCA
CGTGTATTCCGGATTCACATGCGATGGCTGCAAAACTTCCGGATCTGGGAAGGCCTACCA
TTGCTTTTCTTGCGATTACGATCTTCATGAGTACTGTGCCACGGGTCCCCCTACTCTCCT
TAGTTTTTTACATCCTCAACATAAGCTCAAGCTAGTCGTCAATACACCAGGCCATGTGTG
CGACTTCTGCGAAGAACAAGTCGAGGGATTTTATTACCGTTGTGAAGCTTGCGACTTTGA
TGTCCATCCTCTCTGCACACAGATGCCTCAGCACGTGGGCCACATTCTTCACCCCGCTCA
CGTTTTAGAGCTGAGCCAAGGCGGAACGGGCAGCACGTGCATGGTTTGTGAAGAAGATAT
CTTATCTTGGCGGTACAAGTGCGGTCCATGCATGTTAGATGTTCACGTGGAGTGCGTTAC
AAATTTGACTGCAGAAGAAGTGGTAAGATTGCTCACTTCTGATGACAACTGCGAAGGGGA
AAATAATTCGTCTCATACAAATAAAGGTCCAAGTAAAAGGAAAATATTTAAAAAGTTGTT
GCACTTAACGGCTCATGCTGTCTCCCATATCGTCACTAATATGTAGGCTGAACTCAGGGG
CCTTTGCGTTTCGTTTGAAATGGCACGTCTCTAAGTACGTTGCCATTATATATGTTTGAT
TTCTCCATTGTCCATGTTTGCTTGCTTTAGTTTCGTTGTAAGAAATGAACCTACAAATTG
TTACGAGGTGAGCAGAAAACTCTAATCGAACCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GI03TF U 1
AF RR3GI03JQ C 132
BS 1 643 RR3GI03TF
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BS 702 873 RR3GI03JQ

RD RR3GI03TF 701 0 0
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GAGTTCAGTACAACAAGTACTCCAACATTCCACCCATATCCACCCATTAAAGAAGATTCA
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TTGCTTTTCTTGCGATTACGATCTTCATGAGTACTGTGCCACGGGTCCCCCTACTCTCCT
TAGTTTTTTACATCCTCAACATAAGCTCAAGCTAGTCGTCAATACACCAGGCCATGTGTG
CGACTTCTGCGAAGAACAAGTCGAGGGATTTTATTACCGTTGTGAAGCTTGCGACTTTGA
TGTCCATCCTCTCTGCACACAGATGCCTCAGCACGTGGGCCACATTCTTCACCCCGCTCA
CGTTTTAGAGCTGAGCCAAGGCGGAACGGGCAGCACGTGCATGGTTTGTGAAGAAGATAT
CTTATCTTGGCGGTACAAGTGCGGTCCATGCATGTTAGATGTTCACGTGGAGTGCGTTAC
AAATTTGACTGCAGAAGAAGTGGTAAGATTGCTCACTTCTGATGACAACTGCGAAGGGGA
AAATAATTCGTCTCATACAAATAAAGGTCCAAGTAAAAGGAAA*TATTTAAAAAGTTGTT
GCACTTAACGGCTCATGCTGTCTCC*ATATCGTCACTAATA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3GI03JQ 742 0 0
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GCGATTACGATCTTCATGAGTACTGTGCCACGGGTCCCCCTACTCTCCTTAGTTTTTTAC
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AAGAACAAGTCGAGGGATTTTATTACCGTTGTGAAGCTTGCGACTTTGATGTCCATCCTC
TCTGCACACAGATGCCTCAGCACGTGGGCCACATTCTTCACCCCGCTCACGTTTTAGAGC
TGAGCCAAGGCGGAACGGGCAGCACGTGCATGGTTTGTGAAGAAGATATCTTATCTTGGC
GGTACAAGTGCGGTCCATGCATGTTAGATGTTCACGTGGAGTGCGTTACAAATTTGACTG
CAGAAGAAGTGGTAAGATTGCTCACTTCTGATGACAACTGCGAAGGGGAAAATAATTCGT
CTCATACAAATAAAGGTCCAAGTAAAAGGAAAATATTTAAAAAGTTGTTGCACTTAACGG
CTCATGCTGTCTCCCATATCGTCACTAATATGTAGGCTGAACTCAGGGGCCTTTGCGTTT
CGTTTGAAATGGCACGTCTCTAAGTACGTTGCCATTATATATGTTTGATTTCTCCATTGT
CCATGTTTGCTTGCTTTAGTTTCGTTGTAAGAAATGAACCTACAAATTGTTACGAGGTGA
GCAGAAAACTCTAATCGAACCG

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL8587Contig1 930 2 4 U
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ATACGGGGCGGATCCGACCCGCTTCCCAGGACTAGTTAAGATAAATGTGGGGTAAGTTAA
CCGATAATGTGCATGTTATTGATTTCAATTTTGGTTTAAGTTGTGTGATAATGAAATTAC
GTAAAGGACATTAATGAAAACAACAAAGAAAACGTTTTCCCCAGCTAACCTTATCTCCAA
ACAACAGTAAACTTTTTTTGTAAGTCTGCTATCCTTGTGTCCAAACAGTATCAAAAGGTG
CTTCAGTTTTTAATAATATAGATCATTATGTTGGTATCAAAGAAATAGATGAACATTTTA
TCTACCCTCACAATTTGTAAAATCTATATACTATAAAAAAAGTGAAACCTAATTTATAAG
CCACCTCAGAATAAATATTCAACCAATCATGTGTAACCAAACCATTTCAAACAACTGCAG
CCCAAATAATCTCTTACGCATCCTAGAACTCTATATATAAAAGTTAAAACATGATGAATG
TAACTGTATGTAAATGGTACAGAGTGCAGTGTATATAGGCATCAAAGCAAAACCAACATG
GATCAATCAAATCATCATATCTCTATTCTTTCTTCACTTCTTAACTGAAATTCTTCTTCT
GCGTCCCAAAAATTGGTTGTAACGGGCAGAGAGCTTCGGATGACAAAAGCAACGAGCATG
CCCGAGAAGATGCTATGTATAAGTTATAAAGGGGAAGGAAGGAGGAGCAATGTGTTTTTA
CTCTGACCGTTCCCTGCTCCGACCATTCTTGTTGTACATCGGAAGAAGCCAACTAGACCC
GTGTTTCCTCTTTCCATAACGCCGCCAATATAACACACACAATGCAATTATACAGACTAT
AGGAATCGCCCATCTATTCCCCCCCCCCCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B213TF U 1
AF RR3B213JQ C 109
BS 1 823 RR3B213TF
BS 824 824 RR3B213JQ
BS 825 833 RR3B213TF
BS 834 930 RR3B213JQ

RD RR3B213TF 833 0 0
GGGTCAAGCGGGTAAAATTTTAAACTGTAAAATTGTCTTCAACCCGCAGCGGGGCGGGTC
ATACGGGGCGGATCCGACCCGCTTCCCAGGACTAGTTAAGATAAATGTGGGGTAAGTTAA
CCGATAATGTGCATGTTATTGATTTCAATTTTGGTTTAAGTTGTGTGATAATGAAATTAC
GTAAAGGACATTAATGAAAACAACAAAGAAAACGTTTTCCCCAGCTAACCTTATCTCCAA
ACAACAGTAAACTTTTTTTGTAAGTCTGCTATCCTTGTGTCCAAACAGTATCAAAAGGTG
CTTCAGTTTTTAATAATATAGATCATTATGTTGGTATCAAAGAAATAGATGAACATTTTA
TCTACCCTCACAATTTGTAAAATCTATATACTATAAAAAAAGTGAAACCTAATTTATAAG
CCACCTCAGAATAAATATTCAACCAATCATGTGTAACCAAACCATTTCAAACAACTGCAG
CCCAAATAATCTCTTACGCATCCTAGAACTCTATATATAAAAGTTAAAACATGATGAATG
TAACTGTATGTAAATGGTACAGAGTGCAGTGTATATAGGCATCAAAGCAAAACCAACATG
GATCAATCAAATCATCATATCTCTATTCTTTCTTCACTTCTTAACTGAAATTCTTCTTCT
GCGTCCCAAAAATTGGTTGTAACGGGCAGAGAGCTTCGGATGACAAAAGCAACGAGCATG
CCCGAGAAGATGCTATGTATAAGTTATAAAGGGGAAGGAAGGAGGAGCAATGTGTTTTTA
CTCTGACCGTTCCCTGCTCCGACCATTCTTGTTGTACATCGGA*GAAGCCAAC

QA 1 833 1 833
DS 

RD RR3B213JQ 822 0 0
GGGGTAAGTTAACCGATAATGTGCATGTTATTGATTTCAATTTTGGTTTAAGTTGTGTGA
TAATGAAATTACGTAAAGGACATTAATGAAAACAACAAAGAAAACGTTTTCCCCAGCTAA
CCTTATCTCCAAACAACAGTAAACTTTTTTTGTAAGTCTGCTATCCTTGTGTCCAAACAG
TATCAAAAGGTGCTTCAGTTTTTAATAATATAGATCATTATGTTGGTATCAAAGAAATAG
ATGAACATTTTATCTACCCTCACAATTTGTAAAATCTATATACTATAAAAAAAGTGAAAC
CTAATTTATAAGCCACCTCAGAATAAATATTCAACCAATCATGTGTAACCAAACCATTTC
AAACAACTGCAGCCCAAATAATTTCTTACGCATCCTAGAACTCTATATATAAAAGTTAAA
ACATGATGAATGTAACTGTATGTAAATGGTACAGAGTGCAGTGTATATAGGCATCAAAGC
AAAACCAACATGGATCAATCAAATCATCATATCTCTATTCTTTCTTCACTTCTTAACTGA
AATTCTTCTTCTGCGTCCCAAAAATTGGTTGTAACGGGCAGAGAGCTTCGGATGACAAAA
GCAACGAGCATGCCCGAGAAGATGCTATGTATAAGTTATAA*GGGGAAGGAAGGAGGAGC
AATGTGTTTTTACTCTGACCGTTCCCTGCTCCGACCATTCTTGTTGTACATCGGAAGAAG
CCAACTAGACCCGTGTTTCCTCTTTCCATAACGCCGCCAATATAACACACACAATGCAAT
TATACAGACTATAGGAATCGCCCATCTATTCCCCCCCCCCCC

QA 1 822 1 822
DS 



AS 1 2

CO CL8588Contig1 792 2 8 U
CCTAGTTTTCCATTACCGCCGTTTCTCACTAAGAAGACGTAGCTATGGTGCACGTTTGCT
ACTACCGCAACTATGGGAAAACCTTCAAGGGCCCGCGACGTCCTTTCGAGAAGGAGCGTC
TCGACTCGGAGCTGAAGCTCGTCGGCGAGTACGGTCTCCGCAACAAGCGTGAGCTCTGGA
GAGTCCAGTACTCGCTGAGCCGGATCCGTAACGCCGCCAGAGATCTCCTGACCCTCGACG
AGAAGAACCCCAAGAGGATCTTTGAAGGCGAGGCGCTTCTGAGGAAGATGAACCGCTACG
GTCTTCTCGACGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCGCTGACCGTGGAGAACT
TTCTCGAGCGTCGTCTTCAGACCATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCGATCCATC
ACTCCCGTGTCCTTATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGAAAGCAATTGGTGAACATTC
CATCATTCATGGTGAGACTTGACTCGCAGAAACACATCGACTTTGCTCTAACCAGTCCCT
TCGGTGGTGGCCGTCCAGGAAGAGTGAAGAGAAGGAATGAGAATTCTGCCTCCAAGAAAG
CCTCAGGTGGCGATGCTGACGGTGATGATGAAGAGTAAATCTTTCTCTCACCGGCTTTAG
CTATGCGGTTTTAGCTATTTTGTACTTCGTTTGTTGAGGATTGTCTAATGCCTTCTTTTT
ATTTTTCTTAAAGAGTTTGTGAACCTTTTGCTTATTTACTACATTTGCCTAAATCCAAAC
TTTTTTCGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H928TF U 1
AF RR3H928JQ C 144
BS 1 574 RR3H928TF
BS 575 575 RR3H928JQ
BS 576 667 RR3H928TF
BS 668 668 RR3H928JQ
BS 669 701 RR3H928TF
BS 702 702 RR3H928JQ
BS 703 718 RR3H928TF
BS 719 792 RR3H928JQ

RD RR3H928TF 718 0 0
CCTAGTTTTCCATTACCGCCGTTTCTCACTAAGAAGACGTAGCTATGGTGCACGTTTGCT
ACTACCGCAACTATGGGAAAACCTTCAAGGGCCCGCGACGTCCTTTCGAGAAGGAGCGTC
TCGACTCGGAGCTGAAGCTCGTCGGCGAGTACGGTCTCCGCAACAAGCGTGAGCTCTGGA
GAGTCCAGTACTCGCTGAGCCGGATCCGTAACGCCGCCAGAGATCTCCTGACCCTCGACG
AGAAGAACCCCAAGAGGATCTTTGAAGGCGAGGCGCTTCTGAGGAAGATGAACCGCTACG
GTCTTCTCGACGAGAGCCAGAACAAGCTCGATTACGTCTTGGCGCTGACCGTGGAGAACT
TTCTCGAGCGTCGTCTTCAGACCATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCGATCCATC
ACTCCCGTGTCCTTATCAGGCAGAGGCATATCAGGGTTGGAAAGCAATTGGTGAACATTC
CATCATTCATGGTGAGACTTGACTCGCAGAAACACATCGACTTTGCTCTAACCAGTCCCT
TCGGTGGTGGCCGTCCAGGAAGAGTGAAGAGAAG*AATGAGAATTCTGCCTCCAAGAAAG
CCTCAGGTGGCGATGCTGACGGTGATGATGAAGAGTAAATCTTTCTCTCACCGGCTTTAG
CTATGCG*TTTTAGCTATTTTGTACTTCGTTTGTTGAGGAT*GTCTAATGCCTTCTTT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3H928JQ 649 0 0
GGCGAGTACGGTCTCCGCAACAAGCGTGAGCTCTGGAGAGTCCAGTACTCGCTGAGCCGG
ATCCGTAACGCCGCCAGAGATCTCCTGACCCTCGACGAGAAGAACCCCAAGAGGATCTTT
GAAGGCGAGGCGCTTCTGAGGAAGATGAACCGCTACGGTCTTCTCGACGAGAGCCAGAAC
AAGCTCGATTACGTCTTGGCGCTGACCGTGGAGAACTTTCTCGAGCGTCGTCTTCAGACC
ATTGTGTTCAAGTCTGGTATGGCTAAGTCGATCCATCACTCCCGTGTCCTTATCAGGCAG
AGGCATATCAGGGTTGGAAAGCAATTGGTGAACATTCCATCATTCATGGTGAGACTTGAC
TCGCAGAAACACATCGACTTTGCTCTAACCAGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCAGGAAGA
GTGAAGAGAAGGAATGAGAATTCTGCCTCCAAGAAAGCCTCAGGTGGCGATGCTGACGGT
GATGATGAAGAGTAAATCTTTCTCTCACCGGCTTTAGCTATGCGGTTTTAGCTATTTTGT
ACTTCGTTTGTTGAGGATTGTCTAATGCCTTCTTTTTATTTTTCTTAAAGAGTTTGTGAA
CCTTTTGCTTATTTACTACATTTGCCTAAATCCAAACTTTTTTCGGCCC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL8589Contig1 1050 2 4 U
GGACTTTCGCTCGTTTTCTCCGTCGCCGGCGAATCCCGACTTCAATCGCCGCTGTCCCGC
AATCGCTAAACTTTTCGAAACTGTAGCGTTCGAGGATGATGAATCAAATGCAAAGGATCC
TCGCTGCTCGTCGGTTATCTCCCTCAATCATACCTCCGTCGTGCTTTCTTCACCGGCGGT
GGTTCTCGACTTCGGAAACTGATGCTTCGTCTAGGCATCAAAAGATCGAAGCTTCGGAAG
ACAGAGCTTCATACAAAAGCCGAGTCACACCGTCGACAACCTGCTCTTCTCTCAACGAAC
AGGAACTTGCGAAATTCTCTGCCATTGCTGATACCTGGTGGCATTCTGAAGGGCCGTTTA
AGCCTTTGCATCTGATGAATCCAACTCGTTTGGCTTTCATCCGCTCCACCTTATGCAGGC
ATTTCAGTAAGGATCCGAGTTCCGCTAGGCCTTTTGAAGGACTGAGACTTATTGATGTTG
GTTGTGGCGGTGGACTTCTTTCCGAGCCTCTAGCACGGATGGGAGCAACTGTCACGGGAA
TTGATGCTGTTGATAAGAATGTCAAGATTGCTCGTCTTCACGCTGATATGGACCCAATGA
CTTCAAAAATTGAATACCAATGTACTACAGCAGAAAAGCTAGTGGATGAGGGGAGGACGT
TTGATGCTGTTCTTGCCTTAGAGGTCATCGAGCATGTAGCCAACCCTGCAGAGTTCTGCA
AGTCCTTGTCAGCATTGACCATCCCCAAGGGAGCCACGATACTTTCCACAATTAACCGCT
CTATGGGAGCATATGCATCAGCCATCGTTGCAGCAGAGTACATTTTACAATGGCTTCCTA
AAGGCACACAGGAGTGGTCAAGTTTTTTAACTCCTGAAGAACTTACTATGATACTAAAAC
GCGCTTCAGTGGATGTGAAGGAGATGGCTGGATTTGTGTACAACCCTATAACAGGAAGAT
GGTTACTGTCAGATGACACAAGTGCGAACTTCATTGCTTATGGAACGAGAAAGAATGATA
TTGGAGACGTTTAATAGATTTGTTTCTGCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D937TF U 1
AF RR3D937JQ C 603
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CTTCAAAAATTGAATACCAATGTACTACAGCAGAAAAGCTAGTGGATGAGGGGAGGACGT
TTGATGCTGTTCTTGCCTTAGAG*TCATCGAGCAT

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3D937JQ 448 0 0
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GATGCTGTTCTTGCCTTAGAGGTCATCGAGCATGTAGCCAACCCTGCAGAGTTCTGCAAG
TCCTTGTCAGCATTGACCATCCCCAAGGGAGCCACGATACTTTCCACAATTAACCGCTCT
ATGGGAGCATATGCATCAGCCATCGTTGCAGCAGAGTACATTTTACAATGGCTTCCTAAA
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GGAGACGTTTAATAGATTTGTTTCTGCA

QA 1 448 1 448
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATTGCACTTCACTCC


BQ
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AF RR3AN37JQ C 1
AF RR3AN37TF U 1
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TCGCCGGAAAGGGCTTGTGCGGCGTTATGTGGTTTTGGATTCTGTACAGGGCAAAGCAAG
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ATTGCACTTCACTCC

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DS 

RD RR3AN37TF 495 0 0
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ATTGCACTTCACTCC

QA 1 495 1 495
DS 



AS 1 2

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GTTAGGAAATTACAATAAATATACTCGATTGTGGTGTATATTTTAAGAGAATGAAGTGAT
ATCATTGAGATTACCATATAAAGATGATTGTTTTCAAGTTGTATTATTGAGTCATTCGAA
TAAAGCAATTAAGACTCAGACT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F023JQ C 1
AF RR3F023TF U 1
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TCAACAAAATACCTGATTATATGCGGATGTTTCAGATAATGTTCTCTTGATGTATATCGT
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QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3F023TF 562 0 0
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CGGCTATCACCGCTGGGGCTGCATTAGCTCTCTTGGTACTCGCCGGTATAACCCTTGGCG
GCTCAGCCGTGGGATTAGCCATAACCACGCCGCTTTTGTCCTTTTCAGCCCGATTATCGT
GCCAGTAACTATAGCCACCGCTTTGCTAGCTACGGGTTTCACGGCCTCCGGCTCGATCGG
TGCCATGGCTGTCACCATCTTCATGTGGCTCTTCAAGAAAAAAATGATAAGTAGGTCTTT
CGTACTTTAGAGGAACTTCATGATACTTTTAAATAAAACCAAAGTTTAACCATCGTCTCT
TCAACAAAATACCTGATTATATGCGGATGTTTCAGATAATGTTCTCTTGATGTATATCGT
GTTAGGAAATTACAATAAATATACTCGATTGTGGTGTATATTTTAAGAGAATGAAGTGAT
ATCATTGAGATTACCATATAAAGATGATTGTTTTCAAGTTGTATTATTGAGTCATTCGAA
TAAAGCAATTAAGACTCAGACT

QA 1 562 1 562
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8594Contig1 731 2 3 U
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AACAATAACCCCACAAAGACAATGAAGAAAACAAAACAAAGTGTTTAAAATAACATGTAA
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CGTTCATCGAAGAAGCCCTCTCTGGCAAACTCCCCACTCTGTTCCACACGTTACACCTCT
TGTCGTACTTCCTCACCTCTTGCTGCGCGTAGTTCGCAGCATATAGCTCGTCCTTGACAA
CAGCTAGAAGCGGTGGTGCACCTGACACCGCCGCTGCACCTCCTCCACCGTTGCTTCCCG
GTAACATGTTGGGTATCAACGTCCATGTCCTCTTCTTCAGATCATAGACCTCACCACACA
TAAGCATGTTAGAGTTCCCTTCTCCTATACCTCCAAGAACATAAAAGTTCCCATCCATGA
ACACGCTTGAACACATCTTCCTCGCCTTGTTCATGCTTGGAATCACGGTCCATTCCCCGG
TCTCCGAGTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E712JQ U 8
AF RR3HB71JQ U 1
BS 1 352 RR3HB71JQ
BS 353 353 RR3E712JQ
BS 354 731 RR3HB71JQ

RD RR3E712JQ 568 0 0
AAATTATCTTCAAATTTTATTGAAACTTGTTCAGTTCAAGATTATGTCTCAACAACAATA
ACCCCACAAAGACAATGAAGAAAACAAAACAAAGTGTTTAAAATAACATGTAAGAACCCT
AAATAAAGAAGTCAACAACTTTTGAAATGGGCTCTCAAGTTTTCATCAACATCCCATAAC
CGCACAATTATACACAAAGCTTTCTGATCGCTTTGAAGCAAGAACTCTCCAATGCAGCGC
CTCACCTTCCCTTGGGACACAAGCATTGATCTCTATGAACCCTCCACCAAGTGCCCTAGG
CCCTCCAACCACCACTAACTGATCCCCACAAGCCCTAAACGCCATGCCCCAACCGTTCAT
CGAAGAAGCCCTCTCTGGCAAACTCCCCACTCTGTTCCACACGTTACACCTCTTGTCGTA
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AAGCGGTGGTGCACCTGACACCGCCGCTGCACCTCCTCCACCGTTGCTTCCCGGTAACAT
GTTGGGTATCAACGTCCATGTCCTC
CTC

QA 1 565 1 565
DS 

RD RR3HB71JQ 731 0 0
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AACAATAACCCCACAAAGACAATGAAGAAAACAAAACAAAGTGTTTAAAATAACATGTAA
GAACCCTAAATAAAGAAGTCAACAACTTTTGAAATGGGCTCTCAAGTTTTCATCAACATC
CCATAACCGCACAATTATACACAAAGCTTTCTGATCGCTTTGAAGCAAGAACTCTCCAAT
GCAGCGCCTCACCTTCCCTTGGGACACAAGCATTGATCTCTATGAACCCTCCACCAAGTG
CCCTAGGCCCTCCAACCACCACTAACTGATCCCCACAAGCCCTAAACGCCATTCCCCAAC
CGTTCATCGAAGAAGCCCTCTCTGGCAAACTCCCCACTCTGTTCCACACGTTACACCTCT
TGTCGTACTTCCTCACCTCTTGCTGCGCGTAGTTCGCAGCATATAGCTCGTCCTTGACAA
CAGCTAGAAGCGGTGGTGCACCTGACACCGCCGCTGCACCTCCTCCACCGTTGCTTCCCG
GTAACATGTTGGGTATCAACGTCCATGTCCTCTTCTTCAGATCATAGACCTCACCACACA
TAAGCATGTTAGAGTTCCCTTCTCCTATACCTCCAAGAACATAAAAGTTCCCATCCATGA
ACACGCTTGAACACATCTTCCTCGCCTTGTTCATGCTTGGAATCACGGTCCATTCCCCGG
TCTCCGAGTTA

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

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CTGCTTACGGCTGTCTCTCAGTCTACTCCTGTGACGGAGGCTTTTAATCTAGCTGATGAT
ATACTTCGTCAGGGTGTTCGTGGCATATCTGATATCATTACGATTCCTGGTTTGGTGAAT
GTGGATTTTGCTGATGTGAGAGCTATAATGGCGAATGCAGGTTCTTCTTTGATGGGAATA
GGAACTGCAACAGGAAAGAGCAGAGCGAGAGATGCAGCGCTGAACGCAATACAGTCACCT
TTGCTAGATATTGGCATTGAGAGAGCCACTGGGATCGTTTGGAACATCACTGGTGGAACC
GACTTGACATTATTCGAGGTAAATGCTGCAGCGGAAGTTATATATGATCTTGTTGATCCA
ACTGCCAATCTTATATTCGGAGCTGTTGTGGATCCATCTCTCACCGGTCAAGTGAGCATA
ACACTCATAGCAACGGGTTTCAAACGACAAGAAGAAGGAGAAGGAAGGGCGGCTCAGACG
GCACAAGCAGATACCGCTTCGGTTGGAGCTACTACGAGAAGACCTTCTTCCTCTTTCAGA
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AGAGTCTGATAAGTCTTGAGATATGATCACTATCCTGCACACGCTGCAGAGCGACGTTGT
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TTATGCCTTA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G744TF U 1
AF RR3DH94JQ C 200
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RD RR3G744TF 680 0 0
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ATACTTCGTCAGGGTGTTCGTGGCATATCTGATATCATTACGATTCCTGGTTTGGTGAAT
GTGGATTTTGCTGATGTGAGAGCTATAATGGCGAATGCAGGTTCTTCTTTGATGGGAATA
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TTGCTAGATATTGGCATTGAGAGAGCCACTGGGATCGTTTGGAACATCACTGGTGGAACC
GACTTGACATTATTCGAGGTGAATGCTGCAGCGGAAGTTATATATGATCTTGTTGATCCA
ACTGCCAATCTTATATTCGGAGCTGTTGTGGATCCATCTCTCACCGGTCAAGTGAGCATA
ACACTCATAGCAACGGGTTTCAAACGACAAGAAGAAG*AGAAGGAAGGGCGGCTCAGACG
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GAAG*AGGTTCGGTGGAGAT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3DH94JQ 651 0 0
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GAGCTATAATGGCGAATGCAGGTTCTTCTTTGATGGGAATAGGAACTGCAACAGGAAAGA
GCAGAGCGAGAGATGCAGCGCTGAACGCAATACAGTCACCTTTGCTAGATATTGGCATTG
AGAGAGCCACTGGGATCGTTTGGAACATCACTGGTGGAACCGACTTGACATTATTCGAGG
TAAATGCTGCAGCGGAAGTTATATATGATCTTGTTGATCCAACTGCCAATTTTATATTCG
GAGCTGTTGTGGATCCATCTCTCACCGGTCAAGTGAGCATAACACTCATAGCAACGGGTT
TCAAACGACAAGAAGAAGGAGAAGGAAGGGCGGCTCAGACGGCACAAGCAGATACCGCTT
CGGTTGGAGCTACTACGAGAAGACCTTCTTCCTCTTTCAGAGAAGGAGGTTCGGTGGAGA
TTCCAGAGTTCTTGAAGAAGAAAGGTAGCTCTCGCTATCCTAGAGTCTGATAAGTCTTGA
GATATGATCACTATCCTGCACACGCTGCAGAGCGACGTTGTCTCTTTGGGGGATACAGCA
AGATGTTTTGATGTATGATCAAGAATTGTGTGGGGGTGTGTTTATGCCTTA

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL8596Contig1 822 2 2 U
TCATTTCTTAACTTCGACAACAACGATGATCGTCATGAGAGTTTTCCTCCTCCAACCATA
AGTTTGCGGTGGTGTTAGCGGTGGCTTTCTCTTTTTTTGGAAGGAAACAACATGAGCTAC
GGCTTTCACAAACTGGAATCAACAGCATATCGATATTATTTGGTCTTAGACACATCGAAG
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ACCACTGGTTCTAGACATAAGTCTGTCTCGCCTAAACCCACTGGAAATAAACGTTCTTAT
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AAGCCTAAGCCAACAACTTCACCTAAAGATCCACAAAGCCTAGCAGCCAAGAATCGACGA
GAAAGAATAAGTGAACGTCTCAAGATATTGCAAGAACTTGTTCCCAATGGCACCAAGGTT
GATTTGGTAACGATGTTAGAGAAGGCCATTAGTTATGTAAAGTTTCTTCAAGTGCAAGTT
AAGGTACTTGCGGCCGATGAGTTTTGGCCGGCACAAGGTGGGAAAGCTCCGGATATTTCT
CAAGTTAAAGACGCCATTGATGCCATCCTCTCTTCATCACAACGAGACAGGAATTCGGAC
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CGTTGTAGTAATATCGGGAAGAACAATGATTCTCTCGATAACTTCCACATAAATTTTAAA
ATTCGATCCGAAGATTAAATAACGTTAAAATCGAGAAGTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BJ21TF U 1
AF RR3BJ21JQ C 10
BS 1 319 RR3BJ21TF
BS 320 822 RR3BJ21JQ

RD RR3BJ21TF 319 0 0
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AGTTTGCGGTGGTGTTAGCGGTGGCTTTCTCTTTTTTTGGAAGGAAACAACATGAGCTAC
GGCTTTCACAAACTGGAATCAACAGCATATCGATATTATTTGGTCTTAGACACATCGAAG
AAACTCCGGGGACTAACCAAGTTCATAAAGACTGGGTTATACTCTGATTCAACTGTTGTA
ACCACTGGTTCTAGACATAAGTCTGTCTCGCCTAAACCCACTGGAAATAAACGTTCTTAT
ACGGGAGAGAGCAGTCAAC

QA 1 319 1 319
DS 

RD RR3BJ21JQ 813 0 0
AACTTCGACAACAACGATGATCGTCATGAGAGTTTTCCTCCTCCAACCATAAGTT*GCGG
TGGTGTTAGCGGTGGCTT*CTCTTTTTT*GGAAGGAAACAACATGAGCTACGGCTT*CAC
AAACTGGAATCAACAGCATATCGATATTATT*GGTCTTAGACACATCGAAGAAACTCCGG
GGACTAACCAAGTTCATAAAGACTGG*TTATACTCTGATTCAACTGTTGTAACCACTGGT
TCTAGACATAAGTCTGTCTCGCCTAAACCCACTGGAAATAAACGTTCTTATACGGGAGAG
AGCAGTCAACCACCCTCAAAGAAACCAAGTAGCGGCGCAAAAGGAAAAGCTAAGCCTAAG
CCAACAACTTCACCTAAAGATCCACAAAGCCTAGCAGCCAAGAATCGACGAGAAAGAATA
AGTGAACGTCTCAAGATATTGCAAGAACTTGTTCCCAATGGCACCAAGGTTGATTTGGTA
ACGATGTTAGAGAAGGCCATTAGTTATGTAAAGTTTCTTCAAGTGCAAGTTAAGGTACTT
GCGGCCGATGAGTTTTGGCCGGCACAAGGTGGGAAAGCTCCGGATATTTCTCAAGTTAAA
GACGCCATTGATGCCATCCTCTCTTCATCACAACGAGACAGGAATTCGGACCCAGTCACC
AATTGATGAAGAGTTTAAATGTAATTTAATTAATTACTCAACAGTAATTAACGTTGTAGT
AATATCGGGAAGAACAATGATTCTCTCGATAACTTCCACATAAATTTTAAAATTCGATCC
GAAGATTAAATAACGTTAAAATCGAGAAGTTCT

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL8597Contig1 1207 2 2 U
GATTGCGGAAATCACTCCAAAACATGTTCGTGGTGCATTTACTTCTTCGAACCAGCTTTT
TCAAAGCTGTGGACTACCCTTTATTTATTTCTTTGGGACTGTTATTAATTGGCGGGTCCT
GGCTATTATAGGTGCTCTCCCATTATTCATTCAAGTGATCGGTATATACTTTATACCGGA
ATCACCAAGATGGCTGGCTAAAGTCGGCTCAGGTAAAGAAGTATAACACTCTCTGCATCA
GCTTAGAGGGAGAGACGCTGATGTTTCGGCTGAATCAGCTGAAATTCAAGTTATGACTAA
AAGGATTGAAGAAGATTCAAAGTCGATTTTCTATGACATGTTTCAGAAGAAGTATAGAAG
AACTCTTGTGATTGGAATTGGTTTAATGTTGATACAACAATTATCTGGAGCTTCTGGAGT
CACGTATTATTCAAATACTATATTTAGAAAAGCCGGCTTTTCAGAGACAATTGGGTCCAT
GATATTTGGTGTGTTCGTGATCCCGAAAGCCTCGCTGGCTGTAATTTTTGTGGATAAATG
GGTAAGACGACCACTCCTATTGGTTTCTGCTGCTGGAGTTTCCATTGCGTCCTTGCTTAT
TGGGGTCTGCTTCACGTTACAGGAAATGAATATTATTCCTGAACTGACTGGTGTGTTCAT
CTTCATATTCATTCTGGCCTACTTTGGATGTTTTGCCATCGGTGTAGGAGGACTGCCCTG
GGTCATTATGTCCGAGATTTTTCCAATCAATATTAAAGTTTCAGCTGGGACAGTAGTAGC
ATTAACCTCATGGACCAGTGGGTGGTTCGTGAGTTACGCTTTCAACTTTATGTTTGAATG
GAGCGCACAAGGAACATTTTACATATTTGGGGTTGTCGGAGGGGCATCATTGGTTTTTAT
TTGGTTTCTCGTCCCGGAAACCAAAGGACAGTCACTGGAAGAATTACAAGCTTCGCTTAC
GGGGACAACTTAAACACATATTTATGTCGTAATTGCTATTAAATTTGTTTTTAGCAACCT
TATAGCGATCCAAGTGGCTTTATACAAAATATTTTGCTTGTACTTATTACAAGCATAATG
CTTGATAGTATACCCTCTTCTTCTAAAAAGGGTACAACTTGTATTGTTAATTACAAAGTT
CATTTTTGTGAAAGGGTTTGTAATAACAAATTTAATCCTCATGATGAAGTATTTTATTTG
CCGTACG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D354TF U 1
AF RR3D354JQ C 417
BS 1 705 RR3D354TF
BS 706 1207 RR3D354JQ

RD RR3D354TF 705 0 0
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TCAAAGCTGTGGACTACCCTTTATTTATTTCTTTGGGACTGTTATTAATTGGCGGGTCCT
GGCTATTATAGGTGCTCTCCCATTATTCATTCAAGTGATCGGTATATACTTTATACCGGA
ATCACCAAGATGGCTGGCTAAAGTCGGCTCAGGTAAAGAAGTATAACACTCTCTGCATCA
GCTTAGAGGGAGAGACGCTGATGTTTCGGCTGAATCAGCTGAAATTCAAGTTATGACTAA
AAGGATTGAAGAAGATTCAAAGTCGATTTTCTATGACATGTTTCAGAAGAAGTATAGAAG
AACTCTTGTGATTGGAATTGGTTTAATGTTGATACAACAATTATCTGGAGCTTCTGGAGT
CACGTATTATTCAAATACTATATTTAGAAAAGCCGGCTTTTCAGAGACAATTGGGTCCAT
GATATTTGGTGTGTTCGTGATCCCGAAAGCCTCGCTGGCTGTAATTTTTGTGGATAAATG
GGTAAGACGACCACTCCTATTGGTTTCTGCTGCTGGAGTTTCCATTGCGTCCTTGCTTAT
TGGGGTCTGCTTCACGTTACAGGAAATGAATATTATTCCTGAACTGACTGGTGTGTTCAT
CTTCATATTCATTCTGGCCTACTTTGGATGTTTTGCCATCGGTGT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3D354JQ 791 0 0
GAGTCACGTATTATTCAAATACTATATTTAGAAAAGCCGGCTTTTCAGAGACAATTGGGT
CCATGATATTTGGTGTGTTCGTGATCCCGAAAGCCTCGCTGGCTGTAATTTTTGTGGATA
AATGGGTAAGACGACCACTCCTATTGGTTTCTGCTGCTGGAGTTTCCATTGCGTCCTTGC
TTATTGGGGTCTGCTTCACGTTACAGGAAATGAATATTATTCCTGAACTGACTGGTGTGT
TCATCTTCATATTCATTCTGGCCTACTTTGGATGTTTTGCCATCGGTGTAGGAGGACTGC
CCTGGGTCATTATGTCCGAGATTTTTCCAATCAATATTAAAGTTTCAGCTGGGACAGTAG
TAGCATTAACCTCATGGACCAGTGGGTGGTTCGTGAGTTACGCTTTCAACTTTATGTTTG
AATGGAGCGCACAAGGAACATTTTACATATTTGGGGTTGTCGGAGGGGCATCATTGGTTT
TTATTTGGTTTCTCGTCCCGGAAACCAAAGGACAGTCACTGGAAGAATTACAAGCTTCGC
TTACGGGGACAACTTAAACACATATTTATGTCGTAATTGCTATTAAATTTGTTTTTAGCA
ACCTTATAGCGATCCAAGTGGCTTTATACAAAATATTTTGCTTGTACTTATTACAAGCAT
AATGCTTGATAGTATACCCTCTTCTTCTAAAAAGGGTACAACTTGTATTGTTAATTACAA
AGTTCATTTTTGTGAAAGGGTTTGTAATAACAAATTTAATCCTCATGATGAAGTATTTTA
TTTGCCGTACG

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL8598Contig1 350 2 1 U
GCTGGTTCAGTTGGCTTACTTTGGAGAGAGTGGAGTTCAGATTCCGGCATTATAGCTCCT
ATGTTACATAGCACTTAGTGTACCGGACAGTGAGCAGCTGGCAAAGGACGAGGTTCTGGC
AGTGTTGGAGTGGGCTTCAAAACAGTCTTGTGTGACACAGCTGGAGAGCTTAGAAGCCCT
GTTGCAGGAGGCTAAGGGGAGACTGGACCTGTACCAGTCAAAAGGATCAAGGGGTTTCAA
TTTCAATTGATTCATTTTGTTTCTATTTTGGATGGATTTGTATTATTATTCTCTGCTTGT
GTTTCAATTGCACCCAATCGTTACTTTCAATTGTTTCTCTATGCTTGTTT


BQ
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AF RR3FC52JQ C 1
AF RR3FC52TF U 1
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QA 1 350 1 350
DS 

RD RR3FC52TF 350 0 0
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GTTTCAATTGCACCCAATCGTTACTTTCAATTGTTTCTCTATGCTTGTTT

QA 1 350 1 350
DS 



AS 1 2

CO CL8599Contig1 1019 2 2 U
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TTCTGGAGGCTAAGGCCAAGGAAGCTGCTGCGGTGGAGAAGCGCAAGACTGAGAAAGATT
TGGAAGAGGAGAACGGTGGCGCTGGAGTTTACTCTGCTAGTTTGAGGAAGCACTACATCT
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CTGACTTCCTTGATCCGGACATTTTGTTGAGGCTCGAGGAGTTGGAGCGTGAGGAAGAGA
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GGCTCAAGAAGACCGTTGCGCAGAACAGATCAACTGTTCCAAGGAAGTTTGACAAGGACA
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CTGCGGTGGACCGTGCGAGAAGCAAGTCGAGAGGGAGGAAGAGGGACCGTTCAGAAGATG
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GATCTATGTCGATATCGAGGTCACAGTCGAGGCCCCCTCCTCATGAAGTTGTGCCTGGTG
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AGAAGAGAGACAAGAATGCAAGACGTGGTGAAGCTGATAGAGTTATTCCGACTCTGAGGC
CGAAGCATTTGTTCTCAGGGAAGAGGGGTAAAGGAAAGACAGATAGGCGTTGATGAAAC


BQ
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AF RR3A446TF U 1
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QA 1 772 1 772
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QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

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AF RR3GQ82TF U 1
AF RR3GQ82JQ C 313
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BS 704 864 RR3GQ82JQ

RD RR3GQ82TF 703 0 0
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GTGAGAAATACATCTCAGGCACTTTAATCTCCCTCTCGCAGTCTATATCATCCCCCGTTT
TGTTACTAGATTCGCCGTCCTTCTTGTAGAAATATGTCTGTAGACTTTCGTTGAATGTTA
TTCAGTTTAGTTTCGATGATCTCTCTATTAGGAGCTTGAGATTATTCTTCACTTCATTGA
TCATATGTTCCTCTTTAAAAAGAATGATGTTATGTTGCTCATGAGACATTGTTTCTGAAT
TGATCAGATCGATTTTTAAAGCTAAGAATCATGCAAAACGAAGAGGGTGTTGTCACTGAG
CTTTACATTCCCAGGAAATGGTATATCGACTTTGTTATTATTCTTTATTGACCGTTACGA
TTTAAAATTTAGCTGATTCTTTGGTTGTGAATATGCAGCTCGGCCACAAACAGATTGATC
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TACACTGGCCAATTCACCACACTTGCTCTCTGCGGCTTTGTCCGTGCTCAGGTCTGTCAT
AATCTCTTCTTCTTTTTAATTTTTGTCATTATATCAATTATTACATAATTGCTTGTAGGA
AAGTGTATGATTATTGTGTTTGTATAATTGCAGGGAGACGCAG

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DS 

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CTGATTCTTTGGTTGTGAATATGCAGCTCGGCCACAAACAGATTGATCACTTCAAAGGAT
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TTCACCACACTTGCTCTCTGCGGCTTTGTCCGTGCTCAGGTCTGTCATAATCTCTTCTTC
TTTTTAATTTTTGTCATTATATCAATTATTACATAATTGCTTGTAGGAAAGTGTATGATT
ATTGTGTTTGTATAATTGCAGGGAGACGCAGACAGTGGCGTGGACAGGCTCTGGCAGAAG
AAGATGGTCGAGACCAAACAACAGTGAAGGGGTCTATGCTTCTGCCTCTTGTTATTTTTG
TTATGTTCAATTTGGATTTTCTCTAGTTGCGAACTCGTGTTTGGCTTTTCTGGTTTATGA
AAGATAATTACT

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 2

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GGTGTTGGGAAGATCAGAATAGTAAGGAGGTCGTTGATGGTGAGCGTCCAAGATTATGAT
GGCCCCTCTGCAAATCCGAAACACAATCCCGGCACTCCTCCAGTTACTACCAGCCCCACC
AGAGGCTGACCTACGTACCCCTTAAGTTAAAACCCACAAGGGAAGAAGAAATTAATCTCT
CAATTTTTACATGTTCAGTTTGTCTGAGATGAAATGAAATGAAATTCTCTGTTTCTACAC
CTTTCTCCAATATGTATATTGATATGAATGTGTCACAATTTCTTCTTAAAAATAAAGTTT
CTTGAAGAGGGTATCATCTGATTTGATGTAACCAAAATTTATTAAATCAAGAGAGTAAAA
AGCTAGT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3ER53TF U 1
AF RR3ER53JQ C 33
BS 1 427 RR3ER53TF

RD RR3ER53TF 427 0 0
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CAATTTTTACATGTTCAGTTTGTCTGAGATGAAATGAAATGAAATTCTCTGTTTCTACAC
CTTTCTCCAATATGTATATTGATATGAATGTGTCACAATTTCTTCTTAAAAATAAAGTTT
CTTGAAGAGGGTATCATCTGATTTGATGTAACCAAAATTTATTAAATCAAGAGAGTAAAA
AGCTAGT

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DS 

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CACTCCTCCAGTTACTACCAGCCCCACCAGAGGCTGACCTACGTACCCCTTAAGTTAAAA
CCCACAAGGGAAGAAGAAATTAATCTCTCAATTTTTACATGTTCAGTTTGTCTGAGATGA
AATGAAATGAAATTCTCTGTTTTTACACCTTTCTCCAATATGTATATTGATATGAATGTG
TCACAATTTCTTCTTAAAAATAAAGTTTCTTGAAGAGGGTATCATCTGATTTGATGTAAC
CAAAATTTATTAAATCAAGAGAGTAAAAAGCTAGT

QA 1 395 1 395
DS 



AS 1 2

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CCTCAGTGGTTTGAGACGTTGAAGAGCTTGTTTGAGTCCACTCCTAGTGCTGCTGTTGGA
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GCATACTTCTCCTTCTCTGGCTTTCTCATGTCCATGAGTGAGAAGAAAGCCAAGAAGATG
TTGAAAGCTGTTCCTTCTGATAGGATCTTATTAGAGACTGATTCACCCGATGCGTTACCA
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AACTCATCACAGGATCTTGAGTCTAATGCTTCCAGTGGTGGTGGCTCCATGAAGTTGCCG
AAGGAAACACTTAATCACCCTGCTAATATTCACGCCGTACTCGAGTATGTAGCAAAGTTG
TTGGACGTGAAGAACGAAGAACTCGCGGAACTAAGCTATGGAAACGCTGTTCGGTTGTTC
TCTTACTCAGGTTCGAAGCTGCTTCTTGAGACAGGTGCTGCTGATGTCTCCCTTCACACT
CAAAACCACTCCACAACACCGTCATGAGTTCTTAAGTCATTGTAGTCATGTTTTTCATTA
CTCTGTTACAAGTCTTTGAAGTTTGAATAGTGTTGTAGACTCACACTTCTCTTCGTATAA
GACCTTTTATAACTATGTGAAAATTGAAATTTGACTTCATGT


BQ
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AF RR3GE81TF U 1
AF RR3GE81JQ C 555
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RD RR3GE81TF 708 0 0
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AAATACCCTTCTGTTGTTCCCTGCTTTGGCATCCATCCATGGTATGTAGCAGAGAGGAGT
CCTCAGTGGTTTGAGACGTTGAAGAGCTTGTTTGAGTCCACTCCTAGTGCTGCTGTTGGA
GAAATTGGTTTGGACAAAGGGTCAAAGGGAAGGGAGATTGATTTCTCAGACCAGGTTGGA
GTGTTTCGTCAACAGCTCGAACTTACAAAGGAATTGAATAAACCTGCGTCGATCCACTGT
GTCCGTGCATTCGGTGATCTACTCGAGATAACAAAATCTGTGGGGCCTTTTCCTGCTGGA
GTCATCCTTCACTCCTACTTGGGCTCTGCTGAGATGGTTCCTGAGTTTGCAAAGCTCGGT
GCATACTTCTCCTTCTCTGGCTTTCTCATGTCCATGAGTGAGAAGAAAGCCAAGAAGATG
TTGAAAGCTGTTCCTTCTGATAGGATCTTATTAGAGACTGATTCACCCGATGCGTTACCA
AAGTCAGAGTCGGG*ACTCTCTACTTTGTAGAAG*AGATCCTTCTCTG

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3GE81JQ 568 0 0
CTCTGGCTTTCTCATGTCCATGAGTGAGAAGAAAGCCAAGAAGATGTTGAAAGCTGTTCC
TTCTGATAGGATCTTATTAGAGACTGATTCACCCGATGCGTTACCAAAGTCAGAGTCGGG
GACTCTCTACTTTGTAGAAGGAGATCCTTCTCTGCCGGAAGAAGGAAACTCATCACAGGA
TCTTGAGTCTAATGCTTCCAGTGGTGGTGGCTCCATGAAGTTGCCGAAGGAAACACTTAA
TCACCCTGCTAATATTCACGCCGTACTCGAGTATGTAGCAAAGTTGTTGGACGTGAAGAA
CGAAGAACTCGCGGAACTAAGCTATGGAAACGCTGTTCGGTTGTTCTCTTACTCAGGTTC
GAAGCTGCTTCTTGAGACAGGTGCTGCTGATGTCTCCCTTCACACTCAAAACCACTCCAC
AACACCGTCATGAGTTCTTAAGTCATTGTAGTCATGTTTTTCATTACTCTGTTACAAGTC
TTTGAAGTTTGAATAGTGTTGTAGACTCACACTTCTCTTCGTATAAGACCTTTTATAACT
ATGTGAAAATTGAAATTTGACTTCATGT

QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

CO CL8603Contig1 1048 2 6 U
ACGGTTTCGTCGAGTTTCACACACGCGCTGCAGCCGAAGAGGTTCTCCAGAGCTTCAGTG
GCTCTATAATGCCCAACTCCGAGCAGCCTTTCCGTCTAAACTGGGCGTCTTTCAGCACCG
GCGAGAAGAGAGCTGTGGAGAACAACGGTCCTGAGCTGTCCATCTTCGTCGGAGACTTGT
CTCCCGGTGACTGACACTCTGTTGCAAGAGTTGTTCGCTGAGAGGTATCCCTCTGTCAAA
AGCGCCAAAGTTGTGATCGATTCGAACACCGGGAGGTCCAAAGGCTACGGTTTCGTTAGG
TTCGGAGATGAGGAGGAGAGGTCGAGGGCTTTGACTGAGATGAATGGAGCTTTGTGTTGC
AACAGGCAGATGCGTGTCGGTGTTGCCACTCCTAAAAGAGCGGTTGCTAATAATCAGCAG
CAACATTCTTCACAAGCTGTGATAGTGGCTGGTGGGCATGGAGCAAATGGTTTCACTGGT
TATGGTTCTCAGTCTGATGGTGACTCAAACAACTCAACAATATTCGTTGGGGGAGTTGGC
CCTGATGTAACTGAAGAAGACCTCAGACAACCATTTACACAATTTGGCGAAGTCGTTTCA
GTGAAGATCCCAGTAGGGAAAGGATGTGGATTTGTCCAACTTTCTAACAGGAAGAGTGCT
GATGATGCCATCCAGAGCTTGAACGGAACAGTCATCGGCAAGAACACTGTCAGGCTCTCT
TGGGGAAGAACTCCGAACAAGCAGTGGAGAGGAGACAATGGAGGATATTCACGAGGACAA
GGGTACAACAATGGAGGCTACGCTAACAACCACCACGACTCCAACAACTATCCCGCCGAG
ACTACTTGAAGAGAATAAGAGACTCAAGAATGATCATGGATCATAGTGGTTTAAGCCTTC
TGTGATTCATAAGACATCAATCAATGCTAAACTTGTAGTCGAAAAAAAGAGAATTTTGTT
AGATTTAATTTGGTTTTGATAGACTGAAACATGTTGGTTACTCTTGTCTTTGTCTGAAGA
CTAACTTAATGGTTATGCTCGTTAGATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BK70TF U 1
AF RR3BK70JQ C 290
BS 1 615 RR3BK70TF
BS 616 616 RR3BK70JQ
BS 617 650 RR3BK70TF
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BS 652 687 RR3BK70TF
BS 688 1048 RR3BK70JQ

RD RR3BK70TF 693 0 0
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GCTCTATAATGCCCAACTCCGAGCAGCCTTTCCGTCTAAACTGGGCGTCTTTCAGCACCG
GCGAGAAGAGAGCTGTGGAGAACAACGGTCCTGAGCTGTCCATCTTCGTCGGAGACTTGT
CTCCCGGTGACTGACACTCTGTTGCAAGAGTTGTTCGCTGAGAGGTATCCCTCTGTCAAA
AGCGCCAAAGTTGTGATCGATTCGAACACCGGGAGGTCCAAAGGCTACGGTTTCGTTAGG
TTCGGAGATGAGGAGGAGAGGTCGAGGGCTTTGACTGAGATGAATGGAGCTTTGTGTTGC
AACAGGCAGATGCGTGTCGGTGTTGCCACTCCTAAAAGAGCGGTTGCTAATAATCAGCAG
CAACATTCTTCACAAGCTGTGATAGTGGCTGGTGGGCATGGAGCAAATGGTTTCACTGGT
TATGGTTCTCAGTCTGATGGTGACTCAAACAACTCAACAATATTCGTTGGGGGAGTTGGC
CCTGATGTAACTGAAGAAGACCTCAGACAACCATTTACACAATTTGGCGAAGTCGTTTCA
GTGAAGATCCCAGTATGGAAAGGATGTGGATTTGTCCAACTTTCTAACAG*AAGAGTGCT
GATGATGCCATCCAGAGCTTGAACGGA
CAGTCA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3BK70JQ 759 0 0
GTTTCGTTAGGTTCGGAGATGAGGAGGAGAGGTCGAGGGCTTTGACTGAGATGAATGGAG
CTTTGTGTTGCAACAGGCAGATGCGTGTCGGTGTTGCCACTCCTAAAAGAGCGGTTGCTA
ATAATCAGCAGCAACATTCTTCACAAGCTGTGATAGTGGCTGGTGGGCATGGAGCAAATG
GTTTCACTGGTTATGGTTCTCAGTCTGATGGTGACTCAAACAACTCAACAATATTCGTTG
GGGGAGTTGGCCCTGATGTAACTGAAGAAGACCTCAGACAACCATTTACACAATTTGGCG
AAGTCGTTTCAGTGAAGATCCCAGTAGGGAAAGGATGTGGATTTGTCCAACTTTCTAACA
GGAAGAGTGCTGATGATGCCATCCAGAGCTTGAACGGAACAGTCATCGGCAAGAACACTG
TCAGGCTCTCTTGGGGAAGAACTCCGAACAAGCAGTGGAGAGGAGACAATGGAGGATATT
CACGAGGACAAGGGTACAACAATGGAGGCTACGCTAACAACCACCACGACTCCAACAACT
ATCCCGCCGAGACTACTTGAAGAGAATAAGAGACTCAAGAATGATCATGGATCATAGTGG
TTTAAGCCTTCTGTGATTCATAAGACATCAATCAATGCTAAACTTGTAGTCGAAAAAAAG
AGAATTTTGTTAGATTTAATTTGGTTTTGATAGACTGAAACATGTTGGTTACTCTTGTCT
TTGTCTGAAGACTAACTTAATGGTTATGCTCGTTAGATC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8605Contig1 551 2 4 U
GATAGACACTGGTCTTGGCTTGGAACGTATAGCTCAGATCCTTCAGAAGGTTCCAAACAA
CTACGAGACGGATTTGATATATCCAATCATAGCAAAGGTTTTGGAGTTGGCGAATATATC
GTATGACTCTGCAGATGAAAAGGCGAAGACGAGTTTAAAAGTGATTGCAGATCACATGAG
AGCAGTTGTGTATCTTATATCAGACGGTGTTGTGCCTTCAAATATTGGTGGAGGTTATGC
AGCTGCTGGATCCGGACACGGTGGTGGTGCTGGTAGCGGAGAAGGCGGTGGTGGCTATTT
ACCGTAAAATTATATCTATGTGGAGCGTAAAGGCCACTGAGTGAAGTGTCATATATAACT
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TATAATAAGGCCTAAAACGGCTATTGTTGAAGTTTTCAATTGTACCAAAGTTGTATGCTG
CTTCGTGTCGTGTGTGTCAAGTTTATATGAACGAAGATGAAAATATCATAACTGTTCCTA
TTTTCATTTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB62TF U 1
AF RR3EB62JQ C 1
BS 1 348 RR3EB62TF
BS 349 349 RR3EB62JQ
BS 350 395 RR3EB62TF
BS 396 551 RR3EB62JQ

RD RR3EB62TF 395 0 0
GATAGACACTGGTCTTGGCTTGGAACGTATAGCTCAGATCCTTCAGAAGGTTCCAAACAA
CTACGAGACGGATTTGATATATCCAATCATAGCAAAGGTTTTGGAGTTGGCGAATATATC
GTATGACTCTGCAGATGAAAAGGCGAAGACGAGTTTAAAAGTGATTGCAGATCACATGAG
AGCAGTTGTGTATCTTATATCAGACGGTGTTGTGCCTTCAAATATTGGTGGAGGTTATGC
AGCTGCTGGATCCGGACACGGTGGTGGTGCTGGTAGCGGAGAAGGCGGTGGTGGCTATTT
ACCGTAAAATTATATCTATGTGGAGCGTAAAGGCCACTGAGTGAAGTG*CATATATAACT
CGCAAGAGACTATATATTTTCAACATATATGCATG

QA 1 395 1 395
DS 

RD RR3EB62JQ 551 0 0
GATAGACACTGGTCTTGGCTTGGAACGTATAGCTCAGATCCTTCAGAAGGTTCCAAACAA
CTACGAGACGGATTTGATATATCCAATCATAGCAAAGGTTTTGGAGTTGGCGAATATATC
GTATGACTCTGCAGATGAAAAGGCGAAGACGAGTTTAAAAGTGATTGCAGATCACATGAG
AGCAGTTGTGTATCTTATATCAGACGGTGTTGTGCCTTCAAATATTGGTGGAGGTTATGC
AGCTGCTGGATCCGGACACGGTGGTGGTGCTGGTAGCGGAGAAGGCGGTGGTGGCTATTT
ACCGTAAAATTATATCTATGTGGAGCGTAAAGGCCACTGAGTGAAGTGTCATATATAACT
CGCAAGAGACTATATATTTTCAACATATATGCATGTGGTAATAAGTACGCAAATCCTCTG
TATAATAAGGCCTAAAACGGCTATTGTTGAAGTTTTCAATTGTACCAAAGTTGTATGCTG
CTTCGTGTCGTGTGTGTCAAGTTTATATGAACGAAGATGAAAATATCATAACTGTTCCTA
TTTTCATTTAT

QA 1 551 1 551
DS 



AS 1 2

CO CL8606Contig1 623 2 22 U
GGAAGAACTCTCTTCATTTCAATTGTTACATACAAAAAGCACAAACATTATTCATATCCA
AATTAAAAAGGTGACAAAGTGTTTTATGGATCAGAGCAGCTCAGCGATTTTGTCACACAC
AGAGAATCAAAAGTTTACATTTACTACATGTATTAGGAAAACAAACAGAGTTTCATACAC
AGTTCTGAAAGTTTGATATAAAGTTTCAACCAGTAACCTCTTTTACAAAACTCAGGGAAT
CACCGTGGAAGGGGGGAGGAAGATAAAAGGAGGAGGCAAAAGAATGTATCAAAGTTCAAG
GTTTTTGAGGCGAGACATTTTCTGAATCCCCTCGATGATCAGCTCCTTTTCCTCCTCGAA
TTGATCATCCTCAAAACCTTTACCAGGGGACAAGTTGTGAAAAAGTTCAAGCAACTTCTC
GTGGTTTCTTGCCAAAATGATTTTCACTTCCTGCGGCTTATTAGGATTCCCAACAAAAAT
CTTGAATATATGAAAGGCTGAAATTTGAATATTCTTGCTCGAGTCCTTGAAAAGTGTCAT
AATCACTTTCATATAACGAACTTCTAAGATGAATTTCTTCATTATGTGGGAGTTTGGAGG
CTCCAATAAGAAATCCGAGAGAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H050JQ U 1
AF RR3DK22JQ U 125
BS 1 129 RR3H050JQ
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BS 455 477 RR3H050JQ
BS 478 478 RR3DK22JQ
BS 479 563 RR3H050JQ
BS 564 623 RR3DK22JQ

RD RR3H050JQ 563 0 0
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AATTAAAAAGGTGACAAAGTGTTTTATGGATCAGAGCAGCTCAGCGATTTTGTCACACAC
AGAGAATCAGAAGTTTACATTTACTACATGTATTAGGAAAACAAACAGAGTTTCATACAC
AGTTCTGAAAGTTTGATATAGAGTTTCAACCAGTAACCTCTTTTACAAGACTCAGGGAAT
CACCGTGGAAGGGGGGAGGAAGATAAAAGGAGGAGGCAAAAGAATGTATCAAAGTTCAAG
GTTTTTGAGGCGAGACATTTTCTGAATCTCCTCGATGATCAGCTTCTTTTCCTCCTCGAA
TTGATCATCCTCAGAACCTTTACCAGGGGACAAGTTGTGAAGAAGTTCAAGCAACTTCTC
GTGGTTTCTTGCCAAAATGATTTTCACTTCTTGTGGCTTATTAGGATTCCCAACAAAGAT
CTTGAATATATGAAAGGCTGAAATTTGAATATTCTTGCTCGAGTCCTTGAAAAGTGTCAT
AATCACTTTCATATAACGAACTT

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3DK22JQ 499 0 0
AATCAAAAGTTTACATTTACTACATGTATTAGGAAACCAAACAGAGTTTCATACACAGTT
CTGAAAGTTTGATATAAAGTTTCAACCAGTAACCTCTTTTACAAAACTCAGGGAATCACC
GTGGAAGGGGGGAGGAAGATAAAAGGAGGAGGCAAAAGAATGTATCAAAGTTCAAGGTTT
TTGAGGCGAGACATTTTCTGAATCCCCTCGATGATCAGCTCCTTTTCCTCCTCGAATTGA
TCATCTTCAAAACCTTTACCAGGGGACAAGTTGTGAAAAAGTTCAAGCAACTTCTCGTGG
TTTCTTGCCAAAATGATTTTCACTTCCTGCGGCTTATTAGGATTCCCAACAAAAATCTTG
AATATATGAAAGGCTGAAATTTGAATATTCTTGCTCGAGTCCTTGAAAAGTGTCATAATC
ACTTTCATATAACGAACTTCTAAGATGAATTTCTTCATTATGTGGGAGTTTGGAGGCTCC
AATAAGAAATCCGAGAGAA

QA 1 499 1 499
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8608Contig1 570 2 3 U
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ATTCGCGTAGAGTGAGTGGCCTATTAAGGGAAATATTGTGTAGAAACAAAAATAATGGAA
ATAGTAGCCGCCAAATGGTTCGAGGTGATGATGACCTCTAAGATGCGACTGGTTTTGAAG
TGGCCTTCTTAACAGCTTCAGCATAGGTCCTGTGCTGGTATGTTAAGGTCGACTCAAGCA
AGTCCCAAAGAGATGTCTTCGGGTTCCATCCAAGTTGACGGTTGATGATGGTCATGTCTG
GGATTCTCTTGTCGCTGTCATCATAACCTTCTCCATAGAATTCTTTGGAGCTCACATCTA
TAGTTGGACTCTCTATAGCCGTCTCTCCACTCACTTTTGAGTAGACCTTAGTCATCATTT
CCGCAAGCTGCCTTACTGTCACTTCATTGTTTGGGTTTCCTACATTGAAGATATGCCCAT
TGGCTCTCTCTGGGTTTTCAATCATCAAGAGGACAGCTTCAATGGCATCTTTGATGTAGA
TGAAAGTTCTCTGTGATTCACCACCATCCA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G863JQ U 142
AF RR3G863TF C 1
BS 1 141 RR3G863TF
BS 142 507 RR3G863JQ
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CATAGGTCCTGTGCTGGTATGTTAAGGTCGACTCAAGCAAGTCCCAAAGAGATGTCTTCG
GGTTCCATCCAAGTTGACGGTTGATGATGGTCATGTCTGGGATTCTCTTGTCGCTGTCAT
CATAACCTTCTCCATAGAATTCTTTGGAGCTCACATCTATAGTTGGACTCTCTATAGCCG
TCTCTCCACTCACTTTTGAGTAGACCTTAGTCATCATTTCCGCAAGCTGCCTTACTGTCA
CTTCATTGTTTGGGTTTCCTACATTGAAGATATGCCCATTGGCTCTCTCTGGGTTTTCAA
TCATCA

QA 1 366 1 366
DS 

RD RR3G863TF 570 0 0
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ATAGTAGCCGCCAAATGGTTCGAGGTGATGATGACCTCTAAGATGCGACTGGTTTTGAAG
TGGCCTTCTTAACAGCTTCAGCATAGGTCCTGTGCTGGTATGTTAAGGTCGACTCAAGCA
AGTCCCAAAGAGATGTCTTCGGGTTCCATCCAAGTTGACGGTTGATGATGGTCATGTCTG
GGATTCTCTTGTCGCTGTCATCATAACCTTCTCCATAGAATTCTTTGGAGCTCACATCTA
TAGTTGGACTCTCTATAGCCGTCTCTCCACTCACTTTTGAGTAGACCTTAGTCATCATTT
CCGCAAGCTGCCTTACTGTCACTTCATTGTTTGGGTTTCCTACATTGAAGATATGCCCAT
TGGCTCTCTCTGGGTTTTCAATCATCAAGAGGACAGCTTCAATGGCATCTTTGATGTAGA
TGAAAGTTCTCTGTGATTCACCACCATCCA

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 2

CO CL8609Contig1 400 2 1 U
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TGATCTCGGAGTATATCGATACCCCAACAAAGGTCACTGGCCTGGTAACAGCACTGGTCA
TAGCCTTCTTCTGGCTCAGGTCAGGCCCGACGATGAAGCCTCCGGGAGGAAATGGTGGTC
GTATTTCCAGGAAGTCATTTGAAAAGAACCCCAAAGGTTACTTCAGGAATCTGCGCAAGA
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TTAATAATACTACATGGATGCCATATGTATGTTCCATTCCCTGTCGTGGATCTGTATGAA
ATGACTGTTTAAATTACTCGTTTTTTTACATGAGCTGATG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DU69JQ C 1
AF RR3DU69TF U 1
BS 1 400 RR3DU69TF

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ATGACTGTTTAAATTACTCGTTTTTTTACATGAGCTGATG

QA 1 400 1 400
DS 

RD RR3DU69TF 400 0 0
GGATTCCACAAACCAATCAAGAAAAGGAAAAAAAGATGAATCTTTCATCTCCTATCAAGA
TGATCTCGGAGTATATCGATACCCCAACAAAGGTCACTGGCCTGGTAACAGCACTGGTCA
TAGCCTTCTTCTGGCTCAGGTCAGGCCCGACGATGAAGCCTCCGGGAGGAAATGGTGGTC
GTATTTCCAGGAAGTCATTTGAAAAGAACCCCAAAGGTTACTTCAGGAATCTGCGCAAGA
AGTAAACATCAGACAGAGTATGTGGAAGTACTAATAATTACAACTTTTGTTGCTATGCGT
TTAATAATACTACATGGATGCCATATGTATGTTCCATTCCCTGTCGTGGATCTGTATGAA
ATGACTGTTTAAATTACTCGTTTTTTTACATGAGCTGATG

QA 1 400 1 400
DS 



AS 1 2

CO CL8610Contig1 751 2 2 U
TTTTTTAATATCATGAGAGCAATACTTATTCATAAAGCAAACAGATACAAGACACTATTT
GTAGCTACAAACCGATATCACCCCGGAAGTAGGGATTTTATAGAGCAAGTACATCATACA
ACACCACATTACACTGAGATTCAGAAGAAATAAAAAAAGAATGCGTCTTCAAAGAGAGCA
TAATAATCTTTATGGATTTTAAGAAGTCAGTATTGTGATGTAGGAAGTCGCAGAAAGGAT
AGCAAGAAGAGGGAATGAGAACTTGATAGTACTCCCATGAGATGATGATGATGATGATCT
ATGTCCTGGATCTGGTTTTGATCCATTTCCATGTTCTGAAGTGTTTGATGATCCTATAGG
CGAATTAACCGAAGAACCACCGTTGCAGCCACTAACTGGAGGAGTTTGAACATTACAAGC
TTTAGGCAAAGCAAAAGCCTGTGTTTGATTAAAATTGATCCCAAGATGAGGGGCTCCACC
TTTGAGAAGTTCACACAAACACTCACCAGAAGACCTGGCAACATGAGCCAACTGACTGCA
GCATTGTTGAGAAGGAGAAGAAGAGTTTCCAGTGATGTAGCCTAGACATGGCGCCATACT
CATTAGAACATCTGTGCAGCTCGATTGAGCAGAAACATTGGACATCACCGCCACTGAAAC
TGTAAGCAACAGTAAATACATTCCAGGTTTCATGTTTTTTTTCTTGTGTCAAAAGTTTGT
TTAATTGGGTGTTTTGAGTTTAATGGTTTCC


BQ
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AF RR3FM50TF C 1
AF RR3FM50JQ U 6
BS 1 14 RR3FM50TF
BS 15 751 RR3FM50JQ

RD RR3FM50TF 751 0 0
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GTAGCTACAAACCGATATCACCC*GGAAGTAGGGATTTTATAGAGCAAGTACATCATACA
ACACCACATTACACTGAGATTCAGAAGAAATAAAAAAAGAATGCGTCTTCAAAGAGAGCA
TAATAATCTTTATGGATTTTAAGAAGTCAGTATTGTGATGTAGGAAGTCGCAGAAAGGAT
AGCAAGAAGAGGGAATGAGAACTTGATAGTACTCCCATGAGATGATGATGATGATGATCT
ATGTCCTGGATCTGGTTTTGATCCATTTCCATGTTCTGAAGTGTTTGATGATCCTATAGG
CGAATTAACCGAAGAACCACCGTTGCAGCCACTAACTGGAGGAGTTTGAACATTACAAGC
TTTAGGCAAAGCAAAAGCCTGTGTTTGATTAAAATTGATCCCAAGATGAGGGGCTCCACC
TTTGAGAAGTTCACACAAACACTCACCAGAAGACCTGGCAACATGAGCCAACTGACTGCA
GCATTGTTGAGAAGGAGAAGAAGAGTTTCCAGTGATGTAGCCTAGACATGGCGCCATACT
CATTAGAACATCTGTGCAGCTCGATTGAGCAGAAACATTGGACATCACCGCCACTGAAAC
TGTAAGCAACAGTAAATACATTCCAGGTTTCATGTTTTTTT*CTTGTGTCAAAAGTTTGT
TTAATTGGGTGTTTTGAGTTTAATGGTTTCC

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3FM50JQ 746 0 0
AATATCATG
GAGAGCAATACTTATTCATAAAGCAAACAGATACAAGACACTATTTGTAGCTACAAACCG
ATATCACCCCGGAAGTAGGGATTTTATAGAGCAAGTACATCATACAACACCACATTACAC
TGAGATTCAGAAGAAATAAAAAAAGAATGCGTCTTCAAAGAGAGCATAATAATCTTTATG
GATTTTAAGAAGTCAGTATTGTGATGTAGGAAGTCGCAGAAAGGATAGCAAGAAGAGGGA
ATGAGAACTTGATAGTACTCCCATGAGATGATGATGATGATGATCTATGTCCTGGATCTG
GTTTTGATCCATTTCCATGTTCTGAAGTGTTTGATGATCCTATAGGCGAATTAACCGAAG
AACCACCGTTGCAGCCACTAACTGGAGGAGTTTGAACATTACAAGCTTTAGGCAAAGCAA
AAGCCTGTGTTTGATTAAAATTGATCCCAAGATGAGGGGCTCCACCTTTGAGAAGTTCAC
ACAAACACTCACCAGAAGACCTGGCAACATGAGCCAACTGACTGCAGCATTGTTGAGAAG
GAGAAGAAGAGTTTCCAGTGATGTAGCCTAGACATGGCGCCATACTCATTAGAACATCTG
TGCAGCTCGATTGAGCAGAAACATTGGACATCACCGCCACTGAAACTGTAAGCAACAGTA
AATACATTCCAGGTTTCATGTTTTTTTTCTTGTGTCAAAAGTTTGTTTAATTGGGTGTTT
TGAGTTTAATGGTTTCC

QA 10 746 10 746
DS 



AS 1 2

CO CL8611Contig1 837 2 2 U
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GTATCGGTGTTCCTCCGGAGAAGAGTTGGGAGTCTTGGTGGGAGAAGGAGATAGAGCACC
TTAGACACTCGGGGAAACGTGGTATCATTCTTGAGATTGTTTTGGCTTTGCGCTTCTTCA
TCTTTCAGTATGGACTTGTGTACCAGCTCAGCACGTTTAAACAGGAGAATCAAAGTTTGT
GGATATATGGAGCTTCATGGTTCGTCATCTTGTTCATTTTACTCATTGTGAAGGGTTTGG
GTATGGGAAGGAGACGGTTCAGCACAAACTTCCAGCTTCTCTTCAGGATCATCAAGGGTC
TTGTGTTCCTCACATTCCTTGCAATCCTCATTACTTTCATCGCTCTTCGTTTCTTAACAC
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TTGCACAAGCGTGTAAGCCTCTGATTCAACGGCTGGGGATCTGGTCGTCGGTTCGGACGT
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CTTGGTTCCCGTTCGTGTCTGAGTTTCAGACAAGAATGCTCTTTAACCAAGCGTTTAGTA
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AAGAGTGAAAAACTAAAATCATTATAAGCAAACAAACTTGTGTGTATATAATATTGCTAT
GTAGAGATTATTAGATTCAACCATAAGTAATGCCAGTTACGTGTTCGCTGTTACTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DQ56TF U 1
AF RR3DQ56JQ C 131
BS 1 527 RR3DQ56TF
BS 528 837 RR3DQ56JQ

RD RR3DQ56TF 527 0 0
GGTGGCAGAAGATTGTGGATGACTGGACGGACTGGAACAAGTGGATATATAACCGAGGAG
GTATCGGTGTTCCTCCGGAGAAGAGTTGGGAGTCTTGGTGGGAGAAGGAGATAGAGCACC
TTAGACACTCGGGGAAACGTGGTATCATTCTTGAGATTGTTTTGGCTTTGCGCTTCTTCA
TCTTTCAGTATGGACTTGTGTACCAGCTCAGCACGTTTAAACAGGAGAATCAAAGTTTGT
GGATATATGGAGCTTCATGGTTCGTCATCTTGTTCATTTTACTCATTGTGAAGGGTTTGG
GTATGGGAAGGAGACGGTTCAGCACAAACTTCCAGCTTCTCTTCAGGATCATCAAGGGTC
TTGTGTTCCTCACATTCCTTGCAATCCTCATTACTTTCATCGCTCTTCGTTTCTTAACAC
CTAAAGACATTCTCCTTTGTATGCTCGCTTTCATGCCTACCGGATGGGGAATGTTACTTA
TTGCACAAGCGTGTAAGCCTCTGATTCAACGGCTGGGGATCTGGTCG

QA 1 527 1 527
DS 

RD RR3DQ56JQ 707 0 0
GGGGAAACGTGGTATCATTCTTGAGATTGTTTTGGCTTTGCGCTTCTTCATCTTTCAGTA
TGGACTTGTGTACCAGCTCAGCACGTTTAAACAGGAGAATCAAAGTTTGTGGATATATGG
AGCTTCATGGTTCGTCATCTTGTTCATTTTACTCATTGTGAAGGGTTTGGGTATGGGAAG
GAGACGGTTCAGCACAAACTTCCAGCTTCTCTTCAGGATCATCAAGGGTCTTGTGTTCCT
CACATTCCTTGCAATCCTCATTACTTTCATCGCTCTTCGTTTCTTAACACCTAAAGACAT
TCTCCTTTGTATGCTCGCTTTCATGCCTACCGGATGGGGAATGTTACTTATTGCACAAGC
GTGTAAGCCTTTGATTCAACGGCTGGGGATCTGGTCGTCGGTTCGGACGTTGGCACGAGG
CTATGAGATACTGATGGGTTTGCTTCTGTTCACTCCGGTAGCGTTCTTGGCTTGGTTCCC
GTTCGTGTCTGAGTTTCAGACAAGAATGCTCTTTAACCAAGCGTTTAGTAGAGGTTTGCA
GATTTCGCGTATCCTTGGTGGTCAAAGAAAAGACCGATCTTCCAAGAACAAAGAGTGAAA
AACTAAAATCATTATAAGCAAACAAACTTGTGTGTATATAATATTGCTATGTAGAGATTA
TTAGATTCAACCATAAGTAATGCCAGTTACGTGTTCGCTGTTACTTT

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL8612Contig1 733 2 3 U
GGATTGAGATTTCATCTTCTTCTTTCTTGGTTTAGAAAACTTCAAACAAACCCAAAATTT
CTTATAAAAGAAAAAATCTCTCCAGAGAGATGACTGTGGGAATCCTCGAGGTTGATCTGA
TCAGTGGGAAAGGTCTCAAACGATCTGAACTTTTTGGTAAGATAGATCCGTATGTTGAGA
TCCATTACAAAGGACAAACCCGCAAAAGCAGCGTTGATAAAGATGGAGGTAGAAATCCTA
CATGAATGAGAAACTGAAATGGAGAGCAGAGTTTCCTGGCTCCGGCGGCGACTACAAACT
CATCGTCAAAGTCATGGACCATGATACTTTCTCCGCCGACGATCCCATTGGCGAAGCTAC
AGTATACGTGAAAGAGTTATTGGAAATGGGAGTGGAGAAAGGAACGGCTGAGCTAAGGCC
AACCAAGTACAACGTTGTCGACACCGATCTCTCATTTGTCGGCGAGATTCTCCTTGGAGT
ATCTTACTCTGTTATGCAAGACAGAGGAATCGATGGAGAAGAGTTTGGTGGATGGAAGCA
TAGCCAGTTTGATTAATTTCTCCTTTAGATTGCTCGTTTATACTTTCCAGGTTTTACATT
TAGTGTGAAAACATTAAGTATTTCTTATTTTCGACAAAAAAAACTCTTAACACATATTGT
ATGTCATCTGTGTGTTGTGGTGAATCTCATTGTATTTAATTTCAGTATTCAAGAAAGTGT
AAAACGTTGAGCC


BQ
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AF RR3CN13JQ C 1
AF RR3CN13TF U 1
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BS 643 643 RR3CN13JQ
BS 644 733 RR3CN13TF

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DS 

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TCAGTGGGAAAGGTCTCAAACGATCTGAACTTTTTGGTAAGATAGATCCGTATGTTGAGA
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CATGAATGAGAAACTGAAATGGAGAGCAGAGTTTCCTGGCTCCGGCGGCGACTACAAACT
CATCGTCAAAGTCATGGACCATGATACTTTCTCCGCCGACGATCCCATTGGCGAAGCTAC
AGTATACGTGAAAGAGTTATTGGAAATGGGAGTGGAGAAAGGAACGGCTGAGCTAAGGCC
AACCAAGTACAACGTTGTCGACACCGATCTCTCATTTGTCGGCGAGATTCTCCTTGGAGT
ATCTTACTCTGTTATGCAAGACAGAGGAATCGATGGAGAAGAGTTTGGTGGATGGAAGCA
TAGCCAGTTTGATTAATTTCTCCTTTAGATTGCTCGTTTATACTTTCCAGGTTTTACATT
TAGTGTGAAAACATTAAGTATTTCTTATTTTCGACAAAAAAA*CTCTTAACACATATTGT
ATGTCATCTGTGTGTTGTGGTGAATCTCATTGTATTTAATTTCAGTATTCAAGAAAGTGT
AAAACGTTGAGCC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

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CAGCTAACAAAGAGGTGGAGCTTAGTGTCAGTCTGCTTAATATTCAAGTCGGTCTGATTA
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TTCCAGCATCCCCAAAGCTACCATCAAGTAGTTAACTACTTTTTTTTTATTCTCATTGGC
AAAAAAAAAAGATTATAAATCTTGTTGTGACAATTCGAATTACAAGTTTATTATTATCAA
CCGCTGTGACTCTC


BQ
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AF RR3EL28TF U 1
AF RR3EL28JQ C 366
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CAGCTAACAAAGAGGTGGAGCTTAGTGTCAGTCTGCTTAATATTCAAGTCGGTCTGATTA
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DS 

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GTGACTCTC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL8614Contig1 1254 2 2 U
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CATTGACTTGTATAAGAAGATTGGTAAAGCCGAGTTCAAGTTCCCCATCTGGTTTGCTCC
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ATGGACATTGCATTGGCTTGGCATTGAAACTGTTAAACTACTACTATCTTTTTTTATGTT
TCTTTCGTACTAAAATGTTTAGTTTCGTTCTTGATTCCGAAGATCTTTAAGACG


BQ
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CATTGACTTGTATAAGAAGATTGGTAAAGCCGAGTTCAAGTTCCCCATCTGGTTTGCTCC
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TGAGAAGATCATGCAGAGTTCTTGGTTCAG

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QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

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CCATGCGGTTAATGAGGACTATGGGGAAATGGCAAATGATTTCACTAGGCTCGGGTTCTT
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TGTGTATGACTTTCCTATCCGTATCCCGGAGCGGTTCTCTCTTGTTATTCGTTCTCTGCT
TACGCAGGAGGGTATATGTTTCACGTTGAAGCCTGATTTTAAATTTCTTGAGGTTGCTTA
TCCATATGTAGCAAAGCGTCTCCTAACGGATCCAAATCCTGCACTTAGGGAACGCTTGAT
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TTGCAAAGGAAAACGTCGGCCAAATGAGTAGCAATCCTGCTCTACGGGTTAAGCGTGGGG
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GAGCTTGTGGACGTATACGAATTGGTTGAAGAAGAAGTAGACATTCCCACACTGGCCATG
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GTGTTATCCGACAGATGATGATGAATCGGCTTATCACCTTTGTAGGGGGGCTCTTATGAA
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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AO03TF U 1
AF RR3AO03JQ C 384
BS 1 722 RR3AO03TF
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BS 724 758 RR3AO03TF
BS 759 759 RR3AO03JQ
BS 760 797 RR3AO03TF
BS 798 1136 RR3AO03JQ

RD RR3AO03TF 797 0 0
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CGGAGATCCACATCCTGGAAATATCTTTGCAATGCAGGATGGGCGTATTGCTTATGTGGA
CTTTGGTAACGTTGCCGTTCTGAGTCAGCAAAACAAGCAAATTTTGATTGATGCTGTAGT
CCATGCGGTTAATGAGGACTATGGGGAAATGGCAAATGATTTCACTAGGCTCGGGTTCTT
GGCCAAGGGTACTGATGTTTCTCCTATCGTTCCAGCTTTAGAAGCCATCTGGCAGAATTC
TGCGGGGAAAGGACTTGCGGATTTCAACTTCCGAAGTGTTACAGGCCGATTCAACAAGCT
TGTGTATGACTTTCCTATCCGTATCCCGGAGCGGTTCTCTCTTGTTATTCGTTCTCTGCT
TACGCAGGAGGGTATATGTTTCACGTTGAAGCCTGATTTTAAATTTCTTGAGGTTGCTTA
TCCATATGTAGCAAAGCGTCTCCTAACGGATCCAAATCCTGCACTTAGGGAACGCTTGAT
ACAGGTTCTTTTCAAAGATGGTGATTTCCAATGGAAAAGGCTGGGAAAACCTCATATCGC
TTGCAAAGGAAAACGTCGGCCAAATGAGTAGCAATCCTGCTCTACGGGTTAAGCGTGGGG
GAGAGTAAGCTTGACTTGACAGATACCATCAAGGATGGAGCTCGTCTTTTCCTCCTTGAT
GA*GGCATCCGCAGGAAACTAATTCTTGCACTCACAGA*GACTCAAAGTTTCATGTAGAA
GAGCTTGTGGACGTATA

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3AO03JQ 753 0 0
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CGTTGAAGCCTGATTTTAAATTTCTTGAGGTTGCTTATCCATATGTAGCAAAGCGTCTCC
TAACGGATCCAAATCCTGCACTTAGGGAACGCTTGATACAGGTTCTTTTCAAAGATGGTG
ATTTCCAATGGAAAAGGCTGG*AAAACCTCATATCGCTTGCAAAGGAAAACGTCGGCCAA
ATGAGTAGCAATCCTGCTCTACGGGTTAAGCGTGTGG*AGAGTAAGCTTGACTTGACAGA
TACCATCAAGGATGGAGCTCGTCTTTTCCTCCTTGATGAAGGCATCCGCAGGAAACTAAT
TCTTGCACTCACAGAAGACTCAAAGTTTCATGTAGAAGAGCTTGTGGACGTATACGAATT
GGTTGAAGAAGAAGTAGACATTCCCACACTGGCCATGCAAGTCGTGCAAGATTTACCGAA
TGTTTTTCGGGATTTCGTGCTGTCATGGAGCAACTCGGTGTTATCCGACAGATGATGATG
AATCGGCTTATCACCTTTGTAGGGGGGCTCTTATGAAGAGGAAAGAGGTAGTTTTACCAG
GGAGGAAAACGTAGATTAATACAGCTTTAATCTTCGGTGCATTTATACATGTTACAAGTA
AATCTAAATAGAGCATACGTGTAATTATATAGAAGAAGCACAACACACAAACTTCACTTG
TTGCTCCTTTTTGGTCTCTGACGTTGTCTAAAG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

CO CL8616Contig1 741 2 2 U
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AAAGGAATCTTTCATAAACGTATATGACCTTGGAATAGACCAGTGCCTCTCGGGTTAGCC
AAGCACAAGAAGTCCATCTCAATGGTTTCTTCCAGCTCTGGCATGGTACTCATGCTTAAG
AAGGTTGGCTCTCAACATCATTGACCTGACATCCCTATCGAACTCGTTACCCATCTGAAG
CACCTTTTGGAAAGTTGCATTCCTCTGATCCGCGTGCCTTGCATAGAGGATTTTGTTGTG
TGAATCAATCCGTGCCTGTATTTGGTTGTCTGTTATCAAGGCTTCCAGTTCCTTCTCTAG
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CAGCGTGTACTGAATTAGAGCCTTCTTCCTTATCTGATCATAGAGAATGTCAACGTGATC
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GAAATCCCTGAAGTTGATGTTGTCAATCACTTTTGCCTTCAATTCTGATCGATCAAAGCT
AGCCAATGCACAAAGTCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EY04TF C 1
AF RR3BN76JQ U 20
BS 1 19 RR3EY04TF
BS 20 741 RR3BN76JQ

RD RR3EY04TF 416 0 0
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AAAGCAGTAACAAGAGAGCATAGATGATTGTCTAGACATATCTAACAAACAACTAAAACC
AAAGGAATCTTTCATAAACGTATATGACCTTGGAATAGACCAGTGCCTCTCGGGTTAGCC
AAGCACAAGAAGTCCATCTCAATGGTTTCTTCCAGCTCTGGCATGGTACTCATGCTTAAG
AAGGTTGGCTCTCAACATCATTGACCTGACATCCCTATCGAACTCGTTACCCATCTGAAG
CACCTTTTGGAAAGTTGCATTCCTCTGATCCGCGTGCCTTGCATAGAGGATTTTGTTGTG
TGAATCAATCCGTGCCTGTATTTGGTTGTCTGTTATCAAGGCTTCTAGTTCCTTC
C

QA 1 415 1 415
DS 

RD RR3BN76JQ 722 0 0
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ATAGATGATTGTCTAGACATATCTAACAAACAACTAAAACCAAAGGAATCTTTCATAAAC
GTATATGACCTTGGAATAGACCAGTGCCTCTCGGGTTAGCCAAGCACAAGAAGTCCATCT
CAATGGTTTCTTCCAGCTCTGGCATGGTACTCATGCTTAAGAAGGTTGGCTCTCAACATC
ATTGACCTGACATCCCTATCGAACTCGTTACCCATCTGAAGCACCTTTTGGAAAGTTGCA
TTCCTCTGATCCGCGTGCCTTGCATAGAGGATTTTGTTGTGTGAATCAATCCGTGCCTGT
ATTTGGTTGTCTGTTATCAAGGCTTCCAGTTCCTTCTCTAGACCAGAGACACTCGTCTTG
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GCCTTCTTCCTTATCTGATCATAGAGAATGTCAACGTGATCATGTAGATGGATGTCCAGT
AACAGATTCGCCCTGAGACTTCCTAGATACTCAAGACAGGAAGCATAGCGGCTTGAATAA
AAATCGTTGATAAGTTCCCTCACTTCGGGTACTAACTCCAAGAAATCCCTGAAGTTGATG
TTGTCAATCACTTTTGCCTTCAATTCTGATCGATCAAAGCTAGCCAATGCACAAAGTCCT
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL8617Contig1 729 2 1 U
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CATCTGGAATCATTGTTGGATTCGCCAACCTTGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTG
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GTTATATGGATACTCTCATTAGTGTCTAGAAGAAAAATCTGTGTGAGAACTCAGAAATCT
TTTTTGGGATTCCTGAAGTTTTTTGTATTGTTTAAAACTTTGTAATAATTGGAGAACATC
TTCTTCATC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FY05TF U 1
AF RR3FY05JQ C 2
BS 1 729 RR3FY05TF

RD RR3FY05TF 729 0 0
GGACGACCATTGCAGTAAGAGATAGAAGAATGTCTGGAATGGTGGTAGATGCGAGCTCGT
GGGGAGCAGCGTTGGTGAGAATCTCTCCGTACACATTCTCCGCAATCGGAATCGCCATCT
CGATCGGCGTCTCAGTCCTCGGTGCCGCTTGGGGGATTTACATAACGGGAAGTAGTTTGA
TCGGTGCGGCCATTGAAGCTCCTCGTATCACTTCCAAGAATCTCATCAGTGTAATCTTTT
GCGAAGCTGTAGCTATATATGGCGTTATTGTTGCAATCATACTGCAAACGAAGTTGGAGA
GTGTCCCAACCTCGAAGATGTATGACGCTGAGTCTCTTAGAGCTGGTTATGCAATCTTCG
CATCTGGAATCATTGTTGGATTCGCCAACCTTGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTG
GAAGCAGCTGCGCATTGTCGGATGCTCAGAACTCCACACTCTTTGTGAAGATTCTTGTGA
TTGAGATCTTTGGAAGCGCTCTCGGGTTGTTTGGTGTTATTGTGGGGATCATTATGTCCG
CACAAGCAACGTGGCCAACCAAGTAGATATAAACCTGTTGTGATCTCTGGTATCTTCATT
GTTATATGGATACTCTCATTAGTGTCTAGAAGAAAAATCTGTGTGAGAACTCAGAAATCT
TTTTTGGGATTCCTGAAGTTTTTTGTATTGTTTAAAACTTTGTAATAATTGGAGAACATC
TTCTTCATC

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3FY05JQ 728 0 0
GACGACCATTGCAGTAAGAGATAGAAGAATGTCTGGAATGGTGGTAGATGCGAGCTCGTG
GGGAGCAGCGTTGGTGAGAATCTCTCCGTACACATTCTCCGCAATCGGAATCGCCATCTC
GATCGGCGTCTCAGTCCTCGGTGCCGCTTGGGGGATTTACATAACGGGAAGTAGTTTGAT
CGGTGCGGCCATTGAAGCTCCTCGTATCACTTCCAAGAATCTCATCAGTGTAATCTTTTG
CGAAGCTGTAGCTATATATGGCGTTATTGTTGCAATCATACTGCAAACGAAGTTGGAGAG
TGTCCCAACCTCGAAGATGTATGACGCTGAGTCTCTTAGAGCTGGTTATGCAATCTTCGC
ATCTGGAATCATTGTTGGATTCGCCAACCTTGTATGCGGGTTATGTGTAGGAATCATTGG
AAGCAGCTGCGCATTGTCGGATGCTCAGAACTCCACACTCTTTGTGAAGATTCTTGTGAT
TGAGATCTTTGGAAGCGCTCTCGGGTTGTTTGGTGTTATTGTGGGGATCATTATGTCCGC
ACAAGCAACGTGGCCAACCAAGTAGATATAAACCTGTTGTGATCTCTGGTATCTTCATTG
TTATATGGATACTCTCATTAGTGTCTAGAAGAAAAATCTGTGTGAGAACTCAGAAATCTT
TTTTGGGATTCCTGAAGTTTTTTGTATTGTTTAAAACTTTGTAATAATTGGAGAACATCT
TCTTCATC

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL8618Contig1 446 2 2 U
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AAGGCTTAGAACCAAACACTAACTACCGGCTTGTGTCTATGGTTGGTTATAGTGAAGAAG
AAGAAGAAAACATCTGTATAGCTTATGAAAAGAACCGGTGGGTTAATCTCAGACGTGAGT
CTTTAGCAGGAGAGGTTGTTGGTAGCTGGAAGAATGTGGTTAGATTCTGTGGAGAAAGGA
TGATTCGGCCAGAGATTCTGTTCTATGAAGCTGCACGATCCATGATATGACCTAATAAGT
TTATAAACATGGAAGAAACACAGAATTGATGTACAAAACACTGACACGATTTGGCTCTGA
CATTTGTACTTAGAATCATATATTGGGACAAGTTTCAATAGACGACACCCAAGTGCAAGT
AATGACATGATAAAAGAGTACACAAT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A268JQ C 1
AF RR3A268TF U 30
BS 1 29 RR3A268JQ
BS 30 446 RR3A268TF

RD RR3A268JQ 446 0 0
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AAGGCTTAGAACCAAACACTAACTACCGGCTTGTGTTTATGGTTGGTTATAGTGAAGAAG
AAGAAGAAAACATCTGTATAGCTTATGAAAAGAACCGGTGGGTTAATTTCAGACGTGAGT
CTTTAGCAGGAGAGGTTGTTGGTAGCTGGAAGAATGTGGTTAGATTTTGTGGAGAAAGGA
TGATTCGGCCAGAGATTTTGTTTTATGAAGCTGCACGATCCATGATATGACCTAATAAGT
TTATAAACATGGAAGAAACACAGAATTGATGTACAAAACACTGACACGATTTGGCTTTGA
CATTTGTACTTAGAATCATATATTGGGACAAGTTTCAATAGACGACACCCAAGTGCAAGT
AATGACATGATAAAAGAGTACACAAT

QA 1 446 1 446
DS 

RD RR3A268TF 417 0 0
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CTTGTGTCTATGGTTGGTTATAGTGAAGAAGAAGAAGAAAACATCTGTATAGCTTATGAA
AAGAACCGGTGGGTTAATCTCAGACGTGAGTCTTTAGCAGGAGAGGTTGTTGGTAGCTGG
AAGAATGTGGTTAGATTCTGTGGAGAAAGGATGATTCGGCCAGAGATTCTGTTCTATGAA
GCTGCACGATCCATGATATGACCTAATAAGTTTATAAACATGGAAGAAACACAGAATTGA
TGTACAAAACACTGACACGATTTGGCTCTGACATTTGTACTTAGAATCATATATTGGGAC
AAGTTTCAATAGACGACACCCAAGTGCAAGTAATGACATGATAAAAGAGTACACAAT

QA 1 417 1 417
DS 



AS 1 2

CO CL8619Contig1 1166 2 6 U
GCAAGACCGGAGCCATCTCCATCGCGTTCGCCTCCGTGCTTCTCATCTTGTTGGCTTCTC
CTATCGCCATCCCTTTCCACGCCTACGTTCGGAGTTTGAATCTGAAAAACAGCGACGAAG
AAGAGGCGGAGGAACCGTTGCTGAGATCGGAGATCGCGGAGGAGACGGTGGTCGGTGCCG
CCGTCACCTAAGGTTTTAAAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGAAGAAGAGGCCGGTTCTTGGA
GATGAACACACTATATTAGAAGCGTTGTTGACCGTTGACTTTTGGGTGTTGTTTGTGTCG
TTCCTCTGTGGTGTAGGCACTGGTTTAGCAGTGATGAACAACATGGGTCAGATCGGGCTT
GCGCTTGGTTACACAGACGTATCTATCTTTGTCTCCATGATGAGCATTTGGGGGTTCTTT
GGTCGGCTTCTCTCCGGTACCATCTCCGAGTATTTTATCAAAAAATATGGAACTCCAAGA
CCATTATGGAATGCGGCATCACAAATCCTCATGGCCGTAGGATATCTAGTGATGGCTTTA
GCCATGCCCGGTTCTCTATACATCGGTTCAATGGTTGTTGGGGTTTGCTACGGAGTCCGG
TTAGCCATAACAGTACCGACAGCCTCCGAGCTATTCGGCCTCAAATACTACGGACTCATC
TACAACATCCTCATACTGAACTTACCACTTGGCTCGTTCCTCTTCTCGGGTCTTCTCGCT
GGTTTACTCTATGATGCCCAAGCTACACCAACTCCTGGTGGAGGCAATACGTGTGTAGGA
GCCCATTGTTTCCGTCTTGTCTTTATTGTAATGGGGTTTACTTCCATTATAGGGGTTGGT
CTTGACATCTTGCTTGCGTTTAGAACGAAGGATATATATGCGAGGATTCATGGGAGCAAG
AATGCTAAGAAACCTAGTGGTAATCTTCGATGAGTCTCAAGTTGAATACTGGATTTTCTT
TTATTAAAACCATTTTTGGGTATGTTACTTATACTTTATAGTATTTTGTGTCTATTTTTG
AAAGTTTTTTATGCTCATTATTTACTAGACGGGATGGAAGGATTGTACACTTTGTACATT
CATGATTATTGTTGTTAAAGCCGGTTTAAGTGTATTAAACCAGTTGTATGGTCGTACGTT
CATATAATGGAAAATCGATTAGTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H181TF U 1
AF RR3H181JQ C 370
BS 1 697 RR3H181TF
BS 698 698 RR3H181JQ
BS 699 738 RR3H181TF
BS 739 739 RR3H181JQ
BS 740 766 RR3H181TF
BS 767 1166 RR3H181JQ

RD RR3H181TF 774 0 0
GCAAGACCGGAGCCATCTCCATCGCGTTCGCCTCCGTGCTTCTCATCTTGTTGGCTTCTC
CTATCGCCATCCCTTTCCACGCCTACGTTCGGAGTTTGAATCTGAAAAACAGCGACGAAG
AAGAGGCGGAGGAACCGTTGCTGAGATCGGAGATCGCGGAGGAGACGGTGGTCGGTGCCG
CCGTCACCTAAGGTTTTAAAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGAAGAAGAGGCCGGTTCTTGGA
GATGAACACACTATATTAGAAGCGTTGTTGACCGTTGACTTTTGGGTGTTGTTTGTGTCG
TTCCTCTGTGGTGTAGGCACTGGTTTAGCAGTGATGAACAACATGGGTCAGATCGGGCTT
GCGCTTGGTTACACAGACGTATCTATCTTTGTCTCCATGATGAGCATTTGGGGGTTCTTT
GGTCGGCTTCTCTCCGGTACCATCTCCGAGTATTTTATCAAAAAATATGGAACTCCAAGA
CCATTATGGAATGCGGCATCACAAATCCTCATGGCCGTAGGATATCTAGTGATGGCTTTA
GCCATGCCCGGTTCTCTATACATCGGTTCAATGGTTGTTGGGGTTTGCTACGGAGTCCGG
TTAGCCATAACAGTACCGACAGCCTCCGAGCTATTCGGCCTCAAATACTACGGACTCATC
TACAACATCCTCATACTGAACTTACCACTTGGCTCGT*CCTCTTCTCGGGTCTTCTCGCT
GGTTTACTCTATGATGCC*AAGCTACACCAACTCCTGGTGGAGGCA
TACGTGTG

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3H181JQ 797 0 0
TACACAGACGTATCTATCTTTGTCTCCATGATGAGCATTTGGGGGTTCTTTGGTCGGCTT
CTCTCCGGTACCATCTCCGAGTATTTTATCAAAAAATATGGAACTCCAAGACCATTATGG
AATGCGGCATCACAAATCCTCATGGCCGTAGGATATCTAGTGATGGCTTTAGCCATGCCC
GGTTCTCTATACATCGGTTCAATGGTTGTTGGGGTTTGCTACGGAGTCCGGTTAGCCATA
ACAGTACCGACAGCCTCCGAGCTATTCGGCCTCAAATACTACGGACTCATCTACAACATC
CTCATACTGAACTTACCACTTGGCTCGTTCCTCTTCTCGGGTCTTCTCGCTGGTTTACTC
TATGATGCCCAAGCTACACCAACTCCTGGTGGAGGCAATACGTGTGTAGGAGCCCATTGT
TTCCGTCTTGTCTTTATTGTAATGGGGTTTACTTCCATTATAGGGGTTGGTCTTGACATC
TTGCTTGCGTTTAGAACGAAGGATATATATGCGAGGATTCATGGGAGCAAGAATGCTAAG
AAACCTAGTGGTAATCTTCGATGAGTCTCAAGTTGAATACTGGATTTTCTTTTATTAAAA
CCATTTTTGGGTATGTTACTTATACTTTATAGTATTTTGTGTCTATTTTTGAAAGTTTTT
TATGCTCATTATTTACTAGACGGGATGGAAGGATTGTACACTTTGTACATTCATGATTAT
TGTTGTTAAAGCCGGTTTAAGTGTATTAAACCAGTTGTATGGTCGTACGTTCATATAATG
GAAAATCGATTAGTTAC

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

CO CL8620Contig1 1069 2 10 U
GGGAGATTATTAACCACAGATCACTTTGTCATCCCAATATTATCCGGTTTAAGGAGGTGG
TTTTGACTCCAACGCATATAGCTATTGTCATGGAATATGCTGCTGGTGGTGAGCTATTTG
ACCGTATATGCAGCGCTGGTAGATTTAGTGAGGATGAGGCAAGATACTTTTTCCAGCAGC
TTATATCAGGAGTCAGCTACTGCCATGCTATGAATATATGCCACAGAGATCTGAAGCTCG
AAAATATTCTCTTGGATGGAAGTCCTGCTCCACGCCTGAAAATCTGTGATTTTGGTTATT
CCAAGTCTTCAGTGCTGCATTCTAAGCCCAAATCAACTGTTGGGACTCCAGCATACATTG
CACCCGAGGTTCTTTCTCGTAGAGAATATGATGGCAAGATGGCTGATGTATGGTCATGTG
GTGTGACTCTTTATGTCATGCTTGTTGGGGCATACCCATTTGAAGACCCAGAGGATCCCA
AAAACTTTAGAAAAACAATGCAAAGAATAATGGCTGTTCAGTATAAGATCCCTGACTATG
TCCATATCTCACAAGATTGCAAACATATCCTCTCCCGTATATTTGTCGCTAATCCACTCA
AGAGGATTACAATAGCTGAAATCAAGAAACATCCATGGTTCTTAAAGAACCTGCCACGGG
AGCTTACTGAGATAGCTCAAGCTGCATACTACAGGAAAGAGAATCCGACGCTTTCTCTAC
AGAGCGTTGAAGAGATCATGAAGATTGTGGAAGAGCCAAAAACACCTCCTCCTGTTTCTC
GATCTGTAGGAGCATTTGGGTGGGGAGGAGATGGAGATGCAGAGGAAGAAGTTGAGGAAG
TAGTAGAAGAAGACGAAGAAGATGAGTATGATAAGACGGTGAAGCAAGTCCATGCTAGTG
GAGAAATTTCTATCAGTTAAAGAAAAAGTATTGGTTGTTTTGTTTTTGTACAAGAAAAAG
TTTTCGTTGGTCTGTTGAATTTATCTTTTGTGGTTTTTTGTTTGGTTCGTAAATTTGAAG
ATTTCTCTTGTGGTTTGGCATTTGTAACTCCTGTAAAATCTGCAGTAGA


BQ
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AF RR3EG59TF U 1
AF RR3EG59JQ C 376
BS 1 697 RR3EG59TF
BS 698 698 RR3EG59JQ
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BS 759 788 RR3EG59TF
BS 789 1069 RR3EG59JQ

RD RR3EG59TF 788 0 0
GGGAGATTATTAACCACAGATCACTTTGTCATCCCAATATTATCCGGTTTAAGGAGGTGG
TTTTGACTCCAACGCATATAGCTATTGTCATGGAATATGCTGCTGGTGGTGAGCTATTTG
ACCGTATATGCAGCGCTGGTAGATTTAGTGAGGATGAGGCAAGATACTTTTTCCAGCAGC
TTATATCAGGAGTCAGCTACTGCCATGCTATGAATATATGCCACAGAGATCTGAAGCTCG
AAAATATTCTCTTGGATGGAAGTCCTGCTCCACGCCTGAAAATCTGTGATTTTGGTTATT
CCAAGTCTTCAGTGCTGCATTCTAAGCCCAAATCAACTGTTGGGACTCCAGCATACATTG
CACCCGAGGTTCTTTCTCGTAGAGAATATGATGGCAAGATGGCTGATGTATGGTCATGTG
GTGTGACTCTTTATGTCATGCTTGTTGGGGCATACCCATTTGAAGACCCAGAGGATCCCA
AAAACTTTAGAAAAACAATGCAAAGAATAATGGCTGTTCAGTATAAGATCCCTGACTATG
TCCATATCTCACAAGATTGCAAACATATCCTCTCCCGTATATTTGTCGCTAATCCACTCA
AGAGGATTACAATAGCTGAAATCAAGAAACATCCATGGTTCTTAAAGAACCTGCCACGGG
AGCTTACTGAGATAGCTCAAGCTGCATACTACAGGAA*GAGAATCCGACGCTTTCTCTAC
AGAGCGTTGAAGAGATCATGA*GATTGTGGA*GAGC**AAAACACCTCCTCCTGTTTCTC
GATCTGTA

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3EG59JQ 694 0 0
CTCGTAGAGAATATGATGGCAAGATGGCTGATGTATGGTCATGTGGTGTGACTCTTTATG
TCATGCTTGTTGGGGCATACCCATTTGAAGACCCAGAGGATCCCAAAAACTTTAGAAAAA
CAATGCAAAGAATAATGGCTGTTCAGTATAAGATCCCTGACTATGTCCATATCTCACAAG
ATTGCAAACATATCCTCTCCCGTATATTTGTCGCTAATCCACTCAAGAGGATTACAATAG
CTGAAATCAAGAAACATCCATGGTTCTTAAAGAACCTGCCACGGGAGCTTACTGAGATAG
CTCAAGCTGCATACTACAGGAAAGAGAATCCGACGCTTTCTCTACAGAGCGTTGAAGAGA
TCATGAAGATTGTGGAAGAGGCAAAAACACCTCCTCCTGTTTCTCGATCTGTAGGAGCAT
TTGGGTGGGGAGGAGATGGAGATGCAGAGGAAGAAGTTGAGGAAGTAGTAGAAGAAGACG
AAGAAGATGAGTATGATAAGACGGTGAAGCAAGTCCATGCTAGTGGAGAAATTTCTATCA
GTTAAAGAAAAAGTATTGGTTGTTTTGTTTTTGTACAAGAAAAAGTTTTCGTTGGTCTGT
TGAATTTATCTTTTGTGGTTTTTTGTTTGGTTCGTAAATTTGAAGATTTCTCTTGTGGTT
TGGCATTTGTAACTCCTGTAAAATCTGCAGTAGA

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL8621Contig1 1227 2 2 U
GGCAGACTACTTCAAGTTCACTGGCGACCATCAGATGGCTGCTGACGCCATCGGGAAATG
CTTGTACGGTCTGGAGCGTGCGTGGCACCCTATGTTCACTCCTTTCAACGGTAACTGCCG
GTTGAAGTTCACTCACGACACGAACAAGCCCTTCTTCACCACGCTGTTCTCTCACATGAG
GAACATGGACAGGCGCGGCTGTCATAGATCAGCGTTGGAGGCTTGCAAGCTGCTGCTTTC
GCTTGACACAGACAATCCTGTTGGTGCGTTGTCCTGCGTTGACTATTTCGCTCTGAGAGC
AGAGGAGTACGCGTGGCTGGAGGAGTTCTCTGAGGAGTATCATAGCGAGAACTCCTTGTG
GCTGTTACCCAACTTCTCTTACTCGCTTGCTATAGCCAGGGTTTACCTCGAGAAGAAGAC
GGAGTCTCCGTCTTCTTCTTTAGATACTTCGAAGTCGAGCTCTTTGGATCTCATGATGCA
GGCTTTGAAGCTTCACCCGACAGTGCTCAAGAAGCTTGTGGACAAGGTGCCTTTGAAAGA
CCAGGCGTGGGCGAAGATGCTTAAACACTATTACTTCAGGTCTGATCAGTCGAAGAACCC
GTCGTTGGATCACCTTATAAGCATATACGTGGAGAGGAACTACCTTATCTGGAGGCTTCC
AGATGTTCAGAAGCTGCTAAGGAGTGCTGCTGAGTTACTCATTAAGTCGCTGGATGAGAA
AGGAAAGCGACGCGGAGGACTTCTTGAGGGTGAAGGAAGAAGCTTTCCCTGCTAAGCATA
ACGAGTACTCTCATTTATCAATACATGATCTCTCTGATTCGGTGCCGACTCTGCCTCCAG
ACAACTTACAGAACTTTGTGGCTGATCCGAGAATGGGAGGAGGAGGAGAGCAAGTAGTGG
CTGCAGGAAGAGGAGGACACCACCAGCAAGCACCACCACCGCCGGTACGTGATGTGGCGA
ACAGGAATCCATTGGCTGTGTTTTTAGAGTCAATGCTTCCTTGGGTTAATCTTGGAGAGG
GAGATGATGATGATGATGCTGATCACCAACCAGACAACAATGGCTAAGTTTTGTTATATG
CTGATAGATGAGAAGAGAGATACACTTTTGTTGTACATTTGCCATTTTAATGGTTTATTA
GTCTTTTAAGCATGTCATAATTTCATGTTTCTTACTACTTTCATGAGATTTGATACTGAT
AATGATAAAAAGCTGAGTCATTTTGAC


BQ
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AF RR3B455TF U 1
AF RR3B455JQ C 360
BS 1 752 RR3B455TF
BS 753 1227 RR3B455JQ

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CTTGTACGGTCTGGAGCGTGCGTGGCACCCTATGTTCACTCCTTTCAACGGTAACTGCCG
GTTGAAGTTCACTCACGACACGAACAAGCCCTTCTTCACCACGCTGTTCTCTCACATGAG
GAACATGGACAGGCGCGGCTGTCATAGATCAGCGTTGGAGGCTTGCAAGCTGCTGCTTTC
GCTTGACACAGACAATCCTGTTGGTGCGTTGTCCTGCGTTGACTATTTCGCTCTGAGAGC
AGAGGAGTACGCGTGGCTGGAGGAGTTCTCTGAGGAGTATCATAGCGAGAACTCCTTGTG
GCTGTTACCCAACTTCTCTTACTCGCTTGCTATAGCCAGGGTTTACCTCGAGAAGAAGAC
GGAGTCTCCGTCTTCTTCTTTAGATACTTCGAAGTCGAGCTCTTTGGATCTCATGATGCA
GGCTTTGAAGCTTCACCCGACAGTGCTCAAGAAGCTTGTGGACAAGGTGCCTTTGAAAGA
CCAGGCGTGGGCGAAGATGCTTAAACACTATTACTTCAGGTCTGATCAGTCGAAGAACCC
GTCGTTGGATCACCTTATAAGCATATACGTGGAGAGGAACTACCTTATCTGGAGGCTTCC
AGATGTTCAGAAGCTGCTAAGGAGTGCTGCTGAGTTACTCATTAAGTCGCTGGATGAGAA
AGGAAAGCGACGCGGAGGACTTCTTGAGGGTG

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3B455JQ 868 0 0
GGCTGTTACCCAACTTCTCTTACTCGCTTGCTATAGCCAGGGTTTACCTCGAGAAGAAGA
CGGAGTCTCCGTCTTCTTCTTTAGATACTTCGAAGTCGAGCTCTTTGGATCTCATGATGC
AGGCTTTGAAGCTTCACCCGACAGTGCTCAAGAAGCTTGTGGACAAGGTGCCTTTGAAAG
ACCAGGCGTGGGCGAAGATGCTTAAACACTATTACTTCAGGTCTGATCAGTCGAAGAACC
CGTCGTTGGATCACCTTATAAGCATATACGTGGAGAGGAACTACCTTATCTGGAGGCTTC
CAGATGTTCAGAAGCTGCTAAGGAGTGCTGCTGAGTTACTCATTAAGTCGCTGGATGAGA
A*GGAAAGCGACGCGGAGGACTTCTTGAGGGTGAAGGAAGAAGCTTTCCCTGCTAAGCAT
AACGAGTACTCTCATTTATCAATACATGATCTCTCTGATTCGGTGCCGACTCTGCCTCCA
GACAACTTACAGAACTTTGTGGCTGATCCGAGAATGGGAGGAGGAGGAGAGCAAGTAGTG
GCTGCAGGAAGAGGAGGACACCACCAGCAAGCACCACCACCGCCGGTACGTGATGTGGCG
AACAGGAATCCATTGGCTGTGTTTTTAGAGTCAATGCTTCCTTGGGTTAATCTTGGAGAG
GGAGATGATGATGATGATGCTGATCACCAACCAGACAACAATGGCTAAGTTTTGTTATAT
GCTGATAGATGAGAAGAGAGATACACTTTTGTTGTACATTTGCCATTTTAATGGTTTATT
AGTCTTTTAAGCATGTCATAATTTCATGTTTCTTACTACTTTCATGAGATTTGATACTGA
TAATGATAAAAAGCTGAGTCATTTTGAC

QA 1 868 1 868
DS 



AS 1 2

CO CL8622Contig1 981 2 4 U
GGAATCTCCCGTGAAAAATGGCGTCCGGTTTAATCGGAAGATTAGTTAGAACCAAACCGT
CGCGATTAACCGCCGCGGCGAGGCTGATCCCGTCGCGATGCACAGCTTCCTCCTCAACGG
ATAAAGCATCGAACCTGAAGACGTTCCAGATCTACCGATGGAACCCCGATAACCCTAGCA
AACCTCATCTCCAAGACTAACAGATCGATCTCAAGGACTGCGGCCCGATGATCCTCGACG
CTCTAATCAAGATCAAGAACGAGACGGATCCTTCCCTCACCTTCCGCCGATCGTGCCGAG
AAGGGATCTGCGGCTCGTGCGCGATGAACATCGACGGGTTCAACGGCCTCGCGTGCTTGA
CGAAGATCGAGTCGGGAGCCAAAGAGACGACGACGACGATCACTCCCTTGCCGCATATGT
TTGTGATCAAGGATCTTGTGGTGGATATGACGAATTTTTATAATCAGTATAAGAGTATAG
AGCCGTGGCTGAAGAGGAAGAGTCCGGCGGGGGATGAGGAGGCTGGGAAGGAGATTTTGC
AGAGTAAGAAGGATAGGGCGAAGCTTGATGGGATGTATGAGTGTATTCTTTGTGCTTGTT
GTAGCACGTCGTGTCCTAGTTATTGGTGGAACCCTGAGTCTTATCTTGGCCCTGCTGCTT
TGCTACATGCCAATAGGCGGATAAGCGACAGTCGTGATGAGTACACTAAGGAAAGACTTG
AGGCTATAGACGACGAGTTTAAGCTTTACCGTTGCCATACGATCTTGAACTGTGCACGTG
CCTGTCCAAAGGGTTTGAACCCAGGCAAACAGATCGCGCACATCAAGCAACTTCAGCGTT
GAAACAGCTTTTTGAGGTATTGTGAGGTCACCGTAGACATTTGAAGCTAATAATCTTCAC
AAAGTCTTGGATTGTCAATTCATTCTTGTATCGCTGTTGCCAAGTATTAGCACCTGAAAT
AAATAAAAAACTCTTTTTGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F042TF U 1
AF RR3F042JQ C 220
BS 1 676 RR3F042TF
BS 677 677 RR3F042JQ
BS 678 706 RR3F042TF
BS 707 981 RR3F042JQ

RD RR3F042TF 706 0 0
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CGCGATTAACCGCCGCGGCGAGGCTGATCCCGTCGCGATGCACAGCTTCCTCCTCAACGG
ATAAAGCATCGAACCTGAAGACGTTCCAGATCTACCGATGGAACCCCGATAACCCTAGCA
AACCTCATCTCCAAGACTAACAGATCGATCTCAAGGACTGCGGCCCGATGATCCTCGACG
CTCTAATCAAGATCAAGAACGAGACGGATCCTTCCCTCACCTTCCGCCGATCGTGCCGAG
AAGGGATCTGCGGCTCGTGCGCGATGAACATCGACGGGTTCAACGGCCTCGCGTGCTTGA
CGAAGATCGAGTCGGGAGCCAAAGAGACGACGACGACGATCACTCCCTTGCCGCATATGT
TTGTGATCAAGGATCTTGTGGTGGATATGACGAATTTTTATAATCAGTATAAGAGTATAG
AGCCGTGGCTGAAGAGGAAGAGTCCGGCGGGGGATGAGGAGGCTGGGAAGGAGATTTTGC
AGAGTAAGAAGGATAGGGCGAAGCTTGATGGGATGTATGAGTGTATTCTTTGTGCTTGTT
GTAGCACGTCGTGTCCTAGTTATTGGTGGAACCCTGAGTCTTATCTTGGCCCTGCTGCTT
TGCTACATGCCAATAG*CGGATAAGCGACAGTCGTGATGAGTACAC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3F042JQ 762 0 0
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CCTTCCGCCGATCGTGCCGAGAAGGGATCTGCGGCTCGTGCGCGATGAACATCGACGGGT
TCAACGGCCTCGCGTGCTTGACGAAGATCGAGTCGGGAGCCAAAGAGACGACGACGACGA
TCACTCCCTTGCCGCATATGTTTGTGATCAAGGATCTTGTGGTGGATATGACGAATTTTT
ATAATCAGTATAAGAGTATAGAGCCGTGGCTGAAGAGGAAGAGTCCGGCGGGGGATGAGG
AGGCTGGGAAGGAGATTTTGCAGAGTAAGAAGGATAGGGCGAAGCTTGATGGGATGTATG
AGTGTATTCTTTGTGCTTGTTGTAGCACGTCGTGTCCTAGTTATTGGTGGAACCCTGAGT
TTTATCTTGGCCCTGCTGCTTTGCTACATGCCAATAGGCGGATAAGCGACAGTCGTGATG
AGTACACTAAGGAAAGACTTGAGGCTATAGACGACGAGTTTAAGCTTTACCGTTGCCATA
CGATCTTGAACTGTGCACGTGCCTGTCCAAAGGGTTTGAACCCAGGCAAACAGATCGCGC
ACATCAAGCAACTTCAGCGTTGAAACAGCTTTTTGAGGTATTGTGAGGTCACCGTAGACA
TTTGAAGCTAATAATCTTCACAAAGTCTTGGATTGTCAATTCATTCTTGTATCGCTGTTG
CCAAGTATTAGCACCTGAAATAAATAAAAAACTCTTTTTGCG

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL8623Contig1 1231 2 18 U
GGACTAGCAACTTCCGCACATTCATGGCTCTTCAGGCTGCCTATTCGCTTCTTCCTTCTA
CCGTTTCAATCCACAAAGAGGGTAGATTCGTTGCTTCTCTGAAGGTGATGACTTTAACTA
GTTTTTCATTTTCCAACAATCTTAGAGCCGACAAGATCCCCACCCTGATAACCATCAAGG
AGCAGAGAGGACAAAGTCCGCGGTTTTCCACTAGCATTCGTGCACAGATGGTTACAGCAA
CGCCGCCAGCGAAGGCTTTAGCAGACACAGGGAAATGGCACGTGATAATGGCGTGCAGGA
ACTTTCTCAAAGCCGAGAAAGCAGCTAAATCCGTAGGAATGTCCAAAGAAGATTACACGG
TGATGCATCTCGATCTCGCTTCGCTCGAGAGCGTGAAGCAGTTCGTCGATAGCTACAGGA
GAACAGAACGGCCGTTAGATGTTCTTGTCTGCAACGCTGCGGTTTACCAACCGACTGCTA
AAGAACCTTCTTTTACAGCTGAAGGGTTTGAGCTCAGCGTTGGAACCAACCATCTCGGTC
ATTTCCTTCTTTCGAGGTTGCTTCTTGATGACCTCAAAAAATCTGATTATCCGTCAAAAC
GTATGATCATCGTAGGATCTATAACAGGAAACACAAACACTTTGGCTGGGAATGTGCCAC
CCAAAGCAAACCTTGGCGACCTGAGAGGCTTAGCGTCAGGTTTGAACGGGCAGAACAGTT
CGATGATAGATGGAGGAGAGTACGATGGAGCCAAAGCTTACAAAGACAGCAAAGTGTGCA
ATATGCTGACGATGCAGGAGCTTCACAGACGTTACCACGAGGAAACAGGAGTCACGTTTG
CTTCTCTTTATCCTGGTTGCATCGCTACAACAGGGTTGTTCAGAGAACACATACCCCTGT
TCAGGCTTCTCTTCCCGCCTTTTCAGAAGTATATCACCAAAGGTTATGTATCTGAAGAGG
AAGCTGGGAAAAGACTAGCACAGGTGGTGAGCGATCCGAGTCTAGAGAAGTCAGGGGTGT
ATTGGAGCTGGAACAACAACTCGTCTTCGTTTGAGAATCAGCTGTCTAAAGAAGCTAGTG
ATGCCGAGAAGGCCAAGAAACTATGGGAGGTTAGCGAGAAGCTTGTTGGTTTGGCTTGAT
GCAAACATACTTTTAGATTACAGACTTCTGTGACGTGTACCATAAACTCCATAAGATTAT
TACAGATCTGATCAAATCATTGTGAATGAAG


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BP17TF U 1
AF RR3BP17JQ C 366
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GTATGATCATCGTAGGATCTATAACAGGAAACACAAACACTTTGGCTGGGAATGTGCCAC
CCAAAGCAAACCTTGGCGACCTGAGAG*CTTAGCGTCAG*TTTGA*CGGGCAGAACAGTT
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*TATGCTGACGATGCAG
AGCT

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DS 

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GAACGGCCGTTAGATGTTCTTGTCTGCAACGCTGCGGTTTACCAACCGACTGCTAAAGAA
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ATCATCGTAGGATCTATAACAGGAAACACAAACACTTTGGCTGGGAATGTGCCACCCAAG
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ATAGATGGAGGAGAGTACGATGGAGCCAAAGCTTACAAAGACAGCAAAGTGTGCAATATG
CTGACGATGCAGGAGCTTCACAGACGTTACCACGAGGAAACAGGAGTCACGTTTGCTTCT
CTTTATCCTGGTTGCATCGCTACAACAGGGTTGTTCAGAGAACACATACCCCTGTTCAGG
CTTCTCTTCCCGCCTTTTCAGAAGTATATCACCAAAGGTTATGTATCTGAAGAGGAAGCT
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AGCTGGAACAACAACTCGTCTTCGTTTGAGAATCAGCTGTCTAAAGAAGCTAGTGATGCC
GAGAAGGCCAAGAAACTATGGGAGGTTAGCGAGAAGCTTGTTGGTTTGGCTTGATGCAAA
CATACTTTTAGATTACAGACTTCTGTGACGTGTACCATAAACTCCATAAGATTATTACAG
ATCTGATCAAATCATTGTGAATGAAG

QA 1 866 1 866
DS 



AS 1 2

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AAGCTTGGTGCTTTTCTGATTCAGACACAACTGCAGTGTGCAGGGACTTCTGGTGCGTTA
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TGGATCATGCTCGGTGCAATGGCTTTCACCGTCTCTCTTTGGGTTTTCGGAGAAGCAATA
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ATAAACTGGAACGACTGTCTAAGCGACAAGTCAGCTTGGGACTCGCTAACTTGGTTTGCG
GTATTGATCGGTATGGCTGGACAACTAACAAACCTCGGGGTCGTTGCTTGGATGTCGGGT
TGTGTGACTAAACTGCTACAGACGCCCTCCTTGACTTGGCCTGCTTCGTTCGCTATCCTT
CAAGCTTCTTATCTCCTGCTTCATCACGTGTTTGCAAGCCAAACGGCTCATGCAGGTGCT
CTCTATCCAGCTTTCTTGGCCATGCAAATCGCTGCTGGTGTTCCCGGGGTTTTAGCAGCT
CTTTGCTTGGCTTTCAATAACAATCTCTCTGGTGCTTTGGCTCATTACAGTAGTGGACCA
GCTGCTTTATACTATGGAGCTGGCTACGTAGATCTGAAAGATATGTTTAGACTTGGGTTC
GTGATGGCTTTATTACAAGCAGTCATTTGGGGATGTGTTGGGTCTTTATGGTGGAAGTTC
TTGGGTCTCTACTAGAAGAAGCCAGACAACACCGGTTTTACATTGTACTGACTTATTTTG
TTGTTAATCCAAACTTAACCACAG


BQ
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AF RR3H095TF U 1
AF RR3H095JQ C 392
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TGGATCATGCTCGGTGCAATGGCTTTCACCGTCTCTCTTTGGGTTTTCGGAGAAGCAATA
GGAGTATCAAGTGTTGTGTCTGCGATGATTGGTCTATCAACGCTGCTGCTATTGGGAGTT
ATAAACTGGAACGACTGTCTAAGCGACAAGTCAGCTTGGGACTCGCTAACTTGGTTTGCG
GTATTGATCGGTATGGCTGGACAACTAACAAACCTCGGGGTCGTTGCTTGGATGTCGGGT
TGTGTGACTAAACTGCTACAGACGCCCTCCTTGACTTGGCCTGCTTCGTTCGCTATCCTT
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TGCTCTCT

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DS 

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ACCTCGGGGTCGTTGCTTGGATGTCGGGTTGTGTGACTAAACTGCTACAGACGCCCTCCT
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TTGCAAGCCAAACGGCTCATGCAGGTGCTCTCTATCCAGCTTTCTTGGCCATGCAAATCG
CTGCTGGTGTTCCCGGGGTTTTAGCAGCTCTTTGCTTGGCTTTCAATAACAATCTCTCTG
GTGCTTTGGCTCATTACAGTAGTGGACCAGCTGCTTTATACTATGGAGCTGGCTACGTAG
ATCTGAAAGATATGTTTAGACTTGGGTTCGTGATGGCTTTATTACAAGCAGTCATTTGGG
GATGTGTTGGGTCTTTATGGTGGAAGTTCTTGGGTCTCTACTAGAAGAAGCCAGACAACA
CCGGTTTTACATTGTACTGACTTATTTTGTTGTTAATCCAAACTTAACCACAG

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

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GTGGTTTTGCTCGGATTAGTGTTTGGTTTTGCGGTTAGGGTTCTTGTCCGGTTAGGAACA
GCTTTCAAGGGTGGTTTACAAGGGAGACCAAAGCTGGTAGTTAGGAGAGATAGGAGTCTT
GGTGGGAAGGAAGTGGTTGTAGCTGTTGATAACATTCGTTCAAGCTCCGTAGCTGCTTCT
TCTGGTCAGGCTTCTCGAAGTAACTCTGTTTCTAGAACCCTCAAGCTTAGAGCTCAGAAC
AGTTTGCCGAAATGGTGGCCTGCTTCATTGCCTAGACAGAGCTTTGAAGTAGACAAAGAA
GATTATCAGAGAGAAGCCAACAGAATCGTTCGAGCAATTGTGGATAACAGAACCAGTGGG
AAGGACATCACTGAGAATGATATCGTTCAACTGCGTAGAGTATGTAGGATTGCCGGAGTC
CAAGTCTCTATTGAGCCTACAAATACTCGAGATTCCTTTTATAGAACATCTGTTGATTTT
GTTCTAAATGCTTGCAGCAGAGCTCCTTGGGAATCTTCTTCTGTGGAGATTTGTAGTGAA
GATGCCCGAGAGTTCATCGCCGGGCTTGCTGAGAACATTAGACTTGCAAAGATAGATGCT
GCTAGGATGGTTTCTGCTGCTGTTGCTGCACGGACACGTTCATGGTTTCTACAAGCTTGG
GCTCTGGAAATACAGGGCAAACATTCTGAATCAGTGGCTGAACTATCGAAGATATGCCTC
ATTCATCGCATATTTCCTCCCGAGGAGTACTCCGCTGAGATGGAAATGGTAGCAAGAGGG
TTGGAGAAACTCATGAAGCTCGAAGAGAGACAGTCTCTACTGAGAACGTTTGTTGGAATG
TGTTGCAGTGAAGAGAGTCAGAGAAGCGCTGCTGAGGCTCTTGGTTTGATTCCTTCGTAG
TTTGAACTGCTTTTACGCCATTTTTTTCTCAACTCCTTAGTGATAATTTAAAGAAACCAT
TTTCATACACCTGTGTTCTAATCAACTTAACTTAATGATTTTTAATCAGATGACAGAAGT
TATTGAAACATTTTGTCTTAGTATTATGTCTTGAAGTGAATCTTTGAAGAACAAAAGCTA
CTAAATAATGTATGATTATGATATTGTAATATATTCATATGTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BC81TF U 1
AF RR3BC81JQ C 410
BS 1 729 RR3BC81TF
BS 730 730 RR3BC81JQ
BS 731 802 RR3BC81TF
BS 803 1186 RR3BC81JQ

RD RR3BC81TF 802 0 0
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TCTGGTCAGGCTTCTCGAAGTAACTCTGTTTCTAGAACCCTCAAGCTTAGAGCTCAGAAC
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GTTCTAAATGCTTGCAGCAGAGCTCCTTGGGAATCTTCTTCTGTGGAGATTTGTAGTGAA
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GCTAGGATGGTTTCTGCTGCTGTTGCTGCACGGACACGTTCATGGTTTCTACAAGCTTGG
GCTCTGGAA*TACAGGGCAAACATTCTGAATCAGTGGCTGAACTATCGAAGATATGCCTC
ATTCATCGCATATTTCCTCCCG

QA 1 802 1 802
DS 

RD RR3BC81JQ 777 0 0
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CTGTTGATTTTGTTCTAAATGCTTGCAGCAGAGCTCCTTGGGAATCTTCTTCTGTGGAGA
TTTGTAGTGAAGATGCCCGAGAGTTCATCGCCGGGCTTGCTGAGAACATTAGACTTGCAA
AGATAGATGCTGCTAGGATGGTTTCTGCTGCTGTTGCTGCACGGACACGTTCATGGTTTC
TACAAGCTTGGGCTCTGGAAATACAGGGCAAACATTCTGAATCAGTGGCTGAACTATCGA
AGATATGCCTCATTCATCGCATATTTCCTCCCGAGGAGTACTCCGCTGAGATGGAAATGG
TAGCAAGAGGGTTGGAGAAACTCATGAAGCTCGAAGAGAGACAGTCTCTACTGAGAACGT
TTGTTGGAATGTGTTGCAGTGAAGAGAGTCAGAGAAGCGCTGCTGAGGCTCTTGGTTTGA
TTCCTTCGTAGTTTGAACTGCTTTTACGCCATTTTTTTCTCAACTCCTTAGTGATAATTT
AAAGAAACCATTTTCATACACCTGTGTTCTAATCAACTTAACTTAATGATTTTTAATCAG
ATGACAGAAGTTATTGAAACATTTTGTCTTAGTATTATGTCTTGAAGTGAATCTTTGAAG
AACAAAAGCTACTAAATAATGTATGATTATGATATTGTAATATATTCATATGTACCC

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

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TACTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCAACCACCGTATATCCCGCCGTGAAAACCGTGGAAGCG
GCGGTGGAAGGAATGGTGTACTGTCAATCCTGCGACAAATACGGATCATGGTCGTTGGGC
GGAGCAGAACCCATAGCCGGAGCTAAAATCAGCATCATCTGCAAGAACCACAGGGAACAA
GTGAGCTTCTACAAAGTCTTTCAAACTGATTCGTACGGCCATTTCTACGGTGAGCTCAAA
GGTTTTAAAATGACTCCACATTTCTTGGACCATCCTCTTCACGCTTGCCGTGCCAAGCTC
GTCTCTTCTCCTCGTGAGGACTGCAATCTCTTCTCCAACATTAACAATGCTCTCGATGGT
GCTCCCCTCCGGTATGAAGAGAAGAGGCTCAAGTGGACCAACTATGAGGCTGTGATTTAC
GCCGCTGGTCCATTGGCTTTCCGTCCTGACCATTGTCCCGCTACTGCACCACCACCCACT
TACTGATTTGAGTTTATGTTATTTGAAGATCATCCTATACTAATTATATGAGAAAAATGT
TTCCCTTTTTTAATGGTTTGTTTGTAAGATGAGTTATGTGCTGGGTATCGTTTGTGACTC
CTTTGTATCGACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FW35TF U 1
AF RR3FW35JQ C 451
BS 1 719 RR3FW35TF
BS 720 733 RR3FW35JQ

RD RR3FW35TF 719 0 0
AGGGACAAGAAACAGAGGATACATATTACCTTTTCAAAAGCTACAGAAAACATGGACGCA
CGAGCTATGTACTTCTCCGTTCTCGTCATCCTCATTGCAGCTGTGACTTTGGCCAACGGT
TACTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCAACCACCGTATATCCCGCCGTGAAAACCGTGGAAGCG
GCGGTGGAAGGAATGGTGTACTGTCAATCCTGCGACAAATACGGATCATGGTCGTTGGGC
GGAGCAGAACCCATAGCCGGAGCTAAAATCAGCATCATCTGCAAGAACCACAGGGAACAA
GTGAGCTTCTACAAAGTCTTTCAAACTGATTCGTACGGCCATTTCTACGGTGAGCTCAAA
GGTTTTAAAATGACTCCACATTTCTTGGACCATCCTCTTCACGCTTGCCGTGCCAAGCTC
GTCTCTTCTCCTCGTGAGGACTGCAATCTCTTCTCCAACATTAACAATGCTCTCGATGGT
GCTCCCCTCCGGTATGAAGAGAAGAGGCTCAAGTGGACCAACTATGAGGCTGTGATTTAC
GCCGCTGGTCCATTGGCTTTCCGTCCTGACCATTGTCCCGCTACTGCACCACCACCCACT
TACTGATTTGAGTTTATGTTATTTGAAGATCATCCTATACTAATTATATGAGAAAAATGT
TTCCCTTTTTTAATGGTTTGTTTGTAAGATGAGTTATGTGCTGGGTATCGTTTGTGACT

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3FW35JQ 283 0 0
TTCTCCAACATTAACAATGCTCTCGATGGTGCTCCCCTCCGGTATGAAGAGAAGAGGCTC
AAGTGGACCAACTATGAGGCTGTGATTTACGCCGCTGGTCCATTGGCTTTCCGTCCTGAC
CATTGTCCCGCTACTGCACCACCACCCACTTACTGATTTGAGTTTATGTTATTTGAAGAT
CATCCTATACTAATTATATGAGAAAAATGTTTCCCTTTTTTAATGGTTTGTTTGTAAGAT
GAGTTATGTGCTGGGTATCGTTTGTGACTCCTTTGTATCGACC

QA 1 283 1 283
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8628Contig1 533 2 1 U
GGACTATCTCCATCGCTTCTGCCTCTTCTATTATGGAAGTTCCATACCACTAACCTTCTC
ATGCGTCTGCCGCTCCTCTTACCGTCTACTCCAACCCGTCTTTCTCTGCAACAATCACCG
CTGATTCCGAACCCGTCTTTCTAGGCCGTTGTGCTCGTAAAGATTTCCGAATCTTACACC
AGGAAATGAATAGTTCTAAGCGTGTGAAACTTAAACAGTACTGCAGCTTCTCAAAAGCCT
ACAGCTATATTGGAAGCCTTGCAGAATTATTATGAGTCCTATAATGCAAATGTTCATCAA
GGATCCACTAATTAAGTGCTCAGATGAATTTGAGTTGGCTAGGAAAAAAATATCTACCAG
GATGCTTAGGACTTCGTTCATTTTGGAAGAGTCAATGCTTAGGACTTCATTGAGTGTAAG
ACCATGATGCCGACCCTGAAGCTAATCTTGTAGCAAAATTTGTTATTTATTTTATTTTGT
TTTGTAAATTTGCACGGTGAATAGTTATTTTTCAATAAATTAATTATTAATCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3F933JQ C 1
AF RR3F933TF U 1
BS 1 533 RR3F933TF

RD RR3F933JQ 533 0 0
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ATGCGTCTGCCGCTCCTCTTACCGTCTACTCCAACCCGTCTTTTTCTGCAACAATCACCG
CTGATTCCGAACCCGTCTTTCTAGGCCGTTGTGCTCGTAAAGATTTCCGAATCTTACACC
AGGAAATGAATAGTTCTAAGCGTGTGAAACTTAAACAGTACTGCAGCTTCTCAAAAGCCT
ACAGCTATATTGGAAGCCTTGCAGAATTATTATGAGTCCTATAATGCAAATGTTCATCAA
GGATCCACTAATTAAGTGCTCAGATGAATTTGAGTTGGCTAGGAAAAAAATATCTACCAG
GATGCTTAGGACTTCGTTCATTTTGGAAGAGTCAATGCTTAGGACTTCATTGAGTGTAAG
ACCATGATGCCGACCCTGAAGCTAATCTTGTAGCAAAATTTGTTATTTATTTTATTTTGT
TTTGTAAATTTGCACGGTGAATAGTTATTTTTCAATAAATTAATTATTAATCT

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR3F933TF 533 0 0
GGACTATCTCCATCGCTTCTGCCTCTTCTATTATGGAAGTTCCATACCACTAACCTTCTC
ATGCGTCTGCCGCTCCTCTTACCGTCTACTCCAACCCGTCTTTCTCTGCAACAATCACCG
CTGATTCCGAACCCGTCTTTCTAGGCCGTTGTGCTCGTAAAGATTTCCGAATCTTACACC
AGGAAATGAATAGTTCTAAGCGTGTGAAACTTAAACAGTACTGCAGCTTCTCAAAAGCCT
ACAGCTATATTGGAAGCCTTGCAGAATTATTATGAGTCCTATAATGCAAATGTTCATCAA
GGATCCACTAATTAAGTGCTCAGATGAATTTGAGTTGGCTAGGAAAAAAATATCTACCAG
GATGCTTAGGACTTCGTTCATTTTGGAAGAGTCAATGCTTAGGACTTCATTGAGTGTAAG
ACCATGATGCCGACCCTGAAGCTAATCTTGTAGCAAAATTTGTTATTTATTTTATTTTGT
TTTGTAAATTTGCACGGTGAATAGTTATTTTTCAATAAATTAATTATTAATCT

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 2

CO CL8629Contig1 396 2 1 U
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CTTCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGATGCTAGGTCTGTGAAGATCAAGAGAAGCAAGGA
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AAGATCTTCTTGAAGTCGAGTGATATGTCAAGGCGACATTTTGATTTTTGTTACCTTTTG
AATTACTATTGTTCAGACTCTTTCCCATTTCTATTTCAAGACTGAGTTTTTATTTTGTTA
TTTGCTATCAACGTGGTTAGTAAACATGAATGGTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C775JQ C 1
AF RR3C775TF U 1
BS 1 396 RR3C775TF

RD RR3C775JQ 396 0 0
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AAGATCTTCTTGAAGTCGAGTGATATGTCAAGGCGACATTTTGATTTTTGTTACCTTTTG
AATTACTATTGTTCAGACTCTTTCCCATTTTTATTTCAAGACTGAGTTTTTATTTTGTTA
TTTGCTATCAACGTGGTTAGTAAACATGAATGGTTC

QA 1 396 1 396
DS 

RD RR3C775TF 396 0 0
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CTTCCTTCTGACGGCGAGGAGGAAGGATGCTAGGTCTGTGAAGATCAAGAGAAGCAAGGA
CATTGTCAAGTTCAAGGTCAGGTTCTCCAGGTACCTCTACACGCTATGCGTCTTCGACCA
AGAGAAGGCTGATGAGCTTAAGCAGTCACTTCCTCCAGGTTTGAGTGTTCAAGACCTTTG
AAGATCTTCTTGAAGTCGAGTGATATGTCAAGGCGACATTTTGATTTTTGTTACCTTTTG
AATTACTATTGTTCAGACTCTTTCCCATTTCTATTTCAAGACTGAGTTTTTATTTTGTTA
TTTGCTATCAACGTGGTTAGTAAACATGAATGGTTC

QA 1 396 1 396
DS 



AS 1 2

CO CL8630Contig1 529 2 1 U
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AAACAATATTTCATCATCACAGTTTGCTATCTTTTGCATTATCTTGGTTGCTTTATTTCC
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TAACTATTTTATTTAATTATTCCTAATAACTACTTTTGTTTTATATGAAAAACAAGCTCA
TCTGAAGACCAAAAAATACATATGCATATTGTATTTGTGTTTAGAAACTTTCATATTTTA
TTCTATATAACGCACAGTTAAACTTATTTTCTCTTATTTTGTTTTAATTTGTTATTAATT
TCTTAATATTTTCCGGGTTAATAGCTAACAATAAATTTTTAAATTTCAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FK02JQ C 1
AF RR3FK02TF U 1
BS 1 529 RR3FK02TF

RD RR3FK02JQ 529 0 0
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AAACAATATTTCATCATCACAGTTTGCTATCTTTTGCATTATCTTGGTTGCTTTATTTCC
TCTTCATGAATTTGTCGATGCAGTTAAAGATTCTTGCAACCATACCACATGCGGCAAAAA
CACCAAAGTTAAGAATTGCTTTTGTTGTTCCTACAATAAGGGTTGTTTCCCGACCAGAAA
AGGGTTTGCAGTTTTGTGTCCAACTCGATAAGCTACATCAAGGATTTAAGAAAACCCGAA
TAACTATTTTATTTAATTATTCCTAATAACTACTTTTGTTTTATATGAAAAACAAGCTCA
TCTGAAGACCAAAAAATACATATGCATATTGTATTTGTGTTTAGAAACTTTCATATTTTA
TTCTATATAACGCACAGTTAAACTTATTTTCTCTTATTTTGTTTTAATTTGTTATTAATT
TCTTAATATTTTCCGGGTTAATAGCTAACAATAAATTTTTAAATTTCAT

QA 1 529 1 529
DS 

RD RR3FK02TF 529 0 0
GGAACCATCAAACAAGTAAAAGATTCTTCAAAAGAATTAATAATAAAGCGTGTGTATCAT
AAACAATATTTCATCATCACAGTTTGCTATCTTTTGCATTATCTTGGTTGCTTTATTTCC
TCTTCATGAATTTGTCGATGCAGTTAAAGATTCTTGCAACCATACCACATGCGGCAAAAA
CACCAAAGTTAAGAATTGCTTTTGTTGTTCCTACAATAAGGGTTGTTTCCCGACCAGAAA
AGGGTTTGCAGTTTTGTGTCCAACTCGATAAGCTACATCAAGGATTTAAGAAAACCCGAA
TAACTATTTTATTTAATTATTCCTAATAACTACTTTTGTTTTATATGAAAAACAAGCTCA
TCTGAAGACCAAAAAATACATATGCATATTGTATTTGTGTTTAGAAACTTTCATATTTTA
TTCTATATAACGCACAGTTAAACTTATTTTCTCTTATTTTGTTTTAATTTGTTATTAATT
TCTTAATATTTTCCGGGTTAATAGCTAACAATAAATTTTTAAATTTCAT

QA 1 529 1 529
DS 



AS 1 2

CO CL8631Contig1 822 2 2 U
GGAAAAGCAATTGATTCAGTCGAAATGGCTATCAGACAACCACCGATGCTAATCCTCATC
TTCCTCCTCTTTACCTCCGGCGCCCAAATTGCTACCGCTAATGAGCCGGTGCCGGCGCCA
TGGCCACACCAATTTCACGCGCTACTGTTCATGAATTACTCGGGAGACCTCTCGATGATT
GACCTTTGGTACGACTGGCCCAACGGTCGTAATTTCAATATCATACAGGAGCAGCTCGGT
GGCATCACCTACGACCTCGAATGGAACAACGGAACGTCCTTCGTCTACACCCTCGACGAC
TCAAAATCGTGCCGTTCAGCTCAACTTGAGGTTGGAATCTTGCGACCAAACTGGCTAGAT
GGAGCCAAGTATCAAGGCCAACAACTTGTGAATGGGTTTCACTGCAATGTATGGGAGAAA
GTAGACTTTATAAGGTACTATGAGGATGTCGAAACCAAGAGACCTGTTCAATGGATCTTC
TATACAGGGAGGGAGGCTCATGTGATGACATTCGAGGTTGGCGCAGTACTTGAGGATGAG
AAATGGCAAGCGCCGGTTTATTGTTTCAACAAAGAGAAGAAGAGTTTATCGACTGAAGGA
GCTTTAAGAGAATTTAGAGGATACAAAGGAAAGGCTGTTTCGTAATGCTAATTACTGAGA
GCTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTCTCTTGGATCAGAATAAGATGCAGCAGCTCAAGAGCAG
GAAAAGGGTGAAATAAATTGGCTTATTCTTATTATGAGCCGTCTAAAATCTTTGTACACA
GACTTGAAATGTTTTTATTTGAAATCTCGAGGCTTGTTCAGC


BQ
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AF RR3GE56TF U 1
AF RR3GE56JQ C 280
BS 1 671 RR3GE56TF
BS 672 822 RR3GE56JQ

RD RR3GE56TF 671 0 0
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TGGCCACACCAATTTCACGCGCTACTGTTCATGAATTACTCGGGAGACCTCTCGATGATT
GACCTTTGGTACGACTGGCCCAACGGTCGTAATTTCAATATCATACAGGAGCAGCTCGGT
GGCATCACCTACGACCTCGAATGGAACAACGGAACGTCCTTCGTCTACACCCTCGACGAC
TCAAAATCGTGCCGTTCAGCTCAACTTGAGGTTGGAATCTTGCGACCAAACTGGCTAGAT
GGAGCCAAGTATCAAGGCCAACAACTTGTGAATGGGTTTCACTGCAATGTATGGGAGAAA
GTAGACTTTATAAGGTACTATGAGGATGTCGAAACCAAGAGACCTGTTCAATGGATCTTC
TATACAGGGAGGGAGGCTCATGTGATGACATTCGAGGTTGGCGCAGTACTTGAGGATGAG
AAATGGCAAGCGCCGGTTTATTGTTTCAACAAAGAGAAGAAGAGTTTATCGACTGAAGGA
GCTTTAAGAGAATTTAGAGGATACAAAGGAAAGGCTGTTTCGTAATGCTAATTACTGAGA
GCTTTTTTTTT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3GE56JQ 543 0 0
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TTGCGACCAAACTGGCTAGATGGAGCCAAGTATCAAGGCCAACAACTTGTGAATGGGTTT
CACTGCAATGTATGGGAGAAAGTAGACTTTATAAGGTACTATGAGGATGTCGAAACCAAG
AGACCTGTTCAATGGATTTTCTATACAGGGAGGGAGGCTCATGTGATGACATTCGAGGTT
GGCGCAGTACTTGAGGATGAGAAATGGCAAGCGCCGGTTTATTGTTTCAACAAAGAGAAG
AAGAGTTTATCGACTGAAGGAGCTTTAAGAGAATTTAGAGGATACAAAGGAAAGGCTGTT
TCGTAATGCTAATTACTGAGAGCTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTCTCTTGGATCAGAATAA
GATGCAGCAGCTCAAGAGCAGGAAAAGGGTGAAATAAATTGGCTTATTCTTATTATGAGC
CGTCTAAAATCTTTGTACACAGACTTGAAATGTTTTTATTTGAAATCTCGAGGCTTGTTC
AGC

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 2

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TTTGACGTTGACTGGGCGGAAGAAGCAGCCTGACCAGCTTCAGACAGCTGAGGGATGGGC
AAAATTTACGGGAGGGTTCTTCTTCGGAGGGATCTCTGGTGTGACTTGGGCTTACTTTCT
CCTCTACGTTCTTGACCTTCCCTATTTCGTCAAGTGAATGTAGTACAAAATATGAGCTTT
CACCAGTATTCTACCAATAAATACTCTCCAGTACAATTGTTTCTTTTTCCTTTTTAATTT
ACTTTTGTCTGATCAAGAATCCTGAATCTCAGGATCGTTTATGCATAATACTGTGCATCT
TCTCTTAACTATTTCTTGGTCTTTATTTC


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AF RR3AW41JQ C 1
AF RR3AW41TF U 1
BS 1 389 RR3AW41TF

RD RR3AW41JQ 389 0 0
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TTTGACGTTGACTGGGCGGAAGAAGCAGCCTGACCAGCTTCAGACAGCTGAGGGATGGGC
AAAATTTACGGGAGGGTTCTTCTTCGGAGGGATCTCTGGTGTGACTTGGGCTTACTTTCT
CCTCTACGTTCTTGACCTTCCCTATTTCGTCAAGTGAATGTAGTACAAAATATGAGCTTT
CACCAGTATTCTACCAATAAATACTCTCCAGTACAATTGTTTCTTTTTCCTTTTTAATTT
ACTTTTGTCTGATCAAGAATCCTGAATCTCAGGATCGTTTATGCATAATACTGTGCATCT
TCTCTTAACTATTTCTTGGTCTTTATTTC

QA 1 389 1 389
DS 

RD RR3AW41TF 389 0 0
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TTTGACGTTGACTGGGCGGAAGAAGCAGCCTGACCAGCTTCAGACAGCTGAGGGATGGGC
AAAATTTACGGGAGGGTTCTTCTTCGGAGGGATCTCTGGTGTGACTTGGGCTTACTTTCT
CCTCTACGTTCTTGACCTTCCCTATTTCGTCAAGTGAATGTAGTACAAAATATGAGCTTT
CACCAGTATTCTACCAATAAATACTCTCCAGTACAATTGTTTCTTTTTCCTTTTTAATTT
ACTTTTGTCTGATCAAGAATCCTGAATCTCAGGATCGTTTATGCATAATACTGTGCATCT
TCTCTTAACTATTTCTTGGTCTTTATTTC

QA 1 389 1 389
DS 



AS 1 2

CO CL8633Contig1 1122 2 2 U
GGGGGATTCCAATCTTCAGCAGACGACGAAACCCAGAGAAAATTAAAAAAAGAAAAAAAA
AAGAAACTTTTGGAGGAGAATGAAAGCAGAGCTAAACTTACCAGCAGGATTCAGATTCCA
CCCCACGGACGAAGAGCTCGTGAAATTCTACTTGATCCGTAAATGCTCATCGGAGCAGAT
CTCAGCTCCGGTTATCGCCGAAATCGATCTCTACAAGTTCAACCCTTGGGAGCTTCCAGA
GATGTCTCTGTACGGAGAGAAAGAGTGGTACTTCTTCTCGCCTCTAGACCGGAAATACCC
AAACGGTTCGCGTCCTAACCGGGCGGCAGGAACCGGTTATTGGAAAGCCACCGGAGCTGA
TAAACCTATCGGTAAACCGAAGACGTTGGGTATAAAGAAAGCGCTCGTCTTCTACGCCGG
GAAAGCTCCCAAAGGGATTAAAACGAATTGGATCATGCACGAGTATCGTCTCGCTAATGT
CGATAGATCAGCTTCTGTTAACAAAAAGAACAACCTACGACTTGATGATTGGGGTGTTAT
GTCGAATCTACAACAATAAAGGAACCATGGGAGAAGTACTACCCTGCTGATGAGAAACCG
AGGATCATTACCACCACCGCATCGTCGCCTTTTGATACATCGGTGTCGACGTTACAAGAG
GAGGATTGTAGCAGCTCGGGAGGACACGTGGTGTCACCGGATGCGAAGGAGGAGGTTCAG
GGCGAGCCTAAATGGAGAGAGCTTGAGGATGCTTTGGAGGCTTTTGATTCTTCCATGTTT
GGTGGTGTTGGTGGTTGTTCCATGGACTTGTTGCAGAGCGATGCTTTTGTTCCTCAGTTC
ATGTATCAGCCTACTGATTGCTTCACTTCGTTCCAGGATCCGCTTGAGCAGAAACCGTTC
TTGAATTGGAGTTTTGCTCCGCAGGGGTGAAGAGGATGAGATGGTTTGTCTGTGTTTGTG
ATGTGCTAGAGAGAAGTTTCTCAATCAGCTTTTGTTTCTTTGTAGTATAAAAAGATTGTA
TTAGTGTTAATAGTTGTTAGCATCAATCAATGTCTCATTGATAGGCAAATTCTTGTAATT
TCATTAGAAAATTTATATGAAAAAAAATATAACACATTCTCC


BQ
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AF RR3BB06TF U 1
AF RR3BB06JQ C 310
BS 1 707 RR3BB06TF
BS 708 1122 RR3BB06JQ

RD RR3BB06TF 709 0 0
GGGGGATTCCAATCTTCAGCAGACGACGAAACCCAGAGAAAATTAAAAAAAGAAAAAAAA
AAGAAACTTTTGGAGGAGAATGAAAGCAGAGCTAAACTTACCAGCAGGATTCAGATTCCA
CCCCACGGACGAAGAGCTCGTGAAATTCTACTTGATCCGTAAATGCTCATCGGAGCAGAT
CTCAGCTCCGGTTATCGCCGAAATCGATCTCTACAAGTTCAACCCTTGGGAGCTTCCAGA
GATGTCTCTGTACGGAGAGAAAGAGTGGTACTTCTTCTCGCCTCTAGACCGGAAATACCC
AAACGGTTCGCGTCCTAACCGGGCGGCAGGAACCGGTTATTGGAAAGCCACCGGAGCTGA
TAAACCTATCGGTAAACCGAAGACGTTGGGTATAAAGAAAGCGCTCGTCTTCTACGCCGG
GAAAGCTCCCAAAGGGATTAAAACGAATTGGATCATGCACGAGTATCGTCTCGCTAATGT
CGATAGATCAGCTTCTGTTAACAAAAAGAACAACCTACGACTTGATGATTGGGGTGTTAT
GTCGAATCTACAACAATAAAGGAACCATGGGAGAAGTACTACCCTGCTGATGAGAAACCG
AGGATCATTACCACCACCGCATCGTCGCCTTTTGATACATCGGTGTCGACGTTACAAGAG
GAGGATTGTAGCAGCTCGGGAGGACACGTGGTGTCACCGGATGCGAA
AG

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3BB06JQ 813 0 0
GCGTCCTAACCGGGCGGCAGGAACCGGTTATTGGAAAGCCACCGGAGCTGATAAACCTAT
CGGTAAACCGAAGACGTTGGGTATAAAGAAAGCGCTCGTCTTCTACGCCGGGAAAGCTCC
CAAAGGGATTAAAACGAATTGGATCATGCACGAGTATCGTCTCGCTAATGTCGATAGATC
AGCTTCTGTTAACAAAAAGAACAACCTACGACTTGATGATTGGG*TGTTATGTCGAATCT
ACAACAATAAAGGAACCATGG*AGAAGTACTACCCTGCTGATGAGAAACCGAGGATCATT
ACCACCACCGCATCGTCGCCTTTTGATACATCGGTGTCGACGTTACAAGAGGAGGATTGT
AGCAGCTCGGGAGGACACGTGGTGTCACCGGATGCGAAGGAGGAGGTTCAGGGCGAGCCT
AAATGGAGAGAGCTTGAGGATGCTTTGGAGGCTTTTGATTCTTCCATGTTTGGTGGTGTT
GGTGGTTGTTCCATGGACTTGTTGCAGAGCGATGCTTTTGTTCCTCAGTTCATGTATCAG
CCTACTGATTGCTTCACTTCGTTCCAGGATCCGCTTGAGCAGAAACCGTTCTTGAATTGG
AGTTTTGCTCCGCAGGGGTGAAGAGGATGAGATGGTTTGTCTGTGTTTGTGATGTGCTAG
AGAGAAGTTTCTCAATCAGCTTTTGTTTCTTTGTAGTATAAAAAGATTGTATTAGTGTTA
ATAGTTGTTAGCATCAATCAATGTCTCATTGATAGGCAAATTCTTGTAATTTCATTAGAA
AATTTATATGAAAAAAAATATAACACATTCTCC

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL8634Contig1 773 2 5 U
GTTGCATAGTAGTAGCAGCTTGAAGAGCAAAGTAGGTAAGGATGATGTCAGCACCAGCTC
TGCGTAGCACATGAGCGACTCCATCATCACTTTCTCTCATCGATCATCTTCAGGACTCCC
CTGCTTTGATCATCGAGTACTCCCCAGACACTTGGTAGACAGCAATAGGCAAGGGAGATT
TGTCCCTGAGAAGACGAATGATGTCCAAATACGGGAGACCTGGTTTCACCAAGAAAATGT
CGGCTCCTTCAGCCTCATCTTCACGAGCCTCAATCAAAGCCTCTCTATAATTAGCCGGGT
TCATCTGATAAGTTTTCTTGTCCCCAAAACGTGGGTTTGAGTCCAAAGCTTCACGGAAGG
GGCCGTAAAACGAACTTGCATACTTTGCGGTGTAAGACATGATGGAGACGTTCTGAAAGC
CTTCAGCATCGAGAGCTGCACGGATCGCGCCTACTCTACCATCCATCATATCACTCGGAC
TCACAACATCCGCTCCAGCTCGGGCCTGAGAAACAGCTTGCTTACATAGCTGATGAACAG
TTTCATCGTTCATTATTACACCATCTTCTCTGACTATACCATCGTGACCATCAGATGAGT
AAGGATCCAGAGCAACATCAGTGTAGATAATAAGATCAGGATACTTGTCTTTGAGAAGAC
GGATTGTTCTAGGCACAAGACCATTGTCATTGTATGCCTCATCCCCTGTAGGATTCTTCA
AAGCCTCGGGGACTTTGGGAAACAACACGATACTGTTGACACCAACAGCTCTC


BQ
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AF RR3CY27JQ U 192
AF RR3CY27TF C 1
BS 1 196 RR3CY27TF
BS 197 588 RR3CY27JQ
BS 589 589 RR3CY27TF
BS 590 599 RR3CY27JQ
BS 600 773 RR3CY27TF

RD RR3CY27JQ 408 0 0
AAACA
AATGATGTCCAAATACGGGAGACCTGGTTTCACCAAGAAAATGTCGGCTCCTTCAGCCTC
ATCTTCACGAGCCTCAATCAAAGCCTCTCTATAATTAGCCGGGTTCATCTGATAAGTTTT
CTTGTCCCCAAAACGTGGGTTTGAGTCCAAAGCTTCACGGAAGGGGCCGTAAAACGAACT
TGCATACTTTGCGGTGTAAGACATGATGGAGACGTTCTGAAAGCCTTCAGCATCGAGAGC
TGCACGGATCGCGCCTACTCTACCATCCATCATATCACTCGGACTCACAACATCCGCTCC
AGCTCGGGCCTGAGAAACAGCTTGCTTACATAGCTGATGAACAGTTTCATCGTTCATTAT
TACACCATCTTCTCTGACTATACCATCGTGAC*ATCAGATGAG

QA 6 408 6 408
DS 

RD RR3CY27TF 773 0 0
GTTGCATAGTAGTAGCAGCTTGAAGAGCAAAGTAGGTAAGGATGATGTCAGCACCAGCTC
TGCGTAGCACATGAGCGACTCCATCATCACTTTCTCTCATCGATCATCTTCAGGACTCCC
CTGCTTTGATCATCGAGTACTCCCCAGACACTTGGTAGACAGCAATAGGCAAGGGAGATT
TGTCCCTGAGAAGACGAATGATGTCCAAATACGGGAGACCTGGTTTCACCAAGAGAATGT
CGGCTCCTTCAGCCTCATCTTCACGAGCCTCAATCAAAGCCTCTCTATAATTAGCCGGGT
TCATCTGATAAGTTTTCTTGTCCCCAAAACGTGGGTTTGAGTCCAAAGCTTCACGGAAGG
GGCCGTAGAACGAACTTGCATACTTTGCGGTGTAAGACATGATGGAGACGTTCTGAAAGC
CTTCAGCATCGAGAGCTGCACGGATCGCGCCTACTCTACCATCCATCATATCACTCGGAC
TCACAACATCCGCTCCAGCTCGGGCCTGAGAAACAGCTTGCTTACATAGCTGATGAACAG
TTTCATCGTTCATTATTACACCATCTTCTCTGACTATACCATCGTGACCATCAGATGAGT
AAGGATCCAGAGCAACATCAGTGTAGATAATAAGATCAGGATACTTGTCTTTGAGAAGAC
GGATTGTTCTAGGCACAAGACCATTGTCATTGTATGCCTCATCCCCTGTAGGATTCTTCA
AAGCCTCGGGGACTTTGGGAAACAACACGATACTGTTGACACCAACAGCTCTC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL8635Contig1 918 2 2 U
GGGTTTCCGGTCTCATCTGTTTTGGTCGATCTTCCAGGTAAGTTCTCCTTTGCTCAAACT
TTTCTTCTCATCGATATATATTTAAGAAAAACAAGATGCTAAGAGTATTCATTTGTTGGG
TTAAATTTTTTTCCGTAGCTTTCTCTCTCTTATTTTTAGAGAGACTGGAAGAGATTTCTC
TCGACCTTTCCTCCTACCAAATAGAAAATCTTTCAGAAAGAAGGTTCATGACAGCTCTTA
TGTTTTGTTGTTTGTAGTATATTGGATCCCAGGATCGATTTTTGTTTCCTATTTGCGGAT
CCTCACTTCGCGTAGGTGATTTTGCGGTGTTCTTAAACCGGATTCAGACTTGATTTGCGT
TCTTAAGCTTTACTGATTCTGGGTTGAGGTTATGTTATCCAAATCTCCTTTGCTCTGATT
TATAACCTAAAACCGAGAGATTGAGTTGTTCTTATTTTACTGGTCGCATGATTTTCTCTC
GAGACTCAAGAGAGTGTATTTTCTTACTTGGTCACTAGATTTGACAGAGAAGTATAGGTT
CTCTTTGAGTGAATGTATCGAGATGATGATGTTGTTTGGTGGTATGGTAATTCAGAGCTT
TGGTGGTCGCGTCAGATAGAGTTTCTGAAGAAGTACAGTGCGCCATCCGAAGGAGGACAA
CAAGTTCGGTACGACTTTGGACAAAGAAAATTTGAGGGTTTTCCACCGTATAAACCTTAA
TTTGCTTCAGGCTTCACTTGGAGAAGATGAGTTTCATGGAGTGTTTGATCGGAGTCGCCG
GAGCCGGGGAAGAAGTTTGGTGAAGACTCTGGATCTCACTGACCATAATAGTTGTACACG
TGGATTCCGCTTTTTCTAATCTTCTCTTTTGTTGGGTTAGAATTTTTTTTATTTATCCTC
TCAACTTTATGTCTAAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ90TF U 1
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BS 534 918 RR3EZ90JQ

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TTTCTTCTCATCGATATATATTTAAGAAAAACAAGATGCTAAGAGTATTCATTTGTTGGG
TTAAATTTTTTTCCGTAGCTTTCTCTCTCTTATTTTTAGAGAGACTGGAAGAGATTTCTC
TCGACCTTTCCTCCTACCAAATAGAAAATCTTTCAGAAAGAAGGTTCATGACAGCTCTTA
TGTTTTGTTGTTTGTAGTATATTGGATCCCAGGATCGATTTTTGTTTCCTATTTGCGGAT
CCTCACTTCGCGTAGGTGATTTTGCGGTGTTCTTAAACCGGATTCAGACTTGATTTGCGT
TCTTAAGCTTTACTGATTCTGGGTTGAGGTTATGTTATCCAAATCTCCTTTGCTCTGATT
TATAACCTAAAACCGAGAGATTGAGTTGTTCTTATTTTACTGGTCGCATGATTTTCTCTC
GAGACTCAAGAGAGTGTATTTTCTTACTTGGTCACTAGATTTGACAGAGAAGT

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR3EZ90JQ 722 0 0
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GTATATTGGATCCCAGGATCGATTTTTGTTTCCTATTTGCGGATCCTCACTTCGCGTAGG
TGATTTTGCGGTGTTCTTAAACCGGATTCAGACTTGATTTGCGTTCTTAAGCTTTACTGA
TTCTGGGTTGAGGTTATGTTATCCAAATCTCCTTTGCTCTGATTTATAACCTAAAACCGA
GAGATTGAGTTGTTCTTATTTTACTGGTCGCATGATTTTCTCTCGAGACTCAAGAGAGTG
TATTTTCTTACTTGGTCACTAGATTTGACAGAGAAGTATAGGTTCTCTTTGAGTGAATGT
ATCGAGATGATGATGTTGTTTGGTGGTATGGTAATTCAGAGCTTTGGTGGTCGCGTCAGA
TAGAGTTTCTGAAGAAGTACAGTGCGCCATCCGAAGGAGGACAACAAGTTCGGTACGACT
TTGGACAAAGAAAATTTGAGGGTTTTCCACCGTATAAACCTTAATTTGCTTCAGGCTTCA
CTTGGAGAAGATGAGTTTCATGGAGTGTTTGATCGGAGTCGCCGGAGCCGGGGAAGAAGT
TTGGTGAAGACTCTGGATCTCACTGACCATAATAGTTGTACACGTGGATTCCGCTTTTTC
TAATCTTCTCTTTTGTTGGGTTAGAATTTTTTTTATTTATCCTCTCAACTTTATGTCTAA
GC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

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GTATTTGGAATTTTTGTTGTTAAACTCTTAAAATGCAGGTAACTTGACCAGCGTTGTGAT
TCCGCGTCCCAGCCCCAGCGGTGAGCCAGTGCCAGGCCTTGGCAAGGTGTTCCTGAAGTA
TGTTGATACTGAAGGTTCGTCGAGGGCGAGAAGCGGGATGAATGGTAGGAAGTTTGGAGG
GAATGAAGTGGTTGCTGTGTTCTATCCAGAAGACAAGTTTGATCAGGGAGAATATGGAGC
CTGAAGCGCTCATCTCATCCTCTACTTGTTTGTTGGCTTACTTACTTGCTGTCTAGTACC
TTTAAGTTCTCTTCAGTTTTTTTTGCTTCAGTTAAAAGACCCCCCTTTTGTGTTATTTTA
AGACCAAGATATGTTTTTGATACTTCTGTTTGTTATAAACATCAGTCAAGTCTTTT


BQ
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AF RR3DD04TF U 1
AF RR3DD04JQ C 71
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GTATTTGGAATTTTTGTTGTTAAACTCTTAAAATGCAGGTAACTTGACCAGCGTTGTGAT
TCCGCGTCCCAGCCCCAGCGGTGAGCCAGTGCCAGGCCTTGGCAAGGTGTTCCTGAAGTA
TGTTGATACTGAAGGTTCGTCGAGGGCGAGAAGCGGGATGAATGGTAGGAAGTTTGGAGG
GAATGAAGTGGTTGCTGTGTTCTATCCAGAAGACAAGTTTGATCAGGGAGAATATGGAGC
CTGAAGCGCTCATCTCATCCTCTACTTGTTTGTTGGCTTACTTACTTGCTGTCTAGTACC
TTTAAGTTCTCTTCAGTTTTTTTTGCTTCAGTTAAAAGACCCCCCTTTTGTGTTATTTTA
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QA 1 476 1 476
DS 

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AGCCCCAGCGGTGAGCCAGTGCCAGGCCTTGGCAAGGTGTTCCTGAAGTATGTTGATACT
GAAGGTTCGTCGAGGGCGAGAAGCGGGATGAATGGTAGGAAGTTTGGAGGGAATGAAGTG
GTTGCTGTGTTCTATCCAGAAGACAAGTTTGATCAGGGAGAATATGGAGCCTGAAGCGCT
CATTTCATCCTCTACTTGTTTGTTGGCTTACTTACTTGCTGTTTAGTACCTTTAAGTTTT
TTTCAGTTTTTTTTGCTTCAGTTAAAAGACCCCCCTTTTGTGTTATTTTAAGACCAAGAT
ATGTTTTTGATACTTCTGTTTGTTATAAACATCAGTCAAGTCTTTT

QA 1 406 1 406
DS 



AS 1 2

CO CL8637Contig1 1273 2 4 U
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GGGATGAGTACCAGGTGTTTATTACGGACTTGTGGACAGATCACACCCTGGCCGTTCAAC
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TATGGTACTGCTCCACGTGTTATTCACCAGTCTAATTTCGCAGCAACTTCGACTTTTATT
GCCAGGGAAATTGCTCAAGGATTGATGAAATATCAACCAGACATTATTATCAGTGTTCAT
CCGTTGATGCAGCATGTCCCACTTCGTGTCCTAAGATCAAAGGGGTTACTTGATAAAATA
GTCTTCACCACGGTTATTACAGACTTGAGCACTTGCCATCCCACATGGTTTCATAAGCTT
GTGACAAGATGTTACTGTCCATCAACAGAAGTGGCGAAAAGGGCGCAAAAGGCCGGACTT
CAAACATCACAAATCAAAGTTTACGGTCTTCCTGTTCGACCTTCCTTTGTCAAACCAGTT
CGCCCAAAGGTTGAGTTAAGAAGAGAGCTAGGGATGGATGAGCACCTTCCAGCAGTTTTG
TTAATGGGCGGAGGAGAGGGAATGGGTCCCATCGAGGCAACAGCAAGAGCTCTTGGTGAT
GCTTTGTATGACGAGAGTCTTGGTGAAGCAGTTGGGCAGGTTCTTATAATATGTGGACGG
AACAAGAAACTCCAAACCAGATTAAGTTCCATAGACTGGAAAATACCAGTCCAGGTTAAG
GGGTTTGTAACAAAAATGGAGGAATGTATGGGTGCTTGTAACTGTATCATAACAAAAGCA
GGTCCAGGAACCATAGCTGAAGCTATGATAAGAGGGCTACCGATAATCTTGAACGGTTAC
ATCGCTGGTCAAGAGGCAGGGAATGTACCGTACGTGGTGGAGAACGGATGTGGTAAATTT
TCAAAATCACCAAAAGAGATATCGAAGATTGTAGCGGATTGGTTTGGACCGGGATCGAAA
CAGTTGGACATAATGTCGCAGAATGCACTGAGGCTAGCTAGACCAGAAGCAGTGTTCAAG
ATAGTGCAAGACATGCACGAGCTTGTCAGGAAGAGAAACTATTTTCCTCAGCTTTCTTGC
ACTGCCTAATATATTGTTGTTGTAGTAGTAGTAACTTGTAACTTTTATTCATTCAATCAA
AACCTACTTTCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A416TF U 1
AF RR3A416JQ C 497
BS 1 759 RR3A416TF
BS 760 760 RR3A416JQ
BS 761 816 RR3A416TF
BS 817 1273 RR3A416JQ

RD RR3A416TF 816 0 0
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CTGGTGGTGGTCACAGAGCTTCTGCTGAAGCCATTAGAGCTGCTTTCAATCAGGAGTACG
GGGATGAGTACCAGGTGTTTATTACGGACTTGTGGACAGATCACACCCTGGCCGTTCAAC
CAGCTTCCCAGGAGCTATAATTTTCTGGTGAAACATGGAGCTCTATGGAAGATGACGTAC
TATGGTACTGCTCCACGTGTTATTCACCAGTCTAATTTCGCAGCAACTTCGACTTTTATT
GCCAGGGAAATTGCTCAAGGATTGATGAAATATCAACCAGACATTATTATCAGTGTTCAT
CCGTTGATGCAGCATGTCCCACTTCGTGTCCTAAGATCAAAGGGGTTACTTGATAAAATA
GTCTTCACCACGGTTATTACAGACTTGAGCACTTGCCATCCCACATGGTTTCATAAGCTT
GTGACAAGATGTTACTGTCCATCAACAGAAGTGGCGAAAAGGGCGCAAAAGGCCGGACTT
CAAACATCACAAATCAAAGTTTACGGTCTTCCTGTTCGACCTTCCTTTGTCAAACCAGTT
CGCCCAAAGGTTGAGTTAAGAAGAGAGCTAGGGATGGATGAGCACCTTCCAGCAGTTTTG
TTAATGGGCGGAGGAGAGGGAATGGGTCCCATCGAGGCAACAGCAAGAGCTCTTGGTGAT
GCTTTGTATGACGAGAGTCTTGGTGAAGCAGTTGGGCAG*TTCTTATAATATGTGGACGG
AACAAGAAACTCCAAACCAGATTAAGTTCCATAGAC

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3A416JQ 777 0 0
GTCCATCAACAGAAGTGGCGAAAAGGGCGCAAAAGGCCGGACTTCAAACATCACAAATCA
AAGTTTACGGTCTTCCTGTTCGACCTTCCTTTGTCAAACCAGTTCGCCCAAAGGTTGAGT
TAAGAAGAGAGCTAGGGATGGATGAGCACCTTCCAGCAGTTTTGTTAATGGGCGGAGGAG
AGGGAATGGGTCCCATCGAGGCAACAGCAAGAGCTCTTGGTGATGCTTTGTATGACGAGA
GTCTTGGTGAAGCAGTTGGGCAGGTTCTTATAATATGTGGACGGAACAAGAAACTCCAAA
CCAGATTAAGTTCCATAGACTGGAAAATACCAGTCCAGGTTAAGGGGTTTGTAACAAAAA
TGGAGGAATGTATGGGTGCTTGTAACTGTATCATAACAAAAGCAGGTCCAGGAACCATAG
CTGAAGCTATGATAAGAGGGCTACCGATAATCTTGAACGGTTACATCGCTGGTCAAGAGG
CAGGGAATGTACCGTACGTGGTGGAGAACGGATGTGGTAAATTTTCAAAATCACCAAAAG
AGATATCGAAGATTGTAGCGGATTGGTTTGGACCGGGATCGAAACAGTTGGACATAATGT
CGCAGAATGCACTGAGGCTAGCTAGACCAGAAGCAGTGTTCAAGATAGTGCAAGACATGC
ACGAGCTTGTCAGGAAGAGAAACTATTTTCCTCAGCTTTCTTGCACTGCCTAATATATTG
TTGTTGTAGTAGTAGTAACTTGTAACTTTTATTCATTCAATCAAAACCTACTTTCCT

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL8638Contig1 413 2 2 U
GGGGACCGATCGAAGAAACATTTAAAACAATGTCTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACG
ACCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGGTGATGGAACTATCTCTTCCACCGAACTTG
GAGATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCTGTAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTG
AGATTGATACCGATGGTGATGGATTCATATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGG
CTAATCGGGGTCTTATGAAAGATGTCGCCAAGATTTTCTAAGCGATATTTTCAGATTTAT
ATTGATATATTTTAATCATGTTAAATTTGTGTTTTGTATTGACAATCATTTGATTAAGTA
TGTTTTTTTTCATTATGTTTTCATTTCATGTATGATATATTGAAGAATTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A514JQ C 1
AF RR3A514TF U 33
BS 1 32 RR3A514JQ
BS 33 413 RR3A514TF

RD RR3A514JQ 413 0 0
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ACCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGGTGATGGAACTATCTCTTCCACCGAACTTG
GAGATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCTGTAACGCACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTG
AGATTGATACCGATGGTGATGGATTCATATCGTACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGG
CTAATCGGGGTCTTATGAAAGATGTCGCCAAGATTTTCTAAGCGATATTTTCAGATTTAT
ATTGATATATTTTAATCATGTTAAATTTGTGTTTTGTATTGACAATCATTTGATTAAGTA
TGTTTTTTTTCATTATGTTTTCATTTCATGTATGATATATTGAAGAATTATCC

QA 1 413 1 413
DS 

RD RR3A514TF 381 0 0
TCTGACGCGACAGAAAAAGCTGAGCACGACCGTATTTTCAAGAAGTTTGATGCTAACGGT
GATGGAACTATCTCTTCCACCGAACTTGGAGATGCTCTCAAGAACCTTGGCTCTGTAACG
CACGATGACGTTAAGCGTATGATGGCTGAGATTGATACCGATGGTGATGGATTCATATCG
TACCAAGAGTTTTCTGATTTCGCTAAGGCTAATCGGGGTCTTATGAAAGATGTCGCCAAG
ATTTTCTAAGCGATATTTTCAGATTTATATTGATATATTTTAATCATGTTAAATTTGTGT
TTTGTATTGACAATCATTTGATTAAGTATGTTTTTTTTCATTATGTTTTCATTTCATGTA
TGATATATTGAAGAATTATCC

QA 1 381 1 381
DS 



AS 1 2

CO CL8639Contig1 389 2 1 U
GGACAACTCAACAAACGTGTGACATACAAACAGCTCTCGTGATGGCCGCCACTTCAACAG
CCGCTGCTGCTTCTTCTATCATGGGTACTCGGGTGGTTTCCGACATCAACTCCGGTTCAG
GCCGGTTCACAGCCCGGTTTGGATTCGGGACCAAGAAAGCAGCCGCTCAACAACTGGGCG
ACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACACCACCATCATCGACACCTTCTCGTCCTCTTGATCT
GGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTAATGTAATGATGTAATGATGTCCATCTTTAAGACA
AGTTTGTATAACTATAAACAAACTTCTTGAAAGGTTTAGTGCTGAAATCTTCGAGTGTCA
GTGGATTAATGATTATGAGCCGTAACCTC


BQ
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AF RR3BM25JQ C 1
AF RR3BM25TF U 1
BS 1 389 RR3BM25TF

RD RR3BM25JQ 389 0 0
GGACAACTCAACAAACGTGTGACATACAAACAGCTCTCGTGATGGCCGCCACTTCAACAG
CCGCTGCTGCTTCTTCTATCATGGGTACTCGGGTGGTTTCCGACATCAACTCCGGTTCAG
GCCGGTTCACAGCCCGGTTTGGATTCGGGACCAAGAAAGCAGCCGCTCAACAACTGGGCG
ACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACACCACCATCATCGACACCTTCTCGTCCTCTTGATCT
GGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTAATGTAATGATGTAATGATGTCCATCTTTAAGACA
AGTTTGTATAACTATAAACAAACTTCTTGAAAGGTTTAGTGCTGAAATCTTCGAGTGTCA
GTGGATTAATGATTATGAGCCGTAACCTC

QA 1 389 1 389
DS 

RD RR3BM25TF 389 0 0
GGACAACTCAACAAACGTGTGACATACAAACAGCTCTCGTGATGGCCGCCACTTCAACAG
CCGCTGCTGCTTCTTCTATCATGGGTACTCGGGTGGTTTCCGACATCAACTCCGGTTCAG
GCCGGTTCACAGCCCGGTTTGGATTCGGGACCAAGAAAGCAGCCGCTCAACAACTGGGCG
ACTCACCTTAGTGACCCGCTTCACACCACCATCATCGACACCTTCTCGTCCTCTTGATCT
GGTTGCTTTAGCTTTTTATTGGTGTAATGTAATGATGTAATGATGTCCATCTTTAAGACA
AGTTTGTATAACTATAAACAAACTTCTTGAAAGGTTTAGTGCTGAAATCTTCGAGTGTCA
GTGGATTAATGATTATGAGCCGTAACCTC

QA 1 389 1 389
DS 



AS 1 2

CO CL8640Contig1 1143 2 2 U
GGAGTGCACTTTATACCCAAAATCGAATCGAAAGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA
GGAAGGAAGGATGTGGGTGGGGATAATATGCGCGCTGGCGATCTACAAACTCGTTCGCCT
TTTCTTCTCCAACGACGACTTCTCCGACGTAGAAACCTCCGACTCAACCGCTCTCTTCTC
CGTTGCTCACAGACTGGAGAAGGTATACGGGGGAAAAGCATATGTAGGGCTTCGAATTCC
AGATGCAGACACTTCTTCTAGACAGGACATCGATCTTGTCCTCGTCACTAATGGACAAGT
TGAGGTGATCGGTGTTAAGAATCTACATGGAATTGTTACTGTAACGAGTGATGGAAGCTG
GGTTTGTGAAGGTGGCAAGCATCATCATTCCACTCAGGCTTACCCTGATCCTCTGGCTGA
AGTGAAGAAACAAGCTTCAGTTCTTGAGTCATATCTTGAACAGAGAGGCGTTACTTTACC
TGAAGGAAGTATCTCTTCCAAAGTTGTCATTCCCAATCCAAATTTTCGTACGATGCATGC
ATTTCCTCGTGAGGTAATAACCTACGAAGAGTGGCAACATCTGAAACCAGTCTCAAGAAA
CATTCTTTCTGGTTGGGTCAAAGGCGCCTTCAGCAGCACAGGAAAAGAGATGCAAGACTC
TTCGCATCAAAAACTTAACTTCGTCCTTGGCTCTGCACCAGTCTGGGATAGGGTAGCTTA
AAAACAGCAAGATTGTGTTAGGGGAATTCCTGGAGTTTAAAGGAAAGGAGGAAGACACTT
CGGCTTTGAGACATATCAAAAGATCAAAAGTTGACCGTATCTCTATTCAGCAAACTAGCA
TGCTTGGTTTCGCTCCAACAAGGTTGCAGGTTCTGTACTCGTATAGGGACTACAGAAGTG
AAGGCAGTTCAGGATCAGAGACGAAGGAAGTGACTGTAAGGTCGAGCACCGAGGTTGTGT
TCCAGCCACGAGACTCTGAAAAGATTAAGAAGTTCAAGCTATCGTCCATCCTCTCCGTTT
CACTAAGTGCCTAACTGTTCTCTGTCAACAGATAAAAAGGCTGTTAATGTCTACTATATT
ATGACTTACATAGACCAATCCTGAAAATGAGCATATATTATTAAGAGAACTGTTTTTTTT
CTT


BQ
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10 10 10 

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BS 760 1143 RR3AC16JQ

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CGTTGCTCACAGACTGGAGAAGGTATACGGGGGAAAAGCATATGTAGGGCTTCGAATTCC
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AGTGAAGAAACAAGCTTCAGTTCTTGAGTCATATCTTGAACAGAGAGGCGTTACTTTACC
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DS 

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TTCCTCGTGAGGTAATAACCTACGAAGAGTGGCAACATCTGAAACCAGTCTCAAGAAACA
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CGCATCAAAAACTTAACTTCGTCCTTGGCTTTGCACCAGTTTGGGATAGGGTAGCTTAAA
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CTAAGTGCCTAACTGTTCTCTGTCAACAGATAAAAAGGCTGTTAATGTCTACTATATTAT
GACTTACATAGACCAATCCTGAAAATGAGCATATATTATTAAGAGAACTGTTTTTTTTCT
T

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

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AAGGGATCCTGATAATTACTTCAACATAAGAATGATGAGCTGCCCAGCAGCTGAGATGGT
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ACTTAGCTGTTGCGACCGCGGAAAGCGTTGCTTGTATGAAGGATCAGCTCCACCTGGTGG
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CAATGAGATACATCTCCGGGATCGCGGGTTCGATGATGATGGAAACCAGGTGTGGGGACC
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GTTCTCTCCTTTGAATATATTTCCTCAATCTACACTTGATAAACCAATCAAAGGTTCCTT
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TTTTACATGCTATATTGTTCACTTAGATAAAGGTGTATATGTTAGCTAAACTTTGTTTT


BQ
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AF RR3BV41TF U 1
AF RR3BV41JQ C 314
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RD RR3BV41TF 714 0 0
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TTCGGATCCGGAGTCGAGTTCGTCCGGGTGGAGCAGGGCTCCTGGTTTGGTAGTGAAGAC
GCTGTTTCTAATAGGTGCCGTTTTCCTGAAGCGTCTAACGAAATCCACCACTCGCTGGGA
CCGCTCTAACGCAGTCGCTCGCTCTCTCAGCGGCGAGAAGTTTTCTAAGGAGCAAGCATC
AAGGGATCCTGATAATTACTTCAACATAAGAATGATGAGCTGCCCAGCAGCTGAGATGGT
GGATGGTTCGCAGGTTTTGTATCTTGAACAGGCATTTTGGAGAACTCCTCAAAAACCCTT
TCGGCAAAGATTTTATATGGTTAAGCCTTGCCCAAAGGAACTGAAATGTGATGTTGAGGT
GAGCTCATATGCAATCAGAGATGCTGAGGAGTACAAAAATTTCTGTGACCGCCCAAAGGA
CCAACGTCCACTTCCCGAAGAAGTTATTGGTGACATAGGAGAGCATTTAACAACCATTCA
ACTTAGCTGTTGCGACCGCGGAAAGCGTTGCTTGTATGAAG*ATCAGCTCCACCTGGTGG
TT*CCCAAATTCGTGGAATGGTGCAAGCTATTGTACATCTGATCTTACAGTCCT

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3BV41JQ 766 0 0
TAA
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TTGTATCTTGAACAGGCATTTTGGAGAACTCCTCAAAAACCCTTTCGGCAAAGATTTTAT
ATGGTTAAGCCTTGCCCAAAGGAACTGAAATGTGATGTTGAGGTGAGCTCATATGCAATC
AGAGATGCTGAGGAGTACAAAAATTTCTGTGACCGCCCAAAGGACCAACGTCCACTTCCC
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CGCGGAAAGCGTTGCTTGTATGAAGGATCAGCTCCACCTGGTGGTTTCCCAAATTCGTGG
AATGGTGCAAGCTATTGTACATCTGATCTTACAGTCCTGAAAAACAATGAGATACATCTC
CGGGATCGCGGGTTCGATGATGATGGAAACCAGGTGTGGGGACCAAAGGAAGGCCCGTAC
GAGTTCAAACCAGCGCCATCATCGTCAAGCATTAACAACGATGTGTTCTCTCCTTTGAAT
ATATTTCCTCAATCTACACTTGATAAACCAATCAAAGGTTCCTTCGTTTTGCAAGAGTAG
GTAAAGGCAAACATATTATTACCTCTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTCTCTCTTTGTAATT
CTCCACTGTAAACTCACTTATGTAGTATCATCAACATATACAATTTTTACATGCTATATT
GTTCACTTAGATAAAGGTGTATATGTTAGCTAAACTTTGTTTT

QA 4 766 4 766
DS 



AS 1 2

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TGGGAAAATATGAAAGGCTTAGAAATGGTGGTGACGTCTTTCTCTTCAACGCCGCCTATC
TTCTTCTCCCTTGGAGCTGCTGATCCTCAAGTTTCTTCTTCTCTTTTCCGTGGAAGCTTT
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ATCATGGTAGACCCTCTTGAGGCCAAGCGATTAGCAGCGAAGCAAATGGAAGTGATCAAA
GGCAGAGAGAGGGAACAGAGAAGGCGTGAAATAGAGGCTATTAACGGAGCCTGGGCAATC
ATAGGACTCACCATAGGCCTTATAATCGAAGCCCAAACTGGGAAGGGTATCTTGGCTCAG
TTGGTTGGTTATTGGTCTGCGCTTCTGCATCTATTCACTCCATCAACATAGCCATCTCCC
AACAATCCTAAGAAGAGTACATGAATTATATACGTAAATGAAGCGAAACAATGTTGCAGA
TGTGTTTGGTCTTATCTTATCTGTGAAGTATAAAAATGATGCTTCTCCTTGGCAAAGATC
ATTCAGCAAAAGACATAAACAGTTAAAAAAAATTTAATAATAGAGTTACAAAGATAATTA
ACTGTACATGTTTTATTTACAAAATCTCCAGAATTAATGTTTAATAGTATGATAATATTA
CTAATGAAATATTAAGACG


BQ
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AF RR3DF15TF U 1
AF RR3DF15JQ C 2
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TC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3DF15JQ 798 0 0
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TCTTCTCCCTTGGAGCTGCTGATCCTCAAGTTTCTTCTTCTCTTTTCCGTGGAAGCTTTA
CGATTCCGTTGACTCCTTATTCCTCTTCTCTACTAAAGGGACTAAGAAGACACCAAGATG
CAACAAGAACCAGAGGTGGAGGAGCAGTTCGAGTCCTAGCTAATCCAAAAAAGGAGGTAA
TCATGGTAGACCCTCTTGAGGCCAAGCGATTAGCAGCGAAGCAAATGGAAGTGATCAAAG
GCAGAGAGAGGGAACAGAGAAGGCGTGAAATAGAGGCTATTAACGGAGCCTGGGCAATCA
TAGGACTCACCATAGGCCTTATAATCGAAGCCCAAACTGGGAAGGGTATCTTGGCTCAGT
TGGTTGGTTATTGGTCTGCGCTTCTGCATCTATTCACTCCATCAACATAGCCATCTCCCA
ACAATCCTAAGAAGAGTACATGAATTATATACGTAAATGAAGCGAAACAATGTTGCAGAT
GTGTTTGGTCTTATCTTATCTGTGAAGTATAAAAATGATGCTTCTCCTTGGCAAAGATCA
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TAATGAAATATTAAGACG

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

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AATCGAACATATGTAGCGCTAAA


BQ
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AF RR3A436TF U 1
AF RR3A436JQ C 286
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BS 688 1043 RR3A436JQ

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QA 1 687 1 687
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GATGAGGTGTGTAGTGTATGTGATGGGAGATATTGTTATGCTAATATTTTGGTAGCTACG
TTGATTTTATATGAAAATCGAACATATGTAGCGCTAAA

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL8644Contig1 1022 2 2 U
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CCTCTTGGAAAGAGAAAGAGACTTTTACTTCTCCAAGCTCCGGGATGTAGAGTTACTTTG
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TTTTCTAGAGTTGTTGAACAATGGCTTGGACATGGCCTTCTCTTCAAAAGCTTCCCTTGT
TAAAGGGACTTGGCGAAACGTGAAGATGAATGAGCTTTTCTATTAGAGAGCTTTAGTTTG
AC


BQ
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10 10 

AF RR3AL22TF U 1
AF RR3AL22JQ C 370
BS 1 775 RR3AL22TF
BS 776 1022 RR3AL22JQ

RD RR3AL22TF 775 0 0
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GATCGCCTTCATCTCAATCTCTCTCGCGTGGAAGAGGCTGCATCTGGCGCTGTTCAATGT
CAGATGCTTGATGTGACCTTTCCTGGAGTTGTGCCAATGCACAAGGTTAATTTTGATGCA
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AAAATTACAAAGCCATTGGAAATTAACAGGCTAGTCAAAGGCCGACCCCTGGATAACTTG
GGTTTCTACAGTGGCTGAAACGTTTCTGTGATTCCATTAATGGTGGCATTATGAATGAGA
ACTATAATCCAGTGGAAAGAAGATCAAAAGGTGGTAAAGAGAGGAGTGTAAAGGGATCTA
ATAAGATGCCCAACAATAATCATCATCCTCCACCCAATCCAGGGCAGTAGCCCAAGCCAG
CAAAATATCTCAATTACAGGTTTTGTCGAAGGAGCTTGCAGATCTCAAGATCTCTTTTGA
CCTCTTGGAAAGAGAAAGAGACTTTTACTTCTCCAAGCTCCGGGATGTAGAGTTACTTTG
CCAAACTCCTCAAGTAGAGGATCTTCCTATAGTGGTAGCAGTGAAGAAGATACTGTATGC
AACAGATGCAAATGAATCTGCACTAGAAGACGCTCAGGAGTTCTTAGACCAATCC

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3AL22JQ 653 0 0
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CCAACAATAATCATCATCCTCCACCCAATCCAGGGCAGTAGCCCAAGCCAGCAAAATATC
TCAATTACAGGTTTTGTCGAAGGAGCTTGCAGATCTCAAGATTTCTTTTGACCTCTTGGA
AAGAGAAAGAGACTTTTACTTCTCCAAGCTCCGGGATGTAGAGTTACTTTGCCAAACTCC
TCAAGTAGAGGATCTTCCTATAGTGGTAGCAGTGAAGAAGATACTGTATGCAACAGATGC
AAATGAATCTGCACTAGAAGACGCTCAGGAGTTCTTAGACCAATCCTTAGGTGTGGAAGC
TGAAGATGAAGGTAACGGAGAACAAGAAGAAGATGAAGAAAAGACACAATCCTAAGCTCT
GACTATTTATAATCCTAAGTTAGAAGACATTTCCGGATCAGTTTTTTTTTTTTTTCTAGA
GTTGTTGAACAATGGCTTGGACATGGCCTTCTCTTCAAAAGCTTCCCTTGTTAAAGGGAC
TTGGCGAAACGTGAAGATGAATGAGCTTTTCTATTAGAGAGCTTTAGTTTGAC

QA 1 653 1 653
DS 



AS 1 2

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CACCAGCTTCCTCGAGATAGAGAGTCTTGACATCTCAAGAAACAGCTTAGCTCCAGCTGC
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TTCACTCTTGTGGGAGTTACTATCTTCATATATATATGAGAATGTGTGTGTGTATGTAAT
GTAATGTAGTGTGTATTTTAAATGTATCGACACACACTTTCTTACATTAACTCCATAGAT
GATGAAACTAGTCTTTCAGAGATGAACGTTCTGGTTGG


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AF RR3CH72JQ C 1
AF RR3CH72TF U 1
BS 1 398 RR3CH72TF

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TTCACTCTTGTGGGAGTTACTATCTTCATATATATATGAGAATGTGTGTGTGTATGTAAT
GTAATGTAGTGTGTATTTTAAATGTATCGACACACACTTTCTTACATTAACTCCATAGAT
GATGAAACTAGTCTTTCAGAGATGAACGTTCTGGTTGG

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DS 

RD RR3CH72TF 398 0 0
GATGCAGGAGGTGATAGTGGCCATACAAGAGGCGGCCAGGATCGAGAGAGGAAACGAGAA
CGGGGGCAAGTCATCGAGTTCGAGCAGCTCAAAGGCGCAATCATCTCGTAAGACGTTGCT
CACCAGCTTCCTCGAGATAGAGAGTCTTGACATCTCAAGAAACAGCTTAGCTCCAGCTGC
TAGGTGATATGAGTGTCCCTCCTCCTCTTGAAGGCTTTTAAACTCTCATCTTTTGTACAC
TTCACTCTTGTGGGAGTTACTATCTTCATATATATATGAGAATGTGTGTGTGTATGTAAT
GTAATGTAGTGTGTATTTTAAATGTATCGACACACACTTTCTTACATTAACTCCATAGAT
GATGAAACTAGTCTTTCAGAGATGAACGTTCTGGTTGG

QA 1 398 1 398
DS 



AS 1 2

CO CL8646Contig1 884 2 4 U
GGAAAACCCTAACAGAATTTCAGTGTTTCGAGAGTGATCGGAAAAAATGGTGGTTGGTCT
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TAACGGCGAGGAACTCATGCACGTGCAGCCCTCCGTTGCCGTCGCTCTCGGCAATCGATC
CCTCGAGTCTCCAGGAACGCTCTACATCACTTCCAGGAAATTGATTTGGCTGAGTGATGT
AGACATGGCGAAAGGCTACGCCGTCGATTTCTTATCGATATCGCTTCACGCAGTGTCTAG
AGATCCAGAAGCTTATTCTTCTCCTTGTATATATACTCAGATTGAAGTTGAAGAAGATGA
GGATGAAGAAGATGAGTCTGATACTGAATCCACCGGAGCTTTGGACTTGTCGAAGATCAG
AGAGATGAGGCTTGTTCCTTCTGACTCTGCCCAGTTGGATACTCTGTTCGATATGTTCTG
TGAATGTGCTGAGCTCAATCCAGAACCAGTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTGA
ACATAACTGGGTGTTTAGTGCTGATCAGATGGTTGTTGGTGGAGGAGCGGAAGAAGACGG
CGAATGGCCAATATCTCAGAGCCCGACGAGTGTTATTGGTCTATCCGTTGGAGATGAAGG
TCTTGCTCAGCCTATGCTTGAGCTCCATATCAATGATCAGAGGTTCGATGATGCTGAAGA
GATGGTTCATGAAAGTGAGACCAAAGATCACTAATCTGTCCACAAATGTATTACGCTAAA
ACAGAGTTGTTTCTTATGTTAAGACAATGGCGTCTCTGTGTTCTTCAGAGTTCATGTGCT
TTGTTAAATATGTGTTTAGACTTGGAAGGTAGATTTTGCTCATC


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AF RR3CJ89TF U 1
AF RR3CJ89JQ C 191
BS 1 535 RR3CJ89TF
BS 536 536 RR3CJ89JQ
BS 537 595 RR3CJ89TF
BS 596 884 RR3CJ89JQ

RD RR3CJ89TF 595 0 0
GGAAAACCCTAACAGAATTTCAGTGTTTCGAGAGTGATCGGAAAAAATGGTGGTTGGTCT
AAGAGAGTTCGCGCGAAGAACCGGAAACGGCTCCGGAACACCACCGGTGCTAGACGAATC
TAACGGCGAGGAACTCATGCACGTGCAGCCCTCCGTTGCCGTCGCTCTCGGCAATCGATC
CCTCGAGTCTCCAGGAACGCTCTACATCACTTCCAGGAAATTGATTTGGCTGAGTGATGT
AGACATGGCGAAAGGCTACGCCGTCGATTTCTTATCGATATCGCTTCACGCAGTGTCTAG
AGATCCAGAAGCTTATTCTTCTCCTTGTATATATACTCAGATTGAAGTTGAAGAAGATGA
GGATGAAGAAGATGAGTCTGATACTGAATCCACCGGAGCTTTGGACTTGTCGAAGATCAG
AGAGATGAGGCTTGTTCCTTCTGACTCTGCCCAGTTGGATACTCTGTTCGATATGTTCTG
TGAATGTGCTGAGCTCAATCCAGAACCAGTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAA*GTGA
ACATAACTGGGTGTTTAGTGCTGATCAGATGGTTGTTGGTGGAGGAGCGGAAGAA

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3CJ89JQ 694 0 0
CCAGGAACGCTCTACATCACTTCCAGGAAATTGATTTGGCTGAGTGATGTAGACATGGCG
AAAGGCTACGCCGTCGATTTCTTATCGATATCGCTTCACGCAGTGTCTAGAGATCCAGAA
GCTTATTCTTCTCCTTGTATATATACTCAGATTGAAGTTGAAGAAGATGAGGATGAAGAA
GATGAGTCTGATACTGAATCCACCGGAGCTTTGGACTTGTCGAAGATCAGAGAGATGAGG
CTTGTTCCTTCTGACTCTGCCCAGTTGGATACTCTGTTCGATATGTTCTGTGAATGTGCT
GAGCTCAATCCAGAACCAGTTGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGTGAACATAACTGG
GTGTTTAGTGCTGATCAGATGGTTGTTGGTGGAGGAGCGGAAGAAGACGGCGAATGGCCA
ATATCTCAGAGCCCGACGAGTGTTATTGGTCTATCCGTTGGAGATGAAGGTCTTGCTCAG
CCTATGCTTGAGCTCCATATCAATGATCAGAGGTTCGATGATGCTGAAGAGATGGTTCAT
GAAAGTGAGACCAAAGATCACTAATCTGTCCACAAATGTATTACGCTAAAACAGAGTTGT
TTCTTATGTTAAGACAATGGCGTCTCTGTGTTCTTCAGAGTTCATGTGCTTTGTTAAATA
TGTGTTTAGACTTGGAAGGTAGATTTTGCTCATC

QA 1 694 1 694
DS 



AS 1 2

CO CL8647Contig1 949 2 2 U
GGACGAACAATTCCGCTTACAATATTTTAGTCCCCTTTCCTTCAAAAATACCCACAGATT
TATCAAAAACGCAATTTCTGATCAGTACCATGAAAAAGATGAGAGGAACGAGATAAGTGG
TGCACCTGGAGAGAAAGAGAACCAAGGGACAATGCCAAAACATGTGGCAATCATATTGGA
TGTAAATAGACGTTGGGCGACGAAAAAGGGACTCACGATAACGGAAGGTCATGAAGCTGG
AGGCAGAAGAGCTTTGGAGATGACTATGGACTTTTTCAGTGTGGGCATAAACACTGTTTC
ACTCTTTGCTTTCTCTACTGAAAATTGGAGAAAACCCGAGGATGAAGTTAACTACTTGAT
GGACATTTTTAAAACTTTTTTCAAGACGGAGATACCTCACGCCCCAAGACACAAATGCAA
GGTTTCGTTTATCGGGAACCGGGAAAAAATCCCCACGTCGCTTCGAGATGTGATACTAGA
GGTAGAAGAAGCTACAAAGAAGTACGAAGGTAAGCACCTCATCATGGCGATAGACTATAG
CGGAAGGTTTGACATCTTACAAGCGTGTAAAAGTCTTGCTGAAAAGGCGAAAAACGGGTT
GATCCAAACGGACGACATTGACGAAACGTTATTGGAAAACGAACTGATGACAAAGTGTAG
CGAGTTCCCAAACCCTGACCTATTGATCAGAACGAGTGGGGAACAAAGGATCAGTAATTT
TTTCCTGTGGCAATCAGCTTACACTGAGCTCTACTTTCCTACCGTTCAGTGGCCTGAGTT
CGGCAAGGCTGAGTACCTCGAGGCGTTGACTTGGTATCAGCAGAGGCAGAGGCGATTCGG
TCGAAGAGTTTAAACTTTGAATTTCATATATATCTCACGAATAAATTGTAACAATAAACA
TGTGCGTTTGTTTTTACGTTTACTAGTTTTAAAATGTTGCTTTTTTCAC


BQ
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AF RR3EB74TF U 1
AF RR3EB74JQ C 304
BS 1 702 RR3EB74TF
BS 703 949 RR3EB74JQ

RD RR3EB74TF 702 0 0
GGACGAACAATTCCGCTTACAATATTTTAGTCCCCTTTCCTTCAAAAATACCCACAGATT
TATCAAAAACGCAATTTCTGATCAGTACCATGAAAAAGATGAGAGGAACGAGATAAGTGG
TGCACCTGGAGAGAAAGAGAACCAAGGGACAATGCCAAAACATGTGGCAATCATATTGGA
TGTAAATAGACGTTGGGCGACGAAAAAGGGACTCACGATAACGGAAGGTCATGAAGCTGG
AGGCAGAAGAGCTTTGGAGATGACTATGGACTTTTTCAGTGTGGGCATAAACACTGTTTC
ACTCTTTGCTTTCTCTACTGAAAATTGGAGAAAACCCGAGGATGAAGTTAACTACTTGAT
GGACATTTTTAAAACTTTTTTCAAGACGGAGATACCTCACGCCCCAAGACACAAATGCAA
GGTTTCGTTTATCGGGAACCGGGAAAAAATCCCCACGTCGCTTCGAGATGTGATACTAGA
GGTAGAAGAAGCTACAAAGAAGTACGAAGGTAAGCACCTCATCATGGCGATAGACTATAG
CGGAAGGTTTGACATCTTACAAGCGTGTAAAAGTCTTGCTGAAAAGGCGAAAAACGGGTT
GATCCAAACGGACGACATTGACGAAACGTTATTGGAAAACGAACTGATGACAAAGTGTAG
CGAGTTCCCAAACCCTGACCTATTGATCAGAACGAGTGGGGA

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3EB74JQ 646 0 0
CTTTGCTTTCTCTACTGAAAATTGGAGAAAACCCGAGGATGAAGTTAACTACTTGATGGA
CATTTTTAAAACTTTTTTCAAGACGGAGATACCTCACGCCCCAAGACACAAATGCAAGGT
TTCGTTTATCGGGAACCGGGAAAAAATCCCCACGTCGCTTCGAGATGTGATACTAGAGGT
AGAAGAAGCTACAAAGAAGTACGAAGGTAAGCACCTCATCATGGCGATAGACTATAGCGG
AAGGTTTGACATCTTACAAGCGTGTAAAAGTCTTGCTGAAAAGGCGAAAAACGGGTTGAT
CCAAACGGACGACATTGACGAAACGTTATTGGAAAACGAACTGATGACAAAGTGTAGCGA
GTTCCCAAACCCTGACCTATTGATCAGAACGAGTGGGGAACAAAGGATCAGTAATTTTTT
CCTGTGGCAATCAGCTTACACTGAGCTCTACTTTCCTACCGTTCAGTGGCCTGAGTTCGG
CAAGGCTGAGTACCTCGAGGCGTTGACTTGGTATCAGCAGAGGCAGAGGCGATTCGGTCG
AAGAGTTTAAACTTTGAATTTCATATATATCTCACGAATAAATTGTAACAATAAACATGT
GCGTTTGTTTTTACGTTTACTAGTTTTAAAATGTTGCTTTTTTCAC

QA 1 646 1 646
DS 



AS 1 2

CO CL8648Contig1 1038 2 2 U
GGCCAAGTTCGCGGTTTAGCTTTGGTTTTGGCATACTGAAGAACACGGTAAGAAGAGTCT
TACCATCTCGGCCATCTAAAGAGGCAAAACTGGGTGATGAGAATCAATTTTACTATGACG
AAAAATTAAAGAGATGGGTGGAGAAAGGTGTAGAACCCCCAGCTGAGGAAGCTGCATTGC
CTCCTCCTCCAACATTAGGCCCATACAGAAACAACTCGCTGGGTTATGAAAGCAAATCTG
ACATGAAGAACGAGATGTCTCCACCTAGTGGAAGCTTGACAGGAATCCCACCAATCTCAC
AGGGCTCGAATCAATTCTCAGCTCGTGGACGCCCAAGGAGCAGATACGTGGACACATATA
ATCCAGGAAGTGGAAACTCTCAGACAACGTTTCAGTCGGCTCATTTAAAATCTGCTAAAC
CACCAATCCCTGCAAAAGCAAATTTCTTCATCCCAGCAGCACCTGCATCATCAACAACTT
TAAACGACCAGTTAACTGAGATGGCTGCTGCCGAAACCAGACAGGAGTACTCAGCAGCAG
AAGAAGAAGTAGCCGCCTCTGCAGGGGCTCCAACACCACCACCACCAACAAGCCACTCTT
CATTCCAGTCCCCGACACCATCTCCAATGACAATGCAGAGATTTCCAAGTCTAGATAACA
TCAGAAGAAGTGGATCAGGAACAAGTTTGGTTCCAAACGGTGAGTTTCCTCCGTCAGGTT
CCAGAAGAACAGCTTCATGGAGCGGAAGTTTGAACAGCTCGTATACATCTCCAACGGGTC
CATCAAACCTCAGACCAAGCCCACTCAACAACGGTAGCAGCAGCAGCAGCCTTGGAGAGG
AGCTTCAAGAAGTTGAACTGTAAAGAAGCTTGGAATCTGTAATATCAAAAAAGTTTTGCT
CAACTGTCACAGGGGCAATAATATGTGTATGCATGCAGTTTGTATTGATTGTTTTTTTTT
TTGTTTTAAACATTATAGAATCATTAATTTTTCTTGTTTAACATACTTCAGGAGTTTATA
CAAATGAATGTTTTTGTT


BQ
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AF RR3AS95TF U 1
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AAAAATTAAAGAGATGGGTGGAGAAAGGTGTAGAACCCCCAGCTGAGGAAGCTGCATTGC
CTCCTCCTCCAACATTAGGCCCATACAGAAACAACTCGCTGGGTTATGAAAGCAAATCTG
ACATGAAGAACGAGATGTCTCCACCTAGTGGAAGCTTGACAGGAATCCCACCAATCTCAC
AGGGCTCGAATCAATTCTCAGCTCGTGGACGCCCAAGGAGCAGATACGTGGACACATATA
ATCCAGGAAGTGGAAACTCTCAGACAACGTTTCAGTCGGCTCATTTAAAATCTGCTAAAC
CACCAATCCCTGCAAAAGCAAATTTCTTCATCCCAGCAGCACCTGCATCATCAACAACTT
TAAACGACCAGTTAACTGAGATGGCTGCTGCCGAAACCAGACAGGAGTACTCAGCAGCAG
AAGAAGAAGTAGCCGCCTCTGCAGGGGCTCCAACACCACCACCACCAACAAGCCACTCTT
CATTCCAGTCCCCGACACCATCTCCAATGACAATGCAGAGATTTCCAAGTCTAGATAACA
TCAGAAGAAGTGGA

QA 1 674 1 674
DS 

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ACGCCCAAGGAGCAGATACGTGGACACATATAATCCAGGAAGTGGAAACTCTCAGACAAC
GTTTCAGTCGGCTCATTTAAAATCTGCTAAACCACCAATCCCTGCAAAAGCAAATTTCTT
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TGCCGAAACCAGACAGGAGTACTCAGCAGCAGAAGAAGAAGTAGCCGCCTTTGCAGGGGC
TCCAACACCACCACCACCAACAAGCCACTTTTCATTCCAGTCCCCGACACCATCTCCAAT
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GGTTCCAAACGGTGAGTTTCCTCCGTCAGGTTCCAGAAGAACAGCTTCATGGAGCGGAAG
TTTGAACAGCTCGTATACATCTCCAACGGGTCCATCAAACCTCAGACCAAGCCCACTCAA
CAACGGTAGCAGCAGCAGCAGCCTTGGAGAGGAGCTTCAAGAAGTTGAACTGTAAAGAAG
CTTGGAATCTGTAATATCAAAAAAGTTTTGCTCAACTGTCACAGGGGCAATAATATGTGT
ATGCATGCAGTTTGTATTGATTGTTTTTTTTTTTGTTTTAAACATTATAGAATCATTAAT
TTTTCTTGTTTAACATACTTCAGGAGTTTATACAAATGAATGTTTTTGTT

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

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TCTGGAGAATGAAAAGTGAAAGACAAGAATTGGATTATTATCATAAAAACAATCAGAACA
TCTTCTTCCCATGCTTAGAACCTGTGCTCCAGCTTCTCTTTTTCTTGGTAGCGTTGAGCA
TACGAGTAGGTTCCGATGACGGGAGCGAGGAGGAGAATAGTGCTGATCCAATTCTCGGAG
ACCTTGTGGTGGATCTTCTCTGGCAGATCCTTCCATAGACCTGTCATGATCTTATGCTGA
AACGGCGACAATGCGTACACCACCGCCTTCAGTTTCACCGGCAGCTTCCCCATCTTTCGT
TTTCTTCCCC


BQ
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AF RR3FB05TF C 1
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TCTGGAGAATGAAAAGTGAAAGACAAGAATTGGATTATTATCATAAAAACAATCAGAACA
TCTTCTTCCCATGCTTAGAACCTGTGCTCCAGCTTCTCTTTTTCTTGGTAGCGTTGAGCA
TACGAGTAGGTTCCGATGACGGGAGCGAGGAGGAGAATAGTGCTGATTCAATTCTCGGAG
ACCTTGTGGTGGATCTTCTCTGGCAGATCCTTCCATAGACCTGTCATGATCTTCTGCTGA
AACGGCGACAATGCGTACACCACCGCCTTCAGTTTCACCGGCAGCTTCCCC
CC

QA 1 411 1 411
DS 

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GCTTCTATTTTTGGAGTGTTGACGAAAGCACAAACTCTCTTGGAAACACAGACACTCATT
CTGGAGAATGAAAAGTGAAAGACAAGAATTGGATTATTATCATAAAAACAATCAGAACAT
CTTCTTCCCATGCTTAGAACCTGTGCTCCAGCTTCTCTTTTTCTTGGTAGCGTTGAGCAT
ACGAGTAGGTTCCGATGACGGGAGCGAGGAGGAGAATAGTGCTGATCCAATTCTCGGAGA
CCTTGTGGTGGATCTTCTCTGGCAGATCCTTCCATAGACCTGTCATGATCTTATGCTGAA
ACGGCGACAATGCGTACACCACCGCCTTCAGTTTCACCGGCTGCTTCCCCATCTTTCGTT
TTCTTCCCC

QA 1 429 1 429
DS 



AS 1 2

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TTTTTTTCTCCCTTTGTGTTGTAACTGATTTGCTTCATCATGGGAGTTTTAGTAATCTCG
GCTCTCCTGCTGCATGTCCTAGCAGTTTCCATCGGCGTTCAAGGCTTCTACCGTCGTGGC
GGCCATCATCCCGGCGGCCACGGAGGACCTTTGATCAACGCTCATGCCACTTTCTACGGC
GGGGGTGATGCTTCCGGCACAATGGGTGGAGCATGTGGGTACGGGAATCTGTATGGCCAA
GGTTACGGAACAGAGACGGCGGCGCTGAGCACGGCGTTATTCAACAATGGACTTAGTTGC
GGTGCGTGTTTCGAGCTGAAGTGTGTCAACGATCCTCAGTGGTGCATACAAGGCCGGTCC
ATTGTGGTCACTGCCACTAACTTTTGCCCTCCTGGTGGCGCCTGCGATCCTCCCAACCAC
CATTTCGATCTTTCTCAGCCCATCTACGAACACATCGCTCTTTACAAGTCCGGTATCATT
CCAGTTATGTACAGAAAGGGTTCGGTGCAGAAGAAGAGGCGGGATAAAGTTCACGATCAA
CGGCCACTCATATTTTAACTTGGTGCTGGTCACAAACGTAGGTGGAGCCCGGGACGTACA
CTCAGTGTCGATGAGAGGGTCACGTTCAAGATGGCAATTAATGTCAAGAAACTGGGGGCA
AAACTGGCAAAGCAACTCCTATCTCAACGGTCAAAGTCCGTCGTTTGTTGTGACCACAAG
TGATCGCCGAAGCGTCGTGTCGTACAATGTTGCTCCTCCCACTTGGTCCTTTGGCCAGAC
CTACACCGGAGGGCAGTTCAGATATTAACTAGTATAATCATTTTGTTATGAATATTATGT
TTATGGATGTCCAGCCCATTAGATATTTACTTGTAATCTTGGCCCGTTTATGGCCCATTG
TATTTAGGCCCATGTCGCCATGTATTTCCTATATAAGGAACACTTTGATTCAATAATAAA
ACACAGTTTCAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ57TF U 1
AF RR3CQ57JQ C 259
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BS 674 1032 RR3CQ57JQ

RD RR3CQ57TF 673 0 0
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TTTTTTTCTCCCTTTGTGTTGTAACTGATTTGCTTCATCATGGGAGTTTTAGTAATCTCG
GCTCTCCTGCTGCATGTCCTAGCAGTTTCCATCGGCGTTCAAGGCTTCTACCGTCGTGGC
GGCCATCATCCCGGCGGCCACGGAGGACCTTTGATCAACGCTCATGCCACTTTCTACGGC
GGGGGTGATGCTTCCGGCACAATGGGTGGAGCATGTGGGTACGGGAATCTGTATGGCCAA
GGTTACGGAACAGAGACGGCGGCGCTGAGCACGGCGTTATTCAACAATGGACTTAGTTGC
GGTGCGTGTTTCGAGCTGAAGTGTGTCAACGATCCTCAGTGGTGCATACAAGGCCGGTCC
ATTGTGGTCACTGCCACTAACTTTTGCCCTCCTGGTGGCGCCTGCGATCCTCCCAACCAC
CATTTCGATCTTTCTCAGCCCATCTACGAACACATCGCTCTTTACAAGTCCGGTATCATT
CCAGTTATGTACAGAAAGGGTTCGGTGCAGAAGAAGAGGCGGGATAAAGTTCACGATCAA
CGGCCACTCATATTTTAACTTGGTGCTGGTCACAAACGTAG*TGGAGCCCGGGACGTACA
CTCAGTGTCGATG

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3CQ57JQ 774 0 0
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AAGTGTGTCAACGATCCTCAGTGGTGCATACAAGGCCGGTCCATTGTGGTCACTGCCACT
AACTTTTGCCCTCCTGGTGGCGCCTGCGATCCTCCCAACCACCATTTCGATCTTTCTCAG
CCCATCTACGAACACATCGCTCTTTACAAGTCCGGTATCATTCCAGTTATGTACAGAA*G
GGTTCGGTGCAGAAGAAGAGGCGGGATAAGGTTCACGATCAACGGCCACTCATATTTTAA
CTTGGTGCTGGTCACAAACGTAGGTGGAGCCGGGGACGTACACTCAGTGTCGATGAGAGG
GTCACGTTCAAGATGGCAATTAATGTCAAGAAACTGGGGGCAAAACTGGCAAAGCAACTC
CTATCTCAACGGTCAAAGTCCGTCGTTTGTTGTGACCACAAGTGATCGCCGAAGCGTCGT
GTCGTACAATGTTGCTCCTCCCACTTGGTCCTTTGGCCAGACCTACACCGGAGGGCAGTT
CAGATATTAACTAGTATAATCATTTTGTTATGAATATTATGTTTATGGATGTCCAGCCCA
TTAGATATTTACTTGTAATCTTGGCCCGTTTATGGCCCATTGTATTTAGGCCCATGTCGC
CATGTATTTCCTATATAAGGAACACTTTGATTCAATAATAAAACACAGTTTCAC

QA 1 774 1 774
DS 



AS 1 2

CO CL8651Contig1 398 2 1 U
GGGGAGGTTAATAACAAGGAATGGTGAAGGAGGTGGGTCTGGAAGTAAATTTGATCCAGA
AGGTTCAGAGAAGGAGGACTCTCCGAGAGAGACGACTCGGATCTTGAACAGAGACATCAA
TAGGGAGCGTGCGGTTGCAGAGGCTAAAATGTGGGGAGAGAGTTTGAGGGAGAAACGAAG
ACAGAGTGAGCAAGGAACTTCAGAGAGCAACAGTACCGGTTAGATCCGGTTTGGGTCTTT
GACCCCTTTTTGTTTCTTATATTTACTCATTTATTCTGAAAACATAGAAAGAGACGAAAA
AAAGACATTGTGACAAAGAGTTGATGTACATTATATATGCGATGTTATAATATGGGCCAA
AACTGGAACTTTTTTTTTAATAAAGCAAATTCTAATCG


BQ
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AF RR3B765JQ C 1
AF RR3B765TF U 1
BS 1 398 RR3B765TF

RD RR3B765JQ 398 0 0
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ACAGAGTGAGCAAGGAACTTCAGAGAGCAACAGTACCGGTTAGATCCGGTTTGGGTCTTT
GACCCCTTTTTGTTTCTTATATTTACTCATTTATTCTGAAAACATAGAAAGAGACGAAAA
AAAGACATTGTGACAAAGAGTTGATGTACATTATATATGCGATGTTATAATATGGGCCAA
AACTGGAACTTTTTTTTTAATAAAGCAAATTCTAATCG

QA 1 398 1 398
DS 

RD RR3B765TF 398 0 0
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AGGTTCAGAGAAGGAGGACTCTCCGAGAGAGACGACTCGGATCTTGAACAGAGACATCAA
TAGGGAGCGTGCGGTTGCAGAGGCTAAAATGTGGGGAGAGAGTTTGAGGGAGAAACGAAG
ACAGAGTGAGCAAGGAACTTCAGAGAGCAACAGTACCGGTTAGATCCGGTTTGGGTCTTT
GACCCCTTTTTGTTTCTTATATTTACTCATTTATTCTGAAAACATAGAAAGAGACGAAAA
AAAGACATTGTGACAAAGAGTTGATGTACATTATATATGCGATGTTATAATATGGGCCAA
AACTGGAACTTTTTTTTTAATAAAGCAAATTCTAATCG

QA 1 398 1 398
DS 



AS 1 2

CO CL8652Contig1 643 2 2 U
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CGGAGACGAAGTAGATATATTCTACGGCGGCGGAATGGGAGCAGCAGAGTTCGAGATGGA
CTCGGAGATCAGCCGGCGCATGTTAGCGAACAGGAGGTACATCAGCTACGGTGCGCTGAG
GAGAAACAGTGTTCCTTGTTCACGACGCGGCGTATCTTACTACAATTGCCGACGTGGCGC
TCAGGCCAACCCGTACTCTCGCGGCTGCAGTGTCATCACTCGCTGCCGGCGATAAATCTG
TAATTTTCCTTAATATTCTTTTCTTTTTCTTAATATATAATTTTCTCAGTTCCGTTGCAA
TTTCATACGCATATATAGTAACTATATATGTAAATTTCTCTGGAAATAGTCTCTGGGATT
GATATAAAAGTACCAAGAAAATTAAATTAGATAATTTTACATTGTAATAAGAAACAGTTA
CTTTCAGTGTTCATCAGTGATAAACGAATGTGTTGAAGTATTC


BQ
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AF RR3H305JQ C 1
AF RR3H305TF U 2
BS 1 1 RR3H305JQ
BS 2 643 RR3H305TF

RD RR3H305JQ 643 0 0
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GGCGATTTTAGCCATCTTTGTAATCCTCGCCGTTCAGCATTTGACCGTAGCCGCCGATTT
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CGGAGACGAAGTAGATATATTCTACGGCGGCGGAATGGGAGCAGCAGAGTTCGAGATGGA
CTCGGAGATCAGCCGGCGCATGTTAGCGAACAGGAGGTACATCAGCTACGGTGCGCTGAG
GAGAAACAGTGTTCCTTGTTCACGACGCGGCGTATCTTACTACAATTGCCGACGTGGCGC
TCAGGCCAACCCGTACTCTCGCGGCTGCAGTGTCATCACTCGCTGCCGGCGATAAATCTG
TAATTTTCCTTAATATTCTTTTCTTTTTCTTAATATATAATTTTCTCAGTTCCGTTGCAA
TTTCATACGCATATATAGTAACTATATATGTAAATTTCTCTGGAAATAGTCTCTGGGATT
GATATAAAAGTACCAAGAAAATTAAATTAGATAATTTTACATTGTAATAAGAAACAGTTA
CTTTCAGTGTTCATCAGTGATAAACGAATGTGTTGAAGTATTC

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3H305TF 642 0 0
GGATCAAAGTCCGTGCACTGAAAAAAAATGAGAGGACTCTCCAGAAACTCCGGCACGGCG
GCGATTTTAGCCATCTTTGTAATCCTCGCCGTTCAGCATTTGACCGTAGCCGCCGATTTC
CCTCCGTTCGAGACAGAGTGCCGCGGCACCATAGCCGAATGCTCGGTCTCCGCCGCGTTC
GGAGACGAAGTAGATATATTCTACGGCGGCGGAATGGGAGCAGCAGAGTTCGAGATGGAC
TCGGAGATCAGCCGGCGCATGTTAGCGAACAGGAGGTACATCAGCTACGGTGCGCTGAGG
AGAAACAGTGTTCCTTGTTCACGACGCGGCGTATCTTACTACAATTGCCGACGTGGCGCT
CAGGCCAACCCGTACTCTCGCGGCTGCAGTGTCATCACTCGCTGCCGGCGATAAATCTGT
AATTTTCCTTAATATTCTTTTCTTTTTCTTAATATATAATTTTCTCAGTTCCGTTGCAAT
TTCATACGCATATATAGTAACTATATATGTAAATTTCTCTGGAAATAGTCTCTGGGATTG
ATATAAAAGTACCAAGAAAATTAAATTAGATAATTTTACATTGTAATAAGAAACAGTTAC
TTTCAGTGTTCATCAGTGATAAACGAATGTGTTGAAGTATTC

QA 1 642 1 642
DS 



AS 1 2

CO CL8653Contig1 1177 2 2 U
GAACAGATTCTAGAGAACTCCTTGAGAAACTCATGTTTCCTCCACGTGGCCTATGCTTCG
CAAACTCCCGTCAACGCAGACTACAAGCCTTTTGGAACGTTCTTGATATGTTTCGACTCC
GAATGTATATGCATCGATGACCCTGAGGCCGTCATGGAGCTGCTAGGCGGTGCTAGTGCA
GTAGATCAGATAGACTACGGCGAAGTTCTTGATCGTTTGGATCGAACGGTGATGGAGGAT
TCAAGATTGATGATAGACGACGTTGTAACTCGAATGGAGGAGCGTGCTGAGAAGAAGAAG
CTGCGTTATGACCAGCTCAAGAAACTAAACGACATCAAGATATCGATGATATATATAGAG
TGGTACAAAAAGAAAGGCAAGATGAGCAAGATCGGTTACTACGACCGGTTCAAGAACCAT
ATCGCGTCTAGTGCTTCACCCTTCGACGTAGATATCGAGATGCGGAGAACAGAGGTCAAC
GATTACTGGAGATCGTTGGTTGAAGAAGTTGAGAAGAAGCCTCAGAGCGAAAAGTCTGTT
CTCAAGACGAGGTCTCTTTTCTCAGGTAACAACTACAGACGTATGGTCGAGCCGTTAGAC
ATTGCTGAGTATTACCATAAAGGTGGGAGAGAGTACAGAATCTCTGGGAGGTCGAGACAC
TATGATATGCTTGAGAAATGGTTTAGGGAGGGGAATTCGAAAGAACCGGTTAGAGGTAAA
GGGACGGATTTGAGTGAGCTATTAACGTTTGATTCTTGCTTCTGGTCTGAAGTTGAGGAA
GCTTTGATCGCAATCAATGAGTTGAAGACACAAGAAGGTGAGAGAGAGGTGTTGTTGAGG
AAGCTTGTGTGGTTTGATGAGTACATGTGGGAGAGGATTAGTAAACGTGAGGTTTCGCCG
GAGATTTTCTTGGAGAAGAGCAGTTTCATGAAGTGGTGGAAAGAGTACAAAGATGTTGTC
AAAGTGTTTGGTTCTTCTTCCCCTTCTGAGTTGACCAAGTTTATGAACGATAGGATGTAC
GAGAGTTATGGTCAAGCCTGCTGAAGAATAGTGATTTACATTTTTTACTCTTTAAACCGT
ATCATTAAATGTGAGTTGATGATTTGATGACCTTAGTAAGGAACCATTGATTTGATGACC
TTGTAAACATCTCTTCCAGTAATCACGGTTTTACTAC


BQ
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AF RR3GK54TF U 1
AF RR3GK54JQ C 420
BS 1 562 RR3GK54TF
BS 563 1177 RR3GK54JQ

RD RR3GK54TF 562 0 0
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CAAACTCCCGTCAACGCAGACTACAAGCCTTTTGGAACGTTCTTGATATGTTTCGACTCC
GAATGTATATGCATCGATGACCCTGAGGCCGTCATGGAGCTGCTAGGCGGTGCTAGTGCA
GTAGATCAGATAGACTACGGCGAAGTTCTTGATCGTTTGGATCGAACGGTGATGGAGGAT
TCAAGATTGATGATAGACGACGTTGTAACTCGAATGGAGGAGCGTGCTGAGAAGAAGAAG
CTGCGTTATGACCAGCTCAAGAAACTAAACGACATCAAGATATCGATGATATATATAGAG
TGGTACAAAAAGAAAGGCAAGATGAGCAAGATCGGTTACTACGACCGGTTCAAGAACCAT
ATCGCGTCTAGTGCTTCACCCTTCGACGTAGATATCGAGATGCGGAGAACAGAGGTCAAC
GATTACTGGAGATCGTTGGTTGAAGAAGTTGAGAAGAAGCCTCAGAGCGAAAAGTCTGTT
CTCAAGACGAGGTCTCTTTTCT

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3GK54JQ 758 0 0
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CGATTACTGGAGATCGTTGGTTGAAGAAGTTGAGAAGAAGCCTCAGAGCGAAAAGTCTGT
TCTCAAGACGAGGTCTCTTTTCTCAGGTAACAACTACAGACGTATGGTCGAGCCGTTAGA
CATTGCTGAGTATTACCATAAAGGTGGGAGAGAGTACAGAATCTCTGGGAGGTCGAGACA
CTATGATATGCTTGAGAAATGGTTTAGGGAGGGGAATTCGAAAGAACCGGTTAGAGGTAA
AGGGACGGATTTGAGTGAGCTATTAACGTTTGATTCTTGCTTCTGGTCTGAAGTTGAGGA
AGCTTTGATCGCAATCAATGAGTTGAAGACACAAGAAGGTGAGAGAGAGGTGTTGTTGAG
GAAGCTTGTGTGGTTTGATGAGTACATGTGGGAGAGGATTAGTAAACGTGAGGTTTCGCC
GGAGATTTTCTTGGAGAAGAGCAGTTTCATGAAGTGGTGGAAAGAGTACAAAGATGTTGT
CAAAGTGTTTGGTTCTTCTTCCCCTTCTGAGTTGACCAAGTTTATGAACGATAGGATGTA
CGAGAGTTATGGTCAAGCCTGCTGAAGAATAGTGATTTACATTTTTTACTCTTTAAACCG
TATCATTAAATGTGAGTTGATGATTTGATGACCTTAGTAAGGAACCATTGATTTGATGAC
CTTGTAAACATCTCTTCCAGTAATCACGGTTTTACTAC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

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GAAGGTTAGAAATTCTTATAGAAGCAGGCGAATGATCATTCTGAATGTTTCTAGAGAAGT
CGATTGTATTTTTCATTCAACATCTCTATGTAACAAGATTAAGAAGGCCAGACATATTTG
ATTTTCATATGGTATCATGTATGTATAACGACAAAACGTACGTAGCTACAAGTAACTAAA
TTGTAATAAACTACGTACGAGTTATATGATAATGTACTGTG


BQ
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AF RR3BN07JQ C 1
AF RR3BN07TF U 1
BS 1 401 RR3BN07TF

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CGATTGTATTTTTCATTCAACATCTCTATGTAACAAGATTAAGAAGGCCAGACATATTTG
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TTGTAATAAACTACGTACGAGTTATATGATAATGTACTGTG

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DS 

RD RR3BN07TF 401 0 0
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AAAGAATGAAGAAGAAGATTGTTGCAAGACTCCGACACGTCTTGATCAAATTCTCCCGGC
GATCCCACGAACCTGTCCGCCGGCGCCGAGGAAGCCTAAGGGAGTCCCGTCGAGAAGTTT
GAAGGTTAGAAATTCTTATAGAAGCAGGCGAATGATCATTCTGAATGTTTCTAGAGAAGT
CGATTGTATTTTTCATTCAACATCTCTATGTAACAAGATTAAGAAGGCCAGACATATTTG
ATTTTCATATGGTATCATGTATGTATAACGACAAAACGTACGTAGCTACAAGTAACTAAA
TTGTAATAAACTACGTACGAGTTATATGATAATGTACTGTG

QA 1 401 1 401
DS 



AS 1 2

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TCTTCTCTGCTCCGTCCGTTCTCGTCGTCGTCGCGAGTTACGATTCTCCATTGCCAGCAG
AAATCTTTGCTTAGATTTAGAGATGGCGGCTGCTTTGTCCAGCAAGTTTCTTAAAGGAAT
CGCTAGCCTTCACTCTCTTCGTTCTACCAGATTGGCATCTGCAGCATATGTCAACCAAAA
TGGGATGATGAGATACTCCACTACAGTGCCCAGCGATTCAGACACGCATGATGATTTCAA
GCCTACACAGAAAGTCCCTTCTGATTCCACAGACTCGCTAAAAGATATTGTTGAGAATGA
TGTGAAGGAGAATCCTGTTATGATCTACATGAAAGGAGTTCCGGAAGCTCCTCAGTGTGG
GTTTAGCTCTCTAGCCGTTAGGGTTCTTCAACAATATAATGTTCCTATAGGTGCTAGAAA
CATTCATGAAGATCAAGAATTGAAAAACGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCTACGTT
TCCACAGATCTTTATCAAGGGAGAGTTTATTGGAGGCTCAGACATCATCCTTAACATGCA
CAAGGAAGGTGAACTGGAGGAGAAGCTTAAAGATGTCTCTGGAAGCCAAAAGTCTCAATA
AACTTCTAGAGGTTTTGATTTGATTTGACTTGAATGAAATTAATTTATGTTTTTGTGTTT
GATGGACGGCAATAATGTCATAAGAAACTCATAATCTTTTGAACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E959TF U 1
AF RR3E959JQ C 202
BS 1 602 RR3E959TF
BS 603 765 RR3E959JQ

RD RR3E959TF 602 0 0
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AAATCTTTGCTTAGATTTAGAGATGGCGGCTGCTTTGTCCAGCAAGTTTCTTAAAGGAAT
CGCTAGCCTTCACTCTCTTCGTTCTACCAGATTGGCATCTGCAGCATATGTCAACCAAAA
TGGGATGATGAGATACTCCACTACAGTGCCCAGCGATTCAGACACGCATGATGATTTCAA
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TGTGAAGGAGAATCCTGTTATGATCTACATGAAAGGAGTTCCGGAAGCTCCTCAGTGTGG
GTTTAGCTCTCTAGCCGTTAGGGTTCTTCAACAATATAATGTTCCTATAGGTGCTAGAAA
CATTCATGAAGATCAAGAATTGAAAAACGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCTACGTT
TCCACAGATCTTTATCAAGGGAGAGTTTATTGGAGGCTCAGACATCATCCTTAACATGCA
CA

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3E959JQ 564 0 0
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TACAGTGCCCAGCGATTCAGACACGCATGATGATTTCAAGCCTACACAGAAAGTCCCTTC
TGATTCCACAGACTCGCTAAAAGATATTGTTGAGAATGATGTGAAGGAGAATCCTGTTAT
GATCTACATGAAAGGAGTTCCGGAAGCTCCTCAGTGTGGGTTTAGCTCTCTAGCCGTTAG
GGTTCTTCAACAATATAATGTTCCTATAGGTGCTAGAAACATTCATGAAGATCAAGAATT
GAAAAACGCTGTGAAATCCTTCAGCCATTGGCCTACGTTTCCACAGATCTTTATCAAGGG
AGAGTTTATTGGAGGCTCAGACATCATCCTTAACATGCACAAGGAAGGTGAACTGGAGGA
GAAGCTTAAAGATGTCTCTGGAAGCCAAAAGTCTCAATAAACTTCTAGAGGTTTTGATTT
GATTTGACTTGAATGAAATTAATTTATGTTTTTGTGTTTGATGGACGGCAATAATGTCAT
AAGAAACTCATAATCTTTTGAACC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL8656Contig1 905 2 2 U
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ATATTTGATAAAAATCTTGATGCCATTTTTTTGAACAATAACCGATTTGAATCCGTTATC
CCCGACACGATTGGAAAATCGGCTGCCTCAGTTGTGACGTTTGCAAACAATAAATTCAGT
GGCTGTATACCAAGATCGATCGGTCAGATGAAAAATCTAAACGAGGTTGTTTTCACTGGA
AACAATTTAACTGGTTGTTTCCCAAACGAGATTGGTTCTCTTAATAATGTGACAGTTTTT
GATGCGAGCAATAACGGATTTGTTGGTAGTTTACCATTGACCTTGTCCAGTTTATCAAGT
GTTGAGCAGTTGGATTTTTCCAATAATAAGTTAACTGGATCTGTTGTTGACACATTTTGC
AAACTGCCTAATTTGGAAAGCTTTAAGTTTTCGTACAATTATTTCAATGGAGACGCTGAC
AGTTGTGTTCCTGGGAAGAACAATGGGAAACAATTTGATGACAGGAGTAATTGCTTGAAG
AACAGACCGAACCAGAAATCTGTTAGTCAATGTGTACCGGTGGTTAGTCATCCTGTGGAT
TGTAGCAAGGACAAATGTTCTGGTGTTAGTCAAAGTGGATCTCCACCATCAATAAAGACA
CCAGAAATTAATCCACCAAAACCAAAAGAACTGGTTATACCTAGGCCTGAAGAATCACCT
AAACCGGAACCACAAAACCCATTAAGACCTGAAACACCAACAACTAATGTACGACCTATA
CATGAAGTACCAAAACCTGAGGAGACACCTGAACCACAACCACCTAAAACTGAAGAATCT
CCTAAACCAGAACAACCAAAAATTAATTCACCAAAACAAAAAGAATCACTGAAACCTGAA
CCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3GT43TF U 1
AF RR3GT43JQ C 296
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BS 701 905 RR3GT43JQ

RD RR3GT43TF 700 0 0
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GGCTGTATACCAAGATCGATCGGTCAGATGAAAAATCTAAACGAGGTTGTTTTCACTGGA
AACAATTTAACTGGTTGTTTCCCAAACGAGATTGGTTCTCTTAATAATGTGACAGTTTTT
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GTTGAGCAGTTGGATTTTTCCAATAATAAGTTAACTGGATCTGTTGTTGACACATTTTGC
AAACTGCCTAATTTGGAAAGCTTTAAGTTTTCGTACAATTATTTCAATGGAGACGCTGAC
AGTTGTGTTCCTGGGAAGAACAATGGGAAACAATTTGATGACAGGAGTAATTGCTTGAAG
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QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3GT43JQ 610 0 0
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CTGACAGTTGTGTTCCTGGGAAGAACAATGGGAAACAATTTGATGACAGGAGTAATTGCT
TGAAGAACAGACCGAACCAGAAATCTGTTAGTCAATGTGTACCGGTGGTTAGTCATCCTG
TGGATTGTAGCAAGGACAAATGTTCTGGTGTTAGTCAAGGTGGATCTCCACCATCAATAA
AGACACCAGAAATTAATCCACCAAAACCAAAAGAACTGGTTATACCTAGGCCTGAAGAAT
CACCTAAACCGGAACCACAAAACCCATTAAGACCTGAAACACCAACAACTAATGTACGAC
CTATACATGAAGTACCAAAACCTGAGGAGACACCTGAACCACAACCACCTAAAACTGAAG
AATCTCCTAAACCAGAACAACCAAAAATTAATTCACCAAAACAAAAAGAATCACTGAAAC
CTGAACCACT

QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL8657Contig1 1162 2 10 U
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TATGTTCACAAAGTCTTTGGAGCAAGCAATGTGACCAAGATCCTCAACGATCTCCCACCA
CCAAACCGAGAAGACGCTGTTAATTCCCTCTACTATGAAGCCGAGGCCCGTATCCGTGAC
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CAAGATCTTGTCACTGCTAAAGAAGAGCTTGCTGGTTATATTGGACCCGATGCTGTGAAT
CCGCAACAGCCTTATCTTCCTCCTCTAGCCAACAATCCTCCTCCCAATTTCATGATGGCT
ATGGAAGGAATGCCACATGGAGTGGTCCCTCAAGGAGAGCCGTTGATCATACGCGAACCA
AACATGCCTCAGCACCAACATCAACCGCAAGATGAGCAGATGCAACTCATGGGTACTGAT
GCACAGAGAATGGCTGCAATGATTTTGGAGAGAGGAGATCACCAACAAGAGATGTTCAAT
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AACGATCACACGGCTGGTGGGTCGTTGTCTGGACCATCTCTTGTTTTAGGAAGCTTTGGT
GATGCTTATCAAATGGGTCACGAGACAGAGCATCACATCAGTCATGATCAGCTTCAGACA
CAGCTTATGCTTCAGCCTCCATTACAGGAAGGCCAAGAGCAAAATGAAGGACAGTTTCTG
ATGCAGCCAATGGGACAAGAGAATCTCCATGAAGAAGAGGATGAGGAAGAGCTTGAGCCG
CCGGTTAAGTGGAGGAAATCTGACAGCAAGGAAGCTAGTTATTGATTAAAACCAAGAAAA
TAAGACATTTTCATTTGATGGATAGTTACTCTTGAGGGTCTAAGTTGCTTTTTTTTTTTA
AATTTAATAAATGGCATTATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CL18TF U 1
AF RR3CL18JQ C 394
BS 1 707 RR3CL18TF
BS 708 708 RR3CL18JQ
BS 709 736 RR3CL18TF
BS 737 737 RR3CL18JQ
BS 738 761 RR3CL18TF
BS 762 762 RR3CL18JQ
BS 763 781 RR3CL18TF
BS 782 782 RR3CL18JQ
BS 783 805 RR3CL18TF
BS 806 1162 RR3CL18JQ

RD RR3CL18TF 819 0 0
GGATTGTCTCCGTCATTTGTTCCTCAGTTTCTATCGATCCTCACGGTTCCTCAGGCACTG
TAACATCATCGAGGACTCAAAGAGAAAGGAATCAGTGATCTCGAACGATCGTGCCAGTGT
TTATCTTGAGAGAGAATGGCTTCAACACCTTGTGCAGCATGCAAGCTCTTGAGAAGAAAG
TGCACTCAAGAATGTGTTTTTGCGCCCTATTTTCCACCAACTCAGCCTCAAAAGTTTATA
TATGTTCACAAAGTCTTTGGAGCAAGCAATGTGACCAAGATCCTCAACGATCTCCCACCA
CCAAACCGAGAAGACGCTGTTAATTCCCTCTACTATGAAGCCGAGGCCCGTATCCGTGAC
CCTATCTATGGATGCGTTGGTCTCATCTCCTTCTTACAACAATGTCTCAAGAAAATCCAA
CAAGATCTTGTCACTGCTAAAGAAGAGCTTGCTGGTTATATTGGACCCGATGCTGTGAAT
CCGCAACAGCCTTATCTTCCTCCTCTAGCCAACAATCCTCCTCCCAATTTCATGATGGCT
ATGGAAGGAATGCCACATGGAGTGGTCCCTCAAGGAGAGCCGTTGATCATACGCGAACCA
AACATGCCTCAGCACCAACATCAACCGCAAGATGAGCAGATGCAACTCATGGGTACTGAT
GCACAGAGAATGGCTGCAATGATTTTGGAGAGAGGAGATCACCAACA*GAGATGTTCAAT
GGTTACGGGATAGACA*CAATGGGTCGGTTACAGCCACAGG*TATAACCAGATGGATGTG
A*CGATCACACGGCTGGTGGGTCGT
GTCTGGACATCTCT

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR3CL18JQ 769 0 0
TTACAACAATGTCTCAAGAAAATCCAACAAGATCTTGTCACTGCTAAAGAAGAGCTTGCT
GGTTATATTGGACCCGATGCTGTGAATCCGCAACAGCCTTATCTTCCTCCTCTAGCCAAC
AATCCTCCTCCCAATTTCATGATGGCTATGGAAGGAATGCCACATGGAGTGGTCCCTCAA
GGAGAGCCGTTGATCATACGCGAACCAAACATGCCTCAGCACCAACATCAACCGCAAGAT
GAGCAGATGCAACTCATGGGTACTGATGCACAGAGAATGGCTGCAATGATTTTGGAGAGA
GGAGATCACCAACAAGAGATGTTCAATGGTTACGGGATAGACAACAATGGGTCGGTTACA
GCCACAGGGTATAACCAGATGGATGTGAACGATCACACGGCTGGTGGGTCGTTGTCTGGA
CCATCTCTTGTTTTAGGAAGCTTTGGTGATGCTTATCAAATGGGTCACGAGACAGAGCAT
CACATCAGTCATGATCAGCTTCAGACACAGCTTATGCTTCAGCCTCCATTACAGGAAGGC
CAAGAGCAAAATGAAGGACAGTTTCTGATGCAGCCAATGGGACAAGAGAATCTCCATGAA
GAAGAGGATGAGGAAGAGCTTGAGCCGCCGGTTAAGTGGAGGAAATCTGACAGCAAGGAA
GCTAGTTATTGATTAAAACCAAGAAAATAAGACATTTTCATTTGATGGATAGTTACTCTT
GAGGGTCTAAGTTGCTTTTTTTTTTTAAATTTAATAAATGGCATTATCC

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL8658Contig1 1044 2 4 U
GGAACTCATCATCTTATAATTATTCTCTCCGAAATAAGAAACCAAAACCCAATTTCGTTA
CCTCTTCCCTCAATCCATAAGTCAAAAAATCATCAAGCTTTAAGCTCAAAAAACTCGATC
TAGAACTGGTTTGGAGAAGATGGGCTCTGAAGGACCAAAAGCAATTACGATTCACGTGAC
TGGCTTCAAGAGGTTCCTTGGTGTTTCCGAAAACCCTACTGAGAAAATCGCTACTAATCT
GAAATCGTATGTGGAGAAACGAGGGTTGCCTTCTGGGCTAACTCTTGGTAGCTGCACTGT
TCTTGAGTCTGCTGGGGAAGGTGGAAAGGCTCGGCTTTATCAGGTTCTGGAGTCTAGTGT
TGCTGCCTCCTCTGGAGATAACAAGGACACCAATGGAACTGTTGTTTGGCTTCATCTTGG
AGTGAATAGCGGATCGGAAAAATTCGCAATTGAAAGACAAGCAGTGAACGAAGCTCATTT
TCGTTGTCCTGATCAATTAGGCTGGCAACCACAGAGGCTTCCTATAGTTTTTGAAGATGG
AAGCATTTTAAAGGCAAAAGAGACTACATGTCCAACAGAGTCGATATTCAATATACTAAA
GAACAAAGGCTACGACGTTGTTCAATCAGACGACGCTGGACGGTTTGTGTGCAACTACCT
CTACTATCACTCCCTCAGGTTCGCTGAGCAAAAGGGACACAAGTCACTCTTCCTCCACGT
TCCTTTATTCTCCAAAATCGATGAAGATACTCAGATGCAGTTCGTCGTCTCTCTCTTGGA
GGCAATTGCAGCTACTTGCTAGTGTACTATTGCCACAGTGTGTAAGTATAAATGTATATC
CTTCTACGAAGCATTGTGTTCTTTTGTTGGGGAGTGTGGTTGTATTGTAGCTTGTGATAA
AAAAAAAGACTTATTGCTTTTGGCTCTGAAACTTTCTGGGTCTTGTAAAGCACACGATTA
GGAAAGAAAGAGCCTTTTGTGATTGTCTCTGTAATAAAAAAAAATATTCTCTTTATTGAA
AAAATGTCAAAGTTTGGATTTTTC


BQ
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AF RR3EW28TF U 1
AF RR3EW28JQ C 284
BS 1 678 RR3EW28TF
BS 679 679 RR3EW28JQ
BS 680 689 RR3EW28TF
BS 690 1044 RR3EW28JQ

RD RR3EW28TF 689 0 0
GGAACTCATCATCTTATAATTATTCTCTCCGAAATAAGAAACCAAAACCCAATTTCGTTA
CCTCTTCCCTCAATCCATAAGTCAAAAAATCATCAAGCTTTAAGCTCAAAAAACTCGATC
TAGAACTGGTTTGGAGAAGATGGGCTCTGAAGGACCAAAAGCAATTACGATTCACGTGAC
TGGCTTCAAGAGGTTCCTTGGTGTTTCCGAAAACCCTACTGAGAAAATCGCTACTAATCT
GAAATCGTATGTGGAGAAACGAGGGTTGCCTTCTGGGCTAACTCTTGGTAGCTGCACTGT
TCTTGAGTCTGCTGGGGAAGGTGGAAAGGCTCGGCTTTATCAGGTTCTGGAGTCTAGTGT
TGCTGCCTCCTCTGGAGATAACAAGGACACCAATGGAACTGTTGTTTGGCTTCATCTTGG
AGTGAATAGCGGATCGGAAAAATTCGCAATTGAAAGACAAGCAGTGAACGAAGCTCATTT
TCGTTGTCCTGATCAATTAGGCTGGCAACCACAGAGGCTTCCTATAGTTTTTGAAGATGG
AAGCATTTTAAAGGCAAAAGAGACTACATGTCCAACAGAGTCGATATTCAATATACTAAA
GAACAAAGGCTACGACGTTGTTCAATCAGACGACGCTGGACGGTTTGTGTGCAACTACCT
CTACTATCACTCCCTCAG*TTCGCTGAGC

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3EW28JQ 761 0 0
CTTGGTAGCTGCACTGTTCTTGAGTCTGCTGGGGAAGGTGGAAAGGCTCGGCTTTATCAG
GTTCTGGAGTCTAGTGTTGCTGCCTCCTCTGGAGATAACAAGGACACCAATGGAACTGTT
GTTTGGCTTCATCTTGGAGTGAATAGCGGATCGGAAAAATTCGCAATTGAAAGACAAGCA
GTGAACGAAGCTCATTTTCGTTGTCCTGATCAATTAGGCTGGCAACCACAGAGGCTTCCT
ATAGTTTTTGAAGATGGAAGCATTTTAAAGGCAAAAGAGACTACATGTCCAACAGAGTCG
ATATTCAATATACTAAAGAACAAAGGCTACGACGTTGTTCAATCAGACGACGCTGGACGG
TTTGTGTGCAACTACCTCTACTATCACTCCCTCAGGTTCGCTGAGCAAAAGGGACACAAG
TCACTCTTCCTCCACGTTCCTTTATTCTCCAAAATCGATGAAGATACTCAGATGCAGTTC
GTCGTCTCTCTCTTGGAGGCAATTGCAGCTACTTGCTAGTGTACTATTGCCACAGTGTGT
AAGTATAAATGTATATCCTTCTACGAAGCATTGTGTTCTTTTGTTGGGGAGTGTGGTTGT
ATTGTAGCTTGTGATAAAAAAAAAGACTTATTGCTTTTGGCTCTGAAACTTTCTGGGTCT
TGTAAAGCACACGATTAGGAAAGAAAGAGCCTTTTGTGATTGTCTCTGTAATAAAAAAAA
ATATTCTCTTTATTGAAAAAATGTCAAAGTTTGGATTTTTC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL8659Contig1 792 2 3 U
GCCTCATCACCGACAAGTTCATCATACCTGAGATAAGCAACTACGCGAGTATTTGGTTCA
TTCTACTCTTTATCTCTATTGCTGTGGCTGGAATCCTGGAGCTGAGATGGAGTGGTGTGA
GCATTGAAGACTGGTGGAGGAACGAGCAGTTCTGGGTCATCGGTGGCACATCTGCTCATC
TTTTTGCAGTCTTCCAAGGTCTACTCAAGGTACTTGCCGGTATCGACACTAACTTCACTG
TCACATCCAAAGCCTCTGACGAAGATGGGGATTTCGCGGAGCTTTACATCTTTAAATGGA
CAGCTCTTCTCATTCCACCAACCACTGTCCTAGTTTGTGAACCTCATAGGCATTTGTGGC
TGGTGTCTCTTATGCTGTGAACAGCGGGTACCAGTCATGGGGTCCGCTCTTTGGGAAGCT
TTTCTTCGCCTTATGGGTCATTGCTCATCTCTACCCGTTCTTGAAAGGTCTACTGGGAAG
ACAGAACAGAACGCCAACCATGTCATTGTGTGGTCTGTTCTTCTCGCCTCCATCTTTTCG
TTGCTTTGGGTCAGGATCAATCCATTCGTCTCTGTCACTCCACAGGCCAACCCCAATGCC
GTCCCAGGAGGTGTCTTTTAGACCCCTATTTATATTACATTTTGTGTGCATATTATGGTG
AACCAGGCGGTTATGGTGACTCAGTGTCAAAAGATTAGTTTTGAAACTGTTGGTGGCTGT
GTCACTGTTGTGATGATCTTATCTATTTCGGTATGTTACAGTTTTTTCCAGTGGAGATGA
TGATGTGAAACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH45TF U 4
AF RR3BH45JQ C 1
BS 1 3 RR3BH45JQ
BS 4 405 RR3BH45TF
BS 406 792 RR3BH45JQ

RD RR3BH45TF 418 0 0
TCATCACCGACAAGTTCATCATACCTGAGATAAGCAACTACGCGAGTATTTGGTTCATTC
TACTCTTTATCTCTATTGCTGTGGCTGGAATCCTGGAGCTGAGATGGAGTGGTGTGAGCA
TTGAAGACTGGTGGAGGAACGAGCAGTTCTGGGTCATCGGTGGCACATCTGCTCATCTTT
TTGCAGTCTTCCAAGGTCTACTCAAGGTACTTGCCGGTATCGACACTAACTTCACTGTCA
CATCCAAAGCCTCTGACGAAGATGGGGATTTCGCGGAGCTTTACATCTTTAAATGGACAG
CTCTTCTCATTCCACCAACCACTGTCCTAGTTTGTGAACCTCATAGGCATTTGTGGCTGG
TGTCTCTTATGCTGTGAACAGCGGGTACCAGTCATGGGGTCC
CGCTCTTTTGGGAAGC

QA 1 402 1 402
DS 

RD RR3BH45JQ 792 0 0
GCCTCATCACCGACAAGTTCATCATACCTGAGATAAGCAACTACGCGAGTATTTGGTTCA
TTCTACTCTTTATCTCTATTGCTGTGGCTGGAATCCTGGAGCTGAGATGGAGTGGTGTGA
GCATTGAAGACTGGTGGAGGAACGAGCAGTTCTGGGTCATCGGTGGCACATCTGCTCATC
TTTTTGCAGTCTTCCAAGGTCTACTCAAGGTACTTGCCGGTATCGACACTAACTTCACTG
TCACATCCAAAGCCTCTGACGAAGATGGGGATTTCGCGGAGCTTTACATCTTTAAATGGA
CAGCTCTTCTCATTCCACCAACCACTGTCCTAGTT*GTGAACCTCATAGGCATT*GTGGC
TGGTGTCTCTTATGCTGTGAACAGCGGGTACCAGTCATGGGGTCCGCTCTTTGGGAAGCT
TTTCTTCGCCTTATGGGTCATTGCTCATCTCTACCCGTTCTTGAAAGGTCTACTGGGAAG
ACAGAACAGAACGCCAACCATGTCATTGTGTGGTCTGTTCTTCTCGCCTCCATCTTTTCG
TTGCTTTGGGTCAGGATCAATCCATTCGTCTCTGTCACTCCACAGGCCAACCCCAATGCC
GTCCCAGGAGGTGTCTTTTAGACCCCTATTTATATTACATTTTGTGTGCATATTATGGTG
AACCAGGCGGTTATGGTGACTCAGTGTCAAAAGATTAGTTTTGAAACTGTTGGTGGCTGT
GTCACTGTTGTGATGATCTTATCTATTTCGGTATGTTACAGTTTTTTCCAGTGGAGATGA
TGATGTGAAACC

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

CO CL8660Contig1 898 2 2 U
CTACTTACTGGGAAAAGCTTAAAGGTCACACGAATATTCGATCCAATCTAGTATAGAACT
ATCAATTTATCATCTTCTTCAGTCTCAATGATGTATCTCCCTTCTGAAGACTCCTCATCA
CCAGTTCCCAACGCTTCCTCTATGCACGCACCAAGGCCGAGGATGTTGATACAGAAATGC
GAAAATGGATTTAAGATGAGGAAGCTGAATGATGATGTTGAAGAAAACAATGACTCGTTC
CAGATGGAGTCAAACATCACACATGCAGAGGCGGCGAATAAGCTTCCTCTAGTTTCTGAA
CCAGAAGCAGCAGCTCTGGTGCCTCATGCAACCAAGCCCGAAACTACAGAAGATACTCAG
AAAGTATGTGCCAGAGAAGAGTTGTATAAGCTATGTGGTGTGAGGCATTGGAAAGCACCA
TTATATAAGTTCTTCAACCAAGATGGTCCTGACAATAAGAAATTATTTAAAGTCGAAGTC
AATGTTGAAATAAAGGAAGTTTCAGGGATAACGGTTCTGGAGTGTTTTGGAGATCCACAC
AACAAGAAGAAAATAGCAGCTGAGCAGGCAGCAGAAGTAGCGCTTTGGTTTTTCAAGAAC
GTGGGTCATACCGTCCAGACTGACAATGCTTCTGGTCGTAAGAAGGACAAAAAAACGCTT
TAGAATCTGTTAATAACATATGACTTAAGTAGGTCTAGTTTTGTTCATGTTAATTGGCTT
TTAGCTGGTTAGCATTTGACAGAATCTCTCTACCTAGGGAGTTCAAAAGTGTGTAAGCCT
CTACCCTCAACATTCTCACATCGTATAAGAGACTATGTTTGATGTCTGTCAAAGTTTGTG
TACAAGGATCATCTTTTCTGTAACGTTAGTAGTAAGTAAAAACTATGAAGTTATGGTT


BQ
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AF RR3ES59TF U 1
AF RR3ES59JQ C 164
BS 1 563 RR3ES59TF
BS 564 898 RR3ES59JQ

RD RR3ES59TF 563 0 0
CTACTTACTGGGAAAAGCTTAAAGGTCACACGAATATTCGATCCAATCTAGTATAGAACT
ATCAATTTATCATCTTCTTCAGTCTCAATGATGTATCTCCCTTCTGAAGACTCCTCATCA
CCAGTTCCCAACGCTTCCTCTATGCACGCACCAAGGCCGAGGATGTTGATACAGAAATGC
GAAAATGGATTTAAGATGAGGAAGCTGAATGATGATGTTGAAGAAAACAATGACTCGTTC
CAGATGGAGTCAAACATCACACATGCAGAGGCGGCGAATAAGCTTCCTCTAGTTTCTGAA
CCAGAAGCAGCAGCTCTGGTGCCTCATGCAACCAAGCCCGAAACTACAGAAGATACTCAG
AAAGTATGTGCCAGAGAAGAGTTGTATAAGCTATGTGGTGTGAGGCATTGGAAAGCACCA
TTATATAAGTTCTTCAACCAAGATGGTCCTGACAATAAGAAATTATTTAAAGTCGAAGTC
AATGTTGAAATAAAGGAAGTTTCAGGGATAACGGTTCTGGAGTGTTTTGGAGATCCACAC
AACAAGAAGAAAATAGCAGCTGA

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3ES59JQ 735 0 0
TGTTGATACAGAAATGCGAAAATGGATTTAAGATGAGGAAGCTGAATGATGATGTTGAAG
AAAACAATGACTCGTTCCAGATGGAGTCAAACATCACACATGCAGAGGCGGCGAATAAGC
TTCCTCTAGTTTCTGAACCAGAAGCAGCAGCTCTGGTGCCTCATGCAACCAAGCCCGAAA
CTACAGAAGATACTCAGAAAGTATGTGCCAGAGAAGAGTTGTATAAGCTATGTGGTGTGA
GGCATTGGAAAGCACCATTATATAAGTTCTTCAACCAAGATGGTCCTGACAATAAGAAAT
TATTTAAAGTCGAAGTCAATGTTGAAATAAAGGAAGTTTCAGGGATAACGGTTCTGGAGT
GTTTTGGAGATCCACACAACAAGAAGAAAATAGCAGCTGAGCAGGCAGCAGAAGTAGCGC
TTTGGTTTTTCAAGAACGTGGGTCATACCGTCCAGACTGACAATGCTTCTGGTCGTAAGA
AGGACAAAAAAACGCTTTAGAATCTGTTAATAACATATGACTTAAGTAGGTCTAGTTTTG
TTCATGTTAATTGGCTTTTAGCTGGTTAGCATTTGACAGAATCTCTCTACCTAGGGAGTT
CAAAAGTGTGTAAGCCTCTACCCTCAACATTCTCACATCGTATAAGAGACTATGTTTGAT
GTCTGTCAAAGTTTGTGTACAAGGATCATCTTTTCTGTAACGTTAGTAGTAAGTAAAAAC
TATGAAGTTATGGTT

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL8661Contig1 887 2 2 U
AAAGCTTTTACAACCCCTACATCGCTGACGTAATCGGGAAGTTGGATAGCAAGGGGTTGA
TTGAAGAAAGTGAGGGCGCTCGTGTTATTTTCCTCGAAGGCTTCAACATCCCCCTCATGG
TTGTAAAGAGTGACGGTGGTTTTAACTATGCCTCAACTGATCTGACTCGCAGTAAAACTG
CCTTTATTGAGCGTGGTAAGGACAAAGAATGGACTCCCGAGGAGCTTGACCAAACAGCTG
AGGCAGTTGGATATGGTGCGGTGAAGTATGCGGATCAGAAGAACAACAGATTGACAAATT
ATACTTTCAACTTTGATCAAATGCTTAGTGACAAGGGAAATACAGCCGTTTACCTTCTTT
ACGCTCATGCTCGGATCTGTTCAATCATCAGAAAATCTGGCAAAGACATAGATGAGCTGA
AAAAGACAGAAAAGCTAGCATTGGATCATCCTGAAGAACGAGCACTAGGGCTTCACTTGC
TTCGATTTGCTGAGACGGTTGAGGAAGCTTGCAGCAACTTGTTGCCGAACGTGCTGTGTC
ACTACCTCTACGACTTATCTTAACGCTACACCTCCTTCTACTCCATTCATCAGGTCATTG
GTTCACCGGAAGAGGCAAGCCGTCTCCTACTTTGTGAAGCAACGGCTGTAGTGATGCGGA
AATGCTTCCACCTTCTTGGAATCACCCCTGTTTACAAGATTTGATTCCATCGCTATCACA
ATTAAACTACTCAAAAGACCAGAGTACTTGTCTGTTCTGGCATTTTTCTTTTTCTTTTGT
ACAACTTGTGAGAAAGACGGTTCTTTAACTCTAAAGTATCTTTTGTTTTCATTTATCTTG
GGCGACCTTGTATACAAATGATTACAATGTTAAAACTGATTCGGAAA


BQ
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AF RR3F594TF U 1
AF RR3F594JQ C 186
BS 1 589 RR3F594TF
BS 590 887 RR3F594JQ

RD RR3F594TF 589 0 0
AAAGCTTTTACAACCCCTACATCGCTGACGTAATCGGGAAGTTGGATAGCAAGGGGTTGA
TTGAAGAAAGTGAGGGCGCTCGTGTTATTTTCCTCGAAGGCTTCAACATCCCCCTCATGG
TTGTAAAGAGTGACGGTGGTTTTAACTATGCCTCAACTGATCTGACTCGCAGTAAAACTG
CCTTTATTGAGCGTGGTAAGGACAAAGAATGGACTCCCGAGGAGCTTGACCAAACAGCTG
AGGCAGTTGGATATGGTGCGGTGAAGTATGCGGATCAGAAGAACAACAGATTGACAAATT
ATACTTTCAACTTTGATCAAATGCTTAGTGACAAGGGAAATACAGCCGTTTACCTTCTTT
ACGCTCATGCTCGGATCTGTTCAATCATCAGAAAATCTGGCAAAGACATAGATGAGCTGA
AAAAGACAGAAAAGCTAGCATTGGATCATCCTGAAGAACGAGCACTAGGGCTTCACTTGC
TTCGATTTGCTGAGACGGTTGAGGAAGCTTGCAGCAACTTGTTGCCGAACGTGCTGTGTC
ACTACCTCTACGACTTATCTTAACGCTACACCTCCTTCTACTCCATTCA

QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3F594JQ 702 0 0
ATTGAGCGTGGTAAGGACAAAGAATGGACTCCCGAGGAGCTTGACCAAACAGCTGAGGCA
GTTGGATATGGTGCGGTGAAGTATGCGGATCAGAAGAACAACAGATTGACAAATTATACT
TTCAACTTTGATCAAATGCTTAGTGACAAGGGAAATACAGCCGTTTACCTTCTTTACGCT
CATGCTCGGATCTGTTCAATCATCAGAAAATCTGGCAAAGACATAGATGAGCTGAAAAAG
ACAGAAAAGCTAGCATTGGATCATCCTGAAGAACGAGCACTAGGGCTTCACTTGCTTCGA
TTTGCTGAGACGGTTGAGGAAGCTTGCAGCAACTTGTTGCCGAACGTGCTGTGTCACTAC
CTTTACGACTTATCTTAACGCTACACCTCCTTCTACTCCATTCATCAGGTCATTGGTTCA
CCGGAAGAGGCAAGCCGTCTCCTACTTTGTGAAGCAACGGCTGTAGTGATGCGGAAATGC
TTCCACCTTCTTGGAATCACCCCTGTTTACAAGATTTGATTCCATCGCTATCACAATTAA
ACTACTCAAAAGACCAGAGTACTTGTCTGTTCTGGCATTTTTCTTTTTCTTTTGTACAAC
TTGTGAGAAAGACGGTTCTTTAACTCTAAAGTATCTTTTGTTTTCATTTATCTTGGGCGA
CCTTGTATACAAATGATTACAATGTTAAAACTGATTCGGAAA

QA 1 702 1 702
DS 



AS 1 2

CO CL8662Contig1 1049 2 2 U
GAAGATAGGGACTCGTATGGCTGCGTGTCAGTTAGCTTCCATGGGACCTTTTCAAGGAGG
AGGGAACACTGTGGTGGGGGCGAGTTCTCAGCATTTTAACCCTGAGCATGTTCAGAGGAA
GATCTATGTTAGTAACGTGAGCGCGGAGATTGATCCGCAGAGGTTGCTTGAGTTTTTCTC
GAGGTTTGGGGAGGTGGAAGAAGGTCCGTTGGGGCTTGATAAAGCTACTGGGAGACCTAA
AGGTTTCACTTTGTTTGTGTATAAGACTGCGGAGAGTGCTAAGAAGGCGTTGGAGGAGCC
GCATAAGAGCTTTGAAGGCCATGTGTTGCATTGCCATAAAGCTAACGACGGGCCTAAACC
TGTTAAGCAGCAGCATCAGCATCACCAGAACAATTATAATCAACGTTCACGCTACCAAAG
GAACGAAGACACTGGTTACGGTGCAAGTGGAGGACATGGGCATTTCTTAGCTGGTAATGG
TAATAACCAGGGGTTAAACCCAGCAATTGGTCAGGCCATCACGGCGGCTTTGCTGGCGTC
TCAAGGTGCTGGAGTGGGTATGAACCAAGCGTTTGGACAGGCGTTGTTGGGGGACTTTGG
GGGCGCCTAGCCCAGGAGCGGTTGGTGGAATGCCAAGTGGCTATGGTACTCAAGCGAATA
TGACACCAGAGGTCTTTCCTGGTTACGGTTTCCAAGTTGGTTATCAGGGAGGTTATCAGA
CTCAGCTTCCTGGTCAGGGAGGTTATCAGAGTCAGCAACCTGGCCAGGGCGGTGCTGGAA
GAGGGCAGCATGGTTTAGGGTATGGTGGTCAGTACATGTAAACACTCAGGTGTTTTTGAC
TGAAGGCTGAATGGTTCATATGCCCAACAAAATCGTACAGGTTAAGTTTTTTACCAATCC
CAATTCGGTGACAATAATTTTGAATGCTGCTTGTTTTACGGACAAAAATGGTGAAAGTTT
CTTGTTTAGCTCTCTACTTAAAGTTTGAACAAGCCTTGCAGTGCATCCTTCAAGCTTTGG
GTTCTTATAAAAGTAGTGTTTATCTGGCG


BQ
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AF RR3G266TF U 1
AF RR3G266JQ C 263
BS 1 667 RR3G266TF
BS 668 1049 RR3G266JQ

RD RR3G266TF 667 0 0
GAAGATAGGGACTCGTATGGCTGCGTGTCAGTTAGCTTCCATGGGACCTTTTCAAGGAGG
AGGGAACACTGTGGTGGGGGCGAGTTCTCAGCATTTTAACCCTGAGCATGTTCAGAGGAA
GATCTATGTTAGTAACGTGAGCGCGGAGATTGATCCGCAGAGGTTGCTTGAGTTTTTCTC
GAGGTTTGGGGAGGTGGAAGAAGGTCCGTTGGGGCTTGATAAAGCTACTGGGAGACCTAA
AGGTTTCACTTTGTTTGTGTATAAGACTGCGGAGAGTGCTAAGAAGGCGTTGGAGGAGCC
GCATAAGAGCTTTGAAGGCCATGTGTTGCATTGCCATAAAGCTAACGACGGGCCTAAACC
TGTTAAGCAGCAGCATCAGCATCACCAGAACAATTATAATCAACGTTCACGCTACCAAAG
GAACGAAGACACTGGTTACGGTGCAAGTGGAGGACATGGGCATTTCTTAGCTGGTAATGG
TAATAACCAGGGGTTAAACCCAGCAATTGGTCAGGCCATCACGGCGGCTTTGCTGGCGTC
TCAAGGTGCTGGAGTGGGTATGAACCAAGCGTTTGGACAGGCGTTGTTGGGGGACTTTGG
GGGCGCCTAGCCCAGGAGCGGTTGGTGGAATGCCAAGTGGCTATGGTACTCAAGCGAATA
TGACACC

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3G266JQ 787 0 0
AAGACTGCGGAGAGTGCTAAGAAGGCGTTGGAGGAGCCGCATAAGAGCTTTGAAGGCCAT
GTGTTGCATTGCCATAAAGCTAACGACGGGCCTAAACCTGTTAAGCAGCAGCATCAGCAT
CACCAGAACAATTATAATCAACGTTCACGCTACCAAAGGAACGAAGACACTGGTTACGGT
GCAAGTGGAGGACATGGGCATTTCTTAGCTGGTAATGGTAATAACCAGGGGTTAAACCCA
GCAATTGGTCAGGCCATCACGGCGGCTTTGCTGGCGTCTCAAGGTGCTGGAGTGGGTATG
AACCAAGCGTTTGGACAGGCGTTGTTGGGG*ACTTTGGGGGCGCCTAGCCCAGGAGCGGT
TGGTGGAATGCCAAGTGGCTATGGTACTCAAGCGAATATGACACCAGAGGTCTTTCCTGG
TTACGGTTTCCAAGTTGGTTATCAGGGAGGTTATCAGACTCAGCTTCCTGGTCAGGGAGG
TTATCAGAGTCAGCAACCTGGCCAGGGCGGTGCTGGAAGAGGGCAGCATGGTTTAGGGTA
TGGTGGTCAGTACATGTAAACACTCAGGTGTTTTTGACTGAAGGCTGAATGGTTCATATG
CCCAACAAAATCGTACAGGTTAAGTTTTTTACCAATCCCAATTCGGTGACAATAATTTTG
AATGCTGCTTGTTTTACGGACAAAAATGGTGAAAGTTTCTTGTTTAGCTCTCTACTTAAA
GTTTGAACAAGCCTTGCAGTGCATCCTTCAAGCTTTGGGTTCTTATAAAAGTAGTGTTTA
TCTGGCG

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL8663Contig1 965 2 8 U
GGGAGTTTCTTGACCTGGGAGAGTCTCGAATCCGTGCGTAGAAACAAAGTCGGTCTGAAA
GGCCCAATGGCTACTCCTATCGGGAAAGGCCACCGTTCTCTGAACTTGACTCTTAGGAAA
GAGCTGAATCTATACGCCAATGTTAGACCTTGCTACAGTCTTCCTGGTTACAAGACTCGT
TACGACGACGTTAATCTCATTACCATTAGGGAGAACACCGAAGGAGAATACAGTGGCCTC
GAACATCAGGTTGTTAGAGGTGTGGTGGAGAGTCTTAAGATCATTACACGTCGGGCGAGT
TTGAGAGTTGCTGAATATGCTTTTCCCTATGCTAAGACTCACGGAAGAGAGAGGGTTTCT
GCTATCCACAAAGCCAACATTATGCAGAAAACTGATGGTCTTTTCCTCAAGTGTTGTCGT
GAGGTTGCTGAGAAGTATCCTGAGATAACTTACGAGGAGGTTGTTATTGACAACTGTTGT
ATGATGCTTGTGAAAAACCCAGCGCTGTTTGATGTATTGGTGATGCCAAACCTGTACGGT
GACATTATCAGCGACTTGTGTGCTGGATTGGTGGGAGGACTAGGATTGACTCCAAGTTGT
AATATTGGAGAAGATGGTGTAGCACTTGCTGAAGCAGTTCATGGTTCTGCACCTGATATC
GCCGGAAAGAACTTGGCGAACCCAACGGCGTTGCTACTGAGCGGAGTGATGATGTTACGA
CACCTGAAGCTGAACGAACAAGCAGAACAGATCCACAGCGCAATCATCAACACCATAGCG
GAGGGGAAATACAGAACCGCGGATCTTGGAGGTAGTTCGACCACCACAGAATTCACAAAG
GCAATCTGTGACCATCTCTGAACGAACACTCGTAAAAATCTTCAAAATTCTTTTACCGAA
TCTTTCCTTTTGGGGGCTAAACTTAGGCCTCTCTATTAGTCATTGTTTTCTCTGATTACG
ATTAG


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3G819TF U 1
AF RR3G819JQ C 399
BS 1 679 RR3G819TF
BS 680 680 RR3G819JQ
BS 681 762 RR3G819TF
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BS 771 785 RR3G819TF
BS 786 965 RR3G819JQ

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GCTATCCACAAAGCCAACATTATGCAGAAAACTGATGGTCTTTTCCTCAAGTGTTGTCGT
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GAGGG
A

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DS 

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ACTAGGATTGACTCCAAGTTGTAATATTGGAGAAGATGGTGTAGCACTTGCTGAAGCAGT
TCATGGTTCTGCACCTGATATCGCCGGAAAGAACTTGGCGAACCCAACGGCGTTGCTACT
GAGCGGAGTGATGATGTTACGACACCTGAAGCTGAACGAACAAGCAGAACAGATCCACAG
CGCAATCATCAACACCATAGCGGAGGGGAAATACAGAACCGCGGATCTTGGAGGTAGTTC
GACCACCACAGAATTCACAAAGGCAATCTGTGACCATCTCTGAACGAACACTCGTAAAAA
TCTTCAAAATTCTTTTACCGAATCTTTCCTTTTGGGGGCTAAACTTAGGCCTCTCTATTA
GTCATTGTTTTCTCTGATTACGATTAG

QA 1 567 1 567
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GAAAACGGGCAACAGTTTCAGGTTCCTTCAGCGGATGAGGAGCAAACGGAGCAAAGGATC
GACAGGGATGACGCTAGCGCAGCTGAGGAGAACCACTCGTCAGAGAAAGGACGCCTCTCC
CCGATTCAACCATCTCGTGACGTGAACATATCAAACATTGTGACTAGTGGACCCGATGGA
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GCAAACTTGTTTGGCGGGCTTATTCTCATTATTCATAATCTCCAAGAACTTAGAGAGGAG
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ATCATATCCTTCATAATCACGGGACTACTCCCTCCCATAGTCTACTACTTCTCATTCAGC
AAAACACACAACAGAGACTACAAAGTGGCATCAGTCTTCGGGGCATTTCTGCTATGCATC
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GTTCTGAAATACGCGATGATAGCTGTGTCGGTGTCGGGGATATCTTACGTGGTGGGTAAC
TTTGTGGATCAGTTGCTTGAGAAGTACGGATGGTCTGATGGAACCGAGAATCCAGCGGGA
GAGATGATGCTTTCACTTATGGGGAGAAAGGCTGGTAGCTTCGGATACTCATCATCTTAC
TGAACCACCCGAATCTAGTCAAACCTCATGCTACTTTTTTTCTCTTCCACTCTGTTTTGA
GAGCACTCGTTAGACTTTTTTACTTGCTTTTAAAACCAAACCTTTGTTGTGACTTGTGAG
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10 

AF RR3BW12TF U 1
AF RR3BW12JQ C 599
BS 1 678 RR3BW12TF
BS 679 1261 RR3BW12JQ

RD RR3BW12TF 678 0 0
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GACAGGGATGACGCTAGCGCAGCTGAGGAGAACCACTCGTCAGAGAAAGGACGCCTCTCC
CCGATTCAACCATCTCGTGACGTGAACATATCAAACATTGTGACTAGTGGACCCGATGGA
GTAAGAGTAGAAACTATATTTCACACAGAAGGTGTCTCTCATCTGTTTGAAGGAACAGAA
CCTAGAAAGCCAGATCTTGGTCTTACCAAAGTAACAGGTGTGATGGACTCAGGTGAGGGA
GGAGGACCGATTCGTGGAATTGATATTCCACCACTCCCAGTGAGTTCGTTGGAAGAAGGG
ACTCTAACGGAACCGTTAGTCAGACCAGCTGTGACAGGACCAGTGGTTGAAGGACGTAAA
CTGGAGATATTGAAAAGCATTGTATACGGAGGTCTGATTGAAGCCATCACAAGCCTCGGT
GTTATCTCATCTGCCGCTGGTTCTGGTGCTTCAACATTGAACATTTTGGTATTGGGGCTT
GCAAACTTGTTTGGCGGGCTTATTCTCATTATTCATAATCTCCAAGAACTTAGAGAGGAG
GAACCCATAATAACGACGACAACAACAACAGAGGATAACCAGACTAACCTGCAAGAAGAA
GGTCGGTACAAGCGACTC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3BW12JQ 663 0 0
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AAGGTCGGTACAAGCGACTCCTAGGAAGAAGAGAAAACTTCACGCTTCACGTAACTGTCG
CAATCATATCCTTCATAATCACGGGACTACTCCCTCCCATAGTCTACTACTTCTCATTCA
GCAAAACACACAACAGAGACTACAAAGTGGCATCAGTCTTCGGGGCATTTCTGCTATGCA
TCGTCTTGCTGGCAATAGCCAAAGCTCACGTGAGGAGCCCGAGAGGAAGCCACCTGAAGA
GCGTTCTGAAATACGCGATGATAGCTGTGTCGGTGTCGGGGATATCTTACGTGGTGGGTA
ACTTTGTGGATCAGTTGCTTGAGAAGTACGGATGGTCTGATGGAACCGAGAATCCAGCGG
GAGAGATGATGCTTTCACTTATGGGGAGAAAGGCTGGTAGCTTCGGATACTCATCATCTT
ACTGAACCACCCGAATCTAGTCAAACCTCATGCTACTTTTTTTCTCTTCCACTCTGTTTT
GAGAGCACTCGTTAGACTTTTTTACTTGCTTTTAAAACCAAACCTTTGTTGTGACTTGTG
AGTGTAGAAGCCGTTTCCAAAAGTGTACTAAGCACACAAATAAATTGCGAAAATGTTTGC
CCC

QA 1 663 1 663
DS 



AS 1 2

CO CL8666Contig1 934 2 2 U
GAGTGCGATACTCCTTGGCCTTATCCTTCTAGGTCGTGCGGCCTTTGTGTTCCCTCTCTC
GTTCTTGTCGAACCTGACAAAGTCTTCACCGGGGGAGAAAATCGATTGGAAGAAACAAGT
AACCATTTGGTGGGCTGGTCTGATGCGTGGTGCTGTGTCCATGGCTCTTGCTTATAATCA
GTTCACTTCTTCAGGACACACCAAGCTTCTTGGAAACGCTATTATGATCACCAGCACCAT
CACTGTTGTTCTTTTCAGTACTGTGGTATTTGGATTGTTAACCAAACCATTAGTCAAACA
CTTGCAGCCTCCATCAAAGAAGCCCTCCACACCGATGTCATCTTTCCACGAGCCGCTCCT
CAATGGCGATGGCAGCTACATTGAAAACCATGAGTCGCTGGTCCGAACTCAGGGCCAATC
AGACTACATCCTTGACCATCCGATAACTCTGTCAATGTTCTGGAACACTCCGTCACGAGC
CGTTCATCATTACTGGAGAAGCTTCGATAACGCGGTTATGCGTCGAGTATTTGGAGGCCG
TGGCGTTTCACAGGTAGTTCCTGGTTCACCTATTGATACTAGTGTTCGGCAGCTGTGGGT
TGAAGACGTGGAAAACAAGGAACAAAGCGCTGAGCCGTGATTGTGACGTCGTGACTAAGA
CCTTTTTTGACTTGTTGGCTCGCTTTTTTGGACGCAAACGCAACGTGGACAGGCTCTCGT
TTTTTGACTTTGGTTTTTGCAGTTTATGGCGCAGTTTTTGGTTTGATTTTTTTGGTCCCG
GTTTGATTTTGGTTTGTGGTGTGGTTTTTCTAGAGCTGATCCAATTTTTTGTTGTTTGAG
TTTTGGCTTTTTGGTTTAGCTGTTGTGCTGTAAAATTTGTAATTCTCCATGTAAATATGG
GACTGATCAATGTTAGGTGTGTCTTGTGACAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DV18TF U 1
AF RR3DV18JQ C 214
BS 1 608 RR3DV18TF
BS 609 934 RR3DV18JQ

RD RR3DV18TF 608 0 0
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GTTCTTGTCGAACCTGACAAAGTCTTCACCGGGGGAGAAAATCGATTGGAAGAAACAAGT
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CACTGTTGTTCTTTTCAGTACTGTGGTATTTGGATTGTTAACCAAACCATTAGTCAAACA
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TGGCGTTTCACAGGTAGTTCCTGGTTCACCTATTGATACTAGTGTTCGGCAGCTGTGGGT
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QA 1 608 1 608
DS 

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AATGTTCTGGAACACTCCGTCACGAGCCGTTCATCATTACTGGAGAAGCTTCGATAACGC
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GCCGTGATTGTGACGTCGTGACTAAGACCTTTTTTGACTTGTTGGCTCGCTTTTTTGGAC
GCAAACGCAACGTGGACAGGCTCTCGTTTTTTGACTTTGGTTTTTGCAGTTTATGGCGCA
GTTTTTGGTTTGATTTTTTTGGTCCCGGTTTGATTTTGGTTTGTGGTGTGGTTTTTCTAG
AGCTGATCCAATTTTTTGTTGTTTGAGTTTTGGCTTTTTGGTTTAGCTGTTGTGCTGTAA
AATTTGTAATTCTCCATGTAAATATGGGACTGATCAATGTTAGGTGTGTCTTGTGACAGT
G

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL8667Contig1 396 2 1 U
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AGACTAACCATCTGACCTTAATTAAGGACACAGAAAAGAATGGGTGGGATGTGCATATCT
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ATCATGCTAGTTGTCTGTCTCTCTCTCATGGCCGTTTGCACCTCCAACGAACGCCGTACT
GCCGTTCGTGTTGTCCGGTGCCGTTGACCAACCTTGATCAACAAGTATACCATCTATATA
TCAGATCACAATTACTCCACAAAAAGATTTCTCCCTTTTATACATGTATGTTTGGTTCTT
GATTAGTGATCACTAATGAATAAGGTGTTCTAGTTT


BQ
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AF RR3F986JQ C 1
AF RR3F986TF U 1
BS 1 396 RR3F986TF

RD RR3F986JQ 396 0 0
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GCGGCTTGTGGTGGTGGTGGTGGTGGCGACAACAGTTCGAGTTTACTAACACATCTCCTC
ATCATGCTAGTTGTCTGTCTCTCTCTCATGGCCGTTTGCACCTCCAACGAACGCCGTACT
GCCGTTCGTGTTGTCCGGTGCCGTTGACCAACCTTGATCAACAAGTATACCATCTATATA
TCAGATCACAATTACTCCACAAAAAGATTTCTCCCTTTTATACATGTATGTTTGGTTCTT
GATTAGTGATCACTAATGAATAAGGTGTTCTAGTTT

QA 1 396 1 396
DS 

RD RR3F986TF 396 0 0
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AGACTAACCATCTGACCTTAATTAAGGACACAGAAAAGAATGGGTGGGATGTGCATATCT
GCGGCTTGTGGTGGTGGTGGTGGTGGCGACAACAGTTCGAGTTTACTAACACATCTCCTC
ATCATGCTAGTTGTCTGTCTCTCTCTCATGGCCGTTTGCACCTCCAACGAACGCCGTACT
GCCGTTCGTGTTGTCCGGTGCCGTTGACCAACCTTGATCAACAAGTATACCATCTATATA
TCAGATCACAATTACTCCACAAAAAGATTTCTCCCTTTTATACATGTATGTTTGGTTCTT
GATTAGTGATCACTAATGAATAAGGTGTTCTAGTTT

QA 1 396 1 396
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8669Contig1 738 2 2 U
GGAAAATATCCAAATCACTAAACCAATCTTCTTACAGACACATAAAAAATGCAGGGAGCT
TTGTGCATCAAACCAACCACTCTTCCACTTTCTTCTCCAAAGCTTACTCTTCTTCTTCCC
CATACCATCTCCGCCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAAC
TCATCATCTCCTTCAACCTCTGATCCACTCACCGCAAACTACGATGACTCTCCCCTTTCG
TAAGTCATTTACTTCTTTTTTTCTTCTTCTCTTCTCTGTTATCAACTGGCTCAATAACAT
CTCTATCCTCAGTGTTTTCCCAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTC
TGCTGATATTTACCCTGAAGTCAAGCTTGAAACAAAGCCCGTCTCACCTCCCGTGGCTTC
AGAGCCTGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACAACCCCAAAACGTAATGATCACGTCT
TTTAACCGCTTTCCTTTTACTTACCTCACAGCTTGCGTTTTCAGCTTCTTATTGTGTGTG
TGTGTTTTGTACTTGGAAACAGAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTGTGATGATCTTGGAGGAG
AGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGAAAGAAGAAGCAAGATTT
TATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTGTAACCACTCTTAGTATA
TGAAATCTAGCTTCACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EH41TF U 1
AF RR3EH41JQ C 224
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BS 620 738 RR3EH41JQ

RD RR3EH41TF 619 0 0
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CATACCATCTCCGCCACCAAAGCTTCAAGACTCTCTTCTTCTCTCAGACTCAGACCAAAC
TCATCATCTCCTTCAACCTCTGATCCACTCACCGCAAACTACGATGACTCTCCCCTTTCG
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CTCTATCCTCAGTGTTTTCCCAGCTGAAGCATGTGAAGTGATCAGCGGTTACGCCTGTTC
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AGTTCTGCGAACCTGACTA

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DS 

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AACTGGCTCAATAACATCTCTATCCTCAGTGTTTTCCCAGCTGAAGCATGTGAAGTGATC
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TCACCTCCCGTGGCTTCAGAGCCTGTAGACCGAGAATACCTAGAGTATAACAACCCCAAA
ACGTAATGATCACGTCTTTTAACCGCTTTCCTTTTACTTACCTCACAGCTTGCGTTTTCA
GCTTCTTATTGTGTGTGTGTGTTTTGTACTTGGAAACAGAGTTTTCCCCGCAGAGGCTTG
TGATGATCTTGGAGGAGAGTTCTGCGAACCTGACTATCAAAAAGATGTCTACTAGAAAGA
AAGAAGAAGCAAGATTTTATGTGATGTGAATATGTGTTGTTGTATCTCTACTAGTCTCTG
TAACCACTCTTAGTATATGAAATCTAGCTTCACTC

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 2

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ATCTCAGAGAGAAGGGGTTCTTGAGACTCTACTCATTTGTTAGTAAAACCCCACTTTAGA
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ATCTCTATGCAACAGAGTTTGCTCTTCTCTGATTGTCTTAAGGATCTGAAGAATCTGAGA
ACACAGCTGTATTCAGCAGCTGAGTACTTCGAACTATCCTACACAAACGATGGAGAGACA
CAATCAGTGGTGGAGACACTGAAAGATTATGCGATAAAGGCTCTGGTGAATACAGTTGAC
CATTTGGGCTCTGTTACTTATAAAGTCAATGACTTCGTCGATGAAAAAGTTGATCAAGTC
GCTGGAACCGAGCTACGAGTTGCTTGCATCGAACAGAGGCTAAGGATGTGTCAAGAGTTT
ATGGATCATGAAGGTCGTTCTCAGCAATCACTTGTCATCAACACTCCAAAGTTCCACAAG
CGTTACATTTTGCCTTCAGCGGGTGAAATCAAGAAAGGTGGTAACCTAGCAAAGCTCAAG
AGCGTTGAAAGTAGTTTTGGTGAAGAAGCTGACTGGAACCAGTTCAGAAATACTGTTCGT
ACTACTATCCGGGAAACGCCTCCACCACCACTTAGAAGACCGGTGCTTCCGTCTCCTCCA
CCTCAACGTAAAACGCAACGTTCAGCAACCTTTTCGTTCTCCTCTATCTCCAACACGGCA
CCAAAGAAAGAACAAGATAAACGAGCAGTATCGCCGCACCGGTTTCCGCTGCTAAGATCT
GGTTCGGTTGCGATCAGACCGACATCAGTTAGCAGGCCAACGACTCCTAGCAAGAGTAGA
ACAATAACTCCTAAACGATATCCGTCAGAACCGAGAAGATCAGTTTCGGTTCGGGTTGCG
TTTGAGAAAGAAGCTCAGAAGGAGCCAGAGCAGCAGCAGCAGCACCAACAACCGAGCAAG
AGCAGACGGCTGCTTAAGGCGTTGCTTAGCCGACGCAAAACCAAGAAGGATGATACGCTT
TACACTTACTTGGACGAATATTGAACCATAAGCTGGTTTTGTGTGTCTCTTTTGATAAAC
CGGAAATTTGATTTCCAATTTTAATTGCATTTTCTGTTACATAATATCAATATATATATA
TATGCTTTGTGTGAACATTTTTTGTATGCCGTACGACTTTCAAAATGTGAATACAGTATC
TTCTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E509TF U 1
AF RR3CZ30JQ C 566
BS 1 609 RR3E509TF
BS 610 610 RR3CZ30JQ
BS 611 676 RR3E509TF
BS 677 1267 RR3CZ30JQ

RD RR3E509TF 676 0 0
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ATCTCAGAGAGAAGGGGTTCTTGAGACTCTACTCATTTGTTAGTAAAACCCCACTTTAGA
ATCAAGATGAGTGCAGCGGCTACAATGCACATGCCCCGAGAAGGCTCAAACTACGATGAG
ATCTCTATGCAACAGAGTTTGCTCTTCTCTGATTGTCTTAAGGATCTGAAGAATCTGAGA
ACACAGCTGTATTCAGCAGCTGAGTACTTCGAACTATCCTACACAAACGATGGAGAGACA
CAATCAGTGGTGGAGACACTGAAAGATTATGCGATAAAGGCTCTGGTGAATACAGTTGAC
CATTTGGGCTCTGTTACTTATAAAGTCAATGACTTCGTCGATGAAAAAGTTGATCAAGTC
GCTGGAACCGAGCTACGAGTTGCTTGCATCGAACAGAGGCTAAGGATGTGTCAAGAGTTT
ATGGATCATGAAGGTCGTTCTCAGCAATCACTTGTCATCAACACTCCAAAGTTCCACAAG
CGTTACATTTTGCCTTCAGCGGGTGAAATCAAGAAAGGTGGTAACCTAGCAAAGCTCAAG
AGCGTTGAATGTAGTTTTGGTGAAGAAGCTGACTGGAACCAGTTCAGAAATACTGTTCGT
ACTACTATCCGGGAAA

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3CZ30JQ 702 0 0
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AAGCTGACTGGAACCAGTTCAGAAATACTGTTCGTACTACTATCCGGGAAACGCCTCCAC
CACCACTTAGAAGACCGGTGCTTCCGTCTCCTCCACCTCAACGTAAAACGCAACGTTCAG
CAACCTTTTCGTTCTCCTCTATCTCCAACACGGCACCAAAGAAAGAACAAGATAAACGAG
CAGTATCGCCGCACCGGTTTCCGCTGCTAAGATCTGGTTCGGTTGCGATCAGACCGACAT
CAGTTAGCAGGCCAACGACTCCTAGCAAGAGTAGAACAATAACTCCTAAACGATATCCGT
CAGAACCGAGAAGATCAGTTTCGGTTCGGGTTGCGTTTGAGAAAGAAGCTCAGAAGGAGC
CAGAGCAGCAGCAGCAGCACCAACAACCGAGCAAGAGCAGACGGCTGCTTAAGGCGTTGC
TTAGCCGACGCAAAACCAAGAAGGATGATACGCTTTACACTTACTTGGACGAATATTGAA
CCATAAGCTGGTTTTGTGTGTCTCTTTTGATAAACCGGAAATTTGATTTCCAATTTTAAT
TGCATTTTCTGTTACATAATATCAATATATATATATATGCTTTGTGTGAACATTTTTTGT
ATGCCGTACGACTTTCAAAATGTGAATACAGTATCTTCTTAC

QA 1 702 1 702
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8672Contig1 394 2 1 U
GGAGACGCCTTCATAGCTGTACCTTTAAGAAGAAGGCACCGAAGGCAATCAAGGAGATAA
GGAAGTTTGCAGAGAAGGCAATGGGGACAAAGGACGTGAGAGTTGACGTGAAGCTGAACA
AGCAGATTTGGAGCAAAGGTATCAGAGGTCCTCCTAGAAGGATCAGAGTCCGAGTTGCTC
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AAATCCCCGCAGAAGGTCTCTCCGGTCTTGGCACTAAAGTCATCGATGAAGAGGATTGAT
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BQ
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AF RR3H058JQ C 1
AF RR3H058TF U 1
BS 1 394 RR3H058TF

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DS 

RD RR3H058TF 394 0 0
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GTAAGAGAAACGATGACGAAGATGCAAAGGAAGAGTTCTTCTCCCTTGTCACTGTCGCTG
AAATCCCCGCAGAAGGTCTCTCCGGTCTTGGCACTAAAGTCATCGATGAAGAGGATTGAT
CAATCTTGTAATCTCTTATCAGATAGTTTTGTTTCTCAACTTTGGAATGGCTTTTGAATC
GATGATCCAGTTTATTGGAGAGAACGTTTATCTT

QA 1 394 1 394
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CZ81TF U 1
AF RR3F550TF U 255
BS 1 384 RR3CZ81TF
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RD RR3CZ81TF 671 0 0
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ACAAAGCGAGA

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DS 

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G
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ATGGAAAGATTCTGTTGCGAAAGATGATCTGCCTCCTTATGTGCACATCAGACGTAATAT
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QA 2 556 2 556
DS 



AS 1 2

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AGATGGGAATAAGGCATATCAGTCATAAAACTTATATACTATATAGCTTTTGTATGTATG
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GCTTGCAGTTTCATTATATCTTGGTACGGGCTCACCAATTTGGTTAATGGAGTATTGTAG
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BQ
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AF RR3G305TF U 1
AF RR3G305JQ C 228
BS 1 621 RR3G305TF
BS 622 1005 RR3G305JQ

RD RR3G305TF 622 0 0
GAATTCTCCTTATCACATATCATCTCTCTTTCTTCCTAAAGGTATCCTCTCTCTGGACTA
GCTTCTCTCATGGCAGAGCGTTCGAATGTTCCAAAGTTTGGGAACTGGGAAGGAGAGGAG
AATGTTCCTTACACGGCTTACTTTGAGAAAGCGCGTAAAGGACGCGCCGCCCCAGGGAGT
AGAGTAACGAACCCGAACGACCCGGAGTATAACTCGACCAAACCTGAGGAAGTTGTTGAC
CGCCCGGTTAGAAAGTCGCGTGAAGGGACGAGAAGCCGAGAAGAGAGCGAGCTTAAGCAG
TTTGGTGGTGGTGGTGATGGTAGTGGGAGTTCATCAAACGAGAAAAGACAAGGAAAGTCT
TCTCAGAACAATAGCTACGATAATAAGTCCCCTTTGCATAAGAACTCATACGATGCCGGC
GCTGCAAGATCAAAGCCCAAACCAAACCTTAGACCTGACGAAAGCCCTGAAAAAGTGACG
GTGGTGCCGAAATTCGGTGATTGGGATGAGAATAATCCGGCGTCAACTGATGGATATACA
CACATTTTCAACAAAGTCCGTGAAGAGAGGAGCACTGGAGCTAATAATGTGAGTGGATCT
TCAAGAACGCCAACTCACGCC
C

QA 1 621 1 621
DS 

RD RR3G305JQ 778 0 0
GGAAGTTGTTGACCGCCCGGTTAGAAAGTCGCGTGAAGGGACGAGAAGCCGAGAAGAGAG
CGAGCTTAAGCAGTTTGGTGGTGGTGGTGATGGTAGTGGGAGTTCATCAAACGAGAAAAG
ACAAGGAAAGTCTTCTCAGAACAATAGCTACGATAATAAGTCCCCTTTGCATAAGAACTC
ATACGATGCCGGCGCTGCAAGATCAAAGCCCAAACCAAACCTTAGACCTGACGAAAGCCC
TGAAAAAGTGACGGTGGTGCCGAAATTCGGTGATTGGGATGAGAATAATCCGGCGTCAAC
TGATGGATATACACACATTTTCAACAAAGTCCGTGAAGAGAGGAGCACTGGAGCTAATAA
TGTGAGTGGATCTTCAAGAACGCCAACTCACGCCAGCTCCCGTAATAGCCCTTCCGGCAG
TTCCAAATTTTGCTGCTTTGGCTTTGGAGGAAAATGAGAAGGGAAAACGTTTGTTTCGGG
AATAATTGTGTGTATAGTTATCGAGAAATCAATGTGTGTTGTAATCTTAATGATCAGACG
GTCGAGTAACTTTAGATGGGAATAAGGCATATCAGTCATAAAACTTATATACTATATAGC
TTTTGTATGTATGTTTTGTGATTTTCCATTTTTCTTTTGGTGTTTTCGTTTTGCACATTC
CAGTTTTGGACCTGCTTGCAGTTTCATTATATCTTGGTACGGGCTCACCAATTTGGTTAA
TGGAGTATTGTAGACTAGAGCTCTCATTCTAATTGCAATTATGATTGGCCGCTGGAGT

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL8675Contig1 981 2 2 U
GGGGAAAAGAAAAGAAAGATTCTTCTGTTCTGTCATAAAAGATGAATTCGCCGAATTGGG
AACTCCGGGGCTGCTGTAATCGGAACCAGAACGCGTTCCTCATCACCATCGGAATCTTCA
CCTTCGTTATCCTTCTGCTATGGAGGACATTCCTGTTGACTCCGTTTAAACTAATCACGG
TGTTTCTTCACGAAGCCAGTCATGCTGTTGTTTGCAAGCTTACTTGTGGTGATGTGGAAG
GGATGGAGGTGAATGCAAATGAAGGAGGTTCTACAACAACACGTGGTGGCATTTATTGGC
TGATCTTGCCTGCTGGCTATCTTGGCTCATCATTTTGGGGAATGGCTTTGATTCTTGCAT
CTACTAATCTGCTTACAGCAAGAATAGCTGCTGCTGGTCTGGGTCTTGCTTTATTCATCG
TCCTCTTCATTGCCAAAAACTGGACGCTTCGAGGTCTTTGTATAGGTTTCATAGTCTTCC
TCGCTATCATTTGGGTTCTACAAGAGTTAACTACTGTCAAAATACTCCGTTATGTCATTC
TCTTCATTGGTGTAATGAACAGCTTATTCTCAGTTTACGATATCTATGATGATCTGATAT
CACGGAGAGTCCACTCAAGCGATGCTGAGAAGTTTGCAGAGATCTGTCCTTGCTGCACTG
GTTGTGGCTGGGGTGTCATATGGGGAATGATATCATTTATGTTTCTTTGCGCGTCTCTGT
ATCTTGGGCTTGTGATCCTATCATAGAGAAAGGTTCAGATTCTTCCCAGTGAATTTCAGA
GATTCTTATCTATCATCAATGCGCAGTTAACAATAGTTTGATTCTTTAAGATCCCTTTGT
GTGTGTGTTGGGATTTACATTTGATTGAAAGTTTAGGATTTATTTGAAAAGTTTGTATTC
TTATTCTTGTTTGACGTGTATTGACTACAACTCATTGATTGGTCTGTTTAATACATCGTT
TAAGAAAAGTACGGTGACTTC


BQ
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AF RR3FE54TF U 1
AF RR3FE54JQ C 273
BS 1 667 RR3FE54TF
BS 668 981 RR3FE54JQ

RD RR3FE54TF 673 0 0
GGGGAAAAGAAAAGAAAGATTCTTCTGTTCTGTCATAAAAGATGAATTCGCCGAATTGGG
AACTCCGGGGCTGCTGTAATCGGAACCAGAACGCGTTCCTCATCACCATCGGAATCTTCA
CCTTCGTTATCCTTCTGCTATGGAGGACATTCCTGTTGACTCCGTTTAAACTAATCACGG
TGTTTCTTCACGAAGCCAGTCATGCTGTTGTTTGCAAGCTTACTTGTGGTGATGTGGAAG
GGATGGAGGTGAATGCAAATGAAGGAGGTTCTACAACAACACGTGGTGGCATTTATTGGC
TGATCTTGCCTGCTGGCTATCTTGGCTCATCATTTTGGGGAATGGCTTTGATTCTTGCAT
CTACTAATCTGCTTACAGCAAGAATAGCTGCTGCTGGTCTGGGTCTTGCTTTATTCATCG
TCCTCTTCATTGCCAAAAACTGGACGCTTCGAGGTCTTTGTATAGGTTTCATAGTCTTCC
TCGCTATCATTTGGGTTCTACAAGAGTTAACTACTGTCAAAATACTCCGTTATGTCATTC
TCTTCATTGGTGTAATGAACAGCTTATTCTCAGTTTACGATATCTATGATGATCTGATAT
CACGGAGAGTCCACTCAAGCGATGCTGAGAAGTTTGCAGAGATCTGTCCTTGCTGCACTG
GTTGTGG
GCTGGG

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3FE54JQ 709 0 0
ACAACAACACGTGGTGGCATTTATTGGCTGATCTTGCCTGCTGGCTATCTTGGCTCATCA
TTTTGGGGAATGGCTTTGATTCTTGCATCTACTAATCTGCTTACAGCAAGAATAGCTGCT
GCTGGTCTGGGTCTTGCTTTATTCATCGTCCTCTTCATTGCCAAAAACTGGACGCTTCGA
GGTCTTTGTATAGGTTTCATAGTCTTCCTCGCTATCATTTGGGTTCTACAAGAGTTAACT
ACTGTCAAAATACTCCGTTATGTCATTCTCTTCATTGGTGTAATGAACAGCTTATTCTCA
GTTTACGATATCTATGATGATCTGATATCACGGAGAGTCCACTCAAGCGATGCTGAGAAG
TTTGCAGAGATCTGTCCTTGCTGCACTGGTTGTGGCTGGGGTGTCATATGGGGAATGATA
TCATTTATGTTTCTTTGCGCGTCTCTGTATCTTGGGCTTGTGATCCTATCATAGAGAAAG
GTTCAGATTCTTCCCAGTGAATTTCAGAGATTCTTATCTATCATCAATGCGCAGTTAACA
ATAGTTTGATTCTTTAAGATCCCTTTGTGTGTGTGTTGGGATTTACATTTGATTGAAAGT
TTAGGATTTATTTGAAAAGTTTGTATTCTTATTCTTGTTTGACGTGTATTGACTACAACT
CATTGATTGGTCTGTTTAATACATCGTTTAAGAAAAGTACGGTGACTTC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

CO CL8676Contig1 1073 2 12 U
GGCATTGCTATCTTCGTAGCGTGAGAGATATCATCACGCGGCTTCTCTCTCTCTCTCTCC
CCCCACCGACAAAAATACAATGGCGAACGCGGCCGTTAGATTGGATCTGGACGGAAAGCC
GATCAAGCCGATCACGATCTGCATGATCGGCGCCGGAGGTTTCATCGGCTCTCACCTCTG
CGAGAAGCTCCTGAACGAGACTCCACACAAGGTCCTCGCGCTCGACGTCTACAACGACAA
GATCAAGCACTTGCTCGAGCCTGACACTTCCGAGTGGGCGGAGAGGATCCAGTTCCATCG
CATCAACATCAAGCATGATTCTAGGCTCGAGGGACTCGTCAAGATGGCAGATCTGACGAT
CAATCTCGCAGCGATCTGTACACCGGCTGATTACAATACGCGTCCTCTTGACACTATCTA
CAGCAACTTCATCGATGCTCTCCCTGTGGTTAAGTACTGCTCAGAGAACAACAAGCGTCT
TATTCACTTCTCCACCTGTGAAGTGTATGGAAAAACTATTGGAAGCTTTCTTCCTAAGGA
TCATCCTCTGCGTCAGGATCCTGAATTTTACGTACTCAAAGAAGATGCATCCCCTTGCAT
TTTTGGCTCTATTGAGAAGCAGAGGTGGTCATATGCTTGTGCGAAGCAACTGATTGAGAG
ACTTGTCTACGCTGAGGGTGCTGAGAACGGACTTGAGTTCACCATTGTAAGACCGTTTAA
CTGGATTGGACCTAGGATGGATTTCATCCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGAGGGTGTCCC
TCGTGTCCTAGCCTGCTTTAGCAACAACCTTCTGCGGCGTGAACCTCTCAAGCTTGTGGA
TGGTGGAGAATCGCAGAGAACCTTCATCTACATCAAGGATGCAATTGAAGCTGTCCTCCT
GATGATTGAAAACCCAGAGAGAGCCAATGGGCATATCTTCAACGTAGGTAACCCGAACAA
TGAAGTGACAGTAAGACAACTTGCTGAAATGATGACTAAGGTTTACTCAAAAGTGAGTGG
AGAGACAGCAATTGAGAGTCAACGATAGACGTGAGCTCCAAAGATTTTATGGA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FM65TF U 1
AF RR3DD75TF U 361
BS 1 603 RR3FM65TF
BS 604 604 RR3DD75TF
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BS 757 757 RR3DD75TF
BS 758 785 RR3FM65TF
BS 786 1073 RR3DD75TF

RD RR3FM65TF 785 0 0
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TCGTG

QA 1 785 1 785
DS 

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G
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ATTCACTTCTCCACCTGTGAAGTGTATGGAAAAACTATTGGAAGCTTTCTTCCTAAGGAT
CATCCTCTGCGTCAGGATCCTGAATTTTACGTACTCAAAGAAGATGCATCCCCTTGCATT
TTTGGCTCTATTGAGAAGCAGAGGTGGTCATATGCTTGTGCGAAGCAACTGATTGAGAGA
CTTGTCTACGCTGAGGGTGCTGAGAACGGACTTGAGTTCACCATTGTAAGACCGTTTAAC
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CGTGTCCTAGCCTGCTTTAGCAACAACCTTCTGCGGCGTGAACCTCTCAAGCTTGTGGAT
GGTGGAGAATCGCAGAGAACCTTCATCTACATCAAGGATGCAATTGAAGCTGTCCTCCTG
ATGATTGAAAACCCAGAGAGAGCCAATGGGCATATCTTCAACGTAGGTAACCCGAACAAT
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QA 2 713 2 713
DS 



AS 1 2

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ATTATTACTTAAATCTTAGGTGACCAATTAGCCGATCACATATTAGCCATATGGCTGCTT
CTTTCTGTGATTGGTCAGTATGTCACCAATATCATTATCTTGTTGGTAGCCCTTTCTGAA
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TTTTCTCTTGTTTAATAGTCTTATCTTGTTGCGC


BQ
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AF RR3CP83TF U 1
AF RR3CP83JQ C 416
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RD RR3CP83TF 722 0 0
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TGTAACTGCTTTCTTAATGCTACGTAGTGCTAGTTATACGGATGGGCACGTTAGTCAGCC
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GCACGAAAGTATATTCCTGCTTTCATTACCTAGCTGCCAACTACATTTTTGATTCTTCTA
TATAGAAAATATATTTAACTATAGCTCTGCTTATAGTTGAGATTTTTTTT*GACTATATG
TA

QA 1 722 1 722
DS 

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TATCTTGTAACTGCTTTCTTAATGCTACGTAGTGCTAGTTATACGGATGGGCACGTTAGT
CAGCCGCGTTCTTCTATAGGCGGGTGGCCGTAATGCCCACCCAGATGTTTTGTTGGTGTT
TTATTGCACGAAAGTATATTCCTGCTTTCATTACCTAGCTGCCAACTACATTTTTGATTC
TTCTATATAGAAAATATATTTAACTATAGCTCTGCTTATAGTTGAGATTTTTTTTTGACT
ATATGTAGTCAAGCACATTAGGAGATTCAATGTCTCAGGCGGGTGGAGTCTTCATGGTCT
GCAGGTTATGCCGTATGAGAGGTGACCACTGGACAGTACGATGGAACTGACATGGCCGCG
TATGTTCCTCCAAGCATGAGATCAGGTGCAGACAGAAGAAGCATCCGCTAGTTCAAACAT
GAGGAGTAGGAGTAACGACGAGAACTCTGTACGTTGTGACTAACTTGTCTGAAGACAGCC
GTGAACAGGATTTGATGGAGTTGCTCCACCCGTTCGGCGCTTTAATCCGTCCCTGCCTAT
GTTGCCACTGACCAGAAGACAAAGATGAGCAGAGATTTGGGTTTGTCAATTTTGTGAGCA
GGGAAGATGCACAGCGAGCAATCAAGTCATTTGAATGGGCCACTCCAAGGCCCAATTAGG
TCCATTTTTCTCTTGTTTAATAGTCTTATCTTGTTGCGC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL8678Contig1 815 2 12 U
GGGGATCGTCTCTCTCCACCACCACAAACCGTTTCTCTCTCTTAAACCCCGGCCTTGTTC
GTCAGGTCTCTCCGTTCTAACTCACCGTACGAGTTTTGCTGTTTGCTTCAATCCGCTAAG
AGTATCGTTAGGTCTTCAGCGAACCGCCGCTACTGTACCTACGAAGGCTGAGGAGAAGCA
GAGAAAGAGAGGATCGAGTGTGGTCTGTTATGCTGCTCCGATGTCTGTTCATAATCTACA
ATGGATCTCCACAATCTCTTGCGTTGCATTGATGCTTGCAAGAGGTACAGGTATCCACAA
GTCCTTTGTTGTTCCGTTACTTGCTCTAACCGCACCATCCGGCATTATCTCCGGGGCAAA
GGGTGAATATGGCATCTGGACAGCATTTGTGGCGCTTCTTGCTCGACTTTTCTTCGCCTT
TCCAGGTGAACTTGAGCTGCCATTCATTGCATTACTCTTGGCGATTGTGGCGCCATTTCA
AGTTATGAGCATAAGAGGGAAGCAAGAAGGGGCTCTCATTTCTTTGGCAATATCTTGTTT
TCTGGCTTTTCAGCATTTCTCACGAGCAGGCAGCTTGCAGAAAGCATTTGATCAGGGGCT
CAGTTGTCGCCACTTTAGGCATCATTGGTGTCACACTTGTATCTGTCCTTTTCTTGATAT
AACTATACTCGTGTGACTGTCATTTGTAAATCAATGTAACGCTGTCTACGAAGAGGCGAG
AAATAATGGGCTGTATTTATTTACTTAATGTTACTCAACGTGCTCATGTTTATCCGCTGT
GTATGAGATGCTTATATTTAGCACTATTAGCTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CZ78TF U 1
AF RR3CZ78JQ C 39
BS 1 711 RR3CZ78TF
BS 712 712 RR3CZ78JQ
BS 713 715 RR3CZ78TF
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BS 758 758 RR3CZ78JQ
BS 759 798 RR3CZ78TF
BS 799 815 RR3CZ78JQ

RD RR3CZ78TF 804 0 0
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GAGAAAGAGAGGATCGAGTGTGGTCTGTTATGCTGCTCCGATGTCTGTTCATAATCTACA
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GGGTGAATATGGCATCTGGACAGCATTTGTGGCGCTTCTTGCTCGACTTTTCTTCGCCTT
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AGTTATGAGCATAAGAGGGAAGCAAGAAGGGGCTCTCATTTCTTTGGCAATATCTTGTTT
TCTGGCTTTTCAGCATTTCTCACGAGCAGGCAGCTTGCAGAAAGCATTTGATCAGGGGCT
CAGTTGTCGCCACTTTAGGCATCATTGGTGTCACACTTGTATCTGTCCTTTTCTTGATAT
AACTATACTCGTGTGACTGTCATTTGTAAATCAATGTAACGCTGTCTACGA*GAG*CGAG
AAATAATGGGCTGTATT*ATTTACTTA*TGTTACTCA*CGTGCTCATGTTTATCCGCTGT
GTATGAGATGCTTATATT
AGCACT

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3CZ78JQ 777 0 0
CTCTCTAAACCCC
GCCTTGTTCGTCAGGTCTCTCCGTTCTAACTCACCGTACGAGTTTTGCTGTTTGCTTCAA
TCCGCTAAGAGTATCGTTAGGTCTTCAGCGAACCGCCGCTACTGTACCTACGAAGGCTGA
GGAGAAGCAGAGAAAGAGAGGATCGAGTGTGGTCTGTTATGCTGCTCCGATGTCTGTTCA
TAATCTACAATGGATCTCCACAATCTCTTGCGTTGCATTGATGCTTGCAAGAGGTACAGG
TATCCACAAGTCCTTTGTTGTTCCGTTACTTGCTCTAACCGCACCATCCGGCATTATCTC
CGGGGCAAAGGGTGAATATGGCATCTGGACAGCATTTGTGGCGCTTCTTGCTCGACTTTT
CTTCGCCTTTCCAGGTGAACTTGAGCTGCCATTCATTGCATTACTCTTGGCGATTGTGGC
GCCATTTCAAGTTATGAGCATAAGAGGGAAGCAAGAAGGGGCTCTCATTTCTTTGGCAAT
ATCTTGTTTTCTGGCTTTTCAGCATTTCTCACGAGCAGGCAGCTTGCAGAAAGCATTTGA
TCAGGG*CTCAGTTGTCGCCACTTTAGGCATCATTGGTGTCACACTTGTATCTGTCCTTT
TCTTGATATAACTATACTCGTGTGACTGTCATTTGTAAATCAATGTAACGCTGTCTACGA
AGAGGCGAGAAATAATGGGCTGTATTTATTTACTTAATGTTACTCAACGTGCTCATGTTT
ATCCGCTGTGTATGAGATGCTTATATTTAGCACTATTAGCTGGT

QA 14 777 14 777
DS 



AS 1 2

CO CL8679Contig1 1028 2 2 U
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TAGCGCACCTCAAGGATGTGGCAAGACTACACTTGTGTTTGCACTTGATTATCTTTTCAA
AACTACAAAAAGGAAGTCGGCGACAATATCTATAGACGACTTTTACTTGACTGCACAAGG
CCAGGCTAAATTGAGAGAAGAGAATCCAGGAAATGCACTTCTAGAGGTCCTAAAACTCAT
TCTTCAAATTTCTCAGCACTTCTTTTTTTATTCAGTTTGAAAATATCGTCATTTGTTTCA
TATATATATGTTTTCCAGTATCGTGTAAATGCAGGAAGTCATGATCTTCCGTTCTCTGTC
GAAACAATAGAAGCCCTGGCTCAACTGACCAAGAACGGTTAGTTTCGTCAATAGTACTAC
AATAAATATTCTTGGCTGTTTTTTTCTTCTTTTTTTTTGTGATTTTTGTGGGTCGTTGAC
AGGCATGAAGATGAAAGTTCCTCGGTACGATAAGGTGAAAACAACAACCCCTTGATTTTA
CCTTCTCTGCCTCATCATTTCTTGTAATAAACACACATAATGAAAATAGAGGGACCAGGT
CTTAACTTGTTGAGGTATTCATATTTGGTTGCAGTCTGCTTATAGCGGGAGGGGTGACAG
AGCCGATGCAACAACATGGCCTGAAGTTGAAGGACCTCTAAAGGTTATTCTATTTGAAGG
ATGGATGCTTGGTTTTAAACCTCTTCCTACTGAAGTCGTTAAATCAGTTGATCAACAGGT
AATCTCAACTCCCTTCAAAACAATTGAGTAGTATTAGTAATACAACCTATATATAATTAT
ATATATCCTAAAATAAAATAAGAAAAAAACTCTGTTCTCTTTCTAAAGCTGGAGACAGTG
AATAAGAACCTTGAAGCGTATTATGACGCATGGGACAAGTACATCAATGCTTGGGTCATC
ATTAAAATCAAGGACCCAAGTTATGTATACCGGTGGCGTCTTCAGGTTTGTATATCTACT
TAACAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AU29TF U 1
AF RR3AU29JQ C 543
BS 1 715 RR3AU29TF
BS 716 1028 RR3AU29JQ

RD RR3AU29TF 715 0 0
GGCCCTGCATACTTCCAAGTTCAAAGATGGAGATGATGTGCCTCCACTAGTGATTGGATC
TAGCGCACCTCAAGGATGTGGCAAGACTACACTTGTGTTTGCACTTGATTATCTTTTCAA
AACTACAAAAAGGAAGTCGGCGACAATATCTATAGACGACTTTTACTTGACTGCACAAGG
CCAGGCTAAATTGAGAGAAGAGAATCCAGGAAATGCACTTCTAGAGGTCCTAAAACTCAT
TCTTCAAATTTCTCAGCACTTCTTTTTTTATTCAGTTTGAAAATATCGTCATTTGTTTCA
TATATATATGTTTTCCAGTATCGTGTAAATGCAGGAAGTCATGATCTTCCGTTCTCTGTC
GAAACAATAGAAGCCCTGGCTCAACTGACCAAGAACGGTTAGTTTCGTCAATAGTACTAC
AATAAATATTCTTGGCTGTTTTTTTCTTCTTTTTTTTTGTGATTTTTGTGGGTCGTTGAC
AGGCATGAAGATGAAAGTTCCTCGGTACGATAAGGTGAAAACAACAACCCCTTGATTTTA
CCTTCTCTGCCTCATCATTTCTTGTAATAAACACACATAATGAAAATAGAGGGACCAGGT
CTTAACTTGTTGAGGTATTCATATTTGGTTGCAGTCTGCTTATAGCGGGAGGGGTGACAG
AGCCGATGCAACAACATGGCCTGAAGTTGAAGGACCTCTAAAGGTTATTCTATTT

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3AU29JQ 486 0 0
TTT
TCTGCCTCATCATTTCTTGTAATAAACACACATAATGAAAATAGAGGGACCAGGTCTTAA
CTTGTTGAGGTATTCATATTTGGTTGCAGTCTGCTTATAGCGGGAGGGGTGACAGAGCCG
ATGCAACAACATGGCCTGAAGTTGAAGGACCTCTAAAGGTTATTCTATTTGAAGGATGGA
TGCTTGGTTTTAAACCTCTTCCTACTGAAGTCGTTAAATCAGTTGATCAACAGGTAATCT
CAACTCCCTTCAAAACAATTGAGTAGTATTAGTAATACAACCTATATATAATTATATATA
TCCTAAAATAAAATAAGAAAAAAACTCTGTTCTCTTTCTAAAGCTGGAGACAGTGAATAA
GAACCTTGAAGCGTATTATGACGCATGGGACAAGTACATCAATGCTTGGGTCATCATTAA
AATCAAGGACCCAAGTTATGTATACCGGTGGCGTCTTCAGGTTTGTATATCTACTTAACA
ACC

QA 4 486 4 486
DS 



AS 1 2

CO CL8680Contig1 912 2 8 U
GTGTCCGGTTGAGAATTGCAAGAGTGAATTCTCAATACATGGCAATATCAGTAAGCATGT
CAAGAAGTTTCATACTGACACCTATAGTAACAAGGATGAATCTGTTGGTGGAGATTCTCA
ACCCTCGGAATCTTCTTCTGATCAGAAGAAGCTTGTCTGCAAAGAAGTTGGTTGTGGAAA
AGCCTTCAAGTATCCTTCACAGCCGCAGAAGCATGAGGATTCTCATGAGAAATTGGACTC
TGTGGAGGCTTTTTGTTCAGAGATTGGTTGTATGAAGTACTTTACAAACGAGGAATGTCT
CAAGGCACACATAGGATCCTACCATCAGCACGTCAACTGTGAGATATGTGGTTCTAAGCA
TTTAAAGAAAAACATCAAGAGACATCTACGGACTCATGACGAAGATTCATCATCACCAGG
AGAGTTCAAGTGTGAAGTTGAGGGTTGCTCTTCCACATTCTCAAAGCCTTCTAATCTTCA
GAAACACTTGAAAGCAGTGCACGAGGATATACGACCCTTTGTATGTGGCTTTCCAGGTTG
TGGCATGAGATTTGCTTACAAACACGTCAGAAACAACCATGAGAATTCTGGCAGCCACAT
ATATACCTGCGGTGATTTTATTGAAGCGGATGAAGATTTCACCTCGAGACCTAGAGGTGG
ACTAAAGAGAAAGCAAGTTACAGCGGAAATGCTTGTAAGGAAGAGGGTCATGCCCCCTCA
GTTTGATTCAGAAGAACACGAGACTTGCTAGTTTTTACAAGTACCGAGGCATTAGGCAGA
TGGTTTTCCATGTGTTACGTGTAAAGTCTGTTTGTTTGTTTTTGTTAGTGTAGAAGAAAA
TATATAACGGCAATAGTAATAGTAAGAATGTAATATTTTATGAACCCAACTTGGAGAGCT
TGTTTAAATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E080TF U 1
AF RR3E080JQ C 325
BS 1 699 RR3E080TF
BS 700 700 RR3E080JQ
BS 701 732 RR3E080TF
BS 733 733 RR3E080JQ
BS 734 755 RR3E080TF
BS 756 756 RR3E080JQ
BS 757 771 RR3E080TF
BS 772 912 RR3E080JQ

RD RR3E080TF 771 0 0
GTGTCCGGTTGAGAATTGCAAGAGTGAATTCTCAATACATGGCAATATCAGTAAGCATGT
CAAGAAGTTTCATACTGACACCTATAGTAACAAGGATGAATCTGTTGGTGGAGATTCTCA
ACCCTCGGAATCTTCTTCTGATCAGAAGAAGCTTGTCTGCAAAGAAGTTGGTTGTGGAAA
AGCCTTCAAGTATCCTTCACAGCCGCAGAAGCATGAGGATTCTCATGAGAAATTGGACTC
TGTGGAGGCTTTTTGTTCAGAGATTGGTTGTATGAAGTACTTTACAAACGAGGAATGTCT
CAAGGCACACATAGGATCCTACCATCAGCACGTCAACTGTGAGATATGTGGTTCTAAGCA
TTTAAAGAAAAACATCAAGAGACATCTACGGACTCATGACGAAGATTCATCATCACCAGG
AGAGTTCAAGTGTGAAGTTGAGGGTTGCTCTTCCACATTCTCAAAGCCTTCTAATCTTCA
GAAACACTTGAAAGCAGTGCACGAGGATATACGACCCTTTGTATGTGGCTTTCCAGGTTG
TGGCATGAGATTTGCTTACAAACACGTCAGAAACAACCATGAGAATTCTGGCAGCCACAT
ATATACCTGCGGTGATTTTATTGAAGCGGATGAAGATTTCACCTCGAGACCTAGAGGTGG
ACTAAAGAGAAAGCAAGTTACAGCGGAAATGCTTGTAAG*AAGAGGGTCATGCCCCCTCA
GTTTGATTCAGA*GAACACGAGACTTGCTAGTTTT*ACAAGTACCGAGGCA

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3E080JQ 588 0 0
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TTTACGGACTCATGAGGAAGATTCATCATCACCAGGAGAGTTCAAGTGTGAAGTTGAGGG
TTGTTTTTCCACATTTTCAAAGCCTTTTAATTTTCAGAAACACTTGAAAGCAGTGCACGA
GGATATACGACCCTTTGTATGTGGCTTTCCAGGTTGTGGCATGAGATTTGCTTACAAACA
CGTCAGAAACAACCATGAGAATTTTGGCAGCCACATATATACCTGCGGTGATTTTATTGA
AGCGGATGAAGATTTCACCTCGAGACCTAGAGGTGGACTAAAGAGAAAGCAAGTTACAGC
GGAAATGCTTGTAAGGAAGAGGGTCATGCCCCCTCAGTTTGATTCAGAAGAACACGAGAC
TTGTTAGTTTTTACAAGTACCGAGGCATTAGGCAGATGGTTTTCCATGTGTTACGTGTAA
AGTCTGTTTGTTTGTTTTTGTTAGTGTAGAAGAAAATATATAACGGCAATAGTAATAGTA
AGAATGTAATATTTTATGAACCCAACTTGGAGAGCTTGTTTAAATTTC

QA 1 588 1 588
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8682Contig1 1157 2 6 U
CATCTCTCTCTCTCTCGCTCTCAGTTTTGTGAGACTGTTTCTTTCTTAGGGGTTTCTTAG
GTATTTTTCCTTTAAAAGCTCTCTTAGGGTTTTGTGAAGAATCTTTGTCGTACGTCTCCC
CTTGTACGCACAGTTCTATAAGCGAGACAAGGACTGTTCTTGCGTTGTAACAATAACCAA
TGGAAGGTTGTCCAAGAAACAGAGAAACATGTCCTAAACTCCTTGATTTGATTCATCAAG
AAAGAAAATGGTACCATGACGAAGAGAAGAACAACAGCACAGATCAAGAAAAGAAACTTG
AGCTAAGGCTTGCACCACCTGGTGGTGACGAAGAAGATGGGTCTGCGATGAAGAAGAAGA
ACGTAGACACAAGAAACAACATCAAGAAGGAAGCAGAAGAGAAATCTATCTTCAATCTCA
GTGGAAACCATTTATCTTATTCCAATAAAACCACTTATGCTCCTCCTCACATCTCTCATA
AAAGAACTGCTCCTGGTCCAGTGGTGGGATGGCCTCCGGTTCGTTCCTTCAGAAAGAATC
TAGCGAGCTCAAGCTCTTCAAAGCTCGGAAACGATCAAATCAACAAAAGTGGTGATGAAG
AGAAGCAAGTTCAACCTAAGAGGGAAGGAATGTTTGTAAAGATCAACATGGATAGTGTTC
TAATAGGTAGAAAAGTCGATCTCAATGCTTGCAGTAGCTACGAACAGCTATCTTTTGCCG
TTGACAAACTCTTCAGAGGTCTACTCGCAGCTCAAAGAGATGCCTCTGGTGGTGAAGGAG
AGGGGAAACCGATCATTGGTTTATTGGATGGTAAAGGAGAATTTTTAACATATGAAGACA
ATGAAGGAGACAAGATGCTTGTTGGGGATGTTCCTTGGCAAATGTTTGTTTCAACTGTGA
AGAGACTGCGCGTGATTAAAAGCTCTGAGATTTCATCTGCCTTGAGATTTGGATGCAGTA
AGCAGGACAAGATGAAGAACTGAAGAGGCTTTCAGAAACTTATGTCTATCTCGAAGGGTC
TCACAGTTTTTAATATGTACATTAGGATTTTGTTATAAAGAGATAATGATTGGCTTTGTC
CAGAGTGACATTTGATCTGATCTTTGATATAATCTTCCCATGTTTTTAAGACACTCAACT
ATGAGATTACGGAAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A745TF U 1
AF RR3A745JQ C 258
BS 1 340 RR3A745TF
BS 341 341 RR3A745JQ
BS 342 570 RR3A745TF
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BS 572 663 RR3A745TF
BS 664 1157 RR3A745JQ

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GTATTTTTCCTTTAAAAGCTCTCTTAGGGTTTTGTGAAGAATCTTTGTCGTACGTCTCCC
CTTGTACGCACAGTTCTATAAGCGAGACAAGGACTGTTCTTGCGTTGTAACAATAACCAA
TGGAAGGTTGTCCAAGAAACAGAGAAACATGTCCTAAACTCCTTGATTTGATTCATCAAG
AAAGAAAATGGTACCATGACGAAGAGAAGAACAACAGCACAGATCAAGAAAAGAAACTTG
AGCTAAGGCTTGCACCACCTGGTGGTGACGAAGAAGATGGTTCTGCGATGAAGAAGAAGA
ACGTAGACACAAGAAACAACATCAAGAAGGAAGCAGAAGAGAAATCTATCTTCAATCTCA
GTGGAAACCATTTATCTTATTCCAATAAAACCACTTATGCTCCTCCTCACATCTCTCATA
AAAGAACTGCTCCTGGTCCAGTGGTGGGATGGCCTCCGGTTCGTTCCTTCAGAAAGAATC
TAGCGAGCTCAAGCTCTTCAAAGCTCGGAA*CGATCAAATCAACAAAAGTGGTGATGAAG
AGAAGCAAGTTCAACCTAAGAGGGAAGGAATGTTTGTAAAGATCAACATGGATAGTGTTC
TAA

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3A745JQ 900 0 0
GACGAAGAGAAGAACAACAGCACAGATCAAGAAAAGAAACTTGAGCTAAGGCTTGCACCA
CCTGGTGGTGACGAAGAAGATGGGTCTGCGATGAAGAAGAAGAACGTAGACACAAGAAAC
AACATCAAGAAGGAAGCAGAAGAGAAATCTATCTTCAATCTCAGTGGAAACCATTTATCT
TATTCCAATAAAACCACTTATGCTCCTCCTCACATCTCTCATAAAAGAACTGCTCCTGGT
CCAGTGGTGGGATGGCCTCCGGTTCGTTCCTTCAGAAAGAATCTAGCGAGCTCAAGCTCT
TCAAAGCTCGGAAACGATCAAATCAACAAAAGTGGTGATGAAGAGAAGCAAGTTCAACCT
AAGAGGGAAGGAATGTTTGTAAAGATCAACATGGATAGTGTTCTAATAGGTAGAAAAGTC
GATCTCAATGCTTGCAGTAGCTACGAACAGCTATCTTTTGCCGTTGACAAACTCTTCAGA
GGTCTACTCGCAGCTCAAAGAGATGCCTCTGGTGGTGAAGGAGAGGGGAAACCGATCATT
GGTTTATTGGATGGTAAAGGAGAATTTTTAACATATGAAGACAATGAAGGAGACAAGATG
CTTGTTGGGGATGTTCCTTGGCAAATGTTTGTTTCAACTGTGAAGAGACTGCGCGTGATT
AAAAGCTCTGAGATTTCATCTGCCTTGAGATTTGGATGCAGTAAGCAGGACAAGATGAAG
AACTGAAGAGGCTTTCAGAAACTTATGTCTATCTCGAAGGGTCTCACAGTTTTTAATATG
TACATTAGGATTTTGTTATAAAGAGATAATGATTGGCTTTGTCCAGAGTGACATTTGATC
TGATCTTTGATATAATCTTCCCATGTTTTTAAGACACTCAACTATGAGATTACGGAAGCG

QA 1 900 1 900
DS 



AS 1 2

CO CL8683Contig1 1119 2 2 U
GGAAGAAGACTTCGCGCAATTGAGCTCGCTCGAGAAGAGGAACAAATGGCGAATCAGATT
CCAGAAACCAATCAACCGTCGAATACGCAGACCTACGGCTTTCCGATCTACGCCGCCGAC
TGGATCCCTGAAGAAACCGTCAGATCGAAAATCGACAAGGAAGTGATTAAGGAATTGAAG
GACGTCGGACAACAGTTAGCTTTGGCGTTTAATCAGGAGGGGTCTGTGCTTGCTGCTGGT
GGGGAGTACAGGATGGGACTTTGAGGATTTTTGAATGGCCTAGTATGAAAACGTTACTTG
ATGAGTCTAAGGCACATGCATCAGTTAAAAACCTAACTTTCAGCGAAAGTGGTAAGTTTC
TTGTGTCACTTGGAGGTCCACTTTGTCGGGTTTGGGACGTAAAGGCTTCTGCTGCCATTG
CCAGTCTATCAAAAGAGAAGGATGAGATGTTTGCTTACTGCAGATTCTCTGTTGACAATG
CAGGCAATGAAGTTCTTTACATTGCTGCAAACACTGAACGTGGTGGGAGTATTATAACAT
GGGATACAGCAACATGGAAAAGAAGACGTTCAAAGCTTATGAAAAACTACTCTATATCCG
CCTTTAATGTCTCAGCTGATGGGAAGCTTCTTGCACTTGGAAACATGGAAAGAGATGTTT
TGATAATTGATTCAACAAAAATGAAGACCCACCAATTGGTCAAGAAAGCTCATCTCGGTT
TGGTCACCGCACTGAGTTTCTCCCCTGATTCAAGGTGCTTAGTGTCAGTATCTTTTGACT
CGAGGGCAAAGCTAACTGTCATTGAGAAAACGGCGGAAAAACATGGAGTAAACTGGCTGG
TTATGTTTTTGTTGTGCGTGTTGCTATACGTGGTTTCCTATTATTTCTTGATGGCAAAGG
GGATCATAGCTAAAAATTAGTCTCTAAGTGACCCCCCAAGACTATATCCGGACGGCTTGA
AACCAAACATATCATATGCTCTCACTTTCCTTTTTTAGCCATAGCTTTTTGCGTTTTGTG
TTGTGTGAAAAAAATTGAAGGGGTTTTTCCTCACCTTTACGAGAAACTTGAATGCTTTTA
TATATCATAATAATAATAATGTAAACTAACATTGTATCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B683TF U 1
AF RR3B683JQ C 403
BS 1 803 RR3B683TF
BS 804 1119 RR3B683JQ

RD RR3B683TF 803 0 0
GGAAGAAGACTTCGCGCAATTGAGCTCGCTCGAGAAGAGGAACAAATGGCGAATCAGATT
CCAGAAACCAATCAACCGTCGAATACGCAGACCTACGGCTTTCCGATCTACGCCGCCGAC
TGGATCCCTGAAGAAACCGTCAGATCGAAAATCGACAAGGAAGTGATTAAGGAATTGAAG
GACGTCGGACAACAGTTAGCTTTGGCGTTTAATCAGGAGGGGTCTGTGCTTGCTGCTGGT
GGGGAGTACAGGATGGGACTTTGAGGATTTTTGAATGGCCTAGTATGAAAACGTTACTTG
ATGAGTCTAAGGCACATGCATCAGTTAAAAACCTAACTTTCAGCGAAAGTGGTAAGTTTC
TTGTGTCACTTGGAGGTCCACTTTGTCGGGTTTGGGACGTAAAGGCTTCTGCTGCCATTG
CCAGTCTATCAAAAGAGAAGGATGAGATGTTTGCTTACTGCAGATTCTCTGTTGACAATG
CAGGCAATGAAGTTCTTTACATTGCTGCAAACACTGAACGTGGTGGGAGTATTATAACAT
GGGATACAGCAACATGGAAAAGAAGACGTTCAAAGCTTATGAAAAACTACTCTATATCCG
CCTTTAATGTCTCAGCTGATGGGAAGCTTCTTGCACTTGGAAACATGGAAAGAGATGTTT
TGATAATTGATTCAACAAAAATGAAGACCCACCAATTGGTCAAGAAAGCTCATCTCGGTT
TGGTCACCGCACTGAGTTTCTCCCCTGATTCAAGGTGCTTAGTGTCAGTATCTTTTGACT
CGAGGGCAAAGCTAACTGTCATT

QA 1 803 1 803
DS 

RD RR3B683JQ 717 0 0
AGGCTTCTGCTGCCATTGCCAGTCTATCAAAAGAGAAGGATGAGATGTTTGCTTACTGCA
GATTCTCTGTTGACAATGCAGGCAATGAAGTTCTTTACATTGCTGCAAACACTGAACGTG
GTGGGAGTATTATAACATGGGATACAGCAACATGGAAAAGAAGACGTTCAAAGCTTATGA
AAAACTACTCTATATCCGCCTTTAATGTCTCAGCTGATGGGAAGCTTCTTGCACTTGGAA
ACATGGAAGGAGATGTTTTGATAATTGATTCAACAAAAATGAAGACCCACCAATTGGTCA
AGAAAGCTCATCTCGGTTTGGTCACCGCACTGAGTTTCTCCCCTGATTCAAGGTGCTTAG
TGTCAGTATCTTTTGACTCGAGGGCAAAGCTAACTGTCATTGAGAAAACGGCGGAAAAAC
ATGGAGTAAACTGGCTGGTTATGTTTTTGTTGTGCGTGTTGCTATACGTGGTTTCCTATT
ATTTCTTGATGGCAAAGGGGATCATAGCTAAAAATTAGTCTCTAAGTGACCCCCCAAGAC
TATATCCGGACGGCTTGAAACCAAACATATCATATGCTCTCACTTTCCTTTTTTAGCCAT
AGCTTTTTGCGTTTTGTGTTGTGTGAAAAAAATTGAAGGGGTTTTTCCTCACCTTTACGA
GAAACTTGAATGCTTTTATATATCATAATAATAATAATGTAAACTAACATTGTATCG

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

CO CL8684Contig1 928 2 2 U
GGGAGATAGAAGAAGAGCACAAGACGAAAACCCTCACCGGCGATGGCTCTTTTCACCACG
CGGCGCAAATTAGCGACAGTCCTAACCAGAACACTCTCTTCTTCATCGTCTTCGTCGTTT
TCTACGCTCTCTTCTCGTTCCCGATTCGCTGTGCATCTAATCGACAAGCTTTCCTCGACC
GGAACCGGACTGGGCCCGTGTTACATAACGACCCGACCCAAGACATCCGGGTCAGGATAC
TCTCCGCTGAACGATCCTTCGCCGAACTGGAGCAACCGCCCGCCGAAGGAGACGATTCTT
CTCGATGGATGCGATTACGAGCACTGGCTAATCGTCATGGAGTTCAATGATCCCAAACCT
ACAGAAGATGAGATGATCAATGCTTATGTCAAAACCTTAACTTCCGTTGTCGGAAGCGAG
GAGGAGGCAAAGAAGAAGATCTACTCTGTTTCCACTTCTACTTACACTGGGTTTGGTGCT
TTGATCTCTGAAGAGCTCTCTTGCAAAGTCAAAGGATTGCCTGGTGTTCTCTGGGTCCTA
CCAGATTCCTATCTTGATGTACCCAACAAAGACTATGGAGGTGACTTGTACATGTAAGGG
AAGGTGATACCCAGACCACAGTACAGGTTCACTGAACAGCGCCAGACCAGAAACCGGTTT
AGGCCTCGGTACGATAGGCGCCGTGAGACTATGCAGGTTGAGAGGAGAGAGCCAACGCAA
CAGAACTGGAACCAACCATCATCCGTGGGTCATCAAGCTCCGGAGAATTAGACTAAGCGC
AGTGCTTAAATAATATATAAACAGCCTTTATATTTTACATGCATCTGTAATAGAGTTTAT
TAGGCTTATAAGTTATTCCATGCCACCTTAAACTCTCATGATGTCAAGAGAATGATCAAT
TATCACATTATAATCATTAATTCATCAT


BQ
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AF RR3FF63TF U 1
AF RR3FF63JQ C 192
BS 1 561 RR3FF63TF
BS 562 928 RR3FF63JQ

RD RR3FF63TF 561 0 0
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TCTACGCTCTCTTCTCGTTCCCGATTCGCTGTGCATCTAATCGACAAGCTTTCCTCGACC
GGAACCGGACTGGGCCCGTGTTACATAACGACCCGACCCAAGACATCCGGGTCAGGATAC
TCTCCGCTGAACGATCCTTCGCCGAACTGGAGCAACCGCCCGCCGAAGGAGACGATTCTT
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CCAGATTCCTATCTTGATGTA

QA 1 561 1 561
DS 

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CGATTACGAGCACTGGCTAATCGTCATGGAGTTCAATGATCCCAAACCTACAGAAGATGA
GATGATCAATGCTTATGTCAAAACCTTAACTTCCGTTGTCGGAAGCGAGGAGGAGGCAAA
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TCTTGATGTACCCAACAAAGACTATGGAGGTGACTTGTACATGTAAGGGAAGGTGATACC
CAGACCACAGTACAGGTTCACTGAACAGCGCCAGACCAGAAACCGGTTTAGGCCTCGGTA
CGATAGGCGCCGTGAGACTATGCAGGTTGAGAGGAGAGAGCCAACGCAACAGAACTGGAA
CCAACCATCATCCGTGGGTCATCAAGCTCCGGAGAATTAGACTAAGCGCAGTGCTTAAAT
AATATATAAACAGCCTTTATATTTTACATGCATCTGTAATAGAGTTTATTAGGCTTATAA
GTTATTCCATGCCACCTTAAACTCTCATGATGTCAAGAGAATGATCAATTATCACATTAT
AATCATTAATTCATCAT

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL8685Contig1 1093 2 2 U
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AGACGGTTGGAGATCAGAAAGTAGCTTCGATCCAAAACCAGCTTGCATCTCTGAGTCTTA
AAGACGCTCCCATTGTTGGTTCGTTTAACCCTAAGAAGGATGACATCGTCCTTGCACAGT
TTAGCCTCGATAACTCATGGAACCGCGCAATGATTGTTAATGCACCACGAGGAGCAGTTC
AATCTCCAGACGACGAACTCGAAGTGTTCTACATCGATTACGGAAACCAAGAAACAGTTC
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TTGAGAAGTACCAAGAAGAAGCTCGCAAATTTAGGACAGGAATCTGGCAGTACGGATACA
TTCAGTCTGATGATGAGGACAGTGTTCCTGTCAGGAAACCTGGTCGCGGGTAAGTGTTGT
TTCCAACCTTTATGATCGATCAATGGCTGGTTCCCAAAGAGGGGGATCTTCAACCTTTGT
TCAAGATTGTTGCTTTGCAAAGCATCAAACTTTTTGTAATGTTTAGAAATTCTCTTCTTT
TTTTTTATTTTTACTTTTTTGGTTTATTGATCATAAGGTGACTGATGGTTTCGTTCCTTA
TTCTTGTTTTGACTAAAGAATCTCATAATAAGGTGATGTAACTTAAGTCCGACAACATAA
GAGGGGACTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A144TF U 1
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BS 1 648 RR3A144TF
BS 649 1093 RR3A144JQ

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AGAGGGAAACACTGAAGGTGGTTGTGACGGAAGTGCTTGGAGGCGGTAGGTTCTATGTTC
AGACGGTTGGAGATCAGAAAGTAGCTTCGATCCAAAACCAGCTTGCATCTCTGAGTCTTA
AAGACGCTCCCATTGTTGGTTCGTTTAACCCTAAGAAGGATGACATCGTCCTTGCACAGT
TTAGCCTCGATAACTCATGGAACCGCGCAATGATTGTTAATGCACCACGAGGAGCAGTTC
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QA 1 648 1 648
DS 

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GCCTACTTAAAAGTTCCAAGCCTGGAAGAGGACTTTGGTCCTGAAGCGGGAGAGTATTTG
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GTTGACGATGAGATCTCTGTCAATGCAGCAATGCTTCAGGAAGGGATAGCGAGGATGGAG
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GATGAGGACAGTGTTCCTGTCAGGAAACCTGGTCGCGGGTAAGTGTTGTTTCCAACCTTT
ATGATCGATCAATGGCTGGTTCCCAAAGAGGGGGATCTTCAACCTTTGTTCAAGATTGTT
GCTTTGCAAAGCATCAAACTTTTTGTAATGTTTAGAAATTCTCTTCTTTTTTTTTATTTT
TACTTTTTTGGTTTATTGATCATAAGGTGACTGATGGTTTCGTTCCTTATTCTTGTTTTG
ACTAAAGAATCTCATAATAAGGTGATGTAACTTAAGTCCGACAACATAAGAGGGGACTTT
TC

QA 1 842 1 842
DS 



AS 1 2

CO CL8686Contig1 1152 2 4 U
GGATCACCAATAACCTTTTCACTTGCAAAGCTTTTAAAGTAACCAAAACTTTGGTAAGTT
TCTTTAGAGACAGTGAGAGCTATGTCAAAAGAGATTGAGCTTCCAGGTTTCAGATTCCAC
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AAAGTGGAAGTCATTGGTTTTCTCAACATCTATCGTCATGATCCATGGGACTTACCTCGT
TTATCGAAAATCGGTGAGAGAGAATGGTATTTCTTTGTTCCAAGGGAAAGGAAGCATGGG
AACGGAGGGAGACCAAGCAGGACAACTGAGAAAGGATATTGGAAAGCAACTGGTTCCGAT
CGTAAGATCATAAGCTTGTCTGAGCCAAAACGTGTGATCGGGCTCAAGAAGACCCTTGTG
TTCTACAGAGGAAGAGCACCAGGAGGAAGCAAGACTGATTGGGTCATGAACGAGTACCGT
ATGCCTGACAATTGCACCTTACCAAAGGACGTTGTGCTGTGTAAGATATACAGAAAAGCC
ACATCACTTAAAGTGTTGGAGCAACGAGCAGAGATGGAATCTAAGATGAATCAAACATGC
CCAAACTCTCCTCTCTCGTCTTCCGAGACCGTTTCTTACGCTGGAAAAGAAGAAGACTTG
ATGATGACTTCGTTCCCTTTTCCTCAAGCATCAGCCATGCAAGAAGCAAACAACAACTTC
ATGCTTCAAGGACATACCGACAACGCAAAGAACGAAGAGAAACAAAGAGAAACAGAGATG
AAGGCGTTTTTTTCATCGCTGAAGCTACCATGTGGAGTCCTACCAGAGCTGCAATTACCT
AAACAAGGATTAGAATGGGGACAAGACCAGTTCTTGAGTATAAGCCCATGGCTCCAGAAT
CTTACACCAATAATTAATTTGCTAAATTTTTAGGATACGTAAAGAACAAATCTCTCAAAA
GAACTAACTATCCTACAGTGATACCTACCCTCCTTCACCTGAGAAAAAAAAAAACAGTCC
TTGTAAGATGCTTGGCTTCAGCTTAAGAATTATCAATAATATTTGTATATTTACTCGGCA
GATCTATGTATCTTTTGTAAGTTTGTTACATAAAGCAAACTTAATGTAATCAATATTCAA
CAAAAGAAACCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F287TF U 1
AF RR3F287JQ C 622
BS 1 728 RR3F287TF
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BS 730 739 RR3F287TF
BS 740 1152 RR3F287JQ

RD RR3F287TF 739 0 0
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TCTTTAGAGACAGTGAGAGCTATGTCAAAAGAGATTGAGCTTCCAGGTTTCAGATTCCAC
CCGACCGAGGAGGAGCTTCCTGACTACTACCTCAAGAACATGGTTTACGGAAAATTCTCC
AAAGTGGAAGTCATTGGTTTTCTCAACATCTATCGTCATGATCCATGGGACTTACCTCGT
TTATCGAAAATCGGTGAGAGAGAATGGTATTTCTTTGTTCCAAGGGAAAGGAAGCATGGG
AACGGAGGGAGACCAAGCAGGACAACTGAGAAAGGATATTGGAAAGCAACTGGTTCCGAT
CGTAAGATCATAAGCTTGTCTGAGCCAAAACGTGTGATCGGGCTCAAGAAGACCCTTGTG
TTCTACAGAGGAAGAGCACCAGGAGGAAGCAAGACTGATTGGGTCATGAACGAGTACCGT
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ACATCACTTAAAGTGTTGGAGCAACGAGCAGAGATGGAATCTAAGATGAATCAAACATGC
CCAAACTCTCCTCTCTCGTCTTCCGAGACCGTTTCTTACGCTGGAAAAGAAGAAGACTTG
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ATGCTTCA*GGACATACCG

QA 1 739 1 739
DS 

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CCTCAAGCATCAGCCATGCAAGAAGCAAACAACAACTTCATGCTTCAAGGACATACCGAC
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CAAGACCAGTTCTTGAGTATAAGCCCATGGCTCCAGAATCTTACACCAATAATTAATTTG
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TACCTACCCTCCTTCACCTGAGAAAAAAAAAAACAGTCCTTGTAAGATGCTTGGCTTCAG
CTTAAGAATTATCAATAATATTTGTATATTTACTCGGCAGATCTATGTATCTTTTGTAAG
TTTGTTACATAAAGCAAACTTAATGTAATCAATATTCAACAAAAGAAACCT

QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 2

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AGACTCTAGCTACTTC


BQ
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AF RR3B161JQ C 1
AF RR3B161TF U 1
BS 1 736 RR3B161TF

RD RR3B161JQ 736 0 0
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GGCACAGTGCTCGGTTGGTGACATGAGCAATGAGGTTTCGAGAACAGGTATCATCAAGTT
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CTCGAAAAGGTTGCGTCTGCAAAGCAACCTCGACGGTATTAAGTCGAGAAGTCTAGAGCT
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AGGACTTTTTAGGGCAGCCGTAGTTGCAGTCCTGTTCTTGATGTCAGTGTGCAGTCTGAC
CGCAGACTTCCGAGCTTCCGTGATGATCTGAAAACTGAAACCTTTATTATATATATAGTG
CTCGAACCAGGTTCTTTTTTTGTTATTTGG*TTTTGGTTTCAGTTTTCACCTTATCAAGG
GTGAGTGTATGTCTGTATTTTATGTTTATATACATTGTATAACGTTATGATGAGATGTTA
AGACTCTAGCTACTTC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3B161TF 736 0 0
GAGTGACTTTTCAGGGAACTACAACAACAACAGTAGCAGCAGCTCCCAGGTTCAGACTCA
GTGCGGTACAAACGAAGTGGATACATACGTATCCGAATTTGTGGACTCGATTCTTGATCT
CCCAGAGGAAGCAGTTCCAGAGCAGGACGGGTCAGCGCCACATCAGATAGCATATGCACA
GGCACAGTGCTCGGTTGGTGACATGAGCAATGAGGTTTCGAGAACAGGTATCATCAAGTT
ACAGGCTCGAAGGGAACAACCCTTAGGTTGTGCCACTGATTATATAGTCCATGGAAGTGC
CTCGAAAAGGTTGCGTCTGCAAAGCAACCTCGACGGTATTAAGTCGAGAAGTCTAGAGCT
TCAGACCATCAAGAGAGAGGTTGAGGATATGGATGGAGATACCATGAAGAAGGGGAAGCT
ATCAAAGAACAAAACCGGATTCTTGTTTAGAAAGATTGTGTCGGTTAGATGTTCATACGG
AGGACTTTTTAGGGCAGCCGTAGTTGCAGTCCTGTTCTTGATGTCAGTGTGCAGTCTGAC
CGCAGACTTCCGAGCTTCCGTGATGATCTGAAAACTGAAACCTTTATTATATATATAGTG
CTCGAACCAGGTTCTTTTTTTGTTATTTGGGTTTTGGTTTCAGTTTTCACCTTATCAAGG
GTGAGTGTATGTCTGTATTTTATGTTTATATACATTGTATAACGTTATGATGAGATGTTA
AGACTCTAGCTACTTC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL8688Contig1 779 2 2 U
GGAGACTAGACGGTCTAGTTTTCCTCCTCCTTCCCGTCTTCCGCGTTTTGTTTAGTTAAC
GCCGGACCGGAGTAGACAAAACCCTGGCTCAGCCACTAAGGAGTTGCGTATTCTTAATTC
GAATCGATCTTCTGGTTGCTGCGTCTTCGTTCATACTAAAATGAACTGTGCTATTTCCGG
CGAAGTTCCGGTGGAGCCCGTGCCTTCGAAGAAGACTGGGTTGCTCTACGAGAAGCGGCT
AATCGAGACGCACATATCGGATTATGGGAAATGTCCAGTTACTGGTGAACCGAACCACAC
ACCATTGGTGACATTGTTGCCATCAAAACTGGAAAGATTGTGAAACCAAAACCATTACAC
ACAGCTAGCATCCCTGGATTGCTCGGAGCGTTCCAGAATGAATGGGATGGTTTGATGCTA
ACAAATTTTTCACTTGAACAACAACTGCATACCGCGAGGCAAGAGCTAAGTCATGCTTTG
TATCAGCATGATGCTGCGTGTCGTGTGATTGCTAGGCTTAAAAAAGAAAGAGACGAGGCA
CGACAATTGCTTTCAGAGTCTGAAAGGCAGTTACCTGCAGCTCCCGATGTTGCCCCAGCG
AATGCCACTCTTAGTAATGGTAAACGAGTGGTAAAGGAGTACCCGTTCCTCGAAGCAATG
TGTCCCCGCCCTGGGTTCGAGTGCACTTGGCCACCGAGCTTGAAAAGGTATCTCGGGCCT
CAGGACCGCCTTCGGGTGGATAGTCGGTCGGCCAAATTCCGAACCGGAGACCTGACTAA


BQ
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AF RR3BR35TF U 1
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GCCGGACCGGAGTAGACAAAACCCTGGCTCAGCCACTAAGGAGTTGCGTATTCTTAATTC
GAATCGATCTTCTGGTTGCTGCGTCTTCGTTCATACTAAAATGAACTGTGCTATTTCCGG
CGAAGTTCCGGTGGAGCCCGTGCCTTCGAAGAAGACTGGGTTGCTCTACGAGAAGCGGCT
AATCGAGACGCACATATCGGATTATGGGAAATGTCCAGTTACTGGTGAACCGAACCACAC
ACCATTGGTGACATTGTTGCCATCAAAACTGGAAAGATTGTGAAACCAAAACCATTACAC
ACAGCTAGCATCCCTGGATTGCTCGGAGCGTTCCAGAATGAATGGGATGGTTTGATGCTA
ACAAATTTTTCACTTGAACAACAACTGCATACCGCGAGGCAAGAGCTAAGTCATGCTTTG
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AATGCCACTCTTAGTAATGGTAAACGAGTGGTAAAGGAGTACCCGTTCCTC

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DS 

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CCGGTGGAGCCCGTGCCTTCGAAGAAGACTGGGTTGCTCTACGAGAAGCGGCTAATCGAG
ACGCACATATCGGATTATGGGAAATGTCCAGTTACTGGTGAACCGAACCACACACCATTG
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TTTCACTTGAACAACAACTGCATACCGCGAGGCAAGAGCTAAGTCATGCTTTGTATCAGC
ATGATGCTGCGTGTCGTGTGATTGCTAGGCTTAAAAAAGAAAGAGACGAGGCACGACAAT
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CTCTTAGTAATGGTAAACGAGTGGTAAAGGAGTACCCGTTCCTCGAAGCAATGTGTCCCC
GCCCTGGGTTCGAGTGCACTTGGCCACCGAGCTTGAAAAGGTATCTCGGGCCTCAGGACC
GCCTTCGGGTGGATAGTCGGTCGGCCAAATTCCGAACCGGAGACCTGACTAA

QA 1 652 1 652
DS 



AS 1 2

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TCTATTGTCTCTTCTCTTGTTGTGGTGTGCGAAGATCTCTCTTATCATCCTCGAGCTCGA
ATTCCACCTCACGCAGGATCCAAACAACGTTAGTGAGTGTCAAGTCTCCACCGCGCATGT
AGCTTACCATACTATCAAACTTTGAGGGCAAGGTGCAATATATCTTACGGATGACTTCCT
CATCAGAAACGGCAGACCCATAGAACTTGAGCTGATTCACAACCTCCATCAACTTTTTAG
TATAATCAACAAAACTTTCCTCCTCCTCCATCACCATTCCTCTAAACTTGTTCCTAAGAA
TGGTAGCTTTCCTACGCCGGATGTCATCGGTCTCTCCAAATTCTTCCTTGAGAATCTCCC
ACGCTTGCTTTGACGATGTAGCTCTCGCTATCCGGAGAAAAAGAGAGTCTGTTACCGACA
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BQ
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AF RR3BO26JQ U 99
AF RR3BO26TF C 1
BS 1 98 RR3BO26TF
BS 99 622 RR3BO26JQ
BS 623 758 RR3BO26TF

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AAAAGAGAGTCTGTTACCGACATTTGCAGCATATGAAGAGCCGTCATGTCCTTTGTTTTC
AGATTTTTCTCTACAGAGACTCCACTCTCTATAACGTCCCACAGGTCACGAGCCATCAAA
AGAGTCCTCATCTTTATACTCCAAATCTCATGGTCTTCTCCATC

QA 1 524 1 524
DS 

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ATTCCACCTCACGCAGGATCCAAACAACGTTAGTGAGTGTCAAGTCTCCACCGCGCATGT
AGCTTACCATACTATCAAACTTTGAGGGCAAGGTGCAATATATCTTACGGATGACTTCCT
CATCAGAAACGGCAGACCCATAGAACTTGAGCTGATTCACAACCTCCATCAACTTTTTAG
TATAATCAACAAAACTTTCCTCCTCCTCCATCACCATTCCTCTAAACTTGTTCCTAAGAA
TGGTAGCTTTCCTACGCCGGATGTCATCGGTCTCTCCAAATTCTTCCTTGAGAATCTCCC
ACGCTTGCTTTGACGATGTAGCTCTCGCTATCCGGAGAAAAAGAGAGTCTGTTACCGACA
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CACTCTCTATAACGTCCCACAGGTCACGAGCCATCAAAAGAGTCCTCATCTTTATACTCC
AAATCTCATGGTCTTCTCCATCAAAAACCGGAATTTTCATCTCCATACCTACCTGCAAGA
TGAAGGCAAGAACCTGACCTCGCAAACCTTTGCAAGAATAGGAGATGATCCCCAAGAAGA
GATAAAAGTTTCGTTCTTTTGTTTTATGTTTTTCTTCC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL8690Contig1 757 2 3 U
TTTTAAGAGAACTCAACCATATTGGTATAGTGTCATGATGATTCCCTACATGATGATAAC
GACAATAACACTGGATAGTTAAAACAAATCATGTGGATACCATAAAGTTTAGGCTTTAAT
TCATGATAATGATACGGTATGGAATAGTAGTGTTTAAGGGGGTTTATGAGATATTGAGCA
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CTTCCGATTCCTTCACACATGGAGAAAGATGAGATCTGCGTTCTAGCAAGCATTTTTGCT
GCCAATTCGTGTGGAGGAACCATTGAATCTTCATCATCATCTTCATCATGAGTGCTCCAT
GAATGCAAATGGTTGCTTCTTGTTTTCCCATAAATCTTGGACCAGTCAGGAACATTCATT
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BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CZ47JQ U 5
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BS 1 4 RR3CZ47TF
BS 5 537 RR3CZ47JQ
BS 538 757 RR3CZ47TF

RD RR3CZ47JQ 536 0 0
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ATAACACTGGATAGTTAAAACAAATCATGTGGATACCATAAAGTTTAGGCTTTAATTCAT
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CCATACCATGACATAACTATGGTTGTGGTGATGTGGATGTGACGTTCGATTCCAAGAAAC
CTGTTTTGGTTAAGACAGCATTTCTTGTCTTGCTGAGATCTCTTCCTTTGAGTGTTCTTC
CGATTCCTTCACACATGGAGAAAGATGAGATCTGCGTTCTAGCAAGCATTTTTGCTGCCA
ATTCGTGTGGAGGAACCATTGAATCTTCATCATCATCTTCATCATGAGTGCTCCATGAAT
GCAAATGGTTGCTTCTTGTTTTCCCATAAATCTTGGACCAGTCAGGAACATTCATTGGAG
CAGATGCCTGCTTTGTTCCAGAAATCTCTTTGCCCTTAGGAATGTACCTTGCA
AAA

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR3CZ47TF 757 0 0
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GACAATAACACTGGATAGTTAAAACAAATCATGTGGATACCATAAAGTTTAGGCTTTAAT
TCATGATAATGATACGGTATGGAATAGTAGTGTTTAAGGGGGTTTATGAGATATTGAGCA
TGCTCCATACCATGACATAACTATGGTTGTGGTGATGTGGATGTGACGTTCGATTCCAAG
AAACCTGTTTTGGTTAAGACAGCATTTCTTGTCTTGCTGAGATCTCTTCCTTTGAGTGTT
CTTCCGATTCCTTCACACATGGAGAAAGATGAGATCTGCGTTCTAGCAAGCATTTTTGCT
GCCAATTCGTGTGGAGGAACCATTGAATCTTCATCATCATCTTCATCATGAGTGCTCCAT
GAATGCAAATGGTTGCTTCTTGTTTTCCCATAAATCTTGGACCAGTCAGGAACATTCATT
GGAGCAGATGCCTGCTTTGTTCCAGAGATCTCTTTGCCCTTAGGAATGTACCTTGCAGAA
GATGAAGAAGCAGCTGAGAAGAGATTGTTACTTTTGGAAATTTTCGTTTCAAGACCTGGA
GTTTCGTTCTCTCTCAAAACTGACCAGACTTCTTCTTCTTGAAACTCTTCTGCCCCTTCC
ATTGTCACTCAAGAAAACCCTTCTCCTGAATATTACTTCCTCTGCTGCAACTAAGTGGTA
TTCTTCCTCCTGAGAGAAGCAGAGGAAGATTCAGTCC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

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GGAGGTGAGCCAAGAAGGCAGGGTACGGGAAATTGTCATGGACAACGTTAACCCTGGATC
AAAGGTTGAAGGAAACAATGAACGCATTATTGAGACTCTTAAAGCCGAGAAGGAAGAACT
TGAGTTATCACTGAACAAGGAGAAGATGCAGACTCTCCAACTAAGGCAAGAGCTAGCAGA
TGGAGAATCACGAAATGCAGATTTGTACAAGGAACTTCATTCTGTCCGTAGCCAACTTGC
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BQ
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AF RR3F610TF U 1
AF RR3F610JQ C 159
BS 1 685 RR3F610TF
BS 686 833 RR3F610JQ

RD RR3F610TF 685 0 0
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TGAGTTATCACTGAACAAGGAGAAGATGCAGACTCTCCAACTAAGGCAAGAGCTAGCAGA
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AACCGAACAATCAAGATGCTTCAAACTGGAGGTTGATGTTGCGGAGCTAAGGCAAAAGCT
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TGAACAAGCCGCGATGAATGCTAAACGACAGAGCTCGGGTGGTGTCTGGGGCTGGCTCGC
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QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3F610JQ 675 0 0
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TCCAGCGCCAAAAGGCTGCCTTTGAACAAGCCGCGATGAATGCTAAACGACAGAGCTCGG
GTGGTGTTTGGGGCTGGCTCGCTGGAAGCCCTCAGGAGAAAGATGATTCGCCATGATTAT
TTGTTTTTTCCTCTTCCTGTATACTCGCTCCATATTTGCCTTCAAGTAAAGAAAGATATA
TTACTATGTATTTTTTTGTCCGAGTCTCACGCATGGTTTTTTCTTCCCATAAATATTTCA
GCACTCTTCCTCTTTGAGCTTTTAAAGTACTACAAGATGTTTTACCTTTTTATATATTAC
TTATGATTCGTGTTG

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

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GTGAGGGAGATTGTGAGATGTGGTGGGATCTTTGGTGGGTTTATGATAATGACTCCATCT
TCAACTTCCTCTTCATCATCATCATGGGTATCATCATCATCGTCATCAGCTGAACAACAT
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AGAGCTGCTTTCAGTTATTCATCTTCTGGTAAAAGAGGTCGCACAATTTCAGATTCTACA
AGCAAGAACACAACTCCAAACTTGGATGCAATTCCATCGTTGTTGTCCGTCAGTAGCTGA
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AGTTTCATCATCTTAGTATTGTAATGTCACACTACTCTTCTATGTTAATTATCAACTGTT
GTCTAATAAGGAGGGATGAACTTAGGATACATGGGCTACTTTCTTCTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EO14TF U 1
AF RR3EO14JQ C 1
BS 1 201 RR3EO14TF
BS 202 648 RR3EO14JQ

RD RR3EO14TF 201 0 0
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GTGAGGGAGATTGTGAGATGT

QA 1 201 1 201
DS 

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GGTGAGTTCTTTGAGAGGATCACTCATGGGTTTGGAGACTGTACTTTGAGAAGAGTTGAG
TCACAGAGAGAAGGTAACAACAACAAAGGCAAAGTTAGTAGTAATAATCCTAGTAGTGGT
GTGAGGGAGATTGTGAGATGTGGTGGGATCTTTGGTGGGTTTATGATAATGACTCCATCT
TCAACTTCCTCTTCATCATCATCATGGGTATCATCATCATCGTCATCAGCTGAACAACAT
CATCATCAAGGTCATGGTGGAAGGAACAGGAGCTGGGGATGGGCTTTTGCTAGTCCAATG
AGAGCTGCTTTCAGTTATTCATCTTCTGGTAAAAGAGGTCGCACAATTTCAGATTCTACA
AGCAAGAACACAACTCCAAACTTGGATGCAATTCCATCGTTGTTGTCCGTCAGTAGCTGA
ATTAAAAGATTTTGCAATAAGTGTCTTTAAAATCTTAAACAATAAAAATAATTAAAAGCT
AGTTTCATCATCTTAGTATTGTAATGTCACACTACTCTTCTATGTTAATTATCAACTGTT
GTCTAATAAGGAGGGATGAACTTAGGATACATGGGCTACTTTCTTCTG

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL8693Contig1 771 2 1 U
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AATGCTATAGGATTGTGATTATGCGGCGGACTCACGGTGGTGCAAGAAAGGAGCTTCGGT
GGTCATTACAGCAACCAACTTCTGCCCACCGAACTTCGCTCTTCCCAATAACGACGGCGG
TTGGTGCAACCCGCCGCTCAAACATTTCGACATGGCACAACCCGCTTGGGAAAAGATCGG
AATCTACAGAGGAGGAATCGTCCCCGTCGTGTTCCAAAGAGTAAGCTGTTACAAGAGAGG
AGGAGTGAGATTCAGAATCAACGGGAGGGATTACTTCGAGCTAGTGAACATATCGAACGT
AGGAGGAGCTGGTTCGATTCAATCTGTATCCATTAAAGGATCAAAGACTGGGTGGTTAGC
TATGTCTCGCAATTGGGGAGCTAATTGGCAATCAAACGCTTATCTCGATGGTCAATCTCT
TTCTTTCTCCATTACTACTACTGATGGTGCTACAAGAGTCTTCCTCAATGTTGTTCCTTC
TTCTTGGTCTTTCGGACAGACTTATTCTTCAAGAGTTCAGTTTTAAGATTGTTTTGTTTG
TCTGTCTGTCTGAAAAGTTATTGGCTGTGGTCGCGCTCTGTGTCTCTGTTTCTTCTCTTC
CGGAGCGACCCGCCCGCTTTCGTTTTTTTTTTCTTTCTGGTTTTATGGGGTCTGTTAATG
GAGAAGATCCGATTCTATTTGAGGAAATGATTATATATAATTGTTTTGTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AI37TF U 1
AF RR3AI37JQ C 41
BS 1 771 RR3AI37TF

RD RR3AI37TF 771 0 0
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AGGAGGAGCTGGTTCGATTCAATCTGTATCCATTAAAGGATCAAAGACTGGGTGGTTAGC
TATGTCTCGCAATTGGGGAGCTAATTGGCAATCAAACGCTTATCTCGATGGTCAATCTCT
TTCTTTCTCCATTACTACTACTGATGGTGCTACAAGAGTCTTCCTCAATGTTGTTCCTTC
TTCTTGGTCTTTCGGACAGACTTATTCTTCAAGAGTTCAGTTTTAAGATTGTTTTGTTTG
TCTGTCTGTCTGAAAAGTTATTGGCTGTGGTCGCGCTCTGTGTCTCTGTTTCTTCTCTTC
CGGAGCGACCCGCCCGCTTTCGTTTTTTTTTTCTTTCTGGTTTTATGGGGTCTGTTAATG
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QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3AI37JQ 731 0 0
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CTAGTGAACATATCGAACGTAGGAGGAGCTGGTTCGATTCAATCTGTATCCATTAAAGGA
TCAAAGACTGGGTGGTTAGCTATGTCTCGCAATTGGGGAGCTAATTGGCAATCAAACGCT
TATCTCGATGGTCAATCTCTTTCTTTCTCCATTACTACTACTGATGGTGCTACAAGAGTC
TTCCTCAATGTTGTTCCTTCTTCTTGGTCTTTCGGACAGACTTATTCTTCAAGAGTTCAG
TTTTAAGATTGTTTTGTTTGTCTGTCTGTCTGAAAAGTTATTGGCTGTGGTCGCGCTCTG
TGTCTCTGTTTCTTCTCTTCCGGAGCGACCCGCCCGCTTTCGTTTTTTTTTTCTTTCTGG
TTTTATGGGGTCTGTTAATGGAGAAGATCCGATTCTATTTGAGGAAATGATTATATATAA
TTGTTTTGTGC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL8694Contig1 925 2 2 U
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AACCGCCCGGCTTACCGTCAACCAGCATCTCGCCACCGCCGCACGCACAGCCGCGGATGC
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GCGTCCGCCGTCGTGTACCTGATCTACCGCCCTCGACAACCGAGCTTCACCGTCTCCTCC
CTCAAAGTCTCTTCCCTCAACCTCACCTCCGCCAACCACCTCACCACCGCCATCTCCCTC
TCCGTCATCGCCAAGAACCCGAACAAAAACGTCGGGTTCGACTACGACGCCACCGACATC
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TTTTCTTCTTCGTCTTCCATTGTTTTCAGTTTTTCGTTTTTCTTAATTTGATTTCATATA
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TATATTTGTGTTCGGTCTGAGCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D639TF U 1
AF RR3D639JQ C 85
BS 1 613 RR3D639TF
BS 614 925 RR3D639JQ

RD RR3D639TF 613 0 0
GCCGGCGCAGCCACCGCCAACCCGACTTTCCCGGCGAACAAAGCCCAGCTCTACAACGCG
AACCGCCCGGCTTACCGTCAACCAGCATCTCGCCACCGCCGCACGCACAGCCGCGGATGC
TGCTGCCGCTGCTGCTGGACGCTCTTCGTGCTCATCCTCCTGATCCTCATCGCCGCCGCC
GCGTCCGCCGTCGTGTACCTGATCTACCGCCCTCGACAACCGAGCTTCACCGTCTCCTCC
CTCAAAGTCTCTTCCCTCAACCTCACCTCCGCCAACCACCTCACCACCGCCATCTCCCTC
TCCGTCATCGCCAAGAACCCGAACAAAAACGTCGGGTTCGACTACGACGCCACCGACATC
ACGGTCTTCAAAACCTCCCCAGGAGACGACGACGTTGTCATCGGCAAAGGCTCTATCCCT
TCGTTCTTCCACGGGAAGAAGAACACGACTCCGCTGAGATCGACAATCGGGAGCCCTCCG
GGAGATCTCGACGAGCTGTCGGCGGGGAAGCTCAAGGGAGAGCTGAAGGCGAAGAAAGCG
GTGGCGATTAAGATTGTTCTCGATACAAAGGTGAAAGTGAAGATGGGATCTGTGAAAAGC
CCTAAATCGGGAA

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DS 

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TTCGTGCTCATCCTC*TGATCCTCATCGCCGCCGCCGCGTCCGCCGTCGTGTACCTGATC
TACCGCCCTCGACAACCGAGCTTCACCGTCTCCTCCCTCAAAGTCTCTTCCCTCAACCTC
ACCTCCGCCAACCACCTCACCACCGCCATCTCCCTCTCCGTCATCGCCAAGAACCCGAAC
AAAAACGTCGGGTTCGACTACGACGCCACCGACATCACGGTCTTCAAAACCTCCCCAGGA
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ACGACTCCGCTGAGATCGACAATCGGGAGCCCTCCGGGAGATCTCGACGAGCTGTCGGCG
GGGAAGCTCAAGGGAGAGCTGAAGGCGAAGAAAGCGGTGGCGATTAAGATTGTTCTCGAT
ACAAAGGTGAAAGTGAAGATGGGATCTGTGAAAAGCCCTAAATCGGGAATTAGGGTTACT
TGCGAAGGGATTAAATCGGCGGCTCCTACGGGGAAGAAGGCTACGACGGCTGCTACTTCC
GCAGCTAAGTGTAAGGTTGATCTTAGGATCAAGATCTGGAAATTCACTTTTTAACCGCTG
GGGTAAAAGAAAAGAAATGTAATTTCACATTCGTAGTTTTCTTCTTCGTCTTCCATTGTT
TTCAGTTTTTCGTTTTTCTTAATTTGATTTCATATACAGTTTCCTTCGATTCCTGTCAGA
CTTTATTTTTTGGTTTATGTAAATGAGATAATATAATATATTTGTGTTCGGTCTGAGCAT
T

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 2

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GTCATCTTCTTTATTTCCTGTGTCAGAGAGACGAGTCTCCGTCGGTAATCATCGTCGCGT
CTAGGGTTCATCGTCGTCGCGTTTATGTCGGTTCGTGTGCTTCAGAATCTATTCATTTCC
TCACAGGCGTTACAACTACAAGCTCCATTGATCAATCACTCATTCGATGATTCTAAACTC
TACCTATAAAAAGCTAAGACTTCATCCCTTAAGATAGCAATACAAATTTATTTCTCACTT
AAATGGCTTACGCCTTGGTTCTTATTGGACGGCTGATCAGATTCTGGGAGGCCATGTGAC
GATTTGATCCGTCTCGACATGATCTTCGTCGATTCTCAGCCACCATTGAAAAGGCGGTGC
AGTTCATAGCAAGCACTCAAGAGGCAGATGGTTCATGGTACGGAAGTTGTGGAGTTTGCT
ACACATATGCATCATGGTTTGCTCTTAGAAGCTTGGCAGTAACCGGCAACACAGATACAT
AGAATTAGAAGGAGGAATCAAACCTGGTGCAAACCGCTTAGGCATTGATAGGCCGAGAGA
GATCCATTGCCTCTTCACAGTGTTGCGAAACTGATCATCAGTTCCCGTTAGAAAATGAAG
ACTACCCTCAAAAGCTGCGAATGAAGCAAAAGCAGCTCGAGCTTATGCCGAAGAAGCTTC
AAAGACACTGAAAGGAAAATACATCTGCAAAGTGGTCGTATTGAAAATTTGATTAAACAG
ATGGTATGTACGTGATGACAGAGAAGAAAGAGAAGAGAAGAAGAAGCTAAATGTGTTGCA
GGTGAAGAGAGCGAGAGAGAGAAGCGGCGAAGTAGTGTTTGTGTGTTGATGATTTTCTAC
CTTGAAAACACTTTTTAGTTGTAAGCACTAATTTTAGATGCTAAAGCCATTGTATTATTG
CTAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR3A688TF U 1
AF RR3A688JQ C 275
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BS 799 964 RR3A688JQ

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GATTTGATCCGTCTCGACATGATCTTCGTCGATTCTCAGCCACCATTGAAAAGGCGGTGC
AGTTCATAGCAAGCACTCAAGAGGCAGATGGTTCATGGTACGGAAGTTGTGGAGTTTGCT
ACACATATGCATCATGGTTTGCTCTTAGAAGCTTGGCAGTAACCGGCAACACAGATACAT
AGAATTAGAAGGAGGAATCAAACCTGGTGCAAACCGCTTAGGCATTGATAGGCCGAGAGA
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ATGGTATGTACGTGATGA

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GATCAGATTCTGGGAGGCCATGTGACGATTTGATCCGTCTCGACATGATCTTCGTCGATT
CTCAGCCACCATTGAAAAGGCGGTGCAGTTCATAGCAAGCACTCAAGAGGCAGATGGTTC
ATGGTACGGAAGTTGTGGAGTTTGCTACACATATGCATCATGGTTTGCTCTTAGAAGCTT
GGCAGTAACCGGCAACACAGATACATAGAATTAGAAGGAGGAATCAAACCTGGTGCAAAC
CGCTTAGGCATTGATAGGCCGAGAGAGATCCATTGCCTCTTCACAGTGTTGCGAAACTGA
TCATCAGTTCCCGTTAGAAAATGAAGACTACCCTCAAAAGCTGCGAATGAAGCAAAAGCA
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GTGTTTGTGTGTTGATGATTTTCTACCTTGAAAACACTTTTTAGTTGTAAGCACTAATTT
TAGATGCTAAAGCCATTGTATTATTGCTAA

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

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GGGATGAGGCTGGGAAGGAGATTCTGCAGAGTAAGAAGGATAGGGCGAAGCTTGATGGGA
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GGGATGAGTACACAAAGGAAAGACTGGAGGCTATTGACGACGAGTTCAAGCTTTACCGTT
GCCATACAATCTTGAACTGTGCTCGTGCCTGTCCAAAGGGTTTGAACCCTGGCAAACAGA
TCGCACACATCAAGCAACTTCAGCGTTGAACAGCCAGCCCCTTTTATGCATTCTTGCGCT
CATCACCCTTTTTTTAAAGTTTGAAGTTAATAATCTTCAGAGAACCTCCGGATTTTTTCT
ATTGATTCTTGTATTGTTGTTGCCAAATATCAGCACTTGATG


BQ
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AF RR3CK73TF U 1
AF RR3CK73JQ C 214
BS 1 703 RR3CK73TF
BS 704 704 RR3CK73JQ
BS 705 740 RR3CK73TF
BS 741 1002 RR3CK73JQ

RD RR3CK73TF 745 0 0
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GATTAACCACGGCGGCTAGGTTAATCCCGTCGCGATGCACGGCCTCCTCAACGCAAACGG
AACCAAAACCTTCTTCCGGCGGCGGAGGCGGAGGAGGGAGAGGATCGAACCTGAAGACTT
TCCAGATCTACCGGTGGAACCCCGACAGCCCCGGGAAACCGGAGCTCCAAGACTACCAGA
TCGATCTCAAGGACTGCGGTCCCATGGTGCTAGACGCTCTGATCAAGATCAAAAACGAGA
TGGATCCGTCGCTCACCTTCCGCCGCTCCTGCCGCGAAGGGATCTGCGGCTCGTGCGCGA
TGAACATCGACGGGTGCAACGGCCTCGCGTGCCTGACGAAGACCGAAGGAGACGGGGCCA
AGGAGACGACGATCACTCCCTTGCCGCATATGTTCGTGATCAAGGATCTGGTGGTGGACA
TGACGAACTTTTATAATCAGTATAAGAGTATTGAGCCGTGGTTGAAGAGGAAGAGTCCGG
GGGATGAGGCTGGGAAGGAGATTCTGCAGAGTAAGAAGGATAGGGCGAAGCTTGATGGGA
TGTATGAGTGTATCTTGTGTGCTTGTTGTAGCACGTCGTGTCCTAGTTACTGGTGGAACC
CTGAGTCTTACCTTGGCCCTGCTGCTTTGCTACATGCAAACAG*TGGATAAGCGACAGTC
GGGATGAGTACACAAAGGAA
GACTG

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3CK73JQ 789 0 0
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ACGCTCTGATCAAGATCAAAAACGAGATGGATCCGTCGCTCACCTTCCGCCGCTCCTGCC
GCGAAGGGATCTGCGGCTCGTGCGCGATGAACATCGACGGGTGCAACGGCCTCGCGTGCC
TGACGAAGACCGAAGGAGACGGGGCCAAGGAGACGACGATCACTCCCTTGCCGCATATGT
TCGTGATCAAGGATCTGGTGGTGGACATGACGAACTTTTATAATCAGTATAAGAGTATTG
AGCCGTGGTTGAAGAGGAAGAGTCCGGGGGATGAGGCTGGGAAGGAGATTCTGCAGAGTA
AGAAGGATAGGGCGAAGCTTGATGGGATGTATGAGTGTATCTTGTGTGCTTGTTGTAGCA
CGTCGTGTCCTAGTTACTGGTGGAACCCTGAGTCTTACCTTGGCCCTGCTGCTTTGCTAC
ATGCAAACAGGTGGATAAGCGACAGTCGGGATGAGTACACAAAGGAAAGACTGGAGGCTA
TTGACGACGAGTTCAAGCTTTACCGTTGCCATACAATCTTGAACTGTGCTCGTGCCTGTC
CAAAGGGTTTGAACCCTGGCAAACAGATCGCACACATCAAGCAACTTCAGCGTTGAACAG
CCAGCCCCTTTTATGCATTCTTGCGCTCATCACCCTTTTTTTAAAGTTTGAAGTTAATAA
TCTTCAGAGAACCTCCGGATTTTTTCTATTGATTCTTGTATTGTTGTTGCCAAATATCAG
CACTTGATG

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

CO CL8697Contig1 611 2 4 U
GTCCTTCTTTCAATTAAAATAGCGATGGACTCGATTATTATTTACATTCACTAAAAAAAG
CTTTGACTAGTTTTGGTAGCCGATAGCCAACCCAGTACGAGATAGATAGCTGCTTGGAAA
TTAGTTATTATAGGAATGGTGGTTAGAGAATGCACCTGTACATGTTTCAGAGGATTCCAT
GTCACACTCAAGTTACAGTAAAACCATTTATAAAGTCGTCACTCCACGTGATGACTTAAA
AGAAAGAAAAAAAACCTGAACAAACCCCATGAAAGCCATTACGTTTTTTTGCATGTGATA
GTAACGTATGGAACAAATGAATGGTTGAGAATTCTTGTAATGAAAACACACTCTGGTCTA
CTGACACAAATACTGAAACTCTTTTTTTTTATTTTTTTGTCCCCATCTATATATCTATCT
ATCTATCTATCAGTAACATGGACTCTAAGCTAAGCTCATCAAGCAGAGACAAAATGATCT
TCTCGGTACTCACAATACAAGAGTCAGATGGAAAGCTCTTTTATGATTTAGATGGTCGCA
TCACCGGGAAAGAGGGAAATCTCAGGACAGCTTCTTCTGTCTCCATTGGGTCTGATCTCA
GAATTTAAGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EA31TF U 1
AF RR3EA31JQ C 54
BS 1 565 RR3EA31TF
BS 566 566 RR3EA31JQ
BS 567 582 RR3EA31TF
BS 583 611 RR3EA31JQ

RD RR3EA31TF 582 0 0
GTCCTTCTTTCAATTAAAATAGCGATGGACTCGATTATTATTTACATTCACTAAAAAAAG
CTTTGACTAGTTTTGGTAGCCGATAGCCAACCCAGTACGAGATAGATAGCTGCTTGGAAA
TTAGTTATTATAGGAATGGTGGTTAGAGAATGCACCTGTACATGTTTCAGAGGATTCCAT
GTCACACTCAAGTTACAGTAAAACCATTTATAAAGTCGTCACTCCACGTGATGACTTAAA
AGAAAGAAAAAAAACCTGAACAAACCCCATGAAAGCCATTACGTTTTTTTGCATGTGATA
GTAACGTATGGAACAAATGAATGGTTGAGAATTCTTGTAATGAAAACACACTCTGGTCTA
CTGACACAAATACTGAAACTCTTTTTTTTTATTTTTTTGTCCCCATCTATATATCTATCT
ATCTATCTATCAGTAACATGGACTCTAAGCTAAGCTCATCAAGCAGAGACAAAATGATCT
TCTCGGTACTCACAATACAAGAGTCAGATGGAAAGCTCTTTTATGATTTAGATGGTCGCA
TCACCGGGAAAGAGGGAAATCTCAG*ACAGCTTCTTCTGTCT

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3EA31JQ 558 0 0
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TTGGAAATTAGTTATTATAGGAATGGTGGTTAGAGAATGCACCTGTACATGTTTCAGAGG
ATTCCATGTCACACTCAAGTTACAGTAAAACCATTTATAAAGTCGTCACTCCACGTGATG
ACTTAAAAGAAAGAAAAAAAACCTGAACAAACCCCATGAAAGCCATTACGTTTTTTTGCA
TGTGATAGTAACGTATGGAACAAATGAATGGTTGAGAATTCTTGTAATGAAAACACACTC
TGGTCTACTGACACAAATACTGAAACTCTTTTTTTTTATTTTTTTGTCCCCATCTATATA
TCTATCTATCTATCTATCAGTAACATGGACTCTAAGCTAAGCTCATCAAGCAGAGACAAA
ATGATCTTCTCGGTACTCACAATACAAGAGTCAGATGGAAAGCTCTTTTATGATTTAGAT
GGTCGCATCACCGGGAAAGAGGGAAATCTCAGGACAGCTTCTTCTGTCTCCATTGGGTCT
GATCTCAGAATTTAAGCC

QA 1 558 1 558
DS 



AS 1 2

CO CL8698Contig1 528 2 1 U
GCTAAGAAACAAGAACGGTCATCATCAAACAGACACAGGCAAGAACCTAGGATACAAGAA
CAGTCATCATCGAGCAGACAATCAAGAGGCGGTTTTCCTGGCAGTTTCCCCGGTGGTTCC
CAGGGCTGTTTCCCCGGTATGTTCCCAGATGGACTTCTTGGAGGTTTCCCGGGCAGTTTA
CCCGTATGTCCCCAGATGGACTTCTTGGAGGAGAGATGTTCGCAGATGAATTTCTTGGGA
GGTTTCCCGGGGCAGTTTCCCTCCCGGCGATGATCAACGCGACCAGAGTGTTTTCTTCGG
CGGTTTCCCTTCAATTTCCCTTTCGGGTATCAAAACTAGGCTTACAGACTACAAAACATA
TTGGTATGTTCTATGAGGATGCTTGCTTGAGGCTTTTACTTCTAATAGTTGTGATATTTT
AAATAAAAGCCATCTACCTGCTGGCTTTAGGGGAAAAAAGAAAAAAACCCAAGGCAGAAA
GTGGTGGCGCTGAGTGTGTGATTTTATGAAATAAAAGTGTGTTTGCAC


BQ
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AF RR3G660JQ C 1
AF RR3G660TF U 1
BS 1 528 RR3G660TF

RD RR3G660JQ 528 0 0
GCTAAGAAACAAGAACGGTCATCATCAAACAGACACAGGCAAGAACCTAGGATACAAGAA
CAGTCATCATCGAGCAGACAATCAAGAGGCGGTTTTCCTGGCAGTTTCCCCGGTGGTTCC
CAGGGCTGTTTCCCCGGTATGTTCCCAGATGGACTTCTTGGAGGTTTCCCGGGCAGTTTA
CCCGTATGTCCCCAGATGGACTTCTTGGAGGAGAGATGTTCGCAGATGAATTTCTTGGGA
GGTTTCCCGGGGCAGTTTCCCTCCCGGCGATGATCAACGCGACCAGAGTGTTTTTTTCGG
CGGTTTCCCTTCAATTTCCCTTTCGGGTATCAAAACTAGGCTTACAGACTACAAAACATA
TTGGTATGTTCTATGAGGATGCTTGCTTGAGGCTTTTACTTCTAATAGTTGTGATATTTT
AAATAAAAGCCATCTACCTGCTGGCTTTAGGGGAAAAAAGAAAAAAACCCAAGGCAGAAA
GTGGTGGCGCTGAGTGTGTGATTTTATGAAATAAAAGTGTGTTTGCAC

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR3G660TF 528 0 0
GCTAAGAAACAAGAACGGTCATCATCAAACAGACACAGGCAAGAACCTAGGATACAAGAA
CAGTCATCATCGAGCAGACAATCAAGAGGCGGTTTTCCTGGCAGTTTCCCCGGTGGTTCC
CAGGGCTGTTTCCCCGGTATGTTCCCAGATGGACTTCTTGGAGGTTTCCCGGGCAGTTTA
CCCGTATGTCCCCAGATGGACTTCTTGGAGGAGAGATGTTCGCAGATGAATTTCTTGGGA
GGTTTCCCGGGGCAGTTTCCCTCCCGGCGATGATCAACGCGACCAGAGTGTTTTCTTCGG
CGGTTTCCCTTCAATTTCCCTTTCGGGTATCAAAACTAGGCTTACAGACTACAAAACATA
TTGGTATGTTCTATGAGGATGCTTGCTTGAGGCTTTTACTTCTAATAGTTGTGATATTTT
AAATAAAAGCCATCTACCTGCTGGCTTTAGGGGAAAAAAGAAAAAAACCCAAGGCAGAAA
GTGGTGGCGCTGAGTGTGTGATTTTATGAAATAAAAGTGTGTTTGCAC

QA 1 528 1 528
DS 



AS 1 2

CO CL8699Contig1 879 2 2 U
ATTCATGGGACTCAGTACTATGAGAGGAGCAAAAGAGGGAAGCTGCTGACCTGTCTGATG
ACAGCTTGTCCTGAGCAGTCGTCTCCAGGGAGTATTGTTTTCCCGTGGTGGTTGCGGAAG
GAGGGAGCGATGATGATAAAGTGTTTGGAGAAGAAGACAGTGGCGGGATTCACATTGTTG
GCATTCGTGCTCATGCTGCTCACCATACGCATAGTCATGGTTCTTGTGATCGACACCAGA
AAATTGACATTGGTCATGGACATGGACATGGACACTCCCACGGAGGTTTGGAGCTCGGAA
GTGGAGCAAGGCATGTCGTTGTCTCTCAGGTTCTGGAGCTTGGGATCGTGTCACACTCCA
TTATCATCGGTATATCACTTGGAGTATCTCAATCTCCATGCACAATCCGGCCTCTAATAG
CAGCACTATCATTCCACCAATTCTTTGAAGGGTTTGCGCTCGGAGGATGCATCTCCCAAG
CGCAGTTCAGGAACAAGTCAGCGACCATAATGGCTTGCTTTTTCGCCCTCACAACACCGA
TAGGGATCGGTATCGGAACTGCAGTGGCGTCGTCTTTTAACTCTCACAGCGTTGGAGCGT
TGGTCACGGAAGGTATCTTGGATTCTCTGTCAGCAGGGATACTTGTGTACATGGCTTTAG
TGGATCTCATAGCTGCTGATTTCTTGAGTAAGAGGATGAGTTGTAACTTTAGACTTCAAA
TTGTTTCTTATATGATGTTGTTCTTAGGAGCTGGACTCATGTCTTCTCTTGCTATTTGGG
CTTAGATTGTGAGATTCTTTCTTCTGTTATAGCTGCTAGCTACAAATAATATGTATAGTT
CTAGAATAATCAAATCTCGAATGTATTTTCTTGATTCTG


BQ
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AF RR3DO28JQ C 1
AF RR3CV75TF U 393
BS 1 393 RR3DO28JQ
BS 394 879 RR3CV75TF

RD RR3DO28JQ 879 0 0
ATTCATGGGACTCAGTACTATGAGAGGAGCAAAAGAGGGAAGCTGCTGACCTGTCTGATG
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AAATTGACATTGGTCATGGACATGGACATGGACACTCCCACGGAGGTTTGGAGCTCGGAA
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TTATCATCGGTATATCACTTGGAGTATCTCAATCTCCATGCACAATCCGGCCTTTAATAG
CAGCACTATCATTCCACCAATTCTTTGAAGGGTTTGCGCTCGGAGGATGCATCTCCCAAG
CGCAGTTCAGGAACAAGTCAGCGACCATAATGGCTTGCTTTTTCGCCCTCACAACACCGA
TAGGGATCGGTATCGGAACTGCAGTGGCGTCGTCTTTTAACTCTCACAGCGTTGGAGCGT
TGGTCACGGAAGGTATCTTGGATTCTCTGTCAGCAGGGATACTTGTGTACATGGCTTTAG
TGGATCTCATAGCTGCTGATTTCTTGAGTAAGAGGATGAGTTGTAACTTTAGACTTCAAA
TTGTTTCTTATATGATGTTGTTCTTAGGAGCTGGACTCATGTCTTCTCTTGCTATTTGGG
CTTAGATTGTGAGATTCTTTCTTCTGTTATAGCTGCTAGCTACAAATAATATGTATAGTT
CTAGAATAATCAAATCTCGAATGTATTTTCTTGATTC
CG

QA 1 877 1 877
DS 

RD RR3CV75TF 487 0 0
G
CTCCATGCACAATCCGGCCTCTAATAGCAGCACTATCATTCCACCAATTCTTTGAAGGGT
TTGCGCTCGGAGGATGCATCTCCCAAGCGCAGTTCAGGAACAAGTCAGCGACCATAATGG
CTTGCTTTTTCGCCCTCACAACACCGATAGGGATCGGTATCGGAACTGCAGTGGCGTCGT
CTTTTAACTCTCACAGCGTTGGAGCGTTGGTCACGGAAGGTATCTTGGATTCTCTGTCAG
CAGGGATACTTGTGTACATGGCTTTAGTGGATCTCATAGCTGCTGATTTCTTGAGTAAGA
GGATGAGTTGTAACTTTAGACTTCAAATTGTTTCTTATATGATGTTGTTCTTAGGAGCTG
GACTCATGTCTTCTCTTGCTATTTGGGCTTAGATTGTGAGATTCTTTCTTCTGTTATAGC
TGCTAGCTACAAATAATATGTATAGTTCTAGAATAATCAAATCTCGAATGTATTTTCTTG
ATTCTG

QA 2 487 2 487
DS 



AS 1 2

CO CL8700Contig1 438 2 1 U
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TCAGATTAATCAATTTCTTTTTGTTTCTCACAGATCTGAAAAAATTGAAACAGAAGTGAT
GAAACGGAAGGAGAAGTGGTAGTGTGATGTGCATAACAAATCGGAGGCACGAAACAGAAG
CATGACAAAGGACTTCTTCAGGTATAGCCATCGCTTTAGCCACTCCGAGAGTAACGAAGA
TGGTGGCGTAGTGTGGAAGCGCCAGTGGCGGAGCACGGAAGAGCTGGCAAAAGTGCGTGG
AGGAGCCGGTGATGGAGCGTGGAGGAGCGGCGTGTGATGGAGCGCGTGATACATCCCTAA
TATGTTATATATATGTAACATATGTATAAACCATATTTGTATTTTAGTTTTGATAAATTA
ACTAGAAAATATTTTGCG


BQ
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AF RR3A308JQ C 1
AF RR3A308TF U 1
BS 1 438 RR3A308TF

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GAAACGGAAGGAGAAGTGGTAGTGTGATGTGCATAACAAATCGGAGGCACGAAACAGAAG
CATGACAAAGGACTTCTTCAGGTATAGCCATCGCTTTAGCCACTCCGAGAGTAACGAAGA
TGGTGGCGTAGTGTGGAAGCGCCAGTGGCGGAGCACGGAAGAGCTGGCAAAAGTGCGTGG
AGGAGCCGGTGATGGAGCGTGGAGGAGCGGCGTGTGATGGAGCGCGTGATACATCCCTAA
TATGTTATATATATGTAACATATGTATAAACCATATTTGTATTTTAGTTTTGATAAATTA
ACTAGAAAATATTTTGCG

QA 1 438 1 438
DS 

RD RR3A308TF 438 0 0
GGAAAACGATCTGTATTTTCTTTCTCACAACCATCGTTCTATCTCTTCAGCATCGACATC
TCAGATTAATCAATTTCTTTTTGTTTCTCACAGATCTGAAAAAATTGAAACAGAAGTGAT
GAAACGGAAGGAGAAGTGGTAGTGTGATGTGCATAACAAATCGGAGGCACGAAACAGAAG
CATGACAAAGGACTTCTTCAGGTATAGCCATCGCTTTAGCCACTCCGAGAGTAACGAAGA
TGGTGGCGTAGTGTGGAAGCGCCAGTGGCGGAGCACGGAAGAGCTGGCAAAAGTGCGTGG
AGGAGCCGGTGATGGAGCGTGGAGGAGCGGCGTGTGATGGAGCGCGTGATACATCCCTAA
TATGTTATATATATGTAACATATGTATAAACCATATTTGTATTTTAGTTTTGATAAATTA
ACTAGAAAATATTTTGCG

QA 1 438 1 438
DS 



AS 1 2

CO CL8701Contig1 528 2 1 U
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CGTTGGTGTGGCTAGAAGCGGCTCTGCCTCTGGGAATCATCGGAGGGATGCTCTGTATTA
TGGGAAACTCTCAGTACTACATCCACAAAGCTTATCATGGCCGTCCGAAGCACATCGGGC
ACGATGAGTGGGATGTTGCAATGGAGAGACGCGATAAGAAAGTCGTCGAGAAAGCCTCAG
CTCCTTCCTCATGAATCATGATCAGATCTGGGGCTTCAGGTGAACAACTTGTTGTCACAA
ATAAAGTTTATTCAAGAAGCTGGAGAGTCCAATACTGTTATGCCCGTTTGATTTTTCTTG
TGAGACAAGTTCCGATAAAGCTTTGAAGTTTAAAAACCTTTTTTTCTTTCTGCTTCCAAA
ATTCAGAGTTCAGGCTTAATGACATTTGGTTTTAACTTGTCTCCATTTATTTGTGCATGG
CATTTGGTATACAAACACTTCTTGCTGTGTGAATGAATAATAATCTCG


BQ
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AF RR3AQ49JQ C 1
AF RR3AQ49TF U 1
BS 1 528 RR3AQ49TF

RD RR3AQ49JQ 528 0 0
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TGAGACAAGTTCCGATAAAGCTTTGAAGTTTAAAAACCTTTTTTTCTTTCTGCTTCCAAA
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CATTTGGTATACAAACACTTCTTGCTGTGTGAATGAATAATAATCTCG

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR3AQ49TF 528 0 0
GGAAGTTTTGGATCTTTTGAAACAGAGAAGGAGAATCAGGAAGGAAGAGGAAGAAGATGT
CGTTGGTGTGGCTAGAAGCGGCTCTGCCTCTGGGAATCATCGGAGGGATGCTCTGTATTA
TGGGAAACTCTCAGTACTACATCCACAAAGCTTATCATGGCCGTCCGAAGCACATCGGGC
ACGATGAGTGGGATGTTGCAATGGAGAGACGCGATAAGAAAGTCGTCGAGAAAGCCTCAG
CTCCTTCCTCATGAATCATGATCAGATCTGGGGCTTCAGGTGAACAACTTGTTGTCACAA
ATAAAGTTTATTCAAGAAGCTGGAGAGTCCAATACTGTTATGCCCGTTTGATTTTTCTTG
TGAGACAAGTTCCGATAAAGCTTTGAAGTTTAAAAACCTTTTTTTCTTTCTGCTTCCAAA
ATTCAGAGTTCAGGCTTAATGACATTTGGTTTTAACTTGTCTCCATTTATTTGTGCATGG
CATTTGGTATACAAACACTTCTTGCTGTGTGAATGAATAATAATCTCG

QA 1 528 1 528
DS 



AS 1 2

CO CL8702Contig1 1052 2 2 U
GATCCGCAGACGTATCCTGAGATATTGAGATCTAATCTTGCTAATACTGTCCTGACATTG
AAAAAGCTGGGTATAGATGACTTGGTGCACTTTGATTTCATGGACCCTCCTGCTCCTGAG
ACACTGATGAGAGCATTAGAGGTTTTGAATTATCTTGGAGCATTGGATGATGAAGGTAAC
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CTCATAGTCAGCCCTGAATTCAACTGTTCAAATGAGATTCTCTCAGTTTCTGCAATGTTA
TCAGTACCGAATTGCTTTGTTCGGCCTAGAGAGGCTCAAAAAGCAGCAGATGAAGCTAAA
TCTAAGTTTGGACACATTGATGGAGATCACCTGACGCTGCTAAACGTGTACCACGCCTAC
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AAGTCTGCAGACAATGTGAGGCAGCAGCTAGTGAGAATAATGTCGAGGTTTAATCTCAAG
ATGTGCAGCACGGATTTCAACAGCCGCGACTACTACGTCAATATCAGAAAGGCAATGCTT
TCTGGTTATTTCATGCACGTGGCTCACCTAGAACGCACTGGCCATTACTTGACCGTCAAA
GATAACCAAGTGGTTCACTTGCATCCATCCAATTGCCTGGATCACAAACCAGAGTGGGTG
ATTTATAATGAATATGTCTTGACTACTCGCAATTTCATTCGCACTGTTACAGATATCCGC
GGTGACTGGTTAGTAGATGTTGCACCGCATTACTATGATCTTTCCAACTTCCCCAACTGT
GAGGCAAAACGAGTCCTTGAGAAGCTTTATAAGAAGAGAGAGAGGGTAAAGGACGAGAGC
AAGAGCCGAAGGTGAAGAGATCCACTCTCTGCATCAGCTAGAGATTCAAATCACCAAGGC
AAGAAGAATCTCTTTGTCATAAGACTATGTATTGTATAATTTAATGTTGGGTACTTGGTC
TTTTGTTTCTGTTCAATGAAAGAATCTTGCAT


BQ
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QA 1 795 1 795
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G905TF U 1
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RD RR3G905TF 705 0 0
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TGTACTGCCTCCCTTAGATACAGTATCAAGCGATGAAGCCAATGGAAATACAGAGCTTCT
ATCTACAGAAGAGAGCACAGAAGTAAAAGAGTACGATGTTAAGGAGTGTACTAATGAAAT
TCCAGTGGCTAAGCCACTGGAAGATGGCAATCTGGAGATAGCACCTACCTTGGGAAAAGA
CGCAAAATCTGTGAAGAAGTCTGTTTTGCATGCAAAAAATGCTTCTAAATCAGGTCGCGT
AAGTAATAAAATAAGGAACACCGTTCCTCAGCCATTTGCCTTAGCTACTGAGAAGCGTGC
TTCATCTGCTACACGTGAATCTCATGAAGTAGTGTCCAAAATATTTCCGGATGGATACAG
TAAAGTACCAAAGCAGGCTACAAAGGTGGCAAGGAAACCATTGCAGCCAAAGAACAAAAA
GCTTTCTGATGAGGAAGATTCTTGCTCTGTTGCTTCTTATGCCACGTCGGCTGCAAAGTC
TGCTAGATCAAGAACTATTGTCATTGCAGCTCCTTCGTTTCGATC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3G905JQ 784 0 0
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AGAAAACGCAGAGCGAAGCAAGGAACAAGGAAGAGAACGATGCAGCATTGAGGCAATTAA
GAAAGAGTTTGATGTTCAAAGCAAACCCAATGCCTAACTTCTACCATGAAGGGCCTCCTC
CAAAGGTTGAACTTAAGAAGCCTCCTCCAACTCGAGCAAAGTCACCGAAACTAGGGCGTA
GGAACACAAAAGAAGGGAACAGAGCGAAAGGAGTTTCTAGGCGTCAAACTCCAAAGACTT
TAATAGTGATCTCTAAAGAAGACAATGATGATGAAACCACACAGAAAACTGAGCAGATAA
ATCGGTTTGTTGCAGAGGAAGTGAACCGAAATTTGAAACCAGAACTGGAGACTGCTTTTG
CTTGCTAAACAGTCTTTTGGTGATAAGGAAATGAGAGTTGTGTTGTTTCTGTTGTGAGAA
TGTTTGGGATGGTTTGTGTTTTTTATTTATTTTAACTTATGATTTGAAATGTTCATGTGT
GTTATTTATGTTGTGTTTAATTATGAATGTGTACACATAAAAGCAAGAATCTTCTTGTCG
AGCC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL8705Contig1 720 2 5 U
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TGCATCCATGTATTTCTCCTTCTGAGAACGGACTTATCAATGGAAAGATACTAACTGGAT
TAACAGATGCTCAGCTAGAGAATTTGGATATGATTGAAGGAGATGAGTACGTGAGGAAAA
CTGTGGAAGTTGTATTGACTGAAACATCTGAGAAGATGCAAGTGGAAACCTTTGTATGGG
CTAACAAGGATGATCCTGATATGTATGGAGAATGGGATTTCGAGGAATGGAAGAAGCTTC
ACATGGAAAAGTTCATAAAGGCGTCAGAGAAGTTCATCGAATGGAAGAAGAATCCAGATG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AQ18TF U 1
AF RR3AQ18JQ C 185
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BS 709 720 RR3AQ18TF

RD RR3AQ18TF 720 0 0
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TGCATCCATGTATTTCTCCTTCTGAGAACGGACTTATCAATGGAAAGATACTAACTGGAT
TAACAGATGCTCAGCTAGAGAATTTGGATATGATTGAAGGAGATGAGTACGTGAGGAAAA
CTGTGGAAGTTGTATTGACTGAAACATCTGAGAAGATGCAAGTGGAAACCTTTGTATGGG
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ACATGGAAAAGTTCATAAAGGCGTCAGAGAAGTTCATCGAATGGAAGAAGAATCCAGATG
GGAGATCAAGGGAAGAGTTTGCCAAATTCGTAGAAGAAGATCTTACCGCGGCCTGAAGAC
TCTCTCTGTACTTATGTTTTGTTTCCAAATCAAGGTGTGTGTTGAAATCACTATCTTTGA
TCTATCTGTAGCTGCAAAATAAAATTAAAAAGATTTGTGAGTGGAAATAAACACAAAAAT
TGATGTAGTTGTTCTGTTTGTTGACATTATTGAGTTGTGTGCAAGTGTGTCGTTATCATC

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3AQ18JQ 536 0 0
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ATCAAGGGAAGAGTTTGCCAAATTCGTAGAAGAAGATCTTACCGCGGCCTGAAGACTCTC
TCTGTACTTATGTTTTGTTTCCAAATCAAGGTGTGTGTTGAAATCACTATCTTTGATCTA
TCTGTAGCTGCAAAATAAAATTAAAAAGATTTGTGAGTGGAAATAAACACAAAAATTGAG
GTAGTTGTTCTGTTTGTTGACATTATTGAGTTGTGTGCAAGTGGGTCGTTATCATC

QA 1 536 1 536
DS 



AS 1 2

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TGGAAAAAAAAATGTTTAATGGATCTGTTCTAGCAATAGTACTCTGGTTGCAGAAGTTTG
AGAGAAATACTTTTTTTTTTTTTGTTATCCATTGAGTTTTGATTCTGTCGAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FH65JQ C 1
AF RR3FH65TF U 1
BS 1 99 RR3FH65TF
BS 100 100 RR3FH65JQ
BS 101 532 RR3FH65TF

RD RR3FH65JQ 532 0 0
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TTCGCGTCACAGCTACGCCACCAAATCTAACCAGCACAGAATCCTCAAAACCCCAGGTGG
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TGGAAAAAAAAATGTTTAATGGATCTGTTCTAGCAATAGTACTCTGGTTGCAGAAGTTTG
AGAGAAATACTTTTTTTTTTTTTGTTATCCATTGAGTTTTGATTCTGTCGAC

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR3FH65TF 532 0 0
GGTTCAGCGTGTGAGCGAAGAAGCAGCGGAGAAAAAAATGGTTCAGCGTCTTGTATACCG
TTCGCGTCACAGCTACGCCACCAAATCTAACCAGCACAGGATCCTCAAAACCCCAGGTGG
TAAATTGACATTCCAGACCACTAAGAAGCGTGCAAGTGGACCCAAATGTCCTGTCACCGG
CAAGCGTATTCAGGGTATCCCTCACTTGAGGCCTGCTGAGTACAAGAGGTCTAGATTGTC
TAGAAACAGGAGGACCGTGAACCGTGCTTATGGTGGTGTTTTATCTGCTTTGGCTGTTAG
AGAAAGAATCGTTCGTGCTTTCCTTGTGGAGGAGCAGAAGATTGTGAAGAAGGTTTTGAA
GCTCCAAAAGGCCAAGGAAAAGGTTGCTCCCAGGAGCTAGATTATCATATAAGCTTCTTT
TGGAAAAAAAAATGTTTAATGGATCTGTTCTAGCAATAGTACTCTGGTTGCAGAAGTTTG
AGAGAAATACTTTTTTTTTTTTTGTTATCCATTGAGTTTTGATTCTGTCGAC

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 2

CO CL8707Contig1 948 2 6 U
GGTACTGCCTGAGCAGTTAATGGGAGAAGGTTGGTCTCCAAAAGCATCCAACACTTTTTC
TGAACCGTTGTCACTTCCACAAGCGTACGCTGGTGGGAAAAGTCTTGCTCTGGAACCTGC
AAGTGCCAACGTGAATCCCTCTGTATTTGGTGTTGATCCTGGTGGCTCTGGACTTTTCCT
CCCAAGTACGGTCCCTCGGTTTGCTTCTTCATCAGGAGGAGATGTGGAAGCTTACCCAAT
TTCACTAGCAGATTCAGGGTTTGAGAATTCCTTATACAACAGCTGCATGCAAGACACTAC
TCATGAGTTATTGCATGGAGTTGGACAGATTAACTCGTCCAACCAAACCAAGAACTTTGT
AAAGGTTTATAAATCAGGTTCGGTAGGGCGTTCACTAGACATCTCCCGATTCAGCAGCTA
TCATGAGCTGCGAGAAGAGTTAGGGAAGATGTTTGCTATCGAAGGGTTGTTGGAAGACCC
CCTTAGATCAGGCTGGCAGCTTGTATTCGTTGACAAGGAAAATGATATTCTTCTCCTTGG
CGATGACCCTTGGGAGTCATTTGTGAGTAACGTTTGGTACATAAAGATACTATCTCCGGA
AGATGTGCAGGAAATGGGGGATCACGGTGAAGGCAGTGGCGGATCTCTCCCGCAAAACCC
GACCCATCTCTAAAACCTGAAGTCGCTTCATTCCACTGATCTTTATCTGTCATTCGTCGC
ATCTCCCTCTCTCTTTTTCTCTCCTTTTGACGTTGGTAGAAAGAAACATAATCAAATCAT
ATCTGTGAGTATGTGTCCTGAAACTTGAGGGCGTACTTTGGCTGTGTATTAGACACTCTG
GTCATAAACATAAGAACCTCTTTAGGCTCTTTGCTTTTTCTAGTATCATTGTTCTATTTC
TGACGTTAAACATTCCTCCTATTTTAACTCTGGAAAACTTTTTGAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FB94TF U 1
AF RR3FB94JQ C 206
BS 1 610 RR3FB94TF
BS 611 611 RR3FB94JQ
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BS 657 657 RR3FB94JQ
BS 658 737 RR3FB94TF
BS 738 948 RR3FB94JQ

RD RR3FB94TF 741 0 0
GGTACTGCCTGAGCAGTTAATGGGAGAAGGTTGGTCTCCAAAAGCATCCAACACTTTTTC
TGAACCGTTGTCACTTCCACAAGCGTACGCTGGTGGGAAAAGTCTTGCTCTGGAACCTGC
AAGTGCCAACGTGAATCCCTCTGTATTTGGTGTTGATCCTGGTGGCTCTGGACTTTTCCT
CCCAAGTACGGTCCCTCGGTTTGCTTCTTCATCAGGAGGAGATGTGGAAGCTTACCCAAT
TTCACTAGCAGATTCAGGGTTTGAGAATTCCTTATACAACAGCTGCATGCAAGACACTAC
TCATGAGTTATTGCATGGAGTTGGACAGATTAACTCGTCCAACCAAACCAAGAACTTTGT
AAAGGTTTATAAATCAGGTTCGGTAGGGCGTTCACTAGACATCTCCCGATTCAGCAGCTA
TCATGAGCTGCGAGAAGAGTTAGGGAAGATGTTTGCTATCGAAGGGTTGTTGGAAGACCC
CCTTAGATCAGGCTGGCAGCTTGTATTCGTTGACAAGGAAAATGATATTCTTCTCCTTGG
CGATGACCCTTGGGAGTCATTTGTGAGTAACGTTTGGTACATAAAGATACTATCTCCGGA
AGATGTGCAG*AAATGGGGGATCACGGTGAAGGCAGTGGCGGATCTCTCCCGCAAA*CCC
GACCCATCTCTAAAACCTGAAGTCGCTTCATTCCACTGATCTTTATCTGTCATTCGTCGC
ATCTCCCTCTCTCTTTT
CTCT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3FB94JQ 743 0 0
TCTTCATCAGGAGGAGATGTGGAAGCTTACCCAATTTCACTAGCAGATTCAGGGTTTGAG
AATTCCTTATACAACAGCTGCATGCAAGACACTACTCATGAGTTATTGCATGGAGTTGGA
CAGATTAACTCGTCCAACCAAACCAAGAACTTTGTAAAGGTTTATAAATCAGGTTCGGTA
GGGCGTTCACTAGACATCTCCCGATTCAGCAGCTATCATGAGCTGCGAGAAGAGTTAGGG
AAGATGTTTGCTATCGAAGGGTTGTTGGAAGACCCCCTTAGATCAGGCTGGCAGCTTGTA
TTCGTTGACAAGGAAAATGATATTCTTCTCCTTGGCGATGACCCTTGGGAGTCATTTGTG
AGTAACGTTTGGTACATAAAGATACTATCTCCGGAAGATGTGCAGGAAATGGGGGATCAC
GGTGAAGGCAGTGGCGGATCTCTCCCGCAAAACCCGACCCATCTCTAAAACCTGAAGTCG
CTTCATTCCACTGATCTTTATCTGTCATTCGTCGCATCTCCCTCTCTCTTTTTCTCTCCT
TTTGACGTTGGTAGAAAGAAACATAATCAAATCATATCTGTGAGTATGTGTCCTGAAACT
TGAGGGCGTACTTTGGCTGTGTATTAGACACTCTGGTCATAAACATAAGAACCTCTTTAG
GCTCTTTGCTTTTTCTAGTATCATTGTTCTATTTCTGACGTTAAACATTCCTCCTATTTT
AACTCTGGAAAACTTTTTGAGGC

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL8708Contig1 873 2 4 U
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AGAAGCAGCGACTGGCAAGCGACTATAATGGGTCCAACTGATAGCCCATTCTCTGGAGGT
GTGTTTCTTGTTTCCATTCACTTCCCACCTGATTATCCCTTCAAGCCACCAAAGGTTTCT
TTCCGCACCAAGGTTTATCACCCTAATATCAACAGTAACGGCAGCATCTGTCTTGACATT
CGGTGTTTGTTCACGGTGGTCTTTTAGCTGAGCATATTGAGTATGGGCTTGAGAGGATCA
ACGAGGAGGTTTGTAGTTGGATTAACGGGTCGAGAGGAGGTGGGAGATACGCGCCTGGGT
ATTGTAGAGGAGGGAACTCTGTGGTTTGGTTGAGGAAATTTTCGGATGAGAGGTCTCACA
GATGCGATTGTGAAGCTCTTGAGCATGCTCTTTCCACTATTCCTGGGGTTAAGAGGATAA
TCATGGGACACACGATCCAGGAAGCTGGGATCAATGGTGTTTGTGATGATAAAGCTATTA
GGATTGATGTTGGTATGTCCAAGGGATGCTCTGATGGATTGCCTGAGGTTTTGGAGATTC
GTAAGGACTCTGGTGTGCGGATAGTGACGTCGAATCCATTGTATAAGGAGAAGATGGATA
CTCATTTAGCTCCCGGCAGTAAAACGGGTCTCGGGTTGCTTGTACCAGTTGAGCATGTTC
CTAAACAAGTTGAAGTCAAAGCTTAAAAGACCTTGAAGTCATTAGTCTCTGTTTGGATGA
TTGTTTAGACAATGTTTTGTAGCAATATAGGGAAGTATTTGTTCAAATATTGTTATCTGA
TTCAATACATTTGTTAACGGTCTCTAAGTTGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FI24TF U 1
AF RR3FI24JQ C 158
BS 1 672 RR3FI24TF
BS 673 673 RR3FI24JQ
BS 674 683 RR3FI24TF
BS 684 873 RR3FI24JQ

RD RR3FI24TF 683 0 0
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AGAAGCAGCGACTGGCAAGCGACTATAATGGGTCCAACTGATAGCCCATTCTCTGGAGGT
GTGTTTCTTGTTTCCATTCACTTCCCACCTGATTATCCCTTCAAGCCACCAAAGGTTTCT
TTCCGCACCAAGGTTTATCACCCTAATATCAACAGTAACGGCAGCATCTGTCTTGACATT
CGGTGTTTGTTCACGGTGGTCTTTTAGCTGAGCATATTGAGTATGGGCTTGAGAGGATCA
ACGAGGAGGTTTGTAGTTGGATTAACGGGTCGAGAGGAGGTGGGAGATACGCGCCTGGGT
ATTGTAGAGGAGGGAACTCTGTGGTTTGGTTGAGGAAATTTTCGGATGAGAGGTCTCACA
GATGCGATTGTGAAGCTCTTGAGCATGCTCTTTCCACTATTCCTGGGGTTAAGAGGATAA
TCATGGGACACACGATCCAGGAAGCTGGGATCAATGGTGTTTGTGATGATAAAGCTATTA
GGATTGATGTTGGTATGTCCAAGGGATGCTCTGATGGATTGCCTGAGGTTTTGGAGATTC
GTAAGGACTCTGGTGTGCGGATAGTGACGTCGAATCCATTGTATAAGGAGAAGATGGATA
CTCATTTAGCTCTCGGCAGTAAA

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3FI24JQ 716 0 0
CCTTCAAGCCACCAAAGGTTTCTTTCCGCACCAAGGTTTATCACCCTAATATCAACAGTA
ACGGCAGCATCTGTCTTGACATTCGGTGTTTGTTCACGGTGGTCTTTTAGCTGAGCATAT
TGAGTATGGGCTTGAGAGGATCAACGAGGAGGTTTGTAGTTGGATTAACGGGTCGAGAGG
AGGTGGGAGATACGCGCCTGGGTATTGTAGAGGAGGGAACTCTGTGGTTTGGTTGAGGAA
ATTTTCGGATGAGAGGTCTCACAGATGCGATTGTGAAGCTCTTGAGCATGCTCTTTCCAC
TATTCCTGGGGTTAAGAGGATAATCATGGGACACACGATCCAGGAAGCTGGGATCAATGG
TGTTTGTGATGATAAAGCTATTAGGATTGATGTTGGTATGTCCAAGGGATGCTCTGATGG
ATTGCCTGAGGTTTTGGAGATTCGTAAGGACTCTGGTGTGCGGATAGTGACGTCGAATCC
ATTGTATAAGGAGAAGATGGATACTCATTTAGCTCCCGGCAGTAAAACGGGTCTCGGGTT
GCTTGTACCAGTTGAGCATGTTCCTAAACAAGTTGAAGTCAAAGCTTAAAAGACCTTGAA
GTCATTAGTCTCTGTTTGGATGATTGTTTAGACAATGTTTTGTAGCAATATAGGGAAGTA
TTTGTTCAAATATTGTTATCTGATTCAATACATTTGTTAACGGTCTCTAAGTTGCT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8710Contig1 320 2 1 U
GGGTCTCTCCGCCGTCGCCAGTGTCACTACCGGTACGTTACAGTTCTTGAAGAAGATGGA
GAAAAGCGTGAATTTTCTGTTTGGTGGAACAAACTTCAACAGGAAGAAGTTTGCTCCAGA
TTTCGCCAAGTTTAAGAATCGTAAGGAGGAGGTAGATGATGATTCCAATAAGAAACTGAG
CTACTTTGAGGAGGAAGAAGAGGAGCCTGAGCAAGAGAAGAAAGCTTCTTCCTCTAAGAA
GAGGAAACGAAAATCTGCTAATTCCGAGCCTGTTGAAGGATTCGATGTGTTCAAGAGCTC
AAGTAAGTCACGTTCCAAAG


BQ
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AF RR3AD15JQ C 1
AF RR3AD15TF U 1
BS 1 320 RR3AD15TF

RD RR3AD15JQ 320 0 0
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GAAAAGCGTGAATTTTCTGTTTGGTGGAACAAACTTCAACAGGAAGAAGTTTGCTCCAGA
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AAGTAAGTCACGTTCCAAAG

QA 1 320 1 320
DS 

RD RR3AD15TF 320 0 0
GGGTCTCTCCGCCGTCGCCAGTGTCACTACCGGTACGTTACAGTTCTTGAAGAAGATGGA
GAAAAGCGTGAATTTTCTGTTTGGTGGAACAAACTTCAACAGGAAGAAGTTTGCTCCAGA
TTTCGCCAAGTTTAAGAATCGTAAGGAGGAGGTAGATGATGATTCCAATAAGAAACTGAG
CTACTTTGAGGAGGAAGAAGAGGAGCCTGAGCAAGAGAAGAAAGCTTCTTCCTCTAAGAA
GAGGAAACGAAAATCTGCTAATTCCGAGCCTGTTGAAGGATTCGATGTGTTCAAGAGCTC
AAGTAAGTCACGTTCCAAAG

QA 1 320 1 320
DS 



AS 1 2

CO CL8711Contig1 1445 2 4 U
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TAGACAACAACTTTACTGGAATAGCTCTATGCGCTGTTGTCTTGTTTCCTGACTACCATG
AGCAGAGGGCCCGCCTTGTAGTGAAATGTAACTGTGAGTTTAATAATGAAGACGGGTCTT
ATATCCACTTTAGTTGCACTATTGGCAGTTGGAGTGATCCAGGTAAAACAGCTGGGAAGA
TTGTACCATCTCATGTCTTTATTGGATATGCATCTATGTTGGATAACAAGAAACTTGGTG
ACGAAGAAAGTGAAAAGAGTTGTAGTCCTACCAAGACTCATTTTAAATTTCAAGTAACAG
ATGGTACGGAAGTGTTACATGGTTACGAGGTGCTGAAGTGTGGCTTTAGTTTGGTATATG
CATCCGATGAATTGCGGGTCCAGTCTAGTATACACGGAGCAAATCACTACGGAGCATATT
CAAAAAATGTGACAATCTCTAATGTAAAGAGGGAAAAAGAAACAATGGATAGGCGGCTGG
ATGGTGGGCATGACATAGTTGAATTGCCAAATAAAATGATATCACATGGAATCGCAAACA
CTCCCAAACGACCTAATAATAAGTCTCCTGTAACCATATTGAAGCAAATAGGAAGAGAGA
CACAAGTTCGAGCATTGTCTGTTCGGTTTACTGGGAAGCCTCGGGTTTACATCAGTTGCC
ATGGAGGTGATCTGTGCATCACTTTTGTCAAACATCTCGTGAATAATTTGACAAATGCTG
GGGTCAACGTCCTCATAGACAACGACGAGAGAATGTGGATTAAAATGAACCAGCTCTACA
ATAGGATCGAGGATTCAAGGATCGCAGTTGTTATCTTCTCCAAGAGGTACCTAGCTTCAG
GGTTGTGCTTGAACGAGCTTGCGAAGATGGACGAGCTAGCAAAGGAAGGAAAACTCTTAG
TAATTCCCGTCTTCTACCAGGTGATATCTAGCGACATGAAAAACCTTAAGGGAGAGTGCG
GACGATGTTTCAGAGAGATGAGAAAGAGACACGAGGACGAACCCAATAATGTCCGGAAAT
GGGAGACTTCCTTGATGTCAATGGCAGAGACAATCGGCGTACACTCGGAAATTCACGGCA
TAGATGCCGCTCTTGTTAAAGCGACTGTTAAGGCAGTTCACAGAGAGATAACAAAGATAG
CTGGAGGAAAATTCAAGTCCCTTGGAAGAGGATTTATGTTAAGAGCACGTGTGTTCATTT
TTGCCTTGTTTGCGGCTCTTCTCTTTAGTCTCTTCGTATCTCCTCTGATTTTCACTGATG
CGACATTCGCCGCCTTCTGATACGTTCTTAGTGGATTTGCTTGTTGCTGTCTGTTTATGA
CCAGATATACTGGTTAAACAAATGTCTTGTATTACTTGGTTTTTATTAAACAATTGTCTT
TGCTT


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AF RR3H609TF U 1
AF RR3H609JQ C 680
BS 1 726 RR3H609TF
BS 727 727 RR3H609JQ
BS 728 760 RR3H609TF
BS 761 1445 RR3H609JQ

RD RR3H609TF 760 0 0
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TAGACAACAACTTTACTGGAATAGCTCTATGCGCTGTTGTCTTGTTTCCTGACTACCATG
AGCAGAGGGCCCGCCTTGTAGTGAAATGTAACTGTGAGTTTAATAATGAAGACGGGTCTT
ATATCCACTTTAGTTGCACTATTGGCAGTTGGAGTGATCCAGGTAAAACAGCTGGGAAGA
TTGTACCATCTCATGTCTTTATTGGATATGCATCTATGTTGGATAACAAGAAACTTGGTG
ACGAAGAAAGTGAAAAGAGTTGTAGTCCTACCAAGACTCATTTTAAATTTCAAGTAACAG
ATGGTACGGAAGTGTTACATGGTTACGAGGTGCTGAAGTGTGGCTTTAGTTTGGTATATG
CATCCGATGAATTGCGGGTCCAGTCTAGTATACACGGAGCAAATCACTACGGAGCATATT
CAAAAAATGTGACAATCTCTAATGTAAAGAGGGAAAAAGAAACAATGGATAGGCGGCTGG
ATGGTGGGCATGACATAGTTGAATTGCCAAATAAAATGATATCACATGGAATCGCAAACA
CTCCCAAACGACCTAATAATAAGTCTCCTGTAACCATATTGAAGCAAATAGGAAGAGAGA
CACAAGTTCGAGCATTGTCTGTTCGGTTTACTGGGAAGCCTCGGGTTTACATCAGTTGCC
ATGGAG*TGATCTGTGCATCACTTTTGTCAAACATCTCGT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3H609JQ 766 0 0
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CACTTTTGTCAAACATCTCGTGAATAATTTGACAAATGCTGGGGTCAACGTCCTCATAGA
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GATCGCAGTTGTTATCTTCTCCAAGAGGTACCTAGCTTCAGGGTTGTGCTTGAACGAGCT
TGCGAAGATGGACGAGCTAGCAAAGGAAGGAAAACTCTTAGTAATTCCCGTCTTCTACCA
GGTGATATCTAGCGACATGAAAAACCTTAAGGGAGAGTGCGGACGATGTTTCAGAGAGAT
GAGAAAGAGACACGAGGACGAACCCAATAATGTCCGGAAATGGGAGACTTCCTTGATGTC
AATGGCAGAGACAATCGGCGTACACTCGGAAATTCACGGCATAGATGCCGCTCTTGTTAA
AGCGACTGTTAAGGCAGTTCACAGAGAGATAACAAAGATAGCTGGAGGAAAATTCAAGTC
CCTTGGAAGAGGATTTATGTTAAGAGCACGTGTGTTCATTTTTGCCTTGTTTGCGGCTCT
TCTCTTTAGTCTCTTCGTATCTCCTCTGATTTTCACTGATGCGACATTCGCCGCCTTCTG
ATACGTTCTTAGTGGATTTGCTTGTTGCTGTCTGTTTATGACCAGATATACTGGTTAAAC
AAATGTCTTGTATTACTTGGTTTTTATTAAACAATTGTCTTTGCTT

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL8712Contig1 1168 2 2 U
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TTCCGCCGCTATCAACGGTAGCGTCTCATTTCGGCACAAGCGGAGTATCCGTCGCGTTGG
CTACAGGCGTCACTCATCCTCTCGATGTATTGAAAGTAAGATTGCAGATGCAGCATGTAG
GCCAAAGAGGTCCTTTAATAGGAATGACTGGAATCTTTCTTCAACTAATGAAAAAAGAAG
GGCCTAGGTCTTTATACTTGGGACTGACTCCTGCTCTCACTAGATCAGTACTCTACGGGG
GTCTCAGATTAGGATTATACGAACCCACCAAGTTTTGTTTTGATTGGGCCTTCGGGTCTA
CCAATGTCCTTGTCAAGATAGCATCAGGTGCATTTGCTGGGGCGTTTGCCACTGCGTTAA
CCAACCCGGTCGAAGTTGTCAAGGTAAGGTTGCAGATGAATCCGAACGCAATTCCTATTG
CAGAGGTGCGGGAGATAGTTTCTAAAGAAGGTGTAGGAGCTTTGTGGAAAGGTGTTGGTC
CTGCCATGGTTAGAGCTGCTGCACTAACTGCCTCACAGCTTGCGACATACGACGAAACCA
AGCGGATTCTGGTTAAGCGGACGTCTCTGGAAGAAGGGTTTCATCTTCATATGTGCTCGA
GTGTGGTTGCAGGTGTAGTAAGCACTCTGGTTACTGCGCCCATTGACATGATTAAAACCC
GCTTGATGTTGCAGCAAGCCTCTGATAGCGACAGAATCTACAGAAACGGGTTTCATTGCG
GTTACAAGGTTATTCGCAAAGAAGGCCCACTGGCACTTTATAAAGGAGGCTTTGCGATTT
TCGCACGGCTGGGGCCACAAACGATGATCACGTTCTTACTTTGCGAGAAGCTAAGATCAC
TAGCTGGACTTCACAAAATGTAGCCACTGACCTGTTCGTTCGCGCCAACTGTCCGGTTCC
AGCTATGTTCTACTTCAATTATTTTTTTATCACCACCGAATTTTTTATTTATCATTTATT
TGTAGTGTGATAATATGCATGTCTTATTTAATTAGAAGGATTAGCATAAACTTTTAAAAA
TTCCACGCTGGATGTGAAGTATGCATTTTTTTTGACTAGTGTGGATAGACATCGAATTGA
AATGTAATTATCCAATACGTAGTGGTTA


BQ
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AF RR3A403TF U 1
AF RR3A403JQ C 256
BS 1 668 RR3A403TF
BS 669 1168 RR3A403JQ

RD RR3A403TF 668 0 0
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TTCCGCCGCTATCAACGGTAGCGTCTCATTTCGGCACAAGCGGAGTATCCGTCGCGTTGG
CTACAGGCGTCACTCATCCTCTCGATGTATTGAAAGTAAGATTGCAGATGCAGCATGTAG
GCCAAAGAGGTCCTTTAATAGGAATGACTGGAATCTTTCTTCAACTAATGAAAAAAGAAG
GGCCTAGGTCTTTATACTTGGGACTGACTCCTGCTCTCACTAGATCAGTACTCTACGGGG
GTCTCAGATTAGGATTATACGAACCCACCAAGTTTTGTTTTGATTGGGCCTTCGGGTCTA
CCAATGTCCTTGTCAAGATAGCATCAGGTGCATTTGCTGGGGCGTTTGCCACTGCGTTAA
CCAACCCGGTCGAAGTTGTCAAGGTAAGGTTGCAGATGAATCCGAACGCAATTCCTATTG
CAGAGGTGCGGGAGATAGTTTCTAAAGAAGGTGTAGGAGCTTTGTGGAAAGGTGTTGGTC
CTGCCATGGTTAGAGCTGCTGCACTAACTGCCTCACAGCTTGCGACATACGACGAAACCA
AGCGGATTCTGGTTAAGCGGACGTCTCTGGAAGAAGGGTTTCATCTTCATATGTGCTCGA
GTGTGGTT

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DS 

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TAC
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ACGAACCCACCAAGTTTTGTTT*GATTGGGC*TTCGGGTCTACCAATGTCCTTGTCAAGA
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TCAAGGTAAGGTTGCAGATGAATCCGAACGCAATTCCTATTGCAGAGGTGCGGGAGATAG
TTTCTAAAGAAGGTGTAGGAGCTTTGTGGAAAGGTGTTGGTCCTGCCATGGTTAGAGCTG
CTGCACTAACTGCCTCACAGCTTGCGACATACGACGAAACCAAGCGGATTCTGGTTAAGC
GGACGTCTCTGGAAGAAGGGTTTCATCTTCATATGTGCTCGAGTGTGGTTGCAGGTGTAG
TAAGCACTCTGGTTACTGCGCCCATTGACATGATTAAAACCCGCTTGATGTTGCAGCAAG
CCTCTGATAGCGACAGAATCTACAGAAACGGGTTTCATTGCGGTTACAAGGTTATTCGCA
AAGAAGGCCCACTGGCACTTTATAAAGGAGGCTTTGCGATTTTCGCACGGCTGGGGCCAC
AAACGATGATCACGTTCTTACTTTGCGAGAAGCTAAGATCACTAGCTGGACTTCACAAAA
TGTAGCCACTGACCTGTTCGTTCGCGCCAACTGTCCGGTTCCAGCTATGTTCTACTTCAA
TTATTTTTTTATCACCACCGAATTTTTTATTTATCATTTATTTGTAGTGTGATAATATGC
ATGTCTTATTTAATTAGAAGGATTAGCATAAACTTTTAAAAATTCCACGCTGGATGTGAA
GTATGCATTTTTTTTGACTAGTGTGGATAGACATCGAATTGAAATGTAATTATCCAATAC
GTAGTGGTTA

QA 4 913 4 913
DS 



AS 1 2

CO CL8713Contig1 1249 2 6 U
GGTGAGGAAAATAGTTTTCCTCTTTGACCATTTTTCGTTTAAAGAGTACAGCGGCGATCA
AAACACAACAACAAATCAAGAAGGAACTCATAACCAAAAGCTAAATTAAGTTTGAAGAAA
AAGAAGAACAACAAGCACAACCTTCAAAGCCAATAACACTTTATTCAGAATGATATTAGG
TCAACTTCATCAGCGGACCAATATCTTCCACTCTTCCCACCATAAACGAGACAAACCACA
AGCAGAACCGAACAGCCCTCAGTACCTGTAGTGAGCAGGCTTGTATGGTCCTTCAATGGG
AATGCTGACGTAGTCAGATTGATCCTTTGTGAGCTTAGTGAGCTTAGCTCCAAGCTTGCC
CAAGTGAAGAGCCGCAACCTTCTCATCCAAATGCTTGGGTAGAACGTACACCTTCTTCTC
GTACTTACCGCTCGACTTCTCATTCCAAAGCTCAAGCTGGGCGATCACCTGGTTGGTGAA
AGAGCAAGACATGACGAAACTCGGGTGACCAGTGGCACAACCCAAGTTCATGAGACGACC
CTCAGCCAGAACAATGATTCCGGGACTTGGTGTCTGGGAAGACCCACCTGTCGGTCTGGG
GCTTGATGGTGATACGCTTGACACCAGGGAAGGTCTCGAGACCAAGCATGTCAATCTCGT
TGTCAAAGTGACCAATGTTGCAGACGATAGCGTTGTTCTTCATCTTCCTCATGTGGTCAA
CCATGATGATGTCTTTGTTACCGGTGGTGGTGACAAAGATGTCAGCTTCGGAGACGACAT
CCTCAAGGGTCAGAACCTGAAGTCCTTCCATCATAGCTTGTAAAGCACAGATGGGATCGA
TCTCGGTCACAATGACTCTGGCACCAGCGGTCTTCATGGCAGCGGCACAACCCTTTCCGA
CATCACCATATCCGCAAACAACGACAACCTTTCCGGCGATCATGACATCAGTGGCCCTCA
TGAGACCATCAGGTAGAGAGTGACGGCATCCGTACAAGTTGTCGAACTTGCTCTTGGTGA
CGGAGTCGTTGACGTTAATGGCAGGGAACAAAAGAGCGCCAGTCTCCTGCATCTGGTAAA
GCCTCTTGACACCAGTGGTGGTCTCCTCAGAGACACCAACGAGTCTCTCCTTCATCTTGT
GGTACTTCTTAGGATCAACCTGAAGACCTTCCTTGATGATCGAAAGCACGATCTGGAACT
CAGGGTTATCAGTGGAACTCGGATCCGGAACCTGACCCGTCTTCTCAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D456JQ U 1
AF RR3BE87TF C 468
BS 1 563 RR3D456JQ
BS 564 564 RR3BE87TF
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BS 825 858 RR3D456JQ
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RD RR3D456JQ 858 0 0
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AAACACAACAACAAATCAAGAAGGAACTCATAACCAAAAGCTAAATTAAGTTTGAAGAAA
AAGAAGAACAACAAGCACAACCTTCAAAGCCAATAACACTTTATTCAGAATGATATTAGG
TCAACTTCATCAGCGGACCAATATCTTCCACTCTTCCCACCATAAACGAGACAAACCACA
AGCAGAACCGAACAGCCCTCAGTACCTGTAGTGAGCAGGCTTGTATGGTCCTTCAATGGG
AATGCTGACGTAGTCAGATTGATCCTTTGTGAGCTTAGTGAGCTTAGCTCCAAGCTTGCC
CAAGTGAAGAGCCGCAACCTTCTCATCCAAATGCTTGGGTAGAACGTACACCTTCTTCTC
GTACTTACCGCTCGACTTCTCATTCCAAAGCTCAAGCTGGGCGATCACCTGGTTGGTGAA
AGAGCAAGACATGACGAAACTCGGGTGACCAGTGGCACAACCCAAGTTCATGAGACGACC
CTCAGCCAGAACAATGATTCCGG*ACTTGGTGTCTGGGAAGACCCACCTGTCGGTCTGGG
GCTTGATGGTGATACGCTTGACACCAGGGAAGGTCTCGAGACCAAGCATGTCAATCTCGT
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CCATGATGATGTCTTTGTTACCGGTGGTGGTGACAAAGATGTCAGCTTCGGAGACGACAT
CCTCAAGGGTCAGAACCTGAAGTCCTTCCATCATAGCTTGTAA*GCACAGATGGGATCGA
TCTCGGTCACAATGACTC

QA 1 858 1 858
DS 

RD RR3BE87TF 782 0 0
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TCATGAGACGACCCTCAGCGAGAACAATGATTCCGGGACTTGGTGTCTGGGAAGACCCAC
CTGTCGGTCTGGGGCTTGATGGTGATACGCTTGACACCAGGGAAGGTCTCGAGACCAAGC
ATGTCAATCTCGTTGTCAAAGTGACCAATGTTGCAGACGATGGCGTTGTTCTTCATCTTC
CTCATGTGGTCAACCATGATGATGTCTTTGTTACCGGTGGTGGTGACAAAGATGTCAGCT
TCGGAGACGACATCCTCAAGGGTGAGAACCTGAAGTCCTTCCATCATAGCTTGTAAAGCA
CAGATGGGATCGATCTCGGTGACAATGACTCTGGCACCAGCGGTCTTCATGGCAGCGGCA
CAACCCTTTCCGACATCACCATATCCGCAAACAACGACAACCTTTCCGGCGATCATGACA
TCAGTGGCCCTCATGAGACCATCAGGTAGAGAGTGACGGCATCCGTACAAGTTGTCGAAC
TTGCTCTTGGTGACGGAGTCGTTGACGTTAATGGCAGGGAACAAAAGAGCGCCAGTCTCC
TGCATCTGGTAAAGCCTCTTGACACCAGTGGTGGTCTCCTCAGAGACACCAACGAGTCTC
TCCTTCATCTTGTGGTACTTCTTAGGATCAACCTGAAGACCTTCCTTGATGATCGAAAGC
ACGATCTGGAACTCAGGGTTATCAGTGGAACTCGGATCCGGAACCTGACCCGTCTTCTCA
AA

QA 1 782 1 782
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TACAAACTCTTTCAATACTTAGTTTCATCAGAACCCTCGTCTTCTCCCTCTTCAGCTTCT
TGGGCCTCTCCGACTGCCTCGAAACGGATCAAACCTGGCCCGACTACACATCTTACCCGA
CCCGAGTACCCGAACTCTCCTCTCCCTTCTCAGCCTTACTTATCCGCGAGATCTTACCAG
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GCAGAACACCGTTTGTTCCAGAGGAGATGCAAGAAGAGTTTAATCAACGGTTATGGGCTG
CTTCTGGTGTTCCCGTGACGGAACTATAGAGATAATAAAGCTTTTGTGCCTCTTGCTCCC
TCCTTGTGTCTTTTTGTTTTTGTTTTTTTACCACTGTACTTTTGATTTTGCGTTTTTTTT
TCACCCTTGCTAACATTAGATTTGCCACGCTTTTATGTGTGTGTATATATACATATATAT
GAATGAGATGAGTAATAAACATTATTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A835TF U 1
AF RR3A835JQ C 162
BS 1 687 RR3A835TF
BS 688 749 RR3A835JQ

RD RR3A835TF 687 0 0
GGAAAACCTCAGCTTTTACTAAATCACAGCTCACACACACACTCTCTCTCTACAAACCCT
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TACAAACTCTTTCAATACTTAGTTTCATCAGAACCCTCGTCTTCTCCCTCTTCAGCTTCT
TGGGCCTCTCCGACTGCCTCGAAACGGATCAAACCTGGCCCGACTACACATCTTACCCGA
CCCGAGTACCCGAACTCTCCTCTCCCTTCTCAGCCTTACTTATCCGCGAGATCTTACCAG
TCATCAAGTTCGAAGACGTAACGAGCTCCTCCGGCGAAGATCTACCGGAGAGCTGCGCCG
TCTGTCTCTACGAGTTCGAAGGAGAGCAAGAGATCCGACGGCTGAGAAACTGTCGGCATA
TATTCCACCGGAGCTGTCTCGACCGTTGGATGGATCACGACCAGAAGACGTGTCCTCTTT
GCAGAACACCGTTTGTTCCAGAGGAGATGCAAGAAGAGTTTAATCAACGGTTATGGGCTG
CTTCTGGTGTTCCCGTGACGGAACTATAGAGATAATAAAGCTTTTGTGCCTCTTGCTCCC
TCCTTGTGTCTTTTTGTTTTTGTTTTTTTACCACTGTACTTTTGATTTTGCGTTTTTTTT
TCACCCTTGCTAACATTAGATTTGCCA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3A835JQ 588 0 0
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GACTACACATCTTACCCGACCCGAGTACCCGAACTCTCCTCTCCCTTCTCAGCCTTACTT
ATCCGCGAGATCTTACCAGTCATCAAGTTTGAAGACGTAACGAGCTCCTCCGGCGAAGAT
CTACCGGAGAGCTGCGCCGTCTGTCTCTACGAGTTCGAAGGAGAGCAAGAGATCCGACGG
CTGAGAAACTGTCGGCATATATTCCACCGGAGCTGTCTCGACCGTTGGATGGATCACGAC
CAGAAGACGTGTCCTCTTTGCAGAACACCGTTTGTTCCAGAGGAGATGCAAGAAGAGTTT
AATCAACGGTTATGGGCTGCTTCTGGTGTTCCCGTGACGGAACTATAGAGATAATAAAGC
TTTTGTGCCTCTTGCTCCCTCCTTGTGTCTTTTTGTTTTTGTTTTTTTACCACTGTACTT
TTGATTTTGCGTTTTTTTTTCACCCTTGCTAACATTAGATTTGCCACGCTTTTATGTGTG
TGTATATATACATATATATGAATGAGATGAGTAATAAACATTATTAGG

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 2

CO CL8716Contig1 674 2 2 U
GGAGACTTGCGGCGGCGGCGAAGATGCAGATATTCGTGAAAACGCTAACGGGCAAGACCA
TCACCCTCGAGGTGGAGAGCACCGACACCATCGACAATGTCAAGGCTAAGATCCAGGACA
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GTCGTACCTTGGCTGACTATAACATCCAGAAAGAGTCGACTCTGCATCTTGTTCTGAGGC
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AGATGAACTGTCGCAAGTGTTACGCTCGTCTACACCCGAGGGCTGTGAACTGCAGGAAGA
AGAAGTGTGGCCACAGCAACCAGTTGAGGCCTAAGAAGAAGATCTAGTGATCTGCTTTTC
CAACCAGAAGCTCATTTATCTATGTTATATTTTGTGTGTTTCCTCATCTCTAGTGTTTTG
AAACAACTCCTTGCAGTGGATTTTAGTCCGAAAAGGCTAAAAGATTATTAGTAATTTTGA
TTTTTTTTTGGCGGTTTTAAAGATTCGAAAATGAGACACAAACTAGTTTCGTTGGATTGC
CGCTACTTATATTTTCCTTTGAACGATTCTTAAAACGGTTTGTAAACAATAGCCATCATG
CCGTAGTTGACAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A563JQ C 1
AF RR3A563TF U 144
BS 1 143 RR3A563JQ
BS 144 674 RR3A563TF

RD RR3A563JQ 674 0 0
GGAGACTTGCGGCGGCGGCGAAGATGCAGATATTCGTGAAAACGCTAACGGGCAAGACCA
TCACCCTCGAGGTGGAGAGCACCGACACCATCGACAATGTCAAGGCTAAGATCCAGGACA
AAGAAGGAATCCCTCCGGATCAGCAGAGGTTGATATTCGCCGGAAAACAGCTTGAAGATG
GTCGTACCTTGGCTGACTATAACATCCAGAAAGAGTCGACTCTGCATCTTGTTCTGAGGC
TAAGGGGAGGTATCATTGAGCCTTCTTTGATGGCTTTGGCCCGTAAGTATAATCAAGACA
AGATGATCTGTCGCAAGTGTTACGCTCGTCTACACCCGAGGGCTGTGAACTGCAGGAAGA
AGAAGTGTGGCCACAGCAACCAGTTGAGGCCTAAGAAGAAGATCTAGTGATCTGCTTTTC
CAACCAGAAGCTCATTTATCTATGTTATATTTTGTGTGTTTCCTCATCTCTAGTGTTTTG
AAACAACTCCTTGCAGTGGATTTTAGTCCGAAAAGGCTAAAAGATTATTAGTAATTTTGA
TTTTTTTT*GGCGGTTTTAAAGATTCGAAAATGAGACACAAACTAGTTTCGTTGGATTGC
CGCTACTTATATTTTCCTTTGAACGATTCTTAAAACGGTTTGTAAACAATAGCCATCATG
CCGTAGTTGACAAC

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DS 

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TCTTTGATGGCTTTGGCCCGTAAGTATAATCAAGACAAGATGAACTGTCGCAAGTGTTAC
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GTTATATTTTGTGTGTTTCCTCATCTCTAGTGTTTTGAAACAACTCCTTGCAGTGGATTT
TAGTCCGAAAAGGCTAAAAGATTATTAGTAATTTTGATTTTTTTTTGGCGGTTTTAAAGA
TTCGAAAATGAGACACAAACTAGTTTCGTTGGATTGCCGCTACTTATATTTTCCTTTGAA
CGATTCTTAAAACGGTTTGTAAACAATAGCCATCATGCCGTAGTTGACAAC

QA 1 531 1 531
DS 



AS 1 2

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TTTGTCATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AS27JQ C 1
AF RR3AS27TF U 1
BS 1 550 RR3AS27TF

RD RR3AS27JQ 550 0 0
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TTTGTCATCC

QA 1 550 1 550
DS 

RD RR3AS27TF 550 0 0
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AACCGCTAGGGAACTCATGGAGGAGTATTTCATCGGCGAGCTTGACGAAGATTCCGTACA
GGAAATACCAGAGCTCAAGATCTACAAGAAGGAGGAGCCAAAGGATTCTGTTCAGAAGCT
TGTCGTCTTGACGAAGCAGTACTGGGTTGTTCCCGTCTCGGTCATCACCATCTCTGTTGC
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TTTGTCATCC

QA 1 550 1 550
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CGTTTATATAGTCTTTAATTAGGCTACAAAAGTGTTTAATTTGTGATTTAATTATAATTA
GATGAATAAAAACCCAGACCATCAACACTAGTAACTCGAATCTAAGTATCATTATATTCT
TTTTATTTTGTTATAATCTGTGGATTTATCATCATTAGTCTTCTGCGATGACATCATCTT
ATATGATTTCAATTGGCATACTACACAGTATTTTGACACACTTGAAGAAAAAAGCCTCAT
AATAATTATTACCAGACCCAGATTCAACCCCAAGCCTAATTACAAGCGCATTTGTTCTAC
AAAAATACGATCCACGTTATTATATTGTTGTACTAGTAGAAGAGTTGCATGTATCGCATG
TCACGTTGTGGATCTATCTCCCTTATTGTACTAGTAGAAGAGTTGCAAGCTTTTCTCTTC
CTCTGTTTCCATTGGTAGAAAGGATCAAACGATAAATAAATCATACAAAAGTTAATTTTA
AATTTATATTTGGAATACGTTGATCTGGGGGAAGCTTATTTTGTGGTCCATCATCACCCA
CATGTTGATTCAAGGTAACGGTCGCAGCAAGTCTACATGATTGTTCTGTTTACCAAGTTT
GTATCAATATGTTTCATTATTGTTCTGTTTCCGTAGAAAATTTTGTGGGGTACATTACTT
GAGTTTTGCAGCTTACATTTGGTATAGAACTCAATTTATGAAGATATATTTGTTTTTAAA
GGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3CC78TF U 1
AF RR3CC78JQ C 231
BS 1 699 RR3CC78TF
BS 700 700 RR3CC78JQ
BS 701 726 RR3CC78TF
BS 727 727 RR3CC78JQ
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BS 740 740 RR3CC78JQ
BS 741 748 RR3CC78TF
BS 749 749 RR3CC78JQ
BS 750 756 RR3CC78TF
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BS 758 776 RR3CC78TF
BS 777 784 RR3CC78JQ

RD RR3CC78TF 776 0 0
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CGTTTATATAGTCTTTAATTAGGCTACAAAAGTGTTTAATTTGTGATTTAATTATAATTA
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TTTTATTTTGTTATAATCTGTGGATTTATCATCATTAGTCTTCTGCGATGACATCATCTT
ATATGATTTCAATTGGCATACTACACAGTATTTTGACACACTTGAAGAAAAAAGCCTCAT
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CTCTGTTTCCATTGGTAGAAAGGATCAAACGATAAATAAATCATACAAAAGTTAATTTTA
AATTTATATTTGGAATACGTTGATCTGGGGGAAGCTTATTTTGTGGTCCATCATCACCCA
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GTATCAATATGTTTCATTATTGTTCTGTTTCCGTAGAAA*TTTTGTGGGGTACATTACTT
GAGTTT*GCAGCTTACATT*GGTATAGA*CTCAATT*ATGAAGATATATTTGTTTT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3CC78JQ 554 0 0
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AAAGCCTCATAATAATTATTACCAGACCCAGATTCAACCCCAAGCCTAATTACAAGCGCA
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GTATCGCATGTCACGTTGTGGATCTATCTCCCTTATTGTACTAGTAGAAGAGTTGCAAGC
TTTTCTCTTCCTCTGTTTCCATTGGTAGAAAGGATCAAACGATAAATAAATCATACAAAA
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TCATCACCCACATGTTGATTCAAGGTAACGGTCGCAGCAAGTCTACATGATTGTTCTGTT
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TACATTACTTGAGTTTTGCAGCTTACATTTGGTATAGAACTCAATTTATGAAGATATATT
TGTTTTTAAAGGAC

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 2

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ATATGTTTGGCTTGTAGAATACAATGAAAAGGGAAGCTTGTTTTTTTTCTTTTCTTTCTG
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ATAGATTCCATTTGTCTAGTTCAGGCTCTTTGATGACATTCTTCAGCGTTGCGAGTCTGT
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GAGAGCTTTCGCCACAACTATCGCAGAGAACTCCGTCGAAGTCTAGAGCGTAGAGATCTG
CCATTCTCCTTCTCCTCCACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GE18TF C 1
AF RR3GE18JQ U 8
BS 1 7 RR3GE18TF
BS 8 743 RR3GE18JQ

RD RR3GE18TF 743 0 0
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ATATGTTTGGCTTGTAGAATACAATGAAAAGGGAAGCTTGTTTTTTT*CTTTTCTTTCTG
ATGAGTATGCAACTCATTTAAGCTTATTGCTAAACGTGGAAAGCTCAATAACCTGAATTC
TTGGAATGCTCTCTGCCTCTGCTCTTTCTTTCTCCGTGTTGTAGCCCCAGTTACTTAGGT
ATAGATTCCATTTGTCTAGTTCAGGCTCTTTGATGACATTCTTCAGCGTTGCGAGTCTGT
CTTCCACGAAATGCAGCTCCAAGCCCTGGTGTTCTGGTTTGTTCTGAAGTAGCTTTAGCA
CTTCCACCTTTGGCCCTGTACCCAGACCATAGATCCTTTCTGTCGGTATGATTACACCTG
CTATTTCACGTAGTAACGCTTCTGCAAACCGCCCCTGTTTCGTGGTAACAATGTAAATCT
TTGAGCTGGCAAACTTCAATGCATCTGATACTCCTGGATAGAATCTATTGGCACCAATCC
AAGTAGTCAAGTCATTGTTAATCCAATCATCTCTAACTTTACCAAACAAATCGATCAAAG
CTGAGTCAACTCCTTGGAACAAACCAGGCCACCTCGCTCTCGCAGCCTTAACAGCAGAGA
GAGAGCTTTCGCCACAACTATCGCAGAGAACTCCGTCGAAGTCTAGAGCGTAGAGATCTG
CCATTCTCCTTCTCCTCCACTCC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3GE18JQ 736 0 0
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TGGCTTGTAGAATACAATGAAAAGGGAAGCTTGTTTTTTTTCTTTTCTTTCTGATGAGTA
TGCAACTCATTTAAGCTTATTGCTAAACGTGGAAAGCTCAATAACCTGAATTCTTGGAAT
GCTCTCTGCCTCTGCTCTTTCTTTCTCCGTGTTGTAGCCCCAGTTACTTAGGTATAGATT
CCATTTGTCTAGTTCAGGCTCTTTGATGACATTCTTCAGCGTTGCGAGTCTGTCTTCCAC
GAAATGCAGCTCCAAGCCCTGGTGTTCTGGTTTGTTCTGAAGTAGCTTTAGCACTTCCAC
CTTTGGCCCTGTACCCAGACCATAGATCCTTTCTGTCGGTATGATTACACCTGCTATTTC
ACGTAGTAACGCTTCTGCAAACCGCCCCTGTTTCGTGGTAACAATGTAAATCTTTGAGCT
GGCAAACTTCAATGCATCTGATACTCCTGGATAGAATCTATTGGCACCAATCCAAGTAGT
CAAGTCATTGTTAATCCAATCATCTCTAACTTTACCAAACAAATCGATCAAAGCTGAGTC
AACTCCTTGGAACAAACCAGGCCACCTCGCTCTCGCAGCCTTAACAGCAGAGAGAGAGCT
TTCGCCACAACTATCGCAGAGAACTCCGTCGAAGTCTAGAGCGTAGAGATCTGCCATTCT
CCTTCTCCTCCACTCC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL8721Contig1 554 2 2 U
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CCTGACGAGCTTGATGAAGAGTTCGATACTTTTCCTACTTCGAGACCCTCTGATATTGTC
AGGATGAGGTATGACAGGTTGAGGAGTATCGCTGGGAGGATTCGGACAGTGGTTGGTGAT
CTTGCGACTCAAGGAGAGAGGCTTCAGTCTCTGCTGAGCTGGCGTGATCCGCGTGCAACC
GCGCTGTTTGTCTTGTTCTGTTTGATTGCTGCGGTTGTTCTCTATGTGACTCCGTTTCAG
GTTGTGGCGCTTCTGGTTGGGATCTATGTACTGAGACATCCGAGGTTTAGGTACAGGCTA
CCATCAGTTCCTCTCAATTTCTTCAGGAGGCTTCCTGCAAGAACTGATTGCATGCTCTGA
TGAGCTAGCTCAAAGACAAAACTCTCATCTTTCTCTCTCATGGGATCTTTATCCTGGTTG
TTACTTTATCATTTCTTATTTCGTTTATAACATTATCAAGACTTTTGTTTGATTGTAGTA
AATCAGTATCTGTG


BQ
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AF RR3GQ50JQ C 1
AF RR3GQ50TF U 393
BS 1 392 RR3GQ50JQ
BS 393 554 RR3GQ50TF

RD RR3GQ50JQ 554 0 0
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AGGATGAGGTATGACAGGTTGAGGAGTATCGCTGGGAGGATTCGGACAGTGGTTGGTGAT
CTTGCGACTCAAGGAGAGAGGCTTCAGTCTCTGCTGAGCTGGCGTGATCCGCGTGCAACC
GCGCTGTTTGTCTTGTTCTGTTTGATTGCTGCGGTTGTTCTCTATGTGACTCCGTTTCAG
GTTGTGGCGCTTCTGGTTGGGATCTATGTACTGAGACATCCGAGGTTTAGGTACAGGCTA
CCATCAGTTCCTCTCAATTTCTTCAGGAGGCTTCCTGCAAGAACTGATTGCATGCTCTGA
TGAGCTAGCTCAAAGACAAAACTCTCATCTTTCTCTCTCATGGGATCTTTATCCTGGTTG
TTACTTTATCATTTCTTATTTCGTTTATAACATTATCAAGACTTTTGTTTGATTGTAGTA
AATCAGTATCTGTG

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3GQ50TF 162 0 0
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CTCTCTCATGGGATCTTTATCCTGGTTGTTACTTTATCATTTCTTATTTCGTTTATAACA
TTATCAAGACTTTTGTTTGATTGTAGTAAATCAGTATCTGTG

QA 1 162 1 162
DS 



AS 1 2

CO CL8722Contig1 846 2 6 U
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TATGACCGATCGTATTCGTCTCAGTTGCTATAACGATTCTCCTCTTTTAGGAGCATAAAT
TGAGCTTGGCGTTTTTGACCTGTGTTTTTTGTTGCAGCTACCGAACGAACTACTTCATCA
TGATCGTCTTTATACTTGGATTGGGATTTCTTACAAGGCCTCTCGCCATTCTCTCTGCCC
TTTTGACAGCACTAACTGTTGCATTCCTAAATGACAGCTTTGCAGGTTCCTTTAGTGAGA
AGGCCACACGAACCATCAGAAGATTCTCCCCACCTTTAGCTGCTAAAATGAGACCTCCAT
TGGCGCCTGTCATCCGTGGACGTCCATCAGCTAAGAGAGCAATCTATATCTGTGGCCAAC
CCCGTTGGGTCTTTGTCTTGGTATCCTCACTTGTGAGTTTTGCCCTTTGGTATATCTCAT
GTGGTTTGTTCACTGTCTCTTTGGCACTACTCATTGGGCTTCTTGCTACGATTCTTCATG
CAACCTTGAGAACACCCAACTTGAAGGCACGTCTTAACATCTTCAGGGAGGAATTTCGAG
CAGTGTGGCGTAACTACAGTGAGATCTAGAGTAATATAAGCTCGAGCAGAGTATTGCTGT
TGCTCTGTAATCTCTTTGATTTTTTTTGGTTTTTAGCTCCATGACCCGGATTCTGTTTCT
TGATTTGGTTTCTGCTCTCTGTCGTAGCAGTCTTTTGTTTAAGCACTTGTAAAGCCAGCT
TGTTTGCTGTTGTTTCCCCCCCAAAACCCTTTTAATATACAATCCTAGAGTCGTTTGAAA
GCGTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3BM05TF U 1
AF RR3BM05JQ C 236
BS 1 688 RR3BM05TF
BS 689 690 RR3BM05JQ
BS 691 759 RR3BM05TF
BS 760 760 RR3BM05JQ
BS 761 772 RR3BM05TF
BS 773 846 RR3BM05JQ

RD RR3BM05TF 776 0 0
TTTTTTTTTGTTCAATCTGGATCTGGAAGTAGGATCCATCTCTGAACTATTCCTTGTAAA
TATGACCGATCGTATTCGTCTCAGTTGCTATAACGATTCTCCTCTTTTAGGAGCATAAAT
TGAGCTTGGCGTTTTTGACCTGTGTTTTTTGTTGCAGCTACCGAACGAACTACTTCATCA
TGATCGTCTTTATACTTGGATTGGGATTTCTTACAAGGCCTCTCGCCATTCTCTCTGCCC
TTTTGACAGCACTAACTGTTGCATTCCTAAATGACAGCTTTGCAGGTTCCTTTAGTGAGA
AGGCCACACGAACCATCAGAAGATTCTCCCCACCTTTAGCTGCTAAAATGAGACCTCCAT
TGGCGCCTGTCATCCGTGGACGTCCATCAGCTAAGAGAGCAATCTATATCTGTGGCCAAC
CCCGTTGGGTCTTTGTCTTGGTATCCTCACTTGTGAGTTTTGCCCTTTGGTATATCTCAT
GTGGTTTGTTCACTGTCTCTTTGGCACTACTCATTGGGCTTCTTGCTACGATTCTTCATG
CAACCTTGAGAACACCCAACTTGAAGGCACGTCTTAACATCTTCAGGGAGGAATTTCGAG
CAGTGTGGCGTAACTACAGTGAGATCTAGAGTAATATAAGCTCGAGCAGAGTATTGCTGT
TGCTCTGTAATCTCTTTGATTTTTTTTG**TTTTAGCTCCATGACCCGGATTCTGTTTCT
TGATTTGGTTTCTGCTCTCTGTCGTAGCAGTCTTTTGTT*AAGCACTTGTAA
GCAG

QA 1 772 1 772
DS 

RD RR3BM05JQ 611 0 0
TGCCCTTTTGACAGCACTAACTGTTGCATTCCTAAATGACAGCTTTGCAGGTTCCTTTAG
TGAGAAGGCCACACGAACCATCAGAAGATTCTCCCCACCTTTAGCTGCTAAAATGAGACC
TCCATTGGCGCCTGTCATCCGTGGACGTCCATCAGCTAAGAGAGCAATCTATATCTGTGG
CCAACCCCGTTGGGTCTTTGTCTTGGTATCCTCACTTGTGAGTTTTGCCCTTTGGTATAT
CTCATGTGGTTTGTTCACTGTCTCTTTGGCACTACTCATTGGGCTTCTTGCTACGATTCT
TCATGCAACCTTGAGAACACCCAACTTGAAGGCACGTCTTAACATCTTCAGGGAGGAATT
TCGAGCAGTGTGGCGTAACTACAGTGAGATCTAGAGTAATATAAGCTCGAGCAGAGTATT
GCTGTTGCTCTGTAATCTCTTTGATTTTTTTTTGTTTTTAGCTCCATGACCCGGATTCTG
TTTCTTGATTTGGTTTCTGCTCTCTGTCGTAGCAGTCTTTTGTTTAAGCACTTGTAAAGC
CAGCTTGTTTGCTGTTGTTTCCCCCCCAAAACCCTTTTAATATACAATCCTAGAGTCGTT
TGAAAGCGTGG

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL8723Contig1 1241 2 4 U
GCATCAGCAGCAGCAGCGAACGAGCCAATCCGAGGAGGTGAAGCCGTCGCAGCAGTTGCC
GGCGAAGAAGAGGAAGCATTCTCGTCTTGATTACGACGATGAGAACTCCGAAGAAGTCCC
CATCCAGCGTTGTTGTCTCCCGGCGAAGAAGAGGATATGGGCGATCGATCCAGATCTGCT
CTCCGGTGATAATAATCCGTTTTCGCCTTTCGATCTGAACATTGAGTATAAGCCTTGTGT
AGACGAGGGCAGAACCGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATCCAACTCTTGAATCGAGTGA
AGAAAACGACAATAACAAAGAGAATATAGATCCTCTGGGGGAAGAAGAAGGTTTAGATCT
ATCAGATTCAATCCCTGAAGATTGTGGTGAAGAAGATGGTATTGTGTGTGCTGTATGTCA
AAGCACAGATGGTGAGCCATCAAATCCAATCGTCTTCTGCGACGGTTGCGACTTAATGGT
CCACGCTTCTTGTTACGGTAACCCTCTGGTTAAAGCCATACCCGAAGGTGACTGGTTTTG
CAGTCACTGTACTGCGTTGAAGAGCAGAGAAAAAAAGTCTCTCTCTTGCTGCTTGTGTAG
GACCAAAGGTGGAGCGGTGAAACCGACGAAGGATGGTCGGTGGGCTCACATCGCTTGCGC
CTTGTTCGTGCCGGAAGTCTACTTCGAGGATCCTGAAGGAAGGGAAGGGATCTGTTGCAG
CGAGATACCGAGTAAGAGGTGGAAAGAGAGGTGTTACTTGTGCAAGATTAGACACGGGTG
TGTTATCGAGTGTTCGGAGATGAGGTGCCAGCTGGCTTTTCATGTTACTTGTGGGTTGAA
GGATGATCTTTGCATTGAGTACCGTGAAAGCAAGAGGAGCGGTGGCATTGTTGTTGGGTT
TTGTAGTGAGCATACTAAACTTTGGGAAAGGCAACAGGAAAGCGGAAAGTACAAGATTGT
TGCCAGAGATGAAGCTAAGAAGTAGCAGAATAAGCACTCTTTTGTTTGCAACTCTGAGGA
GCTTCAGTTAATTATGATTGTTTTACAACAGTTTTCTTATTCTCGTAGTTATCTGATGAG
TAGTACTAGCTGGTTCTTCATGCTTGTCAAGTTTATGTTTTTTTTCTTCTTCTTCAGAAG
GCTATGTTATGTTATGTTCTGTGTTGACTTGTTTTAAGCTGCACAAGGCTAAAACTTGGT
CAATCTAGTTCTAACTCGTTGTATTTTTTCTCGTTTCTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C768TF U 1
AF RR3C768JQ C 485
BS 1 675 RR3C768TF
BS 676 676 RR3C768JQ
BS 677 692 RR3C768TF
BS 693 1241 RR3C768JQ

RD RR3C768TF 692 0 0
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GGCGAAGAAGAGGAAGCATTCTCGTCTTGATTACGACGATGAGAACTCCGAAGAAGTCCC
CATCCAGCGTTGTTGTCTCCCGGCGAAGAAGAGGATATGGGCGATCGATCCAGATCTGCT
CTCCGGTGATAATAATCCGTTTTCGCCTTTCGATCTGAACATTGAGTATAAGCCTTGTGT
AGACGAGGGCAGAACCGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAATCCAACTCTTGAATCGAGTGA
AGAAAACGACAATAACAAAGAGAATATAGATCCTCTGGGGGAAGAAGAAGGTTTAGATCT
ATCAGATTCAATCCCTGAAGATTGTGGTGAAGAAGATGGTATTGTGTGTGCTGTATGTCA
AAGCACAGATGGTGAGCCATCAAATCCAATCGTCTTCTGCGACGGTTGCGACTTAATGGT
CCACGCTTCTTGTTACGGTAACCCTCTGGTTAAAGCCATACCCGAAGGTGACTGGTTTTG
CAGTCACTGTACTGCGTTGAAGAGCAGAGAAAAAAAGTCTCTCTCTTGCTGCTTGTGTAG
GACCAAAGGTGGAGCGGTGAAACCGACGAAGGATGGTCGGTGGGCTCACATCGCTTGCGC
CTTGTTCGTGCCGGA*GTCTACTTCGAGGATC

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3C768JQ 757 0 0
GCTTCTTGTTACGGTAACCCTCTGGTTAAAGCCATACCCGAAGGTGACTGGTTTTGCAGT
CACTGTACTGCGTTGAAGAGCAGAGAAAAAAAGTCTCTCTCTTGCTGCTTGTGTAGGACC
AAAGGTGGAGCGGTGAAACCGACGAAGGATGGTCGGTGGGCTCACATCGCTTGCGCCTTG
TTCGTGCCGGAAGTCTACTTCGAGGATCCTGAAGGAAGGGAAGGGATCTGTTGCAGCGAG
ATACCGAGTAAGAGGTGGAAAGAGAGGTGTTACTTGTGCAAGATTAGACACGGGTGTGTT
ATCGAGTGTTCGGAGATGAGGTGCCAGCTGGCTTTTCATGTTACTTGTGGGTTGAAGGAT
GATCTTTGCATTGAGTACCGTGAAAGCAAGAGGAGCGGTGGCATTGTTGTTGGGTTTTGT
AGTGAGCATACTAAACTTTGGGAAAGGCAACAGGAAAGCGGAAAGTACAAGATTGTTGCC
AGAGATGAAGCTAAGAAGTAGCAGAATAAGCACTCTTTTGTTTGCAACTCTGAGGAGCTT
CAGTTAATTATGATTGTTTTACAACAGTTTTCTTATTCTCGTAGTTATCTGATGAGTAGT
ACTAGCTGGTTCTTCATGCTTGTCAAGTTTATGTTTTTTTTCTTCTTCTTCAGAAGGCTA
TGTTATGTTATGTTCTGTGTTGACTTGTTTTAAGCTGCACAAGGCTAAAACTTGGTCAAT
CTAGTTCTAACTCGTTGTATTTTTTCTCGTTTCTGTC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL8724Contig1 1059 2 2 U
GGATAACTCGTTTCTTCTTTCTCTCCTATCAAACCGGATAAAAAAACCTGTGTTTATTGC
TCCCAAAACATTGGATATATATTCTCATAAGTTTAGAAATTGTTTTTTTTTGTTGGCAAT
GAGTTGCAATGGATGTAGAGTTCTTCGAAAAGGTTGCAGCGAAACATGCATCCTTCGTCC
TTGCCTTCAATGGATCGAATCCGCCGAGTCACAAGGCCACGCCACCGTTTTTGTGGCTAA
ATTCTTTGGCCGTGCCGGTCTAATGTCTTTCATCTCCGCCGTACCTGAAGCAAACCGCCC
TGCTTTGTTTCAGTCTTTGTTGTTTGAAGCGTGTTGGAGGACAGTGAATCCGGTTAACGG
AGCGGTTGGTATGTTATGGACTGGGAACTGGCACGTGTGCCAAGCGGCTGTTGAAACCGT
TCTTCGTGGCGGAACTTTAAGACCTATGTCAGATCTACTCGAATCTCCTTCTTTGAACTC
CTCAGATGAGTCTACCGAGATCTGGCGGATGCAGCGTCCAGGCGGTTCCCGGAACGACGA
GAACGGTAGAAACCACCATTACTCAAGATCCAAGCTTACTACGACGGGGATGAAGGAATC
TTCGGTCAACCGTAAACGATCTAAGACCGAGCGGTCTGATTTGGAACTGAACCACGGGTT
AGCTCTAACCGGTCCGGTTGTCCCGGCTCCTTTTCTTCCACCGCCGCCGTTTGGTAAGGC
TGCTAACAGTGATCATCCGGGAAGTCCATCGGAGGAGTCTGTAACGACGTCGTGTTATGA
AAATGGATTCAGCGGCTGCGATGGATACAAAAACAAAAGAGAGAAAAAGTTATTAAACCT
TTTTGTTTAAAACCGACGACGCAAACTCTTCGCACCCAGTTTTTTTTTCGAAGGTCTTTT
TTAGGGTTTTTTTTTTGGGTGAAGCCGCATAATTATTGGCTAACATAATTATTTTCTCTG
TCGAGAAATATGATATTTTGGTGATATGATACCTTCGGCAATGAGTATTATTAATAATCT
GTTGAGAATGCTTTTGCTACTTTGACACACATAAAATAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BF04TF U 1
AF RR3BF04JQ C 308
BS 1 812 RR3BF04TF
BS 813 1059 RR3BF04JQ

RD RR3BF04TF 812 0 0
GGATAACTCGTTTCTTCTTTCTCTCCTATCAAACCGGATAAAAAAACCTGTGTTTATTGC
TCCCAAAACATTGGATATATATTCTCATAAGTTTAGAAATTGTTTTTTTTTGTTGGCAAT
GAGTTGCAATGGATGTAGAGTTCTTCGAAAAGGTTGCAGCGAAACATGCATCCTTCGTCC
TTGCCTTCAATGGATCGAATCCGCCGAGTCACAAGGCCACGCCACCGTTTTTGTGGCTAA
ATTCTTTGGCCGTGCCGGTCTAATGTCTTTCATCTCCGCCGTACCTGAAGCAAACCGCCC
TGCTTTGTTTCAGTCTTTGTTGTTTGAAGCGTGTTGGAGGACAGTGAATCCGGTTAACGG
AGCGGTTGGTATGTTATGGACTGGGAACTGGCACGTGTGCCAAGCGGCTGTTGAAACCGT
TCTTCGTGGCGGAACTTTAAGACCTATGTCAGATCTACTCGAATCTCCTTCTTTGAACTC
CTCAGATGAGTCTACCGAGATCTGGCGGATGCAGCGTCCAGGCGGTTCCCGGAACGACGA
GAACGGTAGAAACCACCATTACTCAAGATCCAAGCTTACTACGACGGGGATGAAGGAATC
TTCGGTCAACCGTAAACGATCTAAGACCGAGCGGTCTGATTTGGAACTGAACCACGGGTT
AGCTCTAACCGGTCCGGTTGTCCCGGCTCCTTTTCTTCCACCGCCGCCGTTTGGTAAGGC
TGCTAACAGTGATCATCCGGGAAGTCCATCGGAGGAGTCTGTAACGACGTCGTGTTATGA
AAATGGATTCAGCGGCTGCGATGGATACAAAA

QA 1 812 1 812
DS 

RD RR3BF04JQ 752 0 0
TTTCAGTCTTTGTTGTTTGAAGCGTGTTGGAGGACAGTGAATCCGGTTAACGGAGCGGTT
GGTATGTTATGGACTGGGAACTGGCACGTGTGCCAAGCGGCTGTTGAAACCGTTCTTCGT
GGCGGAACTTTAAGACCTATGTCAGATCTACTCGAATCTCCTTCTTTGAACTCCTCAGAT
GAGTCTACCGAGATCTGGCGGATGCAGCGTCCAGGCGGTTCCCGGAACGACGAGAACGGT
AGAAACCACCATTACTCAAGATCCAAGCTTACTACGACGGGGATGAAGGAATCTTCGGTC
AACCGTAAACGATCTAAGACCGAGCGGTCTGATTTGGAACTGAACCACGGGTTAGCTCTA
ACCGGTCCGGTTGTCCCGGCTCCTTTTCTTCCACCGCCGCCGTTTGGTAAGGCTGCTAAC
AGTGATCATCCGGGAAGTCCATCGGAGGAGTCTGTAACGACGTCGTGTTATGAAAATGGA
TTCAGCGGCTGCGATGGATACAAAAACAAAAGAGAGAAAAAGTTATTAAACCTTTTTGTT
TAAAACCGACGACGCAAACTCTTCGCACCCAGTTTTTTTTTCGAAGGTCTTTTTTAGGGT
TTTTTTTTTGGGTGAAGCCGCATAATTATTGGCTAACATAATTATTTTCTCTGTCGAGAA
ATATGATATTTTGGTGATATGATACCTTCGGCAATGAGTATTATTAATAATCTGTTGAGA
ATGCTTTTGCTACTTTGACACACATAAAATAT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL8725Contig1 983 2 4 U
TGCCAGAAAGGTTACTTCTTTGAGTATCATCGTGTCCAAGCGAAGAAGAAAAGATCCAAA
TTTGATATTTGGAGCCTCCATCAATGGCTTCGTTTCTGGCTCGCAGGTCGCTCAATGCTC
TCCGGACCCGACATATCGTTTCTTCAGGGCAAGCTTTACAGGGATCTCATCTCGTTGGGC
TACAGTCCCGTGCTATATCGTATGGCACCAATAAAGATGATCAAGAAGCTGAGCAACTTG
CTAAGGAGATCTCCAAGGACTGGAGTACTGTCTTTGAGCGGAGCATGAACACCCTATTTC
TCACTGAAATGGTCCGGGGCTTGTCGCTGACTCTCAAGTACTTCTTTGATCCAAAAGTTA
CAATCAATTATCCTTTTGAAAAGGGTCCATTGAGCCCTCGCTTCCGTGGTGAGCACGCTC
TTCGAAGGTATCCAACTGGGGAAGAACGCTGCATTGCCTGCAAACTCTGTGAAGCTGTAT
GTCCAGCTCAAGCAATCACCATAGAGGCAGAGGAGAGGGAAGATGGAAGCCGCAGAACCA
CTAGGTATGATATAGACATGACAAAGTGCATCTACTGTGGTTTTTGCCAAGAAGCTTGCC
CTGTTGATGCAATCGTGGAAGGACCCAACTTTGAGTTTGCAACCGAGACTCATGAGGAAC
TTCTGTATGACAAAGAGAAGCTTCTTGAGAATGGAGATCGGTGGGAGACAGAGATTGCCG
AGAATCTGAAGTCGGAGAGCCTCTACCGCTGAATTCTTTAAAGGTTCTTTTTGCCTAATA
ATTTATTCAGAGAATGTTTTGGATTGAATAAAAGATGCTTCAGCTTTTGCAAACCGATAC
TGACTTGCTGTATTGCTTTGCTTGCAAGTAGTCCATACTGATGTGAAAACTGGGTTTGGT
TTTGTTTTTGGTCTCAATTGGACCACAAATACCATACCAAAGACTTTGGAATATGAAGTT
ATGAATACATGGAGTTTTTACCC


BQ
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AF RR3C033TF U 1
AF RR3C033JQ C 300
BS 1 621 RR3C033TF
BS 622 622 RR3C033JQ
BS 623 730 RR3C033TF
BS 731 983 RR3C033JQ

RD RR3C033TF 730 0 0
TGCCAGAAAGGTTACTTCTTTGAGTATCATCGTGTCCAAGCGAAGAAGAAAAGATCCAAA
TTTGATATTTGGAGCCTCCATCAATGGCTTCGTTTCTGGCTCGCAGGTCGCTCAATGCTC
TCCGGACCCGACATATCGTTTCTTCAGGGCAAGCTTTACAGGGATCTCATCTCGTTGGGC
TACAGTCCCGTGCTATATCGTATGGCACCAATAAAGATGATCAAGAAGCTGAGCAACTTG
CTAAGGAGATCTCCAAGGACTGGAGTACTGTCTTTGAGCGGAGCATGAACACCCTATTTC
TCACTGAAATGGTCCGGGGCTTGTCGCTGACTCTCAAGTACTTCTTTGATCCAAAAGTTA
CAATCAATTATCCTTTTGAAAAGGGTCCATTGAGCCCTCGCTTCCGTGGTGAGCACGCTC
TTCGAAGGTATCCAACTGGGGAAGAACGCTGCATTGCCTGCAAACTCTGTGAAGCTGTAT
GTCCAGCTCAAGCAATCACCATAGAGGCAGAGGAGAGGGAAGATGGAAGCCGCAGAACCA
CTAGGTATGATATAGACATGACAAAGTGCATCTACTGTGGTTTTTGCCAAGAAGCTTGCC
CTGTTGATGCAATCGTGGAAG*ACCCAACTTTGAGTTTGCAACCGAGACTCATGAGGAAC
TTCTGTATGACAAAGAGAAGCTTCTTGAGAATGGAGATCGGTGGGAGACAGAGATTGCCG
AGAATCTGAA

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3C033JQ 684 0 0
CTCACTGAAATGGTCCGGGGCTTGTCGCTGACTCTCAAGTACTTCTTTGATCCAAAAGTT
ACAATCAATTATCCTTTTGAAAAGGGTCCATTGAGCCCTCGCTTCCGTGGTGAGCACGCT
CTTCGAAGGTATCCAACTGGGGAAGAACGCTGCATTGCCTGCAAACTCTGTGAAGCTGTA
TGTCCAGCTCAAGCAATCACCATAGAGGCAGAGGAGAGGGAAGATGGAAGCCGCAGAACC
ACTAGGTATGATATAGACATGACAAAGTGCATCTACTGTGGTTTTTGCCAAGAAGCTTGC
CCTGTTGATGCAATCGTGGAAGGACCCAACTTTGAGTTTGCAACCGAGACTCATGAGGAA
CTTCTGTATGACAAAGAGAAGCTTCTTGAGAATGGAGATCGGTGGGAGACAGAGATTGCC
GAGAATCTGAAGTCGGAGAGCCTCTACCGCTGAATTCTTTAAAGGTTCTTTTTGCCTAAT
AATTTATTCAGAGAATGTTTTGGATTGAATAAAAGATGCTTCAGCTTTTGCAAACCGATA
CTGACTTGCTGTATTGCTTTGCTTGCAAGTAGTCCATACTGATGTGAAAACTGGGTTTGG
TTTTGTTTTTGGTCTCAATTGGACCACAAATACCATACCAAAGACTTTGGAATATGAAGT
TATGAATACATGGAGTTTTTACCC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL8726Contig1 382 2 1 U
GGGCACTCCCAGGGACCCGCTTGAATTGTCTTTCCGGGCGACTGATTCGACGAGAGGCGT
TCCAGAGTATGATGCTTAGATTTTAGACGAGTTAACGACGAGAAGAGGGGAGCTCAAAGT
CCGTACGGTTAGTCTTAATGAAGAGAAAGGCAACCAGATATATCCCAAGGAAAAAGAACA
AGGAGGGGATGGAACACGAGAGTAATACTACGAGACAGTGAGTGATATTAATAACAGAAA
AACAACTAATACCATTTTTCGAGTTATTTGACTACTTAGTATTTGTTTGTAGATCAAAAC
CATAGATGATACGTGTGGCTTTATTATTCCCAATTCTTATTAAAATTAAAACATCCACAT
GTTCTTCTAAGCAGTAATAATA


BQ
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AF RR3CJ76JQ C 1
AF RR3CJ76TF U 1
BS 1 382 RR3CJ76TF

RD RR3CJ76JQ 382 0 0
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TCCAGAGTATGATGCTTAGATTTTAGACGAGTTAACGACGAGAAGAGGGGAGCTCAAAGT
CCGTACGGTTAGTCTTAATGAAGAGAAAGGCAACCAGATATATCCCAAGGAAAAAGAACA
AGGAGGGGATGGAACACGAGAGTAATACTACGAGACAGTGAGTGATATTAATAACAGAAA
AACAACTAATACCATTTTTCGAGTTATTTGACTACTTAGTATTTGTTTGTAGATCAAAAC
CATAGATGATACGTGTGGCTTTATTATTCCCAATTCTTATTAAAATTAAAACATCCACAT
GTTCTTCTAAGCAGTAATAATA

QA 1 382 1 382
DS 

RD RR3CJ76TF 382 0 0
GGGCACTCCCAGGGACCCGCTTGAATTGTCTTTCCGGGCGACTGATTCGACGAGAGGCGT
TCCAGAGTATGATGCTTAGATTTTAGACGAGTTAACGACGAGAAGAGGGGAGCTCAAAGT
CCGTACGGTTAGTCTTAATGAAGAGAAAGGCAACCAGATATATCCCAAGGAAAAAGAACA
AGGAGGGGATGGAACACGAGAGTAATACTACGAGACAGTGAGTGATATTAATAACAGAAA
AACAACTAATACCATTTTTCGAGTTATTTGACTACTTAGTATTTGTTTGTAGATCAAAAC
CATAGATGATACGTGTGGCTTTATTATTCCCAATTCTTATTAAAATTAAAACATCCACAT
GTTCTTCTAAGCAGTAATAATA

QA 1 382 1 382
DS 



AS 1 2

CO CL8727Contig1 930 2 12 U
GGGAGAGAAACTCGTCGTCTCTCCCACTTTCCCCTTTTGATTATTCATTATCGGATCAGA
ACAATCTGGAAAATTTTGAGGTTTCTGGATTGTTTCGATTCTTAAAACTTTTTTTTTGCT
GAATTCGATCAAAAGGGTTTCTCTGTTTACGTTAATCCTTCTCAAAAATCTCAACTTTCC
CGAGAAAGTTTGAGTTTTTTTTTTTCCATTTTCCGGAGAAACCGTCGCCAGTGACTACGG
TTTGTTGCAAATCGTGCTGCTTCAGGTGGATTGTATTTATCTTCTCCAGGGTTATGAATA
CGACTTGTGGAGAGGAAAAGGAAGCGAATGGGTGTGAGAATGGTAATAATAAGGCTGTTG
TTGTTAGTCTAAAGAGAAGTGAGGTGGAAGATGAGATATCTGAGGAGGAGGAAGAGGAAA
GTGAGTCGCAGTGTTTGTTGCCTCCGAGGAAAGGAGGGATGTCGAGAAGTACTGACAAGA
TTAGGAGGACTGTCCAGTGGAATGATATCAAAGGAGATAATCTTGCTGAGGTTTTAGTTT
ATGAACCAAGCGAAGTAAGCGATACAGATGAGGATGACGCAGATTCCTGCATCCGCACAA
TTATGTAATCTCCTTCAAAACCCCTCCCCCGCAATCAACCAAACCATTAACATGGAGTTT
TAACAACGAGCTCCGTTGGCTTCTTTTCAGCAAACAGTTTTTTCTTTGTGAGGACAGAAG
AAACCAACATAACCGAGTGGACTTGTTGTGGCAAGAAGCCAGTCATCAAACGAGGGAATG
TAGACTCAGATAAAAAGCTGATATACAAATTACAAATCGTCACAGGAGTGTGAGAGTATA
TAAAGATTCTATACAGATTACTTGCTTTTATTGTTTTCAACAGAAGCTGCTGATCTTCAA
ATCCTTTTTGAGTGCTATTTGATTTTTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CN15TF U 1
AF RR3CN15JQ C 204
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BS 722 753 RR3CN15TF
BS 754 930 RR3CN15JQ

RD RR3CN15TF 762 0 0
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GAATTCGATCAAAAGGGTTTCTCTGTTTACGTTAATCCTTCTCAAAAATCTCAACTTTCC
CGAGAAAGTTTGAGTTTTTTTTTTTCCATTTTCCGGAGAAACCGTCGCCAGTGACTACGG
TTTGTTGCAAATCGTGCTGCTTCAGGTGGATTGTATTTATCTTCTCCAGGGTTATGAATA
CGACTTGTGGAGAGGAAAAGGAAGCGAATGGGTGTGAGAATGGTAATAATAAGGCTGTTG
TTGTTAGTCTAAAGAGAAGTGAGGTGGAAGATGAGATATCTGAGGAGGAGGAAGAGGAAA
GTGAGTCGCAGTGTTTGTTGCCTCCGAGGAAAGGAGGGATGTCGAGAAGTACTGACAAGA
TTAGGAGGACTGTCCAGTGGAATGATATCAAAGGAGATAATCTTGCTGAGGTTTTAGTTT
ATGAACCAAGCGAAGTAAGCGATACAGATGAGGATGACGCAGATTCCTGCATCCGCACAA
TTATGTAATCTCCTTCAAAACCCCTCCCCCGCAATCAACCAAACCATTAACATGGAGTTT
*AACAACGAGCTCCGTTGGCTTCTTT*CAGCAAACAGTTTTT*CTTTGTGAG*ACAGAG*
*AACCAACATAACCGAGTGGACTTGTTGTGGCA
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QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3CN15JQ 727 0 0
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GTGGAAGATGAGATATCTGAGGAGGAGGAAGAGGAAAGTGAGTCGCAGTGTTTGTTGCCT
CCGAGGAAAGGAGGGATGTCGAGAAGTACTGACAAGATTAGGAGGACTGTCCAGTGGAAT
GATATCAAAGGAGATAATCTTGCTGAGGTTTTAGTTTATGAACCAAGCGAAGTAAGCGAT
ACAGATGAGGATGACGCAGATTCCTGCATCCGCACAATTATGTAATCTCCTTCAAAACCC
CTCCCCCGCAATCAACCAAACCATTAACATGGAGTTTTAACAACGAGCTCCGTTGGCTTC
TTTTCAGCAAACAGTTTTTTCTTTGTGAGGACAGAAGAAACCAACATAACCGAGTGGACT
TGTTGTGGCAAGAAGCCAGTCATCAAACGAGGGAATGTAGACTCAGATAAAAAGCTGATA
TACAAATTACAAATCGTCACAGGAGTGTGAGAGTATATAAAGATTCTATACAGATTACTT
GCTTTTATTGTTTTCAACAGAAGCTGCTGATCTTCAAATCCTTTTTGAGTGCTATTTGAT
TTTTTTT

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL8728Contig1 1165 2 2 U
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AGGGAACTTCACGACAATAAGCGAGGCGGTGCTGGCCGCACCGGACTACAGTACAAAAAG
ATATGTGATACATGTGAAAAGAGGTATATATGTCGAGAATGTAGAGATTAAGAAGAAGAA
ATGGAACATTATGATGGTCGGTGACGGCATTGATGCCACCGTGATCACCGGTAACCGAAG
TTTCATCGATGGTTGGACTACGTTCCGTTCTGCTACTTTTGCTGTGAGCGGGAGAGGATT
TCTCGCACGGGACATAACGTTTCAAAACACAGCAGGCCGGAAAAACATCAAGCAGTTGCA
ATCCGGTCAGACTCGGATCTAGGAGTTTTTTATCGATGTGCGATGAGAGGTTATCAAGAT
ACTCTCTACGCCCACACAATGCGTCAATTCTTTAGAGAATGCATTATAACGGGCACCGTA
GATTTCATGTCTGTAGACGCTACTGCTGTATTTCAAGACTGCCAAATCAAAGCAAAACAA
GGCCTACCAAACCAGAAGAACAGCATCACGGCTCAAGGACGTAAAGATCCTAACCAGCCC
ACCGGATTCATGATCCAATTTAGTAACATAACGGCTGACACAGACCTACTTCCAAACTTA
AATACCACTGCTACTTACCTGGGTCGGCCATAGAAACTATATTCTAGAACAGTGTTCATG
CAAAACTACATGAGTGATGTACTCAAGCCCGAAGGATGGCTCGAATGGAACGGTAATTTT
GCGTTGAACACGTTGTACTATGCCGAATATATGAACAACGGACCGGGGGCTAGCCTTGAC
CGTCGTGTTAAGTGGCCAGGGTACCATCTGTTGAATAATTCGGCAGAAGCTATTAACTTT
ACGGTGGCACAGTTCATAAAAGGGAACTTATGGCTGCCTGCAACTGGTATCAAATACATT
GCTGGTCTATTTTCGTAAATCAATCAAGTTGGATATAACCCCTTTCATATAGATGTCTAT
GTTTTCTTTCTCATTTACTGTATTTATTATATACAGTTTCTGTAAAAGTTGAACTGCTCT
ATAAGTTTAATACTCCCTTTGTTTT


BQ
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CAAAACTACATGAGTGATGTACTCAA

QA 1 806 1 806
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AACAGTGTTCATGCAAAACTACATGAGTGATGTACTCAAGCCCGAAGGATGGCTCGAATG
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AGCTATTAACTTTACGGTGGCACAGTTCATAAAAGGGAACTTATGGCTGCCTGCAACTGG
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TATAGATGTCTATGTTTTCTTTCTCATTTACTGTATTTATTATATACAGTTTCTGTAAAA
GTTGAACTGCTCTATAAGTTTAATACTCCCTTTGTTTT

QA 1 638 1 638
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3ES22JQ C 1
AF RR3ES22TF U 1
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QA 1 528 1 528
DS 

RD RR3ES22TF 528 0 0
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QA 1 528 1 528
DS 



AS 1 2

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GTATTACTACGCCCAAAGCATTGAAGAAAACCCTAACGCTTGCGTTATATGTTGAAAAAC
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AGGAAGAAGAATAAGAAATAGAGGATATATCTTAGCCTAAGATCGGATATGTTATTTTCC
CTGCATAATGGTGCGGAGGGGGGGGGGGATTTAGGTTCATTTTTCGGAAATTTTTTTTAT
TTCGATGATGTGGTTTGTGTATATATCGTTGGAGTTGGAGATTACTATAATTTCTATTGT
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BQ
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AF RR3AK41TF U 1
AF RR3AK41JQ C 138
BS 1 665 RR3AK41TF
BS 666 859 RR3AK41JQ

RD RR3AK41TF 665 0 0
GGAGAGACAATCTTCTTTCGCATTTCTCTCTCTCCAAACAAAAGTACAATCCGAGAAAAA
AAAAGAAAACAGAGCAATGAAGAAAATCGTGTTAAAGCTGGATCTGCATGATGATAAGGC
CAAACAAAAGGCCCTTAAAACAGTTTCTACTCTCCCAGGTATCGATTCGATTGCAATGGA
CATGAAGGAGAAGAAGTTAACGGTGATTGGAACTGTTGATCCGGTGAATGTAGTCAGTAA
GCTAAGGAAGTATTGGCCGACGACGGATATCATACTGGTAGGACCTGCAAAGGAGCCGGA
AAAAGAGAAGAAGGAGGAGCCAAAAAAGGAGGGTGGAGGCGAGCCGCCGAAGAAAGAAGG
GGAAGCTCCAAAGGAAGAAGGTAAAAAGGAAGGAGAGGCTCCCAAGAAGGAAGGTGGCGA
CAAGAAGGAAGGAGAAAAGAAAGATCAACCACAACCGCAGCAACAGCCTCAATTACCACC
ACCAGATCATGTGTTGGAGCTTGTAAAGGCGTATAAAGCATATAATCCTCATCTAACAAC
GTATTACTACGCCCAAAGCATTGAAGAAAACCCTAACGCTTGCGTTATATGTTGAAAAAC
ATGTATAATATAATACAATTTGGGTGAAAAAAATGTGAAAAGATGGACCGATCTATACCG
AGGAA

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3AK41JQ 722 0 0
AAACAGTTTCTACTCTCCCAGGTATCGATTCGATTGCAATGGACATGAAGGAGAAGAAGT
TAACGGTGATTGGAACTGTTGATCCGGTGAATGTAGTCAGTAAGCTAAGGAAGTATTGGC
CGACGACGGATATCATACTGGTAGGACCTGCAAAGGAGCCGGAAAAAGAGAAGAAGGAGG
AGCCAAAAAAGGAGGGTGGAGGCGAGCCGCCGAAGAAAGAAGGGGAAGCTCCAAAGGAAG
AAGGTAAAAAGGAAGGAGAGGCTCCCAAGAAGGAAGGTGGCGACAAGAAGGAAGGAGAAA
AGAAAGATCAACCACAACCGCAGCAACAGCCTCAATTACCACCACCAGATCATGTGTTGG
AGCTTGTAAAGGCGTATAAAGCATATAATCCTCATCTAACAACGTATTACTACGCCCAAA
GCATTGAAGAAAACCCTAACGCTTGCGTTATATGTTGAAAAACATGTATAATATAATACA
ATTTGGGTGAAAAAAATGTGAAAAGATGGACCGATCTATACCGAGGAAGAAGAATAAGAA
ATAGAGGATATATCTTAGCCTAAGATCGGATATGTTATTTTCCCTGCATAATGGTGCGGA
GGGGGGGGGGGATTTAGGTTCATTTTTCGGAAATTTTTTTTATTTCGATGATGTGGTTTG
TGTATATATCGTTGGAGTTGGAGATTACTATAATTTCTATTGTTTATTTGTTTGTTTAGA
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL8731Contig1 769 2 2 U
GGGGTTGGTGGAAGAAGGCAAGAAGATCTTTGCATCGATGAGTGATGAATACAGCATTAC
GCCTAAGCTCGAGCATTATGGATGCATGGTGGATCTCTTTGGACGTGCTAATCGTTTACC
AGAAGCTCTTGAGGTTATAGAATCAATGCCGATGGCGCCTAACGTATTCATATGGGGATC
GTTGATGTCAGCTTGTGGAGTTCACGGAGAGCTTGAGTTAGGCGAGTTTGCAGCCAAACG
CGTCCTCGAGCTGGAACCTGGTCATGACGGGGCGCTTGTGTTAATGTCGAATATCTACGC
GAGAGAAGAGAGATGGGACGATGTGAGGAGCGTAAGACGAGGGATGGAGGTGAAGAATGT
GTTCAAGGAGAGAGGTGTTAGCCGGATTGACTTAAACGGGGAATCACACGAGTTTCTAAT
TGGTGACAAGAGGCATAAGCAATCAGATGAGATTTATGCAAAGCTAAAAGAGGTTGTAAG
TGAACTGAAGCTAGCGGGTTGTGTTCCAGACTATGGTAGTGTTTTGGTGGATGTATAGGA
GGAAGAAAAGAAGGGTTTTGGATTCGATGTCGTTGCAAAAGGCTTCGCGCTCTGGTTCGG
TTTGATGAAGGAGGAGTGAGAAGAAGAGAAAGGCTCTCGAGCGTAATTATTCGGATAGGG
AACGATTGTCACACGTTCTTCAAGATGGTCGTCTCTAAAGTGTATGAAAGGGAGATTATA
ATGAGAGAAGTAGGTTTCACGGTTCTTGCCGAGAATACTGGTAATGGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BH30JQ C 1
AF RR3BH30TF U 1
BS 1 729 RR3BH30TF
BS 730 769 RR3BH30JQ

RD RR3BH30JQ 769 0 0
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QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3BH30TF 729 0 0
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GTTGATGTCAGCTTGTGGAGTTCACGGAGAGCTTGAGTTAGGCGAGTTTGCAGCCAAACG
CGTCCTCGAGCTGGAACCTGGTCATGACGGGGCGCTTGTGTTAATGTCGAATATCTACGC
GAGAGAAGAGAGATGGGACGATGTGAGGAGCGTAAGACGAGGGATGGAGGTGAAGAATGT
GTTCAAGGAGAGAGGTGTTAGCCGGATTGACTTAAACGGGGAATCACACGAGTTTCTAAT
TGGTGACAAGAGGCATAAGCAATCAGATGAGATTTATGCAAAGCTAAAAGAGGTTGTAAG
TGAACTGAAGCTAGCGGGTTGTGTTCCAGACTATGGTAGTGTTTTGGTGGATGTATAGGA
GGAAGAAAAGAAGGGTTTTGGATTCGATGTCGTTGCAAAAGGCTTCGCGCTCTGGTTCGG
TTTGATGAAGGAGGAGTGAGAAGAAGAGAAAGGCTCTCGAGCGTAATTATTCGGATAGGG
AACGATTGTCACACGTTCTTCAAGATGGTCGTCTCTAAAGTGTATGAAAGGGAGATTATA
ATGAGAGAA

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL8732Contig1 733 2 1 U
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TTGTTTTTAGTTTTTACGAGCGGTAATGTCTTCTCTCAACTTCCTTGGCTGACATCTCAC
CTTCTCAATTTCACCCCAAACCTACCACAAAGTCTCTTTCTTTCGCCTAAATCTTCATCA
TCAAACACCCCTAGGGTTCTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTGAACTTCTCCAAATGGATGCG
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GAGTGTATGTAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EX84JQ C 1
AF RR3EX84TF U 1
BS 1 733 RR3EX84TF

RD RR3EX84JQ 733 0 0
GGAGAGACGAAAGAAACAGAGCAACCCCTCCGTGACTCCTTCCTTCTTTCATTGCTTTTT
TTGTTTTTAGTTTTTACGAGCGGTAATGTCTTCTCTCAACTTCCTTGGCTGACATCTCAC
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TCAAACACCCCTAGGGTTCTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTGAACTTCTCCAAATGGATGCG
ATCTTCTCTCCCGCCGTGGAACCTGAAGGAACCACCGACTCAACCATCGACACAGTCTCT
CGCTTAGTCTCCGGAGCTTTTTCCGGCGCTCTTACTGGTTTTTTCGCTATGGGAGACTAG
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AGATCGTTCACTGCACTATTTGTCTACAGGACATCGCAGTAGGCGAAATAACACGAAGCT
TGCCGAGATGTGATCATACGTTTCACCTGGTTTGTGTTGATAAATGGCTCATCAGACATG
GATCATGCCCCATTTGCAGACAGGCCGTTAAAGATTAAAAAAACACCATTGGTGTCCGAG
GAGTGTATGTAGC

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3EX84TF 733 0 0
GGAGAGACGAAAGAAACAGAGCAACCCCTCCGTGACTCCTTCCTTCTTTCATTGCTTTTT
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CTTCTCAATTTCACCCCAAACCTACCACAAAGTCTCTTTCTTTCGCCTAAATCTTCATCA
TCAAACACCCCTAGGGTTCTTTTTTTTTCTTTCTTTTTTGAACTTCTCCAAATGGATGCG
ATCTTCTCTCCCGCCGTGGAACCTGAAGGAACCACCGACTCAACCATCGACACAGTCTCT
CGCTTAGTCTCCGGAGCTTTCTCCGGCGCTCTTACTGGTTTTTTCGCTATGGGAGACTAG
TAGATGAACAACTTATGTCAACAATGATAAATTCACACCACTGGCAGTTAAGGATATCAG
ATGTAAGCTATGAAGGAAGGGATGATGTGTATGGTGAATTGGAACCCAGAGGCTTATCAG
GTGACTCGTTAAGGAAACTACCATGCTATATCATGTCATCAAGTGAAATGACCAAGAAGC
AGATCGTTCACTGCACTATTTGTCTACAGGACATCGCAGTAGGCGAAATAACACGAAGCT
TGCCGAGATGTGATCATACGTTTCACCTGGTTTGTGTTGATAAATGGCTCATCAGACATG
GATCATGCCCCATTTGCAGACAGGCCGTTAAAGATTAAAAAAACACCATTGGTGTCCGAG
GAGTGTATGTAGC

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL8733Contig1 546 2 2 U
GGATTCAACCATTTCACAAGCGCTAACCGATAGATAACGATTCAGAGAGAGATAGAGAGG
GTTAAATTAAACGTAGATTTCAAGCTATGGCATCGATGACAATGACAGCAACGTTCCTCC
CAGCCGTCGCTAAGCTTCCGTCACCCACCGCAGGACGAAGGATGTCCATGTCAGAGCCTC
AACGAGCGAGAACACACCCAGCTTAGAAGTCCAGGCAAAGGAGGAACAGAAGAGCACCAC
AATGAGGAGGGATCTCATGTTCACGGCTGCAGCTTCTGCCGTTTGTGCCTTGGCTAAGGT
AGCCATGGCGAACGAGGAGGAGCCCAAGCGAGGGACAGAAGCAGCTAAGAAGAAATACGC
TCAGGTCTGCGTCACAATGCCCACGGCCAAGATCTGCCGCTACTGATTCAACCATCCCAC
CTTTCATGTCAATCTCTCTATCTCTTTAAATTTTCTCAAATTTGGTATGTAATCATATAT
TTGATCATAATCTTATAATCTTCGACTAGACTTCCTTTTCATTATAATGAAAACTTAAAA
GAAGGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3AW29TF U 1
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DS 

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AACGAGCGAGAACACACCCAGCTTAGAAGTCCAGGCAAAGGAGGAACAGAAGAGCACCAC
AATGAGGAGGGATCTCATGTTCACGGCTGCAGCTTCTGCCGTTTGTGCCTTGGCTAAGGT
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CTTTCATGTCAATCTCTCTATCTCTTTAAATTTTCTCAAATTTGGTATGTAATCATATAT
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GAAGGG

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL8734Contig1 980 2 10 U
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AACATAACCCTAACTCTAGAAAACTTCTCCTGATATATATCTCTCTCCCTCTCTCCCAAG
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CCTTCAGATGCAGAGCTTTGGTGGGAGTGAGTATAAGAAGGGAAGCTCTTCTTCCTCCTC
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AATAAACGCACGTGTGCGTGATCAAACTTTTCAGCGAAGGGGTTTAGTTAACGGCGTCGT
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BQ
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AF RR3C626TF U 1
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CATCAAGAGTGCGAATCCGGAAATACCACATCGTGAAGCTTTCAGCGCTGCTGCCAAAAA
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CGGTTTCGGATTCG*TGAGAAGAAGTGAAGTCCCCAAG*AAATGCATGCCTAAAA**TAT
A*TAAACGCACGTGTGCGTGATCAAACTTT
CAGC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3C626JQ 784 0 0
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GCCACCATCTCCTCGACCACCCTTTGTCGTTAAACCTCCTGAGAAGAAGCAGAGACTTCC
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ATGTGTTTAAAGTTGGTGTGTTTTCCTTTGTATGTCTCCGCTGAAGTGATGTTTGCCTCA
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ATCTGGACGTTCATGTCGGGATGTAATAAGTTTGTCTTAATCCTATAACATTTCTGCCG

QA 6 784 6 784
DS 



AS 1 2

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TACTATTCTCCTAATAGTCCACAGTACCCACAACAGATGATGGTTGGTCAGCAGAGACCG
GTTTTGTTTATGCCGCCGTCGCCATACCAACCGGAGATGCCATATAAAGGAAGGGATTCT
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GAGTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3C026TF U 1
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BS 592 606 RR3C026JQ

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GCATCTCCAACAACTACACGGCCTCAATCTCCAGTTGCGGACGGATCATTCTATTACCCT
CCCCCTCCGCCTATGCCTGGAATACACATTTTATACGGAATGGGAGCAGCATTCCCTGGA
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TACTATTCTCCTAATAGTCCACAGTACCCACAACAGATGATGGTTGGTCAGCAGAGACCG
GTTTTGTTTATGCCGCCGTCGCCATACCAACCGGAGATGCCATATAAAGGAAGGGATTCT
TATTAGCTTTTGACCAAACCATGAATGGTGACACAAGGTTTTGGTATAAATCTTCTGATG
AATTGGGTGTTTAATTTATTTACTTTAATTCATTTCGAGCACAGAATCTTTTTTTCCTTT
TAAAGATTTGATAAATTTGATGGTCCATGAGAGAAGAATTGAACACGTGTGATATTGATC
TTGTTTGTTTATGTTTTGATTAGACTAGATTTAGATTTAGATTCGTGCTGATCTCATTTC
TTTCTTCACTCGTTTCTCTGTTTAAACTCTAATCTTTTGATGTATGACATT
CT

QA 1 591 1 591
DS 

RD RR3C026JQ 414 0 0
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CCGCCGTCGCCATACCAACCGGAGATGCCATATAAAGGAAGGGATTTTTATTAGCTTTTG
ACCAAACCATGAATGGTGACACAAGGTTTTGGTATAAATTTTTTGATGAATTGGGTGTTT
AATTTATTTACTTTAATTCATTTCGAGCACAGAATTTTTTTTTCCTTTTAAAGATTTGAT
AAATTTGATGGTCCATGAGAGAAGAATTGAACACGTGTGATATTGATTTTGTTTGTTTAT
GTTTTGATTAGACTAGATTTAGATTTAGATTCGTGCTGATTTCATTTCTTTTTTCACTCG
TTTTTCTGTTTAAACTTTAATTTTTTGATGTATGACATTTTATGTTTTGAGTTT

QA 1 414 1 414
DS 



AS 1 2

CO CL8736Contig1 749 2 3 U
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TCTTTTAGGTTAAGGCTTTTAATTTTTTAACAAGGGATAATAAGACCGTCTCTCTCTCAG
TCACTCACTTACTTAGCCATCATGACTTTAACGAACTCATCATAGTTGATCTGACCATCA
CCATCAACATCAGCTTCACGGATCATCTCATCAACTTCCTCATCGGTAAGTTTCTCACCA
AGGTTCGTCATCACATGTCGAAGCTCGGCCGCGGAGATGAAACCGTTCTGGTCTTTGTCG
AAAACCCTAAAGGCTTCCTTGAGCTCTTCCTCAGAGTCAGTGTCCTTCATTTTCCTGGCC
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GACAAAAGTTTCGAGACTGATTCTTTTCC


BQ
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AF RR3CL58TF C 1
AF RR3CL58JQ U 9
BS 1 8 RR3CL58TF
BS 9 737 RR3CL58JQ
BS 738 749 RR3CL58TF

RD RR3CL58TF 749 0 0
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TCTTTTAGGTTAAGGCTTTTAATTTTTTAACAAGGGATAATAAGACCGTCTCTCTCTCAG
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ATCATGTCTTGGAGCTCAGCTTCGGTTGGGTTTTGCCCTAGTGACCTCATCACGGTTCCG
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GACAAAAGTTTCGAGACTGATTCTTTTCC

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3CL58JQ 729 0 0
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TTACTTAGCCATCATGACTTTAACGAACTCATCATAGTTGATCTGACCATCACCATCAAC
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TTGGAGCTCAGCTTCGGTTGGGTTTTGCCCTAGTGACCTCATCACGGTTCCGAGCTCCTT
GGTTGTGATGCAACCATCTCCATCCTTATCGAAGAGGCTAAAGGCTTCCTTGAACTCCGA
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TTTCGAGAC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL8737Contig1 1178 2 2 U
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AATTGCCTTCAGAATCTTCCCAGATCCTCAGTCTCACCTTTGTTGGGCTTTGTGGGCAAT
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GTTGCAAAAGAAGAGGAGGAGAAATCTGATGAATATAGCCAAGACATGACTCAAGCTATG
GGTGCTGTTTTAACTTACAGGCATGAGCTAGGAATGAACTACAGCTTTATTCGTCCTGAT
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CTACGTAAAAGTGGTGGATGATCCAACGAGCGTGGATGGTGCAACGAGGGAGAGGTTATC
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TTGCTCTGAACAACCAGAAGTTTGAGACTTGAAAGCATCCTCGTGAATGTACCACTTAAT
AGTAAAAAAATAATGAATAAAATGCTTTTATGTTGGTAATACATAAACTTAGCAAAAGAA
AAGATTTGATCAAAACAGAAAAAAGCAAAAGACATGAAGTTAATTTTAAAGAAAGGTACT
AGTTGTACTACGTTCAAGTATTAATAATTTTATTACAT


BQ
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AF RR3B687TF U 1
AF RR3B687JQ C 463
BS 1 703 RR3B687TF
BS 704 1178 RR3B687JQ

RD RR3B687TF 703 0 0
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AATTGCCTTCAGAATCTTCCCAGATCCTCAGTCTCACCTTTGTTGGGCTTTGTGGGCAAT
CAAAGAGATCCTTCTTCTTCTTTGAAGATGATGCTGCTACCTATCAAAGCCAGTTATCCT
AAGTGTAGAACTGTTTTACAGGCGGTATCAGATTCGAAATCCAGCTTAGAGGTGAGTGAT
GTTGCAAAAGAAGAGGAGGAGAAATCTGATGAATATAGCCAAGACATGACTCAAGCTATG
GGTGCTGTTTTAACTTACAGGCATGAGCTAGGAATGAACTACAGCTTTATTCGTCCTGAT
TTAATTGTTGGATCCTGCTTACAGGTTCTCTTTCTTTCTTTTTTTAAAAAGTTTTTATCC
TTCTAGCTATATATTGAACTCTGGAATGGGAAGGGCTCCTGCTGTTGCGTTGACATACAT
GTTCTGGGTGCAAGGCTACAAACTTATGGAAGCTCACAGATTACTTATGAGCAAACGAAC
CTGCTCTCCGAACCTTGATGCTATCAGAAACGCAACAATTGATATTCTTACAAGACTCAA
GAAGAAGATTGTTACTCTGACACTGAAAGACAAGGAGTTCTCCACAGTAGAAGTTTCTGG
CCTTGACATTGGATGGGGACAGAGGATACCTCTGACACTAGAC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3B687JQ 716 0 0
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ACTTATGAGCAAACGAACCTGCTCTCCGAACCTTGATGCTATCAGAAACGCAACAATTGA
TATTCTTACAAGACTCAAGAAGAAGATTGTTACTCTGACACTGAAAGACAAGGAGTTCTC
CACAGTAGAAGTTTCTGGCCTTGACATTGGATGGGGACAGAGGATACCTCTGACACTAGA
CAAGGGAACAGGACTCTGGAGCCTAAAGAGAGAACTGCCTGAAGGACAGTTTGAATATAA
ATATATCATAGACGGTGAATGGACACACAATGAGCAAGAGCCTTTTACAGGACCTAACAA
AGATGGTCATACCAATAACTACGTAAAAGTGGTGGATGATCCAACGAGCGTGGATGGTGC
AACGAGGGAGAGGTTATCGAGTGAAGACCCTGAGCTTTTGGAGGACGAACGCTTGAAACT
AATCCAGTTCTTGGAGACTTGCTCTGAACAACCAGAAGTTTGAGACTTGAAAGCATCCTC
GTGAATGTACCACTTAATAGTAAAAAAATAATGAATAAAATGCTTTTATGTTGGTAATAC
ATAAACTTAGCAAAAGAAAAGATTTGATCAAAACAGAAAAAAGCAAAAGACATGAAGTTA
ATTTTAAAGAAAGGTACTAGTTGTACTACGTTCAAGTATTAATAATTTTATTACAT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL8738Contig1 704 2 2 U
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GAGGACAAAGAGAAAGGTGTTGTCGCGGCTGAGGCTTCCGGTGGTCAGGACGAGGGAGAA
GTAAATCAGAAAAAGCCGGAAGGTACCATAACGATCGGAGAGGCTCTAGAGGCAACGGTT
CTCACAGCAGGGAATAAGCCGGTGGAATGGAGTGACGCAGCTGCCATACAAGCGGCGGAG
GTTAGAGCCACGGGACGGACCAACATCATGCCGGGCGGTGTTGCCGCTTCGGCCCAATCA
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CTCACTGGAGCGAGTAGCAAATTACCATCAGACAAACCAGCAACGAGGAAAGACGCGGAG
GGAGTGACAGGAGCAGAGATGAGGAACGATCCTCATCTCACTACTTACCCAACCGGTGTC
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ATATATGATGTTGATGTATATAAAAATTTTGAAGCTTTTTAAGC


BQ
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AF RR3EU92TF U 1
AF RR3EU92JQ C 156
BS 1 686 RR3EU92TF
BS 687 704 RR3EU92JQ

RD RR3EU92TF 686 0 0
GGGAGGACTTGTTGACCAAACAAAATGAGCCAAGAACAGCTGGAGAAGAAACCTATAACT
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GAGGACAAAGAGAAAGGTGTTGTCGCGGCTGAGGCTTCCGGTGGTCAGGACGAGGGAGAA
GTAAATCAGAAAAAGCCGGAAGGTACCATAACGATCGGAGAGGCTCTAGAGGCAACGGTT
CTCACAGCAGGGAATAAGCCGGTGGAATGGAGTGACGCAGCTGCCATACAAGCGGCGGAG
GTTAGAGCCACGGGACGGACCAACATCATGCCGGGCGGTGTTGCCGCTTCGGCCCAATCA
GCTGCCACTCTCAATGCTCGAGCTAACTCCGAAGACGACAAGACTACGCTCGCAGATGTT
CTCACTGGAGCGAGTAGCAAATTACCATCAGACAAACCAGCAACGAGGAAAGACGCGGAG
GGAGTGACAGGAGCAGAGATGAGGAACGATCCTCATCTCACTACTTACCCAACCGGTGTC
GCAGCCTCCGTCGCTGCGGCTGCTCGGATTAATCAAGCCAAGTGATGCCATTCTTCTTTC
TTGGAAGTTACGTAACTAACGCTATTGAGAAGCCAAGTATGTAAACTAACAGCTATATGT
ATATATGATGTTGATGTATATAAAAA

QA 1 686 1 686
DS 

RD RR3EU92JQ 549 0 0
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CGGAGAGGCTCTAGAGGCAACGGTTCTCACAGCAGGGAATAAGCCGGTGGAATGGAGTGA
CGCAGCTGCCATACAAGCGGCGGAGGTTAGAGCCACGGGACGGACCAACATCATGCCGGG
CGGTGTTGCCGCTTCGGCCCAATCAGCTGCCACTCTCAATGCTCGAGCTAACTCCGAAGA
CGACAAGACTACGCTCGCAGATGTTCTCACTGGAGCGAGTAGCAAATTACCATCAGACAA
ACCAGCAACGAGGAAAGACGCGGAGGGAGTGACAGGAGCAGAGATGAGGAACGATCCTCA
TCTCACTACTTACCCAACCGGTGTCGCAGCCTCCGTCGCTGCGGCTGCTCGGATTAATCA
AGCCAAGTGATGCCATTTTTCTTTCTTGGAAGTTACGTAACTAACGCTATTGAGAAGCCA
AGTATGTAAACTAACAGCTATATGTATATATGATGTTGATGTATATAAAAATTTTGAAGC
TTTTTAAGC

QA 1 549 1 549
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8740Contig1 968 2 2 U
GGGAGACGGTCTCCATCTTGGAGCAGATCTTCGTCTAGGTCGCCCTCACCTCCTGTTCGC
CGTAGATCTCTTTCACCTAGTGGAAGAAAACATCTGAGGGACAGAAGATCTCCGGGACAT
CCATCTGAAGTGCGAGATAGAGAGGATAGGGATCAAAAATCCAAGCCGTCTAAGAAACAA
TTACCAGAGATGGTACAAGAAGTTGGACGTGTTGAACATTCGAAGGAGCAAGAGAGAAAG
AGTGAAAAGTTGTCAGATAGACGTTCTAGTCACAGATTGCATCACGGTTCACAGATGTCC
CCAGTTTCTGATAAGGACTCCGGTAAAGTGAAAGCCAGCAAGCAAGTTGAGAAAGAGGAT
AACAGCGACCTGGATGCAAAACATTATTCTGATTCTAAGGATAAAAAGAGAAGAAAGACT
AAAAGGTCTGAGAGGGACGGAGCAGCCTCAGATAGTAATGGCAGTTCTGGCTCTGACGTA
GAAGATAGGAAGGAAGCTAAAAGGAGAAGGAAGGAGGAAAAGAAGACGAAAAAGGAGGAG
AAGAAACGCAGGCGAGAGGAGAGACGTCGTAAGAGGGAAGAACGTCGTGATGAGAAGCTG
AAGCTTAAGAATCGTGAGTATTCTGATTCTTCAGAGGGCGAAGCTGAGATCCGTCATAAG
AGTAAAAATGGGGAGGAGTCAGATCCAAAGAGGCTTGAGATTGAGTTGCGAAACAAAGCA
CTGGAGTCACTGAAAGCAAAGAAGGGGGGCATCAGCCACTAAGTCATCCTTAATCTGGTG
TTATTGAGGAGTATCCCAGCGTTATGTGAACATCTTTTTCTTATGAAGATACAATGAATG
CTTTACTAGTTTTTTTTTCTATGGTTTATGTGGGGCTTCATCTTACATGTTGCAAACTTT
CTTATGTCGGTCTGTTTGTTGGTGGCAGCAACTTGATGGCTGATATTACTATGCTGCTAT
TCTTGAGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EB84TF U 1
AF RR3EB84JQ C 353
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BS 632 968 RR3EB84JQ

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CGTAGATCTCTTTCACCTAGTGGAAGAAAACATCTGAGGGACAGAAGATCTCCGGGACAT
CCATCTGAAGTGCGAGATAGAGAGGATAGGGATCAAAAATCCAAGCCGTCTAAGAAACAA
TTACCAGAGATGGTACAAGAAGTTGGACGTGTTGAACATTCGAAGGAGCAAGAGAGAAAG
AGTGAAAAGTTGTCAGATAGACGTTCTAGTCACAGATTGCATCACGGTTCACAGATGTCC
CCAGTTTCTGATAAGGACTCCGGTAAAGTGAAAGCCAGCAAGCAAGTTGAGAAAGAGGAT
AACAGCGACCTGGATGCAAAACATTATTCTGATTCTAAGGATAAAAAGAGAAGAAAGACT
AAAAGGTCTGAGAGGGACGGAGCAGCCTCAGATAGTAATGGCAGTTCTGGCTCTGACGTA
GAAGATAGGAAGGAAGCTAAAAGGAGAAGGAAGGAGGAAAAGAAGACGAAAAAGGAGGAG
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AAGCTTAAGAATCGTGAGTATTCTGATTCTT

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DS 

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CTGACGTAGAAGATAGGAAGGAAGCTAAAAGGAGAAGGAAGGAGGAAAAGAAGACGAAAA
AGGAGGAGAAGAAACGCAGGCGAGAGGAGAGACGTCGTAAGAGGGAAGAACGTCGTGATG
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GTCATAAGAGTAAAAATGGGGAGGAGTCAGATCCAAAGAGGCTTGAGATTGAGTTGCGAA
ACAAAGCACTGGAGTCACTGAAAGCAAAGAAGGGGGGCATCAGCCACTAAGTCATCCTTA
ATCTGGTGTTATTGAGGAGTATCCCAGCGTTATGTGAACATCTTTTTCTTATGAAGATAC
AATGAATGCTTTACTAGTTTTTTTTTCTATGGTTTATGTGGGGCTTCATCTTACATGTTG
CAAACTTTCTTATGTCGGTCTGTTTGTTGGTGGCAGCAACTTGATGGCTGATATTACTAT
GCTGCTATTCTTGAGT

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

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ATGGCATGGTCAAGCGCAGAAATGGTTCCTAGTGCGACTGATAAAGGATGAGGACGAAAG
AGAGATCAATCTAGCAAACAACGAAGCGGATTCAGAGTTTGCAGAGTGGAAATGGGCGAG
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CAAGACTTTTGGTTCTTACTTGAATGATCCAGGAAGAGCTGCTAAATGTAAATCAGCCAA
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TGGGTTCTTTTTAGTGGAACCCTTTTGGAATGCAAAAGGTTTGTTTAGGTGTTTGTTTGT
GTTCATTTTTGTAAATTGGTTACTGGTACTAGAAGGTTTTGGTTTACTTGGGGGTTACTG
TAATAAAAGTCTTTGTTTGGATTCG


BQ
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BS 690 805 RR3AG10JQ

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TGGGTTCTTTTTAGTGGAACCCTTTTGGA

QA 1 689 1 689
DS 

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ATTGTTTGTCTTTTTATAAAGTTTATAATTATATTTTGGGTTCTTTTTAGTGGAACCCTT
TTGGAATGCAAAAGGTTTGTTTAGGTGTTTGTTTGTGTTCATTTTTGTAAATTGGTTACT
GGTACTAGAAGGTTTTGGTTTACTTGGGGGTTACTGTAATAAAAGTCTTTGTTTGGATTC
G

QA 1 661 1 661
DS 



AS 1 2

CO CL8742Contig1 755 2 2 U
GGGGCTTACTGGTGTCGTCTTTTATCTCCGCCGCCGAGAACCGTAAACCATATATCTCTC
CCTCATCACCGTTCCCAACCCTAAAATCCTTCAATCTCCCACTCACTACTCGTAAAGTTT
CTCTTTATCTGCTCTGTACCTTTGTCTTTCAGTGCAAAAAGGTTGTCGTAATGCAGAAAT
CTGGGGAAAGCGGTTTCTTGTTCTGCAATATGTGTTCAACGATGCTGGTTTTGAAATCAA
GCAAGTATGCGGAATGTCCACTTTGCAAAACAACCCGAAATGCTCAAGATATCATTGGCA
AGGATATAGCTTACTTAGTTTCTGATGAGGATATCAGAAGAGAACTTGGAATATCTCTCT
TTGGTGAAAAAACACAGGAAGATACTGAGCTGCCAAAGATCAAAAAGGCCTGCGAGAAAT
GCCAGCACCCTGAGCTTGTTTACACGACCAGACGGACAAGGTCAGCAGACGAAGGACAAA
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ATCTCCACCATGAGATCAGTTCACATAATGCCAGTTTTGTCTTCTTACGTTTATTTTACG
AACTCAATGTTCTGTCACGATCAAAACTTATGTATTATTGATTCTTACATTTATATTAGG
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AAGAGCTTATCAGTTAATGTATGTTAATTTAACTT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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CTGGGGAAAGCGGTTTCTTGTTCTGCAATATGTGTTCAACGATGCTGGTTTTGAAATCAA
GCAAGTATGCGGAATGTCCACTTTGCAAAACAACCCGAAATGCTCAAGATATCATTGGCA
AGGATATAGCTTACTTAGTTTCTGATGAGGATATCAGAAGAGAACTTGGAATATCTCTCT
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GAAAGCGGTTTCTTGTTCTGCAATATGTGTTCAACGATGCTGGTTTTGAAATCAAGCAAG
TATGCGGAATGTCCACTTTGCAAAACAACCCGAAATGCTCAAGATATCATTGGCAAGGAT
ATAGCTTACTTAGTTTCTGATGAGGATATCAGAAGAGAACTTGGAATATCTCTCTTTGGT
GAAAAAACACAGGAAGATACTGAGCTGCCAAAGATCAAAAAGGCCTGCGAGAAATGCCAG
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CACCATGAGATCAGTTCACATAATGCCAGTTTTGTCTTCTTACGTTTATTTTACGAACTC
AATGTTCTGTCACGATCAAAACTTATGTATTATTGATTCTTACATTTATATTAGGAGCCT
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CTTATCAGTTAATGTATGTTAATTTAACTT

QA 1 750 1 750
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3B950JQ C 1
AF RR3B950TF U 1
BS 1 733 RR3B950TF
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QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C288TF U 1
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RD RR3C288TF 757 0 0
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TTAGTTCTTGGGTGGGTGCAATATAGCTCAGA*TACGAACTGTGAACTTGCATGTACATT
TTT*CTCGTGGATATGCAAGTAAACGAAGAAGCGGAT

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3C288JQ 750 0 0
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TTGCAATCGGTAATAAGCAAAGCAGTGTCGGGACAACGAAGCCAGAATTCTGGTTCCTTG
ACGCTTACGCTATCACAGCAACAAGCAATTAAGGAAATAACTTCGAAATGGGAACAAGTG
ATGACTCAATTCGTGAGAGTTGCTACGGAGAGTGAGAAACAATTTTCAATGGAGATTTCT
ACCGGAAACGGCTTTCATATGAATAAGAGTTTTAGCTCTAGCTCTAGCTCTGGTAGTAGC
TCGAGTTCAAGTCCGGGTTTGGATTTCAATCTGAACGGTGAAAACCGGATATGGTAGATG
TGAATAGTTAGAGAGTACATTATGTAGATAAAAATATAAATTATGATTCACTAGAAACTG
TATTCTGTTGTAAGATAAACCCAAGTTGTCTTGAGGTTTTAGATTTTTAGTTCTTGGGTG
GGTGCAATATAGCTCAGAATACGAACTGTGAACTTGCATGTACATTTTTTCTCGTGGATA
TGCAAGTAAACGAAGAAGCGGATATTACCC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL8746Contig1 760 2 3 U
CACAACAAAAAGGTCTTATTATTAGAATCGTATGGTTTCAAAACTCAAGTTTTAAGGTTC
ATCATTCGAAAGCCAACAACGACAAAAAAAAAACAGCTAGGTACCTAATGCACAGATGGA
GAAAATCGTTGGCTTCTGCAAGAAACCGCCATGGTTTAGCGGCTGGCTGCAACTAACGCC
ATATGCTCTATCAGGTCAAGGACTCGGTTGCTGTAACCCCATTCGTTGTCATACCAGGAC
ACGAGTTTCATGAAGGACTTGCTTAATCCAATCCCAGCATTAGCATCAAAGATGCTTGAC
CTTGAATCTCCGACAAAATCGTTGGAGACGACATCTTCTTCTGTGTATCCCATGATTCCC
CTAAGTGGTCCTTCTGAAGCAAACTTTATCGCTGCCTTAACATCTTCGTACGATGCATCC
TTCTCAAGTCGACAAGTTAAATCCACAACAGAAACATTTGGCGTTGGGACACGGAAAGCC
ATTCCCGTTAGTCTTCCATTGAGTTCTGGAAAAACCTTACCAACAGCCTTTGCTGCGCCG
GTTGAGCTAGGAATGATGTTTTGACTGGCGCCTCGGCCTCCTCTCCAGTCCTTCATTGAT
GGACCGTCCACAGTTTTCTGAGTTGCTGTGGTCGCATGAACTGTTGTCATCAAGCCTTCA
AGAATTCCAAATTCCTCATGCACAACCTTAGCAAGAGGTGCGAGACAATTGGTGGTGCAG
CTTGCATTAGAGACTATATCCATGTTAGGTTTGTATGTCC


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK15JQ U 1
AF RR3AH77JQ U 2
BS 1 492 RR3GK15JQ
BS 493 493 RR3AH77JQ
BS 494 760 RR3GK15JQ

RD RR3GK15JQ 760 0 0
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ATCATTCGAAAGCCAACAACGACAAAAAAAAAACAGCTAGGTACCTAATGCACAGATGGA
GAAAATCGTTGGCTTCTGCAAGAAACCGCCATGGTTTAGCGGCTGGCTGCAACTAACGCC
ATATGCTCTATCAGGTCAAGGACTCGGTTGCTGTAACCCCATTCGTTGTCATACCAGGAC
ACGAGTTTCATGAAGGACTTGCTTAATCCAATCCCAGCATTAGCATCAAAGATGCTTGAC
CTTGAATCTCCGACAAAATCGTTGGAGACGACATCTTCTTCTGTGTATCCCATGATTCCC
CTAAGTGGTCCTTCTGAAGCAAACTTTATCGCTGCCTTAACATCTTCGTACGATGCATCC
TTCTCAAGTCGACAAGTTAAATCCACAACAGAAACATTTGGCGTTGGGACACGGAAAGCC
ATTCCCGTTAGTTTTCCATTGAGTTCTGGAAAAACCTTACCAACAGCCTTTGCTGCGCCG
GTTGAGCTAGGAATGATGTTTTGACTGGCGCCTCGGCCTCCTCTCCAGTCCTTCATTGAT
GGACCGTCCACAGTTTTCTGAGTTGCTGTGGTCGCATGAACTGTTGTCATCAAGCCTTCA
AGAATTCCAAATTCCTCATGCACAACCTTAGCAAGAGGTGCGAGACAATTGGTGGTGCAG
CTTGCATTAGAGACTATATCCATGTTAGGTTTGTATGTCC

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3AH77JQ 725 0 0
ACAACAAAAAGGTCTTATTATTAGAATCGTATGGTTTCAAAACTCAAGTTTTAAGGTTCA
TCATTCGAAAGCCAACAACGACAAAAAAAAAACAGCTAGGTACCTAATGCACAGATGGAG
AAAATCGTTGGCTTCTGCAAGAAACCGCCATGGTTTAGCGGCTGGCTGCAACTAACGCCA
TATGCTCTATCAGGTCAAGGACTCGGTTGCTGTAACCCCATTCGTTGTCATACCAGGACA
CGAGTTTCATGAAGGACTTGCTTAATCCAATCCCAGCATTAGCATCAAAGATGCTTGACC
TTGAATCTCCGACAAAATCGTTGGAGACGACATCTTCTTCTGTGTATCCCATGATTCCCC
TAAGTGGTCCTTCTGAAGCAAACTTTATCGCTGCCTTAACATCTTCGTACGATGCATCCT
TCTCAAGTCGACAAGTTAAATCCACAACAGAAACATTTGGCGTTGGGACACGGAAAGCCA
TTCCCGTTAGTCTTCCATTGAGTTCTGGAAGAACCTTACCAACAGCCTTTGCTGCGCCGG
TTGAGCTAGGAATGATGTTTTGACTGGCGCCTCGGCCTCCTCTCCAGTCCTTCATTGATG
GACCGTCCACAGTTTTCTGAGTTGCTGTGGTCGCATGAACTGTTGTCATCAAGCCTTCAA
GAATTCCAAATTCCTCATGTACCACCTTAGCAAGAGGTGCGAGACAATTGGTGGTGCAGC
TTGCA

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL8747Contig1 729 2 2 U
TCCTTACCGGACATCTTGGCATTCAATCAGAGATTCAGTTAGATCAACTTCCTTCTTGTC
TGCTTTTGTTGGGATTTTTCAGGCTTTCATATGTGCACATAGAAAAGTTGCATCCAAGGA
CCACAAGATCGTTTATTGGTTTGCTGGTGGCGTAGCAGCCCTCTCCGTTATGCTGGAGAA
AAAACCGAGACGCTCTGAGCTTGCTCTCTATGTTCTTCCCCGAGCAGGAGATTCTCTGTG
GGAGATACTTGTCAACCGCCACGTTCTTCCCGATATTAAAAACGCCGAGGTGGCTCTATT
CTGTGCATGTATGGGAGGAATAATGTATTACCTAGAACATGAACCAGATACGTTGGCTCC
GTTTCTGAGAGGGCTCATCCGACGGTTTCTTGCTAGTCAAATAAGCAATCCTAGCAGCAA
AACCCGTCAAACCTCTTCCATGTATCTTCAGAGTGCGTTGGAGAAGCCGGAACCGTCTCC
AGAGAGCGGAGAAGGAGGTGAAACTCTAAAAGCTGAAGAGAAGTATAACCTGGAGGCTAT
TCCCGGTCTTTAAAGATGCTCTGATAGTTCCAAGAGCTTTACTAGCATCATGATTTTGAT
ATAAAAGGTTAATGTTATTACATTCCCCTGGAAGAAAAGGGTTCATTCCACAGGATTGAA
TTATAGGTTTAGGAGTATTATTTTAAGTGTCTTTGTTTCTCTTCCCCATAATAACAGAAC
TCTCTTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D153JQ C 1
AF RR3CS45TF U 176
BS 1 179 RR3D153JQ
BS 180 729 RR3CS45TF

RD RR3D153JQ 707 0 0
TCCTTACCGGACATCTTGGCATTCAATCAGAGATTCAGTTAGATCAACTTCCTTCTTGTC
TGCTTTTGTTGGGATTTTTCAGGCTTTCATATGTGCACATAGAAAAGTTGCATCCAAGGA
CCACAAGATCGTTTATTGGTTTGCTGGTGGCGTAGCAGCCCTCTCCGTTATGCTGGAGAA
AAAACCGAGACGCTCTGAGCTTGCTCTCTATGTTCTTCCCCGAGCAGGAGATTCTCTGTG
GGAGATACTTGTCAACCGCCACGTTCTTCCCGATATTAAAAACGCCGAGGTGGCTCTATT
CTGTGCATGTATGGGAGGAATAATGTATTACCTAGAACATGAACCAGATACGTTGGCTCC
GTTTCTGAGAGGGCTCATCCGACGGTTTCTTGCTAGTCAAATAAGCAATCCTAGCAGCAA
AACCCGTCAAACCTCTTCCATGTATCTTCAGAGTGCGTTGGAGAAGCCGGAACCGTCTCC
AGAGAGCGGAGAAGGAGGTGAAACTCTAAAAGCTGAAGAGAAGTATAACCTGGAGGCTAT
TCCCGGTCTTTAAAGATGCTCTGATAGTTCCAAGAGCTTTACTAGCATCATGATTTTGAT
ATAAAAGGTTAATGTTATTACATTCCCCTGGAAGAAAAGGGTTCATTCCACAGGATTGAA
TTATAGGTTTAGGAGTATTATTTTAAGTGTCTTTGTTTCTCTTCCCC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3CS45TF 554 0 0
GGAG
AAAAACCGAGACGCTCTGAGCTTGCTCTCTATGTTCTTCCCCGAGCAGGAGATTCTCTGT
GGGAGATACTTGTCAACCGCCACGTTCTTCCCGATATTAAAAACGCCGAGGTGGCTCTAT
TCTGTGCATGTATGGGAGGAATAATGTATTACCTAGAACATGAACCAGATACGTTGGCTC
CGTTTCTGAGAGGGCTCATCCGACGGTTTCTTGCTAGTCAAATAAGCAATCCTAGCAGCA
AAACCCGTCAAACCTCTTCCATGTATCTTCAGAGTGCGTTGGAGAAGCCGGAACCGTCTC
CAGAGAGCGGAGAAGGAGGTGAAACTCTAAAAGCTGAAGAGAAGTATAACCTGGAGGCTA
TTCCCGGTCTTTAAAGATGCTCTGATAGTTCCAAGAGCTTTACTAGCATCATGATTTTGA
TATAAAAGGTTAATGTTATTACATTCCCCTGGAAGAAAAGGGTTCATTCCACAGGATTGA
ATTATAGGTTTAGGAGTATTATTTTAAGTGTCTTTGTTTCTCTTCCCCATAATAACAGAA
CTCTCTTCTT

QA 5 554 5 554
DS 



AS 1 2

CO CL8748Contig1 919 2 8 U
GGACAACTAACAGACAGTCAGTCGTAGTATGCACATTAATATATTCAAAAGTGTGAAATA
CCAAAGCGATTGATTGAATTTTTAAAGAAGGAAAAAGGAGAGAACACTGCGAACAATTTG
GATTCTCCACATTTTATTTATATCTCTACACCGGAAAGACTAAGGTTGGGATCAATGGTT
TTGGTCGGATTGGAAGGTTGGTCCTCCGCGATTGCTACTCGCCCATCTTCATCTCTACAA
AAATGCAATGCAAGAGCTGTGCAGCCCATCAAGGCCACGGCCACTCAAGTGCCACCTGCA
GTTCAAAGGTCAAGTAACACCGGAAAGACTAAGGCTGTCGGTAAAGTTCTACCAGAACTG
AACGGGAAACTTACGGGAATGGTGTTCCGTGTACCAACACCAAATGTTTCCGTTGTGGAT
TTAACATGTCGACTTGAGAAAGGTGCCTCTTACGAAGATGTTAAAGCAGCCATTAAGTTT
GCCTCAGAAGGACCTCTAAAAGGCATTCTTGGGTATACAGATGAAGATGTCGTCTCCAAT
GATTTCGTGGGTGATTCAAGGTCAAGTATCTTTGACGCCAACGCCCGGGATTGGATTGAG
CAAGTCCTTTGTGAAACTTGTCTCTTGGTACGACGACGAATGGGGTTACAGCAACCGAGT
GCTTGACCTTATAGAGCACATGGCTTTGGTAGCAGCCAGCCGCTAAACACACTCACACAC
GCACCGGGTCTTGCAGAAGCTTGAGACTTTCTACATTTTGTGTTTACCTGCTACAAAGCC
AAGTTTAAATTGGTTTGGTTCTGTTAGGTGGTAGATCCTTATTTTTGGTTCTGTTTCAGT
ATTTACAACAACGTAAACCAATATAGATTTGGTCTAAAGACAAACATGCGACTTTCATCT
ATCAATAAGGCGATAATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3E642TF U 1
AF RR3E642JQ C 208
BS 1 706 RR3E642TF
BS 707 707 RR3E642JQ
BS 708 724 RR3E642TF
BS 725 725 RR3E642JQ
BS 726 737 RR3E642TF
BS 738 738 RR3E642JQ
BS 739 761 RR3E642TF
BS 762 919 RR3E642JQ

RD RR3E642TF 761 0 0
GGACAACTAACAGACAGTCAGTCGTAGTATGCACATTAATATATTCAAAAGTGTGAAATA
CCAAAGCGATTGATTGAATTTTTAAAGAAGGAAAAAGGAGAGAACACTGCGAACAATTTG
GATTCTCCACATTTTATTTATATCTCTACACCGGAAAGACTAAGGTTGGGATCAATGGTT
TTGGTCGGATTGGAAGGTTGGTCCTCCGCGATTGCTACTCGCCCATCTTCATCTCTACAA
AAATGCAATGCAAGAGCTGTGCAGCCCATCAAGGCCACGGCCACTCAAGTGCCACCTGCA
GTTCAAAGGTCAAGTAACACCGGAAAGACTAAGGCTGTCGGTAAAGTTCTACCAGAACTG
AACGGGAAACTTACGGGAATGGTGTTCCGTGTACCAACACCAAATGTTTCCGTTGTGGAT
TTAACATGTCGACTTGAGAAAGGTGCCTCTTACGAAGATGTTAAAGCAGCCATTAAGTTT
GCCTCAGAAGGACCTCTAAAAGGCATTCTTGGGTATACAGATGAAGATGTCGTCTCCAAT
GATTTCGTGGGTGATTCAAGGTCAAGTATCTTTGACGCCAACGCCCGGGATTGGATTGAG
CAAGTCCTTTGTGAAACTTGTCTCTTGGTACGACGACGAATGGGGTTACAGCAACCGAGT
GCTTGACCTTATAGAGCACATGGCTTTGGTAGCAGCCAGCCGCTAA*CACACTCACACAC
GCAC*GGGTCTTGCAGA*GCTTGAGACTTTCTACATTTTGT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3E642JQ 712 0 0
GCGATTGCTACTCGCCCATCTTCATCTCTACAAAAATGCAATGCAAGAGCTGTGCAGCCC
ATCAAGGCCACGGCCACTCAAGTGCCACCTGCAGTTCAAAGGTCAAGTAACACCGGAAAG
ACTAAGGCTGTCGGTAAAGTTCTACCAGAACTGAACGGGAAACTTACGGGAATGGTGTTC
CGTGTACCAACACCAAATGTTTCCGTTGTGGATTTAACATGTCGACTTGAGAAAGGTGCC
TCTTACGAAGATGTTAAAGCAGCCATTAAGTTTGCCTCAGAAGGACCTCTAAAAGGCATT
CTTGGGTATACAGATGAAGATGTCGTCTCCAATGATTTCGTGGGTGATTCAAGGTCAAGT
ATCTTTGACGCCAACGCC*GGGATTGGATTGAGCAAGTCCTTTGTGAAACTTGTCTCTTG
GTACGACGACGAATGGGGTTACAGCAACCGAGTGCTTGACCTTATAGAGCACATGGCTTT
GGTAGCAGCCAGCCGCTAAACACACTCACACACGCACCGGTTCTTGCAGAAGCTTGAGAC
TTTTTACATTTTGTGTTTACCTGCTACAAAGCCAAGTTTAAATTGGTTTGGTTCTGTTAG
GTGGTAGATCCTTATTTTTGGTTCTGTTTCAGTATTTACAACAACGTAAACCAATATAGA
TTTGGTCTAAAGACAAACATGCGACTTTCATCTATCAATAAGGCGATAATGC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL8749Contig1 975 2 4 U
GAATCGGACATGAACGGTTCGATCAAGTAGATTTCGTCCTGCTCACCAACATTTACAACA
GACATTTCCAGTACTTCAATGACCCGAGGGTATCAAATCATTGGAGTCTCTCTGCTTCAT
TCAACCTACTGTACCCAAACAGATACTCAAAAAAAAGCATGTCCACAACGCCTGAAGGCG
GGAAAAGAATTTTAGCTGAGTTAAATACAGTATTCCCCAACCACAACATAAAATTTGAAG
ACTACTTAAAAAACAAAAAAGATGTTCCTTCCGGAGAAAAAGAAGCGATGAAGAACATCC
TCGGCGTTGCTTGGTACGCCGACAAATTCAAGACCAACAGTGTTTTTTATTTTCGACAGA
GCTGAATCACGTGGCCATACTGACCAAGATATTATCATTAACAAGCAAAACCACTTGAGC
ACCTATAAATGGCCACTATCCCTGACGTTTTCATCATTGAAACACTCGCCCCTGACGATG
AAGGCAACGGTCGCTTCGAAGGCAGCGTTATTTCTTCAGTCTTGAGGCTACACGAAAAAA
AACCAATATACCGCTATGTCAGGACACGAGATCAGTTCGTCGAAACCGTTACAGAGTTCG
GGGAAGTCGGGATATCGGTACCTGCACATCTCAGCTCACGGAAACAAACATGGATTATTT
ACTACCAATCACGATGAGATAAGTTATACAGATCTCGCAAAGATCCTCGCACCGCACCTG
AAGAAATGTCGCCTATTTTTATCTGCTTGTTCCATGGTCCATGAAAAATTTTTATCCGCA
CTTTTCTCTACTACAAAGTGCATCTCAATTGTGGGCCCTCGCAAGACAATATATTTTTCG
GACGCTGCAGTAACTTGGCCCGCAATTTACCATCTCATGTTTTCTGAAAATACTGAACGC
ATGACACGAGCGCACCTTAAAGAACAGCTAGCCCACGTCTGCGCTCTTTTTAAAATAGAC
CTGGCCTATTACTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H573TF U 1
AF RR3H573JQ C 253
BS 1 767 RR3H573TF
BS 768 768 RR3H573JQ
BS 769 797 RR3H573TF
BS 798 975 RR3H573JQ

RD RR3H573TF 797 0 0
GAATCGGACATGAACGGTTCGATCAAGTAGATTTCGTCCTGCTCACCAACATTTACAACA
GACATTTCCAGTACTTCAATGACCCGAGGGTATCAAATCATTGGAGTCTCTCTGCTTCAT
TCAACCTACTGTACCCAAACAGATACTCAAAAAAAAGCATGTCCACAACGCCTGAAGGCG
GGAAAAGAATTTTAGCTGAGTTAAATACAGTATTCCCCAACCACAACATAAAATTTGAAG
ACTACTTAAAAAACAAAAAAGATGTTCCTTCCGGAGAAAAAGAAGCGATGAAGAACATCC
TCGGCGTTGCTTGGTACGCCGACAAATTCAAGACCAACAGTGTTTTTTATTTTCGACAGA
GCTGAATCACGTGGCCATACTGACCAAGATATTATCATTAACAAGCAAAACCACTTGAGC
ACCTATAAATGGCCACTATCCCTGACGTTTTCATCATTGAAACACTCGCCCCTGACGATG
AAGGCAACGGTCGCTTCGAAGGCAGCGTTATTTCTTCAGTCTTGAGGCTACACGAAAAAA
AACCAATATACCGCTATGTCAGGACACGAGATCAGTTCGTCGAAACCGTTACAGAGTTCG
GGGAAGTCGGGATATCGGTACCTGCACATCTCAGCTCACGGAAACAAACATGGATTATTT
ACTACCAATCACGATGAGATAAGTTATACAGATCTCGCAAAGATCCTCGCACCGCACCTG
AAGAAATGTCGCCTATTTTTATCTGCTTGTTCCATGGTCCATGAAAA*TTTTTATCCGCA
CTTTTCTCTACTACAAA

QA 1 797 1 797
DS 

RD RR3H573JQ 723 0 0
ACAAAAAAGATGTTCCTTCCGGAGAAAAAGAAGCGATGAAGAACATCCTCGGCGTTGCTT
GGTACGCCGACAAATTCAAGACCAACAGTGTTTTTTATTTTCGACAGAGCTGAATCACGT
GGCCATACTGACCAAGATATTATCATTAACAAGCAAAACCACTTGAGCACCTATAAATGG
CCACTATCCCTGACGTTTTCATCATTGAAACACTCGCCCCTGACGATGAAGGCAACGGTC
GCTTCGAAGGCAGCGTTATTTCTTCAGTCTTGAGGCTACACGAAAAAAAACCAATATACC
GCTATGTCAGGACACGAGATCAGTTCGTCGAAACCGTTACAGAGTTCGGG*AAGTCGGGA
TATCGGTACCTGCACATCTCAGCTCACGGAAACAAACATGGATTATTTACTACCAATCAG
GATGAGATAAGTTATACAGATCTCGCAAAGATCCTCGCACCGCACCTGAAGAAATGTCGC
CTATTTTTATCTGCTTGTTCCATGGTCCATGAAAAATTTTTATCCGCACTTTTTTCTACT
ACAAAGTGCATCTCAATTGTGGGCCCTCGCAAGACAATATATTTTTCGGACGCTGCAGTA
ACTTGGCCCGCAATTTACCATCTCATGTTTTCTGAAAATACTGAACGCATGACACGAGCG
CACCTTAAAGAACAGCTAGCCCACGTCTGCGCTCTTTTTAAAATAGACCTGGCCTATTAC
TCC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL8750Contig1 734 2 3 U
GGTTCCATGGATACTGCTTCCAATCTTCCACAACACCATCGTAATGAAAAAGCATGACCA
CAAAATCTCGAGAAGGAAACTGAAATCAACGCATTTAGTATAGTTTCTTTTACATGAAAA
GGCGAAAAAAAATCTTATTGAGTGAAAAGACAAAGACAAAGACCTTTTGGATAACTTTGT
TAACTAGCTCCTTTTGCTTGATTCCAACTGCCATTGCTAACAAACTCATTGCAGGGTTCG
GGTTCCCCTGAAAATAAAAGGAGAACATACAAAAACAGATTAATTAAAAAACAAAAAGAA
AGGAATTTTACAAATATTTTGAGGATCTATGACCAGTTTACAACCTTTTTATTGTGACTG
TAGTTTCATAGATGTTGCGTTTCCAAGTTTGATGTTTTGACGATAATTCCTTGCGGTAAT
GCTTCACTACCCAATGGCTTATTGAGATTCTAGTGAAGAATATTAATTTTAAGCTTTTGA
TAGATAATAATCTCTTAAAAGAAACTCAAACAAAACAAAACCCATTCATTCTTCAAAAAC
GAACCTCGCATGTACGGGATGTTGCGTTCTGCATCTCATCAGCGACTTTCTGTATCTTAT
TAGTGACGTTATGCATCTTATCATTGGTACTCTGCATCTTATCATTGGTACTCTGCATCT
TATCAGTGGTGCTCTGCATCTGATTAGTGACGTTATGCATCTTATCAGTGATTTCCCATC
TCAGCAATTTCTGC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

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DS 

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GCTTCACTACCCAATGGCTTATTGAGATTCTAGTGAAGAATATTAATTTTAAGCTTTTGA
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TCAGCAATTTCTGC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL8751Contig1 1133 2 4 U
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AGACAATCCTTCTTGTTTTCACCTGAAGCTTTTAGAGGGCATTACAGCAGAAGTATCGTC
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CGCGCTAATAATCGTGCCTGCACTTGCCGTGAGGAAGTACCAGTTGAAGAAACTTCCTTG
ATCTTTAGGTTTCTCGTATTGGTTTGCGCCAACAGATACCAAAGTCGTTCGCGTCCCAGC
TGATCCAGTAGCCACTAGAGTTAAGGCTGCATACAGGATATCAAGCTGGAATGTTGATGG
TGATTGGCACAGGACTGAGCCCGTTTCACACGGTCTAGGTCTCAAGTAGTCCAAAGATGC
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AGAGTAGAAGCCATGATGACGGGAATGTTTCCAAAGAAAGAATCGGCTAGAATGGCTGCA
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CTCTTTTTTTCCTCTAAAAAAAAGAAAAACTACAATTTCTCTGTGTTTCTTGA


BQ
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AF RR3BJ71TF U 1
AF RR3BJ71JQ C 282
BS 1 767 RR3BJ71TF
BS 768 768 RR3BJ71JQ
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AGACAATCCTTCTTGTTTTCACCTGAAGCTTTTAGAGGGCATTACAGCAGAAGTATCGTC
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GCCATGCTTGTAGAGCCGCTTCCCGGAGATGAATACGATGAAACTGATCAAATTAGCAGC
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CGCGCTAATAATCGTGCCTGCACTTGCCGTGAGGAAGTACCAGTTGAAGAAACTTCCTTG
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TGATTGGCACAGGACTGAGCCCGTTTCACACGGTCTAGGTCTCAAGTAGTCCAAAGATGC
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AGTCTATTTTGAATATAGTAGATAATTAATGAGTTTT
G

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3BJ71JQ 852 0 0
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AAGGACTTCCCATTGGTTTGCCATGCTTGTAGAGCCGCTTCCCGGAGATGAATACGATGA
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GAGTATATATAATGGCTGTCGCGCTAATAATCGTGCCTGCACTTGCCGTGAGGAAGTACC
AGTTGAAGAAACTTCCTTGATCTTTAGGTTTCTCGTATTGGTTTGCGCCAACAGATACCA
AAGTCGTTCGCGTCCCAGCTGATCCAGTAGCCACTAGAGTTAAGGCTGCATACAGGATAT
CAAGCTGGAATGTTGATGGTGATTGGCACAGGACTGAGCCCGTTTCACACGGTTTAGGTC
TCAAGTAGTCCAAAGATGCGATAATAGTCAAAAGAAAGATGTCCTGGAGAAAAGAACGTT
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TTTTACGAGTAGAGAAATGAGAGTAGAAGCCATGATGACGGGAATGTTTCCAAAGAAAGA
ATCGGCTAGAATGGCTGCAACAACTGGGGACATGGAAATACATCCATTGAAAATATTTGA
AATCTGAGCAGCAGCGATGCTCTTGATGTTGAATTCCTCAATCAAGAAGACAATTAAGTT
CAATATCGATCCAAAAAAAGCAATGGACAGTCCTAATATTGTACCTGCATCACAAATAAC
CACACAGTAACTACCATTTCTCTTTTTTTCCTCTAAAAAAAAGAAAAACTACAATTTCTC
TGTGTTTCTTGA

QA 1 852 1 852
DS 



AS 1 2

CO CL8752Contig1 748 2 2 U
GGGAAGTTTTGTCTCTTTGCGATCAGATCTCATCGAAGACGAGTGCGATGGCTTCAGGTT
TCAGCGGAGATGAAACTGCTCCTTTCTTCGGATTCCTCGGCGCTGCCGCCGCTCTCGTTT
TCTCCTGCATGGGAGCAGCGTACGGGACGGCAAAGAGCGGGGTTGGCGTGGCGTCGATGG
GTGTGATGAGACCAGAGCTTGTGATGAAATCGATTGTTCCGGTGGTCATGGCTGGTGTGT
TAGGTATTTACGGTCTCATCATAGCTGTCATCATCAGTACCGGAATCAACCCGAAGGCCA
AGTCTTACTATCTCTTCGATGGCTATGCTCATCTCTCTTCCGGTCTCGCTTGTGGTCTCG
CCGGTCTCTCCGCCGGTATGGCTATCGGAATCGTCGGCGATGCCGGTGTCATAGCGAATG
CGCAACAACCAAAGCTGTTTGTGGGAATGATTCTGATTCTCATCTTTGCTGAAGCACTTG
CGCTTTACGGTCTTATTGTTGGTATCATCCTTTCTTCTCGTGCTGGTCAGTCTAGAGCCG
AGTGAACCAACCCCAGAAAATCTCTTTTCTCATGTGCTAAATTCCCTGTAATGGTTTTTG
ATATATTTTCACTTCCAATATTCCTGGCATTGCGAGTTTCTCATGTAAAAACAAGCTAAA
TCACTTGATTTTGGTTCTTAATGTTATTTTTTTTCTTTAATTAGCACAATTTATGGGACA
TCAATAAGTAATAATAGGATGCTGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AV20TF U 1
AF RR3AV20JQ C 118
BS 1 646 RR3AV20TF
BS 647 748 RR3AV20JQ

RD RR3AV20TF 646 0 0
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TCTCCTGCATGGGAGCAGCGTACGGGACGGCAAAGAGCGGGGTTGGCGTGGCGTCGATGG
GTGTGATGAGACCAGAGCTTGTGATGAAATCGATTGTTCCGGTGGTCATGGCTGGTGTGT
TAGGTATTTACGGTCTCATCATAGCTGTCATCATCAGTACCGGAATCAACCCGAAGGCCA
AGTCTTACTATCTCTTCGATGGCTATGCTCATCTCTCTTCCGGTCTCGCTTGTGGTCTCG
CCGGTCTCTCCGCCGGTATGGCTATCGGAATCGTCGGCGATGCCGGTGTCATAGCGAATG
CGCAACAACCAAAGCTGTTTGTGGGAATGATTCTGATTCTCATCTTTGCTGAAGCACTTG
CGCTTTACGGTCTTATTGTTGGTATCATCCTTTCTTCTCGTGCTGGTCAGTCTAGAGCCG
AGTGAACCAACCCCAGAAAATCTCTTTTCTCATGTGCTAAATTCCCTGTAATGGTTTTTG
ATATATTTTCACTTCCAATATTCCTGGCATTGCGAGTTTCTCATGT

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3AV20JQ 631 0 0
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TGGGTGTGATGAGACCAGAGCTTGTGATGAAATCGATTGTTCCGGTGGTCATGGCTGGTG
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CCAAGTCTTACTATCTCTTCGATGGCTATGCTCATCTCTCTTCCGGTCTCGCTTGTGGTC
TCGCCGGTCTCTCCGCCGGTATGGCTATCGGAATCGTCGGCGATGCCGGTGTCATAGCGA
ATGCGCAACAACCAAAGCTGTTTGTGGGAATGATTTTGATTCTCATCTTTGCTGAAGCAC
TTGCGCTTTACGGTCTTATTGTTGGTATCATCCTTTCTTCTCGTGCTGGTCAGTCTAGAG
CCGAGTGAACCAACCCCAGAAAATCTCTTTTCTCATGTGCTAAATTCCCTGTAATGGTTT
TTGATATATTTTCACTTCCAATATTCCTGGCATTGCGAGTTTCTCATGTAAAAACAAGCT
AAATCACTTGATTTTGGTTCTTAATGTTATTTTTTTTCTTTAATTAGCACAATTTATGGG
ACATCAATAAGTAATAATAGGATGCTGATTC

QA 1 631 1 631
DS 



AS 1 2

CO CL8753Contig1 820 2 2 U
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TTGAGCTAACGCAAGCCAGGGAAGATTTCAAGATTGTTGGAATCAGATTGTGGTTCTGAA
CGTGTGCTAGTGGCGCAGCTAACTACTAAAATCAAGCATCTGTCAGACTGTCACACACAA
AAAAAGGTAAAAACTCCTCAATTTGTTTTTCAGCATTCTAATGTCATACCCGGTGACTGA
CTCTCTAACCAGCCCGTAGGACAAACATACATTCGAAGAAGGGACTTGTAGCAATGGTGC
AGAAACGGAAGAAGCTCTTGAAATATCTCTGACTTGGATTCGTACTGCCTTGTCCTGTCA
CAACTCAGCCTCTTTTTTAAGATTACATGTTCTAATAAGCTTTATGCGTTAGGATGCTTT
AATAAGACTAAGACCTTAAGAGAACATTTTGTTTGCCTGCAAGATATGATGATGATGATG
ATGATCCAAGGTGAAATTGTGGTAACTGGTAGTTTGTGATCTTCTGTTAAAAACTTTGCA
GATCCGACTCACAGAAGCTCAACAGCAGAAAGAAGACTGCTCCTCAAGACCTAAAGCCAA
GAGCAAGTCGACAAATTCTCTAAGCTGGAGGAATGGAGGCAAGAACTCAAAGCTTTGGAG
AATAAGGAGGCGGCTTAGCTTTCTTCAGCATCGATATGAACTGTCTATAGCTTTTAAAGA
CATGTTGTAGCTTTTTCTAATGACCATTGCTAGAAAACCAATCCAGAGTTTGTATGAATA
TGAAAAGAACACTCTTGTTAATAAACTTAGCACAGTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C795TF U 1
AF RR3C795JQ C 134
BS 1 662 RR3C795TF
BS 663 820 RR3C795JQ

RD RR3C795TF 662 0 0
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AAAAAGGTAAAAACTCCTCAATTTGTTTTTCAGCATTCTAATGTCATACCCGGTGACTGA
CTCTCTAACCAGCCCGTAGGACAAACATACATTCGAAGAAGGGACTTGTAGCAATGGTGC
AGAAACGGAAGAAGCTCTTGAAATATCTCTGACTTGGATTCGTACTGCCTTGTCCTGTCA
CAACTCAGCCTCTTTTTTAAGATTACATGTTCTAATAAGCTTTATGCGTTAGGATGCTTT
AATAAGACTAAGACCTTAAGAGAACATTTTGTTTGCCTGCAAGATATGATGATGATGATG
ATGATCCAAGGTGAAATTGTGGTAACTGGTAGTTTGTGATCTTCTGTTAAAAACTTTGCA
GATCCGACTCACAGAAGCTCAACAGCAGAAAGAAGACTGCTCCTCAAGACCTAAAGCCAA
GAGCAAGTCGACAAATTCTCTAAGCTGGAGGAATGGAGGCAAGAACTCAAAGCTTTGGAG
AA

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3C795JQ 687 0 0
CGCAGCTAACTACTAAAATCAAGCATCTGTCAGACTGTCACACACAAAAAAAGGTAAAAA
CTCCTCAATTTGTTTTTCAGCATTCTAATGTCATACCCGGTGACTGACTCTCTAACCAGC
CCGTAGGACAAACATACATTCGAAGAAGGGACTTGTAGCAATGGTGCAGAAACGGAAGAA
GCTCTTGAAATATCTCTGACTTGGATTCGTACTGCCTTGTCCTGTCACAACTCAGCCTCT
TTTTTAAGATTACATGTTCTAATAAGCTTTATGCGTTAGGATGCTTTAATAAGACTAAGA
CCTTAAGAGAACATTTTGTTTGCCTGCAAGATATGATGATGATGATGATGATCCAAGGTG
AAATTGTGGTAACTGGTAGTTTGTGATCTTCTGTTAAAAACTTTGCAGATCCGACTCACA
GAAGCTCAACAGCAGAAAGAAGACTGCTCCTCAAGACCTAAAGCCAAGAGCAAGTCGACA
AATTCTCTAAGCTGGAGGAATGGAGGCAAGAACTCAAGGCTTTGGAGAATAAGGAGGCGG
CTTAGCTTTCTTCAGCATCGATATGAACTGTCTATAGCTTTTAAAGACATGTTGTAGCTT
TTTCTAATGACCATTGCTAGAAAACCAATCCAGAGTTTGTATGAATATGAAAAGAACACT
CTTGTTAATAAACTTAGCACAGTACCC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL8754Contig1 1062 2 2 U
GTGGAGAGACAAAAGCTTGAGGAAGAGAAGAAGAAGAACAATGCCGCGAACTCCTCTCTC
CAGTTAGCTTCACTGGAGCAGAAAAGGACGGATGATCGTGTACTGAGACTTGTGGAAGAA
CACAAGAGGAAAAAAGATGAGGCATTGAACGAGATCCGTCTGCTTGAGGAGAAGTTAAAC
AACAAGCAGAAACTTCAAATGGAGATTCAAGAGCTGAAAGGAAAGCTGCAAGTCATGAAG
CATGGGGAAGATGAAGATGATGAGGACGTTAAGAAGAAAATGAAGAAGATGAATGAGGAG
CTAGAGGAGAAGTGCTCTGAGTTGCAAGATCTGGAGGATACTAACTCAGCCCTCATGATC
AAAGAAAGGCAAAGCAATGATGAGATACAAGAAGCACGTCAAGAATTGATTTCGGGATTG
ATAGGAATGTTGAATGATCGAACCAACATCAGAATAAAGCGGTTGGGAGAGCTTGATGAA
AAGCCATTCCTGAAAGCATGCAAGGAAAGATTCAAAGGCGAAGAAGCTGGGGTGCAGTAC
GCCATGCTTTGCTCAAAGTGGCAGGAAAACCTCAAGGATTCAAATTGGCATCCATTCAAA
CGCGTGGGGACTGAAGACAAAATGAAGGAAGTGGTGGATGAAGAAGATGAGCAGCTTAAG
AAGCTGAGAGAAGAGTGGGGTGAAGAAGTGTTGGAGGCAGTGAGGACAGCACTGGAGGAG
CTGAATGAGCATAACCCAAGCGGGGGGTACTCAGTCCCAGCACTGTGGAATTTTAAAGAG
AAAAGAAAAGCTACACTCAAAGAAGTGGTCGAATACATGACGCTGCATATCAAGAATCTC
AAGAATCTCAAACGCAAAAGAAAGGGATAAGGAAGGAAGCAGAGAGGCTGGATGAAGAAT
GAAAACGTGGTCTTTTTATTAGGAAATTGATAATTTAAGAACCTACGTTGTTTTACAAAT
GTTTCCAAATTCCAACGATCAACAATGTTCTTACAAATCGACGGTGACTTTTGTGAGTGT
TTTAGACTACAGTTTATAAAACTCCTAGCAGTTATATTAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GF66TF U 1
AF RR3GF66JQ C 326
BS 1 623 RR3GF66TF
BS 624 1062 RR3GF66JQ

RD RR3GF66TF 623 0 0
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CACAAGAGGAAAAAAGATGAGGCATTGAACGAGATCCGTCTGCTTGAGGAGAAGTTAAAC
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CATGGGGAAGATGAAGATGATGAGGACGTTAAGAAGAAAATGAAGAAGATGAATGAGGAG
CTAGAGGAGAAGTGCTCTGAGTTGCAAGATCTGGAGGATACTAACTCAGCCCTCATGATC
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GCCATGCTTTGCTCAAAGTGGCAGGAAAACCTCAAGGATTCAAATTGGCATCCATTCAAA
CGCGTGGGGACTGAAGACAAAAT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3GF66JQ 737 0 0
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TACAAGAAGCACGTCAAGAATTGATTTCGGGATTGATAGGAATGTTGAATGATCGAACCA
ACATCAGAATAAAGCGGTTGGGAGAGCTTGATGAAAAGCCATTCCTGAAAGCATGCAAGG
AAAGATTCAAAGGCGAAGAAGCTGGGGTGCAGTACGCCATGCTTTGCTCAAAGTGGCAGG
AAAACCTCAAGGATTCAAATTGGCATCCATTCAAACGCGTGGGGACTGAAGACAAAATGA
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AAGTGTTGGAGGCAGTGAGGACAGCACTGGAGGAGCTGAATGAGCATAACCCAAGCGGGG
GGTACTCAGTCCCAGCACTGTGGAATTTTAAAGAGAAAAGAAAAGCTACACTCAAAGAAG
TGGTCGAATACATGACGCTGCATATCAAGAATCTCAAGAATCTCAAACGCAAAAGAAAGG
GATAAGGAAGGAAGCAGAGAGGCTGGATGAAGAATGAAAACGTGGTCTTTTTATTAGGAA
ATTGATAATTTAAGAACCTACGTTGTTTTACAAATGTTTCCAAATTCCAACGATCAACAA
TGTTCTTACAAATCGACGGTGACTTTTGTGAGTGTTTTAGACTACAGTTTATAAAACTCC
TAGCAGTTATATTAATT

QA 1 737 1 737
DS 



AS 1 2

CO CL8755Contig1 807 2 12 U
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CAATGGGAGAAACAAGTTATGTTAGTACAAGAGTCATGGGTACATTTGGCTATGCTGCTC
CTGAGTATGTGTCCACAGGTCACTTGAATGCTAGAAGCGACGTGTACAGTTTCGGGGTTG
TACTTCTAGAACTACTATCCGGAAGGCGAGCATTGGACCATAACCGACCAGCCAGGGAGC
ACAACCTTGTGGACTGGGCTAGACCGTACCTCACAAGCAGGCGAAAGGTTCTACTAATTG
TGGACTCTCGTCTTGAGTCACAGTACAAACCTGAAGAGGTAGTGAGATTGGCAAGCATCG
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BQ
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AF RR3CK18TF U 1
AF RR3CK18JQ C 9
BS 1 660 RR3CK18TF
BS 661 661 RR3CK18JQ
BS 662 680 RR3CK18TF
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BS 713 713 RR3CK18JQ
BS 714 738 RR3CK18TF
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BS 764 764 RR3CK18JQ
BS 765 786 RR3CK18TF
BS 787 807 RR3CK18JQ

RD RR3CK18TF 786 0 0
GGTGTAAGCCTCTCTCTTGGACTTTACGAGTTAAGGTTGCGCTTGATGCAGCTAAAGGTT
TAGCTTTCCTTCATAGTGACACTGTTAAAGTCATATACCGAGATATCAAGGCCTCCAACA
TCTTGCTCGACTCGGACTTCAATGGAAAGCTTTCAGACTTTGGGTTAGCGAGGGACGGTC
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CTGAGTATGTGTCCACAGGTCACTTGAATGCTAGAAGCGACGTGTACAGTTTCGGGGTTG
TACTTCTAGAACTACTATCCGGAAGGCGAGCATTGGACCATAACCGACCAGCCAGGGAGC
ACAACCTTGTGGACTGGGCTAGACCGTACCTCACAAGCAGGCGAAAGGTTCTACTAATTG
TGGACTCTCGTCTTGAGTCACAGTACAAACCTGAAGAGGTAGTGAGATTGGCAAGCATCG
CTGTGCAGTGCATCTCGTCTGAACCCAAGTCAAGACCGACCATGGACCAAGTGGTCAGAG
CCTTGTTACAACTGCAGGAAAGTATGGCTAAACGGGCTAAAGTTGAGCCGGGTAAAGATA
CCAAGAAAGTTGTGGGATTGAAAGTTGAAGACAAGTACCAGAAAAAGGGATTTAACAAAA
*GACTGTTGGTTTGTAGTAG*TAGATAATATATGTGGTTTACTTACTGTGGT*AGGGTCT
CATGTCTACTCGTGTGTG**TGTAATATTGCGTGTAGTGATTT*GTAACACTGGTTGTTG
TAGTTT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3CK18JQ 799 0 0
CCTCTCTCTTGGACTT*ACGAGTTAAGGT*GCGCTTGATGCAGCTAAAGGTTTAGCTTTC
CTTCATAGTGACACTGTTAAAGTCATATACCGAGATATCAAGGCCTCCAACATCTTGCTC
GACTCGGACTTCAATGGAAAGCTTTCAGACTTTGGGTTAGCGAGGGACGGTCCAATGGGA
GAAACAAGTTATGTTAGTACAAGAGTCATGGGTACATTTGGCTATGCTGCTCCTGAGTAT
GTGTCCACAGGTCACTTGAATGCTAGAAGCGACGTGTACAGTTTCGGGGTTGTACTTCTA
GAACTACTATCCGGAAGGCGAGCATTGGACCATAACCGACCAGCCAGGGAGCACAACCTT
GTGGACTGGGCTAGACCGTACCTCACAAGCAGGCGAAAGGTTTTACTAATTGTGGACTCT
CGTCTTGAGTCACAGTACAAACCTGAAGAGGTAGTGAGATTGGCAAGCATCGCTGTGCAG
TGCATTTCGTCTGAACCCAAGTCAAGACCGACCATGGACCAAGTGGTCAGAGCCTTGTTA
CAACTGCAGGAAAGTATGGCTAAACGGGCTAAAGTTGAGCCGGGTAAAGATACCAAGAAG
GTTGTGGGATTGAAAGTTGAAGACAAGTACCAGAAAAAGGGATTTAACAAAAAGACTGTT
GGTTTGTAGTAGGTAGATAATATATGTGGTTTACTTACTGTGGTTAGGGTCTCATGTCTA
CTCGTGTGTTGTTGTAATATTGCGTGTAGTGATTTTGTAACACTGGTTGTTGTAGTTTTG
CTCCTGAAATACTGATTTG

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

CO CL8756Contig1 811 2 2 U
GACGACCAGCCGCGCTTGCTTGACACACAGACAGGAAAGCTCAACAAAAATGGTGTCGGG
ATCAGGCATATGCTCGAAGCGCGTGGTCGTGGACGCGCGGCACCACATGCTGGGGCGACT
GGCGTCGATCGTCGCCAAGGAGCTGCTGAACGGGCAGAAGGTCGTGATCGTGCGGTGCGA
GGAGATTTGCCTCTCAGGCGGACTCGTCCGCCAGAAAATGAAGTACATGAGGTTCCTCCG
CAAGCGTATGAACACCAAGCCTTCGCACGGGCCCATTCACTTCCGCGCTCCCTCCAAAAT
CTTCTGGCGCACTGTTCGCGGTATGATTCCACACAAAACGAAGCGTGGAGCTGCGACACT
TGCCCGCGTGAAGGTTTTCGAGGGTGTACCTCCACCATATGACAAGGTCAAGAGGATGGT
TATCCCCGATACCCTCAAGGTGTTGAGGCTTCAAGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGG
TCGCCTTTCTTCTGAAGTCGGGTGGAACCACTATGACACCATCAAGGAGCTGGAGACGAA
GAGGAAGGAGAGATCTCAAGTGGTTTACGAGAGAAAGAAACAACTTAACAAACTTAGAGC
CAAGGCTGAGAAGGTTGCCGAAGAGAAGCTCGGTGCACAGCTCGAAATTCTTTCACCAGT
CAAGTACTGAGAGAAGATCATCATCATCATCATCACTAGTTGTGTTGTACTCTTCTCATG
TTTTTGAACCGACCTATCAGACTTTATTACTTAGGGTGTTGTATGAGATTTTGTCCTTAT
ATTATCATTCTCGAGTTCCAATTTATTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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CAAGCGTATGAACACCAAGCCTTCGCACGGGCCCATTCACTTCCGCGCTCCCTCCAAAAT
CTTCTGGCGCACTGTTCGCGGTATGATTCCACACAAAACGAAGCGTGGAGCTGCGACACT
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TATCCCCGATACCCTCAAGGTGTTGAGGCTTCAAGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGG
TCGCCTTTCTTCTGAAGTCGGGTGGAACCACTATGACACCATCAAGGAGCTGGAGACGAA
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CAAG
CTGA

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DS 

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GAGCTGCTGAACGGGCAGAAGGTCGTGATCGTGCGGTGCGAGGAGATTTGCCTCTCAGGC
GGACTCGTCCGCCAGAAAATGAAGTACATGAGGTTCCTCCGCAAGCGTATGAACACCAAG
CCTTCGCACGGGCCCATTCACTTCCGCGCTCCCTCCAAAATCTTCTGGCGCACTGTTCGC
GGTATGATTCCACACAAAACGAAGCGTGGAGCTGCGACACTTGCCCGCGTGAAGGTTTTC
GAGGGTGTACCTCCACCATATGACAAGGTCAAGAGGATGGTTATCCCCGATACCCTCAAG
GTGTTGAGGCTTCAAGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGTCGCCTTTCTTCTGAAGTC
GGGTGGAACCACTATGACACCATCAAGGAGCTGGAGACGAAGAGGAAGGAGAGATCTCAA
GTGGTTTACGAGAGAAAGAAACAACTTAACAAACTTAGAGCCAAGGCTGAGAAGGTTGCC
GAAGAGAAGCTCGGTGCACAGCTCGAAATTCTTTCACCAGTCAAGTACTGAGAGAAGATC
ATCATCATCATCATCACTAGTTGTGTTGTACTCTTCTCATGTTTTTGAACCGACCTATCA
GACTTTATTACTTAGGGTGTTGTATGAGATTTTGTCCTTATATTATCATTCTCGAGTTCC
AATTTATTTCCC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL8757Contig1 604 2 2 U
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TTCAGCATCGGGTCGATATGGCCTTGAGCAGGGAAAGGCACGCAAACAACGTGTGGTTTT
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CCGT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3E883TF U 1
AF RR3E883JQ C 78
BS 1 590 RR3E883TF
BS 591 604 RR3E883JQ

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CGGAACGTAGGAATCCGGTCCAGCGCGTTGGGCCCACGCCAACGGAGTAGACGGTTGTGA
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TTCAGCATCGGGTCGATATGGCCTTGAGCAGGGAAAGGCACGCAAACAACGTGTGGTTTT
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DS 

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ATCCCCATCAGTCTTTAGTAAACCATCAGGGATAGACTCGAACCGGAACGTAGGAATCCG
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GAAGGTGACGTGAAAGCCTTTGTTGTGGAGCAGTTTAGCTAGTTTCAGCATCGGGTCGAT
ATGGCCTTGAGCAGGGAAAGGCACGCAAACAACGTGTGGTTTTTGTCCGCTAGAAACGGT
ATAAGAAGCCATTTTTCTTTTTCGTGCGTCAAAAAAGAAGGAACAATATGGATGTGATTG
ATTTGGGATTTAAAGGACTTTACGGTGAGATTATGTAATTGAATTCTTGTACGTAGTAAC
GTTGATTGTTGACATGTGCGTCACGAGCGAAAATTTCTAGATGCCGT

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 2

CO CL8758Contig1 475 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3HB42JQ C 1
AF RR3HB42TF U 55
BS 1 54 RR3HB42JQ
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RD RR3HB42JQ 475 0 0
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TTTAAGTTGAAGCATAAGGGTCCAGGGATTTTGTCTATGGCTAATTCAGGTCCCAACAGT
TCTTTGTTTGCACGGAGAAGACCTCATGGCTTTGGTTTTGTGTTTTGGAAAGTTGTGGAT
GGGGTACAATGTGGTGAAGGCAAGTGGAGTAGAGTTCTGGATACTACATAAATATCAAAC
AAGTTGGGGATTTTCGTTTTTGTGGTTTCTAGTTATGTGTTTGTAATCTAAGTTGTACAA
TTGTAAGACTTTCGGGATGTGTATATAAGTTATAATGGATCGTCTGGTTCCTGCC

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR3HB42TF 421 0 0
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GTGCCAAGGTGTAGATTTCACACGTGGTGAATCGATTTATGGGACTAAGTTTCAGGAAGA
GAGATCTTTAAGTTGAAGCATAAGGGTCCAGGGATTTTGTCTATGGCTAATTCAGGTCCC
AACAGTTCTTTGTTTGCACGGAGAAGACCTCATGGCTTTGGTTTTGTGTTTTGGAAAGTT
GTGGATGGGGTACAATGTGGTGAAGGCAAGTGGAGTAGAGTTCTGGATACTACATAAATA
TCAAACAAGTTGGGGATTTTCGTTTTTGTGGTTTCTAGTTATGTGTTTGTAATCTAAGTT
GTACAATTGTAAGACTTTCGGGATGTGTATATAAGTTATAATGGATCGTCTGGTTCCTGC
C

QA 1 421 1 421
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTTCTCTTTCTTTCTTCTCCTTTTTTTCGATTGTCAATATGTTTCTCACATCTGCGATCT
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AACATCAACGCCAAATTGGTCCGTTTAAGTCAACGACTACAGAAACATCAAGAAGTAACA
TATCTAGTACTAGTGGATTCTCTGCTGGAAGTGGTGGAGATGCTTGCCCTAAGGGTCAGA
TACTTCCCGTTCCGAACTTGAGGATAGTTTATACCGTTGCTGAGGTGCTTTTGAGGTAAA
GGGCAGAACATGGAAGGTCACGATTGATTGTATCTTTACGGGAAATCATAGTGTATCTTG
TAGGAAAAATATTGAAACTTTTGAATTTCAATTGGATTGTGAAAGCTCTTCCTCTTCCTC
TGATTCAATTTTAATTGACTAAGAAACAAAACAAGTCCTATCTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3B496JQ C 1
AF RR3B496TF U 1
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CTTCTCTTTCTTTCTTCTCCTTTTTTTCGATTGTCAATATGTTTCTCACATCTGCGATCT
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AACATCAACGCCAAATTGGTCCGTTTAAGTCAACGACTACAGAAACATCAAGAAGTAACA
TATCTAGTACTAGTGGATTCTCTGCTGGAAGTGGTGGAGATGCTTGCCCTAAGGGTCAGA
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TGATTCAATTTTAATTGACTAAGAAACAAAACAAGTCCTATCTAT

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3B496TF 525 0 0
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CGTTGATCAGAGGATTTTCCGAGTTTCAGATCAACAATCATGGACACCGCTGGAAACAAA
AACATCAACGCCAAATTGGTCCGTTTAAGTCAACGACTACAGAAACATCAAGAAGTAACA
TATCTAGTACTAGTGGATTCTCTGCTGGAAGTGGTGGAGATGCTTGCCCTAAGGGTCAGA
TACTTCCCGTTCCGAACTTGAGGATAGTTTATACCGTTGCTGAGGTGCTTTTGAGGTAAA
GGGCAGAACATGGAAGGTCACGATTGATTGTATCTTTACGGGAAATCATAGTGTATCTTG
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TGATTCAATTTTAATTGACTAAGAAACAAAACAAGTCCTATCTAT

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

CO CL8761Contig1 1043 2 4 U
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AGAAAATAACATCTTGAATCATTTAAATTTAAAGAATGTTTTGTTTTAAGAATTTAAAGA
AGTGATTGAGAGGAAAAAATGCTGAGAATCGAATGAAGGGAAAGGAGAGAGATTTGACTT
AAGTATGACAAATCCAAGCTAAAAGGTATACACTTGGACAAAGAGGAAAGCTTTTGGGTG
TTCGAATTGAGACAGATATAGAGATTATGAGACTCTGAGACCAGAGAGTATAATTGAACA
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CTACCCTATCTAACCCACTGCGATACAAATGATACTAAACATGGCTTGCAAATTAAAGTT
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AGCTATCATCTCTCTCCCCAAAGCCCCCTTTTGTCATAATGCTTTGGTGAAGGCAACAAT
GAACTTACAGTGTATCCATCTCTCTCTTGGTTTTCATATATTTTTATTGTAACTGTTTTT
CAAATGTTTCTTCGATTATCATTGCAGCTTATTTAACGCTTATGAAGATTCAGAATTTTA
AAGGACTGCAACACTGTAATAGAAACGATTCGTAATTAAAACTATTGCCAGCTTGATAGA
CAAACAAGCTTGACTGTGTTTATCTTCATTATTGATCAATTCTGTTTTGGTACAATTGAT
TGATCAGCTTGAACATAGGAAAGGTCCTCTAGAACAGTTCACACATGAGATGGAACTGTT
TTTAATGAGATGGAACTGTTTCTAAGGAAGCAGTGTATGCCTATCAATAAATGTTGTATC
TTTTTATGAACTTCAGCTTTCAAATTAAAATGCAAAAAGAAATAAAAATTACAGCCCATA
AGCTAAGGTTTTGTTTAGGAGCCCATCAAGCCCAATTAATATTAAGACACATTAGAGATT
AGGAAGCCATTAAAGCCCAGTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C763TF U 1
AF RR3C763JQ C 245
BS 1 723 RR3C763TF
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BS 793 1043 RR3C763JQ

RD RR3C763TF 792 0 0
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AGAAAATAACATCTTGAATCATTTAAATTTAAAGAATGTTTTGTTTTAAGAATTTAAAGA
AGTGATTGAGAGGAAAAAATGCTGAGAATCGAATGAAGGGAAAGGAGAGAGATTTGACTT
AAGTATGACAAATCCAAGCTAAAAGGTATACACTTGGACAAAGAGGAAAGCTTTTGGGTG
TTCGAATTGAGACAGATATAGAGATTATGAGACTCTGAGACCAGAGAGTATAATTGAACA
TGACAAAAAGGTGCAGTGAGTCTTTGAAGACAATCTAACATGACGTATGTGGGTTCAATC
CTACCCTATCTAACCCACTGCGATACAAATGATACTAAACATGGCTTGCAAATTAAAGTT
TTATTATTTTTGTGGTGTTAACTAACACCATTTGTCTTTCAAGTGGGTCCCGCCACTGAA
AGCTATCATCTCTCTCCCCAAAGCCCCCTTTTGTCATAATGCTTTGGTGAAGGCAACAAT
GAACTTACAGTGTATCCATCTCTCTCTTGGTTTTCATATATTTTTATTGTAACTGTTTTT
CAAATGTTTCTTCGATTATCATTGCAGCTTATTTAACGCTTATGAAGATTCAGAATTTTA
AAGGACTGCAACACTGTAATAGAAACGATTCGTAATTAAAACTATTGCCAGCTTGATAGA
CAA*CAAGCTTGACTGTGTTTATCTTCATTATTGATCAATTCTGTTTTGGTACAATTGAT
TGATCAGCTTGA

QA 1 792 1 792
DS 

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AAAAAGGTGCAGTGAGTCTTTGAAGACAATCTAACATGACGTATGTGGGTTCAATCCTAC
CCTATCTAACCCACTGCGATACAAATGATACTAAACATGGCTTGCAAATTAAAGTTTTAT
TATTTTTGTGGTGTTAACTAACACCATT*GTCTTTCAAGTGGGTCC*GCCACTGAAAGCT
ATCATCTCTCTCCC*AAAGCCCCCTTTTGTCATAATGCTTTGGTGAAGGCAACAATGAAC
TTACAGTGTATCCATCTCTCTCTTGGTTTTCATATATTTTTATTGTAACTGTTTT*CAAA
TGTTTCTTCGATTATCATTGCAGCTTATTTAACGCTTATGAAGATTCAGAATTTTAAAGG
ACTGCAACACTGTAATAGAAACGATTCGTAATTAAAACTATTGCCAGCTTGATAGACAAA
CAAGCTTGACTGTGTTTATCTTCATTATTGATCAATTCTGTTTTGGTACAATTGATTGAT
CAGCTTGAACATAGGAAAGGTCCTCTAGAACAGTTCACACATGAGATGGAACTGTTTTTA
ATGAGATGGAACTGTTTCTAAGGAAGCAGTGTATGCCTATCAATAAATGTTGTATCTTTT
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AAGGTTTTGTTTAGGAGCCCATCAAGCCCAATTAATATTAAGACACATTAGAGATTAGGA
AGCCATTAAAGCCCAGTAG

QA 1 799 1 799
DS 



AS 1 2

CO CL8762Contig1 601 2 1 U
GGATGGACACCGATGCAAAGCTACAGGAGCTTCAAGCTTACGTGGAGATATACTCTCTTA
CCGAATGGTGGATAATGGAAGATCTGCAAAACGACTGTGCCAAAGTGATTCTCTCTTGCT
TGGAATCAGCTAGAGAGCTATCGATCAAAACAATCGAATTAGCTGCGAGTTTCTCGATGT
GGAAACTGGTGGAAGCGGCTGCTGAGCATGCGGCTCCTATATACCATCAGCTTCGTGACT
CGGGTGAGCTCGACGAGTTGGATGATGAGCTGGTTAACTTGATCCGAACCGCTGCTGTTC
AGTTTTCTCAACAGGGTGGTTGAGAAGTCTGAGAAGTCTGGACTCTTTGGTTCTTTATGG
AGAGAGGATAGTGTGTGGTCGCATCAGCTACCAAGTATATAGGATCCGAGATGGTTTGGT
TACTTATAGCCATTTATACTAATCCCTTTTGGAGATTAATGTTCACGGTTTTCGATAGGG
AGAGCATCTGTTGTGTGATTTTTTTTTTGTTATTTTCTCAAAAAGACTGTTTTGTAAGGT
AAACAACGGTTATGTACAATGTAAATTCTGTAAACTATATGAACAATTTTGAAGAATTCG
C


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 

AF RR3A052JQ C 1
AF RR3A052TF U 1
BS 1 601 RR3A052TF

RD RR3A052JQ 601 0 0
GGATGGACACCGATGCAAAGCTACAGGAGCTTCAAGCTTACGTGGAGATATACTCTCTTA
CCGAATGGTGGATAATGGAAGATCTGCAAAACGACTGTGCCAAAGTGATTCTCTCTTGCT
TGGAATCAGCTAGAGAGCTATCGATCAAAACAATCGAATTAGCTGCGAGTTTCTCGATGT
GGAAACTGGTGGAAGCGGCTGCTGAGCATGCGGCTCCTATATACCATCAGCTTCGTGACT
CGGGTGAGCTCGACGAGTTGGATGATGAGCTGGTTAACTTGATCCGAACCGCTGCTGTTC
AGTTTTCTCAACAGGGTGGTTGAGAAGTCTGAGAAGTCTGGACTCTTTGGTTCTTTATGG
AGAGAGGATAGTGTGTGGTCGCATCAGCTACCAAGTATATAGGATCCGAGATGGTTTGGT
TACTTATAGCCATTTATACTAATCCCTTTTGGAGATTAATGTTCACGGTTTTCGATAGGG
AGAGCATCTGTTGTGTGATTTTTTTTTTGTTATTTTCTCAAAAAGACTGTTTTGTAAGGT
AAACAACGGTTATGTACAATGTAAATTCTGTAAACTATATGAACAATTTTGAAGAATTCG
C

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3A052TF 601 0 0
GGATGGACACCGATGCAAAGCTACAGGAGCTTCAAGCTTACGTGGAGATATACTCTCTTA
CCGAATGGTGGATAATGGAAGATCTGCAAAACGACTGTGCCAAAGTGATTCTCTCTTGCT
TGGAATCAGCTAGAGAGCTATCGATCAAAACAATCGAATTAGCTGCGAGTTTCTCGATGT
GGAAACTGGTGGAAGCGGCTGCTGAGCATGCGGCTCCTATATACCATCAGCTTCGTGACT
CGGGTGAGCTCGACGAGTTGGATGATGAGCTGGTTAACTTGATCCGAACCGCTGCTGTTC
AGTTTTCTCAACAGGGTGGTTGAGAAGTCTGAGAAGTCTGGACTCTTTGGTTCTTTATGG
AGAGAGGATAGTGTGTGGTCGCATCAGCTACCAAGTATATAGGATCCGAGATGGTTTGGT
TACTTATAGCCATTTATACTAATCCCTTTTGGAGATTAATGTTCACGGTTTTCGATAGGG
AGAGCATCTGTTGTGTGATTTTTTTTTTGTTATTTTCTCAAAAAGACTGTTTTGTAAGGT
AAACAACGGTTATGTACAATGTAAATTCTGTAAACTATATGAACAATTTTGAAGAATTCG
C

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL8763Contig1 1161 2 6 U
GATATTTTCTGATGCTGTCCCAAGCCCTCCGGCAAATGCAAACGACGGTTTCACTGCAAA
ACCTTCCATGTTTGATGAATCTGTCCCGAGCACTCCAGCAACAACCACTGCCTCTTACCC
AGGCAAGCAATCATACTTCGATGAGTCTGTTCCAAGCACTCCTGCCTACCCAGGCAAGCA
ATCATACTTTGATGAGTCTGTTCCAAGCACCCCTGCCTACGCAGGGAAATCGTTCTTCGA
CGACTCGGTTCCAAGCACTCCTGCTTATCCCGGAAGCTTGTTTCCTGAAAAGAAATCATT
CTTCGATGACTCGGTCCCAAGCACTCCTGCTTATAGCACGTCTGATTTTGGCGGGAAGCC
GTTTGCATCAGAGACTCCTCGTTCGGACAGCTTGTTCCCAGGAAGAAGTCCCTTCATGTT
CGACTCTGTCCCAAGCACACCTGCTGCACACGATGACTTCTCTTCCAACAGCTTCTCTTC
CAACAGCTTCTCCCGCTTCGATTCGTTCAACAGCAATAACAACAACAACGACGCTTTCTC
TCTATCCCGCTCAGACTCGATGCGCAGCACAAGCGAGCCTGACCCATTCGCATCCAGGTT
CGATTCTTTCAATTATCAAAGATATGATTCCTTCAATGCACAAAGCTACGACAACACATC
CGAGACACCTAAAGCGTCATTGTCGAGATTTGACTCAATGGGAAGTACCAGAGACTCTGA
TTACAGTCACGGGTTTGGGTTCGATGACCATGACCCGTTCGGTTCTACGGGACCATTCAA
AACAACGTCAACAACAGCTGAGACGCCTCGGAGCTCTGATCACTGGAGTGCCTTCTAGCC
CCACGTTTGATACGAATACGGTGATCACATATCCTATACTAGTTTGGTATTTTTTTACAG
TCCCTGTCGGAAGAGTTTTATGTATTTGTTTGGTTTGCCCTCTGTTTGCTTCATTTATTG
TATTGATAATATATTTCTTTTGCCATTTTTTTGAATGATTTTTGACGAGTGTCCTTTGAT
AGCGTTTCTTTCTTTGCTATCTATTGATTATGGTTTATGAATAATCAAATTTCATGTTTC
CCTGTGAAACATGAAATATATACTGTATCTTTGTAATCGTCTGCTACGTATGGATGGATT
ATCTTCAGTTGTTTTTGTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EF13TF U 1
AF RR3EF13JQ C 502
BS 1 721 RR3EF13TF
BS 722 722 RR3EF13JQ
BS 723 748 RR3EF13TF
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BS 750 765 RR3EF13TF
BS 766 1161 RR3EF13JQ

RD RR3EF13TF 765 0 0
GATATTTTCTGATGCTGTCCCAAGCCCTCCGGCAAATGCAAACGACGGTTTCACTGCAAA
ACCTTCCATGTTTGATGAATCTGTCCCGAGCACTCCAGCAACAACCACTGCCTCTTACCC
AGGCAAGCAATCATACTTCGATGAGTCTGTTCCAAGCACTCCTGCCTACCCAGGCAAGCA
ATCATACTTTGATGAGTCTGTTCCAAGCACCCCTGCCTACGCAGGGAAATCGTTCTTCGA
CGACTCGGTTCCAAGCACTCCTGCTTATCCCGGAAGCTTGTTTCCTGAAAAGAAATCATT
CTTCGATGACTCGGTCCCAAGCACTCCTGCTTATAGCACGTCTGATTTTGGCGGGAAGCC
GTTTGCATCAGAGACTCCTCGTTCGGACAGCTTGTTCCCAGGAAGAAGTCCCTTCATGTT
CGACTCTGTCCCAAGCACACCTGCTGCACACGATGACTTCTCTTCCAACAGCTTCTCTTC
CAACAGCTTCTCCCGCTTCGATTCGTTCAACAGCAATAACAACAACAACGACGCTTTCTC
TCTATCCCGCTCAGACTCGATGCGCAGCACAAGCGAGCCTGACCCATTCGCATCCAGGTT
CGATTCTTTCAATTATCAAAGATATGATTCCTTCAATGCACAAAGCTACGACAACACATC
CGAGACACCTAAAGCGTCATTGTCGAGATTTGACTCAATGGGAAGTACCAGAGACTCTGA
T*ACAGTCACGGGTTTGGGTTCGATGAC*ATGACCCGTTCGGTTC

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3EF13JQ 660 0 0
TTCGTTCAACAGCAATAACAACAACAACGACGCTTTCTCTCTATCCCGCTCAGACTCGAT
GCGCAGCACAAGCGAGCCTGACCCATTCGCATCCAGGTTCGATTCTTTCAATTATCAAAG
ATATGATTCCTTCAATGCACAAAGCTACGACAACACATCCGAGACACCTAAAGCGTCATT
GTCGAGATTTGACTCAATGGGAAGTACCAGAGACTCTGATTACAGTCACGGGTTTGGGTT
CGATGACCATGACCCGTTCGGTTCTACGGGACCATTCAAAACAACGTCAACAACAGCTGA
GACGCCTCGGAGCTCTGATCACTGGAGTGCCTTCTAGCCCCACGTTTGATACGAATACGG
TGATCACATATCCTATACTAGTTTGGTATTTTTTTACAGTCCCTGTCGGAAGAGTTTTAT
GTATTTGTTTGGTTTGCCCTCTGTTTGCTTCATTTATTGTATTGATAATATATTTCTTTT
GCCATTTTTTTGAATGATTTTTGACGAGTGTCCTTTGATAGCGTTTCTTTCTTTGCTATC
TATTGATTATGGTTTATGAATAATCAAATTTCATGTTTCCCTGTGAAACATGAAATATAT
ACTGTATCTTTGTAATCGTCTGCTACGTATGGATGGATTATCTTCAGTTGTTTTTGTAGG

QA 1 660 1 660
DS 



AS 1 2

CO CL8764Contig1 879 2 2 U
GGGGGTTTACTTACGTCGGTGACTTTCTTCCGATCTTGAAGCTGTTTGATTTCGATGGAT
ATGTTAAGAGAGTGAAGAAACTTGGCTCGAGACTAGATAAGTTTATGCAGGAACTGGTCA
CGAACACAGTAGAAACAGGGGACAAACAGAGTTCAAGAACACGATGATCACTCATTTGCT
CACTCTTCAAGAAACGCAACCTGAGTACTACACTGACGAGATCATCAAAGGACTCGTAAT
GGTGATGATAGATGCCGGGACGGACACAACCGCAGTGACATTGGAATGGGCGATGGCTAA
CCTTCTAAACCATCCAGATGTTCTAGCGAAAGCCAAGACGGAATTAAACAACGTCGTCTC
AAGTAAAGGGCGTTTGATGGAGGAATCTGATTCGAGCACTTGTACATACCTCAATAATGT
GATTTCGGAGACTCTCCGATTGTATCCTGCTGGGCCAATGCTGGTCCCTCACGCGTCGTC
GGTTGACTGTAAAGTTGCTGGGTATGATATCCCACGTGGCACATGGCTATTCGTTAACGC
GTGGGCAATTCAGAGAGATCCAAAGGTGTGGGATGAGCCTGAGGCCTTTAAACCAGAAAG
GTTCGATAATGAGGAGTGGAAGACCACCAAACGTGGTAACTTTTTACCATTTGGAATAGG
TAGAAGGGCGTGTCCTGGAATGGGGCTGGCACAAATTTTATTGAGCTCAGCTTTAGGATC
ATTGATCCAATGTTTTGACTGGGAGAGGGATGAAGACATTGCAGTTGTGCCTTTAGTTGC
CAAATGCAAGTCTTCTCCTATCCTAGACAATGTTGTCGTTTAAACTTATGTATTTTATTT
CCGGTCATTAACTAATAAGAACTTAATGGTTTCCTCTTT


BQ
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BQ
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AF RR3EQ22TF U 1
AF RR3FL13TF U 1
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TATCGTCTGGGCCCAATATTTTGTGG

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ51TF U 1
AF RR3AA96TF U 157
BS 1 662 RR3CJ51TF
BS 663 663 RR3AA96TF
BS 664 667 RR3CJ51TF
BS 668 668 RR3AA96TF
BS 669 673 RR3CJ51TF
BS 674 674 RR3AA96TF
BS 675 700 RR3CJ51TF
BS 701 772 RR3AA96TF

RD RR3CJ51TF 701 0 0
GCAACAGGTTTAGCAAGGATATCAGTCTCCGGTCCATCGCTTTCCTCCGGTATTGTGCAA
CAAAGCTTGCAGAAGGAAATCTTAAATCACCATCAACGAACAAAGACAAGGAAACTTCCG
GAAAGACTCCTCAGTCATCTCTCCAAACAGGAAAAAGCGGAAGACTAGAGAACGGAGAGA
TCGTAAACAGCAATAATCAGCTATACTTTTGGTTTCCTCTACTAGCAGGCTTGTCAGAGC
TTAGTTTCGATCCAAGACCAGAAATCAGGAAAAGTGCTCTACAGATTCTGTTCGACACCT
TACGCAACCACGGCCACTTATTTTCTCTCCCATTATGGGAAAAAGTATTCGAATCTGTGT
TATTTCCTATATTTGACTACGTACGGCATGGTATTGATCCAACTGGAGGAGACGAGTCTC
CAGATCAAGGAAGTCATGGTGACGTGGACGAGCTAGACCATGATGCTTGGCTATACGAGA
CCTGCACGTTAGCACTACAGCTTGTAGTGGATCTCTTTGTCAAATTCTACACTACCGTCA
ATCCACTTCTAAAGAAAGTGCTAATGCTTCTTGTGAGCTTCATAAAGAGACCTCACCAGA
GCCTTGCAGGGATTGGTATCGCTGCGTTTGTTCGTCTTATGAGCGATGCTGGTGTCTTGT
TT*CTGA*GAGAA*TGGTTAGAAGTAGTGTCGTCTTTGAA
G

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3AA96TF 616 0 0
GCGGAAGACTAGAGAACGGAGAGATCGTAAACAGCAATAATCAGCTATACTTTTGGTTTC
CTCTACTAGCAGGCTTGTCAGAGCTTAGTTTCGATCCAAGACCAGAAATCAGGAAAAGTG
CTCTACAGATTCTGTTCGACACCTTACGCAACCACGGCCACTTATTTTCTCTCCCATTAT
GGGAAAAAGTATTCGAATCTGTGTTATTTCCTATATTTGACTACGTACGGCATGGTATTG
ATCCAACTGGAGGAGACGAGTCTCCAGATCAAGGAAGTCATGGTGACGTGGACGAGCTAG
ACCATGATGCTTGGCTATACGAGACCTGCACGTTAGCACTACATCTTGTAGTGGATCTCT
TTGTCAAATTCTACACTACCGTCAATCCACTTCTAAAGAAAGTGCTAATGCTTCTTGTGA
GCTTCATAAAGAGACCTCACCAGAGCCTTGCAGGGATTGGTATCGCTGCGTTTGTTCGTC
TTATGAGCGATGCTGGTGTCTTGTTTTCTGAAGAGAAATGGTTAGAAGTAGTGTCGTCTT
TGAAAGAATCGGCGAAGACGACGTGTCCAGACTTTTCTTATTTCCTCAGCGAAGAGTATG
TAGAGAGAAGCCAGAG

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

CO CL8767Contig1 750 2 8 U
GGGGTTTAAAAGCCCTCTCCATGCATTCCTCTTGTTTATATATTAAGTGCTTCCTCTCTC
TAAGATTTCTGAGTCCTGACCATCAATCTTTCTAGCTAAGTGAGTAGGTACAGTACGTAC
AAATATATATATAGAGCAGAGAGCGTTGGAGCAGAGAAATGGGTTTGAGATCCATCATAT
CGACCATCACATACGGTTTGTTCCTTGGCTATCCACACAAGAAGCCAAAGGTCAAAAGTA
TGAGCCACCTCAACTATTACCACACCGTGCCAAAGGCTCGTCCACTTTCTTTACAGACGA
TAGACCTAAAAGTACGGATGTGCTGCAGTGGTTGCGAGAGGGTAGTCAAGCATGCCATTT
ACAAGTTGAGAGGAGTGGACTCGGTAGAGGTGAACCTGGAGTTGGAGAGAGTGACGGTGG
TTGGGTACGTGGAGAGGAAGAATGTGCTAAAAGCGGTAAGAAGGGCCGGTAAGCGAGCGG
AGTTCTGGCCATACCCGGACATGCCTCGCTACTTCACTTCCTCGGACCACTACTTCAAAG
ACACAACCCGCGAGTTCAGGGAAAGCTACAACTACTACCGCCACGGCTACAACCTCAGCG
ACCGTCATGGTCACATCCACGTCACTAACCGTGGCGACGATAAAGTCAGCAACTTCTTTA
ACGACGACAACGTCCACGCTTGTCGCCTTATGTAATCAAATGTTTTAACGTTTCTTAAAA
AGCCAATCATCCCTATATATGTAATATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DG69TF U 1
AF RR3DG69JQ C 205
BS 1 669 RR3DG69TF
BS 670 670 RR3DG69JQ
BS 671 720 RR3DG69TF
BS 721 721 RR3DG69JQ
BS 722 731 RR3DG69TF
BS 732 732 RR3DG69JQ
BS 733 743 RR3DG69TF
BS 744 750 RR3DG69JQ

RD RR3DG69TF 750 0 0
GGGGTTTAAAAGCCCTCTCCATGCATTCCTCTTGTTTATATATTAAGTGCTTCCTCTCTC
TAAGATTTCTGAGTCCTGACCATCAATCTTTCTAGCTAAGTGAGTAGGTACAGTACGTAC
AAATATATATATAGAGCAGAGAGCGTTGGAGCAGAGAAATGGGTTTGAGATCCATCATAT
CGACCATCACATACGGTTTGTTCCTTGGCTATCCACACAAGAAGCCAAAGGTCAAAAGTA
TGAGCCACCTCAACTATTACCACACCGTGCCAAAGGCTCGTCCACTTTCTTTACAGACGA
TAGACCTAAAAGTACGGATGTGCTGCAGTGGTTGCGAGAGGGTAGTCAAGCATGCCATTT
ACAAGTTGAGAGGAGTGGACTCGGTAGAGGTGAACCTGGAGTTGGAGAGAGTGACGGTGG
TTGGGTACGTGGAGAGGAAGAATGTGCTAAAAGCGGTAAGAAGGGCCGGTAAGCGAGCGG
AGTTCTGGCCATACCCGGACATGCCTCGCTACTTCACTTCCTCGGACCACTACTTCAAAG
ACACAACCCGCGAGTTCAGGGAAAGCTACAACTACTACCGCCACGGCTACAACCTCAGCG
ACCGTCATGGTCACATCCACGTCACTAACCGTGGCGACGATAAAGTCAGCAACTTCTTTA
ACGACGACA*CGTCCACGCTTGTCGCCTTATGTAATCAAATGTTTTAACGTTTCTTAAAA
*GCCAATCATCTCTATATATGTA
TATGTAC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3DG69JQ 546 0 0
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CCGTGCCAAAGGCTCGTCCACTTTCTTTACAGACGATAGACCTAAAAGTACGGATGTGCT
GCAGTGGTTGCGAGAGGGTAGTCAAGCATGCCATTTACAAGTTGAGAGGAGTGGACTCGG
TAGAGGTGAACCTGGAGTTGGAGAGAGTGACGGTGGTTGGGTACGTGGAGAGGAAGAATG
TGCTAAAAGCGGTAAGAAGGGCCGGTAAGCGAGCGGAGTTCTGGCCATACCCGGACATGC
CTCGCTACTTCACTTCCTCGGACCACTACTTCAAAGACACAACCCGCGAGTTCAGGGAAA
GCTACAACTACTACCGCCACGGCTACAACCTCAGCGACCGTCATGGTCACATCCACGTCA
CTAACCGTGGCGACGATAAAGTCAGCAACTTCTTTAACGACGACAACGTCCACGCTTGTC
GCCTTATGTAATCAAATGTTTTAACGTTTCTTAAAAAGCCAATCATCCCTATATATGTAA
TATTAC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL8768Contig1 946 2 2 U
GATTGAAGAAGAAACAAGAGACAAAATGGTGAAGAGTCTTCAGGATTACTCAAGAGGTGT
CATAGAATCTAAGGCCAAGGAAGAAGCTGGAAAGGTTTTGATGCGTATGAAAGATAGGTT
TGCTACAATCTTCAGCAATGATGCTGATTCAATCCGCGAGTTTGGACTGGGAAAGAAGAT
CTTCGGGCAATCACTAAAGCAGCTAGATCAGCTTCCTTGAAGTTGCTTTCAGTAATGGCT
GTAATGCGATTGAGTGATGAAACCGATAACATCGAGAAGACACTAACTGTCGCTCTTTTG
GATTCAACAACGTCTAAGAAAAGCATTACAGCATCTGATCCATTGGCTTCAAGCACTTGG
GATGAGATTCCATCATCAAGAACTTTGATCACACCGGTCCAGTGTAAATCTATACGGAGA
CAGTTCAAGACAGAAACAGAGTATACAGTGACTCAAGCCATATCTGCACAGGAAGCGAAT
AAGCGTGGTAATAACTGGTTACCCCCTCCATGGGCTATTTTTGCATTGATCATACTTGGA
TTCAACGAGTTCATGACTCTTCTAAGAAACCCTCTCTATCTTGGTGTCTTGTTTGTTGGT
TTCTTACTTCTGAAAGCACTCTGGACGCAACTGGATATCCCTGGCGAGTTTCGCAATGGT
GCACTTCCAGGACTCATTTCGATATCAGCAAAGTTTGTTCCCACAATCATGAACCTTGTC
AAGAATCTTGCTGAACAAGGGGAAGCTCCTCCTCCAGCTACTCCAGAGAACCGTCGTCCT
AGCAACAACACTTCTTCATCAGAAAATCCACCAGAGCACAAAAGTGCATCAAAGACGGAT
TAAGAGGAGAGTAACAAAGAATCTTCTTATGATTTCCAAAGGTTTGTTCTCCAATACTTG
GTGTTTTTTAACTTGTTCAAGAACGTTGCTCACTTTTCTTTATACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AE30TF U 1
AF RR3AE30JQ C 205
BS 1 734 RR3AE30TF
BS 735 946 RR3AE30JQ

RD RR3AE30TF 734 0 0
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CATAGAATCTAAGGCCAAGGAAGAAGCTGGAAAGGTTTTGATGCGTATGAAAGATAGGTT
TGCTACAATCTTCAGCAATGATGCTGATTCAATCCGCGAGTTTGGACTGGGAAAGAAGAT
CTTCGGGCAATCACTAAAGCAGCTAGATCAGCTTCCTTGAAGTTGCTTTCAGTAATGGCT
GTAATGCGATTGAGTGATGAAACCGATAACATCGAGAAGACACTAACTGTCGCTCTTTTG
GATTCAACAACGTCTAAGAAAAGCATTACAGCATCTGATCCATTGGCTTCAAGCACTTGG
GATGAGATTCCATCATCAAGAACTTTGATCACACCGGTCCAGTGTAAATCTATACGGAGA
CAGTTCAAGACAGAAACAGAGTATACAGTGACTCAAGCCATATCTGCACAGGAAGCGAAT
AAGCGTGGTAATAACTGGTTACCCCCTCCATGGGCTATTTTTGCATTGATCATACTTGGA
TTCAACGAGTTCATGACTCTTCTAAGAAACCCTCTCTATCTTGGTGTCTTGTTTGTTGGT
TTCTTACTTCTGAAAGCACTCTGGACGCAACTGGATATCCCTGGCGAGTTTCGCAATGGT
GCACTTCCAGGACTCATTTCGATATCAGCAAAGTTTGTTCCCACAATCATGAACCTTGTC
AAGAATCTTGCTGA

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3AE30JQ 742 0 0
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GATAACATCGAGAAGACACTAACTGTCGCTCTTTTGGATTCAACAACGTCTAAGAAAAGC
ATTACAGCATCTGATCCATTGGCTTCAAGCACTTGGGATGAGATTCCATCATCAAGAACT
TTGATCACACCGGTCCAGTGTAAATCTATACGGAGACAGTTCAAGACAGAAACAGAGTAT
ACAGTGACTCAAGCCATATCTGCACAGGAAGCGAATAAGCGTGGTAATAACTGGTTACCC
CCTCCATGGGCTATTTTTGCATTGATCATACTTGGATTCAACGAGTTCATGACTCTTTTA
AGAAACCCTCTCTATCTTGGTGTCTTGTTTGTTGGTTTCTTACTTCTGAAAGCACTCTGG
ACGCAACTGGATATCCCTGGCGAGTTTCGCAATGGTGCACTTCCAGGACTCATTTCGATA
TCAGCAAAGTTTGTTCCCACAATCATGAACCTTGTCAAGAATCTTGCTGAACAAGGGGAA
GCTCCTCCTCCAGCTACTCCAGAGAACCGTCGTCCTAGCAACAACACTTCTTCATCAGAA
AATCCACCAGAGCACAAAAGTGCATCAAAGACGGATTAAGAGGAGAGTAACAAAGAATCT
TCTTATGATTTCCAAAGGTTTGTTCTCCAATACTTGGTGTTTTTTAACTTGTTCAAGAAC
GTTGCTCACTTTTCTTTATACA

QA 1 742 1 742
DS 



AS 1 2

CO CL8769Contig1 1201 2 4 U
GGATGGCTCCCACTGTAAACAATCTTTCAGTTGCTCTCTTCGTCTTCATCTCCTTTTTCC
CCTCAACTCTGTCTATAATCCTAAAATACCCGGCAATCATCAACTTTGGGGATTCAAATT
CTGATACGGGCAATCTTATCTCCGCGGGGATTGAAAGTGTCTATCCACCGTATGGCCAGA
CTTGCTTCAAGCTTCCCTCAGGAAGATATTGTGACGGGCGCCTTATTGTAGATTTTCTAT
TGGATGCAATGGACATGCCATTTCTAAATCCGTATTTGGATTCACTTGGTTTACCAAATT
TCAAAAAAGGGTGTAACTTTGCAGCAGCCGGATCCACCATCCTTCCCGCTAACCCCACCT
CTGTTTCTCCCTTCTCCTTTGATCTTCAAATCTCTCAATTTATCCGGTTCAAATCTCGGG
CACTTGAACTACTTGCTAAAACAGGAAAGAGATATGAAAGGTACTTGCCACCATCTGATT
ATTATGCAAAAGGACTATACATGATTGACATAGGGCAAAATGATCTTGCTGGTGCCTTTT
ACTCCAAGACTCTTGACCAAGTTCTTGCCTCTATTCCTTCCACTCTTGAAACTTTTGAGG
CTGGGCTCAAGAGGCTGTATGAAGAAGGAGCTAGAAACTTTTGGATACACAACACAGGAC
CTTTAGGATGTTTGGCTCAAAATATTGCCAAATTTGGGACAGATTCAACAAAGCTTGATG
AGTTTGGATGTGTTAGTTCCCATAACAAAGCAGCCAAACTGTTCAATCTTCAACTGCATG
CTCTCTCAAACAAATTTCAAGCCCAGTTCCCTGATTCAAATGTTACTTACGTTGATATAT
TCTCGATCAAATCCAATCTTATTGCTAACTATTCTCAATTCGGTTTTGAAAACCCTATAA
TGGTATGTTGTGGAATTGGTGGAGCGCCTTTAAACTATGATAGTCGCATTTCGTGTGGCC
AAACTAAAGTCTTAGACGGGACAACCGTAACGGCCAAAGCATGCAACGACAGTTCCGAAT
ACATAAACTGGGATGGAATTCACTATACTGAAGCCGCAAACCATTTCGTTTCGGATCAGA
TCTTAACTGGGAAGTATTCCGATCCAGCGTTTTCAGATCAGATGCCTTTTCTTCTAAGCA
TAAAACTTTAAAATGGTGTAATAATTGGTTGGTTTCATTAAATTGTTTTCAATTTTCGGC
C


BQ
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10 

AF RR3CR68TF U 1
AF RR3CR68JQ C 392
BS 1 765 RR3CR68TF
BS 766 766 RR3CR68JQ
BS 767 789 RR3CR68TF
BS 790 1201 RR3CR68JQ

RD RR3CR68TF 789 0 0
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CCTCAACTCTGTCTATAATCCTAAAATACCCGGCAATCATCAACTTTGGGGATTCAAATT
CTGATACGGGCAATCTTATCTCCGCGGGGATTGAAAGTGTCTATCCACCGTATGGCCAGA
CTTGCTTCAAGCTTCCCTCAGGAAGATATTGTGACGGGCGCCTTATTGTAGATTTTCTAT
TGGATGCAATGGACATGCCATTTCTAAATCCGTATTTGGATTCACTTGGTTTACCAAATT
TCAAAAAAGGGTGTAACTTTGCAGCAGCCGGATCCACCATCCTTCCCGCTAACCCCACCT
CTGTTTCTCCCTTCTCCTTTGATCTTCAAATCTCTCAATTTATCCGGTTCAAATCTCGGG
CACTTGAACTACTTGCTAAAACAGGAAAGAGATATGAAAGGTACTTGCCACCATCTGATT
ATTATGCAAAAGGACTATACATGATTGACATAGGGCAAAATGATCTTGCTGGTGCCTTTT
ACTCCAAGACTCTTGACCAAGTTCTTGCCTCTATTCCTTCCACTCTTGAAACTTTTGAGG
CTGGGCTCAAGAGGCTGTATGAAGAAGGAGCTAGAAACTTTTGGATACACAACACAGGAC
CTTTAGGATGTTTGGCTCAAAATATTGCCAAATTTGGGACAGATTCAACAAAGCTTGATG
AGTTTGGATGTGTTAGTTCCCATAACAAAGCAGCCAAACTGTTCA*TCTTCAACTGCATG
CTCTCTCAA

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3CR68JQ 810 0 0
CTCTCAATTTATCCGGT*CAAATCTCGGGCACTTGAACTACTTGCTAAAACAGGAAAGAG
ATATGAAAGGTACTTGCCACCATCTGATTATTATGCAAAAGGACTATACATGATTGACAT
AGGGCAAAATGATCTTGCTGGTGCCTTTTACTCCAAGACTCTTGACCAAGTTCTTGCCTC
TATTCCTTCCACTCTTGAAACTTTTGAGGCTGGGCTCAAGAGGCTGTATGAAGAAGGAGC
TAGAAACTTTTGGATACACAACACAGGACCTTTAGGATGTTTGGCTCAAAATATTGCCAA
ATTTGGGACAGATTCAACAAAGCTTGATGAGTTTGGATGTGTTAGTTCCCATAACAAAGC
AGCCAAACTGTTCAATCTTCAACTGCATGCTCTCTCAAACAAATTTCAAGCCCAGTTCCC
TGATTCAAATGTTACTTACGTTGATATATTCTCGATCAAATCCAATCTTATTGCTAACTA
TTCTCAATTCGGTTTTGAAAACCCTATAATGGTATGTTGTGGAATTGGTGGAGCGCCTTT
AAACTATGATAGTCGCATTTCGTGTGGCCAAACTAAAGTCTTAGACGGGACAACCGTAAC
GGCCAAAGCATGCAACGACAGTTCCGAATACATAAACTGGGATGGAATTCACTATACTGA
AGCCGCAAACCATTTCGTTTCGGATCAGATCTTAACTGGGAAGTATTCCGATCCAGCGTT
TTCAGATCAGATGCCTTTTCTTCTAAGCATAAAACTTTAAAATGGTGTAATAATTGGTTG
GTTTCATTAAATTGTTTTCAATTTTCGGCC

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL8770Contig1 526 2 1 U
TTTTTTTTTCTAGCACTTTTGATCTTCTTTCTTGTTTTTTTTTCTGCAGCAAGTGGTTTC
TTGAGAAGCTTGGCCATGAAGGTTTGAACAACTTACTGATGGCCTATGAAGATAAATCAG
CTTATGCATTGTGTGCATTCTCTTTCTCGCATGGTCCCGGTGCTGAACCTCTTACATTTT
TGGGGAAAACTCCGGGTAAGATAGTTCCAGCCAGAGGACCAACTGATTTCGGGTGGGATC
CAGTGTTTCAACCTGATGGATATGACCAAACTTATGCATAAATGGCAAAGGAAGAAAAGA
ACAAGATATCTCATAGGTACAAGTCTTTAGCAATGGTGAAATCTCACTTTAAGGAGGCTG
GCTACGTGTTCCGGACAACTGATGATGATACCAATTAAAGTGAACCCAGTTACCATTTTC
CTTCAGCTTTTGAATATTTGAGCACTTGTTCTCCTTTTTTACAAGTAGAAACACTTCTGT
TCACAAGTTTCTAACCAAAACATATAATAGCAAACATATTCATTGG


BQ
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QA 1 526 1 526
DS 

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TGGGGAAAACTCCGGGTAAGATAGTTCCAGCCAGAGGACCAACTGATTTCGGGTGGGATC
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TCACAAGTTTCTAACCAAAACATATAATAGCAAACATATTCATTGG

QA 1 526 1 526
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EC48TF U 1
AF RR3EC48JQ C 18
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AAA

QA 1 543 1 543
DS 

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QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

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ATAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 

AF RR3GK84TF U 1
AF RR3GK84JQ C 196
BS 1 721 RR3GK84TF
BS 722 785 RR3GK84JQ

RD RR3GK84TF 721 0 0
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GACTAACCATGTCCAAAGCCGAAAACAAAACCTGTCCTAAGAGTGTTATCCAAGATCAAA
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TCGACGAGAAGACGAATCAATGGTTCATTGGAACTTGTGGCGTTGAAGGGAATCCAGGCA
GGACAACTGTTGGTAACTGGTTCAAGATTGACAAGTATGAAGACCACTACAAGATCGTGT
TTTGTCCTTCTGTATGCGATATCTGCAGAGTCATGTGTAGAGACATTGGTGTGCTTGTGC
AAGATGGGATGAGAAGATTTGTTCTGAGTGATGTTCCACTAAAAGTTGGGTTCCGAAGAG
C

QA 1 721 1 721
DS 

RD RR3GK84JQ 590 0 0
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GCACCAAATACTACATCTTGCCTGTAGTTCGCGGTCGCGGCGGCGGACTAACCATGTCCA
AAGCCGAAAACAAAACCTGTCCTAAGAGTGTTATCCAAGATCAAAACGAACTCTCTAACG
GCATGCCGTTGACATTCTCACCATCAGACAAATCAAAAGTGATCCGTGTTTCAACTGATC
TGAACTTCAAATTCTCAACTACATCGATCTGGAACTTGGACAATGTCGACGAGAAGACGA
ATCAATGGTTCATTGGAACTTGTGGCGTTGAAGGGAATCCAGGCAGGACAACTGTTGGTA
ACTGGTTCAAGATTGACAAGTATGAAGACCACTACAAGATCGTGTTTTGTCCTTCTGTAT
GCGATATCTGCAGAGTCATGTGTAGAGACATTGGTGTGCTTGTGCAAGATGGGATGAGAA
GATTTGTTCTGAGTGATGTTCCACTAAAAGTTGGGTTCCGAAGAGCATAGATTACATATA
AATTCCACAATATGTACAATGTTTTTACACCACCTTAAATAATAAATAAA

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

CO CL8773Contig1 728 2 1 U
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TCTTCTTCTTCTTCTCACGCATCTCATCTCCGCTAATCAAAATGTCTCTGGTCGCGAATG
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AAGCTGATGTCGACATGAACAAGAGGGCTGGTGAGTTGTCTGCAGCTGAGATCGACAACC
TGATGACGATTGTTGCTAACCCAAAGCAGTACAAGATCCCAGACTGGTTCCTGAACAGGC
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TCTTTGTGCTCTCTATCTCTCTTTTCCAGTGGTTTACATCTGTTTTAACTTTAATTGTTT
TTGAGTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A948JQ C 1
AF RR3A948TF U 1
BS 1 728 RR3A948TF

RD RR3A948JQ 728 0 0
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TTGAGTCT

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3A948TF 728 0 0
GGGAGACTTCTCTTCGTGTGTTTAGAGCATTGCAGAGATCATCACTGCTTGAAGGCGGCT
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TGTTCGCCCTTACCTCAATCAAGGGTATTGGGAGGCGTTTGGCTAACATCGTCTGCAAGA
AAGCTGATGTCGACATGAACAAGAGGGCTGGTGAGTTGTCTGCAGCTGAGATCGACAACC
TGATGACGATTGTTGCTAACCCAAAGCAGTACAAGATCCCAGACTGGTTCCTGAACAGGC
AGAAGGACTACAAGGACGGGAAGTACTCCCAAGTTGTCTCCAATGCCCTTGACATGAAGC
TCAGGGACGATCTCGAGCGTCTCAAGAAAATCAGAAACCACCGTGGGCTGAGGCACTACT
GGGGTCTTCGTGTCCGTGGACAGCACACCAAGACAACTGGGCGCAGAGGAAAGACTGTTG
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TCTTTGTGCTCTCTATCTCTCTTTTCCAGTGGTTTACATCTGTTTTAACTTTAATTGTTT
TTGAGTCT

QA 1 728 1 728
DS 



AS 1 2

CO CL8774Contig1 741 2 1 U
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AAAATAAAATACCATTGTTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B394JQ C 1
AF RR3B394TF U 1
BS 1 741 RR3B394TF

RD RR3B394JQ 741 0 0
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AAAATAAAATACCATTGTTGC

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3B394TF 741 0 0
GGACATTTTCCAAATTCAAGCTTAACTAAAGCACAAAAAATCGTTCGAGACAAGACAAGA
ACCATGGATTTCCTCACCGATCAAGTAAAGAAGAAGTTCTCCGACAAGAAACCGGAAACT
TCAGACCCGGATCCAAACCACAACAATAACAAACCAGGCCACACCGATCCCACACATAAA
CCGGCTTCCAGCTCCGACCCAACGGCACATAAGCCAGCTACGAACGCCGAGCTCATGGCT
AGTGCCAAGATCGTAGCCGAGGCTGCTCAAGCCGCTTCACGTAACGAGACATACAAGCTC
GACAAAGCTAAAGTCGCCGGAGCCACTGCTGACATACTAGACGCAGCTCAAAGATACGGT
AAGTTCGATGAAAAGAGCGGTATTGGTCAGTACCTCGAGAAGGCTGAAAATTATCTCCAC
AAGTACGAAACTTCACACACTCACTCCACTGGCGGCGCCGGAGGAAGCCACGGTGGTGTC
AGCGGAAGCCACGGAGGAGGAGCTGGAGAACATGCGGCTAAGAAAGAGGATGAGAAGTCG
GGAGGTGGTAGCCATGGGTTAGGAGACTATGCTAAGATGGCTCAAGGTTTCATGAAGTGA
ATTAATTAGTTGATAAAAAAATAATAATTATGGTAGTGATTTATCTTCCATGATTAGTTT
TATTATGTATATAGTTTGTCTATTTCTGAATTATTAACCGCTGAATCAGTGTATAACTAT
AAAATAAAATACCATTGTTGC

QA 1 741 1 741
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8776Contig1 806 2 2 U
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AAAGGCTTCAGATTCGTAACAAGTCTTCTTCTCCTCCTTCTCTTCTTCGTCTTCCCAGGC
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TCTTCCAGAACTTTCTCATATCTCTACTTGCATTCTCATCTTCTTTGTTTTTGGTTTTGT
TTTTATATCATGTTCCTGTGGTGGTATTAGTTTAGTCATGTAATATATATATAAACTGAA
ATTTGTAAGGTAGTTTTTAATTCAGT


BQ
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AF RR3AC84TF U 1
AF RR3AC84JQ C 23
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TTTTATATCATGTTCCTGTGGTGGTATTAGTTTAGTCATGTAA

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DS 

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TCGAAGAAGAAAAGGACATAACAACACCTTTAGCCACAAATCCAACAACCAACGTACCAA
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CATCGCCACCACGCGTAGCAGCCCACCCAGTTGAAAGCTGGTGTGTTGCAAGAGAAAACG
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CTTTTGCATTTAACAGTTACTACCAGAAGAATCCAATCCCTAGTAGTTGCAACTTTGGTG
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CATCGCACCCAACTCCCAAGCCCGAAGCTTCAAGCTCCTCTTCCAGAACTTTCTCATATC
TCTACTTGCATTCTCATCTTCTTTGTTTTTGGTTTTGTTTTTATATCATGTTCCTGTGGT
GGTATTAGTTTAGTCATGTAATATATATATAAACTGAAATTTGTAAGGTAGTTTTTAATT
CAGT

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

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TGAACTTAGATTGCAGGTTGAAGATTCATTGCGTTGGCCTAGGGACCCATGTTTGGAGCT
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BQ
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AF RR3G870TF C 1
AF RR3G870JQ U 48
BS 1 47 RR3G870TF
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BS 59 59 RR3G870TF
BS 60 593 RR3G870JQ

RD RR3G870TF 593 0 0
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AGGGTAAGTATGATTGGTTGTGGATCCAGAGTAAACGTCTTGACCACCGTAGTAGAGAGA
TGAACTTAGATTGCAGGTTGAAGATTCATTGCGTTGGCCTAGGGACCCATGTTTGGAGCT
TAATATCATGTTTCCTGTTGTTCCCTTTGAGGGAGGAGGGAAGATGGAGTTGAAGTTGGA
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GACTTTACCGTTACCTTCCATTTCTTAAGAGTTAAGACTAATTAGTGTTTGAAGAGAAGA
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AGTTGAAGTTGGAGGAGGAAGCAGGTTCCTTGGGGCCAAAGGGATTAGTGGTGAAGGAAG
AAGATGATGAACCGACTTTACCGTTACCTTCCATTTCTTAAGAGTTAAGACTAATTAGTG
TTTGAAGAGAAGAAATGTGTAGAGAAGATGATGAATAACCAAGAAGAAGATAGTTTGATG
AGGTCC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL8778Contig1 1216 2 4 U
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TGTTTCTTTTGATCTGTGAAGAGATCAAGCTGTTTCGTGTGTCTTTAGAAGAATCTAAAA
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TGGCCGCCTCTAAGGACTTACAGAATCAACAGTTTGGTCAACCAATCAAAGTCCTCGCCC
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ATTGATCTGAATGCTCTTGATTCTTATGAAGCCTTGGCGAAGACTTTGGAACAAATGTTT
TTCCACACGCCTTCTTCTGTAACAACAAGATGCAATGAAACAAGACGTGGTTCAGAACTA
CTGGATGGTTCATCAGAATATATCATTACGTATCAAGATAAAGACGGAGATTGGATGCTT
GTAGGAGATGTTCCATGGCTGATGTTCCTTGGGTCTGTTAAAAGACTGAGAATCATGAGA
AGATCAGGTGAAACTGGAGTTGGCAAATAGGGATTCATCTTCTCTGAGAAACCACTCTCT
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GATAAAAAAAGAGACAAGAACAAATATATATTGTTTTACTCGAGAACCAAAGTTTATGGG
TTAACCTGGTCTGTAAATTGGTAAAATCTTGTTCAGATAATCACACATATATATAATACA
TGTATTTATTATGAGT


BQ
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AF RR3CJ84TF U 1
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CTCATCAGATCTCCAATGCTTGTGAAGGT*ACAATGGACGGAGTTATAATCG

QA 1 712 1 712
DS 

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GTGAAGAACAATGACGCTTCCCTCATCAGATCTCCAATGCTTGTGAAGGTTACAATGGAC
GGAGTTATAATCGGAAGGAAGATTGATCTGAATGCTCTTGATTCTTATGAAGCCTTGGCG
AAGACTTTGGAACAAATGTTTTTCCACACGCCTTCTTCTGTAACAACAAGATGCAATGAA
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AAAGACGGAGATTGGATGCTTGTAGGAGATGTTCCATGGCTGATGTTCCTTGGGTCTGTT
AAAAGACTGAGAATCATGAGAAGATCAGGTGAAACTGGAGTTGGCAAATAGGGATTCATC
TTCTCTGAGAAACCACTCTCTTTTAATCAAGCTGAAGGGTGAAATCATCTTCTGTGTAAG
ATGCAAATGATTGAACGTGGAGATAAAAAAAGAGACAAGAACAAATATATATTGTTTTAC
TCGAGAACCAAAGTTTATGGGTTAACCTGGTCTGTAAATTGGTAAAATCTTGTTCAGATA
ATCACACATATATATAATACATGTATTTATTATGAGT

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

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AAGGGGCAACCTTTGAGGACAAGATTCTCCTGCTGCGGCGACGAAGATTCTCCTGCAAAA
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BQ
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AF RR3B756JQ U 14
AF RR3B756TF C 1
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RD RR3B756JQ 746 0 0
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TCTGTGCAACAATTGAGTCTTGACTGTAAATGGTACATGATTTCTGAAAGGGGCAACCTT
TGAGGACAAGATTCTCCTGCTGCGGCGACGAAGATTCTCCTGCAAAAGAGACATCTAACT
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CGACATCTCCTTTGTGTATTTCCCACATTCCATTGTGGAGACGGGAGATGGAGAAAAGGG
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GGAGGTGATTGGAGGAATCGGCAAAG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3B756TF 876 0 0
CTTTATGAAATATTTTAGATAAATCAAATCTCGTAATCATACACACGACTAAAAGTTTTC
TTATATCCACCC*TGTTACCAGAATTTCTAGTCATATATGTTTCAAAGGAGAAAGAAGAA
ACTAAAATGTCAAGGGCTGACAATAGAATCGATAAAGTGCAAAGCTCCTCGTATTCACAT
TTTCACTTCAGAGCCGATTGAATCAAAAGGCATTGAGAATGCAATGTACTTAATAAGATC
AATGCCTTTTTGTCACATTTTCCCTTTACAATGAGAAGCCAAGTTTGAAGATTTATTTGA
ACTCAATTTCAGCCTTGAAGAAACACAGCGACCATAGCGACTACTAGAGAACGATCAATG
GATCCTGGAAATATAGTTAGCCGGAACTTGCTTCTCCCTACGTAAATCTGCCTCAGCTTG
TACATCAAACTCGTCTGTGCAACAATTGAGTCTTGACTGTAAATGGTACATGATTTCTGA
AAGGGGCAACCTTTGAGGACAAGATTCTCCTGCTGCGGCGACGAAGATTCTCCTGCAAAA
GAGACATCTAACTCTGTCTTGCTGAATTTGTTGGATGTTCGCTTAACCGTTAGGACTAAC
TCCTTACTCTTTCCGACATCTCCTTTGTGTATTTCCCACATTCCATTGTGGAGACGGGAG
ATGGAGAAAAGGGGAAGTCCGGAGGAATCAAGGAGGAATTTGAGGGAGGAAGAAGATTTG
CGGAGGACGAAGAGGAGGTGATTGGAGGAATCGGCAAAGCCTAGATCTCCGGGAGAGAGG
AGGCCAGGGAGCTTTTTGGAGGCGAAGAGATCGACTGGTATACGCTCCGGGTCGGGATGA
TAGGGAGTTTCTAAATTGTCCTCCGCCATTTACCCC

QA 1 876 1 876
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTGACCAGAGGAAGAAGAAGCGATGGGTCTCGTCCTAATTTCTTCTTGTCCCGCACCGTC
CTCCCTCGTCCTCGTCTCTCAGCTTCACCAGTTCTCCGGCGGAATAAAAAACAGTGAAAT
TTCGCTCAATCATCAAGTTTCGCCTACCCGTAAACCCTTAATTGCAAAACCACGTTGTTT
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TGGGGTGTTTGCTGGACTACTTAGACTGGATCTAAACGATGAACCGCTCAAGGAATGGGT
GACTCGAACTGTTGAAGCTTCTGGTATTACAGACGAGGAGGTTGGTGGATATGGGATGGC
ATCCAATGAAGAAGAATCTCCTCAACAGATTGAGATTGAATGAGGTCATTGTCCTCTAAT
ATGGTTGCCCTTGTGTATGTGTATGTTTATGTGCAAGAAACATAAACCCAAAGGAGATTG
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TATAAT


BQ
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3AD07JQ C 1
AF RR3AD07TF U 1
BS 1 546 RR3AD07TF

RD RR3AD07JQ 546 0 0
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TATAAT

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DS 

RD RR3AD07TF 546 0 0
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CTCCCTCGTCCTCGTCTCTCAGCTTCACCAGTTCTCCGGCGGAATAAAAAACAGTGAAAT
TTCGCTCAATCATCAAGTTTCGCCTACCCGTAAACCCTTAATTGCAAAACCACGTTGTTT
CAATCTTCCTCAAGAACCTATCCTCTCGGAGGCTCTCAAGGAGCCAATTGCATTTGTGGG
TGGGGTGTTTGCTGGACTACTTAGACTGGATCTAAACGATGAACCGCTCAAGGAATGGGT
GACTCGAACTGTTGAAGCTTCTGGTATTACAGACGAGGAGGTTGGTGGATATGGGATGGC
ATCCAATGAAGAAGAATCTCCTCAACAGATTGAGATTGAATGAGGTCATTGTCCTCTAAT
ATGGTTGCCCTTGTGTATGTGTATGTTTATGTGCAAGAAACATAAACCCAAAGGAGATTG
ACATCTTGCTCTATGTATCTTTAATAAAATGATGAAACACTAATAAGATAGTGGTCATCT
TATAAT

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL8782Contig1 1135 2 18 U
CTTCAAGCTTTGGGTCTATGCGAGACAACTCTCTTTCTTGTACTGAGATTCCAGCCATCA
GACCACAACTCTCTGAGCTCAAGCACCTCAAGTCTCTCTCTATATTCAACTGCTTCACAT
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TGGAAACACTTGAGATCAGATCAAACCCGGGACTGATCGGTAACTCCCTTCTTTCATCAC
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TGACTTTGGCTTAAGACAGAACGTGGAACTTGGATACGAAGCTGTGGTCTTTTCAATCAC
GCATTTTAATTAAACTTCGCCAATATATCTTGTGTGCATTTTCTTATATTTTTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A366TF U 1
AF RR3A366JQ C 281
BS 1 558 RR3A366TF
BS 559 559 RR3A366JQ
BS 560 635 RR3A366TF
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BS 740 740 RR3A366JQ
BS 741 752 RR3A366TF
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BS 754 762 RR3A366TF
BS 763 1135 RR3A366JQ

RD RR3A366TF 765 0 0
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GACCACAACTCTCTGAGCTCAAGCACCTCAAGTCTCTCTCTATATTCAACTGCTTCACAT
CACCAAACCAATATCTAGCTTCAATTTCAGATGAGAAGTGGCTAGATCTCTCTAAGAACT
TGGAAACACTTGAGATCAGATCAAACCCGGGACTGATCGGTAACTCCCTTCTTTCATCAC
TAGCCTCACCAATCTTCAATCTCTAGTGGTGCTAGAAAACCGGTTAACAGGTTCATTGCC
AGAGAATTTAGCCAAGTTAACCAGACTCAGACGCTTAGTATTGTCTGGAAACCGGTTTAC
AGGGAGAATCCCGGAGGTCTATGGCTTAACCGAATTATTGATATTGGATCTAAGCAGGAA
TTTCTTCTCTGGACCGTTGCCTTTAAGCGTTGGAGGATTGAGTTCACTGCTGAAACTCGA
TGTTAGTAACAATAACTTGTAAGGAAAGTTACCTGTAGAGTTACAGTCCTTAAAGAACTT
GACTCTTTTGGATCTTAG*AACAACAGATTCTCAGGTGGACTGACCAAAGAGATCCAAGA
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AATAAAGTGGAGAAATCTGA*GAATTTGGTGGTTTTAGATCTCTCCAACACATGGTTAAA
AG*AGAGAT*CCATGGTCA*TCTTGGAGCTCA*GAAACTGAG
TTC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3A366JQ 855 0 0
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T*GTCTGGAAACCGGTTTACAGGGAGAATCCCGGAGGTCTATGGCTTACCCGAATTATTG
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AGTTCACTGCTGAAACTCGATGTTAGTAACAATAACTTGTAAGGAAAGTTACCTGTAGAG
TTACAGTCCTTAAAGAACTTGACTCTTTTGGATCTTAGGAACAACAGATTCTCAGGTGGA
CTGACCAAAGAGATCCAAGAGATGAGTTCATTGGTTGAACTAGTTTTGTCCAACAACCAG
CTAGAAGGGGACTTATCAGGAATAAAGTGGAGAAATCTGAAGAATTTGGTGGTTTTAGAT
CTCTCCAACACATGGTTAAAAGGAGAGATTCCATGGTCAATCTTGGAGCTCAAGAAACTG
AGGTTCTTAGGTCTAGGTAACAACAGTCTCGGAGGCAAACTCTTACCTCAAATGGAAACA
GAAATGCCTTGTCTCAACGCGCTCTATGTAAATGGAAATAACATCAGTGCAGAGCTGGGG
TTCTTTGAGAAGTTCTATGAGAGGATGGGAAAGACTTGGTGTTTGGGGAAACCCTAATCT
GTGTTACCACGGTGATGAAATCAAGAACCTTCGTGATCATGCTCCTTTTGGAGTGAACCA
ATGCAAGAGAATCAAGGCGGTGACTTTGGCTTAAGACAGAACGTGGAACTTGGATACGAA
GCTGTGGTCTTTTCAATCACGCATTTTAATTAAACTTCGCCAATATATCTTGTGTGCATT
TTCTTATATTTTTGG

QA 1 855 1 855
DS 



AS 1 2

CO CL8783Contig1 613 2 3 U
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AGAAGAAGATGACTTTCAAGCGTAGGAACGGAGGGAGGAACAAGCACAACCGTGGCCACG
TGAACCCAATCAGATGCTCCAACTGCGGCAAATGTTGCCCAAAGGACAAGGCCATCAAGA
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TCTACGATGGGTACACATTGCCGAAGCTGTATGCTAAGACGCAGTACTGTGTCTCTTGTG
CGATCCACTCTCACGTTGTTAGAGTCCGTTCCCGCACCAACCGTAGAGTTCGTACTCCCC
GCCTCGTTTTGTTAGACGCAAGGAGGATGCTCCCAAGCCTGGACAACCTGGTCAGGCTCC
TCGTCCTGCTGGAGCTGGAGCTGCACCTCGTGCCTGAAGCCTCTGCTTATATCCGAGTTT
CATCCTTTTTGTTTTGTTTTATGCTTGGTTCAAATTATTCATACTTGTTTCGACCATGTT
ATATTTTGAAACTCTTTGTTTGTTTTTCTCGGATAGACTAATTTTCTTTTTAACAAAAAG
TCTTCAAATTATT


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C468TF U 1
AF RR3C468JQ C 60
BS 1 596 RR3C468TF
BS 597 597 RR3C468JQ
BS 598 613 RR3C468TF

RD RR3C468TF 613 0 0
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AGAAGAAGATGACTTTCAAGCGTAGGAACGGAGGGAGGAACAAGCACAACCGTGGCCACG
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CGATCCACTCTCACGTTGTTAGAGTCCGTTCCCGCACCAACCGTAGAGTTCGTACTCCCC
GCCTCGTTTTGTTAGACGCAAGGAGGATGCTCCCAAGCCTGGACAACCTGGTCAGGCTCC
TCGTCCTGCTGGAGCTGGAGCTGCACCTCGTGCCTGAAGCCTCTGCTTATATCCGAGTTT
CATCCTTTTTGTTTTGTTTTATGCTTGGTTCAAATTATTCATACTTGTTTCGACCATGTT
ATATTTTGAAACTCTTTGTTTGTTTTTCTCGGATAGACTAATTTTCTTTTTAACAATAAG
TCTTCAAATTATT

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3C468JQ 554 0 0
AAGAAGAAGATGACTTTCAAGCGTAGGAACGGAGGGAGGAACAAGCACAACCGTGGCCAC
GTGAACCCAATCAGATGCTCCAACTGCGGCAAATGTTGCCCAAAGGACAAGGCCATCAAG
AGGTTCATCGTGAGGAACATTGTGGAGCAGGCTGCCATCAGAGATGTTCAGGAAGCTAGC
GTCTACGATGGGTACACATTGCCGAAGCTGTATGCTAAGACGCAGTACTGTGTTTCTTGT
GCGATCCACTCTCACGTTGTTAGAGTCCGTTCCCGCACCAACCGTAGAGTTCGTACTCCC
CGCCTCGTTTTGTTAGACGCAAGGAGGATGCTCCCAAGCCTGGACAACCTGGTCAGGCTC
CTCGTCCTGCTGGAGCTGGAGCTGCACCTCGTGCCTGAAGCCTCTGCTTATATCCGAGTT
TCATCCTTTTTGTTTTGTTTTATGCTTGGTTCAAATTATTCATACTTGTTTCGACCATGT
TATATTTTGAAACTCTTTGTTTGTTTTTTTCGGATAGACTAATTTTCTTTTTAACAAAAA
GTCTTCAAATTATT

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 2

CO CL8784Contig1 968 2 4 U
TTTTTGGCTATAGTGACTTAGTGTGACATATTAACACAAAGAATGGATATCAACAGGTGG
AGTCTTCAATGTATGACTGCTCTTGTCACCGGTGGAACCAAGGGAATTGGGTATGCAATA
GTGGAGGAGCTTGCAAGTTTTGGTGCAAGAGTACACACGTGTGATATAGACAAAACTTCG
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GATGTTACCTCTCGACCTCAGAGAGAGCAATTGATACAGACTGTTTCTTCTCTATTTGGT
TCCAAACTCAACGTCCTTGTAAACAATGTTGGCAAGTTCATGTTAAAGCCAACCTTAGAA
AGTACAGCAGAAGATTTCTCAAGTTTGATAGCTACAAATTTGGAATCTGCTTATCATATC
TCCCAATTGGCACATCATCTGCTTAAGGCCTCGGGAAACGGTAGTATCATATTCATTTCC
TCTGTATCAGGGATTGTCTCTGGCACTGCCCCCATATATGGTGCAACAAAAGGAGCCATG
AATCAACTGGGAAGAAACTTGGCCTGTGAATGGGCAAGTGATGGCATAAGGGTTAACTCT
GTAGCTCCTTGGGTCACTGCAACTTCACTTGTCAAAAAATATCTTGATGACAAGAAATTC
GCTGACGCTATGTTCTCAAGAACCCCATTAGGCCGTGCATGTGAGCCGCGTGAGGTTGCG
TCGTTAGTTACATTTCTTTGTCTCCCTGCAGCTTCTTATATAACAGGACAAACCATCTGT
GTTGATGGAGGTTTCACTGTTAATGGCTTCTCCTACAAGCCAGAGGTGTAAACCCTTGAA
AACATTTCTAGAACAACATTGTTGTAATGTATGAACAATAAGTTATGTTTACAGTTTAGC
ATTCTGTATTCCTCTTTTTTTGTAACAATTCTGTGTTCCTCTTATAAACTCGACTACTTC
ATTATGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FO04TF U 1
AF RR3FO04JQ C 213
BS 1 638 RR3FO04TF
BS 639 639 RR3FO04JQ
BS 640 678 RR3FO04TF
BS 679 968 RR3FO04JQ

RD RR3FO04TF 683 0 0
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AGTCTTCAATGTATGACTGCTCTTGTCACCGGTGGAACCAAGGGAATTGGGTATGCAATA
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CTTGATGAATGCTTAAGTGAATGGCAAATTAAAGGTTTTCAAGTCAGTGGTTCAGTTTGT
GATGTTACCTCTCGACCTCAGAGAGAGCAATTGATACAGACTGTTTCTTCTCTATTTGGT
TCCAAACTCAACGTCCTTGTAAACAATGTTGGCAAGTTCATGTTAAAGCCAACCTTAGAA
AGTACAGCAGAAGATTTCTCAAGTTTGATAGCTACAAATTTGGAATCTGCTTATCATATC
TCCCAATTGGCACATCATCTGCTTAAGGCCTCGGGAAACGGTAGTATCATATTCATTTCC
TCTGTATCAGGGATTGTCTCTGGCACTGCCCCCATATATGGTGCAACAAAAGGAGCCATG
AATCAACTGGGAAGAAACTTGGCCTGTGAATGGGCAAGTGATGGCATAAGGGTTAACTCT
GTAGCTCCTTGGGTCACTGCAACTTCACTTGTCAAAAA*TATCTTGATGACAAGAAATTC
GCTGACGCTATGTTCTCA
GAACC

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3FO04JQ 756 0 0
AAGG
TTTCAAGTCAGTGGTTCAGTTTGTGATGTTACCTCTCGACCTCAGAGAGAGCAATTGATA
CAGACTGTTTCTTCTCTATTTGGTTCCAAACTCAACGTCCTTGTAAACAATGTTGGCAAG
TTCATGTTAAAGCCAACCTTAGAAAGTACAGCAGAAGATTTCTCAAGTTTGATAGCTACA
AATTTGGAATCTGCTTATCATATCTCCCAATTGGCACATCATCTGCTTAAGGCCTCGGGA
AACGGTAGTATCATATTCATTTCCTCTGTATCAGGGATTGTTTCTGGCACTGCCCCCATA
TATGGTGCAACAAAAGGAGCCATGAATCAACTGGGAAGAAACTTGGCCTGTGAATGGGCA
AGTGATGGCATAAGGGTTAACTCTGTAGCTCCTTGGGTCACTGCAACTTCACTTGTCAAA
AAATATCTTGATGACAAGAAATTCGCTGACGCTATGTTCTCAAGAACCCCATTAGGCCGT
GCATGTGAGCCGCGTGAGGTTGCGTCGTTAGTTACATTTCTTTGTCTCCCTGCAGCTTCT
TATATAACAGGACAAACCATCTGTGTTGATGGAGGTTTCACTGTTAATGGCTTCTCCTAC
AAGCCAGAGGTGTAAACCCTTGAAAACATTTCTAGAACAACATTGTTGTAATGTATGAAC
AATAAGTTATGTTTACAGTTTAGCATTCTGTATTCCTCTTTTTTTGTAACAATTCTGTGT
TCCTCTTATAAACTCGACTACTTCATTATGTC

QA 5 756 5 756
DS 



AS 1 2

CO CL8785Contig1 526 2 1 U
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AAAAACCTCCTCTCCTCCATTATATTGCCACATATACTTCCATCGAGACGTATAAGGAGA
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CCATCACCATGGGATCTTGACTGATTCAACAGCGAAAGCAAAGTTAGGATCTACAAAGGA
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TAATTTATAGTGGTCAGGGTTTTAATCCTTTGTTGCTCTGTTTTTGGTTGTAAAGAGTTA
TCTATTTTTTGGGAGGATGTTTTTGTATACTAGGGAGGTTGTTCCCCTATGGTGGTTAAT
GGTACTGATCTGTTGTATTGTCTTGGAAAATCAGTATATAAGGACTTTCAGATTTGAAAA
AAAACTAAAATTTACAGTGATTGGTGGGAAAAAAATTAGCAAAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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TTTT
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AAAAATTAGCAAAGCG

QA 5 500 5 500
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3F522TF U 1
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DS 

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TTGATTGTTAC

QA 1 551 1 551
DS 



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C


BQ
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10 

AF RR3H889TF U 1
AF RR3H889JQ C 147
BS 1 673 RR3H889TF
BS 674 674 RR3H889JQ
BS 675 697 RR3H889TF
BS 698 781 RR3H889JQ

RD RR3H889TF 697 0 0
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CGCGACTACAAGGCGAAGATCGAGACGGAGCTAGCCGGGATCTGCGACGGGATCCTGAAG
CTTCTCGACTCCACGCTCGTCCCTTCCGCCGCCTCCGAGGACTCCAAGGTGTTCTACCTC
AAGATGAAAGGTGATTACTATAGGTACTTGGCTGAGTTCAAGATCGGTAAGGAGAGGGAC
GATGCGGCTGATAACACCTTATCGGCTTACGAATCTGCTCAGGACAATGCGAAGGGGCTT
GCTCCAACTCACCCGATCCGTCTTGGTTTGGCGTTGAACTTCTCTGTGTTCTATTACGAG
ATCCTCAATTCTCCTGATCGTGCTTGCAACCTCGCCAAAACGGCTTTTGATGCTGCGATT
GCTGAGTTGGATACACTAGGTGAAGAGTCGTACAAGGATAGCACTTTGATCATGCAGCTT
CTCCGTGACAACCTCACTCTCTGGACATCCGACATGCAGGATGAAACTGCAGATGAGATA
AAGGAAGCAGCAAAGCCATCAGAAGAGCAGAAATGATGAATCTTCTTCGTCAATACTGTG
TGTCTAATCAACAGAGATGTTACTCTCTTTTCTTTTCCTATGCTGAAGTTAACACTCTTT
TATCTCCTTTTTT*CTTTTGCCCTTTTGGATTGAGCA

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3H889JQ 635 0 0
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CTTGGCTGAGTTCAAGATCGGTAAGGAGAGGGACGATGCGGCTGATAACACCTTATCGGC
TTACGAATCTGCTCAGGACAATGCGAAGGGGCTTGCTCCAACTCACCCGATCCGTCTTGG
TTTGGCGTTGAACTTCTCTGTGTTCTATTACGAGATCCTCAATTCTCCTGATCGTGCTTG
CAACCTCGCCAAAACGGCTTTTGATGCTGCGATTGCTGAGTTGGATACACTAGGTGAAGA
GTCGTACAAGGATAGCACTTTGATCATGCAGCTTCTCCGTGACAACCTCACTCTCTGGAC
ATCCGACATGCAGGATGAAACTGCAGATGAGATAAAGGAAGCAGCAAAGCCATCAGAAGA
GCAGAAATGATGAATCTTCTTCGTCAATACTGTGTGTCTAATCAACAGAGATGTTACTCT
CTTTTCTTTTCCTATGCTGAAGTTAACACTCTTTTATCTCCTTTTTTTCTTTTGCCCTTT
TGGATTGAGCAGAATTAAATTGATCTTGCTCCGTTTCAAATCATGAAAGGTTTTTTCATG
TGATTTGCGAAATAAATAACTGTTTAATTTCAAGC

QA 1 635 1 635
DS 



AS 1 2

CO CL8788Contig1 983 2 2 U
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TGCTTGTCAAATGCAATGGTTCCGACATGATGGACGATACTGGCGTGGCGGAGGCTGTCC
GAAAACTAGACCAGGCTTGTCGGGACGTCGGGTTTTTCTACGTGATTGGTCATGGAATCT
CGGAGAGTCTTATGAGGAAGGTGAAAGAGATGACACATCGATTCTTCAAGCTTCCATATG
AGGAGAAACTTAAGATCAAAATTACTCCAGCAGTTGGATATAGAGGATATCAGAGAATTG
GAGTGAACTATACGAGCGGGAAACAAGATTTCCACGAAGCAATTGATTGTTATAGAGAGT
TCAAGCAAGGAAAGTATGGAGAAACTGGAAAGGTCTTGGAAGGGTTAAACCAGTGGCCAG
AATATCCTCAAGAGTGCAAAGGGTTGACGGATGAGTATATTAAGTTATGCACAGATCTCT
CTAGAAACATCCTAAGAGGAATCTCCTTAGCTCTTGGTGGATCACCTTATGAATTTGAAG
GAGAAATGGCTGGGGATCCTTTTTGGGTAATGCGTATTATTGGTTATCCAGGTGTAAACC
AAGAAAATGTTATCGGATGTGGAGCTCACACTGACTATGGCTTGTTGACGCTTATAAATC
AAGACGATGATAAAACTGCTCTTCAGATACTTTCAAATGGAGTGTACGAATCCACACTTC
ATAGAGTGATCAACAACTCTCATCGATACCGTGTATGCATCGCTTTCTTCTATGAGACTA
ACTTTGACGCGGTGGTTGAACCATTGGATATCTTCAAAGAGAAGTATCCAGGAGATAAAA
GATCTCGAGTTTCTAGAAGAGTTGTATATGGAGAGCATCTTGTTAACAAAGTCCAGACCA
CCTTCGAAAATTTAGTGGAACACAGTTAATTTGATTGGTTTTGCTTTCGGGCTGGATTTT
GGATTCTAATAAATAATGTTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D822TF U 1
AF RR3D822JQ C 235
BS 1 777 RR3D822TF
BS 778 983 RR3D822JQ

RD RR3D822TF 777 0 0
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TGCTTGTCAAATGCAATGGTTCCGACATGATGGACGATACTGGCGTGGCGGAGGCTGTCC
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CGGAGAGTCTTATGAGGAAGGTGAAAGAGATGACACATCGATTCTTCAAGCTTCCATATG
AGGAGAAACTTAAGATCAAAATTACTCCAGCAGTTGGATATAGAGGATATCAGAGAATTG
GAGTGAACTATACGAGCGGGAAACAAGATTTCCACGAAGCAATTGATTGTTATAGAGAGT
TCAAGCAAGGAAAGTATGGAGAAACTGGAAAGGTCTTGGAAGGGTTAAACCAGTGGCCAG
AATATCCTCAAGAGTGCAAAGGGTTGACGGATGAGTATATTAAGTTATGCACAGATCTCT
CTAGAAACATCCTAAGAGGAATCTCCTTAGCTCTTGGTGGATCACCTTATGAATTTGAAG
GAGAAATGGCTGGGGATCCTTTTTGGGTAATGCGTATTATTGGTTATCCAGGTGTAAACC
AAGAAAATGTTATCGGATGTGGAGCTCACACTGACTATGGCTTGTTGACGCTTATAAATC
AAGACGATGATAAAACTGCTCTTCAGATACTTTCAAATGGAGTGTACGAATCCACACTTC
ATAGAGTGATCAACAACTCTCATCGATACCGTGTATGCATCGCTTTCTTCTATGAGA

QA 1 777 1 777
DS 

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GAATTGGAGTGAACTATACGAGCGGGAAACAAGATTTCCACGAAGCAATTGATTGTTATA
GAGAGTTCAAGCAAGGAAAGTATGGAGAAACTGGAAAGGTCTTGGAAGGGTTAAACCAGT
GGCCAGAATATCCTCAAGAGTGCAAAGGGTTGACGGATGAGTATATTAAGTTATGCACAG
ATCTCTCTAGAAACATCCTAAGAGGAATCTCCTTAGCTCTTGGTGGATCACCTTATGAAT
TTGAAGGAGAAATGGCTGGGGATCCTTTTTGGGTAATGCGTATTATTGGTTATCCAGGTG
TAAACCAAGAAAATGTTATCGGATGTGGAGCTCACACTGACTATGGCTTGTTGACGCTTA
TAAATCAAGACGATGATAAAACTGCTCTTCAGATACTTTCAAATGGAGTGTACGAATCCA
CACTTCATAGAGTGATCAACAACTCTCATCGATACCGTGTATGCATCGCTTTCTTCTATG
AGACTAACTTTGACGCGGTGGTTGAACCATTGGATATCTTCAAAGAGAAGTATCCAGGAG
ATAAAAGATCTCGAGTTTCTAGAAGAGTTGTATATGGAGAGCATCTTGTTAACAAAGTCC
AGACCACCTTCGAAAATTTAGTGGAACACAGTTAATTTGATTGGTTTTGCTTTCGGGCTG
GATTTTGGATTCTAATAAATAATGTTACT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL8789Contig1 1047 2 8 U
TTTTTATCCCAAAACCAACTTGGGGAAACCATCCCAAAGTTTTCAACCTGGCAGGCTTGT
CTGTTGAGTACTACCGTTACTATGATCCTTCAACCCGCGGGCTTGACTTCCAAGGTTTGC
TCGAGGATCTTGGCGCTGCACCATCTGGATCTATTGTCTTACTTCATGCATGTGCACACA
ATCCCACTGGAGTTGACCCAACCTCCGAACAGTGGGAACAGATTCGCCAACTAATTAGAT
CCAAGAGCTTATTACCCTTTTTTGATAGTGCATATCAGGGTTTTGCTAGTGGTAGCCTTG
ACACAGATGCACACTCTGTCCGTACGTTTGTTGCTGATGGCGGTGAATGCTTAATAGCTC
AAAGTTATGCCAAAAACATGGGACTCTATGGGGAGCGTGTTGGTGCCCTTAGCATTGTGT
GCAAGTCGGCTGATGTGGCTAGTAAGGTTGAGAGCCAGGTGAAACTTGTTGTGCGTCCCA
TGTATTCGAGCCCACCTATTCATGGAGCATCAATTGTTGCCACCATTCTGAAAAGCAGCG
ACATGTACAATGACTGGACCATCGAGCTGAAAGGAATGGCTGACCGCATAATTAGCATGC
GCCATCAGTTATTTGACGCTCTACAAGCGAAAGGAACACCTGGTGATTGGAGTCACATTA
TCAAACAGATTGGCATGTTTACTTTTACTGGATTGAACAAGGAGCAAGTTGCCTTCATGA
CCAAAGAGTATCACATTTACATGACATCTGACGGGAGAATAAGCATGGCAGGTCTCAGTA
CGAGGACAGTGCCTCACCTCGTTGATGCTATCCATGCTGCTGTTACCCGCGTCGGCTAAA
CTAGCGATTGTTGTTTCGTTTAATAAAATGAGAAAAAAAAAAACAGCCTTCTTGGTTTTT
ACTTTTTACTATGTATTTTTCTGATGGTTACTCATCTGTTTCCTTTTTGCTGAGGATGGT
TTAACCAAACCAAACCGAGGATCCTGACATTGAAATTTGAAATGTTCAATGGAAATACTG
GTTATTATAATTTGCAGTTTTTTTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FI95TF U 1
AF RR3FI95JQ C 327
BS 1 670 RR3FI95TF
BS 671 671 RR3FI95JQ
BS 672 701 RR3FI95TF
BS 702 702 RR3FI95JQ
BS 703 724 RR3FI95TF
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BS 726 749 RR3FI95TF
BS 750 1047 RR3FI95JQ

RD RR3FI95TF 749 0 0
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CTGTTGAGTACTACCGTTACTATGATCCTTCAACCCGCGGGCTTGACTTCCAAGGTTTGC
TCGAGGATCTTGGCGCTGCACCATCTGGATCTATTGTCTTACTTCATGCATGTGCACACA
ATCCCACTGGAGTTGACCCAACCTCCGAACAGTGGGAACAGATTCGCCAACTAATTAGAT
CCAAGAGCTTATTACCCTTTTTTGATAGTGCATATCAGGGTTTTGCTAGTGGTAGCCTTG
ACACAGATGCACACTCTGTCCGTACGTTTGTTGCTGATGGCGGTGAATGCTTAATAGCTC
AAAGTTATGCCAAAAACATGGGACTCTATGGGGAGCGTGTTGGTGCCCTTAGCATTGTGT
GCAAGTCGGCTGATGTGGCTAGTAAGGTTGAGAGCCAGGTGAAACTTGTTGTGCGTCCCA
TGTATTCGAGCCCACCTATTCATGGAGCATCAATTGTTGCCACCATTCTGAAAAGCAGCG
ACATGTACAATGACTGGACCATCGAGCTGAAAGGAATGGCTGACCGCATAATTAGCATGC
GCCATCAGTTATTTGACGCTCTACAAGCGAAAGGAACACCTGGTGATTGGAGTCACATTA
TCAAACAGAT*GGCATGTTTACTTTTACTGGATTGAACAAG*AGCAAGTTGCCTTCATGA
CCAA*GAGTATCACATTTACATGACATCT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3FI95JQ 721 0 0
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TATGGGGAGCGTGTTGGTGCCCTTAGCATTGTGTGCAAGTCGGCTGATGTGGCTAGTAAG
GTTGAGAGCCAGGTGAAACTTGTTGTGCGTCCCATGTATTCGAGCCCACCTATTCATGGA
GCATCAATTGTTGCCACCATTCTGAAAAGCAGCGACATGTACAATGACTGGACCATCGAG
CTGAAAGGAATGGCTGACCGCATAATTAGCATGCGCCATCAGTTATTTGACGCTCTACAA
GCGAAAGGAACACCTGGTGATTGGAGTCACATTATCAAACAGATTGGCATGTTTACTTTT
ACTGGATTGAACAAGGAGCAAGTTGCCTTCATGACCAAAGAGTATCACATTTACATGACA
TCTGACGGGAGAATAAGCATGGCAGGTCTCAGTACGAGGACAGTGCCTCACCTCGTTGAT
GCTATCCATGCTGCTGTTACCCGCGTCGGCTAAACTAGCGATTGTTGTTTCGTTTAATAA
AATGAGAAAAAAAAAAACAGCCTTCTTGGTTTTTACTTTTTACTATGTATTTTTCTGATG
GTTACTCATCTGTTTCCTTTTTGCTGAGGATGGTTTAACCAAACCAAACCGAGGATCCTG
ACATTGAAATTTGAAATGTTCAATGGAAATACTGGTTATTATAATTTGCAGTTTTTTTTC
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL8790Contig1 845 2 8 U
GGGTTTCTAGCTTCGTCGTTTCAGCTTCTCTTTCAGGTTGGAGATAAGAGTGCAAAGAAA
TCATGTCGGCCCTTGTGGCATTATGCAGAGCTCGAGCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTGTGT
TCAATAGCCTTGTTCGTCCAACATTTCGCAGCTTCTCCACAGGTTTTGGTGATGTGCAGA
ACAAAACACTGGTGGCAGAAATGGAAGAAAAGATGCTCCACATGGACATCAACTCGATGA
TAGGAAGTTCCATGCCCCTAGGAATGATGCGCATAGGAACAATCATCCACAACATCGAGA
TGAACCCTGGTCAAGGCGCCAAGCTAGTACGAGCCGCGGGAACAAACGCCAAGATCCTCA
AGGAGCCTGCTTCGGGGAGGTGCTTGATCAAGCTTCCTTCAGGTGACACCAGGTGGATCA
ACGCCAGGTGCCGTGCTACCATCGGTACTGTCTCAAACCCGTCCCATGGAGTGAAAAAGC
TGTATAAAGCAGGACAGAGCAGGTGGCTGGGGATAATACCCAAAGTGAGAGGTGTGGCGA
TGAATCCGTGTGATCGTCCACATGGTGGTGGTGAAGGGAAAAGCAAAAGTAGTGGAAGCA
GAGGTAGGACGTCGGTTAGCCCTTGGGGGAAGCCGTGCAAAGGTGGTTACAAGTCTGCTA
GTGTCAAGAAGAAGAAGAAGCGATTGGCTGCTAGAGAAGCCAAGATGTGATCTTGATAGA
ACAAGTTACAATAATGTCTTCAAATGCATTTTTTTTTTTTTGAGAGTTGGTTCTGAATGT
TGTTACGTGTTTTTTTTTTTTCCTTGGAACTGAAATCAAACGTTTTGATCGTCATAAACG
TTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR3EE68TF U 1
AF RR3EE68JQ C 113
BS 1 613 RR3EE68TF
BS 614 614 RR3EE68JQ
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BS 672 845 RR3EE68JQ

RD RR3EE68TF 671 0 0
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TCATGTCGGCCCTTGTGGCATTATGCAGAGCTCGAGCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTGTGT
TCAATAGCCTTGTTCGTCCAACATTTCGCAGCTTCTCCACAGGTTTTGGTGATGTGCAGA
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TAGGAAGTTCCATGCCCCTAGGAATGATGCGCATAGGAACAATCATCCACAACATCGAGA
TGAACCCTGGTCAAGGCGCCAAGCTAGTACGAGCCGCGGGAACAAACGCCAAGATCCTCA
AGGAGCCTGCTTCGGGGAGGTGCTTGATCAAGCTTCCTTCAGGTGACACCAGGTGGATCA
ACGCCAGGTGCCGTGCTACCATCGGTACTGTCTCAAACCCGTCCCATGGAGTGAAAAAGC
TGTATAAAGCAGGACAGAGCAGGTGGCTGGGGATAATACCCAAAGTGAGAGGTGTGGCGA
TGAATCCGTGTGATCGTCCACATGGTGGTGGTGAAGGGAAAAGCAAAAGTAGTGGAAGCA
GAGGTAGGACGTCTGTTAGCCCTTGGGGGAAGCCGTGCAAAG*TGGTTACA*GTCTGCTA
GTGTCAAGAAG

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DS 

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TGTGCAGAACAAAACACTGGTGGCAGAAATGGAAGAAAAGATGCTCCACATGGACATCAA
CTCGATGATAGGAAGTTCCATGCCCCTAGGAATGATGCGCATAGGAACAATCATCCACAA
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GATCCTCAAGGAGCCTGCTTCGGGGAGGTGCTTGATCAAGCTTCCTTCAGGTGACACCAG
GTGGATCAACGCCAGGTGCCGTGCTACCATCGGTACTGTCTCAAACCCGTCCCATGGAGT
GAAAAAGCTGTATAAAGCAGGACAGAGCAGGTGGCTGGGGATAATACCCAAAGTGAGAGG
TGTGGCGATGAATCCGTGTGATCGTCCACATGGTGGTGGTGAAGGGAAAAGCAAAAGTAG
TGGAAGCAGAGGTAGGACGTCGGTTAGCCCTTGGGGGAAGCCGTGCAAAGGTGGTTACAA
GTTTGCTAGTGTCAAGAAGAAGAAGAAGCGATTGGCTGCTAGAGAAGCCAAGATGTGATC
TTGATAGAACAAGTTACAATAATGTCTTCAAATGCATTTTTTTTTTTTTGAGAGTTGGTT
CTGAATGTTGTTACGTGTTTTTTTTTTTTCCTTGGAACTGAAATCAAACGTTTTGATCGT
CATAAACGTTTTT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL8791Contig1 1015 2 2 U
GAGGATAGAACAGCGCTACACACTACACAATCTAGCACATGCTCTTCTCTTCTGTTCTCT
CTCGATATTGATTGACTCATCATCTTCTTGAGCAAGAAGCGAACAAAACTAAAATCAGAT
GGACGTCTCAGCAGATCGAACAACTTTTAAGCGTCACTCGTCGCTTTCAACGCTCGTGGC
TCACTTCTTTGGCATATTAGCCGTTGTTCTAATGCTCATATGGCTTCTACACTACCGCGA
AGGCATCGAGTATCGCTCCGACAATCCCCTTAAGGTTTTAAATGTGCACCCATTTCTCAT
GTACTGTGGCTTTCTCTTCCTCGTCGGCCAAGCGATGATGACGTACAAAACGGCATATGC
CTCGCACCAAGTACAGAAAATGGTTCATGGTGGGCTTCACTTAATAGGACTAGTTCTAGG
TATTGTTGGAATCTCAGCTGCCTTTAGATTCCATGACAAATTAAACCTTAAAGACATGGT
CTCTCTTCACTCCTGGATCGGCCTCACCACTTTCATCCTCCTCGGCCTCCAGTGGCTACT
TGGTGCGTTCACACTTCTTGCGCCACAATCTTCATCAGGGACAAGAGCAAGGATGATGCC
GTGGCACGTCTTAGGTGGTCGGGCTCTACTTTATATGGGTATTGTCGCAGCACTAACCGG
ACTCATGCAGAGAGCCACGATGCTTGGTCAGAGCACAAACGCTGAGTCACGTCTCATTAA
CTTCACCGGCTTAGCCATTCTACTCTTTGGCGTTTCCGTCGACTTCTCCGTCGCTCTTGG
CCGTTATGGTTGACGGATTCCTATACTACCCTACCGTTAATTGATCTTTATGTATTGTAT
CCTTCAGTGAGTTCTTTATTTGATTGTTTGTTTTGGTGTGTAAATGTAATTGGCGAGATA
TCTAATTGGGGCCCTGAGAGTGATTGTTTGATATTTGATTCTAAATTTTACTTTTTGATG
TTTTTTATTTGTTGTTATTTCATCTTTGTTGCTTACTAAAAGTCATTATTTGCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AS 1 2

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D985TF U 1
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GAAGAAGAAGGTAAAGGTGGATTCCTAGACAATGTCAAAGGTTTCATTCACGGCATCGGC
GAGAAGATACAGGGTACCGTTGGAGAAGCGTGGAGAGATTCCCATCCCGAAGAAACCTGA
TGTTGACATCGAGAAGATCCAGTTCCAGAAGTTTTCTTTGGAAGAAACCGTGGCGATACT
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AGTGTGGTTGGCTGATGTGAGTATTGGGAAAGCAGAGATATCTGACTCTGTAAAGCTTGA
TAAAAACGGAAGTGGGTTGATTAATGTGCCGATCACGTTCAGGCCAAAGGACTTTGGGTC
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TGTTGATACACCGTTTGGGGGTATGAAGCTTCCTATTATCAAGGAAGGTGGTGAGACTCG
TCTGAAGAAGGAAGACGATGATGATGATGATGAGGAATAAAGAAA

QA 1 645 1 645
DS 

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AAAGGTTTCATTCACGGCATCGGCGAGAAGATACAGGGTACCGTTGGAGAAGCGTGGAGA
GATTCCCATCCCGAAGAAACCTGATGTTGACATCGAGAAGATCCAGTTCCAGAAGTTTTC
TTTGGAAGAAACCGTGGCGATACTCCACGTGAGGCTTGAGAACTTGAATGATTTTGATTT
GGGGGTTAATGACTTGGACTGTGAAGTGTGGTTGGCTGATGTGAGTATTGGGAAAGCAGA
GATATCTGACTCTGTAAAGCTTGATAAAAACGGAAGTGGGTTGATTAATGTGCCGATCAC
GTTCAGGCCAAAGGACTTTGGGTTTGCGCTTTGGGATATGATACGTGGTAAAGGGACTGG
GTACACTATTAAAGGTAATGTGGATGTTGATACACCGTTTGGGGGTATGAAGCTTCCTAT
TATCAAGGAAGGTGGTGAGACTCGTCTGAAGAAGGAAGACGATGATGATGATGATGAGGA
ATAAGGAAAAGAGGTCAAGAGAATGAGGGATGAATCTCTGATGTTTAAAAATAATGTCTA
AAAGTTAAATGAAAAGACTTGTTTGTTGTGCTTTTATGGTGGATATCAGACTTTTGAACA
GAGCTGTGTGGACTTCTTATATATCATCGTGGTCCGGTTTTATTGGTTATGTTTTGTTTA
AACCAGGTTTGATAG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AATAGAAGGCAAAGATTCACGAATAACCCTTCAAAAGAATCTACAAACCCATTCGTTCGC
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GGCTCTTCTTCATCGTCATCTCAGTTAGTCCCAAGGAGACAGGGAGAGGCTGAATCTTCT
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ATGGAGAGCCGGGCAGAAGCTCTACACAATGTAGAATCAACAATTCATGAGCTAAGCAAT
ATCTTCACACAACTAGCAACCATGGTTTCTCAGCAAGGGGAGATCGCTATCAGGATAGAT
CAGAACATGGAAGATACATTGGCGAATGTGGAAGGCGCACAGAGCCAACTGGCTAGGTAT
CTAAACAGTATATCGTCAAACCGATGGCTCATGATTAAGATTTTCTTCGTACTGATTGCA
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TAAAAGAGTTTCAAATATATAGACATGGTTCTCTTTTTCGGTCGTATTGACATGTAAAGA
CTACAAGAGAAAGGTGATCTTTATGCTCTCTGTTCAGATTAGTGGGGATTTATATATATC
ACCACTTTTTAATGTAAAATTGATTTTCCGTGC


BQ
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AF RR3H491TF U 1
AF RR3H491JQ C 190
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CAGAACATGGAAGATACATTGGCGAATGTGGAAGGCGCACAGAGCCAACTGGCTAGGTAT
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TTTCTCATGGTTTTCCTCTTCTTCGTGGCCTAATATTGAGATTTAAAAAAAAAACGATTT
TAAAAGAGTTTCAAATATATAGACATGGTTCTCTTTTTCGGTCGTATTGACATGTAAAGA
CTACAAGAGAAAG*TGATCTTTATGCTCTCTGTTCAGATTAGTGGGGATTTATATATATC
ACCACTTTTTA
TGTAAATTG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3H491JQ 564 0 0
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GAAGATACATTGGCGAATGTGGAAGGCGCACAGAGCCAACTGGCTAGGTATCTAAACAGT
ATATCGTCAAACCGATGGCTCATGATTAAGATTTTCTTCGTACTGATTGCATTTCTCATG
GTTTTCCTCTTCTTCGTGGCCTAATATTGAGATTTAAAAAAAAAACGATTTTAAAAGAGT
TTCAAATATATAGACATGGTTCTCTTTTTCGGTCGTATTGACATGTAAAGACTACAAGAG
AAAGGTGATCTTTATGCTCTCTGTTCAGATTAGTGGGGATTTATATATATCACCACTTTT
TAATGTAAAATTGATTTTCCGTGC

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

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TCACTCCCGCCGACACCGTCATCTCCGAGCTGCTCGGAGGTCCCGTCAAGCTATTCACCA
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CCTGAGTGAGTGAAAAAAACAGTTTGTTGTTACGTCACAGAATATCAACATCATGTACGA
CAATAACTTGGTGCTGTTGTTTTTTTCTTTGTAATTCTTTCATCCACCGCAGTTACTTTT
AACCTTTTCTTTGATCGCTATGGTTTTTTTACTCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BY57TF U 1
AF RR3BY57JQ C 287
BS 1 692 RR3BY57TF
BS 693 693 RR3BY57JQ
BS 694 714 RR3BY57TF
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BS 716 723 RR3BY57TF
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BS 725 750 RR3BY57TF
BS 751 1055 RR3BY57JQ

RD RR3BY57TF 760 0 0
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TGAAGAGGCAGAAGAAGAACAGGAGTACAGTGAGGTTCTTCACTGTCTGTTTCGGATTCC
GACAGCCTTTCAAAGTCCTCTGCGACGGCACGTTCGTCCACCATCTCGTTTCTCGGGAGA
TCACTCCCGCCGACACCGTCATCTCCGAGCTGCTCGGAGGTCCCGTCAAGCTATTCACCA
CCAGGTGTGTGCTCGCGGAGTTGCAGAAGCTCGGTAAAGATTTTTCGGAGTCTCTCGAGG
CTGCTCAGATGCTTAGCGCAGCTACATGTGAGCACGATGAGGCAAAACCAGCAGACGAGT
GTTTGTCAGAGGTGCTCGGAACCCAAAACACGGAGCATTTCTTTCTCGGTACTCAGGACG
CTGACTTTAGGAAGAAGCTTCAAAAGGAGTCTATCGTTCCACTATTGTTTGGTCTGAATA
ACAGTCTGCAGATCGAGCAGCCTTCTGATTTCCAACGCGAGACCGCTAAAGACTCTGAGA
GAAAGAGGTTAACTATGACCGATGCGGAGAAGAGGATGTTGGTGAAACAGACTGCGAGAA
TCTTAGCTTCTAATAGAGGAGAGGGAGCAGCTGAAGACGAGCAATGGGAGGCGCCTCGTG
TGGTCAGTTCAAGAAATGGTCTCGGTGTGAAG*ATAGACCGCAGTTCAAGCGAA*TAGAG
CCA*GGGACCAAACCCACTTTCATGCATGA
GAAAAGAAGT

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3BY57JQ 769 0 0
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ACCAGCAGACGAGTGTTTGTCAGAGGTGCTCGGAACCCAAAACACGGAGCATTTCTTTCT
CGGTACTCAGGACGCTGACTTTAGGAAGAAGCTTCAAAAGGAGTCTATCGTTCCACTATT
GTTTGGTCTGAATAACAGTCTGCAGATCGAGCAGCCTTCTGATTTCCAACGCGAGACCGC
TAAAGACTCTGAGAGAAAGAGGTTAACTATGACCGATGCGGAGAAGAGGATGTTGGTGAA
ACAGACTGCGAGAATCTTAGCTTCTAATAGAGGAGAGGGAGCAGCTGAAGACGAGCAATG
GGAGGCGCCTCGTGTGGTCAGTTCAAGAAATGGTCTCGGTGTGAAGGATAGACCGCAGTT
CAAGCGAAATAGAGCCAAGGGACCAAACCCACTTTCATGCATGAAGAAAAAGAAGGTGAA
CGGTACCAAGAGACCTCAATCAAAACCCAAGGCTGAATCGAAATCTGGTGGACAAGAGGT
AAAGAAAGGTGAAAGCGGTGCAGAAAGGAGGACGAGAAAACGGTCCAGAAAAGGAAAAGC
TGTTCCGGAGAGAACCTGAGTGAGTGAAAAAAACAGTTTGTTGTTACGTCACAGAATATC
AACATCATGTACGACAATAACTTGGTGCTGTTGTTTTTTTCTTTGTAATTCTTTCATCCA
CCGCAGTTACTTTTAACCTTTTCTTTGATCGCTATGGTTTTTTTACTCT

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL8799Contig1 904 2 2 U
GGATGATACACTAAACCTAGAAAGAAATAAAAATGTGTAGCAAAACAACCATTGGAAACT
ATGGAGATGATTACACTGGTCCGTGTCCGAAAAAACAGAAGAGTAATAGCAATGGAAAAA
GAAGAGTTCCTCGAAGAGGTCCTGGTGTCGCCGAACTCGAGAAGATCCGTCTTGAAGAAC
AACACACACCACTTCCTCCTCATCCTCCTCAGACGGAAAGACCTCCGTCCGTTGTTCTTC
CATCCCCCACCGTGAGAGCCGGTCCGGTTTACCCGTTCCCGTCTTATTTTACAGCCGGAT
CTTTCCCTAGTGATCTGATCCCTCCGGCTCCAGTTTTTCAAAGGAATCATGATTCGTGTC
TTCACTATCTCCCACCGATGAATCTACCGAATCCAGGGTTTTATCAATTCATAGACCACC
CTCCAAACCCAACATCTAGCCATAACCATGAAAAGATCGTGGCTGCAAAAAGGCCATGGC
AAGTTATGGCAGAGTCTACAAGATGTGACGTGGGACCGACGGTAACAATGTCAAGCATGA
ACAGAAGGACGGGTTTAATCCTGAAAGCATGCCACAGAGGAGCAGTGCTAATAGTTCCAC
AAACAGAAAACCCTTCTACAGTTTCTTGCCGGCGAATGAGCAGAGTATTGACGATCAAGA
TCTATCTATTAGCTTGAGAACCGAGAGATATGACACAGCCACTGATCACGGCATTGATCT
TCGCCTTAAGTTATAAGCAGTTGGTCTTTTAAGCAATTTTTGTTTTAAACTTCGAATCTT
TATATCAGTTTGTTGTTTTTGGGACTTAAACACAGATCTGCCAAATATTTGGCTTTGTAT
TTGCTTTTTTTTTCTTCAATAGACACATATAATGCAAGTGAAAGAATCTACATTACTTTA
AATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3CC35TF U 1
AF RR3CC35JQ C 235
BS 1 760 RR3CC35TF
BS 761 904 RR3CC35JQ

RD RR3CC35TF 767 0 0
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ATGGAGATGATTACACTGGTCCGTGTCCGAAAAAACAGAAGAGTAATAGCAATGGAAAAA
GAAGAGTTCCTCGAAGAGGTCCTGGTGTCGCCGAACTCGAGAAGATCCGTCTTGAAGAAC
AACACACACCACTTCCTCCTCATCCTCCTCAGACGGAAAGACCTCCGTCCGTTGTTCTTC
CATCCCCCACCGTGAGAGCCGGTCCGGTTTACCCGTTCCCGTCTTATTTTACAGCCGGAT
CTTTCCCTAGTGATCTGATCCCTCCGGCTCCAGTTTTTCAAAGGAATCATGATTCGTGTC
TTCACTATCTCCCACCGATGAATCTACCGAATCCAGGGTTTTATCAATTCATAGACCACC
CTCCAAACCCAACATCTAGCCATAACCATGAAAAGATCGTGGCTGCAAAAAGGCCATGGC
AAGTTATGGCAGAGTCTACAAGATGTGACGTGGGACCGACGGTAACAATGTCAAGCATGA
ACAGAAGGACGGGTTTAATCCTGAAAGCATGCCACAGAGGAGCAGTGCTAATAGTTCCAC
AAACAGAAAACCCTTCTACAGTTTCTTGCCGGCGAATGAGCAGAGTATTGACGATCAAGA
TCTATCTATTAGCTTGAGAACCGAGAGATATGACACAGCCACTGATCACGGCATTGATCT
TCGCCTTAAGTTATAAGCAGTTGGTCTTTTAAGCAATTTT
GTTTAAA

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3CC35JQ 670 0 0
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CCGGATCTTTCCCTAGTGATCTGATCCCTCCGGCTCCAGTTTTTCAAAGGAATCATGATT
CGTGTCTTCACTATCTCCCACCGATGAATCTACCGAATCCAGGGTTTTATCAATTCATAG
ACCACCCTCCAAACCCAACATCTAGCCATAACCATGAAAAGATCGTGGCTGCAAAAAGGC
CATGGCAAGTTATGGCAGAGTCTACAAGATGTGACGTGGGACCGACGGTAACAATGTCAA
GCATGAACAGAAGGACGGGTTTAATCCTGAAAGCATGCCACAGAGGAGCAGTGCTAATAG
TTCCACAAACAGAAAACCCTTTTACAGTTTCTTGCCGGGGAATGAGCAGAGTATTGACGA
TCAAGATCTATCTATTAGCTTGAGAACCGAGAGATATGACACAGCCACTGATCACGGCAT
TGATTTTCGCCTTAAGTTATAAGCAGTTGGTCTTTTAAGCAATTTTTGTTTTAAACTTCG
AATCTTTATATCAGTTTGTTGTTTTTGGGACTTAAACACAGATCTGCCAAATATTTGGCT
TTGTATTTGCTTTTTTTTTCTTCAATAGACACATATAATGCAAGTGAAAGAATCTACATT
ACTTTAAATT

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

CO CL8800Contig1 1192 2 8 U
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CGTTATAGAGTAAACTATGCATTCATATTTGGGTTCAAGCAAGGAACTGAACTTGGTTAC
AGACAAGTTCTGTTTGTGGGATTTAGCATTGGAGCTTTTGCTTTGCTTTGTGTTCTTGGT
AATCTTGACATGCAAGCAAACCCTAGAACCAAAAGTTTCCAAGCAGTAACCGAATTCTTC
CTCTTTTCCTTCTTGGTGCTATGTTTGCAGTTTTAATATTGCCATTAAACATTCTCTACC
GCTCAAGCCGCTTCTTCTTCCTGACGTGTCTGTTTCACTGCCTTGCTGCTCCTCTTTACA
AGGTAACGTTACCCGATTTCTTCTTAGGAGATCAATTAACTAGTCAAGTACAAGCTCTTC
GAAGCATCCAGTTTTATATATGTTACTATGGCTGGGGAGACTTCAAACAAAGGCAAGACA
CATGCAACGACTGGCAAGAATACAAAATTTTCTTATATATTGTTGCTGTAATCCCATATC
TATCTCGCCTCCTTCAGTGCATGCGACGAATGTTTGAGGAAAGAAGCCTAGAGCAAGGAT
ACAACGGAGTCAAATACTTGTTGACAATAATAGCGGTTTGTTTAAGAACAGCTTATGGTT
TTGAAACCAATAAGAATCATAAGTTTATCCTCAAAATATTAGCTGGTTCTGCATCAGTTC
TTGCTGCTGTTTTCTGTACATACTGGGACTTTGTCCATGACTGGGGACTTCTGAATAGAA
CATCTAAAAACAGATGGCTTCGTGATAAACTTCTTGTCCCACACAAGAGAGTATACTTCA
TTGCAATGATCTTGAACGTTATGTTGAGGTTCGCATGGTTGCAAACAGTATTAGATTTTG
AGCTTAAGTTTCTTCATACTCAGACGGTGCTTGCGGTTGTGGCCTGTCTTGAGATTATTC
GTCGTGGTATATGGAATTTCTTCAGGCTAGAGAATGAGCACTTGAATAATGTGGGGAAGT
ACCGAGCTTTCAAGTCAGTTCCACTACCGTTCAGCTACAGCGAAGACGATGAAAAAGACG
ATTAACATGTTTACAGAAGAACGTGAACATTTTCTTATACATAATACATGAAACGAAGTG
TGTTTGTAACAAAAAATTTTCAATACAAATTGATGGAAGTAATTTATCCCGT


BQ
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AF RR3FW44TF U 1
AF RR3FW44JQ C 392
BS 1 647 RR3FW44TF
BS 648 648 RR3FW44JQ
BS 649 695 RR3FW44TF
BS 696 696 RR3FW44JQ
BS 697 733 RR3FW44TF
BS 734 734 RR3FW44JQ
BS 735 774 RR3FW44TF
BS 775 1192 RR3FW44JQ

RD RR3FW44TF 774 0 0
GGGTTTGGGTTCATTGTGCTTCACATGACTGTGTATGCTATTGATATATACTATTGGAAG
CGTTATAGAGTAAACTATGCATTCATATTTGGGTTCAAGCAAGGAACTGAACTTGGTTAC
AGACAAGTTCTGTTTGTGGGATTTAGCATTGGAGCTTTTGCTTTGCTTTGTGTTCTTGGT
AATCTTGACATGCAAGCAAACCCTAGAACCAAAAGTTTCCAAGCAGTAACCGAATTCTTC
CTCTTTTCCTTCTTGGTGCTATGTTTGCAGTTTTAATATTGCCATTAAACATTCTCTACC
GCTCAAGCCGCTTCTTCTTCCTGACGTGTCTGTTTCACTGCCTTGCTGCTCCTCTTTACA
AGGTAACGTTACCCGATTTCTTCTTAGGAGATCAATTAACTAGTCAAGTACAAGCTCTTC
GAAGCATCCAGTTTTATATATGTTACTATGGCTGGGGAGACTTCAAACAAAGGCAAGACA
CATGCAACGACTGGCAAGAATACAAAATTTTCTTATATATTGTTGCTGTAATCCCATATC
TATCTCGCCTCCTTCAGTGCATGCGACGAATGTTTGAGGAAAGAAGCCTAGAGCAAGGAT
ACAACGGAGTCAAATACTTGTTGACAATAATAGCGGTTTGTTTAAGA*CAGCTTATGGTT
TTGAAACCAATAAGAATCATAAGTTTATCCTCAAA*TATTAGCTGGTTCTGCATCAGTTC
TTGCTGCTGTTTT*TGTACATACTGGGACTTTGTCCATGACTGGGGACTTCTGA

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3FW44JQ 801 0 0
TCAATTAACTAGTCAAGTACAAGCTCTTCGAAGCATCCAGTTTTATATATGTTACTATGG
CTGGGGAGACTTCAAACAAAGGCAAGACACATGCAACGACTGGCAAGAATACAAAATTTT
CTTATATATTGTTGCTGTAATCCCATATCTATCTCGCCTCCTTCAGTGCATGCGACGAAT
GTTTGAGGAAAGAAGCCTAGAGCAAGGATACAACGGAGTCAAATACTTGTTGACAATAAT
AGCGGTTTGTTTAAGAACAGCTTATGGTTTTGAAACCAATAAGAATCATAAGTTTATCCT
CAAAATATTAGCTGGTTCTGCATCAGTTCTTGCTGCTGTTTTCTGTACATACTGGGACTT
TGTCCATGACTGGGGACTTCTGAATAGAACATCTAAAAACAGATGGCTTCGTGATAAACT
TCTTGTCCCACACAAGAGAGTATACTTCATTGCAATGATCTTGAACGTTATGTTGAGGTT
CGCATGGTTGCAAACAGTATTAGATTTTGAGCTTAAGTTTCTTCATACTCAGACGGTGCT
TGCGGTTGTGGCCTGTCTTGAGATTATTCGTCGTGGTATATGGAATTTCTTCAGGCTAGA
GAATGAGCACTTGAATAATGTGGGGAAGTACCGAGCTTTCAAGTCAGTTCCACTACCGTT
CAGCTACAGCGAAGACGATGAAAAAGACGATTAACATGTTTACAGAAGAACGTGAACATT
TTCTTATACATAATACATGAAACGAAGTGTGTTTGTAACAAAAAATTTTCAATACAAATT
GATGGAAGTAATTTATCCCGT

QA 1 801 1 801
DS 



AS 1 2

CO CL8801Contig1 886 2 4 U
GGGGTTAGAGGGGTGAAGAGTGGGGATAAATGTACGATCGTGATGTATGGACCTACAGGC
GCTGGAAAGAGCCATACCATGTTTGGTTGTAAGAAGGAACCTGGGATTGTGTATCGGTCC
TTGAGGGATATTCTGGGTGGAGATGGTGGTGTTGGCTTTGTTCAGGTCACTGTTCTTGAG
GTTTATAATGAGGAGATTTATGATCTTCTTTCCACCATTAGTAGCAACAATTTTGGGATT
GGTTGCCCCAAAGGAGGAACCAGTAAGGCCAGGCTTGAAGTAATGGGGAAGAAGGCCAAA
AATGCAACCTTCATTTCAGGGACAGAAGCTGGGAAAATCTCTAAATAAATTGTCAAAGTG
GAGAGACGGAGGACTGTTAAAAGCACACTTTGCAATGAAAGAAGTTCCCGGAGTCACTGC
ATTATCATACTTGATGTGCCAACTGTTGGGGGAAGGTTGATGCTTGTTGACATGGCTGGT
TCAGAGAATATAGACCAAGTTGGCCAAACTGGATTTGAAGCAAAGATGCAAACTGCTAAG
ATCAACCGAGGAAATATTGCACTGAAGCGAGTTGTAGAATCTATAGCAAATGGAGACTCT
CACGTGCCTTTTAGAGACAGCAAGCTGACTATGCTGCTTCAGGACTCTTTTGAAGATGAC
AAGTCAAAGATTCTAATGATCCTATGTGCGAGCCCGGATCCAAGGGAAATGCACAAGACT
CTCTGCACTCTAGAGTATGGGGCAAAAGCAAAGTGCATAGTTCGCGGGTCACATACTCGG
AACAAAGATAAGAATGGGGGTGAGGAGTCTTCTTCAGCTGTGATCCTGGGAACAAGAATA
GCAGCGATGGATGAGTTTATTTCCAAACTCCAGTCTGAGAAGAAGC


BQ
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AF RR3CQ50TF U 1
AF RR3CQ50JQ C 156
BS 1 642 RR3CQ50TF
BS 643 643 RR3CQ50JQ
BS 644 700 RR3CQ50TF
BS 701 886 RR3CQ50JQ

RD RR3CQ50TF 700 0 0
GGGGTTAGAGGGGTGAAGAGTGGGGATAAATGTACGATCGTGATGTATGGACCTACAGGC
GCTGGAAAGAGCCATACCATGTTTGGTTGTAAGAAGGAACCTGGGATTGTGTATCGGTCC
TTGAGGGATATTCTGGGTGGAGATGGTGGTGTTGGCTTTGTTCAGGTCACTGTTCTTGAG
GTTTATAATGAGGAGATTTATGATCTTCTTTCCACCATTAGTAGCAACAATTTTGGGATT
GGTTGCCCCAAAGGAGGAACCAGTAAGGCCAGGCTTGAAGTAATGGGGAAGAAGGCCAAA
AATGCAACCTTCATTTCAGGGACAGAAGCTGGGAAAATCTCTAAATAAATTGTCAAAGTG
GAGAGACGGAGGACTGTTAAAAGCACACTTTGCAATGAAAGAAGTTCCCGGAGTCACTGC
ATTATCATACTTGATGTGCCAACTGTTGGGGGAAGGTTGATGCTTGTTGACATGGCTGGT
TCAGAGAATATAGACCAAGTTGGCCAAACTGGATTTGAAGCAAAGATGCAAACTGCTAAG
ATCAACCGAGGAAATATTGCACTGAAGCGAGTTGTAGAATCTATAGCAAATGGAGACTCT
CACGTGCCTTTTAGAGACAGCAAGCTGACTATGCTGCTTCAG*ACTCTTTTGAAGATGAC
AAGTCAAAGATTCTAATGATCCTATGTGCGAGCCCGGATC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3CQ50JQ 731 0 0
CTTTGTTCAGGTCACTGTTCTTGAGGTTTATAATGAGGAGATTTATGATCTTCTTTCCAC
CATTAGTAGCAACAATTTTGGGATTGGTTGCCCCAAAGGAGGAACCAGTAAGGCCAGGCT
TGAAGTAATGGGGAAGAAGGCCAAAAATGCAACCTTCATTTCAGGGACAGAAGCTGGGAA
AATCTCTAAATAAATTGTCAAAGTGGAGAGACGGAGGACTGTTAAAAGCACACTTTGCAA
TGAAAGAAGTTCCCGGAGTCACTGCATTATCATACTTGATGTGCCAACTGTTGGGGGAAG
GTTGATGCTTGTTGACATGGCTGGTTCAGAGAATATAGACCAAGTTGGCCAAACTGGATT
TGAAGCAAAGATGCAAACTGCTAAGATCAACCGAGGAAATATTGCACTGAAGCGAGTTGT
AGAATCTATAGCAAATGGAGACTCTCACGTGCCTTTTAGAGACAGCAAGCTGACTATGCT
GCTTCAGGACTCTTTTGAAGATGACAAGTCAAAGATTCTAATGATCCTATGTGCGAGCCC
GGATCCAAGGGAAATGCACAAGACTCTCTGCACTCTAGAGTATGGGGCAAAAGCAAAGTG
CATAGTTCGCGGGTCACATACTCGGAACAAAGATAAGAATGGGGGTGAGGAGTCTTCTTC
AGCTGTGATCCTGGGAACAAGAATAGCAGCGATGGATGAGTTTATTTCCAAACTCCAGTC
TGAGAAGAAGC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL8802Contig1 540 2 1 U
GAACCAAACATCAGATCAACAGATACTCCGTTCATGTCTTTCTTCAGAGGAAAAGAAGAA
ACTGAGGAAGAAGAGGAAGAAGGTGAAATTTGCAGAGGACGTGAAGGAGCCGAAAGGGAA
CGGTGAAGAGTATCGGAAGAGAGAACATCTCCGGAGAATCGTACCGGAAGGGGGGACTAA
ACCGGAGAAAACCAGTTTGGTTTGTAGAAACGACATGCCTGCCAACAGGATGGCTTTGTA
CAATGGGATTCTTAGAGACAGAGATCATAGACTTCAGTGTTCCTATTGACTTTTTTTTTT
ACATCTTTTAGTCAAGAAAAATGCTGAAAATATTGTAAAAATAGTTTTCTTTTAATTCCG
GGAGAAACATGTCTGTATGGCAATTATTGTAGTAGCTCACTTTTCCCTTTTACTTTTTTT
TTCTGTGTAATTTTCTTCTAAGAACCAGTGTAAATACTGTAAATGATTAATATCTAAAAT
AGGGGTTTTTTAAAACCTTTGACCCATCTTTTGGTTTATAAATAGTAAGATTCCATGTTT


BQ
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AF RR3D401JQ C 1
AF RR3D401TF U 1
BS 1 540 RR3D401TF

RD RR3D401JQ 540 0 0
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QA 1 540 1 540
DS 

RD RR3D401TF 540 0 0
GAACCAAACATCAGATCAACAGATACTCCGTTCATGTCTTTCTTCAGAGGAAAAGAAGAA
ACTGAGGAAGAAGAGGAAGAAGGTGAAATTTGCAGAGGACGTGAAGGAGCCGAAAGGGAA
CGGTGAAGAGTATCGGAAGAGAGAACATCTCCGGAGAATCGTACCGGAAGGGGGGACTAA
ACCGGAGAAAACCAGTTTGGTTTGTAGAAACGACATGCCTGCCAACAGGATGGCTTTGTA
CAATGGGATTCTTAGAGACAGAGATCATAGACTTCAGTGTTCCTATTGACTTTTTTTTTT
ACATCTTTTAGTCAAGAAAAATGCTGAAAATATTGTAAAAATAGTTTTCTTTTAATTCCG
GGAGAAACATGTCTGTATGGCAATTATTGTAGTAGCTCACTTTTCCCTTTTACTTTTTTT
TTCTGTGTAATTTTCTTCTAAGAACCAGTGTAAATACTGTAAATGATTAATATCTAAAAT
AGGGGTTTTTTAAAACCTTTGACCCATCTTTTGGTTTATAAATAGTAAGATTCCATGTTT

QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 2

CO CL8803Contig1 876 2 8 U
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GACAAGGAACTCAAAGATGATGAAAAGAAGAATCATGATGAGTTGCATTGTGCTAAGCTT
CAGAAAACAAAAGACAGAATAGTAGCTTTGATTAAATCAAGCATGGACATTGTTGTAGCC
ATTGGTCTGCTTCGTTTAGCTCCATGGATAATTGGTCATCGTGTCACTGGCTTTTTGGGG
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GCTTGAAGCAAGAAGAAGCTTCTTCTCTAGACCTTCAGAATAATTGTTTCACGTAATCTT
AAGAGTCTATGTTGCTCCTATGCTGTAATAATGATAACTTATACTCTGAACAAGACTCTG
TTTCTACATAGCTGAAAGGATTCTATGTTCAAGTTC


BQ
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AF RR3C003TF U 1
AF RR3C003JQ C 121
BS 1 752 RR3C003TF
BS 753 753 RR3C003JQ
BS 754 759 RR3C003TF
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BS 799 876 RR3C003JQ

RD RR3C003TF 798 0 0
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CTATACTTGAACAAAGCTGAGGCTAGAGATAAGATATGCAGAGCTATTCAGTACGGTTCC
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GCTAGAAAAGCGTTCCGTCTTTTCAAGTTTCTCAATGATTTTCAATTGCTTATTAGCCCT
GTGCATAGAAGGACTCCTCTTCCTCTTGTCTTGCTCGGAAAGTGCAAGAATGCACTCTTG
TGTACATACTTCTTTCTTGATCAATTCGTCTGGCTTGGTAGATCCGGCATATATAAGAAC
AAAATATTAACGGAGTTGATTAGCGGTTTCTCAATTTTCTGCTGGCTTGGATCATCTATC
TGTATTGTAATAATTGAGATTTGTGAGCTTATAAGGCTCTCTTCATCTATGAAGAAGATG
GACAAGGAACTCAAAGATGATGAAAAGAAGAATCATGATGAGTTGCATTGTGCTAAGCTT
CAGAAAACAAAAGACAGAATAGTAGCTTTGATTAAATCAAGCATGGACATTGTTGTAGCC
ATTGGTCTGCTTCGTTTAGCTCCATGGATAATTGGTCATCGTGTCACTGGCTTTTTGGGG
CTGATCACCTCACTTATCTCTTGTTATCAGTTGCTTCCAGTGCGTCCCAAGTTAAAGACA
GCTTGAAGCAAGAAGAAGCTTCTTCTCTAGAC*TTCAGA**TATTGTT*CACGTAATCTT
AAGAGTCTATGTTGCTCC

QA 1 798 1 798
DS 

RD RR3C003JQ 756 0 0
CAAA
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GAAAAGCGTTCCGTCTTTTCAAGTTTCTCAATGATTTTCAATTGCTTATTAGCCCTGTGC
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CATACTTCTTTCTTGATCAATTCGTCTGGCTTGGTAGATCCGGCATATATAAGAACAAAA
TATTAACGGAGTTGATTAGCGGTTTCTCAATTTTCTGCTGGCTTGGATCATCTATCTGTA
TTGTAATAATTGAGATTTGTGAGCTTATAAGGCTCTCTTCATCTATGAAGAAGATGGACA
AGGAACTCAAAGATGATGAAAAGAAGAATCATGATGAGTTGCATTGTGCTAAGCTTCAGA
AAACAAAAGACAGAATAGTAGCTTTGATTAAATCAAGCATGGACATTGTTGTAGCCATTG
GTCTGCTTCGTTTAGCTCCATGGATAATTGGTCATCGTGTCACTGGCTTTTTGGGGCTGA
TCACCTCACTTATCTCTTGTTATCAGTTGCTTCCAGTGCGTCCCAAGTTAAAGACAGCTT
GAAGCAAGAAGAAGCTTCTTCTCTAGACCTTCAGAATAATTGTTTCACGTAATCTTAAGA
GTCTATGTTGCTCCTATGCTGTAATAATGATAACTTATACTCTGAACAAGACTCTGTTTC
TACATAGCTGAAAGGATTCTATGTTCAAGTTC

QA 5 756 5 756
DS 



AS 1 2

CO CL8804Contig1 920 2 2 U
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ATCTGAAAGAGTAATCCGTTAATGGTGGTGATGATCATCAAGGGTATATTCAGGAGATAT
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GGCTGCGGCGTCGGATGGGGACCTGGTTTTGGCCCTGAGGTCATTGGATACGTCGGTGCT
GGCTGCGGTGTTGGTTTCAGTGTTGGCATTACACTCGCCGGTCTCGGCATTGGTCTCCCC
ACAAACCTTCTTCTCGCAGCTCCTTATAACACTGTAGAAGCAACTAGAAAGGGTGCTTTT
AAGTTGTTTGGTAATAGTCTTTCAGTTGATGGTTGGAGCCATGTTTTGCCTGGGTTGCAG
AGGCAAGTGGGCGAGATGTGTTCTGGTTTTAGCAAGAAGCCGCCTCGCTTGGATGATGCC
ATTGACTTAAAAAGTTTGCCTTTGTTCATTCCACATGATTGTGGAAGATCTGGGAGCCAT
CTTCTCCGTATGCAGCGCAAAGGTATGGAGAACAAAAACCGTGGAGATTCATCAGCTATG
TAATGGCACTAAACCACGAGGATCTCAAGCATCTGAGACACTCCTTTCGAGATTTTGATT
GAATAGAGTTACTTTCGTTTGGCATGTGTGTGTGACTATAAAATATACTCAGCACAAATC
AGAACCTGTTTCCTATCTTGTTTGGAGGGTACACACTATGAAACAATCCTGAAGAATTTG
TGTGTGGGGAGTCCATGGTACAGTTACATAGATACATCTAGTTATGTTACACATCAGGCT
TATGCTGCAAGCACTTCATCCTCTTCACTCATGTATACCATTATAAGTTTTCTTTTAACT
CAATGACTAAAAGGTTTTTG


BQ
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AF RR3FX28TF U 1
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BS 703 920 RR3FX28JQ

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ATCTGAAAGAGTAATCCGTTAATGGTGGTGATGATCATCAAGGGTATATTCAGGAGATAT
GAGAAATGGAATCCCGTTCATCCCACGTATGGAGCCTTTTGGGGAATGGGGATTGGCATT
GGCTGCGGCGTCGGATGGGGACCTGGTTTTGGCCCTGAGGTCATTGGATACGTCGGTGCT
GGCTGCGGTGTTGGTTTCAGTGTTGGCATTACACTCGCCGGTCTCGGCATTGGTCTCCCC
ACAAACCTTCTTCTCGCAGCTCCTTATAACACTGTAGAAGCAACTAGAAAGGGTGCTTTT
AAGTTGTTTGGTAATAGTCTTTCAGTTGATGGTTGGAGCCATGTTTTGCCTGGGTTGCAG
AGGCAAGTGGGCGAGATGTGTTCTGGTTTTAGCAAGAAGCCGCCTCGCTTGGATGATGCC
ATTGACTTAAAAAGTTTGCCTTTGTTCATTCCACATGATTGTGGAAGATCTGGGAGCCAT
CTTCTCCGTATGCAGCGCAAAGGTATGGAGAACAAAAACCGTGGAGATTCATCAGCTATG
TAATGGCACTAAACCACGAGGATCTCAAGCATCTGAGACACTCCTTTCGAGATTTTGATT
GAATAGAGTTACTTTCGTTTGGCATGTGTGTGTGACTATAAA
TATAC

QA 1 702 1 702
DS 

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GCAACTAGAAAGGGTGCTTTTAAGTTGTTTGGTAATAGTCTTTCAGTTGATGGTTGGAGC
CATGTTTTGCCTGGGTTGCAGAGGCAAGTGGGCGAGATGTGTTCTGGTTTTAGCAAGAAG
CCGCCTCGCTTGGATGATGCCATTGACTTAAAAAGTTTGCCTTTGTTCATTCCACATGAT
TGTGGAAGATCTGGGAGCCATCTTCTCCGTATGCAGCGCAAAGGTATGGAGAACAAAAAC
CGTGGAGATTCATCAGCTATGTAATGGCACTAAACCACGAGGATCTCAAGCATTTGAGAC
ACTCCTTTCGAGATTTTGATTGAATAGAGTTACTTTCGTTTGGCATGTGTGTGTGACTAT
AAAATATACTCAGCACAAATCAGAACCTGTTTCCTATCTTGTTTGGAGGGTACACACTAT
GAAACAATCCTGAAGAATTTGTGTGTGGGGAGTCCATGGTACAGTTACATAGATACATCT
AGTTATGTTACACATCAGGCTTATGCTGCAAGCACTTCATCCTCTTCACTCATGTATACC
ATTATAAGTTTTCTTTTAACTCAATGACTAAAAGGTTTTTG

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B665TF U 1
BS 1 749 RR3B665TF

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TACTGGTACTGGACTCGGCGGTGATTCCATCTACAAATTTCTGTATGGTGAGCAGGCTCG
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DS 

RD RR3B665TF 749 0 0
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CTACAATGGGTGCCTCTTCCACACTGTGCAAAAGGATTTCACTGCTCAAACTGGTGATCC
TACTGGTACTGGACTCGGCGGTGATTCCATCTACAAATTTCTGTATGGTGAGCAGGCTCG
CTTTTTTAGAGAGAGCATAGTCATGACAAGGATAAGATTCGGAGGAGAAGTCGTGATGGG
TATGGTGAAGGCAAAAGACAAGAAAGAGATGAACAGAGAAGTCCTCGTGTGTATGGTGAA
GGCAAAAGACGAGACAAAGATGAACCCGAGGACAAGGAAGCTAGTAAGTACAATGGTAGA
AGACATAATAGGGAAGAGGAAAGAGAAAGGGAGAGGAGGTATGATGATGGTGGGAGTAGG
GAGAAGAAACACAGGGAGAGAGAGAGTAGGGAAGATGAAGAGAGGAGAAGAAGAAGACGC
CACGAAGAGATGAGAGACGATCGTGGGAGTGAGAGAGAGTATAAGGGAAGGAGAAGAGAG
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TGCTTTTCAAAAACTTTTGCAGACATGTA

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL8806Contig1 912 2 2 U
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CTGTCACTCTGTTTCATCCCCCTTTTTTTTTCTTAAGAGATGTGTTTGTTTTTTAGATTC
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TGAGTTTCGGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB36TF U 1
AF RR3BB36JQ C 136
BS 1 676 RR3BB36TF
BS 677 912 RR3BB36JQ

RD RR3BB36TF 676 0 0
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AGAGAGATGGATTTGATAGCGGGAGAGAGCTCGAAGGTACTGAGGAAACAAGGATTCAGA
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GGTGCCGACTACGGAAGACTCGACAATGGCCTCGTCTACTACGTTCGCCGAAACTCAAAA
CCTAGAATGAGAGCCGCTCTTGCTCTCGCCGTCAAAGTCGGTTCAGTTCTGGAAGACGAG
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ACGAATCATGATATCGTCAAGTTCTTAGAGAGCATCGGAGCTGAGTTTGGGCCCTGTCAA
AACGCAATGACTACCGCGGATGAGACTATATACGAATTGTTTGTCCCCGTTGATAAGCCT
GAGTTGCTATCTCAGGCTATCTCCATTTTAGCAGAGTTCAGTTCCGAGGTAGTTATGTCT
CTGTCACTCTGTTTCATCCCCCTTTTTTTTTCTTAAGAGATGTGTTTGTTTTTTAGATTC
GAGTTTCCAAGGAAGATTTGGAAAAAGAAAGAGGTGCTGTTATGGAAGAGTACCGAGGGA
ACCGTAATGCTACTGG

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3BB36JQ 777 0 0
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AGACTCGACAATGGCCTCGTCTACTACGTTCGCCGAAACTCAAAACCTAGAATGAGAGCC
GCTCTTGCTCTCGCCGTCAAAGTCGGTTCAGTTCTGGAAGACGAGGATCAGCGTGGGGTT
GCTCATATTGTGGAGCATCTTGCGTTTAGTGCTACAACGAGATACACGAATCATGATATC
GTCAAGTTCTTAGAGAGCATCGGAGCTGAGTTTGGGCCCTGTCAAAACGCAATGACTACC
GCGGATGAGACTATATACGAATTGTTTGTCCCCGTTGATAAGCCTGAGTTGCTATCTCAG
GCTATCTCCATTTTAGCAGAGTTCAGTTCCGAGGTAGTTATGTCTCTGTCACTCTGTTTC
ATCCCCCTTTTTTTTTCTTAAGAGATGTGTTTGTTTTTTAGATTCGAGTTTCCAAGGAAG
ATTTGGAAAAAGAAAGAGGTGCTGTTATGGAAGAGTACCGAGGGAACCGTAATGCTACTG
GAAGGATGCAGGATTCGCATTGGCAGCTTATGATGGAAGGTTCTAAGTATGCTGAACGTT
TACCTATTGGTTTGGAGAAAGTGATTCGGTCTATTCCTGCTGCAACTGTGAAGAAATTCT
ACCAGAAGTGGTATCATTTATGCAATATGGCAGTTGTGGCTGTTGGTGATTTTCCAGACA
CAAAAGTACACTTACTATTTTATTTTTTAATGATTAAAGAATTTATGAGTTTCGGCC

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL8807Contig1 780 2 6 U
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ATATATCCAAATAATAATTAGTAGCTTATAAATACATTTCCACTTGTCCATCATCTTCTC
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AGCGTTTCTGCTGCCGCGTCTTCCGGGAAGGACCATTACTACGGAGGAGGGAGATTGGTT
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BQ
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AF RR3FD45TF U 1
AF RR3FD45JQ C 2
BS 1 735 RR3FD45TF
BS 736 736 RR3FD45JQ
BS 737 750 RR3FD45TF
BS 751 751 RR3FD45JQ
BS 752 761 RR3FD45TF
BS 762 780 RR3FD45JQ

RD RR3FD45TF 764 0 0
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ATATATCCAAATAATAATTAGTAGCTTATAAATACATTTCCACTTGTCCATCATCTTCTC
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CCATTGTTGTTCTCCCCGAATAAAACGATGACGTTTAAGACACAGAATAAGAAGATGATG
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TTTCGACTTCTTGATCTCCTTGCCGCTGCAACTTCGGGCCACATGGGCTGAGCTGCTCGG
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TCT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3FD45JQ 779 0 0
GGA
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ATCTCAGACCGATGGAAGCTACACTGATCTCTTCGATCTCACCACTCCGGTTCCATCCAT
TGTTGTTCTCCCCGAATAAAACGATGACGTTTAAGACACAGAATAAGAAGATGATGAGCG
TTTCTGCTGCCGCGTCTTCCGGGAAGGACCATTACTACGGAGGAGGGAGATTGGTTGACG
AGAACATGATCGTTCTGAGGAAACGCATCCACGAGATGAAGATGGTTGAGCGAAACTACG
AGCCTCCTTCTCACTGGATGGATTGGGAGAAGCGTTTCTACAGCAGCTACGACTCTGTGA
TCTGCGATTCCGTTGGTCTTCTCCAGGGTTTTCTCATGAATTCTCGCCCCACCGTCGCAA
TCGCAACGCTGCTTCTCCTCTTGATCAGCGTTCCCGTTTCCTCCTCTGTTCTAGCGTTTC
GACTTCTTGATCTCCTTGCCGCTGCAACTTCGGGCCACATGGGCTGAGCTGCTCGGCCCG
CGTCATTCTATCTTTGGGTATATTGGTTTTGTATATATACACACATATTCTTTCATTATT
TATCTGATTTTTACTTTAGCTTAAAAATATGTTCAAAATCTCGATATTTCTTTATT

QA 4 779 4 779
DS 



AS 1 2

CO CL8808Contig1 720 2 2 U
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GGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTACGTGGAC
AATGTTACCCCTGAATACAAGCCAAAGTTTGATGCTTTGTTGGTGGAACTGAAAGAAGCA
GAACAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACGGCTGGAGAAAGAAATTATTGATGTCCAAGAG
ATAAGCAAAAAGCTCAGCACGATGACTGCAGATGAGTACTTTGAGAAGCACCCAGAACTC
AAAAAGAAGTTTGATGACGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATCATCATGTTTC
TTGCATCTCCGGCCTTTAAAAGAAACTAAACTCTCACCCTTTTTTCTTGTACTGTGATTT
TTTTTTTTTAAATAAGTCCACTCCACTGTTGAGATCTTCATTGGAGATCCAATAATACAA
TGATGAATCAACCTATCTGGTTATAGTTTATCCATTTCATAGATAAGGGTGGCTGTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EV11TF U 1
AF RR3EV11JQ C 135
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RD RR3EV11TF 675 0 0
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GGCATTGTTGACATGTACAAGGAAGCTTATGACAGCGTTGAGATTCCCAAGTACGTGGAC
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GAACAGAAGTCGCTCAAGGAGTCTGAACGGCTGGAGAAAGAAATTATTGATGTCCAAGAG
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AAAAAGAAGTTTGATGACGAAATCCGTAACGACTACTGGGGATACTGATCATCATGTTTC
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TTTTTTTTTAAATAAGTCCACTCCACTGTTGAGATCTTCATTGGAGATCCAATAATACAA
TGATGAATCAACCTA

QA 1 675 1 675
DS 

RD RR3EV11JQ 586 0 0
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TTTAAAAGAAACTAAACTCTCACCCTTTTTTCTTGTACTGTGATTTTTTTTTTTTAAATA
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ATCTGGTTATAGTTTATCCATTTCATAGATAAGGGTGGCTGTTTTC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

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GAATCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AQ77TF U 1
AF RR3AQ77JQ C 78
BS 1 825 RR3AQ77TF
BS 826 847 RR3AQ77JQ

RD RR3AQ77TF 825 0 0
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AGTGAGAGTAAGATGCTTGATAAGGGGAGCCTGTGGGAGATGGCAAATGTACGTTTAATC
ATTATGCATTTTTTGCGTTATTTCAGTTTTGCTTTCTTATTGTTTTTTTTTTTTGTTTCT
TGGTTATTTAACTGTTGGTGGCGGCTCCTCTTATGATACCTAACCATTCCCTCTAAAATG
ATAACTTCTTTGTAGGTGATTGGGAAAGTGCAAAGACACTGGTTATATGATTAAAACAAT
TTGTTGTTTAAGTCTGCTTTCTATAGTCTATTTTTTCTCGTAATA

QA 1 825 1 825
DS 

RD RR3AQ77JQ 770 0 0
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QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3F210TF U 1
AF RR3F210JQ C 13
BS 1 557 RR3F210TF

RD RR3F210TF 557 0 0
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GCCTTGACACTCGCGGCAGCAACCGGAGAGTTCTGTGGTATGAGCGTTGGTGATCTGTAC
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GGATTATCTGGTGCACCTTGCTAAGACATGTTTCCCTTTTGGAAGGTTTCGCTTTGTGTT
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GCATTGCAATTGTGTTC

QA 1 557 1 557
DS 

RD RR3F210JQ 545 0 0
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GCCCTGTCTAATGCTGACTTCCAGTGTCTCTGCAAGCAGAAAACCAAAACTAATCCTTTC
CTCAGTGGGATCGACCTCGACCTCGCTTCTAAACTCCCGGAGAAGTGTGGATTATCTGGT
GCACCTTGTTAAGACATGTTTCCCTTTTGGAAGGTTTCGCTTTGTGTTTTGATTTTCTTC
ATGAGTCCATTGTTCTTGTACTGTTTCTGTTCCTGTTGTTGTTGTTTTTGTTTTTGTTGT
TCTGTGTTGATCTGATGTTGTTTCCATCGTTGTTGTCTTAATTGTATTGCATTGCAATTG
TGTTC

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

CO CL8811Contig1 819 2 2 U
GGTATGGTTATAAAGTTGTTTTTTTGTTTTACTATGTTTATGCATTGCAATTCCCCTTAT
TGATATAGGCAGATCTTATCAAGGAAAGCGTGCGCCGGAGATAATCTAAATCCACTAGAT
TATAACATTTGTAAATTAACAGAACCAATTAGCTTTTTTTCTTCTAAAAAGAATCCAGCT
TTGAATAGCGATCATGCACCATTTATCATCAGAGACTGAAATGGAACTTTCTTAATCTCC
ACAAACGTTGAGTACTCAGGATTCATAGGTTGCTTCCATGGCTCTCCATCCATTTGCAAG
AAGGCATCTTTCCAGTCACCTCCTCTTAGCTCAAATCTAACAGCAGCAGCCTGAGCTATG
TGCTTGGCTGAAATGAGCTCTGTCATGACAAATGACGCATGCCATCCATGCTTGAAAGCA
AAGATCTCTATCAAACCATCATCAGAATGCGCCTCAACAAATCCTCTCTTCTCTAGGTAG
TCTGGTTTTAAGTTACCCCATGGATGACTTCCACTTCCATAGCTTTGGAGATTCAATGCC
ACAACTGATCTCACATTTTTAGGGACTGCGATCTCTTCCCATTGAGAGCAGTTAACCTTC
TTGATGTGGATTTTCAATATGTTCCTAAGTCCCCTTAAGCCTGGATCACTGACACAAGGT
GTGCAAAACCAACCCTGAGTGCAACTAAAGCCAGAATAAATAAGCTTGTTTGAGATAGGG
CCTTGAGCAAGATATGGTTTAGTGTTGCGAAGATGATGGAAGCCATACGCAACTTGAGCA
TCCATACCTATGCTTAAGTAATTGTAGAACACTCCTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DH49JQ U 1
AF RR3C053TF C 203
BS 1 755 RR3DH49JQ
BS 756 819 RR3C053TF

RD RR3DH49JQ 755 0 0
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TGATATAGGCAGATCTTATCAAGGAAAGCGTGCGCCGGAGATAATCTAAATCCACTAGAT
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TGCTTGGCTGAAATGAGCTCTGTCATGACAAATGACGCATGCCATCCATGCTTGAAAGCA
AAGATCTCTATCAAACCATCATCAGAATGCGCCTCAACAAATCCTCTCTTCTCTAGGTAG
TCTGGTTTTAAGTTACCCCATGGATGACTTCCACTTCCATAGCTTTGGAGATTCAATGCC
ACAACTGATCTCACATTTTTAGGGACTGCGATCTCTTCCCATTGAGAGCAGTTAACCTTC
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DS 

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CAGAATGCGCCTCAACAAATCCTCTCTTCTCTAGGTAGTCTGGTTTTAAGTTACCCCATG
GATGATTTCCACTTCCATAGCTTTGGAGATTCAATGCCACAACTGATCTCACATTTTTAG
GGACTGCGATCTCTTCCCATTGAGAGCAGTTAACCTTCTTGATGTGGATTTTCAGTATGT
TCCTAAGTCCCCTTAAGCCTGGATCACTGACACAAGGTGTGCAAAACCAACCCTGAGTGC
AACTAAAGCCAGAATAAATAAGCTTGTTTGAGATAGGGCCTTGAGCAAGATATGGTTTAG
TGTTGCGAAGATGATGGAAGCCATACGCAACTTGAGCATCCATACCTATGCTTAAGTAAT
TGTAGAACACTCCTTCC

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

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CGGATATCGACCGTAAAGGAGACGGTTACATAAACTTCGAGGAGTTCGTTGAGCTGAACA
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TAATAACCATTTTTGTGTGTTTT


BQ
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AF RR3E448TF U 1
AF RR3E448JQ C 180
BS 1 623 RR3E448TF
BS 624 803 RR3E448JQ

RD RR3E448TF 623 0 0
GGGAAACCATGTCCAACAACAAAAATCAATCCAATGGTTCCGGCTCGGCGTCTAGAACCG
GAGCAGACTCTCCCTTCCTCCACAAGGCACGCTCAGGTAAAACAGAGATCAGAGAACTCG
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CGGATATCGACCGTAAAGGAGACGGTTACATAAACTTCGAGGAGTTCGTTGAGCTGAACA
CGAAAGGGATGGATCAGAACGAGGTGTTGGAGAATTTGAAAGATGCGTTCTCTGTTTATG
ATATCGACGGGAACGGGTCGATCTCGGCGGAGGAGCTGCATGAGGTTTTGAGGAGTCTTG
GAGATGAGTGTTCGATCGCGGAGTGTAGGAAGATGATTGGTGGTGTGGATAAGGATGGTG
ATGGGACGATTGATTTTGAGGAGTTTAAGATTATGATGACGTTGGGATCAAGGCGTGATA
ATGTTATGGGAGGTGGTCAGAGGTAGAGTTTCATGGCTTCATCCTCCTAGCTTTTCTCGG
TTTCGTCATCCATTGTTAATTAT

QA 1 623 1 623
DS 

RD RR3E448JQ 624 0 0
GGTGCAATCATGACAAGCCTAGGCCACGAGGTTCCAGAGGAAGTGCTGCAGAAGGCCATA
ACGGATATCGACCGTAAAGGAGACGGTTACATAAACTTCGAGGAGTTCGTTGAGCTGAAC
ACGAAAGGGATGGATCAGAACGAGGTGTTGGAGAATTTGAAAGATGCGTTCTCTGTTTAT
GATATCGACGGGAACGGGTCGATCTCGGCGGAGGAGCTGCATGAGGTTTTGAGGAGTCTT
GGAGATGAGTGTTCGATCGCGGAGTGTAGGAAGATGATTGGTGGTGTGGATAAGGATGGT
GATGGGACGATTGATTTTGAGGAGTTTAAGATTATGATGACGTTGGGATCAAGGCGTGAT
AATGTTATGGGAGGTGGTCAGAGGTAGAGTTTCATGGCTTCATCCTCCTAGCTTTTCTCG
GTTTCGTCATCCATTGTTAATTATTCCACCATTGTTTCAGTCTTTTTTTTTCTTGTTCTT
TGGGATTTTTCATGCTAAAGTTATTCTTTTATAAAAACATTTAATGTAACTCTTTTTGTT
TTATCTTCTTCAGTTCTGCTTATTAACTCGATGCATATACAGTGAAATAAGTGGATATAA
ATAATAACCATTTTTGTGTGTTTT

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

CO CL8813Contig1 683 2 3 U
TTTTTTTTCACCAACGATCACCTCTCTATTTTTAATAATTAAAATCAAAAATGAAAAAAT
TCTAAAAACAGAAACACATCTCTGCCCATGCAAAGATGACGTGTCAATACATGTTTGCAT
TTATCACCCAATAAAACCATAAAACAAAGATGAAGGGGACAGACTCTGGTCCGAGCAAAA
AACGATTTCCTCTTCTCCTCATCATCGTCTTAAGCCAAGGAGATCGTCTTCTTCGTCCGT
TGAGGATTCCTCATATAAGCTCCTGTTAGTAACTCTGCTAAACTCGTCCTGACGATCTTC
CATTTCAAATGATCCAATCTTGATGTCCCGGTGTTTAACGAGGAGCCAGCGCAGGAGTTT
GTCTTCCTTGTTGAGGTAGTGAAGCTCCTTGTTCATGTTTGGGGTTGCCATCATTGTTAT
CTGCATCAGTTGTCCCTGATAGTGTCTTCCGTCGAGCTTCTTAATACCGTAACCCAATTC
GACCTTGCCGAATGATTTGACCTCCGTGAGTACCCCATTTTTGCTGTACACGTGTTTCCC
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ACAGTCGTACAGAGGCATCTCGAGATCGTCGTCTTCTTCCTTCCTTCCGACGAGAGAGAG
AGAGAGAGTGAGTGAATGAATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
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AF RR3BW55JQ U 9
AF RR3BW55TF C 1
BS 1 8 RR3BW55TF
BS 9 590 RR3BW55JQ
BS 591 683 RR3BW55TF

RD RR3BW55JQ 582 0 0
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CCTCTTCTCCTCATCATCGTCTTAAGCCAAGGAGATCGTCTTCTTCGTCCGTTGAGGATT
CCTCATATAAGCTCCTGTTAGTAACTCTGCTAAACTCGTCCTGACGATCTTCCATTTCAA
ATGATCCAATCTTGATGTCCCGGTGTTTAACGAGGAGCCAGCGCAGGAGTTTGTCTTCCT
TGTTGAGGTAGTGAAGCTCCTTGTTCATGTTTGGGGTTGCCATCATTGTTATCTGCATCA
GTTGTCCCTGATAGTGTCTTCCGTCGAGCTTCTTAATACCGTAACCCAATTCGACCTTGC
CGAATGATTTGACCTCCGTGAGTACCCCATTTTTGCTGTACACGTGTTTCCCTATGCGCG
CAACGAGATCGATCAAACCCTCCTTCCGTATTATTGGCTTGA

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3BW55TF 683 0 0
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TCTAAAAACAGAGACACATCTCTGCCCATGCAAAGATGACGTGTCAATACATGTTTGCAT
TTATCAGCCAATAAAACCATAAGACAAAGATGAAGGGGACAGACTCTGGTCCGAGCAAAA
AACGATTTCCTCTTCTCCTCATCATCGTCTTAAGCCAAGGAGATCGTCTTCTTCGTCCGT
TGAGGATTCCTCATATAAGCTCCTGTTAGTAACTCTGCTAAACTCGTCCTGACGATCTTC
CATTTCAGATGATCCAATCTTGATGTCGCGGTGTTTAACGAGGAGCCAGCGCAGGAGTTT
GTCTTCCTTGTTGAGGTAGTGAAGCTCCTTGTTCATGTTTGGTGTTGCCATCATTGTTAT
CTGCATCAGTTGTCCCTGATAGTGTCTTCCGTCGAGCTTCTTAATACCGTAACCCAATTC
GACCTTGCCGAATGATTTGACCTCCGTGAGTACGCCATTTTTGCTGTACACGTGTTTCCC
TATGCGCGCAACGAGATCGATCAGACCCTCCTTCCGTATTATTGGCTTGAAGAGAAGCAT
ACAGTCGTACAGAGGCATCTCGAGATCGTCGTCTTCTTCCTTCCTTCCGACGAGAGAGAG
AGAGAGAGTGAGTGAATGAATCC

QA 1 683 1 683
DS 



AS 1 2

CO CL8814Contig1 700 2 1 U
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TTCTGCTGAGATCCAGATAGTTAACATCAATCGGTTTAAGAAGCAATCCTATGGAAACGA
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TAAACAGGTTTTCGCTTTCGTGGCAGCAGAATATGAAACCCCAAAGAACTCCCTGAATCA
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GACGTTACACTGGCATGTAATGCCCAAGACCGGCAAGATGTTTGCTGACAAGATTGTCAT
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TGTGAACTAGAAAAGTAATCTCAAAGGTACTATTGATCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AS30TF U 1
AF RR3AS30JQ C 156
BS 1 700 RR3AS30TF

RD RR3AS30TF 700 0 0
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TTCTGCTGAGATCCAGATAGTTAACATCAATCGGTTTAAGAAGCAATCCTATGGAAACGA
TGAGGTCAGTTTGACATTGGACATAACTGCAGACTTGCAGTCACTTTTTACTTGGAACAC
TAAACAGGTTTTCGCTTTCGTGGCAGCAGAATATGAAACCCCAAAGAACTCCCTGAATCA
GGTTTCTCTATGGGATGCGATTATCCCTGATAAAGAACATGCCAAGTTCCGGGTTCAAAC
CTCAAACAAGTACCGTTTCATTGATCAGGGACATAACCTTCGTGGAAAAGAGTTCAACTT
GACGTTACACTGGCATGTAATGCCCAAGACCGGCAAGATGTTTGCTGACAAGATTGTCAT
GCCTGGTTACAGTTTACCAGATGCATACAAATGATGAAGATTGAAGATTACTTCTAAGAG
TTTTTTTTTTGTATTTCGTTTTTTTCTTTTCATGGAAAAGATTCAGTCTTCCTTTTATTC
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QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3AS30JQ 545 0 0
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TGCAGTCACTTTTTACTTGGAACACTAAACAGGTTTTCGCTTTCGTGGCAGCAGAATATG
AAACCCCAAAGAACTCCCTGAATCAGGTTTCTCTATGGGATGCGATTATCCCTGATAAAG
AACATGCCAAGTTCCGGGTTCAAACCTCAAACAAGTACCGTTTCATTGATCAGGGACATA
ACCTTCGTGGAAAAGAGTTCAACTTGACGTTACACTGGCATGTAATGCCCAAGACCGGCA
AGATGTTTGCTGACAAGATTGTCATGCCTGGTTACAGTTTACCAGATGCATACAAATGAT
GAAGATTGAAGATTACTTTTAAGAGTTTTTTTTTTGTATTTCGTTTTTTTCTTTTCATGG
AAAAGATTCAGTCTTCCTTTTATTCTGTGAACTAGAAAAGTAATCTCAAAGGTACTATTG
ATCCC

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

CO CL8815Contig1 968 2 2 U
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AGGATCGATTGAAGCTTAAAAGTCTCTCCTTTCAGATGGATGCTGATTACAAGAGACTCT
TGTCTACGCTTCGATCCCGATCTGAGGTTTTAATGGGCTTTGAAGAAATAGATGGTGATG
ATGATTTCCAGGAGGAGTTTGCCTGCCCGTTCTGCGCAGAATCGTATGATATCATCGCCT
TGTGCTGTCACATAGACGATGAACATAATCTAGAGTCAAAGAACGCGGTATGCCCTGTTT
GCTCTCTAAGAGTGGGAATTGATATCGTAGCGCACATTACACTTCATCATGGGAGTTTAT
TCAAGATGCAGCGAAAGAGGAAATCACGAAAAACTGGTTCAAGCTCAACAACACTTTCTC
TACTTCGGAAAGAGCTAAGAGAAGGAGATCTACAAAAGTTGTTAGGAATTTCTTCTCGCA
TTGGTTCTACTACTGCATCTAGTGGAACTCCCGATCCCCTTCTTTCGTCATTTATCTCAC
CTACACGATCACATTTATTTCCGGTGACTCGGCAAACGGAAAAAGTATCGGACGAAAAAC
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CTAGGGATAGATCAGAGTTTGTTCAGAGGCTCTTGTCATCAGCTATTTTCTATGAGGTCT
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AGAAGATCTGGTTTTGAGAAAGAAAGAAAAAAAAGTGGCTGGGGTGAGAAGAAGACGGAG
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AAGTAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C526TF U 1
AF RR3C526JQ C 135
BS 1 684 RR3C526TF
BS 685 968 RR3C526JQ

RD RR3C526TF 684 0 0
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TGTCTACGCTTCGATCCCGATCTGAGGTTTTAATGGGCTTTGAAGAAATAGATGGTGATG
ATGATTTCCAGGAGGAGTTTGCCTGCCCGTTCTGCGCAGAATCGTATGATATCATCGCCT
TGTGCTGTCACATAGACGATGAACATAATCTAGAGTCAAAGAACGCGGTATGCCCTGTTT
GCTCTCTAAGAGTGGGAATTGATATCGTAGCGCACATTACACTTCATCATGGGAGTTTAT
TCAAGATGCAGCGAAAGAGGAAATCACGAAAAACTGGTTCAAGCTCAACAACACTTTCTC
TACTTCGGAAAGAGCTAAGAGAAGGAGATCTACAAAAGTTGTTAGGAATTTCTTCTCGCA
TTGGTTCTACTACTGCATCTAGTGGAACTCCCGATCCCCTTCTTTCGTCATTTATCTCAC
CTACACGATCACATTTATTTCCGGTGACTCGGCAAACGGAAAAAGTATCGGACGAAAAAC
AAATAGAGCGCAAGAGACAAGTGTGTATCCCACCTGTCTCGTTGAAGGATCAAGAAGAGA
CTAGGGATAGATCAGAGTTTGTTC

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3C526JQ 834 0 0
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GAGTTTGC*TGCCCGTTCTGCGCAGAATCGTATGATATCATCGCCTTGTGCTGTCACATA
GACGATGAACATAATCTAGAGTCAAAGAACGCGGTATGCCCTGTTTGCTCTCTAAGAGTG
GGAATTGATATCGTAGCGCACATTACACTTCATCATGGGAGTTTATTCAAGATGCAGCGA
AAGAGGAAATCACGAAAAACTGGTTCAAGCTCAACAACACTTTCTCTACTTCGGAAAGAG
CTAAGAGAAGGAGATCTACAAAAGTTGTTAGGAATTTCTTCTCGCATTGGTTCTACTACT
GCATCTAGTGGAACTCCCGATCCCCTTCTTTCGTCATTTATCTCACCTACACGATCACAT
TTATTTCCGGTGACTCGGCAAACGGAAAAAGTATCGGACGAAAAACAAATAGAGCGCAAG
AGACAAGTGTGTATCCCACCTGTCTCGTTGAAGGATCAAGAAGAGACTAGGGATAGATCA
GAGTTTGTTCAGAGGCTCTTGTCATCAGCTATTTTCTATGAGGTCTGATCAAAGCAAAGA
AAAATAATTGCGGAACTATTACTATTACTGCGGGGAATCGGACTTGAGAAGATCTGGTTT
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TGATATCTATTTCCATGTCTATGTATTGTGTATGTTTTAATTATAAGACCACAAGTAGAC
GCTGCTGAATAAATTGTGTGGAATTGTGTGTGTTCTAAAGTTTATTAAGTAGTC

QA 1 834 1 834
DS 



AS 1 2

CO CL8816Contig1 830 2 8 U
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GCAAAAGGGGGTTGAAGGATGTCTTCTTTCACAGGAACTCAACAGAAGTGCAAGGCTTGC
GAGAAGACGGTCTACCCTGTGGACTTCACTTTCGTCTGCCCAACAGAGATTACTGCCTTC
AGTGACCGGCATGCAGAGTTCGAGAAGTTGAACACAGAAGTACTAGGTGTCTCTGTTGAT
AGTGTGTTCTCTCACCTTGCGTGGGTTCAGACCGACAGAAAATCTGGAGGGCTTGGTGAT
CTGAACTATCCCCTGATCTCAGATGTAACTAAATCAATCTCAAAGTCCTTCGGAGTGCTC
ATCCATGATCAGGGAATAGCACTAAGGGGGCTTTTCATCATCGACAAAGAAGGAGTGATC
CAACATTCCACCATCAACAATCTTGGTATTGGCCGAAGCGTTGACGAGACAATGAGAACC
CTCCAGGCCTTACAGTACATTCAGGAGAACCCTGATGAAGTCTGCCCAGCAGGATGGAAA
CCAGGTGAGAAGTCAATGAAACCTGACCCAAAGCTCAGCAAAGAGTACTTCTCAGCTATT
TAAAATAGCTCAAAGGTACCAAACCCTTTGTTGTATGTGATCAGCGTGTGTTTTTTTTCT
TCTTCTTTTCATTTGTGCTGAACATTCCTTTGCTTAAATATCACATTGTCTCCCAAATCC
AGAAAACTTATATTTTCCATTAGTGAAGTTTATGACCTCCATTTTCATGC


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E138TF U 1
AF RR3E138JQ C 3
BS 1 664 RR3E138TF
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BS 666 679 RR3E138TF
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BS 719 770 RR3E138TF
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RD RR3E138TF 770 0 0
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AGTGTGTTCTCTCACCTTGCGTGGGTTCAGACCGACAGAAAATCTGGAGGGCTTGGTGAT
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CCAGGTGAGAAGTCAATGAAACCTGACCCAAAGCTCAGCAAAGAGTACTTCTCAGCTATT
TAAA*TAGCTCAAAGGTAC*AAACCCTTTGTTGTATGTGATCAGCGTGTGTTTTTTT*CT
TCTTCTTTTCATTTGTGCTGAACATTCCTTTGCTTAAATATCACATTGTC

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3E138JQ 828 0 0
GA
TCTTCATCATCATCATCATCGCTTTGATCGTCACACTAAGATTTCAGTTTTGTGGCTTCC
GTGGAGGTCAGATCTTGGACGATCTCCAGCTTAAAGAGAAGAAGTAGGAAGTAAAGGCAA
AAGGGGGTTGAAGGATGTCTTCTTTCACAGGAACTCAACAGAAGTGCAAGGCTTGCGAGA
AGACGGTCTACCCTGTGGACTTCACTTTCGTCTGCCCAACAGAGATTACTGCCTTCAGTG
ACCGGCATGCAGAGTTCGAGAAGTTGAACACAGAAGTACTAGGTGTCTCTGTTGATAGTG
TGTTCTCTCACCTTGCGTGGGTTCAGACCGACAGAAAATCTGGAGGGCTTGGTGATCTGA
ACTATCCCCTGATCTCAGATGTAACTAAATCAATCTCAAAGTCCTTCGGAGTGCTCATCC
ATGATCAGGGAATAGCACTAAGGGGGCTTTTCATCATCGACAAAGAAGGAGTGATCCAAC
ATTCCACCATCAACAATCTTGGTATTGGCCGAAGCGTTGACGAGACAATGAGAACCCTCC
AGGCCTTACAGTACATTCAGGAGAACCCTGATGAAGTCTGCCCAGCAGGATGGAAACCAG
GTGAGAAGTCAATGAAACCTGACCCAAAGCTCAGCAAAGAGTACTTTTCAGCTATTTAAA
ATAGCTCAAAGGTACCAAACCCTTTGTTGTATGTGATCAGCGTGTGTTTTTTTTCTTCTT
CTTTTCATTTGTGCTGAACATTCCTTTGCTTAAATATCACATTGTCTCCCAAATCCAGAA
AACTTATATTTTCCATTAGTGAAGTTTATGACCTCCATTTTCATGC

QA 3 828 3 828
DS 



AS 1 2

CO CL8817Contig1 496 2 1 U
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AAGCTCATTTCAGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H007TF U 1
AF RR3H007JQ C 14
BS 1 496 RR3H007TF

RD RR3H007TF 496 0 0
GGGGAGAGGGAAATGATGAAGCGTCTGGTGCCAACGTTCAACCGCATCCTGGTGAAGAGA
GTGATCCAGCCTGCCAAAACCGAAAGCGGCATCCTCCTTCCAGAGAAAGCCTCCTCTCTG
AACTCGGGAAAGGTGATAGCAGTGGGACCTGGTTCAAGGGATAAGGACGGAAATTTGATT
CCGGTCTCTGTCAAGGAAGGCGACACCGTTCTTCTTCCAGAGTACGGTGGTACTCAGGTC
AAACTCGGCGATAACGAGTACCATCTCTTCCGGGATGAGGACGTCTTGGGAACCTTGCAC
GAGGATTGACAAAGGCTAAACTCAACGTCGAGCGTTCCTTTGTCTTGTGGGTGAAAAAGA
GTCATTTTTCTTTTTTATCTTTTTTATATGAGGTTGGACTTTGTTGATTATCACTGAAAT
TTAAACATCTTCTGATTCCAATCTTTTCTACTTATCCCGGTAATCTGGTTTGATAAAATA
AAGCTCATTTCAGTAC

QA 1 496 1 496
DS 

RD RR3H007JQ 483 0 0
TGATGAAGCGTCTGGTGCCAACGTTCAACCGCATCCTGGTGAAGAGAGTGATCCAGCCTG
CCAAAACCGAAAGCGGCATCCTCCTTCCAGAGAAAGCCTCCTCTCTGAACTCGGGAAAGG
TGATAGCAGTGGGACCTGGTTCAAGGGATAAGGACGGAAATTTGATTCCGGTCTCTGTCA
AGGAAGGCGACACCGTTCTTCTTCCAGAGTACGGTGGTACTCAGGTCAAACTCGGCGATA
ACGAGTACCATCTCTTCCGGGATGAGGACGTCTTGGGAACCTTGCACGAGGATTGACAAA
GGCTAAACTCAACGTCGAGCGTTCCTTTGTCTTGTGGGTGAAAAAGAGTCATTTTTTTTT
TTTATCTTTTTTATATGAGGTTGGACTTTGTTGATTATCACTGAAATTTAAACATCTTCT
GATTCCAATCTTTTCTACTTATCCCGGTAATCTGGTTTGATAAAATAAAGCTCATTTCAG
TAC

QA 1 483 1 483
DS 



AS 1 2

CO CL8818Contig1 545 2 1 U
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TGGGGTACCAGTTGAATGGCAGCCAAATCCAAGAGCCTTCAGGTGATCAGGAAGCACCTA
GTCAACGGCGTTCGTTCATGGGCTTTCCCACGCGCCGTCGCATCTGATCTCTCTGCCTCT
AGGAATGGTCACACATCGGCGTATGATAAGAACGTAGAAGAAGAATTGCAATCGAGTAAA
GTGCCTGATGACTCTGACAAATATTGGTCTCCTCATCCTCGAACCGGTGTCTTTGGACCT
TCGACCTCATCTTCCACCACCGACATAACCGAGGAGAATCGCAGCAGTCAAGATGACTCA
GTAATGGAGGAGAAAGCTTGGTTCCGTCCAACAAGTCTCGAGGATTTGGACAAGACTCAG
CATTCGTAGGAAGCAAACTCTTTCCTTGATGTTATTTGTGTGTTTGATAATGTTGTAATA
AAATTCGAAGTCACACTATTACGTTATGTTACAATAACGAACTAAACTCTCGGTGTTATG
ATATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 

AF RR3G259JQ C 1
AF RR3G259TF U 1
BS 1 545 RR3G259TF

RD RR3G259JQ 545 0 0
GGAAGTTGCAAGTATTCTCCATTAATACTCATCCAAACACAACTCTCCCTCTCTCAATCT
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AGGAATGGTCACACATCGGCGTATGATAAGAACGTAGAAGAAGAATTGCAATCGAGTAAA
GTGCCTGATGACTCTGACAAATATTGGTCTCCTCATCCTCGAACCGGTGTCTTTGGACCT
TCGACCTCATCTTCCACCACCGACATAACCGAGGAGAATCGCAGCAGTCAAGATGACTCA
GTAATGGAGGAGAAAGCTTGGTTCCGTCCAACAAGTCTCGAGGATTTGGACAAGACTCAG
CATTCGTAGGAAGCAAACTCTTTCCTTGATGTTATTTGTGTGTTTGATAATGTTGTAATA
AAATTCGAAGTCACACTATTACGTTATGTTACAATAACGAACTAAACTCTCGGTGTTATG
ATATT

QA 1 545 1 545
DS 

RD RR3G259TF 545 0 0
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TGGGGTACCAGTTGAATGGCAGCCAAATCCAAGAGCCTTCAGGTGATCAGGAAGCACCTA
GTCAACGGCGTTCGTTCATGGGCTTTCCCACGCGCCGTCGCATCTGATCTCTCTGCCTCT
AGGAATGGTCACACATCGGCGTATGATAAGAACGTAGAAGAAGAATTGCAATCGAGTAAA
GTGCCTGATGACTCTGACAAATATTGGTCTCCTCATCCTCGAACCGGTGTCTTTGGACCT
TCGACCTCATCTTCCACCACCGACATAACCGAGGAGAATCGCAGCAGTCAAGATGACTCA
GTAATGGAGGAGAAAGCTTGGTTCCGTCCAACAAGTCTCGAGGATTTGGACAAGACTCAG
CATTCGTAGGAAGCAAACTCTTTCCTTGATGTTATTTGTGTGTTTGATAATGTTGTAATA
AAATTCGAAGTCACACTATTACGTTATGTTACAATAACGAACTAAACTCTCGGTGTTATG
ATATT

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

CO CL8819Contig1 780 2 2 U
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CGCAATATTACTTGACTCTCAAGTTGGTTTCCATTCAAAGAGAAAATACCGTATCACAAA
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GTCGTCCCATGCTAGAGTAGGTCAATCTCTAGTCCAAGAAGAGGTCACAAAGATTCCACA
ATATAAAAAGCTTGAGGAGCCGGAGATTCCAGAAGAACCGGAAATCCCAGAAGAGCCTGA
AGTTCCTGAGGAACCAGAAGAGCCTGAATTTCCCGAGGAACCAGAAGAGCCTGAGGAATC
TGAGGAGCCACCAAAGGAGTCAGAAGGATCAAGTTTTGAATTCCCCTCGTGGATTCCAAG
CTTCCCTTTTCCTGGTAATAACGGCGGTTTTCCAAAGACTGAAAAGACAAAATCTACAAG
TTTTTCTGAGGAGACTTCTAGTGGTTCGAACAAGAAGCCATAGATCAAATGGATTGAAAA
CATTAAGGGAATCTATAGTCTGCTCTTGCTTGATTAATGATAAATAAAAGTATATTTGTA
ATTATAAGTTGGTTTGTGTTTAATGAAATACGAGAGAGTACTTATTAACTTATGCATTGT
TGCAGTTTGATGTCATGTTTGGTCACTGACGTCTCGATATTAAGTCTTGTACTGAGTCTC
TGTTGTAGCTTGTAATTGTATGTCTTTCTTTGTGGAGTACAACGTTTTGTAATTTATTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CN88TF U 1
AF RR3CN88JQ C 117
BS 1 661 RR3CN88TF
BS 662 780 RR3CN88JQ

RD RR3CN88TF 661 0 0
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CGCAATATTACTTGACTCTCAAGTTGGTTTCCATTCAAAGAGAAAATACCGTATCACAAA
AATGATTAATCTCCGCATTCCTATTCTAGTCTCTTTTATGTTTTTCCTTGTTTTTATTTC
GTCGTCCCATGCTAGAGTAGGTCAATCTCTAGTCCAAGAAGAGGTCACAAAGATTCCACA
ATATAAAAAGCTTGAGGAGCCGGAGATTCCAGAAGAACCGGAAATCCCAGAAGAGCCTGA
AGTTCCTGAGGAACCAGAAGAGCCTGAATTTCCCGAGGAACCAGAAGAGCCTGAGGAATC
TGAGGAGCCACCAAAGGAGTCAGAAGGATCAAGTTTTGAATTCCCCTCGTGGATTCCAAG
CTTCCCTTTTCCTGGTAATAACGGCGGTTTTCCAAAGACTGAAAAGACAAAATCTACAAG
TTTTTCTGAGGAGACTTCTAGTGGTTCGAACAAGAAGCCATAGATCAAATGGATTGAAAA
CATTAAGGGAATCTATAGTCTGCTCTTGCTTGATTAATGATAAATAAAAGTATATTTGTA
ATTATAAGTTGGTTTGTGTTTAATGAAATACGAGAGAGTACTTATTAACTTATGCATTGT
T

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3CN88JQ 664 0 0
CAAAAATGATTAATCTCCGCATTCCTATTCTAGTCTCTTTTATGTTTTTCCTTGTTTTTA
TTTCGTCGTCCCATGCTAGAGTAGGTCAATCTCTAGTCCAAGAAGAGGTCACAAAGATTC
CACAATATAAAAAGCTTGAGGAGCCGGAGATTCCAGAAGAACCGGAAATCCCAGAAGAGC
CTGAAGTTCCTGAGGAACCAGAAGAGCCTGAATTTCCCGAGGAACCAGAAGAGCCTGAGG
AATCTGAGGAGCCACCAAAGGAGTCAGAAGGATCAAGTTTTGAATTCCCCTCGTGGATTC
CAAGCTTCCCTTTTCCTGGTAATAACGGCGGTTTTCCAAAGACTGAAAAGACAAAATCTA
CAAGTTTTTCTGAGGAGACTTCTAGTGGTTCGAACAAGAAGCCATAGATCAAATGGATTG
AAAACATTAAGGGAATCTATAGTCTGCTCTTGCTTGATTAATGATAAATAAAAGTATATT
TGTAATTATAAGTTGGTTTGTGTTTAATGAAATACGAGAGAGTACTTATTAACTTATGCA
TTGTTGCAGTTTGATGTCATGTTTGGTCACTGACGTCTCGATATTAAGTCTTGTACTGAG
TCTCTGTTGTAGCTTGTAATTGTATGTCTTTCTTTGTGGAGTACAACGTTTTGTAATTTA
TTTT

QA 1 664 1 664
DS 



AS 1 2

CO CL8820Contig1 845 2 4 U
GGATGGAGTGCCGAAGCTATCTTTCTCCTCCTCTGATATCTACAACTCCTTCTTTGAGCA
TATGCCCACTGTCCCATGGCACCAGATCATTTGGATCAAAAGAGGTATCCCTAAACATAA
CTCTCTAGCTTGGCTGATGTTGCTAAATAGGAGCCCTACTCGTGATCGGTTGCTATCCTG
GGGCTTGCGAACAGACTCTCTATGCCTACTCTGCAACAGCTCTGATGAATCACGGAACCA
CCTCTATTTTCAATGCCCATTTACTAGCTCGATCTGGACCTACTACGCCACTATGCTAAG
GATACCCCTGACGACTACTTCGTGGGATGATGTAGCTCACTCTCTCCTGTCTCTAACTGG
CTCAAATCATCACATCTACCTCTCAATTCTCTCCTGGCAAGCGACAATTTACGAAGTCTG
GTGGGAAAGAAATGAAAGGTTGCATAGAAGGAGATTCAGATCAGAAGACATGATTAGGAA
GAAGATTAATAGCCTCATCAAGAACAAAATCTCCTCTCTCAGGCCTGAGAGTAATCGAAG
AGCAAGCATGATCTCTCAGCTTTGGTTTTCTATTCTTGACGGTACTGGTTAGATCCTAAC
TAGGGTTTGGTCTCCTCGTGACTTCCCCCCTTCTCGTTACTCTTTCCACTTCGACAGAGT
GGACTGTTTTCATTTTTATTTGGGCTTTTACTATCTTTCTGCAGTGGGCTAAAGCAGGTT
CTTCTTGGGTTTCTCTTATTTATTTAGATGGGCTATTAGTTTCTTTTTTTTTTAACTTCT
CTAAAGTTGGCTGTTGTAAAACCACTTTTGCTTCCCTTTTTTAATATTAATGCACGAAAA
TGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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DS 



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BQ
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DS 



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BQ
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AF RR3BA43JQ C 1
AF RR3BA43TF U 1
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AAAATATTATAATGTGAATCAATTTGCGTC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TCATTCCAT


BQ
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AF RR3BY06JQ C 1
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TCATTCCAT

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3FT31TF U 1
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QA 1 667 1 667
DS 

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AAAGTTCTAGGCGTTCACATGTGTGGAGACGATTCACCCGAAATCATCCAGGGATTTGGA
GTTGCAGTAAAGGCTGGCTTAACTAAGGCTGATTTTGACGCTACAGTGGGTGTTCACCCT
ACAGCAGCTGAGGAGTTTGTTACTATGAGGACTCCAACCAGGAAAATCCGCAGAGACTCC
TCTGAGGGAAAGGCAAGTCTTGAAGCTAAAACAGCTGTCTAGAGAAGGTTGCAAAGTAAT
TTGGATTTTACGACATTGGAGCTCCTTGACAAGGAGAACATTATCCGTGGAGAAGAAGAA
GAAGCTTTTTTGGTCAAGAGTGATCGAGTTCTCTAGCCAACGTTTTTAATTATTTATGTC
GCGTGGAGATGTCATAACCATCGTTCATACTGTTTAATCGTTTAACCTACATGACCAAAT
TCCGATGAAAGGTTTTTAACTATATTTGGGCAGTGATATTACGAGAGTTCCAAAACTGAA
GGTTTTCAATTCTTCTTCCCTTTTTTTTTCGTTGTAGTGTTTGCTGTATACGCTTCCAGT
ATCGCATTTTCGTGCTTGAATAAGTGAAACAGTTTCATATGTCGAGTGATGATTAAAAAT
TTGAGTTCTTAGCC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL8826Contig1 720 2 4 U
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CTTCGTAGCATTCCTTTTTTCCCTTGTATTCAAAAAATTCTTCCTCCACATGAAATCTCC
CGGCCATCCTGTTCTCAAAAGCTGGCCTGTCCTCGGGATGCTTCCAGGAATGCTCCCCCA
TATCCCTCGCATCTTCGACTGGACGTACGAAGTTCTCGACGCCACCAACCTCACTTTTTT
TTTCAAAGGGCCATGGCTTAGTGGAACGGACATGCTATTCACCGCCGACTCAAGGAACAT
CAATCACATACTAAACCTAAACTTTGGGAATTACCCCAAAGGACCTGAGTTCCAGAAAAT
CTTCGATGTCCTGGGAGACGGAATCTTGAGTGTTGATATGGAGCTGTGGGAGGATCTGAG
GAAGTCGAACTACGTCCTCTTTCATCATCCAGATTTCCTGGAGCTGTCGGTAAGTAGCAA
TACAAGCAAGTTAAAGGAAGGTCTTGTTCCTTTTCTTGATAATGCTGCTGAGGAAAACAT
TGTCATAGACTTGCAAGATTTGTTCAAGAGATTCATGTTTGATACTTCTTCGATTTTGAT
GACTGGTTATGATCCAATGTCACTGTCCATCGAGATGCCGGAGGTCGAGTTCGGTGAAGC
TGCGGAAACCGGTGAAGAAGCGATCTATTATAGCATTTCAACCGGTCACCTTGTGGAGCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G372TF U 1
AF RR3FH70TF U 84
BS 1 579 RR3G372TF
BS 580 580 RR3FH70TF
BS 581 637 RR3G372TF
BS 638 720 RR3FH70TF

RD RR3G372TF 637 0 0
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CTTCGTAGCATTCCTTTTTTCCCTTGTATTCAAAAAATTCTTCCTCCACATGAAATCTCC
CGGCCATCCTGTTCTCAAAAGCTGGCCTGTCCTCGGGATGCTTCCAGGAATGCTCCCCCA
TATCCCTCGCATCTTCGACTGGACGTACGAAGTTCTCGACGCCACCAACCTCACTTTTTT
TTTCAAAGGGCCATGGCTTAGTGGAACGGACATGCTATTCACCGCCGACTCAAGGAACAT
CAATCACATACTAAACCTAAACTTTGGGAATTACCCCAAAGGACCTGAGTTCCAGAAAAT
CTTCGATGTCCTGGGAGACGGAATCTTGAGTGTTGATATGGAGCTGTGGGAGGATCTGAG
GAAGTCGAACTACGTCCTCTTTCATCATCCAGATTTCCTGGAGCTGTCGGTAAGTAGCAA
TACAAGCAAGTTAAAGGAAGGTCTTGTTCCTTTTCTTGATAATGCTGCTGAGGAAAACAT
TGTCATAGACTTGCAAGATTTGTTCAAGAGATTCATGTT*GATACTTCTTCGATTTTGAT
GACTGGTTATGATCCAATGTCACTGTCCATCGAGATG

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3FH70TF 637 0 0
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GGCCTGTCCTCGGGATGCTTCCAGGAATGCTCCCCCATATCCCTCGCATCTTCGACTGGA
CGTACGAAGTTCTCGACGCCACCAACCTCACTTTTTTTTTCAAAGGGCCATGGCTTAGTG
GAACGGACATGCTATTCACCGCCGACTCAAGGAACATCAATCACATACTAAACCTAAACT
TTGGGAATTACCCCAAAGGACCTGAGTTCCAGAAAATCTTCGATGTCCTGGGAGACGGAA
TCTTGAGTGTTGATATGGAGCTGTGGGAGGATCTGAGGAAGTCGAACTACGTCCTCTTTC
ATCATCCAGATTTCCTGGAGCTGTCGGTAAGTAGCAATACAAGCAAGTTAAAGGAAGGTC
TTGTTCCTTTTCTTGATAATGCTGCTGAGGAAAACATTGTCATAGACTTGCAAGATTTGT
TCAAGAGATTCATGTTTGATACTTCTTCGATTTTGATGACTGGTTATGATCCAATGTCAC
TGTCCATCGAGATGCCGGAGGTCGAGTTCGGTGAAGCTGCGGAAACCGGTGAAGAAGCGA
TCTATTATAGCATTTCAACCGGTCACCTTGTGGAGCT

QA 1 637 1 637
DS 



AS 1 2

CO CL8827Contig1 664 2 2 U
GGATATTTAAGAATGGTGGGTTCCTCGACCTCCTCTCCTTTCTTACCTCCTTCCTCAATC
TAAAAGAAGAACTCTAAATCTTTCTTCCTTCTTCAATATCTCCTACAAACCTCACCAGTT
TCCTCTCCTTTTTCCCCTCTTAAGTCAAAATTAAATTGCAATAAAGGCTCCTTAGCAACT
TGATCATCCACTAGCTCTTGTCTGGATTGGTAATCAAGAAAGAGAAGAAGACGTCTGATG
AAATGGGTCTTTTCCTTTCATGCCTTTCGTCTTCCTCTTCATCCAAAGAAGCCAAAACAG
GCCTCCACAGTCATGCATCGACGAACAACCACAGTAATGGAATAGGGTTCTCGTCGTCAA
CGTCCACCACCGCCGCGACGACAAACAGCAGCGTCGGACCGAGGAGCCAATTCTCGGAGG
CTGTTAGCGAGAGCTCCGGTGGGATTATGAGTTATTCCGGCCAAATATTGGCATCGCCAA
ATCTCAAAGTCTACAGCTTCGCGGATTTAGCGACGGCGACCAAGAATTTCAAACCGGAGT
CGATGTTGGGTCAAGGAGGTTTCGGCAAAGTTTACAGAGGTTGGATCGATGCCAAGACTC
TTGCTCCTTCTAAAGCCGGTTCCGGTATGATCGTCGCCGTCAAAAGATTGAATTCCGAGA
GTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3FY96TF U 1
AF RR3FU03TF U 64
BS 1 614 RR3FY96TF
BS 615 664 RR3FU03TF

RD RR3FY96TF 614 0 0
GGATATTTAAGAATGGTGGGTTCCTCGACCTCCTCTCCTTTCTTACCTCCTTCCTCAATC
TAAAAGAAGAACTCTAAATCTTTCTTCCTTCTTCAATATCTCCTACAAACCTCACCAGTT
TCCTCTCCTTTTTCCCCTCTTAAGTCAAAATTAAATTGCAATAAAGGCTCCTTAGCAACT
TGATCATCCACTAGCTCTTGTCTGGATTGGTAATCAAGAAAGAGAAGAAGACGTCTGATG
AAATGGGTCTTTTCCTTTCATGCCTTTCGTCTTCCTCTTCATCCAAAGAAGCCAAAACAG
GCCTCCACAGTCATGCATCGACGAACAACCACAGTAATGGAATAGGGTTCTCGTCGTCAA
CGTCCACCACCGCCGCGACGACAAACAGCAGCGTCGGACCGAGGAGCCAATTCTCGGAGG
CTGTTAGCGAGAGCTCCGGTGGGATTATGAGTTATTCCGGCCAAATATTGGCATCGCCAA
ATCTCAAAGTCTACAGCTTCGCGGATTTAGCGACGGCGACCAAGAATTTCAAACCGGAGT
CGATGTTGGGTCAAGGAGGTTTCGGCAAAGTTTACAGAGGTTGGATCGATGCCAAGACTC
TTGCTCCTTCTAAA

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3FU03TF 601 0 0
GG
GAAGAACTCTAAATCTTTCTTCCTTCTTCAATATCTCCTACAAACCTCACCAGTTTCCTC
TCCTTTTTCCCCTCTTAAGTCAAAATTAAATTGCAATAAAGGCTCCTTAGCAACTTGATC
ATCCACTAGCTCTTGTCTGGATTGGTAATCAAGAAAGAGAAGAAGACGTCTGATGAAATG
GGTCTTTTCCTTTCATGCCTTTCGTCTTCCTCTTCATCCAAAGAAGCCAAAACAGGCCTC
CACAGTCATGCATCGACGAACAACCACAGTAATGGAATAGGGTTCTCGTCGTCAACGTCC
ACCACCGCCGCGACGACAAACAGCAGCGTCGGACCGAGGAGCCAATTCTCGGAGGCTGTT
AGCGAGAGCTCCGGTGGGATTATGAGTTATTCCGGCCAAATATTGGCATCGCCAAGTCTC
AAAGTCTACAGCTTCGCGGATTTAGCGACGGCGACCAAGAATTTCAAACCGGAGTCGATG
TTGGGTCAAGGAGGTTTCGGCAAAGTTTACAGAGGTTGGATCGATGCCAAGACTCTTGCT
CCTTCTAAAGCCGGTTCCGGTATGATCGTCGCCGTCAAAAGATTGAATTCCGAGAGTGT

QA 3 601 3 601
DS 



AS 1 2

CO CL8828Contig1 1173 2 8 U
GCGAGCAGCATTCTATTGATTATTGGCTCTGGGCTGATCTGATCTCTCCTGAATCCGAGA
GGCGTTTGAGAAGTGTTGTGAGGGTTCATAAGCAGCAGGAAGCAGACTTATTCTATGTTC
CGTTTTTCACCACAATCAGCTTCTTCTTGTTGGAGAAGCAGCAATGTAAATCACTCTATA
GGGAAGCTTTGAAGTGGGTTACTGATCAGCCTGCTTGGAAAAGATCTGAGGGGAGGGATC
ATATCTCTCCTATTCACCATCCTTGGTCTTTCAAAACCGTCCGCAAATTTGTGAAGAATG
CAATCTGGCTTTTACCTGATATGGACTCCACTGGGAACTGGTATAAGCCTGGCCAAGTTT
CACTAGAGAAAGACCTGATTCTTCCTTACGTTCCTAATGTTGATATATGTGATGCGAAAT
GCTTGTCAGAAAGTGCACCGATGAGGACCACGCTTCTTTTTTTCCGAGGACGGCTTAAGA
GGAATGCTGGAGGTAAAATACGTGCCAAGCTTGGTACGGAACTAAGTGGTGTCAAGGATG
TAATCATCACTGAAGGGACTGCCGGGGAGGGAGGGAAAATGGCAGCTCAGGCCGGCATGC
GTAGATCTTTATTCTGCTTGTGTCCTGCTGGTGACACACCATCCTCGGCGAGACTGTTTG
ATGCCATTGTGAGTGGCTGTATACCTGTTATAGTCAGTGACGAGTTGGAACTTCCTTTTG
AAGGAATACTTGATTACAAGAAAGTTGCTGTGATCGTTTCTTCTAATGATGCAATACAAC
CAGGGTGGCTTGTCAATCATCTGAGAAGCCTTACACCCTCCCAAATCAAGAAATTTCAGA
CTAGCCTTGCTCAATATTCGAAGCATTTCCTATATTCTAGCCCTGCTCAGCCTTTAGGTC
CAGAGGATTTGACGTGGAGAATGGTAGCCGGAAAGCTGGTGAGCATAAAGCTTCACACTA
GGAGGTCACAACGGGTGGTGAAAGGATCTAGGAGTATTTGCAGATGCGATTGCTGGATAC
CAAACTCTACAGCCTCCAATTCTTTGAATCATCTGGCTTAAGAAGATCCATCACATTTTC
AAATCTTGAAATATATGTAATGCTCCAAAAATATGCTGTTGAATTTCTTATCCTAAACCA
TCTTACCATTGTTTATGCTCAAATGCAGCTTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AX02TF U 1
AF RR3AX02JQ C 320
BS 1 853 RR3AX02TF
BS 854 854 RR3AX02JQ
BS 855 857 RR3AX02TF
BS 858 858 RR3AX02JQ
BS 859 875 RR3AX02TF
BS 876 876 RR3AX02JQ
BS 877 887 RR3AX02TF
BS 888 1173 RR3AX02JQ

RD RR3AX02TF 887 0 0
GCGAGCAGCATTCTATTGATTATTGGCTCTGGGCTGATCTGATCTCTCCTGAATCCGAGA
GGCGTTTGAGAAGTGTTGTGAGGGTTCATAAGCAGCAGGAAGCAGACTTATTCTATGTTC
CGTTTTTCACCACAATCAGCTTCTTCTTGTTGGAGAAGCAGCAATGTAAATCACTCTATA
GGGAAGCTTTGAAGTGGGTTACTGATCAGCCTGCTTGGAAAAGATCTGAGGGGAGGGATC
ATATCTCTCCTATTCACCATCCTTGGTCTTTCAAAACCGTCCGCAAATTTGTGAAGAATG
CAATCTGGCTTTTACCTGATATGGACTCCACTGGGAACTGGTATAAGCCTGGCCAAGTTT
CACTAGAGAAAGACCTGATTCTTCCTTACGTTCCTAATGTTGATATATGTGATGCGAAAT
GCTTGTCAGAAAGTGCACCGATGAGGACCACGCTTCTTTTTTTCCGAGGACGGCTTAAGA
GGAATGCTGGAGGTAAAATACGTGCCAAGCTTGGTACGGAACTAAGTGGTGTCAAGGATG
TAATCATCACTGAAGGGACTGCCGGGGAGGGAGGGAAAATGGCAGCTCAGGCCGGCATGC
GTAGATCTTTATTCTGCTTGTGTCCTGCTGGTGACACACCATCCTCGGCGAGACTGTTTG
ATGCCATTGTGAGTGGCTGTATACCTGTTATAGTCAGTGACGAGTTGGAACTTCCTTTTG
AAGGAATACTTGATTACAAGAAAGTTGCTGTGATCGTTTCTTCTAATGATGCAATACAAC
CAGGGTGGCTTGTCAATCATCTGAGAAGCCTTACACCCTCCCAAATCAAGAAATTTCAGA
CTAGCCTTGCTCA*TAT*CGAAGCATTTCCTATAT*CTAGCCCTGCT

QA 1 887 1 887
DS 

RD RR3AX02JQ 854 0 0
TATGGACTCCACTGGGAACTGGTATAAGCCTGGCCAAGTTTCACTAGAGAAAGACCTGAT
TCTTCCTTACGTTCCTAATGTTGATATATGTGATGCGAAATGCTTGTCAGAAAGTGCACC
GATGAGGACCACGCTTCTTTTTTTCCGAGGACGGCTTAAGAGGAATGCTGGAGGTAAAAT
ACGTGCCAAGCTTGGTACGGAACTAAGTGGTGTCAAGGATGTAATCATCACTGAAGGGAC
TGCCGGGGAGGGAGGGAAAATGGCAGCTCAGGCCGGCATGCGTAGATCTTTATTCTGCTT
GTGTCCTGCTGGTGACACACCATCCTCGGCGAGACTGTTTGATGCCATTGTGAGTGGCTG
TATACCTGTTATAGTCAGTGACGAGTTGGAACTTCCTTTTGAAGGAATACTTGATTACAA
GAAGGTTGCTGTGATCGTTTCTTCTAATGATGCAATACAACCAGGGTGGCTTGTCAATCA
TTTGAGAAGCCTTACACCCTCCCAAATCAAGAAATTTCAGACTAGCCTTGCTCAATATTC
GAAGCATTTCCTATATTCTAGCCCTGCTCAGCCTTTAGGTCCAGAGGATTTGACGTGGAG
AATGGTAGCCGGAAAGCTGGTGAGCATAAAGCTTCACACTAGGAGGTCACAACGGGTGGT
GAAAGGATCTAGGAGTATTTGCAGATGCGATTGCTGGATACCAAACTCTACAGCCTCCAA
TTCTTTGAATCATCTGGCTTAAGAAGATCCATCACATTTTCAAATCTTGAAATATATGTA
ATGCTCCAAAAATATGCTGTTGAATTTCTTATCCTAAACCATCTTACCATTGTTTATGCT
CAAATGCAGCTTCG

QA 1 854 1 854
DS 



AS 1 2

CO CL8829Contig1 844 2 2 U
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TTCTTGCATTTCCTGCACTCAAGACTGCTCCCGCAGGTTACTTGCCTGACCCAGCATGCA
TCAACAAGCTCCAAATCCCTAATTCCTCCAAAACATCTCAACAAAGCAAGGGAAAATCGA
TTCTGCGTACCAATAGTTTCACGGATGGAGCTAGAGATCAGAGCAAGTTAGGACCAAAGC
TGACAGAAACAGTCAAGAGAAAGCTATCTTTGGGAGCTAAGATCATTCAAATGGGATGCC
TAGAGAAAATCTACAAGAGGCTCTTCAGAGTCTACGACGAAGAGAAACTCTTCGAGGCCT
ACCAATGTTACCTATCAACAACCGCAGGTCCCATCGCAGGGTTACTCTTCATCTCATCAA
AGAAAATTGCTTTCTGCAGCGAGAGATCGATCAAAGTGGCTTCTCCTCAGGGAGATCTCA
CTAGGGTTCACTACAAAGTGTCAATCCCTCTTTGCAAGATCAAAGGGAGTTAACAAGAGT
CGTAACACAAAGAAGCCATCTCAGAAGTACCTTGAAGTAGTCACGGTCGATGGATTCGAC
TTCTGGTTCATGGGTTTCTTGAGCTACGAGAAAGCTTTCAACTGCCTCGAGCAAGCTCTT
TCTCTGGACCAATAACAAGGAGAATATTGAAGAGGAAATATTTCATTTCTTCTTATTCAA
TCTAAGTATGTTAGGACAAAGTCTAGAAAATTCAGACAGTATTGTACAAACTCTTGTTTT
TAAAGCTTTATGCCTTTTGTTATCAATTGTTGACAAGAGCAAGAGTTAATCAAGATTCTA
TAGT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3EW84TF U 1
AF RR3EW84JQ C 110
BS 1 668 RR3EW84TF
BS 669 844 RR3EW84JQ

RD RR3EW84TF 668 0 0
GGAGGATCAAGATCACTACTCAATCCTCCAAGATGACAATGAGCACAGTCCACCAACAAG
TTCTTGCATTTCCTGCACTCAAGACTGCTCCCGCAGGTTACTTGCCTGACCCAGCATGCA
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TTCTGCGTACCAATAGTTTCACGGATGGAGCTAGAGATCAGAGCAAGTTAGGACCAAAGC
TGACAGAAACAGTCAAGAGAAAGCTATCTTTGGGAGCTAAGATCATTCAAATGGGATGCC
TAGAGAAAATCTACAAGAGGCTCTTCAGAGTCTACGACGAAGAGAAACTCTTCGAGGCCT
ACCAATGTTACCTATCAACAACCGCAGGTCCCATCGCAGGGTTACTCTTCATCTCATCAA
AGAAAATTGCTTTCTGCAGCGAGAGATCGATCAAAGTGGCTTCTCCTCAGGGAGATCTCA
CTAGGGTTCACTACAAAGTGTCAATCCCTCTTTGCAAGATCAAAGGGAGTTAACAAGAGT
CGTAACACAAAGAAGCCATCTCAGAAGTACCTTGAAGTAGTCACGGTCGATGGATTCGAC
TTCTGGTTCATGGGTTTCTTGAGCTACGAGAAAGCTTTCAACTGCCTCGAGCAAGCTCTT
TCTCTGGA

QA 1 668 1 668
DS 

RD RR3EW84JQ 735 0 0
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AATGGGATGCCTAGAGAAAATCTACAAGAGGCTCTTCAGAGTCTACGACGAAGAGAAACT
CTTCGAGGCCTACCAATGTTACCTATCAACAACCGCAGGTCCCATCGCAGGGTTACTCTT
CATCTCATCAAAGAAAATTGCTTTCTGCAGCGAGAGATCGATCAAAGTGGCTTCTCCTCA
GGGAGATCTCACTAGGGTTCACTACAAAGTGTCAATCCCTCTTTGCAAGATCAA*GGGAG
TTAACAAGAGTCGTAACACAAAGAAGCCATTTCAGAAGTACCTTGAAGTAGTCACGGTCG
ATGGATTCGACTTCTGGTTCATGGGTTTCTTGAGCTACGAGAAAGCTTTCAACTGCCTCG
AGCAAGCTCTTTTTCTGGACCAATAACAAGGAGAATATTGAAGAGGAAATATTTCATTTC
TTCTTATTCAATCTAAGTATGTTAGGACAAAGTCTAGAAAATTCAGACAGTATTGTACAA
ACTCTTGTTTTTAAAGCTTTATGCCTTTTGTTATCAATTGTTGACAAGAGCAAGAGTTAA
TCAAGATTCTATAGT

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL8830Contig1 792 2 9 U
AAATGGAGGAAAGCTTGTCGGATTCCATGGACGTGGTGGCTATGCTATTGATGCCATCGG
TGCACATTTTGCTGTATCTACAACCTCTTCTCCATCTTCTCTCATCAAAGTGGAAGCTGT
AGGAGGAAAGGGTGAAGAAACATTCGATGATGGTGGTGCTTTTGATCATGTAAGAAAAGT
TTTTGTTGGTCAAGGCAATTCCGGTGTGGCTTATATCAAGTTTGAATACGAGAAAGACGG
TAGAAGAGTGACACACGAGCACGGAAAAGAGACATCCCTAGGGACAGAGGAGTTCGAGGT
TGGTCAAGGCGACGACATCACATCTGTGAAAGTTTACTACGATAAACTCTTTGGCTCGAA
GACAGAGATAATAACGTCTCTTACGTTCAAGACACTGAAGGGCATCACCTCTCAGCCGTT
TGGAATGACCTCAGAGAATTTTTCCTTGCTCGAAGGTGGCAAAATCACCGGTTTTCATGG
AAGTTCGACGGACGTTCTTCATTCTCTCGGAGCTTATACAGTGGCTTGTGTCGGGAGCTT
ATAAGCTATGATGCACGGGACGGCATATCCTTGACATCTCCTGTTCCGTGTTTGGTGGGT
TTGTGAGTTTTAAGAGGTCATTTGCTTGTGTGTTTTAGAAATGTCTACATTTTATGTGTG
TTTGGTCTTTACGAAATAAATCCAATCAATAAGAGTATAACTGGGTTTTCAAGTAATGTA
TGTGTTCTACATTTTCCGTGTGTTTGGTCTTTATGAAATAAATCCAATCAATAAGATTAT
AACTGGGTTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3G031JQ C 1
AF RR3BJ14TF U 32
BS 1 32 RR3G031JQ
BS 33 547 RR3BJ14TF
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BS 775 791 RR3BJ14TF
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TGCACATTTTGCTGTATCTACAACCTCTTCTCCATCTTCTCTCATCAAAGTGGAAGCTGT
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TTTTGTTGGTCAAGGCAATTCCGGTGTGGCTTATATCAAGTTTGAATACGAGAAAGACGG
TAGAAGAGTGACACACGAGCACGGAAAAGAGACATCCCTAGGGACAGAGGAGTTCGAGGT
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TGGAATGACCTCAGAGAATTTTTCCTTGCTCGAAGGTGGCAAAATCACCGGTTTTCATGG
AAGTTCGACGGACGTTCTTCATTCTCTCGGAGCTTATACAGTGGCTTGTGTCGGGAGCTT
ATAAGCTATGATGCACGGGACGGCATATCCTTGACATCTCCTGTTCCGTGTTTGGTGGGT
TTGTGAGTTTTAAGAGGTCATTTGCTTGTGTGTTTTAGAAATGTCTACATTTTATGTGTG
TTTGGTCTTTACGAAATAAATCCAATCAATAAGAGTATAACTGGGTTTTCAAGTAATGTA
TGTGTTCTACATTTTCCGTGTGTTTGGTCTTTATGAAATAAATCCAATCAATAAGATTAT
AACTGGGTTTTC

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3BJ14TF 760 0 0
G
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CATCTTCTCTCATCAAAGTGGAAGCTGTAGGAGGAAAGGGTGAAGAAACATTCGATGATG
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ATATCAAGTTTGAATACGAGAAAGACGGTAGAAGAGTGACACACGAGCACGGAAAAGAGA
CATCCCTAGGGACAGAGGAGTTCGAGGTTGGTCAAGGCGACGACATCACATCTGTGAAAG
TTTACTACGATAAACTCTTTGGCTCGAAGACAGAGATAATAACGTCTCTTACGTTCAAGA
CACTGAAGGGCATCACCTCTCAGCCGTTTGGAATGACCTCAGAGAATTTTTCCTTGCTCG
AAGGTGGCAAAATCACCGGTTTTCATGGAAGTTCGACGGACGTTCTTCATTCTCTCGGAG
CTTATACAGTGGCTTGTGTCGGGAGCTTATAAGCTGTGATGCACGGGACGGCATATCCTT
GACATCTCCTGTTCCGTGTTTGGTGGGTTTGTGAGTTTTAAGAGGTCATTTGCTTGTGTG
TTTTAGAAATGTCTACATTTTATGTGTGTTTGGTCTTTATGAAATAAATCCAATCAATAA
GAGTATAACTGGGTTTTCAAGTAATGTATGTGTTCTACATTTTCCGTGTGTTTGGTCTTT
ATGAAATAAATCCAATCAATA*GATTATAACTGGGTTTT

QA 2 760 2 760
DS 



AS 1 2

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TGGACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3H955JQ C 1
AF RR3H955TF U 1
BS 1 546 RR3H955TF

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GGGACCTTGTAGACGTCCACGACCTCTCAATGCCGCGGCTTTAGAATAAGCGACCGAAGC
GGTTTCTTAATACAACCTTAAGGCAAATTTACCAATACTTTTTGTTACTCTTCGTTGGAA
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CCATTTCAAATATTTGAATTTTTATACGTACAATTGTAATATCCTAGATTTTTACTATAT
TCAGTTTGATTATTTGATTCAACCAAAAGACATATTAAAATAAATAAATATTTTTAAATT
TGGACC

QA 1 546 1 546
DS 

RD RR3H955TF 546 0 0
GGCGATGAAGAATCTACAAACATGTCTACTTATACTTCTATGTCTATTTCATGTTCGAGT
AACGCAGGCGACACCATTCCATTTCCGTGACGAAGTTCTCATTCCTCCCATCTGGAGATC
CGTTCACCGCTCCCGGAATTGTGGAGGCCCTATTGGAAGCGTCGATATCAGTGGAGAAAA
GGGACCTTGTAGACGTCCACGACCTCTCAATGCCGCGGCTTTAGAATAAGCGACCGAAGC
GGTTTCTTAATACAACCTTAAGGCAAATTTACCAATACTTTTTGTTACTCTTCGTTGGAA
GATTACGTATATCTTCTTTTTTGACTTTCCACTTTAATATATCTACTAGATTATATCCTG
AGCCACGCGCGGGTATTATCTTTATGTATTAATAATAACAATTTGAGTATGTAAAATTTG
CCATTTCAAATATTTGAATTTTTATACGTACAATTGTAATATCCTAGATTTTTACTATAT
TCAGTTTGATTATTTGATTCAACCAAAAGACATATTAAAATAAATAAATATTTTTAAATT
TGGACC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL8832Contig1 746 2 4 U
CACTCGGATCCAGCACTTCATGACGGACTTGTGTCATCCGGCGCTCTCCGGTAGGTGTTT
CTCTTTCTTCTTCGCGAGATCGGGTGGGTCATGGTGCGACGGACCCTTAGACGAGATCTG
AAGCTCTGGTGACTCGTCGGGAGTACGGTGGTTGAGCTCTGTTAAAGGACGACGAGACTC
CACCGGAAACCGTTGGTCAGTTATCGGGGCTAGGGTTTCCATCTCTGATTGAAGCGTTTG
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GCGACGGAGTGAAGCGTTGTGCAGCTTGCGGTGGTGAGGGTTTGGAGTCGGTTTCCTTGC
TGGAGTCGGCGTATTGGAGCCGTGGGACACCTCTGAGGGTGGCTTCTTTGATGGTAAACG
GAGGCGGAGCTTGCGCTGGTTTGGACGTCATGGCCATGCGAAGTCGCCGGAAACCAGAAA
ACCAGATCTGAGAGCCACGACATCCACTTGGAGGAGAAGCTTGCTTCCTTGTCTTCTTTC
CCCCAACCTTTTTCCTTACTGCCTAGATTTTCTCTTTGCTTCTTTTTCTTAGCCTGTAAC
CTAGCTCTTTTGCTGTTTCTCCGGTGAGCTGCCGCGTTAGGGATGTACACTTTCCGATTG
CCCTTTTTAGGGTTGAATAATATATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HA92TF U 1
AF RR3HA92JQ C 73
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BS 605 630 RR3HA92TF
BS 631 746 RR3HA92JQ

RD RR3HA92TF 634 0 0
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GCGACGGAGTGAAGCGTTGTGCAGCTTGCGGTGGTGAGGGTTTGGAGTCGGTTTCCTTGC
TGGAGTCGGCGTATTGGAGCCGTGGGACACCTCTGAGGGTGGCTTCTTTGATGGTAAACG
GAGGCGGAGCTTGCGCTGGTTTGGACGTCATGGCCATGCGAAGTCGCCGGAAACCAGAAA
ACCAGATCTGAGAGCCACGACATCCACTTGGAGGAGAAGCTTGCTTCCTTGTCTTCTTTC
CCC*AACCTTTTTCCTTACTGCCTAGATTT
CTCT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3HA92JQ 674 0 0
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AGCGTTGTGCAGCTTGCGGTGGTGAGGGTTTGGAGTCGGTTTCCTTGCTGGAGTCGGCGT
ATTGGAGCCGTGGGACACCTCTGAGGGTGGCTTCTTTGATGGTAAACGGAGGCGGAGCTT
GCGCTGGTTTGGACGTCATGGCCATGCGAAGTCGCCGGAAACCAGAAAACCAGATCTGAG
AGCCACGACATCCACTTGGAGGAGAAGCTTGCTTCCTTGTCTTCTTTCCCCCAACCTTTT
TCCTTACTGCCTAGATTTTCTCTTTGCTTCTTTTTCTTAGCCTGTAACCTAGCTCTTTTG
CTGTTTCTCCGGTGAGCTGCCGCGTTAGGGATGTACACTTTCCGATTGCCCTTTTTAGGG
TTGAATAATATATT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

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CTGCTCTAAACGCTGTTCAAATTGCTGAGATGCTTCTCTGATTTCAAATCCCTCACTCTC
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CTTTGTTTTGAGTTTCTTTTGTTTCCCTATTTGGCCAGTTTTGTTACTTTCCGTTAATCA
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BQ
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AF RR3DG22JQ C 1
AF RR3DG22TF U 1
BS 1 513 RR3DG22TF

RD RR3DG22JQ 513 0 0
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ACCTGATTCTTCACATGAGATCTGTGTATCAGATTTGAGCCAAGAACTTATCTCATTTTT
CTTTGTTTTGAGTTTCTTTTGTTTCCCTATTTGGCCAGTTTTGTTACTTTCCGTTAATCA
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QA 1 513 1 513
DS 

RD RR3DG22TF 513 0 0
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CTCCACTTGATGTCTCTAACAAAGACGATGTAGCAGTTGGTAGGATCAGGCGAGACGTGT
CCCAAGATGGCAATTTCGGGCTGGACATATTCGTTTGTGGAGATCAAATACGCAAAGGAG
CTGCTCTAAACGCTGTTCAAATTGCTGAGATGCTTCTCTGATTTCAAATCCCTCACTCTC
ACCTGATTCTTCACATGAGATCTGTGTATCAGATTTGAGCCAAGAACTTATCTCATTTTT
CTTTGTTTTGAGTTTCTTTTGTTTCCCTATTTGGCCAGTTTTGTTACTTTCCGTTAATCA
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QA 1 513 1 513
DS 



AS 1 2

CO CL8834Contig1 919 2 4 U
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TCTTCAACTACCAATCGACTTGTCTCGATGACATCTATGACAAAACGCTGTTGAAAGAAG
TTCAAGGAGGGATTGGGCTTGGGAAAAGAATGAGTGGCGAGTCTGTAGATGTGTTCGCTG
GAATGGGCAAAGTATTTAACACTCTTAACATTAAGACCAAACTTAACCAGAAAGATACCG
ATTCGTTGCTCCCACCACCTTTGTCATTTTACTACTACTGATCTATTTATTGAAGAAAAA
GCATGGCATCGTCTATGGTGATGAATAATCTGCATCTTTTGGGTTTTTTTTTCAGTTATG
TTAGGAATCTTGTAAAGAAAGGTTCCTTCTAATGTATGTTTGTGATTAATACGTTATGGG
TTATAATCATGTATGGACCTCGTGGTTGGAAAGGATATGGACAAATGTGATTATATAATA
CTAATAACATATTTGGTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CF46TF U 1
AF RR3CF46JQ C 217
BS 1 719 RR3CF46TF
BS 720 720 RR3CF46JQ
BS 721 771 RR3CF46TF
BS 772 919 RR3CF46JQ

RD RR3CF46TF 774 0 0
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TTCAAGGAGGGATTGGGCTTGGGAAAAGAATGAGTGGCGAGTCTGTAGATGTGTTCGCTG
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ATTCGTTGCTCCCACCACCTTTGTCATTTTACTACTACTGATCTATTTATTGAAGAAAA*
GCATGGCATCGTCTATGGTGATGAATAATCTGCATCTTTTGGGTTTTTTTT
CAG

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3CF46JQ 703 0 0
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CCTCGGTTAAAAAGGGCTTGAAGTTCCTCTCTGGAATCAAACCCAAGTACAAGGGAGACA
AATTTGCCACAACTTGCATCACCAGTTGCGAGAAACAGCTAAACAGCGCCTTGGAAGACT
TTTCAGATTTCTGGAAAGCCGCTGGAAAAGACATCAAGAGCATGGCCGATAATTACTTCA
CATGCAAGAAGAAGATGACATCGATCTTCAACTACCAATCGACTTGTCTCGATGACATTT
ATGACAAAACGCTGTTGAAAGAAGTTCAAGGAGGGATTGGGCTTGGGAAAAGAATGAGTG
GCGAGTCTGTAGATGTGTTCGCTGGAATGGGCAAAGTATTTAACACTCTTAACATTAAGA
CCAAACTTAACCAGAAAGATACCGATTCGTTGCTCCCACCACCTTTGTCATTTTACTACT
ACTGATCTATTTATTGAAGAAAAAGCATGGCATCGTCTATGGTGATGAATAATCTGCATC
TTTTGGGTTTTTTTTTCAGTTATGTTAGGAATCTTGTAAAGAAAGGTTCCTTCTAATGTA
TGTTTGTGATTAATACGTTATGGGTTATAATCATGTATGGACCTCGTGGTTGGAAAGGAT
ATGGACAAATGTGATTATATAATACTAATAACATATTTGGTAT

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

CO CL8835Contig1 925 2 16 U
GGGACTCAGCTCTGAGTCACACACACACGAGTTAGAATCTGAGTTTCCCAAAGATATTTT
TAACACTGTAAGACTAACCTTTTCAACTCTCTCTCTATATATATATCAACTAAGCTCAAC
GAGTCTTCTCTCTTACTCTCTTCCTCTCTCTCTACAAACCAGATTCTCTGCTTAGATTGA
TTGCTTCGCTCTTACTTTGAACAATTTCTACTTCGCACCCTCGGATCTGCTCGGAAACAA
GGGAAGGGGGAATGGATCATTCATCAAATAGATTCGGGAATGGAGTGGAATCAATTTTAG
CAAACTACAAGCTCGGCAAAACCCTCGGAATCGGATCTTTCGGAAAAGTTAAAATAGCGG
AGCATGTTGTCACTGGCCACAAGGTTGCTATCAAGATCCTCAATCGCCGTAAGATCAAGA
ACATGGACATGGAAGAGAAAGTGAGGAGGGAGATCAAAATTCTCAGATTGTTTATGCATC
ATCATATCATTCGGCAGTATGAAGTCATAGAGACTCCAAGTGACATTTACGTTGTGATGG
AGTATGTCAAATCCGGTGAGCTCTTTGATTACATTGTTGAGAAAGGGAGGTTACAAGAGG
ATGAGGCTCGTACCTTTTTCCAGCAGATAATATCTGGTGTGGAGTATTGCCATCGCAATA
TGGTTGTCCATAGAGACCTCAAGCCCGAGAATTTGCTGTTGGACTCGAGGTGCAATATTA
AGATTGCCGATTTTGGACTGAGTAATGTCATGAGGGATGGACATTTTCTGAAGACGAGTT
GTGGAAGCCCCAACTACGCTGCTCCCGAGGTTATATCGGGAAAGTTATACGCTGGACCTG
AAGTAGATGTATGGAGCTGCGGAGTTATACTGTATGCTTTACTCTGTGGTACTCTTCCAT
TTGATGACGAAAACATTCCCAACCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CW19TF U 1
AF RR3A571TF U 138
BS 1 215 RR3CW19TF
BS 216 216 RR3A571TF
BS 217 221 RR3CW19TF
BS 222 222 RR3A571TF
BS 223 269 RR3CW19TF
BS 270 270 RR3A571TF
BS 271 343 RR3CW19TF
BS 344 344 RR3A571TF
BS 345 517 RR3CW19TF
BS 518 518 RR3A571TF
BS 519 685 RR3CW19TF
BS 686 686 RR3A571TF
BS 687 714 RR3CW19TF
BS 715 715 RR3A571TF
BS 716 744 RR3CW19TF
BS 745 925 RR3A571TF

RD RR3CW19TF 749 0 0
GGGACTCAGCTCTGAGTCACACACACACGAGTTAGAATCTGAGTTTCCCAAAGATATTTT
TAACACTGTAAGACTAACCTTTTCAACTCTCTCTCTATATATATATCAACTAAGCTCAAC
GAGTCTTCTCTCTTACTCTCTTCCTCTCTCTCTACAAACCAGATTCTCTGCTTAGATTGA
TTGCTTCGCTCTTACTTTGAACAATTTCTACTTCGGACCCTGGGATCTGCTCGGAAACAA
GGGAAGGGGGAATGGATCATTCATCAAATGGATTCGGGAATGGAGTGGAATCAATTTTAG
CAAACTACAAGCTCGGCAAAACCCTCGGAATCGGATCTTTCGGCAAAGTTAAAATAGCGG
AGCATGTTGTCACTGGCCACAAGGTTGCTATCAAGATCCTCAATCGCCGTAAGATCAAGA
ACATGGACATGGAAGAGAAAGTGAGGAGGGAGATCAAAATTCTCAGATTGTTTATGCATC
ATCATATCATTCGGCAGTATGAAGTCATAGAGACTCCTAGTGACATTTACGTTGTGATGG
AGTATGTCAAATCCGGTGAGCTCTTTGATTACATTGTTGAGAAAGGGAGGTTACAAGAGG
ATGAGGCTCGTACCTTTTTCCAGCAGATAATATCTGGTGTGGAGTATTGCCATCGCAATA
TGGTTGTCCATAGAGACCTCAAGCCTGAGAATTTGCTGTTGGACTCGAGGTGCA*TATTA
AGATTGCCGATTTTGGACTGAGTA
TGTCA

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3A571TF 788 0 0
GG
CTTCCTCTCTCTCTACAAACCAGATTCTCTGCTTAGATTGATTGCTTCGCTCTTTCTTTG
AACAATTTCTGCTTCGCACCCTCGGATCTGCTCGGAAACAAGGGAAGGGGGAATGGATCA
TTCATCAAATAGATTCGGGAATGGAGTGGAATCAATTTTAGCAAACTACAAGCTCGGCAA
AACCCTCGGAATCGGATCTTTCGGAAAAGTTAAAATAGCGGAGCATGTTGTCACTGGCCA
CAAGGTTGCTATCAAGATCCTCAATCGCCGTAAGATCAAGAACATGGATATGGAAGAGAA
AGTGAGGAGGGAGATTAAAATTCTCAGATTGTTTATGCATCATCATATCATTCGGCAGTA
TGAAGTCATAGAGACTCCAAGTGACATTTACGTTGTGATGGAGTATGTCAAATCCGGTGA
GCTCTTTGATTATATTGTTGAGAAAGGGAGGTTACATGAGGATGAGGCTCGTACCTTTTT
CCAGCAGATAATATCTGGTGTGGAGTATTGCCATCGCAATATGGTTGTCCATAGAGACCT
CAAGCCCGAGAATTTGCTGTTGGACTCGAGGTGTAATATTAAGATTGCGGATTTTGGACT
GAGTAATGTCATGAGGGATGGACATTTTCTGAAGACGAGTTGTGGAAGCCCCAACTACGC
TGCTCCCGAGGTTATATCGGGAAAGTTATACGCTGGACCTGAAGTAGATGTATGGAGCTG
CGGAGTTATACTGTATGCTTTACTCTGTGGTACTCTTCCATTTGATGACGAAAACATTCC
CAACCT

QA 3 788 3 788
DS 



AS 1 2

CO CL8836Contig1 579 2 1 U
AATGGTGAGTTCGTCAGCCACGATCTCTGTTTCTTGTGCCCCAAAGAAGTCTCGATCACG
TACACCTCAGAAGAAGATTACCGTCAAGGTCAAGACCCAACAGGGTGGAGAAGAGGATGT
TTACAAGATTGGTTATGCTACACATATGAGTAAACTAATGGAAGCTTACTGCAACAATAG
GAACTTAGAGGAAGGGACTGTCAGATTCATCTTCGGCAAGAAACAGCTCAAACCACGAAG
CACTCCTGCTCAGGTTTTTGTGTTCTTTTTTTTACCTCACTCAGTTTCCAATTTTTTTAC
TTACCTATTTAATTACTGTTATTTAATATTTCCCAATTTTTTCTAGTTGAAGATGGAAGA
AGGGGACGTCATTGATATTGTCACCGATATGGGCGGTGCTTAATCTCGCCGGAATTTCTT
CATCATTTCCCGATTTGCTCGCAGAACAAGGACGTGAGTTTTAGCCCTTTTTTAAAGAAA
AGAAGAAGACGTTTTTTTTAACTAATTAGATGTTTCTAAGACACCTTGAGTTTCCGGTTT
GTAGTGTGTTGTTGTTGTTGCATCTTAAAAGTTTGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GK38TF U 1
AF RR3GK38JQ C 30
BS 1 579 RR3GK38TF

RD RR3GK38TF 579 0 0
AATGGTGAGTTCGTCAGCCACGATCTCTGTTTCTTGTGCCCCAAAGAAGTCTCGATCACG
TACACCTCAGAAGAAGATTACCGTCAAGGTCAAGACCCAACAGGGTGGAGAAGAGGATGT
TTACAAGATTGGTTATGCTACACATATGAGTAAACTAATGGAAGCTTACTGCAACAATAG
GAACTTAGAGGAAGGGACTGTCAGATTCATCTTCGGCAAGAAACAGCTCAAACCACGAAG
CACTCCTGCTCAGGTTTTTGTGTTCTTTTTTTTACCTCACTCAGTTTCCAATTTTTTTAC
TTACCTATTTAATTACTGTTATTTAATATTTCCCAATTTTTTCTAGTTGAAGATGGAAGA
AGGGGACGTCATTGATATTGTCACCGATATGGGCGGTGCTTAATCTCGCCGGAATTTCTT
CATCATTTCCCGATTTGCTCGCAGAACAAGGACGTGAGTTTTAGCCCTTTTTTAAAGAAA
AGAAGAAGACGTTTTTTTTAACTAATTAGATGTTTCTAAGACACCTTGAGTTTCCGGTTT
GTAGTGTGTTGTTGTTGTTGCATCTTAAAAGTTTGAACC

QA 1 579 1 579
DS 

RD RR3GK38JQ 550 0 0
TTTCTTGTGCCCCAAAGAAGTCTCGATCACGTACACCTCAGAAGAAGATTACCGTCAAGG
TCAAGACCCAACAGGGTGGAGAAGAGGATGTTTACAAGATTGGTTATGCTACACATATGA
GTAAACTAATGGAAGCTTACTGCAACAATAGGAACTTAGAGGAAGGGACTGTCAGATTCA
TTTTCGGCAAGAAACAGCTCAAACCACGAAGCACTCCTGCTCAGGTTTTTGTGTTCTTTT
TTTTACCTCACTCAGTTTCCAATTTTTTTACTTACCTATTTAATTACTGTTATTTAATAT
TTCCCAATTTTTTCTAGTTGAAGATGGAAGAAGGGGACGTCATTGATATTGTCACCGATA
TGGGCGGTGCTTAATCTCGCCGGAATTTCTTCATCATTTCCCGATTTGCTCGCAGAACAA
GGACGTGAGTTTTAGCCCTTTTTTAAAGAAAAGAAGAAGACGTTTTTTTTAACTAATTAG
ATGTTTCTAAGACACCTTGAGTTTCCGGTTTGTAGTGTGTTGTTGTTGTTGCATCTTAAA
AGTTTGAACC

QA 1 550 1 550
DS 



AS 1 2

CO CL8837Contig1 988 2 4 U
GGTTCCATTAAAATTCTTCGTTCATATCCTTAGAAGAAACATCCACAATTAGACATGGGT
GGTTGCACAAGCAAGCAAGAGAGGCCTAGTATGAGAAGTGTCAAGAAGGAGACTTCAACT
GAGAGAAGCAGAGGAAGAAGACACATAAGAAGAGGAACGGATGAGAGTGAGAAAGTGATG
TTTGATAAACTTAGAGAGGCAGAGAGAGAGTGGGGGAAAGAGAGGAAGAAGCTTAGAGAG
CAAGTGAAGAGGCTAAGGAAGAAAGTGGAGAAGAAAGAGGAAGCAAAGACAACAACAATA
GAGGAGAGAGAGTACTGGAAATGGGTTGTTGAGGAGATGTGTGTGGAGAGAGCAGTGAGA
GATGAAGCCGTTGAGAAATGGAAACAACTTTATTTAGCTATCAAGAATGAGCTTGATCAT
CTCATCATCCACACAACTTCCTCCTCTTCTGGAGAGGCAATGATGCAAAGGCAACTTGAG
GGCAAATGTGAAGAAGAAGCAGTTAAGACAGTGGAGGAGCTGAGAGATGAAGTTAGAGTT
AAGGAAAATACCATTGAGACATTAAAAGAGAAAATAGCATTGATGGATAGAGAAAAGTAT
GAGAAGGAAAGAGAGATTGATTTACTTAGACAGAGTCTGAGGATTCTTGGAAGCAGGAAG
AATAAGAAGAAAAGAGCATCGTTTGCATCAATGAATTTGATGATTTTGAAGACCAAATGT
GTGGAATGTACATAACACTTAAAACAGTCTTCCTGCAACAGTGATGATATCTCTCACTTG
TCAGAGAATCTTTGATCAACAATGTCATATCATTTCTCTTTTGGTTTGTTTATCTTTAGA
TATTGGAAATAGCAAGTTATAGTACTACAAGGTTGAAAAGCACATGAAGACACAAAAAAA
ATAAGTTTATAAATCATCTGCTTTTGTGTAAAATACAATCATTCTGCAATAATGATCATG
AACCATTTCAGAGGTTAAAGTAACTTTG


BQ
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AF RR3DP47TF U 1
AF RR3DP47JQ C 216
BS 1 641 RR3DP47TF
BS 642 642 RR3DP47JQ
BS 643 656 RR3DP47TF
BS 657 988 RR3DP47JQ

RD RR3DP47TF 660 0 0
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GGTTGCACAAGCAAGCAAGAGAGGCCTAGTATGAGAAGTGTCAAGAAGGAGACTTCAACT
GAGAGAAGCAGAGGAAGAAGACACATAAGAAGAGGAACGGATGAGAGTGAGAAAGTGATG
TTTGATAAACTTAGAGAGGCAGAGAGAGAGTGGGGGAAAGAGAGGAAGAAGCTTAGAGAG
CAAGTGAAGAGGCTAAGGAAGAAAGTGGAGAAGAAAGAGGAAGCAAAGACAACAACAATA
GAGGAGAGAGAGTACTGGAAATGGGTTGTTGAGGAGATGTGTGTGGAGAGAGCAGTGAGA
GATGAAGCCGTTGAGAAATGGAAACAACTTTATTTAGCTATCAAGAATGAGCTTGATCAT
CTCATCATCCACACAACTTCCTCCTCTTCTGGAGAGGCAATGATGCAAAGGCAACTTGAG
GGCAAATGTGAAGAAGAAGCAGTTAAGACAGTGGAGGAGCTGAGAGATGAAGTTAGAGTT
AAGGAAAATACCATTGAGACATTAAAAGAGAAAATAGCATTGATGGATAGAGAAAAGTAT
GAGAAGGAAAGAGAGATTGATTTACTTAGACAGAGTCTGAG*ATTCTTGGAAGCAG
AAGA

QA 1 656 1 656
DS 

RD RR3DP47JQ 773 0 0
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AGAGGAAGCAAAGACAACAACAATAGAGGAGAGAGAGTACTGGAAATGGGTTGTTGAGGA
GATGTGTGTGGAGAGAGCAGTGAGAGATGAAGCCGTTGAGAAATGGAAACAACTTTATTT
AGCTATCAAGAATGAGCTTGATCATCTCATCATCCACACAACTTCCTCCTCTTCTGGAGA
GGCAATGATGCAAAGGCAACTTGAGGGCAAATGTGAAGAAGAAGCAGTTAAGACAGTGGA
GGAGCTGAGAGATGAAGTTAGAGTTAAGGAAAATACCATTGAGACATTAAAAGAGAAAAT
AGCATTGATGGATAGAGAAAAGTATGAGAAGGAAAGAGAGATTGATTTACTTAGACAGAG
TTTGAGGATTCTTGGAAGCAGGAAGAATAAGAAGAAAAGAGCATCGTTTGCATCAATGAA
TTTGATGATTTTGAAGACCAAATGTGTGGAATGTACATAACACTTAAAACAGTCTTCCTG
CAACAGTGATGATATCTCTCACTTGTCAGAGAATCTTTGATCAACAATGTCATATCATTT
CTCTTTTGGTTTGTTTATCTTTAGATATTGGAAATAGCAAGTTATAGTACTACAAGGTTG
AAAAGCACATGAAGACACAAAAAAAATAAGTTTATAAATCATCTGCTTTTGTGTAAAATA
CAATCATTCTGCAATAATGATCATGAACCATTTCAGAGGTTAAAGTAACTTTG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL8838Contig1 357 2 1 U
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GGTTCATCTTTTATATACTACAGTTAGGCTACCGCCAATCTATTCCATACTATTTGCAGG
GATTCTTGGTTTTGCGATAACTGTGTGCTTAAACTCGTTGTACCTTCATTATTTCGCTTG
GCGTATGCGTGTTGCAGAAAGCTCAACTCAAGTATGAATGTAAATCTCAATTTGGTTTCT
CTGTTATTCAATGAGTTTGTACCATGGAAGTTGTTCGTATGATCCAGAAGTGACATGCTA
AATGTAAATGTATCCACCCTTCTTGGATTATGATAATCAAAGTTCCTTTTTGTGCCC


BQ
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AF RR3F110JQ C 1
AF RR3F110TF U 1
BS 1 357 RR3F110TF

RD RR3F110JQ 357 0 0
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GGTTCATCTTTTATATACTACAGTTAGGCTACCGCCAATCTATTCCATATTATTTGCAGG
GATTCTTGGTTTTGCGATAACTGTGTGCTTAAACTCGTTGTACCTTCATTATTTCGCTTG
GCGTATGCGTGTTGCAGAAAGCTCAACTCAAGTATGAATGTAAATCTCAATTTGGTTTTT
TTGTTATTCAATGAGTTTGTACCATGGAAGTTGTTCGTATGATCCAGAAGTGACATGCTA
AATGTAAATGTATCCACCCTTCTTGGATTATGATAATCAAAGTTCCTTTTTGTGCCC

QA 1 357 1 357
DS 

RD RR3F110TF 357 0 0
GGCTATCAGAGAATACATATGGACATACGCAGCACTTGAGTTTGCTCTTGTTGGCATTTT
GGTTCATCTTTTATATACTACAGTTAGGCTACCGCCAATCTATTCCATACTATTTGCAGG
GATTCTTGGTTTTGCGATAACTGTGTGCTTAAACTCGTTGTACCTTCATTATTTCGCTTG
GCGTATGCGTGTTGCAGAAAGCTCAACTCAAGTATGAATGTAAATCTCAATTTGGTTTCT
CTGTTATTCAATGAGTTTGTACCATGGAAGTTGTTCGTATGATCCAGAAGTGACATGCTA
AATGTAAATGTATCCACCCTTCTTGGATTATGATAATCAAAGTTCCTTTTTGTGCCC

QA 1 357 1 357
DS 



AS 1 2

CO CL8839Contig1 966 2 2 U
GACACACAATCTCTCTCTATATATTTGTTAGCAAAAAAAAAAAACTCTCTATATGACAAA
AATTCCAACATGACGACACTCAACCAGCTGTTTGATCTGCCGGGGCAGATTTGCCATGTC
CAGTGTGGTTTTTGCACCACTATTTTGCTGGTGAATGTACCGTTGACAAGCCTGTCAATG
GTGGTGACTGTGAGATGTGGGCATTGCACAAGCCTTCTCTCTGTCAATTTGATGAAGGCT
TCCTACATTCCTCTTCATCTCCTCACTTCTCTCTCTCATCTCGATGAGGCGGGGAAGCAG
GAGGTTGCAGCTACAACTGATGGTGTAGAAGAAGAAACGTGGAAGGTGAATCAGGATCAG
GAGACCAGTCGAACGACTTTGGTCACATCTTCAGACAATGAAGATGAAGATACAGATGTA
TCTCGTGTTTACCAAGTTGTCAACAAACCACCTGAGAAACGACAACGAGCTCCTTCCGCT
TATAACTGCTTCATCAAGGAAGAGATCAAGAGGTTAAAGGCTCAGAATCCAAGCATGACT
CACAAAGAAGCTTTCAGCTTAGCTGCCAAAAATTGGGCCAATTTCCCTCCAGTGCAAAAC
AAGAGAGCTGCCTCAGATCAATTTTTTTGCGAAGATGACAACAATGCACTACTATCATGC
AATGCTCTCGAGGACCATGAAGAAAGCAACAATGGGTTCCGAGAGAGGAAAGCCCAAAGG
CATTCTATTTGGGGAAAATCTCCATTTGAGTAATAACAATTTGGCATATGAAATGTGATG
GTGACTATTTTCTTCTAGCGATGGTTTGATTTTGTTGCTTTAGGTTCGTGTTGTTGGAGA
GAGAGGGATCTAAAATGTGTGTAGGATTTGGGTGTTCGATGAGAGTCTTGGGGATGAGCG
AGTTTATTCAGCAGTTTCGTACTTCTTAGCTCTGAACTAGTTTGAAGAGACATTGACTCG
ATACCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3AK25TF U 1
AF RR3AK25JQ C 164
BS 1 716 RR3AK25TF
BS 717 966 RR3AK25JQ

RD RR3AK25TF 716 0 0
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AATTCCAACATGACGACACTCAACCAGCTGTTTGATCTGCCGGGGCAGATTTGCCATGTC
CAGTGTGGTTTTTGCACCACTATTTTGCTGGTGAATGTACCGTTGACAAGCCTGTCAATG
GTGGTGACTGTGAGATGTGGGCATTGCACAAGCCTTCTCTCTGTCAATTTGATGAAGGCT
TCCTACATTCCTCTTCATCTCCTCACTTCTCTCTCTCATCTCGATGAGGCGGGGAAGCAG
GAGGTTGCAGCTACAACTGATGGTGTAGAAGAAGAAACGTGGAAGGTGAATCAGGATCAG
GAGACCAGTCGAACGACTTTGGTCACATCTTCAGACAATGAAGATGAAGATACAGATGTA
TCTCGTGTTTACCAAGTTGTCAACAAACCACCTGAGAAACGACAACGAGCTCCTTCCGCT
TATAACTGCTTCATCAAGGAAGAGATCAAGAGGTTAAAGGCTCAGAATCCAAGCATGACT
CACAAAGAAGCTTTCAGCTTAGCTGCCAAAAATTGGGCCAATTTCCCTCCAGTGCAAAAC
AAGAGAGCTGCCTCAGATCAATTTTTTTGCGAAGATGACAACAATGCACTACTATCATGC
AATGCTCTCGAGGACCATGAAGAAAGCAACAATGGGTTCCGAGAGAGGAAAGCCCA

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3AK25JQ 803 0 0
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TCAATTTGATGAAGGCTTCCTACATTCCTCTTCATCTCCTCACTTCTCTCTCTCATCTCG
ATGAGGCGGGGAAGCAGGAGGTTGCAGCTACAACTGATGGTGTAGAAGAAGAAACGTGGA
AGGTGAATCAGGATCAGGAGACCAGTCGAACGACTTTGGTCACATCTTCAGACAATGAAG
ATGAAGATACAGATGTATCTCGTGTTTACCAAGTTGTCAACAAACCACCTGAGAAACGAC
AACGAGCTCCTTCCGCTTATAACTGCTTCATCAAGGAAGAGATCAAGAGGTTAAAGGCTC
AGAATCCAAGCATGACTCACAAAGAAGCTTTCAGCTTAGCTGCCAAAAATTGGGCCAATT
TCCCTCCAGTGCAAAACAAGAGAGCTGCCTCAGATCAATTTTTTTGCGAAGATGACAACA
ATGCACTACTATCATGCAATGCTCTCGAGGACCATGAAGAAAGCAACAATGGGTTCCGAG
AGAGGAAGGCCCAAAGGCATTCTATTTGGGGAAAATCTCCATTTGAGTAATAACAATTTG
GCATATGAAATGTGATGGTGACTATTTTCTTCTAGCGATGGTTTGATTTTGTTGCTTTAG
GTTCGTGTTGTTGGAGAGAGAGGGATCTAAAATGTGTGTAGGATTTGGGTGTTCGATGAG
AGTCTTGGGGATGAGCGAGTTTATTCAGCAGTTTCGTACTTCTTAGCTCTGAACTAGTTT
GAAGAGACATTGACTCGATACCG

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

CO CL8840Contig1 896 2 2 U
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CCCCAAATCATCTCGAAGAAGCCAAATGGAAAGTTGATACAAAGATTCAAAATTTGAACT
GTAGTTAGAGACGATATGGAGAGTTCCTACAAGCTGACGAAAAGCAATTTCACTGGAGGT
ATCTCCATGTCGAAGCCGAGACTCAAGGTTCTGATGCTACGCACCCGGCGGCGTTGATTT
CCCACGGCTCCATCCATATCAATGGCACCCAAAAAGGGAGTGAAAGTGGTTACCAAGAAG
AATACAGTAGATTTGTGTACCGTTGCAGCGATTAGAAATCCGAGAGCGTTAATATGCTTT
ATGAGGTATGATCAAGTATGGAACAAATTCTTTCTACATATGGATAGAGTGATGCAAGGG
TTGGTCATAGACAAAGAGAACAACAACAGCTCAGTTTCTCAGAGAAAGGTTCAGAGTGGT
TCTTAATGATGTTCTTAAGAGCGCAAGCAGCGTCTCTCGCCATTGCCGCAAGTAGCACTA
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TTGTGGTTGTGTTGTTGTGTATAACCTAACAATGGTGTAAATATATATATAGATGGAAAG
GCTGGACCTTGAAGACTGTCTTGAAAAAGCAGTGGAAACTCCTATGAAGTAAAGGAAGAT
GCTTATGTATTTGTAAAAGAAGAGACTAAGAAGAAGTGGTCTGTTTCCGACTGAACTTGA
GATTTCTGTGTATGACAGTATGAGTATTTCGTCTTAGATTTAACAGAAAACGTAAGTATG
TTCCAAGTTTGAGATTGAATTTGTTTAAAAAAAAGATTGAAGTTGTTTAGATTACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DD38TF U 1
AF RR3DD38JQ C 114
BS 1 657 RR3DD38TF
BS 658 896 RR3DD38JQ

RD RR3DD38TF 657 0 0
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CCCCAAATCATCTCGAAGAAGCCAAATGGAAAGTTGATACAAAGATTCAAAATTTGAACT
GTAGTTAGAGACGATATGGAGAGTTCCTACAAGCTGACGAAAAGCAATTTCACTGGAGGT
ATCTCCATGTCGAAGCCGAGACTCAAGGTTCTGATGCTACGCACCCGGCGGCGTTGATTT
CCCACGGCTCCATCCATATCAATGGCACCCAAAAAGGGAGTGAAAGTGGTTACCAAGAAG
AATACAGTAGATTTGTGTACCGTTGCAGCGATTAGAAATCCGAGAGCGTTAATATGCTTT
ATGAGGTATGATCAAGTATGGAACAAATTCTTTCTACATATGGATAGAGTGATGCAAGGG
TTGGTCATAGACAAAGAGAACAACAACAGCTCAGTTTCTCAGAGAAAGGTTCAGAGTGGT
TCTTAATGATGTTCTTAAGAGCGCAAGCAGCGTCTCTCGCCATTGCCGCAAGTAGCACTA
AGGTTTACAGGAGGCTCGACTCTTGTCTCGTGATTCCTCCTGCAACCTCAAAGAACAAGC
TTGTGGTTGTGTTGTTGTGTATAACCTAACAATGGTGTAAATATATATATAGATGGA

QA 1 657 1 657
DS 

RD RR3DD38JQ 783 0 0
TTGAACTGTAGTTAGAGACGATATGGAGAGTTCCTACAAGCTGACGAAAAGCAATTTCAC
TGGAGGTATCTCCATGTCGAAGCCGAGACTCAAGGTTCTGATGCTACGCACCCGGCGGCG
TTGATTTCCCACGGCTCCATCCATATCAATGGCACCCAAAAAGGGAGTGAAAGTGGTTAC
CAAGAAGAATACAGTAGATTTGTGTACCGTTGCAGCGATTAGAAATCCGAGAGCGTTAAT
ATGCTTTATGAGGTATGATCAAGTATGGAACAAATTCTTTCTACATATGGATAGAGTGAT
GCAAGGGTTGGTCATAGACAAAGAGAACAACAACAGCTCAGTTTCTCAGAGAAAGGTTCA
GAGTGGTTCTTAATGATGTTCTTAAGAGCGCAAGCAGCGTCTCTCGCCATTGCCGCAAGT
AGCACTAAGGTTTACAGGAGGCTCGACTCTTGTCTCGTGATTCCTCCTGCAACCTCAAAG
AACAAGCTTGTGGTTGTGTTGTTGTGTATAACCTAACAATGGTGTAAATATATATATAGA
TGGAAAGGCTGGACCTTGAAGACTGTCTTGAAAAAGCAGTGGAAACTCCTATGAAGTAAA
GGAAGATGCTTATGTATTTGTAAAAGAAGAGACTAAGAAGAAGTGGTCTGTTTCCGACTG
AACTTGAGATTTCTGTGTATGACAGTATGAGTATTTCGTCTTAGATTTAACAGAAAACGT
AAGTATGTTCCAAGTTTGAGATTGAATTTGTTTAAAAAAAAGATTGAAGTTGTTTAGATT
ACT

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL8841Contig1 543 2 1 U
GGCCTGATGGTTCGCTGTGCGCGAGTGGTGGGAAATATGGTGTGATCTTGTTGTGGGATT
TGGCTGAGGGGAAGAAGCTTTACTCGCTTTGCTTTAGTCCGAATAGGTACTGGCTGTGTG
CTGCGACTGAGAGCAGTATTAAGATCTGGGATCTTGAGAGCAAGACCGTTGTTGATGAGT
TGAAGGTTGACCTTAAGGCGGAAGCGGAGAAGGATGGTGGTGGTGTCGGAACTGGTAACC
AGAAGAAGGTGAACTACTGCACAAGCTTGAACTGGAGTGCAGATGGAAGCACACTGTTCA
GTGGTTACACTGATGGAGTTGTCAGGGTCTGGGGTATTGGTCGTTACTAGATACTCTAAG
AAGAAGATGGATAAGAAGATGGATGTTACCAAATCTGCTTTCGTGTTTTTGAAGTTTTCT
TATGTATTAGCCCCTCCAAGAACTTCTATTTTTGTTTAATTCCAGAAAAGAAAACTAAGT
CAGAATGTTTACCCTTTTGATTATTATCCATAATTCCAAATGTCTCGATTTTTCGTTGCA
ACG


BQ
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20 20 20 

AF RR3GG94JQ C 1
AF RR3GG94TF U 1
BS 1 543 RR3GG94TF

RD RR3GG94JQ 543 0 0
GGCCTGATGGTTCGCTGTGCGCGAGTGGTGGGAAATATGGTGTGATCTTGTTGTGGGATT
TGGCTGAGGGGAAGAAGCTTTACTCGCTTTGCTTTAGTCCGAATAGGTACTGGCTGTGTG
CTGCGACTGAGAGCAGTATTAAGATCTGGGATCTTGAGAGCAAGACCGTTGTTGATGAGT
TGAAGGTTGACCTTAAGGCGGAAGCGGAGAAGGATGGTGGTGGTGTCGGAACTGGTAACC
AGAAGAAGGTGAACTACTGCACAAGCTTGAACTGGAGTGCAGATGGAAGCACACTGTTCA
GTGGTTACACTGATGGAGTTGTCAGGGTCTGGGGTATTGGTCGTTACTAGATACTCTAAG
AAGAAGATGGATAAGAAGATGGATGTTACCAAATCTGCTTTCGTGTTTTTGAAGTTTTCT
TATGTATTAGCCCCTCCAAGAACTTCTATTTTTGTTTAATTCCAGAAAAGAAAACTAAGT
CAGAATGTTTACCCTTTTGATTATTATCCATAATTCCAAATGTCTCGATTTTTCGTTGCA
ACG

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR3GG94TF 543 0 0
GGCCTGATGGTTCGCTGTGCGCGAGTGGTGGGAAATATGGTGTGATCTTGTTGTGGGATT
TGGCTGAGGGGAAGAAGCTTTACTCGCTTTGCTTTAGTCCGAATAGGTACTGGCTGTGTG
CTGCGACTGAGAGCAGTATTAAGATCTGGGATCTTGAGAGCAAGACCGTTGTTGATGAGT
TGAAGGTTGACCTTAAGGCGGAAGCGGAGAAGGATGGTGGTGGTGTCGGAACTGGTAACC
AGAAGAAGGTGAACTACTGCACAAGCTTGAACTGGAGTGCAGATGGAAGCACACTGTTCA
GTGGTTACACTGATGGAGTTGTCAGGGTCTGGGGTATTGGTCGTTACTAGATACTCTAAG
AAGAAGATGGATAAGAAGATGGATGTTACCAAATCTGCTTTCGTGTTTTTGAAGTTTTCT
TATGTATTAGCCCCTCCAAGAACTTCTATTTTTGTTTAATTCCAGAAAAGAAAACTAAGT
CAGAATGTTTACCCTTTTGATTATTATCCATAATTCCAAATGTCTCGATTTTTCGTTGCA
ACG

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 2

CO CL8842Contig1 956 2 2 U
GGCTAGAATGTAAAGGGAAAGAAACAAGATTGAAAAAGTTACCGTTACACAAAATCCAGA
GAAAAGCGCTCTTCTTCTTCTTCGTCTTCCTCTAAGACTCGTCTCTCCCACAAGATATCA
CCAAGTAACTACTCCCATTTTCGAAGGTGATTTAGGGAACATGAACACTCTTCAACAGAT
GATCTTCCCTGACGAGAACGCTCCAATTCATCGCAAAAAGTCTGTTGCTGCCCCTGCTGC
TTCTGTGAGAAGCAAAAGAACTGTGCTTGCTCAGAAGAAAAAACCTGGAGGAGGAGGAGG
AGGTCGTAAGGCTCTCAATGATATCACAAACAAGTCTGCTGGGGTTCTTCATCCCAAAGC
TTCTTCTTGCAAGAACAAGCAGATCGTTTCTTCTTCTTCTGGTTCTGGTAAATGCGAAAC
CAACAACATAGCTGGGGAGATGTTCTTGCATGATCACACCAAATGCATCAAAGAACAGCA
AGGTCTCTGGGACGATCACTTCTCTGCTGATCTTCTACTTCTTCACCATGATTCTTCCAA
CGTCAAGGAAAAGCATCTCAAGTATGAAACTGCAATGATGGATGCCAGTAAGAACAATAT
GACTTGTGACGAACCGGAAGAGATTCAATCACCCAAGTTGACTAGTTACATGAAGAGCTC
ATCAACTACTCCATGGCGCTCTCCAGGCCGCCTTGGCTCTGTGATGATGAAGATGCCTTC
GACTCCTTTGGCTTGGCGGTTTGAATTCGCTCTCAAAAAAGAAGACTATGAGGACGACCT
CTTCTGAATGTCTCTGTTTCCTTAATGTCCTTAGAGGTTTACATCCTTTAGATGAAGTAA
GTAGTAGTTAGTAGTAGCGGCTAATCTTTTAACAATGCTTCTTCAGTTCTTAATGTACTT
ACAACTCTTGTGTCACTCTATAACAGATATCATGAAATAAAAAGTTGGAATCTTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BS18TF U 1
AF RR3BS18JQ C 407
BS 1 683 RR3BS18TF
BS 684 956 RR3BS18JQ

RD RR3BS18TF 683 0 0
GGCTAGAATGTAAAGGGAAAGAAACAAGATTGAAAAAGTTACCGTTACACAAAATCCAGA
GAAAAGCGCTCTTCTTCTTCTTCGTCTTCCTCTAAGACTCGTCTCTCCCACAAGATATCA
CCAAGTAACTACTCCCATTTTCGAAGGTGATTTAGGGAACATGAACACTCTTCAACAGAT
GATCTTCCCTGACGAGAACGCTCCAATTCATCGCAAAAAGTCTGTTGCTGCCCCTGCTGC
TTCTGTGAGAAGCAAAAGAACTGTGCTTGCTCAGAAGAAAAAACCTGGAGGAGGAGGAGG
AGGTCGTAAGGCTCTCAATGATATCACAAACAAGTCTGCTGGGGTTCTTCATCCCAAAGC
TTCTTCTTGCAAGAACAAGCAGATCGTTTCTTCTTCTTCTGGTTCTGGTAAATGCGAAAC
CAACAACATAGCTGGGGAGATGTTCTTGCATGATCACACCAAATGCATCAAAGAACAGCA
AGGTCTCTGGGACGATCACTTCTCTGCTGATCTTCTACTTCTTCACCATGATTCTTCCAA
CGTCAAGGAAAAGCATCTCAAGTATGAAACTGCAATGATGGATGCCAGTAAGAACAATAT
GACTTGTGACGAACCGGAAGAGATTCAATCACCCAAGTTGACTAGTTACATGAAGAGCTC
ATCAACTACTCCATGGCGCTCTC

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3BS18JQ 550 0 0
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ATCAAAGAACAGCAAGGTCTCTGGGACGATCACTTTTCTGCTGATCTTCTACTTCTTCAC
CATGATTCTTCCAACGTCAAGGAAAAGCATCTCAAGTATGAAACTGCAATGATGGATGCC
AGTAAGAACAATATGACTTGTGACGAACCGGAAGAGATTCAATCACCCAAGTTGACTAGT
TACATGAAGAGCTCATCAACTACTCCATGGCGCTCTCCAGGCCGCCTTGGCTCTGTGATG
ATGAAGATGCCTTCGACTCCTTTGGCTTGGCGGTTTGAATTCGCTCTCAAAAAAGAAGAC
TATGAGGACGACCTCTTCTGAATGTCTCTGTTTCCTTAATGTCCTTAGAGGTTTACATCC
TTTAGATGAAGTAAGTAGTAGTTAGTAGTAGCGGCTAATCTTTTAACAATGCTTCTTCAG
TTCTTAATGTACTTACAACTCTTGTGTCACTCTATAACAGATATCATGAAATAAAAAGTT
GGAATCTTTT

QA 1 550 1 550
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8844Contig1 773 2 2 U
GGAAGTCTTTCCTTTGTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTGCTCAAACCCTGGCGTAGAAGAG
ACTAATAACTGAAGCAGATCTATTCAGCAAGGAGGAGGAGGTAGAAGATGTACGAGCAAC
AGCAGCAGCAGCAGCGGCATTTCGTGGATTTGCAAAGCCATTCTGGATTTGGGGATGATA
GCTCGTGGCTCGCCGGCGATGACGATCTCCGTCTGTCTCCTCACCAATCTGCCGCCGGCA
ACGAGAATCTAGATCGGCGTCTTTTGAAAGATCTCGTTGAGATGGTTCCCCTCATCGAGC
AATTCATGGAACAGAAAGAAAAGAGTTCGTTTAAGCGGCGAGGGTCCATGGTCTACACTA
AGATGCCTTCCAAAGAATCCTTGTCCCGAAGGGGGAGAAATGCTTCTCAAACTGTCCCAG
GAAGAAAGAAGAGAGACGCAGAGGGGAATAACGACGCTGTGAACGATGCTAAGGAAGTTG
GTGAAAACGCAAAGGCATTGGCTGGTGTAGAAAATGACGAACTTACAAGACTTAGAGAGC
AAGTGAATGACTTGCAGACAAAACTGTCCGAGAAAGAAGAGGTTTTAAAGTCAGTGGAAC
TATCAAAGAGAAACCAGGTTAACGAGATACAAGTGAAGCTTGATGAATCAAAACGGTTGG
TTGCTGAAAAGGAGACGTTGATCAAGTCTATGCAGTTACAATTATCAGACACAAAGATCA
AACTTGCAGACAGGCAAGCCGCACTTGAGAAGACTCAATGGGAAGCAAAGACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL65TF U 1
AF RR3CV49TF U 103
BS 1 651 RR3EL65TF
BS 652 773 RR3CV49TF

RD RR3EL65TF 651 0 0
GGAAGTCTTTCCTTTGTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTGCTCAAACCCTGGCGTAGAAGAG
ACTAATAACTGAAGCAGATCTATTCAGCAAGGAGGAGGAGGTAGAAGATGTACGAGCAAC
AGCAGCAGCAGCAGCGGCATTTCGTGGATTTGCAAAGCCATTCTGGATTTGGGGATGATA
GCTCGTGGCTCGCCGGCGATGACGATCTCCGTCTGTCTCCTCACCAATCTGCCGCCGGCA
ACGAGAATCTAGATCGGCGTCTTTTGAAAGATCTCGTTGAGATGGTTCCCCTCATCGAGC
AATTCATGGAACAGAAAGAAAAGAGTTCGTTTAAGCGGCGAGGGTCCATGGTCTACACTA
AGATGCCTTCCAAAGAATCCTTGTCCCGAAGGGGGAGAAATGCTTCTCAAACTGTCCCAG
GAAGAAAGAAGAGAGACGCAGAGGGGAATAACGACGCTGTGAACGATGCTAAGGAAGTTG
GTGAAAACGCAAAGGCATTGGCTGGTGTAGAAAATGACGAACTTACAAGACTTAGAGAGC
AAGTGAATGACTTGCAGACAAAACTGTCCGAGAAAGAAGAGGTTTTAAAGTCAGTGGAAC
TATCAAAGAGAAACCAGGTTAACGAGATACAAGTGAAGCTTGATGAATCAA

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3CV49TF 671 0 0
G
GAAGATGTACGAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCGGCATTTCGTGGATTTGCAAAGCCATTC
TGGATTTGGGGATGATAGCTCGTGGCTCGCCGGCGATGACGATCTCCGTCTGTCTCCTCA
CCAATCTGCCGCCGGCAACGAGAATCTAGATCGGCGTCTTTTGAAAGATCTCGTTGAGAT
GGTTCCCCTCATCGAGCAATTCATGGAACAGAAAGAAAAGAGTTCGTTTAAGCGGCGAGG
GTCCATGGTCTACACTAAGATGCCTTCCAAAGAATCCTTGTCCCGAAGGGGGAGAAATGC
TTCTCAAACTGTCCCAGGAAGAAAGAAGAGAGACGCAGAGGGGAATAACGACGCTGTGAA
CGATGCTAAGGAAGTTGGTGAAAACGCAAAGGCGTTGGCTGGTGTAGAAAATGACGAACT
TACAAGACTTAGAGAGCAAGTGAATGACTTGCAGACAAAACTGTCCGAGAAAGAAGAGGT
TTTAAAGTCAGTGGAACTATCAAAGAGAAACCAGGTTAACGAGATACAAGTGAAGCTTGA
TGAATCAAAACGGTTGGTTGCTGAAAAGGAGACGTTGATCAAGTCTATGCAGTTACAATT
ATCAGACACAAAGATCAAACTTGCAGACAGGCAAGCCGCACTTGAGAAGACTCAATGGGA
AGCAAAGACA

QA 2 671 2 671
DS 



AS 1 2

CO CL8845Contig1 789 2 1 U
AAAAGTATTGAGTTTAAACCTTTTTCTTATCACCTGCCGGAGAAAACGAGGAGTCATGGA
GATTTCGAGACCGGAACATGTTTCCTCGACGCACAAGCGTCTAAACATGAGTTTCATCGT
ATCTCTTATGGTACTTTGTGCTAGACAAGCAAGCCGAGTCTCCAAGAAGCTTAAACTCAA
GCCAACTCGGAAGTCAGCTCATCTCGAGGACCATCTCGAGAGCCCGAACTACGGCAAAAG
CCCCGGCGATGGAGAAAAATTTGGATGGAGTCCGGCGAGGGCTTTTTCGCCGATGAGAGC
ACGTCCGAAGGAGCTTCTTACGACTTTGAGCAACAAGGCCAAGATTATGGTTGGCCGGAA
AAATAAAGCTTACGACGTAGGAGGTACACCGGCCAAGAAAAAGACGGCGGTGGAGATGGT
GCTGGAGGAGGAAGAGGAGGAGTTTGGCATTTGGCAGAGAGAGATTTTGATGGGAGGCAA
GTGTGAGCCGTTGGATCATTCAGGCGTGATCTACTATGATTGCAGTGGACATCAGCTAAA
GGAACTGCCTCCGAGGTCGCCACGTGCCAATTTGGTGCCGGATCAACCGACCCGTTCGTA
TGTCGGGTCGATGTTGAACCCGACGGGAAAGGAAATGTAAATTTAGTTTGAGAATATGTT
ATGATTTTCTGTTTGGTGTGCTATGCGGTGAGTGGTAACTAAATCCTCTAGATGTTTCGT
TCTTTGCTTGTTATTGGTACATGATATCACAAATTTTATGCATATTGTTGTGTAATCTAA
TTACGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3AR88TF U 1
AF RR3AR88JQ C 39
BS 1 789 RR3AR88TF

RD RR3AR88TF 789 0 0
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GATTTCGAGACCGGAACATGTTTCCTCGACGCACAAGCGTCTAAACATGAGTTTCATCGT
ATCTCTTATGGTACTTTGTGCTAGACAAGCAAGCCGAGTCTCCAAGAAGCTTAAACTCAA
GCCAACTCGGAAGTCAGCTCATCTCGAGGACCATCTCGAGAGCCCGAACTACGGCAAAAG
CCCCGGCGATGGAGAAAAATTTGGATGGAGTCCGGCGAGGGCTTTTTCGCCGATGAGAGC
ACGTCCGAAGGAGCTTCTTACGACTTTGAGCAACAAGGCCAAGATTATGGTTGGCCGGAA
AAATAAAGCTTACGACGTAGGAGGTACACCGGCCAAGAAAAAGACGGCGGTGGAGATGGT
GCTGGAGGAGGAAGAGGAGGAGTTTGGCATTTGGCAGAGAGAGATTTTGATGGGAGGCAA
GTGTGAGCCGTTGGATCATTCAGGCGTGATCTACTATGATTGCAGTGGACATCAGCTAAA
GGAACTGCCTCCGAGGTCGCCACGTGCCAATTTGGTGCCGGATCAACCGACCCGTTCGTA
TGTCGGGTCGATGTTGAACCCGACGGGAAAGGAAATGTAAATTTAGTTTGAGAATATGTT
ATGATTTTCTGTTTGGTGTGCTATGCGGTGAGTGGTAACTAAATCCTCTAGATGTTTCGT
TCTTTGCTTGTTATTGGTACATGATATCACAAATTTTATGCATATTGTTGTGTAATCTAA
TTACGTTTG

QA 1 789 1 789
DS 

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GTCTAAACATGAGTTTCATCGTATCTCTTATGGTACTTTGTGCTAGACAAGCAAGCCGAG
TCTCCAAGAAGCTTAAACTCAAGCCAACTCGGAAGTCAGCTCATCTCGAGGACCATCTCG
AGAGCCCGAACTACGGCAAAAGCCCCGGCGATGGAGAAAAATTTGGATGGAGTCCGGCGA
GGGCTTTTTCGCCGATGAGAGCACGTCCGAAGGAGCTTCTTACGACTTTGAGCAACAAGG
CCAAGATTATGGTTGGCCGGAAAAATAAAGCTTACGACGTAGGAGGTACCCCGGCCAAGA
AAAAGACGGCGGTGGAGATGGTGCTGGAGGAGGAAGAGGAGGAGTTTGGCATTTGGCAGA
GAGAGATTTTGATGGGAGGCAAGTGTGAGCCGTTGGATCATTCAGGCGTGATCTACTATG
ATTGCAGTGGACATCAGCTAAAGGAACTGCCTCCGAGGTCGCCACGTGCCAATTTGGTGC
CGGATCAACCGACCCGTTCGTATGTCGGGTCGATGTTGAACCCGACGGGAAAGGAAATGT
AAATTTAGTTTGAGAATATGTTATGATTTTCTGTTTGGTGTGCTATGCGGTGAGTGGTAA
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TGCATATTGTTGTGTAATCTAATTACGTTTG

QA 1 751 1 751
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8847Contig1 930 2 2 U
GGAACAGACTCTTAACGTTTCGTTTGCTTGAAAAGACTGCTCAGAGATTTATGCCAATGG
CTGAAGAACTCGGGCTTGATTTGGAAGAACTCAGACAACTCCAGAACATCGCCAAGAGAC
CCCGTGTTCTCAATCTCATCAGTTCCGAGATTTGCAATTTGGAGAAGCTGAGACAGTCGG
CAAGCTCTTCAAATGTAAAGCCAGAGGTCGAACTGGTTCCCGCACCGGTTTCTTCTTCGG
TTAAGCCGGTTTCTCCTGCAGTGAACTACGTAACTCTCGGAACGTTCAGCTGGGATCAAG
ACAGTGAAAAAGTCAAGGCGTACATATCTTTGGAAGGTGTTGATGAAAACAAGGTGGAAG
CTGAGTTCAAGCCGATGTCTTTGGATGTCAAGATTCATGATGTCCAAGGGAAGAACTACC
GATGTGCAATCCCCAAGTTGCACAAAGAGATTGTCCCCGAGAAGTGTAAAGTGCTTGTAA
AGCCTAAGAGGATTGTTATCACAATGTTCAAGTCTTCGAAAGGAAACTGGATTGACATTC
ACTACAAAGAAGATAAGATCAAACCTAGTCTTGAGAAAGAGAAAGACCCAATGGCTGGAA
TCATGGACTTGATGAAGAGCATGTACGAGGGAGGAGATGAAGAGATGAAGAAGACGATAG
CCAAAGCTTGGACAGATGCTAGGTCAGGCAAAGCAGGAGATTCTTTAAAGGGTCTGTGAA
GCCCCTTGCGACCAGTTGGCAATTCAATTGTCGTGTCTTTTGCCGTCATGCACGTGTGAA
TCTAGGCTATCTATGAAAGGTGTAAAACGAAAACATCTATTTTTCTGAGTTTAGTCATAC
GTTTTGTTTGGTTTTGCTGTTTCTGGAGCATTTTAGACTGTTTAATATTTCCGAGTAGCT
GCAGAAGTCTTATTATCGATCTAATTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EK88TF U 1
AF RR3EK88JQ C 128
BS 1 678 RR3EK88TF
BS 679 930 RR3EK88JQ

RD RR3EK88TF 678 0 0
GGAACAGACTCTTAACGTTTCGTTTGCTTGAAAAGACTGCTCAGAGATTTATGCCAATGG
CTGAAGAACTCGGGCTTGATTTGGAAGAACTCAGACAACTCCAGAACATCGCCAAGAGAC
CCCGTGTTCTCAATCTCATCAGTTCCGAGATTTGCAATTTGGAGAAGCTGAGACAGTCGG
CAAGCTCTTCAAATGTAAAGCCAGAGGTCGAACTGGTTCCCGCACCGGTTTCTTCTTCGG
TTAAGCCGGTTTCTCCTGCAGTGAACTACGTAACTCTCGGAACGTTCAGCTGGGATCAAG
ACAGTGAAAAAGTCAAGGCGTACATATCTTTGGAAGGTGTTGATGAAAACAAGGTGGAAG
CTGAGTTCAAGCCGATGTCTTTGGATGTCAAGATTCATGATGTCCAAGGGAAGAACTACC
GATGTGCAATCCCCAAGTTGCACAAAGAGATTGTCCCCGAGAAGTGTAAAGTGCTTGTAA
AGCCTAAGAGGATTGTTATCACAATGTTCAAGTCTTCGAAAGGAAACTGGATTGACATTC
ACTACAAAGAAGATAAGATCAAACCTAGTCTTGAGAAAGAGAAAGACCCAATGGCTGGAA
TCATGGACTTGATGAAGAGCATGTACGAGGGAGGAGATGAAGAGATGAAGAAGACGATAG
CCAAAGCTTGGACAGATG

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3EK88JQ 803 0 0
TTCTC
ATCTCATCAGTTCCGAGATT*GCAATTTGGAGAAGCTGAGACAGTCGGCAAGCTCTTCAA
ATGTAAAGCCAGAGGTCGAACTGGTTCCCGCACCGGTTTCTTCTTCGGTTAAGCCGGTTT
CTCCTGCAGTGAACTACGTAACTCTCGGAACGTTCAGCTGGGATCAAGACAGTGAAAAAG
TCAAGGCGTACATATCTTTGGAAGGTGTTGATGAAAACAAGGTGGAAGCTGAGTTCAAGC
CGATGTCTTTGGATGTCAAGATTCATGATGTCCAAGGGAAGAACTACCGATGTGCAATCC
CCAAGTTGCACAAAGAGATTGTCCCCGAGAAGTGTAAAGTGCTTGTAAAGCCTAAGAGGA
TTGTTATCACAATGTTCAAGTCTTCGAAAGGAAACTGGATTGACATTCACTACAAAGAAG
ATAAGATCAAACCTAGTCTTGAGAAAGAGAAAGACCCAATGGCTGGAATCATGGACTTGA
TGAAGAGCATGTACGAGGGAGGAGATGAAGAGATGAAGAAGACGATAGCCAAAGCTTGGA
CAGATGCTAGGTCAGGCAAAGCAGGAGATTCTTTAAAGGGTCTGTGAAGCCCCTTGCGAC
CAGTTGGCAATTCAATTGTCGTGTCTTTTGCCGTCATGCACGTGTGAATCTAGGCTATCT
ATGAAAGGTGTAAAACGAAAACATCTATTTTTCTGAGTTTAGTCATACGTTTTGTTTGGT
TTTGCTGTTTCTGGAGCATTTTAGACTGTTTAATATTTCCGAGTAGCTGCAGAAGTCTTA
TTATCGATCTAATTGGTT

QA 6 803 6 803
DS 



AS 1 2

CO CL8848Contig1 543 2 1 U
GGCCCAGCCAAAAATTCACAGCCATTGAGAGTTTAACATTTCATCCAAAAAATGTTTTTT
CAGATTATTCAGGAGGTTTTCACAGGCGTTGCGGCATTAGCTCTATTGGCATTCGCTGGT
ATAACCCTTGGTAGCTCAGCCGTGGCATTAGCCGTAAGCACGCCGTTTTTTGTCCTATTC
AGTCCGATTCTCGTGCCAGCAACTATAGCCACCACTTTGTTAACTACGGGCTTGTCGGCC
ACCGGCGGCCTCGGTTTAACGGCTATCCGCATCATCTGGAAGCTCTACAAGTAATTAAAT
TAAACAAAACCGTTAATTGAAAGCCACTCGAAAAATGTGGTCTATTTATAATGACTTGAG
GCATTATATGCATATGAATCTACATGGAAATATGTAAATTTATTACATATGCATGGCCAT
AAAATATAATTATTTTACATCTACGAAGATTCAGGTAAATTTCGTAGCTACAGATATAAT
ATGCGCCACGATCTTCTGGCTTTCCAAGTAAATAACAACCTGTGTTGAGAAACACTTAAG
ATT


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20 20 20 

AF RR3EP07JQ C 1
AF RR3EP07TF U 1
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ATT

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR3EP07TF 543 0 0
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CAGATTATTCAGGAGGTTTTCACAGGCGTTGCGGCATTAGCTCTATTGGCATTCGCTGGT
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ATT

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 2

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AF RR3E974TF U 1
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DS 



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20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY16TF U 1
AF RR3EY16JQ C 238
BS 1 695 RR3EY16TF
BS 696 696 RR3EY16JQ
BS 697 706 RR3EY16TF
BS 707 707 RR3EY16JQ
BS 708 728 RR3EY16TF
BS 729 941 RR3EY16JQ

RD RR3EY16TF 732 0 0
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GCTAGCTGAGTTCACCTTAAACGGAGCCGGCGGTCTCGATTTCTACGACGTCAGCCTCGT
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CGCCGGGAACTGCACCGTCACAGGCTGCGTCGCGGAGCTCAACGGCCCTTGTCCTGCTCA
GCTGAAAGTGGCGACGACGGGAGCCGAAGGAGGAGTAGCTTGCAAAAGCGCCTGCGAGGC
GTTTGGGACGCCGGAGTATTGCTGCAGCGGCGCGTTTGGAACGCCGGACACGTGTAAGCC
GAGCGAGTACTCGTTGTTTTTCAAAAACGCGTGTCCGAGAGCTTATAGTTACGCTTACGA
CGACGGGACTAGTACATTTACTTGCGCCGGAGCTGATTACCTCATCACTTTCTGTCCTTC
TCCTAACCCAAGTGTGAAGAGTGCAAAGAAGGGAGGAGAACTTGAGCCCGAAGCCGTAAC
CTACTCTTCCGCGTCATCGCCAACTATCTCTACCGTGTTTTCGTCTGGTGTTTTAGCTGT
CGCGTTCTGGGCGGTACAACGCGTTTGGTGATAGCTGTAACGTATGCGTTAAAGCTTTGA
TACTTGATAGTAACATCATTCCAGGTTTTCATCTA*GAGAAACAAA*GATCATCAACTAA
AAGACGAC
AGAG

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3EY16JQ 704 0 0
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GCCGAGCGAGTACTCGTTGTTTTTCAAAAACGCGTGTCCGAGAGCTTATAGTTACGCTTA
CGACGACGGGACTAGTACATTTACTTGCGCCGGAGCTGATTACCTCATCACTTTCTGTCC
TTCTCCTAACCCAAGTGTGAAGAGTGCAAAGAAGGGAGGAGAACTTGAGCCCGAAGCCGT
AACCTACTCTTCCGCGTCATCGCCAACTATCTCTACCGTGTTTTCGTCTGGTGTTTTAGC
TGTCGCGTTCTGGGCGGTACAACGCGTTTGGTGATAGCTGTAACGTATGCGTTAAAGCTT
TGATACTTGATAGTAACATCATTCCAGGTTTTCATCTAAGAGAAACAAAAGATCATCAAC
TAAAAGACGACCAGAGGAAAGAGTTGATTTGTGTGGGACTCCAAGGATTGATTTGTTTTT
AGACTGATTAGTTATAGTAATAGTTAATCCTTAGAACTCTTATCTCTTATTATAGTTTTC
TTCGTTATTTTTAAGACAAGATGTTGTCTTTACGGATTACGGTGTTCTGTAGTAAACGCC
GTCTGAAAATGTACGTTGTTGAATAATCATGCAGATTTGGCGGG

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

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CGGTTCTTACGAAAGAGTAGAGGGGACAAGAGTGAGTGAATCTCGGCAACACAACAAAGA
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TGAATGAAAAAAAGCAATTCAAGAAGACATTGATTTCTTCTTCTCTTCTTCGAGTCGCTG
AAGCTCAGCCAGCCTCTCCTCCCAAGCTCGCTCCCTTGCGACTTTAGCCATCTTGCGTTC
CACTTCCTTGATTCTCTTCTTCCTCTTCGCCTCTTGCACCAGCGCTTGCCTCTTCTTTTT
CTCAGACAGTATGAAAGCACGGCGCTGCCCTATGCGCTTCTTAGCATTCCTTCTTTTGAC
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GCAACCTCGATCCGCCGGAGAAGGAGGACCATACCTCGTGTCTCGCAGCCGGGATCGCCG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BP06TF C 1
AF RR3BP06JQ U 8
BS 1 7 RR3BP06TF
BS 8 771 RR3BP06JQ
BS 772 780 RR3BP06TF

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TGAATGAAAAAAAGCAATTCAAGAAGACATTGATTTCTTCTTCTCTTCTTCGAGTCGCTG
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CACTTCCTTGATTCTCTTCTTCCTCTTCGCCTCTTGCACCAGCGCTTGCCTCTTCTTTTT
CTCAGACAGTATGAAAGCACGGCGCTGCCCTATGCGCTTCTTAGCATTCCTTCTTTTGAC
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GCGGCGTAGAGGAGCAGCTAGCGGCGACACGCGAAGCTAGGGTTCTCGACAGTGGTCGGA
GAATCGATCTAATCGCACCGAAACCCATTTCACCCAAAGCATTAGCTGAAGAGATTGCCC

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3BP06JQ 764 0 0
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AAAAAAGCAATTCAAGAAGACATTGATTTCTTCTTCTCTTCTTCGAGTCGCTGAAGCTCA
GCCAGCCTCTCCTCCCAAGCTCGCTCCCTTGCGACTTTAGCCATCTTGCGTTCCACTTCC
TTGATTCTCTTCTTCCTCTTCGCCTCTTGCACCAGCGCTTGCCTCTTCTTTTTCTCAGAC
AGTATGAAAGCACGGCGCTGCCCTATGCGCTTCTTAGCATTCCTTCTTTTGACACTGCCC
TTGTTGGGATTGTTTAAGCAATTGACTCGCCGGAGTATACTGAACATATGCATACGGCCC
TGGAGGTTTAAGTTTGAATCTTTTCTTCTTGGGATGACTCATGGGCCGTCTCTTCGGGAG
CCGAGTATCGGTTAAGCTCAAGCTATGAAAATGATTTGCCATCGGAATCCATGGCAACCT
CGATCCGCCGGAGAAGGAGGACCATACCTCGTGTCTCGCAGCCGGGATCGCCGGCGGCGT
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TCTAATCGCACCGAAACCCATTTCACCCAAAGCATTAGCTGAAG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

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CCTCCTTACAAAGGGCCTCCAAATCGTCAACGTTCACCTCCACCCCCTCCACATCGAAGG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 

AF RR3GG44TF U 1
AF RR3G719TF U 383
BS 1 507 RR3GG44TF

RD RR3GG44TF 507 0 0
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GTTCTCCTTCTGGTTCTTGTGTTTCCCCATATGGATGAAGCCTTTGGTGAAAAAAAAGAG
GCAGAAAATCCTGATCAACTGACGACTGTCCAAGGGATCGGAAGGCGTGTTCTTTTAGGC
TTTCCTAAGCCGCCTTTTACGTGCCCAAGGATCTTATGTAAGCCAAAAATTCCGACTCTT
CCTCCTTACAAAGGGCCTCCAAATCGTCAACGTTCACCTCCACCCCCTCCACATCGAAGG
TCTTCCAAAGGCAAAAACATATGATCTCACAAACATTTGGATGAAACTATATTTTCCCAC
TATAAAATGTAATTCTGGAATTTTCTTTCAAAATAAAAGCGATCATGCCACTTCGGATGA
TGGTATAATGATATGTTGTTATAAGTTTAAGCTATTGTGTGATGATCTGTTTGTTGATAT
TATTCAACATAAATAAATAAAGTTTGG

QA 1 507 1 507
DS 

RD RR3G719TF 125 0 0
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TTTGG

QA 1 125 1 125
DS 



AS 1 2

CO CL8853Contig1 961 2 4 U
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TCTGACAGCCGTTAAGGTTTTGATGAACTTAACAAATGATAACGCTGTCGGTTGTCGGCA
AGTTGGTGGATGCAGAGGGCTGGAAAGCATGGCTGAATTAATTGCGAGACATTTTCCGTT
CACCGAATCTCCTCTTTTCAGTGAGATGGAAGAAACTGAACCTTCACATCAGAAGAAAGA
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TTTGGTTGAGAAAGACGGCGTGAACAGATCACGGCTTGCTTCAGCGAGTTTTGCAATAAC
AAAACCAGAAGGGTTGCAAGAGAGTGAACAGGAGATGATTCCTTTATTGTGTCCAATCTT
TCTCACCAATCAAGGATCTGCAGACACCAAAGAAGAAACAACTACTTTCACCCTAGATGA
CGAAGAAGCTGTTTTAGAAAGTGAAAAGGAAGCGGAGAAGATGATTGTGGAGGCATACTC
TGCTCTATTACTCGCCTTTCTTTCAACTGAAAGTACAAGTATACGCAACTCTATCAAAGA
CCATCTCCCAAAACGCAATCTCGCAATTCTTGTACCGGTCTTGGAGAGATTTTTGGCATT
CCACACGACTCTAAACATGATCCCTCCGGAGACACATAATGCAGTGATGGAAGTGATTGA
ATCCTGCAAATTACCGTAAAAAACGAATAGAAAAGGGCAGATTAGTTCTTTCATTCGCCT
TCTTCTCTGTACAGCTACAAAAGAAACATTCGAAATGATTTGCGGTGATCACTGACTCTG
GAGATCGTATACTGTGTAACATAGTGATCATGTTGATGTATAATATAAGGTTACAAGTAG
TATGTTAGTTCTTTACTTTTAGAGTTTAATCACGTTGTTTGTTTCAGCTGACTTTTACTT
A


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 

AF RR3BS50TF U 1
AF RR3BS50JQ C 214
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BS 712 712 RR3BS50JQ
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BS 730 961 RR3BS50JQ

RD RR3BS50TF 740 0 0
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TCTGACAGCCGTTAAGGTTTTGATGAACTTAACAAATGATAACGCTGTCGGTTGTCGGCA
AGTTGGTGGATGCAGAGGGCTGGAAAGCATGGCTGAATTAATTGCGAGACATTTTCCGTT
CACCGAATCTCCTCTTTTCAGTGAGATGGAAGAAACTGAACCTTCACATCAGAAGAAAGA
CAAACATCTTACAGATCAGGAGTTAGATTTTCTTGTTGCCATCTTAGGTTTGCTGGTAAA
TTTGGTTGAGAAAGACGGCGTGAACAGATCACGGCTTGCTTCAGCGAGTTTTGCAATAAC
AAAACCAGAAGGGTTGCAAGAGAGTGAACAGGAGATGATTCCTTTATTGTGTCCAATCTT
TCTCACCAATCAAGGATCTGCAGACACCAAAGAAGAAACAACTACTTTCACCCTAGATGA
CGAAGAAGCTGTTTTAGAAAGTGAAAAGGAAGCGGAGAAGATGATTGTGGAGGCATACTC
TGCTCTATTACTCGCCTTTCTTTCAACTGAAAGTACAAGTATACGCAACTCTATCAAAGA
CCATCTCCCAAAACGCAATCTCGCAATTCTTGTACCGGTCTTGGAGAGATTTTTGGCATT
CCACACGACTCTAAACATGATCCCTCCGGAGACACATAATGCAGTGATGGA*GTGATTGA
ATCCTGCAA
TACCGTAAAAA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3BS50JQ 748 0 0
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TCTTAGGTTTGCTGGTAAATTTGGTTGAGAAAGACGGCGTGAACAGATCACGGCTTGCTT
CAGCGAGTTTTGCAATAACAAAACCAGAAGGGTTGCAAGAGAGTGAACAGGAGATGATTC
CTTTATTGTGTCCAATCTTTCTCACCAATCAAGGATCTGCAGACACCAAAGAAGAAACAA
CTACTTTCACCCTAGATGACGAAGAAGCTGTTTTAGAAAGTGAAAAGGAAGCGGAGAAGA
TGATTGTGGAGGCATATTCTGCTCTATTACTCGCCTTTCTTTCAACTGAAAGTACAAGTA
TACGCAACTCTATCAAAGACCATCTCCCAAAACGCAATCTCGCAATTCTTGTACCGGTCT
TGGAGAGATTTTTGGCATTCCACACGACTCTAAACATGATCCCTCCGGAGACACATAATG
CAGTGATGGAAGTGATTGAATCCTGCAAATTACCGTAAAAAACGAATAGAAAAGGGCAGA
TTAGTTCTTTCATTCGCCTTCTTCTCTGTACAGCTACAAAAGAAACATTCGAAATGATTT
GCGGTGATCACTGACTCTGGAGATCGTATACTGTGTAACATAGTGATCATGTTGATGTAT
AATATAAGGTTACAAGTAGTATGTTAGTTCTTTACTTTTAGAGTTTAATCACGTTGTTTG
TTTCAGCTGACTTTTACTTA

QA 9 748 9 748
DS 



AS 1 2

CO CL8854Contig1 418 2 1 U
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CGAAGCTCAGGAACGGTTAGCTAGGCTTGAAGCTGCTCTTGCCTCCACCAAGACAGATGT
TCCAGATGCGGAACTTGTGGAGAAGATCAGCCAAATCCAGTCGAAGCTTGAAGAAGCTAA
CGAGAAGGTGAAGCAAGAAAAGGACAAGTTGGAGAAGTTGACCTCTGAAAACGAGAAGCA
AAAGTACCGTATACTGCATCTTGTGCGTGCGCTGAATGATGCTGATGAGAAGCTTGAGAA
GATCTCTAGATGATTTGATTCTTTGTCTTTGATTGCGTTTCTGAAACATCTTTACCCAAG
TACTCAATGATTTAATGGTATCACAAATTATCGGTTTGGAAAATAAACTTTGCGTACG


BQ
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AF RR3BF53JQ C 1
AF RR3BF53TF U 1
BS 1 418 RR3BF53TF

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CGAAGCTCAGGAACGGTTAGCTAGGCTTGAAGCTGCTCTTGCCTCCACCAAGACAGATGT
TCCAGATGCGGAACTTGTGGAGAAGATCAGCCAAATCCAGTCGAAGCTTGAAGAAGCTAA
CGAGAAGGTGAAGCAAGAAAAGGACAAGTTGGAGAAGTTGACCTCTGAAAACGAGAAGCA
AAAGTACCGTATACTGCATCTTGTGCGTGCGCTGAATGATGCTGATGAGAAGCTTGAGAA
GATCTCTAGATGATTTGATTCTTTGTCTTTGATTGCGTTTTTGAAACATCTTTACCCAAG
TACTCAATGATTTAATGGTATCACAAATTATCGGTTTGGAAAATAAACTTTGCGTACG

QA 1 418 1 418
DS 

RD RR3BF53TF 418 0 0
GGAAGTAATGGTGGAGGATCAGCTACCAGAGACATTGAAACCCTTCTTTCACAGAGCCAC
CGAAGCTCAGGAACGGTTAGCTAGGCTTGAAGCTGCTCTTGCCTCCACCAAGACAGATGT
TCCAGATGCGGAACTTGTGGAGAAGATCAGCCAAATCCAGTCGAAGCTTGAAGAAGCTAA
CGAGAAGGTGAAGCAAGAAAAGGACAAGTTGGAGAAGTTGACCTCTGAAAACGAGAAGCA
AAAGTACCGTATACTGCATCTTGTGCGTGCGCTGAATGATGCTGATGAGAAGCTTGAGAA
GATCTCTAGATGATTTGATTCTTTGTCTTTGATTGCGTTTCTGAAACATCTTTACCCAAG
TACTCAATGATTTAATGGTATCACAAATTATCGGTTTGGAAAATAAACTTTGCGTACG

QA 1 418 1 418
DS 



AS 1 2

CO CL8855Contig1 981 2 2 U
GGACAGCCCAACTCTTAGCAAGTCGCTGTAAAGTTGATTTTGCTCTTCATTTTATATACT
CACATCACATCTCTTCCTCCCTCAACATCTCCTCTTGAGTCCTTGAACCCTGGATTTTCT
CTTAACCCTAAAGAACGTTATCAAAGATTCATCAAGATTTTATAAAACAACAATATATCT
ATCGTCACCATAACTCAGATCGATCAACATGCTAGCCGTTCACCGCCCTTCTTCCGCCGT
ATCAAACGGCGACTCCATCCAGGTTCCGCTGATCGCCTCATTTCAAAAACGTTTCCCTTC
TCTCTCACGCGACTCAACCGCCGCTCGCTTCCACACGCACGAGGTTGGTCCTAACCAGTG
TTGCTCCGCCGTAGTCCAAGAGATCTCCGCTCCAGTATCCACCGTATGGTCTGTCGTCAG
ACGCTTCGACAACCCGCAAGCTTACAAACACTTCCTTAAAAGCTGCAGCGTCATCGGTGG
AGACGGTGGTAACGTTGGTAGCCTACGCCAAGTCCATGTTGTCTCTGGCTTACCCGCCGC
GAGCTCCACCGAGCGTCTTGACATTCTTGATGATGAGCGTCACGTCATCAGCTTCAGCGT
CGTCGGTGGTGACCATAGGTTATCTAACTACAGATCCGTCACGACTCTTCACCCTTCTCC
GATCTCCGGGACCGTCGTTGTTGAGTCCTACGTCGTTGATGTGCCTCAAGGGAACACAAA
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AATAGCTGAAAATTCTGCGGCCGAGGTGAAGAAGAAGACATCCATGTGATGAGTGCGTTT
GGTCGTCTTTGAGTAGTTTGGTTAGATCCGACGTCGTTTCGTTGTTTTTAAGCCGTCGTG
TGATCTATGTTTTTACCGGCTTTTTGTGTGAAAAAATACATTAGTAAATTAATCTATCAT
ATGCATCATAATCTTGTTATC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BW76TF U 1
AF RR3BW76JQ C 166
BS 1 711 RR3BW76TF
BS 712 981 RR3BW76JQ

RD RR3BW76TF 718 0 0
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CACATCACATCTCTTCCTCCCTCAACATCTCCTCTTGAGTCCTTGAACCCTGGATTTTCT
CTTAACCCTAAAGAACGTTATCAAAGATTCATCAAGATTTTATAAAACAACAATATATCT
ATCGTCACCATAACTCAGATCGATCAACATGCTAGCCGTTCACCGCCCTTCTTCCGCCGT
ATCAAACGGCGACTCCATCCAGGTTCCGCTGATCGCCTCATTTCAAAAACGTTTCCCTTC
TCTCTCACGCGACTCAACCGCCGCTCGCTTCCACACGCACGAGGTTGGTCCTAACCAGTG
TTGCTCCGCCGTAGTCCAAGAGATCTCCGCTCCAGTATCCACCGTATGGTCTGTCGTCAG
ACGCTTCGACAACCCGCAAGCTTACAAACACTTCCTTAAAAGCTGCAGCGTCATCGGTGG
AGACGGTGGTAACGTTGGTAGCCTACGCCAAGTCCATGTTGTCTCTGGCTTACCCGCCGC
GAGCTCCACCGAGCGTCTTGACATTCTTGATGATGAGCGTCACGTCATCAGCTTCAGCGT
CGTCGGTGGTGACCATAGGTTATCTAACTACAGATCCGTCACGACTCTTCACCCTTCTCC
GATCTCCGGGACCGTCGTTGTTGAGTCCTACGTCGTTGATGTGCCTCAAGG
AACACAA

QA 1 711 1 711
DS 

RD RR3BW76JQ 816 0 0
AACAACAATATATCTATCGTCACCATAACTCAGATCGATCAACATGCTAGCCGTTCACCG
CCTTTCTTCCGCCGTATCAAACGGCGACTCCATCCAGGTTCCGCTGATCGCCTCATTTCA
AAAACGTTTCCCTTCTCTCTCACGCGACTCAACCGCCGCTCGCTTCCACACGCACGAGGT
TGGTCCTAACCAGTGTTGCTCCGCCGTAGTCCAAGAGATCTCCGCTCCAGTATCCACCGT
ATGGTCTGTCGTCAGACGCTTCGACAACCCGCAAGCTTACAAACACTTCCTTAAAAGCTG
CAGCGTCATCGGTGGAGACGGTGGTAACGTTGGTAGCCTACGCCAAGTCCATGTTGTCTC
TGGCTTACCCGCCGCGAGCTCCACCGAGCGTCTTGACATTCTTGATGATGAGCGTCACGT
CATCAGCTTCAGCGTCGTCGGTGGTGACCATAGGTTATCTAACTACAGATCCGTCACGAC
TCTTCACCCTTCTCCGATCTCCGGGACCGTCGTTGTTGAGTCCTACGTCGTTGATGTGCC
TCAAGGGAACACAAAGGAAGAGACATGCGACTTTGTGGACGTTATAGTACGATGCAATCT
CCAGTCACTTGCTAAAATAGCTGAAAATTCTGCGGCCGAGGTGAAGAAGAAGACATCCAT
GTGATGAGTGCGTTTGGTCGTCTTTGAGTAGTTTGGTTAGATCCGACGTCGTTTCGTTGT
TTTTAAGCCGTCGTGTGATCTATGTTTTTACCGGCTTTTTGTGTGAAAAAATACATTAGT
AAATTAATCTATCATATGCATCATAATCTTGTTATC

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL8856Contig1 914 2 10 U
GGATTGGGAGTTTCAGACTGATGGTTTGATACGCGTTACGGTCGCGGCTTCAGGTATGTT
GATGGTAAAAGGGACACCTTACCAGAATGTAGATGACTTAGGTGATAAAGAGGATGATTC
TGGACCTTTGATCTCTGAGAATGTGATGGGAGTCGTCCATGACCATTTCATAACGTTTCA
TTTAGACATGGACATTGATGGACCCACAAACAATTCTTTGGTTAAGGTTCATCTAGAGAA
GCAAAGAGTTCCAAATGGAAAATCTCCGAGGAAGAGTTACTGAAGGTCAAGAAATATGTA
GCCAAGACTGAGAAAGATGCCCAGATTAAGTTGAGCCTCTATGACCCATATGAATTCCAC
ATTGTGAACCCAAACCGTAAGTCTCGGTTAGGGAACCCAGCTGGTTACAGGATCATACCG
GGTGGGAATGCAGCGAGTTTGCTCGATCACGATGATCCTCCTCAGACTAGAGCTGCATTC
AGCAATAATCAGATATGGGTAACTCGGTATAACCGGTCAGAACAATTTGCTGGAGGAGTT
CTAGTGTACCAGAGCCACGGCGATGACACACTACAAGATTGGTCTGATCGAGATCGTTCC
ATCGAAAACAAGGACATAGTTTTGTGGTACACACTGGGATTCCATCACATACCTTGTCAA
GAAGACTATCCGGTTATGCCAACTGTAGCTGCTAGCTTTGAGCTTAAACCGGCCAATTTT
TTTGAATCCAATCCAGTTATTGGGGTTGCTCCCTTCTTCGAGAAAGATCTACCGGTCTGT
ATACCGTTTGCTTCATCTTGATCGATTTGTTTCGTATAGTCTTGGTAAGCCACGCTGTTG
AAATTTGTTTACCCTTTTGTAATAAAACCAACACGTCCAATAAGTAATTCTTAGAGAAAG
TCCATATTAGAGCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H041TF U 1
AF RR3H041JQ C 138
BS 1 147 RR3H041TF
BS 148 148 RR3H041JQ
BS 149 612 RR3H041TF
BS 613 613 RR3H041JQ
BS 614 659 RR3H041TF
BS 660 662 RR3H041JQ
BS 663 672 RR3H041TF
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BS 674 703 RR3H041TF
BS 704 914 RR3H041JQ

RD RR3H041TF 703 0 0
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GATGGTAAAAGGGACACCTTACCAGAATGTAGATGACTTAGGTGATAAAGAGGATGATTC
TGGACCTTTGATCTCTGAGAATGTGATTGGAGTCGTCCATGACCATTTCATAACGTTTCA
TTTAGACATGGACATTGATGGACCCACAAACAATTCTTTGGTTAAGGTTCATCTAGAGAA
GCAAAGAGTTCCAAATGGAAAATCTCCGAGGAAGAGTTACTGAAGGTCAAGAAATATGTA
GCCAAGACTGAGAAAGATGCCCAGATTAAGTTGAGCCTCTATGACCCATATGAATTCCAC
ATTGTGAACCCAAACCGTAAGTCTCGGTTAGGGAACCCAGCTGGTTACAGGATCATACCG
GGTGGGAATGCAGCGAGTTTGCTCGATCACGATGATCCTCCTCAGACTAGAGCTGCATTC
AGCAATAATCAGATATGGGTAACTCGGTATAACCGGTCAGAACAATTTGCTGGAGGAGTT
CTAGTGTACCAGAGCCACGGCGATGACACACTACAAGATTGGTCTGATCGAGATCGTTCC
ATCGAAAACAAG*ACATAGTTTTGTGGTACACACTGGGATTCCATCACATACCTTGTCA*
*GAGACTATCCG*TTATGCCAACTGTAGCTGCTAGCTTTGAGC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3H041JQ 777 0 0
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ATGGACCCACAAACAATTCTTTGGTTAAGGTTCATCTAGAGAAGCAAAGAGTTCCAAATG
GAAAATCTCCGAGGAAGAGTTACTGAAGGTCAAGAAATATGTAGCCAAGACTGAGAAAGA
TGCCCAGATTAAGTTGAGCCTCTATGACCCATATGAATTCCACATTGTGAACCCAAACCG
TAAGTCTCGGTTAGGGAACCCAGCTGGTTACAGGATCATACCGGGTGGGAATGCAGCGAG
TTTGCTCGATCACGATGATCCTCCTCAGACTAGAGCTGCATTCAGCAATAATCAGATATG
GGTAACTCGGTATAACCGGTCAGAACAATTTGCTGGAGGAGTTCTAGTGTACCAGAGCCA
CGGCGATGACACACTACAAGATTGGTCTGATCGAGATCGTTCCATCGAAAACAAGGACAT
AGTTTTGTGGTACACACTGGGATTCCATCACATACCTTGTCAAGAAGACTATCCGGTTAT
GCCAACTGTAGCTGCTAGCTTTGAGCTTAAACCGGCCAATTTTTTTGAATCCAATCCAGT
TATTGGGGTTGCTCCCTTCTTCGAGAAAGATCTACCGGTCTGTATACCGTTTGCTTCATC
TTGATCGATTTGTTTCGTATAGTCTTGGTAAGCCACGCTGTTGAAATTTGTTTACCCTTT
TGTAATAAAACCAACACGTCCAATAAGTAATTCTTAGAGAAAGTCCATATTAGAGCC

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL8857Contig1 1010 2 2 U
GGAACCAAGACCAATACACTTTTACCTTCAAACATCTGGGAAAAAAGCTTTCGATAGAAA
CCAAACCCTAAGTACGACGGATCTCCCCGGTGCCAGTAGCCGTAACCGGTGTCGGAGGCC
TCTCTTCCCCCTCCTCTCGTTTTCCCCTTTGCCTCCTCTGTATCTTCTAATTCCCGGCGA
TATGCTTGCGGTTGTGGTGCTCATCGGAGGTCCCTGACGGAAGCTCTGTCCGCGGCGGAG
AAAAAATTGGACGACTGAAGATGGATCTGGAGCTTCCAATCTAAGGAGACATAGGTTTTA
TACAGTCTGCGATGAATCTAGATACTTGGTAGTACGAAACGTGCCGGCTTTAAGGTGTGG
TGATGATCTCATGAGATTGTTTTCTACTTACGGAGAAGAATGTAAACCAATGGATGCTGA
AGACTGTGACGAGTTTACTGATGTCTATTGGATCAAGTTCTGTCTCATCGCTAATTCCAG
GTTTCGCTTCCCTGTTTCTCTTTGGTGATCAAATCCTCTTTTGTTTGATTTTCCAAACTC
AATTGAAATTCATTTTACTCTTCTGTCTTTTTTTTAGTCTTATCAGATCATAGGATTGTT
CTTTTTTTCGTTTTAGCAGCTATCTTGTCGCTGCATTCTAGTATACTCTTCTCTTTTACT
CATGAGTCGAGTATTAAAATTGTGTGAAATTTTTCAAAGACAGAAGATGTCTGCCTGCAT
GAGTGTTATACTCTTGGTTCTGAGACTAAACCTGTCTAACTATATATTGTCCCTACTTTT
GGTCCCAAGAGGAATAGTTTGTTAGTTAATGGTATAGTTCTGTTTGATAGATTTGCAAAG
AGGAAGTTGGATGACTCAGTTTTCTTGGGAAATCGGCCCCAGATTTCATATGCTCCCGAG
TTCGAGAGCCTTAGTGACACCAAGGATAAGTTGGAAACAAGGAGGAAAGAAGTGATTTCA
ATATCCAACCGTAAGCTTTTTTGCTTTCCCCCCTCAGGTAGTCTTTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EK04TF U 1
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QA 16 852 16 852
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3EW70TF U 1
AF RR3EW70JQ C 1
BS 1 544 RR3EW70TF
BS 545 657 RR3EW70JQ

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GTCT

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GGTGGACCAACACACTTCTACGAGGAAGCGGTTCGTGTCTCCTTTGGATGCTCGAGTAGA
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TCAAGAGCCTAGTAATCCTCTGCTTCTCGCTAACTATGCTCAGTTCCTTTACATCGTCTC
TAATGACTATGACAGAGCAGAAGAGTACTTCAAGAGAGCGGTAGGAGTGGAACCGAAAGA
CGCAGAGGCCCTGAGCAAATACGCCACGTTCTTATGGAGAGCACGGGACGATCTTTGGGC
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TTCTATACCAGCTAATAAATATATATAAATATAGATATGTGCATATTGATGATGTAG

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DS 



AS 1 2

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TAATTCTCTGTCTGGTTCATGTAAAAGAGTCTTGTTTATGCGC


BQ
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AF RR3H621JQ C 1
AF RR3H621TF U 40
BS 1 39 RR3H621JQ
BS 40 583 RR3H621TF

RD RR3H621JQ 583 0 0
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GTTGCGAAGGCTTACCGCGTTCGTCAAGGACGTGCTTTCTGTTCCTCCTCCTCAGCTCCC
AATCCTATCGGTGACGAAGGAGGAAATTCTATTGTCAGGTATCTCGTAAGTCGAGGTGTG
ATAATGCTAGCGGGATTCGGCGCAGGTAGTTACAAGTCGGGAGAGAGAGTCGCCAAATAT
GAGGAGACGATAAAAGCGATTGACAATGAGGCTTGGGATATCTTGGCGCAGCAGCAAGCG
CTGTTGACCATGTACATGTCCAAAAAATCCTAGTTATCTTATGGTCATCGTTCGTGGAGG
TGCACCAAAAACAAAGCCAAGCTTCTATTTTAGGTTCCATAGTTTGTCTCTCTTTATGTG
TCACTTTATGTCTGGTGGTTCATGTTAACAGAGTTTACTTATGCGCATGGTTTCCATGGA
TTTCTTCTCTCTCTAGTGATATTTTGGGTCTCTATATATATAGTTCCGTCTCCCTCATTG
TAATTCTCTGTCTGGTTCATGTAAAAGAGTCTTGTTTATGCGC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3H621TF 544 0 0
ATGCCGAACCTGAGATCTTTGGTTGCGAAGGCTTACCGCGTTCGTCAAGGACGTGCTTTC
TGTTCCTCCTCCTCAGCTCCCAATCCTATCGGTGACGAAGGAGGAAATTCTATTGTCAGG
TATCTCGTAAGTCGAGGTGTGATAATGCTAGCGGGATTCGGCGCAGGTAGTTACAAGTCG
GGAGAGAGAGTCGCCAAATATGAGGAGACGATAAAAGCGATTGACAATGAGGCTTGGGAT
ATCTTGGCGCAGCAGCAAGCGCTGTTGACCATGTACATGTCCAAAAAATCCTAGTTATCT
TATGGTCATCGTTCGTGGAGGTGCACCAAAAACAAAGCCAAGCTTCTATTTTAGGTTCCA
TAGTTTGTCTCTCTTTATGTGTCACTTTATGTCTGGTGGTTCATGTTAACAGAGTTTACT
TATGCGCATGGTTTCCATGGATTTCTTCTCTCTCTAGTGATATTTTGGGTCTCTATATAT
ATAGTTCCGTCTCCCTCATTGTAATTCTCTGTCTGGTTCATGTAAAAGAGTCTTGTTTAT
GCGC

QA 1 544 1 544
DS 



AS 1 2

CO CL8860Contig1 716 2 2 U
GGGCGTCTTCGCTCTCCTTCTTCCGCGACTTCGTTTACCTTCAGTTTCTCTATTGCCAAA
CCTTCATTTTCTCCTTCTCTTCTTCGCCTGAGTTCACTCCTTACAGACGAAATTGGACAG
AGCCTTACGTACAGACGAAATCGGACAGAGTTCGGATCGATAACACGGAGTCGTACGAAT
TACTTCGTCGGCCACATGTTTCATGCAGAGAATCATAAGACGAGAAGATTCCCAGAGAGA
GAGAGGTTCTTTTACAACGTATGTGAGTCCCTTCTCTCTCTCTCTGTAAACCCTAACCGC
AAGAACGATGCCAGGTCCCTGAAACGAGCTCTCGATCTCGTCTCCCCTGTCCATGGCCAA
TTCCCTCCTCCTGATGCTGAAGCATTGCATTCCAAGGTGGACGAGGACGAGAAGAATCTC
GTTACCAAACCCGCCGTCGTCAAGGGCGTTCTCCTTCAGCAGACTCTTCAGGCCATCGTC
TCCGTTATTCTCTTCAAGCTCAGAGAGCAGAAAAGAAAAGCAGTAGTTTTAATGGAGATG
AGGACTTCAGGAGGAGTAACCAGTGCTCCTTGAGTTATCGTGAGTTTCACTTCTTGTTCT
TAGGAACCTCGTTTTTGCTCCGAAAGTTACACATCCTTTGTTGTTTAGGATGATAGGTCT
GAAAATTTCAGATAAACTCTTGAGTAGGAAATTATAAACTTCATACAGGAACAGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GA12TF U 1
AF RR3GA12JQ C 184
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BS 716 716 RR3GA12JQ

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GAGAGGTTCTTTTACAACGTATGTGAGTCCCTTCTCTCTCTCTCTGTAAACCCTAACCGC
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TAGGAACCTCGTTTTTGCTCCGAAAGTTACACATCCTTTGTTGTTTAGGATGATAGGTCT
GAAAATTTCAGATAAACTCTTGAGTAGGAAATTATAAACTTCATACAGGAACAGA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3GA12JQ 533 0 0
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GAACCTCGTTTTTGCTCCGAAAGTTACACATCCTTTGTTGTTTAGGATGATAGGTCTGAA
AATTTCAGATAAACTCTTGAGTAGGAAATTATAAACTTCATACAGGAACAGAC

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 2

CO CL8861Contig1 454 2 1 U
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CTGTGTTGGGTCAAAGGCCAATTGAAGAATGAGATTTCTCCTTTACGAATCTTCTCAGAC
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TCATTGGGATGATTTTAATACTTTCACCTAAAGCATGCTTATCGTTCTGATTAATTGAAT
TTTCTGCATTGTGGTATATGATAGCATTTATCAC


BQ
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AF RR3EO33JQ C 1
AF RR3EO33TF U 1
BS 1 454 RR3EO33TF

RD RR3EO33JQ 454 0 0
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TTTTAATCATGGCCAATCAGAAAGGCGCTCTCGAAGGCTTTTACAGACTGATCATGCGCC
GTAACTCCGTTTACGTTTCCTTCATCATCGCCGGCGCTTTTTTCGGCGAACGGGCTGTGG
ATTACGGTGTTCATAAGCTCTGGGAAAGCAAGAATGTTGGGAAACGGTACGAAGACATTT
CTGTGTTGGGTCAAAGGCCAATTGAAGAATGAGATTTTTCCTTTACGAATTTTTTCAGAC
TAAAAGAAAGAAATGAAAATTTCCTTGTTGTTTTGCAAGTTTTTTTTCTTGTTCAATAAA
TCATTGGGATGATTTTAATACTTTCACCTAAAGCATGCTTATCGTTTTGATTAATTGAAT
TTTTTGCATTGTGGTATATGATAGCATTTATCAC

QA 1 454 1 454
DS 

RD RR3EO33TF 454 0 0
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TTTTAATCATGGCCAATCAGAAAGGCGCTCTCGAAGGCTTTTACAGACTGATCATGCGCC
GTAACTCCGTCTACGTCTCCTTCATCATCGCCGGCGCTTTCTTCGGCGAACGGGCTGTGG
ATTACGGTGTTCATAAGCTCTGGGAAAGCAAGAATGTTGGGAAACGGTACGAAGACATCT
CTGTGTTGGGTCAAAGGCCAATTGAAGAATGAGATTTCTCCTTTACGAATCTTCTCAGAC
TAAAAGAAAGAAATGAAAATTTCCTTGTTGTTTTGCAAGTCTCTTCTCTTGTTCAATAAA
TCATTGGGATGATTTTAATACTTTCACCTAAAGCATGCTTATCGTTCTGATTAATTGAAT
TTTCTGCATTGTGGTATATGATAGCATTTATCAC

QA 1 454 1 454
DS 



AS 1 2

CO CL8862Contig1 1106 2 2 U
GGGACCAAGGAGATCCATGGAAGACGAACACATTTGCATTGACGACCTATCTTCTCGTGT
TGCGTCTCTTCATGACTTGCCAAAGCCCACTGCTTTCTATGCGGTTTTTGATGGTCATGG
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TAAGTTTCCACAAACATCGAAAGTGAACAATATCTATGTAGAAGAAGTCAAGAGTTCTTT
GAGGAACGCGTTTCTTCAAGCCGATTTTGCTTTAGCAGAGGACCGTAGCATCAACCCTTC
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AGGGGATTGCAGAGCTGTTCTCTGTAGGAACGGTGAAGCCATAGACATGTCTCAAGACCA
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CGGTTACTTAAACGGTATTTTATCAGTCACACGAGCTCTTGGCGACTGGGACATGAAACT
ACCACGAGGCTCACGATCTCCACTCATAGCAGAGCCGGAGATCAAACAGATACGTTTGAC
TGAGGAAGACGAGTTTCTGATAATGGGATGCGACGGGATATGGGATGTGTTGACGAGTCA
AGAAGCCGTTAGTATCGTCAGGCGTGGATTACGCCGTCACGATGATCCGATGAGAAGTGC
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TGTTTGTTTCTTGCCGGCGGTGGCGGTGGCGGTGGCGGATCCTACGGTGGAGAAGCAACG
GTGTTGTAGTTTGACGGCAGATGCTTTTCAGAGCTTGAGGGCCTTATTGGACGGCTGAAT
TGAAAAGATGATGACGTTCCCTTTTGTGTTCTTGGCTGATCTTTTTTTTTTGTTGCTTTT
GTATATATGTTGCATGTATGTAACTTCAAGTGTCTTACGTATTTGCTCCACTTTTTGTAA
GCTAGCGGTTATTTGTTTCTTGCATGGATTCAAGGCTGTGTATTTTGTGAAGCAGCCATG
TAAACTCTCGTAATCATCTTTTCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EH46TF U 1
AF RR3EH46JQ C 340
BS 1 684 RR3EH46TF
BS 685 1106 RR3EH46JQ

RD RR3EH46TF 684 0 0
GGGACCAAGGAGATCCATGGAAGACGAACACATTTGCATTGACGACCTATCTTCTCGTGT
TGCGTCTCTTCATGACTTGCCAAAGCCCACTGCTTTCTATGCGGTTTTTGATGGTCATGG
AGGACCAGAAGCAGCAGCTTACGTAAGGAAAAACGCAATTAAGCTATTCTTCGAAGACCA
TAAGTTTCCACAAACATCGAAAGTGAACAATATCTATGTAGAAGAAGTCAAGAGTTCTTT
GAGGAACGCGTTTCTTCAAGCCGATTTTGCTTTAGCAGAGGACCGTAGCATCAACCCTTC
TTCTGGTACAACGGCTCTTGCTGCCTTTATATTTGGAAGACACTTAATAGTGGCAAATGC
AGGGGATTGCAGAGCTGTTCTCTGTAGGAACGGTGAAGCCATAGACATGTCTCAAGACCA
CAGACCAATCTACTTACCCGAGAGAAAAAGAGTGGAAGCGTGTGGCGGCTTCGTCGAAGA
CGGTTACTTAAACGGTATTTTATCAGTCACACGAGCTCTTGGCGACTGGGACATGAAACT
ACCACGAGGCTCACGATCTCCACTCATAGCAGAGCCGGAGATCAAACAGATACGTTTGAC
TGAGGAAGACGAGTTTCTGATAATGGGATGCGACGGGATATGGGATGTGTTGACGAGTCA
AGAAGCCGTTAGTATCGTCAGGCG

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3EH46JQ 767 0 0
ACACTTAATAGTGGCAAATGCAGGGGATTGCAGAGCTGTTCTCTGTAGGAACGGTGAAGC
CATAGACATGTCTCAAGACCACAGACCAATCTACTTACCCGAGAGAAAAAGAGTGGAAGC
GTGTGGCGGCTTCGTCGAAGACGGTTACTTAAACGGTATTTTATCAGTCACACGAGCTCT
TGGCGACTGGGACATGAAACTACCACGAGGCTCACGATCTCCACTCATAGCAGAGCCGGA
GATCAAACAGATACGTTTGACTGAGGAAGACGAGTTTCTGATAATGGGATGCGACGGGAT
ATGGGATGTGTTGACGAGTCAAGAAGCCGTTAGTATCGTCAGGCGTGGATTACGCCGTCA
CGATGATCCGATGAGAAGTGCCAGAGAGCTTGCTTTGGAGGCTTTGAGGCTTGACACGTT
TGATAACCTAACTGTGGTTGTTGTTTGTTTCTTGCCGGCGGTGGCGGTGGCGGTGGCGGA
TCCTACGGTGGAGAAGCAACGGTGTTGTAGTTTGACGGCAGATGCTTTTCAGAGCTTGAG
GGCCTTATTGGACGGCTGAATTGAAAAGATGATGACGTTCCCTTTTGTGTTCTTGGCTGA
TCTTTTTTTTTTGTTGCTTTTGTATATATGTTGCATGTATGTAACTTCAAGTGTCTTACG
TATTTGCTCCACTTTTTGTAAGCTAGCGGTTATTTGTTTCTTGCATGGATTCAAGGCTGT
GTATTTTGTGAAGCAGCCATGTAAACTCTCGTAATCATCTTTTCTCC

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL8863Contig1 1205 2 4 U
GAGAGATCCGACACGATCCTCCTCAAGTTCCTCCGTGCGAGAGACTTCAAGGTCAAGGAA
GCCCTAACCATGCTGAAAAACACCGTCCAGTGGCGTAAAGATAACAAAATCGACGACCTC
CTCGAATCCGAATCCGGAGAAGAGGCCAGCGAGTTCGAGAAGATGGTGTTCGCTCACGGG
GTCGACAAGGAAGGCCACGTCGTGATCTACAGCTCATACGGCGAGTTCCAGAACAAGGAG
CTTTTCTCCGACAAGGAGAAGCTCAACAAGTTCCTCAACTGGAGGATTCAGCTGCAAGAG
AAGTGCGTGAGGGCTCTTGACTTCAGCAGCCCTGATGCTAAGTCTTCGTTTGTGTTCGTC
AGCGACTTCAGGAACGCTCCTGGACTCGGCAAGAGAGCATTGTGGCAGTTCATCAGACGC
GCCGTTAAGCAGTTCGAGGACAATTATCCAGAGTTCGTCACTAGAGAGTTGTTCATCAAT
GTTCCATGGTGGTACATTCCTTACTACAAAACATTCGGATCTATCATCACATCGCCAAGG
ACTAGGAGCAAGATGGCACTTGCTGGTCCAGCCAAATCTGCTGATACAATATTCAAATAC
ATAGCTCCTGAACAGGTCCCTGTTAAATATGGTGGACTTAGCGATGATATTGGAGGCACC
GTAACCGACGCCATCGTTAAACCAGCAGCCAAATACACAATCGAATTGCCTGCTTCTGAG
GCTTGCACGCTCTCATGGGAGCTTAGGGTTTTGGGTGCAGATGTGACTTATGGAGCACAG
TTTGAGCCGACCGCAGAGGGGAGCTATGATGTGATCGTCTTTAAGAACCGAAAGATTGGT
TTAACTGACGAACCGGTGATAACTGGTTCTTTTAAGGTTGGTGAACCGGGAAAGATTGTG
ATCACAATCGATAACCAGACTTCCAAGAAAAAGAAAGTGCTCTACCGGTTCAAATCTCAA
CCAAGGTTTGATATTTGAAAATGTGTTACCATACTTTACTTGTCAGAACCCAAATCAAAG
GAAGAAGAATAATGGTTATTTTTGTTATTTGTGGAACAAATCTTTAATTTATTTGATTTA
CTTTATTTAATATGTAATTTTGAATGATCATAAGGTGGTTTTGTGTTTTGCTTTGTTTAT
TGGGGGATTATGTGTGTGTGTGGTTCTATGTGATAAATATTTAAAAGAAAAAACACTTTT
TCTTT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3CH02TF U 1
AF RR3CH02JQ C 413
BS 1 720 RR3CH02TF
BS 721 721 RR3CH02JQ
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BS 743 1205 RR3CH02JQ

RD RR3CH02TF 742 0 0
GAGAGATCCGACACGATCCTCCTCAAGTTCCTCCGTGCGAGAGACTTCAAGGTCAAGGAA
GCCCTAACCATGCTGAAAAACACCGTCCAGTGGCGTAAAGATAACAAAATCGACGACCTC
CTCGAATCCGAATCCGGAGAAGAGGCCAGCGAGTTCGAGAAGATGGTGTTCGCTCACGGG
GTCGACAAGGAAGGCCACGTCGTGATCTACAGCTCATACGGCGAGTTCCAGAACAAGGAG
CTTTTCTCCGACAAGGAGAAGCTCAACAAGTTCCTCAACTGGAGGATTCAGCTGCAAGAG
AAGTGCGTGAGGGCTCTTGACTTCAGCAGCCCTGATGCTAAGTCTTCGTTTGTGTTCGTC
AGCGACTTCAGGAACGCTCCTGGACTCGGCAAGAGAGCATTGTGGCAGTTCATCAGACGC
GCCGTTAAGCAGTTCGAGGACAATTATCCAGAGTTCGTCACTAGAGAGTTGTTCATCAAT
GTTCCATGGTGGTACATTCCTTACTACAAAACATTCGGATCTATCATCACATCGCCAAGG
ACTAGGAGCAAGATGGCACTTGCTGGTCCAGCCAAATCTGCTGATACAATATTCAAATAC
ATAGCTCCTGAACAGGTCCCTGTTAAATATGGTGGACTTAGCGATGATATTGGAGGCACC
GTAACCGACGCCATCGTTAAACCAGCAGCCAAATACACAATCGAATTGCCTGCTTCTGAG
*CTTGCACGCTCTCATGGGAGC

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3CH02JQ 793 0 0
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TCATCAATGTTCCATGGTGGTACATTCCTTACTACAAAACATTCGGATCTATCATCACAT
CGCCAAGGACTAGGAGCAAGATGGCACTTGCTGGTCCAGCCAAATCTGCTGATACAATAT
TCAAATACATAGCTCCTGAACAGGTCCCTGTTAAATATGGTGGACTTAGCGATGATATTG
GAGGCACCGTAACCGACGCCATCGTTAAACCAGCAGCCAAATACACAATCGAATTGCCTG
CTTCTGAGGCTTGCACGCTCTCATGGGAGCTTAGGGTTTTGGGTGCAGATGTGACTTATG
GAGCACAGTTTGAGCCGACCGCAGAGGGGAGCTATGATGTGATCGTCTTTAAGAACCGAA
AGATTGGTTTAACTGACGAACCGGTGATAACTGGTTCTTTTAAGGTTGGTGAACCGGGAA
AGATTGTGATCACAATCGATAACCAGACTTCCAAGAAAAAGAAAGTGCTCTACCGGTTCA
AATCTCAACCAAGGTTTGATATTTGAAAATGTGTTACCATACTTTACTTGTCAGAACCCA
AATCAAAGGAAGAAGAATAATGGTTATTTTTGTTATTTGTGGAACAAATCTTTAATTTAT
TTGATTTACTTTATTTAATATGTAATTTTGAATGATCATAAGGTGGTTTTGTGTTTTGCT
TTGTTTATTGGGGGATTATGTGTGTGTGTGGTTCTATGTGATAAATATTTAAAAGAAAAA
ACACTTTTTCTTT

QA 1 793 1 793
DS 



AS 1 2

CO CL8864Contig1 410 2 1 U
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AAGATGAAAAAATCCCTTCAACTCTCGTTTACGTTCTTAATTATCTTCATCATTCTCTCA
CAAGGAATGATGGCAGATGCGCAGAAAAAGAATTGTCCTCAAATTCCAGTAAAAGGAAGC
TATTGTATCCCAACTGAATGTTCGAAAATGTGTAAGAAGCAACATGGAACTGTTGGTAGT
TGTGTGGAAACAAAAATGTGTAAATGCTTTTGTAAGTAAGGGTTCTCGCTAAGTGTTATG
AATCTAATAATATCCAACCAAAGCTTTATATTATTTCTTTTCACAATAAATGTCTAAGTG
TTTGTATCAGATTTTTCTATCTATTTATAATAAAAAATAATACGAATGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GN78JQ C 1
AF RR3GN78TF U 1
BS 1 410 RR3GN78TF

RD RR3GN78JQ 410 0 0
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AAGATGAAAAAATCCCTTCAACTCTCGTTTACGTTTTTAATTATCTTCATCATTCTCTCA
CAAGGAATGATGGCAGATGCGCAGAAAAAGAATTGTCCTCAAATTCCAGTAAAAGGAAGC
TATTGTATCCCAACTGAATGTTCGAAAATGTGTAAGAAGCAACATGGAACTGTTGGTAGT
TGTGTGGAAACAAAAATGTGTAAATGCTTTTGTAAGTAAGGGTTCTCGCTAAGTGTTATG
AATCTAATAATATCCAACCAAAGCTTTATATTATTTCTTTTCACAATAAATGTCTAAGTG
TTTGTATCAGATTTTTCTATCTATTTATAATAAAAAATAATACGAATGTT

QA 1 410 1 410
DS 

RD RR3GN78TF 410 0 0
GGAGTATACTTCATCTCTTTCCTAAATTATTAACTCAATATCAATCCAATTCTATAATTC
AAGATGAAAAAATCCCTTCAACTCTCGTTTACGTTCTTAATTATCTTCATCATTCTCTCA
CAAGGAATGATGGCAGATGCGCAGAAAAAGAATTGTCCTCAAATTCCAGTAAAAGGAAGC
TATTGTATCCCAACTGAATGTTCGAAAATGTGTAAGAAGCAACATGGAACTGTTGGTAGT
TGTGTGGAAACAAAAATGTGTAAATGCTTTTGTAAGTAAGGGTTCTCGCTAAGTGTTATG
AATCTAATAATATCCAACCAAAGCTTTATATTATTTCTTTTCACAATAAATGTCTAAGTG
TTTGTATCAGATTTTTCTATCTATTTATAATAAAAAATAATACGAATGTT

QA 1 410 1 410
DS 



AS 1 2

CO CL8865Contig1 470 2 9 U
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GTTTGTGGAACTTTTTTTAATTCTTATTTTCTCTTATGGTTTTTCAAAGCCGTGCTAGGC
TTGATATATCAATAGGGTATGCGTCAAAAGGCGACTGTGCGGTGTACGATCTCCTGGCGA
TAACCACGTTTGCGGCTTCGGTCGGATGAAAAGCGTCCCAAAATACATATGCGTTTCGGT
TTCCGCATGGTCTTTGTCCCGGTAAACATGTGATCTGACCAGCATTTCTTCCGATACCAC
AACACCCTGCGTTTGTCGTTGTAAACCCAAATCTAAAGGGGTTTGTGATCATGCCCTGGA
AAATGCCATAAGCATTGATGTAAGTAAACCTTGCATCAGGATGATTGTTGTTGAGCTGAT
CAACCATAAATCTTAGCTTGTTGTTGAAAATTTGGTTCGCTGAGTTAATT


BQ
10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F406JQ U 1
AF RR3EV18JQ U 3
BS 1 48 RR3F406JQ
BS 49 49 RR3EV18JQ
BS 50 146 RR3F406JQ
BS 147 147 RR3EV18JQ
BS 148 335 RR3F406JQ
BS 336 336 RR3EV18JQ
BS 337 353 RR3F406JQ
BS 354 354 RR3EV18JQ
BS 355 470 RR3F406JQ

RD RR3F406JQ 470 0 0
GTAATAACGTTATGCTTGATTTTATATGAAAAGATGGTACATGATGAAGATCACATATTA
GTTTGTGGAACTTTTTTTAATTCTTATTTTCTCTTATGGTTTTTCAAAGCCGTGCTAGGC
TTGATATATCAATAGGGTATGCGTCAGAAGGCGACTGTGCGGTGTACGATCTCCTGGCGA
TAACCACGTTTGCGGCTTCGGTCGGATGAAAAGCGTCCCAAAATACATATGCGTTTCGGT
TTCCGCATGGTCTTTGTCCCGGTAAACATGTGATCTGACCAGCATTTCTTCCGATACCAC
AACACCCTGCGTTTGTCGTTGTAAACCCAAATCTAGAGGGGTTTGTGATCATGTCCTGGA
AAATGCCATAAGCATTGATGTAAGTAAACCTTGCATCAGGATGATTGTTGTTGAGCTGAT
CAACCATAAATCTTAGCTTGTTGTTGAAAATTTGGTTCGCTGAGTTAATT

QA 1 470 1 470
DS 

RD RR3EV18JQ 429 0 0
AATAACGTTATGCTTGATTTTATATGAAAAGATGGTACATGATGAAAATCACATATTAGT
TTGTGGAACTTTTTTTAATTCTTATTTTCTCTTATGGTTTTTCAAAGCCGTGCTAGGCTT
GATATATCAATAGGGTATGCGTCAAAAGGCGACTGTGCGGTGTACGATCTCCTGGCGATA
ACCACGTTTGCGGCTTCGGTCGGATGAAAAGCGTCCCAAAATACATATGCGTTTCGGTTT
CCGCATGGTCTTTGTCCCGGTAAACATGTGATCTGACCAGCATTTCTTCCGATACCACAA
CGCCCTGCGTTTGTCGTTGTAAACCCAAATCTAAAGGGGTTTGTGATCATGCCCTGGAAA
ATGCCATAAGCATTGATGTAAGTAAACCTTGCATCAGGATGATTGTTGTTGAGCTGATCA
ACCATA
GAT

QA 1 426 1 426
DS 



AS 1 2

CO CL8866Contig1 985 2 4 U
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CTCTCTCTCTCACACAAGAAAACTCATCAAGACACTGCCTCTTTCTGAATTCGTTTCGAT
TAAACTGTTCATCGCGAGATCTTTCCGGTGAAACCTATGGCGAACATGAACACTCTTCAA
CAGATGATCTTTCCTGACGAGAACGCTCCGATTCATCGCAAAAGGACCGTTACTGGTGCG
TCTGTGAAAAGTACCAAAAGAACTGTTCTTGGTCAGAAGAAACTTGGAGGAGCTCGTAAG
GCTCTGAATGATATCACAAACAAGTCTGGTGTTCAACCCAAAGCTTCTTCTAAGAACAAG
CAGATCGCTTCTACTGCTGCAACTGCTGTCAAGGGAGAAGTCAACATAGCTGGAGAGATG
TTCTTGCATGATCACAGCAAGTGCATCAAAGAGCAGCAGAGTCTCTGGGACGATCACTTC
TCTGCTGATATTCTACTCCACCATGATTCTTCCAGCATCAAGGAGAAGCATCTCAAGTAT
GACACAGAGATGATGGATGCTAAGAACAACCTGACTTGTGACGAACCAGAAGAGATTCCA
TCTCCCAAGCTGACTGATTGGCTCAAGAGCTCAACTCCATGGCGCTCCCCAGTCCGTCAT
GGCTCTATGATGATGCCTTCCACTCCTCTGGCTTGGCGGTTTGATTCTGATGAATTCACT
CTCAAGGAAGACTATGACGACCTCTTCTGAATGTCTGTTTCTTACTAATGTCTTTGAAAG
CTTTTTTTTTTTTTGATCAAATGTCTTTGAAAGCTTTTTCATCCTTCAGATGAAGTCGTA
GTACTAGCAGTTCTGTTTCAGCGCAACTATCTTTTGTGTTTCAGCTCATTAATGCTTCAG
TTCCTCATGTACTTAACAACTCTGTGTCCATTCACTCTGTAACTGATTTGGAATCTTTTT
CTAGCGTATGAGCATTTTCATTCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FY48TF U 1
AF RR3FY48JQ C 313
BS 1 701 RR3FY48TF
BS 702 702 RR3FY48JQ
BS 703 722 RR3FY48TF
BS 723 985 RR3FY48JQ

RD RR3FY48TF 722 0 0
GGGGCTCTCTTCCTTAAACATCGATAAAAGCAAAGAACAAGATCGAAAAATTAACGCCTT
CTCTCTCTCTCACACAAGAAAACTCATCAAGACACTGCCTCTTTCTGAATTCGTTTCGAT
TAAACTGTTCATCGCGAGATCTTTCCGGTGAAACCTATGGCGAACATGAACACTCTTCAA
CAGATGATCTTTCCTGACGAGAACGCTCCGATTCATCGCAAAAGGACCGTTACTGGTGCG
TCTGTGAAAAGTACCAAAAGAACTGTTCTTGGTCAGAAGAAACTTGGAGGAGCTCGTAAG
GCTCTGAATGATATCACAAACAAGTCTGGTGTTCAACCCAAAGCTTCTTCTAAGAACAAG
CAGATCGCTTCTACTGCTGCAACTGCTGTCAAGGGAGAAGTCAACATAGCTGGAGAGATG
TTCTTGCATGATCACAGCAAGTGCATCAAAGAGCAGCAGAGTCTCTGGGACGATCACTTC
TCTGCTGATATTCTACTCCACCATGATTCTTCCAGCATCAAGGAGAAGCATCTCAAGTAT
GACACAGAGATGATGGATGCTAAGAACAACCTGACTTGTGACGAACCAGAAGAGATTCCA
TCTCCCAAGCTGACTGATTGGCTCAAGAGCTCAACTCCATGGCGCTCCCCAGTCCGTCAT
GGCTCTATGATGATGCCTTCCACTCCTCTGGCTTGGCGGTT*GATTCTGATGAATTCACT
CT

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3FY48JQ 673 0 0
ATCACAAACAAGTCTGGTGTTCAACCCAAAGCTTCTTCTAAGAACAAGCAGATCGCTTCT
ACTGCTGCAACTGCTGTCAAGGGAGAAGTCAACATAGCTGGAGAGATGTTCTTGCATGAT
CACAGCAAGTGCATCAAAGAGCAGCAGAGTCTCTGGGACGATCACTTCTCTGCTGATATT
CTACTCCACCATGATTCTTCCAGCATCAAGGAGAAGCATCTCAAGTATGACACAGAGATG
ATGGATGCTAAGAACAACCTGACTTGTGACGAACCAGAAGAGATTCCATCTCCCAAGCTG
ACTGATTGGCTCAAGAGCTCAACTCCATGGCGCTCCCCAGTCCGTCATGGCTCTATGATG
ATGCCTTCCACTCCTCTGGCTTGGCGGTTTGATTCTGATGAATTCACTCTCAAGGAAGAC
TATGACGACCTCTTCTGAATGTCTGTTTCTTACTAATGTCTTTGAAAGCTTTTTTTTTTT
TTGATCAAATGTCTTTGAAAGCTTTTTCATCCTTCAGATGAAGTCGTAGTACTAGCAGTT
CTGTTTCAGCGCAACTATCTTTTGTGTTTCAGCTCATTAATGCTTCAGTTCCTCATGTAC
TTAACAACTCTGTGTCCATTCACTCTGTAACTGATTTGGAATCTTTTTCTAGCGTATGAG
CATTTTCATTCCT

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL8867Contig1 866 2 2 U
GGAAATGGAAGGATGGGATCCGAGCACGAAGTCGACGCTAACGCGGATCCCTCTTCTGAC
AACAAAAGCGGGACCAAGAGACGGCGATGCATGGAAACAGAGGCTTAAAGAGGAGTACAA
GTCACTGATCGCGTATACACAGATGAACAAGTCCTACGACAATGACTGGTTCCGCATCTC
CGCCTCTAACCCCGAAGGTACGCGTTGGACTGGCAAGTGTTGGTACGTTCACAACCTCCT
CAAATACGAGTTCGATCTCCAATTCGATATCCCCGTCACCTACCCTGCAACTGCTCCCGA
GCTTGAGTTGCCTCAGATTGACGGCAAAACCCAAAAGGTTAGGGCGGCTTTCTAGGTTTC
TTCTCTATTTGAGTTTGGTCTGTCTTTAATTGATCTTTTTCTCTCTCTCTCTTGGTTTTA
TGTAGATGTATCGAGGTGGGAAGATTTGCCTGACTGTTCATTTCAAGCCACTCTGGGCTA
AAAACTGTCCTAGGTTTGGTATAGCACATGCACTTTGTTTGGGGCTTGCTCCATGGCTTG
CTGCAGAGATTCCAATCCTTGTGGACTCTGGCATGATTAAGCACAAAGATGACGCAGCCT
CCTCTACTGAATCTTAAGTCTATCTATCTCAGAGTTGAGAGGTTATGTTAGTCAGTTATA
GCTGAACTCATAAATTTCTGAAGCGGATGGTCTTCTCTATAAAAAGCTTACATGAAACCC
AATAAAGAATTAAGCTATTGCAGTGTTTAATCTTGAAAAACTTGTACAATTCGAGAACAC
TGGTTCGTGCAAGGTGTGGATATTGTTATTACGAACCTTTTTATTGCTGTTTTTTTTTTG
GTAAATCGAACACTAAAATTGAGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E524TF U 1
AF RR3E524JQ C 289
BS 1 693 RR3E524TF
BS 694 866 RR3E524JQ

RD RR3E524TF 693 0 0
GGAAATGGAAGGATGGGATCCGAGCACGAAGTCGACGCTAACGCGGATCCCTCTTCTGAC
AACAAAAGCGGGACCAAGAGACGGCGATGCATGGAAACAGAGGCTTAAAGAGGAGTACAA
GTCACTGATCGCGTATACACAGATGAACAAGTCCTACGACAATGACTGGTTCCGCATCTC
CGCCTCTAACCCCGAAGGTACGCGTTGGACTGGCAAGTGTTGGTACGTTCACAACCTCCT
CAAATACGAGTTCGATCTCCAATTCGATATCCCCGTCACCTACCCTGCAACTGCTCCCGA
GCTTGAGTTGCCTCAGATTGACGGCAAAACCCAAAAGGTTAGGGCGGCTTTCTAGGTTTC
TTCTCTATTTGAGTTTGGTCTGTCTTTAATTGATCTTTTTCTCTCTCTCTCTTGGTTTTA
TGTAGATGTATCGAGGTGGGAAGATTTGCCTGACTGTTCATTTCAAGCCACTCTGGGCTA
AAAACTGTCCTAGGTTTGGTATAGCACATGCACTTTGTTTGGGGCTTGCTCCATGGCTTG
CTGCAGAGATTCCAATCCTTGTGGACTCTGGCATGATTAAGCACAAAGATGACGCAGCCT
CCTCTACTGAATCTTAAGTCTATCTATCTCAGAGTTGAGAGGTTATGTTAGTCAGTTATA
GCTGAACTCATAAATTTCTGAAGCGGATGGTCT

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3E524JQ 578 0 0
AACTGCTCCCGAGCTTGAGTTGCCTCAGATTGACGGCAAAACCCAAAAGGTTAGGGCGGC
TTTCTAGGTTTCTTCTCTATTTGAGTTTGGTCTGTCTTTAATTGATCTTTTTCTCTCTCT
CTCTTGGTTTTATGTAGATGTATCGAGGTGGGAAGATTTGCCTGACTGTTCATTTCAAGC
CACTCTGGGCTAAAAACTGTCCTAGGTTTGGTATAGCACATGCACTTTGTTTGGGGCTTG
CTCCATGGCTTGCTGCAGAGATTCCAATCCTTGTGGACTCTGGCATGATTAAGCACAAAG
ATGACGCAGCCTCCTCTACTGAATCTTAAGTCTATCTATCTCAGAGTTGAGAGGTTATGT
TAGTCAGTTATAGCTGAACTCATAAATTTCTGAAGCGGATGGTCTTCTCTATAAAAAGCT
TACATGAAACCCAATAAAGAATTAAGCTATTGCAGTGTTTAATCTTGAAAAACTTGTACA
ATTCGAGAACACTGGTTCGTGCAAGGTGTGGATATTGTTATTACGAACCTTTTTATTGCT
GTTTTTTTTTTGGTAAATCGAACACTAAAATTGAGGCC

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

CO CL8868Contig1 750 2 2 U
GTCGACGTCGGATCCGGCGATGAAGAAGAAGCGGCGTGGGAGAGATGCGAGTCGATGCCG
CAGTGCCTCTCGGGATCCGCGTCGTCCACGTGGCTCTCCGTCGCGGTAAGCGAGGAAACG
ATGTACGTGACGGAGAAGAGATCGGGCGTCGCGTGTCGCTTCGATCCGGAGACGAAGTCC
TGGACGGAGCTTCTCGATTTCTCTCCCGACGACTGTGGATTATACTCGCGCGCGATCGGA
TTCGCCGGTAACCGTCTCCTCATGGCGGGAATCACCGGAGACGAGGATGATCCGACGGGG
ATCGAGCTGTGGGAAGTGGCAGTTTCCGCCGAATCGCCGAAGAGATTGAAATTCGAATCG
ATTGGATTGATTCTGATTGGCCGTTAACGTCGATAGCGTTCGACGCGGTGGGAGATATGG
TTTATGTGCACAACGCGGCGGAGACGGGAGAGGTCGTTGCGGCTGAGATGGAAGGAGGGA
AGCTCCGTAAGTGGAGGACTCTGCGTAACGTAGACGCTAGAGGTCACGCGGGAGAGAGAC
TTATCGTTTCGTGCTCAAACGTTAGTTTTAGCGATTTGAAACGTGCGTTTAGAGATGACT
TGAGTTTCTCTGTGGTGGCCGTGTGAACGTGGAATATTGAGTTTATTCATGAGCGTTTTA
AATTCAAAGTTTACAAGTCAAAATGTCGATGCTATTTTAATTGTTATTACAAAAACCCAA
CTAATAATATTTATTGTATTAATACTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GH35TF U 1
AF RR3GH35JQ C 100
BS 1 504 RR3GH35TF
BS 505 750 RR3GH35JQ

RD RR3GH35TF 504 0 0
GTCGACGTCGGATCCGGCGATGAAGAAGAAGCGGCGTGGGAGAGATGCGAGTCGATGCCG
CAGTGCCTCTCGGGATCCGCGTCGTCCACGTGGCTCTCCGTCGCGGTAAGCGAGGAAACG
ATGTACGTGACGGAGAAGAGATCGGGCGTCGCGTGTCGCTTCGATCCGGAGACGAAGTCC
TGGACGGAGCTTCTCGATTTCTCTCCCGACGACTGTGGATTATACTCGCGCGCGATCGGA
TTCGCCGGTAACCGTCTCCTCATGGCGGGAATCACCGGAGACGAGGATGATCCGACGGGG
ATCGAGCTGTGGGAAGTGGCAGTTTCCGCCGAATCGCCGAAGAGATTGAAATTCGAATCG
ATTGGATTGATTCTGATTGGCCGTTAACGTCGATAGCGTTCGACGCGGTGGGAGATATGG
TTTATGTGCACAACGCGGCGGAGACGGGAGAGGTCGTTGCGGCTGAGATGGAAGGAGGGA
AGCTCCGTAAGTGGAGGACTCTGC

QA 1 504 1 504
DS 

RD RR3GH35JQ 651 0 0
GTCGCGGTAAGCGAGGAAACGATGTACGTGACGGAGAAGAGATCGGGCGTCGCGTGTCGC
TTCGATCCGGAGACGAAGTCCTGGACGGAGCTTCTCGATTTCTCTCCCGACGACTGTGGA
TTATACTCGCGCGCGATCGGATTCGCCGGTAACCGTCTCCTCATGGCGGGAATCACCGGA
GACGAGGATGATCCGACGGGGATCGAGCTGTGGGAAGTGGCAGTTTCCGCCGAATCGCCG
AAGAGATTGAAATTCGAATCGATTGGATTGATTCTGATTGGCCGTTAACGTCGATAGCGT
TCGACGCGGTGGGAGATATGGTTTATGTGCACAACGCGGCGGAGACGGGAGAGGTCGTTG
CGGCTGAGATGGAAGGAGGGAAGCTCCGTAAGTGGAGGACTCTGCGTAACGTAGACGCTA
GAGGTCACGCGGGAGAGAGACTTATCGTTTCGTGCTCAAACGTTAGTTTTAGCGATTTGA
AACGTGCGTTTAGAGATGACTTGAGTTTCTCTGTGGTGGCCGTGTGAACGTGGAATATTG
AGTTTATTCATGAGCGTTTTAAATTCAAAGTTTACAAGTCAAAATGTCGATGCTATTTTA
ATTGTTATTACAAAAACCCAACTAATAATATTTATTGTATTAATACTTTAT

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

CO CL8869Contig1 1179 2 4 U
GGACTTTCGGAGTACTCAGCAGCTGCAGCAGGACGGTTTAACGTTTCACCTTCTTCCAGC
GAATCGCCTTTGATTTCTATTGTCCTTCCCCTGATGTCTCCCAAAACCGCCAAAATAAGG
CACAGATGCATTGCTTGCTACAAGATGTTCAATAGACGCCAACACCTTGTGGAGCACATG
AAGATTTCTCACCATTCCCTTCATCAGCCTCGCTGTGGGGTTTGCTTCAAGCATTGTAAA
TCCTTCGAATCTGTTCGGGAACACCTTAACGTTCCGGACCATCTATTCAAAGGTGACTGC
AAGTCCATTTTCTCTGAACGAGGCTGTTCGCTCTGTCTTCAACTCTTTGACGACGCCACT
GCTCTGGCTCACCATCAAAACAAGTGTCTCCTCTCTCCACCTCTTCCTCTTCCTCTTGTC
AATCCTACTAGGACTCTTGGTGTAGTAAATTCACGTCACAAGGCAGTGGCAATTGACTGT
GAAATGGTTGGTGGTGGTGATGACGGGTCTATTGATCTCTGCGCATCTATTTGCCTCGTT
GACGAAGACGAGCATGTCATCTTTTCTACTCACGTCCAGCCCCAACTCCCTGTCACCGAT
TACAGACACAAGGTAACTGGACTGACCGAAGAAGATTTGAAGAATGGTATGCGGCTTCAG
GATGTACGAGAAAAAGTTTTAACCATCTTGTGCGGTGGACATAATGATGGGGTTGGGAGG
CTTCTTCTTGTTGGTCATGACCTTAGACATGATATGAAATGCTTGAAACTCCAGTATCCT
AGCCATCTGTTGAGAGACACAGCAAAATACGTGCCATTGATGAAAACAAATCTTGTAAGC
CAATCACTCAAGTACCTCACAAGGTCATATTTCGGATACAAGATACAATGCGGGAAGCAC
GAGCCGTACGAGGACTGTGTATCTGTGATGAGGCTGTACAAGAAAATGCGGGATCAAGAG
CATGGAAAGGCAGAAAAAGAAGAAGGGGATGGACTGAACTCGTGGAAACAGAGCGATCTA
GAGAAGATGAAGCCGGAAGAGCTGTACCACAACTCCACATCAGAGCACCGCTGCTGGTGC
CTTGACCGCCGTTGAAATTTAAGTTCCTCTCATAAATAGCTCCTCTTTTGATGTAACTCA
TTTTCTTAGGAAAAAAAAAGCTCTGGGTGTTTTTTGGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AL26TF U 1
AF RR3AL26JQ C 430
BS 1 806 RR3AL26TF
BS 807 807 RR3AL26JQ
BS 808 840 RR3AL26TF
BS 841 1179 RR3AL26JQ

RD RR3AL26TF 840 0 0
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CACAGATGCATTGCTTGCTACAAGATGTTCAATAGACGCCAACACCTTGTGGAGCACATG
AAGATTTCTCACCATTCCCTTCATCAGCCTCGCTGTGGGGTTTGCTTCAAGCATTGTAAA
TCCTTCGAATCTGTTCGGGAACACCTTAACGTTCCGGACCATCTATTCAAAGGTGACTGC
AAGTCCATTTTCTCTGAACGAGGCTGTTCGCTCTGTCTTCAACTCTTTGACGACGCCACT
GCTCTGGCTCACCATCAAAACAAGTGTCTCCTCTCTCCACCTCTTCCTCTTCCTCTTGTC
AATCCTACTAGGACTCTTGGTGTAGTAAATTCACGTCACAAGGCAGTGGCAATTGACTGT
GAAATGGTTGGTGGTGGTGATGACGGGTCTATTGATCTCTGCGCATCTATTTGCCTCGTT
GACGAAGACGAGCATGTCATCTTTTCTACTCACGTCCAGCCCCAACTCCCTGTCACCGAT
TACAGACACAAGGTAACTGGACTGACCGAAGAAGATTTGAAGAATGGTATGCGGCTTCAG
GATGTACGAGAAAAAGTTTTAACCATCTTGTGCGGTGGACATAATGATGGGGTTGGGAGG
CTTCTTCTTGTTGGTCATGACCTTAGACATGATATGAAATGCTTGAAACTCCAGTATCCT
AGCCATCTGTTGAGAGACACAGCAAA*TACGTGCCATTGATGAAAACAAATCTTGTAAGC

QA 1 840 1 840
DS 

RD RR3AL26JQ 750 0 0
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GGTGGTGGTGATGACGGGTCTATTGATCTCTGCGCATCTATTTGCCTCGTTGACGAAGAC
GAGCATGTCATCTTTTCTACTCACGTCCAGCCCCAACTCCCTGTCACCGATTACAGACAC
AAGGTAACTGGACTGACCGAAGAAGATTTGAAGAATGGTATGCGGCTTCAGGATGTACGA
GAAAAAGTTTTAACCATCTTGTGCGGTGGACATAATGATGGGGTTGGGAGGCTTCTTCTT
GTTGGTCATGACCTTAGACATGATATGAAATGCTTGAAACTCCAGTATCCTAGCCATCTG
TTGAGAGACACAGCAAAATACGTGCCATTGATGAAAACAAATCTTGTAAGCCAATCACTC
AAGTACCTCACAAGGTCATATTTCGGATACAAGATACAATGCGGGAAGCACGAGCCGTAC
GAGGACTGTGTATCTGTGATGAGGCTGTACAAGAAAATGCGGGATCAAGAGCATGGAAAG
GCAGAAAAAGAAGAAGGGGATGGACTGAACTCGTGGAAACAGAGCGATCTAGAGAAGATG
AAGCCGGAAGAGCTGTACCACAACTCCACATCAGAGCACCGCTGCTGGTGCCTTGACCGC
CGTTGAAATTTAAGTTCCTCTCATAAATAGCTCCTCTTTTGATGTAACTCATTTTCTTAG
GAAAAAAAAAGCTCTGGGTGTTTTTTGGGC

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL8870Contig1 719 2 3 U
ATTCATGCAAGTTTCAACAAACTAGTAATTATAACAAAAACATGATCAGAAACTTCATGA
AACAATCTAGTCTCACACTCAAACTAGGTGATGATATGAGACAACTCGGACGCAAAACCG
GCAAAAGCTTACTTTCACTGGGGGTTGTTGTTGTTGTCATGGCTGCTTAGAGCATCGGCT
TCAGCTCTGGCCATAGGATCATCTTTGACCTCCGTATCTTCTTCCATCTCGCCTTGTCGG
TCTTGCGCCAATTTCTTCCTGTGAAGTTCCTCAGCAGCCTCCATAGCAGCCTTGTTCTCG
GCTTGGATCTTGATAATTTCCTTTTCTTGTTGCTGCCGCTCAAACCATGTGTCTGCATCC
GCCCAAAGTGGATGTGCGGCCCAGACCTGTTCTCCACCCTTGATCTTCTCGGGGAGAGCA
TAGTTGACGGTGAGAACACGGCCGTAAAGCTCGACGCCGTCCATGCTATCCATGGCGGCG
GAAGCGTCTTCTCTCTCAAGGAAAGTGACGAATCCGAAGGATCTGTGCTTCTGATTCGCT
TGGTCCAGCGGCGTCTTCACGTCCTTGATGTCGCCGAACGGTATAAACGCGGCGAGGAGG
ATCGATTCGTTTACTTCGTCGGCTAGACCTCCGACGTACAACGTGTTCTTCTGCATCGCT
TGCTGCTGTTGAACCGCCGCCATTGTTCGAGTTCCTTCGCTCTATCTCGCTCGCTTAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G947JQ U 108
AF RR3G947TF C 1
BS 1 107 RR3G947TF
BS 108 512 RR3G947JQ
BS 513 719 RR3G947TF

RD RR3G947JQ 405 0 0
GGACGCAAAACCGGCAAAAGCTTACTTTCACTGGGGGTTGTTGTTGTTGTCATGGCTGCT
TAGAGCATCGGCTTCAGCTCTGGCCATAGGATCATCTTTGACCTCCGTATCTTCTTCCAT
CTCGCCTTGTCGGTCTTGCGCCAATTTCTTCCTGTGAAGTTCCTCAGCAGCCTCCATAGC
AGCCTTGTTCTCGGCTTGGATCTTGATAATTTCCTTTTCTTGTTGCTGCCGCTCAAACCA
TGTGTCTGCATCCGCCCAAAGTGGATGTGCGGCCCAGACCTGTTCTCCACCCTTGATCTT
CTCGGGGAGAGCATAGTTGACGGTGAGAACACGGCCGTAAAGCTCGACGCCGTCCATGCT
ATCCATGGCGGCGGAAGCGTCTTCTCTCTCAAGGAAAGTGACGAA

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR3G947TF 719 0 0
ATTCATGCAAGTTTCAACAAACTAGTAATTATAACAAAAACATGATCAGAAACTTCATGA
AACAATCTAGTCTCACACTCAAACTAGGTGATGATATGAGACAACTCGGACGCAAAACCG
GCAAAAGCTTACTTTCACTGGGGGTTGTTGTTGTTGTCATGGCTGCTTAGAGCATCGGCT
TCAGCTCTGGCCATAGGATCATCTTTGACCTCCGTATCTTCTTCCATCTCGCCTTGTCGG
TCTTGCGCCAATTTCTTCCTGTGAAGTTCCTCAGCAGCCTCCATAGCAGCCTTGTTCTCG
GCTTGGATCTTGATAATTTCCTTTTCTTGTTGCTGCCGCTCAAACCATGTGTCTGCATCC
GCCCAAAGTGGATGTGCGGCCCAGACCTGTTCTCCACCCTTGATCTTCTCGGGGAGAGCA
TAGTTGACGGTGAGAACACGGCCGTAAAGCTCGACGCCGTCCATGCTATCCATGGCGGCG
GAAGCGTCTTCTCTCTCAAGGAAAGTGACGAATCCGAAGGATCTGTGCTTCTGATTCGCT
TGGTCCAGCGGCGTCTTCACGTCCTTGATGTCGCCGAACGGTATAAACGCGGCGAGGAGG
ATCGATTCGTTTACTTCGTCGGCTAGACCTCCGACGTACAACGTGTTCTTCTGCATCGCT
TGCTGCTGTTGAACCGCCGCCATTGTTCGAGTTCCTTCGCTCTATCTCGCTCGCTTAGT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL8871Contig1 631 2 4 U
TTGAAACTTGTATGCTTGCTTGCCATTGACATTGTTCTGAAAACCAGCTCCAAACTGAAC
TTAGGCTTAAATGAACTTAATGTTTCTCGCTTATGGCCATTTGCATACTTGATCATGGTT
CTCATACACATTTGGGTTATCTTTTTCCATTGTACCACTCTTTGTTAACCCAAATGGAAC
TCCCTCACCCTTGAGCCCTTGCCTTTCTTTGAAGCCAACATTGATTTGCATGAGTGAGGC
CTTTTCTGATAGCTTGTCATGTGCAAAATCTTGAGAGTATTAGAGGCGACATGGATTTGT
TCTCATCTCTTGCTAGCATAGGATCATTATTTGAGCTAGCTTCTAGGATGATGGTTGGGT
TTATGTCCTTTATGAGTTTGTATCTTGGGTTTGGGTAGTGAGAAAGTTGAGAAAGATGAG
CAAAAGAGTGTAGATTGAAAAGAAAAGTCTTAGGGACTTTAAAATGAAAAGAAAAGAAAG
CTCTAGATTGTGCTATTTGACTCATTCCCCCTAAATAAAAAAAAAATAGAGAAGAAAAAA
AAATGGTAAGAAGAATCAATAAGATAGTGGGGAAGGGAAAAGAGAAGTAAGAGCTAAGTA
TTGAGTAAAGTTTGTCCCTAGTTGGCTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CF66TF U 1
AF RR3CF66JQ C 92
BS 1 96 RR3CF66TF
BS 97 97 RR3CF66JQ
BS 98 517 RR3CF66TF
BS 518 631 RR3CF66JQ

RD RR3CF66TF 517 0 0
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TTAGGCTTAAATGAACTTAATGTTTCTCGCTTATGGGCATTTGCATACTTGATCATGGTT
CTCATACACATTTGGGTTATCTTTTTCCATTGTACCACTCTTTGTTAACCCAAATGGAAC
TCCCTCACCCTTGAGCCCTTGCCTTTCTTTGAAGCCAACATTGATTTGCATGAGTGAGGC
CTTTTCTGATAGCTTGTCATGTGCAAAATCTTGAGAGTATTAGAGGCGACATGGATTTGT
TCTCATCTCTTGCTAGCATAGGATCATTATTTGAGCTAGCTTCTAGGATGATGGTTGGGT
TTATGTCCTTTATGAGTTTGTATCTTGGGTTTGGGTAGTGAGAAAGTTGAGAAAGATGAG
CAAAAGAGTGTAGATTGAAAAGAAAAGTCTTAGGGACTTTAAAATGAAAAGAAAAGAAAG
CTCTAGATTGTGCTATTTGACTCATTCCCCCTAAATA

QA 1 517 1 517
DS 

RD RR3CF66JQ 540 0 0
TATGGCCATTTGCATACTTGATCATGGTTTTCATACACATTTGGGTTATCTTTTTCCATT
GTACCACTCTTTGTTAACCCAAATGGAACTCCCTCACCCTTGAGCCCTTGCCTTTCTTTG
AAGCCAACATTGATTTGCATGAGTGAGGCCTTTTTTGATAGCTTGTCATGTGCAAAATCT
TGAGAGTATTAGAGGCGACATGGATTTGTTTTCATCTCTTGCTAGCATAGGATCATTATT
TGAGCTAGCTTTTAGGATGATGGTTGGGTTTATGTCCTTTATGAGTTTGTATCTTGGGTT
TGGGTAGTGAGAAAGTTGAGAAAGATGAGCAAAAGAGTGTAGATTGAAAAGAAAAGTCTT
AGGGACTTTAAAATGAAAAGAAAAGAAAGCTCTAGATTGTGCTATTTGACTCATTCCCCC
TAAATAAAAAAAAAATAGAGAAGAAAAAAAAATGGTAAGAAGAATCAATAAGATAGTGGG
GAAGGGAAAAGAGAAGTAAGAGCTAAGTATTGAGTAAAGTTTGTCCCTAGTTGGCTAAGC

QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 2

CO CL8872Contig1 1375 2 2 U
AGTTGCACTCCTTTGCACTGGGCTGCCATTCGAGGTAATTTGGAGGCTTGCACTGTATTG
GTTCAGGCTGGAAAGAAAGAGGATTTGATGATTACTGACAATACCGGGCTTACCCCCGCA
CAACTTGCTGCTGAAAAGAATCACCGACAAGTTTCTTTTTTCCTTGGTAATGCTAGAAGG
CTGCTTGAAAAGCGGTGGGATGTAAGCAGTCCCCTTGGAAAATTGTCAAAGTTGGGACTT
GCTCCATTTCTTTGGTTCATGATTCTTCTACTCCTGCTCATATATACTAATTCTGTTGTT
TTGGCATCCAATCTGCCAAAGCTAACAACTGGGATTGGTTCGCTTGCATGATTGGGATTC
CTTCTTGCAACAGCAGGGCTAGTTTTGTTTTACCGTTGCAGCAAAAAGGATCCAGGTTAC
ATCAGAATGAATATCCATGATCCACAGACCATAAAAGATGATGAACCACTGTTGAAAATA
GAGCTAAACAACCCTGCTTTGCTTGCTGGGAATTGGACGCAACTCTGTGCAACATGCAAG
ATTATCAGACCTGTTCGAGCTAAGCACTGTTCCACTTGTGATCGTTGTGTAGAGCAATTT
GATCATCATTGTCCTTGGGTGTCAAACTGTGTCGGAAAAAAAACAAGTGGGACTTTTTTC
TTTTTCTTCTGTTTGAAGTACTAGCGATGCTGATAACTGGTGGCGTCACTCTTGCAAGAG
TCTTGAGTGACCCTTCAGCTCCATCTTCGTTTGGAGCATGGATTAGCTATCTCGCTAGCA
ATCACGTTGGTGCGTTATCCTTTCTGGTTGTTGAGTTCTGCCTCTTCTTTTCAGTTGCTG
TCTTAACTGTCATACAAGCGTCTCAGATATCGAGGAATATAACCACAAACGAAATGGCTA
ACGCACTGCGCTACAGCTACCTAAGAGGTCCAGGAGGTGGCTTCAGGAATCCATACGATC
ACGGTTGCAAAAGAAACTGCTCGGATTTCTTGGTGAAAGGTTATAACGAAGATATCGAGT
GTCATGAAGAAGACACAACAACACCGAGGCAAGAAGGTATCAGCATGATGCAGATGCAGC
GGGGTTCTAATACTCAAAACGGCAATGGCCACGTTGCTATCGATGTAAACCCGATACATA
AATCTCAGTCGGCCCATGTTCATTCTTCCAACTGCAGCCATAACCATAGCAGTAAGTAAG
TCATAGAGTGATTTGCCGGAACCCAACTCCGACCTGTTGTACCTCCATGATATATTATTA
TATGGTCGTGTGCCAAATGTTCTTTAAATCAAATGTGCATTTTGTGTTGTAAGAATCACG
TTTGTCCTCTTGTTGAGTTGTGATAACATCTCATTTCAAGTGAAGATAGCAGTTG


BQ
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AF RR3GN92TF U 1
AF RR3GN92JQ C 654
BS 1 734 RR3GN92TF
BS 735 1375 RR3GN92JQ

RD RR3GN92TF 734 0 0
AGTTGCACTCCTTTGCACTGGGCTGCCATTCGAGGTAATTTGGAGGCTTGCACTGTATTG
GTTCAGGCTGGAAAGAAAGAGGATTTGATGATTACTGACAATACCGGGCTTACCCCCGCA
CAACTTGCTGCTGAAAAGAATCACCGACAAGTTTCTTTTTTCCTTGGTAATGCTAGAAGG
CTGCTTGAAAAGCGGTGGGATGTAAGCAGTCCCCTTGGAAAATTGTCAAAGTTGGGACTT
GCTCCATTTCTTTGGTTCATGATTCTTCTACTCCTGCTCATATATACTAATTCTGTTGTT
TTGGCATCCAATCTGCCAAAGCTAACAACTGGGATTGGTTCGCTTGCATGATTGGGATTC
CTTCTTGCAACAGCAGGGCTAGTTTTGTTTTACCGTTGCAGCAAAAAGGATCCAGGTTAC
ATCAGAATGAATATCCATGATCCACAGACCATAAAAGATGATGAACCACTGTTGAAAATA
GAGCTAAACAACCCTGCTTTGCTTGCTGGGAATTGGACGCAACTCTGTGCAACATGCAAG
ATTATCAGACCTGTTCGAGCTAAGCACTGTTCCACTTGTGATCGTTGTGTAGAGCAATTT
GATCATCATTGTCCTTGGGTGTCAAACTGTGTCGGAAAAAAAACAAGTGGGACTTTTTTC
TTTTTCTTCTGTTTGAAGTACTAGCGATGCTGATAACTGGTGGCGTCACTCTTGCAAGAG
TCTTGAGTGACCCT

QA 1 734 1 734
DS 

RD RR3GN92JQ 722 0 0
TTTTTTCTTTTTCTTCTGTTTGAAGTACTAGCGATGCTGATAACTGGTGGCGTCACTCTT
GCAAGAGTCTTGAGTGACCCTTCAGCTCCATCTTCGTTTGGAGCATGGATTAGCTATCTC
GCTAGCAATCACGTTGGTGCGTTATCCTTTCTGGTTGTTGAGTTCTGCCTCTTCTTTTCA
GTTGCTGTCTTAACTGTCATACAAGCGTCTCAGATATCGAGGAATATAACCACAAACGAA
ATGGCTAACGCACTGCGCTACAGCTACCTAAGAGGTCCAGGAGGTGGCTTCAGGAATCCA
TACGATCACGGTTGCAAAAGAAACTGCTCGGATTTCTTGGTGAAAGGTTATAACGAAGAT
ATCGAGTGTCATGAAGAAGACACAACAACACCGAGGCAAGAAGGTATCAGCATGATGCAG
ATGCAGCGGGGTTCTAATACTCAAAACGGCAATGGCCACGTTGCTATCGATGTAAACCCG
ATACATAAATCTCAGTCGGCCCATGTTCATTCTTCCAACTGCAGCCATAACCATAGCAGT
AAGTAAGTCATAGAGTGATTTGCCGGAACCCAACTCCGACCTGTTGTACCTCCATGATAT
ATTATTATATGGTCGTGTGCCAAATGTTCTTTAAATCAAATGTGCATTTTGTGTTGTAAG
AATCACGTTTGTCCTCTTGTTGAGTTGTGATAACATCTCATTTCAAGTGAAGATAGCAGT
TG

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL8873Contig1 1070 2 2 U
GGAAATTATAAAAACCTAGGGGCGGATCTAAACCCTCAAATACGTCTTCTTTGTCTTCGT
ATTTGATCAAAGTGTTCCTCTCTGATAAATCCCATGGCTCCCATTAAACCAAAGCAAAAC
CGCAAGGAGAAGGGGAAGGAAGAGGCGACTGTGGTTGAAGATCTAATCCCTTTGAAAACT
TTAAACAAGAAGATAGATAGTAAGGCGTTTAAACTATTGAAAGAGTCTGGGAAGTGGAAT
GATATTCTTGTAGATATTAAACTGCTTGATGGAATAAACGGCCTGACCGACAGTATGAAA
CAACAAATCACTGAAGCAGTCCGGAAAATAATCGGTAAACTAACGTCTGAAGCTGATGCG
TTCGTTCAACTTACTGTCGATTGGTTGGAGAAAGCATTGCACGATGAAGTAATAGATGTT
GGAGAACGTTTATTCCCTAAGCTTCAAGATTGCGCTAGAGATTTCTACAGCTATGAAGAA
ATGCTTGATAGATTGGCTAAGGAATTTGAAGAGTCAGCAATCAAAGCGACGTACAAAAAC
CTCTTTTCTCGCAGTAAGGGACATGATGCTTACTGCAAATCTCATCAATACGAGCTGCTC
AAAGAAAAGCAGAGCAGAAGGACGTTGGAGAAGAGGAGAAGAATGAAGATCCCAAGGAGG
AGCGAGAGGCTGCTGAGCCGATGGAGGTGACAGAGAAGGCTTCTGATCCCGATGAGGAGC
GAGGGGCAGAGGCTACTGAGAAGGCTACTGATCCTAAGGACGAGACAGAGGCTTCTCATC
CCAAGGAGGAGCGAGAGGCAGAGCCTACTGAGAAGGCTTCTGATCCCAAGGAGGAGACCG
AGGCTACTGAGCAGAAGCGGCTGGCTACTTGTTAGTTGTATCTCCAGAGCTGCAGATCCC
AGAGGAGACTATGGCTAGAGTACGTGAGGCAGAGGCATATGTAGGTGACTACTTCAGCGC
TATGTTAATGTGAACTTGTTTGGGTTTTAAACTTTGTTTGAATTTTTGCATGATTTTATG
TTAATGTGAACTTGGGTTTTAGACTTGTGTTTGAATTTTATTGTTTTGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AI47TF U 1
AF RR3AI47JQ C 325
BS 1 694 RR3AI47TF
BS 695 1070 RR3AI47JQ

RD RR3AI47TF 694 0 0
GGAAATTATAAAAACCTAGGGGCGGATCTAAACCCTCAAATACGTCTTCTTTGTCTTCGT
ATTTGATCAAAGTGTTCCTCTCTGATAAATCCCATGGCTCCCATTAAACCAAAGCAAAAC
CGCAAGGAGAAGGGGAAGGAAGAGGCGACTGTGGTTGAAGATCTAATCCCTTTGAAAACT
TTAAACAAGAAGATAGATAGTAAGGCGTTTAAACTATTGAAAGAGTCTGGGAAGTGGAAT
GATATTCTTGTAGATATTAAACTGCTTGATGGAATAAACGGCCTGACCGACAGTATGAAA
CAACAAATCACTGAAGCAGTCCGGAAAATAATCGGTAAACTAACGTCTGAAGCTGATGCG
TTCGTTCAACTTACTGTCGATTGGTTGGAGAAAGCATTGCACGATGAAGTAATAGATGTT
GGAGAACGTTTATTCCCTAAGCTTCAAGATTGCGCTAGAGATTTCTACAGCTATGAAGAA
ATGCTTGATAGATTGGCTAAGGAATTTGAAGAGTCAGCAATCAAAGCGACGTACAAAAAC
CTCTTTTCTCGCAGTAAGGGACATGATGCTTACTGCAAATCTCATCAATACGAGCTGCTC
AAAGAAAAGCAGAGCAGAAGGACGTTGGAGAAGAGGAGAAGAATGAAGATCCCAAGGAGG
AGCGAGAGGCTGCTGAGCCGATGGAGGTGACAGA

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3AI47JQ 746 0 0
AAAATAATCGGTAAACTAACGTCTGAAGCTGATGCGTTCGTTCAACTTACTGTCGATTGG
TTGGAGAAAGCATTGCACGATGAAGTAATAGATGTTGGAGAACGTTTATTCCCTAAGCTT
CAAGATTGCGCTAGAGATTTCTACAGCTATGAAGAAATGCTTGATAGATTGGCTAAGGAA
TTTGAAGAGTCAGCAATCAAAGCGACGTACAAAAACCTCTTTTCTCGCAGTAAGGGACAT
GATGCTTACTGCAAATCTCATCAATACGAGCTGCTCAAAGAAAAGCAGAGCAGAAGGACG
TTGGAGAAGAGGAGAAGAATGAAGATCCCAAGGAGGAGCGAGAGGCTGCTGAGCCGATGG
AGGTGACAGAGAAGGCTTCTGATCCCGATGAGGAGCGAGGGGCAGAGGCTACTGAGAAGG
CTACTGATCCTAAGGACGAGACAGAGGCTTCTCATCCCAAGGAGGAGCGAGAGGCAGAGC
CTACTGAGAAGGCTTCTGATCCCAAGGAGGAGACCGAGGCTACTGAGCAGAAGCGGCTGG
CTACTTGTTAGTTGTATCTCCAGAGCTGCAGATCCCAGAGGAGACTATGGCTAGAGTACG
TGAGGCAGAGGCATATGTAGGTGACTACTTCAGCGCTATGTTAATGTGAACTTGTTTGGG
TTTTAAACTTTGTTTGAATTTTTGCATGATTTTATGTTAATGTGAACTTGGGTTTTAGAC
TTGTGTTTGAATTTTATTGTTTTGGC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL8874Contig1 537 2 1 U
GGGACGCGCCTCCTTGTCCTCGCTTCGTCGTCTGTGAATCGATTCAGGTTAAGAAGTAGT
AATGTCACGAGCCACGTACATAGTCGGTGCCCTTGCGGGATCTGCTGTAGTAGCCTACAT
CTGTGACAAAGTCATTTCTGATGATAAGATTTTCGGAGGCAGTACACCGGGAACTATAAC
TAACAAGGCATGGGGTGTTGCGACTGAAGAGAGGCTCCAGGCATGGCCAAGAACCGCTGG
TCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTCGCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTGA
ATAAACTGCTTCCCCTCTCTCCCACCATTCCTTATGGATTCTATTTCGATATTATTTGCT
CTTTTGTTGGCCTTTACCTGGCTCGGCTAATTTCTCTACCTGGCTGTAGTAATAATTTGT
GGGGATGATACACATTGTTAAGTCCAAAGCTTTCTCGAGATGCAATTGTTTTTTTTTGTA
ACGTCTAATGATTTTGACAATAAAATAAAAATCAAGCCAACAAGACTTGGCAGCTAT


BQ
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AF RR3BF41JQ C 1
AF RR3BF41TF U 1
BS 1 537 RR3BF41TF

RD RR3BF41JQ 537 0 0
GGGACGCGCCTCCTTGTCCTCGCTTCGTCGTCTGTGAATCGATTCAGGTTAAGAAGTAGT
AATGTCACGAGCCACGTACATAGTCGGTGCCCTTGCGGGATCTGCTGTAGTAGCCTACAT
CTGTGACAAAGTCATTTCTGATGATAAGATTTTCGGAGGCAGTACACCGGGAACTATAAC
TAACAAGGCATGGGGTGTTGCGACTGAAGAGAGGCTCCAGGCATGGCCAAGAACCGCTGG
TCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTCGCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTGA
ATAAACTGCTTCCCCTCTCTCCCACCATTCCTTATGGATTCTATTTCGATATTATTTGCT
CTTTTGTTGGCCTTTACCTGGCTCGGCTAATTTCTCTACCTGGCTGTAGTAATAATTTGT
GGGGATGATACACATTGTTAAGTCCAAAGCTTTCTCGAGATGCAATTGTTTTTTTTTGTA
ACGTCTAATGATTTTGACAATAAAATAAAAATCAAGCCAACAAGACTTGGCAGCTAT

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR3BF41TF 537 0 0
GGGACGCGCCTCCTTGTCCTCGCTTCGTCGTCTGTGAATCGATTCAGGTTAAGAAGTAGT
AATGTCACGAGCCACGTACATAGTCGGTGCCCTTGCGGGATCTGCTGTAGTAGCCTACAT
CTGTGACAAAGTCATTTCTGATGATAAGATTTTCGGAGGCAGTACACCGGGAACTATAAC
TAACAAGGCATGGGGTGTTGCGACTGAAGAGAGGCTCCAGGCATGGCCAAGAACCGCTGG
TCCTCCCGTCGTCATGAACCCTATCAGTCGCCAGAACTTCATCGTCAAGTCACGCCCTGA
ATAAACTGCTTCCCCTCTCTCCCACCATTCCTTATGGATTCTATTTCGATATTATTTGCT
CTTTTGTTGGCCTTTACCTGGCTCGGCTAATTTCTCTACCTGGCTGTAGTAATAATTTGT
GGGGATGATACACATTGTTAAGTCCAAAGCTTTCTCGAGATGCAATTGTTTTTTTTTGTA
ACGTCTAATGATTTTGACAATAAAATAAAAATCAAGCCAACAAGACTTGGCAGCTAT

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 2

CO CL8875Contig1 952 2 6 U
GGGTTTAATATTCAAACGTTATAAAGTACCTTTCTCTCTCTTCGCACTGTTCATCTTCTC
CTCCTTCTCTCTTGAAGCTTCCTGCGTTTTCATGGAAGACCGGCGCCGGGTGGCTTCTTC
AGCACTAGCGTCGGTCCTATACTCTTGTTTTATTTCATGCTTGCTTCTCTGTTATTCGGT
GTGTGACTTTGCTTCCGTTTTTGAAAGAGATACGCATCTACCAAGTCGACTTATACTTTC
AGATCTGGTGTGGATTCTCTCATAAAAGTACCGGATCTGTTGATTTACGGTGTAGCCTAG
CTACAATAGCTTTTATCCTTGAATCTCATTCTAGATCTGATTGGTTCTGTTGATTTTGCG
TTTCTCCTTGGCTACTGTATGGTTTTCTATTGCAGATGTTGTCTTTCCGGTTGGGGTTTG
CTATGGATTCCGCCTAATCATTATTTTGCCATTCATGGCCTGCGGTCATTTTTCGGATTC
GGTGGACTTCGCTCTTAGTTGCTTGTTGCAGATCTCGTGGAGATCATGTCTTTTGTGGCT
TCATACCTAGGCTTTCAATGGTCTGTTTGACTCAGCCGTAGTGGAATCAAAAGGATTCTC
ACTTGCCGGTTTATGAAGTTCTTGTTACTTGGTTCTGGAGGTGTATCCTCGTTGTGCTAG
GGGGAAGTGGGTTTTCGGTGGTCTGGCCGAGGGCAGTCCCGTTAACCAGTTTCATGGATT
CTCTAAAAGTCAGATATGTCTGTAAGTGTTGTTTATCATCAGTTGTTTGGAAGTTAGTTG
CTTAGTTTAATGTTGTTGTTGTAAGCGCTCTGGTCTGTATTCTTTTGGGCTAATGCATCC
CCTTTGTGGGATCTAGTTTCCGGGGTTTGTCTGTTGTCCGGCCTAGTTAACCATGGATAG
TAACTTCATCCATTGGTCTTGTATCTTTCTTTGGTAATAATAAACTTTGAGG


BQ
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AF RR3H374TF U 1
AF RR3H374JQ C 212
BS 1 593 RR3H374TF
BS 594 594 RR3H374JQ
BS 595 640 RR3H374TF
BS 641 641 RR3H374JQ
BS 642 673 RR3H374TF
BS 674 952 RR3H374JQ

RD RR3H374TF 673 0 0
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CTCCTTCTCTCTTGAAGCTTCCTGCGTTTTCATGGAAGACCGGCGCCGGGTGGCTTCTTC
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GTGTGACTTTGCTTCCGTTTTTGAAAGAGATACGCATCTACCAAGTCGACTTATACTTTC
AGATCTGGTGTGGATTCTCTCATAAAAGTACCGGATCTGTTGATTTACGGTGTAGCCTAG
CTACAATAGCTTTTATCCTTGAATCTCATTCTAGATCTGATTGGTTCTGTTGATTTTGCG
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CTATGGATTCCGCCTAATCATTATTTTGCCATTCATGGCCTGCGGTCATTTTTCGGATTC
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TCATACCTAGGCTTTCAATGGTCTGTTTGACTCAGCCGTAGTGGAATCAAAAG*ATTCTC
ACTTGCCGGTTTATGAAGTTCTTGTTACTTGGTTCTGGAG*TGTATCCTCGTTGTGCTAG
GGGGAAGTGGGTT

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3H374JQ 741 0 0
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CGGATCTGTTGATTTACGGTGTAGCCTAGCTACAATAGCTTTTATCCTTGAATCTCATTC
TAGATCTGATTGGTTCTGTTGATTTTGCGTTTCTCCTTGGCTACTGTATGGTTTTCTATT
GCAGATGTTGTCTTTCCGGTTGGGGTTTGCTATGGATTCCGCCTAATCATTATTTTGCCA
TTCATGGCCTGCGGTCATTTTTCGGATTCGGTGGACTTCGCTCTTAGTTGCTTGTTGCAG
ATCTCGTGGAGATCATGTCTTTTGTGGCTTCATACCTAGGCTTTCAATGGTCTGTTTGAC
TCAGCCGTAGTGGAATCAAAAGGATTCTCACTTGCCGGTTTATGAAGTTCTTGTTACTTG
GTTCTGGAGGTGTATCCTCGTTGTGCTAGGGGGAAGTGGGTTTTCGGTGGTCTGGCCGAG
GGCAGTCCCGTTAACCAGTTTCATGGATTCTCTAAAAGTCAGATATGTCTGTAAGTGTTG
TTTATCATCAGTTGTTTGGAAGTTAGTTGCTTAGTTTAATGTTGTTGTTGTAAGCGCTCT
GGTCTGTATTCTTTTGGGCTAATGCATCCCCTTTGTGGGATCTAGTTTCCGGGGTTTGTC
TGTTGTCCGGCCTAGTTAACCATGGATAGTAACTTCATCCATTGGTCTTGTATCTTTCTT
TGGTAATAATAAACTTTGAGG

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL8876Contig1 1259 2 2 U
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CCGTTACCTTCTCCAACCTTCATTTTGTCTTAAACTTTCCGAGAAAGAGATCATAATGGA
GGAGGGAAGCGTGTTCAGATCGGTACTTGCGATTCTTCAGTGGTGGGGCTTCAACGTCAC
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TTCGTGTGTTCACTTCATATCCTCATCCATTGGAGCCTACATCGTCATCAAAGTCTTGAA
GCTTAAACCTTTGATCCTGGTCGAGCCAGAGGATCGATGGAGAAGGATCTTCCCTATGTC
TTTCGTCTTCTGTATCAACATCGTGTTGGGAAACGTCAGCCTTCGTTACATCCCTGTCTC
TTTCATGCAGACGATTAAGTCCTTCACTCCAGCTACTACAGTTGTGTTACAGTGGTTGGT
GTGGAGGAAGTACTTTGACTGGCGTATTTGGGCGTCTCTTGTCCCCATTGTTGGAGGGAT
TCTTCTGACTTCTGTTACTGAGCTTAGCTTTAACATGTTTGGGTTCTGTGCTGCTCTGTT
TGGGTGTTTAGCTACTTCCACTAAAACTATTCTTGCTGAGTCTCTTCTTCATGGTTACAA
CTTTGATAGCATAAACACTGTATACTACATGGCGCCTTTCGCCACCATGATCCTCGGGAT
ACCTGCACTACTTCTGGAAGGCAACGGGATTATGAGTTGGTTTGATGCACACCCGTCTCC
CTGCTCAGCCCTTATCATTATATTCAGTTCTGGTGTCTTAGCCTTTTGTCTCAACTTCTC
CATCTTCTACGTTATTCACTCCACAACTGCGGTCACATTCAACGTAGCTGGAAACCTCAA
GGTTGCGGTGGCTGTATTGGTGTCATGGTTGATATTCCGTAACCCGATATCGTATATGAA
TGCTGTTGGATGTGGGATCACGCTTGTGGGATGCACATTCTATGGATACGTGAGGCATAT
GCTTTCGCAGCAAACGCCTGGAACTCCTAGGACTCCTCGCACACCAAGAAACGAGATGGA
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ATAGAACTTTAATAGAGAAATAACATTTTTGTCTTGTCTTATTTTGGGATATGGTAGAAC
TTTATAAATAACATTTTTGTCTTGTCTTATAGGTTTGGTAGTTTTTAATTCAACTTCCG


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AF RR3F429TF U 1
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BS 726 1259 RR3F429JQ

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GCTTAAACCTTTGATCCTGGTCGAGCCAGAGGATCGATGGAGAAGGATCTTCCCTATGTC
TTTCGTCTTCTGTATCAACATCGTGTTGGGAAACGTCAGCCTTCGTTACATCCCTGTCTC
TTTCATGCAGACGATTAAGTCCTTCACTCCAGCTACTACAGTTGTGTTACAGTGGTTGGT
GTGGAGGAAGTACTTTGACTGGCGTATTTGGGCGTCTCTTGTCCCCATTGTTGGAGGGAT
TCTTCTGACTTCTGTTACTGAGCTTAGCTTTAACATGTTTGGGTTCTGTGCTGCTCTGTT
TGGGTGTTTAGCTACTTCCACTAAAACTATTCTTGCTGAGTCTCTTCTTCATGGTTACAA
CTTTGATAGCATAAACACTGTATACTACATGGCGCCTTTCGCCACCATGATCCTCGGGAT
ACCTG

QA 1 725 1 725
DS 

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TTCCACTAAAACTATTCTTGCTGAGTCTCTTCTTCATGGTTACAACTTTGATAGCATAAA
CACTGTATACTACATGGCGCCTTTCGCCACCATGATCCTCGGGATACCTGCACTACTTCT
GGAAGGCAACGGGATTATGAGTTGGTTTGATGCACACCCGTCTCCCTGCTCAGCCCTTAT
CATTATATTCAGTTCTGGTGTCTTAGCCTTTTGTCTCAACTTCTCCATCTTCTACGTTAT
TCACTCCACAACTGCGGTCACATTCAACGTAGCTGGAAACCTCAAGGTTGCGGTGGCTGT
ATTGGTGTCATGGTTGATATTCCGTAACCCGATATCGTATATGAATGCTGTTGGATGTGG
GATCACGCTTGTGGGATGCACATTCTATGGATACGTGAGGCATATGCTTTCGCAGCAAAC
GCCTGGAACTCCTAGGACTCCTCGCACACCAAGAAACGAGATGGAGTTGCTTCCTCTTGT
TAACAACGATAAACTAGAAGGCAAAGTCTGATCTCTCTGCCCAAGATAGAACTTTAATAG
AGAAATAACATTTTTGTCTTGTCTTATTTTGGGATATGGTAGAACTTTATAAATAACATT
TTTGTCTTGTCTTATAGGTTTGGTAGTTTTTAATTCAACTTCCG

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL8877Contig1 1307 2 2 U
GATCTCATATTCGAAATCTTCTCGAGATTACCGTCTAACTCCATAGCGAAATGCCGCTGC
GTATCCAAGTTCTGGGACTCCACACTCCGCCGCGCAGATTTCACGGAGCTTTTCATCACC
AGGTCTCGTGCTCTTCGTCCGCAGCTCTTACTCTCTTGCGTAGAGAACAATGAGCTGTTC
TTGTTCTCCATACCTCAGGTCCAAAATCAAGATTCTGTAACCGCCAATTATCACACGAGG
TTCCCCTGTGGAGGACGCTCCTCTAAAATCGTCGGTCCGGTTCGCGGTTTAGTCTGTTTT
ACGCATCTTAAAAAGTATAAGAGAACCGCGCCGGTTATATGTAACCCTAACACGGGACAA
TCTTTATCTCTACCCTACGTGAAGACAAGGAGTACTCTCGTGAATAGTTTTCTTGGGTTT
GATCCGGTTGGTAAACAGTTCAAGATACTGGCACTGACCACGAGGGATTTTCACAATTGC
GAAGAGCATCAAGTTCTGACTCTAGGGACTAAGAAAAAGATGTCTTGGAGAAAGATTGAG
TGTTCGGTGTCCCATTATTTTATGCATATTACTCATGGGATATGCATCGATGGTGTTGTG
TATTATGTAGCTGGTGTGAATGGACCTCCGATGGCTAATGGTATAGTTTGCTTTGATGTT
AGGTTTGAGAAGTTTAGTGTTATTAATAGGGATGAGGAGATGGCATTGTGGAGTCAATCG
ACTCTTGTGAACTATAAAGGTGCATTGGGTGCGCTTTTGTCTGAAGGGTTTACCGAAGTT
ACCGGAGAGACTAAATGTTTTGAGTTGTGGGTTTTGGTAGATGCTGAGAAACATGAATGG
TCGAAGCATATATCCATATGTCTGCCCCCGTTGTGGAAGGACATAGTTGCAGATGCCACT
TTGTTCTTTGTTGGAGTGACTGGTACGGATGAAATCGTGTTGTCGCCGACCTATGTATCC
GAGCCTTACTACCATGCATCCGAGCCTTACTGTTTCTATGTTTACTACTACAACATGGAG
AGCAATACAGTCAGAAGAGTTGAAATCCAGGGAATGGATGCGTTTAAGGATTGTAGTGTT
CGCATCTCTCTAAACCATGTAGAGGACGTGAAGCTTTTGCAATATCTCTAGGACTTTATA
ACTCTAGCTTTATAACAGGTCATGGGACCTTACTTCTCCTTGTGCTATTTGATGACTTTT
CTCTGTTTTTCTGTTTGTGTGTGGTGGAAACTGTATCAATTTCTGTGTTTACAATTTGGC
CTTTTTGAAATCTTCTCTTCATGAGGAAGCCACTTTGTGGGTTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BE40TF U 1
AF RR3BE40JQ C 381
BS 1 791 RR3BE40TF
BS 792 1307 RR3BE40JQ

RD RR3BE40TF 791 0 0
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AGGTCTCGTGCTCTTCGTCCGCAGCTCTTACTCTCTTGCGTAGAGAACAATGAGCTGTTC
TTGTTCTCCATACCTCAGGTCCAAAATCAAGATTCTGTAACCGCCAATTATCACACGAGG
TTCCCCTGTGGAGGACGCTCCTCTAAAATCGTCGGTCCGGTTCGCGGTTTAGTCTGTTTT
ACGCATCTTAAAAAGTATAAGAGAACCGCGCCGGTTATATGTAACCCTAACACGGGACAA
TCTTTATCTCTACCCTACGTGAAGACAAGGAGTACTCTCGTGAATAGTTTTCTTGGGTTT
GATCCGGTTGGTAAACAGTTCAAGATACTGGCACTGACCACGAGGGATTTTCACAATTGC
GAAGAGCATCAAGTTCTGACTCTAGGGACTAAGAAAAAGATGTCTTGGAGAAAGATTGAG
TGTTCGGTGTCCCATTATTTTATGCATATTACTCATGGGATATGCATCGATGGTGTTGTG
TATTATGTAGCTGGTGTGAATGGACCTCCGATGGCTAATGGTATAGTTTGCTTTGATGTT
AGGTTTGAGAAGTTTAGTGTTATTAATAGGGATGAGGAGATGGCATTGTGGAGTCAATCG
ACTCTTGTGAACTATAAAGGTGCATTGGGTGCGCTTTTGTCTGAAGGGTTTACCGAAGTT
ACCGGAGAGAC

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3BE40JQ 927 0 0
GAAGACAAGGAGTACTCTCGTGAATAGTTTTCTTGGGTTTGATCCGGTTGGTAAACAGTT
CAAGATACTGGCACTGACCACGAGGGATTTTCACAATTGCGAAGAGCATCAAGTTCTGAC
TCTAGGGACTAAGAAAAAGATGTCTTGGAGAAAGATTGAGTGTTCGGTGTCCCATTATTT
TATGCATATTACTCATGGGATATGCATCGATGGTGTTGTGTATTATGTAGCTGGTGTGAA
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TATTAATAGGGATGAGGAGATGGCATTGTGGAGTCAATCGACTCTTGTGAACTATAAGGG
TGCATTGGGTGCGCTTTTGTCTGAAGGGTTTACCGAAGTTACCGGAGAGACTAAATGTTT
TGAGTTGTGGGTTTTGGTAGATGCTGAGAAACATGAATGGTCGAAGCATATATCCATATG
TCTGCCCCCGTTGTGGAAGGACATAGTTGCAGATGCCACTTTGTTCTTTGTTGGAGTGAC
TGGTACGGATGAAATCGTGTTGTCGCCGACCTATGTATCCGAGCCTTACTACCATGCATC
CGAGCCTTACTGTTTCTATGTTTACTACTACAACATGGAGAGCAATACAGTCAGAAGAGT
TGAAATCCAGGGAATGGATGCGTTTAAGGATTGTAGTGTTCGCATCTCTCTAAACCATGT
AGAGGACGTGAAGCTTTTGCAATATCTCTAGGACTTTATAACTCTAGCTTTATAACAGGT
CATGGGACCTTACTTCTCCTTGTGCTATTTGATGACTTTTCTCTGTTTTTCTGTTTGTGT
GTGGTGGAAACTGTATCAATTTCTGTGTTTACAATTTGGCCTTTTTGAAATCTTCTCTTC
ATGAGGAAGCCACTTTGTGGGTTGTGT

QA 1 927 1 927
DS 



AS 1 2

CO CL8878Contig1 970 2 2 U
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GGTTTCTGTTTGAGATTTGATCGAAACGAGAGAGAGATCGGAAGCCCGGGCGTAGGAATG
GACGAGGTGATGACAGCCGCGGACGCCGGCGGCGGAAATAGGTCACTGTACGAATCCACT
CCACCGTCGCAGAATCTGCTCCCTCACAATCTCCCCATCTTCTCGGCGTTTCTCGCATTG
GCTCTTGCTCAGTCCCTCAAAGTTTTCACTCATTGGTACAAAGAGAAGAGATGGGACTCT
AAACGTATGCTTAGTTCTGGTGGTATGCCTTCTTCTCACTCTGCTACTGTCACTGCCTTG
GCTCTCTCCATTGGCCTAGAAGAAGGTGCTGGCGCACCCGCTTTTGCCATCGCTCTTGTC
TTAGCTTGCGTTGTGAGTTCTCTTTTAAGTTCACATTTTCATTGAATATACAAAGTATCA
TCTTTATTGAACCCAAACGACCTTCCCTCTCTACCTTTGGTGTGTTTGGGTTGCAGGTAA
TGTATGATGCCTCTGGGGTTAGGCTTCATGCTGGTCGTCAAGCTGAGCTGCTGAATCAGA
TTGTTTGTGAGTTCCCTCCGGAGCATCCATTATCTACAGTTAAACCCTTGCGTGAACTGC
TCGGCCACACTCCTATCCAGGTTGCGGCCGGCGCCATTTTAGGATGCGTGGTAGCGTATT
TGATGAGGAGTACAAGCTAGTTTTTACAACAACAATGAATCCAACATTCTTTTGAAAATC
ATAGACCCTTGAGAAGCTACATATAGATTCATTCATCAGCAATCAAGCTGGTGGGGTAGA
TTATTGGCAAGTAAATGGAAATTGTGAAGTCTGTGTAATATTTAGATCATTGTTAGAGAG
ACCTTTCCTTACCTGATGTGAACTGACTTGTCATTATTTTTTTGAAATAGTTCTGTGTGT
TTTATGGTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F363TF U 1
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BS 642 970 RR3F363JQ

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GGTTTCTGTTTGAGATTTGATCGAAACGAGAGAGAGATCGGAAGCCCGGGCGTAGGAATG
GACGAGGTGATGACAGCCGCGGACGCCGGCGGCGGAAATAGGTCACTGTACGAATCCACT
CCACCGTCGCAGAATCTGCTCCCTCACAATCTCCCCATCTTCTCGGCGTTTCTCGCATTG
GCTCTTGCTCAGTCCCTCAAAGTTTTCACTCATTGGTACAAAGAGAAGAGATGGGACTCT
AAACGTATGCTTAGTTCTGGTGGTATGCCTTCTTCTCACTCTGCTACTGTCACTGCCTTG
GCTCTCTCCATTGGCCTAGAAGAAGGTGCTGGCGCACCCGCTTTTGCCATCGCTCTTGTC
TTAGCTTGCGTTGTGAGTTCTCTTTTAAGTTCACATTTTCATTGAATATACAAAGTATCA
TCTTTATTGAACCCAAACGACCTTCCCTCTCTACCTTTGGTGTGTTTGGGTTGCAGGTAA
TGTATGATGCCTCTGGGGTTAGGCTTCATGCTGGTCGTCAAGCTGAGCTGCTGAATCAGA
TTGTTTGTGAGTTCCCTCCGGAGCATCCATTATCTACAGTT

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DS 

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CCTTGGCTCTCTCCATTGGCCTAGAAGAAGGTGCTGGCGCACCCGCTTTTGCCATCGCTC
TTGTCTTAGCTTGCGTTGTGAGTTCTCTTTTAAGTTCACATTTTCATTGAATATACAAAG
TATCATCTTTATTGAACCCAAACGACCTTCCCTCTCTACCTTTGGTGTGTTTGGGTTGCA
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TCAGATTGTTTGTGAGTTCCCTCCGGAGCATCCATTATCTACAGTTAAACCCTTGCGTGA
ACTGCTCGGCCACACTCCTATCCAGGTTGCGGCCGGCGCCATTTTAGGATGCGTGGTAGC
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AAATCATAGACCCTTGAGAAGCTACATATAGATTCATTCATCAGCAATCAAGCTGGTGGG
GTAGATTATTGGCAAGTAAATGGAAATTGTGAAGTCTGTGTAATATTTAGATCATTGTTA
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TGTGTTTTATGGTCG

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

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AAACAAAAACAACACAAACCAGCATTTAACGGTAACTCTTCTGGAAAAGAGAACGAGCAC
CACGACCACCAAACTTCTTCGGCTCGCACCTCCTCGGACCCGCCACGAGCAGAGTCCTAT
CGTACCTAACCAGGATATCCTTCACCTCCTTCTTCGACTGCTCGTCCACGTACTTCTGGT
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CACCACCCTTGACGCGGATCCTCATGTCGACGCCAGCGAAACGGTGCTTCCCGAGGAGGA
GGACCGGCTCGTAGATCTTGTATCGGAGGATATCAGGCTGGAAGAGCTCGATCGGGGCAC
CGTTGAGCTTGATGAGACCGCATCCACGCTTGCAGTGGGTGACAGCCACCGCCGTCTTCT
TCCTCCCGAAGCATTGCACGGATGCTTTAGCAGTTTGTGTCGCCATGGTTGTGGGGTTTA
CTCTTTCGTCCGCCGCTGAAAATGAAAAA


BQ
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AF RR3DE67TF C 1
AF RR3GZ86JQ U 19
BS 1 36 RR3DE67TF
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RD RR3DE67TF 629 0 0
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AAACAAAAACAACACAAACCAGCATTTAACGGTAACTCTTCTGGAAACGAGAACGAGCAC
CACGACCACCAAACTTCTTCGGCTCGCACCTCCTCGGATCCGCCACGAGCAGAGTCCTAT
CGTACCTAACCAGGATATCCTTCACCTCCTTCTTCGACTGCTCGTCCACGTACTTCTGGT
AGAACGCCACGAGCGCCTTGGCGATACTCTGACGGATGGCGTAGACCTGGGAAGTGTGAC
CACCGCCCTTGACGCGGATCCTCATGTCTACGCCAGCGAAACGGTGCTTCCCGAGGAGGA
GGACCGGCTCGTAGATCTTGTATCGGAGGATATCAGGCTGGAAGAGCTCGGTCGGGGCAC
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TCCTCCCGAAGCATTGCACGGATGCTTTAGCAGTTTGTGTCGCCATGGTTG*GGGGTTTG
CTCTTTCGTCCGCCGCTGGAAATGAAAAA

QA 1 629 1 629
DS 

RD RR3GZ86JQ 611 0 0
AAAACTTTCCGATACCAT
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AAAATGAAACCTTGCAACGATCCGAAACAAAAACAACACAAACCAGCATTTAACGGTAAC
TCTTCTGGAAAAGGGAACGAGCACCACGCCCACCAAACTTCTTCGGCTCGCACCTCCTCG
GACCCGCCACGAGCAGAGTCCTATCGTACCTAACCAGGATATCCTTCACCTCCTTCTTCG
ACTGCTCGTCCACGTACTTCTGGTAGAACGCCACGAGCGCCTTGGCGATACTCTGACGGA
TGGCGTAGACCTGGGAAGTGTGACCACCACCCTTGACGCGGATCCTCATGTCGACGCCAG
CGAAACGGTGCTTCCCGAGGAGGAGGACCGGCTCGTAGATCTTGTATCGGAGGATATCAG
GCTGGAAGAGCTCGATCGGGGCACCGTTGAGCTTGATGAGACCGCATCCACGCTTGCAGT
GGGTGACAGCCACCGCCGTCTTCTTCCTTCCGAAGCATTGCACGGATGCTTTAGCAGTTT
GTGTCGCCATGGTTGTGGGGTTTACTCTTTCGTCCGCCGCTGAAAATGAAAAA

QA 19 611 19 611
DS 



AS 1 2

CO CL8880Contig1 781 2 2 U
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TATTTAGGAGTTTTCTCGAGAAAAGAAAATGAAGGAGAACGCAGGAAACCCTCTCCATCT
CACGTCACTGAACCATGTGTCTCTCCTGTGCCGATCCATCGAAGAATCCATGAATTTTTA
TCAAATGGTGTTAGGGTTCTTTCCCATTCGAAGACCTGAATCTTTAAATTTTGATGGCGC
TTGGTTGTTTGGGCATGGAATTGGAATACATCTCTTGCGTTCTTCAGAACCAGAGAAACT
TCCCAAGAAGACCGAAATCAATCCCAAAGACAATCATATCTCTTTCCAGTGCGAGAGTAT
GGAGGCAGTGGAGAAGAAGCTTGAGGAGATGGAGATAGAGTATGTGAGGGCGATAGTTGA
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GATATGCAACTGTGAGTGTCTCCCCGTTGTCCCCCTCATAGGAGGAATGGCTCGCTCCTG
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ATTGTTTGTGCGTGTAATGAATAAGAGACCGACGTGAATCAGTGGATGTGATTCCACTCG
AGGAAATGATCATTCTCCTTGCTCTTCTTACTATATGGTAGGTATAACCAATAATTAATG
C


BQ
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10 

AF RR3EZ07TF U 1
AF RR3EZ07JQ C 175
BS 1 719 RR3EZ07TF
BS 720 781 RR3EZ07JQ

RD RR3EZ07TF 719 0 0
GGGCAATCGTCTCATCTAATCAACCTGGACTATACCAACGTACGACGTCGACGCCATTGT
TATTTAGGAGTTTTCTCGAGAAAAGAAAATGAAGGAGAACGCAGGAAACCCTCTCCATCT
CACGTCACTGAACCATGTGTCTCTCCTGTGCCGATCCATCGAAGAATCCATGAATTTTTA
TCAAATGGTGTTAGGGTTCTTTCCCATTCGAAGACCTGAATCTTTAAATTTTGATGGCGC
TTGGTTGTTTGGGCATGGAATTGGAATACATCTCTTGCGTTCTTCAGAACCAGAGAAACT
TCCCAAGAAGACCGAAATCAATCCCAAAGACAATCATATCTCTTTCCAGTGCGAGAGTAT
GGAGGCAGTGGAGAAGAAGCTTGAGGAGATGGAGATAGAGTATGTGAGGGCGATAGTTGA
AGAAGGAGGGATCCAAGTGGATCAGCTTTTCTTCCACGATCCAGATGACTTCATGATCGA
GATATGCAACTGTGAGTGTCTCCCCGTTGTCCCCCTCATAGGAGGAATGGCTCGCTCCTG
CTCCAGAGCCAAACTCCATCCGATGGTGCAGCCACAACCGCAGACTCAGATCCACCGAGT
GGTCCACCCTTAACAATGATCTCTGTCTTTGTTGTCATTGTGTTTTGTGTGTTTGTATGT
ATTGTTTGTGCGTGTAATGAATAAGAGACCGACGTGAATCAGTGGATGTGATTCCACTC

QA 1 719 1 719
DS 

RD RR3EZ07JQ 607 0 0
TTTTTATCAAATGGTGTTAGGGTTCTTTCCCATTCGAAGACCTGAATCTTTAAATTTTGA
TGGCGCTTGGTTGTTTGGGCATGGAATTGGAATACATTTCTTGCGTTCTTCAGAACCAGA
GAAACTTCCCAAGAAGACCGAAATCAATCCCAAAGACAATCATATTTCTTTCCAGTGCGA
GAGTATGGAGGCAGTGGAGAAGAAGCTTGAGGAGATGGAGATAGAGTATGTGAGGGCGAT
AGTTGAAGAAGGAGGGATCCAAGTGGATCAGCTTTTCTTCCACGATCCAGATGACTTCAT
GATCGAGATATGCAACTGTGAGTGTCTCCCCGTTGTCCCCCTCATAGGAGGAATGGCTCG
CTCCTGCTCCAGAGCCAAACTCCATCCGATGGTGCAGCCACAACCGCAGACTCAGATCCA
CCGAGTGGTCCACCCTTAACAATGATCTCTGTCTTTGTTGTCATTGTGTTTTGTGTGTTT
GTATGTATTGTTTGTGCGTGTAATGAATAAGAGACCGACGTGAATCAGTGGATGTGATTC
CACTCGAGGAAATGATCATTCTCCTTGCTCTTCTTACTATATGGTAGGTATAACCAATAA
TTAATGC

QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

CO CL8881Contig1 806 2 5 U
GGGATAGCTTTTCTCCGTGATTCACGTACTTTATAAAAGATAATTTTGTATATTTCCACT
AAGCTTTAGTTTCTCTCTTGCTAGTGTGGAGATTTCAAGTCAATAACGGCAATCTTTTCT
CATTAGATACACAAAGCCTCTTTGAAATCATTACTCTCTCGTAAACTCTCTGTGATCTAT
ACATCTTCTCTCCAGCATAGTAATGGATCTTTACCTTCTCCTTGTGATAGTTGCTACGCT
TTTGTGTAGTAGAATCTTTTCTTTTGTTTATGGAAAGTTCAGAGTCCAAGAAAACAAATT
AATTGCTTTTTTTTTTTCATCTCCCCAGTCGTCTTTGCCTATACACGATGTCTTCCCGAG
CTTTCACGGAGCAGACATCCGTAGATCCTTTTTCAGTCATTTTCTGAAGGAGTTTGGGAT
CAAAGGAATCAACCTGTTCATTGATAACGAGAACACTAGAGGGGAGTTTATCGGCCCTGA
GCTCAAGAAAGCAATCCAAGGATCAAAAATTGCTATTGTGTTGCTCTCGAAAAGATACGC
GTCTTCATCTTGGTGTCTTGACGAGTTAGTGGAAATAATGAAGTGTGAGGAAGAGTTAGG
TCAAACGGTGATGCCCGTTTTCTATGAAGTGGATCCAACTGATGTAAAGAAGCAGGCCGG
TGAGTTTGGGAAAGTCTTCAAAAAAACTTGTAAAGGTAAAACAAATGAGGTTATTGTAAA
ATGGAGTCAAGCTTTGGCACAAGTGGCCACACTCGCTGGTTACCGTTCTTTTTTTTTTTT
AACTCAACATCAACTATTTCATTGAT


BQ
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AF RR3BK42TF U 389
AF RR3BK42JQ C 1
BS 1 392 RR3BK42JQ
BS 393 655 RR3BK42TF
BS 656 656 RR3BK42JQ
BS 657 685 RR3BK42TF
BS 686 806 RR3BK42JQ

RD RR3BK42TF 297 0 0
TTTC
TCAGTCATTTTCTGAAGGAGTTTGGGATCAAAGGAATCAACCTGTTCATTGATAACGAGA
ACACTAGAGGGGAGTTTATCGGCCCTGAGCTCAAGAAAGCAATCCAAGGATCAAAAATTG
CTATTGTGTTGCTCTCGAAAAGATACGCGTCTTCATCTTGGTGTCTTGACGAGTTAGTGG
AAATAATGAAGTGTGAGGAAGAGTTAGGTCAAACGGTGATGCCCGTTTTCTATGAAGTGG
ATCCAACTGATGTAAAGAAGCAG*CCGGTGAGTTTGGGAAAGTCTTCAAAAAA

QA 5 297 5 297
DS 

RD RR3BK42JQ 806 0 0
GGGATAGCTTTTCTCCGTGATTCACGTACTTTATAAAAGATAATTTTGTATATTTCCACT
AAGCTTTAGTTTCTCTCTTGCTAGTGTGGAGATTTCAAGTCAATAACGGCAATCTTTTCT
CATTAGATACACAAAGCCTCTTTGAAATCATTACTCTCTCGTAAACTCTCTGTGATCTAT
ACATCTTCTCTCCAGCATAGTAATGGATCTTTACCTTCTCCTTGTGATAGTTGCTACGCT
TTTGTGTAGTAGAATCTTTTCTTTTGTTTATGGAAAGTTCAGAGTCCAAGAAAACAAATT
AATTGCTTTTTTTTTTTCATCTCCCCAGTCGTCTTTGCCTATACACGATGTCTTCCCGAG
CTTTCACGGAGCAGACATCCGTAGATCCTTTTTCAGTCATTTTTTGAAGGAGTTTGGGAT
CAAAGGAATCAACCTGTTCATTGATAACGAGATCACTAGAGGGGAGTTTATCGGCCCTGA
GCTCAAGAAAGCAATCCAAGGATCAAAAATTGCTATTGTGTTGCTCTCGAAAAGATACGC
GTCTTCATCTTGGTGTCTTGACGAGTTAGTGGAAATAATGAAGTGTGAGGAAGAGTTAGG
TCAAACGGTGATGCCCGTTTTCTATGAAGTGGATCCAACTGATGTAAAGAAGCAGGCCGG
TGAGTTTGGGAAAGTCTTCAAAAAAACTTGTAAAGGTAAAACAAATGAGGTTATTGTAAA
ATGGAGTCAAGCTTTGGCACAAGTGGCCACACTCGCTGGTTACCGTTCTTTTTTTTTTTT
AACTCAACATCAACTATTTCATTGAT

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL8882Contig1 405 2 1 U
GGAACCCATTCGTTGCGTTTCTTCTGCATCGACCGTCGGATCGCCTCGTCCTTACGCGAA
TTCACAACAATGACTCGTGGAAGTCAGAGAGAGCGTGACTGTGAAAGAGCTGCAGCTCGT
GCTGGAGGAAAGGGAAAAGGTGCTGACGACGGGTTGACGCCCGAGCAACGCCGTGAAAGA
GATGGAAAAGCATTGCAAGAGAAGGCAGCAAAGAAGGCTGCTCAAGCTGCAGCGGCTGCA
GCTTCTGGTGGAAGCAAAGGAACTGCTAAGAAGTGATCCTTTTCGTTTGTCCCTTTGGGC
TTATTTGTAGACTTATTACATTTTTCTTTATATCTCTCAAAATGTGGCTTAACTTAGACT
TAAGCTTTTCTCTTGTCTTAATCCCATTATACTGTCTTTCGTGTT


BQ
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AF RR3CX45JQ C 1
AF RR3CX45TF U 1
BS 1 405 RR3CX45TF

RD RR3CX45JQ 405 0 0
GGAACCCATTCGTTGCGTTTCTTCTGCATCGACCGTCGGATCGCCTCGTCCTTACGCGAA
TTCACAACAATGACTCGTGGAAGTCAGAGAGAGCGTGACTGTGAAAGAGCTGCAGCTCGT
GCTGGAGGAAAGGGAAAAGGTGCTGACGACGGGTTGACGCCCGAGCAACGCCGTGAAAGA
GATGGAAAAGCATTGCAAGAGAAGGCAGCAAAGAAGGCTGCTCAAGCTGCAGCGGCTGCA
GCTTCTGGTGGAAGCAAAGGAACTGCTAAGAAGTGATCCTTTTCGTTTGTCCCTTTGGGC
TTATTTGTAGACTTATTACATTTTTCTTTATATCTCTCAAAATGTGGCTTAACTTAGACT
TAAGCTTTTCTCTTGTCTTAATCCCATTATACTGTCTTTCGTGTT

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR3CX45TF 405 0 0
GGAACCCATTCGTTGCGTTTCTTCTGCATCGACCGTCGGATCGCCTCGTCCTTACGCGAA
TTCACAACAATGACTCGTGGAAGTCAGAGAGAGCGTGACTGTGAAAGAGCTGCAGCTCGT
GCTGGAGGAAAGGGAAAAGGTGCTGACGACGGGTTGACGCCCGAGCAACGCCGTGAAAGA
GATGGAAAAGCATTGCAAGAGAAGGCAGCAAAGAAGGCTGCTCAAGCTGCAGCGGCTGCA
GCTTCTGGTGGAAGCAAAGGAACTGCTAAGAAGTGATCCTTTTCGTTTGTCCCTTTGGGC
TTATTTGTAGACTTATTACATTTTTCTTTATATCTCTCAAAATGTGGCTTAACTTAGACT
TAAGCTTTTCTCTTGTCTTAATCCCATTATACTGTCTTTCGTGTT

QA 1 405 1 405
DS 



AS 1 2

CO CL8883Contig1 402 2 1 U
GGGTTCTAGCTCTGGTCAAAGAACCAGAAAATGACTGGATCAGTACAACGATTTTCGAAG
CTGCGCAGATGGCGGAAGGAGTCGAAGAAGGCTTCACGGGTCTGTTGCTAGGAGGCGATA
CACTAGGACGGAGCTTCTCCGCCGATAAAAACGAGAGGGATCACAGGAGAATAGTGGTGG
TGGGTGCAACAACTACTTCGAGGATAACAAGAACTATTTGGATAGCATTTTCAACTTTGT
TGATCCTCCACCGTCCGATTCTCAGCCCATATTCTAAGTCAAAGGTTGATTTTTTTCTGG
GAATGTTTTTGATTCTTTTAGTTACTTAGTAGTTGTATGAACCAATCATATGATCGATCT
TTCATATGAGAACTTTCAGAAGAAAGAATACAGTTCATAATC


BQ
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AF RR3GZ69JQ C 1
AF RR3GZ69TF U 1
BS 1 402 RR3GZ69TF

RD RR3GZ69JQ 402 0 0
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QA 1 402 1 402
DS 

RD RR3GZ69TF 402 0 0
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CACTAGGACGGAGCTTCTCCGCCGATAAAAACGAGAGGGATCACAGGAGAATAGTGGTGG
TGGGTGCAACAACTACTTCGAGGATAACAAGAACTATTTGGATAGCATTTTCAACTTTGT
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GAATGTTTTTGATTCTTTTAGTTACTTAGTAGTTGTATGAACCAATCATATGATCGATCT
TTCATATGAGAACTTTCAGAAGAAAGAATACAGTTCATAATC

QA 1 402 1 402
DS 



AS 1 2

CO CL8884Contig1 977 2 2 U
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BQ
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AF RR3DY37TF U 1
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BS 649 977 RR3DY37JQ

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QA 1 648 1 648
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QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH34TF U 1
AF RR3FH34JQ C 264
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BS 650 683 RR3FH34TF
BS 684 1032 RR3FH34JQ

RD RR3FH34TF 683 0 0
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CGCACTTGTTTCCTCTCATGTACAGTGAGAGATTTTGACCGTTAGGGTTCTCATCGGATT
CTTCGATCGGCCTGAAAGTTCGCGACTTTACGAGGATCTGTGTCTCTTTATGAGCTTCGT
GTTCTGAAGAAGATGGATCTATCTTCTCAGCGACAATCCCCAAACGGGTCCAGAGGCTTT
CGCCTTCAAGCTCCATTGGTGGACTCTGTATCTTGCTACTGCAGAGTGGGCTCAGGTCTC
AAGACCGTTGTGGAAGCGAGAAAGTTCGTTCCTGGCTCAAAGCTCTGTATCCAACCCGAC
ATTAACCCCAATGCTCACCGCCGCAGCAAGAACTCCAAGCGGGAGAGGACGAGAAACCCA
TGTACTTCTCTGAACGGTCGTCTCTACGGGTTGGATTGTAGGGACGGGTGCAAGCTCAGG
GTGTTTGATGAGTCCACAGATTCATGGAACAAGTTCATGGACAGTAAAGTTCACTTGGGG
AACTCAAATGCCCTTGAAGCTGCGGCTCTTGTTCCGCTGAACAATAAGCTTTGTATAGTC
AGGAACAACATGAGCATGAGTCTGGTTGATGTCTCGAATCCTGATA**GACAACCCTCGG
GTGTGGGAAAACATTGCGGTGAA

QA 1 683 1 683
DS 

RD RR3FH34JQ 769 0 0
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GTTCGTTCCTGGCTCAAAGCTCTGTATCCAACCCGACATTAACCCCAATGCTCACCGCCG
CAGCAAGAACTCCAAGCGGGAGAGGACGAGAAACCCATGTACTTCTCTGAACGGTCGTCT
CTACGGGTTGGATTGTAGGGACGGGTGCAAGCTCAGGGTGTTTGATGAGTCCACAGATTC
ATGGAACAAGTTCATGGACAGTAAAGTTCACTTGGGGAACTCAAATGCCCTTGAAGCTGC
GGCTCTTGTTCCGCTGAACAATAAGCTTTGTATAGTCAGGAACAACATGAGCATGAGTCT
GGTTGATGTCTCGAATCCTGATAAGAACAACCCTCGGGTGTGGGAAAACATTGCGGTGAA
AGGACAGTCCAAGAGCATTCTCAGTAATATATGGTCGAGTATTGCAGGAAGAGCTGTGAA
AAGTCACATTGTGCATTGCCAAGTGCTTCAAGCATGACATAAATGAAAACTCAACAATGG
AGCCAGAATGTTGAGAAGAAACCAACCACGTTGAGCTATCAAGAAGAGAGGACGAAGCAG
GGCAACTCTTGTTTACAAGAGCCTCATGTCTGGTCTTACTCTTAACAGTTATACATGAGA
CCAAGAGTGAGTAAGAAAAGACATGGCCATCTCTTACGGTGTTGTTAATCTTTGTTAGTA
TTTATAGGAATGTGGGTTTTAAAATGGGGTTTTAGCAATTGTTATAGTG

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

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TTCAGCGCGGGGTTCGTCGTCGTGGTCTCGATCACGACGGTCGGAGTTCTGCTCGCGGTT
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GTTGCCGCCGGCGAGGATCTCAGCCACCGTCACAATCACGACGGTGGTGGTGGAATTTGT
AAAGGAGGGATTTGCTGGCACGGCGTTGCGGTTCGGTCGCCGGCTTCTCAGGTTCGGTTT
AGGCTTCCGCAACATATACCGTACGGAGCTTTCTGAGTACATAATAACATGTGTGTGTAG
ATAGACATAAAGGATAATGTTTCTGTATAATAGATGATATTGGCGTGAATTTTAAGAGTT
TTGTTTTTTTGTATTGATATGTTGTAATGTTTTATAGAGATGATTAT


BQ
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AF RR3H203TF U 1
AF RR3H203JQ C 1
BS 1 407 RR3H203TF
BS 408 587 RR3H203JQ

RD RR3H203TF 407 0 0
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TTTATCATCATCTCTATGTGTCTAATGGCGTTATCCGACGCGGTTCTCGGTAACCTCGCG
ACGATCTACGTGGCGGTGATCATAGCGATCAAGGTCTACGGTTTGGTCTCCGGCCAGAGC
TTCAGCGCGGGGTTCGTCGTCGTGGTCTCGATCACGACGGTCGGAGTTCTGCTCGCGGTT
ACGCTCGCCTGGGACGTGTCTCGCAGAGCCGCCGACGCGGTTTCTCGTTACAATCGCGTC
GTTGCCGCCGGCGAGGATCTCAGCCACCGTCACAATCACGACGGTGGTGGTGGAATTTGT
AAAGGAGGGATTTGCTGGCACGGCGTTGCGGTTCGGTCGCCGGCTTC

QA 1 407 1 407
DS 

RD RR3H203JQ 587 0 0
GGATCAACACCACAACTTTTCACGACGACGGTGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAAACTC
TTTATCATCATCTCTATGTGTCTAATGGCGTTATCCGACGCGGTTCTCGGTAACCTCGCG
ACGATCTACGTGGCGGTGATCATAGCGATCAAGGTTTACGGTTTGGTCTCCGGCCAGAGC
TTCAGCGCGGGGTTCGTCGTCGTGGTCTCGATCACGACGGTCGGAGTTCTGCTCGCGGTT
ACGCTCGCCTGGGACGTGTCTCGCAGAGCCGCCGACGCGGTTTCTCGTTACAATCGCGTC
GTTGCCGCCGGCGAGGATCTCAGCCACCGTCACAATCACGACGGTGGTGGTGGAATTTGT
AAAGGAGGGATTTGCTGGCACGGCGTTGCGGTTCGGTCGCCGGCTTCTCAGGTTCGGTTT
AGGCTTCCGCAACATATACCGTACGGAGCTTTCTGAGTACATAATAACATGTGTGTGTAG
ATAGACATAAAGGATAATGTTTCTGTATAATAGATGATATTGGCGTGAATTTTAAGAGTT
TTGTTTTTTTGTATTGATATGTTGTAATGTTTTATAGAGATGATTAT

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

CO CL8887Contig1 1184 2 2 U
GGAACTCATAATCCTCTTGTTAGCTGCAGACGTAACACATATATCAGCTCCTCCGCTTTG
AAATTCTCGACGACTGAGAATCCATCAGAAGGGGGTTAGTTAATGGAAGGAGAGAATGTG
ATAGAAGAAGGTGGCTTTTTGGCCGCGCCTCTGAAGAAGGTAATAACTAATAATAATTAA
CAAAACGTTTCTGCTGTTTCTCATGAGTAAAAAAAACTTGTGATAATTTTTAAGCAGAAA
GGGTCGAATGATAGTAATAATAGCAAGGAAAGCAGAGCTGCGATCCGAAATTAAGCAGCT
TTTGAGAGAGGCCACTGCGTTGTCTCAGCCAGCCACGTTTGCGTAAGCTGCTAAACTTTG
GAGGTCAGCAGCTACTAAAGAGAAAGAACTTGCACACTGTGAGTATTGCTTTCAGTCTCT
ATGGTGATCTTGAGGTTTTGATAGTATGATGCAATAGGGTTGTTAGATTTAGAAATGCAT
TGCAATCTTTTTGGTCTTGTATTAGGTGTGTGTGTGTGTGTATCTGTTAATAGTCTTTTG
TGAAATTCAGATGTGGAGCAGCATAACAAAGAACTGTCATACGATCTGTATGGAAACGTT
CTGATTGCTTCAAAGGTAATCTTCTAAGTTGTGTGTGTTGAAGCTTTTTTCTTTTCTTTC
AGAAACTACTTATGTGAGAAGATGTTGCTAAGAACTTTGTCTCTAGGTTGTGATGTACTT
AATCTTGGTATTTTGGTTCTTGAGGACTCCAATTGCCATGATTGCTAAGCAACTTGTTCA
ACCCTTTGGGAGGTTGTTATCTTGGGGAACAGGAGGTCACTTGACAGGCCATGCGATGGT
AGATTCCTTCTTCTCTTGCTTGCTTCTCAATTCATTTGTTTTGGTATGCTGTTGTGGGAA
TGAGATTGTTGTTTGGTTGTGTGAAAAATGCAGGTTGGGATCATACCGTGGCTGATACTC
TCAACCAGAGTGAGCAAATATGTGTGGAAGTTCGTTGAGTTCTAAAAATCACATTCCTCA
AGAAAATTAATGTTTTTTTCAGTCTTGAAGTTGTAGCCCTTTTTAGGAGACACTTGTGCC
ATAATTGTTCTTTTCCTAATCTAACTTGGCATTTTTGTACATTATATGGATCCCTGTTTT
CCAGTTTATGCTGGATTTTTACCAATAACAATGGCAATGATAGC


BQ
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AF RR3FB03TF U 1
AF RR3FB03JQ C 292
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BS 703 1184 RR3FB03JQ

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DS 

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TGCAATCTTTTTGGTCTTGTATTAGGTGTGTGTGTGTGTGTATCTGTTAATAGTCTTTTG
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CTGATTGCTTCAAAGGTAATCTTCTAAGTTGTGTGTGTTGAAGCTTTTTTCTTTTCTTTC
AGAAACTACTTATGTGAGAAGATGTTGCTAAGAACTTTGTCTCTAGGTTGTGATGTACTT
AATCTTGGTATTTTGGTTCTTGAGGACTCCAATTGCCATGATTGCTAAGCAACTTGTTCA
ACCCTTTGGGAGGTTGTTATCTTGGGGAACAGGAGGTCACTTGACAGGCCATGCGATGGT
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TGAGATTGTTGTTTGGTTGTGTGAAAAATGCAGGTTGGGATCATACCGTGGCTGATACTC
TCAACCAGAGTGAGCAAATATGTGTGGAAGTTCGTTGAGTTCTAAAAATCACATTCCTCA
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ATAATTGTTCTTTTCCTAATCTAACTTGGCATTTTTGTACATTATATGGATCCCTGTTTT
CCAGTTTATGCTGGATTTTTACCAATAACAATGGCAATGATAGC

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DS 



AS 1 2

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GGGGAGAAACCTCGGTTCAGCGTTTAGACAAGATTTGGCTAATCTTGACAAAGATCCAGA
TAATTACAAGACTGCAATGAGCAAATTGAGAACCATTGTGAAAGATTTGGATGCAAACGG
TATACATGCGTTTCTCACTCAAGTTTCTGAAACAAAAGAGATTGGTTCCGAGTCTGGCGG
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GTCAGGCTCTCCTTTGTTGGCTTATGCTGACAATAACCAAGAACCGGTTCAAGAAATCAG
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GATCGGGTACTACTACTCCAACAGAAGACATCTGTGAGAAACTAAAGATAGATTTGGATT
CTGAGGACAAAGTGAAGAGAGAAGAGAGTGAAACAGAGTCAAGACGGGACAGCAGCAAGA
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GCGCAAGTAGTGAGCATAGAAAGCTTAGAACTTACTTAGGTTCAGATTGTGTGTTCTATT
GTTCTTCTGTCAATGTGTGGATCTTTTTTGAATACTCTCT


BQ
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AF RR3GV54TF U 1
AF RR3GV54JQ C 423
BS 1 715 RR3GV54TF
BS 716 1180 RR3GV54JQ

RD RR3GV54TF 722 0 0
GGGCAAAGTTCAAAAACAAAAAGTTGAAGAATCCTTCTTCTGGTTTTCTTGGCGTCGTAT
CGTAAGTAGGAGGAGAAGAAAGATCCATCTCTCTTGGGTTTTTCCTTAATTTTCAGATTC
TGGGATCAATCTTCGCTATCAGACAAGACAACTGAGGGATTCAAGAGGGAACACAGAAAT
GGGGAGAAACCTCGGTTCAGCGTTTAGACAAGATTTGGCTAATCTTGACAAAGATCCAGA
TAATTACAAGACTGCAATGAGCAAATTGAGAACCATTGTGAAAGATTTGGATGCAAACGG
TATACATGCGTTTCTCACTCAAGTTTCTGAAACAAAAGAGATTGGTTCCGAGTCTGGCGG
CTACACGGTCTCTCTCTTTGAAGACCTTGCACGTGCAGAGAGATTGATAAAAGAGGCTGA
TCCATCAGTGAAGTCTACACATAACAGGAGTTATGTAAACGACCAAGAAGATGATGATGT
GTCAGGCTCTCCTTTGTTGGCTTATGCTGACAATAACCAAGAACCGGTTCAAGAAATCAG
GTAGAGACATTAAAAAGCTATATCTCTTATGTGTTCTTTTTTAGGGAAGTTTTTCATTGT
TTCAGATTCAGTTCTCTGGTGTTGAAGATGATAGCATGGAGTTAGTTTGTTTCCATCAGA
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QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3GV54JQ 758 0 0
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AGTGTGTTGAGATGGGGTTTGGGTTTCTTCTCTGTTGTAGTTGCAGGGCTTGCTTCCTTT
ATGTGGGTGCATCTGCAAGATGATATGATGATGCCTCCTCATCTTGTTCCTACTTGAAGC
GCAAGTAGTGAGCATAGAAAGCTTAGAACTTACTTAGGTTCAGATTGTGTGTTCTATTGT
TCTTCTGTCAATGTGTGGATCTTTTTTGAATACTCTCT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TCAATTTGTTTGATATCTGGAGGTTTGTGTTAGAGATGTATCCCTGTGGTTACGTTGCTG
AAGTCACCAACTTGTCTCCTCGAGCCACTGAGAAAGATGTTCATAGTTTCTTCTCTCATT
GCGGAATAGTCGAGCTTGTCGAGATCACTGGATGCGGAGGGAATGATGCGTTAACGGCTT
ATGTAACATTCAGAGATGCGTATGCCCTGGATATGGCCTTGTTACTTAACGGAGCTACGA
TCGTTGATCAAACCGTGTGGATATCCATGTACGGTGTCTATCTACACGAATCTAACAATC
TCACACGAGAAGGAGACTATACTGTAACGGTTACTCAAAGTCACGCGGATGCATTTGCTT
CGTCGCCTGGAGAAGCAGTAACCATTGCTCAGCAAGTCGTCAAGACAATGATATCTAAAG
GCTACGTTCTAAGCAAGGATGCATTCGGTAAAGCCAAGGCTTTGGACGAGTCTCAGAGAT
TCTCAAGCTCGGTAGCCAACAAATTGGCAGAGATCGGCCGTTACATTGGCCTCACACAAA
ACATTCAGCCCAGTATGGAAGCCGTGAGGTCAGCGGACGACAAGTATCACTTCTCTGATT
TCACAAAATCAGCGGTTCTTGTCACTGGCACGGCTGCTGTGGCTGCAGCCACCATTACAA
AAAGTGGCTGCTGCTGCTGCCACCACTGTGGTCAACAGTCGATACTTTGCTAACGGGGCT
TTATGGTTCTCAGATGCTTTGGGTCGGGCTGCAAAAGCAGCGGCCCATATGGGTGGTGGT
GGTGGAAGCAGTTGATTATGTATAATATGAGGTTTTAAGCCATAAAGATGCTGGAATAAA
AAAAAACATAAATGTATAATTAATACAATCACATGATTTCCCTGTATGTTATATGAGAAA
TTGTAGACAAATTTTATAAATATTAAATAGTTATACATGGAAGGAG


BQ
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AF RR3GZ60TF U 1
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BS 646 946 RR3GZ60JQ

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CGTCGCCTGGAGAAGCAGTAACCATTGCTCAGCAAGTCGTCAAGACAATGATATCTAAAG
GCTACGTTCTAAGCAAGGATGCATTCGGTAAAGCCAAGGCTTTGGACGAGTCTCAGAGAT
TCTCAAGCTCGGTAGCCAACAAATTGGCAGAGATCGGCCGTTACATTGGCCTCACACAAA
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TCACAAAATCAGCGGTTCTTGTCACTGGCACGGCTGCTGTGGCTG

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TTCAGCCCAGTATGGAAGCCGTGAGGTCAGCGGACGACAAGTATCACTTCTCTGATTTCA
CAAAATCAGCGGTTCTTGTCACTGGCACGGCTGCTGTGGCTGCAGCCACCATTACAAAAA
GTGGCTGCTGCTGCTGCCACCACTGTGGTCAACAGTCGATACTTTGCTAACGGGGCTTTA
TGGTTCTCAGATGCTTTGGGTCGGGCTGCAAAAGCAGCGGCCCATATGGGTGGTGGTGGT
GGAAGCAGTTGATTATGTATAATATGAGGTTTTAAGCCATAAAGATGCTGGAATAAAAAA
AAACATAAATGTATAATTAATACAATCACATGATTTCCCTGTATGTTATATGAGAAATTG
TAGACAAATTTTATAAATATTAAATAGTTATACATGGAAGGAG

QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

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CCTCTTGTATACAATAATCAATAATCATATTATATGTGTTCC


BQ
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AF RR3BW83JQ C 1
AF RR3BW83TF U 1
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DS 

RD RR3BW83TF 402 0 0
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CAGAAGAAGTGGAAACAACATCAGAAGAACATGGAGGAAAAGGTGATGTAGTAAGGAAGA
TGTTAACAGAGGTTCTGATTGATAATGCGAGATTAAGGAAACAGGTTAACTCTGTTCTTC
GTTGCTCTTTGTCTGGACATAGAATATCAGTCAGAGAAGCCAGTTCAGAAGAGGAAGATC
AAGAAGGGAGTGTTGATCTGGCAAGTAGTGTTCTAAGCAAGATCCTTGAGAAATGATTTT
ATCAGGTTTATTTGTCTCTTTCTTATACATACTGTAATCAATAATCATATTATATGAGTT
CCTCTTGTATACAATAATCAATAATCATATTATATGTGTTCC

QA 1 402 1 402
DS 



AS 1 2

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ATCGCCATCGTCTTCAAAAGGCTACGTGTTTGATGGGGATAATAATCTCTCTACACTCTC
TCTTTCTTCCGTCCAGTCTCCTCCTCTTCAAGACGCCCAGGTTAAGACAAAACCCACTCC
GCAAGACAAACATAACAACAACGACAGAGATGAGTTCTACATCAACCTCGGTCTCGCTGT
CCGTACGCTTCGTGAAGATATGCCTTTGATCTTCGCTAGAGATCTAAACTACGACATCTA
CAGGGATGATGTAACGTTTGTGGATCCGATGAACACATTCAGTGGGATTGAAAACTACAA
GTTGATCTTCTGGGCACTCAGGTTTCACGGGAAGATATTGTTCAGAGACATTTCTCTTGA
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TGTGCCTAGAGTTCCATGGGAAGCTAAAGGAGAGTTTCAAGGCACTTCTCGGTATAAACT
CGACCGTAATGGCAAAATCTATGAGCATAAAGTCGATAACTTGGCCTTCAATTTCCCTCA
TCAGCTCAAACCCGCAGTGTCGGTTTTGGATTTGGCGACTGCTTCTGCAAGTAGTCCGAA
TCCAACCTTCTTTTCCGGTTCTGCCGACTCGTGTTCGTGTTCATGGATCGAGTTCTATCA
AGCGGTGAGGCGGACAGTGGACAAGACAGAGGATATGCTTGTGACAGACAGTTTAATCAC
ATGCTCATAGTGGAAATAGAGTTGTTGCTATACACATACTCAGGGACACACCCTTCTCGG
GCGTATATAGGTGTTACATTTGAAGGTTATATATATATGTGTGAGTAGATCTGGTTGGCT
CTAAGCTTTAGAGGAAACATAAAAGTGTAATGTGGTTCCAAAAGCTTTTATACAACTTTG
TCAATAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H148TF U 1
AF RR3BY12JQ C 284
BS 1 337 RR3H148TF
BS 338 338 RR3BY12JQ
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BS 795 1027 RR3BY12JQ

RD RR3H148TF 794 0 0
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TCTTTCTTCCGTCCAGTCTCCTCCTCTTCAAGACGCCCAGGTTAAGACAAAACCCACTCC
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AGCGGTGAGGCGGA

QA 1 794 1 794
DS 

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AGGTGGACTCTCAAGGGTGTGCCTAGAGTTCCATGGGAAGCTAAAGGAGAGTTTCAAGGC
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TCTGCAAGTAGTCCGAATCCAACCTTCTTTTCCGGTTCTGCCGACTCGTGTTCGTGTTCA
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GCTTTTATACAACTTTGTCAATAC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3E204JQ C 1
AF RR3E204TF U 1
BS 1 403 RR3E204TF

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DS 

RD RR3E204TF 403 0 0
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GAAGGAATCACCACTCGGGTTAGCCACTGAATCTGCTCATCCAGCCCGATTCTCCCCTGA
TGATAAATATTCAAAGGAGAGAGTTACTTTGAAGAAGCGTTTTGGTCTCTTACCCATCCA
GGGCGCACCTGTCAAGTACTGAAAGGCCTGCTTCCCTTTTGGTTTTTCATGTTTTGCTGC
TACGTTGTTTCTTAATGAAACCGTCTTTGTAATTGTATCTTCTCCATATAGTGGAGTAGC
TTTCGTGAACCTTAAAAAGAAGCAAGACTTCGAGAGTTATTTA

QA 1 403 1 403
DS 



AS 1 2

CO CL8894Contig1 861 2 2 U
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AAGATGGCTTTCAGAGTGATTGCAGAGAGACTATCTGAGGAAGAGATCGGTGGGCTCAAA
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GATGGAAGTGGTTACATCACTGTTGATGAGCTTCAACAGGCTTTGAAGGAGTTTGGTATA
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AGAACAATGAGGAACACTGTCAACTTTGCAAATTGGAAATCATGTTCCTGATGAAGTCAA
TGAGTGGCTAAATACTTGAGT


BQ
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AF RR3A630TF U 1
AF RR3A630JQ C 337
BS 1 745 RR3A630TF
BS 746 861 RR3A630JQ

RD RR3A630TF 745 0 0
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CATTTGAACAAGCTGGAGAGAGAGGAGAATCTAGTGGCTGCATTCTCTTTCTTTGACAAA
GATGGAAGTGGTTACATCACTGTTGATGAGCTTCAACAGGCTTTGAAGGAGTTTGGTATA
AATGATTCACATCTTGATGAAATGATCAAAGACATTGATCAAGACAATGATGGACAGATA
GACTATGGAGAGTTTGTGGCAATGA

QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3A630JQ 525 0 0
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TCAGAGATCCAAGAACTCTTGCGTTCAGCTGATGTTGATGAGAATGGATCAATAGACTAT
GGAGAGTTTTTAGCAGCAACAATCCATTTGAACAAGCTGGAGAGAGAGGAGAATCTAGTG
GCTGCATTCTCTTTCTTTGACAAAGATGGAAGTGGTTACATCACTGTTGATGAGCTTCAA
CAGGCTTTGAAGGAGTTTGGTATAAATGATTCACATCTTGATGAAATGATCAAAGACATT
GATCAAGACAATGATGGACAGATAGACTATGGAGAGTTTGTGGCAATGATGAGGAAAGGG
AATGGCAGTGGAGGGGTTGGTAGGAGAACAATGAGGAACACTGTCAACTTTGCAAATTGG
AAATCATGTTCCTGATGAAGTCAATGAGTGGCTAAATACTTGAGT

QA 1 525 1 525
DS 



AS 1 2

CO CL8895Contig1 805 2 2 U
TTTTTCACAGAAAAAATGTATTTATAATTAAATGAATATTCACCTTCCAAAACAATGTAA
AACTTTAAAAAAGAATGAAAAAATTAATGAATTGTGAAACTATTGCAGATTGGGCAGATA
AGGCACACCAGTTTGTGGAATCCACGAGCGACCACCCAGAAATCTCGCAGGAGCAAATCC
AAGAGCCTGAGGACGAGTAATCCTCTGAATACCAGGCCACTTAACACGTTGGGCTTTGTT
CGACCCAGGCCCACTGTTCTCATACTCAGCGTAAAAAAGCGTTTTGAGCGCAAAATCACC
GTTCCATGCAGACCATCCCGCTGGATCAATAACATCGGTTATGGTCGTTCTCATCACTAT
GGTCCTCGCAAACTCCTTCCACGGCCTTCCGAGATACGCTTTGTTAATGTGTTTCACCGG
AATATACGCGGGTTCTCCGATGATGCGGCAGTTGTGGAGCACGATAGCGGTGGGCTCACG
CTTGTCGCTACGTCCCTGTGCGGTGACCATGCAACCTTGGCCTCCCATGGGTTTTCTCAC
CACGATGATGCAGTTTTGGAAAACGGTGACTGAGTCGCCGAAGATGAAGTCGACGGTTCC
TGAGATGGTGGAGTCACGGTAGAATTGACGATGGGCATGGGCGTAGAGTGTGTCTTGGTA
ACCATCGATTTGACAGTTGAAGATAACTACTTGGTCGGCAGAGACTCTTAGGGCTACAGC
TTGTCCTCCTTGGGGACCGGCGGTGTTCTCAATCCCGATGTTCTTGGCCAAGAAGTTGTC
ACCCTCGACCGTGAGAGAGGATGTG


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D795TF C 1
AF RR3C691JQ U 6
BS 1 5 RR3D795TF
BS 6 805 RR3C691JQ

RD RR3D795TF 431 0 0
TTTTTCACAGAAAAAATGTATTTATAATTAAATGAATATTCACCTTCCAAAACAATGTAA
AACTTTAAAAAAGAATGAAAAAATTAATGAATTGTGAAACTATTGCAGATTGGGCAGATA
AGGCACACCAGTTTGTGGAATCCACGAGCGACCACCCAGAAATCTCGCAGGAGCAAATCC
AAGAGCCTGAGGACGAGTAATCCTCTGAATACCAGGCCACTTAACACGTTGGGCTTTGTT
CGACCCAGGCCCACTGTTCTCATACTCAGCGTAGAAAAGCGTTTTGAGCGCAAAGTCACC
GTTCCATGCAGACCATCCCGCTGGATCAATAACATCGGTTATGGTCGTTCTCATCACTAT
GGTCCTTGCAAACTCTTTCCACGGCCTTCCGAGATACGCTTTGTTTATGTGTTTCACCGG
AATATACGC
CG

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR3C691JQ 800 0 0
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TAAAAAAGAATGAAAAAATTAATGAATTGTGAAACTATTGCAGATTGGGCAGATAAGGCA
CACCAGTTTGTGGAATCCACGAGCGACCACCCAGAAATCTCGCAGGAGCAAATCCAAGAG
CCTGAGGACGAGTAATCCTCTGAATACCAGGCCACTTAACACGTTGGGCTTTGTTCGACC
CAGGCCCACTGTTCTCATACTCAGCGTAAAAAAGCGTTTTGAGCGCAAAATCACCGTTCC
ATGCAGACCATCCCGCTGGATCAATAACATCGGTTATGGTCGTTCTCATCACTATGGTCC
TCGCAAACTCCTTCCACGGCCTTCCGAGATACGCTTTGTTAATGTGTTTCACCGGAATAT
ACGCGGGTTCTCCGATGATGCGGCAGTTGTGGAGCACGATAGCGGTGGGCTCACGCTTGT
CGCTACGTCCCTGTGCGGTGACCATGCAACCTTGGCCTCCCATGGGTTTTCTCACCACGA
TGATGCAGTTTTGGAAAACGGTGACTGAGTCGCCGAAGATGAAGTCGACGGTTCCTGAGA
TGGTGGAGTCACGGTAGAATTGACGATGGGCATGGGCGTAGAGTGTGTCTTGGTAACCAT
CGATTTGACAGTTGAAGATAACTACTTGGTCGGCAGAGACTCTTAGGGCTACAGCTTGTC
CTCCTTGGGGACCGGCGGTGTTCTCAATCCCGATGTTCTTGGCCAAGAAGTTGTCACCCT
CGACCGTGAGAGAGGATGTG

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL8896Contig1 405 2 1 U
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CCGTGCTTGCTGTTAGTACTGATGATACTGAAGAAACCAATCAGGAAGTTCAGCAAGTAG
ATGGAGAAGCTTGGCATGATCTTGCACTGGATACCCAGTAAAAAAAACCACTAAGTTTCC
ACTGAAACTTTTATATAAACTCCTACTTGCATCTCCTTTTATTGTGTATGATCACAAGTA
GAACTTGTAAGCTTTGTATGAAGACAATCATTGCTTCACTTCTTCTATTAATAAAACTCT
CTTGGATTTCCTTTTTGGATGGAATAAATTTGCTTCTTGCTGCGG


BQ
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AF RR3CQ32JQ C 1
AF RR3CQ32TF U 1
BS 1 405 RR3CQ32TF

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CCGTGCTTGCTGTTAGTACTGATGATACTGAAGAAACCAATCAGGAAGTTCAGCAAGTAG
ATGGAGAAGCTTGGCATGATCTTGCACTGGATACCCAGTAAAAAAAACCACTAAGTTTCC
ACTGAAACTTTTATATAAACTCCTACTTGCATCTCCTTTTATTGTGTATGATCACAAGTA
GAACTTGTAAGCTTTGTATGAAGACAATCATTGCTTCACTTCTTCTATTAATAAAACTCT
CTTGGATTTCCTTTTTGGATGGAATAAATTTGCTTCTTGCTGCGG

QA 1 405 1 405
DS 

RD RR3CQ32TF 405 0 0
TCTAGCAGTAGAAATCTTGAGGGATTCTAATGGCAGAAGTGAGTCTTGGTATGCTTATAG
ACATTGTGGACGAGGAGTGGATGAGGGACACTCTCCCTGATGATGATCTCCCATTGCCTC
CCGTGCTTGCTGTTAGTACTGATGATACTGAAGAAACCAATCAGGAAGTTCAGCAAGTAG
ATGGAGAAGCTTGGCATGATCTTGCACTGGATACCCAGTAAAAAAAACCACTAAGTTTCC
ACTGAAACTTTTATATAAACTCCTACTTGCATCTCCTTTTATTGTGTATGATCACAAGTA
GAACTTGTAAGCTTTGTATGAAGACAATCATTGCTTCACTTCTTCTATTAATAAAACTCT
CTTGGATTTCCTTTTTGGATGGAATAAATTTGCTTCTTGCTGCGG

QA 1 405 1 405
DS 



AS 1 2

CO CL8897Contig1 1082 2 2 U
GGATGATTATGGAGATATCTTCTTCGACATTCCTGATGATGTGAACGTCTTAGAAGATCC
TGGAGCTAGTAATCCAGTGAAAGCCTTTTTTTGGAATGGATGTCCCACGCTACGAAAACT
CACGGCTCCATGAGGAATATAACATTTCAGAAATTGGTAATCTTGACCAAATCATCTTTG
ATGACCATTATTTCGAGATGATGGACTCTGAAGCTGGAGACATTCCGGTTGATTGGGGAA
TGCCTGACACTTCCAATGGCGTTCATCCTATCTACTTTGCCAAACACATGTCAAAGGCTA
TCAGCATGGACTATGACAGGAAAATGGACTATCCATCTAATGGTGTATCCATACTCGCAT
GCCTTAGGCCGGCTTTCCTTGACGAGGAATCCTATATAAGAAGATTGTTTCTCTCGGAAG
ATAGAGATGACTATAGCTGGGAGGTTCAAGGTGATGATAATCAAAACACTACTTCCAGAC
ATGACGAGAACGATATGAGTTCTAGTCTATATAGATTAGAGATTGTGGGAATAGAGCTTC
TCTCCCTCTATGGAACAGAGTCTTCTATAAGCTTGCAAGATTTTCAAGATGCTGAACCAG
ACATCTTAGTTCACTCAACGTCTGCAATCATAGAGCGTTTCAACAACAGAGGGACTAGTT
CAGACATTACACCTAAAGCTCTCTGCAAAAAGAAAGGTCTTCATGCAGAGGAAGCTAACC
TGATCAGTGTTGATAGCCTTGGTATGGATGTGAGAGTTTTTGCAGGCGCACAAGTCCAAA
CTCACCGTTTCCCTTTCAAAACCAGGGCTACAACAGAAATGGCAGCAGAAAAGAAGATGC
ATCAGCTGCTGTTCCCTCGTTCACGCAGAAGGAAGCTGAAGTCTAACGACGAGAGTTTGA
AGGACGCATACCGTTAGAAGAGCCGTCACTAATCCGAAACAACAGAGAAGGAGCTGTGTT
GCCACTGTGGAGTTCTTTGTTCTGACGTTTTATGTACATAAAGATGAGCTTTCAAGAGAG
ACCGTACTAGGGCTGTGTGGAGATTGCCGCTTCTTATATCGTCTTAGTAAGTTAAATAAA
AT


BQ
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10 10 

AF RR3BO59TF U 1
AF RR3BO59JQ C 281
BS 1 690 RR3BO59TF
BS 691 1082 RR3BO59JQ

RD RR3BO59TF 691 0 0
GGATGATTATGGAGATATCTTCTTCGACATTCCTGATGATGTGAACGTCTTAGAAGATCC
TGGAGCTAGTAATCCAGTGAAAGCCTTTTTTTGGAATGGATGTCCCACGCTACGAAAACT
CACGGCTCCATGAGGAATATAACATTTCAGAAATTGGTAATCTTGACCAAATCATCTTTG
ATGACCATTATTTCGAGATGATGGACTCTGAAGCTGGAGACATTCCGGTTGATTGGGGAA
TGCCTGACACTTCCAATGGCGTTCATCCTATCTACTTTGCCAAACACATGTCAAAGGCTA
TCAGCATGGACTATGACAGGAAAATGGACTATCCATCTAATGGTGTATCCATACTCGCAT
GCCTTAGGCCGGCTTTCCTTGACGAGGAATCCTATATAAGAAGATTGTTTCTCTCGGAAG
ATAGAGATGACTATAGCTGGGAGGTTCAAGGTGATGATAATCAAAACACTACTTCCAGAC
ATGACGAGAACGATATGAGTTCTAGTCTATATAGATTAGAGATTGTGGGAATAGAGCTTC
TCTCCCTCTATGGAACAGAGTCTTCTATAAGCTTGCAAGATTTTCAAGATGCTGAACCAG
ACATCTTAGTTCACTCAACGTCTGCAATCATAGAGCGTTTCAACAACAGAGGGACTAGTT
CAGACATTACACCTAAAGCTCTCTGCAAAA
G

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3BO59JQ 802 0 0
CAAACACATGTCAAAGGCTATCAGCATGGACTATGACAGGAAAATGGACTATCCATCTAA
TGGTGTATCCATACTCGCATGCCT*AGGCCGGCTTTCCTTGACGAGGAATCCTATATAAG
AAGATTGTTTCTCTCGGAAGATAGAGATGACTATAGCTGGGAGGTTCAAGGTGATGATAA
TCAAAACACTACTTCCAGACATGACGAGAACGATATGAGTTCTAGTCTATATAGATTAGA
GATTGTGGGAATAGAGCTTCTCTCCCTCTATGGAACAGAGTCTTCTATAAGCTTGCAAGA
TTTTCAAGATGCTGAACCAGACATCTTAGTTCACTCAACGTCTGCAATCATAGAGCGTTT
CAACAACAGAGGGACTAGTTCAGACATTACACCTAAAGCTCTCTGCAAAAAGAAAGGTCT
TCATGCAGAGGAAGCTAACCTGATCAGTGTTGATAGCCTTGGTATGGATGTGAGAGTTTT
TGCAGGCGCACAAGTCCAAACTCACCGTTTCCCTTTCAAAACCAGGGCTACAACAGAAAT
GGCAGCAGAAAAGAAGATGCATCAGCTGCTGTTCCCTCGTTCACGCAGAAGGAAGCTGAA
GTCTAACGACGAGAGTTTGAAGGACGCATACCGTTAGAAGAGCCGTCACTAATCCGAAAC
AACAGAGAAGGAGCTGTGTTGCCACTGTGGAGTTCTTTGTTCTGACGTTTTATGTACATA
AAGATGAGCTTTCAAGAGAGACCGTACTAGGGCTGTGTGGAGATTGCCGCTTCTTATATC
GTCTTAGTAAGTTAAATAAAAT

QA 1 802 1 802
DS 



AS 1 2

CO CL8898Contig1 844 2 2 U
GCAGGAAGAAGTATGAGCTGCAGCAGTTTATGGATCCAAAAGATTGTGCTTTGTGCCCTT
ACCAGCAGCCTAGCAAGACAAATGATTCGACACCGTCTTTGTGTTCTGCTAACCACCGTT
CTACCAAAAACCGTATTGGTAATGCGTTCAGGAATAGCTGGGGGAGAAGAGAATCTGATC
ACAAAGGCCACAAGAAGAGCAATTCTCTGGCAGGTATGGTTGAGTTCGTCGGATTGATTA
AAGTTAATGTGGTTAAAGGAACAAACCTTGCGGTTCGAGATGTGATGACTAGTGATCCTT
ATGTTATCCTTACTCTTGGCCAACAGTCGGTGAAGACACGAGTGATAAAGAGCAACTTGA
ACCCCGTGTGGAATGAGACACTGATGCTTTCTATACCTGAGCAGATGCCTCCTCTCAAAG
TGCTAGTGTACGACAAGGATACGTTCTCGACAGATGATTTCATGGGGGAGGCAGAGTTAG
ACATACAACCATTGGTGAGTGCAGCAAAAGCTTACGAGGCATCGAGCATACAAGAACCGA
TGCAGCTGGGGAGCTGGTTGGCGAGCAAAGAGAACACGTTGGTGAGTGATGGAATAATCT
CACAGGAAGAGGGGAAAGTGAAACAAGACATATCACTCACGCTTCAGAAGGTGGAGAGAG
GTGTTCTTGAGATACAACTTGAATGTCTTCCTCTCACTCAATGATAACAACACTCTCCTT
TTCTCCCTCTTTTTTCTTTTCTTTTCTTGTTATGCTATTTTCTTCTTGATCCACCTCAAA
ACCTTTGTAAAAAGACCATTATATTGTATGTTGATACAGCCATTAAGAATCAACTGCATG
AACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3DC55TF U 1
AF RR3DC55JQ C 232
BS 1 644 RR3DC55TF
BS 645 844 RR3DC55JQ

RD RR3DC55TF 644 0 0
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ACCAGCAGCCTAGCAAGACAAATGATTCGACACCGTCTTTGTGTTCTGCTAACCACCGTT
CTACCAAAAACCGTATTGGTAATGCGTTCAGGAATAGCTGGGGGAGAAGAGAATCTGATC
ACAAAGGCCACAAGAAGAGCAATTCTCTGGCAGGTATGGTTGAGTTCGTCGGATTGATTA
AAGTTAATGTGGTTAAAGGAACAAACCTTGCGGTTCGAGATGTGATGACTAGTGATCCTT
ATGTTATCCTTACTCTTGGCCAACAGTCGGTGAAGACACGAGTGATAAAGAGCAACTTGA
ACCCCGTGTGGAATGAGACACTGATGCTTTCTATACCTGAGCAGATGCCTCCTCTCAAAG
TGCTAGTGTACGACAAGGATACGTTCTCGACAGATGATTTCATGGGGGAGGCAGAGTTAG
ACATACAACCATTGGTGAGTGCAGCAAAAGCTTACGAGGCATCGAGCATACAAGAACCGA
TGCAGCTGGGGAGCTGGTTGGCGAGCAAAGAGAACACGTTGGTGAGTGATGGAATAATCT
CACAGGAAGAGGGGAAAGTGAAACAAGACATATCACTCACGCTT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3DC55JQ 613 0 0
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GTGATCCTTATGTTATCCTTATTCTTGGCCAACAGTCGGTGAAGACACGAGTGATAAAGA
GCAACTTGAACCCCGTGTGGAATGAGACACTGATGCTTTCTATACCTGAGCAGATGCCTC
CTCTCAAAGTGCTAGTGTACGACAAGGATACGTTCTCGACAGATGATTTCATGGGGGAGG
CAGAGTTAGACATACAACCATTGGTGAGTGCAGCAAAAGCTTACGAGGCATCGAGCATAC
AAGAACCGATGCAGCTGGGGAGCTGGTTGGCGAGCAAAGAGAACACGTTGGTGAGTGATG
GAATAATCTCACAGGAAGAGGGGAAAGTGAAACAAGACATATCACTCAGGCTTCAGAAGG
TGGAGAGAGGTGTTCTTGAGATACAACTTGAATGTCTTCCTCTCACTCAATGATAACAAC
ACTCTCCTTTTCTCCCTCTTTTTTCTTTTCTTTTCTTGTTATGCTATTTTCTTCTTGATC
CACCTCAAAACCTTTGTAAAAAGACCATTATATTGTATGTTGATACAGCCATTAAGAATC
AACTGCATGAACC

QA 1 613 1 613
DS 



AS 1 2

CO CL8899Contig1 821 2 12 U
GATGAAAACTACTATTTCTTAATTCAAGTCTTAATAATTGCAACAAGAAATGAGAGGCAA
ATTACAATACGTAGAAAACAAAAGAAAAAACGAGAAGGAAAAAAAAAAACCCTTACAAGA
CTTAATGATTGAGCCCCCCAATGATCCCATCCCCTTCAAGCATCTCTCACACAGAAGAGA
AACAATGATATGTTTCCTCCCTTTAAGAATGTTATTCAGATCAAAACCAAACCTGATCCC
ATTCAAGCTATTGCTGATACTCTGGATTGAAAGCGAGCGCTTCACGGTATATAAGCTCCC
TCATCTGCTCCTCTGAGAGCGCGTGCTGCTCAAAGTCGAAGTTGAAAGGTATCGTGCACT
CTGGCTCATCGCTGATGTCGTGCAGAGAATTCAGGTACGGATGTGCCAGCGCGTCAAAAA
CTGTGATTCCCCGTCTAGGATCAAACGTTAGCATCTTCTCGATAAGATCTATCGCTAGAG
GATTCACCGTTGGGAACTTATCAGTGATGGATTGGCGAGGATACGGTGGAAGCTGTCTCA
TGTAGCGCTTTGCATTTTCGTTCAAGAACTCAACCTCTTGTTCTGATGGGGTTCCTATGA
GCTCCATGAGCAAACGAAGCTGATGAACATGATCACGACCAGGAAAGAGTGGCTTGCGGT
CCATTAACTCCATGAAAATACAACCAACAGACCAAACATCGATAGCAGCAGTATAGTCAG
AAGAGTTCAAGAGCAGCTCTGGTGCTCGGTACCACCTCGTGACAACGTACTCAGTCATGA
AGTCACTCTCGGAATTGACTCTAGCGAGCCAAATCGCAGAT


BQ
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AF RR3BO44JQ U 1
AF RR3FC51JQ U 1
BS 1 225 RR3BO44JQ
BS 226 226 RR3FC51JQ
BS 227 299 RR3BO44JQ
BS 300 300 RR3FC51JQ
BS 301 340 RR3BO44JQ
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BS 417 434 RR3BO44JQ
BS 435 821 RR3FC51JQ

RD RR3BO44JQ 434 0 0
GATGAAAACTACTATTTCTTAATTCAAGTCTTAATAATTGCAACAAGAAATGAGAGGCAA
ATTACAATACGTAGAAAACAAAAGAAAAAACGAGAAGGAAAAAAAAAAACCCTTACAAGA
CTTAATGATTGAGCCCCCCAATGATCCCATCCCCTTCAAGCATCTCTCACACAGAAGAGA
AACAATGATATGTTTCCTCCCTTTAAGAATGTTATTCAGATCAAA*CCAAACCTGATCCC
ATTCAAGCTATTGCTGATACTCTGGATTGAAAGCGAGCGCTTCACGGTATATAAGCTCCT
TCATCTGCTCCTCTGAGAGCGCGTGCTGCTCAAAGTCGAATTTGAAAGGTATCGTGCACT
CTGGCTCATCGCTGATGTCGTGCAGAGAATTCAGGTACGGATGTGCCAGCTCGTCTAAAA
CTGTGATTCCCCGT

QA 1 434 1 434
DS 

RD RR3FC51JQ 821 0 0
A
ATGAAAACTACTATTTCTTAATTCAAGTCTTAATAATTGCAACAAGAAATGAGAGGCAAA
TTACAATACGTAGAAAACAAAAGAAAAAACGAGAAGGAAAAAAAAAA*CCCTTACAAGAC
TTAATGATTGAGCCCCCCAATGATCCCATCCCCTTCAAGCATCTCTCACACAGAAGAGAA
ACAATGATATGTTTCCTCCCTTTAAGAATGTTATTCAGATCAAAACCAAACCTGATCCCA
TTCAAGCTATTGCTGATACTCTGGATTGAAAGCGAGCGCTTCACGGTATATAAGCTCCCT
CATCTGCTCCTCTGAGAGCGCGTGCTGCTCAAAGTCGAAGTTGAAAGGTATCGTGCACTC
TGGCTCATCGCTGATGTCGTGCAGAGAATTCAGGTACGGATGTGCCAGCGCGTCAAAAAC
TGTGATTCTCCGTCTAGGATCAAACGTTAGCATCTTCTCGATAAGATCTATCGCTAGAGG
ATTCACCGTTGGGAACTTATCAGTGATGGATTGGCGAGGATACGGTGGAAGCTGTCTCAT
GTAGCGCTTTGCATTTTCGTTCAAGAACTCAACCTCTTGTTCTGATGGGGTTCCTATGAG
CTCCATGAGCAAACGAAGCTGATGAACATGATCACGACCAGGAAAGAGTGGCTTGCGGTC
CATTAACTCCATGAAAATACAACCAACAGACCAAACATCGATAGCAGCAGTATAGTCAGA
AGAGTTCAAGAGCAGCTCTGGTGCTCGGTACCACCTCGTGACAACGTACTCAGTCATGAA
GTCACTCTCGGAATTGACTCTAGCGAGCCAAATCGCAGAT

QA 2 821 2 821
DS 



AS 1 2

CO CL8900Contig1 705 2 2 U
GGGACCAGATATCGAAGAAGAAGAGTGAGAGAATGGCGGCGGAGATAGTGGTGGCTTTGG
CATGTATGGTGGTGATGTTAGGGCTGAGTGAAGCTGCGGTGTACAAAGTTGGCGACTCAG
CTGGCTGGACAACCATAGCCAATGTAGACTATAAGCTATGGGCCTCTACCAAAACTTTCC
ACATTGGTGATACTGTCTTGTTTGAATACAACCCACAATTCCACAACGTGATGAGAGTGA
CGCATGCAATGTATAGAAGCTGCAACAACTCAAACCCAATCTCCACCTTCACCACCGGTA
ATGACTCAGTCACACTCACCAACCACGGCCACCATTTCTTCTTCTGCGGCGCTCCCGGCC
ATTGTATGGCCGGTCAGAAACTTGACCTCAACGTCATTAATCACCCCGTCTCCTCCACCC
CACTCTCTGATCCACCGATTTCCTCCTCTTCTCCTCCGTCGACTACTACCATTCCTACAG
CTGGAGTCCCCGGTCCATCTCCTAGCCACGCGGCCTCTCTCTCCCGAGTGTGGTGGCAGC
TGTGGTGTCTCTCCTTGTCTCTTTGGTCTTTGCAAATTTTGCGTCCTAACTAGGATTATA
CAAACATTGCAATGATTGCATATACAGTATACCTTTTGTTATGTTTTCGTTTATCTACCG
TATTGTTTTTTCCCCTGAGTTGATTCAAAATGTAGAGAATACGTC


BQ
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AF RR3EZ63TF U 1
AF RR3EZ63JQ C 558
BS 1 659 RR3EZ63TF
BS 660 705 RR3EZ63JQ

RD RR3EZ63TF 659 0 0
GGGACCAGATATCGAAGAAGAAGAGTGAGAGAATGGCGGCGGAGATAGTGGTGGCTTTGG
CATGTATGGTGGTGATGTTAGGGCTGAGTGAAGCTGCGGTGTACAAAGTTGGCGACTCAG
CTGGCTGGACAACCATAGCCAATGTAGACTATAAGCTATGGGCCTCTACCAAAACTTTCC
ACATTGGTGATACTGTCTTGTTTGAATACAACCCACAATTCCACAACGTGATGAGAGTGA
CGCATGCAATGTATAGAAGCTGCAACAACTCAAACCCAATCTCCACCTTCACCACCGGTA
ATGACTCAGTCACACTCACCAACCACGGCCACCATTTCTTCTTCTGCGGCGCTCCCGGCC
ATTGTATGGCCGGTCAGAAACTTGACCTCAACGTCATTAATCACCCCGTCTCCTCCACCC
CACTCTCTGATCCACCGATTTCCTCCTCTTCTCCTCCGTCGACTACTACCATTCCTACAG
CTGGAGTCCCCGGTCCATCTCCTAGCCACGCGGCCTCTCTCTCCCGAGTGTGGTGGCAGC
TGTGGTGTCTCTCCTTGTCTCTTTGGTCTTTGCAAATTTTGCGTCCTAACTAGGATTATA
CAAACATTGCAATGATTGCATATACAGTATACCTTTTGTTATGTTTTCGTTTATCTACC

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3EZ63JQ 148 0 0
TTTT
TTTGGTCTTTGCAAATTTTGGGTCCTAACTAGGATTATACAAACATTGCAATGATTGCAT
ATACAGTATACCTTTTGTTATGTTTTTGTTTATTTACCGTATTGTTTTTTCCCCTGAGTT
GATTCAAAATGTAGAGAATACGTC

QA 5 148 5 148
DS 



AS 1 2

CO CL8901Contig1 1123 2 12 U
AGATGTCACTTGTAAGAGAGAGACGTCACCAAAACCCAATCACACTCTCTATTCCACAAC
CACATTACCACGGCATCATCCCCATAGTCCCATCTCCGTCCTCATTTTCATCATCAAGCT
CCGACTCATCATCGCCGATTCAAACCTTGAACGATCTCGAGAAACTCACCATTTTAGGAC
AAGGAACCGACGGGACAGTTTACAAAACCCGTCACCGGAGAACCACAGCTCTCTACGCAC
TAAAACACATCCGGTCAGATCTCAGCATCACCACCACTCTTGAAGCCGACATTCTCAAGA
GAATCGAATCGAGCTTCATCGTAAAATGCTACGCCGTTTTTGCTGTTTCATCCGATCTCT
GTTTCATGATGGAGTTCATGGAGAAAGGGTCTCTTCAGGATGCGTTGCTTGCTCGACACG
TTTTCCCTGAGCAGGTGATATCCACTCTCGCTAACAGAATACTCCAAGGGTTACGTCACC
TTCAAGAAATGAGAATAGTCCATGGAGACATAAAGCCTTCGAATCTACTCATTAACGAGA
AAGGAGAGGTCAAGATTGTGGATTTTGGTGCGAGCCGGATTGTGCCGGAGGAGACTATGG
TTCGAGCGGGACGTGTGCGTATATGAGTCCTGAACGTGTGGATCCAGATAAATGGGGTTT
TGAAGATGTTGGTTTTGCAGGGGATGTGTGGTCTTTAGGTGTTGTGGTTCTTGAGTGTTA
TCTTGGAAGGTATCCATTGACAAAAGTTGGAGATAAACCGGACTGGCCGGCTTTGGTTTG
TGCCATTTGTTGTAATGAGGAAGTGGAGATTCCAGTGAGTGGTTCGTTGGAGTTTAGAGA
TTTTGTTGGAAGATGTTTGGAGAAGGACTGGAGAAAGAGAGGCACTGTGAAAGAGCTTTT
TCATCATCCTTTTGTTAAAAACAGATAGTAGCTTAGCTAGTCTCTCTCACAAGTTTTGTT
CTTTTTGATCTGGAGAGTAGTGATAGGTTTGATTTGGTTTTCAAGATTTTGATTATTTCC
GATTTAGTTTCGTTTTTGAAACTCAACCTTCATTTTTGGATAAATTTTTCTTTTTGAATA
ATTTTTTTAAAAATAAAGTTAGTAATATAAATTTAGTAGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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TTCGAGCGGGACGTGTGCGTATATGAGTCCTGAACGTGTGGATCCAGATAAATGGGGTTT
TGAAGATGTTGGTTTTGCAGGGGATGTGTGGTCTTTAG*TGTTGTGGTTCTTGAGTGTTA
TCTTGGAAG*TATC*ATTGACAAA*GTTGGAGATAA*CCGGACTGGCCGGCT
C

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DS 

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TGCTTGCTCGACACGTTTTCCCTGAGCAGGTGATATCCACTCTCGCTAACAGAATACTCC
AAGGGTTACGTCACCTTCAAGAAATGAGAATAGTCCATGGAGACATAAAGCCTTCGAATC
TACTCATTAACGAGAAAGGAGAGGTCAAGATTGTGGATTTTGGTGCGAGCCGGATTGTGC
CGGAGGAGACTATGGTTCGAGCGGGACGTGTGCGTATATGAGTCCTGAACGTGTGGATCC
AGATAAATGGGGTTTTGAAGATGTTGGTTTTGCAGGGGATGTGTGGTCTTTAGGTGTTGT
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GCCGGCTTTGGTTTGTGCCATTTGTTGTAATGAGGAAGTGGAGATTCCAGTGAGTGGTTC
GTTGGAGTTTAGAGATTTTGTTGGAAGATGTTTGGAGAAGGACTGGAGAAAGAGAGGCAC
TGTGAAAGAGCTTTTTCATCATCCTTTTGTTAAAAACAGATAGTAGCTTAGCTAGTCTCT
CTCACAAGTTTTGTTCTTTTTGATCTGGAGAGTAGTGATAGGTTTGATTTGGTTTTCAAG
ATTTTGATTATTTCCGATTTAGTTTCGTTTTTGAAACTCAACCTTCATTTTTGGATAAAT
TTTTCTTTTTGAATAATTTTTTTAAAAATAAAGTTAGTAATATAAATTTAGTAGTTTG

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

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GCGACGCCAATAAACTCTCCGCAACTGATTTCACCTTCCCCCCACCGATCTCTCCTCTTC
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GAACCACCCAAAGTTTTCAACCTTGCTGGCTTGTCTGTTGAGTACTACCGTTACTATGAT
CCTGCAACCCGTGGACCTGACTTCCAAGGCTTGCTTGAGGATCTTGGCGCTGCACCATCT
GGAGCGATTGTCTTACTTCATGCATGTGCTCACAATCCCACTGGAGTTGACCCAACCTCT
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AGTGCATATCAGGGTTTTGCTAGTGGTAGCCTTGACACAGATGCACATTCAGTCCGCACC
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TATGGGGAGCGTGTTGGTGCCCTTAGCATTGTCTGCAAGTCGGCAGATGTGGCTAGTAAG
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ACTGGATCGAACAAGGAGCAAGTTGCCTTCATGACCAAAGAGTATCACATTTACATGACG
TCTGACGGGAGAATAAGCATGGCAGGCCTCAGTTCGAAGACGGTGCCTCACCTGGTCGAA
GCTATACATGCTGCAGTTACCCGTGTTGCCTAAACTATAGCCAGACGATATATTTCTTGT
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TGTTGGTATCATATACTTCCTTATGACTTTTTGACT


BQ
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AF RR3B689TF U 1
AF RR3B689JQ C 621
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BS 795 837 RR3B689TF
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AGAGAGTAGAGTTGCTACAATCCAGTGCTTGTCTGGTACTGGTTCTTTGAGAGTTGGTGC
TGAGTTCCTCAAAAAACACTACCACCAGAGTGTCATTTTCATTCCAAAACCAACTTGGGG
GAACCACCCAAAGTTTTCAACCTTGCTGGCTTGTCTGTTGAGTACTACCGTTACTATGAT
CCTGCAACCCGTGGACCTGACTTCCAAGGCTTGCTTGAGGATCTTGGCGCTGCACCATCT
GGAGCGATTGTCTTACTTCATGCATGTGCTCACAATCCCACTGGAGTTGACCCAACCTCT
GAACAGTGGGAACAGATTCGACAACTAGTGAGATCTAAAAGCTTGTTACCGTTTTTTGAC
AGTGCATATCAGG*TTTTGCTAGTGGTAGCCTTGACACAGATGCACATTCAGTCCGC

QA 1 837 1 837
DS 

RD RR3B689JQ 856 0 0
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TGCATGTGCTCACAATCCCACTGGAGTTGACCCAACCTCTGAACAGTGGGAACAGATTCG
ACAACTAGTGAGATCTAAAAGCTTGTTACCGTTTTTTGACAGTGCATATCAGGGTTTTGC
TAGTGGTAGCCTTGACACAGATGCACATTCAGTCCGCACCTTTGTTGCTGATGGCGGTGA
ATGCTTGATAGCTCAAAGTTATGCCAAAAATATGGGACTTTATGGGGAGCGTGTTGGTGC
CCTTAGCATTGTCTGCAAGTCGGCAGATGTGGCTAGTAAGGTTGAGAGCCAGGTGAAACT
TGTTGTGCGACCCATGTATTCGAGTCCACCTATTCATGGAGCATCAATTGTTGCCACCAT
TCTGAAAAGCAGTGATATGTATAACGACTGGACCATCGAGCTGAAAGGAATGGCCGACCG
CATTATTAGCATGCGCCAACAGCTATTTGAAGCTCTACAAGCTAAAGGCACACCTGGTGA
TTGGAGTCACATTATAAAACAGATTGGGATGTTCACTTTTACTGGATCGAACAAGGAGCA
AGTTGCCTTCATGACCAAAGAGTATCACATTTACATGACGTCTGACGGGAGAATAAGCAT
GGCAGGCCTCAGTTCGAAGACGGTGCCTCACCTGGTCGAAGCTATACATGCTGCAGTTAC
CCGTGTTGCCTAAACTATAGCCAGACGATATATTTCTTGTTTTGTCTAATAAAAGGAAAA
AAAAACATGTTCCTTGGTTTATACACTAAGGATTCTTTTCTGTTGGTATCATATACTTCC
TTATGACTTTTTGACT

QA 1 856 1 856
DS 



AS 1 2

CO CL8903Contig1 836 2 14 U
GGGAGCTACTGAGTTTCTTACATAGATATCTCTCTTTTGTGGACTTCAAAAAGATCGCAT
TATTAGTAAACCTAGAAGCTCATCTTTCTATAATGGGTAATAGCTTGGGAAGCAAGAAAT
CTGCTAAAATCACGAAGATCAATGGCGAGAGTTTCAAGCTGAAGACTCCTGTGAGAGCTG
ATACTGTTGTTAAAGACTTCCCCGGCCACGTTCTCTTGGAATCTGAATCCGTGAAGCATT
TTGGAATCAGAGCAAAGCCTTTGGATCCTAACCAGAACTTGGAATCCAAAAGGCTTTATT
TCATGGTGGAGCTTCCTAGAACATGGAAGGAGAGGGCCCCGAGAAGGGTTCGGTCTGGAA
TCCAAATGAGTGCTAAGGAGAGGCTAGAGAATCTGAAGCTGTCTCGTAGATCATCTTCTG
ATCTCTCGGTAATGAAGAAGGAGGTTGATGAAGTAGAGAGAGAAGTGATGACTAGTGTCA
AGTTGAGGTTACCAAAGTGGAAAGTGGAGAAACTGAGGAAAGGGAGTGAGAGTGGCTCAG
ATTTCTCCGACAAGATCACAGCTCTTTGTCTCCTCAACATTCAGAGACACCGTTTGCTTC
ATAATGGAGGAAGAAGCATTGGGATTGGAGATGAAGAAGGTGTTGGCAAAGCACAAGAGG
TGAACAATTCTTTTTAGGTTTTTCTTTCTTGTTAGAAAAAAGAAACACCGATCCGTTTCT
CAAGCCACGTTTCTTGCATCCTCTAATTTACTAGAATTGCCACTAGGAAACGGATGTGCT
CCAACTTGTGTGTAACAAACTTCTAGTATTTTCTTAATATAAACAATGTATCCTCT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG18TF U 1
AF RR3EG18JQ C 4
BS 1 639 RR3EG18TF
BS 640 640 RR3EG18JQ
BS 641 659 RR3EG18TF
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BS 747 757 RR3EG18TF
BS 758 836 RR3EG18JQ

RD RR3EG18TF 765 0 0
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TCATGGTGGAGCTTCCTAGAACATGGAAGGAGAGGGCCCCGAGAAGGGTTCGGTCTGGAA
TCCAAATGAGTGCTAAGGAGAGGCTAGAGAATCTGAAGCTGTCTCGTAGATCATCTTCTG
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ATTTCTCCGACAAGATCACAGCTCTTTGTCTCCTCAACATTCAGAGACACCGTTTGCTTC
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TGAACAATTCTTTTTAG*TTTTTCTTTCTTGTTAGAAAAA*GAAACACCGATCCGTTTCT
CA*GCCACGTTTCTTGCATCCTCTA*TTTACTAGAAT
GCCACTAG

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3EG18JQ 833 0 0
AGCTACTGAGTTTCTTACATAGATATCTCTCTTTTGTGGACTTCAAAAAGATCGCATTAT
TAGTAAAC*TAGAAGCTCATCTTTCTATAATGGGTAATAGCTTGGGAAGCAAGAAATCTG
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CTGTTGTTAAAGACTTCCCCGGCCACGTTCTCTTGGAATCTGAATCCGTGAAGCATTTTG
GAATCAGAGCAAAGCCTTTGGATCCTAACCAGAACTTGGAATCCAAAAGGCTTTATTTCA
TGGTGGAGCTTCCTAGAACATGGAAGGAGAGGGCCCCGAGAAGGGTTCGGTCTGGAATCC
AAATGAGTGCTAAGGAGAGGCTAGAGAATCTGAAGCTGTCTCGTAGATCATCTTCTGATC
TCTCGGTAATGAAGAAGGAGGTTGATGAAGTAGAGAGAGAAGTGATGACTAGTGTCAAGT
TGAGGTTACCAAAGTGGAAAGTGGAGAAACTGAGGAAAGGGAGTGAGAGTGGCTCAGATT
TCTCCGACAAGATCACAGCTCTTTGTCTCCTCAACATTCAGAGACACCGTTTGCTTCATA
ATGGAGGAAGAAGCATTGGGATTGGAGATGAAGAAGGTGTTGGCAAAGCACAAGAGGTGA
ACAATTCTTTTTAGGTTTTTCTTTCTTGTTAGAAAAAAGAAACACCGATCCGTTTCTCAA
GCCACGTTTCTTGCATCCTCTAATTTACTAGAATTGCCACTAGGAAACGGATGTGCTCCA
ACTTGTGTGTAACAAACTTCTAGTATTTTCTTAATATAAACAATGTATCCTCT

QA 1 833 1 833
DS 



AS 1 2

CO CL8904Contig1 537 2 1 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CP32JQ C 1
AF RR3CP32TF U 1
BS 1 537 RR3CP32TF

RD RR3CP32JQ 537 0 0
GGATCACTACTACTGTTTAACATGATGATGATGAGACCCATGAGAGTTGGGTTAGCAATG
GCACTGCTAATGACCGTAACCGTTCTTACCATAGCCACAGCACAGCAGCAAGAGGACCAG
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TCGGCTCTGGTTCAGCTGATACCGTGTAGAGCAGCAGTGGCTCCTTTCAGCCCAATCCCA
CCAACGGAGTCGTGTTGCGCTGCGGTTGTCACACTTGGTCGTCCTTGTCTTTGCCTCCTT
GCCAATGGACCTCCACTCTCAGGCATTGACCGATCCATGGCTCTTCAACTTCCTCAGAGA
TGCTTTGCTAATTTCCCTCCTTGCGACGTCATTAACTAGAAAGTCAGTCAGTCGTATAGG
ACCCACCTATCAGCCTTCTTTCTTTTCTTTTTCATTTACCTTTCCGCTGATTAGTGTATT
ATGGTCTCAGACTTGCAAAACATTAATAAAGATAATGAAAAATCCAAAGTCATTTCC

QA 1 537 1 537
DS 

RD RR3CP32TF 537 0 0
GGATCACTACTACTGTTTAACATGATGATGATGAGACCCATGAGAGTTGGGTTAGCAATG
GCACTGCTAATGACCGTAACCGTTCTTACCATAGCCACAGCACAGCAGCAAGAGGACCAG
CAACCACCTCCACCGATGTTGCCGGTGGAAGAAGTGGGAATGTGCAGCAGAACATTCTTT
TCGGCTCTGGTTCAGCTGATACCGTGTAGAGCAGCAGTGGCTCCTTTCAGCCCAATCCCA
CCAACGGAGTCGTGTTGCGCTGCGGTTGTCACACTTGGTCGTCCTTGTCTTTGCCTCCTT
GCCAATGGACCTCCACTCTCAGGCATTGACCGATCCATGGCTCTTCAACTTCCTCAGAGA
TGCTTTGCTAATTTCCCTCCTTGCGACGTCATTAACTAGAAAGTCAGTCAGTCGTATAGG
ACCCACCTATCAGCCTTCTTTCTTTTCTTTTTCATTTACCTTTCCGCTGATTAGTGTATT
ATGGTCTCAGACTTGCAAAACATTAATAAAGATAATGAAAAATCCAAAGTCATTTCC

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 2

CO CL8905Contig1 1328 2 2 U
GAAGATAGGGATGATTGCGTTAGAAGCAGGAGGAAATTGATTGTGAATCATTGTGTGATC
AACGTAGAGAAATTAACTGGAGAAAGGAGAAACAAAACAAAAAAAAAGTAAGAAGTGAGA
GAAAGGACTGCTTTAGTAGAAGAAGGAGACGGTTACGTGGACAGGGAGTTATGGAGGAAC
AGGGAGACAGTTAACTTCAGTTGAGGGACATAGCGGTTTTTTGTAAGGAAAGACTTATCC
TTTTGCAGTTTTGAAACCACTTTTTTTGTCTTATTTCCGTCAGTTTTGTTTCTTCAGTTA
TAGCCCAACATCATCACAACATATATTCAATTAATTTCCCTTTTTGTAATCTAAACCAAA
AAGTATTAACAATCGATATTCCCTTCCCACAGCCAAATAACAATTTCAAAGAGAAGTTAG
TCAAAGAGTGTACATTGAAAGGGAAAGTTAAAAAAATGAAGAAAGGTTCTTTTGAGGTAA
GACTGTGAGAAGAAGACCTTTGGAATCACTGGCCGATACTCCCCAAGAGTCTTTCTACAG
CAGCGTTAACGTTGCCGTTGGTTACACGCAACGCCCTAATGTTCTCTGTTCTGTCAAGGA
AACCCATTTCCTCTAGCTGTTGCAATTGTGTAGCGTATAGCTCCACAGGAGGTACTGAAA
CCACAAACACAAAACACACATAGATGTACATTTTCAATAGCAAACCATCATCTCAAAGTG
TATGTAGATTACATTTCAAAGAAACGGGTCCAGAGAAACTGCAATCTCACCATTAGACTG
GTTCGCACCACTTAAGCCACCAGCAGCACCAAGACTGCCAAACGTATTCATCAATGAAGC
AAGTCCCCCGTTATTCCTTGTGCCTTAAACAACCATTTGCGTAATTAACAACACTCAATC
CATTAACTGCAGAAGAAAACATATATATGCAAAAGACAGACATAGAAGGGACTAATGAGG
ACAGAAAGTGATAAGGCCTGTGTATTTTAATTTCCAAGAGTACCTGTGGTGGCACCTGTT
TGCCCTGGAGCCCTACATAAAAGATTGACCAGTATCAAAACAGTGATAACAATGTTAAAA
CTATTTTAACTGTTTAGCTGATCATTTGAACAGAAGCAACTCAAAATACAAAGGGACAAT
AATGTTACTTTTCAGTTACGTTTTAAGAACCAAATAAATAGCAAATGGAATTCTCACTTA
CTGTCTGGCCGTACTCCAGTTTCCAGATAAAAGTGATTGCTGAAGACTCATCATTTGCTA
CGGACATAAACAATGCTACAAACATTAGGCTGGAGAAACTCCATCACATTGAAACAACTT
ACAGATCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H926TF U 1
AF RR3H926JQ C 615
BS 1 742 RR3H926TF
BS 743 1328 RR3H926JQ

RD RR3H926TF 742 0 0
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AACGTAGAGAAATTAACTGGAGAAAGGAGAAACAAAACAAAAAAAAAGTAAGAAGTGAGA
GAAAGGACTGCTTTAGTAGAAGAAGGAGACGGTTACGTGGACAGGGAGTTATGGAGGAAC
AGGGAGACAGTTAACTTCAGTTGAGGGACATAGCGGTTTTTTGTAAGGAAAGACTTATCC
TTTTGCAGTTTTGAAACCACTTTTTTTGTCTTATTTCCGTCAGTTTTGTTTCTTCAGTTA
TAGCCCAACATCATCACAACATATATTCAATTAATTTCCCTTTTTGTAATCTAAACCAAA
AAGTATTAACAATCGATATTCCCTTCCCACAGCCAAATAACAATTTCAAAGAGAAGTTAG
TCAAAGAGTGTACATTGAAAGGGAAAGTTAAAAAAATGAAGAAAGGTTCTTTTGAGGTAA
GACTGTGAGAAGAAGACCTTTGGAATCACTGGCCGATACTCCCCAAGAGTCTTTCTACAG
CAGCGTTAACGTTGCCGTTGGTTACACGCAACGCCCTAATGTTCTCTGTTCTGTCAAGGA
AACCCATTTCCTCTAGCTGTTGCAATTGTGTAGCGTATAGCTCCACAGGAGGTACTGAAA
CCACAAACACAAAACACACATAGATGTACATTTTCAATAGCAAACCATCATCTCAAAGTG
TATGTAGATTACATTTCAAAGA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3H926JQ 714 0 0
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CACACATAGATGTACATTTTCAATAGCAAACCATCATCTCAAAGTGTATGTAGATTACAT
TTCAAAGAAACGGGTCCAGAGAAACTGCAATCTCACCATTAGACTGGTTCGCACCACTTA
AGCCACCAGCAGCACCAAGACTGCCAAACGTATTCATCAATGAAGCAAGTCCCCCGTTAT
TCCTTGTGCCTTAAACAACCATTTGCGTAATTAACAACACTCAATCCATTAACTGCAGAA
GAAAACATATATATGCAAAAGACAGACATAGAAGGGACTAATGAGGACAGAAAGTGATAA
GGCCTGTGTATTTTAATTTCCAAGAGTACCTGTGGTGGCACCTGTTTGCCCTGGAGCCCT
ACATAAAAGATTGACCAGTATCAAAACAGTGATAACAATGTTAAAACTATTTTAACTGTT
TAGCTGATCATTTGAACAGAAGCAACTCAAAATACAAAGGGACAATAATGTTACTTTTCA
GTTACGTTTTAAGAACCAAATAAATAGCAAATGGAATTCTCACTTACTGTCTGGCCGTAC
TCCAGTTTCCAGATAAAAGTGATTGCTGAAGACTCATCATTTGCTACGGACATAAACAAT
GCTACAAACATTAGGCTGGAGAAACTCCATCACATTGAAACAACTTACAGATCC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL8906Contig1 539 2 1 U
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TGAGACGGTACATTGGTCAGAAAGTGAGAGCTGTGGTTCAGGTGATCCGGTCTGATATTG
GATCCGTCACTGGGAAATCCACTGATGATCAGCAGATTGTTGTTAAGGGCTCGCCTCCTC
CTTCTCTGACCACTTTCCTCGAGGTTATTGGAATCGCTGAGAGTGACAACACCATCCGAG
CTGATGTTTGGACCAACTTTGGTGACAATTTCGATGCAGGGAACTACAATGAGCTATGCA
AGCTCGCAAATGGGGAGTTCAGACACATGTTCATCTAAAAATAACAGCGATGAATAACTG
AATCTCTTCTTGTTTCGTTTTAGTTTCACGCTTGAACTATTTTTATGATCTTTGTATGGA
TTCAGTGATTTGTTATGTTAATTTGACAAAGTAATCCCATGTTGTAGATGGGCCTAGTC


BQ
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AF RR3CC08JQ C 1
AF RR3CC08TF U 1
BS 1 539 RR3CC08TF

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GATCCGTCACTGGGAAATCCACTGATGATCAGCAGATTGTTGTTAAGGGCTCGCCTCCTC
CTTCTCTGACCACTTTCCTCGAGGTTATTGGAATCGCTGAGAGTGACAACACCATCCGAG
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AATCTCTTCTTGTTTCGTTTTAGTTTCACGCTTGAACTATTTTTATGATCTTTGTATGGA
TTCAGTGATTTGTTATGTTAATTTGACAAAGTAATCCCATGTTGTAGATGGGCCTAGTC

QA 1 539 1 539
DS 

RD RR3CC08TF 539 0 0
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TTCTTCGTCTTCCGGAGATGGATACTTCAAGTCCTGCTGCGTTTGTGAATGGAGCTTTGT
TGAGACGGTACATTGGTCAGAAAGTGAGAGCTGTGGTTCAGGTGATCCGGTCTGATATTG
GATCCGTCACTGGGAAATCCACTGATGATCAGCAGATTGTTGTTAAGGGCTCGCCTCCTC
CTTCTCTGACCACTTTCCTCGAGGTTATTGGAATCGCTGAGAGTGACAACACCATCCGAG
CTGATGTTTGGACCAACTTTGGTGACAATTTCGATGCAGGGAACTACAATGAGCTATGCA
AGCTCGCAAATGGGGAGTTCAGACACATGTTCATCTAAAAATAACAGCGATGAATAACTG
AATCTCTTCTTGTTTCGTTTTAGTTTCACGCTTGAACTATTTTTATGATCTTTGTATGGA
TTCAGTGATTTGTTATGTTAATTTGACAAAGTAATCCCATGTTGTAGATGGGCCTAGTC

QA 1 539 1 539
DS 



AS 1 2

CO CL8907Contig1 855 2 4 U
GGTCATTCTTCTCTGCAAAGGCAGTTTAGCCATGGACATAATAGCCCAAAGTTTGATGAC
GGAGGTTCTTCTGCTGGTACACGCGTCTCGCATTTTCTTCCTACTTCCCGCAGGATCGTT
CAGTTCTCCAATGGCAAGGGGCCAGGACCTGATGCACGCATAATTTACATAGATGGTGCT
TTTGATCTTTTCCATGCTGGCCATGTTGAGATTCTCAGGCGTGCACGAGAGCTTGGAGAC
TTCCTTCTTGTTGGAATACACAATGACCAGACTGTCAGTGCTAGAAGTGGAGCGCGTCAC
CCAATCATGAATCTCCATGAAAGAAGCTTAAGTGTTCTGGCATGCCGCTATGTAGATGAG
GTGATTATTGGTGCTCCTTCGGAAGTGTCAAAAGATACGATCACGACATTTGATATTTCA
TTGGTGGTTCATGGTACAGTAGCCGAGAGCGATGATTTTCAGAAGGAGGAAGGTAATCCG
TATGCTGTACCAATAAGCATGGGCATATTCCAAATCCTAGAAAGCCCTCTTGACATCACA
ACCTCTACCATAATCAAGAGGATTGTAGCCAACCATGAAGCTTATCAGAAACGTAATTTG
AAAAAGGAAGCTAGTGAGAAGAAGTACTACGAGCAGAAGTCTTTTGTGACTGGCGACTGA
TAGAAAAATCTTTTAAAAGCTTTGTAAGACCCATCTTCAGGATGTTAACCAGTTTCTCCT
TTTTATCTTAATGTCTCTGTAGTCTGTACTGGCTATAGTAGGATGTTTCTGCATCAGACT
CCAATGCTACATATGACATTTTGTTCTCTAGTTTTTCACTTTACATAAAAAGAGGGCATT
GATGGTTTTATCACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD48TF U 1
AF RR3FD48JQ C 152
BS 1 606 RR3FD48TF
BS 607 607 RR3FD48JQ
BS 608 663 RR3FD48TF
BS 664 855 RR3FD48JQ

RD RR3FD48TF 663 0 0
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GGAGGTTCTTCTGCTGGTACACGCGTCTCGCATTTTCTTCCTACTTCCCGCAGGATCGTT
CAGTTCTCCAATGGCAAGGGGCCAGGACCTGATGCACGCATAATTTACATAGATGGTGCT
TTTGATCTTTTCCATGCTGGCCATGTTGAGATTCTCAGGCGTGCACGAGAGCTTGGAGAC
TTCCTTCTTGTTGGAATACACAATGACCAGACTGTCAGTGCTAGAAGTGGAGCGCGTCAC
CCAATCATGAATCTCCATGAAAGAAGCTTAAGTGTTCTGGCATGCCGCTATGTAGATGAG
GTGATTATTGGTGCTCCTTCGGAAGTGTCAAAAGATACGATCACGACATTTGATATTTCA
TTGGTGGTTCATGGTACAGTAGCCGAGAGCGATGATTTTCAGAAGGAGGAAGGTAATCCG
TATGCTGTACCAATAAGCATGGGCATATTCCAAATCCTAGAAAGCCCTCTTGACATCACA
ACCTCTACCATAATCAAGAGGATTGTAGCCAACCATGAAGCTTATCAGAAACGTAATTTG
AAAAAG*AAGCTAGTGAGAAGAAGTACTACGAGCAGAAGTCTTTTGTGACTGGCGACTGA
TAG

QA 1 663 1 663
DS 

RD RR3FD48JQ 704 0 0
ATGCACGCATAATTTACATAGATGGTGCTTTTGATCTTTTCCATGCTGGCCATGTTGAGA
TTCTCAGGCGTGCACGAGAGCTTGGAGACTTCCTTCTTGTTGGAATACACAATGACCAGA
CTGTCAGTGCTAGAAGTGGAGCGCGTCACCCAATCATGAATCTCCATGAAAGAAGCTTAA
GTGTTCTGGCATGCCGCTATGTAGATGAGGTGATTATTGGTGCTCCTTCGGAAGTGTCAA
AAGATACGATCACGACATTTGATATTTCATTGGTGGTTCATGGTACAGTAGCCGAGAGCG
ATGATTTTCAGAAGGAGGAAGGTAATCCGTATGCTGTACCAATAAGCATGGGCATATTCC
AAATCCTAGAAAGCCCTCTTGACATCACAACCTCTACCATAATCAAGAGGATTGTAGCCA
ACCATGAAGCTTATCAGAAACGTAATTTGAAAAAGGAAGCTAGTGAGAAGAAGTACTACG
AGCAGAAGTCTTTTGTGACTGGCGACTGATAGAAAAATCTTTTAAAAGCTTTGTAAGACC
CATCTTCAGGATGTTAACCAGTTTCTCCTTTTTATCTTAATGTCTCTGTAGTCTGTACTG
GCTATAGTAGGATGTTTCTGCATCAGACTCCAATGCTACATATGACATTTTGTTCTCTAG
TTTTTCACTTTACATAAAAAGAGGGCATTGATGGTTTTATCACC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL8908Contig1 957 2 6 U
GGCTCCTTGGCTCCTTGAAACATCCTTCTCCTTCTTCCAAGAGATCAATTCCTTAATCGC
TAATCTTCGGAGAGAGAGAGAGATTCAAAAAAGAATGGTGAAGATCTGTTGTATTGGAGC
TGGATATGTTGGTGGTCCAACAATGGCAGTGATCGCACTCAAATGTCCACACATTGAAGT
AGCAGTCGTTGACATCTCTGTTCCACGTATCAACGCATGGAACAGTGACCAGCTTCCCAT
CTACGAGCCAGGCCTTGAAGACATCGTCAAGCAGTGTAGAGGCCAAAACCTCTTCTTCAG
CACCGACGTTGAGAAACACGTGCGGGAAGCCGATATCGTCTTTGTCTCTGTCAACACCCC
CACCCAAAACCACTGGTCTCGGAGCTGGCAAAGCTGCGGATCTCACTTACTGGGAGAGTG
CTGCTCGTATGATCGCCGATGTTTCGGCTTCTGATAAGATCGTCGTTGAGAAATCCACTG
TCCCTGTCAAAACGGCTGAAGCCATCGAGAAGATTCTGATGCATAACAGTAAAGGGATGC
GTATGAAGCTACAAAGGATGCACACGCGGTCTGCGTTCTGACCGAGTGGGATGAGTTCAA
GTCATTGGACTACCAGAAGATCTTTGACAACATGCAGAAACCAGCTTTTATCTTCGACGG
GAGAAACGTTTTGAATGTGGACAAGTTGAGAGAGATTGGTTTCATCGTTTACTCCATTGG
TAAGCCACTTGATGCATGGCTCAAGGACATGCCTGCTTTTGTCTGAACGAGAACAAGGTA
ATAATAATGATAATCTGGCTCATTCTTTTTCCTTCTACCTTTGATTGTTTCTGTTTTTGC
GTTTTGCGTCTTATAACGTCTACCTTTGTTGTTTGTTTTCTTATATAAGCTCTCGTAATT
TTTGTGTTTCAAATTTTGTTGAACAGACTACTACTTTGTATTCGATACATTTGCATC


BQ
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AF RR3H321TF U 1
AF RR3H321JQ C 258
BS 1 364 RR3H321TF
BS 365 365 RR3H321JQ
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RD RR3H321TF 694 0 0
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TAATCTTCGGAGAGAGAGAGAGATTCAAAAAAGAATGGTGAAGATCTGTTGTATTGGAGC
TGGATATGTTGGTGGTCCAACAATGGCAGTGATCGCACTCAAATGTCCACACATTGAAGT
AGCAGTCGTTGACATCTCTGTTCCACGTATCAACGCATGGAACAGTGACCAGCTTCCCAT
CTACGAGCCAGGCCTTGAAGACATCGTCAAGCAGTGTAGAGGCCAAAACCTCTTCTTCAG
CACCGACGTTGAGAAACACGTGCGGGAAGCCGATATCGTCTTTGTCTCTGTCAACACCCC
CACC*AAAACCACTGGTCTCGGAGCTGGCAAAGCTGCGGATCTCACTTACTGGGAGAGTG
CTGCTCGTATGATCGCCGATGTTTCGGCTTCTGATAAGATCGTCGTTGAGAAATCCACTG
TCCCTGTCAAAACGGCTGAAGCCATCGAGAAGATTCTGATGCATAACAGTAAAGGGATGC
GTATGAAGCTACAAAGGATGCACACGCGGTCTGCGTTCTGACCGAGTGGGATGAGTTCAA
GTCATTGGACTACCAGAAGATCTTTGACAACATGCAGAAACCAGCTTTTATCTTCGACGG
GAGAAACGTTTTGA*TGTGGACAAGTTGAGAGAG

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3H321JQ 700 0 0
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GATGTTTCGGCTTCTGATAAGATCGTCGTTGAGAAATCCACTGTCCCTGTCAAAACGGCT
GAAGCCATCGAGAAGATTCTGATGCATAACAGTAAAGGGATGCGTATGAAGCTACAAAGG
ATGCACACGCGGTCTGCGTTCTGACCGAGTGGGATGAGTTCAAGTCATTGGACTACCAGA
AGATCTTTGACAACATGCAGAAACCAGCTTTTATCTTCGACGGGAGAAACGTTTTGAATG
TGGACAAGTTGAGAGAGATTGGTTTCATCGTTTACTCCATTGGTAAGCCACTTGATGCAT
GGCTCAAGGACATGCCTGCTTTTGTCTGAACGAGAACAAGGTAATAATAATGATAATCTG
GCTCATTCTTTTTCCTTCTACCTTTGATTGTTTCTGTTTTTGCGTTTTGCGTCTTATAAC
GTCTACCTTTGTTGTTTGTTTTCTTATATAAGCTCTCGTAATTTTTGTGTTTCAAATTTT
GTTGAACAGACTACTACTTTGTATTCGATACATTTGCATC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL8909Contig1 903 2 6 U
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GTTGAACTGCTTGCCGATCTCTAACATTGAGCATTTTAGGGCTGAGAAGCTTGGTTTTGC
TGATCTCGTTGAAGAAGCGTCGCTTGGAGATGGGAAGATTTTGAAGATCACTGGGATTAA
AGACATGGGGAGAACCACCTCTGTTCTCGTCCGTGGCTCTAACCAGCTTGTTCTTGACGA
AGCCGAGAGGAGTCTGCACGATGCGTTGTGTGTTGTCAGGTGTTTGGTGAGCAAGAGGTT
TTTGATTGCGGGAGGTGGTGCGCCGGAGATTGAGCTCTCGAGGCAGCTAGGTGCTTGGGC
TAAGGTGCTCCATGGGATGGAAGTTTACTGCGTGAAGTCTTTCGCTGAAGCTCTGGAGGT
TATTCCTTACACGCTGGCTGAGAATGCAGGTCTGAATCCTATTGCCATTGTGACTGAGCT
CAGGAACAAGCATGCTCAAGGGGAAATCAACTCTGGGATCAATGTGAGGAAAGGGCAGAT
CACTAATATCTTGGAGGAGAACGTGGTGCAGCCTCTGCTTGTGAGCACCAGCGCAATCAC
TCTCGCAACTGAATGCGTAAGGATGATTTTGAAGATTGATGACATCGTTACTGTGAGATA
GTGTGGTAGTTTCACTCTAAACGGGTCATCAGTACACTTCTCTTGCTCTATCTATTTAAG
CTTTGTTTCCTTTTTGGTGTTTTGATGTTTTTTTTTTTTGCAATGGTTGAACTTAGAACC
CTCGTTGCTTTCATCATGTTCTATTGCATCTTTTTTTTTTGTCAGCGTTCTATTGCAGCC
TAGTGATCTTCTTGTGGTTTGTGCTACTTTGTTTCTTTCTAGTGACTTTAAATATCAAGA
TTT


BQ
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10 10 10 

AF RR3F071TF U 1
AF RR3F071JQ C 146
BS 1 621 RR3F071TF
BS 622 622 RR3F071JQ
BS 623 680 RR3F071TF
BS 681 681 RR3F071JQ
BS 682 697 RR3F071TF
BS 698 903 RR3F071JQ

RD RR3F071TF 697 0 0
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GTTGAACTGCTTGCCGATCTCTAACATTGAGCATTTTAGGGCTGAGAAGCTTGGTTTTGC
TGATCTCGTTGAAGAAGCGTCGCTTGGAGATGGGAAGATTTTGAAGATCACTGGGATTAA
AGACATGGGGAGAACCACCTCTGTTCTCGTCCGTGGCTCTAACCAGCTTGTTCTTGACGA
AGCCGAGAGGAGTCTGCACGATGCGTTGTGTGTTGTCAGGTGTTTGGTGAGCAAGAGGTT
TTTGATTGCGGGAGGTGGTGCGCCGGAGATTGAGCTCTCGAGGCAGCTAGGTGCTTGGGC
TAAGGTGCTCCATGGGATGGAAGTTTACTGCGTGAAGTCTTTCGCTGAAGCTCTGGAGGT
TATTCCTTACACGCTGGCTGAGAATGCAGGTCTGAATCCTATTGCCATTGTGACTGAGCT
CAGGAACAAGCATGCTCAAGGGGAAATCAACTCTGGGATCAATGTGAGGAAAGGGCAGAT
CACTAATATCTTGGAGGAGAACGTGGTGCAGCCTCTGCTTGTGAGCACCAGCGCAATCAC
TCTCGCAACTGAATGCGTAAG*ATGATTTTGAAGATTGATGACATCGTTACTGTGAGATA
GTGTGGTAGTTTCACTCTAA*CGGGTCATCAGTACAC

QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3F071JQ 758 0 0
GGAGATGGGAAGATTTTGAAGATCACTGGGATTAAAGACATGGGGAGAACCACCTCTGTT
CTCGTCCGTGGCTCTAACCAGCTTGTTCTTGACGAAGCCGAGAGGAGTCTGCACGATGCG
TTGTGTGTTGTCAGGTGTTTGGTGAGCAAGAGGTTTTTGATTGCGGGAGGTGGTGCGCCG
GAGATTGAGCTCTCGAGGCAGCTAGGTGCTTGGGCTAAGGTGCTCCATGGGATGGAAGTT
TACTGCGTGAAGTCTTTCGCTGAAGCTCTGGAGGTTATTCCTTACACGCTGGCTGAGAAT
GCAGGTTTGAATCCTATTGCCATTGTGACTGAGCTCAGGAACAAGCATGCTCAAGGGGAA
ATCAACTCTGGGATCAATGTGAGGAAAGGGCAGATCACTAATATCTTGGAGGAGAACGTG
GTGCAGCCTCTGCTTGTGAGCACCAGCGCAATCACTCTCGCAACTGAATGCGTAAGGATG
ATTTTGAAGATTGATGACATCGTTACTGTGAGATAGTGTGGTAGTTTCACTCTAAACGGG
TCATCAGTACACTTCTCTTGCTCTATCTATTTAAGCTTTGTTTCCTTTTTGGTGTTTTGA
TGTTTTTTTTTTTTGCAATGGTTGAACTTAGAACCCTCGTTGCTTTCATCATGTTCTATT
GCATCTTTTTTTTTTGTCAGCGTTCTATTGCAGCCTAGTGATCTTCTTGTGGTTTGTGCT
ACTTTGTTTCTTTCTAGTGACTTTAAATATCAAGATTT

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL8910Contig1 750 2 4 U
GCGGCTTCGATCATGAGGTTTTTATATAAATAACTTACAAAATCAATCGAATAACAGCAA
CAAACCAACAATACACAAATTCTTTCAAATTGCTATACAGTGTGCAAAGCCATGTATGTA
TGTTTATATCCTCAATGATGTGTTGTTGCACTTCTCCTCAGTGCTGCAAAGATTCCCCCT
CCTCCTGTTGATGCTCTTTTCTTCTCCTCCCCCTCTTCTCCTACTTGCTTGACTATCTCT
TCTAGCTTCTCTTTGATCTCTGCGAAGTCTGGTCTCAGCGTTGGATCCTTCTCCCACAAT
CTCTCCATTAGCTCTCTCATTTTCGGATGCGTCTTCTTCGGTATTTTCGGCCTTAATCCC
TTTTGGACCACCCCTACGGCTGCCTGCAATGGCGTCATGTATTCGTATGGAATCTTTCCA
GTCAAAAACTCCCATAACACAATCCCATAGCTGAAAACGTCTGCCTTGTGATCATATGGC
TTGTGTTCTATCACCTCCGGAGCCATCCAGCGATATGTTCCAGTTTCAGCTGTCATAACT
CCAGTTTGTGCTTTTACTCTAGCCACCCCAAAATCTGCAACCTTAACAACCTCATTTTCA
TCCAATAGAAGGTTGGCAGCCTTCAAATCTCTGTGGATTATGTTATTTTGGTGTAAGTAG
TTCACCCCTTTGCAAATATCTATAGCTACTTTAAACAAAGCTGGAAGCTTAAACACGCCC
TTTTGCTTGTGTAGATAGTCATATACACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3H714JQ U 1
AF RR3CY15JQ U 32
BS 1 231 RR3H714JQ
BS 232 232 RR3CY15JQ
BS 233 525 RR3H714JQ
BS 526 750 RR3CY15JQ

RD RR3H714JQ 525 0 0
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CAAACCAACAATACACAAATTCTTTCAAATTGCTATACAGTGTGCAAAGCCATGTATGTA
TGTTTATATCCTCAATGATGTGTTGTTGCACTTCTCCTCAGTGCTGCAAAGATTCCCCCT
CCTCCTGTTGATGCTCTTTTCTTCTCCTCCCCCTCTTCTCCTACTTGCTTGGCTATCTCT
TCTAGCTTCTCTTTGATCTCTGCGAAGTCTGGTCTCAGCGTTGGATCCTTCTCCCACAAT
CTCTCCATTAGCTCTCTCATTTTCGGATGCGTCTTCTTCGGTATTTTCGGCCTTAATCCC
TTTTGGACCACCCCTACGGCTGCCTGCAATGGCGTCATGTATTCGTATGGAATCTTTCCA
GTCAAAAACTCCCATAACACAATCCCATAGCTGAAAACGTCTGCCTTGTGATCATATGGC
TTGTGTTCTATCACCTCCGGAGCCATCCAGCGATATGTTCCAGTT

QA 1 525 1 525
DS 

RD RR3CY15JQ 719 0 0
AACTTACAAAATCAATCGAATAACAGCAACAAACCAACAATACACAAATTCTTTCAAATT
GCTATACAGTGTGCAAAGCCATGTATGTATGTTTATATCCTCAATGATGTGTTGTTGCAC
TTCTCCTCAGTGCTGCAAAGATTCCCCCTCCTCCTGTTGATGCTCTTTTCTTCTCCTCCC
CCTCTTCTCCTACTTGCTTGACTATCTCTTCTAGCTTCTCTTTGATCTCTGCGAAGTCTG
GTCTCAGCGTTGGATCCTTCTCCCACAATCTCTCCATTAGCTCTCTCATTTTCGGATGCG
TCTTCTTCGGTATTTTCGGCCTTAATCCCTTTTGGACCACCCCTACGGCTGCCTGCAATG
GCGTCATGTATTCGTATGGAATCTTTCCAGTCAACAACTCCCATAACACAATCCCATAGC
TGAAAACGTCTGCCTTGTGATCATATGGCTTGTGTTCTATCACCTCCGGAGCCATCCAGC
GATATGTTCCAGTTTCAGCTGTCATAACTCCAGTTTGTGCTTTTACTCTAGCCACCCCAA
AATCTGCAACCTTAACAACCTCATTTTCATCCAATAGAAGGTTGGCAGCCTTCAAATCTC
TGTGGATTATGTTATTTTGGTGTAAGTAGTTCACCCCTTTGCAAATATCTATAGCTACTT
TAAACAAAGCTGGAAGCTTAAACACGCCCTTTTGCTTGTGTAGATAGTCATATACACTT

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL8911Contig1 815 2 6 U
GGATCAAGAGCTCTTTGTATCTACTCCCTTCACTGTATTTACTCTACAGTTCCTACACTG
TAGAGTCACTCACACTAAAATGGCTTCTCCAAAAACATTCTTTTCATGTCTGTCACTTCT
CGTGGCTCTAATCCTCTGCTTCTCACCCACCCACTCAACAAACACCATCGGCAAAGGCTA
CCGTTTGATCTCAATCGAAGAATCACCGGACGGTGGTTTCATCGGCTATCTCCAAGTCAA
ACAGAAGAACAAAATCTACGGCTCAGACATCACGTTCCCTGCTGGAGCTTCTGAGGGATA
CGCGACGGGTAAGCTCTACCTAGACGAGGACGAGCTTCCGGAGATGAAGCTAGGTAACGG
ACAGTCCACGTACGTTGACTTCTATGCTTCGGTCGGAAACGGGACTGTGAAGATGTGGTC
GAAAGTGAAGGAAGGGAAGTTTGCGTTGAGCAAAGGATGGGTGATTGAGAAAGTTAGTGT
TTTGGGACTTAGTGGAGCAGGACAATCTGCTGAGGCTGAGATCAATGGGAGTACGGTTGC
GAAGATTGAGGTGAGCTCGAAGGAGCATACGTATGTTGTTGGGTTGGAAGAGGAAGGAGA
GAACAAAAGTGTGATGGTTGAAGTTAAGGGACTTGAGATACTAGTGGGTAAGGACTTTAA
CATGTCCTGGAAAATGGGTATTAGCGGTGCAAATTAATTTGAATCAATGAGATTGAGAAT
AGAGGTTGTTTGTGTCTTGTCTTTTTACTATTAGAAGATGTTTTGGTCTGAATAAAAAAT
TGCAAGTGAAATGAAAGTATTGTTTCTCTTTCGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H150TF U 1
AF RR3H150JQ C 150
BS 1 652 RR3H150TF
BS 653 653 RR3H150JQ
BS 654 669 RR3H150TF
BS 670 670 RR3H150JQ
BS 671 702 RR3H150TF
BS 703 815 RR3H150JQ

RD RR3H150TF 714 0 0
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TAGAGTCACTCACACTAAAATGGCTTCTCCAAAAACATTCTTTTCATGTCTGTCACTTCT
CGTGGCTCTAATCCTCTGCTTCTCACCCACCCACTCAACAAACACCATCGGCAAAGGCTA
CCGTTTGATCTCAATCGAAGAATCACCGGACGGTGGTTTCATCGGCTATCTCCAAGTCAA
ACAGAAGAACAAAATCTACGGCTCAGACATCACGTTCCCTGCTGGAGCTTCTGAGGGATA
CGCGACGGGTAAGCTCTACCTAGACGAGGACGAGCTTCCGGAGATGAAGCTAGGTAACGG
ACAGTCCACGTACGTTGACTTCTATGCTTCGGTCGGAAACGGGACTGTGAAGATGTGGTC
GAAAGTGAAGGAAGGGAAGTTTGCGTTGAGCAAAGGATGGGTGATTGAGAAAGTTAGTGT
TTTGGGACTTAGTGGAGCAGGACAATCTGCTGAGGCTGAGATCAATGGGAGTACGGTTGC
GAAGATTGAGGTGAGCTCGAAGGAGCATACGTATGTTGTTGGGTTGGAAGAGGAAGGAGA
GAACAAAAGTGTGATGGTTGAAGTTAAGGGACTTGAGATACTAGTGGGTAAG*ACTTTAA
CATGTCCTG*AAAATGGGTATTAGCGGTGCAAATTAATTTGA
TCATGAGATGAG

QA 1 702 1 702
DS 

RD RR3H150JQ 666 0 0
CCCACTCAACAAACACCATCGGCAAAGGCTACCGTTTGATCTCAATCGAAGAATCACCGG
ACGGTGGTTTCATCGGCTATCTCCAAGTCAAACAGAAGAACAAAATTTACGGCTCAGACA
TCACGTTCCCTGCTGGAGCTTTTGAGGGATACGCGACGGGTAAGCTCTACCTAGACGAGG
ACGAGCTTCCGGAGATGAAGCTAGGTAACGGACAGTCCACGTACGTTGACTTCTATGCTT
CGGTCGGAAACGGGACTGTGAAGATGTGGTCGAAAGTGAAGGAAGGGAAGTTTGCGTTGA
GCAAAGGATGGGTGATTGAGAAAGTTAGTGTTTTGGGACTTAGTGGAGCAGGACAATCTG
CTGAGGCTGAGATCAATGGGAGTACGGTTGCGAAGATTGAGGTGAGCTCGAAGGAGCATA
CGTATGTTGTTGGGTTGGAAGAGGAAGGAGAGAACAAAAGTGTGATGGTTGAAGTTAAGG
GACTTGAGATACTAGTGGGTAAGGACTTTAACATGTCCTGGAAAATGGGTATTAGCGGTG
CAAATTAATTTGAATCAATGAGATTGAGAATAGAGGTTGTTTGTGTCTTGTCTTTTTACT
ATTAGAAGATGTTTTGGTCTGAATAAAAAATTGCAAGTGAAATGAAAGTATTGTTTCTCT
TTCGTG

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL8912Contig1 710 2 2 U
GGGTTTGCAGGTGGCTTGTAGCGGTATGGTCTTACTTTTATTTCAGATCTGACGGTCTTT
CCGTCATGTTATCCCCTCTAGCCTCTCTCTGCTTGTTGGCTCTTGGATGTGCTGGTGAAG
GGTTTGTGTCCTTTGGATCTGTTTACCTTGCTCGTGGAAGCACTATCTTGAAACGGCTGT
GCTTTTCTGAGGAGAGCTCTCTCAGTTTCCTCCCCTTTGCCGTCATTGTCTTCCATTCCT
TGGTTTCTTCTCTGAAGATGGCATTGTGAGCTTGTTAAATCGGTTTTCTGCTGTGATTAT
CCTCCAGAGTTTGTGCTTCTAGTTGTTTGGATGGTTCTTTCAGAGATTGTTGGTCACCGG
GACTATTATTGCGGCCTCGCTGGTAAGAGATCTCTGGGACGAGGGATAAGCAAATGTTCT
GGTCTATAGCCATGTTCTTAATTTCTGTTTGAACCATTCTTTTTATTTTGTTCTCTGGTC
TTAGCCATCCAGTTGGTCTTGTTTCAGTCTCTTTGGATAGTGTCTGTAGCCATGTTTGAA
CTGTCTTTAGGTTTATCTATGTTCTTAAGTTTCCCAGTTGGTCTGTAGTATCAGGAGATA
TGTATGTTATCTGCCTGCTTAGTTTCTCTTATTTTCTAGAGCTCTTGTCTTTTGCTAGTT
TCCTGTTGTAAAATTTCAGGCTGAAGATCTAATGAAAGTATTGGAAAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DT03TF U 1
AF RR3DT03JQ C 96
BS 1 637 RR3DT03TF
BS 638 710 RR3DT03JQ

RD RR3DT03TF 637 0 0
GGGTTTGCAGGTGGCTTGTAGCGGTATGGTCTTACTTTTATTTCAGATCTGACGGTCTTT
CCGTCATGTTATCCCCTCTAGCCTCTCTCTGCTTGTTGGCTCTTGGATGTGCTGGTGAAG
GGTTTGTGTCCTTTGGATCTGTTTACCTTGCTCGTGGAAGCACTATCTTGAAACGGCTGT
GCTTTTCTGAGGAGAGCTCTCTCAGTTTCCTCCCCTTTGCCGTCATTGTCTTCCATTCCT
TGGTTTCTTCTCTGAAGATGGCATTGTGAGCTTGTTAAATCGGTTTTCTGCTGTGATTAT
CCTCCAGAGTTTGTGCTTCTAGTTGTTTGGATGGTTCTTTCAGAGATTGTTGGTCACCGG
GACTATTATTGCGGCCTCGCTGGTAAGAGATCTCTGGGACGAGGGATAAGCAAATGTTCT
GGTCTATAGCCATGTTCTTAATTTCTGTTTGAACCATTCTTTTTATTTTGTTCTCTGGTC
TTAGCCATCCAGTTGGTCTTGTTTCAGTCTCTTTGGATAGTGTCTGTAGCCATGTTTGAA
CTGTCTTTAGGTTTATCTATGTTCTTAAGTTTCCCAGTTGGTCTGTAGTATCAGGAGATA
TGTATGTTATCTGCCTGCTTAGTTTCTCTTATTTTCT

QA 1 637 1 637
DS 

RD RR3DT03JQ 615 0 0
TTGGCTCTTGGATGTGCTGGTGAAGGGTTTGTGTCCTTTGGATCTGTTTACCTTGCTCGT
GGAAGCACTATCTTGAAACGGCTGTGCTTTTCTGAGGAGAGCTCTCTCAGTTTCCTCCCC
TTTGCCGTCATTGTCTTCCATTCCTTGGTTTCTTCTCTGAAGATGGCATTGTGAGCTTGT
TAAATCGGTTTTCTGCTGTGATTATCCTCCAGAGTTTGTGCTTCTAGTTGTTTGGATGGT
TCTTTCAGAGATTGTTGGTCACCGGGACTATTATTGCGGCCTCGCTGGTAAGAGATCTCT
GGGACGAGGGATAAGCAAATGTTCTGGTCTATAGCCATGTTCTTAATTTCTGTTTGAACC
ATTCTTTTTATTTTGTTCTCTGGTTTTAGCCATCCAGTTGGTCTTGTTTCAGTCTCTTTG
GATAGTGTCTGTAGCCATGTTTGAACTGTCTTTAGGTTTATCTATGTTCTTAAGTTTCCC
AGTTGGTCTGTAGTATCAGGAGATATGTATGTTATCTGCCTGCTTAGTTTCTCTTATTTT
CTAGAGCTCTTGTCTTTTGCTAGTTTCCTGTTGTAAAATTTCAGGCTGAAGATCTAATGA
AAGTATTGGAAAGTG

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

CO CL8913Contig1 900 2 2 U
TTTTTTTCTTCGTTAATAGATTTCTTGGAGAAACAATTTGATGTGATTTTGTCCCATTGA
TAAAGTGATTCTGAATCCTTTGATTTTTTGTTGTTGTTTTTCAGAGTTGGCAAGGCATCG
TTGATGAATCACAGAATTCTTAGAATGATTGAAGCAACGCTTATCTCGATTCTTAAAAAA
AAAACAAACAAACATCAATTCTTTGAACGATTGGCTGCATCTCCTGCTTTGTGAGTGGCT
TCAGGTCTCTTCTTATGCCCCATTGTCATATGCGACTCCTCTGTTGTAGATCGTCCGTAC
CTGATATCATCAGGTTTTGGAGGAGCTTGATGCAGTGCTTGATGTTGGTGGTGTGTATGA
TCCTGAGAGTAAACGTTACGACCATCACCAGGGAAGAACTTTCAAGTCTCTGTTGAGCAA
GAAGCGACTCGGCTACTGGGGAACTTAGGATGGGCTTTGATTGAAAGAGACAACTTCTTG
GAAGCGTAAGAAGCATACAGGAAAGCTTTATCTATCGCACTTGACAGCAACAAGATGTGT
AACCTCGGAATCTGTCTTATGAAGCAAGGCAGGATTGATGAAGCCAAAGAGACGTTACGG
CGTGTGAGGCCAGGGACGGTCATAGAGGATTGGATCCGCATTTAAAAGCTTACGAGAGAG
CGCAGCAGATGTTTATAACGATCTTGGATCCGAGATAATGAGAAGAGGAGCGCAGCGAAT
GTAGTAGTAAACTGCCTCTTACTCTTCATCTCAGATTCAAAGGCAAACCTAAGATCCAGA
TTCCTCCTTGGCTTCTTTTTTCCATCACCTCCGTCTCTACTATATACATATAATAATTCT
TACTGTGCACTTTCATTCTTTGTGTTCCGATGTTTGTAACTCAACGTTTCAAAATACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C749TF U 1
AF RR3C749JQ C 220
BS 1 762 RR3C749TF
BS 763 900 RR3C749JQ

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TAAAGTGATTCTGAATCCTTTGATTTTTTGTTGTTGTTTTTCAGAGTTGGCAAGGCATCG
TTGATGAATCACAGAATTCTTAGAATGATTGAAGCAACGCTTATCTCGATTCTTAAAAAA
AAAACAAACAAACATCAATTCTTTGAACGATTGGCTGCATCTCCTGCTTTGTGAGTGGCT
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TCCTGAGAGTAAACGTTACGACCATCACCAGGGAAGAACTTTCAAGTCTCTGTTGAGCAA
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CGCAGCAGATGTTTATAACGATCTTGGATCCGAGATAATGAGAAGAGGAGCGCAGCGAAT
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C

QA 1 762 1 762
DS 

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ATCT
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TTGTAGATCGTCCGTACCTGATATCATCAGGTTTTGGAGGAGCTTGATGCAGTGCTTGAT
GTTGGTGGTGTGTATGATCCTGAGAGTAAACGTTACGACCATCACCAGGGAAGAACTTTC
AAGTCTCTGTTGAGCAAGAAGCGACTCGGCTACTGGGGAACTTAGGATGGGCTTTGATTG
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CCAAAGAGACGTTACGGCGTGTGAGGCCAGGGACGGTCATAGAGGATTGGATCCGCATTT
AAAAGCTTACGAGAGAGCGCAGCAGATGTTTATAACGATCTTGGATCCGAGATAATGAGA
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CAAACCTAAGATCCAGATTCCTCCTTGGCTTCTTTTTTCCATCACCTCCGTCTCTACTAT
ATACATATAATAATTCTTACTGTGCACTTTCATTCTTTGTGTTCCGATGTTTGTAACTCA
ACGTTTCAAAATACTCC

QA 5 681 5 681
DS 



AS 1 2

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TCTCTGATTCACTGAGTTTCCATATAAAGAGACAAGAACCGTTTACTTCGGACAAGGAGA
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AAGATGAATAAGAAAGATTCAACTTTGCCGTACCTTAACACTAGCATCTCATGGGGAGTG
GTTCCAACTGAACCTCTTAGCTTGAAAGTGGTGGATGCAAGGCCTGAACATACCACAAAG
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GATGTTGCTAGCAGTGGGGATGATATTCCTTCCAGACAAATCTCCTTTTTAACAAAATCA
GGATCTGAAGAAACTCAGCAGAAGGGGTTTGCAACTACTCATCCTAAACCAAGCTCCATG
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CGTGCCAAGCTTGAGGCTCAGAACAAGTTAATCAAATCCAGGAAGCCTTATCTTCATGAG
TCTCGACATGTTTATGCTCTTAAAAGGCCAAGAGGATCCGGTGGAAGATTCCTAAACACC
AAGAAACTTCTTCAAGAATCCCAACAAGCTCTGCTAAAGAACAAGAAGAAAGCAAAAAGA
CAAACATGTCTAGATTTGAAGCTCATATGCTGCAACATAACAAAGACCGTAGCTCAACCA
CATCTGGATCAGACATCACATCTGCATCCGAAGGTGTTGATATCTTTGGACACACCGGAT
TCCAGTTTTCAGGTTTCCAAACAACTCAGACTAACCGGGCCATGCTTGTTAATGGTCATC
AATCCAATGACATGCATGGAGGTGGGGACTTGCACCATTTCTCTGTCCATATCTGAGACT
TTGGTGCTGTTTTCATGTTCCCACCAAAAGGGGAAGTCATCCTTGGCTACTATTACTAGT
TCTCTTGCTACTGTTTTCATTTCACTTTATGTATGTGTGTTAAGACATTACAAGAACAAC
CAAAATCTTCACTTTGGAACACACTTTTCAAATCTTCGGTTACCAATGTATCTAAATGTG
TTAAACTAGTGGTTTGATTTTATTTTAAGCTTTCTATTGCC


BQ
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AF RR3G461TF U 1
AF RR3G461JQ C 631
BS 1 698 RR3G461TF
BS 699 1421 RR3G461JQ

RD RR3G461TF 698 0 0
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GAGAGAAAAAAAGATCGAAGGAGACCAAGAAGCAGAACAAGAAAGATCAGACACACACTC
TCTCTGATTCACTGAGTTTCCATATAAAGAGACAAGAACCGTTTACTTCGGACAAGGAGA
CATGCAAAACTAATCTCTGTTCCTGTCTTCTTCACCGTCGTTTCATCTAATACTCAAAAA
AAGATGAATAAGAAAGATTCAACTTTGCCGTACCTTAACACTAGCATCTCATGGGGAGTG
GTTCCAACTGAACCTCTTAGCTTGAAAGTGGTGGATGCAAGGCCTGAACATACCACAAAG
CAAATCAGTTTCCAGGACCAGGATTCATCTTCAACTCAGTCCACTTGTCAGTCTTACACT
GATGTTGCTAGCAGTGGGGATGATATTCCTTCCAGACAAATCTCCTTTTTAACAAAATCA
GGATCTGAAGAAACTCAGCAGAAGGGGTTTGCAACTACTCATCCTAAACCAAGCTCCATG
ACCGGTCTTCCGAGTATACACTTTACTCCAACGCATGCTAATTTCACTTTTCACTATGGT
GATCCACATTTTGGTGGTGGTATGTTAGCTGCAACTTATCTACCACAGGCACCAACATGC
AACCCCCAAATGGTGGGTATGGTTCCTGGTAGAGTTCT

QA 1 698 1 698
DS 

RD RR3G461JQ 791 0 0
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AGAGTTCTGTTACCAGTGGAGATCACAGAAACTGAGCCAGTCTTTGTCAATGCGAAGCAG
TACCACGCAATCATGAGGAGAAGACAGCAACGTGCCAAGCTTGAGGCTCAGAACAAGTTA
ATCAAATCCAGGAAGCCTTATCTTCATGAGTCTCGACATGTTTATGCTCTTAAAAGGCCA
AGAGGATCCGGTGGAAGATTCCTAAACACCAAGAAACTTCTTCAAGAATCCCAACAAGCT
CTGCTAAAGAACAAGAAGAAAGCAAAAAGACAAACATGTCTAGATTTGAAGCTCATATGC
TGCAACATAACAAAGACCGTAGCTCAACCACATCTGGATCAGACATCACATCTGCATCCG
AAGGTGTTGATATCTTTGGACACACCGGATTCCAGTTTTCAGGTTTCCAAACAACTCAGA
CTAACCGGGCCATGCTTGTTAATGGTCATCAATCCAATGACATGCATGGAGGTGGGGACT
TGCACCATTTCTCTGTCCATATCTGAGACTTTGGTGCTGTTTTCATGTTCCCACCAAAAG
GGGAAGTCATCCTTGGCTACTATTACTAGTTCTCTTGCTACTGTTTTCATTTCACTTTAT
GTATGTGTGTTAAGACATTACAAGAACAACCAAAATCTTCACTTTGGAACACACTTTTCA
AATCTTCGGTTACCAATGTATCTAAATGTGTTAAACTAGTGGTTTGATTTTATTTTAAGC
TTTCTATTGCC

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

CO CL8915Contig1 1073 2 2 U
GGGACGCACGAAAAAAAAATTTAGCATCTATCTCTCGTCGTCCTCTGTCCTTCGTTCTTC
TTTTTTTTTTCTTTGACCAATGTCCTTCATTCTTCTTCTCCATCGTTTTCTTTCATCTAT
CTCTTATCACTTTCAATCTTTCTCTGTTTCTAGGGTTTAATTTTTCTCTGGGAAACAAAG
TATAAGTTGTCTCAATCAAGGAAAATTGCCCTGCCCTAATCTGTTTTCCTCTCTGACAGA
CAAATTGAGGAGGCAATCTCGACGTCTTGCCTCGACGCCGACTCTTCTGTTCACCCCTTC
GTCGTGGTATCATCCAACGTTAGGGAAAGCTTCTTCTTGCACCAGTGTTGTCAAAGTTTC
GGTCAACGGTGTCGTGCCTCTGTTCCTTCTCAGAGACTCTGGTGGTGTATGTGTAACCGA
GCTCGCCGGAGACTTCATGGAGTTGAAACCAAATCTTATCTTAGAGAGATAATCAAAGAG
AGAGATGAGATAATAGCTCAGATTTTGCATCAGATTGCTCAGATGAACGTGTTGCTTATA
GATAAGAACATTCGTATTGGTATCAAATTAAGTGTTGGCGTTTGTTTTGCTGCAGAGAGA
TGGTGCATCAGTTTCAAGATCATTGTACATGCCTGGGAAAAACAAAGTCATTGTACGAGC
TGTCTCTTTTGACAACAAACAACATGTTTCCAATGAAATGAAATCACTTTGGTGTCATCA
GCAAAGGACTGGTTGTCTGAAAACTATGGGCAAGGTGATGGGGCTAACTATGCAGAGGAA
GAAGCCGCCAAAGAGGATGAGGTATTGCAGGAGACATTTGTGGCTTGGAGAGAGTTATAT
GAGGCAGAGCTTGCAATTGAGCTAACCAAGCTGATGCCGGAATCTGCTCTTACAGCACCC
AAGGAGAAGAAGCTTACAGGAAGACATTGGTTTGAGAGTGGCAAAGCGAGCAGAACAATG
GTCGCTGCTAATCAAGAATCTGAGGAGGAAGATGATGAAGACACTGACTTTACATTGAGC
AGCATTCAATCTCCATTACTCATAGATTCACGTTTTTAACATTCTTAAAATAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B142TF U 1
AF RR3B142JQ C 649
BS 1 722 RR3B142TF
BS 723 1073 RR3B142JQ

RD RR3B142TF 722 0 0
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AGAGATGAGATAATAGCTCAGATTTTGCATCAGATTGCTCAGATGAACGTGTTGCTTATA
GATAAGAACATTCGTATTGGTATCAAATTAAGTGTTGGCGTTTGTTTTGCTGCAGAGAGA
TGGTGCATCAGTTTCAAGATCATTGTACATGCCTGGGAAAAACAAAGTCATTGTACGAGC
TGTCTCTTTTGACAACAAACAACATGTTTCCAATGAAATGAAATCACTTTGGTGTCATCA
GC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3B142JQ 425 0 0
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TTGGTGTCATCAGCAAAGGACTGGTTGTCTGAAAACTATGGGCAAGGTGATGGGGCTAAC
TATGCAGAGGAAGAAGCCGCCAAAGAGGATGAGGTATTGCAGGAGACATTTGTGGCTTGG
AGAGAGTTATATGAGGCAGAGCTTGCAATTGAGCTAACCAAGCTGATGCCGGAATCTGCT
CTTACAGCACCCAAGGAGAAGAAGCTTACAGGAAGACATTGGTTTGAGAGTGGCAAAGCG
AGCAGAACAATGGTCGCTGCTAATCAAGAATCTGAGGAGGAAGATGATGAAGACACTGAC
TTTACATTGAGCAGCATTCAATCTCCATTACTCATAGATTCACGTTTTTAACATTCTTAA
AATAG

QA 1 425 1 425
DS 



AS 1 2

CO CL8916Contig1 666 2 5 U
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TCAAGCCTCTTGAATGCTTTGTTTCGGATCGTGGAGCTGGAAAAGGGAAGGATCTTGATC
GATGAATGTGATATTGGCAAGTTTGGACTGATGGACCTACGCAAAGTTCTTGGAATCATA
CCTCAAGCGCCAGTGCTCTTCTCAGGTACTGTGAGATTCAATCTTGATCCATTTAGTCAA
CACAACGACGCTGATCTTTGGGAATCTCTTGAGAGGGCACACTTGAAAGACACCATCCGC
AGAAATCCTCTTGGTCTTGATGCTGAGGTTACTGAGGCAGGAGAGAACTTCAGTGTTGGA
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GATGAAGCAACTGCTGCTGTTGATGTTAGAACAGATGTTCTCATCCAAAAGACCATCCGA
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TTCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3ER55TF U 84
AF RR3FY74TF U 1
BS 1 147 RR3FY74TF
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BS 149 426 RR3FY74TF
BS 427 427 RR3ER55TF
BS 428 666 RR3FY74TF

RD RR3ER55TF 552 0 0
G
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CGGATCGTGGAGCTGGAAAAGGGAAGGATCTTGATCGATGAATGTGATATTGGCAAGTTT
GGACTGATGGACCTACGCAAAGTTCTTGGAATCATACCTCAAGCGCCAGTGCTCTTCTCA
GGTACTGTGAGATTCAATCTTGATCCATTTAGTGAACACAACGACGCTGATCTTTGGGAA
TCTCTTGAGAGGGCACACTTGAAAGACACCATCCGCAGAAATCCTCTTGGTCTTGATGCT
GAGGTTACTGAGGCAGGAGAGAACTTCAGTGTTGGACAGAGACAGTTGTTGAGTCTTGCA
CGTGCATTGTTGCGAAGATCTAAGATACTTGTCCTTGATGAAGCAACTGCTGCTGTTGAT
GTTAGAACAGATGTTCTCATCCAAAAGACCATCCGAGAAGAATTCAAGTCATGTACTATG
CTAATCATCGCTCATCGTCTCAATACCATCATTGACTGTGACAAAGTTCTCGTCCTTGAT
TCTGGAAAAGT

QA 2 552 2 552
DS 

RD RR3FY74TF 666 0 0
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TCCTTCTTTATTTCTCCAATGGATAAGGTGGGGATTGTTGGAAGGACAGGTGCTGGGAAA
TCAAGCCTCTTGAATGCTTTGTTTCGGGTCGTGGAGCTGGAAAAGGGAAGGATCTTGATC
GATGAATGTGATATTGGCAAGTTTGGACTGATGGACCTACGCAAAGTTCTTGGAATCATA
CCTCAAGCGCCAGTGCTCTTCTCAGGTACTGTGAGATTCAATCTTGATCCATTTAGTCAA
CACAACGACGCTGATCTTTGGGAATCTCTTGAGAGGGCACACTTGAAAGACACCATCCGC
AGAAATCCTCTTGGTCTTGATGCTGAGGTTACTGAGGCAGGAGAGAACTTCAGTGTTGGA
CAGAGATAGTTGTTGAGTCTTGCACGTGCATTGTTGCGAAGATCTAAGATACTTGTCCTT
GATGAAGCAACTGCTGCTGTTGATGTTAGAACAGATGTTCTCATCCAAAAGACCATCCGA
GAAGAATTCAAGTCATGTACTATGCTAATCATCGCTCATCGTCTCAATACCATCATTGAC
TGTGACAAAGTTCTCGTCCTTGATTCTGGAAAAGTTCAGAGTTTAGTACACCGGAGAATC
TTCTTT

QA 1 666 1 666
DS 



AS 1 2

CO CL8917Contig1 731 2 2 U
TTTTTGAGCAGAACATTAATGTAGTCATCATCAGCTCAAAAGGCATATATGCAGAGGCAG
TTAGAAGCATTTGCCAAAAATAGGAAAAAGAGACAGAAACACATCATGACAACAACAATC
AAGATTTGTGTCCCTATGTATATATAAAAGAAAGGGACACTCTGCTCATAAACAAAAGAG
AACACACAGAGTGTTTATATATCATATCAATCATCTTCTTTCACTTTCTGCATCTCCAGG
CTGATACCGAGTATAGAGGTCTATCTTGCCAGCAAATCACAGCACACCCACTCTCTTCTT
TGATCATATACCCATCAAAACCATAGCCTTGAAGCAACCTCCTAGCCTGCAACATGGCAA
AATAGCTAAGAGAGGAGAGAGAGCTGCTCTAGTGCTGCGTTTGCGTTTTGGAGGCTGCCT
GAGGCCACGTGGTTTGCGCAGGTTAGCAGGAGGTGGATCAAGTAGAGACCACGCTCCTCT
GGTTTGAGGTCTTTGAACGGTGATGAGGGAGAAGAGATGAGAGTTGGCCTTGTGAGTGAC
ATGGTTGAGAAGACTTGAAGTGGCGATGAAGCTACAGAGGATGTTCCATTGTCTTCTTGA
AATTTAGCCACCATCTCAAATTCTTTTAAAGATCAAGAGAATTTGATTTTTGCATCAACG
GAAAAGAAAAGCACAAATGAATTTAGAAGAAAATGTGAATTTTTCTTTTTTCTTTAAAAT
TTCTTGTGTTC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BW74TF C 1
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GAGGCCACGTGGTTTGCGCAGGTTAGCAGGAGGTGGATCAAGTAGAGACCACGCTCCTCT
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AATTTAGCCACCATCTCAAATTCTTTTAAAGATCAAGAGAATTTGATTTTTGCATCAACG
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TTCTTGTGTTC

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DS 

RD RR3BW74JQ 726 0 0
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TTGTGTCCCTATGTATATATAAAAGAAAGGGACACTCTGCTCATAAACAAAAGAGAACAC
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ATATACCCATCAAAACCATAGCCTTGAAGCAACCTCCTAGCCTGCAACATGGCAAAATAG
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GTGTTC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

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TTATGCACAGCTTGTTATTGGCCCAGCAGGCAGCGGAAAGTCAACTTATTGCTCATCTTT
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TATATTTCAGAAACTGATGCTC


BQ
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AF RR3BH21TF U 1
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CATGGTGAGATT

QA 1 732 1 732
DS 

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TATGCAAAACTGAACAAAGCCTTGATTGAATTGGTGGAACAGTATAGCATGGTGAGATTC
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CTGATGCTC

QA 1 789 1 789
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ATTTATAGAGATGCCCTCGGTTTATCGTATGTTCCTAGATTCTTACCTATGTAATTTTTT
TAAGATTGAGATATTATCACATTTTGCGTG


BQ
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AF RR3AO27JQ C 1
AF RR3AO27TF U 1
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QA 1 750 1 750
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AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DL86TF U 1
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BS 648 848 RR3DL86JQ

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DS 

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QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CX04TF U 1
AF RR3CX04JQ C 77
BS 1 678 RR3CX04TF
BS 679 679 RR3CX04JQ
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BS 737 868 RR3CX04JQ

RD RR3CX04TF 736 0 0
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TTTAATAACGGTTTGGGCTGCGGAGCAGGAGGATAAGACTTTGTTAACTAAGTGGACGCC
GTTGTCTTCCAAGTATGTTGAGGAGTGGGTGGGACCGGGGAGTCCGATGAATAGTCCTCG
TTTGAGGAACAATCCTTGCTTTGGTCTTGAGAGCATTCCGGAGAGTGATGTGAGCGTGAA
GGAGCAGAAGGAGGATGAGAAGAGTCTTGAGAGCATTCCGGAGAGCGATGAGAGCAGCAC
GAGAGAGGGTATGAAGATGATGAATCAGCAAGAGTACTTTGTTCCGTGGCATTTGCCTTA
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GTCCAATTGACGTATTGTTCTTCAGAAAGAAGCTTTAAACCAAGATCACTGAAACCAAAC
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TTGAGATTCTGTGGCA

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DS 

RD RR3CX04JQ 792 0 0
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GTTGAGGAGTGGGTGGGACCGGGGAGTCCGATGAATAGTCCTCGTTTGAGGAACAATCCT
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AGTGGTGCGTCTGCTTCTGCACTTGCGAGTGGGCTTGCGAAGAAAGACGACAGGAAAGGA
GCTGTTGTGTACAACAGATACTACCACGTCTTCAGTGAAGGTGAACTTGAAAGATTGGCA
TCTGGAGTAGGGAATGCAATGATAGTTGATAGATTTTACGACAAGTCCAATTGACGTATT
GTTCTTCAGAAAGAAGCTTTAAACCAAGATCACTGAAACCAAACTCTTTGGCTTCAAACT
CAGCTTTATCTTTTTTTCCATCTTTTTGAAATTGGAACACTCCATTGCAGTCACCACTGG
AGGTTTTTCCATATGTAATCCAAGTTTTTTTTTAATGGTTGTAGTTGAGATTCTGTGGCA
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TATTTCCTCAGT

QA 1 792 1 792
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CAAACAGCAGCAGCAGCAACAACAAGCAATGATGCAGCAAGCTTTGATGCAACAACACCA
CTCTCTCTATCATCCTAGCCTCATGGCTCCTCCACCTCCTCCTCCTCCTCAGATGGAGCC
TCTACCAAGTGGAAACCTTCCTCCTGGTTTTGATCCCACTACTTGCCGCAGTGTGTATGC
TGGCAACATCCATACGCAGGTCACTGAGGTTCTTCTTCAAGAGATTTTTGCAAGCACCGG
TCCGGTTGAGAGCTGTAAGCTCATCAGAAAGGATAAGTCATCATATGGATTTGTTCACTA
CTTTGATCGACGATCTGCTGGTTTAGCTATCATGTCTCTTAACGGAAGGCATCTGTTTGG
ACAGCCTATCAAAGTTAACTGGGCGTATGCTACTGGTCAAAGGGAAGACACATCAAGCCA
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GAAATGAATGGTAAATGGTTAAGTAGCAGACAAATCAGATGCAACTGGGCGACAAAAGTG
CTACTTTTGGCGAGGAAAACATAGCTCTGATGG


BQ
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AF RR3FV36TF U 1
AF RR3H283TF U 27
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TCTACCAAGTGGAAACCTTCCTCCTGGTTTTGATCCCACTACTTGCCGCAGTGTGTATGC
TGGCAACATCCATACGCAGGTCACTGAGGTTCTTCTTCAAGAGATTTTTGCAAGCACCGG
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CTTTGATCGGCGATCTGCTGGTTTAGCTATCATGTCTCTTAACGGAAGGCATCTGTTTGG
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CTTTTCTGCCTTT

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DS 

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GGG
GGAAAGAGGTCTTTTCTCGGGAAACAAAACAGATATTTTCTATCTCATCTCATCTCGCAG
TGAG*AAAAAAAAGATGCAGAATCCGAGGCTCAAACAGCAGCAGCAGCAACAACAAGCAA
TGATGCAGCAAGCTTTGATGCAACAACACCACTCTCTCTATCATCCTAGCCTCATGGCTC
CTCCACCTCCTCCTCCTCCTCAGATGGAGCCTCTACCAAGTGGAAACCTTCCTCCTGGTT
TTGATCCCACTACTTGCCGCAGTGTGTATGCTGGCAACATCCATACGCAGGTCACTGAGG
TTCTTCTTCAAGAGATTTTTGCTAGCACCGGTCCGGTTGAGAGCTGTAAGCTCATCAGAA
AGGATAAGTCATCATATGGATTTGTTCACTACTTTGATCGACGATCTGCTGGTTTGGCTA
TCTTGTCTCTTAACGGAAGGCATCTGTTTGGACAGCCTATCAAAGTTAACTGGGCGTATG
CTACTGGTCAAAGGGAAGACACATCAAGCCATTTCAACATTTTTGTTGGAGATCTCAGTC
CAGATGTTACTGATGCAGCTTTGTTTGAAAGCTTCTCTGCCTTTAACACTTGCTCGGATG
CAAGAGTAATGTGGGACCAGAAAACTGGACGCTCAAGAGGCTTTGGGTTTGTCTCTTTCC
GCAATCAGCAGATGCTCAAAATGCCATTAATGAAATGAATGGTAAATGGTTAAGTAGCAG
ACAAATCAGATGCAACTGGGCGACAAAAGTGCTACTTTTGGCGAGGAAAACATAGCTCTG
ATGG

QA 4 787 4 787
DS 



AS 1 2

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AGGGGACTTGCTCGTCGTCGGCGCGACGGAGCAAGACCTGACGAAAGACGCTAGCTCCAA
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CTCCTCGGAGGAAGATTTCACCGGTAAACCCGGTCAGTCAACGGTTCTCAGACTTCCCGG
TTTAGCATCAAAACGGATCGGTTTGATCGGTTTAGGAAAATCATCTCCCGCGGCTTTTCA
GAGCCTTGGTGAAGGTGCGGCTACAGTGTCGAAGGCTTCTCAGTCGAGTACCGTTGCTGT
TGTTCTTGCCTCGCCTGAGAGTGAATCTAGCTATGCTTCAGCTATAGCTTCAGGCGTGGT
GCTGGGGCTATTCGAAGACGGGAGGTATAAGTCTGAGTCAAAGAAACCATCTTTGAAGTC
TGTGGATATCATCGGGTTTGGAGCTGGACCTGAATTGGAGAAGAAGCTTAAGTATGCTGA
AGATGTTTCTTACGGTGTGATTTTCGGGAGGGAGCTCATTAACTCTCCTGCCAACGTCCT
CACTCCTGCTGTGTTAGCTGAGAAGCGGCAAAAGTGGCTTCTACGTACAGTGATGTGTTT
ACGCGATATCTTGACGAGAGCATGCAGAGA


BQ
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AF RR3GT05TF U 1
AF RR3BQ20TF U 1
BS 1 288 RR3BQ20TF
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BS 290 377 RR3BQ20TF
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CACTCCTGCTGTGTTAGCTGAGAAGCGGCAAAAGTGGCTTCTACGTACAGTGATGTG

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3BQ20TF 750 0 0
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CTCCTCGGAGGAAGATTTCACCGGTAAACCCGGTCAGTCAACGGTTCTTAGACTTCCCGG
TTTAGCATCAAAACGGATCGGTTTGATCGGTTTAGGAAAATCATCTCCCGCGGCTTTTCA
GAGCCTTGGTGAAGGTGTGGCTACAGTGTCGAAGGCTTCTCAGTCGAGTACCGTTGCTGT
TGTTCTTGCCTCGCCTGAGAGTGAATCTAGCTATGCTTCAGCTATAGCTTCAGGCGTGGT
GCTGGGGCTATTCGAAGACGGGAGGTATAAGTCTGAGTCAAAGAAACCATCTTTGAAGTC
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CACTCCTGCTGTGTTAGCTGAGA*GCGGCAAA*GTGGCTTCTACGTACAGTGATGTGTTT
ACGCGATATCTTGACGAGAGCATGCAGAGA

QA 1 750 1 750
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CCGGCGAGGTCTGTTGATTTCTCTCTTGGATATAAGCTTGCGGTTATTACCACTGATCCC
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GTTTGGGGACCATTGAACCAGACCATTGTTAGTGGTGGTGAAGATGCTGTTCTCAGGATC
TGGGATGCTGAGACTGGAAAATTACTCAAGGAATCAGATGCGGAAGTGGGGCATAAGAAT
ACAATCACGTCGCTCACTAAAGCAGCTGATGATTCTCACTTCATTACTGGTTCCCTTGAC
AAGACTGCAAAGCTGTGGGACATGAGAACATTGACCCTTCTTAAGACTCACGTTTCAGGG
GTGCCTGTAAATGCCGTCTCCATGTCTCCACTTCTTGACCATGTTGTGCTTGGAGGTGGT
CAAGATGCATCAGCTGTTACAACCACTGATCATCGTGCTGGGAAGTTCGAGGCTAAGTTT
TATGACAAGATTCTGCAAGAGGAGATTGGTGGTGTGAAAGGTCATTTTGGACCTATAAAT
GCTTTGGCATTCAACCCTGATGGAAAGAGTTTCTCAAGTGGAGGTGAAGATGGATATGTC
AGATTGCATCACTTTGACTCTGATTACTTCAACATCAGGATTTAGATCTTTTTTACACCA
AATCTCTCAATCCGCATTTTGTTTCAGTCTCTTTTCTGGATTACAAGTGTTGTTTTTCGC
TACTATCAATACTTTAATGGTGCTGAGATATGAAGTGTTTGAATTTTGGATCGAATC


BQ
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AF RR3CA88TF U 1
AF RR3CA88JQ C 527
BS 1 578 RR3CA88TF
BS 579 1197 RR3CA88JQ

RD RR3CA88TF 578 0 0
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TAGAAAAGAAGAAAGAGGATGAGGCCGATACTGATGAAGGGACACGAACGTCCATTGACG
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ACTCTCTGGTACGCTGACAACGGCGAACGCCATGGTACCTTCCGTGGTCACAACGGTGCC
GTTTGGTGTTGTGATGTCTCAAGGGCCTCGTTGACGTTGATAACCGGAAGTGCTGATCAG
ACAGCTAAGCTGTGGGATGTGAAAACCGGACAACAGTTGTTCAGTTTCAAGTTTGGTTCT
CCGGCGAGGTCTGTTGATTTCTCTCTTGGATATAAGCTTGCGGTTATTACCACTGATCCC
TTCATGGAGCGTACTTCTGCTATTCATGTCAAACGCATCTCTGAAGATCCTGCAGACCAG
GTTAGTGAGTCTGTGCTTGTCCTTGAGAGCCCTAATGGAAGGAAGAGGATAAACAGAGCT
GTTTGGGGACCATTGAACCAGACCATTGTTAGTGGTGG

QA 1 578 1 578
DS 

RD RR3CA88JQ 671 0 0
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TGGGGCATAAGAATACAATCACGTCGCTCACTAAAGCAGCTGATGATTCTCACTTCATTA
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CTCACGTTTCAGGGGTGCCTGTAAATGCCGTCTCCATGTCTCCACTTCTTGACCATGTTG
TGCTTGGAGGTGGTCAAGATGCATCAGCTGTTACAACCACTGATCATCGTGCTGGGAAGT
TCGAGGCTAAGTTTTATGACAAGATTCTGCAAGAGGAGATTGGTGGTGTGAAAGGTCATT
TTGGACCTATAAATGCTTTGGCATTCAACCCTGATGGAAAGAGTTTCTCAAGTGGAGGTG
AAGATGGATATGTCAGATTGCATCACTTTGACTCTGATTACTTCAACATCAGGATTTAGA
TCTTTTTTACACCAAATCTCTCAATCCGCATTTTGTTTCAGTCTCTTTTCTGGATTACAA
GTGTTGTTTTTCGCTACTATCAATACTTTAATGGTGCTGAGATATGAAGTGTTTGAATTT
TGGATCGAATC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

CO CL8929Contig1 775 2 2 U
GGACATCTTGGCTTCTCTAGCAGCCAATCGCTTCTTCTTCTTCTTGACACTAGCAGACTT
GTAACCACCTTTGCACGGCTTCCCCCAAGGGCTAACCGACGTCCTACCTCTGCTCCACTA
CTTTTGCTCTTCCCTTCACCACCACCATGTGGATGATCATACGGATTCATCGCCACACCT
CTCACTTTGGGTCTTATCCCCAGCCACCTACTCTGTCCTGCTTTATACAGCTTCTTCACT
CCATGAGACAGGTTCGACACTGTACCGATGGTATCACGGCACCTGGCGTTGATCCACCTG
GTGTCACCTGAAGGGAGCTTGATCAAGCACTTCCCTGAAGCAGGCTCCTTGAGGATCTTG
GCGTTTGTTCCCGCAGCTCGTACTAGCTTGGCGCCTTGACCAGGGTTCATCTCGATGTTG
TGGATGATTGTTCCTATGCGCATCATTCCTAGCGGCATGGAACTTCCTATCATTGAGTTG
ATGTCCATGTGGAGCATCTTTTCTACCATTTCTGCCACCAGTGTTTTGTTCTGCACATCA
CCAAAAGCTACCAACAAAGAAAATTAGAGGCCTTGAAGTATCTCTTGTCACCACGAAACG
CACCCAAAAGAAAGACATCGGATTTCAGACACAAACGCTAGATGAATACTCTGGGATTAG
CATATAACACCCAAGTATGAAGATGTACGTACTGAGAATAACTCAAGTCCCACAAAGTAT
TTAAAACATAGGTTTTTATGTACTAGATTCATCATTTTGAATACAACCATTGAAG


BQ
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AF RR3AB06JQ C 1
AF RR3AB06TF U 1
BS 1 727 RR3AB06TF
BS 728 775 RR3AB06JQ

RD RR3AB06JQ 775 0 0
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DS 

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GTGTCACCTGAAGGGAGCTTGATCAAGCACTTCCCTGAAGCAGGCTCCTTGAGGATCTTG
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CATATAACACCCAAGTATGAAGATGTACGTACTGAGAATAACTCAAGTCCCACAAAGTAT
TTAAAAC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

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ATGCCAAACTCCCCTCCCCTAATCTCATCTCCTAAGTTTCAGCATCAGATGGCAAGATCT
CCTCATCATGATCAGCATCAACATCTCTCAAATCCTTACCCAACAACATTTGTCCAAGCA
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BQ
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AF RR3CB04TF U 1
AF RR3CB04JQ C 133
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RD RR3CB04TF 693 0 0
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GACACTTCCACTTTCAAACAAGTTGTTCAGATGCTTACGGGCTCCTCTTCCACCGATACC
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CCTCTGTCTTTAG*CAGCTCATCTGAAGAAGACAAAGCCATTGCCGAAAAAG*ATACTAT
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QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3CB04JQ 720 0 0
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ATGTTCTCAAGCGGAAACAATGTTCATCAAAGCCCAAGATTCTCTCCGAGGGATAACTCA
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TATTCTTGGACTTTGCTTTTAACTATAACTAAGATATATAACTTCTTAGTAATGGAGTGA

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

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GTATACAAACACTTCTTGCTGTGTGAATGAATAATAATCTTGAAAAAAGGGGTCATCG


BQ
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AF RR3BA06JQ C 1
AF RR3BA06TF U 1
BS 1 538 RR3BA06TF

RD RR3BA06JQ 538 0 0
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QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3BA06TF 538 0 0
GGGACAGAAAAGTAGAATCAGGAGATTGACGAAGAAGAAGATGTCGTTGGTGTGGCTAGA
AGCGGCTCTGCCTCTGGGAATCATCGGAGGGATGCTCTGTATTATGGGAAACTCTCAGTA
CTACATCCACAAAGCTTATCATGGCCGTCCGAAGCACATCGGGCACGATGAATGGGATGT
TGCTATGGAGAGACGCGACAAGAAAGTCGTCGAGAAAGCCTCATCTCCTTCATCGTGATC
CGATCCGATCAGGGGGCGTCAGGTGAACAACTTGTGGTCACAAATAAAGTTTATTCCAGA
AGAAGAAGAAGCTGGAGAGTCCAATACTGTTATTCCCGTTTGATTTTTCTTGTGAGACAA
GTTCCGATAAAGCTTTGAAGTTTAAAAACCTTTTTTTTCTTTCTGCTCCCAAAATTCAGA
GTTCAGACTTAATGACATTTGGTTTATAACTTGTCTCCATTTATTTGTGCATGGCATTTG
GTATACAAACACTTCTTGCTGTGTGAATGAATAATAATCTTGAAAAAAGGGGTCATCG

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 2

CO CL8932Contig1 1172 2 4 U
GGTTTCAGTCACCATCTTGTCTACTGAATCCGCCATCACTGGAGCACAGATCAAGCTCGG
ATTCTTCGCAATTTCTTGACTTTCGATCTCCATTTCAGAGGTACTTGAAGTCACCTATAC
AAAGTTCCACAATTCATTAGCTTTCATCTGTTTAAAGCTTCTAAATTTCAAATCCAAAAC
TACCCTACTTAGAACCAAACAATCAAACACTTCATCCGAAAATTTCAGAACAAAGACACA
AACTTTATTTGAACCGATCAAATCTGCAAAGTCGTCATTGTTCCTCTAGCCCTCTCCGAA
ACGGTAATAGAACCAAAAATTCAGACAAAAGAGACAAACTTTGTCGGAACCGATCAATAA
GTCAATCATTGTTCACTAGCACTCTCCGAAACGTGATAGAACCAAAATTCAGACAGAGAC
GAACTTTGTCTGAACCAATCAATCTGCGAAGTCAATCACTCCGAAACGTAATAGAACCAA
AAATTCAGAACAAAGAGACAAACTTTGTCTGAACCAATCAATCTGCGAAGTCAATCATTG
TTTACTAGCACTCTCCGAAACGGTAATAGAACCAAAAAATTCAGAACAAAGAGACAAACT
TTGTCTGAACCGATCAATCTGCGAGAAGTCTAATCATTGTTCTTCCCTATCACTCTCCGA
AACAAAACTAAAACCAATTGAAAGAATCACACTTACGTAGGCATTGCTTGGTTCCATCCT
CTGACGTCGCTGTCGATCGGAAAACACTAACGGAACCGGCACACTTGTGGTTTCGGCGGA
GAAGAAGTTAGATTTGAAGCGGAGAGAGAAACGGGAGGCCGGAAGAAGACGGAGGTTGGC
GATGGAGGTTGGTGATGATGATGATCGTGGGGTGGAGAGGAGATGAGGAGGGTAGGTGAG
ACGAGCAGTAGCCATTGACAGTTGAGAGAGAGAGAGGACCAATGGAGCTTGCAGCCCTTT
TTTTACATTTTCTAATACACTTAACCAAAGATGGTAGGTGGATTGGGAACTGGGAATTTG
GCTCATTATCCGCGGGTCCCGTCCCGTTTGACTCGCCGCAAGACGGATGCGGATCGAGTG
ATTTGAAAAAGTTGTTCGCGGGTGTAGGTACAGGTCGAGTGATTTTAACGCGGAGCTGGT
GCGGATCGACCGAATTTAAACTGCGGGTACCC


BQ
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AF RR3FX91TF U 1
AF RR3FX91JQ C 525
BS 1 700 RR3FX91TF
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BS 702 754 RR3FX91TF
BS 755 1172 RR3FX91JQ

RD RR3FX91TF 760 0 0
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ATTCTTCGCAATTTCTTGACTTTCGATCTCCATTTCAGAGGTACTTGAAGTCACCTATAC
AAAGTTCCACAATTCATTAGCTTTCATCTGTTTAAAGCTTCTAAATTTCAAATCCAAAAC
TACCCTACTTAGAACCAAACAATCAAACACTTCATCCGAAAATTTCAGAACAAAGACACA
AACTTTATTTGAACCGATCAAATCTGCAAAGTCGTCATTGTTCCTCTAGCCCTCTCCGAA
ACGGTAATAGAACCAAAAATTCAGACAAAAGAGACAAACTTTGTCGGAACCGATCAATAA
GTCAATCATTGTTCACTAGCACTCTCCGAAACGTGATAGAACCAAAATTCAGACAGAGAC
GAACTTTGTCTGAACCAATCAATCTGCGAAGTCAATCACTCCGAAACGTAATAGAACCAA
AAATTCAGAACAAAGAGACAAACTTTGTCTGAACCAATCAATCTGCGAAGTCAATCATTG
TTTACTAGCACTCTCCGAAACGGTAATAGAACCAAAAAATTCAGAACAAAGAGACAAACT
TTGTCTGAACCGATCAATCTGCGAGAAGTCTAATCATTGTTCTTCCCTATCACTCTCCGA
AACAAAACTAAAACCAATTGAAAGAATCACACTTACGTAG*CATTGCTTGGTTCCATCCT
CTGACGTCGCTGTCGATCGGAAAACACTAACGGA
CCGGCA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3FX91JQ 648 0 0
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AACAAAGAGACAAACTTTGTCTGAACCGATCAATCTGCGAGAAGTCTAATCATTGTTCTT
CCCTATCACTCTCCGAAACAAAACTAAAACCAATTGAAAGAATCACACTTACGTAGGCAT
TGCTTGGTTCCATCCTCTGACGTCGCTGTCGATCGGAAAACACTAACGGAACCGGCACAC
TTGTGGTTTCGGCGGAGAAGAAGTTAGATTTGAAGCGGAGAGAGAAACGGGAGGCCGGAA
GAAGACGGAGGTTGGCGATGGAGGTTGGTGATGATGATGATCGTGGGGTGGAGAGGAGAT
GAGGAGGGTAGGTGAGACGAGCAGTAGCCATTGACAGTTGAGAGAGAGAGAGGACCAATG
GAGCTTGCAGCCCTTTTTTTACATTTTCTAATACACTTAACCAAAGATGGTAGGTGGATT
GGGAACTGGGAATTTGGCTCATTATCCGCGGGTCCCGTCCCGTTTGACTCGCCGCAAGAC
GGATGCGGATCGAGTGATTTGAAAAAGTTGTTCGCGGGTGTAGGTACAGGTCGAGTGATT
TTAACGCGGAGCTGGTGCGGATCGACCGAATTTAAACTGCGGGTACCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL8933Contig1 1148 2 2 U
GAAGAACTGATATGTAAGGAAGCAATGCTCTTACTCACATCCCATCTGTCTCCGTCATGA
TGTTAAAAAGCTTGACCTTCCATGCAGGAAAACGAGAACTCTGTTTTTGAGAGATAACAT
TCAAGTCCTGGAAGCTGCTGCAAAGAAGTTTGAGGAAGAAGGTGGAGTTTCAGATATGAT
CACAAGTGATGAAGAGTTATATGCATATCCATCGCCAATCAAACTTGCAGCTGCAAAAGA
AGATGGATATTCACGGTATTCCACTATATACTTTGACTTCAATACCGAGTCAGAAATGGC
ATCTGGAAACCATGTCATGAGCTACGCAGCGAATGCTTCTTCGTGTATCTCCTCTGTTGC
TGATGATTATGAATGCTCAACAACTGCTGATTACGTGAATAGAGGAACTAACTGTAGTAG
CAGTAGTGATTCTAAGCTATCAGAAGACGTAGCAAGCAGCAGTAACAAGAAGTCTCGGTT
CTTCTCGGCGGTTCAAGATGAAGTACTAGTTACGGATCAGGAAAGTGAGGGTTCTGATTC
AGAGGGTTTCAGAGTGAAACGACGTTCTGTATTGAAATGCAATAACCGAACAGTTGTTCT
CGACACAATAGACTCTGAGCGTCATCATCAGGAACATAAAAGGTTGAAGAGATCACAGAA
GTACCACGAAGGAAGATATAGTAGTAGCAGTAGTAGTAGTAAGGAAAAAGTGTTAGTAAT
TTCAAGAAGAAAGGAAACTCATGAGCAGCAGCAAAGTGACTTGAAGAAGAATGAGAATCA
TTTTGGTGGTGGGTTTAAACGTCTTAAAGTGAAAGCCATAACGTGACAGCCTCAACTTCC
TCCTAACTACAATTTTATCTCTAACAATACAAGGTAAAAACTAAAAAGGGAATCAAAAGC
AAAATTAACTGATGTTGCTAGTATTTTTGTGGGAGAAGAAAGAAGAAAGAAGGGGATAAC
CAACCAACACTATTGGGTTTGTTTTTTAGGATTTTACCAAATCTTTGATTCTTTGTGTAC
ATCTCTCTGTACACCTTTAAAACTCTTCCTATTCATTCTTCTTTCATCTTACTATGTAAA
TCTCTTATTTTGTTTTGGTTATTACTGGTCAAGTGTCAACAGAAAAGGCTAGTTTTTTTC
TTTCTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H075TF U 1
AF RR3H075JQ C 634
BS 1 699 RR3H075TF
BS 700 1148 RR3H075JQ

RD RR3H075TF 699 0 0
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TGTTAAAAAGCTTGACCTTCCATGCAGGAAAACGAGAACTCTGTTTTTGAGAGATAACAT
TCAAGTCCTGGAAGCTGCTGCAAAGAAGTTTGAGGAAGAAGGTGGAGTTTCAGATATGAT
CACAAGTGATGAAGAGTTATATGCATATCCATCGCCAATCAAACTTGCAGCTGCAAAAGA
AGATGGATATTCACGGTATTCCACTATATACTTTGACTTCAATACCGAGTCAGAAATGGC
ATCTGGAAACCATGTCATGAGCTACGCAGCGAATGCTTCTTCGTGTATCTCCTCTGTTGC
TGATGATTATGAATGCTCAACAACTGCTGATTACGTGAATAGAGGAACTAACTGTAGTAG
CAGTAGTGATTCTAAGCTATCAGAAGACGTAGCAAGCAGCAGTAACAAGAAGTCTCGGTT
CTTCTCGGCGGTTCAAGATGAAGTACTAGTTACGGATCAGGAAAGTGAGGGTTCTGATTC
AGAGGGTTTCAGAGTGAAACGACGTTCTGTATTGAAATGCAATAACCGAACAGTTGTTCT
CGACACAATAGACTCTGAGCGTCATCATCAGGAACATAAAAGGTTGAAGAGATCACAGAA
GTACCACGAAGGAAGATATAGTAGTAGCAGTAGTAGTAG

QA 1 699 1 699
DS 

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AAGTGACTTGAAGAAGAATGAGAATCATTTTGGTGGTGGGTTTAAACGTCTTAAAGTGAA
AGCCATAACGTGACAGCCTCAACTTCCTCCTAACTACAATTTTATCTCTAACAATACAAG
GTAAAAACTAAAAAGGGAATCAAAAGCAAAATTAACTGATGTTGCTAGTATTTTTGTGGG
AGAAGAAAGAAGAAAGAAGGGGATAACCAACCAACACTATTGGGTTTGTTTTTTAGGATT
TTACCAAATCTTTGATTCTTTGTGTACATCTCTCTGTACACCTTTAAAACTCTTCCTATT
CATTCTTCTTTCATCTTACTATGTAAATCTCTTATTTTGTTTTGGTTATTACTGGTCAAG
TGTCAACAGAAAAGGCTAGTTTTTTTCTTTCTTCC

QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 2

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TGTTTCTTTGCGTCCTTCCTTGCCTTATCGAATCTGCTATACCTTCTCACCAGCAACCAC
TTCCAGTCACCGGTTAGTTTTTCAACACAAACAAATAACATTTTTTTGTCAAGAAAAAAA
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GAAATTTGTCAATGGATAAGATATTGAATATGTCTCGAACCGTCAAGTAGGATGGATCGA
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AAACTATAACGAATAATTTGAAGGGATGAGAATGCAAGGTTATTTTGGCCACGAGATGCA
CAACCACCACAATACAAGTACAAAGTGGTGGTCATAAGGACTCAAATCTATGATACAATC
TATCTCTTCTTATATTTTTATTTTACCTCAATTTTTTCCAATTTTTCTGATCTGGTTTCA
TTAACATAGTTTGTCTATAATTTTTGCTGCCTTTTATCGTCATTTGAAGCTGAATTATTT
ATATAATTAATATATATGAATTGTAGGGAGAAGGTTGATGAGTATTTATAGGCCAAATGG
AGAAATATTTACAGGACCATCAGGCAGTGAACATGGTGGTGGTCGCACTCCAGCCCCCTA
GTCCTACAGCTAAAGCCGTGGACATTGTATGTGTTGGTTTATTAATGTAATTTGCAGTCT
CTAAGCTCACAACTCAAGCTTTTAATTTCTTTTGATTTTATGTATATTGTATGTGTTGTG
TATTATGTATAATGTATGTGTTCTTAAGTTTCTGTCCTCAAAGTCATGCTTTAACTTTTC
ATTGTGTATAAACTTAATGAATATTAAAAAAAAGTGTTGGGTG


BQ
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AF RR3D058TF U 1
AF RR3D058JQ C 328
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BS 731 1003 RR3D058JQ

RD RR3D058TF 730 0 0
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TTCCAGTCACCGGTTAGTTTTTCAACACAAACAAATAACATTTTTTTGTCAAGAAAAAAA
ACAATTAACATTTTTTAAAACAAACAAATAACATGAATATGCCATAACAATTAACACGTA
TAAGTTGCGTAACTAGCATTTGACATGACGTGAATAGTCTAAACTGATGAAAGAGTTCAT
GAAATTTGTCAATGGATAAGATATTGAATATGTCTCGAACCGTCAAGTAGGATGGATCGA
AACCGGAGTCTAGCTAAAATCAGAAAGAATAAATATGTTGTTTGTATAGTGTGAACGTAA
AAACTATAACGAATAATTTGAAGGGATGAGAATGCAAGGTTATTTTGGCCACGAGATGCA
CAACCACCACAATACAAGTACAAAGTGGTGGTCATAAGGACTCAAATCTATGATACAATC
TATCTCTTCTTATATTTTTATTTTACCTCAATTTTTTCCAATTTTTCTGATCTGGTTTCA
TTAACATAGTTTGTCTATAATTTTTGCTGCCTTTTATCGTCATTTGAAGCTGAATTATTT
ATATAATTAATATATATGAATTGTAGGGAGAAG*TTGATGAGTATTTATAGGCCAAATGG
AGAAATATTT

QA 1 730 1 730
DS 

RD RR3D058JQ 676 0 0
ATATGTCTCGAACCGTCAAGTAGGATGGATCGAAACCGGAGTCTAGCTAAAATCAGAAAG
AATAAATATGTTGTTTGTATAGTGTGAACGTAAAAACTATAACGAATAATTTGAAGGGAT
GAGAATGCAAGGTTATTTTGGCCACGAGATGCACAACCACCACAATACAAGTACAAAGTG
GTGGTCATAAGGACTCAAATCTATGATACAATCTATCTCTTCTTATATTTTTATTTTACC
TCAATTTTTTCCAATTTTTCTGATCTGGTTTCATTAACATAGTTTGTCTATAATTTTTGC
TGCCTTTTATCGTCATTTGAAGCTGAATTATTTATATAATTAATATATATGAATTGTAGG
GAGAAGGTTGATGAGTATTTATAGGCCAAATGGAGAAATATTTACAGGACCATCAGGCAG
TGAACATGGTGGTGGTCGCACTCCAGCCCCCTAGTCCTACAGCTAAAGCCGTGGACATTG
TATGTGTTGGTTTATTAATGTAATTTGCAGTCTCTAAGCTCACAACTCAAGCTTTTAATT
TCTTTTGATTTTATGTATATTGTATGTGTTGTGTATTATGTATAATGTATGTGTTCTTAA
GTTTCTGTCCTCAAAGTCATGCTTTAACTTTTCATTGTGTATAAACTTAATGAATATTAA
AAAAAAGTGTTGGGTG

QA 1 676 1 676
DS 



AS 1 2

CO CL8935Contig1 736 2 2 U
GAACACTGGGCTGGCGCTAACGCACCAATATTAGCGTTTCTTGGATAAGAATCATCGTTA
GATTCCGATTTGTCTGCCATAGGTTTTCTCCGTGACAATGGTCCTCGTTTCAAAGCGCTC
CTTGTCTACATAGAGGTGTGCGTGTGTGGATATAAAGAAATGTGCGGTTAGATTTTATCT
TTAACATTGTTTGTATGTCAATACATACCATATATAATGCAGCATAGGTATTATGGGAAG
ACGATGCCATTTGGATCAGCAGAAGAAACATTGAAGAACGCGAGTACGTTGGGGTATTTG
AACGCAGCACAAGCTTTAGCAGACTATGCAGCGATTCTCTTGCATGTTAAGGAGAAGTAC
GCAACCAAACACAGTCCTATCATTGTCATAGGAGGATCATATGGTGGAATGTTAGCGGCA
TGGTTCAGGCTAAAATATCCACACATAGCACTCGGAGCATTAGCATCTTCAGCTCCTCTA
CTCTACTTTGAAGATACTCGCCCTAAATTTGGTTATTATTATATCGTAACCAAGGTCATC
AAGGTAATAATAATTATTCAGTTATTGAATTACTAGAAAACATATTAATACGTAAGCTTT
TTCAATCACTATCAATTCTATTTCTATGGTGTTCAAAAAAATCTATTTCTCTATTTCATT
CTTCGCTGATTTTTATGTTAGGTTAACTAATTGTAATCGGGACCAATTGTAACCTAAACC
AAATACTGATTACATC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BY24TF U 1
AF RR3BY24JQ C 1
BS 1 538 RR3BY24TF
BS 539 736 RR3BY24JQ

RD RR3BY24TF 538 0 0
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GATTCCGATTTGTCTGCCATAGGTTTTCTCCGTGACAATGGTCCTCGTTTCAAAGCGCTC
CTTGTCTACATAGAGGTGTGCGTGTGTGGATATAAAGAAATGTGCGGTTAGATTTTATCT
TTAACATTGTTTGTATGTCAATACATACCATATATAATGCAGCATAGGTATTATGGGAAG
ACGATGCCATTTGGATCAGCAGAAGAAACATTGAAGAACGCGAGTACGTTGGGGTATTTG
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GCAACCAAACACAGTCCTATCATTGTCATAGGAGGATCATATGGTGGAATGTTAGCGGCA
TGGTTCAGGCTAAAATATCCACACATAGCACTCGGAGCATTAGCATCTTCAGCTCCTCTA
CTCTACTTTGAAGATACTCGCCCTAAATTTGGTTATTATTATATCGTAACCAAGGTCA

QA 1 538 1 538
DS 

RD RR3BY24JQ 736 0 0
GAACACTGGGCTGGCGCTAACGCACCAATATTAGCGTTTCTTGGATAAGAATCATCGTTA
GATTCCGATTTGTCTGCCATAGGTTTTCTCCGTGACAATGGTCCTCGTTTCAAAGCGCTC
CTTGTCTACATAGAGGTGTGCGTGTGTGGATATAAAGAAATGTGCGGTTAGATTTTATCT
TTAACATTGTTTGTATGTCAATACATACCATATATAATGCAGCATAGGTATTATGGGAAG
ACGATGCCATTTGGATCAGCAGAAGAAACATTGAAGAACGCGAGTACGTTGGGGTATTTG
AACGCAGCACAAGCTTTAGCAGACTATGCAGCGATTCTCTTGCATGTTAAGGAGAAGTAC
GCAACCAAACACAGTCCTATCATTGTCATAGGAGGATCATATGGTGGAATGTTAGCGGCA
TGGTTCAGGCTAAAATATCCACACATAGCACTCGGAGCATTAGCATCTTCAGCTCCTCTA
CTCTACTTTGAAGATACTCGCCCTAAATTTGGTTATTATTATATCGTAACCAAGGTCATC
AAGGTAATAATAATTATTCAGTTATTGAATTACTAGAAAACATATTAATACGTAAGCTTT
TTCAATCACTATCAATTCTATTTCTATGGTGTTCAAAAAAATCTATTTCTCTATTTCATT
CTTCGCTGATTTTTATGTTAGGTTAACTAATTGTAATCGGGACCAATTGTAACCTAAACC
AAATACTGATTACATC

QA 1 736 1 736
DS 



AS 1 2

CO CL8936Contig1 556 2 2 U
GGATGAAGTTTATTACGGCTCAGAGATTAAAGCTTTCAAGAAAGAGCTCGTTGCTATTGG
AGTTGGTAGCGATTCAGCCAAAGCTTGCAGGTTGCTTGCGACACACGTTTATAATCATTC
TGACTCTGACGCAATCTCCAGGGTATATAGGTTTCTCTGTAAATCTGAATGGAGACCTGA
GAAAGGTGTTGGAGTACGCTACGTGTTTCGCTGAGGTGATTGCTAAAGGAGCGATGTGGC
AGAGGGAAGATCTGATTGGAGAGTTGACTGAGCTTGTGAAGATGGCTTACTTGGTTGAGT
TTGATGAAGAGGCTTTGGAGTTTCTTATGAAGTCCAAGAACCTTCAGGTCTATGAAGAAG
AGGAGAAGCTCATCTTAGATGCCTACTCTCTCAAGAAAACTTAAGGTGCCTTCTATCACA
AGTAAACACAGGGACCCCTATGTTCTATCTATTTCGTTTGTATGCCGTCTATTCTATTTT
GGTATTATGCATCGTTTGTGAACCCCTTATGACTCTTTCTACTATGTTCTATAAAATATT
TTGGTATCTCGTTTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CM22JQ C 1
AF RR3CM22TF U 19
BS 1 18 RR3CM22JQ
BS 19 556 RR3CM22TF

RD RR3CM22JQ 556 0 0
GGATGAAGTTTATTACGGCTCAGAGATTAAAGCTTTCAAGAAAGAGCTCGTTGCTATTGG
AGTTGGTAGCGATTCAGCCAAAGCTTGCAGGTTGCTTGCGACACACGTTTATAATCATTC
TGACTCTGACGCAATCTCCAGGGTATATAGGTTTCTCTGTAAATCTGAATGGAGACCTGA
GAAAGGTGTTGGAGTACGCTACGTGTTTCGCTGAGGTGATTGCTAAAGGAGCGATGTGGC
AGAGGGAAGATCTGATTGGAGAGTTGACTGAGCTTGTGAAGATGGCTTACTTGGTTGAGT
TTGATGAAGAGGCTTTGGAGTTTCTTATGAAGTCCAAGAACCTTCAGGTCTATGAAGAAG
AGGAGAAGCTCATCTTAGATGCCTACTCTCTCAAGAAAACTTAAGGTGCCTTCTATCACA
AGTAAACACAGGGACCCCTATGTTCTATCTATTTCGTTTGTATGCCGTCTATTCTATTTT
GGTATTATGCATCGTTTGTGAACCCCTTATGACTCTTTCTACTATGTTCTATAAAATATT
TTGGTATCTCGTTTAC

QA 1 556 1 556
DS 

RD RR3CM22TF 538 0 0
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CAAAGCTTGCAGGTTGCTTGCGACACACGTTTATAATCATTCTGACTCTGACGCAATCTC
CAGGGTATATAGGTTTCTCTGTAAATCTGAATGGAGACCTGAGAAAGGTGTTGGAGTACG
CTACGTGTTTCGCTGAGGTGATTGCTAAAGGAGCGATGTGGCAGAGGGAAGATCTGATTG
GAGAGTTGACTGAGCTTGTGAAGATGGCTTACTTGGTTGAGTTTGATGAAGAGGCTTTGG
AGTTTCTTATGAAGTCCAAGAACCTTCAGGTCTATGAAGAAGAGGAGAAGCTCATCTTAG
ATGCCTACTCTCTCAAGAAAACTTAAGGTGCCTTCTATCACAAGTAAACACAGGGACCCC
TATGTTCTATCTATTTCGTTTGTATGCCGTCTATTCTATTTTGGTATTATGCATCGTTTG
TGAACCCCTTATGACTCTTTCTACTATGTTCTATAAAATATTTTGGTATCTCGTTTAC

QA 1 538 1 538
DS 



AS 1 2

CO CL8937Contig1 900 2 2 U
GGTGTTCGGTGGATCCGACTTTGTTCAGGCTAAAGAAGCTCCTAAGATCTTTGGTCGTCA
GCTGAGTCTCGGCGCGTCGAAGCCACGGTCGATGAGTATCAACTTCTCACCTAAGATGGA
GGATGAGTCAGGTTTCTCCTTGGAACCGTATGAGGTTGTGCAAGCGAGTCAAGTGTACGG
TTACGAGCAAGGGAAAGAGGAGGCGGCGTTGTATCTAACCGACGAGCAGAAGCCGAGGAA
GAGAGGGAGGAAGCCTGCGAACGGAAGAGAAGAGGCCTTGAACCACGTGGAAGCTGAGAG
GCAGAGGAGGGAGAAGCTGAACCAGAGGTTCTACGCGCTGAGAGCTGTGGTGCCTAACAT
CTCCAAGATGGACAAGGCCTCGCTCCTCGCGGACGCGATCACGTACATCACCGATATGCA
GAAGAAGATTAGGGTGTACGAGACGGAGAAGCAGGTGATGAAGAGGAGGGAGAGTAACCA
GATCACTCCTGCGGAGGTTGATTATCAGCAGAGGGAGGATGATGCTGCGGTGGTGAGAGT
GAGCTGCGCGTTGGAGAACCATCCGGTTTCGAAGGTGGTGCAAGTGTTTAAGGAGAATGA
AGTCACTCCTCACGATGCGAACGTGGCTGTGACGGAGGAAGGTGTGGTTCATACGTTCAC
TCTCCGGCCTCAGGGTGGTTGCACCGCTGAGGAGTTGAAAGACAAGCTCCTCGCCTCTCT
CGCACAGTAGTAGTTGTGCTTTTATAAAAGTGTAATGCTGTTAGTTATTGGGTTGTATGA
TCAATGTACTATTACTAGCCAACCAAAAAACAAGATATGGCTTAGGAGTGTGTAACTGTT
TACTTTTGATGTCATGTTGTGATTTGTCTTTTACATAATAAGACTACTTGAGCAGGGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AC72TF U 1
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BS 726 900 RR3AC72JQ

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CTCCAAGATGGACAAGGCCTCGCTCCTCGCGGACGCGATCACGTACATCACCGATATGCA
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GAGCTGCGCGTTGGAGAACCATCCGGTTTCGAAGGTGGTGCAAGTGTTTAAGGAGAATGA
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CGCAC

QA 1 725 1 725
DS 

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AGGGAGGAAGCCTGCGAACGGAAGAGAAGAGGCCTTGAACCACGTGGAAGCTGAGAGGCA
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CAAGATGGACAAGGCCTCGCTCCTCGCGGACGCGATCACGTACATCACCGATATGCAGAA
GAAGATTAGGGTGTACGAGACGGAGAAGCAGGTGATGAAGAGGAGGGAGAGTAACCAGAT
CACTCCTGCGGAGGTTGATTATCAGCAGAGGGAGGATGATGCTGCGGTGGTGAGAGTGAG
CTGCGCGTTGGAGAACCATCCGGTTTCGAAGGTGGTGCAAGTGTTTAAGGAGAATGAAGT
CACTCCTCACGATGCGAACGTGGCTGTGACGGAGGAAGGTGTGGTTCATACGTTCACTCT
CCGGCCTCAGGGTGGTTGCACCGCTGAGGAGTTGAAGGACAAGCTCCTCGCCTCTCTCGC
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TTTTGATGTCATGTTGTGATTTGTCTTTTACATAATAAGACTACTTGAGCAGGGAGC

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

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AGCCAGACGTCTCTGAAGCTTTCCGAGCTTGCTCAACTGGCAAAGAGATCAGTTTTTGAT
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AATTCCGCTCTGATCGACCTTCAAGCTGTTCGCAACTCCCATAATGATGAACGGACCATC
TCCAGAGACACAACTACTCACTCCGCAACTGTTGTTGACGATCTTAAGAATCGCTTGATG
GACACTACCAAAGAGTTTAAGGATGTTCTTACTTTGAGAACCGAGAACATGAAGATCCAT
GAAATTCGAAGGCAAAGATTCACGTCTAACCCTTCTAAAGAATCAACAAACCCGTTTGTT
CGCCAGCGCCCTTTGGCTTCTAAGCCCGCTGCTAGTCAACCTGCTCCTCTTCCATGGGCA
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TCTCCATTGTTGCAGCAGAGTCAACAGCAACAACAACAGATGGTCCCGTTGCAAGACACT
TATATGGAGAGCCGCGCAGAAGCTTTACACAACGTAGAATCAACAATCCATGAGCTAAGC
AATATCTTCACACAACTAGCTACCATGGTTTCTCAGCAAGGGGAGATCGCTATCAGGATC
GATCAGAACATGGAAGATACATTGGCTAACGTGGAAGGTGCACAGAGCCAATTGGCCAGG
TATCTCAACAGTATATCGTCAAACCGATGGCTCATGATTAAGATTTTCTTCGTACTGATT
GCATTTCTCATGGTTTTCCTCTTCTTCGTGGCCTAATATTTAGATCTTAAAAATACATAT
ATTCTAAAAAAGAGTTTCAAACGTCTAGACATGGTTCTCTTTTCTGTCGTATCTTATTGA
CATGTAAAGACTAGATAAAAGGATCTTTATTCTCTATGTTCAGATCAGTGGATATATATT
GCCAAATTTTTATGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CN46TF U 1
AF RR3CN46JQ C 661
BS 1 752 RR3CN46TF
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RD RR3CN46TF 752 0 0
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TCGTCGTATCGAGATCGGACGGAGGAGTTCTTCGGCATCGTTGAAACTCTGAGGAGATCA
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TCCGCCGTGGCAAATCAATCGGAGTTCAAAAAGAGAGCTGCTGTCGTCGGTTTAGCTATC
AGCCAGACGTCTCTGAAGCTTTCCGAGCTTGCTCAACTGGCAAAGAGATCAGTTTTTGAT
GACCCCACACGGGAGATACAAGAGCTGACGGCTGTTATCAAACAAGAGATCTCTTCTCTG
AATTCCGCTCTGATCGACCTTCAAGCTGTTCGCAACTCCCATAATGATGAACGGACCATC
TCCAGAGACACAACTACTCACTCCGCAACTGTTGTTGACGATCTTAAGAATCGCTTGATG
GACACTACCAAAGAGTTTAAGGATGTTCTTACTTTGAGAACCGAGAACATGAAGATCCAT
GAAATTCGAAGGCAAAGATTCACGTCTAACCCTTCTAAAGAATCAACAAACCCGTTTGTT
CGCCAGCGCCCTTTGGCTTCTAAGCCCGCTGCTAGTCAACCTGCTCCTCTTCCATGGGCA
AGCAGCTCTTCTTCATCATCCTCTCAGTTAGT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3CN46JQ 615 0 0
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TCTCCATTGTTGCAGCAGAGTCAACAGCAACAACAACAGATGGTCCCGTTGCAAGACACT
TATATGGAGAGCCGCGCAGAAGCTTTACACAACGTAGAATCAACAATCCATGAGCTAAGC
AATATCTTCACACAACTAGCTACCATGGTTTCTCAGCAAGGGGAGATCGCTATCAGGATC
GATCAGAACATGGAAGATACATTGGCTAACGTGGAAGGTGCACAGAGCCAATTGGCCAGG
TATCTCAACAGTATATCGTCAAACCGATGGCTCATGATTAAGATTTTCTTCGTACTGATT
GCATTTCTCATGGTTTTCCTCTTCTTCGTGGCCTAATATTTAGATCTTAAAAATACATAT
ATTCTAAAAAAGAGTTTCAAACGTCTAGACATGGTTCTCTTTTCTGTCGTATCTTATTGA
CATGTAAAGACTAGATAAAAGGATCTTTATTCTCTATGTTCAGATCAGTGGATATATATT
GCCAAATTTTTATGT

QA 1 615 1 615
DS 



AS 1 2

CO CL8939Contig1 1226 2 4 U
TTTTTCTATCCAGTTTCTCGCCATCGTCGTCCTCGTTGCAACTCCGTTCTTCTTTCAACG
GCGAGCATGTATCGTCTTCCAGGAGCTTCGCTCCGTTCACTTCCTCTTCTCCATCACTGC
TCTCCGGTCAGAAGAACTCGTATCCTCCGAGAAAATTTCACGTTTCCGCTAAGAAAGTCT
CTGGATTAGAAGAAGCCATTAGAATCAGAAGGATGAGAGAGCTGGAGAAAACTTCAAAAG
TTAGGAGAAGCCCACCGTTACGACGTGGAAGAGTATCACCTCGTCTTCTTGTCCCTGACC
ACATACCAAGGCCTCCTTACGTTGAGTCTGGCGTGTTACCCGATATATCTCCCGAGTTCC
AGATTCCTGGTCCCGAAGGCATTACGAAGATGAGAGCTGCTTGCGAGCTCGCTGCTCGGG
TTCTAACCTTTGCAGGAACTTTGGTTAAACCATCTGTGACGACTAATGAGATAGACAAAG
CGGTGCACGATATGATCATCGAAGCTGGTGCTTATCCTTCGCCTCTTGGGTATGGTGGAT
TTCCTAAAAGTGTGTGCACATCGGTTAACGAGTGTATGTGTCACGGGATACCGGATTCTC
GTCAGCTACAGAATGGAGATATAATAAACATCGATGTCACGGTTTACTTGGATGGTTACC
ATGGAGATGCATCAAAAACTTTCTTCTGTGGAGAAGTAAATGAAGGTTTTAAACGACTTG
TACAGATTACGGAGGAATGCTTAGAGAGAGGGATAGCCGTTTGTAAAGATGGAGCAAGCT
TCAAGAAAATCGGCAAGAGAATAAGTGAGCATGCCGAGAAGTATGGCTACAACGTGGTGG
AGCGCTTTGTTGGGCATGGTGTTGGACCAGTATTCCACTCAGAACCCTTGATTTATCATT
ACCGAAATGATGAGCCTGGGCAAATGGTTGAGGGACAAACTTTCACAATCGAACCGATTC
TAACGATTGGAACCACGGAATGTGTAACATGGCCAGACAACTGGACCACTCTAACGGCTG
ATGGTGGGGTAGCCGCACAGTGTGAGCATACAATTCTCATTACTAGAACTGGTTCTGAGA
TTCTTACCAAATGCTGAATCTATTCACTTTTGTCTTTCTTTCCGTTTCCCTCTTTTGTCA
AATGCTCTTATTTCTTCAGGCCGTTCATGGACCATGAAATCATATAGAATATACCTCCAT
ATGGTTTATGATAATCAATTTCCATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GZ21TF U 1
AF RR3GZ21JQ C 433
BS 1 677 RR3GZ21TF
BS 678 678 RR3GZ21JQ
BS 679 695 RR3GZ21TF
BS 696 1226 RR3GZ21JQ

RD RR3GZ21TF 695 0 0
TTTTTCTATCCAGTTTCTCGCCATCGTCGTCCTCGTTGCAACTCCGTTCTTCTTTCAACG
GCGAGCATGTATCGTCTTCCAGGAGCTTCGCTCCGTTCACTTCCTCTTCTCCATCACTGC
TCTCCGGTCAGAAGAACTCGTATCCTCCGAGAAAATTTCACGTTTCCGCTAAGAAAGTCT
CTGGATTAGAAGAAGCCATTAGAATCAGAAGGATGAGAGAGCTGGAGAAAACTTCAAAAG
TTAGGAGAAGCCCACCGTTACGACGTGGAAGAGTATCACCTCGTCTTCTTGTCCCTGACC
ACATACCAAGGCCTCCTTACGTTGAGTCTGGCGTGTTACCCGATATATCTCCCGAGTTCC
AGATTCCTGGTCCCGAAGGCATTACGAAGATGAGAGCTGCTTGCGAGCTCGCTGCTCGGG
TTCTAACCTTTGCAGGAACTTTGGTTAAACCATCTGTGACGACTAATGAGATAGACAAAG
CGGTGCACGATATGATCATCGAAGCTGGTGCTTATCCTTCGCCTCTTGGGTATGGTGGAT
TTCCTAAAAGTGTGTGCACATCGGTTAACGAGTGTATGTGTCACGGGATACCGGATTCTC
GTCAGCTACAGAATGGAGATATAATAAACATCGATGTCACGGTTTACTTGGATGGTTACC
ATGGAGATGCATCAAAA*CTTTCTTCTGTGGAGAA

QA 1 695 1 695
DS 

RD RR3GZ21JQ 794 0 0
CAGGAACTTTGGTTAAACCATCTGTGACGACTAATGAGATAGACAAAGCGGTGCACGATA
TGATCATCGAAGCTGGTGCTTATCCTTCGCCTCTTGGGTATGGTGGATTTCCTAAAAGTG
TGTGCACATCGGTTAACGAGTGTATGTGTCACGGGATACCGGATTCTCGTCAGCTACAGA
ATGGAGATATAATAAACATCGATGTCACGGTTTACTTGGATGGTTACCATGGAGATGCAT
CAAAAACTTTCTTCTGTGGAGAAGTAAATGAAGGTTTTAAACGACTTGTACAGATTACGG
AGGAATGCTTAGAGAGAGGGATAGCCGTTTGTAAAGATGGAGCAAGCTTCAAGAAAATCG
GCAAGAGAATAAGTGAGCATGCCGAGAAGTATGGCTACAACGTGGTGGAGCGCTTTGTTG
GGCATGGTGTTGGACCAGTATTCCACTCAGAACCCTTGATTTATCATTACCGAAATGATG
AGCCTGGGCAAATGGTTGAGGGACAAACTTTCACAATCGAACCGATTCTAACGATTGGAA
CCACGGAATGTGTAACATGGCCAGACAACTGGACCACTCTAACGGCTGATGGTGGGGTAG
CCGCACAGTGTGAGCATACAATTCTCATTACTAGAACTGGTTCTGAGATTCTTACCAAAT
GCTGAATCTATTCACTTTTGTCTTTCTTTCCGTTTCCCTCTTTTGTCAAATGCTCTTATT
TCTTCAGGCCGTTCATGGACCATGAAATCATATAGAATATACCTCCATATGGTTTATGAT
AATCAATTTCCATT

QA 1 794 1 794
DS 



AS 1 2

CO CL8940Contig1 799 2 2 U
GGGAGATCGATATCTCCACTACATCGGAGCCGCCATGGATCTTCATCGGAGCTCGACGAT
CATACTCCTGATCCTCTCAATCCTATCCCCCGAGACGCTCTCAATGCGGTACGAGCTACA
CTCAGGCCACACGAAATGCATATCCGAGGAGATTCACGTCAACGCAATGTCCGTCGGCAA
ATACAGCATCGTAAACCCTCACGAAGATCATCCTCTCCCTGCTTCCCACAAAATCACCGT
CAAGGTGACGTCGTCGCAAGGAACGGTTTATCACGAGGCGGACGGAGTGAGCACGGGACA
TTTCTCGTTGACGGTGGTGGAAACAGGAGATTACATCACTTTCTTCTCGGCCGTTGATCA
CAAACCGGAGACGGTGCTGACCATTGACTTTGATTGGAGGACGGGGATTCATAGCAAGGA
CTGGTCCAATGTGGCCAAGTTGGGCCAAGTCGAAAACATTGAGTCTGAGGTTAAGAAGTT
ACTCGATACTGTTACTTCCATCCATGACGAGATGTTTTACCTCCGTGACAGGGAAGAAGT
AATGCACGAACTGAACATATCAACAAATTCGAAGATGGCATGGTTGAGTTTTATGTCGCT
TGGGGTTTGTTTATCAGTCGCAGGTTTTCAGTTTTGGCACTTGAAGACTTTTTTCCAGAA
GAAGAAGCTCATCTAGGGAGAGAGAGACGCACATCATTACCATCTCTTGAGGACAGAGAT
TGTATTGACAACCTTAACACTCTAGTTTTGTTGTTACACAAGTGGATTCAGTTTTGTCAA
GCATTTCGTTCGTTACTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DR91TF U 1
AF RR3DR91JQ C 78
BS 1 619 RR3DR91TF
BS 620 799 RR3DR91JQ

RD RR3DR91TF 619 0 0
GGGAGATCGATATCTCCACTACATCGGAGCCGCCATGGATCTTCATCGGAGCTCGACGAT
CATACTCCTGATCCTCTCAATCCTATCCCCCGAGACGCTCTCAATGCGGTACGAGCTACA
CTCAGGCCACACGAAATGCATATCCGAGGAGATTCACGTCAACGCAATGTCCGTCGGCAA
ATACAGCATCGTAAACCCTCACGAAGATCATCCTCTCCCTGCTTCCCACAAAATCACCGT
CAAGGTGACGTCGTCGCAAGGAACGGTTTATCACGAGGCGGACGGAGTGAGCACGGGACA
TTTCTCGTTGACGGTGGTGGAAACAGGAGATTACATCACTTTCTTCTCGGCCGTTGATCA
CAAACCGGAGACGGTGCTGACCATTGACTTTGATTGGAGGACGGGGATTCATAGCAAGGA
CTGGTCCAATGTGGCCAAGTTGGGCCAAGTCGAAAACATTGAGTCTGAGGTTAAGAAGTT
ACTCGATACTGTTACTTCCATCCATGACGAGATGTTTTACCTCCGTGACAGGGAAGAAGT
AATGCACGAACTGAACATATCAACAAATTCGAAGATGGCATGGTTGAGTTTTATGTCGCT
TGGGGTTTGTTTATCAGTC

QA 1 619 1 619
DS 

RD RR3DR91JQ 722 0 0
CAATCCTATCCCCCGAGACGCTCTCAATGCGGTACGAGCTACACTCAGGCCACACGAAAT
GCATATCCGAGGAGATTCACGTCAACGCAATGTCCGTCGGCAAATACAGCATCGTAAACC
CTCACGAAGATCATCCTCTCCCTGCTTCCCACAAAATCACCGTCAAGGTGACGTCGTCGC
AAGGAACGGTTTATCACGAGGCGGACGGAGTGAGCACGGGACATTTCTCGTTGACGGTGG
TGGAAACAGGAGATTACATCACTTTCTTTTCGGCCGTTGATCACAAACCGGAGACGGTGC
TGACCATTGACTTTGATTGGAGGACGGGGATTCATAGCAAGGACTGGTCCAATGTGGCCA
AGTTGGGCCAAGTCGAAAACATTGAGTCTGAGGTTAAGAAGTTACTCGATACTGTTACTT
CCATCCATGACGAGATGTTTTACCTCCGTGACAGGGAAGAAGTAATGCACGAACTGAACA
TATCAACAAATTCGAAGATGGCATGGTTGAGTTTTATGTCGCTTGGGGTTTGTTTATCAG
TCGCAGGTTTTCAGTTTTGGCACTTGAAGACTTTTTTCCAGAAGAAGAAGCTCATCTAGG
GAGAGAGAGACGCACATCATTACCATCTCTTGAGGACAGAGATTGTATTGACAACCTTAA
CACTCTAGTTTTGTTGTTACACAAGTGGATTCAGTTTTGTCAAGCATTTCGTTCGTTACT
CG

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL8941Contig1 929 2 2 U
GGACATACACCAAACAACAACAACAACAATGGCTATTTTGAGAAAATTTATTTCCTCAAA
CCTCTTCATCTTCTTCCTGGTTATAGCTACAACCAATGGTCAGGCTCCAGCTCCAACCCC
TTCCGGTCCAACCAACATAACCGCAGTTCTAGAAAAGGCTGGTCAATTCACAATGTTCAT
AAGACTCCTCAAGAGCACCCAAGCCGCAGACCAAATCAACACTCAGCTCAATTCATCCTC
GAGCCAAGGCCTAACCGTGTTTGCCCCAACCGATAACGCCTTTAGCAGCCTCAAATCCGG
AACCTTAAACTCATTATCTGACCAGCAAAAAGTTCAGCTTGTTCAGTTCCATGTCCTTCC
TACACTCTTAACCATGCCTCAGTTTCAAACTGTCAGTAACCCCTTACGCACGCAAGCTGG
CGATGGACAGAACGGTGAATTCCCTCTTAACATCACTAGCTCTGGTAACCAAGTCAACAT
CACCACGGGTGTTGTGAGCGCCACCGTGGCTAACTCTGTCTACAGCGACAAGCAGCTCGC
CGTGTATCAAGTGGATCAAGTTTTGTTACCATTAGCAATGTTTGGTTCAAGCTCGGCGGC
TCCTGCTCCGGCGCCTGAGAAAGGCGGCTCGGTTACGACAGGTTCAGCTTCCGGTAGCGA
CGGTGGTGGAGATACGTCTACTGATTCATCTGATGCAGAGAGGATCAGATACGGGATAAT
CGCCACCGTGGCAGCCATCGCTGCTTCTTCACTGTGGATATAACTCGAGAGAGAGAGAGA
GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGCTTTTCGAGAGTCTCCACGTTGGCTTTTAAGAA
TAATGATGAGTTTAAGTTTGGTTGTAATTTGAGATTGTGTTATCATGTTAATGTTTTTGA
TTTAAAATGAGACAACGAGTTGCGATTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AA83TF U 1
AF RR3AA83JQ C 682
BS 1 785 RR3AA83TF
BS 786 929 RR3AA83JQ

RD RR3AA83TF 785 0 0
GGACATACACCAAACAACAACAACAACAATGGCTATTTTGAGAAAATTTATTTCCTCAAA
CCTCTTCATCTTCTTCCTGGTTATAGCTACAACCAATGGTCAGGCTCCAGCTCCAACCCC
TTCCGGTCCAACCAACATAACCGCAGTTCTAGAAAAGGCTGGTCAATTCACAATGTTCAT
AAGACTCCTCAAGAGCACCCAAGCCGCAGACCAAATCAACACTCAGCTCAATTCATCCTC
GAGCCAAGGCCTAACCGTGTTTGCCCCAACCGATAACGCCTTTAGCAGCCTCAAATCCGG
AACCTTAAACTCATTATCTGACCAGCAAAAAGTTCAGCTTGTTCAGTTCCATGTCCTTCC
TACACTCTTAACCATGCCTCAGTTTCAAACTGTCAGTAACCCCTTACGCACGCAAGCTGG
CGATGGACAGAACGGTGAATTCCCTCTTAACATCACTAGCTCTGGTAACCAAGTCAACAT
CACCACGGGTGTTGTGAGCGCCACCGTGGCTAACTCTGTCTACAGCGACAAGCAGCTCGC
CGTGTATCAAGTGGATCAAGTTTTGTTACCATTAGCAATGTTTGGTTCAAGCTCGGCGGC
TCCTGCTCCGGCGCCTGAGAAAGGCGGCTCGGTTACGACAGGTTCAGCTTCCGGTAGCGA
CGGTGGTGGAGATACGTCTACTGATTCATCTGATGCAGAGAGGATCAGATACGGGATAAT
CGCCACCGTGGCAGCCATCGCTGCTTCTTCACTGTGGATATAACTCGAGAGAGAGAGAGA
GAGAG

QA 1 785 1 785
DS 

RD RR3AA83JQ 248 0 0
TGATTCATCTGATGCAGAGAGGATCAGATACGGGATAATCGCCACCGTGGCAGCCATCGC
TGCTTTTTCACTGTGGATATAACTCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGCTTTTCGAGAGTCTCCACGTTGGCTTTTAAGAATAATGATGAGTTTAAGTTTGG
TTGTAATTTGAGATTGTGTTATCATGTTAATGTTTTTGATTTAAAATGAGACAACGAGTT
GCGATTAC

QA 1 248 1 248
DS 



AS 1 2

CO CL8942Contig1 519 2 1 U
TATTATTGGTAATACAACATCTGTGGTCGAGGAAGTGTATAAAATGGGAGGGAGGAAATT
CGGATTCTTGAATGTGGGACCCTACGATTGTGCACCAGGCGCAAGGGTCTTAGACATAGC
AAACATAGGATTTTGTAACAAACCAGTCACTGAACTGATCGATTTGCACAACAAGAAGTT
CCCAGATGGTTTAAAGCGGCATCAACGTGAACCATCCGGATTCAAATATGCCTTTCACGA
CTATCGCACTTCTTTACTACAGAGAATCAACAATCCTTCTAAATACGGGTTCAAGGAGGG
GAAGATGGCATGTTGTGGAAGCGGGCCATTGAGAGGAACGCCTACTTGTGGAATGAACCA
AACGGGACAAAGTTACGAGCTATGCGAAGACGTTACCGATTATTTGTTTTTCGATTCAGC
TCATTTGACAGAGAAGGCTCATCGACAAATTGCAGACTTGATTTGGAGTGGTCCGCCTAA
TGTCACTGGACCTTATAATCTCAAAGCTTTATTTGAATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FF88JQ C 1
AF RR3FF88TF U 1
BS 1 519 RR3FF88TF

RD RR3FF88JQ 519 0 0
TATTATTGGTAATACAACATCTGTGGTCGAGGAAGTGTATAAAATGGGAGGGAGGAAATT
CGGATTTTTGAATGTGGGACCCTACGATTGTGCACCAGGCGCAAGGGTTTTAGACATAGC
AAACATAGGATTTTGTAACAAACCAGTCACTGAACTGATCGATTTGCACAACAAGAAGTT
CCCAGATGGTTTAAAGCGGCATCAACGTGAACCATCCGGATTCAAATATGCCTTTCACGA
CTATCGCACTTCTTTACTACAGAGAATCAACAATCCTTCTAAATACGGGTTCAAGGAGGG
GAAGATGGCATGTTGTGGAAGCGGGCCATTGAGAGGAACGCCTACTTGTGGAATGAACCA
AACGGGACAAAGTTACGAGCTATGCGAAGACGTTACCGATTATTTGTTTTTCGATTCAGC
TCATTTGACAGAGAAGGCTCATCGACAAATTGCAGACTTGATTTGGAGTGGTCCGCCTAA
TGTCACTGGACCTTATAATCTCAAAGCTTTATTTGAATT

QA 1 519 1 519
DS 

RD RR3FF88TF 519 0 0
TATTATTGGTAATACAACATCTGTGGTCGAGGAAGTGTATAAAATGGGAGGGAGGAAATT
CGGATTCTTGAATGTGGGACCCTACGATTGTGCACCAGGCGCAAGGGTCTTAGACATAGC
AAACATAGGATTTTGTAACAAACCAGTCACTGAACTGATCGATTTGCACAACAAGAAGTT
CCCAGATGGTTTAAAGCGGCATCAACGTGAACCATCCGGATTCAAATATGCCTTTCACGA
CTATCGCACTTCTTTACTACAGAGAATCAACAATCCTTCTAAATACGGGTTCAAGGAGGG
GAAGATGGCATGTTGTGGAAGCGGGCCATTGAGAGGAACGCCTACTTGTGGAATGAACCA
AACGGGACAAAGTTACGAGCTATGCGAAGACGTTACCGATTATTTGTTTTTCGATTCAGC
TCATTTGACAGAGAAGGCTCATCGACAAATTGCAGACTTGATTTGGAGTGGTCCGCCTAA
TGTCACTGGACCTTATAATCTCAAAGCTTTATTTGAATT

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

CO CL8943Contig1 757 2 2 U
TTTTTTTTACAATTTGAGTTCCATAAAATAATTCAAACAAAGTATTCAGACAATCTGAAA
TTCTGAACAAAACCAAAAAGACAAAAAAAAACATTTGTAAAATGAAAACAAAATGAGTTT
TTTTTGTTTGTTTGTTTATTATTGAGTTAAAAAAAAAAAACAAGATCATAAAATGGCATT
ATTGCCTGAGAGTGCGAGGACACCACCACCTCTAACAGAGACCGGAGTTCGAACACCAAA
ACTCGCAAAATGTAGAAAAACGACAATCACAGTGATATCATCGTGAAAGTGTCTCCTGAT
CCCACGCTCTATCTTCTCCAAATCCGAATACCTCATCTCTCTCTTCTTCGCTGCTGCTTG
CAATGCAGCTTTCAGTAACCTCTGAGCCACACCATTGCGTGGACAAGAATTAACAATATC
AACCGCTTCTTGGTTACTCAAATGCTCCCACAAACCATCAGAAGCAAATATAAGAAACTG
ATCTTCAGGGTGAATCTTATGAACCGTTATCGTCGGCTCAGCTCTCATGATCGGCTTCTC
AAACCGCTCCGCGACTCTAAACTTAGGCAACAACGGCTCCCGGTTAAACTCCGCTCTCTT
CAAGTACGCGTTACCTATAGACCTCGAGACCTGTATGATCCCTTTCACGCGCCACACTTT
ATGTTTCAACACCACGATGTTGGGGTCGTTAGGATGCAGCAGACGCAGCTCCTCTCTCAC
GGACTCAACGCTCGCGTTATGCTCCGTAGACAGCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BL64TF C 1
AF RR3BL64JQ U 9
BS 1 8 RR3BL64TF
BS 9 757 RR3BL64JQ

RD RR3BL64TF 757 0 0
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TTCTGAACAAAACCAAAAAGACAAAAAAAA*CATTTGTAAAATGAAAACAAAATGAGTTT
TTTT*GTTTGTTTGTTTATTATTGAGTTAAAAAAAAAAAACAAGATCATAAAATGGCATT
ATTGCCTGAGAGTGCGAGGACACCACCACCTCTAACAGAGACCGGAGTTCGAACACCAAA
ACTCGCAGAATGTAGAAAAACGACAATCACAGTGATATCATCGTGAAAGTGTCTCCTGAT
CCCACGCTCTATCTTCTCCAAATCCGAATACCTCATCTCTCTCTTCTTCGCTGCTGCTTG
CAATGCAGCTTTCAGTAACCTCTGAGCCACACCATTGCGTGGACAAGAATTAACAATATC
AACCGCTTCTTGGTTACTCAGATGCTCCCACAAACCATCAGAAGCAAATATAAGAAACTG
ATCTTCAGGGTGAATCTTATGAACCGTTATCGTCGGCTCAGCTCTCATGATCGGCTTCTC
AAACCGCTCCGCGACTCTAAACTTAGGCAACAACGGCTCCCGGTTAAACTCCGCTCTCTT
CAAGTACGCGTTACCTATAGACCTCGAGACCTGTATGATCCCTTTCACGCGCCACACTTT
ATGTTTCAACACCACGATGTTGGGGTCGTTAGGATGCAGCAGACGCAGCTCCTCTCTCAC
GGACTCAACGCTCGCGTTATGCTCCGTAGACAGCTGC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3BL64JQ 749 0 0
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AAAACCAAAAAGACAAAAAAAAACATTTGTAAAATGAAAACAAAATGAGTTTTTTTTGTT
TGTTTGTTTATTATTGAGTTAAAAAAAAAAAACAAGATCATAAAATGGCATTATTGCCTG
AGAGTGCGAGGACACCACCACCTCTAACAGAGACCGGAGTTCGAACACCAAAACTCGCAA
AATGTAGAAAAACGACAATCACAGTGATATCATCGTGAAAGTGTCTCCTGATCCCACGCT
CTATCTTCTCCAAATCCGAATACCTCATCTCTCTCTTCTTCGCTGCTGCTTGCAATGCAG
CTTTCAGTAACCTCTGAGCCACACCATTGCGTGGACAAGAATTAACAATATCAACCGCTT
CTTGGTTACTCAAATGCTCCCACAAACCATCAGAAGCAAATATAAGAAACTGATCTTCAG
GGTGAATCTTATGAACCGTTATCGTCGGCTCAGCTCTCATGATCGGCTTCTCAAACCGCT
CCGCGACTCTAAACTTAGGCAACAACGGCTCCCGGTTAAACTCCGCTCTCTTCAAGTACG
CGTTACCTATAGACCTCGAGACCTGTATGATCCCTTTCACGCGCCACACTTTATGTTTCA
ACACCACGATGTTGGGGTCGTTAGGATGCAGCAGACGCAGCTCCTCTCTCACGGACTCAA
CGCTCGCGTTATGCTCCGTAGACAGCTGC

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL8944Contig1 849 2 6 U
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AAAATGGAGACAGTAACAGTGATGAAGCCATTGATCAGAGTCGCTGCTCTCTCCGGTTCC
CTGCGGAAAGGCTCTTACCACAATGGTCTTCTCCGTGCCGCGATCGACTTGACGAAAGAA
TTGGTGCCGGGAATGCAGATTGAGTATATCGACATATCTCCACTGCCGTTCATCAATACT
GACCTGGAAATAAATGGTACCTATCCTGCTGTCGTCGAAGCTTTCCGACAGAAAATCCTT
GAGGCCGATAGTATTGTGTTCGCCTCCCCTGAGTATAATTACTCTGTGTCAGCTCCTCTT
AAGAACGCGATTGACTGGGCTTCCCGACCACCTAATGTCTGGGCGGACAAACCTGCCGCC
ATCATTAGCACCGGTGGAATATTTGGTGGAGGAGTATCTCAATATCATCTTCGCCAAATT
GGTGTATTCCTTGATCTTCATTTTATCAACAAGCCAGAATTTACTCTCAATGCATTCCAA
CCGCCTGAGAAATTTGATGTGGAAGGAAACTTGGTCGATGAACCAGCTAAGGAGAGGTTG
AAAAAAGTCCTTATCTCATTGCAAGAATTTACTATTCGACTTCAGGGTCGTGATTGAGGG
AATTCTTGATCATTTGTAAGGCTTGTTTGTGTGATGGAAATAATGCAAATTGTTGTAATA
AAAACAGTGTGTCACTTATCTTATAATCGTTTATGTCTATTATAAATATGTATATGATGT
TAGTGGTTTGTCCGTGCTACGCGGAGTGTTTTTAATTGTGTAGCTAAATGTTTGAAATAT
GTTTGATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GP41TF U 1
AF RR3GP41JQ C 149
BS 1 646 RR3GP41TF
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AAAATGGAGACAGTAACAGTGATGAAGCCATTGATCAGAGTCGCTGCTCTCTCCGGTTCC
CTGCGGAAAGGCTCTTACCACAATGGTCTTCTCCGTGCCGCGATCGACTTGACGAAAGAA
TTGGTGCCGGGAATGCAGATTGAGTATATCGACATATCTCCACTGCCGTTCATCAATACT
GACCTGGAAATAAATGGTACCTATCCTGCTGTCGTCGAAGCTTTCCGACAGAAAATCCTT
GAGGCCGATAGTATTGTGTTCGCCTCCCCTGAGTATAATTACTCTGTGTCAGCTCCTCTT
AAGAACGCGATTGACTGGGCTTCCCGACCACCTAATGTCTGGGCGGACAAACCTGCCGCC
ATCATTAGCACCGGTGGAATATTTGGTGGAGGAGTATCTCAATATCATCTTCGCCAAATT
GGTGTATTCCTTGATCTTCATTTTATCAACAAGCCAGAATTTACTCTCAATGCATTCCAA
CCGCCTGAGAAATTTGATGTGGAAGGAAACTTGGTCGATGAACCAGCTAAGGAGAGGTTG
AAAAAAGTCCTTATCTCATTGCAAGAATTTACTATTCGACTTCAGG*TCGTGATTGAGGG
AATTCTTGATCATTTGTAAG*CTTGTTTGTGTGATGGAA
TA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3GP41JQ 701 0 0
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CTGAGTATAATTACTCTGTGTCAGCTCCTCTTAAGAACGCGATTGACTGGGCTTCCCGAC
CACCTAATGTCTGGGCGGACAAACCTGCCGCCATCATTAGCACCGGTGGAATATTTGGTG
GAGGAGTATCTCAATATCATTTTCGCCAAATTGGTGTATTCCTTGATCTTCATTTTATCA
ACAAGCCAGAATTTACTCTCAATGCATTCCAACCGCCTGAGAAATTTGATGTGGAAGGAA
ACTTGGTCGATGAACCAGCTAAGGAGAGGTTGAAAAAAGTCCTTATCTCATTGCAAGAAT
TTACTATTCGACTTCAGGGTCGTGATTGAGGGAATTCTTGATCATTTGTAAGGCTTGTTT
GTGTGATGGAAATAATGCAAATTGTTGTAATAAAAACAGTGTGTCACTTATCTTATAATC
GTTTATGTCTATTATAAATATGTATATGATGTTAGTGGTTTGTCCGTGCTACGCGGAGTG
TTTTTAATTGTGTAGCTAAATGTTTGAAATATGTTTGATGC

QA 1 701 1 701
DS 



AS 1 2

CO CL8945Contig1 880 2 2 U
TTCGCATCGGTTGTTACTTTCGATTTTCCTTTTGGGTTCGTTCCAACTTCAGATCTCACT
TTCGCCATCTCTTGAAATCTATTTGGAGAATAGCTGTTTGTTTAGCTAAGAGATGATTCT
TTAGATGTAATTTTTATTCTATCTCTATAGGGTTTTCAAGAATCGCAATGGACGGAAGCA
GTGGTGATAATGGTTCTTTAGCCACACCCGTACAAAAGCGTGCTCACGAGGCGTGGAGAG
TTTACAAGTATTACCTCGACAAGACTACGCCTCACTCGACCTACAGGTGGATCGGAACGC
TTGTCGTCTTTCTCATCTACTGTTTGAGGGTTCTCTCTATCCACGGTTTCTACATCATCT
CCTACGCCCTCGGCATCTACCTCCTCAATCTCCTCATCGGCTTCTTGTCCCCTCTTGTCG
ACCCTGAACTTGACGCCACTGATGGAGGAGGAGGAGCTTCTCTCCCTACTCGAGGCTCTG
ATGAGTTTAAGCCCTTTATCCGCCGTCTCCCCGAGTTCAAATTCTGGTACTCCATCACTA
AAGCCTTCTGCATAGCTTTTCTCATGACGTTCTTCTCTGTCTTTGATGTCCCCGTCTTCT
GGCCTATTCTGCTTTGCTACTGGGTCGTTCTCTTTTTCCTCACCATGAGACGCCAAATCT
CACACATGATCAAGCACAAGTACATTCCTTTCACCTTCGGTAAACAGAAATATAGTGGCC
GGAGATCTTCTGCTGAGTAGCTGTGCTGATTGATTCATTTCAGATGATTTAATTGTATTT
CTTTCATTTTGCTCTTCCTCTAATCCCCCAAAGTGCCTCTTCTGTAAATATCATTCGTTT
CTACTTCAAACCAAACTCATTCCTTTTGTATTTTCGTTTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EX24TF U 1
AF RR3EX24JQ C 364
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ATGAG

QA 1 485 1 485
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QA 1 517 1 517
DS 



AS 1 2

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ATCGTTTTTCTTCC


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GW25JQ C 1
AF RR3GW25TF U 1
BS 1 554 RR3GW25TF

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ATCGTTTTTCTTCC

QA 1 554 1 554
DS 

RD RR3GW25TF 554 0 0
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ATCGTTTTTCTTCC

QA 1 554 1 554
DS 



AS 1 2

CO CL8947Contig1 780 2 2 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3B057JQ C 1
AF RR3B057TF U 1
BS 1 727 RR3B057TF
BS 728 780 RR3B057JQ

RD RR3B057JQ 780 0 0
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QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3B057TF 727 0 0
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GAGATCCTATTGAAAAGAAGTTGGAATTGTGAGGAAAAATCGACATGGCGAACCGAGAAA
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CATGTAA

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL8948Contig1 873 2 2 U
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GCAATGCTGCCTCTCTCGTGCTCAAGTTTCTGAGGGAAGGAGGAACCATGGTAACATATG
GTGGGATGTCTAAGAAGCCAATCACTGTTTCAACAACAGCTTTCATCTTCAAGGGTTTGG
AGTTGAAAGGGTTTTGGCTGCAGAACTGGTTGAGTTTGGGTAAAGTAAAAGAATGCAGGG
AGATGATAGACTATCTTCTCGGGCTTGCCCGGGACGGAAAGCTAAAATACGAAACGGAAC
TGGTTCCTTTCGACGAGTTCCCTGTCGCTCTCGATAAAGCTCTCGGGAAGGTAGGTAGAC
AACCCAAACAAGTCATCACATTCTGAAGCTTCCTTACTGTGAGCCGTTTAGGAAGGGTTA
ACACTGTGTTAGTGTTGTGTGTGAACGTATTAGTAATCTGATGATGCAAAATGTACTTTG
TTGTACTCTCTGTTTCTTCTTCTTTCTCCATGTATCAGAAACAATAAAAATGTAGACTGA
ACGAACCAAAATAAATCATTAGACTGAATGAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H245TF U 1
AF RR3H245JQ C 140
BS 1 707 RR3H245TF
BS 708 873 RR3H245JQ

RD RR3H245TF 707 0 0
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AGCTCTAAAACTGTCGTCGGCGGTGAATTTCAGGTTGAACCAAAGCGGCGAAACACGAAC
ACGTTCTCTGAGATCCTTCTCTATGCTTATGTCGCCACCGTCAAAGGCCATCGTATACGA
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GCAATGCTGCCTCTCTCGTGCTCAAGTTTCTGAGGGAAGGAGGAACCATGGTAACATATG
GTGGGATGTCTAAGAAGCCAATCACTGTTTCAACAACAGCTTTCATCTTCAAGGGTTTGG
AGTTGAAAGGGTTTTGGCTGCAGAACTGGTTGAGTTTGGGTAAAGTAAAAGAATGCAGGG
AGATGATAGACTATCTTCTCGGGCTTGCCCGGGACGGAAAGCTAAAATACGAAACGGAAC
TGGTTCCTTTCGACGAGTTCCCTGTCGCTCTCGATAAAGCTCTCGGGAAGGTAGGTAGAC
AACCCAAACAAGTCATCACATTCTGAAGCTTCCTTACTGTGAGCCGT

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3H245JQ 734 0 0
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TCTGTCACCAGATTGGTGAATCTCCCGCCGGTGGAGGTTAGAGAATCTGAAAGCTCTAGG
CGCAGACCAAGTGTTTTCGGAGAGTCATCTGAGTGTGAAGAATGTGAAAAGTCTTTTGGG
AGAGTTACCTGAACCAGCTCTGGGATTCAACTGTGTTGGTGGCAATGCTGCCTCTCTCGT
GCTCAAGTTTCTGAGGGAAGGAGGAACCATGGTAACATATGGTGGGATGTCTAAGAAGCC
AATCACTGTTTCAACAACAGCTTTCATCTTCAAGGGTTTGGAGTTGAAAGGGTTTTGGCT
GCAGAACTGGTTGAGTTTGGGTAAAGTAAAAGAATGCAGGGAGATGATAGACTATCTTCT
CGGGCTTGCCCGGGACGGAAAGCTAAAATACGAAACGGAACTGGTTCCTTTCGACGAGTT
CCCTGTCGCTCTCGATAAAGCTCTCGGGAAGGTAGGTAGACAACCCAAACAAGTCATCAC
ATTCTGAAGCTTCCTTACTGTGAGCCGTTTAGGAAGGGTTAACACTGTGTTAGTGTTGTG
TGTGAACGTATTAGTAATCTGATGATGCAAAATGTACTTTGTTGTACTCTCTGTTTCTTC
TTCTTTCTCCATGTATCAGAAACAATAAAAATGTAGACTGAACGAACCAAAATAAATCAT
TAGACTGAATGAGC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL8949Contig1 996 2 2 U
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ATAACAGCAATGTAACAGGAGTAGTGGAACAATGAATCCTGCGATAAACCTGAATCTTTG
TTAACCATGTCTGAACCAGACTAGCAAAGTCATCACACGTGGTTTTCCCATCAGCACTTT
TAAGCACTTTGTCAACAATCTCATCAGTGCTCTGCATATTGACAGAACATAAGATCAGAA
GTGTATATCAGAGTCATTGCTAACAAAGTTCTAACACAAATGCATTGATTCATTCAAACC
TTTCCTTGAAATTTTACATATTAACAAGAACCACTTGTTTTCAAGAAACTTCATATTATT
TTCTATACTGCTAAATTTGTATAATCTTCACATAAAAAAAATTGACTTTTGTTTTGGTGA
ATAGAACTGACCATGAAGGAGCTAACAAAAGCATGGGAATGTGTGCCACGGAGAGGTATC
CCAAAAAGTTTTCCAGCTGCTACATTGCTGACATTGGCATAATATAATAATATATAAAAA
CACAAAACCATATCATTTCTACTTTTATAACTGTTTTAAGAACAAAACAACAAAGATCAA
AAACAGCAAAAGCAAGACTTGCCTTGTTGCATCAAAACCTCCAAGATAGCAATACTTGGA
TGCACTTATTGCGCCATCCGGTCCCTAAGATTACCAAAAACTAATAACATCAGTTTCACG
TGAAAAAACAAAGAGTTAGAATCAATATGAAAACCAGAGGGACAGATTTTGAATTAAAAA
AAAACAACCTGAGCTCTTCGAGCACCAAACTCAAGCAGACTCTTAGACTTTCCGGCAACA
AACCGGTGTCTTGCTGCGTTGGTAGCTACCAAAGATGCAAAATTGACAAGATTGAGGAAC
GGAGTTTCCAACAATTGAACAACCTATATGATTGAGATTTTAACAACAACAACCAAAATC
ATTTCAAGCAAAAAACGTTTTATTTATAATCTTCTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ56TF U 1
AF RR3AJ56JQ C 207
BS 1 817 RR3AJ56TF
BS 818 996 RR3AJ56JQ

RD RR3AJ56TF 817 0 0
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ATAACAGCAATGTAACAGGAGTAGTGGAACAATGAATCCTGCGATAAACCTGAATCTTTG
TTAACCATGTCTGAACCAGACTAGCAAAGTCATCACACGTGGTTTTCCCATCAGCACTTT
TAAGCACTTTGTCAACAATCTCATCAGTGCTCTGCATATTGACAGAACATAAGATCAGAA
GTGTATATCAGAGTCATTGCTAACAAAGTTCTAACACAAATGCATTGATTCATTCAAACC
TTTCCTTGAAATTTTACATATTAACAAGAACCACTTGTTTTCAAGAAACTTCATATTATT
TTCTATACTGCTAAATTTGTATAATCTTCACATAAAAAAAATTGACTTTTGTTTTGGTGA
ATAGAACTGACCATGAAGGAGCTAACAAAAGCATGGGAATGTGTGCCACGGAGAGGTATC
CCAAAAAGTTTTCCAGCTGCTACATTGCTGACATTGGCATAATATAATAATATATAAAAA
CACAAAACCATATCATTTCTACTTTTATAACTGTTTTAAGAACAAAACAACAAAGATCAA
AAACAGCAAAAGCAAGACTTGCCTTGTTGCATCAAAACCTCCAAGATAGCAATACTTGGA
TGCACTTATTGCGCCATCCGGTCCCTAAGATTACCAAAAACTAATAACATCAGTTTCACG
TGAAAAAACAAAGAGTTAGAATCAATATGAAAACCAGAGGGACAGATTTTGAATTAAAAA
AAAACAACCTGAGCTCTTCGAGCACCAAACTCAAGCA

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3AJ56JQ 790 0 0
GTGCTCTGCATATTGACAGAACATAAGATCAGAAGTGTATATCAGAGTCATTGCTAACAA
AGTTCTAACACAAATGCATTGATTCATTCAAACCTTTCCTTGAAATTTTACATATTAACA
AGAACCACTTGTTTTCAAGAAACTTCATATTATTTTCTATACTGCTAAATTTGTATAATC
TTCACATAAAAAAAATTGACTTTTGTTTTGGTGAATAGAACTGACCATGAAGGAGCTAAC
AAAAGCATGGGAATGTGTGCCACGGAGAGGTATCCCAAAAAGTTTTCCAGCTGCTACATT
GCTGACATTGGCATAATATAATAATATATAAAAACACAAAACCATATCATTTCTACTTTT
ATAACTGTTTTAAGAACAAAACAACAAAGATCAAAAACAGCAAAAGCAAGACTTGCCTTG
TTGCATCAAAACCTCCAAGATAGCAATACTTGGATGCACTTATTGCGCCATCCGGTCCCT
AAGATTACCAAAAACTAATAACATCAGTTTCACGTGAAAAAACAAAGAGTTAGAATCAAT
ATGAAAACCAGAGGGACAGATTTTGAATTAAAAAAAAACAACCTGAGCTTTTCGAGCACC
AAACTCAAGCAGACTCTTAGACTTTCCGGCAACAAACCGGTGTCTTGCTGCGTTGGTAGC
TACCAAAGATGCAAAATTGACAAGATTGAGGAACGGAGTTTCCAACAATTGAACAACCTA
TATGATTGAGATTTTAACAACAACAACCAAAATCATTTCAAGCAAAAAACGTTTTATTTA
TAATCTTCTG

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

CO CL8950Contig1 729 2 2 U
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TTGATAAGCATAGAAGAAGCAAAATCGAAGAAGAGAAGAGAAACAACGAATAATTTCAAT
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CCGTCCTCTCTACCTCGATATGCAGTCGACTACCCCGCTCGATCCCCGAGTCTTCGACGC
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TGGGGTTAGGGAGAAGCTTGATGGGGTTGTGGTGAACGGTTCGTTGGAGAGTCGTTACGC
TGGGAATCTGAATCTGTCGTTTGCTTATGTTGAAGGGGAGAGTTTGTTGATGGGTTTGAA
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GTTGAGAGCTTTGGGTGTGGATGAGGACATGGCTCACACTTCGATTAGGTTTGGGATTGG
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GAAGTTGAGGGAGATGAGTCCGCTTTATGAGATGGTTAAAGAAGGTATTGATATCAAGAA
CATACAGTGGTCTCAGCACTGATTCAGTGCGGTACAAGAGGGAAGGTCGGATCTCCGGTT
ATACCGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C091TF U 1
AF RR3C091JQ C 130
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BS 584 729 RR3C091JQ

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DS 

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QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

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AGAAGTCTGCGTCCAAGAAAGCCTCTGGTGGCGACGCTGACGGTGATGACGAAGAGTAAA
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TCGAGTTATATTTTATTTTGAGACC


BQ
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AF RR3DI93JQ C 1
AF RR3DI93TF U 1
BS 1 565 RR3DI93TF

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DS 

RD RR3DI93TF 565 0 0
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TTGCTACTACCGTAACTATGGAAAGACCTTCAAGGGACCAAGACGCCCTTTCGAGAAGGA
GCGTCTGGACTCGGAGCTGAAGCTGGTCGGCGAGTACGGTCTCCGCAACAAGCGTGAGCT
CTGGAGAGTCCAGTACTCTCTGAGCCGCATCCGTAACGCCGCCAGGGATCTTCTGACTCT
CGACGAGAAGAATCCCAAGAGGATCTTCGAAGGTGAGACTTGACTCGCGGAAACACATCG
ACTTTGCATTGACCAGTCCCTTCGGTGGTGGCCGTCCAGGAAGAGTGAAGAGAAGGAACG
AGAAGTCTGCGTCCAAGAAAGCCTCTGGTGGCGACGCTGACGGTGATGACGAAGAGTAAA
CCCCCCAACTCTCACCACCTGCTTTTAGCTATGAAGCGCTCTGCTTTTTGATATCTTTAG
TTTTGAATTTCCTTCTTTTCAGACGATTGTTTTGTGGTTTCTTTGTGTGTCGAACCTTTC
TCGAGTTATATTTTATTTTGAGACC

QA 1 565 1 565
DS 



AS 1 2

CO CL8952Contig1 909 2 2 U
GCACCCGTTCTGCGCTGCTCTCAAGAACGCCAAGAACCCTGCAATCATTGTTGGCGCCGG
TCTCTTCAACAGAACAGACAAAGATGCTATCCTCTCTGCTGTTGAGTCCATTGCACAAGC
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GCGTCGGCCTTCACCGAGAAAGAGGGAACCTATGAGAACACAGAAGGATTCACCCAACAG
ACTGTCCCCGCTGTCCCAACGGTTGGCGATGCAAGAGATGACTGGAAGATTGTGAGAGCT
TTGTCCGAGGTCTCTGGTGTGAATCTCCATACAACTCCATCGAAGGTGTTAGGTCCAGGA
TCAAGAGCGTCGCACCGAATCTAGTCCACACAGATGAACGAGAGCCAGCTGCTTTTGGGC
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AGAACTTTTACATGACAAACGCCATCACGAGAGCATCAAAGATCATGGCTCAGTGCAGTG
CCGTTTTCTTGAAGAAGTGAGAGCTTTTTTCTGTTTCACTTTTTTTCTTGTTTGCAAAAA
ATAAAGGCTCTTCTTTATTTAAGCCGAGTACTCTTTAATCTTGCGGTGAAACCTATAAAC
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ATTTGTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C019TF U 1
AF RR3C019JQ C 54
BS 1 602 RR3C019TF
BS 603 909 RR3C019JQ

RD RR3C019TF 602 0 0
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TCTCTTCAACAGAACAGACAAAGATGCTATCCTCTCTGCTGTTGAGTCCATTGCACAAGC
CAACAATGTCGTCAGACCGGACTGGAACGGTCTTAACTATCTCCTCCTGTACGCTGCTCA
AGCAGCTGCTCTTGATCTTGGTCTCATTCAACAGTCTGCAAAGCCCTTGAGTCTGCGAAA
TTTGTCTACTTGATGGGAGCAGACGATGTAGATGTTGACAAGATTCCTAAAGACGCCTTT
GTGGTTTACCAAGGTCACCATGGAGACAAAGCAGTTTACCGTGCAAACGTAATCCTCCCT
GCGTCGGCCTTCACCGAGAAAGAGGGAACCTATGAGAACACAGAAGGATTCACCCAACAG
ACTGTCCCCGCTGTCCCAACGGTTGGCGATGCAAGAGATGACTGGAAGATTGTGAGAGCT
TTGTCCGAGGTCTCTGGTGTGAATCTCCATACAACTCCATCGAAGGTGTTAGGTCCAGGA
TCAAGAGCGTCGCACCGAATCTAGTCCACACAGATGAACGAGAGCCAGCTGCTTTTGGGC
CT

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3C019JQ 856 0 0
GCGCCGGTCTCT*CAACAGAACAGACAAAGATGCTATCCTCTCTGCTGT*GAGTCCATTG
CACAAGCCAACAATGTCGTCAGAC*GGACTGGAACGGTCTTAACTATCTCCTCCTGTACG
CTGCTCAAGCAGCTGCTCTTGATCTTGGTCTCATTCAACAGTCTGCAAAGCCCTTGAGTC
TGCGAAATTTGTCTACTTGATGGGAGCAGACGATGTAGATGTTGACAAGATTCCTAAAGA
CGCCTTTGTGGTTTACCAAGGTCACCATGGAGACAAAGCAGTTTACCGTGCAAACGTAAT
CCTCCCTGCGTCGGCCTTCACCGAGAAAGAGGGAACCTATGAGAACACAGAAGGATTCAC
CCAACAGACTGTCCCCGCTGTCCCAACGGTTGGCGATGCAAGAGATGACTGGAAGATTGT
GAGAGCTTTGTCCGAGGTCTCTGGTGTGAATCTCCATACAACTCCATCGAAGGTGTTAGG
TCCAGGATCAAGAGCGTCGCACCGAATCTAGTCCACACAGATGAACGAGAGCCAGCTGCT
TTTGGGCCTTCATTGAAGCCTGAGTGCAAGGAGACAATGAGCACAACGCCGTTCAAACCA
GTGGTCGAGAACTTTTACATGACAAACGCCATCACGAGAGCATCAAAGATCATGGCTCAG
TGCAGTGCCGTTTTCTTGAAGAAGTGAGAGCTTTTTTCTGTTTCACTTTTTTTCTTGTTT
GCAAAAAATAAAGGCTCTTCTTTATTTAAGCCGAGTACTCTTTAATCTTGCGGTGAAACC
TATAAACAAAATGGCAATAACCACATTGTTAGATGCAAAACTTTGCTGTATTAAATTGGA
TGTTTTGATTTGTTGC

QA 1 856 1 856
DS 



AS 1 2

CO CL8953Contig1 983 2 6 U
GGGACAAATAAAAACCCTATTTCTAACCTAACAACCCTCTTATCTCCCTGAGTTTCTTTC
TTTCATCATCATCCCCTTGTTGTTTTGGCGTCTTTAAGAACTTTGCTTTCGAATCCAAAG
TTCTGCTTTGGAGCTTATAGTTTTGTCGAAAGTAAAAAAAGGTATGACGTCGAAGAAAAG
CAACAACGATGACTTGTATGCTGTTCTTGGTCTGAACAAGGAATGTACCACCACCGAACT
ATGTACTGCTTATAAGAAGCTTGCTCTTAGATGGCATCCAGATCGTTGTTCATCGATGGG
GAACTTGGAGTTTGTAGACCAAGCAAAGAAGAAATTTCAGGCTATCCAAGAAGCCTACTC
TGTTCTGTCAGACTCCAACAAGAGGTTCCTCTATGATGTTGGAGCTTATAATAGTGATGA
TGATGAAGCTGACCAAAACGGAATGGGTGATTTTTTGAGTGAGATGGCTGCTAAGATGAA
TCAATCAAAGCCTAATGAGAATAATAATTCAGGGGACAGTTTCGAACAGCTACAAGATCT
GTTTAACGAGATGTTTCAAGGAGACCCTACAGCATTCCCATCCTCATCATCTTCAACTTT
CACTTCCTCTTGTAGCTTTGTCTTTGACACACCGTTTGAGACGAGTTCGATGGGGAGAAG
TGATCCTTTCGGATTTGACTCAAGATCTCACACTTTCTCTCTAGGGGTGGAACATCAGCA
GGATTTCAAGAAAGGGACGAAGAACAATGGTGGTGGAAGAAGAAACAGACGGAAGACTCA
ATCTTCTAACAACTATGGAGTCTCCTCCACTTCATAGCCCCTTTTTCAGACCACTACTTT
TTATTTGTCGACTAGTCACACACACACAAAGAGGACTACTGGTTCTGTTTGGTCTTCTCA
ACGGCGATGCCCTCCTCACAAAATACACTCAAAAGCATTGTCGTTTGGAAACTACACATT
TTCTCGAAGCTTCTTTTTTTTTC


BQ
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AF RR3EW52TF U 1
AF RR3EW52JQ C 152
BS 1 658 RR3EW52TF
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BS 684 706 RR3EW52TF
BS 707 983 RR3EW52JQ

RD RR3EW52TF 722 0 0
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TTTCATCATCATCCCCTTGTTGTTTTGGCGTCTTTAAGAACTTTGCTTTCGAATCCAAAG
TTCTGCTTTGGAGCTTATAGTTTTGTCGAAAGTAAAAAAAGGTATGACGTCGAAGAAAAG
CAACAACGATGACTTGTATGCTGTTCTTGGTCTGAACAAGGAATGTACCACCACCGAACT
ATGTACTGCTTATAAGAAGCTTGCTCTTAGATGGCATCCAGATCGTTGTTCATCGATGGG
GAACTTGGAGTTTGTAGACCAAGCAAAGAAGAAATTTCAGGCTATCCAAGAAGCCTACTC
TGTTCTGTCAGACTCCAACAAGAGGTTCCTCTATGATGTTGGAGCTTATAATAGTGATGA
TGATGAAGCTGACCAAAACGGAATGGGTGATTTTTTGAGTGAGATGGCTGCTAAGATGAA
TCAATCAAAGCCTAATGAGAATAATAATTCAGGGGACAGTTTCGAACAGCTACAAGATCT
GTTTAACGAGATGTTTCAAGGAGACCCTACAGCATTCCCATCCTCATCATCTTCAACTTT
CACTTCCTCTTGTAGCTTTGTCTTTGACACACCGTTTGAGACGAGTTCGATGGGGAGA*G
TGATCCTTTCGGATTTGACTCA*GATCTCACACTTTCTCTCTAGGG
TGACATCAGCAGATTC

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3EW52JQ 832 0 0
AGT
AAAAAAGGTATGACGTCGAAGAAAAGCAACAACGATGACT*GTATGCTGTTCTTG*TCTG
AACAAGGAATGTACCACCACCGAACTATGTACTGCTTATAAGAAGCTTGCTCTTAGATGG
CATCCAGATCGTTGTTCATCGATGGGGAACTTGGAGTTTGTAGACCAAGCAAAGAAGAAA
TTTCAGGCTATCCAAGAAGCCTACTCTGTTCTGTCAGACTCCAACAAGAGGTTCCTCTAT
GATGTTGGAGCTTATAATAGTGATGATGATGAAGCTGACCAAAACGGAATGGGTGATTTT
TTGAGTGAGATGGCTGCTAAGATGAATCAATCAAAGCCTAATGAGAATAATAATTCAGGG
GACAGTTTCGAACAGCTACAAGATCTGTTTAACGAGATGTTTCAAGGAGACCCTACAGCA
TTCCCATCCTCATCATCTTCAACTTTCACTTCCTCTTGTAGCTTTGTCTTTGACACACCG
TTTGAGACGAGTTCGATGGGGAGAAGTGATCCTTTCGGATTTGACTCAAGATCTCACACT
TTCTCTCTAGGGGTGGAACATCAGCAGGATTTCAAGAAAGGGACGAAGAACAATGGTGGT
GGAAGAAGAAACAGACGGAAGACTCAATCTTCTAACAACTATGGAGTCTCCTCCACTTCA
TAGCCCCTTTTTCAGACCACTACTTTTTATTTGTCGACTAGTCACACACACACAAAGAGG
ACTACTGGTTCTGTTTGGTCTTCTCAACGGCGATGCCCTCCTCACAAAATACACTCAAAA
GCATTGTCGTTTGGAAACTACACATTTTCTCGAAGCTTCTTTTTTTTTC

QA 4 832 4 832
DS 



AS 1 2

CO CL8954Contig1 630 2 1 U
GGGTACTGGTAGGATTCTTTCTCTCACTCAAAGTGCATACAAACATAAATTATGTCGACG
GAAATGGAGGCCGTAAGTGTTCTTCAGTACCTTGACAACAAGTCCATATTGGTCATTGGA
GCGGCGGGATTCTTAGCAAATATTTTTATGGAGAAGATATTAAGGGTGGCACCAAACGTG
AAGAAACTCTATCTTCTTCTAAGAGCATCAAATGAAAAATCTGCTACCCAGAGGTTTAAT
GATGAGATTTTGGGGAAGGATTTGTACAAGGTGGTGAAAGAGAAGTATGGTCCAAATCTA
ACTGAACTTATATCTGAGAAAGTCACTGTCGTCAATGGGGACATTTGCCTTGCGGATTTG
GGTATTCAAGACTCTTTGGCACATGAGATGATCCACCAAGTTGATGCCATTGTTAATTTA
GCTGCAACCACCAAGTTTGATGAAAGATACGATATAGCACTTGGGATCAACACATTGGGT
CCCCTCAATATCTTGGATTTCGCCAAGAAATGTGAAAACATTAAGATCTTTGTTCATGTA
TCAACAGGTAAATACTGAAATAAAACTATGCTGTGAATGACTGTAAAATAACTCGTGTTT
ATTTTATCGCAAGTGATATTTATTTTACGC


BQ
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AF RR3B535JQ C 1
AF RR3B535TF U 1
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TCAACAGGTAAATACTGAAATAAAACTATGCTGTGAATGACTGTAAAATAACTCGTGTTT
ATTTTATCGCAAGTGATATTTATTTTACGC

QA 1 630 1 630
DS 



AS 1 2

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TAGAAGTTAAACTTACATTCTGTGCCTGCTCGTGTTCCGTCTCTGTCTGTAATAATGACT
ATACGATGATGGACTGTCTATTCTTTTGACACTTTCTGT


BQ
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AF RR3AF31TF U 1
AF RR3AF31JQ C 430
BS 1 700 RR3AF31TF
BS 701 701 RR3AF31JQ
BS 702 862 RR3AF31TF
BS 863 1299 RR3AF31JQ

RD RR3AF31TF 862 0 0
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TGGATATACTATTTCTTTCATCCTCGTTGTGAACTTCATTGCTGTCGTTGTTGAAACTAC
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AGCTACCTTCATAACTCCAGATGAGAACACTTTCTTCTCAAACGGAGAATGGATCCGATA
CCTTCTCCTTGCAAGAATGTTAAGACTGATAAGGCTTCTTATGCACGTCCAGAGATACCG
AGCATTTATTGCGACATTCATCACTCTTATTCCAAGTTTGATGCCATATTTAGGGACCAT
CTTCTGCGTGCTGCGTATCTACTGCTCTATTGGTGTACAGATCTTTGGTGGGCTTGTGAA
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CTTCAATGACTATCCCAATGGAATGGTCACACTCTTCAATCTGCTAGTGATGGGTAACTG
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CGTCAGTTTCTACATCATCACT

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR3AF31JQ 870 0 0
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TGCGACATTCATCACTCTTATTCCAAGTTTGATGCCATATTTAGGGACCATCTTCTGCGT
GCTGCGTATCTACTGCTCTATTGGTGTACAGATCTTTGGTGGGCTTGTGAATGCTGGGAA
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CTACATCATCACTGTTTTACTTCTGTTGAACTTGGTTGTTGCCTTTGTCTTGGAGGCTTT
CTTTACTGAGTTGGATCTGGAGGAAGAGGAGAAATGTCAAGGACAGGATTCTCAAGAAAG
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TCATCACATGTTGGGTGATGAACTCAGCAAACCAGAGTGTTCTACTACTGCTGCTACTGA
TACATAAAAGCCCGTTAAAAAGGGTTTTTTATTCTCTTTTAATATTTTGTTTTTGTGCAA
TTCTCGGAAGCGTTCTTGATTCTATGTAGAGAGAGAGAGATCAATAGAATCTAGAAGTTA
AACTTACATTCTGTGCCTGCTCGTGTTCCGTCTCTGTCTGTAATAATGACTATACGATGA
TGGACTGTCTATTCTTTTGACACTTTCTGT

QA 1 870 1 870
DS 



AS 1 2

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ATACTTAATGCGTTCCCCGACTGGAGAAGTTATTTTTGGAGGAGAAACAATGCGTTTTTG
GGATCTGCGTGCTCCCTGGTTAGAACCTTTAAGGGGTCCTAATGGTTTGGACTTAAGTAG
GTTGAAAAAAGACATACAACCTTGGCAAGAACGACGTTCTGCAGAATATATTACTCATGC
TCCTTTAGGTTCCTTAAATTCTGTAGGGGGCGTAGCTACTGAGATCAATGCAGTCAATTA
CGTCTCTCCGAGAAGTTGGTTATCTACCTCTCATTTTGTTCTAGGATTCTTCCTATTCGT
GGGTCATTTATGGCACGCGGGAAGAGCTCGGGCAGCGGCAGCAGGATTTGAAAAAGGAAT
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TAGGAAAGTAAAAATCGGGTCATAGTAAAAAGTCTTCTTTCTTTCTTTCAATTCAATCTC
CTTTTTTCTGGCTCGGCTATACTATCCAGCCGAGCC


BQ
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DS 

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CTTTTTTCTGGCTCGGCTATACTATCCAGCCGAGCC

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BS21TF U 1
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QA 1 745 1 745
DS 

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QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

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AGCTGGAGCAATCACTCTTGATCAGTTCCGTGGGATTGTGTTTGTTGGAGGGTTTAGTTA
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ACATTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD65TF U 1
AF RR3GD65JQ C 187
BS 1 685 RR3GD65TF
BS 686 686 RR3GD65JQ
BS 687 723 RR3GD65TF
BS 724 908 RR3GD65JQ

RD RR3GD65TF 723 0 0
GGCAGCTGCATTCTACGCTGCTGGTTTTGAACCGTGGGACGTGACAGTGTCTGACCTTCT
AGCTGGAGCAATCACTCTTGATCAGTTCCGTGGGATTGTGTTTGTTGGAGGGTTTAGTTA
CGCTGATGTGCTCGACTCAGCCAAAGGATGGGCTGCTTCAATAAGATTCAACGAGCCACT
CCTAAGCCAGTTCCAAGAGTTCTACAAGAGACCAGACACGTTCAGCCTCGGAATCTGCAA
TGGCTGTCAGCTAATGGCCTTGTTAGGATGGGTTCCAGGCCCTCAAGTCGGCGGGTCGCT
CGACACGGCGCAGCCTAGGTTCGTTCACAACGAGTCAGGAAGGTTTGAGTGCAGGTTCAC
AAGCGTGACCATCAAGGACTCGCCGTCGATAATGCTGAAAGGGATGGAGGGAAGCACCTT
GGGAGTTTGGGCGGCTCATGGAGAAGGAAGGGCTTATTTCCCGGACGAAGGAGTCTTGGA
CCGTATGCTTCACTCGGATTTGGCTCCGTTGAGATACTGTGATGATGATGGGAGTGTCAC
TGAAGCTTACCCTTTTAACCTCAATGGTTCGCCGCTGGGGATAGCTGCTATATGCTCGCC
TGATGGAAGACATCTTGCGATGATGCCTCATCCTGAACGGTGTTTCTTGATGTGGCAGTA
CCCGTGGTACCCCAAGAGCTGGGAG*TTGAGAAAGCTGGGCCGAGTCCGTGGTTGAAGAT
GTT

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3GD65JQ 722 0 0
CCAGTTCCAAGAGTTCTACAAGAGACCAGACACGTTCAGCCTCGGAATCTGCAATGGCTG
TCAGCTAATGGCCTTGTTAGGATGGGTTCCAGGCCCTCAAGTCGGCGGGTCGCTCGACAC
GGCGCAGCCTAGGTTCGTTCACAACGAGTCAGGAAGGTTTGAGTGCAGGTTCACAAGCGT
GACCATCAAGGACTCGCCGTCGATAATGCTGAAAGGGATGGAGGGAAGCACCTTGGGAGT
TTGGGCGGCTCATGGAGAAGGAAGGGCTTATTTCCCGGACGAAGGAGTCTTGGACCGTAT
GCTTCACTCGGATTTGGCTCCGTTGAGATACTGTGATGATGATGGGAGTGTCACTGAAGC
TTACCCTTTTAACCTCAATGGTTCGCCGCTGGGGATAGCTGCTATATGCTCGCCTGATGG
AAGACATCTTGCGATGATGCCTCATCCTGAACGGTGTTTCTTGATGTGGCAGTACCCGTG
GTACCCCAAGAGCTGGGAGGTTGAGAAAGCTGGGCCGAGTCCGTGGTTGAAGATGTTCCA
GAATGCTAGGGACTGGTGCTCTCAGCTCTAGAGTTGTGTTCAAGCGTGTGGCGAGTTATG
AATCTTTTTCGACAGCATTTTGTTAGGCGTTTGGTATTTGCCGAATTTCCGAATCTGAAT
CTGCTGTTTAGTGAATGTGTTTTGACAATTGGGTCTACGTTTTTAGTTGATTACACATTT
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL8959Contig1 939 2 10 U
GGGGTGTTTCCTTTCTTTTACATCTTTCATAAATACTGATATTCGCTTGTGCTGAATATT
GCACCACCCGTCGGCATTTGTGTGTTTAATCATGATGCAGTCGAGGGAGGAGAGGAGAGC
TGAGTCACCATCAGGTCTCGTCCTCACCACCGACCCTAAGCCTCGCCTTCGCTGGACCGC
AGAGCTTCATGAACGTTTCGTTGACGCCGTCACTCACCTTGGTGGCCCTGACAAGGCTAC
ACCAAAGACGATTATGAGAGTGATGGCTGTGAAGGGTCTTACACTTTACCATCTCAAGAG
CCATCTCCAGAAGTTCAGACTTGGAAAGCAACCTCACAAGGAACATAGTCATGGTCACTC
CATAAATATTAGGGATAGTAACAAAGCTTCCATGTTGGATCTTCAAAGGAATGTGGTATT
CACTACTCCACACATCATTGGTCGCAATATGAACGAGATGCAAATGGAAGTGAAAAGAAG
AATAGAGGAAGAGGTAGAAGTAGAAAGACAGGTTAATCAAAGGATTGAAGCACAAGGGAA
ATACATGGAGAGCATGTTGGAGAAAGCATGTGAAACACAAGAAGCAAGTCTCACCAAAGA
CTACTCTACTCTCTTTTTCAACAACACATCACCCCTCCCAATTATATGGTTTGAGGATCA
TTTTCCCTCGTCTTCCTCCTTGGACTCCACATTGAATCTTTCTGACATCAATCCCAACTT
CTCCCTCCAAGATTCTCTGAGTTCCATCACCAAGAACCGTACGGTTTGTCTCGGTTAGAG
AAAACATTTATAGGTATAGCCATTTGACGCTTTTTACTCTAGTGTCCTAATGCGCATTTG
GTGTTATAAATGCACAAACTCACATGTAATAACTTCTGCCAAACATGAAGTAGATCTTTA
TTGAACAATATTTGGGTTCACCCCTGAGGTGAACTTATG


BQ
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AF RR3GH30TF U 1
AF RR3GH30JQ C 318
BS 1 729 RR3GH30TF
BS 730 730 RR3GH30JQ
BS 731 744 RR3GH30TF
BS 745 745 RR3GH30JQ
BS 746 755 RR3GH30TF
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BS 764 764 RR3GH30JQ
BS 765 776 RR3GH30TF
BS 777 939 RR3GH30JQ

RD RR3GH30TF 776 0 0
GGGGTGTTTCCTTTCTTTTACATCTTTCATAAATACTGATATTCGCTTGTGCTGAATATT
GCACCACCCGTCGGCATTTGTGTGTTTAATCATGATGCAGTCGAGGGAGGAGAGGAGAGC
TGAGTCACCATCAGGTCTCGTCCTCACCACCGACCCTAAGCCTCGCCTTCGCTGGACCGC
AGAGCTTCATGAACGTTTCGTTGACGCCGTCACTCACCTTGGTGGCCCTGACAAGGCTAC
ACCAAAGACGATTATGAGAGTGATGGCTGTGAAGGGTCTTACACTTTACCATCTCAAGAG
CCATCTCCAGAAGTTCAGACTTGGAAAGCAACCTCACAAGGAACATAGTCATGGTCACTC
CATAAATATTAGGGATAGTAACAAAGCTTCCATGTTGGATCTTCAAAGGAATGTGGTATT
CACTACTCCACACATCATTGGTCGCAATATGAACGAGATGCAAATGGAAGTGAAAAGAAG
AATAGAGGAAGAGGTAGAAGTAGAAAGACAGGTTAATCAAAGGATTGAAGCACAAGGGAA
ATACATGGAGAGCATGTTGGAGAAAGCATGTGAAACACAAGAAGCAAGTCTCACCAAAGA
CTACTCTACTCTCTTTTTCAACAACACATCACCCCTCCCAATTATATGGTTTGAGGATCA
TTTTCCCTCGTCTTCCTCCTTGGACTCCACATTGAATCTTTCTGACATCAATCCCAACTT
CTCCCTCCA*GATTCTCTGAGTTC*ATCACCAAGA*CCGTACG*TTTGTCTCGGTT

QA 1 776 1 776
DS 

RD RR3GH30JQ 622 0 0
GACTTGGAAAGCAACCTCACAAGGAACATAGTCATGGTCACTCCATAAATATTAGGGATA
GTAACAAAGCTTCCATGTTGGATCTTCAAAGGAATGTGGTATTCACTACTCCACACATCA
TTGGTCGCAATATGAACGAGATGCAAATGGAAGTGAAAAGAAGAATAGAGGAAGAGGTAG
AAGTAGAAAGACAGGTTAATCAAAGGATTGAAGCACAAGGGAAATACATGGAGAGCATGT
TGGAGAAAGCATGTGAAACACAAGAAGCAAGTCTCACCAAAGACTACTTTACTCTCTTTT
TCAACAACACATCACCCCTCCCAATTATATGGTTTGAGGATCATTTTCCCTCGTCTTCCT
CCTTGGACTCCACATTGAATCTTTCTGACATCAATCCCAACTTCTCCCTCCAAGATTTTT
TGAGTTCCATCACCAAGAACCGTACGGTTTGTCTCGGTTAGAGAAAACATTTATAGGTAT
AGCCATTTGACGCTTTTTACTCTAGTGTCCTAATGCGCATTTGGTGTTATAAATGCACAA
ACTCACATGTAATAACTTCTGCCAAACATGAAGTAGATCTTTATTGAACAATATTTGGGT
TCACCCCTGAGGTGAACTTATG

QA 1 622 1 622
DS 



AS 1 2

CO CL8960Contig1 815 2 2 U
GGCAGACACTAGAAAAGGTGTCTCCAGGACTTGTTAATTGGAAAATAGCAAGCAAGCCTC
CGATAAAATTGCCATTCAAGAAAGTAGAAAACTGTAATCAGGTTGTGAAACTAGGGAAGC
AGCTCAAGTTCTCTTTGGTTAACATTGCTGGTAACGACATTGTTCAAGGGAACAAGAAAC
TCATACTAGCATACTTATGGCAGTTGATGAGATACAACATCCTGCAACTCCTTAAGAACT
TGAGATCCCATTCCAACGGCAAAGAAATAACAGACGTTGATATATTGGAGTGGGCAAATG
CTAAAGTGCGAAAGAACGGAAGTCAAACCCGTATGTACAGTTTCAGGGACAAGAGCTTGT
CCGATGGTATATTTTTTCTGGAGCTGTTGAGTTCAGTGCAGCCAAGAGCCGTTAACTGGA
GTCTTGTTACAAACGGAGCAACTGATGAAGAGAAGAAGATGAATGCCACTTACGTGATTA
GCATAGCCAGGAAGATGGGTTGCTCCATATTTTTACTCCCTGAAGACATAATTGAGGTGA
ATCAGAAGATGATTCTGACATTGACAGCGAGTATAATGCACTGGACTCTCAAAGAACCTC
TTCATCTTATTAAGCCTACCGGATCTCCCGATAGCCACAATGGAAGTTTACTCGACGATT
TTACCTCGGATTTTTCTTTAGAATAATTTATGTTTTTTGTTCCATGGTGAAGTTATATAT
TTACTTCAAAATTTTATTCATGATGCTATAACGTATTCCCTTGTGCTTTCTTTGGGGGGA
AAAAAAACAATATTGGTATTATAGAAGTGTTTGGT


BQ
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AF RR3CY58TF U 1
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BS 636 815 RR3CY58JQ

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GAAGTGTTTGGT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3ER08TF U 1
AF RR3E224TF U 4
BS 1 44 RR3ER08TF
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AATGGAACATCGTTATCTTGACACAGCAAGACTGCCTATACTATGCTCTAGTTATCACCG
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CTTCTACTTCTTCAATCCTTAACTACAACCGCTGGACGTGGTTTTGTTTCGACGCAAACA
ATTCTACATTATTGGTAAGCATCCCACTCAACAACATGAAGGAGTTATACACTGTGAACG
ACAAATCAGTTTTCTCAGCCGAGATCACAAACGTCAACCCGCAATCCCTCGACGTTAGCC
GGACCCCTCGAACTATAGGGACAGCAGAAAGCATTAAACTGATAGAGGTGGAGAGAAACA
AGTCTAAATTCACTTGGAAGATTACTCACTTCTCCACCTTCGTTGGTGAACATCATTCCT
CGTACCAGTTCACCGTTGGACCACGCAGATGGTACCTACGATGTACCCGAAAGGAACCTT

QA 1 720 1 720
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CTACATTATTGGTAAGCATCCCACTCAACAACATGAAGGAGTTATACACTGTGAACGACA
AATCAGTTTTCTCAGCCGAGATCACAAACGTCAACCCGCAATCCCTCGACGTTAGCCGGA
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CTAAATTCACTTGGAAGATTACTCACTTCTCCACCTTCGTTGGTGAACACCATTCCTCGT
ACCAGTTCACCGTTGGACCACGCAGATGGTACCTACGATGTACCCGAAAGGAACCTTAGA
GGGAAAGGAAAT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

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AAGTATATGATAATGTATAGCAGTGCATTAAGTTTTGTAC


BQ
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AAGTATATGATAATGTATAGCAGTGCATTAAGTTTTGTAC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AJ45JQ C 1
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DS 

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QA 1 536 1 536
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AJ43TF U 1
AF RR3AJ43JQ C 1
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QA 1 540 1 540
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AGTTGAAGTTAAATCTGAGATGAAGTCGATGTCTGTTATGGAAGTGGAACCTTCTGAAGA
TCAAGATTGCGGATTGTTAGATAGTAGAAGGAAAGACGGACGGCAAGTAGG

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL8965Contig1 768 2 2 U
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GAATGTCAAAACTCTTGCTTCCATGGTGATCCAAAGCTATTTCAATCG


BQ
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AF RR3DN64TF U 1
AF RR3DN64JQ C 1
BS 1 535 RR3DN64TF
BS 536 768 RR3DN64JQ

RD RR3DN64TF 535 0 0
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CTGCTTCTCAGGAGATATTTCTACGGAGCTGCGGCTTCGCTCAACGAGGCGTTATTCCAG
ATTCCGATCCCTCCCTCCTCCTCCTCGGAGCCTCCTCGCCTTTCAATGAAATCGCATCTC
GCCGTGATTTAGACTGATAGTGTAATCAATTCGGGTTACCAAGAGGAATTGGTGGAGAGC
CATGCGGTTCGATTCTCTCTCCCCCGGAAAGCCCTGATACCGTTGATTCAGAGGAGGATC
CTACGGTTCCTGTTCAATCAGCTAATCTGTTGTCATCATCATCTCCAGCGAAGAAGAAGC
TTAAAGTTCCTTTGAGGGATGTTGTGAAAGCCATCGTTATGAGCTCGAGGAGCAC

QA 1 535 1 535
DS 

RD RR3DN64JQ 768 0 0
GGAAACGCTTTTGTAGCAGACCGCATCGAAAGTCTAAAAGTGAACGGGGGAGAAGGGAAG
ATTTCGTCCTAAAACCCTAGAAACTTGTAAATCCCATCCCAGTAAAAGAAAGGAGTCTCC
GAGAGATGCAAGGGAAGAAGAAGAAGGAGATGAGTTCCATCTTCGATAACTGCCACGAAA
CTGCTTCTCAGGAGATATTTCTACGGAGCTGCGGCTTCGCTCAACGAGGCGTTATTCCAG
ATTCCGATCCCTCCCTCCTCCTCCTCGGAGCCTCCTCGCCTTTCAATGAAATCGCATCTC
GCCGTGATTTAGACTGATAGTGTAATCAATTCGGGTTACCAAGAGGAATTGGTGGAGAGC
CATGCGGTTCGATTCTCTCTCCCCCGGAAAGCCCTGATACCGTTGATTCAGAGGAGGATC
CTACGGTTCCTGTTCAATCAGCTAATCTGTTGTCATCATCATCTCCAGCGAAGAAGAAGC
TTAAAGTTCCTTTGAGGGATGTTGTGAAAGCCATCGTTATGAGCTCGAGGAGCACAGAGG
AGGACGAAGACAAGAAGAAGAAGAGCTGTGTGCAGATCCTTGTCGAAAAGGGATTCAATT
TCCCTTGAGGGAGAAAATATAAGTAATATGAGTGTATTGTAATCCTCTTCAGGTAGCTTT
TGGATGTGAATTACATATGTTTCATGGTATACATTGATATGCCATTGGTGTTGGTAATGA
GAATGTCAAAACTCTTGCTTCCATGGTGATCCAAAGCTATTTCAATCG

QA 1 768 1 768
DS 



AS 1 2

CO CL8966Contig1 429 2 1 U
GAGCTCGAGATGGTCAATGTACAGCATGCCAGCAAAGGAAGAGCTAAGGCCAAGGCTAAA
CCAGACACCTGTAAGCGATCTGAAATGCAAGCTGAAGATGGGAGATGTGGTGGAGCTGAC
TCCAGCCATACCTGATGAGTCTCTGCCTGAATACAGAGAGGAGATTCAGCGGATGTATGA
TCGAGGGCTTGCCTTTTCTCGCCCTCAACGTACAGGTGCTGGCACAATGGTTGGCTGGGG
AAGCTAACAGATTCTTCTGTTTCTTAGTCCAAAAAAAAAGAGAAAAGAACAGTCCTTGTT
TCTCATGTATGTAAGTTGTTATATATGTAATGCTTTCAAAAAAGATTTGTTGTACGCCAT
AGAGGTTGTTGTACCTATGAACTTGTTGATTCCAAGAAAACTGTGTAAATAATATATAGG
CTACAAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EO76TF U 1
AF RR3EO76JQ C 79
BS 1 429 RR3EO76TF

RD RR3EO76TF 429 0 0
GAGCTCGAGATGGTCAATGTACAGCATGCCAGCAAAGGAAGAGCTAAGGCCAAGGCTAAA
CCAGACACCTGTAAGCGATCTGAAATGCAAGCTGAAGATGGGAGATGTGGTGGAGCTGAC
TCCAGCCATACCTGATGAGTCTCTGCCTGAATACAGAGAGGAGATTCAGCGGATGTATGA
TCGAGGGCTTGCCTTTTCTCGCCCTCAACGTACAGGTGCTGGCACAATGGTTGGCTGGGG
AAGCTAACAGATTCTTCTGTTTCTTAGTCCAAAAAAAAAGAGAAAAGAACAGTCCTTGTT
TCTCATGTATGTAAGTTGTTATATATGTAATGCTTTCAAAAAAGATTTGTTGTACGCCAT
AGAGGTTGTTGTACCTATGAACTTGTTGATTCCAAGAAAACTGTGTAAATAATATATAGG
CTACAAAGC

QA 1 429 1 429
DS 

RD RR3EO76JQ 351 0 0
TCTGAAATGCAAGCTGAAGATGGGAGATGTGGTGGAGCTGACTCCAGCCATACCTGATGA
GTTTCTGCCTGAATACAGAGAGGAGATTCAGCGGATGTATGATCGAGGGCTTGCCTTTTC
TCGCCCTCAACGTACAGGTGCTGGCACAATGGTTGGCTGGGGAAGCTAACAGATTTTTCT
GTTTCTTAGTCCAAAAAAAAAGAGAAAAGAACAGTCCTTGTTTCTCATGTATGTAAGTTG
TTATATATGTAATGCTTTCAAAAAAGATTTGTTGTACGCCATAGAGGTTGTTGTACCTAT
GAACTTGTTGATTCCAAGAAAACTGTGTAAATAATATATAGGCTACAAAGC

QA 1 351 1 351
DS 



AS 1 2

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AGGAAGGTTTCAAGGTGCTTGCTTGGAAAGTTATGGATCTTGTAGGTAGACTTCCATTGG
GGTTAGAGGTTATGGGATCCTATTTTCGGGGAATGTCTGAGAAAGAATGGACAGAGGCAC
TACCAAACTTAAGGGCTCACCTTGTTCGTAATGGAGAAATTGCGAACATATTAAAGTTTA
GTTATGATGCTTTAAATTATGAAGATAAAAGTTTATTTCTTCATATAGCTTGCTTTTTCT
ATTTTGGAGAAGTTATGTAGTGGAAGCCTGTCTAAAAGAATCTTTTTCAGATGTGAGACA
AGGGCTTCGCGTCTTATGTGAAAAATCTCTCATATCTACTGAAGACGGATGGGTAGAAAT
GCCTAAGTTGCTAATCCAACTGGGAAGAGAAATTGTGCGACAAGAATATCCAAGTGAACC
TGGAAAACGGCAGTTTTTGAATGATGCAAAGGATATTGAAGACGTACTTGGTGATGATAA
CGCTGGTAATTGCAATGTCATAGGAATAGATTTCGATCACTATCAGGAAATAACATCTTC
CACATGTAAAAGCGCCTTTGGAAGATTTTCTAATCTTCAATTCTTAAGAATCAATGGGAG
AGGCATTAATCCGCCAAGTATGAACTACATACCCCAAAAACTTAGAGTACTATTTTGGCC
GCAGTTCCAGATGTCATGTTTTCCTTCAAGTTTTAATCGAGAGTTCCTAGTCGAACTATA
CATGGGGAAAACCACGCTTGAGAAACTGTGGAAAGGAAATAAAGTAAGTAATTTTCTATT
TTTGAAAATAAGTGCCCAAAGCAAGGCTATGTAACCAGTTTTCTTATGTGTATAATACTA
ATTGTGTCAATGTGTTGTT


BQ
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AF RR3G662TF U 1
AF RR3G662JQ C 205
BS 1 739 RR3G662TF
BS 740 919 RR3G662JQ

RD RR3G662TF 739 0 0
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AGGAAGGTTTCAAGGTGCTTGCTTGGAAAGTTATGGATCTTGTAGGTAGACTTCCATTGG
GGTTAGAGGTTATGGGATCCTATTTTCGGGGAATGTCTGAGAAAGAATGGACAGAGGCAC
TACCAAACTTAAGGGCTCACCTTGTTCGTAATGGAGAAATTGCGAACATATTAAAGTTTA
GTTATGATGCTTTAAATTATGAAGATAAAAGTTTATTTCTTCATATAGCTTGCTTTTTCT
ATTTTGGAGAAGTTATGTAGTGGAAGCCTGTCTAAAAGAATCTTTTTCAGATGTGAGACA
AGGGCTTCGCGTCTTATGTGAAAAATCTCTCATATCTACTGAAGACGGATGGGTAGAAAT
GCCTAAGTTGCTAATCCAACTGGGAAGAGAAATTGTGCGACAAGAATATCCAAGTGAACC
TGGAAAACGGCAGTTTTTGAATGATGCAAAGGATATTGAAGACGTACTTGGTGATGATAA
CGCTGGTAATTGCAATGTCATAGGAATAGATTTCGATCACTATCAGGAAATAACATCTTC
CACATGTAAAAGCGCCTTTGGAAGATTTTCTAATCTTCAATTCTTAAGAATCAATGGGAG
AGGCATTAATCCGCCAAGTATGAACTACATACCCCAAAAACTTAGAGTACTATTTTGGCC
GCAGTTCCAGATGTCATGT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3G662JQ 715 0 0
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ATAAAAGTTTATTTCTTCATATAGCTTGCTTTTTCTATTTTGGAGAAGTTATGTAGTGGA
AGCCTGTCTAAAAGAATCTTTTTCAGATGTGAGACAAGGGCTTCGCGTCTTATGTGAAAA
ATCTCTCATATCTACTGAAGACGGATGGGTAGAAATGCCTAAGTTGCTAATCCAACTGGG
AAGAGAAATTGTGCGACAAGAATATCCAAGTGAACCTGGAAAACGGCAGTTTTTGAATGA
TGCAAAGGATATTGAAGACGTACTTGGTGATGATAACGCTGGTAATTGCAATGTCATAGG
AATAGATTTCGATCACTATCAGGAAATAACATCTTCCACATGTAAAAGCGCCTTTGGAAG
ATTTTCTAATCTTCAATTCTTAAGAATCAATGGGAGAGGCATTAATCCGCCAAGTATGAA
CTACATACCCCAAAAACTTAGAGTACTATTTTGGCCGCAGTTCCAGATGTCATGTTTTCC
TTCAAGTTTTAATCGAGAGTTCCTAGTCGAACTATACATGGGGAAAACCACGCTTGAGAA
ACTGTGGAAAGGAAATAAAGTAAGTAATTTTCTATTTTTGAAAATAAGTGCCCAAAGCAA
GGCTATGTAACCAGTTTTCTTATGTGTATAATACTAATTGTGTCAATGTGTTGTT

QA 1 715 1 715
DS 



AS 1 2

CO CL8968Contig1 1335 2 2 U
GGGTGGTTGTTGTCACGAAGAAATCCCCAAATCTCCCAAAAAAAAAACCCTAATTTGAAT
CTCTCTCTATCTGTGTGATGAAAGCCTTAAGAAGAAGATTATTCTCTTCTTAGCTTCTCT
CAATTCTCGCAAGGGAAGGGGGGATTTAGGGGAGGGGTCCCATGTTGACCTCACCATGCT
CGTCTTCGCCTCTCCTCTGCCATCGGCCAGCTCTCTCCTCCATCTCGCGTTCAAAGTTTA
GGCTTCCTCGTCGCGTCCTAGTCCCCCCTGCTCTCACCCACGTTTCTCCTCTATCCGCTT
CCCCTTCCAAGCACAAATGGAAGATTCAGTGCTTCAGAAATGAGGATTCTGCTCCTGAGA
ATCCAGAGCCGGAGGAAGTAGTTAAGAAGCCAGATCAAGACATTCAGCCATGTACTGATC
AAAAAGCTAATTGGAACACAACTCTTCACAAGGCTGCGGATGCAGTTTTGAAGGGAATTG
GTACTCGTTGGAAGGTACCATGGACTGCTGAGACCATTGTTCAGGTAATGCTTTTATGGG
TAGCCGCCTTCTGGTTCATTGGATCATGGATGATCCCGTTCATGGCTCATATATCAGGTT
TCCACAAGGATTCTCTCACTTTTAGAGGCCAAGCTTTGTTCAGTCTTATAACCGATGTAA
CAGAAGGACTAGCCGGGATTGCCATCCTCCACCGTTGCCTCTCCATGTTCCGTCCACTTG
CAAGTGATTGGTTCCGCTTTACTCTCAAAGGAAACTGGCAGCTAGACGTCATCATAGGCT
GTTTCATGTTCCCTTTCGTTAACCGTCTCTCCCAGTTAAACCTAAACCTCTTGCCACTCC
CACCAACCTCAAGTCCTGTCTCGCTCTCTAGTGTGGAGCAGTCGATAATGGCTAGAGACC
CTGTCGCGATGGCACTGTATGCGGTTGTTGTATCGGTTTGTGCACCGGTTTGGGAAGAGA
TAGTGTTCAGAGGGTTCTTGCTGCCGTCTCTGACTAGGTACATGCCGGTTTGGTGTGCGA
TTCTTGTTAGCTCGGTTGCGTTTGCGTTGGCGCATTTCAATGTGCAGAGGATGTTGCCGT
TGGTGTTCCTTGGAGTGGTTTTGGGTTTGATCTTCGCAAGGTCAAGGAACTTGTTGCCTT
CGATGCTGTTGCATAGCTTGTGGAATGGCTTTGTGTTCATGGAACTGATGCGATGATGAT
GATGAGGAGGAGGAATATATCTTATGTAGGGTGTCTGTTTCCTTTTCCCCTTATTCTTGT
AATTGATTCATGTTATGATTCTTAGATATTTTTCATTAAATGGACAGTTCAACTGTAAAA
AGAGAGAGAAAAAAA


BQ
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AF RR3CH30TF U 1
AF RR3CH30JQ C 571
BS 1 661 RR3CH30TF
BS 662 1335 RR3CH30JQ

RD RR3CH30TF 661 0 0
GGGTGGTTGTTGTCACGAAGAAATCCCCAAATCTCCCAAAAAAAAAACCCTAATTTGAAT
CTCTCTCTATCTGTGTGATGAAAGCCTTAAGAAGAAGATTATTCTCTTCTTAGCTTCTCT
CAATTCTCGCAAGGGAAGGGGGGATTTAGGGGAGGGGTCCCATGTTGACCTCACCATGCT
CGTCTTCGCCTCTCCTCTGCCATCGGCCAGCTCTCTCCTCCATCTCGCGTTCAAAGTTTA
GGCTTCCTCGTCGCGTCCTAGTCCCCCCTGCTCTCACCCACGTTTCTCCTCTATCCGCTT
CCCCTTCCAAGCACAAATGGAAGATTCAGTGCTTCAGAAATGAGGATTCTGCTCCTGAGA
ATCCAGAGCCGGAGGAAGTAGTTAAGAAGCCAGATCAAGACATTCAGCCATGTACTGATC
AAAAAGCTAATTGGAACACAACTCTTCACAAGGCTGCGGATGCAGTTTTGAAGGGAATTG
GTACTCGTTGGAAGGTACCATGGACTGCTGAGACCATTGTTCAGGTAATGCTTTTATGGG
TAGCCGCCTTCTGGTTCATTGGATCATGGATGATCCCGTTCATGGCTCATATATCAGGTT
TCCACAAGGATTCTCTCACTTTTAGAGGCCAAGCTTTGTTCAGTCTTATAACCGATGTAA
C

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3CH30JQ 765 0 0
TGATCCCGTTCATGGCTCATATATCAGGTTTCCACAAGGATTCTCTCACTTTTAGAGGCC
AAGCTTTGTTCAGTCTTATAACCGATGTAACAGAAGGACTAGCCGGGATTGCCATCCTCC
ACCGTTGCCTCTCCATGTTCCGTCCACTTGCAAGTGATTGGTTCCGCTTTACTCTCAAAG
GAAACTGGCAGCTAGACGTCATCATAGGCTGTTTCATGTTCCCTTTCGTTAACCGTCTCT
CCCAGTTAAACCTAAACCTCTTGCCACTCCCACCAACCTCAAGTCCTGTCTCGCTCTCTA
GTGTGGAGCAGTCGATAATGGCTAGAGACCCTGTCGCGATGGCACTGTATGCGGTTGTTG
TATCGGTTTGTGCACCGGTTTGGGAAGAGATAGTGTTCAGAGGGTTCTTGCTGCCGTCTC
TGACTAGGTACATGCCGGTTTGGTGTGCGATTCTTGTTAGCTCGGTTGCGTTTGCGTTGG
CGCATTTCAATGTGCAGAGGATGTTGCCGTTGGTGTTCCTTGGAGTGGTTTTGGGTTTGA
TCTTCGCAAGGTCAAGGAACTTGTTGCCTTCGATGCTGTTGCATAGCTTGTGGAATGGCT
TTGTGTTCATGGAACTGATGCGATGATGATGATGAGGAGGAGGAATATATCTTATGTAGG
GTGTCTGTTTCCTTTTCCCCTTATTCTTGTAATTGATTCATGTTATGATTCTTAGATATT
TTTCATTAAATGGACAGTTCAACTGTAAAAAGAGAGAGAAAAAAA

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL8969Contig1 817 2 4 U
GGAACTTGGCGAAGGTCCTTATAACACTCTTCGATGGAACCCTAAAGGGAGAATTTTATG
TGTGGCTGGATTCGGTAACTTACCTGGTGATATGACATTCTGGGACGTTGTCGCTAAGAA
GCAACTAGGAAGTAATAAAGCCGAGTGGTCTGTAGTAAGTGAATGGTCTCCTGATGGGCG
TTATTTCCTTACTGCCTCAACAGCACCAAGACGTCAAATCGACAACGGGATTAAAATCTT
CAACTATGAAAAAGCGTTATTTCAAAAAGATGTTTGAGAGACTGTACCAGGTTGAATGGA
AACCGGAGTCTCCAGAGAGGTTCGATGAGATCAGTGAGCTTCTCAAGTCAGTTGAATCAT
TGAAACTCGAAGGGGGCAAATCGCAAGGACAAGGATCAGCTCAGAAGAAACCTGTTGTTT
CCATCCCCACCGTAAAAAAACCAGCTGCATATCAACCTCCTCATGCTAAGCACGCAGCTG
CCATTCAAGCTGAGTTACTTGGAGTAAACCCAGCAGGAGAGATGAGCAAGAACGCTCTTA
GAAACAAGAAGAAGAGGGAGAATAAGAAAGCGGCAGGGGCTGCTGCTTCTGGGTCTAATA
ACGCCTGATTGAAGAAGTCACCCCAATATATTGTATTCAGTGGAGATTACAGTTTTGAGA
TTATTGGATGGTAATGAAATATCCCCATAGAAGTGACAGAGAACGTTATGTTGATCGCTG
TTATGTTGATCGCTGTTTTTTCTTCTCAAACGGTTTTTTATCATCAGAATTTCATTTTGT
GTTGGTATTAAGACTACTATTAATATACCATGAGTGA


BQ
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AF RR3DF66TF U 1
AF RR3DF66JQ C 587
BS 1 684 RR3DF66TF
BS 685 685 RR3DF66JQ
BS 686 736 RR3DF66TF
BS 737 817 RR3DF66JQ

RD RR3DF66TF 736 0 0
GGAACTTGGCGAAGGTCCTTATAACACTCTTCGATGGAACCCTAAAGGGAGAATTTTATG
TGTGGCTGGATTCGGTAACTTACCTGGTGATATGACATTCTGGGACGTTGTCGCTAAGAA
GCAACTAGGAAGTAATAAAGCCGAGTGGTCTGTAGTAAGTGAATGGTCTCCTGATGGGCG
TTATTTCCTTACTGCCTCAACAGCACCAAGACGTCAAATCGACAACGGGATTAAAATCTT
CAACTATGAAAAAGCGTTATTTCAAAAAGATGTTTGAGAGACTGTACCAGGTTGAATGGA
AACCGGAGTCTCCAGAGAGGTTCGATGAGATCAGTGAGCTTCTCAAGTCAGTTGAATCAT
TGAAACTCGAAGGGGGCAAATCGCAAGGACAAGGATCAGCTCAGAAGAAACCTGTTGTTT
CCATCCCCACCGTAAAAAAACCAGCTGCATATCAACCTCCTCATGCTAAGCACGCAGCTG
CCATTCAAGCTGAGTTACTTGGAGTAAACCCAGCAGGAGAGATGAGCAAGAACGCTCTTA
GAAACAAGAAGAAGAGGGAGAATAAGAAAGCGGCAGGGGCTGCTGCTTCTGGGTCTAATA
ACGCCTGATTGAAGAAGTCACCCCAATATATTGTATTCAGTGGAGATTACAGTTTTGAGA
TTATTGGATGGTAATGAAATATCCTCATAGAAGTGACAGAGAACGTTATGTTGATCGCTG
TTATGTTGATCGCTGT

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3DF66JQ 231 0 0
TTT
TGGGTTTAATAACGCCTGATTGAAGAAGTCACCCCAATATATTGTATTCAGTGGAGATTA
CAGTTTTGAGATTATTGGATGGTAATGAAATATTCCCATAGAAGTGACAGAGAACGTTAT
GTTGATCGCTGTTATGTTGATCGCTGTTTTTTCTTCTCAAACGGTTTTTTATCATCAGAA
TTTCATTTTGTGTTGGTATTAAGACTACTATTAATATACCATGAGTGA

QA 4 231 4 231
DS 



AS 1 2

CO CL8970Contig1 575 2 1 U
GGCCGGCGTCCTAAAACCCTATAAATAAATCCTCTGTAGAAGAAAACGACGAAAGGTCGA
ATCTCGCTTTCTCTATCTCTCTCACAATGGCTTCGGCTTGCAACAGATTCATGAGAAGAT
CCTCCGTCTCGTCTCTCAGATCCGCCATCAGATCATCTCTTCACAAATCTCCAGTTGGCA
CCGGAACTCCGCCGAGTGCTTCTTCATCCGCCGGGTTTCGGATTCCGTCTAAACCCGCTG
CTTCTCCCAGATTCTCCTTCTCCAGGTGTCCATCTGAGCTTGGATGTGTTCAGTCTCTGT
TGCCGCTTCACAGCACGGTGGCGGCTGCTAGGCTGACGTCGTGTCTTAGCCTAACATCCA
GAAGCAGCCGAGCTCTCTCTCAGGGCACATAAATTTCACCGTTACCATGTGGGATCCTTG
CATCTTTATCAAGTACGAACCTTTCTTGAGTTCTAGTTATTATCCAAATAAAGTATTGGA
GAACAATATTTAGTAGGACAAAAAACCCTGTAAGGACTTAATTTTGAAGGGGGTAGTAGC
TTATTGAACCCAATGTTAAGCCTTGTCAGATTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GG24TF U 1
AF RR3GG24JQ C 42
BS 1 575 RR3GG24TF

RD RR3GG24TF 575 0 0
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ATCTCGCTTTCTCTATCTCTCTCACAATGGCTTCGGCTTGCAACAGATTCATGAGAAGAT
CCTCCGTCTCGTCTCTCAGATCCGCCATCAGATCATCTCTTCACAAATCTCCAGTTGGCA
CCGGAACTCCGCCGAGTGCTTCTTCATCCGCCGGGTTTCGGATTCCGTCTAAACCCGCTG
CTTCTCCCAGATTCTCCTTCTCCAGGTGTCCATCTGAGCTTGGATGTGTTCAGTCTCTGT
TGCCGCTTCACAGCACGGTGGCGGCTGCTAGGCTGACGTCGTGTCTTAGCCTAACATCCA
GAAGCAGCCGAGCTCTCTCTCAGGGCACATAAATTTCACCGTTACCATGTGGGATCCTTG
CATCTTTATCAAGTACGAACCTTTCTTGAGTTCTAGTTATTATCCAAATAAAGTATTGGA
GAACAATATTTAGTAGGACAAAAAACCCTGTAAGGACTTAATTTTGAAGGGGGTAGTAGC
TTATTGAACCCAATGTTAAGCCTTGTCAGATTGTC

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR3GG24JQ 534 0 0
GAAAACGACGAAAGGTCGAATCTCGCTTTCTCTATCTCTCTCACAATGGCTTCGGCTTGC
AACAGATTCATGAGAAGATCCTCCGTCTCGTCTCTCAGATCCGCCATCAGATCATCTCTT
CACAAATCTCCAGTTGGCACCGGAACTCCGCCGAGTGCTTCTTCATCCGCCGGGTTTCGG
ATTCCGTCTAAACCCGCTGCTTCTCCCAGATTCTCCTTCTCCAGGTGTCCATCTGAGCTT
GGATGTGTTCAGTCTCTGTTGCCGCTTCACAGCACGGTGGCGGCTGCTAGGCTGACGTCG
TGTCTTAGCCTAACATCCAGAAGCAGCCGAGCTCTCTCTCAGGGCACATAAATTTCACCG
TTACCATGTGGGATCCTTGCATCTTTATCAAGTACGAACCTTTCTTGAGTTCTAGTTATT
ATCCAAATAAAGTATTGGAGAACAATATTTAGTAGGACAAAAAACCCTGTAAGGACTTAA
TTTTGAAGGGGGTAGTAGCTTATTGAACCCAATGTTAAGCCTTGTCAGATTGTC

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL8971Contig1 1203 2 2 U
GGAAACTTCACCTGCAATCAACAGTGGCCACAGGGGGGACCATATACCACAACACAATAC
TACAGCTAAGCCAAAAAAGTTTGGTTCAAGCTCTTGCAAGAATAACTCAGAGTATGTATC
ACTTGAAGATCTTGCTCCTTTGGCTATGGACCAGATTGAAGCACTTTCTCTGGAAGGATT
GAGAATACAATCAGGAATGTCAGACGAGGATGCACCTTCAGATATCACTGCAAAATCTAT
TGGAGAGATGTCAGCCTTCCAGGGTCTAGAAGGAGCAGCTGGGTTACAACTTCTGAACAT
AAAGGATGATGGTGATGGTGATGATGATGATGGATTAATGGGTCTCTCCTTGACTCTTGA
TGAGTGGATGAAGTTGGATTCAGGTGACATTGGCGAGGAAGAGGAAATAAACGAGAAAAC
GTCAAGAATATTGGCTGCACATCATGCAAACCCACTAAACTTTATCCATAAAGGAGAGAA
ACGAAAAGGGAAAAAAGGAAGGAGATGTGGTTTGCTCGGGAATAACTTCACAGTAGCACT
GATGGTGCAACTCAGAGATCCGTTAAGAAGCTATGAACCTGTTGGAGCTCCTATGCTTTC
TCTTATCCAAGTTGAGAGATTGTTTGTCCCTCCAAAGCCCATAATCTACACTACGGTTCC
AGAGCTGAGGAAAGAGGAAGAAGAAACCGAGGAGGCGGTCAAAGAGGAGAAAACAATGGT
GGAGGAGGAACAAGGAATCCCTCAGTACAAGATTTCAGAGGTGCATCTTACTGGTATGAA
GAGAGAGACCGATGAGAAGCCGTGGGGAATCACGACTCGGAATCAGGAGGTGCAGTCTGG
TTCAAGGTGGTTGATGGCTAATGGAATGGGGAAAGGGAACACCACCAAGGTTCCTCTTAT
GAAACCAAGACCGTCTGGTGATAAGTTGTGGAGTGTGTCTGGTTCTGGTTCTAAATGGAA
AGAGCTTGGGAAATTTGGAAAGCTCAACACTCACAGACGAAATCCGAATGTGATAATGCC
AAAATGAAAGTGAACGAGGAGAACAAGAACTAGTCTGTGTCTGGTTTTGTGTTTTTTATG
CTATGTAAAGGTAAGAAATGTTGAATCTGTGTTATTTATGTGTTTAGTTTAGGTTTTGCA
GATCAAACTAATCGCTCCCTGTCTGTTGTACAATTAAAAGATCAATGGAAATAGCAAACA
AAC


BQ
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10 10 10 

AF RR3AS29TF U 1
AF RR3AS29JQ C 649
BS 1 729 RR3AS29TF
BS 730 1203 RR3AS29JQ

RD RR3AS29TF 729 0 0
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TACAGCTAAGCCAAAAAAGTTTGGTTCAAGCTCTTGCAAGAATAACTCAGAGTATGTATC
ACTTGAAGATCTTGCTCCTTTGGCTATGGACCAGATTGAAGCACTTTCTCTGGAAGGATT
GAGAATACAATCAGGAATGTCAGACGAGGATGCACCTTCAGATATCACTGCAAAATCTAT
TGGAGAGATGTCAGCCTTCCAGGGTCTAGAAGGAGCAGCTGGGTTACAACTTCTGAACAT
AAAGGATGATGGTGATGGTGATGATGATGATGGATTAATGGGTCTCTCCTTGACTCTTGA
TGAGTGGATGAAGTTGGATTCAGGTGACATTGGCGAGGAAGAGGAAATAAACGAGAAAAC
GTCAAGAATATTGGCTGCACATCATGCAAACCCACTAAACTTTATCCATAAAGGAGAGAA
ACGAAAAGGGAAAAAAGGAAGGAGATGTGGTTTGCTCGGGAATAACTTCACAGTAGCACT
GATGGTGCAACTCAGAGATCCGTTAAGAAGCTATGAACCTGTTGGAGCTCCTATGCTTTC
TCTTATCCAAGTTGAGAGATTGTTTGTCCCTCCAAAGCCCATAATCTACACTACGGTTCC
AGAGCTGAGGAAAGAGGAAGAAGAAACCGAGGAGGCGGTCAAAGAGGAGAAAACAATGGT
GGAGGAGGA

QA 1 729 1 729
DS 

RD RR3AS29JQ 555 0 0
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TACTGGTATGAAGAGAGAGACCGATGAGAAGCCGTGGGGAATCACGACTCGGAATCAGGA
GGTGCAGTCTGGTTCAAGGTGGTTGATGGCTAATGGAATGGGGAAAGGGAACACCACCAA
GGTTCCTCTTATGAAACCAAGACCGTCTGGTGATAAGTTGTGGAGTGTGTCTGGTTCTGG
TTCTAAATGGAAAGAGCTTGGGAAATTTGGAAAGCTCAACACTCACAGACGAAATCCGAA
TGTGATAATGCCAAAATGAAAGTGAACGAGGAGAACAAGAACTAGTCTGTGTCTGGTTTT
GTGTTTTTTATGCTATGTAAAGGTAAGAAATGTTGAATCTGTGTTATTTATGTGTTTAGT
TTAGGTTTTGCAGATCAAACTAATCGCTCCCTGTCTGTTGTACAATTAAAAGATCAATGG
AAATAGCAAACAAAC

QA 1 555 1 555
DS 



AS 1 2

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ACAAGAGTTGCTAACTAAGTTTTTGTCCAGACAAGAATCTATTCTTGACACAAGCCCTCT
AGACCCTTCTTTTGATCTCATGAGTGTATATACTGATGATCACTCTGATGAAGAAGATGC
GGAGACAGAAGCTGGCCAGTCTGAAATGACTAATGATCCCAATGATGTAAAACGTATTAG
AAGGATGTACTCAAACAGGATATCAGCAAGGCGTTCAAGGCAAAGGAAGCAAGAACAGTT
GGCAGATCTTGAATCTCAGGTTGATTCATTGAAAGGAGTGAACTCAACGCTCTACAAGCA
GCTCATAGACGCAACACAACAGTTTCGTACTGCTGGAACAAATAACAGAGTTCTCAAATC
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CTTCACTAGCAGCTTGAATCAGCTTCTGCAAACTCATTTAAGTCCACCACCATCACATTC
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CCAATCTCTGTTCCCTGGAATCACCATATCTGGACAGAACTCAAGCCCTGGACTTGGTAA
TGTATCCAGCGAAGCTGTTAGCTGCGTCTCAGATATCTGGCCATAATTGTCTCTTTATTC
ACAATATGTAATTGATCACTCTGCAAGTTTCATGTATGTGTTTCACTATAG


BQ
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AF RR3FK91TF U 1
AF RR3FK91JQ C 46
BS 1 719 RR3FK91TF
BS 720 720 RR3FK91JQ
BS 721 749 RR3FK91TF
BS 750 831 RR3FK91JQ

RD RR3FK91TF 749 0 0
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AATAGATGGTCACACTGGTAAAGACATTGGTATGAAGAGAAGTGCTTCCGAGTTGGCTCT
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AGACCCTTCTTTTGATCTCATGAGTGTATATACTGATGATCACTCTGATGAAGAAGATGC
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CATCAACAGTCTGCACTACACAGGAAATAATACCTCACCGGGCATTACAGTCCACAGTGA
CCAATCTCTGTTCCCTGGAATCACCATATCTGGACAGAACTCAAGCCCTGGACTTGGTA*
TGTATCCAGCGAAGCTGTTAGCTGCGTCT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3FK91JQ 786 0 0
CATAG
AAAAAAGAAAAATAGATGGTCACACTGGTAAAGACATTGGTATGAAGAGAAGTGCTTCCG
AGTTGGCTCTACAAGAGTTGCTAACTAAGTTTTTGTCCAGACAAGAATCTATTCTTGACA
CAAGCCCTCTAGACCCTTCTTTTGATCTCATGAGTGTATATACTGATGATCACTCTGATG
AAGAAGATGCGGAGACAGAAGCTGGCCAGTCTGAAATGACTAATGATCCCAATGATGTAA
AACGTATTAGAAGGATGTACTCAAACAGGATATCAGCAAGGCGTTCAAGGCAAAGGAAGC
AAGAACAGTTGGCAGATCTTGAATCTCAGGTTGATTCATTGAAAGGAGTGAACTCAACGC
TCTACAAGCAGCTCATAGACGCAACACAACAGTTTCGTACTGCTGGAACAAATAACAGAG
TTCTCAAATCAGATGTTGAAACTCTGAGAGTCAAGGTGAAACTAGCTGAAGATTTGATAG
CTAGAGGGTCCTTCACTAGCAGCTTGAATCAGCTTCTGCAAACTCATTTAAGTCCACCAC
CATCACATTCCATCAACAGTTTGCACTACACAGGAAATAATACCTCACCGGGCATTACAG
TCCACAGTGACCAATCTCTGTTCCCTGGAATCACCATATCTGGACAGAACTCAAGCCCTG
GACTTGGTAATGTATCCAGCGAAGCTGTTAGCTGCGTCTCAGATATCTGGCCATAATTGT
CTCTTTATTCACAATATGTAATTGATCACTCTGCAAGTTTCATGTATGTGTTTCACTATA
G

QA 6 786 6 786
DS 



AS 1 2

CO CL8973Contig1 533 2 1 U
GGATAGAAGATTTCACAAACAAAACAAAAGGTAATCCTCCTCACTTCATTCAAATTCACC
TCTTTTAATCGATTCCTTAATCACTCACCATTCTCTCTCTCCTGTTGTGAAGAATAGAAG
AAAATGGTGCTTTCTGACTTCACTGGAGTCGGTGTTGGATTCGGGTTCGGCGTCTGCTGT
GGATTTGGCGTTGGGTGGGGTTTTGGAGGAGTGCCTGTGAATGTTTTAGGCGTTGGTGTA
GGTGGAGGTTGCGGAGTGGGATTGGGACTCGGGTGGGGTTTTGGGACTGCCTTTGGTAGT
CACTACCGATCATCTAGGCTTACTTTTCAAGGCGTCGAGCTAGAGAAGGAGGGTAAAGTG
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TTCTCACTAAGAATCATATTTCAAATAATCAAAAATCATGAATGCATTCGTGT


BQ
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CACTACCGATCATCTAGGCTTACTTTTCAAGGCGTCGAGCTAGAGAAGGAGGGTAAAGTG
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TTCTCACTAAGAATCATATTTCAAATAATCAAAAATCATGAATGCATTCGTGT

QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 2

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BQ
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AS 0 0

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BQ
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AF RR3DP83TF C 1
AF RR3DP83JQ U 10
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QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GL60TF U 1
AF RR3GL60JQ C 198
BS 1 735 RR3GL60TF
BS 736 836 RR3GL60JQ

RD RR3GL60TF 735 0 0
GGATATCACAAATACATTTTACTCTTAAATCCCCCAAAAAGATTGTTTCCTTCTGTAAAT
CATAATATTCTGTCTTGTTCAAAACATGACGATTGCTTTAACCATCGGTGGAAACGTGTT
CTCGGGTCAATCCGTATCAAAAAATAACATCAGAAGAAATAACAAGAAGATGCTAAACAG
AACTGGAGTCGTTTGTTCTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCG
ACCAGATTCATCTGAATACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCA
TCCTGATGTTTGTAGGGGAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTA
CGATGTAAGAGCGTGTGTGTTTTATGAAAACATCAAAACTTCTGTTGTTTTAGTATGAAA
ACTCATCTTCTTTTTTTTTGGTATTTTTGAAGATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGA
TGGATGGAACGGAGGAATATGAGCCATTCGATGTGTATGAAGACGGATTCAACGGAATGA
ATGATACAGATTGTGACACGTGGGAGGAATGGATGGGGGTGGGAAGGTGCAGGAACAAGA
GGCTACTCTTCTCACGTCAACCCTTATGCTTGAAGAACAAGAAAATGATTCGAATGCACA
TAAATAACATCTGAAACTGATGTTAATGAACGATGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACT
TGGAACATGTAAATA

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3GL60JQ 639 0 0
CTTCATCTTCTGTAATGGATCCTTATAAGACACTTAAGATCCGACCAGATTCATCTGAAT
ACGAGGTCAAACAAGCTTTCAGACAACTCGCCAAAAAGTATCATCCTGATGTTTGTAGGG
GAAGCAACTGTGGTCTACAGTTTCAAACAATCAACGAAGCTTACGATGTAAGAGCGTGTG
TGTTTTATGAAAACATCAAAACTTCTGTTGTTTTAGTATGAAAACTCATCTTCTTTTTTT
TTGGTATTTTTGAAGATTGTGTTGAAGCAAATAAAGAATCAGATGGATGGAACGGAGGAA
TATGAGCCATTCGATGTGTATGAAGACGGATTCAACGGAATGAATGATACAGATTGTGAC
ACGTGGGAGGAATGGATGGGG*TGGGAAGGTGCAGGAACAAGAGGCTACTCTTCTCACGT
CAACCCTTATGCTTGAAGAACAAGAAAATGATTCGAATGCACATAAATAACATCTGAAAC
TGATGTTAATGAACGATGTAGATAGGTCTCGTGAATGGTTACTTGGAACATGTAAATAAA
AGTAGTTTCTCCAATCATGTGAATCAGTCAATAATTACCATTACTTTTAAGACTGTCAAT
GTCAAGTTCTATGATTTTTGTTAAATCAAATGTTAGACC

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL8978Contig1 874 2 4 U
GGGGATCGTCTTTACCTTTTGATCCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTCCGCTAGGTTTCTCTC
AAAGGAACAGATCCTCCATTCGTCTCAAAGTTACCTTGTGCGATGAAGACAGCTAAGGGG
AAAGGTAAAGCTAAGACCACTAAGGAAGCCTTGAAGCCAGTTGATGACAGAAAGGTGGGG
AAGAGGAAGGCACCGGCTGAGAAGCCTAGCAAGAGGGAGACTCGTAGACGAAGAAAGCCA
AGAAGGACCCCAACAAACCCAAGAGAGCTCCTAGTGCTTTCTTTGTCTTCTTAGAAGATT
TTAGGCAAACGTTCAAGAAAGAGAATCCAGATGTGAAGGCTGTCTCTGCTGTTGGGAAAG
CAGGAGGACAGAAATGGAAGTCAATGTCTCAGGCTGAAAAAGCTCCATATGAAGAGAAAG
CTGCAAAGAGGAAAGCTGAATACGAAAAGCTTATGGATGCATACAGCAAAAGCATGGAGG
AAGGGAGTGATGAATCTGAAAATTCTTTATCAGAAGTGAATGATGAAGATGAAGCTAGTG
AAGAGGAAGAGAAGGTAAAGAAGGGAAAGGCAGGTGAGGATGATGACGATGATGATGAAG
ATGACGATGATGATGAAGATGACGAGGAAGAAGACTAAACTGGAGATAGAGATCAGAGTT
TGGATCTCGAGGATAACTACAGGTTCAGAAGGCAGAAGTAAGTATATTTTGTATTTTGTG
TGTTGACAACTATAGATCGAAATGGTGTGTTGTGCTCTCCTTTTTTTTTTCTTTTCCTAA
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TACACTGTACCAATACCGGCTTTAGTGATCACCC


BQ
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AF RR3FD28TF U 1
AF RR3FD28JQ C 356
BS 1 691 RR3FD28TF
BS 692 692 RR3FD28JQ
BS 693 759 RR3FD28TF
BS 760 874 RR3FD28JQ

RD RR3FD28TF 759 0 0
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AAAGGAACAGATCCTCCATTCGTCTCAAAGTTACCTTGTGCGATGAAGACAGCTAAGGGG
AAAGGTAAAGCTAAGACCACTAAGGAAGCCTTGAAGCCAGTTGATGACAGAAAGGTGGGG
AAGAGGAAGGCACCGGCTGAGAAGCCTAGCAAGAGGGAGACTCGTAGACGAAGAAAGCCA
AGAAGGACCCCAACAAACCCAAGAGAGCTCCTAGTGCTTTCTTTGTCTTCTTAGAAGATT
TTAGGCAAACGTTCAAGAAAGAGAATCCAGATGTGAAGGCTGTCTCTGCTGTTGGGAAAG
CAGGAGGACAGAAATGGAAGTCAATGTCTCAGGCTGAAAAAGCTCCATATGAAGAGAAAG
CTGCAAAGAGGAAAGCTGAATACGAAAAGCTTATGGATGCATACAGCAAAAGCATGGAGG
AAGGGAGTGATGAATCTGAAAATTCTTTATCAGAAGTGAATGATGAAGATGAAGCTAGTG
AAGAGGAAGAGAAGGTAAAGAAGGGAAAGGCAGGTGAGGATGATGACGATGATGATGAAG
ATGACGATGATGATGAAGATGACGAGGAAGAAGACTAAACTGGAGATAGAGATCAGAGTT
TGGATCTCGAGGATAACTACAGGTTCAGAAG*CAGAAGTAAGTATATTTTGTATTTTGTG
TGTTGACAACTATAGATCGAAATGGTGTGTTGTGCTCTC

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3FD28JQ 519 0 0
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GAAAGCTGCAAAGAGGAAAGCTGAATACGAAAAGCTTATGGATGCATACAGCAAAAGCAT
GGAGGAAGGGAGTGATGAATCTGAAAATTCTTTATCAGAAGTGAATGATGAAGATGAAGC
TAGTGAAGAGGAAGAGAAGGTAAAGAAGGGAAAGGCAGGTGAGGATGATGACGATGATGA
TGAAGATGACGATGATGATGAAGATGACGAGGAAGAAGACTAAACTGGAGATAGAGATCA
GAGTTTGGATCTCGAGGATAACTACAGGTTCAGAAGGCAGAAGTAAGTATATTTTGTATT
TTGTGTGTTGACAACTATAGATCGAAATGGTGTGTTGTGCTCTCCTTTTTTTTTTCTTTT
CCTAAGAAAGCCAAACAGTTTTTTAGCGGTTCATGTAAGTTTATTTCATCTTTCTATCCA
CAACGTACACTGTACCAATACCGGCTTTAGTGATCACCC

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

CO CL8979Contig1 1077 2 2 U
GGGTTTCTTTTGGGATCTGTGTGAGTGAGAGATCTAGAGGAAGAAGGAGAAGCAAGCAAG
CAATGGCAGGCATGGGAGGAGCAGGACCAGATCACCTCTTCAACCTCCGAAACACGTTTT
ACCTCGGAGCTTATCAAACGGCGATCAACAACAGCGAGATCCCCAACCTCTCGCCGGAAG
ACGCCGTGGAACGAGACTGCCTCGTCTTCCGCTCGTACATCGCCCTCGGTAGCTATCAGC
TTGTCATCAGTGAGATCGATGAAGCCGCCGCGACTCCGTTGCAGGCAGTCAAGCTACTCG
CTATGTATCTATCGAGTCCTGATAATAAGGAATCAACCATTTCAAGCTTGAAGGAATGGT
TGGCCGATTCAACTATAGGAAACAATGCTATCTTGAGGTTGATTGCTGGTACTATTTTCA
TGCATGAGGAAGATTATAATGAAGCTTTGAAACACACTCATGCGGGAGGAACCATGGATC
TGCACGCTTTGAATGTCCAGATATTCATTAAGATGCACAGATCAGATTACGCTGAGAAGC
AGCTTAGAGTGATGCAACAGTACGACGAAGACCATACTCTCACCCAACTTGCTACCGCAT
GGTTGAACCTGGCAGTGGGTGGCTCGAAGATACAAGAAGCTCATCTCATTTTCCAGGATT
TCTCTGAGAGGTACCCGATGACATGCTTGATTTTGAATAGCAAAGCAGTTTGCTGTATGC
AAATGGGTAACTTTGATGAAGCTGAATCGCTACTACTTGAAGCACTCAACAAGGATGCTA
AAGACCCAGAAACTCTTGCAAACCTTGTGGTCTGCAGTCTCCATGTTGGCAAATCATCTT
CACGTTACTTAAGCCAGCTGAAACTATCACACCCTGAACATGTACTTGTGAAGCGTGTAT
CATCAGCCGAAGATAACTTCGAGAGAGCACTTCAATCTATCGCTTGAAGACTCTTCCATG
GTTTCAAGCTTTGCAGGATGAGTTTGCTTTACCACATATTTTCCCGGGTTCCACCAGAAC
AACCAAACCGTTTTGTCTTTTTGGAATCAGTCTATGAATCAGATTTTGCCTTTGAGT


BQ
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AF RR3DH79TF U 1
AF RR3DH79JQ C 272
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BS 620 1077 RR3DH79JQ

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CAATGGCAGGCATGGGAGGAGCAGGACCAGATCACCTCTTCAACCTCCGAAACACGTTTT
ACCTCGGAGCTTATCAAACGGCGATCAACAACAGCGAGATCCCCAACCTCTCGCCGGAAG
ACGCCGTGGAACGAGACTGCCTCGTCTTCCGCTCGTACATCGCCCTCGGTAGCTATCAGC
TTGTCATCAGTGAGATCGATGAAGCCGCCGCGACTCCGTTGCAGGCAGTCAAGCTACTCG
CTATGTATCTATCGAGTCCTGATAATAAGGAATCAACCATTTCAAGCTTGAAGGAATGGT
TGGCCGATTCAACTATAGGAAACAATGCTATCTTGAGGTTGATTGCTGGTACTATTTTCA
TGCATGAGGAAGATTATAATGAAGCTTTGAAACACACTCATGCGGGAGGAACCATGGATC
TGCACGCTTTGAATGTCCAGATATTCATTAAGATGCACAGATCAGATTACGCTGAGAAGC
AGCTTAGAGTGATGCAACAGTACGACGAAGACCATACTCTCACCCAACTTGCTACCGCAT
GGTTGAACCTGGCAGTGGG

QA 1 619 1 619
DS 

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CTTGAGGTTGATTGCTGGTACTATTTTCATGCATGAGGAAGATTATAATGAAGCTTTGAA
ACACACTCATGCGGGAGGAACCATGGATCTGCACGCTTTGAATGTCCAGATATTCATTAA
GATGCACAGATCAGATTACGCTGAGAAGCAGCTTAGAGTGATGCAACAGTACGACGAAGA
CCATACTCTCACCCAACTTGCTACCGCATGGTTGAACCTGGCAGTGGGTGGCTCGAAGAT
ACAAGAAGCTCATCTCATTTTCCAGGATTTCTCTGAGAGGTACCCGATGACATGCTTGAT
TTTGAATAGCAAAGCAGTTTGCTGTATGCAAATGGGTAACTTTGATGAAGCTGAATCGCT
ACTACTTGAAGCACTCAACAAGGATGCTAAAGACCCAGAAACTCTTGCAAACCTTGTGGT
CTGCAGTCTCCATGTTGGCAAATCATCTTCACGTTACTTAAGCCAGCTGAAACTATCACA
CCCTGAACATGTACTTGTGAAGCGTGTATCATCAGCCGAAGATAACTTCGAGAGAGCACT
TCAATCTATCGCTTGAAGACTCTTCCATGGTTTCAAGCTTTGCAGGATGAGTTTGCTTTA
CCACATATTTTCCCGGGTTCCACCAGAACAACCAAACCGTTTTGTCTTTTTGGAATCAGT
CTATGAATCAGATTTTGCCTTTGAGT

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL8980Contig1 573 2 2 U
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GACAGAGACGTGGCTGCTTCTCCGCTCCCGATGCCGCTAGACATCCTGCAGGGGAACCCA
ATCCCGCCGTTTCTTTCAAAAACATTCGAATTGGTGGATTACCCGAGTCTCGACTCGGTC
ATATCTTGGGGACTGACCGGAGCGAGCTTCGTCGTCTGGGACCCCGTGGAGTTCGCCAGA
ATCATACTCCCTCGGAATTTCAAACACAACAATTTCTCCGGCTTCGTCAGACAGCTTAAC
ACTTATGTCGGTATCTCTGTTATGTCTCTCCTTTAGTGCCGATATTATAATATGTTCCTC
TGCTTTTGTTTTGTAGATTTGGATAAGATGCTGATGATTCATGGATGTTTGTTTTTTCTT
TACCATTTGTTAACTCCTTTCCCTGTGATTTTCCTCTTTCATTTTTTTTTTGTGTATGTA
ACATGTTGTATAACTTGTTCAAACTGTTTTTTGACTGTAATTATGTTTTTGGGATTTGTG
CAATCTCTATAATGTAAATGCTACTGATTATGC


BQ
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AF RR3EO20TF U 1
AF RR3EO20JQ C 1
BS 1 533 RR3EO20TF
BS 534 573 RR3EO20JQ

RD RR3EO20TF 533 0 0
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ATCCCGCCGTTTCTTTCAAAAACATTCGAATTGGTGGATTACCCGAGTCTCGACTCGGTC
ATATCTTGGGGACTGACCGGAGCGAGCTTCGTCGTCTGGGACCCCGTGGAGTTCGCCAGA
ATCATACTCCCTCGGAATTTCAAACACAACAATTTCTCCGGCTTCGTCAGACAGCTTAAC
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TGCTTTTGTTTTGTAGATTTGGATAAGATGCTGATGATTCATGGATGTTTGTTTTTTCTT
TACCATTTGTTAACTCCTTTCCCTGTGATTTTCCTCTTTCATTTTTTTTTTGTGTATGTA
ACATGTTGTATAACTTGTTCAAACTGTTTTTTGACTGTAATTATGTTTTTGGG

QA 1 533 1 533
DS 

RD RR3EO20JQ 573 0 0
GAACCCACTCCACTCTCCATACCCATTTCGACCCGACCCGAATCCATACCTCTCCACGTC
GACAGAGACGTGGCTGCTTCTCCGCTCCCGATGCCGCTAGACATCCTGCAGGGGAACCCA
ATCCCGCCGTTTCTTTCAAAAACATTCGAATTGGTGGATTACCCGAGTCTCGACTCGGTC
ATATCTTGGGGACTGACCGGAGCGAGCTTCGTCGTCTGGGACCCCGTGGAGTTCGCCAGA
ATCATACTCCCTCGGAATTTCAAACACAACAATTTCTCCGGCTTCGTCAGACAGCTTAAC
ACTTATGTCGGTATCTCTGTTATGTCTCTCCTTTAGTGCCGATATTATAATATGTTCCTC
TGCTTTTGTTTTGTAGATTTGGATAAGATGCTGATGATTCATGGATGTTTGTTTTTTCTT
TACCATTTGTTAACTCCTTTCCCTGTGATTTTCCTCTTTCATTTTTTTTTTGTGTATGTA
ACATGTTGTATAACTTGTTCAAACTGTTTTTTGACTGTAATTATGTTTTTGGGATTTGTG
CAATCTCTATAATGTAAATGCTACTGATTATGC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL8982Contig1 709 2 3 U
AGTGAACGCAATTTGTTTACGTTAAATACAATATAAGATGATCACAAGTCAACAAAGGTT
TTAGCTTTTATAAACTATCTACATACAAAGGTTTTATTTTCACAATCAGAAAAAAAAAAA
AGAAAAAATAACCCAACACAAAAGGGAACAGTGAAACAAGTTTTTAAGATAATCTTTTAC
ATATTACCACCAAGAGAGAGAGATTAGATTCGAGCTCAGAGCTTACTAGGTTGTCTGCCA
AACAAAGAATGGCGACCTTCAGCAATAATCTCTCCGGTCATCTTGTTTCTCACAACAACG
ATCGTTCCTTTATAACCTCCTCTCTCTCCCATCACTCTCGATGTTATCTCCAGCTCCTCA
CCAAGCTTAGCTTTTGAAAGGAAAGCAATGGACATGTCCACTGAAACATTCATAGGTAAA
CCTTCCACATATACAACTGCTCCACCAACTTCATCAACAAGATTTGCAATTGCACCATTT
GCTAGATACCCTTCTCTGTCCGTCAAACGGAGAGGAACCTTGAAAGAGCAGGAAACGAAA
CCAGGGTCGACTCGGTTGACTCGGATGCCTCTGAGGCTGAAATCCTCGTAGAAGCTTCTT
CCTTTCTCTACTTTTCGGGGTGCGTCGCCGACGTCAACGTCTTCGCTCAGCTGAAGATGC
TCTCTTATTTTCTCCATTATCATTCTCTCTTCCATTTCCGTTCCTCTCC


BQ
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AF RR3BW90JQ U 40
AF RR3BW90TF C 1
BS 1 44 RR3BW90TF
BS 45 167 RR3BW90JQ
BS 168 709 RR3BW90TF

RD RR3BW90JQ 133 0 0
ATTCC
CAAGTCAACAAAGGTTTTAGCTTTTATAAACTATCTACATACAAAGGTTTTATTTTCACA
ATCAGAAAAAAAAAAAAGAAAAAATAACCCAACACAAAAGGGAACAGTGAAACAAGTTTT
TAA
AAAAA

QA 6 128 6 128
DS 

RD RR3BW90TF 709 0 0
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TTAGCTTTTATAAACTATCTACATACAAAGGTTTTATTTTCACAATCAGAAAAAAAAAAA
AGAGAAAATAACCCAACACAAAAGGTAACAGTGAAACAAGTTTTTAAGATAATCTTTTAC
ATATTACCACCAAGAGAGAGAGATTAGATTCGAGCTCAGAGCTTACTAGGTTGTCTGCCA
AACAAAGAATGGCGACCTTCAGCAATAATCTCTCCGGTCATCTTGTTTCTCACAACAACG
ATCGTTCCTTTATAACCTCCTCTCTCTCCCATCACTCTCGATGTTATCTCCAGCTCCTCA
CCAAGCTTAGCTTTTGAAAGGAAAGCAATGGACATGTCCACTGAAACATTCATAGGTAAA
CCTTCCACATATACAACTGCTCCACCAACTTCATCAACAAGATTTGCAATTGCACCATTT
GCTAGATACCCTTCTCTGTCCGTCAAACGGAGAGGAACCTTGAAAGAGCAGGAAACGAAA
CCAGGGTCGACTCGGTTGACTCGGATGCCTCTGAGGCTGAAATCCTCGTAGAAGCTTCTT
CCTTTCTCTACTTTTCGGGGTGCGTCGCCGACGTCAACGTCTTCGCTCAGCTGAAGATGC
TCTCTTATTTTCTCCATTATCATTCTCTCTTCCATTTCCGTTCCTCTCC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

CO CL8983Contig1 825 2 12 U
GGAGTGAAATCCTAACGCTCTGGCCCCATCCTTGCCTCCTCTATCATCTATCTCCCTACA
ACCACTCACTACTCTTTCTCTCTCTCTACTCCCTCACTTGTACCCATGGCGTCTTCCCAG
ATCTCATTCTCTCTGGTGTGCGTTGCTCTCCTCTTTTTCTCTATTCCTCTAAACGTCTCC
TCCATTGGCATCAACTACGGTCAGGTTGCCAACAACCTTCCTCCCCCAAAGAACGTCATC
CCTCTCCTCAAGTCTGTAGGCGCCACCAAAGTCAAGCTCTATGACGCCGATCCACAAGCC
CTCCGTGCCTTCTCCGGCTCCGGCTTCGACCTCACTGTCTCCCTTGGCAACGAGTACCTC
GCCCAGATGAAAGACACCGACAAAGCCCGTGACTGGGTGAAGCAAAACGTCCAAGCTTAC
CTCCCAGCAACCAAGATCGTTGCCATCGTGGTAGGCAACGAAGTCCTCACCTCCAACCAG
TCAGACCTTTCCGCGGCGCTCTTCCCGGCGATGCAGAGCATCCACGGTGCTCTCGTGGAC
TGTGGCCTGAACAAGAAGATCTTCGTGACCACAGCTCACTCCCTAGCCATCCTCGACGTA
TCCTACCCTCCCTCCGCCACATCATTCCGACACGACCTCCTGGGAACCCTCACTCCCATC
TTGGACTTCCACGTCAAGACTGGCTCCCCTATCCTCATCAACGCCTACCCTTTCTTCGCC
TACGAAACTAACCCAAAACACATCTCTCTCGACTTCGTCCTCTTCCAGCCAAACCAGGGC
TTCACCGATCCTGGCTCCAATTTCCACTACGACAACATGCTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE75TF U 1
AF RR3A447TF U 98
BS 1 109 RR3DE75TF
BS 110 110 RR3A447TF
BS 111 567 RR3DE75TF
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BS 632 726 RR3DE75TF
BS 727 727 RR3A447TF
BS 728 740 RR3DE75TF
BS 741 825 RR3A447TF

RD RR3DE75TF 751 0 0
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ACCACTCACTACTCTTTCTCTCTCTCTACTCCCTCACTTGTACCCATGGGGTCTTCCCAG
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CTCCGTGCCTTCTCCGGCTCCGGCTTCGACCTCACTGTCTCCCTTGGCAACGAGTACCTC
GCCCAGATGAAAGACACCGACAAAGCCCGTGACTGGGTGAAGCAAAACGTCCAAGCTTAC
CTCCCAGCAACCAAGATCGTTGCCATCGTGGTAGGCAACGAAGTCCTCACCTCCAACCAG
TCAGACCTTTCCGCGGCGCTCTTCCCGGCGATGCAGAGCATCCACGGTGCTCTCGTGGAC
TGTGGCCTGAACAAGAAGATCTTCGTGTCCACAGCTCACTCCCTAGCCATCCTCGACGTA
TCCTACCCTCCCTCCGCCACATCCTTCCGATACGACCTCCTGGGAACCCTCACTCCCATC
TTGGACTTCCACGTCAAGACTGGCTCCCCTATCCTCATCAACGCCTACCCTTTCTTCGCC
TACGAA*CTAACCCAAAACA
TCTCTCTCGAC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3A447TF 728 0 0
GGGTAT
CCATGGCGTCTTCCCAGATCTCATTCTCTCTGGTGTGCGTTGCTCTCCTCTTTTTCTCTA
TTCCTCTAAACGTCTCCTCCATTGGCATCAACTACGGTCAGGTTGCCAACAACCTTCCTC
CCCCAAAGAACGTCATCCCTCTCCTCAAGTCTGTAGGCGCCACCAAAGTCAAGCTCTATG
ACGCCGATCCACAAGCCCTCCGTGCCTTCTCCGGCTCCGGCTTCGACCTCACTGTCTCCC
TTGGCAACGAGTACCTCGCCCAGATGAAAGACACCGACAAAGCCCGTGACTGGGTGAAGC
AAAACGTCCAAGCTTACCTCCCAGCAACCAAGATCGTTGCCATCGTGGTAGGCAACGAAG
TCCTCACCTCCAACCAGTCAGACCTTTCCGCGGCGCTCTTCCCGGCGATGCAGAGCATCC
ACGGTGCTCTCGTGGACTGTGGCCTGAACAAGAAGATCTTCGTGACCACAGCTCACTCCC
TAGCCATCCTCGACGTATCCTACCCTCCCTCCGCCACATTATTCCGACACGACCTCCTGG
GAACCCTCACTCCCATCTTGGACTTCCACGTCAAGACTGGCTCCCCTATCCTCATCAACG
CCTACCCTTTCTTCGCCTACGAAACTAACCCCAAACACATCTCTCTCGACTTCGTCCTCT
TCCAGCCAAACCAGGGCTTCACCGATCCTGGCTCCAATTTCCACTACGACAACATGCTCT
TC

QA 7 728 7 728
DS 



AS 1 2

CO CL8984Contig1 1108 2 2 U
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ACTTTGAAACTGCGTTCCAGGCAGTGGAGCTTTGGTTGGTGGATAAAGCAGTATTACCGA
TAGAGAACTCAGTAGGTGGTAGTATCCACCGTAACTATGATTTGCTTCTTCGTCATAGGC
TTCACATTGTCCAAGAAGTTCATTTGCCTGTGAATCATTGTCTCCTGGGAGTGCCTGGTG
TTAGCAAAGAAGATATTAAATGCGTTCTTAGCCATCCTCAGGCGCTTGATCAATGTATGA
AGTCACTTAACGAGTTAGGCATACAGAGAGTTTCTGCAAAAGACACTGCTACTGCTGCTC
AGTGGCAAGAGGGGTATAGGAGCAGTGGCGAGTGTACGTGCTGCACATATATATGGTCTA
GATATTCTTGCCGAGAACATACAAGATGATGCTAACAATGTGACCCGCTTTCTTATACTT
GCGAGAGAGCCAATGATTCCAAGAACAGATCGACCATATAAGACAAGTATTATGTTCTCG
CTAGAAGAAGGTCCTGGTGTGCTGTTCAAGGCCTTGGCTGTTTTTGCTTTAAGAAGCATT
AACTTATCCAAGATAGAAAGTCGTCCACAAAGACGGAGACCGCTAAGAGTAGTTGATGGT
TCAAACAATGGATGCGCCGAGTACTTTGATTACTTATTCTACATTGATTTTGAAGCTTCC
ATGGCTGAAACACGTGCGCAGCACGCCCTTGGCCATCTACAGGAATTCACCAGTTTTATC
CGTATACTCGGGTGCTATCCTATGGATTTAGTATGTTAACAGAAGATAATCTCCAATTTT
GCATGTTGTCATACCGTGCAGAACCATCTGAATACAAACAAACAGATCAGAACCAGTTTT
ATGGCTTTGATATACACCAAGACTCTTCTCTCACCAGTCTCTCAACTTCCAAACTTACCT
TCAAATTCTTCATTGCTGAGACAAACAGTTAATCTTAGCTTATTGTTAAGAACATGCTTG
TACATTAAATTTAGTGTTAACAGTGAATAACTTGGTAACTGTCTGAAACCAAACCCTGCT
GTACCAAACATAATCTAATGTTTTAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AB76TF U 1
AF RR3AB76JQ C 281
BS 1 818 RR3AB76TF
BS 819 1108 RR3AB76JQ

RD RR3AB76TF 818 0 0
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TAGAGAACTCAGTAGGTGGTAGTATCCACCGTAACTATGATTTGCTTCTTCGTCATAGGC
TTCACATTGTCCAAGAAGTTCATTTGCCTGTGAATCATTGTCTCCTGGGAGTGCCTGGTG
TTAGCAAAGAAGATATTAAATGCGTTCTTAGCCATCCTCAGGCGCTTGATCAATGTATGA
AGTCACTTAACGAGTTAGGCATACAGAGAGTTTCTGCAAAAGACACTGCTACTGCTGCTC
AGTGGCAAGAGGGGTATAGGAGCAGTGGCGAGTGTACGTGCTGCACATATATATGGTCTA
GATATTCTTGCCGAGAACATACAAGATGATGCTAACAATGTGACCCGCTTTCTTATACTT
GCGAGAGAGCCAATGATTCCAAGAACAGATCGACCATATAAGACAAGTATTATGTTCTCG
CTAGAAGAAGGTCCTGGTGTGCTGTTCAAGGCCTTGGCTGTTTTTGCTTTAAGAAGCATT
AACTTATCCAAGATAGAAAGTCGTCCACAAAGACGGAGACCGCTAAGAGTAGTTGATGGT
TCAAACAATGGATGCGCCGAGTACTTTGATTACTTATTCTACATTGATTTTGAAGCTTCC
ATGGCTGAAACACGTGCGCAGCACGCCCTTGGCCATCTACAGGAATTCACCAGTTTTATC
CGTATACTCGGGTGCTATCCTATGGATTTAGTATGTTA

QA 1 818 1 818
DS 

RD RR3AB76JQ 828 0 0
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AGACACTGCTACTGCTGCTCAGTGGCAAGAGGGGTATAGGAGCAGTGGCGAGTGTACGTG
CTGCACATATATATGGTCTAGATATTCTTGCCGAGAACATACAAGATGATGCTAACAATG
TGACCCGCTTTCTTATACTTGCGAGAGAGCCAATGATTCCAAGAACAGATCGACCATATA
AGACAAGTATTATGTTCTCGCTAGAAGAAGGTCCTGGTGTGCTGTTCAAGGCCTTGGCTG
TTTTTGCTTTAAGAAGCATTAACTTATCCAAGATAGAAAGTCGTCCACAAAGACGGAGAC
CGCTAAGAGTAGTTGATGGTTCAAACAATGGATGCGCCGAGTACTTTGATTACTTATTCT
ACATTGATTTTGAAGCTTCCATGGCTGAAACACGTGCGCAGCACGCCCTTGGCCATTTAC
AGGAATTCACCAGTTTTATCCGTATACTCGGGTGCTATCCTATGGATTTAGTATGTTAAC
AGAAGATAATCTCCAATTTTGCATGTTGTCATACCGTGCAGAACCATCTGAATACAAACA
AACAGATCAGAACCAGTTTTATGGCTTTGATATACACCAAGACTCTTCTCTCACCAGTCT
CTCAACTTCCAAACTTACCTTCAAATTCTTCATTGCTGAGACAAACAGTTAATCTTAGCT
TATTGTTAAGAACATGCTTGTACATTAAATTTAGTGTTAACAGTGAATAACTTGGTAACT
GTCTGAAACCAAACCCTGCTGTACCAAACATAATCTAATGTTTTAGTG

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 2

CO CL8985Contig1 750 2 2 U
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CGGCTTAGCTAGCGAGGTTGGGTTACGTGTGTTGCTTTCTCCACTTGGTTCCAACATCGT
ACTTCGTACAGCATGCTGTTCTGTTGGCATCGGGTTGCCTGTTTACTCCACTTTCAAGGC
CATTGAAAATAGAGATCAAAACGAACAACATAAATGGCTTGTTTACTGGGCAGCTTATGG
TTCTTTCAGCCTTGTTGAAGTGTTCACGGACAAACTCATCTCTTGGTTTCCGCTTTACTA
TCATGTGAAGTTTGCGTTCCTCGTCAGGCTTCAACTTCCCACCGTAGATGGAGCGAAACA
AATATATAACAACCACCTTCGCCCTTTCCTAACACGACACCAAGCTAGATTGGATGGACT
CGTGAATGGAGTGTATGATCAAATGGTCAAGGTCATTAGGTCACACCAAGGAGAGATACG
TTTTGTGCGATCAATGATTGACAAACTCTTGGGATCATTTAATGAAGTTGCATCACCGAG
CCAACGACAAGGAGAAATCCCAAACCGTAGCACTGAACCGGAATCTGAATCCGATCATGA
AGACTAATAAAAACAACAAATGTAGTCATAGCTTTGCAGCTTTTACACACTTCTGTCAAA
ACGATTGTAATGGTCACGTAAATCTCAAATAACTTTTAGACTGGTAAACAAATAAGTGTT
GGAAAAATCTTAATCATCCGTTATAACGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
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AF RR3A375JQ C 1
AF RR3A375TF U 47
BS 1 46 RR3A375JQ
BS 47 750 RR3A375TF

RD RR3A375JQ 750 0 0
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CGGCTTAGCTAGCGAGGTTGGGTTACGTGTGTTGCTTTCTCCACTTGGTTCCAACATCGT
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CATTGAAAATAGAGATCAAAACGAACAACATAAATGGCTTGTTTACTGGGCAGCTTATGG
TTCTTTCAGCCTTGTTGAAGTGTTCACGGACAAACTCATCTCTTGGTTTCCGCTTTACTA
TCATGTGAAGTTTGCGTTCCTCGTCAGGCTTCAACTTCCCACCGTAGATGGAGCGAAACA
AATATATAACAACCACCTTCGCCCTTTCCTAACACGACACCAAGCTAGATTGGATGGACT
CGTGAATGGAGTGTATGATCAAATGGTCAAGGTCATTAGGTCACACCAAGGAGAGATACG
TTTTGTGCGATCAATGATTGACAAACTCTTGGGATCATTTAATGAAGTTGCATCACCGAG
CCAACGACAAGGAGAAATCCCAAACCGTAGCACTGAACCGGAATCTGAATCCGATCATGA
AGACTAATAAAAACAACAAATGTAGTCATAGCTTTGCAGCTTTTACACACTTCTGTCAAA
ACGATTGTAATGGTCACGTAAATCTCAAATAACTTTTAGACTGGTAAACAAATAAGTGTT
GGAAAAATCTTAATCATCCGTTATAACGAG

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3A375TF 704 0 0
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TGGGCAGCTTATGGTTCTTTCAGCCTTGTTGAAGTGTTCACGGACAAACTCATCTCTTGG
TTTCCGCTTTACTATCATGTGAAGTTTGCGTTCCTCGTCAGGCTTCAACTTCCCACCGTA
GATGGAGCGAAACAAATATATAACAACCACCTTCGCCCTTTCCTAACACGACACCAAGCT
AGATTGGATGGACTCGTGAATGGAGTGTATGATCAAATGGTCAAGGTCATTAGGTCACAC
CAAGGAGAGATACGTTTTGTGCGATCAATGATTGACAAACTCTTGGGATCATTTAATGAA
GTTGCATCACCGAGCCAACGACAAGGAGAAATCCCAAACCGTAGCACTGAACCGGAATCT
GAATCCGATCATGAAGACTAATAAAAACAACAAATGTAGTCATAGCTTTGCAGCTTTTAC
ACACTTCTGTCAAAACGATTGTAATGGTCACGTAAATCTCAAATAACTTTTAGACTGGTA
AACAAATAAGTGTTGGAAAAATCTTAATCATCCGTTATAACGAG

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL8986Contig1 1218 2 2 U
CACGAAAATGAATTAGAGACTGAAGAGAGCTTATCTGAGCTCTATGAAAGGTGGAGAAAC
CACCACTCTGTATCAAGAGCCTCCCACGAGTCAATAAAACGGTTCAACGTTTTTAGACAC
AATGTGCTTCATGTCCACAAGACAAACAAGAAAAACAAATCTTACAAACTCAAGATCAAT
AGATTCGCCGATATAACACACCACGAGTTCAGAAACTCCTACGCTGGCTCTAATGTTAAG
CATCACCGGATGCTCCGTGGACCTAAGCGCGGATCTGGTAGATTCATGTATGAGAATGTA
ACCACTGTTCCAAGTTCTGTTGATTGGAGAGGTAAAGGAGCTGTCACTGATGTCAAGAAT
CAAAAAGAATGTGGAAGTTGCTGGGCATTTTCTACAGTTGCAGCAGTAGAAGGAATAAAC
AAGATCAGAACAAACAAACTAGTTTCATTGTCCGAACAAGATCTTGTTGATTGTGATAAT
GAAGAGAATGAAGCTGTTCAGGAGGTCTTATGGAACCTGCGTTTTGATTTCATCAAGAAA
AATGGTGGTATCAAAACTGAAGAGACTTATCCTTACATTTCTGAAGACGTTGACCTCTGC
AGAGCTAAATATATTGAAAGAGAAACTGTAACGATTGACGGACACGAGCACGTCCCTGAG
AATGACGAGGAGGCACTTCTCAAAGCTGTTGCTCACCAGCCTGTCTCTGTAGCCATTGAT
GCTGGGAGCTCTGATTTCCAGCTCTACTCAGAGGGTGTGTTCACTGGAGAATGCGGGACT
CAGTTAAACCATGGAGTGGCGATTGTCGGGTACGGAGAGACGGAAAACGGAATAAAATAC
TGGATAGTGAGGAACTCATGGGGTCCTGAATGGGGAGAAGGAGGCTATGTTCGGATTGAA
AGAGGAATATCTGAGAACGAAGGACGTTGCGGTATAGCAATGGAGGCTTCTTATCCCACC
AAGCTCTCTTCTAGTTCTTCTGGAGAAATTAATACTATTCATGAGCCAATAGCTCCTGAT
GCTGTTAAAGACGAACTCTAGAGATTGTGAGTGATGATTCATTAAGGTGGGACGTCAAGG
ATTCATATATTGTGGAAGATATATTAATATAAATAATATGTCGATCCCACTTTTGAGTTT
GTTATTGCATGTGTTTTATATCTTATTTCATGGGTTTTTTCCTTTAAAATACCATGTTGA
CACCTTCTTTCTTACTCC


BQ
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AF RR3AY30TF U 1
AF RR3AY30JQ C 596
BS 1 748 RR3AY30TF
BS 749 1218 RR3AY30JQ

RD RR3AY30TF 748 0 0
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CACCACTCTGTATCAAGAGCCTCCCACGAGTCAATAAAACGGTTCAACGTTTTTAGACAC
AATGTGCTTCATGTCCACAAGACAAACAAGAAAAACAAATCTTACAAACTCAAGATCAAT
AGATTCGCCGATATAACACACCACGAGTTCAGAAACTCCTACGCTGGCTCTAATGTTAAG
CATCACCGGATGCTCCGTGGACCTAAGCGCGGATCTGGTAGATTCATGTATGAGAATGTA
ACCACTGTTCCAAGTTCTGTTGATTGGAGAGGTAAAGGAGCTGTCACTGATGTCAAGAAT
CAAAAAGAATGTGGAAGTTGCTGGGCATTTTCTACAGTTGCAGCAGTAGAAGGAATAAAC
AAGATCAGAACAAACAAACTAGTTTCATTGTCCGAACAAGATCTTGTTGATTGTGATAAT
GAAGAGAATGAAGCTGTTCAGGAGGTCTTATGGAACCTGCGTTTTGATTTCATCAAGAAA
AATGGTGGTATCAAAACTGAAGAGACTTATCCTTACATTTCTGAAGACGTTGACCTCTGC
AGAGCTAAATATATTGAAAGAGAAACTGTAACGATTGACGGACACGAGCACGTCCCTGAG
AATGACGAGGAGGCACTTCTCAAAGCTGTTGCTCACCAGCCTGTCTCTGTAGCCATTGAT
GCTGGGAGCTCTGATTTCCAGCTCTACT

QA 1 748 1 748
DS 

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CTGAGAATGACGAGGAGGCACTTCTCAAAGCTGTTGCTCACCAGCCTGTCTCTGTAGCCA
TTGATGCTGGGAGCTCTGATTTCCAGCTCTACTCAGAGGGTGTGTTCACTGGAGAATGCG
GGACTCAGTTAAACCATGGAGTGGCGATTGTCGGGTACGGAGAGACGGAAAACGGAATAA
AATACTGGATAGTGAGGAACTCATGGGGTCCTGAATGGGGAGAAGGAGGCTATGTTCGGA
TTGAAAGAGGAATATCTGAGAACGAAGGACGTTGCGGTATAGCAATGGAGGCTTCTTATC
CCACCAAGCTCTCTTCTAGTTCTTCTGGAGAAATTAATACTATTCATGAGCCAATAGCTC
CTGATGCTGTTAAAGACGAACTCTAGAGATTGTGAGTGATGATTCATTAAGGTGGGACGT
CAAGGATTCATATATTGTGGAAGATATATTAATATAAATAATATGTCGATCCCACTTTTG
AGTTTGTTATTGCATGTGTTTTATATCTTATTTCATGGGTTTTTTCCTTTAAAATACCAT
GTTGACACCTTCTTTCTTACTCC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

CO CL8987Contig1 1159 2 2 U
GCTTGGGGATTTGTATTTTGAAGGGAAAGAATTTGAGGTTAAACTGAGGGAAACGAAACC
AGGAACATTGTCACATGACTTGAAAGAAGCTCTTGGTATGGCTGAAGGTGCTTCTCCCCC
ATGGCTAATCAATCTGCAGCGATATGGTCCTCCCCCTTCTTACCCACATCTGAAAATTCC
TGGTCTTAATGCTCCTATTCCGCATGGAGCTAGCTTTGGTTATCATGCTGGTGGCTGGGG
GAAACCTCCAGTTGATGAATTTGGACGTCCATTGTATGGAGATGTCTTTGGCGTCCAGCA
ACAAGATCAGCCCAATTATGAGGATGAGCCTATTGATAAGAGTATGCACTGGGGTGATTT
GGAGGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGAACAAGAAGAGGAGATGGATGAAGA
AGAACTAGAAGACGGCATGGAATCGGTCGATACACTGTCAAGCACTCCAACTGGCATTGA
AACACCGGATGCAATTGAGCTTCGTAAGGAACAGAGAAAGGAACCCGATAGGGCTCTATA
TCAGGTACTTGAAGAGAAGGGAGAGAGTGTTGCTCCTGGAACAGTGCTGGGAACCACACA
CACATACGTCATTAAAACTGGTACTCAGGACAAGCCGGGAGCTAAAAGGGTTGATTTGCT
TAAAGGACAAAAGACAGATCGTGTGGATGTCAGCCTACAGCCAGAAGAGTTGGAAGCCTT
GGAGAATGTTTTACCTGCCAAGTATGAGGAGGCGAGAGAAGAGGAGAAACTTCGCAATAA
GCCAGAGGACTTCAGTGACATGGTCGCAGAGAATTCGAAGAAAAGGAAGCGTGATAAGGA
AGGAAAGAAGAAGAAAGATTTCAAATTTTGAGAAAGCTTTTCAATTCATGGAAGAACTCC
GGAATCTGGACGTGTGTGTGTGAGAGAGTGATTCATTTTCCTGAGAATGTGTTTTTAGCT
TTTACATAAGCTGAAGGAGGGGAAGGCAGATGCGTAGAAGATATCTTTGAGTTTATAAAA
ACCTATAAATGTTATGGATTTTAAATGCTATGTTACCTGAAATAAATAAAAACACTTGTT
TGCACAAATTTTAAGTTTAAAGCCTGAATTGTAAAAGTGAAAGAGTAAGCAACATCGTTT
TTGTTGAGATCTTTCCATG


BQ
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AF RR3AX09TF U 1
AF RR3AX09JQ C 334
BS 1 815 RR3AX09TF
BS 816 1159 RR3AX09JQ

RD RR3AX09TF 815 0 0
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AGGAACATTGTCACATGACTTGAAAGAAGCTCTTGGTATGGCTGAAGGTGCTTCTCCCCC
ATGGCTAATCAATCTGCAGCGATATGGTCCTCCCCCTTCTTACCCACATCTGAAAATTCC
TGGTCTTAATGCTCCTATTCCGCATGGAGCTAGCTTTGGTTATCATGCTGGTGGCTGGGG
GAAACCTCCAGTTGATGAATTTGGACGTCCATTGTATGGAGATGTCTTTGGCGTCCAGCA
ACAAGATCAGCCCAATTATGAGGATGAGCCTATTGATAAGAGTATGCACTGGGGTGATTT
GGAGGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAAGAACAAGAAGAGGAGATGGATGAAGA
AGAACTAGAAGACGGCATGGAATCGGTCGATACACTGTCAAGCACTCCAACTGGCATTGA
AACACCGGATGCAATTGAGCTTCGTAAGGAACAGAGAAAGGAACCCGATAGGGCTCTATA
TCAGGTACTTGAAGAGAAGGGAGAGAGTGTTGCTCCTGGAACAGTGCTGGGAACCACACA
CACATACGTCATTAAAACTGGTACTCAGGACAAGCCGGGAGCTAAAAGGGTTGATTTGCT
TAAAGGACAAAAGACAGATCGTGTGGATGTCAGCCTACAGCCAGAAGAGTTGGAAGCCTT
GGAGAATGTTTTACCTGCCAAGTATGAGGAGGCGAGAGAAGAGGAGAAACTTCGCAATAA
GCCAGAGGACTTCAGTGACATGGTCGCAGAGAATT

QA 1 815 1 815
DS 

RD RR3AX09JQ 826 0 0
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AGAACAAGAAGAGGAGATGGATGAAGAAGAACTAGAAGACGGCATGGAATCGGTCGATAC
ACTGTCAAGCACTCCAACTGGCATTGAAACACCGGATGCAATTGAGCTTCGTAAGGAACA
GAGAAAGGAACCCGATAGGGCTCTATATCAGGTACTTGAAGAGAAGGGAGAGAGTGTTGC
TCCTGGAACAGTGCTGGGAACCACACACACATACGTCATTAAAACTGGTACTCAGGACAA
GCCGGGAGCTAAAAGGGTTGATTTGCTTAAAGGACAAAAGACAGATCGTGTGGATGTCAG
CCTACAGCCAGAAGAGTTGGAAGCCTTGGAGAATGTTTTACCTGCCAAGTATGAGGAGGC
GAGAGAAGAGGAGAAACTTCGCAATAAGCCAGAGGACTTCAGTGACATGGTCGCAGAGAA
TTCGAAGAAAAGGAAGCGTGATAAGGAAGGAAAGAAGAAGAAAGATTTCAAATTTTGAGA
AAGCTTTTCAATTCATGGAAGAACTCCGGAATCTGGACGTGTGTGTGTGAGAGAGTGATT
CATTTTCCTGAGAATGTGTTTTTAGCTTTTACATAAGCTGAAGGAGGGGAAGGCAGATGC
GTAGAAGATATCTTTGAGTTTATAAAAACCTATAAATGTTATGGATTTTAAATGCTATGT
TACCTGAAATAAATAAAAACACTTGTTTGCACAAATTTTAAGTTTAAAGCCTGAATTGTA
AAAGTGAAAGAGTAAGCAACATCGTTTTTGTTGAGATCTTTCCATG

QA 1 826 1 826
DS 



AS 1 2

CO CL8988Contig1 1066 2 4 U
GGGCTAGGGAGTTCGAGAAACAGGTTGCTTTTCTTGGAGAAGGAGTGTCTCTGGAGGCCA
AGTTGATAAGTAGGAAGGAAGCGGCTTTGCGCCAAAGAGAGGCTGCTCTTAAGGCTGCTA
ACGATAAAGAAGATGAGAAGAAGGAGGAGCTTGTTTCCCTCCGTTCAGAAATTCAGATCC
TGAAGGATGAGGCTGTAAAAGCTGCGGAACGGCTTCAAGAAGCAGAGTCAGAAGCAAATG
ATCTTCGTACAATGACTCAACGAACGGTTTTAACAGAAGACGAAATGGAGGAAGTAGCCT
TGAGGAGATGCTGGCTTGCCCGGTATTGGGGTTTGGCAGTGCAGCATGGCATTTGTGCTG
ATATAGCATCATCCAGGCATGAAAAGTGGTCTGCTCTGGCTCCTCTTCCATTTGAGCTGG
TCATATCTGCTGCACAAAGGGCCAAAGAGTTGTCTGGAAATCAAGGTGGGAGTGATGAGA
GCAAAACTGAAAGCTTTGTAAATGAGCTAACTGGAGAAGGCAATATCGAAAGTATGCTTT
CAGTTGAGATGGGTTTGAGAGAGCTAGCATCCTTAAAGGTTGAGGATGCTGTTATGCTTG
CACTCTCCGAGAATAGAACACCGAGTTTTGTTCGTCAAGAGTCCAAAGGGAATAGAGAAC
TCAAGTTTGTAGAAGCATATGAACTAAAAGAAAGTGAACAAGAAGATGTTGCCTTTAAGC
AGGCATGGCTGTTGTACTTCTGGGCTAGAGCCAAGTTGCTCGGTGTGGAAGAAGACATTG
CTGATGAACGTCTCCAATTTTGGATCAGCCGTAGCAGCGGAGAAACACCTCCAACCTCTC
ACGATGCTGTCGACGTGGACCGAGGTATGCTAGAGCTAAGGAAACTCGGAATAGAGCAAC
AACTATGGGAAGCTTGTCGCAAAGAAACCGAACAGCTTCATCCATCTTCTTCTCCTACCT
CTACTCTCGCAAACCTCGACACTTAGTTTATCATAGATTATCATAACTTGTATGGGGAGA
AACAAAACATAACATTATTGTATCATCATTTTAAAGTCTTGAAACC


BQ
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AF RR3AI49TF U 1
AF RR3AI49JQ C 320
BS 1 833 RR3AI49TF
BS 834 834 RR3AI49JQ
BS 835 862 RR3AI49TF
BS 863 1066 RR3AI49JQ

RD RR3AI49TF 862 0 0
GGGCTAGGGAGTTCGAGAAACAGGTTGCTTTTCTTGGAGAAGGAGTGTCTCTGGAGGCCA
AGTTGATAAGTAGGAAGGAAGCGGCTTTGCGCCAAAGAGAGGCTGCTCTTAAGGCTGCTA
ACGATAAAGAAGATGAGAAGAAGGAGGAGCTTGTTTCCCTCCGTTCAGAAATTCAGATCC
TGAAGGATGAGGCTGTAAAAGCTGCGGAACGGCTTCAAGAAGCAGAGTCAGAAGCAAATG
ATCTTCGTACAATGACTCAACGAACGGTTTTAACAGAAGACGAAATGGAGGAAGTAGCCT
TGAGGAGATGCTGGCTTGCCCGGTATTGGGGTTTGGCAGTGCAGCATGGCATTTGTGCTG
ATATAGCATCATCCAGGCATGAAAAGTGGTCTGCTCTGGCTCCTCTTCCATTTGAGCTGG
TCATATCTGCTGCACAAAGGGCCAAAGAGTTGTCTGGAAATCAAGGTGGGAGTGATGAGA
GCAAAACTGAAAGCTTTGTAAATGAGCTAACTGGAGAAGGCAATATCGAAAGTATGCTTT
CAGTTGAGATGGGTTTGAGAGAGCTAGCATCCTTAAAGGTTGAGGATGCTGTTATGCTTG
CACTCTCCGAGAATAGAACACCGAGTTTTGTTCGTCAAGAGTCCAAAGGGAATAGAGAAC
TCAAGTTTGTAGAAGCATATGAACTAAAAGAAAGTGAACAAGAAGATGTTGCCTTTAAGC
AGGCATGGCTGTTGTACTTCTGGGCTAGAGCCAAGTTGCTCGGTGTGGAAGAAGACATTG
CTGATGAACGTCTCCAATTTTGGATCAGCCGTAGCAGCGGAGAAACACCTCCA*CCTCTC
ACGATGCTGTCGACGTGGACCG

QA 1 862 1 862
DS 

RD RR3AI49JQ 747 0 0
CCGGTATTGGGGTTTGGCAGTGCAGCATGGCATTTGTGCTGATATAGCATCATCCAGGCA
TGAAAAGTGGTCTGCTCTGGCTCCTCTTCCATTTGAGCTGGTCATATCTGCTGCACAAAG
GGCCAAAGAGTTGTCTGGAAATCAAGGTGGGAGTGATGAGAGCAAAACTGAAAGCTTTGT
AAATGAGCTAACTGGAGAAGGCAATATCGAAAGTATGCTTTCAGTTGAGATGGGTTTGAG
AGAGCTAGCATCCTTAAAGGTTGAGGATGCTGTTATGCTTGCACTCTCCGAGAATAGAAC
ACCGAGTTTTGTTCGTCAAGAGTCCAAAGGGAATAGAGAACTCAAGTTTGTAGAAGCATA
TGAACTAAAAGAAGGTGAACAAGAAGATGTTGCCTTTAAGCAGGCATGGCTGTTGTACTT
CTGGGCTAGAGCCAAGTTGCTCGGTGTGGAAGAAGACATTGCTGATGAACGTCTCCAATT
TTGGATCAGCCGTAGCAGCGGAGAAACACCTCCAACCTCTCACGATGCTGTCGACGTGGA
CCGAGGTATGCTAGAGCTAAGGAAACTCGGAATAGAGCAACAACTATGGGAAGCTTGTCG
CAAAGAAACCGAACAGCTTCATCCATCTTCTTCTCCTACCTCTACTCTCGCAAACCTCGA
CACTTAGTTTATCATAGATTATCATAACTTGTATGGGGAGAAACAAAACATAACATTATT
GTATCATCATTTTAAAGTCTTGAAACC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL8989Contig1 888 2 2 U
AGAAATATGACTCGAGCTCCTTGGATGTTGATCTCCCTGAGGTTTATAAATCTAGCCTCT
TTGTGAATAAGGCAAAGAAAGAGGTTTCTTTGTTTTCATGCTTGGAAGCCTTTATAGCAG
AAGAGCCTCTCGGACCAGAGGATATGTGGTACTGTCCCGCTTGCAAAGAACACAGGCAAG
CGAAGAAGAAGCTGGACTTGTGGAAGCTGCCAGAGATTCTTGTGGTCCACCTCAAACGGT
TCACGTACAGCAGATTCTTGATGAATAAGATTGATAAACTCGTGAATTTCCCGATTCACG
ATCTGGATTTGAGCAAGTACGTGATGAATAAAGATGGTCAGTCGTGTCTTTACGAGCTGT
ACGCGGTTAGCAATCATTACGGTGGTTTGGGAGGTGGCCACTACACTGCTTGCGCAAAGC
TGATGGATGAGAACAAGTGGTACGACTTTGATGACAGCCGTGTTTCACCCATAGATGAAT
CCGAGATCAAGACTTCGGCTGCTTATGTTCTGTTCTATCGAAGAGTGAAAAGGGAATCAA
CGTCATCATATATGGATCTAGATTAGTTGAAACAAAGCTTTTCATTCTTCAGGATTCATG
ACAACAGTTGCTTCTTTTCTCAAGATTCGTTCATTGGTCCTATGATTAAAAAAGGAGTTT
AGATTGTTTGATTAGAAAAATTTTGGGCAAACAAGTTTCTAGGCGGGGGAGAATTGGCAT
ATTGTTGTTCTTACCTATGTTAACTAGTTACTACAGGTTTTTAATGTTTAACTGATGATT
TGGTCTGAATGGCTAATGTTTTACCGAGGAAGGACAAGAAACCTCTTATGTCTTGGGTAT
ACAAGAACTAAAAGAGAATGCTTTTTTAATAATTATGATTTTATTATG


BQ
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AF RR3CI52TF U 1
AF RR3CI52JQ C 113
BS 1 646 RR3CI52TF
BS 647 888 RR3CI52JQ

RD RR3CI52TF 648 0 0
AGAAATATGACTCGAGCTCCTTGGATGTTGATCTCCCTGAGGTTTATAAATCTAGCCTCT
TTGTGAATAAGGCAAAGAAAGAGGTTTCTTTGTTTTCATGCTTGGAAGCCTTTATAGCAG
AAGAGCCTCTCGGACCAGAGGATATGTGGTACTGTCCCGCTTGCAAAGAACACAGGCAAG
CGAAGAAGAAGCTGGACTTGTGGAAGCTGCCAGAGATTCTTGTGGTCCACCTCAAACGGT
TCACGTACAGCAGATTCTTGATGAATAAGATTGATAAACTCGTGAATTTCCCGATTCACG
ATCTGGATTTGAGCAAGTACGTGATGAATAAAGATGGTCAGTCGTGTCTTTACGAGCTGT
ACGCGGTTAGCAATCATTACGGTGGTTTGGGAGGTGGCCACTACACTGCTTGCGCAAAGC
TGATGGATGAGAACAAGTGGTACGACTTTGATGACAGCCGTGTTTCACCCATAGATGAAT
CCGAGATCAAGACTTCGGCTGCTTATGTTCTGTTCTATCGAAGAGTGAAAAGGGAATCAA
CGTCATCATATATGGATCTAGATTAGTTGAAACAAAGCTTTTCATTCTTCAGGATTCATG
ACAACAGTTGCTTCTTTTCTCAAGATTCGTTCATTGGTCCTATGAT
AA

QA 1 646 1 646
DS 

RD RR3CI52JQ 776 0 0
TATAGCAGAAGAGCCTCTCGGACCAGAGGATATGTGGTACTGTCCCGCTTGCAAAGAACA
CAGGCAAGCGAAGAAGAAGCTGGACTTGTGGAAGCTGCCAGAGATTCTTGTGGTCCACCT
CAAACGGTTCACGTACAGCAGATTCTTGATGAATAAGATTGATAAACTCGTGAATTTCCC
GATTCACGATCTGGATTTGAGCAAGTACGTGATGAATAAAGATGGTCAGTCGTGTCTTTA
CGAGCTGTACGCGGTTAGCAATCATTACGGTGGTTTGGGAGGTGGCCACTACACTGCTTG
CGCAAAGCTGATGGATGAGAACAAGTGGTACGACTTTGATGACAGCCGTGTTTCACCCAT
AGATGAATCCGAGATCAAGACTTCGGCTGCTTATGTTCTGTTCTATCGAAGAGTGAAAAG
GGAATCAACGTCATCATATATGGATCTAGATTAGTTGAAACAAAGCTTTTCATTCTTCAG
GATTCATGACAACAGTTGCTTCTTTTCTCAAGATTCGTTCATTGGTCCTATGATTAAAAA
AGGAGTTTAGATTGTTTGATTAGAAAAATTTTGGGCAAACAAGTTTCTAGGCGGGGGAGA
ATTGGCATATTGTTGTTCTTACCTATGTTAACTAGTTACTACAGGTTTTTAATGTTTAAC
TGATGATTTGGTCTGAATGGCTAATGTTTTACCGAGGAAGGACAAGAAACCTCTTATGTC
TTGGGTATACAAGAACTAAAAGAGAATGCTTTTTTAATAATTATGATTTTATTATG

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL8990Contig1 995 2 2 U
GGAAACTTAACTGAATCTCGGAGCTTCCTCTTCAGAATCTCCGCCACTTGTAAAAATGGA
AACGTCGCCTCAATTCATGCTTATCTTCGCCGTCGTTATATCTTCCCTCATCGCCTTCCG
ATCTTACAAGCGGAAGTCGCTCAACCTCTCCGGCGGAGTTGCTGGATTCCTCGTCATGAC
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GTCGAAGCTTACCAAGGTTGGAGAAGATAAGAAACGACGCGTTGATGTTGAGTTCAAGGA
AGGTGGCCAAAGGAACTGGATACAAGTGCTTTGCAATAGTGGAATTGCATCGGTTCTAGT
TGTAATTGCCTCTACTTTAACGGGATGGCAGGACACGTGTCTGGACTCTAAGCAGTCAGA
GATTGTAACGGCTCTTATTGGTGGGATCATCGGCCATTACGCATGCTGTAATGGTGACAC
CTGGTCCTCGGAGCTTGGGGTGCTTAGCGATGCCCAGCCTCGATTAATCACAACGCTAAA
GCCTGTGAAGAAGGGCACAAATGGTGGAGTTACAAAGGCAGGACTCTTAGCTGCTGTGGC
AGCCGGCGCCACTGTGGGAGTAACATTCCTTGTGTTTGGACTGTTTACTGTGAGATGTAC
AAGTGATGTGGCTCTCAAGCAACTCTTAGTGATTCCAGTCTCTGCAGTAGCTGGGTTATG
TGGGAGTCTTATTGATTCCGTGCTTGGAGCAACTATCCAGTTCAGTGGCTTCTGTACTGT
GCGGAACAAGGTTGTAGGGAAACCAGGGCCGACCGTAAAGAAGATATCAGGTGTGGACAC
TCTTGACAACAACGGTGTGAACTTTGTCTCCATACTTTTGACATCTTTCTTAACTTCCAT
TGCTTCTGTGTACATTTTCTGAATTGCTGAAGCTAATCATGTTGTTTACATCTTTTTAAT
CCTTTGTTTTGGGTATATATACATTTTATATTGGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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BS 733 995 RR3DP74JQ

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TGGTGGGATCATCGGCCATTACGCATGCTGTAATGGTGACACCTGGTCCTCGGAGCTTGG
GGTGCTTAGCGATGCCCAGCCTCGATTAATCACAACGCTAAAGCCTGTGAAGAAGGGCAC
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AGTAACATTCCTTGTGTTTGGACTGTTTACTGTGAGATGTACAAGTGATGTGGCTCTCAA
GCAACTCTTAGTGATTCCAGTCTCTGCAGTAGCTGGGTTATGTGGGAGTCTTATTGATTC
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GAAACCAGGGCCGACCGTAAAGAAGATATCAGGTGTGGACACTCTTGACAACAACGGTGT
GAACTTTGTCTCCATACTTTTGACATCTTTCTTAACTTCCATTGCTTCTGTGTACATTTT
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ATACATTTTATATTGGT

QA 1 797 1 797
DS 



AS 1 2

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ATGTTTAATATTGAACATAACTTAACAACCCTAGCAAGGGAGATT


BQ
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GAAATGAAACAAGGCGAAGCTGGAGTTGAAATTGTCTTTCAGATGAAGGAATGTATAAAA
CGCAGTTGATATTGAACTTTTTTTTTTCAACTGCAACCCTGAATAATGCAAAATGGCTCT
GCTTCTCTTTTTTATTATATTTTTTTGCTCAAGACATTGTTTTTTTTTTTTTGTCATCTG
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DS 

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CAAAATGGCTTTGCTTTTTTTTTTTATTATATTTTTTTGCTCAAGACATTGTTTTTTTTT
TTTTGTCATCTGATGTTTAATATTGAACATAACTTAACAACCCTAGCAAGGGGGATT

QA 1 477 1 477
DS 



AS 1 2

CO CL8992Contig1 653 2 9 U
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ATCTCTTTCTGTGCGTTTTTGAGAGTGTTATGGCGATGATGGCGATGAAAATCCGTAACT
CTGCTTCGCGGCGAACGACTAGCCGTCAGATCTCCACGGGTTTGAGATCCATGTCGTCGT
GGTGGAAGAACGTGGAGCCAGCTCCCAAAGATCCGATCCTCGGTGTCACGGAGGCTTTTC
TCGCGGATCCTAGTCCCGATAAAGTTAACGTTGGTGTGGGAGCATATCGTGATGATAATG
GGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCCGAGAAGCTGAGCGTAGAATTGCTGGCGCCTCCT
TCATGGAGTATCTTCCTATGGGAGGGAGTGTCGAAATGGTGGAGGAGACATTGAAGCTTG
CCTATGGGAAAAACTCTGAGTTTATCAAAGACAAAAGGATTGCTGCTGTTCAGTCTCTCT
CTGGAACTGGTGCTTGCCGACTCTTTGCTGACTTCCAGAAACGTTTCCGTCCCGATTCCC
AGATCTACATTCCTGTACCTACCTGGTCCAACCACCACAACATCTGGAGAGATGCACAAG
TCCCTCAAAAGACATACCATTACTATCATCCAGAAACCAAGGGCTTGGACTTC


BQ
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AF RR3AS73TF U 1
AF RR3BV92TF U 88
BS 1 273 RR3AS73TF
BS 274 274 RR3BV92TF
BS 275 430 RR3AS73TF
BS 431 431 RR3BV92TF
BS 432 451 RR3AS73TF
BS 452 452 RR3BV92TF
BS 453 548 RR3AS73TF
BS 549 549 RR3BV92TF
BS 550 653 RR3AS73TF

RD RR3AS73TF 653 0 0
GGTCCTCATCTGCCCTTCACTTCACACGAGTCGCCACCTCCTCCTCCTCCTTTCATATAA
ATCTCTTTCTGTGCGTTTTTGAGAGTGTTATGGCGATGATGGCGATGAAAATCCGTAACT
CTGCTTCGCGGCGAACGACTAGCCGTCAGATCTCCACGGGTTTGAGATCCATGTCGTCGT
GGTGGAAGAACGTGGAGCCAGCTCCCAAAGATCCGATCCTCGGTGTCACGGAGGCTTTTC
TCGCGGATCCTAGTCCCGATAAAGTTAACGTTGTTGTGGGAGCATATCGTGATGATAATG
GGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCCGAGAAGCTGAGCGTAGAATTGCTGGCGCCTCCT
TCATGGAGTATCTTCCTATGGGAGGGAGTGTCGAAATGGTGGAGGAGACATTGAAGCTTG
CCTATGGGAAGAACTCTGAGTTTATCAAAGATAAAAGGATTGCTGCTGTTCAGTCTCTCT
CTGGAACTGGTGCTTGCCGACTCTTTGCTGACTTCCAGAAACGTTTCCGTCCCGATTCCC
AGATCTACGTTCCTGTACCTACCTGGTCCAACCACCACAACATCTGGAGAGATGCACAAG
TCCCTCAAAAGACATACCATTACTATCATCCAGAAACCAAGGGCTTGGACTTC

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3BV92TF 566 0 0
GG
ATGGCGATGATGGCGATGAAAATCCGTAACTCTGCTTCGCGGCGAACGACTAGCCGTCAG
ATCTCCACGGGTTTGAGATCCATGTCGTCGTGGTGGAAGAACGTGGAGCCAGCTCCCAAA
GATCCGATCCTCGGTGTCACGGAGGCTTTTCTCGCGGATCCTAGTCCCGATAAAGTTAAC
GTTGGTGTGGGAGCATATCGTGATGATAATGGGAAGCCTGTTGTCTTGGAATGTGTCCGA
GAAGCTGAGCGTAGAATTGCTGGCGCCTCCTTCATGGAGTATCTTCCTATGGGAGGGAGT
GTCGAAATGGTGGAGGGGACATTGAAGCTTGCCTATGGGAAAAACTCTGAGTTTATCAAA
GACAAAAGGATTGCTGCTGTTCAGTCTCTCTCTGGAACTGGTGCTTGCCGACTCTTTGCT
GACTTCCAGAAACGTTTCCGTCCCGATTCCCAGATCTACATTCCTGTACCTACCTGGTCC
AACCACCACAACATCTGGAGAGATGCACAAGTCCCTCAGAAGACATACCATTATTATCAT
CCAGAAACCAAGGGCTTGGACTTC

QA 3 566 3 566
DS 



AS 1 2

CO CL8993Contig1 890 2 12 U
GGGCAGAGAGAGTAAGCTTAAAAAATCTAAGCAACCTTCTCCTCATGGAGTCCCTCACAT
CATCAAATCCTTCCTTCTCTCCTTTTTTCTCAAAAAGCTTATCTCTTTACCCTTCTTCTT
CCCCTCTCTCCTTCCTTAACCTACCCTCTATCCACAAACTCGAACCTCCCAAATGCTCCA
AACCATCCTCCAATCCCCAACCCGATTTCAATCCAAAGCTAAACCCTTTCCGCGTACTGC
GCCCAATCATCCGAACCTTCAAAGGTCTGGTCTCCTCTCAGTCCCGGCAATGGACGTCGC
GTTTCCGAGCCTACAGGGACGACACGGCGGCGTTCTCGGAACACTTTCTCCCCGGAGAGG
ATTTGAACCGGAGCGGCGGTCTAGGGATCGCCCTCTTGAGCGTCACGGCTTCCGCCAAGG
TAAAGATCAGTCCTTTCGTGGCGACGCTGTCGGCGAACCCGACGTTCGTGTCGGCGGTGT
TCGCGTGGTTCTTCGCGCAGACGAGTAAGATGGTTATCAATTTCTTCGCATTCGGTTTTG
TGTATGGCTTTGACGACGTCTGTTGCGCTTTGTCATGGGGTTGCGGACTCGTTGTTTCCT
GTTTGTTTGGGGTTTAGTTTGATTGTGATGTATGATGCTATTGGTGTTCGACGCCATGCC
GGTATGCAAGCTGAGGTACTGAATTTGATCATAAGGGACTTGTTCGAAGGACATCCCATC
AGTCAAAGAAAGCTAAAAGAATTGCTCGGTCACACTCCTTCGCAGGTTCTTGCAGGAGCA
TTAGTTGGTATTGTGATTGCATGCTATTCATCAATAGAGAAAACTCTTGCTTCTTCTTTC
TGTTTATTTTTTGTTTTGAGTTTATGTAATCTCCAGAAAATACAATGAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DG76TF U 1
AF RR3DG76JQ C 135
BS 1 675 RR3DG76TF
BS 676 676 RR3DG76JQ
BS 677 696 RR3DG76TF
BS 697 697 RR3DG76JQ
BS 698 709 RR3DG76TF
BS 710 710 RR3DG76JQ
BS 711 730 RR3DG76TF
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BS 732 737 RR3DG76TF
BS 738 738 RR3DG76JQ
BS 739 757 RR3DG76TF
BS 758 890 RR3DG76JQ

RD RR3DG76TF 757 0 0
GGGCAGAGAGAGTAAGCTTAAAAAATCTAAGCAACCTTCTCCTCATGGAGTCCCTCACAT
CATCAAATCCTTCCTTCTCTCCTTTTTTCTCAAAAAGCTTATCTCTTTACCCTTCTTCTT
CCCCTCTCTCCTTCCTTAACCTACCCTCTATCCACAAACTCGAACCTCCCAAATGCTCCA
AACCATCCTCCAATCCCCAACCCGATTTCAATCCAAAGCTAAACCCTTTCCGCGTACTGC
GCCCAATCATCCGAACCTTCAAAGGTCTGGTCTCCTCTCAGTCCCGGCAATGGACGTCGC
GTTTCCGAGCCTACAGGGACGACACGGCGGCGTTCTCGGAACACTTTCTCCCCGGAGAGG
ATTTGAACCGGAGCGGCGGTCTAGGGATCGCCCTCTTGAGCGTCACGGCTTCCGCCAAGG
TAAAGATCAGTCCTTTCGTGGCGACGCTGTCGGCGAACCCGACGTTCGTGTCGGCGGTGT
TCGCGTGGTTCTTCGCGCAGACGAGTAAGATGGTTATCAATTTCTTCGCATTCGGTTTTG
TGTATGGCTTTGACGACGTCTGTTGCGCTTTGTCATGGGGTTGCGGACTCGTTGTTTCCT
GTTTGTTTGGGGTTTAGTTTGATTGTGATGTATGATGCTATTGGTGTTCGACGCCATGCC
GGTATGCAAGCTGAG*TACTGAATTTGATCATAAGG*ACTTGTTCGAAG*ACATCCCATC
AGTCAAAGAA*GCTAAA*GAATTGCTCGGTCACACTC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3DG76JQ 756 0 0
TCTT
ACCTACCCTCTATCCACAAACTCGAACCTCCCAAATGCTCCAAACCATCCTCCAATCCCC
AACCCGATTTCAATCCAAAGCTAAACCCTTTCCGCGTACTGCGCCCAATCATCCGAACCT
TCAAAGGTCTGGTCTCCTCTCAGTCCCGGCAATGGACGTCGCGTTTCCGAGCCTACAGGG
ACGACACGGCGGCGTTCTCGGAACACTTTCTCCCCGGAGAGGATTTGAACCGGAGCGGCG
GTCTAGGGATCGCCCTCTTGAGCGTCACGGCTTCCGCCAAGGTAAAGATCAGTCCTTTCG
TGGCGACGCTGTCGGCGAACCCGACGTTCGTGTCGGCGGTGTTCGCGTGGTTCTTCGCGC
AGACGAGTAAGATGGTTATCAATTTCTTCGCATTCGGTTTTGTGTATGGCTTTGACGACG
TCTGTTGCGCTTTGTCATGGGGTTGCGGACTCGTTGTTTCCTGTTTGTTTGGGGTTTAGT
TTGATTGTGATGTATGATGCTATTGGTGTTCGACGCCATGCCGGTATGCAAGCTGAGGTA
CTGAATTTGATCATAAGGGACTTGTTCGAAGGACATCCCATCAGTCAAAGAAAGCTAAAA
GAATTGCTCGGTCACACTCCTTCGCAGGTTCTTGCAGGAGCATTAGTTGGTATTGTGATT
GCATGCTATTCATCAATAGAGAAAACTCTTGCTTCTTCTTTCTGTTTATTTTTTGTTTTG
AGTTTATGTAATCTCCAGAAAATACAATGAGA

QA 5 756 5 756
DS 



AS 1 2

CO CL8994Contig1 764 2 4 U
GATGGCGGCTATGGATGGTCCTCTTGAACCATCTTTAACTGCTAGAGATGCCCCTAATGA
TCCTGCTTTTGTCAACTTCTTTAAATCTGCGTTGTCTCTCGGGAAGAGTGGGAATTCAAG
TGGACCACCATACCAATCATCAGCAACTCCTCTACAACCTCACCAACCCACCGTTGCGCC
TCATGCACCTCCACAGAAAATATCACCACAGCCTCTGCAATCCTCCTCTCCTATCATGCC
TCACTTTGAGTACAACCCTGATCTTATCAATAGCAACCCCAGCGTTCAGATCGATCTGGT
GACGCCGTCCTCGTTCTTTGCACCCCCACGGACGATGACACAACCACACCTTGTTCCTAC
TAGTTCATCTACCCCCACTGCGCCTCCTCTGAACTTTAATAATGCGACTCACCATCAGCA
GCGCCAGCATGGTACTCCGATGCTCCAGCCTTTCCCACCACCAAATCCACCACCCTCACT
CGCTCCTCCTGCACAAAGTGTCCCAGTTATCAACAGAGACAAAGTCAAACAAGCTCTTTT
GACGCTGGTTCAGGAGAATGAATTCATCGACATGGTGACCCGAGCTTTACAAAATGCACA
TCAACCATGAAGCTGAGTAGGGTTGGGCGTGGGAACAGTGGCGGTTTGGTGTAGAATGTG
TAGTTAAAACGTATTTTAGTTCTCTTTGAATACCTTTGAACAAAGTCTTGTCAGAACCTC
TAACAGGAAGAAGTTATAGAAGAGACTTGCATTGCTCCCTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DH90TF U 1
AF RR3DH90JQ C 70
BS 1 668 RR3DH90TF
BS 669 669 RR3DH90JQ
BS 670 699 RR3DH90TF
BS 700 764 RR3DH90JQ

RD RR3DH90TF 699 0 0
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TCCTGCTTTTGTCAACTTCTTTAAATCTGCGTTGTCTCTCGGGAAGAGTGGGAATTCAAG
TGGACCACCATACCAATCATCAGCAACTCCTCTACAACCTCACCAACCCACCGTTGCGCC
TCATGCACCTCCACAGAAAATATCACCACAGCCTCTGCAATCCTCCTCTCCTATCATGCC
TCACTTTGAGTACAACCCTGATCTTATCAATAGCAACCCCAGCGTTCAGATCGATCTGGT
GACGCCGTCCTCGTTCTTTGCACCCCCACGGACGATGACACAACCACACCTTGTTCCTAC
TAGTTCATCTACCCCCACTGCGCCTCCTCTGAACTTTAATAATGCGACTCACCATCAGCA
GCGCCAGCATGGTACTCCGATGCTCCAGCCTTTCCCACCACCAAATCCACCACCCTCACT
CGCTCCTCCTGCACAAAGTGTCCCAGTTATCAACAGAGACAAAGTCAAACAAGCTCTTTT
GACGCTGGTTCAGGAGAATGAATTCATCGACATGGTGACCCGAGCTTTACAAAATGCACA
TCAACCATGAAGCTGAGTAGGGTTGGGCGTGGGAACAGTGGCGGTTTGGTGTAGAATGTG
TAGTTAAA*CGTATTTTAGTTCTCTTTGAATACCTTTGA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3DH90JQ 695 0 0
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ATACCAATCATCAGCAACTCCTTTACAACCTCACCAACCCACCGTTGCGCCTCATGCACC
TCCACAGAAAATATCACCACAGCCTCTGCAATCCTCCTCTCCTATCATGCCTCACTTTGA
GTACAACCCTGATTTTATCAATAGCAACCCCAGCGTTCAGATCGATCTGGTGACGCCGTC
CTCGTTCTTTGCACCCCCACGGACGATGACACAACCACACCTTGTTCCTACTAGTTCATC
TACCCCCACTGCGCCTCCTTTGAACTTTAATAATGCGACTCACCATCAGCAGCGCCAGCA
TGGTACTCCGATGCTCCAGCCTTTCCCACCACCAAATCCACCACCCTCACTCGCTCCTCC
TGCACAAAGTGTCCCAGTTATCAACAGAGACAAAGTCAAACAAGCTCTTTTGACGCTGGT
TCAGGAGAATGAATTCATCGACATGGTGACCCGAGCTTTACAAAATGCACATCAACCATG
AAGCTGAGTAGGGTTGGGCGTGGGAACAGTGGCGGTTTGGTGTAGAATGTGTAGTTAAAA
CGTATTTTAGTTCTCTTTGAATACCTTTGAACAAAGTCTTGTCAGAACCTCTAACAGGAA
GAAGTTATAGAAGAGACTTGCATTGCTCCCTTGTT

QA 1 695 1 695
DS 



AS 1 2

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AGTTTTGATTTCTGTTTGAGTCTACAATGAGAATAGATCAGATGATGAGATGATAACTGC
AACAATATGAACTTGATGATTCTTAGTATTTAAGTCTCTGATGATCAATATTTTACAATG
TGATCTTCCTCTTTTTTTTTTGTTATGTGTGTGTTGGTTTCGATTTGAAGGATAAGAGAA
AGAAGAGAGATATGATGAGCAACTAAATTGGTCCGTGTTTCTGATTAACCGTGACCGAAA
ACTTTCTTAACCAAACTCTGATCTCTCAACCATCTTCCTTCCTTTTAAACTATAAATTTT
GATTTATATGTTAGTTGCTGCGGTGATGATTTTATGAAAATATTCACATGTCAGACTTCA
GAGATTCTTGACGAATCGGTGAGAATGAATTCATAACGATCTGAGCAAAGACTTAGTGTT
TTGCACAGGCCTCATAGAAAGCTTTCAAGCTTCCAAGCGTTCAAGTTGGAATTGGACAAG
AACAAGTTCGAGTTAATCACTTTGAGAATATGATAATTGCCGTATCAGAAAGAATAATAA
AACAAACTTAACATTGCTGAATTATATCAATCTTGGAAGTCTAATACATAGTTGTTTGAA
GTATTGAGTTAATCACCTTTAACAACATTACAATTGCAATGATTGATAAAAGATCAGTGT
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ACGGTTATGGTAGTTTATGGATTCAAATGTTATCCTGTCTTCAAAGCAGCCACTGATATG
ATGGAATAAATTAGCGGTTTCTTTTTAAATTGAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B688TF U 1
AF RR3B688JQ C 81
BS 1 780 RR3B688TF
BS 781 935 RR3B688JQ

RD RR3B688TF 780 0 0
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TGATCTTCCTCTTTTTTTTTTGTTATGTGTGTGTTGGTTTCGATTTGAAGGATAAGAGAA
AGAAGAGAGATATGATGAGCAACTAAATTGGTCCGTGTTTCTGATTAACCGTGACCGAAA
ACTTTCTTAACCAAACTCTGATCTCTCAACCATCTTCCTTCCTTTTAAACTATAAATTTT
GATTTATATGTTAGTTGCTGCGGTGATGATTTTATGAAAATATTCACATGTCAGACTTCA
GAGATTCTTGACGAATCGGTGAGAATGAATTCATAACGATCTGAGCAAAGACTTAGTGTT
TTGCACAGGCCTCATAGAAAGCTTTCAAGCTTCCAAGCGTTCAAGTTGGAATTGGACAAG
AACAAGTTCGAGTTAATCACTTTGAGAATATGATAATTGCCGTATCAGAAAGAATAATAA
AACAAACTTAACATTGCTGAATTATATCAATCTTGGAAGTCTAATACATAGTTGTTTGAA
GTATTGAGTTAATCACCTTTAACAACATTACAATTGCAATGATTGATAAAAGATCAGTGT
TTTTTTTTTTGCCTTTTATGTTAAATTATTATGTGTCAACAAAGATCTACAACAATCTCC

QA 1 780 1 780
DS 

RD RR3B688JQ 855 0 0
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ATCTCTCAACCATCTTCCTTCCTTTTAAACTATAAATTTTGATTTATATGTTAGTTGCTG
CGGTGATGATTTTATGAAAATATTCACATGTCAGACTTCAGAGATTCTTGACGAATCGGT
GAGAATGAATTCATAACGATCTGAGCAAAGACTTAGTGTTTTGCACAGGCCTCATAGAAA
GCTTTCAAGCTTCCAAGCGTTCAAGTTGGAATTGGACAAGAACAAGTTCGAGTTAATCAC
TTTGAGAATATGATAATTGCCGTATCAGAAAGAATAATAAAACAAACTTAACATTGCTGA
ATTATATCAATCTTGGAAGTCTAATACATAGTTGTTTGAAGTATTGAGTTAATCACCTTT
AACAACATTACAATTGCAATGATTGATAAAAGATCAGTGTTTTTTTTTTTGCCTTTTATG
TTAAATTATTATGTGTCAACAAAGATCTACAACAATCTCCGAAGAGGATCAAGAGCCCGT
TTGTCAAGACCGCAGCGGCAAAACTAGAAATACCCTATGGACGGTTATGGTAGTTTATGG
ATTCAAATGTTATCCTGTCTTCAAAGCAGCCACTGATATGATGGAATAAATTAGCGGTTT
CTTTTTAAATTGAGA

QA 1 855 1 855
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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GGGTCTTTTTTTCTTGTTCTTCTTTTTGTCTTTCTTCTTGTTTTTCTTCCCATCTTCACC
CTCTCCGCCTTCATCTTTGTTTTGGTTCTCTTCTTCACTACCATTTTCTCCCTCGGTGTC
TTTTCCATTCTTAGTTTTCTTGTCCTTGGACTTGCCTTCCTCTCCTTCAACTCCTGGTTC
TTCAAATGTAATATCTCTAAACAACGCTTCTTCAACTTCTTTGTTATCTTTTTCACCTTT
CTCCTTCTTCTTTTTTTTGCTTCTTTTCTCCTTCATCCTCATCAGTCTCCTTCGTCTTCG
CCTTATCTTTACTCTTCTTCTTTCCCTCCTTATGATCTTCTTTCTTCTCCCCTTCTTCTT
CTCCATGCTCATCCTTCTCTCCTTTCTTCACCTTCTTTGATTCTTCTTTCAGTTTCTTCT
TGTCTTTTCCGTCTGCACCTGATTCATCCTTATCTTTCTTCTTCTTTTTATTACTTTCTT
CTTCTTCTAAATCCTCTTTTTGTTGTGATAAATCCTCATCTTTCTTCTCCTTACCTTTCT
TTTTCTTCTTGTGTTCCTTCTCTGTTTCTTCATCTTTTACATCAGAATCTTTCTTCTCTT
TTTTCTTCTTTCCTTCAATTTTTTCCTCAGGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A929TF C 1
AF RR3A929JQ U 2
BS 1 6 RR3A929TF
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TTTTCCATTCTTAGTTTTCTTGTCCTTGGACTTGCCTTCCTCTCCTTCAGCTCCTGGTTC
TTCAAATGTAATATCTCTAAACAACGCTTCTTCAACTTCTTTGTTATCTTTTTCACCTTT
CTCCTTCTTCTTTTTTTTGCTTCTTTTCTCCTTCATCCTCATCAGTCTCCTTCGTCTTCG
CCTTATCTTTACTCTTCTTCTTTCCCTCCTTATGATCTTCTTTCTTCTCCCCTTCTTCTT
CTCCATGCTCATCCTTCTCTCCTTTCTTCACCTTCTTTGATTCTTCTTTCAGTTTCTTCT
TGTCTTTTCCGTCTGCACCTGATTCATCCTTATCTTTCTTCTTCTTTTTATTACTTTCTT
CTTCTTCTAAATCCTCTTTTTGTTGTGATACATCCTCATCTTTCTTCTCCTTACCTTTCT
TTTTCTTCTTGTGTTCCTTCTCTGTTTCTTCATCTTTTACATCAGAGTCTTTCTTCTCTT
TTTTCTTCTTTCCTTCAATTTTTTCCTCAGGCC

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3A929JQ 632 0 0
GGGTC
TTTTTTCTTGTTCTTCTTTTTGTCTTTCTTCTTGTTTTTCTTCCCATCTTCACCCTCTCC
GCCTTCATCTTTGTTTTGGTTCTCTTCTTCACTACCATTTTCTCCCTCGGTGTCTTTTCC
ATTCTTAGTTTTCTTGTCCTTGGACTTGCCTTCCTCTCCTTCAACTCCTGGTTCTTCAAA
TGTAATATCTCTAAACAACGCTTCTTCAACTTCTTTGTTATCTTTTTCACCTTTCTCCTT
CTTCTTTTTTTTGCTTCTTTTCTCCTTCATCCTCATCAGTCTCCTTCGTCTTCGCCTTAT
CTTTACTCTTCTTCTTTCCCTCCTTATGATCTTCTTTCTTCTCCCCTTCTTCTTCTCCAT
GCTCATCCTTCTCTCCTTTCTTCACCTTCTTTGATTCTTCTTTCAGTTTCTTCTTGTCTT
TTCCGTCTGCACCTGATTCATCCTTATCTTTCTTCTTCTTTTTATTACTTTCTTCTTCTT
CTAAATCCTCTTTTTGTTGTGATAAATCCTCATCTTTCTTCTCCTTACCTTTCTTTTTCT
TCTTGTGTTCCTTCTCTGTTTCTTCATCTTTTACATCAGAATCTTTCTTCTCTTTTTTCT
TCTTTCCTTCAATTTTTTCCTCAGGCC

QA 6 632 6 632
DS 



AS 1 2

CO CL8998Contig1 703 2 2 U
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TGATGTTCCCCATGTGAACCGTATTGATTACCAGTTGATTGATATCTCTGAGGATGGCTT
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TAATCTGAGCGCTCTGATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTTGTGGTGTCTGT
CATGTCTTCAATGGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTA
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ATAAGAACCAAAAACCTGTTTTTTCCTTTTTCTAATTTAGATCATTTGTGTTGTGTTTCT
TGTTGCAAGACAACCATTATCTATTATTGGTTTTGGATTGCCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F936TF U 1
AF RR3F936JQ C 87
BS 1 689 RR3F936TF
BS 690 703 RR3F936JQ

RD RR3F936TF 689 0 0
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TGATGTTCCCCATGTGAACCGTATTGATTACCAGTTGATTGATATCTCTGAGGATGGCTT
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TAATCTGAGCGCTCTGATGAAGAGTGGATTCGAGGAGGGAAAGGATGTTGTGGTGTCTGT
CATGTCTTCAATGGGAGAGGAGCAGATCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTA
AACCCAGTATCAATTCTCTTTACCCTGAGAGGATAATATTATTACCAGTGGTCAAATGTT
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TGTTGCAAGACAACCATTATCTATTATTG

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3F936JQ 617 0 0
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TCTGTGCCGTCAAGGAAGTTGGTGGTGGCAAGTAAACCCAGTATCAATTCTCTTTACCCT
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TTTTTTTAATTTAGATCATTTGTGTTGTGTTTCTTGTTGCAAGACAACCATTATCTATTA
TTGGTTTTGGATTGCCT

QA 1 617 1 617
DS 



AS 1 2

CO CL8999Contig1 808 2 2 U
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GCTGCTAGAAGCACCAATAAACAAAATAAGAGCAAAATGAATAGACAAAAATCGAGGACA
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GACCCTAAATGCATCTTTTTTCTCCCCTGGCTGGTTATACCTTACTCGCCGGCTTTCTCA
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AATTTAGGGTTTGGTTCGATTTCCGGTTCAGCATTTGGGTTTGACTGGAGTTCGAGTGTA
GCTTTGGGGTTCTGTTCGGGCTCCTCCGGTTCAGCCACAGGTTTTGTTTCAGATTTGGGA
GATTCGGTCTTATCATGATGGAACTTAACAACAATGCACGTGATGTTGTCCGCGCTGCCA
CGAGTGAAGGCTGTGTCCGTTAACTTGCGGGCCGCTGCCACAGGCTCCTCTTCGCTCTGA
GCAAGGGATACCGCATCCTCGTTTGTTACCACATCCCATAGACCATCACTTGCAAGCACA
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GTTCCTGCCCACATGATAACACCGCCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GN66JQ U 1
AF RR3CN16JQ U 61
BS 1 419 RR3GN66JQ
BS 420 808 RR3CN16JQ

RD RR3GN66JQ 419 0 0
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GACCCTAAATGCATCTTTTTTCTCCCCTGGCTGGTTATACCTTACTCGCCGGCTTTCTCA
CCCTTCGTCTCTGGTTCAGTTTCCGGTTTAGTATAGGTTATAGCATCAGGTTTTATTTCA
AATTTAGGGTTTGGTTCGATTTCCGGTTCAGCATTTGGGTTTGACTGGAGTTCGAGTGT

QA 1 419 1 419
DS 

RD RR3CN16JQ 748 0 0
GCTGCTAGAAGCACCAATAAACAAAATAAGAGCAAAATGAATAGACAAAAATCGAGGACA
GGTCGAAGCCAGGCATGTGCATATGCAACACAAATCCTCAAACGTTACAGGTAGCCACAA
AGCACACGACTACTAAACCAATTAAATATTTATCTGTCTATCTGCACATGCCTCATTTTC
GACCCTAAATGCATCTTTTTTCTCCCCTGGCTGGTTATACCTTACTCGCCGGCTTTCTCA
CCCTTCGTCTCTGGTTCAGTTTCCGGTTTAGTATCGGTTATAGCATCAGGTTTTATTTCA
GATTTAGGGTTTGGTTCGGTTTCCGGTTCAGCATTTGGGTTTGACTGGAGTTCGAGTGTA
GCTTTGGGGTTCTGTTCGGGCTCCTCCGGTTCAGCCACAGGTTTTGTTTCAGATTTGGGA
GATTCGGTCTTATCATGATGGAACTTAACAACAATGCACGTGATGTTGTCCGCGCTGCCA
CGAGTGAAGGCTGTGTCCGTTAACTTGCGGGCCGCTGCCACAGGCTCCTCTTCGCTCTGA
GCAAGGGATACCGCATCCTCGTTTGTTACCACATCCCATAGACCATCACTTGCAAGCACA
AGAAACTCAGCCTCGTGATCTATCTCTAGATCTTGTATCTCGGGTTCAGCAACAACGAAT
TGCTTCAGCAGTCTGTTTCCAAAAGCCCGGGACATTGCCAAGACTCCACCTACCCTCCAT
GTTCCTGCCCACATGATAACACCGCCAG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL9000Contig1 1056 2 6 U
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TGATTGCATTGAGCCACTTTCCGACAAAGATAATGGAAGACGAGGCTTTACTGAAACAAG
GTGTTTCAGAGACAACAGAACTGAGTATCAAGTACCGAATCCAGAAGAAATCAATGATCA
TAGATGTCATGAAAGACCTCACACGAAGGATTAAGTTACTATCAGCTCAGGAGACACCAA
GTGCTTCATAAATGATGATAAGCATCATCTTGTAAGTTCTCCAGGCTTTGCTTAAAACCT
CAGTTTCCCAAAAAAAAAATTCTGTATAAGATTGTTCACTTTTGAAAACATATAGAGATC
GAGCGTTTTCTATGAACTAGTTGGTTCAAAGATTAGAAGGGAATGCAAAAGATGTGTTGA
TAAATGGTATTAAACAGGAGACTCATGATATTAACGAAAGATATCTACATTGAAAGACAA
AAGAGAAAGCCTAAGTACGCACGCAGAGAATAACCTATTTCCATCTCTCTTTTTACCTAT
TTGACGATTTCTTCATCCATTCTTTTATTATTTGATCATTGTTTTCAGCTTACAATAGAG
TTTTTAATCAAAAAACAATTTAAACAAAAATCAGTTTGAAAGAAGATAAATAGTAACAAG
ATATAACAAAAAAAAAACAATACACCACATCTGAAATCTGTCTGTATGAAAAGAGTAAAC
ATTCTGTGTTTTTTTTTTGTTGTTGTGTAGGACTCTTTTAACTCTTTCTTGCGAGTTCTC
TGCCAAATCCATCATTGGCTGGTTACACCAATCTGTACTTTTCAATAGTCTAGAGATTTT
CCTCACTAGAAATGAACAGGCTTTAAATTTTTAGAAAGTCCATCTATCTATCTTATCAAT
GCTGTTCTAGAGAAATCTGTCTGTATGAAAAGAGTAAACATTCTGTGTTTTTTTTTTTTC
TGTTGTTGTGTAGGACTCGGTGGCATTTTGATCTTCAAGAACAATCACAAAGTATAAAAC
TTTTTTAAAAGTTAACCGCTTGAAAAAGCCAGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A392TF U 1
AF RR3A392JQ C 233
BS 1 824 RR3A392TF
BS 825 825 RR3A392JQ
BS 826 841 RR3A392TF
BS 842 842 RR3A392JQ
BS 843 852 RR3A392TF
BS 853 1056 RR3A392JQ

RD RR3A392TF 852 0 0
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GTGTTTCAGAGACAACAGAACTGAGTATCAAGTACCGAATCCAGAAGAAATCAATGATCA
TAGATGTCATGAAAGACCTCACACGAAGGATTAAGTTACTATCAGCTCAGGAGACACCAA
GTGCTTCATAAATGATGATAAGCATCATCTTGTAAGTTCTCCAGGCTTTGCTTAAAACCT
CAGTTTCCCAAAAAAAAAATTCTGTATAAGATTGTTCACTTTTGAAAACATATAGAGATC
GAGCGTTTTCTATGAACTAGTTGGTTCAAAGATTAGAAGGGAATGCAAAAGATGTGTTGA
TAAATGGTATTAAACAGGAGACTCATGATATTAACGAAAGATATCTACATTGAAAGACAA
AAGAGAAAGCCTAAGTACGCACGCAGAGAATAACCTATTTCCATCTCTCTTTTTACCTAT
TTGACGATTTCTTCATCCATTCTTTTATTATTTGATCATTGTTTTCAGCTTACAATAGAG
TTTTTAATCAAAAAACAATTTAAACAAAAATCAGTTTGAAAGAAGATAAATAGTAACAAG
ATATAACAAAAAAAAAACAATACACCACATCTGAAATCTGTCTGTATGAAAAGAGTAAAC
ATTCTGTGTTTTTTTTTTGTTGTTGTGTAGGACTCTTTTAACTCTTTCTTGCGAGTTCTC
TGCCAAATCCATCATTGGCTGGTTACACCAATCTGTACTTTTCA*TAGTCTAGAGATTTT
C*TCACTAGAAA

QA 1 852 1 852
DS 

RD RR3A392JQ 824 0 0
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TAAAACCTCAGTTTCCCAAAAAAAAAATTCTGTATAAGATTGTTCACTTTTGAAAACATA
TAGAGATCGAGCGTTTTCTATGAACTAGTTGGTTCAAAGATTAGAAGGGAATGCAAAAGA
TGTGTTGATAAATGGTATTAAACAGGAGACTCATGATATTAACGAAAGATATTTACATTG
AAAGACAAAAGAGAAAGCCTAAGTACGCACGCAGAGAATAACCTATTTCCATCTCTCTTT
TTACCTATTTGACGATTTTTTCATCCATTCTTTTATTATTTGATCATTGTTTTCAGCTTA
CAATAGAGTTTTTAATCAAAAAACAATTTAAACAAAAATCAGTTTGAAAGAAGATAAATA
GTAACAAGATATAACAAAAAAAAAACAATACACCACATTTGAAATCTGTCTGTATGAAAA
GAGTAAACATTCTGTGTTTTTTTTTTGTTGTTGTGTAGGACTCTTTTAACTCTTTCTTGC
GAGTTTTCTGCCAAATCCATCATTGGCTGGTTACACCAATCTGTACTTTTCAATAGTCTA
GAGATTTTCCTCACTAGAAATGAACAGGCTTTAAATTTTTAGAAAGTCCATCTATCTATC
TTATCAATGCTGTTCTAGAGAAATCTGTCTGTATGAAAAGAGTAAACATTCTGTGTTTTT
TTTTTTTCTGTTGTTGTGTAGGACTCGGTGGCATTTTGATCTTCAAGAACAATCACAAAG
TATAAAACTTTTTTAAAAGTTAACCGCTTGAAAAAGCCAGTTTC

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

CO CL9001Contig1 633 2 2 U
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CATGTACTGTTAGGTAGAAGGGAAACCAGACGTTCTTTTGATGAATCATTACATCTGTAA
ATAGAAAAAGCCAGCTTTTGATCAGATGTTTCAGACGATTTGATGTACTTCTTTCTCTCA
ATTTAAAGTAAAGAGACTCACATGTTTTGGTTTTCCAAAATGTTGGGGAAAAATCCCATT
TAGTACACGACTTTCTAAATTATGTCCTGAAGGCTTGTGATAACTTCACCTAAGAAAGTT
TTTATGTTCTAATCTTGTGTCTCTGAGTTCGAAAAAAATATTATTATTTTTAAAAAAATT
ATTTGGTTTCTTGCATTGTGCAAATTTAATCTGTGAAATTATTTTCAATGTTTTGACAGT
ATGCAAGATACCATAGATCGTTATCTGAGGCATACCAAGGATCAAGTCAGCAGCAAACCG
GTTTCTGAAGAAAATATGCAGGTTAATTATGATATTTTGTGCCAATTTTTAATACAAAAA
TAAATTGGCATAAGAAATAGTAGTATCATACATAGTCTGTATTTAATCTCAACGTCACAT
ATTAGTAGTCAATGTCTCTTCTGTCAAGCCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A479TF C 1
AF RR3A479JQ U 39
BS 1 38 RR3A479TF
BS 39 633 RR3A479JQ

RD RR3A479TF 633 0 0
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CATGTACTGTTAGGTAGAAGGGAAACCAGACGTTCTTTTGATGAATCATTACATCTGTAA
ATAGAAAAAGCCAGCTTTTGATCAGATGTTTCAGACGATTTGATGTACTTCTTTCTCTCA
ATTTAAAGTAAAGAGACTCACATGTTTTGGTTTTCCAAAATGTTGGGGAAAAATCCCATT
TAGTACACGACTTTCTAAATTATGTCCTGAAGGCTTGTGATAACTTCACCTAAGAAAGTT
TTTATGTTCTAATCTTGTGTCTCTGAGTTCGAAAAAAATATTATTATTTTTAAAAAAATT
ATTTGGTTTCTTGCATTGTGCAAATTTAATCTGTGAAATTATTTTCAATGTTTTGACAGT
ATGCAAGATACCATAGATCGTTATCTGAGGCATACCAAGGATCAAGTCAGCAGCAAACCG
GTTTCTGAAGAAAATATGCAGGTTAATTATGATATTTTGTGCCAATTTTTAATACAAAAA
TAAATTGGCATAAGAAATAGTAGTATCATACATAGTCTGTATTTAATCTCAACGTCACAT
ATTAGTAGTCAATGTCTCTTCTGTCAAGCCACC

QA 1 633 1 633
DS 

RD RR3A479JQ 595 0 0
TTGAGAATAAGAAACAAGTTATCATGTACTGTTAGGTAGAAGGGAAACCAGACGTTCTTT
TGATGAATCATTACATCTGTAAATAGAAAAAGCCAGCTTTTGATCAGATGTTTCAGACGA
TTTGATGTACTTCTTTCTCTCAATTTAAAGTAAAGAGACTCACATGTTTTGGTTTTCCAA
AATGTTGGGGAAAAATCCCATTTAGTACACGACTTTCTAAATTATGTCCTGAAGGCTTGT
GATAACTTCACCTAAGAAAGTTTTTATGTTCTAATCTTGTGTCTCTGAGTTCGAAAAAAA
TATTATTATTTTTAAAAAAATTATTTGGTTTCTTGCATTGTGCAAATTTAATCTGTGAAA
TTATTTTCAATGTTTTGACAGTATGCAAGATACCATAGATCGTTATCTGAGGCATACCAA
GGATCAAGTCAGCAGCAAACCGGTTTCTGAAGAAAATATGCAGGTTAATTATGATATTTT
GTGCCAATTTTTAATACAAAAATAAATTGGCATAAGAAATAGTAGTATCATACATAGTCT
GTATTTAATCTCAACGTCACATATTAGTAGTCAATGTCTCTTCTGTCAAGCCACC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

CO CL9002Contig1 1362 2 6 U
GAGCCAAAGTATGGAGGCCGAAGAAAAATACTGTCTCGGTTGGTACTGTTTCAAGTGTTA
TTGGAAAGGAGTATGCTAGAAGAACCGAGCCTACATCAAACGCTCGCCAAGAAGCAACTA
AACCGATGAAGATAGACGCAAGGGATATTCCTGAAACTGAGATATGGAGTGAAGAAGAAT
TGCCAAAAAGCAATAAGGGAAAAGTAAGCAGAGCACCAACTGATGTTGAGGAATTTATTG
CTAGTATGCTCGGAGAAGGCTTCCAAGCTAGCCCAGAGGTTATTCAACAGATTCTTGGCG
TTTGCGGATATGATGTGGTGAAGAGTACGGAGAAACTACTAGACTTGTCTGATACCAAGA
AGCATGCTGATGTTGGAATCTCTAATGAAGTAACGTCAAAGGTTGATCCTCAAAGACATG
AATCCATGCCCTGCAACCAAGTGGAAGAGCTGCAAGATTTTTCTCAGAGTGGTGAAGCAA
GAGCCCTAACAGGTTCACAGCACGGAGGCAAGAACAATAACGGTCTTGAAAAGGAAGTCT
TAGAAGCTTGGTTCTCTGGTGCTGAAAAACATGAAGAAGTACCAAAAATAACTAGGCGAA
TTAGAGAGAGGAGAGCAAGAGTTGCTGGTCCTCCTGTTTTTGAACCTCTGGAAGACCCTT
TACAAGAGAGAGTAGTTACTGTGATACAATCGTCTAATACAGCTAAAGAAGATGAAGATG
ACGAAAATGAATACAAGGCACATCGTAAAGCAGTGCACGAGAATTTGCAGGAGATGAAAG
AATACTACGGAGCTGCTGTAGAAGCATTCTCCAAAGGAGAAACCGAGCGAGCACACAGGC
TCGTGGAGAAGGGACACTTTTTCGGACAAAAAGCTAGGGAGGCAGATGACAGATCCATGG
CAAAGATGCTTCAAGTCAAGGAAGACGATGGTTCGGCTTACAAGGAAGACGAGGTCGTGA
CGGTAAATGTGAATGAACGTGAACCAAGGGAAGCTCTTCGTCTTCTCAAGCTCCAGCTTA
GGAACTTTTCTGGCATTCCATCTATCAAGTACCTCAGAGTCAAATTGGGTGACAACAAGG
AAGATTCCAAATGCAAACGAAGGTTTACGGCAATTGCCAAGTTGCTTGCGGGAGAATCCA
TTGCTTGGTCTGAAGAAGATAATGGCCTCGTGATGATGATTCGTGTTGATGAGGTTATCC
CTGAGAAGTTGAGTTTTGCCAAGAAATAAGAACACACCCATTAGTTCTAAATCTTTTGCT
TCATTCTATCAAAATTTTGAGTGCACTGTTTCAAACTACTCCATTCGTTATGTAACCAAA
ACAAAGAAGCATTTTGGCAGAAATATAATATTTTGGTTTCAG


BQ
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AF RR3H153TF U 1
AF RR3H153JQ C 556
BS 1 643 RR3H153TF
BS 644 644 RR3H153JQ
BS 645 696 RR3H153TF
BS 697 697 RR3H153JQ
BS 698 706 RR3H153TF
BS 707 1362 RR3H153JQ

RD RR3H153TF 722 0 0
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TTGGAAAGGAGTATGCTAGAAGAACCGAGCCTACATCAAACGCTCGCCAAGAAGCAACTA
AACCGATGAAGATAGACGCAAGGGATATTCCTGAAACTGAGATATGGAGTGAAGAAGAAT
TGCCAAAAAGCAATAAGGGAAAAGTAAGCAGAGCACCAACTGATGTTGAGGAATTTATTG
CTAGTATGCTCGGAGAAGGCTTCCAAGCTAGCCCAGAGGTTATTCAACAGATTCTTGGCG
TTTGCGGATATGATGTGGTGAAGAGTACGGAGAAACTACTAGACTTGTCTGATACCAAGA
AGCATGCTGATGTTGGAATCTCTAATGAAGTAACGTCAAAGGTTGATCCTCAAAGACATG
AATCCATGCCCTGCAACCAAGTGGAAGAGCTGCAAGATTTTTCTCAGAGTGGTGAAGCAA
GAGCCCTAACAGGTTCACAGCACGGAGGCAAGAACAATAACGGTCTTGAAAAGGAAGTCT
TAGAAGCTTGGTTCTCTGGTGCTGAAAAACATGAAGAAGTACCAAAAATAACTAGGCGAA
TTAGAGAGAGGAGAGCAAGAGTTGCTGGTCCTCCTGTTTTTGACCCTCTGGAAGACCCTT
TACAAGAGAGAGTAGTTACTGTGATACAATCGTCTA*TACAGCTAA
GAAGATGAGATGACGA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3H153JQ 807 0 0
CTGGTGCTGAAAAACATGAAGAAGTACCAAAAATAACTAGGCGAATTAGAGAGAGGAGAG
CAAGAGTTGCTGGTCCTCCTGTTTTTGAACCTCTGGAAGACCCTTTACAAGAGAGAGTAG
TTACTGTGATACAATCGTCTAATACAGCTAAAGAAGATGAAGATGACGAAAATGAATACA
AGGCACATCGTAAAGCAGTGCACGAGAATTTGCAGGAGATGAAAGAATACTACGGAGCTG
CTGTAGAAGCATTCTCCAAAGGAGAAACCGAGCGAGCACACAGGCTCGTGGAGAAGGGAC
ACTTTTTCGGACAAAAAGCTAGGGAGGCAGATGACAGATCCATGGCAAAGATGCTTCAAG
TCAAGGAAGACGATGGTTCGGCTTACAAGGAAGACGAGGTCGTGACGGTAAATGTGAATG
AACGTGAACCAAGGGAAGCTCTTCGTCTTCTCAAGCTCCAGCTTAGGAACTTTTCTGGCA
TTCCATCTATCAAGTACCTCAGAGTCAAATTGGGTGACAACAAGGAAGATTCCAAATGCA
AACGAAGGTTTACGGCAATTGCCAAGTTGCTTGCGGGAGAATCCATTGCTTGGTCTGAAG
AAGATAATGGCCTCGTGATGATGATTCGTGTTGATGAGGTTATCCCTGAGAAGTTGAGTT
TTGCCAAGAAATAAGAACACACCCATTAGTTCTAAATCTTTTGCTTCATTCTATCAAAAT
TTTGAGTGCACTGTTTCAAACTACTCCATTCGTTATGTAACCAAAACAAAGAAGCATTTT
GGCAGAAATATAATATTTTGGTTTCAG

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

CO CL9003Contig1 678 2 2 U
GAATCTTATAGAGCATACTTTCGCAGTTTCTTTCTCCAGCTCGTATTTGAATTTGTGAAA
TTGCAGATTGTTGGAGTACGTAGCAATCGGTCCTCGTTTTCAAACATTATTTCTCAGACG
TTGATGGTTCTTCTCAAACGACTTCCTCCGAAGGTGCTTCATTCACCATATTGTTAATTA
TCATCCAATATTCTTTTATGTTCGATCATTACAAGTTAATGCTGAACATCTCTGATTTGG
TAAAATCTTGTGTTGACAGGGGAAGAAACTTCTCGTGTTTGGGACAACAAGTCAACTAAC
CTTCTTAGACTCTGTTGGTATCTGTGATGCCTTCTCTATCACTTACTCTGTTCCAACATT
GAGAACAGAGGATGCAAAGAAGGTAAAAATGGTCTTTGGTAACTCATTGCTTGCCTCATA
TATCTCGTTGACTATACATAGACTCGTTGCCGTATGTAGAATTGTAGTTCCTTAACTATG
ATAGTAATTTGAGGCTCTCTCCATCGCCCATCAACTATTGAATCTTGAGTTGGTTTAAAT
TCTTCGTTTTTTGTGTTTTTGCTCAGGTGCTGAAGCAGCTTAATGTCTTCTCGGAGGATG
ATATCGATGCAGCTGCCGAGGCTCTCGATGATGTATGTTTCTCTTAACATAGTTCTTACC
ACAGAAATGAAACTGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BD15TF U 1
AF RR3BD15JQ C 77
BS 1 661 RR3BD15TF
BS 662 678 RR3BD15JQ

RD RR3BD15TF 661 0 0
GAATCTTATAGAGCATACTTTCGCAGTTTCTTTCTCCAGCTCGTATTTGAATTTGTGAAA
TTGCAGATTGTTGGAGTACGTAGCAATCGGTCCTCGTTTTCAAACATTATTTCTCAGACG
TTGATGGTTCTTCTCAAACGACTTCCTCCGAAGGTGCTTCATTCACCATATTGTTAATTA
TCATCCAATATTCTTTTATGTTCGATCATTACAAGTTAATGCTGAACATCTCTGATTTGG
TAAAATCTTGTGTTGACAGGGGAAGAAACTTCTCGTGTTTGGGACAACAAGTCAACTAAC
CTTCTTAGACTCTGTTGGTATCTGTGATGCCTTCTCTATCACTTACTCTGTTCCAACATT
GAGAACAGAGGATGCAAAGAAGGTAAAAATGGTCTTTGGTAACTCATTGCTTGCCTCATA
TATCTCGTTGACTATACATAGACTCGTTGCCGTATGTAGAATTGTAGTTCCTTAACTATG
ATAGTAATTTGAGGCTCTCTCCATCGCCCATCAACTATTGAATCTTGAGTTGGTTTAAAT
TCTTCGTTTTTTGTGTTTTTGCTCAGGTGCTGAAGCAGCTTAATGTCTTCTCGGAGGATG
ATATCGATGCAGCTGCCGAGGCTCTCGATGATGTATGTTTCTCTTAACATAGTTCTTACC
A

QA 1 661 1 661
DS 

RD RR3BD15JQ 602 0 0
TACGTAGCAATCGGTCCTCGTTTTCAAACATTATTTCTCAGACGTTGATGGTTCTTCTCA
AACGACTTCCTCCGAAGGTGCTTCATTCACCATATTGTTAATTATCATCCAATATTCTTT
TATGTTCGATCATTACAAGTTAATGCTGAACATCTCTGATTTGGTAAAATCTTGTGTTGA
CAGGGGAAGAAACTTCTGGTGTTTGGGACAACAAGTCAACTAACCTTTTTAGACTCTGTT
GGTATCTGTGATGCCTTCTCTATCACTTACTCTGTTCCAACATTGAGAACAGAGGATGCA
AAGAAGGTAAAAATGGTCTTTGGTAACTCATTGCTTGCCTCATATATCTCGTTGACTATA
CATAGACTCGTTGCCGTATGTAGAATTGTAGTTCCTTAACTATGATAGTAATTTGAGGCT
CTCTCCATCGCCCATCAACTATTGAATCTTGAGTTGGTTTAAATTCTTCGTTTTTTGTGT
TTTTGCTCAGGTGCTGAAGCAGCTTAATGTCTTCTCGGAGGATGATATCGATGCAGCTGC
CGAGGCTCTCGATGATGTATGTTTCTCTTAACATAGTTCTTACCACAGAAATGAAACTGA
CC

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 2

CO CL9004Contig1 786 2 11 U
GGACCGCCCTCATTTCCTCCATCTCATTTCTCCCTCCCTCCGCCGAAGAAGATCGAAAAA
AATTAGGGTTTCTCCCGTGAGCGAAGAAGATGAGAGAAATCATAAGCATTCATATCAGTC
AAGCCGGGATCCAAGTCGGAAACTCCTGCTGGGAGCTTTACTGCCTCGAACATGGCATCC
AGCCTGATGGCATGATGCCTAGTGATACTACGGTTGGTGTTGCGCACGATGCGTTCAACA
CGTTCTTCAGCGAGACCGGCGCTGGGAAGCACGTCCCTAGAGCCGTCTTCGTTGATCTCG
AGCCGACGGTTATCGACGAGGTCCGTACCGGAACGTACCGGCAGCTTTTCCATCCAGAGC
AGCTTATCTCTGGTAAAGAGGATGCTGCTAACAACTTCGCCAGAGGCCATTACACTGTTG
GGAAGGAGATTGTGGACCTGTGTCTTGACCGTGTGAGGAAACTCGCGGATAACTGTACTG
GATTGCAAGGGTTTTTGGTGTTTAATGCTGTTGGTGGTGGAACTGGTTCTGGCTTGGGGT
CTCTCTTGCTTGAACGTTTGTCTGTAGATTATGGAAAGAAGTCTAAACTTGGATTCACCA
TTTACCCTTCTCCTCAGTTTTCTACTGCTGTTGTAGAGCCATACAACAGTGTTCTTTCAA
CGCATTCCTTACTCGAACACACCGATGTAGCTGTCCTCTTGGATACGAAGCCATCTATGA
CATTGCCGCAGATCACTAGATATCGAGAGCGACTACACTACCTCACAGTGATATCTCAGA
TCATAT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3GN93TF U 1
AF RR3E431TF U 1
BS 1 75 RR3E431TF
BS 76 76 RR3GN93TF
BS 77 116 RR3E431TF
BS 117 117 RR3GN93TF
BS 118 145 RR3E431TF
BS 146 146 RR3GN93TF
BS 147 265 RR3E431TF
BS 266 266 RR3GN93TF
BS 267 322 RR3E431TF
BS 323 323 RR3GN93TF
BS 324 786 RR3E431TF

RD RR3GN93TF 614 0 0
GGACCGCCCTCATTTCCTCCATCTCATTTCTCCCTCCCTCCGCCGAAGAAGATCGAAAAA
AATTAGGGTTTCTCCCGTGAGCGAAGAAGATGAGAGAAATCATAAGCATTCATATCAGTC
AAGCCGGGATCCAAGTCGGAAACTCCTGCTGGGAGCTTTACTGCCTCGAACATGGCATCC
AGCCTGATGGCATGATGCCTAGTGATACTACGGTTGGTGTTGCGCACGATGCGTTCAACA
CTTTCTTCAGCGAGACCGGCGCTGGGAAGCACGTCCCTAGAGCCGTCTTCGTTGATCTCG
AGCCGACGGTTATCGACGAGGTCCGTACCGGAACGTACCGGCAGCTTTTCCATCCAGAGC
AGCTTATCTCTGGTAAAGAGGATGCTGCTAACAACTTCGCCAGAGGCCATTACACTGTTG
GGAAGGAGATTGTGGACCTGTGTCTTGACCGTGTGAGGAAACTCGCGGATAACTGTACTG
GATTGCAAGGGTTTTTGGTGTTTAATGCTGTTGGTGGTGGAACTGGTTCTGGCTTGGGGT
CTCTCTTGCTTGAACGTTTGTCTGTAGATTATGGAAAGAAGTCTAAACTTGGATTCACCA
TTTACCCTTCTCCT

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3E431TF 786 0 0
GGACCGCCCTCATTTCCTCCATCTCATTTCTCCCTCCCTCCGCCGAAGAAGATCGAAAAA
AATTAGGGTTTCTCCTGTGAGCGAAGAAGATGAGAGAAATCATAAGCATTCATATCGGTC
AAGCCGGGATCCAAGTCGGAAACTCGTGCTGGGAGCTTTACTGCCTCGAACATGGCATCC
AGCCTGATGGCATGATGCCTAGTGATACTACGGTTGGTGTTGCGCACGATGCGTTCAACA
CGTTCTTCAGCGAGACCGGCGCTGGTAAGCACGTCCCTAGAGCCGTCTTCGTTGATCTCG
AGCCGACGGTTATCGACGAGGTTCGTACCGGAACGTACCGGCAGCTTTTCCATCCAGAGC
AGCTTATCTCTGGTAAAGAGGATGCTGCTAACAACTTCGCCAGAGGCCATTACACTGTTG
GGAAGGAGATTGTGGACCTGTGTCTTGACCGTGTGAGGAAACTCGCGGATAACTGTACTG
GATTGCAAGGGTTTTTGGTGTTTAATGCTGTTGGTGGTGGAACTGGTTCTGGCTTGGGGT
CTCTCTTGCTTGAACGTTTGTCTGTAGATTATGGAAAGAAGTCTAAACTTGGATTCACCA
TTTACCCTTCTCCTCAGTTTTCTACTGCTGTTGTAGAGCCATACAACAGTGTTCTTTCAA
CGCATTCCTTACTCGAACACACCGATGTAGCTGTCCTCTTGGATACGAAGCCATCTATGA
CATTGCCGCAGATCACTAGATATCGAGAGCGACTACACTACCTCACAGTGATATCTCAGA
TCATAT

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL9005Contig1 807 2 8 U
TGCAACTCCAGGGGTTGCTCCAAGATCTGTTATAGGTTCTGTGCAACCAGCAAGTCCTCC
AACACATCAGGCAGCTGCGCAGGCACCCCCTGCTCCTGCAGCTCCTCCACCAACTGTTCA
GACTGCAGATACTTCCAACGTCCCAGCCCACCAGAAACCTGTGATAGCAACACTGACAAG
GCTTTTCAATGAGACATCGGAAGCACTGGGAGGCGTACGTGCAAATCCTACCAAGAAGCG
CGAGATAGAAGACAACTCAAGGAAATTAGGTGCTTTGTTTGTGAGACTGAATAGCGGAGA
CATCTCCAAGAATGCTGCCGATAAACTCGCACAGCTCTGCCATGCTCTGGACAATCATGA
CTTCGGTGCAGCCCTTCAAATACAGGTACTTCTGACGACCAGCGAATGGGATGAATGCAA
CTTCTGGCTTTCCACATTGAAGCGGATGATCAAAAGCAGGCAAAATGTGCGGTGATTGCT
TTTTATTTTGGTCTTCATTTCTGGTCGGTAAAATTATAAATCCACAGGAGAGACGCGTGT
ATCAAACTCCTTCTGCTTTCCAGTCTTTTTTTCTCTTTTATATATACGTTTAAGAACTCG
ATTACCCAAATTTGTTTGAGATAAGATAGAATCAGATTGCTTCATGTTCTGGATGTTACT
TTTCCGGACGAGTTTGTTTAGTCTCTTTTCCTTTAGATTTGCTCTATACTGTATTTGGTT
TTGGTTATTATATTTATGTTCACAATGTTTGTCATATTGGAAGCAATTAAAATTTGCCAT
CAATCAAACAGTAGCATACATCTATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E632TF U 1
AF RR3E632JQ C 100
BS 1 688 RR3E632TF
BS 689 690 RR3E632JQ
BS 691 721 RR3E632TF
BS 722 723 RR3E632JQ
BS 724 739 RR3E632TF
BS 740 740 RR3E632JQ
BS 741 757 RR3E632TF
BS 758 807 RR3E632JQ

RD RR3E632TF 776 0 0
TGCAACTCCAGGGGTTGCTCCAAGATCTGTTATAGGTTCTGTGCAACCAGCAAGTCCTCC
AACACATCAGGCAGCTGCGCAGGCACCCCCTGCTCCTGCAGCTCCTCCACCAACTGTTCA
GACTGCAGATACTTCCAACGTCCCAGCCCACCAGAAACCTGTGATAGCAACACTGACAAG
GCTTTTCAATGAGACATCGGAAGCACTGGGAGGCGTACGTGCAAATCCTACCAAGAAGCG
CGAGATAGAAGACAACTCAAGGAAATTAGGTGCTTTGTTTGTGAGACTGAATAGCGGAGA
CATCTCCAAGAATGCTGCCGATAAACTCGCACAGCTCTGCCATGCTCTGGACAATCATGA
CTTCGGTGCAGCCCTTCAAATACAGGTACTTCTGACGACCAGCGAATGGGATGAATGCAA
CTTCTGGCTTTCCACATTGAAGCGGATGATCAAAAGCAGGCAAAATGTGCGGTGATTGCT
TTTTATTTTGGTCTTCATTTCTGGTCGGTAAAATTATAAATCCACAGGAGAGACGCGTGT
ATCAAACTCCTTCTGCTTTCCAGTCTTTTTTTCTCTTTTATATATACGTTTAAGAACTCG
ATTACCCAAATTTGTTTGAGATAAGATAGAATCAGATTGCTTCATGTTCTGGATGTTACT
TTTCCGGACGAGTTTGTTTAGTCTCTTT**CTTTAGATTTGCTCTATACTGTATTTGGTT
T**GTTATTATATTTATGT*CACAATGTTTGTCATAT
GGAGCATTAAATTTGCATC

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3E632JQ 708 0 0
AGCTCCTCCACCAACTGTTCAGACTGCAGATACTTCCAACGTCCCAGCCCACCAGAAACC
TGTGATAGCAACACTGACAAGGCTTTTCAATGAGACATCGGAAGCACTGGGAGGCGTACG
TGCAAATCCTACCAAGAAGCGCGAGATAGAAGACAACTCAAGGAAATTAGGTGCTTTGTT
TGTGAGACTGAATAGCGGAGACATCTCCAAGAATGCTGCCGATAAACTCGCACAGTTCTG
CCATGCTCTGGACAATCATGACTTCGGTGCAGCCCTTCAAATACAGGTACTTCTGACGAC
CAGCGAATGGGATGAATGCAACTTCTGGCTTTCCACATTGAAGCGGATGATCAAAAGCAG
GCAAAATGTGCGGTGATTGCTTTTTATTTTGGTCTTCATTTCTGGTCGGTAAAATTATAA
ATCCACAGGAGAGACGCGTGTATCAAACTCCTTCTGCTTTCCAGTCTTTTTTTTTCTTTT
ATATATACGTTTAAGAACTCGATTACCCAAATTTGTTTGAGATAAGATAGAATCAGATTG
CTTCATGTTCTGGATGTTACTTTTCCGGACGAGTTTGTTTAGTCTCTTTTCTTTTAGATT
TGCTCTATACTGTATTTGGTTTTGTTTATTATATTTATGTTCACAATGTTTGTCATATTG
GAAGCAATTAAAATTTGCCATCAATCAAACAGTAGCATACATCTATTT

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL9006Contig1 922 2 2 U
GGAGTCATCTTCAGGTTTACCTGGCAAGGAGGCAGTTGTTTCAGGAAACGCTGTCTAACG
TTCCTGAATGAAGTTTCTTTTTTTTAGTTAGGCGTTATGTAATTCCCTCTCTGGCTGCTT
GATTGGTTCTCCCTTTATTTCTGCAATTTGAAGTCCCCCGTGCGTAGTATCTTAATTAAA
GTTGCAAGTTTGGTCGTGGTGGAGCAATGATTCTCTCAGATGGTTGGAAGCTAAGCAAGT
TGTCACCGGATGAGACCATGAGAAATCAACAAGTAACCTGTAGTTCTGATTGTCTTAAAA
AGGCAATTATCAATGTGTTAGGACTTTGGTCCTAGGAATTCTGAAGTGGTTGGTGTTGAC
TTTTTTTCCATGTTGCAGGTGCTTGAAGTGGTAAGTGTAGACTAAACGCATGTTCGTACC
AAGCTTGTTAGAAACTAGTAGTGTTGATTGCTTTTGAGTTGTTGTGCCAATGCGTTTTTC
TTGAAAAACCAGCCTTAAGTTGCTAGCTTATCTATCAAACTAAGTGTTTTTCTCATACTG
AGTTGTGTGCTTGTTTTGCGAATATCGCGTGCAAAATAGATCCCATTACCTTGTGTTCGT
TGTTGGTTTTGCTTATTAATATATAATATGACCTGTCAAGCCACCACTTCAGAGTTCCTT
TGTCATGTAAGACATATCATTAGAACACTAGAGGGTACTTGTTGGTTTCCATATCTCTGG
TCCCTATGACAGTTGAAGAGAAGAGAGCCTCAGACGCCGAAGAATCTCTGTTCGTGGGAC
TTGTACTTTGCGTGCTTTCTGATGGCTACACAATTTCTTATGCGTCCGTAATAGTTTTTA
GATAAAACTTTGTTCATACATTTTGAATCAAGCAGCCAGAAATACTTTTATGAAAGGGAA
TGTAATGTTTAGAGTTGTTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL44TF U 1
AF RR3EL44JQ C 163
BS 1 758 RR3EL44TF
BS 759 922 RR3EL44JQ

RD RR3EL44TF 758 0 0
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TTCCTGAATGAAGTTTCTTTTTTTTAGTTAGGCGTTATGTAATTCCCTCTCTGGCTGCTT
GATTGGTTCTCCCTTTATTTCTGCAATTTGAAGTCCCCCGTGCGTAGTATCTTAATTAAA
GTTGCAAGTTTGGTCGTGGTGGAGCAATGATTCTCTCAGATGGTTGGAAGCTAAGCAAGT
TGTCACCGGATGAGACCATGAGAAATCAACAAGTAACCTGTAGTTCTGATTGTCTTAAAA
AGGCAATTATCAATGTGTTAGGACTTTGGTCCTAGGAATTCTGAAGTGGTTGGTGTTGAC
TTTTTTTCCATGTTGCAGGTGCTTGAAGTGGTAAGTGTAGACTAAACGCATGTTCGTACC
AAGCTTGTTAGAAACTAGTAGTGTTGATTGCTTTTGAGTTGTTGTGCCAATGCGTTTTTC
TTGAAAAACCAGCCTTAAGTTGCTAGCTTATCTATCAAACTAAGTGTTTTTCTCATACTG
AGTTGTGTGCTTGTTTTGCGAATATCGCGTGCAAAATAGATCCCATTACCTTGTGTTCGT
TGTTGGTTTTGCTTATTAATATATAATATGACCTGTCAAGCCACCACTTCAGAGTTCCTT
TGTCATGTAAGACATATCATTAGAACACTAGAGGGTACTTGTTGGTTTCCATATCTCTGG
TCCCTATGACAGTTGAAGAGAAGAGAGCCTCAGACGCC

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3EL44JQ 760 0 0
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GTTGGAAGCTAAGCAAGTTGTCACCGGATGAGACCATGAGAAATCAACAAGTAACCTGTA
GTTCTGATTGTCTTAAAAAGGCAATTATCAATGTGTTAGGACTTTGGTCCTAGGAATTCT
GAAGTGGTTGGTGTTGACTTTTTTTCCATGTTGCAGGTGCTTGAAGTGGTAAGTGTAGAC
TAAACGCATGTTCGTACCAAGCTTGTTAGAAACTAGTAGTGTTGATTGCTTTTGAGTTGT
TGTGCCAATGCGTTTTTCTTGAAAAACCAGCCTTAAGTTGCTAGCTTATCTATCAAACTA
AGTGTTTTTCTCATACTGAGTTGTGTGCTTGTTTTGCGAATATCGCGTGCAAAATAGATC
CCATTACCTTGTGTTCGTTGTTGGTTTTGCTTATTAATATATAATATGACCTGTCAAGCC
ACCACTTCAGAGTTCCTTTGTCATGTAAGACATATCATTAGAACACTAGAGGGTACTTGT
TGGTTTCCATATCTCTGGTCCCTATGACAGTTGAAGAGAAGAGAGCCTCAGACGCCGAAG
AATCTCTGTTCGTGGGACTTGTACTTTGCGTGCTTTCTGATGGCTACACAATTTCTTATG
CGTCCGTAATAGTTTTTAGATAAAACTTTGTTCATACATTTTGAATCAAGCAGCCAGAAA
TACTTTTATGAAAGGGAATGTAATGTTTAGAGTTGTTTCT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

CO CL9007Contig1 861 2 2 U
GAGGGAGGTGGCAAATCGTAACGGCAATGCGGAGCGTGGATTGTTGCAGGCGTTTAAAAC
CATCGCCACCATGTCTGACAGGTTGGGGCTTGTTGGAACTATCAAGGATCGGGCTAATGA
GATATTTAAGAGGCTGGAGGATCAAAAGTCAACCAGGGGAAGAAACCAGGATGCGCTTTT
GGCTGCCTGCTTGTACATTTCATGTAGACAAGAGGACAAGCCACGAACTATTAAGGAAAT
CTGCTCTGTTGCTAATGGAGCGACAAAGAAGGAAATGGGAAGAGCAAAAGACTTTATAGT
TAAGACATTGGGTCTGGAGACTGGTCACTCTGTGGAAATGGGCGCTATACACGCTGGTGA
TTTCATGAAAAGGTTCTGCTCTAACCTTGGAATGTCTCATCAAGCGGTTAGAGCTGCTGA
AGAAGCTGTGAAAAAATCTGAGGAATTCGATATAAGGAGGAGTCCTATATCAATAGCAGC
AGTAGTTATCTATATCATAACCCAGCTTTCTGATGACAAGAAGCCTCTCAAAGATATAGC
TATAGCGACAGGAGTAGCAGAAGGAACAATAAGGAACTCATACAAAGACTTGTATCCTCA
TCTTCAGAAGATAGCTCCGAGTTGGTATGCTAAGGAAGAGGATCTTAAGAACCTCTCAAG
TCCTTGAAATGATTTCTTTATTCTTCTTCTATAGAAACTTATTATATATCTGTATCGACG
AGGATACAAAGCAGTTGGTTCTCTCGATTAGAGAGGCTTTTGTTTTTTTTTTTCTACAAT
TCTTTTTTTTTTGAAGTCTTTTTGTTAAGAAGTTTTAAAAGAAATATTAAAATTTCATAG
TAAGAAAAGAGGCCTTATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DS96TF U 1
AF RR3DS96JQ C 191
BS 1 786 RR3DS96TF
BS 787 861 RR3DS96JQ

RD RR3DS96TF 786 0 0
GAGGGAGGTGGCAAATCGTAACGGCAATGCGGAGCGTGGATTGTTGCAGGCGTTTAAAAC
CATCGCCACCATGTCTGACAGGTTGGGGCTTGTTGGAACTATCAAGGATCGGGCTAATGA
GATATTTAAGAGGCTGGAGGATCAAAAGTCAACCAGGGGAAGAAACCAGGATGCGCTTTT
GGCTGCCTGCTTGTACATTTCATGTAGACAAGAGGACAAGCCACGAACTATTAAGGAAAT
CTGCTCTGTTGCTAATGGAGCGACAAAGAAGGAAATGGGAAGAGCAAAAGACTTTATAGT
TAAGACATTGGGTCTGGAGACTGGTCACTCTGTGGAAATGGGCGCTATACACGCTGGTGA
TTTCATGAAAAGGTTCTGCTCTAACCTTGGAATGTCTCATCAAGCGGTTAGAGCTGCTGA
AGAAGCTGTGAAAAAATCTGAGGAATTCGATATAAGGAGGAGTCCTATATCAATAGCAGC
AGTAGTTATCTATATCATAACCCAGCTTTCTGATGACAAGAAGCCTCTCAAAGATATAGC
TATAGCGACAGGAGTAGCAGAAGGAACAATAAGGAACTCATACAAAGACTTGTATCCTCA
TCTTCAGAAGATAGCTCCGAGTTGGTATGCTAAGGAAGAGGATCTTAAGAACCTCTCAAG
TCCTTGAAATGATTTCTTTATTCTTCTTCTATAGAAACTTATTATATATCTGTATCGACG
AGGATACAAAGCAGTTGGTTCTCTCGATTAGAGAGGCTTTTGTTTTTTTTTTTCTACAAT
TCTTTT

QA 1 786 1 786
DS 

RD RR3DS96JQ 671 0 0
TTGTACATTTCATGTAGACAAGAGGACAAGCCACGAACTATTAAGGAAATCTGCTCTGTT
GCTAATGGAGCGACAAAGAAGGAAATGGGAAGAGCAAAAGACTTTATAGTTAAGACATTG
GGTCTGGAGACTGGTCACTCTGTGGAAATGGGCGCTATACACGCTGGTGATTTCATGAAA
AGGTTCTGCTCTAACCTTGGAATGTCTCATCAAGCGGTTAGAGCTGCTGAAGAAGCTGTG
AAAAAATCTGAGGAATTCGATATAAGGAGGAGTCCTATATCAATAGCAGCAGTAGTTATC
TATATCATAACCCAGCTTTCTGATGACAAGAAGCCTCTCAAAGATATAGCTATAGCGACA
GGAGTAGCAGAAGGAACAATAAGGAACTCATACAAAGACTTGTATCCTCATCTTCAGAAG
ATAGCTCCGAGTTGGTATGCTAAGGAAGAGGATCTTAAGAACCTCTCAAGTCCTTGAAAT
GATTTCTTTATTCTTCTTCTATAGAAACTTATTATATATCTGTATCGACGAGGATACAAA
GCAGTTGGTTCTCTCGATTAGAGAGGCTTTTGTTTTTTTTTTTCTACAATTCTTTTTTTT
TTGAAGTCTTTTTGTTAAGAAGTTTTAAAAGAAATATTAAAATTTCATAGTAAGAAAAGA
GGCCTTATCTC

QA 1 671 1 671
DS 



AS 1 2

CO CL9008Contig1 699 2 2 U
GGACATTTTCAAACTATAACTATCAGAGGAAGAAGAAAATATGGGTAGTTCTGATCAATC
CTCGTCGCACAACGTCTTCGTCTACGGCAGTTTCCAAGAACCAGCCGTCGTGGGTTTGAT
CCTCGAATGCACTCCGGTCATTGTCTCCGCTCAACTCCACGGCTTTCACAGGTGTAGACT
CAAAGGGCGTCTGCATCCTTGTATTGCTCCTCTTGAGACCGGAGTCATCAACGGCAAGGT
ACTAACTGGATTAACAGATGCTTAGCTAGAGAATTTAGATATGATTGAAGGAGATGAGTA
TGTGAGGAAGACTGTTGAGGTTGTATTGACTGACACATCCGAGAAGATGCAAGTGGAAGC
CTTTATATGGGCTAACAAAGATGATCCTGACATGTATGGAGAATGGGATTTCGAGGAATG
GAAGAAGCTTCACATGGAAAAGTTCATAGAGGCGTCAGCGAAGTTCATCGAATGGAAGAA
GAATCCAAATGGGAGATCAAGGGAAGAGTTTGCCAAATTTGTAGAGGAAGATCCGCCCGT
GGCTTGAAGAATGCGTCTCCCTTTATCTTCTTTAATTCCAAATAAATCAGTGTCACCAAT
AAATGATTTGTGAGTTAGAAACACAAATAAGATCTCATATTGTATCTTATATTGTATCTC
ATATTGTATTATCTATACTATTAAAAGCACATTTGGATT


BQ
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AF RR3GU11TF U 1
AF RR3GU11JQ C 81
BS 1 676 RR3GU11TF
BS 677 699 RR3GU11JQ

RD RR3GU11TF 676 0 0
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AAATGATTTGTGAGTTAGAAACACAAATAAGATCTCATATTGTATCTTATATTGTATCTC
ATATTGTATTATCTAT

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DS 

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TTGTATTGACTGACACATCCGAGAAGATGCAAGTGGAAGCCTTTATATGGGCTAACAAAG
ATGATCCTGACATGTATGGAGAATGGGATTTCGAGGAATGGAAGAAGCTTCACATGGAAA
AGTTCATAGAGGCGTCAGCGAAGTTCATCGAATGGAAGAAGAATCCAAATGGGAGATCAA
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CTTTATCTTCTTTAATTCCAAATAAATCAGTGTCACCAATAAATGATTTGTGAGTTAGAA
ACACAAATAAGATCTCATATTGTATCTTATATTGTATCTCATATTGTATTATCTATACTA
TTAAAAGCACATTTGGATT

QA 1 619 1 619
DS 



AS 1 2

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CATTGGTTTGGTTTCATCATGTGTATTAGTGCCACGGCGGCAAGAGCCTTTAAATCTGTT
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TTTTTTTTTTATCATCAAAGACTCATTAATTAGTGATTTTTGTAACTATTTCTTATTAAT
ATACGCACTATATAGAATTATGTATCAGACTATGTTAGATTCTATGATGAGAATGCCATT
GTTGTTCATCTGTC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DA36TF U 1
AF RR3DA36JQ C 206
BS 1 663 RR3DA36TF
BS 664 794 RR3DA36JQ

RD RR3DA36TF 663 0 0
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TATATGTCTCCTATAGCTGTGGTTGCTCTTCTTCCGGTGACGCTAGTTATGGAACCAGAC
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GTTAACTCTGTAATGGCTTATTCAGCCAACCTGTTGAATTTTCTGGTTACAAAACACACA
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ATCTTGATCTTTCAAAACCCGGTTACGTTATGGGAATTGGCGGGTACTCCATAACGGTGC
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AGCAACATAGCGCGCGCTTCACACACTCCCTATGTTTGGTTCTTCGTCTGTTTTTTTTTT
TTT

QA 1 663 1 663
DS 

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CGTTATGGGAATTGGCGGGTACTCCATAACGGTGCTTGGGGTGGTTGCTTACGGAGAGAC
AAAACGCAGATTCAGATGAACTTATATTTCAGTTCAGCAACATAGCGCGCGCTTCACACA
CTCCCTATGTTTGGTTCTTCGTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATCATCAAAGACTCA
TTAATTAGTGATTTTTGTAACTATTTCTTATTAATATACGCACTATATAGAATTATGTAT
CAGACTATGTTAGATTCTATGATGAGAATGCCATTGTTGTTCATCTGTC

QA 1 589 1 589
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTGCACGGAGACAGCAGTTTCAGTTTTCTTCTAAAGAAAAATCTAATCTCTCTCTGTCTG
AATTCTGAAACGACTTCCGTCTCCTTCCACCATTCTTCACTTATCAGTGTCAAACCAGTC
GACAGACAGGGATATACCTACATTCGCCTAGTTTCAGATCTGTAAAAAGAACATCTTCAA
AAACTTCGTAAGAATGAAGGCTGTAATTCTAGTAGGAGGATTCGGAACTCGATTGAGACC
TCTTACATTCAGCATGCCAAAACCTCTTGTTGATTTTGGTAACAAGCCCATGATTTTGCA
TCAGATTGAAGCACTAAAAGCTGCTGGAGTTACTGAAGTTGTATTAGCTATCAACCAACA
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CACCTTCTCCCAAGAAACCGAACCCCTAGGGACAGCAGGGCCTCTCGCTCTGGCTCGTGA
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CGAATACCCACTCCTCGAGATGATCCAGTTCCACAAGAGCCACGGCGCCGAAGCTTCCAT
CATGGTGACCAAAGTAGATGATCCTTCAAAGTACGGCGTGGTTGTTATGGAGAAAGAAGC
AAAAGCAAGAGTCGAGAGTTTCGTCGAGAAACCGAAACATTTCGTGGGGGACAAGATCAA
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CCAGGTTTCTGGATGGACATAGGTCAGCCGAGAGATTACTTGACAGGGCAGAGAATGTAT
CTCGACTATCTGAGAAAGAACGCGCCGGGGGAGCTTTTAGCGTCGGGAGATCACATATTA
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TCGACCGTTGGAAGCTGGGCTCGTGTGGCTGACGTAACGGTTCTTGGGAAAGATGTTCAC
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TTTATCCGCGCGTGTGTGTGTTTATTTGAAACCTCTTTACACAGAGCTCGAGGTTTCACT
TTTCTTTGAGAGATTTTCTTAGCTCTTTGTAGTATGATTTTATATTAGGTTGGTCAACTT
CCTCATTCGGTTTAACATTCTTTTGAATAGAATGCATTCCCTTTGGTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AATTCTGAAACGACTTCCGTCTCCTTCCACCATTCTTCACTTATCAGTGTCAAACCAGTC
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AAACTTCGTAAGAATGAAGGCTGTAATTCTAGTAGGAGGATTCGGAACTCGATTGAGACC
TCTTACATTCAGCATGCCAAAACCTCTTGTTGATTTTGGTAACAAGCCCATGATTTTGCA
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CAAGCTCCTCGACGACGAATCAGGCACACCCTTCTTCGTGCTGAACAGCGACGTCATCTG
CGAATACCCACTCCTCGAGATGATCCAGTTCCACAAGAGCCACGGCGCCGAAGCTTCCAT
CATGGTGACCAAAGTAGATGATCCTTCAAAGTACGGCGTGGTTGTTATGGAGAAAGAAGC
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CGTGGGG

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GAGAAACCGAAACATTTCGTGGGGGACAAGATCAACGCTGGGATATACCTCTTGAACCCG
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AGCCGAGAGATTACTTGACAGGGCAGAGAATGTATCTCGACTATCTGAGAAAGAACGCGC
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CGGTTATTGGAGAAAGATGCTTGATAGGGCCTGACGTGGTGATCGGTCCGGGATGCGTGA
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ATGCTTGTGTGTCTGATAGTATCGTGGGGTGGGACTCGACCGTTGGAAGCTGGGCTCGTG
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TGTCTGCTAAACCAGAGATCGTCCAGAAAGTGTGATTTATCCGCGCGTGTGTGTGTTTAT
TTGAAACCTCTTTACACAGAGCTCGAGGTTTCACTTTTCTTTGAGAGATTTTCTTAGCTC
TTTGTAGTATGATTTTATATTAGGTTGGTCAACTTCCTCATTCGGTTTAACATTCTTTTG
AATAGAATGCATTCCCTTTGGTCG

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DS 



AS 1 2

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TACTACGACGTCGTATAACTCTGTGTTTCTTGGCGGCAAAGGCATGCTGATGAAAGTTAT
GAACAAGAGCTTCCCGGAGCTAGGTCTAACGCCGAAAGATTGTACGGAGATGAGCTGGCT
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AGGGGAGTCTCCTTTCCCGAAGAACAACTTCAAAGCCAAATCAGACTTCGTGAAGAAGCC
TATTCCAGAGTCGGGGCTTAAAGGGATGTTCAAGAAGTTGCTTAAAGAAGATAATCCGAT
GATGATATGGAATCCTTACGGAGGAATGATGGCGAGGATCCCTGAATCGCAGATACCATT
TCCGCATAGAAAGGGAGTCATCTTCAAGATTCAGTACGTAACGAACTGGCCAGACAGCGA
CAGGAGAATGAGCAAGCACATCAACTGGATCAGAGATCTCTACAGTTTCATGACTCCTTA
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ATAAAGTAGAAGAGTTCAGATGA


BQ
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AF RR3BO14JQ C 216
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TGTCGATGAGCTGTTCATCCGAGTGATATTCAACGTAGCTGCAAGTAACGGTGGCAAGAC
TACTACGACGTCGTATAACTCTGTGTTTCTTGGCGGCAAAGGCATGCTGATGAAAGTTAT
GAACAAGAGCTTCCCGGAGCTAGGTCTAACGCCGAAAGATTGTACGGAGATGAGCTGGCT
TGAGTCCATTGTTTACATCTCTGGATTCGCGACCCGCACTCCTACTAAGGTTCTGCTTCA
AGGGGAGTCTCCTTTCCCGAAGAACAACTTCAAAGCCAAATCAGACTTCGTGAAGAAGCC
TATTCCAGAGTCGGGGCTTAAAGGGATGTTCAAGAAGTTGCTTAAAGAAGATAATCCGAT
GATGATATGGAATCCTTACGGAGGAATGATGGCGAGGATCCCTGAATCGCAGATACCATT
TCCGCATAGAAAGGGAGTCATCTTCAAGATTCAGTACGTAACGAACTGGCCAGACAGCGA
CAGGAGAATGAGCAAGCACATCAACTGGATCAGAGATCTCTACAGTTTCATGACTCCTTA
TGTCTCTGCGAATCCACGACAAGCGTACGTGAACTACCGTGATCTAGACCTGGGACAGA*
CAGAAAGAACTGAGTCGAGCATCA*CCAAGCTCGAG*CTGGGGAGCTAG

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3BO14JQ 648 0 0
AAGATTGTACGGAGATGAGCTGGCTTGAGTCCATTGTTTACATCTCTGGATTCGCGACCC
GCACTCCTACTAAGGTTCTGCTTCAAGGGGAGTCTCCTTTCCCGAAGAACAACTTCAAAG
CCAAATCAGACTTCGTGAAGAAGCCTATTCCAGAGTCGGGGCTTAAAGGGATGTTCAAGA
AGTTGCTTAAAGAAGATAATCCGATGATGATATGGAATCCTTACGGAGGAATGATGGCGA
GGATCCCTGAATCGCAGATACCATTTCCGCATAGAAAGGGAGTCATTTTCAAGATTCAGT
ACGTAACGAACTGGCCAGACAGCGACAGGAGAATGAGCAAGCACATCAACTGGATCAGAG
ATCTCTACAGTTTCATGACTCCTTATGTCTCTGCGAATCCACGACAAGCGTACGTGAACT
ACCGTGATCTAGACCTGGGACAGAACAGAAAGAACTGAGTCGAGCATCAACCAAGCTCGA
GGCTGGGGAGCTAGTTACTTCAAAGGAAATTTCGAGAGGTTGGTGAAGATTAAAACAAAG
GTTGATCCTAACAATTTCTTCAGACATGAACAGAGTATCCCACCCATGCTGGTTCGAAAC
TGAAGCTCAAGAATATCAAATTAGAATAAAGTAGAAGAGTTCAGATGA

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL9013Contig1 871 2 12 U
GGACCATCAACTTGTTGGTCGTGGAGCTATGAATGGCTCGGCTCAAGCTGCAGCAGCTCT
GACCAACTACCAAAGCATGCTTATGAGACAAAACGCTATGAATAACCCAAACTCAACTAC
GGTGGTCAAACAAGAGGGTTTCTCTAGTCAGAACCCAACCCAGAGTCCATCTTCTTCCTC
CCATCAGAGGCAGAACTTATCAACAGTTGGATTCCCCAGCTCTCCACAAATGCAACAGCA
ACAGCAGCAACAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCGCACCATGAATGGACCACCTCCCAACAC
GCTTCAGCATAATCATCCTCATCATTTGCAACCACCACATTCACATGGCAACAACAACCA
GGAGCAGCAGATGCTTAATCAGCTGTTACAGGAGATATCTGAAAACGGACCAAGCTTGCA
ACAACAGCAACAAGCGTTTTCAGGTCAGAGTGGTGGTGGCAACAGTAACGCAGAGAGAAA
CCCAACTGCTTCCACTTCCAGCATCTCAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTCGAGTTCCAAG
CCGCAATAACAGTTTCAAAGCAGTGTCAAACAACAATAATCATCATCATTTGCCAGAAGA
TATATCAATCGCAGAACTATCTCATAATTTCTCAGAAGACGCCTTCTTCAACAACAGTGA
TATTTATGGTAGCTTGTAGCCTTTTGTGTAATATCCGAACAGAAGAGAGGTATTTGGTTA
CTTTAGTAATCATCTTTATTTAGGTTGGTGCTCTGTTTTTTTATGCTTCTTCAGTTTGTT
GTTTGGTCTGAAATTCTGACATTTGCATCTCTGGATAAAAGTTGTTGTAATGTGTTTTCT
TTTTTGTTATTTGTGTGACCGAGACGAGACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR78TF U 1
AF RR3BR78JQ C 142
BS 1 690 RR3BR78TF
BS 691 691 RR3BR78JQ
BS 692 698 RR3BR78TF
BS 699 699 RR3BR78JQ
BS 700 709 RR3BR78TF
BS 710 710 RR3BR78JQ
BS 711 728 RR3BR78TF
BS 729 729 RR3BR78JQ
BS 730 743 RR3BR78TF
BS 744 744 RR3BR78JQ
BS 745 760 RR3BR78TF
BS 761 871 RR3BR78JQ

RD RR3BR78TF 760 0 0
GGACCATCAACTTGTTGGTCGTGGAGCTATGAATGGCTCGGCTCAAGCTGCAGCAGCTCT
GACCAACTACCAAAGCATGCTTATGAGACAAAACGCTATGAATAACCCAAACTCAACTAC
GGTGGTCAAACAAGAGGGTTTCTCTAGTCAGAACCCAACCCAGAGTCCATCTTCTTCCTC
CCATCAGAGGCAGAACTTATCAACAGTTGGATTCCCCAGCTCTCCACAAATGCAACAGCA
ACAGCAGCAACAGCAGCAACAGCAGCAGCAGCGCACCATGAATGGACCACCTCCCAACAC
GCTTCAGCATAATCATCCTCATCATTTGCAACCACCACATTCACATGGCAACAACAACCA
GGAGCAGCAGATGCTTAATCAGCTGTTACAGGAGATATCTGAAAACGGACCAAGCTTGCA
ACAACAGCAACAAGCGTTTTCAGGTCAGAGTGGTGGTGGCAACAGTAACGCAGAGAGAAA
CCCAACTGCTTCCACTTCCAGCATCTCAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTCGAGTTCCAAG
CCGCAATAACAGTTTCAAAGCAGTGTCAAACAACAATAATCATCATCATTTGCCAGAAGA
TATATCAATCGCAGAACTATCTCATAATTTCTCAGAAGACGCCTTCTTCAACAACAGTGA
TATTTATGGTAGCTTGTAGCCTTTTGTGTA*TATCCGA*CAGAAGAGAG*TATTTGGTTA
CTTTAGTA*TCATCTTTATTTAG*TTGGTGCTCTGTTTTT

QA 1 760 1 760
DS 

RD RR3BR78JQ 730 0 0
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AACAGTTGGATTCCCCAGCTCTCCACAAATGCAACAGCAACAGCAGCAACAGCAGCAACA
GCAGCAGCAGCGCACCATGAATGGACCACCTCCCAACACGCTTCAGCATAATCATCCTCA
TCATTTGCAACCACCACATTCACATGGCAACAACAACCAGGAGCAGCAGATGCTTAATCA
GCTGTTACAGGAGATATCTGAAAACGGACCAAGCTTGCAACAACAGCAACAAGCGTTTTC
AGGTCAGAGTGGTGGTGGCAACAGTAACGCAGAGAGAAACCCAACTGCTTCCACTTCCAG
CATCTCAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGTCGAGTTCCAAGCCGCAATAACAGTTTCAAAGC
AGTGTCAAACAACAATAATCATCATCATTTGCCAGAAGATATATCAATCGCAGAACTATC
TCATAATTTCTCAGAAGACGCCTTCTTCAACAACAGTGATATTTATGGTAGCTTGTAGCC
TTTTGTGTAATATCCGAACAGAAGAGAGGTATTTGGTTACTTTAGTAATCATCTTTATTT
AGGTTGGTGCTCTGTTTTTTTATGCTTCTTCAGTTTGTTGTTTGGTCTGAAATTCTGACA
TTTGCATCTCTGGATAAAAGTTGTTGTAATGTGTTTTCTTTTTTGTTATTTGTGTGACCG
AGACGAGACT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL9014Contig1 595 2 1 U
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GGTTATCGATCTCGCTCTCAAAGATGGAGATAGATGAGGATATCTACTCGTTGACCGGAT
CAAAACCTAGCAGAAGACCAAAGAAGAGAGCCAAAAACGTGCAGAAGCAGCTCGATGTTC
TGTTTCCAGGTTTGTGGATGGGTAACGTTTCTTCAGACGCTTACAAGGTCTCAGAACATG
CTTGAAAGAGAATTGCAATTGTCGCTTCTTCAAAGCCTTACCTTCATTTTTCGGGGCGTG
CTCGAAATATTGCCTCGAGGTTTGAAAGCACTGAAATCAAACTTTAGCTTCAGAATTGGG
TCCTAACTGGCGGCAGTATGAAATATCTCCGATCCGGCCACCTTATTTGCTGCCACTGAT
GTGATGTCATGATGATACGGCCTTAGTTCGTTTTTTCTTTGTTTACGCACTTGTTGACCT
TTTTGTAATTAATTTAGTCGGTAGTACACTCAGTAATTTTTTTTCATTGGTTGACCAATT
GCGAAAATAAAATGAGAATAATCTACGTATATGCAGCGTAAATATCACATATTAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FC43JQ C 1
AF RR3FC43TF U 1
BS 1 595 RR3FC43TF

RD RR3FC43JQ 595 0 0
GGAGGAACGGCGTGGATGCCAAGATTGCGACGACGGCGGAGAGGAGGGAGAAGAAACCGA
GGTTATCGATCTCGCTCTCAAAGATGGAGATAGATGAGGATATCTACTCGTTGACCGGAT
CAAAACCTAGCAGAAGACCAAAGAAGAGAGCCAAAAACGTGCAGAAGCAGCTCGATGTTC
TGTTTCCAGGTTTGTGGATGGGTAACGTTTCTTCAGACGCTTACAAGGTCTCAGAACATG
CTTGAAAGAGAATTGCAATTGTCGCTTCTTCAAAGCCTTACCTTCATTTTTCGGGGCGTG
CTCGAAATATTGCCTCGAGGTTTGAAAGCACTGAAATCAAACTTTAGCTTCAGAATTGGG
TCCTAACTGGCGGCAGTATGAAATATCTCCGATCCGGCCACCTTATTTGCTGCCACTGAT
GTGATGTCATGATGATACGGCCTTAGTTCGTTTTTTCTTTGTTTACGCACTTGTTGACCT
TTTTGTAATTAATTTAGTCGGTAGTACACTCAGTAATTTTTTTTCATTGGTTGACCAATT
GCGAAAATAAAATGAGAATAATCTACGTATATGCAGCGTAAATATCACATATTAC

QA 1 595 1 595
DS 

RD RR3FC43TF 595 0 0
GGAGGAACGGCGTGGATGCCAAGATTGCGACGACGGCGGAGAGGAGGGAGAAGAAACCGA
GGTTATCGATCTCGCTCTCAAAGATGGAGATAGATGAGGATATCTACTCGTTGACCGGAT
CAAAACCTAGCAGAAGACCAAAGAAGAGAGCCAAAAACGTGCAGAAGCAGCTCGATGTTC
TGTTTCCAGGTTTGTGGATGGGTAACGTTTCTTCAGACGCTTACAAGGTCTCAGAACATG
CTTGAAAGAGAATTGCAATTGTCGCTTCTTCAAAGCCTTACCTTCATTTTTCGGGGCGTG
CTCGAAATATTGCCTCGAGGTTTGAAAGCACTGAAATCAAACTTTAGCTTCAGAATTGGG
TCCTAACTGGCGGCAGTATGAAATATCTCCGATCCGGCCACCTTATTTGCTGCCACTGAT
GTGATGTCATGATGATACGGCCTTAGTTCGTTTTTTCTTTGTTTACGCACTTGTTGACCT
TTTTGTAATTAATTTAGTCGGTAGTACACTCAGTAATTTTTTTTCATTGGTTGACCAATT
GCGAAAATAAAATGAGAATAATCTACGTATATGCAGCGTAAATATCACATATTAC

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

CO CL9015Contig1 536 2 1 U
GGGACCCAAAAAAAGACGGCAGCTTTAGAGAGAGAGAGCATAAGATAGAGAGAGATGTCA
GCTTCTGTATTCGTTTCAGGTATGGCTGTTGGAGTTCCGAGGCTCTCTCGCTCGAGCTCT
GTTCACCGGAGCTTGGAACCAATTAAGAAGAGGACCATGAGCAGCGTCAAATTCGTGACC
ACCTTCCGAGCTCCCTCTCCAAACTCAGGGACAAAACGGTCATTTCGCGTCATGGTTTCC
GACAACCGATCGGAACAAGCAGATAACGGTCAAGGAACTCAGGAGGACTTGAGCTACCTG
TTGAAGCTAGGAGCTGGTTCTGTACTAGGCGCAGCTATAATCAAATACGGCAGCGTATTG
CTCCCGGAGATCACAACGCCTAACCTCACTCAAGCCCTCTTCATTATATTTGCTCCTGTT
GTAATCTCTGTTTTACTTTTGATCAGATCATCTTCTTCCAAGAACCAGAACTAGAGTTCA
GTTCAGCTCATTGTGAAAAGATTGTGTTCTCTAGAGTGTAAAAGTTTCACTATAAT


BQ
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BQ
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AF RR3H281JQ C 1
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QA 1 544 1 544
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BQ
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AF RR3DD28TF U 1
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CAATGGTGCCTCTTATCGGTGTGGTTTACGACAAGAAGTGGTTTCTCAAGGGTCTTGGGT
CTCACCAACAGGTCATGAGTGAGGCTTATGACCCTGAGACTAACTCATGGAGTCCTGTCA
GTGATGGGATGGTTACTGGTTGGAGAAACCCATGTACTTCTCTGAATGGTCGTCTCTACG
GGTTGGATTGTAGGGACGGGTGCAAGCTCAGGGTGTTTGATGAGTCCACGGATTCATGGA
ACAAGTTCATGGACAGTAAAGTTCACTTGGGGAACTCAAATGCGCTTGAAGCTGCGGCTC
TTGTTCCGCTGAACAATAAGCTTTGTATAGTCAGGAACAACATGAGCATGAGTCTGGTTG
ATGTCTCGAATCCTGATAAGAACAATCCTAGGGTATGGGAAAACATTGCGGTGAAAGGAC
AGTCGAAGAGCATTCTCAGTAATATATGGTCGAGTATTGCAGGAAGAGCTGTGAAAAGTC
ACATTGTGCATTGCCAAGTGCTTCAAGCATGACATAAATGAAAACTCAACAATGGAGCCA
GAATGTTGAGGAGTA*CCAACCACGTTGAGCTATCAAGAAGAGAGTACGA*GCAGG*CAA
CTCTTGTTTACAG*AGCCTCATGTCTGGTCTTACTCTTAACAGTTATACATGAGACCAAG
AGTGAGTAAGA
CAGACA

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3DD28JQ 704 0 0
CAGTGATGGGATGGTTACTGGTTGGAGAAACCCATGTACTTCTCTGAATGGTCGTCTCTA
CGGGTTGGATTGTAGGGACGGGTGCAAGCTCAGGGTGTTTGATGAGTCCACGGATTCATG
GAACAAGTTCATGGACAGTAAAGTTCACTTGGGGAACTCAAATGCGCTTGAAGCTGCGGC
TCTTGTTCCGCTGAACAATAAGCTTTGTATAGTCAGGAACAACATGAGCATGAGTCTGGT
TGATGTCTCGAATCCTGATAAGAACAATCCTAGGGTATGGGAAAACATTGCGGTGAAAGG
ACAGTCGAAGAGCATTCTCAGTAATATATGGTCGAGTATTGCAGGAAGAGCTGTGAAAAG
TCACATTGTGCATTGCCAAGTGCTTCAAGCATGACATAAATGAAAACTCAACAATGGAGC
CAGAATGTTGAGGAGTAACCAACCACGTTGAGCTATCAAGAAGAGAGTACGAAGCAGGGC
AACTCTTGTTTACAGGAGCCTCATGTCTGGTCTTACTCTTAACAGTTATACATGAGACCA
AGAGTGAGTAAGAACAGACATGGCCATCTCTTACGGTGTTGTTAATCTTTGTTAGTATTT
ATAGGAATGTGGGTTTTAAATGGGGGTTTTAGCAATTGTTATAGTGCTTTTGTTTGTTGA
CATTTTGTATTCTGTGGATTTGTAAATCTCAAGTCTTTCGTCTC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9019Contig1 721 2 3 U
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AAGGGTGTATGTATCTTAATATTTACTGGAAGAGATGAGATGCTTACCTTAAGAGTATTC
ACAGAGAACTCCAGAGCAGCTTTTGTTTCAGTAGGTCCAGACTCATATGAGGGTACTAAG
TTTGCAATGTTACGAACAGTGAATGCATCACCAGGTTGGAATCCCAGGATGGCTGAAGGA
CAAACCCTAAAGTCTGCACAAGCAATCACCAAAAACTTTGGAGCTTGAGCATCTGCCAGT
TTTTTGTAGTGTTCCAAGTTATCCATGTACTTATGCTTCTTAAAGGCGAGGAAACGCTGT
TTCATGTCGTCGAACACGTCAGCGTTATCTTCTCTGTCGATTGTAGCTTCCTGAGTCAGT
CCAGGTGTCTTTCCTGATGCCATCATTTGTAAGTTGACAGCTTTTTTCCTGAAAGAAACG
GGAATTCTCAACTGGGTCTTCTCGAAGTCCTTAAAACCTGAAATCGTTCTTTGGGTTTGG
AGATTGAGGAGAGAGGTGGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGATCATGGGAGAGGGAGAAGGGG
TGAGTGGGAGAGGAGGATGCCATGAAAGGAAAGTTGGTTATTACGAATATGCGACAACAA
GGGACAAAGAGCATTCATCTGAGTGACAGAAGAAGAATAGATCTTCTGAGATTTAAAAAA
A


BQ
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3ET52JQ U 5
AF RR3ET52TF C 1
BS 1 4 RR3ET52TF
BS 5 566 RR3ET52JQ
BS 567 721 RR3ET52TF

RD RR3ET52JQ 562 0 0
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TGTAGTGTTCCAAGTTATCCATGTACTTATGCTTCTTAAAGGCGAGGAAACGCTGTTTCA
TGTCGTCGAACACGTCAGCGTTATCTTCTCTGTCGATTGTAGCTTCCTGAGTCAGTCCAG
GTGTCTTTCCTGATGCCATCATTTGTAAGTTGACAGCTTTTTTCCTGAAAGAAACGGGAA
TTCTCAACTGGGTCTTCTCGAAGTCCTTAAAACCTGAAATCGTTCTTTGGGTTTGGAGAT
TGAGGAGAGAGGTGGAAGAAGA

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3ET52TF 721 0 0
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AAGGGTGTATGTATCTTAATATTTACTGGAAGAGATGAGATGCTTACCTTAAGAGTATTC
ACAGAGAACTCCAGAGCAGCTTTTGTTTCAGTAGGTCCAGACTCATATGAGGGTACTAAG
TTTGCAATGTTACGAACAGTGAATGCATCACCAGGTTGGAATCCCAGGATGGCTGAAGGA
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TTTTTGTAGTGTTCCAAGTTATCCATGTACTTATGCTTCTTAAAGGCGAGGAAACGCTGT
TTCATGTCGTCGAACACGTCAGCGTTATCTTCTCTGTCGATTGTAGCTTCCTGAGTCAGT
CCAGGTGTCTTTCCTGATGCCATCATTTGTAAGTTGACAGCTTTTTTCCTGAAAGAAACG
GGAATTCTCAACTGGGTCTTCTCGAAGTCCTTAGAACCTGAGATCGTTCTTTGGGTTTGG
AGATTGAGGAGAGAGGTGGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGATCATGGGAGAGGGAGAAGGGG
TGAGTGGGAGAGGAGGATGCCATGAAAGGAAAGTTGGTTATTACGAATATGCGACAACAA
GGGACAAAGAGCATTCATCTGAGTGACAGAAGAAGAATAGATCTTCTGAGATTTAAAAAA
A

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

CO CL9020Contig1 703 2 2 U
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CTAGGGCAAAACCCGACAGAAGCCGAGCTCCAAGACATGATCAACGAGGTTGACGCAGAC
GGGAACGGGACAATAGATTTCCCGGAGTTTCTGAACCTGATGGCCCGAAAGACGAAAGAC
ACTGATTCAGAGGAAGAGCTTAAAGAAGCCTTCAGGGTTTTCGACAAGGACCAGAACGGT
TTCATCTCCGCCGCTGAGCTCCGCCACGTCATGACTAATCTCGGGGAGAAGCTGACCGAC
GAAGAAGTGGACGAGATGATCCGTGAGGCTGACGTGGATGGTGATGGTCAGATCAACTAT
GATGAGTTCGTCAAAGTTATGATGGCAAAGTGAAAAAAAAATACAGATTTGGTTCGTGAC
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TTGGTAAAACTCCGCTTATCGTTTTATCTCGTGCTTATCCTTCTTGCAATCTCCTTATGT
GATTAGTCTTGTATGACCTTGAATCCAACAATGTTGTAGAGCT


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CY69JQ C 1
AF RR3CY69TF U 1
BS 1 3 RR3CY69JQ
BS 4 703 RR3CY69TF

RD RR3CY69JQ 703 0 0
GGACGCGCTCGAGGGAATCGAAGAAACAACGAATACCAGCGAACTAAATTAGAAAAAAAA
ACAATGGCGGATCAGCTTACCGATGACCAGATCTCCGAGTTCAAGGAAGCCTTCAGCCTA
TTCGACAAGGACGGAGATGGCTGCATCACGACAAAGGAGCTGGGGACGGTGATGAGATCG
CTAGGGCAAAACCCGACAGAAGCCGAGCTCCAAGACATGATCAACGAGGTTGACGCAGAC
GGGAACGGGACAATAGATTTCCCGGAGTTTCTGAACCTGATGGCCCGAAAGACGAAAGAC
ACTGATTCAGAGGAAGAGCTTAAAGAAGCCTTCAGGGTTTTCGACAAGGACCAGAACGGT
TTCATCTCCGCCGCTGAGCTCCGCCACGTCATGACTAATCTCGGGGAGAAGCTGACCGAC
GAAGAAGTGGACGAGATGATCCGTGAGGCTGACGTGGATGGTGATGGTCAGATCAACTAT
GATGAGTTCGTCAAAGTTATGATGGCAAAGTGAAAAAAAAATACAGATTTGGTTCGTGAC
TTTTATTATTTGGTGCTTCTCTAAATTGCTTCTTTTGTCTTTGGTTCGTGACTTTTATTA
TTGGTAAAACTCCGCTTATCGTTTTATCTCGTGCTTATCCTTCTTGCAATCTCCTTATGT
GATTAGTCTTGTATGACCTTGAATCCAACAATGTTGTAGAGCT

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3CY69TF 703 0 0
GGT
CGCGCTCGAGGGAATCGAAGAAACAACGAATACCAGCGAACTAAATTAGAAAAAAAAACA
ATGGCGGATCAGCTTACCGATGACCAGATCTCCGAGTTCAAGGAAGCCTTCAGCCTATTC
GACAAGGACGGAGATGGCTGCATCACGACAAAGGAGCTGGGGACGGTGATGAGATCGCTA
GGGCAAAACCCGACAGAAGCCGAGCTCCAAGACATGATCAACGAGGTTGACGCAGACGGG
AACGGGACAATAGATTTCCCGGAGTTTCTGAACCTGATGGCCCGAAAGACGAAAGACACT
GATTCAGAGGAAGAGCTTAAAGAAGCCTTCAGGGTTTTCGACAAGGACCAGAACGGTTTC
ATCTCCGCCGCTGAGCTCCGCCACGTCATGACTAATCTCGGGGAGAAGCTGACCGACGAA
GAAGTGGACGAGATGATCCGTGAGGCTGACGTGGATGGTGATGGTCAGATCAACTATGAT
GAGTTCGTCAAAGTTATGATGGCAAAGTGAAAAAAAAATACAGATTTGGTTCGTGACTTT
TATTATTTGGTGCTTCTCTAAATTGCTTCTTTTGTCTTTGGTTCGTGACTTTTATTATTG
GTAAAACTCCGCTTATCGTTTTATCTCGTGCTTATCCTTCTTGCAATCTCCTTATGTGAT
TAGTCTTGTATGACCTTGAATCCAACAATGTTGTAGAGCT

QA 4 703 4 703
DS 



AS 1 2

CO CL9021Contig1 825 2 2 U
GGACCGCCTCAGCCTTATGCTTTGCCTATAACAGTAAAACCCTACCATCGTCGTCCCTCA
CAATCTCCGCCGGCGAATCTGAAATTTTCTTCGAGACTAACAATGGCGGCAGCTAACAGC
GGGACAGGGCGACAAAAACCGAACATACTCATCACGGGAACTCCCGGTACCGGCAAATCG
ACGACGGCTTCTGCTCTTTCCGAGGCCACGAGCTTCCGGCACATCTGCGTCGGAGATCTC
GTCAAAGAGAAGAGCTTGCACGACGGCTGGGACGATCAGTTCGATTCCTACGTCATCAAC
GAAGACTTGGTGTGTGATGAGCTAGAAGATATAATGGAAGGGGGAGGGAACATTGTGGAC
TACCATGGCTGCGACTTCTTCCCTGAGAGGTGGTTTGATCGTGTTGTCGTGCTTCAGACC
GAGAACTCCGTCTTGTACGACCGTTTAACCAGGAGGGGTTATTCTGGAACCAAGCTTAGT
AACAACATTGAATGCGAGATCTTCCAAGTCATGCTCGAAGAAGCGAGTGATAGTTACGAA
GAGGAGATTGTTGTCGCGCTGCAGAGTAACACCCTCGAAGATATCTCTAGCAATGTGGCG
AGTTTGACGGAATGGATTGAATCATGGAGTCCCTGAGTAATCATCATATGATGATGATGC
ATATTTTATAGCTATAATGTTCGGTTTTTTTTTTGTAGTTTTATTTTTGTTTAATGAATT
TTGCATTGATCTTTGTTAGTTTTGCAAATTTATAAGCGCAGTTCAGGTGTTGCAAGACCC
CCTTATGTATGTGTTCCTTTTGATAATTAAAAAGAAGTTTTCATT


BQ
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AF RR3EE64TF U 1
AF RR3EE64JQ C 144
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BS 680 825 RR3EE64JQ

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TACCATGGCTGCGACTTCTTCCCTGAGAGGTGGTTTGATCGTGTTGTCGTGCTTCAGACC
GAGAACTCCGTCTTGTACGACCGTTTAACCAGGAGGGGTTATTCTGGAACCAAGCTTAGT
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AGTTTGACGGAATGGATTGAATCATGGAGTCCCTGAGTAATCATCATATGATGATGATGC
ATATTTTATAGCTATAATG

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DS 

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GGCCACGAGCTTCCGGCACATCTGCGTCGGAGATCTCGTCAAAGAGAAGAGCTTGCACGA
CGGCTGGGACGATCAGTTCGATTCCTACGTCATCAACGAAGACTTGGTGTGTGATGAGCT
AGAAGATATAATGGAAGGGGGAGGGAACATTGTGGACTACCATGGCTGCGACTTCTTCCC
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TTTAACCAGGAGGGGTTATTCTGGAACCAAGCTTAGTAACAACATTGAATGCGAGATCTT
CCAAGTCATGCTCGAAGAAGCGAGTGATAGTTACGAAGAGGAGATTGTTGTCGCGCTGCA
GAGTAACACCCTCGAAGATATCTCTAGCAATGTGGCGAGTTTGACGGAATGGATTGAATC
ATGGAGTCCCTGAGTAATCATCATATGATGATGATGCATATTTTATAGCTATAATGTTCG
GTTTTTTTTTTGTAGTTTTATTTTTGTTTAATGAATTTTGCATTGATCTTTGTTAGTTTT
GCAAATTTATAAGCGCAGTTCAGGTGTTGCAAGACCCCCTTATGTATGTGTTCCTTTTGA
TAATTAAAAAGAAGTTTTCATT

QA 1 682 1 682
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3H754JQ U 58
AF RR3H754TF C 1
BS 1 57 RR3H754TF
BS 58 532 RR3H754JQ
BS 533 654 RR3H754TF

RD RR3H754JQ 481 0 0
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CTTATGCTTCTTAAAGGCGAGGAAACGCTGTTTCATGTCGTCGAACACGTCAGCGTTATC
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TAAGTTGACAGCTTTTTTCCTGAAAGAAACGGGAATTCTCAACTGGGTCTTCTCGAAGTC
CTTAAAACCTGAGATCGTTCTTTGGGTTTGGAGATTGAGGAGAGAGGTGGAAGAA
AAAAAA

QA 1 475 1 475
DS 

RD RR3H754TF 654 0 0
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GTATCTTAATATTTACTGGAAGAGATGAGATGCTTACCTTAAGAGTATTCACAGAGAACT
CCAGAGCAGCTTTTGTTTCAGTAGGTCCAGACTCATATGAGGGTACTAAGTTTGCAATGT
TACGAACAGTGAATGCATCACCAGGTTGGAATCCCAGGATGGCTGAAGGACAAACCCTAG
AGTCTTTGGAGCTTGAGCATCTGCCAGTTTTTTGTAGTGTTCCAAGTTATCCATGTACTT
ATGCTTCTTAAAGGCGAGGAAACGCTGTTTCATGTCGTCGAACACGTCAGCGTTATCTTC
TCTGTCAATTGTAGCTTCCTGAGTCAGTCCAGGTGTCTTTCCTGATGCCATCATTTGTAA
GTTGACAGCTTTTTTCCTGAAAGAAACGGGAATTCTCAACTGGGTCTTCTCGAAGTCCTT
AGAACCTGAGATCGTTCTTTGGGTTTGGAGATTGAGGAGAGAGGTGGAAGAAGAAGAAGA
AGAAAGATCATGGGAGAGGGAGAAGGGGTGAGTGGAAGAGGAGGATGCCATGAAAGGAAA
GTTGGTTATTACGAATATGCGACAACAAGGGACAAAGAGCATTCATCTGAGTCC

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

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GATCTCTGGAAGAAAGAGAAAAAAATGGCGACTTCGAGATTACAGATGGAAGGAGATGAC
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TCTCCGCAAATGAATGTGGAAGCTGTGAAAGAAAAGCTATGGAAAAAATGTGGGACATCA
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GATGATTCAAGACCACTCGGTTTCTACTCCCCTTTTGATGGGTTTCGGTTACACATAGTT
GATCTTGACCCTTCCTCTGTCACAACTGGAGGCTGGCTTGAAGATACTTCATTGGTTGAG
AAGTATACTATTTCAGAAGAGGACTATGCTAAACGAACTGACAGTTTTAGGAAATTCAAA
GAGAAAAGAGTGTCCCAGAATCCTGCCGCTTCTGAGGTTAAGACGAAGGAGGACTTCATG
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AGAGGAGTGGTCAAATACGTTGGACGAGCAGAGTCGTTGGGTCCTGGCTATTGGGTTGGA
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AGAGTTGGTGAAACAAACACTCAAATGCAACAACACTTTAAAAAAGTACTAGACTTTTGA
CCCGCACGCCCGTGCGGGTGTTCTTTTTCGGTTCGCAATATTTAATTTTTATTATATTAT
ATAAATGTGATGTTGTTAATATATATTCTATGCTGATTTAATACATATTTTATG


BQ
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AF RR3GM62TF U 1
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GG

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TTTAATACATATTTTATG

QA 1 798 1 798
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GE09JQ U 1
AF RR3EG17JQ U 1
BS 1 644 RR3EG17JQ

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GTCAT

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TCATTACTCTTGTTCAAGCTGAGAAATGATCTTAACGAAGACATCAAAGCCTTGGCACAT
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AGTTTGCACATCGAAACCTTCATCCTTGAGGTCTCGGATTAGAGGCAGAGTACCGGTGAT
GGAGTAAGGCTTCACGTGCCCCACAACTTCTTCAGTTGCTTTGCATAGTACGTGAAAGCC
GCGGGAATCAAGGTTACACGCAACTCCAGCTGATGCTTCATCAAAGCTTAACGTGAGCCT
TCCACGTAAATTCTCTTCAGGCAAGACGTATTTCGAAACAGGACCACGGGTCGCGAGTTT
CTCAATGTTAGTGTTTATGTCGTCAACATACTCTTGCAGCTTCTTCATCACTTCCTTCAC
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GATTCCACCTCCCGGATAACTCCATTGTGTTGGCTTCATGGTGG

QA 1 644 1 644
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3AX75JQ C 1
AF RR3AX75TF U 1
BS 1 700 RR3AX75TF

RD RR3AX75JQ 700 0 0
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TTCTACTTGAATTTATTTATTCTAGAACTTCGGTTTGTCC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3AX75TF 700 0 0
CATTAGGATTATTGAGAGTCTTTCTCGCGTACTCGAGAATATTGGCGATTCGATTTCGTC
TGGCAGCCGATCTCCGTTTCCCTTCTATCAATCATCTTAACTCTACCCTCATTAATCAAT
CACCCACGATGTTGATTAAATGTGATATTTTGATGTGCAAGTCGGTAGAGTCGACTATAA
GAAGAGCGGCCGCTCCTCCGCCACCGTTGAAGTTCGCTTACTCCGCTTCTGGGAGGCAGA
AACTTCCGCCGTGGTGGAGAGCTCATGGGCGTCGACATGCTCTTGGTTGATTCAGGTGGT
TTTGTCTCTTCACGGAGAAAACTCAGCAAGAAGCATTTCATCAGAAGAAGCATAAACATG
GTGGCAGAGCTGAAAAATGGGTCCAAAATCTCGGCTACAATGCCCGATAAATACAACAGT
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CGATTGCACTTACAATACTCAGAATTCCAAGCTGCAATGTATTTATCTGGAAAGAGAAGG
ATGCTAGACTTGATAACAATACTTCTGGACCGGCCAGTGCTCTAATTGAAGACATCTCTC
GACAGCTTAGAGCAAAATTTGACATTCTCTCTCGACGTGTTCTGTTCCTGTTTCCTTTCT
TTCTACTTGAATTTATTTATTCTAGAACTTCGGTTTGTCC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL9027Contig1 700 2 1 U
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TTACTTGCATACAGTTTTTATCTTAATGTGTTTTATATCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BT10JQ C 1
AF RR3BT10TF U 1
BS 1 700 RR3BT10TF

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QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3BT10TF 700 0 0
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GGACGGAGAAGAAATGGAATGAAAACCTCAGGAAAATACTCATGGAACCTTGATGATAAG
TGAGAATTGCAGTAAAGTAGTACGAAGTATATATAAAAATCTACAAGGTTGTTGTGTTAG
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TTACTTGCATACAGTTTTTATCTTAATGTGTTTTATATCC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL9028Contig1 545 2 5 U
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AAGTATCCGGCTGGAAACAAGGCTGGCTCGGTTGAATAGCCGTGCAATCAACGTCCCCAG
GACCA


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 

AF RR3GU15JQ U 1
AF RR3FN24JQ U 1
BS 1 448 RR3FN24JQ
BS 449 449 RR3GU15JQ
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BS 461 461 RR3GU15JQ
BS 462 545 RR3FN24JQ

RD RR3GU15JQ 497 0 0
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AAGTATCCGGCTGG
GAA

QA 1 494 1 494
DS 

RD RR3FN24JQ 545 0 0
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AATCTTACATTTTCTTACTATTGCTACATTCCTTCTAGAACAATGACTCACTTCTCTTTC
AGATTCTGGGTTACAATGCCAGCAAATTCATAGTTTGCAAACTGAACAACAAAGAGATCA
CGAGCCAGAGACTCCAAATCCATACTAGAGATTCGTTTCCATGTGAAGTTGAAGCAGAAG
AAGTCAATGCAGATGCATTCGTTGCCTTGGTGTTGTTCCCTCCTGCGGTTATATATATGC
ATTTGTCATAAATAGGGTCTTTGTTGACCTTAACACCAACTCCTCCAAAGCTACAAGCAA
CATCCGTACCTCCGTTCTGCTGGAAGTAGCTATTGAACACCAAAGAAGCATGAGAAACCA
AAGTATCCGGCTGGAAACAAGGCTGGCTCGGTTGAATAGCCGTGCAATCAACGTCCCCAG
GACCA

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

CO CL9029Contig1 835 2 14 U
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GAACTGAAAGCATCGAGATCAAATCGTTACCGACGAAGCCTATCGAGGGGCAGAAGACTG
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GGCAGAGATTCCCGATATTGATCTGTCTCATGTTGGAGTTATCAAATATGGAAAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK59TF U 1
AF RR3ER94TF U 61
BS 1 83 RR3GK59TF
BS 84 86 RR3ER94TF
BS 87 104 RR3GK59TF
BS 105 105 RR3ER94TF
BS 106 199 RR3GK59TF
BS 200 200 RR3ER94TF
BS 201 230 RR3GK59TF
BS 231 231 RR3ER94TF
BS 232 249 RR3GK59TF
BS 250 250 RR3ER94TF
BS 251 610 RR3GK59TF
BS 611 611 RR3ER94TF
BS 612 723 RR3GK59TF
BS 724 835 RR3ER94TF

RD RR3GK59TF 723 0 0
GGACAGTTGCGCTCTCTCTCTCTCTCTTCCTTAGATCTTCCCTCTCTCTCACTCTTTAAC
GCACACTTCCCCGTGTATCCACT***CCCCCCAAGCCAATCTCAGCAATGTCGTCGACCT
ATGCGAGATTCGACACCGTTTTTCTCCTTTCTAGGTTCGCCGGCGCTAAGTACTCGCCGT
TGTGGCCCTCTTCTTCATCTTCGTCTCTCTTATCTTCCGGCATTCACCTTTGAGCCAAGC
CGAATTCGCCTTTGCGATCGGTTACAGCATCCTCTTCATCGTCTGGTGCTATCGTCTCCG
GAACTGAAAGCATCGAGATCAAATCGTTACCGACGAAGCCTATCGAGGGGCAGAAGACTG
GTACTAGCGGCCTCCGCAAGAAGGTGAAAGTTTTCATGCAAGATAATTATCTAGCCAACT
GGATCCAGGCATTGTTTAATTCATTGCCGCTGGAGGACTATAAGGACGCCACTTTGGTTT
TAGGAGGTGATGGTCGTTACTTCAACAAAGAGGCTTCTCAGATAATAATCAAAATTGCGG
CTGGGAACGGAGTTGGGAATATTTTAGTTGGACAGGAAGGCATTTTGTCAACCCCAGCGG
TTTCCGCTGTCATCAGGAAACGGAAGGCAAATGGAGGATTTATTATGAGTGCAAGTCATA
ATCCTGGTGGACCTGAATATGACTGGGGTATCAAGTTCAATTACAGCAGTGGTCAGCCAG
CTC

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3ER94TF 775 0 0
GG
ACACTTTCCCGTGTATCCACTCTCCCCCCCAAGCCAATCTCAACAATGTCGTCGACCTAT
GCGAGATTCGACACCGTTTTTCTCCTTTCTAGGTTCGCCGGCGCTAAGTACTCGCCGTTG
TGGCCCTCTTCTTCATCGTCGTCTCTCTTATCTTCCGGCATTCACCTTAGAGCCAAGCCG
AATTCGCATTTGCGATCGGTTACAGCATCCTCTTCATCGTCTGGTGCTATCGTCTCCGGA
AGTGAAAGCATCGAGATCAAATCGTTGCCGACGAAGCCTATCGAGGGGCAGAAGACTGGT
ACTAGCGGCCTCCGCAAGAAGGTGAAAGTTTTCATGCATGATAATTATCTAGCCAACTGG
ATCCAGGTATTGTTTAATTCATTTCCGCTGGAGGACTATAAGGACGCCACTTTGGTTTTA
GGAGGTGATGGTCGTTACTTCAACAAAGAGGCTTCTCAGATAATAATCAAAATTGCGGCT
GGGAATGGAGTTGGGAATATTTTAGTTGGACAGGAAGGCATTTTGTCAACCCCAGCGGTT
TCCGCTGTAATCAGGAAACGGAAGGCAAATGGAGGATTTATTATGAGTGCAAGTCATAAT
CCTGGTGGACCTGATTATGACTGGGGTATCAAGTTCAATTACAGCAGTGGTCAGCCAGCT
CCAGAATCCATTACTGACAAAATTTATGGAAATACACTTTCAATCTCTGAGATTAAGTGG
CAGAGATTCCCGATATTGATCTGTCTCATGTTGGAGTTATCAAATATGGAAAT

QA 3 775 3 775
DS 



AS 1 2

CO CL9030Contig1 906 2 4 U
GGAGGTTCACGGGATCAAACCAAGGGCGATGCACTATGCCTGCATGATTGAGATTTTGGG
TAGAGACGGTTTATTAGATGAAGCCATTGCTTTCATAAGAAGAGCTCCTTTGAAACCGAC
TGTTAATATGTGGGCAGCGCTCTTGAATGCATGTAGGATGCATGGAAACTTAGAGCTGGG
AAGAGTGGTTGCTGAGAAACTCTATGGAATGGAACCTGAGAAGCTCGGTAACTACGTTGT
GATGTATAATGTGTACAACAGTATGGGGAAAACTGCAGAAGCTGCAGGAGTTTTGGATAC
GTTGGAGAGCAAAGGTTTGAGAATGATGCCGGCTTGTACTTGGGTCGAGGTTGGAGATCA
GACTCACAGTTTTCTTTCAGGAGACGAGTGTGATTCATACAATGAGGCGGTGAAAAGGCA
AATATACCACAAAGTTGATGAATTAATGAAAGAAATTTCCGAGTATGGGTACTCGGTGGC
GGAGGAGAAGAACCTTTTATTGGACGTGGATGTAAATGAAGAACGAGTAGTGAGATATCA
CAGCGAGAAGCTTGCGATAGCTTATATTGGTGAATACGCCGGAATGGAATCCATTGCAGA
TAACTCAGAACCATAGGATATGCAAAGAGTGTCACAAGGTGGTTGAGTTTATATCTTTGA
TTACAGGAAGAGAGATTGTAGTGAGAGACGCGAGCAGGTTCCATCATTTCAAAGAAGGGA
AGTGTTCTTGTGGAGGATATTGGTGAATCGGAATGGTGTCGAGGAAGTAGAAGCAGAGCT
CAAAGTGTCGATGTTTCCTTTTCTTTTTTGTTTCTTTGCGCTAAAGATAGAAATAGTGTG
ATCATGTAACGGTTTCTAGTCTTGTTTCTGATTCTTTATCAATAAAGGGAAGAGCTTTGT
TATTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA85TF U 1
AF RR3GA85JQ C 175
BS 1 638 RR3GA85TF
BS 639 639 RR3GA85JQ
BS 640 662 RR3GA85TF
BS 663 906 RR3GA85JQ

RD RR3GA85TF 662 0 0
GGAGGTTCACGGGATCAAACCAAGGGCGATGCACTATGCCTGCATGATTGAGATTTTGGG
TAGAGACGGTTTATTAGATGAAGCCATTGCTTTCATAAGAAGAGCTCCTTTGAAACCGAC
TGTTAATATGTGGGCAGCGCTCTTGAATGCATGTAGGATGCATGGAAACTTAGAGCTGGG
AAGAGTGGTTGCTGAGAAACTCTATGGAATGGAACCTGAGAAGCTCGGTAACTACGTTGT
GATGTATAATGTGTACAACAGTATGGGGAAAACTGCAGAAGCTGCAGGAGTTTTGGATAC
GTTGGAGAGCAAAGGTTTGAGAATGATGCCGGCTTGTACTTGGGTCGAGGTTGGAGATCA
GACTCACAGTTTTCTTTCAGGAGACGAGTGTGATTCATACAATGAGGCGGTGAAAAGGCA
AATATACCACAAAGTTGATGAATTAATGAAAGAAATTTCCGAGTATGGGTACTCGGTGGC
GGAGGAGAAGAACCTTTTATTGGACGTGGATGTAAATGAAGAACGAGTAGTGAGATATCA
CAGCGAGAAGCTTGCGATAGCTTATATTGGTGAATACGCCGGAATGGAATCCATTGCAGA
TAACTCAGAACCATAGGATATGCAAAGAGTGTCACAAG*TGGTTGAGTTTATATCTTTGA
TT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3GA85JQ 732 0 0
GCTGGGAAGAGTGGTTGCTGAGAAACTCTATGGAATGGAACCTGAGAAGCTCGGTAACTA
CGTTGTGATGTATAATGTGTACAACAGTATGGGGAAAACTGCAGAAGCTGCAGGAGTTTT
GGATACGTTGGAGAGCAAAGGTTTGAGAATGATGCCGGCTTGTACTTGGGTCGAGGTTGG
AGATCAGACTCACAGTTTTCTTTCAGGAGACGAGTGTGATTCATACAATGAGGCGGTGAA
AAGGCAAATATACCACAAAGTTGATGAATTAATGAAAGAAATTTCCGAGTATGGGTACTC
GGTGGCGGAGGAGAAGAACCTTTTATTGGACGTGGATGTAAATGAAGAACGAGTAGTGAG
ATATCACAGCGAGAAGCTTGCGATAGCTTATATTGGTGAATACGCCGGAATGGAATCCAT
TGCAGATAACTCAGAACCATAGGATATGCAAAGAGTGTCACAAGGTGGTTGAGTTTATAT
CTTTGATTACAGGAAGAGAGATTGTAGTGAGAGACGCGAGCAGGTTCCATCATTTCAAAG
AAGGGAAGTGTTCTTGTGGAGGATATTGGTGAATCGGAATGGTGTCGAGGAAGTAGAAGC
AGAGCTCAAAGTGTCGATGTTTCCTTTTCTTTTTTGTTTCTTTGCGCTAAAGATAGAAAT
AGTGTGATCATGTAACGGTTTCTAGTCTTGTTTCTGATTCTTTATCAATAAAGGGAAGAG
CTTTGTTATTAG

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL9031Contig1 914 2 2 U
GGTGACGGTTCTATGGTCCAAGAATCTCATGAACCATTCTCTAACGGTCATGGTCACAAG
CGTGGAAGGCGATATGAATTATTGCTGCAAGGTTGACCTTAAGCCGTGGCATTTCTGGAA
CAAGAAAGGGTACAAGTCTTTTGAGGTCGAAGGAAACCCTGTAGAGGTGTATTGGGATTT
CAGGTCTGCGAAATTCACGAGCAGCCCCGAGCCTAGCTCCGACTTCTACGTGGCTCTAGT
CGCGGAGGAAGAGGTGGTTTTGTTGGTGGGTGATTACAAGAAGAAGGCGTTCAAGAGAAC
AAAATCGAGACCCGCTTTGGTCGAGGCTGCCTTGTTTTACAAGAAAGAAAACGTGTTTGG
GAAGAAAAGTTTCGCCACGAGGGCTAAGTTTTACGACAGGAAAAAAGAGCACGAGATCAA
CGTGGAGAGCTCTATCTCCGGGACCAAAGAGCCAGAGATGTGGATAAGTATCGACGGGAT
TGTGTTGGTACAGGTCAAGAATCTGCAGTGGATATTCAGAGGGAACCAGACCGTGTTGGT
AGATAAACAACCTGTTCAAGTCTTTTGGGATGTGTATGATTGGTTGTTCAGTGCGCCGGG
GACAGGACATGGTCTGTTTATATTCAAACCAGGGACCGCAGAAGACGGCGACATGGAAGG
AAGTGGTCATGGTGGTGGTGAGAGTGATACGAGCACAGGGAGCAGGTACCATTCGACCAA
GAGTGGCTCTTGGCCGCCTGAGTTTTGCCTCTTTCTTTATGCTTGGAAACTTGAATAGCA
GTCTATCAAAAAGAGAAGCTTTTGTCAAGAAAATGTATTATACGGGTTTGATTGATCTCA
AATGGTGACATAACATTATCACAAATCACTAGGGTACGATATACAAATCGTAGTCAAGCT
TTGGTCTATTCATC


BQ
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AF RR3EP06TF U 1
AF RR3EP06JQ C 324
BS 1 642 RR3EP06TF
BS 643 914 RR3EP06JQ

RD RR3EP06TF 642 0 0
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CGTGGAAGGCGATATGAATTATTGCTGCAAGGTTGACCTTAAGCCGTGGCATTTCTGGAA
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CAGGTCTGCGAAATTCACGAGCAGCCCCGAGCCTAGCTCCGACTTCTACGTGGCTCTAGT
CGCGGAGGAAGAGGTGGTTTTGTTGGTGGGTGATTACAAGAAGAAGGCGTTCAAGAGAAC
AAAATCGAGACCCGCTTTGGTCGAGGCTGCCTTGTTTTACAAGAAAGAAAACGTGTTTGG
GAAGAAAAGTTTCGCCACGAGGGCTAAGTTTTACGACAGGAAAAAAGAGCACGAGATCAA
CGTGGAGAGCTCTATCTCCGGGACCAAAGAGCCAGAGATGTGGATAAGTATCGACGGGAT
TGTGTTGGTACAGGTCAAGAATCTGCAGTGGATATTCAGAGGGAACCAGACCGTGTTGGT
AGATAAACAACCTGTTCAAGTCTTTTGGGATGTGTATGATTGGTTGTTCAGTGCGCCGGG
GACAGGACATGGTCTGTTTATATTCAAACCAGGGACCGCAGA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3EP06JQ 591 0 0
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CTAAGTTTTACGACAGGAAAAAAGAGCACGAGATCAACGTGGAGAGCTCTATCTCCGGGA
CCAAAGAGCCAGAGATGTGGATAAGTATCGACGGGATTGTGTTGGTACAGGTCAAGAATC
TGCAGTGGATATTCAGAGGGAACCAGACCGTGTTGGTAGATAAACAACCTGTTCAAGTCT
TTTGGGATGTGTATGATTGGTTGTTCAGTGCGCCGGGGACAGGACATGGTCTGTTTATAT
TCAAACCAGGGACCGCAGAAGACGGCGACATGGAAGGAAGTGGTCATGGTGGTGGTGAGA
GTGATACGAGCACAGGGAGCAGGTACCATTCGACCAAGAGTGGCTCTTGGCCGCCTGAGT
TTTGCCTCTTTCTTTATGCTTGGAAACTTGAATAGCAGTCTATCAAAAAGAGAAGCTTTT
GTCAAGAAAATGTATTATACGGGTTTGATTGATCTCAAATGGTGACATAACATTATCACA
AATCACTAGGGTACGATATACAAATCGTAGTCAAGCTTTGGTCTATTCATC

QA 1 591 1 591
DS 



AS 1 2

CO CL9032Contig1 618 2 1 U
GAAAGTCTCAACCTTTTCTTCGTCTTCAAGTCTCAGCTTCCAAAGACATAGTAGAAGAAT
AGCTCGATGCTTCTCGTCTGACACGAACCCCTCCGTTCTTCAGCCGCCGGACGTATCCCG
TCTAGCTGAGACAGCTCAAATCTCCCTCACTCCTTCCGAGATTGAGGAATGTGGTGCTAA
GATTCGTCAAGTCATCCACTGGTTTGGTCAACTTCAACAAGTTGATGTTAGCTGTGTGGA
GCCAGCTATTAGAGCAGAAATGGAAGGTGGAAATTTGCGAGAGGATGCTCCTGAAACATT
TGAGAACAGGGATAGTATAAGAGCTTCGATTCCAAGCTTTGATGAGGTGTATTTAAAAGT
ACCTAAAGTACTAAACAAAGAGTGACTTTTTGTCAGCTTCTTCGGGTTGTGTGGTGGCAG
AAGAGATTCAATCTCAGCTCAGGTTCCACCATCTCTTTATTTTTATTTTTTGATTTGGTT
AGGAGAGACCAAAGCTGCCTCTTAACTATCAAGTCTCACGAAGGCTATTACTCTACAACA
TGGTGTTACTTTATGAACTCGATCCATCCATTTCCATCGTTGATCGTTTATAAACCCCGG
GCCAACCGCTTGTTCCAC


BQ
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AF RR3EY39TF U 1
AF RR3EY39JQ C 82
BS 1 618 RR3EY39TF

RD RR3EY39TF 618 0 0
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AGCTCGATGCTTCTCGTCTGACACGAACCCCTCCGTTCTTCAGCCGCCGGACGTATCCCG
TCTAGCTGAGACAGCTCAAATCTCCCTCACTCCTTCCGAGATTGAGGAATGTGGTGCTAA
GATTCGTCAAGTCATCCACTGGTTTGGTCAACTTCAACAAGTTGATGTTAGCTGTGTGGA
GCCAGCTATTAGAGCAGAAATGGAAGGTGGAAATTTGCGAGAGGATGCTCCTGAAACATT
TGAGAACAGGGATAGTATAAGAGCTTCGATTCCAAGCTTTGATGAGGTGTATTTAAAAGT
ACCTAAAGTACTAAACAAAGAGTGACTTTTTGTCAGCTTCTTCGGGTTGTGTGGTGGCAG
AAGAGATTCAATCTCAGCTCAGGTTCCACCATCTCTTTATTTTTATTTTTTGATTTGGTT
AGGAGAGACCAAAGCTGCCTCTTAACTATCAAGTCTCACGAAGGCTATTACTCTACAACA
TGGTGTTACTTTATGAACTCGATCCATCCATTTCCATCGTTGATCGTTTATAAACCCCGG
GCCAACCGCTTGTTCCAC

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3EY39JQ 537 0 0
CACGAACCCCTCCGTTCTTCAGCCGCCGGACGTATCCCGTCTAGCTGAGACAGCTCAAAT
CTCCCTCACTCCTTCCGAGATTGAGGAATGTGGTGCTAAGATTCGTCAAGTCATCCACTG
GTTTGGTCAACTTCAACAAGTTGATGTTAGCTGTGTGGAGCCAGCTATTAGAGCAGAAAT
GGAAGGTGGAAATTTGCGAGAGGATGCTCCTGAAACATTTGAGAACAGGGATAGTATAAG
AGCTTCGATTCCAAGCTTTGATGAGGTGTATTTAAAAGTACCTAAAGTACTAAACAAAGA
GTGACTTTTTGTCAGCTTCTTCGGGTTGTGTGGTGGCAGAAGAGATTCAATCTCAGCTCA
GGTTCCACCATCTCTTTATTTTTATTTTTTGATTTGGTTAGGAGAGACCAAAGCTGCCTC
TTAACTATCAAGTCTCACGAAGGCTATTACTCTACAACATGGTGTTACTTTATGAACTCG
ATCCATCCATTTCCATCGTTGATCGTTTATAAACCCCGGGCCAACCGCTTGTTCCAC

QA 1 537 1 537
DS 



AS 1 2

CO CL9033Contig1 596 2 2 U
TAAATCCTCAAGTCTTAATACTTATTTATTTCTGATAGTTAAAACTTAAATATCATCCAT
CCAACACAAACAGCATTGGTAGGTCGATGCTAGCGACGCAAACACAAACACAACCACACT
ACATAATCATTCATCAGGTTTTATTTAAATATATAAAAATAAAAACACTAAGCCTCCTTC
TTATCCCCAGTGAGGAGATCCATCACCACGCCTTTAAGGCTTCCATTGTTCTTCTTCAGC
AGCCTCTTGTTCGTCACATTATCACAGAAGCCCATTTCCTGAAGCTCCTCTAGCATAGGA
TCCCACTCGCTTACTCCACAAAGTGCCTCAACAGACTGCTCAAAGTCGTACTCGTTCTCC
CTCAAGATCTCCTTGTTCAAATCAATCTCTTTGAATCCCATTTCCTCTAGCTCCTTTAGC
ATGCTTATCACCACCTCGTTCTTCTCTATATCCTCTTCGAGAGGAGCAGGAATGTCCATT
GAAAATGAATAAGCACCGCCCAACGTCTCAACATTAGGCTTATTTGGGACCTCAATTATG
TTGCATGACGACGAAGATGTAGTAGAATCCATCGCTCACGGACTAGTTCAAGACCC


BQ
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AF RR3D911TF C 1
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CATAATCATTCATCAGGTTTTATTTAAATATATAAAAATAAAAACACTAAGCCTCCTTCT
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QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DA79JQ U 1
AF RR3GE62JQ U 38
BS 1 149 RR3DA79JQ
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BS 645 758 RR3GE62JQ

RD RR3DA79JQ 644 0 0
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TAACTGCTTCAAAACTTCTAAACTGAGGATCAGAGAAGTCAGGAGCTTGCAGTATAATAT
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TGAAGATAGTGATAAGCTTTCCAGATTCAACATTGTGATCTATTGTATATCCTATGTCCA
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QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3GE62JQ 721 0 0
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AAGAACCGATCTTCTCGCTTGCATCAAATCTTCCAAAGTACCGAGTTTCAACGAGCTCGT
C

QA 1 721 1 721
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CD68JQ C 1
AF RR3CD68TF U 1
BS 1 586 RR3CD68TF

RD RR3CD68JQ 586 0 0
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TCCTGCTGGTATCAAAACTCCCGTTAACAACTACGCCCGAGCTGAAGGACAGAACACCGG
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QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3CD68TF 586 0 0
GGACTCTCTCCGTCCGTTTGCTTCTTCTTCTAGATCTGATCGCGATTTTCGCCGGAAGAA
GTGTGTATCTATTATGGGTCGTGGAAACAGCTGTGGTGGAGGTCAGAGCTCACTCAATTA
TCTCTTTGGTGGTGGTGGTGATGCACCTCCTCCTAAGCCCGCTCCAGCTCCTTCTACTGA
GCCTAACAACGCTACTGCTGCACCTGCACCTGCACCTGCACAAGCACCTGCACCTGTTAC
TGCCACCGCACTCACCACCGCTACTACCAGCGTGGAGCCTGCAGAGCTCAACAAGCAGAT
TCCTGCTGGTATCAAAACTCCCGTTAACAACTACGCCCGAGCTGAAGGACAGAACACCGG
AAACTTCATCACTGACCGTCCTTCGACTAAAGTCCATGCAGCTCCTGGAGGTGGATCATC
CTTGGATTATCTCTTCACTGGTGGCAAGTAAAGTATCGGACAAAAGAAAAAAAACATTAT
GTGTAATGCAAATGCGTATCCATTCTCTCCTTGTTGCATTCGCACACTACTAAACTGTTT
GTTGTGAGAGTCCTTTAATGATAAGAAGTCGGTTTCTTGTCAATCC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL9036Contig1 988 2 4 U
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TGATGAATTCGTCGGTGGGAACGACAAGGCTGAGTTGGTTTCAAGAAGCCACCGTCAAGC
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TGATTCCGACAAGTTAGACAAAGCAGCTCTCTTAGAAAGAGTGATTGAACAAGTGAAGGA
GCTCAAACAAAACGCAAAAGAATCTCCAATCTTCCAAGATCTTCCAACAGAAGCAGATGA
AGTGATCGTCCTGCCGGAAACAATCTCCAATGACTTTAAACCAGACACAATCCTCTTCAA
AACTTCCTTCTGCTGTCCAGATCAAACCGAAGCAATACCAGAGATCGTAGGGGTTCTCAC
AAAGTTTCAACTCGAGACAATACAAGCTGAGATTATCTGTATTGGAGGAAGAATGAGGAT
CAATTTCATCTTAAAAGAGACAGCAACTACTACTACATCAGCAAAAGCTTTAAAGCAATC
TCTATGCGCAGCTTTGAACCGAATCACATCTTTGTCTTCTTCGTCAACTTCATCGGTTTG
TAGGATTAGAAGCAAGAGGCAGAGATGGTTCCTCTCTTCTAACTACTCACAATGATTAAA
AAAAAATCACAAAACGATTTTTACTACTCTACAATATACATAAGAGAACACAAACCCATT
TGTTATGTTAGCAATTTAAAGATCTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AS62TF U 1
AF RR3AS62JQ C 299
BS 1 625 RR3AS62TF
BS 626 626 RR3AS62JQ
BS 627 832 RR3AS62TF
BS 833 988 RR3AS62JQ

RD RR3AS62TF 832 0 0
GGAACTCAGTTCCACTTACATCTTCCAAACAAAACAAAAACACAGCACCTCTTTCAGTTC
TGAGTTTTAGAATCTACGCACTCAAAAATAATATTTATATACTATTTAATTTAACAAATA
AGAAAGTAAAGTATAAACAATTCTTTTTTATTGGTTTTTCTCGGGGATGGAGAACTCGTA
CGAGTTGGCAGCAGCAGGCAAGTGGTCTGATTCAACAAGTCCATATAACATGGTCTCATG
GTCATTATTACAACCTGGTTCCTCAGATACTGATCTTAGCCGCTTTAACCTTGGTTCCTC
TGATGAATTCGTCGGTGGGAACGACAAGGCTGAGTTGGTTTCAAGAAGCCACCGTCAAGC
GGAGAAGAGACGCCGTGACCGTATTAATTCTCACCTCTCCGCGCTCCGGAAACTCGTCCC
TGATTCCGACAAGTTAGACAAAGCAGCTCTCTTAGAAAGAGTGATTGAACAAGTGAAGGA
GCTCAAACAAAACGCAAAAGAATCTCCAATCTTCCAAGATCTTCCAACAGAAGCAGATGA
AGTGATCGTCCTGCCGGAAACAATCTCCAATGACTTTAAACCAGACACAATCCTCTTCAA
AACTTCCTTCTGCTGTCCAGATCAA*CCGAAGCAATACCAGAGATCGTAGGGGTTCTCAC
AAAGTTTCAACTCGAGACAATACAAGCTGAGATTATCTGTATTGGAGGAAGAATGAGGAT
CAATTTCATCTTAAAAGAGACAGCAACTACTACTACATCAGCAAAAGCTTTAAAGCAATC
TCTATGCGCAGCTTTGAACCGAATCACATCTTTGTCTTCTTCGTCAACTTCA

QA 1 832 1 832
DS 

RD RR3AS62JQ 690 0 0
TCTGATGAATTCGTCGGTGGGAACGACAAGGCTGAGTTGGTTTCAAGAAGCCACCGTCAA
GCGGAGAAGAGACGCCGTGACCGTATTAATTCTCACCTCTCCGCGCTCCGGAAACTCGTC
CCTGATTCCGACAAGTTAGACAAAGCAGCTCTCTTAGAAAGAGTGATTGAACAAGTGAAG
GAGCTCAAACAAAACGCAAAAGAATCTCCAATCTTCCAAGATCTTCCAACAGAAGCAGAT
GAAGTGATCGTCCTGCCGGAAACAATCTCCAATGACTTTAAACCAGACACAATCCTCTTC
AAAACTTCCTTCTGCTGTCCAGATCAAACCGAAGCAATACCAGAGATCGTAGGGGTTCTC
ACAAAGTTTCAACTCGAGACAATACAAGCTGAGATTATCTGTATTGGAGGAAGAATGAGG
ATCAATTTCATCTTAAAAGAGACAGCAACTACTACTACATCAGCAAAAGCTTTAAAGCAA
TCTCTATGCGCAGCTTTGAACCGAATCACATCTTTGTCTTCTTCGTCAACTTCATCGGTT
TGTAGGATTAGAAGCAAGAGGCAGAGATGGTTCCTCTCTTCTAACTACTCACAATGATTA
AAAAAAAATCACAAAACGATTTTTACTACTCTACAATATACATAAGAGAACACAAACCCA
TTTGTTATGTTAGCAATTTAAAGATCTTGC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL9037Contig1 885 2 2 U
GGTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGTTTCTATTTTCTCGTTAGGTTTCACTCATGGCTTTG
ACCACCAACCCTCACCAACTCCAGAGATCCTTCCTCTCCTCCAACCACCGCGTCGTCTCC
CCCCAACGACACTCTGAAACCGCGCCTTCATGCCTGAGATTCCGCCGCACAGGTGTGCAA
TACTCGGCGGTGGCAAAGGAGTGCAGAGTGAAGGGAGTGAAAGCGAGGCAGATTATCGAT
AGCAGAGGCAATCCAACGGTGGAGGTTGATCTGGTTACCGATGATCTGTACCGTTCCGCC
GTTCCCAGTGGTGCATCTACCGGGATCTACGAGGCTCTCGAACTTAGAGATGGAGATAAG
AGCGTTTACGGTGGTAAAGGTGTCTTGCAGGCTATTAAGAACATCAACGAACTTGTGGCT
CCCAAACTCATCGGAGTTGATGTTAGGAACCAAGCTGATGTAGATGCCCTTATGCTGGAA
CTGGATGGGACTTTGAACAAGTCAAAACTCGGGGCTAACGCTATATTAGGAGTGTCACTG
AGCGTTTGCAGGGCAGGTGCTGGAGCCAAAGGAGTGCCTCTGTACAAACACATCCAGGAA
CTATCTGGAACAAAGGAGCTTGTCATGCCTGTTCCTGCTTTCAATGTCATCAATGGTGGC
AGTCACGCTGGGAACAGCTTGGCTATGCAAGAGTTTATGATTCTACCTGTAGGAGCAACC
TCTTTCTCTGAGGCCTTTCAGATGGGAAGTGAAGTTTACCATACGTTGAAGGGGATAATC
AAAAGTAAGTATGGTCAAGATGCTTGTAATGTGGGAGATGAAGGAGGTTTTGCTCCAAAT
GTTCAAGATAACAGGAGGGACTAGTTCTGCTCATTGACGCTATTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3C658TF U 1
AF RR3FY92TF U 160
BS 1 710 RR3C658TF
BS 711 885 RR3FY92TF

RD RR3C658TF 710 0 0
GGTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGTTTCTATTTTCTCGTTAGGTTTCACTCATGGCTTTG
ACCACCAACCCTCACCAACTCCAGAGATCCTTCCTCTCCTCCAACCACCGCGTCGTCTCC
CCCCAACGACACTCTGAAACCGCGCCTTCATGCCTGAGATTCCGCCGCACAGGTGTGCAA
TACTCGGCGGTGGCAAAGGAGTGCAGAGTGAAGGGAGTGAAAGCGAGGCAGATTATCGAT
AGCAGAGGCAATCCAACGGTGGAGGTTGATCTGGTTACCGATGATCTGTACCGTTCCGCC
GTTCCCAGTGGTGCATCTACCGGGATCTACGAGGCTCTCGAACTTAGAGATGGAGATAAG
AGCGTTTACGGTGGTAAAGGTGTCTTGCAGGCTATTAAGAACATCAACGAACTTGTGGCT
CCCAAACTCATCGGAGTTGATGTTAGGAACCAAGCTGATGTAGATGCCCTTATGCTGGAA
CTGGATGGGACTTTGAACAAGTCAAAACTCGGGGCTAACGCTATATTAGGAGTGTCACTG
AGCGTTTGCAGGGCAGGTGCTGGAGCCAAAGGAGTGCCTCTGTACAAACACATCCAGGAA
CTATCTGGAACAAAGGAGCTTGTCATGCCTGTTCCTGCTTTCAATGTCATCAATGGTGGC
AGTCACGCTGGGAACAGCTTGGCTATGCAAGAGTTTATGATTCTACCTGT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3FY92TF 726 0 0
G
TCCGCCGCACAGGTGTGCAATGCTCGGCGGTGGCAAAGGAGTGCAGAGTGAAGGGAGTGA
AAGCGAGGCAGATTATCGATAGCAGAGGCAATCCAACGGTGGAGGTTGATCTGGTTACCG
ATGATCTGTACCGTTCCGCCGTTCCCAGTGGTGCATCTACCGGGATCTACGAGGCTCTCG
AGCTTAGAGATGGAGATAGGAGCGTTTACGGTGGTAAAGGTGTCTTGCAGGCTATTAAGA
ACATCAACGAACTTGTGGCTCCCAAACTCATCGGAGTTGATGTTAGGAACCAAGCTGATG
TAGATGCCCTTATGCTGGAACTGGATGGGACTTTGAACAAGTCAAAACTCGGGGCTAACG
CTATATTAGGAGTGTCACTGAGCGTTTGCAGTGCAGGTGCTGGAGCCAAAGGAGT*CCTC
TGTACAAACACATCCAGGAACTATCTGGAACAAAGGAGCTTGTCATGCCTGTTCCTGCTT
TCAATGTCATCAATGGTGGCAGTCACGCTGGGAACAGCTTGGCTATGCAAGAGTTTATGA
TTCTACCTGTAGGAGCAACCTCTTTCTCTGAGGCCTTTCAGATGGGAAGTGAAGTTTACC
ATACGTTGAAGGGGATAATCAAAAGTAAGTATGGTCAAGATGCTTGTAATGTGGGAGATG
AAGGAGGTTTTGCTCCAAATGTTCAAGATAACAGGAGGGACTAGTTCTGCTCATTGACGC
TATTG

QA 2 726 2 726
DS 



AS 1 2

CO CL9038Contig1 599 2 1 U
AGGGGGCCGTCACGCTAACACAACACGTAGACAGACACCTTCTCCGTCGTCTTCTCTATC
GCAACCATGATATGTCAGAGGAGAACCGTCGCGCAATCTCCAAGTACCTCTTCCAAGAGG
GAGTTCTGTTTGCGAAAAAAGATTTCAATTTAGCGCAGCATCCATTGGTGGAAGGTGTAC
CGAATCTGCAAATAATAAAATTGATGCAGAGCTTCAAGTCTAAGGAGTACGTTCGCGAGA
CGTTTGCATGGATGCATTACTACTGGTTTCTCACCAACCAAGGCATTGACTTTCTGAGGA
CTTACCTCAATCTCCCTTCTGAGATTGTTCCCGCCACTTTGAAGAAACAACAGAAGCCTC
TTGGTCGTCCCATTGGTGGTGACCGTCCCGTGGCCTTCAGGGGACCTGGAGCTGGATCTA
GGCCTGGGTTTGGCCGTGGAGCCGGTGGGTTTGGTGCTGGTCCAGCTGCTGGATCAGATC
TTCCTTGAAAGGGAAATGTAATCCTTGTTTCTTTTTGGCTAAATTGTACTTCAGATTTGA
GAAGAATGTCTTTTACTCAACATGATTGTTTTTACGTACGTTAGAATTTTATTAAGGAC


BQ
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AF RR3G145TF U 1
AF RR3G145JQ C 59
BS 1 599 RR3G145TF

RD RR3G145TF 599 0 0
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GAGTTCTGTTTGCGAAAAAAGATTTCAATTTAGCGCAGCATCCATTGGTGGAAGGTGTAC
CGAATCTGCAAATAATAAAATTGATGCAGAGCTTCAAGTCTAAGGAGTACGTTCGCGAGA
CGTTTGCATGGATGCATTACTACTGGTTTCTCACCAACCAAGGCATTGACTTTCTGAGGA
CTTACCTCAATCTCCCTTCTGAGATTGTTCCCGCCACTTTGAAGAAACAACAGAAGCCTC
TTGGTCGTCCCATTGGTGGTGACCGTCCCGTGGCCTTCAGGGGACCTGGAGCTGGATCTA
GGCCTGGGTTTGGCCGTGGAGCCGGTGGGTTTGGTGCTGGTCCAGCTGCTGGATCAGATC
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GAAGAATGTCTTTTACTCAACATGATTGTTTTTACGTACGTTAGAATTTTATTAAGGAC

QA 1 599 1 599
DS 

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GGGAGTTCTGTTTGCGAAAAAAGATTTCAATTTAGCGCAGCATCCATTGGTGGAAGGTGT
ACCGAATCTGCAAATAATAAAATTGATGCAGAGCTTCAAGTTTAAGGAGTACGTTCGCGA
GACGTTTGCATGGATGCATTACTACTGGTTTCTCACCAACCAAGGCATTGACTTTCTGAG
GACTTACCTCAATCTCCCTTCTGAGATTGTTCCCGCCACTTTGAAGAAACAACAGAAGCC
TCTTGGTCGTCCCATTGGTGGTGACCGTCCCGTGGCCTTCAGGGGACCTGGAGCTGGATC
TAGGCCTGGGTTTGGCCGTGGAGCCGGTGGGTTTGGTGCTGGTCCAGCTGCTGGATCAGA
TCTTCCTTGAAAGGGAAATGTAATCCTTGTTTCTTTTTGGCTAAATTGTACTTCAGATTT
GAGAAGAATGTCTTTTACTCAACATGATTGTTTTTACGTACGTTAGAATTTTATTAAGGA
C

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 2

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TGTGCGACTCAGCTTCTCTTTCTCGCTGTTCCTCATACGAGACAGACTCCGAGATCTTCA
CCAGCTCCAGCTCATGCTCCTCCTACAGTGAATCTGAAGAAGAGTTCGAGAATGCTTTTG
GTGGTGAGTCGCTGCAAGAAACCAAGAAGTTGGAGAAGAAGAAGAGCAGTGTGTTGCTTG
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AGCTTAAAGGCTGTGTAGATCTAGGCTTTGGTTTCAACTACGATGAGATTCCTGAGCTTT
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ATCATCATCACCACCACCATACTTCTTCGCCTGAGAAGATTGAATCGCCTCTAGCTAGCT
GGAAGATCTCCAGTCCTGGGGACAGTCCTGATGATGTCAAAGCAAGGTTGAAGTTTTGGG
CACAAGCTGTGGCATGCACCGTGAGATTATGCACTTGAGATTTGGATTTTGAAGCATTCA
AAAATGGGTGAGAAAGAAGACGATGAACAACATAATTGCTGCATGCAGGAATGATGTCTC
TTTATATTAGGCTGTTCTCTTTCAGCTTTTTTGAGACTGACCTGCTTGAAAGAAACCCCC
TTTTGTTGTATGAGTTATGTTCATGGATATATAAAAAAAAATCTTATAGATTTTGCTAGG
AAAATGTCTTGTAATGCTTTTTTTAAATAA


BQ
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AF RR3FM83TF U 1
AF RR3FM83JQ C 426
BS 1 592 RR3FM83TF
BS 593 810 RR3FM83JQ

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CACAAGCTGTGGCATGCACCGTGAGATTATGCACTTGAGATTTGGATTTTGA

QA 1 592 1 592
DS 

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GCTGTGGCATGCCCCGTGAGATTATGCACTTGAGATTTGGATTTTGAAGCATTCAAAAAT
GGGTGAGAAAGAAGACGATGAACAACATAATTGCTGCATGCAGGAATGATGTCTCTTTAT
ATTAGGCTGTTCTCTTTCAGCTTTTTTGAGACTGACCTGCTTGAAAGAAACCCCCTTTTG
TTGTATGAGTTATGTTCATGGATATATAAAAAAAAATCTTATAGATTTTGCTAGGAAAAT
GTCTTGTAATGCTTTTTTTAAATAA

QA 1 385 1 385
DS 



AS 1 2

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CACTGCTGGTGTATTGCCTATGTATGCCGTTACATTCATTGGTTATTGGGCCTACGGGTC
CTCGACATCGACTTATCTCTTAAACAGCGTTACTGGACCTCTCTGGGTTAAAGCTCTGGC
TAACATCTCAGCCTTTCTCCAATCTGTTATCGCTTTACACATTTTTGCAAGTCCGACATA
TGAGTTTATGGATACAAAATATGGAATCAAAGGAAGTCCATTAGCTTTGAAGAATCTGTT
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GCCGTTTCTTGGAGATTTCATGAGCCTCACGGGAGCTATAAGTACTTTCCCTCTCACCTT
CATATTAGCAAACCACATGTATGCTGTAGCGATGAACGATAAGCTTAGCCCTACTCAGAA
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TGCTGTTAGACTCATTGCTGTTGACTCCAAGAACTTCCATGTTTTTGCTGATGTCTGAAT
TTCTTCTTTTTGTTTGTTTATGTTGTAATTTATATAGGTGTGATCCTTTTATTGTTACTT
GTGCTTCTCTTACAAATTAAAAGAGATCTTATAACCCGGGTTTTCAGTTTG


BQ
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AF RR3BY18TF U 1
AF RR3BY18JQ C 254
BS 1 730 RR3BY18TF
BS 731 731 RR3BY18JQ
BS 732 747 RR3BY18TF
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BS 749 757 RR3BY18TF
BS 758 758 RR3BY18JQ
BS 759 795 RR3BY18TF
BS 796 831 RR3BY18JQ

RD RR3BY18TF 807 0 0
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AATAACAGGAGCAGCAGCAAATCTAGTTTTTGCATTCAACACGGGAATGCTCCCTGAAAT
ACAGGCCACAGTGAAGCAACCGGTGGTCAAAAACATGATGAAGGCTCTGTATTTTCAATT
CACTGCTGGTGTATTGCCTATGTATGCCGTTACATTCATTGGTTATTGGGCCTACGGGTC
CTCGACATCGACTTATCTCTTAAACAGCGTTACTGGACCTCTCTGGGTTAAAGCTCTGGC
TAACATCTCAGCCTTTCTCCAATCTGTTATCGCTTTACACATTTTTGCAAGTCCGACATA
TGAGTTTATGGATACAAAATATGGAATCAAAGGAAGTCCATTAGCTTTGAAGAATCTGTT
GTTTAGAACAGTAGCACGAGGAAGCTACATCGCGGTGAGCACTCTTCTCTCAGCGCTTTT
GCCGTTTCTTGGAGATTTCATGAGCCTCACGGGAGCTATAAGTACTTTCCCTCTCACCTT
CATATTAGCAAACCACATGTATGCTGTAGCGATGAACGATAAGCTTAGCCCTACTCAGAA
GCTATGGCATTGGCTTAACGTTTGCTTCTTTGGGCTAATGTCTCTTGCTGCTGCTATTGC
TGCTGTTAGACTCATTGCTGTTGACTCCAAGAACTTCCATGTTTTTGCTGATGTCTGAAT
TTCTTCTTTT*GTTTGTTTATGTTGTA*TTTATATAG*TGTGATCCTTTTATTGTTACTT
GTGCTTCTCTTACAA
TTAAAGAGATCT

QA 1 795 1 795
DS 

RD RR3BY18JQ 578 0 0
TATCTCTTAAACAGCGTTACTGGACCTCTCTGGGTTAAAGCTCTGGCTAACATCTCAGCC
TTTCTCCAATCTGTTATCGCTTTACACATTTTTGCAAGTCCGACATATGAGTTTATGGAT
ACAAAATATGGAATCAAAGGAAGTCCATTAGCTTTGAAGAATCTGTTGTTTAGAACAGTA
GCACGAGGAAGCTACATCGCGGTGAGCACTCTTCTCTCAGCGCTTTTGCCGTTTCTTGGA
GATTTCATGAGCCTCACGGGAGCTATAAGTACTTTCCCTCTCACCTTCATATTAGCAAAC
CACATGTATGCTGTAGCGATGAACGATAAGCTTAGCCCTACTCAGAAGCTATGGCATTGG
CTTAACGTTTGCTTCTTTGGGCTAATGTCTCTTGCTGCTGCTATTGCTGCTGTTAGACTC
ATTGCTGTTGACTCCAAGAACTTCCATGTTTTTGCTGATGTTTGAATTTCTTCTTTTTGT
TTGTTTATGTTGTAATTTATATAGGTGTGATCCTTTTATTGTTACTTGTGCTTCTCTTAC
AAATTAAAAGAGATCTTATAACCCGGGTTTTCAGTTTG

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

CO CL9041Contig1 1015 2 8 U
GGAAAGAGAAAGAGAAGATGATTCTGATGCTTTCTTACTCTCCGGCGATAATATCAGCCG
TTAAATATCAGAGCTCGTCTCCGTTCAACACTCGACGACTTTCTCAGCCTAGTATCTCGA
TCTCTATGAACAAAAGCTTCTTCTTACACTTGACAGAGACGAAAGATAAAAGAAGAAGAA
AAGAAAATGGGAGAGTATCGATCGTGTGTGACGCAGGAGGGATGTTTCCGGTGGACCCAT
GGGCTCCAACCATTGATTCACAGAGCATAGCATCTCAGCTCTTCGCGGTGTCTCTGTTTC
CGTACATAGGTTTCCTCTACTTCCTCACTAAGTCCAAAACTGCTCCGAAGCTCACACTTT
TCGGATTCTACTTCTTGCTTGCCTTCGTCGGAGCTACAAGTAAGTAGAGTCTGTTTTAAC
GTTTGCGTCTTTCTCTGCTAATAGCGTTTAGCGCTTCTTAATCATCTCTCTCTGTTACTT
CTCTTTTGGCTTTGATCATTTGAATTTGGGGATGTAAACGGTGCAGTACCTGCTGGGATA
TATGGTAAGTTTCTTCCACATTATATAATATAAATTTCTCAGTTAATGTTGATCTTGGAA
AACTGATTGATTTTCTTTGTTTTTTTTTAATATTTGTTGGATGAAAATGAGAAGCTAAGG
TGCATTATGGAACATCATTGTCAAACGTTGATTGGTTACATGGAGGAGCTGAATCACTTC
TTGCTCTCACCAATTTGTTCATCGTGTTGGGTCTCAGACAAGCTTTGCGCAAGTCTGAAG
ATAATGATGAAGATACTCCAACCACAACGAGTCAACAAGAACAAGAAAAATCTTCAGTCT
AGTAAAATATGGAATGATATGTATTCTTCTTCCTTTTTTGTCGCCATCAGATTTTATTAA
TAACGAGGTGAGATTGATACAACACCAATGTCGAGCTTGATATGTAGTCTTTTTACTTTT
AGGAATTTTACTCAAAAGTTTAATTAATTAGGGTTATAATAAAATGGCATCTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FE66TF U 1
AF RR3FE66JQ C 244
BS 1 627 RR3FE66TF
BS 628 628 RR3FE66JQ
BS 629 659 RR3FE66TF
BS 660 660 RR3FE66JQ
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BS 694 727 RR3FE66TF
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RD RR3FE66TF 727 0 0
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TTAAATATCAGAGCTCGTCTCCGTTCAACACTCGACGACTTTCTCAGCCTAGTATCTCGA
TCTCTATGAACAAAAGCTTCTTCTTACACTTGACAGAGACGAAAGATAAAAGAAGAAGAA
AAGAAAATGGGAGAGTATCGATCGTGTGTGACGCAGGAGGGATGTTTCCGGTGGACCCAT
GGGCTCCAACCATTGATTCACAGAGCATAGCATCTCAGCTCTTCGCGGTGTCTCTGTTTC
CGTACATAGGTTTCCTCTACTTCCTCACTAAGTCCAAAACTGCTCCGAAGCTCACACTTT
TCGGATTCTACTTCTTGCTTGCCTTCGTCGGAGCTACAAGTAAGTAGAGTCTGTTTTAAC
GTTTGCGTCTTTCTCTGCTAATAGCGTTTAGCGCTTCTTAATCATCTCTCTCTGTTACTT
CTCTTTTGGCTTTGATCATTTGAATTTGGGGATGTAAACGGTGCAGTACCTGCTGGGATA
TATGGTAAGTTTCTTCCACATTATATAATATAAATTTCTCAGTTAATGTTGATCTTGGAA
AACTGATTGATTTTCTTTGTTTTTTTT*AATATTTGTTGGATGAAAATGAGAAGCTAAG*
TGCATTATGGAACATCATTGTCAAACGTTGAT*GGTTACATGGAGGAGCTGAATCACTTC
TTGCTCT

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3FE66JQ 772 0 0
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TGCGTCTTTCTCTGCTAATAGCGTTTAGCGCTTCTTAATCATCTCTCTCTGTTACTTCTC
TTTTGGCTTTGATCATTTGAATTTGGGGATGTAAACGGTGCAGTACCTGCTGGGATATAT
GGTAAGTTTCTTCCCCATTATATAATATAAATTTCTCAGTTAATGTTGATCTTGGAAAAC
TGATTGATTTTCTTTGTTTTTTTTTAATATTTGTTGGATGAAAATGAGAAGCTAAGGTGC
ATTATGGAACATCATTGTCAAACGTTGATTGGTTACATGGAGGAGCTGAATCACTTCTTG
CTCTCACCAATTTGTTCATCGTGTTGGGTCTCAGACAAGCTTTGCGCAAGTCTGAAGATA
ATGATGAAGATACTCCAACCACAACGAGTCAACAAGAACAAGAAAAATCTTCAGTCTAGT
AAAATATGGAATGATATGTATTCTTCTTCCTTTTTTGTCGCCATCAGATTTTATTAATAA
CGAGGTGAGATTGATACAACACCAATGTCGAGCTTGATATGTAGTCTTTTTACTTTTAGG
AATTTTACTCAAAAGTTTAATTAATTAGGGTTATAATAAAATGGCATCTATT

QA 1 772 1 772
DS 



AS 1 2

CO CL9042Contig1 982 2 2 U
GGATATCTCATTCTGATTTATGATTCTCCCCACTCGGCCACTCCATAGATCCGTTGAAAG
CTACGGCACCGCTCCGGCTTCTCTGTTCATCACTTACCGGCTTGTGAGAGGTGAAACTGA
TCTTCAGGGTCATTCATTTATGGCTTCTCACCTACCCACATCTACTAGGTGCACGAGAAG
CTAGAGCTCTCACATAATTCGATCCTTAATTGCTTATGGGGATCGATATGGTTCTGGTAA
AATGAGAAGTCCACGCTAATTAAGGGACCAGTTGTTTGTGTCTGTGTTTTTGGTCTGGTC
TCAGCTGTTGAGACAATGGTGTTCGTCGCAACTAACGTCAATTATAAGTCGTATCTTCCT
AAACAGTATGACAAAAACACATTTTTACTTAGCTCTGCTTCTATGCAGTTACTTTAAGCT
TTACTAAAGGTCAACTAGCAAACTCACCAGTACTGGTTGTCTAACACAAACTCATACGTC
TTCTGGGGTGATGAAAACCTACACCAGGTGATAACATGGTCTCCACTTTTGGACACGTTC
TGCAGCAGCATAAAGCTAGAGCTGGAGCTGGTGTACAAAGTCCAAATGCAATGCCATGAG
GATGCAATTTTTCCCAGAAATAGTGAGGTCATGACCTTTAGTGCTCGCTGAAGGCACCAT
CGTCCATTTGTTTTGTAAAGGAATCTACTCGAAAGGACAGGTTAGTTCCATAACATTATG
TACAACACTTCATCAGTCAACGTGGTTTCAAAACAAAAATTAGTCGGTCTCAGAGCATTT
GGGTTGATGTTTGTGAATGTTGCGGTGAGTGTTGCAGCCAAACCTTTGTGAAAAGCCTAG
AGATTTTGAAATGACTTAAACAAAGCAGATGACTGACGTTTCTTCTGCACTGTGCTCTGT
ATTTTTGTTTCTTTTCTACAGTCAGTAATTTTAAAGTTCTAACGATTCTATCTATCTTTA
AACTATATTGCTTGTGATGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AF54TF U 1
AF RR3AF54JQ C 163
BS 1 751 RR3AF54TF
BS 752 982 RR3AF54JQ

RD RR3AF54TF 751 0 0
GGATATCTCATTCTGATTTATGATTCTCCCCACTCGGCCACTCCATAGATCCGTTGAAAG
CTACGGCACCGCTCCGGCTTCTCTGTTCATCACTTACCGGCTTGTGAGAGGTGAAACTGA
TCTTCAGGGTCATTCATTTATGGCTTCTCACCTACCCACATCTACTAGGTGCACGAGAAG
CTAGAGCTCTCACATAATTCGATCCTTAATTGCTTATGGGGATCGATATGGTTCTGGTAA
AATGAGAAGTCCACGCTAATTAAGGGACCAGTTGTTTGTGTCTGTGTTTTTGGTCTGGTC
TCAGCTGTTGAGACAATGGTGTTCGTCGCAACTAACGTCAATTATAAGTCGTATCTTCCT
AAACAGTATGACAAAAACACATTTTTACTTAGCTCTGCTTCTATGCAGTTACTTTAAGCT
TTACTAAAGGTCAACTAGCAAACTCACCAGTACTGGTTGTCTAACACAAACTCATACGTC
TTCTGGGGTGATGAAAACCTACACCAGGTGATAACATGGTCTCCACTTTTGGACACGTTC
TGCAGCAGCATAAAGCTAGAGCTGGAGCTGGTGTACAAAGTCCAAATGCAATGCCATGAG
GATGCAATTTTTCCCAGAAATAGTGAGGTCATGACCTTTAGTGCTCGCTGAAGGCACCAT
CGTCCATTTGTTTTGTAAAGGAATCTACTCGAAAGGACAGGTTAGTTCCATAACATTATG
TACAACACTTCATCAGTCAACGTGGTTTCAA

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3AF54JQ 820 0 0
TACTAGGTGCACGAGAAGCTAGAGCTCTCACATAATTCGATCCTTAATTGCTTATGGGGA
TCGATATGGTTCTGGTAAAATGAGAAGTCCACGCTAATTAAGGGACCAGTTGTTTGTGTC
TGTGTTTTTGGTCTGGTCTCAGCTGTTGAGACAATGGTGTTCGTCGCAACTAACGTCAAT
TATAAGTCGTATCTTCCTAAACAGTATGACAAAAACACATTTTTACTTAGCTCTGCTTCT
ATGCAGTTACTTTAAGCTTTACTAAAGGTCAACTAGCAAACTCACCAGTACTGGTTGTCT
AACACAAACTCATACGTCTTCTGGGGTGATGAAAACCTACACCAGGTGATAACATGGTCT
CCACTTTTGGACACGTTCTGCAGCAGCATAAAGCTAGAGCTGGAGCTGGTGTACAAAGTC
CAAATGCAATGCCATGAGGATGCAATTTTTCCCAGAAATAGTGAGGTCATGACCTTTAGT
GCTCGCTGAAGGCACCATCGTCCATTTGTTTTGTAAAGGAATCTACTCGAAAGGACAGGT
TAGTTCCATAACATTATGTACAACACTTCATCAGTCAACGTGGTTTCAAAACAAAAATTA
GTCGGTCTCAGAGCATTTGGGTTGATGTTTGTGAATGTTGCGGTGAGTGTTGCAGCCAAA
CCTTTGTGAAAAGCCTAGAGATTTTGAAATGACTTAAACAAAGCAGATGACTGACGTTTC
TTCTGCACTGTGCTCTGTATTTTTGTTTCTTTTCTACAGTCAGTAATTTTAAAGTTCTAA
CGATTCTATCTATCTTTAAACTATATTGCTTGTGATGTTT

QA 1 820 1 820
DS 



AS 1 2

CO CL9043Contig1 1025 2 8 U
TGGGGTGTTGCGCGAGCAATACAGCAGGAGGAGGTTCAAAGGCTAGCCGGGTCGCGAGAT
GGCGATCCACCGGCATTATTGGGCTGCGCGACTCCAAATTGAAGACATTTCCTGATGAAG
TGATTGTAATGGAGAGAGCAATACGAACACTCGATCTAACACACAATAAGATCTCTGATG
TTCCCGGAGAAATCAGCAAGTTAATCAATATGCAGCGTCTGTTAATAGCTGATAATCTAA
TTGAGCGTCTTCCCGGGAACCTTGGGAAACTTCAATCTCTCAAAGTTTTGATGCTTGATG
GAAACCGCATCAGCTGTTTGCCTGATGAATTGGGTCAGTTGATAAGGCTTGAGCAACTAT
CAATCTCAAGAAATATGCTCATATACTTACCTGATACTATCGGTAGTCTGCGCAATCTAG
TGCTGTTGAATGTCTCAAACAACAGATTGAAATCACTTCCAGAACCAGTAGGGAGCTGTG
CCTCTTTAGAAGAAATACAGGCTAATGATAACGTCATTGAAGAGCTCCCTGCATCACTCT
GCAACCTGATTCAGTTAAAGTCCCTTTGCTTAGACAATAATCAAGTGAAGCAGATTCCAG
ATGGGTTACTGAAAGATTGCAAGAGTCTGCAAAATCTATCTCTGCATAACAATCCCATTT
CCATGGATGAGTTTCAACTGATGGAAGGGTACCAAGAATTTGAGGAGAGGAGAAAGAAGG
AATTTGATAAGCAAATCGATTCGAATGTGATGATCAGCTCTAAAGGACTCGGTGTAGGCG
TTGGTAAATGAATACTATCGTCTTTTCAACATCTCCTTAGTTGGTCGGATTGGTGAATGA
GGATCAACGTTTTGTGTAAGAAACATTGTTGTACAAGTCTTGTGTTACTGTGACTCTGAA
ATTACTTATGAACACATACGCATGAAGGCGTATATGTGTGTGTATGTATCTTTATGTGGG
TGTATATTTATACATATAACATGGTAAAGTGATTCTTGCCCTTTTTTATTGAGAGGAGAC
TGTCC


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3GI60TF U 1
AF RR3GI60JQ C 338
BS 1 676 RR3GI60TF
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BS 706 715 RR3GI60TF
BS 716 1025 RR3GI60JQ

RD RR3GI60TF 715 0 0
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GGCGATCCACCGGCATTATTGGGCTGCGCGACTCCAAATTGAAGACATTTCCTGATGAAG
TGATTGTAATGGAGAGAGCAATACGAACACTCGATCTAACACACAATAAGATCTCTGATG
TTCCCGGAGAAATCAGCAAGTTAATCAATATGCAGCGTCTGTTAATAGCTGATAATCTAA
TTGAGCGTCTTCCCGGGAACCTTGGGAAACTTCAATCTCTCAAAGTTTTGATGCTTGATG
GAAACCGCATCAGCTGTTTGCCTGATGAATTGGGTCAGTTGATAAGGCTTGAGCAACTAT
CAATCTCAAGAAATATGCTCATATACTTACCTGATACTATCGGTAGTCTGCGCAATCTAG
TGCTGTTGAATGTCTCAAACAACAGATTGAAATCACTTCCAGAACCAGTAGGGAGCTGTG
CCTCTTTAGAAGAAATACAGGCTAATGATAACGTCATTGAAGAGCTCCCTGCATCACTCT
GCAACCTGATTCAGTTAAAGTCCCTTTGCTTAGACAATAATCAAGTGAAGCAGATTCCAG
ATGGGTTACTGAAAGATTGCAAGAGTCTGCAAAATCTATCTCTGCATAACAATCCCATTT
CCATGGATGAGTTTCA*CTGATGGAAGG*TACCAAGAATTTGAG*AGAGGAGAAA

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3GI60JQ 688 0 0
GTTGATAAGGCTTGAGCAACTATCAATCTCAAGAAATATGCTCATATACTTACCTGATAC
TATCGGTAGTCTGCGCAATCTAGTGCTGTTGAATGTCTCAAACAACAGATTGAAATCACT
TCCAGAACCAGTAGGGAGCTGTGCCTCTTTAGAAGAAATACAGGCTAATGATAACGTCAT
TGAAGAGCTCCCTGCATCACTCTGCAACCTGATTCAGTTAAAGTCCCTTTGCTTAGACAA
TAATCAAGTGAAGCAGATTCCAGATGGGTTACTGAAAGATTGCAAGAGTCTGCAAAATCT
ATCTCTGCATAACAATCCCATTTCCATGGATGAGTTTCAACTGATGGAAGGGTACCAAGA
ATTTGAGGAGAGGAGAAAGAAGGAATTTGATAAGCAAATCGATTCGAATGTGATGATCAG
CTCTAAAGGACTCGGTGTAGGCGTTGGTAAATGAATACTATCGTCTTTTCAACATCTCCT
TAGTTGGTCGGATTGGTGAATGAGGATCAACGTTTTGTGTAAGAAACATTGTTGTACAAG
TCTTGTGTTACTGTGACTCTGAAATTACTTATGAACACATACGCATGAAGGCGTATATGT
GTGTGTATGTATCTTTATGTGGGTGTATATTTATACATATAACATGGTAAAGTGATTCTT
GCCCTTTTTTATTGAGAGGAGACTGTCC

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL9044Contig1 590 2 1 U
GGTAGAGGAGAATGATGAGACGGGGAGACAAAGCAGCAAATCGATGACCTTGCAGAGTTT
GAGGTCAGTGTACGAGGAAGAGTATCAGGAGGGGCAAGTGAGGAGAAGGAGGGTGAAGTT
TGGGTTAACGGAGGCAAGTAGTCGTGGGATGGAGGCGTCTGTGAGGGAAGAGCTAATGGA
TTTGATAGGGGCGAAAGAGGCAGGGGTTGCATATGTAATGGGACATTCGTATGTGAAAGC
AAGGAAATCATCGACGTGGGTGAAGAAGATGATAATAGATATAGGGTACTCGTTTCTGAG
TAAGAACTGCAGAGGGCCAGCGGTAGCACTCAACATACCTCACATTAGCCTCGTTGAAGT
TGGCATGGTTTACTATGTTTGATGAGCCAAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATCCTAT
TATGTGTCCTAGTGTAGCATCTTCACCGATGATGCAACATGGTGGGTGTATGCTTATTGT
TGTTATATGTATACTCCTTATTATGGGTCACACACACACCGCACTATTTGTATTTGTATT
TTGTTATGAATATTGTGTGATGTCTATTATGGAATGTTCTAGATTTACTT


BQ
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AF RR3D944JQ C 1
AF RR3D944TF U 1
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TATGTGTCCTAGTGTAGCATCTTCACCGATGATGCAACATGGTGGGTGTATGCTTATTGT
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QA 1 590 1 590
DS 

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TAAGAACTGCAGAGGGCCAGCGGTAGCACTCAACATACCTCACATTAGCCTCGTTGAAGT
TGGCATGGTTTACTATGTTTGATGAGCCAAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGATCCTAT
TATGTGTCCTAGTGTAGCATCTTCACCGATGATGCAACATGGTGGGTGTATGCTTATTGT
TGTTATATGTATACTCCTTATTATGGGTCACACACACACCGCACTATTTGTATTTGTATT
TTGTTATGAATATTGTGTGATGTCTATTATGGAATGTTCTAGATTTACTT

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

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ACAGATGGGGATACAGAAGTCCACGACGAGCAGCAGCAGCAGCAAGGATCGACTCCTTCT
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TATCGCAACTTGGGCAAGTTGATACTTGACAAATTCCCAGACTTGGTTCCTCCACAACCT
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TATTTTGTAAGCTTCTCTCAGTAATCACAATTTCTAACATTTTGTATATATTTTTAGAAA
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BQ
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AF RR3FJ47TF U 1
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BS 484 860 RR3FJ47JQ

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GAAAGTCTTAAACAAGTTTTTTGACGGTTATTTATCTCATTGTTTCAGTTGGAAATTGCG
CAAATGAAATTAGCTATCCGTGATCTGAAAGCTCAACTCAAGCCAGAGTCAGAGAAGCTA
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GCA

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ATCTGTTATATAGGTTTGTTGGAAACTAAAGAATCCATCTATGTAGAAAAACGTTAGAAT
CATTTCAATTGTTTTTCCGGTAATCGCCTTATTAATATCCTAACTTTTGTAATATTTTCA
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TTTTGTATATATTTTTAGAAAATGTAGTATGTTTAATGTGC

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

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TCTGTTTGTTTTGGGGACTTCCGTTTGTTGTTTTAAAAATTAAATCGAGTCTGGTGTTTG
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TTTTCACGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EY17TF U 1
AF RR3EY17JQ C 84
BS 1 612 RR3EY17TF
BS 613 669 RR3EY17JQ

RD RR3EY17TF 612 0 0
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TTCTGCAAAAGTCTCGGTGGTCTATTGAGGCAAGGTCCGGTTTCTCAGACCGGTAATGTT
CCCGTTCAGTCCATGCTCGGTTCTCTCCGCTACATGTCTACCAAGCTTTTTGTCGGTGGT
CTCTCATGGGGTACTGACGACCAGTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTGAAGTG
ATCGATTCTAAGGTCATCGTTGATAGAGAAACTGGAAGGTCAAGGGGTTTTGGATTTGTC
AATTTCTCTGATGAGAGTGCTGCTAATGCTGCCATTTCTGAGATGGACGGAAAGGAACTG
AATGGACGCAACATCCGAGTGAATGTTGCCAACGATAGACCAAGTGCTCCAAGGGCTTAT
GGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGA
GGTGGTGATGGTGGTGGTTACTAAACAGAGGAGCTTCTTGTGAAAAGAAGAATTGATCTC
TCTGTTTGTTTTGGGGACTTCCGTTTGTTGTTTTAAAAATTAAATCGAGTCTGGTGTTTG
TACCAAACCTAA

QA 1 612 1 612
DS 

RD RR3EY17JQ 586 0 0
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TCTCCGCTACATGTCTACCAAGCTTTTTGTCGGTGGTCTCTCATGGGGTACTGACGACCA
GTCATTGAGGGAGGCTTTTTCCAACTTTGGTGAAGTGATCGATTCTAAGGTCATCGTTGA
TAGAGAAACTGGAAGGTCAAGGGGTTTTGGATTTGTCAATTTCTCTGATGAGAGTGCTGC
TAATGCTGCCATTTCTGAGATGGACGGAAAGGAACTGAATGGACGCAACATCCGAGTGAA
TGTTGCCAACGATAGACCAAGTGCTCCAAGGGCTTATGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGG
TGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGGTGGCTACGGTGGAGGTGGTGATGGTGGTGGTTACTA
AACAGAGGAGCTTCTTGTGAAAAGAAGAATTGATCTCTCTGTTTGTTTTGGGGACTTCCG
TTTGTTGTTTTAAAAATTAAATCGAGTCTGGTGTTTGTACCAAACCTAATTAGGATTTGT
TTAAACTCTTAGTCACTACTCTTATCTAAGAGACGCCTTTTCACGC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL9047Contig1 786 2 3 U
GGACTCTGCGCAATTTTTATTCTTAGATCAATGAATTACAATGGTATATTTACAAAATTG
TTGTGTAACCACTTCACTTCTTCCATGCTTATAATATATATCTAAGCTTTAGAAGTACCC
TGATGATCTTTATCGATATGCTTCAATAAATCCACGGGATCACGAAACCCTCTACTACAT
TTCGGACAAACATCAACCGTTACTTTACCACAACTCTGTTTCCCATTCCCCTCTCCATTA
CCACCACTGGCAAACTGTAACTTCTGGCTAAAATCGGTACCGAGCCTGCTGATACCTGCC
TCCGCAGAAGCCAAAAGACTAGACCATCTCGATTCAGGTTTCTTAGGCCCAGCACAACCA
TGGTCAGGCCCAAACCGATGTTTCAAGCAATGCTCGTGGCTCGATGGATCACAATCAAAA
TTAACATGTTTCTCCCACGTGATGTTTGGATCTTCGTCAGGGTTTAACCTGACTCCTTTG
GAACATAACGGACAGATAACGACCGTTACATCTCCTCTGTTTCCTTTCGGACAATTGTGT
TTCATGTAGCTACGATGATCCAAACAAAACGCCTGAGTGCAGCGATCGCATGTGAATGGC
AAGAAATCGATTTGCTTGCAATCATCTACGGAGCAGTGTTTCCCTAGATCTGGAAACTCC
GGAGTCCCCATTGAGACCAAATTCGACAAGACAAACTCGAAATGTGTTTCCCGGTAAGAG
AGTTTTTTTCCGGGGAGAGAAAATCTCAGATTTTCCGTGAATTTAGACGAAGAGAAAACT
TGGAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3AD09JQ U 19
AF RR3AD09TF C 1
BS 1 18 RR3AD09TF
BS 19 552 RR3AD09JQ
BS 553 786 RR3AD09TF

RD RR3AD09JQ 534 0 0
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TCTTCCATGCTTATAATATATATCTAAGCTTTAGAAGTACCCTGATGATCTTTATCGATA
TGCTTCAATAAATCCACGGGATCACGAAACCCTCTACTACATTTCGGACAAACATCAACC
GTTACTTTACCACAACTCTGTTTCCCATTCCCCTCTCCATTACCACCACTGGCAAACTGT
AACTTCTGGCTAAAATCGGTACCGAGCCTGCTGATACCTGCCTCCGCAGAAGCCAAAAGA
CTAGACCATCTCGATTCAGGTTTCTTAGGCCCAGCACAACCATGGTCAGGCCCAAACCGA
TGTTTCAAGCAATGCTCGTGGCTCGATGGATCACAATCAAAATTAACATGTTTCTCCCAC
GTGATGTTTGGATCTTCGTCAGGGTTTAACCTGACTCCTTTGGAACATAACGGACAGATA
ACGACCGTTACATCTCCTCTGTTTCCTTTCGGACAATTGTGTTTCATGTAGCTA

QA 1 534 1 534
DS 

RD RR3AD09TF 786 0 0
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TTGTGTAACCACTTCACTTCTTCCATGCTTATAATATATATCTAAGCTTTAGAAGTACCC
TGATGATCTTTATCGATATGCTTCAATAAATCCACGGGATCACGAAACCCTCTACTACAT
TTCGGACAAACATCAACCGTTACTTTACCACAACTCTGTTTCCCATTCCCCTCTCCATTA
CCACCACTGGCAAACTGTAACTTCTGGCTAAGATCGGTACCGAGCCTGCTGATACCTGCC
TCCGCAGAAGCCAAAAGACTAGACCATCTCGATTCAGGTTTCTTAGGCCCAGCACAACCA
TGGTCAGGCCCAAACCGATGTTTCAAGCAATGCTCGTGGCTCGATGGATCACAATCAAAA
TTAACATGTTTCTCCCACGTGATGTTTGGATCTTCGTCAGGGTTTAACCTGACTCCTTTG
GAACATAACGGACAGATAACGACCGTTACATCTCCTCTGTTTCCTTTCGGACAATTGTGT
TTCATGTAGCTACGATGATCCAAACAAAACGCCTGAGTGCAGCGATCGCATGTGAATGGC
AAGAAATCGATTTGCTTGCAATCATCTACGGAGCAGTGTTTCCCTAGATCTGGAAACTCC
GGAGTCCCCATTGAGACCAAATTCGACAAGACAAACTCGAAATGTGTTTCCCGGTAAGAG
AGTTTTTTTCCGGGGAGAGAAAATCTCAGATTTTCCGTGAATTTAGACGAAGAGAAAACT
TGGAGC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL9048Contig1 553 2 1 U
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CTGACAAGGCACGACTCCAGAATGGAACGAGACATTTATCTTCAATGTCTCTGAAGGAAC
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TGAAGCAACCCTTCCATTGGAGGCGGTTTTCTTGGAAGGAGAGATCCCACCAAGTGCATA
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TTCGGAAAATCGAAGCAGGGGTTTTGAAGAGGAGTCTTATGGAGGCTGGAAAAATTCTGA
AGCTTCTTACTAATTAAAGAGATCAAAAACACCAAATGTGTGTGTTTACTGTTTTCGTTC
GAGTCTTGACAATAAACTGTTGAAGTTTCCTTTTGAAAGGGTCTTTTGTTCAGAGAGTTT
CTTTGTCTTGTTATGTTTATTATTATTATTATTCTTGTGTTCTGTTTGGATTTAATGATT
TAAAAACTCCAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EN35TF U 1
AF RR3EN35JQ C 20
BS 1 553 RR3EN35TF

RD RR3EN35TF 553 0 0
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CTGACAAGGCACGACTCCAGAATGGAACGAGACATTTATCTTCAATGTCTCTGAAGGAAC
AACAGAGCTAAAAGCCAAAATCTTTGACAAAGATGTTGGCACAGAGGATGATCATGTTGG
TGAAGCAACCCTTCCATTGGAGGCGGTTTTCTTGGAAGGAGAGATCCCACCAAGTGCATA
CAATGTGGTGAAAGATGGAGAGTTCAAAGGCGAGATCTGGATCGCACTCTCCTTCAAACC
TTCGGAAAATCGAAGCAGGGGTTTTGAAGAGGAGTCTTATGGAGGCTGGAAAAATTCTGA
AGCTTCTTACTAATTAAAGAGATCAAAAACACCAAATGTGTGTGTTTACTGTTTTCGTTC
GAGTCTTGACAATAAACTGTTGAAGTTTCCTTTTGAAAGGGTCTTTTGTTCAGAGAGTTT
CTTTGTCTTGTTATGTTTATTATTATTATTATTCTTGTGTTCTGTTTGGATTTAATGATT
TAAAAACTCCAGG

QA 1 553 1 553
DS 

RD RR3EN35JQ 534 0 0
CATAACATCTCTTTATTGGGATCTCAACTTTCATATTTTCTCTGACAAGGCACGACTCCA
GAATGGAACGAGACATTTATCTTCAATGTCTCTGAAGGAACAACAGAGCTAAAAGCCAAA
ATCTTTGACAAAGATGTTGGCACAGAGGATGATCATGTTGGTGAAGCAACCCTTCCATTG
GAGGCGGTTTTCTTGGAAGGAGAGATCCCACCAAGTGCATACAATGTGGTGAAAGATGGA
GAGTTCAAAGGCGAGATTTGGATCGCACTCTCCTTCAAACCTTCGGAAAATCGAAGCAGG
GGTTTTGAAGAGGAGTCTTATGGAGGCTGGAAAAATTCTGAAGCTTCTTACTAATTAAAG
AGATCAAAAACACCAAATGTGTGTGTTTACTGTTTTCGTTCGAGTCTTGACAATAAACTG
TTGAAGTTTCCTTTTGAAAGGGTCTTTTGTTCAGAGAGTTTCTTTGTCTTGTTATGTTTA
TTATTATTATTATTCTTGTGTTCTGTTTGGATTTAATGATTTAAAAACTCCAGG

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL9049Contig1 779 2 2 U
CGGAGAAGAGAAATAGTTTTTTTTCTATCACAACAACATACACCGTAACATAGCCTTTTG
TTTACCTTAAAAGCCTTATTTGATGATTCTAACATGTGCTTTTATATATAAACTTACACA
GAGACCCATATATGTGTATGTGTAGAGGTAGATTTGCTCAGTAGTAGAAATGTCTCCTTC
GAACCCTCTTCTTGCTCATGATGGGCGCCTCACCGCTCCCAGGAAACTCCCATTTCACGA
GATCACCGTCCCACGACGAGCTTATAAGCGTCGGGTAATGCGGATGCCAATTACAGTCTC
TCACAGGTGAGTTATGGTGCTTTAACACTGCCGCTTTATCTCCACTTTCCAAGTCATATA
TGTAGACAGAACTGTCGTTGGATCCTGTGTAGATGTACTTTTGGCCAGTACTATGTGCTG
GAGAGAAGTAGCAACGGATTAGGGTACGCAACACTGAGTGACCTTTATAAGTGGACACAG
ACTGATCATAAGGGTGCTTTAGATCCCTTGCCTCCGAAGGGTAATCCATCCATCTGTAAT
CCCATTCATAGTTCCTGTGCACATCATGCCTTGCAGGTGCGGTTGAGGACATTTTTCTGA
TATCCCACAACTTGATGGTTTGGTCCTTGCCATTTGATATGAAATAGCGACCATCTCCAC
GGCTATCGATAAATGTAACACCTTCAAGGTGTCCCACTAGAACACCAGCTGCCTTGTCTC
TCCCAATGAAACAACGCCTATCCCACACCTTGCAGAGATTATCATCACCTCCAGAGAGA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3DE06JQ U 1
AF RR3DE42JQ U 17
BS 1 718 RR3DE06JQ
BS 719 779 RR3DE42JQ

RD RR3DE06JQ 718 0 0
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GAACCCTCTTCTTGCTCATGATGGGCGCCTCACCGCTCCCAGGAAACTCCCATTTCACGA
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TCACAGGTGAGTTATGGTGCTTTAACACTGCCGCTTTATCTCCACTTTCCAAGTCATATA
TGTAGACAGAACTGTCGTTGGATCCTGTGTAGATGTACTTTTGGCCAGTACTATGTGCTG
GAGAGAAGTAGCAACGGATTAGGGTACGCAACACTGAGTGACCTTTATAAGTGGACACAG
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CCCATTCATAGTTCCTGTGCACATCATGCCTTGCAGGTGCGGTTGAGGACATTTTTCTGA
TATCCCACAACTTGATGGTTTGGTCCTTGCCATTTGATATGAAATAGCGACCATCTCCAC
GGCTATCGATAAATGTAACACCTTCAAGGTGTCCCACTAGAACACCAGCTGCCTTGTC

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3DE42JQ 763 0 0
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TATGTGTAGAGGTAGATTTGCTCAGTAGTAGAAATGTCTCCTTCGAACCCTCTTCTTGCT
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GTGCTTTAACACTGCCGCTTTATCTCCACTTTCCAAGTCATATATGTAGACAGAACTGTC
GTTGGATCCTGTGTAGATGTACTTTTGGCCAGTACTATGTGCTGGAGAGAAGTAGCAACG
GATTAGGGTACGCAACACTGAGTGACCTTTATAAGTGGACACAGACTGATCATAAGGGTG
CTTTAGATCCCTTGCCTCCGAAGGGTAATCCATCCATCTGTAATCCCATTCATAGTTCCT
GTGCACATCATGCCTTGCAGGTGCGGTTGAGGACATTTTTCTGATATCCCACAACTTGAT
GGTTTGGTCCTTGCCATTTGATATGAAATAGCGACCATCTCCACGGCTATCGATAAATGT
AACACCTTCAAGGTGTCCCACTAGAACACCAGCTGCCTTGTCTCTCCCAATGAAACAACG
CCTATCCCACACCTTGCAGAGATTATCATCACCTCCAGAGAGA

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL9050Contig1 1164 2 8 U
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AATTAGTACTTTCCGTGCTAGGCAGTGCTCTTATCCAGCGACGTCCGCTTTATCCCACAC
CAAACGGATCATGTGCACCTCTTCGCAGCATTCTGTATCTTCTTCTGATATTTCTTCTTC
GTTGATGGAAACAAATGAAACGTGGAGGTGGAGACCCATGTGCTTGTATTACACTCACGG
CAAGTGCACAAAGATGGATGATCCAGCCCATTTGGAAGTTTTCAACCACGATTGTTCCAA
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CTTGGTTCTTGACTTGGAAGGCAAAGTTGAGATTCTTGAGTTTCCTGTTTTGATCGTTGA
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CGAGCAAGCGATTAACAAGTACATCGAAGGCAAATATGGCGAAGTTGGTGTTGATCGAGT
GTGGCATGACACAGCTATTCCATTTAAGCAAGTTGTTGAAGAGTTTGAAAGCTGGTTAGC
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ATTTTCCGCAATATTTCATGGGGTGGATCAATTTAAAAGACGTTTACTTGAACTTTTACG
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AGCTGTTGTATGATTACATAAACTACTTAGCCAAGTTTTTTGGGTAACGTTTTTTGCAGA
TTCACAAGGTCATAAGAGCTGATATGTTATTGTATATCTGTTAAGACCACAACTTTCTGT
AAGATTTAGCGTTTGTTTTGGTTT


BQ
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AF RR3G485TF U 1
AF RR3CV24JQB C 432
BS 1 513 RR3G485TF
BS 514 514 RR3CV24JQB
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BS 633 685 RR3G485TF
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RD RR3G485TF 685 0 0
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AATTAGTACTTTCCGTGCTAGGCAGTGCTCTTATCCAGCGACGTCCGCTTTATCCCACAC
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CAAGTGCACAAAGATGGATGATCCAGCCCATTTGGAAGTTTTCAACCACGATTGTTCCAA
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CTTGGTTCTTGACTTGGAAGGCAAAGTTGAGATTCTTGAGTTTCCTGTTTTGATCGTTGA
CGCCAGAACCATGCAAGTCGTAGACTTGTTCCACAGGTTTGTGAGACCCACCAAAATGAG
CGAGCAAGCGATTAACAAGTACATCGAAGGCAAGTATGGCGAAGTTGGTGTTGATCGAGT
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TGAGCATGACTTGTGGGGTAAAGAAACAGACGGAACTCTGAATGATGCAGCTTTTGTAAC
CTGTGGAAACTGGGGATATAAAGAC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3CV24JQB 733 0 0
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TTAACAAGTACATCGAAGGCAAATATGGCGAAGTTGGTGTTGATGGAGTGTGGCATGACA
CAGCTATTCCATTTAAGCAAGTTGTTGAAGAGTTTGAAAGCTGGTTAGCTGAGCATGGCT
TGTGGGGTAAAGAAACAGACAGAACTTTGAATGATGCAGCTTTTGTAACCTGTGGAAACT
GGG*ATATAAAGACAAAGATTCCCGAGCAATGGGTAGTGGCAAATATCAATTTTCCGCAA
TATTTCATGGGGTGGATCAATTTAAAAGACGTTTACTTGAACTTTTACGGACGTGAGGCC
AGAGGAATGGTGTCAATGATGAGGCAATGTGGAATAAGGCTCATGGGAAGCCACCATTTA
GGCATTGATGACACGAAGAACATCACGAGAGTGGTGCAACGGATGCTCGCTGATGGTGCA
GTATTCAATATCACCGCACGAAGGAGCAAGTCCAATACGAGAAACGTAGAGTTTCTGTTC
AAGAACCGGATCAAGTAAGCAGCCCCAAGGAAAGATGACAGACCCAACAAGCTGTTGTAT
GATTACATAAACTACTTAGCCAAGTTTTTTGGGTAACGTTTTTTGCAGATTCACAAGGTC
ATAAGAGCTGATATGTTATTGTATATCTGTTAAGACCACAACTTTCTGTAAGATTTAGCG
TTTGTTTTGGTTT

QA 1 733 1 733
DS 



AS 1 2

CO CL9051Contig1 727 2 2 U
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TATCATTTCTCTGATCTCTCACTTATGCTAACCTTTTCACAGTCAATTGGATAAGGTCTT
TTTCTCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GL04TF U 1
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BS 702 727 RR3GL04JQ

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QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3GL04JQ 727 0 0
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TATCATTTCTCTGATCTCTCACTTATGCTAACCTTTTCACAGTCAATTGGATAAGGTCTT
TTTCTCT

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL9052Contig1 534 2 1 U
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CCTTGGGAGTGCTAAGACGGATCTCTTCTATGAACGTAAAAAATATGGATTCAAAAAACG
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CG17JQ C 1
AF RR3CG17TF U 1
BS 1 534 RR3CG17TF

RD RR3CG17JQ 534 0 0
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CTACGGGTCATTCCAAGGCCGGTGCACTATATGCGGAGGGGTTGGGATCTCGGATGCTTA
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CCTTGGGAGTGCTAAGACGGATCTCTTCTATGAACGTAAAAAATATGGATTCAAAAAACG
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QA 1 534 1 534
DS 

RD RR3CG17TF 534 0 0
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GTGCCGGAAACAGCCCGGCATTGCTATCGGACGACTGTGTGAGAAATGCGACGGGAAATG
CGTGGTTTGCGACTCTTACGTGCGTCCGTGCACTCTGGTGCGTATTTGTGACGAATGCAA
CTACGGGTCATTCCAAGGCCGGTGCACTATATGCGGAGGGGTTGGGATCTCGGATGCTTA
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CCTTGGGAGTGCTAAGACGGATCTCTTCTATGAACGTAAAAAATATGGATTCAAAAAACG
ATGATCAATGTATGGGGGTTTCTCGATTGCTGGATCTCTTATGCTACTATGTCTGTTGCA
TAAAACTAATATGTACTCATCATACATTATGCTTTCTTATTCTTGATAATCTCC

QA 1 534 1 534
DS 



AS 1 2

CO CL9053Contig1 1227 2 2 U
GTTCTCTCTCTCTCTCTCTTAAAAGATTACAGAGACATACTCTTAGTTTTGGTGAAGAAG
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TGCCGGAATCTCTGGTGGACATATAAACCCGGCCGTAACGTTTGGGCTGTTCTTGGCTCG
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CGGTGTGGCTTTGGTTAAGTCCTTCCAGTCTTCTTACTACACCCGCTACGGTGGTGGCGC
AAACGGTCTCTCACACGGTTATAGCATCGGCACCGGTGTTGCCGCCGAGATCATCGGTAC
TTTCGTCCTAGTCTACACCGTCTTCTCCGCCACTGACCCCAAGAGGAGTGCGCGTGACTC
TCACGTCCCTGTATTGGCTCCATTACCAATTGGTTTTGCGGTATTCATTGTTCACTTGGC
TACAATCCCAATCACGGGCACTGGCATTAACCCTGCAAGAAGTCTTGGAGCTGCAATCAT
CTACAACAAGGACCAAGCTTGGGACCATCATTGGATATTTTGGGTTGGTCCGTTTGCGGG
TGCAGCCCTTGCGGCTTTCTACCATCAGTTTGTGTTGAGGGCTGGTGCGGTAAAGGCGCT
CGGGTCCTTCAGGAGCCAGTCTCATGTTTAACTTTGGTGTTCCTCAATTAGCAGAGAGAA
GAAAATAAAGGCTGCGTTGGAACCTAGTGACATGTAGTATCTAATTTCTTGCTTGGTGAA
GTGAGGGTTCGAATGTGACTTGTGGGCCAACTTTGAAATGCTACTTTCGCTTACATTTAT
GTTTACTCTTCTCAACTTTATATTTGCTCTATTGCGCTAGCTAGCTGAATTCCGTATGAT
CGACTTTCCACGTGAGAGTATAAAGGTCCCCTAAACCTACACGTGGAAGATTATGCTTAC
TTTAAGAAAATAAAATATTTTATGTAG


BQ
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AF RR3AO35TF U 1
AF RR3AO35JQ C 436
BS 1 742 RR3AO35TF
BS 743 1227 RR3AO35JQ

RD RR3AO35TF 742 0 0
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QA 1 742 1 742
DS 

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GGCTCCATTACCAATTGGTTTTGCGGTATTCATTGTTCACTTGGCTACAATCCCAATCAC
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AGCTTGGGACCATCATTGGATATTTTGGGTTGGTCCGTTTGCGGGTGCAGCCCTTGCGGC
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CTTTATATTTGCTCTATTGCGCTAGCTAGCTGAATTCCGTATGATCGACTTTCCACGTGA
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TATTTTATGTAG

QA 1 792 1 792
DS 



AS 1 2

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TCTGATCTGGTTTCTCTGAAGATCAGTCTCTTAGGAGATCCCGAGATCGGAAAAACTTGC
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GAAAACATGTATAT


BQ
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AF RR3A255JQ C 306
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TTCATCTTT

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DS 

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TTGCACGGACAAGATGTTATCCATGGGAGGTGCTCGTATTTCCTATAGTATCTGGGAATT
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TCTCTTCATGTTCGATCTGACTAGTCGTTGCACACTTAACAAGTATTTACTGTTTAGGTT
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TGGAATTTGAATTGTTAATTGAACAAAATATAAAACTCAAGAGTTTTAAATCCATATCAA
ATTATAAAACTGATATGTAAGATTTTAATGTTTACTTGCAGGATCGGTCCTAGGTTTAGT
GATGATAAACATTTCAAACCAGATTTTAATAATTTTTTTTTACAATTTAGGGATAGAAAA
CATGTATAT

QA 1 789 1 789
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AS22JQ U 37
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BS 571 626 RR3AS22TF

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QA 1 534 1 534
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QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

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CCTCCTACTTCACCTTATATTTATAATTTTCCTTAATCTTAACTAGATCATGACCCGCGC
GACCGCGCAGATTTTATTTCTGTTTTAACGCATAACATATATTCTATAGTAGTCAATACA
ATTTGAGTTTGTCCATTTCACATAATATAGTTTTATATAATTTTGAGTTTGTCCAAAACA
TATTGTTTAAGAACAATGTTAAAACTGTTTTTTTGTATTAATAGTTTTTTATTGGTGTAT
GAGAGATATAATTGTATGGTAAAAACATTAATATAATATTAACCAATACGATTTGGATTA
AAATATCAGTGTATTACATATTTACTGTGAAGCACTAATCTAATAGTAACCAATACGATT
TGGACTAATATAATAGTATATTATAGATATAGACGTAAGGTGGAGACGCTACTCTAATAT
TAACCAATACGATTTAGACGAACAAAACTGAAATCTTCATTATAATTTTAATAAAATAGT
TATTAATTATTATAAGATAGATAAACAGAAAATTTAATGGAAAAAATAAAAAAATAGCAA
AAAAGATTAATCGTGCGGATACATAATGTTCTATATTTGGTAAAATAATTTAAATGAAAC
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TGCGATAAAAATATACAATCTTTTTGTTTTATATTTATTGACAATCTAACTATCATGCCC
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BQ
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AF RR3AK64TF U 1
AF RR3AK64JQ C 202
BS 1 731 RR3AK64TF
BS 732 974 RR3AK64JQ

RD RR3AK64TF 731 0 0
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GAGAGATATAATTGTATGGTAAAAACATTAATATAATATTAACCAATACGATTTGGATTA
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TAACCAATACGATTTAGACGAACAAAACTGAAATCTTCATTATAATTTTAATAAAATAGT
TATTAATTATTATAAGATAGATAAACAGAAAATTTAATGGAAAAAATAAAAAAATAGCAA
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TGTATTAATCC

QA 1 731 1 731
DS 

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AAACTGTTTTTTTGTATTAATAGTTTTTTATTGGTGTATGAGAGATATAATTGTATGGTA
AAAACATTAATATAATATTAACCAATACGATTTGGATTAAAATATCAGTGTATTACATAT
TTACTGTGAAGCACTAATCTAATAGTAACCAATACGATTTGGACTAATATAATAGTATAT
TATAGATATAGACGTAAGGTGGAGACGCTACTCTAATATTAACCAATACGATTTAGACGA
ACAAAACTGAAATCTTCATTATAATTTTAATAAAATAGTTATTAATTATTATAAGATAGA
TAAACAGAAAATTTAATGGAAAAAATAAAAAAATAGCAAAAAAGATTAATCGTGCGGATA
CATAATGTTCTATATTTGGTAAAATAATTTAAATGAAACTGTATTAATCCAAAAACAATT
ATAGGTTCAAATTTTTATATTAAAAGAATAGTATTTTGCATTTGTATGAAATAAATTCAA
TAAATAAAAAATGACAATGTTTTTTTTTAGAAAGTTAAGTGCGATAAAAATATACAATCT
TTTTGTTTTATATTTATTGACAATCTAACTATCATGCCCAAGAAAGGAAAATTTCATTAT
AAATATCCATGTCCATATAGAATTAATAAGCCCATTAGTAACAATAATTATCC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

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GGAAAGGGGTTACAATAGAGAATCAGTGTGTATTTTGTCTACGTTGTAAATAGAAATAAT
ATTCGTTGAAAGT


BQ
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AF RR3CH09TF U 1
AF RR3CH09JQ C 2
BS 1 705 RR3CH09TF
BS 706 853 RR3CH09JQ

RD RR3CH09TF 710 0 0
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GGGAGGCTTTTCCAGAGGAACCAGTTAGGTGTCTGCAGTGAAGCTTTGGCTGCAACTAGG
CCTCGAGCCGCTTCAACATCTCGTGATATGGAGATAGAGCGTGACTTACTAACCAGCCCC
AAAGACGACCTTGAGTTCTCTATTGTCCGAGAGAATATCAGAGAAAAGTTAAACTCTATA
TGTGACAAGGTAGTTGTTAAGCCCCAAAAAACTGTGAGGAAGCTTGCAAGAGTGCAACAC
CTGTATTCTCAATTAGCCGGGAGGCTTAGGAGGGAAGATGATGAGTTTGACATCTTGGCT
GCTCTGCATCCAACTCCAGCTGTTTGTGGGCTTCCAGCAGAAGAAGCTAGGCTTTTGATT
AAGGAAATAGAATCATTTGATAGAGGAATGTACGCTGGACCTATTGGTTTCTTTGGTGGA
GAGGAGAGTGAGTTTGCAGTTGGTATCAGATCAGCTCTAGTGGAGAAGGGTCTTGGGGCA
TTGATCTATGCGGGGACAGGGATAGTAGCTGGAAGCAACCCAACCTCAGAGTGGAATGAG
CTTGATCTAAAGATATCACAGTTCACCAAGTCAATTGAATCTGAG
CAACA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3CH09JQ 852 0 0
GAT
ACAGATACTGACATTGATCCCATTGCTTGGCTTGCACAGTTCAGAGTGAAGGACATGATG
CATATCAGTTCTGTCTTCAACCACCAGGTGCACCAGCTTTTATCGGTAACACGCCTGGGA
GGCTTTTCCAGAGGAACCAGTTAGGTGTCTGCAGTGAAGCTTTGGCTGCAACTAGGCCTC
GAGCCGCTTCAACATCTCGTGATATGGAGATAGAGCGTGACTTACTAACCAGCCCCAAAG
ACGACCTTGAGTTCTCTATTGTCCGAGAGAATATCAGAGAAAAGTTAAACTCTATATGTG
ACAAGGTAGTTGTTAAGCCCCAAAAAACTGTGAGGAAGCTTGCAAGAGTGCAACACCTGT
ATTCTCAATTAGCCGGGAGGCTTAGGAGGGAAGATGATGAGTTTGACATCTTGGCTGCTC
TGCATCCAACTCCAGCTGTTTGTGGGCTTCCAGCAGAAGAAGCTAGGCTTTTGATTAAGG
AAATAGAATCATTTGATAGAGGAATGTACGCTGGACCTATTGGTTTCTTTGGTGGAGAGG
AGAGTGAGTTTGCAGTTGGTATCAGATCAGCTCTAGTGGAGAAGGGTCTTGGGGCATTGA
TCTATGCGGGGACAGGGATAGTAGCTGGAAGCAACCCAACCTCAGAGTGGAATGAGCTTG
ATCTAAAGATATCACAGTTCACCAAGTCAATTGAATCTGAGGCAACAACAACAACAACTC
TGCAGCCAATTAATTGAAGAAGAGTAACAACATTTGTTTATCCTTGTAGTATATGTGGAA
AGGGGTTACAATAGAGAATCAGTGTGTATTTTGTCTACGTTGTAAATAGAAATAATATTC
GTTGAAAGT

QA 4 852 4 852
DS 



AS 1 2

CO CL9058Contig1 633 2 14 U
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ACACTCTATCGTCTGGCGACACAGAACGCTTAAGGAGACAGTTTGATTTGGCGAATAGGG
AAGCAATGGATGAATCCGCGGAATGGCGGAGAATGTTTGACAGTGAAGCTGAGAAAGCTT
CTAAGTGTAACACAGAGCTGGCACTGATTAAAGAGTCATCTGGGAATGGAAACGCATTTA
CTCTCAATCAAAAGTTAGAGTCATTGCACAAGGAAAATGCGGCGTTGCTCAATGAAATAG
AGACATTAAAACAAGAGCTGGAAGCTTCAAGGTTAAAGTGCCGTTCAAGAGAAGCACCCC
GTTAGATTGAATTTTCCTAGTAGTAGTAGACATCCAGCGTTTAATATTTGCTTTCGCTCA
TTCGGCTGCTGTGCCTGTGCTGGTAAGAAAATCTTAAATATTTCACTCTCATGTATAACA
CTTGTTGTAGTAGACTATTCGTAGCCTTTTTCTTGGAACAATCACTAGCAATACATGTAT
TAAGATAGTTTATCCTAGAATTCAGTTCACTGG


BQ
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AF RR3EC62TF U 1
AF RR3EC62JQ C 132
BS 1 217 RR3EC62TF
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BS 361 385 RR3EC62TF
BS 386 633 RR3EC62JQ

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GTCTGATTCTAGCTCTCGTTCTTGGCGTCGCTGTTTACTTAAGGCTCTGGACAATCGATT
ACACTCTATCGTCTGGCGACACAGAACGCTTAAGGAGACAGTTTGATTTGGCGAATAGGG
AAGCAATGGATGAATCCGCGGAATGGCGGAGAATGTT*GACAGTGAAGCTGAGAAAGCTT
CTAAGTG*AACACAGAGCTGGCACTGATTAAAGA*TCATCTGGGAATGGAAACGCATTTA
CTCTCAATCAAAA*TTAGA*TCATTGCACAAGGAAAATGCGGCGTTGCTCAATGAAATA*
AGACATTAAAACAAGAGCTGGAAGC

QA 1 385 1 385
DS 

RD RR3EC62JQ 502 0 0
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GAATCCGCGGAATGGCGGAGAATGTTTGACAGTGAAGCTGAGAAAGCTTCTAAGTGTAAC
ACAGAGCTGGCACTGATTAAAGAGTCATCTGGGAATGGAAACGCATTTACTCTCAATCAA
AAGTTAGAGTCATTGCACAAGGAAAATGCGGCGTTGCTCAATGAAATAGAGACATTAAAA
CAAGAGCTGGAAGCTTCAAGGTTAAAGTGCCGTTCAAGAGAAGCACCCCGTTAGATTGAA
TTTTCCTAGTAGTAGTAGACATCCAGCGTTTAATATTTGCTTTCGCTCATTCGGCTGCTG
TGCCTGTGCTGGTAAGAAAATCTTAAATATTTCACTCTCATGTATAACACTTGTTGTAGT
AGACTATTCGTAGCCTTTTTCTTGGAACAATCACTAGCAATACATGTATTAAGATAGTTT
ATCCTAGAATTCAGTTCACTGG

QA 1 502 1 502
DS 



AS 1 2

CO CL9059Contig1 734 2 2 U
GGACGAACCATTAAACTCAGCAGCTAATAAACAATTAAACAAATTCTTTAAGAGATTCTC
AGAACACCACAAGAAAAACATGAAACATGGAATGTGTTCACTACTGCTGCTTACAGTTTC
AGTGGCAGTGATATGGTCCACAACGACGGTTTCTGCTCAATCTGACTGCACAAATGTTCT
TATAAGCATGGCGCTGTGTCTTGGCTACATCACTGGGAACTCTACTACTCCTTCCCAGCA
GTGTTGCAATCAGTTGGCTAATGCTGTCAGGTCGTCTCCTGAGTGTTTGTGTGAGGTTCC
CAAAGGTGGAGGTCCCCAGCTTGGGATCAATGTTAGTCAAACACAAGCTCTTGCTTTGCC
TAAAGCTTGTAATGTTGAAACTCCTCCTGCAAGTAGCTGCAATGTTAATTCGCATGCAGG
ATTATCAAACATTTCAGGTTCAAGAGTTGGGTCGTCGTCTGATGGGAATTCTATCAAGCT
CTCATTCCCTCTTCTCGCCATTCTATCCACAGCTTCCTACATTATATGCTCAAAATACTG
ACCTTTTTCGTTAGAAACCACAAAGCTTTTGGCCTCTTTGATAGGCATATTCTTTACTAG
TCTCTATTGAATATGAAGTGTAGTGTGGTGTTGTGTTATGTATTTTGTGCTTTATAAAGC
CCTACTTTCTGAGTGATATCGACAAATAGTGTGTTGTATCTACGGCCTTTAGGCAATAAA
CATTACTTTCTAGG


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AN31TF U 1
AF RR3AN31JQ C 1
BS 1 710 RR3AN31TF
BS 711 734 RR3AN31JQ

RD RR3AN31TF 710 0 0
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AGTGGCAGTGATATGGTCCACAACGACGGTTTCTGCTCAATCTGACTGCACAAATGTTCT
TATAAGCATGGCGCTGTGTCTTGGCTACATCACTGGGAACTCTACTACTCCTTCCCAGCA
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TAAAGCTTGTAATGTTGAAACTCCTCCTGCAAGTAGCTGCAATGTTAATTCGCATGCAGG
ATTATCAAACATTTCAGGTTCAAGAGTTGGGTCGTCGTCTGATGGGAATTCTATCAAGCT
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CCTACTTTCTGAGTGATATCGACAAATAGTGTGTTGTATCTACGGCCTTT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3AN31JQ 734 0 0
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AGTGGCAGTGATATGGTCCACAACGACGGTTTCTGCTCAATCTGACTGCACAAATGTTCT
TATAAGCATGGCGCTGTGTCTTGGCTACATCACTGGGAACTCTACTACTCCTTCCCAGCA
GTGTTGCAATCAGTTGGCTAATGCTGTCAGGTCGTCTCCTGAGTGTTTGTGTGAGGTTCC
CAAAGGTGGAGGTCCCCAGCTTGGGATCAATGTTAGTCAAACACAAGCTCTTGCTTTGCC
TAAAGCTTGTAATGTTGAAACTCCTCCTGCAAGTAGCTGCAATGTTAATTCGCATGCAGG
ATTATCAAACATTTCAGGTTCAAGAGTTGGGTCGTCGTCTGATGGGAATTCTATCAAGCT
CTCATTCCCTCTTCTCGCCATTCTATCCACAGCTTCCTACATTATATGCTCAAAATACTG
ACCTTTTTCGTTAGAAACCACAAAGCTTTTGGCCTCTTTGATAGGCATATTCTTTACTAG
TCTCTATTGAATATGAAGTGTAGTGTGGTGTTGTGTTATGTATTTTGTGCTTTATAAAGC
CCTACTTTTTGAGTGATATCGACAAATAGTGTGTTGTATTTACGGCCTTTAGGCAATAAA
CATTACTTTCTAGG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL9060Contig1 696 2 3 U
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CO19TF U 34
AF RR3CO19JQ C 1
BS 1 33 RR3CO19JQ
BS 34 288 RR3CO19TF
BS 289 696 RR3CO19JQ

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TGTCTCCAGGGTGGC

QA 1 255 1 255
DS 

RD RR3CO19JQ 696 0 0
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QA 1 696 1 696
DS 



AS 1 2

CO CL9061Contig1 593 2 1 U
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B777JQ C 1
AF RR3B777TF U 1
BS 1 593 RR3B777TF

RD RR3B777JQ 593 0 0
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CAAGGAGCTTGGAATCACCGCTATGCACGTTAAGCTCCGTGCCACGGGTGGGAACAAGAC
CGAGACACCTGGTCCTGGTGCCCAATCCGCTCTTAGAGCTCTTGCACGTTCCGGCATGAA
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QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3B777TF 593 0 0
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AAAGACGAGAGAGCCCAAGGAGGAGACAGTAACACTTGGACCAGCTGTTCGTGATGGAGA
GCAAGTCTTCGGTGTTGTCCACATCTTCGCTTCCTTCAACGACACTTTCATTCACGTTAC
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CAGGGATGAGTCCTCACCTTACGCAGCTATGCTTGCTGCACAAGATGTTGCTCAGCGATT
CAAGGAGCTTGGAATCACCGCTATGCACGTTAAGCTCCGTGCCACGGGTGGGAACAAGAC
CGAGACACCTGGTCCTGGTGCCCAATCCGCTCTTAGAGCTCTTGCACGTTCCGGCATGAA
AATTGGCCGCATTGAGGATGTTACTCCGATCCCAACGGACAGTACCCGCCGAAAGGGTGG
TAGAAGAGGAAGGAGGCTCTGAGTTTTTTTTTTTTTTTGGCTATTTAGCTCTTGTGTTTC
ATTTTGTCAGAACAATGTTTCTTCGAGTTTTATTAAAAGGGATTTGAAGTTCC

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

CO CL9062Contig1 1060 2 2 U
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AAGCCCTCTGAGGAAGGAGGCGTTTCCAAGTCTTCTTATGAGAGACGTGGTGGAGGTCCT
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TGGGGAACACCAGGAGAAGAAGTTCTTGCTGTCGAGACTGAAGAAGTTGCTGGGGTAGAA
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GAAGTGGAGGAGCAGAAAGAGCCTGAGGTTAAGGAAATGACTTTGGATGAGTATGAGAAA
ATACTATAGGAGAAGAGAAAGGCCCTTCAATCTCAGAACACTTCTGAGAGGAAAGTTGAT
ACTAAAGTGTTCGAGTCAATGCAACAACTCTCAAACAAGAAGAAGTCTAACGATGAAATC
TTCATCAAGTTGGGTTCAGACAAGGACAAACGCAAAGATGACAAAGAAGAGAAGGCTAAG
AAGGCTGTGAGCATCAATGAGTTTCTGAAACCAGCACAGGGTGAGAATTACTACCGAGGA
GGTGGTCGTGGTGGGCGTGGACGTGGTGGTCGCGTTTCAAGTGGAGGGTATGGTAGTAAC
CGTAGTGAAACTGCGCCTGCCATCGCGGATACTGCTCAGTTCCCATCTCTTGGGGGCAAG
TAAAAGATCCATCCATGAACACGTCGAAAGAAACACTCGTGCGGGGGTCTTCTCCTTCAG
TTTTCCTCTTCTGGTTGAAATCAAGACTGAAGGAATTCCCATGCGAGGGTTTACTGTTTA
CCAGTCTGTTGTTGTCAGTTGTAAATGTTTAGTTGGCGTCAGTTGTTTTTAGATTTTGTG
CAAACTTTTGCCTGACTTTTTTTTTCCACTTTTGAAACATTACACTCTTTTAGTTCACCA
CTTAGTCGTTGTTTTGTTGTTTATGAAACTTGTTTCAGGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AA78TF U 1
AF RR3AA78JQ C 229
BS 1 817 RR3AA78TF
BS 818 1060 RR3AA78JQ

RD RR3AA78TF 817 0 0
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AAGCCCTCTGAGGAAGGAGGCGTTTCCAAGTCTTCTTATGAGAGACGTGGTGGAGGTCCT
CCTCGTGGTGGTAAACGTGGTGAAGTTGGTGAAGGTGAACGTCCTCGAAGGATATTTGAG
CGTCGTAGTGGAACTGGCAGAGGGGGTGACTTCAAACGTGAAGGAGCTGGTCGTGGAAAC
TGGGGAACACCAGGAGAAGAAGTTCTTGCTGTCGAGACTGAAGAAGTTGCTGGGGTAGAA
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GAAGTGGAGGAGCAGAAAGAGCCTGAGGTTAAGGAAATGACTTTGGATGAGTATGAGAAA
ATACTATAGGAGAAGAGAAAGGCCCTTCAATCTCAGAACACTTCTGAGAGGAAAGTTGAT
ACTAAAGTGTTCGAGTCAATGCAACAACTCTCAAACAAGAAGAAGTCTAACGATGAAATC
TTCATCAAGTTGGGTTCAGACAAGGACAAACGCAAAGATGACAAAGAAGAGAAGGCTAAG
AAGGCTGTGAGCATCAATGAGTTTCTGAAACCAGCACAGGGTGAGAATTACTACCGAGGA
GGTGGTCGTGGTGGGCGTGGACGTGGTGGTCGCGTTTCAAGTGGAGGGTATGGTAGTAAC
CGTAGTGAAACTGCGCCTGCCATCGCGGATACTGCTCAGTTCCCATCTCTTGGGGGCAAG
TAAAAGATCCATCCATGAACACGTCGAAAGAAACACT

QA 1 817 1 817
DS 

RD RR3AA78JQ 832 0 0
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GCTGGGGTAGAAACTGAGAAGGATGCTGTGGAGAAGCCTGCTGATGATGATGCTAACAAG
GAGAATTCTGCTGAAGTGGAGGAGCAGAAAGAGCCTGAGGTTAAGGAAATGACTTTGGAT
GAGTATGAGAAAATACTATAGGAGAAGAGAAAGGCCCTTCAATCTCAGAACACTTCTGAG
AGGAAAGTTGATACTAAAGTGTTCGAGTCAATGCAACAACTCTCAAACAAGAAGAAGTCT
AACGATGAAATCTTCATCAAGTTGGGTTCAGACAAGGACAAACGCAAAGATGACAAAGAA
GAGAAGGCTAAGAAGGCTGTGAGCATCAATGAGTTTCTGAAACCAGCACAGGGTGAGAAT
TACTACCGAGGAGGTGGTCGTGGTGGGCGTGGACGTGGTGGTCGCGTTTCAAGTGGAGGG
TATGGTAGTAACCGTAGTGAAACTGCGCCTGCCATCGCGGATACTGCTCAGTTCCCATCT
CTTGGGGGCAAGTAAAAGATCCATCCATGAACACGTCGAAAGAAACACTCGTGCGGGGGT
CTTCTCCTTCAGTTTTCCTCTTCTGGTTGAAATCAAGACTGAAGGAATTCCCATGCGAGG
GTTTACTGTTTACCAGTCTGTTGTTGTCAGTTGTAAATGTTTAGTTGGCGTCAGTTGTTT
TTAGATTTTGTGCAAACTTTTGCCTGACTTTTTTTTTCCACTTTTGAAACATTACACTCT
TTTAGTTCACCACTTAGTCGTTGTTTTGTTGTTTATGAAACTTGTTTCAGGC

QA 1 832 1 832
DS 



AS 1 2

CO CL9063Contig1 588 2 1 U
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TGTGCAGAACTCACTTAGTTCGCACCCTAGCGAAAGTGCTACGCTTAAGGAATTAACGGA
ACGTGGGTTTCTTCACCCTTCTGGTCTTCCTTCACTCGACTTCTTCTTACCAGAAGTTGA
TCCATCAAGTGAGCCATTGCTTTTATTTCCCAAGAGGACATTCCAACCTAGCACTATCAG
GCGCAAACGTAACCATGGATTCTTTGCCCGCAAAGCAACCAAAGGTGGACGAAGAGTCAT
AGCTCGGAGAATAGCAAAAGGGCGTCACAGAGTCACTGCCTAGAATATCTCTCTTTTGTC
CTTTCTATGAATCTATCAGATTATGCGGATAAGTATCTTCCTTGCGTTTTCCAGGCTAGA
AAATCTGAAACTTCGGTCTCGTCAATAACAACAATAGATGTACTGTTGTGTTGAATCTCG
GAGTCGAAGCGAATTTCATAATTTTAAAGATCTCATTACCTTTTGTTT


BQ
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AF RR3D474JQ C 1
AF RR3D474TF U 1
BS 1 588 RR3D474TF

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GGAGAGAAGCAATCGTAGCAATCTCAGAGAAGGGGAGAAGACAATGGCTGCCAAAACCCT
AATCAGGTCGGGAGCTTCGCTAATGAATCGTTTTCTATCGAAGCCAACGACGAACCTTTT
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TCCATCAAGTGAGCCATTGCTTTTATTTCCCAAGAGGACATTCCAACCTAGCACTATCAG
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GAGTCGAAGCGAATTTCATAATTTTAAAGATCTCATTACCTTTTGTTT

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3D474TF 588 0 0
GGAGAGAAGCAATCGTAGCAATCTCAGAGAAGGGGAGAAGACAATGGCTGCCAAAACCCT
AATCAGGTCGGGAGCTTCGCTAATGAATCGTTTTCTATCGAAGCCAACGACGAACCTTTT
TGTGCAGAACTCACTTAGTTCGCACCCTAGCGAAAGTGCTACGCTTAAGGAATTAACGGA
ACGTGGGTTTCTTCACCCTTCTGGTCTTCCTTCACTCGACTTCTTCTTACCAGAAGTTGA
TCCATCAAGTGAGCCATTGCTTTTATTTCCCAAGAGGACATTCCAACCTAGCACTATCAG
GCGCAAACGTAACCATGGATTCTTTGCCCGCAAAGCAACCAAAGGTGGACGAAGAGTCAT
AGCTCGGAGAATAGCAAAAGGGCGTCACAGAGTCACTGCCTAGAATATCTCTCTTTTGTC
CTTTCTATGAATCTATCAGATTATGCGGATAAGTATCTTCCTTGCGTTTTCCAGGCTAGA
AAATCTGAAACTTCGGTCTCGTCAATAACAACAATAGATGTACTGTTGTGTTGAATCTCG
GAGTCGAAGCGAATTTCATAATTTTAAAGATCTCATTACCTTTTGTTT

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 2

CO CL9064Contig1 704 2 2 U
GGTGTGCTGCGAATGACCCGGTGTATCCTCCCTTTGAGTTTCCTTCTGTCTCTCCTCCGT
CCATCATCACCGAGGGCTCCCAAGGAGGTCCTTGGAGGAAGAAGATAACCGAGTTTACCG
GAACTGAAGATGATAAGGACTTCCCCTTGTGGTGCCTGGATGCCGTCTTGAACAATCGCC
TTCCACCTAGAGAAAATACAAAATTAAGCTTCTTCCTGCATCCATGTGAAGGCTCGAATG
TGCAGGTGGTCACACTAGGGAAACTTAGTGCACCCCGGATCTTAAGAGTTCACAAGGTTA
CCAATTACGTTGTGGAAAAGATGGTTCTTGACAGTCCGTTGGATAGTTTACCTCTTGATG
GAGGACCACAGCCTCTGTTTGCAGGAAATGTACTGCTACCCTCTGGATCAAAGCCTTGTC
AGAAACTCAAACCTTCCATTGAGATCTTATGCAATAACCAGGTCTTAGCTCCAGAGATGA
GTCTGGCAACTGTGCGGGTATATATATGGAAGAAACCTGAGGATCTAATCCTCAACTACA
GGGTGGCTATAGCTAGATGAACTTTTTGAGGTAATTTTACTCGAAGAAGGTGAAAATTTG
TGGTTCCATCTACGTGATGGTTTTTAACTTGAGAGATGACTTCATTTTTTTTAGGTTATT
GTGTCATAGAGAACTGATCTTTTTAAAAAAAAAGCCTTGGTTAG


BQ
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AF RR3GI87TF U 1
AF RR3GI87JQ C 61
BS 1 648 RR3GI87TF
BS 649 704 RR3GI87JQ

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TGGTTCCATCTACGTGATGGTTTTTAACTTGAGAGATGACTTCATTTT

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3GI87JQ 644 0 0
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GAACTGAAGATGATAAGGACTTCCCCTTGTGGTGCCTGGATGCCGTCTTGAACAATCGCC
TTCCACCTAGAGAAAATACAAAATTAAGCTTCTTCCTGCATCCATGTGAAGGCTCGAATG
TGCAGGTGGTCACACTAGGGAAACTTAGTGCACCCCGGATCTTAAGAGTTCACAAGGTTA
CCAATTACGTTGTGGAAAAGATGGTTCTTGACAGTCCGTTGGATAGTTTACCTCTTGATG
GAGGACCACAGCCTCTGTTTGCAGGAAATGTACTGCTACCCTCTGGATCAAAGCCTTGTC
AGAAACTCAAACCTTCCATTGAGATCTTATGCAATAACCAGGTCTTAGCTCCAGAGATGA
GTCTGGCAACTGTGCGGGTATATATATGGAAGAAACCTGAGGATCTAATCCTCAACTACA
GGGTGGCTATAGCTAGATGAACTTTTTGAGGTAATTTTACTCGAAGAAGGTGAAAATTTG
TGGTTCCATCTACGTGATGGTTTTTAACTTGAGAGATGACTTCATTTTTTTTAGGTTATT
GTGTCATAGAGAACTGATCTTTTTAAAAAAAAAGCCTTGGTTAG

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GQ83JQ C 1
AF RR3GQ83TF U 1
BS 1 588 RR3GQ83TF

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QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3GQ83TF 588 0 0
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AGAGCGTGGGCCTGGGCTCTGAGGGTAAGCCCATTGAGCTGGAGATGAAGAGGACGGTGT
CGTTTGAAGGATTCTTGCGGATGGTGCGGTCGTGGTCTGGCATTGGCGCTGCTAAGGAAA
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CCGAGTTGGTTCGAACCATCGTTTACAAGTCGTTTATGCTTGCAGGAACCGTTAGTAACT
AGCTCCTTTTGCCGCTCAAATTTGTTATGATTAGTTGAATTATAATAATTGTAAGAGTTT
GTAATGAAAGGAAACTGTGTGTATACGTATTATGATACCAGTCTTGTG

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 2

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TAGGTTTTTCTCCTTTGGCTATTTAAAAAAAATGTCGCCTTTAGTGATGAGTTCTCACTT
CTTTAAACTGTCTGTATACTTACTTCTTCATGAAGTATTGAGTATAAACTCGTCTGTGTT
TTCT


BQ
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20 20 20 20 

AF RR3FF67JQ C 1
AF RR3FF67TF U 1
BS 1 424 RR3FF67TF

RD RR3FF67JQ 424 0 0
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GCAGAGTACGCCTGGAGCAGTGACGAAGTATTCTTCGTTGTCCCCGGCGGCGGCGGCGAT
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TTCT

QA 1 424 1 424
DS 

RD RR3FF67TF 424 0 0
GGGAGAGATGGCGGCGGCGATGCAGTGGTGCGGCGCGATGACGCGACGGATTATGATGGC
GCAGAGTACGCCTGGAGCAGTGACGAAGTATTCTTCGTTGTCCCCGGCGGCGGCGGCGAT
GGAAGTGTGCGGGAGAGGGGATAGTAAGACGAAGAAAGGGAAAAGGTTCAAAGGATCGTA
CGGTAACTCGAGAGGGAAGAAGCAGAAGATGATTGAAAGGATTAAAGACAAGCTCGAGGT
TCCCAGGTCCACTCCTTGGCCTCTCCCTTTCAAGCTCATCTGAAGAAATTTCACTATCGT
TAGGTTTTTCTCCTTTGGCTATTTAAAAAAAATGTCGCCTTTAGTGATGAGTTCTCACTT
CTTTAAACTGTCTGTATACTTACTTCTTCATGAAGTATTGAGTATAAACTCGTCTGTGTT
TTCT

QA 1 424 1 424
DS 



AS 1 2

CO CL9067Contig1 1092 2 2 U
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TGCTGATGTGCGCATTATGGACCAGAAGCTGCGTCTATGCGACATATGCGGAGCATTCTT
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ACACTTTTACTC


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EG48TF U 1
AF RR3EG48JQ C 459
BS 1 762 RR3EG48TF
BS 763 1092 RR3EG48JQ

RD RR3EG48TF 762 0 0
GGTCACCGATGTTACTCAGTCGCCCGAAATTCTCGAACTATCAAAACAAATCAAAGAGAA
GATGAAGGAAGCAGACCTTCATGATCTTGAAGGAAAACCGGATATGAAGATTAGGGCTCT
TGAGTTAGTTGAAGAGATGAGGACTAAGAGAGCTGACTTACAGGCTGTACTGCTGTTGGA
GGCCTTTAACAAAGATAGGGCAGCCTTGCCACAGCCCATCTCTGGTCAGCAGCCAGCTGC
AGCATTGCCTCCGCCGGATCCTCGGACGCAAGAGATGATCAATGAGAAATTAAAGAAAGC
TGAAGAGTTCGGCGAACAAGGAATGGTTGATGAGGCGCAGAAAGCACTGGAGGAGGCTGA
GGCTCTTAAGAAGCTTACTCCTAGACAAGAACCTGTGGCGGATTCAACCAAATACACTGC
TGCTGATGTGCGCATTATGGACCAGAAGCTGCGTCTATGCGACATATGCGGAGCATTCTT
GAGCGTCTATGACAGTGATCGTCGGTTAGCTGATCATTTCGGAGGGAAGCTTCATCTTGG
TTACATGCTGATCCGAGATAAACTAGCAGAGCTTCAGGAGGAAAAGAACAAAGTTCACAA
AGAACGGGTCGAAGAGAGGAGATCAAAAGAGAGGAGCAGAGAGCGAGAATCAAATAAAGA
CAGAGACAGAGGAGATAGCCGTGACCGTGGAAGAGATATTGACCGTAGAAGTAGAGATCG
CGACAGGCACCGTGAACATGACAGAAACTATAATCAGTCACG

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3EG48JQ 634 0 0
GCGACATATGCGGAGCATTCTTGAGCGTCTATGACAGTGATCGTCGGTTAGCTGATCATT
TCGGAGGGAAGCTTCATCTTGGTTACATGCTGATCCGAGATAAACTAGCAGAGCTTCAGG
AGGAAAAGAACAAAGTTCACAAGGAACGGGTCGAAGAGAGGAGATCAAAAGAGAGGAGCA
GAGAGCGAGAATCAAATAAAGACAGAGACAGAGGAGATAGCCGTGACCGTGGAAGAGATA
TTGACCGTAGAAGTAGAGATCGCGACAGGCACCGTGAACATGACAGAAACTATAATCAGT
CACGTGGCTATGACTCAAGAAGCCGACGCAGCTCGAGGTCCCGGTCTAGGGAAAGAACGA
GGGATTCTGATCGCCGCAGACGTCATGACCGCTACTAAGACACTATCAGAGAAGGGTGCA
ACAAGTTTGAGAGGTTTTCAAATGATGCGTTTAGGATCAATCTGGAGTTGCAAACACTTA
TTTTCGTATGTGTTAAAAAGATAATTTGAGATTGTAAGTTGCTAAGTTTGTAAGAAAGAG
TTTCGTTCGGATTTCTTCAAGCTTTTAAAACGTTGTTTACTTCGGAGACTTTCGAGTAGA
AAAGATTGTGGTGATTACATGGACACTTTTACTC

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

CO CL9068Contig1 921 2 2 U
GGAATTGTATCTCCTCGTACCGCATCACTTTGGTCGCTTCTGATCCAGCTACCACTTCGC
TCGTAAACTTTCAGGTTGGAGTATCTGAGCAAGCATATGGCCGTTTGAATTTGATGGTCT
TTGTTGCTAGACCTCAAGCTGATAGGCCTCAGGGCAATGAAGTCGTTAGGCCACTTGGTG
TCACCAATGATCCCTTTAAACCGGATGCATGTGATGATAATGGATTCCCTTTCTGGCCTA
CAGATTTTGATGATACAAAACGATTCCACATGCTGAAGGAATCCGAGTTGCAAGGCAATG
ACTGGATTCGTCTATACTTGGAACTTGCTCTCTGTGCAAATGATAGGAACATTCCCGAAA
GCCATGTATCCCAGCTACAGATTGTGAGAGTTGCAATGGAAACTTTTGAGGATGTGGACG
TCATAAATGCCAATTTCTACATAACGTTTAAAGGCTTGCCCGTGGCTCGAGTTGGTGAGG
ATGGTGAGCATGTTGAGCGCAAAGTCATAATTAGAAGGTATGTGGATTCATCTACCGGAT
ACTTGATTCTCATGGGTGGGTTTGGGTTTTCGGTTGGAGAAGACACTAGCGAGCGCCATA
TGACTCGCCGCAGGACCCTTGAAGAAGCTTACGCTGCTTTCGACTCTGAGCAGAGGCTGC
ACCCGACGACGACTCGCCCATGTCCAACTATCTACATTTCTGATTATTGGAAAAATTTAG
ATAAAAATTTAGGTGCTCCATAGAATGGATAAGATAATAATAAATAGACTTCGATAAAAA
TAATAATTTAAACCCTTGTCGTATCATGTTCATTTCAGCTGAGAGTGAGTTTGGAACTCA
TCATGTCTTAGTTTTCTCATTCTGTTTAGCAACTGTCGTTGGCCAGACTGAAAGTTTAGT
TTCTGGAAAGGTGTGAATTGC


BQ
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AF RR3DN58TF U 1
AF RR3DN58JQ C 42
BS 1 568 RR3DN58TF
BS 569 921 RR3DN58JQ

RD RR3DN58TF 568 0 0
GGAATTGTATCTCCTCGTACCGCATCACTTTGGTCGCTTCTGATCCAGCTACCACTTCGC
TCGTAAACTTTCAGGTTGGAGTATCTGAGCAAGCATATGGCCGTTTGAATTTGATGGTCT
TTGTTGCTAGACCTCAAGCTGATAGGCCTCAGGGCAATGAAGTCGTTAGGCCACTTGGTG
TCACCAATGATCCCTTTAAACCGGATGCATGTGATGATAATGGATTCCCTTTCTGGCCTA
CAGATTTTGATGATACAAAACGATTCCACATGCTGAAGGAATCCGAGTTGCAAGGCAATG
ACTGGATTCGTCTATACTTGGAACTTGCTCTCTGTGCAAATGATAGGAACATTCCCGAAA
GCCATGTATCCCAGCTACAGATTGTGAGAGTTGCAATGGAAACTTTTGAGGATGTGGACG
TCATAAATGCCAATTTCTACATAACGTTTAAAGGCTTGCCCGTGGCTCGAGTTGGTGAGG
ATGGTGAGCATGTTGAGCGCAAAGTCATAATTAGAAGGTATGTGGATTCATCTACCGGAT
ACTTGATTCTCATGGGTGGGTTTGGGTT

QA 1 568 1 568
DS 

RD RR3DN58JQ 880 0 0
GATCCAGCTACCACTTCGCTCGTAAACTTTCAGGTTGGAGTATCTGAGCAAGCATATGGC
CGTTTGAATTTGATGGTCTTTGTTGCTAGACCTCAAGCTGATAGGCCTCAGGGCAATGAA
GTCGTTAGGCCACTTGGTGTCACCAATGATCCCTTTAAACCGGATGCATGTGATGATAAT
GGATTCCCTTTCTGGCCTACAGATTTTGATGATACAAAACGATTCCACATGCTGAAGGAA
TCCGAGTTGCAAGGCAATGACTGGATTCGTCTATACTTGGAACTTGCTCTCTGTGCAAAT
GATAGGAACATTCCCGAAAGCCATGTATCCCAGCTACAGATTGTGAGAGTTGCAATGGAA
ACTTTTGAGGATGTGGACGTCATAAATGCCAATTTCTACATAACGTTTAAAGGCTTGCCC
GTGGCTCGAGTTGGTGAGGATGGTGAGCATGTTGAGCGCAAAGTCATAATTAGAAGGTAT
GTGGATTCATCTACCGGATACTTGATTCTCATGGGTGGGTTTGGGTTTTCGGTTGGAGAA
GACACTAGCGAGCGCCATATGACTCGCCGCAGGACCCTTGAAGAAGCTTACGCTGCTTTC
GACTCTGAGCAGAGGCTGCACCCGACGACGACTCGCCCATGTCCAACTATCTACATTTCT
GATTATTGGAAAAATTTAGATAAAAATTTAGGTGCTCCATAGAATGGATAAGATAATAAT
AAATAGACTTCGATAAAAATAATAATTTAAACCCTTGTCGTATCATGTTCATTTCAGCTG
AGAGTGAGTTTGGAACTCATCATGTCTTAGTTTTCTCATTCTGTTTAGCAACTGTCGTTG
GCCAGACTGAAAGTTTAGTTTCTGGAAAGGTGTGAATTGC

QA 1 880 1 880
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9070Contig1 790 2 3 U
CTGAATATAGTACAAACAAAGAGTGTCTAACAGTACAGTTTCCAGCTTAGATATTGATTA
TTCAGATACAATTGAGAGAGAATCTAAGCTTCTACAGTATCAAACAGATGAGTGAACAGA
AGCACATCTTGGAGTGGTCTTTTGTCTGAGAAGAGTCTTGAGCTGAACCTTTTGGCCCTC
GATCTTCGAACCCCATTTCTCACTTTTTGATCTTATTGCTCTCATAACTCTAGGGAACTC
CACAAACCCTTTGATCCCTCTCTTTATGTGTGGATTCTCACACCTACTCGCAGGTGTAGT
ACTCGCTCTATCCAGTATCTTTGTTTTCATGATCATGTTCCTCTCCTTGTCCTTTTCTTT
GTTAGATTCCTCTAACTCAGATAGCTTCTCCTCCAAGAAAAGCCTAGCATCCGACAGCTT
CATCTGAACTCTCTCTTCCCTCAAAACATCTGCCAACCTATGCATCTGTCTCTCTTCCTC
AACCTCTTGTCTCATCCTAACCATCTCTGCTTTCTCAGACGATCTCTCCTTTAAGAGACG
CTTGTATTGCACCTCCTCAGCTTCTCTACCCTTCCTCTCCTCATCCACATCTTTGGCCAG
CCTCATGTTCATCACCTCTGCCCGTCTTCTAGCTTTTCTCTCGTAGTCCAGCTCTGCCTT
CAGCCCCTTGATCTCGGCTCGAGCTTTCTCTAGTTCAGACTCCATGAAGACCCTTATGAA
ATTCAGATCCCAAATAAAAGACTTGCGTTGTTGTTGATGCCGTTGAGACTGCTGTGAACA
ACAGTAGTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BR37JQ U 26
AF RR3BR37TF C 1
BS 1 27 RR3BR37TF
BS 28 734 RR3BR37JQ
BS 735 790 RR3BR37TF

RD RR3BR37JQ 709 0 0
CT
TAACAGTACAGTTTCCAGCTTAGATATTGATTATTCAGATACAATTGAGAGAGAATCTAA
GCTTCTACAGTATCAAACAGATGAGTGAACAGAAGCACATCTTGGAGTGGTCTTTTGTCT
GAGAAGAGTCTTGAGCTGAACCTTTTGGCCCTCGATCTTCGAACCCCATTTCTCACTTTT
TGATCTTATTGCTCTCATAACTCTAGGGAACTCCACAAACCCTTTGATCCCTCTCTTTAT
GTGTGGATTCTCACACCTACTCGCAGGTGTAGTACTCGCTCTATCCAGTATCTTTGTTTT
CATGATCATGTTCCTCTCCTTGTCCTTTTCTTTGTTAGATTCCTCTAACTCAGATAGCTT
CTCCTCCAAGAAAAGCCTAGCATCCGACAGCTTCATCTGAACTCTCTCTTCCCTCAAAAC
ATCTGCCAACCTATGCATCTGTCTCTCTTCCTCAACCTCTTGTCTCATCCTAACCATCTC
TGCTTTCTCAGACGATCTCTCCTTTAAGAGACGCTTGTATTGCACCTCCTCAGCTTCTCT
ACCCTTCCTCTCCTCATCCACATCTTTGGCCAGCCTCATGTTCATCACCTCTGCCCGTCT
TCTAGCTTTTCTCTCGTAGTCCAGCTCTGCCTTCAGCCCCTTGATCTCGGCTCGAGCTTT
CTCTAGTTCAGACTCCATGAAGACCCTTATGAAATTCAGATCCCAAA

QA 3 709 3 709
DS 

RD RR3BR37TF 790 0 0
CTGAATATAGTACAAACAAAGAGTGTCTAACAGTACAGTTTCCAGCTTAGATATTGATTA
T*CAGATACAATTGAGAGAGAATCTAAGCTTCTACAGTATCAAACAGATGAGTGAACAGA
AGCACATCTTGGAGTGGTCTTTTGTCTGAGAAGAGTCTTGAGCTGAACCTTTTGGCCCTC
GATCTTCGAACCCCATTTCTCACTTTTTGATCTTATTGCTCTCATAACTCTAGGGAACTC
CACAAACCCTTTGATCCCTCTCTTTATGTGTGGATTCTCACACCTACTCGCAGGTGTAGT
ACTCGCTCTATCCAGTATCTTTGTTTTCATGATCATGTTCCTCTCCTTGTCCTTTTCTTT
GTTAGATTCCTCTAACTCAGATAGCTTCTCCTCCAAGAAAAGCCTAGCATCCGACAGCTT
CATCTGAACTCTCTCTTCCCTCAAAACATCTGCCAACCTATGCATCTGTCTCTCTTCCTC
AACCTCTTGTCTCATCCTAACCATCTCTGCTTTCTCAGACGATCTCTCCTTTAAGAGACG
CTTGTATTGCACCTCCTCAGCTTCTCTACCCTTCCTCTCCTCATCCACATCTTTGGCCAG
CCTCATGTTCATCACCTCTGCCCGTCTTCTAGCTTTTCTCTCGTAGTCCAGCTCTGCCTT
CAGCCCCTTGATCTCGGCTCGAGCTTTCTCTAGTTCAGACTCCATGAAGACCCTTATGAA
ATTCAGATCCCAAATAAAAGACTTGCGTTGTTGTTGATGCCGTTGAGACTGCTGTGAACA
ACAGTAGTCC

QA 1 790 1 790
DS 



AS 1 2

CO CL9071Contig1 823 2 8 U
GATTTTCTCACAGTAGATGGGAATTAAATTGCTTTATCTGGACGAAAGTGATACAAATCT
GAACTTTCGTAGTTGCACGAGCTACGTTTTAATACTATTAAATATTCAGTACACACCATT
AACTACAAATTTTTTAAAATTAAAATTTTAGAAAAAGAAGAGAGGAGGAAGTTGCTCTAC
GATACGAAAGCTACTCTTCTCCTCACAGTCTCTACATTACTGTATATAAAAAGCCTCCTC
AAACCCTTTCTCATTATTCATTTCACAAATATAGACCTCTAAGTCGACACACAAAAAACA
CATTTCTTGATTAATGGCGTCTTCGAGTTCTCTAGCTATTTCTCCGAGGAAGCTCCGGTC
AGACCTTTACTCATACTCTTACCAAGACGGTTCCAACACACCACTCGTTATCTCTGTTCT
CGCATCTCTTATAGAACGAACGGTAGCTCGGAACGAGAGAATTAGCTGGAGCTACGGTGG
TTTTGGTAAGACATGTGTCTTCGATTGCATGGAAGTTCCTGACATGACGATCCAATCGTA
CTTAGAGAGGATTTTCCGGTATACCAAAGCCGGTCCATCGATTTACGTTGTGGCTTATGT
ATACATTGACCGGTTCTGTCAGAATAATCAAGGTTTAGAATCAGCATCACTAATGTACAT
CGTCTACTTATGACAACCATCATGGTCGCTTCCAAATACGTCGAAGACATGTAAGTTGAA
AAAAATGTTTAAAATTTGGACGCCGTTTGTAAAAAATACAAATGCTTAAAATGTTACTAA
ATTCATTTATTTATAAATTCATGAAAATAAAGTTGTGGTGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CR56TF U 1
AF RR3CR56JQ C 150
BS 1 704 RR3CR56TF
BS 705 705 RR3CR56JQ
BS 706 724 RR3CR56TF
BS 725 725 RR3CR56JQ
BS 726 733 RR3CR56TF
BS 734 734 RR3CR56JQ
BS 735 755 RR3CR56TF
BS 756 823 RR3CR56JQ

RD RR3CR56TF 755 0 0
GATTTTCTCACAGTAGATGGGAATTAAATTGCTTTATCTGGACGAAAGTGATACAAATCT
GAACTTTCGTAGTTGCACGAGCTACGTTTTAATACTATTAAATATTCAGTACACACCATT
AACTACAAATTTTTTAAAATTAAAATTTTAGAAAAAGAAGAGAGGAGGAAGTTGCTCTAC
GATACGAAAGCTACTCTTCTCCTCACAGTCTCTACATTACTGTATATAAAAAGCCTCCTC
AAACCCTTTCTCATTATTCATTTCACAAATATAGACCTCTAAGTCGACACACAAAAAACA
CATTTCTTGATTAATGGCGTCTTCGAGTTCTCTAGCTATTTCTCCGAGGAAGCTCCGGTC
AGACCTTTACTCATACTCTTACCAAGACGGTTCCAACACACCACTCGTTATCTCTGTTCT
CGCATCTCTTATAGAACGAACGGTAGCTCGGAACGAGAGAATTAGCTGGAGCTACGGTGG
TTTTGGTAAGACATGTGTCTTCGATTGCATGGAAGTTCCTGACATGACGATCCAATCGTA
CTTAGAGAGGATTTTCCGGTATACCAAAGCCGGTCCATCGATTTACGTTGTGGCTTATGT
ATACATTGACCGGTTCTGTCAGAATAATCAAGGTTTAGAATCAGCATCACTAATGTACAT
CGTCTACTTATGACAACCATCATGGTCGCTTCCAAATACGTCGA*GACATGTAAGTTGAA
AAAA*TGTTTAAA*TTTGGACGCCGTTTGTAAAAA

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3CR56JQ 674 0 0
AGAAAAAGAAGAGAGGAGGAAGTTGCTCTACGATACGAAAGCTACTCTTCTCCTCACAGT
CTCTACATTACTGTATATAAAAAGCCTCCTCAAACCCTTTCTCATTATTCATTTCACAAA
TATAGACCTCTAAGTCGACACACAAAAAACACATTTCTTGATTAATGGCGTCTTCGAGTT
CTCTAGCTATTTCTCCGAGGAAGCTCCGGTCAGACCTTTACTCATACTCTTACCAAGACG
GTTCCAACACACCACTCGTTATCTCTGTTCTCGCATCTCTTATAGAACGAACGGTAGCTC
GGAACGAGAGAATTAGCTGGAGCTACGGTGGTTTTGGTAAGACATGTGTCTTCGATTGCA
TGGAAGTTCCTGACATGACGATCCAATCGTACTTAGAGAGGATTTTCCGGTATACCAAAG
CCGGTCCATCGATTTACGTTGTGGCTTATGTATACATTGACCGGTTCTGTCAGAATAATC
AAGGTTTAGAATCAGCATCACTAATGTACATCGTCTACTTATGACAACCATCATGGTCGC
TTCCAAATACGTCGAAGACATGTAAGTTGAAAAAAATGTTTAAAATTTGGACGCCGTTTG
TTAAAAATACAAATGCTTAAAATGTTACTAAATTCATTTATTTATAAATTCATGAAAATA
AAGTTGTGGTGTTG

QA 1 674 1 674
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9073Contig1 625 2 8 U
GGAAACCAGCTTAGGGTTCCTTCTACTTTCTTTCATGGCAAGCAACAAACACCTCCCTCT
TCTCCTTCTCCTCATCATCACAACTACATCCTCCACTTCGCTTGCATTCGATCAAAATAA
ACTCGTAATCAAAATCATAGACGCAATGATCTCAGGAGGAAGTTTCGAAGATTGGAGCGA
AGCTTTCCTCGCAACAAACGACGAGATACACGGTCAAGTTCTCACTTCAACACTCTTCCT
TCCCAAAACATCAGTCGAAGGAATCAACGCCACTTCACCACTCGTAGCTGCTTACCACAT
CGTCCCACAACTGCTTCACTTCCACAACATAAGCCTCCTGGAGCCTCTCTCTCGCATCCC
AACTCTTCTCTCTGGAAACTCAATCGTTGTAACCAACAACTCGGCTTCGGGTTTCACACT
CGATGGCGTTCTTGTCTCGGAGCCAGATTTGTTTGTCTCTCCTTCCGTTGTTATCCATCG
CATCGCTTATCCCTTTAACTTCTCTCGTTACGGTGGCGATGATATATAATTAAGTTACCC
TCTTATTCACTTTTTCCATTTTGTGTTTCTATCTATTCTGAGTATTTTTTTTGGTTAATA
AAAGTTTTACATGGAATTTGTTTTG


BQ
10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E675TF U 1
AF RR3AF08TF U 2
BS 1 259 RR3E675TF
BS 260 261 RR3AF08TF
BS 262 264 RR3E675TF
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BS 593 612 RR3E675TF
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TCCCAAAACATCAGTCGAA**AATTAACGCCACTTCACCACTCGTAGCTGCTTACCACAT
CGTCCCACAACTGCTTCACTTCCACAACATAAGCCTCCTGGAGCCTCTCTCTCGCATCCC
AACTCTTCTCTCTGGAAACTCAATCGTTGTAACCAACAACTCGGCTTCGGGTTTCACACT
CGATGGCGTTCTTGTCTCGGAGCCAGATTTGTTTGTCTCTCCTTCCGTTGTTATCCATCG
CATCGCTTATCCCTTTAACTTCTCTCGTTACGGTGGCGATGATATATAATTAAGTTACCC
TCTTATTCACTTTTTCCATTTTGTGTTTCTATCTATTCTGAGTATTTTTTT*GGTTAATA
AAAGTTTTACAT

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DS 

RD RR3AF08TF 624 0 0
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CTCCTTCTCCTCATCATCACAACTACATCCTCCACTTCGCTTGCATTCGATCAAAATAAA
CTCGTAATCAAAATCATAGACGCAATGATCTCAGGAGGAAGTTTCGAAGATTGGAGCGAA
GCTTTCCTCGCAACAAACGACGAGATACACGGTCAAGTTCTCACTTCAACACTCTTCCTT
CCCAAAACATCAGTCGAAGGAATCAACGCCACTTCACCACTCGTAGCTGCTTACCACATC
GTCCCACAACTGCTTCACTTCCACAACATAAGCCTCCTGGAGCCTCTCTCTCGCATCCCA
ACTCTTCTCTCTGGAAACTCAATCGTTGTAACCAACAACTCGGCTTCGGGTTTCACACTC
GATGG*GTTCTTGTCTCGGAGCCAGATTTGTTTGTCTCTCCTTCCGTTGTTATCCATCGC
ATCGCTTATCCCTTTAACTTCTCTCGTTACGGTGGCGATGATATATAATTAAGTTACCCT
CTTATTCACTTTTTCCATTTTGTGTTTCTATCTATTCTGAGTATTTTTTTTGGTTAATAA
AAGTTTTACATGGAATTTGTTTTG

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

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AGCCAACTTGGAACTGATAACTTGGACAACCTAAAGAAGCTAGCAGAGCAGTTCCAGAAA
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GATGTCCCAGAACTTGTAGCGGGAGAGACTTTCGAGACTCCTGCTGCTAAAGCTACTGCC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DJ79TF U 1
AF RR3DJ79JQ C 55
BS 1 647 RR3DJ79TF
BS 648 648 RR3DJ79JQ
BS 649 747 RR3DJ79TF
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BS 768 787 RR3DJ79TF
BS 788 861 RR3DJ79JQ

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TACTTATCTCTTCTCTTCTACCCAACCTAGGAAGAACCCTAGAAATCGAATAACAAGATG
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GATGATTCTGTGATTCAGTTCCTTAACCCTAAAGTTCAAGCTTCGGTTGCTGCTAACACA
TGGGCCGTAAGTGGTACACCACAGACCAAAAAGTTGCAAGACATACTTCCTCAGATTATC
AGCCAACTTGGAACTGATAACTTGGACAACCTAAAGAAGCTAGCAGAGCAGTTCCAGAAA
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GATGTCCCAGAACTTGTAGCGGGAGAGACTTTCGAGACTCCTGCTGCTAAAGCTACTGCC
TCCTAAGTGAAGAAAGCTCACCAGCAAAACCCCTCACCATAAAAAAA*TGTTTGGTGCTC
GACCTTTTTTGAGCACCGTTCAGATTCTTGTTTTCTCTAGTCGTTACGAGCAGAAAAGAC
TTGGTTTTGTTATCACTTGATGCGTTT*GTCTGA*CAGCAATTTTC*TTTTATTAAGTGG
TTAGATC

QA 1 787 1 787
DS 

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AAGATGAATAGGGAGAAGTTGATGAAGATGGCTAACACTGTCCGCACTGGCGGTAAAGGA
ACTGTAAGAAGGAAGAAGAAGGCTGTTCACAAGACGAATACGACGGACGACAAGAAGCTC
CAGAGCACTCTCAGGAGAGTTGGAGTCAACTCCATTCCCGGTATCGAAGAAGTTAACATC
TTTAAGGATGATTCTGTGATTCAGTTCCTTAACCCTAAAGTTCAAGCTTCGGTTGCTGCT
AACACATGGGCCGTAAGTGGTACACCACAGACCAAAAAGTTGCAAGACATACTTCCTCAG
ATTATCAGCCAACTTGGAACTGATAACTTGGACAACCTAAAGAAGCTAGCAGAGCAGTTC
CAGAAACAGGCACCAGGTGGAGGAGCTGATGTTCCAGCGACTATCCAAGAAGAGGACAAC
GATGATGATGTCCCAGAACTTGTAGCGGGAGAGACTTTCGAGACTCCTGCTGCTAAAGCT
ACTGCCTCCTAAGTGAAGAAGGCTCACCAGCAAAACCCCTCACCATAAAAAAAATGTTTG
GTGCTCGACCTTTTTTGAGCACCGTTCAGATTCTTGTTTTCTCTAGTCGTTACGAGCAGA
AAAGACTTGGTTTTGTTATCACTTGATGCGTTTTGTCTGAACAGCAATTTTCCTTTTATT
AAGTGGTTAGATCGCTTCCTGCTTACTATCTGTTCAAAAGTTCAGTGTTCGGTCTTTTCA
TTGAACACAGCCTTCCTGATCGTGCCT

QA 1 807 1 807
DS 



AS 1 2

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TAAATTTTAGTTTTGGATTATGTTGATGAAAATGTAATTTCGTTTTGTTTTCGGGAAAAT
GGTATTTAAAACACCAAGAGTGTAACTTATTATCACATTAAACACTAAACTTTTTTTGTT
AG


BQ
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20 20 

AF RR3AY40JQ C 1
AF RR3AY40TF U 1
BS 1 602 RR3AY40TF

RD RR3AY40JQ 602 0 0
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CTGCAGGAGCGGTTGTGGTGTACGCGCCTGTTGATATTCCTGCTATGCAAGCTGTGATGA
GCGGTGGAGATTCTGCTTACGTGGCACTACTTCCCTCAGGATTCGCCATTCTCCCTAACG
CTCCGCAACGGTCAGGGAACGTAACGGTAACGGTGGGTGCATGGAGGAAGGAGGGTCGTT
GCTAACGGTGGCGTTTCAGATACTGGTGAATAGTTTGCCTACAGCTAAGCTCACGGTGGA
ATCTGTAGAGACGGTTAATAATCTGATATCGTGTACCGTTCAGAAGATTAAAGCTGCACT
TCATTGTGATATCACCTGAGTTGAGATGGGACGGTGTGTGTGTGTGTGTAGATTGAGTCA
AGAACGAACCTCATCTTGTCAGGAATCGGTGGTGTGATGGTTCGGGCATTTACTCAATAT
TAAATTTTAGTTTTGGATTATGTTGATGAAAATGTAATTTCGTTTTGTTTTCGGGAAAAT
GGTATTTAAAACACCAAGAGTGTAACTTATTATCACATTAAACACTAAACTTTTTTTGTT
AG

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3AY40TF 602 0 0
GCACCGCAATAAATGCGAATCAGAGCAGTATGCTGATACTACAGGAGACAAGCATAGACG
CTGCAGGAGCGGTTGTGGTGTACGCGCCTGTTGATATTCCTGCTATGCAAGCTGTGATGA
GCGGTGGAGATTCTGCTTACGTGGCACTACTTCCCTCAGGATTCGCCATTCTCCCTAACG
CTCCGCAACGGTCAGGGAACGTAACGGTAACGGTGGGTGCATGGAGGAAGGAGGGTCGTT
GCTAACGGTGGCGTTTCAGATACTGGTGAATAGTTTGCCTACAGCTAAGCTCACGGTGGA
ATCTGTAGAGACGGTTAATAATCTGATATCGTGTACCGTTCAGAAGATTAAAGCTGCACT
TCATTGTGATATCACCTGAGTTGAGATGGGACGGTGTGTGTGTGTGTGTAGATTGAGTCA
AGAACGAACCTCATCTTGTCAGGAATCGGTGGTGTGATGGTTCGGGCATTTACTCAATAT
TAAATTTTAGTTTTGGATTATGTTGATGAAAATGTAATTTCGTTTTGTTTTCGGGAAAAT
GGTATTTAAAACACCAAGAGTGTAACTTATTATCACATTAAACACTAAACTTTTTTTGTT
AG

QA 1 602 1 602
DS 



AS 1 2

CO CL9076Contig1 843 2 2 U
GGGTTTCCTGTGAATCTTCTTCTCCATCGTTCGAATCGCCCACCTCCTCGCCTCCCATCC
GATCTGCCGGAGTTCTACAAAAGACCAGACACGTTCAGCCTCTCCTTTGTTTGATGCTGA
GAAGGGTTTCTCTTCATCCTCATCGTTAGACCCAAACGATTCATCGTGAGAAGGGTTTCT
TGTGGTCTTTGGAGCTATAGGAAGCGGAGCTAGCAGCGTTGTTAAACGCGCTATTCATAT
CCCGAAACACAGGCTTCTAGCCTTGAAGAGTCTCAATATCTTCAAAAGGGAGAAAAGGCA
GCAACTGCTTACAGAGATAAGGACGCTGTGTGAAGCTCCTTGTCATGAAGGACTTGTGGA
TTTCCACGGAGCGTTTTATAGTCCTGACTCGGGACAGATCAGCATAGCTCTTGAATATAT
GGATGGAGGATCTCTTGCAGATATCTTGAAAGTAACTAAGAAGATACCTGAGCCTGTTCT
TTCGTCAATGTTCCACAAACTCTTGCAAGATGAGAAGAAGCTAAGAGAGGCGCTTCTATT
CGCAAATGCTTGTGGAGCTATTACTGTAACAGAGAGAGGAGCTATTCCAGCTATGCCCAC
CATGAATGCTGTTCAAGACCTTCTCTCTTGTTGGGGAGTGGTGTTGCAAAATGCAGAAAA
TTGCAGGGTATTTGCAGGATCTTGTTTACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCCATTGAGA
ACAATGATCTACCAGCTGCAGGTTTGGTTTTGGGAAATGTTTGTGTCTGAGTTTCCTGTG
TTTTCTACTCTTATGCAATACATTTTTTTATATCTCAAATATAAGGAACACCATTGCACA
CTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 

AF RR3DA87TF U 1
AF RR3DA87JQ C 74
BS 1 662 RR3DA87TF
BS 663 843 RR3DA87JQ

RD RR3DA87TF 662 0 0
GGGTTTCCTGTGAATCTTCTTCTCCATCGTTCGAATCGCCCACCTCCTCGCCTCCCATCC
GATCTGCCGGAGTTCTACAAAAGACCAGACACGTTCAGCCTCTCCTTTGTTTGATGCTGA
GAAGGGTTTCTCTTCATCCTCATCGTTAGACCCAAACGATTCATCGTGAGAAGGGTTTCT
TGTGGTCTTTGGAGCTATAGGAAGCGGAGCTAGCAGCGTTGTTAAACGCGCTATTCATAT
CCCGAAACACAGGCTTCTAGCCTTGAAGAGTCTCAATATCTTCAAAAGGGAGAAAAGGCA
GCAACTGCTTACAGAGATAAGGACGCTGTGTGAAGCTCCTTGTCATGAAGGACTTGTGGA
TTTCCACGGAGCGTTTTATAGTCCTGACTCGGGACAGATCAGCATAGCTCTTGAATATAT
GGATGGAGGATCTCTTGCAGATATCTTGAAAGTAACTAAGAAGATACCTGAGCCTGTTCT
TTCGTCAATGTTCCACAAACTCTTGCAAGATGAGAAGAAGCTAAGAGAGGCGCTTCTATT
CGCAAATGCTTGTGGAGCTATTACTGTAACAGAGAGAGGAGCTATTCCAGCTATGCCCAC
CATGAATGCTGTTCAAGACCTTCTCTCTTGTTGGGGAGTGGTGTTGCAAAATGCAGAAAA
TT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3DA87JQ 770 0 0
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TCATCCTCATCGTTAGACCCAAACGATTCATCGTGAGAAGGGTTTCTTGTGGTCTTTGGA
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TTTTATAGTCCTGACTCGGGACAGATCAGCATAGCTCTTGAATATATGGATGGAGGATCT
CTTGCAGATATCTTGAAAGTAACTAAGAAGATACCTGAGCCTGTTCTTTCGTCAATGTTC
CACAAACTCTTGCAAGATGAGAAGAAGCTAAGAGAGGCGCTTCTATTCGCAAATGCTTGT
GGAGCTATTACTGTAACAGAGAGAGGAGCTATTCCAGCTATGCCCACCATGAATGCTGTT
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GCAGGATCTTGTTTACAATTTAAGCAAAGTAGGACAAGCCATTGAGAACAATGATCTACC
AGCTGCAGGTTTGGTTTTGGGAAATGTTTGTGTCTGAGTTTCCTGTGTTTTCTACTCTTA
TGCAATACATTTTTTTATATCTCAAATATAAGGAACACCATTGCACACTC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL9077Contig1 995 2 2 U
GGTAGGAATTTTCAGTTTCCTGTTTTAAGCGAGCCCCCACAATCTTTTCTGACAACAATG
GAAGAGTATATTAAAGAAGCACCACGTGCTGTTGATGCCCCAGCTGAACCACTGCTTCTA
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GTGTTGCCTTCAGATGATGTGGTTCTTGTATCTGAAGAGACAGAACATTCTCCTCCGCCT
CCTCCGACTTCAGCTACCACTCAGTCTCAGAACATCATTGATACAGATGATTTACTGGGT
CTGAACACTGCCGCTCCTGATGCATCGGCGATCGAGGACCAAAATGCACTTGCTTTAGCC
ATAATCTCAACTGATGGTGGAAACTCTTCAACGCCTAGTTCTTTCCAAGCAAACGATTAC
GACCCTACAGGATGGGAGCTTGCTCTGGTAACAACACCAAGCAACGATATCTCTGCAGCC
ACCGATAGGCAATTGGCTGGTGGATTAGACACGCTTACACTGAACAGTCTATACGATGAT
GGAGCCTACATAGCCTCCCAACGCCCTGTCTACGGTGCACCAGCTCCCAACCCATTTGAA
GTTCACGATCCTTTTGCAACGTCCACTGGGATTACACCACCTCCGCAACCAGCTGTGAAC
AACCCCTTTGGTGTTTACCAGCCAACTTATGGGCAGCAGCAGCAGCATCAACTACAGCTA
GCATTAGCACCAACCCCCCAAGCCAATAACAGTAGTAATCCATTTGGTAATTTTGGGGAA
TTCCCGGTTAACCCGGTTTATCAGCAGCCAAATACAAGCGGGTTTGGTGATTTTGCGGTT
AATCAGCATAATAATCCGTTCCACAGCACTGGTTTCATCTGATTATATTTTCAAATTTGT
ATTTCATTGGTTTTTTTTGTGGAGTGGAGGGAGAGAGAGTGTGTGAATTGGTTTTATTTG
TGAGTAATATAATCAACATGATTGGTTTGATCTCC


BQ
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AF RR3DU55TF U 1
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BS 734 995 RR3DU55JQ

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CCTCCGACTTCAGCTACCACTCAGTCTCAGAACATCATTGATACAGATGATTTACTGGGT
CTGAACACTGCCGCTCCTGATGCATCGGCGATCGAGGACCAAAATGCACTTGCTTTAGCC
ATAATCTCAACTGATGGTGGAAACTCTTCAACGCCTAGTTCTTTCCAAGCAAACGATTAC
GACCCTACAGGATGGGAGCTTGCTCTGGTAACAACACCAAGCAACGATATCTCTGCAGCC
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GGAGCCTACATAGCCTCCCAACGCCCTGTCTACGGTGCACCAGCTCCCAACCCATTTGAA
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GCATTAGCACCAA

QA 1 733 1 733
DS 

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CCCTGTTTACGGTGCACCAGCTCCCAACCCATTTGAAGTTCACGATCCTTTTGCAACGTC
CACTGGGATTACACCACCTCCGCAACCAGCTGTGAACAACCCCTTTGGTGTTTACCAGCC
AACTTATGGGCAGCAGCAGCAGCATCAACTACAGCTAGCATTAGCACCAACCCCCCAAGC
CAATAACAGTAGTAATCCATTTGGTAATTTTGGGGAATTCCCGGTTAACCCGGTTTATCA
GCAGCCAAATACAAGCGGGTTTGGTGATTTTGCGGTTAATCAGCATAATAATCCGTTCCA
CAGCACTGGTTTCATCTGATTATATTTTCAAATTTGTATTTCATTGGTTTTTTTTGTGGA
GTGGAGGGAGAGAGAGTGTGTGAATTGGTTTTATTTGTGAGTAATATAATCAACATGATT
GGTTTGATCTCC

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 2

CO CL9078Contig1 589 2 1 U
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AAGAACTTCGTGGATGAGCATGAGCCGAAACTGGGGGCAAAACTGGCAGTCTAACTCTGT
ATTGGTTGGTCAAGCACTTTCTTTTAGAGTCACAAGCAGCGACCGTAGAAGTTCCACGTC
ATGGAACATCGCTCCGGCTCATTGGCAGTTTGGACAGACTTTCATGGGAAAGAACTTCAG
AGTCTAAACGCGAATCCATCTACCAATACCCCCCGTTTATTAGTAGTATCATCTATTGTA
TTATTACACTATCAAAATTTCCAAGCCGGAGGCAACTAGTAATTGAGAAATTATTATATA
TCATGTTTCCAGACCACGAAAATTCCTATTTTCTATCCCTAATGGGTTTTCTATTTGTTG
CTATCTTTGTTGGGGTGTGTGAAAGTGGAACAGTGGCTAAAATGGTTCT


BQ
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AF RR3BF15JQ C 1
AF RR3BF15TF U 1
BS 1 589 RR3BF15TF

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DS 

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GCCATGTCGGAAGATAGGAGGAATGAGGTTCACGATCAACGGTTTCCGTTACTTCAACTT
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AAGAACTTCGTGGATGAGCATGAGCCGAAACTGGGGGCAAAACTGGCAGTCTAACTCTGT
ATTGGTTGGTCAAGCACTTTCTTTTAGAGTCACAAGCAGCGACCGTAGAAGTTCCACGTC
ATGGAACATCGCTCCGGCTCATTGGCAGTTTGGACAGACTTTCATGGGAAAGAACTTCAG
AGTCTAAACGCGAATCCATCTACCAATACCCCCCGTTTATTAGTAGTATCATCTATTGTA
TTATTACACTATCAAAATTTCCAAGCCGGAGGCAACTAGTAATTGAGAAATTATTATATA
TCATGTTTCCAGACCACGAAAATTCCTATTTTCTATCCCTAATGGGTTTTCTATTTGTTG
CTATCTTTGTTGGGGTGTGTGAAAGTGGAACAGTGGCTAAAATGGTTCT

QA 1 589 1 589
DS 



AS 1 2

CO CL9079Contig1 914 2 2 U
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GATCAAATCATTAAGCTTCTGTGGCCGGTGGCCTCTGCTGCCGGTTACCATCTTTCATTT
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GCGATCTACTTTTCGCGTTGGTGATTCCTTTTTGTTGTGTTTCTTCTTCGATCCAGATCA
GGGCATTTCTTAAAGTTCACATCTTTTATCTCCATTTTCTTTAGACCGATTTTATAGTTT
GGTCAGTGTCTGCTTTCTACTTGGTAATTAATTCATAACCCGTTGTAATCTTGAGTTAGT
AGACTTTTTCATCACTCACTCTAAATTCTTTTTAAGAGAATCAGACTTTGCCTTCAGTTT
AAGCCATTATGGCGTTAGCAAAGCATCTCTGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGAGTTTATAGG
ATTTTCTGAATCAAGATCTGAAAAGATTCAGAAGAGTTGGCACTTCTATGGTGGTCCAAC
AAAGAATCTCATTTCTTCTTGGTTTGGTCTTCCTCGTGTTTAATTACGGTGATCCAAGGT
TCTTCTGCTCAAGATTTTACGGTTGAAAGTAGAAAGTCATCATGGTATCAACGGAGATTT
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GATGTGTCCGAGACGACCGTTCAACGCATGAAGGACGCGTGTCCCAGGGACGTGGCAGCT
TCATCATCGTTTAGTCTCTGGATGTTTCTCTATTGGGCTATTTTCAATGTTTTAATTGGG
CTTTCTCTTCTATTGTAAATTTCAGATACCATATGTAATTGCCCATTGAGTTTGAGTAAT
GATACTCAGTTGAC


BQ
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AF RR3AT07TF U 1
AF RR3AT07JQ C 175
BS 1 704 RR3AT07TF
BS 705 914 RR3AT07JQ

RD RR3AT07TF 704 0 0
GGAAGAGTTGTTTCATTGGTATCTATTTGATCTTTCACCTCTTTCTAAACAGAGTTCTTC
GATCAAATCATTAAGCTTCTGTGGCCGGTGGCCTCTGCTGCCGGTTACCATCTTTCATTT
TGTTTGTTTTTTTTGGCTTGTAAAATTTTTGATCCTTGGATCGAATAATTTTTCGCGTTG
GCGATCTACTTTTCGCGTTGGTGATTCCTTTTTGTTGTGTTTCTTCTTCGATCCAGATCA
GGGCATTTCTTAAAGTTCACATCTTTTATCTCCATTTTCTTTAGACCGATTTTATAGTTT
GGTCAGTGTCTGCTTTCTACTTGGTAATTAATTCATAACCCGTTGTAATCTTGAGTTAGT
AGACTTTTTCATCACTCACTCTAAATTCTTTTTAAGAGAATCAGACTTTGCCTTCAGTTT
AAGCCATTATGGCGTTAGCAAAGCATCTCTGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGAGTTTATAGG
ATTTTCTGAATCAAGATCTGAAAAGATTCAGAAGAGTTGGCACTTCTATGGTGGTCCAAC
AAAGAATCTCATTTCTTCTTGGTTTGGTCTTCCTCGTGTTTAATTACGGTGATCCAAGGT
TCTTCTGCTCAAGATTTTACGGTTGAAAGTAGAAAGTCATCATGGTATCAACGGAGATTT
GCGACGAAGAGACAGAGCAAGAAAAGCGTCTTTCGGAAGCTAGG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3AT07JQ 740 0 0
GCGTTGGCGATCTACTTTTCGCGTTGGTGATTCCTTTTTGTTGTGTTTCTTCTTCGATCC
AGATCAGGGCATTTCTTAAAGTTCACATCTTTTATCTCCATTTTCTTTAGACCGATTTTA
TAGTTTGGTCAGTGTCTGCTTTCTACTTGGTAATTAATTCATAACCCGTTGTAATCTTGA
GTTAGTAGACTTTTTCATCACTCACTCTAAATTCTTTTTAAGAGAATCAGACTTTGCCTT
CAGTTTAAGCCATTATGGCGTTAGCAAAGCATCTCTGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGAGTT
TATAGGATTTTCTGAATCAAGATCTGAAAAGATTCAGAAGAGTTGGCACTTCTATGGTGG
TCCAACAAAGAATCTCATTTCTTCTTGGTTTGGTCTTCCTCGTGTTTAATTACGGTGATC
CAAGGTTCTTCTGCTCAAGATTTTACGGTTGAAAGTAGAAAGTCATCATGGTATCAACGG
AGATTTGCGACGAAGAGACAGAGCAAGAAAAGCGTCTTTCGGAAGCTAGGGGAGATTCAG
TCCGGCGATGTGTCCGAGACGACCGTTCAACGCATGAAGGACGCGTGTCCCAGGGACGTG
GCAGCTTCATCATCGTTTAGTCTCTGGATGTTTCTCTATTGGGCTATTTTCAATGTTTTA
ATTGGGCTTTCTCTTCTATTGTAAATTTCAGATACCATATGTAATTGCCCATTGAGTTTG
AGTAATGATACTCAGTTGAC

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL9080Contig1 977 2 2 U
CAAGCGCAATGCCTGAGCCTAGAACATTGACGAGCTAGAGCAGGTGATTATAGCAAGAGC
CTTGACAAACTATCGTATCAAGGAAAATATCGGCAGTGGAAGTTCCTCTAGTGCCCCGGT
TCCATTTGCAAAGAGATTCTCCATGCAGAGCCCTAGACCAACAAGTCCACAGCCTTGTCG
TGCGGCCACGTCGAGAATCTTGCCTTTCATCTGTCCGCAACCTTCTTCTTCTTCTTCTAG
AAGCAGAGCAGCTTCCGTGGAAAGAGCCATGGCATCCGCTTTGGAAAACCGCAACTACCG
ACCTCAGCAGAGATTCGCAACTCCAGGAACAGCAGCAGTAGCTCCTCCTTATGTTCCTTT
GAGGCACTTATGCCACCGTGGCATGGCTCCACCGGTCACGATTAGAACCTCTGTACCGGT
CTTCTCTGCACCTCCAATGCCTCCTCCTCCACCTTCTGCAAACACCCAGCAGCAGCTACA
TCCTGTGTATGTCCCATCCATGATGCGTGCTGCTGCGCCCGTGAGAATCGCGCCACCTGT
CACAATCAGAACTGTGGCGCCTGTTTTTGCTTCGGTTAGAAAAGAGGCAGAGCCTTTACC
TGTTAGAAAAGCGAATATCCAAAACCCTGCCAAGTCCACCATGATTAAAGTAGATGAAAC
CCGGGTCCAAGAAAAAGAGGGAAGAACAAGTCCTCTCTTACCTGAAGAGGGAAGTGGTAA
ACCAAAAATTTCTGAGAGTGCAAAGGAAACGGAGAAAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTGAA
GGAACCGGAAACAGCAAGAGAGCGAGTGGAGAATCTCAAAATCTGCTAGAGTGTGTATCT
GCAAGAATTGTAACTTTAGTAATGACAAAGGATTTGTATTATATATTGTTGGGAGTTTTG
TGGCTTGTCGTCCATCTTTGGATTCTAGATTTGTAATCTGTCTCTCTTCCTTTATTTAAG
TGTGTTTGTGTCCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CR91TF U 1
AF RR3CR91JQ C 239
BS 1 673 RR3CR91TF
BS 674 977 RR3CR91JQ

RD RR3CR91TF 673 0 0
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CTTGACAAACTATCGTATCAAGGAAAATATCGGCAGTGGAAGTTCCTCTAGTGCCCCGGT
TCCATTTGCAAAGAGATTCTCCATGCAGAGCCCTAGACCAACAAGTCCACAGCCTTGTCG
TGCGGCCACGTCGAGAATCTTGCCTTTCATCTGTCCGCAACCTTCTTCTTCTTCTTCTAG
AAGCAGAGCAGCTTCCGTGGAAAGAGCCATGGCATCCGCTTTGGAAAACCGCAACTACCG
ACCTCAGCAGAGATTCGCAACTCCAGGAACAGCAGCAGTAGCTCCTCCTTATGTTCCTTT
GAGGCACTTATGCCACCGTGGCATGGCTCCACCGGTCACGATTAGAACCTCTGTACCGGT
CTTCTCTGCACCTCCAATGCCTCCTCCTCCACCTTCTGCAAACACCCAGCAGCAGCTACA
TCCTGTGTATGTCCCATCCATGATGCGTGCTGCTGCGCCCGTGAGAATCGCGCCACCTGT
CACAATCAGAACTGTGGCGCCTGTTTTTGCTTCGGTTAGAAAAGAGGCAGAGCCTTTACC
TGTTAGAAAAGCGAATATCCAAAACCCTGCCAAGTCCACCATGATTAAAGTAGATGAAAC
CCGGGTCCAAGAA

QA 1 673 1 673
DS 

RD RR3CR91JQ 739 0 0
AGAAGCAGAGCAGCTTCCGTGGAAAGAGCCATGGCATCCGCTTTGGAAAACCGCAACTAC
CGACCTCAGCAGAGATTCGCAACTCCAGGAACAGCAGCAGTAGCTCCTCCTTATGTTCCT
TTGAGGCACTTATGCCACCGTGGCATGGCTCCACCGGTCACGATTAGAACCTCTGTACCG
GTCTTCTCTGCACCTCCAATGCCTCCTCCTCCACCTTCTGCAAACACCCAGCAGCAGCTA
CATCCTGTGTATGTCCCATCCATGATGCGTGCTGCTGCGCCCGTGAGAATCGCGCCACCT
GTCACAATCAGAACTGTGGCGCCTGTTTTTGCTTCGGTTAGAAAAGAGGCAGAGCCTTTA
CCTGTTAGAAAAGCGAATATCCAAAACCCTGCCAAGTCCACCATGATTAAAGTAGATGAA
ACCCGGGTCCAAGAAAAAGAGGGAAGAACAAGTCCTCTCTTACCTGAAGAGGGAAGTGGT
AAACCAAAAATTTCTGAGAGTGCAAAGGAAACGGAGAAAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTG
AAGGAACCGGAAACAGCAAGAGAGCGAGTGGAGAATCTCAAAATCTGCTAGAGTGTGTAT
CTGCAAGAATTGTAACTTTAGTAATGACAAAGGATTTGTATTATATATTGTTGGGAGTTT
TGTGGCTTGTCGTCCATCTTTGGATTCTAGATTTGTAATCTGTCTCTCTTCCTTTATTTA
AGTGTGTTTGTGTCCCTCC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL9081Contig1 532 2 1 U
GGGTAGTTGCCGTCTCTCTGTAACAATAATATTCTCAAATCATTTCGGCGTTGCTCACCA
ACCTGATTTCTCTTCTACTTTCACATACAATTCGTGTCGTCTTATTAAAACAGGACATAG
TTATTATAAAGGGTTTCTTTATTTGTCTCGGGGTTTGTGTGGTGAAAATGGAGAACAAGA
ACAATCATGGAAACGAGGATGATCCAAAACATAGCCAAGTGGTGAAGATAAAGAGAGAAT
TTGAGAAGATAAGACAGCCATCACTGCACCAAGCGGAGATGAGAAGGGTCCTTACCGAGA
TCAAGAGGAGTCAACGTTCACGTTCACCACTTGACTTAGGAGAGAGATCTATTTCCGTTC
GGAACAGATGATCCATATTTACCTTGCAATCGACAGAGAGTTTAAGAAGGAGAGGAGTTT
CTTCAATAGTTGCAGAGTTTGTTGTCTATCTGTCTCTATGTAAATACGATTTGGTTTAAA
TATGACCGATGTATAGTTGCAGAGTTACGATGTATGAATCTGGATTTACACG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B421JQ C 1
AF RR3B421TF U 1
BS 1 532 RR3B421TF

RD RR3B421JQ 532 0 0
GGGTAGTTGCCGTCTCTCTGTAACAATAATATTCTCAAATCATTTCGGCGTTGCTCACCA
ACCTGATTTCTCTTCTACTTTCACATACAATTCGTGTCGTCTTATTAAAACAGGACATAG
TTATTATAAAGGGTTTCTTTATTTGTCTCGGGGTTTGTGTGGTGAAAATGGAGAACAAGA
ACAATCATGGAAACGAGGATGATCCAAAACATAGCCAAGTGGTGAAGATAAAGAGAGAAT
TTGAGAAGATAAGACAGCCATCACTGCACCAAGCGGAGATGAGAAGGGTCCTTACCGAGA
TCAAGAGGAGTCAACGTTCACGTTCACCACTTGACTTAGGAGAGAGATCTATTTCCGTTC
GGAACAGATGATCCATATTTACCTTGCAATCGACAGAGAGTTTAAGAAGGAGAGGAGTTT
CTTCAATAGTTGCAGAGTTTGTTGTCTATCTGTCTCTATGTAAATACGATTTGGTTTAAA
TATGACCGATGTATAGTTGCAGAGTTACGATGTATGAATCTGGATTTACACG

QA 1 532 1 532
DS 

RD RR3B421TF 532 0 0
GGGTAGTTGCCGTCTCTCTGTAACAATAATATTCTCAAATCATTTCGGCGTTGCTCACCA
ACCTGATTTCTCTTCTACTTTCACATACAATTCGTGTCGTCTTATTAAAACAGGACATAG
TTATTATAAAGGGTTTCTTTATTTGTCTCGGGGTTTGTGTGGTGAAAATGGAGAACAAGA
ACAATCATGGAAACGAGGATGATCCAAAACATAGCCAAGTGGTGAAGATAAAGAGAGAAT
TTGAGAAGATAAGACAGCCATCACTGCACCAAGCGGAGATGAGAAGGGTCCTTACCGAGA
TCAAGAGGAGTCAACGTTCACGTTCACCACTTGACTTAGGAGAGAGATCTATTTCCGTTC
GGAACAGATGATCCATATTTACCTTGCAATCGACAGAGAGTTTAAGAAGGAGAGGAGTTT
CTTCAATAGTTGCAGAGTTTGTTGTCTATCTGTCTCTATGTAAATACGATTTGGTTTAAA
TATGACCGATGTATAGTTGCAGAGTTACGATGTATGAATCTGGATTTACACG

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 2

CO CL9082Contig1 833 2 2 U
GCACCGGAGCATCTGGTTCACTCAATGTCTAGATCAAAAGATACGAAACCGCATGTGTCT
TTCTCCGTTAATGCTTCAGTCAAAGAAGGTCGACATGTGTCGGGATCTGCGTCTGCACTT
CTTATTGGAGGGTTTTCTGTAGCATGGCCAAACAAGTTGAATATGAACCCGGATTCAAAC
AAGACCACAATTTCAGTACTAGGAAACACCGATGTTCAAATTAACTGGCAAAACAAAGCA
AGGTTGTCGATCAACTTGATCAAGAGAGAAGATTATGGTATCGCAGGGCGTGCACTATAC
GAGGTGAATGTGCTAAAAAGATCAGAGCAGTTCACAGATATAATACTCATCACTCTTCCT
GCTACTGGCCAAAGGATAGAAATCGATTTCTCCTATGCTACGGGTGAACCCTTAGTAGCG
CCGTCTGTGAGAAAAGATGGATACCCTCTTTTGTTTAAGATACTGTGGGGTGTTATAGTG
GTGATTGTATCGGTGTTCATCTTGATGAAAGTGATTGATAATAGACCAATTGGTCCGGCT
GGAGCCACTAGAGTTGCAACAAACGGTGTAGCAGCAACAACAGGAGCACCTGGAACACCA
GAAAGAAGAAGTGGTGCAGTGATATACCATGAGGAATCTCCAAGAACACCATCACCATTT
ATGGAGTATGTGAAGAGGACTGTGGATGAGACTCCTTACTACAGAAGAGAAGGAAGGAGG
AGGTTTAATCCTCAAAACACTATGTAGAATTTGTTTGTTATGACTTATGAGTAGTAAACT
CTGTTTTTTTTTGTAAACCACCAAACCTTGAGAAATGTTTATATCATTTGTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CA19TF U 1
AF RR3CA19JQ C 7
BS 1 712 RR3CA19TF
BS 713 833 RR3CA19JQ

RD RR3CA19TF 715 0 0
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TTCTCCGTTAATGCTTCAGTCAAAGAAGGTCGACATGTGTCGGGATCTGCGTCTGCACTT
CTTATTGGAGGGTTTTCTGTAGCATGGCCAAACAAGTTGAATATGAACCCGGATTCAAAC
AAGACCACAATTTCAGTACTAGGAAACACCGATGTTCAAATTAACTGGCAAAACAAAGCA
AGGTTGTCGATCAACTTGATCAAGAGAGAAGATTATGGTATCGCAGGGCGTGCACTATAC
GAGGTGAATGTGCTAAAAAGATCAGAGCAGTTCACAGATATAATACTCATCACTCTTCCT
GCTACTGGCCAAAGGATAGAAATCGATTTCTCCTATGCTACGGGTGAACCCTTAGTAGCG
CCGTCTGTGAGAAAAGATGGATACCCTCTTTTGTTTAAGATACTGTGGGGTGTTATAGTG
GTGATTGTATCGGTGTTCATCTTGATGAAAGTGATTGATAATAGACCAATTGGTCCGGCT
GGAGCCACTAGAGTTGCAACAAACGGTGTAGCAGCAACAACAGGAGCACCTGGAACACCA
GAAAGAAGAAGTGGTGCAGTGATATACCATGAGGAATCTCCAAGAACACCATCACCATTT
ATGGAGTATGTGAAGAGGACTGTGGATGAGACTCCTTACTACAGAAGAGAAG
AAA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3CA19JQ 827 0 0
GAGCATCTGGT*CACTCAATGTCTAGATCAAAAGATACGAAACCGCATGTGTCTTTCTCC
GTTAATGCTTCAGTCAAAGAAGGTCGACATGTGTCGGGATCTGCGTCTGCACTTCTTATT
GGAGGGTTTTCTGTAGCATGGCCAAACAAGTTGAATATGAACCCGGATTCAAACAAGACC
ACAATTTCAGTACTAGGAAACACCGATGTTCAAATTAACTGGCAAAACAAAGCAAGGTTG
TCGATCAACTTGATCAAGAGAGAAGATTATGGTATCGCAGGGCGTGCACTATACGAGGTG
AATGTGCTAAAAAGATCAGAGCAGTTCACAGATATAATACTCATCACTCTTCCTGCTACT
GGCCAAAGGATAGAAATCGATTTCTCCTATGCTACGGGTGAACCCTTAGTAGCGCCGTCT
GTGAGAAAAGATGGATACCCTCTTTTGTTTAAGATACTGTGGGGTGTTATAGTGGTGATT
GTATCGGTGTTCATCTTGATGAAAGTGATTGATAATAGACCAATTGGTCCGGCTGGAGCC
ACTAGAGTTGCAACAAACGGTGTAGCAGCAACAACAGGAGCACCTGGAACACCAGAAAGA
AGAAGTGGTGCAGTGATATACCATGAGGAATCTCCAAGAACACCATCACCATTTATGGAG
TATGTGAAGAGGACTGTGGATGAGACTCCTTACTACAGAAGAGAAGGAAGGAGGAGGTTT
AATCCTCAAAACACTATGTAGAATTTGTTTGTTATGACTTATGAGTAGTAAACTCTGTTT
TTTTTTGTAAACCACCAAACCTTGAGAAATGTTTATATCATTTGTAC

QA 1 827 1 827
DS 



AS 1 2

CO CL9083Contig1 977 2 6 U
GGAGCATATAGTGTCGGCTTATAAAAGGACAAAGACCAGAGCTATTCTTTTGGACTATGA
TGATACTTTGATGCCAGAGGGGTCTATTGATAAAAGACCTTCGACTAAGTCGATTGAGAT
ATTGAACACACTGTGTAGGGACAAGAGCAATCTTGTGTTCATTGTTAGTGCTAAAAGCCG
GGAGACACTGTCTGATTGGTTTAGTCCTTGTGAGAAGCTTGGGATAGCTGCTGAACATGG
CTACTTTCTGAGGCTGAAGAAGGCTGTGGAATGGGAGAACTGCGTGGCTGCAGCAGATTG
TTCTTGGAAACAAATTGCAGAGCCTGTGATGGAGCTTTACACCGAGACAACAGATGGATC
AACGATAGAAGACAAGGAGACGGCTCTGGTGGGGAGCTATGAGGATGCTGACCCTGATTT
CGGCTCATGTCAGGCTAAAGAGCTTCTAGACCATCTTGAAAGTGTCCTTGCCAATGAACC
TGTAACAGTCAAGAGAGGACAGAACTATGTTGAGGTCAAGCCCCAGGGGGTGAGCAAAGG
ACTTATAGCGAGAAGGATGCTTTCGATGATGCAAGAAAAAGGAACACCTCCTGAGTTTGT
TCTGTGTATTGGAGATGATCGGTCTGATGAAGACATGTTTGAAGTGATATGCAGTTCCAC
TGAAGGCCCTTGGATTGCCCCTAGAGCTGAGGTTTTCGCCTGTACCGTTGGTCAGAAGCC
TAGCAAGGCTAAGTATTACCTGGATGACATTACTGAGATTGTCAGGTTAATGCATGGTTT
GGCTTCTGTTTCAGAACAGACCATGTCTGTTTAAAAAAGCCAGAGAGAAGTATCAGAGAG
GTCTTTTGTTTGTATATTACCACGGATACCTTGTAACGAAGAGATATATATGTAATTTTC
CTTGAGAGTTTATGAGGAAGTCTTCATGTACTAAGATGACTAGAAACCTTCAATGGCTAT
CTCCTTGTTAACGTTTG


BQ
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AF RR3FG29TF U 1
AF RR3FG29JQ C 222
BS 1 581 RR3FG29TF
BS 582 582 RR3FG29JQ
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BS 690 977 RR3FG29JQ

RD RR3FG29TF 689 0 0
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TGATACTTTGATGCCAGAGGGGTCTATTGATAAAAGACCTTCGACTAAGTCGATTGAGAT
ATTGAACACACTGTGTAGGGACAAGAGCAATCTTGTGTTCATTGTTAGTGCTAAAAGCCG
GGAGACACTGTCTGATTGGTTTAGTCCTTGTGAGAAGCTTGGGATAGCTGCTGAACATGG
CTACTTTCTGAGGCTGAAGAAGGCTGTGGAATGGGAGAACTGCGTGGCTGCAGCAGATTG
TTCTTGGAAACAAATTGCAGAGCCTGTGATGGAGCTTTACACCGAGACAACAGATGGATC
AACGATAGAAGACAAGGAGACGGCTCTGGTGGGGAGCTATGAGGATGCTGACCCTGATTT
CGGCTCATGTCAGGCTAAAGAGCTTCTAGACCATCTTGAAAGTGTCCTTGCCAATGAACC
TGTAACAGTCAAGAGAGGACAGAACTATGTTGAGGTCAAGCCCCAGGGGGTGAGCAAAGG
ACTTATAGCGAGAAGGATGCTTTCGATGATGCAAGAAAAAG*AACACCTCCTGAGTTTGT
TCTGTGTATTGGAGATGATCGGTCTGATGAAGACATGTTTGAAGTGATATGCAGTTCCAC
TGAAG*CCCTTGGATTGCCCCTAGAGCTG

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3FG29JQ 756 0 0
GGATAGCTGCTGAACATGGCTACTTTCTGAGGCTGAAGAAGGCTGTGGAATGGGAGAACT
GCGTGGCTGCAGCAGATTGTTCTTGGAAACAAATTGCAGAGCCTGTGATGGAGCTTTACA
CCGAGACAACAGATGGATCAACGATAGAAGACAAGGAGACGGCTTTGGTGGGGAGCTATG
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CCCAGGGGGTGAGCAAAGGACTTATAGCGAGAAGGATGCTTTCGATGATGCAAGAAAAAG
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AAGTGATATGCAGTTCCACTGAAGGCCCTTGGATTGCCCCTAGAGCTGAGGTTTTCGCCT
GTACCGTTGGTCAGAAGCCTAGCAAGGCTAAGTATTACCTGGATGACATTACTGAGATTG
TCAGGTTAATGCATGGTTTGGCTTCTGTTTCAGAACAGACCATGTCTGTTTAAAAAAGCC
AGAGAGAAGTATCAGAGAGGTCTTTTGTTTGTATATTACCACGGATACCTTGTAACGAAG
AGATATATATGTAATTTTCCTTGAGAGTTTATGAGGAAGTCTTCATGTACTAAGATGACT
AGAAACCTTCAATGGCTATCTCCTTGTTAACGTTTG

QA 1 756 1 756
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9085Contig1 781 2 3 U
AGAGATCGTCAAGGTAATAATACTGAAAGAAGAAATAGAAGAGGAACAAGTACAAGATGA
TTGCAAAAGCTTTAAGAATGGAGGCGGAGAAGGGAAGAGAGAGGCGGTAGTAGCGGTTGA
GGCGGTTAAGGAGGAGGAGACCGAAGGAGGAAACAGAGTAATGGTGGTTGTGGATAAAGC
GCTTGCTTCCACGGGAGCTTTGGAGTGGGCTATAACACATACCTTACAACCACAAGACAC
TCTTTTTCTGCTATATTTTGCAAAACCATTCACAAAAGGCAAAAGGAAGAACCGAAAACG
CGAGGTGAAAACTGATGAACTAGTCCATACTCTGAAGAAACTGTCCCAAACAAAACGACC
AGGGATAGAGGTGGAGATAAGGAGGCTAGAAGGGAAGGACAAAGAGAAAGGAGCAAAGAT
AGTTGAAGAAGCAAAGAAACAACAAGTGAGTTTTTTAGTGGTTGGACAAGAGAAGAAGCC
TCCAGTATGGAGGCTACTGAAGAGATGGGCTTGGAAGAGACGCCGTGGACACGCCGGCGT
TCTCAAATACTGTCTCGAAAACGCTTCTTGCATGACTATAGCTGTTAAACCAAAGAAGCG
GAAGCACGGTGGTTACTTAATCACCACCAAACGCCACAGAAACTTCTGGCTCCTCGCTTA
AGGACCACTACCACCACTGCAAAGTCTTCATCCTTTTATTTTGTGTTTGAATCATCAAAA
AGCTTTCAAATAAATTTTTATTTTTTTCATCACAAGAATTATCAACAATTTTCATCTGTT
C


BQ
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10 

AF RR3BN51TF U 9
AF RR3BN51JQ C 1
BS 1 8 RR3BN51JQ
BS 9 389 RR3BN51TF
BS 390 781 RR3BN51JQ

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AAACTGATGAACTAGTCCATACTCTGAAGAAACTGTCCCAAACAAAACGACCAGGGATAG
AGGTGGAGATAAGGAGGCTAG

QA 1 381 1 381
DS 

RD RR3BN51JQ 781 0 0
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AGGACCACTACCACCACTGCAAAGTCTTCATCCTTTTATTTTGTGTTTGAATCATCAAAA
AGCTTTCAAATAAATTTTTATTTTTTTCATCACAAGAATTATCAACAATTTTCATCTGTT
C

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL9086Contig1 634 2 1 U
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GATCCGTGGTAAGAGACCTACTTGCCTCCCTGGTGATGGTATGCAGCAGTCTCGTAAGGA
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CTTTGGTTGATATGCCCCCTCATAAAGTTGATGATGGCGGTTACGTTGGTGGTGGGTGGA
AAAATGAGGATGGGAGCTTGAGCTGTGGGTACTGTAGTTTCAGAGGGAAAAGGTCTACGA
TGGAAGACCTCTATGATGTCAAAGCTTCCAGGATCCAAGGCCAAACAGTTTGCATGTTTG
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ACAAACAAACAGATGTAGCATTCCTTGAATCGGA


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AF RR3GN66TF U 53
AF RR3CN16TF U 1
BS 1 634 RR3CN16TF

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QA 1 172 1 172
DS 

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GATCCGTGGTAAGAGACCTACTTGCCTCCCTGGTGATGGTATGCAGCAGTCTCGTAAGGA
GTGTCATTGTTCAGGCTGGTTATATTGGAGTGTTGGCTCGAGGAAGACGTGTTAACAAGA
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CTTTGGTTGATATGCCCCCTCATAAAGTTGATGATGGCGGTTACGTTGGTGGTGGGTGGA
AAAATGAGGATGGGAGCTTGAGCTGTGGGTACTGTAGTTTCAGAGGGAAAAGGTCTACGA
TGGAAGACCTCTATGATGTCAAAGCTTCCAGGATCCAAGGCCAAACAGTTTGCATGTTTG
GCATTTTCGATGGTCATGGTGGTTCACGTGCTGCTGAGTACCTGAAGAAACACCTCTTTA
ACAATCTTATGATGCATCCACAATTTTTGACAGACACCAAGCTGGCACTAAGCGAAACGT
ACAAACAAACAGATGTAGCATTCCTTGAATCGGA

QA 1 634 1 634
DS 



AS 1 2

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AAAGAGCAAAGGGGGAGGGAAGTTATGTCGGGAGGAATAGCACGTGGTCGACTCACAGAG
GAACGGAAAGCGTGGCGTAAGAACCATCCTCATGCTTTTGTTGCCAAACCGGAGACTTGT
TCAGATGGAACAAATAACCTAATGATCTGGCAGTGCATCATCCCTGGCAAATCTGGGACT
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CCTCCAAAGTGCAAGTTTCCTCAAGGCTTCTTTCATCCTAATGTCTATCCTTCTGGAACT
GTTTGCCTCTCTATTCTCAATGAAGATTATGGATGGAGACCAGCCATCACTGTGAAGCAA
ATCTTGGTTGGTATTCAGGACTTGCTTGATGAACCAAACCCAAATGACCCTGCACAGACT
GAAGGATACCAGCTCTTTGTCCAGGATAAGAATGAATACAAGAGAAGGGTGAAACAACAG
GCTAAACAGTACCCACCAACTCTTTGATATCTTGCCTTGTCTCAAGTCCAAGTCAAGGAT
AAATTTGTTTCTCTGAATGATTCTCCCTCTCTACTTTGTAAGAGCTATTGAGGGAACACT
TTCGCATTTTCAGTAATAAGAAAATTACATTTTTATGAAGAAAGATCAATGGTTGTTGCT
TACGCAGTCTACCAATAGTCATGATTAGTTTCTCATTTTCTGTAATAAAAAAATTACATT
TTCATATATACTGATCGATGGTTATTGCT


BQ
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AF RR3AK12TF U 1
AF RR3AK12JQ C 10
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BS 711 809 RR3AK12JQ

RD RR3AK12TF 710 0 0
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AAAGAGCAAAGGGGGAGGGAAGTTATGTCGGGAGGAATAGCACGTGGTCGACTCACAGAG
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TCAGATGGAACAAATAACCTAATGATCTGGCAGTGCATCATCCCTGGCAAATCTGGGACT
GATTGGGAAGGTGGGTTTTATCCGCTGACACTCAATTTCTCGGAGGACTACCCAAGCAAA
CCTCCAAAGTGCAAGTTTCCTCAAGGCTTCTTTCATCCTAATGTCTATCCTTCTGGAACT
GTTTGCCTCTCTATTCTCAATGAAGATTATGGATGGAGACCAGCCATCACTGTGAAGCAA
ATCTTGGTTGGTATTCAGGACTTGCTTGATGAACCAAACCCAAATGACCCTGCACAGACT
GAAGGATACCAGCTCTTTGTCCAGGATAAGAATGAATACAAGAGAAGGGTGAAACAACAG
GCTAAACAGTACCCACCAACTCTTTGATATCTTGCCTTGTCTCAAGTCCAAGTCAAGGAT
AAATTTGTTTCTCTGAATGATTCTCCCTCTCTACTTTGTAAGAGCTATTGAGGGAACACT
TTCGCATTTTCAGTAATAAGAAAATTACATTTTTATGAAGAAAGATCAAT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3AK12JQ 800 0 0
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ACAAATAACCTAATGATCTGGCAGTGCATCATCCCTGGCAAATCTGGGACTGATTGGGAA
GGTGGGTTTTATCCGCTGACACTCAATTTCTCGGAGGACTACCCAAGCAAACCTCCAAAG
TGCAAGTTTCCTCAAGGCTTCTTTCATCCTAATGTCTATCCTTCTGGAACTGTTTGCCTC
TCTATTCTCAATGAAGATTATGGATGGAGACCAGCCATCACTGTGAAGCAAATCTTGGTT
GGTATTCAGGACTTGCTTGATGAACCAAACCCAAATGACCCTGCACAGACTGAAGGATAC
CAGCTCTTTGTCCAGGATAAGAATGAATACAAGAGAAGGGTGAAACAACAGGCTAAACAG
TACCCACCAACTCTTTGATATCTTGCCTTGTCTCAAGTCCAAGTCAAGGATAAATTTGTT
TCTCTGAATGATTCTCCCTCTCTACTTTGTAAGAGCTATTGAGGGAACACTTTCGCATTT
TCAGTAATAAGAAAATTACATTTTTATGAAGAAAGATCAATGGTTGTTGCTTACGCAGTC
TACCAATAGTCATGATTAGTTTCTCATTTTCTGTAATAAAAAAATTACATTTTCATATAT
ACTGATCGATGGTTATTGCT

QA 1 800 1 800
DS 



AS 1 2

CO CL9088Contig1 547 2 1 U
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AAAAGTTATTGTGCCGAGGTCAGGTGTGTGGAAACACTACACCAGAACAAAGGAGAGCCG
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TTTTATTTTTATTTTGGTTTTGGTGTTCGCTTTGAGCTTTAGTTCGTATTTTTATTTTGG
TTTTGGTGTTCTCTTTGAGCTTTAGTTCGTTTTCAGTTGAAGTGTGTTCTGCTTGGTTTG
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CTTTGAG


BQ
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AF RR3AV02TF U 1
AF RR3AV02JQ C 16
BS 1 547 RR3AV02TF

RD RR3AV02TF 547 0 0
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TTTTGGTGTTCTCTTTGAGCTTTAGTTCGTTTTCAGTTGAAGTGTGTTCTGCTTGGTTTG
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CTTTGAG

QA 1 547 1 547
DS 

RD RR3AV02JQ 532 0 0
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GGTTTTGGTGTTCGCTTTGAGCTTTAGTTCGTATTTTTATTTTGGTTTTGGTGTTCTCTT
TGAGCTTTAGTTCGTTTTCAGTTGAAGTGTGTTCTGCTTGGTTTGTTATGAACAAGTTCA
TTTTATTTTGAAGTTTAATAAAGGCTCTCACGTTTGAAGTATTTGCTTTGAG

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 2

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AGTAAGGGAGTGTTATCATCTCCGAGTTTGATTGCCTCGGCAGGTTTGTTTTCAGCTATT
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CGCTGTTAAGTAGAAATGTATTAATTTTGATATATATGTTAATCATATCATATAATTCTG
TAGCTTTTATTTAAAGCAATCCTTCAATTTAGTCAAATATATTTATATCTTT


BQ
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AF RR3B092JQ C 1
AF RR3B092TF U 1
BS 1 532 RR3B092TF

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AGTAAGGGAGTGTTATCATCTCCGAGTTTGATTGCCTCGGCAGGTTTGTTTTCAGCTATT
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QA 1 532 1 532
DS 

RD RR3B092TF 532 0 0
GGGGAGATTAAGAAAGAGGAAGCTTGTCTCGCTTCGATCGAGATCTCTGTGACGGGAGGG
ATCGCTTGTGATGGTGAGGAAGAGAAGATGAGGAAGCTCAAGGAGAAGAAGACGTTAAAG
ATTTTATCTATCCTTCAAGATCTTGCTGACGGGTTGATGGCGGTTGCAGATGTTAGGGAT
AGTAAGGGAGTGTTATCATCTCCGAGTTTGATTGCCTCGGCAGGTTTGTTTTCAGCTATT
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TATAGACCAACCACAAGGACTTAGCAATAATGGTGCCCTAAGGTCTCTCATGTTTTGATT
CGCTGTTAAGTAGAAATGTATTAATTTTGATATATATGTTAATCATATCATATAATTCTG
TAGCTTTTATTTAAAGCAATCCTTCAATTTAGTCAAATATATTTATATCTTT

QA 1 532 1 532
DS 



AS 1 2

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AGGCTGGTGAGTTCAGGGTATTCAACCAGTTCACAGAACAGTTCTCAGTCAACGAACTGG
CTTCTCTGGTGACTAAAGCGGGTTTGAAGCTGGGGCTAGACGTGACTAAGATGACGGTGC
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AACTTGGACTTGAGCCTCACTATCTCTCTGAGTCACTTCTTGATTCGTTGCTCAACTTTG
CTGTTCAGTTTAAGGATCGTGTGGACACGAAGCAGATCATGCCTAGTGTTTCTTGGAAGA
AGATTGGTGTCAAGACTAAGTCCATGAACCCCTAAACAGTCGCAGATTATTATTAGTACT
TGTAAGGGAGATTATTAGATTATATGCGAGAGTTTGTGTTTGTTTGTTATCCTTCAAAAC
TTCAGTTGTGCTTTAAGGAGTTTGTACTTACGGTACTGTGCAGGTTTTTTATTTTTTTAG


BQ
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AF RR3DV58JQ C 1
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QA 1 540 1 540
DS 

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QA 1 540 1 540
DS 



AS 1 2

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TTGCTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D078TF U 1
AF RR3DM49TF U 1
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QA 1 607 1 607
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3D567TF U 1
AF RR3D567JQ C 172
BS 1 603 RR3D567TF
BS 604 604 RR3D567JQ
BS 605 688 RR3D567TF
BS 689 689 RR3D567JQ
BS 690 718 RR3D567TF
BS 719 957 RR3D567JQ

RD RR3D567TF 718 0 0
TTTTTAATTTATCTTTTCCTTCCTTGGATCATCGTCCCTCTGTCTTCCTCCTGGTTCTCA
GATCCTCAAATCGAGAAGAACCATTCAGTGAGCTTTGTTGTTATTGGAGAAGAAGGGAAG
GGAGTAAGGTCTAATCAAGATGGTGAAGATGACATTGATAGCTCGTGTTACCGACGGCTT
GCCTCTAGCCGAAGGTCTTGACGATGGACGTGACTTGCCTGATTCCGACATTACAAGCAA
CAGGTCAAAGCACTCTTTAAGAATCTCTCCAGAGGTCACAACGAAGCTTCGAGAATGTCC
GTTGAGACTGGCCCCTATGTGTTCCATTACATCATAGAAGGACGTGTTTGCTACTTGACA
ATGTGTGACCGCTCCTACCCTAAGAAGCTGGCGTTCCAGTACCTGGAAGATCTCAGGAAC
GAGTTTGAACGTGTCAATGGGCCTAACATTGAGACAGCTGCTCGACCTTATGCCTTTATT
AAGTTTGATACATTCATACAGAAAACGAAGAAGCTGTATCAAGACACTCGTACGCAACGG
AATATCTCTAAGTTGAATGATGAGCTCTATGAGGTTCATCAGATAATGACGAGGAATGTG
CAG*AAGTCCTAGGTGTTGGTGAAAAGCTGGACCAGGTGAGCGAGATGTCGAGCCGACTA
ACATCTGAATCTCGTATATATGCTGACA*GGCTAAAGATTTGAACCGTCTGGCTTTGA

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3D567JQ 786 0 0
CGACGGCTTGCCTCTAGC*GAAGGTCTTGACGATGGACGTGACTTGCCTGATTCCGACAT
TACAAGCAACAGGTCAAAGCACTCTTTAAGAATCTCTCCAGAGGTCACAACGAAGCTTCG
AGAATGTCCGTTGAGACTGGCCCCTATGTGTTCCATTACATCATAGAAGGACGTGTTTGC
TACTTGACAATGTGTGACCGCTCCTACCCTAAGAAGCTGGCGTTCCAGTACCTGGAAGAT
CTCAGGAACGAGTTTGAACGTGTCAATGGGCCTAACATTGAGACAGCTGCTCGACCTTAT
GCCTTTATTAAGTTTGATACATTCATACAGAAAACGAAGAAGCTGTATCAAGACACTCGT
ACGCAACGGAATATCTCTAAGTTGAATGATGAGCTCTATGAGGTTCATCAGATAATGACG
AGGAATGTGCAGGAAGTCCTAGGTGTTGGTGAAAAGCTGGACCAGGTGAGCGAGATGTCG
AGCCGACTAACATCTGAATCTCGTATATATGCTGACAAGGCTAAAGATTTGAACCGTCTG
GCTTTGATCAGGAAGTGGGCACCAGTTGCCATCGTGCTTGGAGTCGTGTTCCTTCTTTTC
TGGGTCAAGAACAAGCTTTGGTAAGAAAGGAGGAACCTGAGGCTAGATTTCTCCAGACAT
ATATCGACCGGCACCAAAAAATATCTTGTTTTTTTTTGAAAGTGAGACATTGACACACAT
TTTGTAGTAATGCAAACTTTATGAGACAAGTCATATGAATCGTCCCATCAATACACTTTT
TAAACC

QA 1 786 1 786
DS 



AS 1 2

CO CL9093Contig1 953 2 2 U
GGGACGCGGCAAAGTGTCCGTCCTTTCCGATCAACAGAACAGAACCTCTCTTTCTCTCTT
CAAAGGGTTTGGAAGATGGCGTACATATCGAATTGGGTACGATACATGGCTCACAAGCTG
GAGTACTCTCTCACTCTCAGCCTCAAGAATCATACAAAAGGGAAGCTAATTGATCGGGAA
TTCATTGGTGTTGTCATGAAGAACCTAGTCTATGGAAAGATCACCTACTTGCATTCTGTT
AAAGGAGCAGAGATGGCCCCAACCATGGGAGGAGCACATGATAACAACACACTCCTTGTC
CGTAAGCTACCTGATGTTGATACAAGGTATGTTTCTGTTGGAGATGCTGTTGTCTCGAAA
GACCCGAATGAGACACATAAGTATCTAGTCAGAAGACTAGCAGCTTTAGAAGGATCTGAA
ATGGTATCAAGCGATGAGAAGGAGGAGCCTTTTGTTCTCGAAAAGGATCAGTGCTGGGTC
GTAGCTGATAACCAAGAGATGAAATCTAAGGAAGCATATGATAGTAGAACATTTGGTCCG
GTTTCACTGGCGGACATAGTAGGAAGAGCTATATATTGTATGAGGACAGCTGTGGATCAT
GGTCCAGTAAGTAACAGTGAATTTTCCATGCAAGAGGATTCTCCAATCCTGGCGGTAGAA
CTTGACGTTGATGAATTGGCTAAAGACCACAAAGCCTAGTACTAACAAGGAACCTTGTTG
CAATCATTTCACCGACTCTTCTTTGTGTCCCTTTGTTTCCCTTCGAAACTCCAATTTAGA
TTCAACTGGAGTCTAGATATTTTTGGCAAATGTTGGCCATTTATTTTACGCCTCATACGA
ATTCTTGTTTAAAGTGTTGAGGAAAAGATACTTTATAGCTTCTTTAAAGTATTTTAGTAC
AGATCAATACTGTACCATAAAACATAATTTGAAATTTAGATTTTACTTCGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ66TF U 1
AF RR3AJ66JQ C 238
BS 1 794 RR3AJ66TF
BS 795 953 RR3AJ66JQ

RD RR3AJ66TF 794 0 0
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GAGTACTCTCTCACTCTCAGCCTCAAGAATCATACAAAAGGGAAGCTAATTGATCGGGAA
TTCATTGGTGTTGTCATGAAGAACCTAGTCTATGGAAAGATCACCTACTTGCATTCTGTT
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GACCCGAATGAGACACATAAGTATCTAGTCAGAAGACTAGCAGCTTTAGAAGGATCTGAA
ATGGTATCAAGCGATGAGAAGGAGGAGCCTTTTGTTCTCGAAAAGGATCAGTGCTGGGTC
GTAGCTGATAACCAAGAGATGAAATCTAAGGAAGCATATGATAGTAGAACATTTGGTCCG
GTTTCACTGGCGGACATAGTAGGAAGAGCTATATATTGTATGAGGACAGCTGTGGATCAT
GGTCCAGTAAGTAACAGTGAATTTTCCATGCAAGAGGATTCTCCAATCCTGGCGGTAGAA
CTTGACGTTGATGAATTGGCTAAAGACCACAAAGCCTAGTACTAACAAGGAACCTTGTTG
CAATCATTTCACCGACTCTTCTTTGTGTCCCTTTGTTTCCCTTCGAAACTCCAATTTAGA
TTCAACTGGAGTCT

QA 1 794 1 794
DS 

RD RR3AJ66JQ 716 0 0
GTTAAAGGAGCAGAGATGGCCCCAACCATGGGAGGAGCACATGATAACAACACACTCCTT
GTCCGTAAGCTACCTGATGTTGATACAAGGTATGTTTCTGTTGGAGATGCTGTTGTCTCG
AAAGACCCGAATGAGACACATAAGTATCTAGTCAGAAGACTAGCAGCTTTAGAAGGATCT
GAAATGGTATCAAGCGATGAGAAGGAGGAGCCTTTTGTTTTCGAAAAGGATCAGTGCTGG
GTTGTAGCTGATAACCAAGAGATGAAATTTAAGGAAGCATATGATAGTAGAACATTTGGT
CCGGTTTCACTGGCGGACATAGTAGGAAGAGCTATATATTGTATGAGGACAGCTGTGGAT
CATGGTCCAGTAAGTAACAGTGAATTTTCCATGCAAGAGGATTTTCCAATCCTGGCGGTA
GAACTTGACGTTGATGAATTGGCTAAAGACCACAAGGCCTAGTACTAACAAGGAACCTTG
TTGCAATCATTTCACCGACTTTTCTTTGTGTCCCTTTGTTTCCCTTCGAAACTCCAATTT
AGATTCAACTGGAGTCTAGATATTTTTGGCAAATGTTGGCCATTTATTTTACGCCTCATA
CGAATTCTTGTTTAAAGTGTTGAGGAAAAGATACTTTATAGCTTCTTTAAAGTATTTTAG
TACAGATCAATACTGTACCATAAAACATAATTTGAAATTTAGATTTTACTTCGGTT

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL9094Contig1 757 2 2 U
GATGTTCAGTTCTCAAGAGAGTCGGTTCTCATATATATCCTGGCGATGGAGTTGTTTTAC
CGCTCGATGTTCTGTGCCTTCACCTCGAGAAAGCTGCACTTGAGAGAGCAGAGAGGAATG
AAATTGTTGGGGATGAAGACATAGCTCGAGCTCTACTAGCCGCCTGCAAAGGCGCAGCTG
AACCAGTGCTCAACGCTTATGACCGTTTATTATCCAATGCAGCCATTGTACCATCGCCGA
ATCTAAGAATCCGGCTCCTTCGTTCGGTTCTGGTGGTGCTACTTGAATGGACAATGTCTG
TGTTGTCAGACAGAATGGGCTCGAGTCCGACCAGGTCTTCTTTGATGATATTAGGTGGCT
CGTTCGCGCACGAGAACAAAGCCGTTCGTAACCAAGGGGTCCGTGATAAAATCGCAAACG
CCGCAAACAGGTACATGACGGAGGTTAGGAGACTGACGCTACCACCGACGAAGACTGAGA
GTGTATACGCAGGTTTCAAAGAACTTGACGAGTCCCTCATTACTCCATTCTCCTTCTGAT
CCATCATCACTCCTCTTCTTATCTTTCAATTTCTTCACCTTATAGGGATTTTGTAACTTT
AAATCACTCTCGGGGAAATTTCCCTTTCTTTTTAGTCTTCAGAGAGAATACCAAAAGAGA
AAAATAATGCTGTAGTTGGTCTCTTAGATTTGAGGCATTGTGTCATTTTTATCATTGTAT
TATGCAACTGTTGTTGTTATATTGAAACCAAGTTGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C374TF U 1
AF RR3C374JQ C 88
BS 1 620 RR3C374TF
BS 621 757 RR3C374JQ

RD RR3C374TF 620 0 0
GATGTTCAGTTCTCAAGAGAGTCGGTTCTCATATATATCCTGGCGATGGAGTTGTTTTAC
CGCTCGATGTTCTGTGCCTTCACCTCGAGAAAGCTGCACTTGAGAGAGCAGAGAGGAATG
AAATTGTTGGGGATGAAGACATAGCTCGAGCTCTACTAGCCGCCTGCAAAGGCGCAGCTG
AACCAGTGCTCAACGCTTATGACCGTTTATTATCCAATGCAGCCATTGTACCATCGCCGA
ATCTAAGAATCCGGCTCCTTCGTTCGGTTCTGGTGGTGCTACTTGAATGGACAATGTCTG
TGTTGTCAGACAGAATGGGCTCGAGTCCGACCAGGTCTTCTTTGATGATATTAGGTGGCT
CGTTCGCGCACGAGAACAAAGCCGTTCGTAACCAAGGGGTCCGTGATAAAATCGCAAACG
CCGCAAACAGGTACATGACGGAGGTTAGGAGACTGACGCTACCACCGACGAAGACTGAGA
GTGTATACGCAGGTTTCAAAGAACTTGACGAGTCCCTCATTACTCCATTCTCCTTCTGAT
CCATCATCACTCCTCTTCTTATCTTTCAATTTCTTCACCTTATAGGGATTTTGTAACTTT
AAATCACTCTCGGGGAAATT

QA 1 620 1 620
DS 

RD RR3C374JQ 670 0 0
AGAAAGCTGCACTTGAGAGAGCAGAGAGGAATGAAATTGTTGGGGATGAAGACATAGCTC
GAGCTCTACTAGCCGCCTGCAAAGGCGCAGCTGAACCAGTGCTCAACGCTTATGACCGTT
TATTATCCAATGCAGCCATTGTACCATCGCCGAATCTAAGAATCCGGCTCCTTCGTTCGG
TTCTGGTGGTGCTACTTGAATGGACAATGTCTGTGTTGTCAGACAGAATGGGCTCGAGTC
CGACCAGGTCTTCTTTGATGATATTAGGTGGCTCGTTCGCGCACGAGAACAAAGCCGTTC
GTAACCAAGGGGTCCGTGATAAAATCGCAAACGCCGCAAACAGGTACATGACGGAGGTTA
GGAGACTGACGCTACCACCGACGAAGACTGAGAGTGTATACGCAGGTTTCAAAGAACTTG
ACGAGTCCCTCATTACTCCATTCTCCTTCTGATCCATCATCACTCCTCTTCTTATCTTTC
AATTTCTTCACCTTATAGGGATTTTGTAACTTTAAATCACTCTCGGGGAAATTTCCCTTT
CTTTTTAGTCTTCAGAGAGAATACCAAAAGAGAAAAATAATGCTGTAGTTGGTCTCTTAG
ATTTGAGGCATTGTGTCATTTTTATCATTGTATTATGCAACTGTTGTTGTTATATTGAAA
CCAAGTTGAT

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

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GGCGTCGAGTAGGGGACTTGGAGCTGTTCTTAAAGAACAAAGAGCTAAGCTTTACATCAT
TCGAAGATGTGTCGTCATGCTTCTTTGTTGGAACGATTGATTTCTCTGCTGATATACTCT
CGTATCATTTTGATCAAGATCGTTCTGTATAAAAGGGATTTGTTGGCTGGATATAGGACT
CACCATGATGTTTGGAGCTTAAGCGGGTCGGTTCGGATCCTAGTCTGGTGCCAGATTGTG
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GGAGCAATATTGTAAATATTGACGGCATAATACAGAGAGTTGATAAAATTTTGTAATAGC
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BQ
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AF RR3CB76JQ C 1
AF RR3CB76TF U 1
BS 1 533 RR3CB76TF

RD RR3CB76JQ 533 0 0
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GGCGTCGAGTAGGGGACTTGGAGCTGTTCTTAAAGAACAAAGAGCTAAGCTTTACATCAT
TCGAAGATGTGTCGTCATGCTTCTTTGTTGGAACGATTGATTTCTCTGCTGATATACTCT
CGTATCATTTTGATCAAGATCGTTCTGTATAAAAGGGATTTGTTGGCTGGATATAGGACT
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QA 1 533 1 533
DS 

RD RR3CB76TF 533 0 0
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TCGAAGATGTGTCGTCATGCTTCTTTGTTGGAACGATTGATTTCTCTGCTGATATACTCT
CGTATCATTTTGATCAAGATCGTTCTGTATAAAAGGGATTTGTTGGCTGGATATAGGACT
CACCATGATGTTTGGAGCTTAAGCGGGTCGGTTCGGATCCTAGTCTGGTGCCAGATTGTG
GAGTAGTTAAATGATTTTAAGGTTAGGTGTCTCTACTGGTTAGCAGAGTCGTGTTCTTTT
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QA 1 533 1 533
DS 



AS 1 2

CO CL9096Contig1 775 2 2 U
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TATCCATTTACCGGCTGTGTGAATAAGACGTGTTCGGAAAGCTTCTATAGGCTTTGCCGT
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GTTGGGATTGAATGGTGTATTCAGCGACGGTTTAGGATTCTAACCTCTCTCGATTCTGTT
TTATGTGATGGTGATGTTTGTGTGTCTCCAGTCTATCTCAGTGATCGTTTCATTTGGTGC
TATTTGTGGTTGAGTTCTCGTAGTAAGCTCGCCTTTGAGTGTGTGGTGGAGCTCTTCTCT
CCGGTAGTGATATTTGCCTTCCTTGTTTTAGTTTAAGCTAGTTTTCTCGTTGTTGTTTCT
CTCTTGATACCGAGGGGTGTTGTTTACCTCGTTGGCTTCTGATTCCGGAAAGGCTTTGTT
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BQ
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AF RR3B264TF U 1
AF RR3B264JQ C 1
BS 1 701 RR3B264TF
BS 702 775 RR3B264JQ

RD RR3B264TF 701 0 0
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TTTTTGCGAGTTCTCTTTTAAGTTTGATATGGTCGTCAGAAGTTAGATGGTTTCAGGAGC
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CCGGTAGTGATATTTGCCTTCCTTGTTTTAGTTTAAGCTAGTTTTCTCGTTGTTGTTTCT
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QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3B264JQ 775 0 0
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TTTTTGCGAGTTCTCTTTTAAGTTTGATATGGTCGTCAGAAGTTAGATGGTTTCAGGAGC
GAATGCTCCATTGGTGGTGTCATCGGTTTGTTCGTTATTGTTCAGGATTGGAGTGGTTTT
TATCCATTTACCGGCTGTGTGAATAAGACGTGTTCGGAAAGCTTCTATAGGCTTTGCCGT
AGAGTGATGGTGCGTATGAGGCGCGTAGTGAGCCCATTCAGGGTCTAATGGCGAGTTTTA
GTTGGGATTGAATGGTGTATTCAGCGACGGTTTAGGATTCTAACCTCTCTCGATTCTGTT
TTATGTGATGGTGATGTTTGTGTGTCTCCAGTCTATCTCAGTGATCGTTTCATTTGGTGC
TATTTGTGGTTGAGTTCTCGTAGTAAGCTCGCCTTTGAGTGTGTGGTGGAGCTCTTCTCT
CCGGTAGTGATATTTGCCTTCCTTGTTTTAGTTTAAGCTAGTTTTCTCGTTGTTGTTTCT
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QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

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CTCGTTGATCCCCTCGCCAAGAATGGGCGAAGCCGTTCCCAGGATGATTTAATCTTTCAA
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GAGCTTCTGCGTTCGAGTTTCCCACATATTGATGAGCAGCAAAAGAGATTGCTAATGGAG
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AGAGAAATAGGATTGTTCCTTCAAATGGACAAGACTGTTTTTTTTTGTGTCTTTTTAGCT
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TTCTTTGAAACGTTCCTTCATGTTTTTGATGATTATCTTTCCCTTTTCTATGTTTTACCA
AGTAAACATTTGGAGTTGTGTTTTGGTAATAAAGTTTATTTGTTCTGG


BQ
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AF RR3DK27TF U 1
AF RR3DK27JQ C 412
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BS 472 1128 RR3DK27JQ

RD RR3DK27TF 471 0 0
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AGTATCATCTCTCTTCCAAAGGGTCGTAAACTACTTATAAGGTATATTCAGCTGATTTTC
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GTGAACTCGTGCATTCACAAGATGGATTTAGGTCCCATAAGCGCCTGTTTAGCAGCGGTT
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ACCACGGTACTGAAATCTACACTCGACAGGGCGTCTGAGCTTCTCCGAGCT

QA 1 471 1 471
DS 

RD RR3DK27JQ 717 0 0
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AATAACTTCAACAACGCAGGCATGGCTCTGTGGCGCGCTTCCTTCAATGAGTTCTTCAAC
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ATGCCCATTGAGCTTCTGCGTTCGAGTTTCCCACATATTGATGAGCAGCAAAAGAGATTG
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ATGCGGAAACCGTAACAGGAAAGGTAGAGAGAATCGGTTCAAACTTTCGTTTTTTTTTAC
TTTTGCGTTAGAGAAATAGGATTGTTCCTTCAAATGGACAAGACTGTTTTTTTTTGTGTC
TTTTTAGCTCTGCAGAACTTTGTAGCCAAGGGATTGTGTGTGTCTCTGTGTTCTGTCTAG
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GTTTTACCAAGTAAACATTTGGAGTTGTGTTTTGGTAATAAAGTTTATTTGTTCTGG

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

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AAGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAGTGTATGACGTCACCTTTCAGTTCA
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BQ
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AF RR3G521TF U 1
AF RR3G521JQ C 37
BS 1 736 RR3G521TF
BS 737 762 RR3G521JQ

RD RR3G521TF 736 0 0
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AGAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGGCCACCTCATTCAAGGTGTCACCGTCC
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AACAAGAGGTATTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGACGATGCGAATATGGCGGTAACGCTCA
AAGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAGTGTATGACGTCACCTTTCAGTTCA
TTCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTCTGCAAGGTCACTATGATATGGGAGAGGCGAACCG
ATGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCGTCAAGAGCCTCGCTGCGGACATGG
ATCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAACCATCATCACCAGATCCCCCACCGT
TATATATGGCTGCCCTTGTGTGTGTTTGTGTGCGCGCGCCTTCGTATTATGTTATAATAA
ATGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATATTGCTGTTTGGGTATTTTGATATGC
TTTGATGTTGTTAATTACGTGTGATAAATCTCGAGGTTTCATATATTTTCAGTCTATCAG
TTGAATATATGTATCC

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3G521JQ 726 0 0
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CGGAGAAACACTACAAGAGGTGGAAGAATGAGAACCATCTCTTCCCCGACGCCATTGGCC
ACCTCATTCAAGGTGTCACCGTCCACGATGGTGAATGGGACTCTCATGGATCCATCAAGA
TTTGGAACTACACATGCGATGGGAAACAAGAGGTATTCAAGGAGAGGAGAGAGAATGACG
ATGCGAATATGGCGGTAACGCTCAAAGGGCTCGAAGGTCACGTAATGGAGCAGCTTAAAG
TGTATGACGTCACCTTTCAGTTCATTCAAAAGTCGCCTAGTGATATAGTCTGCAAGGTCA
CTATGATATGGGAGAGGCGAACCGATGACTCGCCTGAACCCATCAACTACATGAAGTTCG
TCAAGAGCCTCGCTGCGGACATGGATCACCACGTTATCAAATCCTAAGTCCGTTTCAAAC
CATCATCACCAGATCCCCCACCGTTATATATGGCTGCCCTTGTGTGTGTTTGTGTGCGCG
CGCCTTCGTATTATGTTATAATAAATGGGGCTCTTGTATGGTTCATCAGTTACAATATAT
TGCTGTTTGGGTATTTTGATATGCTTTGATGTTGTTAATTACGTGTGATAAATCTCGAGG
TTTCATATATTTTCAGTCTATCAGTTGAATATATGTATCCTTGTTAATTAATGCTTTCAA
AAGAGT

QA 1 726 1 726
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTGATAGTTACATAAGCACCATTGGTGTTGACTTCAAAATTAGGACGATTGAGCAGGATG
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GTATGCAAGCTTCTTATTGGTAACAAGAATGATATGGTCGAAAGTAAAGTTGTTTCCACC
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AAACTATCTGTTCTTTTCTTACTATGTGTGTTGTGAAAACTAATGGCTGTCTAAAACAAT
AACACTGGAAACTTTAGTATTTCATGTCACTCTGTGTTACAAATGC


BQ
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AF RR3EF95TF U 1
AF RR3EF95JQ C 67
BS 1 766 RR3EF95TF

RD RR3EF95TF 766 0 0
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TCGGTGACTCATCTGTTGGAAAATCATGCCTCCTTCTTCGATTCGCTGATGATGCGTACA
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GTATGCAAGCTTCTTATTGGTAACAAGAATGATATGGTCGAAAGTAAAGTTGTTTCCACC
GAAACTGGAAAGGCCTTAGCAGACGAGCTCGGGATACCCTTTCTGGAGACCAGTGCTAAG
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QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3EF95JQ 700 0 0
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ACTCATCTGTTGGAAAATCATGCCTCCTTCTTCGATTCGCTGATGATGCGTACATTGATA
GTTACATAAGCACCATTGGTGTTGACTTCAAAATTAGGACGATTGAGCAGGATGGAAAGC
TTCAATAACGTGAGGCAGTGGTTGAGTGAGATCGACAGATATGTTAATGACAGTGTATGC
AAGCTTCTTATTGGTAACAAGAATGATATGGTCGAAAGTAAAGTTGTTTCCACCGAAACT
GGAAAGGCCTTAGCAGACGAGCTCGGGATACCCTTTCTGGAGACCAGTGCTAAGGATTCT
ATCAACGTCGAACAGGCATTCTTAACTATTGCTGGCGAGATCAAGAAGAAAATGGGAAGC
CAGACGAATGCAAACAAGACATCTTGAAGTGGAACTGTCCAAATGAAAGGTCAGCCAATC
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QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH14TF U 1
AF RR3FH14JQ C 211
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RD RR3FH14TF 754 0 0
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TTCTGCAAATCTGGCAAGACTAACCTCTGCGGCAAGGTTCGTTCCGCTACTGGTGTTGGG
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ATGGGTACCTCCACCTTTAGCCAGTACACCGTTGTTCATGATGTCAGTGTTGCCAAGATC
GACCCTCAGGCTCCTTTGGAGAAAGTCTGTCTTCTTGGATGTGGTGTTCCCACTGGTATG
AACCAAAAAAAACTAATATATTTGAGTTTTTGGTGATATTGAAGTTTATGGACTCCCTAC
CTAACAGTATATTATGTATGTTGATCCTCTTAGGCCTTGGAGCTGTTTGGAACACTGCAA
AAGTAGAACCAGGGTCAAATGTTGCCATCTTTGGTCTTGGCACTGTGGGACTTGCTGTAA
GCTACTTTTACCTTTCTGAATCTCTCACTTTCTCCATGGAAGAGAGTGTTTTGGTTAAAT
TTATTTACATTGTAAATTGGGATAG*TTGCTGAGGGTGCGAAAACAGCTGGTGCTACAAG
*ATCATTGGCATTGATATCGACAGCA
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QA 1 746 1 746
DS 

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CTTCTTGGATGTGGTGTTCCCACTGGTATGAACCAAAAAAAACTAATATATTTGAGTTTT
TGGTGATATTGAAGTTTATGGACTCCCTACCTAACAGTATATTATGTATGTTGATCCTCT
TAGGCCTTGGAGCTGTTTGGAACACTGCAAAAGTAGAACCAGGGTCAAATGTTGCCATCT
TTGGTCTTGGCACTGTGGGACTTGCTGTAAGCTACTTTTACCTTTCTGAATCTCTCACTT
TCTCCATGGAAGAGAGTGTTTTGGTTAAATTTATTTACATTGTAAATTGGGATAGGTTGC
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GTATGAAACTGGT

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

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GCTTTCGACACTTGTGGCTCATTTCTTTGGCATCTTAGCCGTGATTCTAATGCTCATATG
GCTTCTCCATTACCGTGAAGACATCGAGTATGGCTCCGACAATCCCCTTAAGGTTTTAAA
TGTACATCCATTTCTCATGTACTGTGGTTTTCTCTTCCTCGTGGGCCAAGCGATGATGAT
GTACAAAACGTCGTATGCCTCGCACCAAGTACAGAAAATGGTTCACGGTGGACTTCACTT
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AAACCTTAAAGACATGGTCTCTCTTCACTCGTGGATTGGTCTCACCACTTTCATACTCCT
TTGCCTCCAGTGGGTGCTCGGCGCATTCACATTCCTTGCGCCACAATCTTCATCAGGGAC
AAGAACGAGGATGATGCCGTGGCACGTCTTAGGTGGTCGGGCTCTACTTTATATGGGTAT
TGTCGCGGCACTTACCGGACTCATGCAGAGAGCCACGATGCTTGGTCAGAGCACAAGCGC
TGAGTCACGCCTCATTAACTTCACCGGCTTAGTCATTTTACTCTTTGGCGTTTCTGTCGA
TTTTTCCGTCGCTCTTGGCCGTTACACTTGATGGATTCCTATATTAATTAGTCTGCCGTT
TAATTAATCTTTCTTTGTTGTATCATTCAATGAATTATTGCTTGTTTGCGTTGGTGTGAA
AATGTGATTGGTGTGATATCTAATTGGGCCCTGAGAGTTGATTTCTTGATGATATTTGAT
TCTTAATTTACTTTCTGTATGCC


BQ
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AF RR3A136TF U 1
AF RR3A136JQ C 279
BS 1 630 RR3A136TF
BS 631 983 RR3A136JQ

RD RR3A136TF 630 0 0
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TCACCATTGATTGAGTCATCATCTTGATCTTGACCACACAAGAATTGATCTCAGCCAAAA
TTAAAATCAGACAATAATGGACCTCACAGCAGATCGAACAACTTTTAAGCGTCACTCGTC
GCTTTCGACACTTGTGGCTCATTTCTTTGGCATCTTAGCCGTGATTCTAATGCTCATATG
GCTTCTCCATTACCGTGAAGACATCGAGTATGGCTCCGACAATCCCCTTAAGGTTTTAAA
TGTACATCCATTTCTCATGTACTGTGGTTTTCTCTTCCTCGTGGGCCAAGCGATGATGAT
GTACAAAACGTCGTATGCCTCGCACCAAGTACAGAAAATGGTTCACGGTGGACTTCACTT
GATAGGATTAGTTCTAGGTATCGTCGGAATCTGCGCCGCTTTTAGATTCCACGACAAATT
AAACCTTAAAGACATGGTCTCTCTTCACTCGTGGATTGGTCTCACCACTTTCATACTCCT
TTGCCTCCAGTGGGTGCTCGGCGCATTCACATTCCTTGCGCCACAATCTTCATCAGGGAC
AAGAACGAGGATGATGCCGTGGCACGTCTT

QA 1 630 1 630
DS 

RD RR3A136JQ 705 0 0
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TGGTTCACGGTGGACTTCACTTGATAGGATTAGTTCTAGGTATCGTCGGAATCTGCGCCG
CTTTTAGATTCCACGACAAATTAAACCTTAAAGACATGGTCTCTCTTCACTCGTGGATTG
GTCTCACCACTTTCATACTCCTTTGCCTCCAGTGGGTGCTCGGCGCATTCACATTCCTTG
CGCCACAATCTTCATCAGGGACAAGAACGAGGATGATGCCGTGGCACGTCTTAGGTGGTC
GGGCTCTACTTTATATGGGTATTGTCGCGGCACTTACCGGACTCATGCAGAGAGCCACGA
TGCTTGGTCAGAGCACAAGCGCTGAGTCACGCCTCATTAACTTCACCGGCTTAGTCATTT
TACTCTTTGGCGTTTCTGTCGATTTTTCCGTCGCTCTTGGCCGTTACACTTGATGGATTC
CTATATTAATTAGTCTGCCGTTTAATTAATCTTTCTTTGTTGTATCATTCAATGAATTAT
TGCTTGTTTGCGTTGGTGTGAAAATGTGATTGGTGTGATATCTAATTGGGCCCTGAGAGT
TGATTTCTTGATGATATTTGATTCTTAATTTACTTTCTGTATGCC

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL9103Contig1 778 2 2 U
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CGCTCATCCTCCTCCCGCTCATAGCCGTCGTGGAAGGCAACCTCGGTGGGTGGAAGAAGA
TTGAAAACTTATCAGATCCGAACGTGGTGTCGCTCGCGAAGTATGCGGTTAATGAGCATA
ACAAGCAGTCGAAAGCGAATCTGGTGTTCGTGAAGATAGTCGAGGGGAAGGAGCAAGTGG
TTAGCGGGAAAAAGTACGATCTGAAGATTGCGGCCAAGGATGGTGGTGGTGCGACGAAGA
ACTACGAGGCTGTGGTGGTGGAAAGGGTGTGGGATCATTACAGGAGTCTTGAGTCTTTCA
AGGCAGTGTAGATCTGATTCGGAATATTGATCTGATATCTATATAGGTTTCCTTGGTTTG
AGATTTTGACATTATATGTTGTTGTTGTTTGGTAATAAAAAATCTTCTTGATATTAAATA
AAAGATCTGTTTTACTTTTACTTGGAGCTCTGATTCGAGATTTTGGGGGTTGAATCGATC
CATGATGATGGCTGTATGCCGTTGCAGATTCGAGATGCAGACGGCACACGTGCGTCGTTC
GTGACTTTTGGCTTTATCTGTTATTTTTACATTAGAACAGGCAGGAAGAGACAACCTAAG
TGTTAGAGATCTTCAGTTTTGTAGTGACGGGACAAAATATAACATTGATGTGATTTCAGG
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BQ
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AF RR3EQ76TF U 1
AF RR3EQ76JQ C 91
BS 1 625 RR3EQ76TF
BS 626 778 RR3EQ76JQ

RD RR3EQ76TF 625 0 0
GGGTCCAAGATCCATAAAGAAAAAAAAAAAGAAAAATGATGAAGTCTCTGATTTGTCTCT
CGCTCATCCTCCTCCCGCTCATAGCCGTCGTGGAAGGCAACCTCGGTGGGTGGAAGAAGA
TTGAAAACTTATCAGATCCGAACGTGGTGTCGCTCGCGAAGTATGCGGTTAATGAGCATA
ACAAGCAGTCGAAAGCGAATCTGGTGTTCGTGAAGATAGTCGAGGGGAAGGAGCAAGTGG
TTAGCGGGAAAAAGTACGATCTGAAGATTGCGGCCAAGGATGGTGGTGGTGCGACGAAGA
ACTACGAGGCTGTGGTGGTGGAAAGGGTGTGGGATCATTACAGGAGTCTTGAGTCTTTCA
AGGCAGTGTAGATCTGATTCGGAATATTGATCTGATATCTATATAGGTTTCCTTGGTTTG
AGATTTTGACATTATATGTTGTTGTTGTTTGGTAATAAAAAATCTTCTTGATATTAAATA
AAAGATCTGTTTTACTTTTACTTGGAGCTCTGATTCGAGATTTTGGGGGTTGAATCGATC
CATGATGATGGCTGTATGCCGTTGCAGATTCGAGATGCAGACGGCACACGTGCGTCGTTC
GTGACTTTTGGCTTTATCTGTTATT

QA 1 625 1 625
DS 

RD RR3EQ76JQ 688 0 0
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CGCTCGCGAAGTATGCGGTTAATGAGCATAACAAGCAGTCGAAAGCGAATCTGGTGTTCG
TGAAGATAGTCGAGGGGAAGGAGCAAGTGGTTAGCGGGAAAAAGTACGATCTGAAGATTG
CGGCCAAGGATGGTGGTGGTGCGACGAAGAACTACGAGGCTGTGGTGGTGGAAAGGGTGT
GGGATCATTACAGGAGTCTTGAGTCTTTCAAGGCAGTGTAGATTTGATTCGGAATATTGA
TTTGATATCTATATAGGTTTCCTTGGTTTGAGATTTTGACATTATATGTTGTTGTTGTTT
GGTAATAAAAAATCTTCTTGATATTAAATAAAAGATCTGTTTTACTTTTACTTGGAGCTT
TGATTCGAGATTTTGGGGGTTGAATCGATCCATGATGATGGCTGTATGCCGTTGCAGATT
CGAGATGCAGACGGCACACGTGCGTCGTTCGTGACTTTTGGCTTTATCTGTTATTTTTAC
ATTAGAACAGGCAGGAAGAGACAACCTAAGTGTTAGAGATCTTCAGTTTTGTAGTGACGG
GACAAAATATAACATTGATGTGATTTCAGGTTTAGGGATGTGTTTCCACCTGAACCTCCT
GATATTCAAAAAAGGAAATATTACTTTG

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL9104Contig1 853 2 4 U
GGAAGGATAAAAGAAGCGTTTGTTTCGCTATTCTCTCTTCACTTTTTTCTGTCCCTCATC
CTCTCTCTCGACCATTTCCTTTTTGCTGTCTCTACGATAATGGCTTCCTCTGGAGTGAAA
TTTGTGCCAGAAGAAGATAACTTCTTACAGAGACATGTAGCCTTCTTCGATAGGAACAAA
GATGGCATCGTTTATCCCTCAGAGACATATCAAGGGTTCAGAGCAATCGGATGTGGATAT
CTCTTGTCGGCATTCGCTTCTCTGTTCATCAATATCGGTCTAAGCAGCAAAACTCGTCCG
GGAAAAGGTTTCTCGTTATCATTTCCGATAGAGGTTAAGAATATCCATCTTGCCAAACAC
GGCAGCGATTCAGGCGTTTACGACAAGAATGGAAGATTTGTGGAATCGAAATTCGAGGAG
ATATTTGCAAAGCATTCAAAGACACATCCCGATGCATTGACGAACAAGGAACTTAAACAA
CTGCTCAACTCAAACAAAGAGGCTAATGATCGTAAAGGAGCGATTGCTGCATTTACAGAG
TGGAAGATCTTGTATTATCTATGCAAAGACAAGAACGGTTTGTTGCACAAAGATACAGTT
AGAGCTGTCTACGATGGCTCCCTTTTCGAGAAACTCGAGAAACAAAAAGCTTCTAAGAAA
CATGCTTAAACGCACCCTTTTAAAACCACACTCTTATAATGTTTATCTGTTTGTTTATAA
ATCTTTTTATTGGTGAACAATGGCGTGGAGATTGTAATGTTTGATTTTCACAAATTTGTA
GTTCCTTTTTTGTGTGTATTTTATTAATAGTGTACGTTTTTATATCTTTGAATAAATAAT
TATATACACCAAA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI32TF U 1
AF RR3GI32JQ C 180
BS 1 684 RR3GI32TF
BS 685 685 RR3GI32JQ
BS 686 718 RR3GI32TF
BS 719 853 RR3GI32JQ

RD RR3GI32TF 718 0 0
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CTCTCTCTCGACCATTTCCTTTTTGCTGTCTCTACGATAATGGCTTCCTCTGGAGTGAAA
TTTGTGCCAGAAGAAGATAACTTCTTACAGAGACATGTAGCCTTCTTCGATAGGAACAAA
GATGGCATCGTTTATCCCTCAGAGACATATCAAGGGTTCAGAGCAATCGGATGTGGATAT
CTCTTGTCGGCATTCGCTTCTCTGTTCATCAATATCGGTCTAAGCAGCAAAACTCGTCCG
GGAAAAGGTTTCTCGTTATCATTTCCGATAGAGGTTAAGAATATCCATCTTGCCAAACAC
GGCAGCGATTCAGGCGTTTACGACAAGAATGGAAGATTTGTGGAATCGAAATTCGAGGAG
ATATTTGCAAAGCATTCAAAGACACATCCCGATGCATTGACGAACAAGGAACTTAAACAA
CTGCTCAACTCAAACAAAGAGGCTAATGATCGTAAAGGAGCGATTGCTGCATTTACAGAG
TGGAAGATCTTGTATTATCTATGCAAAGACAAGAACGGTTTGTTGCACAAAGATACAGTT
AGAGCTGTCTACGATGGCTCCCTTTTCGAGAAACTCGAGAAACAAAAAGCTTCTAAGAAA
CATGCTTAAACGCACCCTTTTAAA*CCACACTCTTATAATGTTTATCTGTTTGTTTAT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3GI32JQ 674 0 0
AGATGGCATCGTTTATCC*TCAGAGACATATCAAGGGTTCAGAGCAATCGGATGTGGATA
TCTCTTGTCGGCATTCGCTTCTCTGTTCATCAATATCGGTCTAAGCAGCAAAACTCGTCC
GGGAAAAGGTTTCTCGTTATCATTTCCGATAGAGGTTAAGAATATCCATCTTGCCAAACA
CGGCAGCGATTCAGGCGTTTACGACAAGAATGGAAGATTTGTGGAATCGAAATTCGAGGA
GATATTTGCAAAGCATTCAAAGACACATCCCGATGCATTGACGAACAAGGAACTTAAACA
ACTGCTCAACTCAAACAAAGAGGCTAATGATCGTAAAGGAGCGATTGCTGCATTTACAGA
GTGGAAGATCTTGTATTATCTATGCAAAGACAAGAACGGTTTGTTGCACAAAGATACAGT
TAGAGCTGTCTACGATGGCTCCCTTTTCGAGAAACTCGAGAAACAAAAAGCTTCTAAGAA
ACATGCTTAAACGCACCCTTTTAAAACCACACTCTTATAATGTTTATCTGTTTGTTTATA
AATCTTTTTATTGGTGAACAATGGCGTGGAGATTGTAATGTTTGATTTTCACAAATTTGT
AGTTCCTTTTTTGTGTGTATTTTATTAATAGTGTACGTTTTTATATCTTTGAATAAATAA
TTATATACACCAAA

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL9105Contig1 708 2 4 U
GGAAGAGAGACTCATATATTGTAAAACTTCTCGAGCTTTGGAATCTTCTGGTCTTCACAG
TGATTCTGGTTTCTTGCTAGATCGTTTCGTATCACCATTGATTGATCTCTCGATCCACGG
AGCTGTGGGCAAATGGCGTACGTGGACCACGCGTTCTCGATATCAGACGAGGACATGATG
TTTGAGACCTCATACACCGTCAATAACCGACCGCCGGTTAAGGAGATCGCACTCGCGGTG
GCTCTCCTCGTGTTCGGAGCCTTAGGAATCGTATCCGGCTTCTTCATGGCGTACAATCGA
GTCGGCGGCGATCGAGGCCACGGGATTTTCTTCATCGTCCTCGGGTGTCTTCTGTTCATC
CCAGGGTTTTACTACACTCGGATCGCGTATTATGCTTACAAAGGATACCAAGGTTTCTCC
TTCTCTAACATACCCCCTGTTTAGTAGCACTCCCCCCTTTTGGTTCTCGATGTATAGAGA
TGTTTTTATTAAGCAAATGGGCAGACTTTGTTTTGCTCTCTAGTCTAGTTTTAGAGGAGT
CTGTCTAAGTGAGTGAGTCCCATGTTTTGATATAATGTATCTCTCCTCTTCTTCTTTTCT
CCTTCCACTTGTTAAATAATTACGCCGTCTATGACGATTTGTCATATCCATATATACCCC
TGTTCACATGAATCTTTGTTTCTAACCATGCTATATGAGAGTTTTTTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CM65JQ C 1
AF RR3CM65TF U 1
BS 1 684 RR3CM65TF
BS 685 685 RR3CM65JQ
BS 686 706 RR3CM65TF
BS 707 708 RR3CM65JQ

RD RR3CM65JQ 708 0 0
GGAAGAGAGACTCATATATTGTAAAACTTCTCGAGCTTTGGAATCTTCTGGTCTTCACAG
TGATTCTGGTTTCTTGCTAGATCGTTTCGTATCACCATTGATTGATCTCTCGATCCACGG
AGCTGTGGGCAAATGGCGTACGTGGACCACGCGTTCTCGATATCAGACGAGGACATGATG
TTTGAGACCTCATACACCGTCAATAACCGACCGCCGGTTAAGGAGATCGCACTCGCGGTG
GCTCTCCTCGTGTTCGGAGCCTTAGGAATCGTATCCGGCTTCTTCATGGCGTACAATCGA
GTCGGCGGCGATCGAGGCCACGGGATTTTCTTCATCGTCCTCGGGTGTCTTCTGTTCATC
CCAGGGTTTTACTACACTCGGATCGCGTATTATGCTTACAAAGGATACCAAGGTTTCTCC
TTCTCTAACATACCCCCTGTTTAGTAGCACTCCCCCCTTTTGGTTCTCGATGTATAGAGA
TGTTTTTATTAAGCAAATGGGCAGACTTTGTTTTGCTCTCTAGTCTAGTTTTAGAGGAGT
CTGTCTAAGTGAGTGAGTCCCATGTTTTGATATAATGTATCTCTCCTCTTCTTCTTTTCT
CCTTCCACTTGTTAAATAATTACGCCGTCTATGACGATTTGTCATATCCATATATACCCC
TGTTCACATGAATCTTTGTTTCTAACCATGCTATATGAGAGTTTTTTC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3CM65TF 707 0 0
GGAAGAGAGACTCATATATTGTAAAACTTCTCGAGCTTTGGAATCTTCTGGTCTTCACAG
TGATTCTGGTTTCTTGCTAGATCGTTTCGTATCACCATTGATTGATCTCTCGATCCACGG
AGCTGTGGGCAAATGGCGTACGTGGACCACGCGTTCTCGATATCAGACGAGGACATGATG
TTTGAGACCTCATACACCGTCAATAACCGACCGCCGGTTAAGGAGATCGCACTCGCGGTG
GCTCTCCTCGTGTTCGGAGCCTTAGGAATCGTATCCGGCTTCTTCATGGCGTACAATCGA
GTCGGCGGCGATCGAGGCCACGGGATTTTCTTCATCGTCCTCGGGTGTCTTCTGTTCATC
CCAGGGTTTTACTACACTCGGATCGCGTATTATGCTTACAAAGGATACCAAGGTTTCTCC
TTCTCTAACATACCCCCTGTTTAGTAGCACTCCCCCCTTTTGGTTCTCGATGTATAGAGA
TGTTTTTATTAAGCAAATGGGCAGACTTTGTTTTGCTCTCTAGTCTAGTTTTAGAGGAGT
CTGTCTAAGTGAGTGAGTCCCATGTTTTGATATAATGTATCTCTCCTCTTCTTCTTTTCT
CCTTCCACTTGTTAAATAATTACGCCGTCTATGACGATTTGTCATATCCATATATACCCC
TGTTCACATGAATCTTTGTTTCTA*CCATGCTATATGAGAGTTTTT
C

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

CO CL9106Contig1 530 2 1 U
GGGATCAAACTTTCCTTTGGTTCACGGTTTTCTCATTTGGCGATGGCGGCGAGATCGGGA
GCGAAGATCACGGCGACTGAGCCACCGACGAAGATAGTATGGAACGCGGGGAAACACCGA
TTCGAAACCGAAGATCACGAAGCCTTCATCGACTACAAGCTGAGAAACGACGAAAAAGCA
ATGGATCTGGTCCACACCTACGTCCCATCCTCAAAACGAGGGTTAGGTTTAGCTTCTCTC
CTCTGCGTCGCCGCCTTCGAACACGCTTCCTCTCACTCCCTCTCCGTCATCCCTTCCTGC
TCCTACGTTTCCGACACGTTTCTTCCTAGGAACCCAACATGGAAGCCTCTGGTTTACACA
GAGGATCTTAAGTCTAGCATTTGAATGAAGACACTCGTTTTTTTAACATTGTTGTTAAGC
TTTGTGTTTTCAATGTCAGTTGTTGGTTGGTGTAATCTTCGGAACCTTGTAATCAAGATC
TGTCGGAGACAGATGTACTGGAAACTGTAATAAAGAAGTCTTTGAATGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GB32JQ C 1
AF RR3GB32TF U 1
BS 1 530 RR3GB32TF

RD RR3GB32JQ 530 0 0
GGGATCAAACTTTCCTTTGGTTCACGGTTTTCTCATTTGGCGATGGCGGCGAGATCGGGA
GCGAAGATCACGGCGACTGAGCCACCGACGAAGATAGTATGGAACGCGGGGAAACACCGA
TTCGAAACCGAAGATCACGAAGCCTTCATCGACTACAAGCTGAGAAACGACGAAAAAGCA
ATGGATCTGGTCCACACCTACGTCCCATCCTCAAAACGAGGGTTAGGTTTAGCTTCTCTC
CTCTGCGTCGCCGCCTTCGAACACGCTTCCTCTCACTCCCTCTCCGTCATCCCTTCCTGC
TCCTACGTTTCCGACACGTTTCTTCCTAGGAACCCAACATGGAAGCCTCTGGTTTACACA
GAGGATCTTAAGTCTAGCATTTGAATGAAGACACTCGTTTTTTTAACATTGTTGTTAAGC
TTTGTGTTTTCAATGTCAGTTGTTGGTTGGTGTAATCTTCGGAACCTTGTAATCAAGATC
TGTCGGAGACAGATGTACTGGAAACTGTAATAAAGAAGTCTTTGAATGCC

QA 1 530 1 530
DS 

RD RR3GB32TF 530 0 0
GGGATCAAACTTTCCTTTGGTTCACGGTTTTCTCATTTGGCGATGGCGGCGAGATCGGGA
GCGAAGATCACGGCGACTGAGCCACCGACGAAGATAGTATGGAACGCGGGGAAACACCGA
TTCGAAACCGAAGATCACGAAGCCTTCATCGACTACAAGCTGAGAAACGACGAAAAAGCA
ATGGATCTGGTCCACACCTACGTCCCATCCTCAAAACGAGGGTTAGGTTTAGCTTCTCTC
CTCTGCGTCGCCGCCTTCGAACACGCTTCCTCTCACTCCCTCTCCGTCATCCCTTCCTGC
TCCTACGTTTCCGACACGTTTCTTCCTAGGAACCCAACATGGAAGCCTCTGGTTTACACA
GAGGATCTTAAGTCTAGCATTTGAATGAAGACACTCGTTTTTTTAACATTGTTGTTAAGC
TTTGTGTTTTCAATGTCAGTTGTTGGTTGGTGTAATCTTCGGAACCTTGTAATCAAGATC
TGTCGGAGACAGATGTACTGGAAACTGTAATAAAGAAGTCTTTGAATGCC

QA 1 530 1 530
DS 



AS 1 2

CO CL9107Contig1 586 2 3 U
GGACTGTCATCTCCGTCAACCTCTCTATCTTTCGTCTCTATAGCCTGCCCGCCGATTGTT
ACCTGTCTCCGTCGATAACACCATGGCGCCAAAGAAGGATAAGGTTCCACCGCCGTCGTC
AAAGCCGGCTAAATCCGGAGGTGGAAAACAGAAGAAGAAGAAGTGGAGCAAGGGAAAGCA
AAAGGAGAAGGTGAACAACATGGTGTTGTTTGATCAGGCTACTTACGACAAGCTTCTCAC
TGAGGCTCCCAAGTTCAAGCTCATCACCCCTTCCATTCTCTCCGACCGTATGAGGATCAA
CGGGTCTCTTGCAAGGAAGGCAATAAGGGAGCTAATGGCTAAAGGTGTGATCAGGATGGT
CGCTGCTCACTCGAGCCAGCAGATCTACACTCGTGCCACCAACACCTAAACAAAACAGAT
CGACCTTTGTCAATGTTTTACTTCTCCAGTCTAATCTCTTTTGATGTATACGTTACTCAT
CAGAGCTCTTAATAGTTCTCTATGTTTGAACTCCTTTCGTACTCGAGAAACTCTTTAGAA
GGCTGTTTTGAGATATTATGTCTACTTAATATTCCGAATTAGTTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK14TF U 1
AF RR3FZ65TF U 1
BS 1 160 RR3EK14TF
BS 161 163 RR3FZ65TF
BS 164 586 RR3EK14TF

RD RR3EK14TF 586 0 0
GGACTGTCATCTCCGTCAACCTCTCTATCTTTCGTCTCTATAGCCTGCCCGCCGATTGTT
ACCTGTCTCCGTCGATAACACCATGGCGCCAAAGAAGGATAAGGTTCCACCGCCGTCGTC
AAAGCCGGCTAAATCCGGAGGTGGAAAACAGAAGAAGAAG***TGGAGCAAGGGAAAGCA
AAAGGAGAAGGTGAACAACATGGTGTTGTTTGATCAGGCTACTTACGACAAGCTTCTCAC
TGAGGCTCCCAAGTTCAAGCTCATCACCCCTTCCATTCTCTCCGACCGTATGAGGATCAA
CGGGTCTCTTGCAAGGAAGGCAATAAGGGAGCTAATGGCTAAAGGTGTGATCAGGATGGT
CGCTGCTCACTCGAGCCAGCAGATCTACACTCGTGCCACCAACACCTAAACAAAACAGAT
CGACCTTTGTCAATGTTTTACTTCTCCAGTCTAATCTCTTTTGATGTATACGTTACTCAT
CAGAGCTCTTAATAGTTCTCTATGTTTGAACTCCTTTCGTACTCGAGAAACTCTTTAGAA
GGCTGTTTTGAGATATTATGTCTACTTAATATTCCGAATTAGTTTT

QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3FZ65TF 552 0 0
GGACTGTCGTCTCCGTCAACCTCTCTATCTTTCGTCTCTATAGCCTGCCCGCCGATTGTT
ACCTGTCTCC*TCGATAACACCATGGCGCCAAAGAAGGATAAGGTTCCACCGCCGTCGTC
AAAGCCGGCTAAATCCGGAGGTGGAAAACAGAAGAAGAAGAAGTGGAGCAAGGGAAAGCA
AAAGGAGAAGGTGAACAACATGGTGTTGTTTGATCAGGCTACTTACGACAAGCTTCTCAC
TGAGGCTCCCAAGTTCAAGCTCATCACCCCTTCCATTCTCTCCGACCGTATGAGGATCAA
CGGGTCTCTTGCAAGGAAGGCAATAAGGGAGCTAATGGCTAAAGGTGTGATCAGGATGGT
CGCTGCTCACTCGAGCCAGCAGATCTACACTCGTGCCACCAACACCTAAACAAAACAGAT
CGACCTTTGTCAATGTTTTACTTCTCCAGTCTAATCTCTTTTGATGTATACGTTACTCAT
CAGAGCTCTTAATAGTTCTCTATGTTTGAACTCCTTTCGTACTCGAGAAACTCTTTAGAA
GGCTGTTTTGAG

QA 1 552 1 552
DS 



AS 1 2

CO CL9108Contig1 792 2 6 U
GGAACCGAAAGAAGCGAAGCCATGGCTACAGAACCAATCATCCAAGGAGCAATCTTGCTC
CTAACCTTCGTTATGTTCTGGGCGCTCAAGTACCTCTCTCAACAAGGCCTAACCAAGTTC
CGAACCAAACACCGAGCCACACTCCAAACCCAGCGTCAGCTAATCCAAGCCTCTCGCCTC
CTCGCTCGAGCCCGAGCCACCACTAAAAAATCTCAATCACAGTCCCTCGCCAAGACCGCG
CTCACCGAAGCCGACGACGTGATCGCGATCTCTCCGGATGACGCCGCCGGTCACATAGTC
CGAGCCTTGTCTCTGGATCTGCTCGGCTACCACACCGCCGCTCTCAAATCGTTCGACACG
GCGCTGACTTATCCGCGGCTGAAGTCGCTTTCCGTGGGGGAGCGAGCCGACGCGCTCGTG
AAGAGAGCTGAGATGAAGGTCGCTGTGAATCGTAGACGGAGGAATGATTCGGCGATCGAA
GATCTGGAGGAGGCGACGCGGCTCGCCGCCGGGACGGATACGGCGAGGATATTCCGTCTG
TTGGGGGAGTGTTATGAGTTCAAAGGCTTGAAAGAGAAGGCCCAGTGGGCTTTTAACGAA
GCACTGAAAGCTCAATAGAGTTCTGTTAACGGTTCGTGATGGATGAGAAGGACCGAGAGT
AGTAGTTCGTAGCTATATCCCTTGTAACTTCTTATTTCACTTTGGACCCCGTTTTTTTTT
TGGTATTCTTTTAGTTGGTGACTGTTGATTACTTAAGGAAAAAAATTTCAAATGCTAATT
ATAATTAGTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GW54TF U 1
AF RR3GW54JQ C 20
BS 1 76 RR3GW54TF
BS 77 77 RR3GW54JQ
BS 78 147 RR3GW54TF
BS 148 148 RR3GW54JQ
BS 149 255 RR3GW54TF
BS 256 792 RR3GW54JQ

RD RR3GW54TF 255 0 0
GGAACCGAAAGAAGCGAAGCCATGGCTACAGAACCAATCATCCAAGGAGCAATCTTGCTC
CTAACCTTCGTTATGT*CTGGGCGCTCAAGTACCTCTCTCAACAAGGCCTAACCAAGTTC
CGAACCAAACACCGAGCCACACTCCAA*CCCAGCGTCAGCTAATCCAAGCCTCTCGCCTC
CTCGCTCGAGCCCGAGCCACCACTAAAAAATCTCAATCACAGTCCCTCGCCAAGACCGCG
CTCACCGAAGCCGAC

QA 1 255 1 255
DS 

RD RR3GW54JQ 773 0 0
CCATGGCTACAGAACCAATCATCCAAGGAGCAATCTTGCTCCTAACCTTCGTTATGTTCT
GGGCGCTCAAGTACCTCTCTCAACAAGGCCTAACCAAGTTCCGAACCAAACACCGAGCCA
CACTCCAAACCCAGCGTCAGCTAATCCAAGCCTCTCGCCTCCTCGCTCGAGCCCGAGCCA
CCACTAAAAAATCTCAATCACAGTCCCTCGCCAAGACCGCGCTCACCGAAGCCGACGACG
TGATCGCGATCTCTCCGGATGACGCCGCCGGTCACATAGTCCGAGCCTTGTCTCTGGATC
TGCTCGGCTACCACACCGCCGCTCTCAAATCGTTCGACACGGCGCTGACTTATCCGCGGC
TGAAGTCGCTTTCCGTGGGGGAGCGAGCCGACGCGCTCGTGAAGAGAGCTGAGATGAAGG
TCGCTGTGAATCGTAGACGGAGGAATGATTCGGCGATCGAAGATCTGGAGGAGGCGACGC
GGCTCGCCGCCGGGACGGATACGGCGAGGATATTCCGTCTGTTGGGGGAGTGTTATGAGT
TCAAAGGCTTGAAAGAGAAGGCCCAGTGGGCTTTTAACGAAGCACTGAAAGCTCAATAGA
GTTCTGTTAACGGTTCGTGATGGATGAGAAGGACCGAGAGTAGTAGTTCGTAGCTATATC
CCTTGTAACTTCTTATTTCACTTTGGACCCCGTTTTTTTTTTGGTATTCTTTTAGTTGGT
GACTGTTGATTACTTAAGGAAAAAAATTTCAAATGCTAATTATAATTAGTACG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL9109Contig1 865 2 2 U
GGGTTCTGCTGCTTTGTGTTTCTAAGTTTTCTTGTATACATACATCTTGATAGTGATATG
TACAACGACTGGACCATCGAGCTGAAAGGAATGGCTGACCGCATTATTAGCATGCGCCAA
CAGCTATTTGAAGCTCTACAAGCTAAAGGTTCATTTTTTTTAATTCTCGTTTTTGTCTCT
TTTTTCTTCACTACTTTTTTTTATCTCTCTCAGTAGGTCCTACTCCGCAACGTTTTGTTC
TTGACATTTTTTTTCTTGCCTTGCAGGCACACCTGGTGATTGGAGTCACATTATCAAACA
GATTGGGATGTTCACTTTTACTGGATTGAACAAGGAGCAAGTTGCCTTCATGACCAAAGA
TTATCACATTTACATGACGTCTGACGGTTGAGGCCAACTTATATATCATTTCTTTTGGAT
TTTTTAGGCATATAAAGTTGATAGTTTTTTTTTGCAACGCCTAGGACGATGATATATTCA
GTTATGCGGCTATATATTAAACAAAGATAGTTCAAAGAGGTTTTAGCAGTAATAAATCCG
ATATGAACTAATTAGTTTCAATCATGTTTTCTTTGGTACGTAAACAAACCAAAGTTAGTT
GCTTAGAAGTTCTGAGTTATTCACTCTTGCTATTGAAACTTTTATAGTTGCATGAAACAA
AGGGAAAATAGAAAAATACTAAATACTTTGGTTAGTGAGATGAATTTTAAGTTTAAAAAG
ATTCTGAGCATGAAATTGAGAAGGGTAATCTTTGTGTATTGCAGGAGAATAAGCATGGCA
GGCCTCAGTTCGAAGACAGTGCCTCACCTGATCGAAGCTATACATGCTGCAGTTACCCGC
GTTGCCTAAACTATAGCCAGACGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GZ72TF U 1
AF RR3GZ72JQ C 93
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BS 627 865 RR3GZ72JQ

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TTTTTCTTCACTACTTTTTTTTATCTCTCTCAGTAGGTCCTACTCCGCAACGTTTTGTTC
TTGACATTTTTTTTCTTGCCTTGCAGGCACACCTGGTGATTGGAGTCACATTATCAAACA
GATTGGGATGTTCACTTTTACTGGATTGAACAAGGAGCAAGTTGCCTTCATGACCAAAGA
TTATCACATTTACATGACGTCTGACGGTTGAGGCCAACTTATATATCATTTCTTTTGGAT
TTTTTAGGCATATAAAGTTGATAGTTTTTTTTTGCAACGCCTAGGACGATGATATATTCA
GTTATGCGGCTATATATTAAACAAAGATAGTTCAAAGAGGTTTTAGCAGTAATAAATCCG
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GCTTAGAAGTTCTGAGTTATTCACTC

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DS 

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ATTTTTTTTAATTCTCGTTTTTGTCTCTTTTTTCTTCACTACTTTTTTTTATCTCTCTCA
GTAGGTCCTACTCCGCAACGTTTTGTTCTTGACATTTTTTTTCTTGCCTTGCAGGCACAC
CTGGTGATTGGAGTCACATTATCAAACAGATTGGGATGTTCACTTTTACTGGATTGAACA
AGGAGCAAGTTGCCTTCATGACCAAAGATTATCACATTTACATGACGTCTGACGGTTGAG
GCCAACTTATATATCATTTCTTTTGGATTTTTTAGGCATATAAAGTTGATAGTTTTTTTT
TGCAACGCCTAGGACGATGATATATTCAGTTATGCGGCTATATATTAAACAAAGATAGTT
CAAAGAGGTTTTAGCAGTAATAAATCCGATATGAACTAATTAGTTTCAATCATGTTTTCT
TTGGTACGTAAACAAACCAAGGTTAGTTGCTTAGAAGTTCTGAGTTATTCACTCTTGCTA
TTGAAACTTTTATAGTTGCATGAAACAAAGGGAAAATAGAAAAATACTAAATACTTTGGT
TAGTGAGATGAATTTTAAGTTTAAAAAGATTCTGAGCATGAAATTGAGAAGGGTAATCTT
TGTGTATTGCAGGAGAATAAGCATGGCAGGCCTCAGTTCGAAGACAGTGCCTCACCTGAT
CGAAGCTATACATGCTGCAGTTACCCGCGTTGCCTAAACTATAGCCAGACGAT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

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CC


BQ
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20 20 

AF RR3G754JQ C 1
AF RR3G754TF U 1
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TCCGTAGCACCGGTACTAAGTACTCTATGGTTCGTTTCGTTAGCAGGTTTATTAATAGAG
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CC

QA 1 182 1 182
DS 

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TCCGTAGCACCGGTACTAAGTACTCTATGGTTCGTTTCGTTAGCAGGTTTATTAATAGAG
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CC

QA 1 182 1 182
DS 



AS 1 2

CO CL9111Contig1 1181 2 8 U
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CAAGGAGGAAGCCAGCAGAAAATGGTGATAAACTGAAGTCTGCCTCTGGATCAATGATGA
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CTACTGATGAACTCATCGGTTGCAGAATAGAAATTTGGTGGCCTATGGATAAACGGTTTT
ATGAAGGCACAGTGAAGTCATATGATTCCACAAAAAAGAAACATGTGATACTTTATGAGG
ATGGAGATGTCGAAGTTCTTCGCCTAGATAAAGAACAGTGGGAGCTCATAGAGACGGCTG
CAAAGCCCGCTAAGAAGTCTAGTACACCAAAAAAGCGAAGTTCTAATAAGAAAGGATCTT
CTGAAAGAAAGCGTAAGAATACATATGGCTCACAGAGGGATGAAGACCCAATTCCTACTA
CGCCAAAAGGGAAAAGAACTCCAAAGAAAAACATAAAACGTAAGGAACCGGAAGGCACAA
CTAGTAGTCTATCTTTAGAAGATGAGAAACCAAAGCTCAGAACCAAGAAAAACCGATCTT
CTGGAGTCGGTGAAGTTGCTGAAAAAACAACTGAAGAGAAAATGGAATCATCCACGGAGC
AGATGGCAGAGGAACCGAAGTACGGTGGGGAGGCCGACGAAGTGAAATCAGAATCAGAAG
GAAAGTCAAGGAAAGAAGGCGAGGATGATGAGGAGACTGAAGCTGAAGAAGATGCTGGGG
ATTCTGAGGCCTCTGACAATGAGACTCTGGGAGCGTGGAAAAGTAAAGTGGCCAAGTCAA
GCTCGAGAAAATCAGCATAGGTTTCTGCATGCCATAATGTAGAATAAATACACCAAAGAA
GTTGCCGTGTTTGGCCTCTATTAGTATTGGTGTTTATTATCTATGGTAAAAAAAAAAGAT
GTGAGATTCATAGAGTTTAGTGATACATTGTTGCTCTAACCACCATGATGGAATGGATGA
TAAGCAAAAGAAGCTCCTCCAGATACTTATTTGCTCATGTATTGTTAGTCTCTCTCTGTG
TGTGTTAATTTGTAGGGCATGGCTGTTTCATGTTTTCTTCTGTAGTATCTTGACACCCTT
TCATTTCCCCTAAAACGATTACTCAAATACTTTCCCACTAC


BQ
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AF RR3H479TF U 1
AF RR3H479JQ C 482
BS 1 720 RR3H479TF
BS 721 721 RR3H479JQ
BS 722 730 RR3H479TF
BS 731 731 RR3H479JQ
BS 732 736 RR3H479TF
BS 737 737 RR3H479JQ
BS 738 766 RR3H479TF
BS 767 1181 RR3H479JQ

RD RR3H479TF 782 0 0
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CAAGGAGGAAGCCAGCAGAAAATGGTGATAAACTGAAGTCTGCCTCTGGATCAATGATGA
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CTACTGATGAACTCATCGGTTGCAGAATAGAAATTTGGTGGCCTATGGATAAACGGTTTT
ATGAAGGCACAGTGAAGTCATATGATTCCACAAAAAAGAAACATGTGATACTTTATGAGG
ATGGAGATGTCGAAGTTCTTCGCCTAGATAAAGAACAGTGGGAGCTCATAGAGACGGCTG
CAAAGCCCGCTAAGAAGTCTAGTACACCAAAAAAGCGAAGTTCTAATAAGAAAGGATCTT
CTGAAAGAAAGCGTAAGAATACATATGGCTCACAGAGGGATGAAGACCCAATTCCTACTA
CGCCAAAAGGGAAAAGAACTCCAAAGAAAAACATAAAACGTAAGGAACCGGAAGGCACAA
CTAGTAGTCTATCTTTAGAAGATGAGAAACCAAAGCTCAGAACCAAGAAAAACCGATCTT
CTGGAGTCGGTGAAGTTGCTGAAAAAACAACTGAAGAGAAAATGGAATCATCCACGGAGC
AGATGGCAGAGGAACCGAAGTACGGTGGGGAGGCCGACGAAGTGAAATCAGAATCAGAAG
*AAAGTCAAG*AAAGA*GGCGAGGATGATGAGGAGACTGAAGCTGA
GAGATGCTGGGGATTC

QA 1 766 1 766
DS 

RD RR3H479JQ 700 0 0
GCCAAAAGGGAAAAGAACTCCAAAGAAAAACATAAAACGTAAGGAACCGGAAGGCACAAC
TAGTAGTCTATCTTTAGAAGATGAGAAACCAAAGCTCAGAACCAAGAAAAACCGATCTTC
TGGAGTCGGTGAAGTTGCTGAAAAAACAACTGAAGAGAAAATGGAATCATCCACGGAGCA
GATGGCAGAGGAACCGAAGTACGGTGGGGAGGCCGACGAAGTGAAATCAGAATCAGAAGG
AAAGTCAAGGAAAGAAGGCGAGGATGATGAGGAGACTGAAGCTGAAGAAGATGCTGGGGA
TTCTGAGGCCTCTGACAATGAGACTCTGGGAGCGTGGAAAAGTAAAGTGGCCAAGTCAAG
CTCGAGAAAATCAGCATAGGTTTCTGCATGCCATAATGTAGAATAAATACACCAAAGAAG
TTGCCGTGTTTGGCCTCTATTAGTATTGGTGTTTATTATCTATGGTAAAAAAAAAAGATG
TGAGATTCATAGAGTTTAGTGATACATTGTTGCTCTAACCACCATGATGGAATGGATGAT
AAGCAAAAGAAGCTCCTCCAGATACTTATTTGCTCATGTATTGTTAGTCTCTCTCTGTGT
GTGTTAATTTGTAGGGCATGGCTGTTTCATGTTTTCTTCTGTAGTATCTTGACACCCTTT
CATTTCCCCTAAAACGATTACTCAAATACTTTCCCACTAC

QA 1 700 1 700
DS 



AS 1 2

CO CL9112Contig1 869 2 4 U
GGGTGATCGGTTGTAATCAAATTGTATCCCTAATTTCTCTCTAATTAACCGAAGAGGAGA
AAGCAACGTGGTGAAAGAGAGATGGAGAAAGAGAGCCAAAACGGTGCGTATGTTGGAAGA
GGAATTATGACGGAGGAGCAAATGGAGACTCTCCGTAAGCAGATCGCCGTCTACGCCGTT
ATCTGTGAACAGCTCGCTCTCCTCCACAACTCTCTCTCTTCTTTCCACCCTCTCTCCTCA
GGAATGAATCCAAACGGTGGTGGATACTTTGATCCGATGGTGGTGGCATCATCAAGCGCT
CATCAGAGGATATCGACTCGGAACCGATGGACTCCGACGTCGACGCAGCTTCAAATACTT
GAGAGCATTTACGAGGAAAGAAGTGGAACACCGAACCGACGGAGGATCAGAGAGATCGCA
GCGGAACTGTCTGAACATGGACAGATCACGGAGACAAATGTTTACAACTGGTTTCAGAAC
CGGAGGGCTCGGTCCAAAAGAAAGCAAACACCTCATACGACGACGACAGATACTGGTCCT
GCTGAAGATGCGGCGGTGGTGACGACGGATGAGAAGAGGAGTTGTGGAGATTCTGGGGGG
GTTTGAGTCTTATGAGCATATACTCTTCCCCAGTCCTGACTTAGGGATTGAGCATTTGTT
GAGCAGAGGGGAGCTTTCTGGAGAGTTCAATTCGTATAGACTGTGACATAAAAAAAAACA
AAGAATGATGAAAGCCTCTAGTCTCCACTCTTTCTTTTCTTCATGTTTCTACAAGACCAA
GCAATACATTTCGTTATGTTAATTAAAATGATATTATTATGTACTGATTATGTATGTGTT
TTGTGTGTCATTAACAAGTGTTTTGTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BO12TF U 1
AF RR3BO12JQ C 173
BS 1 645 RR3BO12TF
BS 646 646 RR3BO12JQ
BS 647 712 RR3BO12TF
BS 713 869 RR3BO12JQ

RD RR3BO12TF 712 0 0
GGGTGATCGGTTGTAATCAAATTGTATCCCTAATTTCTCTCTAATTAACCGAAGAGGAGA
AAGCAACGTGGTGAAAGAGAGATGGAGAAAGAGAGCCAAAACGGTGCGTATGTTGGAAGA
GGAATTATGACGGAGGAGCAAATGGAGACTCTCCGTAAGCAGATCGCCGTCTACGCCGTT
ATCTGTGAACAGCTCGCTCTCCTCCACAACTCTCTCTCTTCTTTCCACCCTCTCTCCTCA
GGAATGAATCCAAACGGTGGTGGATACTTTGATCCGATGGTGGTGGCATCATCAAGCGCT
CATCAGAGGATATCGACTCGGAACCGATGGACTCCGACGTCGACGCAGCTTCAAATACTT
GAGAGCATTTACGAGGAAAGAAGTGGAACACCGAACCGACGGAGGATCAGAGAGATCGCA
GCGGAACTGTCTGAACATGGACAGATCACGGAGACAAATGTTTACAACTGGTTTCAGAAC
CGGAGGGCTCGGTCCAAAAGAAAGCAAACACCTCATACGACGACGACAGATACTGGTCCT
GCTGAAGATGCGGCGGTGGTGACGACGGATGAGAAGAGGAGTTGTGGAGATTCTGGGGGG
GTTTGAGTCTTATGAGCATATACTCTTCCCCAGTCCTGACTTAGG*ATTGAGCATTTGTT
GAGCAGAGGGGAGCTTTCTGGAGAGTTCAATTCGTATAGACTGTGACATAAA

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3BO12JQ 697 0 0
ACGCCGTTATCTGTGAACAGCTCGCTCTCCTCCACAACTCTCTCTCTTCTTTCCACCCTC
TCTCCTCAGGAATGAATCCAAACGGTGGTGGATACTTTGATCCGATGGTGGTGGCATCAT
CAAGCGCTCATCAGAGGATATCGACTCGGAACCGATGGACTCCGACGTCGACGCAGCTTC
AAATACTTGAGAGCATTTACGAGGAAAGAAGTGGAACACCGAACCGACGGAGGATCAGAG
AGATCGCAGCGGAACTGTCTGAACATGGACAGATCACGGAGACAAATGTTTACAACTGGT
TTCAGAACCGGAGGGCTCGGTCCAAAAGAAAGCAAACACCTCATACGACGACGACAGATA
CTGGTCCTGCTGAAGATGCGGCGGTGGTGACGACGGATGAGAAGAGGAGTTGTGGAGATT
CTGGGGGG*TTTGAGTCTTATGAGCATATACTCTTCCCCAGTCCTGACTTAGGGATTGAG
CATTTGTTGAGCAGAGGGGAGCTTTCTGGAGAGTTCAATTCGTATAGACTGTGACATAAA
AAAAAACAAAGAATGATGAAAGCCTCTAGTCTCCACTCTTTCTTTTCTTCATGTTTCTAC
AAGACCAAGCAATACATTTCGTTATGTTAATTAAAATGATATTATTATGTACTGATTATG
TATGTGTTTTGTGTGTCATTAACAAGTGTTTTGTAGC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

CO CL9113Contig1 966 2 6 U
GGGTCGTCATCAAATTAAAGTTGGTAGGGGCGGAGAATCTCACTCTCTCTTTGATTCAAT
CTCCTCGTCTGCACCAGAAGATTATTCTCTAAAGATGAGTAGTAGCGTGGTGGAGACGAC
GAGAGCAGAGCTGGGGCTGGTGGTAGTGTATTCGAACAAAGCGGAGGCGAGGGACAAGAT
ATGCAGAGCTATACAGTACGGATCCAAGTTCTTGAGTGATGGACAGCCTGGCACTGCTCA
GAACGTGGACAAGTCAACCAGCTTGGCCCGTAAAGTCTTCCGTCTCTTCAAGTTTGTGAA
TGACCTTCATGCCCTCATTAGCCCTCTTCCCAAAGGCACACCACTCCCTCTTGCTCTCCT
CGGAAAGTCCAAGAACGCATTGCTCTCTACCTTCTTGTTCCTTGATCAAATTGTGTGGCT
TGGCAGGACTGGCATTTACAAGAACAAAGAACGAGCTGAGCTTCTTGGGCGTATATCCCT
CTTCTGCTGGATGGGTTCTTCGGCTTGCACATCCTTAGTCGAGATTGGGGAGCTTGGTAG
GCTCTCAGCTTCAATTAAGAAGCTCGAAAAAGAGATTGGCAACAAGGATAAACACCAAAA
TGAGCAATACCGGGCCAAACTACAGAGATCAAACGAGAGGTCATTGGCTCTGATCAAAGC
CGGAATGGATTTCGTTGTTGCTTTCGGTTTGCTTCAATTGGCTCCCAAGAAAGTCACTCC
CCGTGTCACTGGCGCTTTTGGTTTCGCCTCCTCTCTTATCTCTTGTTATCAGTTATTGCC
ATCGCATCCCAAGTCCAAGACGGTTTAGGAAACAAGGAAAAGATGAAGTAGAGAGTCAGA
GTTTCTTGATGTTCCATAGTGTGTTCTTCTGCACTAACTTACTTTTTTGTTTGATTTGTC
TTTAATACTTGATTTTGTGCTAAAACGTTTCAGTCTGTTTGGAGAATAAAATTGGTAAAA
CGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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0 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3H206TF U 1
AF RR3H206JQ C 143
BS 1 660 RR3H206TF
BS 661 662 RR3H206JQ
BS 663 663 RR3H206TF
BS 664 664 RR3H206JQ
BS 665 682 RR3H206TF
BS 683 966 RR3H206JQ

RD RR3H206TF 682 0 0
GGGTCGTCATCAAATTAAAGTTGGTAGGGGCGGAGAATCTCACTCTCTCTTTGATTCAAT
CTCCTCGTCTGCACCAGAAGATTATTCTCTAAAGATGAGTAGTAGCGTGGTGGAGACGAC
GAGAGCAGAGCTGGGGCTGGTGGTAGTGTATTCGAACAAAGCGGAGGCGAGGGACAAGAT
ATGCAGAGCTATACAGTACGGATCCAAGTTCTTGAGTGATGGACAGCCTGGCACTGCTCA
GAACGTGGACAAGTCAACCAGCTTGGCCCGTAAAGTCTTCCGTCTCTTCAAGTTTGTGAA
TGACCTTCATGCCCTCATTAGCCCTCTTCCCAAAGGCACACCACTCCCTCTTGCTCTCCT
CGGAAAGTCCAAGAACGCATTGCTCTCTACCTTCTTGTTCCTTGATCAAATTGTGTGGCT
TGGCAGGACTGGCATTTACAAGAACAAAGAACGAGCTGAGCTTCTTGGGCGTATATCCCT
CTTCTGCTGGATGGGTTCTTCGGCTTGCACATCCTTAGTCGAGATTGGGGAGCTTGGTAG
GCTCTCAGCTTCAATTAAGAAGCTCGAAAAAGAGATTGGCAACAAGGATAAACACCAAAA
TGAGCAATACCGGGCCAAACTACAGAGATCAAACGAGAGGTCATTGGCTCTGATCAAAGC
**GGATGGATTTCGTTGTTGCT

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3H206JQ 824 0 0
GTAGTGTATTCGAACAAAGCGGAGGCGAGGGACAAGATATGCAGAGCTATACAGTACGGA
TCCAAGTTCTTGAGTGATGGACAGCCTGGCACTGCTCAGAACGTGGACAAGTCAACCAGC
TTGGCCCGTAAAGTCTTCCGTCTCTTCAAGTTTGTGAATGACCTTCATGCCCTCATTAGC
CCTCTTCCCAAAGGCACACCACTCCCTCTTGCTCTCCTCGGAAAGTCCAAGAACGCATTG
CTCTCTACCTTCTTGTTCCTTGATCAAATTGTGTGGCTTGGCAGGACTGGCATTTACAAG
AACAAAGAACGAGCTGAGCTTCTTGGGCGTATATCCCTCTTCTGCTGGATGGGTTCTTCG
GCTTGCACATCCTTAGTCGAGATTGGGGAGCTTGGTAGGCTCTCAGCTTCAATTAAGAAG
CTCGAAAAAGAGATTGGCAACAAGGATAAACACCAAAATGAGCAATACCGGGCCAAACTA
CAGAGATCAAACGAGAGGTCATTGGCTCTGATCAAAGCCGGAATGGATTTCGTTGTTGCT
TTCGGTTTGCTTCAATTGGCTCCCAAGAAAGTCACTCCCCGTGTCACTGGCGCTTTTGGT
TTCGCCTCCTCTCTTATCTCTTGTTATCAGTTATTGCCATCGCATCCCAAGTCCAAGACG
GTTTAGGAAACAAGGAAAAGATGAAGTAGAGAGTCAGAGTTTCTTGATGTTCCATAGTGT
GTTCTTCTGCACTAACTTACTTTTTTGTTTGATTTGTCTTTAATACTTGATTTTGTGCTA
AAACGTTTCAGTCTGTTTGGAGAATAAAATTGGTAAAACGTTTC

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

CO CL9114Contig1 850 2 2 U
GTCTCCGCCGTCTACACTCTCTCTCTCTCACTTATCATCATCAAACACACTCTCTGCTTC
ACAAGAAGAGCTTTCTGATTCGTCTCTATTGTTTCTGCTTCTGGTTGATACTTTTAGCTT
AAGCTCCAAGTGGATCAATATGTCAATGACGGAAGAAAGTAAGACGACGAAGCTCGAATC
GGGGGGAGACTCTTCGGATATCGAGAACGGGAACTGTAGCAGTAGCGGAAGTGGAAGTGG
AGGAGGAGATACTAAGAAGACGTGCGTTGATTGCGGAACGAACAAGACTCCTCTCTGGCG
TGGTGGCCCTGCTGGTCCTAAATCATCGTGCAATGCGTGTGGGATCAAGAGCAGGAAGAA
GAGGCAGGCAGCTCTTGGGATTAAACAAGAGGATAATAACAAGATGAAGAACAACAAAAG
TAACGATAGCTATCTCGCTCCCGACAATCAGACGGTCAAAAACGGAAAAGGCGATTCGGG
AAACGTCAAGAACAAGATCAAGACGGAGACTGAGGATTGTAATGAGAAGAAGAGTGTGAA
AAGGGGGAGTAGATTTTTGGATTTAGGATTTAAAGTGCCCGTGATGAAGAGATCGGTGGT
GGAGAAGAAGAGGGTATGGATGAAGCTGGGTGAAGAGGGACGAGCAGCAGTGCTTCTCAT
GGCTCTTTCTTGTGGTTGAGCTTTTTTTTCTTCTCAACTCCCTTTTTTTGGTCGGAATGG
TTTAGGAGAAGAGATTAGGGCAAATAATAAGTTAGTAAGGAAATGATGAATTTTTTATAT
GTGTAATCCTTGTCTGAAGGCTAAAAGCTAATGTTATGCTACTTACTAATTAATTAATCG
TTTTCACTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G343TF U 1
AF RR3G343JQ C 172
BS 1 706 RR3G343TF
BS 707 850 RR3G343JQ

RD RR3G343TF 706 0 0
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GGCTCTTTCTTGTGGTTGAGCTTTTTTTTCTTCTCAACTCCCTTTT

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3G343JQ 679 0 0
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TGGAAGTGGAGGAGGAGATACTAAGAAGACGTGCGTTGATTGCGGAACGAACAAGACTCC
TTTCTGGCGTGGTGGCCCTGCTGGTCCTAAATCATCGTGCAATGCGTGTGGGATCAAGAG
CAGGAAGAAGAGGCAGGCAGCTCTTGGGATTAAACAAGAGGATAATAACAAGATGAAGAA
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CGATTCGGGAAACGTCAAGAACAAGATCAAGACGGAGACTGAGGATTGTAATGAGAAGAA
GAGTGTGAAAAGGGGGAGTAGATTTTTGGATTTAGGATTTAAAGTGCCCGTGATGAAGAG
ATCGGTGGTGGAGAAGAAGAGGGTATGGATGAAGCTGGGTGAAGAGGGACGAGCAGCAGT
GCTTCTCATGGCTCTTTCTTGTGGTTGAGCTTTTTTTTCTTCTCAACTCCCTTTTTTTGG
TCGGAATGGTTTAGGAGAAGAGATTAGGGCAAATAATAAGTTAGTAAGGAAATGATGAAT
TTTTTATATGTGTAATCCTTGTCTGAAGGCTAAAAGCTAATGTTATGCTACTTACTAATT
AATTAATCGTTTTCACTCC

QA 1 679 1 679
DS 



AS 1 2

CO CL9115Contig1 698 2 5 U
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AGGGAGGAGAAGAGAGACTCTTTGGTATGGTTAACTGGTTGAAGATATCTGGTCATCATC
CTTGAACTCCCTTCGATCAAGGTATCGAGGTTGAACACCAGAGCCTTGACAAGTAGTGCA
AGTCAAGGAACCAACACCATCACAATTGATACAGCTAGAGACTTCCTTCTCTCCTCCACC
AAGCTCCACCGTCACGTTACCACTTCCCACACACAACCTGCATTTCTGAGCTCCAGTGCC
ATTGCAAGGAAAACAAGGTTGAGTATTCTCTCTCTTAGCGGCGTTATCGATCTGCGTCTC
GTAGAAGACAGGGATTCCGATTCCCAGCGCGACGCTCGCCACGCCAACTGAGATTGCGAT
TACCGTGTTCGTATCGACTTCTGATTTGATTCGCGGATAAGATGTCGTTGACGGCGAACG
GAGGTTCCTCGCGGAGAGTAAACGGGAAGAAGACGGAGTCACATTGATTGGACGGTGGAT
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GTGAAGAAGAAGAAGAAGCTACGCAGAACTTCGCGTCC


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G910JQ U 6
AF RR3G910TF C 1
BS 1 5 RR3G910TF
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BS 542 698 RR3G910TF

RD RR3G910JQ 536 0 0
GGTTGAAAGTCAAGTAAAGGAAGGAAGCTTACTCCTCCAATTGTTTACAAGGTCATGATT
TGGTGAACAAAAAAAAAA*TACAGTATTGTACAAATGTAGACACACAATGAAGAAAGGGA
GGAGAAGAGAGACTCTTTGGTATGGTTAACTGGTTGAAGATATCTGGTCATCATCCTTGA
ACTCCCTTCGATCAAGGTATCGAGGTTGAACACCAGAGCCTTGACAAGTAGTGCAAGTCA
AGGAACCAACACCATCACAATTGATACAGCTAGAGACTTCCTTCTCTCCTCCACCAAGCT
CCACCGTCACGTTACCACTTCCCACACACAACCTGCATTTCTGAGCTCCAGTGCCATTGC
AAGGAAAACAAGGTTGAGTATTCTCTCTCTTAGCGGCGTTATCGATCTGCGTCTCGTAGA
AGACAGGGATTCCGATTCCCAGCGCGACGCTCGCCACGCCAACTGAGATTGCGATTACCG
TGTTCGTATCGACTTCTGATTTGATTCGCGGATAAGATGTCGTTGACGGCGAACGG

QA 1 536 1 536
DS 

RD RR3G910TF 698 0 0
TTTTTGGTTGAAAGTCAAGTAAAGGAAGGAAGCTTACTCCTCCAATTGTTTACAAGGTCA
TGATTTGGTGAACAAAAAAAAAAATACAGTATTGTACAAATGTAGACACACAATGAAGAA
AGGGAGGAGAAGAGAGACTCTTTGGTATGGTTAACTGGTTGAAGATATCTGGTCATCATC
CTTGAACTCCCTTCGATCAAGGTATCGAGGTTGAACACCAGAGCCTTGACAAGTAGTGCA
AGTCAAGGAACCAACACCATCACAATTGATACAGCTAGAGACTTCCTTCTCTCCTCCACC
AAGCTCCACCGTCACGTTACCACTTCCCACACACAACCTGCATTTCTGAGCTCCAGTGCC
ATTGCAAGGAAAACAAGGTTGAGTATTCTCTCTCTTAGCGGCGTTATCGATCTGCGTCTC
GTAGAAGACAGGGATTCCGATTCCCAGCGCGACGCTCGCCACGCCAACTGAGATTGCGAT
TACCGTGTTCGTATCGACTTCTGATTTGATTCGCGGATAAGATGTCGTTGACGGCGAACG
GAGGTTCCTCGCGGAGAGTAAACGGGAAGAAGACGGAGTCACATTGATTGGACGGTGGAT
GAACGGAGATTGGAGACGAGGCGGAGACGGAGATGATGATACTGGCATTTTTACGATGGT
GTGAAGAAGAAGAAGAAGCTACGCAGAACTTCGCGTCC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL9116Contig1 966 2 2 U
GGGTTTCTGAGTTCTTGTAATAATCTTCCCCAAAAGTATTCAGAACAGAACCTTAAAACT
TTACCTTCCCCCTGCCTGCATCTCAACGATGGAATTCACTACCGCCGACATGGAAAAGGT
GTTTCTGTTCGACCACCTTCGCAAAGGATGTGAGGCTCAGTACGCTAAGGATCCTCTCGA
TTCCGATAATTTGCTAAAGTGGGCTGGTTCGTTGATTAAACTTGCTCAGTTCCAGACTGT
TCCCCAGGCGAAGGTGATGTTAAGTGATGCTATTTCCAAGTTGGAAGATGTATTGACATT
GAACCCAGGGAAGCATGAGGCGCTTTGGTGTCTTGGCAACGCGTACACTACCCAGGCTTT
TCTTTTTCCTGATGCCGATGTAGCCAAAGGTCACTTCGATAAAGCCGTTGAATATCTCCA
AAGAGCTGTAGATGAGGATCCAGGTAATGAGATATATCGCAAGGCCTTGGATGTTGCAAT
AAGGGGCCCGGAAATGCTAATGGAGCTGACACAGAGTGGAATGATGCAGCAGGCACTAGC
TGGAGGAGGAGGAGGAGGTCGCTCAGCTTCGTCAAATGCTAGCAGTGGTAAGAAGAAGAG
GAACAATGACTTCACTTACGATGTATGTGGTTGGATCATTCTAGTATGTGGGATTGTTGC
TTGGGTTGGCATGGCAAAAGCCCTTGGCCCTCCACCACCTCCTGCTAGATAAAATCCGTA
GTAGTGGTTTTAAGTGAAAGAGGGTAACGGTTTATTATGGTTTTGTTTTGCCGACCAGAT
CATGTACACCTATCAAATTGTTTTGTTTACTTAAACTATTAGGATGGTTATTGACTTTCG
GTAGTTGTATGCAAATGAGGGAGGGATACGTCAGTTACTATATGAAAGATAACTTATATG
CAGATGAATAGTTGGAAAATATAATTAGAGACGAGTGGATATATTTATTTTAGGTGGGAG
AAGTCG


BQ
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10 10 10 10 10 10 

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DS 

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TGTTTACTTAAACTATTAGGATGGTTATTGACTTTCGGTAGTTGTATGCAAATGAGGGAG
GGATACGTCAGTTACTATATGAAAGATAACTTATATGCAGATGAATAGTTGGAAAATATA
ATTAGAGACGAGTGGATATATTTATTTTAGGTGGGAGAAGTCG

QA 1 823 1 823
DS 



AS 1 2

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ATCCATGCTTTGTTGGCGAGAGGTCACGTGAAGGAGGCGTGTTCGTATTGTCTGGATATG
ATGGAGGTGGACTTGATGCCGCAGCCTGATACTTATGTGAAACTTATGAAAGGATTGAAT
AAACTGTACAATCGGACGATCGCTGCGGAGATAACAGAGAAGGTGATGAAGATGGCGAGT
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AAGTGGGGAGGTGAACGAAGCAGAGCTAAAGCATTTTGACAGTATTACCTCAAGTTTCAA
ACGCTGTTCATGTTTTATTTGCTTTGTTTCGTTACATTACTTGAGTTTTGTACTTGTTTT
GGTTTCTTTGCTAAGATATAAAGATGGTCAAGGT


BQ
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AF RR3CD15TF U 1
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AGAATATTACGAAACCACCACTCTAGGGTTCCGAAGCTGGAGCTTGCTCTCAACGAATCA
AGCATCGATCTGCTTATCTACAATGTAGTGATCAGATTGGCGTGTAAGTTAGGGGAAGTG
AAAGAAGCGGTTAGGTTATGGAATGAAATGGAAGCTACTAATGGTTTAAGCCCTGGAGCT
GATACCTTTGTTATTATGATCAACGGATTTACAAGCCAAGGTTGTCTCGTTGAAGCATGT
GATCACTTCAAAGAAATGGTAAGCCGAGGAATATTCTCTGCGCCTCAGTATGGAACGTTG
AAGACGCTGCTGAACACTCTTGTTCGAGATGATAAGGTGGAAATGGCGAAAGATGTGTGG
AGTTGCATATCGAACAAAAGCTCTTCTTGTGAGCTGAACGTAGCAGCTTGGACAATATGG
ATCCATGCTTTGTTGGCGAGAG*TCACGTGAAGGAG*CGTGTTCGTATTGTCTGGATATG
ATGGAG*TGGACTTGATGCCGCAGCCTGATACTTATGTGAA*CTTATGAAAG*ATTGAT*
*AACTGTACAATCGGACGATCGCTG

QA 1 805 1 805
DS 

RD RR3CD15JQ 851 0 0
CTCTAGGGTCG
AGCTGGAGCTTGCTCTCAACGA*TCAAGCATCGATCTGCTTATCTACAATGTAGTGATCA
GATTGGCGTGTAAGTTAGGGGAAGTGAAAGAAGCGGTTAGGTTATGGAATGAAATGGAAG
CTACTAATGGTTTAAGCCCTGGAGCTGATACCTTTGTTATTATGATCAACGGATTTACAA
GCCAAGGTTGTCTCGTTGAAGCATGTGATCACTTCAAAGAAATGGTAAGCCGAGGAATAT
TCTCTGCGCCTCAGTATGGAACGTTGAAGACGCTGCTGAACACTCTTGTTCGAGATGATA
AGGTGGAAATGGCGAAAGATGTGTGGAGTTGCATATCGAACAAAAGCTCTTCTTGTGAGC
TGAACGTAGCAGCTTGGACAATATGGATCCATGCTTTGTTGGCGAGAGGTCACGTGAAGG
AGGCGTGTTCGTATTGTCTGGATATGATGGAGGTGGACTTGATGCCGCAGCCTGATACTT
ATGTGAAACTTATGAAAGGATTGAATAAACTGTACAATCGGACGATCGCTGCGGAGATAA
CAGAGAAGGTGATGAAGATGGCGAGTGAGAGAGAGATGAGTTTTTAGATGTATAAGAGGA
GAGGTGAGGAGGATTTGATAGAGAAAGCTAAACCTAAAGGGAGTAAAGAAGGGAAGAAGA
AAGGAACAGGTGATCGTAATAAGCATAAGTGGGGAGGTGAACGAAGCAGAGCTAAAGCAT
TTTGACAGTATTACCTCAAGTTTCAAACGCTGTTCATGTTTTATTTGCTTTGTTTCGTTA
CATTACTTGAGTTTTGTACTTGTTTTGGTTTCTTTGCTAAGATATAAAGATGGTCAAGGT

QA 12 851 12 851
DS 



AS 1 2

CO CL9118Contig1 748 2 2 U
GGATTTCATATCTCCGCTTGGTTAACCAGCGACACATAGCAGAGAGAGGGTTCGAGTGTG
GGAGGGAGCCCTAAACTTTGGGTGTTCATTTCGGAACCAGGTAGGCAACTTAGAGGACCA
GATAACGTGTGGAAACTCTTTCATGGCATACGTAATGTTCCTCATCTGCACTTGTTTCCA
CACACTTTTGAGGTGCTTTCTATGTGCTCTGAATCGATGCCAGTGTTCAACAACCTCAAA
TCATTAGCTATTGAGAGTCACGGGTGTAAAGGATGGCAAGCAATGCCAGCTCTTCTAAGG
AACTGTCCACATTTAGAAACTCTGGTCCTTAAGGGTCTCCTGCACCATGTGACAGATAAG
TGTGGGGATGCTTGTGACTGCATTTCTCGGGAGGGCAAAGGACTTCCACTCAGACTTTGT
CCAGTGAAAGTGATGAAGATCCATGGGTTTCGAGGAACAATGGAAGAGATGGCATTGATT
AAGCATTTCTTGTACTATTTTCCATGTTTGAAGGAGATCGAGGTTCATGCTGAAGAGAAT
AATAATCCTACACAACTAAGAAGCCAACGTGTCATGGAGATGTTCGAACTCTACAACGAG
TTATCGAGTTGCAATGTCCAACTCTTCATATGAAGTTGCTGAAGAACAAAACCATCTCCT
AGTTTTTTTTTTTTATAACGTGTGTGTAACTTGCTTAAAAACTGTCTCAAATTTAACTGA
TCTCTGAAGACTGTAGTTTCTTCTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3AS20TF U 1
AF RR3AS20JQ C 212
BS 1 746 RR3AS20TF
BS 747 748 RR3AS20JQ

RD RR3AS20TF 746 0 0
GGATTTCATATCTCCGCTTGGTTAACCAGCGACACATAGCAGAGAGAGGGTTCGAGTGTG
GGAGGGAGCCCTAAACTTTGGGTGTTCATTTCGGAACCAGGTAGGCAACTTAGAGGACCA
GATAACGTGTGGAAACTCTTTCATGGCATACGTAATGTTCCTCATCTGCACTTGTTTCCA
CACACTTTTGAGGTGCTTTCTATGTGCTCTGAATCGATGCCAGTGTTCAACAACCTCAAA
TCATTAGCTATTGAGAGTCACGGGTGTAAAGGATGGCAAGCAATGCCAGCTCTTCTAAGG
AACTGTCCACATTTAGAAACTCTGGTCCTTAAGGGTCTCCTGCACCATGTGACAGATAAG
TGTGGGGATGCTTGTGACTGCATTTCTCGGGAGGGCAAAGGACTTCCACTCAGACTTTGT
CCAGTGAAAGTGATGAAGATCCATGGGTTTCGAGGAACAATGGAAGAGATGGCATTGATT
AAGCATTTCTTGTACTATTTTCCATGTTTGAAGGAGATCGAGGTTCATGCTGAAGAGAAT
AATAATCCTACACAACTAAGAAGCCAACGTGTCATGGAGATGTTCGAACTCTACAACGAG
TTATCGAGTTGCAATGTCCAACTCTTCATATGAAGTTGCTGAAGAACAAAACCATCTCCT
AGTTTTTTTTTTTTATAACGTGTGTGTAACTTGCTTAAAAACTGTCTCAAATTTAACTGA
TCTCTGAAGACTGTAGTTTCTTCTTC

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3AS20JQ 537 0 0
AATCGATGCCAGTGTTCAACAACCTCAAATCATTAGCTATTGAGAGTCACGGGTGTAAAG
GATGGCAAGCAATGCCAGCTCTTTTAAGGAACTGTCCACATTTAGAAACTCTGGTCCTTA
AGGGTCTCCTGCACCATGTGACAGATAAGTGTGGGGATGCTTGTGACTGCATTTCTCGGG
AGGGCAAAGGACTTCCACTCAGACTTTGTCCAGTGAAAGTGATGAAGATCCATGGGTTTC
GAGGAACAATGGAAGAGATGGCATTGATTAAGCATTTCTTGTACTATTTTCCATGTTTGA
AGGAGATCGAGGTTCATGCTGAAGAGAATAATAATCCTACACAACTAAGAAGCCAACGTG
TCATGGAGATGTTCGAACTCTACAACGAGTTATCGAGTTGCAATGTCCAACTCTTCATAT
GAAGTTGCTGAAGAACAAAACCATCTCCTAGTTTTTTTTTTTTATAACGTGTGTGTAACT
TGCTTAAAAACTGTCTCAAATTTAACTGATCTCTGAAGACTGTAGTTTCTTCTTCTC

QA 1 537 1 537
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9120Contig1 961 2 4 U
GCTTGCTAGCTCCAGGTGTGAACATTCTCGCGGCTTGGTCTGGAGACATGGCGCCGTCGA
GTCTGTCGTCTGACAAAAGGAGGGTTAAGTTCAATATACTGTCGGGAACTTCCATGTCGT
GTCCTCACGTGAGCGGTGTGGCTGCTTTGATCAGATCAAGGCATCCGGATTGGAGTCCCG
CAGCGGTGAAATCAGCTCTCATGACGACGGCTTACGTTCACGACAACATGCTGAAGCCTC
TTACGGATGCAGCGGGAGAAGAACCTTCGTCGCCTTATGATCACGGTGCTGGACATATAG
ATCCTTTGAAAGCTATAGATCCTGGTCTTGTCTACGACATTGGACCTCAGGAGTATTTTG
ATTTCCTCTGCACTCAAGAGTTGAGTCCTTCGCAGCTCAAGGTCTTCACAAAGCATTCGA
ACAGATCTTGCAAACACAGTCTTGCCGGTAATAACCCTGGAAACTTGAACTACCCTGCGA
TTTCAGCTTTGTTCCCAGAAAACACACATGTTAAAGCTATGACACTTAGAAGAACCGTGA
CCAACGTTGGTCCTCACGTTTCGAGCTACAAGGTCTCTGTCTCTCCTTTCAAAGGCGCAA
CCGTCATAGTCCAGCCAAAGACACTCAATTTCACTGCGAAACACCAGAAGCTTTCCTACA
GTGTTACTTTCAGGACGAAGTTGCGGATGAAGAGGTCTGAGTTTGGTGGTCTTTTATGGA
AGAGTGCGACGCATAAGGTTCGTAGCCCGGTTATAATCACATGGCTGCCTCCTCTGTAGA
GAGGAACAAACCGTTATTGAAGAAACTCTAATGTTTTAGTTTCAACAAATAAGATTTCTT
TATGTAAGGAGGGAGAGATGAGCTCTTCTCTAGAAGCAATGCTTTCAAAAACATTTTCAG
TAGTTTTTAGTTCATGTTCTTGCAGAAGCTACCTTTTAAAATAAAATACCGTGTTTTCAC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3A285TF U 1
AF RR3A285JQ C 198
BS 1 673 RR3A285TF
BS 674 674 RR3A285JQ
BS 675 733 RR3A285TF
BS 734 961 RR3A285JQ

RD RR3A285TF 733 0 0
GCTTGCTAGCTCCAGGTGTGAACATTCTCGCGGCTTGGTCTGGAGACATGGCGCCGTCGA
GTCTGTCGTCTGACAAAAGGAGGGTTAAGTTCAATATACTGTCGGGAACTTCCATGTCGT
GTCCTCACGTGAGCGGTGTGGCTGCTTTGATCAGATCAAGGCATCCGGATTGGAGTCCCG
CAGCGGTGAAATCAGCTCTCATGACGACGGCTTACGTTCACGACAACATGCTGAAGCCTC
TTACGGATGCAGCGGGAGAAGAACCTTCGTCGCCTTATGATCACGGTGCTGGACATATAG
ATCCTTTGAAAGCTATAGATCCTGGTCTTGTCTACGACATTGGACCTCAGGAGTATTTTG
ATTTCCTCTGCACTCAAGAGTTGAGTCCTTCGCAGCTCAAGGTCTTCACAAAGCATTCGA
ACAGATCTTGCAAACACAGTCTTGCCGGTAATAACCCTGGAAACTTGAACTACCCTGCGA
TTTCAGCTTTGTTCCCAGAAAACACACATGTTAAAGCTATGACACTTAGAAGAACCGTGA
CCAACGTTGGTCCTCACGTTTCGAGCTACAAGGTCTCTGTCTCTCCTTTCAAAGGCGCAA
CCGTCATAGTCCAGCCAAAGACACTCAATTTCACTGCGAAACACCAGAAGCTTTCCTACA
GTGTTACTTTCAG*ACGAAGTTGCGGATGAAGAGGTCTGAGTTTGGTGGTCTTTTATGGA
AGAGTGCGACGCA

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3A285JQ 764 0 0
CTCATGACGACGGCTTACGTTCACGACAACATGCTGAAGCCTCTTACGGATGCAGCGGGA
GAAGAACCTTCGTCGCCTTATGATCACGGTGCTGGACATATAGATCCTTTGAAAGCTATA
GATCCTGGTCTTGTCTACGACATTGGACCTCAGGAGTATTTTGATTTCCTCTGCACTCAA
GAGTTGAGTCCTTCGCAGCTCAAGGTCTTCACAAAGCATTCGAACAGATCTTGCAAACAC
AGTCTTGCCGGTAATAACCCTGGAAACTTGAACTACCCTGCGATTTCAGCTTTGTTCCCA
GAAAACACACATGTTAAAGCTATGACACTTAGAAGAACCGTGACCAACGTTGGTCCTCAC
GTTTCGAGCTACAAGGTCTCTGTCTCTCCTTTCAAAGGCGCAACCGTCATAGTCCAGCCA
AAGACACTCAATTTCACTGCGAAACACCAGAAGCTTTCCTACAGTGTTACTTTCAGGACG
AAGTTGCGGATGAAGAGGTCTGAGTTTGGTGGTCTTTTATGGAAGAGTGCGACGCATAAG
GTTCGTAGCCCGGTTATAATCACATGGCTGCCTCCTCTGTAGAGAGGAACAAACCGTTAT
TGAAGAAACTCTAATGTTTTAGTTTCAACAAATAAGATTTCTTTATGTAAGGAGGGAGAG
ATGAGCTCTTCTCTAGAAGCAATGCTTTCAAAAACATTTTCAGTAGTTTTTAGTTCATGT
TCTTGCAGAAGCTACCTTTTAAAATAAAATACCGTGTTTTCACC

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL9121Contig1 1010 2 2 U
GGAGAACGAATATTACATATACAAAGTTCTCATCCCCTTTCTCTCTCCTCTGCTCTCTCA
AAAATGGTAGCCTCAACGTCCAGCGGCGCGTCCGAGCACGTGCCGGCACCGGTGACTCCT
ATTAGGGAATCCTAGTATAACTAGGATTACCTACAGATAAGTTCTATTGTTGATATACTT
TGAGTTTTACAGATAAACTCTGGTCATTGTTCTGTATATATATAGTTGTACAACATTCTA
TTGAATACAAGTTTATAGTTTACATTATCATATCATCATTATAACTCCCATTTTTTCGTT
TCGGTCTTGTCCTCTTGTCGTGTGTGTTGATCTCTGGTCTCTCCAAAATGCTTGCAGATC
TGGGTTGGAAATTTTATTCCGGGAAGGACTCTGCTCGAGAGGAGTTTTGTATGGCGGCGA
CTCTTCTTTTTCTGGATTCACGGTGAGAATGTAGGATGGTGGTTCGCAGCGGCAGTCGGC
TTTTGGGTCCAGGTAGTAGATTGATTTTCAACTCTTATTCTCTTCCGGATTTCATCGTAA
GTGTGTGTGGGAACAAAGGTTTGGACCTCTCTTATGGGTCGACGGTGGTCTGTGGGTCCT
TTTTATGGCTCAGGCGGGTATGGTGAATAGCCTCTTGGCGTTTTGCGGTGTCGTCAATTC
CGGCTTCTACTTCTCTGTAGTCACGAGTGCTCCGGTGGGTCTCTCTACCATGGTGACAAG
TCGTGAGTTGGTTACGCAGGCGGTGATGGTGACTGGCTCAGTCTCGATTCATGTGGTCGC
AGCGAGTTGGTTCGACTGGCATCGTCTATGGCTTCTTGGTAGGCCATTCACAGTGACTCC
TCCGTACAAAGTTCACTACTCAGCTTCCTTGCCTGCTCCTTCCGAGTTCAAGGTGGCGGC
TTTTGTTTCGGAGTTTCTCCTCGGTTTAAGATTTGTTTTGCCTCCATTGACACATGTTGC
ATTCTTTGACAGCACAATCTATGTTTCTTTGGTTCTCAAAGGCATCAAAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BF30TF U 1
AF RR3BF30JQ C 205
BS 1 735 RR3BF30TF
BS 736 1010 RR3BF30JQ

RD RR3BF30TF 735 0 0
GGAGAACGAATATTACATATACAAAGTTCTCATCCCCTTTCTCTCTCCTCTGCTCTCTCA
AAAATGGTAGCCTCAACGTCCAGCGGCGCGTCCGAGCACGTGCCGGCACCGGTGACTCCT
ATTAGGGAATCCTAGTATAACTAGGATTACCTACAGATAAGTTCTATTGTTGATATACTT
TGAGTTTTACAGATAAACTCTGGTCATTGTTCTGTATATATATAGTTGTACAACATTCTA
TTGAATACAAGTTTATAGTTTACATTATCATATCATCATTATAACTCCCATTTTTTCGTT
TCGGTCTTGTCCTCTTGTCGTGTGTGTTGATCTCTGGTCTCTCCAAAATGCTTGCAGATC
TGGGTTGGAAATTTTATTCCGGGAAGGACTCTGCTCGAGAGGAGTTTTGTATGGCGGCGA
CTCTTCTTTTTCTGGATTCACGGTGAGAATGTAGGATGGTGGTTCGCAGCGGCAGTCGGC
TTTTGGGTCCAGGTAGTAGATTGATTTTCAACTCTTATTCTCTTCCGGATTTCATCGTAA
GTGTGTGTGGGAACAAAGGTTTGGACCTCTCTTATGGGTCGACGGTGGTCTGTGGGTCCT
TTTTATGGCTCAGGCGGGTATGGTGAATAGCCTCTTGGCGTTTTGCGGTGTCGTCAATTC
CGGCTTCTACTTCTCTGTAGTCACGAGTGCTCCGGTGGGTCTCTCTACCATGGTGACAAG
TCGTGAGTTGGTTAC

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3BF30JQ 806 0 0
CATTGTTCTGTATATATATAGTTGTACAACATTCTATTGAATACAAGTTTATAGTTTACA
TTATCATATCATCATTATAACTCCCATTTTTTCGTTTCGGTCTTGTCCTCTTGTCGTGTG
TGTTGATCTCTGGTCTCTCCAAAATGCTTGCAGATCTGGGTTGGAAATTTTATTCCGGGA
AGGACTCTGCTCGAGAGGAGTTTTGTATGGCGGCGACTCTTCTTTTTCTGGATTCACGGT
GAGAATGTAGGATGGTGGTTCGCAGCGGCAGTCGGCTTTTGGGTCCAGGTAGTAGATTGA
TTTTCAACTCTTATTCTCTTCCGGATTTCATCGTAAGTGTGTGTGGGAACAAAGGTTTGG
ACCTCTCTTATGGGTCGACGGTGGTCTGTGGGTCCTTTTTATGGCTCAGGCGGGTATGGT
GAATAGCCTCTTGGCGTTTTGCGGTGTCGTCAATTCCGGCTTCTACTTCTCTGTAGTCAC
GAGTGCTCCGGTGGGTCTCTCTACCATGGTGACAAGTCGTGAGTTGGTTACGCAGGCGGT
GATGGTGACTGGCTCAGTCTCGATTCATGTGGTCGCAGCGAGTTGGTTCGACTGGCATCG
TCTATGGCTTCTTGGTAGGCCATTCACAGTGACTCCTCCGTACAAAGTTCACTACTCAGC
TTCCTTGCCTGCTCCTTCCGAGTTCAAGGTGGCGGCTTTTGTTTCGGAGTTTCTCCTCGG
TTTAAGATTTGTTTTGCCTCCATTGACACATGTTGCATTCTTTGACAGCACAATCTATGT
TTCTTTGGTTCTCAAAGGCATCAAAC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL9122Contig1 713 2 4 U
GGCTGTCACCCACACAAAAGCAACAATTAATCTATAATGGCGGAAACGCTCTCTAACGGC
GAGTCTCAATACTGGCCCACCTACGGTACCAACAACACCGAAAGAAACAGTCCTTACGCC
TCTCTTCTCCACCTTTTCCGATCTCATTCACCAACATCCTCACATCTCTTTGGTTTCCTC
GCTCTCTTCATATCCTGTGGGCTCCTCACCTTCCTCCTAGGTGTAACCGTGACAGCCACC
GCGTTCGGCTTCATTGCGTTTCTTCCGTTGATAATCATCTCGGGTCCGATCTGGCTTCCG
GGTTTTGTCCTTGTTGGCGGCTGCTTTACTGTCGCCGGATTTCTTGTTGGAGCCGTGGCT
GTCGTATCGTGGACGTACCGTTATTTCCGGGGAATGCACCCGGCTGGATCGGATCAAATG
GATTACGCACGTGGTCGGATCTATGACACAGCCTCGCACGTTAAAGATTACGCTAGAGAG
TACGGTGGATACTTCCACGGTAGGGCCAAAGATGCAGCCCCTGGTGCTTAACCTGAACCG
GTCCGTATTGTCTCATTGAGGGTAAGATCAGAGCCCGGTCACGCTATTGGAAACAAATAT
ATTTACAAATTATCTTAAGCTTTTCATAAATTGTACGAACAAAAAGTTTTGTTTTAAAAA
CCATAGTTTTATGATATATTTTTTACTTAAATTATAATAAAATAAGATTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F855TF U 1
AF RR3F855JQ C 299
BS 1 659 RR3F855TF
BS 660 660 RR3F855JQ
BS 661 701 RR3F855TF
BS 702 713 RR3F855JQ

RD RR3F855TF 711 0 0
GGCTGTCACCCACACAAAAGCAACAATTAATCTATAATGGCGGAAACGCTCTCTAACGGC
GAGTCTCAATACTGGCCCACCTACGGTACCAACAACACCGAAAGAAACAGTCCTTACGCC
TCTCTTCTCCACCTTTTCCGATCTCATTCACCAACATCCTCACATCTCTTTGGTTTCCTC
GCTCTCTTCATATCCTGTGGGCTCCTCACCTTCCTCCTAGGTGTAACCGTGACAGCCACC
GCGTTCGGCTTCATTGCGTTTCTTCCGTTGATAATCATCTCGGGTCCGATCTGGCTTCCG
GGTTTTGTCCTTGTTGGCGGCTGCTTTACTGTCGCCGGATTTCTTGTTGGAGCCGTGGCT
GTCGTATCGTGGACGTACCGTTATTTCCGGGGAATGCACCCGGCTGGATCGGATCAAATG
GATTACGCACGTGGTCGGATCTATGACACAGCCTCGCACGTTAAAGATTACGCTAGAGAG
TACGGTGGATACTTCCACGGTAGGGCCAAAGATGCAGCCCCTGGTGCTTAACCTGAACCG
GTCCGTATTGTCTCATTGAGGGTAAGATCAGAGCCCGGTCACGCTATTGGAAACAAATAT
ATTTACAAATTATCTTAAGCTTTTCATAAATTGTACGAACAAAAAGTTTTGTTTTAAAA*
CCATAGTTTTATGATATATTTTTTACTTAAATTATAATAAA
TAAGATCACC

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3F855JQ 415 0 0
CGGGTTTTGTCCTTGTTGGCGGCTGCTTTACTGTCGCCGGATTTCTTGTTGGAGCCGTGG
CTGTCGTATCGTGGACGTACCGTTATTTCCGGGGAATGCACCCGGCTGGATCGGATCAAA
TGGATTACGCACGTGGTCGGATCTATGACACAGCCTCGCACGTTAAAGATTACGCTAGAG
AGTACGGTGGATACTTCCACGGTAGGGCCAAAGATGCAGCCCCTGGTGCTTAACCTGAAC
CGGTCCGTATTGTCTCATTGAGGGTAAGATCAGAGCCCGGTCACGCTATTGGAAACAAAT
ATATTTACAAATTATCTTAAGCTTTTCATAAATTGTACGAACAAAAAGTTTTGTTTTAAA
AACCATAGTTTTATGATATATTTTTTACTTAAATTATAATAAAATAAGATTCACC

QA 1 415 1 415
DS 



AS 1 2

CO CL9123Contig1 745 2 4 U
GGAACCATTAAACAAACAAGAATCTCAAAAGTTACAATTCTTTTATTGCTAATCTCCACC
AGTTCACCTTAATCTACTTTCTAATATATATTTAGATAAGTTTACTTATCAATCAATCAG
AGGATCTCAAACCTCAAGATCCGAAAATGAAGAAACTTTTTTTTCGTCTCGGCTCCTTAC
CATTTTGAACCTTTGCGGCGGCGTTTTTGAGGAAACCCAAGACCGAGCCGTCCTGTTCAG
AGGAAGCCACCGATTTAAACTGCTGCGGCGGAGGAAGAACCGGGGGTTGAACGATAGCCT
TCTGAGACATGGCGGCAGGAGAGTTAGGTGGTTTTGGAGTCGCCGGAGGAGTCATGAAGA
CAGTGTAAGGCCCGATCTTTCCGATGACAGGCGGAGGTGTTGATGGATCTTTGTTGATTG
GCATCTTGAGGTGAGATTGAGAGAAGATGGAAGTAAATTATGCAGACAAGAATCTGAGAA
CTGTACTAGCTAGTTGTGCAAGATGCAGACAGTGAGACTTGTTCTGTCTAGAGAGTGAGT
TTTTGGTTCGGTCTATATCCGTGCTTCCAGTATAAATGTACTTTTCAGTTCTTCTCACAC
TTACCAAAGAGTCAAAGACCAAAAAAAGTCTTTTTCTTCTAAAACTGAATGCTTTTGTTT
TCTTTCAACTCTTTTTTTTGTGCACTTCCTTTTAATACTCAGATAATCAGATTAAACCAG
GAGTTTAAGGATCTTTTTTTCAGTC


BQ
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AF RR3E269TF U 1
AF RR3E269JQ C 1
BS 1 678 RR3E269TF
BS 679 679 RR3E269JQ
BS 680 705 RR3E269TF
BS 706 745 RR3E269JQ

RD RR3E269TF 714 0 0
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AGTTCACCTTAATCTACTTTCTAATATATATTTAGATAAGTTTACTTATCAATCAATCAG
AGGATCTCAAACCTCAAGATCCGAAAATGAAGAAACTTTTTTTTCGTCTCGGCTCCTTAC
CATTTTGAACCTTTGCGGCGGCGTTTTTGAGGAAACCCAAGACCGAGCCGTCCTGTTCAG
AGGAAGCCACCGATTTAAACTGCTGCGGCGGAGGAAGAACCGGGGGTTGAACGATAGCCT
TCTGAGACATGGCGGCAGGAGAGTTAGGTGGTTTTGGAGTCGCCGGAGGAGTCATGAAGA
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GCATCTTGAGGTGAGATTGAGAGAAGATGGAAGTAAATTATGCAGACAAGAATCTGAGAA
CTGTACTAGCTAGTTGTGCAAGATGCAGACAGTGAGACTTGTTCTGTCTAGAGAGTGAGT
TTTTGGTTCGGTCTATATCCGTGCTTCCAGTATAAATGTACTTTTCAGTTCTTCTCACAC
TTACCAAAGAGTCAAAGACCAAAAAAAGTCTTTTTCTTCTAAAACTGAATGCTTTTGTTT
TCTTTCAACTCTTTTTTT*GTGCACTTCCTTTTAATACTCAGATA
TCAGATAAA

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3E269JQ 745 0 0
GGAACCATTAAACAAACAAGAATCTCAAAAGTTACAATTCTTTTATTGCTAATCTCCACC
AGTTCACCTTAATCTACTTTCTAATATATATTTAGATAAGTTTACTTATCAATCAATCAG
AGGATCTCAAACCTCAAGATCCGAAAATGAAGAAACTTTTTTTTCGTCTCGGCTCCTTAC
CATTTTGAACCTTTGCGGCGGCGTTTTTGAGGAAACCCAAGACCGAGCCGTCCTGTTCAG
AGGAAGCCACCGATTTAAACTGCTGCGGCGGAGGAAGAACCGGGGGTTGAACGATAGCCT
TTTGAGACATGGCGGCAGGAGAGTTAGGTGGTTTTGGAGTCGCCGGAGGAGTCATGAAGA
CAGTGTAAGGCCCGATCTTTCCGATGACAGGCGGAGGTGTTGATGGATCTTTGTTGATTG
GCATCTTGAGGTGAGATTGAGAGAAGATGGAAGTAAATTATGCAGACAAGAATCTGAGAA
CTGTACTAGCTAGTTGTGCAAGATGCAGACAGTGAGACTTGTTCTGTCTAGAGAGTGAGT
TTTTGGTTCGGTCTATATCCGTGCTTCCAGTATAAATGTACTTTTCAGTTCTTCTCACAC
TTACCAAAGAGTCAAAGACCAAAAAAAGTCTTTTTCTTCTAAAACTGAATGCTTTTGTTT
TCTTTCAACTCTTTTTTTTGTGCACTTCCTTTTAATACTCAGATAATCAGATTAAACCAG
GAGTTTAAGGATCTTTTTTTCAGTC

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

CO CL9124Contig1 914 2 2 U
GGATCTTAAAAAAAGAATTATCATCGCCTCCTCCCTATCTCTCCTCCCTCTCTTTCTTGG
TCTTCTTCTCCAGCGAGAAATCAGACCCAAACATGTCTAAAGTTACCACGGAGCTCGACT
TCTTTGGTCTTGAGAAGAAGCAGACCAACAACGCTCCAAAGCCTAAGTTCAAGAAATTTC
TTGACCGCCGTCGTAGTTTCCGAGAAATTCAAGGTGCGATTTCGAGAATGGACCCAGAGA
TTATCAAATCGCTGCTGGCTTCTGGTGCTAACCCTTCCGATACATCCACTAGATCTCCTT
CAGTTCCATATACTCCAAAGGAAGATCATCCTCATATCCCGATTTCTCCAGTCAACGCGC
CGCGCACTAGGCCCGGTATAGAACCTGTCTGTGGAACTGCTCCTATGACCATATTCTACA
ATGGGACCGTCTCCGTTTTCCAAGTGTCTCCTAACAAAGCTGAGGATATTATGAAGTTGG
CCATGGAAACATCGCCAAAGAAAGACAAGTCTATGGAGAAAGATCTCTCGGTAATTCCTC
GGATCAACTTAAGAACAAAGCTCTTTGGCCAGAATCTAGATGGAGATCTTCCCATTGCAA
GGAGGAAGTCACTGCAAAGGTTTCTTGAGAAGCGCAAGGAGAGAGTAGTATCAACATCTC
CTTACTTTCCGACATCTGCCTAAACAGAGCCATTATCTCTTTTTTTATTGGGACACGAAA
CCAAATGGTCTTGTCACCCATCTAAGACATCGATGCTCGTTTTGCGTTTGGCTTCTCCTC
AATCTTTTGGAATCCCCTATCTTTTGCAGATTAGTATGGCTATATAATAGTAAATGTTTG
CTATTTTCTTAAATGTTTATGATTTCTAATGTACATTGACGCTATGCGCTATGGTATAAG
TATATTTCTTATAT


BQ
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AF RR3FV49TF U 1
AF RR3FV49JQ C 150
BS 1 741 RR3FV49TF
BS 742 914 RR3FV49JQ

RD RR3FV49TF 741 0 0
GGATCTTAAAAAAAGAATTATCATCGCCTCCTCCCTATCTCTCCTCCCTCTCTTTCTTGG
TCTTCTTCTCCAGCGAGAAATCAGACCCAAACATGTCTAAAGTTACCACGGAGCTCGACT
TCTTTGGTCTTGAGAAGAAGCAGACCAACAACGCTCCAAAGCCTAAGTTCAAGAAATTTC
TTGACCGCCGTCGTAGTTTCCGAGAAATTCAAGGTGCGATTTCGAGAATGGACCCAGAGA
TTATCAAATCGCTGCTGGCTTCTGGTGCTAACCCTTCCGATACATCCACTAGATCTCCTT
CAGTTCCATATACTCCAAAGGAAGATCATCCTCATATCCCGATTTCTCCAGTCAACGCGC
CGCGCACTAGGCCCGGTATAGAACCTGTCTGTGGAACTGCTCCTATGACCATATTCTACA
ATGGGACCGTCTCCGTTTTCCAAGTGTCTCCTAACAAAGCTGAGGATATTATGAAGTTGG
CCATGGAAACATCGCCAAAGAAAGACAAGTCTATGGAGAAAGATCTCTCGGTAATTCCTC
GGATCAACTTAAGAACAAAGCTCTTTGGCCAGAATCTAGATGGAGATCTTCCCATTGCAA
GGAGGAAGTCACTGCAAAGGTTTCTTGAGAAGCGCAAGGAGAGAGTAGTATCAACATCTC
CTTACTTTCCGACATCTGCCTAAACAGAGCCATTATCTCTTTTTTTATTGGGACACGAAA
CCAAATGGTCTTGTCACCCAT

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3FV49JQ 765 0 0
AACGCTCCAAAGC*TAAGTTCAAGAAATTTCTTGACCGCCGTCGTAGTTTCCGAGAAATT
CAAGGTGCGATTTCGAGAATGGACCCAGAGATTATCAAATCGCTGCTGGCTTCTGGTGCT
AACCCTTCCGATACATCCACTAGATCTCCTTCAGTTCCATATACTCCAAAGGAAGATCAT
CCTCATATCCCGATTTCTCCAGTCAACGCGCCGCGCACTAGGCCCGGTATAGAACCTGTC
TGTGGAACTGCTCCTATGACCATATTCTACAATGGGACCGTCTCCGTTTTCCAAGTGTCT
CCTAACAAAGCTGAGGATATTATGAAGTTGGCCATGGAAACATCGCCAAAGAAAGACAAG
TCTATGGAGAAAGATCTCTCGGTAATTCCTCGGATCAACTTAAGAACAAAGCTCTTTGGC
CAGAATCTAGATGGAGATCTTCCCATTGCAAGGAGGAAGTCACTGCAAAGGTTTCTTGAG
AAGCGCAAGGAGAGAGTAGTATCAACATCTCCTTACTTTCCGACATCTGCCTAAACAGAG
CCATTATCTCTTTTTTTATTGGGACACGAAACCAAATGGTCTTGTCACCCATCTAAGACA
TCGATGCTCGTTTTGCGTTTGGCTTCTCCTCAATCTTTTGGAATCCCCTATCTTTTGCAG
ATTAGTATGGCTATATAATAGTAAATGTTTGCTATTTTCTTAAATGTTTATGATTTCTAA
TGTACATTGACGCTATGCGCTATGGTATAAGTATATTTCTTATAT

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL9125Contig1 1362 2 2 U
GGTACACTTGTCGTCGCTCTGTTGAGTGTCGTTTGCTTAAGGGATAAATTCGCGTTCGCG
AACCGTAGATCCATCCAGGAGGTGGAATCTGGAAACGTCCGAGGAACTTTGAAGCCAAAT
CGAGAATTTGATTGAGCTATGAATCCTAGAAGGTTAGATTCCATTCGATTTGATGATCTC
GCGAGTCTGATTGATCATATATGATTTCATTTGTAGATTAGTGTTCTTCATCTTACGAAT
CTGAAGAAGCAGAGAATATACAGGTGTAGGACTGTTGATCGATTCCAGTTCGTCTAGTTT
AGAATTCGCTTTAGAATATTCAAAATCTGAATCTGGAATTGGCTGAATCGGAGCTGTGTT
TGGTGATTCCTCAAAACGTAGATCCAGGTTTTATCTGGAAAATCTGAGGAAACCTTGAGC
TAGATCGATAATTCGATTGATTGATGAATCCTATAAGGTTTAGATCCATTCGATTTGATG
ATCTATCGAGTCTGATGATGTATGCTTTCACTTAGCTCCGTGATTCGTATATTAGGGTTC
ATAGTGAGGATCTGAAGCAGCAGTGAATATTACTCGGTAGATCAGTCCCAGTTCCTCTTC
TAGTTATTCACTTCTAATATTCTCAAAATCTGAATCTGGAATTGGCTGCTGTAAGTGGTG
TTCCATGAACACACATAGCCTTACCATGTGGTGGTTTGCATAAGCTTTTCTCTTTAGATA
TTAGTTGCTATGGGTTATGTATTCGTCCATCTGGTGGAAGATTAGTCTAAATTTTGTTTT
TTTTTTTCGCAGGGAGCCTCGTGGTGGAAGAAGTTCTCTCTTTGATGGAATCGAAGAGGG
AGGAATCAGAGCTGCTTCTTCTTACTCTCATGAAATCAATGAGCATGAGAATGAGCGTGC
CTTGGAAGGATTACAAGACAGAGTCGTTCTCTTAAAACGACTTTCTGGCGATATCAACGA
AGAGGTGGATACTCATAACCGCATGCTTGACAGAATGGTATATTTCCCCCAACTTTTCTT
CCTACTTTTGGCTCAGAGAGATACCGTTGTTACTGAACATTTTGCAAGGTTTCTAATAAT
ATTTGTAGGGTAATGATATGGATTCATCAAGGGGAATTCTCTCAGGAACCATGGACCGGT
TTAAAACTGTTTTTGAGACCAAATCAAGCAGAAGAATGCTGACACTCGTCGCAGCATTCG
TGGGTTTATTTCTAGTCATTTACTATCTTACCCGTTGAAATTGGCAAAACCAGAGTACTC
TGAAACAATCCATCCATATCATATTTTCATGCTCTCTGTTGGCTCCTTCAATCTCTGTCA
GTGTAATGAATGAATGTGATATGCACCTAGTGTTACAGCGTG


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AF RR3D577TF U 1
AF RR3D577JQ C 629
BS 1 749 RR3D577TF
BS 750 1362 RR3D577JQ

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CTGAAGAAGCAGAGAATATACAGGTGTAGGACTGTTGATCGATTCCAGTTCGTCTAGTTT
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TGGTGATTCCTCAAAACGTAGATCCAGGTTTTATCTGGAAAATCTGAGGAAACCTTGAGC
TAGATCGATAATTCGATTGATTGATGAATCCTATAAGGTTTAGATCCATTCGATTTGATG
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ATAGTGAGGATCTGAAGCAGCAGTGAATATTACTCGGTAGATCAGTCCCAGTTCCTCTTC
TAGTTATTCACTTCTAATATTCTCAAAATCTGAATCTGGAATTGGCTGCTGTAAGTGGTG
TTCCATGAACACACATAGCCTTACCATGTGGTGGTTTGCATAAGCTTTTCTCTTTAGATA
TTAGTTGCTATGGGTTATGTATTCGTCCA

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DS 

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ATCTGGTGGAAGATTAGTCTAAATTTTGTTTTTTTTTTTCGCAGGGAGCCTCGTGGTGGA
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CTCTTAAAACGACTTTCTGGCGATATCAACGAAGAGGTGGATACTCATAACCGCATGCTT
GACAGAATGGTATATTTCCCCCAACTTTTCTTCCTACTTTTGGCTCAGAGAGATACCGTT
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AAGGGGAATTCTCTCAGGAACCATGGACCGGTTTAAAACTGTTTTTGAGACCAAATCAAG
CAGAAGAATGCTGACACTCGTCGCAGCATTCGTGGGTTTATTTCTAGTCATTTACTATCT
TACCCGTTGAAATTGGCAAAACCAGAGTACTCTGAAACAATCCATCCATATCATATTTTC
ATGCTCTCTGTTGGCTCCTTCAATCTCTGTCAGTGTAATGAATGAATGTGATATGCACCT
AGTGTTACAGCGTG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

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TCTCGCAGGATTGACGGTGGCACCACTTGTTGTGAATGTGAACCCGAACTTGAATGTTGT
TCTTACGGCATGTCTTACTGTTTACGTCGGTTGCTTTCGTTCCGTCAAGGATTCTCCTCC
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TCTCTCTCTTTTCTTGTTGTTCAAGTTTCTCTCCAAGGACTTGGTCAATGCTGTGCTCAC
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ATCTTTGGAGGTAGAGTTCACAAAGTCCCAAGTTGTTGCGGGAATCCCTGGAACCTTCTT
CTGCGCGTGGTATGCTCGGAAGAAACATTGGCTGGCTAACAATATCCTTGGCCTTTCTTT
CTGCATTCAGGGAATTGAGATGCTCTCTCTTGGATCATTCAAGACTGGTGCCATCCTTTT
GGTAGGACTGTTTTTCTATGATATTTTCTGGGTTTTCTTTACCCCAGTTATGGTTAGTGT
TGCCAAATCATTTGATGCTCCGATAAAGCTTTTATTCCCTACTGGTGATGCTCTGAGACC
CTACTCTATGCTAGGGCTTGGTGATATTGTCATTCCGGGTATTTTTGTTGCGTTGGCTCT
ACGATTTGATGTGTCAAGACGCAGTAAACCACAGTACTTCACAAGTGCGTTTGTGGGATA
CGTTGCTGGCGTTGTCCTCACTATTGTTGTCATGAACTGGTTTCAAGCAGCACAGCCTGC
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AAAGAGAAGGAAAACAATTCTTGTTTCCAATGATCATCATTCCCTTCACCTTTTTTTTGC
TTCTTTTAGATTTTCAAACATCTTTTCACAAAGACTTATGTAAGTTATACAAGTAACAAC
AGGTTTCCTTTG


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AF RR3G269TF U 1
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BS 739 1272 RR3G269JQ

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TCTTACGGCATGTCTTACTGTTTACGTCGGTTGCTTTCGTTCCGTCAAGGATTCTCCTCC
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TCTCTCTCTTTTCTTGTTGTTCAAGTTTCTCTCCAAGGACTTGGTCAATGCTGTGCTCAC
TGCTTACTTCTTTGTTCTTGGCATCGTCGCTCTTTCGGCGACATTGTTACCTGCCATCAG
CAGGTTTCTTCCAAAACCATGGAATGACAATCTTATAGTCTGGCGTTTTCCTTATTTCAA
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CTGCGCGTGGTATGCTCGGAAGAAACATTGGCTGGCTAACAATATCCTTGGCCTTTCTTT
CTGCATTCAGGGAATTGAGATGCTCTCTCTTGGATCATTCAAGACTGGTGCCATCCTTTT
GGTAGGACTGTTTTTCTATGATATTTTCTGGGTTTTCTTTACCCCAGTTATGGTTAGTGT
TGCCAAATCATTTGATGCTCCGATAAAGCTTTTATTCCCTACTGGTGATGCTCTGAGACC
CTACTCTATGCTAGGGCT

QA 1 738 1 738
DS 

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GTTTTTCTATGATATTTTCTGGGTTTTCTTTACCCCAGTTATGGTTAGTGTTGCCAAATC
ATTTGATGCTCCGATAAAGCTTTTATTCCCTACTGGTGATGCTCTGAGACCCTACTCTAT
GCTAGGGCTTGGTGATATTGTCATTCCGGGTATTTTTGTTGCGTTGGCTCTACGATTTGA
TGTGTCAAGACGCAGTAAACCACAGTACTTCACAAGTGCGTTTGTGGGATACGTTGCTGG
CGTTGTCCTCACTATTGTTGTCATGAACTGGTTTCAAGCAGCACAGCCTGCTTTGTTATA
CATTGTCCCAGCCGTCATTGGGTTCCTGGCTTCTCACTGTATTTGGAACGGTGACATCAA
ACCGTTGATGGCGTTTGATGAATCATCGAAGAGTAGTGAGGAGGAATCGAAGAGTAGTGA
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GGAGACATATTTATACACATGAATGTTTGTGTATTTTATATGTATGGAAACAAAGAGAAG
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ATTTTCAAACATCTTTTCACAAAGACTTATGTAAGTTATACAAGTAACAACAGGTTTCCT
TTG

QA 8 790 8 790
DS 



AS 1 2

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TGATGAAGAAGAATCCTTTGAAGAATTTGAATGTGATGTTGAAGTTGAATCCGTATGCTA
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TTTAAGAC


BQ
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AF RR3B074JQ C 1
AF RR3B074TF U 1
BS 1 608 RR3B074TF

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TGATGAAGAAGAATCCTTTGAAGAATTTGAATGTGATGTTGAAGTTGAATCCGTATGCTA
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GGAAGTCGTGGTACCAGACTATGATCTCCGACAGTGACTACACCGAGTTTGACAACTTCA
CCAAATGGCTCGGTGCTAGCCAGTGATACTATCTATCATATGCGTGAAATGTTGTCGTCT
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GCTTTGGACAAGTTATGTCATTTTTCATTTTTGGACCTTGCTTTCATCAATCGAACCAAG
TTTAAGAC

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3B074TF 608 0 0
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TGAAGAAAGGGTATGTGCTTCCTAGGGCTAAGATGGTGAATGCTGATTTGGCGAGGATTA
TTAACTCTGACGAAGTGCAGAGTGTGGTGAAGCCGATTAAGAAGGATGCGGCGAGGGCTG
TGATGAAGAAGAATCCTTTGAAGAATTTGAATGTGATGTTGAAGTTGAATCCGTATGCTA
AGACCGCCAAGAGGATGTCTTTGTTGGCGGAGGCCCAGAGGGTTAAGTCTAAGAACGAGA
AGCTCACCAAGAAGAGGAAGACAGTTACTAAGGAGGAGGCGTTGGCGATCAAAGCAGCAG
GGAAGTCGTGGTACCAGACTATGATCTCCGACAGTGACTACACCGAGTTTGACAACTTCA
CCAAATGGCTCGGTGCTAGCCAGTGATACTATCTATCATATGCGTGAAATGTTGTCGTCT
TTAGGGAAAGGTTTTGGTTTTATATCTATTTGTTTTTTTTATGTCGTAATTCTAAGTTCA
GCTTTGGACAAGTTATGTCATTTTTCATTTTTGGACCTTGCTTTCATCAATCGAACCAAG
TTTAAGAC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

CO CL9128Contig1 776 2 12 U
GTCAACCTTAATGGTCAGAGCCGGTCCATGTCATAGCCGGTCATTACTATAGCCAAGTGA
AACTTTGTGAATGGATACTCAAAAAAATTTCAAGTTAATATATACATAGGTCGCCAAATT
GTTTTAATTTTTTTTAATTAAAATTCTTACTAAATTGTTTAAACCCCCTCCCCCTTCTCC
CAAATTTCAGGACCGGTTTGGTTTATTGTACATTATTGAAAGCTGATCTTAATGACTTTT
GCAGTGTACGGCACTTATGACATTGATCCTGATCATTGCACTGAACCTAAGCGTTGGATT
CTTACCACGTGTAGACAACTCTGCTCACTGTGGAGGGTTCCTAGCAGGTTTCTTACTAGG
GTTTGTCCTTCTTCTCCGTCCGCAGTACGGATACGTGAGCCCCAAGCACATTCCTCCTGG
TTATGACATGAAACACAAGAAATCGAAACATAAGTGTTATCAACACATCTTCATGTTTAC
ATCTCTAGCCATCCTTCTTGCGGGATTCATTGCGGGATATGCTAAGCTTCTCAGAGAACA
TACTAGAGGGAGCGATCCATTCAGGGATGTCAATTAGCATCTTGTAGCCAGCACCACTGA
TGACACATTCCCTGTAAAAGATCATTTCACAAGATCCCAAGATTTTTCCATATTGGATAC
AAATATCATCATCAGAAAGGTTCATATATTTGACGATTCAAAAATATGTATCATACATGT
TCAAAGGCTGTTGTAACTATACAATCTCTATGAGAAAAGCATATATTAACTGTAGC


BQ
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AF RR3GY15TF U 1
AF RR3GY15JQ C 11
BS 1 679 RR3GY15TF
BS 680 680 RR3GY15JQ
BS 681 703 RR3GY15TF
BS 704 704 RR3GY15JQ
BS 705 726 RR3GY15TF
BS 727 727 RR3GY15JQ
BS 728 735 RR3GY15TF
BS 736 736 RR3GY15JQ
BS 737 743 RR3GY15TF
BS 744 744 RR3GY15JQ
BS 745 757 RR3GY15TF
BS 758 776 RR3GY15JQ

RD RR3GY15TF 760 0 0
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AACTTTGTGAATGGATACTCAAAAAAATTTCAAGTTAATATATACATAGGTCGCCAAATT
GTTTTAATTTTTTTTAATTAAAATTCTTACTAAATTGTTTAAACCCCCTCCCCCTTCTCC
CAAATTTCAGGACCGGTTTGGTTTATTGTACATTATTGAAAGCTGATCTTAATGACTTTT
GCAGTGTACGGCACTTATGACATTGATCCTGATCATTGCACTGAACCTAAGCGTTGGATT
CTTACCACGTGTAGACAACTCTGCTCACTGTGGAGGGTTCCTAGCAGGTTTCTTACTAGG
GTTTGTCCTTCTTCTCCGTCCGCAGTACGGATACGTGAGCCCCAAGCACATTCCTCCTGG
TTATGACATGAAACACAAGAAATCGAAACATAAGTGTTATCAACACATCTTCATGTTTAC
ATCTCTAGCCATCCTTCTTGCGGGATTCATTGCGGGATATGCTAAGCTTCTCAGAGAACA
TACTAGAGGGAGCGATCCATTCAGGGATGTCAATTAGCATCTTGTAGCCAGCACCACTGA
TGACACATTCCCTGTAAAAGATCATTTCACAAGATCCCAAGATTTTTCCATATTGGATAC
AAATATCATCATCAGAAAG*TTCATATATTTGACGATTCAAAA*TATGTATCATACATGT
TCAAAG*CTGTTGTA*CTATACA*TCTCTATGAGAAA
GCA

QA 1 757 1 757
DS 

RD RR3GY15JQ 766 0 0
ATGGTCAGAGCCGGTCCATGTCATAGCCGGTCATTACTATAGCCAAGTGAAACTTTGTGA
ATGGATACTCAAAAAAATTTCAAGTTAATATATACATAGGTCGCCAAATTGTTTTAATTT
TTTTTAATTAAAATTCTTACTAAATTGTTTAAACCCCCTCCCCCTTCTCCCAAATTTCAG
GACCGGTTTGGTTTATTGTACATTATTGAAAGCTGATCTTAATGACTTTTGCAGTGTACG
GCACTTATGACATTGATCCTGATCATTGCACTGAACCTAAGCGTTGGATTCTTACCACGT
GTAGACAACTCTGCTCACTGTGGAGGGTTCCTAGCAGGTTTCTTACTAGGGTTTGTCCTT
CTTCTCCGTCCGCAGTACGGATACGTGAGCCCCAAGCACATTCCTCCTGGTTATGACATG
AAACACAAGAAATCGAAACATAAGTGTTATCAACACATCTTCATGTTTACATCTCTAGCC
ATCCTTCTTGCGGGATTCATTGCGGGATATGCTAAGCTTCTCAGAGAACATACTAGAGGG
AGCGATCCATTCAGGGATGTCAATTAGCATCTTGTAGCCAGCACCACTGATGACACATTC
CCTGTAAAAGATCATTTCACAAGATCCCAAGATTTTTCCATATTGGATACAAATATCATC
ATCAGAAAGGTTCATATATTTGACGATTCAAAAATATGTATCATACATGTTCAAAGGCTG
TTGTAACTATACAATCTCTATGAGAAAAGCATATATTAACTGTAGC

QA 1 766 1 766
DS 



AS 1 2

CO CL9129Contig1 480 2 1 U
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AAGCGCAAGCCATGGCCGATGAATTTGCGGGAAAAATCGAAAGCAAAGGGCTAAACCCGG
GACTGATCGTCCTTCTTGTGATTGGTGGGTTGCTGGTGACTTTTCTTGTGGGAAACTTCA
TCCTCTACACATACGCGCAGAAGAATCTGCCTCCGAGGAAGAAGAAGCCTCTTTCCAAGA
AGAAGATGAAGAAAGAGAAGCTTAAGAAAGGCGTTCAAGTTCCTGGCGAGTAGTTTTTTT
CTTTTTTTTGGTTATCTTTAGTTGTTGAGATGATCGTTTCCACTTTGCACGACTAGACAC
AAACACTACTCTTTTAGTTTTTGAATGTTTCGATATTAGCATTATGTTTGCTTGTGTTGA
CAGTGAATTCTCATCTCTATAAGCTTTGCTGAGATTATGTGATTGCCAGAGGTTGATATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BQ15JQ C 1
AF RR3BQ15TF U 1
BS 1 480 RR3BQ15TF

RD RR3BQ15JQ 480 0 0
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GACTGATCGTCCTTCTTGTGATTGGTGGGTTGCTGGTGACTTTTCTTGTGGGAAACTTCA
TCCTCTACACATACGCGCAGAAGAATCTGCCTCCGAGGAAGAAGAAGCCTCTTTCCAAGA
AGAAGATGAAGAAAGAGAAGCTTAAGAAAGGCGTTCAAGTTCCTGGCGAGTAGTTTTTTT
CTTTTTTTTGGTTATCTTTAGTTGTTGAGATGATCGTTTCCACTTTGCACGACTAGACAC
AAACACTACTCTTTTAGTTTTTGAATGTTTCGATATTAGCATTATGTTTGCTTGTGTTGA
CAGTGAATTCTCATCTCTATAAGCTTTGCTGAGATTATGTGATTGCCAGAGGTTGATATT

QA 1 480 1 480
DS 

RD RR3BQ15TF 480 0 0
GGAAAGTTTATAAGTCTTCCAACTGTCTCCGGCGAGTGGTGGTGATCTCCGGAAGCTTCG
AAGCGCAAGCCATGGCCGATGAATTTGCGGGAAAAATCGAAAGCAAAGGGCTAAACCCGG
GACTGATCGTCCTTCTTGTGATTGGTGGGTTGCTGGTGACTTTTCTTGTGGGAAACTTCA
TCCTCTACACATACGCGCAGAAGAATCTGCCTCCGAGGAAGAAGAAGCCTCTTTCCAAGA
AGAAGATGAAGAAAGAGAAGCTTAAGAAAGGCGTTCAAGTTCCTGGCGAGTAGTTTTTTT
CTTTTTTTTGGTTATCTTTAGTTGTTGAGATGATCGTTTCCACTTTGCACGACTAGACAC
AAACACTACTCTTTTAGTTTTTGAATGTTTCGATATTAGCATTATGTTTGCTTGTGTTGA
CAGTGAATTCTCATCTCTATAAGCTTTGCTGAGATTATGTGATTGCCAGAGGTTGATATT

QA 1 480 1 480
DS 



AS 1 2

CO CL9130Contig1 502 2 3 U
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ACAATGATGATAACTTAACGCCAAAGGACCCAACCAAAACCTGCAAACAGGCTTGATGAA
TGTTTTGGATATAGTTGGCCTCTTGACTTTATTCTGATACAGAAGAAACCTCAATCTATA
AAATAGAAAGAACGAAAAAGTAAAGAAAAAAGAAAAGAAGAAAAGGTTTGGCTAATGAAT
GACCTATAGCCTTTTATATCCCTTCCACGGATGAAGAAAGGAGGTTGAAATAAAAGCCCC
TAAAACTTCTGAACTTCTCTTCCGTCTCTCCTCGGCTACAAAAATAGAAGTGTGCTGCTC
TCTCTCTTCTTGTAGATATCATCAAATAGACTCAGTCTGATATCCTAAACTCCACTCCTA
ACACGTCTTTCACCATCTCATATGTCACAAATGCAATCGCAATTGATGGTACAACCTTCA
CTGAGTTGGGGACCAAACCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 

AF RR3EH92TF C 1
AF RR3EH92JQ U 45
BS 1 44 RR3EH92TF
BS 45 499 RR3EH92JQ
BS 500 502 RR3EH92TF

RD RR3EH92TF 502 0 0
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TGTTTTGGATATAGTTGGCCTCTTGACTTTATTCTGATACAGAAGAAACCTCAATCTATA
AAATAGAAAGAACGAAAAAGTAAAGAAAAAAGAAAAGAAGAAAAGGTTTGGCTAATGAAT
GACCTATAGCCTTTTATATCCCTTCCACGGATGAAGAAAGGAGGTTGAAATAAAAGCCCC
TAAAACTTCTGAACTTCTCTTCCGTCTCTCCTCGGCTACAAAAATAGAAGTGTGCTGCTC
TCTCTCTTCTTGTAGATATCATCAAATAGACTCAGTCTGATATCCTAAACTCCACTCCTA
ACACGTCTTTCACCATCTCATATGTCACAAATGCAATCGCAATTGATGGTACAACCTTCA
CTGAGTTGGGGACCAAACCTCC

QA 1 502 1 502
DS 

RD RR3EH92JQ 457 0 0
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AAACAGGCTTGATGAATGTTTTGGATATAGTTGGCCTCTTGACTTTATTCTGATACAGAA
GAAACCTCAATCTATAAAATAGAAAGAACGAAAAAGTAAAGAAAAAAGAAAAGAAGAAAA
GGTTTGGCTAATGAATGACCTATAGCCTTTTATATCCCTTCCACGGATGAAGAAAGGAGG
TTGAAATAAAAGCCCCTAAAACTTCTGAACTTCTCTTCCGTCTCTCCTCGGCTACAAAAA
TAGAAGTGTGCTGCTCTCTCTCTTCTTGTAGATATCATCAAATAGACTCAGTCTGATATC
CTAAACTCCACTCCTAACACGTCTTTCACCATCTCATATGTCACAAATGCAATCGCAATT
GATGGTACAACCTTCACTGAGTTGGGGACCAAACC
CC

QA 1 455 1 455
DS 



AS 1 2

CO CL9131Contig1 670 2 3 U
TTTTTTTTTATTGAATGAATATCTTTATTGAATGAATCATTTATTGACAAAAAAAAATAT
TAAGACAAAATGCAGCTGGTGGTTACAACCAATTTCGAAATGGAATAAAAATCTTTGTTG
TGACTTTGCGACCCTTTAATTAGGCTTACAAAATAAAATACTGAAAGCTATTTTAAAATC
CATAATTATGAAAATAAGTGTGAATAATAATAACTCTCAAAGTACTATATCAGGAATTAA
AGTAGCAATAACGAAATTTACAACAACAAAAAAAAAAAAAAAACAAAGAACAGAAAGTAT
AGGGATAGAGTTTAATAAGTTACTAGTCAATTATATGGGTTAATACATATAATTAAATCT
AGTGCTTGTGATTCTGAGTGTAAATATAATCGGTGTGAGCAACAAGAGTTCGTCTAATCA
AACACTCATCTTCTTCAATTCCTTCGCAGCTTTCTTCTTCAGCTTTATCTCCTTCAGTTT
CCTTGACGGAGTCTTCTCTGGAAAAAAAGGTGGTTGTCGTCGGAGTCAGCCGGGCTGCGT
ATGTTAGCGTTGAGCAAAAAAGGAGGGCCATGATGAAAATGGTTGTGAACTTAGCCATAT
TGATTTGCAAAGATGAGAGAGAGAAGAAAAAAGAGATATTAAATATTGTTAGATGTGAAT
GTGAGGATCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB42JQ U 13
AF RR3CB42TF C 1
BS 1 12 RR3CB42TF
BS 13 625 RR3CB42JQ
BS 626 670 RR3CB42TF

RD RR3CB42JQ 613 0 0
GAATGAATATCTTTATTGAATGAATCATTTATTGACAAAAAAAAATATTAAGACAAAATG
CAGCTGGTGGTTACAACCAATTTCGAAATGGAATAAAAATCTTTGTTGTGACTTTGCGAC
CCTTTAATTAGGCTTACAAAATAAAATACTGAAAGCTATTTTAAAATCCATAATTATGAA
AATAAGTGTGAATAATAATAACTCTCAAAGTACTATATCAGGAATTAAAGTAGCAATAAC
GAAATTTACAACAACAAAAAAAAAAAAAAAACAAAGAACAGAAAGTATAGGGATAGAGTT
TAATAAGTTACTAGTCAATTATATGGGTTAATACATATAATTAAATCTAGTGCTTGTGAT
TCTGAGTGTAAATATAATCGGTGTGAGCAACAAGAGTTCGTCTAATCAAACACTCATCTT
CTTCAATTCCTTCGCAGCTTTCTTCTTCAGCTTTATCTCCTTCAGTTTCCTTGACGGAGT
CTTCTCTGGAAAAAAAGGTGGTTGTCGTCGGAGTCAGCCGGGCTGCGTATGTTAGCGTTG
AGCAAAAAAGGAGGGCCATGATGAAAATGGTTGTGAACTTAGCCATATTGATTTGCAAAG
ATGAGAGAGAGAA

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3CB42TF 670 0 0
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TAAGACAAAATGCAGCTGGTGGTTACAACCAATTTCGAAATGGAATAAAAATCTTTGTTG
TGACTTTGCGACCCTTTAATTAGGCTTACAAAATAAAATACTGAAAGCTATTTTAAAATC
CATAATTATGAAAATAAGTGTGAATAATAATAACTCTCAAAGTACTATATCAGGAATTAA
AGTAGCAATAACGAAATTTACAACAACAAAAAAAAAAAAAAAACAAAGAACAGAAAGTAT
AGGGATAGAGTTTAATAAGTTACTAGTCAATTATATGGGTTAATACATATAATTAAATCT
AGTGCTTGTGATTCTGAGTGTAAATATAATCGGTGTGAGCAACAAGAGTTCGTCTAATCA
AACACTCATCTTCTTCAATTCCTTCGCAGCTTTCTTCTTCAGCTTTATCTCCTTCAGTTT
CCTTGACGGAGTCTTCTCTGGAAGAGAAGGTGGTTGTCGTCGGAGTCAGCCGGGCTGCGT
ATGTTAGCGTTGAGCAGAGAAGGAGGGCCATGATGAAAATGGTTGTGAACTTAGCCATAT
TGATTTGCAAAGATGAGAGAGAGAAGAAAAAAGAGATATTAAATATTGTTAGATGTGAAT
GTGAGGATCC

QA 1 670 1 670
DS 



AS 1 2

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TCACGAAGCTGAATACGAAGACGACGACGAGCCGATTCAAGATCTGTTGGAACCGTTTTC
GAAAGAACAGCTTCTCGATCTACTCAAACAAGCGGCGGATCACCACCCCGACGTCGCGAA
TCGAATCCGCGAAGTAGCCGACGAGGATACATCCCACCGTAAGATCTTCGTCCACGGACT
CGGGTGGGACACCACAACCGAAACCCTAATCGAAGCTTTCAAGCAGCGCGGAGAGATCGA
AGACTGCAAGGCCGTGTTCGATAAGGTCTCGGGGAAGTCTAAAGGCTACGGCTTTATACT
GTTCAGGTCCAGGTCAGGCGCTCGCGACGCGCTAAAGATGCCTCAGAGGAAGAGATGGTG
GTAGCCGTGGTCGTTTTGGTGGTGGTAGAAGGGGCGGTGGCAGAGGAAGAGACTCTGGTG
GTGGCCGTGGATCATACAGCAAACCTAGTTTTTCAGGCACGAAGACTACCTTTGACGATT
AGAAGCCTTATGGAGAAGAGAATGTGTTCTCAAGTCCTTTAGCCGTTTGATGCTATGCTT
GTTTTTATTATTTTAGTTTTTTTCTACTCGAGTCAGTGTCTGAATCCTTATATTTTTGTC
TGAATTTAAATTAAAACTCAATTTTGAGTGCTTTTGTGTTG


BQ
10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H380TF U 1
AF RR3H380JQ C 3
BS 1 22 RR3H380TF
BS 23 23 RR3H380JQ
BS 24 665 RR3H380TF
BS 666 666 RR3H380JQ
BS 667 682 RR3H380TF
BS 683 683 RR3H380JQ
BS 684 716 RR3H380TF
BS 717 717 RR3H380JQ
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BS 737 752 RR3H380TF
BS 753 761 RR3H380JQ

RD RR3H380TF 752 0 0
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TCGAATCCGCGAAGTAGCCGACGAGGATACATCCCACCGTAAGATCTTCGTCCACGGACT
CGGGTGGGACACCACAACCGAAACCCTAATCGAAGCTTTCAAGCAGCGCGGAGAGATCGA
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GTTCAGGTCCAGGTCAGGCGCTCGCGACGCGCTAAAGATGCCTCAGAGGAAGAGATGGTG
GTAGCCGTGGTCGTTTTGGTGGTGGTAGAAGGGGCGGTGGCAGAGGAAGAGACTCTGGTG
GTGGCCGTGGATCATACAGCAAACCTAGTTTTTCAGGCACGAAGACTACCTTTGACGATT
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GTTTT*ATTATTTTAGTTTTTT*CTACTCGAGTCAGTGTCTGAATCCTTATATTTT*GTC
TGAATTTAAATTAAA*CTCAATTTTGAGTGCT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3H380JQ 759 0 0
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GAATCCGCGAAGTAGCCGACGAGGATACATCCCACCGTAAGATCTTCGTCCACGGACTCG
GGTGGGACACCACAACCGAAACCCTAATCGAAGCTTTCAAGCAGCGCGGAGAGATCGAAG
ACTGCAAGGCCGTGTTCGATAAGGTCTCGGGGAAGTTTAAAGGCTACGGCTTTATACTGT
TCAGGTCCAGGTCAGGCGCTCGCGACGCGCTAAAGATGCCTCAGAGGAAGAGATGGTGGT
AGCCGTGGTCGTTTTGGTGGTGGTAGAAGGGGCGGTGGCAGAGGAAGAGACTCTGGTGGT
GGCCGTGGATCATACAGCAAACCTAGTTTTTCAGGCACGAAGACTACCTTTGACGATTAG
AAGCCTTATGGAGAAGAGAATGTGTTCTCAAGTCCTTTAGCCGTTTGATGCTATGCTTGT
TTTTATTATTTTAGTTTTTTTCTACTCGAGTCAGTGTCTGAATCCTTATATTTTTGTCTG
AATTTAAATTAAAACTCAATTTTGAGTGCTTTTGTGTTG

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL9133Contig1 1032 2 10 U
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TTTGGAACTTATTAAAGACATCCGAGGCACATAGCTTGGCCTGCATAGACCTCTCTGTCT
TTGCAACGCCCGCATAGAACCACCTGGGATTACTATTTTTCTGCCCGAGATCATACTTTG
AACTTTGATTCATGGGAAGAGACAGCTGAGTTGGATTATGTAAGGCTTTTGATTAGTTCT
CTCCTTGTAAAGTGATGGGAACGAGAAGGTAAGACATGTGTTAGCATTAGTGGTTTTAAC
ATTGAAGGATACTTCAAAGTAGCTTTACATCCTGATATTCAGCTGGATCGATACTCTATC
ACGTAACTACCAACCTCCCCTTGATGCTCACTTGGTACTTCTTTATCTCTGACATTTGCA
TGATATCATCATGGCAATACACTAAGTGACGTTGAAATTTCAGGTAATTTCTGTCATGTC
TATGCGGACTCGTGTACAACCTGCATATGCTGTTAATATGTGGAACGAGGCAGTCAATAA
ACTACAGCTCGGTACAGAGCAACTGGATTTGTATGGGATTCTTGAAGAAACAATGAGGCG
TGAAATGTCATTTGATGAGATAGTCGCCATCCCCAAACAGGACGAGTGACAACATGTGTT
GCTTTTATCCTTGCAATGTACAAAGCCGCTGGTGCATTCGGCCCTCTGACTGATCACATT
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TTGGTTCGAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI01TF U 1
AF RR3CI01JQ C 284
BS 1 705 RR3CI01TF
BS 706 708 RR3CI01JQ
BS 709 717 RR3CI01TF
BS 718 718 RR3CI01JQ
BS 719 747 RR3CI01TF
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BS 749 752 RR3CI01TF
BS 753 753 RR3CI01JQ
BS 754 789 RR3CI01TF
BS 790 1032 RR3CI01JQ

RD RR3CI01TF 789 0 0
GGACACACAAACACATGAAGGAAGATATTCAGATTTCGAAAATGAAGCAACTGAAAATGA
GTACCGAACTAAACCGGACCTGATCGTAACAATTCATCTTCGAGGCGGCCTTCTCAATCT
CAAGGTTTGTCTCAACTTTATCTTTGTTTTGCTGGTCTAAATTAAGTAGCTTGACACCAT
TTTGGAACTTATTAAAGACATCCGAGGCACATAGCTTGGCCTGCATAGACCTCTCTGTCT
TTGCAACGCCCGCATAGAACCACCTGGGATTACTATTTTTCTGCCCGAGATCATACTTTG
AACTTTGATTCATGGGAAGAGACAGCTGAGTTGGATTATGTAAGGCTTTTGATTAGTTCT
CTCCTTGTAAAGTGATGGGAACGAGAAGGTAAGACATGTGTTAGCATTAGTGGTTTTAAC
ATTGAAGGATACTTCAAAGTAGCTTTACATCCTGATATTCAGCTGGATCGATACTCTATC
ACGTAACTACCAACCTCCCCTTGATGCTCACTTGGTACTTCTTTATCTCTGACATTTGCA
TGATATCATCATGGCAATACACTAAGTGACGTTGAAATTTCAGGTAATTTCTGTCATGTC
TATGCGGACTCGTGTACAACCTGCATATGCTGTTAATATGTGGAACGAGGCAGTCAATAA
ACTACAGCTCGGTACAGAGCAACTGGATTTGTATGGGATTCTTGAG**AACAATGAG*CG
TGAAATGTCATTTGATGAGATAGTCGC*ATCCTCAAACAGGACGAGTGACAACATGTGTT
GCTTTTATC

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3CI01JQ 749 0 0
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GGCTTTTGATTAGTTCTCTCCTTGTAAAGTGATGGGAACGAGAAGGTAAGACATGTGTTA
GCATTAGTGGTTTTAACATTGAAGGATACTTCAAAGTAGCTTTACATCCTGATATTCAGC
TGGATCGATACTCTATCACGTAACTACCAACCTCCCCTTGATGCTCACTTGGTACTTCTT
TATTTCTGACATTTGCATGATATCATCATGGCAATACACTAAGTGACGTTGAAATTTCAG
GTAATTTCTGTCATGTCTATGCGGACTCGTGTACAACCTGCATATGCTGTTAATATGTGG
AACGAGGCAGTCAATAAACTACGGCTCGGTACAGAGCAACTGGATTTGTATGGGATTCTT
GAAGAAACAATGAGGCGTGAAATGTCATTTGATGAGATAGTCGCCATCCCCAAACAGGAC
GAGTGACAACATGTGTTGCTTTTATCCTTGCAATGTACAAAGCCGCTGGTGCATTCGGCC
CTCTGACTGATCACATTCAAGGCCCTCTAAGTGTTAGGAAAAAATATTCAACCTGTTTGT
CTCTGTAACTCTGTGTTTTATTTACTTTATGTTTATTTATTTAGCAAGCTTTAGCTTTTT
AGTTATAAGTTATAAGCGAAGAAAACCACACATGACAATTATATGTGATTATGTGATGAT
ATTTTATTAAATATAAGTTGGTTCGAACT

QA 1 749 1 749
DS 



AS 1 2

CO CL9134Contig1 1052 2 6 U
GCTCAACCACTTTGGTCCAAAACAGAGAGAGGTTAAGATTTGTTGAGAAAGCAGCGGTGA
TAACAGACCCGAACGACTTAAACGAAGAAGGCAAATCCAAGAACAACTGGAGATTATGCA
GTGTGGAGCAGGTGAAGAACCTTAAATGCGTAACCGGGATTTTACCAGTTTGGGTCACAG
GAATCGCGTGTTTCATGCTCACTGACCAACAGAACATATACGGGATACTCCAAGCCATTC
AAATGGAGAAAACGTTCGGACATAACTTCCAAGTCCCAGCGGGATGGATGAACCTTATCT
CCATGATTACTCTTGCTGTCTGGATCTCACTATACGAGTGCGTCATCCCACCAATAGCGA
GCCTAATCACAGGACGCAAACAAAGGTTAACTATGAAACAAAGGATCCAAATAGGTATCG
TGATGGGGATCGTTTGTATGCTCGTGGCGGGTTTCTTGGAGAGAAGTCGAAGAGCGGCAG
CTCTAAAGAAGGGCTCGTTTGTGTCTCCCGTTTCCATTGTAATGTTGCTTCCTCAGTTCA
TGCTTGCTGGTTTAACCGAAGCGTTTTCGGCAGTGGCTTTGATGGAGTTTCTGACGGTTA
AGATGCCTGAGCATATGAGAGCTGTCGCGGGAGCGATCTTCTTCTTGAGCTCGTCGATTG
CGAGTTATGTATGCACACTTCTTATTATTGTGATTGATAGCGTGACACGCAAGGAAGGGC
GCTCGTGGTTAGGAGATAAAGACTTGAACAAGAACAGACTTGAGTACTATTTTTTCATAA
TAGGTGGCGTTCAAGCCGTGAATTTGCTCTATTTTAGGTTTTTTGCTTCCAGGTTTATCA
CTGAGAACAACGAGGATAATGAGATTTTTAGTTAAGTGGTTGAGATAACCTTCTCATCTT
TGTTTTACTGGTTAAAGCCATAGAGGTTACGTTTCTTTTTTTTCCATAATCTATTTCTTG
TGTACTGTGGTTTATTTCCATTTTTAGTAGTATTATCACCCCGTGTGCTAAGCACAGGTC
TATTTCTGCTTAATTGTATTTAAATTCTTACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ21TF U 1
AF RR3EJ21JQ C 369
BS 1 718 RR3EJ21TF
BS 719 719 RR3EJ21JQ
BS 720 750 RR3EJ21TF
BS 751 753 RR3EJ21JQ
BS 754 779 RR3EJ21TF
BS 780 1052 RR3EJ21JQ

RD RR3EJ21TF 779 0 0
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TAACAGACCCGAACGACTTAAACGAAGAAGGCAAATCCAAGAACAACTGGAGATTATGCA
GTGTGGAGCAGGTGAAGAACCTTAAATGCGTAACCGGGATTTTACCAGTTTGGGTCACAG
GAATCGCGTGTTTCATGCTCACTGACCAACAGAACATATACGGGATACTCCAAGCCATTC
AAATGGAGAAAACGTTCGGACATAACTTCCAAGTCCCAGCGGGATGGATGAACCTTATCT
CCATGATTACTCTTGCTGTCTGGATCTCACTATACGAGTGCGTCATCCCACCAATAGCGA
GCCTAATCACAGGACGCAAACAAAGGTTAACTATGAAACAAAGGATCCAAATAGGTATCG
TGATGGGGATCGTTTGTATGCTCGTGGCGGGTTTCTTGGAGAGAAGTCGAAGAGCGGCAG
CTCTAAAGAAGGGCTCGTTTGTGTCTCCCGTTTCCATTGTAATGTTGCTTCCTCAGTTCA
TGCTTGCTGGTTTAACCGAAGCGTTTTCGGCAGTGGCTTTGATGGAGTTTCTGACGGTTA
AGATGCCTGAGCATATGAGAGCTGTCGCGGGAGCGATCTTCTTCTTGAGCTCGTCGATTG
CGAGTTATGTATGCACACTTCTTATTATTGTGATTGATAGCGTGACACGCAAGGAAGG*C
GCTCGTGGTTAGGAGATAAAGACTTGAACA**GACAGACTTGAGTACTATTTTTTCATA

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3EJ21JQ 684 0 0
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ATCGTTTGTATGCTCGTGGCGGGTTTCTTGGAGAGAAGTCGAAGAGCGGCAGCTCTAAAG
AAGGGCTCGTTTGTGTCTCCCGTTTCCATTGTAATGTTGCTTCCTCAGTTCATGCTTGCT
GGTTTAACCGAAGCGTTTTCGGCAGTGGCTTTGATGGAGTTTCTGACGGTTAAGATGCCT
GAGCATATGAGAGCTGTCGCGGGAGCGATCTTCTTCTTGAGCTCGTCGATTGCGAGTTAT
GTATGCACACTTCTTATTATTGTGATTGATAGCGTGACACGCAAGGAAGGGCGCTCGTGG
TTAGGAGATAAAGACTTGAACAAGAACAGACTTGAGTACTATTTTTTCATAATAGGTGGC
GTTCAAGCCGTGAATTTGCTCTATTTTAGGTTTTTTGCTTCCAGGTTTATCACTGAGAAC
AACGAGGATAATGAGATTTTTAGTTAAGTGGTTGAGATAACCTTCTCATCTTTGTTTTAC
TGGTTAAAGCCATAGAGGTTACGTTTCTTTTTTTTCCATAATCTATTTCTTGTGTACTGT
GGTTTATTTCCATTTTTAGTAGTATTATCACCCCGTGTGCTAAGCACAGGTCTATTTCTG
CTTAATTGTATTTAAATTCTTACG

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL9135Contig1 604 2 1 U
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GTGCGAGAAATGTGATGGCAAGTGCGTGGTCTGCGATTCCTACGTGCGCCCCTGTACGCT
GGTCAGGATTTGCGATGAATGCAACTATGGTTCGTTCCAAGGACGGTGCGTCATATGCGG
AGGGGTTGGAATCTCAGATGCTTACTACTGCAAAGAGTGTACACAGCAGGAGAAAGATAG
GGATGGTTGTCCCAAGATTGTCAATCTCGGGAGTGCCAAGACTGATTTGTTCTATGAACG
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TTGTCCTAGGTAAAGTGTCTGTACTTGTCTGTGTTTAGACATTGATTCAAAGAAAAGACC
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GTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR3AM38JQ C 1
AF RR3AM38TF U 1
BS 1 604 RR3AM38TF

RD RR3AM38JQ 604 0 0
GGATATCGTCGCTGGAGTTCCTAGATCGCATAGTTTCCTTGCGCGTGTAACACCTTCCTA
CTCCTCCTCTTCTCCTCCGGGTTCAGGTCGAAATCTTAGGAGAAGACCAAGAGCCATGGC
CAAGCATCACCCTGATTTGATCATGTGCCGGAAACAACCTGGCATCGCCATTGGGAGATT
GTGCGAGAAATGTGATGGCAAGTGCGTGGTCTGCGATTCCTACGTGCGCCCCTGTACGCT
GGTCAGGATTTGCGATGAATGCAACTATGGTTCGTTCCAAGGACGGTGCGTCATATGCGG
AGGGGTTGGAATCTCAGATGCTTACTACTGCAAAGAGTGTACACAGCAGGAGAAAGATAG
GGATGGTTGTCCCAAGATTGTCAATCTCGGGAGTGCCAAGACTGATTTGTTCTATGAACG
TAAGAAGTATGGATTTAAGAAACGATAGATTGTTTGATTATTACTCGGGGTATTCATTTA
TTGTCCTAGGTAAAGTGTCTGTACTTGTCTGTGTTTAGACATTGATTCAAAGAAAAGACC
ATTGTTTGTTACTCTTTGTGGCTTTATCGATTAGCCGAACGTGATAACTTTGTTATGGTT
GTTT

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3AM38TF 604 0 0
GGATATCGTCGCTGGAGTTCCTAGATCGCATAGTTTCCTTGCGCGTGTAACACCTTCCTA
CTCCTCCTCTTCTCCTCCGGGTTCAGGTCGAAATCTTAGGAGAAGACCAAGAGCCATGGC
CAAGCATCACCCTGATTTGATCATGTGCCGGAAACAACCTGGCATCGCCATTGGGAGATT
GTGCGAGAAATGTGATGGCAAGTGCGTGGTCTGCGATTCCTACGTGCGCCCCTGTACGCT
GGTCAGGATTTGCGATGAATGCAACTATGGTTCGTTCCAAGGACGGTGCGTCATATGCGG
AGGGGTTGGAATCTCAGATGCTTACTACTGCAAAGAGTGTACACAGCAGGAGAAAGATAG
GGATGGTTGTCCCAAGATTGTCAATCTCGGGAGTGCCAAGACTGATTTGTTCTATGAACG
TAAGAAGTATGGATTTAAGAAACGATAGATTGTTTGATTATTACTCGGGGTATTCATTTA
TTGTCCTAGGTAAAGTGTCTGTACTTGTCTGTGTTTAGACATTGATTCAAAGAAAAGACC
ATTGTTTGTTACTCTTTGTGGCTTTATCGATTAGCCGAACGTGATAACTTTGTTATGGTT
GTTT

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL9136Contig1 747 2 3 U
GGCATGCTCGGTGACGCTCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGGTTAGACTCTATG
GATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGAACAAGAACAAGAAACTTGTTAAGAAGCTCGCCGAG
AAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTCTGAATCTGTCATTAAGCAGATTCCTCGTCTTCTTGGT
CCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAAATTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGCGTCTTTGGAA
TCCAAGGTGAATGAGACAAAGGCAACAGTTAAGTTCCAGCTGAAGAAGGTTCTGTGCATG
GGTGTCGCTGTTGGGAATCTCGGCATGGAAGAGAAGCAGATCTTTCAGAACGTTCAGACG
AGCGTCAACTTCCTTGTTTCGCTCTTGAAGAAGAACTGGCAAAACGTGAGGTGCTTGTAC
TTGAAGAGCACAATGGGTCCACCAAACCGTGTTTTCTAATATGTTCTTATTCTCTGAAGG
TGTCGTCAGCAGACGGATAGAAAAGTTGATTTTCTTTCCAGTCGTGACCCTTCTTCTTCT
TGGATTAGTTCCTGAATCTTTACTTTGTAGGATCAAGATTTTGTTGAAAGACAGTTTTGT
TTCTGTTATTATTAGTGGGATTTTCTCTATTTTAATTATTTCGTGACGACACATCATTTA
AAGGGTTAGTCTTGGGGTGAATGTGACAAATTAAACGGTCTTCTTGTCATGACATTCTTC
AATATCAACCAAACATGATTATTACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BB07TF U 1
AF RR3BB07JQ C 202
BS 1 527 RR3BB07TF
BS 528 528 RR3BB07JQ
BS 529 747 RR3BB07TF

RD RR3BB07TF 747 0 0
GGCATGCTCGGTGACGCTCAGCACGTTGAAGAGGCTGAGAAGATTGGGTTAGACTCTATG
GATGTTGAAGCTCTTAAGAAGTTGAACAAGAACAAGAAACTTGTTAAGAAGCTCGCCGAG
AAGTTCCATGCTTTCCTTGCTTCTGAATCTGTCATTAAGCAGATTCCTCGTCTTCTTGGT
CCTGGTCTCAACAAGGCAGGAAAATTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGCGTCTTTGGAA
TCCAAGGTGAATGAGACAAAGGCAACAGTTAAGTTCCAGCTGAAGAAGGTTCTGTGCATG
GGTGTCGCTGTTGGGAATCTCGGCATGGAAGAGAAGCAGATCTTTCAGAACGTTCAGACG
AGCGTCAACTTCCTTGTTTCGCTCTTGAAGAAGAACTGGCAAAACGTGAGGTGCTTGTAC
TTGAAGAGCACAATGGGTCCACCAAACCGTGTTTTCTAATATGTTCTTATTCTCTGAAGG
TGTCGTCAGCAGACGGATAGAAAAGTTGATTTTCTTTCCAGTCGTGAGCCTTCTTCTTCT
TGGATTAGTTCCTGAATCTTTACTTTGTAGGATCAAGATTTTGTTGAAAGACAGTTTTGT
TTCTGTTATTATTAGTGGGATTTTCTCTATTTTAATTATTTCGTGACGACACATCATTTA
AAGGGTTAGTCTTGGGGTGAATGTGACAAATTAAACGGTCTTCTTGTCATGACATTCTTC
AATATCAACCAAACATGATTATTACCC

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3BB07JQ 546 0 0
AAATTCCCAACTCTTGTTAGCCACCAAGCGTCTTTGGAATCCAAGGTGAATGAGACAAAG
GCAACAGTTAAGTTCCAGCTGAAGAAGGTTCTGTGCATGGGTGTCGCTGTTGGGAATCTC
GGCATGGAAGAGAAGCAGATCTTTCAGAACGTTCAGACGAGCGTCAACTTCCTTGTTTCG
CTCTTGAAGAAGAACTGGCAAAACGTGAGGTGCTTGTACTTGAAGAGCACAATGGGTCCA
CCAAACCGTGTTTTCTAATATGTTCTTATTCTCTGAAGGTGTCGTCAGCAGACGGATAGA
AAAGTTGATTTTCTTTCCAGTCGTGACCCTTCTTCTTCTTGGATTAGTTCCTGAATCTTT
ACTTTGTAGGATCAAGATTTTGTTGAAAGACAGTTTTGTTTCTGTTATTATTAGTGGGAT
TTTCTCTATTTTAATTATTTCGTGACGACACATCATTTAA*GGGTTAGTCTTGGG*TGAA
TGTGACAAATTAAACGGTCTTCTTGTCATGACATTCTTCAATATCAACCAAACATGATTA
TTACCC

QA 1 546 1 546
DS 



AS 1 2

CO CL9137Contig1 810 2 23 U
GGGAAGAAGCAAAACTTAGAAAAAGGCATACACATTATGTATCTTCTGAAATGAAACAAA
TTGTAACCAACTTGAATGATATTTAATTGATAATAATAATAACCATACACGAGATAAGTT
GGTTTTAAAATATTGGCATCTAGCAAAGAAAGAAAAAAGCTCAAATGAAACGGATGTCAC
ACTTTGATGAAGCTTTGGGGAGAGTCAGTAAATTAGCTCGCAAGAACTCAATCTGGTTGT
CTTTGTCCGAGTTAACACCAACTTTAACAGATTCAAGACATTCCAACTTACCTAAAAAAT
GCATCATCTGTTTCAGCTCCTGGAAAGAACCTCCATACTCTGAAATCTCTAGCACCTCCA
CTTGACATGTCCATAAACAACTTATTGTCTTCTCCTCCTCCAAAATCTTCTTCGGCTTCT
TAGGGATGCAAGCACACACATCTCCGCATCTATTTGTTATTCTGTGCACAAAACCCTTGA
TGGCTAAAGTGAGTAAATTTGGACAACTATTGAGCAAAAGTGGCATAACTTGCCAACCTT
TTTCCTTGTCACTCTCTATCGATAAATTAAGGAGGTTGTTGAACATGGGCATGGATTCAC
AGCAGAAATGAAAAGCCTCAAGGGAATCAGGAGACAAGTGAAGGGTTGTAATATTGCGTA
TACCCGCAACTAGGTGTGAAACATCACCAACTATAGCTGGCTTTGGTTCCTTATGAAAGG
AATCCTCATCATCATCGTCATCATCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCTCATCATCAT
CATCATCATCGTAATCATAATCATAAGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ86JQ U 65
AF RR3C291JQ U 1
BS 1 69 RR3C291JQ
BS 70 70 RR3EZ86JQ
BS 71 99 RR3C291JQ
BS 100 102 RR3EZ86JQ
BS 103 145 RR3C291JQ
BS 146 146 RR3EZ86JQ
BS 147 163 RR3C291JQ
BS 164 164 RR3EZ86JQ
BS 165 210 RR3C291JQ
BS 211 211 RR3EZ86JQ
BS 212 295 RR3C291JQ
BS 296 296 RR3EZ86JQ
BS 297 357 RR3C291JQ
BS 358 358 RR3EZ86JQ
BS 359 421 RR3C291JQ
BS 422 422 RR3EZ86JQ
BS 423 471 RR3C291JQ
BS 472 472 RR3EZ86JQ
BS 473 495 RR3C291JQ
BS 496 496 RR3EZ86JQ
BS 497 516 RR3C291JQ
BS 517 517 RR3EZ86JQ
BS 518 810 RR3C291JQ

RD RR3EZ86JQ 662 0 0
AACCAACTTGAATGATATTTAATTGATAATAATAATAACCATACACGAGATAAGTTGGTT
TTAAAATATTGGCATCTAGCAAAGAAAGAAAAAAGCTCAAATGAAACGGATGTCACACTT
TGATGAAGCTTTGGGGAGAGTCAGTAAATTAGCTCGCAAGAACTCAATCTGGTTGTCTTT
GTCCGAGTTAACACCAACTTTAACAGATTCAAGACATTCCAACTTACCTAAAAAATGCAT
CATCTGTTTCAGCTCCTGGAAAGAACCTCCATACTCTGAAATCTCTAGCACCTCCACTTG
ACATGTCCATAAACAACTTATTGTCTTCTCCTCCTCCAAAATCTTCTTCGGCTTCTTAGG
GATGCAAGCACACACATCTCCGCATCTATTTGTTATTCTGTGCACAAAACCCTTGATGGC
TAAAGTGAGTAAATTTGGACAACTATTGAGCAAAAGTGGCATAACTTGCCAACCTTTTTC
CTTGTCACTCTCTATCGATAAATTAAGGAGGTTGTTGAACATGGGCATGGATTCACAGCA
GAAATGAAAAGCCTCGAGGGAATCAGGAGACAAGTGAAGGGTTGTAATATTGCGTATACC
CGCAACTAGGTGTGAAACATCACCAACTATAGCTGGCTTTGGTTCCTTATGAAAGGAATC
CT

QA 1 662 1 662
DS 

RD RR3C291JQ 810 0 0
GGGAAGAAGCAAAACTTAGAAAAAGGCATACACATTATGTATCTTCTGAAATGAAACAAA
TTGTAACCAGCTTGAATGATATTTAATTGATAATAATAA***CCATACACGAGATAAGTT
GGTTTTAAAATATTGGCATCTAGCAGAGAAAGAAAAAAGCTCAGATGAAACGGATGTCAC
ACTTTGATGAAGCTTTGGGGAGAGTCAGTAGATTAGCTCGCAAGAACTCAATCTGGTTGT
CTTTGTCCGAGTTAACACCAACTTTAACAGATTCAAGACATTCCAACTTACCTAAGAAAT
GCATCATCTGTTTCAGCTCCTGGAAAGAACCTCCATACTCTGAAATCTCTAGCACCTTCA
CTTGACATGTCCATAAACAACTTATTGTCTTCTCCTCCTCCAAAATCTTCTTCGGCTTCT
TGGGGATGCAAGCACACACATCTCCGCATCTATTTGTTATTCTGTGCACAAGACCCTTGA
TGGCTAAAGTGAGTAGATTTGGACAACTATTGAGCAGAAGTGGCATAACTTGCCAACCTT
TTTCCTTGTCACTCTCTATCGATAAATTAAGGAGGTTGTTGAACATGGGCATGGATTCAC
AGCAGAAATGAAAAGCCTCAAGGGAATCAGGAGACAAGTGAAGGGTTGTAATATTGCGTA
TACCCGCAACTAGGTGTGAAACATCACCAACTATAGCTGGCTTTGGTTCCTTATGAAAGG
AATCCTCATCATCATCGTCATCATCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCTCATCATCAT
CATCATCATCGTAATCATAATCATAAGTTG

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL9138Contig1 790 2 2 U
GGACCAACGATCAGAAAGTCTCTGTATCTGTACCTGTAAAGCTCATGCATTCTCAAATTT
ATTACATGACCAAACACACGCGCGTGTTTGTCACTCTTTCTCATCTGATCTAGTTTCAAT
TGTTTTGTTTCATTTGCTACGGTCGTAGTCTGTTCCAGATCCAGGTCATGCCACCGCTGA
ACTCGCTGCTTCGAGTGATAGGGATCATAAGTATTTAACCCAAGCTGTGGAAGAAGCATA
CATTGGAGTGGAGTGTGGTGATGGCCGTCCTTTTGGAGCGGTTATAGTTCACAAGAAGGA
AGTCCTTGTGAGCTGCCATAATATGGTTTTGAGATACAAAGACCCAACAGCACATGCTGA
AACCGTAGCTATTAGAGAGGCATGTAAGAAACTGAACAGTACCAAGCTGTCGGAATGCGA
GATGTACGCATCATGCGAGCCTTGTCCGATGTGTTTTGGAGCCATCCATCTCTCAAGACT
CAAGAGATTGGTGTATGGGGCGCAAGCAGAAGCAGCTGTAGCCGTCGGGTTCAATAGCTG
CGTAGCAAATGGTGTGAAAGGCACTGAGCTCTTCCATAAGTCTAATCTAGAGATCGTAAA
ACTGGATGTGAGTATCGCCGAACAAGTGTTTCAGAATACAAAGGGGAAGTTCAGTTTCTA
GTAATATAAATGCATTTGTTTATCAAGTACACGTTGTATCTCCATTCTGTAAGTGTTTGT
TTGTGTGTATGTATAGCGTCTTCTAAAACGCAGAACAATCTATCAATCTATGATCTATCA
CAGAATCGCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DD44TF U 1
AF RR3DD44JQ C 38
BS 1 641 RR3DD44TF
BS 642 790 RR3DD44JQ

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ACTGGATGTGAGTATCGCCGAACAAGTGTTTCAGAATACAA

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DS 

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ATCTATCAATCTATGATCTATCACAGAATCGCC

QA 1 753 1 753
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3AM06JQ C 1
AF RR3AM06TF U 1
BS 1 608 RR3AM06TF

RD RR3AM06JQ 608 0 0
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QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3AM06TF 608 0 0
GGCAAAGCCTCGAGCTTGAAAGCAGAGCAGAAAGTTATAGTTCTCCGTTCGGTGGCTCAG
TACTTGGAGCGATGTGGGTTTTCTAAATGCTTCAAGAAGCTTCTCTCCGAAGCTGAAATC
GAGAAGAAGGAATTGAACAGTAGCTTACCGGATTAGAGGAAGTTTTCTGCGATTTTTTAA
ACAAGAGCCATGTTGAAGAATCTGGTGATGATAATGAGGATGGGAAGAAGAAAGCAGCAA
GTGTAGATGAGAATGCATCTGTTGATCACGAAAAGGACGAGAAGAAAGATAAGAAGAAGA
AGAAAAAGAATGAACCAAAATTGGAGGAGGAGAAGGTCAAGGAGACTGATGCTGAGATTG
AAGACGAACTGAAAGAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAAACCAAGTCTGAGTCTTTGGTTG
AAGATGAGGATAAGGAGAAATCCTCCAAGAAAAGGAAAAGATCAGAGCCTGAAGAGACAA
AAGAAGAGACCGAGGAAGAGGATGATGAGGGATCAAAACGGAGGAAGAAGGAAGAGAATG
AAGTGGAAGAAACGCCTGTTAAGCAGCAGGCTGATGATGTTCAGGAAAACGGTAACGTTG
AGAAAAGC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

CO CL9141Contig1 1259 2 4 U
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ATGAGAAGCAGTGGATGCAAGTTCGTTTCCCTACAAGCTTACCTCTCTTTTAGTTCTTCT
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CAATTTAGGATTTGTGTCGACTGTCAACGTACAATTCTATATTATCAGATTTTATTTGC


BQ
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AF RR3EK68TF U 1
AF RR3EK68JQ C 526
BS 1 553 RR3EK68TF
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RD RR3EK68TF 644 0 0
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TTGAAGCAGCTCACTGTGTTTATTGAAAGAAATATGGGGGAGATTAGGCTGAACTTACAC
TCTGAACCAGATGGTCCAGTCACAGGAAATGGTGCCTTTAAGTCCTCTGTTCTAATGCCA
GGGGTGAAGGAAGCATTTTATCTGGGCCCACCAACTAAGGATAAGCTACCCAAGAATACT
CCCCCAGGATCTGTGTTGATGGGAGAAATCTCATATGGGAAATTGTCATTTGATGATAAA
GAAGGGAGGAATCCAACGGATAACCCTGTATCTTATCCGATATCATTTGTGGTTCCACCA
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GAACGCTTGGAACAAGAGGTTAGAGACACAAAGATCAAATTTCTTGGGAACCTTAAACAA
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CCAAGCTACACTCTGTTGCTTGCTAAGATCTTGGAAGGTTTGCTATATCGGTCTGATGGT
GGGTAGACGAGTTAGCAAGATTCTTGCTAGACAAAAGTGAACCA

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3EK68JQ 734 0 0
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AAGCACTATACCAGAAAGGGTTAGCCATGGCGAGAATCGAGAATCTGAAGGGTAAGAAGG
AAGAAGAAGAAGAAGGAAGTAGCCAAAAGGATAAGTTCGAAGAGAATTTCAAAGAACTGA
CAAAATGGGTTGACGTGAAATCATCCAAGTTCGGTACTCTCACTGTTCTAAGAGAGAAAC
GGCTCTCACGACTCGGGACCGCATTGAAGGTACTTGATGACTTGATCCAAAACGAGAACG
AGACTGCTAATAAGAAACTATACGAACTTAAACTGGGTTTGCTGGAGGAGTTAGGTTGGA
GTCATTTGGTTACGTATGAGAAGCAGTGGATGCAAGTTCGTTTCCCTACAAGCTTACCTC
TCTTTTAGTTCTTCTTCTCAATGCTTCTAATAAAGTTATTTTCCGTTCAATAAAAGGCGT
TTGTTCTCAAACCCAAACCTACTTGTTTCGTTTTCTCTGTATGTTCGTTCCAATATATTC
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CAGATTTTATTTGC

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

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CGTTATGCTCTCCGCCAGATCTGGTCCTCTACTCCTCTGCCTCTGCAGCTTCTTCGTTCG
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BQ
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AF RR3GO57TF C 1
AF RR3GO57JQ U 20
BS 1 19 RR3GO57TF
BS 20 748 RR3GO57JQ

RD RR3GO57TF 748 0 0
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TAAAAAATATTTCAAATTTGGTTTACATGTAAACCAAAAAAAATAAACAGAAAAAAACTA
AATCTAACAGAACC*TAATTCAGACACATCCTCCATCGTTATCCTTACCCTAGCCGCTTC
CATCAGGAAATCCTCCTCCATCCTCGACACTTAAGCCACGCCGTCAGCCACGTCCTCCAT
CGTTATGCTCTCCGCCAGATCTGGTCCTCTACTCCTCTGCCTCTGCAGCTTCTTCGTTCG
TCTTTCCTTTCTCCCTCTCCAAACCCGTCTCTTTCGTGTGAGCTTTAGAAGCTTGCTACA
TCTGTACTTTGTCGACAGGAAGAAGATAAAGGCATCACTTCGTGACGGAGCAGTGGAAGA
GAGGAGGCGTCTCTGAAACCCAGATTTATAAACACAACAGAAAAAGAATCAAACTTTACG
CATTCAAAAGGTTAAGAAAAATGAGAAATCAAAAACACATTTCTATAGAGAAACTGAAAA
GAAAAGAGAGATCTAGGGAAAGAGAGGATATGAGGAATGGAGATTGGGAGATGGGTTTGA
AGTTGAAGCGGTTTTGGTGAAGAACAACATTGGTCGGATGCGTCAGATCTGTCAACACCA
AAATCGATCTGTGAGGGTGGAGGCCAGAGGCCGAGACTGATGTTGATTGTGTACAGAGAG
AATTTGAGATTGAGATGGTGAGACACCC

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3GO57JQ 729 0 0
CTTTAATTACAAATGATTCATAAGTTAAACTGGTTTACATATAAAAAATATTTCAAATTT
GGTTTACATGTAAACCAAAAAAAATAAACAGAAAAAAACTAAATCTAACAGAACCCTAAT
TCAGACACATCCTCCATCGTTATCCTTACCCTAGCCGCTTCCATCAGGAAATCCTCCTCC
ATCCTCGACACTTAAGCCACGCCGTCAGCCACGTCCTCCATCGTTATGCTCTCCGCCAGA
TCTGGTCCTCTACTCCTCTGCCTCTGCAGCTTCTTCGTTCGTCTTTCCTTTCTCCCTCTC
CAAACCCGTCTCTTTCGTGTGAGCTTTAGAAGCTTGCTACATCTGTACTTTGTCGACAGG
AAGAAGATAAAGGCATCACTTCGTGACGGAGCAGTGGAAGAGAGGAGGCGTCTCTGAAAC
CCAGATTTATAAACACAACAGAAAAAGAATCAAACTTTACGCATTCAAAAGGTTAAGAAA
AATGAGAAATCAAAAACACATTTCTATAGAGAAACTGAAAAGAAAAGAGAGATCTAGGGA
AAGAGAGGATATGAGGAATGGAGATTGGGAGATGGGTTTGAAGTTGAAGCGGTTTTGGTG
AAGAACAACATTGGTCGGATGCGTCAGATCTGTCAACACCAAAATCGATCTGTGAGGGTG
GAGGCCAGAGGCCGAGACTGATGTTGATTGTGTACAGAGAGAATTTGAGATTGAGATGGT
GAGACACCC

QA 1 729 1 729
DS 



AS 1 2

CO CL9143Contig1 1370 2 2 U
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CATCTCACCCTGATTCCATCGATGGGTTAATCGAAAAAAAAATAAACACAAACTCTAAAG
TTCAGACCTTTTCCGATGCGGTAAGAACGATAAAGTTTACTCCTTTACCACTCTACATCC
CTCTTCTCTCTCGATCTCACAATGGGTAACCCTAAAGACCCTCTCTTTCCCGACGAGGTG
ATCCTCCAGATCCTCGCCAGGCTACCCGTCAAATCCCTCTTCAGGTTCAAATCCGTATCC
AAATCATGGCACACCTTACCTTCCGACACCTACTTCATCACCCTCCTCAATCAACTCTCC
TTAAAGAACCAAACCCTCGTCGCCGAGGTACCAGACTCCTCCACCTTGATCTCCGTCGAC
AGTCTCAGAGGCGTCTCCGAGTTCTCCTTGGAGTTTCTCAGAGACAGAGTCATGATCAGA
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TGTAACCCTTCGACTAGAGAGTTTAGGATGTTGCCTAGGAGCAGAGAGAGGCACGTGACT
AGGTTTTATCCGGATGGGGAGGCGACGCTTGTCGGTTTGGCGTGTGATGTGGGTAGGAAA
GGGTTTTACGTGGTGATGGCTGGTTACCACAGGTCGTTTGGGCATAGACCTGACGGGAGT
TTTGTCTGTTTGGTGTTTGATTCGGTGAGTAATAAGTGGAGGAAGTTCGTTTCGGCGTTG
GAGGATGATTGTGTCGGTTTCACGCATATGAGTAAGAACCAGGTTGTGTTTGTTAACGGG
AGGCTTCACTGGTTGATGAGTGGGTTGTGTTATGTGCTTGCGCTTGATCTTGAACACGAC
GTGTGGAGGAAGGTTTCTTTGCCTGATGAGATCAGATGTAGTGGTGGGAATAGGGTTTAT
CAGTTGGAGTTGGATGGGTTTTTGTCGGTGATTCAGCTATCAGATGTGTGGATGAAGATA
TGGAAGATGAGAGACTACGTGAGTGAGGTTTGGTGTGTTGTTGATAGCATAAGTTTGAGG
TGTATCAGAGGATTGGTGCCTGGGATCTTCCCGATTTGTCAGACGGGTGAGTATGTGTTT
TTGGCTACTCATAAGCAGGTGCTTGTGTATCAGAGACGGAGTAAGTTGTGGAAAGAGATG
TTTTCTGTGAAAGGGAGCTGTTCTCTGCCTCTGTGGTTCTCAGCTCACGCCTTTCGCAGC
ACCATAGTACCTTTGTAATTAAAGCTCTATAGTATAGATGGCATGTTTGTGTTTGCATTT
TCTACGGTTTTCTTTTGTTTATTTTTCTTGGATCGTTTTGGGTTTGTGAG


BQ
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AF RR3D116TF U 1
AF RR3D116JQ C 578
BS 1 707 RR3D116TF
BS 708 1370 RR3D116JQ

RD RR3D116TF 707 0 0
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CATCTCACCCTGATTCCATCGATGGGTTAATCGAAAAAAAAATAAACACAAACTCTAAAG
TTCAGACCTTTTCCGATGCGGTAAGAACGATAAAGTTTACTCCTTTACCACTCTACATCC
CTCTTCTCTCTCGATCTCACAATGGGTAACCCTAAAGACCCTCTCTTTCCCGACGAGGTG
ATCCTCCAGATCCTCGCCAGGCTACCCGTCAAATCCCTCTTCAGGTTCAAATCCGTATCC
AAATCATGGCACACCTTACCTTCCGACACCTACTTCATCACCCTCCTCAATCAACTCTCC
TTAAAGAACCAAACCCTCGTCGCCGAGGTACCAGACTCCTCCACCTTGATCTCCGTCGAC
AGTCTCAGAGGCGTCTCCGAGTTCTCCTTGGAGTTTCTCAGAGACAGAGTCATGATCAGA
GCCTCGTGCAACGGCCTTTTGTGCTGCGCGAGCGTCCCTGAGAAAGGTGTTTATTACGTT
TGTAACCCTTCGACTAGAGAGTTTAGGATGTTGCCTAGGAGCAGAGAGAGGCACGTGACT
AGGTTTTATCCGGATGGGGAGGCGACGCTTGTCGGTTTGGCGTGTGATGTGGGTAGGAAA
GGGTTTTACGTGGTGATGGCTGGTTACCACAGGTCGTTTGGGCATAG

QA 1 707 1 707
DS 

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A
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GGCGTGTGATGTGGGTAGGAAAGGGTTTTACGTGGTGATGGCTGGTTACCACAGGTCGTT
TGGGCATAGACCTGACGGGAGTTTTGTCTGTTTGGTGTTTGATTCGGTGAGTAATAAGTG
GAGGAAGTTCGTTTCGGCGTTGGAGGATGATTGTGTCGGTTTCACGCATATGAGTAAGAA
CCAGGTTGTGTTTGTTAACGGGAGGCTTCACTGGTTGATGAGTGGGTTGTGTTATGTGCT
TGCGCTTGATCTTGAACACGACGTGTGGAGGAAGGTTTCTTTGCCTGATGAGATCAGATG
TAGTGGTGGGAATAGGGTTTATCAGTTGGAGTTGGATGGGTTTTTGTCGGTGATTCAGCT
ATCAGATGTGTGGATGAAGATATGGAAGATGAGAGACTACGTGAGTGAGGTTTGGTGTGT
TGTTGATAGCATAAGTTTGAGGTGTATCAGAGGATTGGTGCCTGGGATCTTCCCGATTTG
TCAGACGGGTGAGTATGTGTTTTTGGCTACTCATAAGCAGGTGCTTGTGTATCAGAGACG
GAGTAAGTTGTGGAAAGAGATGTTTTCTGTGAAAGGGAGCTGTTCTCTGCCTCTGTGGTT
CTCAGCTCACGCCTTTCGCAGCACCATAGTACCTTTGTAATTAAAGCTCTATAGTATAGA
TGGCATGTTTGTGTTTGCATTTTCTACGGTTTTCTTTTGTTTATTTTTCTTGGATCGTTT
TGGGTTTGTGAG

QA 2 793 2 793
DS 



AS 1 2

CO CL9144Contig1 693 2 17 U
GGACAACAACAAAACACGATCATTCAAAAACCGAGAAAACAAAGGTATCTGTAAAAGATG
TTCATCGAGAGCTTCAAAGTTGAGAGCCCGAACGCGAAATACACAGAGAATGAGATTCAT
TCGGTGTACGATTACGAGACGACGGAAGTCGTTCACGAGAACGTTAACGGTGCTTACCAA
TGGATCGTGAAGCCCAAGGTTGTCAAATACGATTTCAAAACCGATACTCGTGTCCCCAAA
TTAGGGGTTATGCTTGTTGGTTGGGGAGGAAACAATGGATCAACCCTCACCGCCGGTGTA
ATTGCCAATAAAGAAGGAATCTCGTGGGCGACAAAGGACAAAGTGCAACAAGCGAACTAC
TTCGGGTCGTTAACACAAGCATCGTCTATTCGTGTCGGATCCTTCAACGGTGAAGAGATC
TATGCTCCTTTCAAGAGTCTCGTTCCAATGGTGAATCCGGATGATGTTGTGTTTGGAGGA
TGGGACATAAGTGATATGAATTTAGCAGACGCTATGGGGAGAGCCAAGGTTCTTGACATT
GATCTGCAGAAACAGCTTAGGCCTTTCATGGAGAACATTGTCCCACTCCCTGGTATCTTC
GATCCTGATTTCGTCGCTGCCAATCAGGGGTCACGTGCCAACAACGTCATCAAAGGTACC
AAGAAAGAACAAGTCGACCAAATCATCAAGACA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 
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AF RR3GD10TF U 2
AF RR3D461TF U 1
BS 1 41 RR3D461TF
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BS 633 633 RR3GD10TF
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BS 655 655 RR3GD10TF
BS 656 693 RR3D461TF

RD RR3GD10TF 659 0 0
GGGCAACCAC
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CTTCAAAGTTGAGAGCCCGAACGTGAAATACACAGAGAATGAGATTCATTCGGTGTACGA
TTACGAGACGACGGAGGTCGTTCACGAGAACGTTAACGGTGCTTACCAATGGATCGTGAA
GCCCAAGGTTGTCAAATACGATTTCAAAACCGATACTCGTGTCCCCAAATTAGGGGTTAT
GCTTGTTGGTTGGGGAGGAAACAATGGATCAACCCTCACCGCCGGTGTAATTGCCAATAA
AGAAGGAATCTCGTGGGCGACAAAGGACAAAGTGCAACAAGCGAACTACTTCGGGTCGTT
AACACAAGCATCGTCTATTCGTGTCGGATCCTTCAACGGTGAAGAGATCTATGCTCCTTT
CAAGAGTCTCGTTCCAATGGTGAATCCGGATGATGTTGTGTTTGGAGGATGGGACATAAG
TGATATGAATTTAGCAGACGCTATGGGGAGAGCCAAGGTTCTTGACATTGATCTGCAGAA
ACAGCTTAGGCCTTTCATGGAGAACATTGTCCCACTCCCTGGTATCTTCGATCCTGATTT
CGTCGCTGCCAATCAGGGGTCACGTGCCAACAACGTCATCAAAGGTACC

QA 11 659 11 659
DS 

RD RR3D461TF 693 0 0
GGACAACAACAAAACACGATCATTCAAAAACCGAGAAAACAGAGGTATCTGTAAA*GATG
TTCATCGAGAGCTTCAAAGTTGAGAGCCCGAACGCGAAATACACAGAGAATGAGATTCAT
TCGGTGTACGATTACGAGACGACGGAAGTCGTTCACGAGAACGTTAACGGTGCTTACCAG
TGGATCGTGAAGCCCAAGGTTGTCAAATACGATTTCAAAACCGATACTCGTGTCCCCAAA
TTAGGGGTTATGCTTGTTGGTTGGGGAGGAAACAATGGATCAACCCTCACCGCCGGTGTA
ATTGCGAATAAAGAAGGAATCTCGTGGGCGACCAAGGACAAAGTGCAACAAGCTAACTAC
TTCGGGTCGTTAACACAAGCATCGTCTATTCGTGTCGGATCCTTCAACGGTGAAGAGATC
TATGCTCCTTTCAAGAGTCTCGTTCCAATGGTGAATCCGGATGATGTTGTGTTTGGAGGA
TGGGACATAAGTGATATGAATTTAGCAGACGCTATGGGGAGAGCCAAGGTTCTTGACATT
GATCTGCAGAAACAGCTTAGGCCTTTCATGGAGAACATTGTCCCACTCCCTGGTATCTTC
GATCCTGATTTCGTCGCTGCCAATCAGGGGTCCCGTGCCAACAACGTCATCAAATGTACC
AAGAAAGAACAAGTCGACCAAATCATCAAGACA

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL9145Contig1 943 2 2 U
GGACTCTTTCCAAGGAAAAAGATATGTCCACGGACTCGTACGAAGATGCCCTTAAAAAAC
TTGGAGAGCTTCTCACCAAGAAATCGGATCTAGGTAACGTCGCAGCCGCAAAGATCAAGC
AGTTAACTAGTGAGCTAGAGGAACTTGATTCCAGCAAGATAGATTCTGTAGAAAGGATCA
AGTCTGGATTCAACCATTTCAAGACTCATAATTATGAGAAGAATCCTTCGTTGTACAGTG
CACTTGCCAAGAGCCAGAGCCCCAAGTTTCTGGTGTTTGCTTGTGCGGATTCTCGAGTTT
GCCCGTCTCACATCTTGAATTTTCAACTTGGGGAAGCATTTATCGTTAGAAACATTGCAA
ACATGGTGCCACCTTATGATAAGACAAAACACTGTAATATTGGTGCCGCCCTTGAATATC
CAATCACAGTCCTCAATGCGGAGAGCATTCTGGTGATTGGTCACAGCTGTTGTGGTGGAA
TAAAAGGACTCATGGCAATTGAAGATGATGCGGCTCCCTATAAGAGTGAATTCATAGAAG
ACTGGATCCATATCTGTGCATCGGCCAAGAACAAGACCAGGCAGGATTGTAAAGACCTGA
GCTTCGACGACCAGTGCACCAACTGTGAGAAAGGAAGCTGTGAACGTGTCGCTGGGGAAC
CTGTTATCGTACCCGTTCGTGAGAGAGCGAGTGGTGAAAAACAAGCTCGCCATAAGAGGC
GCTCACTATGATTTTGTGAAAGGGACGTTTGATCTCTGGGAACTTGACTTCAAGACCACC
CCAGCTTTTGCCTTGTCATAAAAGAGTTCTACTCATGTTTTCTCTCTATGTTGCTTCTAA
GTGTGTTCTCAATTTCTCATCGATAATCATCTTTCTTTATCTTCAGTTTCTTGTATAATC
TCATCTTTTATGTTTTAAATTAAATGAATAAGCTATAACCAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G326TF U 1
AF RR3G326JQ C 85
BS 1 701 RR3G326TF
BS 702 943 RR3G326JQ

RD RR3G326TF 701 0 0
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AGTCTGGATTCAACCATTTCAAGACTCATAATTATGAGAAGAATCCTTCGTTGTACAGTG
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GCCCGTCTCACATCTTGAATTTTCAACTTGGGGAAGCATTTATCGTTAGAAACATTGCAA
ACATGGTGCCACCTTATGATAAGACAAAACACTGTAATATTGGTGCCGCCCTTGAATATC
CAATCACAGTCCTCAATGCGGAGAGCATTCTGGTGATTGGTCACAGCTGTTGTGGTGGAA
TAAAAGGACTCATGGCAATTGAAGATGATGCGGCTCCCTATAAGAGTGAATTCATAGAAG
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CTGTTATCGTACCCGTTCGTGAGAGAGCGAGTGGTGAAAAA

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3G326JQ 859 0 0
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AGTTTCTGGTGTTTGCTTGTGCGGATTCTCGAGTTTGCCCGTCTCACATCTTGAATTTTC
AACTTGGGGAAGCATTTATCGTTAGAAACATTGCAAACATGGTGCCACCTTATGATAAGA
CAAAACACTGTAATATTGGTGCCGCCCTTGAATATCCAATCACAGTCCTCAATGCGGAGA
GCATTCTGGTGATTGGTCACAGCTGTTGTGGTGGAATAAAAGGACTCATGGCAATTGAAG
ATGATGCGGCTCCCTATAAGAGTGAATTCATAGAAGACTGGATCCATATCTGTGCATCGG
CCAAGAACAAGACCAGGCAGGATTGTAAAGACCTGAGCTTCGACGACCAGTGCACCAACT
GTGAGAA*GGAAGCTGTGAACGTGTCGCTGGGGAACCTGTTATCGTACCCGTTCGTGAGA
GAGCGAGTGGTGAAAAACAAGCTCGCCATAAGAGGCGCTCACTATGATTTTGTGAAAGGG
ACGTTTGATCTCTGGGAACTTGACTTCAAGACCACCCCAGCTTTTGCCTTGTCATAAAAG
AGTTCTACTCATGTTTTCTCTCTATGTTGCTTCTAAGTGTGTTCTCAATTTCTCATCGAT
AATCATCTTTCTTTATCTTCAGTTTCTTGTATAATCTCATCTTTTATGTTTTAAATTAAA
TGAATAAGCTATAACCAGC

QA 1 859 1 859
DS 



AS 1 2

CO CL9146Contig1 642 2 4 U
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TCTACTCATTCCACATCTGACATCTCATAGTTTATTTCTTTTTAGACATGGCTAAATCAC
TTCTCTTTTTCTTCTTAGCCGTCTCTCTTATGTTTCTTCTTGCAGCGGCTTCGACAACTG
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TTAGAGAATGCATAACGGCGGAGATTGAGGAGGATGGAGTTGAGGCTTTGGTGCGGCGGA
TTCTACAGCAACAGAGGAATAAAGTAAGCTACCGAGTTCTACAGAAGCAGAGGCCAGCTT
CGAACTGTAAGATCATTGCTAATTGCATCGGAATAGCTAATCAGAAAAACGCACCTTGCA
CTTCCTACGAAAGATGCAAACGTGCCACTGGCTAATATTTCGTTTATTTTCTCTCTTGAT
TATGTGTGTGTTTGAGATCCCTTCTTTTGTTTATCTTTTAAAGAATCTAATGTAACAATA
AGAACGTTGTCCCTTCGGGGACATCCGATAAAATTGGAACGATACAGAGAAGATTAGCAA
GGATGACACGCACAAATCGAGAAATGGTCCAAATTTTAAGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GZ28TF U 1
AF RR3GZ28JQ C 137
BS 1 594 RR3GZ28TF
BS 595 595 RR3GZ28JQ
BS 596 636 RR3GZ28TF
BS 637 642 RR3GZ28JQ

RD RR3GZ28TF 641 0 0
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TCTACTCATTCCACATCTGACATCTCATAGTTTATTTCTTTTTAGACATGGCTAAATCAC
TTCTCTTTTTCTTCTTAGCCGTCTCTCTTATGTTTCTTCTTGCAGCGGCTTCGACAACTG
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TTAGAGAATGCATAACGGCGGAGATTGAGGAGGATGGAGTTGAGGCTTTGGTGCGGCGGA
TTCTACAGCAACAGAGGAATAAAGTAAGCTACCGAGTTCTACAGAAGCAGAGGCCAGCTT
CGAACTGTAAGATCATTGCTAATTGCATCGGAATAGCTAATCAGAAAAACGCACCTTGCA
CTTCCTACGAAAGATGCAAACGTGCCACTGGCTAATATTTCGTTTATTTTCTCTCTTGAT
TATGTGTGTGTTTGAGATCCCTTCTTTTGTTTATCTTTTAAAGAATCTAATGTAACAATA
AGAACGTTGTCCCTTCGGGGACATCCGATAAAATTGGAACGATACAGAGAAGAT*AGCAA
GGATGACACGCACAAATCGAGAAATGGTCCAAATTT
AAGTC

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3GZ28JQ 506 0 0
AGCCGTCTTTCTTATGTTTCTTCTTGCAGCGGCTTCGACAACTGCAGCTGCAGGGAACGC
CACAAGTGGGTTGAGATACGGCGGATGTGCTCCCGGAGACACTGTTAGAGAATGCATAAC
GGCGGAGATTGAGGAGGATGGAGTTGAGGCTTTGGTGCGGCGGATTCTACAGCAACAGAG
GAATAAAGTAAGCTACCGAGTTCTACAGAAGCAGAGGCCAGCTTCGAACTGTAAGATCAT
TGCTAATTGCATCGGAATAGCTAATCAGAAAAACGCCCCTTGCACTTCCTACGAAAGATG
CAAACGTGCCACTGGCTAATATTTCGTTTATTTTCTCTCTTGATTATGTGTGTGTTTGAG
ATCCCTTCTTTTGTTTATCTTTTAAAGAATCTAATGTAACAATAAGAACGTTGTCCCTTC
GGGGACATCCGATAAAATTGGAACGATACAGAGAAGATTAGCAAGGATGACACGCACAAA
TCGAGAAATGGTCCAAATTTTAAGTC

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 2

CO CL9147Contig1 928 2 2 U
GACTCATGTGTTCGGAATTTTCCTACTTTTGGTTCAGTCCTGAGGATCATTGTAGATAAT
GTTGCTGAGAAGCAGGCCATTCAGTGTCTTCGACCTGGTCAACACGTGAAGTTTCTGAAC
CTTTTCTTCCAAGTAAATATGGGGTTATGGAACGCCACTTTTAGTCCCTCTACAAAGCTG
CAGTACACAATGAGCAGAGAAATGCAATCCTTCACACCTCAAAGAGAAAAATTCTCATCG
AGATGGAACCCCATCACACGCTGTATTAGTAGTCCCTCTCACTCAGGAATCACAGGGGTT
GCGCATGAGGACGCTCCGTTTGTTTCTCTGATGGACATCCTGACCTATAGCAATGTGACT
GCTAAATTCAGGTGTGTTGTTCGGTTCATACAAGTGTTTCCCAGAGATGTCAGAAGGTTC
CACGATTTGAACGGAAAATTCAAACTGCTAGCTATACTAGAAGATGCAACCGCCAGAATC
CACGCTTCTCCGTATGCTGATGAAGGGGATAAGTTTTTTGGGTGTGACCCATCTGACGAA
CAGGCTCTGGTCAAGAAGCTGGATACATTGTTGGGAGGGGATGAGATGAACCAAGCTCCA
AGAAATCCTCCATGGGTGCAATGTTGCTTGTTCTCTTTTTACAGAAACAAAAATGATCAA
TGGGGAAGCAGAAGATTCCGTATATTTGATACATGGATCAACGCTTCACTAGAGGCAGTA
AACCAATGAGAAGTCATACGATTAATTATTTTTACCAGAGTTATTAACATTGACAAGATG
TTCGTATTGGTATTCCGATGGTTAATTAACTTTAGTCATCAAGGTCACTGATTTTCCGGT
AGTTCAAGATTGTGTATAATCTTGTTGACAAGCATTAATGAGTTTTAACACTGCTTGAAG
CTGAGTAGTAGTAAATTTAAATGTCAAC


BQ
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BS 1 782 RR3AJ11TF
BS 783 928 RR3AJ11JQ

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TT

QA 1 782 1 782
DS 

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AGTTCAAGATTGTGTATAATCTTGTTGACAAGCATTAATGAGTTTTAACACTGCTTGAAG
CTGAGTAGTAGTAAATTTAAATGTCAAC

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GP10TF U 1
AF RR3GP10JQ C 639
BS 1 744 RR3GP10TF
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BS 772 1376 RR3GP10JQ

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GTCGACGAGTCTGGGCGGTTTAGGTTTGTGAAGAAGGAGAAACAGAGGAACAAGGGCGGC
GTAGAAGTAGATGACTCCGTCCCAATCGACGAGCCTCCGACTCAGGAACAAGAGCAGGGA
ATCTCTGATCGGAGGATTCTCAGATCTCAGTATCTCTCCCTCATCCACAAAATCACCGAT
TCTAAAGATGATTTAACGAGAGTTGATTCTGACAAATTCTCCAGAATTTTCACTGAATTT
GAGAACCTGCACCAGAAAGTTCAGAAGCCAAGAGAGCAAGTTGCAGATGCAGAGGCGTTT
CTGGATATAGCAAACACCATCATGTCTTCACTCAAGTCTCACTCTACTAACGGTGTTTCT
CCCGCTGAGTTTGTTAATGCTCTGGTCAACACGTTTGGTCAGTCTTCTTTAGGAGTTGAT
GATGGTGCTCCTGTATCTATGAAATGGAAGGATCTTGGGCTTGCCGTCTGTTCTACTGTT
CTCGTATCGTGTGGTTGTTCCACAATGTTGGGACCTATGGACACTGAACTCAAGGAAAGG
AAAAGGGCAGTCTACACTAAGCGTACTAAGCCTGGTGAAAGCGTTCGTCCAGATGAGGTG
GATGATACACAATCAGAAGAGAAA*CGGATACAGACAAGAATATGGCGATA

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3GP10JQ 738 0 0
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AGGCGTTCGTCCAGATGAGGTGGATGATACACAATCAGAAGAGAAAACGGATACAGACAA
GAATATGGCGATAATGTTTAACATCTTACGGCAAAAGAAGCGCGTGAGGCTTGAAAACTT
GGTGCTTAACAGAAGATCATTTGCTCAGACTGTAGAGAACTTGTTCGCTCTATCTTTCTT
GGCCAAAGATGGACGAGTAGAGATCATTGTTGATAAGAATGGTTCTCATTTTGCATTGCC
AAGAAACGCACCCGCTGCAAACCTTGTGATGTCGGGGGAAGTCATCTATAACCATTTTGT
GTTTAGATTTGATTTCAAAGACTGGAAGCTGATGTCTGAAATGGTGCCGGTGGGCGAAGA
GCTAATGCCACACAGGGAGACTGCTATCGCTTCATCTTCTGGTCCCTCTGCATCAGCAGA
CTTCCCACAAGATTCTCAGACAACGCCAATAAGAAAACTCTCGAGAAACCGAGGTTTGGT
TGTACAAGAAGACTCTGTTGTTGAAGATTCTCCTGACGTCGAGGGGGATGGAACACGCAG
GAGATTAAAGCGGAGACTCGCTTGAGAAGATGAGTCGTCTCGTTGTATGTAGTATATAAG
AGTAGAGTGTTAAAAACTCCTGATACTGTATGATTTTGTGACATTTAACTTTATGTGATC
GTATGAGTGTTAGCATCT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL9149Contig1 773 2 2 U
GGGAAAGAGCTGAATCCATCTCGAAACACAAAATCTTTTCGCAAGATCTACCCGGTTATG
GCGAAGCACACGGCGGCTTTGAAAGTTGGACTGACTTTGCTTGCTCTGAGCATGATCGGT
TACATACTCGGCCCGCCTCTCTACTGGCACCTCACCGAGGCACTTGTCGCTTCCGCCTCT
TCTCGCTCCCCTTGCGTCTGCGACTGCTCCTCCGTGCCTCTTCTCACCATCCCCAAAGGA
CTCAGCAATGGATCTTTTGGAGATTGTGCAAAGCATGACTCAGAGGTGAACGAAGACACA
GAGAAGAACTACGCTGAGCTATTAACAGAGGAACTGAAGCAACGAGAAGCAGTATCCATG
GAGAAACACAAACGAGTAGACACAGGTCTGTTAGAGGCCAAGAAGATCACATCCTCTTTC
CAGAAGGAGGCGGATAAGTGCAACTCCGGTATGGAGACTTGTGAAGAAGCAAGAGAGAAG
TCGGAGAAGGCACTTGTGGAGCAGAAGAAGCTGACTTCTATGTGGGAACTCAGAGCTCGT
CAAAAAGGGTGGAAAGAAGGAGCCACCAAGTCATCTGTTAAATCCAAAAGCAGTGTCCAG
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GATTTTGATTTATAGTATTGTCTTGTAGTTTTCTGATGGAACAGATATTGAATGAAGCAA
GCAATGTACCAAAACAACAATGTATTAATGGATTTTGAACAAATTTTTATTGC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F908TF U 1
AF RR3F908JQ C 4
BS 1 728 RR3F908TF
BS 729 773 RR3F908JQ

RD RR3F908TF 728 0 0
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GCGAAGCACACGGCGGCTTTGAAAGTTGGACTGACTTTGCTTGCTCTGAGCATGATCGGT
TACATACTCGGCCCGCCTCTCTACTGGCACCTCACCGAGGCACTTGTCGCTTCCGCCTCT
TCTCGCTCCCCTTGCGTCTGCGACTGCTCCTCCGTGCCTCTTCTCACCATCCCCAAAGGA
CTCAGCAATGGATCTTTTGGAGATTGTGCAAAGCATGACTCAGAGGTGAACGAAGACACA
GAGAAGAACTACGCTGAGCTATTAACAGAGGAACTGAAGCAACGAGAAGCAGTATCCATG
GAGAAACACAAACGAGTAGACACAGGTCTGTTAGAGGCCAAGAAGATCACATCCTCTTTC
CAGAAGGAGGCGGATAAGTGCAACTCCGGTATGGAGACTTGTGAAGAAGCAAGAGAGAAG
TCGGAGAAGGCACTTGTGGAGCAGAAGAAGCTGACTTCTATGTGGGAACTCAGAGCTCGT
CAAAAAGGGTGGAAAGAAGGAGCCACCAAGTCATCTGTTAAATCCAAAAGCAGTGTCCAG
GCTTCTTAGAGGCACACACCCTAAGTTATTTTTATATTACACGAAAGAATGTATTTTATG
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GCAATGTA

QA 1 728 1 728
DS 

RD RR3F908JQ 770 0 0
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ATACTCGGCCCGCCTCTCTACTGGCACCTCACCGAGGCACTTGTCGCTTCCGCCTCTTCT
CGCTCCCCTTGCGTCTGCGACTGCTCCTCCGTGCCTCTTCTCACCATCCCCAAAGGACTC
AGCAATGGATCTTTTGGAGATTGTGCAAAGCATGACTCAGAGGTGAACGAAGACACAGAG
AAGAACTACGCTGAGCTATTAACAGAGGAACTGAAGCAACGAGAAGCAGTATCCATGGAG
AAACACAAACGAGTAGACACAGGTCTGTTAGAGGCCAAGAAGATCACATCCTCTTTCCAG
AAGGAGGCGGATAAGTGCAACTCCGGTATGGAGACTTGTGAAGAAGCAAGAGAGAAGTCG
GAGAAGGCACTTGTGGAGCAGAAGAAGCTGACTTCTATGTGGGAACTCAGAGCTCGTCAA
AAAGGGTGGAAAGAAGGAGCCACCAAGTCATCTGTTAAATCCAAAAGCAGTGTCCAGGCT
TCTTAGAGGCACACACCCTAAGTTATTTTTATATTACACGAAAGAATGTATTTTATGGAT
TTTGATTTATAGTATTGTCTTGTAGTTTTCTGATGGAACAGATATTGAATGAAGCAAGCA
ATGTACCAAAACAACAATGTATTAATGGATTTTGAACAAATTTTTATTGC

QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

CO CL9150Contig1 726 2 1 U
GGGTGCAGAAACGCGAAGTTGAACAACATCCATATCTCTCTCTACCTATCTTTGATCTTT
CTACGTATTGGTTTATGAGCTCAAAGGAGAAGCCCACTCTCGGAGGAACGCGGATTAAGA
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ATCTTAATTTCTCTCGATACGGCGATATCTTCTTTGAGGTTGTTTTCATTGGAGGACGTA
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TTAAAC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3AC44JQ C 1
AF RR3AC44TF U 1
BS 1 726 RR3AC44TF

RD RR3AC44JQ 726 0 0
GGGTGCAGAAACGCGAAGTTGAACAACATCCATATCTCTCTCTACCTATCTTTGATCTTT
CTACGTATTGGTTTATGAGCTCAAAGGAGAAGCCCACTCTCGGAGGAACGCGGATTAAGA
CCCGCAAAAGGAATATTGCTGCTCCTTTGGACCCTGCTGCTTTCTCTGATGCTGTTGTCC
TGATTTATCTCGATAATGCTGGTGATCTCGAACTTGTTGCCAAGGCTGTTGAGTCATCTG
ATCTTAATTTCTCTCGATACGGCGATATCTTCTTTGAGGTTGTTTTCATTGGAGGACGTA
CGCAAGCGGGTTCTGTGAAATCTGATGAAGGGGAACGCCATCCTTACTCTATCATCGACT
GCGAACCAAACCGTGAAGCCATCTTACCATCAGTTGTATACATTCAGAAAATCCTGCGCA
GGAAACCTTTCCTCATAAAGAACCTCGAGAATGTCACCCGGAGATTCTTGCAGTCGCTCG
AGCTTTTCGAGGAGAGCGAGAGGAAGGGTTTGGAGCCGTTTGTGAATTGGCTGGAAGAGG
CTGAGGAAGAAGAGTGAGTGAATGAGTGAGCCACGGAAGCCAAATCTGTTTTTCTTTTAT
CTCTTCTAATAAAACATAAAACTTTGATTATCCTTAGTGCATTTCGAAAACACAAAAGTC
AGATGCTTGAAGCTTTTTTTTTAATGGATTGTTTGTTTGTTTGTTTATGGGACTATGTCT
TTAAAC

QA 1 726 1 726
DS 

RD RR3AC44TF 726 0 0
GGGTGCAGAAACGCGAAGTTGAACAACATCCATATCTCTCTCTACCTATCTTTGATCTTT
CTACGTATTGGTTTATGAGCTCAAAGGAGAAGCCCACTCTCGGAGGAACGCGGATTAAGA
CCCGCAAAAGGAATATTGCTGCTCCTTTGGACCCTGCTGCTTTCTCTGATGCTGTTGTCC
TGATTTATCTCGATAATGCTGGTGATCTCGAACTTGTTGCCAAGGCTGTTGAGTCATCTG
ATCTTAATTTCTCTCGATACGGCGATATCTTCTTTGAGGTTGTTTTCATTGGAGGACGTA
CGCAAGCGGGTTCTGTGAAATCTGATGAAGGGGAACGCCATCCTTACTCTATCATCGACT
GCGAACCAAACCGTGAAGCCATCTTACCATCAGTTGTATACATTCAGAAAATCCTGCGCA
GGAAACCTTTCCTCATAAAGAACCTCGAGAATGTCACCCGGAGATTCTTGCAGTCGCTCG
AGCTTTTCGAGGAGAGCGAGAGGAAGGGTTTGGAGCCGTTTGTGAATTGGCTGGAAGAGG
CTGAGGAAGAAGAGTGAGTGAATGAGTGAGCCACGGAAGCCAAATCTGTTTTTCTTTTAT
CTCTTCTAATAAAACATAAAACTTTGATTATCCTTAGTGCATTTCGAAAACACAAAAGTC
AGATGCTTGAAGCTTTTTTTTTAATGGATTGTTTGTTTGTTTGTTTATGGGACTATGTCT
TTAAAC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL9151Contig1 765 2 6 U
GGGTTCTCCTCCGGTCTGAAAAAGAAAATGGCGACTGCAAACGCTCTCACTTCCGCCTCT
GTCCTCTGCTCCTCACGACAGGGAAAGCTGAGTGGTGGAAGTCAGCAGAAAGGTCAAAGA
GTAAGCTACAGGAAAGCAAACAGACGTTTCAGCGTTAGAGCTAACGTCAAGGAGATTGCT
TTCGACCAGAGCTCCAGAGCTGCTCTTCAAGCTGGTATCGACAAGCTTGCTGATGCTGTT
GGTCTCACTCTTGGCCCTAGAGGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCCAAG
GTTGTGAACGATGGAGTCACCATTGCTAGGGCTATTGAGTTACCTGACGCCATGGAGAAT
GCCGGTGCTGCACTTATCCGTGAGGTTGCGAGTAAGACTAATGACTCCGCTGGTGATGGG
ACAACCACTGCCTCTGTCCTGGCTCGTGAAATCATCAAACACGGATTGCTGAGCGTCACC
TCCGGCGCCAATCCCGTCTCCCTCAAGCGAGGAATCGACAAGACTGTTCAAGGTTTGATC
GAAGAGCTCGAGAAGAGAGCTAGACCTGTCAAAGGCGGTAGCGACATCAGAGCCGTGGCT
ACGATCTCAGCTGGAAACGATGAGCTCGTGGGAGCGATGATCGCTGACGCCATCGATAAA
GTTGGACCTGATGGTGTTCTGTCCATCGAGTCTTCGTCCTCTTTTGAAACCACCGTCGAA
GTCGAAGAAGGATGGAGATTGACAGAGCTACATCTCTCTCAGTCG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BF09TF U 1
AF RR3BX49TF U 1
BS 1 268 RR3BF09TF
BS 269 269 RR3BX49TF
BS 270 530 RR3BF09TF
BS 531 531 RR3BX49TF
BS 532 727 RR3BF09TF
BS 728 765 RR3BX49TF

RD RR3BF09TF 727 0 0
GGGTTCTCCTCCGGTCTGAAAAAGAAAATGGCGACTGCAAACGCTCTCACTTCCGCCTCT
GTCCTCTGCTCCTCACGACAGGGAAAGCTGAGTGGTGGAAGTCAGCAGAAAGGTCAAAGA
GTAAGCTACAGGAAAGCAAACAGACGTTTCAGCGTTAGAGCTAACGTCAAGGAGATTGCT
TTCGACCAGAGCTCCAGAGCTGCTCTTCAAGCTGGTATCGACAAGCTTGCTGATGCTGTT
GGTCTCACTCTTGGCCCTAGAGGGAGGAGTGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCCAAG
GTTGTGAACGATGGAGTCACCATTGCTAGGGCTATTGAGTTACCTGACGCCATGGAGAAT
GCCGGTGCTGCACTTATCCGTGAGGTTGCGAGTAAGACTAATGACTCCGCTGGTGATGGG
ACAACCACTGCCTCTGTCCTGGCTCGTGAAATCATCAAACACGGATTGCTGAGCGTCACC
TCCGGCGCCAATCCCGTCTCCCTCAAGCGAGGAATCGACAAGACTGTTCAGGGTTTGATC
GAAGAGCTCGAGAAGAGAGCTAGACCTGTCAAAGGCGGTAGCGACATCAGAGCCGTGGCT
ACGATCTCAGCTGGAAACGATGAGCTCGTGGGAGCGATGATCGCTGACGCCATCGATAAA
GTTGGACCTGATGGTGTTCTGTCCATCGAGTCTTCGTCCTCTTTTGAAACCACCGTCGAA
GTCGAAG

QA 1 727 1 727
DS 

RD RR3BX49TF 765 0 0
GGGTTCTCCTCCGGTCTGAAAAAGAAAATGGCGACTGCAGACGCTCTCACTTCCGCCTCT
GTCCTCTGCTCCTCACGACAGGGAAAGCTGAGTGGTGGAAGTCAGCAGAAAGGTCAAAGA
GTAAGCTACAGGAAAGCAAACAGACGTTTCAGCGTTAGAGCTAACGTCAAGGAGATTGCT
TTCGACCAGAGCTCCAGAGCTGCTCTTCAAGCTGGTATCGACAAGCTTGCTGATGCTGTT
GGTCTCACTCTTGGCCCTAGAGGGAGGAATGTTGTGTTGGATGAGTTTGGAAGTCCCAAG
GTTGTGAACGATGGAGTC**CATTGCTAGGGCTATTGAGTTACCTGACGCCATGGAGAAT
GCTGGTGCTGCACTTATCCGTGAGGTTGCGAGTAAGACTAATGACTCCGCTGGTGATGGG
ACAACCACTGCCTCTGTCCTGGCTCGTGAAATCATCAAACACGGATTGCTGAGCGTCACC
TCCGGCGCCAATCCCGTCTCCCTCAAGCGAGGAATCGACAAGACTGTTCAAGGTTTGATC
GAAGAGCTCGAGAAGAGAGCTAGACCTGTCAAAGGCGGTAGCGACATCAGAGCCGTGGCT
ACGATCTCAGCTGGAAACGATGAGCTCGTGGGAGCGATGATCGCTGACGCCATCGATAAA
GTTGGACCTGATGGTGTTCTGTCCATCGAGTCTTCGTCCTCTTT*GAAACCACCGTCGAA
GTCGAAGAAGGATGGAGATTGACAGAGCTACATCTCTCTCAGTCG

QA 1 765 1 765
DS 



AS 1 2

CO CL9152Contig1 601 2 1 U
GGGTCCGCCACCGGGTGGATTCGCGCCGGTTCGATATGCTCGCCGGATATCCAATACGGG
TCCTAGCGCGATGGCTATTTTCCTTACTGTTTCTGGTGCATTTGCTTGGGGGATGTACCA
GGTCGGCCAGGGTAACAAGATCCGCAGGGCTTTGAAGGAAGAGAAATATGCTGCTCGTAG
AGCTATACTTCCCATTCTTCAAGCTGAAGAAGATGAAAGGTTTGTGTCTGAGTGGAAAAA
GTATCTGGACTACGAGGCAGATGTAATGAAGGATGTTCCGGGATGGAAAGTTGGCGAGAA
CGTTTATAATTCTGGTCGTTGGATGCCACCGGCGACTGGGGAACTCCGTCCTGATGTCTG
GTGATCCTCTTCTCAGTTTCTCACAAATGCATTTGATGATGATGGTGATGAATGAATGAA
TTGTTTCAGTGGGGGTTAATAACATGTTCTTGTTTTATCTTTTTCACTGGGTAATAAGAA
GAAGAATGATTCAACAGACAGTTGCTCTTGTACTGGTTTTGCTGGAACTTTAATCGTTGT
GTGTGTTTGTTTATGTAATTGTTCCAATGGTAAAATGAGACAAAAAACAGCTTTTATCAA
C


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 

AF RR3AE86JQ C 1
AF RR3AE86TF U 1
BS 1 601 RR3AE86TF

RD RR3AE86JQ 601 0 0
GGGTCCGCCACCGGGTGGATTCGCGCCGGTTCGATATGCTCGCCGGATATCCAATACGGG
TCCTAGCGCGATGGCTATTTTCCTTACTGTTTCTGGTGCATTTGCTTGGGGGATGTACCA
GGTCGGCCAGGGTAACAAGATCCGCAGGGCTTTGAAGGAAGAGAAATATGCTGCTCGTAG
AGCTATACTTCCCATTCTTCAAGCTGAAGAAGATGAAAGGTTTGTGTCTGAGTGGAAAAA
GTATCTGGACTACGAGGCAGATGTAATGAAGGATGTTCCGGGATGGAAAGTTGGCGAGAA
CGTTTATAATTCTGGTCGTTGGATGCCACCGGCGACTGGGGAACTCCGTCCTGATGTCTG
GTGATCCTCTTCTCAGTTTCTCACAAATGCATTTGATGATGATGGTGATGAATGAATGAA
TTGTTTCAGTGGGGGTTAATAACATGTTCTTGTTTTATCTTTTTCACTGGGTAATAAGAA
GAAGAATGATTCAACAGACAGTTGCTCTTGTACTGGTTTTGCTGGAACTTTAATCGTTGT
GTGTGTTTGTTTATGTAATTGTTCCAATGGTAAAATGAGACAAAAAACAGCTTTTATCAA
C

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3AE86TF 601 0 0
GGGTCCGCCACCGGGTGGATTCGCGCCGGTTCGATATGCTCGCCGGATATCCAATACGGG
TCCTAGCGCGATGGCTATTTTCCTTACTGTTTCTGGTGCATTTGCTTGGGGGATGTACCA
GGTCGGCCAGGGTAACAAGATCCGCAGGGCTTTGAAGGAAGAGAAATATGCTGCTCGTAG
AGCTATACTTCCCATTCTTCAAGCTGAAGAAGATGAAAGGTTTGTGTCTGAGTGGAAAAA
GTATCTGGACTACGAGGCAGATGTAATGAAGGATGTTCCGGGATGGAAAGTTGGCGAGAA
CGTTTATAATTCTGGTCGTTGGATGCCACCGGCGACTGGGGAACTCCGTCCTGATGTCTG
GTGATCCTCTTCTCAGTTTCTCACAAATGCATTTGATGATGATGGTGATGAATGAATGAA
TTGTTTCAGTGGGGGTTAATAACATGTTCTTGTTTTATCTTTTTCACTGGGTAATAAGAA
GAAGAATGATTCAACAGACAGTTGCTCTTGTACTGGTTTTGCTGGAACTTTAATCGTTGT
GTGTGTTTGTTTATGTAATTGTTCCAATGGTAAAATGAGACAAAAAACAGCTTTTATCAA
C

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL9153Contig1 720 2 8 U
GGACGGCACGTCACCGGTGACTTTCCTTCTCTTTATCTTTCGCAGCCACCAGTCGCCACC
GCGATTCTCGTCATCGGAGTCTCCTGTCTCCTCTCATCCCTCTTCATCGACTGCGTTTGT
TACTAAACTCAAGACGACGCCATGACCATTTTCTCAGTTCAGTCCACCATCTTCACCCGA
GCTTCCGTCTCCATCCTCTCTAGCAATGGACTCAAACGCTTCTCTTTCGCTTCTTCTTCC
TCCTTCTCCTCAAACGCTCTCTACTCTTCCCCTCTCCCCAAAACGAAGAAGCGGCGTTTC
CCCATCGTCTCCGCCGTCGATATCGGCGGCGTCACCATCGCTAGAAACGATGTGGTGAGA
GATGATGATCCTACGAACAATGTACCAGACTCGATCTTCTCCAAACTCGGGATGCAGCTA
CACAGACGTGATAAGCATCCTATTGGTATCTTAAAGAATGCTATCTACGACTACTTCGAT
TCCATGGAGCGCTCTCTTACAGACGAGGAGGTCAATGATCTGCAGAGTAAGGTGCGTGAT
GAGGTGCAAAGAAAGCTAAATGTTGAACTAAGGTAGAGTTGCTGGAGAAGATGATGAACA
TTTCGTGTTTTAACATTTTGTATTTCCTATAATATTTTTGTTACATTGGAAGAATTTCAT
TACATCGAATAAAAATATATGTGCATTTTCCATGAATTGTATCAATGATCCAACATTACG


BQ
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AF RR3BK50JQ C 1
AF RR3BK50TF U 1
BS 1 638 RR3BK50TF
BS 639 639 RR3BK50JQ
BS 640 674 RR3BK50TF
BS 675 675 RR3BK50JQ
BS 676 704 RR3BK50TF
BS 705 705 RR3BK50JQ
BS 706 719 RR3BK50TF
BS 720 720 RR3BK50JQ

RD RR3BK50JQ 720 0 0
GGACGGCACGTCACCGGTGACTTTCCTTCTCTTTATCTTTCGCAGCCACCAGTCGCCACC
GCGATTCTCGTCATCGGAGTCTCCTGTCTCCTCTCATCCCTCTTCATCGACTGCGTTTGT
TACTAAACTCAAGACGACGCCATGACCATTTTCTCAGTTCAGTCCACCATCTTCACCCGA
GCTTCCGTCTCCATCCTCTCTAGCAATGGACTCAAACGCTTCTCTTTCGCTTCTTCTTCC
TCCTTCTCCTCAAACGCTCTCTACTCTTCCCCTCTCCCCAAAACGAAGAAGCGGCGTTTC
CCCATCGTCTCCGCCGTCGATATCGGCGGCGTCACCATCGCTAGAAACGATGTGGTGAGA
GATGATGATCCTACGAACAATGTACCAGACTCGATTTTCTCCAAACTCGGGATGCAGCTA
CACAGACGTGATAAGCATCCTATTGGTATCTTAAAGAATGCTATTTACGACTACTTCGAT
TCCATGGAGCGCTCTCTTACAGACGAGGAGGTCAATGATCTGCAGAGTAAGGTGCGTGAT
GAGGTGCAAAGAAAGCTAAATGTTGAACTAAGGTAGAGTTGCTGGAGAAGATGATGAACA
TTTCGTGTTTTAACATTTTGTATTTCCTATAATATTTTTGTTACATTGGAAGAATTTCAT
TACATCGAATAAAAATATATGTGCATTTTCCATGAATTGTATCAATGATCCAACATTACG

QA 1 720 1 720
DS 

RD RR3BK50TF 719 0 0
GGACGGCACGTCACCGGTGACTTTCCTTCTCTTTATCTTTCGCAGCCACCAGTCGCCACC
GCGATTCTCGTCATCGGAGTCTCCTGTCTCCTCTCATCCCTCTTCATCGACTGCGTTTGT
TACTAAACTCAAGACGACGCCATGACCATTTTCTCAGTTCAGTCCACCATCTTCACCCGA
GCTTCCGTCTCCATCCTCTCTAGCAATGGACTCAAACGCTTCTCTTTCGCTTCTTCTTCC
TCCTTCTCCTCAAACGCTCTCTACTCTTCCCCTCTCCCCAAAACGAAGAAGCGGCGTTTC
CCCATCGTCTCCGCCGTCGATATCGGCGGCGTCACCATCGCTAGAAACGATGTGGTGAGA
GATGATGATCCTACGAACAATGTACCAGACTCGATCTTCTCCAAACTCGGGATGCAGCTA
CACAGACGTGATAAGCATCCTATTGGTATCTTAAAGAATGCTATCTACGACTACTTCGAT
TCCATGGAGCGCTCTCTTACAGACGAGGAGGTCAATGATCTGCAGAGTAAGGTGCGTGAT
GAGGTGCAAAGAAAGCTAAATGTTGAACTAAGGTAGAGTTGCTGGAGAAGATGATGAACA
TTTCGTGTTTTAACATTTTGTATTTCCTATAATATTTT*GTTACATTGGAAGAATTTCAT
TACATCGAATAAAA*TATATGTGCATTTTCCATGAATTGTATCA*TGATCCAACATTAC

QA 1 719 1 719
DS 



AS 1 2

CO CL9154Contig1 766 2 2 U
GCAGCAGAACATGGCCGAGATCTCGATCTCTTTCAACGTCCTGAAACAGCTGGCTCCTGC
CAACTTCCTCGTCTTCGGACTGGGCCGCGACTCCCTCATGTGGGCCTCTCTCAACCCGCG
AGGCAAAACGCTCTTCCTCGAGGAAGATCTCGAGTGGTTCCAGAAAGTGACCAAAGACTC
CCCCTTCCTCCGTGCGCATCACGTGCGCTACGGGACGCAGCTACAAGAAGCCGACAAGCT
TCTCCGCTCTTACAAAACGGAGCCGAGCTGTTTCCCCGCGAAGTCTTACCTCCGAGGGAA
CGAGCGTTGCAAGCTCGCGCTCACGGGACTCCCCGACGAGTTCTACGACACCGAGTGGGA
TCTGATCATGGTCGACGCTCCTAAAGGCTACTTCGCCGAAGCTCCGGGAAGAATGGCGGC
GATTTACTCGGCGGCGGTTATGGCTAGGAACAGGAAGAAGCCTGGAGTGACTCACGTGTT
CTTGCACGATGTTAACCGGAGGGTGGAGAAGACTTTCGCCAACGAGTTTTTGTGCCGGAA
GTATAGAGCTCACGCCGCCGGGAGGTTGTGGCATTTCGTGATTCCTCCGGTGGCTGCGAA
CGCTACGATCGACGGTGGAGATTACAGGTTTTGTTAAGATCGTGACACGTCTCATATACT
TTCCTCTTTTGCCCTTTCTGTTATCTTTTTTTTTTCGTTTCTTGAGGGGATCTGATTTAC
ACAGGGTTCACTTATTATCTGATTTAGTTCCGACAGTTTTGGATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F444TF U 1
AF RR3F444JQ C 99
BS 1 699 RR3F444TF
BS 700 766 RR3F444JQ

RD RR3F444TF 699 0 0
GCAGCAGAACATGGCCGAGATCTCGATCTCTTTCAACGTCCTGAAACAGCTGGCTCCTGC
CAACTTCCTCGTCTTCGGACTGGGCCGCGACTCCCTCATGTGGGCCTCTCTCAACCCGCG
AGGCAAAACGCTCTTCCTCGAGGAAGATCTCGAGTGGTTCCAGAAAGTGACCAAAGACTC
CCCCTTCCTCCGTGCGCATCACGTGCGCTACGGGACGCAGCTACAAGAAGCCGACAAGCT
TCTCCGCTCTTACAAAACGGAGCCGAGCTGTTTCCCCGCGAAGTCTTACCTCCGAGGGAA
CGAGCGTTGCAAGCTCGCGCTCACGGGACTCCCCGACGAGTTCTACGACACCGAGTGGGA
TCTGATCATGGTCGACGCTCCTAAAGGCTACTTCGCCGAAGCTCCGGGAAGAATGGCGGC
GATTTACTCGGCGGCGGTTATGGCTAGGAACAGGAAGAAGCCTGGAGTGACTCACGTGTT
CTTGCACGATGTTAACCGGAGGGTGGAGAAGACTTTCGCCAACGAGTTTTTGTGCCGGAA
GTATAGAGCTCACGCCGCCGGGAGGTTGTGGCATTTCGTGATTCCTCCGGTGGCTGCGAA
CGCTACGATCGACGGTGGAGATTACAGGTTTTGTTAAGATCGTGACACGTCTCATATACT
TTCCTCTTTTGCCCTTTCTGTTATCTTTTTTTTTTCGTT

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3F444JQ 668 0 0
TGTGGGCCTCTCTCAACCCGCGAGGCAAAACGCTCTTCCTCGAGGAAGATCTCGAGTGGT
TCCAGAAAGTGACCAAAGACTCCCCCTTCCTCCGTGCGCATCACGTGCGCTACGGGACGC
AGCTACAAGAAGCCGACAAGCTTCTCCGCTCTTACAAAACGGAGCCGAGCTGTTTCCCCG
CGAAGTCTTACCTCCGAGGGAACGAGCGTTGCAAGCTCGCGCTCACGGGACTCCCCGACG
AGTTCTACGACACCGAGTGGGATCTGATCATGGTCGACGCTCCTAAAGGCTACTTCGCCG
AAGCTCCGGGAAGAATGGCGGCGATTTACTCGGCGGCGGTTATGGCTAGGAACAGGAAGA
AGCCTGGAGTGACTCACGTGTTCTTGCACGATGTTAACCGGAGGGTGGAGAAGACTTTCG
CCAACGAGTTTTTGTGCCGGAAGTATAGAGCTCACGCCGCCGGGAGGTTGTGGCATTTCG
TGATTCCTCCGGTGGCTGCGAACGCTACGATCGACGGTGGAGATTACAGGTTTTGTTAAG
ATCGTGACACGTCTCATATACTTTCCTCTTTTGCCCTTTCTGTTATCTTTTTTTTTTCGT
TTCTTGAGGGGATCTGATTTACACAGGGTTCACTTATTATCTGATTTAGTTCCGACAGTT
TTGGATCT

QA 1 668 1 668
DS 



AS 1 2

CO CL9155Contig1 851 2 1 U
GGAACACTCAATCTCTCTCTGCTCTCTCTCTTTAAGTTTTTTCTCTCGAGAGAACTATAG
AGAAAAAAAAAGCCCCCATTTTGCTATCTCTCCTTCGCTTCATAAACCCCACATTACTCA
AAACAAAGCTAAAAAAACACCAAAGAGAGGAAGCCAAAATGGATGGTGTTTCACCAAAGT
TTGTGTTACCAGAGACATTCGACGGCGTGAAGATGGAGATCACAGGACAACTAGGCATGA
TCTGGGAGCTTGTTAAAGCACCAGTCATTGTCCCTCTTCTCCAGCTAGCGGTTTACATCT
GCTTGCTAATGTCGCTCATGCTGTTATGTGAGAGGGTTTACATGGGAATCGTCATCGTCC
TCGTCAAGCTCTTCTGGAAAAAACCCCACAAACGTTACAAGTTCGAGCCCATTCAAGATG
ATGAAGAGCTTGGAAGCTCTAACTTCCCTGTGGTCCTCGTCCAAATCCCCATGTTCAACG
AACGAGAGGTATACAAGCTATCAATAGGAGCGGCGAGTGGACTAGCGTGGCCGTCCGATC
GTCTCGTGATCCAAGTGTTGGATGACTCAACAGATCCTACTGTTAAGCAAATGGTGGAGA
TGGAGTGTCAAAGATGGGCAAGTAAAGGAATCAACATAAGGTACCAAATCAGAGAGAATA
GAGTTGGCTACAAAGCCGGTGCGTTAAAGGAAGGACTCAAACGCAGTTATGTCAAACATT
GCGAGTATGTTGTCATCTTTGACGCTGATTTTCAGCCTGAACCTGATTTTCTTCGACGTA
GCATTCCGTTTCTTGTCCACAATCCAACATTGCACTCGTCCAGGCCCGATGGAGATTTGT
AAATTCTGATG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE61TF U 1
AF RR3B219TF U 1
BS 1 851 RR3B219TF

RD RR3DE61TF 618 0 0
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AGAGAAAAAA*GCCCCCATTTTGCTATCTCTCCTTCGCTTCATAAACCCCACATTACTCA
AAACAAAGCTAAAAAAACACCAAAGAGAGGAAGCCAAAATGGATGGTGTTTCACCAAAGT
TTGTGTTACCAGAGACATTCGACGGCGTGAAGATGGAGATCACAGGACAACTAGGCATGA
TCTGGGAGCTTGTTAAAGCACCAGTCATTGTCCCTCTTCTCCAGCTAGCGGTTTACATCT
GCTTGCTAATGTCGCTCATGCTGTTATGTGAGAGGGTTTACATGGGAATCGTCATCGTCC
TCGTCAAGCTCTTCTGGAAAAAACCCCACAAACGTTACAAGTTCGAGCCCATTCAAGATG
ATGAAGAGCTTGGAAGCTCTAACTTCCCTGTGGTCCTCGTCCAAATCCCCATGTTCAACG
AACGAGAGGTATACAAGCTATCAATAGGAGCGGCGAGTGGACTAGCGTGGCCGTCCGATC
GTCTCGTGATTCAAGTGTTGGATGACTCAACAGATCCTACTGTTAAGCAAATGGTGGAGA
TGGAGTGTCAAAGATGGG

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3B219TF 851 0 0
GGAACACTCAATCTCTCTCTGCTCTCTCTCTTTAAGTTTTTTCTCTCGAGAGAACTATAG
AGAAAAAAAAAGCCCCCATTTTGCTATCTCTCCTTCGCTTCATAAACCCCACATTACTCA
AAACAAAGCTAAAAAAACACCAAAGAGAGGAAGCCAAAATGGATGGTGTTTCACCAAAGT
TTGTGTTACCAGAGACATTCGACGGCGTGAAGATGGAGATCACAGGACAACTAGGCATGA
TCTGGGAGCTTGTTAAAGCACCAGTCATTGTCCCTCTTCTCCAGCTAGCGGTTTACATCT
GCTTGCTAATGTCGCTCATGCTGTTATGTGAGAGGGTTTACATGGGAATCGTCATCGTCC
TCGTCAAGCTCTTCTGGAAAAAACCCCACAAACGTTACAAGTTCGAGCCCATTCAAGATG
ATGAAGAGCTTGGAAGCTCTAACTTCCCTGTGGTCCTCGTCCAAATCCCCATGTTCAACG
AACGAGAGGTATACAAGCTATCAATAGGAGCGGCGAGTGGACTAGCGTGGCCGTCCGATC
GTCTCGTGATCCAAGTGTTGGATGACTCAACAGATCCTACTGTTAAGCAAATGGTGGAGA
TGGAGTGTCAAAGATGGGCAAGTAAAGGAATCAACATAAGGTACCAAATCAGAGAGAATA
GAGTTGGCTACAAAGCCGGTGCGTTAAAGGAAGGACTCAAACGCAGTTATGTCAAACATT
GCGAGTATGTTGTCATCTTTGACGCTGATTTTCAGCCTGAACCTGATTTTCTTCGACGTA
GCATTCCGTTTCTTGTCCACAATCCAACATTGCACTCGTCCAGGCCCGATGGAGATTTGT
AAATTCTGATG

QA 1 851 1 851
DS 



AS 1 2

CO CL9156Contig1 990 2 4 U
CGAACTTTCCCTGAAAACTACTTCTCTCTCACAAAATGGTTTCCACCGATTTCGACAACG
TTAAATCAGGGAAAGCCAAGGCGCTGCATCGTTTCCACAGCATTGGTTTCCTCTTCCGCA
TCACTGAGATCTGCGTCGCTCTTCTCTTACTCCGTTGGATATTCACTTCCCTTCCATTCG
CCGTTCAAATCTCCGGCGTGTTTCTCCGCCGTCTCACTTCCGTCGTCTCCACTCCTCTCT
TCATGTTCCTTCTCGGAAACTCCATCGTCGTCGCTCTTCTCACCACCAAATCCGCCGTCT
TCTCTGCCGCGGCTAGTACCATCGACGGCGGAACAGAGACTGATATCTACGACGCGTTTA
TCAGAACCGGAGAAAACCGCGTCATTTCTTCCGACGTTGGAGATCTAGCTGAAGTGATCA
TCGACGATAAACAGATCATCGAAACTGAAACTGATTCAAATTCGAATCCCACGGTGGCGC
GTGAAGATCACGCGGCAGTGGAACCGGGGGAGAAGAACTCGGATTCCGTCACCGATTCAC
CGGAGGATCATCCTCTTACGAGAGTCTATCGAAGGAGCAAATCGGAAATCTCTGCGAACA
AGTGTCCAGCGACGGTGTCAAAACCTTTGCTCCGGCGATCGGAGACGGAGAAGTGCCGGG
AAATAATAGTCGAGTCGTGCGGAGAAGCTTCGTTTCCAGAGGATGATCTGACGAACGAAG
AGGTTCAGAAAACGATCGAAGCATTCATCGCGAAGCAGTTGATATTCCGTCGCCGGGAAT
CACTCGCCGTCGTTATCCATAAGGACCATAACCAACAAACAAACTTTTGTTAGGAAGAAC
ATCAAAGAGATCGGTTCCATCTCGTCTCGTGTGTTCCTTTCGTTGTTGGATTAAATACGT
ATAGTTATTATAATGTGCGAATCAAAGATTTGTCGAAAGATTCGGACGCATTTTGAACTC
GATTTACATGAACAGTGTGTATGTTTTCTC


BQ
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AF RR3AN35TF U 1
AF RR3AN35JQ C 232
BS 1 614 RR3AN35TF
BS 615 615 RR3AN35JQ
BS 616 680 RR3AN35TF
BS 681 990 RR3AN35JQ

RD RR3AN35TF 680 0 0
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TTAAATCAGGGAAAGCCAAGGCGCTGCATCGTTTCCACAGCATTGGTTTCCTCTTCCGCA
TCACTGAGATCTGCGTCGCTCTTCTCTTACTCCGTTGGATATTCACTTCCCTTCCATTCG
CCGTTCAAATCTCCGGCGTGTTTCTCCGCCGTCTCACTTCCGTCGTCTCCACTCCTCTCT
TCATGTTCCTTCTCGGAAACTCCATCGTCGTCGCTCTTCTCACCACCAAATCCGCCGTCT
TCTCTGCCGCGGCTAGTACCATCGACGGCGGAACAGAGACTGATATCTACGACGCGTTTA
TCAGAACCGGAGAAAACCGCGTCATTTCTTCCGACGTTGGAGATCTAGCTGAAGTGATCA
TCGACGATAAACAGATCATCGAAACTGAAACTGATTCAAATTCGAATCCCACGGTGGCGC
GTGAAGATCACGCGGCAGTGGAACCGGGGGAGAAGAACTCGGATTCCGTCACCGATTCAC
CGGAGGATCATCCTCTTACGAGAGTCTATCGAAGGAGCAAATCGGAAATCTCTGCGAACA
AGTGTCCAGCGACG*TGTCAAAACCTTTGCTCCGGCGATCGGAGACGGAGAAGTGCCGGG
AAATAATAGTCGAGTCGTGC

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3AN35JQ 759 0 0
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CCGCCGTCTTCTCTGCCGCGGCTAGTACCATCGACGGCGGAACAGAGACTGATATCTACG
ACGCGTTTATCAGAACCGGAGAAAACCGCGTCATTTCTTCCGACGTTGGAGATCTAGCTG
AAGTGATCATCGACGATAAACAGATCATCGAAACTGAAACTGATTCAAATTCGAATCCCA
CGGTGGCGCGTGAAGATCACGCGGCAGTGGAACCGGGGGAGAAGAACTCGGATTCCGTCA
CCGATTCACCGGAGGATCATCCTCTTACGAGAGTCTATCGAAGGAGCAAATCGGAAATCT
CTGCGAACAAGTGTCCAGCGACGGTGTCAAAACCTTTGCTCCGGCGATCGGAGACGGAGA
AGTGCCGGGAAATAATAGTCGAGTCGTGCGGAGAAGCTTCGTTTCCAGAGGATGATCTGA
CGAACGAAGAGGTTCAGAAAACGATCGAAGCATTCATCGCGAAGCAGTTGATATTCCGTC
GCCGGGAATCACTCGCCGTCGTTATCCATAAGGACCATAACCAACAAACAAACTTTTGTT
AGGAAGAACATCAAAGAGATCGGTTCCATCTCGTCTCGTGTGTTCCTTTCGTTGTTGGAT
TAAATACGTATAGTTATTATAATGTGCGAATCAAAGATTTGTCGAAAGATTCGGACGCAT
TTTGAACTCGATTTACATGAACAGTGTGTATGTTTTCTC

QA 1 759 1 759
DS 



AS 1 2

CO CL9157Contig1 1048 2 2 U
GATGGAAGATTAAGTTATTGGACAGAACTCGATAAGATAAACAACGTTGACCACTTGGGA
CAGCTCGAGATTTCTATCAGGCAATCCCTTGATCAATTGCGTGCGCATAAGGAACATTTG
GGGCAGCAGCAGCAGCAAGCAATGCAAATCGAAAACGCAAACTTCGTTAAAGATTGGTCA
ACCTGCTCGTTGCAAGATGGGATTGAGATTCCTTTAGAACAACAGCTTCAATCCATGTCA
TGGATACTCAATAGCAACAACAACACCAACATTGTCTCCGAGGAACACAATCCAATCCCT
CAGAGGGAAGTTGAGTGCTCTGCGAGTTCTTCATTTGGGAGCTATCCAGGCTTTCTTGAT
GAATTAACCACTACCAACGGAGATATCAAACCGCAAATAAACATGCAGCAGCCATTCACT
AATAATAACATGATCTCATACAATCCGAATATCCGGAACGATGTGAAGCCCCACCACCAA
ACCTATCCTCCTCCTCCTCTTCCTCATCCTCCGGTTTTTAACTTTCCAATGAACCAGAGA
GACTATCATCTGAATGGATTCTTTGAAGCACCACCACCACCACCACCACCTGGAACTTCT
GCTTACAACAACAGCCAAGCAAGGTTTGTTCTAGCAGCAGCTCCTTGCCTTGCTCAATCT
CCATGTTGGATGAATACTGTTCTCCCAGATGCAGCAACCGAACTGAGAGAGAGAGGGATT
TGATGAATGATGATAGAACATTCTCATTGTAGAAGTCAGTCACCAGTGTTGTTTTGTTCA
GAACCAGCAAGAAGTAAAACAAAAGACTTGCAGGTTTTTGAACTGGTTCCAGGAAGAAGG
CAAAACCAGTGGTGGAACTCCGGTAGATATGTTTAGTGTATAATGTCTCTTTGGAGGCTG
TCAAAGTAACGCCATGACGGCCAAATCTCTATTCTTCCCCTTCCTACAAAATTATAGCTT
GTATCTTTCTTTCTTTTTTCCATTCTTTGTAATACAAAAAAACAAACAATGTTTATTAAT
TAATTTAAACAAAAAAGCATTTATATGC


BQ
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AF RR3GK61TF U 1
AF RR3GK61JQ C 580
BS 1 774 RR3GK61TF
BS 775 1048 RR3GK61JQ

RD RR3GK61TF 775 0 0
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ACCTGCTCGTTGCAAGATGGGATTGAGATTCCTTTAGAACAACAGCTTCAATCCATGTCA
TGGATACTCAATAGCAACAACAACACCAACATTGTCTCCGAGGAACACAATCCAATCCCT
CAGAGGGAAGTTGAGTGCTCTGCGAGTTCTTCATTTGGGAGCTATCCAGGCTTTCTTGAT
GAATTAACCACTACCAACGGAGATATCAAACCGCAAATAAACATGCAGCAGCCATTCACT
AATAATAACATGATCTCATACAATCCGAATATCCGGAACGATGTGAAGCCCCACCACCAA
ACCTATCCTCCTCCTCCTCTTCCTCATCCTCCGGTTTTTAACTTTCCAATGAACCAGAGA
GACTATCATCTGAATGGATTCTTTGAAGCACCACCACCACCACCACCACCTGGAACTTCT
GCTTACAACAACAGCCAAGCAAGGTTTGTTCTAGCAGCAGCTCCTTGCCTTGCTCAATCT
CCATGTTGGATGAATACTGTTCTCCCAGATGCAGCAACCGAACTGAGAGAGAGAGGGATT
TGATGAATGATGATAGAACATTCTCATTGTAGAAGTCAGTCACCAGTGTTGTTT
G

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3GK61JQ 469 0 0
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GCTCCTTGCCTTGCTCAATCTCCATGTTGGATGAATACTGTTCTCCCAGATGCAGCAACC
GAACTGAGAGAGAGAGGGATTTGATGAATGATGATAGAACATTCTCATTGTAGAAGTCAG
TCACCAGTGTTGTTTTGTTCAGAACCAGCAAGAAGTAAAACAAAAGACTTGCAGGTTTTT
GAACTGGTTCCAGGAAGAAGGCAAAACCAGTGGTGGAACTCCGGTAGATATGTTTAGTGT
ATAATGTCTCTTTGGAGGCTGTCAAAGTAACGCCATGACGGCCAAATCTCTATTCTTCCC
CTTCCTACAAAATTATAGCTTGTATCTTTCTTTCTTTTTTCCATTCTTTGTAATACAAAA
AAACAAACAATGTTTATTAATTAATTTAAACAAAAAAGCATTTATATGC

QA 1 469 1 469
DS 



AS 1 2

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AGATTACACCCACCTGCTCCTCTCTTGCTCCCAAGGCTAACGATGTCCGACATCAAGATT
CAAGGCTATAACATCCCCAAGAACACCATGATCCAAATCAACACTTACACGATAGGACGT
GATCCCCAAAACTATACAAAGCCCGAAGAGTTCATCCCCGAGAGGTTTGTTGATAGCCCT
ATTGAATATAAGGGTCAACATTTTGAGCTACTGCCGTTTGGAGCCGGACGTAGGGTATGT
CCTGGGATGGCCACGGGGATCGCCATGGTTGAGCTCTGCCTTCTCAGCCTTCTTTACTTC
TTTGATTGGAGTTTGCCTGAGGGAATGACTATTAAAGATATTGACATGGAAGAAGATGGA
GCTTTCGTCATCGCCAAGAAAGTTCCTCTTGAACTCGTACCAACTCTTCATCGCTGGTGA
AGAATATAATAAAACTACTAATTTAAATAAGATCAATATTTCTACATGTTTCTGGACTTT
ATTATCGGTTTGGCTTTTTATGCTTATGTTTTATATCCTGTCTTGTAATAGACATATTTC
ATGTTTGTAACAATGTTTAAATACTTTTAATAAACCTATAGTTTAGTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CE66JQ C 1
AF RR3CE66TF U 47
BS 1 46 RR3CE66JQ
BS 47 649 RR3CE66TF

RD RR3CE66JQ 649 0 0
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AGATTACACCCACCTGCTCCTCTCTTGCTCCCAAGGCTAACGATGTCCGACATCAAGATT
CAAGGCTATAACATCCCCAAGAACACCATGATCCAAATCAACACTTACACGATAGGACGT
GATCCCCAAAACTATACAAAGCCCGAAGAGTTCATCCCCGAGAGGTTTGTTGATAGCCCT
ATTGAATATAAGGGTCAACATTTTGAGCTACTGCCGTTTGGAGCCGGACGTAGGGTATGT
CCTGGGATGGCCACGGGGATCGCCATGGTTGAGCTCTGCCTTCTCAGCCTTCTTTACTTC
TTTGATTGGAGTTTGCCTGAGGGAATGACTATTAAAGATATTGACATGGAAGAAGATGGA
GCTTTCGTCATCGCCAAGAAAGTTCCTCTTGAACTCGTACCAACTCTTCATCGCTGGTGA
AGAATATAATAAAACTACTAATTTAAATAAGATCAATATTTCTACATGTTTCTGGACTTT
ATTATCGGTTTGGCTTTTTATGCTTATGTTTTATATCCTGTCTTGTAATAGACATATTTC
ATGTTTGTAACAATGTTTAAATACTTTTAATAAACCTATAGTTTAGTCT

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3CE66TF 603 0 0
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CCGACATCAAGATTCAAGGCTATAACATCCCCAAGAACACCATGATCCAAATCAACACTT
ACACGATAGGACGTGATCCCCAAAACTATACAAAGCCCGAAGAGTTCATCCCCGAGAGGT
TTGTTGATAGCCCTATTGAATATAAGGGTCAACATTTTGAGCTACTGCCGTTTGGAGCCG
GACGTAGGGTATGTCCTGGGATGGCCACGGGGATCGCCATGGTTGAGCTCTGCCTTCTCA
GCCTTCTTTACTTCTTTGATTGGAGTTTGCCTGAGGGAATGACTATTAAAGATATTGACA
TGGAAGAAGATGGAGCTTTCGTCATCGCCAAGAAAGTTCCTCTTGAACTCGTACCAACTC
TTCATCGCTGGTGAAGAATATAATAAAACTACTAATTTAAATAAGATCAATATTTCTACA
TGTTTCTGGACTTTATTATCGGTTTGGCTTTTTATGCTTATGTTTTATATCCTGTCTTGT
AATAGACATATTTCATGTTTGTAACAATGTTTAAATACTTTTAATAAACCTATAGTTTAG
TCT

QA 1 603 1 603
DS 



AS 1 2

CO CL9159Contig1 903 2 6 U
GGCACGAAGTGAACCGAACCAGCCTGTACCAAACTCCAGGAAAGGAAAAAGAGAAGTGTG
AAGGAATGGTGAAAAGAGAGAGGGCTCTTGCTTATGCATACACCTACCAGCGGCAAATGC
AACACACATATGACGACGAGACAATTGGATTTTCTGTCAACGGGCCTGATAGAACTCAAT
GGGGTTGGAACTGGCTTGACCATTGGATGTCTTCCCAACCACATGGCCCGTCAAGTCGGT
CCGGGTTCCAGTCCCTGTCTTGAATCTTACAATCCTCCTCCTTACCCGCCTTTACCCACA
GCCGCAGCAACCACGGCTGGTACCACAACACCTGATGATGTATCTGAGAAGACGGTGGAA
ATGGATGTGACCACTCCGACGAGCCTCAAGGACAAGATAATCGGCCTGACTGATCGAGAA
TATATTGACTTTGGATCATATAAACCAGCCCATAAGCAACGTAAAAGCCCAAGCCATATA
CCAAGCTACATGACTCCAACCGCATCAGCAAAGGCTAAAGTTCGAGACCAAGACACGACC
GTCAAGATTCAAGGTACTTCTCTTATACCGTATTGGAACTCCTCAACCAAAAACGGGTCG
ATTAATGGATCAGGTTGTGATTCGTCAAGTTCTGGTGGAGTAGTAGCAACTGGTTATACT
GGTCCTAGGAGTCCTAACCCGAAAATGGATTTCCGTAAACCGGTTGGTCCTAGTCAAAGT
CCTACTGGGTTTGGGAAGAGAGGCTGGAGACATGATCTCTAGAAGAACTATCGGATTTTT
TTTTTGGTTTCTTGAAATAAAAATGTACAAGTCTGTGTTGTTGGTTAATTTTCTTGTTCC
AGTATATCTTCTTTACGTAATTGTATCATATGAAATTAATAAATGAACATGTCTTCTCTT
GAC


BQ
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10 10 10 

AF RR3BS08TF U 1
AF RR3BS08JQ C 173
BS 1 742 RR3BS08TF
BS 743 743 RR3BS08JQ
BS 744 766 RR3BS08TF
BS 767 767 RR3BS08JQ
BS 768 784 RR3BS08TF
BS 785 903 RR3BS08JQ

RD RR3BS08TF 798 0 0
GGCACGAAGTGAACCGAACCAGCCTGTACCAAACTCCAGGAAAGGAAAAAGAGAAGTGTG
AAGGAATGGTGAAAAGAGAGAGGGCTCTTGCTTATGCATACACCTACCAGCGGCAAATGC
AACACACATATGACGACGAGACAATTGGATTTTCTGTCAACGGGCCTGATAGAACTCAAT
GGGGTTGGAACTGGCTTGACCATTGGATGTCTTCCCAACCACATGGCCCGTCAAGTCGGT
CCGGGTTCCAGTCCCTGTCTTGAATCTTACAATCCTCCTCCTTACCCGCCTTTACCCACA
GCCGCAGCAACCACGGCTGGTACCACAACACCTGATGATGTATCTGAGAAGACGGTGGAA
ATGGATGTGACCACTCCGACGAGCCTCAAGGACAAGATAATCGGCCTGACTGATCGAGAA
TATATTGACTTTGGATCATATAAACCAGCCCATAAGCAACGTAAAAGCCCAAGCCATATA
CCAAGCTACATGACTCCAACCGCATCAGCAAAGGCTAAAGTTCGAGACCAAGACACGACC
GTCAAGATTCAAGGTACTTCTCTTATACCGTATTGGAACTCCTCAACCAAAAACGGGTCG
ATTAATGGATCAGGTTGTGATTCGTCAAGTTCTGGTGGAGTAGTAGCAACTGGTTATACT
GGTCCTAGGAGTCCTAACCCGAAAATGGATTTCCGTAAACCGGTTGGTCCTAGTCAAAGT
CCTACTGGGTTTGGGAAGAGAG*CTGGAGACATGATCTCTAGAAGA*CTATCGGATTTTT
TTTT
GGTTCTGAATAAAA

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3BS08JQ 731 0 0
AACTCAATGGGGTTGGAACTGGCTTGACCATTGGATGTCTTCCCAACCACATGGCCCGTC
AAGTCGGTCCGGGTTCCAGTCCCTGTCTTGAATCTTACAATCCTCCTCCTTACCCGCCTT
TACCCACAGCCGCAGCAACCACGGCTGGTACCACAACACCTGATGATGTATCTGAGAAGA
CGGTGGAAATGGATGTGACCACTCCGACGAGCCTCAAGGACAAGATAATCGGCCTGACTG
ATCGAGAATATATTGACTTTGGATCATATAAACCAGCCCATAAGCAACGTAAAAGCCCAA
GCCATATACCAAGCTACATGACTCCAACCGCATCAGCAAAGGCTAAAGTTCGAGACCAAG
ACACGACCGTCAAGATTCAAGGTACTTCTCTTATACCGTATTGGAACTCCTCAACCAAAA
ACGGGTCGATTAATGGATCAGGTTGTGATTCGTCAAGTTCTGGTGGAGTAGTAGCAACTG
GTTATACTGGTCCTAGGAGTCCTAACCCGAAAATGGATTTCCGTAAACCGGTTGGTCCTA
GTCAAAGTCCTACTGGGTTTGGGAAGAGAGGCTGGAGACATGATCTCTAGAAGAACTATC
GGATTTTTTTTTTGGTTTCTTGAAATAAAAATGTACAAGTCTGTGTTGTTGGTTAATTTT
CTTGTTCCAGTATATCTTCTTTACGTAATTGTATCATATGAAATTAATAAATGAACATGT
CTTCTCTTGAC

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL9160Contig1 888 2 8 U
GGGAGAGAGAGAAGACAGTGAGAGAGAGAAAGAGAGATGGCGATGACAAAATGCCTCAAC
TTCGTTCTTCCTTTCACCAGAGTGGGTATTTACGCGACCAACAACCAGTTCCTGAAAGCT
AGTCCTAAGGGTCGCACTCAGTCATGTAATTGCATGAGTAAATCAGGAAGCTCCAGCGGA
AACAAGAGCCAGGGAAGCTCCGGTAGCGGTGTGCCGAACAACCCTCCACCTATCCCGAGG
AACCGTTTTCAGAAAAGCGGCAACCAGGCGGTGTACGAGTTGAAAGAGACGAGAGGTAGC
GTGATCTACAGGGTTGACTTGCCGGGTTGTCCCGCCTCTGACCTCACTTACTGGATCGAT
GGCAAAAACGTCCATTTCTTCGCCGACGAACCAACGATCTCCGAGTACGACCACGACGGT
CGCAAATACGGAGGAACCATGGTGTTCAACCCAGTGGCGTACAACGTTAGCGAAGCAAAG
GCAAAGCTTCGCGATGGTGTGCTGTGGATCACCGTCCCTAAGGTCCCCGGGGTAAACATC
AAGCTCACCGTCATCGAGAAGATGGTCAACTGCAAGATCACAAGAGACGACGTGGTTTGA
TGAGAGAGAGTCCGTACCGTACGTCCTTTTGTCTTTATCCCTCTACGGTGGTGTCTCTAT
CGTATCTCTCTTGCGTGTCTAGTACTGTCTCTTTCTTTGTCTAGTTTTTAATAAAAAGGG
TGAACTTTTGTTGAATCTGGTTTGTGGTTTATGTCTATGGTGGCGTCTGTCGTCTCTCCT
TCGTGTCTACTGTCTAGGGCTTATGTTATGTGTGGTCTTTCTTTTCTAGTTTGTTGAATC
GGTCTGGTTTAATTATGTTTACAATGGTTAAGTGCTTTTGATTTCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CZ34TF U 1
AF RR3CZ34JQ C 133
BS 1 708 RR3CZ34TF
BS 709 710 RR3CZ34JQ
BS 711 719 RR3CZ34TF
BS 720 720 RR3CZ34JQ
BS 721 734 RR3CZ34TF
BS 735 735 RR3CZ34JQ
BS 736 753 RR3CZ34TF
BS 754 888 RR3CZ34JQ

RD RR3CZ34TF 753 0 0
GGGAGAGAGAGAAGACAGTGAGAGAGAGAAAGAGAGATGGCGATGACAAAATGCCTCAAC
TTCGTTCTTCCTTTCACCAGAGTGGGTATTTACGCGACCAACAACCAGTTCCTGAAAGCT
AGTCCTAAGGGTCGCACTCAGTCATGTAATTGCATGAGTAAATCAGGAAGCTCCAGCGGA
AACAAGAGCCAGGGAAGCTCCGGTAGCGGTGTGCCGAACAACCCTCCACCTATCCCGAGG
AACCGTTTTCAGAAAAGCGGCAACCAGGCGGTGTACGAGTTGAAAGAGACGAGAGGTAGC
GTGATCTACAGGGTTGACTTGCCGGGTTGTCCCGCCTCTGACCTCACTTACTGGATCGAT
GGCAAAAACGTCCATTTCTTCGCCGACGAACCAACGATCTCCGAGTACGACCACGACGGT
CGCAAATACGGAGGAACCATGGTGTTCAACCCAGTGGCGTACAACGTTAGCGAAGCAAAG
GCAAAGCTTCGCGATGGTGTGCTGTGGATCACCGTCCCTAAGGTCCCCGGGGTAAACATC
AAGCTCACCGTCATCGAGAAGATGGTCAACTGCAAGATCACAAGAGACGACGTGGTTTGA
TGAGAGAGAGTCCGTACCGTACGTCCTTTTGTCTTTATCCCTCTACGGTGGTGTCTCTAT
CGTATCTCTCTTGCGTGTCTAGTACTGTCTCTTTCTTTGTCTAGTTTT**ATAAAAAGG*
TGAACTTTTGTTGA*TCTGGTTTGTGGTTTATG

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3CZ34JQ 756 0 0
CGCACTCAGTCATGTAATTGCATGAGTAAATCAGGAAGCTCCAGCGGAAACAAGAGCCAG
GGAAGCTCCGGTAGCGGTGTGCCGAACAACCCTCCACCTATCCCGAGGAACCGTTTTCAG
AAAAGCGGCAACCAGGCGGTGTACGAGTTGAAAGAGACGAGAGGTAGCGTGATCTACAGG
GTTGACTTGCCGGGTTGTCCCGCCTCTGACCTCACTTACTGGATCGATGGCAAAAACGTC
CATTTCTTCGCCGACGAACCAACGATCTCCGAGTACGACCACGACGGTCGCAAATACGGA
GGAACCATGGTGTTCAACCCAGTGGCGTACAACGTTAGCGAAGCAAAGGCAAAGCTTCGC
GATGGTGTGCTGTGGATCACCGTCCCTAAGGTCCCCGGGGTAAACATCAAGCTCACCGTC
ATCGAGAAGATGGTCAACTGCAAGATCACAAGAGACGACGTGGTTTGATGAGAGAGAGTC
CGTACCGTACGTCCTTTTGTCTTTATCCCTCTACGGTGGTGTCTCTATCGTATCTCTCTT
GCGTGTCTAGTACTGTCTCTTTCTTTGTCTAGTTTTTAATAAAAAGGGTGAACTTTTGTT
GAATCTGGTTTGTGGTTTATGTCTATGGTGGCGTCTGTCGTCTCTCCTTCGTGTCTACTG
TCTAGGGCTTATGTTATGTGTGGTCTTTCTTTTCTAGTTTGTTGAATCGGTCTGGTTTAA
TTATGTTTACAATGGTTAAGTGCTTTTGATTTCTTC

QA 1 756 1 756
DS 



AS 1 2

CO CL9161Contig1 751 2 2 U
GTGATAGATGCAGACTTTCAATTGAAGATTGCTGACTTTGGCATAGCGTGTGAGGAAGAG
TACTGTGATATGTTGGCTGATGATCCAGGGACTTATAGGTGGATGGCACCTGAAATGATT
AAAAGGAAACCACATGGCCGAAAGGCTGATGTTTACAGCTTTGGACTCGTTCTATGGGAA
ATGGTTGCTGGAGCTATACCTTACGAGGACATGAATCCTATTCAAGCTGCTTTCGCAGTT
GTACACAAGAACATTAGGCCGGCTATCCCTGAAGATTGCCCAGGAGCCATGAAAGCTCTG
ATTGAGCAGTGTTGGTCGGTTGCACCGGACAAGAGACCGGAGTTCTGGCAGATAGTGAAA
GTACTTGAACAGTTTAGGGTTTCACTGGAACGTGAAGGGAACTTGAATCTGACATCAAGC
AAGATCTGCAAGGATCCAAGAAAGAGTCTGAAACATTGGATTGAGAAGCTTGGACCGCAA
GGAGGAGCAGCAGGAGGGGGCGGCAGTAGCGGCAGCAGCGGCCTTGGTCGCTCTGCCATG
CCTAACCCTAAGTTCGCTTGAGAGATGTGAATGAGAGTCTCTTCTGTATATTTATATATA
AAAAACCAAAAGGGTTGTGTGTTGTGTCCTGTCCTGTTTTGTGGGTTGTGATGTAATCTT
TCATCTGCTTCTCTATATTTGTTGTGTAATGACAATCAAACTGAGGAATGGTTTGTGATT
TGATGTTTATGGGATTCATTATCGTTTCTCC


BQ
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AF RR3AD19JQ C 1
AF RR3AD19TF U 1
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QA 1 751 1 751
DS 

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AAGATCTGCAAGGATCCAAGAAAGAGTCTGAAACATTGGATTGAGAAGCTTGGACCGCAA
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CCTAACCCTAAGTTCGCTTGAGAGATGTGAATGAGAGTCTCTTCTGTATATTTATATATA
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TCATCTGCTTCTCTATATTTGTTGTGTAATGACAATCAAACTGAGGAATGGTTTGTGATT
TGATGTTTATGGGATTCATTATCGT

QA 1 745 1 745
DS 



AS 1 2

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AACCTCAATGTGAT


BQ
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AF RR3FC28JQ C 1
AF RR3FC28TF U 1
BS 1 614 RR3FC28TF

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AACCTCAATGTGAT

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DS 

RD RR3FC28TF 614 0 0
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ATTATATAAATTTTGGCTTTTGCATTTTTGATTTCAAGGCCTGAAGCTGAGCCTAAGAAA
AACCTCAATGTGAT

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL9163Contig1 725 2 1 U
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TTGGC


BQ
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20 20 20 20 20 

AF RR3E245JQ C 1
AF RR3E245TF U 1
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RD RR3E245JQ 725 0 0
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AATCTCGGTCTAAGAATGTTTACGACACACCTCATGACGCTATCAAAGTCGTCGGAGAGT
TCTAAAATATGTTGTTTTCAACGGTTCATTACCCATAAAATTCATAATTGGTTATTTGGT
TTTATTTGCGTATTGGGAAGAGGTATATATAACTCTCATCTTGGTGAAATGCGTTTCTTG
TTGGC

QA 1 725 1 725
DS 

RD RR3E245TF 725 0 0
GGACTTTTGTTTAGCTGAGAGCTCTATTTGTCTTCACTCTGAGAGAATCGAGAGAGAGAG
AAGAAAATGGAGAAGGTTTTAACGAAAGTGACGAGCTTTAAAGTGGGAGGATCATGGGTT
TCGAAGAAAGCCAAGGAAGAGCTCTCCAACATCACCAATGACCTCACCACTTTCTCTAGT
ACCGTTGAAGAGAAAGCCAAATGGGTTTTCAACAAGCTTAAAGGAAAGCCACTCAAAAGC
TTACCAGAACTACTCAAAGAATACAACTTACCACCAGGACTCTTCCCACAAAACATAATC
TGCTACGAATTCGACGAGACCAAGAACAAACTCACTGTCTTCTTTGCTACACCTGCGAAG
TCACATTCAAAGATGGATCAGCGATAAGATACGCTACACGCGTTAAAGGGATCTTGCTTA
GAGGGAAACTGATGGGCGTGGAAGGGATGAAGACGAAAGTGTTGGTTTGGGTTAAAGTCA
CGACGGTCTCAGTCGAGAGCTCGAAGTCCGACAAGCTCTGGTTCACTGCAGGTGTCAAGA
AATCTCGGTCTAAGAATGTTTACGACACACCTCATGACGCTATCAAAGTCGTCGGAGAGT
TCTAAAATATGTTGTTTTCAACGGTTCATTACCCATAAAATTCATAATTGGTTATTTGGT
TTTATTTGCGTATTGGGAAGAGGTATATATAACTCTCATCTTGGTGAAATGCGTTTCTTG
TTGGC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

CO CL9164Contig1 804 2 2 U
GGGATCTATCATCCTCAGTGAACCCAGGTATGATGTGGCTCGGAGGAGATATCACTCATG
GGAACGGACTTGGAGGCGAATCGATCTACGAATCGATCTACGGCCGTGACCATCAAGTCA
CGGACAGTAAATTCCTAAGGAAGCACGACAAGAAAGGTATCCTCTCCACGGTCAACCTTG
ATGAATGCGTCATCGGATCTCAGTTCATGCTCCTCTTGACGGAGGAGTTTCCTACCCTCG
ATGGCTACCAGTACGCATTTGGACAAGTTGTGCAAGGGTTTGATGTGATCAGTCAAGTTG
AGCAGATGGTCGGAGATGATTCGCGCTACCCTTTCCAGCCTTTGACAATCGCCGACTGCG
GTCAGCTTGATGAGGGTGGTTCTGTCTCAACAATGGTAGGTTGTTCTGTCCCGGAACATG
TTCATAAGATGCTCAAACAGTTGCGAGCTTGGCAACTGAAGACCGCCGAGATGGAGAATA
TACTGGCAATGCAGACCATTTCATATGAAAAGGGAAACCGCAATTTCGAGATAAAGGAGT
CCCTTGCTCTGCACAAGCTGTTCATGGTACCTTGTATCCAGCACTCGGTGCCACTGGAAA
GTGGAGGAGAAGGCTCCTCTGGTCCTGAAGAGCCCTCTGTGGCACATGCAAAAGAAGAGG
AAGGCGATGGTCTCGTTTAGTAGCTTCTCGCTGTTTTTTAATGTTATGTTTCATTCGTTT
TTCTTCTTGTTGGTTGTTCGTGTGTGGTCTTGTTACCTTCCCTAAATTTTACTCTATTCT
CATTGAATTTCTGAATGATATAAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CR47TF U 1
AF RR3CR47JQ C 1
BS 1 607 RR3CR47TF
BS 608 804 RR3CR47JQ

RD RR3CR47TF 607 0 0
GGGATCTATCATCCTCAGTGAACCCAGGTATGATGTGGCTCGGAGGAGATATCACTCATG
GGAACGGACTTGGAGGCGAATCGATCTACGAATCGATCTACGGCCGTGACCATCAAGTCA
CGGACAGTAAATTCCTAAGGAAGCACGACAAGAAAGGTATCCTCTCCACGGTCAACCTTG
ATGAATGCGTCATCGGATCTCAGTTCATGCTCCTCTTGACGGAGGAGTTTCCTACCCTCG
ATGGCTACCAGTACGCATTTGGACAAGTTGTGCAAGGGTTTGATGTGATCAGTCAAGTTG
AGCAGATGGTCGGAGATGATTCGCGCTACCCTTTCCAGCCTTTGACAATCGCCGACTGCG
GTCAGCTTGATGAGGGTGGTTCTGTCTCAACAATGGTAGGTTGTTCTGTCCCGGAACATG
TTCATAAGATGCTCAAACAGTTGCGAGCTTGGCAACTGAAGACCGCCGAGATGGAGAATA
TACTGGCAATGCAGACCATTTCATATGAAAAGGGAAACCGCAATTTCGAGATAAAGGAGT
CCCTTGCTCTGCACAAGCTGTTCATGGTACCTTGTATCCAGCACTCGGTGCCACTGGAAA
GTGGAGG

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3CR47JQ 804 0 0
GGGATCTATCATCCTCAGTGAACCCAGGTATGATGTGGCTCGGAGGAGATATCACTCATG
G*AACGGACTTGGAGGCGAATCGATCTACGAATCGATCTACGGCCGTGACCATCAAGTCA
CGGACAGTAAATTCCTAAGGAAGCACGACAAGAAAGGTATCCTCTCCACGGTCAACCTTG
ATGAATGCGTCATCGGATCTCAGTTCATGCTCCTCTTGACGGAGGAGTTTCCTACCCTCG
ATGGCTACCAGTACGCATTTGGACAAGTTGTGCAAGGGTTTGATGTGATCAGTCAAGTTG
AGCAGATGGTCGGAGATGATTCGCGCTACCCTTTCCAGCCTTTGACAATCGCCGACTGCG
GTCAGCTTGATGAGGGTGGTTCTGTCTCAACAATGGTAGGTTGTTCTGTCCCGGAACATG
TTCATAAGATGCTCAAACAGTTGCGAGCTTGGCAACTGAAGACCGCCGAGATGGAGAATA
TACTGGCAATGCAGACCATTTCATATGAAAAGGGAAACCGCAATTTCGAGATAAAGGAGT
CCCTTGCTCTGCACAAGCTGTTCATGGTACCTTGTATCCAGCACTCGGTGCCACTGGAAA
GTGGAGGAGAAGGCTCCTCTGGTCCTGAAGAGCCCTCTGTGGCACATGCAAAAGAAGAGG
AAGGCGATGGTCTCGTTTAGTAGCTTCTCGCTGTTTTTTAATGTTATGTTTCATTCGTTT
TTCTTCTTGTTGGTTGTTCGTGTGTGGTCTTGTTACCTTCCCTAAATTTTACTCTATTCT
CATTGAATTTCTGAATGATATAAA

QA 1 804 1 804
DS 



AS 1 2

CO CL9165Contig1 745 2 2 U
GCTCAGCACTTTGTTGACCTGTTAACAATGGGGGAGACACCAGTTCAGTATCTGCTCCGC
CTTCATCCTGACCAATAGGGATTTAGCAAACAGGAAGCTGTGCGTGCTAAGCTAGGCAAG
TTTGGGCTACCGAGTCACAACCACTTGACTCCGATCATGAAACTGTCCGGTGGACAAAAA
GCTAGAGTTGTGTTCACCTCGATCTCAATGTCGAAGCCACACATTTTGCTTCTTGACGAG
CCTACGAATCACTTAGACATGCAGAGTATAGATGCGTTGGCTGATGCGCTAGACGAGTTC
AGTGGAGGAGTTGTGCTGGTGAGTCACGACTCTAGACTTATATCACGCGTCTGTGAGGAT
GAGGAGAAGAGTCAGATTTGGGTTGTGGAAGACGGAACTGTGTCTTTCTTCGATGGCACG
TTTGAAGAGTACAAGGAAGATCTGCAAAGAGAGATCAGGGCAGAGGTCGATGAGTTGTCT
TGTGTTGTGTTGTTGGCTTTTAAAGGTAAAACTGAAAGCTCTTTATATTCTCAGACTTGG
AAAAAGTTTTGGACTGAAGTTTATTTTATAGACATTGTGTGTGTTTTCTTCATCATATAT
ACGTTAATGACATGAAACCATATACGTTTTCCCCATGTTACATAGTCGAGTGTAGTATTA
TGTTTTGGGGGAAGCAAGGATATGTCTTTCATTTTTTATTTCATGAATGTGTGTTCCATT
GAGCATAATAAACAACAATTCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CQ93TF U 1
AF RR3CQ93JQ C 72
BS 1 674 RR3CQ93TF
BS 675 745 RR3CQ93JQ

RD RR3CQ93TF 674 0 0
GCTCAGCACTTTGTTGACCTGTTAACAATGGGGGAGACACCAGTTCAGTATCTGCTCCGC
CTTCATCCTGACCAATAGGGATTTAGCAAACAGGAAGCTGTGCGTGCTAAGCTAGGCAAG
TTTGGGCTACCGAGTCACAACCACTTGACTCCGATCATGAAACTGTCCGGTGGACAAAAA
GCTAGAGTTGTGTTCACCTCGATCTCAATGTCGAAGCCACACATTTTGCTTCTTGACGAG
CCTACGAATCACTTAGACATGCAGAGTATAGATGCGTTGGCTGATGCGCTAGACGAGTTC
AGTGGAGGAGTTGTGCTGGTGAGTCACGACTCTAGACTTATATCACGCGTCTGTGAGGAT
GAGGAGAAGAGTCAGATTTGGGTTGTGGAAGACGGAACTGTGTCTTTCTTCGATGGCACG
TTTGAAGAGTACAAGGAAGATCTGCAAAGAGAGATCAGGGCAGAGGTCGATGAGTTGTCT
TGTGTTGTGTTGTTGGCTTTTAAAGGTAAAACTGAAAGCTCTTTATATTCTCAGACTTGG
AAAAAGTTTTGGACTGAAGTTTATTTTATAGACATTGTGTGTGTTTTCTTCATCATATAT
ACGTTAATGACATGAAACCATATACGTTTTCCCCATGTTACATAGTCGAGTGTAGTATTA
TGTTTTGGGGGAAG

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3CQ93JQ 674 0 0
CCAATAGGGATTTAGCAAACAGGAAGCTGTGCGTGCTAAGCTAGGCAAGTTTGGGCTACC
GAGTCACAACCACTTGACTCCGATCATGAAACTGTCCGGTGGACAAAAAGCTAGAGTTGT
GTTCACCTCGATCTCAATGTCGAAGCCACACATTTTGCTTCTTGACGAGCCTACGAATCA
CTTAGACATGCAGAGTATAGATGCGTTGGCTGATGCGCTAGACGAGTTCAGTGGAGGAGT
TGTGCTGGTGAGTCACGACTCTAGACTTATATCACGCGTCTGTGAGGATGAGGAGAAGAG
TCAGATTTGGGTTGTGGAAGACGGAACTGTGTCTTTCTTCGATGGCACGTTTGAAGAGTA
CAAGGAAGATCTGCAAAGAGAGATCAGGGCAGAGGTCGATGAGTTGTCTTGTGTTGTGTT
GTTGGCTTTTAAAGGTAAAACTGAAAGCTCTTTATATTCTCAGACTTGGAAAAAGTTTTG
GACTGAAGTTTATTTTATAGACATTGTGTGTGTTTTCTTCATCATATATACGTTAATGAC
ATGAAACCATATACGTTTTCCCCATGTTACATAGTCGAGTGTAGTATTATGTTTTGGGGG
AAGCAAGGATATGTCTTTCATTTTTTATTTCATGAATGTGTGTTCCATTGAGCATAATAA
ACAACAATTCTCTT

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL9166Contig1 1120 2 2 U
GTCTTAAACTCATATGGTGCATACTGTCTCAGTCTACTTTATGGGTTATGTGGATTAAAA
GGTATCTGATTCGCAAAGGATCTTTCTGGAGTATTAAGGAAACAAGCTCGCTTGGCTCTT
GGATGTGGAAAAAACTGTTGAAGTATCGTGATCTCGCTAGATCTTTCACCACAGTAGCAG
TCCGAAGTGGGGTTTACTTCATTTTGGTTTGACAATTGGTCCCCCCTTGGGAGAATCTAT
GAATTGATCGGAGCAGGAGGATGTGTAGCTCTCGGAATCAGTCTTAATGAAACGGTGGAA
CATGTAGTTCAGCACTATCGTAGCCGCCGTCACCGTTCAGAACACTTGATCGTTATTGAC
ATCGAGATAATGAAACTGAGAAATCAGGGTCTTACTGATGAAGACGACGAGATCCTATGG
AGAGGGAAAGGAGATATCTATAAACCGGAGTTTCATACGAGTCAGACTTGGCATCTAACA
CGTCTGCAACAACCAACGATCTCATGGTACAAAGGAGTTTGGTTCTCAGGGGCAACTCCA
AAGTACTCTGTTCTTAGTTGGCTTGCAGCGCACAACCGGTTGGCTACAGGAGATAGATTG
CTCCAATGGAATGCTCAGGCGAATGCTTCGTGCGTCTTCTGCAACTTGGCTATGGAAACA
AGAGATCATCTCTTCTTTGGCTGTCACTACTCCGAAGAGATATGGAGGAACCTGACGAGG
AAGTTGCTGGGTCAGAGATACACATATGAGTGGAGCCGGATACTAGAACTAGTGTCCACA
ACTGTGCTGTCGTCTACAAACCAATTCTTACTGAGATATGTCTTTCAATCTCTTGTTCAC
ACAATCTGGCTTGAAAGAAATGGAAGAAGACATGGATCACTTCATCAAGATCGGGGGACA
ATCATCATGTTTGTTGACAAGCAGGTCAGAAACAGAGTAAGCTCGCTGAGAGGGAAAGGA
GGGAAACATCTGTCCCAAGCAATGGCTAATTGGTTCGACTCAAGGACGTAGTTCTCTTGT
GTTGTTCTTGTGTTCTTTTATTTAAAACATAAACTCTAGATTTGAGATGCATTAGTTTGT
AAAAAGGCCTTTTTTTGTTCGAATAAATTTAACATTCTTC


BQ
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AF RR3EC10TF U 1
AF RR3EC10JQ C 549
BS 1 614 RR3EC10TF
BS 615 1120 RR3EC10JQ

RD RR3EC10TF 614 0 0
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GGTATCTGATTCGCAAAGGATCTTTCTGGAGTATTAAGGAAACAAGCTCGCTTGGCTCTT
GGATGTGGAAAAAACTGTTGAAGTATCGTGATCTCGCTAGATCTTTCACCACAGTAGCAG
TCCGAAGTGGGGTTTACTTCATTTTGGTTTGACAATTGGTCCCCCCTTGGGAGAATCTAT
GAATTGATCGGAGCAGGAGGATGTGTAGCTCTCGGAATCAGTCTTAATGAAACGGTGGAA
CATGTAGTTCAGCACTATCGTAGCCGCCGTCACCGTTCAGAACACTTGATCGTTATTGAC
ATCGAGATAATGAAACTGAGAAATCAGGGTCTTACTGATGAAGACGACGAGATCCTATGG
AGAGGGAAAGGAGATATCTATAAACCGGAGTTTCATACGAGTCAGACTTGGCATCTAACA
CGTCTGCAACAACCAACGATCTCATGGTACAAAGGAGTTTGGTTCTCAGGGGCAACTCCA
AAGTACTCTGTTCTTAGTTGGCTTGCAGCGCACAACCGGTTGGCTACAGGAGATAGATTG
CTCCAATGGAATGC

QA 1 614 1 614
DS 

RD RR3EC10JQ 572 0 0
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GAATGCTCAGGCGAATGCTTCGTGCGTCTTCTGCAACTTGGCTATGGAAACAAGAGATCA
TCTCTTCTTTGGCTGTCACTACTCCGAAGAGATATGGAGGAACCTGACGAGGAAGTTGCT
GGGTCAGAGATACACATATGAGTGGAGCCGGATACTAGAACTAGTGTCCACAACTGTGCT
GTCGTCTACAAACCAATTCTTACTGAGATATGTCTTTCAATCTCTTGTTCACACAATCTG
GCTTGAAAGAAATGGAAGAAGACATGGATCACTTCATCAAGATCGGGGGACAATCATCAT
GTTTGTTGACAAGCAGGTCAGAAACAGAGTAAGCTCGCTGAGAGGGAAAGGAGGGAAACA
TCTGTCCCAAGCAATGGCTAATTGGTTCGACTCAAGGACGTAGTTCTCTTGTGTTGTTCT
TGTGTTCTTTTATTTAAAACATAAACTCTAGATTTGAGATGCATTAGTTTGTAAAAAGGC
CTTTTTTTGTTCGAATAAATTTAACATTCTTC

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

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AAAAGGAAGACATGGAAACGAATCATCGGTTATAAATGTTGGCCTTCCTTCTTATGCCTT
GCTTCATACACTTCTTAGATCTATTAAAGCTGGTGTTCATGGTATGCTTTTGCTTGATGG
CTCGGAAGTGACTCATTTGAATAGACCGCAGGACAAGTTCTTGGATTGGTTCTTTAACCC
AATTATGGTGTTGAAAGATCAGATCAGAGTGATTAAACTTGGAGAAAGTGAAGTTAGGTA
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TGGTAACTTAACTCAAGAAAACCTTAGAGCAGCCCAAATTCAAGGAATCAGCCGAAGAAT
GATGGGAATGGTACGGAGCATATCTAAGCTTCCAACGTATAGAAGACGGTTCAGGCAAGT
GGTTAAGGCTCTAATAACGTATTGGTTAGAGAAACAAGGCTTGAATCGATCCGGTTCCAT
GAGTTCAGGAGATTTCATTGAAGAGGTCTAACCTAAGAGGAGCAACATTTATTTGTCTTT
CGAAAATATATATTGTTAGGGTTTTTTTAATTTCTTTTGTAAGATGTTTTTAAAAAAAAA
AATTCTTGTGGTAGAAGGTATATTAGAATGTACAGAAGTTGCTAAGCATTTAGCTTTGTT
TGTTTAACCCTACTTGAACA


BQ
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AF RR3BP36TF U 1
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BS 1 651 RR3BP36TF
BS 652 740 RR3BP36JQ

RD RR3BP36TF 651 0 0
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GCTTCATACACTTCTTAGATCTATTAAAGCTGGTGTTCATGGTATGCTTTTGCTTGATGG
CTCGGAAGTGACTCATTTGAATAGACCGCAGGACAAGTTCTTGGATTGGTTCTTTAACCC
AATTATGGTGTTGAAAGATCAGATCAGAGTGATTAAACTTGGAGAAAGTGAAGTTAGGTA
CTTGGAGAAAGTTGTTCTCTTTGGCAACCATGAACAAAGGATGGAAGCTTGGGACAATGG
TGGTAACTTAACTCAAGAAAACCTTAGAGCAGCCCAAATTCAAGGAATCAGCCGAAGAAT
GATGGGAATGGTACGGAGCATATCTAAGCTTCCAACGTATAGAAGACGGTTCAGGCAAGT
GGTTAAGGCTCTAATAACGTATTGGTTAGAGAAACAAGGCTTGAATCGATCCGGTTCCAT
GAGTTCAGGAGATTTCATTGAAGAGGTCTAACCTAAGAGGAGCAACATTTATTTGTCTTT
CGAAAATATATATTGTTAGGGTTTTTTTAATTTCTTTTGTAAGATGTTTTT

QA 1 651 1 651
DS 

RD RR3BP36JQ 693 0 0
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CTTCTTATGCCTTGCTTCATACACTTCTTAGATCTATTAAAGCTGGTGTTCATGGTATGC
TTTTGCTTGATGGCTCGGAAGTGACTCATTTGAATAGACCGCAGGACAAGTTCTTGGATT
GGTTCTTTAACCCAATTATGGTGTTGAAAGATCAGATCAGAGTGATTAAACTTGGAGAAA
GTGAAGTTAGGTACTTGGAGAAAGTTGTTCTCTTTGGCAACCATGAACAAAGGATGGAAG
CTTGGGACAATGGTGGTAACTTAACTCAAGAAAACCTTAGAGCAGCCCAAATTCAAGGAA
TCAGCCGAAGAATGATGGGAATGGTACGGAGCATATCTAAGCTTCCAACGTATAGAAGAC
GGTTCAGGCAAGTGGTTAAGGCTCTAATAACGTATTGGTTAGAGAAACAAGGCTTGAATC
GATCCGGTTCCATGAGTTCAGGAGATTTCATTGAAGAGGTCTAACCTAAGAGGAGCAACA
TTTATTTGTCTTTCGAAAATATATATTGTTAGGGTTTTTTTAATTTCTTTTGTAAGATGT
TTTTAAAAAAAAAAATTCTTGTGGTAGAAGGTATATTAGAATGTACAGAAGTTGCTAAGC
ATTTAGCTTTGTTTGTTTAACCCTACTTGAACA

QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

CO CL9168Contig1 770 2 2 U
GCATGCTATTGGAGCAGCTGGAGTTGTTAGCCAGCAGTGCAAGATTGTTGTGGATCAGTA
CGGACAAACCATTTTGGATCTTCTTTTGTCTGAGACCCAACCGAAGAAAATCTGCTCCCA
GCTTGGTCTGTGCACTTTCGATGGTAAACGTGGTGTCAGTATGGGCATTGAGTCAGTGGT
GGACAAGGAAAACGCCAAATCGTCCAATGGTGTTGGAGATGCCGCGTGTTCTGCATGTGG
GATGGCAGTTGTTTGGATACAGAGCCAGTTGAGGCAGAACATGACTCAGGAACGCATATT
GGACTACATCAACGATCTATGCGAGCGTCTTCCAAGCCCAATGGGAGAGTCTGCAGTGGA
TTGTGCACAACTCTCGACCATGCCCACTGTTTCGCTCACAATTGGAGGCAAAGTCTTTGA
TCTTTCTCCAGAGGAGTATGTACTGAAGGTTGGTGAGGGCCCTGCGGCACAGTGCATCAG
TGGCTTTATTGCACTCGACGTTGCTCCACCTCGTGGACCTCTCTGGATCCTTGGAGATGT
GTTCATGGGCAAATACCACACCGTGTTTGACTTTGGAAAAGAGCAGGTCGGGTTTGCCGA
GGCAGTGTAAAACACGAGTTTGGTTTAATGTGAACATTTGGTCTCTCGTTCGTATGTCGT
GTGTTGTTTAAAAAGACTAGTCGTAGCAGTAGTAATGGTAAGACAATGGTTTGCTCTGTA
TATACCTAGATCGATGGTTAAAAACTTTAAAAATAAAAGTTTTATCTGCC


BQ
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AF RR3EM86TF U 1
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C

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3GJ72JQ C 1
AF RR3GJ72TF U 1
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DS 

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ATCTTGATGTTAGGACCGAGGAAGAGTTCAGGAGAGGCCATTGTCTGGCACCTAAGATCC
TCAACGTCCCCTACATGCTCAACACACCTCAAGGGAGAGTGAAGAATCCAATTTTTTTGG
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GGGGG

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3H675TF U 1
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BQ
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TATAGTTACCCTTTCATGTCTCTTTGTAAGGTCTAGTGAACTTTTTTCGACGAATTATCG
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QA 1 605 1 605
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3DV78TF U 1
AF RR3DV78JQ C 120
BS 1 634 RR3DV78TF
BS 635 635 RR3DV78JQ
BS 636 676 RR3DV78TF
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BS 694 729 RR3DV78TF
BS 730 731 RR3DV78JQ
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BS 752 752 RR3DV78JQ
BS 753 767 RR3DV78TF
BS 768 995 RR3DV78JQ

RD RR3DV78TF 779 0 0
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GTTCAATCCACTATCAACGAAATCAAGAAAGATGGTGGTGTCGCCAAAGATAGCTCCATC
AATGCTGTCTTCGGACTTTGCAAATCTAGCGGCAGAGGCCAAGCGGATGGTTGATTTGGG
CACTGACTGGCTTCACATGGACATCATGGACGGGCATTTTGTCCCGAACCTAACGATTGG
TGCTCCTGTCATCGAGAGTTTGAGAAAGCACACAAATGCATATCTTGATTGCCACCTAAT
GGTGACGAACCCCATGGATTACGTTGAGCAGATGGGTAAAGCTGGGGCGTCTGGTTTCAC
ATTCCACGTTGAGGTGGCCAAAGAGAATTGGCAAGAACTTGTGAGGAAGATTAAGTCTGC
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GGTTGAAGGGGAAAGTCCGGTGGAAATGGTTCTAGTGATGACAGTGGAGCCTGGATTTGG
AGGCCAGAAGTTCATGCCCAGCATGATGGACAAG*TCCGGGCATTGAGGAAGAAGTATCC
GACACTTGATATTGAG*TGGATGGAGGGTTAG*CCCATCGACTATAGAAGCAGCGGCTGC
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GGAGCAGGGGAG

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3DV78JQ 876 0 0
TCTGTC
ATCCACTATCAACGAAATCAAGAAAGATGT**GTGTCGCCAAAGATAGCTCCATCAATGC
TGTCT*CGGACTTTGCAAATCTAGCGGCAGAGGCCAAGCGGATGGTTGATTTGGGCACTG
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CTGTCATCGAGAGTTTGAGAAAGCACACAAATGCATATCTTGATTGCCACCTAATGGTGA
CGAACCCCATGGATTACGTTGAGCAGATGGGTAAAGCTGGGGCGTCTGGTTTCACATTCC
ACGTTGAGGTGGCCAAAGAGAATTGGCAAGAACTTGTGAGGAAGATTAAGTCTGCAGGGA
TGAGGCCAGGTGTGGCTCTAAAGCCTGGAACACCTGTTGAGGAAGTCTATCCTCTGGTTG
AAGGGGAAAGTCCGGTGGAAATGGTTCTAGTGATGACAGTGGAGCCTGGATTTGGAGGCC
AGAAGTTCATGCCCAGCATGATGGACAAGGTCCGGGCATTGAGGAAGAAGTATCCGACAC
TTGATATTGAGGTGGATGGAGGGTTAGGCCCATCGACTATAGAAGCAGCGGCTGCAGCAG
GGGCCAACTGTATCGTAGCTGGAAGTTCAGTGTTTGGAGCTCCGGAGCCAGGGGAAGTCA
TTTCCCTTTTGCGGGCCAGTGTTGAAAAAGCCAAACCCAACATTTGAGTGCTGTGTCCGT
TTTCCAACAACTTTTGTGTGTCTTTTCTGTTATGAGTTTGTTGTTATGTTCCTACTCAAA
ATTCAGGTTCTTGTATGAGCTTGAGCTTCTTTGAAACGGATTTGTACTTTCATCAAAATA
ATGTCTCTGAACTTGGTATACACATATTAC

QA 7 876 7 876
DS 



AS 1 2

CO CL9175Contig1 878 2 4 U
GGAGAACACGAGTTGGAGAACACAAAAAAAGTGGAATAAAGAAGAAGACACTTCTGTTCT
GTAATAATCAATCAAGCTGCTGGGGAGGTGGCTGAACAAAACCCTAATCTCAATTTCCCC
CGAATATGCCATTTCTGAGGATTGTGAGACTTCTGCTGCCTGGGATTGGGATCTTGATTA
GAAGGTCGCTACTTTGGTTGCTGTAAATGCATATCCGTGAATATATTCCTTCTTGGATCT
ACCAGTTATTTGGTTGCATGGGGGGTTGTTTTGGGAGCTGTAATAAACCACCACCGCTTA
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AACAGTGGCTTGCAAGCGGGTCTTCTCAAACAAAGGCCAAAGTTCGAGAACCCACAATAA
GCTGGAATGCAACATATGAAAGCTTGTTGGGTGTGAACAAGCGGTTCTCACGTCCAATAC
CTCTCCCTGAAATGGTGGATTTTCTGGTGGATGTGTGGGAGCAAGAGGGCTTGTATGATT
GACTTTGAAACTTACTTTTCCTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTATATATGTGTGTAATATC
TGAATTATAGCATCTTTTGAGTCTTATTATGTACGTATAAATGATTAATGGTGTGTACTG
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BQ
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AF RR3H219TF U 1
AF RR3H219JQ C 125
BS 1 729 RR3H219TF
BS 730 730 RR3H219JQ
BS 731 740 RR3H219TF
BS 741 878 RR3H219JQ

RD RR3H219TF 749 0 0
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GTAATAATCAATCAAGCTGCTGGGGAGGTGGCTGAACAAAACCCTAATCTCAATTTCCCC
CGAATATGCCATTTCTGAGGATTGTGAGACTTCTGCTGCCTGGGATTGGGATCTTGATTA
GAAGGTCGCTACTTTGGTTGCTGTAAATGCATATCCGTGAATATATTCCTTCTTGGATCT
ACCAGTTATTTGGTTGCATGGGGGGTTGTTTTGGGAGCTGTAATAAACCACCACCGCTTA
TAGTTGCAGTGGATGAGCCGTCTAAAGGGTTAAGGATTCAAGGTCGTTTAGTGAAGAAGC
CAAGCGTATCAGACGACTTCTGGAGCACGAGCACCTGCGATATGGATAACAACAGCACGA
TGCAGTCACAGAGAGGCGTCTCTTCTATTAGCTTCACTAACAACACTGCTGCTTCTGCAA
GTAGTAGCAACCCCAATGAATTTGTAAACACCGGATTGAACCTGTGGAACCAGACTAGAC
AACAGTGGCTTGCAAGCGGGTCTTCTCAAACAAAGGCCAAAGTTCGAGAACCCACAATAA
GCTGGAATGCAACATATGAAAGCTTGTTGGGTGTGAACAAGCGGTTCTCACGTCCAATAC
CTCTCCCTGAAATGGTGGATTTTCTGGTGGATGTGTGGGAGCAAGAGGGCTTGTATGATT
GACTTTGAA*CTTACTTTTC
TCTTTCTTC

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3H219JQ 754 0 0
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GTCGCTACTTTGGTTGCTGTAAATGCATATCCGTGAATATATTCCTTCTTGGATCTACCA
GTTATTTGGTTGCATGGGGGGTTGTTTTGGGAGCTGTAATAAACCACCACCGCTTATAGT
TGCAGTGGATGAGCCGTCTAAAGGGTTAAGGATTCAAGGTCGTTTAGTGAAGAAGCCAAG
CGTATCAGACGACTTTTGGAGCACGAGCACCTGCGATATGGATAACAACAGCACGATGCA
GTCACAGAGAGGCGTCTCTTCTATTAGCTTCACTAACAACACTGCTGCTTCTGCAAGTAG
TAGCAACCCCAATGAATTTGTAAACACCGGATTGAACCTGTGGAACCAGACTAGACAACA
GTGGCTTGCAAGCGGGTCTTCTCAAACAAAGGCCAAAGTTCGAGAACCCACAATAAGCTG
GAATGCAACATATGAAAGCTTGTTGGGTGTGAACAAGCGGTTCTCACGTCCAATACCTCT
CCCTGAAATGGTGGATTTTTTGGTGGATGTGTGGGAGCAAGAGGGCTTGTATGATTGACT
TTGAAACTTACTTTTCCTCTTTTCTTTCTTTCTTTCTTATATATGTGTGTAATATCTGAA
TTATAGCATCTTTTGAGTCTTATTATGTACGTATAAATGATTAATGGTGTGTACTGATTT
TGAAGAAAAATCCTACCAAAATCAGTTATTGCCG

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL9176Contig1 723 2 1 U
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AAAGAGAGATAAAAAGTTCGCCATGCCCGCTTATGGGGGCACACACATTGGATACTGGGA
TCTTGAAGAAAACATGGAGAAACCAAAGCTGTGTAGAAATGGCTTTAACACTCCTCAGTT
GTTGCAGTCAGAATGGGAAGAATTAGATTTGTGTAGCATGGTCGAAGAGTTGGTGGAGTC
ACGATCCACGCAAGAAATGTTTATGATTAAACGGTTCAGAAAGAGAAATAACGACAAGGG
AGGGAGGATGGAAGAGTATCAAATCTGGGTGTTCAAGCAAGGTCTTAACAGATTTAACCC
ACGGCAATGGTGCTACACTAATGACATTGGAGATCTCTGTATTTTCCTCTCCAAGTCTGA
ACCTTTTTGTCTCAAGGGCCAGCTCCCACCAGAAATGCCAAAACTCAATCTATTTCATTG
ATAAAAGCGAACGGGGAATATTCACTCTCGGGGATAAGTGTAAGACGAGTAACTTCTCCA
ATTTCACTGCCCCCTTACTTCATTCCACCTCTATCTTACCTCAATGCTAATCGTATCAAT
CAGTCCAATTCTCCTTAAAGCTTTTGCTTGCAGATCAACCAGCTCTGTTTCATTTTCTAT
GTATTACTATTATCCATGATGCTTTGGCTTTTACTATGGAAATCGAAATTCTAAAGTTTA
GAC


BQ
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20 20 20 

AF RR3AI52JQ C 1
AF RR3AI52TF U 1
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GAC

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DS 

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ATAAAAGCGAACGGGGAATATTCACTCTCGGGGATAAGTGTAAGACGAGTAACTTCTCCA
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CAGTCCAATTCTCCTTAAAGCTTTTGCTTGCAGATCAACCAGCTCTGTTTCATTTTCTAT
GTATTACTATTATCCATGATGCTTTGGCTTTTACTATGGAAATCGAAATTCTAAAGTTTA
GAC

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3G539JQ C 1
AF RR3G539TF U 1
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DS 

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TGAACATTGCATAACTAGGTAACAAGGACACTCATGTTGATGCAGGCTCGATCTTTGGTC
TTCCTTTGATTTGAGTTGTTCTCTGCTCTTGAAAAACTTTCGGTTACGAATTGGTTTATT
AATGCAAGAATTATGAATTGGTTTATTAATGCGAGATTTTAGCTACGTAAACAATGATCA
AAATGATGTATAAAGAATATTTTGGTGATGTATAAGAGCTTACAGATTCCAGC

QA 1 593 1 593
DS 



AS 1 2

CO CL9178Contig1 724 2 4 U
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AGAT


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3F647TF U 1
AF RR3H265TF U 1
BS 1 81 RR3F647TF
BS 82 82 RR3H265TF
BS 83 135 RR3F647TF
BS 136 724 RR3H265TF

RD RR3F647TF 135 0 0
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GCTTGTGGCTCAAGCTTTTATGGGTAAGAAGCCCCACCTCTTACAGGACGCTGATAAGCA
ATTCCAGCAACTTCA

QA 1 135 1 135
DS 

RD RR3H265TF 724 0 0
GGTAGCTACCCCGAGTAATATTCCAGCAGAGTCATTTGAAGTTTATGAAGTTGCGTTGGC
GCTTGTGGCTCAAGCTTTTATAGGTAAGAAGCCCCACCTCTTACAGGACGCTGATAAGCA
ATTCCAGCAACTTCAGCAGGCTAAGGTAATGGCTATGGAGATTCCTGCGATGCTTTATGA
CTCAAGAAACAATTGGGAGGTTGACTTTGGTCTGGAGAGGGGACTCTGTGCACTGCTTAT
AGGCAAAGTTGACGAGTGCCGTATGTGGTTGGGGTTAGACAGTGAGGACTCACAATACAG
GAATCCAGCTCATCGTTGCAACGCAAGGACATGACTTCCTCTACGGCATCTGAAATTGCT
ACCATAGGGTCAGTGAAATCTGAGGAATCGATAGCGCTTCACAGAATGGATGCTAGGACT
GCAGAGAGTCTAGTGAGCAAGTGGCAGAAGATCAAGTCTCAGGCCTTTGGGCGTGATCAC
TGCATAGAAATGTTACCAGAGGTTTTGGATGGGAGAATGCTGAAGATCTGGACAGACAGA
GCATCTGAGACTAAGCAGCTCGGGTTGGTCTATGATTATACACTGTTGAAACTCTCCGTT
GACAGCGTGACTGTCTCAGCTGATGGAACTCGTGCTCTGGTGGAAGCAACTCTGAAGAGT
CTGCTTGTCTATCTGATTTGGTTCACCCAGAAACATGCTACAGATGTCAGACCTACACAC
AGAT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL9179Contig1 921 2 6 U
GGGAGCCTTTGAGCGGCATATTCTCTCTCCCTTCTCTCCCAAAGAGTTCGCCCTACTTTT
CTTTTTTGCCTCTCCGCCGTCAGCTCCTTCTTGGCGTGAGAGGGCTTTAATGTTCTCCAT
CGACATCTGAGCTCCTCGTTTCCGGTGCAGGCTCGACGGTGAAGGCGATGAAACAACCTA
TCCTCTTATCTGTGGTACGTGGCGTGGTATCTTTCGGAAGCGATCGATTTAATGCTCCAA
GGCCCCGATGACTGTTCTATGGTAGTGTAAGGTGTCTCCTTGTCGCTCGAGGACGGCGTC
GGAACCCTTCCTCTTACAAGGCAGTTAATCGAAGTCTAGAGCAGTCGAGACCTTTCCGGT
GAGTTTTGGTAGGTTGTGCCTTTGTTTGTTGTTGAGCCGTGAGTGCAGAAGCTTGAGACA
CCGTGGATGGCGGTTCCCCGCGGCAGCGCTCGATTCTATTACTCTCGTTTCATCCCAAAC
CGGATAGAAGGTATAGGTTGTGTGGTGTTTCAGATCTGTGTGTCGGCGTTTAGATTTGTG
ATGAAACGGCTCAGATCTGTGTGTCGGTCTCGCTACCTTAGGAGATCGGTTTTGTTGGCC
GCGGGCTTGGCTCCGAGAGCTTATGGGTCTTCCTGGAGCCTTCGTGAAAAGCCTCTGCGG
GTCGGATTTGGACAACCTGGCCATCAGAGTCACTTTTCCGACGAATCGGTTTAATCCTCC
GCTCTAGTCCAACGGAGTAGCGTTTGGCTTCATCACCTACGCTTGAAAGCTTCTTTCCCT
TCCACATTTGAGTTTGTTTTTGATGTTTTTCAGTTGTATGAGCCTAATCTATTTCTGTAA
CCCACTGTTTTTCTGAGCTCATGCCGGAGATTTCACTGTTCCGGCGCCCTTTCCGGGATG
ATAATAATTTAATGTTTTTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C766TF U 1
AF RR3C766JQ C 187
BS 1 731 RR3C766TF
BS 732 732 RR3C766JQ
BS 733 756 RR3C766TF
BS 757 757 RR3C766JQ
BS 758 800 RR3C766TF
BS 801 921 RR3C766JQ

RD RR3C766TF 805 0 0
GGGAGCCTTTGAGCGGCATATTCTCTCTCCCTTCTCTCCCAAAGAGTTCGCCCTACTTTT
CTTTTTTGCCTCTCCGCCGTCAGCTCCTTCTTGGCGTGAGAGGGCTTTAATGTTCTCCAT
CGACATCTGAGCTCCTCGTTTCCGGTGCAGGCTCGACGGTGAAGGCGATGAAACAACCTA
TCCTCTTATCTGTGGTACGTGGCGTGGTATCTTTCGGAAGCGATCGATTTAATGCTCCAA
GGCCCCGATGACTGTTCTATGGTAGTGTAAGGTGTCTCCTTGTCGCTCGAGGACGGCGTC
GGAACCCTTCCTCTTACAAGGCAGTTAATCGAAGTCTAGAGCAGTCGAGACCTTTCCGGT
GAGTTTTGGTAGGTTGTGCCTTTGTTTGTTGTTGAGCCGTGAGTGCAGAAGCTTGAGACA
CCGTGGATGGCGGTTCCCCGCGGCAGCGCTCGATTCTATTACTCTCGTTTCATCCCAAAC
CGGATAGAAGGTATAGGTTGTGTGGTGTTTCAGATCTGTGTGTCGGCGTTTAGATTTGTG
ATGAAACGGCTCAGATCTGTGTGTCGGTCTCGCTACCTTAGGAGATCGGTTTTGTTGGCC
GCGGGCTTGGCTCCGAGAGCTTATGGGTCTTCCTGGAGCCTTCGTGAAAAGCCTCTGCGG
GTCGGATTTGGACAACCTGGCCATCAGAGTCACTTTTCCGACGAATCGGTTTAATCCTCC
GCTCTAGTCCA*CGGAGTAGCGTTTGGCTTCATCAC*TACGCTTGAAAGCTTCTTTCCCT
TCCACATTTGAGTTTGTTTT
GATGT

QA 1 800 1 800
DS 

RD RR3C766JQ 735 0 0
TATCTGTGGTACGTGGCGTGGTATCTTTCGGAAGCGATCGATTTAATGCTCCAAGGCCCC
GATGACTGTTCTATGGTAGTGTAAGGTGTCTCCTTGTCGCTCGAGGACGGCGTCGGAACC
CTTCCTCTTACAAGGCAGTTAATCGAAGTCTAGAGCAGTCGAGACCTTTCCGGTGAGTTT
TGGTAGGTTGTGCCTTTGTTTGTTGTTGAGCCGTGAGTGCAGAAGCTTGAGACACCGTGG
ATGGCGGTTCCCCGCGGCAGCGCTCGATTCTATTACTCTCGTTTCATCCCAAACCGGATA
GAAGGTATAGGTTGTGTGGTGTTTCAGATCTGTGTGTCGGCGTTTAGATTTGTGATGAAA
CGGCTCAGATCTGTGTGTCGGTCTCGCTACCTTAGGAGATCGGTTTTGTTGGCCGCGGGC
TTGGCTCCGAGAGCTTATGGGTCTTCCTGGAGCCTTCGTGAAAAGCCTCTGCGGGTCGGA
TTTGGACAACCTGGCCATCAGAGTCACTTTTCCGACGAATCGGTTTAATCCTCCGCTCTA
GTCCAACGGAGTAGCGTTTGGCTTCATCACCTACGCTTGAAAGCTTCTTTCCCTTCCACA
TTTGAGTTTGTTTTTGATGTTTTTCAGTTGTATGAGCCTAATCTATTTCTGTAACCCACT
GTTTTTCTGAGCTCATGCCGGAGATTTCACTGTTCCGGCGCCCTTTCCGGGATGATAATA
ATTTAATGTTTTTCC

QA 1 735 1 735
DS 



AS 1 2

CO CL9180Contig1 724 2 3 U
GGGCAGAAAGAACTGGTGAGCTGCTAGAAAAAAAGGATTGGGATTTGCTACGATGAAGCT
CGGTGGTCGGATTATTGCTCTTTTACTTCTGTTTTCTCTTACGATTGTGTTGACGAAAGC
AGAAGTCATTACATTGACGCCTGAAACTTTCTCCGACAAGGTGAAGGAGGAGGATACTGC
GTGGTTTGTAAAGTTCTGTGTTCCTTGGTGTAAGCACTGCAAGAAACTGGGGAACTTGTG
GGAAGAATTGGGGAACGCAATGGAAGGTGACGATGAAATTGAGATTGGGGAAGTAGATTG
TGGTAAAAGCAGAGATGTTTGCACCAAAGTCGAGATTCACTCTTATCCAACGTTTAAGCT
ATTTTACAATGGAGAAGAAGTTTCAAAATACCAAGGTAAAAGAGACGTTGAATCTCTCAA
GACGTTTGTTGTAGAGGAAACAGAGAAGGCAGCCGAAAAAGCACAGCTTGAAGACAAGGA
ACTGTGATTCTTCCCCTTTTGTTCATTCAGTTTTGCTTATGCAGTTGACTTAGTTTCACC
ACTAGTTAGATAGGCACGGTGGAGGAATTGATCAAGTCTTTTGGATTTATATGCTTTCCA
AACACAATACTGTTGTTTTTCAGTTTCGGTGCGAGACAAAAGATTACTGATACTCTTGTG
TTGTATGTTCGTTTACGAGCAAATTGCATTGTTCTTTGAAAAAATATATTTGGTGGAAAC
CATT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR3DR43TF U 1
AF RR3DR43JQ C 2
BS 1 703 RR3DR43TF
BS 704 704 RR3DR43JQ
BS 705 724 RR3DR43TF

RD RR3DR43TF 724 0 0
GGGCAGAAAGAACTGGTGAGCTGCTAGAAAAAAAGGATTGGGATTTGCTACGATGAAGCT
CGGTGGTCGGATTATTGCTCTTTTACTTCTGTTTTCTCTTACGATTGTGTTGACGAAAGC
AGAAGTCATTACATTGACGCCTGAAACTTTCTCCGACAAGGTGAAGGAGGAGGATACTGC
GTGGTTTGTAAAGTTCTGTGTTCCTTGGTGTAAGCACTGCAAGAAACTGGGGAACTTGTG
GGAAGAATTGGGGAACGCAATGGAAGGTGACGATGAAATTGAGATTGGGGAAGTAGATTG
TGGTAAAAGCAGAGATGTTTGCACCAAAGTCGAGATTCACTCTTATCCAACGTTTAAGCT
ATTTTACAATGGAGAAGAAGTTTCAAAATACCAAGGTAAAAGAGACGTTGAATCTCTCAA
GACGTTTGTTGTAGAGGAAACAGAGAAGGCAGCCGAAAAAGCACAGCTTGAAGACAAGGA
ACTGTGATTCTTCCCCTTTTGTTCATTCAGTTTTGCTTATGCAGTTGACTTAGTTTCACC
ACTAGTTAGATAGGCACGGTGGAGGAATTGATCAAGTCTTTTGGATTTATATGCTTTCCA
AACACAATACTGTTGTTTTTCAGTTTCGGTGCGAGACAAAAGATTACTGATACTCTTGTG
TTGTATGTTCGTTTACGAGCAAATTGCATTGTTCTTTGAAAAA*TATATTTGGTGGAAAC
CATT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3DR43JQ 723 0 0
GGCAGAAAGAACTGGTGAGCTGCTAGAAAAAA*GGATTGGGATTTGCTACGATGAAGCTC
GGTGGTCGGATTATTGCTCTTTTACTTCTGTTTTCTCTTACGATTGTGTTGACGAAAGCA
GAAGTCATTACATTGACGCCTGAAACTTTCTCCGACAAGGTGAAGGAGGAGGATACTGCG
TGGTTTGTAAAGTTCTGTGTTCCTTGGTGTAAGCACTGCAAGAAACTGGGGAACTTGTGG
GAAGAATTGGGGAACGCAATGGAAGGTGACGATGAAATTGAGATTGGGGAAGTAGATTGT
GGTAAAAGCAGAGATGTTTGCACCAAAGTCGAGATTCACTCTTATCCAACGTTTAAGCTA
TTTTACAATGGAGAAGAAGTTTCAAAATACCAAGGTAAAAGAGACGTTGAATCTCTCAAG
ACGTTTGTTGTAGAGGAAACAGAGAAGGCAGCCGAAAAAGCACAGCTTGAAGACAAGGAA
CTGTGATTCTTCCCCTTTTGTTCATTCAGTTTTGCTTATGCAGTTGACTTAGTTTCACCA
CTAGTTAGATAGGCACGGTGGAGGAATTGATCAAGTCTTTTGGATTTATATGCTTTCCAA
ACACAATACTGTTGTTTTTCAGTTTCGGTGCGAGACAAAAGATTACTGATACTCTTGTGT
TGTATGTTCGTTTACGAGCAAATTGCATTGTTCTTTGAAAAAATATATTTGGTGGAAACC
ATT

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL9181Contig1 606 2 1 U
GGACGTCCTGTCGCTTTGCCTAGCTTTTCGTTCAATTTCTCTTTCCCTTCATTTTCTTCT
CTTTCTTGTTCTTCCCTCTCTAAATCATCAGCTAAAACTGAGGGAGGGAAGAACGTACGA
ATCTTTTTAAAACTGAATATATAATTGGTTATATATCAAACTAAGCAGTTAGAGAGAAGA
GTGAAAGGGAGAAAATCTCAGCACTGAAAATGTCGGCGTCTAAACTTTTCTTCGGAGCTC
TTACAATCGTATGGATAGTTTTCTCCATTTTCTTCCCAACGGCACAGGCTCAGTCCGCAG
CTCCGGCTCCCGCTCCGTCAAGCGATGGAACAACAATAGATCAAGGCATAGCATATGTCC
TTATGTTGGTGGCTTTGGTCCTCACTTATTACATCCATTAATACTTTTGTCATTTTAATT
CTGGTCTCTATTTAGTTTAATTATATTTTCTCATTTTGATTATAATTAAATAGAGACCAG
AAAAGTTTATGTCGTAGAGAAATTAACGAGATTTTCTAATATTTGGAGTGATATAATTTT
GAAGTTCATTTGTATAACGTCGATATGCGTCAACTGTTGGAAATATATTTCATCACTTTA
CATCCT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 

AF RR3FF37JQ C 1
AF RR3FF37TF U 1
BS 1 606 RR3FF37TF

RD RR3FF37JQ 606 0 0
GGACGTCCTGTCGCTTTGCCTAGCTTTTCGTTCAATTTCTCTTTCCCTTCATTTTCTTCT
CTTTCTTGTTCTTCCCTCTCTAAATCATCAGCTAAAACTGAGGGAGGGAAGAACGTACGA
ATCTTTTTAAAACTGAATATATAATTGGTTATATATCAAACTAAGCAGTTAGAGAGAAGA
GTGAAAGGGAGAAAATCTCAGCACTGAAAATGTCGGCGTCTAAACTTTTCTTCGGAGCTC
TTACAATCGTATGGATAGTTTTCTCCATTTTCTTCCCAACGGCACAGGCTCAGTCCGCAG
CTCCGGCTCCCGCTCCGTCAAGCGATGGAACAACAATAGATCAAGGCATAGCATATGTCC
TTATGTTGGTGGCTTTGGTCCTCACTTATTACATCCATTAATACTTTTGTCATTTTAATT
CTGGTCTCTATTTAGTTTAATTATATTTTCTCATTTTGATTATAATTAAATAGAGACCAG
AAAAGTTTATGTCGTAGAGAAATTAACGAGATTTTCTAATATTTGGAGTGATATAATTTT
GAAGTTCATTTGTATAACGTCGATATGCGTCAACTGTTGGAAATATATTTCATCACTTTA
CATCCT

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3FF37TF 606 0 0
GGACGTCCTGTCGCTTTGCCTAGCTTTTCGTTCAATTTCTCTTTCCCTTCATTTTCTTCT
CTTTCTTGTTCTTCCCTCTCTAAATCATCAGCTAAAACTGAGGGAGGGAAGAACGTACGA
ATCTTTTTAAAACTGAATATATAATTGGTTATATATCAAACTAAGCAGTTAGAGAGAAGA
GTGAAAGGGAGAAAATCTCAGCACTGAAAATGTCGGCGTCTAAACTTTTCTTCGGAGCTC
TTACAATCGTATGGATAGTTTTCTCCATTTTCTTCCCAACGGCACAGGCTCAGTCCGCAG
CTCCGGCTCCCGCTCCGTCAAGCGATGGAACAACAATAGATCAAGGCATAGCATATGTCC
TTATGTTGGTGGCTTTGGTCCTCACTTATTACATCCATTAATACTTTTGTCATTTTAATT
CTGGTCTCTATTTAGTTTAATTATATTTTCTCATTTTGATTATAATTAAATAGAGACCAG
AAAAGTTTATGTCGTAGAGAAATTAACGAGATTTTCTAATATTTGGAGTGATATAATTTT
GAAGTTCATTTGTATAACGTCGATATGCGTCAACTGTTGGAAATATATTTCATCACTTTA
CATCCT

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

CO CL9182Contig1 850 2 10 U
GGATCAGAAGCTTTGTGGTTTCTTGAGCGATTCTCTCTGAAGTAGCCTTCTCCGACCGAC
TACATCTCCGTGTACCTGCTTTGTTCGGACAACCAACTGCAGTTCTAGATAATAATGTCG
GAGGTTAAACCATTGATCGGTCTTAAATGGGAACCGAAGCTTCCTTCCTTAGCTTTAGAC
TCCAAAACTGGTTCTAGTTCAAGTAAAGTAGCTGAGAGACATGAAAGCAGTTCTCTTTGG
ACGTCTAACTCAGAGCTCGTTGATGGTCTTTGTCTTCCACCTACTGATCCAAAGAAAGTT
AACAAGATGATTAGAAAGCAAATCAAAGACACCACTGGCTCAAACTGGTTTGATATGCCT
GCACCAACAATGACTCCTGAGTTGAAAAGAGACCTTCAGTTGCTTAAGTTGAGGGATGTA
ATGGATCCTAAGAAACACTACAAGAGAGTTTCGTCCCAGTCAAAACTAGCTGAAAAGTAT
TTCCAGGTTGGTACAGTAATTGAACCAGCGCAAGAGTTCTATGATCGACTGTCAAAGAAG
GATAGAAAAACAAGCCTTGCTGAAGACTTGGTTTCAGATCCCAAAGTTTCTCAGTACAGG
AAGCGTAAAGTGAGGGAGATTGAAGAGAAGAACAGATCTAATCACGATAAGAGGTGGAAG
AGAAAGGGAAGTGACTCCAAGAAAACAAAACATAGAAGGCACTGAATTGCATTTATCAGA
GAATATGATCTCATCGTTTTTGGTTTCACTTTACCTTGTAATGACAGACTACTGTTGTTG
TTTTACAGCCTTCGTTTGAAGGATTGGCTCTGTTGTTTACATGTCTGGATAATTAAAAAG
CTTTGATGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FG75TF U 1
AF RR3FG75JQ C 107
BS 1 679 RR3FG75TF
BS 680 682 RR3FG75JQ
BS 683 689 RR3FG75TF
BS 690 690 RR3FG75JQ
BS 691 696 RR3FG75TF
BS 697 697 RR3FG75JQ
BS 698 722 RR3FG75TF
BS 723 723 RR3FG75JQ
BS 724 739 RR3FG75TF
BS 740 850 RR3FG75JQ

RD RR3FG75TF 739 0 0
GGATCAGAAGCTTTGTGGTTTCTTGAGCGATTCTCTCTGAAGTAGCCTTCTCCGACCGAC
TACATCTCCGTGTACCTGCTTTGTTCGGACAACCAACTGCAGTTCTAGATAATAATGTCG
GAGGTTAAACCATTGATCGGTCTTAAATGGGAACCGAAGCTTCCTTCCTTAGCTTTAGAC
TCCAAAACTGGTTCTAGTTCAAGTAAAGTAGCTGAGAGACATGAAAGCAGTTCTCTTTGG
ACGTCTAACTCAGAGCTCGTTGATGGTCTTTGTCTTCCACCTACTGATCCAAAGAAAGTT
AACAAGATGATTAGAAAGCAAATCAAAGACACCACTGGCTCAAACTGGTTTGATATGCCT
GCACCAACAATGACTCCTGAGTTGAAAAGAGACCTTCAGTTGCTTAAGTTGAGGGATGTA
ATGGATCCTAAGAAACACTACAAGAGAGTTTCGTCCCAGTCAAAACTAGCTGAAAAGTAT
TTCCAGGTTGGTACAGTAATTGAACCAGCGCAAGAGTTCTATGATCGACTGTCAAAGAAG
GATAGAAAAACAAGCCTTGCTGAAGACTTGGTTTCAGATCCCAAAGTTTCTCAGTACAGG
AAGCGTAAAGTGAGGGAGATTGAAGAGAAGAACAGATCTAATCACGATAAGAGGTGGAAG
AGAAAGGGAAGTGACTCCA**GAAACAAA*CATAGA*GGCACTGAATTGCATTTATCAGA
GA*TATGATCTCATCGTTT

QA 1 739 1 739
DS 

RD RR3FG75JQ 744 0 0
AGATAATAATGTCGGAGGTTAAACCATTGATCGGTCTTAAATGGGAACCGAAGCTTCCTT
CCTTAGCTTTAGACTCCAAAACTGGTTCTAGTTCAAGTAAAGTAGCTGAGAGACATGAAA
GCAGTTCTCTTTGGACGTCTAACTCAGAGCTCGTTGATGGTCTTTGTCTTCCACCTACTG
ATCCAAAGAAAGTTAACAAGATGATTAGAAAGCAAATCAAAGACACCACTGGCTCAAACT
GGTTTGATATGCCTGCACCAACAATGACTCCTGAGTTGAAAAGAGACCTTCAGTTGCTTA
AGTTGAGGGATGTAATGGATCCTAAGAAACACTACAAGAGAGTTTCGTCCCAGTCAAAAC
TAGCTGAAAAGTATTTCCAGGTTGGTACAGTAATTGAACCAGCGCAAGAGTTCTATGATC
GACTGTCAAAGAAGGATAGAAAAACAAGCCTTGCTGAAGACTTGGTTTCAGATCCCAAAG
TTTCTCAGTACAGGAAGCGTAAAGTGAGGGAGATTGAAGAGAAGAACAGATCTAATCAGG
ATAAGAGGTGGAAGAGAAAGGGAAGTGACTCCAAGAAAACAAAACATAGAAGGCACTGAA
TTGCATTTATCAGAGAATATGATCTCATCGTTTTTGGTTTCACTTTACCTTGTAATGACA
GACTACTGTTGTTGTTTTACAGCCTTCGTTTGAAGGATTGGCTCTGTTGTTTACATGTCT
GGATAATTAAAAAGCTTTGATGGG

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL9183Contig1 1233 2 14 U
GACCTACTACCTGGATTGTTCATCTGTTCCAAATATGAGAACTTGGAGCTCTCACTTGTA
CTCCAATGATGGTATCTCTTGTTTCCAGAAAAATCAGAGCCTCAAACTCTCCGGACCACT
TATTTCCATCAAGACAAAACGACCCTCGAGGGTACAAGTAATATCCGCTGTTCAGTTCCG
ACCTTGCATTGACATCCACAAGGGGAAAGTGAAACAAATAGTTGGATCCACTTTAAGCGA
CTTAAAAGAAGACGGTTCGGCTCTCGTGACGAACTTCGAATCAGACAAATCCGCGGAAGA
GTATGCAAACATGTACAAAGAAGATGGGCTCACAGGTGGTCATGTGATTATGCTCGGGGC
AGACCCTTTAAGCCAATCTGCAGCTATTGGAGCTTTACATGCTTATCCCGGTAATGCCTT
TTTGGGTGTGGGTTTTTGTTTCTTACTGTTTGGTTTGAAAATCTTATGTGTCGTGTATGA
ATGAATTACAAGAAGATGAATTCTAGGCGGTTTGCAGGTTGGAGGTGGGATCAGTTCGGA
GAATTGTTTGAGTTATATAGAGGAGGGAGCAAGTCATGTTATTGTCACTTCGTATGTGTT
TAACAATGTGAAGCTTGATCTTGAGAGACTGAAAGATCTTGTGAAGATTGTTGGGAAAGA
AAGATTGATATTGGACCTTAGCTGCAGAAAGAAGGATGACGGAAGATACGCGATTGTTAC
TGATAGGTGACAGAAGTTCAGCGACGTCTTGCTTGATGAGAAATCGTTGGAGTTTCTTGG
AGGTTTTGCAGATGAGTTTCTGGTGCATGGTGTTGATGTTGAAGGAAAGAAGCTAGGGAT
TGATGAAGAGCTTGTTGCATTGCTTGGCAACTATTCTCCGATTCCAGTAACTTATGCGGG
AGGCGTGACAGTGATGGGTGATGTGGAGAGGATCAAAGAAGCAGGGAAGGGACGTGTGGA
TGTAACAGTGGGAAGTGCCTTGGACATTTTTGGTGGTAATCTGCCTTACAAAGATGTTGT
TGCTTGGCATCACCAGCAACAAGAACCCTCTTCAGCACTCCATTGAAAACCTCATTTTCT
GTCTTTTGCTTTGTTTTATTTGTCCAATATTTAATAATTTTCAACTTAATATTCGTGAAA
GAGTCAAAAAAAACAATAGATGTTGAATTTTTTTTCATGGATTGCTACATTGCTAATTTG
ACTTTCTTCTTTCGAATAACATTGAAATTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C941TF U 1
AF RR3C941JQ C 436
BS 1 694 RR3C941TF
BS 695 695 RR3C941JQ
BS 696 701 RR3C941TF
BS 702 702 RR3C941JQ
BS 703 734 RR3C941TF
BS 735 735 RR3C941JQ
BS 736 769 RR3C941TF
BS 770 770 RR3C941JQ
BS 771 779 RR3C941TF
BS 780 780 RR3C941JQ
BS 781 782 RR3C941TF
BS 783 784 RR3C941JQ
BS 785 806 RR3C941TF
BS 807 1233 RR3C941JQ

RD RR3C941TF 806 0 0
GACCTACTACCTGGATTGTTCATCTGTTCCAAATATGAGAACTTGGAGCTCTCACTTGTA
CTCCAATGATGGTATCTCTTGTTTCCAGAAAAATCAGAGCCTCAAACTCTCCGGACCACT
TATTTCCATCAAGACAAAACGACCCTCGAGGGTACAAGTAATATCCGCTGTTCAGTTCCG
ACCTTGCATTGACATCCACAAGGGGAAAGTGAAACAAATAGTTGGATCCACTTTAAGCGA
CTTAAAAGAAGACGGTTCGGCTCTCGTGACGAACTTCGAATCAGACAAATCCGCGGAAGA
GTATGCAAACATGTACAAAGAAGATGGGCTCACAGGTGGTCATGTGATTATGCTCGGGGC
AGACCCTTTAAGCCAATCTGCAGCTATTGGAGCTTTACATGCTTATCCCGGTAATGCCTT
TTTGGGTGTGGGTTTTTGTTTCTTACTGTTTGGTTTGAAAATCTTATGTGTCGTGTATGA
ATGAATTACAAGAAGATGAATTCTAGGCGGTTTGCAGGTTGGAGGTGGGATCAGTTCGGA
GAATTGTTTGAGTTATATAGAGGAGGGAGCAAGTCATGTTATTGTCACTTCGTATGTGTT
TAACAATGTGAAGCTTGATCTTGAGAGACTGAAAGATCTTGTGAAGATTGTTGGGAAAGA
AAGATTGATATTGGACCTTAGCTGCAGAAAGAAG*ATGACG*AAGATACGCGATTGTTAC
TGATAGGTGACAGA*GTTCAGCGACGTCTTGCTTGATGAGAAATCGTTG*AGTTTCTTG*
AG**TTTGCAGATGAGTTTCTGGTGC

QA 1 806 1 806
DS 

RD RR3C941JQ 798 0 0
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TTGAAAATCTTATGTGTCGTGTATGAATGAATTACAAGAAGATGAATTCTAGGCGGTTTG
CAGGTTGGAGGTGGGATCAGTTCGGAGAATTGTTTGAGTTATATAGAGGAGGGAGCAAGT
CATGTTATTGTCACTTCGTATGTGTTTAACAATGTGAAGCTTGATCTTGAGAGACTGAAA
GATCTTGTGAAGATTGTTGGGAAAGAAAGATTGATATTGGACCTTAGCTGCAGAAAGAAG
GATGACGGAAGATACGCGATTGTTACTGATAGGTGACAGAAGTTCAGCGACGTCTTGCTT
GATGAGAAATCGTTGGAGTTTCTTGGAGGTTTTGCAGATGAGTTTCTGGTGCATGGTGTT
GATGTTGAAGGAAAGAAGCTAGGGATTGATGAAGAGCTTGTTGCATTGCTTGGCAACTAT
TCTCCGATTCCAGTAACTTATGCGGGAGGCGTGACAGTGATGGGTGATGTGGAGAGGATC
AAAGAAGCAGGGAAGGGACGTGTGGATGTAACAGTGGGAAGTGCCTTGGACATTTTTGGT
GGTAATCTGCCTTACAAAGATGTTGTTGCTTGGCATCACCAGCAACAAGAACCCTCTTCA
GCACTCCATTGAAAACCTCATTTTCTGTCTTTTGCTTTGTTTTATTTGTCCAATATTTAA
TAATTTTCAACTTAATATTCGTGAAAGAGTCAAAAAAAACAATAGATGTTGAATTTTTTT
TCATGGATTGCTACATTGCTAATTTGACTTTCTTCTTTCGAATAACATTGAAATTTTAT

QA 20 798 20 798
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AGATGTTACCGTCAGATCAAGGGGAAACCCTACCCGAAATCCCGCTACTGCCGGGGTGTA
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GCGGCTCGCATCGCCTGCAACAAGTACATGGTGAAATCCGCCGGGAAAGACGCGTTCCAT
CTGAGGATTAGGGTTCATCCTTTCCATGTGTTGCGTATCAACAAGATGCTTTCGTGCGCC
GGAGCTGATAGGCTTCAGACCGGTATGAGGGGAGCGTTCGGGAAGGCGCTGGGGACTTGC
GCTAGGGTTGCGATCGGGCAGGTGCTTTTGTCTGTGAGGTGTAAGGATAACCATGGGGCT
CATGCGCAGGAGGCGTTGAGGAGGGCTAAGTTTAAGTTCCCTGGTCGTCAGAAGATTATT
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GCTAACCGTCAGCCTGGAAGTGCCTTCA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G286TF U 1
AF RR3BJ11TF U 1
BS 1 231 RR3BJ11TF
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BS 233 355 RR3BJ11TF
BS 356 356 RR3G286TF
BS 357 688 RR3BJ11TF

RD RR3G286TF 618 0 0
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AGATGTTACCGTCAGATCAAGGGGAAACCCTACCCGAAATCCCGCTACTGCCGGGGTGTA
CCCGACCCGAAGATCCGGATCTACGACGTCGGGATGAAGAAGAAAGGAGTCGACGAGTTC
CCTTTCTGCGTCCACCTCGTCTCCTGGGAGAAGGAGAACGTCTCCAGCGAGACCCTCGAG
GCGGCTCGCATCGCCTGCAACAAGTACATGGTGAAATCCGCCGGGAAAGACGCGTTCCAT
CTGAGGATTAGGGTTCATCCTTTCCATGTGTTGCGTATCAACAAGATGCTTTCGTGCGCC
GGAGCTGATAGGCTTCAGACCGGTATGAGGGGAGCGTTCGGGAAGGCGCTGGGGACTTGC
GCTAGGGTTGCGATCGGGCAGGTGCTTTTGTCTGTGAGGTGTAAGGATAACCATGGGGCT
CATGCGCAGGAGGCGTTGAGGAGGGCTAAGTTTAAGTTCCCTGGTCGTCAGAAGATTATT
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GTGAAGAGGATTGTTCCT

QA 1 618 1 618
DS 

RD RR3BJ11TF 688 0 0
GGAGGGCTTTGCAATCCACAATCGCCGAACGCAACCACAACCATGGGACGAAGACCTGCG
AGATGTTACCGTCAGATCAAGGGGAAACCCTACCCGAAATCCCGCTACTGCCGGGGTGTA
CCCGACCCGAAGATCCGGATCTACGACGTCGGGATGAAGAAGAAAGGAGTCGACGAGTTC
CCTTTCTGCGTCCACCTCGTCTCCTGGGAGAAGGAGAACGTCTCCAGCGAGGCCCTCGAG
GCGGCTCGCATCGCCTGCAACAAGTACATGGTGAAATCCGCCGGGAAAGACGCGTTCCAT
CTGAGGATTAGGGTTCATCCTTTCCATGTGTTGCGTATCAACAAGATGCTTTCGTTCGCC
GGAGCTGATAGGCTTCAGACCGGTATGAGGGGAGCGTTCGGGAAGGCGCTGGGGACTTGC
GCTAGGGTTGCGATCGGGCAGGTGCTTTTGTCTGTGAGGTGTAAGGATAACCATGGGGCT
CATGCGCAGGAGGCGTTGAGGAGGGCTAAGTTTAAGTTCCCTGGTCGTCAGAAGATTATT
GTTAGCAGGAAGTGGGGGTTCACTAAGTTCAACCGTGCTGATTACACGAGGCTGAGACAG
GTGAAGAGGATTGTTCCTGATGGTGTCAACGCTAAGTTTCTGTCGAACCATGGTCGCTTG
GCTAACCGTCAGCCTGGAAGTGCCTTCA

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL9186Contig1 769 2 16 U
GATTAAAAATTCATTTGAGTTTCGTATTATATATGATCCGGCCGACTCAGTTTCATCTGT
GTATTACAAGTTTCTTTGACAAGAACAAAACAAAAGTGGGTTTAACCGGTTATGAGACTA
GAGCTTCTTCAGGATAAGGTGAGCACCAAACTGTGGGTGAATTGTGATGACTGTGTAAAG
AGCATGCACATAAAAAGGAGACAACTCGAAGGAAAATCTCTGCAAAATCAATGCCATTGC
CATCTTTGCTTCCAATAAGGCAAAGTTCTGCCCAATGCAAATCCTTGGTCCCCACGCAAA
AGGAAAGAAGGAGACTTGACTCTTCGTTGCCTTTGACAGACCTTCTTTGAATCTTTCAGG
CTTGAACTCTGCTGCATCGTCTCCCCACAGCTCGGTGTCGCGTTGAACTAGCAGGATAGG
TAGACTGATCTGAACACCACCTGGTAAAGTCAGATCTCCTAGCTTCATCTCTTTTTGAAT
GGCTCTGCTCACCTGTGTCACTGGAGGATATAGCCTAAGGACCTCATACAATATCATCGT
CATAACTTTGAGCTGGTTAAGACCATCTGTATCAGGTACTTTATCGCCAAAAACTTGCTT
CACTTCTTCTCTTGCACGTGCCTGCCAATCTCGGTGTTGGCTTAGCAGAACCATTGTCCA
GACAAGAAGTACTGAAGTTGTCTCTTGCCCGGCGAAGTAGAACAACTTGCATTCCTCCAT
CACATCCTCATTGCTCATTCCATACCTTTAGCTTGTCCTAAATTAGATT


BQ
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AF RR3EL03JQ U 1
AF RR3BR54JQ U 12
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DS 

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CG
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QA 3 758 3 758
DS 



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TAATAAATTCTTACCC


BQ
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AF RR3C622JQ C 1
AF RR3C622TF U 1
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TAATAAATTCTTACCC

QA 1 616 1 616
DS 

RD RR3C622TF 616 0 0
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TCTTCTTCTTCGAAAGTGTGCAGATTATCATCAAAGATACAGTCTTTAACCCAGAGGCTA
AGCAAGACGAATGCCCACGTCTCCTCCATACCCTCTCCCATTAAATCTTCATTGCCTACT
CCCCCTCGTATCATCAATCCTTCTTTTAGAGTACCTGTGGAGCTGAGTAGCTGTGTATCT
CTGTTTCCACTACACAGTGCCATTGCATCTTCCAGATTAGTGTCAAGTCTCTCTGCTGAA
TCCATGAGCTGGGGTTTAGTTCCTCAAGGTATTTCAATGCCTTTATGACAGTATTTTCAT
CTTACAAACAAGTTTCCTGGATGAGAAAGTTGTGTCGCTCTTTTTATCTCTCATCGAATC
TAAAGGGGTCCTGAATTCAAGACTGGTTTTTTGCTCAAACTCTTATTTGAGTTGTCTTTT
TTTTTTGTTCGTGGGTTTATCAGGAATTGAGTGATCAGTGTAATGTTGCTGGCAAAGATT
ATACTCTTAGTTTTCATTGAAATGTCTCATCGCTTACCATGAGTCGGTAGTGGTTGGGAT
TAATAAATTCTTAC
AC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL9188Contig1 720 2 3 U
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AGCTTGGCTTAAGGCAACCTATATTGCGGCTAGAATTAAACACGGCAGAGTTGATATGAT
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BQ
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AF RR3FJ19TF U 1
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BS 280 280 RR3FJ19JQ
BS 281 720 RR3FJ19TF

RD RR3FJ19TF 720 0 0
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ATCCCTGAAGAATTTGGAGTGATTGCTAGATACAAAGGACAAGGTAGGCTTGCTGATCCT
GGATTTCGTAATCCAAGATGGGTAGACGGCGAGCTTGTTATCCTGGATGGCAAGTATGTC
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GGAAGAGTTTTCTTCCGACTGTTGCCAATTGCAAGTGTACTGGTTGGAACCGTTTCACTA
TTTGCAGATTCATTGGATTGGTTATACCAAAAAATAAGATTAGTTCAAGTTCAGGGGTCA
CTCTCTTTGTATTTCTGGACCAGTAATGAGCTCTCGTTGATGGTGGCTTTGTTGTTGTGG
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QA 1 720 1 720
DS 

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CTTCAACCGTCTGAGGCTTCAAGCTTAGTGTTTTTTTTTGCCCTTCTCGCTCTACAATCG
AGGAAGAGTTTTCTTCCGACTGTTGCCAATTGCAAGTGTACTGGTTGGAACCGTTTCACT
ATTTGCAGATTCATTGGATTGGTTATACCAAAAAATAAGATTAGTTCAAGTTCAGGGGTC
ACTCTCTTTGTATTTCTGGACCAGTAATGAGCTCTCGTTGATGGTGGCTTTGTTGTTGTG
GAGCTTGGCTTAAGGCAACCTATATTGCGGCTAGAATTAAACACGGCAGAGTTGATATGA
TCATGCAAAGTGAATTAGTCGGATTGTTAGAAAAGAAACTGGATTGTAAGGTTGGAGAAG
AAGTCTAATAGATGTCTGTAAATTAATGTATGTTTCTCAGAGATTGCTATTTGATTTGTA
CACACATGGTAAGAGTTGTTCTAATGTATATTTTCAGTCTATATAATCACAGGAATCTCT
G

QA 1 601 1 601
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL9191Contig1 1239 2 12 U
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GGATTCAATCTCCTCCGACAACGACAACGACAGCGACAACGAAGTTCATATCCTTCTCGG
ACACCAACAATGGAGTTCCCAGATTGTCAAGAGATTAAAATCGACTTTAAGGATCTCTTC
GTGTTTCTTCAATGCGTCGATTTGTCTTCCGCATAATCAATCAAAACGTTCTGATTACAG
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CATGCAAATTTTTCTTCTGGTAGGCAGTGTATCAACACCTATAAAAGTTAGGTGAGTCCG
ACAAGCGGTTCAGTCTAGCTAATGGTTTGATAGGCAAAACTCGAGACATGTATCTTGAGA
TTACTTTCGCTATGGAGACTCAGGTTGCAAAGATAGATCCCACCTACAAAAAGATCCAGC
CCCAAGTGTGACACGATATATTCCCCTGAAACGAGGATACCAATGGGAAAGGAAAACCAA
TCTGGTTGAGCCAAAGAAGAAGTAAGGCCAAAAAGAAAATGGAAAGACATGCGAGGGCAT
ATCAAAGCATCATCTTTGATCTTTCAGAACCAGAAATTATCCCTCAAAAATCCCACCAAG
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TGGAAGACTCAAGAGAGAGCAAGAGACGCGAGTGCAGATTTTGTGGGAAAGCATGGAAAT
TTGTGCTACAGGCAGTTGCTTGAGAAGAACAAGCACTTTATCCAGGAGCCTGCCACTGTA
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CGCTATGAAACTTTCTAGACTACGCAAAGGACTTATGGAAGAACAGAAGCGATCTGAAGG
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GAGAAATCACCGGCAGAGGGTTCACCTTCACCGGTTATTATTGAAAGAGAAACAGTAACT
TGACAAACATTGTGTGCAATCACTTGCTCCATATTTTAGTTCCATGATTCTCTGTATCAA
AAAAAATTCCAGTTCTTTTCCTGGAGATTTGGTGCTGAGAACATACAATTTACTAAACTC
TGAGATAAGATTGAGATCAATAAGAACATGAATTTATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE56TF U 1
AF RR3EE56JQ C 428
BS 1 649 RR3EE56TF
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BS 743 781 RR3EE56TF
BS 782 1239 RR3EE56JQ

RD RR3EE56TF 787 0 0
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GGATTCAATCTCCTCCGACAACGACAACGACAGCGACAACGAAGTTCATATCCTTCTCGG
ACACCAACAATGGAGTTCCCAGATTGTCAAGAGATTAAAATCGACTTTAAGGATCTCTTC
GTGTTTCTTCAATGCGTCGATTTGTCTTCCGCATAATCAATCAAAACGTTCTGATTACAG
ATTCATCGGTTTGATCACCTTCTTAACTCCATCGACCCACATCAATCACGATCTGACATT
CATGCAAATTTTTCTTCTGGTAGGCAGTGTATCAACACCTATAAAAGTTAGGTGAGTCCG
ACAAGCGGTTCAGTCTAGCTAATGGTTTGATAGGCAAAACTCGAGACATGTATCTTGAGA
TTACTTTCGCTATGGAGACTCAGGTTGCAAAGATAGATCCCACCTACAAAAAGATCCAGC
CCCAAGTGTGACACGATATATTCCCCTGAAACGAGGATACCAATGGGAAAGGAAAACCAA
TCTGGTTGAGCCAAAGAAGAAGTAAGGCCAAAAAGAAAATGGAAAGACATGCGAGGGCAT
ATCAAAGCATCATCTTTGATCTTTCAGAACCAGAAATTATCCCTCAAAA*TCCCACCAAG
AGCCTCTTGCCTCCACTGGAACAACTTCTTTTT*GTACGTTGTCCTTTCCTGA*GAATTA
TGGA*GACTCAAGAGAGAGCA*GAGACGCGAGTGCAGATTTTGTGGGAAAGCATGGAAAT
T
GTGCTA

QA 1 781 1 781
DS 

RD RR3EE56JQ 812 0 0
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GTGACACGATATATTCCC*TGAAACGAGGATACCAATGGGAAAGGAAAACCAATCTGGTT
GAGCCAAAGAAGAAGTAAGGCCAAAAAGAAAATGGAAAGACATGCGAGGGCATATCAAAG
CATCATCTTTGATCTTTCAGAACCAGAAATTATCCCTCAAAAATCCCACCAAGAGCCTCT
TGCCTCCACTGGAACAACTTCTTTTTTGTACGTTGTCCTTTCCTGAAGAATTATGGAAGA
CTCAAGAGAGAGCAAGAGACGCGAGTGCAGATTTTGTGGGAAAGCATGGAAATTTGTGCT
ACAGGCAGTTGCTTGAGAAGAACAAGCACTTTATCCAGGAGCCTGCCACTGTAGAGAAGT
GCCAAGAGTTGTTTAAGCAACTTCTTTACACCCGTCATGCTAGCAATCCCAAACGCTATG
AAACTTTCTAGACTACGCAAAGGACTTATGGAAGAACAGAAGCGATCTGAAGGTAGAAGA
TGCTGGAATCGCTGCATTGTTTGGTCTTGAATGCTTTGACTGGTACTGCATAGGAGAAAT
CACCGGCAGAGGGTTCACCTTCACCGGTTATTATTGAAAGAGAAACAGTAACTTGACAAA
CATTGTGTGCAATCACTTGCTCCATATTTTAGTTCCATGATTCTCTGTATCAAAAAAAAT
TCCAGTTCTTTTCCTGGAGATTTGGTGCTGAGAACATACAATTTACTAAACTCTGAGATA
AGATTGAGATCAATAAGAACATGAATTTATAC

QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 2

CO CL9192Contig1 615 2 2 U
GGGTGGGATGCTTCTTAACCAGTTAGAAAAAAAGGACAAATGGCGGTTTCTCTCCCGAAC
TCATTTCTCCAGATCAATCAATGTGCTCCTTCTCTCGTAATCAAAAAGCCGGTTAAGGCG
GCATTGATTGGCGCGAACCGAGGAACTAAACCGTTAAGAAGCAACCCTTCAGTGGTTCGA
GTGACGTGCAGGAAGAAGGATCTACACCCGGAGTTTCACGAGGACGCCAAGGTTTACTGC
AACGGAGAGCTCGTGATGACGACGGGAGGGACCAAGAAAGAGTACGTCGTTGATGTTTGG
TCCGGTAACCATCCCTTTTACCTCGGGAACCGGTCGGCTCTGATGGTCGACGCTGACCAA
GTTGAGAAGTTCCGGAAGAGGTTCGCGGGGTTGTCGGAGATTATGGAGATTCCGGTTCTG
AAAGGAGAGATTGTATTGCCCACGAAGAAAAGCAAAGGTGCTGGCAAAGGGAAGAAGAAA
TGATGTGAGAGAGACTTTGTAATGTTTGAAATTGGAGTTTTCTGGTAAAAGTTTTAAGTT
TGTCTTTGCTTTGCTTGGGCTGTTTGAATAGTTATGTTATGTTTCTTCTTGAATGCAAAT
GATTGTGATTTTATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CK71JQ C 1
AF RR3CK71TF U 12
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BS 12 615 RR3CK71TF

RD RR3CK71JQ 615 0 0
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GTGACGTGCAGGAAGAAGGATCTACACCCGGAGTTTCACGAGGACGCCAAGGTTTACTGC
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TCCGGTAACCATCCCTTTTACCTCGGGAACCGGTCGGCTCTGATGGTCGACGCTGACCAA
GTTGAGAAGTTCCGGAAGAGGTTCGCGGGGTTGTCGGAGATTATGGAGATTCCGGTTCTG
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GATTGTGATTTTATC

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3CK71TF 604 0 0
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CCGGAAGAGGTTCGCGGGGTTGTCGGAGATTATGGAGATTCCGGTTCTGAAAGGAGAGAT
TGTATTGCCCACGAAGAAAAGCAAAGGTGCTGGCAAAGGGAAGAAGAAATGATGTGAGAG
AGACTTTGTAATGTTTGAAATTGGAGTTTTCTGGTAAAAGTTTTAAGTTTGTCTTTGCTT
TGCTTGGGCTGTTTGAATAGTTATGTTATGTTTCTTCTTGAATGCAAATGATTGTGATTT
TATC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

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GTTTTACT


BQ
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AF RR3GN73JQ C 1
AF RR3GN73TF U 1
BS 1 608 RR3GN73TF

RD RR3GN73JQ 608 0 0
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GTTTACCCGATGCATACAGATGATTATTATGAAAAGCCTCATGCATCATCTAGGAAAGAA
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ATTTATTTTTATATTAAAGATAATAAGAAGATAATTATCATGTTGGCTACATGTGATTTT
GTTTTACT

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3GN73TF 608 0 0
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ACCCTTTCATCGATCAGGGACACAACCTCCGAGGGAAAGACTTCAACTTGACACTGCACT
GGCATGTCATGCCCAAGACCGGGAAGATGTTAGCTGACAAAATAGTCATGTCTGGTTATC
GTTTACCCGATGCATACAGATGATTATTATGAAAAGCCTCATGCATCATCTAGGAAAGAA
AAAGAGTTAATGTTTCAGGTGTCTGATCTGCATAGATAAGGTTATTTATACATAATTTAG
ATTTATTTTTATATTAAAGATAATAAGAAGATAATTATCATGTTGGCTACATGTGATTTT
GTTTTACT

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

CO CL9194Contig1 1145 2 2 U
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TATCATCCTTCTGAAGAAATCAGAGCCTATTTGCCAGAGAATCCTGCTGATTCTAGGCTT
CCACCTGCTGAAACCGCTAGAACCATCATTGAGGTGAACAAAAAAGGAACATTGATGCTT
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GATGATTATGTTTCAGACTCTGATGAATCACTTGGAGACTGGGCAAACTTGGAAACTATG
AGAACTTGCAAATTGAGACATTACGGTTTGCATTCTTGACAAGGGCAACATCAGCACACA
GTGCTGAGGGACAGTTGAGAGAATTATTATTCGCTTCCACACCTCAGAAACCATAGGGAT
CCTTGGTGATGTTTAGTAAAAAATGTCAAAGAGGAAACAAACTCAAAACGGCAGTATTTG
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GGCTTGTTGAAGATTGGCAGATGAAGTCTCGGTTGATGTTTTCTCAATTCATTCTTGATG
ACGTT


BQ
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10 10 10 10 10 

AF RR3G214TF U 1
AF RR3G214JQ C 368
BS 1 687 RR3G214TF
BS 688 1145 RR3G214JQ

RD RR3G214TF 687 0 0
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GTCCGTCTCTTCTCTTCAACGGCGCTCCTCCAGTATCGTCATGTACACAACACAGAGGAA
GAAGGAAGCTGCTTTGCGCCTCGGCGAGTCTTTCATCCTCGCCGTCTCGAGCCTATTGCT
CCTAGGAGTGGACTTCTCAAGTGTAACAGTGACTATTTCACGAGGAGGTGCCTGCGGAAG
AATAGAACTCAAGCCATTGCGGAGTATTTGGGTTCAGCTTCAGATCCAAAGAAGCCAAGC
TATCATCCTTCTGAAGAAATCAGAGCCTATTTGCCAGAGAATCCTGCTGATTCTAGGCTT
CCACCTGCTGAAACCGCTAGAACCATCATTGAGGTGAACAAAAAAGGAACATTGATGCTT
TCAGGTTTACTTGGTATTGGACTTCATGAGAACATTCTCTGGCCTGATATTCCTTATGTA
ACAGATCAGCATGGAAATATATACTTTCAAGTTAAGGAAAACGAGGATATAATGCAAACC
CTTGTTACTTCTGATAATAACTATGTGCAAGTAATAGTAGGTTTTGATACGATGGAGATG
ATCAAAGACATGGAGCTGAGTACTCCCTCTGGTATTTATTTTGAGATTGAAGAAATGGAC
GATGGTATAACTGAAGTTGACGATGAA

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3G214JQ 778 0 0
CTGAAACCGCTAGAACCATCATTGAGGTGAACAAAAAAGGAACATTGATGCTTTCAGGTT
TACTTGGTATTGGACTTCATGAGAACATTCTCTGGCCTGATATTCCTTATGTAACAGATC
AGCATGGAAATATATACTTTCAAGTTAAGGAAAACGAGGATATAATGCAAACCCTTGTTA
CTTCTGATAATAACTATGTGCAAGTAATAGTAGGTTTTGATACGATGGAGATGATCAAGG
ACATGGAGCTGAGTACTCCCTCTGGTATTTATTTTGAGATTGAAGAAATGGACGATGGTA
TAACTGAAGTTGACGATGAAAACAAGAGGGAGGAAGATGAAGATGAAGATGAATAAGAAG
ACAAAGATGATGAGGAATGGGTTGCTGTTCTAGAAGATGGAGATGAAGAAGACGATGATT
ATGTTTCAGACTCTGATGAATCACTTGGAGACTGGGCAAACTTGGAAACTATGAGAACTT
GCAAATTGAGACATTACGGTTTGCATTCTTGACAAGGGCAACATCAGCACACAGTGCTGA
GGGACAGTTGAGAGAATTATTATTCGCTTCCACACCTCAGAAACCATAGGGATCCTTGGT
GATGTTTAGTAAAAAATGTCAAAGAGGAAACAAACTCAAAACGGCAGTATTTGCAAATCA
ATAGATCTTCCGTAACTAATGTCAACGGTCTCGTTAACAAGTTTTCAATTGCTGGCTTGT
TGAAGATTGGCAGATGAAGTCTCGGTTGATGTTTTCTCAATTCATTCTTGATGACGTT

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL9195Contig1 1455 2 2 U
GGATCGCTAAACCTCAGAGCAGCAAAATCCTGATATAGAGAGAGATGTCAGGCTTAGCAT
GTAACTCGTGTAACAAGGACTTCGAAGACGACTCTGACCAGAAGCTCCATTACAAGTCCG
AGTGGCACCGTTACAATCTCAAACGCAAGATCGCTGGTGTTCCTGGAGTGACAGAAGCTT
TGTTTGAAGCTAGACAAGCTGCTATCGCTCAGGCGAAGGTCAAATCTAACGAAGCGCCTC
TGCTTTACAGCTGTGGAGTCTGTAATAAATCTTACAGGAGCTCCAAAGCTCACGAGCAGC
ATCTCAAGTCAAAGAGCCACGTTCTCAAGGCTTCTTCTTCAAGCAACGGAGAGGAGGATA
AAGCAATCATCAAGCAGCTTCCTCCTCCTCCTCCTCGCCGTGTTGAGAAGAAGGTCAATC
CTCAGTTAAAGGGTTTGATTGAGGAAGAAGAGAGTGAAGAGAGTGAGGATGAATGGGTTG
AGGTTGATTCTGACGATGATTTGGAGGGTGAAGAAGAAGATATGGATGAGGAGGGCTCTG
GTGAAGAAGATATGGATGAGGATGATGATGATAACGAGTTTGAGTTGGATCCGAGTTGTT
GTTTGATGTGTGATAAGAAGCATAAGACGATAGAGAAGTGCATGGTTCACATGCATAAGT
TCCATGGCTTCTTCATACCTGATATCGAGTACCTCAAGGATCCTAAAGGGTTTCTAACCT
ACGTTGGTCTAAAGGTCAAGAGGGACTTCATTTGTCTGTACTGCAATGAACTGTGCCATC
CTTTCAGCAGTTTGGAAGCTGTTCGGAAGCATATGGAAGCCAAGAGTCACTGCAAAGTGC
ATTACGGTGATGGTGGTGACGAAGAAGATGCAGAGCTAGAAGAGTTCTATGACTACAGCA
GCAGTTACGGTAATGAAGGCGAAAACCAGATGGTTGTAGCTGGTGAATCAGCTAATACGA
TTGAGCTATTTGGCGGGTCTGAGCTTGTGATCACCAAGAGAGGGGAGAACAAAGTAACGT
CCAGGACTCTTGGGTCTAGAGAGTTCATGCGTTACTACAAGCAAAAACCACCCCCATCTT
CTCAGAAACACGTAGTCAACTCTCTAGCCATGAGGTACAAGAGCATGGGTTTGGCAACGG
TGCAGTCAAAGGAGGACATAGTGAGGATGAAGGTGATGAGAGAGATGAACAAAAGAGGAG
CTAGGAGTCGTGTTAAGCTGGGAATGAAGAGCAACGTCATCAGAAACTTGCCCAACAATG
TCACCTACTAGTCTCTCCAAAACTAGTGTGCTGTTTGATTCTGTAACGCTTCTTTATGAA
ACTTGTGTTAGTGAGTGAAGTCTAGAACCTATATGAGAGATACGCTTTTTATACTTTGGA
AGGTGTCTTAAGGGCCGATTTTGTCCGAGTTTGTGTTCTCTATTGTCTTATTTTTTCGAC
AACATTTTCTTTTCT


BQ
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AF RR3B001TF U 1
AF RR3B001JQ C 683
BS 1 841 RR3B001TF
BS 842 1455 RR3B001JQ

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GTAACTCGTGTAACAAGGACTTCGAAGACGACTCTGACCAGAAGCTCCATTACAAGTCCG
AGTGGCACCGTTACAATCTCAAACGCAAGATCGCTGGTGTTCCTGGAGTGACAGAAGCTT
TGTTTGAAGCTAGACAAGCTGCTATCGCTCAGGCGAAGGTCAAATCTAACGAAGCGCCTC
TGCTTTACAGCTGTGGAGTCTGTAATAAATCTTACAGGAGCTCCAAAGCTCACGAGCAGC
ATCTCAAGTCAAAGAGCCACGTTCTCAAGGCTTCTTCTTCAAGCAACGGAGAGGAGGATA
AAGCAATCATCAAGCAGCTTCCTCCTCCTCCTCCTCGCCGTGTTGAGAAGAAGGTCAATC
CTCAGTTAAAGGGTTTGATTGAGGAAGAAGAGAGTGAAGAGAGTGAGGATGAATGGGTTG
AGGTTGATTCTGACGATGATTTGGAGGGTGAAGAAGAAGATATGGATGAGGAGGGCTCTG
GTGAAGAAGATATGGATGAGGATGATGATGATAACGAGTTTGAGTTGGATCCGAGTTGTT
GTTTGATGTGTGATAAGAAGCATAAGACGATAGAGAAGTGCATGGTTCACATGCATAAGT
TCCATGGCTTCTTCATACCTGATATCGAGTACCTCAAGGATCCTAAAGGGTTTCTAACCT
ACGTTGGTCTAAAGGTCAAGAGGGACTTCATTTGTCTGTACTGCAATGAACTGTGCCATC
CTTTCAGCAGTTTGGAAGCTGTTCGGAAGCATATGGAAGCCAAGAGTCACTGCAAAGTGC
A

QA 1 841 1 841
DS 

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GGACTTCATTTGTCTGTACTGCAATGAACTGTGCCATCCTTTCAGCAGTTTGGAAGCTGT
TCGGAAGCATATGGAAGCCAAGAGTCACTGCAAAGTGCATTACGGTGATGGTGGTGACGA
AGAAGATGCAGAGCTAGAAGAGTTCTATGACTACAGCAGCAGTTACGGTAATGAAGGCGA
AAACCAGATGGTTGTAGCTGGTGAATCAGCTAATACGATTGAGCTATTTGGCGGGTCTGA
GCTTGTGATCACCAAGAGAGGGGAGAACAAAGTAACGTCCAGGACTCTTGGGTCTAGAGA
GTTCATGCGTTACTACAAGCAAAAACCACCCCCATCTTCTCAGAAACACGTAGTCAACTC
TCTAGCCATGAGGTACAAGAGCATGGGTTTGGCAACGGTGCAGTCAAAGGAGGACATAGT
GAGGATGAAGGTGATGAGAGAGATGAACAAAAGAGGAGCTAGGAGTCGTGTTAAGCTGGG
AATGAAGAGCAACGTCATCAGAAACTTGCCCAACAATGTCACCTACTAGTCTCTCCAAAA
CTAGTGTGCTGTTTGATTCTGTAACGCTTCTTTATGAAACTTGTGTTAGTGAGTGAAGTC
TAGAACCTATATGAGAGATACGCTTTTTATACTTTGGAAGGTGTCTTAAGGGCCGATTTT
GTCCGAGTTTGTGTTCTCTATTGTCTTATTTTTTCGACAACATTTTCTTTTCT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL9196Contig1 1039 2 2 U
GGGTATTGGCGCCATTCTACTCGCAGGCCAATGTCTTGATATAATGTACTCGAGTCTTTT
CCCACAAGGAAACTTGAAGCTCTACGAGTTCATTGCTATGGTCACAGCCGTAATGATTGT
CCTGTCACAGCTCCCAAGTTTTCATTCTCTTAGACACATTAACTGTGCGTCTCTCCTTCT
CAGCTTAGGCTATACTTTCCTCGTCGTCGGGGCTTGTATCAACCTAGGCTTGTCTAAACA
CGCTCCTAAACGTGAGTATTCACTCGAGCCGTCAGACTCAGGGAGAGTTTTTAGTGCCTT
CACATCGATTTCAATCATCGCTGCTATTTTCGGAAATGGAATTCTACCAGAAATACAGGC
AACTCTTGCTCCACCAGCTACAGGAAAGATGTTGAAAGGATTAATATTGTGTTATAGTGT
GATCTTCTTCACGTTTTACTCGGCTGCAGTTTCTGGTTATTGGGTATTTGGTAGTAACTC
GAGCTCCAATATTCTCAAGAACCTAATGCCTGACGAAGGACCGACTCTGGCTCCTATCGT
TGTCATTGGCCTAGCGGTCATCTTTATTCTTCTTCAGCTCTTCGCCATTGGTCTCGTGTA
TTCACAAGTTGCGTATGAGATAATGGAGAAGAACTCGGCGGATACAACCCAAGGGATGTT
CTCAAGACGCAACCTGGTGCCACGTTTGATACTAAGAACACTATATATGGCGTTCTGTGG
GTTCATGGCTGCGATGCTACCCTTCTTTGGGGATATAAATGCGGTGGTAGGAGCGTTTGG
GTTTATCCCACTTGATTTCGTGCTGCCAATGCTCCTATACAACATGACATATAAGCCTAC
GAAACGGAGCTTCACGTACTGGATAAACATGACGATAATGGTTGTGTTCACTTGTGCGGG
GCTCATGGGAGCTTTCTCCTCTGTTAGGAAACTTGTTCTTGATGCTAATAAGTTCAAGTT
GTTTAGTAGTGAAGTTGTTGATTAGATCGATACTTATCATATAGTATATGGATAAATACA
TAGACGCACTTTTTTGTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HB49TF U 1
AF RR3HB49JQ C 426
BS 1 643 RR3HB49TF
BS 644 1039 RR3HB49JQ

RD RR3HB49TF 643 0 0
GGGTATTGGCGCCATTCTACTCGCAGGCCAATGTCTTGATATAATGTACTCGAGTCTTTT
CCCACAAGGAAACTTGAAGCTCTACGAGTTCATTGCTATGGTCACAGCCGTAATGATTGT
CCTGTCACAGCTCCCAAGTTTTCATTCTCTTAGACACATTAACTGTGCGTCTCTCCTTCT
CAGCTTAGGCTATACTTTCCTCGTCGTCGGGGCTTGTATCAACCTAGGCTTGTCTAAACA
CGCTCCTAAACGTGAGTATTCACTCGAGCCGTCAGACTCAGGGAGAGTTTTTAGTGCCTT
CACATCGATTTCAATCATCGCTGCTATTTTCGGAAATGGAATTCTACCAGAAATACAGGC
AACTCTTGCTCCACCAGCTACAGGAAAGATGTTGAAAGGATTAATATTGTGTTATAGTGT
GATCTTCTTCACGTTTTACTCGGCTGCAGTTTCTGGTTATTGGGTATTTGGTAGTAACTC
GAGCTCCAATATTCTCAAGAACCTAATGCCTGACGAAGGACCGACTCTGGCTCCTATCGT
TGTCATTGGCCTAGCGGTCATCTTTATTCTTCTTCAGCTCTTCGCCATTGGTCTCGTGTA
TTCACAAGTTGCGTATGAGATAATGGAGAAGAACTCGGCGGAT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3HB49JQ 614 0 0
TCTTCACGTTTTACTCGGCTGCAGTTTCTGGTTATTGGGTATTTGGTAGTAACTCGAGCT
CCAATATTCTCAAGAACCTAATGCCTGACGAAGGACCGACTCTGGCTCCTATCGTTGTCA
TTGGCCTAGCGGTCATCTTTATTTTTCTTCAGCTTTTCGCCATTGGTTTCGTGTATTCAC
AAGTTGCGTATGAGATAATGGAGAAGAACTCGGCGGATACAACCCAAGGGATGTTCTCAA
GACGCAACCTGGTGCCACGTTTGATACTAAGAACACTATATATGGCGTTCTGTGGGTTCA
TGGCTGCGATGCTACCCTTCTTTGGGGATATAAATGCGGTGGTAGGAGCGTTTGGGTTTA
TCCCACTTGATTTCGTGCTGCCAATGCTCCTATACAACATGACATATAAGCCTACGAAAC
GGAGCTTCACGTACTGGATAAACATGACGATAATGGTTGTGTTCACTTGTGCGGGGCTCA
TGGGAGCTTTCTCCTCTGTTAGGAAACTTGTTCTTGATGCTAATAAGTTCAAGTTGTTTA
GTAGTGAAGTTGTTGATTAGATCGATACTTATCATATAGTATATGGATAAATACATAGAC
GCACTTTTTTGTGT

QA 1 614 1 614
DS 



AS 1 2

CO CL9197Contig1 1004 2 14 U
GGAGAGACGCCGCCGATAATGATGGCCACTCACTCTCTCAATCTGCTTCCCAAATCATTT
ATTCCACAGTTGCCAACCTTCACTTCACTCAGACCAAATATCCTCTCATCAAAGCTGACG
ACGACATGTGGAAGGCATCGGAGGCAAAATCTGAGTATTCGATCCGTGTTCACGGGAATC
GTGGAAGAAATGGGGCAGGTAAAGGATCTGGGATTAGCTGATCACGGCGGTTTCGACCTT
AAAATCGGGGCGAGAGTGGTGGTGGAGGACGTGAAGCTAGGCGACAGCATCGCCGTCAAC
GGCACTTGCCTAACTGTCATCCATTTCGACACCGAGGAGTTCACCGTGGGGTTGGCGCCG
GAGACGCTGCGGAAAACGTCGCTGGAGGAGCTGGAGAGAGGATTCCTGGTGAATCTGGAG
CGCGCGCTGCAGCCGGTGAGCCGAATGGGGGGACACGTGGTGCAGGGACACGTGGACGGT
ACGGGAGTGATCGTTTCGATGGAGGCTGAGGGAGATTCGCTGTGGGTGAAGGTGAAAGCG
GACAAGGCTTTGCTCAAATACATTGTCCCCAAGGGCTTTGTGGCGGTGGACGGGACGAGC
CTGACGGTGGTCGATGTGTCTGACGAGGACAGCTGCTTTAACTTCATGCTCGTTGCTTAT
ACCCAGCAGAATGTGGTGATTCCCACCAAGAGAGTTGGGCAGAAAGTGAACTTGGAGGTT
GATATCATGGGCAAATACGTTGAGAGGCTTCTTCTCACCACTACAGCCTTCTCCATCAAC
ACCCCACAGGAAAACAAGGGTTGAAGCTCATCTGGGAGAAAAAGGAAGCTCATTTGGCAA
CTGTTGCTGTATTTAAGATTGATCTTGACACTCTGTTTCTTTGTAATAGCAGCGACACTA
AACTTAGGTGCTTTGTGTAATGATGGTCGGTCTTTTCATTTGTGTCAATTAGAGAATAAG
CTTATGCTTGTATTACCTTTTTTGTTTCTACTCTTAGTTTCTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FK13TF U 1
AF RR3FK13JQ C 244
BS 1 683 RR3FK13TF
BS 684 684 RR3FK13JQ
BS 685 695 RR3FK13TF
BS 696 696 RR3FK13JQ
BS 697 719 RR3FK13TF
BS 720 720 RR3FK13JQ
BS 721 758 RR3FK13TF
BS 759 759 RR3FK13JQ
BS 760 773 RR3FK13TF
BS 774 774 RR3FK13JQ
BS 775 778 RR3FK13TF
BS 779 779 RR3FK13JQ
BS 780 793 RR3FK13TF
BS 794 1004 RR3FK13JQ

RD RR3FK13TF 806 0 0
GGAGAGACGCCGCCGATAATGATGGCCACTCACTCTCTCAATCTGCTTCCCAAATCATTT
ATTCCACAGTTGCCAACCTTCACTTCACTCAGACCAAATATCCTCTCATCAAAGCTGACG
ACGACATGTGGAAGGCATCGGAGGCAAAATCTGAGTATTCGATCCGTGTTCACGGGAATC
GTGGAAGAAATGGGGCAGGTAAAGGATCTGGGATTAGCTGATCACGGCGGTTTCGACCTT
AAAATCGGGGCGAGAGTGGTGGTGGAGGACGTGAAGCTAGGCGACAGCATCGCCGTCAAC
GGCACTTGCCTAACTGTCATCCATTTCGACACCGAGGAGTTCACCGTGGGGTTGGCGCCG
GAGACGCTGCGGAAAACGTCGCTGGAGGAGCTGGAGAGAGGATTCCTGGTGAATCTGGAG
CGCGCGCTGCAGCCGGTGAGCCGAATGGGGGGACACGTGGTGCAGGGACACGTGGACGGT
ACGGGAGTGATCGTTTCGATGGAGGCTGAGGGAGATTCGCTGTGGGTGAAGGTGAAAGCG
GACAAGGCTTTGCTCAAATACATTGTCCCCAAGGGCTTTGTGGCGGTGGACGGGACGAGC
CTGACGGTGGTCGATGTGTCTGACGAGGACAGCTGCTTTAACTTCATGCTCGTTGCTTAT
ACCCAGCAGAATGTGGTGATTCC*ACCAAGAGAGT*GGGCAGAAAGTGAACTTGGAGGT*
GATATCATGGGCAAATACGTTGAGAGGCTTCTTCTCAC*ACTACAGCCTTCTC*ATCA*C
ACCCCACAGGAAA
CAGGGTGAGCTCA

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3FK13JQ 761 0 0
ATCGGGGCGAGAGTGGTGGTGGAGGACGTGAAGCTAGGCGACAGCATCGCCGTCAACGGC
ACTTGCCTAACTGTCATCCATTTCGACACCGAGGAGTTCACCGTGGGGTTGGCGCCGGAG
ACGCTGCGGAAAACGTCGCTGGAGGAGCTGGAGAGAGGATTCCTGGTGAATCTGGAGCGC
GCGCTGCAGCCGGTGAGCCGAATGGGGGGACACGTGGTGCAGGGACACGTGGACGGTACG
GGAGTGATCGTTTCGATGGAGGCTGAGGGAGATTCGCTGTGGGTGAAGGTGAAAGCGGAC
AAGGCTTTGCTCAAATACATTGTCCCCAAGGGCTTTGTGGCGGTGGACGGGACGAGCCTG
ACGGTGGTCGATGTGTCTGACGAGGACAGCTGCTTTAACTTCATGCTCGTTGCTTATACC
CAGCAGAATGTGGTGATTCCCACCAAGAGAGTTGGGCAGAAAGTGAACTTGGAGGTTGAT
ATCATGGGCAAATACGTTGAGAGGCTTCTTCTCACCACTACAGCCTTCTCCATCAACACC
CCACAGGAAAACAAGGGTTGAAGCTCATCTGGGAGAAAAAGGAAGCTCATTTGGCAACTG
TTGCTGTATTTAAGATTGATCTTGACACTCTGTTTCTTTGTAATAGCAGCGACACTAAAC
TTAGGTGCTTTGTGTAATGATGGTCGGTCTTTTCATTTGTGTCAATTAGAGAATAAGCTT
ATGCTTGTATTACCTTTTTTGTTTCTACTCTTAGTTTCTTG

QA 1 761 1 761
DS 



AS 1 2

CO CL9198Contig1 604 2 1 U
GGATCACCAATTTGATCTAATTTCCATGGCTTCTTCTCTCAAAATCAGCAGTCTTCCATA
CCAGAGGCTTTCTCTAGAAGATGATGTCTTGGAAGAAACAACAACAAGACCCTCATCATC
ATCATATCCTCACAGGTTCAAGAGAGTGCTGTCACTGAGAGGAAGGAGGAGGATTAGAAT
TAGAGTTAAGATCCGGAGACTTAGGGGATTTGTGAGGAAGAAAGCGAGTAAGGTTAAAAT
TGGAGTTTTAAAGATATTGAAGAGGTTGAAGGAGAGTCAAACTCACTTTGGTGATCTATT
TGCTGGTAATTACCTTTTCATGCAAGTTAATCCTTCTTCTCTTAACACTAAGTACGTCTT
TGACAGATCTTTTCAAGTTCAAAATGGTAACTTAAACTCTAAAGTATCTCTTCCTAGAGT
TCTTATGTAAAGAAGACGTGTGAAAGAAAAAAAGCATCAATTATATATATATCCATTTCG
AGTTTAAGAGACTATGGTTAATTGGTTATGAGTTATGATTCTCTATTTTTCTAATTACAT
TTGGCTATGTGTCTTGTTTGTAACTATTTCAAGGAGAAAGTAAAGCAAAAAAACTTATAT
CTAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR3ET50JQ C 1
AF RR3ET50TF U 1
BS 1 604 RR3ET50TF

RD RR3ET50JQ 604 0 0
GGATCACCAATTTGATCTAATTTCCATGGCTTCTTCTCTCAAAATCAGCAGTCTTCCATA
CCAGAGGCTTTCTCTAGAAGATGATGTCTTGGAAGAAACAACAACAAGACCCTCATCATC
ATCATATCCTCACAGGTTCAAGAGAGTGCTGTCACTGAGAGGAAGGAGGAGGATTAGAAT
TAGAGTTAAGATCCGGAGACTTAGGGGATTTGTGAGGAAGAAAGCGAGTAAGGTTAAAAT
TGGAGTTTTAAAGATATTGAAGAGGTTGAAGGAGAGTCAAACTCACTTTGGTGATCTATT
TGCTGGTAATTACCTTTTCATGCAAGTTAATCCTTCTTCTCTTAACACTAAGTACGTCTT
TGACAGATCTTTTCAAGTTCAAAATGGTAACTTAAACTCTAAAGTATCTCTTCCTAGAGT
TCTTATGTAAAGAAGACGTGTGAAAGAAAAAAAGCATCAATTATATATATATCCATTTCG
AGTTTAAGAGACTATGGTTAATTGGTTATGAGTTATGATTCTCTATTTTTCTAATTACAT
TTGGCTATGTGTCTTGTTTGTAACTATTTCAAGGAGAAAGTAAAGCAAAAAAACTTATAT
CTAT

QA 1 604 1 604
DS 

RD RR3ET50TF 604 0 0
GGATCACCAATTTGATCTAATTTCCATGGCTTCTTCTCTCAAAATCAGCAGTCTTCCATA
CCAGAGGCTTTCTCTAGAAGATGATGTCTTGGAAGAAACAACAACAAGACCCTCATCATC
ATCATATCCTCACAGGTTCAAGAGAGTGCTGTCACTGAGAGGAAGGAGGAGGATTAGAAT
TAGAGTTAAGATCCGGAGACTTAGGGGATTTGTGAGGAAGAAAGCGAGTAAGGTTAAAAT
TGGAGTTTTAAAGATATTGAAGAGGTTGAAGGAGAGTCAAACTCACTTTGGTGATCTATT
TGCTGGTAATTACCTTTTCATGCAAGTTAATCCTTCTTCTCTTAACACTAAGTACGTCTT
TGACAGATCTTTTCAAGTTCAAAATGGTAACTTAAACTCTAAAGTATCTCTTCCTAGAGT
TCTTATGTAAAGAAGACGTGTGAAAGAAAAAAAGCATCAATTATATATATATCCATTTCG
AGTTTAAGAGACTATGGTTAATTGGTTATGAGTTATGATTCTCTATTTTTCTAATTACAT
TTGGCTATGTGTCTTGTTTGTAACTATTTCAAGGAGAAAGTAAAGCAAAAAAACTTATAT
CTAT

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL9199Contig1 787 2 2 U
ACACAAAGTGGTAAAATATTATTGAACCAGATCTCAGACATTAACAATCTTGTCTCTGCT
CATCAGCAAAAACATTATTTGGTTTCTGAGTTTTGAAAAACACTCGTGATTTTCCACAAG
ACAAAAACATGTAAATGGTGGAACAAAAGGCAGTCATCACGGACACTTCAATTCTCAAAG
AGTTTGATTCTTTAGGCTGAAACAACTGCTTGTTGTTTTGACGATTCATCACTTTCTTGC
AAGCTCTCATAATATTTGACAAGAACATTCCATCCACTCGGACACATAAACCCATCTGGT
GGACTCTCCCCTGTTCTTGCATACGTTCGCATCTTAGTTCCAGAAATGAAAAGAAACTCT
TTTGCACGGGTTGGACCGAAAAACGCCATCTTCTTCTCAACTGTATCATAAGCTGCAACC
CTAAACGGAAGAATATTCAGTTTCTCAAGTCCAGGAGCCATGCTCAAGACTTTCTTTCCA
TGATCAGGATCATACAGATCTCTCTTCTCACTAGGATGTCCCATTCCCGCGGGATCACGA
CCCACAATGTAGAAATTAGCACCTGCATTGATCCTAGCCTTGGCGTGCCAATGAACTTCA
GTGGGACCAGCATAGTGCATCGGCGACGGAAATATCGCGACAATAGTAGTCTCCGGGTCA
AGAACCCCATCTTCAAGAACCTTGCTATGTTGTTCCATTCGAACATCAAGAGGAACATCA
TCAGCTTTAGTGAAACCTCCTAAAGGATGAAGCAACAGAACAGGGTTCTTGTAACCCATC
TCCAAAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DC54JQ U 1
AF RR3G578JQ U 24
BS 1 759 RR3DC54JQ
BS 760 787 RR3G578JQ

RD RR3DC54JQ 759 0 0
ACACAAAGTGGTAAAATATTATTGAACCAGATCTCAGACATTAACAATCTTGTCTCTGCT
CATCAGCAAAAACATTATTTGGTTTCTGAGTTTTGAAAAACACTCGTGATTTTCCACAAG
ACAAAAACATGTAAATGGTGGAACAAAAGGCAGTCATCACGGACACTTCAATTCTCAAAG
AGTTTGATTCTTTAGGCTGAAACAACTGCTTGTTGTTTTGACGATTCATCACTTTCTTGC
AAGCTCTCATAATATTTGACAAGAACATTCCATCCACTCGGACACATAAACCCATCTGGT
GGACTCTCCCCTGTTCTTGCATACGTTCGCATCTTAGTTCCAGAAATGAAAAGAAACTCT
TTTGCACGGGTTGGACCGAAAAACGCCATCTTCTTCTCAACTGTATCATAAGCTGCAACC
CTAAACGGAAGAATATTCAGTTTCTCAAGTCCAGGAGCCATGCTCAAGACTTTCTTTCCA
TGATCAGGATCATACAGATCTCTCTTCTCACTAGGATGTCCCATTCCCGCGGGATCACGA
CCCACAATGTAGAAATTAGCACCTGCATTGATCCTAGCCTTGGCGTGCCAATGAACTTCA
GTGGGACCAGCATAGTGCATCGGCGACGGAAATATCGCGACAATAGTAGTCTCCGGGTCA
AGAACCCCATCTTCAAGAACCTTGCTATGTTGTTCCATTCGAACATCAAGAGGAACATCA
TCAGCTTTAGTGAAACCTCCTAAAGGATGAAGCAACAGA

QA 1 759 1 759
DS 

RD RR3G578JQ 764 0 0
GAACCAGATCTCAGACATTAACAATCTTGTCTCTGCTCATCAGCAAAAACATTATTTGGT
TTCTGAGTTTTGAAAAACACTCGTGATTTTCCACAAGACAAAAACATGTAAATGGTGGAA
CAAAAGGTAGTCATCACGGACACTTCAATTCTCAAAGAGTTTGATTCTTTAGGCTGAAAC
AACTGCTTGTTGTTTTGACGATTCATCACTTTCTTGCAAGCTCTCATAATATTTGACAAG
AACATTCCATCCACTCGGACACATAAACCCATCTGGTGGACTCTCCCCTGTTCTTGCATA
CGTTCGCATCTTAGTTCCAGAAATGAAAAGAAACTCTTTTGCACGGGTTGGATCGAAAAA
CGCCATCTTCTTCTCAACTGTATCATAAGCTGCAACCCTAAACGGAAGAATATTCAGTTT
CTCAAGTCCAGGAGCCATGCTCAAGACTTTCTTTCCATGATCAGGATCATACAGATCTCT
CTTCTCACTAGGATGTCCCATTCCCGCGGGATCACGACCCACAATGTAGAAATTAGCACC
TGCATTGATCCTAGCCTTGGCGTGCCACTGAACTTCAGTGGGACCAGCATAGTGCATCGG
CGACGGAAATATCGCGACAATAGTAGTCTCCGGGTCAAGAACCCCATCTTCAAGAACCTT
GCTATGTTGTTCCATTCGAACATCAAGAGGAACATCATCAGCTTTAGTGAAACCTCCTAA
AGGATGAAGCAACAGAACAGGGTTCTTGTAACCCATCTCCAAAG

QA 1 764 1 764
DS 



AS 1 2

CO CL9200Contig1 930 2 3 U
GATCAAACTCGATTCCTTCGATAATTATTAGGTTCGAAATGATCTGCAAAGTACTCCCCC
AAGAGGATATGAAAAGGGGAGAATAAGGTACGATAAACAACAAAGTGATGCACAACAAAG
AAACACAATAAACAACAAAGAAACACAAGTGTTTGATGCAGAAACCACAACAAGTGGAGC
ACACAACACTGGAGAGAAGGTACGATTTTTGATTTATTATTTTATTAAGCTTAGAATCAA
TCAAGCCAGATTGTAGTAGAAGTTGCCATTAAGTTTCTGGGTCTTGTCCTCCATGGACCC
TGCTTTGTTGACCCTTGGTGTTAATCTGGAGCTGTTCGGAACCTGTCTGAATGTGATATT
CAGTTTCTCCAGCAAAAGGTTGAACCCAGCAACACGGTCGCATGGAGAAGAAACAGAAAA
GCCGGAAACTGAAGGTCCGTTAACAAGTGGGCGCAGACCAGCAGAAACAGAAAAGTCGGA
AACTGGACGTCGGTTAACACGACCAGCTGAAACAGAAAAGCCGGAAACTGGACGTGCGAT
ATCACGAGGGAGACAAGAAGCAGTATCTATGGATGGTTCAACCAAAATTACTTTGTCTGC
TAAATAAGCAGCCATCAAAAAATCATTCTCCACAACAACAGCGGCTCTCTGTATGCGTAG
AATGTGCTTCCTTATAGCTAATGCGACTCTGATACGCATATCCGAGTCCAGATCCAAGCT
TGGCTCATCGATCAGATACACATGCGCGTCCTTCATCAGACAGAAAGTTATGGCAACTCT
CTGCCTTTCTCCAGGCGAGAGTGAGGTCAATTTCCGACCCATCAACCGGTCAATCTGAAG
CGGCTCAATCACATCTGATACAAACCGATGGTGAAAACATCGCGTTTCTAGCGCTGCCCT
GACTGTACAGCTCTGATAAACGAAATTTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3GA16JQ U 42
AF RR3AR40JQ U 1
BS 1 77 RR3AR40JQ
BS 78 78 RR3GA16JQ
BS 79 930 RR3AR40JQ

RD RR3GA16JQ 170 0 0
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AAACCACAACAAGTGGAGCACACAACACTGGAGAGAAGGTACGATTTTTG

QA 1 170 1 170
DS 

RD RR3AR40JQ 930 0 0
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AAGAGGATATGAAAAGGTGAGAATAAGGTACGATAAACAACAAAGTGATGCACAACAAAG
AAACACAATAAACAACAAAGAAACACAAGTGTTTGATGCAGAAACCACAACAAGTGGAGC
ACACAACACTGGAGAGAAGGTACGATTTTTGATTTATTATTTTATTAAGCTTAGAATCAA
TCAAGCCAGATTGTAGTAGAAGTTGCCATTAAGTTTCTGGGTCTTGTCCTCCATGGACCC
TGCTTTGTTGACCCTTGGTGTTAATCTGGAGCTGTTCGGAACCTGTCTGAATGTGATATT
CAGTTTCTCCAGCAAAAGGTTGAACCCAGCAACACGGTCGCATGGAGAAGAAACAGAAAA
GCCGGAAACTGAAGGTCCGTTAACAAGTGGGCGCAGACCAGCAGAAACAGAAAAGTCGGA
AACTGGACGTCGGTTAACACGACCAGCTGAAACAGAAAAGCCGGAAACTGGACGTGCGAT
ATCACGAGGGAGACAAGAAGCAGTATCTATGGATGGTTCAACCAAAATTACTTTGTCTGC
TAAATAAGCAGCCATCAAAAAATCATTCTCCACAACAACAGCGGCTCTCTGTATGCGTAG
AATGTGCTTCCTTATAGCTAATGCGACTCTGATACGCATATCCGAGTCCAGATCCAAGCT
TGGCTCATCGATCAGATACACATGCGCGTCCTTCATCAGACAGAAAGTTATGGCAACTCT
CTGCCTTTCTCCAGGCGAGAGTGAGGTCAATTTCCGACCCATCAACCGGTCAATCTGAAG
CGGCTCAATCACATCTGATACAAACCGATGGTGAAAACATCGCGTTTCTAGCGCTGCCCT
GACTGTACAGCTCTGATAAACGAAATTTCT

QA 1 930 1 930
DS 



AS 1 2

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ATAAATGCTTGTTCTGTCTATATATCTCTCTCTATTTATGTGACAGTCACTTCACCAAAA
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CACGTCAAGAAGCTACTTTTTTTCTTATGGGGCAGTCCATATCTTCAGATTCAGATATAT
GCTATGAACTCATAGCTTGTGAAGCCTTGCTCTGTTTTCCCAAGGTGAAGTCTCTTCATG
CTTTGTAGCATTTTGGAAGGTGAAGTCTTGATCTCTTTTTCTTTTTGGAAACAATGTGTC
TGGAGATTACAAACTTTTAAAAGTAAAGGTGTAGAGAGAACATTGATGCAGATATTAAGA
CTTTTTAAGGACTTTGTAGGGTTTTTGTAATAACATTTGTATTTGATTATAGTCTTGTGT
CTTTATCCAACTCTCATGTTTTCCTCATAGCTCTTTCTTTATTTCGTCTTTTCTTTATTT
AAGTTTAAAATCTGCTTTTGTGTTTCCTCTGGTAAAGCAAACCATTAAACTAAAGTTGCT
CTGTTTTC


BQ
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AF RR3CR82TF U 1
AF RR3CR82JQ C 135
BS 1 669 RR3CR82TF
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BS 763 848 RR3CR82JQ

RD RR3CR82TF 762 0 0
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TGCAGTATGGGTGGAAGTGGTATTATAGCTTTGGTTAGAGCTTTTGTGTCTCTTGTTATC
ATTGTGTTTCTTCTTGTTGGTATCTTGGCAAACGCTGCACCAAGTGTTCCATCAACAGAA
AAGGTCAAGAGTTTGCGGTTTAGTGGTGAGGATGTGAATCTGTTTCATGTGAGCAAGCGA
AAAGTTCCAAATGGAGCTGATCCTATCCACAACAGGAAAGCAGAAACTTCGAGACGGCCA
CCACGAGTATGATCTAGCTCTAATATATACGACGTACAACATAGTGGATAACTTCAGAGT
CACGTCAAGAAGCTACTTTTTTTCTTATGGGGCAGTCCATATCTTCAGATTCAGATATAT
GCTATGAACTCATAGCTTGTGAAGCCTTGCTCTGTTTTCCCAAGGTGAAGTCTCTTCATG
CTTTGTAGCATTTTGGAAGGTGAAGTCTTGATCTCTTTTTCTTTTTGGAAACAATGTGTC
TGGAGATTACAAACTTTTAAAAGTAAAGGTGTAGAGAGAACATTGATGCAGATATTAAGA
CTTTTTAAG*ACTTTGTAGGGTTTT*GTAATAACATTTGTATTTGAT*ATAGTCTTGTGT
CTTTATCCA*CTCTCATGTTT*CCTCATAGCTCTTTCTTTAT

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3CR82JQ 714 0 0
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TGTTGGTATCTTGGCAAACGCTGCACCAAGTGTTCCATCAACAGAAAAGGTCAAGAGTTT
GCGGTTTAGTGGTGAGGATGTGAATCTGTTTCATGTGAGCAAGCGAAAAGTTCCAAATGG
AGCTGATCCTATCCACAACAGGAAAGCAGAAACTTCGAGACGGCCACCACGAGTATGATC
TAGCTCTAATATATACGACGTACAACATAGTGGATAACTTCAGAGTCACGTCAAGAAGCT
ACTTTTTTTCTTATGGGGCAGTCCATATCTTCAGATTCAGATATATGCTATGAACTCATA
GCTTGTGAAGCCTTGCTCTGTTTTCCCAAGGTGAAGTCTCTTCATGCTTTGTAGCATTTT
GGAAGGTGAAGTCTTGATCTCTTTTTCTTTTTGGAAACAATGTGTCTGGAGATTACAAAC
TTTTAAAAGTAAAGGTGTAGAGAGAACATTGATGCAGATATTAAGACTTTTTAAGGACTT
TGTAGGGTTTTTGTAATAACATTTGTATTTGATTATAGTCTTGTGTCTTTATCCAACTCT
CATGTTTTCCTCATAGCTCTTTCTTTATTTCGTCTTTTCTTTATTTAAGTTTAAAATCTG
CTTTTGTGTTTCCTCTGGTAAAGCAAACCATTAAACTAAAGTTGCTCTGTTTTC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL9202Contig1 605 2 1 U
GCATCGACACCAACTTAGCCGTCATGAAGGAACTGATGCTTCCGGTAATGGAAACATGGA
ACGTGGTTTTGTCTCTGTTGAATTGGGACGATCCTATGAAGTCTACCGTCTTCTGTCTCT
TCTCGAGTTTAATAATCTGGAAAGGATGGGTTGTATACGTCTTTGCTCTCGCATCTCTCT
TCTCAGCGATCTTCATGGTTCTCACAAGATGTTTGAGCAGAGGGAAGCTTATGGTCGAGC
TGAAAGTAACCGCTCCACCGCCTATGAGCACTATGGAACAGCTTTTAGCTGTCCAAAACG
GTATCTCGGAGCTAGAACAGAACATTCAAGACGGGAACATCGTTCTCCTTAAGTTCCGAG
CCTTACTATTCTCTCTTTTCCCTCAGGCGAGCGAGAAGTTTGCAGTTGCGATGGTGGTTG
CAGCTACCATGCTAGCTTTTGTTCCGGGACGTTACTTGCTTCTGGTGGTGTTTGTGGAGC
TTTTCACGAGATACTCGCCGCCACGGAGAGCAAGCACGGAGCGGCTGATTAGGAGGTTGA
GAGAGTGGTGGTTTAGTATACCGGCGGCTCCTGTGATCCTCCAACATGATGACAAGAACG
AAACC


BQ
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20 20 20 20 20 

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CAGAC


BQ
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AF RR3B105TF U 1
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DS 



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BQ
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AF RR3B148TF U 1
AF RR3B148JQ C 145
BS 1 749 RR3B148TF
BS 750 752 RR3B148JQ

RD RR3B148TF 749 0 0
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CCCATCTCCTCAAAACCCTCCATCTCCCTCCCTACACCACCAAAACCCACCGTCTCTCTC
GCCGTCACAAGCACCGCCCTCGCCGGCGCCGTTTTCCCCGCCATCAGCTACTCAGAGCCC
GCTTTCGCCGCCCACCAGATCGCTGAGCTCGCGGCGGCCGCGGCGGGAGGTAGCGACAAC
CGAGGACTAGCTCTTCTCCTCCCGATCGTCCCGGCGATCGGATGGGTACTCTTCAACATT
CTCCAGCCAGCTCTCAACCAGATCAACAAGATGCGCGAGAGCAAAGGAGTCGTCGTGGGT
CTTGGCATCGGTGGTGGTCTTGCTGCGTCAGGGCTTTTGACTATTCCGCCGGAGGCCTCG
GCTGGTATGGTTAACGAGACGGCGCCGGTGGCGGAAGCAGCGGCGAAAGGTGGAGACAAC
AGGGGACAGTTGTTGTTGTTCGTGGTTGCACCGGCTCTGCTTTGGGTTCTTTACAATATA
TTGCAGCCTGCTTTGAACCAACTCAATAAAATGAGGTCTCAGTGATAATCTTTGTATAGA
TATTAATCATCGTTGGGATTCAAATGTAAAATTATTAAATTAATCCTTTGTTTTATGGAC
AGTTTCATGTATAAATTTTGAACAATTAT

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3B148JQ 608 0 0
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GGCGCCGTTTTCCCCGCCATCAGCTACTCAGAGCCCGCTTTCGCCGCCCACCAGATCGCT
GAGCTCGCGGCGGCCGCGGCGGGAGGTAGCGACAACCGAGGACTAGCTCTTCTCCTCCCG
ATCGTCCCGGCGATCGGATGGGTACTCTTCAACATTCTCCAGCCAGCTCTCAACCAGATC
AACAAGATGCGCGAGAGCAAAGGAGTCGTCGTGGGTCTTGGCATCGGTGGTGGTCTTGCT
GCGTCAGGGCTTTTGACTATTCCGCCGGAGGCCTCGGCTGGTATGGTTAACGAGACGGCG
CCGGTGGCGGAAGCAGCGGCGAAAGGTGGAGACAACAGGGGACAGTTGTTGTTGTTCGTG
GTTGCACCGGCTCTGCTTTGGGTTCTTTACAATATATTGCAGCCTGCTTTGAACCAACTC
AATAAAATGAGGTCTCAGTGATAATCTTTGTATAGATATTAATCATCGTTGGGATTCAAA
TGTAAAATTATTAAATTAATCCTTTGTTTTATGGACAGTTTCATGTATAAATTTTGAACA
ATTATCCC

QA 1 608 1 608
DS 



AS 1 2

CO CL9205Contig1 777 2 9 U
GTATGAAATAGAGATAGATGAGTAAGTAACCTGAAGCCAATATTACATCACTGTCTTTGT
TTCTCAGCTCAGATTACATAAGAAGCAAGGAAGATAGAATAAAGAGAGTATTCCCCTTTT
GTTCCCTGTCTATATACAACATTCACAGTCACTCTCTCTATGGCTCTCATGTAATAAAAA
TGTACAAAAACAAAATCAATTCTTGAGAATCATTGCCTCCATTTTCCTCTTCCTCGCTGC
GTATTTTAGTTTCTCGAGCGCCACAAGCCCCACCTGTCTAACCCTCTCTCTCGATAATCC
TATCCGTTTGCTAATGTCTTCCCATGTGAGACATTCTTTGTCTAGACCATAGTATAACCT
AATAATTTCCCTTTCCCGTTCTCCAAGTGTTGCACTTATAAGCTTGCTCACTTCATCCTT
AAGTGCCCACTCATCGTACCCGTGCCACGGATTGTTCTCCAAACGATTATCCGCAATGTA
GCTGTGATGGGTTTCTCCAGGGAGACCGTTCAAAGAAGGGAATGCATCTCTGTCTAGGGA
AAATATTTTACTTACAGCCTCTGTTGCATTTCTAACTTTCTTCTGAGACATGTTTAGTGA
CTCTGCAATCCGATCAATGGAGGGTGTGATTCCTTTCTCTTGAAGTCTAAGCTTTGCGTT
TCGGATTAGACCTAGCCTTTCATGCAAGTGAGTAGGCAACCTCAAGGTTCGTGAGTTGTC
CACTAATGCTCTTGAGACACCCTGTCGAATCCACCAGTATACATAAGTTGAGATTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3B986JQ U 1
AF RR3BX84JQ U 16
BS 1 181 RR3B986JQ
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BS 183 231 RR3B986JQ
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BS 643 643 RR3BX84JQ
BS 644 777 RR3B986JQ

RD RR3B986JQ 777 0 0
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TTCTCAGCTCAGATTACATAAGAAGCAAGGAAGATAGAATAAAGAGAGTATTCCCCTTTT
GTTCCCTGTCTATATACAACATTCACAGTCACTCTCTCTATGGCTCTCATGTAATAAAAA
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GTGTTTTAGTTTCTCGAGCGCCACAAGCCCCACCTGTCTAACCCTCTCTCTCGATAATCC
TATCCGTTTGCTAATGTCTTCCCATGTGAGACATTCTTTGTCTAGACCATAGTATAACCT
AATAATTTCCCTTTCCCGTTCTCCAAGTGTTGCACTTATAAGCTTGCTCACTTCATCCTT
AAGTGCCCACTCATCGTACCCGTGCCACGGATTGTTCTCCAAACGATTATCCGCAATGTA
GCTGTGATGGGTTTCTCCAGGGAGACCGTTCAAAGAAGGGAATGCATCTCTGTCTAGGGA
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CACTAATGCTCTTGAGACACCCTGTCGAATCCACCAGTATACATAAGTTGAGATTCT

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3BX84JQ 751 0 0
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ACAACATTCACAGTCACTCTCTCTATGGCTCTCATGTAATAAAAATGTACAAAAACAAAA
TCAATTCTTGAGGATCATTGCCTCCATTTTCCTCTTCCTCGCTGCGTATTTTAGTTTCTC
GAGCGCCACAAGCCCCACCTGTCTAACCCTCTCTCTCGATAATCCTATCCGTTTGCTAAT
GTCTTCCCATGTGAGACATTCTTTGTCTAGACCATAGTATAACCTAATAATTTCCCTTTC
CCGTTCTCCAAGTGTTGCACTTATAAGCTTGCTCACTTCATCCTTGAGTGCCCATTCATC
GTACCCGTGCCACGGATTGTTCTCCAAACGATTATCCGCAATGTAGCTGTGATGGGTTTC
TCCAGGGAGACCGTTCAAAGAAGGGAATGCATCTCTGTCTAGGGAAAATATTTTACTTAC
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GACACCCTGTCGAATCCACCAGTATACATAA

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

CO CL9206Contig1 779 2 2 U
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AAGAAGTTAGCCGGGTCCGACCAGATCTTCTTGTTTTGGGAAGCCGTGGTCTAGGCCGCT
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TTATATCATCCAACATAATATTTCAAATAATTTCATATGATCAGTCTGTTTCTGTTGTC


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H492TF U 1
AF RR3H492JQ C 2
BS 1 724 RR3H492TF
BS 725 779 RR3H492JQ

RD RR3H492TF 724 0 0
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GGTGAAAGATGGAGATGGAGCCGACACGAGTGATGGTGGCTGTGAACGAATCGACGATCA
AAGGGAAGCCTCACCCTTCGATAAGCAGCAAAAGAGCTTTCGAATGGACTCTGGAGAAAA
TGGTCCGATCCAACACTAGCGATTTCAAGATTCTCTTGCTACATGTACATGTTGTGGACG
AAGACGGTTTTGATGAGGTAGACAGCATATATGCGTCTCCTGATGATTTCAGAGACATGA
GAGAGTCTAACAAGTCTAAAGGTCTTCACCTTCTCGAGTTTTTCGTTACAAAATGTCATG
AGATTGGGGTTAGTTGCGAGGCATGGATCAAGAAAGGTGATCCAAAGGACGTTATATGCC
AAGAAGTTAGCCGGGTCCGACCAGATCTTCTTGTTTTGGGAAGCCGTGGTCTAGGCCGCT
TCCAAAAGGTCTTTGTGGGGACTGTGAGTGGGTTCTGTGTGAAGCATGCTGAGTGTCCAG
TCCTCACGATCAAACGCAATGCCGATGAAACTCCCAGTGATCCTGCTGATGACTAAACCA
ACTACATCATAAACTCTTCTTTCATCTTATCCCAGAGTGTGCTTTTGTGTGTCCAACTCT
ATGATTAATAATAATTGTATGTGTGTGTATGTGCCTGTGCAGTCTGCTATGTTTTGTGGT
TTAT

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3H492JQ 778 0 0
GAAAACAGGACTTGTTCAAGTATATCAGAGAATTCGAGAAAGAAGAAGAAGAAGAATTTG
GTGAAAGATGGAGATGGAGCCGACACGAGTGATGGTGGCTGTGAACGAATCGACGATCAA
AGGGAAGCCTCACCCTTCGATAAGCAGCAAAAGAGCTTTCGAATGGACTCTGGAGAAAAT
GGTCCGATCCAACACTAGCGATTTCAAGATTCTCTTGCTACATGTACATGTTGTGGACGA
AGACGGTTTTGATGAGGTAGACAGCATATATGCGTCTCCTGATGATTTCAGAGACATGAG
AGAGTCTAACAAGTCTAAAGGTCTTCACCTTCTCGAGTTTTTCGTTACAAAATGTCATGA
GATTGGGGTTAGTTGCGAGGCATGGATCAAGAAAGGTGATCCAAAGGACGTTATATGCCA
AGAAGTTAGCCGGGTCCGACCAGATCTTCTTGTTTTGGGAAGCCGTGGTCTAGGCCGCTT
CCAAAAGGTCTTTGTGGGGACTGTGAGTGGGTTCTGTGTGAAGCATGCTGAGTGTCCAGT
CCTCACGATCAAACGCAATGCCGATGAAACTCCCAGTGATCCTGCTGATGACTAAACCAA
CTACATCATAAACTCTTCTTTCATCTTATCCCAGAGTGTGCTTTTGTGTGTCCAACTCTA
TGATTAATAATAATTGTATGTGTGTGTATGTGCCTGTGCAGTCTGCTATGTTTTGTGGTT
TATATCATCCAACATAATATTTCAAATAATTTCATATGATCAGTCTGTTTCTGTTGTC

QA 1 778 1 778
DS 



AS 1 2

CO CL9207Contig1 777 2 6 U
TTTTTTTTACATCCATATCTATCTACGCTCATATATTCTTACGAACATTAATATCCAATA
ACTCTGAAGAGCCTAGCTTAGGAGCCATAGCAAATTTGGTGGTTTAAACAGTTTTGTAGA
GCTGTGATCACGTGGGTGCATGAACTTGCAGTTGGGACAAACAGGAGTTGATGTGGACAG
CATGACCAGCATGTGGCATTTCATGCACACTTTTGGTACCATCCCTTGCTCCTTGTGATC
AACATCATCATCACCACCGTCAAACGCAAGCCAAGACAGCGTGGTCTTCTCCCTCGGGCT
TGTCAAATTTTTAACATTTGGTGATGACACGGTCACGTTGTGATTTGAGGATTCATCTAT
CTTTGTAGTGGTTTTTGAAGGTGAATAATAAGGTGAAAGGTTCAGCTCAAGATCTAGACT
CATCTTAGGTCGTCCAACAACCACCAAATCTTTTGGGTTTGTCATATGATCCTCTGATGT
TCTTGAATAGACCTTAGGCTCTATGGTTCGTTCAAGGTAGGGTCTTGGACAAGGTAGAGG
CTCTATTGGTCTAGTGCCACCATGTGGTTGATCTACTAGTTTAGTCTTCTTGAACGAATT
GTGAAACTCTTCTCCAAAGATTGTTAAATCCCTCTTATTGGAGAAGAGGGCTCCTTCTTG
TCGAGAAACCATTAGCCTCAGACTTTGTGTGTGCACTGAGTGATTTATGCTTACAAGGAA
AGTTTAAACTCTCTCTATCTCTCTCTTCAATCCTGTGAGAAATGAGAAGATAGTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CK06TF C 1
AF RR3CK06JQ U 23
BS 1 37 RR3CK06TF
BS 38 749 RR3CK06JQ
BS 750 750 RR3CK06TF
BS 751 761 RR3CK06JQ
BS 762 762 RR3CK06TF
BS 763 777 RR3CK06JQ

RD RR3CK06TF 777 0 0
TTTTTTTTACATCCATATCTATCTACGCTCATATATTCTTACGAACATTAATATCCA*TA
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GCTGTGATCACGTGGGTGCATGAACTTGCAGTTGGGACAAACAGGAGTTGATGTGGACAG
CATGACCAGCATGTGGCATTTCATGCACACTTTTGGTACCATCCCTTGCTCCTTGTGATC
AACATCATCATCACCACCGTCAAACGCAAGCCAAGACAGCGTGGTCTTCTCCCTCGGGCT
TGTCAAATTTTTAACATTTGGTGATGACACGGTCACGTTGTGATTTGAGGATTCATCTAT
CTTTGTAGTGGTTTTTGAAGGTGAATAATAAGGTGAAAGGTTCAGCTCAAGATCTAGACT
CATCTTAGGTCGTCCAACAACCACCAAATCTTTTGGGTTTGTCATATGATCCTCTGATGT
TCTTGAATAGACCTTAGGCTCTATGGTTCGTTCAAGGTAGGGTCTTGGACAAGGTAGAGG
CTCTATTGGTCTAGTGCCACCATGTGGTTGATCTACTAGTTTAGTCTTCTTGAACGAATT
GTGAAACTCTTCTCCAAAGATTGTTAAATCCCTCTTATTGGAGAAGAGGGCTCCTTCTTG
TCGAGAAACCATTAGCCTCAGACTTTGTGTGTGCACTGAGTGATTTATGCTTACAAGGAA
AGTTTAAACTCTCTCTATCTCTCTCTTCAATCCTGTGAGAAATGAGAAGATAGTCCC

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3CK06JQ 755 0 0
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CTTACGAACATTAATATCCAATAACTCTGAAGAGCCTAGCTTAGGAGCCATAGCAAATTT
GGTGGTTTAAACAGTTTTGTAGAGCTGTGATCACGTGGGTGCATGAACTTGCAGTTGGGA
CAAACAGGAGTTGATGTGGACAGCATGACCAGCATGTGGCATTTCATGCACACTTTTGGT
ACCATCCCTTGCTCCTTGTGATCAACATCATCATCACCACCGTCAAACGCAAGCCAAGAC
AGCGTGGTCTTCTCCCTCGGGCTTGTCAAATTTTTAACATTTGGTGATGACACGGTCACG
TTGTGATTTGAGGATTCATCTATCTTTGTAGTGGTTTTTGAAGGTGAATAATAAGGTGAA
AGGTTCAGCTCAAGATCTAGACTCATCTTAGGTCGTCCAACAACCACCAAATCTTTTGGG
TTTGTCATATGATCCTCTGATGTTCTTGAATAGACCTTAGGCTCTATGGTTCGTTCAAGG
TAGGGTCTTGGACAAGGTAGAGGCTCTATTGGTCTAGTGCCACCATGTGGTTGATCTACT
AGTTTAGTCTTCTTGAACGAATTGTGAAACTCTTCTCCAAAGATTGTTAAATCCCTCTTA
TTGGAGAAGAGGGCTCCTTCTTGTCGAGAAACCATTAGCCTCAGACTTTGTGTGTGCACT
GAGTGATTTATGCTTACAAGGAAAGTTTAAACTCTCTCTATCTCTCTCTTCA*TCCTGTG
AGAA*TGAGAAGATAGTCCC

QA 16 755 16 755
DS 



AS 1 2

CO CL9208Contig1 811 2 1 U
GGGGAAGATTGAGCGACTCATTTCCTAATCCCAGTCTGAAGCCATCGTTACTCTCTCCAC
TGTGACACAGATCTCGTCTTCCTTCTTCTCCAAGAAGTGTGTGGCAAGCATCAAAGGATG
AAGCTACACTTGAAGCTATTAGAGTAGCCGGCTAGGATGGTGCAGTCACTCGTCCAACAC
GAGTTGCGGCTGTCCCTGAAGCTGAAGCCATGGGAGATGAAGAAGGCGAAGGGCAGGAAC
GCGACCCGATATGGAGTTCATGGAGTAATGCAATGCACTCACTCCGTGTTGGTGACATTG
ATTCTGCTTACGCAGAAGTCCTTTGCGCCGGTGACCAGCACTTGATCATCAAACTGATGG
ACAAGACAGGGCCTTCTCTTGACCAGATGTCAAATGAGATTGCAAACGAAGCACTTAATT
TCATCGCCCAGTTTCTCCTGGATCACAATCTCTACGACATCTGCCTATCTTGGATTCAAC
AGTTGCTGGAATTGGTTTTACAAGACGGTGCAGACACATTTGGAGTTCCAATGGAACTGA
AGAGTGATATCTTATTCAACTTACAAGACGCATGCTCCACCATGGACCCGCCTGAAGACT
GGGAAGGTCCAGCGCCGGAAGAGCTGGTGATGCAGCTGGCTTCAGTTTGGGAAATCGATC
TGCAACAATTCGACAAGTAAACTTGAGTTTGTGAGAGATTTTGTCTCTGTCTGTTTCTCT
TCCCTTAAAAGTTTTCGTAAGCAAATGTCTTTATGTCTGTAAGATACAGTATTGTTGGAT
CAGAGCTTGGCTTTAGTACCGTTGTTCATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AC24TF U 1
AF RR3AC24JQ C 85
BS 1 811 RR3AC24TF

RD RR3AC24TF 811 0 0
GGGGAAGATTGAGCGACTCATTTCCTAATCCCAGTCTGAAGCCATCGTTACTCTCTCCAC
TGTGACACAGATCTCGTCTTCCTTCTTCTCCAAGAAGTGTGTGGCAAGCATCAAAGGATG
AAGCTACACTTGAAGCTATTAGAGTAGCCGGCTAGGATGGTGCAGTCACTCGTCCAACAC
GAGTTGCGGCTGTCCCTGAAGCTGAAGCCATGGGAGATGAAGAAGGCGAAGGGCAGGAAC
GCGACCCGATATGGAGTTCATGGAGTAATGCAATGCACTCACTCCGTGTTGGTGACATTG
ATTCTGCTTACGCAGAAGTCCTTTGCGCCGGTGACCAGCACTTGATCATCAAACTGATGG
ACAAGACAGGGCCTTCTCTTGACCAGATGTCAAATGAGATTGCAAACGAAGCACTTAATT
TCATCGCCCAGTTTCTCCTGGATCACAATCTCTACGACATCTGCCTATCTTGGATTCAAC
AGTTGCTGGAATTGGTTTTACAAGACGGTGCAGACACATTTGGAGTTCCAATGGAACTGA
AGAGTGATATCTTATTCAACTTACAAGACGCATGCTCCACCATGGACCCGCCTGAAGACT
GGGAAGGTCCAGCGCCGGAAGAGCTGGTGATGCAGCTGGCTTCAGTTTGGGAAATCGATC
TGCAACAATTCGACAAGTAAACTTGAGTTTGTGAGAGATTTTGTCTCTGTCTGTTTCTCT
TCCCTTAAAAGTTTTCGTAAGCAAATGTCTTTATGTCTGTAAGATACAGTATTGTTGGAT
CAGAGCTTGGCTTTAGTACCGTTGTTCATAC

QA 1 811 1 811
DS 

RD RR3AC24JQ 727 0 0
CTTCTCCAAGAAGTGTGTGGCAAGCATCAAAGGATGAAGCTACACTTGAAGCTATTAGAG
TAGCCGGCTAGGATGGTGCAGTCACTCGTCCAACACGAGTTGCGGCTGTCCCTGAAGCTG
AAGCCATGGGAGATGAAGAAGGCGAAGGGCAGGAACGCGACCCGATATGGAGTTCATGGA
GTAATGCAATGCACTCACTCCGTGTTGGTGACATTGATTCTGCTTACGCAGAAGTCCTTT
GCGCCGGTGACCAGCACTTGATCATCAAACTGATGGACAAGACAGGGCCTTCTCTTGACC
AGATGTCAAATGAGATTGCAAACGAAGCACTTAATTTCATCGCCCAGTTTCTCCTGGATC
ACAATCTTTACGACATCTGCCTATCTTGGATTCAACAGTTGCTGGAATTGGTTTTACAAG
ACGGTGCAGACACATTTGGAGTTCCAATGGAACTGAAGAGTGATATCTTATTCAACTTAC
AAGACGCATGCTCCACCATGGACCCGCCTGAAGACTGGGAAGGTCCAGCGCCGGAAGAGC
TGGTGATGCAGCTGGCTTCAGTTTGGGAAATCGATCTGCAACAATTCGACAAGTAAACTT
GAGTTTGTGAGAGATTTTGTCTCTGTCTGTTTCTCTTCCCTTAAAAGTTTTCGTAAGCAA
ATGTCTTTATGTCTGTAAGATACAGTATTGTTGGATCAGAGCTTGGCTTTAGTACCGTTG
TTCATAC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL9209Contig1 924 2 4 U
CTCTTTAAAAAACTTATTCTATACTCGCATCGATCATGGCGACTGATGTAACGATACTCA
ATCACCTGAAAGTGGAGATCCCAGTAGACGAGGAATCTCTTCTTCTGAACCCAGACTCGA
GCGTCGGTCTCGTCATCATTGACCTGGTCAACGGCTTCTGCACCGTTGGCTCCGGCAACA
TGGCTCCAACAAAGCCGAGCGAACAGATATCGAAGATGGTTGAGGAATCTGCACGGCTCG
CAAGAGAGTTCTGCGATCGTAAGTGGCCCGTCTTTGCGTTTCTCGACACTCATCATCCTG
ATGTTCCGGAGATCCCTTACCCTCCTCATTGTATTATAGGAACTCAAGAAGCAGAGCTTG
TCCCTGCACTACAGTGGCTTGAAAGTGAGGATTGTGTCACTCTTATGAGGAAGGATTGCA
TTAATGGGTTTGTGGGTTCGATGGAGAAAGATGGTTCTAATGTGTTTGTGGATTGGGTTA
AGGAGAAACAGATCAAAGTTATTGTGGTTGTAGGTATCTGCACAGACATATGTGTGTTTG
ATTTTGTGGCTACTGTACTCTCTGCTCGAAACCACAGTGTTCTTCCTCCTCTGGAAGATG
TGATAGTGTACTCACGTGGATGCGCCACTTATGACCTTCCTCTTAATGTCGCAAAAACCA
TTAAAGGCGCTCAGGCTCATCCCCAGGAGATGATGCACCATGTAGGTCTATACATGGCTA
AAGGAAGAGGAGCTAAAGTAGTCTCTGAAGTTTCTTTTGATCCTTGAAAGACTAAAACTT
ATATCATTCTTGATTTCGATTGATTCAGTCGATTGTTGAGTTTGCCTTTTTATGTTGTAA
ATTGTTCACGAAAGCTTGTTTGCTGAAGATCAACTTATATGTATTTGAATTCTCATTTGT
CTAAATGAAATGTTTCAGTTTGAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A819TF U 1
AF RR3A819JQ C 179
BS 1 704 RR3A819TF
BS 705 705 RR3A819JQ
BS 706 791 RR3A819TF
BS 792 924 RR3A819JQ

RD RR3A819TF 791 0 0
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ATCACCTGAAAGTGGAGATCCCAGTAGACGAGGAATCTCTTCTTCTGAACCCAGACTCGA
GCGTCGGTCTCGTCATCATTGACCTGGTCAACGGCTTCTGCACCGTTGGCTCCGGCAACA
TGGCTCCAACAAAGCCGAGCGAACAGATATCGAAGATGGTTGAGGAATCTGCACGGCTCG
CAAGAGAGTTCTGCGATCGTAAGTGGCCCGTCTTTGCGTTTCTCGACACTCATCATCCTG
ATGTTCCGGAGATCCCTTACCCTCCTCATTGTATTATAGGAACTCAAGAAGCAGAGCTTG
TCCCTGCACTACAGTGGCTTGAAAGTGAGGATTGTGTCACTCTTATGAGGAAGGATTGCA
TTAATGGGTTTGTGGGTTCGATGGAGAAAGATGGTTCTAATGTGTTTGTGGATTGGGTTA
AGGAGAAACAGATCAAAGTTATTGTGGTTGTAGGTATCTGCACAGACATATGTGTGTTTG
ATTTTGTGGCTACTGTACTCTCTGCTCGAAACCACAGTGTTCTTCCTCCTCTGGAAGATG
TGATAGTGTACTCACGTGGATGCGCCACTTATGACCTTCCTCTTAATGTCGCAAAAACCA
TTAAAGGCGCTCAGGCTCATCCCCAGGAGATGATGCACCATGTATGTCTATACATGGCTA
AAGGAAGAGGAGCTAAAGTAGTCTCTGAAGTTTCTTTTGATCCTTGAAAGACTAAAACTT
ATATCATTCTT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3A819JQ 746 0 0
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CGCAAGAGAGTTCTGCGATCGTAAGTGGCCCGTCTTTGCGTTTCTCGACACTCATCATCC
TGATGTTCCGGAGATCCCTTACCCTCCTCATTGTATTATAGGAACTCAAGAAGCAGAGCT
TGTCCCTGCACTACAGTGGCTTGAAAGTGAGGATTGTGTCACTCTTATGAGGAAGGATTG
CATTAATGGGTTTGTGGGTTCGATGGAGAAAGATGGTTCTAATGTGTTTGTGGATTGGGT
TAAGGAGAAACAGATCAAAGTTATTGTGGTTGTAGGTATCTGCACAGACATATGTGTGTT
TGATTTTGTGGCTACTGTACTCTCTGCTCGAAACCACAGTGTTCTTCCTCCTCTGGAAGA
TGTGATAGTGTACTCACGTGGATGCGCCACTTATGACCTTCCTCTTAATGTCGCAAAAAC
CATTAAAGGCGCTCAGGCTCATCCCCAGGAGATGATGCACCATGTAGGTCTATACATGGC
TAAAGGAAGAGGAGCTAAGGTAGTCTCTGAAGTTTCTTTTGATCCTTGAAAGACTAAAAC
TTATATCATTCTTGATTTCGATTGATTCAGTCGATTGTTGAGTTTGCCTTTTTATGTTGT
AAATTGTTCACGAAAGCTTGTTTGCTGAAGATCAACTTATATGTATTTGAATTCTCATTT
GTCTAAATGAAATGTTTCAGTTTGAC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

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TCATCTTCGCCGGTAAGCAGCTTGAAGACGGCCGAACCCTAGCCGATTACAACATCCAGA
AAGAGTCTACTCTCCATCTCGTCTTGAGGCTCAGAGGTGGCACCATGATCAAGGTCAAGA
CTCTCACCGGAAAAGAAATCGAGATTGATATCGAACCAACCGACACTATTGACCGTATCA
AGGAACGTGTCGAAGAGAAAGAAGGCATCCCTCCCGTCCAACAAAGGCTTATCTATGCAG
GGAAGCAGCTTGCTGATGACAAAACTGCCAAAGACTACAACATAGAGGGTGGCTCTGTTC
TTCATTTGGTTCTTGCTCTTAGGGGTGGTGGTTGTGTTTGAAATCAAAACATGTATCTTT
CTCTTCTTATCTATATTTGAAATATTTATCATCTTTTCTCTGATTGTGTTTTGGACTTCA
TATGAACCCCCTGATTTGATATGATGATATTGGCATGTTGGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AU89TF U 1
AF RR3EM54TF U 27
BS 1 109 RR3AU89TF
BS 110 110 RR3EM54TF
BS 111 160 RR3AU89TF
BS 161 161 RR3EM54TF
BS 162 643 RR3AU89TF

RD RR3AU89TF 643 0 0
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TCTTCGTGAAAACCCTCACCGGAAAAACGATAACCCTAGAAGTGGAGAGTAGCGACACCA
TCGACAATGTCAAAGCCAAAATCCAGGACAAAGAAGGTATGCCACCGGACCAACAAAGGC
TCATCTTCGCCGGTAAGCAGCTTGAAGACGGCCGAACCCTAGCCGATTACAACATCCAGA
AAGAGTCTACTCTCCATCTCGTCTTGAGGCTCAGAGGTGGCACCATGATCAAGGTCAAGA
CTCTCACCGGAAAAGAAATCGAGATTGATATCGAACCAACCGACACTATTGACCGTATCA
AGGAACGTGTCGAAGAGAAAGAAGGCATCCCTCCCGTCCAACAAAGGCTTATCTATGCAG
GGAAGCAGCTTGCTGATGACAAAACTGCCAAAGACTACAACATAGAGGGTGGCTCTGTTC
TTCATTTGGTTCTTGCTCTTAGGGGTGGTGGTTGTGTTTGAAATCAAAACATGTATCTTT
CTCTTCTTATCTATATTTGAAATATTTATCATCTTTTCTCTGATTGTGTTTTGGACTTCA
TATGAACCCCCTGATTTGATATGATGATATTGGCATGTTGGTT

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3EM54TF 615 0 0
GG
AGGGCAAAACAAGAGAGAGAGAAAGATGCAGATCTTCGTGAAAACCCTCACCGGAAAAAC
GATAACCCTAGAAGTGGAGAGCAGCGACACCATCGACAATGTCAAAGCCAAAATCCAGGA
CAAAGAAGGTATACCACCGGACCAACAAAGGCTCATCTTCGCCGGTAAGCAGCTTGAAGA
CGGCCGAACCCTAGCCGATTACAACATCCAGAAAGAGTCTACTCTCCATCTCGTCTTGAG
GCTCAGAGGTGGCACCATGATCAAGGTCAAGACTCTCACCGGAAAAGAAATCGAGATTGA
TATCGAACCAACCGACACTATTGACCGTATCAAGGAACGTGTCGAAGAGAAAGAAGGCAT
CCCTCCCGTCCAACAAAGGCTTATCTATGCAGGGAAGCAGCTTGCTGATGACAAAACTGC
CAAAGACTACAACATAGAGGGTGGCTCTGTTCTTCATTTGGTTCTTGCTCTTAGGGGTGG
TGGTTGTGTTTGAAATCAAAACATGTATCTTTCTCTTCTTATCTATATTTGAAATATTTA
TCATCTTTTCTCTGATTGTGTTTTGGACTTCATATGAACCCCCTGATTTGATATGATGAT
ATTGGCATGTTGG

QA 3 615 3 615
DS 



AS 1 2

CO CL9211Contig1 887 2 10 U
TTTTCGTTGTCGGTTCCGATTTCTCTTGTTCGATTCTCTGAAATCGGTCTGAATCTCGCG
TTCGATTCTGTCAAAAGTCTCCGAAGGTTGATGATGTTTGATCCATCCGTTTGTTGGTGA
TTATGGTTTTCTCTTGTTCGATTTCGTTGAAATCCCATCGTCGGATCTCTCTTTTCCTCG
TCGATTCAGATGAAATCTCCAACAGAGAAGACGTTTGATTCGTTTCTTTCTTCGTCGAGG
AGGAGTTGTAGCAGTAAAGGATGGTTTAGCTGCGTGGGAGAGAGTGAAGAAGAAGACACA
TAAGTATAACATTGAAGAAGACAAACCATCTCTCTTTAAAATCAGCGATAAGTAGACATC
CTTTAATGCGTGTTAGACATATTGGAATATTTGTTTCAATATATAAATATCAGTTTCAAT
GTATAATATCGGGTTAGCAATATAATTGTTAATCCATTTGGATTCGATCATTTGATATGC
TATTTTTCTAACCCGACATTGGTTTATTTAAACATGTTTTTCAGGTCGAAGAAGAACACC
AATACAGAAGCAACCAAGATGTGAATGCAGACGATCAGCTACATGGCGGAACGTGTTGTT
GGACAAAGATCTTTTGGCGTTGTGTTTCAAGTGAGTTTTTCTTCTCCTTACTAAATGAAA
AGTGTAACACTCGTGACTTGTTGGTTAGTGGCTGAGTCAGGATTTTATGGTATCACACTG
TAACACTCGTGACTTGCTGGTTAGTGGCTGAGTTAGGATTGTGATGGTATCACGCTGTAT
TTGTATTTTCAATATGTGGTTAGTGGCCGATTTTTCTCCTTTACAATTAATATTTGTATT
TTCAGTATGTTGTAATGTCACTTTTTAATAAAACTAGGGTAAACAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BM77TF U 1
AF RR3BM77JQ C 112
BS 1 660 RR3BM77TF
BS 661 661 RR3BM77JQ
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BS 737 887 RR3BM77JQ

RD RR3BM77TF 736 0 0
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TTCGATTCTGTCAAAAGTCTCCGAAGGTTGATGATGTTTGATCCATCCGTTTGTTGGTGA
TTATGGTTTTCTCTTGTTCGATTTCGTTGAAATCCCATCGTCGGATCTCTCTTTTCCTCG
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AGGAGTTGTAGCAGTAAAGGATGGTTTAGCTGCGTGGGAGAGAGTGAAGAAGAAGACACA
TAAGTATAACATTGAAGAAGACAAACCATCTCTCTTTAAAATCAGCGATAAGTAGACATC
CTTTAATGCGTGTTAGACATATTGGAATATTTGTTTCAATATATAAATATCAGTTTCAAT
GTATAATATCGGGTTAGCAATATAATTGTTAATCCATTTGGATTCGATCATTTGATATGC
TATTTTTCTAACCCGACATTGGTTTATTTAAACATGTTTTTCAGGTCGAAGAAGAACACC
AATACAGAAGCAACCAAGATGTGAATGCAGACGATCAGCTACATGGCGGAACGTGTTGTT
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*GTGTA*CACTCGTGACTTGTTGGTTAGTGGCTGAGTCAG*ATTTTATGGTATCACACTG
TA*CACTCGTGACTTG

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3BM77JQ 776 0 0
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TCGTCGAGGAGGAGTTGTAGCAGTAAAGGATGGTTTAGCTGCGTGGGAGAGAGTGAAGAA
GAAGACACATAAGTATAACATTGAAGAAGACAAACCATCTCTCTTTAAAATCAGCGATAA
GTAGACATCCTTTAATGCGTGTTAGACATATTGGAATATTTGTTTCAATATATAAATATC
AGTTTCAATGTATAATATCGGGTTAGCAATATAATTGTTAATCCATTTGGATTCGATCAT
TTGATATGCTATTTTTCTAACCCGACATTGGTTTATTTAAACATGTTTT*CAGGTCGAAG
AAGAACACCAATACAGAAGCAACCAAGATGTGAATGCAGACGATCAGCTACATGGCGGAA
CGTGTTGTTGGACAAGGATCTTTTGGCGTTGTGTTTCAAGTGAGTTTTTCTTCTCCTTAC
TAAATGAAAAGTGTAACACTCGTGACTTGTTGGTTAGTGGCTGAGTCAGGATTTTATGGT
ATCACACTGTAACACTCGTGACTTGCTGGTTAGTGGCTGAGTTAGGATTGTGATGGTATC
ACGCTGTATTTGTATTTTCAATATGTGGTTAGTGGCCGATTTTTCTCCTTTACAATTAAT
ATTTGTATTTTCAGTATGTTGTAATGTCACTTTTTAATAAAACTAGGGTAAACAGC

QA 1 776 1 776
DS 



AS 1 2

CO CL9212Contig1 601 2 7 U
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AGGCTTCAAGTTTCGTCTTTCGCTTCACCAGTTTTAGGCCTTAAATCAAACACCGTCGAG
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ATTGTGAAGGCAGCTGCTTCTGGTGTGGACGGAGCAGCTGAGCCTGAGAGCAATGAGGAA
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ATGGAACAGAGGATGAAGATGAAGCCGGCCAAGAAGATTAGGCTAAGGAGGAAACGTCTG
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T


BQ
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10 

AF RR3GR67TF U 53
AF RR3E065TF U 1
BS 1 298 RR3E065TF
BS 299 300 RR3GR67TF
BS 301 382 RR3E065TF
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RD RR3GR67TF 538 0 0
G
GAAATCCTTCTGTAGGAAGAAGATGTCTCTTCTCTGTTTCAATTCTCTCGCTCCTCTTTC
TTCTCCGAGGCTTCAAGTTTCGTCTTTCGCTTCACCAGTTTTAGGCCTTAAATCAAACAC
CGTCGAGACCAAGAACAGAGTTTCTCTCAGTGCGTACAGTTTGAGCATTAGCAATGGAAG
AGCAGCGATTGTGAAGGCAGCTGCTTCTGGTGTGGACGGAGCAGCTGAGCCTGAGAGCAA
TGAGGAACCGCCTAAGACTGTTGACAAACTACCGTTGGAGTCAAAAGAAGCTAAAGAGAA
GCTGCTGATGGAACAGAGGATGAAGATGAAGCTGGCCAAGAAGATTAGGCTAAGGAGGAA
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AAACTTTCCGGAATTTGAAATGTAGACATTGTTTTGGATTAATCTCAAGCTATGAGA

QA 2 538 2 538
DS 

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TTCTGTAGGAAGAAGATGTCTCTTCTCTGTTTCAATTCTCTCGCTCCTCTTTCTTCTCCG
AGGCTTCAAGTTTCGTCTTTCGCTTCACCAGTTTTAGGCCTTAAATCAAACACCGTCGAG
ACCAAGAACAGAGTTTCTCTCAGTGCGTACAGTTTGAGCATTAGCAATGGAAGAGCAGCG
ATTGTGAAGGCAGCTGCTTCTGGTGTGGACGGAGCAGCTGAGCCTGAGAGCAATGAGGGG
CCGCCTAAGACTGTTGACAAACTACCGTTGGAGTCAAAAGAAGCTAAAGAGAAGCTGCTG
ATGGAACAGAGGATGAAGATGAGGCCGGCCAAGAAGATTAGGCTAAGGAGGAAACGTCTG
GTTCGTAAGCGTAAGTTGAGGAAGAAGGGTCGTTGGCCACCTTCCAAGATGAAGAAGCTC
AAGAATGTCTAGAGATGACACTCTTCCCTGTCTTTTCTTGTACTGTTGTTTGTAAACTTT
CCGGAATTTGAAATGTAGACATTGTTTTGGATTAATCTCAAGCTATGAGAGTTCTTTACT
T

QA 1 601 1 601
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9214Contig1 754 2 4 U
GGATCTGACAGCGCCGGTCGTCTCTTCTTTGCCTCCTCTCTTTCTGGCGGCTCGAACGCC
AAAGGGGCGAAGAGCTTCACGTTCCGTTTTCGTTTCTAATACCGAGGCTCTCAATAAAGC
CGAGATGGCGGAGAAGCCGGCGCAGGAGAAGGAGCAGAAGCCAGCGATGGAAGCGGCGGT
TCTAGACGATATCATCCGCCGTTTGGTAGAGTTTAGGAACACGAGGCCTGGATCTGGCAA
GCAAGTTCACCTCAGCGAAGGTGAAATCCGTCAGCTCTGTGCTGTCTCCAAAGAAGTCTT
TCTTCAACAGCCTAATCTCCTCGAACTCGAAGCTCCCATCAAGATCTGCGGTGATATTCA
TGGGCAGTATTCAGATCTATTGAGGCTATTTGAATATGGAGGCTTCCCTCCAGAAGCCAA
TTATTTGTTCCTAGGTGATTACGTGGACCGTGGCAAGCAAAGCTTGGAAACAATATGCCT
TCTCTTAGCATACAAAATCAAGTACCCTGAGAACTTCTTCTTGTTGAGAGGCAACCATGA
ATCCGCCTCCATCAATCGTATCTACGGGTTCTACGACGAGTGCAAACGCAGGTTCAACGT
CAGGCTCTGGAAGATATTCACCGATTGCTTTAACTGCCTTCCTGTGGCCGCTCTGATCGA
TGACAGGATACTGTGTATGCATGGTGGGATCTCCCCGGAGTTGAGAAGCTTGGACCAGAT
CAGGAACGTTTCACGCCCGATGGATATTCCTGAA


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A569TF U 1
AF RR3AK69TF U 98
BS 1 672 RR3A569TF
BS 673 673 RR3AK69TF
BS 674 706 RR3A569TF
BS 707 754 RR3AK69TF

RD RR3A569TF 706 0 0
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AAAGGGGCGAAGAGCTTCACGTTCCGTTTTCGTTTCTAATACCGAGGCTCTCAATAAAGC
CGAGATGGCGGAGAAGCCGGCGCAGGAGAAGGAGCAGAAGCCAGCGATGGAAGCGGCGGT
TCTAGACGATATCATCCGCCGTTTGGTAGAGTTTAGGAACACGAGGCCTGGATCTGGCAA
GCAAGTTCACCTCAGCGAAGGTGAAATCCGTCAGCTCTGTGCTGTCTCCAAAGAAGTCTT
TCTTCAACAGCCTAATCTCCTCGAACTCGAAGCTCCCATCAAGATCTGCGGTGATATTCA
TGGGCAGTATTCAGATCTATTGAGGCTATTTGAATATGGAGGCTTCCCTCCAGAAGCCAA
TTATTTGTTCCTAGGTGATTACGTGGACCGTGGCAAGCAAAGCTTGGAAACAATATGCCT
TCTCTTAGCATACAAAATCAAGTACCCTGAGAACTTCTTCTTGTTGAGAGGCAACCATGA
ATCCGCCTCCATCAATCGTATCTACGGGTTCTACGACGAGTGCAAACGCAGGTTCAACGT
CAGGCTCTGGAAGATATTCACCGATTGCTTTAACTGCCTTCCTGTGGCCGCTCTGATCGA
TGACAGGATACTTTGTATGCATGGTGGGATCTCCCCGGAGTTGAGA

QA 1 706 1 706
DS 

RD RR3AK69TF 657 0 0
GCG
ACCGAGGCTCTCAATAAAGCCGAGATGGCGGAGAAGCCGGCGCAGGAGAAGGAGCAGAAG
CCAGCGATGGAAGCGGCGGTTCTAGACGATATCATCCGCCGTTTGGTAGAGTTTAGGAAC
ACGAGGCCTGGATCTGGCAAGCAAGTTCACCTCAGCGAAGGTGAAATCCGTCAGCTCTGT
GCTGTCTCCAAAGAAGTCTTTCTTCAACAGCCTAATCTCCTCGAACTCGAAGCTCCCATC
AAGATCTGCGGTGATATTCATGGGCAGTATTCAGATCTATTGAGGCTATTTGAATATGGA
GGCTTCCCTCCAGAAGCCAATTATTTGTTCCTAGGTGATTACGTGGACCGTGGCAAGCAA
AGCTTGGAAACAATATGCCTTCTCTTAGCATACAAAATCAAGTACCCTGAGAACTTCTTC
TTGTTTAGAGGCAACCATGAATCCGCCTCCATCAATCGTATCTACGGGTTCTACGACGAG
TGCAAACGCAGGTTCAACGTCAGGCTCTGGAAGATATTCACCGATTGCTTTAACTGCCTT
CCTGTGGCCGCTCTGATCGATGACAGGATACTGTGTATGCATGGTGGGATCTCCCCGGAG
TTGAGAAGCTTGGACCAGATCAGGAACGTTTCACGCCCGATGGATATTCCTGAA

QA 4 657 4 657
DS 



AS 1 2

CO CL9215Contig1 603 2 2 U
TTTTTGCAAGAAGATGAGATTCAGATTATTTGAAGGATCCACAAAAAATCTGATGATGGT
TTAGTTTATATAGTGTACAAACAGACAACAAAGGTAATGGAGTTCTTAGCTTATGATCTT
TTCTGGATATCCCTTCCTTTGCTATTCAGCTTTGTCCAGCTGAGGAAGTTGAAACTTCTG
CGCTGCATACAGGGCAAATCTTGTTTATCTTCAGCCAGTTATTAATGCACTCCGAGTGGT
AAGAATGTTTGCATGGAAGCAGTATCAAGTCATCGTCATCCTCATAGTCTAGACGACATA
TAACACAAGACTCATTGGTTCCGTTCTGATTTTCTCCATCTTTATATCTTTTTGAAGGAA
AAGATGCAATTGTATCAGCAGACAACCCTCTACTCTCGGTTCCCACAATGTCGCCAAGCG
CAAGCAACTCCTCATATGAAAGCTCATCAGGGTCCATCTCATCCCAGGCATCCTCAGAAG
TATGATCATCATCATCCTCTAGAACTTCAACCCGATTTGCTAACCCAGTCAAGGCAGACA
ACCTATCAGCCATCTCCCTTGCCTCAGCTTCCTGAAGAGCTCTAGCAAAAGTTTCATCAT
CTC


BQ
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20 20 20 

AF RR3EM31TF C 1
AF RR3EM31JQ U 6
BS 1 5 RR3EM31TF
BS 6 603 RR3EM31JQ

RD RR3EM31TF 603 0 0
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TTAGTTTATATAGTGTACAAACAGACAACAAAGGTAATGGAGTTCTTAGCTTATGATCTT
TTCTGGATATCCCTTCCTTTGCTATTCAGCTTTGTCCAGCTGAGGAAGTTGAAACTTCTG
CGCTGCATACAGGGCAAATCTTGTTTATCTTCAGCCAGTTATTAATGCACTCCGAGTGGT
AAGAATGTTTGCATGGAAGCAGTATCAAGTCATCGTCATCCTCATAGTCTAGACGACATA
TAACACAAGACTCATTGGTTCCGTTCTGATTTTCTCCATCTTTATATCTTTTTGAAGGAA
AAGATGCAATTGTATCAGCAGACAACCCTCTACTCTCGGTTCCCACAATGTCGCCAAGCG
CAAGCAACTCCTCATATGAAAGCTCATCAGGGTCCATCTCATCCCAGGCATCCTCAGAAG
TATGATCATCATCATCCTCTAGAACTTCAACCCGATTTGCTAACCCAGTCAAGGCAGACA
ACCTATCAGCCATCTCCCTTGCCTCAGCTTCCTGAAGAGCTCTAGCAAAAGTTTCATCAT
CTC

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3EM31JQ 598 0 0
GCAAGAAGATGAGATTCAGATTATTTGAAGGATCCACAAAAAATCTGATGATGGTTTAGT
TTATATAGTGTACAAACAGACAACAAAGGTAATGGAGTTCTTAGCTTATGATCTTTTCTG
GATATCCCTTCCTTTGCTATTCAGCTTTGTCCAGCTGAGGAAGTTGAAACTTCTGCGCTG
CATACAGGGCAAATCTTGTTTATCTTCAGCCAGTTATTAATGCACTCCGAGTGGTAAGAA
TGTTTGCATGGAAGCAGTATCAAGTCATCGTCATCCTCATAGTCTAGACGACATATAACA
CAAGACTCATTGGTTCCGTTCTGATTTTCTCCATCTTTATATCTTTTTGAAGGAAAAGAT
GCAATTGTATCAGCAGACAACCCTCTACTCTCGGTTCCCACAATGTCGCCAAGCGCAAGC
AACTCCTCATATGAAAGCTCATCAGGGTCCATCTCATCCCAGGCATCCTCAGAAGTATGA
TCATCATCATCCTCTAGAACTTCAACCCGATTTGCTAACCCAGTCAAGGCAGACAACCTA
TCAGCCATCTCCCTTGCCTCAGCTTCCTGAAGAGCTCTAGCAAAAGTTTCATCATCTC

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

CO CL9216Contig1 1399 2 2 U
GGAAGCCTCAACAGAAATCAACCTTCTAATCCAAACTTTCGCGCTCCAGCTGCGTTTCAC
CGGAGATGAGGAGCGTGTGGCTGTGGATCTCGGTGGCTGTGTGCTCGCTATGCTCAGTTC
GGAGCGGATCTAGCGATGGAGTTGAGAAACCAAGAGACACTGAGATACTGGATAACGAAC
TGATGGCGTCTAAGGTTTCAATGGTGACTCTCACCTTGATTCAGGGAGCTGACTCCAAAG
GAGCTGTGTGCCTAGATGGGACGTTACCTGGTTATCATCTAGATCATGGGTTTGGTTCTG
GTGCTAACAGTTGGCTCATCCATCTCGAGGGTGGAGGATGGTGTGACAATCGTAGTAGCT
GTGTGTTTCGGAAAACAACTCGGCGTGGTTCCTCTAAGTTCATGGAGAAAGCTTTGAACT
TCACTGGGATATTGAGCAATAAACCTCAAGAGAATCCTGACTTCTACAACTGGAACAGAA
TCAAGTTGCGTTACTGTGATGGTGCGTCTTTCTCTGGGGATAGTCAGGACGAGGGTTCGC
AAATTTTCTATCGAGGACGACGAATCTGGCAAGCTGCTATGGAAGAGTTCATGTCTTTAG
GCATGCAGAAAGCAGACCAGGCTCTGCTTTCTGGATGCTCAGCTGGAGGGTTAGCTTCCA
TCCTGCACTGTGATGACTTCAGACAACGATTACCTCTTTCTACAAAAGTAAAGTGCTTAA
GTGATGCTGGAATGTTTCTGGACGCAGTGGATGTCTCTGGTGGCCACTCGCTTAGGAACA
TGTACCAAGGTGTTGTTAGAGTGCAGAACCTCCAAAAGGACTTGTCCAGTACATGTACAG
ACCATTTGGATCCTACTTCGTGCTTCTTTCCACAGAACCTGGTTTCAGACATCAAAACTC
CAATGTTTCTTCTCAACTCAGCTTATGACTCGTGGCAGGTCCGACAGAGCTTAGCTCCTT
CATCTGCTGATCCAAGAGGCGTTTGGAATGCATGCAAATCAGATATCTCTCGTTGTAATT
CATCACAGCTTCAATTCTTACAAGAATTCAGGAAACAAATGGTGCTTGCCCTAAACTCAT
TTTCAGCATCTCCCCAGAACGGTCTTTTCATAAACTCTTGCTTCACGCATTGTCAGTTTG
AGACACAGGACACTTGGTTTGCTCAAGATTCTCCCAAGTTAGACGGAAAAAGAGTGGCAG
AGTCTATAGGTGACTGGTACTTCGACCGAACCAAGAATACTAAAGCCATTGACTGTCCTT
ATCCATGCGACAAAACATGCCACCATCTGATTTTCCAATGAGTAATCCAATATCTCTCTA
ATTTTTTTTTTCAAACTTGTTCGATTATTGTGTTAAAATAAGCTTTTATGCAGTGATGAA
TCAAACAGCTTCTTCAAAG


BQ
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AF RR3A917TF U 1
AF RR3A917JQ C 483
BS 1 775 RR3A917TF
BS 776 1399 RR3A917JQ

RD RR3A917TF 782 0 0
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CGGAGATGAGGAGCGTGTGGCTGTGGATCTCGGTGGCTGTGTGCTCGCTATGCTCAGTTC
GGAGCGGATCTAGCGATGGAGTTGAGAAACCAAGAGACACTGAGATACTGGATAACGAAC
TGATGGCGTCTAAGGTTTCAATGGTGACTCTCACCTTGATTCAGGGAGCTGACTCCAAAG
GAGCTGTGTGCCTAGATGGGACGTTACCTGGTTATCATCTAGATCATGGGTTTGGTTCTG
GTGCTAACAGTTGGCTCATCCATCTCGAGGGTGGAGGATGGTGTGACAATCGTAGTAGCT
GTGTGTTTCGGAAAACAACTCGGCGTGGTTCCTCTAAGTTCATGGAGAAAGCTTTGAACT
TCACTGGGATATTGAGCAATAAACCTCAAGAGAATCCTGACTTCTACAACTGGAACAGAA
TCAAGTTGCGTTACTGTGATGGTGCGTCTTTCTCTGGGGATAGTCAGGACGAGGGTTCGC
AAATTTTCTATCGAGGACGACGAATCTGGCAAGCTGCTATGGAAGAGTTCATGTCTTTAG
GCATGCAGAAAGCAGACCAGGCTCTGCTTTCTGGATGCTCAGCTGGAGGGTTAGCTTCCA
TCCTGCACTGTGATGACTTCAGACAACGATTACCTCTTTCTACAAAAGTAAAGTGCTTAA
GTGATGCTGGAATGTTTCTGGACGCAGTGGATGTCTCTGGTGGCCACTCGCTTAG
AACATGT

QA 1 775 1 775
DS 

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ATTTTCTATCGAGGACGACGAATCTGGCAAGCTGCTATGGAAGAGTTCATGTCTTTAGGC
ATGCAGAAAGCAGACCAGGCTCTGCTTTCTGGATGCTCAGCTGGAGGGTTAGCTTCCATC
CTGCACTGTGATGACTTCAGACAACGATTACCTCTTTCTACAAAAGTAAAGTGCTTAAGT
GATGCTGGAATGTTTCTGGACGCAGTGGATGTCTCTGGTGGCCACTCGCTTAGGAACATG
TACCAAGGTGTTGTTAGAGTGCAGAACCTCCAAAAGGACTTGTCCAGTACATGTACAGAC
CATTTGGATCCTACTTCGTGCTTCTTTCCACAGAACCTGGTTTCAGACATCAAAACTCCA
ATGTTTCTTCTCAACTCAGCTTATGACTCGTGGCAGGTCCGACAGAGCTTAGCTCCTTCA
TCTGCTGATCCAAGAGGCGTTTGGAATGCATGCAAATCAGATATCTCTCGTTGTAATTCA
TCACAGCTTCAATTCTTACAAGAATTCAGGAAACAAATGGTGCTTGCCCTAAACTCATTT
TCAGCATCTCCCCAGAACGGTCTTTTCATAAACTCTTGCTTCACGCATTGTCAGTTTGAG
ACACAGGACACTTGGTTTGCTCAAGATTCTCCCAAGTTAGACGGAAAAAGAGTGGCAGAG
TCTATAGGTGACTGGTACTTCGACCGAACCAAGAATACTAAAGCCATTGACTGTCCTTAT
CCATGCGACAAAACATGCCACCATCTGATTTTCCAATGAGTAATCCAATATCTCTCTAAT
TTTTTTTTTCAAACTTGTTCGATTATTGTGTTAAAATAAGCTTTTATGCAGTGATGAATC
AAACAGCTTCTTCAAAG

QA 1 917 1 917
DS 



AS 1 2

CO CL9217Contig1 576 2 1 U
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TAAAAATACCCTTGGTACTTTATTGACGATCTCACAAAGATGTAATCTCAGTGAATTTGA
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TCTGGAAGCACAGGAGAACGTTCTTTTGCTGATATTATTACCAGTATTCGATACTGGGTC
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ACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAAAAACATTGGATCGAAACTCC
TTATGTCGAGTGATCCTCTGATCATTTGAAATATATCCTATGAACTTGTGATTTGTTATT
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BQ
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AF RR3GR38JQ C 1
AF RR3GR38TF U 1
BS 1 576 RR3GR38TF

RD RR3GR38JQ 576 0 0
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TAAAAATACCCTTGGTACTTTATTGACGATCTCACAAAGATGTAATCTCAGTGAATTTGA
GTTTACTGATTCATCTTTTACAGAATCGATTCCCTACGAGAATATCTGGAGTTCAGTATG
TCTGGAAGCACAGGAGAACGTTCTTTTGCTGATATTATTACCAGTATTCGATACTGGGTC
ATTCATAGCATTACTATACCTCCCCTATTCGTCGTGGGCTGGTGATTGCTCCTAAAGATT
ACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAAAAACATTGGATCGAAACTCC
TTATGTCGAGTGATCCTCTGATCATTTGAAATATATCCTATGAACTTGTGATTTGTTATT
CCGGATTTTGCTTGCTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCATTATGTGTGTGTGTAAGTGC
TTCAAACTTACTTCAGTGAAATGATTACTTAGAAGC

QA 1 576 1 576
DS 

RD RR3GR38TF 576 0 0
GGGTTATACATCGACAAGCAAGAAAAAAACGAAATAAATTATCTAACACTTCATTTCTAT
ACTAATTCAAATTGCGTTGCTGTGTCAGAAGAAGGATAGCTATACTGATTCGGTAGACTC
TAAAAATACCCTTGGTACTTTATTGACGATCTCACAAAGATGTAATCTCAGTGAATTTGA
GTTTACTGATTCATCTTTTACAGAATCGATTCCCTACGAGAATATCTGGAGTTCAGTATG
TCTGGAAGCACAGGAGAACGTTCTTTTGCTGATATTATTACCAGTATTCGATACTGGGTC
ATTCATAGCATTACTATACCTCCCCTATTCGTCGTGGGCTGGTGATTGCTCCTAAAGATT
ACTCTACAAAATACCGCTACTAACCAACCGGTCTTGCCAAAAACATTGGATCGAAACTCC
TTATGTCGAGTGATCCTCTGATCATTTGAAATATATCCTATGAACTTGTGATTTGTTATT
CCGGATTTTGCTTGCTACTCTCTCTATCGGCTGTTTGCCATTATGTGTGTGTGTAAGTGC
TTCAAACTTACTTCAGTGAAATGATTACTTAGAAGC

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

CO CL9218Contig1 699 2 2 U
GGGTCCCTTGTCCTCTCCAAGCTCACAAACTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTCTCTGTTTTT
GTCTCAAACACATGATCGAAGAGAACCATCTCACCATCTCAGCAGTTGATTATATCGCCA
CCGTAGATGGAGAACACTCAAGATTTCTCGCCGCCCCACATGGATGCTTCTCGGCCGTCA
CTGGGATTCCCTCTAGGCACAGCTCTGCTTCTCATAATCATTTTCAGTCTCTCCGGAATA
TTCTCTTGCTGTTACCATTGGGACAAACATCGCTCTCTCCGCCGCTCTTTGGCCAATGCC
TCCGGTCATCCCTCAGCCACCTCCGCCGACGTAGAGTCTTCTCCGTTCAAACCTAGACCC
CCTTTCCCGGATTTGAAGAAAAACCAGAATCTGAGTGTACCGGTGTTGATGCCTGGAGAT
AATACGCCGAAATTTATAGCATTACCGTGTCCGTGTGCACCGCCTCGGCCGGAGAAGCTC
ACCGTCGATGTTCAAAGTCCGCCGCATTCACCACCTGTGAAGCCGCCGCGTTTTCCCGTT
CCTCTGTATTAGATTTAATTTAGCTACATGATAACAAAAATGAGCGAAAATGTAGAAATG
TTTCGTTTTTGATGTACATATGGATCATGAATTTACATTTCAGTTTTTTCGCCCATTTCT
GTGTTGAGTTGGTAACATTATGGAGTGGTTTGATTGTAC


BQ
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AF RR3CA41TF U 1
AF RR3CA41JQ C 26
BS 1 476 RR3CA41TF
BS 477 699 RR3CA41JQ

RD RR3CA41TF 476 0 0
GGGTCCCTTGTCCTCTCCAAGCTCACAAACTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTCTCTGTTTTT
GTCTCAAACACATGATCGAAGAGAACCATCTCACCATCTCAGCAGTTGATTATATCGCCA
CCGTAGATGGAGAACACTCAAGATTTCTCGCCGCCCCACATGGATGCTTCTCGGCCGTCA
CTGGGATTCCCTCTAGGCACAGCTCTGCTTCTCATAATCATTTTCAGTCTCTCCGGAATA
TTCTCTTGCTGTTACCATTGGGACAAACATCGCTCTCTCCGCCGCTCTTTGGCCAATGCC
TCCGGTCATCCCTCAGCCACCTCCGCCGACGTAGAGTCTTCTCCGTTCAAACCTAGACCC
CCTTTCCCGGATTTGAAGAAAAACCAGAATCTGAGTGTACCGGTGTTGATGCCTGGAGAT
AATACGCCGAAATTTATAGCATTACCGTGTCCGTGTGCACCGCCTCGGCCGGAGAA

QA 1 476 1 476
DS 

RD RR3CA41JQ 674 0 0
CAAACTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTCTCTGTTTTTGTCTCAAACACATGATCGAAGAGAA
CCATCTCACCATCTCAGCAGTTGATTATATCGCCACCGTAGATGGAGAACACTCAAGATT
TCTCGCCGCCCCACATGGATGCTTCTCGGCCGTCACTGGGATTCCCTCTAGGCACAGCTC
TGCTTCTCATAATCATTTTCAGTCTCTCCGGAATATTCTCTTGCTGTTACCATTGGGACA
AACATCGCTCTTTCCGCCGCTCTTTGGCCAATGCCTCCGGTCATCCCTCAGCCACCTCCG
CCGACGTAGAGTCTTCTCCGTTCAAACCTAGACCCCCTTTCCCGGATTTGAAGAAAAACC
AGAATCTGAGTGTACCGGTGTTGATGCCTGGAGATAATACGCCGAAATTTATAGCATTAC
CGTGTCCGTGTGCACCGCCTCGGCCGGAGAAGCTCACCGTCGATGTTCAAAGTCCGCCGC
ATTCACCACCTGTGAAGCCGCCGCGTTTTCCCGTTCCTCTGTATTAGATTTAATTTAGCT
ACATGATAACAAAAATGAGCGAAAATGTAGAAATGTTTCGTTTTTGATGTACATATGGAT
CATGAATTTACATTTCAGTTTTTTCGCCCATTTCTGTGTTGAGTTGGTAACATTATGGAG
TGGTTTGATTGTAC

QA 1 674 1 674
DS 



AS 1 2

CO CL9219Contig1 755 2 4 U
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CCTTAAAGATTCAGAGCACTTGCAGTTGAAGGAAAGACTTGACCTTCAAAAGAATATTGC
TAATGTGCAAGCAACATACGAGAAACGAAGTGCCAAGAACCAAAGCTTGAAGAGAATGAA
GCTTGAATACTCGGATCGAATCAAGAATATTCCAATTAACGGATCTAGTCTCGACGAGTC
CCGGAAAAAGAGGCGCTTGCCTTTCTCCAGCTCTCGAAAACTGGTGAAAGACGAACATTC
CTACAGAACAACAAGTGAAACTAAGAGATCTGAAGACAAGGGTTTGTTCTTCCTCCCTGA
TCTGAACATGACCCCAATCGAGGAAGAAGAGACGTTTCTCGGGACGAGCTAAGGAAAGAA
AGCTTCAAACCACAATCCCGTCAGGTAATTACTAGAGATCAGTGGTGTAGCTTTTTTTTC
GGGGTAAGAGGAGAAAGCGATGAGTTCGCCGACAAGAATTCACACTACTCAACAAGGATT
CCAGAAGATTTATATGAGAAGAGAAAAGGGGATTAAATAATGTAATAAGAGGATTACCAA
ATATTATTCTCGATTTTTTCTTCTCTTATGAAAAGAATTCTTGGGTAAACGATATTTTGC
CTCTTGTTTTATTTTCCTGCGAAATGCGCAAATTCAAGAAAAAATGTAAGCCACTATATA
GGCTTTCTTTTTGAAAAAAATCTTCTTGTTTTACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DJ03TF U 1
AF RR3DJ03JQ C 1
BS 1 683 RR3DJ03TF
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BS 685 703 RR3DJ03TF
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RD RR3DJ03TF 703 0 0
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CCAGAAGATTTATATGAGAAGAGAAAAGGGGATTAAATAATGTAATAAGAGGATTACCAA
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QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3DJ03JQ 755 0 0
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CCGGAAAAAGAGGCGCTTGCCTTTCTCCAGCTCTCGAAAACTGGTGAAAGACGAACATTC
CTACAGAACAACAAGTGAAACTAAGAGATCTGAAGACAAGGGTTTGTTCTTCCTCCCTGA
TCTGAACATGACCCCAATCGAGGAAGAAGAGACGTTTCTCGGGACGAGCTAAGGAAAGAA
AGCTTCAAACCACAATCCCGTCAGGTAATTACTAGAGATCAGTGGTGTAGCTTTTTTTTC
GGGGTAAGAGGAGAAAGCGATGAGTTCGCCGACAAGAATTCACACTACTCAACAAGGATT
CCAGAAGATTTATATGAGAAGAGAAAAGGGGATTAAATAATGTAATAAGAGGATTACCAA
ATATTATTCTCGATTTTTTCTTCTCTTATGAAAAGAATTCTTGGGTAAACGATATTTTGC
CTCTTGTTTTATTTTCCTGCGAAATGCGCAAATTCAAGAAAAAATGTAAGCCACTATATA
GGCTTTCTTTTTGAAAAAAATCTTCTTGTTTTACC

QA 1 755 1 755
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TCCAACATTTGACGAGGAGGGAAGAGAAGAGCAAATGGGATCGATGATGAGCAGGCGAGC
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AGATTCACATCCACCAATCGATCAAGTTGCAACGTCTTCTTCGTACCACGATGGAGCCGA
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TTCAGATGATCAACGATTCTTCACCTTCATTCTTCGCCAAAGCAGTTTTCGTTGCAGTGT
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T


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 

AF RR3BO69TF U 1
AF RR3BO69JQ C 1
BS 1 598 RR3BO69TF
BS 599 601 RR3BO69JQ

RD RR3BO69TF 598 0 0
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GTCGTCGTCAAATCAGAGTCAAACTCGTCTTCTCCGACGTCGAGAATCGCTTCGCGTCAG
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TCAGCTTCCATAACCGCAAGCTCTGGAAAGGAAACGTAGCTGCTAAAATCGGAAGTACTT
CATATGGCATTGGAGTTGAGGGGGAGATTAGAGACGAGAGCAAAAAGGAGAAGCTAGGAG
TTCAGATGATCAACGATTCTTCACCTTCATTCTTCGCCAAAGCAGTTTTCGTTGCAGTGT
TGGCTACATTGGCGGGATGCGTCGTCAAAAAACTATGAAGAGTTTCTGTTTCTTATTC

QA 1 598 1 598
DS 

RD RR3BO69JQ 601 0 0
GGGCAGCATCTCGGACAGCTGAAGAGAACGAAGGGGAAAAAAAAAATTAAACAGAACGTC
TCCAACATTTGACGAGGAGGGAAGAGAAGAGCAAATGGGATCGATGATGAGCAGGCGAGC
GCGGTTTCGCGGTTTCGCGCCTGAGAATCGTCTTCGCCGACGCGAATCTCTCCGCCATTC
CGTTATCACAGACTTCTTCTCCTTCGCTCACAGATCAATCCGCGTTGCAATCTCGTCTTC
GTCGTCGTCAAATCAGAGTCAAACTCGTCTTCTCCGACGTCGAGAATCGCTTCGCGTCAG
AGATTCACATCCACCAATCGATCAAGTTGCAACGTCTTCTTCGTACCACGATGGAGCCGA
TCAGCTTCCATAACCGCAAGCTCTGGAAAGGAAACGTAGCTGCTAAAATCGGAAGTACTT
CATATGGCATTGGAGTTGAGGGGGAGATTAGAGACGAGAGCAAAAAGGAGAAGCTAGGAG
TTCAGATGATCAACGATTCTTCACCTTCATTCTTCGCCAAAGCAGTTTTCGTTGCAGTGT
TGGCTACATTGGCGGGATGCGTCGTCAAAAAACTATGAAGAGTTTCTGTTTCTTATTCAA
T

QA 1 601 1 601
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9223Contig1 911 2 2 U
GGTCCAGCATTACTTCAAAGTGGTTTGGTGAGGGAGAGAAGTATGTTAAAGCTGTCTTCT
CTTTAGCAAGCAAGATCGCTCCAAGTGTCATTTTTGTTGATGAGGTTGATAGCATGTTGG
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TAAACTGGGACGGTTTAAGAACAAAGGACAGAGAACGAGTTCTTGTACTCGCTGCTACCA
ACAGACCATTTGACCTCGACGAAGCAGTTATTAGACGGCTTCCCCGGAGGTTGATGGTGA
ATCTTCCAGATGCGACCAATAGATCAAAGATCTTGAGTGTTTTCTTTCTAAAGAAGAAAT
AGCACCTGATGTTGATTTAGAAGCGATTGCAAATATGACAGATGGCTACTCAGGAAGTGA
CTTAAAGAATCTTTGTGTGACTGCTGCACATCTTCCAATTCGAGAAATACTGGAGAAAGA
AAAGAAGGAAAAAACTGCAGCTGAGGCTGAAAACCGTCCAACACCTCCATTGTATAGCTG
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GAGTGTGTCTACGGACTCATCAAACATGAACGAGCTTCAGCAGTGGAACGAGCTGTACGG
AGAAGGTGGGTCGAGGAAGAAGACGTCCTTGAGCTACTTTATGTAGAAGAGACGAGTGAG
AGAAGGGGAGAGATTTGTTGGTTTTTATCTGATTTTGGTCCTTTCTTTAATTTATAAAAT
ATTTATGTACAGAAGAGAGAAAAGAGTGTTGTTCGGTTTATTGTCTAATTCATTTTCTTT
CTCAACATAAGAAGCTAAAAACATTCGCTGTATAAACTAATACATGCGTATGTATATACA
GGTTCGGACCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BS93TF U 1
AF RR3BS93JQ C 43
BS 1 655 RR3BS93TF
BS 656 911 RR3BS93JQ

RD RR3BS93TF 655 0 0
GGTCCAGCATTACTTCAAAGTGGTTTGGTGAGGGAGAGAAGTATGTTAAAGCTGTCTTCT
CTTTAGCAAGCAAGATCGCTCCAAGTGTCATTTTTGTTGATGAGGTTGATAGCATGTTGG
GAAGACGTGAGAATCCAGGGGAACATGAAGCTATGCGTAAGATGAAGAACGAGTTCATGG
TAAACTGGGACGGTTTAAGAACAAAGGACAGAGAACGAGTTCTTGTACTCGCTGCTACCA
ACAGACCATTTGACCTCGACGAAGCAGTTATTAGACGGCTTCCCCGGAGGTTGATGGTGA
ATCTTCCAGATGCGACCAATAGATCAAAGATCTTGAGTGTTTTCTTTCTAAAGAAGAAAT
AGCACCTGATGTTGATTTAGAAGCGATTGCAAATATGACAGATGGCTACTCAGGAAGTGA
CTTAAAGAATCTTTGTGTGACTGCTGCACATCTTCCAATTCGAGAAATACTGGAGAAAGA
AAAGAAGGAAAAAACTGCAGCTGAGGCTGAAAACCGTCCAACACCTCCATTGTATAGCTG
CACAGACATTCGTTCACTGACAATGGCAGATTTCAAGGCTGCACATGAACAGGTATGTGC
GAGTGTGTCTACGGACTCATCAAACATGAACGAGCTTCAGCAGTGGAACGAGCTG

QA 1 655 1 655
DS 

RD RR3BS93JQ 869 0 0
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AGGTTGATAGCATGTTGGGAAGACGTGAGAATCCAGGGGAACATGAAGCTATGCGTAAGA
TGAAGAACGAGTTCATGGTAAACTGGGACGGTTTAAGAACAAAGGACAGAGAACGAGTTC
TTGTACTCGCTGCTACCAACAGACCATTTGACCTCGACGAAGCAGTTATTAGACGGCTTC
CCCGGAGGTTGATGGTGAATCTTCCAGATGCGACCAATAGATCAAAGATCTTGAGTGTTT
TCTTTCTAAAGAAGAAATAGCACCTGATGTTGATTTAGAAGCGATTGCAAATATGACAGA
TGGCTACTCAGGAAGTGACTTAAAGAATCTTTGTGTGACTGCTGCACATCTTCCAATTCG
AGAAATACTGGAGAAAGAAAAGAAGGAAAAAACTGCAGCTGAGGCTGAAAACCGTCCAAC
ACCTCCATTGTATAGCTGCACAGACATTCGTTCACTGACAATGGCAGATTTCAAGGCTGC
ACATGAACAGGTATGTGCGAGTGTGTCTACGGACTCATCAAACATGAACGAGCTTCAGCA
GTGGAACGAGCTGTACGGAGAAGGTGGGTCGAGGAAGAAGACGTCCTTGAGCTACTTTAT
GTAGAAGAGACGAGTGAGAGAAGGGGAGAGATTTGTTGGTTTTTATCTGATTTTGGTCCT
TTCTTTAATTTATAAAATATTTATGTACAGAAGAGAGAAAAGAGTGTTGTTCGGTTTATT
GTCTAATTCATTTTCTTTCTCAACATAAGAAGCTAAAAACATTCGCTGTATAAACTAATA
CATGCGTATGTATATACAGGTTCGGACCT

QA 1 869 1 869
DS 



AS 1 2

CO CL9224Contig1 838 2 6 U
GGAGAGCAAAAAAACACAGAGTTTAGTTACACCAACCAATCAAAATGTTGCGTATTATCT
TCCTCTTATCCCTCCTTTTTGCTCTATCCACGGCCTCTGTTCAAGACTTCTGTGTGGCCA
ACCTGAAACGCGCTGAAACCCCTGCGGGTTACCCATGCATACGTCCCATTCATGTCAAAG
CCAAGGACTTCGTCTTCTCCGGCTTAGGCACTCCTGGTAACACTACCAACATCATCAGCG
CTGCGGTCACACCAGATTTTGTCGCTCAGTTCCCTGGTCTGAACGGTCTAGGACTCTCTA
CAGTTAGACTTGACCTAGCTCCAAAAGGTGTGATCCCAATGCACACACACCCGGGTGCCT
CTGAGGTTCTGTTTGTTCTTGACGGTGCCATTACCGCTGGGTTTGTCTCCTCTGCGAACT
CTGTCTACGTACAGACACTAAAGCCGGGACAGGTCATGGTCTTCCCGCAGGGCTTGCTTC
ATTTCCAGATCAATGCGGGGAAATCAGCTGCTGCGGCTTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTA
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TCTCGGGTACTACTTTCCTTAAGCCTGCTGTAGTCAAGAAGCTCAAGGGTGTTCTTGGAG
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AATGGATTATTTTCTCATTTGTTTTGTGTTCCTTGTAGTTCTTCAAAACATGTCAACATT
ATTACATTGTATGTGAGTTTTTCAATTAAGATCCTGAGTACGTCAGTCCGTTCATACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3D246TF U 1
AF RR3D246JQ C 127
BS 1 707 RR3D246TF
BS 708 708 RR3D246JQ
BS 709 727 RR3D246TF
BS 728 728 RR3D246JQ
BS 729 747 RR3D246TF
BS 748 838 RR3D246JQ

RD RR3D246TF 747 0 0
GGAGAGCAAAAAAACACAGAGTTTAGTTACACCAACCAATCAAAATGTTGCGTATTATCT
TCCTCTTATCCCTCCTTTTTGCTCTATCCACGGCCTCTGTTCAAGACTTCTGTGTGGCCA
ACCTGAAACGCGCTGAAACCCCTGCGGGTTACCCATGCATACGTCCCATTCATGTCAAAG
CCAAGGACTTCGTCTTCTCCGGCTTAGGCACTCCTGGTAACACTACCAACATCATCAGCG
CTGCGGTCACACCAGATTTTGTCGCTCAGTTCCCTGGTCTGAACGGTCTAGGACTCTCTA
CAGTTAGACTTGACCTAGCTCCAAAAGGTGTGATCCCAATGCACACACACCCGGGTGCCT
CTGAGGTTCTGTTTGTTCTTGACGGTGCCATTACCGCTGGGTTTGTCTCCTCTGCGAACT
CTGTCTACGTACAGACACTAAAGCCGGGACAGGTCATGGTCTTCCCGCAGGGCTTGCTTC
ATTTCCAGATCAATGCGGGGAAATCAGCTGCTGCGGCTTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTA
GTCCTGGTCTACAGATTCTTGATTTCGCGCTATTTGCTAACGATCTCCCCACTGAACTCG
TCTCGGGTACTACTTTCCTTAAGCCTGCTGTAGTCAAGAAGCTCAAGGGTGTTCTTGGAG
GAACTGGCTAAATCAAGACTTGACTATAAAACAACAAAGCCTGTTTT*CTATTCTCTTTT
AATGGAT*ATTTTCTCATTTGTTTTGT

QA 1 747 1 747
DS 

RD RR3D246JQ 712 0 0
AACGCGCTGAAACCC*TGCGGGTTACCCATGCATACGTCCCATTCATGTCAAAGCCAAGG
ACTTCGTCTTCTCCGGCTTAGGCACTCCTGGTAACACTACCAACATCATCAGCGCTGCGG
TCACACCAGATTTTGTCGCTCAGTTCCCTGGTCTGAACGGTCTAGGACTCTCTACAGTTA
GACTTGACCTAGCTCCAAAAGGTGTGATCCCAATGCACACACACCCGGGTGCCTCTGAGG
TTCTGTTTGTTCTTGACGGTGCCATTACCGCTGGGTTTGTCTCTTCTGCGAACTCTGTCT
ACGTACAGACACTAAAGCCGGGACAGGTCATGGTCTTCCCGCAGGGCTTGCTTCATTTCC
AGATCAATGCGGGGAAATCAGCTGCTGCGGCTTTTGTCACTTTCAGCAGCGCTAGTCCTG
GTCTACAGATTCTTGATTTCGCGCTATTTGCTAACGATCTCCCCACTGAACTCGTCTCGG
GTACTACTTTCCTTAAGCCTGCTGTAGTCAAGAAGCTCAAGGGTGTTCTTGGAGGAACTG
GCTAAATCAAGACTTGACTATAAAACAACAAGGCCTGTTTTTCTATTCTCTTTTAATGGA
TTATTTTCTCATTTGTTTTGTGTTCCTTGTAGTTCTTCAAAACATGTCAACATTATTACA
TTGTATGTGAGTTTTTCAATTAAGATCCTGAGTACGTCAGTCCGTTCATACC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL9225Contig1 806 2 2 U
GCGAGAGATGCAGAAGAAATCAATAGCGTTGGAGAAGTTATCCAGCAGCCTGAAACGACG
TCGTTTACTTCTTTGCTGTGGAATGCTGATAATCCTAGTGGTGGCCGGACTACTCAGATA
TGGGATTTTAACTTGGGACAATCAAGAGACACTAAAGATTCTTATGTAACAAAAGATGCT
AAATCATTCACAATCAACAGCTTTGTTGACCTCATGAATCATACTTGTTCCACTAAACCA
AAAGGTGTTAAACAGATTTGCAAGGATGGTGATTACTATCGACCAACTTCGAGCCACGTA
GCTGCAACAGCTGAGAGCAACAATCTTCCGCTTACCTTTAGCTCCGAGAAAGGCTCAAAC
TCCTCCAGTGAGTTACGTTTCACTGAAAAAACTGACGGAGCTAGCTGTAAGACCACGAGA
GTAGTGGCAACCAAGGCTGATCTTGAGCAGCTGGTTCAGAACAGAGACAATGCAATGCAA
CGTTACAAGGAAAAGAGGAAAACTCGGAGATATGATAAGACGATAAGGTATGAATCGAGG
AAGGCAACAGCTGATACAAGGTTGCGTGTCGAAGGCAGATTTGTGAAAGCTCCTTATCCT
TGAAAAGTCTCTTTATATAGGTTCTCCTATTCGATTATAAAGTTAGCAACTTTTTTGTCT
ACTTCCCCTGCCACGAAAATGTATATATATTAGAACGGTCTTGTTTCACTTGGCCACCTT
TGTCTTTCTGTGTGTTGTATCTGGCCTCTTTTATTGTACCCTGTAAACTTTCTCTAGTTG
AAAAAGGATCATGTCTTAAGTCTTGT


BQ
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AF RR3F087TF U 1
AF RR3F087JQ C 1
BS 1 703 RR3F087TF
BS 704 806 RR3F087JQ

RD RR3F087TF 703 0 0
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TCGTTTACTTCTTTGCTGTGGAATGCTGATAATCCTAGTGGTGGCCGGACTACTCAGATA
TGGGATTTTAACTTGGGACAATCAAGAGACACTAAAGATTCTTATGTAACAAAAGATGCT
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AAAGGTGTTAAACAGATTTGCAAGGATGGTGATTACTATCGACCAACTTCGAGCCACGTA
GCTGCAACAGCTGAGAGCAACAATCTTCCGCTTACCTTTAGCTCCGAGAAAGGCTCAAAC
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GTAGTGGCAACCAAGGCTGATCTTGAGCAGCTGGTTCAGAACAGAGACAATGCAATGCAA
CGTTACAAGGAAAAGAGGAAAACTCGGAGATATGATAAGACGATAAGGTATGAATCGAGG
AAGGCAACAGCTGATACAAGGTTGCGTGTCGAAGGCAGATTTGTGAAAGCTCCTTATCCT
TGAAAAGTCTCTTTATATAGGTTCTCCTATTCGATTATAAAGTTAGCAACTTTTTTGTCT
ACTTCCCCTGCCACGAAAATGTATATATATTAGAACGGTCTTG

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3F087JQ 806 0 0
GCGAGAGATGCAGAAGAAATCAATAGCGT*GGAGAAGTTATCCAGCAGCCTGAAACGACG
TCGTTTACTTCTTTGCTGTGGAATGCTGATAATCCTAGTGGTGGCCGGACTACTCAGATA
TGGGATTTTAACTTGGGACAATCAAGAGACACTAAAGATTCTTATGTAACAAAAGATGCT
AAATCATTCACAATCAACAGCTTTGTTGACCTCATGAATCATACTTGTTCCACTAAACCA
AAAGGTGTTAAACAGATTTGCAAGGATGGTGATTACTATCGACCAACTTCGAGCCACGTA
GCTGCAACAGCTGAGAGCAACAATCTTCCGCTTACCTTTAGCTCCGAGAAAGGCTCAAAC
TCCTCCAGTGAGTTACGTTTCACTGAAAAAACTGACGGAGCTAGCTGTAAGACCACGAGA
GTAGTGGCAACCAAGGCTGATCTTGAGCAGCTGGTTCAGAACAGAGACAATGCAATGCAA
CGTTACAAGGAAAAGAGGAAAACTCGGAGATATGATAAGACGATAAGGTATGAATCGAGG
AAGGCAACAGCTGATACAAGGTTGCGTGTCGAAGGCAGATTTGTGAAAGCTCCTTATCCT
TGAAAAGTCTCTTTATATAGGTTCTCCTATTCGATTATAAAGTTAGCAACTTTTTTGTCT
ACTTCCCCTGCCACGAAAATGTATATATATTAGAACGGTCTTGTTTCACTTGGCCACCTT
TGTCTTTCTGTGTGTTGTATCTGGCCTCTTTTATTGTACCCTGTAAACTTTCTCTAGTTG
AAAAAGGATCATGTCTTAAGTCTTGT

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL9226Contig1 1022 2 2 U
GCCAAAACTCTCTTCTCTCTACCGGAAAACGATTTAACTCACCGGAGATCTTATCAGAAT
GAGTAACGCGCTGCTCGACATCGATCCTATCGATCTTCAATTCCCTTTTGAATTGAAGAA
ACAGATCTCTTGCTCTCTCTATTTAGCTAACAAAACCGACGATTACGTCGCCTTCAAGGT
CAAAACGACGAATCCGAAGAAGTATTGTGTGAGGCCTAACACTGGCGTTGTGCTTCCAGA
TCCTCTTCTGAAGTTCTAGTGACGATGCAAGCGCAGAAGGAAGCTCCTGGTGATATGCAG
TGCAAGGACAAGTTCTTGCTTCAGTGTGTTGTCTCTACTCCCGGTGTCACTCCCAAGGAT
GTCACTCCTGAGATGTTTAGTAAAGAGGCAGGGCATCGAGTTGAGGAGACTAAATTGAGA
GTTGTCTACGTTGATCCACCTCGTCCACCGTCCCCCGTGCGTGAAGAAGGGTCTGAAGAG
GGCTCTTTCGCCTAGAGCTTCAGTTTCTGACAATGGGGCTTCTGATTTTACTACTGCTCC
GAGATTTAGCGTGGACAGGGTTGAACCTCAGGAAAACTCATCTGAGGCGAGAGCTCTCAT
CACAAGGCTCACGGAGGAAAAGAACTCTGCGATTCAACTGAACAACAGACTTCAACAAGA
ATTGGAGAAGTTGAAGCGTGAAAGCAAGAGAAGTCAGAGTGGTGGTGGAATCCCGTTCAT
GTACGTTCTTCTGGTGGGACTAATCGGCTTAATCTTGGGATACATTATGAAGAGGACATG
ATCTCGTTTGAAAACACACGATCCACAAGTCTCAAAACTGGCTTCAGCAAGAACCCAAAT
GACATGAAAAAGGAAAAGAAAAAAAATCAATATTGTGTCAGGACATTGATTGATAAATCT
TCTCTCTTGTCTTGTCGGTTTGTCCATTCACCCTTGGTTAAATCTTAAACTTAGTGTGTT
AGAGTATTGTATCACGGTTTTCATATCCCTTTTTAAAAAACTTTTGTAATCCAAGAGATC
AT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3F524TF U 1
AF RR3F524JQ C 254
BS 1 567 RR3F524TF
BS 568 1022 RR3F524JQ

RD RR3F524TF 567 0 0
GCCAAAACTCTCTTCTCTCTACCGGAAAACGATTTAACTCACCGGAGATCTTATCAGAAT
GAGTAACGCGCTGCTCGACATCGATCCTATCGATCTTCAATTCCCTTTTGAATTGAAGAA
ACAGATCTCTTGCTCTCTCTATTTAGCTAACAAAACCGACGATTACGTCGCCTTCAAGGT
CAAAACGACGAATCCGAAGAAGTATTGTGTGAGGCCTAACACTGGCGTTGTGCTTCCAGA
TCCTCTTCTGAAGTTCTAGTGACGATGCAAGCGCAGAAGGAAGCTCCTGGTGATATGCAG
TGCAAGGACAAGTTCTTGCTTCAGTGTGTTGTCTCTACTCCCGGTGTCACTCCCAAGGAT
GTCACTCCTGAGATGTTTAGTAAAGAGGCAGGGCATCGAGTTGAGGAGACTAAATTGAGA
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GGCTCTTTCGCCTAGAGCTTCAGTTTCTGACAATGGGGCTTCTGATTTTACTACTGCTCC
GAGATTTAGCGTGGACAGGGTTGAACC

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3F524JQ 769 0 0
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TCTTGCTTCAGTGTGTTGTCTCTACTCCCGGTGTCACTCCCAAGGATGTCACTCCTGAGA
TGTTTAGTAAAGAGGCAGGGCATCGAGTTGAGGAGACTAAATTGAGAGTTGTCTACGTTG
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GACAGGGTTGAACCTCAGGAAAACTCATCTGAGGCGAGAGCTCTCATCACAAGGCTCACG
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AAGCGTGAAAGCAAGAGAAGTCAGAGTGGTGGTGGAATCCCGTTCATGTACGTTCTTCTG
GTGGGACTAATCGGCTTAATCTTGGGATACATTATGAAGAGGACATGATCTCGTTTGAAA
ACACACGATCCACAAGTCTCAAAACTGGCTTCAGCAAGAACCCAAATGACATGAAAAAGG
AAAAGAAAAAAAATCAATATTGTGTCAGGACATTGATTGATAAATCTTCTCTCTTGTCTT
GTCGGTTTGTCCATTCACCCTTGGTTAAATCTTAAACTTAGTGTGTTAGAGTATTGTATC
ACGGTTTTCATATCCCTTTTTAAAAAACTTTTGTAATCCAAGAGATCAT

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL9227Contig1 1035 2 2 U
GGAACCTTAACACTACTACTACTTCTCGAACCCTCTCGACAACTCCTTAGTTGTTATCTC
CGACAAGTAGAGCAAAAAACCCTAGAACCCACCCTTATGGCGATCATCTCCGAGGTCGAA
GAGGAAACCAGCAGCAGCAGCCGACCCTCGATCTTGCCCTTCAGGGCGACCTTGATTCCT
CGAACCCATTAGGTTTCTTGGAGAAAGTGTTCGACTTTCTTTCTCAACAGAGCGATTTCC
TCACGAAACCCTCCGCGGAGGCTGAGATCTCCGCCGCTGTTAGGGCGGCGAAGGAGAAGG
TGACGAAAGCTGAGAAGAAGCCTGTGGAGAAGGAGAGCGTGAATCCGACTACTATGGCTG
CTTCTTCAAGCTCAGAGCCAATTGAAGTTGAGGAGAAGAAACAGGAACCTGGTCCCATTG
TACTCGTGGGTCCAGACTCTCGGGGAGGTCACAGTTAACATTCCTGTGCCTAGTGGCACT
AAAGCACGGTCTGTTGTATGCGAGATCAAGAAGAACCGTCTTAAGCTTGGTCTCAAAGGC
CAGGATCCTATCATCGATGGAGAGCTGTACCGATCTGTGAAGCCTGATGACTGCTACTGG
AACATTGAGGATCAAAAGATGATATCGATTCTGTTGACAAAGCAAGATCAGATGAAGTGG
TGGAAATGCTGTGTGAAAGACGAACCTGAGATCGATACGCAGAAAGTTGAGCCAGAGAAC
AGTAAATTAGCTGACCTTGACCCTGAAACTCGCTCCACTGTTGAGAAGATGATGTTTGAT
CAAAGACAAAAGCAGATGGGACTTCCAACAAGCGACGAGCTACAGAAGCAAGACATCCTC
AAGAAATTCATGTCTCAGCATCCAGAGATGGACTTCTCAAACGCAAAGATTAACTGATGC
TCGTGTTGTCTGTCAGCTTTGCATCTTCACCCAGCTTGTTTTGTAGTTGCATCCTTAAAT
ACATGTTCTTGTTTTTTTTTTTGGTTTTGTCTACTTGAAGTCTTGAAGGAAATAGTTTCA
TAATCCGGTTTATGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AB96TF U 1
AF RR3AB96JQ C 273
BS 1 511 RR3AB96TF
BS 512 1035 RR3AB96JQ

RD RR3AB96TF 511 0 0
GGAACCTTAACACTACTACTACTTCTCGAACCCTCTCGACAACTCCTTAGTTGTTATCTC
CGACAAGTAGAGCAAAAAACCCTAGAACCCACCCTTATGGCGATCATCTCCGAGGTCGAA
GAGGAAACCAGCAGCAGCAGCCGACCCTCGATCTTGCCCTTCAGGGCGACCTTGATTCCT
CGAACCCATTAGGTTTCTTGGAGAAAGTGTTCGACTTTCTTTCTCAACAGAGCGATTTCC
TCACGAAACCCTCCGCGGAGGCTGAGATCTCCGCCGCTGTTAGGGCGGCGAAGGAGAAGG
TGACGAAAGCTGAGAAGAAGCCTGTGGAGAAGGAGAGCGTGAATCCGACTACTATGGCTG
CTTCTTCAAGCTCAGAGCCAATTGAAGTTGAGGAGAAGAAACAGGAACCTGGTCCCATTG
TACTCGTGGGTCCAGACTCTCGGGGAGGTCACAGTTAACATTCCTGTGCCTAGTGGCACT
AAAGCACGGTCTGTTGTATGCGAGATCAAGA

QA 1 511 1 511
DS 

RD RR3AB96JQ 763 0 0
GCCGCTGTTAGGGCGGCGAAGGAGAAGGTGACGAAAGCTGAGAAGAAGCCTGTGGAGAAG
GAGAGCGTGAATCCGACTACTATGGCTGCTTCTTCAAGCTCAGAGCCAATTGAAGTTGAG
GAGAAGAAACAGGAACCTGGTCCCATTGTACTCGTGGGTCCAGACTCTCGGGGAGGTCAC
AGTTAACATTCCTGTGCCTAGTGGCACTAAAGCACGGTCTGTTGTATGCGAGATCAAGAA
GAACCGTCTTAAGCTTGGTCTCAAAGGCCAGGATCCTATCATCGATGGAGAGCTGTACCG
ATCTGTGAAGCCTGATGACTGCTACTGGAACATTGAGGATCAAAAGATGATATCGATTCT
GTTGACAAAGCAAGATCAGATGAAGTGGTGGAAATGCTGTGTGAAAGACGAACCTGAGAT
CGATACGCAGAAAGTTGAGCCAGAGAACAGTAAATTAGCTGACCTTGACCCTGAAACTCG
CTCCACTGTTGAGAAGATGATGTTTGATCAAAGACAAAAGCAGATGGGACTTCCAACAAG
CGACGAGCTACAGAAGCAAGACATCCTCAAGAAATTCATGTCTCAGCATCCAGAGATGGA
CTTCTCAAACGCAAAGATTAACTGATGCTCGTGTTGTCTGTCAGCTTTGCATCTTCACCC
AGCTTGTTTTGTAGTTGCATCCTTAAATACATGTTCTTGTTTTTTTTTTTGGTTTTGTCT
ACTTGAAGTCTTGAAGGAAATAGTTTCATAATCCGGTTTATGG

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL9228Contig1 801 2 5 U
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ATGTTACATTGGCTCATAACGAGTTTTTTTTTTGACATGAAGAGAAGCTAGTACACACTT
TACTATTATCAAAAGACCACCAAGGTAGAGGGACCCCTCCTTATGTTATTGCAAATCCAC
AACACTATATCAATCCTAGTAAACGAAAGTAAAAAATAAATTCAAATCATAAGAGTAGTA
AAACATAATATGACACATTACAAGAGAACTAATGCCCATTCTGCACTGCCTTTGTCCCAT
TGAAGACAGGAAGGTCCTTATGGGTGTAAGCGACTCCATTGTCTCCATACACCACTTGTC
CTTTTCCTCTCATTATCCATCTTGTTGTCAATAATCCTTAAACTCCAACTGGACCACGGG
CATGGATCCTGCTTGTGCTTATTCCCACCTCAGCACCAAGTCCAAATCGAAAACCATCAC
AGAATCTTGTGCATGCGTTGTGGAAAACAGCAGCACTGTCCACTTGGCGGAGGAATATCT
CCGCGACTTCTTTATCTTCTGTAACTATGCAATCAGTGTGTGCACTCCCATGTTGGTGAA
TATGATCTATAGCGCCATGTACGTCTCCTACAATTTCAACGGTGCAAGCCTTGGAACTGT
ACTCGTGATGAAATGATTTTGTTTCCGGAATGTTCAGTTTACCACTTGCTTTTGGCCCAC
CATACAAAGTGACACCATTGGCCTGGAGGGCATATATAAGCTCGTTGAGCACACCATTCT
GCTCCAGATCCTTATGTACAA


BQ
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AF RR3B634JQ U 1
AF RR3EJ10JQ U 58
BS 1 348 RR3B634JQ
BS 349 349 RR3EJ10JQ
BS 350 399 RR3B634JQ
BS 400 401 RR3EJ10JQ
BS 402 801 RR3B634JQ

RD RR3B634JQ 801 0 0
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ATGTTACATTGGCTCATAACGAGTTTTTTTTTTGACATGAAGAGAAGCTAGTACACACTT
TACTATTATCAAAAGACCACCAAGGTAGAGGGACCCCTCCTTATGTTATTGCAAATCCAC
AACACTATATCAATCCTAGTAAACGAAAGTAAAAAATAAATTCAAATCATAAGAGTAGTA
AAACATAATATGACACATTACAAGAGAACTAATGCCCATTCTGCACTGCCTTTGTCCCAT
TGAAGACAGGAAGGTCCTTATGGGTGTAAGCGACTCCATTGTCTCCATCCACCACTTGTC
CTTTTCCTCTCATTATCCATCTTGTTGTCAATAATCCTTCGACTCCAACTGGACCACGGG
CATGGATCCTGCTTGTGCTTATTCCCACCTCAGCACCAAGTCCAAATCGAAAACCATCAC
AGAATCTTGTGCATGCGTTGTGGAAAACAGCAGCACTGTCCACTTGGCGGAGGAATATCT
CCGCGACTTCTTTATCTTCTGTAACTATGCAATCAGTGTGTGCACTCCCATGTTGGTGAA
TATGATCTATAGCGCCATGTACGTCTCCTACAATTTCAACGGTGCAAGCCTTGGAACTGT
ACTCGTGATGAAATGATTTTGTTTCCGGAATGTTCAGTTTACCACTTGCTTTTGGCCCAC
CATACAAAGTGACACCATTGGCCTGGAGGGCATATATAAGCTCGTTGAGCACACCATTCT
GCTCCAGATCCTTATGTACAA

QA 1 801 1 801
DS 

RD RR3EJ10JQ 739 0 0
GAAATGTTACATTGGCTCATAACGAGTTTTTTTTT*GACATGAAGAGAAGCTAGTACACA
CTTTACTATTATCAAAAGACCACCAAGGTAGAGGGACCCCTCCTTATGTTATTGCAAATC
CACAACACTATATCAATCCTAGTAAACGAAAGTAAAAAATAAATTCAAATCATAAGAGTA
GTAAAACATAATATGACACATTACAAGAGAACTAATGCCCATTCTGCACTGCCTTTGTCC
CTTTGAAGACAGGAAGGTCCTTATGGGTGTAAGCGACTCCATTGTCTCCATACACCACTT
GTC*TTTTCCTCTCATTATCCATCTTGTTGTCAATAATCCTTAAACTCCAACTGGACCAC
GGGCATGGATCCTGCTTGTGCTTATTCCCACCTCAGCACCAAGTCCAAATCGAAAACCAT
CACAGAATCTTGTGCTTGCGTTGTGGAAAACAGCAGCACTGTCCACTTGGCGGAGGAATA
TCTCTGCGACTTCTTTATCTTCTGTAACTATGCAATCAGTGTGTGCACTCCCATGTTGGT
GAATATGATCTATAGCGCCATGTACGTCTTCTACAATTTCAACGGTGCAAGCCTTGGAAC
TGTACTCGTGATGAAATGATTTTGTTTCCGGAATGTTCAGTTTACCACTTGCTTTTGGCC
CACCATACAAAGTGACACCATTGGCCTGGAGGGCATATATAGGCTCGTTGAGCACACCAT
TCTGCTCCAGATCCTTATG

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL9229Contig1 675 2 2 U
GGTACGAGTGAGCTCCCATGTCACCCTAGACAGAGAAAACCCACCAAACCCTACTTGATT
TCTCCACAGATAAGCATTCTTACCATTTACATTGCAGGTAACATCAGTAGAGGACAATAT
AACTTGAAGTGTTTCAGCATATTCCGACCGAGCAGGAGGTAGGTTCTAGTGACCATCGTG
TACTGCTTGTGAAACAGTGGCGGTGAGAGGTATCCGAAGATCCCGAGGACCAGCTTGGCC
AAAGAGAGTATAGAGAGGACCCATCTCAATCCAATAATCGTACCAAAACAAGGTTGTTTT
TCCATCTCCGATGCTGCAGCAGAGATCAAGCTGGAGGTCATGCCGCAGTTGAAGCATACT
CCTGAAAGTCTTAGAGAACCTTGGCGAGTCGTTTGCCAGCCAAAAACTTCCTATCTATTT
TACTTTTCTATCACATGCATTCATCTGAACTTCTTTTCGGAATATACTAATTATTAAGGT
ATTAGCCTAACTATTTTTATGGTCAAAAGTTAACCGAACCATAATACTATGGCATACAAA
ACAACATTTCAAGTGGACTATATTGCTAAGGGAAATCGCGTTGTATATGACTTAAAAGTC
TCAATTGTCTTAAACATATTTCTTATTATGTGTTTTGTGTTTAGAAGTTACCACATTTAA
AATGTGATAATTTGT


BQ
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AF RR3EQ62TF U 1
AF RR3EQ62JQ C 7
BS 1 282 RR3EQ62TF
BS 283 675 RR3EQ62JQ

RD RR3EQ62TF 282 0 0
GGTACGAGTGAGCTCCCATGTCACCCTAGACAGAGAAAACCCACCAAACCCTACTTGATT
TCTCCACAGATAAGCATTCTTACCATTTACATTGCAGGTAACATCAGTAGAGGACAATAT
AACTTGAAGTGTTTCAGCATATTCCGACCGAGCAGGAGGTAGGTTCTAGTGACCATCGTG
TACTGCTTGTGAAACAGTGGCGGTGAGAGGTATCCGAAGATCCCGAGGACCAGCTTGGCC
AAAGAGAGTATAGAGAGGACCCATCTCAATCCAATAATCGTA

QA 1 282 1 282
DS 

RD RR3EQ62JQ 669 0 0
AGTGAGCTCCCATGTCACCCTAGACAGAGAAAACCCACCAAACCCTACTTGATTTCTCCA
CAGATAAGCATTCTTACCATTTACATTGCAGGTAACATCAGTAGAGGACAATATAACTTG
AAGTGTTTCAGCATATTCCGACCGAGCAGGAGGTAGGTTCTAGTGACCATCGTGTACTGC
TTGTGAAACAGTGGCGGTGAGAGGTATCCGAAGATCCCGAGGACCAGCTTGGCCAAAGAG
AGTATAGAGAGGACCCATCTCAATCCAATAATCGTACCAAAACAAGGTTGTTTTTCCATC
TCCGATGCTGCAGCAGAGATCAAGCTGGAGGTCATGCCGCAGTTGAAGCATACTCCTGAA
AGTCTTAGAGAACCTTGGCGAGTCGTTTGCCAGCCAAAAACTTCCTATCTATTTTACTTT
TCTATCACATGCATTCATCTGAACTTCTTTTCGGAATATACTAATTATTAAGGTATTAGC
CTAACTATTTTTATGGTCAAAAGTTAACCGAACCATAATACTATGGCATACAAAACAACA
TTTCAAGTGGACTATATTGCTAAGGGAAATCGCGTTGTATATGACTTAAAAGTCTCAATT
GTCTTAAACATATTTCTTATTATGTGTTTTGTGTTTAGAAGTTACCACATTTAAAATGTG
ATAATTTGT

QA 1 669 1 669
DS 



AS 1 2

CO CL9230Contig1 841 2 3 U
GGGAGACGACGTAGAGCAAACTGTGGTCAAGGGAGATTCGAATAAACGACCCGTTTAGAG
CTCCGATTCGAGCTAACAAGCGAGAAGAACTGAGATTCGATTCGACTCTAGGCGATGAAC
GGTAGACAGAGATCTGTCGCAGGAGCAGCGGCCGTGCACCACCAGAGGCAGCTCTCCGAT
AACCTTCTCGACATGTCTTCCTCCAATGGCAGCAGATGGCTCCAACAATCCTCCTCTGGT
CTCCCCCACTTTCAGCCCTCCCCCAATGATTATGGATACTATGCTGGTGGTGGTGGTGGA
CAAGCAGCAGCAACAAGAGGATACCATCAGAGAGGAAACGACTTCTTTGGAGAACCCACT
ACTCCTCAGTACGCTTCTCGTCCTTCCACCCAAAGAAAGAACAACACTGATGAATCCGAG
TTTAGTCCTGGGCTCTTAGATCTACATTCTTTTGATACTGAACTTCTCCCCGAGATTCCG
GTCTCTAGCCAGTTAGATGGCTCCTCAATGTTCAATCCGAGTCGAAGCCAAAGCTTTGAG
GACTTTGAGGCTTACAACAAACAGCCTAACCGTAGTAGTCGCCTGTTGGCTGATAACTTG
GCTGCTGAGAAAGAAAGGATGAATGCTGTTGCGAAGATCAGAGTTGTTGTGCGTAAGAGA
CCACTTAACAAAAAGGAGTCGTCAAAAACGAGGAAGACATTGTTGACACACATTCCATTG
CTTAACTGTTCATGAAACCAAACTTAAAGTTGACTTAACAGCCTATGTTGAAAGCATGAA
TTTGTGTTTGATGCCGTGCTAGATGAGAAGTATCAAATGATGAGTTTATCGTGAGACAGT
G


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10 

AF RR3F576TF U 3
AF RR3B908TF U 1
BS 1 254 RR3B908TF
BS 255 255 RR3F576TF
BS 256 841 RR3B908TF

RD RR3F576TF 611 0 0
GG
GACGACGTAGAGCAAACTGTGGTCAAGGGAGATTCGAATAAACGATCCGTTTAGAGCTCC
GATTCGAGCTAACAAGCGAGAAGAACTGAGATTCGATTCGACTCTAGGCGATGAACGGTA
GACAGAGATCTGTCGCAGGAGCAGCGGCCGTGCACCACCAGAGGCAGCTCTCCGATAACC
TTCTCGACATGTCTTCCTCCAATGGCAGCAGATGGCTCCAACAATCCTCCTCTGGTCTCC
CCCACTTTCAGCCCTCCCCCAATGATTATGGATACTATGCTGGTGGTGGTGGTGGACAAG
CAGCAGCAACAAGAGGATACCATCAGAGAGGAAACGACTTCTTTGGAGAACCCACTACTC
CTCAGTACGCTTCTCGTCCTTCCACCCAAAGAAAGAACAACACTGATGAATCCGAGTTTA
GTCCTGGGCTCTTAGATCTACATTCTTTTGATACTGAACTTCTCCCCGAGATTCCGGTCT
CTAGCCAGTTAGATGGCTCCTCAATGTTCAATCCGAGTCGAAGCCAAAGCTTTGAGGACT
TTGAGGCTTACAACAAACAGCCTAACCGTAGTAGTCGCCTGTTGGCTGATAACTTGGCTG
CTGAGAA
GA

QA 3 609 3 609
DS 

RD RR3B908TF 841 0 0
GGGAGACGACGTAGAGCAAACTGTGGTCAAGGGAGATTCGAATAAACGACCCGTTTAGAG
CTCCGATTCGAGCTAACAAGCGAGAAGAACTGAGATTCGATTCGACTCTAGGCGATGAAC
GGTAGACAGAGATCTGTCGCAGGAGCAGCGGCCGTGCACCACCAGAGGCAGCTCTCCGAT
AACCTTCTCGACATGTCTTCCTCCAATGGCAGCAGATGGCTCCAACAATCCTCCTCTGGT
CTCCCCCACTTTCATCCCTCCCCCAATGATTATGGATACTATGCTGGTGGTGGTGGTGGA
CAAGCAGCAGCAACAAGAGGATACCATCAGAGAGGAAACGACTTCTTTGGAGAACCCACT
ACTCCTCAGTACGCTTCTCGTCCTTCCACCCAAAGAAAGAACAACACTGATGAATCCGAG
TTTAGTCCTGGGCTCTTAGATCTACATTCTTTTGATACTGAACTTCTCCCCGAGATTCCG
GTCTCTAGCCAGTTAGATGGCTCCTCAATGTTCAATCCGAGTCGAAGCCAAAGCTTTGAG
GACTTTGAGGCTTACAACAAACAGCCTAACCGTAGTAGTCGCCTGTTGGCTGATAACTTG
GCTGCTGAGAAAGAAAGGATGAATGCTGTTGCGAAGATCAGAGTTGTTGTGCGTAAGAGA
CCACTTAACAAAAAGGAGTCGTCAAAAACGAGGAAGACATTGTTGACACACATTCCATTG
CTTAACTGTTCATGAAACCAAACTTAAAGTTGACTTAACAGCCTATGTTGAAAGCATGAA
TTTGTGTTTGATGCCGTGCTAGATGAGAAGTATCAAATGATGAGTTTATCGTGAGACAGT
G

QA 1 841 1 841
DS 



AS 1 2

CO CL9231Contig1 515 2 3 U
GCCAAAACATAATTTTCTTTCTCCCTTTGCCAGATTTTACCAAATCCAAACACCATTTTG
GCTTTCTTCCTAGTGCATATGAGGCTTTTAACTCCGCAAACAACCGAAACCAAAAAAAAA
GAAAGGAAGAGAAGGTAAACAAATGTCAAGATTCAAGCTTGAGAGATACAACTCGAGACT
GTCGGTTGCGCTTAGCCGCCTTAACAAAGATTACTGAGAGACATGACAGTGCCCACCAAG
GCCGTCGAACTCTCTGCTCACCTTTCAAGCAAGCCACTTTAATCCTTCTGAGTTCTTGAC
AGAGGGTGATGAAGTCACCCCATTTCATGTGATGCCTCCTTATGAAGTGAAGGAACTGTT
CGGTTGTGAACACGGACATTCTTTCTAGACATTCTCCGTTGATACCATTTTCTTTGAAAA
TCTGACGGTAGTTGCCAAGGTTTATCTCCTCAATCCAAGTTCCAACATCCTCAACAGTCC
AGATGAAGAAATCAAGTGGCTCCGGGGGATGATGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A512JQ U 184
AF RR3A512TF C 1
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CGGTTGTGAACACGGACATTCTTTCTAGACATTCTCCGTTGATACCATTTTCTTTGAAAA
TCTGACGGTAGTTGCCAAGGTTTATCTCCTCAATCCAAGTTCCAACATCCTCAACAGTCC
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QA 1 515 1 515
DS 



AS 1 2

CO CL9232Contig1 769 2 2 U
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ACCCTCAAGATCTTGTTCATGAACTTATCATAATAACTTTTTTTCATTT


BQ
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AF RR3BB61TF U 1
AF RR3BB61JQ C 1
BS 1 698 RR3BB61TF
BS 699 769 RR3BB61JQ

RD RR3BB61TF 698 0 0
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QA 1 698 1 698
DS 

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QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL9233Contig1 908 2 2 U
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TTTAGACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AC60TF U 1
AF RR3AC60JQ C 121
BS 1 819 RR3AC60TF
BS 820 908 RR3AC60JQ

RD RR3AC60TF 819 0 0
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GGAACTGGACAGTCTTGCTGCATCTTCATGGTTTTTCTACTCACTATCATTCTACTTCAT
TGGTTTTTCAAGAAGATGAGTACTTACTATCAAAACCCATCTATTTAATTTGTTAGTTTA
TAAAGCATATATGTTGGTCACTTTTGTTTTTTCTTTTTG

QA 1 819 1 819
DS 

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TCCTCTGTTTGTTTTTGGTGTGTATATGAATGAAATGGACACGAAAAGCTGTTCAAAATC
GATCACTATTTGTGAAAGTTCGAGTAGAGTTGATTCAGATTGGTTGCAAATGCAAAAACG
AGCTTGGCCTCGCGCATTTTCATTGCGCTGAAGCTTGGTTCAAGCTAAGAGGAAACAGGT
AACGTATTCAACTCCTCTACAAGATCGTGAGTGCAAATCTTTACTGATAAACCTCTGTTT
TTTCGTCTTTGTAGTGTATGTGAAATCTGTGGTTCTTCAGCATTGAATGTTCCAGTAAGG
TTGACGGAGGAGGAGTGGAGCGAAATAAGGGATACTACAATGGATGAAGGAAGAAGACGT
GGAACTGGACAGTCTTGCTGCATCTTCATGGTTTTTCTACTCACTATCATTCTACTTCAT
TGGTTTTTCAAGAAGATGAGTACTTACTATCAAAACCCATCTATTTAATTTGTTAGTTTA
TAAAGCATATATGTTGGTCACTTTTGTTTTTTCTTTTTGAGAAGTATATGTTGGTAACTT
GTAAATTCTATTCTGACTCTAGACTATATGGAAACAAAAGAAGATATAGTATACAAGTTC
TTTAGACC

QA 1 788 1 788
DS 



AS 1 2

CO CL9234Contig1 1141 2 2 U
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ACTAGCTGCGAGGATGGCTGCTTCAGGGAAGTTCCTTTACAGGGCATTGAAATGCAAAGA
GCCTCCTACTGATGAGAGGCTTGCTGCAATGCAAGTCCTCTTCGAGGTATGCCCTTGTTT
CAAGTTCGGCTTCTTAGCTGCTAACGACGCAATCATCGAATCCATCAGAGGTGAAGAAGA
AGTTCACATCATAGACTTCGATATCAACCAAGGAAACCAGTACATGACACTGATCAGAAC
TGTCTCCGAGCTTCCTGCTAAAGGCCGTCCTCGTTTGAGGTTAACAGGTGTTGATGACCC
TGAATCAGTCCAACGCTCCGTCGGTGGGTTAAGAATCATAGGCCTAAGACTCGAGCAGCT
TGCTAAAGACCATGGAGTGTCTTTCGAGTTCAAAGCAGTTGCCTCCAAGACTAACATCGT
CTCTCCATCCACACTCGGTTGCGAACAAGGAGAGACTCTAATCGTCAACTTCGCCTTCCA
GCTTCACCACATGCCTGACGAGAGCGTCACTACAGTGAACCAGAGAGACGAGCTGCTCCA
CATGGTCAAAAGCCTAAACCCGATGCTAGTCACGGTGGTCGAACAAGACGTGAACACAAA
CACTTCCCCTTTCTTCACGAGGTTCATGGAGGCTTACGAGTACTACTCCGCGGTTTTCGA
CTCTCTGGACATGACGCTTCCTAGAGAGAGCCAGGAGAGGATGAACGTGGAGAGGCAGTG
TCTCGCTAGAGATATTGTCAACATTGTTGCTTGCGAAGGAGAGGAAAGGATCGAGAGGTA
CGAGGTTGCTGGTAAGTGGAGAGCGAGGATGATGATGGCAGGGTTTAGTCCGAGACCAAT
GAGTGGTAGAGTGAGGAGCAATATACAGAATCTCATAAAGAAAGATTATTGCAGTAAGTA
TACGCTTAAAGAGGAGATGGGTGAGCTCCACTTTTGCTGGGAGGACAAGAGTTTGATCGT
TGCTTCAGCTTGGAGGTAAAAAAAGACTCGGTTGTGTTCTTCTATATATATAATAAAAAA
AGAGACTTATTTTAATGTTTTATTTCGAATGTTTGTGTTATATATTGCAACTGGTTAGGT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 

AF RR3G243TF U 1
AF RR3G243JQ C 395
BS 1 764 RR3G243TF
BS 765 1141 RR3G243JQ

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GCCTCCTACTGATGAGAGGCTTGCTGCAATGCAAGTCCTCTTCGAGGTATGCCCTTGTTT
CAAGTTCGGCTTCTTAGCTGCTAACGACGCAATCATCGAATCCATCAGAGGTGAAGAAGA
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TGAATCAGTCCAACGCTCCGTCGGTGGGTTAAGAATCATAGGCCTAAGACTCGAGCAGCT
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CACTTCCCCTTTCTTCACGAGGTTCATGGAGGCTTACGAGTACTACTCCGCGGTTTTCGA
CTCTCTGGACATGACGCTTCCTAGAGAGAGCCAGGAGAGGATGA

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3G243JQ 747 0 0
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GCAGTTGCCTCCAAGACTAACATCGTCTCTCCATCCACACTCGGTTGCGAACAAGGAGAG
ACTCTAATCGTCAACTTCGCCTTCCAGCTTCACCACATGCCTGACGAGAGCGTCACTACA
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GTGGTCGAACAAGACGTGAACACAAACACTTCCCCTTTCTTCACGAGGTTCATGGAGGCT
TACGAGTACTACTCCGCGGTTTTCGACTCTCTGGACATGACGCTTCCTAGAGAGAGCCAG
GAGAGGATGAACGTGGAGAGGCAGTGTCTCGCTAGAGATATTGTCAACATTGTTGCTTGC
GAAGGAGAGGAAAGGATCGAGAGGTACGAGGTTGCTGGTAAGTGGAGAGCGAGGATGATG
ATGGCAGGGTTTAGTCCGAGACCAATGAGTGGTAGAGTGAGGAGCAATATACAGAATCTC
ATAAAGAAAGATTATTGCAGTAAGTATACGCTTAAAGAGGAGATGGGTGAGCTCCACTTT
TGCTGGGAGGACAAGAGTTTGATCGTTGCTTCAGCTTGGAGGTAAAAAAAGACTCGGTTG
TGTTCTTCTATATATATAATAAAAAAAGAGACTTATTTTAATGTTTTATTTCGAATGTTT
GTGTTATATATTGCAACTGGTTAGGTC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL9235Contig1 918 2 2 U
GGGGATATTCAGGATCAGCACGGCTCTCAATTCCTTCTTCCGCCTCGTTAATTCCATCGG
AACTCCTAAGGACACTCTCGACTTGCGTGACAATCTGAAAATGACAAGGTTGCAGATATC
AGAATTGGTTAAAAACACTTCAACTAAACTTAAAGAAGCTAGCGAAGCCGATCTCCATGG
AGCAGCAACTACTCCAATTAAGAAGATTGCGGATGCTAAACTGGCGAAAGATTTTCAAGC
GGTTCTCAAAGAGTTTCAGAAAGCTCAGAGACTTGCTGCTGAAAGAGAAACTACATATAC
TCCTGTCGTCACTATAGATATCCCTACCAGTTATAATGCACAGGAACTGGACAGTGAATC
TTTAAGGACCTCCCAGCAGCAAACTCTTCTTCTACAATCAAGGAGGCAAGAAGTAGTGTT
TCTAGATAACGAGATAACATTCAACGAGGCAATCATCGAGGAAAGAGAACAAGGAATTAG
AGAGATTCAAGACCAGATTGGTGAAGTGAATGAAATCTTCAAAGATCTAGCTGTTTTAGT
GAACGATCAAGGGGTTATGATCGATGACATCAGCTCTAACATTGATAACTCACAAGCTGC
AACTGCACAAGCCACTGCTCAACTCAGAAAAGCATCTAAAATTCAGAGAGCAAACTCATC
TTTGACATGTCTTCTTATTCTCATTTTTGGGATTGTTCTGCTCATTGTCATCATCGTTGT
CTTGGTCTGAGCATCGAACTCCAAGAATCAAGCGAAAGACGAGTGGATGAAAACTATACA
AATTACCCCATTAAAGATATAAACTATTGTACAGATTCTTTATACTCCATTTGTCTTTCC
TATGTAATCGAATTGAATCTTGATTTCTAATCGTGTGAATGCTGTATGTGTTAATCCATC
TTAAAGACTGTTATAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE23TF U 1
AF RR3EE23JQ C 123
BS 1 718 RR3EE23TF
BS 719 918 RR3EE23JQ

RD RR3EE23TF 718 0 0
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AGCAGCAACTACTCCAATTAAGAAGATTGCGGATGCTAAACTGGCGAAAGATTTTCAAGC
GGTTCTCAAAGAGTTTCAGAAAGCTCAGAGACTTGCTGCTGAAAGAGAAACTACATATAC
TCCTGTCGTCACTATAGATATCCCTACCAGTTATAATGCACAGGAACTGGACAGTGAATC
TTTAAGGACCTCCCAGCAGCAAACTCTTCTTCTACAATCAAGGAGGCAAGAAGTAGTGTT
TCTAGATAACGAGATAACATTCAACGAGGCAATCATCGAGGAAAGAGAACAAGGAATTAG
AGAGATTCAAGACCAGATTGGTGAAGTGAATGAAATCTTCAAAGATCTAGCTGTTTTAGT
GAACGATCAAGGGGTTATGATCGATGACATCAGCTCTAACATTGATAACTCACAAGCTGC
AACTGCACAAGCCACTGCTCAACTCAGAAAAGCATCTAAAATTCAGAGAGCAAACTCATC
TTTGACATGTCTTCTTATTCTCATTTTTGGGATTGTTCTGCTCATTGTCATCATCGTT

QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3EE23JQ 796 0 0
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CAGCAACTACTCCAATTAAGAAGATTGCGGATGCTAAACTGGCGAAAGATTTTCAAGCGG
TTCTCAAAGAGTTTCAGAAAGCTCAGAGACTTGCTGCTGAAAGAGAAACTACATATACTC
CTGTCGTCACTATAGATATCCCTACCAGTTATAATGCACAGGAACTGGACAGTGAATCTT
TAAGGACCTCCCAGCAGCAAACTCTTCTTCTACAATCAAGGAGGCAAGAAGTAGTGTTTC
TAGATAACGAGATAACATTCAACGAGGCAATCATCGAGGAAAGAGAACAAGGAATTAGAG
AGATTCAAGACCAGATTGGTGAAGTGAATGAAATCTTCAAAGATCTAGCTGTTTTAGTGA
ACGATCAAGGGGTTATGATCGATGACATCAGCTCTAACATTGATAACTCACAAGCTGCAA
CTGCACAAGCCACTGCTCAACTCAGAAAAGCATCTAAAATTCAGAGAGCAAACTCATCTT
TGACATGTCTTCTTATTCTCATTTTTGGGATTGTTCTGCTCATTGTCATCATCGTTGTCT
TGGTCTGAGCATCGAACTCCAAGAATCAAGCGAAAGACGAGTGGATGAAAACTATACAAA
TTACCCCATTAAAGATATAAACTATTGTACAGATTCTTTATACTCCATTTGTCTTTCCTA
TGTAATCGAATTGAATCTTGATTTCTAATCGTGTGAATGCTGTATGTGTTAATCCATCTT
AAAGACTGTTATAGCG

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

CO CL9236Contig1 837 2 6 U
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CAAGCGGAGTATCCTGACTACTACTTCCGCATCACCAACAGTGAACACATGACTGACCTC
AAGGAGAAGTTCAAGCGCATGTGTGACAAGTCGACGATAAGGAAACGGCACATGCACCTG
ACCGAAGAGTTTCTGAAGGAGAATCCAGACATGTGCGCCTACATGGCTCCATCTCTCGAC
GCTAGACAGGACATCGTGGTGGTCGAAGTCCCTAAGCTAGGGAAAGAGGCTGCAGTAAAG
GCCATCAAGGAATGGGGCCAGCCCAAGTCCAAGATCACACACGTTGTCTTCTGTACAACC
TCAGGAGTCGACATGCCTGGTGCTGACTACCAGCTCACAAAACTCCTCGGTCTTCGTCCT
TCCGTCAAGCGTCTCATGATGTACCAACAAGGTTGCTTCGCCGGAGGCACTGTCCTCCGT
CTCGCCAAGGACCTCGCTGAGAACAACCGCGGCGCGCGTGTCCTCGTCGTCTGCTCCGAG
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GCTCTCTTCAGTGACGGCGCAGCCGCGCTCATTGTCGGTTCGGACCCGGATACCTCTGTC
GGAGAGAAGCCGATCTTTGAGATGGTGTCGGCTGCGCAGACCATACTCCCAGACTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FL76TF U 1
AF RR3A988TF U 98
BS 1 470 RR3FL76TF
BS 471 471 RR3A988TF
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BS 688 713 RR3FL76TF
BS 714 837 RR3A988TF

RD RR3FL76TF 713 0 0
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AAGGAGAAGTTCAAGCGCATGTGTGACAAGTCGACGATAAGGAAACGGCACATGCACCTG
ACCGAAGAGTTTCTGAAGGAGAATCCAGACATGTGCGCCTACATGGCTCCATCTCTCGAC
GCTAGACAGGACATCGTGGTGGTCGAAGTCCCTAAGCTAGGGAAAGAGGCTGCAGTAAAG
GCCATCAAGGAATGGGGCCAGCCCAAGTCCAAGATCACACACGTTGTCTTTTGTACAACC
TCAGGAGTCGACATGCCTGGTGCTGACTACCAGCTCACAAAACTCCTCGGTCTTCGTCCT
TCCGTCAAGCGTCTCATGATGTACCAACAAGGTTGCTTCGCCGGAGGCACTGTCCTCCGT
CTCGCCAAGGACCTCGCTGAGAACAACCGCGGCGCGCGTGTCCTCGTCGTCTGCTCCGAG
ATCACAGCCGTCACCCTCCGTGGCCC*TCTGACACCCACCTCGACTCCCTCGT

QA 1 713 1 713
DS 

RD RR3A988TF 740 0 0
GG
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AACCCTGCCAACCATGTGATCCAAGCGGAGTATCCTGACTACTACTTCCGCATCACCAAC
AGTGAACACATGACTGACCTCAAGGAGAAGTTCAAGCGCATGTGTGACAAGTCGACGATA
AGGAAACGGCACATGCACCTGACCGAAGAGTTTCTGAAGGAGAATCCAGACATGTGCGCC
TACATGGCTCCATCTCTCGGCGCTAGACAGGACATCGTGGTGGTCGAAGTCCCTAAGCTA
GGGAAAGAGGCTGCAGTAAAGGCCATCAAGGAATGGGGCCAGCCCAAGTCCAAGATCACA
CACGTTGTCTTCTGTACAACCTCAGGAGTCGACATGCCTGGTGCTGACTACCAGCTCACA
AAACTCCTCGGTCTTCGTCCTTCCGTCAAGCGTCTCATGATGTACCAACAAGGTTGCTTC
GCCGGAGGCACTGTCCTCCGTCTCGCCAAGGACCTCGCTGAGAACAACCGCGGCGCGCGT
GTCCTCGTCGTCTGCTCCGAGATCACAGCCGTCACCTTCCGTGGCCCCTCTGACACCCAC
CTCGACTCCCTCGTCGGACAGGCTCTCTTCAGTGACGGCGCAGCCGCGCTCATTGTCGGT
TCGGACCCGGATACCTCTGTCGGAGAGAAGCCGATCTTTGAGATGGTGTCGGCTGCGCAG
ACCATACTCCCAGACTCG

QA 3 740 3 740
DS 



AS 1 2

CO CL9237Contig1 601 2 1 U
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TCCGTAATTGTGGACGACGTGGTGTGGAAAGTAGTAACAGCGTTCGAGTCGGTGGCTTTG
GTCTCCATGCTCGGTTTCTTCTTCCTATTCTATGGCTGCACCGTCTAATTTTGGATTTCA
CTTAAGATTTTGTTTGTTTTTTTGTTTACTGCTGGAGAGTTTTGGATTTCTTCTTTTTTT
TCCGTCTCTTATTAATTTTTGGTTATTAATTTTTGCTTTTCCTTGTTATTCTATTTTCCA
TTGGGTTGTTTCCACCGAATGCTAGTGGGTGATGCAACGGCGGAGTTATTGATGATGTGT
TTTCAAGGATGCGCGTGATTCTCACTCGCTAGTCGCTTTAGTTTGTTTTAGTTTTGGTTA
CTGTTTCGTAATGATCATAACATGTTATGTTTGGTAGTTTATGTTCGAATCCTCCAAACC
C


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 

AF RR3AC94JQ C 1
AF RR3AC94TF U 1
BS 1 601 RR3AC94TF

RD RR3AC94JQ 601 0 0
GGATTCGCCACACTAGCATTAGAGAGACAAGACTCACTTCGCTTCCAGAATCAAGCTAGA
GATTCACCGATGCCTTCAGCGACCAGTTGGTGGCCTGTCCGTTCGGCTTCATCTGGATCT
GAGCCTGGGTACGGAATGTGGCGCTGGCTGAGCTGGAGTCGACCGGAGATGAGTTTCTTG
TCCGTAATTGTGGACGACGTGGTGTGGAAAGTAGTAACAGCGTTCGAGTCGGTGGCTTTG
GTCTCCATGCTCGGTTTCTTCTTCCTATTCTATGGCTGCACCGTCTAATTTTGGATTTCA
CTTAAGATTTTGTTTGTTTTTTTGTTTACTGCTGGAGAGTTTTGGATTTCTTCTTTTTTT
TCCGTCTCTTATTAATTTTTGGTTATTAATTTTTGCTTTTCCTTGTTATTCTATTTTCCA
TTGGGTTGTTTCCACCGAATGCTAGTGGGTGATGCAACGGCGGAGTTATTGATGATGTGT
TTTCAAGGATGCGCGTGATTCTCACTCGCTAGTCGCTTTAGTTTGTTTTAGTTTTGGTTA
CTGTTTCGTAATGATCATAACATGTTATGTTTGGTAGTTTATGTTCGAATCCTCCAAACC
C

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3AC94TF 601 0 0
GGATTCGCCACACTAGCATTAGAGAGACAAGACTCACTTCGCTTCCAGAATCAAGCTAGA
GATTCACCGATGCCTTCAGCGACCAGTTGGTGGCCTGTCCGCTCGGCTTCATCTGGATCT
GAGCCTGGGTACGGAATGTGGCGCTGGCTGAGCTGGAGTCGACCGGAGATGAGTTTCTTG
TCCGTAATTGTGGACGACGTGGTGTGGAAAGTAGTAACAGCGTTCGAGTCGGTGGCTTTG
GTCTCCATGCTCGGTTTCTTCTTCCTATTCTATGGCTGCACCGTCTAATTTTGGATTTCA
CTTAAGATTTTGTTTGTTTTTTTGTTTACTGCTGGAGAGTTTTGGATTTCTTCTTTTTTT
TCCGTCTCTTATTAATTTTTGGTTATTAATTTTTGCTTTTCCTTGTTATTCTATTTTCCA
TTGGGTTGTTTCCACCGAATGCTAGTGGGTGATGCAACGGCGGAGTTATTGATGATGTGT
TTTCAAGGATGCGCGTGATTCTCACTCGCTAGTCGCTTTAGTTTGTTTTAGTTTTGGTTA
CTGTTTCGTAATGATCATAACATGTTATGTTTGGTAGTTTATGTTCGAATCCTCCAAACC
C

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL9238Contig1 844 2 2 U
GGGGGAAGAAAGAGATAAAAAAGAGAGAGAGAGCAACAATGGTGTTGAACTTCAAAGCCA
CTTCTATGACATTCGCGTCCACCATCAAAGCGTTCGTTAGACCTTCTCTCTCCCTTAGAA
CCACTGGACTCACTCTCTCTCCTTCGAATCCTAACGTCCTTCCTGCATCATTTCCTCTGC
TCCGTCTTCGCAGCCGAGGTTTCCAAGGTGGTCGTGTCAAAGCGATGGCTTCTTCTGCTC
CCGGATCGGTCAACAAGCCAGAGGAAGAGTGGCGTGCGATCCTGTCTCCTGAGCAATTCA
GGATTCTGAGGCAGAAAGGCACCGAATATCCAGGAACAGGAGAATACAACAAACTATTCG
AAGACGGCATCTATTCCTGTGCAGGATGTGGAACTCCTCTTTACAAATCCGCCACCAAGT
TCGATTCCGGTTGTGGCTGGCCAGCCTTCTTCGACGGCATTCCCGGTGCTATAAACCGGA
CTCCTGATCCAGATGGGAGAAGAATAGAGATCACTTGTGCGGCTTGTGGAGGACATCTCG
GTCATGTTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCTACACCTACCGATGAGCGACACTGTGTGAACA
GTGTCTCTCTCAAGTTCTCACCAGGGAATTCATCCTTGTAACAATGTATGTACTTGTCTT
GTGTAACGCTTCTGTCTATTTCTCCTGCACGGTGTTTTGTCTTGTGACTCTTCGTATTGT
CATAAACATGTAAAAGATCTCACCCAAGCTTGTGAATAAAGTAACATCACTTGTTTGTAG
ATCAGAGTTGTGGCATGTGTATTTTACTCGATATAATGGAATTTTACTGTAATACCAATT
TTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3AK66TF U 1
AF RR3AK66JQ C 118
BS 1 816 RR3AK66TF
BS 817 844 RR3AK66JQ

RD RR3AK66TF 816 0 0
GGGGGAAGAAAGAGATAAAAAAGAGAGAGAGAGCAACAATGGTGTTGAACTTCAAAGCCA
CTTCTATGACATTCGCGTCCACCATCAAAGCGTTCGTTAGACCTTCTCTCTCCCTTAGAA
CCACTGGACTCACTCTCTCTCCTTCGAATCCTAACGTCCTTCCTGCATCATTTCCTCTGC
TCCGTCTTCGCAGCCGAGGTTTCCAAGGTGGTCGTGTCAAAGCGATGGCTTCTTCTGCTC
CCGGATCGGTCAACAAGCCAGAGGAAGAGTGGCGTGCGATCCTGTCTCCTGAGCAATTCA
GGATTCTGAGGCAGAAAGGCACCGAATATCCAGGAACAGGAGAATACAACAAACTATTCG
AAGACGGCATCTATTCCTGTGCAGGATGTGGAACTCCTCTTTACAAATCCGCCACCAAGT
TCGATTCCGGTTGTGGCTGGCCAGCCTTCTTCGACGGCATTCCCGGTGCTATAAACCGGA
CTCCTGATCCAGATGGGAGAAGAATAGAGATCACTTGTGCGGCTTGTGGAGGACATCTCG
GTCATGTTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCTACACCTACCGATGAGCGACACTGTGTGAACA
GTGTCTCTCTCAAGTTCTCACCAGGGAATTCATCCTTGTAACAATGTATGTACTTGTCTT
GTGTAACGCTTCTGTCTATTTCTCCTGCACGGTGTTTTGTCTTGTGACTCTTCGTATTGT
CATAAACATGTAAAAGATCTCACCCAAGCTTGTGAATAAAGTAACATCACTTGTTTGTAG
ATCAGAGTTGTGGCATGTGTATTTTACTCGATATAA

QA 1 816 1 816
DS 

RD RR3AK66JQ 727 0 0
GAACCACTGGACTCACTCTCTCTCCTTCGAATCCTAACGTCCTTCCTGCATCATTTCCTC
TGCTCCGTCTTCGCAGCCGAGGTTTCCAAGGTGGTCGTGTCAAAGCGATGGCTTCTTCTG
CTCCCGGATCGGTCAACAAGCCAGAGGAAGAGTGGCGTGCGATCCTGTCTCCTGAGCAAT
TCAGGATTCTGAGGCAGAAAGGCACCGAATATCCAGGAACAGGAGAATACAACAAACTAT
TCGAAGACGGCATCTATTCCTGTGCAGGATGTGGAACTCCTCTTTACAAATCCGCCACCA
AGTTCGATTCCGGTTGTGGCTGGCCAGCCTTCTTCGACGGCATTCCCGGTGCTATAAACC
GGACTCCTGATCCAGATGGGAGAAGAATAGAGATCACTTGTGCGGCTTGTGGAGGACATC
TCGGTCATGTTTTCAAAGGAGAAGGTTTCCCTACACCTACCGATGAGCGACACTGTGTGA
ACAGTGTCTCTCTCAAGTTCTCACCAGGGAATTCATCCTTGTAACAATGTATGTACTTGT
CTTGTGTAACGCTTCTGTCTATTTCTCCTGCACGGTGTTTTGTCTTGTGACTCTTCGTAT
TGTCATAAACATGTAAAAGATCTCACCCAAGCTTGTGAATAAAGTAACATCACTTGTTTG
TAGATCAGAGTTGTGGCATGTGTATTTTACTCGATATAATGGAATTTTACTGTAATACCA
ATTTTGC

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL9239Contig1 581 2 2 U
TTTTTCGGACACTACAGGTGCTAGCGGCACGGAAGCTCCCGCCAGTAGCCCCTCTGGTTC
AGCTTCAGCTTCAGGTAGTAGTGAAGCCTCCTCCTTAAGTGGAGACTCATCTTTGCAAGC
TGGAGGTTCATCCACCGGTGCCGCAAGTGGAAGTGCAACTGATGTCTCTGCCCAAGGAGA
GAGTTCGATGAAGGGAAGCATCGCATCTAAAAAAAGTTCTGCTAGCTACAAGAAGTCACA
CAAAGAATCCTCAGACCAGAGCAGCTTCAAGCATTCCTCAGAGGAGATAAAAGCCGGCTC
TTCTTCAAATTAAACTCGTCGGTTCTCGGACCAAATAGGTCAAACACATATTAAATACAA
TAATTTTTAATAAAGCAATGGCCCTGCTGAATTACAGCAGCGAGCTGTAGAATGTTTTTG
CTAAATACTAGAGAATTATTGACATGCGTTAGCCTTACTGCATGCATAATTTTTTTTTTT
ACTTTAAATGCCGTTGTAAAATATGAATATGAAAGAATTGTGAGTATATGTATACATTAT
ACATTAAATAGTGAGAAAGTAATAATAATAAATTATATGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DM41TF U 1
AF RR3DM41JQ C 1
BS 1 473 RR3DM41TF
BS 474 581 RR3DM41JQ

RD RR3DM41TF 473 0 0
TTTTTCGGACACTACAGGTGCTAGCGGCACGGAAGCTCCCGCCAGTAGCCCCTCTGGTTC
AGCTTCAGCTTCAGGTAGTAGTGAAGCCTCCTCCTTAAGTGGAGACTCATCTTTGCAAGC
TGGAGGTTCATCCACCGGTGCCGCAAGTGGAAGTGCAACTGATGTCTCTGCCCAAGGAGA
GAGTTCGATGAAGGGAAGCATCGCATCTAAAAAAAGTTCTGCTAGCTACAAGAAGTCACA
CAAAGAATCCTCAGACCAGAGCAGCTTCAAGCATTCCTCAGAGGAGATAAAAGCCGGCTC
TTCTTCAAATTAAACTCGTCGGTTCTCGGACCAAATAGGTCAAACACATATTAAATACAA
TAATTTTTAATAAAGCAATGGCCCTGCTGAATTACAGCAGCGAGCTGTAGAATGTTTTTG
CTAAATACTAGAGAATTATTGACATGCGTTAGCCTTACTGCATGCATAATTTT

QA 1 473 1 473
DS 

RD RR3DM41JQ 581 0 0
TTTTTCGGACACTACAGGTGCTAGCGGCACGGAAGCTCCCGCCAGTAGCCCCTCTGGTTC
AGCTTCAGCTTCAGGTAGTAGTGAAGCCTCCTCCTTAAGTGGAGATTCATCTTTGCAAGC
TGGAGGTTCATCCACCGGTGCCGCAAGTGGAAGTGCAACTGATGTTTCTGCCCAAGGAGA
GAGTTCGATGAAGGGAAGCATCGCATCTAAAAAAAGTTTTGCTAGCTACAAGAAGTCACA
CAAAGAATCCTCAGACCAGAGCAGCTTCAAGCATTCCTCAGAGGAGATAAAAGCCGGCTC
TTCTTCAAATTAAACTCGTCGGTTCTCGGACCAAATAGGTCAAACACATATTAAATACAA
TAATTTTTAATAAAGCAATGGCCCTGCTGAATTACAGCAGCGAGCTGTAGAATGTTTTTG
CTAAATACTAGAGAATTATTGACATGCGTTAGCCTTACTGCATGCATAATTTTTTTTTTT
ACTTTAAATGCCGTTGTAAAATATGAATATGAAAGAATTGTGAGTATATGTATACATTAT
ACATTAAATAGTGAGAAAGTAATAATAATAAATTATATGCC

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 2

CO CL9240Contig1 596 2 1 U
GGAGAATTAACTCGCCGGAAAATGGGGAAAGCTAGAGGACTTAACAGTGGTGGTGGAGAG
AGCTCTCTCGGTTACCTATTTGGATCCGGCGAGGCTGTTCCCAAACCAAACAAGCCCGCC
GCTAACACCAGCTTTACAACTACCACTACAACAACAACCACCACCAACGGAGCTGGAGGC
AGACCTACGACCACGACCACAACAAACACTATCTCTGGAGATAAAAACAAGACGGAGAAG
GAGGAGGAGAAAGATATGTCGGCAGGTGTAAGAGGAAGCCCTAATAATTACTTGAGAACA
GAGGGACAAAACTGTGGCAACTTCCTCACGGATCGACCATCGACGAAGGTGCATGCTGCA
CCAGGTGGAGGATCTTCTCTGGGTTACTTATTTGGATCTGGATCTGGCAAATGATTTTGA
CTTTGCAAGACGACCCTCTGCATTTTCTTTACCGTTGAAAAAAGTGTAAAAAAAAATTGT
AACTTTATTTTCCATCTTTTGAAACTGGTGATCGATTGTGTGTTCGTGAGAATTGTTTTG
GATTTGGCATGTGTTACTGACAAGAAGGATTTTGTCAATCCATGGTTCAAAGCTAG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AH56JQ C 1
AF RR3AH56TF U 1
BS 1 596 RR3AH56TF

RD RR3AH56JQ 596 0 0
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GCTAACACCAGCTTTACAACTACCACTACAACAACAACCACCACCAACGGAGCTGGAGGC
AGACCTACGACCACGACCACAACAAACACTATCTCTGGAGATAAAAACAAGACGGAGAAG
GAGGAGGAGAAAGATATGTCGGCAGGTGTAAGAGGAAGCCCTAATAATTACTTGAGAACA
GAGGGACAAAACTGTGGCAACTTCCTCACGGATCGACCATCGACGAAGGTGCATGCTGCA
CCAGGTGGAGGATCTTCTCTGGGTTACTTATTTGGATCTGGATCTGGCAAATGATTTTGA
CTTTGCAAGACGACCCTCTGCATTTTCTTTACCGTTGAAAAAAGTGTAAAAAAAAATTGT
AACTTTATTTTCCATCTTTTGAAACTGGTGATCGATTGTGTGTTCGTGAGAATTGTTTTG
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QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3AH56TF 596 0 0
GGAGAATTAACTCGCCGGAAAATGGGGAAAGCTAGAGGACTTAACAGTGGTGGTGGAGAG
AGCTCTCTCGGTTACCTATTTGGATCCGGCGAGGCTGTTCCCAAACCAAACAAGCCCGCC
GCTAACACCAGCTTTACAACTACCACTACAACAACAACCACCACCAACGGAGCTGGAGGC
AGACCTACGACCACGACCACAACAAACACTATCTCTGGAGATAAAAACAAGACGGAGAAG
GAGGAGGAGAAAGATATGTCGGCAGGTGTAAGAGGAAGCCCTAATAATTACTTGAGAACA
GAGGGACAAAACTGTGGCAACTTCCTCACGGATCGACCATCGACGAAGGTGCATGCTGCA
CCAGGTGGAGGATCTTCTCTGGGTTACTTATTTGGATCTGGATCTGGCAAATGATTTTGA
CTTTGCAAGACGACCCTCTGCATTTTCTTTACCGTTGAAAAAAGTGTAAAAAAAAATTGT
AACTTTATTTTCCATCTTTTGAAACTGGTGATCGATTGTGTGTTCGTGAGAATTGTTTTG
GATTTGGCATGTGTTACTGACAAGAAGGATTTTGTCAATCCATGGTTCAAAGCTAG

QA 1 596 1 596
DS 



AS 1 2

CO CL9241Contig1 774 2 2 U
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TTGGAGGCGGCTGAGTCTGAGAAGGCGAAGAAGAAGCTGGAAAGAGAGTTGAACGGAGGG
GAGGAAGAGGAGAAGGTGAAGGTAGAGGAAGTTAAAGCGGTTACGATTCCGGTTGTGAGG
CTGAAGTTCGGTGAGGTGGCAGGAGCGAGCTCTGTGGTTGTTTTACCTGTTTGCAAAGCG
GAGGAAGGTGAGAGGAACGTTCTCGAAGCTCCGAGGGAGATTAACGCGGGAGGGGATTTC
AAGGTTGTTGAGGCGGAGAGAGGGTGGAAAAGATGGGTGGTTCTTCCGTCGTGGAAGCCT
GTGGCGGCGATCGGGAGAGGCGGGGTTGCGGTTTCTTTTAGGGATGATAGGAAGGTGCTG
CCTTGGGATGGGAAGGAGGAGCCTTTGCTTGTGGTGGTGGATATGGAGAGGAGTGTGGTG
GAGAGTGGTGATGGGTACTATCTTGTGGCGGAGGAGAATGGGCTGAAGCTGAAGAAAGGA
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AATCAATACTCATGTTGTGTAATAGAATCATTTGAGGCATGATCAATGTATAATTTTTGG
ACAAAGGTTGGAACTTTTTGTTTTTAAGACACAATCAGAAGGAAGAAACAGAGC


BQ
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AF RR3E351TF U 1
AF RR3E351JQ C 2
BS 1 494 RR3E351TF
BS 495 774 RR3E351JQ

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GAGAGTGGTGATGG

QA 1 494 1 494
DS 

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AGAGTGGTGATGGGTACTATCTTGTGGCGGAGGAGAATGGGCTGAAGCTGAAGAAAGGAT
CGGTGTTGAAGGAAGGGAGTGTGGAGAAAAGTTTGGGAGTGGTTCTTTTGGTGGTGAGGC
CGCCTAGGGAGGATGATGATGATTGGCAGAATAGTCATGAAAACTGGGAGTGAGTGTAGA
ATCAATACTCATGTTGTGTAATAGAATCATTTGAGGCATGATCAATGTATAATTTTTGGA
CAAAGGTTGGAACTTTTTGTTTTTAAGACACAATCAGAAGGAAGAAACAGAGC

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL9242Contig1 924 2 2 U
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AGTGGTTCGACTAAAGACGACTTGATCCTACTCGAGAAGATGGCTGATCGTGCTCTGAAG
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GAGTCTCTGAAGAGACTCGCTTCAGAGCTTCTACTCTAAGTCCTGAAACACCAACTCATC
CGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGTTTTTTCTCCAAGAACACCAGAGGAACTCTTTCAAC
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TAAGCCAATTCCTGAACCAGTTGTCTCATTTAATGAAGAAGGGTTCTTGAAGACTAGCTT
CTTGTTGTTTACATTTTATGAAGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DN19TF U 1
AF RR3DN19JQ C 108
BS 1 699 RR3DN19TF
BS 700 924 RR3DN19JQ

RD RR3DN19TF 699 0 0
GATTGTAGCTGAAGCTGTATATCAGAACTCTGGTCAAATCGCACCGCTCGATGAGATAGT
GAAACTGAAAGAGAAGTATAAATTTCGTGTTATATTGGATGAAAGCAACTCTTTTGGTGT
GCTTGGCGGTTCCGGGAGAGGTCTTGCAGAGCATCACGGTGTCCCTATTGAGAAGATAGA
TGTTGTGACTGCTGCAATGGGACATGCACTAGCCACAGAAGGTGGATTCTGCACTGGGAA
CCCCGCATCATCGATTACCAGAGACTCAGCAGTTCAGGATATGTGTTCTCTGCTTCTTTG
CCACCGTACCTGGCGAGCGCTGCGATCACCGCCATCGATGTCATTGATCAAAACCCTGAG
TTGTTAGTTAAGATGAAGCAGAACATTGCTGTGTTGTGGAAAGGATTGAAAGATATCAAG
GGGATGTCGCTAGCAAGCGACCCTGAGTCACCTATTGTCTTCTTAAAGCTAGAGAAATCG
AGTGGTTCGACTAAAGACGACTTGATCCTACTCGAGAAGATGGCTGATCGTGCTCTGAAG
GAAGACTCGTTGTTGGTTGTGAGCTCTAAGAAGTCGTTTCTTGATAAGTGCCGGTTACCT
GTGGGGATCAAACTCTTGGTCTCAGCGGGACATTCAGATTCTGATCTTATTAAAGTATCC
GAGTCTCTGAAGAGACTCGCTTCAGAGCTTCTACTCTAA

QA 1 699 1 699
DS 

RD RR3DN19JQ 817 0 0
ACTCTTTTGGTGTGCTTGGCGGT*CCGGGAGAGGTCTTGCAGAGCATCACGGTGTCCCTA
T*GAGAAGATAGATGTTGTGACTGCTGCAATGGGACATGCACTAGCCACAGAAGGTGGAT
TCTGCACTGGGAACCCCGCATCATCGATTACCAGAGACTCAGCAGTTCAGGATATGTGTT
CTCTGCTTCTTTGCCACCGTACCTGGCGAGCGCTGCGATCACCGCCATCGATGTCATTGA
TCAAAACCCTGAGTTGTTAGTTAAGATGAAGCAGAACATTGCTGTGTTGTGGAAAGGATT
GAAAGATATCAAGGGGATGTCGCTAGCAAGCGACCCTGAGTCACCTATTGTCTTCTTAAA
GCTAGAGAAATCGAGTGGTTCGACTAAAGACGACTTGATCCTACTCGAGAAGATGGCTGA
TCGTGCTCTGAAGGAAGACTCGTTGTTGGTTGTGAGCTCTAAGAAGTCGTTTCTTGATAA
GTGCCGGTTACCTGTGGGGATCAAACTCTTGGTCTCAGCGGGACATTCAGATTCTGATCT
TATTAAAGTATCCGAGTCTCTGAAGAGACTCGCTTCAGAGCTTCTACTCTAAGTCCTGAA
ACACCAACTCATCCGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGTTTTTTCTCCAAGAACACCAGAG
GAACTCTTTCAACACTTGCATTTGAGATTATAGGCAAGACAACTTGGCAGACTCAAAAGC
TTGTAGATGTTCATAAGCCAATTCCTGAACCAGTTGTCTCATTTAATGAAGAAGGGTTCT
TGAAGACTAGCTTCTTGTTGTTTACATTTTATGAAGA

QA 1 817 1 817
DS 



AS 1 2

CO CL9243Contig1 855 2 3 U
GTAGCCATATACCGGAGGAGCAAGAGGGATCGGAGCGGCCACGGCGAGGCTGTTTACAGA
GAATGGTGCATATGTCATAGTCGCGGATTACTCGATGAAGAAGGCGTCCATATGGCAGAA
TCCATTGGTGGATGCTACGTGCATTGTGATGTCTCGAAGGAGGCTGATGTGGAGGCAGCA
GTGGAGCTAGCCATGAGACGTAAAGGGAGGCTGGACGTGATGTTCAACAATGCTGGAATG
GCTGTGAACGAAGGTAGCATCATGGAGATGGACATTAAGATGGTTAACAAACTTGTCTCC
GTCAATGTGAATGGTGTCTTGCTTGGCATCAAACATGCCGCCAAGGCCATGATCAAAGGA
GGAGGAGGGTCAATAATATGCACATCAATTTCATCAGGGGTAATGGGAGGACTTGGAGGT
CACGCATATACGCTTTCAAAGGGAGCCATTAACGGGCTCGTGAAGACAACGGCATGCGAA
CTTGGCTCTCACGGTATCCGTGTGAACAGCATCTCTCCGCATGGAGTTCCCACTGACATC
TTGGTCAACGCTTATCGTACCTATCTTCACAATGACAAAATCGATGCTGCTGAAGTGACA
AAGACTGTGGCTGAGAAAGGAAGTTTACTGACCGGAAGGGCTGGTACTGTGGAGGATGTG
GCTCAAGCAGCTTTGTTTCTCGCAAGTGAAGAATCTTCAAGATTCATTACCGGACATAAC
CTGGTTATTGATGGTGGGTACACATCTGCCACTACTACGATGAGATATATCTACGACTAA
TTTCAAAGTTGTTTTCTTTTCAGTATATCTGAAATGGTTTCTTGTCATCAAATAAATGTT
TAAGCAAGCCAACTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK29TF U 34
AF RR3CK29JQ C 1
BS 1 33 RR3CK29JQ
BS 34 635 RR3CK29TF
BS 636 855 RR3CK29JQ

RD RR3CK29TF 602 0 0
AGCGGCCACGGCGAGGCTGTTTACAGAGAATGGTGCATATGTCATAGTCGCGGATTACTC
GATGAAGAAGGCGTCCATATGGCAGAATCCATTGGTGGATGCTACGTGCATTGTGATGTC
TCGAAGGAGGCTGATGTGGAGGCAGCAGTGGAGCTAGCCATGAGACGTAAAGGGAGGCTG
GACGTGATGTTCAACAATGCTGGAATGGCTGTGAACGAAGGTAGCATCATGGAGATGGAC
ATTAAGATGGTTAACAAACTTGTCTCCGTCAATGTGAATGGTGTCTTGCTTGGCATCAAA
CATGCCGCCAAGGCCATGATCAAAGGAGGAGGAGGGTCAATAATATGCACATCAATTTCA
TCAGGGGTAATGGGAGGACTTGGAGGTCACGCATATACGCTTTCAAAGGGAGCCATTAAC
GGGCTCGTGAAGACAACGGCATGCGAACTTGGCTCTCACGGTATCCGTGTGAACAGCATC
TCTCCGCATGGAGTTCCCACTGACATCTTGGTCAACGCTTATCGTACCTATCTTCACAAT
GACAAAATCGATGCTGCTGAAGTGACAAAGACTGTGGCTGAGAAAGGAAGTTTACTGACC
GG

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3CK29JQ 855 0 0
GTAGCCATATACCGGAGGAGCAAGAGGGATCGGAGCGGCCACG*CGAGGCTGTTTACAGA
GAATGGTGCATATGTCATAGTCGCGGATTACTCGATGAAGAAGGCGTCCATATGGCAGAA
TCCATTGGTGGATGCTACGTGCATTGTGATGTCTCGAAGGAGGCTGATGTGGAGGCAGCA
GTGGAGCTAGCCATGAGACGTAAAGGGAGGCTGGACGTGATGTTCAACAATGCTGGAATG
GCTGTGAACGAAGGTAGCATCATGGAGATGGACATTAAGATGGTTAACAAACTTGTCTCC
GTCAATGTGAATGGTGTCTTGCTTGGCATCAAACATGCCGCCAAGGCCATGATCAAAGGA
GGAGGAGGGTCAATAATATGCACATCAATTTCATCAGGGGTAATGGGAGGACTTGGAGGT
CACGCATATACGCTTTCAAAGGGAGCCATTAACGGGCTCGTGAAGACAACGGCATGCGAA
CTTGGCTCTCACGGTATCCGTGTGAACAGCATCTCTCCGCATGGAGTTCCCACTGACATC
TTGGTCAACGCTTATCGTACCTATCTTCACAATGACAAAATCGATGCTGCTGAAGTGACA
AAGACTGTGGCTGAGAAAGGAAGTTTACTGACCGGAAGGGCTGGTACTGTGGAGGATGTG
GCTCAAGCAGCTTTGTTTCTCGCAAGTGAAGAATCTTCAAGATTCATTACCGGACATAAC
CTGGTTATTGATGGTGGGTACACATCTGCCACTACTACGATGAGATATATCTACGACTAA
TTTCAAAGTTGTTTTCTTTTCAGTATATCTGAAATGGTTTCTTGTCATCAAATAAATGTT
TAAGCAAGCCAACTT

QA 1 855 1 855
DS 



AS 1 2

CO CL9244Contig1 911 2 4 U
GAACTGCTACTGGTTACAATATGAACCTTTGTGCCCATGTATGTGAAAATAACTACTGCC
CAACCCTTCCTTTGTTTAGTCATGTGTTCTCCACAGTACAAATGTTGTGAAATAGATGTT
CCCATTATCGAGGAGATACGCCATACATGTTCCACCTATCTGTTATGCTTCCATCGTGGC
ATTAGTTTGTTTTGTTTCCATGATAAGGTGGCTAAGATTTGATGCTTTTTGATCAGGTGG
CTAATTGATGCTCACTGCAGGTTTCAACTGAATGATCACTTTGGTTTACCCCAAAAGAGA
GGGACTAGCTTAACTTTTTCATTGAGTGTTATCATCATTAAGCCTTGCGCTACAGGTCAG
ACCCATCGAATATGCTCCCTGTTAATAAGTACCACACTGTGCTCTTTGGTGTCTGGAGGA
AAAAAATCTGCTCTCAGGTTCATCGCAATTGAACTCTTAAATGTCTGAGAGGTTCTCTAT
AGTTCCATCGTCAGGCTTCCCAAGTTTAATCTTTCTCCAAGAATTCAAAAAGTTTCCATA
TGGCGGAAGGGATGTAACACTTCTGAAGTCATTTGAGTTCCAGGACCTTTAATCATGTGG
TCAGTCGTTACCGTTTCAATTTCAACAGTGGTCACTCCACTTTGGGTCAGCTTGCACTCA
ATTACATGCCAGTTAAGTTCAAGTTTCTTGAGCAAGAGCGTGCACTCGAACATCACCTCT
CAATTTAGCTATAGAGATCCTGAAATGGAGTGAGGAGTCAACAAATATTTGCGTGAGTGT
ATACTCTATGTACAGCACTTATCAAGTTCTTCTCAAATCAGTGTATTCAAATTAAAAACA
AGTCTAATGTAAATAGTCACCATTATCTGAACTGGTGATTTCTACATATTGATCTTAATT
GATTGAGATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3C137TF U 1
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BS 762 911 RR3C137JQ

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CCCATTATCGAGGAGATACGCCATACATGTTCCACCTATCTGTTATGCTTCCATCGTGGC
ATTAGTTTGTTTTGTTTCCATGATAAGGTGGCTAAGATTTGATGCTTTTTGATCAGGTGG
CTAATTGATGCTCACTGCAGGTTTCAACTGAATGATCACTTTGGTTTACCCCAAAAGAGA
GGGACTAGCTTAACTTTTTCATTGAGTGTTATCATCATTAAGCCTTGCGCTACAGGTCAG
ACCCATCGAATATGCTCCCTGTTAATAAGTACCACACTGTGCTCTTTGGTGTCTGGAGGA
AAAAAATCTGCTCTCAGGTTCATCGCAATTGAACTCTTAAATGTCTGAGAGGTTCTCTAT
AGTTCCATCGTCAGGCTTCCCAAGTTTAATCTTTCTCCAAGAATTCAAAAAGTTTCCATA
TGGCGGAAGGGATGTAACACTTCTGAAGTCATTTGAGTTCCAGGACCTTTAATCATGTGG
TCAGTCGTTACCGTTTCAATTTCAACAGTGGTCACTCCACTTTGGGTCAGCTTGCACTCA
ATTACATGCCAGTTAAGTTCAAGTTTCTTGAGCAAGAGCGTGCACTCGAACATCACCTCT
CA*TTTAGCTATAGAGATCCTGAAATGGAGTGAGGAGTCAA
AAA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3C137JQ 752 0 0
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TGATGCTTTTTGATCAGGTGGCTAATTGATGCTCACTGCAGGTTTCAACTGAATGATCAC
TTTGGTTTACCCCAAAAGAGAGGGACTAGCTTAACTTTTTCATTGAGTGTTATCATCATT
AAGCCTTGCGCTACAGGTCAGACCCATCGAATATGCTCCCTGTTAATAAGTACCACACTG
TGCTCTTTGGTGTCTGGAGGAAAAAAATCTGCTCTCAGGTTCATCGCAATTGAACTCTTA
AATGTCTGAGAGGTTCTCTATAGTTCCATCGTCAGGCTTCCCAAGTTTAATCTTTCTCCA
AGAATTCAAAAAGTTTCCATATGGCGGAAGGGATGTAACACTTCTGAAGTCATTTGAGTT
CCAGGACCTTTAATCATGTGGTCAGTCGTTACCGTTTCAATTTCAACAGTGGTCACTCCA
CTTTGGGTCAGCTTGCACTCAATTACATGCCAGTTAAGTTCAAGTTTCTTGAGCAAGAGC
GTGCACTCGAACATCACCTCTCAATTTAGCTATAGAGATCCTGAAATGGAGTGAGGAGTC
AACAAATATTTGCGTGAGTGTATACTCTATGTACAGCACTTATCAAGTTCTTCTCAAATC
AGTGTATTCAAATTAAAAACAAGTCTAATGTAAATAGTCACCATTATCTGAACTGGTGAT
TTCTACATATTGATCTTAATTGATTGAGATTC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

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TTTATCTAATGGCTTCCAATCCAGACAAGAATCTGTCTCCTTCAGATGAGAAAACCGGTA
CTAAACCGGAATCAACAGCAGCAGCCTCCTCTGGGAGTTCACCTTCATCAGCTAACAACC
CTCCTCCTGGCCTCAATTTCAATGCTTTTGATTTCTCGAACATGGCTAGTATCCTCAACG
ATCCAAGCATCAGAGAATTGGCTGATCAGATTGCTAAAGATCCTGCCTTTACCTAAATGG
CTGAGCAGTTTCAGAGATCTATTCCAAACGCAGCAGCTGAGGGAGGTGGAGTAGGAGGAG
AAGGGGGTTTCCCTAACATTGATCCACAGCAATATATGAGCACAATGCAGCAAGTTATGC
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AAATGTCTCCGTTTTTGGATGCTTTCTCGAATCCTGGAACGGCAGAGCATTTTACTGAGC
GTATGGCGAGGATGAAAGAGGATCCGGAGTTGAAACCTATACTTGATGAGATTGATGCCG
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AAGCAATGGGTATGCCTATTGCTGGCTTGCCAGACCAGGCTGCTTCAGTTGAACCTGCCG
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ATGTTGAGGGTTTGAAAAATGCTTTGGCATCTGGTGGTAACAAAGATGAAGAAGATTCTG
AGGGAAGGACAGCATTGCATTTTGCTTGTGGATACGGCGAGTTGAAATGTGCTCAAGTTC
TTATGGATGCTGGAGCAAGTGTTAACGCTGTTGACAAAAACAAGAACACGCCTCTGCATT
ACGCTGCTGGTTACGGGAGGCAAGAGTGTGTAACCCTTCTCCTAGAGAATGGTGCTGCAG
TGACTCTGCAAAACCTAGACGAGAAGACACCCATTGATGTGGCCAAGCTGAACAACCAGC
TCGAGGTGGTGAAGCTGCTCGAGAAGGATGCTTTCCTTTGAGCGTGGAAGGCTTTCATAT
TGTCTTTGAGGGATCTGTCTTTGTCTTGTGTCTCTTGAACCAATTTCACAGACCTGCCTC
TCTGTATACTTCTTTGTTTTTAAAAAAAAATTTACTTGTGTTTCACTAGTTACTACTCTC
TCCTTGACTTGTCTCTTCTGGTGTTTTCTTT


BQ
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AF RR3C306TF U 1
AF RR3AL58TF U 594
BS 1 598 RR3C306TF
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BS 600 652 RR3C306TF
BS 653 1291 RR3AL58TF

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TTTATCTAATGGCTTCCAATCCAGACAAGAATCTGTCTCCTTCAGATGAGAAAACCGGTA
CTAAACCGGAATCAACAGCAGCAGCCTCCTCTGGGAGTTCACCTTCATCAGCTAACAACC
CTCCTCCTGGCCTCAATTTCAATGCTTTTGATTTCTCGAACATGGCTAGTATCCTCAACG
ATCCAAGCATCAGAGAATTGGCTGATCAGATTGCTAAAGATCCTGCCTTTACCTAAATGG
CTGAGCAGTTTCAGAGATCTATTCCAAACGCAGCAGCTGAGGGAGGTGGAGTAGGAGGAG
AAGGGGGTTTCCCTAACATTGATCCACAGCAATATATGAGCACAATGCAGCAAGTTATGC
ATAACCCCGAGTTTCTGACTATGGCTGATCGTCTTGGTAAAGCCTTGGTTCAGTATCCAC
AAATGTCTCCGTTTTTGGATGCTTTCTCGAATCCTGGAACGGCAGAGCATTTTACTGAGC
GTATGGCGAGGATGAAAGAGGATCCGGAGTTGAAACCTATACTTGATGAGATTGATGCTG
GTGGTCCTTCTGCTATGATGAAGTACTGGAATGATAAAGATGTGCTGAAAAA

QA 1 652 1 652
DS 

RD RR3AL58TF 698 0 0
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CTGGGTGAAGCAATGGGTATGCCTATTGCTGGCTTGCCAGACCAGGCTGCTTCAGTTGAA
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CTTGGTGATGTTGAGGGTTTGAAAAATGCTTTGGCATCTGGTGGTAACAAAGATGAAGAA
GATTCTGAGGGAAGGACAGCATTGCATTTTGCTTGTGGATACGGCGAGTTGAAATGTGCT
CAAGTTCTTATGGATGCTGGAGCAAGTGTTAACGCTGTTGACAAAAACAAGAACACGCCT
CTGCATTACGCTGCTGGTTACGGGAGGCAAGAGTGTGTAACCCTTCTCCTAGAGAATGGT
GCTGCAGTGACTCTGCAAAACCTAGACGAGAAGACACCCATTGATGTGGCCAAGCTGAAC
AACCAGCTCGAGGTGGTGAAGCTGCTCGAGAAGGATGCTTTCCTTTGAGCGTGGAAGGCT
TTCATATTGTCTTTGAGGGATCTGTCTTTGTCTTGTGTCTCTTGAACCAATTTCACAGAC
CTGCCTCTCTGTATACTTCTTTGTTTTTAAAAAAAAATTTACTTGTGTTTCACTAGTTAC
TACTCTCTCCTTGACTTGTCTCTTCTGGTGTTTTCTTT

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL9246Contig1 602 2 2 U
GTCAATCCCCATAATTCTATTCTATAAAGTAAAATTGATCTTACTTCTTTAAACATAACC
AAATAAACATGAACACTAAGAAAACAAGACTTTAACGCAAGAGAGGCTTCTCAAGATCAA
ACTCTGTTGTAAGCACACTTTCTTCTTCATATACTTTCACTTCATCTCCTTCTCCGCAAT
CCTCTTTTCCTTTAGCCCAGATAACGAAGTAAAGTCCTCCAAACATCAAGGTCATTCCCG
CAAAGCTAATTCCACAAAGATAAATACAAGAAAGAAGAGGAATGACCTCTTTTATGTCCC
AAGAGATAAATACTTTGAAAGGAGAAAAGCTGCAAAAAAATACCTTCCAAGGTTGAAACT
GTCATCCCTGGAGAAAGCAGAGACAACAACACACACCACAGTTGCAATTGGGCTAAAGAG
AGACACAAGCACTGGTCCTCTTCTCTTAATCACCCATGCATTAAAAGTTAAACCTCCTCC
ACTCACCAACCCTCCCTACAAACAAATTCTTAAAACATTTTTAGACATGTTCAAAATGTT
GCACACCGTAATATGATCCTTGAGGAATATATGTACCAGCACTGCGTATCCCACAAGATT
CC


BQ
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20 20 

AF RR3BB81TF C 1
AF RR3BB81JQ U 2
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AAGAGATAAATACTTTGAAAGGAGAAAAGCTGCAAAAAAATACCTTCCAAGGTTGAAACT
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CC

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DS 

RD RR3BB81JQ 601 0 0
GTCAAT
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CTGGAGAAAGCAGAGACAACAACACACACCACAGTTGCAATTGGGCTAAAGAGAGACACA
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QA 7 601 7 601
DS 



AS 1 2

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CTTAAACAACAAGCAGTGATTGATTAATTCAGAAAAACTCTGATTTATTTGGATTAGTTA
TATTAATGTTAATTAAATGTCTTAAGATTAGGGGAAGAGCTAGGGTAATTATCCGTTGTG
GTGAACCCTATTTTCATCTACTATGTGCGATTCTTTAATAAACTAATAGATGTTCTAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 
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AF RR3H428TF U 1
AF RR3H428JQ C 56
BS 1 652 RR3H428TF
BS 653 660 RR3H428JQ

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TAAGATGGTATCTGCTCTCGTCTCTCGAGAACTCTCTAATGCAATCTTCCGACGCGGTTA
TGCGGCCACGGCGGGTAAGTCTAGCGGTGGAAAAGGTGGAGCCGTTGTTTCGGCGGTAGT
GAAGAAGGGAGTGGAAGAATCGAACCAGAAGATTGCTTTGATTCCAGACCCCAAAACCGG
TTATTATAGACCGGAAACCGGTTCCAACGAGATTGACCCAGCGGAGTTACGAGCAGCTCT
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TATTAATGTTAATTAAATGTCTTAAGATTAGGGGAAGAGCTAGGGTAATTATCCGTTGTG
GTGAACCCTATTTTCATCTACTATGTGCGATTCTTTAATAAACTAATAGATG

QA 1 652 1 652
DS 

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AGTTATATTAATGTTAATTAAATGTCTTAAGATTAGGGGAAGAGCTAGGGTAATTATCCG
TTGTGGTGAACCCTATTTTCATCTACTATGTGCGATTCTTTAATAAACTAATAGATGTTC
TAACC

QA 1 605 1 605
DS 



AS 1 2

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ATTCTAAGAACAAAGTTTTGCGACGATTGATAATGCAATACATGCAATAATACAACAAAC
ATACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 

AF RR3EK35TF U 1
AF RR3EK35JQ C 49
BS 1 649 RR3EK35TF
BS 650 666 RR3EK35JQ

RD RR3EK35TF 649 0 0
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AGCAGATGTCATTCTTGGGATGCTTCCTCTTGCCCGAGAGTTTCTTCGCCGTGGGACTGA
AGTTGTTCTAGTGGCAAACTCTCTTCCTGCTCTTAACGATGTGACTGCTATGGAACTTCC
TGATATAGTTGCCGGAGCTGCTAAGCACTGTGATATCCTGAGGAGAGCGGCAGAAATGGG
AGGCTTGCTTGTGGATGCGATGGTAAATCCAGGGGATGGGTCAAAGAAGGATTCAACTTC
AGCACCATTGATGGTTGTTGAAAATGGATGTGGAAGTCCTTGCATTGACCTCATACAAGT
CAGCTCCGAGCTTGCAGCTGCTGCCAAAGACGCTGATCTTGTTATCTTGGAAGGTATGGG
AAGAGCTCTTCACACAAACTTCAACGCTCAATTCAACTGCGAGTCTCTCAAGCTAGCAAT
GGTTAAGAATCAGAGATTGGCTGACAAGCTAATAAAGGGAAACATATATGACTGTGTTTG
CAGATACGAGCCTCCCTCTCTTTCTCAAATGTAACCAAGAACTGAATCGACTTGTAATAA
ATTCTAAGAACAAAGTTTTGCGACGATTGATAATGCAATACATGCAATA

QA 1 649 1 649
DS 

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CCGTGGGACTGAAGTTGTTCTAGTGGCAAACTCTCTTCCTGCTCTTAACGATGTGACTGC
TATGGAACTTCCTGATATAGTTGCCGGAGCTGCTAAGCACTGTGATATCCTGAGGAGAGC
GGCAGAAATGGGAGGCTTGCTTGTGGATGCGATGGTAAATCCAGGGGATGGGTCAAAGAA
GGATTCAACTTCAGCACCATTGATGGTTGTTGAAAATGGATGTGGAAGTCCTTGCATTGA
CCTCATACAAGTCAGCTCCGAGCTTGCAGCTGCTGCCAAAGACGCTGATCTTGTTATCTT
GGAAGGTATGGGAAGAGCTCTTCACACAAACTTCAACGCTCAATTCAACTGCGAGTCTCT
CAAGCTAGCAATGGTTAAGAATCAGAGATTGGCTGACAAGCTAATAAAGGGAAACATATA
TGACTGTGTTTGCAGATACGAGCCTCCCTCTCTTTCTCAAATGTAACCAAGAACTGAATC
GACTTGTAATAAATTCTAAGAACAAGGTTTTGCGACGATTGATAATGCAATACATGCAAT
AATACAACAAACATACAC

QA 1 618 1 618
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9250Contig1 1098 2 4 U
GGGAAGGAACACTCCATGATTTTCGCCATGCCAAGTAAACCTGGGGAATTTAGTAGATTT
GATTTCCCAGATGTTCTACCAGCACCCTTAAACGGTATATGGGCTATTTTGAGGAACAAC
GAGATGCTGACATGGCCAGAGAAAATAAAGTTTGCTATTGGACTTCTTCCAGCCATGGTC
GGAGGTCAAGCTTATGTTGAGGCCCAAGATGGTTTATCAGTAGAAGAATGGATGAGAAAG
CAGGGAGTACCTGATCGCGTGACTGATGAAGTGTTTATATCCATGTCAAAGGCACTTAAC
TTCATAAACCCCGACGAACTGTCAATGCAATGCATTTTGATAGCTTTGAACCGGTTTCTT
CAGGAGAAACATGGTTCCAAGATGGCCTTCTTAGATGGTAATCCTCCAGAGAGGCTATAC
ATGCCGATTGTTGAACATATTCGATCACTAGGTGGTGAAGTACGACTTAATTCAAGGATA
AGGAAGATTGAGCTGGAGGATGAAGGCACGGTTAAGAATTTCTTACTCACTGATGGAACA
ACTATCCAAGGAGACGCTTATGTGTTCGCCACTCCAGTTGATATCCTGAAGCTCCTTTTG
CCTGATTCATGGAAAGAAATACCATACTTCAAGAGATTGGAGAAGTTAGTTGGTGTGCCA
GTCATTAACGTTCATATATGGTTCGATCGGAAACTGAAGAACACATATGATCACTTACTC
TTTAGCAGAAGTAACCTTCTGAGTGTGTATGCAGACATGTCGTTAACTTGCAATGAATAT
TACGATCCAAACCGATCAATGCTGGAGCTAGTATTTGCACCTGCAGAGGAATGGATATCA
CGGACCGACTCTGACATCATAGATGCAACAATGAAAGAGCTCGAGAAACTCTTCCCTGAC
GAAATCGCTGCTGACCAAAGCAAAGCTAAAATTCTCAAGTACCATGTCGTCAAAACTCCA
AGGTCTGTGTACAAGACCATCCCAGACTGTGAACCATGTCGTCCTCTACAGAGATCTCCT
ATTCAAGGCTTTTACTTAGCTGGAGACTACACTAAACAGAAGTACTTAGCTTCCATGGAA
AGGCGCCGTTCTCTCTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 
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0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GV69TF U 1
AF RR3AG60TF U 359
BS 1 446 RR3GV69TF
BS 447 447 RR3AG60TF
BS 448 752 RR3GV69TF
BS 753 1098 RR3AG60TF

RD RR3GV69TF 752 0 0
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GATTTCCCAGATGTTCTACCAGCACCCTTAAACGGTATATGGGCTATTTTGAGGAACAAC
GAGATGCTGACATGGCCAGAGAAAATAAAGTTTGCTATTGGACTTCTTCCAGCCATGGTC
GGAGGTCAAGCTTATGTTGAGGCCCAAGATGGTTTATCAGTAGAAGAATGGATGAGAAAG
CAGGGAGTACCTGATCGCGTGACTGATGAAGTGTTTATATCCATGTCAAAGGCACTTAAC
TTCATAAACCCCGACGAACTGTCAATGCAATGCATTTTGATAGCTTTGAACCGGTTTCTT
CAGGAGAAACATGGTTCCAAGATGGCCTTCTTAGATGGTAATCCTCCAGAGAGGCTATAC
ATGCCGATTGTTGAACATATTCGATC*CTAGGTGGTGAAGTACGACTTAATTCAAGGATA
AGGAAGATTGAGCTGGAGGATGAAGGCACGGTTAAGAATTTCTTACTCACTGATGGAACA
ACTATCCAAGGAGACGCTTATGTGTTCGCCACTCCAGTTGATATCCTGAAGCTCCTTTTG
CCTGATTCATGGAAAGAAATACCATACTTCAAGAGATTGGAGAAGTTAGTTGGTGTGCCA
GTCATTAACGTTCATATATGGTTCGATCGGAAACTGAAGAACACATATGATCACTTACTC
TTTAGCAGAAGTAACCTTCTGAGTGTGTATGC

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3AG60TF 740 0 0
G
TCAGGAGAAACATGGTTCCAAGATGGCCTTCTTAGATGGTAATCCTCCAGAGAGGCTATG
CATGCCGATTGTTGAACATATTCGATCACTAGGTGGTGAAGTACGACTTAATTCAAGGAT
AAGGAAGATTGAGCTGGAGGATGATGGCACGGTTAAGAATTTCTTACTCACTGATGGAAC
AACTATCCAAGGAGACGCTTATGTGTTCGCCACTCCAGTTGATATCCTGAAGCTCCTTTT
GTCTGATTCATGGAAAGAAATACCATACTTCAAGAGATTGGAGAAGTTAGTTGGTGTGCC
AGTCATTAACGTTCATATATGGTTCGATCGGAAACTGAAGAACACATATGATCACTTACT
CTTTAGCAGAAGTAACCTTCTGAGTGTGTATGCAGACATGTCGTTAACTTGCAATGAATA
TTACGATCCAAACCGATCAATGCTGGAGCTAGTATTTGCACCTGCAGAGGAATGGATATC
ACGGACCGACTCTGACATCATAGATGCAACAATGAAAGAGCTCGAGAAACTCTTCCCTGA
CGAAATCGCTGCTGACCAAAGCAAAGCTAAAATTCTCAAGTACCATGTCGTCAAAACTCC
AAGGTCTGTGTACAAGACCATCCCAGACTGTGAACCATGTCGTCCTCTACAGAGATCTCC
TATTCAAGGCTTTTACTTAGCTGGAGACTACACTAAACAGAAGTACTTAGCTTCCATGGA
AAGGCGCCGTTCTCTCTGG

QA 2 740 2 740
DS 



AS 1 2

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GACAATGGGACTGTTTGAGGAACCACTTGCTGATCTCAGCTTTGCCAACCAGCTTGGTAG
CAAGGAACATAGGGAACTAGCTCGTGAAGCCGTGAGGAAGTCCCTAGTGCTACTCAAGAA
CGGTAAGATGAAGGGTGATAAACCTTTGCTTCCTCTGCCTAAGAAGACGGGAAAGATCCT
TGTGGCGGGAGGGCACGCTGATAACTTGGGATACCAATGTGGTGGCTGGACCATCACATG
GCAAGGACTTAACGGCAACGACCTCACCGTTGGTACAACGATCCTCACCGCTGTGAAGAA
CACAGTGGCTCCGACCACACAAGTCGTCTACAACGAAAACCCCGACGCAAACTTCGTTAA
GTCTGGTAAATATGACTACGCCATTGTGGTCGTGGGAGAGCCGCCGTATGCTGAGATGTT
TGGGGACAGCACGAACCTGACGATAAGCGAACCTGGTCCTAGCACGATAGGGAACGTGCG
CGGATCAGTGAAGTGTGTGGTGGTAGTGGTCTCTGGACGTCCTGTGGTGATGCAGCCTTA
CGTCTCGAAGATAGATGCTCTTGTGGCAGCTTGGCTTCCGGGGACGGAAGGTCAAGGAGT
GGCTGATGCTCTGTTTGGTGATTACGGTTTCACTGGAAAGTTGGCCAGGACGTGGTTCAA
GTCGGTGAAGCAGCTGCCGATGAATATTGGCGATAAGTATTACGACCCGTTGTATCCGTT
TGGTTACGGGTTGACCATAAAACCAAACAAGTTGTAAGACTTGTCTGGTTCCGGAGGCAA
ATAAGTTTTAGTTGTTGAGCAAAAGCAAAAGAAAGATATTAAAGGACGCAACGAAATAAA
CAGTTTTTTTTTCTTTGTAAGCGCGTTTATGATTTGAACCAGCCTGTTTTGTTATTTGTG
CTTATGAATTTGAAATTTTACATGACATTATTATCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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GTCTGGTAAATATGACTACGCCATTGTGGTCGTGGGAGAGCCGCCGTATGCTGAGATGTT
TGGGGACAGCACGAACCTGACGATAAGCGAACCTGGTCCTAGCACGATAGGGAACGTGCG
CGGATCAGTGAAGTGTGTGGTGGTAGTGGTCTCTGGACGTCCTGTGGTGATGCAGCCTTA
CGTCTCGAAGATAGATGCTCTTGTGGCAGCTTGGCTTCCGGGGACGGAAGGTCAAGGAGT
GGCTGATGCTCTGTTTGGTGATTACGGTTTCACTGGAAAGTTGGCCAGGACGTGGTTCAA
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TGGTTACGGGTTGACCATAAAACCAAACAAGTTGTAAGACTTGTCTGGTTCCGGAGGCAA
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CCGCTGTGAAGAACACAGTGGCTCCGACCACACAAGTCGTCTACAACGAAAACCCCGACG
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ATGCTGAGATGTTTGGGGACAGCACGAACCTGACGATAAGCGAACCTGGTCCTAGCACGA
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TTTGTTATTTGTGCTTATGAATTTGAAATTTTACATGACATTATTATCTC

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 0 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3AU17TF U 1
AF RR3H965TF U 56
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CAGCATATGGATCTATGCTTTCTTGAAATTTGTTACAGGATTCAGCATATGGACGTATGT
GTTTGTTCTGATAAGCGAGGTTAGTTTCAACCAAGTGGAGGCCTAGAGCTACTATGTTTC
CGTTTGTTCTGTTTGCGTTAGGCTTCATGTCGCTGTCTGGAATCTCCTACCTTGTCCGAC
ATGCTTCCTGGAGAGTTGTCTATCTCTGCACTTCTGTTCCCGCGGCTGTCTACTGTATTT
TCCTCTATTTGTTCGCCATTGAGTCTCCTCGTTGGCTCCATTTGCAAGGGAAGAACGAAG
AAGCCATTGAAGTGCTTAAGAAGATTTCATCTGCAAAGAAAGGTTACTTGGAATCAGTAT
CTATTTGCTTACCTTCAGAAGAAACCCTAGAA

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3H965TF 674 0 0
GG
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TGTGTTTGTTCTGATAAGCGAGGG*AGTTTCGACCAAGTGGAGGCCTAGAGCTACCATGA
TTCCGTTTGTTCTGTTTGTGTTAGGCTTCATGTCGCTGTCTGGAATCTCCTACCTTGTCC
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TATCTATTTG
GT

QA 3 672 3 672
DS 



AS 1 2

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T


BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 

AF RR3BE16JQ C 1
AF RR3BE16TF U 1
BS 1 601 RR3BE16TF

RD RR3BE16JQ 601 0 0
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ATTTAACACTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATTGTTATTTAGATTTTCCTGAA
TCCAATTGTTGTTTTTTTTTAATTAATAACGGTTTTTTATCTGGGGATTGACGCCCAATT
TTTAATACATTTCTTCTGTAATTTTGAGTTGACATATTCAAATACAATCGTTTTAGGAGT
T

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3BE16TF 601 0 0
CTTCATCTATTCGATTCTCAATCAATCTCCACTTCTTCTCTAACTGAATCAGATTCGTAT
TTTCAGTTAGGAATCGACCCGGATTCTTGGGCTTGTCAGTTAAAAACTCTGTCTGCGTTT
TTAGCAGATCGAATCAAAGACCAGCGAGTGAATGAGAGCAAATTTCGCTAAAAGTTAAAA
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GTGGTCGAAGAAGGAGGTGGAGGAGAAAGAGAAAGGCTGTTAGCTGCTTCAGAGACACAG
GAGCTGTTTGTCGTAGAAAACATGACTGCCACTGAAGCTAATAATAACCGCAAAGGGGAC
GATATTGGTATCGAAATACCTGACACTGCTCACCAAATTAGCAGCGGTATTGTAAATTCG
ATTTAACACTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATTGTTATTTAGATTTTCCTGAA
TCCAATTGTTGTTTTTTTTTAATTAATAACGGTTTTTTATCTGGGGATTGACGCCCAATT
TTTAATACATTTCTTCTGTAATTTTGAGTTGACATATTCAAATACAATCGTTTTAGGAGT
T

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL9254Contig1 599 2 1 U
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CGCCATCTTCTTCCTCTGGAATCTTCTCCTCCATTTTCCCTCATCCCTCCAAGGGCGTTA
CAAGAGATGGTCAAAGCTCCAAACATGGCTCACAAGCTCAACGTAGAGAATCTTCAAATG
TACAAGATAGAGTTGAGCCATGCAATCTAAGCTCTTCTCTTTACTACGGTGGTCAAGACG
TATACCCTCGATCCACCACCAACCAAAGTTACCCTACAGTTAAAAACGAGGGTCCAAGAA
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3B539JQ C 1
AF RR3B539TF U 1
BS 1 599 RR3B539TF

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QA 1 599 1 599
DS 

RD RR3B539TF 599 0 0
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TTGCATCATCAACTTCTTCTTCTTTAACCACCGAACTCTTCGGCTCCAGAGATCCGTCGC
CGCCATCTTCTTCCTCTGGAATCTTCTCCTCCATTTTCCCTCATCCCTCCAAGGGCGTTA
CAAGAGATGGTCAAAGCTCCAAACATGGCTCACAAGCTCAACGTAGAGAATCTTCAAATG
TACAAGATAGAGTTGAGCCATGCAATCTAAGCTCTTCTCTTTACTACGGTGGTCAAGACG
TATACCCTCGATCCACCACCAACCAAAGTTACCCTACAGTTAAAAACGAGGGTCCAAGAA
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QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 2

CO CL9255Contig1 763 2 3 U
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ACAACTGTATAAAAGACCATAACATTAAGGGGTTCCCTGGATCAACTCTAATGCATCTCC
ATTATTATTATAGTTATCCCACAAGTCATATATATGCTAACAACAATCACCCAAATAGAA
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CAATCTCGCCCAATAAGTTACGCCCCAAAGTCGTTTATTTCATTTGGCTGGCCTTTCGAG
ACTTGAATTCTCACTCTCCACAGCTTTATCATCTGATAAAACATCTAACGTAACATCATC
ATCCTCCTCTGGCTCCAAAATAGCTGTCACAGGGCCAGGTTCTGAATCAAAGTCAAATTC
ATCAGGTTTCTCGTACTCAAACACAACCTCAGGCGTCTTCAGCCCACAATAACGTGCCCT
AAACTCAGCCTCGGTCAAGTCCGCAAACTTGTTGTCGGTTGGCTTAAAGGACAAGTCGAG
GGGAGTTGTGGGAGTCTATATACTGGAGATTAGTCTTGTATATCTCAAACCGTTGCATCC
ACTCCTCTTTTCCTCCGTATACGACGCCGTGGGTTTGACACCACTTCTCGAACCGTTCCC
TCAAGGTGGTTTCTCTTTCACTGTCTCTTTCACCAGAACTCGCAGGGACATAGGTGAGCT
GGAAAGTTCCTGCCATCCCTTCTTCGATTGATGCCTGCCTCCC


BQ
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AF RR3DG88JQ U 2
AF RR3DG88TF C 1
BS 1 1 RR3DG88TF
BS 2 643 RR3DG88JQ
BS 644 763 RR3DG88TF

RD RR3DG88JQ 642 0 0
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TTATTATTATAGTTATCCCACAAGTCATATATATGCTAACAACAATCACCCAAATAGAAG
CAACACTAAGAGAGGAAAGTTTATAAGCTGCAAGCTAGATTCGAACTAAAAAGCAGCATC
AATCTCGCCCAATAAGTTACGCCCCAAAGTCGTTTATTTCATTTGGCTGGCCTTTCGAGA
CTTGAATTCTCACTCTCCACAGCTTTATCATCTGATAAAACATCTAACGTAACATCATCA
TCCTCCTCTGGCTCCAAAATAGCTGTCACAGGGCCAGGTTCTGAATCAAAGTCAAATTCA
TCAGGTTTCTCGTACTCAAACACAACCTCAGGCGTCTTCAGCCCACAATAACGTGCCCTA
AACTCAGCCTCGGTCAAGTCCGCAAACTTGTTGTCGGTTGGCTTAAAGGACAAGTCGAGG
GGAGTTGTGGGAGTCTATATACTGGAGATTAGTCTTGTATATCTCAAACCGTTGCATCCA
CTCCTCTTTTCCTCCGTATACGACGCCGTGGGTTTGACACCA

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3DG88TF 763 0 0
TCAACAAGACAATCATGTAGAAAGTGACGAAGAACAACTTGAATATTAT*GAACATAATA
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ATTATTATTATAGTTATCCCACAAGTCATATATATGCTAACAACAATCACCCAGATAGAA
GCAACACTAAGAGAGGAAAGTTTATAAGCTGCAAGCTAGATTCGAACTAAGAAGCAGCAT
CAATCTCGCCCAATAAGTTACGCCCCAAAGTCGTTTATTTCATTTGGCTGGCCTTTCGAG
ACTTGAATTCTCACTCTCCACAGCTTTATCATCTGATAAAACATCTAACGTAACATCATC
ATCCTCCTCTGGCTCCAGAATAGCTGTCACAGGGCCAGGTTCTGAATCAAAGTCAGATTC
ATCAGGTTTCTCGTACTCAGACACAACCTCAGGCGTCTTCAGCCCACAATAACGTGCCCT
AAACTCAGCCTCGGTCAAGTCCGCAAACTTGTTGTCGGTTGGCTTAGAGGACAAGTCGAG
GG*AGTTGTGGGAGTCTATATACTGGAGATTAGTCTTGTATATCTCAAACCGTTGCATCC
ACTCCTCTTTTCCTCCGTATACGACGCCGTGGGTTTGACACCACTTCTCGAACCGTTCCC
TCAAGGTGGTTTCTCTTTCACTGTCTCTTTCACCAGAACTCGCAGGGACATAGGTGAGCT
GGAAAGTTCCTGCCATCCCTTCTTCGATTGATGCCTGCCTCCC

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL9256Contig1 903 2 4 U
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GTCATTCGTCTCTGCAAAGGCAGTTTAGCCATGGGCATAATAGCCCGAGGTTTGAGGACG
GACCTTCTTCTGCTGGTACTCGCGTCTCACACTTTCTTCCTACTTCCCGCAGGATCGTTC
AGTTCTCCAATGGCAAGGGGCCAGGGCCTGATGCACGCATAATTTACATAGATGGTGCTT
TTGATCTTTTCCATGCTGGCCATGTTGAGATTCTTAGGCGTGCTCGAGAGCTTGGAGATT
TTCTTCTTGTTGGAATACATAATGACCCGACTGTCAGTGGTAAAAGAGGAGCGCAATACC
CAATAATGAATCTCCATGAAAGAAGCTTAAGTGTTTTGGCATGCCGCTACGTAGACGAGG
TGATAATTGGTGCTCCATGGGAAGTGTCAAAAGATACGATCACGACATTTAATATTTGGA
AAGTGGTTCATGGGACAGTAGCGGAGAGCGATGATTTTCAAAAGGAGGAAGATAATCCGT
ATGCAGTACCAAAAAGTATGGGCATATTTGAAGTACTAGAAAGCCCTCTTGATATCTCAA
CTTCAACCATAATCAAGAGGATCGTAGGAAACCATGAAGCTTATCAGAAACGTAATTTGA
AAAAGGAAGCTAGTGAGAAGAAGTACTACGAGCAGAAGTCTTTTGTGACCGGCGACTGAT
AGATTCAGATGCTATATGTTTTGAGAGGACAAAACCATCTTCAGGATGTGAATCCTTTAT
ATCTTTGTAGAGGCTATAGTACCTTACATATTACATTTTGTTCTCTAGTTAATGTTTTAC
ATAAAAGGGGACATCGATTGGTTCAGTACCAAATTGCTTCTTTTAATTGGGATGTTTCAT
TAT


BQ
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10 10 10 

AF RR3A977TF U 1
AF RR3A977JQ C 131
BS 1 764 RR3A977TF
BS 765 765 RR3A977JQ
BS 766 788 RR3A977TF
BS 789 903 RR3A977JQ

RD RR3A977TF 788 0 0
GGGAGAGACGTCTCCAAATGCGAAGGAAACACAAACGTTCAAAGATCTGAGATAGAGAGA
GTCATTCGTCTCTGCAAAGGCAGTTTAGCCATGGGCATAATAGCCCGAGGTTTGAGGACG
GACCTTCTTCTGCTGGTACTCGCGTCTCACACTTTCTTCCTACTTCCCGCAGGATCGTTC
AGTTCTCCAATGGCAAGGGGCCAGGGCCTGATGCACGCATAATTTACATAGATGGTGCTT
TTGATCTTTTCCATGCTGGCCATGTTGAGATTCTTAGGCGTGCTCGAGAGCTTGGAGATT
TTCTTCTTGTTGGAATACATAATGACCCGACTGTCAGTGGTAAAAGAGGAGCGCAATACC
CAATAATGAATCTCCATGAAAGAAGCTTAAGTGTTTTGGCATGCCGCTACGTAGACGAGG
TGATAATTGGTGCTCCATGGGAAGTGTCAAAAGATACGATCACGACATTTAATATTTGGA
AAGTGGTTCATGGGACAGTAGCGGAGAGCGATGATTTTCAAAAGGAGGAAGATAATCCGT
ATGCAGTACCAAAAAGTATGGGCATATTTGAAGTACTAGAAAGCCCTCTTGATATCTCAA
CTTCAACCATAATCAAGAGGATCGTAGGAAACCATGAAGCTTATCAGAAACGTAATTTGA
AAAAGGAAGCTAGTGAGAAGAAGTACTACGAGCAGAAGTCTTTTGTGACCGGCGACTGAT
AGATTCAGATGCTATATGTTTTGAGAGGACAAAACCATCTTCAG*ATGTGAATCCTTTAT
ATCTTTGT

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3A977JQ 773 0 0
TGCTGGTACTCGCGTCTCACACTTTCTTCCTACTTCCCGCAGGATCGTTCAGTTCTCCAA
TGGCAAGGGGCCAGGGCCTGATGCACGCATAATTTACATAGATGGTGCTTTTGATCTTTT
CCATGCTGGCCATGTTGAGATTCTTAGGCGTGCTCGAGAGCTTGGAGATTTTCTTCTTGT
TGGAATACATAATGACCCGACTGTCAGTGGTAAAAGAGGAGCGCAATACCCAATAATGAA
TCTCCATGAAAGAAGCTTAAGTGTTTTGGCATGCCGCTACGTAGACGAGGTGATAATTGG
TGCTCCATGGGAAGTGTCAAAAGATACGATCACGACATTTAATATTTGGAAAGTGGTTCA
TGGGACAGTAGCGGAGAGCGATGATTTTCAAAAGGAGGAAGATAATCCGTATGCAGTACC
AAAAAGTATGGGCATATTTGAAGTACTAGAAAGCCCTCTTGATATCTCAACTTCAACCAT
AATCAAGAGGATCGTAGGAAACCATGAAGCTTATCAGAAACGTAATTTGAAAAAGGAAGC
TAGTGAGAAGAAGTACTACGAGCAGAAGTCTTTTGTGACCGGCGACTGATAGATTCAGAT
GCTATATGTTTTGAGAGGACAAAACCATCTTCAGGATGTGAATCCTTTATATCTTTGTAG
AGGCTATAGTACCTTACATATTACATTTTGTTCTCTAGTTAATGTTTTACATAAAAGGGG
ACATCGATTGGTTCAGTACCAAATTGCTTCTTTTAATTGGGATGTTTCATTAT

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL9257Contig1 849 2 2 U
GTATCCTACAGTGGGAGGAGATGAAGTACCAACAGAGATGGCTGTTAAACCACCCAAAGC
AGCTTCGAGCGTAGATGAACCTGACGACAAATCAAAGCCGCCAGTTGTGCAGCAAAGAGG
ACGTTTTAAAGTAACTTCTGAAAATCTCGACATTGACAAGGTAGTAGTTCCGTCTCCAAT
CTTACAAAAGAGTCACAGCATGCAGGTGCTCAGCCAACATTCTACTGCTTCTTTACCTCC
CTCTGTTTCAGGATCTGATGTCGCTTTACCAAATCTAACCAGCTCGTACGTTTACCCGCT
GGTGTATCCAGTTCTGCAAACCAATATATTAGAAAGGGAGAACATTCTGCATATGATGAA
AGTACTTACCAACAGAGAGCTGACAGATGGACGTTCAGGTGAACCAGGAGGCTTACACCA
ACCTAGCGTTGCTCCTACTGAGAAATCAATGCTTGAAGCAGCACACGAGAGAGAGAAAGA
GTTGCTCCACGACATAACCGACCTGCAATGGAGGCTCATTTGTGCAGAAGAAGAGCTTCA
GAAGTACAAAACCGAACACGCCCAAGTTTGATTCCTAAGAAACCTGAAAAAGATGTGTGG
CTGTCTAAAGTTTGTATCATCCTCACCAATAAGTATTTCAATAAGATATAATACATCAGA
TGAAGGCAAACATTTGCTTTCAGTTGTTTTGTAATTTGATTCATGAGTACATCACTCCCT
ACTATCACTTTGTGTTATTTTAGGTAAGGAATATATAGTACATGTACCATGGTAGCTATT
TAATAACCATGGTTACATGATGATTTGTGTAATATTTGATACGGAGGAGTTATGGAGAAG
CATCTTTGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DW57TF U 1
AF RR3DW57JQ C 55
BS 1 660 RR3DW57TF
BS 661 849 RR3DW57JQ

RD RR3DW57TF 660 0 0
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ACGTTTTAAAGTAACTTCTGAAAATCTCGACATTGACAAGGTAGTAGTTCCGTCTCCAAT
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CTCTGTTTCAGGATCTGATGTCGCTTTACCAAATCTAACCAGCTCGTACGTTTACCCGCT
GGTGTATCCAGTTCTGCAAACCAATATATTAGAAAGGGAGAACATTCTGCATATGATGAA
AGTACTTACCAACAGAGAGCTGACAGATGGACGTTCAGGTGAACCAGGAGGCTTACACCA
ACCTAGCGTTGCTCCTACTGAGAAATCAATGCTTGAAGCAGCACACGAGAGAGAGAAAGA
GTTGCTCCACGACATAACCGACCTGCAATGGAGGCTCATTTGTGCAGAAGAAGAGCTTCA
GAAGTACAAAACCGAACACGCCCAAGTTTGATTCCTAAGAAACCTGAAAAAGATGTGTGG
CTGTCTAAAGTTTGTATCATCCTCACCAATAAGTATTTCAATAAGATATAATACATCAGA

QA 1 660 1 660
DS 

RD RR3DW57JQ 795 0 0
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TCCAATCTTACAAAAGAGTCACAGCATGCAGGTGCTCAGCCAACATTCTACTGCTTCTTT
ACCTCCCTCTGTTTCAGGATCTGATGTCGCTTTACCAAATCTAACCAGCTCGTACGTTTA
CCCGCTGGTGTATCCAGTTCTGCAAACCAATATATTAGAAAGGGAGAACATTCTGCATAT
GATGAAAGTACTTACCAACAGAGAGCTGACAGATGGACGTTCAGGTGAACCAGGAGGCTT
ACACCAACCTAGCGTTGCTCCTACTGAGAAATCAATGCTTGAAGCAGCACACGAGAGAGA
GAAAGAGTTGCTCCACGACATAACCGACCTGCAATGGAGGCTCATTTGTGCAGAAGAAGA
GCTTCAGAAGTACAAAACCGAACACGCCCAAGTTTGATTCCTAAGAAACCTGAAAAAGAT
GTGTGGCTGTCTAAAGTTTGTATCATCCTCACCAATAAGTATTTCAATAAGATATAATAC
ATCAGATGAAGGCAAACATTTGCTTTCAGTTGTTTTGTAATTTGATTCATGAGTACATCA
CTCCCTACTATCACTTTGTGTTATTTTAGGTAAGGAATATATAGTACATGTACCATGGTA
GCTATTTAATAACCATGGTTACATGATGATTTGTGTAATATTTGATACGGAGGAGTTATG
GAGAAGCATCTTTGT

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL9258Contig1 635 2 2 U
GCGAGATAACCGAAGATCAAACCGGTTCGTGTTCAGGGGAAACTAGAGTGGTTGATATAG
AAGCTATAACCGAACTTAAAGCGAAGATAAAAGAACAAGAAAGCTCGGAATGTCAGATTG
TTTACGAAGAGAAAATTGTGAAGTGTCACGAGGAAATCTGCAAGGCTATGAATGAGTATT
CGAGAAGCAATCTTTTCTTGGTTGGGAAGTCACCGGAAGGTTCGGTAGCTTCAGGGTTAC
AGGTGATGAGAAGCGACACACCGGAGCTTGGACCGGTTGGGAACTTGTTAACGTCAAGCG
AAAGTGTTTCAACGTCGGCGTCGGTGTTGGTGGTGCAACAGTATGTAGCAAGCCGTGACT
CTCCGGTCGTTGGAGTGTTGAAGAATGTCACAAAGGAAGTCACGCCTGTGGAGGATACAG
AGAGTCCTTAGGGAACTTTCTCTTTGGGGATTCCAAGACTCGAAAGGTCAAAAGATTGGC
TTGTGTCATGTTGTATATAATAAATTTGAATAAAATGATTTCACAAAGGAATATTTGGTT
TATACATGGTGGGTCACCGTAATATTTGGATTAAACTAACCAAAAGAGCTTATAATAAGT
AATCACAATTGCCACTATTAGGCAATGTTTAGTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G892JQ C 1
AF RR3G892TF U 35
BS 1 34 RR3G892JQ
BS 35 635 RR3G892TF

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AAAGTGTTTCAACGTCGGCGTCGGTGTTGGTGGTGCAACAGTATGTAGCAAGCCGTGACT
CTCCGGTCGTTGGAGTGTTGAAGAATGTCACAAAGGAAGTCACGCCTGTGGAGGATACAG
AGAGTCCTTAGGGAACTTTCTCTTTGGGGATTCCAAGACTCGAAAGGTCAAAAGATTGGC
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TATACATGGTGGGTCACCGTAATATTTGGATTAAACTAACCAAAAGAGCTTATAATAAGT
AATCACAATTGCCACTATTAGGCAATGTTTAGTTG

QA 1 635 1 635
DS 

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GCAACAGTATGTAGCAAGCCGTGACTCTCCGGTCGTTGGAGTGTTGAAGAATGTCACAAA
GGAAGTCACGCCTGTGGAGGATACAGAGAGTCCTTAGGGAACTTTCTCTTTGGGGATTCC
AAGACTCGAAAGGTCAAAAGATTGGCTTGTGTCATGTTGTATATAATAAATTTGAATAAA
ATGATTTCACAAAGGAATATTTGGTTTATACATGGTGGGTCACCGTAATATTTGGATTAA
ACTAACCAAAAGAGCTTATAATAAGTAATCACAATTGCCACTATTAGGCAATGTTTAGTT
G

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

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TCAGCCATGGTAACTACTCCACAATGGATCATGATTGGGGGAGATGGTCCTGAGAGTTAC
TACCAACATTCCTCGTATCAGAGAGCTTTGTTGGAAGCCGCAAAAGAAAAAATGAACGAG
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TTCAATGACTCTACCACCAACGATTTCAACACTCTCTTCCAGACACTTCCACCAGGCAGA
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TTACACGTAGGAGTCATCAGCTATGCTTTCCATTTCACCTCAAAAACCCCCAAAGGGATC
ACCGACCGAGACTCTCCTCTGTGGAACAGAGACATACATTGCACTGGCTTTAACGAAGCA
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GAGGAAAGCCTTTGAACTCGTCGAGGTCAAGGCACGTGAAGAGTTTTCTAAATTCCAGAA
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TATTACTTTTTTAATTCAAAATTAATTAGTTTGTGTTTTCAGTGTTGCAATTCTCCTTCT
TTCATCTCATGGTGTGTTGTCTCGTCTTTTTCTTTTTAAATCCAAAATTGTCTCTTGTTT
TTTTCTCTTATCGTTGTTGCGTTAGTGCGTTTGTATTTTCCATGTCCTACAAGGCTCCTA
AGACTTAATGGTTTTTCTTTTTTTTTGTAACAAAACAAATACAT


BQ
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AF RR3H934TF U 1
AF RR3H934JQ C 547
BS 1 733 RR3H934TF
BS 734 1364 RR3H934JQ

RD RR3H934TF 733 0 0
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TCAGCCATGGTAACTACTCCACAATGGATCATGATTGGGGGAGATGGTCCTGAGAGTTAC
TACCAACATTCCTCGTATCAGAGAGCTTTGTTGGAAGCCGCAAAAGAAAAAATGAACGAG
GCTATTTCAGCCAAACTCAGCCTCGACCTGATTTCTGATCGCTTCAGTGTCGCGGATTTT
GGTTGTGCCAGTGGACCTAACACTTTTTTGGCAGTCCAAAACATAATAGATGCGGTAGAA
GACAAGTACCGCAAGGAAACTGGACAAAACCCGTTGGAGAACATCGAGTTCCAAGTCCTC
TTCAATGACTCTACCACCAACGATTTCAACACTCTCTTCCAGACACTTCCACCAGGCAGA
CGCTACTATAGCGCTGGTGTCCCGGGCTCTTTCTTCGGCCGTGTTCTCCCTAAGAATAGT
TTACACGTAGGAGTCATCAGCTATGCTTTCCATTTCACCTCAAAAACCCCCAAAGGGATC
ACCGACCGAGACTCTCCTCTGTGGAACAGAGACATACATTGCACTGGCTTTAACGAAGCA
GTCAATAGAGCATATCTTAATCAGTACTCGGTCGATACCAAGAATCTACTAGACGCTAGA
GCTGAGGAGCTCGTACCCGAGGGACTGATGTTGCTTTTCGGATCGGGTCTAAGAGACGGG
GTTAAGATGTCCG

QA 1 733 1 733
DS 

RD RR3H934JQ 818 0 0
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GCTCAACAAGGTGTCGTCGAGCAAGACAAGGTTGACTCTTTTAGCACACCATTCTACTTC
GCAGAAGAGGGCGAGTTAAGGCAAATAATAAAAGAGAATGGAAAGTTCACAATCGAGGCT
TGAGGATATCATCCACCCATATGGTGAGTTTCCACTTGACCCGAAGATTTTGGCCGTCTC
CTTTAGAGCTACCTTTGGAGCTTTTCTATCGGCACATTTTGGAGTAGACACAATGAGGAA
AGCCTTTGAACTCGTCGAGGTCAAGGCACGTGAAGAGTTTTCTAAATTCCAGAATGCAAA
ACCTGGAATGCAGTACCTCATCGTGCTTCGCAAGATCTGATGATCCAAATATATTATTAC
TTTTTTAATTCAAAATTAATTAGTTTGTGTTTTCAGTGTTGCAATTCTCCTTCTTTCATC
TCATGGTGTGTTGTCTCGTCTTTTTCTTTTTAAATCCAAAATTGTCTCTTGTTTTTTTCT
CTTATCGTTGTTGCGTTAGTGCGTTTGTATTTTCCATGTCCTACAAGGCTCCTAAGACTT
AATGGTTTTTCTTTTTTTTTGTAACAAAACAAATACAT

QA 1 818 1 818
DS 



AS 1 2

CO CL9260Contig1 999 2 4 U
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CTCCTCTCCTAAACAAAAACAAAAATGTATATTATAACATCAAACTCCAAATATTATATG
ATCTTAATACTATCCATATTCAGCTTATTATTCTCCCTCCAAGTAACTAATGGAGACTAT
GGAGGTTGGCAAGGTGGTCATGCCACGTTCTACGGTGGCGGCGACGCTTCCGGCTTTAAG
TACAGCTCTGTTCAACAATGGACTCACCTGCGGTGCGTGCTACGAGATGAAGTGCAACGA
TGACCCGAGATGGTGTCTCGGTTCCACTATCACCGTCACGGCTACAAACTTTTGTCCACC
GAACTTGGGTCTCTCCAACGACAATGGTGGATGGTGCAATCCTCCTCTTCAACACTTCGA
CCTAGCCGAGCCAGCTTTTCTCCAAATCGCTCAGTATCGTGCCGGCATTGTCCCTGTCTC
TTTCCGAAGAGTACCGTGTATGAAGAAAGGAGGGATAAGGTTTACCATCAACGGACACTC
TTACTTCAACCTTGTTCTGGTCTCAAACGTAGGAGGAGCAGGAGACGTCAGTGCCGTCTC
TATCAGAGGCTCAAAAACAGGGTCGTGGCAAGCAATGTCTAGGAACTGGGGCCAAAACTG
GCAGAGCAATTCTTACCTCAACGGTCAGAGTCTCTCTTTCCAGGTCACCACCAGCGATGG
TCGGACCGTGGTTAGCAATGACGTGGCTCCTTCTAATTGGCAGTTCGGACAAACCTTCCA
AGGTGGTCAGTTCTGAGTCCGTATTTCATCCTCTCTATGTTTTGGGGTGCTGGTGTACGT
GGCTGCGTATTGCTGAGGTGGCTCGTTAACACCCGCTAGACCTAGCCTTCTTCTGTTTTT
TTTTTTGTGTGTCTTTTATTTACGAGTTGTTGCTTACAATGATTGTATTTGTCGTGCCTA
CAAGGAAGCAAGTTAAAATTAATAAATCAAATTTATACC


BQ
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AF RR3BA36TF U 1
AF RR3BA36JQ C 284
BS 1 772 RR3BA36TF
BS 773 773 RR3BA36JQ
BS 774 810 RR3BA36TF
BS 811 999 RR3BA36JQ

RD RR3BA36TF 810 0 0
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ATCTTAATACTATCCATATTCAGCTTATTATTCTCCCTCCAAGTAACTAATGGAGACTAT
GGAGGTTGGCAAGGTGGTCATGCCACGTTCTACGGTGGCGGCGACGCTTCCGGCTTTAAG
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TTACTTCAACCTTGTTCTGGTCTCAAACGTAGGAGGAGCAGGAGACGTCAGTGCCGTCTC
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TCGGACCGTGGTTAGCAATGACGTGGCTCCTTCTAATTGGCAGTTCGGACAA*CCTTCCA
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QA 1 810 1 810
DS 

RD RR3BA36JQ 716 0 0
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ACAAACTTTTGTCCACCGAACTTGGGTCTCTCCAACGACAATGGTGGATGGTGCAATCCT
CCTCTTCAACACTTCGACCTAGCCGAGCCAGCTTTTCTCCAAATCGCTCAGTATCGTGCC
GGCATTGTCCCTGTCTCTTTCCGAAGAGTACCGTGTATGAAGAAAGGAGGGATAAGGTTT
ACCATCAACGGACACTCTTACTTCAACCTTGTTCTGGTCTCAAACGTAGGAGGAGCAGGA
GACGTCAGTGCCGTCTCTATCAGAGGCTCAAAAACAGGGTCGTGGCAAGCAATGTCTAGG
AACTGGGGCCAAAACTGGCAGAGCAATTCTTACCTCAACGGTCAGAGTCTCTCTTTCCAG
GTCACCACCAGCGATGGTCGGACCGTGGTTAGCAATGACGTGGCTCCTTCTAATTGGCAG
TTCGGACAAACCTTCCAAGGTGGTCAGTTCTGAGTCCGTATTTCATCCTCTCTATGTTTT
GGGGTGCTGGTGTACGTGGCTGCGTATTGCTGAGGTGGCTCGTTAACACCCGCTAGACCT
AGCCTTCTTCTGTTTTTTTTTTTGTGTGTCTTTTATTTACGAGTTGTTGCTTACAATGAT
TGTATTTGTCGTGCCTACAAGGAAGCAAGTTAAAATTAATAAATCAAATTTATACC

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

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AF RR3H508JQ C 1
AF RR3H508TF U 1
BS 1 697 RR3H508TF

RD RR3H508JQ 697 0 0
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AACCATCTCTCAAATCTCAACCAAGTCTGGAAGAAGTCAACTTGCTGAAGGTCAACAAGG
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TTTGTGTTTTCTTAATTTAAGAGTCATGGTCCGGTTTATATATGATATAAATCAAGTTTT
GGGTAGTGGTTTGCTTGAAAAAAAATGTTCTGTGGTTTGGGTTTTTGGTTGCGTCTGATT
TTTTCATTTGTAATGTGTTGTTCTTCATGAACTTGTTTGAGCAATAGCATTTTGTTCGTT
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QA 1 697 1 697
DS 

RD RR3H508TF 697 0 0
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ACTATGATATCGGGTCAACCATTAAAGAGAAAATCATCTCGCATGCTGTGTCATGGTTCA
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ATGAAGAGGCAGAGCAAGGAAAGAAGAGCAGAAAGAAGTCATCAGCTGGGCACAAGGTTT
AACCATCTCTCAAATCTCAACCAAGTCTGGAAGAAGTCAACTTGCTGAAGGTCAACAAGG
TGAGAGGCCAGCGGAGTGTAAGCAGCAGTGAGTAATGATGAAGAAGAGTCAGTGAGGTCT
TTTGTGTTTTCTTAATTTAAGAGTCATGGTCCGGTTTATATATGATATAAATCAAGTTTT
GGGTAGTGGTTTGCTTGAAAAAAAATGTTCTGTGGTTTGGGTTTTTGGTTGCGTCTGATT
TTTTCATTTGTAATGTGTTGTTCTTCATGAACTTGTTTGAGCAATAGCATTTTGTTCGTT
GGTCAAATTTTTCTACAATTTATATTTACGAGTTTCC

QA 1 697 1 697
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9263Contig1 601 2 1 U
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TCTTTCGCTCCTATCTGATGACCCTTTTCAATTTTTTATATAAGTTCTGATTGGATTATT
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CTTTCATATCATGAGAAAGTGAAAATTCTTTGTCTTTTACCTTCATATTTTGATTGATGC
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GTTGTTATTTTGTCTCCGGTGTATACATTACAATACTTTTGATTGGGGCATCAATGTCGT
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GCTCTGTCTCAGTGGCCTTTATTCTGAAGACATAAATTCTCTGTTAATGTAAAATTAGGT
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20 

AF RR3AK20JQ C 1
AF RR3AK20TF U 1
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T

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DS 

RD RR3AK20TF 601 0 0
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TCTTTCGCTCCTATCTGATGACCCTTTTCAATTTTTTATATAAGTTCTGATTGGATTATT
TAAATTTAAATGATTATTTAAATCTTTTAAATGTTTCATGTCCTTTGATTTTGTTAACGT
AGAGATTCCTATCAATTTGAAACGTTGTAGTTAAGATTTTCATTATAGATCATAACGATT
CTTTCATATCATGAGAAAGTGAAAATTCTTTGTCTTTTACCTTCATATTTTGATTGATGC
AAATATTTGCTTTCTATCTTTGTTGTTTTTTTCCTGGGTTAATTTTCCGCAAGTTTGCAG
GTTGTTATTTTGTCTCCGGTGTATACATTACAATACTTTTGATTGGGGCATCAATGTCGT
GTAGATAGCTAGTAAAGCTTCATTGGCGGTGTAGTTTTTTTAAAAAAAGCTTTCAAGTCG
GCTCTGTCTCAGTGGCCTTTATTCTGAAGACATAAATTCTCTGTTAATGTAAAATTAGGT
TGTTATGTGGTGTTTGTGTACATACTGAATAATTTTATTAACGTTAATTACCCCTTGTAC
T

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3F281TF C 1
AF RR3F281JQ U 5
BS 1 11 RR3F281TF
BS 12 710 RR3F281JQ

RD RR3F281TF 710 0 0
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QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3F281JQ 706 0 0
AATTTCT
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CTGATAATTTTACTAGAAGAAGCTAAATCGTTCAGATCATTCTTTAGTTCTTCCGCGCGA
TGCATTTCAACAAAGTTGTCAAACGATCTTACTCTAGAAGACAGTGAACCATCGTCATCA
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ATCTTGAGGTGATTATATTATCTTTCAGGCTTGACCACCAATATTATAGCTCGACACATA
TCAAATCCAAATTCACACCAATTCAGAACTGTTTAAGAT

QA 8 706 8 706
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3EQ46TF U 1
AF RR3EQ46JQ C 414
BS 1 549 RR3EQ46TF
BS 550 1120 RR3EQ46JQ

RD RR3EQ46TF 549 0 0
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GGAACAAGAACGTCTAGGGTCCGACGCTTCTGATGACAGTAAGGCGTCGAGGGTTGATAT
CCGAATGTCTGAACTCCCAGCTGATGTTCAAGATCAGGAGCTAGATGGAGATAACAAGCA
AGAAGGCTGCGTCTTCGTTGAACCAGGAGCTTCTTCAGCTGGTGATGATCTTGGAATGAC
CAAGGAGAAAGAATCTGTAAATGGAAGTTCAGATCTGGTCTTAGGAACAACCACTAAGGA
AAGTGAGAAGAAGGAAGTCTCAGTTAATGTTGAAAAAGAAGAACCTGACATAAAGCAAGG
AACAGAAGCTGAGAGCTTGGATGATATTGAGTGTTTTATGGGTTTAGATCCATACCAAAG
CAAGGATGAGAGTGCTTTGGATACTGATGACAATACTCCTATGACTTTGAAAGTGAAGCT
CTCTGACTCAGATTTAGTCTGGGCTAAAGTGAGGAGTCATCCGTGGTGGCCTGGACAGGT
CTTTGACGC

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR3EQ46JQ 707 0 0
ACCAAAGCAAGGATGAGAGTGCTTTGGATACTGATGACAATACTCCTATGACTTTGAAAG
TGAAGCTCTCTGACTCAGATTTAGTCTGGGCTAAAGTGAGGAGTCATCCGTGGTGGCCTG
GACAGGTCTTTGACGCCTCTGCTGCGACAGACAAGGCGAAGAAGCATTTCAAGAAAGGAA
GCTTTTTAGTTACATACTTCGGAGACTGCTCCTTCGCTTGGAACGACGCGTCAAAGGTAA
AGCCTTTCCGACATCATTTCTCTCAAATGGCGAAGCAGAGTAGCCTGCCTAGTTTTGTCG
ATGCCGTTGATTTCGCTTTGGAAGAGGTGTCGAGAAGGATAGAGTTCGGTTTAGCTTGTT
CTTGTATCTCGGAGGAAGTCTATCAGAGGATCAAGACTCAGAAGATAATCAATCCTGGAA
TCAGAGAAGATTATAGCATAGTACAAGGGGGAGACAAGGTCTCAAGTGCGGAACTCTTTG
AACCTGCAGAACTTGTGGAGTATGTGAAGCGTTTAGCATGCTCTCCAAGCTATGATCCTT
CTTCTGGTGAGCTGCAGTTTGTAAGTCAGAGAGCTAGGTTATTGGCTTTTAATCGCTGGA
AAGGCTATACCGACCTCCCTGAGTTTGAGACACTTCAAGGATCAGTGGAGTCTGCACCCA
AGATATCTCCTGAAGATACTGAAGTGAAAGAGTCTGCTCCTGAACCG

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL9266Contig1 755 2 3 U
AATATATCAACTTGTGTCTTATTTCATGGTTGGAACAAAGGGGGAAGAGTTTAACAAGCT
GATCGAAGAGAGCAATGTTTAAAGAAGAAAAAAAGGAGAATCTTAATAGAGTGAATACCA
CAGCTTAAGCTAGAGAAATGGAGTGAAATGATTTGGAAGCAAAAGGAGAATCTTAGTTAG
TTTTACTCGGCAGCTGCTTCCTCCATGACTTGTTCCGCAATGGCTGGTGGCACGGGGTAG
TAGTGATAGTGTAGCTCCCCAACATCATCTCCTGACAGTTTCTTCCATCCATTAGGACCG
ACGTGGTACACGCTAGCAACACCACCACTGGCACCATCACGGAATGTAGCATGGTAGATT
GATCTCCTTGCTAACTCGGAAGCTTCTTCAACTGACATATCGAACTTGTACCCGCTGTCT
AGTACACCGTGCTAGCACGAGAATCCGCAGCGACCATGACACCTTCTTTGAAGATAAAAG
CAAGTGTGGTTGTTCCTTTCGCTGGCTTCACCATCTGTACTGCTTCTTTCTGAAACCCAT
CAAGATCTGTGGTCCGGGGAAGATCAAAGGAGGGCACAGTAGAAAACCCATCAAGCATGT
CGTTGCTAGAGCCGAAGCCAATCGTAGGCATGGAAGTCTCGAACCCACTCGTATCAAGCT
TCATTGTTAAAGACCCTCGCTGAAGAAAAGTTATCAAATTGAGAGAAAGGGTTAAGCGAG
AAGAAGAAGATGAAGAAGCTCTAAGTGACGAACCC


BQ
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AF RR3BO18TF C 1
AF RR3BO18JQ U 34
BS 1 33 RR3BO18TF
BS 34 748 RR3BO18JQ
BS 749 755 RR3BO18TF

RD RR3BO18TF 755 0 0
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GATCGAAGAGAGCAATGTT*AAAGAAGAAAAAA*GGAGAATCTTAATAGAGTGAATACCA
CAGCTTAAGCTAGAGAAATGGAGTGAAATGATTTGGAAGCAAAAGGAGAATCTTAGTTAG
TTTTACTCGGCAGCTGCTTCCTCCATGACTTGTTCCGCAATGGCTGGTGGCACGGGGTAG
TAGTGATAGTGTAGCTCCCCAACATCATCTCCTGACAGTTTCTTCCATCCATTAGGACCG
ACGTGGTACACGCTAGCAACACCACCACTGGCACCATCACGGAATGTAGCATGGTAGATT
GATCTCCTTGCTAACTCGGAAGCTTCTTCAACTGACATATCGAACTTGTACCCGCTGTCT
AGTACACCGTGCTAGCACGAGAATCCGCAGCGACCATGACACCTTCTTTGAAGATAAAAG
CAAGTGTGGTTGTTCCTTTCGCTGGCTTCACCATCTGTACTGCTTCTTTCTGAAACCCAT
CAAGATCTGTGGTCCGGGGAAGATCAAAGGAGGGCACAGTAGAAAACCCATCAAGCATGT
CGTTGCTAGAGCCGAAGCCAATCGTAGGCATGGAAGTCTCGAACCCACTCGTATCAAGCT
TCATTGTTAAAGACCCTCGCTGAAGAAAAGTTATCAAATTGAGAGAAAGGGTTAAGCGAG
AAGAAGAAGATGAAGAAGCTCTAAGTGACGAACCC

QA 1 755 1 755
DS 

RD RR3BO18JQ 715 0 0
AACAAAGGGGGAAGAGTTTAACAAGCTGATCGAAGAGAGCAATGTTTAAAGAAGAAAAAA
AGGAGAATCTTAATAGAGTGAATACCACAGCTTAAGCTAGAGAAATGGAGTGAAATGATT
TGGAAGCAAAAGGAGAATCTTAGTTAGTTTTACTCGGCAGCTGCTTCCTCCATGACTTGT
TCCGCAATGGCTGGTGGCACGGGGTAGTAGTGATAGTGTAGCTCCCCAACATCATCTCCT
GACAGTTTCTTCCATCCATTAGGACCGACGTGGTACACGCTAGCAACACCACCACTGGCA
CCATCACGGAATGTAGCATGGTAGATTGATCTCCTTGCTAACTCGGAAGCTTCTTCAACT
GACATATCGAACTTGTACCCGCTGTCTAGTACACCGTGCTAGCACGAGAATCCGCAGCGA
CCATGACACCTTCTTTGAAGATAAAAGCAAGTGTGGTTGTTCCTTTCGCTGGCTTCACCA
TCTGTACTGCTTCTTTCTGAAACCCATCAAGATCTGTGGTCCGGGGAAGATCAAAGGAGG
GCACAGTAGAAAACCCATCAAGCATGTCGTTGCTAGAGCCGAAGCCAATCGTAGGCATGG
AAGTCTCGAACCCACTCGTATCAAGCTTCATTGTTAAAGACCCTCGCTGAAGAAAAGTTA
TCAAATTGAGAGAAAGGGTTAAGCGAGAAGAAGAAGATGAAGAAGCTCTAAGTGA

QA 1 715 1 715
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9268Contig1 958 2 2 U
TGTTTTTTGCCTTTCTTAACGAACTAGGAAATGGTTAAAAGTCATGGAGAGTTTTGATTT
ACTAGAGATATCATGACGCAGTGCATAGACGGATTCAAGCATGTATGCAACTCTCTGTTT
CGGTGTTTTGATATCGAGATATATAAACAGTCTGGAGGCCTTGGAGATCCTGAACTACTT
GCCAGAGAGACAGTTTTTAGCGTGAGTGAAATAGAGGCTCTCTATGAGCTGTTTAAGAAA
ATCAGCAGTGCTGTCATTGATGATGGGCTAATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTAGCCTTG
TTCAAGACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGGTGTTTGACTTGTTCGACACA
AAGCATAATGGAATACTGGGGTTTGAGGAGTTTGCCCGTGCTCTCTCCGTCTTTCATCCA
AATGCTCCTATAGACGACAAGATTGATTTTTCGTTTCAGTTATATGATCTTAAACAGCAA
GGTTTCATCGAGAGGCAGGAGGTGAAGCAGATGGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGTCAGGC
ATGAACCTATCAGACGAAGTCATAGAGAGTATAATCGACAAGACATTTGAAGAAGCTGAC
ACAAAGCATGACGGGAGGATCGATAAGGAAGAGTGGAGGATCCTTGTTCTTAGGCATCCT
TCGCTTCTGAAGAACATGACACTTCAGTATCTCAAGGATATCACGACTACGTTTCCGAGC
TTTGTGTTTCATTCTCAGGTGGAAGATACCTGAGAAGAGCATAGCAGATCAAACAGTTTG
GCAAGTGTGTTTGTTTTCAGTCATGTATCATGTTTATTTGTTTTTTTTTTTTAAATCTCT
CTGAACTCCAGTTTCCAAGATTTTGTTGTTTCTTCTGTGAAAATGGAAAAGAAAAAAACG
AAAACAAAGTTGTATTTTTAATCTATTCTTGGTTTGGTTTATGTTTTCTCGTCCTGAC


BQ
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AF RR3A748TF U 1
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BS 696 958 RR3A748JQ

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ACTAGAGATATCATGACGCAGTGCATAGACGGATTCAAGCATGTATGCAACTCTCTGTTT
CGGTGTTTTGATATCGAGATATATAAACAGTCTGGAGGCCTTGGAGATCCTGAACTACTT
GCCAGAGAGACAGTTTTTAGCGTGAGTGAAATAGAGGCTCTCTATGAGCTGTTTAAGAAA
ATCAGCAGTGCTGTCATTGATGATGGGCTAATAAACAAGGAAGAGTTTCAACTAGCCTTG
TTCAAGACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCAGACCGGGTGTTTGACTTGTTCGACACA
AAGCATAATGGAATACTGGGGTTTGAGGAGTTTGCCCGTGCTCTCTCCGTCTTTCATCCA
AATGCTCCTATAGACGACAAGATTGATTTTTCGTTTCAGTTATATGATCTTAAACAGCAA
GGTTTCATCGAGAGGCAGGAGGTGAAGCAGATGGTGGTGGCTACTCTTGCTGAGTCAGGC
ATGAACCTATCAGACGAAGTCATAGAGAGTATAATCGACAAGACATTTGAAGAAGCTGAC
ACAAAGCATGACGGGAGGATCGATAAGGAAGAGTGGAGGATCCTTGTTCTTAGGCATCCT
TCGCTTCTGAAGAACATGACACTTCAGTATCTCAA

QA 1 695 1 695
DS 

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GGCTCTCTATGAGCTGTTTAAGAAAATCAGCAGTGCTGTCATTGATGATGGGCTAATAAA
CAAGGAAGAGTTTCAACTAGCCTTGTTCAAGACAAATAAAAAAGAGAGCTTGTTTGCAGA
CCGGGTGTTTGACTTGTTCGACACAAAGCATAATGGAATACTGGGGTTTGAGGAGTTTGC
CCGTGCTCTCTCCGTCTTTCATCCAAATGCTCCTATAGACGACAAGATTGATTTTTCGTT
TCAGTTATATGATCTTAAACAGCAAGGTTTCATCGAGAGGCAGGAGGTGAAGCAGATGGT
GGTGGCTACTCTTGCTGAGTCAGGCATGAACCTATCAGACGAAGTCATAGAGAGTATAAT
CGACAAGACATTTGAAGAAGCTGACACAAAGCATGACGGGAGGATCGATAAGGAAGAGTG
GAGGATCCTTGTTCTTAGGCATCCTTCGCTTCTGAAGAACATGACACTTCAGTATCTCAA
GGATATCACGACTACGTTTCCGAGCTTTGTGTTTCATTCTCAGGTGGAAGATACCTGAGA
AGAGCATAGCAGATCAAACAGTTTGGCAAGTGTGTTTGTTTTCAGTCATGTATCATGTTT
ATTTGTTTTTTTTTTTTAAATCTCTCTGAACTCCAGTTTCCAAGATTTTGTTGTTTCTTC
TGTGAAAATGGAAAAGAAAAAAACGAAAACAAAGTTGTATTTTTAATCTATTCTTGGTTT
GGTTTATGTTTTCTCGTCCTGAC

QA 1 803 1 803
DS 



AS 1 2

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AAGAAAATAAGCAATCCAAACCCTAAGTTGATCTACGCTTTGCTAATCTTGGAGATGACC
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TTGCTTTGGTATTGATCTCTTCTCCAGCGACTCTATCGAAATCATCAGAGAGCTTTCTCC
TGATGCTAGCCAAACAGATCTCTTTGTCTTCGTCGTCATCGTCGTTGAGATCTATGTACC
TCCTCCGTTTCAAAGCAACGGGAGCGGCGGGGGGAGAATCAAAATCAGATCTCTTCTTCA
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GGAGACGGAGGCGGGTGAAGTTGAGGCCGCCCATGGACCAGTGGGCTTCACGGGCCCATG
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GAAAGAGAGCGCTGG


BQ
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AF RR3DR23JQ U 6
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BS 1 5 RR3DR23TF
BS 6 606 RR3DR23JQ
BS 607 675 RR3DR23TF

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GAGCTCGTCTCTTCAACCTTTTGTGTCGTCTTCTCCTTTACGATCGGTTTCTTAATTGCT
TTGGTATTGATCTCTTCTCCAGCGACTCTATCGAAATCATCAGAGAGCTTTCTCCTGATG
CTAGCCAAACAGATCTCTTTGTCTTCGTCGTCATCGTCGTTGAGATCTATGTACCTCCTC
CGTTTCAAAGCAACGGGAGCGGCGGGGGGAGAATCAAAATCAGATCTCTTCTTCAACGGA
CTGGAGTTGTCGAGCTGAGCGCGTAGCTTGTCGACGTTTCCTTCGATTCGGCCCTGGAGA
CGGAGGCGGGTGAAGTTGAGGCCGCCCATGGACCAGTGGGCTTCACGGGCCCATGAGAGA
AGCGGATCGAGGACAGAGATGGGCGGATCGACGCGGTGAGAGTTGAACTTAGGGTTGTCG
AAGAAACGAGGACGGGGAAGACCGTTTCCGTAGAACTCCGCGGGTCTTATGGCGGATGTT
T

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3DR23TF 675 0 0
TTTTTGATCCAACTCTTATATCCAATATTACTTTGACTGCATAGAGAAATTAATATTTAT
AAGAAAATAAGCAATCCAAACCCTAAGTTGATCTACGCTTTGCTAATCTTGGAGATGACC
TCGTTGAGCTCGTCTCTTCAACCTTTTGTGTCGTCTTCTCCTTTACGATCGGTTTCTTAA
TTGCTTTGGTATTGATCTCTTCTCCAGCGACTCTATCGAAATCATCAGAGAGCTTTCTCC
TGATGCTAGCCAAACAGATCTCTTTGTCTTCGTCGTCATCGTCGTTGAGATCTATGTACC
TCCTCCGTTTCAAAGCAACGGGAGCGGCGGGGGGAGAATCAAAATCAGATCTCTTCTTCA
ACGGACTGGAGTTGTCGAGCTGAGCGCGTAGCTTGTCGACGTTTCCTTCGATTCGGCCCT
GGAGACGGAGGCGGGTGAAGTTGAGGCCGCCCATGGACCAGTGGGCTTCACGGGCCCATG
AGAGAAGCGGATCGAGGACAGAGATGGGCGGATCGACGCGGTGAGAGTTGAACTTAGGGT
TGTCGAAGAAACGAGGACGGGGAAGACCGTTTCCGTAGAACTCCGCGGGTCTTATGGCGG
ATGTTTTCTTCACCGGCGTCATCATTGTGTTGTAATTAGACAGAGGAGAAGGAGAGATTA
GAAAGAGAGCGCTGG

QA 1 675 1 675
DS 



AS 1 2

CO CL9270Contig1 701 2 5 U
GGACAACCCTCTCCTCTCTCAACTCCTTCATCTTCACGAAGCTAATGGACTTCCTTCCCC
CAGTCAAACCAGAAAGTGTGGAGGAGATAGTGTTGATGGAATATGATGAAGGGAACAGCC
AACTCGAAGCCGAGTTTTGTCCGGTTGAGCATCCAGTTGAACCGGAAGAAGAAGATCGTC
CAGTTAAATGTCCCGTACCAATCTCATCTTCTCTTATCCACAATTCAACGGACAAAACCA
AACCGGACTGGATCAAACACAGAGCCAGCTGCGAAACTCCGGTTTATCCACCTCCAAGAC
ATGTCCGTAACGTAAGAAAGAGACGCAACTCGTTCGTCGAAGGAGACAACAGTTTCTTCA
CGAGATCTACGTTCTCCACATCGACTCACGAGGAAGAAACCACATCTCGAAGATCCGCTG
CCACAACAATCTACCGAGTTTTTCAACAAGTTCACGAGATGGAGCCATGAAGAATCCAAC
TCTATGTTTTGAGATTTTAAACTATATCTCTTGTTTGAGTTGCTTTTAGTTCTTGTTGGG
TTTAACGTAGATCGTCGTTATGTGTAGTACCAAGTTTTCGGTATAGGTGTTATATTTTTA
TTCGGTGTTAACCGGCCCAGTTAGGTACGGTTGACAGATATGAAAGTTTATATTTTCCCG
TATGTAAATGCGAGGCGGAATGTTAAATTTGGGCTTTCCGT


BQ
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AF RR3C469TF U 1
AF RR3C469JQ C 513
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CAGTTAAATGTCCCGTACCAATCTCATCTTCTCTTATCCACAATTCAACGGACAAAACCA
AACCGGACTGGATCAAACACAGAGCCAGCTGCGAAACTCCGGTTTATCCACCTCCAAGAC
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CGAGATCTACGTTCTCCACATCGACTCACGAGGAAGAAACCACATCTCGAAGATCCGCTG
CCACAACAATCTACCGAGTTTTTCAACAAGTTCACGAGATGGAGCCATGAAGAATCCAAC
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TTCGGTGTTAACCGGCCCAGTTAGGTACGGTTGACAGATATGAAAGTTTATATTTTCCCG
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GCTTTCCGT

QA 1 189 1 189
DS 



AS 1 2

CO CL9271Contig1 1317 2 2 U
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AACTTGGAGACTTGGATTCGAGTGTAGAAGTCACTATGGAAGACTTTATTGAGCTGGAGG
AATGGCTTGAGTCGGAACAGAAGCTTGATGACGAGCAGAACACTATGAGAAAAGATTTGG
AGACTTCGTCGAAGGCTAGAATCGATCGATACCAACATGATGAGATCGATTGTTACCCAC
CCTTCATCATCGATCTACACCCACCCGAGTACATCGATCGACACACATGTTTTGACGAGC
TACCAGGAGGATGCAAAGTTAAGCTGTAATCGATTGAAGAGAGAATGCACAAGTCTGAGA
CCTCATACCTTGCTGGGATTTGCAAAAGAGTGAAGAGGATACATGACCCTATGAAGATTG
TGGTTCCCTGTACCGTGGTTGAAGCTGAATCTCCTATACCACCAGATAGAGGTATACGTC
TAGATTCCTACAATGGAGTATTTAAGGATCATCAGCATGTAGTAGCTTCTCAGAGGGAGA
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AGAAAACATCGATCGATAATATCACTCCACCATCGATCGACATCTACCGGATACCACCGA
TCGACATCATCAATCTGTCATTGATCGACACTACCACTGGTTCATCGATCGATACCAGAC
GCGAATCAGAGCATAATGAGTATGAAGTGTGTGGAAATATTTTTGATGGAGATACCACCA
CGCGTTCAGACAAGTCTGGAGGAAAGATGATGATGAATTGGAGGAAGAGGAAAAGAACCA
AAAGGGATTCCCAGTTATCATTGACTCCTCACTTCTCCGATGGTGTCAAGAGATTTGGAG
TGAGACTACACAAGTCTGTGGGAAAGAAGAGGAGAAATTGGAAGAAGAGGAAACGAACAA
AGAGATGTTCTCAGTTACCATTGATTCTTCACTTCTCAGATGGTGTTAGGAAATCAAGAG
TGCGCAGCAGAAGCTTCTCACATCAGTTTGCAAAGCTTCGAGCACTCCTTATTGCTGAGA
TGATAGACAAAGGAGAAAAGTCTATGGAAGAGGCTTTCACACAAGAATGATTAAGCCTCA
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ATCTCCAAAAGTCAAGCTAATGACTAAAACTACGTGCTAAGTGGGAGGCAATCCACTGTT
AGGTTTGTTTTACATTTGGTTTTATTTTCATATACTACTGACTTTTGTTTTTAACTA


BQ
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AF RR3B248TF U 1
AF RR3B248JQ C 592
BS 1 792 RR3B248TF
BS 793 1317 RR3B248JQ

RD RR3B248TF 799 0 0
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AATGGCTTGAGTCGGAACAGAAGCTTGATGACGAGCAGAACACTATGAGAAAAGATTTGG
AGACTTCGTCGAAGGCTAGAATCGATCGATACCAACATGATGAGATCGATTGTTACCCAC
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CCTCATACCTTGCTGGGATTTGCAAAAGAGTGAAGAGGATACATGACCCTATGAAGATTG
TGGTTCCCTGTACCGTGGTTGAAGCTGAATCTCCTATACCACCAGATAGAGGTATACGTC
TAGATTCCTACAATGGAGTATTTAAGGATCATCAGCATGTAGTAGCTTCTCAGAGGGAGA
TGAGGTGTAGAACTGAAGTCGACAAAGGCCTCAGAGAAGAAGCCTCGATCGACACTGTTC
AGAAAACATCGATCGATAATATCACTCCACCATCGATCGACATCTACCGGATACCACCGA
TCGACATCATCAATCTGTCATTGATCGACACTACCACTGGTTCATCGATCGATACCAGAC
GCGAATCAGAGCATAATGAGTATGAAGTGTGTGGAAATATTTTTGATGGAGATACCACCA
CGCGTTCAGACA
GTCTGGA

QA 1 792 1 792
DS 

RD RR3B248JQ 726 0 0
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TACCACCGATCGACATCATCAATCTGTCATTGATCGACACTACCACTGGTTCATCGATCG
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ATACCACCACGCGTTCAGACAAGTCTGGAGGAAAGATGATGATGAATTGGAGGAAGAGGA
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GATTTGGAGTGAGACTACACAAGTCTGTGGGAAAGAAGAGGAGAAATTGGAAGAAGAGGA
AACGAACAAAGAGATGTTCTCAGTTACCATTGATTCTTCACTTCTCAGATGGTGTTAGGA
AATCAAGAGTGCGCAGCAGAAGCTTCTCACATCAGTTTGCAAAGCTTCGAGCACTCCTTA
TTGCTGAGATGATAGACAAAGGAGAAAAGTCTATGGAAGAGGCTTTCACACAAGAATGAT
TAAGCCTCAAAGATTGGACATTGAGATTTGTTTTGGAGCATATTCTCATTCTCATCCGGA
CTAAATCAGATCTCCAAAAGTCAAGCTAATGACTAAAACTACGTGCTAAGTGGGAGGCAA
TCCACTGTTAGGTTTGTTTTACATTTGGTTTTATTTTCATATACTACTGACTTTTGTTTT
TAACTA

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL9272Contig1 909 2 2 U
GAACGCGGCTGCGGAAATTAAGCAACTGCAATCCAGGCCTTATTTCCGCTCACCTCAGCT
TCTCGGTAGAGCAAAGGAAACCGGAATCTCACTTCCGTCTTCTCCTTCCGATCTCTGTTC
ATCTCCGAAGGTGGGATTCGTAGGATGGTATCTTGGTATGGTGAAATCACGACCGGTCAT
CACCAAAAGTGTCACTTCCTCGATTATTTACGTTGCCGCCGATTTGTCTTCTCAGACAAT
TTCGAAAAAATCTTCCGAGTCTTACGACTTGTTGAGAACAGCAAGGATGGGAGGATATGG
TCTACTGGTCTTGGGTCCAACACTTCATTATTGGTTCAACTTCATGTCAACACTCTTCCC
AAAACAAGATTTGATCACTACCTTCAAGAAAATGGCCATGGGACAAACCATCTACGGGCC
TATCATGACCGTTGTTTTCTTCCCCTTGAACGCTTCCCTACAGGGGGAAAGTGGTTCGGA
TATAGTTGCAAGATTGAAAAGGGATGTAATCCCTGCAATGTTTAACGGTGTCATGTATTG
GCCTCTTTGTGATTTTATAACATTCAGGTTCTTCCCCGTTCACTTACAGCCTCTTGTAAG
CAACTCGTTTTCATATCTCTGGACAATCTACATGACGTACATGGCAAACCGCGAAAAACC
AGCTGTGATTTCAGCTGAAACAATATAATACCTTCTACGCTATCTTGCGCGTTGCATTGC
CACTCTATTTAGATTTAGGTTGGTTGGTTATAAGATTTTATAAGACCACACAATGTAATG
AGTTTTGTTGCCGCAACTACCATTCATTTGTGTGATGTTATTATCATCTTTGATTGTTTG
ACACAGTATCACTAAAGGTTTGAGTGGTAGTTGCAGATGAAATGGATTAGTTCACAATGT
CGTATGCGC


BQ
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AF RR3AZ23TF U 1
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CACTCTATTTAGAT

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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3DK89JQ C 1
AF RR3DK89TF U 1
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BS 602 643 RR3DK89JQ

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AGACTATGCCTGTGGCAATGGAGCAGACTGTAATCCCACTCACCCAAAAGCACCTTGCTT
TGACCCTGACAATGTTAGGTCTCATTGCAGCTATGCAGTCAATAGCTTCTTCCAAAAGAA
GCATCAAGCTCCAGGCACTTGTGATTTCAGTGGCACTGCCACTCCAACTAACTCTGATCC
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TAATCAACGATTTGATTTCTATATTTTTGTGGCAAAGAGTATAAGTGGACCAAAGCTTGC
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T

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH19TF U 1
AF RR3DH19JQ C 28
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ACAAACCTGTACTCCCTGAGAATTTCCGTAAAACACTTTCTCTGCAGCTTAAGAACTGTG
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CAAGAAAGACGAAGAGGAGAGGGTGTGTGAATATGAAGAATAAGGGTTTTTTTCTCTGTA
GCATAGTTGACTCTGTTTTTGGTTTCGG

QA 1 628 1 628
DS 

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CTTACGCTATGGCAAAGCAGATAGAGGAGAAATACAAACCTGTACTCCCTGAGAATTTCC
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AGAAGAAGATGGAGACTCGGTCGAAGAAGACTGTAAGCAAGCCGCCAGAGATGGTGACGA
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AGAAGGTCTTGAGAGCTTCCGCTTCTTGATCGACAAGAAAGACGAAGAGGAGAGGGTGTG
TGAATATGAAGAATAAGGGTTTTTTTCTCTGTAGCATAGTTGACTCTGTTTTTGGTTTCG
GTGTGTCTCCCTTCTTTAGGGCTTATAAGGGTAAAGAGTCTTGGTATGTATATAACTACG
TACTTTTCCATATAATATATGCAATAATATGTGGTTGTATGGCGTT

QA 1 706 1 706
DS 



AS 1 2

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GTAGGATCTCTCTGGAGGAGGGAATAACTAAAAAGAAAAGTTTTGGGAGAAGAAAAGAAA
AGAAAGATAGAGAAAGAGATCATGGATTCATGGCTCTCTCTCTATACAGTTTTGCAAAAG
TAACAAGATGAAGAGAGGAAGGGAAGGCCTTTCTTATTCATGTACTGTATGCATATAGAC
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T


BQ
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20 

AF RR3G921JQ C 1
AF RR3G921TF U 1
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TAACAAGATGAAGAGAGGAAGGGAAGGCCTTTCTTATTCATGTACTGTATGCATATAGAC
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TTTTTCATATGAGGCTTTTGTATCATGCAAATTCACGGATCTATTATATGATTGGTTTCA
T

QA 1 601 1 601
DS 

RD RR3G921TF 601 0 0
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TCCTCAAGCAGCATACCTTGTAGCCCAAGAACTGACTCGGATTCATTAAAGATCTTATGT
CCAGGGGACAGTCCTCAACAAGTGAAACAAAGATTAAGGCATTGGGCACAAGCTGTTGCA
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AAACACTTGTTTTTTTTGTACTATTGCGGGTGAGATAGGACAGAGAAAGAATCCTACCAA
GTAGGATCTCTCTGGAGGAGGGAATAACTAAAAAGAAAAGTTTTGGGAGAAGAAAAGAAA
AGAAAGATAGAGAAAGAGATCATGGATTCATGGCTCTCTCTCTATACAGTTTTGCAAAAG
TAACAAGATGAAGAGAGGAAGGGAAGGCCTTTCTTATTCATGTACTGTATGCATATAGAC
TTTTAATATATGGTCGTGGACTTAATGATGGTTACGATGAGATATATTCTGAAGTATGTT
TTTTTCATATGAGGCTTTTGTATCATGCAAATTCACGGATCTATTATATGATTGGTTTCA
T

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

CO CL9276Contig1 703 2 2 U
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BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A763TF C 1
AF RR3A763JQ U 6
BS 1 5 RR3A763TF
BS 6 703 RR3A763JQ

RD RR3A763TF 703 0 0
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TCCTGCAGCTGCTTGACAATTTCTTGAGTGCCATCAGGACTCC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3A763JQ 698 0 0
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CACGTCTTCAAGCACCGATTTCTTGTATAGCCTAAATGATCCGGTTAAATCAGATACACC
AGGCCATAAAAGTGTTTGAGCTAGCACATTTGCTCCTCTGCTTGTGAGTTTCCGCATAAG
GTTCCACCCGTGTACACCACCTCCTTTTACATATCGTGTACCTGTCACTATGCTTGCATT
CGTCTCTAGTTGTTTCTTGATGAAACTTGGCAAATACTTTGGATGATGTGAAAGATCAGC
ATCCATGATGACAACGAAATCACCTGTAGCATGCTTCAAACCATGGATATATGCAGTTCC
CAAACCAAGCTTCTTGGCTCTAGCTCTTAAAAGAATGCGGTCTTCACCATACAAGTCCTG
CAGCTGCTTGACAATTTCTTGAGTGCCATCAGGACTCC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL9277Contig1 607 2 2 U
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CCACTATTTCTCCAAAACTGTTTTACAATCTCCTGACAAAACTAAATTATTAAATTTATA
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TCTGATATCAACGAATCATCAAAATCACTGAACATTGAGCCGATATCGTTGATACTTAAC
TCATCTTCGATGTCCATACTAGTTTGACCACCCAAGAACATATCACCAAATATATCATCA
TTTCCTGAAAATACTTGACCCATTGGTTGATCAAATATTGAAATCTCCGGTGGAGATTCG
TTGAAATAGTTGTCCAGAAATGGGGTATCCAGTGGAAACGAATCATCAAATTCACTCGAA
CCGGTACTAAACCGGGTATGCCACCATGGTGCATCTGAACTCTCTGGTTCCGGTTTAGCT
GATTTAAACACCTTCTGTATTTGTTGCACTTCTTCGGATGGTTGGAGATTGAGAACGGAT
GTAGGAC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CH38TF C 1
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GTAGGAC

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DS 

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CTCATTAAATAATTAAAAAAAAAACATCAAAATTTCTCAGTAGCACCTCCATAGATATTT
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GATATCAACGAATCATCAAAATCACTGAACATTGAGCCGATATCGTTGATACTTAACTCA
TCTTCGATGTCCATACTAGTTTGACCACCCAAGAACATATCACCAAATATATCATCATTT
CCTGAAAATACTTGACCCATTGGTTGATCAAATATTGAAATCTCCGGTGGAGATTCGTTG
AAATAGTTGTCCAGAAATGGGGTATCCAGTGGAAACGAATCATCAAATTCACTCGAACCG
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TTAAACACCTTCTGTATTTGTTGCACTTCTTCGGATGGTTGGAGATTGAGAACGGATGTA
GGAC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BR06TF U 1
AF RR3B480TF U 129
BS 1 745 RR3BR06TF

RD RR3BR06TF 745 0 0
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TCAATTCGTCGAATCGAAATGTTTCCTCTTTTAGTTGTTGTTGTTGTCGTGTTCATGTTT
GTTTCAGACCATCTTCTGTCGGTGCTTGTTTTTAATTAGAACCGTTGGATTGGGTATTGT
CTCTTTTGTTTGTTGTAAATGCTTGTTCTCAAGAACCGTTGGATCGTTAGTTAACTTAAA
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QA 1 745 1 745
DS 

RD RR3B480TF 614 0 0
GG
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CCTCTCTTCGGCATACCCTCCGAGCCGGATTACCTCAACATCGAAACCTCCTCCTCCTCC
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TGTTGTAAATGCTTGTTCTCAAGAACCGTTGGATCGTTAGTTAACTTAAATTAATTAATC
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QA 3 614 3 614
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3GU57JQ C 1
AF RR3GU57TF U 1
BS 1 567 RR3GU57TF

RD RR3GU57JQ 567 0 0
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TAGCGAAGAAGAAGAGAGAGGCGAAAGCGGATAGGAAGCGAGCTATCCACGGCGATCCAC
TCACCAATAAATTGAAGACCAGAGCTCCGGTGGTCTCCGTCTCCGGTAAACGTCAGAAGA
AACTCCTTCGCAAATGGCGCAGAGAGCAGAAAGATATGGTGGGGAAAGGTCTTGTTACCA
TGGAGGATGTTGAGATGGCTTCTGCTGAAGCTGCATCAGAAGACTCCAAGAAACCCTCTA
GAAAATTTAGCGTGAAGAAGACGTTGAAGCTCAATAAACTAAAGAACAAAGGCAACAAGA
AGAAAAGTCAGAAAGCCGGTGGCCAAGTATCCGCTGATCAGATGCTAGAATGATCAGAAT
GATTTTACAGGACTTCATATTTTTTTTACTGCTCAAGTGTTTTTTTTCTTTCTAATATGT
TGTATTCTAGCGGGAATGCTGATTCGGTTCTTTATACAAGAAGTTTGTTGCATTTAACAT
TTGTAATATCACCAATTTCAGTATCCC

QA 1 567 1 567
DS 

RD RR3GU57TF 567 0 0
GGCTACTAGAGGGAGGTGAGAAAGCTGCGACTGTGAAGAAGATGGCGAAATACAACGAGA
TAGCGAAGAAGAAGAGAGAGGCGAAAGCGGATAGGAAGCGAGCTATCCACGGCGATCCAC
TCACCAATAAATTGAAGACCAGAGCTCCGGTGGTCTCCGTCTCCGGTAAACGTCAGAAGA
AACTCCTTCGCAAATGGCGCAGAGAGCAGAAAGATATGGTGGGGAAAGGTCTTGTTACCA
TGGAGGATGTTGAGATGGCTTCTGCTGAAGCTGCATCAGAAGACTCCAAGAAACCCTCTA
GAAAATTTAGCGTGAAGAAGACGTTGAAGCTCAATAAACTAAAGAACAAAGGCAACAAGA
AGAAAAGTCAGAAAGCCGGTGGCCAAGTATCCGCTGATCAGATGCTAGAATGATCAGAAT
GATTTTACAGGACTTCATATTTTTTCTACTGCTCAAGTGTTTTTTTTCTTTCTAATATGT
TGTATTCTAGCGGGAATGCTGATTCGGTTCTTTATACAAGAAGTTTGTTGCATTTAACAT
TTGTAATATCACCAATTTCAGTATCCC

QA 1 567 1 567
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9281Contig1 828 2 3 U
GGATGGTAACACAAACTTTGATACAGTTTCATACTATGCTTCTTCCATGACATTAATATA
AAAGTTCTAACTTGTTTTATCCAACGATTTCAAAGAACCGAGTAACAACAAAAAAAACGA
GAAATACTTCATGCAAATATAAAAGGATCACTAACACTGTTCTTGACGAACCATAGCCTT
TGTTGGAAACACTAAAACAAAGGTTATTGTGAATAGATGGATGTGTCGAGATTCATAAGG
CCCATTCAGTCACAATCTCTCCGTTAAACAGCACCAACATGGTGATGATGGTGGTGATGG
TGATGCCTGTGACTGCAATATTCCTTGGCATAACTCCTGCAACAACTTTTACCAATGTGA
CGCTTCTCTCTTTCCTTGCACTTATTATATCCACAAGCAGCCTCTGGAGTCTTTACTTTG
CAACAAATCTCTATCTTCTTCTTCATTTGCAACTCAGATAACATCGGACTTGTGCAGCAG
CTGCTTTGGCTAAAAAGTTTCACTATCTCTCTCTCTTTCCCCACCAAACTAGTAGACTCT
TCTTCCTTCAAACCTGTTCCACAGCATCCTGAAGCTAGAGTTATTTCCCCGGTTTCGCAG
CAATCAGACTTGCATTCTCGTTCCTTCTTTATCTGCAAGCCTTTCTCAAGATCAAGTTTC
TCTTTCCCTCCCCCTTCTGTGGTTTCACAACAAGCCAACTTGAGATCACAACTTACACCA
GCTTCATCAGTGTCCAGACATGCCTTCTCATGGCAGCTCTCCTCCTTGTTCTCGCAGCAT
CCTGAGGAGCAGTCCAGACTCTCTGTCTCTTCCTCCGAAGCAGAGTTA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EF61JQ U 23
AF RR3GE17JQ U 1
BS 1 576 RR3GE17JQ
BS 577 577 RR3EF61JQ
BS 578 828 RR3GE17JQ

RD RR3EF61JQ 650 0 0
ACAGTTTCATACTATGCTTCTTCCATGACATTAATATAAAAGTTCTAACTTGTTTTATCC
AACGATTTCAAAGAACCGAGTAACAACAAAAAAAACGAGAAATACTTCATGCAAGTATAA
AAGGATCACTAACACTGTTCTTGACGAACCATAGCCTTTGTTGGAAACACTAAAACAAAG
GTTATTGTGAATAGATGGATGTGTCGAGATTCATAAGGCCCATTCAGTCACAATCTCTCC
GTTAAACAGCACCAACATGGTGATGATGGTGGTGATGGTGATGCCTGTGACTGCAATATT
CCTTGGCATAACTCCTGCAACAACTTTTACCAATGTGACGCTTCTCTCTTTCCTTGCACT
TATTATATCCACAAGCAGCCTCTGGAGTCTTTACTTTGCAACAAATCTCTATCTTCTTCT
TCATTTGCAACTCAGATAACATCGGACTTGTGCAGCAGCTGCTTTGGCTAAGAAGTTTCA
CTATCTCTCTCTCTTTCCCCACCAAACTAGTAGACTCTTCTTCCTTCAAACCTGTTCCAC
AGCATCCTGAAGCTAGAGTTATTTCCCCGGTTTCGCAGCAATCAGACTTGCATTCTCGTT
CCTTCTTTATCTGCAAGCCTTTCTCAAGATCAAGTTTCTCTTTCCCTCCC

QA 1 650 1 650
DS 

RD RR3GE17JQ 828 0 0
GGATGGTAACACAAACTTTGATACAGTTTCATACTATGCTTCTTCCATGACATTAATATA
AAAGTTCTAACTTGTTTTATCCAACGATTTCAAAGAACCGAGTAACAACAAAAAAAACGA
GAAATACTTCATGCAAATATAAAAGGATCACTAACACTGTTCTTGACGAACCATAGCCTT
TGTTGGAAACACTAAAACAAAGGTTATTGTGAATAGATGGATGTGTCGAGATTCATAAGG
CCCATTCAGTCACAATCTCTCCGTTAAACAGCACCAACATGGTGATGATGGTGGTGATGG
TGATGCCTGTGACTGCAATATTCCTTGGCATAACTCCTGCAACAACTTTTACCAATGTGA
CGCTTCTCTCTTTCCTTGCACTTATTATATCCACAAGCAGCCTCTGGAGTCTTTACTTTG
CAACAAATCTCTATCTTCTTCTTCATTTGCAACTCAGATAACATCGGACTTGTGCAGCAG
CTGCTTTGGCTAAAAAGTTTCACTATCTCTCTCTCTTTCCCCACCAAACTAGTAGACTCT
TCTTCCTTCAAACCTGTTCCACAGCATCCTGAAGCTGGAGTTATTTCCCCGGTTTCGCAG
CAATCAGACTTGCATTCTCGTTCCTTCTTTATCTGCAAGCCTTTCTCAAGATCAAGTTTC
TCTTTCCCTCCCCCTTCTGTGGTTTCACAACAAGCCAACTTGAGATCACAACTTACACCA
GCTTCATCAGTGTCCAGACATGCCTTCTCATGGCAGCTCTCCTCCTTGTTCTCGCAGCAT
CCTGAGGAGCAGTCCAGACTCTCTGTCTCTTCCTCCGAAGCAGAGTTA

QA 1 828 1 828
DS 



AS 1 2

CO CL9282Contig1 839 2 2 U
GGGAGTCACCCCCACAAGACATTGAGTTTCTAAGCAAAGCCAAGATCGCATCACTGGAAA
CTAAAAACGGATGGTGTTACATCTCCTGTGCTAAATGCTCCAAGAAGCTCCAGTGAAGAA
ATTCTTCGTTCACATGCCCTACATGTTTTAATGTTTTAATGCCAGTTCTGTTGGAGTTGT
CAGGTATCATGTTGAGCTGCTGTGGAGGCGGGTGATGATAAATCTCTCTTTGTAGCATTC
GACTCAGCTATGACTAAGCTGACAGGAACAAGGCTCATAGCTACAGGAATCAGGAATGCA
GAATTGCGAATCCTATGGACCATGATGATCAAGACCTAAGAGGCTATCAACTCCCTCGCT
TCCTCTAAAACATTGTTGGAAATACATATATTTTCCATCTGAAGCTCAATGAGTTCAATT
TTTCAGCTAACCATAAGTCTTTCACTGTTGCTCGGATCTTCAACCACAATGAGAGAATCT
CAGGACCTGCTTTTGCACCAAATGCGGAAACAACCCTGATGATGATATGGATTGAGCAAA
ATGTGTTTCTACCAAGTCCCATGCTGGTGGATCCTCCACTAATAGTGGCCCAAAGAATGG
TGATGATGCAAACGACCCATCTGATGCTGAGGAAACAATGTGAAATGTTGAGACCGAGAA
CACCCTCATTGAGAATGTTGCTGGCGTTGACAACGTGACATCAGGAGGAAACCCAGCCAA
GAAGCCCAAAATTGCATAGATTCCTGCATCAACGTACGAGGAACTATGCCAGCTTTATCA
CTTATGCTTTTTTTTTCAATCGCTCTTTGTTTACAAAAAGGACAATTAATCCACTTTAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DT66TF U 1
AF RR3DT66JQ C 81
BS 1 687 RR3DT66TF
BS 688 839 RR3DT66JQ

RD RR3DT66TF 687 0 0
GGGAGTCACCCCCACAAGACATTGAGTTTCTAAGCAAAGCCAAGATCGCATCACTGGAAA
CTAAAAACGGATGGTGTTACATCTCCTGTGCTAAATGCTCCAAGAAGCTCCAGTGAAGAA
ATTCTTCGTTCACATGCCCTACATGTTTTAATGTTTTAATGCCAGTTCTGTTGGAGTTGT
CAGGTATCATGTTGAGCTGCTGTGGAGGCGGGTGATGATAAATCTCTCTTTGTAGCATTC
GACTCAGCTATGACTAAGCTGACAGGAACAAGGCTCATAGCTACAGGAATCAGGAATGCA
GAATTGCGAATCCTATGGACCATGATGATCAAGACCTAAGAGGCTATCAACTCCCTCGCT
TCCTCTAAAACATTGTTGGAAATACATATATTTTCCATCTGAAGCTCAATGAGTTCAATT
TTTCAGCTAACCATAAGTCTTTCACTGTTGCTCGGATCTTCAACCACAATGAGAGAATCT
CAGGACCTGCTTTTGCACCAAATGCGGAAACAACCCTGATGATGATATGGATTGAGCAAA
ATGTGTTTCTACCAAGTCCCATGCTGGTGGATCCTCCACTAATAGTGGCCCAAAGAATGG
TGATGATGCAAACGACCCATCTGATGCTGAGGAAACAATGTGAAATGTTGAGACCGAGAA
CACCCTCATTGAGAATGTTGCTGGCGT

QA 1 687 1 687
DS 

RD RR3DT66JQ 759 0 0
CATCT
CTGTGCTAAATGCTCCAAGAAGCTCCAGTGAAGAAATTCTTCGTTCACATGCCCTACATG
TTTTAATGTTTTAATGCCAGTTCTGTTGGAGTTGTCAGGTATCATGTTGAGCTGCTGTGG
AGGCGGGTGATGATAAATCTCTCTTTGTAGCATTCGACTCAGCTATGACTAAGCTGACAG
GAACAAGGCTCATAGCTACAGGATTCAGGAATGCAGAATTGCGAATCCTATGGACCATGA
TGATCAAGACCTAAGAGGCTATCAACTCCCTCGCTTCCTCTAAAACATTGTTGGAAATAC
ATATATTTTCCATCTGAAGCTCAATGAGTTCAATTTTTCAGCTAACCATAAGTCTTTCAC
TGTTGCTCGGATCTTCAACCACAATGAGAGAATCTCAGGACCTGCTTTTGCACCAAATGC
GGAAACAACCCTGATGATGATATGGATTGAGCAAAATGTGTTTCTACCAAGTCCCATGCT
GGTGGATCCTCCACTAATAGTGGCCCAAAGAATGGTGATGATGCAAACGACCCATCTGAT
GCTGAGGAAACAATGTGAAATGTTGAGACCGAGAACACCCTCATTGAGAATGTTGCTGGC
GTTGACAACGTGACATCAGGAGGAAACCCAGCCAAGAAGCCCAAAATTGCATAGATTCCT
GCATCAACGTACGAGGAACTATGCCAGCTTTATCACTTATGCTTTTTTTTTCAATCGCTC
TTTGTTTACAAAAAGGACAATTAATCCACTTTAA

QA 6 759 6 759
DS 



AS 1 2

CO CL9283Contig1 914 2 2 U
GGAAACAATGGTTGGTGACTACAGAGATAACTATAGCAAGAGCTCCGACGATTCTTCTTC
TGTAGAGGAAGAGACTACTTCTTCAATGTATTCTGCGGGAAAAGAAGATACGCACACAGA
ATGGACCGATGAGAAGCATAGTTTGTATCTTAAATCAATGGAAGCTTCCTTCGTTGATCA
GCTCTACAACTCCCTCGGTTTGCTCGGTTCCAAAAACAACAAGGATACTGTCAGACCATC
ATCGAGACGGTTCGTTAACGGTGGAAAACCTTCTGAAGAACAGTTCAAGGTTCTTCGTGA
TGGTTTCTGGCAGAAGATGAACGTGAGAAAACCTGAGTATCGTCTCAGTGGAAGACACGG
TCGTAGTTCTCACGAGTTTCTTAGGAGCCCATGGATCAAGCACTATAAGCCTTCACCAAA
GACCCTTGAAAATCAAGTTGTTAGCTCAAAGGGTATAGTCATATGCAGCTCTGGTTTACG
AGAAGGTTGCTCTCATTCACGTGACCGGGATCAAATCAACGTGGGAGAAGAAGCAGAAGT
ATCTGACCAGAACTTTGTCAATGAAGTAACAAAATGCCAAAACGGAAGCTCCAAGAAGAT
GAAGACTGTGATGAGTGGATCGTCTAGTACTGATCAGGTTGTTCCACTCAGAAAAAATCA
TGCAAACATGATCACTTAAATTTTAAGTCCATTGCTGGGTGAGGTCATTGAAGCTGGTTA
CGCAGGGAGATTTTTGTTATGTTAATAGAATTTGAGTAACTAAAATTAAAACAAAAGTCA
ACTTACTATGATTAGTAGTTGCATGTGTCTTCATCATATAACCCTAACTAAAAATATTTT
ATATCCGCATGTGAGTGGATTCATATGTAATGTGAACCTTTTATTTGCATCAAGTTATTT
AGTTTTTGTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CO23TF U 1
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DS 

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TTGCATCAAGTTATTTAGTTTTTGTTGTTT

QA 1 570 1 570
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CCCATCATCTATGCACATTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BP10TF C 1
AF RR3BP10JQ U 10
BS 1 9 RR3BP10TF
BS 10 682 RR3BP10JQ

RD RR3BP10TF 682 0 0
TTTTTTTTTGACAGACAAGTTTTTCTTCCATGAATAGTAGTAGGCAAGTACACCAAAACT
CTTACTCTACGTTAACTCGAATATAGATAGCATCACAATATAAATAAAAGCAAAAATAAA
TTTGAACAAACAAAGCTCTCTTGCCTCCACAATGTAAGCGATCCCTTGAATTTTTGGTTA
TAAACCATTAACCAAACGTAATCGCTGCTACATGCAAACTGCTTTAGCTTTAGCTTAAGC
TGAGGTTGTTTTGGTGTTCACGAAGGAGCCTTCCTTCTGGTCACCAAAGAAACGTTGACG
GAAATCTTTGACCATGAGAGGAAGTCCCTGACGAAGAGAGACCTTTGGCTCCCAACCAAG
AAGCTCCTTGGCCTTTGTGATGTCTGGCTTTCTCTTGTGAGGGTCATCCTCCGTGTTTGG
TCTGAACGCTATGTTTGCGTTTGGATCAATCGTCTCTTGCACCACCTTAGCGAGCTCGAG
CATGGTGAATTCACCAGGGTTACCGAGGTTAAATGGCCCTACATGTTCTCCTTCCATTAA
TCTCATCAACCCTTCAACCAGATCAGAAACAAACTGGAAACTTCTTGTCTGCTTCCCATC
ACCATAAACAGTCAATGGTTCTTTACTTAGTGCCTGTGCAACGAAGTTGCTGAAAACACG
CCCATCATCTATGCACATTCTC

QA 1 682 1 682
DS 

RD RR3BP10JQ 673 0 0
GACAGACAAGTTTTTCTTCCATGAATAGTAGTAGGCAAGTACACCAAAACTCTTACTCTA
CGTTAACTCGAATATAGATAGCATCACAATATAAATAAAAGCAAAAATAAATTTGAACAA
ACAAAGCTCTCTTGCCTCCACAATGTAAGCGATCCCTTGAATTTTTGGTTATAAACCATT
AACCAAACGTAATCGCTGCTACATGCAAACTGCTTTAGCTTTAGCTTAAGCTGAGGTTGT
TTTGGTGTTCACGAAGGAGCCTTCCTTCTGGTCACCAAAGAAACGTTGACGGAAATCTTT
GACCATGAGAGGAAGTCCCTGACGAAGAGAGACCTTTGGCTCCCAACCAAGAAGCTCCTT
GGCCTTTGTGATGTCTGGCTTTCTCTTGTGAGGGTCATCCTCCGTGTTTGGTCTGAACGC
TATGTTTGCGTTTGGATCAATCGTCTCTTGCACCACCTTAGCGAGCTCGAGCATGGTGAA
TTCACCAGGGTTACCGAGGTTAAATGGCCCTACATGTTCTCCTTCCATTAATCTCATCAA
CCCTTCAACCAGATCAGAAACAAACTGGAAACTTCTTGTCTGCTTCCCATCACCATAAAC
AGTCAATGGTTCTTTACTTAGTGCCTGTGCAACGAAGTTGCTGAAAACACGCCCATCATC
TATGCACATTCTC

QA 1 673 1 673
DS 



AS 1 2

CO CL9286Contig1 803 2 4 U
GGGGAATGTGAAAGCTGCGACTTTTGAAGCTCAGCTCAGCTCAGCTTCTTCTTCCTTGAG
ACACGGTCTCGTTACTTGTCTCTCTCTCTAATAATCCATCCTCTTCAATGGCGATCTCCG
TACAACACGTCGTCGTTATACTCCTCACCTCTCTCCTCATCGCCATCACCTTCTTCCTCT
TCACCTCCGACAATCTCAGATCCCCTCTCCCTTCTCTCTCCACCGACTATACACCACTCC
CCAAAACATCCTCAACTCCTCCACAGAACCTCGAACAAACTCCTCAGAAGATGAAGATGA
AGCTCAACGCTTCCCACCACAACCACCACGAGGAGGAGGTGTTGAAGTGGGATCTCTGCA
AAGGCGCTGAATCTGTCGATTACATACCTTGTTTGGACAATCGCGACGCCATTAAGCAGC
TCAAATCGAGGAGGCATATGGAACATCGTGAGCGGCATTGCCCTGAACCGAGTCCAAAGT
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GAGTTACTCACTACGTTGAGTTCATCGAAAAGGCGTTACAGTTATCAAATGGGGCAAAAC
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AGATGTCATTACAATGTCGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3FB53TF U 1
AF RR3C809TF U 24
BS 1 92 RR3FB53TF
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BS 94 636 RR3FB53TF
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QA 1 636 1 636
DS 

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GG
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CACCTCTCTCCTCATCGCCATCACCTTCTTCCTCTTCACCTCCGACAATCTCAGATTCCC
TCTCCCTTCTCTCTCCACCGACTATACACCACTCCCCAAAACATCCTCAACTCCTCCACA
GAACCTCGAACAAACTCCTCAGAAGATGAAGATGAAGCTCAACGCTTCCCACCACAACCA
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ACCTTGTTTGGACAATCGCGACGCCATTAAGCAGCTCAAATCGAGGAGGCATATGGAACA
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TAAGCCTCCGGTTCCGTGGCCTAAGAGGCGTGACATGGTATGGTATAACAATGTTCCTCA
CCCCAAGCTTGTTGAATACAAGAAGGAACAAAACTGGGTTATAAAGGAGGGTGAGTTTCT
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CGAAAAGGCGTTACAGTTATCAAATGGGGCAAAACATAAGAGTTGTGTTAGATGTTGGCT
GTGGCGTGCTAGCTTTGGCGGGTTTTACTAGACAAAGATGTCATTACAATGTCGTTTG

QA 3 780 3 780
DS 



AS 1 2

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AAGAATGAATCCAAAGAAGCCACGTCCAGAATAATAAAAGGAGTGGCCGGCATATACATT
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TCGACCAAAGGCATTGCCTAAAAGGGCATGAATTATTCACCCAAATAAAAGACCCATTTG
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AAGTTCCTTCAAAATTATAAATAAAAATCGCCCAAGGCATAGAAATTGTCGAGACTATAC
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CCAGATAGGTTGACCACGAAATTTTATGCACTTTATGGCATGACTGGACTAGCCATCCAT
ATCTTTAAAATTGATGCAAAAGATTGATATTGCAAAAGGCACAAAAGAGTTATCCCAAAG
AATCCCACGTTGTGTAACATGTACACAAGGGAAACTCATAAGGCTATAATGTTCAAAGCA
TCTAAAAGATTTATAGCATGTTCATGAGGGGAGAAATGACACTCCCGTGGTCCATAAACA
ACACTAAAAATCTGATTGACATGGTCTATGACCATGATAAAACTTGGCCGAATTCTTTGT
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CATCAGGCCATATAAAATGAGCATAGATATTCCCATCTAAGAATGATAAAGGGTCATGAT
CCAGACACAGACCATCCTAAGAGATTATGTATACACCACCACAATAATATGTGCCGTCTA
GGATGGAACCTCATAAGAAGATGAGATAAGATTGGGAATATATGTTGGATATGAGAATGC
TTTCTCCCACGATTTTATAAGAAACCTTGAGCCAAATATGGGTGATCAGATTAAGGCCAG
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CCAGAGAATGTGATTTAAGACGTCCAAAGAAAGATCATACAAAGCTAGCTAAAAGAATGC
CAGACAGATTAGACCC


BQ
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AF RR3CJ55TF U 1
AF RR3CJ55JQ C 521
BS 1 638 RR3CJ55TF
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TTTTTTTTATACAATAAGAGTTGTTTTAGTTTTATATTATCATGTTTGACTTGCTTGATA
ATTTCTTGATTGATAAATGACAAATGCAAATTTAAAAATGAGTATAGTAATTAAAATTAT
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AGTTATAAAATTTTAAAAATGAATGGTTTCCACATTGAAACAATGGGCAAAGGAAATAAA
AAGTTCCTTCAAAATTATAAATAAAAATCGCCCAAGGCATAGAAATTGTCGAGACTATAC
TCTCGACTGATCTAAACTATGCTAAAAGATCAGTATGATAAAGGCAAAAGGCCTAGGTAA
CCAGATAGGTTGACCACGAAATTTTATGCACTTTATGGCATGACTGGACTAGCCATCCAT
ATCTTTAAAATTGATGCAAAAGATTGATATTGCAAAAG*CACAAAAGAGTTATCCCAAAG
AATCCCACGTT

QA 1 671 1 671
DS 

RD RR3CJ55JQ 816 0 0
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AGCCATCCATATCTTTAAAATTGATGCAAAAGATTGATATTGCAAAAGGCACAAAAGAGT
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DS 



AS 1 2

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CAATCCTGGCCTAGACCTTAGAATCATAAACTCGTTCCCCACTTTTCCTTATTTCTCCGT
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CGGTGATCACTTGCTACGTCTCTTGACAACTTGCTACCACGTGTTTCACCAAGAATGCAT
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TCAAGAAACCAGTTATGCTGATGATCGTCATCAGACAACAACACCGATTGATATTTGCAC
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ACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3AK13TF U 1
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BS 778 1144 RR3AK13JQ

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QA 1 777 1 777
DS 

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AGTTGTGTGACTTTTGCAGAACTTGTTAGAAACAGAAGCTATGATCATCGCCGGTTTGGT
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CATGCAATTTATAGTATAAATGCTAAACTAAATTTGAGTGATTGACCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

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GGATGCTATAAACTTTTGTCAGGAGATTCTAAACAAGAAGCCAGTTGAGTGGAAACCCAT
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TGGAGACGGCACACTCTTGCACGCTAGTCATTTTATAGACGATTCTGTTCCTGTTCTTGG
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GTGGATGTGTCTGATCCTCTTGAATAAAAATAAAATAATCTTTTTTCTCC


BQ
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AF RR3E004TF U 1
AF RR3E004JQ C 469
BS 1 731 RR3E004TF
BS 732 732 RR3E004JQ
BS 733 770 RR3E004TF
BS 771 1190 RR3E004JQ

RD RR3E004TF 770 0 0
GGGTCATCTTCACTCTGGTGGTGACAAAGAAATACACCAACAGAGAGAAATGGCGATCAG
GAAGCTTCTGCTTCTATTGAAACCGATTGATCTGTACCCATTCCTTGAAACAGATGGTGT
CTCGCTCATCAAAAACCATCAGGTTCTTCAGTATCTAGAGAGCAGGTGCAAAGTACACAG
GGATGCTATAAACTTTTGTCAGGAGATTCTAAACAAGAAGCCAGTTGAGTGGAAACCCAT
TTCACGTAACGACTTATCACACCCCATTCGTGATGATGTGGATATGGTCATCACCGTTGG
TGGAGACGGCACACTCTTGCACGCTAGTCATTTTATAGACGATTCTGTTCCTGTTCTTGG
AGTCAACTCTGACCCAACTCAAGCTCACGAGGTGGAAGAACTAAGCGATCAGTTTGATGC
TAGTAGAAGCACTGGTCATCTTTGTGCTGCTACAGTTGATAATTTTGAACAGGTATTGGA
TGACATTTTGTTAGGCAGAGTAGTTCCTTCCAGAGTATCGAGAATATCAGTAAAGTTGAA
CTCAGAATCTCTTCTTTCACACGCACTTAATGACATTCTGATCGCACATCTATGCCCTGC
CGCTGTTTCAAAGTTCTCGTTCAAGATAAAGAAAAATAATGGGGATGCCAGTCCAAAGAC
TTTGAACTGTCGTTCGAGCGGTCTAAGAGTCTGCACAGCAGCTGGCTCAACTGCAGCAAT
GCTGTCAGCAG*CGGGTTCGTGATGCCAATGTTGTCTCCTGATCTACAGT

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3E004JQ 722 0 0
ACAGGTATTGGATGACATTTTGTTAGGCAGAGTAGTTCCTTCCAGAGTATCGAGAATATC
AGTAAAGTTGAACTCAGAATCTCTTCTTTCACACGCACTTAATGACATTCTGATCGCACA
TCTATGCCCTGCCGCTGTTTCAAAGTTCTCGTTCAAGATAAAGAAAAATAATGGGGATGC
CAGTCCAAAGACTTTGAACTGTCGTTCGAGCGGTCTAAGAGTCTGCACAGCAGCTGGCTC
AACTGCAGCAATGCTGTCAGCAGGCGGGTTCGTGATGCCAATGTTGTCTCCTGATCTACA
GTTCATGGTTAGGGAGCCTATCTCTCTCGGTTCAACCCTTGCTCAAATGCATTCAGACTT
TAAACCGGGCCGAACCTTGTATGTTAACTGGTATTCAGACCATGGGACTATCTACATCGA
CGGTTGTCAGGTTAACTACAACGTGCAGCTCGGCGATACAATCGAGATATCATCTGACGC
GCCGGTTTTAAACGTGTTCTTGTCTCAAGGCTTTACTCGGATCAGATCAAAGTACTAGAC
TTCATTGAGAGAGACAGCTTTCAACCCACTTGTCTGTAGATAGTTATGGCAAAAGGTTCT
TTGGTCCGAAAGATTCGTTGATTCTTTGAAGAAGTTTAATTGAAAGTAAGATGTCTTTGT
TGAACCGTGAACGTGGATGTGTCTGATCCTCTTGAATAAAAATAAAATAATCTTTTTTCT
CC

QA 1 722 1 722
DS 



AS 1 2

CO CL9290Contig1 974 2 2 U
GGAACACACCGTAGACACGTGTCTGTCAGGAGAATCAGGTTCCTCTCCCTCTCTGAGACT
CTAATCTCGAAGATACTTGTCCTCGCCGCCGCAACAAAGAAGGTTTTGATTGTTGAAATC
TGAAAGGCGTTAACTTTGATTCTCGTACTCGAATCTCTTGATTGAGCCAGCAATGGCGTC
TTCGTTCTGGAACATAGTTTATCAACAAGCAATGAGAAGCGGTGTGCTTGTCGCGAAAGT
ATACTCCTTTCTCCATGTGACCACAAACTATCTCGCCTTCCCTGCTTATGCTTTTGGTCC
GAGCATGATCCCCACGCTTCATCCTTCCGGGAATGTCGTACTGACCGAACGGATCTCCAA
TCTGAGTCGTGGAGATGTCGTGGTTTTCCGATCTCCACAAGACCCTAATAAGCTTCCCAT
CAAGAGAGTGGTTGGACTCGAAGGAGATTCTGTAAGCTTTGTGGATGATTCCGATGAATC
AAGAAAAACCATCGTGGTTCCTAAAGGGCATGTATGGGTGCAAGGTGACTATACTCAGAA
CTCGAGAGACTCGAGAACCTTTGGTCCTCTACCTTATGGCCTTATTCAAGGCAGAGTGCT
TTGGAGGGTTTGGCCATTTGAAGATTTTGGACCCATTGGACCGACCACAACTTAAGAAAT
ATGGGTTGGCTCCGGAGTTAGCTTGGTTGGTTCTTTTTTTGGGAAGAGGACCGAGGCGGT
TTGTTAGGTTCGATGACTATTCTATACTCTATAGTGATCTGGTTGTTAAGCCAAGTGAGT
CTGGTTATAGCTAATATAGTTGAGAGACTGACAAAGAGAAATGCCATAGGAGATCATGAT
AGAATAGTGTTGGTGAGTTTGCTGGTGTTTGATACCTTGTATTGTATGTAAGTTTACTGG
ATATCATGATTTATTTTGATTAGATGCCGATGAACTAATTGCCAAGATTTTTTAGCATAT
AATCAAAGAATGAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GT60TF U 1
AF RR3GT60JQ C 364
BS 1 520 RR3GT60TF
BS 521 974 RR3GT60JQ

RD RR3GT60TF 520 0 0
GGAACACACCGTAGACACGTGTCTGTCAGGAGAATCAGGTTCCTCTCCCTCTCTGAGACT
CTAATCTCGAAGATACTTGTCCTCGCCGCCGCAACAAAGAAGGTTTTGATTGTTGAAATC
TGAAAGGCGTTAACTTTGATTCTCGTACTCGAATCTCTTGATTGAGCCAGCAATGGCGTC
TTCGTTCTGGAACATAGTTTATCAACAAGCAATGAGAAGCGGTGTGCTTGTCGCGAAAGT
ATACTCCTTTCTCCATGTGACCACAAACTATCTCGCCTTCCCTGCTTATGCTTTTGGTCC
GAGCATGATCCCCACGCTTCATCCTTCCGGGAATGTCGTACTGACCGAACGGATCTCCAA
TCTGAGTCGTGGAGATGTCGTGGTTTTCCGATCTCCACAAGACCCTAATAAGCTTCCCAT
CAAGAGAGTGGTTGGACTCGAAGGAGATTCTGTAAGCTTTGTGGATGATTCCGATGAATC
AAGAAAAACCATCGTGGTTCCTAAAGGGCATGTATGGGTG

QA 1 520 1 520
DS 

RD RR3GT60JQ 611 0 0
GAGTCGTGGAGATGTCGTGGTTTTCCGATCTCCACAAGACCCTAATAAGCTTCCCATCAA
GAGAGTGGTTGGACTCGAAGGAGATTCTGTAAGCTTTGTGGATGATTCCGATGAATCAAG
AAAAACCATCGTGGTTCCTAAAGGGCATGTATGGGTGCAAGGTGACTATACTCAGAACTC
GAGAGACTCGAGAACCTTTGGTCCTCTACCTTATGGCCTTATTCAAGGCAGAGTGCTTTG
GAGGGTTTGGCCATTTGAAGATTTTGGACCCATTGGACCGACCACAACTTAAGAAATATG
GGTTGGCTCCGGAGTTAGCTTGGTTGGTTCTTTTTTTGGGAAGAGGACCGAGGCGGTTTG
TTAGGTTCGATGACTATTCTATACTCTATAGTGATCTGGTTGTTAAGCCAAGTGAGTCTG
GTTATAGCTAATATAGTTGAGAGACTGACAAAGAGAAATGCCATAGGAGATCATGATAGA
ATAGTGTTGGTGAGTTTGCTGGTGTTTGATACCTTGTATTGTATGTAAGTTTACTGGATA
TCATGATTTATTTTGATTAGATGCCGATGAACTAATTGCCAAGATTTTTTAGCATATAAT
CAAAGAATGAG

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL9291Contig1 840 2 2 U
GTTATCTTCGTCACTCGTTCAAGAGGCTGGTCTTTTCTTGAACGACCTGGTTGGCTCTTG
CTTATTGCCTTCTGGATTGCACAAGCGATTGCAACTGCTGTTGCTGTTTTGGCAGATTGG
GAGTTTGCAAGAATCAAAGGAATAGGGCTTGGGTGGGCTGGTGTTATCTGGCTTTACAGT
ATTGTCTTTTACATTCCATTAGACATGCTCAAGTTCGCAATCCGTTACATACTATCTGGA
ACTGCATGGAATAATCTCATTGACAACAAGACTGCGTTTACTACTAAGCAAAACTATGGG
ATAGAGGAGAGAGAGGCACAATGGGCTCTCGCACAGAGGACTTTACATGGTCTTCAGAAC
CAAGAAACGGCTAGTGTTTTCCCTGAGAAAGGTGGCTACAGAGAACTGTCTGAGATCGCT
GAGCAAGCCAAAAGACGAGCTGAGATCGCTAGGCTTAGGGAACTTCATACGCTTAAAGGA
CATGTAGAGTCAGTGGTGAAGCTTAAGGGACTTGACATTGAGACAGCTGGTCACTACACC
GTTTGATAACAAGATGGACTCAGAGAGATGATTAAGGAATAAGATCGTTTGTTTAAGGGA
TGATAATGATGATAATATCGTAAAATGAGAGGGAATAAAATGTTGTTTTAGTTTATGTTT
TGTGTTTAATTCCTCTAAAACTCCTGGGGTTTTTTTTTCTTTTTCTTCTTCCTTGATTTT
AGACTTAATTATAATTGTGTTTTCAGTTTGCTCTGTGTTGGAGAGAAAAAGATAATATAA
TATTTTCTTAGGTTTATACAATTTTGTTTGTCTTTAGACGAATATAAATTTACTGAAGCC


BQ
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AF RR3AC86TF U 1
AF RR3AC86JQ C 70
BS 1 767 RR3AC86TF
BS 768 840 RR3AC86JQ

RD RR3AC86TF 767 0 0
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CTTATTGCCTTCTGGATTGCACAAGCGATTGCAACTGCTGTTGCTGTTTTGGCAGATTGG
GAGTTTGCAAGAATCAAAGGAATAGGGCTTGGGTGGGCTGGTGTTATCTGGCTTTACAGT
ATTGTCTTTTACATTCCATTAGACATGCTCAAGTTCGCAATCCGTTACATACTATCTGGA
ACTGCATGGAATAATCTCATTGACAACAAGACTGCGTTTACTACTAAGCAAAACTATGGG
ATAGAGGAGAGAGAGGCACAATGGGCTCTCGCACAGAGGACTTTACATGGTCTTCAGAAC
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GAGCAAGCCAAAAGACGAGCTGAGATCGCTAGGCTTAGGGAACTTCATACGCTTAAAGGA
CATGTAGAGTCAGTGGTGAAGCTTAAGGGACTTGACATTGAGACAGCTGGTCACTACACC
GTTTGATAACAAGATGGACTCAGAGAGATGATTAAGGAATAAGATCGTTTGTTTAAGGGA
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TGTGTTTAATTCCTCTAAAACTCCTGGGGTTTTTTTTTCTTTTTCTTCTTCCTTGATTTT
AGACTTAATTATAATTGTGTTTTCAGTTTGCTCTGTGTTGGAGAGAA

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3AC86JQ 771 0 0
TTCTGGATTGCACAAGCGATTGCAACTGCTGTTGCTGTTTTGGCAGATTGGGAGTTTGCA
AGAATCAAAGGAATAGGGCTTGGGTGGGCTGGTGTTATCTGGCTTTACAGTATTGTCTTT
TACATTCCATTAGACATGCTCAAGTTCGCAATCCGTTACATACTATCTGGAACTGCATGG
AATAATCTCATTGACAACAAGACTGCGTTTACTACTAAGCAAAACTATGGGATAGAGGAG
AGAGAGGCACAATGGGCTCTCGCACAGAGGACTTTACATGGTCTTCAGAACCAAGAAACG
GCTAGTGTTTTCCCTGAGAAAGGTGGCTACAGAGAACTGTCTGAGATCGCTGAGCAAGCC
AAAAGACGAGCTGAGATCGCTAGGCTTAGGGAACTTCATACGCTTAAAGGACATGTAGAG
TCAGTGGTGAAGCTTAAGGGACTTGACATTGAGACAGCTGGTCACTACACCGTTTGATAA
CAAGATGGACTCAGAGAGATGATTAAGGAATAAGATCGTTTGTTTAAGGGATGATAATGA
TGATAATATCGTAAAATGAGAGGGAATAAAATGTTGTTTTAGTTTATGTTTTGTGTTTAA
TTCCTCTAAAACTCCTGGGGTTTTTTTTTCTTTTTCTTCTTCCTTGATTTTAGACTTAAT
TATAATTGTGTTTTCAGTTTGCTCTGTGTTGGAGAGAAAAAGATAATATAATATTTTCTT
AGGTTTATACAATTTTGTTTGTCTTTAGACGAATATAAATTTACTGAAGCC

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

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GCGGATTTGGAAGATGTTCAGACCGTGGATCTCATGTCCGAACTCCTCCGCCGTCTCAAA
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TTAAGAGCTGCTGTTGCTTCTAAAACCCCTCTTGGTCTCAAAGCCAAAGAAGCTATGGAC
ATGGGAGCGCTTGTCACTGATGAATTGGTTGTTGGTATAATTGATGAAGCCATGAACAAG
CCAAAATGTCAGAAAGGCTTTATCCTTGATGGGTTTCCCAGGACTGTTGCTCAGGCTGAG
AAGCTAGATGAGATGCTTAAGAAGCGTGGAACTGGAATCGACAAAGTTCTAAACTTTGCT
ATCGATGACTCAGTCCTGGAGGAAAGAATAACCGGGAGATGGATCCACCCATCGAGTGGC
AGGAGTTACCACACCAAATTTGCGCCTCCAAAACCCCTGGAGTTGATGATATTACCGGAG
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TCCACACTCAAACTGAACCGGTGATCGATTACTACGCAAAGAAGGCCGTTCTTACAAACA
TCCACGCCGAGAAGGCTCCACAAGAAGTGACGTCAGAGGTACAGAAAGCATTGTCCTGAT
GACGAAAGAAAGACTGCTCAAGGCAGTCCATCTCCTCTTGAGTTAAAATCCATTCTTTTT
CCTTTCTACAAGAGAGACACACTTCTATATATCTTCTCATTTGCGGAATGACAGTTTTTT
TTCGAGTCTTTTGCGCCTTTTACGTTTTCGACTAACTTTAAACTTTGGGAGAATAATG


BQ
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AF RR3CN77TF U 1
AF RR3CN77JQ C 147
BS 1 704 RR3CN77TF
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ACACAATCTCCAATAGTGAAGGATGAGCTTTGCTTGTGTCATTTATCCACTGGAGACATG
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ATGGGAGCGCTTGTCACTGATGAATTGGTTGTTGGTATAATTGATGAAGCCATGAACAAG
CCAAAATGTCAGAAAGGCTTTATCCTTGATGGGTTTCCCAGGACTGTTGCTCAGGCTGAG
AAGCTAGATGAGATGCTTAAGAAGCGTGGAACTGGAATCGACAAAGTTCTAAACTTTGCT
ATCGATGACTCAGTCCTGGAGGAAAGAATAACCGGGAGATGGATCCACCCATCGAGTGGC
AGGAGTTACCACACCAAATTTGCGCCTCCAAAACCCCTGGAGTTGATGATATTACCGGAG
AGCCTCTGATCCAACGTAAAGATGATAATGCTGAGGTTCTAAGGTCAAGACTTGCAGCTT
TCCACACTCAAACTGAACCGGTGATCGATTACTACGCAAAGAAG*CCGTTCTTACAAACA
TCCACGCCGAGAAG*CTC*ACAAGAAGTGACGTCAGAG*TACAGAAAGCAT
GTCTGATGA

QA 1 771 1 771
DS 

RD RR3CN77JQ 812 0 0
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TGGAACTGGAATCGACAAAGTTCTAAACTTTGCTATCGATGACTCAGTCCTGGAGGAAAG
AATAACCGGGAGATGGATCCACCCATCGAGTGGCAGGAGTTACCACACCAAATTTGCGCC
TCCAAAACCCCTGGAGTTGATGATATTACCGGAGAGCCTCTGATCCAACGTAAAGATGAT
AATGCTGAGGTTCTAAGGTCAAGACTTGCAGCTTTCCACACTCAAACTGAACCGGTGATC
GATTACTACGCAAAGAAGGCCGTTCTTACAAACATCCACGCCGAGAAGGCTCCACAAGAA
GTGACGTCAGAGGTACAGAAAGCATTGTCCTGATGACGAAAGAAAGACTGCTCAAGGCAG
TCCATCTCCTCTTGAGTTAAAATCCATTCTTTTTCCTTTCTACAAGAGAGACACACTTCT
ATATATCTTCTCATTTGCGGAATGACAGTTTTTTTTCGAGTCTTTTGCGCCTTTTACGTT
TTCGACTAACTTTAAACTTTGGGAGAATAATG

QA 1 812 1 812
DS 



AS 1 2

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GCTCTGCAGACTTTAGACTTCATTCACTTTTCTTCTATTTTTTCAAGAAAGGTTCGTTTT
TTATTATCCAAAGGAAGCAAACAGAAAAAAAAGATGCAGGATCTGACGTCAGCTGCAGCG
TATTACCACCACCAGTCGATGCTAATGATGGCGGCGAAGCAACAGCAGCAGCCGGAGTTA
CCGGAGCAAGAACAGCTCAAGTGCCCTCGCTGTGACTCACCCAACACCAAATTCTGTTAC
TACAACAACTACAACTTGTCACAGCCACGTCACTACTGCAAGAACTGTCGTCGTTACTGG
ACCAAAGGCGGTTCCCTCCGTAACATCCCCGTCGGCGGCGGATCTCGTAAGAACACTAAA
CGATCATCTTCTTCTACGTCGAGCAACAATCTCGAGGATAAAACCGTTGCTGTTGTTCCC
GACCAGAAACCTAGCTCGGAGGAGGAGTCCCGCCCGAAATTAGTGGAAGAAGAGAGGAAA
ATGACGGGTCGGGAAATGGATCCGACCCGGATGTTATACGGGTTACCTGTTGGAGATCCG
AGATTCAGTCCGCTGCTGGGTTCGGATGTCGGGAGGATGGGTGGGATTAATTACGAAACC
GGGTCGAATTGGTATCCGGGTATACATTTGGGTTAGGGTCCGGGTATTCGGAGGAATGAT
GGACACGCGTGAAGAAGAATAATATAGATGTCTTTTTCTTTTAGCCATCAACATAAGTAT
ATCACGGCAAAGGATGTCGGTCCATTTAGTGATATAATCTTCTATTTCACCTTCCAGTCA
GTATTTTTTATTTTTATCTTTATCTTTTCACAATTGGCTCCATTGAGTGTTATAGTATAA
TGTATCTAATGATATTATAGTGTGGGATCG


BQ
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BS 698 930 RR3CQ69JQ

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TCC

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A
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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B789TF U 1
AF RR3B789JQ C 430
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BS 829 1362 RR3B789JQ

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ATGACCCAACCGAAAGATTCAAATGCTACCAAAAAAGGAATATGGTAATTTTGAAAGACG
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TCATCGAACTTATGGGTCAAGCAAGTCCTATGTTCATTTCCCACCAGTTGCAACAACCAG
AGCCCGGAAGTATTTCTTGTTCCGATAGCGTTATAAGTTCATTCCGTCGCTTCCACAAAC
AATTCTTTGAATATATATCATTGAATATTTTCACTTCAATCTCTATATACAAACAGATGC
ATGAGGATATCTGTTGGCTAGCTCTATCTAGAAGCCTATATCTGATTCTGCTTCCTTTCC
ACCGTACCTGGTCTGTTGATCGCTCCACGGTTATCTCCAACGATGATAAGCTGAGAATGA
TCAACATTAACGTCTTAAGACGAGCTCCGTGCTCTGTTGGAATCTTTATCTATCGCAAAC
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QA 1 828 1 828
DS 

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AATATATATCATTGAATATTTTCACTTCAATCTCTATATACAAACAGATGCATGAGGATA
TCTGTTGGCTAGCTCTATCTAGAAGCCTATATCTGATTCTGCTTCCTTTCCACCGTACCT
GGTCTGTTGATCGCTCCACGGTTATCTCCAACGATGATAAGCTGAGAATGATCAACATTA
ACGTCTTAAGACGAGCTCCGTGCTCTGTTGGAATCTTTATCTATCGCAAACCCATCGTGG
AACATCATATGACTGAGTATCACAGCAAGATATGTTTAATTTTTAACGATGGAAAGGACG
ATAGAGAGGCTTTGGCGGTAACTAATCGAATGAGACTGACAGAGAAACGGATAAGCTTGA
CTATCATAAGATTCATTCCAAAAATTTCTGAAAAAGAGAATTTGGGGGAGACCTTCGAAA
TGGTTAGTCTGAAGGAGGCCGTGGCTAACATTATTGGGTTCGACGACAAAGAAAATGATG
AATATGTGACTTATATTGATAGAGCGATTTCCGATGGATCTGAGACTTCCAAAATCTTGC
GATCCATGGGCAATGATTATGACTTGTTCGTAGTCGGGAGAAGCTGCGGAGTAGGCACTG
AGGCTACAAATGGAATTAGTGAGTGGGTAGAGTTCGATGAATTGGGACCCCTTGGAGATT
TATTAGCATCACATGAGTTTCCATCTAGAGCGTCAGTGTTGGTTGTACAAAAACAAGAAT
ACATTCATAGTGCCAAAAGCAAAAGAGGGTTATCTAAGTGATGCATGTGAGATATGTTCA
CTGCTCAGCTCTTTGATTTTTGTTTGTCATAAAAATAGTTTAGGATGAAGTTATGGATTC
AATTTTCTTCTGAATATGATATATTGGTGCAAG

QA 1 933 1 933
DS 



AS 1 2

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TTCTTTTGGTTTCGGGGTCCTCGCTTCAGAGACGAGGAAATGCTCTCC


BQ
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AF RR3EY78JQ U 13
AF RR3EY78TF C 1
BS 1 18 RR3EY78TF
BS 19 541 RR3EY78JQ
BS 542 648 RR3EY78TF

RD RR3EY78JQ 529 0 0
AAAAAG
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TTTTTTGTTCTAGATAATAAAAGGTTATATCACCACATCTTTTAGTTTCTTCTTACCTTA
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TGATCATGTCCTGGAGTTCGGCTTCTGTTGGGTTCTGTCCTAGAGACCTCACTGTCCCCA
GCTCCTTGGTGGTAATGCAACCATCGCCATCCTTGTCGAAGAG

QA 7 529 7 529
DS 

RD RR3EY78TF 648 0 0
TTTTTTTCTTTAAAAAGATATTGGTTAACAACAAAGTTTGTTAAAACTTTGAATACTAAG
CTCAACAGATCTCGATCTTTTTTTGTTCTAGATAATAAAAGGTTATATCACCACATCTTT
TAGTTTCTTCTTACCTTACCCATATACATCACTTAGCCATCATAATCTTGACAAACTCCT
CGTAGTTTATCTGACCATCTCCATCAACATCAGCTTCACGGACCATCTCATCAACTTCTT
CATCAGTCAGTTTCTCACCTAGATTCGTCATGACATGGCGGAGCTCAGCAGCGGATATGA
ACCCGTTCTGGTCTTTGTCGAACACCCTGAAAGCTTCCTTGAGCTCTTCCTCCGAGTCCG
TGTCTTTCATCTTTTTAGCCATGAGGTTCAGGAACTCGGGGAAGTCAATGGTGCCGTTGC
CGTCCGCGTCCACTTCGTTGATCATGTCCTGGAGTTCGGCTTCTGTTGGGTTCTGTCCTA
GAGACCTCACTGTCCCCAGCTCCTTGGTGGTAATGCAACCATCGCCATCCTTGTCGAAGA
GGCTAAAAGCTTCCTTGAACTCGGAGATCTGTTCGTCCGTTAGCTGATCCGCCATTTCTT
TTCTTTTGGTTTCGGGGTCCTCGCTTCAGAGACGAGGAAATGCTCTCC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL9296Contig1 840 2 2 U
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CTTCTCTTCACACGCCATTTGCATTCTTCTCTCTCTCTCCTCACTAACCAACGAATCTCT
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TCTTCCGAGCTCAAGCTCGCCGGAACAACCGTCGTTGTTTCTGACGTCTCCCTTAACTCT
GGCTCTGATGCGAAGACGGGGACTATGCCTGCGATCCTCGAGACTGATGACGTGGAAGCT
GCGGTTGCGAAGGCCGTTGCCGCCGGAGCTGTCAAGGTGGAGGAGGAGGATGTCTCGGAG
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GCGAAGGAGAGTGAGAAGGAAGATGACAAAGAGGTCTAACCGTCAACCGTCGGATCTGAT
CTTATTCGTCGGTTTCTGAAAAAACTTTTTTAATATTATCCTATGCTTTTTATTTAGTTT
GTCTATTGTTGGAATCTCCGGTATGAGTAAACCGGATTGATTAGGCTAATGAACTTTTGT
TGTGTTTAATTTCACCCCTTTTGACATAAACTTGGTGAAAGAAATAACGAAAAATCTCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EH55TF U 1
AF RR3EH55JQ C 11
BS 1 606 RR3EH55TF
BS 607 840 RR3EH55JQ

RD RR3EH55TF 614 0 0
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CTTCTCTTCACACGCCATTTGCATTCTTCTCTCTCTCTCCTCACTAACCAACGAATCTCT
CTCTCTCTCTCTAAAACAATGGCTCAGGAAGACGTCGCTGCTGCTGCTAACGGTGCTACT
ACTACCGTGGTGGAGAAGGAGAAGTCTGTTACCTTCACGGCGTACAAGCCTCAGCTGATC
GTTGAAGCACAGAAGGTCGGCGACGCCGTTGCTTTCTACAAGGCGGTGTTTGACGCTGTG
GAGACTGGACGCTCTCTCTACCCTAAGCGTAAGGCTGACCAAGAGCTCCCTCACCTCGTC
TCTTCCGAGCTCAAGCTCGCCGGAACAACCGTCGTTGTTTCTGACGTCTCCCTTAACTCT
GGCTCTGATGCGAAGACGGGGACTATGCCTGCGATCCTCGAGACTGATGACGTGGAAGCT
GCGGTTGCGAAGGCCGTTGCCGCCGGAGCTGTCAAGGTGGAGGAGGAGGATGTCTCGGAG
GTTGGAGTGAAGGGGAAGGTGACGGATCCGTTCGGTTTCACGTGGATCTTTGCTTCTCCG
GCGAAG
AGAGTGAG

QA 1 606 1 606
DS 

RD RR3EH55JQ 830 0 0
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CTAAAACAATGGCTCAGGAAGACGTCGCTGCTGCTGCTAACGGTGCTACTACTACCGTGG
TGGAGAAGGAGAAGTCTGTTACCTTCACGGCGTACAAGCCTCAGCTGATCGTTGAAGCAC
AGAAGGTCGGCGACGCCGTTGCTTTCTACAAGGCGGTGTTTGACGCTGTGGAGACTGGAC
GCTCTCTCTACCCTAAGCGTAAGGCTGACCAAGAGCTCCCTCACCTCGTCTCTTCCGAGC
TCAAGCTCGCCGGAACAACCGTCGTTGTTTCTGACGTCTCCCTTAACTCTGGCTCTGATG
CGAAGACGGGGACTATGCCTGCGATCCTCGAGACTGATGACGTGGAAGCTGCGGTTGCGA
AGGCCGTTGCCGCCGGAGCTGTCAAGGTGGAGGAGGAGGATGTCTCGGAGGTTGGAGTGA
AGGGGAAGGTGACGGATCCGTTCGGTTTCACGTGGATCTTTGCTTCTCCGGCGAAGGAGA
GTGAGAAGGAAGATGACAAAGAGGTCTAACCGTCAACCGTCGGATCTGATCTTATTCGTC
GGTTTCTGAAAAAACTTTTTTAATATTATCCTATGCTTTTTATTTAGTTTGTCTATTGTT
GGAATCTCCGGTATGAGTAAACCGGATTGATTAGGCTAATGAACTTTTGTTGTGTTTAAT
TTCACCCCTTTTGACATAAACTTGGTGAAAGAAATAACGAAAAATCTCGG

QA 1 830 1 830
DS 



AS 1 2

CO CL9297Contig1 784 2 1 U
GGGACGAAGAAGAAGAAGAAGACGACAAGAGTGACGATGAAAGTGAGCTTGGAAGGGAAG
AGAGTGGTGTTGGTACCGTACATGTCGGAACATGTCCCGAAGTACCACAGTTGGATGCAG
GATCCTGCGCTTCTCGAAGCTACTGGATCTGAGCCGTTGAGTCTGGAGCAGGAGTATGAG
ATGCAAATCTCTTGGACTCAAGATCCCAATAAGCGGACTTTCATTGTCTTGGACAAAGAT
TTCATAAAGGGAGACTTGGCTCATGGCGAACCTCATGTAGAAGCCATGACGGGTGATGTG
AACATTTACATGAACGATGTGGATGATCCTAAGGTTGCAGAGGTGGAAATAATGATAGCT
GAGCCCACAAGTCGTGGTAAAGGAATAGGAAAGGAATCTGTGTTGATGATGATGGCTTAT
GCTGTCAAGAACTGGGAGATTCACAAGTTTACAGCCAAGATTGGGGACTCAAACACAGCT
TCCCTCAGCTTATTCCGCAAACTGGGTTTCGAGGACACTTCTCACAGTGAAGTCTTCAAA
TAGGTTACACTAGAGTACACGGTGACAGATCTCCGTCGAGCAGAGCTTTTGAAGTCATTG
GAGGATGATGTCATCACGCACACTCATTCATCTGACAGCCCATCAGATTCGCTGCTAGCA
GGGAAAGCTATTGCATAGGGCCTTTGTTCAATGCCTTATTATTGTTGAAAGAAAAGACAT
AGTTTACCGTGTCTGAGCCTAAACAAAATGATGGTAGCACAATAATATATATGGAGTTTT
ATGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 

AF RR3BB23TF U 1
AF RR3BB23JQ C 153
BS 1 784 RR3BB23TF

RD RR3BB23TF 784 0 0
GGGACGAAGAAGAAGAAGAAGACGACAAGAGTGACGATGAAAGTGAGCTTGGAAGGGAAG
AGAGTGGTGTTGGTACCGTACATGTCGGAACATGTCCCGAAGTACCACAGTTGGATGCAG
GATCCTGCGCTTCTCGAAGCTACTGGATCTGAGCCGTTGAGTCTGGAGCAGGAGTATGAG
ATGCAAATCTCTTGGACTCAAGATCCCAATAAGCGGACTTTCATTGTCTTGGACAAAGAT
TTCATAAAGGGAGACTTGGCTCATGGCGAACCTCATGTAGAAGCCATGACGGGTGATGTG
AACATTTACATGAACGATGTGGATGATCCTAAGGTTGCAGAGGTGGAAATAATGATAGCT
GAGCCCACAAGTCGTGGTAAAGGAATAGGAAAGGAATCTGTGTTGATGATGATGGCTTAT
GCTGTCAAGAACTGGGAGATTCACAAGTTTACAGCCAAGATTGGGGACTCAAACACAGCT
TCCCTCAGCTTATTCCGCAAACTGGGTTTCGAGGACACTTCTCACAGTGAAGTCTTCAAA
TAGGTTACACTAGAGTACACGGTGACAGATCTCCGTCGAGCAGAGCTTTTGAAGTCATTG
GAGGATGATGTCATCACGCACACTCATTCATCTGACAGCCCATCAGATTCGCTGCTAGCA
GGGAAAGCTATTGCATAGGGCCTTTGTTCAATGCCTTATTATTGTTGAAAGAAAAGACAT
AGTTTACCGTGTCTGAGCCTAAACAAAATGATGGTAGCACAATAATATATATGGAGTTTT
ATGG

QA 1 784 1 784
DS 

RD RR3BB23JQ 632 0 0
GCCGTTGAGTCTGGAGCAGGAGTATGAGATGCAAATTTCTTGGACTCAAGATCCCAATAA
GCGGACTTTCATTGTTTTGGACAAAGATTTCATAAAGGGAGACTTGGCTCATGGCGAACC
TCATGTAGAAGCCATGACGGGTGATGTGAACATTTACATGAACGATGTGGATGATCCTAA
GGTTGCAGAGGTGGAAATAATGATAGCTGAGCCCACAAGTCGTGGTAAAGGAATAGGAAA
GGAATTTGTGTTGATGATGATGGCTTATGCTGTCAAGAACTGGGAGATTCACAAGTTTAC
AGCCAAGATTGGGGACTCAAACACAGCTTCCCTCAGCTTATTCCGCAAACTGGGTTTCGA
GGACACTTTTCACAGTGAAGTTTTCAAATAGGTTACACTAGAGTACACGGTGACAGATTT
CCGTCGAGCAGAGCTTTTGAAGTCATTGGAGGATGATGTCATCACGCACACTCATTCATT
TGACAGCCCATCAGATTCGCTGCTAGCAGGGAAAGCTATTGCATAGGGCCTTTGTTCAAT
GCCTTATTATTGTTGAAAGAAAAGACATAGTTTACCGTGTTTGAGCCTAAACAAAATGAT
GGTAGCACAATAATATATATGGAGTTTTATGG

QA 1 632 1 632
DS 



AS 1 2

CO CL9298Contig1 1019 2 8 U
GGACACGCAACTATCTACTCAGAACCTATTACCGCCACTGACACAAAGGCCACAGCAGCT
TAGTCGACATCCCCATAGTCAGTTTCCCGTTCAACAGTCTTCTAAACAACATTTCAGTCA
GATTTCACAACCAGGTCCTTCTTCTGTAAATCCTCCACATAGAACCCAAGTTCAAGGTCT
CAGCGAAACAGCTCCATTCCAACGCCAAAAACAAGTGGTTCCAGCTTCCATCAGCATGGG
TTATAGTATTCAGACTTCAGTTCCAAATCACGCTAACCAGCCATCTCAAGTACCCCAGCC
ACCATTGACAAGCTCTGTGATGCAGCAAGGTGGGCAAATGGTACCACTAAACTATGGCAA
AAGAATAAGCAACGAGGGACCTCATGAATCAATAAACAGACCGTCAAAGATGATAAGAGT
GGATGAAAGGAGAATCGATCCATTCCATGGAGGGCATGCGTCTAACTCAATGCTTCCAAA
TCCAGTACAAGTACAAGAGAGAGCGCATCAGACACATATCTCCCCGGATGTTCAGTCAAC
GTTGCTCCAGCAAGTAATGAACTTGACACCGGAACAGCTGACGTTGCTGACACCAGAGCA
ACAGCAAGAAGTCATGAAGCTGCAACAAGCTCTCAAGCAGCATTCATAGCATTGAGGTTG
GTTCGTTGGTTCCATTTGATTGAAACTTGCAGAGATGGAAAGAGTTTTCGCACACAGTTT
ACAATAGAAAGAAGAAGGATTCTCTCACTTGAATCGGTGAGTGATTGTATTATTAGTGTA
GCATTTATTTTGTGCTGAGTTTGTCTTATAGTCATAGAAATATCCAGCCATCAATAATAT
AAAAGAGAAAGTTACAAGTCAAAGAAGTCTCAGAACAACTGTGTCGTCTACTCCTCTCTC
TCTCTGTTTTTCTTTCTTTTTTGCTTTAACTAAACCATCCTTCGCTTTCACTTTATATCA
TGTAGCAACTGGTTAGTACTTCAGTGAATAAACATTTTTATTTCACCAAAGCTTTTACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH15TF U 1
AF RR3DH15JQ C 213
BS 1 656 RR3DH15TF
BS 657 657 RR3DH15JQ
BS 658 684 RR3DH15TF
BS 685 685 RR3DH15JQ
BS 686 707 RR3DH15TF
BS 708 708 RR3DH15JQ
BS 709 723 RR3DH15TF
BS 724 1019 RR3DH15JQ

RD RR3DH15TF 729 0 0
GGACACGCAACTATCTACTCAGAACCTATTACCGCCACTGACACAAAGGCCACAGCAGCT
TAGTCGACATCCCCATAGTCAGTTTCCCGTTCAACAGTCTTCTAAACAACATTTCAGTCA
GATTTCACAACCAGGTCCTTCTTCTGTAAATCCTCCACATAGAACCCAAGTTCAAGGTCT
CAGCGAAACAGCTCCATTCCAACGCCAAAAACAAGTGGTTCCAGCTTCCATCAGCATGGG
TTATAGTATTCAGACTTCAGTTCCAAATCACGCTAACCAGCCATCTCAAGTACCCCAGCC
ACCATTGACAAGCTCTGTGATGCAGCAAGGTGGGCAAATGGTACCACTAAACTATGGCAA
AAGAATAAGCAACGAGGGACCTCATGAATCAATAAACAGACCGTCAAAGATGATAAGAGT
GGATGAAAGGAGAATCGATCCATTCCATGGAGGGCATGCGTCTAACTCAATGCTTCCAAA
TCCAGTACAAGTACAAGAGAGAGCGCATCAGACACATATCTCCCCGGATGTTCAGTCAAC
GTTGCTCCAGCAAGTAATGAACTTGACACCGGAACAGCTGACGTTGCTGACACCAGAGCA
ACAGCAAGAAGTCATGAAGCTGCAACAAGCTCTCAAGCAGCATTCATAGCATTGAG*TTG
GTTCGTTGGTTCCATTTGATTGAA*CTTGCAGAGATGGAAAGAGTTT*CGCACACAGTTT
ACA
TAGAAA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3DH15JQ 807 0 0
CAAGT
GTTCCAGCTTCCATCAGCATGGGTTATAGTATTCAGACTTCAGTTCCAAATCACGCTAAC
CAGCCATCTCAAGTACCCCAGCCACCATTGACAAGCTCTGTGATGCAGCAAGGTGGGCAA
ATGGTACCACTAAACTATGGCAAAAGAATAAGCAACGAGGGACCTCATGAATCAATAAAC
AGACCGTCAAAGATGATAAGAGTGGATGAAAGGAGAATCGATCCATTCCATGGAGGGCAT
GCGTCTAACTCAATGCTTCCAAATCCAGTACAAGTACAAGAGAGAGCGCATCAGACACAT
ATCTCCCCGGATGTTCAGTCAACGTTGCTCCAGCAAGTAATGAACTTGACACCGGAACAG
CTGAGGTTGCTGACACCAGAGCAACAGCAAGAAGTCATGAAGCTGCAACAAGCTCTCAAG
CAGCATTCATAGCATTGAGGTTGGTTCGTTGGTTCCATTTGATTGAAACTTGCAGAGATG
GAAAGAGTTTTCGCACACAGTTTACAATAGAAAGAAGAAGGATTCTCTCACTTGAATCGG
TGAGTGATTGTATTATTAGTGTAGCATTTATTTTGTGCTGAGTTTGTCTTATAGTCATAG
AAATATCCAGCCATCAATAATATAAAAGAGAAAGTTACAAGTCAAAGAAGTCTCAGAACA
ACTGTGTCGTCTACTCCTCTCTCTCTCTGTTTTTCTTTCTTTTTTGCTTTAACTAAACCA
TCCTTCGCTTTCACTTTATATCATGTAGCAACTGGTTAGTACTTCAGTGAATAAACATTT
TTATTTCACCAAAGCTTTTACC

QA 6 807 6 807
DS 



AS 1 2

CO CL9299Contig1 829 2 6 U
GACAGCTGCTAAGATGATTCTTCAAAACAGCGAGGCAATGGTTTCGATTGATATGCCTGC
TGGCCCTTCAGAAGTTCTAGTCATCGCTGATGAACATGCTAATCCAGTTTACATTGCAGC
AGACTTGCTTTCTCAGGCTGAGCATGGTCCAGATAGTCAAGTTGTTCTTGTCGTTGTAGG
CGACGGTGTAGACCTCAAAGCCATCGAAGACGAAATCTCCAAACAGTGCAAAAGCCTTCC
TAGAGGAGAGTTTGCTTCAAAAGCACTTAGTCACAGTTTCACCGTATTTGCTCGAGATAT
GATTGAGGCAATAACTTTCTCAAACCTGTATGCACCCGAACACTTGACCATCAACGTCAA
AGACGCTGAGAAATGGGAAGGACTGATCGAAAACGCAGGTTCCGTTTTCGTAGGGCCGTG
GACGCCAGAGAGTGTTGGCGATTACACTAGCGGCACAAACCACGTTCTTCCAACGTATGG
TTACGCGAGAATGTACAGCGGCGTCTCTCTCGACTCTTTCTTGAAGTTCATGACTGTGCA
GTCCTTGACGGAGGAAGGTCTGAGAAACCTTGGTCCTTATGTGGCGACTATGGCTGAGAT
CGAAGGTCTAGATGCACACAAGAGAGCCGTTACTCTCAGACTGAAGGATATTGAAGCTAA
ACAGCCTTCTCAGACCTCCAAGTGAATGAACGCCAAAGTTTCAGATTTCAAAGGAGGCAA
ACTTGGTTTCTTTAGATTGTTTGATGATATAAATAAAGAGATGTCACAACACTCTTTTGT
CATAACCTGGATTGGTTTCTTTACAAATGACACAGACACTTAAGTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BL94TF U 1
AF RR3BL94JQ C 125
BS 1 605 RR3BL94TF
BS 606 606 RR3BL94JQ
BS 607 646 RR3BL94TF
BS 647 647 RR3BL94JQ
BS 648 709 RR3BL94TF
BS 710 829 RR3BL94JQ

RD RR3BL94TF 709 0 0
GACAGCTGCTAAGATGATTCTTCAAAACAGCGAGGCAATGGTTTCGATTGATATGCCTGC
TGGCCCTTCAGAAGTTCTAGTCATCGCTGATGAACATGCTAATCCAGTTTACATTGCAGC
AGACTTGCTTTCTCAGGCTGAGCATGGTCCAGATAGTCAAGTTGTTCTTGTCGTTGTAGG
CGACGGTGTAGACCTCAAAGCCATCGAAGACGAAATCTCCAAACAGTGCAAAAGCCTTCC
TAGAGGAGAGTTTGCTTCAAAAGCACTTAGTCACAGTTTCACCGTATTTGCTCGAGATAT
GATTGAGGCAATAACTTTCTCAAACCTGTATGCACCCGAACACTTGACCATCAACGTCAA
AGACGCTGAGAAATGGGAAGGACTGATCGAAAACGCAGGTTCCGTTTTCGTAGGGCCGTG
GACGCCAGAGAGTGTTGGCGATTACACTAGCGGCACAAACCACGTTCTTCCAACGTATGG
TTACGCGAGAATGTACAGCGGCGTCTCTCTCGACTCTTTCTTGAAGTTCATGACTGTGCA
GTCCTTGACGGAGGAAGGTCTGAGAAACCTTGGTCCTTATGTGGCGACTATGGCTGAGAT
CGAAG*TCTAGATGCACACAAGAGAGCCGTTACTCTCAGACTGAAG*ATATTGAAGCTAA
ACAGCCTTCTCAGACCTCCAAGTGAATGAACGCCAAAGTTTCAGATTTC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3BL94JQ 705 0 0
TTGCTTTCTCAGGCTGAGCATGGTCCAGATAGTCAAGTTGTTCTTGTCGTTGTAGGCGAC
GGTGTAGACCTCAAAGCCATCGAAGACGAAATCTCCAAACAGTGCAAAAGCCTTCCTAGA
GGAGAGTTTGCTTCAAAAGCACTTAGTCACAGTTTCACCGTATTTGCTCGAGATATGATT
GAGGCAATAACTTTCTCAAACCTGTATGCACCCGAACACTTGACCATCAACGTCAAAGAC
GCTGAGAAATGGGAAGGACTGATCGAAAACGCAGGTTCCGTTTTCGTAGGGCCGTGGACG
CCAGAGAGTGTTGGCGATTACACTAGCGGCACAAACCACGTTCTTCCAACGTATGGTTAC
GCGAGAATGTACAGCGGCGTCTCTCTCGACTCTTTCTTGAAGTTCATGACTGTGCAGTCC
TTGACGGAGGAAGGTCTGAGAAACCTTGGTCCTTATGTGGCGACTATGGCTGAGATCGAA
GGTCTAGATGCACACAAGAGAGCCGTTACTCTCAGACTGAAGGATATTGAAGCTAAACAG
CCTTCTCAGACCTCCAAGTGAATGAACGCCAAAGTTTCAGATTTCAAAGGAGGCAAACTT
GGTTTCTTTAGATTGTTTGATGATATAAATAAAGAGATGTCACAACACTCTTTTGTCATA
ACCTGGATTGGTTTCTTTACAAATGACACAGACACTTAAGTTTAT

QA 1 705 1 705
DS 



AS 1 2

CO CL9300Contig1 926 2 2 U
GTTCTCTAGATCAGTTCTTGTCTGCTGCCGTTGATGCCGCTCAGAAAGCTGGACAGGTGA
TTCGTAAAGGCTTTTACGAGACCAAACATGTTGAACACAAAGGCCAGGTGGATCTGGTGA
CAGAGACTGATAAAGGCTGTGAAGAACTCGTTTTTAACCATCTCAAGCACCTCTTTCCCA
ATCACAAGTTCATTGGAGAAGAGACAACAGCTGCAAATGGTGTGACTGAATTAACAGACG
AACCTACTTGGATTGTTGATCCTCTTGATGGAACTACTAATTTCGTTCACGGGTTCCCTT
TTGTCTGTGTGTCCATTGGCCTTACCATTGGGAAAGTCCCTGTCGTTGGCGTTGTCTATA
ATCCGATTATGGATGAGCTATTCACCGGTGTCCAAGGGAAAGGAGCTCTCTTGAATGGAA
AACCAATCAAAGTGTCAACTCAGAGTGAGCTTGTAACCGCTTTGCTCCTAGCAGAGGCGG
GCACTAAGCGAGATAAAGCTACATTAGACGATGCTACCAACCGGATCAACAGTCTGCTAA
CCAAGGTTAGGTCTCTGAGGATGGGTGGCTCGTGCGCACTGGACCTCTGCGGTGTCGCTT
GTGGAAAGGGAGACATCTTCTATGAAATCGGTTTCGGCGGTCCATGGGACATTGCAGCTG
GAATTGTGATTGTTAGAGAAGCTGGTGGACTTATCTTTGATCCATCCGGTAAAGAGTTGG
ACATCACATCGCAGAGAATTGCGGCGTCAAATGCTTCACTCAAGGAGTTGTTCGTGGAGG
CGTTGCGGCTTACAAATGTGTGAAAAGTTATTCTATTCTTTGCTTATGGTCACACCTTAT
GAACCATATATGATTCATGTGACAAACTAAAGCATTTCTTTTTTTGAACTATGTCCACAA
CCAACTGAATTTTTTCTTGAGGTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A047TF U 1
AF RR3A047JQ C 175
BS 1 750 RR3A047TF
BS 751 926 RR3A047JQ

RD RR3A047TF 758 0 0
GTTCTCTAGATCAGTTCTTGTCTGCTGCCGTTGATGCCGCTCAGAAAGCTGGACAGGTGA
TTCGTAAAGGCTTTTACGAGACCAAACATGTTGAACACAAAGGCCAGGTGGATCTGGTGA
CAGAGACTGATAAAGGCTGTGAAGAACTCGTTTTTAACCATCTCAAGCACCTCTTTCCCA
ATCACAAGTTCATTGGAGAAGAGACAACAGCTGCAAATGGTGTGACTGAATTAACAGACG
AACCTACTTGGATTGTTGATCCTCTTGATGGAACTACTAATTTCGTTCACGGGTTCCCTT
TTGTCTGTGTGTCCATTGGCCTTACCATTGGGAAAGTCCCTGTCGTTGGCGTTGTCTATA
ATCCGATTATGGATGAGCTATTCACCGGTGTCCAAGGGAAAGGAGCTCTCTTGAATGGAA
AACCAATCAAAGTGTCAACTCAGAGTGAGCTTGTAACCGCTTTGCTCCTAGCAGAGGCGG
GCACTAAGCGAGATAAAGCTACATTAGACGATGCTACCAACCGGATCAACAGTCTGCTAA
CCAAGGTTAGGTCTCTGAGGATGGGTGGCTCGTGCGCACTGGACCTCTGCGGTGTCGCTT
GTGGAAAGGGAGACATCTTCTATGAAATCGGTTTCGGCGGTCCATGGGACATTGCAGCTG
GAATTGTGATTGTTAGAGAAGCTGGTGGACTTATCTTTGATCCATCCGGTAAAGAGTTGG
ACATCACATCGCAGAGAATTGCGGCGTCAA
TGCTTCAC

QA 1 750 1 750
DS 

RD RR3A047JQ 752 0 0
TTCCCAATCACAAGTTCATTGGAGAAGAGACAACAGCTGCAAATGGTGTGACTGAATTAA
CAGACGAACCTACTTGGATTGTTGATCCTCTTGATGGAACTACTAATTTCGTTCACGGGT
TCCCTTTTGTCTGTGTGTCCATTGGCCTTACCATTGGGAAAGTCCCTGTCGTTGGCGTTG
TCTATAATCCGATTATGGATGAGCTATTCACCGGTGTCCAAGGGAAAGGAGCTCTCTTGA
ATGGAAAACCAATCAAAGTGTCAACTCAGAGTGAGCTTGTAACCGCTTTGCTCCTAGCAG
AGGCGGGCACTAAGCGAGATAAAGCTACATTAGACGATGCTACCAACCGGATCAACAGTC
TGCTAACCAAGGTTAGGTCTCTGAGGATGGGTGGCTCGTGCGCACTGGACCTCTGCGGTG
TCGCTTGTGGAAGGGGAGACATCTTCTATGAAATCGGTTTCGGCGGTCCATGGGACATTG
CAGCTGGAATTGTGATTGTTAGAGAAGCTGGTGGACTTATCTTTGATCCATCCGGTAAAG
AGTTGGACATCACATCGCAGAGAATTGCGGCGTCAAATGCTTCACTCAAGGAGTTGTTCG
TGGAGGCGTTGCGGCTTACAAATGTGTGAAAAGTTATTCTATTCTTTGCTTATGGTCACA
CCTTATGAACCATATATGATTCATGTGACAAACTAAAGCATTTCTTTTTTTGAACTATGT
CCACAACCAACTGAATTTTTTCTTGAGGTTAT

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL9301Contig1 574 2 1 U
TTTTGTTTATCTTTAATCGTTTACCTAAACAGATATCTCAAAACAAAAATCCCTAAAGAA
GTTTATAATACAAAAATGGCCTCAAGTTCTATGAGTTCGTCTTGGACATCTAAACAAAAT
AAAATCTTCGAGAGGGCTTTAGCCGTTTACGACAAAGACACTCCCGACCGTTGGCAAAAC
GTGGCAAAGGCCGTCGGAAGTAAATCGGCAGAGGAAGTCAAACGTCACTATGTCATTCTC
GTCGAAGATATTAGGAACATCGAACAAGACTCAGTCCCTTTGCCCAAATACAAGACCATC
GATGTTGTAAGTAAATCACGAGGCATCAATGACTTTGACCTGAGGTTAATGAAGAATATG
AGAATCCAGTGAAGTACACATTGATATGAAGCAATACTGATATGCAAACATTCAGATGAA
TATGTTCGCTTGCTGATGATCACTGATCATTGTCTCGTTATCTTTTCACTCTGCTACATA
TTTATTTGTCTTTCTTTTTTTTTCACATCAAATAAATCAAATTCTGTATCTATTATGGTT
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AF RR3BC35JQ C 1
AF RR3BC35TF U 1
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AAAATCTTCGAGAGGGCTTTAGCCGTTTACGACAAAGACACTCCCGACCGTTGGCAAAAC
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GATGTTGTAAGTAAATCACGAGGCATCAATGACTTTGACCTGAGGTTAATGAAGAATATG
AGAATCCAGTGAAGTACACATTGATATGAAGCAATACTGATATGCAAACATTCAGATGAA
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QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

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AF RR3FN22TF U 1
AF RR3FN22JQ C 273
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ATGA

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QA 1 568 1 568
DS 



AS 1 2

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AATGCTCCTCCTGTATGAATATGGATGTAAAGAAAATAAAAACTGTAAACTGTTCAAGTT
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CY43JQ C 1
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DS 

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ATATCGAGCTTCAAGTTCTCTACACAGATGAGAAGATGAGAATAAGTCGTGGGTTTGATA
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AATGCTCCTCCTGTATGAATATGGATGTAAAGAAAATAAAAACTGTAAACTGTTCAAGTT
AATATTGAGTTTTCTGACCAATATAGTTTTTTCAG

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AI38JQ C 1
AF RR3AI38TF U 1
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DS 

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QA 1 711 1 711
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BR88TF U 1
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TTT
TCGACTCTGTTTTGATGC

QA 1 783 1 783
DS 

RD RR3BR88JQ 744 0 0
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CCCTAATGGCTTATCACTTGGCAAAGATGGCTCCTTTTTCATTTTCTGTGAAGGATCAAT
TGGAAGATTACGGAAATACTGGTTGAAAGGGGAAAAAGCAGGAACATCAGAAGTGGTAGC
TCTATTACATGGGTTCCCGGACAACATCCGAACAAACAAAGACGGAGATTTCTGGGTGGC
GGTCCACTGTCACCGCAACATATTCACACACGTGATGGCGCATCACCCAAAAGTGAGGAA
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GATGGGAAGTGTATTGATGTCTTTCATTGCAGTATATGACTTGCCTTAGTTTCAAAAAAA
TAACTTTTGCAGATTTATTGTAGTTGCCACGGGATTGCAACATTTCTTTATCGAACTCTG
TTTTTGATGCAAACAATAAAATAA

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL9306Contig1 575 2 1 U
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TAGTTTAATCACTCATATGAAGATCATTGACTGATGATTTTGACCTGCGAGAAATTGTGC
AAATGGAGAAAATGCATAGGTATACTTGTTAAAAAGTTTTGGGTTCACCATGGTTGGCAT
TTACTATTTAACTAGATTTTGATCCGCCCTTAAAAAGGCGGGTATATTTTCTGTTTTAAA
TTTAATTTTTGATATTTGTTTTTTATTTCTGATTATATTTGTATGTTTTTGTAATCATAT
TTATGTATAAATTTTAATCAAAATTTATTTTTATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GS09JQ C 1
AF RR3GS09TF U 1
BS 1 575 RR3GS09TF

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TTATGTATAAATTTTAATCAAAATTTATTTTTATT

QA 1 575 1 575
DS 

RD RR3GS09TF 575 0 0
GCACAAAGAGCGCCCTGACCGTCTCATAGACATGTTAACAAGCAGCCATCGAAAGGTGTT
GGCTTGCGTGGTATGTGGCCGCCTGAAAAGGGCGTTCCAGATTGCGTCCAAAAGCGGTAG
TGTGGCTGATGTTCAATATGTAGCTCATCAAGCCTCACATGCCAATTCGCACACTGTACT
CGGTATGTGCAAGCAATGGCTATCTCAAAACATGTAAAGCCTTGTAATCTCCATGACATC
GGTTCAAAGGCAACGTAAAGAAAAACCTCTTGAGGTTGTTTAAAAGAACCTGGTGGAAAA
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AAATGGAGAAAATGCATAGGTATACTTGTTAAAAAGTTTTGGGTTCACCATGGTTGGCAT
TTACTATTTAACTAGATTTTGATCCGCCCTTAAAAAGGCGGGTATATTTTCTGTTTTAAA
TTTAATTTTTGATATTTGTTTTTTATTTCTGATTATATTTGTATGTTTTTGTAATCATAT
TTATGTATAAATTTTAATCAAAATTTATTTTTATT

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

CO CL9307Contig1 746 2 2 U
GGATTCTTACATTCATATCAACAACTAGGACATTCCAACAACTATGGCTCACACTGACTC
TCTCCTCCCATCCCTCTTCCTCTCCCTCCTCCTCATCGCCACCGTTGTCTTCGCATCGGC
CCCGGCCGAACAAGAATGCGTCTACACATTTAAAATCAAAACCGGAACGAGAGATAGCTC
CGGCACCGATTCGATCATAGGGGCTTCAATCTCGGACAAATCCGGACAGCACATCGACAT
TGGAGACCTAGAGAAATGGGGTGGTGTAATGGGACAAGGTCACAACTACTACGAGAACGG
CAATCTTGATATTTTCAGTGGGACAGTCCGTGTCTTCCGAGCCCAGTATGCTTTTTGAAT
CTGAACTCTGACGGCTCCGGTAATAAGCCCGGCTGGTATGTTAAATACGTGGAAGTAAAG
ACGACCAGACCTGGAGTTGAGACCAAGCGTCAGTACTTCGATGTAGAGCAATGGCTTGCC
GTCGACGAGCCGCCGCATGAGCTATCTGTCGAACGGAACAACTGCCTACAGACGTTGAGT
ACCGGTGTCGGTGTTGGGTGTGAGAACAGGAAGTGCATCTCTTCAATCATATGAAATAAT
GAAGGTGTCGAGGAAAGTAACACGGCAATATATAATGAACGTTCATATATAATGCAAAAT
TGAATAAAATTGTCTGTCGACGCGTGATAGCAATAATGTAGATTGAACAAAACTGCCTCC
TTGTGAGTGTGGGATGGCATTGATTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 0 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AF18TF U 1
AF RR3AF18JQ C 291
BS 1 744 RR3AF18TF
BS 745 746 RR3AF18JQ

RD RR3AF18TF 746 0 0
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TGGAGACCTAGAGAAATGGGGTGGTGTAATGGGACAAGGTCACAACTACTACGAGAACGG
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CTGAACTCTGACGGCTCCGGTAATAAGCCCGGCTGGTATGTTAAATACGTGGAAGTAAAG
ACGACCAGACCTGGAGTTGAGACCAAGCGTCAGTACTTCGATGTAGAGCAATGGCTTGCC
GTCGACGAGCCGCCGCATGAGCTATCTGTCGAACGGAACAACTGCCTACAGACGTTGAGT
ACCGGTGTCGGTGTTGGGTGTGAGAACAGGAAGTGCATCTCTTCAATCATATGAAATAAT
GAAGGTGTCGAGGAAAGTAACACGGCAATATATAATGAACGTTCATATATAATGCAAAAT
TGAATAAAATTGTCTGTCGACGCGTGATAGCAATAATGTAGATTGAACAAAACTGCCTCC
TTGTGAGTGTGGGATGGCATTGAT
CT

QA 1 744 1 744
DS 

RD RR3AF18JQ 456 0 0
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CTTTTTGAATTTGAATTTTGACGGCTCCGGTAATAAGCCCGGCTGGTATGTTAAATACGT
GGAAGTAAAGACGACCAGACCTGGAGTTGAGACCAAGCGTCAGTATTTCGATGTAGAGCA
ATGGCTTGCCGTCGACGAGCCGCCGCATGAGCTATCTGTCGAACGGAACAACTGCCTACA
GACGTTGAGTACCGGTGTCGGTGTTGGGTGTGAGAACAGGAAGTGCATTTTTTCAATCAT
ATGAAATAATGAAGGTGTCGAGGAAAGTAACACGGCAATATATAATGAACGTTCATATAT
AATGCAAAATTGAATAAAATTGTCTGTCGACGCGTGATAGCAATAATGTAGATTGAACAA
AACTGCCTCCTTGTGAGTGTGGGATGGCATTGATTT

QA 1 456 1 456
DS 



AS 1 2

CO CL9308Contig1 770 2 2 U
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CCAAGCATTCCTCTCAAGCTGGATCTGATGAGTCTCAGGAGTCTGATGGAGATGAAACTG
GTTATATAAACCAAACTGAGAATGAAGGATCAGTTACCAAGGATTTAGGTTCTTTACCTC
CCAAGTCCTCAAATGATGAAGACAAGGATGAGAATGTTATTATTACACCAGTTGTTCTCA
TCCCAGCCATTAAAGGCAGCCGGGAGAATCACGGCTTGACACTGAAGAAGTCTAATGTTT
CATGGGCGGATGACGTGTATGACCCTCCTCCCTCCATAGCCTCGCACACAAGAAACAAGA
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AGAAGAACTCTTCCTCTCGTAGTAGCAAGGACAAGAAGCAAGCCGCTCGCAAACACAGCC
GCGAGAAGTTTGATTGGGTAACCCAGCTGCCTATTGTTGCAGCATCTTCTTGAATAGCTC
ATTGGCTGGCTTGTAACCAAAGCACATCCATGAGCTTGGCTCCCTCTTTGTCTAATAAAT
AATCAAATCACGTTTGTGTGTGTGTTTCAGTTCGACTTCAGCTTTTCCTTTGGGTAATGT
TCAAATACTAAAACACTATTGTGAAGACTTTGTTGAAGTTTGGTTCTTGCTTTTTTTCTT
TTTGTAATTTAAGTTTCATCTTTGTGAAATAACTCAATGGAGACTTTGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GI23TF U 1
AF RR3GI23JQ C 41
BS 1 746 RR3GI23TF
BS 747 770 RR3GI23JQ

RD RR3GI23TF 746 0 0
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CCAAGCATTCCTCTCAAGCTGGATCTGATGAGTCTCAGGAGTCTGATGGAGATGAAACTG
GTTATATAAACCAAACTGAGAATGAAGGATCAGTTACCAAGGATTTAGGTTCTTTACCTC
CCAAGTCCTCAAATGATGAAGACAAGGATGAGAATGTTATTATTACACCAGTTGTTCTCA
TCCCAGCCATTAAAGGCAGCCGGGAGAATCACGGCTTGACACTGAAGAAGTCTAATGTTT
CATGGGCGGATGACGTGTATGACCCTCCTCCCTCCATAGCCTCGCACACAAGAAACAAGA
AGCAGCAGCAGCAGAAGTCCAAGAGCAAAGACAACCACAAGAAGACCGGAAAGAAAGGTC
AGAAGAACTCTTCCTCTCGTAGTAGCAAGGACAAGAAGCAAGCCGCTCGCAAACACAGCC
GCGAGAAGTTTGATTGGGTAACCCAGCTGCCTATTGTTGCAGCATCTTCTTGAATAGCTC
ATTGGCTGGCTTGTAACCAAAGCACATCCATGAGCTTGGCTCCCTCTTTGTCTAATAAAT
AATCAAATCACGTTTGTGTGTGTGTTTCAGTTCGACTTCAGCTTTTCCTTTGGGTAATGT
TCAAATACTAAAACACTATTGTGAAGACTTTGTTGAAGTTTGGTTCTTGCTTTTTTTCTT
TTTGTAATTTAAGTTTCATCTTTGTG

QA 1 746 1 746
DS 

RD RR3GI23JQ 730 0 0
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GTCTGATGGAGATGAAACTGGTTATATAAACCAAACTGAGAATGAAGGATCAGTTACCAA
GGATTTAGGTTCTTTACCTCCCAAGTCCTCAAATGATGAAGACAAGGATGAGAATGTTAT
TATTACACCAGTTGTTCTCATCCCAGCCATTAAAGGCAGCCGGGAGAATCACGGCTTGAC
ACTGAAGAAGTCTAATGTTTCATGGGCGGATGACGTGTATGACCCTCCTCCCTCCATAGC
CTCGCACACAAGAAACAAGAAGCAGCAGCAGCAGAAGTCCAAGAGCAAAGACAACCACAA
GAAGACCGGAAAGAAAGGTCAGAAGAACTCTTCCTCTCGTAGTAGCAAGGACAAGAAGCA
AGCCGCTCGCAAACACAGCCGCGAGAAGTTTGATTGGGTAACCCAGCTGCCTATTGTTGC
AGCATCTTCTTGAATAGCTCATTGGCTGGCTTGTAACCAAAGCACATCCATGAGCTTGGC
TCCCTCTTTGTCTAATAAATAATCAAATCACGTTTGTGTGTGTGTTTCAGTTCGACTTCA
GCTTTTCCTTTGGGTAATGTTCAAATACTAAAACACTATTGTGAAGACTTTGTTGAAGTT
TGGTTCTTGCTTTTTTTCTTTTTGTAATTTAAGTTTCATCTTTGTGAAATAACTCAATGG
AGACTTTGTT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL9309Contig1 847 2 6 U
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AAGACACAGCCTGAAGCTATAATCGAGATGGTCAAAGACAACGAAGACAAGATGTGCGAG
GTTCTGTTTCAAGATTTAGGCAAACACAGTACTGAAGCTTTTAGAGATGAGCTTGGTTTT
GTCATGAGATCAGCTACTACTGCTTTAAGCAGTCTTGATAAATGGGTTGTTCCCAGAAAG
AGAAACCTTCCTCTGTTGTTCTACCCAGCAACAGGGAAAGTGATCTCAGAACCGTATGGG
ACGGTTCTTGTTCTGTCTAGCTGGAACTTTCCTATTTCTTTGTCTTTGGACCCAATGATT
GGGGCAATATCAGCAGGAAATACCGTGCTACTCAAGGCATCTGAACTGAGCCCTAACGCA
TCTGCCTTCCTCGCCAAGACGATCCCGTCTTATCTAGACACTAAAGCCATCAAAGTTATC
GAAGGAGGACCTGATGTCGCGACTATCCTCTCGCAGCATCAATGGGATAAGATCTTCTTC
ACTGGGAGTCCAAGAATCGGAAAGATTATAATGGCTGCAGCTGCAGAGCATTTGACTCCT
GTGACATTGGAGCTTGGTGGAAAATGTCCCACCATTATTGATCACCACTCTGTTTCAAAG
GACATGAAGTCCATTGTGAAGAGGATCTCGGGAGTAAATGGGGATCTTGCAGTGGACAAG
CTTGCATCTCCGTTGATTACGTTCTTGTTGAACAGAGTTTTGCGTCTTCTCTGATTGAAA
TGTTGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3HA95TF U 1
AF RR3AD08TF U 8
BS 1 130 RR3HA95TF
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BS 132 197 RR3HA95TF
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BS 199 593 RR3HA95TF
BS 594 847 RR3AD08TF

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AGCTTGAGAGAGATGAGAGAGACATTTGCGAGCGGTAGGACGAGGAGTGTGAAGTGGAGG
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GTTCTGTTTCAAGATTTGGGCAAACACAGTACTGAAGCTTTTAGAGATGAGCTTGGTTTT
GTCATGAGATCAGCTACTACTGCTTTAAGCAGTCTTGATAAATGGGTTGTTCCCAGAAAG
AGAAACCTTCCTCTGTTGTTCTACCCAGCAACAGGGAAAGTGATCTCAGAACCGTATGGG
ACGGTTCTTGTTCTGTCTAGCTGGAACTTTCCTATTTCTTTGTCTTTGGACCCAATGATT
GGGGCAATATCAGCAGGAAATACCGTGCTACTCAAGGCATCTGAACTGAGCCCTAACGCA
TCTGCCTTCCTCGCCAAGACGATCCCGTCTTATCTAGACACTAAAGCCATCAAAGTTATC
GAAGGAGGACCTGATGTCGCGACTATCCTCTCGCAGCATCAATGGGATAAGAT

QA 1 593 1 593
DS 

RD RR3AD08TF 840 0 0
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GAGGGATGAGAGAGACATTTGCGAGCGGTAGGACGAGGAGTGTGAAGTGGAGGAAGACAC
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TTCAAGATTTAGGCAAACACAGTACTGAAGCTTTTAGAGATGGGCTTGGTTTTGTCATGA
GATCAGCTACTACTGCTTTAAGCAGTCTTGATAAATGGGTTGTTCCCAGAAAGAGAAACC
TTCCTCTGTTGTTCTACCCAGCAACAGGGAAAGTGATCTCAGAACCGTATGGGACGGTTC
TTGTTCTGTCTAGCTGGAACTTTCCTATTTCTTTGTCTTTGGACCCAATGGTTGGGGCAA
TATCAGCAGGAAATACCGTGCTACTCAAGGCATCTGAACTGAGCCCTAACGCATCTGCCT
TCCTCGCCAAGACGATCCCGTCTTATCTAGACACTAAAGCCATCAAAGTTATCGAAGGAG
GACCTGATGTCGCGACTATCCTCTTGCAGCATCAATGGGATAAGATCTTCTTCACTGGGA
GTCCAAGAATCGGAAAGATTATAATGGCTGCAGCTGCAGAGCATTTGACTCCTGTGACAT
TGGAGCTTGGTGGAAAATGTCCCACCATTATTGATCACCACTCTGTTTCAAAGGACATGA
AGTCCATTGTGAAGAGGATCTCGGGAGTAAATGGGGATCTTGCAGTGGACAAGCTTGCAT
CTCCGTTGATTACGTTCTTGTTGAACAGAGTTTTGCGTCTTCTCTGATTGAAATGTTGAA

QA 1 840 1 840
DS 



AS 1 2

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TCGTGGAAGCAAACTCGGAGGGAGATGCTCTTTACGCTCTACGAAAGAGCTTATCGGACC
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TCACCTGTAACCAAGACAACCGCGTCACTCGTGTGGATTTGGGTAATTCTAACCTTTCTG
GACATCTAGCACCTGAGCTTGGGAAGCTCGAACATCTACAGTATTTGGAGCTGTACAAGA
ACAACATCCAAGGAACTATACCTTCTGAACTTGCAAACCTGAAGAGCCTCATCAGCTTGG
ATCTCTATAACAACAATCTCACGGGGAAGATTCCTACTTCTCTGGGGAAACTCAAGTCTC
TGGTCTTTCTACGACTCAATGACAACCAATTGACCGGTCCAATCCCTAGAGAACTCACGA
AAGTCCCAAGCCTCAAAGTTGTTGATGTATCAAGCAATGATTTGTGTGGAACCATCCCAA
CAGGAGGACCTTTTGAACACATTCCTTTGCAGAACTTTGAGAACAATTCGCGATTGGAGG
GGCCGGAACTAATTGGTCTTGCAAGCTACGACACTAACTGCAACTGAAACAACATCTGAA
AAAACAAGAAGGGGGGGTGAGCTTTGTAAGAAGAACACTCCACTACTTTTTATCAAATAT
CACATCTATTATTATGTACTAAGTATATATATATGTCCTAGTTGCCAAAAAAAAAAAGAG
TCAGAATCTGTAATCCATCTGTCTCAGTTGAGACTGACCGCCCAAAGACTGAGGTTACTG
TAATGATCGTGTGTGTGACACTGAGATGTAACATTGGTTTTGGTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BR69TF U 1
AF RR3BR69JQ C 246
BS 1 650 RR3BR69TF
BS 651 651 RR3BR69JQ
BS 652 663 RR3BR69TF
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BS 708 708 RR3BR69JQ
BS 709 722 RR3BR69TF
BS 723 1007 RR3BR69JQ

RD RR3BR69TF 722 0 0
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CGAAAACCCTAAATTCACTCTACTCCAATTCCCTTTCCGATAAGCACAACATGGCGTCCA
GAAACTTTCAGTGGGAGCTCCTCGCAGCGTATCTAACTCTAACGTTAGCTCTGATTCACC
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CAGACCATGTTCTCCAGAGCTGGGATCCCACTCTTGTTAACCCCTGTACCTGGTTCCACG
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ACAACATCCAAGGAACTATACCTTCTGAACTTGCAAACCTGAAGAGCCTCATCAGCTTGG
ATCTCTATAACAACAATCTCACGGGGAAGATTCCTACTTCTCTGGGGAAACTCAAGTCTC
TGGTCTTTCTACGACTCAATGACAACCAATTGACCGGTCCAATCCCTAGAGAACTCACGA
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CAG*AGGACCTTTTGAACACATTCCTTTGCAGAACTTTGAGA*CAAT*CGCGATTGGAGG
GG

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3BR69JQ 762 0 0
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TGTAACCAAGACAACCGCGTCACTCGTGTGGATTTGGGTAATTCTAACCTTTCTGGACAT
CTAGCACCTGAGCTTGGGAAGCTCGAACATCTACAGTATTTGGAGCTGTACAAGAACAAC
ATCCAAGGAACTATACCTTCTGAACTTGCAAACCTGAAGAGCCTCATCAGCTTGGATCTC
TATAACAACAATCTCACGGGGAAGATTCCTACTTTTTTGGGGAAACTCAAGTTTTTGGTC
TTTTTACGACTCAATGACAACCAATTGACCGGTCCAATCCCTAGAGAACTCACGAAAGTC
CCAAGCCTCAAAGTTGTTGATGTATCAAGCAATGATTTGTGTGGAACCATCCCAACAGGA
GGACCTTTTGAACACATTCCTTTGCAGAACTTTGAGAACAATTCGCGATTGGAGGGGCCG
GAACTAATTGGTCTTGCAAGCTACGACACTAACTGCAACTGAAACAACATCTGAAAAAAC
AAGAAGGGGGGGTGAGCTTTGTAAGAAGAACACTCCACTACTTTTTATCAAATATCACAT
CTATTATTATGTACTAAGTATATATATATGTCCTAGTTGCCAAAAAAAAAAAGAGTCAGA
ATCTGTAATCCATCTGTCTCAGTTGAGACTGACCGCCCAAAGACTGAGGTTACTGTAATG
ATCGTGTGTGTGACACTGAGATGTAACATTGGTTTTGGTATT

QA 1 762 1 762
DS 



AS 1 2

CO CL9311Contig1 1036 2 4 U
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CCGTGGTCCAAGGCATGTAGAGAGAAAGATGTTTGTGTAGGAGGACTGTGCCTCTTCTTG
TTCCGTGCTCTCGTTATGGAGCTTGTAAAGAAGGCAATCCGCATAATCTCCTAAGCAAGA
GAGCGTTTTGGGGAAGCTCGCCTTCGTTTCCCTCCGCTCTGCTACTTGTAAATCCATGTT
ACTCGGTGGTGCTCATCGCCAGTATTCTACTCACTCGATAACAGAAACCAAATCGAAGAA
AATGCTCTACTATCTCACTGCTCTTGTCTTTGGCATGGTTGGCCTCACTTACGCTGCTGT
TCCATTGTATAGAACTTTCTGTCAAGCCACTGGTTATGGAGGTACTGTTCAACGCAAAGA
GATTGCTAGGCATTCAGAATCTGGCACCGTCACTGAAAGGGAGATTGTGGTGCAGTTCAA
TGCTGATGTTGCAGATGGGATGCAGTGGAAGTTCACTCCAACTCAAAGAGAGGTGAGAGT
AAAGCCAGGAGAAAGCGCACTCCCCTTTTACACGGCTGAAAACAAAAGTTCAGCTCCAAT
AACCGGAGTGTCGACGTACAATGTCACTCCCATGAAGGCAGGGGTTTATTTCAACAAGAT
ACAATGTTTTTGCTTTGAGAAGCAACGACTTCTTCCAGGAGAACATATCGACATGCCGGT
GTTCTTCTACATAGATCCAGAGTTTGAGACAGATCCAAGGATGGAGGGAATCAACAACCT
GATATTGTCTTACACATTCTTCAAAGTGTCGGAGGAAACTACTAAGGATTCGGTCGACAA
TAAAAGCTCTGTTCTAGTTGAAGAAACCAAGTAAAAAATTGTTAATTTTTCTGGAGTGAA
AATAATGTTTTGACACACCCTTAAGCAAGACGAAGGAGAGTCTTCCAAGTTTTTTTTGTT
ATTTATTTTGTTTTGAGGCTTCAGTTATGTTTAAGAAAAGTACATTATTTTATACTAGAA
TTTATTTGCTTGAATC


BQ
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AF RR3AN15TF U 1
AF RR3AN15JQ C 175
BS 1 562 RR3AN15TF
BS 563 563 RR3AN15JQ
BS 564 758 RR3AN15TF
BS 759 1036 RR3AN15JQ

RD RR3AN15TF 763 0 0
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CCGTGGTCCAAGGCATGTAGAGAGAAAGATGTTTGTGTAGGAGGACTGTGCCTCTTCTTG
TTCCGTGCTCTCGTTATGGAGCTTGTAAAGAAGGCAATCCGCATAATCTCCTAAGCAAGA
GAGCGTTTTGGGGAAGCTCGCCTTCGTTTCCCTCCGCTCTGCTACTTGTAAATCCATGTT
ACTCGGTGGTGCTCATCGCCAGTATTCTACTCACTCGATAACAGAAACCAAATCGAAGAA
AATGCTCTACTATCTCACTGCTCTTGTCTTTGGCATGGTTGGCCTCACTTACGCTGCTGT
TCCATTGTATAGAACTTTCTGTCAAGCCACTGGTTATGGAGGTACTGTTCAACGCAAAGA
GATTGCTAGGCATTCAGAATCTGGCACCGTCACTGAAAGGGAGATTGTGGTGCAGTTCAA
TGCTGATGTTGCAGATGGGATGCAGTGGAAGTTCACTCCAACTCAAAGAGAGGTGAGAGT
AAAGCCAGGAGAAAGCGCACTCGCCTTTTACACGGCTGAAAACAAAAGTTCAGCTCCAAT
AACCGGAGTGTCGACGTACAATGTCACTCCCATGAAGGCAGGGGTTTATTTCAACAAGAT
ACAATGTTTTTGCTTTGAGAAGCAACGACTTCTTCCAGGAGAACATATCGACATGCCGGT
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AGGAT

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3AN15JQ 862 0 0
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CATGTTACTCGGTGGTGCTCATCGCCAGTATTCTACTCACTCGATAACAGAAACCAAATC
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TGCTGTTCCATTGTATAGAACTTTCTGTCAAGCCACTGGTTATGGAGGTACTGTTCAACG
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GTTCAATGCTGATGTTGCAGATGGGATGCAGTGGAAGTTCACTCCAACTCAAAGAGAGGT
GAGAGTAAAGCCAGGAGAAAGCGCACTCCCCTTTTACACGGCTGAAAACAAAAGTTCAGC
TCCAATAACCGGAGTGTCGACGTACAATGTCACTCCCATGAAGGCAGGGGTTTATTTCAA
CAAGATACAATGTTTTTGCTTTGAGAAGCAACGACTTCTTCCAGGAGAACATATCGACAT
GCCGGTGTTCTTCTACATAGATCCAGAGTTTGAGACAGATCCAAGGATGGAGGGAATCAA
CAACCTGATATTGTCTTACACATTCTTCAAAGTGTCGGAGGAAACTACTAAGGATTCGGT
CGACAATAAAAGCTCTGTTCTAGTTGAAGAAACCAAGTAAAAAATTGTTAATTTTTCTGG
AGTGAAAATAATGTTTTGACACACCCTTAAGCAAGACGAAGGAGAGTCTTCCAAGTTTTT
TTTGTTATTTATTTTGTTTTGAGGCTTCAGTTATGTTTAAGAAAAGTACATTATTTTATA
CTAGAATTTATTTGCTTGAATC

QA 1 862 1 862
DS 



AS 1 2

CO CL9312Contig1 580 2 1 U
GGTTCCCGGCTCAGCCATGCTGCAGCAGCCTGAGCCAGATCTACAGCCAACAACCGACCT
GCCTCTGTCTCTTCCTCAACAACAATTCCACTTTATCATCTGCTTTTCCCATCAATCAAA
CCCTCGCGCTGCAATTGCCAGCTTTGTAGCATTCCAGCCAACTCATCAGTTTGCTCCTCA
GCATCCCCTGTTTCTCCGGCACCTGCTAACTCAACCGGTTCCCAAGTATCTACGAGTGCA
AAGAACAATTCTGCTCCTACAGCAACCCCAGTGGCTCAAGTGGCACCAAAACCAAGCAAT
ATGATGGGATTAAGTGATGGTCTTAGATCATCTGGTCCGAAGTTTAAGATTCAGGTGACA
ATCTTTGTGATCGCAGCAATTCTAGCCGGAACTCTCTTCCTCGTCTAACCACTACGATCT
TCCACCTAGTTTACACTATCCCTTTTTATTTTACTTTTTCTCTTCTCATTGAACTAGAAA
CTACAAAATTTCTATAAATTTGGAGGATGAAGTCACTGTAATGTTTCTTGGAACCAAAAC
AGAACAAAGAAACAAGTGTCTCTTTCAAAGTTTCAATGCC


BQ
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AF RR3H472JQ C 1
AF RR3H472TF U 1
BS 1 580 RR3H472TF

RD RR3H472JQ 580 0 0
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GCATCCCCTGTTTTTCCGGCACCTGCTAACTCAACCGGTTCCCAAGTATCTACGAGTGCA
AAGAACAATTCTGCTCCTACAGCAACCCCAGTGGCTCAAGTGGCACCAAAACCAAGCAAT
ATGATGGGATTAAGTGATGGTCTTAGATCATCTGGTCCGAAGTTTAAGATTCAGGTGACA
ATCTTTGTGATCGCAGCAATTCTAGCCGGAACTCTCTTCCTCGTCTAACCACTACGATCT
TCCACCTAGTTTACACTATCCCTTTTTATTTTACTTTTTCTCTTCTCATTGAACTAGAAA
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AGAACAAAGAAACAAGTGTCTCTTTCAAAGTTTCAATGCC

QA 1 580 1 580
DS 

RD RR3H472TF 580 0 0
GGTTCCCGGCTCAGCCATGCTGCAGCAGCCTGAGCCAGATCTACAGCCAACAACCGACCT
GCCTCTGTCTCTTCCTCAACAACAATTCCACTTTATCATCTGCTTTTCCCATCAATCAAA
CCCTCGCGCTGCAATTGCCAGCTTTGTAGCATTCCAGCCAACTCATCAGTTTGCTCCTCA
GCATCCCCTGTTTCTCCGGCACCTGCTAACTCAACCGGTTCCCAAGTATCTACGAGTGCA
AAGAACAATTCTGCTCCTACAGCAACCCCAGTGGCTCAAGTGGCACCAAAACCAAGCAAT
ATGATGGGATTAAGTGATGGTCTTAGATCATCTGGTCCGAAGTTTAAGATTCAGGTGACA
ATCTTTGTGATCGCAGCAATTCTAGCCGGAACTCTCTTCCTCGTCTAACCACTACGATCT
TCCACCTAGTTTACACTATCCCTTTTTATTTTACTTTTTCTCTTCTCATTGAACTAGAAA
CTACAAAATTTCTATAAATTTGGAGGATGAAGTCACTGTAATGTTTCTTGGAACCAAAAC
AGAACAAAGAAACAAGTGTCTCTTTCAAAGTTTCAATGCC

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 2

CO CL9313Contig1 1256 2 2 U
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ACGATTCCTTTAGCATTCTCCAGTCACACTCTAACCTCTTCCGTAAGGTCCCGAGCAAGC
AAATCGAAAGCATCCTTCAGAACGGTGAAAATGGCAGCTAATACTGTGTTGTCTGACCCC
GAAACGGCGTCGTCGTCGTCTACTCCCAGAGTCATCGATTCTCATCTCCACATCTGGGCG
TCTCCACAAGAGGCTGCTACTTATCCTTATTTTCCAGGACAGGAACCTACATTGACTGGT
GACGTCGAGTTCTTGCTCAAGAACATGGAAGATGCAAGAGTAGATGGAGCTCTCATTGTG
CAACCCATCAATCACAAGTTTGATCATTCTTTAGTTACAAGTGTTTTGAAGAAATACCCC
TCCAAGTTTGTTGGCTGCTGCCTTGCTAACCCTGCAGAAGATGGCTGTGGGATTAAGCAG
CTTGAGAGTCTTGTTCTAGAGAGTAATTATAAAGCTGTTCGGTTCAATCCCTATTTGTGG
CCATCGGGTCAGAAGATGACGAATGCTGTTGGCAAAGCCATGTTCTCTAAGGCAGGGGAG
CTTGGTGTGCCTGTTGGCTTCATGTGTATGAAGGGTCTGCATCTGCACCTTGCAGAGATT
GAGGAACTGTGCACGGAGTTTCCAAAGACAACTGTTTTACTAGATCACGCAGGATTCTGC
AAAGTACCAGAAAATGATGAGGCTAAGGATACTTATAATCAGCTCATGGAGCTCTCTAGA
TTCCCCCAGGTATATGTGAAATTCAGTGCTCTATTCAGGATATCAAAAACGGGTTTCCCT
TATCAGGATCTAACGCCTCTCCTATCTCAAGTTGTGTCCAATTTTGGGGCAAATCGTGTA
ATGTGGGGCAGTGACTTCCCATTTGTTGTTCTTGAATGTGGATACAAAGAAGCTAAAGAA
GCTGTCACCATTATTGCAAAACAAGCATCCTTGTCAAGTTCTGACATGGACTGGATCCTG
GGAAAGACTGTGATGCAGCTCTTCCCTGGACAATGGGTTCTTCCTTGAAAAGGTTGCATG
AGTATGAGCTAATCAAGCAAATAATGGAGGTTATATCATCGAAGACACATAACTCTTAGT
CTTTTTCATTACCAGACTCCACTAAGTTGGTATACATTGTTTAAAGAGTCTGTATTTAAA
GAGCCTGAAACTTGCTGGTTGATATAATAATGCTTTACTATGAGAATTAGAGGACA


BQ
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AF RR3GJ53TF U 1
AF RR3GJ53JQ C 477
BS 1 594 RR3GJ53TF
BS 595 1256 RR3GJ53JQ

RD RR3GJ53TF 594 0 0
GGGAACACATGTTTATCATCACTTGAGCCGGAGGGTATGGCAGCTGCGACTCTGAGGTTA
ACGATTCCTTTAGCATTCTCCAGTCACACTCTAACCTCTTCCGTAAGGTCCCGAGCAAGC
AAATCGAAAGCATCCTTCAGAACGGTGAAAATGGCAGCTAATACTGTGTTGTCTGACCCC
GAAACGGCGTCGTCGTCGTCTACTCCCAGAGTCATCGATTCTCATCTCCACATCTGGGCG
TCTCCACAAGAGGCTGCTACTTATCCTTATTTTCCAGGACAGGAACCTACATTGACTGGT
GACGTCGAGTTCTTGCTCAAGAACATGGAAGATGCAAGAGTAGATGGAGCTCTCATTGTG
CAACCCATCAATCACAAGTTTGATCATTCTTTAGTTACAAGTGTTTTGAAGAAATACCCC
TCCAAGTTTGTTGGCTGCTGCCTTGCTAACCCTGCAGAAGATGGCTGTGGGATTAAGCAG
CTTGAGAGTCTTGTTCTAGAGAGTAATTATAAAGCTGTTCGGTTCAATCCCTATTTGTGG
CCATCGGGTCAGAAGATGACGAATGCTGTTGGCAAAGCCATGTTCTCTAAGGCA

QA 1 594 1 594
DS 

RD RR3GJ53JQ 780 0 0
GCAGCTTGAGAGTCTTGTTCTAGAGAGTAATTATAAAGCTGTTCGGTTCAATCCCTATTT
GTGGCCATCGGGTCAGAAGATGACGAATGCTGTTGGCAAAGCCATGTTCTCTAAGGCAGG
GGAGCTTGGTGTGCCTGTTGGCTTCATGTGTATGAAGGGTCTGCATCTGCACCTTGCAGA
GATTGAGGAACTGTGCACGGAGTTTCCAAAGACAACTGTTTTACTAGATCACGCAGGATT
CTGCAAAGTACCAGAAAATGATGAGGCTAAGGATACTTATAATCAGCTCATGGAGCTCTC
TAGATTCCCCCAGGTATATGTGAAATTCAGTGCTCTATTCAGGATATCAAAAACGGGTTT
CCCTTATCAGGATCTAACGCCTCTCCTATCTCAAGTTGTGTCCAATTTTGGGGCAAATCG
TGTAATGTGGGGCAGTGACTTCCCATTTGTTGTTCTTGAATGTGGATACAAAGAAGCTAA
AGAAGCTGTCACCATTATTGCAAAACAAGCATCCTTGTCAAGTTCTGACATGGACTGGAT
CCTGGGAAAGACTGTGATGCAGCTCTTCCCTGGACAATGGGTTCTTCCTTGAAAAGGTTG
CATGAGTATGAGCTAATCAAGCAAATAATGGAGGTTATATCATCGAAGACACATAACTCT
TAGTCTTTTTCATTACCAGACTCCACTAAGTTGGTATACATTGTTTAAAGAGTCTGTATT
TAAAGAGCCTGAAACTTGCTGGTTGATATAATAATGCTTTACTATGAGAATTAGAGGACA

QA 1 780 1 780
DS 



AS 1 2

CO CL9314Contig1 1134 2 2 U
GGAGAACCTCTGGTCATGGCTCTCTCTTTAGCACCAAGCTGTTTTCATGGCTATCTCACC
AGCTGTTCATTCTCCACCACTCAATTTTTCCCGCCTTCTCTCTCTTGCGGCGGCGTCTCT
GCTTCTCCCGTTTCGAAGCTAAGAACATGTGTTAAATTCGATAAGTTTCAAGGGGATGCT
CCTCTTGGACAGACCACATCAGCTTCTACTTCCCCTGCTTCATTAGAAGCTGATGACCCA
CCAGAAGAAGAAGAAGAAGACGACGACTGCTTGCCTAATGATTTGGTGGGAGCTGTTAGG
CAATCAGGTGAAGCAAGTGCCTCGTTTGTGAACTCGTGAGGAACAAGAGCCATCGTGGAG
CTCTTGATTCCTCAACTGCAGTTCTTAGACGATGAAGGTGCGCAAGCTGAGCTTTGGGAG
CTTTCGAGGGTTTTCTTGGAGACACTCATTAAAGAAACTGGTTGTGAGAGAGTTAAAGCT
GTGTTTCCAGATGCTGGAGCTGCTGCGTTACTAAAATATAAGTGGAAGGATGCAGCTTTT
GGATTCGCTAGCTTAAGTGACCGTAAACCAGTGGAAAAAGAAGTTGAGATCATTGTCATG
GTTGTTCCTGATTACCAAATGCTTGAATACGTTGAGAAAATTGCAAAAGGGCTTGCTGAT
GACCCGCCAAGGCCTCTCGTTATGTGGAACCCTCGTCTTATAAGCGAGGAAGTTGGGGTT
GGGTTTAACGTTAGAAAGCTAAGGCGTTACTTCCTAAGTTCTTTTACTACGGTTTACTCG
ATGAGACCTCTGGCTGCTGGTGCTGTTTTCAGGTGTTATCCTGGTAAATGGAAAGTGTTC
TATGACAATAAAGACAGACCTGGCCGGTATCTACTCGCCAAAGAACTCATTGGTCGACCT
GATGCTGAGGATCTTGAGATTATATATGGGAACGTGGAAGAGAAACCAGATGAAGAGCCA
TCTTTGTTGAGTCAAGCTGCTGGAATTTTCTCATCCATTAACAGGTTCATGAAAGCTATG
TGAAAGATGATTTCTTTCTCTCTCAGAGTAGTGCTCTGTTTACTAGTCTGGTATTATGAA
TGTAACTAAAAGGGAATGTTTGTATATCTTTTGTATGCTATTTACATCATAACG


BQ
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AF RR3F739TF U 1
AF RR3F739JQ C 385
BS 1 524 RR3F739TF
BS 525 1134 RR3F739JQ

RD RR3F739TF 524 0 0
GGAGAACCTCTGGTCATGGCTCTCTCTTTAGCACCAAGCTGTTTTCATGGCTATCTCACC
AGCTGTTCATTCTCCACCACTCAATTTTTCCCGCCTTCTCTCTCTTGCGGCGGCGTCTCT
GCTTCTCCCGTTTCGAAGCTAAGAACATGTGTTAAATTCGATAAGTTTCAAGGGGATGCT
CCTCTTGGACAGACCACATCAGCTTCTACTTCCCCTGCTTCATTAGAAGCTGATGACCCA
CCAGAAGAAGAAGAAGAAGACGACGACTGCTTGCCTAATGATTTGGTGGGAGCTGTTAGG
CAATCAGGTGAAGCAAGTGCCTCGTTTGTGAACTCGTGAGGAACAAGAGCCATCGTGGAG
CTCTTGATTCCTCAACTGCAGTTCTTAGACGATGAAGGTGCGCAAGCTGAGCTTTGGGAG
CTTTCGAGGGTTTTCTTGGAGACACTCATTAAAGAAACTGGTTGTGAGAGAGTTAAAGCT
GTGTTTCCAGATGCTGGAGCTGCTGCGTTACTAAAATATAAGTG

QA 1 524 1 524
DS 

RD RR3F739JQ 750 0 0
TTAGACGATGAAGGTGCGCAAGCTGAGCTTTGGGAGCTTTCGAGGGTTTTCTTGGAGACA
CTCATTAAAGAAACTGGTTGTGAGAGAGTTAAAGCTGTGTTTCCAGATGCTGGAGCTGCT
GCGTTACTAAAATATAAGTGGAAGGATGCAGCTTTTGGATTCGCTAGCTTAAGTGACCGT
AAACCAGTGGAAAAAGAAGTTGAGATCATTGTCATGGTTGTTCCTGATTACCAAATGCTT
GAATACGTTGAGAAAATTGCAAAAGGGCTTGCTGATGACCCGCCAAGGCCTCTCGTTATG
TGGAACCCTCGTCTTATAAGCGAGGAAGTTGGGGTTGGGTTTAACGTTAGAAAGCTAAGG
CGTTACTTCCTAAGTTCTTTTACTACGGTTTACTCGATGAGACCTCTGGCTGCTGGTGCT
GTTTTCAGGTGTTATCCTGGTAAATGGAAAGTGTTCTATGACAATAAAGACAGACCTGGC
CGGTATCTACTCGCCAAAGAACTCATTGGTCGACCTGATGCTGAGGATCTTGAGATTATA
TATGGGAACGTGGAAGAGAAACCAGATGAAGAGCCATCTTTGTTGAGTCAAGCTGCTGGA
ATTTTCTCATCCATTAACAGGTTCATGAAAGCTATGTGAAAGATGATTTCTTTCTCTCTC
AGAGTAGTGCTCTGTTTACTAGTCTGGTATTATGAATGTAACTAAAAGGGAATGTTTGTA
TATCTTTTGTATGCTATTTACATCATAACG

QA 1 750 1 750
DS 



AS 1 2

CO CL9315Contig1 642 2 1 U
GGATTACTACTCCCCGTCTCGTCGTCTCGACTCTCGGATCACAGTGACTTGCTCCTAGCT
TTGGACGTGTCGTCCCCCGGAAGCATTTCCGACAAGAGGATCTTTGTGACTTACCTAAGA
TGGAGGAAGGCACTTCTTCTGGCTCACGACGAACACGGTCTCAAGTTGCTCCGGACTGGA
CACTCGAAGACTGTCTGATCCTCGTCAACGAGATCGCTGCTATCGAATCAGACTGCTCCA
ACGCTTTATCCAGTTTCCAGAAATGGACAATGATCTCAGACAACTGCAACGCTTTGGAGG
TACACAGAACGTTTAACCAGTGCAGGAGGAAATGGGATTCGCTGGTCTCTGATTACAGCC
AGATCAATAAGTGGGAGGAACGAGGCAGTAGCAATTCGTATTGGTCGCTAAGTGTTGAGA
AGAGGAGGAAACTGAATCTCCCTGTGGATGTAGATAACGAGCTTTTCCAAGCCATCGATG
CGGTTGTGATGATCCAAGAGAACAGAGATGGGAGTGAACCTGATAGTGATAGTGACCCTG
ATGCTCTAGAAGACTTTGACGTTGTTGATGTCACTGCTGAGTTTGGATCAAAAAGGTCAA
GACAGAGAACAGTGGTCGTCATGAAGAAAGAGAATCCACCAC


BQ
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AF RR3G156TF U 1
AF RR3G156JQ C 199
BS 1 642 RR3G156TF

RD RR3G156TF 642 0 0
GGATTACTACTCCCCGTCTCGTCGTCTCGACTCTCGGATCACAGTGACTTGCTCCTAGCT
TTGGACGTGTCGTCCCCCGGAAGCATTTCCGACAAGAGGATCTTTGTGACTTACCTAAGA
TGGAGGAAGGCACTTCTTCTGGCTCACGACGAACACGGTCTCAAGTTGCTCCGGACTGGA
CACTCGAAGACTGTCTGATCCTCGTCAACGAGATCGCTGCTATCGAATCAGACTGCTCCA
ACGCTTTATCCAGTTTCCAGAAATGGACAATGATCTCAGACAACTGCAACGCTTTGGAGG
TACACAGAACGTTTAACCAGTGCAGGAGGAAATGGGATTCGCTGGTCTCTGATTACAGCC
AGATCAATAAGTGGGAGGAACGAGGCAGTAGCAATTCGTATTGGTCGCTAAGTGTTGAGA
AGAGGAGGAAACTGAATCTCCCTGTGGATGTAGATAACGAGCTTTTCCAAGCCATCGATG
CGGTTGTGATGATCCAAGAGAACAGAGATGGGAGTGAACCTGATAGTGATAGTGACCCTG
ATGCTCTAGAAGACTTTGACGTTGTTGATGTCACTGCTGAGTTTGGATCAAAAAGGTCAA
GACAGAGAACAGTGGTCGTCATGAAGAAAGAGAATCCACCAC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3G156JQ 444 0 0
TCCTCGTCAACGAGATCGCTGCTATCGAATCAGACTGCTCCAACGCTTTATCCAGTTTCC
AGAAATGGACAATGATTTCAGACAACTGCAACGCTTTGGAGGTACACAGAACGTTTAACC
AGTGCAGGAGGAAATGGGATTCGCTGGTCTCTGATTACAGCCAGATCAATAAGTGGGAGG
AACGAGGCAGTAGCAATTCGTATTGGTCGCTAAGTGTTGAGAAGAGGAGGAAACTGAATC
TCCCTGTGGATGTAGATAACGAGCTTTTCCAAGCCATCGATGCGGTTGTGATGATCCAAG
AGAACAGAGATGGGAGTGAACCTGATAGTGATAGTGACCCTGATGCTCTAGAAGACTTTG
ACGTTGTTGATGTCACTGCTGAGTTTGGATCAAAAAGGTCAAGACAGAGAACAGTGGTCG
TCATGAAGAAGGAGAATCCACCAC

QA 1 444 1 444
DS 



AS 1 2

CO CL9316Contig1 576 2 1 U
GGTGCGGTTTTGGCTAATGAGCTGAAGAACAACGGTAATAAGTTGGCTAGGTGGACCGCG
CAGGCGCTTTTGGCTAACGCGGATATGATGAAGATTGGTTTTGTGTCTAGGGTTCGTCCT
CGTGGCCATTTTAACCATGTGATACTGTCGGTGTTGGGGTATAAGCCGAAGGATTTCGCT
GGGCAGATTAATCTGAACACTTTGAACATGTGGGGGATTGTGAAGTCGATTGTTGATCTG
TGTATGAAGCTGAGTGAAGGGAAGTATGTTCTTGTTAAGGATCCGTCGAAGCCGCAAGTT
AGGATTTACGAGGTTCCGGCTGATGCTTTTGAGAATGATTATGTGGAAGAGCCTCTACCT
GAGGATGAGCAGGTTCAGCCACCTGAAGAGAGCACTGAAGCAGGAGCAGAAACTAATGGA
GCTTCAGAGGATAAGAAACCCGCTGATGAGGCCTGATTATGGTAAATGTCAAGAGTTGTT
TTGAGTTTCTCTACCTTTTAAATGTTCTAAAGTTCTGCTCTTTTTTTAAGAGCTAAAACG
GTTAATTTTGCTGGTTTATGCTTTATCTTAGAGAAA


BQ
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QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B288JQ C 1
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QA 1 596 1 596
DS 



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BQ
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QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

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TCCACTCTGTAAAACATAAATTTTATCCAAGAAGTTGTATAGTT


BQ
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CCTAAGTCTCCGTTCCAATTCCACTTCTAATTCAGAATCAGCCAATGGAGCCTCCGGTTT
TGAGAGGCGAGTATCATCACCTCTAAGGAAGAAAAGGCTAAAGCAGGAAGTTTTGGAGCC
TGTGGAGAAAGATTCAAACAGAGGAGTCAGTGCCCGTGAAGAGATGTGTGGATTGTTACC
AGATATAGAAGATTTTTCATCTAGGGAGTCAAAACTAAACTCATATGTAAAATCAACGGA
AGCTAGCACGTCCGCATCGTCAATCAGAACAGCAGGCAGACCACCTCAAAACTGGGAAAA
GGTGCTGGAGGGTATTCGAAAAATGACATCTTCAGAAGAAGCAACAGTTGACCCTTTAAA
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AACACTTCTTTCAAGTCAGACTAAAGATCACGTAACTGGTGCCGCAGTAGAACGTCTTCG
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TTGATTTA

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DS 

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TCTAAATGGCCTTCTCACTCCTGAGGCCATTGATAAAGCTGATGAATCAACCATAAGGGA
ATTGATTTACCCGGTCGGGTTCTATACTAGAAAGGCAACTAATGTGAAGAAAGTTGCAAA
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TCCAGGAGTTGGTCCTAAGATTGCTCATCTGGTTTTGCATATAGCATGGAATAATGTTCA
AGGGATCTGTGTAGACACACATGTGCATCGCATTTGCAATCGGCTTGGTTGGGTGTCTAA
ACCAGGAACAAAACAGAAAACGTCTTCTCCCGAGGAAACTAGAGTAGCTCTGCAACAATG
GCTTCCAAAAGAAGAATGGGTTGCTATTAACTTTCTTTTGGTAGGTTTCGGACAAAAGAT
ATGCACACCGCTAAGACCACGCTGCGGAGTGTGTAGTATCAGTGAGCTTTGCCCTTCTGC
CTTCAAGGAGACCCAAATCAAATCCTCCAAAATGAAGAAATCTATCAAAAGCAAGAAGCT
TTAATTGCTGTGGCTCTGGACTCTCCTCTTTGATCATTTCTTAAACCATTTTGTGACTAG
TCCACTCTGTAAAACATAAATTTTATCCAAGAAGTTGTATAGTT

QA 1 644 1 644
DS 



AS 1 2

CO CL9320Contig1 910 2 2 U
GCCGTGTTTTAGGGGCTTCATCTTTGTTACTTGTCTTCTCCTATCCACTTATGAAGAGGT
TTACATTTTGGCCTCAAGCATTTTTAGGTTTGACCATAAACTGGGGAGCACTGTTAGGAT
GGACTGCAGTGAAAGGAAGCTTAGATCCAACTGTTGTACTCCCTCTTTATCTCTCAGGAG
TCTGCTGGACCCTTGTGTATGATACTATCTATGCACATCAGGACAAAGAAGATGATGTGA
AGGTTGGTGTGAAGTCAACAGCACTTCGATTTGGTGATAATACAAAGCTTTGGCTAACAG
GATTTGGAACAGCATCCATGGGGTTGCTTGCACTTTCTGGACTGAGTGCAGATCTCGGGT
GGCAATACTACGCATCACTGGTGGCTGCATCAGGACAATTAGGATGGCAGATAGGAACAG
CTGACTTGTCATCTCTCGCTGACTGCAGTAAAAAGTTTGTGTCGAACAAGTGGTTTGGAG
CTATTATATTTAGTGGAGTTGTACTCGGAAGAACTTTTCAGTAGAGATCTCTCTGTTACT
GAATATGCTCATGAAGCTGTTCTCGGAGTACGGTTCACCTATTCCTCCTATATATGAAAA
TGTAAGTAGACTTTTGCGAGTGAAACAGAGGACATGGGTACAATGTGCTCACCTTTAGGA
TCGAAAAGCTCAAGGCGTTTAAGAAGTATCTGAAACTTGACTCTTCTCAAATCTCAATAG
TTTCTGCTCCTGTTAATAGAAAATGGGATTCATGTCTTTGTTTACAAGGAGGTTTTTTAT
CCATACTCATTCAATGCGTTGACAGAGTAACCCTCTGTCTGGACAGACTCATTCTTGCTT
TTAAAAATAGTTGTAATATCAATTATTTGTAAGTTACAGGATTATTTTTCCCTGCTTGTC
TAAAAATTGC


BQ
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AF RR3EM06TF U 1
AF RR3EM06JQ C 100
BS 1 678 RR3EM06TF
BS 679 910 RR3EM06JQ

RD RR3EM06TF 678 0 0
GCCGTGTTTTAGGGGCTTCATCTTTGTTACTTGTCTTCTCCTATCCACTTATGAAGAGGT
TTACATTTTGGCCTCAAGCATTTTTAGGTTTGACCATAAACTGGGGAGCACTGTTAGGAT
GGACTGCAGTGAAAGGAAGCTTAGATCCAACTGTTGTACTCCCTCTTTATCTCTCAGGAG
TCTGCTGGACCCTTGTGTATGATACTATCTATGCACATCAGGACAAAGAAGATGATGTGA
AGGTTGGTGTGAAGTCAACAGCACTTCGATTTGGTGATAATACAAAGCTTTGGCTAACAG
GATTTGGAACAGCATCCATGGGGTTGCTTGCACTTTCTGGACTGAGTGCAGATCTCGGGT
GGCAATACTACGCATCACTGGTGGCTGCATCAGGACAATTAGGATGGCAGATAGGAACAG
CTGACTTGTCATCTCTCGCTGACTGCAGTAAAAAGTTTGTGTCGAACAAGTGGTTTGGAG
CTATTATATTTAGTGGAGTTGTACTCGGAAGAACTTTTCAGTAGAGATCTCTCTGTTACT
GAATATGCTCATGAAGCTGTTCTCGGAGTACGGTTCACCTATTCCTCCTATATATGAAAA
TGTAAGTAGACTTTTGCGAGTGAAACAGAGGACATGGGTACAATGTGCTCACCTTTAGGA
TCGAAAAGCTCAAGGCGT

QA 1 678 1 678
DS 

RD RR3EM06JQ 811 0 0
ACTGGGGAGCACTGTTAGGATGGACTGCAGTGAAAGGAAGCTTAGATCCAACTGTTGTAC
TCCCTCTTTATCTCTCAGGAGTCTGCTGGACCCTTGTGTATGATACTATCTATGCACATC
AGGACAAAGAAGATGATGTGAAGGTTGGTGTGAAGTCAACAGCACTTCGATTTGGTGATA
ATACAAAGCTTTGGCTAACAGGATTTGGAACAGCATCCATGGGGTTGCTTGCACTTTCTG
GACTGAGTGCAGATCTCGGGTGGCAATACTACGCATCACTGGTGGCTGCATCAGGACAAT
TAGGATGGCAGATAGGAACAGCTGACTTGTCATCTCTCGCTGACTGCAGTAAAAAGTTTG
TGTCGAACAAGTGGTTTGGAGCTATTATATTTAGTGGAGTTGTACTCGGAAGAACTTTTC
AGTAGAGATCTCTCTGTTACTGAATATGCTCATGAAGCTGTTCTCGGAGTACGGTTCACC
TATTCCTCCTATATATGAAAATGTAAGTAGACTTTTGCGAGTGAAACAGAGGACATGG*T
ACAATGTGCTCACCTTTAGGATCGAAAAGCTCAAGGCGTTTAAGAAGTATCTGAAACTTG
ACTCTTCTCAAATCTCAATAGTTTCTGCTCCTGTTAATAGAAAATGGGATTCATGTCTTT
GTTTACAAGGAGGTTTTTTATCCATACTCATTCAATGCGTTGACAGAGTAACCCTCTGTC
TGGACAGACTCATTCTTGCTTTTAAAAATAGTTGTAATATCAATTATTTGTAAGTTACAG
GATTATTTTTCCCTGCTTGTCTAAAAATTGC

QA 1 811 1 811
DS 



AS 1 2

CO CL9321Contig1 925 2 2 U
GGGGATTAGATATTTAGGGCTTTGAAGCTAAACTAAAATCGAGCAAAAAAAAATGGAGAT
AGCGGAGCGTAGGGAGGAGGAGATCAGAGAATCGGGAAACATGGAGAACATCAAGTCCGA
CTCTTTTACCGATGAACGCTACTCTCGCGACCTCAAAGCTGGTCTTCATCCTCTTCGGTA
CAAGTTTGCGATTTGGTACACACGTCGGACACCAGGGGTAAGGAGCCAGACATCTTATGA
GGATAACATTAAGAAGATTGTTGATTTCAGCACGGTGGAAGGGTTTTGGGCATGCTACTG
TCACCTAGCTCGTTCTTCTCTCCTGCCTAGTCCTACTGATCTTCATTTCTTCAAGGATGG
CATTCGCCCCTTGTGGGAGGATTCTGCTAACTGCAATGGAGGAAAGTGGATCATACGTTT
CTCCAAAGTTGTATCCGCTCGCTTCTGGGAGGATCTGCTTCTTGCCTTGGTAGGGGACCA
GCTTGATGATGCTGACAATATCTGTGGGGCAGTACTGAGCGTCCGCTTCAACGAGGACAT
TATTAGTGTATGGAATCGCAATGCTTCTGATCATCAGGCAGTGATGGGTTTTAGAGACTC
AATCAAGCGGCATTTGAAGCTGCCTCATGCTTATGTTATGGAATACAAGCCCCACGATGC
TTCTCTCCGCGACAACTCCTCCTACAGGAACACATGGATGAGAGGATAGAAGTAGACCAT
TGTGTAACGTGATGTGGAGAAAGATTTGGGTAGCTCTCTTGCAACCTTGGAAGAAGATGT
ATGGACTGAAACCCTGTTTCCTGTAGCACACTTTATCAACATTATATTTTTCCAATTACA
CTTTCAGACACTTTGTAGCTGGAGACACACATTGTTTATGTGCATTGTCTTTAGTACCCT
CACTTTACTACATTTTTTTTTAGTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DA21TF U 1
AF RR3DA21JQ C 179
BS 1 685 RR3DA21TF
BS 686 925 RR3DA21JQ

RD RR3DA21TF 685 0 0
GGGGATTAGATATTTAGGGCTTTGAAGCTAAACTAAAATCGAGCAAAAAAAAATGGAGAT
AGCGGAGCGTAGGGAGGAGGAGATCAGAGAATCGGGAAACATGGAGAACATCAAGTCCGA
CTCTTTTACCGATGAACGCTACTCTCGCGACCTCAAAGCTGGTCTTCATCCTCTTCGGTA
CAAGTTTGCGATTTGGTACACACGTCGGACACCAGGGGTAAGGAGCCAGACATCTTATGA
GGATAACATTAAGAAGATTGTTGATTTCAGCACGGTGGAAGGGTTTTGGGCATGCTACTG
TCACCTAGCTCGTTCTTCTCTCCTGCCTAGTCCTACTGATCTTCATTTCTTCAAGGATGG
CATTCGCCCCTTGTGGGAGGATTCTGCTAACTGCAATGGAGGAAAGTGGATCATACGTTT
CTCCAAAGTTGTATCCGCTCGCTTCTGGGAGGATCTGCTTCTTGCCTTGGTAGGGGACCA
GCTTGATGATGCTGACAATATCTGTGGGGCAGTACTGAGCGTCCGCTTCAACGAGGACAT
TATTAGTGTATGGAATCGCAATGCTTCTGATCATCAGGCAGTGATGGGTTTTAGAGACTC
AATCAAGCGGCATTTGAAGCTGCCTCATGCTTATGTTATGGAATACAAGCCCCACGATGC
TTCTCTCCGCGACAACTCCTCCTAC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3DA21JQ 747 0 0
TACAAGTTTGCGATTTGGTACACACGTCGGACACCAGGGGTAAGGAGCCAGACATCTTAT
GAGGATAACATTAAGAAGATTGTTGATTTCAGCACGGTGGAAGGGTTTTGGGCATGCTAC
TGTCACCTAGCTCGTTCTTCTCTCCTGCCTAGTCCTACTGATCTTCATTTCTTCAAGGAT
GGCATTCGCCCCTTGTGGGAGGATTCTGCTAACTGCAATGGAGGAAAGTGGATCATACGT
TTCTCCAAAGTTGTATCCGCTCGCTTCTGGGAGGATCTGCTTCTTGCCTTGGTAGGGGAC
CAGCTTGATGATGCTGACAATATCTGTGGGGCAGTACTGAGCGTCCGCTTCAACGAGGAC
ATTATTAGTGTATGGAATCGCAATGCTTCTGATCATCAGGCAGTGATGGGTTTTAGAGAC
TCAATCAAGCGGCATTTGAAGCTGCCTCATGCTTATGTTATGGAATACAAGCCCCACGAT
GCTTCTCTCCGCGACAACTCCTCCTACAGGAACACATGGATGAGAGGATAGAAGTAGACC
ATTGTGTAACGTGATGTGGAGAAAGATTTGGGTAGCTCTCTTGCAACCTTGGAAGAAGAT
GTATGGACTGAAACCCTGTTTCCTGTAGCACACTTTATCAACATTATATTTTTCCAATTA
CACTTTCAGACACTTTGTAGCTGGAGACACACATTGTTTATGTGCATTGTCTTTAGTACC
CTCACTTTACTACATTTTTTTTTAGTT

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL9322Contig1 920 2 6 U
GGATTGAGAAGCTCCTCTATCATCTGCAAAGCAACCTTCTCTTCCTCGTCCATCAATCCC
TCTTCTCCGCCGTCGCCAACGTCAGTGGCCGGACCAACAACTTCTTTTGAAACTGTACTA
GTTGGCTCCTGAGAGGAGCCGGACGTACCGAGCTCCAGCGTCATGACCCAACCAGAATCA
GATTTCGAACCGGCACGTTTCTGCCAGACGCCGATGTGAGAGCTGGCCGTGTCAAGACGG
AGGCAGGTGGGAGAAGGGGAAGGAGACTTGCAGCATTTCCTCAGTTTGGCGCTGAGGATG
GAAGAAAGTGATGAAGATGATGGGGAGGCTGAGATGTCGGTTTTTCTCTCGGACGTGTCT
CCGGTGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAAGTTGGTCTTGGCGTTGCGGCCGCTCATTAAAACG
GCGGCCTCGTCGTAGGCTCTTGCTGCATCCTCCGCAGTCTCGAACGTCCCAAGCCATATC
CTCCGTTTCCTTTCATGCATGTTATAGAATATAGTCCGTATAAGTCGTAAACTAACCAGC
ATTAAGTAGCCAAAAATATAGAAATGTTAAAATGGAGTACTTCATTTGTGAGCTAAAGAA
CGTAATGAGTAAAAATGATCATTCATGATATATATATTCGTGCGTGCGTGTGTGTTGGTT
TGCTTACTTGAATGCATCAGCAAGAGGGAATAAATGAACAAAGCAGAGAAAAGGAAAGAA
AGAAGAATGGTACAAGAGAGGATGACGAATCTCAGCGACCCAAGAACCCCAATGGCGTTG
CCTGACACCTTTGAACTTCTTCGTTTGTACCATGCTTACTTACTCTGTTAGAGAGAAAAT
AAGAATGGTTGGTGATGAGTAACATATGTAAGATCGATGGATGTATGGTTAATATATATA
CATAGGTTAAATTTTGGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH64TF U 1
AF RR3DH64JQ C 144
BS 1 689 RR3DH64TF
BS 690 690 RR3DH64JQ
BS 691 713 RR3DH64TF
BS 714 714 RR3DH64JQ
BS 715 723 RR3DH64TF
BS 724 920 RR3DH64JQ

RD RR3DH64TF 733 0 0
GGATTGAGAAGCTCCTCTATCATCTGCAAAGCAACCTTCTCTTCCTCGTCCATCAATCCC
TCTTCTCCGCCGTCGCCAACGTCAGTGGCCGGACCAACAACTTCTTTTGAAACTGTACTA
GTTGGCTCCTGAGAGGAGCCGGACGTACCGAGCTCCAGCGTCATGACCCAACCAGAATCA
GATTTCGAACCGGCACGTTTCTGCCAGACGCCGATGTGAGAGCTGGCCGTGTCAAGACGG
AGGCAGGTGGGAGAAGGGGAAGGAGACTTGCAGCATTTCCTCAGTTTGGCGCTGAGGATG
GAAGAAAGTGATGAAGATGATGGGGAGGCTGAGATGTCGGTTTTTCTCTCGGACGTGTCT
CCGGTGTTGTTGTTGTTGAGAGAGAAGTTGGTCTTGGCGTTGCGGCCGCTCATTAAAACG
GCGGCCTCGTCGTAGGCTCTTGCTGCATCCTCCGCAGTCTCGAACGTCCCAAGCCATATC
CTCCGTTTCCTTTCATGCATGTTATAGAATATAGTCCGTATAAGTCGTAAACTAACCAGC
ATTAAGTAGCCAAAAATATAGAAATGTTAAAATGGAGTACTTCATTTGTGAGCTAAAGAA
CGTAATGAGTAAAAATGATCATTCATGATATATATATTCGTGCGTGCGTGTGTGTTGGTT
TGCTTACTTGAATGCATCAGCAAGAGGGA*TAAATGAACAAAGCAGAGAAAAG*AAAGAA
AGA
GATGGTACAA

QA 1 723 1 723
DS 

RD RR3DH64JQ 777 0 0
CGTACCGAGCTCCAGCGTCATGACCCAACCAGAATCAGATTTCGAACCGGCACGTTTCTG
CCAGACGCCGATGTGAGAGCTGGCCGTGTCAAGACGGAGGCAGGTGGGAGAAGGGGAAGG
AGACTTGCAGCATTTCCTCAGTTTGGCGCTGAGGATGGAAGAAAGTGATGAAGATGATGG
GGAGGCTGAGATGTCGGTTTTTCTCTCGGACGTGTCTCCGGTGTTGTTGTTGTTGAGAGA
GAAGTTGGTCTTGGCGTTGCGGCCGCTCATTAAAACGGCGGCCTCGTCGTAGGCTCTTGC
TGCATCCTCCGCAGTCTCGAACGTCCCAAGCCATATCCTCCGTTTCCTTTCATGCATGTT
ATAGAATATAGTCCGTATAAGTCGTAAACTAACCAGCATTAAGTAGCCAAAAATATAGAA
ATGTTAAAATGGAGTACTTCATTTGTGAGCTAAAGAACGTAATGAGTAAAAATGATCATT
CATGATATATATATTCGTGCGTGCGTGTGTGTTGGTTTGCTTACTTGAATGCATCAGCAA
GAGGGAATAAATGAACAAAGCAGAGAAAAGGAAAGAAAGAAGAATGGTACAAGAGAGGAT
GACGAATCTCAGCGACCCAAGAACCCCAATGGCGTTGCCTGACACCTTTGAACTTCTTCG
TTTGTACCATGCTTACTTACTCTGTTAGAGAGAAAATAAGAATGGTTGGTGATGAGTAAC
ATATGTAAGATCGATGGATGTATGGTTAATATATATACATAGGTTAAATTTTGGTGG

QA 1 777 1 777
DS 



AS 1 2

CO CL9323Contig1 1049 2 4 U
GATCTCTTGGGGAATCTTCATGATTGGAGAGTTGATAATGCTGTTCCCTACCAGGATTTG
CCCATCATTGATCAGCATGCTCTCTTCCAGCTTGAGAATGTTGTAAAGAACATAAAAGAG
TGTTACGAGAACTACCAGTTTTTCAAAATATTCCAGATCATACAACGATTCACAATTGTC
GACCTGTCAAACTTCTACTTCGATATTGCTAAAGATAGACTGTATACTGGGGGAACTTCA
AGTTTTACACGAAGAAGCTGTCAAACGGTTCTTTCAACACATCTCTTATCCATATTGAGA
GTTATCGCTCCAATTGTACCTCACCTAGCAGAAGATGTCTGGCAAAATCTCCCATTTGAG
TACAGAAACGAAGATGGCTCTGCAGCAGAATTTGTCTTTGAACTTAAATGGCCTACGTTG
AACGAACAATGGCTTTCATTTCCTGCTGAAGATATTCTCTTCTGGGAAAGGCTTCTCGAG
TTGAGGACCGAGGTGAACAAAGTGCTGGAGCTCGCACGTAATGGGAAATTAATCGGTTCC
AGCTTAGAAGCAAAGGTGTATCTTCATACCGAAGATACAGAGATGGCCACAAAATTATTA
GAGATGTGCGAGGCTCAGAATGAGGCTGACACACTGCAACGCATATTCATAACATCACAG
GTTGAGGTACTGTCGTCGATGGAGAAAGATATGGTAAGTAGTGTGCAGCACACGGGAGAG
TATGTGGTAGGAGAAAACAAAGTGTGGATTGGTGTGTCACGAGCCGAGGGAACCAAGTGT
GAGAGGTGCTGGAACTACTCGGGCTAGGTGGGGACGTTTGCTGAGCATCCTACTCTCTGT
GGACGCTGTTTCAATGTCATTGTCGCTAATCCGCCTGAGCCTCTGCTTGCAGCCGTAATG
AGCTGAGTCTGAAATTTGCGCTATTCTGTTACAATTCATTTGCACAATGCAGTCTTTGTG
CATCCTCCAATTCGTTTGGTTCCATAATATTTTTCTTTTGTAAATTAAAAGGTTCCATAA
CAATCAGATCAGTAAATTTAATTTTAGAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AC04TF U 1
AF RR3AC04JQ C 188
BS 1 730 RR3AC04TF
BS 731 731 RR3AC04JQ
BS 732 770 RR3AC04TF
BS 771 1049 RR3AC04JQ

RD RR3AC04TF 770 0 0
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TGTTACGAGAACTACCAGTTTTTCAAAATATTCCAGATCATACAACGATTCACAATTGTC
GACCTGTCAAACTTCTACTTCGATATTGCTAAAGATAGACTGTATACTGGGGGAACTTCA
AGTTTTACACGAAGAAGCTGTCAAACGGTTCTTTCAACACATCTCTTATCCATATTGAGA
GTTATCGCTCCAATTGTACCTCACCTAGCAGAAGATGTCTGGCAAAATCTCCCATTTGAG
TACAGAAACGAAGATGGCTCTGCAGCAGAATTTGTCTTTGAACTTAAATGGCCTACGTTG
AACGAACAATGGCTTTCATTTCCTGCTGAAGATATTCTCTTCTGGGAAAGGCTTCTCGAG
TTGAGGACCGAGGTGAACAAAGTGCTGGAGCTCGCACGTAATGGGAAATTAATCGGTTCC
AGCTTAGAAGCAAAGGTGTATCTTCATACCGAAGATACAGAGATGGCCACAAAATTATTA
GAGATGTGCGAGGCTCAGAATGAGGCTGACACACTGCAACGCATATTCATAACATCACAG
GTTGAGGTACTGTCGTCGATGGAGAAAGATATGGTAAGTAGTGTGCAGCACACGGGAGAG
TATGTGGTAG*AGAAAACAAAGTGTGGATTGGTGTGTCACGAGCCGAGGG

QA 1 770 1 770
DS 

RD RR3AC04JQ 862 0 0
CAAACTTCTACTTCGATATTGCTAAAGATAGACTGTATACTGGGGGAACTTCAAGTTTTA
CACGAAGAAGCTGTCAAACGGTTCTTTCAACACATCTCTTATCCATATTGAGAGTTATCG
CTCCAATTGTACCTCACCTAGCAGAAGATGTCTGGCAAAATCTCCCATTTGAGTACAGAA
ACGAAGATGGCTCTGCAGCAGAATTTGTCTTTGAACTTAAATGGCCTACGTTGAACGAAC
AATGGCTTTCATTTCCTGCTGAAGATATTCTCTTCTGGGAAAGGCTTCTCGAGTTGAGGA
CCGAGGTGAACAAAGTGCTGGAGCTCGCACGTAATGGGAAATTAATCGGTTCCAGCTTAG
AAGCAAAGGTGTATCTTCATACCGAAGATACAGAGATGGCCACAAAATTATTAGAGATGT
GCGAGGCTCAGAATGAGGCTGACACACTGCAACGCATATTCATAACATCACAGGTTGAGG
TACTGTCGTCGATGGAGAAGGATATGGTAAGTAGTGTGCAGCACACGGGAGAGTATGTGG
TAGGAGAAAACAAAGTGTGGATTGGTGTGTCACGAGCCGAGGGAACCAAGTGTGAGAGGT
GCTGGAACTACTCGGGCTAGGTGGGGACGTTTGCTGAGCATCCTACTCTCTGTGGACGCT
GTTTCAATGTCATTGTCGCTAATCCGCCTGAGCCTCTGCTTGCAGCCGTAATGAGCTGAG
TCTGAAATTTGCGCTATTCTGTTACAATTCATTTGCACAATGCAGTCTTTGTGCATCCTC
CAATTCGTTTGGTTCCATAATATTTTTCTTTTGTAAATTAAAAGGTTCCATAACAATCAG
ATCAGTAAATTTAATTTTAGAG

QA 1 862 1 862
DS 



AS 1 2

CO CL9324Contig1 724 2 3 U
GCAGGAACTACAATAGTTTACAACGGAAACCCGTTGAATGATTTATCTCTAACTGCTTTC
TTGGATAAATTTATGGAGAAGAAACCAAAGCAGAACACTTGGCATGGTGGCTCCCAGATT
GAACCTTCTAAGAAGCTTGACATGTCAAACCAGATGATTGGAGCCGACATTCTAAGGTTA
GCAGAAGAAGATGTGTCTCCTGAAGATTTAGTCTTCCACAAGTTCTACGTGAACAAGATG
AACAGCACGAAGCAATCAAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGCTACCTGAAGAAGAAGAAGCT
GAAGAACTTTACGATGTGAACGATGGTGATGGTGGAGGAAACTACGATAGCGATGTGGAC
TTCGAAGCTGGTGATGAGAGTGACAATGGGGAGATTGAGAATATGTTGGATGATGTTGAT
GATGACGCTGTGGAAGAAGAGGGTGGTGAATATGATTATGATGATCTGGATAAAGTAGTG
GGCGATGATGATGAGCTTGTTGCTGATGCTAGTGATGCAGAGATGGACACAGAGATCGAT
ATGCTTGATGGTGAAGATGTGGATGATGATGTTGATGACATTGTTGATGATGATGATGAT
GATGATGATGATGATGGTGTTGGTGGGGGTAACAAGAAAAAGAAAGAAAAAGGAAAACGG
AAATCTCCATTTGCAAGTCTTGAAGAGTACGAACATTTGATGGACGAGGATGATTCAAAG
TCGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3BG33TF U 41
AF RR3BG33JQ C 1
BS 1 40 RR3BG33JQ
BS 41 614 RR3BG33TF
BS 615 724 RR3BG33JQ

RD RR3BG33TF 574 0 0
ATTTATCTCTAACTGCTTTCTTGGATAAATTTATGGAGAAGAAACCAAAGCAGAACACTT
GGCATGGTGGCTCCCAGATTGAACCTTCTAAGAAGCTTGACATGTCAAACCAGATGATTG
GAGCCGACATTCTAAGGTTAGCAGAAGAAGATGTGTCTCCTGAAGATTTAGTCTTCCACA
AGTTCTACGTGAACAAGATGAACAGCACGAAGCAATCAAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGC
TACCTGAAGAAGAAGAAGCTGAAGAACTTTACGATGTGAACGATGGTGATGGTGGAGGAA
ACTACGATAGCGATGTGGACTTCGAAGCTGGTGATGAGAGTGACAATGGGGAGATTGAGA
ATATGTTGGATGATGTTGATGATGACGCTGTGGAAGAAGAGGGTGGTGAATATGATTATG
ATGATCTGGATAAAGTAGTGGGCGATGATGATGAGCTTGTTGCTGATGCTAGTGATGCAG
AGATGGACACAGAGATCGATATGCTTGATGGTGAAGATGTGGATGATGATGTTGATGACA
TTGTTGATGATGATGATGATGATGATGATGATGA

QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3BG33JQ 724 0 0
GCAGGAACTACAATAGTTTACAACGGAAACCCGTTGAATGATTTATCTCTAACTGCTTTC
TTGGATAAATTTATGGAGAAGAAACCAAAGCAGAACACTTGGCATGGTGGCTCCCAGATT
GAACCTTCTAAGAAGCTTGACATGTCAAACCAGATGATTGGAGCCGACATTCTAAGGTTA
GCAGAAGAAGATGTGTCTCCTGAAGATTTAGTCTTCCACAAGTTCTACGTGAACAAGATG
AACAGCACGAAGCAATCAAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGCTACCTGAAGAAGAAGAAGCT
GAAGAACTTTACGATGTGAACGATGGTGATGGTGGAGGAAACTACGATAGCGATGTGGAC
TTCGAAGCTGGTGATGAGAGTGACAATGGGGAGATTGAGAATATGTTGGATGATGTTGAT
GATGACGCTGTGGAAGAAGAGGGTGGTGAATATGATTATGATGATCTGGATAAAGTAGTG
GGCGATGATGATGAGCTTGTTGCTGATGCTAGTGATGCAGAGATGGACACAGAGATCGAT
ATGCTTGATGGTGAAGATGTGGATGATGATGTTGATGACATTGTTGATGATGATGATGAT
GATGATGATGATGATGGTGTTGGTGGGGGTAACAAGAAAAAGAAAGAAAAAGGAAAACGG
AAATCTCCATTTGCAAGTCTTGAAGAGTACGAACATTTGATGGACGAGGATGATTCAAAG
TCGG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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CTTACACTTCACCACAGTTTGCCCTGGCTCAGGAAAATCGATTGCAGAAGTTTAAGCTTC
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TATGTGACGCTGATGATTTATACTACATATGTGTGACGCATGTCAAAGCGATGGGAAGAT
CATTAGCAAAATCTTTCCGGGTGGTGGATCGGGATGAGTCGTCAGGGAAGTTTGGGTTGA
AGGTGTTGAGTTACAGTGATCCACAAAAAATGAATGACAAGGAAGAAGAGGCGGGGCCAA
GTGAGTTTAGGACGATGAGAAACCGACGCCTTGAACAGCTCGTGGACTTCCTGCACAGGC
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AGGTTTAGTGTGTGAATGGAGTGAGTGAGGTGCTATTTATTTAGCTATTGTGGGCTTTGC
TTCTGTTTTTAAAAGAATCAAGAGATTCACTGTGAGCAAATAAACGTAAAAGACAGTTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DX48TF U 1
AF RR3DX48JQ C 1
BS 1 582 RR3DX48TF
BS 583 659 RR3DX48JQ

RD RR3DX48TF 582 0 0
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TATGTGACGCTGATGATTTATACTACATATGTGTGACGCATGTCAAAGCGATGGGAAGAT
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AGGTTTAGTGTGTGAATGGAGTGAGTGAGGTGCTATTTATTT

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3DX48JQ 659 0 0
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CTTACACTTCACCACAGTTTGCCCTGGCTCAGGAAAATCGATTGCAGAAGTTTAAGCTTC
CAGAGCCAGTTCTTTGCATTGGTGGGTATTTGCTAGTCGAGTTTTTTGGTCGAGTTCAGA
TATGTGACGCTGATGATTTATACTACATATGTGTGACGCATGTCAAAGCGATGGGAAGAT
CATTAGCAAAATCTTTCCGGGTGGTGGATCGGGATGAGTCGTCAGGGAAGTTTGGGTTGA
AGGTGTTGAGTTACAGTGATCCACAAAAAATGAATGACAAGGAAGAAGAGGCGGGGCCAA
GTGAGTTTAGGACGATGAGAAACCGACGCCTTGAACAGCTCGTGGACTTCCTGCACAGGC
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TTCTGTTTTTAAAAGAATCAAGAGATTCACTGTGAGCAAATAAACGTAAAAGACAGTTT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL9327Contig1 574 2 1 U
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CGATTTGTCATCTTTTTTTATGTATTCTCTTTTAGTTTCTTTTATTCACAAATGGTCCCT
AGGGAAAACATAAAAAACTAAGAAATGTTTTCAC


BQ
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AF RR3ES02JQ C 1
AF RR3ES02TF U 1
BS 1 574 RR3ES02TF

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CGATTTGTCATCTTTTTTTATGTATTCTCTTTTAGTTTCTTTTATTCACAAATGGTCCCT
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QA 1 574 1 574
DS 

RD RR3ES02TF 574 0 0
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CCTTGGCCAGAAATTCGAATGCGAGATATGTGGAAACAGTATCTACATGGGGAGAAGGGC
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GATCCAGGAGAGGCAAGGAGTTAACAAATGGAGGCCAGATCTTGAAGAAGAGTATGAAGA
TCGTGAAGGTAACATCTACAACAAGAAGACTTACTCTGATCTCCAACGTCAAGGTCTCAT
CTGATTAATCATATTCAGGATTGTACTTGTTTGTCAATTCTCTATTTGCTGTATCGTTTA
CGATTTGTCATCTTTTTTTATGTATTCTCTTTTAGTTTCTTTTATTCACAAATGGTCCCT
AGGGAAAACATAAAAAACTAAGAAATGTTTTCAC

QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

CO CL9328Contig1 222 2 1 U
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BQ
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AF RR3GP29JQ C 1
AF RR3GP29TF U 1
BS 1 222 RR3GP29TF

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TTTTTTTAAATGAGCTTTTTGGGATTTAAGTGTTTGAATTTGGGGGAAAATGAGAAAGAT
TACCTCTTTGTAACTAAAGTGGGACATACAAAATGCCCCTATAGTCTCGTTTCAAATATG
AGAGAACTATTTCAATATATAGAGAGAGAATGATTTCACTCC

QA 1 222 1 222
DS 

RD RR3GP29TF 222 0 0
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TTTTTTTAAATGAGCTTTTTGGGATTTAAGTGTTTGAATTTGGGGGAAAATGAGAAAGAT
TACCTCTTTGTAACTAAAGTGGGACATACAAAATGCCCCTATAGTCTCGTTTCAAATATG
AGAGAACTATTTCAATATATAGAGAGAGAATGATTTCACTCC

QA 1 222 1 222
DS 



AS 1 2

CO CL9329Contig1 826 2 2 U
GGGCTTGGAGAGAGAGATAGAAACAGAAAGAAATCGTCATGGCTCATGGGAGATATGATA
ATAATTATAAGAAGAAGAGCGGACAGATTCCAAGGTTTGGAGACTGGGAGGACGCAAATG
AGATGCCAATAACACAATACTTCGAGAACGCAAGACAGGCTGGTCTGCTTCGTCACCACC
ATAACTTCACTACTTCTTCTTCTTCCACAGCTACTTCATCATCTTCTTCTTCTTCTGCAG
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AAAAAAGGAAGAATGAAGAAAAGGAGAAGTAAAAGTAGGATCATTAATAATGTAATTTGC
ATTTCGTTATTTAATTTCATTTAATATACATATATGATGATATGTTATATATATGTGGCT
TGCCAGAAAAAGAGAGAGCACACTTATGGTTTATAGAAAAAGAGGAACAAAGTAATAGCG
TAGTTGTCCTTTTCTTCTTGATAAAGGATTATCGATCGGTCTCGTAGTGCTCTTGTGACA
TCTCTACTTTATAAAGTTTTCTCTATTCGTCACGTCGGTTCTCAAC


BQ
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AF RR3AA92TF U 1
AF RR3AA92JQ C 169
BS 1 742 RR3AA92TF
BS 743 826 RR3AA92JQ

RD RR3AA92TF 742 0 0
GGGCTTGGAGAGAGAGATAGAAACAGAAAGAAATCGTCATGGCTCATGGGAGATATGATA
ATAATTATAAGAAGAAGAGCGGACAGATTCCAAGGTTTGGAGACTGGGAGGACGCAAATG
AGATGCCAATAACACAATACTTCGAGAACGCAAGACAGGCTGGTCTGCTTCGTCACCACC
ATAACTTCACTACTTCTTCTTCTTCCACAGCTACTTCATCATCTTCTTCTTCTTCTGCAG
AAGCCCTCAAGCTTGCTTCTCAACATCCCCGTCCACGTCACCTCCATCCTTCGAGACAGA
CGGCGGGGACGAAGGAAAAGAGGGGACCACAAAGGCGCGTGCGTGACGTCAGTTCACAGA
CAGACAAGTATTATGTAGACGTCACCGGAGTGAAACACGACGTGGCTCCGGCTTCGAGGC
CACCTAAGCCCGTTGATGAGGATCTCTACAAGATTCCTCCTGAGCTTATCTATTCTTCAA
GAAGGAAGAGAAGGTCTGGCTTTTTAGCATGTTTGGTTCCATGCGCATCTTGAACTAAAA
AAAAAAGGAAGAATGAAGAAAAGGAGAAGTAAAAGTAGGATCATTAATAATGTAATTTGC
ATTTCGTTATTTAATTTCATTTAATATACATATATGATGATATGTTATATATATGTGGCT
TGCCAGAAAAAGAGAGAGCACACTTATGGTTTATAGAAAAAGAGGAACAAAGTAATAGCG
TAGTTGTCCTTTTCTTCTTGAT

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3AA92JQ 658 0 0
TTCGTCACCACCATAACTTCACTACTTCTTCTTCTTCCACAGCTACTTCATCATCTTCTT
CTTCTTCTGCAGAAGCCCTCAAGCTTGCTTCTCAACATCCCCGTCCACGTCACCTCCATC
CTTCGAGACAGACGGCGGGGACGAAGGAAAAGAGGGGACCACAAAGGCGCGTGCGTGACG
TCAGTTCACAGACAGACAAGTATTATGTAGACGTCACCGGAGTGAAACACGACGTGGCTC
CGGCTTCGAGGCCACCTAAGCCCGTTGATGAGGATCTCTACAAGATTCCTCCTGAGCTTA
TCTATTCTTCAAGAAGGAAGAGAAGGTCTGGCTTTTTAGCATGTTTGGTTCCATGCGCAT
CTTGAACTAAAAAAAAAAGGAAGAATGAAGAAAAGGAGAAGTAAAAGTAGGATCATTAAT
AATGTAATTTGCATTTCGTTATTTAATTTCATTTAATATACATATATGATGATATGTTAT
ATATATGTGGCTTGCCAGAAAAAGAGAGAGCACACTTATGGTTTATAGAAAAAGAGGAAC
AAAGTAATAGCGTAGTTGTCCTTTTCTTCTTGATAAAGGATTATCGATCGGTCTCGTAGT
GCTCTTGTGACATCTCTACTTTATAAAGTTTTCTCTATTCGTCACGTCGGTTCTCAAC

QA 1 658 1 658
DS 



AS 1 2

CO CL9330Contig1 872 2 2 U
CTCCTTCGATTCTATTTTCACCAGGAGCCCAAACAGATTTTATAATCTCTCGGATCCACC
AGCTCTCGAGATGGATACTAATAAGGATGATGATTTCACATTCTCAAGGGTTGCGCCACC
AGATGATAGTGAAGTTGCAGTAGAGGCAAAAGATCTTGCATCACGAGTAGACGGCATTGC
CCTTAAATATGGATTACATCCTCCTCAAACCAAGTCTCTGAACCAAGTTTCTCCTGAGGA
AAAGACAGTTGGTTCTTTGTCTTTCACCGTCACCGACTCTTCATCAAAACCATCCAACGA
ATCATCATCATCTGAGATTCTCAAATCTAAAAAACCTATAACTCGTACAAAAGTCCCATT
CGAAAAAGGTTACAGCCAAATGGATTGGCTCAAACTCACACGAATGCATCCCGATCTCGC
AGGCCTGAAGGGAGAGTCGAACAGGAGGCTTATATCGATGGATGAAGTTAAGAAGCACAA
CAAGTCAGGAGGAGACTCGATGTGGACTGTTTTGAAAGGCCGCGTGTACAACATATCGCC
TTATATGAATTTTCATCCAGGAGGTGTGGATATGCTGATGAAAGCCGTTGGGAGAGACGG
TACGTTCTTGTTCAACAAGTACCACGCTTGGGTCAGTTATGATATCTTGCTTGAGAAATG
CCTTGTTGGTGTTTTGGATGATGCCAAACCCAAGAAGCCAGAAGCGTAATTGGCTTTATC
ATATACTCGTATTATAGAATTATTCTTCAAGTCGAATAAGACAATTTTTGAGTGTTTGAT
TCTTCAAATGAAAACACTCTGATCACGATTATGTACTTGTCATTAGACTTTTACACGACT
CTTTGATGTTAATATATGTTACAGGTTTCCAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3E268TF U 1
AF RR3E268JQ C 29
BS 1 753 RR3E268TF
BS 754 872 RR3E268JQ

RD RR3E268TF 753 0 0
CTCCTTCGATTCTATTTTCACCAGGAGCCCAAACAGATTTTATAATCTCTCGGATCCACC
AGCTCTCGAGATGGATACTAATAAGGATGATGATTTCACATTCTCAAGGGTTGCGCCACC
AGATGATAGTGAAGTTGCAGTAGAGGCAAAAGATCTTGCATCACGAGTAGACGGCATTGC
CCTTAAATATGGATTACATCCTCCTCAAACCAAGTCTCTGAACCAAGTTTCTCCTGAGGA
AAAGACAGTTGGTTCTTTGTCTTTCACCGTCACCGACTCTTCATCAAAACCATCCAACGA
ATCATCATCATCTGAGATTCTCAAATCTAAAAAACCTATAACTCGTACAAAAGTCCCATT
CGAAAAAGGTTACAGCCAAATGGATTGGCTCAAACTCACACGAATGCATCCCGATCTCGC
AGGCCTGAAGGGAGAGTCGAACAGGAGGCTTATATCGATGGATGAAGTTAAGAAGCACAA
CAAGTCAGGAGGAGACTCGATGTGGACTGTTTTGAAAGGCCGCGTGTACAACATATCGCC
TTATATGAATTTTCATCCAGGAGGTGTGGATATGCTGATGAAAGCCGTTGGGAGAGACGG
TACGTTCTTGTTCAACAAGTACCACGCTTGGGTCAGTTATGATATCTTGCTTGAGAAATG
CCTTGTTGGTGTTTTGGATGATGCCAAACCCAAGAAGCCAGAAGCGTAATTGGCTTTATC
ATATACTCGTATTATAGAATTATTCTTCAAGTC

QA 1 753 1 753
DS 

RD RR3E268JQ 844 0 0
CCAAACAGATTTTATA*TCTCTCGGATCCACCAGCTCTCGAGATGGATACTAATAAGGAT
GATGATTTCACAT*CTCAAGGGT*GCGCCACCAGATGATAGTGAAGTTGCAGTAGAGGCA
AAAGATCTTGCATCACGAGTAGACGGCATTGCCCTTAAATATGGATTACATCCTCCTCAA
ACCAAGTCTCTGAACCAAGTTTCTCCTGAGGAAAAGACAGTTGGTTCTTTGTCTTTCACC
GTCACCGACTCTTCATCAAAACCATCCAACGAATCATCATCATTTGAGATTCTCAAATCT
AAAAAACCTATAACTCGTACAAAAGTCCCATTCGAAAAAGGTTACAGCCAAATGGATTGG
CTCAAACTCACACGAATGCATCCCGATCTCGCAGGCCTGAAGGGAGAGTCGAACAGGAGG
CTTATATCGATGGATGAAGTTAAGAAGCACAACAAGTCAGGAGGAGACTCGATGTGGACT
GTTTTGAAAGGCCGCGTGTACAACATATCGCCTTATATGAATTTTCATCCAGGAGGTGTG
GATATGCTGATGAAAGCCGTTGGGAGAGACGGTACGTTCTTGTTCAACAAGTACCACGCT
TGGGTCAGTTATGATATCTTGCTTGAGAAATGCCTTGTTGGTGTTTTGGATGATGCCAAA
CCCAAGAAGCCAGAAGCGTAATTGGCTTTATCATATACTCGTATTATAGAATTATTCTTC
AAGTCGAATAAGACAATTTTTGAGTGTTTGATTCTTCAAATGAAAACACTCTGATCACGA
TTATGTACTTGTCATTAGACTTTTACACGACTCTTTGATGTTAATATATGTTACAGGTTT
CCAG

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 2

CO CL9331Contig1 575 2 1 U
GGGTATCTGACCGTGTGGTTGACTCACCCTGCTGTCTTGTGACGGGAGAATACGGGTGGA
CAGCAAACATGGAGAGGATCATGAAAGCACAGGCTTTGAGAGATAGCAGCATGGCTGGAT
ACATGTCGAGCAAGAAGACGATGGAGATTAATCCGGAGAATGCCATCATGGAGGAGCTGA
GGAAAAGAGCGGAGGCCGATAAGAATGACAAGTCTGTGAAGGATCTCGTTCTTCTCCTGT
TTGAGACTGCCCTACTCACATCTGGTTTCAGCTTGGACGAGCCCAACACCTTCGGGAGCA
GGATCCACAGGATGTTGAAGCTTGGATTGAGCATTGATGAAGACGATTCTGCCGAAGCTG
ATGCAGAGATGCCTCCTCTTGAAGATGACGCTGATGCTGAGGGAAGCAAGATGGAAGAAG
TGGATTAAGAAGTTGACCAAGGGTTGCAGTTAATAATGGGTTTTTCTTTATTTTTCTCGT
TTTTTTTTCATTGTTGGAACTATTATGTCAGAGTTTTATCTCTTCTTCTAGAGAGTATTA
TTAATGGTTTTTGATAACAGGTTGTTAATGATTCC


BQ
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AF RR3F418JQ C 1
AF RR3F418TF U 1
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QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

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CTTATGAACTACGAGTTAAAGAATACTGTGAGAAGTACGCAAAACCAGGGGAAGGTTCAG
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 
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AF RR3FI76TF U 1
AF RR3GQ03TF U 57
BS 1 661 RR3FI76TF
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QA 1 788 1 788
DS 

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TATCACCCTAATGTTGATGAACTGTCCGGTTCTGTTTGCTTAGATGTGATCAACCAGACT
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QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 

AF RR3BH65JQ C 1
AF RR3BH65TF U 1
BS 1 707 RR3BH65TF
BS 708 709 RR3BH65JQ

RD RR3BH65JQ 709 0 0
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AGACCGGTTCTTACCGGCCGAATATTATGCCGGATAAATCCCGGTTTTGGTTCGGTTTGG
TACATTGATGAATCGGAAAGTACTACTATTGCCAACTAATCGTGGCCTTCCATTTTTCCT
AGTATTTGGTTTTGTTGTAATATTCTCTATAAGACCTTTGCATCTGTTCTTTAGATATCG
GTATCTGATCAGTATTCTGCGTTTTTTTTCAAGTATTCTGTGTCAAGTTTTAACTATGTA
ACAAAAAGTGAAAAGATATCAAACTTTGGTACATTAGTACGTTGATTAA

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3BH65TF 707 0 0
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TAAGGAGCTTGAGATTCCGGATTACATACTTAAGATACTTTACGTCATCAGTTTCTTCAG
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CCCGGTTGTTCGTTTCTCGGATCTTCAGACCGATCTCGACGACTGCTGTACGGTTTGTCT
CTCCAACTTTTCATACGATGATAAAGTTAGACAGCTTCCGAACTGCCGACACGTGTTCCA
CGACCGCTGCATGGACCGTTGGATCGTTGACTGCCGCAAGATCACATGTCCGAATTGTCG
AGACCGGTTCTTACCGGCCGAATATTATGCCGGATAAATCCCGGTTTTGGTTCGGTTTGG
TACATTGATGAATCGGAAAGTACTACTATTGCCAACTAATCGTGGCCTTCCATTTTTCCT
AGTATTTGGTTTTGTTGTAATATTCTCTATAAGACCTTTGCATCTGTTCTTTAGATATCG
GTATCTGATCAGTATTCTGCGTTTTTTTTCAAGTATTCTGTGTCAAGTTTTAACTATGTA
ACAAAAAGTGAAAAGATATCAAACTTTGGTACATTAGTACGTTGATT

QA 1 707 1 707
DS 



AS 1 2

CO CL9334Contig1 913 2 4 U
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CCCGGTCAACAATACAAATCTGGGTTGTGCCAAAGGATGTAAACTTTCAAAGTGTTCTTC
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TCTGTTGCTCCTGCGACGAAAAAGTTCATATGTGCAACAAGCTAGCTAGCCGACATGTCC
GTGTAGGTTTAGCTGATCCCAGCAATGCGCCAAGCTGTGACATATGCGAAAATGCACCGG
CCTTCTTTTACTGTGAGATAGGCGGTACTTCTCTTTGTCTACAATGTGACATGGTTGTTC
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TCGATCTTAACTCAAACCCTCAAAGAGTACACGAGCCTGGATCAAATCATCAAGAGCAGG
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AATTGATTGCTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G163TF U 1
AF RR3G163JQ C 170
BS 1 699 RR3G163TF
BS 700 700 RR3G163JQ
BS 701 749 RR3G163TF
BS 750 913 RR3G163JQ

RD RR3G163TF 749 0 0
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TCTGTTGCTCCTGCGACGAAAAAGTTCATATGTGCAACAAGCTAGCTAGCCGACATGTCC
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GTATCGATGTAAATAGCATAAACAACCACGAGCCTGTAG*CGTTGTACCTGTGGGAGCGT
TTAAAAGAGAGTCTTAGTGATCAGTGATA

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3G163JQ 744 0 0
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TCATGATATGATCGATCTTAACTCAAACCCTCAAAGAGTACACGAGCCTGGATCAAATCA
TCAAGAGCAGGGTATCGATGTAAATAGCATAAACAACCACGAGCCTGTAGGCGTTGTACC
TGTGGGAGCGTTTAAAAGAGAGTCTTAGTGATCAGTGATACACAAAGATCAAGTAAGAAC
TATGTAGGCATGTAAGGACACTATCATTACTGTGCATTATGTTTTTGTTTTTGAAGAAAT
TAGCTTAAAAGGCTCAAAGGAAACGATAAAATGTCTGAAACAAAATAAGCTTTTCTTTTT
TAAAAATAAAAAATTGATTGCTTC

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL9335Contig1 624 2 2 U
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AAGGCTCATCACCTTGAACCTCCTCCTCTTCCTCCTCCGCCATATCAGAAACATCCAGAG
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CACCTATCTCATTATGGTTTTCGTCGTCTTGCTCAAGAGTCATTGCTTGACCAGAGCTTT
CATCCATTTCATTATGATTCTCCACTGGTATCTCCATCATCATCCCAACAGCATCACCAT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3BI34TF C 1
AF RR3BI34JQ U 37
BS 1 36 RR3BI34TF
BS 37 624 RR3BI34JQ

RD RR3BI34TF 624 0 0
CTAATCAAGATCATTGCTCTACACCCAACCCTTGTCTCCGCTCTTTGTCTAATAACCTT*
GTCACGCTTGCTAGGCAACCTATACCCTTCCTT*GTTACAAACAAGTTGCATTCCTATAG
GAGATCCATCATGCCTTGACCGTGACAGTTTGCTAACACGGATGACAAACCCTACTTTCG
TAGCGTAAGCGTTATAAAACCCGTGTGCGGCTGCTTCAGACTCGAACTCCTGTCCGACAT
AAGGCTCATCACCTTGAACCTCCTCCTCTTCCTCCTCCGCCATATCAGAAACATCCAGAG
GGATAGAATCCGGATCTACCTTCTCGTCTTGCTCAAGAGTCATTGCTTGATTAGAACTTT
CACCTATCTCATTATGGTTTTCGTCGTCTTGCTCAAGAGTCATTGCTTGACCAGAGCTTT
CATCCATTTCATTATGATTCTCCACTGGTATCTCCATCATCATCCCAACAGCATCACCAT
TATCAATCCTGAAATCCATGTCAGAGTTTTTTTTTCCGGGGAGGGTTTCGCCGGCGGCGG
AATTAGGTTTTGCGATGACAGAAAAGGTGCCGGTTCAGGGTATGGATTACAAGGTTATGA
CGTGACGAGAGATGAGTGGGTTCC

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3BI34JQ 588 0 0
TCCGCTCTTTGTCTAATAACCTTAGTCACGCTTGCTAGGCAACCTATACCCTTCCTTAGT
TACAAACAAGTTGCATTCCTATAGGAGATCCATCATGCCTTGACCGTGACAGTTTGCTAA
CACGGATGACAAACCCTACTTTCGTAGCGTAAGCGTTATAAAACCCGTGTGCGGCTGCTT
CAGACTCGAACTCCTGTCCGACATAAGGCTCATCACCTTGAACCTCCTCCTCTTCCTCCT
CCGCCATATCAGAAACATCCAGAGGGATAGAATCCGGATCTACCTTCTCGTCTTGCTCAA
GAGTCATTGCTTGATTAGAACTTTCACCTATCTCATTATGGTTTTCGTCGTCTTGCTCAA
GAGTCATTGCTTGACCAGAGCTTTCATCCATTTCATTATGATTCTCCACTGGTATCTCCA
TCATCATCCCAACAGCATCACCATTATCAATCCTGAAATCCATGTCAAAGTTTTTTTTTC
CGGGGAGGGTTTCGCCGGCGGCGGAATTAGGTTTTGCGATGACAGAAAAGGTGCCGGTTC
AGGGTATGGATTACAAGGTTATGACGTGACGAGAGATGAGTGGGTTCC

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 2

CO CL9336Contig1 587 2 1 U
GGGGGCTTTCCCATTTGACAGCTCTAGAAGAAGCTGCGCATCCACCACATGACGGTAATC
CCATAGTCTCTGTGGAGCAGAGTTCAAGTAAAGCAGGGGGAGAGTCCCAAGCTATACAGA
AGCCAAAGCTTGAAACCTCTCAGCAACAGCAGCAGCAGCCGCGTTACCCCACAGCCGAGT
TTTGGAAGAAGCTTTTGACTACTTTGGGTCAGATTGAGAGTAATACAGACAAGATGGTTA
AACTAATGAGTGATGGACATGGATTTGCGGCAGCTGTGGGATCCTCCAAGAGACAGCGAG
ATGAGCAGGGGAAAGAGAGAGGTGACAACGACGTAGCAGAGAAGCTGCAGGATCAGAACA
TTCAACAGCCGCATGGACAATCTCGGGGAAACAAGGCTGCAAAGAAACACTAGAGAGATG
AGGTTCCTCACATTAGTCTTTTATAATATAGCAGAGACACATGTTATGATGCTTGCTTAT
TTTTCTTATTGTTATACTAGACACACTACTAGCTTAGCTACGCAATCTAAGAAACATTGG
AGAGAGATTTTTATGGTCTTTCTCAAGAGACAAACATGTAAGAAGTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BZ18JQ C 1
AF RR3BZ18TF U 1
BS 1 587 RR3BZ18TF

RD RR3BZ18JQ 587 0 0
GGGGGCTTTCCCATTTGACAGCTCTAGAAGAAGCTGCGCATCCACCACATGACGGTAATC
CCATAGTCTCTGTGGAGCAGAGTTCAAGTAAAGCAGGGGGAGAGTCCCAAGCTATACAGA
AGCCAAAGCTTGAAACCTTTCAGCAACAGCAGCAGCAGCCGCGTTACCCCACAGCCGAGT
TTTGGAAGAAGCTTTTGACTACTTTGGGTCAGATTGAGAGTAATACAGACAAGATGGTTA
AACTAATGAGTGATGGACATGGATTTGCGGCAGCTGTGGGATCCTCCAAGAGACAGCGAG
ATGAGCAGGGGAAAGAGAGAGGTGACAACGACGTAGCAGAGAAGCTGCAGGATCAGAACA
TTCAACAGCCGCATGGACAATCTCGGGGAAACAAGGCTGCAAAGAAACACTAGAGAGATG
AGGTTCCTCACATTAGTCTTTTATAATATAGCAGAGACACATGTTATGATGCTTGCTTAT
TTTTTTTATTGTTATACTAGACACACTACTAGCTTAGCTACGCAATTTAAGAAACATTGG
AGAGAGATTTTTATGGTCTTTCTCAAGAGACAAACATGTAAGAAGTT

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3BZ18TF 587 0 0
GGGGGCTTTCCCATTTGACAGCTCTAGAAGAAGCTGCGCATCCACCACATGACGGTAATC
CCATAGTCTCTGTGGAGCAGAGTTCAAGTAAAGCAGGGGGAGAGTCCCAAGCTATACAGA
AGCCAAAGCTTGAAACCTCTCAGCAACAGCAGCAGCAGCCGCGTTACCCCACAGCCGAGT
TTTGGAAGAAGCTTTTGACTACTTTGGGTCAGATTGAGAGTAATACAGACAAGATGGTTA
AACTAATGAGTGATGGACATGGATTTGCGGCAGCTGTGGGATCCTCCAAGAGACAGCGAG
ATGAGCAGGGGAAAGAGAGAGGTGACAACGACGTAGCAGAGAAGCTGCAGGATCAGAACA
TTCAACAGCCGCATGGACAATCTCGGGGAAACAAGGCTGCAAAGAAACACTAGAGAGATG
AGGTTCCTCACATTAGTCTTTTATAATATAGCAGAGACACATGTTATGATGCTTGCTTAT
TTTTCTTATTGTTATACTAGACACACTACTAGCTTAGCTACGCAATCTAAGAAACATTGG
AGAGAGATTTTTATGGTCTTTCTCAAGAGACAAACATGTAAGAAGTT

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

CO CL9337Contig1 839 2 12 U
GGATACACACACACACATGGCGACTTCCTTTTCCGTCTCCAGACTCCTCTCTTCCTCCGC
CATCTCCGTCGCCAAACCGTTACTCTCCCCAACCTCATCCTTCGCCGCGCCAATCTCCTT
CTCCCGCCCTCTCGCTCCCAACCTCTCCCTCAAACTCCGCACCCGCCGCACCTCTATCTC
CTCCGCCAGATCCTCCTCAACAACAACAACCATCTCCGCCTCCATCTCCGTCGGAGACAA
ACTCCCCGACTCCACCCTCTCCTACCTCGATCCCGCCACCGGCGACGTCAAAACGGTCAC
CGTCTCCTCCCTAGCCGCCGGCAAAAAAACCATCCTCTTCGCCGTCCCGGGCGCCTTCAC
CCCGACCTGCTCGCAGAAACACGTCCCCGGATTCGTCTCCAAGGCCGGAGAGCCCAGATC
CAAAGGCGTCGACGTCATCGCGTGCGTCTCGGTGAACGACGCGTTCGTGATGGAGGCGTG
GAGTAAGGATCTCGGGATTAATGATGAGGTGATGCTGTTGTCGGACGGTAACGGAGAGTT
CACGGGGAAGCTCGGCGTGGAGCTGGATTTGAGGGATAAGCCCGTGGGGCTCGGGGGTTA
GGTCGAGGAGGTACGCGATTCTGGCGGAGGATGGGGTTGTGAAGGTGCTGAATCTCGAGG
AAGGAGGCGCTTTCACCAACTCTAGTGCTGAGGATATGCTTAAAGCTCTTTGATTCCCGA
TTCTGTTTTCTCTTTGTGTGTTTTTTTTTTGAATTTTCCTGAAGCTTTTCAGATTCTATG
TATCCATCCATCATCGGATCTGTAACGGAATAAAACATCGGGAATCGTTTTTGTTTGTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GD94TF U 1
AF RR3GD94JQ C 153
BS 1 663 RR3GD94TF
BS 664 664 RR3GD94JQ
BS 665 692 RR3GD94TF
BS 693 693 RR3GD94JQ
BS 694 703 RR3GD94TF
BS 704 704 RR3GD94JQ
BS 705 714 RR3GD94TF
BS 715 715 RR3GD94JQ
BS 716 728 RR3GD94TF
BS 729 729 RR3GD94JQ
BS 730 749 RR3GD94TF
BS 750 839 RR3GD94JQ

RD RR3GD94TF 760 0 0
GGATACACACACACACATGGCGACTTCCTTTTCCGTCTCCAGACTCCTCTCTTCCTCCGC
CATCTCCGTCGCCAAACCGTTACTCTCCCCAACCTCATCCTTCGCCGCGCCAATCTCCTT
CTCCCGCCCTCTCGCTCCCAACCTCTCCCTCAAACTCCGCACCCGCCGCACCTCTATCTC
CTCCGCCAGATCCTCCTCAACAACAACAACCATCTCCGCCTCCATCTCCGTCGGAGACAA
ACTCCCCGACTCCACCCTCTCCTACCTCGATCCCGCCACCGGCGACGTCAAAACGGTCAC
CGTCTCCTCCCTAGCCGCCGGCAAAAAAACCATCCTCTTCGCCGTCCCGGGCGCCTTCAC
CCCGACCTGCTCGCAGAAACACGTCCCCGGATTCGTCTCCAAGGCCGGAGAGCCCAGATC
CAAAGGCGTCGACGTCATCGCGTGCGTCTCGGTGAACGACGCGTTCGTGATGGAGGCGTG
GAGTAAGGATCTCGGGATTAATGATGAGGTGATGCTGTTGTCGGACGGTAACGGAGAGTT
CACGGGGAAGCTCGGCGTGGAGCTGGATTTGAGGGATAAGCCCGTGGGGCTCGGGGGTTA
GGTCGAGGAGGTACGCGATTCTGGCGGAGGATGGGGTTGTGAAGGTGCTGAATCTCGAGG
AAG*AGGCGCTTTCACCAACTCTAGTGCTGAG*ATATGCTTAA*GCTCTTTGAT*CCCGA
TTCTGTTT*CTCTTTGTGTGTTTTTTTTT
GAATTTCCTGA

QA 1 749 1 749
DS 

RD RR3GD94JQ 687 0 0
AACTCCGCACCCGCCGCACCTCTATCTCCTCCGCCAGATCCTCCTCAACAACAACAACCA
TCTCCGCCTCCATCTCCGTCGGAGACAAACTCCCCGACTCCACCCTCTCCTACCTCGATC
CCGCCACCGGCGACGTCAAAACGGTCACCGTCTCCTCCCTAGCCGCCGGCAAAAAAACCA
TCCTCTTCGCCGTCCCGGGCGCCTTCACCCCGACCTGCTCGCAGAAACACGTCCCCGGAT
TCGTCTCCAAGGCCGGAGAGCCCAGATCCAAAGGCGTCGACGTCATCGCGTGCGTCTCGG
TGAACGACGCGTTCGTGATGGAGGCGTGGAGTAAGGATCTCGGGATTAATGATGAGGTGA
TGCTGTTGTCGGACGGTAACGGAGAGTTCACGGGGAAGCTCGGCGTGGAGCTGGATTTGA
GGGATAAGCCCGTGGGGCTCGGGG*TTAGGTCGAGGAGGTACGCGATTCTGGCGGAGGAT
GGGGTTGTGAAGGTGCTGAATCTCGAGGAAGGAGGCGCTTTCACCAACTCTAGTGCTGAG
GATATGCTTAAAGCTCTTTGATTCCCGATTCTGTTTTCTCTTTGTGTGTTTTTTTTTTGA
ATTTTCCTGAAGCTTTTCAGATTCTATGTATCCATCCATCATCGGATCTGTAACGGAATA
AAACATCGGGAATCGTTTTTGTTTGTC

QA 1 687 1 687
DS 



AS 1 2

CO CL9338Contig1 659 2 3 U
GGACTGAAGCGGAGCTATGGCAGCAGCTGGAGCATGACCTTTACAACGAGGACGGCTCTT
CAGAGCTGCCTGAAGAAGAAGCCGATGTTGCGAAAGAGATCAAGGAAGAAGAGGAAGCCG
TGATCGCAGAGGCGGGTGTGGCTCAGCCAGAGAGGATGAGTCTCTCAGATTCCTCCCGCC
AGGGAAGATTATGCACATCGTCACGGTCCGGTCCGAGGCTGTAGAGGCAAACGAAGAAGA
AGATGCGTTGGATAGGGCTGAGACGGTGGAGACGACAGTGGAGGAGGGAAAAGTAGGAAT
CTTTCTGACGCCGAGGTCGTTGTATAGTAAAGTGAGGTTATCGCAGAGGATGATAAGCGA
TCACTTCATGCCTGTTTACAGACGACAGCTTGAACGGTTGATACAAGAGCTAACACTCGA
ACATGAACAACAGCCTTGATTGAAGCTGCTTATGTTCGTGTTTTAGTTCCTTTTTTTTTG
TGTATTTACAGTTGTACATACTTGTCATATTGAGTATTTACCTATAAGAAAGCTTTCTTT
GGGTTCTTGGTGGGTTTATACAACGCGACCTTGTTTCTTCCCTAGGCAAACAAACCATGT
ACTATCATGTATGTAATATCTGAACTTGTTGTAATGATTGAGTTTCATAGTTTTGAACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EC83TF U 1
AF RR3EC83JQ C 54
BS 1 585 RR3EC83TF
BS 586 586 RR3EC83JQ
BS 587 659 RR3EC83TF

RD RR3EC83TF 659 0 0
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AGGGAAGATTATGCACATCGTCACGGTCCGGTCCGAGGCTGTAGAGGCAAACGAAGAAGA
AGATGCGTTGGATAGGGCTGAGACGGTGGAGACGACAGTGGAGGAGGGAAAAGTAGGAAT
CTTTCTGACGCCGAGGTCGTTGTATAGTAAAGTGAGGTTATCGCAGAGGATGATAAGCGA
TCACTTCATGCCTGTTTACAGACGACAGCTTGAACGGTTGATACAAGAGCTAACACTCGA
ACATGAACAACAGCCTTGATTGAAGCTGCTTATGTTCGTGTTTTAGTTCCTTTTTTTTTG
TGTATTTACAGTTGTACATACTTGTCATATTGAGTATTTACCTATAAGAAAGCTTTCTTT
GGGTTCTTGGTGGGTTTATACAACGCGACCTTGTTTCTTCCCTAG*CAAACAAACCATGT
ACTATCATGTATGTAATATCTGAACTTGTTGTAATGATTGAGTTTCATAGTTTTGAACC

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3EC83JQ 606 0 0
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GAAGCCGTGATCGCAGAGGCGGGTGTGGCTCAGCCAGAGAGGATGAGTCTCTCAGATTCC
TCCCGCCAGGGAAGATTATGCACATCGTCACGGTCCGGTCCGAGGCTGTAGAGGCAAACG
AAGAAGAAGATGCGTTGGATAGGGCTGAGACGGTGGAGACGACAGTGGAGGAGGGAAAAG
TAGGAATCTTTCTGACGCCGAGGTCGTTGTATAGTAAAGTGAGGTTATCGCAGAGGATGA
TAAGCGATCACTTCATGCCTGTTTACAGACGACAGCTTGAACGGTTGATACAAGAGCTAA
CACTCGAACATGAACAACAGCCTTGATTGAAGCTGCTTATGTTCGTGTTTTAGTTCCTTT
TTTTTTGTGTATTTACAGTTGTACATACTTGTCATATTGAGTATTTACCTATAAGAAAGC
TTTCTTTGGGTTCTTGGTGGGTTTATACAACGCGACCTTGTTTTTTCCCTAGGCAAACAA
ACCATGTACTATCATGTATGTAATATCTGAACTTGTTGTAATGATTGAGTTTCATAGTTT
TGAACC

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

CO CL9339Contig1 779 2 4 U
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CAATGTTTTAGCACTACCACCACCACCATGGGAAGCCCAATCTCCAAGCTCTAGTCCTCA
CTACTCTCCTACTCACCCGATGCAAGTGACTCAAGTTGTCATCACGACACACACTCATCA
ACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTCATGCTATCAACAACCCTCAAGGTGG
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AGGAGGCCACATGCAACCCTTCGGCCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGG
AGGACAACCTCAGCCACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATAGAGGCTATGG
AGGACAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTATGGAATGTCACTTCAAGA
CAATGGAACCAGCAATGGCAACCCCTACCAAGTGTCTTCTCATCCTTCGGGTCTTAATTA
TCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACAAGAAACCAGAGGACAAGTTGTTTGGAGATCT
TGTTGAACTCTCCAAGAACAAGAAGCCTACTGAACGAGCCGGTAGTATGTAAACCCTCAC
ATTTTTCACCAGTTTTTATAGAGTTTTTAAAAATTTCATGTTGACTTTATAGAATTTTTA
AAAATAATTCTGAATTATTCCTTTGGCACCAAAAGTGAATAACATCATCATTTTCATTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EZ28TF U 1
AF RR3EZ28JQ C 133
BS 1 687 RR3EZ28TF
BS 688 689 RR3EZ28JQ
BS 690 716 RR3EZ28TF
BS 717 779 RR3EZ28JQ

RD RR3EZ28TF 716 0 0
GCAACCCTTTTCACCTACCTTTAGCCCGCCAGTCTCACCTCACTATGGTGGACAAAACAA
CAATGTTTTAGCACTACCACCACCACCATGGGAAGCCCAATCTCCAAGCTCTAGTCCTCA
CTACTCTCCTACTCACCCGATGCAAGTGACTCAAGTTGTCATCACGACACACACTCATCA
ACCGCTAGGTTACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTCATGCTATCAACAACCCTCAAGGTGG
CTCTCCTTATGCTATCAACAACAACAATAACATGTTCGGTATGATCCCCTCTCCAATGAC
AGGAGGCCACATGCAACCCTTCGGCCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGG
AGGACAACCTCAGCCACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATAGAGGCTATGG
AGGACAACCTCAGCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTATGGAATGTCACTTCAAGA
CAATGGAACCAGCAATGGCAACCCCTACCAAGTGTCTTCTCATCCTTCGGGTCTTAATTA
TCAGCAACCAATGATGAAACCTGTGAACAAGAAACCAGAGGACAAGTTGTTTGGAGATCT
TGTTGAACTCTCCAAGAACAAGAAGCCTACTGAACGAGCCGGTAGTATGTAAACCCTCAC
ATTTTTCACCAGTTTTTATAGAGTTTT**AAAATTTCATGTTGACTTTATAGAATT

QA 1 716 1 716
DS 

RD RR3EZ28JQ 647 0 0
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CAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTCATGCTATCAACAACCCTCAAGGTGGCTCTCCTTATGC
TATCAACAACAACAATAACATGTTCGGTATGATCCCCTCTCCAATGACAGGAGGCCACAT
GCAACCCTTCGGCCATCAGAATCCTGCTGCCATGTACGGAGGCTACGGAGGACAACCTCA
GCCACCACAACAGTATTTTGGTGAACAACAAATGTATAGAGGCTATGGAGGACAACCTCA
GCCACCACAAGAGTTAGAACAACAAATGTATGGAATGTCACTTCAAGACAATGGAACCAG
CAATGGCAACCCCTACCAAGTGTCTTCTCATCCTTCGGGTCTTAATTATCAGCAACCAAT
GATGAAACCTGTGAACAAGAAACCAGAGGACAAGTTGTTTGGAGATCTTGTTGAACTCTC
CAAGAACAAGAAGCCTACTGAACGAGCCGGTAGTATGTAAACCCTCACATTTTTCACCAG
TTTTTATAGAGTTTTTAAAATTTTCATGTTGACTTTATAGAATTTTTAAAAATAATTCTG
AATTATTCCTTTGGCACCAAAAGTGAATAACATCATCATTTTCATTC

QA 1 647 1 647
DS 



AS 1 2

CO CL9340Contig1 689 2 1 U
GGGCCTTCTCCTTCAATAAAAAAAACCCTAATAGAAATCATTTGACGGCGCCTCTCACAC
TCCACAACCATGCCGCCAAAGTTGGACCCGAGCCAGATCGTGGACGTGTACGTCCGTGTA
ACCGGAGGAGAAGTCGGAGCCGCCAGTTCCCTCGCTCCCAAGATCGGTCCCCTCGGTCTC
GCACCAAAGAAGATCGGAGAAGACATCGCCAAAGAGACCGCCAAAGAGTGGAAGGGACTC
CGCGTCACCGTCAAGCTAACGGTTCAGAATCGTCAGGCTAAGGTCACGGTGGTTCCATCG
GCCGCGGCGCTTGTGATCAAGGCGTTGAAGGAGCCGGAGAGGGACCGCAAGAAGGTGAAG
AACATCAAGCACAATGGTAACATTTCGTTTGATGATGTGATTGAGATCGCTAGGATCATG
AGGCCTAGATCTATTGCTAAGGAGTTGAGTGGGACTGTGAGGGAGATTCTTGGGACATGT
GTCTCTGTTGGGTGCACTGTTGATGGGAAGGACCCCAAGGATCTTCAGCAGGAGATCCAA
GAGGGCGAGATTGATATTCCTGAGAACTAAGGGAAACGAGAAAGATAGATGTTGTCTTTT
TTTTTCTTCACTTAGAATGACTCAGTTTTGGATTTGTTGTTGCGTTTTCTTTTCTCTGTT
TCAAGAACACTAATGAGTTTATCAATCGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GD88TF U 1
AF RR3GD88JQ C 131
BS 1 689 RR3GD88TF

RD RR3GD88TF 689 0 0
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TCCACAACCATGCCGCCAAAGTTGGACCCGAGCCAGATCGTGGACGTGTACGTCCGTGTA
ACCGGAGGAGAAGTCGGAGCCGCCAGTTCCCTCGCTCCCAAGATCGGTCCCCTCGGTCTC
GCACCAAAGAAGATCGGAGAAGACATCGCCAAAGAGACCGCCAAAGAGTGGAAGGGACTC
CGCGTCACCGTCAAGCTAACGGTTCAGAATCGTCAGGCTAAGGTCACGGTGGTTCCATCG
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AGGCCTAGATCTATTGCTAAGGAGTTGAGTGGGACTGTGAGGGAGATTCTTGGGACATGT
GTCTCTGTTGGGTGCACTGTTGATGGGAAGGACCCCAAGGATCTTCAGCAGGAGATCCAA
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TTTTTCTTCACTTAGAATGACTCAGTTTTGGATTTGTTGTTGCGTTTTCTTTTCTCTGTT
TCAAGAACACTAATGAGTTTATCAATCGC

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DS 

RD RR3GD88JQ 559 0 0
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TTGTGATCAAGGCGTTGAAGGAGCCGGAGAGGGACCGCAAGAAGGTGAAGAACATCAAGC
ACAATGGTAACATTTCGTTTGATGATGTGATTGAGATCGCTAGGATCATGAGGCCTAGAT
CTATTGCTAAGGAGTTGAGTGGGACTGTGAGGGAGATTCTTGGGACATGTGTCTCTGTTG
GGTGCACTGTTGATGGGAAGGACCCCAAGGATCTTCAGCAGGAGATCCAAGAGGGCGAGA
TTGATATTCCTGAGAACTAAGGGAAACGAGAAAGATAGATGTTGTCTTTTTTTTTCTTCA
CTTAGAATGACTCAGTTTTGGATTTGTTGTTGCGTTTTCTTTTCTCTGTTTCAAGAACAC
TAATGAGTTTATCAATCGC

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

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TCTCACCAAACTGCTCGTGAACCCAGCAGCTCATTCTCACACACCCAATCACCACTCCTC
CTTCACTTCCATCTATCGACCGAGCCAGACTCGCCATTTCCGGACTCGCTATCTTCCTTC
GACCCCGTCTCCTCCTCCTCCTCCCGCGAGCCGCTGCTTCGACCCTTCTCTCCTATGGCG
ATCGGAGAAAATTCGTGGGTTTTTCGCTGGCGCTCTGACGAAAAACAAATCCGTGAAACT
GGGGAATCTCGTGGAATCGAAAGTTGTTTTCTTTCGTTCTCAGTTTCCCGGAAAGGGTTT
CGAGTTCGGAGGCTATTCTGGGAGGCGTGGATGGAAGAATTGGCTTCAAGGACTATCATC
TAATGACGTTGTCCTTGGATTACTACTAGCTAACGCTGGTGTCTTTCTCATGTGGCGTGT
TTTCGACCAACGTTTCATGATGAATAACTTCATGATATCGTTGGACAATTTCACCAGTGG
ACGTCTACACACTCTGATAACTTCAGCATTCAGTCATATTGATATTGGGCATATCGTCTC
AAACATGATTGGTCTCTACTTCTTTGGAACCAGTATCGCAAGAAACTTTGGCCCTCAGTT
CCTTCTGAAGCTCTACTTTGCTGGAGCGCTTGGTGGCTCTGTGTTCTACTTGATTCACCA
TGCTTATCTTGCTGCCTCATCTCCCAAGGGCCATGGAGCTTTCGTGAGGGATCCATCCAG
AACCCCGGGACTGGGTGCGAGTGGAGCTGTGAATGCCATCATGCTGCTCGATATCTTCCT
GCACCCAAGAGCTACTCTTTACCTTGAATTTTTCATTCCAGTTCCCGCAATGCTGCTTGG
AATCTTCCTCATTGGTAAAGACATTTTAAGGATAACAGAGTAACATCTCAGGTTCTGCTC
ATTTGGGAGGGGCTGCAGTTGCAGCCATTGCTTGGGCTGGGATTAGGAGAGGTCGCTTCC
GTTTCTGAACCTTTTGACCTAAACAATGCTTGGCTCTGGTCATCTTAGAGAGAGAAAAAA
ACTATCTTCAAATGATTTAGGAACTTTGAGACCATATTGTGGCTCACAAGATTATTAGAT
TCTACCATTTATGTTCTTCCATATATTAATCTTGTCTGTGTTTGTTGCTGCCGAACCTAC
CTATAGACTGATCCGATCCACTTTGGAATATCAACTCTCAACTATATT


BQ
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AF RR3GO22TF U 1
AF RR3GO22JQ C 439
BS 1 731 RR3GO22TF
BS 732 1248 RR3GO22JQ

RD RR3GO22TF 731 0 0
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TCTCACCAAACTGCTCGTGAACCCAGCAGCTCATTCTCACACACCCAATCACCACTCCTC
CTTCACTTCCATCTATCGACCGAGCCAGACTCGCCATTTCCGGACTCGCTATCTTCCTTC
GACCCCGTCTCCTCCTCCTCCTCCCGCGAGCCGCTGCTTCGACCCTTCTCTCCTATGGCG
ATCGGAGAAAATTCGTGGGTTTTTCGCTGGCGCTCTGACGAAAAACAAATCCGTGAAACT
GGGGAATCTCGTGGAATCGAAAGTTGTTTTCTTTCGTTCTCAGTTTCCCGGAAAGGGTTT
CGAGTTCGGAGGCTATTCTGGGAGGCGTGGATGGAAGAATTGGCTTCAAGGACTATCATC
TAATGACGTTGTCCTTGGATTACTACTAGCTAACGCTGGTGTCTTTCTCATGTGGCGTGT
TTTCGACCAACGTTTCATGATGAATAACTTCATGATATCGTTGGACAATTTCACCAGTGG
ACGTCTACACACTCTGATAACTTCAGCATTCAGTCATATTGATATTGGGCATATCGTCTC
AAACATGATTGGTCTCTACTTCTTTGGAACCAGTATCGCAAGAAACTTTGGCCCTCAGTT
CCTTCTGAAGCTCTACTTTGCTGGAGCGCTTGGTGGCTCTGTGTTCTACTTGATTCACCA
TGCTTATCTTG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3GO22JQ 810 0 0
ATTACTACTAGCTAACGCTGGTGTCTTTCTCATGTGGCGTGTTTTCGACCAACGTTTCAT
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AACTTCAGCATTCAGTCATATTGATATTGGGCATATCGTCTCAAACATGATTGGTCTCTA
CTTCTTTGGAACCAGTATCGCAAGAAACTTTGGCCCTCAGTTCCTTCTGAAGCTCTACTT
TGCTGGAGCGCTTGGTGGCTCTGTGTTCTACTTGATTCACCATGCTTATCTTGCTGCCTC
ATCTCCCAAGGGCCATGGAGCTTTCGTGAGGGATCCATCCAGAACCCCGGGACTGGGTGC
GAGTGGAGCTGTGAATGCCATCATGCTGCTCGATATCTTCCTGCACCCAAGAGCTACTCT
TTACCTTGAATTTTTCATTCCAGTTCCCGCAATGCTGCTTGGAATCTTCCTCATTGGTAA
AGACATTTTAAGGATAACAGAGTAACATCTCAGGTTCTGCTCATTTGGGAGGGGCTGCAG
TTGCAGCCATTGCTTGGGCTGGGATTAGGAGAGGTCGCTTCCGTTTCTGAACCTTTTGAC
CTAAACAATGCTTGGCTCTGGTCATCTTAGAGAGAGAAAAAAACTATCTTCAAATGATTT
AGGAACTTTGAGACCATATTGTGGCTCACAAGATTATTAGATTCTACCATTTATGTTCTT
CCATATATTAATCTTGTCTGTGTTTGTTGCTGCCGAACCTACCTATAGACTGATCCGATC
CACTTTGGAATATCAACTCTCAACTATATT

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL9342Contig1 1193 2 4 U
TCAAATAGCTTGGTGGATAATGGAGAACCGAAGAGAATACTTTGACCGAGCTAAACCAGT
GCTTGACCGAGTGAAAATGCTGATTTTTCTATCGGAATCACAGAGCAAACAGTGGCTAAC
ATGGTGCGAAGAGGAGCATATAAGGCTTAGATCACAACCAGTGATTGTTCCTCTATCTGT
TAACGATGAGCTGGCCTTTGTAGCTGGGATTCCTTCCTCACTCAACACACCAACACTCTC
TCCAGAGAAAATGAGGGAGAAGAGGCAAACACTACGCGAATCAGTCAGAACGGAGTTAGG
ATTAACAGATGCAGATATGCTCGTGATGTCGCTTAGCAGCATAAACCCAGGGGGACAACT
TCTCCTCCTTGAATCTGTTGCCTTGGCACTTGCTGAGAGAGAGCAAGAAGCTCATCAGAG
GAATCACAAGGGCGCCGCTAGGAAAGAGAAAGTTAACCCCTCTAAGAAACATCGTCTAAG
AGGCTCATCTCGGCAGGTGCAAAGTGTTCCTCTCACACTTGATAATTCGGTGGGAAGACG
GAAACAAGAGCTTAGACTTCTTTTGGGATCAGTGGGTTCAAAGAGCAACTAAGTTGAATA
CGTTAAAGAGATGATAAGCTTCTTATCTAGCAACGGAAACTTATCTAAGTCAATCATTTG
GACTCCAGCAACCACTCGTGTTGCTTCATTATACTCTGCTGCAGATGTCTACGTCACAAA
CTCCCAGGGAGTTGGTGAAACATTTGGGAGAGTGACGATAGAAGCAATGGCTTATGGACT
TGCAGTGGTGGGAACAGATGCAGGAGGAACAAAAGAGATTGTGGAACATAACGTGACCGT
TCTACTTCACCCAATGGGACGATTGGGTAACAAAGATTCGGCTCACAATCTCTTGTTTCT
ACTTAGAAACAAAGAGGCAAGGCTACGAATGGGGATCGAAGGACGAAGAAAGGTTGAGAA
GATGTACATGAAGCAACATATGTACAAGCGATTCGTCGACGTTCTTGTCAAATGCATGAG
ACCATAAACACAACTTTCATCTTAATATCACAGCCCATTGATTCTTTTACCAACTTGGAT
TTTTTAGGAGTTTATTATTCCGAGGCTCTGAATTAAATTCTCTTGTTATATTTCATGTCT
CTTGTAATAATATTTCATGCACTGATCTTCGAATTGATATCATAGTGATGTTT


BQ
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AF RR3GI11TF U 1
AF RR3GI11JQ C 462
BS 1 747 RR3GI11TF
BS 748 748 RR3GI11JQ
BS 749 762 RR3GI11TF
BS 763 1193 RR3GI11JQ

RD RR3GI11TF 762 0 0
TCAAATAGCTTGGTGGATAATGGAGAACCGAAGAGAATACTTTGACCGAGCTAAACCAGT
GCTTGACCGAGTGAAAATGCTGATTTTTCTATCGGAATCACAGAGCAAACAGTGGCTAAC
ATGGTGCGAAGAGGAGCATATAAGGCTTAGATCACAACCAGTGATTGTTCCTCTATCTGT
TAACGATGAGCTGGCCTTTGTAGCTGGGATTCCTTCCTCACTCAACACACCAACACTCTC
TCCAGAGAAAATGAGGGAGAAGAGGCAAACACTACGCGAATCAGTCAGAACGGAGTTAGG
ATTAACAGATGCAGATATGCTCGTGATGTCGCTTAGCAGCATAAACCCAGGGGGACAACT
TCTCCTCCTTGAATCTGTTGCCTTGGCACTTGCTGAGAGAGAGCAAGAAGCTCATCAGAG
GAATCACAAGGGCGCCGCTAGGAAAGAGAAAGTTAACCCCTCTAAGAAACATCGTCTAAG
AGGCTCATCTCGGCAGGTGCAAAGTGTTCCTCTCACACTTGATAATTCGGTGGGAAGACG
GAAACAAGAGCTTAGACTTCTTTTGGGATCAGTGGGTTCAAAGAGCAACTAAGTTGAATA
CGTTAAAGAGATGATAAGCTTCTTATCTAGCAACGGAAACTTATCTAAGTCAATCATTTG
GACTCCAGCAACCACTCGTGTTGCTTCATTATACTCTGCTGCAGATGTCTACGTCACAAA
CTCCCAGGGAGTTGGTGAAACATTTGG*AGAGTGACGATAGA

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3GI11JQ 732 0 0
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ATAATTCGGTGGGAAGACGGAAACAAGAGCTTAGACTTCTTTTGGGATCAGTGGGTTCAA
AGAGCAACTAAGTTGAATACGTTAAAGAGATGATAAGCTTCTTATCTAGCAACGGAAACT
TATCTAAGTCAATCATTTGGACTCCAGCAACCACTCGTGTTGCTTCATTATACTCTGCTG
CAGATGTCTACGTCACAAACTCCCAGGGAGTTGGTGAAACATTTGGGAGAGTGACGATAG
AAGCAATGGCTTATGGACTTGCAGTGGTGGGAACAGATGCAGGAGGAACAAAAGAGATTG
TGGAACATAACGTGACCGTTCTACTTCACCCAATGGGACGATTGGGTAACAAAGATTCGG
CTCACAATCTCTTGTTTCTACTTAGAAACAAAGAGGCAAGGCTACGAATGGGGATCGAAG
GACGAAGAAAGGTTGAGAAGATGTACATGAAGCAACATATGTACAAGCGATTCGTCGACG
TTCTTGTCAAATGCATGAGACCATAAACACAACTTTCATCTTAATATCACAGCCCATTGA
TTCTTTTACCAACTTGGATTTTTTAGGAGTTTATTATTCCGAGGCTCTGAATTAAATTCT
CTTGTTATATTTCATGTCTCTTGTAATAATATTTCATGCACTGATCTTCGAATTGATATC
ATAGTGATGTTT

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL9343Contig1 790 2 2 U
GGTCCGTAAGAAAATTCTTGGAAAAAAAAACAAGAACAAACTTTTTTCTTAATTGAAGAA
GAAACTTTCTTTTTTTTTTTCTTCCAACAAAGCTTTTGAAGGATTCGCCTTTCCGTGATA
AAGAAGCTCCAAATCGTGTGTATCTGTAGACAGAGGCAGAGAGAGAGAGATTCTGGTAGA
AAAGCCATGTCTATGTCTATTGTGAAACGCTTTGTTCCGTATATGTCTGCTCGTATCAGA
GAAAATCATCGGTTGCTTAACCGTTATTCTTCCGCTTCTTCTTCTGCTCTCAAAGAAGCT
TCTTCTTTATCTTCGTCCTCCCAATCCGAATCTTCTTCTCTCGAATCTGTTCATCTTAGC
GACAATTGCATCCGGAGGATGAAAGAGTTACAATCTAGCGAGCCGGAAAAGAAGCTGCTT
CGTTTGGGTGTAGAAACTGGAGGCTGTTCTGGTTTTCAGTATAAGTTTGAGCTTGATCAT
AAAACCAACCCTGATGACAGGGGTTTTCGAGGAGAAGGGGGTGAAATTGGTTGTAGATAA
TGTCTCCTATGCCTTTGTCAAAGGCGCTACTATTGATTACGTCGATGAGCTCATCCGTTC
TGCCTTCGTGGTAGCTGAAAATCCGGCAGCAGTTGGTGGATGCAGTTGTAAAAGCTCCTT
CATGGTCAAACTCTGATTCGTTGTATCATTTTTTTTTTCTTTTACGTGAGTTACAAACCT
TATTTGATCTTTTGTTATTTACTTGTACAATGTCTCCCAAGTTTTTGCTATGTATTCATC
ATTCAAAGGC


BQ
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AF RR3FI45TF U 1
AF RR3FI45JQ C 325
BS 1 665 RR3FI45TF
BS 666 790 RR3FI45JQ

RD RR3FI45TF 665 0 0
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GAAACTTTCTTTTTTTTTTTCTTCCAACAAAGCTTTTGAAGGATTCGCCTTTCCGTGATA
AAGAAGCTCCAAATCGTGTGTATCTGTAGACAGAGGCAGAGAGAGAGAGATTCTGGTAGA
AAAGCCATGTCTATGTCTATTGTGAAACGCTTTGTTCCGTATATGTCTGCTCGTATCAGA
GAAAATCATCGGTTGCTTAACCGTTATTCTTCCGCTTCTTCTTCTGCTCTCAAAGAAGCT
TCTTCTTTATCTTCGTCCTCCCAATCCGAATCTTCTTCTCTCGAATCTGTTCATCTTAGC
GACAATTGCATCCGGAGGATGAAAGAGTTACAATCTAGCGAGCCGGAAAAGAAGCTGCTT
CGTTTGGGTGTAGAAACTGGAGGCTGTTCTGGTTTTCAGTATAAGTTTGAGCTTGATCAT
AAAACCAACCCTGATGACAGGGGTTTTCGAGGAGAAGGGGGTGAAATTGGTTGTAGATAA
TGTCTCCTATGCCTTTGTCAAAGGCGCTACTATTGATTACGTCGATGAGCTCATCCGTTC
TGCCTTCGTGGTAGCTGAAAATCCGGCAGCAGTTGGTGGATGCAGTTGTAAAAGCTCCTT
CATGG

QA 1 665 1 665
DS 

RD RR3FI45JQ 466 0 0
TCCGAATCTTCTTCTCTCGAATCTGTTCATCTTAGCGACAATTGCATCCGGAGGATGAAA
GAGTTACAATCTAGCGAGCCGGAGAAGAAGCTGCTTCGTTTGGGTGTAGAAACTGGAGGC
TGTTCTGGTTTTCAGTATAAGTTTGAGCTTGATCATAAAACCAACCCTGATGACAGGG*T
TTTCGAGGAGAAGGGGGTGAAATTGGTTGTAGATAATGTCTCCTATGCCTTTGTCAAAGG
CGCTACTATTGATTACGTCGATGAGCTCATCCGTTCTGCCTTCGTGGTAGCTGAAAATCC
GGCAGCAGTTGGTGGATGCAGTTGTAAAAGCTCCTTCATGGTCAAACTCTGATTCGTTGT
ATCATTTTTTTTTTCTTTTACGTGAGTTACAAACCTTATTTGATCTTTTGTTATTTACTT
GTACAATGTCTCCCAAGTTTTTGCTATGTATTCATCATTCAAAGGC

QA 1 466 1 466
DS 



AS 1 2

CO CL9344Contig1 896 2 6 U
GAAGCTTGTACCAAAGAGATAGCTCAAAAATGCGAGACCACTTGCATGGACAAGATATTG
ATCCTCAAGGCTCGACACGGTATGTTCTAAAGTACTTGATCTATACTTTGGAGTTGGTAT
TTGAAAGTTTTATACTTTGTGTAGGGCGAAAACGGAGGAAGCTAGAATCACATCTTGGCA
AAATTTGCAGAAAGCTAAGGCGGAGGCAGAAATAAGAAAGCTTGAGGTTCTTTTCTCTCA
TCACTTTTTTTTTACCTGAAGCACAAAGTCTAGAGAGTGCTTGAGTGCATTACTCTAGAG
AGGAACCATTTTCAAATAAATATTTATTCTCAGGTAAAGTTGGAAAAGAAAAGATCATCG
TCAATGGCGAGAATAATGAGAAAAGTGAAGTCAGCAGAGAAGAAAGCAGAGGAGATGAGG
AGGTCAGTGTTAGACAATAAAGCTCCAAGCGCATCACATGGCAAGGCTTTATCTTTCAGA
AGAAGTGGGAAGAAGAAGATTGCTTCCCTTAGTGGTTGTTTCACCTGCCATGCTTTTAGT
ATGACGGTAAAACGACTCTTCACTACTCATGCGTACGTACGTACGTAATATATATGGTTT
TTGTATTCTTGCTTGTAATACTTTGATCGTTGTAGCTGGTGATTTTGATGCATATTTAGT
TAAGTTGAGTAAATCTGAGGGATGAGTCTACCCCTTTCCATCTTTGTGACTCTTTGGTTG
TTAGAGGTGAATTGATCCCTTGAGAGCACCAAATCCAATATGCATCATCGTTTGATCACG
TTAATGTTGTAAGATGTTATGGTTTTCGGGTTTTTGACAAAATGTCTTTGTAATTTAGTG
ATGCCTTTATGCCATATTATATGGTCCATGTAATTTATATGCAAACCAATCACACG


BQ
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AF RR3BZ52TF U 1
AF RR3BZ52JQ C 96
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ATGACGGTAAAACGACTCTTCACTACTCATGCGTACGTACGTACGTAATATATATGGTTT
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TCCATATGCATCAT

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3BZ52JQ 801 0 0
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TTGTTTCACCTGCCATGCTTTTAGTATGACGGTAAAACGACTCTTCACTACTCATGCGTA
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CTGGTGATTTTGATGCATATTTAGTTAAGTTGAGTAAATCTGAGGGATGAGTCTACCCCT
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DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3BO60TF U 1
AF RR3BO60JQ C 210
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CTATGAGAACTGGAGATGGAAACCGTCTCAGTGTGATCTTCCACGTTTCGATGCCAAGAA
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AAAAAA*GTAATCAATGTAAATACTAATAGTTTCTCCCAACGAGAGTTGA*CCCGAGTAG
AAACAGCTCGTTGGGGTGTTCTTTTTTTT

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DS 

RD RR3BO60JQ 606 0 0
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CCGTTACACAAGATTCAGTAGAAAAAACAGAATGTGATCTGTTTCATGGTAACTGGTTCT
ATGATCCAGTGGGACCCTTGTACACGAACAACTCTTGCCCTCTTCTGACACAGATGCAGA
ACTGCCAGGGCAATGGCAGACCTGACAAGGGCTATGAGAACTGGAGATGGAAACCGTCTC
AGTGTGATCTTCCACGTTTCGATGCCAAGAAGTTTCTGGAGCTAATGAGAGGCAAGACTC
TAGCTTTTATTGGTGATTCTGTTGCTCGTAATCAGATGGAGTCCATGATGTGCCTTCTTT
GGCAGGCAAGTGTTGTCCCTTTTTTTTAACTAAAAAAAGTAATCAATGTAAATACTAATA
GTTTCTCCCAACGAGAGTTGAACCCGAGTAGAAACAGCTCGTTGGTGTGTTCTTTTTTTT
TTAACT

QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

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AGTTTAAAACCGTAGCTACGTACGGGTCTGGTTTAAACTCCGACACTGATTTCATCTTCC
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TCCAGACTGCATAAATAGTAAGCAATCAGTCACTAAACAGGTATTTACGACTGATTTACG
ACTGATCACGACAGTCGTAATAGTGCTCGTCGCTAAATAAAACAGTCGTAATTCAGTCAC
TAAATAGCGACCGTTTAGCGACTAATTTTTCCGGTCGTGGATCAGTCACTAAATAGTCAC
AAAATTTTACTATTGAATTGCTACTAATTAGTGACTGATTTTGCGACTATTTTTACGACT
ACATGCCC


BQ
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AF RR3FZ93TF U 1
AF RR3FZ93JQ C 192
BS 1 548 RR3FZ93TF

RD RR3FZ93TF 548 0 0
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CGAAGATGAAGAAGATGGTGACATAAACGAGTTCCATGAAAAGACCAGTTCCATTGATGG
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AGTTTAAAACCGTAGCTACGTACGGGTCTGGTTTAAACTCCGACACTGATTTCATCTTCC
ATATCTTTATCATCGTTGGTCTGCATAGTTTTCACACATCACTACAAGAAAACAGATTTT
TCCAGACTGCATAAATAGTAAGCAATCAGTCACTAAACAGGTATTTACGACTGATTTACG
ACTGATCACGACAGTCGTAATAGTGCTCGTCGCTAAATAAAACAGTCGTAATTCAGTCAC
TAAATAGCGACCGTTTAGCGACTAATTTTTCCGGTCGTGGATCAGTCACTAAATAGTCAC
AAAATTTTACTATTGAATTGCTACTAATTAGTGACTGATTTTGCGACTATTTTTACGACT
ACATGCCC

QA 1 548 1 548
DS 

RD RR3FZ93JQ 357 0 0
GTAGCTACGTACGGGTCTGGTTTAAACTCCGACACTGATTTCATCTTCCATATCTTTATC
ATCGTTGGTCTGCATAGTTTTCACACATCACTACAAGAAAACAGATTTTTCCAGACTGCA
TAAATAGTAAGCAATCAGTCACTAAACAGGTATTTACGACTGATTTACGACTGATCACGA
CAGTCGTAATAGTGCTCGTCGCTAAATAAAACAGTCGTAATTCAGTCACTAAATAGCGAC
CGTTTAGCGACTAATTTTTCCGGTCGTGGATCAGTCACTAAATAGTCACAAAATTTTACT
ATTGAATTGCTACTAATTAGTGACTGATTTTGCGACTATTTTTACGACTACATGCCC

QA 1 357 1 357
DS 



AS 1 2

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TTCCTGACTACTTCTATGGAGATCCTTATGACCCCTCTCACCAGGAGAGACCAGTCCCTG
CCTGGATCAAAGACCATGGCCCTGATAAGGGGTTTGAAGACACAAAGCCAGTACTTGAAG
CCATAAAGAACAAAGGCATCACTGCGATTGGAGCTGCTGGGATGTGCTGGGGTGGAAAAG
TGGTTGTGGAATTGTCAAAACAAGAGCTGATCCAAGCAGGTGTGAAGGTTCCAATAGCTA
TACTAGGAGCTGAGGATGATTTTTTGACCCCGCCAGCTCTCGTGAAGCAATTTGAGGAGA
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GTTGGACAACTCGGTACGACATCAATGACCTGGAGGCTGTTAAAGCTGCAGAAGAAGCTC
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CTCTTAAGTGTTCACATTTGCTACTGTGTTGTTGAATCAAAAATAAGGAGAGAACTAATA
AGTAACAATAAAACTCTTGGGTTGTGTGTGTCTCTCTACTCTCTGTCATTGTCTAATAGA
CTTTTGAAGTATATATGTTTCTATTGATCCGAGTTTGGCCCTGAG


BQ
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AF RR3A147TF U 1
AF RR3A147JQ C 123
BS 1 665 RR3A147TF
BS 666 666 RR3A147JQ
BS 667 696 RR3A147TF
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BS 698 708 RR3A147TF
BS 709 885 RR3A147JQ

RD RR3A147TF 708 0 0
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TTCCTGACTACTTCTATGGAGATCCTTATGACCCCTCTCACCAGGAGAGACCAGTCCCTG
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QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3A147JQ 763 0 0
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GCTCCAAACTTGAGGGCGCTTGCGGACAAGGTTGCAGCTTCAGGATTCTATGTTGTGGTT
CCTGACTACTTCTATGGAGATCCTTATGACCCCTCTCACCAGGAGAGACCAGTCCCTGCC
TGGATCAAAGACCATGGCCCTGATAAGGGGTTTGAAGACACAAAGCCAGTACTTGAAGCC
ATAAAGAACAAAGGCATCACTGCGATTGGAGCTGCTGGGATGTGCTGGGGTGGAAAAGTG
GTTGTGGAATTGTCAAAACAAGAGCTGATCCAAGCAGGTGTGAAGGTTCCAATAGCTATA
CTAGGAGCTGAGGATGATTTTTTGACCCCGCCAGCTCTCGTGAAGCAATTTGAGGAGATT
CTTGCTTCCAAGCCCGAGGTGAGTAGTTATGTGAAGATTTTCCTGAATGTCTCACACGGT
TGGACAACTCGGTACGACATCAATGACCTGGAGGCTGTTAAAGCTGCAGAAGAAGCTCAC
AAGGAGATGCTTGATTGGTTTGTGACTTACGTCAGATGATTGATTGAGAGAAGGCTCTCT
CTTAAGTGTTCACATTTGCTACTGTGTTGTTGAATCAAAAATAAGGAGAGAACTAATAAG
TAACAATAAAACTCTTGGGTTGTGTGTGTCTCTCTACTCTCTGTCATTGTCTAATAGACT
TTTGAAGTATATATGTTTCTATTGATCCGAGTTTGGCCCTGAG

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL9348Contig1 577 2 1 U
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TCGTTTCAAGAACCTGATCTCTTGCCTCCTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTCGCCCTTGA
TAAGGTTGTTTTTGCTTCAGTGAAATTTGATGTTCAAAGATTTTATCAGTAAAAGGATTT
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BQ
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AF RR3BJ04JQ C 1
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DS 

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GGTTTCCTATTCATGCTTAATCATTATTCCATTCTGC

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 2

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AGTCTT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3DV66TF U 1
AF RR3DV66JQ C 1
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DS 

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QA 1 606 1 606
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D837TF U 1
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BS 1 591 RR3D837TF
BS 592 931 RR3D837JQ

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TTTCTGATCTGGTCGAAGGTCTGATGAGGTTGATGGAAGGAGAACATGTCGGGCCATTTA
ACCTCGGTAACCCTGGTGAATTCACCATGCTCGAGCTAGCTAAGGTGGTGCAAGAGACTA
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CTCTT

QA 1 591 1 591
DS 

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CCTCACAAGAGAAAGCCTGACATCACAAAGGCCAAGGAGCTTCTTGGTTGGGAACCAAAG
GTGTTTTTTCGTCAGGGACTCCCTCTCATGGTCAAAGACTTCCGTCAACGTGTATTTGGT
GACCAGAAGGAAGGCTCCTCCATGGCTACAACTACCTCAGCTTGAGCAAACGCAGATGCA
AGTAGCAGCCATTGCGGTTGTTTAAAGGTTTATATCCAAAAAGACAAAGGCGTTGCTTGC
AACTACAATGTTGATAGAGAGCTTCGTTTTTTAAAATTTATTTTGTTTTTGGTTTTTTTT
ATTATGATATTATATTCTGTGTAACTTAGAGTAAGAGTTTGGTACCTTTACTACTTATTC
ATGGACCTCACTACAGTTTTAAGAAAACCCTTTTTGTCCTTTGC

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

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ACGGGATTCGCAGACCGTCGAAATACTAGCAGGAACCATCTGGTGACCCATGTCTCAAAG
TCAACGCAAAGGAGGAGCCCTTCAATGCCTCGCTCTGCCTTACTGTCATCTTATGTCACT
TCCAGTATCCATCCTTTCTACAAGCGAAATCATGATCGAAAGTGAACCCTCTTAGCCAAG
CCACAAATCCTTGGAGAGGTTTGCCTCCTCAGCAGCAAAACTAGTCTCATCTTCAACAAA
AAAAGAATGCCATGTCTATCTCAGCAAAAGTGTCATACCAAAAAAGATTTTCCCTGTTCA
GAGTCGTGGGAATGGGCAGTTGCCGGAAAACGTGGAGTCAGTGTGGAACCTAAACCCACT
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TTAAAAAAGAATGTATCCACCTGTGATTACTCTTTTTGCTTTTCGTCCTAGTTTGGTGCG
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BQ
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AF RR3FV19JQ C 1
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DS 

RD RR3FV19TF 581 0 0
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ACGGGATTCGCAGACCGTCGAAATACTAGCAGGAACCATCTGGTGACCCATGTCTCAAAG
TCAACGCAAAGGAGGAGCCCTTCAATGCCTCGCTCTGCCTTACTGTCATCTTATGTCACT
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CCACAAATCCTTGGAGAGGTTTGCCTCCTCAGCAGCAAAACTAGTCTCATCTTCAACAAA
AAAAGAATGCCATGTCTATCTCAGCAAAAGTGTCATACCAAAAAAGATTTTCCCTGTTCA
GAGTCGTGGGAATGGGCAGTTGCCGGAAAACGTGGAGTCAGTGTGGAACCTAAACCCACT
CAACTTGTGGATCAATGTCCTCTTCTTTGACCTCTTCTCGGTTTCAAAACACAAGACTCT
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TTATTTAACATCCAACCACTGTTTACCGATTTTGATGCATT

QA 1 581 1 581
DS 



AS 1 2

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GGGAGCTTAACGACTCCGCCACCTCCTTCGTCTCTTCTTCTTCCCACGAAGAGCTCTCCC
TCCGCCAGAGATCCTCCCTCGTCGACGCATCAATCACCCGCCTACACTCCACCCTTGTCT
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TTGCAGATGGAGACACTTCCTCCTTTCTTCCCTCCAAACCTCAAGGACGGTTTGTGAGAA
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TTTTGACCCTAAGATCTTATGTCTGGGAGGGATGTCTTCCTGCTTTCCCTGTTCAGCTCT
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CATAGTTCCCAACTTTGGATCTTTCTCCCCATTGTTTATTTTACTTGATAATTTTTTGTA
TACTTGGGGCACACGTGACCTAAGGCTCTGAAAAAAGCCTTTTCTTTGTGTTAATGGAAG
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BQ
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AF RR3G919TF U 1
AF RR3G919JQ C 565
BS 1 688 RR3G919TF
BS 689 1337 RR3G919JQ

RD RR3G919TF 688 0 0
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TCCGCCAGAGATCCTCCCTCGTCGACGCATCAATCACCCGCCTACACTCCACCCTTGTCT
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TTGCAGATGGAGACACTTCCTCCTTTCTTCCCTCCAAACCTCAAGGACGGTTTGTGAGAA
TGTTCTTAGGACCAGTCAATGTCCGAGCCTCGAGGAAAGATATACAGCTTAAAGTCAAAG
AAGAATACAATAGCTACAGAGATAGAACAGCTCTTCTCTTTCTTGTTTTCCCTGCTATAC
TTTTGACCCTAAGATCTTATGTCTGGGAGGGATGTCTTCCTGCTTTCCCTGTTCAGCTCT
ATCAGGCTTGGCTTCTGTTCCTTTATGCTGGTTTGGCTATGCGAGAGAACATATTGAGAG
CCAATGGGAGCGATATCCGTTCATGGTGGCTTTATCATCATTATTGTGCCATGGCCATGG
CCCTTGTCAGTCTCACATGGGAGATCAA

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3G919JQ 773 0 0
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GGTGGCTTTATCATCATTATTGTGCCATGGCCATGGCCCTTGTCAGTCTCACATGGGAGA
TCAAAGGTCAACCAAATTGCGTTCAGAAGCAGAAAGGAGTCCGTCTTTTCCTCCAATGGG
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CTCGCATTGCACTAGGAAAGGCTAAGAGGATGGACGTTGTATGGGGAGAAACGGCTGGAG
TAGACGGGCAATTACTGTTGTTATGTCCGATTTTGTTCACTCTACAGGGCTTTGAAGCAT
ATGTCGGACTGCAGTTGCTCAGGACAGCACTAACTGGGGTAGTCGGCGAATGGCAGGTAT
TGATTTGTGGCATACTTCTGGTAGTGATGGCCATTGGAAACTTCATAAACACAGTAGAGA
CATTGATGGTGAAGTCAAGGTTCAAGGCTAAGATGAAGAGAAGTAAAAGCAGAGCAGAGC
TCGATTAAACTATCAAACTTATATTAACTACAGCTTCATAGTTCCCAACTTTGGATCTTT
CTCCCCATTGTTTATTTTACTTGATAATTTTTTGTATACTTGGGGCACACGTGACCTAAG
GCTCTGAAAAAAGCCTTTTCTTTGTGTTAATGGAAGTGGGAATTGACAGTTGCTGGATTG
GATTGAGTTTTGTAAAATTTTCAAAATTGTTACGAAAGTCAAGTTTTACGTTG

QA 1 773 1 773
DS 



AS 1 2

CO CL9353Contig1 1234 2 2 U
GGACCACCAAAGCTTCTTCTCCTCAGTTCTTCTCCTCCAATTTCCTCTGGTGGCCGGCGG
TGGTTCTATTCCCGTCGGCCCGCCATCCCAAATCTCCCCGCTGATCCAATTCCTCCCCTG
TTATGCTAAGGGCTCCTCACTTCCTCTTTGTTCCTCCTTCTCTGGTTCTCGCCGGATTGT
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GAGAGTTATGCCTCCTTCTGTGCTTCATACCCTTGTGTTCATTGCTCCGACGAGTTGACT
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TGTACCACCTATGCTTGACCGTAACTCGAGCTTCCGTGTAAGCAGCGTGGATTCGGCTGA
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CTCCGGAGCGTAAGCCAGGCGCTCTGTTGATGCCTGCTGGAGCCACTTAGGTGAGTTCTC
GACGAAATATCTCTGGTCATTCTCTTGTTTAATCTGGTTAGTTTCAGGTTCAGCAAGAAG
GCTCTGAATAGGGTGATTATAATGTTGTTCTGCTCGATCTTTGCCTATTAATTTCAAGTT
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BQ
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BS 722 1234 RR3BF07JQ

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GGCCAGATCCGGTGACCAAATTGGCGATTGGATGTGTGCCCAGTGTCTCTGGAGAGAGGG
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T

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GCGCTCTGTTGATGCCTGCTGGAGCCACTTAGGTGAGTTCTCGACGAAATATCTCTGGTC
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CAGCTGTTGCAGATTGTGGTTTCAATTAATTTTGTAACCGAATTTTCATTTTCATTAATG
ATATTTACCATTTAGC

QA 1 796 1 796
DS 



AS 1 2

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GGCTCTCTGCATTAGCAATCGTCAATGGTGTCTTTGGGTGTTTCGCTGAGTCCAACTTTA
ACAGAGCCGAGGCTCATGTCTTCGATGTGTTCTGTCTCCACGATGGCTGCTTTGGTTTCT
TTACCAGTGTCAAAAAGGAAGCCCCGAAGTTTAGGACTCAACGCTTCAGCGTCACCAAGT
ATTGAACCAACAACGCCATATGTCGATGTTGACGTCGTGTCTGCTTCCAAAAAGGTGCTT
GTTCCGATTGGATACGGTACGGAGGAGATGGAAGCCGTTGTGTTAGTTGATGTTCTACGG
CGAGCTGGTGCGGAAGTCACTCTTGCTTCCGTGGAGAAGAAGCTAGAGGTTGAAGGATCT
TCAGGGACCAAGTTGCTTGCTGATGTCTTAATCTCAAAATGTGCTGAACAAGTTTTTGAT
CTTGTTGCTTTGCCTGGAGGCATGCCTGGTGCTGTTAGGTTAAGAGACTGTGTAACTCTT
GAGAAGATCATGAAGAGACAAGCTGAAGATAAGAGGTTATACGGAGCTATATCCATGGCT
CCGGCTATTACTCTTCTTCCATGGGGACTTTTGACAAGAAAGAAGACAACAGGACATCCT
GCTTTTTTCGGGAAGCTTCCTACGTTTTGGGCTGTGAAGACAAACATTCAGATCTCAGGG
GAGCTTACAACTAGCCGTGGACCAGGCACTTCTTTTCAGTTTGCTCTTTCCTTGGCTAAT
AGAGATGTCAATTGGGCGGGCCGGGCGGGTTTGGGCGTGTCCGAATGGGCTTCATTTTTT
TGTTGGACATTTTTGGTCGAAGCCCAAATATAACCATGTCCAAATGAGACCATAACCAAA
TAAGACCATGATTTGTTGGGCTGTCCATGGGACCCATACATTCATTTAATGTAAACAACA
TAATTTTCAGTC


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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK26TF U 1
AF RR3CK26JQ C 63
BS 1 654 RR3CK26TF
BS 655 912 RR3CK26JQ

RD RR3CK26TF 654 0 0
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ACAGAGCCGAGGCTCATGTCTTCGATGTGTTCTGTCTCCACGATGGCTGCTTTGGTTTCT
TTACCAGTGTCAAAAAGGAAGCCCCGAAGTTTAGGACTCAACGCTTCAGCGTCACCAAGT
ATTGAACCAACAACGCCATATGTCGATGTTGACGTCGTGTCTGCTTCCAAAAAGGTGCTT
GTTCCGATTGGATACGGTACGGAGGAGATGGAAGCCGTTGTGTTAGTTGATGTTCTACGG
CGAGCTGGTGCGGAAGTCACTCTTGCTTCCGTGGAGAAGAAGCTAGAGGTTGAAGGATCT
TCAGGGACCAAGTTGCTTGCTGATGTCTTAATCTCAAAATGTGCTGAACAAGTTTTTGAT
CTTGTTGCTTTGCCTGGAGGCATGCCTGGTGCTGTTAGGTTAAGAGACTGTGTAACTCTT
GAGAAGATCATGAAGAGACAAGCTGAAGATAAGAGGTTATACGGAGCTATATCCATGGCT
CCGGCTATTACTCTTCTTCCATGGGGACTTTTGACAAGAAAGAAGACAACAGGACATCCT
GCTTTTTTCGGGAAGCTTCCTACGTTTTGGGCTGTGAAGACAAACATTCAGATC

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3CK26JQ 850 0 0
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ACCAGTGTCAAAAAGGAAGCCCCGAAGTTTAGGACTCAACGCTTCAGCGTCACCAAGTAT
TGAACCAACAACGCCATATGTCGATGTTGACGTCGTGTCTGCTTCCAAAAAGGTGCTTGT
TCCGATTGGATACGGTACGGAGGAGATGGAAGCCGTTGTGTTAGTTGATGTTCTACGGCG
AGCTGGTGCGGAAGTCACTCTTGCTTCCGTGGAGAAGAAGCTAGAGGTTGAAGGATCTTC
AGGGACCAAGTTGCTTGCTGATGTCTTAATCTCAAAATGTGCTGAACAAGTTTTTGATCT
TGTTGCTTTGCCTGGAGGCATGCCTGGTGCTGTTAGGTTAAGAGACTGTGTAACTCTTGA
GAAGATCATGAAGAGACAAGCTGAAGATAAGAGGTTATACGGAGCTATATCCATGGCTCC
GGCTATTACTCTTCTTCCATGGGGACTTTTGACAAGAAAGAAGACAACAGGACATCCTGC
TTTTTTCGGGAAGCTTCCTACGTTTTGGGCTGTGAAGACAAACATTCAGATCTCAGGGGA
GCTTACAACTAGCCGTGGACCAGGCACTTCTTTTCAGTTTGCTCTTTCCTTGGCTAATAG
AGATGTCAATTGGGCGGGCCGGGCGGGTTTGGGCGTGTCCGAATGGGCTTCATTTTTTTG
TTGGACATTTTTGGTCGAAGCCCAAATATAACCATGTCCAAATGAGACCATAACCAAATA
AGACCATGATTTGTTGGGCTGTCCATGGGACCCATACATTCATTTAATGTAAACAACATA
ATTTTCAGTC

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 2

CO CL9355Contig1 709 2 1 U
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AAGCGACTATAATGGGTCCAACTGATAGCCCATTCTCTGGAGGTGTTTTTCTTGTCTCCA
TTCACTTCCCACCAGATTACCCCTTCAAGCCACCCAAGGTTTCTTTCCGCACCAAGGTTT
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ACCCTGATGATCCTCTGGTTCCAGAAATAGCTCACACCTACAAGACAGACCGAGTCAAGT
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TTGGCGTACTGTACATGAAGCTTTATATTGAGACATTTTGAGAGCTTGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3C093JQ C 1
AF RR3C093TF U 1
BS 1 709 RR3C093TF

RD RR3C093JQ 709 0 0
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CGAGTGCGCAGTTCAAGATGGCTTCTTCGAAAAGAATCAACAAGGAGCTTAGGGACCTCC
AAAGGGATCCTCCTGTCTCATGCAGTGCTGGTCCTGTGGGTGATGATATGTTCCACTGGC
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TTCACTTCCCACCAGATTACCCCTTCAAGCCACCCAAGGTTTCTTTCCGCACCAAGGTTT
ACCACCCGAATATCAACAGTAACGGCAGCATCTGTCTTGACATTCTGAAAGAGCAGTGGA
GCCCTGCACTTACCATATCCAAGGTTCTTCTGTCGATATGCTCACTGCTTACAGATCCAA
ACCCTGATGATCCTCTGGTTCCAGAAATAGCTCACACCTACAAGACAGACCGAGTCAAGT
ACGAGAGCACTGCCCGATCCTGGACCCAGAAGTATGCAATGGGATGATGATGATTGGCAA
TAATAATCTGCACCACCAATACATTGCGCATTGTCTTAAGAATAAGATTGAGAAAAAAAC
AGAGTGTGGTGTTTGCTTGGTTGCTTTATTAGTTTTATACATCTCAAGCCAGTGTGTTGG
TTGGCGTACTGTACATGAAGCTTTATATTGAGACATTTTGAGAGCTTGC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3C093TF 709 0 0
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CGAGTGCGCAGTTCAAGATGGCTTCTTCGAAAAGAATCAACAAGGAGCTTAGGGACCTCC
AAAGGGATCCTCCTGTCTCATGCAGTGCTGGTCCTGTGGGTGATGATATGTTCCACTGGC
AAGCGACTATAATGGGTCCAACTGATAGCCCATTCTCTGGAGGTGTTTTTCTTGTCTCCA
TTCACTTCCCACCAGATTACCCCTTCAAGCCACCCAAGGTTTCTTTCCGCACCAAGGTTT
ACCACCCGAATATCAACAGTAACGGCAGCATCTGTCTTGACATTCTGAAAGAGCAGTGGA
GCCCTGCACTTACCATATCCAAGGTTCTTCTGTCGATATGCTCACTGCTTACAGATCCAA
ACCCTGATGATCCTCTGGTTCCAGAAATAGCTCACACCTACAAGACAGACCGAGTCAAGT
ACGAGAGCACTGCCCGATCCTGGACCCAGAAGTATGCAATGGGATGATGATGATTGGCAA
TAATAATCTGCACCACCAATACATTGCGCATTGTCTTAAGAATAAGATTGAGAAAAAAAC
AGAGTGTGGTGTTTGCTTGGTTGCTTTATTAGTTTTATACATCTCAAGCCAGTGTGTTGG
TTGGCGTACTGTACATGAAGCTTTATATTGAGACATTTTGAGAGCTTGC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

CO CL9356Contig1 710 2 3 U
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ATTATCAAACCAACAAATGTAGTGGTGTGTGCGGGCATTATACTCAGATGGTGGCTAACC
AATCGCACCGAGTTGGTTGTGGTCACGTCAGGTGTCATGCAAATACATATCTTTGGGTCG
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TACTATAGATAAGACAAGCCATTATAGTTTGGAGATGTCTGATCATGTAATAAAATTTAA
CATAATAAGTTCGTGTATGATAGATTATATAAGATCCAGAAATTCTAATT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A241JQ C 1
AF RR3A241TF U 1
BS 1 12 RR3A241TF
BS 13 13 RR3A241JQ
BS 14 710 RR3A241TF

RD RR3A241JQ 710 0 0
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TAGGGCTTAACACCCTAGGTTGAACCAACTTAGACCCAATGCTTGATCTCAACCCGGCAG
CAACTTTATTGGTTCACAATCAGGTTCGAGCCGAAGTCGGGGTGGCTCCAATGCTGTGGG
ACTTTAAACTAGCTGCCTTCGCACAGAACTACGCTAACGTACGAGCCAAAGACTGCGCCC
TACAGCATTCGAACGACGAAATGTACGGCGAGAATATAGCTGCAGGGTGGCTCAAATCTA
AGGAATCAATGAGCGGTCCGATCGCGGCTAAGTTGTGGTATGGCGAGAAGAAATTTTACA
ATTATCAAACCAACAAATGTAGTGGTGTGTGCGGGCATTATACTCAGATGGTGGCTAACC
AATCGCACCGAGTTGGTTGTGGTCACGTCAGGTGTCATGCAAATACATATCTTTGGGTCG
TATGTAACTATGCTCCTAGGCCGATGGGTGATGAGAACACACGTCCGTATTAATGAACTT
TTGTTTTTAACTAAGACGAGTAGTTGTCTGATGTAATAAAACTTAACATAATAAGTTACG
TACTATAGATAAGACAAGCCATTATAGTTTGGAGATGTCTGATCATGTAATAAAATTTAA
CATAATAAGTTCGTGTATGATAGATTATATAAGATCCAGAAATTCTAATT

QA 1 710 1 710
DS 

RD RR3A241TF 710 0 0
GGCCCCCCAACC*GGCAGCAAGGTCAGGGCTTAAGGCTCATCCCCAACCGGCAGCAACCT
TAGGGCTTAACACCCTAGGTTGAACCAACTTAGACCCAATGCTTGATCTCAACCCGGCAG
CAACTTTATTGGTTCACAATCAGGTTCGAGCCGAAGTCGGGGTGGCTCCAATGCTGTGGG
ACTTTAAACTAGCTGCCTTCGCACAGAACTACGCTAACGTACGAGCCAAAGACTGCGCCC
TACAGCATTCGAACGACGAAATGTACGGCGAGAATATAGCTGCAGGGTGGCTCAAATCTA
AGGAATCAATGAGCGGTCCGATCGCGGCTAAGTTGTGGTATGGCGAGAAGAAATTTTACA
ATTATCAAACCAACAAATGTAGTGGTGTGTGCGGGCATTATACTCAGATGGTGGCTAACC
AATCGCACCGAGTTGGTTGTGGTCACGTCAGGTGTCATGCAAATACATATCTTTGGGTCG
TATGTAACTATGCTCCTAGGCCGATGGGTGATGAGAACACACGTCCGTATTAATGAACTT
TTGTTTTTAACTAAGACGAGTAGTTGTCTGATGTAATAAAACTTAACATAATAAGTTACG
TACTATAGATAAGACAAGCCATTATAGTTTGGAGATGTCTGATCATGTAATAAAATTTAA
CATAATAAGTTCGTGTATGATAGATTATATAAGATCCAGAAATTCTAATT

QA 1 710 1 710
DS 



AS 1 2

CO CL9357Contig1 722 2 6 U
GGAAGTAGGAGTTTTGAAGAGGACAAGGAACAATGGCGAAGTCACTCCTTTGTTCTTCAG
CGCTAACCTCATTCTTCTCCTCCACTCTCTCTTCATCAACTTCTACCAGGAACAACCAAA
TCGCATGCTCAGGAAACATCAAGAACCAGACATCGTCTCTGTCATGGAACAGGCGAGAGT
TGTCGCTTGGTTTTATGAGCACCTTTCTCGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAA
GCCGCGACGCGAATGCAGCGATTCTCGAAGCTGATGACGATGAGGAGCTTCTGGAGAAAG
TGAAGCAAGACCGGAAAAAGAGGATTGAGAGACAAGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAG
AAAAGGGTTTGGTTTTGGGAAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGG
CTTTCACAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAATACAGAGGTGGAAACATTTAATTCAT
CTCTAGCTTCTCTTGTTACATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCCT
TCGTGTCATCGGCTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTTAGGACAGC
TCAAGGGCATCTGATAGGCTGCCTACCAATTTGTTTACTTTTGTGTTGTAATTTTCTGAA
GATTGTCAACAAAAGAAAGAATATCCTTTGAAAGTTATATCCTCTTAACATCTTTGGCTA
TC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 

AF RR3F778TF U 1
AF RR3F778JQ C 75
BS 1 594 RR3F778TF
BS 595 595 RR3F778JQ
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BS 619 661 RR3F778TF
BS 662 722 RR3F778JQ

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CGCTAACCTCATTCTTCTCCTCCACTCTCTCTTCATCAACTTCTACCAGGAACAACCAAA
TCGCATGCTCAGGAAACATCAAGAACCAGACATCGTCTCTGTCATGGAACAGGCGAGAGT
TGTCGCTTGGTTTTATGAGCACCTTTCTCGCGGTTGGTCTCGTTGGTAACGACAGAAGAA
GCCGCGACGCGAATGCAGCGATTCTCGAAGCTGATGACGATGAGGAGCTTCTGGAGAAAG
TGAAGCAAGACCGGAAAAAGAGGATTGAGAGACAAGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAG
AAAAGGGTTTGGTTTTGGGAAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGG
CTTTCACAAAGTTGAGTGCAAGTCCAGAAGAGAATACAGAGGTGGAAACATTTAATTCAT
CTCTAGCTTCTCTTGTTACATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCCT
TCGTGTCATCGGCTAGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTTAG*ACAGC
TCAAGGGCATCTGATAG*CTGCCTACCAATTTGTTTACTTTTGTGTTGTAATTTTCTGAA
G

QA 1 661 1 661
DS 

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AAAAAGAGGATTGAGAGACAAGCTGTTCTTAACTCTGCTGTTAAAGAAAAGGGTTTGGTT
TTGGGAAATGGCAGTGATACCGAATGGGTCAAAACAGCTAACTTGGCTTTCACAAAGTTG
AGTGCAAGTCCAGAAGAGAATACAGAGGTGGAAACATTTAATTCATCTCTAGCTTCTCTT
GTTACATCAGTGAACAAGAACGATCTAGAGTCATCTAAGCTCGCCTTCGTGTCATCGGCT
AGTGCACTTGAGAAATGGTCGAGCTTGACTGGTCTTTTAGGACAGCTCAAGGGCATCTGA
TAGGCTGCCTACCAATTTGTTTACTTTTGTGTTGTAATTTTCTGAAGATTGTCAACAAAA
GAAAGAATATCCTTTGAAAGTTATATCCTCTTAACATCTTTGGCTATC

QA 1 648 1 648
DS 



AS 1 2

CO CL9358Contig1 582 2 1 U
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TTTGATTGTAAACAACGCGAGAGGTGCCATCATGGATAGGCAAGCGGTGGTTGAGGCGGT
GGAAAGCGGACACATCGGAGGGTACAGCGGAGACGTGTGGGACCCGCAGCCGGCTCCTAA
GGACCATCCATGGCGTTACATGCCTAACCAAGCCATGACTCCTCACATCTCTGGCACCAC
CATTGATGCACAGCTACGATATGCGGCGGGGACGAAAGATGTTGGAGAAGTATTTTAAGG
GAGAAGATTTCCCTGCTCAGAACTACATCGTTAAGGACGGTGAACTTGCTCCTCAGTACA
GGTAAGCTTGTTTTCAACTCTATCAAGTCTTGTTGTATCCGAAGGACAAAAGCTTACGGT
CTATTAAATAAATTCCACTCCTTTGTCCATTTGAAGACTTTGTAATAAAACCAACAAGAC
ATGTATGTAACGTTACTATGTCATGACATTTATCTTGAGTCC


BQ
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AF RR3CB16JQ C 1
AF RR3CB16TF U 1
BS 1 582 RR3CB16TF

RD RR3CB16JQ 582 0 0
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QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3CB16TF 582 0 0
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CACGGAGAAGACAAGAGGGATGTTCAACAGAGAGTTGATAGGGAAAATGAAGAAAGGCGT
TTTGATTGTAAACAACGCGAGAGGTGCCATCATGGATAGGCAAGCGGTGGTTGAGGCGGT
GGAAAGCGGACACATCGGAGGGTACAGCGGAGACGTGTGGGACCCGCAGCCGGCTCCTAA
GGACCATCCATGGCGTTACATGCCTAACCAAGCCATGACTCCTCACATCTCTGGCACCAC
CATTGATGCACAGCTACGATATGCGGCGGGGACGAAAGATGTTGGAGAAGTATTTTAAGG
GAGAAGATTTCCCTGCTCAGAACTACATCGTTAAGGACGGTGAACTTGCTCCTCAGTACA
GGTAAGCTTGTTTTCAACTCTATCAAGTCTTGTTGTATCCGAAGGACAAAAGCTTACGGT
CTATTAAATAAATTCCACTCCTTTGTCCATTTGAAGACTTTGTAATAAAACCAACAAGAC
ATGTATGTAACGTTACTATGTCATGACATTTATCTTGAGTCC

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 2

CO CL9359Contig1 981 2 22 U
GGAACTAAGAAATGGAACTTTCTTCTTCTCTCAAGCTTTCATCGCCGTTATCTACTTCCA
TCGTCAACAACATTCAGGGTTCTTCATCAAGTTATAAAGTAAAGTTCTCAAACAACACTT
CATCACTTCCTAAACCGTTTCTTCAACTCGATGATAGAAGCAGACGTCTCCGTGACCAAC
AAGTTTCACAAACCTCTGTCTATCTAAGATCATTTAGAAAACGGGTCACTGCGAAATCAG
GATCACAAGGTTGGGACATTGGTAGATTCATCAAAACATTGTACTTCTTCAACGGACCAC
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TTGGAATGAAGAACTTGATCAATGCTATTAAAGATGGTGTGGGACTTGAGAATGGAAAGC
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GTGTTAGAACCAAGACTTTTC


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A329TF U 1
AF RR3BB13TF U 167
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BS 794 829 RR3A329TF
BS 830 981 RR3BB13TF

RD RR3A329TF 829 0 0
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GATCACAAGGTTGGGACATTGGTAGATTCATCAAAACATTGTACTTCTTCAACGGACCAC
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CTGTTTCTGTTATAGTCGGTCCAAAGGAAGGAGATACACCTGAGAGACAAAAATACAATC
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TTGGAATGAAGAACTTGATCAATGCTATTAAAGATGGTGTTGGATTTGA*AATGGAAAGC
TTCTTTTTGGTGTTGGGGATAACACATTCAAAGATCTACCTTGGGGAGC

QA 1 829 1 829
DS 

RD RR3BB13TF 815 0 0
TGGG
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GCGAAATCAGGATCACAAGGTTGGGACATTGGTAGATTCATCAAAACATTGTACTTCTTC
AACGGACCACCCTCTCCTCTTAAGTTTGTTTCATCAGTGTTTGGGAAGCTTACCTATGGA
TCAACTGAGGAACCTGTTAATTAAATGGAGACTACTGAAATCATACTTGTGGCTGGAGCT
ACTGGTGGTGTTGGAAGAAGGGTTGTTGATATTTTGAGGAGTAGAGGGTTACCTGTTAAA
GCATTGGTTAGAAACGAAGAGAAGACTCGGAAAATGTTAGGACCCGACATTGATTTGATT
GTGGCAGACATCACAAAGGAGAACACACTGGTTCCTGAGAAGTTTAAAGGAGTGAGGAAA
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AAATACAATCAGGGAGTCAGGTTCTTCGAGCCAGAGATAAAAGGAGACTCACCCGAGTTA
GTGGAGTATGTTGGAATGAAGAACTTGATCAATGCTGTTAAAGATGGTGTGGGACTTGAG
AATGGGAAGCTTCTTTTTGGTGCTGGGGATAACACATTCAAAGATCTACCTTGGGGAGCC
TTGGATGATGTTGTGATGGGAGGTGTCAGCGAAAGTAACTTCATCGTAGATCTAACCGGC
GGTGAAAACGGTGGACCTACCGGCATTTTCAAAGGAAATGTATCAACCACAAATAATGGC
GGATTCACTAGTGTTAGAACCAAGACTTTTC

QA 5 815 5 815
DS 



AS 1 2

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TTTCCGCACTTTTGGATCCTTCACAGCTTTAGGACGCATCAGCACGAATGCATCTGGAAA
TGGTTTAAGCTCTCTTCCTAGTCATCTCAAGTGTGGTGGAATAAGTTTGGTTTCCGACCG
AAAGCACTCCACCTCTATCTTGACTCCTGATGATTCACTTGCCAAGGAGACAGTCATTAC
TCCAGACCGAACCATAGGACAATATCAAGACTTGGTCATTCCGGTCACAAATTTTCAGAA
CGAAGACAAGGGTTTCATGGTTTTAGCTGGTGATGTCTTTGATGTTCCTATCAGGAAAGA
TATCATTCACCACGTCGTGAGATGGCAGCTTGCCAAACGCCAGTAGGGAACTCATTCGAC
CAAAACAATAAGTGAGGTTAGCGGAACTGGAAGAAAGCCATGGAACCAGAAGGGTACAGG
TCGAGCTAGACATGGTACACTGCGTGGCCCCCAGTTCCGAGGTGGTTGTGTGATGCATGG
GCCTAAACCAAGAAGCCATGCAATAAAGATGAATAAGCAGGTCCGAAGGCTTGGTCTGAA
GATAGCACTCTCAGCTCGAGCCGCAGAAGGAAAACTCCTCGTGTTTGATGATTTGGCGTT
GCCAACGCATAAAACAAAGAACATTGTGAACTATTACAATCAAATGGAGGACACGAAGAA
AGTACTCGTTGTAGAAGGTGGGCCTATCGATGAGAAGCTGAAGCTAGCCACCCAGAATTT
CCACTACGTCAACATACTTCCATCAATAGGGCTTAACGTTTACAGCATTTTGCTTCACGA
CACGCTTGTGATGTCCCGTGATGCTGTGGATAAGATCATTGAGCGTATGCACACTCCAAT
TAACCGTTAAAGAGAGAAAATTTTTTCAAATAGCATTCCCAATAAGACACTTGATCACAA
GGAAGACAGCTCCAAGAAATTTTGCATGTAGTTTTTTCTTTTTCTTTGCTTAAAAAGCAT
GTAGTTTCTGTACCGGCAATTTATATCGGTGATATGTACTGTTTTTTTCGTCCATGGCTT
GGTCGGTTCATTGTTTGTTTGGTTTTGCAGTTTCGAATGCCAAATTTTTTGTTTTCTTTT
GGTATACACTATTTTTTCCTT


BQ
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AF RR3ET40TF U 1
AF RR3ET40JQ C 492
BS 1 636 RR3ET40TF
BS 637 1221 RR3ET40JQ

RD RR3ET40TF 636 0 0
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GTTAGAGGTTTCTTCAGTTGACTAGAAAGAAGATATGGCTGCTTCATTCTCGAGAAGAAT
TTTCCGCACTTTTGGATCCTTCACAGCTTTAGGACGCATCAGCACGAATGCATCTGGAAA
TGGTTTAAGCTCTCTTCCTAGTCATCTCAAGTGTGGTGGAATAAGTTTGGTTTCCGACCG
AAAGCACTCCACCTCTATCTTGACTCCTGATGATTCACTTGCCAAGGAGACAGTCATTAC
TCCAGACCGAACCATAGGACAATATCAAGACTTGGTCATTCCGGTCACAAATTTTCAGAA
CGAAGACAAGGGTTTCATGGTTTTAGCTGGTGATGTCTTTGATGTTCCTATCAGGAAAGA
TATCATTCACCACGTCGTGAGATGGCAGCTTGCCAAACGCCAGTAGGGAACTCATTCGAC
CAAAACAATAAGTGAGGTTAGCGGAACTGGAAGAAAGCCATGGAACCAGAAGGGTACAGG
TCGAGCTAGACATGGTACACTGCGTGGCCCCCAGTTCCGAGGTGGTTGTGTGATGCATGG
GCCTAAACCAAGAAGCCATGCAATAAAGATGAATAA

QA 1 636 1 636
DS 

RD RR3ET40JQ 730 0 0
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ATGGTACACTGCGTGGCCCCCAGTTCCGAGGTGGTTGTGTGATGCATGGGCCTAAACCAA
GAAGCCATGCAATAAAGATGAATAAGCAGGTCCGAAGGCTTGGTCTGAAGATAGCACTCT
CAGCTCGAGCCGCAGAAGGAAAACTCCTCGTGTTTGATGATTTGGCGTTGCCAACGCATA
AAACAAAGAACATTGTGAACTATTACAATCAAATGGAGGACACGAAGAAAGTACTCGTTG
TAGAAGGTGGGCCTATCGATGAGAAGCTGAAGCTAGCCACCCAGAATTTCCACTACGTCA
ACATACTTCCATCAATAGGGCTTAACGTTTACAGCATTTTGCTTCACGACACGCTTGTGA
TGTCCCGTGATGCTGTGGATAAGATCATTGAGCGTATGCACACTCCAATTAACCGTTAAA
GAGAGAAAATTTTTTCAAATAGCATTCCCAATAAGACACTTGATCACAAGGAAGACAGCT
CCAAGAAATTTTGCATGTAGTTTTTTCTTTTTCTTTGCTTAAAAAGCATGTAGTTTCTGT
ACCGGCAATTTATATCGGTGATATGTACTGTTTTTTTCGTCCATGGCTTGGTCGGTTCAT
TGTTTGTTTGGTTTTGCAGTTTCGAATGCCAAATTTTTTGTTTTCTTTTGGTATACACTA
TTTTTTCCTT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL9361Contig1 718 2 2 U
AAGCAAATCAGGATTGTACATAACCAATTCAAAGAAAAGACATTCAAACAAAACGTTTGA
CAACTTATATAATCACATACATAAGTCCTGACTTTGATTTTGTTTAGTTTCTTGAAAGCA
GACAGATCAGAGTCAGATACGCTTCAAACCAAATGAGGTTTACATGAAAAATGATTGTAG
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AACAGTGTAAAATGATTTTGGTGGAAAAGTCTTAACTCGTTTTGTAATGAGCCTGTGTGT
TCTCTTCAAACTTTGGTTACTGTGTTCACATCTGTTGGTGTTGGTTCTTCTTTCGCAGCC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AF52TF C 1
AF RR3AF52JQ U 143
BS 1 142 RR3AF52TF
BS 143 718 RR3AF52JQ

RD RR3AF52TF 718 0 0
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TCTCTTCAAACTTTGGTTACTGTGTTCACATCTGTTGGTGTTGGTTCTTCTTTCGCAGCC
TCTACGAATATCAATCTGCCATCAACAATCTTGCCATCCAAAGCCTTCATCGCCTTTTGC
GCATCAACCTCGGACTCAAAAGTGACAAAGCCAAATCCTTTAGGTCTCTTTGTTTGCGAA
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QA 1 718 1 718
DS 

RD RR3AF52JQ 576 0 0
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CAACAATCTTGCCATCCAAAGCCTTCATCGCCTTTTGCGCATCAACCTCGGACTCAAAAG
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TAATCTGACCAAAGGGTGAAAACAGCTGCCTCAACGACTGATCTGTGGTGTAACCAGAGA
GTCTGCTAACAAAGAGCTGTGTTGTGAACCTCTTAGCCATCGTGATTACACAGGAAGGAA
AACAACACAAGTGAAACCTCCTGATGCGAGCATAAGCTACAAGGATAACGGCTAGAAAGA
TGATTAGCCTGTAGGGTTCCTCTCTCAACAGCCACC

QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

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CCCTGAAATCTGGCTTCCGCAACTCACAGTCTGATCTTGCTACTAGGGTTTCCTTCAAGT
ATAGCGTTTCAAGAGGAGTTTCCGCAACACCAACCTTCTATGTGAATGGGTTCGAGCTGC
CCGATGCTGGTTCTCCCATTGATTTTGAAGGATGGAAAAACACCATTGATCCTCTGGTTA
ACCCACGAGAAGCAAAGATAAAGGACACCTTCCTTTCATTCCTCACCCAACCATCTTATT
AGTCTTGCTTTTTATGCTGCCTCAAACTCACACTAATGTACTAGACAAATTTAGTTCTCC
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BY47TF U 1
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BS 1 680 RR3BY47TF
BS 681 819 RR3BY47JQ

RD RR3BY47TF 680 0 0
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GCGTCGCTCTTGTTCTTCACCTCATCCCTTTGCCGTTCCATGACAATGCGTTTGTAGTGT
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CCGATGCTGGTTCTCCCATTGATTTTGAAGGATGGAAAAACACCATTGATCCTCTGGTTA
ACCCACGAGAAGCAAAGATA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3BY47JQ 717 0 0
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CGTTCAGTTTGCTGGAAGGGATCTTCAAGCACCAGGCATTGTTCTACAACTCGCAAACAC
AATTCATGCCAAGACCTGCAGTTGTGGACAAATTAGTTAAACTCGGGACAGTTACATTAG
GTAGCTCATTTCACTATCCCCTGAAATCTGGCTTCCGCAACTCACAGTCTGATCTTGCTA
CTAGGGTTTCCTTCAAGTATAGCGTTTCAAGAGGAGTTTCCGCAACACCAACCTTCTATG
TGAATGGGTTCGAGCTGCCCGATGCTGGTTCTCCCATTGATTTTGAAGGATGGAAAAACA
CCATTGATCCTCTGGTTAACCCACGAGAAGCAAAGATAAAGGACACCTTCCTTTCATTCC
TCACCCAACCATCTTATTAGTCTTGCTTTTTATGCTGCCTCAAACTCACACTAATGTACT
AGACAAATTTAGTTCTCCAAAATCTCTGTAGAGAACTAATCATCATTAATAACCCAG

QA 1 717 1 717
DS 



AS 1 2

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CCAGAAGTGTTTCTGCAGCTTCGAAATCATCGAACTCTGACATTCAACCTGATTCTTCGG
ACATTGAGTCTTCTGATTCTGACTTGGAGGAAGGTGAGTTCAGTCGGTTTGAGCCTGATT
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TG


BQ
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10 10 

AF RR3FU06TF U 1
AF RR3FU06JQ C 104
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BS 138 138 RR3FU06JQ
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BS 529 599 RR3FU06TF
BS 600 662 RR3FU06JQ

RD RR3FU06TF 599 0 0
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CTAAAGACAAGAGGGAGTGGAGAATGGTAGAAACTGCGGCTGATACTGCAAAGTCAACTG
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CTGAAAAGGATCGGGTGACAGGGGAGTCTAGCGATACTCACACCAAGCCCTCCACGAGAC
CCAGAAGTGTTTCTGCAGCTTCGAAATCATCGAACTCTGACATTCAACCTGATTCTTCGG
ACATTGAGTCTTCTGATTCTGACTTGGAGGAAGGTGAGTTCAGTCGGTTTGAGCCTGATT
TTGAGCTAGTGAGGAACAAGAAACATTTTTCAGGACTAAAGGGAAACCGGGGCAGGAGCC
CCAAACTCAATTAGTTCTATGTCGACAGACATTTTTTGCTGGAATGTACGCGGATTAAAC
AAATATAGTCACCGCAGCGGATTAAATAAATGGGTGAGAAAGAACTCTCCTCTTTTTGGT
GGTATCCTTGAGACGCACGTCAAGGAACCGAAGAAGAATAAATTTGTCTCTCAGTTATT

QA 1 599 1 599
DS 

RD RR3FU06JQ 559 0 0
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TCACTCCAAGTTGGGCGCTGAAAAGGATCGGGTGACAGGGGAGTCTAGCGATACTCACAC
CAAGCCCTCCACGAGACCCAGAAGTGTTTCTGCAGCTTCGAAATCATCGAACTCTGACAT
TCAACCTGATTCTTCGGACATTGAGTCTTCTGATTCTGACTTGGAGGAAGGTGAGTTCAG
TCGGTTTGAGCCTGATTTTGAGCTAGTGAGGAACAAGAAACATTTTTCAGGACTAAAGGG
AAACCGGGGCAGGAGCCCCAAACTCAATTAGTTCTATGTCGACAGACATTTTTTGCTGGA
ATGTACGCGGATTAAACAAATATAGTCACCGCAGCGGATTAAATAAATGGGTGAGAAAGA
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TTGTCTCTCAGTTATTCCCCGGTTGGTCGGTGGAGGACAACTATGGTTACTCGCCCTTAG
GCAAAATCTGGGTGGTCTG

QA 1 559 1 559
DS 



AS 1 2

CO CL9364Contig1 1195 2 4 U
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GGTTGAGACAAGTGTTGGGTTTGAGACAACAATGGCTGCTGCTAAGAAGAAGAAGAGTGG
AAAAGAGGACGTGGTGGTTGTTGGACAGAAACAGATTGCTCATAGAAAATCCATTGATAC
TTTTGGACAACGAACTTCCCAATACCGAGGCGTTACAAGACATAGATGGACTGGTAGATA
TGAAGCTCATCTATGGGACAATAGTTTCAAGAAGGAAGGTCATAGCAGAAAAGGAAGACA
AGTTTATCTGGGAGGTTATGATATGGAGGAGAAAGCTGCCCGTGCATATGATCTTGCTGC
ACTCAAGTACTGGGGTCCCTCTACTCACACTAATTTCTCAGTGGAGATTTATCAGAAAGA
GATTGAGGACATGAAGAACATGACTCGACAAGAATATGTTGCTCATTTAAGAAGGAAAAG
CAGTGGTTTCTCTAGGGGTGCTTCTATCTATAGAGGAGTCACAAGACATCACCAGCATGG
AAGGTGGCAAGCTCGGATTGGTAGAGTCGCTGGAAACAAAGATCTCTACCTCGGAACTTT
TGGAACTCAAGAAGAAGCTGGAGAAGCCTATGATGTAGCAGCTATCAAGTTCCGTGGCAC
CAACGCTGTGACTAACTTTGACATTACAAGGTACGATGTGGATCGAATAATGTCTAGTAA
CACACTCTTGTCTGGAGAGTTGGCCCGAAGAAACAACAACAGCATCGTGGTCCGCAACAA
TAATGGCGAGGAAACCACTTTAAACGCCGTCGTGGACGGCGGTTCGAATAAAGAAGTGAG
TGGTCCGGAGAGGGTTTTGAGTTTTCCTGCGATTTTCTCGTTGCCTCAAGTTGGTCCGAA
GATGTTTGGAGCGAATGTAGTCGGAAACATGAGTTCTTGGACAACAAACCCTAATGCTGA
GCTCAAGGCCGTTTTTCTTACATTGCCTCACATGCCGGTTTTCGCAGCTTGGGCTGATTC
TTAATCCAATCTAATGGCTGACTATGGTTTTCATGGTTTAAGTTTTTCAGTTTATGAACG
GTTTTATCCGGTTTGAATTAAGATTCGGTTATAAAAAGATTTTGGTTAGGAGCGTTATAT
GTTTCTTTTGATTAATATTCATGTGAAACAGAATGAATCTCTCTATAACATATGG


BQ
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AF RR3ED91TF U 1
AF RR3ED91JQ C 441
BS 1 700 RR3ED91TF
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BS 737 1195 RR3ED91JQ

RD RR3ED91TF 736 0 0
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AAAAGAGGACGTGGTGGTTGTTGGACAGAAACAGATTGCTCATAGAAAATCCATTGATAC
TTTTGGACAACGAACTTCCCAATACCGAGGCGTTACAAGACATAGATGGACTGGTAGATA
TGAAGCTCATCTATGGGACAATAGTTTCAAGAAGGAAGGTCATAGCAGAAAAGGAAGACA
AGTTTATCTGGGAGGTTATGATATGGAGGAGAAAGCTGCCCGTGCATATGATCTTGCTGC
ACTCAAGTACTGGGGTCCCTCTACTCACACTAATTTCTCAGTGGAGATTTATCAGAAAGA
GATTGAGGACATGAAGAACATGACTCGACAAGAATATGTTGCTCATTTAAGAAGGAAAAG
CAGTGGTTTCTCTAGGGGTGCTTCTATCTATAGAGGAGTCACAAGACATCACCAGCATGG
AAGGTGGCAAGCTCGGATTGGTAGAGTCGCTGGAAACAAAGATCTCTACCTCGGAACTTT
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CAACGCTGTGACTAACTTTGACATTACAAGGTACGATGTG*ATCGAATAATGTCTAGTAA
CACACTCTTGTCTGGA

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3ED91JQ 755 0 0
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GTAGAGTCGCTGGAAACAAAGATCTCTACCTCGGAACTTTTGGAACTCAAGAAGAAGCTG
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ACATTACAAGGTACGATGTGGATCGAATAATGTCTAGTAACACACTCTTGTCTGGAGAGT
TGGCCCGAAGAAACAACAACAGCATCGTGGTCCGCAACAATAATGGCGAGGAAACCACTT
TAAACGCCGTCGTGGACGGCGGTTCGAATAAAGAAGTGAGTGGTCCGGAGAGGGTTTTGA
GTTTTCCTGCGATTTTCTCGTTGCCTCAAGTTGGTCCGAAGATGTTTGGAGCGAATGTAG
TCGGAAACATGAGTTCTTGGACAACAAACCCTAATGCTGAGCTCAAGGCCGTTTTTCTTA
CATTGCCTCACATGCCGGTTTTCGCAGCTTGGGCTGATTCTTAATCCAATCTAATGGCTG
ACTATGGTTTTCATGGTTTAAGTTTTTCAGTTTATGAACGGTTTTATCCGGTTTGAATTA
AGATTCGGTTATAAAAAGATTTTGGTTAGGAGCGTTATATGTTTCTTTTGATTAATATTC
ATGTGAAACAGAATGAATCTCTCTATAACATATGG

QA 1 755 1 755
DS 



AS 1 2

CO CL9365Contig1 748 2 2 U
GGGTAACAAATCTTTTGTTGGTGAAGATCAGTTACAATTTTCTGCGTTCTTTCTGAAGAT
GACAACAATAGCAGGAGGATCATTTGGAGCTACCAGCTCTCGTATCTCTATACTCACCCC
AACTCTTTCATCCTCTTCTTTGTTTCCACCACTAACATTGCATCAGTCAGGTAATAAAAA
GGATAGTCAGCTGCGTTGTGCCGTGCAAGAGTCTTCCACTTCTGCTGTTGCTACTGAGAA
GAAAGAAAAAGGAAAAGAAAAAGGAAAAGAAAAAGAAGACTCAACAGTGGAAACTCCAGC
AAAGAAACCAAAACCGGCAGCTGCCAAGGCAGCCGTGGCAAAACCGCTGGGAGAAATGAT
GGAAGAAGACGTGATTCCTCCACTAAAAGCCATTCTTGAAGCTCAAGATGATATATCTGA
GATTGAATTATCTTTCCAAGACGATAAGCTTGAGGGTTTTTTCTTCAAGAAAGGTATTCA
ATATTCCTTCTGGGCCTTCTTCCCCAGTGGTAATCTCACAGGAGCAAAGGGCTTTTCAAT
CTCCTCATACGGATCAGGTCCAAGTACCGTAGAGCCGTTTCTAGTAGACGAGAGGAAACC
AACTACAAACCACGTTGTGTTTTGGGTCGAGAAGCGCCTTGCTGCACAAGGGATTATTCC
CGTCTGGAACCAATAATGTAAAGGAGGTTGTGTTTTTTTATTCACTTGTTTATAACAAAC
AATTACATTTTGTATACCAAAACTGAAG


BQ
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BD07TF U 1
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BS 710 748 RR3BD07JQ

RD RR3BD07TF 709 0 0
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ACCAAAACTGAAG

QA 1 553 1 553
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3G732TF U 1
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DS 

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CATAATTGTTGTTATTTATATGTGTAGATGATTACCTAAGCCAAGAGTGTAGTCAGAAGT
TCATAAACTGCATGGACAATTTCAGCAATACGAAGCAACCGACGTTTACAGGTAACACAT
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GCAGAGTCTTCCGCAAACCCTGAATATGTTTTTGTATTGGTTAATCGTTCCTCTTGTTTC
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QA 1 693 1 693
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BU37TF U 1
AF RR3BU37JQ C 344
BS 1 684 RR3BU37TF
BS 685 685 RR3BU37JQ
BS 686 706 RR3BU37TF
BS 707 707 RR3BU37JQ
BS 708 725 RR3BU37TF
BS 726 727 RR3BU37JQ
BS 728 751 RR3BU37TF
BS 752 1089 RR3BU37JQ

RD RR3BU37TF 751 0 0
GCCAGATTTCATGAGTCATTTCTTCCCCTCTCTCGGCGTTAATAGCACCAACGGCCTCAC
GGAGCCCTTGCTTGCGCTGCAAGTCACCGAGATTAAAGATGGTGTTTTCATTAGTTTCGG
TTATAATCACATGGTCGCTGATGGAGCTTCCATTTGGAACTTCTTTAATACTTGGTCCAA
GATTTGCTCCAATGATCTGAAGAACCATAACCCTCTTATGCTCAAAGGATGGTTCCTCGA
CGGAATCAGTTTCCCGATAGGTATTCCAGCTTAGAGACGGAGGAGGCTCCTTCTCCAAGC
CAAGAAGTTTCTTTGCCTCCCACTACAAAAGAAAGAGTTTTTCACTTCACAAAGAAGGAT
ATTTCAAACCTCAAAGCTAAGGCCAACAGAGAGATAGGGTCCGGTGACTTGGTTATCTCG
TCTTTACAAGCGCTTTCTGCCCTTTTGTGGAGGTCGATTATCAGACACAGTGGTATGAAC
CGAGAAGAAGAAACTCATTGCAAAGTAGCCGTTGATCTGAGGCAAAGGCTAAACCCTCCG
CTTGAGAAAGAGTGTTTTGGAAACGTGAATATTCTCGGGGTAACTACTGTCACGGTTGGG
GAACTGCTAGATCATCAGATGGGTTGGGCTGCTTTGCAAATAAACAAAATGGTGCAGTCG
CAAACGGATGAAAAGTTTAAAAGT*ATGCAAAGAATTGGGTCAGAA*CGTAAATATATCA
AAAAA**GTGATGGGAGTCTAATGGTTTGTG

QA 1 751 1 751
DS 

RD RR3BU37JQ 746 0 0
ACTTCACAAAGAAGGATATTTCAAACCTCAAAGCTAAGGCCAACAGAGAGATAGGGTCCG
GTGACTTGGTTATCTCGTCTTTACAAGCGCTTTCTGCCCTTTTGTGGAGGTCGATTATCA
GACACAGTGGTATGAACCGAGAAGAAGAAACTCATTGCAAAGTAGCCGTTGATCTGAGGC
AAAGGCTAAACCCTCCGCTTGAGAAAGAGTGTTTTGGAAACGTGAATATTCTCGGGGTAA
CTACTGTCACGGTTGGGGAACTGCTAGATCATCAGATGGGTTGGGCTGCTTTGCAAATAA
ACAAAATGGTGCAGTCGCAAACGGATGAAAAGTTTAAAAGTTATGCAAAGAATTGGGTCA
GAAACGTAAATATATCAAAAAAAGGTGATGGGAGTCTAATGGTTTGTGATTCCGTGGTTG
TCTCAAGCTCTCCTTGGTTTGACGTGTATGGGAACGATTTCGGTTGGGGTAAGCCGATTG
CAACTAGAGCTGGACCAGGGAATAGTATAAGTGGTAAGCTCGTGCTATTTCAAGGAACTG
AAGAAGGAAGTATTGATGTTCATGCGACCTTATGGTCTCATGTGCTTGTGAAGTTATTGG
CTGATGTTGAATTCTTGGAGAATGTGACCATTTATAGTTCATCCAATTAAGAATAAATTC
TTTAGAAAACGAAATAATAAATTCTGATTCAAGAATCTGTAAGGCAACTTTGGTTGTTGA
GAATCGTCAAATTACACTCTGTTTTG

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL9368Contig1 842 2 2 U
GGAAAATCTGCTTCTCTGTTAGCTCAAAGATCAACCATGGAAGCTACCGCCCTAAGCTCT
GCGGCCACCATCGTCTCTTCCTCATCTTCTTCGCTATCCATCTTCTCTCCGAAGAAGAGA
ACATACTCATCTTTTCCGAGAATCGTCCGGCTTTCGATGAAGGACGACAAAGATTATGAT
CCCAAATCCGAATCGGATTCATTGAGCCTCGTTCCTCTATTCCAAAATCGAACTCTCTCG
AATGATGAGGCCATGGGATTGGTCTTGAGCGCCGCGTCAGTCAGAGGCTGGACCACCGGT
TCCGGGATGGAGGGGCCGTCTCTTCCGGCCAAGGCCGATGATGCGGAGACGGTTTCAACA
TTTCCTTGGTCACTATTCACGAAATCGCCACGTAGGCGTATGCGCGTCGCCTTCACTTGC
AACGTTTGTGGACAGAGAACTACACGAGCCATAAATCCACATGCTTACACTGACGGCACC
GTCTTCGTGCAGTGCTGCGGATGCAATGTGTTCCATAAGCTGGTGGATAATCTGAACTTG
TTTCATGAGGTGAAGTATTATGTGAGCTCTACTTCCAACTACCAAGATGCAAAGTGGGAT
CTTGGAGGATTCAATCTCTTCCAGATGGGCGACGATACTGATGATGATGGCGGCGTTGAC
GGCCACGATGACTCCTTCCCTCTTTAAAGACGTTGGGGCTAATCAATAATTTGTGCAAAA
ACGAATGTCATATGTATATCTCTGTATATAGCTAGCTTTATCCTATCATCTAGCATGAAT
AACACCTTTGAATTATATCTGCTCCCATTAATAATAAATTGGTCATATATATGTCAATGT
TT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3B787TF U 1
AF RR3B787JQ C 103
BS 1 679 RR3B787TF
BS 680 842 RR3B787JQ

RD RR3B787TF 679 0 0
GGAAAATCTGCTTCTCTGTTAGCTCAAAGATCAACCATGGAAGCTACCGCCCTAAGCTCT
GCGGCCACCATCGTCTCTTCCTCATCTTCTTCGCTATCCATCTTCTCTCCGAAGAAGAGA
ACATACTCATCTTTTCCGAGAATCGTCCGGCTTTCGATGAAGGACGACAAAGATTATGAT
CCCAAATCCGAATCGGATTCATTGAGCCTCGTTCCTCTATTCCAAAATCGAACTCTCTCG
AATGATGAGGCCATGGGATTGGTCTTGAGCGCCGCGTCAGTCAGAGGCTGGACCACCGGT
TCCGGGATGGAGGGGCCGTCTCTTCCGGCCAAGGCCGATGATGCGGAGACGGTTTCAACA
TTTCCTTGGTCACTATTCACGAAATCGCCACGTAGGCGTATGCGCGTCGCCTTCACTTGC
AACGTTTGTGGACAGAGAACTACACGAGCCATAAATCCACATGCTTACACTGACGGCACC
GTCTTCGTGCAGTGCTGCGGATGCAATGTGTTCCATAAGCTGGTGGATAATCTGAACTTG
TTTCATGAGGTGAAGTATTATGTGAGCTCTACTTCCAACTACCAAGATGCAAAGTGGGAT
CTTGGAGGATTCAATCTCTTCCAGATGGGCGACGATACTGATGATGATGGCGGCGTTGAC
GGCCACGATGACTCCTTCC

QA 1 679 1 679
DS 

RD RR3B787JQ 740 0 0
TTCTCTCCGAAGAAGAGAACATACTCATCTTTTCCGAGAATCGTCCGGCTTTCGATGAAG
GACGACAAAGATTATGATCCCAAATCCGAATCGGATTCATTGAGCCTCGTTCCTCTATTC
CAAAATCGAACTCTCTCGAATGATGAGGCCATGGGATTGGTCTTGAGCGCCGCGTCAGTC
AGAGGCTGGACCACCGGTTCCGGGATGGAGGGGCCGTCTCTTCCGGCCAAGGCCGATGAT
GCGGAGACGGTTTCAACATTTCCTTGGTCACTATTCACGAAATCGCCACGTAGGCGTATG
CGCGTCGCCTTCACTTGCAACGTTTGTGGACAGAGAACTACACGAGCCATAAATCCACAT
GCTTACACTGACGGCACCGTCTTCGTGCAGTGCTGCGGATGCAATGTGTTCCATAAGCTG
GTGGATAATCTGAACTTGTTTCATGAGGTGAAGTATTATGTGAGCTCTACTTCCAACTAC
CAAGATGCAAAGTGGGATCTTGGAGGATTCAATCTCTTCCAGATGGGCGACGATACTGAT
GATGATGGCGGCGTTGACGGCCACGATGACTCCTTCCCTCTTTAAAGACGTTGGGGCTAA
TCAATAATTTGTGCAAAAACGAATGTCATATGTATATCTCTGTATATAGCTAGCTTTATC
CTATCATCTAGCATGAATAACACCTTTGAATTATATCTGCTCCCATTAATAATAAATTGG
TCATATATATGTCAATGTTT

QA 1 740 1 740
DS 



AS 1 2

CO CL9369Contig1 653 2 3 U
GGACAAAACTAAAACCCTAGCTACTTCCTCCTCTCACCTCTTCTCTTAGAACTCTGCGGC
GAAAGATGACGGTTGAAGGAGTGAACCCTAAGGCGTACCCGTTGGCCGATTCTCAGCTAG
CCATAACAATCCTCGATCTTGTTCAACAAGCTACCAACTACAAACAGCTCAAGAAAGGAG
CTAATGAAGCTACCAAGACTTTGAACCGTGGTATCTCTGAGTTCGTGGTCATGGCTGCGG
ACGCTGAGCCTCTCGAGATCCTTCTTCATCTTCCTTTACTAGCTGAGGACAAGAATGTGC
CGTATGTGTTTGTGCCATCCAAGCAAGCCCTTGGAAGAGCATGTGGTGTGACAAGACCCG
TGATTGCTTGCTCTGTTACATCAAACGACGCTAGCCAGTTGAAATCTCAGATTCAGCAGC
TTAAGGATGCTATTGAGAAGCTCCTCATCTAAGGATGTGTTGGTGGACTTATGAATGATG
GGTCTTTCTCCATTTAATGGAAAAGGCTTTGACTACTAAAGTGTGTTTGCGTGAGTTTTA
GCTTATGACCGTATCTGTTTTTGAAGTTTGTAATGCTTTTCTATTTCATGTTTGTGTTGG
TGCAAATGTAGGTTTGAACAAGAACACTTATTTATAAATCGAATTTCTTAGAT


BQ
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AF RR3FS63TF U 1
AF RR3FS63JQ C 53
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BS 612 612 RR3FS63JQ
BS 613 653 RR3FS63TF

RD RR3FS63TF 653 0 0
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CTAATGAAGCTACCAAGACTTTGAACCGTGGTATCTCTGAGTTCGTGGTCATGGCTGCGG
ACGCTGAGCCTCTCGAGATCCTTCTTCATCTTCCTTTACTAGCTGAGGACAAGAATGTGC
CGTATGTGTTTGTGCCATCCAAGCAAGCCCTTGGAAGAGCATGTGGTGTGACAAGACCCG
TGATTGCTTGCTCTGTTACATCAAACGACGCTAGCCAGTTGAAATCTCAGATTCAGCAGC
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GCTTATGACCGTATCTGTTTTTGAAGTTTGTAATGCTTTTCTATTTCATGTTTGTGTTGG
TGCAAATGTAG*TTTGAACAAGAACACTTATTTATAAATCGAATTTCTTAGAT

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DS 

RD RR3FS63JQ 601 0 0
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GAAAGGAGCTAATGAAGCTACCAAGACTTTGAACCGTGGTATTTCTGAGTTCGTGGTCAT
GGCTGCGGACGCTGAGCCTCTCGAGATCCTTTTTCATCTTCCTTTACTAGCTGAGGACAA
GAATGTGCCGTATGTGTTTGTGCCATCCAAGCAAGCCCTTGGAAGAGCATGTGGTGTGAC
AAGACCCGTGATTGCTTGCTCTGTTACATCAAACGACGCTAGCCAGTTGAAATTTCAGAT
TCAGCAGCTTAAGGATGCTATTGAGAAGCTCCTCATCTAAGGATGTGTTGGTGGACTTAT
GAATGATGGGTCTTTCTCCATTTAATGGAAAAGGCTTTGACTACTAAAGTGTGTTTGCGT
GAGTTTTAGCTTATGACCGTATCTGTTTTTGAAGTTTGTAATGCTTTTTTATTTCATGTT
TGTGTTGGTGCAAATGTAGGTTTGAACAAGAACACTTATTTATAAATCGAATTTCTTAGA
T

QA 1 601 1 601
DS 



AS 1 2

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TCCTGTTTCCTTAAAACAGCCTGGTCCTAGAGATGCTCCCATTCAATGCTTTATAAAACG
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AAAGAGTAAGCTCTTACTGTCGGCTAAGAAAGTCAGGAGGGCGACCGGTATGGAGTTCGT
TATATCCTTGTCGGGAAATGACTTCTCAAGAAGCAGCACTAGTTACATAGGGAAACTAAG
ATCTAATTTCCTTGGAACTAAGTTCACCGTCTACGAGAACCAACCACCTCCGGTTTATTC
ATCCAACCGGAAGATACCACCATCGATGCGTGTGTCTCCATGGGTATCATCTTCTAATCA
TAGTTACAACATGGCTTCGATCTTGTATGAGCTGAATGTCCTCAGAACCAGAGGTCCAAG
AAGAATGCAATGTATCATGAACAGCATCCCAGTTTCGTCCATTCAAGAAGGCGGACAAGT
TTATTCTCCGACCGAGTTCACGAACCAAGGAAATAAGAAGAACAAGAAGTCGATGATGGA
TTTATGCACAGGGAACATGGGTGGAGAATCCGTTGTAAAGGAACCATTAGTCCTGAAAAA
CAAGTCGCCGAGGTGGCACGAGCAGCTCCAGTGCTGGTGTCTAAACTTCAAAGGACGAGT
CACCGTCGCCTCGGTGAAAAACTTCCAGCTAATTGCAGCTGCTGCAGAAGCAGGGAAGAA
CATGAACATACCAGAGGAGGAGCAAGAGAGAGTGATATTACAGTTTGGGAAGATAGGGAA
AGATATTTTCACCATGGATTATCGTTACCCGATCTCTGCATTCCAAGCATTTGCCATTTG
TTTAAGCAGCTTCGACACGAAGCCTGTCTGCGAATGAATGTAACATATCGAATCAAATTC
TCTATTTGCAGTTTGTTGTGTGTTTGATGAATGTACATACTTTTCCTTCTTGGAACCAAA
AAAAAAATCAAGATCTGTTTCCTTTC


BQ
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AF RR3AS67TF U 1
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BS 1 736 RR3AS67TF
BS 737 1046 RR3AS67JQ

RD RR3AS67TF 736 0 0
GGGGGATATGACTAGAGATGATGTTGTTCAAGTTCCTGAGCTCTCTGGTCTCCTCACTTT
TCCTGTTTCCTTAAAACAGCCTGGTCCTAGAGATGCTCCCATTCAATGCTTTATAAAACG
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AAAGAGTAAGCTCTTACTGTCGGCTAAGAAAGTCAGGAGGGCGACCGGTATGGAGTTCGT
TATATCCTTGTCGGGAAATGACTTCTCAAGAAGCAGCACTAGTTACATAGGGAAACTAAG
ATCTAATTTCCTTGGAACTAAGTTCACCGTCTACGAGAACCAACCACCTCCGGTTTATTC
ATCCAACCGGAAGATACCACCATCGATGCGTGTGTCTCCATGGGTATCATCTTCTAATCA
TAGTTACAACATGGCTTCGATCTTGTATGAGCTGAATGTCCTCAGAACCAGAGGTCCAAG
AAGAATGCAATGTATCATGAACAGCATCCCAGTTTCGTCCATTCAAGAAGGCGGACAAGT
TTATTCTCCGACCGAGTTCACGAACCAAGGAAATAAGAAGAACAAGAAGTCGATGATGGA
TTTATGCACAGGGAACATGGGTGGAGAATCCGTTGTAAAGGAACCATTAGTCCTGAAAAA
CAAGTCGCCGAGGTGGCACGAGCAGCTCCAGTGCTGGTGTCTAAACTTCAAAGGACGAGT
CACCGTCGCCTCGGTG

QA 1 736 1 736
DS 

RD RR3AS67JQ 629 0 0
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AAGAAGAATGCAATGTATCATGAACAGCATCCCAGTTTCGTCCATTCAAGAAGGCGGACA
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GGATTTATGCACAGGGAACATGGGTGGAGAATCCGTTGTAAAGGAACCATTAGTCCTGAA
AAACAAGTCGCCGAGGTGGCACGAGCAGCTCCAGTGCTGGTGTCTAAACTTCAAAGGACG
AGTCACCGTCGCCTCGGTGAAAAACTTCCAGCTAATTGCAGCTGCTGCAGAAGCAGGGAA
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GAAAGATATTTTCACCATGGATTATCGTTACCCGATCTCTGCATTCCAAGCATTTGCCAT
TTGTTTAAGCAGCTTCGACACGAAGCCTGTCTGCGAATGAATGTAACATATCGAATCAAA
TTCTCTATTTGCAGTTTGTTGTGTGTTTGATGAATGTACATACTTTTCCTTCTTGGAACC
AAAAAAAAAATCAAGATCTGTTTCCTTTC

QA 1 629 1 629
DS 



AS 1 2

CO CL9371Contig1 576 2 1 U
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AGTTTTGTTGGGTCTCTTTGCAATTCTTTTCGTCATCTCAGAAGTTGCCGCGGCGTCCGA
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TGGTGGTGGCCGCGGTGGCAATGGAGGCTACAACAATGGAGGAGGATACAACGGAGGAGG
ACACAATGGAGGAGGATACAACGGAGGAGGCCGAGGTGGAGGATACAACGGAGGAGGCCG
AGGAGGAGGTTACTGCCGCCACGGCTGCTGCTACAGAGGTTACCGTGGCTGCTCAAGGTG
TTGCTCATATGCCGGAGAAGCTGTTCAGACACAGCCCGGCCACTAAAAGTCGATAACGTA
TAAACCCACCACCATATATGCAGTTATGTGTCTTTATGAGTACGAAACGTCGAAAACCAT
CGTGGTGTGTTTGTAATGAATAATGATGTAAGTGACTTTTAGTGAAGGCCAGGATTGATT
AAGAGGCCAAATTATGAGAATAAAGTTTGATTATAC


BQ
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AF RR3FH36JQ C 1
AF RR3FH36TF U 1
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QA 1 576 1 576
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BG13TF U 1
AF RR3BG13JQ C 106
BS 1 807 RR3BG13TF
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BS 821 837 RR3BG13JQ

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QA 1 732 1 732
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BQ
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AF RR3FX60JQ U 36
AF RR3E093JQ U 1
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ACCAGCTGCTTCTCGAACCCGTGAAAAGTCTATGCAGAAAGCTTGAACCTCTATGAATAG
ATCCTTCACGTCGATGTTGTTGTTACGAATTAAACTCTGCAAGAAGACGCAAACCAGCCG
TACGAGCCTATTCTGCATATATTTGTCTTGCTTGGCGTTCTCACAAGACGATATGCAATT
AGTGATGAACATGCGTATAAATTCCTTGGGAAGCTCAACTGCAGTTGTGAGCCTGTTTAC
AACTTCCATCGAGTGCAGGCTCATCTCCATACTTACAAGAG***********TCAACAAT
CTCAGGGGAGTTGATCAACTTGGTGATAATCTCAACTGCTATTT

QA 1 524 1 524
DS 

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AATCTAAAATACTAGAGCGGTCTTTGATACAAAAAGAACTCAAAAAGGGAAAAATAGAAT
TAGAAAAAGGGAGACGAAGTTGTTGAGAAAGGAAAAGAGAAAAAAAAAA*GAGAGTCAAT
TTCATTCATTCCAATGTTTTCAAGAGCCTGAAGAGACCAGCTGCTTCTCGAACCCGTGAA
AAGTCTATGCAGAAAGCTTGAACCTCTATGAATAGATCCTTCACGTCGATGTTGTTGTTA
CGAATTAAACTCTGCAAGAAGACGCAAACCAGCCGTACGAGCCTATTCTGCATATATTTG
TCTTGCTTGGCGTTCTCACAAGACGATATGCAATTAGTGATGAACATGCGTATAAATTCC
TTGGGAAGCTCAACTGCAGTTGTGAGCCTGTTTACAACTTCCATCGAGTGCAGGCTCATC
TCCATACTTACAAGAGCTGTGGAATAGTCAACAATCTCAGGGGAGTTGATCAACTTGGTG
ATAATCTCAACTGCTATTTGAGGATTGCGCTCTACTAATTGCGGCAGCTTCCGTGGAGTT
ATTCCACAGTGATAGACAAGCTTTGGGTCATTTGCCAATGCCGTTGTGATGTCCTCTTGC
TCCGTAGGTGAAAGTGTCACCTTTAAGCCCTTAACAAGCAAGTCTCTAACTGTTGCGCCT
CTGCTAGTGTCAGCACACATTTTATCGTCCCATACAAGCTCATGCTTGTTA

QA 1 771 1 771
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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ACTCTGTTCTCTTCCCAAACCCAAAACCTATGTTGAACCGAATTACAAGAAACCAAAAAA
AAAGAAGAAAGAAAGTCTTTTCGTCTTGTTGCATTTTATTTTGAGATAATGAGACAATGT
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BQ
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AF RR3FJ83JQ U 8
AF RR3FJ83TF C 1
BS 1 7 RR3FJ83TF
BS 8 588 RR3FJ83JQ
BS 589 681 RR3FJ83TF

RD RR3FJ83JQ 581 0 0
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AAAGAAAGTCTTTTCGTCTTGTTGCATTTTATTTTGAGATAATGAGACAATGTTATGAAA
TCTTATAGAGAGAATGGTTCTGATCTCTAAGTCTCTTAAAAGAATGACTTAGCCGCATCA
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CCAAACGAGTTAATACCAATAGACTTCCCTTTCCCTCCAACAATCTTTCCCCAACCAAAA
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TTCCCTTCTTTCCTAAGCACCTCTCCAGCCTGTGCAGCAATCTCCAGCTCTGAACCGGTT
CCAATCAAGATCACATCAGGTTTGTTCCCCGAGGAGTTGTC

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3FJ83TF 681 0 0
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ACTCTGTTCTCTTCCCAAACCCAAAACCTATGTTGAACCGAATTACAAGAAACCAAAAAA
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TATGAAATCTTATAGAGAGAATGGTTCTGATCTCTAAGTCTCTTAGAAGAATGACTTAGC
CGCATCAACAACAGCTTCAACGGTGATGCCAAACTCCTTGTAGAGCAAGGGAGCTGGTGC
ACTAGCTCCAAACGAGTTAATACCAATAGACTTCCCTTTCCCTCCAACAATCTTTCCCCA
ACCAAAAGTCGAAGCCGCTTCGATACTCACTCTAGCCGACACATCAGACGGCAAAACACT
CTCCTTGTACTCATCCGTCTGCTCGTCAAACAGCTCCCAGCACACAAACGACACAACTCT
AACCGTCTTCCCTTCTTTCCTAAGCACCTCTCCAGCCTGTGCAGCAATCTCCAGCTCTGA
ACCGGTTCCAATCAAGATCACATCAGGTTTGTTCCCCGAGGAGTTGTCAGAGATTGTGTA
TCCTCCCTTCTCAACTCCCTCGATGGACGTCCCTGGAAGCTGAGGAAGCTTCTGTCTAGA
CAAGGCCAAGATAGACGGCGC

QA 1 681 1 681
DS 



AS 1 2

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ATATTCTTGTGGATGGCCAAGACGCTGCGGTTGCACAGAACATCACTCGGCGTTGCGGCT
GCGGAGAGAGCTGGACTGGTGAGTTTCCTGTCAAGAACAAAGCAGGAGACAGGTTTTCGG
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ACTCTAAAGAGGCTGTTGTGTCGAAACTTGGGCTTGATGCTCAGCAGCCTATACAAGTTG
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CGGATCAAGGTTTCTTCGAAGCTGCTTTGTTTGAACGTAAGGAGGATGCAGGTGCTAGCA
GCCCAGCTAGAGGGGATTTTATCCAGTCTCCTTTTGGTGTGTTCTTGCGTAGCGATGACA
AGTCTTCTTCAAAGCCCTTCAGAGATTCCAGTGATGAAAATGATATTCCTAAGAGACTTG
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AGCAAGAAGGTTTGGAAGGAAGGCGTGGTCATTCGGTGTGGCCTTGGGTGCATAACGAAC
CGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3DJ66TF U 1
AF RR3DJ66JQ C 100
BS 1 669 RR3DJ66TF
BS 670 670 RR3DJ66JQ
BS 671 694 RR3DJ66TF
BS 695 963 RR3DJ66JQ

RD RR3DJ66TF 697 0 0
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AGTCTATGGCGCAAGCTGTTCATGTCTTTGATCTCAACGGACATATCATCTTCTGGAACT
CAATGGCGGAAAAGCTTTACGGTTTCTCAGCATCAGAAGCACTTGGGAAGGATCCGATTG
ATATTCTTGTGGATGGCCAAGACGCTGCGGTTGCACAGAACATCACTCGGCGTTGCGGCT
GCGGAGAGAGCTGGACTGGTGAGTTTCCTGTCAAGAACAAAGCAGGAGACAGGTTTTCGG
TAGTGACTACAATGTCTCCTTTCTACGATGATGATGGCTCTCTAATTGGGATCATATGCA
TCACAAACGATGCGGCTCTTTTTCAAGACCCGAGAGTATCCCAAGCCAAGACAAGAGGGC
AAGAAGGGGAAACGAGCTTTAGCCGGGTGACTAGTAGTGTTGCATCTAAGCTCGGTCTTG
ACTCTAAAGAGGCTGTTGTGTCGAAACTTGGGCTTGATGCTCAGCAGCCTATACAAGTTG
CTATTAAATCCAAGATATCAGATTTGGCATCCAAGGTGGGGAACAAGGTCAGATCAAAGA
TGCAAGCAGGTGATAGCAGCGCTGCACACCATGAGGGTGGAAGTGGGGACAGTCATCATT
CGGATCAAG*TTTCTTCGAAGCTGCTTTGTTTGA
CGT

QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3DJ66JQ 864 0 0
GACATATCATCTTCTG*AACTCAATGGCGGAAA*GCTTTACGGTTTCTCAGCATCAGAAG
CACTTGG*AAGGATCCGATTGATATTCTTGTGGATGGCCAAGACGCTGCGGTTGCACAGA
ACATCACTCGGCGTTGCGGCTGCGGAGAGAGCTGGACTGGTGAGTTTCCTGTCAAGAACA
AAGCAGGAGACAGGTTTTCGGTAGTGACTACAATGTCTCCTTTCTACGATGATGATGGCT
CTCTAATTGGGATCATATGCATCACAAACGATGCGGCTCTTTTTCAAGACCCGAGAGTAT
CCCAAGCCAAGACAAGAGGGCAAGAAGGGGAAACGAGCTTTAGCCGGGTGACTAGTAGTG
TTGCATCTAAGCTCGGTCTTGACTCTAAAGAGGCTGTTGTGTCGAAACTTGGGCTTGATG
CTCAGCAGCCTATACAAGTTGCTATTAAATCCAAGATATCAGATTTGGCATCCAAGGTGG
GGAACAAGGTCAGATCAAAGATGCAAGCAGGTGATAGCAGCGCTGCACACCATGAGGGTG
GAAGTGGGGACAGTCATCATTCGGATCAAGGTTTCTTCGAAGCTGCTTTGTTTGAACGTA
AGGAGGATGCAGGTGCTAGCAGCCCAGCTAGAGGGGATTTTATCCAGTCTCCTTTTGGTG
TGTTCTTGCGTAGCGATGACAAGTCTTCTTCAAAGCCCTTCAGAGATTCCAGTGATGAAA
ATGATATTCCTAAGAGACTTGCCTCAAAAGCTGAAGAATGGATGGCAAAGAAAGGATTGT
CGTGGCCGTGGAAAGGGAATGAGCAAGAAGGTTTGGAAGGAAGGCGTGGTCATTCGGTGT
GGCCTTGGGTGCATAACGAACCGC

QA 1 864 1 864
DS 



AS 1 2

CO CL9377Contig1 577 2 1 U
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TCTCCAAGGTTTGCTCCACAGGAGACACTGAAAAAGAAGACAGGCTTCCTATCATCTGGG
CTTGGCTGCGAGAAAGGAACAAGGCAAAACAACCTGAAGAAACAAATGATGATAGCACTA
GTAATGCAACATCTGAACCTAAATCTCCTGAAGAAAGCAAATCCGAAGATCTTTTGAATC
CGGAGACAAAACGCTAGCCTACAAAGAGTCTTTATAGTTTCTGTCTATACAGATTGTTGA
AGAGGCTCATGCTTTGCCGGAAAATCAATTTTTTTTATCTGATGAAGTCACTCTAAGCTG
TTTCTCAAGCCTTTCAACTTCAAGAGCTTACCTGCAAACTCAAATGGAGCAAAACTTTGC
TCAATGTTTCTTTATAAAATTATAAGCAGAATAGTTTTAAAATGTGCACAACAAGAAATT
CATATTAAGTACATTTAATTTGATAGAATTCATATTGAAAACAGGTAACCTGCTAACTAT
ATTCTTGTTGGCATATGGTATGGTTCACTGTTGACAT


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GC59JQ C 1
AF RR3GC59TF U 1
BS 1 577 RR3GC59TF

RD RR3GC59JQ 577 0 0
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TCTCCAAGGTTTGCTCCACAGGAGACACTGAAAAAGAAGACAGGCTTCCTATCATCTGGG
CTTGGCTGCGAGAAAGGAACAAGGCAAAACAACCTGAAGAAACAAATGATGATAGCACTA
GTAATGCAACATCTGAACCTAAATCTCCTGAAGAAAGCAAATCCGAAGATCTTTTGAATC
CGGAGACAAAACGCTAGCCTACAAAGAGTCTTTATAGTTTCTGTCTATACAGATTGTTGA
AGAGGCTCATGCTTTGCCGGAAAATCAATTTTTTTTATCTGATGAAGTCACTCTAAGCTG
TTTCTCAAGCCTTTCAACTTCAAGAGCTTACCTGCAAACTCAAATGGAGCAAAACTTTGC
TCAATGTTTCTTTATAAAATTATAAGCAGAATAGTTTTAAAATGTGCACAACAAGAAATT
CATATTAAGTACATTTAATTTGATAGAATTCATATTGAAAACAGGTAACCTGCTAACTAT
ATTCTTGTTGGCATATGGTATGGTTCACTGTTGACAT

QA 1 577 1 577
DS 

RD RR3GC59TF 577 0 0
GCAGAAGCAACTCTAGAAGCTACTTTGCAATATGAGTCAGGTCAAAACAAAGCACTATCA
TCTCCAAGGTTTGCTCCACAGGAGACACTGAAAAAGAAGACAGGCTTCCTATCATCTGGG
CTTGGCTGCGAGAAAGGAACAAGGCAAAACAACCTGAAGAAACAAATGATGATAGCACTA
GTAATGCAACATCTGAACCTAAATCTCCTGAAGAAAGCAAATCCGAAGATCTTTTGAATC
CGGAGACAAAACGCTAGCCTACAAAGAGTCTTTATAGTTTCTGTCTATACAGATTGTTGA
AGAGGCTCATGCTTTGCCGGAAAATCAATTTTTTTTATCTGATGAAGTCACTCTAAGCTG
TTTCTCAAGCCTTTCAACTTCAAGAGCTTACCTGCAAACTCAAATGGAGCAAAACTTTGC
TCAATGTTTCTTTATAAAATTATAAGCAGAATAGTTTTAAAATGTGCACAACAAGAAATT
CATATTAAGTACATTTAATTTGATAGAATTCATATTGAAAACAGGTAACCTGCTAACTAT
ATTCTTGTTGGCATATGGTATGGTTCACTGTTGACAT

QA 1 577 1 577
DS 



AS 1 2

CO CL9378Contig1 563 2 2 U
GGCTGTTCGATAACAAAAATTGAGTAAGAACCAAAAATAGAAAAGGGGAGAATACATAAG
CGAATAATCAAAAAGAGTTGAATCATCATTTCTAGTAGCTAACTAAGCAAAGGAGAAACG
AAACTATTACACTTTGATAGCATACTTCCTCAAAGGGAAATACATCTCTTTCTTCTTCTC
ACGCTCCGTCTTCAAAGACGCCTGATGCTTGGTAAGACGTCTGCGGATAGCACGAGTCTT
CTTGGGACGGAAATCGAGAGGCAAGAACTTCTTGCTCTTGTATGCTTCCCTTAGTGCAAG
CTTCTGTTTCTGTGAGATCACTGTCAGTACCGGAGCAATGGACTTCCTCACCACCTTGAT
TTTGGAGAGCTTGTTAGGGGCACCTCCGGTGACTTTAGCGACGCGGAGGAGGGCGAGCTC
AGCCTTGAATTCCTGAAGCTGGCTCTGAAGATCGGTTTTTGATCTCTCTCTAAGTTCGTG
AACCTTGATTCTCGCCATCGTGAGCTTTCTTTCTGGTGGTGTTGGACTGATGCGCCGCTG
CTTCCTCCTTTCTAAGCTCGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EV20TF C 1
AF RR3EV20JQ U 25
BS 1 24 RR3EV20TF
BS 25 563 RR3EV20JQ

RD RR3EV20TF 563 0 0
GGCTGTTCGATAACAAAAATTGAGTAAGAACCAAAAATAGAAAAGGGGAGAATACATAAG
CGAATAATCAAAAAGAGTTGAATCATCATTTCTAGTAGCTAACTAAGCAAAGGAGAAACG
AAACTATTACACTTTGATAGCATACTTCCTCAGAGGGAAATACATCTCTTTCTTCTTCTC
ACGCTCCGTCTTCAAAGACGCCTGATGCTTGGTAAGACGTCTGCGGATAGCACGAGTCTT
CTTGGGACGGAGATCGAGAGGCAAGAACTTCTTGCTCTTGTATGCTTCCCTTAGTGCAAG
CTTCTGTTTCTGTGAGATCACTGTCAGTACCGGAGCAATGGACTTCCTCACCACCTTGAT
TTTGGAGAGCTTGTTAGGGGCACCTCCGGTGACTTTAGCGACGCGGAGGAGGGCGAGCTC
AGCCTTGAATTCCTGAAGCTGGCTCTGAAGATCGGTTTTTGATCTCTCTCTAAGTTCGTG
AACCTTGATTCTCGCCATCGTGAGCTTTCTTTCTGGTGGTGTTGGACTGATGCGCCGCTG
CTTCCTCCTTTCTAAGCTCGCCC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3EV20JQ 539 0 0
TAAGAACCAAAAATAGAAAAGGGGAGAATACATAAGCGAATAATCAAAAAGAGTTGAATC
ATCATTTCTAGTAGCTAACTAAGCAAAGGAGAAACGAAACTATTACACTTTGATAGCATA
CTTCCTCAAAGGGAAATACATCTCTTTCTTCTTCTCACGCTCCGTCTTCAAAGACGCCTG
ATGCTTGGTAAGACGTCTGCGGATAGCACGAGTCTTCTTGGGACGGAAATCGAGAGGCAA
GAACTTCTTGCTCTTGTATGCTTCCCTTAGTGCAAGCTTCTGTTTCTGTGAGATCACTGT
CAGTACCGGAGCAATGGACTTCCTCACCACCTTGATTTTGGAGAGCTTGTTAGGGGCACC
TCCGGTGACTTTAGCGACGCGGAGGAGGGCGAGCTCAGCCTTGAATTCCTGAAGCTGGCT
CTGAAGATCGGTTTTTGATCTCTCTCTAAGTTCGTGAACCTTGATTCTCGCCATCGTGAG
CTTTCTTTCTGGTGGTGTTGGACTGATGCGCCGCTGCTTCCTCCTTTCTAAGCTCGCCC

QA 1 539 1 539
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9380Contig1 344 2 2 U
GGATCATTTCATTGGAAAATATGAAAAACGCGTTTAAACTTTCGCTTATTGGTTTTGTTA
TGCTCACAATTCTTCTGTTCGGAGAAACGGTGATTGCACAAAAAGAAAACTACCATGTTA
TTCAAACAAAATGGGAACATGTGAAATCAAGAGCTGCAAAGCTCACTGTGTCCAAAAGCA
TAAAAAAAATACTAATTGGTACTATGTGCATTACAGAAAAAGACGGGACAACGTATTGCC
GATGTCAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTTATCTACACTAAAACTCAAAAAAATATT
TTTAATAATACAACGACTTTGTCATAGAAATGAATAAAACTTTT


BQ
10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3CK79JQ C 1
AF RR3CK79TF U 6
BS 1 5 RR3CK79JQ
BS 6 344 RR3CK79TF

RD RR3CK79JQ 344 0 0
GGATCATTTCATTGGAAAATATGAAAAACGCGTTTAAACTTTCGCTTATTGGTTTTGTTA
TGCTCACAATTTTTCTGTTCGGAGAAACGGTGATTGCACAAAAAGAAAACTACCATGTTA
TTCAAACAAAATGGGAACATGTGAAATCAAGAGCTGCAAAGCTCACTGTGTCCAAAAGCA
TAAAAAAAATACTAATTGGTACTATGTGCATTACAGAAAAAGACGGGACAACGTATTGCC
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TTTAATAATACAACGACTTTGTCATAGAAATGAATAAAACTTTT

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DS 

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AAAATACTAATTGGTACTATGTGCATTACAGAAAAAGACGGGACAACGTATTGCCGATGT
CAATATCCTTGCCCTCCCTAATTTTTTTATCTACACTAAAACTCAAAAAAATATTTTTAA
TAATACAACGACTTTGTCATAGAAATGAATAAAACTTTT

QA 1 339 1 339
DS 



AS 1 2

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GACCTGAAAGTTACAGATTGAGCCATTTTTAAAATTCTATGACTTGACTGAAACATATGA
TATGAATTCACCACTCCACCTCACTGGTTTGAG


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3CA83TF U 1
AF RR3BP37TF U 1
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QA 1 711 1 711
DS 

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CTTATCACACACTTGTTTCATTTTGGGTGCGTGCGTTACCTGCCCAGAAGGGAGGTACTC
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GACCTGAAAGTTACAGATTGAGCCATTTTTAAAATTCTATGACTTGACTGAAACATATGA
TATGAATTCACCACTCCACCTCACTGGTTTGAG

QA 1 753 1 753
DS 



AS 1 2

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ATGATCCAAGAGGTAAAATATTTATGTTCTTTTAGTTCCAATGGCTCTTCTCCTCCTCCC
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GTTGAACTTGGTACTAAGAGTTTTTCTGTCACTTTTCTCATGAGACGGAAGACTTTTTTC
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CTCTACAATAGCTTTTAGTAAAAGTTTATTATAAC


BQ
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AF RR3A207TF U 1
AF RR3A207JQ C 484
BS 1 692 RR3A207TF
BS 693 1235 RR3A207JQ

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CCATCTCAGTCTCCCCTCTCACTGTACTGGCTCAATCCCTGCAATCAATATCATGTCCGT
TTTCAATTACCTCTTTTATCTCCCATTCACTCTCTTTCTCAACTTATCTCCTCACATCAA
AATCTCAACAGTTTTTAAACCTAAATGGACTTTCTATAGATAGTATAGGCCGCAGTCGTG
AAGCCAATATTTCACACGCTCATTCTGAGTATCCCCTCCGCAAAAACTTTTTTCAAGCAG
CACGAAAATCTCTACTTCTGATAATATCTCTATCGAAGCCGCTGTCCCACTCCACCTTCG
ACGATCTCTGTCCTGGCCGCTCTGCGCATATTATTGTTGGCCGCCTCCCCCCCTTCTTGG
ATTCACAGAGCATCAGGAAAGATGACGTCTCCGAAAGCTCTTACAAAAGATTACATGTGT
TTCCCAGTCGTTATTCAATTCAGAAAACCCTAGCTTTCTCACTCGGCCTAGATCTTTCAA
TCCCTTTTGGAGATGTTGTTGAAGCTGTTGTGCCTCACATGGTTGAATCAATCAACGATG
GAACAAATTGAAACTGCCAAGGTGCTAAACAGTTACTTGCTTTATTCTCTCTTTATGTTC
TTCGTTTTTTTCCTCTACATGTTTAATGTTTT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3A207JQ 752 0 0
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CTTTTGGAGATGTTGTTGAAGCTGTTGTGCCTCACATGGTTGAATCAATCAACGATGGAA
CAAATTGAAACTGCCAAGGTGCTAAACAGTTACTTGCTTTATTCTCTCTTTATGTTCTTC
GTTTTTTTCCTCTACATGTTTAATGTTTTTCAGGTTTCTGGTGTAGTTTTTATAAATTAG
GTTTGATTCTTCTACGTGCTTTAGGCGACGATAGATATTGCTAGCCCAGAAAGTGGTATG
ATCCAAGAGGTAAAATATTTATGTTCTTTTAGTTCCAATGGCTCTTCTCCTCCTCCCAAG
CCTTCTCCAACTGCTGAATAACCCAAGGTTGAAAGTAATAAATTTGCGGAGTAACCCAAG
GCATCATCAGCGCCACCACCGACGACTAAACAGTCAACGAAAGTTTTAAAGAGAACACTT
GGACTATGGGAAAAAACTTCGGATGCCCGGATGGAGTCCTCCTCAGTGGAAAGGGTCCTT
ACAAGTACAACAGACAACAGTAGTGTACCTGATGGAATTGATTACTTGACCGCTCATGTT
GAACTTGGTACTAAGAGTTTTTCTGTCACTTTTCTCATGAGACGGAAGACTTTTTTCATG
CAACTTTTCCTTTGTGGGGAAAAACATTCAAAACTTGAAGCTCGCGTTGTTTGGTTTCTC
TACAATAGCTTTTAGTAAAAGTTTATTATAAC

QA 1 752 1 752
DS 



AS 1 2

CO CL9383Contig1 1247 2 2 U
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TTCTTCCAGCGCTCAAATCGCTTTCTCTCTTATCAAATTTGCTTGATGGGCCCAACTATG
GCCTGCTCCTCGATGGCTGCCCTGTCCTTGAAGACTTACTCATAACCGAAACTCATCCTT
GGGCTCTGCCATGTTGCGCATTGTACGTGGAAAGCGCACCCCTCAGGCGGCTAGTGATTA
TTGCTAAGCTTTCGGATATTCAAGCCACGCATGTGTTTTTGAAAGCACCAAGTCTTGAGT
TCCTTGACTATTCTGCTTTCGTCACCAACGAGTATGATTTTGTCGATTTGGATAGGCTCG
TCGAAGCCAGGCTGGATCTCATGTTATTGGATTCAAGCGTCTATGATGAGCATGTTTATT
ATTATGATTCTGACAATGACTGTTATTATGATGATGGACGGCCGGAAGGTGTATCTGCTG
CTAATATTACAGGTTTAGTTGCGGGTATAAGCAACGTTACGACCCTTCACTTATCTCCCG
AGTCTCTTGAGTTGTTTCATCTCTGCTGTGAGTCCATGCCCGCGTTCAACAACCTCCTTA
CTTTATCTATCGAGAGTGACGAGTCACAAGGTTGGCAAGCGATGCCTATTCTTCTCGAGA
GCTGTCCAAATCTACACACTTTAGTCATTAAGGGTCTTGTGCACAGAGTAACAAGTAGAT
GCGGAGATGCATGCCCTTGCAGCCCTGACGAGCATAAGAATAAGAAGAGGAGAATTGTGA
AGGAGGATGAAGAGATTTGTTGTTTATCGACATGTCAAGTGAAGGTGCTAGAGATTTCAG
AGTATGGAGGTTCTTTTCAAGAGCTTAAACAGATGAGATATTTTTTGGAGAAGTTGGAAT
GTCTTGAAACTGTGAAAGTTTGTGTTGACGCAGACGCGAATAACAACAGCGGTGAGTTCT
TGCGAGCTAATCTGCTGTCTCTCCCAAGACTTTTATCCAAGTGCAACATCGTGTTCATCT
AATTTTGCAGTGACACAGCGATTCCAACCGTTATCGAAACTCTGCAGACCAATGAACCGT
TCGCTAGGAACCTTAAGTCTTCTCATGTATGTGTGTGATCTTTTATGTCCATATGCATTT
GTTTGTAGTAGAACCAACAGTGTCTTGCCCACAACCCTATTTCCTTTGGTATCTGGACGA
TTTGCACCAATGAACAAATTGATGAACTCTTTGTCTTTGACTGAACT


BQ
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AF RR3FU45TF U 1
AF RR3FU45JQ C 528
BS 1 624 RR3FU45TF
BS 625 1247 RR3FU45JQ

RD RR3FU45TF 624 0 0
GCAACACACTGGTTAAGCTCACACTCTCTGGTGAATATCGTCTCCAAGTCAATCGTGTTT
TTCTTCCAGCGCTCAAATCGCTTTCTCTCTTATCAAATTTGCTTGATGGGCCCAACTATG
GCCTGCTCCTCGATGGCTGCCCTGTCCTTGAAGACTTACTCATAACCGAAACTCATCCTT
GGGCTCTGCCATGTTGCGCATTGTACGTGGAAAGCGCACCCCTCAGGCGGCTAGTGATTA
TTGCTAAGCTTTCGGATATTCAAGCCACGCATGTGTTTTTGAAAGCACCAAGTCTTGAGT
TCCTTGACTATTCTGCTTTCGTCACCAACGAGTATGATTTTGTCGATTTGGATAGGCTCG
TCGAAGCCAGGCTGGATCTCATGTTATTGGATTCAAGCGTCTATGATGAGCATGTTTATT
ATTATGATTCTGACAATGACTGTTATTATGATGATGGACGGCCGGAAGGTGTATCTGCTG
CTAATATTACAGGTTTAGTTGCGGGTATAAGCAACGTTACGACCCTTCACTTATCTCCCG
AGTCTCTTGAGTTGTTTCATCTCTGCTGTGAGTCCATGCCCGCGTTCAACAACCTCCTTA
CTTTATCTATCGAGAGTGACGAGT

QA 1 624 1 624
DS 

RD RR3FU45JQ 720 0 0
CACTTATCTCCCGAGTCTCTTGAGTTGTTTCATCTCTGCTGTGAGTCCATGCCCGCGTTC
AACAACCTCCTTACTTTATCTATCGAGAGTGACGAGTCACAAGGTTGGCAAGCGATGCCT
ATTCTTCTCGAGAGCTGTCCAAATCTACACACTTTAGTCATTAAGGGTCTTGTGCACAGA
GTAACAAGTAGATGCGGAGATGCATGCCCTTGCAGCCCTGACGAGCATAAGAATAAGAAG
AGGAGAATTGTGAAGGAGGATGAAGAGATTTGTTGTTTATCGACATGTCAAGTGAAGGTG
CTAGAGATTTCAGAGTATGGAGGTTCTTTTCAAGAGCTTAAACAGATGAGATATTTTTTG
GAGAAGTTGGAATGTCTTGAAACTGTGAAAGTTTGTGTTGACGCAGACGCGAATAACAAC
AGCGGTGAGTTCTTGCGAGCTAATCTGCTGTCTCTCCCAAGACTTTTATCCAAGTGCAAC
ATCGTGTTCATCTAATTTTGCAGTGACACAGCGATTCCAACCGTTATCGAAACTCTGCAG
ACCAATGAACCGTTCGCTAGGAACCTTAAGTCTTCTCATGTATGTGTGTGATCTTTTATG
TCCATATGCATTTGTTTGTAGTAGAACCAACAGTGTCTTGCCCACAACCCTATTTCCTTT
GGTATCTGGACGATTTGCACCAATGAACAAATTGATGAACTCTTTGTCTTTGACTGAACT

QA 1 720 1 720
DS 



AS 1 2

CO CL9384Contig1 791 2 2 U
ATTCGAAAAATTCAGACAAAAGCAGAAGAAGCAAAGTTCTTCTGTCTGTGTCTGATTCTA
CGTCTGCCTCCACCACTATGACAAGCTCTTCATCTCCTTCACGCAAGGCGTTAAGCAAGA
TCGCGTGTAATAGGCTACAGAAAGAGTTATCAGAGTGGCAAGTCAATCCTCCCACTGGGT
TTAAGCACAAAGTTACCGATAATCTCCAAAAATGGATAATAGAGGTAACAGGAGCACCAG
GTACGCTCTATGCGAATGAAACTTACAAGCTTCAGGTTGATTTTCCTGAACATTACCCCA
TGGAATCTCCTCAGGTAGTTTTTGTTCCACCGGCACCGCTACATCCCCATATCTACAGCA
ATGGACATATTTGTTTAGATATTCTGTATGACTCGTGGTCTCCAGCCATGACGGTTAGTT
CAGTATGCATCAGCATTCTCTCCATGCTATCGAGTTCACCGGAAAAGCAACGTCCGGCTG
ATAATGACCGATATGTAAAGAACTGCAAGAACGGGAGGTCTCCTAAAGATACAAGATGGT
GGTTCCATGACGACAAGGCATGATGGCAATATGACCAAACATCATAAATAAAAATGAGGT
TTTATATAATTTCTCCAGAGACTGATATTGGAATTCCTTGTGGCCTCAACCCTTTTTCTT
TCTTTCTATCTGTCTTTTGTATGGATGATTATGTATGGAAGACATCTGAAATGTCTCACA
CCTTGAATTAACTGTTTCTGCCTTTGTCCTCTCTAGAGTAACCATCGAGATTTGATGAAA
ATTGTATTTGG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AU76TF U 1
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BS 751 791 RR3AU76JQ

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CAGTATGCATCAGCATTCTCTCCATGCTATCGAGTTCACCGGAAAAGCAACGTCCGGCTG
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GGTTCCATGACGACAAGGCATGATGGCAATATGACCAAACATCATAAATAAAAATGAGGT
TTTATATAATTTCTCCAGAGACTGATATTGGAATTCCTTGTGGCCTCAACCCTTTTTCTT
TCTTTCTATCTGTCTTTTGTATGGATGATTATGTATGGAAGACATCTGAAATGTCTCACA
CCTTGAATTAACTGTTTCTGCCTTTGTCCT

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DS 

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ACATCCCCATATCTACAGCAATGGACATATTTGTTTAGATATTCTGTATGACTCGTGGTC
TCCAGCCATGACGGTTAGTTCAGTATGCATCAGCATTCTCTCCATGCTATCGAGTTCACC
GGAAAAGCAACGTCCGGCTGATAATGACCGATATGTAAAGAACTGCAAGAACGGGAGGTC
TCCTAAAGATACAAGATGGTGGTTCCATGACGACAAGGCATGATGGCAATATGACCAAAC
ATCATAAATAAAAATGAGGTTTTATATAATTTCTCCAGAGACTGATATTGGAATTCCTTG
TGGCCTCAACCCTTTTTCTTTCTTTCTATCTGTCTTTTGTATGGATGATTATGTATGGAA
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ACCATCGAGATTTGATGAAAATTGTATTTGG

QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

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CTTCCAAGGAAAAAACGTAGAAAGCTTGAAGCTGCCAGAGAGATGCTAGAGGATAACGAA
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ATCAGAACGTGAGCTTTAATGTTTTCGAATTTTGTTTTTCCAATGGTTTTGTAATCTTTC
ATGAAGATCTTTACCTTCTGTTTTTATCTCAATAAACATATTTTGGGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EV22TF U 1
AF RR3EV22JQ C 163
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QA 1 748 1 748
DS 

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GAAACAAGGCAGAGGCGGAGCCGGGGCTTCAGCGAAACCTAA*GGGCAAGTCGAGGAACT
CTTTCAAGAGCAAAGGCCGATACAAGCGTAGGTAAAAGAGAGAATATCTTTAATGAAAGA
GATATCGACAAGCCACAAGAACTGAGAAAAACTTTTTTGGTGAAGGGTTTAGACAATTTT
TATTATTTTTGTAATATGATCAGAACGTGAGCTTTAATGTTTTCGAATTTTGTTTTTCCA
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TTGGGG

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3A903JQ C 1
AF RR3A903TF U 1
BS 1 562 RR3A903TF

RD RR3A903JQ 562 0 0
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GGATCCCCAAAGATGAAGCTCGTCAGGTTTTTGATGAAGTTGAACAACGAGACTGTGTCG
ATCGAGCTGAAGAACGGAACTGTGGTCCATGGAACCATCACTGGTGTTGATGTGAGCATG
AACACTCACTTGAACACGGTTAAAATGACTCTCAAGGGGAAGAATCCAGTGACAATGGAC
CATTTAAGCTTGAGGGGTAACAACATCTGCTACTACATTCTTCCCGATAGCTTGAACCTG
GAGACTTTGCTTGTGGAAGACACTCCTCGAGTTAAACCTAAGAAGCCTGTTGCTGGGAAG
CCTGTTGGACGAGGCCGTGGACGTGGTGGTCGTGGGCGTGGTGGGGCTGGTCGTGGCAGA
GGTCGCTAAGTTTCAGCAAAGCAGTGCACTGGAAACAGTTGAAGGCGAGTGAGTTTGAAT
TTTGTAGGAAGTGGGAACCCTTTGGTGTCTTAGGAGAATGTACTGAACTATGATGTATTT
AGCAACTCTTTGCAAAGGAAAC

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3A903TF 562 0 0
GGGAGGGTTTCGCAGTTTCTGCAGTCTTCTCTCCTCTCCGATCTCTTCGTCTTCTCCACA
GGATCCCCAAAGATGAAGCTCGTCAGGTTTTTGATGAAGTTGAACAACGAGACTGTGTCG
ATCGAGCTGAAGAACGGAACTGTGGTCCATGGAACCATCACTGGTGTTGATGTGAGCATG
AACACTCACTTGAACACGGTTAAAATGACTCTCAAGGGGAAGAATCCAGTGACAATGGAC
CATTTAAGCTTGAGGGGTAACAACATCTGCTACTACATTCTTCCCGATAGCTTGAACCTG
GAGACTTTGCTTGTGGAAGACACTCCTCGAGTTAAACCTAAGAAGCCTGTTGCTGGGAAG
CCTGTTGGACGAGGCCGTGGACGTGGTGGTCGTGGGCGTGGTGGGGCTGGTCGTGGCAGA
GGTCGCTAAGTTTCAGCAAAGCAGTGCACTGGAAACAGTTGAAGGCGAGTGAGTTTGAAT
TTTGTAGGAAGTGGGAACCCTTTGGTGTCTTAGGAGAATGTACTGAACTATGATGTATTT
AGCAACTCTTTGCAAAGGAAAC

QA 1 562 1 562
DS 



AS 1 2

CO CL9387Contig1 773 2 4 U
GGATCTCCAACTCCTCCGAGCAGCAACTGAGAGTGAGTGATAACCATGGCGACGAGCTCT
CATCTTCTTCCTCCTCAGGCATTGCACATGATACCGAGAAACCCTACGCAGTCATCGAAA
AAACTAGGGTTTTCGTCATTTCTATCATGCGCACCTTCGATGTTGTCGAAGCTACTGAAG
CCAAAGCTCCAAGAAAGCCGAGAGTCAAGCTGGGAGACGTAATGGGGATACTGAACCAGA
AAGCAATTGAGGTATCAGAGAAAGTGAGACCTGTTCCTGAAATCAGGACTGGAGATATCG
TTGAGATCAAACTGGAAGTTCCTGAGAACAGACGTAGGTTGTCTATCTACAAAGGCATTG
TGATGTCTAGACAAAACGCTGGCATACACACTACCATTCGTATTCGCAGGATTATTGCTG
GTATCGGTGTTGAAATCGTGTTTCCCTTATACTCTCCCAACATCAAAGAGATAAAAGTGG
TGAGTCACAGAAAAGTGAGAAGAGCAAGGCTTTACTACCTGAGGGACAAGCTTCCCCGTC
TCTCCACTTTCAAGTGAACACCACCCCACTGTGCTGTGTTTGACCAACCAAAGTAGTAAT
CGTCCCTTGTGTTCTCTCTTCTTGTAAGAATTGTTCTTTTCTGTTTTTTCTTTTGTAAGT
CATGGCATGCACATTCTTCTGAGAAAGTAAAATCAAGATTAGTCGAGATTTCGTTTGGTT
GAATGTAGACCTGGTTCTTGTTTGATAATGAAATGATATATGACCCTTTTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 

AF RR3EH44TF U 1
AF RR3EH44JQ C 53
BS 1 747 RR3EH44TF
BS 748 748 RR3EH44JQ
BS 749 769 RR3EH44TF
BS 770 773 RR3EH44JQ

RD RR3EH44TF 772 0 0
GGATCTCCAACTCCTCCGAGCAGCAACTGAGAGTGAGTGATAACCATGGCGACGAGCTCT
CATCTTCTTCCTCCTCAGGCATTGCACATGATACCGAGAAACCCTACGCAGTCATCGAAA
AAACTAGGGTTTTCGTCATTTCTATCATGCGCACCTTCGATGTTGTCGAAGCTACTGAAG
CCAAAGCTCCAAGAAAGCCGAGAGTCAAGCTGGGAGACGTAATGGGGATACTGAACCAGA
AAGCAATTGAGGTATCAGAGAAAGTGAGACCTGTTCCTGAAATCAGGACTGGAGATATCG
TTGAGATCAAACTGGAAGTTCCTGAGAACAGACGTAGGTTGTCTATCTACAAAGGCATTG
TGATGTCTAGACAAAACGCTGGCATACACACTACCATTCGTATTCGCAGGATTATTGCTG
GTATCGGTGTTGAAATCGTGTTTCCCTTATACTCTCCCAACATCAAAGAGATAAAAGTGG
TGAGTCACAGAAAAGTGAGAAGAGCAAGGCTTTACTACCTGAGGGACAAGCTTCCCCGTC
TCTCCACTTTCAAGTGAACACCACCCCACTGTGCTGTGTTTGACCAACCAAAGTAGTAAT
CGTCCCTTGTGTTCTCTCTTCTTGTAAGAATTGTTCTTTTCTGTTTTTTCTTTTGTAAGT
CATGGCATGCACATTCTTCTGAGAAAGTAAAATCAAGATTAGTCGAGATTTCGTTTGGTT
GAATGTAGACCTGGTTCTTGTTTGATA*TGAAATGATATATGACCCTTT
AGG

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3EH44JQ 721 0 0
CGAGCTCTCATCTTCTTCCTCCTCAGGCATTGCACATGATACCGAGAAACCCTACGCAGT
CATCGAAAAAACTAGGGTTTTCGTCATTTCTATCATGCGCACCTTCGATGTTGTCGAAGC
TACTGAAGCCAAAGCTCCAAGAAAGCCGAGAGTCAAGCTGGGAGACGTAATGGGGATACT
GAACCAGAAAGCAATTGAGGTATCAGAGAAAGTGAGACCTGTTCCTGAAATCAGGACTGG
AGATATCGTTGAGATCAAACTGGAAGTTCCTGAGAACAGACGTAGGTTGTCTATCTACAA
AGGCATTGTGATGTCTAGACAAAACGCTGGCATACACACTACCATTCGTATTCGCAGGAT
TATTGCTGGTATCGGTGTTGAAATCGTGTTTCCCTTATACTCTCCCAACATCAAAGAGAT
AAAAGTGGTGAGTCACAGAAAAGTGAGAAGAGCAAGGCTTTACTACCTGAGGGACAAGCT
TCCCCGTCTCTCCACTTTCAAGTGAACACCACCCCACTGTGCTGTGTTTGACCAACCAAG
GTAGTAATCGTCCCTTGTGTTCTCTCTTCTTGTAAGAATTGTTCTTTTCTGTTTTTTCTT
TTGTAAGTCATGGCATGCACATTCTTCTGAGAAAGTAAAATCAAGATTAGTCGAGATTTC
GTTTGGTTGAATGTAGACCTGGTTCTTGTTTGATAATGAAATGATATATGACCCTTTTAG
G

QA 1 721 1 721
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9389Contig1 570 2 1 U
GCTGCGTTCGGGAAGGATGAATCGCTCCCGAAAAGGAATCTATTGATTCTCTCCCAATTG
GTTGGACCATAGGTGCGATGATTTACTTCACGGGCGAGGTCTCTGGTTCAAATCCAGGAT
GGCCCAGCTGCGCCAAGGAAAAGAATATAAGAAGGATCTGACTCCTTCATGCATGCTCCA
CTTGGCTCGGGGGGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCTCCGCTCTTGCAATTGGGTCGTTGC
GATTACGGGTTGGGTGTCTAATTGTCCAGGCGGTAATGATAGTATCTTGTACCTGAACCG
GTGGCTCACTTTTTCTAAGTAATGGGGAAAAGGACCGAAACATGCCACTGAAAGACTCTA
CTGAGACAAAGATGGGCTGTCAAGAACGTAGAGGAGGTAGGATGGTCAGTTGGTCAGATC
TAGTATGGATCGTACATGGACGGTAGTTGGAGTCGGCGGCTCTCCTAGGGTTCCCTCGTC
TGGGATTGATCCCTGGGGAAGAGGATCAAGTTGGCCCTTGCGAACAGCTTGATGCACTAT
CTCCCTTCAACCCTTTGAGCGAAATGCGGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CQ24JQ C 1
AF RR3CQ24TF U 1
BS 1 570 RR3CQ24TF

RD RR3CQ24JQ 570 0 0
GCTGCGTTCGGGAAGGATGAATCGCTCCCGAAAAGGAATCTATTGATTCTCTCCCAATTG
GTTGGACCATAGGTGCGATGATTTACTTCACGGGCGAGGTCTCTGGTTCAAATCCAGGAT
GGCCCAGCTGCGCCAAGGAAAAGAATATAAGAAGGATCTGACTCCTTCATGCATGCTCCA
CTTGGCTCGGGGGGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCTCCGCTCTTGCAATTGGGTCGTTGC
GATTACGGGTTGGGTGTCTAATTGTCCAGGCGGTAATGATAGTATCTTGTACCTGAACCG
GTGGCTCACTTTTTCTAAGTAATGGGGAAAAGGACCGAAACATGCCACTGAAAGACTCTA
CTGAGACAAAGATGGGCTGTCAAGAACGTAGAGGAGGTAGGATGGTCAGTTGGTCAGATC
TAGTATGGATCGTACATGGACGGTAGTTGGAGTCGGCGGCTCTCCTAGGGTTCCCTCGTC
TGGGATTGATCCCTGGGGAAGAGGATCAAGTTGGCCCTTGCGAACAGCTTGATGCACTAT
CTCCCTTCAACCCTTTGAGCGAAATGCGGC

QA 1 570 1 570
DS 

RD RR3CQ24TF 570 0 0
GCTGCGTTCGGGAAGGATGAATCGCTCCCGAAAAGGAATCTATTGATTCTCTCCCAATTG
GTTGGACCATAGGTGCGATGATTTACTTCACGGGCGAGGTCTCTGGTTCAAATCCAGGAT
GGCCCAGCTGCGCCAAGGAAAAGAATATAAGAAGGATCTGACTCCTTCATGCATGCTCCA
CTTGGCTCGGGGGGATATAGCTCAGTTGGTAGAGCTCCGCTCTTGCAATTGGGTCGTTGC
GATTACGGGTTGGGTGTCTAATTGTCCAGGCGGTAATGATAGTATCTTGTACCTGAACCG
GTGGCTCACTTTTTCTAAGTAATGGGGAAAAGGACCGAAACATGCCACTGAAAGACTCTA
CTGAGACAAAGATGGGCTGTCAAGAACGTAGAGGAGGTAGGATGGTCAGTTGGTCAGATC
TAGTATGGATCGTACATGGACGGTAGTTGGAGTCGGCGGCTCTCCTAGGGTTCCCTCGTC
TGGGATTGATCCCTGGGGAAGAGGATCAAGTTGGCCCTTGCGAACAGCTTGATGCACTAT
CTCCCTTCAACCCTTTGAGCGAAATGCGGC

QA 1 570 1 570
DS 



AS 1 2

CO CL9390Contig1 779 2 4 U
GGGTCCCGATCTCCGTGGAAACGATGTCTCCTCCGACAAGCAGCAAATACTCTGAGGTGT
TTAAACGTCGCAGAGGCTAAGATAGGTGTGTTCTGGGACGTGAAGGAGTGTCCAATCCCT
ACTGGTCTCAACCCTAGTTCGGTCTATCAGAACATCAAGTCAGCTCTTGCTAAAAAGGGC
TACCATGGTGAGGTGACAATCACTCCTTACTGTGATAGGAACCAGTTCCCAGACGGACCA
GATGATTTCGAGTCTGCCGGAATGAAGCTCGTACCCGCAGGAGATGGAACAGAGAGATAC
AGAACGATGTCGTATGACATTTGTTTCTGGTTGTGTTTGGACCGTGGAGATGAATACACA
AACTTGATGGTCATCTCTGGGGACAACATCGATTTTCTCGACGCTCTCGAGTTGTTTAAA
CGGAAAAGTCCCGTCAACGTCCTATTAGCTCAGCCTGAGAAGGCATGGAGATGGTGTCCC
AAGTGCAGGAAGCCTTTGGAAGATCTTGTCGCTGAAAGTGGTGAATGGTTCTGGGAAAGT
TTGGCAGCTGGAGGAGACTCTATCACCGAAACCCAAAGAGAAGATCTTCTCGGTAACAAG
AAAGAGGAGGACGACACGGATTGTTGTTGATTACGTATGCTCTAAGTTATATAACTAATC
TCTTCTGTGGTTGTAGTTGAATATTTTAATTAGCGTGTGTTATATGCGAGGATCAAGGAG
TGCTATTTTAATAAATCTTGTTTAATCCTATAAGAAGATTTATGAGCTTTTGGTTCCTG


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AO92TF U 1
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BS 571 571 RR3AO92JQ
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RD RR3AO92TF 714 0 0
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TACCATGGTGAGGTGACAATCACTCCTTACTGTGATAGGAACCAGTTCCCAGACGGACCA
GATGATTTCGAGTCTGCCGGAATGAAGCTCGTACCCGCAGGAGATGGAACAGAGAGATAC
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TCTTCTGTGGTTGTAGTTGAATATTTTAATTAGCGTGTGTTATATGCGAGGATC

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3AO92JQ 779 0 0
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TTAAACGTCGCAGAGGCTAAGATAGGTGTGTTCTGGGACGTGAAGGAGTGTCCAATCCCT
ACTGGTCTCAACCCTAGTTCGGTCTATCAGAACATCAAGTCAGCTCTTGCTAAAAAGGGC
TACCATGGTGAGGTGACAATCACTCCTTACTGTGATAGGAACCAGTTCCCAGACGGACCA
GATGATTTCGAGTCTGCCGGAATGAAGCTCGTACCCGCAGGAGATGGAACAGAGAGATAC
AGAACGATGTCGTATGACATTTGTTTCTGGTTGTGTTTGGACCGTGGAGATGAATACACA
AACTTGATGGTCATCTCTGGGGACAACATCGATTTTCTCGACGCTCTCGAGTTGTTTAAA
CGGAAAAGTCCCGTCAACGTCCTATTAGCTCAGCCTGAGAAGGCATGGAGATGGTGTCCC
AAGTGCAGGAAGCCTTTGGAAGATCTTGTCGCTGAAAGTGGTGAATGGTTCTGGGAAAGT
TTGGCAGCTGGAGGAGACTCTATCACCGAAACCCAAAGAGAAGATCTTCTCGGTAACAAG
AAAGAGGAGGACGACACGGATTGTTGTTGATTACGTATGCTCTAAGTTATATAACTAATC
TCTTCTGTGGTTGTAGTTGAATATTTTAATTAGCGTGTGTTATATGCGAGGATCAAGGAG
TGCTATTTTAATAAATCTTGTTTAATCCTATAAGAAGATTTATGAGCTTTTGGTTCCTG

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

CO CL9391Contig1 770 2 2 U
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AAGTACCCAAAGATGACTCTGCCACTCTGCAATGGGCAACTACATCAAACTAGCCATAAG
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ATACTCTTTTCACAAGTCATATGTTGAAATAAATAGAAAGGATTTGTAGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G934TF U 1
AF RR3G934JQ C 41
BS 1 610 RR3G934TF
BS 611 770 RR3G934JQ

RD RR3G934TF 610 0 0
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CTCCTCACCCAACCCAAATCCAGATGTGTGTGATTCCAAAATCTGAGATTTAAAAGAAAT
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TCTCTCACATTTACGGAGCTCTCGATATCGTCCGATGAAGCTCCTCTGACCGTGGTCTTC
TCTCTCACACAAACGGAGCTCGCTGTCACGTCGTCTGTATATCTCACATGAAAACGGAGT
CATGGCGTATGTATCTCCGATGAAGCTCTTCTGACCATTGACTGTATCTTTGGCAAAGTT
CATCCGATGAAGCTGGGTTTACCAGCTAGTATACTTCAAGCGTTAATGTTGATGATTAAC
AAGTACCCAAAGATGACTCTGCCACTCTGCAATGGGCAACTACATCAAACTAGCCATAAG
AAATGGCTGATGCATCACCTTTGAGGAATCATGTGTTCACCAAGGTTAGTTAGCTGAGAC
CAAGAACCAATGGTCTTTTTGTGAACGTGCATCGCTCACGAAGATGGTGATTCAGATAGT
ACATGTGTCT

QA 1 610 1 610
DS 

RD RR3G934JQ 730 0 0
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ATCTGAGATTTAAAAGAAATGCAAGGATCGATTCATATCTTGGGCAAGACCCATTGCCAG
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CTCCTCTGACCGTGGTCTTCTCTCTCACACAAACGGAGCTCGCTGTCACGTCGTCTGTAT
ATCTCACATGAAAACGGAGTCATGGCGTATGTATCTCCGATGAAGCTCTTCTGACCATTG
ACTGTATCTTTGGCAAAGTTCATCCGATGAAGCTGGGTTTACCAGCTAGTATACTTCAAG
CGTTAATGTTGATGATTAACAAGTACCCAAAGATGACTCTGCCACTCTGCAATGGGCAAC
TACATCAAACTAGCCATAAGAAATGGCTGATGCATCACCTTTGAGGAATCATGTGTTCAC
CAAGGTTAGTTAGCTGAGACCAAGAACCAATGGTCTTTTTGTGAACGTGCATCGCTCACG
AAGATGGTGATTCAGATAGTACATGTGTCTAAAAAAAAAATTCTGTAAATGATTCTAAGT
AATGCATATAGGGATTGTGTACACGTGAATATTGTAAAGCTGTTGTACATGTGGATCTTG
GAACATTTGTGTACATGTGGATACTCTTTTCACAAGTCATATGTTGAAATAAATAGAAAG
GATTTGTAGG

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL9392Contig1 789 2 6 U
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TTCTACTTTTGTTCGATGGCACCGAAGCAGGCGGACAAGATCGAGAACCCTCCCGTTGCC
TCATCAAGTGAAGAGGAAGAAGAGTCTGGTTCATCTGGAGAAGAATCCAACTCTTCCGAT
GAAGAAGCTGGAGATGTCCAGTCCAAACTCACTCAGAAACCTGCTCCTCCTCCTGCTTCT
GCTACCAAGAAGTCTGAATCCGACTCTGAAGAAGGCGAATCCGAATCAGAATCCGACTCC
GATTCCGAGCCTGCGACCAAGACTAAGCCTCTCAACACTGTCGTGACCAAACCGATCCCA
CCAGAGACCTCCACGGCGAAGCGTTCTCTGAAGCAAGCGGATAACAACGAGCCTAAGAAG
AAGGCAAAAACATCAACCACTGAGCAAGTGAAGAAGAAGAAGCCAACAACAACAACAACG
AAAGACGAAGAAGTCAAGAAGAAGATATCAGGAGAAGAAGCCAAGAAGATGTTGTTTCAG
AGGCTGTTCAGCGAGACCGACGAGATCGCGATGCTTCAAGGCTTTCTCGACTTCACTTCC
ACCAAAGGAGACCCTTACGAGAACATGGACGCCTTCTGCGATTACGTCAAGACCTTGATC
GACTTCAACGCTTCCAGGCCCAGATCGTTACAAGCTCCAGAGTGTAAGAGAAGTTTGCGA
TATAGTCAGACGCCCTCAGAAAGAAAGACGAGACAGATCACGTGCTCTAAGATCTTGACA
GAAAGCTTC


BQ
10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E902TF U 1
AF RR3FK38TF U 3
BS 1 59 RR3E902TF
BS 60 61 RR3FK38TF
BS 62 122 RR3E902TF
BS 123 123 RR3FK38TF
BS 124 603 RR3E902TF
BS 604 789 RR3FK38TF

RD RR3E902TF 603 0 0
GGGAGAACAAAGAACTTAATATTTCAGACCGCAGATCTTTATCTCCCCTCTCTCTCTCT*
*TCTACTTTTGTTCGATGGCACCGAAGCAGGCGGACAAGATCGAGAACCCTCCCGTTGCC
TCTTCAAGTGAAGAGGAAGAAGAGTCTGGTTCATCTGGAGAAGAATCCAACTCTTCCGAT
GAAGAAGCTGGAGATGTCCAGTCCAAACTCACTCAGAAACCTGCTCCTCCTCCTGCTTCT
GCTACCAAGAAGTCTGAATCCGACTCTGAAGAAGGCGAATCCGAATCAGAATCCGACTCC
GATTCCGAGCCTGCGACCAAGACTAAGCCTCTCAACACTGTCGTGACCAAACCGATCCCA
CCAGAGACCTCCACGGCGAAGCGTTCTCTGAAGCAAGCGGATAACAACGAGCCTAAGAAG
AAGGCAAAAACATCAACCACTGAGCAAGTGAAGAAGAAGAAGCCAACAACAACAACAACG
AAAGACGAAGAAGTCAAGAAGAAGATATCAGGAGAAGAAGCCAAGAAGATGTTGTTTCAG
AGGCTGTTCAGCGAGACCGACGAGATCGCGATGCTTCAAGGCTTTCTCGACTTCACTTCC
ACC

QA 1 603 1 603
DS 

RD RR3FK38TF 787 0 0
GG
GAACAAAGAACTTAATATTTCAGACCGCAGATCTTTGTCTCCCCTCTCTCTCTCTCTTCT
ACTTTTGTTCGATGGCACCGAAGCAGGCGGACAAGATCGAGAACCCTCCCGTTGCCTCAT
CGAGTGAAGAGGAAGAAGAGTCTGGTTCATCTGGAGAAGAATCCAACTCTTCCGCTGGAG
AAGCTGGAGATGTCCAGTCCAAACTCACTCAGAAACCTGCTCCTCCTCCTGCTTCTGCTA
CCAAGAAGTCTGAATCCGACTCTGAAGAAGGCGAATCCGAATCAGAATCCGACTCCGATT
CCGAGCCTGCGACCAAGACTAAGCCTCTCAACACTGTCGTGACCAAACCGATCCCACCAG
AGACCTCCACGGCGAAGCGTTCTCTGAAGCAAGCGGATAACAACGAGCCTAAGAAGAAGG
CAAAAACATCAACCACTGAGCAAGTGAAGAAGAAGAAGCCAACAACAACAACAACGAAAG
ACGAAGAAGTCAAGAAGAAGATATCAGGAGAAGAAGCCAAGAAGATGTTGTTTCAGAGGC
TGTTCAGCGAGACCGACGAGATCGCGATGCTTCAAGGCTTTCTCGACTTCACTTCCACCA
AAGGAGACCCTTACGAGAACATGGACGCCTTCTGCGATTACGTCAAGACCTTGATCGACT
TCAACGCTTCCAGGCCCAGATCGTTACAAGCTCCAGAGTGTAAGAGAAGTTTGCGATATA
GTCAGACGCCCTCAGAAAGAAAGACGAGACAGATCACGTGCTCTAAGATCTTGACAGAAA
GCTTC

QA 3 787 3 787
DS 



AS 1 2

CO CL9393Contig1 1299 2 12 U
TTTTTTCCCTCTCTGCAGTAGCATCCATAGGGGGAAAGAGAGAGAGAGAGAAAGCTCTAT
AATGGCAGAATGAACAAAGCACTTTCACAGACTCTTATCCTCCCAAGAGGAAGATAAATA
AGATGGCTTTAGAAGAAGAGGAAGAGGTTCAAAACGCACCGTTTTGTATGCTTTTCTGCG
AGGAAGAGAGCCATGAGTTAGAGGGAGACGTGAGCGTCGTAAAGTTTCCGTTTTTACATC
TGGATTTTCTCGATCATGACATGTTGTGGGATGACGACGAGTTACTAGGTTTGATTTCGA
AAGAAAACGAGCTAAGGCCGTGTCTTTCCGACAGAGTGTTAGATGAGTTTCTTGTCCTGT
GCCGTGAGAAGGCTCTTGATTGGATCTTTAGAGTGAAAACTTATTATGGGTTTAATGCGT
TGACGGCTCTTCTTGCTGTTAACTACTTCGATAGGTTTCTTACCACCAGGAAGTTTCAGA
CAGATAAGCCGTGGATGTCTCAGCTTACAGCTGTGGCTTGTCTGTCTTTAGCTGCTAAAG
TTGAAGAGATCCGTGTTCCGTTGCTCTTAGATCTTCAGGTGGGAGAGCCAAGGTATGTCT
TTGAGGCTAAAACCATACAGAGAATGGAGCTTTTGATTCTCTCTACTCTTGAATGGAGGA
TGCATCCCGTGACTCCAATCTCGTTTTTCGATCACATTATGCGTCGGTACAGCTCTAAGT
CTCACCAGGACTTGGAGTTCTTGAGTAGGTGCGAATCTCTGCTGCTCTCCGTTGTTACTG
ATTCGAGGTTTCTAAGTTACAGTCCTTCTGTGTTGGCCACTGCAATAATGGTCTCTGTTG
TTAGAGATTTCAAGACGTGTGACGAAGCTGAATACGAATCTCAGCTCATGACTCTACTCA
AAGTTGATCCGGAGAAAGTAAATAAATGCCATGAGTTAGTGTTTGATCACATCCCAAGCA
AGAAAAGGATGATGCAGCCCTCTAGTCCAACCGGTGTATTTGATGCATCGTTCAGCTCTG
ATAGCTCAAACGAATCATGGGTTGCGTCTGCTTCAGCTTCAGTGTCTGCATCACAGTCTC
CAGAGCCTCTATTCAAGAGGAGAAGAGTTCAGGAGCAGCAGATGAAGCTGTCTTCAATAA
ACAGAATGTTTCTCGATGTGTTCACAAGTAGTCCTCGCTAATAATTCGAAGCATATAAGA
TATGTTTTCCCCTGCTTACTCTCGGCTCTTGTGTCTATGGACGGTTTCAAATGGTGTACT
CTTCAGTATTTGATAATTTGAAAGATCTTTTACTTGTTC


BQ
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AF RR3CJ75TF U 1
AF RR3CJ75JQ C 494
BS 1 687 RR3CJ75TF
BS 688 688 RR3CJ75JQ
BS 689 706 RR3CJ75TF
BS 707 707 RR3CJ75JQ
BS 708 725 RR3CJ75TF
BS 726 726 RR3CJ75JQ
BS 727 748 RR3CJ75TF
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BS 750 754 RR3CJ75TF
BS 755 755 RR3CJ75JQ
BS 756 769 RR3CJ75TF
BS 770 1299 RR3CJ75JQ

RD RR3CJ75TF 780 0 0
TTTTTTCCCTCTCTGCAGTAGCATCCATAGGGGGAAAGAGAGAGAGAGAGAAAGCTCTAT
AATGGCAGAATGAACAAAGCACTTTCACAGACTCTTATCCTCCCAAGAGGAAGATAAATA
AGATGGCTTTAGAAGAAGAGGAAGAGGTTCAAAACGCACCGTTTTGTATGCTTTTCTGCG
AGGAAGAGAGCCATGAGTTAGAGGGAGACGTGAGCGTCGTAAAGTTTCCGTTTTTACATC
TGGATTTTCTCGATCATGACATGTTGTGGGATGACGACGAGTTACTAGGTTTGATTTCGA
AAGAAAACGAGCTAAGGCCGTGTCTTTCCGACAGAGTGTTAGATGAGTTTCTTGTCCTGT
GCCGTGAGAAGGCTCTTGATTGGATCTTTAGAGTGAAAACTTATTATGGGTTTAATGCGT
TGACGGCTCTTCTTGCTGTTAACTACTTCGATAGGTTTCTTACCACCAGGAAGTTTCAGA
CAGATAAGCCGTGGATGTCTCAGCTTACAGCTGTGGCTTGTCTGTCTTTAGCTGCTAAAG
TTGAAGAGATCCGTGTTCCGTTGCTCTTAGATCTTCAGGTGGGAGAGCCAAGGTATGTCT
TTGAGGCTAAAACCATACAGAGAATGGAGCTTTTGATTCTCTCTACTCTTGAATGGAGGA
TGCATCCCGTGACTCCAATCTCGTTTT*CGATCACATTATGCGTCG*TACAGCTCTAAGT
CTCAC*AGGACTTGGAGTTCTTGAGTAG*TGCGA*TCTCTGCTGCTCTC
GTTGTACTGAT

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3CJ75JQ 806 0 0
GATGTCTCAGCTTACAGCTGTGGCT*GTCTGTCTTTAGCTGCTAAAGTTGAAGAGATCCG
TGTTCCGT*GCTCTTAGATCTTCAGGTGGGAGAGCCAAGGTATGTCTTTGAGGCTAAAAC
CATACAGAGAATGGAGCTTTTGATTCTCTCTACTCTTGAATGGAGGATGCATCCCGTGAC
TCCAATCTCGTTTTTCGATCACATTATGCGTCGGTACAGCTCTAAGTCTCACCAGGACTT
GGAGTTCTTGAGTAGGTGCGAATCTCTGCTGCTCTCCGTTGTTACTGATTCGAGGTTTCT
AAGTTACAGTCCTTCTGTGTTGGCCACTGCAATAATGGTCTCTGTTGTTAGAGATTTCAA
GACGTGTGACGAAGCTGAATACGAATCTCAGCTCATGACTCTACTCAAAGTTGATCCGGA
GAAAGTAAATAAATGCCATGAGTTAGTGTTTGATCACATCCCAAGCAAGAAAAGGATGAT
GCAGCCCTCTAGTCCAACCGGTGTATTTGATGCATCGTTCAGCTCTGATAGCTCAAACGA
ATCATGGGTTGCGTCTGCTTCAGCTTCAGTGTCTGCATCACAGTCTCCAGAGCCTCTATT
CAAGAGGAGAAGAGTTCAGGAGCAGCAGATGAAGCTGTCTTCAATAAACAGAATGTTTCT
CGATGTGTTCACAAGTAGTCCTCGCTAATAATTCGAAGCATATAAGATATGTTTTCCCCT
GCTTACTCTCGGCTCTTGTGTCTATGGACGGTTTCAAATGGTGTACTCTTCAGTATTTGA
TAATTTGAAAGATCTTTTACTTGTTC

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

CO CL9394Contig1 718 2 2 U
GGTCTACGATATGGACGTTCCTCTCTCTTATATCACTGACTTAATGGGAGTCTCTTTGGA
GGTGGAAGAGGTTACAAGTCTACTGAACCGAATGCAGTTGCGTGCTGAGCGATCAACGTC
TAGTGAGGGCCAATGTCTCGTAAAGGTACATGTACCGCCAAGCCGAAGCGACGTGCTCCA
CCCATGTGATGTTATGGAGAATGTCGCCATTGCTTATGGTTACAATAACATCCCGACAAG
AAGGCCTGCTTCGATTAAACCCCTGCCTTTGAATGAGCTCAGCGATCTTCTCAGAGCAGA
GATTGCAATGAATGTGTACACCGAGGTTCTGACGTGGATACTGTGCTCGCACAAGGAAAA
CTTTGCATTGCTAAATAGAGAAGATGACAATTCAGCTGTTATAATTGGCAACCCACGGGG
TGCTGATTTCGAGGTAGTAAGAACGAGGCTAATGCCTGGAATACTGAAGACAGTTGGTTC
TAACAATAAGCACCCTAAACCAATCAAGATTTATGAAATAGGGTACGTGGCCTTATTGGA
TGAAACAAAAGACGTCGGTGCATCCAATCGCCGCCATCTCGCTGCACTACACTGTGGTGC
TACTTCTGGATTTGAGCTTATACATGGCCTCGTCGATAGAATCATGGAAGTAATGGGAGT
CCCATTTAAACCCGACTGTAACGATATAGATACCATATAGATACCATATAAACCGCTC


BQ
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AF RR3BK74TF U 1
AF RR3DW71TF U 1
BS 1 690 RR3BK74TF
BS 691 718 RR3DW71TF

RD RR3BK74TF 697 0 0
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GGTGGAAGAGGTTACAAGTCTACTGAACCGAATGCAGTTGCGTGCTGAGCGATCAACGTC
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CTTTGCATTGCTAAATAGAGAAGATGACAATTCAGCTGTTATAATTGGCAACCCACGGGG
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CCCATTTAAACCCGACTGTAACGATATAGA
ATACCAT

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3DW71TF 718 0 0
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AAGGCCTGCTTCGATTAAACCCCTGCCTTTGAATGAGCTCAGCGATCTTCTCAGAGCAGA
GATTGCAATGAATGTGTACACCGAGGTTCTGACGTGGATACTGTGCTCGCACAAGGAAAA
CTTTGCATTGCTAAATAGAGAAGATGACAATTCAGCTGTTATAATTGGCAACCCACGGGG
TGCTGATTTCGAGGTAGTAAGAACGAGGCTAATGCCTGGAATACTGAAGACAGTTGGTTC
TAACAATAAGCACCCTAAACCAATCAAGATTTATGAAATAGGGTACGTGGCCTTATTGGA
TGAAACAAAAGACGTCGGTGCATCCAATCGCCGCCATCTCGCTGCACTACACTGTGGTGC
TACTTCTGGATTTGAGCTTATACATGGCCTCGTCGATAGAATCATGGAAGTAATGGGAGT
CCCATTTAAACCCGACTGTAACGATATAGATACCATATAGATACCATATAAACCGCTC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

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CTCATCATCCCCTTCTACAGTCTCTCTATTACCAAGCTAATATCTTTTGCTCTTGCCCTA
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AATGGAGAACCTTTAC


BQ
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AF RR3C341TF U 1
AF RR3C341JQ C 139
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BS 657 717 RR3C341TF
BS 718 856 RR3C341JQ

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CTCATCATCCCCTTCTACAGTCTCTCTATTACCAAGCTAATATCTTTTGCTCTTGCCCTA
TCTCTAAACTCTTCATCTGCCCCTGCTGCCTTAGCCATTCCTTCTCTCTCCTCATCTCAG
CCTCTCACTACTCCTTTCACCCAATCCAAGTTCAACCAGACCGGTCTTCTCAATGGAAAA
ATCAGACCTTGCCCTTCCACAAACCCAGGATGTGTATCAACGAACCCCACCTCTTCTTCC
TTCACATTTCCATTGACGATCCCAGAAACTGATACACAGGATCCAATCCAGAAACTGAAG
GAAGCAATAACGAAAACCCAGAAGAATCCTAAGTTTGTGGTTATTGAAGATAAACCAGAA
GGGAGATATTTGGAGGCGGAGGTAGAAGGAGGAGGATTTAACCAAAGCAGAGATGTGATG
GAGTTTCTGGTGAAGGGAGATGTGGATGCTTACAGGTGTATGGCTACTAAGGTTACGTTT
GTGTATCCATTCACCACTGCTTTTGGAGACTCCAAGGGACAAGAGGAGGGGATGATGAAG
CTCGTTGATGAGCTTGGTTGGTTTGCTCCTACCTTTGACATGGAGGAGTCTTCTCTT

QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3C341JQ 718 0 0
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GCCCCTGCTGCCTTAGCCATTCCTTCTCTCTCCTCATCTCAGCCTCTCACTACTCCTTTC
ACCCAATCCAAGTTCAACCAGACCGGTCTTCTCAATGGAAAAATCAGACCTTGCCCTTCC
ACAAACCCAGGATGTGTATCAACGAACCCCACCTCTTCTTCCTTCACATTTCCATTGACG
ATCCCAGAAACTGATACACAGGATCCAATCCAGAAACTGAAGGAAGCAATAACGAAAACC
CAGAAGAATCCTAAGTTTGTGGTTATTGAAGATAAACCAGAAGGGAGATATTTGGAGGCG
GAGGTAGAAGGAGGAGGATTTAACCAAAGCAGAGATGTGATGGAGTTTCTGGTGAAGGGA
GATGTGGTTGCTTACAGGTGTATGGCTACTAAGGTTACGTTTGTGTATCCATTCACCACT
GCTTTTGGAGACTCCAAGGGACAAGAGGAGGGGATGAAGAAGCTCGTTGATGAGCTTGGT
TGGTTTGCTCCTACCTTTGACATGGAGGAGTCTTCTCTTAATGCCTTCCCTTATAACAAT
TAGCTGCTTCTTCTTTTTGTTTTTGTTTTAATTTATCATTTTACAAGTCAGATACTGAGA
GAGACGGTATGAGTTTCTTTCGAGGATCAAAGAAAAGCTATAAATGGAGAACCTTTAC

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

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GGTTTTGCTGTGTTTTGTTAATTAGTGAAGATGATGGTAGCAGCTATTAACAGCTTCGAT
CTTTGGCAAAAGGATGTGTTTCTCTCAGCAGCAGAGGAGGTTCAAGAATCTGCCGATACA
ATGGAATCTGCGTATAGGGTTTGGACTAAAGAGAAGAGACAAGGTCGATCAGACCAGCTC
TGCATTGAACTTCAAGCTGCTTTGAGCACTGCTAAATGGCAGCTGGAAGAGTTTGAGAGG
GCAGTGAGGTTGAGCCACCATGGACATTGCCGAGACGACACTACCTTGACTCGGCATAAA
CAGTTTGTCAACGCTATCGAGAACCAGATTCACCGAGTGCAGTCCGCACTGCAAGAGGCT
TTGGCCGAGAACGGGAAACAGCCTCTGCGTTTGGTTGATCTCAACAAAGAAGAGCGTGAT
GACCTTGCCATGTTTCTCTCTGGATCTTCTCTTACCTCAGAGAGTAGCATCAACTTGAGA
GACTCCTCAACAAGTTCCTTGGCTGAAAATTCGCGTGGGATCAACAGCTGTGTGATAGAC
ATTGTTGACGAGGGAGGCAGCCCTGAAAGTGCTGATGCTGTAATCCGCGTGCAGCAGGGT
GCGGATAAAAGGTCGGGGACGAGAAGAACATGGAGTTCACCGAATTTTCCTAACGTAACT
GCGTTGAGGATTAATGTGGAAGAAGAAGAGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAGACTTGTGTTA
GACATTGAAGACACTCCTAAGGAGAAAGGATCTAAACCTCTGTTTTCAATGCAGAGATGT
CGTTATTATAACCTTATCTTTGACAGAGTCAGACAATGTCGAAGGAGGTTTCGTGCTCCC
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TTTGGAGTTTATTAGTCTTGACAACTTAAAACTTTGGTTTCCTGAAACCCTCGAGAACAT
TTGACAAGGTTACATATTCTTGCTTGTTGGTTGGTCACACACATTCGAAGAACAAGCCTG
CATTTTCTTTACTTTCTTTTGTCCTCAAGGAAACATATATAGGAACTTGTAACTTTGTAG
GTCTATTGTAAAGTATACTAAAAAGAATTTCCTGTGTTGTTGTTACAAATCTATGCGGTT
AAGGTTGTTGAAGTTCACC


BQ
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AF RR3D028TF U 1
AF RR3D028JQ C 494
BS 1 572 RR3D028TF
BS 573 1219 RR3D028JQ

RD RR3D028TF 572 0 0
GGGGAAAATTAAAAAAAAATCCCTTCTTTCCTGCAGAAGAGAAGAGAGAATCTATCGATA
GGTTTTGCTGTGTTTTGTTAATTAGTGAAGATGATGGTAGCAGCTATTAACAGCTTCGAT
CTTTGGCAAAAGGATGTGTTTCTCTCAGCAGCAGAGGAGGTTCAAGAATCTGCCGATACA
ATGGAATCTGCGTATAGGGTTTGGACTAAAGAGAAGAGACAAGGTCGATCAGACCAGCTC
TGCATTGAACTTCAAGCTGCTTTGAGCACTGCTAAATGGCAGCTGGAAGAGTTTGAGAGG
GCAGTGAGGTTGAGCCACCATGGACATTGCCGAGACGACACTACCTTGACTCGGCATAAA
CAGTTTGTCAACGCTATCGAGAACCAGATTCACCGAGTGCAGTCCGCACTGCAAGAGGCT
TTGGCCGAGAACGGGAAACAGCCTCTGCGTTTGGTTGATCTCAACAAAGAAGAGCGTGAT
GACCTTGCCATGTTTCTCTCTGGATCTTCTCTTACCTCAGAGAGTAGCATCAACTTGAGA
GACTCCTCAACAAGTTCCTTGGCTGAAAATTC

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3D028JQ 726 0 0
TTCTCTCTGGATCTTCTCTTACTTCAGAGAGTAGCATCAACTTGAGAGACTCCTCAACAA
GTTCCTTGGCTGAAAATTCGCGTGGGATCAACAGCTGTGTGATAGACATTGTTGACGAGG
GAGGCAGCCCTGAAAGTGCTGATGCTGTAATCCGCGTGCAGCAGGGTGCGGATAAAAGGT
CGGGGACGAGAAGAACATGGAGTTCACCGAATTTTCCTAACGTAACTGCGTTGAGGATTA
ATGTGGAAGAAGAAGAGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAGACTTGTGTTAGACATTGAAGACA
CTCCTAAGGAGAAAGGATCTAAACCTCTGTTTTCAATGCAGAGATGTCGTTATTATAACC
TTATCTTTGACAGAGTCAGACAATGTCGAAGGAGGTTTCGTGCTCCCTTTAGCAGACCGG
TCCAGCTCATTCTTTCCTTCACGCTAATCTTGTTTCTTCTATTGCTGTTTGGAGTTTATT
AGTCTTGACAACTTAAAACTTTGGTTTCCTGAAACCCTCGAGAACATTTGACAAGGTTAC
ATATTCTTGCTTGTTGGTTGGTCACACACATTCGAAGAACAAGCCTGCATTTTCTTTACT
TTCTTTTGTCCTCAAGGAAACATATATAGGAACTTGTAACTTTGTAGGTCTATTGTAAAG
TATACTAAAAAGAATTTCCTGTGTTGTTGTTACAAATCTATGCGGTTAAGGTTGTTGAAG
TTCACC

QA 1 726 1 726
DS 



AS 1 2

CO CL9397Contig1 571 2 1 U
GGAATCTCTCTTTTGCTTCTTCCGAAATTTGTTGTTTTTTTTGGGTTAAGAAATGGCGGA
ATCAAAGACAAAAATCGCAGAAATCAGGGAATGGATTGTAGAACACAAGCTTCGTACCGT
TGGTTGTTTATGGCTGAGTGGGATCTCTGGTTCAATCGCCCCAACTGGTCTAAACCTGGT
ATGAAAACCAGTGTCCGAATCATCCACGCCAGGCTACACGCTCAGGCGCTGACATTAGCC
GCTTTAGCTGGGGCAGCTGCTGTGGAGTACTACGATCACAAAACTGGAGCCACCGATCGC
TACCCCAAGTTTCTCAAGCCCGACAACTTGACTAAAGACTAAAAAACTCTTTTATCATTG
ATCATGCCTATTCTCCTATTCTAGGCTATATTATAGCTACTAGTGACATTTTTTTCATGT
TTTTTATATATCCTTCTTTTTACTACTTTGAATGAAATGAATTCATTCTGGTTATATAAT
AATGCCCACGACTTGCAGATTGTTTCGGGATGCGAAAATGTAAGAGGTACCTACAGAAAA
TTATATGAATAAAATTGGACTTACATCTGTT


BQ
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AF RR3AQ16JQ C 1
AF RR3AQ16TF U 1
BS 1 571 RR3AQ16TF

RD RR3AQ16JQ 571 0 0
GGAATCTCTCTTTTGCTTCTTCCGAAATTTGTTGTTTTTTTTGGGTTAAGAAATGGCGGA
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TGGTTGTTTATGGCTGAGTGGGATCTCTGGTTCAATCGCCCCAACTGGTCTAAACCTGGT
ATGAAAACCAGTGTCCGAATCATCCACGCCAGGCTACACGCTCAGGCGCTGACATTAGCC
GCTTTAGCTGGGGCAGCTGCTGTGGAGTACTACGATCACAAAACTGGAGCCACCGATCGC
TACCCCAAGTTTCTCAAGCCCGACAACTTGACTAAAGACTAAAAAACTCTTTTATCATTG
ATCATGCCTATTCTCCTATTCTAGGCTATATTATAGCTACTAGTGACATTTTTTTCATGT
TTTTTATATATCCTTCTTTTTACTACTTTGAATGAAATGAATTCATTCTGGTTATATAAT
AATGCCCACGACTTGCAGATTGTTTCGGGATGCGAAAATGTAAGAGGTACCTACAGAAAA
TTATATGAATAAAATTGGACTTACATCTGTT

QA 1 571 1 571
DS 

RD RR3AQ16TF 571 0 0
GGAATCTCTCTTTTGCTTCTTCCGAAATTTGTTGTTTTTTTTGGGTTAAGAAATGGCGGA
ATCAAAGACAAAAATCGCAGAAATCAGGGAATGGATTGTAGAACACAAGCTTCGTACCGT
TGGTTGTTTATGGCTGAGTGGGATCTCTGGTTCAATCGCCCCAACTGGTCTAAACCTGGT
ATGAAAACCAGTGTCCGAATCATCCACGCCAGGCTACACGCTCAGGCGCTGACATTAGCC
GCTTTAGCTGGGGCAGCTGCTGTGGAGTACTACGATCACAAAACTGGAGCCACCGATCGC
TACCCCAAGTTTCTCAAGCCCGACAACTTGACTAAAGACTAAAAAACTCTTTTATCATTG
ATCATGCCTATTCTCCTATTCTAGGCTATATTATAGCTACTAGTGACATTTTTTTCATGT
TTTTTATATATCCTTCTTTTTACTACTTTGAATGAAATGAATTCATTCTGGTTATATAAT
AATGCCCACGACTTGCAGATTGTTTCGGGATGCGAAAATGTAAGAGGTACCTACAGAAAA
TTATATGAATAAAATTGGACTTACATCTGTT

QA 1 571 1 571
DS 



AS 1 2

CO CL9398Contig1 912 2 12 U
GAGACCAAGAAAAGAAACACAGGTTTCTTTTGTAAGTTCCTCTGATATCCAAGATGAAGA
TACAGTGTGATGTATGTGAGAAAGCTCCTGCTACACTGATATGTTGTGCAGATGAGGCTG
CTTTGTGCGCTAGTTGCGACGTTGAGGTCCACGCTGCCAATAAGCTCGCTAGCAAACACC
AGCGCCTTTTTCTTGACTCTCTCTCCACCAAGTTCCCTCCTTGCGACATCTGCCTTGAGA
AGGCAGCTTTCATATTCTGTGTTGAGGATAGAGCTCTGCTCTGCAGAGACTGCGATGAGG
CCACCCATGCGCCTAACACTCGCTCTGCTAATCACCAGAGGTTCTTAGCTACTGGAATCC
GAGTCGCTCTGAGTTCCAAAAGTTGCAGCAAAGAAGTGGAGATGAATCATTTCGACCCAC
CTAACCAGCAGAATGCAAAGCAGATTCTCTCTAAACCACCAGCTCAACCGTCTGTTCCGT
CTCCTCCATGGGATGGCGATGAGTTCTTCCGCTACTCTGATCTTGAGTGCAGTAGTAACA
AGAAAGAGCAGCTCGATCTTGGTGAACTGGACTGGCTTGCAGAGATGGGTTTCATTGGGG
ACCAGCCTGATGATCAAGAAGCTCTACCGGCAGCTGAAGTTCCCGAGATTTCGGTTTCAC
ATCTGGCTCATGTTCATTCCTACAATAGACCCGTGAAGTCCACCAATGTTTCCAACAAGA
AGCCGAGGCTTGAGATTCGGTATGATGATGATGATGATGAGCACTCCCTTGTCCCTGACC
TTGGCTAAGCTATGGATTAAACTATATATATAGCATTTGGTTCGTATATGTATGTACCTA
CCTACACACACACATCTCTTGCTCTTGCGCTTGCATTGCTTAAACTTGGAATAAAAAGCT
CTTATTATTAGC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX65TF U 1
AF RR3FX65JQ C 229
BS 1 652 RR3FX65TF
BS 653 653 RR3FX65JQ
BS 654 727 RR3FX65TF
BS 728 728 RR3FX65JQ
BS 729 736 RR3FX65TF
BS 737 737 RR3FX65JQ
BS 738 779 RR3FX65TF
BS 780 780 RR3FX65JQ
BS 781 797 RR3FX65TF
BS 798 798 RR3FX65JQ
BS 799 821 RR3FX65TF
BS 822 912 RR3FX65JQ

RD RR3FX65TF 822 0 0
GAGACCAAGAAAAGAAACACAGGTTTCTTTTGTAAGTTCCTCTGATATCCAAGATGAAGA
TACAGTGTGATGTATGTGAGAAAGCTCCTGCTACACTGATATGTTGTGCAGATGAGGCTG
CTTTGTGCGCTAGTTGCGACGTTGAGGTCCACGCTGCCAATAAGCTCGCTAGCAAACACC
AGCGCCTTTTTCTTGACTCTCTCTCCACCAAGTTCCCTCCTTGCGACATCTGCCTTGAGA
AGGCAGCTTTCATATTCTGTGTTGAGGATAGAGCTCTGCTCTGCAGAGACTGCGATGAGG
CCACCCATGCGCCTAACACTCGCTCTGCTAATCACCAGAGGTTCTTAGCTACTGGAATCC
GAGTCGCTCTGAGTTCCAAAAGTTGCAGCAAAGAAGTGGAGATGAATCATTTCGACCCAC
CTAACCAGCAGAATGCAAAGCAGATTCTCTCTAAACCACCAGCTCAACCGTCTGTTCCGT
CTCCTCCATGGGATGGCGATGAGTTCTTCCGCTACTCTGATCTTGAGTGCAGTAGTAACA
AGAAAGAGCAGCTCGATCTTGGTGAACTGGACTGGCTTGCAGAGATGGGTTTCATTGGGG
ACCAGCCTGATGATCAAGAAGCTCTACCGGCAGCTGAAGTTCCCGAGATTTCTGTTTCAC
ATCTGGCTCATGTTCATTCCTACAATAGACCCGTGAAGTCCACCAATGTTTCCAACAAGA
AGCCGAG*CTTGAGAT*CGGTATGATGATGATGATGATGAGCACTCCCTTGTCCCTGAC*
TTGGCTAAGCTATGGAT*AAACTATATATATAGCATTTGGT
C

QA 1 821 1 821
DS 

RD RR3FX65JQ 684 0 0
TCTGCCTTGAGAAGGCAGCTTTCATATTCTGTGTTGAGGATAGAGCTCTGCTCTGCAGAG
ACTGCGATGAGGCCACCCATGCGCCTAACACTCGCTCTGCTAATCACCAGAGGTTCTTAG
CTACTGGAATCCGAGTCGCTCTGAGTTCCAAAAGTTGCAGCAAAGAAGTGGAGATGAATC
ATTTCGACCCACCTAACCAGCAGAATGCAAAGCAGATTCTCTCTAAACCACCAGCTCAAC
CGTCTGTTCCGTCTCCTCCATGGGATGGCGATGAGTTCTTCCGCTACTCTGATCTTGAGT
GCAGTAGTAACAAGAAAGAGCAGCTCGATCTTGGTGAACTGGACTGGCTTGCAGAGATGG
GTTTCATTGGGGACCAGCCTGATGATCAAGAAGCTCTACCGGCAGCTGAAGTTCCCGAGA
TTTCGGTTTCACATCTGGCTCATGTTCATTCCTACAATAGACCCGTGAAGTCCACCAATG
TTTCCAACAAGAAGCCGAGGCTTGAGATTCGGTATGATGATGATGATGATGAGCACTCCC
TTGTCCCTGACCTTGGCTAAGCTATGGATTAAACTATATATATAGCATTTGGTTCGTATA
TGTATGTACCTACCTACACACACACATCTCTTGCTCTTGCGCTTGCATTGCTTAAACTTG
GAATAAAAAGCTCTTATTATTAGC

QA 1 684 1 684
DS 



AS 1 2

CO CL9399Contig1 700 2 2 U
GTGTAGTTTAAAAGCAGAGAATTGTCTTTGAAAAATTCAAATTACATAAACACAACTTTC
TTGTTTAAACAAATCCAAGAATGTTCCAGGTTTGCAAAAACACCACATAACATGATGATG
ACACGTTTCAGGATCTCTTTAGCTTAAGGCTACAAGAACAAACCTACGCTGCCAAATGAT
CTTCTACTCCAAACTTTTGTAGCTTTTCATCTTCTAAAAACTCGGCTTAAGCTTGGGAAG
CGAAACAGACAAAGAACTGTGAGTAATAAGCATGGCTTTGTGCTAGCAGCAGAGGCTGAG
GTTGACCTAGCTACAATGCTCGCAACAGACTCAGTTACAAGACCAGACCCGTAAGCAAAG
AGCCGGTCATAATTTGAATCTCCATACCCCATAGGCAACTGCTCCGTGTTCCTGAACCAT
GTAACAGGAAGTGGGAGCATAGGATTGGTTTTGTCTCCGTTTTTCAGCAGCACAAGGGAT
TTTCTAACAGCCTCCCTTGCCAAGTCTCTATGTGCCTGGCTTCCTAGTTCATTGGAAAAG
GTGTAATCAGCCAAAGGGTTTTCAAAAAGACCAATGGTGAACTTGACAAGCAGGATTCTG
CTGACAGCATCATCAATCCGTGTGATAGGGATCACTTTGCTCTTCACCAAGGACATGAGA
TCATTGATGAATTCGTTGAAGTTAAAAGGGACCATGACCC


BQ
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AF RR3GG45TF C 1
AF RR3GG45JQ U 294
BS 1 300 RR3GG45TF
BS 301 700 RR3GG45JQ

RD RR3GG45TF 700 0 0
GTGTAGTTTAAAAGCAGAGAATTGTCTTTGAAAAATTCAAATTACATAAACACAACTTTC
TTGTTTAAACAAATCCAAGAATGTTCCAGGTTTGCAAAAACACCACATAACATGATGATG
ACACGTTTCAGGATCTCTTTAGCTTAAGGCTACAAGAACAAACCTACGCTGCCAAATGAT
CTTCTACTCCAAACTTTTGTAGCTTTTCATCTTCTAAAAACTCGGCTTAAGCTTGGGAAG
CGAAACAGACAAAGAACTGTGAGTAATAAGCATGGCTTTGTGCTAGCAGCAGAGGCTGAG
GTTGACCTAGCTACAATGCTCGCAACAGACTCAGTTACAAGACCAGACCCGTAAGCAAAG
AGCGGGTCATAATTTGAATCTCCATACCCCATAGGCAACTGCTCCGTGTTCCTGAACCAT
GTAACAGGAAGTGGGAGCATAGGATTGGTTTTGTCTCCGTTTTTCAGCAGCACAAGGGAT
TTTCTAACAGCCTCCCTTGCCAAGTCTCTATGTGCCTGGCTTCCTAGTTCATTGGAAAAG
GTGTAATCAGCCAAAGGGTTTTCAAAAAGACCAATGGTGAACTTGACAAGCAGGATTCTG
CTGACAGCATCATCAATCCGTGTGATAGGGATCACTTTGCTCTTCACCAAGGACATGAGA
TCATTGATGAATTCGTTGAAGTTAAAAGGGACCATGACCC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3GG45JQ 407 0 0
GCTGAGA
GTTGACCTAGCTACAATGCTCGCAACAGACTCAGTTACAAGACCAGACCCGTAAGCAAAG
AGCCGGTCATAATTTGAATCTCCATACCCCATAGGCAACTGCTCCGTGTTCCTGAACCAT
GTAACAGGAAGTGGGAGCATAGGATTGGTTTTGTCTCCGTTTTTCAGCAGCACAAGGGAT
TTTCTAACAGCCTCCCTTGCCAAGTCTCTATGTGCCTGGCTTCCTAGTTCATTGGAAAAG
GTGTAATCAGCCAAAGGGTTTTCAAAAAGACCAATGGTGAACTTGACAAGCAGGATTCTG
CTGACAGCATCATCAATCCGTGTGATAGGGATCACTTTGCTCTTCACCAAGGACATGAGA
TCATTGATGAATTCGTTGAAGTTAAAAGGGACCATGACCC

QA 8 407 8 407
DS 



AS 1 2

CO CL9400Contig1 1068 2 4 U
GAAGCAGAAACGAAGACAAACATGAAGCTGCTAAGTTGGATTCGAACTATAAAGCAAAGC
GGCTTAGACCATTCAAAGGAGTTCAAAGGTAATTTCTGCTGTCTAAGAGCTCAGGTTTCT
TCTCAAGTCCAAGACATCCGTACAAACTCCTTCGCCTTCTATGAACCATCTCGTGACCCG
AAACCACCAGAAGCTGATGAGGACCTCCGGTTTGATCATGAAGACGTGTTCAGTGGATTT
CTAACGATCGGGACTCTTGGTAGAGAAACTGAAACACCAAGATTCACTTCGGTTGCGGAA
GAAGATGTAACCGGAGCACAAAAAGATATTGGAAAGCTCTTAACTAAGAAGCTAGAGGAA
TATCCTGAGGATAGAAGCAGTAAGCAAGTACTTGAGAGATCGAATGCAGAAGGAGATAGA
GAATCAGTTGACGTATGTCCTTCACAAGTTAATGATCTCTACCTAAAGAGAAGCAAAGAA
GTAAAGCAAAAAAAGGGTGTACTTACAATCACAAACCTCTTCAAGAGAAGAAAGACAGTA
GAAGGAGGGTGTAACTCCATGGAGAAACATGGCACACCAGATCTGATTAGAAGGGTGTTC
GATAAGCTCCACATGTCTTCTTCAAATACAATAAAAGATGACAATGATGATGATTATATG
CACAACAAGAAAGACATCAGAAAGAATGTTCAAATCTTCAGGAGTAGAGTCCATCCTGTT
CTCTGTACAACTGCAAGAGACGATAAGGAGATAGATGACAGCAGAAGCTGCACCAACCTC
AAGGATCCTCCTCTTAACGGAGGGTTTCTTGATTCAATCTCCATCTCCGAAACGAACAGG
AAAAAGGAAAAATGGATCAAGACTGACGCAGAGTATCTTGTTCTGGAATTTTGATGAACA
ACAACAACACAAATTGCAGCAAACCTCTATTGATGTTACACAATCAAAGTAGTCTCCAAT
CAAATTTACATGTAATCTATACAATTACTATCTATTATTGTGTTGTCAACATGTTATGTA
GTCTAGTTTAAGCCTAATTAATAATAAATCTTCTATATTACTTAACAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AA26TF U 1
AF RR3AA26JQ C 196
BS 1 701 RR3AA26TF
BS 702 702 RR3AA26JQ
BS 703 779 RR3AA26TF
BS 780 1068 RR3AA26JQ

RD RR3AA26TF 779 0 0
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GGCTTAGACCATTCAAAGGAGTTCAAAGGTAATTTCTGCTGTCTAAGAGCTCAGGTTTCT
TCTCAAGTCCAAGACATCCGTACAAACTCCTTCGCCTTCTATGAACCATCTCGTGACCCG
AAACCACCAGAAGCTGATGAGGACCTCCGGTTTGATCATGAAGACGTGTTCAGTGGATTT
CTAACGATCGGGACTCTTGGTAGAGAAACTGAAACACCAAGATTCACTTCGGTTGCGGAA
GAAGATGTAACCGGAGCACAAAAAGATATTGGAAAGCTCTTAACTAAGAAGCTAGAGGAA
TATCCTGAGGATAGAAGCAGTAAGCAAGTACTTGAGAGATCGAATGCAGAAGGAGATAGA
GAATCAGTTGACGTATGTCCTTCACAAGTTAATGATCTCTACCTAAAGAGAAGCAAAGAA
GTAAAGCAAAAAAAGGGTGTACTTACAATCACAAACCTCTTCAAGAGAAGAAAGACAGTA
GAAGGAGGGTGTAACTCCATGGAGAAACATGGCACACCAGATCTGATTAGAAGGGTGTTC
GATAAGCTCCACATGTCTTCTTCAAATACAATAAAAGATGACAATGATGATGATTATATG
CACAACAAGAAAGACATCAGAAAGAATGTTCAAATCTTCAG*AGTAGAGTCCATCCTGTT
CTCTGTACAACTGCAAGAGACGATAAGGAGATAGATGACAGCAGAAGCTGCACCAACCT

QA 1 779 1 779
DS 

RD RR3AA26JQ 873 0 0
GATGAGGACTCCG
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CTGAAACACCAAGATTCACTTCGGTTGCGGAAGAAGATGTAACCGGAGCACAAAAAGATA
TTGGAAAGCTCTTAACTAAGAAGCTAGAGGAATATCCTGAGGATAGAAGCAGTAAGCAAG
TACTTGAGAGATCGAATGCAGAAGGAGATAGAGAATCAGTTGACGTATGTCCTTCACAAG
TTAATGATCTCTACCTAAAGAGAAGCAAAGAAGTAAAGCAAAAAAAGGGTGTACTTACAA
TCACAAACCTCTTCAAGAGAAGAAAGACAGTAGAAGGAGGGTGTAACTCCATGGAGAAAC
ATGGCACACCAGATCTGATTAGAAGGGTGTTCGATAAGCTCCACATGTCTTCTTCAAATA
CAATAAAAGATGACAATGATGATGATTATATGCACAACAAGAAAGACATCAGAAAGAATG
TTCAAATCTTCAGGAGTAGAGTCCATCCTGTTCTCTGTACAACTGCAAGAGACGATAAGG
AGATAGATGACAGCAGAAGCTGCACCAACCTCAAGGATCCTCCTCTTAACGGAGGGTTTC
TTGATTCAATCTCCATCTCCGAAACGAACAGGAAAAAGGAAAAATGGATCAAGACTGACG
CAGAGTATCTTGTTCTGGAATTTTGATGAACAACAACAACACAAATTGCAGCAAACCTCT
ATTGATGTTACACAATCAAAGTAGTCTCCAATCAAATTTACATGTAATCTATACAATTAC
TATCTATTATTGTGTTGTCAACATGTTATGTAGTCTAGTTTAAGCCTAATTAATAATAAA
TCTTCTATATTACTTAACAG

QA 14 873 14 873
DS 



AS 1 2

CO CL9401Contig1 743 2 3 U
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GTTCCAGATCCTTGCAGATAAATTTGGTAATGTTGTTCACTTTGGCGAGCGTGACTGCAG
CATCCAGAGACGTAACCAAAAGTTGCTGGAAGAAGCACCTTCTCCTGCACTGACCCCTGA
GTTGCGAAAAGCCATGGGCGATGCAGCAGTTGCGCCAGCAGCGTCCATTGGTTACATCGG
TGTTGGTACTGTGGAATTTCTTTTGGATGAGAGAGGTTCCTTCTATTTCATGGAAATGAA
CACTAGAATCCAGGTGGAGCACCCTGTGACGGAGATGATTTACTCGGTTGATTTGATTGA
AGAACAGATTCGTGTTGCAATGGGAGAGAAACTGCGTTATACACAGGATGAGATTGTGCT
TAGAGGACACTCGATTGAATGTCGTATCAATGCAGAAGACCCATTTAAAGGATTCAGACC
TGGACCTGGAAGAATAACATCGTATCTGCCATCTGGAGGGCCTTTTGTTAGGATGGATAG
CCATGTATATTGATGCAGCATCATAATACCTTCACCACCAAGCAACTGATCTTTTGTTTA
CGGCTTTTAGAATATTTCCTTTTCTATCTATGATTTCCTTTTCTTAGATTTTCTATTTTT
AACCGTCTCTAAGACCTATATAAGTGTTTGTAAGTTGGCTTTAATACTCAGCTTTTGATA
ATTAATAAAACTAGAGTTTTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A943TF U 1
AF RR3A943JQ C 169
BS 1 214 RR3A943TF
BS 215 215 RR3A943JQ
BS 216 743 RR3A943TF

RD RR3A943TF 743 0 0
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GTTCCAGATCCTTGCAGATAAATTTGGTAATGTTGTTCACTTTGGCGAGCGTGACTGCAG
CATCCAGAGACGTAACCAAAAGTTGCTGGAAGAAGCACCTTCTCCTGCACTGACCCCTGA
GTTGCGAAAAGCCATGGGCGATGCAGCAGTTGCGGCAGCAGCGTCCATTGGTTACATCGG
TGTTGGTACTGTGGAATTTCTTTTGGATGAGAGAGGTTCCTTCTATTTCATGGAAATGAA
CACTAGAATCCAGGTGGAGCACCCTGTGACGGAGATGATTTACTCGGTTGATTTGATTGA
AGAACAGATTCGTGTTGCAATGGGAGAGAAACTGCGTTATACACAGGATGAGATTGTGCT
TAGAGGACACTCGATTGAATGTCGTATCAATGCAGAAGACCCATTTAAAGGATTCAGACC
TGGACCTGGAAGAATAACATCGTATCTGCCATCTGGAGGGCCTTTTGTTAGGATGGATAG
CCATGTATATTGATGCAGCATCATAATACCTTCACCACCAAGCAACTGATCTTTTGTTTA
CGGCTTTTAGAATATTTCCTTTTCTATCTATGATTTCCTTTTCTTAGATTTTCTATTTTT
AACCGTCTCTAAGACCTATATAAGTGTTTGTAAGTTGGCTTTAATACTCAGCTTTTGATA
ATTAATAAAACTAGAGTTTTCTC

QA 1 743 1 743
DS 

RD RR3A943JQ 575 0 0
ACTGACCCCTGAGTTGCGAAAAGCCATGGGCGATGCAGCAGTTGCGCCAGCAGCGTCCAT
TGGTTACATCGGTGTTGGTACTGTGGAATTTCTTTTGGATGAGAGAGGTTCCTTCTATTT
CATGGAAATGAACACTAGAATCCAGGTGGAGCACCCTGTGACGGAGATGATTTACTCGGT
TGATTTGATTGAAGAACAGATTCGTGTTGCAATGGGAGAGAAACTGCGTTATACACAGGA
TGAGATTGTGCTTAGAGGACACTCGATTGAATGTCGTATCAATGCAGAAGACCCATTTAA
AGGATTCAGACCTGGACCTGGAAGAATAACATCGTATCTGCCATCTGGAGGGCCTTTTGT
TAGGATGGATAGCCATGTATATTGATGCAGCATCATAATACCTTCACCACCAAGCAACTG
ATCTTTTGTTTACGGCTTTTAGAATATTTCCTTTTCTATCTATGATTTCCTTTTCTTAGA
TTTTCTATTTTTAACCGTCTCTAAGACCTATATAAGTGTTTGTAAGTTGGCTTTAATACT
CAGCTTTTGATAATTAATAAAACTAGAGTTTTCTC

QA 1 575 1 575
DS 



AS 1 2

CO CL9402Contig1 1029 2 6 U
GGAAGGTTGAGAATGGAGAACGATGGGGGATGTAGTAGCCACAAAAGTCTTTACGAGGTT
CTGGGAGTGGGAGCGACAGCAAGTCAACAGGAGATAAGGAAAGCTTACCACAAGTTGGCT
CTCAGGCTTCATCCTGACAAAAACAAGGACGACCAGGAAGAAGCTAAAGAGAAATTTCAG
CAGCTGCAGAAGGTGATTTCGATTCTCGGTGATGAAGAGAAAAGAGCTGTCTATGATCAA
ACTGGCTCCGTCGATGATGCTGATCTTTCTGGAGATGCGGTTGACAACTTGAGGGACTTC
TTCAAGGCCATGTACAAGAAGGTCACCGAGGAAGATATTGAAGAGTTTGAGGCGAACTAC
AGGGGTTCCGAGTCCGAGAAGAATGATCTGATTGAGCTCTACACCAAGTTTAAGGGTAAA
ATGAGCAGGCTCTTCTGCTCAATGCTTTGCTCGGACCCCAAGCTTGATTCACACCGTTTC
AAAGATATCATCGATGAGGCCATTGCAGCAGGAGAAGTGAAGTCAACAAAAGCTTACAAG
AAATGGGCAAAGGAAATCTCAGAAATAAAACCTCCCACTAGTCCCCAAAAGATGAGACAG
AAGAAAGCTAAAGCGAGCGCAGAGACGGATCTCTACGCTTTGATTTCACAGCGAAGAGAT
TCGAGGAAAGAGAAGTTCGATACAATGTTCTCGTCACTTGCCTCCAGGTATGGTAGCAGT
AGTGCTGACACAGAAGAGCCAAACGAAGAAGAGTTCGAAGCTGCCAAAAGAAGAGTTGAA
AGCCGGGTTTCGTCCAAGAAGACAAGAAGAAAGTAAAGCTTTTTGGCTGGAGGAGGGGTT
TGCAATCAAAGTAAGAAGAAGATGTGTGGTTTGTGATGGTCAAGAAAGTCTGGAGAATCT
ACGTTATCACATGTTCGTTTCCTAAGGTTAAATTTCCGTGACAGTGTTTGTGAATGAATC
TCTTATGGTAATGCTAATGGCCTACTCTCTCCTCGTTGCAATATTTGAAAGTCACCAAGC
TTATTCACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CI21TF U 1
AF RR3CI21JQ C 175
BS 1 676 RR3CI21TF
BS 677 677 RR3CI21JQ
BS 678 739 RR3CI21TF
BS 740 740 RR3CI21JQ
BS 741 754 RR3CI21TF
BS 755 1029 RR3CI21JQ

RD RR3CI21TF 770 0 0
GGAAGGTTGAGAATGGAGAACGATGGGGGATGTAGTAGCCACAAAAGTCTTTACGAGGTT
CTGGGAGTGGGAGCGACAGCAAGTCAACAGGAGATAAGGAAAGCTTACCACAAGTTGGCT
CTCAGGCTTCATCCTGACAAAAACAAGGACGACCAGGAAGAAGCTAAAGAGAAATTTCAG
CAGCTGCAGAAGGTGATTTCGATTCTCGGTGATGAAGAGAAAAGAGCTGTCTATGATCAA
ACTGGCTCCGTCGATGATGCTGATCTTTCTGGAGATGCGGTTGACAACTTGAGGGACTTC
TTCAAGGCCATGTACAAGAAGGTCACCGAGGAAGATATTGAAGAGTTTGAGGCGAACTAC
AGGGGTTCCGAGTCCGAGAAGAATGATCTGATTGAGCTCTACACCAAGTTTAAGGGTAAA
ATGAGCAGGCTCTTCTGCTCAATGCTTTGCTCGGACCCCAAGCTTGATTCACACCGTTTC
AAAGATATCATCGATGAGGCCATTGCAGCAGGAGAAGTGAAGTCAACAAAAGCTTACAAG
AAATGGGCAAAGGAAATCTCAGAAATAAAACCTCCCACTAGTCCCCAAAAGATGAGACAG
AAGAAAGCTAAAGCGAGCGCAGAGACGGATCTCTACGCTTTGATTTCACAGCGAAGAGAT
TCGAGGAAAGAGAAGT*CGATACAATGTTCTCGTCACTTGCCTCCAGGTATGGTAGCAGT
AGTGCTGACACAGAAGAGC*AAACGAAGAAGAGT
CGAGCTGCCAAAGAGA

QA 1 754 1 754
DS 

RD RR3CI21JQ 855 0 0
TTTCAGCAGCTGCAGAAGGTGATTTCGATTCTCGGTGATGAAGAGAAAAGAGCTGTCTAT
GATCAAACTGGCTC*GTCGATGATGCTGATCTTTCTGGAGATGCGGTTGACAACTTGAGG
GACTTCTTCAAGGCCATGTACAAGAAGGTCACCGAGGAAGATATTGAAGAGTTTGAGGCG
AACTACAGGGGTTCCGAGTCCGAGAAGAATGATCTGATTGAGCTCTACACCAAGTTTAAG
GGTAAAATGAGCAGGCTCTTCTGCTCAATGCTTTGCTCGGACCCCAAGCTTGATTCACAC
CGTTTCAAAGATATCATCGATGAGGCCATTGCAGCAGGAGAAGTGAAGTCAACAAAAGCT
TACAAGAAATGGGCAAAGGAAATCTCAGAAATAAAACCTCCCACTAGTCCCCAAAAGATG
AGACAGAAGAAAGCTAAAGCGAGCGCAGAGACGGATCTCTACGCTTTGATTTCACAGCGA
AGAGATTCGAGGAAAGAGAAGTTCGATACAATGTTCTCGTCACTTGCCTCCAGGTATGGT
AGCAGTAGTGCTGACACAGAAGAGCCAAACGAAGAAGAGTTCGAAGCTGCCAAAAGAAGA
GTTGAAAGCCGGGTTTCGTCCAAGAAGACAAGAAGAAAGTAAAGCTTTTTGGCTGGAGGA
GGGGTTTGCAATCAAAGTAAGAAGAAGATGTGTGGTTTGTGATGGTCAAGAAAGTCTGGA
GAATCTACGTTATCACATGTTCGTTTCCTAAGGTTAAATTTCCGTGACAGTGTTTGTGAA
TGAATCTCTTATGGTAATGCTAATGGCCTACTCTCTCCTCGTTGCAATATTTGAAAGTCA
CCAAGCTTATTCACC

QA 1 855 1 855
DS 



AS 1 2

CO CL9403Contig1 974 2 6 U
GGTCAACGCGAGGCTCTATGTTGATTCTAGGTGCTTGTATTTCCAGAAGCCTCTCCTCGA
GTCTGGGACTCTTGGTGCTAAGTGCAACACACAAATGGTTATTCCACATCTAACTGAAAA
TTACGGTGCGTCAAGGGATCCACCAGAGAAACAAGCCCCCATGTGTACAGTGCACTCGTT
TCCACATAACATTGATCACTGTTTAACTTGGGCTCGCTCTGAGTTCGAGGGTCTGCTTGA
GAAGACTCCCGCTGAAGTGAATGCTTATCTCTCTAGCCCGGTCGAGTACACTAACTCAAT
GATGAGTGCTGGCGATGCTCAGGCGAGGGACACATTGGAGAGGATTGTTGAGTGTCTTGA
CAAGGAGAAGTGTGAGAACTTCCATGACTGTTTAACCTGGGCTCGACTCAGGTTTGAGGA
TTACTTTGTTAACCGTGTCAAGCAATTGATATACACATTTCCTGAAGATGCTGCGACAAG
TACTGGAGCTCCATTCTGGTCTGCTCCAAAAAGGTTCCCACGTCCGCTCCAGTACTCCTC
TTCTGACCCAAGCCTCCTCAATTTCATCACAGCGACTGCTATTTTAAGAGCAGAGACATT
TGGGATCCCTGTGCCTGAGTGGACCAAAGACCCAAAGGCAGCAGCTGAAGCTATTGACAA
TGTGATAGTACCAGACTTTGAGCCAAGAACAGATGCAAAGATTGTGACAGATGAGAAAGC
CACTACTTTAACCACTGCTTCGGTGGACGACGCTGCAGTCATCAACGACCTCATTGCTAA
GCTCGAGAAGTGTAGGCATAACTTGTCTCCAGATTTCAGGATGAAACCAATTCAATTCGA
AAAGGATGATGATACAAACTATCACATGGATGTGATAGCAGTCTAGCCACATGAGGGCGA
GGACTACAGCATACCTGAGTCGACAGCTGAAAGCAAGTTCATTGCAGGAGATCATCCAGC
GATGCGACTCACAG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A504TF U 1
AF RR3CE27TF U 203
BS 1 544 RR3A504TF
BS 545 545 RR3CE27TF
BS 546 679 RR3A504TF
BS 680 680 RR3CE27TF
BS 681 791 RR3A504TF
BS 792 974 RR3CE27TF

RD RR3A504TF 791 0 0
GGTCAACGCGAGGCTCTATGTTGATTCTAGGTGCTTGTATTTCCAGAAGCCTCTCCTCGA
GTCTGGGACTCTTGGTGCTAAGTGCAACACACAAATGGTTATTCCACATCTAACTGAAAA
TTACGGTGCGTCAAGGGATCCACCAGAGAAACAAGCCCCCATGTGTACAGTGCACTCGTT
TCCACATAACATTGATCACTGTTTAACTTGGGCTCGCTCTGAGTTCGAGGGTCTGCTTGA
GAAGACTCCCGCTGAAGTGAATGCTTATCTCTCTAGCCCGGTCGAGTACACTAACTCAAT
GATGAGTGCTGGCGATGCTCAGGCGAGGGACACATTGGAGAGGATTGTTGAGTGTCTTGA
CAAGGAGAAGTGTGAGAACTTCCATGACTGTTTAACCTGGGCTCGACTCAGGTTTGAGGA
TTACTTTGTTAACCGTGTCAAGCAATTGATATACACATTTCCTGAAGATGCTGCGACAAG
TACTGGAGCTCCATTCTGGTCTGCTCCAAAAAGGTTCCCACGTCCGCTCCAGTACTCCTC
TTCTTACCCAAGCCTCCTCAATTTCATCACAGCGACTGCTATTTTAAGAGCAGAGACATT
TGGGATCCCTGTGCCTGAGTGGACCAAAGACCCAAAGGCAGCAGCTGAAGCTATTGACAA
TGTGATAGTACCAGACTTTTAGCCAAGAACAGATGCAAAGATTGTGACAGATGAGAAAGC
CACTACTTTAACCACTGCTTCGGTGGACGACGCTGCAGTCATCAACGACCTCATTGCTAA
GCTCGAGAAGT

QA 1 791 1 791
DS 

RD RR3CE27TF 772 0 0
G
TAACTTGGGCTCGCTCTGAGTTCGAGGGTCTGCTTGAGAAGACTCCCGCTGAAGTGAATG
CTTATCTCTCTAGCCCGGTCGAGTACACTAACTCAATGATGAGTGCTGGCGATGCTCAGG
CGAGGGACACATTGGAGAGGATTGTTGAGTGTCTTGACAAGGAGAAGTGTGAGAACTTCC
ATGACTGTTTAACCTGGGCTCGACTCAGGTTTGAGGATTACTTTGTTAACCGTGTCAAGC
AATTGATATACACATTTCCTGAAGATGCTGCGACAAGTACTGGAGCTCCATTCTGGTCTG
CTCCAAAAAGGTTCCCACGTCCGCTCCAGTACTCCTCTTCTGACCCAAGCCTCCTCAATT
TCATCACAGCGACTGCTATTTTAAGAGCAGAGACATTTGGGATCCCTGTGCCTGAGTGGA
CCAAAGACCCAAAGGCAGCAGCTGAAGCTATTGACAATGTGATAGTACCAGACTTTGAGC
CAAGAACAGATGCAAAGATTGTGACAGATGAGAAAGCCACTACTTTTAC*ACTGCTTCGG
TGGACGACGCTGCAGTCATCAACGACCTCATTGCTAAGCTCGAGAAGTGTAGGCATAACT
TGTCTCCAGATTTCAGGATGAAACCAATTCAATTCGAAAAGGATGATGATACAAACTATC
ACATGGATGTGATAGCAGTCTAGCCACATGAGGGCGAGGACTACAGCATACCTGAGTCGA
CAGCTGAAAGCAAGTTCATTGCAGGAGATCATCCAGCGATGCGACTCACAG

QA 2 772 2 772
DS 



AS 1 2

CO CL9404Contig1 571 2 1 U
GGACGTTCTTGATCATCACCCTTCTTCTCTGTGGAACAATTCGACTAGGAGAAGATCAGA
AGGGAAGAAACACGTGGAGAAGACGATGATGCTAGGAGGCGTTCATGATCTCCGAGGTAA
CCAGAACAGTGGAGTGATCTAGAGTCTCGCTCGATTATACGAGAACAGAACAACAAAGAG
GTCTCTGATGATTCCTCTGTTTTCTTGTTATATAGAATTATAGTGAATCTTTTTGTCTGG
TTAGTGCAGAACAAGGTTCTTGAGTTCAAGAAGATCGTTAAGGCAAGAGAACAAGTAGTT
GAAGGAAAGATGTACCACTTAACTCTTGAAGCAAACGAAGGTGGCCAGACTAAGAATTTC
GAAGCCAAAGTTTGGGTGAAGCCATGGATGAACTTCAAGCAGTTACATGATGAGTTTAAG
GAATCCTCCCCTTGAAGTTCACTTGTTCAGAGGTAATCAAAATGTTTCTGTTAATTCTCT
GAGAGAATAAATAAGCCTTTGTTGCAGACCAGTGTGTGTTAAGACGAAACCTGAAGTTAA
TGTAATCAAGAAACTTGTTTTCTGTTCTCCT


BQ
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DS 



AS 1 2

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BQ
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GAA

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AS 1 2

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BQ
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AF RR3H278TF U 1
AF RR3H278JQ C 46
BS 1 590 RR3H278TF

RD RR3H278TF 590 0 0
GGAATGACTTCATCAATGGCGTCCTCCTCCCTTTCTCCTGCTACTCAGCTTGGTTCGAGC
AGAAGAGCTATGTTGGCGATGTCGCGTGGGATGTTTGTGAAGCCAACAAGGACGAATCAT
CAGATGGTGAGGAAGGAGAAGATTGGTCTGAGAATTGCTTGTCAAGCAACGAGTATTCCA
GCAGACAACGTTCCTGATATGGAGAAGAGGAAGCTTTTGAATCTTCTTCTTGTGGGAGCT
CTTTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTACCTTCTTTGCCCCTCCTGGA
TCAGGAGGTGGGGGTGGTGGTACTCCAGCCAAGGATGCACTTGGAAACGATGTCCTTGCC
TTGGCTCACGCGGATATTGATGACAGTGGAAAGGTTCTATTTGTTCCATGGGTTGAAACT
GACTTCAGGACTGGTGATGCTCCATGGTGGTCTTAAAACTCTGCAACAACTCTTTGTGGG
AAGACTTGTTTGGATGTTCTTATAATGTAAAAGCTGTGTGTAATCATACATTTCGTGGCA
TTTTACTCTGTGAATTCTTGCCTCTTATATGAATTTTATGTTCACTCACC

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3H278JQ 545 0 0
CAGCTTGGTTCGAGCAGAAGAGCTATGTTGGCGATGTCGCGTGGGATGTTTGTGAAGCCA
ACAAGGACGAATCATCAGATGGTGAGGAAGGAGAAGATTGGTCTGAGAATTGCTTGTCAA
GCAACGAGTATTCCAGCAGACAACGTTCCTGATATGGAGAAGAGGAAGCTTTTGAATCTT
CTTCTTGTGGGAGCTCTTTCTCTCCCTACTGGCTTCATGCTTGTCCCTTACGCTACCTTC
TTTGCCCCTCCTGGATCAGGAGGTGGGGGTGGTGGTACTCCAGCCAAGGATGCACTTGGA
AACGATGTCCTTGCCTTGGCTCACGCGGATATTGATGACAGTGGAAAGGTTCTATTTGTT
CCATGGGTTGAAACTGACTTCAGGACTGGTGATGCTCCATGGTGGTCTTAAAACTCTGCA
ACAACTCTTTGTGGGAAGACTTGTTTGGATGTTCTTATAATGTAAAAGCTGTGTGTAATC
ATACATTTCGTGGCATTTTACTCTGTGAATTCTTGCCTCTTATATGAATTTTATGTTCAC
TCACC

QA 1 545 1 545
DS 



AS 1 2

CO CL9407Contig1 709 2 1 U
GGGGATAATAACTGATTTAGCGACGCGTACACGTCGCCGCCGTGTTACAATCTGCGCTGT
CCGGGATTCGTCCAGACCAGTAGGACCGTCCTGATCGAAGGCGCGATTTCACCATCATCC
ACCATAGGAGGCCTTCAAACCGAACTGACCATACAAGTGTGGAAGGATCCAGTGCGGGGA
CCATGGTGGCTAGGAGTTGGTCTCAGCAACGGGACTAAACTCTCGCCAATCGGATATTGG
CCGGCTGAGATATTCAGCTGCCTCACAGATCACGCTGAGAGGGTACAGTGGGGGGGAGAG
GTTGTTGACAAGATGGCACTGGGTCGACATACAACTACGGAGATGGGTTCGGGTTATCGT
CCCCACAGTGACAGAGCTGCATACGTGCGCGATTTACAGGTTGCGCTCAGCCCAGGGGAG
TTCTATCCCGTTTCCCGATCAACCAACTCGACCTACTATAGCGTCGAGAAATACAGCAAC
AGCAGCTTCGCTTACGGGGGACCTCATCGTGGCGCAGCGGTTCGTCGTATGTTTGACATC
GTTCCTCTTTGTTTATGTTTTTTATTGTTGTTGCTTGTTTAGTTTTATTTGTATGTGTGT
TTGCTATGTTGTGTAACTCGAAGTTATGTATTACTTTGTATTGTTGTTGGTTCATCTTAT
GTTTGACTTGCTTCCTTAGTTTCCGTTTCCTATCTATTGCAATTCACCC


BQ
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AF RR3CQ08JQ C 1
AF RR3CQ08TF U 1
BS 1 709 RR3CQ08TF

RD RR3CQ08JQ 709 0 0
GGGGATAATAACTGATTTAGCGACGCGTACACGTCGCCGCCGTGTTACAATCTGCGCTGT
CCGGGATTCGTCCAGACCAGTAGGACCGTCCTGATCGAAGGCGCGATTTCACCATCATCC
ACCATAGGAGGCCTTCAAACCGAACTGACCATACAAGTGTGGAAGGATCCAGTGCGGGGA
CCATGGTGGCTAGGAGTTGGTCTCAGCAACGGGACTAAACTCTCGCCAATCGGATATTGG
CCGGCTGAGATATTCAGCTGCCTCACAGATCACGCTGAGAGGGTACAGTGGGGGGGAGAG
GTTGTTGACAAGATGGCACTGGGTCGACATACAACTACGGAGATGGGTTCGGGTTATCGT
CCCCACAGTGACAGAGCTGCATACGTGCGCGATTTACAGGTTGCGCTCAGCCCAGGGGAG
TTCTATCCCGTTTCCCGATCAACCAACTCGACCTACTATAGCGTCGAGAAATACAGCAAC
AGCAGCTTCGCTTACGGGGGACCTCATCGTGGCGCAGCGGTTCGTCGTATGTTTGACATC
GTTCCTCTTTGTTTATGTTTTTTATTGTTGTTGCTTGTTTAGTTTTATTTGTATGTGTGT
TTGCTATGTTGTGTAACTCGAAGTTATGTATTACTTTGTATTGTTGTTGGTTCATCTTAT
GTTTGACTTGCTTCCTTAGTTTCCGTTTCCTATCTATTGCAATTCACCC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3CQ08TF 709 0 0
GGGGATAATAACTGATTTAGCGACGCGTACACGTCGCCGCCGTGTTACAATCTGCGCTGT
CCGGGATTCGTCCAGACCAGTAGGACCGTCCTGATCGAAGGCGCGATTTCACCATCATCC
ACCATAGGAGGCCTTCAAACCGAACTGACCATACAAGTGTGGAAGGATCCAGTGCGGGGA
CCATGGTGGCTAGGAGTTGGTCTCAGCAACGGGACTAAACTCTCGCCAATCGGATATTGG
CCGGCTGAGATATTCAGCTGCCTCACAGATCACGCTGAGAGGGTACAGTGGGGGGGAGAG
GTTGTTGACAAGATGGCACTGGGTCGACATACAACTACGGAGATGGGTTCGGGTTATCGT
CCCCACAGTGACAGAGCTGCATACGTGCGCGATTTACAGGTTGCGCTCAGCCCAGGGGAG
TTCTATCCCGTTTCCCGATCAACCAACTCGACCTACTATAGCGTCGAGAAATACAGCAAC
AGCAGCTTCGCTTACGGGGGACCTCATCGTGGCGCAGCGGTTCGTCGTATGTTTGACATC
GTTCCTCTTTGTTTATGTTTTTTATTGTTGTTGCTTGTTTAGTTTTATTTGTATGTGTGT
TTGCTATGTTGTGTAACTCGAAGTTATGTATTACTTTGTATTGTTGTTGGTTCATCTTAT
GTTTGACTTGCTTCCTTAGTTTCCGTTTCCTATCTATTGCAATTCACCC

QA 1 709 1 709
DS 



AS 1 2

CO CL9408Contig1 1278 2 4 U
GGATTACGGCCGGGGGGATCACAAAGTTCACAAACACGCTGCAGACGAAAAGCTCTCTTC
TTCTTCACTCACTCTCTCTCGGAGAAGAATGCCCTAAAAACCCACCGCGAAAGAAGAAGA
AGATGGATCGCAAGGGAAAGGGAAAACAGATCGCCGGAAGTGGATCGTCTTCCTCTGGAA
AGAAACGCAAAGGAGGAGTCGAGTTTAGAGACGAAGGCTTGAGGATCAACAGTAAACGAA
AAAAACCAGGAGTTCTTCAGTTCTTCGAGGAATCCGCCGAGGTTGGTTACTATGGAGGTA
GCTCCGACGAAGACTGCGACGTCGATGATCTCTTTAACGATATGGAAGATGAACCTGAGC
TGGAGACAAGTGGAAAGGATGACAAGGCGGGAAAGGGCAGCTCTTCCTTTGTGTTTCCTA
AAGAGGAGGATATGAATGAGGATGATTTTGATAGAATGATGGAAGAAAGATACAAACCTG
ACTCTGGGTTTGTTAGATACGCAGCTGATGATGTTAAAAGCTCCATCGAGATGGATGCTC
TTGTTCCTACGGCCCATGATCCTCCGATTTGGAAAATAAAGTGTGCGATTGGACGGGAGA
CGCATTCAGTCTTCTGTCTCATGCACAAATTTGTGGAGCTGCGGAAGATAGGCACCAAGC
TGCGGATCTTGTCGGTGTTCTTTGTGGAGCATGTCAAGGGGTTTATCTTCATAGAAGCTG
ACAAGGAGCAGGATGTTCTTGAGGCATGCCTGTGTTTAAACGGCATTTATGCCACTCGGA
TGGTGCTACTTCCTAAATCTGAAGCTCCACATCTGCTTACTGTACAAAGAAAAACCAAAA
CCTTCTCTGAGGGAACATGGGCTCGTATTAAGAGTGGTAAATACAAAGGAGACCTTGCTC
AGGTTGTGGCTGTGAGTGACACTCGGGGAAAAGCTCTGATAAAGTTGATTCCAAGGATTG
ATATAGCGGCACTTACCCAAAAATATGGTGGAGGAGTTGCTGTCCAGAAAGGCCTGAACC
CAGCTCCAAGATTGATCAGTTCAAGCGAGCTTGAGGAGTTCAGACCTATCATTCAAGTGA
GGCGTGATCGTGATACTGGAATGACTTTTGAGCATCTTGATAGCCTGATGCTGAAAGATG
GCTTCCTGTATAAAAAAGTATCCTTGGATTCACTCACTTCCTGTGGGGTTAAACCATCAA
AGGAGGAGATGCTAAAATTTACTCCTTTAGAAGAGAAGGAAACTGGTGACGTGGAGTGGA
TTTCCGAAATTTATGGTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F534TF U 1
AF RR3F534JQ C 490
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BS 676 722 RR3F534TF
BS 723 1278 RR3F534JQ

RD RR3F534TF 722 0 0
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AGATGGATCGCAAGGGAAAGGGAAAACAGATCGCCGGAAGTGGATCGTCTTCCTCTGGAA
AGAAACGCAAAGGAGGAGTCGAGTTTAGAGACGAAGGCTTGAGGATCAACAGTAAACGAA
AAAAACCAGGAGTTCTTCAGTTCTTCGAGGAATCCGCCGAGGTTGGTTACTATGGAGGTA
GCTCCGACGAAGACTGCGACGTCGATGATCTCTTTAACGATATGGAAGATGAACCTGAGC
TGGAGACAAGTGGAAAGGATGACAAGGCGGGAAAGGGCAGCTCTTCCTTTGTGTTTCCTA
AAGAGGAGGATATGAATGAGGATGATTTTGATAGAATGATGGAAGAAAGATACAAACCTG
ACTCTGGGTTTGTTAGATACGCAGCTGATGATGTTAAAAGCTCCATCGAGATGGATGCTC
TTGTTCCTACGGCCCATGATCCTCCGATTTGGAAAATAAAGTGTGCGATTGGACGGGAGA
CGCATTCAGTCTTCTGTCTCATGCACAAATTTGTGGAGCTGCGGAAGATAGGCACCAAGC
TGCGGATCTTGTCG*TGTTCTTTGTGGAGCATGTCAAGGGGTTTATCTTCATAGAAGCTG
AC

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3F534JQ 789 0 0
TTT
TTAGATACGCAGCTGATGATGTTAAAAGCTCCATCGAGATGGATGCTCTTGTTC*TACGG
CCCATGATCCTCCGATTTGGAAAATAAAGTGTGCGATTGGACGGGAGACGCATTCAGTCT
TCTGTCTCATGCACAAATTTGTGGAGCTGCGGAAGATAGGCACCAAGCTGCGGATCTTGT
CGGTGTTCTTTGTGGAGCATGTCAAGGGGTTTATCTTCATAGAAGCTGACAAGGAGCAGG
ATGTTCTTGAGGCATGCCTGTGTTTAAACGGCATTTATGCCACTCGGATGGTGCTACTTC
CTAAATCTGAAGCTCCACATCTGCTTACTGTACAAAGAAAAACCAAAACCTTCTCTGAGG
GAACATGGGCTCGTATTAAGAGTGGTAAATACAAAGGAGACCTTGCTCAGGTTGTGGCTG
TGAGTGACACTCGGGGAAAAGCTCTGATAAAGTTGATTCCAAGGATTGATATAGCGGCAC
TTACCCAAAAATATGGTGGAGGAGTTGCTGTCCAGAAAGGCCTGAACCCAGCTCCAAGAT
TGATCAGTTCAAGCGAGCTTGAGGAGTTCAGACCTATCATTCAAGTGAGGCGTGATCGTG
ATACTGGAATGACTTTTGAGCATCTTGATAGCCTGATGCTGAAAGATGGCTTCCTGTATA
AAAAAGTATCCTTGGATTCACTCACTTCCTGTGGGGTTAAACCATCAAAGGAGGAGATGC
TAAAATTTACTCCTTTAGAAGAGAAGGAAACTGGTGACGTGGAGTGGATTTCCGAAATTT
ATGGTG

QA 4 789 4 789
DS 



AS 1 2

CO CL9409Contig1 887 2 4 U
GGAGATCAACGATGCCTAAAGTTCTATTTCTGCTTCTCTGTTTCATCGGAGTGCTGAGCT
CGAGATGTTCGGGTCACGACAGCAATGGACGAGGAGATCAGCCTTTAGCTCAGATTAATA
TCTATAAAACAAGTCTTGCTTTGGACACTTCTGTCAACATTCATGCTTCTCCCCAAGTCC
TTGGTTTAAAGGGTGAAGATACTGAGTGGGTGGACGTTGCTATCTCCAACCACAAGTTCA
CTTCAAACGATTGGATTGGAGTTTTCTCTCCAGCAAAATTCGACTCATCTACCTGTTGGC
CACCCAAATATCCAAATAAGGATAGATCTCCTTTCCTTTGCTCATCTCCCATCAAGTACA
CGTATATGAGGAATTATCCGGAGTATACAAAGTCTGGGAACGTGATTCTGAAGTTGCAGA
TTATAAACCAGAGAGCTGATGTCTCCTTTGCACTGTTTTCTGGAAGTCTTGACCAGCCAG
TACTTCTCGGTGTTTCGAATCCTGTAGCTTTTGTTAATCCTAAAGCACCTGTCTACCCAC
GTCTTGCTTTAGGGAAGAGTTGGGATGAAATGACTGTTACATGGACGAGTGGGTACAACA
TAAATGAGGCTGTTCCGTTCATTGAATGGAGTTCTATGGGACTTCCAGCTAGAAGATCAC
CAGCTGGAACCATTACTTTCAACAGAAACAGCATGTGTGGTGATCCTGCTCGTAGTATGG
GTTGGCGTGATCCTGGTTTCTTCCATACATCTTTCCTGAAAGAACTTTGGCCAAACCGCG
AGTACGTCATCTGTAATCTCCCTCTCTTTAACCAAGCGAGGACGGCCTAGTGGTCTTGAG
GTTGCTTCGGCCTCAATACGGACCCGGGTTCGAATCCCGCTGGCCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BS75TF U 1
AF RR3BS75JQ C 197
BS 1 681 RR3BS75TF
BS 682 682 RR3BS75JQ
BS 683 715 RR3BS75TF
BS 716 887 RR3BS75JQ

RD RR3BS75TF 715 0 0
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CGAGATGTTCGGGTCACGACAGCAATGGACGAGGAGATCAGCCTTTAGCTCAGATTAATA
TCTATAAAACAAGTCTTGCTTTGGACACTTCTGTCAACATTCATGCTTCTCCCCAAGTCC
TTGGTTTAAAGGGTGAAGATACTGAGTGGGTGGACGTTGCTATCTCCAACCACAAGTTCA
CTTCAAACGATTGGATTGGAGTTTTCTCTCCAGCAAAATTCGACTCATCTACCTGTTGGC
CACCCAAATATCCAAATAAGGATAGATCTCCTTTCCTTTGCTCATCTCCCATCAAGTACA
CGTATATGAGGAATTATCCGGAGTATACAAAGTCTGGGAACGTGATTCTGAAGTTGCAGA
TTATAAACCAGAGAGCTGATGTCTCCTTTGCACTGTTTTCTGGAAGTCTTGACCAGCCAG
TACTTCTCGGTGTTTCGAATCCTGTAGCTTTTGTTAATCCTAAAGCACCTGTCTACCCAC
GTCTTGCTTTAGGGAAGAGTTGGGATGAAATGACTGTTACATGGACGAGTGGGTACAACA
TAAATGAGGCTGTTCCGTTCATTGAATGGAGTTCTATGGGACTTCCAGCTAGAAGATCAC
CAGCTGGAACCATTACTTTCA*CAGAAACAGCATGTGTGGTGATCCTGCTCGTAG

QA 1 715 1 715
DS 

RD RR3BS75JQ 691 0 0
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TGGAGTTT*CTCTCCAGCAAAATTCGACTCATCTACCTGTTGGCCACCCAAATATCCAAA
TAAGGATAGATCTCCTTTCCTTTGCTCATCTCCCATCAAGTACACGTATATGAGGAATTA
TCCGGAGTATACAAAGTCTGGGAACGTGATTCTGAAGTTGCAGATTATAAACCAGAGAGC
TGATGTCTCCTTTGCACTGTTTTCTGGAAGTCTTGACCAGCCAGTACTTCTCGGTGTTTC
GAATCCTGTAGCTTTTGTTAATCCTAAAGCACCTGTCTACCCACGTCTTGCTTTAGGGAA
GAGTTGGGATGAAATGACTGTTACATGGACGAGTGGGTACAACATAAATGAGGCTGTTCC
GTTCATTGAATGGAGTTCTATGGGACTTCCAGCTAGAAGATCACCAGCTGGAACCATTAC
TTTCAACAGAAACAGCATGTGTGGTGATCCTGCTCGTAGTATGGGTTGGCGTGATCCTGG
TTTCTTCCATACATCTTTCCTGAAAGAACTTTGGCCAAACCGCGAGTACGTCATCTGTAA
TCTCCCTCTCTTTAACCAAGCGAGGACGGCCTAGTGGTCTTGAGGTTGCTTCGGCCTCAA
TACGGACCCGGGTTCGAATCCCGCTGGCCAC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL9410Contig1 725 2 2 U
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AGCAGGAAAGTGGTTGGAGTTGGCTTCTTTAATGGTTACTTCTGCTGAATTGGTATCTTC
CAAGATGTCTGACAAAGATCTTGAGTGTACCTACACCATCATTTGCAGCCTTGTTAAGAA
CGCGAATAGCGCTGATGATGTTCTTGAAATGGTGAAAGCTATCTCTTCTAAGGTTGTTCA
ACAGCCCAATGACAAAGCTTCTCTTCGTTTGAAGATCCTCTTCAATCTCTATAACCTTCT
GGACCACCCGTATGCTCGTTTCCAAGTCTACATGAAAGCGCTTACGCTGGCTGTTGAAGG
GAAGGTTACTGAGTACGTAGTTCCTTCTTTTAAGAAAATTGATAACTTCTTGAAAGAGTG
GAACGTTGACACTAAAGATCAGAGGCAACTCTTCCTTGCCATTGCTAATGTTCTGAGAGA
GAACAAAAGCTTGGTGAACGAATCCCTTAAGTTCCTGACGAAGTATCTAGCGACTTTCTC
AAGTGAGGATGCTAAGGTCCTAGATGAAGCTAAGGAGGAGGCTGTGCGTGCAGTTATTGA
ATTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3GP53TF U 1
AF RR3DN67TF U 82
BS 1 659 RR3GP53TF
BS 660 725 RR3DN67TF

RD RR3GP53TF 659 0 0
CATCAGCGCCGCCGAGAGAAGAGAGCTTAGAGCTATGACGACGATTGTTCCCACTTCCGA
AGAAGATCCGTTCCTCGCCGTTGTCCAGTTTACTTCCCAGCTCGCCTGGGCTGATGCTGG
TCCCGAGGCTGCAGAGCCAGAGATCACCAGGCTGCGTAGAGAAGCTGAGGAATCTATAGT
AGCAGGAAAGTGGTTGGAGTTGGCTTCTTTAATGGTTACTTCTGCTGAATTGGTATCTTC
CAAGATGTCTGACAAAGATCTTGAGTGTACCTACACCATCATTTGCAGCCTTGTTAAGAA
CGCGAATAGCGCTGATGATGTTCTTGAAATGGTGAAAGCTATCTCTTCTAAGGTTGTTCA
ACAGCCCAATGACAAAGCTTCTCTTCGTTTGAAGATCCTCTTCAATCTCTATAACCTTCT
GGACCACCCGTATGCTCGTTTCCAAGTCTACATGAAAGCGCTTACGCTGGCTGTTGAAGG
GAAGGTTACTGAGTACGTAGTTCCTTCTTTTAAGAAAATTGATAACTTCTTGAAAGAGTG
GAACGTTGACACTAAAGATCAGAGGCAACTCTTCCTTGCCATTGCTAATGTTCTGAGAGA
GAACAAAAGCTTGGTGAACGAATCCCTTAAGTTCCTGACGAAGTATCTAGCGACTTTCT

QA 1 659 1 659
DS 

RD RR3DN67TF 644 0 0
G
GTCCAGTTTACTTCCCAGCTCGCCTGGGCTGATGCTGGTCCCGAGGCTGCAGAGCCAGAG
ATCACCAGGCTGTGTAGAGAAGCTGAGGAATCTATAGTAGCAGGAAAGTGGTTGGAGTTG
GCTTCTTTAATGGTTACTTCTGCTGAATTGGTATCTTCCAGGATGTCTGACAAAGATCTT
GAGTGTACCTACACCATCATTTGCAGCCTTGTTAAGAACGCGAATAGCGCTGATGATGTT
CTTGAAATGGTGAAAGCTATCTCTTCTAAGGTTGTTCAACAGCCCAATGACAAAGCTTCT
CTTCGTTTGAAGATCCTCTTCAATCTCTATAACCTTCTGGACCACCCGTATGCTCGTTTC
CAAGTCTACATGAAAGCGCTTACGCTGGCTGTTGAAGGGAAGGTTACTGAGTACGTAGTT
CCTTCTTTTAAGAAAATTGATAACTTCTTGAAAGAGTGGAACGTTGACACTAAAGATCAG
AGGCAACTCTTCCTTGCCATTGCTAATGTTCTGAGAGAGAACAAAAGCTTGGTGAACGAA
TCCCTTAAGTTCCTGACGAAGTATCTAGCGACTTTCTCAAGTGAGGATGCTAAGGTCCTA
GATGAAGCTAAGGAGGAGGCTGTGCGTGCAGTTATTGAATTTG

QA 2 644 2 644
DS 



AS 1 2

CO CL9411Contig1 759 2 4 U
GGATCCCCAAACTATTCACGGGTTTCACTTGAATCGTTTGATTTTCCCATTTTCCCAAAA
CTACCAAACAATGGCCAAAGCGCCACCGTCAATCTCTCTCCTCCTCCTCCTCTCCGCCGC
CGTACTTGTCACCCTCCCTGCCGCTATCTCCTCCATAGGCGTCAACTACGGAACTCTCGG
AAACCTCCCACCTCCGACTCAGGTGGCGAACTTCCTCAAGACTCAGACTACCATAGACAG
CGTCAAGATCTTCAACGTGAATCCCGATATCATCCGTGCCTTCGCCGGAACGGGAATCTC
TGTGGTCGTCACCGTCCCTAACGGTGATATTCCGGCGTTAGCTAACGGGATAGAAGCTCG
TCGGTGGGTTTCTGCTAATATTCAACCCTTTCATCCTCAGACAAAGATCAAGTACATCTC
TGTCGGAAATGAGATTCTTCTCTCCGGAGATGATAACATGATCAAGAATCTTTTACCGGC
GATGAAGAATCTTAACGCTGCTTTGGTTCGTGCTGGTGTCAAAGATGTTAAGGTCAGTTT
TTCTCTTCATTAATCTCCACACTTTTTTTTCTGTTTTTGGTGATTCAATAATTAATGCTA
ATATATTTCGATGTCATTTATGCGTCATTATTAAATGATAATTGATAATTGGCGTGATAA
TGCAATTTGTTAATTTTTACGTTAAGAAAAAAACTGAACCAATGCGTTGATTGCGCATAA
TAAAGTTGGAACAATCTAAAGGTAAAAATATCGCAAGTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3GQ94TF U 1
AF RR3GQ94JQ C 252
BS 1 692 RR3GQ94TF
BS 693 693 RR3GQ94JQ
BS 694 748 RR3GQ94TF
BS 749 759 RR3GQ94JQ

RD RR3GQ94TF 748 0 0
GGATCCCCAAACTATTCACGGGTTTCACTTGAATCGTTTGATTTTCCCATTTTCCCAAAA
CTACCAAACAATGGCCAAAGCGCCACCGTCAATCTCTCTCCTCCTCCTCCTCTCCGCCGC
CGTACTTGTCACCCTCCCTGCCGCTATCTCCTCCATAGGCGTCAACTACGGAACTCTCGG
AAACCTCCCACCTCCGACTCAGGTGGCGAACTTCCTCAAGACTCAGACTACCATAGACAG
CGTCAAGATCTTCAACGTGAATCCCGATATCATCCGTGCCTTCGCCGGAACGGGAATCTC
TGTGGTCGTCACCGTCCCTAACGGTGATATTCCGGCGTTAGCTAACGGGATAGAAGCTCG
TCGGTGGGTTTCTGCTAATATTCAACCCTTTCATCCTCAGACAAAGATCAAGTACATCTC
TGTCGGAAATGAGATTCTTCTCTCCGGAGATGATAACATGATCAAGAATCTTTTACCGGC
GATGAAGAATCTTAACGCTGCTTTGGTTCGTGCTGGTGTCAAAGATGTTAAGGTCAGTTT
TTCTCTTCATTAATCTCCACACTTTTTTTTCTGTTTTTGGTGATTCAATAATTAATGCTA
ATATATTTCGATGTCATTTATGCGTCATTATTAAATGATAATTGATAATTGGCGTGATAA
TGCAATTTGTTAATTTTTACGTTAAGAAAAAA*CTGAACCAATGCGTTGATTGCGCATAA
TAAAGTTGGAACAATCTAAAGGTAAAAA

QA 1 748 1 748
DS 

RD RR3GQ94JQ 508 0 0
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CCGTCCCTAACGGTGATATTCCGGCGTTAGCTAACGGGATAGAAGCTCGTCGGTGGGTTT
CTGCTAATATTCAACCCTTTCATCCTCAGACAAAGATCAAGTACATCTCTGTCGGAAATG
AGATTCTTCTCTCCGGAGATGATAACATGATCAAGAATCTTTTACCGGCGATGAAGAATC
TTAACGCTGCTTTGGTTCGTGCTGGTGTCAAAGATGTTAAGGTCAGTTTTTCTCTTCATT
AATCTCCACACTTTTTTTTCTGTTTTTGGTGATTCAATAATTAATGCTAATATATTTCGA
TGTCATTTATGCGTCATTATTAAATGATAATTGATAATTGGCGTGATAATGCAATTTGTT
AATTTTTACGTTAAGAAAAAAACTGAACCAATGCGTTGATTGCGCATAATAAAGTTGGAA
CAATCTAAAGGTAAAAATATCGCAAGTG

QA 1 508 1 508
DS 



AS 1 2

CO CL9412Contig1 528 2 1 U
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ACCATCACCCTCGAGGTGGAGAGCAGTGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAG
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GACGGTCGCACCTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACTCTGCATCTTGTCCTG
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GACAAGATGATCTGTCGCAAGTGTTACGCTCGTCTGCACCCAAGGGCTGTGAACTGCAGG
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ACACAAACTTGTTTCAGGGTATTTTAATCCAAAAAGATTGCTGTTAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H233JQ C 1
AF RR3H233TF U 1
BS 1 528 RR3H233TF

RD RR3H233JQ 528 0 0
GGAATCTTGATCCTTGCGGCGGAGAAGATGCAGATTTTCGTGAAGACGCTGACGGGCAAG
ACCATCACCCTCGAGGTGGAGAGCAGTGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAG
GACAAAGAAGGAATCCCTCCGGATCAGCAGAGGTTGATTTTTGCCGGAAAACAGCTTGAA
GACGGTCGCACCTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACTCTGCATCTTGTCCTG
AGGCTAAGGGGAGGTATCATCGAGCCGTCTTTGATGGCTTTGGCTCGTAAGTACAATCAA
GACAAGATGATCTGTCGCAAGTGTTACGCTCGTCTGCACCCAAGGGCTGTGAACTGCAGG
AAGAAGAAGTGTGGCCACAGCAACCAGTTGAGGCCGAAGAAGAAGATCAAGTGATCTGTT
TTCACAACAAACTTATTTATTTATGTTGTTTTTTCCTTGAAAGACATCTCTAGTGTTTTG
ACACAAACTTGTTTCAGGGTATTTTAATCCAAAAAGATTGCTGTTAGC

QA 1 528 1 528
DS 

RD RR3H233TF 528 0 0
GGAATCTTGATCCTTGCGGCGGAGAAGATGCAGATTTTCGTGAAGACGCTGACGGGCAAG
ACCATCACCCTCGAGGTGGAGAGCAGTGACACCATCGACAATGTCAAGGCCAAGATCCAG
GACAAAGAAGGAATCCCTCCGGATCAGCAGAGGTTGATTTTTGCCGGAAAACAGCTTGAA
GACGGTCGCACCTTGGCTGACTACAACATCCAGAAAGAGTCGACTCTGCATCTTGTCCTG
AGGCTAAGGGGAGGTATCATCGAGCCGTCTTTGATGGCTTTGGCTCGTAAGTACAATCAA
GACAAGATGATCTGTCGCAAGTGTTACGCTCGTCTGCACCCAAGGGCTGTGAACTGCAGG
AAGAAGAAGTGTGGCCACAGCAACCAGTTGAGGCCGAAGAAGAAGATCAAGTGATCTGTT
TTCACAACAAACTTATTTATCTATGTTGTTTTTTCCTTGAAAGACATCTCTAGTGTTTTG
ACACAAACTTGTTTCAGGGTATTTTAATCCAAAAAGATTGCTGTTAGC

QA 1 528 1 528
DS 



AS 1 2

CO CL9413Contig1 651 2 2 U
CTCAAGCTTATTCTTCTTCTTAATTACTAGATCTCTCTTTTGTTTCATCTTTTCTTTGCT
TGCTCTTATCTGGCGGCTCTAACCAGCTCTCGAGTTGTTCGTTTCTCTGGTTAATGGATA
CTTAACCCTCTTGGGATCTTGGGGGGGTGGTAAAACTTTTTTCTAAATTGCATGGCAACA
TCAAATGACCAAACCAATACCAAATCATCATATTCTCACACTCTTCTTCTTCTCCTCGTA
TTATTATCTTTTATTCTCTTCATTGGCCTTACAATCCCAATGACTCATCATCAATCCACA
TCTACGGTTGTTCCCTTCAAGAGGATTCTTCTTAAATCTTCGGCTCCAGCTTCATTCACG
ATGGATTTGCGTCCAAATGATCGCCCACGACCCAGCCGCACTTCTAGAAAGAGAGAGTTT
GGAAATGATGCTCATGAAGTTCCTAGTGGTCCAAACCCAATTTCCAACTAGGTGAGCTGG
CATATTTGGTTTTACCCCTGAGTTTAAAAGATAAGTTTTTATAGATCAATATTATGTTAT
TATATTGGGAAAAGCCTCTGATCGATGGAGATTAGAGAAGAACTTAATTGTTATGGATTT
AGTATATATATATATTGAATGGATCGGTTTGGTACCGTTCATTTCCCTTCC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EE07TF U 1
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TATATTGGGAAAAGCCTCTGATCGATGG

QA 1 568 1 568
DS 

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CTTAACCCTCTTGGGATCTTGGGGGGGTGGTAAAACTTTTTTCTAAATTGCATGGCAACA
TCAAATGACCAAACCAATACCAAATCATCATATTCTCACACTCTTCTTCTTCTCCTCGTA
TTATTATCTTTTATTCTCTTCATTGGCCTTACAATCCCAATGACTCATCATCAATCCACA
TCTACGGTTGTTCCCTTCAAGAGGATTCTTCTTAAATCTTCGGCTCCAGCTTCATTCACG
ATGGATTTGCGTCCAAATGATCGCCCACGACCCAGCCGCACTTCTAGAAAGAGAGAGTTT
GGAAATGATGCTCATGAAGTTCCTAGTGGTCCAAACCCAATTTCCAACTAGGTGAGCTGG
CATATTTGGTTTTACCCCTGAGTTTAAAAGATAAGTTTTTATAGATCAATATTATGTTAT
TATATTGGGAAAAGCCTCTGATCGATGGAGATTAGAGAAGAACTTAATTGTTATGGATTT
AGTATATATATATATTGAATGGATCGGTTTGGTACCGTTCATTTCCCTTCC

QA 1 651 1 651
DS 



AS 1 2

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AACAACAACAACAACAAACAATATGGTGGTGGGGTTGGTGGGTACATTGGTACATGTCTT
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CTTTTTTTAGTTTTCAATGTAAAATTTCCATTACTAATGTGGGGTTTGACTGGTGTAACT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 
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AF RR3BN15TF U 1
AF RR3BN15JQ C 11
BS 1 667 RR3BN15TF
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BS 741 764 RR3BN15JQ

RD RR3BN15TF 752 0 0
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AAACGGTGCGTTTGAGAGTTGGTTAAAGGAGGTTTTCAAAACGGGGTTACTAACGGTTAA
AAGGGCGGGGAAAAGGATACGGGTGTAATTAGGATGGTGTTTGGGGGTATAGTTGACAAC
AACAACAACAACAACAAACAATATGGTGGTGGGGTTGGTGGGTACATTGGTACATGTCTT
CCGAACAAAGTCCAAGTTTCCAAGTTCGAGTAGATCCTTTGGTTTAAATTCCTTTTGTTT
CTTTTTT*AGTTTTCAATGTAAA*TTTCCATTACTAATGTGGG*TTTGACTGGTGTA*CT
CGTTTTTT*CTTCCTTCGAT
GTATATAATGCG

QA 1 740 1 740
DS 

RD RR3BN15JQ 754 0 0
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ATAACGGCAGCTTTCAGGGAGGTTTTTCCGGAAGAAGGAGACGGAGGTGGGGTTAGGTTT
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TTTGAGAGTTGGTTAAAGGAGGTTTTCAAAACGGGGTTACTAACGGTTAAAAGGGCGGGG
AAAAGGATACGGGTGTAATTAGGATGGTGTTTGGGGGTATAGTTGACAACAACAACAACA
ACAACAAACAATATGGTGGTGGGGTTGGTGGGTACATTGGTACATGTCTTCCGAACAAAG
TCCAAGTTTCCAAGTTCGAGTAGATCCTTTGGTTTAAATTCCTTTTGTTTCTTTTTTTAG
TTTTCAATGTAAAATTTCCATTACTAATGTGGGGTTTGACTGGTGTAACTCGTTTTTTTC
TTCCTTCGATTGTAATATAAATGCGTTTTAAAAT

QA 1 754 1 754
DS 



AS 1 2

CO CL9415Contig1 563 2 1 U
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TATATGCAAAGATTTAAGAGACC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3E765JQ C 1
AF RR3E765TF U 1
BS 1 563 RR3E765TF

RD RR3E765JQ 563 0 0
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TATATGCAAAGATTTAAGAGACC

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3E765TF 563 0 0
GGATGTGTGGTCTCGCAGAATCACAGCCAAGTCGTCTCTACTTCCATGGCTACTCCTTTG
GCCGCTCCTCTCTTCTCTCCTCTAGCTCTTTCAACAGCAAGAAACCGCCGTTCATACCCC
AAGATCCAATTCCAGTCGAACAATGGGAACACTTTCGCATCCAATGGACTCCAGAAGCTA
AATCTATCGAAATGTAGTAAACTAGATGGACAAAGGAGTAAGTTCCTGCAAATGGGTTCT
CGAGAGATAACTTCTGGGAGAAAACTCTCAGTTCAGGCCGTGGATGGTGCAGGGACAGGG
AACACATCAACGATCTCTAGTAACGTGTTGGCGATAGCGCACTTGTTGGTGTCACTTGGG
ATCATACTAGCGGCAGACCAGTTCTTGAAAAAGGCTTTTGTAGCGGCGTCCATCAAGTTC
CCAAGCGCTTTGTTTGGGATGTTTTGTATTTTCTCTGTTCTTATCATCAATCTACGTTTG
TTTCCTTTGCTGCTACTGTTTGATTAGCTTGGATCATTTGAAACGTTGTTTCGTTTGGAT
TATATGCAAAGATTTAAGAGACC

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 2

CO CL9416Contig1 856 2 2 U
GGGAGAGATTTATATATAAAGAAAAAGTCAGTTTCAATTGCTTGTCTGTGTTTCGGTTCT
GTCTGAACGGTCATTCATCATCATCGTCGTCTCCATTACTCCTCCATTAAACCTTTTTCT
TGAATCATTACTTGCTTGTGAACGATGAGAAGCCAACAGAGAGATCAAGACTTGAGGGCT
TTCTACGATCTCTCGGCTCTTGTCCTGAGCCTCCTCCGCTCTCCTCCCCTCCCGATTTCT
CTCCCCGATCATCATCATCACTTCCCGGATTCGCCGATGATGATGAGAAGTCCGCAGCAT
CGGTCGCTTTCGATGGCGCATATAACTCCCTCCGGATTCGCGTCGCTGCTGCTGGGTATA
TCGGTGGCTCTGATGCTCTGTGGATCTGTGACTTTCTTCATCGGCTTCCTCTTGCTGCCG
TGGGTCCTGGCTCTCATCGTGGTTCTTTATGTTGCTGGGATCGTGTCTCTCATTTCCATG
GCTGGGAGGTCCATCCTCTCTTACCTCTTGACGCCGCCTCCTTCTTTTTCATCCATGAAG
GAGATTTCTGAATGGAAGCTGTTGTGAAGCGTGACGAACAAACTTCTTGAAATGGCTCTC
CTTTGTTAATCCGGAAGCAGAGGACAAAGAAGATGGATTAATTATATCAACGCAAAATCC
AATTAGAGTTTTTCTATATATGTTCTTTTATCTGTATTTTGGGGGGTGGGGGTTATGTGT
GGATATATTTGGGAGTTACTATAGATTTTTTTTTACTTTCTAAAAAATATTTTCTATTTT
ATTGTTAGAGAAATGGGAAAAGCCTGAGTTTGTGCTTTTTTCCATGGATGGTTTTATTGT
TATGTGACATTATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FQ48TF U 1
AF RR3FQ48JQ C 118
BS 1 685 RR3FQ48TF
BS 686 856 RR3FQ48JQ

RD RR3FQ48TF 685 0 0
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GTCTGAACGGTCATTCATCATCATCGTCGTCTCCATTACTCCTCCATTAAACCTTTTTCT
TGAATCATTACTTGCTTGTGAACGATGAGAAGCCAACAGAGAGATCAAGACTTGAGGGCT
TTCTACGATCTCTCGGCTCTTGTCCTGAGCCTCCTCCGCTCTCCTCCCCTCCCGATTTCT
CTCCCCGATCATCATCATCACTTCCCGGATTCGCCGATGATGATGAGAAGTCCGCAGCAT
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TCGGTGGCTCTGATGCTCTGTGGATCTGTGACTTTCTTCATCGGCTTCCTCTTGCTGCCG
TGGGTCCTGGCTCTCATCGTGGTTCTTTATGTTGCTGGGATCGTGTCTCTCATTTCCATG
GCTGGGAGGTCCATCCTCTCTTACCTCTTGACGCCGCCTCCTTCTTTTTCATCCATGAAG
GAGATTTCTGAATGGAAGCTGTTGTGAAGCGTGACGAACAAACTTCTTGAAATGGCTCTC
CTTTGTTAATCCGGAAGCAGAGGACAAAGAAGATGGATTAATTATATCAACGCAAAATCC
AATTAGAGTTTTTCTATATATGTTC

QA 1 685 1 685
DS 

RD RR3FQ48JQ 739 0 0
TCTTGAATCATTACTTGCTTGTGAACGATGAGAAGCCAACAGAGAGATCAAGACTTGAGG
GCTTTCTACGATCTCTCGGCTCTTGTCCTGAGCCTCCTCCGCTCTCCTCCCCTCCCGATT
TCTCTCCCCGATCATCATCATCACTTCCCGGATTCGCCGATGATGATGAGAAGTCCGCAG
CATCGGTCGCTTTCGATGGCGCATATAACTCCCTCCGGATTCGCGTCGCTGCTGCTGGGT
ATATCGGTGGCTCTGATGCTCTGTGGATCTGTGACTTTCTTCATCGGCTTCCTCTTGCTG
CCGTGGGTCCTGGCTCTCATCGTGGTTCTTTATGTTGCTGGGATCGTGTCTCTCATTTCC
ATGGCTGGGAGGTCCATCCTCTCTTACCTCTTGACGCCGCCTCCTTCTTTTTCATCCATG
AAGGAGATTTCTGAATGGAAGCTGTTGTGAAGCGTGACGAACAAACTTCTTGAAATGGCT
CTCCTTTGTTAATCCGGAAGCAGAGGACAAAGAAGATGGATTAATTATATCAACGCAAAA
TCCAATTAGAGTTTTTCTATATATGTTCTTTTATCTGTATTTTGGGGGGTGGGGGTTATG
TGTGGATATATTTGGGAGTTACTATAGATTTTTTTTTACTTTCTAAAAAATATTTTCTAT
TTTATTGTTAGAGAAATGGGAAAAGCCTGAGTTTGTGCTTTTTTCCATGGATGGTTTTAT
TGTTATGTGACATTATTTC

QA 1 739 1 739
DS 



AS 1 2

CO CL9417Contig1 862 2 2 U
AGGAAGTGTCTTTACACAATACTTCCTTACATTTCATTTTTGTTATCTTTCTGCTTCCAC
ACCTTCAACAAAATATAAAACTCATGGAATAAACATAAACCCTCAAGATCTACTGGCTAT
ATAGACTCCCATTTTTTTTTCACAAACTTAACTCGCTTATTAAGTATTATAGCCTTTTTG
TCTCTCGTACTCCTCCAGAGAAAGAGAGAAAGTACACAGCTTAAGTTTCACTTTCTTGCG
ACATAGTAGTGTTACAACTAAGCAACAAGTAAAATCCTACAAAAATGTCTAACAGAAGAT
CAAGACAATCTTCAAGTACTCTGAGGATCTCCGATGACCAGATGATCGACCTAGTAAGTA
AGCTCCGTCTTCTTTTGCCTGAGATTCGTGAACGGCGCCGTTCTGATAAGGTGTCAGCAT
CGAAGGTACTACAAGAAACATGCAACTACATAAGAAAGCTGCATAGAGAAGTTGACAATC
TCAGTGACCGTTTGTCCCAGCTGCTCGACTCGGTTGATGAAGATAGTCAAGAAGCTGCCG
TCATTAGAAGCTTACTTATGTAACCTTCCAATATAATGATTTATTACAATTTAATATTAT
TTATATTAAGTTATACTGTAATATGTCGATCGTCCTTAATATATTATCAAGAGACGTGTT
TTTAATGAGGTTCCGAATTTTGGTCCAGCAGTTACATTAACTAGAGTCTGATTATGTTCT
GTTGGTGTGCTTCCAAAATATCGAACATTGAGGTGTCCGAACTCGACTGTGTCAGTCAGA
AAATAGAAGGAAATGCAGAATGAATAAATACTGAATAATCCATTGTACTATTTTTTATTC
GTAATGGATAAATCGATCTCTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BV72TF U 1
AF RR3BV72JQ C 139
BS 1 654 RR3BV72TF
BS 655 862 RR3BV72JQ

RD RR3BV72TF 654 0 0
AGGAAGTGTCTTTACACAATACTTCCTTACATTTCATTTTTGTTATCTTTCTGCTTCCAC
ACCTTCAACAAAATATAAAACTCATGGAATAAACATAAACCCTCAAGATCTACTGGCTAT
ATAGACTCCCATTTTTTTTTCACAAACTTAACTCGCTTATTAAGTATTATAGCCTTTTTG
TCTCTCGTACTCCTCCAGAGAAAGAGAGAAAGTACACAGCTTAAGTTTCACTTTCTTGCG
ACATAGTAGTGTTACAACTAAGCAACAAGTAAAATCCTACAAAAATGTCTAACAGAAGAT
CAAGACAATCTTCAAGTACTCTGAGGATCTCCGATGACCAGATGATCGACCTAGTAAGTA
AGCTCCGTCTTCTTTTGCCTGAGATTCGTGAACGGCGCCGTTCTGATAAGGTGTCAGCAT
CGAAGGTACTACAAGAAACATGCAACTACATAAGAAAGCTGCATAGAGAAGTTGACAATC
TCAGTGACCGTTTGTCCCAGCTGCTCGACTCGGTTGATGAAGATAGTCAAGAAGCTGCCG
TCATTAGAAGCTTACTTATGTAACCTTCCAATATAATGATTTATTACAATTTAATATTAT
TTATATTAAGTTATACTGTAATATGTCGATCGTCCTTAATATATTATCAAGAGA

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3BV72JQ 724 0 0
TTCACAAACTTAACTCGCTTATTAAGTATTATAGCCTTTTTGTCTCTCGTACTCCTCCAG
AGAAAGAGAGAAAGTACACAGCTTAAGTTTCACTTTCTTGCGACATAGTAGTGTTACAAC
TAAGCAACAAGTAAAATCCTACAAAAATGTCTAACAGAAGATCAAGACAATCTTCAAGTA
CTCTGAGGATCTCCGATGACCAGATGATCGACCTAGTAAGTAAGCTCCGTCTTCTTTTGC
CTGAGATTCGTGAACGGCGCCGTTCTGATAAGGTGTCAGCATCGAAGGTACTACAAGAAA
CATGCAACTACATAAGAAAGCTGCATAGAGAAGTTGACAATCTCAGTGACCGTTTGTCCC
AGCTGCTCGACTCGGTTGATGAAGATAGTCAAGAAGCTGCCGTCATTAGAAGCTTACTTA
TGTAACCTTCCAATATAATGATTTATTACAATTTAATATTATTTATATTAAGTTATACTG
TAATATGTCGATCGTCCTTAATATATTATCAAGAGACGTGTTTTTAATGAGGTTCCGAAT
TTTGGTCCAGCAGTTACATTAACTAGAGTCTGATTATGTTCTGTTGGTGTGCTTCCAAAA
TATCGAACATTGAGGTGTCCGAACTCGACTGTGTCAGTCAGAAAATAGAAGGAAATGCAG
AATGAATAAATACTGAATAATCCATTGTACTATTTTTTATTCGTAATGGATAAATCGATC
TCTT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL9418Contig1 924 2 4 U
CTACTCTCTAAATCTAGAGAGACCCCCTCCTCATACGAATATAAGAAAACCAATCAGACA
TGATTCTAGCTCAGGTTCCGAGATTTCATCTCTCCATCTTCGCGAAACCACCTTTATCTC
TCTCTTCTCCCCATTTCAATTTCTTAAACCACCGGTCTAACCCACCGGTTTCACTATCCA
GAACCCTCTTCTCTTTCGCGCCAAAATCCAATCTGGCCACGGTCGAGCCCATACCACTCC
CCGTTTCCGATTCATCTGATCTGGAAGATGATGCTCCTGTGGAGATTCCGCTCGACAAGC
TTTTCGTTCCGCCGGAGACGGATATCTCCGGGGACGACCCGTCGAGTCTAACGGCGAGGA
TACTGAAGGGCTCGAACATAGTGCTGAGCAAGTACGCGAGGGACGCGCAGGTGGCTCAGG
CCGACTACGTGAAGAGCAGTGTCCGGACGGAGGATTGTCCGTCTGATGGTCTGCCGGAGT
TTGCGCTCGTCGGGAGATCCAACGTTGGGAAATCTTCGCTGCTCAATTCGTTGGTCAGGA
GGAAACGCCTTGCCTTGACCTCTAAGAAACCTGGAAAGACGCAATGCATTAATCATTTCC
GGATCAACGACAACAGGTACTTGGTGATTTGCCTGGCTACGGGTATGCATCAGCACCGCA
TGAGCTCAAACAAGACTGGAACAAATTCACCAAAGACTATTTCCTCAATCGATCGACATT
AGTCTCTGTGTTTTTGCTAGTCGATGCCAGCATTCCTCCTAAGCAAATCGATCTCGATTA
CGCTAGCTGGCTTGGTCAAAACCAGGTTCCAATGACTATGGTATTCACGAAATGCGACAA
GAGGAAGAAGAAGGAAAACGGAGGGAAGAGACCAGAAGAGAACATAAAGGAGTTTCAAGA
TTTGATCCAAGGATTCTTTGAGAC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3A442TF U 1
AF RR3A442JQ C 333
BS 1 766 RR3A442TF
BS 767 767 RR3A442JQ
BS 768 793 RR3A442TF
BS 794 924 RR3A442JQ

RD RR3A442TF 793 0 0
CTACTCTCTAAATCTAGAGAGACCCCCTCCTCATACGAATATAAGAAAACCAATCAGACA
TGATTCTAGCTCAGGTTCCGAGATTTCATCTCTCCATCTTCGCGAAACCACCTTTATCTC
TCTCTTCTCCCCATTTCAATTTCTTAAACCACCGGTCTAACCCACCGGTTTCACTATCCA
GAACCCTCTTCTCTTTCGCGCCAAAATCCAATCTGGCCACGGTCGAGCCCATACCACTCC
CCGTTTCCGATTCATCTGATCTGGAAGATGATGCTCCTGTGGAGATTCCGCTCGACAAGC
TTTTCGTTCCGCCGGAGACGGATATCTCCGGGGACGACCCGTCGAGTCTAACGGCGAGGA
TACTGAAGGGCTCGAACATAGTGCTGAGCAAGTACGCGAGGGACGCGCAGGTGGCTCAGG
CCGACTACGTGAAGAGCAGTGTCCGGACGGAGGATTGTCCGTCTGATGGTCTGCCGGAGT
TTGCGCTCGTCGGGAGATCCAACGTTGGGAAATCTTCGCTGCTCAATTCGTTGGTCAGGA
GGAAACGCCTTGCCTTGACCTCTAAGAAACCTGGAAAGACGCAATGCATTAATCATTTCC
GGATCAACGACAACAGGTACTTGGTGATTTGCCTGGCTACGGGTATGCATCAGCACCGCA
TGAGCTCAAACAAGACTGGAACAAATTCACCAAAGACTATTTCCTCAATCGATCGACATT
AGTCTCTGTGTTTTTGCTAGTCGATGCCAGCATTCCTCCTAAGCAA*TCGATCTCGATTA
CGCTAGCTGGCTT

QA 1 793 1 793
DS 

RD RR3A442JQ 592 0 0
GACGACCCGTCGAGTCTAACGGCGAGGATACTGAAGGGCTCGAACATAGTGCTGAGCAAG
TACGCGAGGGACGCGCAGGTGGCTCAGGCCGACTACGTGAAGAGCAGTGTCCGGACGGAG
GATTGTCCGTCTGATGGTCTGCCGGAGTTTGCGCTCGTCGGGAGATCCAACGTTGGGAAA
TCTTCGCTGCTCAATTCGTTGGTCAGGAGGAAACGCCTTGCCTTGACCTCTAAGAAACCT
GGAAAGACGCAATGCATTAATCATTTCCGGATCAACGACAACAGGTACTTGGTGATTTGC
CTGGCTACGGGTATGCATCAGCACCGCATGAGCTCAAACAAGACTGGAACAAATTCACCA
AAGACTATTTCCTCAATCGATCGACATTAGTCTCTGTGTTTTTGCTAGTCGATGCCAGCA
TTCCTCCTAAGCAAATCGATCTCGATTACGCTAGCTGGCTTGGTCAAAACCAGGTTCCAA
TGACTATGGTATTCACGAAATGCGACAAGAGGAAGAAGAAGGAAAACGGAGGGAAGAGAC
CAGAAGAGAACATAAAGGAGTTTCAAGATTTGATCCAAGGATTCTTTGAGAC

QA 1 592 1 592
DS 



AS 1 2

CO CL9419Contig1 889 2 2 U
GATGATTCTATGAGCTGCTCAATTCTGTTTCGTCGGATTCGCATTGTACACTCCTTCTCC
GTCGTTTACCTATATTACTCTTACGTTTTCTCATGAACTACTAATCCCTCTCCGATCTGA
TTTTGCTTTAGCTCTCTCGATTTCGTTCGATATATAACTGATTCTTTGATAGATTAGAGG
AATCTAGAAGAAATATATTATTATATTGTTTAAATTTTGGTGAGAGAAAAAAAAAGTCAA
TGGACTCGTTGCAAAGACAGACAAGTCCTGATTCCGACAATGATCCGAGGTACGCTTCGG
TAACGGACGAGCGGAAGAGGAAGAGAATGATCTCCAACAGAGAATCCGCACGGAGATCTA
GGATGAGGAAACAGAAGCAACTCGGCGATCTCATCAACGAGGTCACTGTTCTCAAGAGCG
ATAATGCCAAGATCTCCGATCTGGTTGACGCAGCCACGAGGAAGTACGCGGAAATGGAGT
CCAAGAACGACGTTCTGAGAGTGCAGGCCTCGGAGTTGACGGAGAGGTTGAGGTCGTTGA
ACTCTGTGCTCGAGATGGTTGAAGAGATTAGTGGTCAGGCTTTGGATATTCCCGAGATTA
ACCCTTGGCAGGTTTCTTGCCCGATGCAGCCGATTAGGGCTTCTGCTGATATGTTTGAAT
TCTGAGGATTTTGGAAAACGTGTCTTGGTCGGTTTACTTATTTTGTCTTGTTGGTTCGAG
TTTTGTTGCAACTAGAGTCATTGGTGTGTTTGTCTCATCTTTATATTTTCTTGTTTGTCT
GGTGTTGTTGTAGTCTTGTGTCGTCTATTACATAAGTTTGTCATGTAATTTGGTTTGTTC
TTAATGTATTCAAGCTTTGTATTATATGGGTTTCTTTGATTTTTAGCGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BU69TF U 1
AF RR3BU69JQ C 66
BS 1 634 RR3BU69TF
BS 635 889 RR3BU69JQ

RD RR3BU69TF 634 0 0
GATGATTCTATGAGCTGCTCAATTCTGTTTCGTCGGATTCGCATTGTACACTCCTTCTCC
GTCGTTTACCTATATTACTCTTACGTTTTCTCATGAACTACTAATCCCTCTCCGATCTGA
TTTTGCTTTAGCTCTCTCGATTTCGTTCGATATATAACTGATTCTTTGATAGATTAGAGG
AATCTAGAAGAAATATATTATTATATTGTTTAAATTTTGGTGAGAGAAAAAAAAAGTCAA
TGGACTCGTTGCAAAGACAGACAAGTCCTGATTCCGACAATGATCCGAGGTACGCTTCGG
TAACGGACGAGCGGAAGAGGAAGAGAATGATCTCCAACAGAGAATCCGCACGGAGATCTA
GGATGAGGAAACAGAAGCAACTCGGCGATCTCATCAACGAGGTCACTGTTCTCAAGAGCG
ATAATGCCAAGATCTCCGATCTGGTTGACGCAGCCACGAGGAAGTACGCGGAAATGGAGT
CCAAGAACGACGTTCTGAGAGTGCAGGCCTCGGAGTTGACGGAGAGGTTGAGGTCGTTGA
ACTCTGTGCTCGAGATGGTTGAAGAGATTAGTGGTCAGGCTTTGGATATTCCCGAGATTA
ACCCTTGGCAGGTTTCTTGCCCGATGCAGCCGAT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3BU69JQ 824 0 0
TTACCTATATTACTCTTACGTTTTCTCATGAACTACTAATCCCTCTCCGATCTGATTTTG
CTTTAGCTCTCTCGATTTCGTTCGATATATAACTGATTCTTTGATAGATTAGAGGAATCT
AGAAGAAATATATTATTATATTGTTTAAATTTTGGTGAGAGAAAAAAAAAGTCAATGGAC
TCGTTGCAAAGACAGACAAGTCCTGATTCCGACAATGATCCGAGGTACGCTTCGGTAACG
GACGAGCGGAAGAGGAAGAGAATGATCTCCAACAGAGAATCCGCACGGAGATCTAGGATG
AGGAAACAGAAGCAACTCGGCGATCTCATCAACGAGGTCACTGTTCTCAAGAGCGATAAT
GCCAAGATCTCCGATCTGGTTGACGCAGCCACGAGGAAGTACGCGGAAATGGAGTCCAAG
AACGACGTTCTGAGAGTGCAGGCCTCGGAGTTGACGGAGAGGTTGAGGTCGTTGAACTCT
GTGCTCGAGATGGTTGAAGAGATTAGTGGTCAGGCTTTGGATATTCCCGAGATTAACCCT
TGGCAGGTTTCTTGCCCGATGCAGCCGATTAGGGCTTCTGCTGATATGTTTGAATTCTGA
GGATTTTGGAAAACGTGTCTTGGTCGGTTTACTTATTTTGTCTTGTTGGTTCGAGTTTTG
TTGCAACTAGAGTCATTGGTGTGTTTGTCTCATCTTTATATTTTCTTGTTTGTCTGGTGT
TGTTGTAGTCTTGTGTCGTCTATTACATAAGTTTGTCATGTAATTTGGTTTGTTCTTAAT
GTATTCAAGCTTTGTATTATATGGGTTTCTTTGATTTTTAGCGT

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

CO CL9420Contig1 875 2 6 U
AGGGAGAAAAGATAGCTGCTATCAAACAGAGAATCATCAGGTTAGTTAAATTAAAATGCT
AAGGTCTTGAGGCTATATAGACATTTTAGTAAAAAAATAATATTTTCTCAACAATTTAGG
AGGCTATGTTATATAATATAATTCGTAAAAACTTTGAAGTCTCAAGGCCAATATTTCATT
TGGTTATCTCCATGGCCGGTTCTGACTAAATCCAAAACACTTAGAACCTTAGACTTTAAA
CACCTACCATTATCTTTATCTAGGTTAAGTGACTTCGAAGCAAAGATTCTTGAATGATGT
TGTTATCTTTTTTTTTTCTCATGCAGTTATATAGACATCAAGAAGGATCATTGGTATCCT
GCACCTATGATTGTGTTCCTAAACATGGACGACTTGAAAAGCGTGAAGATCGCGGTGTGG
TTGACACACAGAATGAACTTTCAAGACATGGGAGAGAGGTTTATAAGGAGAAGTCAATTA
CTAGAGGAAGTTGGGAAAGCTTGTAGAGAGCTTGATATAGAATATCGTTTACATCCTCAA
GGCATTCATATTCGAAGTTTCCCTCCTCCGGTGACTCCGGGTACTTCAGACCGTCTTCCT
CCAGCTTGTTTGCATCAACGCGGTGCCTAAACTGTAAAGAAGTGTTGAGCGAGTAAAGCA
GGATATGATTTTACGTAAAGCAGGATATGATTTTTGTGTGTGTATATATTGTATGAGTGG
TTTTGTAAGAGCTTTTTTATTCTCTGGAAGTTGTAATTTGTGATTAAAGAATAAGTTTTT
TTAAAAGAAGTCCATTAATATTTGAACTCTTATCTTTCTTTGTCATCTGTCTTGTCTCTT
TATTATTGGTTTGTTTAGAGTTTTGTTGAATTTTG


BQ
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AF RR3F846TF U 1
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AF RR3D689TF U 1
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TGTTTCTAAGACACTATTATTATTTTGTATGCTTATGTTTAAGCTCTTGTGTTT

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CI71JQ U 1
AF RR3BL84JQ U 72
BS 1 336 RR3CI71JQ
BS 337 337 RR3BL84JQ
BS 338 506 RR3CI71JQ
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BS 508 804 RR3CI71JQ
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RD RR3CI71JQ 804 0 0
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CTAAAAAGATTAGTAAAAACGTTTTCACTGTAATCTTTTGATACTTTTATTACACTTCCA
AACTCCAAATTCTCAAATAAAATTGCAAAAAAAGTTTAGGAAACTCATACCTCAAGCTTA
AGAAACTTAGTGATGACTCCCATCATTTCACCACCATGGAAACGACCAAGACACCCTCTT
GCAGCTGCAATCTCACTCAACTCCGCAACTGAATCACCACCGATAGCTCGAGGAGGCTCC
TTCCTCCCACCTTCTCTTCCGGTGACATATTCATCAGACTCCACCACCTTTGGAAGTGGA
AAAGGCTCCAAAGACGTCTCTAACAGTGCTGATTCTCCTCCAACAGCACTCACAAACTCT
CTTAACCTGCACATAGTGAATGGGACCGGCTCGAAGCTGTGGTCTCCATACTCAACCGGA
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CACAGAAGCTTAGCTAGCTGACGTATCGCCTTATCAACAGCCTCCAAGCCTTTGACTTTG
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GTCCTGTAATCTCCAGTGGCTCCT

QA 1 804 1 804
DS 

RD RR3BL84JQ 757 0 0
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CTCAAATAAAATTGCAAAAAAAGTTTAGGAAACTCATACCTCAAGCTTAAGAAACTTAGT
GATGACTCCCATCATTTCACCACCATGGAAACGACCAAGACACCCTCTTGCAGCTGCAAT
CTCACTCAACTCCGCAACTGAATCACCACCGATAGCTCGAGGAGTCTCCTTCCTCCCACC
TTCTCTTCCGGTGACATATTCATCAAACTCCACTACCTTTGGAAGTGGAAAAGGCTCCAA
AGACGTCTCTAACAGTGCTGATTCTCCTCCAACAGCACTCACAAACTCTCTTAACCTGCA
CATAGTGAATGGGACCGGCTCGAAGCTGTGGTCTCCATACTCAACCGGAGTAGAGTGATC
ACCGGTCACACACAAAAAATACTGGTAGTTACCACAAGACTCAGCTTGCCACAGAAGCTT
GGCTAGCTGACGTATCGCCTTATCAACAGCCTCCAAGCCTTTGACTTTGAACATCGTCGC
CTTATCGTGACCAGCATCATCTATAGCCTTTATGTGAAGAAACCCGAAGTCATAACCCTC
CGACCTTCCCGGTTTATGCCCGTCCTCTCCCGGGACAAAGACATTGGGACAGGGGTTCAA
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TCCAGTGGCTCCTGGAGCTTCAAGAATGTCGATACCG

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

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AGTTCGAGACTTGCTGCTTCCATCCCAATGTCGACCTCTATGGCAATATTTGCTTGGACA
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BQ
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AF RR3H253TF U 1
AF RR3H253JQ C 199
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BS 750 750 RR3H253JQ
BS 751 769 RR3H253TF
BS 770 776 RR3H253JQ

RD RR3H253TF 775 0 0
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GCGGTAAATGGGCACCAAGGAAACACTCCGGCGGAGACAACCCCGGCGGCCACTGGATCG
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TCTGAACTAATGGGTTTAATGATGGGAGTTGATCCAGGGATATCTGCTTTTCCAGAGGAA
GACAATATATTCTGCTGAAAGGAACAATCACTGGAGGCAAAGATACTGTGTTTGCAGGAA
CTGAGTACAGACTCTCCCTCGCTTTCTCCAACGATTACCCTTTCAAACCTCCCAAAGTTA
AGTTCGAGACTTGCTGCTTCCATCCCAATGTCGACCTCTATGGCAATATTTGCTTGGACA
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GCCTTCTCGGAGAACCTAACATCAGCTCGCCATTGAACAATCAAGCAGCTCAGCTTTGGA
GCAATCAAAAAGAGTACAGGAAGATGGTTGAGAAGCTCTACAAACCATTGAACGCATGAT
TCTCGATGTAATTGGTACAGCTATATTATGATTTTCCAGAAGAAAGAGAAATCACTGCTT
TCAATAGATCATGTTTCTTCTACTTTGTA*TCTCAGTTCGAGCCTATAT
ATTAGC

QA 1 769 1 769
DS 

RD RR3H253JQ 578 0 0
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ATGATGGGAGTTGATCCAGGGATATCTGCTTTTCCAGAGGAAGACAATATATTCTGCTGA
AAGGAACAATCACTGGAGGCAAAGATACTGTGTTTGCAGGAACTGAGTACAGACTCTCCC
TCGCTTTCTCCAACGATTACCCTTTCAAACCTCCCAAAGTTAAGTTCGAGACTTGCTGCT
TCCATCCCAATGTCGACCTCTATGGCAATATTTGCTTGGACATTCTTCAGGATAAATGTT
CATCGGCTTACGATGTGAGGACGTTATTACTCTCGATTCAAAGCCTTCTCGGAGAACCTA
ACATCAGCTCGCCATTGAACAATCAAGCAGCTCAGCTTTGGAGCAATCAAAAAGAGTACA
GGAAGATGGTTGAGAAGCTCTACAAACCATTGAACGCATGATTCTCGATGTAATTGGTAC
AGCTATATTATGATTTTCCAGAAGAAAGAGAAATCACTGCTTTCAATAGATCATGTTTCT
TCTACTTTGTAATCTCAGTTCGAGCCTATATTATTAGC

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

CO CL9424Contig1 1234 2 4 U
GGAAGACAATCAATTCAATTTAATCCCTCCATTTAAGTTCCACATCTATCCCACGCACAC
TATGCTAAAACACGCCGTATTATTATTACACAACACAAACTTTCACTTTCTCGAGTACAA
ATGTTCTGTAACCGTTTCCTTTTTCGTTGACAGTCACATGGAAACTCCACTTCTTTCTCC
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CTACCGGTCACTTCTTCTCCTTTTACTAAGCTTCGAAACGGCATGGCGTTTAACTTCAGC
TGATCCAAACGACGAGGCGTGTTTGAAGAATCTCCGACAAAGCTTGGAGGATCCGGCGCG
TAATCTCCGGAACTGGACAGACAACGTCTTCTCCAACCCTTGTTCCGGCTTCACCTCTTA
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ACTTCGCGGCTCAATCTCTCCGTTTCTCTCCAACTGCACCAACCTCCAGTCCTTGGATCT
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CGCGTACCTGAACGTCATCGACCTCCATGATAACCAGCTCTCCGGTCAAATCCCTCAGCA
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CGCTATTGTTAATTATTCACTGCTGTTTTTTGAAACAAGAAGATTCAATATTCTTCTTGT
AATGTGTGAATTTTTTGGGTCTATTCCTTCTTTGGGATTTTCTCTATAATTTTCTTTTGA
TTCTTAACACTCATAGTTATCTTATTTCACATCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BQ18TF U 1
AF RR3BQ18JQ C 508
BS 1 692 RR3BQ18TF
BS 693 693 RR3BQ18JQ
BS 694 709 RR3BQ18TF
BS 710 1234 RR3BQ18JQ

RD RR3BQ18TF 720 0 0
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TATGCTAAAACACGCCGTATTATTATTACACAACACAAACTTTCACTTTCTCGAGTACAA
ATGTTCTGTAACCGTTTCCTTTTTCGTTGACAGTCACATGGAAACTCCACTTCTTTCTCC
AACCTTCGCCAAATCTCTCTGACTACGAGGGAGACAGATGGCGAGGAGTCACCGGTTTAG
CTACCGGTCACTTCTTCTCCTTTTACTAAGCTTCGAAACGGCATGGCGTTTAACTTCAGC
TGATCCAAACGACGAGGCGTGTTTGAAGAATCTCCGACAAAGCTTGGAGGATCCGGCGCG
TAATCTCCGGAACTGGACAGACAACGTCTTCTCCAACCCTTGTTCCGGCTTCACCTCTTA
CCTCCCCGGCGCCACCTGTAACAACGGCAGAATCTACAAGCTATCTCTCACCAACCTCTC
ACTTCGCGGCTCAATCTCTCCGTTTCTCTCCAACTGCACCAACCTCCAGTCCTTGGATCT
ATCGTCAAACCAGATCTCCGGTGACATCCCGCAGGAGATACAGTTTCTCGTAAACCTCGC
CGTACTCAACCTCTCGTCAAACCGTCTCTCTGGCGAAATCTCTCCGCAGCTAGCTCTCTG
CGCGTACCTGAACGTCATCGACCTCCATGATA*CCAGCTCTCCGGTCAA
TCCTCAGCAGC

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3BQ18JQ 727 0 0
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CCCGCAGGAGATACAGTTTCTCGTAAACCTCGCCGTACTCAACCTCTCGTCAAACCGTCT
CTCTGGCGAAATCTCTCCGCAGCTAGCTCTCTGCGCGTACCTGAACGTCATCGACCTCCA
TGATAACCAGCTCTCCGGTCAAATCCCTCAGCAGCTAGGACTCCTGGCGAGGCTGTCGGC
GTTTGACGTGTCCAACAACAAACTCTCGGGGCAGATTCCGACATACTTGTCGAATAGGAC
AGGGAGTTTTCCGAGGTTTAACGCGAGCTCGTTCGTGGGGAACAGAGGGTTGTACGGGTA
TCCGTTGCAGGAGATGGGGAAGAGCAGAGGCTTATCGGTGATGGCGATCGTTGGGATAGG
GCTTGGAAGTGGAGTGGCGAGCTTGATGATTAGTTTCACAGGTGTTTGTATTTGGTTGAG
GATCACTGAGAAGAAGATGTCTGAAGAAGAAGAAGGCAAGATTAGCCAGTCAATGCCTGA
CTATTAAAATTTAATCAAGGGTTTTGCTTAAACCGCTATTGTTAATTATTCACTGCTGTT
TTTTGAAACAAGAAGATTCAATATTCTTCTTGTAATGTGTGAATTTTTTGGGTCTATTCC
TTCTTTGGGATTTTCTCTATAATTTTCTTTTGATTCTTAACACTCATAGTTATCTTATTT
CACATCT

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

CO CL9425Contig1 649 2 3 U
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CAATATACAAACAAATATATTCAAAAGTCACAAACAAAGTTGATCTTTACAAGTTCCAAG
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TAGTCGAACTTATCTTATTCCCACTTGATCCATCAAATACTATTTCCACAATCTCGATCT
TGAGTTGAGAAAGACCTCTTTCTGCTCTCTTTCTGTTAACTGACAAGCCACCAGGTAATG
TCTCTTTGCTGACAACAATAACTTCCAACGATTCATCGACAATAGAAGGACCATATGGAT
CAGTAATGGGCTCGGTTTGTACAACCAGCTCAGGTTTGATAGACTTGACATAGTTCTCCA
CATTACGCACCCTTTCTTCAATTGGTTGTATCCTCTCTGAAAATTGCTTGCTCGTCAACA
TAGGGCCATCACATACTCCAACCACTAATCGTTCCTTGGTCAGTTCCACCGCCGCCTTGA
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ACGACCGCATCGAACGAATTCGCCGTTGAAATCTTTGGATCTTCAGCTC


BQ
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AF RR3EK26JQ U 3
AF RR3EK26TF C 1
BS 1 2 RR3EK26TF
BS 3 583 RR3EK26JQ
BS 584 649 RR3EK26TF

RD RR3EK26JQ 581 0 0
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ATATACAAACAAATATATTCAAAAGTCACAAACAAAGTTGATCTTTACAAGTTCCAAGTT
CATGATGCTTCTTGTTCAGCATGTTGTTTCTGTGTCTCTGCCTCTAACTTCCTCAAAGTA
GTCGAACTTATCTTATTCCCACTTGATCCATCAAATACTATTTCCACAATCTCGATCTTG
AGTTGAGAAAGACCTCTTTCTGCTCTCTTTCTGTTAACTGACAAGCCACCAGGTAATGTC
TCTTTGCTGACAACAATAACTTCCAACGATTCATCGACAATAGAAGGACCATATGGATCA
GTAATGGGCTCGGTTTGTACAACCAGCTCAGGTTTGATAGACTTGACATAGTTCTCCACA
TTACGCACCCTTTCTTCAATTGGTTGTATCCTCTCTGAAAATTGCTTGCTCGTCAACATA
GGGCCATCACATACTCCAACCACTAATCGTTCCTTGGTCAGTTCCACCGCCGCCTTGAGG
AAAGTCCGATGCCCGTCGTGCAATCGATCAAACGTACCGCC

QA 1 581 1 581
DS 

RD RR3EK26TF 649 0 0
TTCACCAAACAAGAAATCAGAACTATTTCAACGAGAAGCAATTAATCGAACATTTTCAGT
CAATATACAAACAAATATATTCAAAAGTCACAAACAAAGTTGATCTTTACAAGTTCCAAG
TTCATGATGCTTCTTGTTCAGCATGTTGTTTCTGTGTCTCTGCCTCTAACTTCCTCAGAG
TAGTCGAACTTATCTTATTCCCACTTGATCCATCAGATACTATTTCCACAATCTCGATCT
TGAGTTGAGAAAGACCTCTTTCTGCTCTCTTTCTGTTAACTGACAAGCCACCAGGTAATG
TCTCTTTGCTGACAACAATAACTTCCAACGATTCATCGACAATAGAAGGACCATATGGAT
CAGTAATGGGCTCGGTTTGTACAACCAGCTCAGGTTTGATAGACTTGACATAGTTCTCCA
CATTACGCACCCTTTCTTCAATTGGTTGTATCCTCTCTGAGAATTGCTTGCTCGTCAACA
TAGGGCCATCACATACTCCAACCACTAATCGTTCCTTGGTCAGTTCCACCGCCGCCTTGA
GGAAAGTCCGATGCCCGTCGTGCAATCGATCAAACGTACCGCCTAGAACGACCGCATCGA
ACGACCGCATCGAACGAATTCGCCGTTGAAATCTTTGGATCTTCAGCTC

QA 1 649 1 649
DS 



AS 1 2

CO CL9426Contig1 683 2 2 U
GGGACGGCGAGGAAGAGAGAGGATGTGGTTCACCGGCGGAGGAGCAGGAGGAGGACTAAG
GAAGCTCTGTAGAGCCTCAGCGGCTGTTTTAGAGAACGAGATAAGCTCCAACTCTCTGTT
GGTGAGATACATGTCGAGAGAACGAGCTGTAAACGTCAGAAAGATAAACCCTAAGGTTTC
GATCCAAGAAGCTCACATCATCTCCACTTCTCTCTACGATGTCTTCAAGAAACATGGTCC
TCTCTCCGTTCCCAACACTTGGCTCCGCGCTCAGGAAGCTGGGGTTAGTGGAATCAACAG
CAAAACTCATATGAAGCTGTTGCTGAAATGGATGAGAGGGAGGAAGATGCTCAAGTTAAT
CTGCAACCAAGTTGGTTCTTCTAAGAAATTTTTTCACACCATTTTACCTGAAGATCCTCA
ACAAGAGACATCACCTGTTGCTACTGCTGCTGCTACTGCGACTAAGAACAAGAAACAAAC
CTTAAAGAGAAGAAGCAAATAAATGGATATGGTCTTTCACATACTTGAGAGAGCTACTCT
CAGTAGGGGCCACATTCTGCTGTTTTTTTGTGTCCGTCTACATAGGGTTTCTGTCTTGTT
TTGATCTGGTTTTAGTCCCCAGGAAAACATTAAAGTTGCTTGTGATAGGAATTCTTGAGA
AACTCATGGCTTGTTTTGATCCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EX69TF U 1
AF RR3EX69JQ C 72
BS 1 648 RR3EX69TF
BS 649 683 RR3EX69JQ

RD RR3EX69TF 656 0 0
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GGTGAGATACATGTCGAGAGAACGAGCTGTAAACGTCAGAAAGATAAACCCTAAGGTTTC
GATCCAAGAAGCTCACATCATCTCCACTTCTCTCTACGATGTCTTCAAGAAACATGGTCC
TCTCTCCGTTCCCAACACTTGGCTCCGCGCTCAGGAAGCTGGGGTTAGTGGAATCAACAG
CAAAACTCATATGAAGCTGTTGCTGAAATGGATGAGAGGGAGGAAGATGCTCAAGTTAAT
CTGCAACCAAGTTGGTTCTTCTAAGAAATTTTTTCACACCATTTTACCTGAAGATCCTCA
ACAAGAGACATCACCTGTTGCTACTGCTGCTGCTACTGCGACTAAGAACAAGAAACAAAC
CTTAAAGAGAAGAAGCAAATAAATGGATATGGTCTTTCACATACTTGAGAGAGCTACTCT
CAGTAGGGGCCACATTCTGCTGTTTTTTTGTGTCCGTCTACATAGGGTTTCTGTCTTGTT
TTGATCTGGTTTTAGTCCCCAGGAAAACATTAAAGTTGCTTGTGATAG
AATTCTTG

QA 1 648 1 648
DS 

RD RR3EX69JQ 612 0 0
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TGTCGAGAGAACGAGCTGTAAACGTCAGAAAGATAAACCCTAAGGTTTCGATCCAAGAAG
CTCACATCATCTCCACTTCTCTTTACGATGTCTTCAAGAAACATGGTCCTCTCTCCGTTC
CCAACACTTGGCTCCGCGCTCAGGAAGCTGGGGTTAGTGGAATCAACAGCAAAACTCATA
TGAAGCTGTTGCTGAAATGGATGAGAGGGAGGAAGATGCTCAAGTTAATCTGCAACCAAG
TTGGTTCTTTTAAGAAATTTTTTCACACCATTTTACCTGAAGATCCTCAACAAGAGACAT
CACCTGTTGCTACTGCTGCTGCTACTGCGACTAAGAACAAGAAACAAACCTTAAAGAGAA
GAAGCAAATAAATGGATATGGTCTTTCACATACTTGAGAGAGCTACTCTCAGTAGGGGCC
ACATTCTGCTGTTTTTTTGTGTCCGTCTACATAGGGTTTCTGTCTTGTTTTGATCTGGTT
TTAGTCCCCAGGAAAACATTAAAGTTGCTTGTGATAGGAATTCTTGAGAAACTCATGGCT
TGTTTTGATCCT

QA 1 612 1 612
DS 



AS 1 2

CO CL9427Contig1 919 2 2 U
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ATATGGCAACCATTGAGGAAAGCTCTGATTTCGATGATATACATAAGCATCTATTTGAGG
ACCTGATGATCCCTGATGGTTTCATGGAAGATTTTGTCTTTGATGATGCTGATTTTTTCT
CAGGACTCTGGTCTCTAGAACCCTTGAACCAAGTTCCTAAACAGGAACCTGGTTCACCGG
TTCTTGATTCAGATTCCTATGTCCAAGAGTTTCTGCAAATGGAAGCAGAATCATCATCAA
CAACAACAACAACAACAACTACAACAACTACAACTACAACCACAGCATCAACTGAGGTTG
AAACTGTCTCAAACCGGAAAAGATCAAAGAGAGCTGAAGAGACAAGACATTACAGAGGCG
TGAGAAGGAGGCCGTGGGGAAAATTCGCAGCAGAGATTCGAGATCCGGCTAAGAAAGGAT
CAAGGATTTGGCTAGGCACTTTTGAGAGTGACATTGATGCTGCAAGAGCTTATGACTATG
AAGCTTTTAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTTCCTTTGGATGCAGGAAAGT
ATGATGCTCCGGTCAATTCTTGCCGGAAGAGGAGAAGAACCGATGTACCGGAGCCTCAAG
GAACAACTTCCAGTAATTCATCATCGAACTAGGGATTGGTGATGCTTAAGTTTTAATTAG
TATAGGTAAATATCTAAGTATGTGAAGTATCATGTATAGAGAGCGAAGAAAAACGTTGGA
TTAGTGTAGTTAATGTGTAATAAAGAGTTCCTGTGACAATGGAACTACTGTGTTCTTTCA
TGGCTCAAAGAGGCTCAGGATGAGTCTGAAGTATTTAATTGGTAGAGATGTCCAGAGAGT
ATGAATCAAAGAATTGAGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AV25TF U 1
AF RR3AV25JQ C 52
BS 1 765 RR3AV25TF
BS 766 919 RR3AV25JQ

RD RR3AV25TF 765 0 0
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ATATGGCAACCATTGAGGAAAGCTCTGATTTCGATGATATACATAAGCATCTATTTGAGG
ACCTGATGATCCCTGATGGTTTCATGGAAGATTTTGTCTTTGATGATGCTGATTTTTTCT
CAGGACTCTGGTCTCTAGAACCCTTGAACCAAGTTCCTAAACAGGAACCTGGTTCACCGG
TTCTTGATTCAGATTCCTATGTCCAAGAGTTTCTGCAAATGGAAGCAGAATCATCATCAA
CAACAACAACAACAACAACTACAACAACTACAACTACAACCACAGCATCAACTGAGGTTG
AAACTGTCTCAAACCGGAAAAGATCAAAGAGAGCTGAAGAGACAAGACATTACAGAGGCG
TGAGAAGGAGGCCGTGGGGAAAATTCGCAGCAGAGATTCGAGATCCGGCTAAGAAAGGAT
CAAGGATTTGGCTAGGCACTTTTGAGAGTGACATTGATGCTGCAAGAGCTTATGACTATG
AAGCTTTTAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTTCCTTTGGATGCAGGAAAGT
ATGATGCTCCGGTCAATTCTTGCCGGAAGAGGAGAAGAACCGATGTACCGGAGCCTCAAG
GAACAACTTCCAGTAATTCATCATCGAACTAGGGATTGGTGATGCTTAAGTTTTAATTAG
TATAGGTAAATATCTAAGTATGTGAAGTATCATGTATAGAGAGCG

QA 1 765 1 765
DS 

RD RR3AV25JQ 868 0 0
GAAAATAAAATATGGCAACCATTGAGGAAAGCTCTGATTTCGATGATATACATAAGCATC
TATTTGAGGAC*TGATGATCCCTGATGGTTTCATGGAAGATTTTGTCTTTGATGATGCTG
ATTTTTTCTCAGGACTCTGGTCTCTAGAACCCTTGAACCAAGTTCCTAAACAGGAACCTG
GTTCACCGGTTCTTGATTCAGATTCCTATGTCCAAGAGTTTCTGCAAATGGAAGCAGAAT
CATCATCAACAACAACAACAACAACAACTACAACAACTACAACTACAACCACAGCATCAA
CTGAGGTTGAAACTGTCTCAAACCGGAAAAGATCAAAGAGAGCTGAAGAGACAAGACATT
ACAGAGGCGTGAGAAGGAGGCCGTGGGGAAAATTCGCAGCAGAGATTCGAGATCCGGCTA
AGAAAGGATCAAGGATTTGGCTAGGCACTTTTGAGAGTGACATTGATGCTGCAAGAGCTT
ATGACTATGAAGCTTTTAAGCTCAGGGGAAGAAAAGCTGTGCTCAACTTTCCTTTGGATG
CAGGAAAGTATGATGCTCCGGTCAATTCTTGCCGGAAGAGGAGAAGAACCGATGTACCGG
AGCCTCAAGGAACAACTTCCAGTAATTCATCATCGAACTAGGGATTGGTGATGCTTAAGT
TTTAATTAGTATAGGTAAATATCTAAGTATGTGAAGTATCATGTATAGAGAGCGAAGAAA
AACGTTGGATTAGTGTAGTTAATGTGTAATAAAGAGTTCCTGTGACAATGGAACTACTGT
GTTCTTTCATGGCTCAAAGAGGCTCAGGATGAGTCTGAAGTATTTAATTGGTAGAGATGT
CCAGAGAGTATGAATCAAAGAATTGAGT

QA 1 868 1 868
DS 



AS 1 2

CO CL9428Contig1 1104 2 4 U
GGGAGTTACGACTTACGAGTCGATCAAATTGGGATTCTCTCTCTTCTCGGAGGAGCTAAG
AAGAAGGGAAGAGAGAGAGAAAATGGGGGATAAGAAGAGATGGATAGCGATGTATACGAA
GCACCTCACACAGAAGAGAAAGGTCTTTCACGATGGCTTCCTCGATCTCCACCTCGCCCG
AAAAAAGGTGTTGCTTTGCGACGAGGCAGATAATCTACTCGAAAGCAGGATGTTAAAATT
GAACGAAGTTGTGAGCTCTGGTGGACGACTCACGTTTCAAGCTTATCTTGTCGATGTTTG
CGAACCAAAGGACGAATCTGAGCCTCCTTCATCATCTGATCCAAAGCCTCAACCAAGTGT
TCAACACCGCAAACCATTTGCAGTCCTCAGGCCTAATTTCAAGAAATCTTCTCCTTCTTC
TGAGAAAAAAACTAATAATTTTGTTTCTTCAAAGAACCTCAGCCCATCTCACAAAATGAT
TAGAGCATTCAGAAAGAGAGAACTCCACAAGTTTCCCGATTCTGTTAAACCACCATTTGA
AGGCACTCCACCTCTTGGCTTAGCTAATAATGGAAGCAGTGATAACCCTCTGATCAACTC
TCCTTGTGATGGAAAGTCTGGTGCTGATTTAAGCCGCCGAGAGATTGACGAGTTTAGCAA
GGACGTTCCTCCACGTAGGCCTTTACGTGATGTAAATCAAATACTCTCCATGCTTCGGAG
ACCGAATGCTACAGCCACATGTTCTGACATTAACCCGACGACGCCAATGTCCTCAACAAA
AGTACCTCCAGAATCTGATACCAGCCAAAAAATCATAGTGGAGCCTATATCACCGAGAGC
AGCATCTAGAGATTCACTTCCCCAGCAGTTCATGGTGCGTGAAACCTCTTCACTGGCCAA
GACAAGTGCACGCACAATGACTCATCTGAACTCGGCCTCTCCTCCGAGTTTTGACCTTGG
AATATGAAACCCCCACTCTCTCATTTTACACAAGTTCCTCCCTGAACTGTATAACTTTTT
CTTTTATGAAATGAACTATACGGGAACAAAGATATGTAGTTTTATGTCCGACTGAAAAAA
ACTGACGAGCCAGATCCAAAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3F272TF U 1
AF RR3F272JQ C 450
BS 1 678 RR3F272TF
BS 679 679 RR3F272JQ
BS 680 787 RR3F272TF
BS 788 1104 RR3F272JQ

RD RR3F272TF 787 0 0
GGGAGTTACGACTTACGAGTCGATCAAATTGGGATTCTCTCTCTTCTCGGAGGAGCTAAG
AAGAAGGGAAGAGAGAGAGAAAATGGGGGATAAGAAGAGATGGATAGCGATGTATACGAA
GCACCTCACACAGAAGAGAAAGGTCTTTCACGATGGCTTCCTCGATCTCCACCTCGCCCG
AAAAAAGGTGTTGCTTTGCGACGAGGCAGATAATCTACTCGAAAGCAGGATGTTAAAATT
GAACGAAGTTGTGAGCTCTGGTGGACGACTCACGTTTCAAGCTTATCTTGTCGATGTTTG
CGAACCAAAGGACGAATCTGAGCCTCCTTCATCATCTGATCCAAAGCCTCAACCAAGTGT
TCAACACCGCAAACCATTTGCAGTCCTCAGGCCTAATTTCAAGAAATCTTCTCCTTCTTC
TGAGAAAAAAACTAATAATTTTGTTTCTTCAAAGAACCTCAGCCCATCTCACAAAATGAT
TAGAGCATTCAGAAAGAGAGAACTCCACAAGTTTCCCGATTCTGTTAAACCACCATTTGA
AGGCACTCCACCTCTTGGCTTAGCTAATAATGGAAGCAGTGATAACCCTCTGATCAACTC
TCCTTGTGATGGAAAGTCTGGTGCTGATTTAAGCCGCCGAGAGATTGACGAGTTTAGCAA
GGACGTTCCTCCACGTAG*CCTTTACGTGATGTAAATCAAATACTCTCCATGCTTCGGAG
ACCGAATGCTACAGCCACATGTTCTGACATTAACCCGACGACGCCAATGTCCTCAACAAA
AGTACCT

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3F272JQ 655 0 0
CAAAGAACCTCAGCCCATCTCACAAAATGATTAGAGCATTCAGAAAGAGAGAACTCCACA
AGTTTCCCGATTCTGTTAAACCACCATTTGAAGGCACTCCACCTCTTGGCTTAGCTAATA
ATGGAAGCAGTGATAACCCTCTGATCAACTCTCCTTGTGATGGAAAGTCTGGTGCTGATT
TAAGCCGCCGAGAGATTGACGAGTTTAGCAAGGACGTTCCTCCACGTAGGCCTTTACGTG
ATGTAAATCAAATACTCTCCATGCTTCGGAGACCGAATGCTACAGCCACATGTTCTGACA
TTAACCCGACGACGCCAATGTCCTCAACAAAAGTACCTCCAGAATCTGATACCAGCCAAA
AAATCATAGTGGAGCCTATATCACCGAGAGCAGCATCTAGAGATTCACTTCCCCAGCAGT
TCATGGTGCGTGAAACCTCTTCACTGGCCAAGACAAGTGCACGCACAATGACTCATCTGA
ACTCGGCCTCTCCTCCGAGTTTTGACCTTGGAATATGAAACCCCCACTCTCTCATTTTAC
ACAAGTTCCTCCCTGAACTGTATAACTTTTTCTTTTATGAAATGAACTATACGGGAACAA
AGATATGTAGTTTTATGTCCGACTGAAAAAAACTGACGAGCCAGATCCAAAGTTT

QA 1 655 1 655
DS 



AS 1 2

CO CL9429Contig1 927 2 4 U
AGGTTGCATCGATATTCTTGACAGCTGCACTTGGAATCCCAGAAGGCATGATCCCAGTTC
AGCTTCTGTGGGTGAATCTGGTAACAGACGGTCCTCCAGCTACTGCTTTGGGATTCAATC
CCCCTGACAAGGATATCATGAAGAAGCCTCCTCGCAGAAGCGATGACTCGCTTATCACTG
CCTGGATCCTCTTCCGCTATCTGGTGATTGGTATGTATGTGGGAGTAGCAACAGTGGGAG
TATTCATCATATGGTACACACACAGCAGCTTCATGGGCATAGACTTGAGCCAAGATGGTC
ACAGCTTAGTGAGCTATACACAGCTAGCACATTGGGGTCAGTGCTCATCATGGGAAGGCT
TCAAAGTCTCACCTTTCACAGCTGGCACTCAGACTTTCACCTTCGACTCAAACCCGTGCG
AGTATTTCCAACAGGGGAAAATCAAAGCGTCCACGCTCTCCCTCTCGGTGTTGGTGGCGA
TTGAAATGTTCAACTCCTTGAACGCGCTCTCAGAGGACGGTAGCCTCGTGACGATGCCGC
CGTGGGTGAACCCGTGGCTGCTGCTGGCGATGGCGGTGTCGTTTGGGCTACATTTTGTGA
TACTGTACGTGCCCTTCTTGGCTCAGGTGTTTGGGATAGTGCCGCTGAGTCTACACGAGT
GGCTGCTAGTGTTGGCTGTGTCGCTTCCCGGTGATACTGATAGATGAAGTTCTCAAGTTT
GTAGGAAGGTTGACCAGTGGATACCGCTACGCACGTCGCACTCCCTCTGTGAAGCAAAAG
GAGGAGTAAGAAGATTTGTAAACGAAAGGCATATTATTTATTTAAAGACTCTAGTTTTAG
CTTTAATATTATTCACTTTGTTGCTTTAACTCAATGTCAGCGTCGTTGGTTATTTTAAAT
TTTCCAAACGATTCCATTTGGATTGAT


BQ
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AF RR3AI30TF U 1
AF RR3AI30JQ C 190
BS 1 625 RR3AI30TF
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BS 627 758 RR3AI30TF
BS 759 927 RR3AI30JQ

RD RR3AI30TF 758 0 0
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AGCTTCTGTGGGTGAATCTGGTAACAGACGGTCCTCCAGCTACTGCTTTGGGATTCAATC
CCCCTGACAAGGATATCATGAAGAAGCCTCCTCGCAGAAGCGATGACTCGCTTATCACTG
CCTGGATCCTCTTCCGCTATCTGGTGATTGGTATGTATGTGGGAGTAGCAACAGTGGGAG
TATTCATCATATGGTACACACACAGCAGCTTCATGGGCATAGACTTGAGCCAAGATGGTC
ACAGCTTAGTGAGCTATACACAGCTAGCACATTGGGGTCAGTGCTCATCATGGGAAGGCT
TCAAAGTCTCACCTTTCACAGCTGGCACTCAGACTTTCACCTTCGACTCAAACCCGTGCG
AGTATTTCCAACAGGGGAAAATCAAAGCGTCCACGCTCTCCCTCTCGGTGTTGGTGGCGA
TTGAAATGTTCAACTCCTTGAACGCGCTCTCAGAGGACGGTAGCCTCGTGACGATGCCGC
CGTGGGTGAACCCGTGGCTGCTGCTGGCGATGGCGGTGTCGTTTGGGCTACATTTTGTGA
TACTGTACGTGCCCTTCTTGGCTCATGTGTTTGGGATAGTGCCGCTGAGTCTACACGAGT
GGCTGCTAGTGTTGGCTGTGTCGCTTCCCGGTGATACTGATAGATGAAGTTCTCAAGTTT
GTAGGAAGGTTGACCAGTGGATACCGCTACGCACGTCG

QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3AI30JQ 738 0 0
TCTTCCGCTATCTGGTGATTGGTATGTATGTGGGAGTAGCAACAGTGGGAGTATTCATCA
TATGGTACACACACAGCAGCTTCATGGGCATAGACTTGAGCCAAGATGGTCACAGCTTAG
TGAGCTATACACAGCTAGCACATTGGGGTCAGTGCTCATCATGGGAAGGCTTCAAAGTCT
CACCTTTCACAGCTGGCACTCAGACTTTCACCTTCGACTCAAACCCGTGGGAGTATTTCC
AACAGGGGAAAATCAAAGCGTCCACGCTCTCCCTCTCGGTGTTGGTGGCGATTGAAATGT
TCAACTCCTTGAACGCGCTTTCAGAGGACGGTAGCCTCGTGACGATGCCGCCGTGGGTGA
ACCCGTGGCTGCTGCTGGCGATGGCGGTGTCGTTTGGGCTACATTTTGTGATACTGTACG
TGCCCTTCTTGGCTCAGGTGTTTGGGATAGTGCCGCTGAGTCTACACGAGTGGCTGCTAG
TGTTGGCTGTGTCGCTTCC*GGTGATACTGATAGATGAAGTTCTCAAGTTTGTAGGAAGG
TTGACCAGTGGATACCGCTACGCACGTCGCACTCCCTCTGTGAAGCAAAAGGAGGAGTAA
GAAGATTTGTAAACGAAAGGCATATTATTTATTTAAAGACTCTAGTTTTAGCTTTAATAT
TATTCACTTTGTTGCTTTAACTCAATGTCAGCGTCGTTGGTTATTTTAAATTTTCCAAAC
GATTCCATTTGGATTGAT

QA 1 738 1 738
DS 



AS 1 2

CO CL9430Contig1 858 2 8 U
GGGACGGTCGAGATTTGTAGCCGTTTCTATAATGGATCGCGTTACGTTTTCCATTGATTC
AACTTCATTAAGGAGATCTTAACTATTTCAATACACTGCAACCAAGATCAGTCATTCAAT
GAATCTTATCCCTCCTCCAAGTAGTAGATTTCCACCTATAAAAAAATTCAGACCCATCCC
TTGAGAATCATTCTCACGCTTCCAAAAGCTTTTGTAAATTTCGTCTCTCTGATTCGAGAG
TTTCCCGTGTTGCTCGGAATTGTTATGTTGCTCGATCTTACCAGAGCATTCGGATCTAGA
TCTGGCGGGGTTGGGCGGTTCCAGTAAGCAACATAGCTTGGATCGCTTCATATCGGTGGT
GGCAACGACAACTAACAAAGCCAACTCCCGAGAATGCTGGTGGTTTCATTGATTAAGATT
CCGCCTACACAAGCAGTGGAGCTTCTCTATTTGAGTGATTCGTCGTCTTCCTAAGCGGTG
AACAACAGTTTAGATCCACCGCCGCTTCACCTTACCGGACATACTTCCCTTCGAACTCAG
CCATCTTGGATCCTTCTCGGTGATTGCTGATGAGTTGCAGCAAAACGGTAACGTCTCCCG
TGAAATTATTACTAGAAGTTGGGTACCTTCTAACTCCGACTCTAATCTGGATAGAGTAAA
AAAATAATAGAAAACTAATAACTTTATACAAACGCTGAAAATGGATGCTTTTCTGATTAT
CAGGTATGCAACACCTGTAACAAATGACTGGTGAGTGTCTCTGCAAGGATTTTGGATGAG
TTTTGTTTCTTTTTTGTCTTTTTTGGATGGATTTTGTTAAATATGCATAGCGTGCATTCG
TAATTCATAGTGCTTCAC


BQ
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QA 1 675 1 675
DS 



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AF RR3EC29TF U 1
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ATTATTACTCAAAACTAAGCTTTATTCCTTTGC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

CO CL9432Contig1 573 2 1 U
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AF RR3GG26JQ C 1
AF RR3GG26TF U 1
BS 1 573 RR3GG26TF

RD RR3GG26JQ 573 0 0
TGAGAGTCGAGACAATTGGAGATACCATCCGCCCTATTCTCATGGTGGTTCATGATATCA
TGACAGACAAAAAGGCTCTTATCAATCAAGCTCATACAGTGGCCATCAACACCGTGACTA
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TTTTCACTATAAGCAGCATTCGGAAGGTCCTGCTCCAGTAGCAATGAGAGATCCCCCAGG
CACGTGGCATCAAAGGTGAGTTACAGAGATGGACTGGTGAGTGGTACGCCAGAGGTTATG
TGTGATGTAATTTGAAGAGTGACTTTTTTTTCTATGAAGAAGGAAAAGGGAGACCATGAT
GTACATATGATGATGATGGATGGTATAACTATTTGCCAACAAAACAAAAACAGAAGTTGT
GAGAATATTTTGGGTAAAAGCCTTATTGTAGAGAGAGACGAGAAAAAGAGTGATTTATTT
AGGTAGTAAAGGGCATATAATATTTACCCTCACCAATTTGTGTTTTTGTTACTAATATTG
ATGTGTTCATTTGAATGATGAAAGCTTTTTAGC

QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3GG26TF 573 0 0
TGAGAGTCGAGACAATTGGAGATACCATCCGCCCTATTCTCATGGTGGTTCATGATATCA
TGACAGACAAAAAGGCTCTTATCAATCAAGCTCATACAGTGGCCATCAACACCGTGACTA
CGGAAGGTTTGAGAACGACAGGTGGAGTCATTCTCCGCGTGCATATAACAACAGACACTC
TTTTCACTATAAGCAGCATTCGGAAGGTCCTGCTCCAGTAGCAATGAGAGATCCCCCAGG
CACGTGGCATCAAAGGTGAGTTACAGAGATGGACTGGTGAGTGGTACGCCAGAGGTTATG
TGTGATGTAATTTGAAGAGTGACTTTTTTTTCTATGAAGAAGGAAAAGGGAGACCATGAT
GTACATATGATGATGATGGATGGTATAACTATTTGCCAACAAAACAAAAACAGAAGTTGT
GAGAATATTTTGGGTAAAAGCCTTATTGTAGAGAGAGACGAGAAAAAGAGTGATTTATTT
AGGTAGTAAAGGGCATATAATATTTACCCTCACCAATTTGTGTTTTTGTTACTAATATTG
ATGTGTTCATTTGAATGATGAAAGCTTTTTAGC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 1 2

CO CL9433Contig1 1023 2 4 U
GGCTCAAGGCTTTACCGAATTTGCAAGTCCTTATCCTCAGTTCAAACAAGTTTTATGGTT
CGATATCTCCTCCTGATCACGGTCCTCTCGGGTTTCCACAGCTAGGAATATTTGAGATAT
CTGATAATAATTTTACTGGAAGCTTGCCACCAACATACTTTGTGAACTGGAAAACGTCAC
CACTTACCACAAACGAAGATGTAGGTGTATATATGGTATACCTATCAGCTGGGAGAGTGG
GCTATCCCCACAAGGAGACTATTGATTTGCGATACAAAGGTCTATCAATGGAGCAAGAGA
AGGTCCTTACTTCCTACGCAGCCATTGATTTTTCAGGGAATAGAATTGAAGGACAGATTC
CTGAATCAATTGGTCTAATAAAGACATTGATAGCACTCAACTTATCAAACAACGCCTTCA
CAGGCCGTATTCCTCTGTCTCTCTCCAATCTTGGCAAGCTAGAGTCACTAGACCTATCAA
GCAACCAACTCTCAGGGACCATTCCTAATGGCCTTGGGAGCCTCTCATTTTTTGCGTACA
TAAATGTGTCTCACAACCAGCTCAAAGGTGAAATACCACAAAGAACACAGATTACGGGTC
AACCTAAATCTTCATTTGAGGGGAATGCAGGGCTTTGTGGTCTTCCTCTACAGGACAATT
GCTTTGGGACTATTGCTCCACCGATACAACAACCTCCTGAAGAAGAAGGAGAAGAGGAAG
AAGTGTTGAACTGGAAAAGTGTGGCAATAGGGTATGGACCTGGAGTGTTGCTTGGACTTG
CGATAGCACACCTCATTGCTACATACAAACCAGAGTGGCTCGTTAAGATAATTGGTCCGA
ACAAGCGCAGAAGCCGTTAGGAATGTTTTCACTTTGAGTATGATCCTTCAATGTATGTCA
AGTGGCTGGTTGATGTGATTCCTCTTGTATGGAAGCATCTCTTTTATGTTTGTTGTATCA
TTATCTGATGCTTTGTTTGTGTTTCGTTTTCTATAAAGTAGGAATGACGAATGTTTTATA
GTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 

AF RR3EI80TF U 1
AF RR3EI80JQ C 420
BS 1 645 RR3EI80TF
BS 646 646 RR3EI80JQ
BS 647 688 RR3EI80TF
BS 689 1023 RR3EI80JQ

RD RR3EI80TF 697 0 0
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CGATATCTCCTCCTGATCACGGTCCTCTCGGGTTTCCACAGCTAGGAATATTTGAGATAT
CTGATAATAATTTTACTGGAAGCTTGCCACCAACATACTTTGTGAACTGGAAAACGTCAC
CACTTACCACAAACGAAGATGTAGGTGTATATATGGTATACCTATCAGCTGGGAGAGTGG
GCTATCCCCACAAGGAGACTATTGATTTGCGATACAAAGGTCTATCAATGGAGCAAGAGA
AGGTCCTTACTTCCTACGCAGCCATTGATTTTTCAGGGAATAGAATTGAAGGACAGATTC
CTGAATCAATTGGTCTAATAAAGACATTGATAGCACTCAACTTATCAAACAACGCCTTCA
CAGGCCGTATTCCTCTGTCTCTCTCCAATCTTGGCAAGCTAGAGTCACTAGACCTATCAA
GCAACCAACTCTCAGGGACCATTCCTAATGGCCTTGGGAGCCTCTCATTTTTTGCGTACA
TAAATGTGTCTCACAACCAGCTCAAAGGTGAAATACCACAAAGAACACAGATTACGGGTC
AACCTAAATCTTCATTTGAGGGGAATGCAGGGCTTTGTGGTCTTC*TCTACAGGACAATT
GCTTTGGGACTATTGCTCCACCGATACA
CACTCTGAG

QA 1 688 1 688
DS 

RD RR3EI80JQ 604 0 0
ACAGGCCGTATTCCTCTGTCTCTCTCCAATCTTGGCAAGCTAGAGTCACTAGACCTATCA
AGCAACCAACTCTCAGGGACCATTCCTAATGGCCTTGGGAGCCTCTCATTTTTTGCGTAC
ATAAATGTGTCTCACAACCAGCTCAAAGGTGAAATACCACAAGGAACACAGATTACGGGT
CAACCTAAATCTTCATTTGAGGGGAATGCAGGGCTTTGTGGTCTTCCTCTACAGGACAAT
TGCTTTGGGACTATTGCTCCACCGATACAACAACCTCCTGAAGAAGAAGGAGAAGAGGAA
GAAGTGTTGAACTGGAAAAGTGTGGCAATAGGGTATGGACCTGGAGTGTTGCTTGGACTT
GCGATAGCACACCTCATTGCTACATACAAACCAGAGTGGCTCGTTAAGATAATTGGTCCG
AACAAGCGCAGAAGCCGTTAGGAATGTTTTCACTTTGAGTATGATCCTTCAATGTATGTC
AAGTGGCTGGTTGATGTGATTCCTCTTGTATGGAAGCATCTCTTTTATGTTTGTTGTATC
ATTATCTGATGCTTTGTTTGTGTTTCGTTTTCTATAAAGTAGGAATGACGAATGTTTTAT
AGTC

QA 1 604 1 604
DS 



AS 1 2

CO CL9434Contig1 1095 2 2 U
GGATCTTTTGAATATTCGTTTTCGTTTCAAACAGAAAAAGTTACGTTTCAGACCGCGTCG
ATCGATTTCCACCATTTTCACCATGACAAGTGTAAAAGTGAGCAATGTATCTCTAGGAGC
AACCGAGCGTGACCTCAAGGAGTTCTTTTCCTTCTCCGGCGATATTCTCTACCTTGAGAC
CCACAGCGAGACAGAAAGGTCTAAGTTGGCATATGTCACTTTCAAGGATCTACAAGGAGC
TGAAACTGCTGTTCTTCTCTCGGGAGCAACGATTGTTGATTCTTCAGTCATTGTCACTAT
GGCCCCTGATTACCAACTATCCCCTGAGGCTTTAACCTCTTTGGAACCCAAAGACAGCAG
CAAATCTCAATCATCCGTGTTGAGAAAAGCCGAAGACGTTGTCAGCAGCATGCTCGCCAA
GGGATTCATCCTCGGCAAAGACGCCATCGCCAAAGCCAAGAGCGTCGACGAGAAACACCA
GCTGACATCCACGGCGTCGGCCAGAGTCGCGTCCCTCGACAAGAAGATCGGTTTCGCCGA
GAGGATCAGCACGGGAACGGTCGCCGTGGGGGAGAAAGTCAGGGAGGTCGATCACAAGTA
CCAAGTCTCGGACAAAACCAAATCGGCGATCGCTGCGGCGGAGCAGACGGTGAGCAACGC
AGGCTCGGCTATCATGAAGAACCGGTACGTTCTCACGGGCGCCACGTGGGTCACGGGAGC
TTTCGGCAGAGTGGCTAAAGCTGCGGAGGAAGTTGGACAGATGGCGAAAGAGAAGGTTGG
TTTGGCTGAGGAAGAGGATAAGAGGAAAGTGGTTGATGAGTTTGTACAAGAATCAAAACT
CTCTGAGTCTCTTGAAGCAAAGAAAGAATCTGAAGAACATCAGGAGCCCCCGCAAGCTCC
TACACCTGTGGCTCCGGCTCAACCTTAAGATATGCTATGCAGGCAAGTAAAAAGATCTTT
TTAATTCTTGTTGTAAACTGTAATACTTGGAGCTAATCCCTCCTGAAGATCTAGCTTGCT
ATTTAGGACCAAGACATGTGTTCTTGCAACATTGGATCCAAGGTTTGGTTTGGAAAATAA
AATAATTTTGTAACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3A292TF U 1
AF RR3A292JQ C 485
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BS 573 1095 RR3A292JQ

RD RR3A292TF 573 0 0
GGATCTTTTGAATATTCGTTTTCGTTTCAAACAGAAAAAGTTACGTTTCAGACCGCGTCG
ATCGATTTCCACCATTTTCACCATGACAAGTGTAAAAGTGAGCAATGTATCTCTAGGAGC
AACCGAGCGTGACCTCAAGGAGTTCTTTTCCTTCTCCGGCGATATTCTCTACCTTGAGAC
CCACAGCGAGACAGAAAGGTCTAAGTTGGCATATGTCACTTTCAAGGATCTACAAGGAGC
TGAAACTGCTGTTCTTCTCTCGGGAGCAACGATTGTTGATTCTTCAGTCATTGTCACTAT
GGCCCCTGATTACCAACTATCCCCTGAGGCTTTAACCTCTTTGGAACCCAAAGACAGCAG
CAAATCTCAATCATCCGTGTTGAGAAAAGCCGAAGACGTTGTCAGCAGCATGCTCGCCAA
GGGATTCATCCTCGGCAAAGACGCCATCGCCAAAGCCAAGAGCGTCGACGAGAAACACCA
GCTGACATCCACGGCGTCGGCCAGAGTCGCGTCCCTCGACAAGAAGATCGGTTTCGCCGA
GAGGATCAGCACGGGAACGGTCGCCGTGGGGG
G

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3A292JQ 611 0 0
ACATCCACGGCGTCGGCCAGAGTCGCGTCCCTCGACAAGAAGATCGGTTTCGCCGAGAGG
ATCAGCACGGGAACGGTCGCCGTGGGGGAGAAAGTCAGGGAGGTCGATCACAAGTACCAA
GTCTCGGACAAAACCAAATCGGCGATCGCTGCGGCGGAGCAGACGGTGAGCAACGCAGGC
TCGGCTATCATGAAGAACCGGTACGTTCTCACGGGCGCCACGTGGGTCACGGGAGCTTTC
GGCAGAGTGGCTAAAGCTGCGGAGGAAGTTGGACAGATGGCGAAAGAGAAGGTTGGTTTG
GCTGAGGAAGAGGATAAGAGGAAAGTGGTTGATGAGTTTGTACAAGAATCAAAACTCTCT
GAGTCTCTTGAAGCAAAGAAAGAATCTGAAGAACATCAGGAGCCCCCGCAAGCTCCTACA
CCTGTGGCTCCGGCTCAACCTTAAGATATGCTATGCAGGCAAGTAAAAAGATCTTTTTAA
TTCTTGTTGTAAACTGTAATACTTGGAGCTAATCCCTCCTGAAGATCTAGCTTGCTATTT
AGGACCAAGACATGTGTTCTTGCAACATTGGATCCAAGGTTTGGTTTGGAAAATAAAATA
ATTTTGTAACC

QA 1 611 1 611
DS 



AS 1 2

CO CL9435Contig1 654 2 3 U
GGAGGAACGGAAATGGAAGAAAGAATGATAATGGAGAAAATACGAGAGCATCTTCAGCTG
AGCGAAGACGTCGACGTCGGCGACGCACCCCGAAAAGCAGAGAAAGGAAGAAGCTTCTAC
GAGGATTTCAGCCTCAGAGGCATCCGAGTCAACCGAGTCGACCTGGTTTCGTTTCCTGCT
CTTTCAAGGTTCCTCTCCGTTTGACGGACAGAGAAGGGTATCTAGCAAATGGTGCAATTG
CAAATCTTGTTGATGAAGTTGGTGGAGTAGTTGTACATGTAGAAGGTTTACCTATGAATG
TTTCAGTGGACATGTCCATTGCTTTCCTTTCAAAAGCTAAGCTTGGTGAGGAACTGGAGA
TAACATCGAGAGTGATGGGAGAGAGAGGAGGTTATAAAGGAACGATCGTTGTTGTGAGAA
ACAAGATGACCGGAGAGATTATTGCTGAAGGTCGCCATTCTTTGTTTGGCAGACAACCTA
GTAAGCTCTGAGGTTGAAGCTTTCTCTGATTCTCTCGTGGTACTGTATAAGATGATTTTA
AAACTTGTTTGACTATTACCTTTTGTGTTAAGTCATTTTCTCTTTTTCTGATTGTGAAAA
TAAAACCTTTGTATGTAGATAGTTTATAGTTGTCAAAAAAAAAAGATAGTTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3DH44TF U 1
AF RR3DH44JQ C 77
BS 1 643 RR3DH44TF
BS 644 644 RR3DH44JQ
BS 645 654 RR3DH44TF

RD RR3DH44TF 654 0 0
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AGCGAAGACGTCGACGTCGGCGACGCACCCCGAAAAGCAGAGAAAGGAAGAAGCTTCTAC
GAGGATTTCAGCCTCAGAGGCATCCGAGTCAACCGAGTCGACCTGGTTTCGTTTCCTGCT
CTTTCAAGGTTCCTCTCCGTTTGACGGACAGAGAAGGGTATCTAGCAAATGGTGCAATTG
CAAATCTTGTTGATGAAGTTGGTGGAGTAGTTGTACATGTAGAAGGTTTACCTATGAATG
TTTCAGTGGACATGTCCATTGCTTTCCTTTCAAAAGCTAAGCTTGGTGAGGAACTGGAGA
TAACATCGAGAGTGATGGGAGAGAGAGGAGGTTATAAAGGAACGATCGTTGTTGTGAGAA
ACAAGATGACCGGAGAGATTATTGCTGAAGGTCGCCATTCTTTGTTTGGCAGACAACCTA
GTAAGCTCTGAGGTTGAAGCTTTCTCTGATTCTCTCGTGGTACTGTATAAGATGATTTTA
AAACTTGTTTGACTATTACCTTTTGTGTTAAGTCATTTTCTCTTTTTCTGATTGTGAAAA
TAAAACCTTTGTATGTAGATAGTTTATAGTTGTCAAAAAAAAA*GATAGTTTAT

QA 1 654 1 654
DS 

RD RR3DH44JQ 578 0 0
TCGGCGACGCACCCCGAAAAGCAGAGAAAGGAAGAAGCTTCTACGAGGATTTCAGCCTCA
GAGGCATCCGAGTCAACCGAGTCGACCTGGTTTCGTTTCCTGCTCTTTCAAGGTTCCTCT
CCGTTTGACGGACAGAGAAGGGTATCTAGCAAATGGTGCAATTGCAAATCTTGTTGATGA
AGTTGGTGGAGTAGTTGTACATGTAGAAGGTTTACCTATGAATGTTTCAGTGGACATGTC
CATTGCTTTCCTTTCAAAAGCTAAGCTTGGTGAGGAACTGGAGATAACATCGAGAGTGAT
GGGAGAGAGAGGAGGTTATAAAGGAACGATCGTTGTTGTGAGAAACAAGATGACCGGAGA
GATTATTGCTGAAGGTCGCCATTCTTTGTTTGGCAGACAACCTAGTAAGCTCTGAGGTTG
AAGCTTTCTCTGATTCTCTCGTGGTACTGTATAAGATGATTTTAAAACTTGTTTGACTAT
TACCTTTTGTGTTAAGTCATTTTCTCTTTTTCTGATTGTGAAAATAAAACCTTTGTATGT
AGATAGTTTATAGTTGTCAAAAAAAAAAGATAGTTTAT

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

CO CL9436Contig1 1322 2 4 U
GGCCTGAATCTCAGCAAGAAGCAGGCGAATCTCTGGATGATGCAGAGCTCTAATCGATCC
CCTCCTCCAGATGACCGACCGAGTAAGATCCAGCGTTCGAGTTTGATTCTGGATCCAAAA
AGCGGATCTCCGTTGCTGTTGCTGTGTCCAGAAGAGGGCGGTTGTCGTCTGTACAACCCA
GAGGAAGACAGGGTTTACGAGACGAAGAGGGACTTTTCCGGGTATCGATTCCTCGGAAAC
TCGGGTAAGTGGTTCCTTGTGGCGGATTCTAAATCCAATCTCTATATAGTAGATGTGTTA
CGCGATGAGAAGATAGAACTCCCACGTCTAGAGCTGGTGTCGGAAGATGATGGTTGCGCT
CATAATCTCAAGCCATCAGGAGATGATGGAGATTTTAACGAGACGTTGGTTGGTACTAGA
AACTATGGGATTCGTAGATCTGCAGAAGATCTGAGGGGTCGAGTGTGGGTAGACGAGAAA
ACGGGAGACTACGTTGTGGTGTGTCGTTTCGACAGATGCGACTATATGCGATTTTGCAAG
AGAGGGGATGATCGTTACCGCGAGATTCAAACACGGGTTGTTGCTAACGTGTTTTTAAAA
GGCTTGGATGATATGGTACTCCATGGCTATAATCTTTACGTCTTTACTCCCCGCGGCTCC
CTTCGACACATAGATTTGTCTGGAAAAGACGGTTTTGGTTTTGAGGATGTCATAAAGCAT
CCCATGTTTACATGGTATAGGCCATCTCCAAGTGCAGAAGAAGAGGAACGAGTGAGATCA
TACAAGCTCATCTCAGAACGCGAAAACATTGCTCTTGTTACACGATCAGGAGAGGTTTTG
TTTGTCCATAACTACGCTTATTACGAGTCTAATTCTTCCACCTTTGAAAAGCATAGGATG
TTCCGCGTGTACAAGAGGCAACTTAAAAATCAAGAAGAAGACCCCAAGACCTACAAGCCT
AGGCTTCTTGAGGTGGATTCTCTAGGTGATGAGGCACTGTTTCTTGATTTGGGTATCACC
GTACCTGCTGACACTGCACTTGGTATCGAGCCAAACTCCATCTATTTCACCCGTGATGAC
CGCTTCCGTCACATGCCACGTTCATTCCTCGACATTTGCGTCTACAACCTTGCAACAAAG
ACCATCAAACGTTTCTCCACCCTCTCCTCCAACAACTTAAAAATAAAGGACGCTCAGTGG
TTTATCCCCTCTTGATAGAGATTTAGAGCTCTGCTTTGTTAACCTTTTTTTTCTTTTAAT
AAAAAATCTATGACATTGTCAGTGCTTATTTAGAAATCCAAATCATCACGCTCGTTGGAA
GC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 

AF RR3AJ18TF U 1
AF RR3AJ18JQ C 499
BS 1 740 RR3AJ18TF
BS 741 741 RR3AJ18JQ
BS 742 761 RR3AJ18TF
BS 762 1322 RR3AJ18JQ

RD RR3AJ18TF 761 0 0
GGCCTGAATCTCAGCAAGAAGCAGGCGAATCTCTGGATGATGCAGAGCTCTAATCGATCC
CCTCCTCCAGATGACCGACCGAGTAAGATCCAGCGTTCGAGTTTGATTCTGGATCCAAAA
AGCGGATCTCCGTTGCTGTTGCTGTGTCCAGAAGAGGGCGGTTGTCGTCTGTACAACCCA
GAGGAAGACAGGGTTTACGAGACGAAGAGGGACTTTTCCGGGTATCGATTCCTCGGAAAC
TCGGGTAAGTGGTTCCTTGTGGCGGATTCTAAATCCAATCTCTATATAGTAGATGTGTTA
CGCGATGAGAAGATAGAACTCCCACGTCTAGAGCTGGTGTCGGAAGATGATGGTTGCGCT
CATAATCTCAAGCCATCAGGAGATGATGGAGATTTTAACGAGACGTTGGTTGGTACTAGA
AACTATGGGATTCGTAGATCTGCAGAAGATCTGAGGGGTCGAGTGTGGGTAGACGAGAAA
ACGGGAGACTACGTTGTGGTGTGTCGTTTCGACAGATGCGACTATATGCGATTTTGCAAG
AGAGGGGATGATCGTTACCGCGAGATTCAAACACGGGTTGTTGCTAACGTGTTTTTAAAA
GGCTTGGATGATATGGTACTCCATGGCTATAATCTTTACGTCTTTACTCCCCGCGGCTCC
CTTCGACACATAGATTTGTCTGGAAAAGACGGTTTTGGTTTTGAGGATGTCATAAAGCAT
CCCATGTTTACATGGTATAG*CCATCTCCAAGTGCAGAAGA

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3AJ18JQ 824 0 0
GTGTGTCGTTTCGACAGATGCGACTATATGCGATTTTGCAAGAGAGGGGATGATCGTTAC
CGCGAGATTCAAACACGGGTTGTTGCTAACGTGTTTTTAAAAGGCTTGGATGATATGGTA
CTCCATGGCTATAATCTTTACGTCTTTACTCCCCGCGGCTCCCTTCGACACATAGATTTG
TCTGGAAAAGACGGTTTTGGTTTTGAGGATGTCATAAAGCATCCCATGTTTACATGGTAT
AGGCCATCTCCAAGTGCAGAAGAAGAGGAACGAGTGAGATCATACAAGCTCATCTCAGAA
CGCGAAAACATTGCTCTTGTTACACGATCAGGAGAGGTTTTGTTTGTCCATAACTACGCT
TATTACGAGTCTAATTCTTCCACCTTTGAAAAGCATAGGATGTTCCGCGTGTACAAGAGG
CAACTTAAAAATCAAGAAGAAGACCCCAAGACCTACAAGCCTAGGCTTCTTGAGGTGGAT
TCTCTAGGTGATGAGGCACTGTTTCTTGATTTGGGTATCACCGTACCTGCTGACACTGCA
CTTGGTATCGAGCCAAACTCCATCTATTTCACCCGTGATGACCGCTTCCGTCACATGCCA
CGTTCATTCCTCGACATTTGCGTCTACAACCTTGCAACAAAGACCATCAAACGTTTCTCC
ACCCTCTCCTCCAACAACTTAAAAATAAAGGACGCTCAGTGGTTTATCCCCTCTTGATAG
AGATTTAGAGCTCTGCTTTGTTAACCTTTTTTTTCTTTTAATAAAAAATCTATGACATTG
TCAGTGCTTATTTAGAAATCCAAATCATCACGCTCGTTGGAAGC

QA 1 824 1 824
DS 



AS 1 2

CO CL9437Contig1 721 2 2 U
GAACGGCGAAAGACGTCGCCGTCGAGGGGTTCTGCATGAACCTGTGCGGGACTCACGGCG
CGAAAACCAGCTCCGTTAACAGCGGAGCTTACGTGTGGGTCGGTAACTCTGAGACGCAGT
GCGCTGGCTACTGCGCGTGGCCGTTTCGTCAGCCTATCTACGGACCTCAGTCTCCGCCGT
TGATCGCACCTAACGGAGACGTCGGAGTCGACGGAATGATTATAAACCTCGCGACGCTGC
TGGTTAACACCGTGACGAACCCGTTTAAAACCGGTTACTTTGATGGCGGGAATCAAGAAG
CCGTCTCTGTCTGTACCGGGAAGTTCGGGTCCGGTGCTTACCCGGGCTACGCGGGTCGGG
TTCTCGTGGACAAGACTACCGGAGCGAGTTACAACGCTCTGGGTCTCGCCGGTAGGAAAT
ATCTTTTGCCGGCGATGTGGGACCCGCAGACTTCGAAGTGTAAGACTTTGGTTTGAGTTT
AGACGGTCTGGAAGTTGACACGCGTGGCAAGGAATCAATGGGGATGACGAGTTGAAGCTT
ATCGGAGCCAAAGAAAAGTTGTGTAGATATCTATCTTGTCTGATTGTACGGAGGAGTTTG
GGGAAGGGGATGTGTTTCTTTTGTCGTTTTGTTTGACGTGTACATTCGATCCTGGAGATG
TGTGAAATGATGGTTATATATCTAATTTAATGCCGATAATAAAATCGATTTGTAGTTTCC
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

AF RR3E201TF U 1
AF RR3E201JQ C 108
BS 1 680 RR3E201TF
BS 681 721 RR3E201JQ

RD RR3E201TF 680 0 0
GAACGGCGAAAGACGTCGCCGTCGAGGGGTTCTGCATGAACCTGTGCGGGACTCACGGCG
CGAAAACCAGCTCCGTTAACAGCGGAGCTTACGTGTGGGTCGGTAACTCTGAGACGCAGT
GCGCTGGCTACTGCGCGTGGCCGTTTCGTCAGCCTATCTACGGACCTCAGTCTCCGCCGT
TGATCGCACCTAACGGAGACGTCGGAGTCGACGGAATGATTATAAACCTCGCGACGCTGC
TGGTTAACACCGTGACGAACCCGTTTAAAACCGGTTACTTTGATGGCGGGAATCAAGAAG
CCGTCTCTGTCTGTACCGGGAAGTTCGGGTCCGGTGCTTACCCGGGCTACGCGGGTCGGG
TTCTCGTGGACAAGACTACCGGAGCGAGTTACAACGCTCTGGGTCTCGCCGGTAGGAAAT
ATCTTTTGCCGGCGATGTGGGACCCGCAGACTTCGAAGTGTAAGACTTTGGTTTGAGTTT
AGACGGTCTGGAAGTTGACACGCGTGGCAAGGAATCAATGGGGATGACGAGTTGAAGCTT
ATCGGAGCCAAAGAAAAGTTGTGTAGATATCTATCTTGTCTGATTGTACGGAGGAGTTTG
GGGAAGGGGATGTGTTTCTTTTGTCGTTTTGTTTGACGTGTACATTCGATCCTGGAGATG
TGTGAAATGATGGTTATATA

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3E201JQ 614 0 0
TCTGAGACGCAGTGCGCTGGCTACTGCGCGTGGCCGTTTCGTCAGCCTATCTACGGACCT
CAGTCTCCGCCGTTGATCGCACCTAACGGAGACGTCGGAGTCGACGGAATGATTATAAAC
CTCGCGACGCTGCTGGTTAACACCGTGACGAACCCGTTTAAAACCGGTTACTTTGATGGC
GGGAATCAAGAAGCCGTCTCTGTCTGTACCGGGAAGTTCGGGTCCGGTGCTTACCCGGGC
TACGCGGGTCGGGTTCTCGTGGACAAGACTACCGGAGCGAGTTACAACGCTCTGGGTCTC
GCCGGTAGGAAATATCTTTTGCCGGCGATGTGGGACCCGCAGACTTCGAAGTGTAAGACT
TTGGTTTGAGTTTAGACGGTCTGGAAGTTGACACGCGTGGCAAGGAATCAATGGGGATGA
CGAGTTGAAGCTTATCGGAGCCAAAGAAAAGTTGTGTAGATATCTATCTTGTCTGATTGT
ACGGAGGAGTTTGGGGAAGGGGATGTGTTTCTTTTGTCGTTTTGTTTGACGTGTACATTC
GATCCTGGAGATGTGTGAAATGATGGTTATATATCTAATTTAATGCCGATAATAAAATCG
ATTTGTAGTTTCCC

QA 1 614 1 614
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9439Contig1 724 2 3 U
GGACAATCCTCTCGTATATAGTATGACACGAGAAGATTTTCCTTGATCAATTTGAAACAA
TACAATATGGCAAGAAAAAATATAACACTACCTGCAGGTGGTCTTATCGTGACCCTAGTA
ATCGCATTGGGATGGAACATCGAAGAGGCTGCAGCGAGATACGTGAAGCTAGTGAAACTC
CGAGATGTAAAACCCGAAACATTGACAACATTAAAAGTAGAAGAAGAAAGAGAACTCCTG
AACGACAAACTTACAAAAGAGATTGAGAATGCGAAGAAATTGCTGGGAGAGTTGAAAACG
TTGAAGAAGGAAACAAAAGGTGATTTGAAAGAGGAGTTGAGTTCTTTGGTGAAATCTGAA
TCGCTGCTTAACGAAATGTCGGATACTCTGAAGAAGAGGAACGTGCGACAGAAACAAAGC
TACCATATTCGTGGAGAAAGAATCGTTTTTCTACAGAGAATGGAAGGAGAATGCATATCA
TTCGGTGGTTCCAGAGAAGGAGAAAGAGTTTATGTCTGCGATTAAACGCATTATTGAGCT
GTTGAAGAAAACTTAGAGGTTGACTTTTTATGATATTCAAATGAGAAAAGTCGCGTGTCT
ATATATCAAATATTTGTCGCGTCACAACTTTTTTGTAATTAGTAATTACACTGTTTTTTT
TTCTTTTGTAAAATTGCTGTATTTAGTTTTTAAAAATAAAATATATAGGGATATAATTTG
ATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 

AF RR3B854TF U 104
AF RR3B854JQ C 1
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BS 104 685 RR3B854TF
BS 686 724 RR3B854JQ

RD RR3B854TF 582 0 0
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CTTTGGTGAAATCTGAATCGCTGCTTAACGAAATGTCGGATACTCTGAAGAAGAGGAACG
TGCGACAGAAACAAAGCTACCATATTCGTGGAGAAAGAATCGTTTTTCTACAGAGAATGG
AAGGAGAATGCATATCATTCGGTGGTTCCAGAGAAGGAGAAAGAGTTTATGTCTGCGATT
AAACGCATTATTGAGCTGTTGAAGAAAACTTAGAGGTTGACTTTTTATGATATTCAAATG
AGAAAAGTCGCGTGTCTATATATCAAATATTTGTCGCGTCACAACTTTTTTGTAATTAGT
AATTACACTGTTTTTTTTTCTTTTGTAAAATTGCTGTATTTA

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3B854JQ 724 0 0
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TACAATATGGCAAGAAAAAATATAACACTACCTGCAGGTGGTCTTATCGTGACCCTAGTA
ATCGCATTGGGATGGAACATCGAAGAGGCTGCAGCGAGATACGTGAAGCTAGTGAAACTC
CGAGATGTAAAACCCGAAACATTGACAACATTAAAAGTAGAAGAAGAAAGAGAACTCCTG
AACGACAAACTTACAAAAGAGATTGAGAATGCGAAGAAATTGCTGGGAGAGTTGAAAACG
TTGAAGAAGGAAACAAAAGGTGATTTGAAAGAGGAGTTGAGTTCTTTGGTGAAATCTGAA
TCGCTGCTTAACGAAATGTCGGATACTCTGAAGAAG*GGAACGTGCGACAGAAACAAAGC
TACCATATTCGTGGAGAAAGAATCGTTTTTCTACAGAGAATGGAAGGAGAATGCATATCA
TTCGGTGGTTCCAGAGAAGGAGAAAGAGTTTATGTCTGCGATTAAACGCATTATTGAGCT
GTTGAAGAAAACTTAGAGGTTGACTTTT*ATGATATTCAAATGAGAAAAGTCGCGTGTCT
ATATATCAAATATTTGTCGCGTCACAACTTTTTTGTAATTAGTAATTACACTGTTTTTTT
TTCTTTTGTAAAATTGCTGTATTTAGTTTTTAAAAATAAAATATATAGGGATATAATTTG
ATCG

QA 1 724 1 724
DS 



AS 1 2

CO CL9440Contig1 1068 2 2 U
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AAGTCTTTCCCGAGATTTCCACAAACATCGGAGTTCTAAAGCTCACTGGAACTGCAATAG
AACAATTCCCTCCATCAATCATGTCATGGCCTCGTCTACGTGAACTTGTAATCAAGGGAT
GCGCGAAGCTGGTTTCTCTTCCGCAGCTTCCGGACTCCTTAGAATGCCTAGTCGCAGACA
ATTGCGGGTCCCTCGAAAGACTAGATTGCTCTTTTCACAAGAAAAAGTTTAATGCGCTCT
GCTTTGTTAACTGCTTTAAACTGAATCAAGAAGCAAGAAACCTTATCATCAACACATCGA
CAAGAGACTTTGCAAGTTTTCCCGGAGAAACAGTGCCTACGTGTTTCACGTACCGAGCCA
CCGGGAGTACCATGTCAATGACGTGGAATGGATTAGATACACAGTACTTTCCTACATCCT
TGAGATTTAAAGCTTGCCTCTTGCTGGTTTATAAGGGTGACGTGGATGCTGGTGATCGCC
ACTGGTCTGAAACAACCTATTGCATCAAGGACAAACTGAGTGGTGTTAAACCAGTAAGTT
ATTCTTATAGATTGTTCGATTTGTCTCCAACTTCAGGGGAGCATCTGTTCGTATTCGAAA
TTGATGAAACTGTGAGTTCCCCCGAGATAGTCTTTGAGTTCGAACACAAAAACAAAAATT
GGGAGATTAAAGAATGCGGGATACATCCTCTAGAAACCTTGGCTCCCTCATGTTAATTGA
AGCTGTGAAAATAAAAAAAAAAACAAATCGCATTTCCACTAAATAACTTCTCTTTAGAAA
ACCTTTACTTTGAAGTTGATGTGAATCTTTCTCTGTATTTGTATAAGATTATCATTGTGC
TATGTTGGGTTTGATTACAAATGTGCCGGCATATATATATATATATGATGCATGTATGTG
CATAATCATAATAATCCTTTTATATCATAAATATCAAGCAAACAATTTGCTATGATAATC
TTTGTTGAAATGGATCAACACAAACAAAATGAAAACCGTTTCTACAAC


BQ
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AF RR3AF65TF U 1
AF RR3AF65JQ C 550
BS 1 632 RR3AF65TF
BS 633 1068 RR3AF65JQ

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TGAGATTTAAAGCTTGCCTCTTGCTGGTTTATAAGGGTGACGTGGATGCTGGTGATCGCC
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ATTCTTATAGATTGTTCGATTTGTCTCCAACT

QA 1 632 1 632
DS 

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AAGAATGCGGGATACATCCTCTAGAAACCTTGGCTCCCTCATGTTAATTGAAGCTGTGAA
AATAAAAAAAAAAACAAATCGCATTTCCACTAAATAACTTCTCTTTAGAAAACCTTTACT
TTGAAGTTGATGTGAATCTTTCTCTGTATTTGTATAAGATTATCATTGTGCTATGTTGGG
TTTGATTACAAATGTGCCGGCATATATATATATATATGATGCATGTATGTGCATAATCAT
AATAATCCTTTTATATCATAAATATCAAGCAAACAATTTGCTATGATAATCTTTGTTGAA
ATGGATCAACACAAACAAAATGAAAACCGTTTCTACAAC

QA 1 519 1 519
DS 



AS 1 2

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AAGAGCTCCTTCCTCCTTCAAAATCGTCGCTAGTGGCGTTAAGAAGATCAAGACCGACAA
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TCTCTAAATGTTTTGTGTTATTGTTCTCTTAATGTTGTTGAAGAACTCATAACATACTTC
GAATCTATAAGAATTCTAGCTAGTGTTTGTATAC


BQ
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AF RR3AQ15JQ C 1
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QA 1 574 1 574
DS 



AS 1 2

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T


BQ
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10 

AF RR3B580TF U 1
AF RR3B580JQ C 224
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ACCGCTCTCTTATGGCTGTCTCAATTGGAGCTGCTGCTGTGGTCGTTGGGCTGGCTGCAT
ACCGGGTGTATGCAGCAAGAAAGAGCACTTCTGCCTGAGAAGATTGAGAATGAAGAACCT
AATGTCTCAAGGTGCGAACGCTCTTGTTCCAAGTTTGTTTTTTTAGAAGTTTAATGGAAA
TGGGGCTTTGAAGTGATGGTTGAAGATCTGTAGGAACAGAACATTTTAGGGACAGAAAAA
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TTAATCTTATTTTTGGTT

QA 1 858 1 858
DS 



AS 1 2

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TATGTTCTTGTTGTTATTCTCTTTTTCGGATTGTATACTACTTAGAC


BQ
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AF RR3GD53JQ C 1
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BQ
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QA 1 528 1 528
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BQ
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AF RR3GB08JQ U 1
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RD RR3CC66JQ 788 0 0
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C
ACACACC

QA 1 781 1 781
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ATC
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TCTGCTGCTGAAAATTTCCAAAAACAGACATCCCATTAGATTTCCCCATAGCCAAACACA
AAACACCACTACTCGGATCCTCCACCATGTAATTATCACCGGGAAGCTCCAAATCCGCAC
CCTTAAAATGAAAAACCAGCTTAGGAACAGCGACATTCTTAGCCTCATTAGATAACGTAT
AGCACAAGTCAAGTCCTGTAGACCCTGATTCATCAACCGGTAAACTCATCCGTGAAGTAA
ACTCCTTCTTCAAGCTATTAAACACCTCCTCCTCTAGATACGTGAGGGTCGTGCCAGAGT
CTATGATCATACCTCCTGTTCCATCTTCAGCTAGTTCGAACGTAGACTTCTCTATAGAAA
GACGTTTTGATCCAACGGTGATGCCTTGTAGGTCAAGGTAGTAAAACGAGGGCTGACTAG
GGTTTCGTAGCAAGGAAATGGTTTTGGTGGCTTCACCTTCTAACCTCCCACCGCTTTTCT
TGACTATATCCGAGGCTAGAGATCCAACGAACAGAGAGCTAGATGCTTTGGTATCATCAA
TAGCGGTCAAGCAATAAGAGAACTTAGTCTCCTTGAGCTGAGAAATAAGCGAGAGCGGTC
CACGACCAAGACCTACAAGACCCGACCCTTGAGAGAACCCGTCTCCTTCGTTCTCATCGC
CACACCCAAACC

QA 4 795 4 795
DS 



AS 1 2

CO CL9446Contig1 613 2 2 U
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TAGAAGAGCATTGATAGAGAGGAAGCCTTTTACATCTAAGGTTTTATACAGAAATGGTAC
AGGATCCAACTTTTGAAGAGGCTTTTTATGTATTACTGATCCTGGGTGCTCAAGAAACCA
CCAAGGAAGCCCGCTCCATTGCAGTCCCCACATAAAACAAACTTTTTCTCACCACAAAGC
CAACAGGAGTCACCAGCTTTGAACTGCCCATTAAAATGGTCAATCAAATTCACACCTCCT
CCTTTGCATTGAGAACATGCCACCGCACCCTTGCCTTCACAGTTTGGACAAAGTATACTG
TTAGATTTAGTGGTCTCAGTACCGTCTGTGGCCTGAATTTGGAAGCTTTTGGATTTACAA
GTCTGAAACACTCGTCTCTTCTGAGTCAACGACGAGTTCTGATCACTTACTAGAAAGAAG
AAGTGAGTTGGTATATGGCTTTTGATGGGAGACTGGATGCAACTGGTAGGAGGAGAAGCT
AAGGAGCATAGTGAATTCGCCATTCTGTTTCTGACCCACCGATAGGCAGATAAGGTATGT
TCTCCCTCCCTCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H179TF C 1
AF RR3H179JQ U 39
BS 1 40 RR3H179TF
BS 41 613 RR3H179JQ

RD RR3H179TF 613 0 0
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AGGATCCAACTTTTGAAGAGGCTTTTTATGTATTACTGATCCTGGGTGCTCAAGAAACCA
CCAAGGAAGCCCGCTCCATTGCAGTCCCCACATAAAACAAACTTTTTCTCACCACAAAGC
CAACAGGAGTCACCAGCTTTGAACTGCCCATTAAAATGGTCAATCAAATTCACACCTCCT
CCTTTGCATTGAGAACATGCCACCGCACCCTTGCCTTCACAGTTTGGACAAAGTATACTG
TTAGATTTAGTGGTCTCAGTACCGTCTGTGGCCTGAATTTGGAAGCTTTTGGATTTACAA
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AAGGAGCATAGTGAATTCGCCATTCTGTTTCTGACCCACCGATAGGCAGATAAGGTATGT
TCTCCCTCCCTCC

QA 1 613 1 613
DS 

RD RR3H179JQ 575 0 0
AC
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GTTTTATACAGAAATGGTACAGGATCCAACTTTTGAAGAGGCTTTTTATGTATTACTGAT
CCTGGGTGCTCAAGAAACCACCAAGGAAGCCCGCTCCATTGCAGTCCCCACATAAAACAA
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CAATCAAATTCACACCTCCTCCTTTGCATTGAGAACATGCCACCGCACCCTTGCCTTCAC
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GATAGGCAGATAAGGTATGTTCTCCCTCCCTCC

QA 3 575 3 575
DS 



AS 1 2

CO CL9447Contig1 573 2 1 U
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GCCGTCGTGGCTCTGACTTTGAGGAAAGACGATGACGACTTTGAGGATGTTGACATTGCA
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ACCTTTGCTTCAACAGGAGTAGGAATCTATAAACGCTTTAAGTTATATCTTTCTCTCTCT
GCTTGTATCAGACAATTGTTGTAAGTAAAGATATTGAGACGTGGAAGTGTGATTTGCAAT
TTGCAAGATTATAAGTTGTCATGAAGTCTTCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3EN67JQ C 1
AF RR3EN67TF U 1
BS 1 573 RR3EN67TF

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GCCGTCGTGGCTCTGACTTTGAGGAAAGACGATGACGACTTTGAGGATGTTGACATTGCA
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QA 1 573 1 573
DS 

RD RR3EN67TF 573 0 0
GGAGACTTTCTCAGATTTTCCATCCTCGTGATTTTTCCCGGAAAGTAATCACAATCGGCG
CCGGAGGAGGAAGAGATTGTTCAGTCGTTGTCTTGTACCATGGCCATGTATATTCGTGTG
AAGCGCATGAAAGCCACTTACTTTATCCAATGCGATCCCACAGAGACTGTTTTGGATGTT
AAGCAGAAACTCTTTACCCTCATCGAGCAACCAGTCAGCAATCAGCGTCTCATCTTAATG
TCTACTGAAGAAGTATTAGAGGATTCCAAATCTCTAGCAGAGCAGAAGGTTGAGAACGAT
GCCGTCGTGGCTCTGACTTTGAGGAAAGACGATGACGACTTTGAGGATGTTGACATTGCA
CAGCCCACCGACTTTTCTGTTGCATGAGGAATTATAACTGGGGCTGGCTGTATCAGGAGA
ACCTTTGCTTCAACAGGAGTAGGAATCTATAAACGCTTTAAGTTATATCTTTCTCTCTCT
GCTTGTATCAGACAATTGTTGTAAGTAAAGATATTGAGACGTGGAAGTGTGATTTGCAAT
TTGCAAGATTATAAGTTGTCATGAAGTCTTCTC

QA 1 573 1 573
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL9450Contig1 725 2 3 U
TTTTGCGATAATAATACAACTGGATATAATATTTCAAACAGAGTGTTCCCTCTACCGAGG
ATATTGTGTTTTTATTATTGATAAAAAGTTTTGAAGGATGAGAACTGGGATCAATTTTCG
CTGAATCAGTTTGTTGAGCCCAATGATCTCAAGTACTCGTAAAGATGATAAGCTCCTTTC
AGGCTTGTTTTCCGCGAACCCACTCAACAAAATTGTTGAGAAGCAACGGCCATGCAAGCC
CTGGATTGTATTCCGACATGTCCGGGAAACTTATCTCATTGCAGAACTTGTAAAAGCCCA
TCCATTGATCCATGTTTATGACCTTGTAGTCGTTCTGGATCTTTAAATACTCGACAAAGT
AGTCAACTTGGGGTCGGAATGTAGATCCCATGACCGTATCTAGGAGTTGACATATGGTCT
CTATGTCAATGCTCACCTGTTTTTGAAGTTTTTCCTCTGAATTGAAAAGCAAACGAAAGA
TCATACAAACATAAAAGAGGTGATACAGTACTGAAATACAGATATCTCATGAAGGAGCTT
TGGTTAATGAAGTGAAGACTACGTGCTTTGAACTTAAGAGTCTGTGATCACGTAAAAAAA
GCTGAATGATACTAACCGGGCTTGGAACTTGTTTTGGAATACTGATGAAAAATATTAATT
ATAGTTTCTATACTTCTTTCTAGCTGGTCCTGATCCATGGTAGAAGAGATGTTCTCCAGC
TACCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 

AF RR3A712JQ U 8
AF RR3A712TF C 1
BS 1 7 RR3A712TF
BS 8 715 RR3A712JQ
BS 716 725 RR3A712TF

RD RR3A712JQ 708 0 0
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GTTTTTATTATTGATAAAAAGTTTTGAAGGATGAGAACTGGGATCAATTTTCGCTGAATC
AGTTTGTTGAGCCCAATGATCTCAAGTACTCGTAAAGATGATAAGCTCCTTTCAGGCTTG
TTTTCCGCGAACCCACTCAACAAAATTGTTGAGAAGCAACGGCCATGCAAGCCCTGGATT
GTATTCCGACATGTCCGGGAAACTTATCTCATTGCAGAACTTGTAAAAGCCCATCCATTG
ATCCATGTTTATGACCTTGTAGTCGTTCTGGATCTTTAAATACTCGACAAAGTAGTCAAC
TTGGGGTCGGAATGTAGATCCCATGACCGTATCTAGGAGTTGACATATGGTCTCTATGTC
AATGCTCACCTGTTTTTGAAGTTTTTCCTCTGAATTGAAAAGCAAACGAAAGATCATACA
AACATAAAAGAGGTGATACAGTACTGAAATACAGATATCTCATGAAGGAGCTTTGGTTAA
TGAAGTGAAGACTACGTGCTTTGAACTTAAGAGTCTGTGATCACGTAAAAAAAGCTGAAT
GATACTAACCGGGCTTGGAACTTGTTTTGGAATACTGATGAAAAATATTAATTATAGTTT
CTATACTTCTTTCTAGCTGGTCCTGATCCATGGTAGAAGAGATGTTCT

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3A712TF 725 0 0
TTTTGCGATAATAATACAACTGGATATAATATTTCAAACAGAGTGTTCCCTCTACCGAGG
ATATTGTGTTTTTATTATTGATAAAAAGTTTTGAAGGATGAGAACTGGGATCAATTTTCG
CTGAATCAGTTTGTTGAGCCCAATGATCTCAAGTACTCGTAAAGATGATAAGCTCCTTTC
AGGCTTGTTTTCCGCGAACCCACTCAACAAAATTGTTGAGAAGCAACGGCCATGCAAGCC
CTGGATTGTATTCCGACATGTCCGGGAAACTTATCTCATTGCAGAACTTGTAAAAGCCCA
TCCATTGATCCATGTTTATGACCTTGTAGTCGTTCTGGATCTTTAAATACTCGACAAAGT
AGTCAACTTGGGGTCGGAATGTAGATCCCATGACCGTATCTAGGAGTTGACATATGGTCT
CTATGTCAATGCTCACCTGTTTTTGAAGTTTTTCCTCTGAATTGAAAAGCAAACGAAAGA
TCATACAAACATAAAAGAGGTGATACAGTACTGAAATACAGATATCTCATGAAGGAGCTT
TGGTTAATGAAGTGAAGACTACGTGCTTTGAACTTAAGAGTCTGTGATCACGTAAAAAAA
GCTGAATGATACTAACCGGGCTTGGAACTTGTTTTGGAATACTGATGAAAAATATTAATT
ATAGTTTCTATACTTCTTTCTAGCTGGTCCTGATCCATGGTAGAAGAGATGTTCTCCAGC
TACCC

QA 1 725 1 725
DS 



AS 1 2

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GCGTCCTTCGCAATGTTTGGGTAGCTCGTAGGCCACCAGGCTACGCTTTTCTCGAGTTCG
ATGATGAAAGAGATGCTTTGGATGCTATCAGAGCTTTGGATTGGAAGAATGGGTGGCGTG
TGGAACTTTCTCACAAAGATAAGGGAGGTCGTGGAGGTAGTGGTGGTCGTCGTGGTGGTA
TCGAGGACTCCAAGTGCTATGAGTGTGGAGAGCCTGGTCATTTTGCCAGGGAGTGTCGCC
GTGGTGGTCGAGGAGGCTATGGGAGGCGTAGAAGCCCTAGCCCTCGCCGTCGTAGGAGTC
CTGATTATGCCTATGGACGCAGGAGCATCAGCCCTCGTGGAAGAAGGTGTGAGACTCTTA
CGGAAGAAGAAGGAACACTGAGTGTCGCTGTGCTCGTTAGGATATGTTTGCTATGCTATT
AGTTCTTCTAGGGTTGGTTGTGGAGCATGGACTCGTCGTGTAGTGGCATCTTATTAGACT
TTTCTGTGATTTTGGAAGCTGTTCTCCAACGGCTCTCTATCTTGTTCTTTTTAACCTGGA
CTACTGTCGAGAGTATCGACCGTGTTGGGCTTGCTGTCTTCAGCGTGCTTGAACCCTAAG
GTCGTTTTCATGCTTTATTTGACTTAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EX11TF U 1
AF RR3EX11JQ C 192
BS 1 657 RR3EX11TF
BS 658 807 RR3EX11JQ

RD RR3EX11TF 657 0 0
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TCGAGGACTCCAAGTGCTATGAGTGTGGAGAGCCTGGTCATTTTGCCAGGGAGTGTCGCC
GTGGTGGTCGAGGAGGCTATGGGAGGCGTAGAAGCCCTAGCCCTCGCCGTCGTAGGAGTC
CTGATTATGCCTATGGACGCAGGAGCATCAGCCCTCGTGGAAGAAGGTGTGAGACTCTTA
CGGAAGAAGAAGGAACACTGAGTGTCGCTGTGCTCGTTAGGATATGTTTGCTATGCTATT
AGTTCTTCTAGGGTTGGTTGTGGAGCATGGACTCGTCGTGTAGTGGCATCTTATTAG

QA 1 657 1 657
DS 

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GGTTGGTTGTGGAGCATGGACTCGTCGTGTAGTGGCATCTTATTAGACTTTTCTGTGATT
TTGGAAGCTGTTCTCCAACGGCTCTCTATCTTGTTCTTTTTAACCTGGACTACTGTCGAG
AGTATCGACCGTGTTGGGCTTGCTGTCTTCAGCGTGCTTGAACCCTAAGGTCGTTTTCAT
GCTTTATTTGACTTAT

QA 1 616 1 616
DS 



AS 1 2

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GTACTTTCTGAATTGTTTATTTACTGTTGTAATGATATTTTCTTGGATTTTGCAAGGAAG
GTACTGCCTATTGTTCC


BQ
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AF RR3BY69JQ C 1
AF RR3BY69TF U 1
BS 1 257 RR3BY69TF

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GTTCCTTAGATGTTTCTCTTCTCAAGCCTTTTGATTGTTTGTTCATCAGTTTTGCTTCTC
AGGTTTTCCATTAACTGAGTAATAGTAGTTCCTAAATTTTCTTAGCCTTTATTGGTTTTT
GTACTTTCTGAATTGTTTATTTACTGTTGTAATGATATTTTCTTGGATTTTGCAAGGAAG
GTACTGCCTATTGTTCC

QA 1 257 1 257
DS 

RD RR3BY69TF 257 0 0
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GTTCCTTAGATGTTTCTCTTCTCAAGCCTTTTGATTGTTTGTTCATCAGTTTTGCTTCTC
AGGTTTTCCATTAACTGAGTAATAGTAGTTCCTAAATTTTCTTAGCCTTTATTGGTTTTT
GTACTTTCTGAATTGTTTATTTACTGTTGTAATGATATTTTCTTGGATTTTGCAAGGAAG
GTACTGCCTATTGTTCC

QA 1 257 1 257
DS 



AS 1 2

CO CL9453Contig1 873 2 2 U
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CTTTGGATGCAAGTTCAGTAATTATTAAAGAAACAGGAAGAGAAGTGACTGAGTTACGGG
ATGGTACCGCAAATATGAAAGATGAAGTTCGGTCTGTTTTCGAGGCTGTTGAAACTCTGG
CCAGCAAAGTCTCTCGCATTGAGGGAAACCAGGATCTCACGCTTAGAGGAGTCGGAGCTC
TGCATGCCCAGAGTCTCGAGCACAAAAGAATTCAAGAGTCCAATAAGGCTTTGCCTTCAA
CTTCATCAGTGCCAGCTCTTGAGCCAGCTCCTGTGGCAGTGGCGGCACCATCATCAAGGA
CTCTGTCTTTGCCTCCTCCTCCCCGTGAATCCCAATCTCCGTCAACCCCTAATGGAGCTC
AACAGTCACATGGTCCACTTCACCACACTCAGTCTATGCCTGGTTCGAAGGATATAAGCG
AAAGCCCTAGGAGCGGTGAGACTTTCTCCAATGGAACACATTCTGGAGAAGCCAAGGGAA
ACACAACAACAAGTCCAGGCCTGTTTAGTATCTTTTCAATGCCAAGAATAGGGAGGACTC
GTAGTGCGTTGAACGCAGTGCCTGCTGCTAACTCGACTGGACCCCTATAGTGGCTTGTCA
ATATAGAAGAGAGTTTTGATCATTCAGATATAATGATCAAGTACACCTGAAATGGAGAAG
TGTTAGTAGAGAAGTTGAATACATTTTGCTCTGTTTATTATGCTCGGTCCCTTGCTCAGT
GGAGAAAATGTCATAAACGTTGCATACAATTTTGTAGTGGATGCAGCTTTATATTTACAA
ATGATGATTATAATGATTAGATTCGGTCACAAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3B143TF U 1
AF RR3B143JQ C 235
BS 1 810 RR3B143TF
BS 811 873 RR3B143JQ

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CTTTGGATGCAAGTTCAGTAATTATTAAAGAAACAGGAAGAGAAGTGACTGAGTTACGGG
ATGGTACCGCAAATATGAAAGATGAAGTTCGGTCTGTTTTCGAGGCTGTTGAAACTCTGG
CCAGCAAAGTCTCTCGCATTGAGGGAAACCAGGATCTCACGCTTAGAGGAGTCGGAGCTC
TGCATGCCCAGAGTCTCGAGCACAAAAGAATTCAAGAGTCCAATAAGGCTTTGCCTTCAA
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CTCTGTCTTTGCCTCCTCCTCCCCGTGAATCCCAATCTCCGTCAACCCCTAATGGAGCTC
AACAGTCACATGGTCCACTTCACCACACTCAGTCTATGCCTGGTTCGAAGGATATAAGCG
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GTAGTGCGTTGAACGCAGTGCCTGCTGCTAACTCGACTGGACCCCTATAGTGGCTTGTCA
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GGAGAAAATGTCATAAACGTTGCATACAAT

QA 1 810 1 810
DS 

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CTTCAACTTCATCAGTGCCAGCTCTTGAGCCAGCTCCTGTGGCAGTGGCGGCACCATCAT
CAAGGACTCTGTCTTTGCCTCCTCCTCCCCGTGAATCCCAATCTCCGTCAACCCCTAATG
GAGCTCAACAGTCACATGGTCCACTTCACCACACTCAGTCTATGCCTGGTTCGAAGGATA
TAAGCGAAAGCCCTAGGAGCGGTGAGACTTTCTCCAATGGAACACATTCTGGAGAAGCCA
AGGGAAACACAACAACAAGTCCAGGCCTGTTTAGTATCTTTTCAATGCCAAGAATAGGGA
GGACTCGTAGTGCGTTGAACGCAGTGCCTGCTGCTAACTCGACTGGACCCCTATAGTGGC
TTGTCAATATAGAAGAGAGTTTTGATCATTCAGATATAATGATCAAGTACCCCTGAAATG
GAGAAGTGTTAGTAGAGAAGTTGAATACATTTTGCTCTGTTTATTATGCTCGGTCCCTTG
CTCAGTGGAGAAAATGTCATAAACGTTGCATACAATTTTGTAGTGGATGCAGCTTTATAT
TTACAAATGATGATTATAATGATTAGATTCGGTCACAAA

QA 1 639 1 639
DS 



AS 1 2

CO CL9454Contig1 582 2 2 U
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GGGGAACAAAGGGAGATGTTACGATTTCTGGATGGATTTCAGCGAGTGTATGTCACACTG
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TTTTCTCCTCCAAGTTTGCATCTCTCGCATTGGAGATGAAGAAAGAATAAGGAAAAGTTT
CGTCAAGTTTCTGTATCTTGTGTGTCAAAAACTCCCTTTTGATTGTTTCCAGTTTGCTTC
TGCAATGAATGTTTTGTCTTTTTCATCTTCTCCTCTATTTTTACCTTTGGATTGAGTTGT
AATATGGCCTTTAGCCTGTTCATCTCACACAAACTTGTTTCTTCATGACAATAATTTTAA
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BQ
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AF RR3A362JQ C 1
AF RR3A362TF U 11
BS 1 10 RR3A362JQ
BS 11 582 RR3A362TF

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GGGGAACAAAGGGAGATGTTACGATTTCTGGATGGATTTCAGCGAGTGTATGTCACACTG
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CAAAGAGTTCCAACGAAGAAACAGGATATACAAAGAGGAACAGCGTAAACTAAGAGCAGC
TTCAAGGAAAGGTGAAGAAACTGGCGATGCTTCTCATACTCCTCACTAGTAATCACATAT
TTTTCTCCTCCAAGTTTGCATCTCTCGCATTGGAGATGAAGAAAGAATAAGGAAAAGTTT
CGTCAAGTTTCTGTATCTTGTGTGTCAAAAACTCCCTTTTGATTGTTTCCAGTTTGCTTC
TGCAATGAATGTTTTGTCTTTTTCATCTTCTCCTCTATTTTTACCTTTGGATTGAGTTGT
AATATGGCCTTTAGCCTGTTCATCTCACACAAACTTGTTTCTTCATGACAATAATTTTAA
AACAGACAGAGTGGAGGAAATAATGAAATGATACATTGACTT

QA 1 582 1 582
DS 

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GGGAGATGTTACGATTTCTGGATGGATTTCAGCGAGTGTATGTCACACTGCAGAGAGCCA
AAGGATTGTTCTCTTCTTCGTGAAGACTACCTCGAGTGCCTCCACCATTCCAAAGAGTTC
CAACGAAGAAACAGGATATACAAAGAGGAACAGCGTAAACTAAGAGCAGCTTCAAGGAAA
GGTGAAGAAACTGGCGATGCTTCTCATACTCCTCACTAGTAATCACATATTTTTCTCCTC
CAAGTTTGCATCTCTCGCATTGGAGATGAAGAAAGAATAAGGAAAAGTTTCGTCAAGTTT
CTGTATCTTGTGTGTCAAAAACTCCCTTTTGATTGTTTCCAGTTTGCTTCTGCAATGAAT
GTTTTGTCTTTTTCATCTTCTCCTCTATTTTTACCTTTGGATTGAGTTGTAATATGGCCT
TTAGCCTGTTCATCTCACACAAACTTGTTTCTTCATGACAATAATTTTAAAACAGACAGA
GTGGAGGAAATAATGAAATGATACATTGACTT

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL9455Contig1 903 2 6 U
CATATCTTCTCTTCCTTATCTCCAAAATCTTTGCGTGTTTTTTGTTTTTGTTCTTTATAT
CTAGAAATCTTCTCTTTCTCTTCTCGACAACATATCAAACAAACAAAACTCTTTTTCCTC
TGCTTCTTCTCGACAAACATATCAAACAAACAAAACTCAGACCCTTTGATGATCGGACAC
TGATGACTCCGGTTCTCTGCGAAATCTTGCTCTCTGGGCTCACGGTTAAATCTGCTCTCT
GCCGTAGAACTCATCTCGTTCAATCTTTCTCCGTTGTCTTCCTCTACTGGTTTTACAACG
TTTCATGAATTGTTGAAAACTCCCAAATCTAATCCTTAATTACAAAAAATACATTCATTG
CTTTTCAGACAAATCTAAGAAACCATCAAAAACAAATCTGTCCTTTTTTAAGTTCTTGTA
ATAATTTTCTTTGTTAAACCTTTTTTTCGGCGGTATAAAATGGCGTCATCTAGCAGCACA
TACCGGAGCTCTAGCTCTTCCGACGGCGGAAACCCATCTGGTCCCGTCGTCGCCGTCGAC
GACCGAAAGCGTAAGAGAATGCTATCGAACCGTGAATCTGCACGTAGATCGAGGATGCGT
AAACAGAAACACGTGGACGATCTAACGGCTCAGATCAATCAGCTTTCGAACGACAACCGT
CAGATCTTGACGAGTCTCAACGTCACAACTCAGCTTTACATGAAGATCCAAGCGGAGAAC
TCTATCTTGACCGCTCAGATGACGGAGCTGAGCACCAGACTCGAGTCGTTGAACGAGATC
GTCGATCTCGTGACCACCACCAACAACGTGGTGGTGGTGTCGATCAGATCGACGGCTGTG
GATTCGATGATCGTACGGTTGGGATTAATTGCGACGGATATTACGATGATATGATGAGCG
GCG


BQ
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15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 

AF RR3B273TF U 1
AF RR3AM67TF U 117
BS 1 834 RR3B273TF
BS 835 835 RR3AM67TF
BS 836 844 RR3B273TF
BS 845 845 RR3AM67TF
BS 846 853 RR3B273TF
BS 854 903 RR3AM67TF

RD RR3B273TF 853 0 0
CATATCTTCTCTTCCTTATCTCCAAAATCTTTGCGTGTTTTTTGTTTTTGTTCTTTATAT
CTAGAAATCTTCTCTTTCTCTTCTCGACAACATATCAAACAAACAAAACTCTTTTTCCTC
TGCTTCTTCTCGACAAACATATCAAACAAACAAAACTCAGACCCTTTGATGATCGGACAC
TGATGACTCCGGTTCTCTGCGAAATCTTGCTCTCTGGGCTCACGGTTAAATCTGCTCTCT
GCCGTAGAACTCATCTCGTTCAATCTTTCTCCGTTGTCTTCCTCTACTGGTTTTACAACG
TTTCATGAATTGTTGAAAACTCCCAAATCTAATCCTTAATTACAAAAAATACATTCATTG
CTTTTCAGACAAATCTAAGAAACCATCAAAAACAAATCTGTCCTTTTTTAAGTTCTTGTA
ATAATTTTCTTTGTTAAACCTTTTTTTCGGCGGTATAAAATGGCGTCATCTAGCAGCACA
TACCGGAGCTCTAGCTCTTCCGACGGCGGAAACCCATCTGGTCCCGTCGTCGCCGTCGAC
GACCGAAAGCGTAAGAGAATGCTATCGAACCGTGAATCTGCACGTAGATCGAGGATGCGT
AAACAGAAACACGTGGACGATCTAACGGCTCAGATCAATCAGCTTTCGAACGACAACCGT
CAGATCTTGACGAGTCTCAACGTCACAACTCAGCTTTACATGAAGATCCAAGCGGAGAAC
TCTATCTTGACCGCTCAGATGACGGAGCTGAGCACCAGACTCGAGTCGTTGAACGAGATC
GTCGATCTCGTGACCACCACCAACAACGTGGTGGTGGTGTCGATCAGATCGACG*CTGTG
GATTTGATGATCG

QA 1 853 1 853
DS 

RD RR3AM67TF 787 0 0
CCTCTGTTTCTTCTCGACGAACATATCAAACAAACAAAACTCAGACCCTTTGATGATCGG
ACACTGATGACTCCGGTTCTCTGCGAAATCTTGCTCTCTGGGCTCACGGTTAAATCTGCT
CTCTGCCGTAGAACTCATCTCGTTCAATCTTTCTCCGTTGTCTTCCTCTACTGGTTTTAC
AACGTTTCATGAATTGTTGAAAACTCCCAAGTCTAATCCTTAATTACAAAAAATATATTC
ATTGCTTTTCAGACAAATCTAAGAAACCATCAAAAACAAATCTGTCCTTTTTTAAGTTCT
TGTAATAATTTTCTTTGTTAAACCTTTTTTTCGGCGGTATAAAATGGCGTCATCTAGCAG
CACATACCGGAGCTCTAGCTCTTCTGACGGCGGAAACCCATCTGGTCCCGTCGTCGCCGT
CGACGACCGAAAGCGTAAGAGAATGCTATCGAACCGTGAATCTGCACGTAGATCGAGGAT
GCGTAAACAGAAACACGTGGACGATCTAACGGCTCAGATCAATCAGCTTTCGAACGACAA
CCGTCAGATCTTGACGAGTCTCACCGTCACAACTCAGCTTTACATGAATATCCAAGCGGA
GAACTCTATCTTGACC*CTCAGATGTCGGAGCTGAGCACCAGACTCGAGTCGTTGAACGA
GATCGTCGGTCTCGTGACCGCCACCAACAACG**GTGGTGGTGTTGATCAGATCGACGGC
TGTGGATTCGATGATCGTACGGTTGGGATTAATTGCGACGGATATTACGATGATATGATG
AGCGGCG

QA 1 787 1 787
DS 



AS 1 2

CO CL9456Contig1 1000 2 10 U
GGAAGCGCGGCTTCTGTAAAGCTCCGTCGCCGTATCCGAAGCTCAAAAAGCTTCATCAAT
GGCGTCCCTTGTCCTACCTTCATCAAAACTTCTCCTCCATAGTCGAACCCAACACAATGT
CCAACCATTTCTTCTCCCTCGCTCCTCCCCTAAAACACCATAACTTCTCTTCTCCTAACG
CACAACGCAAGAAACTAGTGAATCAGAATGCGATGTTGTGTAGATCAATCGACGAGATGT
TACAGGGAGAAGGTACTGTGAGTAGCTTTGAGCTCAAGGCACTTGAAGAAAAGACAGAGT
TTAACATGGAGGAGATATTACGGAAGTACATTCATTACGCGTTGAATGAGAAACCGTTTA
ATCCCGACCTTGTTGCGAATCTCATTCATCTCAGAAGAGCTTCTGGTTTGAACGAGTCTC
AGATGCCTGAGGTTTTAAATGAGATCTCCCGTGGTATTGTTAAAGACAAAGGTCCTGTTG
TGATGAATAAGCAGGGGTTTACAGAGAAAGGTTTCAAGAGAAAACTAGCCGTGCAGACGC
TTTTTGGAAAAATTTACTGTCTTTCCGAGCTTCCTGACTTCTGCTTAAAAGACAATTCCT
TGGTTGTCAAGGAAATATTCGGGGTTACAGATGAAGAGGCAGAGAAGCTGAGGATACAGG
CGCTTGCTGAAGCTGGAGACTTGGACTCACTTGAGAAAATGGTGGAGTTTGAGAAAGCGG
CTGATTCTTCTTCTTCGGATAGAGAAGACTCAAATGAAGAAGATGACTCCATTACTTCTT
CTTAAGATTATCTGTTCAAGAATCAAACATCAATACTAAGATTTTTAAAAGTGTCTTTTT
TTTGTCTACTTAATCACAAGTCGTTCATACAGGACGTCTGTATAGCTAACTAGATTGTTT
TTGATATGATTAAAGACTGTGTAATAGAAATTCTAAGATGAAGCGCAACAATGCGAGTTG
TGGCTTATACTCGATAAATTAATAAATACTAAAAATTAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3FV50TF U 1
AF RR3FV50JQ C 206
BS 1 652 RR3FV50TF
BS 653 653 RR3FV50JQ
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BS 660 660 RR3FV50JQ
BS 661 670 RR3FV50TF
BS 671 671 RR3FV50JQ
BS 672 698 RR3FV50TF
BS 699 699 RR3FV50JQ
BS 700 709 RR3FV50TF
BS 710 1000 RR3FV50JQ

RD RR3FV50TF 716 0 0
GGAAGCGCGGCTTCTGTAAAGCTCCGTCGCCGTATCCGAAGCTCAAAAAGCTTCATCAAT
GGCGTCCCTTGTCCTACCTTCATCAAAACTTCTCCTCCATAGTCGAACCCAACACAATGT
CCAACCATTTCTTCTCCCTCGCTCCTCCCCTAAAACACCATAACTTCTCTTCTCCTAACG
CACAACGCAAGAAACTAGTGAATCAGAATGCGATGTTGTGTAGATCAATCGACGAGATGT
TACAGGGAGAAGGTACTGTGAGTAGCTTTGAGCTCAAGGCACTTGAAGAAAAGACAGAGT
TTAACATGGAGGAGATATTACGGAAGTACATTCATTACGCGTTGAATGAGAAACCGTTTA
ATCCCGACCTTGTTGCGAATCTCATTCATCTCAGAAGAGCTTCTGGTTTGAACGAGTCTC
AGATGCCTGAGGTTTTAAATGAGATCTCCCGTGGTATTGTTAAAGACAAAGGTCCTGTTG
TGATGAATAAGCAGGGGTTTACAGAGAAAGGTTTCAAGAGAAAACTAGCCGTGCAGACGC
TTTTTGGAAAAATTTACTGTCTTTCCGAGCTTCCTGACTTCTGCTTAAAAGACAATTCCT
TGGTTGTCAAGGAAATATTCGGGGTTACAGATGAAGAGGCAGAGAAGCTGAG*ATACAG*
CGCTTGCTGA*GCTGGAGACTTGGACTCACTTGAGAAA*TGGTGGAGTT
GAGAAAG

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3FV50JQ 795 0 0
GAATGCGATGTTGTGTAGATCAATCGACGAGATGTTACAGGGAGAAGGTACTGTGAGTAG
CTTTGAGCTCAAGGCACTTGAAGAAAAGACAGAGTTTAACATGGAGGAGATATTACGGAA
GTACATTCATTACGCGTTGAATGAGAAACCGTTTAATCCCGACCTTGTTGCGAATCTCAT
TCATCTCAGAAGAGCTTCTGGTTTGAACGAGTCTCAGATGCCTGAGGTTTTAAATGAGAT
CTCCCGTGGTATTGTTAAAGACAAAGGTCCTGTTGTGATGAATAAGCAGGGGTTTACAGA
GAAAGGTTTCAAGAGAAAACTAGCCGTGCAGACGCTTTTTGGAAAAATTTACTGTCTTTC
CGAGCTTCCTGACTTCTGCTTAAAAGACAATTCCTTGGTTGTCAAGGAAATATTCGGGGT
TACAGATGAAGAGGCAGAGAAGCTGAGGATACAGGCGCTTGCTGAAGCTGGAGACTTGGA
CTCACTTGAGAAAATGGTGGAGTTTGAGAAAGCGGCTGATTCTTCTTCTTCGGATAGAGA
AGACTCAAATGAAGAAGATGACTCCATTACTTCTTCTTAAGATTATCTGTTCAAGAATCA
AACATCAATACTAAGATTTTTAAAAGTGTCTTTTTTTTGTCTACTTAATCACAAGTCGTT
CATACAGGACGTCTGTATAGCTAACTAGATTGTTTTTGATATGATTAAAGACTGTGTAAT
AGAAATTCTAAGATGAAGCGCAACAATGCGAGTTGTGGCTTATACTCGATAAATTAATAA
ATACTAAAAATTAGC

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL9457Contig1 530 2 1 U
GGATTGATAGACTAGAGAGAACCAAGTGTAAAAGACGAAGAAGATACAGTCCTCTCTATC
TCTCTCTCGAGTCTCGAGCGAGTTGGAGGAGAGTGAGAGAGAAATGTCGAATTTGCTGCG
GGATTTCGAGGTGGAGGCGAAGAATCCGTCGCTGGAAGCGAGGCAGAGATGGAGGTCGTC
GGTGTCCATCGTGAAGAACCGTGCTCGTCGTTTCCGTAACATCCCGGACCTCGATAAGCA
AGCTGAGAACGAGACTAAGAGGCACCAGATCCAGGAAAAGCTCCGAGTTGCTTTCTACGT
ACAAAAGGCAGCTCTTCAATTCATTGGTGCTGCTGGTCGGCCGGAATACAAGCTCACCGA
TGAGGTTAAGGAAGCTGGATTTTCTGTGGAACCAGATGAGCTTGCATCTATGGTTCGGAA
TCATGACACTAGGGGCCTGGCAAGTAATGGTGGAGTTGTAGCACTTGCAAAGAAAGTATC
TGTAACAAATCTCACTGAAGGCGTTAAATCGAGTGAACTCTCCATCAGGT


BQ
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AF RR3AC79JQ C 1
AF RR3AC79TF U 1
BS 1 530 RR3AC79TF

RD RR3AC79JQ 530 0 0
GGATTGATAGACTAGAGAGAACCAAGTGTAAAAGACGAAGAAGATACAGTCCTCTCTATC
TCTCTCTCGAGTCTCGAGCGAGTTGGAGGAGAGTGAGAGAGAAATGTCGAATTTGCTGCG
GGATTTCGAGGTGGAGGCGAAGAATCCGTCGCTGGAAGCGAGGCAGAGATGGAGGTCGTC
GGTGTCCATCGTGAAGAACCGTGCTCGTCGTTTCCGTAACATCCCGGACCTCGATAAGCA
AGCTGAGAACGAGACTAAGAGGCACCAGATCCAGGAAAAGCTCCGAGTTGCTTTCTACGT
ACAAAAGGCAGCTCTTCAATTCATTGGTGCTGCTGGTCGGCCGGAATACAAGCTCACCGA
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QA 1 530 1 530
DS 

RD RR3AC79TF 530 0 0
GGATTGATAGACTAGAGAGAACCAAGTGTAAAAGACGAAGAAGATACAGTCCTCTCTATC
TCTCTCTCGAGTCTCGAGCGAGTTGGAGGAGAGTGAGAGAGAAATGTCGAATTTGCTGCG
GGATTTCGAGGTGGAGGCGAAGAATCCGTCGCTGGAAGCGAGGCAGAGATGGAGGTCGTC
GGTGTCCATCGTGAAGAACCGTGCTCGTCGTTTCCGTAACATCCCGGACCTCGATAAGCA
AGCTGAGAACGAGACTAAGAGGCACCAGATCCAGGAAAAGCTCCGAGTTGCTTTCTACGT
ACAAAAGGCAGCTCTTCAATTCATTGGTGCTGCTGGTCGGCCGGAATACAAGCTCACCGA
TGAGGTTAAGGAAGCTGGATTTTCTGTGGAACCAGATGAGCTTGCATCTATGGTTCGGAA
TCATGACACTAGGGGCCTGGCAAGTAATGGTGGAGTTGTAGCACTTGCAAAGAAAGTATC
TGTAACAAATCTCACTGAAGGCGTTAAATCGAGTGAACTCTCCATCAGGT

QA 1 530 1 530
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9459Contig1 967 2 4 U
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GTTGATCAAACTGATGAGCGTCTGTGAATCTGAGAAGATTGCGATGGATTCGAAACCGTG
AGAGAGGGCAAAGGTTATGGCCGATCAAACTGCCAAAGTTTCTGCCATTAGAGGCAATGA
AACCGAAGTTTCTGTCGCTGCATGCGTTGTTGAGGAGGTCCGATCATCAACTATCCAACC
AAGTCTTGCGGTGCCCGTTGAAGAGTTCCAAGCAGCATCAGTGAATATAGAGCATGGATT
AGGGTTTTTAGGGTTTGGTTCGAATCTGATGACCGATTTCACAGGTTTTGGATTTGTGGG
AGGTTGCGCCATTCTCCATTCCCTCGCATCGGAGATGGCTTTGAGGATTGTGTCTTCTGG
AGAGATAGATCTTTTCGAATATTAGGAGGTTTCTCGATCTCTATAGTGACCAGATGATCC
ACGCTGAGAGTGTGCCTGCTTCGATTCCACTGGTGGCAATGAAGGAATTTTCCTGACCTT
TTTCCATCCTTCCTGGAAGCTGTTCAACGTGATGGGGCTTATAGTGGTTGCTGTCGGAGC
AAGATCCCATACCTTAAAAGCGAAAGGACATTGGAACAACAAATGGTTCACTGATTCCAT
TTGGTTGCATCTAGCACACCGAGAATCGACATACGCACGGAAGCCATTCAGGTGCGGGAT
CTTGAGTTAGTTGTGGAGCTACACTCTTATCCTCCGTGATTGTCAGGTAACCTGATCTTG
TAGAATACTCTCCCTAGGCGTTCTTTAACCAGACCAATTTATTTTCTGATCTTAGGACAC
TAGGCTTAATCCTTAAGATTTGTTCCTTATGAAAAGGTAGAACGCGCTCAATCATTTCAG
TGTTCCAATAGTTAAACATATAAGTTGTTTAAATATTTTAAGGTTAATGTAAACTTATCT
ATACTCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FH72TF U 1
AF RR3FH72JQ C 189
BS 1 711 RR3FH72TF
BS 712 712 RR3FH72JQ
BS 713 764 RR3FH72TF
BS 765 967 RR3FH72JQ

RD RR3FH72TF 764 0 0
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AACCGAAGTTTCTGTCGCTGCATGCGTTGTTGAGGAGGTCCGATCATCAACTATCCAACC
AAGTCTTGCGGTGCCCGTTGAAGAGTTCCAAGCAGCATCAGTGAATATAGAGCATGGATT
AGGGTTTTTAGGGTTTGGTTCGAATCTGATGACCGATTTCACAGGTTTTGGATTTGTGGG
AGGTTGCGCCATTCTCCATTCCCTCGCATCGGAGATGGCTTTGAGGATTGTGTCTTCTGG
AGAGATAGATCTTTTCGAATATTAGGAGGTTTCTCGATCTCTATAGTGACCAGATGATCC
ACGCTGAGAGTGTGCCTGCTTCGATTCCACTGGTGGCAATGAAGGAATTTTCCTGACCTT
TTTCCATCCTTCCTGGAAGCTGTTCAACGTGATGGGGCTTATAGTGGTTGCTGTCGGAGC
AAGATCCCATACCTTAAAAGCGAAAGGACATTGGAACAACAAATGGTTCACTGATTCCAT
TTGGTTGCATCTAGCACACCGAGAATCGACATACGCACGGAAGCCATTCAG*TGCGGGAT
CTTGAGTTAGTTGTGGAGCTACACTCTTATCCTCCGTGATTGTC

QA 1 764 1 764
DS 

RD RR3FH72JQ 779 0 0
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CGGTGCCCGTTGAAGAGTTCCAAGCAGCATCAGTGAATATAGAGCATGGATTAGGGTTTT
TAGGGTTTGGTTCGAATCTGATGACCGATTTCACAGGTTTTGGATTTGTGGGAGGTTGCG
CCATTCTCCATTCCCTCGCATCGGAGATGGCTTTGAGGATTGTGTCTTCTGGAGAGATAG
ATCTTTTCGAATATTAGGAGGTTTCTCGATCTCTATAGTGACCAGATGATCCACGCTGAG
AGTGTGCCTGCTTCGATTCCACTGGTGGCAATGAAGGAATTTTCCTGACCTTTTTCCATC
CTTCCTGGAAGCTGTTCAACGTGATGGGGCTTATAGTGGTTGCTGTCGGAGCAAGATCCC
ATACCTTAAAAGCGAAAGGACATTGGAACAACAAATGGTTCACTGATTCCATTTGGTTGC
ATCTAGCACACCGAGAATCGACATACGCACGGAAGCCATTCAGGTGCGGGATCTTGAGTT
AGTTGTGGAGCTACACTCTTATCCTCCGTGATTGTCAGGTAACCTGATCTTGTAGAATAC
TCTCCCTAGGCGTTCTTTAACCAGACCAATTTATTTTCTGATCTTAGGACACTAGGCTTA
ATCCTTAAGATTTGTTCCTTATGAAAAGGTAGAACGCGCTCAATCATTTCAGTGTTCCAA
TAGTTAAACATATAAGTTGTTTAAATATTTTAAGGTTAATGTAAACTTATCTATACTCG

QA 1 779 1 779
DS 



AS 1 2

CO CL9460Contig1 977 2 4 U
GACAAATACCCTTCACTTAAAGCCAATCCACACAACACTTCATCTCTTTCGAGACCCTTC
TCCCTCTCCTCCTCAACTCAACTCCATCTAGGGTTTTCCCTCTCTTTCTGTCTCGCCGCG
CGCTGTCTTGAAATTTGAAGATAATGGAACCAGCGGCCTCTGAAGGAGGTTCTCCTTCTA
CCTTAGCTGGATTTATGGATAGGAGAAAGAGAAGCCCTCTGATTCGTCGACCACGAGATG
TTAAAGAAAGCTTTCATAGTTTCACTCGCATGCCACCCTCAACGCAACCAAACTTTTCTC
CTAGCAATGAAGAAGGTAACCCAACTTTGAACACATTGAAACTGAAGCTTAAGCTTGGAG
GTGGTGTTACTCGTACTATCCAAACCAAAGCCACGGATAACGGGGAGAGATGTGTGCAGA
AAACTATGTGTCTAGGAGAGATAAACGGACCTAGAGTGAATCCCTCCGAGTCTGTGAGAG
GAGTATCTATTCTGAGAAGAGAAAACAAGGTCTTAAGAAACGTTTGCTGGATCCAGAACA
AGAAAGAAGAGAAGATTAAGAAACAACAGGAAGAGCGAGCTCAGGAGAGAGCTACAAGAT
CAAGCACACTCCCATCAGACACTATCAGAGTGGTTATCGGTCCGAGTGGAACAACTCTGA
CGTTTTCTGAGGACATAGGTCTTCCTGATATCTTCAAGCCGATAACTCACAGTTATCCTC
CTCCGCGTGAGAAGTGTGTGGGGCCAAACTGCGAGGAAGCATACAAGTACAGGGATTCAA
AGACGAAGCTACCACTGTGTAGTCTTACTTGTTACAAGGCCATTCAAGAGAAGATGCAAC
AACAACAACAGCCTTTGATTCATTGCTAATTGCTTAACTGTTCCTTTTTTGGGTCAAAAT
GTACTATTATGGACACATTGTTCAATGAAACATGAAGTTTGGATTGCTGTGCTTTATATA
TATATGACTTTCAGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EZ44TF U 1
AF RR3EZ44JQ C 183
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BS 652 674 RR3EZ44TF
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RD RR3EZ44TF 674 0 0
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CGCTGTCTTGAAATTTGAAGATAATGGAACCAGCGGCCTCTGAAGGAGGTTCTCCTTCTA
CCTTAGCTGGATTTATGGATAGGAGAAAGAGAAGCCCTCTGATTCGTCGACCACGAGATG
TTAAAGAAAGCTTTCATAGTTTCACTCGCATGCCACCCTCAACGCAACCAAACTTTTCTC
CTAGCAATGAAGAAGGTAACCCAACTTTGAACACATTGAAACTGAAGCTTAAGCTTGGAG
GTGGTGTTACTCGTACTATCCAAACCAAAGCCACGGATAACGGGGAGAGATGTGTGCAGA
AAACTATGTGTCTAGGAGAGATAAACGGACCTAGAGTGAATCCCTCCGAGTCTGTGAGAG
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AGAAAGAAGAGAAGATTAAGAAACAACAGGAAGAGCGAGCTCAGGAGAGAGCTACAAGAT
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CGTTTTCTGAGGAC

QA 1 674 1 674
DS 

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AAAGAAAGCTTTCATAGTTTCACTCGCATGCCACCCTCAACGCAACCAAACTTTTCTCCT
AGCAATGAAGAAGGTAACCCAACTTTGAACACATTGAAACTGAAGCTTAAGCTTGGAGGT
GGTGTTACTCGTACTATCCAAACCAAAGCCACGGATAACGGGGAGAGATGTGTGCAGAAA
ACTATGTGTCTAGGAGAGATAAACGGACCTAGAGTGAATCCCTCCGAGTCTGTGAGAGGA
GTATCTATTCTGAGAAGAGAAAACAAGGTCTTAAGAAACGTTTGCTGGATCCAGAACAAG
AAAGAAGAGAAGATTAAGAAACAACAGGAAGAGCGAGCTCAGGAGAGAGCTACAAGATCA
AGCACACTCCCATCAGACACTATCAGAGTGGTTATCGGTCCGAGTGGAACAACTCTGACG
TTTTCTGAGGACATAGGTCTTCCTGATATCTTCAAGCCGATAACTCACAGTTATCCTCCT
CCGCGTGAGAAGTGTGTGGGGCCAAACTGCGAGGAAGCATACAAGTACAGGGATTCAAAG
ACGAAGCTACCACTGTGTAGTCTTACTTGTTACAAGGCCATTCAAGAGAAGATGCAACAA
CAACAACAGCCTTTGATTCATTGCTAATTGCTTAACTGTTCCTTTTTTGGGTCAAAATGT
ACTATTATGGACACATTGTTCAATGAAACATGAAGTTTGGATTGCTGTGCTTTATATATA
TATGACTTTCAGTTT

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL9461Contig1 936 2 2 U
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TCCGCAGGTCAGCTTCTCGTTTAGCTTCTCGTTTGTGTGGTCGCGTGGCTCGATCCCAGG
CCATCTCTTCCGTCGCCGTAGTCAACCGCTCGTCTCTGCCTCGTCCTTTCGTATCTCGTA
GCTTCCTCTATTCGACGACGTCTACTGATGAGCGATTAAAGTCCGATCAAACGCTTATCC
AAGTGATTGACTCCGAAATCAAAGATGCCGATTTGCAGGGTGAAGAAGAGACTCCAGGTT
CTGATGACTTTCCTTTTAAGATCGAAGATAATCCTGGTCACAGGACTGTAACGTTGACTC
GAGAGTACAATGGAGAGCAGATTAGAGTAGAAGTAAGCATGCCTGGTTCCATGGACGAAC
ATGAAGACGATGTTGATGACAATGAAGATGGTCGTAATGAGAAAGCTAACGAGACGAGCA
TTCCGCTAGTTGTCACTGTGACTAAGAAGAGTGGTCTCAGCCTTGAGTTTAGCTGCACTG
CTTTCCCTGATGAGATTGTCATTGATGGTTTGTCTGTGAACCATCAAGAGAAGTCTTCTT
CTTCCGAAGAAGAACAATTGGCATATGATGGACCTGATTTTCAAGAGCTGGATGAGAATA
TGCGCAAGTCATTCCACAAGTTCCTTGCGGCCAGAGGAATCAAACCAAGCGTGACAGATT
TGATGTATGAGTACATGATGAAGAAAGATAGCAGAGAGTACTTGCTATGGTTGAAGAATC
TCAAAAACTTCATCCAAGAATGAATGAAGATTGAAGACACACTAAGAAGAGTAGTTTTTA
TGGTTTCAGTTGTGTTCTACTGACATCTACATTGTCTTTTGAAAGTGAAATTCGAGTTTG
AGTCATTCTAATCTTCTTTTGCATAAAGAGAATGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BC83TF U 1
AF RR3BC83JQ C 207
BS 1 782 RR3BC83TF
BS 783 936 RR3BC83JQ

RD RR3BC83TF 782 0 0
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GAGAGTACAATGGAGAGCAGATTAGAGTAGAAGTAAGCATGCCTGGTTCCATGGACGAAC
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TTCCGCTAGTTGTCACTGTGACTAAGAAGAGTGGTCTCAGCCTTGAGTTTAGCTGCACTG
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CTTCCGAAGAAGAACAATTGGCATATGATGGACCTGATTTTCAAGAGCTGGATGAGAATA
TGCGCAAGTCATTCCACAAGTTCCTTGCGGCCAGAGGAATCAAACCAAGCGTGACAGATT
TGATGTATGAGTACATGATGAAGAAAGATAGCAGAGAGTACTTGCTATGGTTGAAGAATC
TC

QA 1 782 1 782
DS 

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GATGAGCGATTAAAGTCCGATCAAACGCTTATCCAAGTGATTGACTCCGAAATCAAAGAT
GCCGATTTGCAGGGTGAAGAAGAGACTCCAGGTTCTGATGACTTTCCTTTTAAGATCGAA
GATAATCCTGGTCACAGGACTGTAACGTTGACTCGAGAGTACAATGGAGAGCAGATTAGA
GTAGAAGTAAGCATGCCTGGTTCCATGGACGAACATGAAGACGATGTTGATGACAATGAA
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AAGAGTGGTTTCAGCCTTGAGTTTAGCTGCACTGCTTTCCCTGATGAGATTGTCATTGAT
GGTTTGTCTGTGAACCATCAAGAGAAGTCTTCTTCTTCCGAAGAAGAACAATTGGCATAT
GATGGACCTGATTTTCAAGAGCTGGATGAGAATATGCGCAAGTCATTCCACAAGTTCCTT
GCGGCCAGAGGAATCAAACCAAGCGTGACAGATTTGATGTATGAGTACATGATGAAGAAA
GATAGCAGAGAGTACTTGCTATGGTTGAAGAATCTCAAAAACTTCATCCAAGAATGAATG
AAGATTGAAGACACACTAAGAAGAGTAGTTTTTATGGTTTCAGTTGTGTTCTACTGACAT
CTACATTGTCTTTTGAAAGTGAAATTCGAGTTTGAGTCATTCTAATCTTCTTTTGCATAA
AGAGAATGAT

QA 1 730 1 730
DS 



AS 1 2

CO CL9462Contig1 731 2 2 U
GGATCAACCAAAGAACCAAACCGAAAAAACACACACTTTACTCACAACACAAAGAAGATA
AGAGAGAGATGGCGACGTCGGGAACATATGTGACTGAGGTTCCGTTGAAAGGATCCGCGG
AGAAACACTACAAGCGATGGAGAAATGAGAACAACGTCTTTCCCGACGCCATTGGCCACC
ACATCCAAAGTGTCACCGTCCACGACGGTGAATGGGACTCTCATGGAGCCATCAAGATTT
GGAACTACACATGCGATGGGAAACCGGAGGTGTACAAGGAGAGGAGAGAAATCGACGACG
AGAACAATGCTGTCATTTTTAGAGGTCTTGAAGGACATCCGATGGAGACTCTTAAGGTGT
ATGATGCCATCTTACAGTTCATTCAAAAGTCGCCTGATCATATCATCTGCAAGATCACTA
TGATCTGGGAGAAGCGAACCGATGACTCGCCTGAGCCCATCAACTACATGAAGTTTGTCA
AGAGCATGGTTGCTGATATGGACAACCATGTCGTCAAAGCTTAAAAAAATCCCATCCTCC
CCTATCTTTCGAACCATCATCGTCATATATGGCTCTATTGGTGTTTGTGTTTGTCGGTTT
ATCTGTTGAAATCAATATAATAAATAAGGAGGCTCATGTATGGTATTATTAGTTACTACT
TACTATTACTGCTTGCGGTTTGTAATATGCTTTCATGTTGTTTAAAAAAAGGTTTATATG
CTTTCATGTTT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BL62TF U 1
AF RR3BL62JQ C 1
BS 1 708 RR3BL62TF
BS 709 731 RR3BL62JQ

RD RR3BL62TF 708 0 0
GGATCAACCAAAGAACCAAACCGAAAAAACACACACTTTACTCACAACACAAAGAAGATA
AGAGAGAGATGGCGACGTCGGGAACATATGTGACTGAGGTTCCGTTGAAAGGATCCGCGG
AGAAACACTACAAGCGATGGAGAAATGAGAACAACGTCTTTCCCGACGCCATTGGCCACC
ACATCCAAAGTGTCACCGTCCACGACGGTGAATGGGACTCTCATGGAGCCATCAAGATTT
GGAACTACACATGCGATGGGAAACCGGAGGTGTACAAGGAGAGGAGAGAAATCGACGACG
AGAACAATGCTGTCATTTTTAGAGGTCTTGAAGGACATCCGATGGAGACTCTTAAGGTGT
ATGATGCCATCTTACAGTTCATTCAAAAGTCGCCTGATCATATCATCTGCAAGATCACTA
TGATCTGGGAGAAGCGAACCGATGACTCGCCTGAGCCCATCAACTACATGAAGTTTGTCA
AGAGCATGGTTGCTGATATGGACAACCATGTCGTCAAAGCTTAAAAAAATCCCATCCTCC
CCTATCTTTCGAACCATCATCGTCATATATGGCTCTATTGGTGTTTGTGTTTGTCGGTTT
ATCTGTTGAAATCAATATAATAAATAAGGAGGCTCATGTATGGTATTATTAGTTACTACT
TACTATTACTGCTTGCGGTTTGTAATATGCTTTCATGTTGTTTAAAAA

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3BL62JQ 731 0 0
GGATCAACCAAAGAACCAAACCGAAAAAACACACACTTTACTCACAACACAAAGAAGATA
AGAGAGAGATGGCGACGTCGGGAACATATGTGACTGAGGTTCCGTTGAAAGGATCCGCGG
AGAAACACTACAAGCGATGGAGAAATGAGAACAACGTCTTTCCCGACGCCATTGGCCACC
ACATCCAAAGTGTCACCGTCCACGACGGTGAATGGGACTCTCATGGAGCCATCAAGATTT
GGAACTACACATGCGATGGGAAACCGGAGGTGTACAAGGAGAGGAGAGAAATCGACGACG
AGAACAATGCTGTCATTTTTAGAGGTCTTGAAGGACATCCGATGGAGACTCTTAAGGTGT
ATGATGCCATCTTACAGTTCATTCAAAAGTCGCCTGATCATATCATCTGCAAGATCACTA
TGATCTGGGAGAAGCGAACCGATGACTCGCCTGAGCCCATCAACTACATGAAGTTTGTCA
AGAGCATGGTTGCTGATATGGACAACCATGTCGTCAAAGCTTAAAAAAATCCCATCCTCC
CCTATCTTTCGAACCATCATCGTCATATATGGCTCTATTGGTGTTTGTGTTTGTCGGTTT
ATCTGTTGAAATCAATATAATAAATAAGGAGGCTCATGTATGGTATTATTAGTTACTACT
TACTATTACTGCTTGCGGTTTGTAATATGCTTTCATGTTGTTTAAAAAAAGGTTTATATG
CTTTCATGTTT

QA 1 731 1 731
DS 



AS 1 2

CO CL9463Contig1 712 2 3 U
TTTTTTTTTGCTAAAATGTTTGGTCTATTAACTGAACCTCAGAGATCTGAAATGTTTGGG
TCTTAAGATTATTTGAACCATTGGGCCACTGATAAAAGCAAGAGCTAAACAAAAAAAAAC
AAAAGCTACCCATCTTACTATTCAACCAAAAGATCAAACAGAGCAAAGTAGTTTCAACTT
TGACACTCCCCAAGGGAGACATAACAATTCCCATTACCATTGATGGAGCCTGGTTCTAGC
AAATTCAAGGGAGAATCTTACGGCGACGACGTGGGGCTTCACGCTTAACATACATCTTCT
CCACTTCGTTGAGAGGCCGGCTTGATCCATCAGGAAGACTCACAAACTTCCAGCCACCTC
CATTTCCACGTTTGCCCTGAGGACCCAATTTCTCAACCGTGATTTTCCATCCATCTGACG
AACGTCTTCTGCTGTACTTGTGGCACTTCACTTCTCCTTTCCATTTCAGTTTGTTGAACT
CAAACCTCCGGAGAAATTCTTCGTAAAGAATGTCATCCTCTTTCTTAGAGATCTCATAAT
GGACTTCATCCATATCTTTAATCGTACCATCCCATCCTTCTGGCATGACCTTGAAGTCAG
GCTTGTAACTAAGCGAGGCCACATGAAACTCCCGGTCATGCGAAACAAAGAACTCAGGGT
ACTCATCAAGCAAACGCTCAACGGAATCATCCAAAGGACGACCAAGCTTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DH16JQ U 9
AF RR3DH16TF C 1
BS 1 10 RR3DH16TF
BS 11 653 RR3DH16JQ
BS 654 712 RR3DH16TF

RD RR3DH16JQ 645 0 0
GC
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ATTTGAACCATTGGGCCACTGATAAAAGCAAGAGCTAAACAAAAAAAAACAAAAGCTACC
CATCTTACTATTCAACCAAAAGATCAAACAGAGCAAAGTAGTTTCAACTTTGACACTCCC
CAAGGGAGACATAACAATTCCCATTACCATTGATGGAGCCTGGTTCTAGCAAATTCAAGG
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TTTGCCCTGAGGACCCAATTTCTCAACCGTGATTTTCCATCCATCTGACGAACGTCTTCT
GCTGTACTTGTGGCACTTCACTTCTCCTTTCCATTTCAGTTTGTTGAACTCAAACCTCCG
GAGAAATTCTTCGTAAAGAATGTCATCCTCTTTCTTAGAGATCTCATAATGGACTTCATC
CATATCTTTAATCGTACCATCCCATCCTTCTGGCATGACCTTGAAGTCAGGCTTGTAACT
AAGCGAGGCCACATGAAACTCCCGGTCATGCGAAACAAAGAAC

QA 3 645 3 645
DS 

RD RR3DH16TF 712 0 0
TTTTTTTTTGCTAAAATGTTTGGTCTATTAACTGAAC*TCAGAGATCTGAAATGTTTGGG
TCTTAAGATTATTTGAACCATTGGGCCACTGATAAAAGCAAGAGCTAAACAAAAAAAAAC
AAAAGCTACCCATCTTACTATTCAACCAAAAGATCAAACAGAGCAAAGTAGTTTCAACTT
TGACACTCCCCAAGGGAGACATAACAATTCCCATTACCATTGATGGAGCCTGGTTCTAGC
AAATTCAAGGGAGAATCTTACGGCGACGACGTGGGGCTTCACGCTTAACATACATCTTCT
CCACTTCGTTGAGAGGCCGGCTTGATCCATCAGGAAGACTCACAAACTTCCAGCCACCTC
CATTTCCACGTTTGCCCTGAGGACCCAATTTCTCAACCGTGATTTTCCATCCATCTGACG
AACGTCTTCTGCTGTACTTGTGGCACTTCACTTCTCCTTTCCATTTCAGTTTGTTGAACT
CAAACCTCCGGAGAAATTCTTCGTAAAGAATGTCATCCTCTTTCTTAGAGATCTCATAAT
GGACTTCATCCATATCTTTAATCGTACCATCCCATCCTTCTGGCATGACCTTGAAGTCAG
GCTTGTAACTAAGCGAGGCCACATGAAACTCCCGGTCATGCGAAACAAAGAACTCAGGGT
ACTCATCAAGCAAACGCTCAACGGAATCATCCAAAGGACGACCAAGCTTCCC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL9464Contig1 708 2 1 U
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ACAGGAGAAACCAACGTGGAAGATTGGAGCGCCGATACATGGGAGAGTCACGTCGGAGAT
TCATCGCCAGAGAAAACAAACTGGTTAATACGTCACCGTATCGCTATTGGAGTTGCACGT
GGTCTAGCCTATCTACATCATGTTGGTACTACTCATGGTCACTTAGTTGCTACCAACATC
CTCCTAACCGAAACCCTAGAGCCACGAATATCTGATTTTGGTATCAACAACATCGCAAAA
ACAGGAAACGATGCTGATAATAACAATTTAGACTTCGATGTGTATTGTTTTGGAGTGATT
TTGTTTGAGCTTTTGACCGGTAAGCAAGGGAGTGAGGAACATGTGAAATCAGTTCGACGG
TTGTTTAAGGAGAGGAGAGGAGAGGAAGCTCTTGACTCGAGATTGCGGTTAGCTTCTGGA
GAATCGGTTAATGAGATGGTCGAGAGTCTTAGAATTGGTTATTTCTGTACGGCGGAGACG
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TCTCGTTGAGTTAGGAAACGAAGTGTATTAGATTTTCGGATGTTGTTAATTATGGACATA
TTGTGCGAGATAAATGCGTTTTGTCAAGCTATTATATGTTTTTGAGCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3A854JQ C 1
AF RR3A854TF U 1
BS 1 708 RR3A854TF

RD RR3A854JQ 708 0 0
GTTATATTATATGAATTTATGGCTACTGGAGACCTTCACCGATGGCTTCACGAGCTCCCA
ACAGGAGAAACCAACGTGGAAGATTGGAGCGCCGATACATGGGAGAGTCACGTCGGAGAT
TCATCGCCAGAGAAAACAAACTGGTTAATACGTCACCGTATCGCTATTGGAGTTGCACGT
GGTCTAGCCTATCTACATCATGTTGGTACTACTCATGGTCACTTAGTTGCTACCAACATC
CTCCTAACCGAAACCCTAGAGCCACGAATATCTGATTTTGGTATCAACAACATCGCAAAA
ACAGGAAACGATGCTGATAATAACAATTTAGACTTCGATGTGTATTGTTTTGGAGTGATT
TTGTTTGAGCTTTTGACCGGTAAGCAAGGGAGTGAGGAACATGTGAAATCAGTTCGACGG
TTGTTTAAGGAGAGGAGAGGAGAGGAAGCTCTTGACTCGAGATTGCGGTTAGCTTCTGGA
GAATCGGTTAATGAGATGGTCGAGAGTCTTAGAATTGGTTATTTCTGTACGGCGGAGACG
CCAGGGAAACGGCCAACAATGCAACAAGTGTTGGGTCTGCTTAAAGACATTCGTAGTGTT
TCTCGTTGAGTTAGGAAACGAAGTGTATTAGATTTTCGGATGTTGTTAATTATGGACATA
TTGTGCGAGATAAATGCGTTTTGTCAAGCTATTATATGTTTTTGAGCC

QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3A854TF 708 0 0
GTTATATTATATGAATTTATGGCTACTGGAGACCTTCACCGATGGCTTCACGAGCTCCCA
ACAGGAGAAACCAACGTGGAAGATTGGAGCGCCGATACATGGGAGAGTCACGTCGGAGAT
TCATCGCCAGAGAAAACAAACTGGTTAATACGTCACCGTATCGCTATTGGAGTTGCACGT
GGTCTAGCCTATCTACATCATGTTGGTACTACTCATGGTCACTTAGTTGCTACCAACATC
CTCCTAACCGAAACCCTAGAGCCACGAATATCTGATTTTGGTATCAACAACATCGCAAAA
ACAGGAAACGATGCTGATAATAACAATTTAGACTTCGATGTGTATTGTTTTGGAGTGATT
TTGTTTGAGCTTTTGACCGGTAAGCAAGGGAGTGAGGAACATGTGAAATCAGTTCGACGG
TTGTTTAAGGAGAGGAGAGGAGAGGAAGCTCTTGACTCGAGATTGCGGTTAGCTTCTGGA
GAATCGGTTAATGAGATGGTCGAGAGTCTTAGAATTGGTTATTTCTGTACGGCGGAGACG
CCAGGGAAACGGCCAACAATGCAACAAGTGTTGGGTCTGCTTAAAGACATTCGTAGTGTT
TCTCGTTGAGTTAGGAAACGAAGTGTATTAGATTTTCGGATGTTGTTAATTATGGACATA
TTGTGCGAGATAAATGCGTTTTGTCAAGCTATTATATGTTTTTGAGCC

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL9465Contig1 1149 2 2 U
TTTTTCAATGGCAGCAGGAGGAGGAGGAGGCTCATCGTCTGGAAGAACTCCAACGTGGAA
GGAGAGGGAGAACAATAAGAGGAGGGAGAGGAGGAGAAGAGCCATCACGGCAAAGATTTA
CTCTGGTCTCAGGGGTCAAGGTAACTACAAGCTTCCTAAGCACTGCGATAACAACGAGGT
CCTTAAAGCTCTCTGTCTCGAAGCTGGTTGGATCGTCGAAGACGATGGCACCACTTATCG
CAAGGGGTCTAAGCCACCAGCTTCAGACATGTTAGGAACTCCGACAACATTCAGCACAAA
CTCTTCAATCCAACCAAGTCCACAATCATCTGCTTTCCCAAGCCCAGCACCTTCTTACCA
TGGAAGTCCCGTCTCCTCTTCCTTCCCTAGCCCGTCTCGTTACGACGGCAACCCTTCCTC
GTACCTTCTCCTCCCTTTCCTACACAACATCGCTTCTTCCATTCCAGCAAACCTTCCCCC
TCTTAGAATATCAAACAGCGCGCCTGCTACTCCTCCTCTGTCCTCTCCTACTTCTCGTGG
CTCAAAGAGGAAACTCATGACACAGCAGTTGCCAACTAATGGGTTGAGACATCCGCTTTT
CGCTATCTCAGCTCCATCTAGTCCTACACGCCGTGTTGGTCACCAAACACCTCCTACTAT
ACCTGAGTGTGACGAGTCCGAGGAGAGTTCGTTTGAGGATTCAGGAAGGTGGATTAATTT
TCAATCTACAGCTCCTAGCTCACCAACGTTTAATCTTGTGAACCAAACATCTATGGTTAT
TGACATGAAGAGATCAGACTGGGGGATTTCTGGTATGAATATGAAGGGTTCAGAGTTTGA
ATTCGAGAATGGAACTGTTAAGCCATGGGAAGGTGAAATGATTCATGAAGTTGGCGTAGA
AGATCTCGAGCTCACGCTAGGCGGCACTAAAACCCGATGCTGAGGCTAAGATCGTGTCTT
TGTGATCATAACCTATGCAAATCTTTGACATTGTACAGGAGTTCGTGTGGCCGAGGAAGG
TCGAACCTTTTAGATAATGTTACCTTTATCCGTTTATGCTTAAAATTTTTCTTCCGTGAT
GTTAATGTGACTAGAGATGTAATGTATGCTTGGTCCCAGGATAATGAATGGGTTTTTGAT
ATAATATTT


BQ
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AF RR3GJ68TF U 1
AF RR3GJ68JQ C 509
BS 1 678 RR3GJ68TF
BS 679 1149 RR3GJ68JQ

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CTCTTCAATCCAACCAAGTCCACAATCATCTGCTTTCCCAAGCCCAGCACCTTCTTACCA
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GTACCTTCTCCTCCCTTTCCTACACAACATCGCTTCTTCCATTCCAGCAAACCTTCCCCC
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ACCTGAGTGTGACGAGTC

QA 1 678 1 678
DS 

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TTTAATCTTGTGAACCAAACATCTATGGTTATTGACATGAAGAGATCAGACTGGGGGATT
TCTGGTATGAATATGAAGGGTTCAGAGTTTGAATTCGAGAATGGAACTGTTAAGCCATGG
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CATTGTACAGGAGTTCGTGTGGCCGAGGAAGGTCGAACCTTTTAGATAATGTTACCTTTA
TCCGTTTATGCTTAAAATTTTTCTTCCGTGATGTTAATGTGACTAGAGATGTAATGTATG
CTTGGTCCCAGGATAATGAATGGGTTTTTGATATAATATTT

QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

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ATGGTTATCACGGCTGCCTTGATCATCGCCAATTTATTTCTCCGGTACGATAAAATTACC
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CGATATATAATATTTTATCTCAAGTTTGGTTT


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AF RR3DG05TF U 1
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TCCTCCACGGTCTCATATCATATGTTTATGTTTGGAGTGTCGAATAAGATTTAAACTAAA
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CGATATATAATATTTTATCTCAAGTTTGGTTT

QA 1 572 1 572
DS 

RD RR3DG05TF 572 0 0
GGGGGTCCTGTTCGGTTCTGAATTTCAGGACGGTTAACGAAATGGAGCTGGTTAAGTCCG
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GCGGTTACCAGCCGCTGGTGATGAGAGACGCTAGCATCTTTGACGACCCGGAGGAATTTA
AACCGGATCGGTTTGTAGGTGAGGCCGGGTCCAAGTTGCTTAATTATCTGTTCTGGTCTA
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GGCGACGCCGGGAGTATCAAGACCGTTGTTAAAGCTACATGAGGGAGACTCATCACTTCC
TCCTCCACGGTCTCATATCATATGTTTATGTTTGGAGTGTCGAATAAGATTTAAACTAAA
ATAATGCGAACTGTAACAGAAATTGCCTGAGGTATTTTTCTATTAAGTTTGTCTGGTAAG
CGATATATAATATTTTATCTCAAGTTTGGTTT

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL9467Contig1 979 2 2 U
GAAGAAATCTCAGATTTCAAAACCAAATCCAAAAAGACCTAATTTTTTAGTGCGGGGGTC
CTCTTCACAGCTCCAATCGCCGAGTTCTAATAAAAAAGTTGAGAGATTTGAATAAGAAGA
AGAGCTTCTGCTCGCTTTTAAATCGATTCCCTTTTCAGACCCGAACAAAACTCTAGCAGT
TATCCTCTAAGAGAGTCTGCAGAGGGGCGAATAGAAAACAAACAGGAACTCATAATGGCT
CAGAAGCTTGAACTGATCAGAGGTGGAGGAGGATCCATCAAAATAGGAGCCACAGGAACG
GCGGCAACTCTAATGACTCGCGAGCTAGACTCCATGAAACAACAACCTTCTCCTCAGACT
CCCACAACTAAACCCATTAGAACAACTATCCCCGTCTCTGTAGACTGTGGCACATCTTCT
TCTTCCACTCCAAGAAGACCAAAAGCAAGGAAATCATCCGACGAAGCTAGCAGCAGCAGC
AATGTTAGAACACCAAAGGGTCACATCACCAAAAGCACTCATCAGCTTCCAAATGTTGTT
GGTTCTGATAACGTTAAGACACCAAAGGGTCACAATGCTAAAAAAAGCACTCATCAGCTT
CCAATGCTTGGCTCTGATAATGTATCCTTGCAAGGAACTCCGAGAAGGGAGAAGAGAATG
AGCATTGTGGATATTGTGGATGTGAAATGCGGGAATCCAGATCGAGCTTGGGCTAATCCG
ATAACCAGTAGACTCAAGAAGCTTGGCTTCTCTAAACTCAATGAGAGCATTGGTTAAAGT
AGCTCTCTGTTATGCAAAACTTTTGCCTTATTATATACTCTGGCCCATCCGGTTTGTTTT
ATCGGTATGAACCAAATTGAACCAAATGAGAATGTGGTTTTTTTTTTTGAACAAACAAGC
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TGTCATTAAATTAAAGTCT


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AF RR3BJ02TF U 1
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TCTTCCACTCCAAGAAGACCAAAAGCAAGGAAATCATCCGACGAAGCTAGCAGCAGCAGC
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CCAATGCTTGGCTCTGATAATGTATCCTTGCAAGGAACTCCGAGAAGGGAGAAGAGAATG
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QA 1 824 1 824
DS 

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TCTGATAATGTATCCTTGCAAGGAACTCCGAGAAGGGAGAAGAGAATGAGCATTGTGGAT
ATTGTGGATGTGAAATGCGGGAATCCAGATCGAGCTTGGGCTAATCCGATAACCAGTAGA
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TGCAAAACTTTTGCCTTATTATATACTCTGGCCCATCCGGTTTGTTTTATCGGTATGAAC
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TATTACTTTTGTCAAACCAACAATGTAATTGTAAACGGAGCTTTTGGTTGTCATTAAATT
AAAGTCT

QA 1 727 1 727
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3C122JQ C 1
AF RR3C122TF U 1
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DS 

RD RR3C122TF 418 0 0
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CGAGGACTCGGACAAGACTCACCATGTTTAAGTCTATCTCTCTTCTCTCTTTCCGTTTGT
TGTACTTTCTGATGTGTAATGTTGTAATAAATCTCGAAGTAGACAAACTGTATCCCAG

QA 1 418 1 418
DS 



AS 1 2

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TGTTTAGTGTCGAAGTTGTATAGTCTTTCTCTACTAACTTGGATGGTTGGGACTACCGAG
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TATAAAGTGAATAGAACTTTGCGGATGCCTTGAGTATCCCTACTGTTGTCCC


BQ
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AF RR3AU30JQ C 1
AF RR3AU30TF U 1
BS 1 712 RR3AU30TF

RD RR3AU30JQ 712 0 0
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TGATGAGAAGTTCCCTTTTCTTGATGGATTCTCCTCCTCGTCGCCAAACCGGGATTCTGG
AGTCACTTTTCAAGAGGTGTTACTGCCCACAACCTCAGGACAGTCACAAGCATATGCACC
ACCCATACCCTCTACCTCAACTTCCTTACCCATTCCTCCCATGCCACAAGAGACCATCAA
TGACTCCCCTACAGAAAACTACATGAATACAGATAAGGATATCTCACGGGCATTCATCTT
TCCGAGCCAGTTCCTTGACGGTGGTTCAGTACCGAATCAGCTTGAGGGATTACCTCAAGA
CCTCGTCATCGATGAACTGATGAGTAACTGTGATATCTTTGAAGAGTATCTGGCACAGAG
CCCTGTTTTTGGAGATGAGACAACACTAGAAAGCAGCGATGCAAATGGTGGGCATGTGGA
TAAGCTGATAGAGGAGTTGGGTCATCTCACTTCAGAGAAAAAGCAACTGTGAAGGGATTA
TGTTTAGTGTCGAAGTTGTATAGTCTTTCTCTACTAACTTGGATGGTTGGGACTACCGAG
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TATAAAGTGAATAGAACTTTGCGGATGCCTTGAGTATCCCTACTGTTGTCCC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3AU30TF 712 0 0
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TGATGAGAAGTTCCCTTTTCTTGATGGATTCTCCTCCTCGTCGCCAAACCGGGATTCTGG
AGTCACTTTTCAAGAGGTGTTACTGCCCACAACCTCAGGACAGTCACAAGCATATGCACC
ACCCATACCCTCTACCTCAACTTCCTTACCCATTCCTCCCATGCCACAAGAGACCATCAA
TGACTCCCCTACAGAAAACTACATGAATACAGATAAGGATATCTCACGGGCATTCATCTC
TCCGAGCCAGTTCCTTGACGGTGGTTCAGTACCGAATCAGCTTGAGGGATTACCTCAAGA
CCTCGTCATCGATGAACTGATGAGTAACTGTGATATCTTTGAAGAGTATCTGGCACAGAG
CCCTGTTTTTGGAGATGAGACAACACTAGAAAGCAGCGATGCAAATGGTGGGCATGTGGA
TAAGCTGATAGAGGAGTTGGGTCATCTCACTTCAGAGAAAAAGCAACTGTGAAGGGATTA
TGTTTAGTGTCGAAGTTGTATAGTCTTTCTCTACTAACTTGGATGGTTGGGACTACCGAG
TTTTTTTTATTTATTGAAGTCTCGTTTGTGTAAAAAAGTTTAAGATTTTCATTTACATTA
TATAAAGTGAATAGAACTTTGCGGATGCCTTGAGTATCCCTACTGTTGTCCC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

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AAAACTATAGACCCAAAAACGACACTGCAAAACCCGACCCCAAGCGATCTGACTCGACAA
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CTAGATATATAGCTATAAATAACTCGCCAAGATTTGGGAGCTTTAAAAGTTGATGCAACT
TAAGTCGAGGGACTAGCCTCTTCGGTTTTCTTTACTTCAACGGCTTTCTCTGGCTCGCTT
TTTTTCTTCTCCTCTGCTTCAGTCTTCTCTGAAATTCTCTCCCGTATCTTCTTGGACTCT
GCTGATCTGTAAAAGTAGTGGGACATAAAGAGATGAAACCACCCACTGAATCTGAACTAC
TTAATCTCTTCATCATCAAACAACACTACAAAAGGGTCTTTTTAAAAACCTTTTAGTTAC
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TGATGATCTTGTCTCTCCTATAACCCATCAAGAAAGATAGCAAAACTTTGAAGGAAGAGA
GAAATTAAAACAATGGGGGAGATTCTATTCACAGACAGAGGAGGAGAGAGAGAGACTGAG
TTTCTTTGTTTTCCATATCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BH43JQ U 4
AF RR3BH43TF C 1
BS 1 3 RR3BH43TF
BS 4 595 RR3BH43JQ
BS 596 680 RR3BH43TF

RD RR3BH43JQ 592 0 0
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GTCGAGGGACTAGCCTCTTCGGTTTTCTTTACTTCAACGGCTTTCTCTGGCTCGCTTTTT
TTCTTCTCCTCTGCTTCAGTCTTCTCTGAAATTCTCTCCCGTATCTTCTTGGACTCTGCT
GATCTGTAAAAGTAGTGGGACATAAAGAGATGAAACCACCCACTGAATCTGAACTACTTA
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TGATCTTGTCTCTCCTATAACCCATCAAGAAAGATAGCAAAACTTTGAAGGA

QA 1 592 1 592
DS 

RD RR3BH43TF 680 0 0
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AAAACTATAGACCCAAAAACGACACTGCAAAACCCGACCCCAAGCGATCTGACTCGACAA
AACATGTGTAGATAGAAAGGTGACCGGACAATAGTAGACTCGAGAGAGATGCATCCAACA
CTAGATATATAGCTATAAATAACTCGCCAAGATTTGGGAGCTTTAAAAGTTGATGCAACT
TAAGTCGAGGGACTAGCCTCTTCGGTTTTCTTTACTTCAACGGCTTTCTCTGGCTCGCTT
TTTTTCTTCTCCTCTGCTTCAGTCTTCTCTGAAATTCTCTCCCGTATCTTCTTGGACTCT
GCTGATCTGTAGAAGTAGTGGGACATAAAGAGATGAGACCACCCACTGAATCTGAACTAC
TTAATCTCTTCATCATCAAACAACACTACAAAAGGGTCTTTTTAAAAACCTTTTAGTTAC
TTCAAAACAATGATTTTTTTTTGTTTGTTTAGCTCTCAGTTTAATGCATCTAGTACTTGA
TGATGATCTTGTCTCTCCTATAACCCATCAAGAAAGATAGCAAAACTTTGAAGGAAGAGA
GAAATTAAAACAATGGGGGAGATTCTATTCACAGACAGAGGAGGAGAGAGAGAGACTGAG
TTTCTTTGTTTTCCATATCC

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL9471Contig1 587 2 1 U
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TGGACTTGGCTACATGGTATTGTACATCAAGAAAAAACCAGAAGCTTCAGCAGGTGACGT
CGCTAAAGTTATGTCCGGTGTCTCTGGTACTACCGAGAATACTCGTCCTCGTAATTAACC
TTTTGATATATTTTGTTTGAATCACATATAACAAAATATAATTTTTTTAAAACATATAAC
AAAATATTATCTCCATATACTGAATCATTTTTTTTGATCAAACATATACTGAATCATTTC
AAATTTTTTAAACACTCTTGTATTTTAATTTGTTGTTCAATTATTTTATGTGCTATATAC
TTGCACCGTATAATCTATATAATGGTGCAATACAAGTTTTTTATTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3G882TF U 1
AF RR3G882JQ C 16
BS 1 587 RR3G882TF

RD RR3G882TF 587 0 0
GGAAAACTTTTAAAACAATCATTCCAAGAAAAATTTGGAGCGATAAAAGTCACTTATAAA
GAAGGACAATATATAAACTCTTTTTTAAAAAAAAAAATACGTTATATACATAGATATACT
AAAAAGGGAAACGGCGGGACCAGAACAAGCAGCGAAGCAGTCGAGTGAAGTGTTGTGCCA
ACGGCGATCATTAGGGATGTGTCCGGTGAGAGCAGCAGCTGTAGGATTTGCTATAATTGG
TGGACTTGGCTACATGGTATTGTACATCAAGAAAAAACCAGAAGCTTCAGCAGGTGACGT
CGCTAAAGTTATGTCCGGTGTCTCTGGTACTACCGAGAATACTCGTCCTCGTAATTAACC
TTTTGATATATTTTGTTTGAATCACATATAACAAAATATAATTTTTTTAAAACATATAAC
AAAATATTATCTCCATATACTGAATCATTTTTTTTGATCAAACATATACTGAATCATTTC
AAATTTTTTAAACACTCTTGTATTTTAATTTGTTGTTCAATTATTTTATGTGCTATATAC
TTGCACCGTATAATCTATATAATGGTGCAATACAAGTTTTTTATTGC

QA 1 587 1 587
DS 

RD RR3G882JQ 572 0 0
CAATCATTCCAAGAAAAATTTGGAGCGATAAAAGTCACTTATAAAGAAGGACAATATATA
AACTCTTTTTTAAAAAAAAAAATACGTTATATACATAGATATACTAAAAAGGGAAACGGC
GGGACCAGAACAAGCAGCGAAGCAGTCGAGTGAAGTGTTGTGCCAACGGCGATCATTAGG
GATGTGTCCGGTGAGAGCAGCAGCTGTAGGATTTGCTATAATTGGTGGACTTGGCTACAT
GGTATTGTACATCAAGAAAAAACCAGAAGCTTCAGCAGGTGACGTCGCTAAAGTTATGTC
CGGTGTCTCTGGTACTACCGAGAATACTCGTCCTCGTAATTAACCTTTTGATATATTTTG
TTTGAATCACATATAACAAAATATAATTTTTTTAAAACATATAACAAAATATTATCTCCA
TATACTGAATCATTTTTTTTGATCAAACATATACTGAATCATTTCAAATTTTTTAAACAC
TCTTGTATTTTAATTTGTTGTTCAATTATTTTATGTGCTATATACTTGCACCGTATAATC
TATATAATGGTGCAATACAAGTTTTTTATTGC

QA 1 572 1 572
DS 



AS 1 2

CO CL9472Contig1 578 2 1 U
GGATCACCCAAGTTTCTGAAAAAAGAAAGAAGCAATAAACTAAGTGCAAAAAGAAGAAGC
AAAAGCTACAAAATGGCAAAAACCCTCAGTTCCATCTGCTTCACCACTCTCCTGCTCGTT
GTCTTGTTGATTTCAGCTGGTATCCCGAAGAGCGAGGCGACGTGTACCAAGTACTTAGGC
GAAGCCATATTGCCGTACCCATGCAGGGAAAGCTACTGTGAAGCCAAATGCGCTGAGATT
TACCACGAGTCATGCAGAGGAGAGTGTGAGGATCATGATCATCACCACGGAGTGCATTTA
ACAAATGACCATGACGACCATTGCTACTGCTACAGTCGTTATTAAGCTGCTGATGAAGTT
TACTCATAAACTCGTACCGTATTAAATAAAATAAAAATGTAAGCGTGGTGGTTTCCTTCG
ATTTAAGTGTCATGTGTGAGTGTTGTTTGCTTTTTTTTTTATAATTAAATAAAATAGTAC
GTAAGACGAAGCTAATGACTTCTCTCCTGCGTCTATTGTAAGATCATGTTGTATGTTATT
TCGATTTGATAATAATAAAGTTGTTCTGTATTTTGGCT


BQ
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AF RR3EE43JQ C 1
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QA 1 578 1 578
DS 

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TCGATTTGATAATAATAAAGTTGTTCTGTATTTTGGCT

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

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BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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AF RR3EQ96JQ U 12
AF RR3C779JQ U 1
BS 1 108 RR3C779JQ
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QA 1 618 1 618
DS 

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QA 1 808 1 808
DS 



AS 0 0

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BQ
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AF RR3GK52TF U 1
AF RR3GK52JQ C 290
BS 1 462 RR3GK52TF
BS 463 760 RR3GK52JQ

RD RR3GK52TF 462 0 0
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TGATGTCATCCCTATAATACGGTCACAAGCCATAAAGGACAGGGTAGTGTTGGAGAAGGG
ATTAAAGGCATTTGTTTCCTTTGTCCGTGGTTATAAGGAGCATCTCTGCTCTTACATTTT
CAGATGGAAAAGCCTAGAAATCGGAAAGTTAGCAATGGGATGTGGACTCTTGTATCTTCC
TTCAATGTCTGAAGTCAAACAACACAGACTCTCCAGTGAGGGTTTCACTCCCGTTACAGA
CATCAAGTTTGAGGACATAAAGTTCAAGGGACAAATTTAGGG

QA 1 462 1 462
DS 

RD RR3GK52JQ 471 0 0
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TTGTATCTTCCTTCAATGTCTGAAGTCAAACAACACAGACTCTCCAGTGAGGGTTTCACT
CCCGTTACAGACATCAAGTTTGAGGACATAAAGTTCAAGG*ACAAATTTAGGGAGAAGCA
GAGGAAGCAGAACATGCAAGCAAGGAAAGAGAAACGGGAACAAGAGAAAAAGGAGAAAGG
CAAGAAGAACTCTAAAAAGGCGGTTGCTGCTGCTGCTGCCACAGATTCTAACAAAAGGAA
GCTAACAGGAAAACAGAGACAAACCATCCAAACCGCTGAAGATGAAGAAGAGATGGCTCG
TGATTATCGGTTACTTAAGAAACTCAAGAAAGGTTCTATCAAAGAAGATGATTTTGCTAA
ACTTACAGGAGCTGATGACTTTTAACAAACCTTTTTGAAATTTTGCAAAAA

QA 1 471 1 471
DS 



AS 1 2

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AGGAAGAACAAAGCAGGAGAGACTAACACTTACCTGGATGGTATCTACCTTCTCTTCACT
TACTTCACCAGACCCGAATCCATCACTCCACTCGAGGCCGTTCTGACTGCCGACGACGAC
GTTATCCGATCTTCTTCTTTCAAGATCAAGAAGAGGAAGTACAACTGAAAAACACCATCG
ACGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGACCAGTTTGATTCTTTTTTTATTTCTGTGTTC
TTTCCAACAAACTTACAAAAGTAAATCTATCTTTATTTTGTTATGTGTTTGTGTATCTTT
TTTCTTTCTTTTTGTGAAATGCTCTGTTTTCATGTGTTACAGAGTGTGAGAAACTCTAAT
GCAAAATTTGAGAAGCATGCATGATATATATGCTTCTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FX03TF U 1
AF RR3FX03JQ C 192
BS 1 459 RR3FX03TF

RD RR3FX03TF 459 0 0
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AGGAAGAACAAAGCAGGAGAGACTAACACTTACCTGGATGGTATCTACCTTCTCTTCACT
TACTTCACCAGACCCGAATCCATCACTCCACTCGAGGCCGTTCTGACTGCCGACGACGAC
GTTATCCGATCTTCTTCTTTCAAGATCAAGAAGAGGAAGTACAACTGAAAAACACCATCG
ACGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGACCAGTTTGATTCTTTTTTTATTTCTGTGTTC
TTTCCAACAAACTTACAAAAGTAAATCTATCTTTATTTTGTTATGTGTTTGTGTATCTTT
TTTCTTTCTTTTTGTGAAATGCTCTGTTTTCATGTGTTACAGAGTGTGAGAAACTCTAAT
GCAAAATTTGAGAAGCATGCATGATATATATGCTTCTGC

QA 1 459 1 459
DS 

RD RR3FX03JQ 268 0 0
TTT
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TGTGTGTGTATGTGACCAGTTTGATTCTTTTTTTATTTCTGTGTTCTTTCCAACAAACTT
ACAAAAGTAAATCTATCTTTATTTTGTTATGTGTTTGTGTATCTTTTTTCTTTCTTTTTG
TGAAATGCTCTGTTTTCATGTGTTACAGAGTGTGAGAAACTCTAATGCAAAATTTGAGAA
GCATGCATGATATATATGCTTCTGC

QA 4 268 4 268
DS 



AS 1 2

CO CL9477Contig1 1276 2 4 U
AAATATAACATAACCATTCATTCAAATAACATAGAAGCTACATTAACATACAGAGAAATC
AAAAACTTCTCTGGAAATGTTTAAAATAACCCAAAAACAAGAAAACAAACAAAAGATAAA
CTACTACATAAGAACCCAAGAAACACAGCAGCAGCAGAGAGAGAGAGCTAAATCACACAA
CTCTCTAAATATAACCGATTACAAAAGACAAAGGTATATATATTCTAACGCTGCTGGTGC
TTACTGTTCTTCATAATCTTAAGAAACACGTCTCATATAAAAAAGGCCCAATCCTCAAAA
CTGTACAGCCTTCTCTCTTCCTCCCCATAAGCGAAGCAATCCACGTTAAAAATCCGGATA
AAACATCTTTTTTCTTTTTCAGAGAGAAGTCATTGTTTGACGCAGAGTCATCTTCATGAG
TAGACACGATCACATACACTGTATACAACACTGACTGGCTTTTTCGGTGTGCCTTTCCAA
TAAACCCTCTCGAGTTTTCCATTCGACTGAGGGCGTGGTGAGACGACGGCGCCTTCTTGG
CAGCTTTGCTGGAGTACATTGTCTAGCTCTCCACTAGCTGCTCCAATGAGTCCTAGGAAC
AGAGGAGATGGTTTGCCAGGTCTTGATTTGTACTCGGGATGGAACTGAGCTCCAACGTAA
AACGGATGGTTAGGTAGCTCAACGATCTCCATTCGCAGACCCGTCTCGTCTTTTCCTGGA
AATGCGAGTCCAGAGCTCTCGAGACGTGGAACCATGGCTGGATTCACCTCATATCTGTGT
CGGTGTCTCTCATCTACAAAACTTCTGTTCCCATATAGTTTTGCTGCTTTGGAGTCCTTG
CTTTGGAAGTAAGTTCTTCTTGAGCCTAACCTCATGGTGCCTCCCATATGAGTTGTCGAA
CCCTCTGGCATGAAGATGACACAAGGGTTCTTGGTGTTGGGATCGAGTTCAGCGCTGTTC
GCATCTGGCAAACCAAGTACGTTTCTTGCATACTCGATCACAGCGAGTTGCATACCTAGA
CAGATACCGAGGTACGGAACTTTGTTCTCTCTGGCGTGTTTCGCTGCAAGAATCTTTCCT
TCAACACCTCTGTTGCCGAATCCTCCAGGCACAAGAATACCATCAGCTCCCCTGAGTAAC
TTCCACGCTGCCTTATACGCATCTGGATTCTCTTTCCTGGCCCCTTGTTCAAGATCACTA
GCTGAAATCCAATCTATGACGAGTTTCTTGCGCCTAGCCACAGAAGCGTACAAGAGAGCC
TTGTGGATGGAAAGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE88JQ U 1
AF RR3CA13TF C 597
BS 1 752 RR3DE88JQ
BS 753 753 RR3CA13TF
BS 754 778 RR3DE88JQ
BS 779 1276 RR3CA13TF

RD RR3DE88JQ 778 0 0
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AAAAACTTCTCTGGAAATGTTTAAAATAACCCAAAAACAAGAAAACAAACAAAAGATAAA
CTACTACATAAGAACCCAAGAAACACAGCAGCAGCAGAGAGAGAGAGCTAAATCACACAA
CTCTCTAAATATAACCGATTACAAAAGACAAAGGTATATATATTCTAACGCTGCTGGTGC
TTACTGTTCTTCATAATCTTAAGAAACACGTCTCATATAAAAAAGGCCCAATCCTCAAAA
CTGTACAGCCTTCTCTCTTCCTCCCCATAAGCGAAGCAATCCACGTTAAAAATCCGGATA
AAACATCTTTTTTCTTTTTCAGAGAGAAGTCATTGTTTGACGCAGAGTCATCTTCATGAG
TAGACACGATCACATACACTGTATACAACACTGACTGGCTTTTTCGGTGTGCCTTTCCAA
TAAACCCTCTCGAGTTTTCCATTCGACTGAGGGCGTGGTGAGACGACGGCGCCTTCTTGG
CAGCTTTGCTGGAGTACATTGTCTAGCTCTCCACTAGCTGCTCCAATGAGTCCTAGGAAC
AGAGGAGATGGTTTGCCAGGTCTTGATTTGTACTCGGGATGGAACTGAGCTCCAACGTAA
AACGGATGGTTAGGTAGCTCAACGATCTCCATTCGCAGACCCGTCTCGTCTTTTCCTGGA
AATGCGAGTCCAGAGCTCTCGAGACGTGGAAC*ATGGCTGGATTCACCTCATATCTGT

QA 1 778 1 778
DS 

RD RR3CA13TF 680 0 0
GAACAGAGGAGATGGTTTGCCAGGTCTTGATTTGTACTCGGGATGGAACTGAGCTCCAAC
GTAAAACGGATGGTTAGGTAGCTCAACGATCTCCATTCGCAGACCCGTCTCGTCTTTTCC
TG*AAATGCGAGTCCAGAGCTCTCGAGACGTGGAACCATGGCTGGATTCACCTCATATCT
GTGTCGGTGTCTCTCATCTACAAAACTTCTGTTCCCATATAGTTTTGCTGCTTTGGAGTC
CTTGCTTTGGAAGTAAGTTCTTCTTGAGCCTAACCTCATGGTGCCTCCCATATGAGTTGT
CGAACCCTCTGGCATGAAGATGACACAAGGGTTCTTGGTGTTGGGATCGAGTTCAGCGCT
GTTCGCATCTGGCAAACCAAGTACGTTTCTTGCATACTCGATCACAGCGAGTTGCATACC
TAGACAGATACCGAGGTACGGAACTTTGTTCTCTCTGGCGTGTTTCGCTGCAAGAATCTT
TCCTTCAACACCTCTGTTGCCGAATCCTCCAGGCACAAGAATACCATCAGCTCCCCTGAG
TAACTTCCACGCTGCCTTATACGCATCTGGATTCTCTTTCCTGGCCCCTTGTTCAAGATC
ACTAGCTGAAATCCAATCTATGACGAGTTTCTTGCGCCTAGCCACAGAAGCGTACAAGAG
AGCCTTGTGGATGGAAAGAT

QA 1 680 1 680
DS 



AS 1 2

CO CL9478Contig1 589 2 2 U
GGCTGCAGCAGCCGCCATTGCAGCAGCATCAGAGGATATTAATCTAAACCCGGACGTTGC
TGCTCCTGATCTTGAAGGAGAGACCACCACAAGATTCCACCCTCTGTTGATCAGGAGACA
GTTACAGTCACACAGAGTGGCACGGATCTCGAACTTCACATCTGCATTGAGTTCTGCTGA
GAGGCTTGTAGACGCGTATTTTAGAACTCATACATTGGGGAGGAACCACCAAGAGCTAAA
CCATCATTCTCCTGTTGTGGTTGATGATAGAGACTCATTCTCGAGCATTGCAGCTGTGAT
AAACTCTGAGAGTCAAGTGGATACTGCAGTTGAGATTGATTCAATGGTCACTCTTTCGAC
ATCTTCATCGAGGAGAAGGAATGAGAATGGCTCGAGGGTTTCTGATGTAGACAGTGCAGA
TTCTCGCCCGCCTAGGAGAAGGAGATTTACTTGAAACAAAAGCTTTCAATCCTGGAAGAT
GATGATGATGATGATGAGGACGACGAAGACTGTAACTGTATTTTTCTTTTGTTGCTTGTT
GGTTTGTTGTATTTTTATTTGTAATTTTCGCAATGGGGATGGTATTTTT


BQ
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AF RR3DL21JQ C 1
AF RR3DL21TF U 1
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BS 586 589 RR3DL21JQ

RD RR3DL21JQ 589 0 0
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QA 1 589 1 589
DS 

RD RR3DL21TF 585 0 0
GGCTGCAGCAGCCGCCATTGCAGCAGCATCAGAGGATATTAATCTAAACCCGGACGTTGC
TGCTCCTGATCTTGAAGGAGAGACCACCACAAGATTCCACCCTCTGTTGATCAGGAGACA
GTTACAGTCACACAGAGTGGCACGGATCTCGAACTTCACATCTGCATTGAGTTCTGCTGA
GAGGCTTGTAGACGCGTATTTTAGAACTCATACATTGGGGAGGAACCACCAAGAGCTAAA
CCATCATTCTCCTGTTGTGGTTGATGATAGAGACTCATTCTCGAGCATTGCAGCTGTGAT
AAACTCTGAGAGTCAAGTGGATACTGCAGTTGAGATTGATTCAATGGTCACTCTTTCGAC
ATCTTCATCGAGGAGAAGGAATGAGAATGGCTCGAGGGTTTCTGATGTAGACAGTGCAGA
TTCTCGCCCGCCTAGGAGAAGGAGATTTACTTGAAACAAAAGCTTTCAATCCTGGAAGAT
GATGATGATGATGATGAGGACGACGAAGACTGTAACTGTATTTTTCTTTTGTTGCTTGTT
GGTTTGTTGTATTTTTATTTGTAATTTTCGCAATGGGGATGGTAT

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 2

CO CL9479Contig1 912 2 2 U
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CAGGTTGGAGCTATAGAGCGTGAGATCTATCCCGCAAAGACCCTACCTTTTTTATTACAC
TGCACTCCTAATGTCGGCCCTTGTGGCGCTATGCAGAGCTCGAACTGCTGCTTCTTCGTT
GAACAGCCTTGTTCGTCCAGCATTTCGCAGTCTCTCTACAGGTTTTGGTGATGTGCAGAA
CAAAACACTTGTGGCAGAAATGGAAGAAAAGATGCTCCACATGGACATCAACTCAATGAT
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CGCCAGATGCCGTGCTACTATCGGTACAGTGTCGAACCCGTCTCATGGAGTGAAGAAGCT
GTATAAAGCAGGGCAGAGTAGGTGGCTGGGGATAAGACCTAAAGTGAGAGGTGTGGCGAT
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GAACGTTGCCAG


BQ
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AF RR3DG93TF U 1
AF RR3DG93JQ C 144
BS 1 557 RR3DG93TF
BS 558 912 RR3DG93JQ

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CAGGTTGGAGCTATAGAGCGTGAGATCTATCCCGCAAAGACCCTACCTTTTTTATTACAC
TGCACTCCTAATGTCGGCCCTTGTGGCGCTATGCAGAGCTCGAACTGCTGCTTCTTCGTT
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CAAAACACTTGTGGCAGAAATGGAAGAAAAGATGCTCCACATGGACATCAACTCAATGAT
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GGAGCCTGCTTCAGGGAGATGCTTGATAAAGCTTCCATCAGGGGACACCAGGTGGATCAA
CGCCAGATGCCGTGCTACTATCGGTACAGTGTCGAACCCGTCTCATGGAGTGAAGAAGCT
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DS 

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GGCTGGGGATAAGACCTAAAGTGAGAGGTGTGGCGATGAATCCTTGTGATCATCCACACG
GTGGTGGTGAAGGGAAGAGCAAAAGTAGTGGAAGCAGAGGAAGGACATCGGTTAGCCCTT
GGGGGAAGCCGTGCAAAGGAGGTTACAAGTCAGCTAGTGTCAAGAAGAAGAAGAAGAGAT
TGGCAGCTAGAGAAGCCAAGATGTGATTCATATTGATGAAAGGATGGTTTAACTCTCGGG
ATTGTTTTAATGACATTGTTGAATCTGTGAGAGTTTTAAGTTTAATAAATTCAGAACAAT
CGTTGATCCGTTATGGATGAAGATGGTATGAAATTATGAACGTTGCCAG

QA 1 769 1 769
DS 



AS 1 2

CO CL9480Contig1 964 2 2 U
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AACAACAGCAGCTGCAGTATGAACAGCAGCACTGATAGCCACAACAACAAACCACCCATA
ACTCCGACCCGACACGTAACCACCAGATCCGAATCTGGAAACCCGTACCCTACCACTTTC
GTCCAAGCGGATACCTCTTCATTCAAACAAGTCGTCCAGATGCTAACCGGATCTTCCGAC
AGACCCAAACAACACAACACCTCCTCTCTTAAACCCAACCCGGCCCATCAACCCGACCCG
AGATCCTCCCCTTCCCAATTCTCAATCCCTGCAATCAAAGCCGTAAACAAGAAACAGTCT
TCTTCCTCCTCCTCAGGGTTCCGTCTCTACGAGCGCCGTAACTCCATGAAGAATCTCAAA
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GACCCGTTTGATCGATCCGGGTCATCGAGTCAAAGCCCCGACGATGCTGAGGAGAAAGCG
ATGAAAGAGAAAGGCTTTTATTTGCATCCGTCTCCGGCGACAACTCCGATGGATTCAGAG
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TCTAGTTCTTGAATGAAAACAAACTCTAATTTTTTTTAAATATCATTTCCTTTGTGATTT
TTATTTATATATATTATAAATGGGAATTGAGATGAATCCTGATGAGAATTTGTTATATAT
GAGAGAGATTATTGTAATGCTGAGATGATATGTTTGCCAAAAGCCAACTGATATTTGAAA
TTAG


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3AE02TF U 1
AF RR3AE02JQ C 115
BS 1 762 RR3AE02TF
BS 763 964 RR3AE02JQ

RD RR3AE02TF 762 0 0
GGAACCAAAACACAATCCCTCTCTCTCTCTTCTCTAATCTCTCTCTCTATCATCTCAATG
GAGAACTCGCCCAGATACAGAGATGCTTCAACGAATCTGATTCCATCTCCTCGATGCCAC
AACAACAGCAGCTGCAGTATGAACAGCAGCACTGATAGCCACAACAACAAACCACCCATA
ACTCCGACCCGACACGTAACCACCAGATCCGAATCTGGAAACCCGTACCCTACCACTTTC
GTCCAAGCGGATACCTCTTCATTCAAACAAGTCGTCCAGATGCTAACCGGATCTTCCGAC
AGACCCAAACAACACAACACCTCCTCTCTTAAACCCAACCCGGCCCATCAACCCGACCCG
AGATCCTCCCCTTCCCAATTCTCAATCCCTGCAATCAAAGCCGTAAACAAGAAACAGTCT
TCTTCCTCCTCCTCAGGGTTCCGTCTCTACGAGCGCCGTAACTCCATGAAGAATCTCAAA
ATCAACCCGTTAGACCCGGTTTTCAACCCGGTTTTCTCGCCCCGGAAACCCGAGATCCTC
TCTCCAAGCATCCTCGACTTCCCGTCTCTCGTTTTAAGCCCGGTCACTCCTCTTATACCC
GACCCGTTTGATCGATCCGGGTCATCGAGTCAAAGCCCCGACGATGCTGAGGAGAAAGCG
ATGAAAGAGAAAGGCTTTTATTTGCATCCGTCTCCGGCGACAACTCCGATGGATTCAGAG
CCTCGTCTTCTTCCTCTGTTTCCGGTTACTTCTCCTCGAGTC

QA 1 762 1 762
DS 

RD RR3AE02JQ 850 0 0
TGCCACAACAACAGCAGCTGCAGTATGAACAGCAGCACTGATAGCCACAACAACAAACCA
CCCATAACTCCGACCCGACACGTAACCACCAGATCCGAATCTGGAAACCCGTACCCTACC
ACTTTCGTCCAAGCGGATACCTCTTCATTCAAACAAGTCGTCCAGATGCTAACCGGATCT
TCCGACAGACCCAAACAACACAACACCTCCTCTCTTAAACCCAACCCGGCCCATCAACCC
GACCCGAGATCCTCCCCTTCCCAATTCTCAATCCCTGCAATCAAAGCCGTAAACAAGAAA
CAGTCTTCTTCCTCCTCCTCAGGGTTCCGTCTCTACGAGCGCCGTAACTCCATGAAGAAT
CTCAAAATCAACCCGTTAGACCCGGTTTTCAACCCGGTTTTCTCGCCCCGGAAACCCGAG
ATCCTCTCTCCAAGCATCCTCGACTTCCCGTCTCTCGTTTTAAGCCCGGTCACTCCTCTT
ATACCCGACCCGTTTGATCGATCCGGGTCATCGAGTCAAAGCCCCGACGATGCTGAGGAG
AAAGCGATGAAAGAGAAAGGCTTTTATTTGCATCCGTCTCCGGCGACAACTCCGATGGAT
TCAGAGCCTCGTCTTCTTCCTCTGTTTCCGGTTACTTCTCCTCGAGTCTCAGGTTCTTCC
ACAGATTCTAGTTCTTGAATGAAAACAAACTCTAATTTTTTTTAAATATCATTTCCTTTG
TGATTTTTATTTATATATATTATAAATGGGAATTGAGATGAATCCTGATGAGAATTTGTT
ATATATGAGAGAGATTATTGTAATGCTGAGATGATATGTTTGCCAAAAGCCAACTGATAT
TTGAAATTAG

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 2

CO CL9481Contig1 912 2 2 U
GGATTCATTTTATTCACCAAAGAAAAAACTAATAGAAACTTAACTAGACGACAAGAAATA
CATTTCTTGATTTCTCGGTAAATGGCGTCTTCAAATACTCTGGCGATATCTCCGAGGAAG
CTCCGTTCAGACCTTTATTCAAACTCTTACCAAGACGGTTCTAGCACACCACTCGTGATC
TCTGTTCTCTCGTCTCTGATTGAACGGACGTTGGCTCGGAACGAGAGGATCAGCCGGAGC
TATGGTGGTTTTGGAAAGACACGTGTCTTCGACTGCCTAGATATTCCTGACATGACGATC
CAATCGTATTTAGAGAGGATTTTCCGGTATACCAAAGCCGGTCCATCGGTTTATGTCGTG
GCTTATGTCTACATTGACCGGTTGTCAGAGTAATCAAGGTTTCAGAATCAGTCTCACTAA
TGTACATCGTCTCCTCATCACAACCATCATGGTCGCTTCCAAATACGTCGAAGACATGAA
CTACAGAAACTCGTACTTTGCGAAAGTAGGAGGATTAGAGACAGAAGATTTAAACAACTT
GGAACTGGAGTTCTTGTTCTTGATGGGGTTTAAGTTGCATGTGAATGTGAGCGTGTTCGA
GAGTTACTGTTGTCATCTTGAGAGAGAAGTAAGTATAGGAGGAGGTTATCAGATCGAGAA
GGCATTGCGTTGCGCTGAGGAAATCAAATCCAGACAAATTGTTCAAGATCCTAAACACCA
TAATCAATTTTCAAGAATCTTGTTGTAGTCAAAAACTCTGTTTTGTTTTGTCGGTTTGCT
TTTGAGGGTGTTTGACTTTTTGATTACCTTGTGTCCTTGTCGGTTGGGTTTTTCTTGAAA
TGTAAATAGAGAGAAAATATAGAGACTGGTGTTGTATGTATCTATGTATTAGCAAATGTA
GATTCTTCTACC


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CL34TF U 1
AF RR3CL34JQ C 155
BS 1 622 RR3CL34TF
BS 623 912 RR3CL34JQ

RD RR3CL34TF 622 0 0
GGATTCATTTTATTCACCAAAGAAAAAACTAATAGAAACTTAACTAGACGACAAGAAATA
CATTTCTTGATTTCTCGGTAAATGGCGTCTTCAAATACTCTGGCGATATCTCCGAGGAAG
CTCCGTTCAGACCTTTATTCAAACTCTTACCAAGACGGTTCTAGCACACCACTCGTGATC
TCTGTTCTCTCGTCTCTGATTGAACGGACGTTGGCTCGGAACGAGAGGATCAGCCGGAGC
TATGGTGGTTTTGGAAAGACACGTGTCTTCGACTGCCTAGATATTCCTGACATGACGATC
CAATCGTATTTAGAGAGGATTTTCCGGTATACCAAAGCCGGTCCATCGGTTTATGTCGTG
GCTTATGTCTACATTGACCGGTTGTCAGAGTAATCAAGGTTTCAGAATCAGTCTCACTAA
TGTACATCGTCTCCTCATCACAACCATCATGGTCGCTTCCAAATACGTCGAAGACATGAA
CTACAGAAACTCGTACTTTGCGAAAGTAGGAGGATTAGAGACAGAAGATTTAAACAACTT
GGAACTGGAGTTCTTGTTCTTGATGGGGTTTAAGTTGCATGTGAATGTGAGCGTGTTCGA
GAGTTACTGTTGTCATCTTGAG

QA 1 622 1 622
DS 

RD RR3CL34JQ 758 0 0
ACGGTTCTAGCACACCACTCGTGATCTCTGTTCTCTCGTCTCTGATTGAACGGACGTTGG
CTCGGAACGAGAGGATCAGCCGGAGCTATGGTGGTTTTGGAAAGACACGTGTCTTCGACT
GCCTAGATATTCCTGACATGACGATCCAATCGTATTTAGAGAGGATTTTCCGGTATACCA
AAGCCGGTCCATCGGTTTATGTCGTGGCTTATGTCTACATTGACCGGTTGTCAGAGTAAT
CAAGGTTTCAGAATCAGTCTCACTAATGTACATCGTCTCCTCATCACAACCATCATGGTC
GCTTCCAAATACGTCGAAGACATGAACTACAGAAACTCGTACTTTGCGAAAGTAGGAGGA
TTAGAGACAGAAGATTTAAACAACTTGGAACTGGAGTTCTTGTTCTTGATGGGGTTTAAG
TTGCATGTGAATGTGAGCGTGTTCGAGAGTTACTGTTGTCATCTTGAGAGAGAAGTAAGT
ATAGGAGGAGGTTATCAGATCGAGAAGGCATTGCGTTGCGCTGAGGAAATCAAATCCAGA
CAAATTGTTCAAGATCCTAAACACCATAATCAATTTTCAAGAATCTTGTTGTAGTCAAAA
ACTCTGTTTTGTTTTGTCGGTTTGCTTTTGAGGGTGTTTGACTTTTTGATTACCTTGTGT
CCTTGTCGGTTGGGTTTTTCTTGAAATGTAAATAGAGAGAAAATATAGAGACTGGTGTTG
TATGTATCTATGTATTAGCAAATGTAGATTCTTCTACC

QA 1 758 1 758
DS 



AS 1 2

CO CL9482Contig1 737 2 16 U
GGGAGAATCGCTGAATCGAGGAAGAGATGGTGTCTGGTTCAGGGATATGCGCGAAACGCG
TCGTGGTCGACGCGAGGCACCACATGCTGGGCCGTCTCGCTTCGATCATAGCTAAGGAGC
TGCTCAACGGACAGAAGGTTGTTGTAGTCCGATGCGAAGAGATATGCCTTTCAGGTGGAT
TGGTTCGACAGAAAATGAAGTACATGAGGTTTCTCAGGAAACGCATGAACACTAAACCTT
CTCACGGTCCTATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAAGATCTTCTGGCGTACCGTTCGCGGGA
TGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGTGCTGCGGCTCTTGCCCGCTTGAAGGTTTTTGAAG
GAGTCCCACCTCCTTACGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGATGCTCTCAAGGTTT
TGAGGCTCCAAGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGCCGTCTCTCTTCTGAGGTTGGCT
GGAACCATTACGACACCATTAAGGAGCTGGAGGTCAAAAGAAAGGAGAAGTCACAGGCTG
TGTATGAGCGCAAGAAGCAACTCATCAAGCTTAGGACCAAGGCCGAGAAGGTTGCGGAGG
AGAAACTTGGATCCCAGCTTGATGTTCTTGCACCGATCAAATACTAGAAAACCCGCATCT
ATCTTTTGGTTTAAACATTGCTTTGTTTTTGCCTTTGATTTTTATTTTATTTTTGAATTT
GGTAACCTTGTAGACGT


BQ
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GY88TF U 1
AF RR3A732TF U 47
BS 1 170 RR3GY88TF
BS 171 171 RR3A732TF
BS 172 235 RR3GY88TF
BS 236 236 RR3A732TF
BS 237 340 RR3GY88TF
BS 341 341 RR3A732TF
BS 342 391 RR3GY88TF
BS 392 392 RR3A732TF
BS 393 397 RR3GY88TF
BS 398 398 RR3A732TF
BS 399 493 RR3GY88TF
BS 494 494 RR3A732TF
BS 495 666 RR3GY88TF
BS 667 667 RR3A732TF
BS 668 689 RR3GY88TF
BS 690 737 RR3A732TF

RD RR3GY88TF 697 0 0
GGGAGAATCGCTGAATCGAGGAAGAGATGGTGTCTGGTTCAGGGATATGCGCGAAACGCG
TCGTGGTCGACGCGAGGCACCACATGCTGGGCCGTCTCGCTTCGATCATAGCTAAGGAGC
TGCTCAACGGACAGAAGGTTGTTGTAGTCCGATGCGAAGAGATATGCCTT*CAGGTGGAT
TGGTTCGACAGAAAATGAAGTACATGAGGTTTCTCAGGAAACGCATGAACACTAAGCCTT
CTCACGGTCCTATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAAGATCTTCTGGCGTACCGTTCGCGGGA
TGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGTGCTGCGGCTCTTGCTCGCTTGAAGGTTTTTGAAG
GAGTCCCACCTCCTTACGACAAGGTCAAGAGGATGGTTATTCCTGATGCTCTCAAGGTTT
TGAGGCTCCAAGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGCCGTCTCTCTTCTGAGGTTGGCT
GGAACCATTACGATACCATTAAGGAGCTGGAGGTCAAAAGAAAGGAGAAGTCACAGGCTG
TGTATGAGCGCAAGAAGCAACTCATCAAGCTTAGGACCAAGGCCGAGAAGGTTGCGGAGG
AGAAACTTGGATCCCAGCTTGATGTTCTTGCACCGATCAAATACTAGAAAACCCGCATCT
ATCTTT*GGTTTAAACATTGCTTTGTTTT
ACCTTTGA

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3A732TF 691 0 0
ATGCGCGAAACGCGTCGTGGTCGACGCGAGGCACCACATGCTGGGCCGTCTCGCTTCGAT
CATAGCTAAGGAGCTGCTCAACGGACAGAAGGTTGTTGTAGTCCGATGCGAAGAGATATG
CCTTTCAGGTGGATTGGTTCGACAGAAAATGAAGTACATGAGGTTTCTCAGGAAACGCAT
GAACACTAAACCTTCTCACGGTCCTATTCACTTCAGGGCTCCCTCTAAGATCTTCTGGCG
TACCGTTCGTGGGATGATTCCACACAAGACCAAGCGTGGTGCTGCGGCTCTTGCCCGCTT
GAAGGTTTTTGAAGGAGTCCCACCTCCTTACGACAAGGTCAAGAGAATGGTCATTCCTGA
TGCTCTCAAGGTTTTGAGGCTCCAAGCTGGTCACAAGTACTGCTTGTTGGGTCGTCTCTC
TTCTGAGGTTGGCTGGAACCATTACGACACCATTAAGGAGGTTGAGGTCAAAAGAAAGGA
GAAGTCACAGGCTGTGTATGAGCGCAAGAAGCAACTCATCAAGCTTAGGACCAAGGCCGA
GAAGGTTGCTGAGGAGAAACTTGGATCCCAGCTTGATGTTCTTGCACCGATCAAGTACTA
GAAAACCCGCATCTATCTTTTGGTTTAAACGTTGCTTTGTTTTTGCCTTTGATTTTTATT
TTATTTTTGAATTTGGTAACCTTGTAGACGT

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL9483Contig1 778 2 4 U
GATCTGGATTCAGTCTCTCCTCTCTTAGGAATTCACAGAGAAACCCGCTTCGTTTGTATG
TGTCGAGGGCCATCGCAAACAACGGTGGGTACACAGCAGAGATCTCTGAGAATGAAACAC
CTCCCAGGACTTACACATGGCCTGATAACAAGAGGCCAAGGGTGTGCATTCTAGGTGGCG
GGTTTGGAGGATTGTACACAGCTTTGAGACTAGAATCTCTTGTGTGGCCCGACGACAAAA
AGCCTCAGGTGGTTTTGGTTGACCAATCCGAACGTTTTGTGTTCAAGCCAATGTTGTATG
AGCTTCTCTCTGGAGAAGTTGATGTGTGGGAGATTGCTCCTCGTTTCTCGGATTTGCTTA
CAAACACAGGAATCCAGTTTCTCCGAGATAGAGTCAAAACACTGCTTCCTTGTGACCATC
TAGGAGTCAACGGCTCTCAAACTTCCGTTTCTGGAGGAACCGTCTTGCTCGAAAGCGGGT
TTAACATTGAATACGAGTGGCTGGTTCTTGCTCTTGGCGCTGAACCTAACCTCGATCTTG
TTCCCGGCGCAATGGAGTTTGCTTTACCGTTTTACACTCTTAACGATGCTATTAGGGTGA
ACGAGAAGCTGAGCAAACTGGAGAGGAGGAATTTCAAAACCGGCGCTGCCATTAAAGTAG
CTGTCGTTGGGTGCGGTTACGGAGGAGTTGAGTTAGCTGCAACCATATCAGAGAGACTGC
AAGACCGTGGGACAGTGCAAGCCATTAACGTGTCCAAGAGTATATTAACATCAGCCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AE91TF U 1
AF RR3H345TF U 61
BS 1 76 RR3AE91TF
BS 77 77 RR3H345TF
BS 78 542 RR3AE91TF
BS 543 778 RR3H345TF

RD RR3AE91TF 542 0 0
GATCTGGATTCAGTCTCTCCTCTCTTAGGAATTCACAGAGAAACCCGCTTCGTTTGTATG
TGTCGAGGGCCATCGCGAACAACGGTGGGTACACAGCAGAGATCTCTGAGAATGAAACAC
CTCCCAGGACTTACACATGGCCTGATAACAAGAGGCCAAGGGTGTGCATTCTAGGTGGCG
GGTTTGGAGGATTGTACACAGCTTTGAGACTAGAATCTCTTGTGTGGCCCGACGACAAAA
AGCCTCAGGTGGTTTTGGTTGACCAATCCGAACGTTTTGTGTTCAAGCCAATGTTGTATG
AGCTTCTCTCTGGAGAAGTTGATGTGTGGGAGATTGCTCCTCGTTTCTCGGATTTGCTTA
CAAACACAGGAATCCAGTTTCTCCGAGATAGAGTCAAAACACTGCTTCCTTGTGACCATC
TAGGAGTCAACGGCTCTCAAACTTCCGTTTCTGGAGGAACCGTCTTGCTCGAAAGCGGGT
TTAACATTGAATACGAGTGGCTGGTTCTTGCTCTTGGCGCTGAACCTAACCTCGATCTTG
TT

QA 1 542 1 542
DS 

RD RR3H345TF 718 0 0
G
GTCGAGGGCCATCGCAAACAACGGTGGGTACACAGCAGAGATCTCTGAGAATGAAACACC
TCCCAGGACTTACACATGGCCTGATAACAAGAGGCCAAGGGTGTGCATTCTAGGTGGCGG
GTTTGGAGGATTGTACACAGCTTTGAGACTAGAATCTCTTGTGTGGCCCGACGACAAAAA
GCCTCAGGTGGTTTTGGTTGACCAATCCGAACGTTTTGTGTTCAAGCCAATGTTGTATGA
GCTTCTCTCTGGAGAAGTTGATGTGTGGGAGATTGCTCCTCGTTTCTCGGATTTGCTTAC
AAACACAGGAATCCAGTTTCTCCGAGATAGAGTCAAAACACTGCTTCCTTGTGACCATCT
AGGAGTCAACGGCTCTCAAACTTCCGTTTCTGGAGGAACCGTCTTGCTCGAAAGCGGGTT
TAACATTGAATACGATTGGCTGGTTCTTGCTCTTGGCGCTGAACCTAACCTCGATCTTGT
TCCCGGCGCAATGGAGTTTGCTTTACCGTTTTACACTCTTAACGATGCTATTAGGGTGAA
CGAGAAGCTGAGCAAACTGGAGAGGAGGAATTTCAAAACCGGCGCTGCCATTAAAGTAGC
TGTCGTTGGGTGCGGTTACGGAGGAGTTGAGTTAGCTGCAACCATATCAGAGAGACTGCA
AGACCGTGGGACAGTGCAAGCCATTAACGTGTCCAAGAGTATATTAACATCAGCCCC

QA 2 718 2 718
DS 



AS 1 2

CO CL9484Contig1 746 2 2 U
GGAGAGAAGAAGAAATCAAATCCACAAACAACAAAAAAAAATATTAATTTTGTTAGATTG
AAAAAAATAGATAAACACCAAAAAAAAGAATTATATTGTTAAAGCGATTCGAATCTGTCA
TCCTCCTGAATCAAACTCCTCTCGTCCAAAAGGAGATTTCTTGATGAGCAACAAAATTCA
CGCACTTATCGAGTATGACCACACTGTTATGAGTGAAGACAACAAGAAAGTTAAGCGTAA
AGTACCATTTACTGAGAGAGACAGAGAAGATTTGCAGGGCCGGACTGTTGTTGCAGAGAA
TTTGCCTGATGATCACTCTTACCAGAACCTTGAGAAGATCTTTGGAGTGCTCAAGCACAG
AAGAAACTTTGATGGGATCCTCATAGATGATGAAAGTCCTTATGAATCTGGAGAAGAGTC
TCCACGTCTCCATTTAACCGAGCATCAGATTGATAACGAGGGTGATGACAACAATCTTGG
AGGATTATGGGGAAAAGGGAGAGGAAAAGGAAGAGGACGATCTCCAAGAACCTATGTCAC
CGAGCCTAGGCCTACACGGATCTTCGTGTCCAAAAACAGCAACAAAGGGACCAAGGATGC
CTGATGGGACAAGAGGCTTCACTATGGGACGTGGCAAACCTGTCAATCTCAGTCTTATCT
AACAATCTCTAAGTAAAAGAGGTAAAAGCTATAGAATTAACCAAATAATACATGTTGGTT
GTTGTTTTTTTGAGATATGGGTTCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AAGAAACTTTGATGGGATCCTCATAGATGATGAAAGTCCTTATGAATCTGGAGAAGAGTC
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AACAATCTCTAAGTAAAAGAG
TA

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DS 

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TCAC

QA 1 364 1 364
DS 



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BQ
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AF RR3D165TF U 1
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AACTTGACGT

QA 1 730 1 730
DS 



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BQ
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AF RR3EC31TF U 1
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BS 638 826 RR3EC31JQ

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TTGCACAACCGCTAGGGCGAGCTTTCTCCTCCCTGTCTCCACCCCATCTTCTTTCACATT
TGTCTCTTTCAAGAAATCTTGGTACTTACGTTGCATGGGCGTCCACCCTTGAATAAAAAA
AAGGCCTTCATCAGAGTTTCTGATTCCTTTTGTTGGTATAATTGTAAAGATGGTGTACAA
CAAGCAGATGAAAAACTCTAAATCGAAGATAAACAGGTTCCTCGTTAGCATCAGTTTCGT
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TGAGTATGCTCTCAAATGCTACGCCCGCGAAGGCAGGCTTCCCCTTCTCGGATCAGATTC
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AATCGGGTCAACCGGATCGAGGAACTTCGTTTTGTCGAAGAAGTCAGAAGCTCAAAGCCT
TGGAGACTCTGTGGGGACAACAATGAGGAAAATCTCT

QA 1 637 1 637
DS 

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T
AAAATCAGATTGCTTAGCGTCTTGAATGGTAGAAACAATTCCGACTATCAGAGATTTTAT
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TTTCACATTTGTCTCTTTCAAGAAATCTTGGTACTTACGTTGCATGGGCGTCCACCCTTG
AATAAAAAAAAGGCCTTCATCAGAGTTTCTGATTCCTTTTGTTGGTATAATTGTAAAGAT
GGTGTACAACAAGCAGATGAAAAACTCTAAATCGAAGATAAACAGGTTCCTCGTTAGCAT
CAGTTTCGTAGGAAGTGCTGGACCGATTCGTTTTGTTGTCAAAGAAGATGAAACTGTATC
AAATGTGATTGAGTATGCTCTCAAATGCTACGCCCGCGAAGGCAGGCTTCCCCTTCTCGG
ATCAGATTCCAGCTTTTTCATTCTTTACTGTCCTTATTGTGCCGCTGAAGCATTCAGTCC
GTGGGGGAAAATCGGGTCAACCGGATCGAGGAACTTCGTTTTGTCGAAGAAGTCAGAAGC
TCAAAGCCTTGGAGACTCTGTGGGGACAACAATGAGGAAAATCTCTGGGAGGTGGAAGGC
TTGGCTCAACAGGTCTCTAGGCCTTGTGGATCATTCTCACTAATTAGATCATGCTTTTTG
AATTTGATTTTTTACATTTTTGTTTTTTTGGTCCTTGTTTTCACTGGAATAGCCGTCACA
ACACTTGTGGTTTCTTTTTTTGCCATAAAATTAATGAATTGAGACTTGATAGAGT

QA 2 776 2 776
DS 



AS 1 2

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GCTAGTGGAATCGCTCGAGGTCGTTTGGCAGAGGAGAGGAAGTCGTGGAGGAAGAATCAT
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TGGCATTGCACTATTCCTGGTAAAGCCGGTACTGATTGGGAAGGTGGATTCTTTCCATTG
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CATCCTTAATGAGGATTCGGGATGGAGACCAGCCATCACAGTGAAGCAGATTCTTGTCGG
TATCCAGGATTTACTGGACACCCCTAATCCCGCTGACCCTGCACAGACTGATGGTTATCA
TCTCTTCATCCAGGATGCAGTTGAGTACAAGAAAAGGGTTAAGCTTCAGTCCAAGCAGTA
TCCTCCCATTGTCTAAAAACATCACCAAAACTGATGACAAACCTCTGAATCTTTTGTGGT
CTTTTGTGATTGTGTTTAAATGTAATCGGGTGATTAAAAAAAAACTCCTCATTTTGGCAC
CTTTTGAGACACTACTAGAATCTCTTTTATTTCCACAAAACAAAATTTATCCTTTTCTGT
GTTAACTGTTAATATTCTTGTTACTACTACTATTGTACTGATTCAGTTGGGGTCTGCTTC
TGTTTTATACAACATTACCC


BQ
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AF RR3G081TF U 1
AF RR3G081JQ C 144
BS 1 731 RR3G081TF
BS 732 740 RR3G081JQ

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TGGCATTGCACTATTCCTGGTAAAGCCGGTACTGATTGGGAAGGTGGATTCTTTCCATTG
ACGATGCACTTTAGCTTTTTTCCACCCTAATGTTTATCCATCGGGGACTGTCTGTCTCTC
CATCCTTAATGAGGATTCGGGATGGAGACCAGCCATCACAGTGAAGCAGATTCTTGTCGG
TATCCAGGATTTACTGGACACCCCTAATCCCGCTGACCCTGCACAGACTGATGGTTATCA
TCTCTTCATCCAGGATGCAGTTGAGTACAAGAAAAGGGTTAAGCTTCAGTCCAAGCAGTA
TCCTCCCATTGTCTAAAAACATCACCAAAACTGATGACAAACCTCTGAATCTTTTGTGGT
CTTTTGTGATTGTGTTTAAATGTAATCGGGTGATTAAAAAAAAACTCCTCATTTTGGCAC
CTTTTGAGACACTACTAGAATCTCTTTTATTTCCACAAAACAAAATTTATCCTTTTCTGT
GTTAACTGTTAATATTCTTGTTACTACTACTATTGTACTGATTCAGTTGGGGTCTGCTTC
TGTTTTATACA
CATTAC

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3G081JQ 597 0 0
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GGAGACCAGCCATCACAGTGAAGCAGATTCTTGTCGGTATCCAGGATTTACTGGACACCC
CTAATCCCGCTGACCCTGCACAGACTGATGGTTATCATCTCTTCATCCAGGATGCAGTTG
AGTACAAGAAAAGGGTTAAGCTTCAGTCCAAGCAGTATCCTCCCATTGTCTAAAAACATC
ACCAAAACTGATGACAAACCTCTGAATCTTTTGTGGTCTTTTGTGATTGTGTTTAAATGT
AATCGGGTGATTAAAAAAAAACTCCTCATTTTGGCACCTTTTGAGACACTACTAGAATTT
CTTTTATTTCCACAAAACAAAATTTATCCTTTTCTGTGTTAACTGTTAATATTCTTGTTA
CTACTACTATTGTACTGATTCAGTTGGGGTCTGCTTCTGTTTTATACAACATTACCC

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 2

CO CL9488Contig1 902 2 2 U
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ACCTCGGAGCTTTTGTTTGCGATGTTCGTCGGCAAGTTCTGGTATAAATAAGTTACGATC
TTTTCTCTGCGAATCGCGATCTCTACATCTCAATTCTACTCATCTCACTCACATACATCT
CGATCCACACACATCACGTTGGCTGAGATGTTCGTTCTTCCACTGTCGATGTGCAATTGA
TCAGTCTAATGGTTGACTCATCGGTTTATCTAGCACTGGCCACTGTTTTTTCACTTGATG
TGCGAGTTCTCAGATCTGGGAGGCAAGGAACATGAAAAGCTGTGGCGAGTTAATTGGGTG
TGAACATGCTTCTTGATGTAAAGATTCTTCTTCCTTGATCAGAGAACATGGTATCTAGAT
CACCATAGAACCTGAGTCATCACCACCACGTACTGGAGAAGGATCCGGTGAGAAGATTTG
GACATCAGGAAACAATCCCTGGAGCTGCATGAGAAAAAGGATTATGATTTAAAACAGTCT
TTGGAAGCACAATTAGTCTCAACGACAGAGAAATGTGAAAAGCAAAAGAGAGAGCTTCAA
GTTAGAAGGAACTTGAAGAAAGAGAGGAAGAGCTTGAATGGAAGGAGGTTGAACAATCAT
AACTAGCTGAGAATAGAAAGAGATCCAAAGATGAATTTGAGCCTTCATTGCTGGCTGAGA
AGGATAGAGAGATGACGATCCTACAAGAATAGACTCAATCAGTCAATTGTTTTTAGTTTT
CTTTAGACCATAACAGAAGAAGTTGATAAAAAAGGAAAATACAGAAGAATAAAATATTAC
AGAGATAAAACTGCTTATGAAATGTTTATAATAGACAAACATACTGCTCTCTTCTCTTTC
CG


BQ
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10 10 

AF RR3GA42TF U 1
AF RR3GA42JQ C 112
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BS 609 902 RR3GA42JQ

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ACCTCGGAGCTTTTGTTTGCGATGTTCGTCGGCAAGTTCTGGTATAAATAAGTTACGATC
TTTTCTCTGCGAATCGCGATCTCTACATCTCAATTCTACTCATCTCACTCACATACATCT
CGATCCACACACATCACGTTGGCTGAGATGTTCGTTCTTCCACTGTCGATGTGCAATTGA
TCAGTCTAATGGTTGACTCATCGGTTTATCTAGCACTGGCCACTGTTTTTTCACTTGATG
TGCGAGTTCTCAGATCTGGGAGGCAAGGAACATGAAAAGCTGTGGCGAGTTAATTGGGTG
TGAACATGCTTCTTGATGTAAAGATTCTTCTTCCTTGATCAGAGAACATGGTATCTAGAT
CACCATAGAACCTGAGTCATCACCACCACGTACTGGAGAAGGATCCGGTGAGAAGATTTG
GACATCAGGAAACAATCCCTGGAGCTGCATGAGAAAAAGGATTATGATTTAAAACAGTCT
TTGGAAGCACAATTAGTCTCAACGACAGAGAAATGTGAAAAGCAAAAGAGAGAGCTTCAA
GTTAGAAG
A

QA 1 608 1 608
DS 

RD RR3GA42JQ 791 0 0
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CATACATCTCGATCCACACACATCACGTTGGCTGAGATGTTCGTTCTTCCACTGTCGATG
TGCAATTGATCAGTCTAATGGTTGACTCATCGGTTTATCTAGCACTGGCCACTGTTTTTT
CACTTGATGTGCGAGTTCTCAGATCTGGGAGGCAAGGAACATGAAAAGCTGTGGCGAGTT
AATTGGGTGTGAACATGCTTCTTGATGTAAAGATTCTTCTTCCTTGATCAGAGAACATGG
TATCTAGATCACCATAGAACCTGAGTCATCACCACCACGTACTGGAGAAGGATCCGGTGA
GAAGATTTGGACATCAGGAAACAATCCCTGGAGCTGCATGAGAAAAAGGATTATGATTTA
AAACAGTCTTTGGAAGCACAATTAGTCTCAACGACAGAGAAATGTGAAAAGCAAAAGAGA
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AACAATCATAACTAGCTGAGAATAGAAAGAGATCCAAAGATGAATTTGAGCCTTCATTGC
TGGCTGAGAAGGATAGAGAGATGACGATCCTACAAGAATAGACTCAATCAGTCAATTGTT
TTTAGTTTTCTTTAGACCATAACAGAAGAAGTTGATAAAAAAGGAAAATACAGAAGAATA
AAATATTACAGAGATAAAACTGCTTATGAAATGTTTATAATAGACAAACATACTGCTCTC
TTCTCTTTCCG

QA 1 791 1 791
DS 



AS 1 2

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GTGTGTCAGTGTATAGAGGATTATCTCCTTTCAAATATTATTACAGACAAAAATCTATAT
GCTATCAAATCATCATTGGTTTGAATTAAGGATATGCTTAAACTTT


BQ
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AF RR3BR02JQ C 1
AF RR3BR02TF U 1
BS 1 586 RR3BR02TF

RD RR3BR02JQ 586 0 0
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QA 1 586 1 586
DS 

RD RR3BR02TF 586 0 0
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QA 1 586 1 586
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9491Contig1 1164 2 2 U
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ATCATCATCTCTCAGATCAAATTTGCAACGAGAGTGTTGTTGTAAAAGGGATGTCAGGTC
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TGAAGAAGAAGGAGAAGGAGCTCCAAGCCAAAGAAGCTGAGCTTAAACGACGCGAGCAGG
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CACTTGCGGGAATATTACCTGCGTTAGATATGTTGAGCAGTCAGGCATTGGTCGGAATCT
TCTACTTCATCGGGTTTGCGTTTTTCTGCCTTGAGTCAGTGGTCAGCATCTGGGTTATTC
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TTATTCAATTTGATTTCAGATTTC


BQ
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AF RR3CG85TF U 1
AF RR3CG85JQ C 433
BS 1 701 RR3CG85TF
BS 702 1164 RR3CG85JQ

RD RR3CG85TF 701 0 0
GGGTCTTTTCCTTTAACACTCTTTCAAAGTTGTAACCTTTGCGGTGGTTAAGAGATCATC
ATCATCATCTCTCAGATCAAATTTGCAACGAGAGTGTTGTTGTAAAAGGGATGTCAGGTC
GGTACGATCGAAACCCCTTCGCCGAAGGAGACGAAGTCAATCCTTTTGCTAATCCTGGAA
GTGCACCGGCTGCTTCGAGTTCCAGACTATCGCCTCTGCCTCCGGAACCTGCTGGTTTTG
GCTATGGTCGCACCGTTGACGTTCCTCTTGACAGACCTGCTGGGTCTGGTGCAAAGGATC
TGAAGAAGAAGGAGAAGGAGCTCCAAGCCAAAGAAGCTGAGCTTAAACGACGCGAGCAGG
ATATCAAACGGAAAGAGGATGCTGCTGCACGAGCCGGAATTGTAATCGAGGTGAAAAACT
GGCCGCCCTTGTTCCCTCTTATCCACCATGACATTGCAAATGAAATTCCCATTCCTCTCC
AACGGCTTCAGTATATTGCTTTTTCTACTTATTTGGGGTTGGTTCTTGCACTTTTCTGGA
ACATCATCGCCGTTACTACAGCTTGGATCAAGGGAGAAGGAGTAACGATTTGGCTTCTTG
CTCTTATTTACTTCATCTCGGGTGTCCCCGGAGGCTATGTGTTATGGTATCGTCCTCTCT
ACCGTGCCTTCAGAAATGAGAGCGTATTGAGCTTTGGATGG

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3CG85JQ 732 0 0
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ATATTGCTTTTTCTACTTATTTGGGGTTGGTTCTTGCACTTTTCTGGAACATCATCGCCG
TTACTACAGCTTGGATCAAGGGAGAAGGAGTAACGATTTGGCTTCTTGCTCTTATTTACT
TCATCTCGGGTGTCCCCGGAGGCTATGTGTTATGGTATCGTCCTCTCTACCGTGCCTTCA
GAAATGAGAGCGTATTGAGCTTTGGATGGTTTTTCTTGTTCTACATGCTCCACATAGCTT
TCTGCGTCTTTGCTGCAGTTGCTCCTCCTATTTTCTTCAAAGGAAATTCACTTGCGGGAA
TATTACCTGCGTTAGATATGTTGAGCAGTCAGGCATTGGTCGGAATCTTCTACTTCATCG
GGTTTGCGTTTTTCTGCCTTGAGTCAGTGGTCAGCATCTGGGTTATTCAGCAAGTATACA
TGTACTTCCGAGGGAGCGGGAAAGCAGATGAGATGAAAAGGGATGCTGCGAGAGGAGCCA
TGAGAGCTGCGATATGATGCACAGATGATTTGAACTCATGATCTCTCCTGAAGCCATGGG
TTGTGATGTGTAACTTTTTTACATTCTTCAGCTCTTTCACCTTTTTTGTTTTGTTTTTAC
AGCAGCAAACTAAAAAAAAAGATAAAGAAAGATTTGTGTATTTTTTGTTTATTCAATTTG
ATTTCAGATTTC

QA 1 732 1 732
DS 



AS 1 2

CO CL9492Contig1 743 2 2 U
TCATCTCTAAGTTCTCTAGAGAATCCATTCTTGCTCATCTCAACCCGATTCTTCCCTTTT
CACCTCTCTTCTCTTTTCCCTTTACTTATAATGAGTAAAAAAGAAAGCTCCGGCGCAATT
CAAAAATCTACTTCCAGTGCTCGTCTTATGAAGGTCAAACAAGAAACCGGAGGCAAGATG
AAGGACGCCGGGAAGAAGAAAGTTAAAGAATCGATCGGGTCAAGAGTCAAGAGGATGAAG
AAGAAAGGTGGCAAGGGTGCCTCCTCTGGTCCTCACTTTCCATCACTCTTAAAGAGCCAA
GACGTTGCCAACCTTATCGTTCAAGCCCACGGCAAGAGTGACCTAGCTAGGGCTTGTAAC
GAGGACGAAACCCCTGAAACCGTTCTAGAGGGTTGGTTCTGTGTTCATGAGAAGTACATC
GCTAAGTGCCATCTTAGGTTCCCTCTCCCCACCCTCTTGCTAGACCTCCTAGATCACTAT
CAACTGGCCCTTCCCCAACTTTGTCCCTCGGTTATTCGAGTGATAAACGGATTCATCACT
AGGGCTAAGGAGGAAGGATTTCTTGTGGGGTTGACCGAGCTGATGAGTTTTTTTCGATAA
AGGAGAGTACTTCCAAGGATGGTGGAAGCGGTACCTACTACCTCTCCGGTCGTCCAGGGC
TAGGCGTCTTCAAGTTTACGGCCAGTGATGATGACTGGCGGAAGAAGTATTTTTATGTCA
AGATTGACCCTTCGACGGTTCCT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3D553JQ U 1
AF RR3DI69JQ U 1
BS 1 704 RR3D553JQ
BS 705 743 RR3DI69JQ

RD RR3D553JQ 704 0 0
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CAAAAATCTACTTCCAGTGCTCGTCTTATGAAGGTCAAACAAGAAACCGGAGGCAAGATG
AAGGACGCCGGGAAGAAGAAAGTTAAAGAATCGATCGGGTCAAGAGTCAAGAGGATGAAG
AAGAAAGGTGGCAAGGGTGCCTCCTCTGGTCCTCACTTTCCATCACTCTTAAAGAGCCAA
GACGTTGCCAACCTTATCGTTCAAGCCCACGGCAAGAGTGACCTAGCTAGGGCTTGTAAC
GAGGACGAAACCCCTGAAACCGTTCTAGAGGGTTGGTTCTGTGTTCATGAGAAGTACATC
GCTAAGTGCCATCTTAGGTTCCCTCTCCCCACCCTCTTGCTAGACCTCCTAGATCACTAT
CAACTGGCCCTTCCCCAACTTTGTCCCTCGGTTATTCGAGTGATAAACGGATTCATCACT
AGGGCTAAGGAGGAAGGATTTCTTGTGGGGTTGACCGAGCTGATGAGTTTTTTTCGATAA
AGGAGAGTACTTCCAAGGATGGTGGAAGCGGTACCTACTACCTCTCCGGTCGTCCAGGGC
TAGGCGTCTTCAAGTTTACGGCCAGTGATGATGACTGGCGGAAG

QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3DI69JQ 743 0 0
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CACCTCTCTTCTCTTTTCCCTTTACTTATAATGAGTAAAAAAGAAAGCTCCGGCGCAATT
CAAAAATCTACTTCCAGTGCTCGTCTTATGAAGGTCAAACAAGAAACCGGAGGCAAGATG
AAGGACGCCGGGAAGAAGAAAGTTAAAGAATCGATCGGGTCAAGAGTCAAGAGGATGAAG
AAGAAAGGTGGCAAGGGTGCCTCCTCTGGTCCTCACTTTCCATCACTCTTAAAGAGCCAA
GACGTTGCCAACCTTATCGTTCAAGCCCACGGCAAGAGTGACCTAGCTAGGGCTTGTAAC
GAGGACGAAACCCCTGAAACCGTTCTAGAGGGTTGGTTCTGTGTTCATGAGAAGTACATC
GCTAAGTGCCATCTTAGGTTCCCTCTCCCCACCCTCTTGCTAGACCTCCTAGATCACTAT
CAACTGGCCCTTCCCCAACTTTGTCCCTCGGTTATTCGAGTGATAAACGGATTCATCACT
AGGGCTAAGGAGGAAGGATTTCTTGTGGGGTTGACCGAGCTGATGAGTTTTTTTCGATAA
AGGAGAGTACTTCCAAGGATGGTGGAAGCGGTACCTACTACCTCTCCGGTCGTCCAGGGC
TAGGCGTCTTCAAGTTTACGGCCAGTGATGATGACTGGCGGAAGAAGTATTTTTATGTCA
AGATTGACCCTTCGACGGTTCCT

QA 1 743 1 743
DS 



AS 1 2

CO CL9493Contig1 564 2 1 U
GGGAGCAGATCGGTTCCGGTGCCCAGAAGTTCTGTTTCAGCCATCACTGATTGGAATGGA
AAATCCAGGAATCCAGAAACCACATATAATTCTATCATGAAATGTGATGTGGATATTAGG
AAAGATTTGTATGGGAACATTGTGCTAAGTGGTGGAACCACAATGTTTGGTGGGATTGGT
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GCTCCACCAGAAAGGAAGTACAGTGTTTGGATCGGTGGTTCTATATTGGCTTCACTCAGT
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CATAGAAAGTGTTTCTAATCAAACAACTCATGCGAATGATATCCGAAGTGAAAGAAAAAA
CGTTGTCAAAAAAAACTTAAAACATTTCGATTTTTTTCTACCAATTGCAATTTCTGTTTA
GTTACATTTTTATGCAAATTGTTCTTTATAATTTTGTTTCGAAGCAACTTAACCAGTGTC
AGTAAAATTCTTTAATAATTATGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
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AF RR3GM48TF U 1
AF RR3GM48JQ C 59
BS 1 564 RR3GM48TF

RD RR3GM48TF 564 0 0
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GATAGAATGAGCAAAGAGATTACGGCCTTGGCTCCTAGTAGTATGAAGATTAAGGTCGTG
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CATAGAAAGTGTTTCTAATCAAACAACTCATGCGAATGATATCCGAAGTGAAAGAAAAAA
CGTTGTCAAAAAAAACTTAAAACATTTCGATTTTTTTCTACCAATTGCAATTTCTGTTTA
GTTACATTTTTATGCAAATTGTTCTTTATAATTTTGTTTCGAAGCAACTTAACCAGTGTC
AGTAAAATTCTTTAATAATTATGC

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3GM48JQ 506 0 0
GAAAATCCAGGAATCCAGAAACCACATATAATTCTATCATGAAATGTGATGTGGATATTA
GGAAAGATTTGTATGGGAACATTGTGCTAAGTGGTGGAACCACAATGTTTGGTGGGATTG
GTGATAGAATGAGCAAAGAGATTACGGCCTTGGCTCCTAGTAGTATGAAGATTAAGGTCG
TGGCTCCACCAGAAAGGAAGTACAGTGTTTGGATCGGTGGTTCTATATTGGCTTCACTCA
GTACTTTCCAACAGATGTGGATTGCGAAAGCGGAGTACGATGAATCTGGACCATCAATTG
TGCATAGAAAGTGTTTCTAATCAAACAACTCATGCGAATGATATCCGAAGTGAAAGAAAA
AACGTTGTCAAAAAAAACTTAAAACATTTCGATTTTTTTCTACCAATTGCAATTTCTGTT
TAGTTACATTTTTATGCAAATTGTTCTTTATAATTTTGTTTCGAAGCAACTTAACCAGTG
TCAGTAAAATTCTTTAATAATTATGC

QA 1 506 1 506
DS 



AS 1 2

CO CL9494Contig1 585 2 1 U
GGGATCGAGACATCTGCAACCTCCTAACTCGTTTTCAACTCTCTTTTGGTCCGATCATGG
CCGTCGCTGAGAATGCTGGTCTCAAAGTGGACTCTTCTGGTCAGAATTTAGACAACAACA
ACACTTCTTCTTCAGCTTCCGACACGACGACGAATCCCTCTGATGATCAGAGCCCTAAAT
CCGATTCCTTTCTCGACTCATCGGATCCTCCGACTCCAGATTCTGACGATCGGACCAATG
GGACTGCCGGAAAGGGTCAGACCGTGAATGGGTTTAATGGAGGAGAGGGTGTGAAGGGCG
AGATCAAGAACCTGTCCGACGCGTTCTCCAAGCTCAATCCGATGGCTGAGGAGTTTGTTC
CTCCTTCGCTTGCTCGAAGTCAATCTATGGTTTCGAGAAATGGGTTAGGGTTTACTAACG
GTTTCACGGCAGCGCAGCCTGTTGTTGTTGCAGATGGAAATGGTCAATTCGTCAGAAGGG
TATTATATATAAAGTTTTGACCTTTTCTCTGTGTGTGTGTTTTTTGTTTACGATGCTTTT
GGTTTAGCTTGTTTGTTTGTTGAATAAAATAGAAAGTTTCGAACT


BQ
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AF RR3B406JQ C 1
AF RR3B406TF U 1
BS 1 585 RR3B406TF

RD RR3B406JQ 585 0 0
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ACACTTCTTCTTCAGCTTCCGACACGACGACGAATCCCTCTGATGATCAGAGCCCTAAAT
CCGATTCCTTTCTCGACTCATCGGATCCTCCGACTCCAGATTCTGACGATCGGACCAATG
GGACTGCCGGAAAGGGTCAGACCGTGAATGGGTTTAATGGAGGAGAGGGTGTGAAGGGCG
AGATCAAGAACCTGTCCGACGCGTTCTCCAAGCTCAATCCGATGGCTGAGGAGTTTGTTC
CTCCTTCGCTTGCTCGAAGTCAATCTATGGTTTCGAGAAATGGGTTAGGGTTTACTAACG
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GGTTTAGCTTGTTTGTTTGTTGAATAAAATAGAAAGTTTCGAACT

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3B406TF 585 0 0
GGGATCGAGACATCTGCAACCTCCTAACTCGTTTTCAACTCTCTTTTGGTCCGATCATGG
CCGTCGCTGAGAATGCTGGTCTCAAAGTGGACTCTTCTGGTCAGAATTTAGACAACAACA
ACACTTCTTCTTCAGCTTCCGACACGACGACGAATCCCTCTGATGATCAGAGCCCTAAAT
CCGATTCCTTTCTCGACTCATCGGATCCTCCGACTCCAGATTCTGACGATCGGACCAATG
GGACTGCCGGAAAGGGTCAGACCGTGAATGGGTTTAATGGAGGAGAGGGTGTGAAGGGCG
AGATCAAGAACCTGTCCGACGCGTTCTCCAAGCTCAATCCGATGGCTGAGGAGTTTGTTC
CTCCTTCGCTTGCTCGAAGTCAATCTATGGTTTCGAGAAATGGGTTAGGGTTTACTAACG
GTTTCACGGCAGCGCAGCCTGTTGTTGTTGCAGATGGAAATGGTCAATTCGTCAGAAGGG
TATTATATATAAAGTTTTGACCTTTTCTCTGTGTGTGTGTTTTTTGTTTACGATGCTTTT
GGTTTAGCTTGTTTGTTTGTTGAATAAAATAGAAAGTTTCGAACT

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 2

CO CL9495Contig1 811 2 4 U
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GTTCTGCAGCTCAGCTCGATATAGAAGCAGAGTTCGAGATCAGCAAAGAATCTCTAGACA
AAATCCTCGGAGACGCTTCGGCAACGGCTGAAGCTGAGGAATTTAGCTGCCAGAAAAGCG
GAGGCTCCACCGTTCGTGGTGCTTTAGGACCGTTTGGATTCTCGGTTCTCGCCGATGAGA
GCTTGTCGGAGCAAACTCCTGTTTACTTCTATGAGGCTAAAGGAAAAGATTCTAAGCTCA
AAACATTCTTTTGTACAGACAGCTCAAGGTCATCTTTTGCAAACGATGTCGTTAAACCGG
TTTACGGTAGTTCTGTACCGGTTCTGAAAGGGGAGAAACTGACCATGAGAATATTGGTGG
ATCATTCGATAGTAGAAGCATTCGGACAAGGCGGAAGAACATGCATAACGTCAAGGGTGT
ATCCAACAAAAGCAATCTATGGAGCAGCCAAGCTTTTCTTGTTCAACAATGCCATTGATG
CGACTATTACGGCATCGTTTAATGTGTGGCAGATGAACAGTGCTTTTATTCATCCTTACT
CTGAGGAGGCTGTCCGTGCTCTCTCTCGCACCTGATTATACACCCACCTCCAGCAATTCT
TTTTTGTAGATTTACTTGTAATAAATTATGTTTTTGTGTTCCTTTTTCAATTTAATCGTT
TAATTATTCTATTGGGTTTGATTTGATTCATCATATTCATATGTAAGAAAAAAGGTGATT
GTTGAGAGCTTTTTTCTCACTATCGTTGTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3DA07TF U 1
AF RR3DA07JQ C 271
BS 1 747 RR3DA07TF
BS 748 748 RR3DA07JQ
BS 749 767 RR3DA07TF
BS 768 811 RR3DA07JQ

RD RR3DA07TF 767 0 0
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TTTACGGTAGTTCTGTACCGGTTCTGAAAGGGGAGAAACTGACCATGAGAATATTGGTGG
ATCATTCGATAGTAGAAGCATTCGGACAAGGCGGAAGAACATGCATAACGTCAAGGGTGT
ATCCAACAAAAGCAATCTATGGAGCAGCCAAGCTTTTCTTGTTCAACAATGCCATTGATG
CGACTATTACGGCATCGTTTAATGTGTGGCAGATGAACAGTGCTTTTATTCATCCTTACT
CTGAGGAGGCTGTCCGTGCTCTCTCTCGCACCTGATTATACACCCACCTCCAGCAATTCT
TTTTTGTAGATTTACTTGTAATAAATTATGTTTTTGTGTTCCTTTTTCAATTTAATCGTT
TAATTATTCTATTGGGTTTGATTTGAT*CATCATATTCATATGTAAG

QA 1 767 1 767
DS 

RD RR3DA07JQ 541 0 0
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GCGGAAGAACATGCATAACGTCAAGGGTGTATCCAACAAAAGCAATCTATGGAGCAGCCA
AGCTTTTCTTGTTCAACAATGCCATTGATGCGACTATTACGGCATCGTTTAATGTGTGGC
AGATGAACAGTGCTTTTATTCATCCTTACTCTGAGGAGGCTGTCCGTGCTCTCTCTCGCA
CCTGATTATACACCCACCTCCAGCAATTCTTTTTTGTAGATTTACTTGTAATAAATTATG
TTTTTGTGTTCCTTTTTCAATTTAATCGTTTAATTATTCTATTGGGTTTGATTTGATTCA
TCATATTCATATGTAAGAAAAAAGGTGATTGTTGAGAGCTTTTTTCTCACTATCGTTGTT
T

QA 1 541 1 541
DS 



AS 1 2

CO CL9496Contig1 1264 2 2 U
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ACCTCCTGTTCAAAGATTCGTGGTTCATCAAAAACACAGCAACAGAACAATCTCCAGTTA
GGCTCTGAAGGCTCACAAAGTGATTTAGTAACAAATAAGGGAATTGAGTTGAAACAAGAT
GGTGATCAAGATGTACATGGCATCACTACTAAGCCCGCGGTCACTGATTTAAAACTTGGT
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CCAGACGCCGCAACCAATAGGTTAAGTCACTCTGTTGAGCTTTTGAAGTCTGGATCTCTC
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GTTCAGTTCATAAGCGTGCTTGATCCAACAAAACTAACTAACTACATCTCAGAGGTTCTG
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TTCTCCAATGTATCAGCTGAGAAGTGCTGGCAAATGGTGATACAAAGGCTCAAACTGGAA
ATCATCAAGAGATGTGATCAACCAGCTAGCTCCTTGACTGCTTTACAGGCTCTGGAGAAT
ATTGGACTTGAAATGTTTGGATTTCTCTCACCGCATGTTATTCAGGCGCTTGAGGCTCTT
GATCCAAAGCATCAGTTAGAGGAGTACTGGAACCAAAAAACAGCGAAAGTGTTTGGTGTT
GAACTCACAAAGGAAGGAGAAAAGGATGATGATAAAGAGAAAGGAGGGGCTTCAGATCCC
TCTATGGACCGGGACACAAGGCTCCTGCGTGGACTGTTGAAGAAGGCGACACCGGAAGAG
CTAGCAATGATGCATGGGCTTCTATGTGGGGAGACACGCAACACCGAGCTCCAGGAAGAG
CTCTCCTCTTTGGTGGATAAGATGGAGAAAAGTCCTTGATGATGATGTCATGAGCAAGCA
GGCACACACACTCTTTTAAGTTAATTGTGTCGTTGTTCCTTTGGTATGTGTTCAGGCGCC
AGTCGTACTGCTGTATTCTAGAGAGGTCAACAAAGAGTATTCTAGTAAAAGAGTATTCTA
GAGAGGTCAACAAATGTAGACAAAAAAGGGTTGTAGGATTATTTAATGTACTCATGTACC
ATTGTTCCTCTATTTCATTTGCTTGTACCAGCTTTAATTGAAGAAAAAATGCTTCTAGTA
GACG


BQ
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10 10 10 10 

AF RR3G014TF U 1
AF RR3G014JQ C 484
BS 1 644 RR3G014TF
BS 645 1264 RR3G014JQ

RD RR3G014TF 644 0 0
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ACCTCCTGTTCAAAGATTCGTGGTTCATCAAAAACACAGCAACAGAACAATCTCCAGTTA
GGCTCTGAAGGCTCACAAAGTGATTTAGTAACAAATAAGGGAATTGAGTTGAAACAAGAT
GGTGATCAAGATGTACATGGCATCACTACTAAGCCCGCGGTCACTGATTTAAAACTTGGT
GAGATAGGCAAGTCTAATGAGAAGAAGATTGCGGTTAAGTCAGATGTAGGGTGTAGTGAG
CCAGACGCCGCAACCAATAGGTTAAGTCACTCTGTTGAGCTTTTGAAGTCTGGATCTCTC
GTTGTCAAGAAGCTGTGGTGCAGTAAGCAAGCCATATACCCAAAAGGATTCAAGAGCCGT
GTTCAGTTCATAAGCGTGCTTGATCCAACAAAACTAACTAACTACATCTCAGAGGTTCTG
GATGCAGGGCTTGCTGGTCCACTGTTCAGGGCCTCACTAGAAGAGTGCCCCAACGAGAAC
TTCTCCAATGTATCAGCTGAGAAGTGCTGGCAAATGGTGATACAAAGGCTCAAACTGGAA
ATCATCAAGAGATGTGATCAACCAGCTAGCTCCTTGACTGCTTT

QA 1 644 1 644
DS 

RD RR3G014JQ 781 0 0
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TCCAATGTATCAGCTGAGAAGTGCTGGCAAATGGTGATACAAAGGCTCAAACTGGAAATC
ATCAAGAGATGTGATCAACCAGCTAGCTCCTTGACTGCTTTACAGGCTCTGGAGAATATT
GGACTTGAAATGTTTGGATTTCTCTCACCGCATGTTATTCAGGCGCTTGAGGCTCTTGAT
CCAAAGCATCAGTTAGAGGAGTACTGGAACCAAAAAACAGCGAAAGTGTTTGGTGTTGAA
CTCACAAAGGAAGGAGAAAAGGATGATGATAAAGAGAAAGGAGGGGCTTCAGATCCCTCT
ATGGACCGGGACACAAGGCTCCTGCGTGGACTGTTGAAGAAGGCGACACCGGAAGAGCTA
GCAATGATGCATGGGCTTCTATGTGGGGAGACACGCAACACCGAGCTCCAGGAAGAGCTC
TCCTCTTTGGTGGATAAGATGGAGAAAAGTCCTTGATGATGATGTCATGAGCAAGCAGGC
ACACACACTCTTTTAAGTTAATTGTGTCGTTGTTCCTTTGGTATGTGTTCAGGCGCCAGT
CGTACTGCTGTATTCTAGAGAGGTCAACAAAGAGTATTCTAGTAAAAGAGTATTCTAGAG
AGGTCAACAAATGTAGACAAAAAAGGGTTGTAGGATTATTTAATGTACTCATGTACCATT
GTTCCTCTATTTCATTTGCTTGTACCAGCTTTAATTGAAGAAAAAATGCTTCTAGTAGAC
G

QA 1 781 1 781
DS 



AS 1 2

CO CL9497Contig1 696 2 2 U
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ATACACAACAGACTCACTCTCTTTATTTAATGCAAAAAGAACCAGATGGTGTTATCATTC
CTTCTTACTGATATAACATCCATTTCCAAATAAAAATCAAGAGATACATTATTGAAAACT
GAGAAATACAAGAATGTCAAAAACAAACAAATAATATAAAAAGCTCAGCAAGCTTTTGCA
GGATGTATATGTTTTAACGCTGTGACACAGATTCCGCAGAGAAGAGGTACTTGACACGGG
AGAGAACAGAGTCATGAGCAGGATCATAAGGATGGTCCTTGGAAGGGATCTCCAGGATTG
CAGGGACTGGCTTGTTGTAGCTATCCACCAAGAACCTGATCATATTGGCAACATATTGGC
TGATGAGGATGATAGCAATATCATCTCTTGATGAGAACTCCTTGAAAGCATCCTCAATTT
GTCTCACCGTTGTCTTTGAATCCACAATAAGGTAATTAGTCTTCCTCCTTATGTCAACAT
TACCAACTCCAGCCATCAAGAATCCAACAACAGTGTCCTCGTCAGCGATCATAGCGATGA
GGGCAGAGTTGCGAGCAGGGATCGAAGCTCTCCCAGCCATATTTGATTCAAACTACTACT
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BQ
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AF RR3BR42TF C 1
AF RR3BR42JQ U 112
BS 1 111 RR3BR42TF
BS 112 696 RR3BR42JQ

RD RR3BR42TF 696 0 0
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ATACACAACAGACTCACTCTCTTTATTTAATGCAAAAAGAACCAGATGGTGTTATCATTC
CTTCTTACTGATATAACATCCATTTCCAAATAAAAATCAAGAGATACATTATTGAAAACT
GAGAAATACAAGAATGTCAAAAACAAACAAATAATATAAAAAGCTCAGCAAGCTTTTGCA
GGATGTATATGTTTTAACGCTGTGACACAGATTCCGCAGAGAAGAGGTACTTGACACGGG
AGAGAACAGAGTCATGAGCAGGATCATAAGGATGGTCCTTGGAAGGGATCTCCAGGATTG
CAGGGACTGGCTTGTTGTAGCTATCCACCAAGAACCTGATCATATTGGCAACATATTGGC
TGATGAGGATGATAGCAATATCATCTCTTGATGAGAACTCCTTGAAAGCATCCTCAATTT
GTCTCACCGTTGTCTTTGAATCCACAATAAGGTAATTAGTCTTCCTCCTTATGTCAACAT
TACCAACTCCAGCCATCAAGAATCCAACAACAGTGTCCTCGTCAGCGATCATAGCGATGA
GGGCAGAGTTGCGAGCAGGGATCGAAGCTCTCCCAGCCATATTTGATTCAAACTACTACT
TTTTTTGTCTTCTCTCTGTTTCTTCTCGTTTCTCCC

QA 1 696 1 696
DS 

RD RR3BR42JQ 585 0 0
TTATCATTCCTTCTTACTGATATAACATCCATTTCCAAATAAAAATCAAGAGATACATTA
TTGAAAACTGAGAAATACAAGAATGTCAAAAACAAACAAATAATATAAAAAGCTCAGCAA
GCTTTTGCAGGATGTATATGTTTTAACGCTGTGACACAGATTCCGCAGAGAAGAGGTACT
TGACACGGGAGAGAACAGAGTCATGAGCAGGATCATAAGGATGGTCCTTGGAAGGGATCT
CCAGGATTGCAGGGACTGGCTTGTTGTAGCTATCCACCAAGAACCTGATCATATTGGCAA
CATATTGGCTGATGAGGATGATAGCAATATCATCTCTTGATGAGAACTCCTTGAAAGCAT
CCTCAATTTGTCTCACCGTTGTCTTTGAATCCACAATAAGGTAATTAGTCTTCCTCCTTA
TGTCAACATTACCAACTCCAGCCATCAAGAATCCAACAACAGTGTCCTCGTCAGCGATCA
TAGCGATGAGGGCAGAGTTGCGAGCAGGGATCGAAGCTCTCCCAGCCATATTTGATTCAA
ACTACTACTTTTTTTGTCTTCTCTCTGTTTCTTCTCGTTTCTCCC

QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 2

CO CL9498Contig1 961 2 6 U
GACACATATCCCTGGTGGAGAGAGAAGGAGATAAACTCAGAGGAGAGGAGGGCGCAAGGG
CTGTGTCCCCTGACGCCAGAGGAGGTGGCATTGGTTCTAAAAGCGTTGGGATTCGATCAA
AATACACAGATATACATTGCAGCTGGCGAGATTTATGGGAGCGAGCATAGACTTTCCGTT
CTAAGGGAAGCATTCCCGAGAATTGTAAAGAAGGAAATGCTATTGGAGTCGGGAGAGTTG
CAACAGTTTCAGAACCATTCATCTCAAATGGCTGCTCTATATTTCATGGTATCTGTGACC
AGCAACACTTTTATTCCCACGTATGATGGAAACATGGCAAAAGTCGTGGAAGGTCATCGA
AGGTGATATTGAGACTGAATCCATTTATATTCCACGACAATTGACAAAGTAATGTTAAGA
AAACGATACATGTGATGTTGCTTGAGTTTGCAGATACCTCGGGTTTAAGAAAACGATCCT
GATTGACCGCAAGAGACTCGTGGAGCTACTGGACTTACATAACAACAAAACCCTCACGTG
GGATCAGTTTGCAGTAGCTGTAAAGGAAGCACATGAGAGACGAAGAGGAGCACCTACACA
TCGAAGAGTGATCTCTGACAAACCAAAGGAGGAAGATTACTTCTACGCTAACCCTCAAGA
ATGTCTTTGCGAAGGTACAAATTGCCACGATCTGTCTGGCCATAGAAACTCTACTTTAAC
ACGTTGAAGTCACATTTCTTTTAGCATACACTATCTCATTACTTCTGCAAGAGGACGGGA
ACGCAAAACACTTGGAAAGGGAGCTGCATAGTTCAGTTCCTTCCCTGAGTTTTGTTTCCC
ATTTTTGTTTTTGTAACTTTTTCAAATCTTCTCTGCATAGTTACTGATCTTGATTTATTT
GTTTTTACGCAAGTTAAGATGTAACTAAAACAAGATTATGTATCTCTCTCTCATCTTATA
G


BQ
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10 

AF RR3A393TF U 1
AF RR3A393JQ C 228
BS 1 674 RR3A393TF
BS 675 675 RR3A393JQ
BS 676 680 RR3A393TF
BS 681 681 RR3A393JQ
BS 682 775 RR3A393TF
BS 776 961 RR3A393JQ

RD RR3A393TF 775 0 0
GACACATATCCCTGGTGGAGAGAGAAGGAGATAAACTCAGAGGAGAGGAGGGCGCAAGGG
CTGTGTCCCCTGACGCCAGAGGAGGTGGCATTGGTTCTAAAAGCGTTGGGATTCGATCAA
AATACACAGATATACATTGCAGCTGGCGAGATTTATGGGAGCGAGCATAGACTTTCCGTT
CTAAGGGAAGCATTCCCGAGAATTGTAAAGAAGGAAATGCTATTGGAGTCGGGAGAGTTG
CAACAGTTTCAGAACCATTCATCTCAAATGGCTGCTCTATATTTCATGGTATCTGTGACC
AGCAACACTTTTATTCCCACGTATGATGGAAACATGGCAAAAGTCGTGGAAGGTCATCGA
AGGTGATATTGAGACTGAATCCATTTATATTCCACGACAATTGACAAAGTAATGTTAAGA
AAACGATACATGTGATGTTGCTTGAGTTTGCAGATACCTCGGGTTTAAGAAAACGATCCT
GATTGACCGCAAGAGACTCGTGGAGCTACTGGACTTACATAACAACAAAACCCTCACGTG
GGATCAGTTTGCAGTAGCTGTAAAGGAAGCACATGAGAGACGAAGAGGAGCACCTACACA
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ATGTCTTTGCGAAG*TACAA*TTGCCACGATCTGTCTGGCCATAGAAACTCTACTTTAAC
ACGTTGAAGTCACATTTCTTTTAGCATACACTATCTCATTACTTCTGCAAGAGGA

QA 1 775 1 775
DS 

RD RR3A393JQ 734 0 0
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GGTATCTGTGACCAGCAACACTTTTATTCCCACGTATGATGGAAACATGGCAAAAGTCGT
GGAAGGTCATCGAAGGTGATATTGAGACTGAATCCATTTATATTCCACGACAATTGACAA
AGTAATGTTAAGAAAACGATACATGTGATGTTGCTTGAGTTTGCAGATACCTCGGGTTTA
AGAAAACGATCCTGATTGACCGCAAGAGACTCGTGGAGCTACTGGACTTACATAACAACA
AAACCCTCACGTGGGATCAGTTTGCAGTAGCTGTAAAGGAAGCACATGAGAGACGAAGAG
GAGCACCTACACATCGAAGAGTGATTTCTGACAAACCAAAGGAGGAAGATTACTTTTACG
CTAACCCTCAAGAATGTCTTTGCGAAGGTACAAATTGCCACGATCTGTCTGGCCATAGAA
ACTCTACTTTAACACGTTGAAGTCACATTTCTTTTAGCATACACTATCTCATTACTTCTG
CAAGAGGACGGGAACGCAAAACACTTGGAAAGGGAGCTGCATAGTTCAGTTCCTTCCCTG
AGTTTTGTTTCCCATTTTTGTTTTTGTAACTTTTTCAAATCTTCTCTGCATAGTTACTGA
TCTTGATTTATTTGTTTTTACGCAAGTTAAGATGTAACTAAAACAAGATTATGTATCTCT
CTCTCATCTTATAG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL9499Contig1 779 2 2 U
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TCCGTATCAACTAAGGAAGCTTACGTCACACTTCTATACGGAGATGAGTTCTTACTGGGA
GTTAGAGTACTGGGGAAATCGATCCGAGACACTGGATCTCGCAAGGATATGGTCGTTCTG
GTCTCTGACGGTGTCTCTGACTACTCTAACAAGCTGCTTATGGCTGATGGGTGGAAAGTA
GAGAAGATTAGTTTACTAGCAAACCCAAACCAAGTCCATCCAAAGAGATTCTGGGGTGTT
TACACAAAGCTCAAGATCTTCAACATGACTGATTACAAAAAAGTTGTGTATCTGGATGCT
GATACTATTGTGGTGAAGAACATTGAGGATCTGTTCAAGTGCTCCAAGTTCTGCGCTAAC
TTGAAGCATTCAGAGAGGCTGAACTCTGGAGTTATGGTCGTTGAGCCTTCTGCCATTTCT
TTGCCCTACATGTTAGGGGTTACCGCTTTATTTTTGAGGTTGGGTCTGATGATAGCAGTA
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CATCACAAAAATGTGTCGCAATGTAACTCACAACACAGCTTATGTATGATCTTTTTATTC
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BQ
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AF RR3H312TF U 1
AF RR3H312JQ C 68
BS 1 756 RR3H312TF
BS 757 779 RR3H312JQ

RD RR3H312TF 756 0 0
GGCAGCATCATCCTCCTCCTTTTGCTTCTTCTTTCAATCCAATTCAAAGGCTCCTTCGGA
TCCGTATCAACTAAGGAAGCTTACGTCACACTTCTATACGGAGATGAGTTCTTACTGGGA
GTTAGAGTACTGGGGAAATCGATCCGAGACACTGGATCTCGCAAGGATATGGTCGTTCTG
GTCTCTGACGGTGTCTCTGACTACTCTAACAAGCTGCTTATGGCTGATGGGTGGAAAGTA
GAGAAGATTAGTTTACTAGCAAACCCAAACCAAGTCCATCCAAAGAGATTCTGGGGTGTT
TACACAAAGCTCAAGATCTTCAACATGACTGATTACAAAAAAGTTGTGTATCTGGATGCT
GATACTATTGTGGTGAAGAACATTGAGGATCTGTTCAAGTGCTCCAAGTTCTGCGCTAAC
TTGAAGCATTCAGAGAGGCTGAACTCTGGAGTTATGGTCGTTGAGCCTTCTGCCATTTCT
TTGCCCTACATGTTAGGGGTTACCGCTTTATTTTTGAGGTTGGGTCTGATGATAGCAGTA
GCAATGGTTCTAGTTTCGTTCATGACTTATGATTCAGAGCACCTCGCAGTCAGATGGTTC
CTCAAAGGTCTAGAAGACCGTGACATGACGAGAACAAAGTCAACCTGTTTCCTCTGCTGA
CATCACAAAAATGTGTCGCAATGTAACTCACAACACAGCTTATGTATGATCTTTTTATTC
TGTTAGGACAGCTCTTGAAATTTTGTACTTTCTTTT

QA 1 756 1 756
DS 

RD RR3H312JQ 712 0 0
CAACTAAGGAAGCTTACGTCACACTTCTATACGGAGATGAGTTCTTACTGGGAGTTAGAG
TACTGGGGAAATCGATCCGAGACACTGGATCTCGCAAGGATATGGTCGTTCTGGTCTCTG
ACGGTGTCTCTGACTACTCTAACAAGCTGCTTATGGCTGATGGGTGGAAAGTAGAGAAGA
TTAGTTTACTAGCAAACCCAAACCAAGTCCATCCAAAGAGATTCTGGGGTGTTTACACAA
AGCTCAAGATCTTCAACATGACTGATTACAAAAAAGTTGTGTATCTGGATGCTGATACTA
TTGTGGTGAAGAACATTGAGGATCTGTTCAAGTGCTCCAAGTTCTGCGCTAACTTGAAGC
ATTCAGAGAGGCTGAACTCTGGAGTTATGGTCGTTGAGCCTTCTGCCATTTCTTTGCCCT
ACATGTTAGGGGTTACCGCTTTATTTTTGAGGTTGGGTCTGATGATAGCAGTAGCAATGG
TTCTAGTTTCGTTCATGACTTATGATTCAGAGCACCTCGCAGTCAGATGGTTCCTCAAAG
GTCTAGAAGACCGTGACATGACGAGAACAAAGTCAACCTGTTTCCTCTGCTGACATCACA
AAAATGTGTCGCAATGTAACTCACAACACAGCTTATGTATGATCTTTTTATTCTGTTAGG
ACAGCTCTTGAAATTTTGTACTTTCTTTTGTTATTATATCATTCTTCTTTAC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL9500Contig1 645 2 1 U
GAAACTTCAGGAAAACAATACAAAAAATCATGGCTGTTCAGTACAAGATCCCGGACTACG
TCCACATCTCACAGGATTGCAAACATCTCCTTTCCCGTATTTTTGTCGCCAATTCACTCC
AGAGGATAACCATTGCAGAGATCAAGAAACACCCATGGTTCCTGAAGAACTTGCCAAGAG
AACTGACGGAGACAGCTCAAGCTGCATATTTCAGGAAAGAGAATCCAACCTTCTCCCTCC
AGACAGCTGAAGAGATCATGAAGATAGTTGATGACGCCAAAACGCCTCCGCCTGTTTCCC
GTTCCATTGGAGGTTTTGGCTGGGGAGATGAAGACGGGAAAGAGGAAGAGGAAGAGGAGG
TGGATGAAGAGGAAGTAGTGGAGGAAGAGGAAGACGAAGAAGATGAGTATGATAAGACTG
TAAAGCAAGTACACGCCAGTGGAGAAGTGAGAATCAGTTGATGATTTTGTCTGTGTAAGA
AAAAAAAGTTATCATCGTTGGTTTTGTTGAAACTAGTAAAAAAGTATTTGAGTTTTTGTG
TTTGCCTTTGTTGCTACATTCCTTGCTGCATTTTGTGACTTCGAAATAAACATTTTGTAA
ATTATCATTTGAGTATTTGCACTCCATATACAAATATTATATCAC


BQ
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AF RR3GC01TF U 1
AF RR3GC01JQ C 62
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QA 1 645 1 645
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AAAAAAGTTATCATCGTTGGTTTTGTTGAAACTAGTAAAAAAGTATTTGAGTTTTTGTGT
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TTATCATTTGAGTATTTGCACTCCATATACAAATATTATATCAC

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3E044JQ C 1
AF RR3E044TF U 1
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QA 1 584 1 584
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RD RR3E044TF 584 0 0
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QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

CO CL9502Contig1 588 2 1 U
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BQ
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AF RR3H553JQ C 1
AF RR3H553TF U 1
BS 1 588 RR3H553TF

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QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3H553TF 588 0 0
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QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 2

CO CL9503Contig1 786 2 4 U
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AACTGA


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3GA71TF U 1
AF RR3ER50TF U 39
BS 1 657 RR3GA71TF
BS 658 658 RR3ER50TF
BS 659 741 RR3GA71TF
BS 742 786 RR3ER50TF

RD RR3GA71TF 741 0 0
GGAGAGAAAAAAGGGTGCTTCAGTTTCTTCTCGAATCTCTGGGCATTGAAATTAGGGCTT
CTGAGCGTTTTCGTTCCGAGTGGAAGATATGGCAACTCTTGAAGACTCTTTCCTCGCAGA
CCTCGACGAGTTATCTGACAATGAAGCAGAACTGGAGGAGTCTGATGGTGATGATGCAAA
AAAGGATGATGAAGATATTGACATGGACATGGCTGACTTAGAAACCCTTAACTACGATGA
TCTCGATTCCGTTTCTAAGCTCCAGAAATCTCAGAGATATCTTGACATTATGCAGAAAGT
GAAAGAGGCTCTTGGAAAGGAATCTGATGGAGCGGAGAAAGGAACTGTACTAGAAGATGA
TCCTGAATACAAGCTAATCGTGGATTGCAACCAGCTCTCAGTCGACATTGAGAACGAGAT
TGCCATAGTCCACAACTTCATCCGTGACAAGTACAGACTCAAGTTTCAAGAGCTTGAGTC
TCTGGTGAACCACCCCATCGATTACGCCCGCGTTGTCAAAAAAATAGGCAACGAGACGGA
TTTAACACTCGTCAATCTCGAAGGCCTTCTTCCATCTGCTATTATCATGGTTGTTTCAGT
CACTGCCTTGACCACTAAAGGGAGCCCACTCCCAGAGGACGTCCTGGAGAAGACTCTCGA
GGCTTGTGATCGAGCTTTGGATCTTGATTCCGCAAGGAAGAAGTTCTTGACTTTGTTGAA
AGCAAGATGGGGTCTATCGCG

QA 1 741 1 741
DS 

RD RR3ER50TF 748 0 0
GG
GGGCATTGAAATTAGGGCTTCTGAGCGTTTTCGTTCCGAGTGGAAGATATGGCAACTCTT
GAAGACTCTTTCCTCGCAGACCTCGACGAGTTATCTGACAATGAAGCAGAACTGGAGGAG
TCTGATGGTGATGATGCAAAAAAGGATGATGAAGATATTGACATGGACATGGCTGACTTA
GAAACCCTTAACTACGATGATCTCGATTCCGTTTCTAGGCTCCAGAAATCTCAGAGATAT
CTTGACATTATGCAGAAAGTGAAAGAGGCTCTTGGAAAGGAATCTGATGGAGCGGAGAAA
GGAACTGTACTAGAAGATGATCCTGAATACAAGCTAATCGTGGATTGCAACCAGCTCTCA
GTCGACATTGAGAACGAGATTGCCATAGTCCACAACTTCATCCGTGACAAGTACAGACTC
AAGTTTCAAGAGCTTGAGTCTCTGGTGAACCACCCCATCGATTACGCCCGCGTTGTCAAA
AAAATAGGCAACGAGACGGATTTAACACTCGTCAATCTCGAAGGCCTTCTTCCATCTGCT
ATTATCATGGTTGTTTCAGTCACTGCCTTGACCACTAAAGGGAGCCCACTCCCAGAGGAC
GTCCTGGAGAAGACTCTAGAGGCTTGTGATCGAGCTTTGGATCTTGATTCCGCAAGGAAG
AGGTTCTTGACTTTGTTGAAAGCAAGATGGGGTCTATCGCGCCGAATCTTTCCGCCATTG
TTGGGAGTGCTGTTGCAGCCAACTGA

QA 3 748 3 748
DS 



AS 1 2

CO CL9504Contig1 1105 2 2 U
GCGACCAGCTACAACAACAAGGAAGTTTGCTGCTCAATTATCTGATAATAAGCCAATGTT
TGTACAACACACTGAAGCAATGATGGAGGAGATTCACCAGATGGAGGAGGTGACTGAAAT
GGAAGATCCAGATAAAGAAGAAGAGCTAGTGATTAATATCGACTCTTGTGATGAGAAGAA
TTCTCTAGCTGTAGTTGAATACATCGATGACATATACCACTTTCACAAGAAATCTGAGGA
ACTTTGTTGTGTTCCTTCTAACTACATGGACAATCAGCAAGATCTTAATGAGATGATGAG
AGGAATCCTCATTGACTGGTTGATTGAGGTGCATTACAAGTTTGAACTGATGGAGGAAAC
CCTTTATCTCACAATCAATATCATCGACAGATTCCTTGCGGTTCATCAAATAGTGAGGCA
AAATCTTCAGCTTGTTGGTGTAACCGCTTTATTGCTAGCTTGTAAATACGAGGAAGTCTC
AGTTCCAGTAGTAGATGATCTCATCTTGATCTCTGATAATGCTTACACTAGAAGACAAGT
ACTAGATATGGAGAAGCTAATAGCCAACACCTTGCAGTTCAATTTCTCATTGCCTACTCC
ATATGTGTTCATGAAAAGGTTTCTCAAAGCTTCCCAATCTGACAAAAAGCTTGAGGTTTT
ATCGTTTTTTATCATCGAGCTTTGTCTCGTGGAGTACGAGATGCTGAAGTATACACCATC
TAAGCTAGCAGTCTCGGCAATCTACACTGCTAGGTGTACACTTGATGGATTTGAGAAATG
GAGCAAAACATGTGAGTTTCAAACAGGATACAAGGAAGAACAGCTTCTTGCATGTGCAAG
AAAGATGGTTGATTTTCATCACAAGGCAGGGACAGGGAAGCTAGCAGGAGTTCACAGAAA
GTACAACACATCAAAGTTCTGTTATGCTGCAAGAACCAAACCAGCTGGATTTTTACTTTA
ATGGAGGAAAAAACTATAGCAATAAGATCGAATGACTAATGACTTAAGTTTTTTTTTGAA
AAAAAAGAGTTCAAAAGAGCAGCGATCTTTCTTTACTCAAGAGAGAATATGTTCTTTTTA
TATGATGCTTTATAGACATTCTACT


BQ
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AF RR3BI17TF U 1
AF RR3BI17JQ C 256
BS 1 329 RR3BI17TF
BS 330 1105 RR3BI17JQ

RD RR3BI17TF 329 0 0
GCGACCAGCTACAACAACAAGGAAGTTTGCTGCTCAATTATCTGATAATAAGCCAATGTT
TGTACAACACACTGAAGCAATGATGGAGGAGATTCACCAGATGGAGGAGGTGACTGAAAT
GGAAGATCCAGATAAAGAAGAAGAGCTAGTGATTAATATCGACTCTTGTGATGAGAAGAA
TTCTCTAGCTGTAGTTGAATACATCGATGACATATACCACTTTCACAAGAAATCTGAGGA
ACTTTGTTGTGTTCCTTCTAACTACATGGACAATCAGCAAGATCTTAATGAGATGATGAG
AGGAATCCTCATTGACTGGTTGATTGAGG

QA 1 329 1 329
DS 

RD RR3BI17JQ 850 0 0
TTCTAACTACATGGACAATCAGCAAGATCTTAATGAGATGATGAGAGGAATCCTCATTGA
CTGGTTGATTGAGGTGCATTACAAGTTTGAACTGATGGAGGAAACCCTTTATCTCACAAT
CAATATCATCGACAGATTCCTTGCGGTTCATCAAATAGTGAGGCAAAATCTTCAGCTTGT
TGGTGTAACCGCTTTATTGCTAGCTTGTAAATACGAGGAAGTCTCAGTTCCAGTAGTAGA
TGATCTCATCTTGATCTCTGATAATGCTTACACTAGAAGACAAGTACTAGATATGGAGAA
GCTAATAGCCAACACCTTGCAGTTCAATTTCTCATTGCCTACTCCATATGTGTTCATGAA
AAGGTTTCTCAAAGCTTCCCAATCTGACAAAAAGCTTGAGGTTTTATCGTTTTTTATCAT
CGAGCTTTGTCTCGTGGAGTACGAGATGCTGAAGTATACACCATCTAAGCTAGCAGTCTC
GGCAATCTACACTGCTAGGTGTACACTTGATGGATTTGAGAAATGGAGCAAAACATGTGA
GTTTCAAACAGGATACAAGGAAGAACAGCTTCTTGCATGTGCAAGAAAGATGGTTGATTT
TCATCACAAGGCAGGGACAGGGAAGCTAGCAGGAGTTCACAGAAAGTACAACACATCAAA
GTTCTGTTATGCTGCAAGAACCAAACCAGCTGGATTTTTACTTTAATGGAGGAAAAAACT
ATAGCAATAAGATCGAATGACTAATGACTTAAGTTTTTTTTTGAAAAAAAAGAGTTCAAA
AGAGCAGCGATCTTTCTTTACTCAAGAGAGAATATGTTCTTTTTATATGATGCTTTATAG
ACATTCTACT

QA 1 850 1 850
DS 



AS 1 2

CO CL9505Contig1 588 2 2 U
GGAGTCTCACTGCTCGTCTGGGGACCATGCAAAGCGACGTGACTACGAATCCACGAGTAT
CAGTCGACTCTAGCTCCTCTGACGTCGAAGCTGAGATCAGCGACGGCGATGGCTTTTTGC
CGATAGTTAGATCTCATACATTCGCCGAAGACGAAGTGTCGCTGCTGATTAGAGCAGAGA
CCTATCAAGGCTACATGAAGGAGCTTCCTCTTCCGACCAGTCGCGGTTCTTTGATTCCTT
TCACGAGCTGGGTCGGGCTAAGCATGTCGATCAAGGAGCTTTATGGTCAGCCGTTACATT
ACCTCACGAACGTTCTGTTACAACGTTGGGATCAAGCAAGACTCGGTGCTGATTCTGAAG
ACCAGAGCTTGGATTTGATCATTCATCCTTCTAAAGCTGAAGCTACCATCTGGCTCGTTG
AAGAGATTCATCGACTCACCTCTTCTCATCTTCAGATTGCTCAGTTTTGGGGAGCTGATC
CTATGTATCACATGTTGATTGATCCTATCATTCCTAAGTTACCACAAACATGAACACCCC
CTTTTTTGTATCTATTTCTCTATGTTAACTTTAAGACAATGTAATGCG


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3C509JQ C 1
AF RR3C509TF U 1
BS 1 3 RR3C509JQ
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CTTTTTTGTATCTATTTCTCTATGTTAACTTTAAGACAATGTAATGCG

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DS 

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TTTTGTATCTATTTCTCTATGTTAACTTTAAGACAATGTAATGCG

QA 4 588 4 588
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3A923TF U 1
AF RR3D892TF U 1
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TGAAGTGACGGCGAAGGGAGCAATATCTACGAGGAAGATTAGCAGACGACAGCTTCTCAA
ATCCAGTGGTCTTCGCCCACGAGATATCCGAAGTGTTGATCCTTCATTGTTTATGACAAA
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QA 1 697 1 697
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CB36TF U 1
AF RR3CB36JQ C 73
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BS 762 763 RR3CB36JQ

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GAGGAGATGCTCAAGCAATGCCGTGTATACAAAAACTTATGCCGTGTCAGCCGTTTCTTC
ACTCGGTCATTCCACCACCGCCTCCATCGTGCTGCCTGCCGATGAGGGAGATCGTCGCCA
ACGACGCGACGTGTCTTTGCTCCGTCTTCAACAACGTGGATATGCTCAAATCGCTTAACC
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TCTGCAAAGCAAGTCCCGCGGGTGGTACTACTACGCCTTCGACATCGCCGGCAACTCCAA
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ATTCATATGTAATGAGAAAATTCTAATAATATTAATGAATT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3CB36JQ 691 0 0
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AAGCAATGCCGTGTATACAAAAACTTATGCCGTGTCAGCCGTTTCTTCACTCGGTCATTC
CACCACCGCCTCCATCGTGCTGCCTGCCGATGAGGGAGATCGTCGCCAACGACGCGACGT
GTCTTTGCTCCGTCTTCAACAACGTGGATATGCTCAAATCGCTTAACCTCACTAAAGACA
ATGCTCTTGATCTCCCTAGAGCCTGTGGCGCCAACCCTGACATCTCACTCTGCAAAGCAA
GTCCCGCGGGTGGTACTACTACGCCTTCGACATCGCCGGCAACTCCAAAAAGTCCTCCGG
TGTCTTCCACTGGAAGCGGTTCCACCGGAGCTTCATCAACTTCTTCAACATCCACACCAA
CCAGCTCTGCTCCGGCTATCAACTTTGTTGGACTAAGCTTCGCATCGACTATTGTGGCAT
TGGCAACAACTGTCTTCTGATCGACTACAATATTTATATTATCACATCACGTTTTTATTC
ATTTTTAGATAGGTTTAATTTGTTTGAAATTATGTTTGGTAACTTAATATTCATATGTAA
TGAGAAAATTCTAATAATATTAATGAATTCC

QA 1 691 1 691
DS 



AS 1 2

CO CL9508Contig1 585 2 1 U
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BQ
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AF RR3BA28JQ C 1
AF RR3BA28TF U 1
BS 1 585 RR3BA28TF

RD RR3BA28JQ 585 0 0
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QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3BA28TF 585 0 0
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QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 2

CO CL9509Contig1 549 2 1 U
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CATTTACTT


BQ
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AF RR3BH01JQ C 1
AF RR3BH01TF U 1
BS 1 549 RR3BH01TF

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CATTTACTT

QA 1 549 1 549
DS 

RD RR3BH01TF 549 0 0
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CATTTACTT

QA 1 549 1 549
DS 



AS 1 2

CO CL9510Contig1 817 2 2 U
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TTTCACTTGTATGTGTTAAATATTTGCGTGTAATAAGACTCTCTGTTGAGGTTGATGTGG
TTCCATTAGCCGGGAAAATGACCATTTGCTTCACTCT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BE35TF U 1
AF RR3BE35JQ C 47
BS 1 735 RR3BE35TF
BS 736 817 RR3BE35JQ

RD RR3BE35TF 735 0 0
GGAAACTGCAAAGTCCATATATTCCGGATTTAAAATTTCAAGAGAAAGAAAACTCTTTGT
GTTCTGTTTTGCTTTTGGATCATTTCTTTGGTTTTGGTTTTGGTTTTGCATTGCTTGTCC
GTGGGGAAGAAAATGAAAGAAAATACGGGAAACCCTCTGCATCTCAAGTCGTTGAATCAC
ATATCTCTTCTATGTCGATCCGTGGAGGAGTCCATGAGCTTTTACCAGCACGTTTTAGGT
TTTCTCCCCATCCGGAGACCTGGCTCTTTTGATTTCGATGGCGCCTGGTTGTTTGGTCAT
GGAGTTGGGATTCATCTTCTGCAATCTACAGAGCCTGAGAAACTACTCAAGAAAACTGAG
ATCAATCCCAAGGATAATCACATTTCTTTCCAGTGTGAGAGCATGGGGGCGGTAGAGAAA
AAGCTCAAGGAAATGAAAATAGAGTATGTGAGAGCTGTGGTTGAAGAAGGTGGAATCCAA
GTCGACCAGCTCTTCTTCCACGATCCTGACGGCTTTATGATTGAGATTTGCAACTGCGAT
AGCCTCCCTGTTGTGCCTCTGGCAGGAGAGATTGCTCGTTCATGCTCTCGTGTCAATATC
CACCAGCTGGTCCAGCCACCTCAGATCCACCCCTAGACTCTTGTCATCTCCCTCTCTAGC
TAAAATCTGTTTGGTCAATAATTTGTTAATAACTTGCGTGTAACATTTTTAATTTGTCTC
TTTCACTTGTATGTG

QA 1 735 1 735
DS 

RD RR3BE35JQ 771 0 0
AGAAAACTCTTTGTGTTCTGTTTTGCTTTTGGATCATTTCTTTGGTTTTGGTTTTGGTTT
TGCATTGCTTGTCCGTGGGGAAGAAAATGAAAGAAAATACGGGAAACCCTCTGCATCTCA
AGTCGTTGAATCACATATCTCTTCTATGTCGATCCGTGGAGGAGTCCATGAGCTTTTACC
AGCACGTTTTAGGTTTTCTCCCCATCCGGAGACCTGGCTCTTTTGATTTCGATGGCGCCT
GGTTGTTTGGTCATGGAGTTGGGATTCATCTTCTGCAATCTACAGAGCCTGAGAAACTAC
TCAAGAAAACTGAGATCAATCCCAAGGATAATCACATTTCTTTCCAGTGTGAGAGCATGG
GGGCGGTAGAGAAAAAGCTCAAGGAAATGAAAATAGAGTATGTGAGAGCTGTGGTTGAAG
AAGGTGGAATCCAAGTCGACCAGCTCTTCTTCCACGATCCTGACGGCTTTATGATTGAGA
TTTGCAACTGCGATAGCCTCCCTGTTGTGCCTCTGGCAGGAGAGATTGCTCGTTCATGCT
CTCGTGTCAATATCCACCAGCTGGTCCAGCCACCTCAGATCCACCCCTAGACTCTTGTCA
TCTCCCTCTCTAGCTAAAATCTGTTTGGTCAATAATTTGTTAATAACTTGCGTGTAACAT
TTTTAATTTGTCTCTTTCACTTGTATGTGTTAAATATTTGCGTGTAATAAGACTCTCTGT
TGAGGTTGATGTGGTTCCATTAGCCGGGAAAATGACCATTTGCTTCACTCT

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL9511Contig1 803 2 4 U
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AAAGCCGGTTTCTCTGCTCTTATGACGATGCTGCAGTACTGCTACGAGCTGGGTATCAAG
TACGTGACGATATACGCGTTCAGCATCGATAACTTTAGGAGAAAGCCTGAGGAGGTTCAG
TCTCTGATGGATTTGATGTTGGTAAAGATCAAGTCTTTGCTCGATAAAGAGAGTATCGTG
CATGAGTACGGGATACGGGTTTATTTCATCGGTAACTTGGGGCTTTTAAGTGACCAAGTG
AGAGCTGCTGCGGAAGAAGTCATGAAGGCCACTGCTGAGAATAGTAGGGTGGTGCTTCTT
GTCTGCGTTGCGTATAACTCCACGGATGAGATCGTACAGGCTGTCAAGAGGTCTTGTGTG
AACAACAAGGCAGATAGGGATGTAGAGAGGAGGAGGATTCAGTTGGTGGATATTGAGGAG
AACATGCAGATGAGCGTGGTCCGGAGCCTGATATACTGATCAGGAGTTCAGGAGAGACGA
GGCTGAGCAACTTTCTTTTGTGGCAGACTGGTAACTCTCAGCTCTTCTCTCCGGGTGCTC
TGTGGCCTGAGATTGGACTGAGGCATTTGGTATGGGCTATATTGAACTTCCAGAGAAGCC
ATTCATACTTGGAGAAGAGGAAGAAACAGTTGTAGCTGTCGTGGGTTTTTGTTTTTTTTT
TTTTTGGGTCATGTGATGTTCTTGTGGTATACTATCAAAAGGAAACTTGGGATTACATAG
AAAATGCAATGTATTTTAGACAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D989TF U 1
AF RR3D989JQ C 21
BS 1 681 RR3D989TF
BS 682 682 RR3D989JQ
BS 683 709 RR3D989TF
BS 710 803 RR3D989JQ

RD RR3D989TF 717 0 0
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AAAGCCGGTTTCTCTGCTCTTATGACGATGCTGCAGTACTGCTACGAGCTGGGTATCAAG
TACGTGACGATATACGCGTTCAGCATCGATAACTTTAGGAGAAAGCCTGAGGAGGTTCAG
TCTCTGATGGATTTGATGTTGGTAAAGATCAAGTCTTTGCTCGATAAAGAGAGTATCGTG
CATGAGTACGGGATACGGGTTTATTTCATCGGTAACTTGGGGCTTTTAAGTGACCAAGTG
AGAGCTGCTGCGGAAGAAGTCATGAAGGCCACTGCTGAGAATAGTAGGGTGGTGCTTCTT
GTCTGCGTTGCGTATAACTCCACGGATGAGATCGTACAGGCTGTCAAGAGGTCTTGTGTG
AACAACAAGGCAGATAGGGATGTAGAGAGGAGGAGGATTCAGTTGGTGGATATTGAGGAG
AACATGCAGATGAGCGTGGTCCGGAGCCTGATATACTGATCAGGAGTTCAGGAGAGACGA
GGCTGAGCAACTTTCTTTTGTGGCAGACTGGTAACTCTCAGCTCTTCTCTCCGGGTGCTC
TGTGGCCTGAGATTGGACTGAGGCATTTGGTATGGGCTATATTGAACTTCCAGAGAAGCC
ATTCATACTTGGAGAAGAGGA*GAAACAGTTGTAGCTGTCGTGGGTTTT
GTTTTTTT

QA 1 709 1 709
DS 

RD RR3D989JQ 783 0 0
GTACGCCAAGAAGCTCGGTCTAGAAGACGGGTCTGGTCACAAAGCCGGTTTCTCTGCTCT
TATGACGATGCTGCAGTACTGCTACGAGCTGGGTATCAAGTACGTGACGATATACGCGTT
CAGCATCGATAACTTTAGGAGAAAGCCTGAGGAGGTTCAGTCTCTGATGGATTTGATGTT
GGTAAAGATCAAGTCTTTGCTCGATAAAGAGAGTATCGTGCATGAGTACGGGATACGGGT
TTATTTCATCGGTAACTTGGGGCTTTTAAGTGACCAAGTGAGAGCTGCTGCGGAAGAAGT
CATGAAGGCCACTGCTGAGAATAGTAGGGTGGTGCTTCTTGTCTGCGTTGCGTATAACTC
CACGGATGAGATCGTACAGGCTGTCAAGAGGTCTTGTGTGAACAACAAGGCAGATAGGGA
TGTAGAGAGGAGGAGGATTCAGTTGGTGGATATTGAGGAGAACATGCAGATGAGCGTGGT
CCGGAGCCTGATATACTGATCAGGAGTTCAGGAGAGACGAGGCTGAGCAACTTTCTTTTG
TGGCAGACTGGTAACTCTCAGCTCTTCTCTCCGGGTGCTCTGTGGCCTGAGATTGGACTG
AGGCATTTGGTATGGGCTATATTGAACTTCCAGAGAAGCCATTCATACTTGGAGAAGAGG
AAGAAACAGTTGTAGCTGTCGTGGGTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTGGGTCATGTGATGTT
CTTGTGGTATACTATCAAAAGGAAACTTGGGATTACATAGAAAATGCAATGTATTTTAGA
CAC

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL9512Contig1 717 2 3 U
ATCAACAATAATTAAATAATAAGATACATAGTTACAGAGCACATCATCATCTTTGGAAAT
GAAATAAAAAGAGGGGTCAGGAGGAGGCGGCAGTAGTGGTGCAAGGCGCCAAGCTGTTGT
GAGGAAGGTTGACTCCCGCGGCTCTCACAGACACCGCCGGTCCTCTAGCTCTGCTCACAA
CTAGGCTGGTGTCAAAGAAGACAACTATGACTGTAATGTCATCATGGAAATGTCTACGTA
CTCCTCTGTCTATCTTTTTCAGGTCAGAGTACCTCATCTCTCTCTTCTTTGCTGCTTCTT
TAAGCGCCACTTTCACCAGCCTCTTTGCTATCCCGTTACGCGGATGATTGTGGACAATCT
CTACAGCTTCTTGGTTGCTCATATGTTCCCAAAGTCCATCGGAGGCACATATTATAAACT
GGTCATGGGGCTGGAGTGTGTGGACGGTGATGGAGGGCTCTGCACTGAGTAAGGGCCTGC
TGAAGGGTGCCCTCAGTCTGAATTTCGCATACAATGGTTCCCTGTTGAACTCCGAGCGTT
TCAGATATACATCCCCAATGGATCTTGAAACCTGAATGATTCCTTTAACTCTCCAAACGT
TATGTTTGAGAAGCACGATATCAGGATGGTCGGGATGGAGGCTCTGTAGTTCACGTCGAA
CAGATTCAATAGAAGCATTGTGCTCTCCCCGGCCGTAATGGCACTCTGCATTGATAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G227TF C 1
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RD RR3G227TF 717 0 0
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TAAGCGCCACTTTCACCAGCCTCTTTGCTATCCCGTTACGCGGATGATTGTGGACAATCT
CTACAGCTTCTTGGTTGCTCATATGTTCCCAAAGTCCATCGGAGGCACATATTATAAACT
GGTCATGGGGCTGGAGTGTGTGGACGGTGATGGAGGGCTCTGCACTGAGTAAGGGCCTGC
TGAAGGGTGCCCTCAGTCTGAATTTCGCATACAATGGTTCCCTGTTGAACTCCGAGCGTT
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TATGTTTGAGAAGCACGATATCAGGATGGTCGGGATGGAGGCTCTGTAGTTCACGTCGAA
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QA 1 717 1 717
DS 

RD RR3G227JQ 585 0 0
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TTTCAGGTCAGAGTACCTCATCTCTCTCTTCTTTGCTGCTTCTTTAAGCGCCACTTTCAC
CAGCCTCTTTGCTATCCCGTTACGCGGATGATTGTGGACAATCTCTACAGCTTCTTGGTT
GCTCATATGTTCCCAAAGTCCATCGGAGGCACATATTATAAACTGGTCATGGGGCTGGAG
TGTGTGGACGGTGATGGAGGGCTCTGCACTGAGTAAGGGCCTGCTGAAGGGTGCCCTCAG
TCTGAATTTCGCATACAATGGTTCCCTGTTGAACTCCGAGCGTTTCAGATATACATCCCC
AATGGATCTTGAAACCTGAATGATTCCTTTAACTCTCCAAACGTTATGTTTGAGAAGCAC
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QA 1 585 1 585
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FD55TF U 1
AF RR3FD55JQ C 122
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TCTTTTTTTGGTATTTTTCTTCCTTAAATTGTTAACTTTGGGAAAT
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DS 

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GAGTTTGGGTTTGAGATACCTGATAATGATGCTGACAAGATCCAGTCCGTTGATCTTGCT
GTTGACTTTATCGCTTCTCATCCTCAGGCTACTTAAGAAAAAGAGATTCAAAACTCTTCA
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TTCTTTTTTTGCTCTGCTTTGCTTTCATAAGTGTTTGCTGTGTTCCTCCTGCGTGATTTT
ACGAGATCTTTCAAGAAACTTGCTTTTCTTAACATTCTTATTACAAGAAAGAGAGCAAAT
CTTTTTTTGGTATTTTTCTTCCTTAAATTGTTAACTTTGGGAAATTAGAACAACAATGAA
ACTTCAGAAGCTGCAAACCAATGTTT

QA 1 626 1 626
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3G681TF U 1
AF RR3G681JQ C 87
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RD RR3G681TF 676 0 0
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AAGAATCGTTTCATGAGAGCTGAAGCTGCGTTGATTAGTGAGCTTTCCAATAACAACTCA
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GTTTCTGTTCAGACGACACAAAGTCCCTCTGCTAATAACAACTCATTCTGGGAGGACAGG
TTCACGTTCTCCGACAGTTTAGTAGACACCGAGCTTGATTTATTGCCCCCATGGAATCAT
ACCGACTCTGAGGTTTACAGTATTGATCCAACAACTACTATAAGGAGCTTTGTGAATCCA
TCGAGTCATCATGAAAAGGTTAATAATAAAAGCAATAAAGTGGCTGTGGAAGAAGACATC
TTCTCTCACTATGACCATGCCAAAGCATCTCAATCCTTGGGAGTTGATAGTATACAAGAA
AGGATTTATCACCACC

QA 1 676 1 676
DS 

RD RR3G681JQ 590 0 0
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DS 



AS 1 2

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CATGACGGAGTATAAGGAGGAACAAGAGATGGAGATTGAAGCTCTTGAATCTATACTTGC
TCATGACTTCAAAGAGATTCATTCTAGTGAAAGTGGGCTTAACACTTCCAACCGATGCTT
TCAGATTACAGTCACTCCTCAGGATGATGATCTGGAGGAGTCATCAATCCCACCAGTTCA
GCTGGGTTTGGTTTTCTCTCACACAGACAATTATCCTGATGAGGTTCCACTTTTGGATGT
TAAAAGTATTCGAGGAATCCATGTTAGTGATCTCACCATCTTGAAAGAGAAGCTTGAACA
AGAGGCAACAGAAAATCTTGGAATGGCCATGATGTATACATTGGTCTCATCAGCAAAGGA
CTGGTTGTCCGAACACTATGGGCAAGATGATGGATCTGACTATGCCGAAGAAGAAACTGC
CAAAGAAGATGAGGTAATTATTCCACATGGAGAACCTGTTACGCTGGAGACATTTGTGGC
ATGGAGAGAGAGATATGAGGCAGAGCTTGCACTTGAGCGAGCCAAGCTGATGCCGGAGTC
TGCTCTTACGGCACCTAAAGAGAAGAGGCTTACAGGAAGACAGTGGTTTGAGAGTGGCAA
AGCGAGAGGAACAGTGGTCGCTGCTGATCAAGAATCTGAAGAGGAGGAAGATGATGAAGA
CATTGACTTTGAAGACGAAGACTTTGAAGATGATGAAGAAGACATGCTTGAGCACTACTT
GGCGGAGAAATCTGATGCAAGGGCCTGAAGCTAGGGAGCTTTACATAATGACTTTTTTAA
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TCATTGAGCAGCATTCAATTCCAAGCTTTGATATGCTCAAGAGTCAAGACTATACCTTCA
CAGTCTGTCATTTATAAAAATGCCACTTAGATTTTGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3AN63TF U 1
AF RR3AN63JQ C 411
BS 1 803 RR3AN63TF
BS 804 1177 RR3AN63JQ

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TGGATATTCAGAGACAAATCTCAAACCTTTCACGACAAAAAAGGTTTCAGATTTGGTCAT
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QA 1 803 1 803
DS 

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QA 1 767 1 767
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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TTGTTTGCTTTGTGTGGATCGAGCTCGTGAGAGGAACACAATGGCTGCTGATATGTTAGC
CAAAGATGCTTTAATTGCGTCGGGACAAATTGTTGTTGTTGGTGGTGCTCTTAATGCCCC
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BQ
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AF RR3AW11TF U 109
AF RR3AW11JQ C 1
BS 1 108 RR3AW11JQ
BS 109 704 RR3AW11TF
BS 705 746 RR3AW11JQ

RD RR3AW11TF 596 0 0
ATGGATAGGAGGAGCGAAGATGTATGGAACCTTGACTGTGCGCCAAAAGTAAAGATCTTC
TCTTGGAAAGTCCTGAAGAGAGCTTTACCGGTTGGAGAACGTTTACTTGAAAGATATCCT
TATTGACCCTCAGTGTAAGAGATGTGGATGCACTGAATCTATCACTCACCACTTTTTCAC
TGTCCTTTTTGTCTCAGATATACTAGCATGTATTTATGCGTTTGAGTTTTGTTGTGAACA
AACTCGAATTAAAAGTAAAAGAACAAAACGAATTGAAGTAAATACCCGTTTAGAGCTTTT
TTATTATTGTATGAATGAATAATCTTATAAATTTGTATACCCGTATTTATAGCATGCTCA
AAATCTGATTTCCTTTTCCTTGTAGAAATACATACTTATATGGAAAAAGTAATTTTTCTA
AAATGAAAAGGCATACTGTACCAACAAGTGCTGGATTTGCACCAAAATTTAAGACACATA
GATGCAACAAGTTTGTTTGCTTTGTGTGGATCGAGCTCGTGAGAGGAACACAATGGCTGC
TGATATGTTAGCCAAAGATGCTTTAATTGCGTCGGGACAAATTGTTGTTGTTGGTG

QA 1 596 1 596
DS 

RD RR3AW11JQ 746 0 0
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TGATACGTCTAAACGCTTCTGTGACACTGAACCGAGTACATGGAAGGTATGGATAGGAGG
AGCGAAGATGTATGGAACCTTGACTGTGCGCCAAAAGTAAAGATCTTCTCTTGGAAAGTC
CTGAAGAGAGCTTTACCGGTTGGAGAACGTTTACTTGAAAGATATCCTTATTGACCCTCA
GTGTAAGAGATGTGGATGCACTGAATCTATCACTCACCACTTTTTCACTGTCCTTTTTGT
TTCAGATATACTAGCATGTATTTATGCGTTTGAGTTTTGTTGTGAACAAACTCGAATTAA
AAGTAAAAGAACAAAACGAATTGAAGTAAATACCCGTTTAGAGCTTTTTTATTATTGTAT
GAATGAATAATCTTATAAATTTGTATACCCGTATTTATAGCATGCTCAAAATCTGATTTC
CTTTTCCTTGTAGAAATACATACTTATATGGAAAAAGTAATTTTTTTAAAATGAAAAGGC
ATACTGTACCAACAAGTGCTGGATTTGCACCAAAATTTAAGACACATAGATGCAACAAGT
TTGTTTGCTTTGTGTGGATCGAGCTCGTGAGAGGAACACAATGGCTGCTGATATGTTAGC
CAAAGATGCTTTAATTGCGTCGGGACAAATTGTTGTTGTTGGTGGTGCTCTTAATGCCCC
CCTCAACTAACTTCTTCTACTTGTCC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL9518Contig1 487 2 1 U
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AAAGCCAAATCTGTTAATTAAAGAAGGATGGTGGGAAGTGGAGCTCCACAGAGAGGAAGT
GCAGCTGCAGCTGCTAGCATGCGTAGGAGGAAGCCTAGTGGAAGTGGAGGAGGAGGAGGA
GCCTCTGGTGGTGCAGCAGGATCCATGCTTCAGTTCTACACGGATGACGCACCCGGTCTC
AAGATCTCCCCTAATGTCGTCCTTGTCATGAGCATCGGTTTCATTGCCTTTGTCGCTGTC
CTTCATGTCATGGGCAAGCTCTACTTTGTCAAGTGAGTAGTGATCAGAGAGAGTGAGAGA
GAGAGGCTTGAAACACCCTAAAGTTACTGCTAGTGTTCAGTTATTAACTCATGTTTTAAT
TTTGTGGAGTATTAAGTTTCTTGACATTCAAAGTTTCATTACCAAGTTAAGGGATACACT
TGTACGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DT58JQ C 1
AF RR3DT58TF U 1
BS 1 487 RR3DT58TF

RD RR3DT58JQ 487 0 0
GGACAAAGGGTCCGAACATCTCTTCGTCTCGTTATCGTTTTCGTCGACATCAGAATCTCT
AAAGCCAAATCTGTTAATTAAAGAAGGATGGTGGGAAGTGGAGCTCCACAGAGAGGAAGT
GCAGCTGCAGCTGCTAGCATGCGTAGGAGGAAGCCTAGTGGAAGTGGAGGAGGAGGAGGA
GCCTCTGGTGGTGCAGCAGGATCCATGCTTCAGTTCTACACGGATGACGCACCCGGTCTC
AAGATCTCCCCTAATGTCGTCCTTGTCATGAGCATCGGTTTCATTGCCTTTGTCGCTGTC
CTTCATGTCATGGGCAAGCTTTACTTTGTCAAGTGAGTAGTGATCAGAGAGAGTGAGAGA
GAGAGGCTTGAAACACCCTAAAGTTACTGCTAGTGTTCAGTTATTAACTCATGTTTTAAT
TTTGTGGAGTATTAAGTTTCTTGACATTCAAAGTTTCATTACCAAGTTAAGGGATACACT
TGTACGC

QA 1 487 1 487
DS 

RD RR3DT58TF 487 0 0
GGACAAAGGGTCCGAACATCTCTTCGTCTCGTTATCGTTCTCGTCGACATCAGAATCTCT
AAAGCCAAATCTGTTAATTAAAGAAGGATGGTGGGAAGTGGAGCTCCACAGAGAGGAAGT
GCAGCTGCAGCTGCTAGCATGCGTAGGAGGAAGCCTAGTGGAAGTGGAGGAGGAGGAGGA
GCCTCTGGTGGTGCAGCAGGATCCATGCTTCAGTTCTACACGGATGACGCACCCGGTCTC
AAGATCTCCCCTAATGTCGTCCTTGTCATGAGCATCGGTTTCATTGCCTTTGTCGCTGTC
CTTCATGTCATGGGCAAGCTCTACTTTGTCAAGTGAGTAGTGATCAGAGAGAGTGAGAGA
GAGAGGCTTGAAACACCCTAAAGTTACTGCTAGTGTTCAGTTATTAACTCATGTTTTAAT
TTTGTGGAGTATTAAGTTTCTTGACATTCAAAGTTTCATTACCAAGTTAAGGGATACACT
TGTACGC

QA 1 487 1 487
DS 



AS 1 2

CO CL9519Contig1 859 2 2 U
GGACAGCAGAATCAAGAAATATGGCATTTCCTCAAACCCATTTCCATATGCCCATTAGAT
CTATAAGTCTTCCCTCAAGAATCCATCCTCCTTCAGCTAAATTCCAAGCTGCACTCTCTC
AACTTCACACTTGCCAGAACACAGCATCCTCTGATTCTCAATCTCTTCAAATCTCATTAC
TAAACCTCTCTGAGCTTTACCATTCCCTCCACCAGCTCAACCACTCTCTTCCCACATCTC
AAGCTGAAAATTCTCTCGACGTGTCAGCAACGTTACTAGACTCTTGTGACGCAGCGAGAA
ACCTAATCCTCACTCTTAAAGAGCATATCCTCAACCTTCAATCTGCACTTAGGAGAAAAG
GCAAATCCATGGAGGTCCAGGTCAAAGAGTACTTTGTCTTCAGGAAAAAGATCAAGAAAG
AGACTAACAAGCTTGTTCTTGGCCTCAAGAAGCCGGATAGCTCTGAGACCACTGCCTTAG
CCGTTTCCCTCTTTCGATCCCTTTTCACGTTTCTGTCGACATCATCGGCCATGAAGACAA
ACACATGTACTCTCAGATTTGTCTCTAAGCTTATTGGTGGTGGTGGTCGATCGTCGACGT
CAATAATGAGCGAGTTGCACAATCTGGATTTGGTTTTGCGTTCGGATGGAGACAACTCCA
AGGAATTGGTGAAGAAAGCTCTGGAGATATTAGAGGAAAGAACGGAGGGGCTTGGAGCTG
CACTTGATTCTCTTTTCAAGTCTCTTGTCCAATATAGAGTTTACTTGCTTAACATTCTTA
CAACACACTCTTAGTTAATTCCAAACTTCTAATTGTAACACAAAACATATATAGAAAAGA
CATACAAATTCTCATAGCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ22TF U 1
AF RR3AJ22JQ C 112
BS 1 703 RR3AJ22TF
BS 704 859 RR3AJ22JQ

RD RR3AJ22TF 703 0 0
GGACAGCAGAATCAAGAAATATGGCATTTCCTCAAACCCATTTCCATATGCCCATTAGAT
CTATAAGTCTTCCCTCAAGAATCCATCCTCCTTCAGCTAAATTCCAAGCTGCACTCTCTC
AACTTCACACTTGCCAGAACACAGCATCCTCTGATTCTCAATCTCTTCAAATCTCATTAC
TAAACCTCTCTGAGCTTTACCATTCCCTCCACCAGCTCAACCACTCTCTTCCCACATCTC
AAGCTGAAAATTCTCTCGACGTGTCAGCAACGTTACTAGACTCTTGTGACGCAGCGAGAA
ACCTAATCCTCACTCTTAAAGAGCATATCCTCAACCTTCAATCTGCACTTAGGAGAAAAG
GCAAATCCATGGAGGTCCAGGTCAAAGAGTACTTTGTCTTCAGGAAAAAGATCAAGAAAG
AGACTAACAAGCTTGTTCTTGGCCTCAAGAAGCCGGATAGCTCTGAGACCACTGCCTTAG
CCGTTTCCCTCTTTCGATCCCTTTTCACGTTTCTGTCGACATCATCGGCCATGAAGACAA
ACACATGTACTCTCAGATTTGTCTCTAAGCTTATTGGTGGTGGTGGTCGATCGTCGACGT
CAATAATGAGCGAGTTGCACAATCTGGATTTGGTTTTGCGTTCGGATGGAGACAACTCCA
AGGAATTGGTGAAGAAAGCTCTGGAGATATTAGAGGAAAGAAC

QA 1 703 1 703
DS 

RD RR3AJ22JQ 748 0 0
CACTCTCTCAACTTCACACTTGCCAGAACACAGCATCCTCTGATTCTCAATCTCTTCAAA
TCTCATTACTAAACCTCTCTGAGCTTTACCATTCCCTCCACCAGCTCAACCACTCTCTTC
CCACATCTCAAGCTGAAAATTCTCTCGACGTGTCAGCAACGTTACTAGACTCTTGTGACG
CAGCGAGAAACCTAATCCTCACTCTTAAAGAGCATATCCTCAACCTTCAATCTGCACTTA
GGAGAAAAGGCAAATCCATGGAGGTCCAGGTCAAAGAGTACTTTGTCTTCAGGAAAAAGA
TCAAGAAAGAGACTAACAAGCTTGTTCTTGGCCTCAAGAAGCCGGATAGCTCTGAGACCA
CTGCCTTAGCCGTTTCCCTCTTTCGATCCCTTTTCACGTTTCTGTCGACATCATCGGCCA
TGAAGACAAACACATGTACTCTCAGATTTGTCTCTAAGCTTATTGGTGGTGGTGGTCGAT
CGTCGACGTCAATAATGAGCGAGTTGCACAATCTGGATTTGGTTTTGCGTTCGGATGGAG
ACAACTCCAAGGAATTGGTGAAGAAGGCTCTGGAGATATTAGAGGAAAGAACGGAGGGGC
TTGGAGCTGCACTTGATTCTCTTTTCAAGTCTCTTGTCCAATATAGAGTTTACTTGCTTA
ACATTCTTACAACACACTCTTAGTTAATTCCAAACTTCTAATTGTAACACAAAACATATA
TAGAAAAGACATACAAATTCTCATAGCG

QA 1 748 1 748
DS 



AS 1 2

CO CL9520Contig1 822 2 4 U
GGCTGTTCACGAACGCAACCAAGCTGTCTCCGCCAAATTGGAAGCCGTCGCAGCTCGAGA
CCAAGCCCTTCAGCAACGGGACAAAGCCCTGGCCGAGAGAGACAAAGCTTTGATCGAGAG
GGACAATGCTCTTGCTGCCCTCCAGCACCATGAAAACAGTCTCAACTTTGCTTTGTCAGG
TGGGAAACGCTACCAAGGGGATGGTGATGATGATAATGATGGTTTCACTCTTGATGATGT
CTGCCCTACTACTACTACAACATCAACTAACACGACCAAGGCAATCAAAAGGAAAAAAGG
AAAGAAAGTGGGTGAAGATCTGAACCTTCTAGTTGCTGCTCCTGGAAAGAAATGTAAAAA
AGACTGGGACACTAACCATTTCGGTTTAAACTTGGTCACCTTTGATGAGAAGACTATGCC
CGTGCCGGTTTGCACGTGCACAGGCTCTGCGCATCAGTGTTACAAATGGGGGAACGGTGG
TTGGCAATCGTCTTGCTGCACGACCACCTTGTCGCAGTACCCATTACCGCAGATGCCAAA
CAAGAGGCATTCTCGGGTGGGCGGTAGGAAAATGAGCGGGAATGTTTTCTCCAGATTACT
AAGCCATTTAGCAGCAGAAGGGTATGATCTCTCGTCTCATGTTGACCTAAAAGACTATTG
GGCTAGGCATGGGACCAACCGCTACATCACTATCAAGTAACTAGCCTCAACGGTCTACAG
CTCTTAGTTCTTATTATTAAGTTTAGGTGTTGTCTTTGTTTTTGTGTATGGTAAAAAACA
AATATGTTAAAAAAAAATATGTTTTGAATCTGTTTTGGTTTG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BR21TF U 1
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DS 

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QA 1 751 1 751
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AV77JQ C 1
AF RR3AV77TF U 1
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DS 

RD RR3AV77TF 703 0 0
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GCAGTGATTGATGTAGTGTAGATTTGTCTGTGATTCGTTACAGGAGTATTTTACCTACTG
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QA 1 703 1 703
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3E505TF U 1
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BS 580 726 RR3E505TF
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RD RR3E505TF 726 0 0
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ATCCTTTCCCCGGCTTTTTCGCGATTGCTCGGACTGGCATCTTCTGGGATATAGACCAAT
TCAAGATTGATGCTCAGAGCAATGCTTATTCCACTGCGCAGAACATCAGAAGGACGCTTT
CTGTGGCAGGTCATCTTGGTAAAGTTGAGATCATGGCTTATGGCGTTGATGATGGTCATG
ACTTCAAGGAGGAAGCTAAGTTCACTTCCTTTCCAGCAGGAGCTGACACTGATCGGCACA
CCAAGATGCTCGAAGACATTCGTGTCTGGTCATCTAATAGTCCCAGTCCATCAAACCTGT
TCCTTATCATGGGAGACTCCGCAGTTGATTTCAAACCCGTTATTGAATCTCTGGAGTCTT
GTTCGTCTTCTCGTTTTGTAGGAGTTCTTTCAGTCTTCGATGTTTCTCGCCGATTCGTGA
GAATGACTCATTTCTCCTTTCTTTATTTATCGGTCATCATCAATCCTCAGTAACTATGGT
ATGGTAGTTCTTGGAGGCATATCTCTTTCTCTTTTGAG*CTCTAGTATGGTGAACCTCTA
CAAGGGCTTTATAGCCTTGCTAGCTCGTTGGACTTTATTTAGAGGATGGCGATTCCTCTA
AATAGTGAAAATGTTGGACACAGAATCTTCTCTTAGCCTGATTGAATCTGGAGCTCTGAG
TGGTAT

QA 1 726 1 726
DS 

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TCATCTTGGTAAAGTTGAGATCATGGCTTATGGCGTTGATGATGGTCATGACTTCAAGGA
GGAAGCTAAGTTCACTTCCTTTCCAGCAGGAGCTGACACTGATCGGCACACCAAGATGCT
CGAAGACATTCGTGTCTGGTCATCTAATAGTCCCAGTCCATCAAACCTGTTCCTTATCAT
GGGAGACTCCGCAGTTGATTTCAAACCCGTTATTGAATCTCTGGAGTCTTGTTCGTCTTC
TCGTTTTGTAGGAGTTCTTTCAGTCTTCGATGTTTCTCGCCGATTCGTGAGAATGACTCA
TTTCTCCTTTCTTTATTTATCGGTCATCATCAATCCTCAGTAACTATGGTATGGTAGTTC
TTGGAGGCATATCTCTTTCTCTTTTGAGGCTCTAGTATGGTGAACCTCTACAAGGGCTTT
ATAGCCTTGCTAGCTCGTTGGACTTTATTTAGAGGATGGCGATTCCTCTAAATAGTGAAA
ATGTTGGACACAGAATCTTCTCTTAGCCTGATTGAATCTGGAGCTCTGAGTGGTATCTGG
AACTTGTGTGACGCCGAGGCATCAACCGAGTTTGTGGAAGCAGTTTCATTTCTGAAATGT
CATCGTGGACACATAGTTTTATTTGTTGGTCGCTTATGATTGTCATAATTTTACCACATT
TTTTCATCTCCTCTTTAAATTTGCATGTTTGTTAGTTCCTTTAGCCTAATTTTTCCTTCT
AGTGTTTTTGTCCCGGTTGACCAAAAATTGTAACTATTCCGATGTATTTGAATTGTTGTT
AAAAAAAATACATTTGTATTGTTGTTTATC

QA 1 870 1 870
DS 



AS 1 2

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TTCTCACTCACTTACACAAATCAAACCAATCAAATTACCAAACATCCGGAAAACCGATCA
ACCATTTTACACCGGAGGAAACAAAAATATATTAAAAATACATTTTACATCGTCTTCTAT
TCTTGATAATCAAACTTTATTTATTTGGTTTCTTCCATTTCTAATAAGTTTCATCCTTTT
GTTTTCTGGTGGTTTTGTAGAATAAAATTCCATCACCTCAATCTGACGACGATGCAAGAT
ATATCATCTTTGCTGTCTCTTCTTAGTGCTTCGGTCGTTAGTTCTTTTGCTGCTTTCACT
GGATCTTTGATTCTTCTGGCGATATCAATCGCCTCTTGGTTAGCCATCACCTTCCATAGA
CCGTCACTAGCAAGAACTAGAACATCTGTGTGAGCATCTATCGATGAATCTTTAACGTCT
GGATCTGACCGCAGATGTGTTTTGAGGCTTTTGTCCCCAAAAGCACGGGAAACTGCTAGC
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ATGCTTAACCTTTCAGTG


BQ
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AF RR3EA49JQ U 1
AF RR3GK12JQ U 23
BS 1 286 RR3EA49JQ
BS 287 287 RR3GK12JQ
BS 288 618 RR3EA49JQ

RD RR3EA49JQ 618 0 0
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TTCTCACTCACTTACACAAATCAAACCAATCAAATTACCAAACATCCGGAAAACCGATCA
ACCATTTTACACCGGAGGAAACAAAAATATATTAAAAATACATTTTACATCGTCTTCTAT
TCTTGATAATCAAACTTTATTTATTTGGTTTCTTCCATTTCTAATAAGTTTCATCCTTTT
GTTTTCTGGTGGTTTTGTAGAATAAAATTCCATCACCTCAATCTGATGACGATGCAAGAT
ATATCATCTTTGCTGTCTCTTCTTAGTGCTTCGGTCGTTAGTTCTTTTGCTGCTTTCACT
GGATCTTTGATTCTTCTGGCGATATCAATCGCCTCTTGGTTAGCCATCACCTTCCATAGA
CCGTCACTAGCAAGAACTAGAACATCTGTGTGAGCATCTATCGATGAATCTTTAACGTCT
GGATCTGACCGCAGATGTGTTTTGAGGCTTTTGTCCCCAAAAGCACGGGAAACTGCTAGC
TGCCCGTTAACACGAGGCACATCTCCTGGCATGTTTGATACGAAGCCTCCTTTATCCTCA
ATGCTTAACCTTTCAGTG

QA 1 618 1 618
DS 

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AAACCAATCAAATTACCAAACATCCGGAAAACCGATCAACCATTTTACACCGGAGGAAAC
AAAAATATATTAAAAATACATTTTACATCGTCTTCTATTCTTGATAATCAAACTTTATTT
ATTTGGTTTCTTCCATTTCTAATAAGTTTCATCCTTTTGTTTTCTGGTGGTTTTGTAGAA
TAAAATTCCATCACCTCAATCTGACGACGATGCAAGATATATCATCTTTGCTGTCTCTTC
TTAGTGCTTCGGTCGTTAGTTCTTTTGCTGCTTTCACTGGATCTTTGATTCTTCTGGCGG
TATCAATCGCCTCTTGGTTAGCCATCACCTTCCATAGACCGTCACTAGCAAGAACTAGAA
CATCTGTGTGAGCATCTATCGATGAATCTTTAACGTCTGGATCTGACCGCAGATGTGTTT
TGAGGCTTTTGTCCCCAAAAGCACGGGAAACTGCTAGCTGCCCGTTAACACGAGGCACAT
CTCCTGGCATGTTTGATACGAAGCCTCCTTTATCCTCAATGCTTAACCTTTCAGT

QA 1 595 1 595
DS 



AS 1 2

CO CL9524Contig1 1206 2 2 U
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TCAAAGTCGCAAGAGTCTTTTGATCTCCAAGATGTGCTCTTGCGCTTGACGTTTGACAAC
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GCTGTTGAGGTGGTCCATGAGTTTGTAGACAAGATGGTCGTTGAACGTATCTGCAAACTC
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AGTCATAAGAAGAGTGATGAGAAAGATCCTTCTATAGTCAAGTTTTTCAGACAGTTCTGC
ACGAGTTTCATCTTAGCTGGGAGAGACACGAGCTCAGTTGCACCAACGTGGTTCTTTTGG
GTTATAACTAGACATCCAGAAGTTGAAAACAGAATCATCAGCGAGGTCAGAGAGATCTTG
AGACAGAGAGGAGGAGATCGTCAAACTAGTCTCTTCACGGTCAAGGAACTAAACGACATG
GTGTATCTACAAGCAGCACTCTCAGAGACCATGAGACTTTACCCTCCAATCCCAATGGAG
ATGAAACAAGCCATTGAAGACGATGTGTTCCCTGATGGGACGTTTCTAAGTAAAGGTTCA
AGGGTTTACTTTGCGATATATGCCATGGGAAGGATGGAATCAATCTGGGGGAAAGACTGT
GAGGTGTTTAGACCAGAGAGATGGATACAAGCAGGGAGTTTCGTGAGCGACGACCAGTTT
AAATACGTTGTGTTTAATGCTGGGCCAAGGCTTTGTTTAGGGAAGACATTTGCTTACTTG
CAGATGAAGACTGTGGCTGCTTCAGTCTTGCTGAGGTACTCGGTCAAGGTTGATCCAGAT
CATGTTGTTGTCCCTAGAGTAACGACAACTTTGTACATGAAGCATGGTCTTAAGGTGACC
ATCTCGCCAAGGTCGCTGGAGGAGAAGACACAGGTTCAATTAGAGAAACGTTAGAAACGG
GCTATATCATGGAGAAGTTACTAGAGTCATGTTCCCAATATTATATATTTTCAAATTCAA
TATAAT


BQ
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10 10 10 10 10 10 

AF RR3GE58TF U 1
AF RR3GE58JQ C 459
BS 1 640 RR3GE58TF
BS 641 1206 RR3GE58JQ

RD RR3GE58TF 640 0 0
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TCAAAGTCGCAAGAGTCTTTTGATCTCCAAGATGTGCTCTTGCGCTTGACGTTTGACAAC
ATCTGCATCGCTGGCCTTGGTGACAACCCTGGAACTTTGGATTCTGATCTTCCTCTAGTC
CCATTTGCTCAAGCTTTCGAAGAAGCAACTGAATCTACTCTTTTTAGGTTCATGATTCCT
CCTTTTGTGTGGAAGACTATGAGGTTCTTGGACATAGGGTATGAGAAAGGTCTGAGGAAG
GCTGTTGAGGTGGTCCATGAGTTTGTAGACAAGATGGTCGTTGAACGTATCTGCAAACTC
AAGGAGGCTAAAACGTTAGGGAACAGATCAGACGTCCTCTCGAGAATCATCGAGATAGAA
AGTCATAAGAAGAGTGATGAGAAAGATCCTTCTATAGTCAAGTTTTTCAGACAGTTCTGC
ACGAGTTTCATCTTAGCTGGGAGAGACACGAGCTCAGTTGCACCAACGTGGTTCTTTTGG
GTTATAACTAGACATCCAGAAGTTGAAAACAGAATCATCAGCGAGGTCAGAGAGATCTTG
AGACAGAGAGGAGGAGATCGTCAAACTAGTCTCTTCACGG

QA 1 640 1 640
DS 

RD RR3GE58JQ 748 0 0
TCAAG
TTTTCAGACAGTTCTGCACGAGTTTCATCTTAGCTGGGAGAGACACGAGCTCAGTTGCAC
CAACGTGGTTCTTTTGGGTTATAACTAGACATCCAGAAGTTGAAAACAGAATCATCAGCG
AGGTCAGAGAGATCTTGAGACAGAGAGGAGGAGATCGTCAAACTAGTCTCTTCACGGTCA
AGGAACTAAACGACATGGTGTATCTACAAGCAGCACTCTCAGAGACCATGAGACTTTACC
CTCCAATCCCAATGGAGATGAAACAAGCCATTGAAGACGATGTGTTCCCTGATGGGACGT
TTCTAAGTAAAGGTTCAAGGGTTTACTTTGCGATATATGCCATGGGAAGGATGGAATCAA
TCTGGGGGAAAGACTGTGAGGTGTTTAGACCAGAGAGATGGATACAAGCAGGGAGTTTCG
TGAGCGACGACCAGTTTAAATACGTTGTGTTTAATGCTGGGCCAAGGCTTTGTTTAGGGA
AGACATTTGCTTACTTGCAGATGAAGACTGTGGCTGCTTCAGTCTTGCTGAGGTACTCGG
TCAAGGTTGATCCAGATCATGTTGTTGTCCCTAGAGTAACGACAACTTTGTACATGAAGC
ATGGTCTTAAGGTGACCATCTCGCCAAGGTCGCTGGAGGAGAAGACACAGGTTCAATTAG
AGAAACGTTAGAAACGGGCTATATCATGGAGAAGTTACTAGAGTCATGTTCCCAATATTA
TATATTTTCAAATTCAATATAAT

QA 6 748 6 748
DS 



AS 1 2

CO CL9525Contig1 1075 2 6 U
GCATTCTTGGTGACCATGGACCAAAACGCCACAAGTGACTACTACATTGTGGCCAGTGCT
AGATTTGTGAATGAAACCGTGTGGCAAAGAGTCACTGGTGTCGCCATTCTCCATTACTCA
AACTCCAATGGTCCTGCTTCTGGTCCTTTACCAGTTCCAAAGACAGATGTTTCTGCTCCG
TTCAGCAATGACCCAGCCAAGGGCCATTAGGCAAAACACATCTGCTAGTGGAGCTCGTCC
AAATCCTCAGGGATCATTTCACTACGGTCAGATAAACATCACCAACACATACATCTTGAG
AAGTTTGCCTCCAACAACGATCAACGGGTCACTTCGTGCTACACTCAACGGGATTTCGTT
TGTGAATCCAAGAACGCCAGTGAGGCTTGCGGATCGTTATAAAGTGAAAGGAGCTTATAA
GCTGGATTTTCCTGACAGGCCTTTTGATAGACCTCCTCGTTTGGACACATCTTTGATCAA
CGCAACATACAAGGGCTTTATACAAGTTGTTTTCCAGAACAATGACACCAAGATGCAGAG
CTTCCATGTTGACGGCTATACGTTTTTCGTTGTTGCGATGGACTTTGGTGTTTGGTCTGA
AGACAAAAAGGGTTCATATAACAATTATGATGCCATCTCAAGAAGCACAATAGAGGTTTA
CCCAGGGGGATGGACGGCTGGACTTATCTCCCTTGATAACGTGGGAGTGTGGAACATCAG
AGTAGAGAATCTTGACAGATGGTATCTTGGTGAAGAAACTTACGTGCGGATCATAAACCC
TGAAGAGAATGGCCAGACAGAGATGGATCCCCCTGACAATGTCCTTTACTGTGGTGCTCT
TGGGAACATGCAAAAGAAGCAACACCATTCAGCTGCAACATCTATTATATTAAATGGACA
CTTGAAGCTAATGTTTAGCATGCTAATGGCATTGGTTTTCATCTCTTGCTGAGCCTTTTT
TTACATCTTTGAGGGAAGTTCTCCGATCTTTGTTACTAGCTCGGCTGTAGATCGTAGTAG
ATGTCAAACATTGGATTATTTTAGTGATTTTCAGATTAATTTATTATCATATTCC


BQ
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AF RR3CQ76TF U 1
AF RR3CQ76JQ C 260
BS 1 704 RR3CQ76TF
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BS 730 774 RR3CQ76TF
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RD RR3CQ76TF 774 0 0
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AACTCCAATGGTCCTGCTTCTGGTCCTTTACCAGTTCCAAAGACAGATGTTTCTGCTCCG
TTCAGCAATGACCCAGCCAAGGGCCATTAGGCAAAACACATCTGCTAGTGGAGCTCGTCC
AAATCCTCAGGGATCATTTCACTACGGTCAGATAAACATCACCAACACATACATCTTGAG
AAGTTTGCCTCCAACAACGATCAACGGGTCACTTCGTGCTACACTCAACGGGATTTCGTT
TGTGAATCCAAGAACGCCAGTGAGGCTTGCGGATCGTTATAAAGTGAAAGGAGCTTATAA
GCTGGATTTTCCTGACAGGCCTTTTGATAGACCTCCTCGTTTGGACACATCTTTGATCAA
CGCAACATACAAGGGCTTTATACAAGTTGTTTTCCAGAACAATGACACCAAGATGCAGAG
CTTCCATGTTGACGGCTATACGTTTTTCGTTGTTGCGATGGACTTTGGTGTTTGGTCTGA
AGACAAAAAGGGTTCATATAACAATTATGATGCCATCTCAAGAAGCACAATAGAGGTTTA
CCCAGGGGGATGGACGGCTGGACTTATCTCCCTTGATAACGTGG*AGTGTGGAACATCAG
AGTAGAGA*TCTTGACAGATGGTATCTTGGTGAAGAAACTTACGTGCGGATCAT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3CQ76JQ 816 0 0
CACTACGGTCAGATAAACATCACCAACACATACATCTTGAGAAGTTTGCCTCCAACAACG
ATCAACGGGTCACTTCGTGCTACACTCAACGGGATTTCGTTTGTGAATCCAAGAACGCCA
GTGAGGCTTGCGGATCGTTATAAAGTGAAAGGAGCTTATAAGCTGGATTTTCCTGACAGG
CCTTTTGATAGACCTCCTCGTTTGGACACATCTTTGATCAACGCAACATACAAGGGCTTT
ATACAAGTTGTTTTCCAGAACAATGACACCAAGATGCAGAGCTTCCATGTTGACGGCTAT
ACGTTTTTCGTTGTTGCGATGGACTTTGGTGTTTGGTCTGAAGACAAAAAGGGTTCATAT
AACAATTATGATGCCATCTCAAGAAGCACAATAGAGGTTTACCCAGGGGGATGGACGGCT
GGACTTATCTCCCTTGATAACGTGGGAGTGTGGAACATCAGAGTAGAGAATCTTGACAGA
TGGTATCTTGGTGAAGAAACTTACGTGCGGATCATAAACCCTGAAGAGAATGGCCAGACA
GAGATGGATCCCCCTGACAATGTCCTTTACTGTGGTGCTCTTGGGAACATGCAAAAGAAG
CAACACCATTCAGCTGCAACATCTATTATATTAAATGGACACTTGAAGCTAATGTTTAGC
ATGCTAATGGCATTGGTTTTCATCTCTTGCTGAGCCTTTTTTTACATCTTTGAGGGAAGT
TCTCCGATCTTTGTTACTAGCTCGGCTGTAGATCGTAGTAGATGTCAAACATTGGATTAT
TTTAGTGATTTTCAGATTAATTTATTATCATATTCC

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL9526Contig1 664 2 4 U
TTCTTCGTTCTTCCGATTTCGCTGGAAAGCTTTCTTGGCCTCTTGTCAAACATGGCGGGA
TACGATTGTGTGCCGATGAGGATGAAGAGGAAGGAGATTGACCGAGTGAACGACGACTTC
TCCGATTTCTCCCTCTCTTCTCCCGCCACTAAGATTCGCCGTCTCGATTTGGATTTACCT
CCGATTATGGAGGAAGAGGTGGTTATGGAGGATGATATCCAGTCTCCTCCTCAAAACGAA
GAGAGAGCGATTGTGCTTTTCAAGCCTCCTCCTCCTCTACTTCACCCGCCTAACCTTTTC
GTTGATCGAAGCTTGATCTCAGGGTTGAGGAATAGGTTTCTTCACGATGTAGCAGTAGCT
GATGAAGATTACAAAGCCAACAAGCAACAAGCTGTTGTTCCCTGGAACCCATCCCAGTTT
CAGTTTTTGGAATCCGCTGGAACCACCTCCCAGGAACCCCGGGAGCCAGAGATTGTTGAG
CTAGATGGTGATGATACGATGATGGAAGAAGCAGACATGGATGTCGAAGATAAAGGAAGA
AGCAGCATCACTAATGGTAGTGTTTCTCTGCAACAGCCGCAGCAGCTTCATCACTGTATG
ATGCCTCAGCAGCTTCCCCAAACAAACTCTACTCCCATCTCTTGGTTCCGATGAACTTGT
ATGT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 

AF RR3H350TF U 1
AF RR3H350JQ C 41
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BS 625 640 RR3H350TF
BS 641 664 RR3H350JQ

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CCGATTATGGAGGAAGAGGTGGTTATGGAGGATGATATCCAGTCTCCTCCTCAAAACGAA
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ATGCCTCAGCAGCTTCCCCAAC**AACTCTACTCCCATCT

QA 1 640 1 640
DS 

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ACCGAGTGAACGACGACTTCTCCGATTTCTCCCTCTCTTCTCCCGCCACTAAGATTCGCC
GTCTCGATTTGGATTTACCTCCGATTATGGAGGAAGAGGTGGTTATGGAGGATGATATCC
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CCTGGAACCCATCCCAGTTTCAGTTTTTGGAATCCGCTGGAACCACCTCCCAGGAACCCC
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ATGTCGAAGATAAAGGAAGAAGCAGCATCACTAATGGTAGTGTTTCTTTGCAACAGCCGC
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CTTGGTTCCGATGAACTTGTATGT

QA 1 624 1 624
DS 



AS 1 2

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CTTTATATGTTGGGCATCATTTAGGCTTTAAGTTTATGTATGGGGATTGAGTTTGAATCT
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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GN52JQ C 1
AF RR3GN52TF U 64
BS 1 63 RR3GN52JQ
BS 64 624 RR3GN52TF
BS 625 625 RR3GN52JQ
BS 626 656 RR3GN52TF
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BS 676 684 RR3GN52TF
BS 685 718 RR3GN52JQ

RD RR3GN52JQ 718 0 0
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TTTGTTCGGTTTTAAGCCGATTTTGTTGTGTTAATGATTCAAGTCAGAGCCTTTCTTAAT
GGTTCTTCTTCTATCTCTGAACTTGAATTGTTTAATAATCTCTCTCAATCAAAACAACTC
TTCTCTCGACTTTGATTGAGTTTTAATCTGGTTCTCCTTTCTTTGCTAAGTTAATGATTC
CATTTAATTTTAGGGGACCTTTATCTTTTCGTTAGTCATGCTTAATCTCTTGCTAAGCAG
AGAAATCAAACTTGGCGGCGAAGTAGGTCGGTGATCAGTCCGGTGGAAGTTCCGGCGAAG
CCATCGGTTTCTTCTCTATGACTCCAGAGACTTCGATGCTCCAGTTAGGAGGCACGTGTC
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CTTTATATGTTGGGCATCATTTAGGCTTTAAGTTTATGTATGGGGATTGAGTTTGAATCT
CTTGTAATGTTTAGGTCTTTGGCCCATCAATATAACGGTTGACAAAAAAAAACCTTTT

QA 1 718 1 718
DS 

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AATAATCAATATATCGATCTATCTTCTGTTGCGGAATAACTTTCGCTTTGGCGATCTTTT
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TCTTCTTCTATCTCTGAACTTGAATTGTTTAATAATCTCTCTCAATCAAAACAACTCTTC
TCTCGACTTTGATTGAGTTTTAATCTGGTTCTCCTTTCTTTGCTAAGTTAATGATTCCAT
TTAATTTTAGGGGACCTTTATCTTTTCGTTAGTCATGCTTAATCTCTTGCTAAGCAGAGA
AATCAAACTTGGCGGCGAAGTAGGTCGGTGATCAGTCCGGTGGAAGTTCCGGCGAAGCCA
TCGGTTTCTTCTCTATGACTCCAGAGACTTCGATGCTCCAGTTAGGAGGCACGTGTCGTT
CATGCGTAATTCAATAGACATTTGGTAGAACACGTGTTTTGTTTGTATAAATCTTATCTT
TATATGTTGGGCATCATTTAG*CTTTAAGTTTATGTATGGGGATTGAGTTTGA*TCTCTT
GTAATGTTTAG*TCTTTGGCC
ATCAATAT

QA 1 621 1 621
DS 



AS 1 2

CO CL9528Contig1 588 2 1 U
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TTAGGGTTGTTCAAGGATCCTTTCCTACATTATGTTAGATATCATGGAAAATACATTCTG
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CAATGTTATTTTTCCGTATGGTTTCAATCGCAAAAGGTTAATATAAATCAATTATCTAAA
GATAATTTAGAATTTCTGGGTTATCTCTCAAGTTTGCGACTAAATCCTTTAGTGGTACGT
AGTCAAATGCTAGAAAACTCATTTCTAATAGATAATGTTAGAATAAAATTGGATAGCAAC
ATTCCAATTTTTTCTATTATTGGGTCGTTGGCTAAAGATAAATTTTGTAATGTATTAGGG
CATCCCATTAGTAAAGCGACCTGGACGGATTCATCAGATTCTGATGTTCTCAACCGATTT
GTGCGTATATCCAGAAATATTTCACATTATTACAGCGGATCTTCAAAC


BQ
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AF RR3B946JQ C 1
AF RR3B946TF U 1
BS 1 588 RR3B946TF

RD RR3B946JQ 588 0 0
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TTATTCTATGGAAAAATACAACATTTTTTAAAAGTCTTTGTTAATAAATTTCCGGCGCTT
TTAGGGTTGTTCAAGGATCCTTTCCTACATTATGTTAGATATCATGGAAAATACATTCTG
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CAATGTTATTTTTCCGTATGGTTTCAATCGCAAAAGGTTAATATAAATCAATTATCTAAA
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ATTCCAATTTTTTCTATTATTGGGTCGTTGGCTAAAGATAAATTTTGTAATGTATTAGGG
CATCCCATTAGTAAAGCGACCTGGACGGATTCATCAGATTCTGATGTTCTCAACCGATTT
GTGCGTATATCCAGAAATATTTCACATTATTACAGCGGATCTTCAAAC

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3B946TF 588 0 0
CTACGCAAGCAGTCTTCTCATTTACGATCGACATCTTATGACGTCTTTTTTGAGCGAATT
TTATTCTATGGAAAAATACAACATTTTTTAAAAGTCTTTGTTAATAAATTTCCGGCGCTT
TTAGGGTTGTTCAAGGATCCTTTCCTACATTATGTTAGATATCATGGAAAATACATTCTG
GCAACAAAGGATACGCCACTTCTGATGAATAAATGGAAATTTTATTTTGTTAATTTATGG
CAATGTTATTTTTCCGTATGGTTTCAATCGCAAAAGGTTAATATAAATCAATTATCTAAA
GATAATTTAGAATTTCTGGGTTATCTCTCAAGTTTGCGACTAAATCCTTTAGTGGTACGT
AGTCAAATGCTAGAAAACTCATTTCTAATAGATAATGTTAGAATAAAATTGGATAGCAAC
ATTCCAATTTTTTCTATTATTGGGTCGTTGGCTAAAGATAAATTTTGTAATGTATTAGGG
CATCCCATTAGTAAAGCGACCTGGACGGATTCATCAGATTCTGATGTTCTCAACCGATTT
GTGCGTATATCCAGAAATATTTCACATTATTACAGCGGATCTTCAAAC

QA 1 588 1 588
DS 



AS 1 2

CO CL9529Contig1 695 2 6 U
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TATATGGAACCATCATCACATCGTTTTCTTGGTTGATGGAATCCCGATAAGACTAAGAAC
CTAGAACATAGGAGAATTCCGTATCTGAAAATGCAGCCAATGAGGCTCTACTCGAGTCTA
TGGAATGCCGACCAGTGGGCTACGAGAGGAGGTCTTGTTAAGACCGACTGGTCCAAGGCG
CCATTTACAGCTTCTTATAGAAACTTTAGAGCGGACGCATGTGTCTCGTACGCTGGAAAA
TCATATTGCCCAGCCGGTTCACGCAGATGGTTATCTCATAGGTTTGGTCGAGCGGCGGAA
GATAAAATGAGAGTGGTGCAGAGGAAGTTCATGGTTTATAACTATTGTGTGGATTCCAAG
AGGTTTCCTCACGGATTTCCAAAGGAGTGTGGTATTCACGAGCGTCAAAAACTTGTGTAG
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GATTTCTATGTATGATTCAATAGGAAATGGTGTGAATTGTGATTTCTTTTTTTGTAATAT
GATAATATTCATCATATCGATTTGATATCACAATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 

AF RR3FV55TF U 1
AF RR3FV55JQ C 86
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RD RR3FV55TF 694 0 0
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QA 1 694 1 694
DS 

RD RR3FV55JQ 610 0 0
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TTAGAGCGGACGCATGTGTTTCGTACGCTGGAAAATCATATTGCCCAGCCGGTTCACGCA
GATGGTTATTTCATAGGTTTGGTCGAGCGGCGGAAGATAAAATGAGAGTGGTGCAGAGGA
AGTTCATGGTTTATAACTATTGTGTGGATTCCAAGAGGTTTCCTCACGGATTTCCAAAGG
AGTGTGGTATTCACGAGCGTCAAAAACTTGTGTAGTTAATTAACGGTACTCAGAAGCTCG
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AATGGTGTGAATTGTGATTTCTTTTTTTGTAATATGATAATATTCATCATATCGATTTGA
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QA 1 610 1 610
DS 



AS 1 2

CO CL9530Contig1 837 2 16 U
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ATTAAAGCAGCCACTGCTAACATATTTGTGGATAATGCAGTCTACAGAGACTCTATA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DI39TF U 1
AF RR3D602TF U 89
BS 1 288 RR3DI39TF
BS 289 289 RR3D602TF
BS 290 738 RR3DI39TF
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BS 793 799 RR3DI39TF
BS 800 800 RR3D602TF
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BS 830 837 RR3D602TF

RD RR3DI39TF 829 0 0
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TTCCTCTGCTCTTCATCATCATCATCTCTTCCTTACAAGTTTTGCCAGCTTCAGCCAAAT
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TAGGTCTCGTGACGGTCATTGAGACAGAAGAAAATGCTTTCCTAGCTAGTGTCAAATTCA
GACCCGATCCTACTCACCCGTTCATTGATCTCTCTGGTAGACGTTTTCGGATAGGAAAAA
TTCAGGGAAAGAAGGTTATGTATGTCAGATGTGGGAGAGGAATGGTGAACGCCGCAGCAG
CAACGCAACAAATGATAGACGTGTTCAAAGTGAAAGGGATTGTTCATTTTGGGATTGCAG
GAAATATAAACAACTCAATGTCCATAGGAGACGTGACCATTCCTAATCAAATCACCAATG
CTGGCTTGTGGGATTGGCTGAATCCCGACAAAGCAGAGGGAGGTGACGATGAAGCGTACT
TAGATCTCAGGAAGTACAATGTTCCACAAAGAGAAGGCAACAACAATTTGTTAGGGAGTT
TTCGATATGGCTACGAGCAACTGTATTCAGTCACTGGTCACATCAATTCACCTCAGAACG
TGTTTTGGATCAATACAACTAAAGAGTGGCTTCATCTTGCAGCTGATCTAGAGAAGATAG
AGCTGTTGCAGTGCGTGA*TTCAACTTTGTGTCTTC*AGAAAACCAAAACTGGTTGTTGG
AT*AAAGCAGC*ACTGCTA*CATATTTGTGGATA*TGCAGTCTACAGAG

QA 1 829 1 829
DS 

RD RR3D602TF 749 0 0
GG
CCTTACAAGTTTTGCCAGCTTCAGCCAAATCTTCAGACAAACTAAAAACCGCCACTACCA
TCCGTAAAGTAAACCGCAAAGGACCTTACGTAGGTCTCGTGACGGTCATTGAGACAGAAG
AAAATGCTTTCCTAGCTAGTGTCAAATTCAGACCCGATCCTACTCACCCGTTCATTGATC
TCTCTGGTAGACGTTTTCA*ATAGGAAAAATTCAGGGAAAGAAGGTTATGTATGTCAGAT
GTGGGAGAGGAATGGTGAACGCCGCAGCAGCAACGCAACAAATGATAGACGTGTTCAAAG
TGAAAGGGATTGTTCATTTTGGGATTGCAGGAAATATAAACAACTCAATGTCCATAGGAG
ACGTGACCATTCCTAATCAAATCACCAATGCTGGCTTGTGGGATTGGCTGAATCCCGACA
AAGCAGAGGGAGGTGACGATGAAGCGTACTTAGATCTCAGGAAGTACAATGTTCCACAAA
GAGAAGGCAACAACAATTTGTTAGGGAGTTTTCGATATGGCTACGAGCAACTGTATTCAG
TCACTGGTCACATCAATTCACCTCAGAACGTGTTTTGGATCAATACAACTAAAGAGTGGC
TTCATCTTGCAGCTGATCTAGAGAAGATAGAGCTGTTGCAGTGCGTGAATTCAACTTTGT
GTCTTCCAGAAAACCAAAACTGGTTGTTGGATTAAAGCAGCCACTGCTAACATATTTGTG
GATAATGCAGTCTACAGAGACTCTATA

QA 3 749 3 749
DS 



AS 1 2

CO CL9531Contig1 779 2 2 U
GGACCGAGTCTCACATTAGAGCAACAACCTTTCTCTCTCTCTCTCTCACTCTCTTGTCTG
AGAAATCTCAGTTTCAGAGCTTCAGGTTCTTTATTCTTCGTCGTCTTCTTCTTCTTAAAA
TCTGCATGCTCGATATAGATGATGAATGTGCATCGGAGTTTGTGATCGGAGATTAAAAAC
TTCAAACCTTTCGGAGTGATCACTGAGAAGAGCACAAGAATGCGGGTGAAGGAGCTGCAT
CCTCTCTGCTGCATCCCTCTCGAGAGCCCTCACGGGATTAACGATTGTAACAAGCCACCG
GTGGAGCCGGCGACGAATTTGACTAGGTCAAGGAGTCTACCGGCGACGTCGTTAACCAGT
GGATCCGACCGGAGGAAGGTCACATCGGTGGCTGGGATCTTATACAAGTGGACCAACTTC
GGGAAAGGATGGAGATCTAGGTGGTTCCTCCTCCGCAACGGAGTCTTGTCTTACTCCAAG
ATCCAGCGACGGGAGAATCTGAATCTTCTCTCTCCTTCGGAGGATGTGAGGCTCATCGGA
GATATCTCCGACGGTCGTCTCTCGAGGATTGATAGTTGGAGTGGTCGCCGGAAACAACAG
AAAACCGTCGGCATTGTTCATCTCAAGTTCTTTTCAGTGGCGGAGGGAGGTGGAGAGGAA
GGGTGGCAATTGCCCACCATGGTTTTCGAAATTTCAGTGTATTTTTCAATTTTTAAACAA
ATGCCCCTGTTGATATATTAATAAATTATATGTATGCTCCAGATCAAGATAACTTCTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GE70TF U 1
AF RR3GE70JQ C 62
BS 1 649 RR3GE70TF
BS 650 779 RR3GE70JQ

RD RR3GE70TF 649 0 0
GGACCGAGTCTCACATTAGAGCAACAACCTTTCTCTCTCTCTCTCTCACTCTCTTGTCTG
AGAAATCTCAGTTTCAGAGCTTCAGGTTCTTTATTCTTCGTCGTCTTCTTCTTCTTAAAA
TCTGCATGCTCGATATAGATGATGAATGTGCATCGGAGTTTGTGATCGGAGATTAAAAAC
TTCAAACCTTTCGGAGTGATCACTGAGAAGAGCACAAGAATGCGGGTGAAGGAGCTGCAT
CCTCTCTGCTGCATCCCTCTCGAGAGCCCTCACGGGATTAACGATTGTAACAAGCCACCG
GTGGAGCCGGCGACGAATTTGACTAGGTCAAGGAGTCTACCGGCGACGTCGTTAACCAGT
GGATCCGACCGGAGGAAGGTCACATCGGTGGCTGGGATCTTATACAAGTGGACCAACTTC
GGGAAAGGATGGAGATCTAGGTGGTTCCTCCTCCGCAACGGAGTCTTGTCTTACTCCAAG
ATCCAGCGACGGGAGAATCTGAATCTTCTCTCTCCTTCGGAGGATGTGAGGCTCATCGGA
GATATCTCCGACGGTCGTCTCTCGAGGATTGATAGTTGGAGTGGTCGCCGGAAACAACAG
AAAACCGTCGGCATTGTTCATCTCAAGTTCTTTTCAGTGGCGGAGGGAG

QA 1 649 1 649
DS 

RD RR3GE70JQ 718 0 0
GAAATCTCAGTTTCAGAGCTTCAGGTTCTTTATTCTTCGTCGTCTTCTTCTTCTTAAAAT
CTGCATGCTCGATATAGATGATGAATGTGCATCGGAGTTTGTGATCGGAGATTAAAAACT
TCAAACCTTTCGGAGTGATCACTGAGAAGAGCACAAGAATGCGGGTGAAGGAGCTGCATC
CTCTCTGCTGCATCCCTCTCGAGAGCCCTCACGGGATTAACGATTGTAACAAGCCACCGG
TGGAGCCGGCGACGAATTTGACTAGGTCAAGGAGTCTACCGGCGACGTCGTTAACCAGTG
GATCCGACCGGAGGAAGGTCACATCGGTGGCTGGGATCTTATACAAGTGGACCAACTTCG
GGAAAGGATGGAGATCTAGGTGGTTCCTCCTCCGCAACGGAGTCTTGTCTTACTCCAAGA
TCCAGCGACGGGAGAATCTGAATCTTCTCTCTCCTTCGGAGGATGTGAGGCTCATCGGAG
ATATCTCCGACGGTCGTCTCTCGAGGATTGATAGTTGGAGTGGTCGCCGGAAACAACAGA
AAACCGTCGGCATTGTTCATCTCAAGTTCTTTTCAGTGGCGGAGGGAGGTGGAGAGGAAG
GGTGGCAATTGCCCACCATGGTTTTCGAAATTTCAGTGTATTTTTCAATTTTTAAACAAA
TGCCCCTGTTGATATATTAATAAATTATATGTATGCTCCAGATCAAGATAACTTCTAG

QA 1 718 1 718
DS 



AS 1 2

CO CL9532Contig1 810 2 2 U
GGAAGGCGGAGATCGATTGACCTTCTTTGCGCTTTTACATATCATCTTTGTCCATTCGAA
TGAGTTTGGGTTATAGAGGTTGTTTCATTAAGTTATAGTTTCCGATTAGAAAAAAAGTGT
TTTCATGAATTCATTAGAGTTAGGACTAGAGAACTGTATGATGGTGCAGAGAGAGGGAGA
GAGCAAATGATGGGATACACTTGATCTCTGAATTTTAATAGGTAAGTTCTTGTTGATAAC
TATTCATATGCTGATGCTCTCTCAGACTCTCACTCTGCACCCGATTGATTTTTTTGTGTG
TTGCCTTGCTCTGAGCCTCTTGACTAAGTGATGTGATATAAGAAACTGAAGTCTAGTTTG
AGTCTAAGTTTAGACTATACTAAGCATGACTAAAGATCAGTTGAATGATTAATTGTACAT
GAAATTATCCAAAATGTATTAGGATAGGATATTTATAAAATGTGGTAAACCTGTTCGATG
AAATGCCTAGAGAAACTTGACCCATCCTTGTTGTAAATGACACTTATGCTATAATGTAAG
GTCTGTGGAAAGGACAGGATTTTGAAGTTTGAGGAATCAGGGAAAGAGGGGGAGCAAGTG
TTGTTTTTTACTTGTAACGACAGTAGCATGATTCGACTCTTACTATATTCTTTTCGTTCT
TTGATTTTCCTTTTAACACCAGTATGTACATATGAGTTTATCATTTCTGCATTTGTTTCG
TATTCCATATTTAGTTCAAGCTACGATGTAATTGATGTGCTACTCTGAGAAGCTGTTCTT
TTGTATTTCAGAAATTAGTTCTTTTGTAGT


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ED31TF U 1
AF RR3ED31JQ C 2
BS 1 712 RR3ED31TF
BS 713 810 RR3ED31JQ

RD RR3ED31TF 712 0 0
GGAAGGCGGAGATCGATTGACCTTCTTTGCGCTTTTACATATCATCTTTGTCCATTCGAA
TGAGTTTGGGTTATAGAGGTTGTTTCATTAAGTTATAGTTTCCGATTAGAAAAAAAGTGT
TTTCATGAATTCATTAGAGTTAGGACTAGAGAACTGTATGATGGTGCAGAGAGAGGGAGA
GAGCAAATGATGGGATACACTTGATCTCTGAATTTTAATAGGTAAGTTCTTGTTGATAAC
TATTCATATGCTGATGCTCTCTCAGACTCTCACTCTGCACCCGATTGATTTTTTTGTGTG
TTGCCTTGCTCTGAGCCTCTTGACTAAGTGATGTGATATAAGAAACTGAAGTCTAGTTTG
AGTCTAAGTTTAGACTATACTAAGCATGACTAAAGATCAGTTGAATGATTAATTGTACAT
GAAATTATCCAAAATGTATTAGGATAGGATATTTATAAAATGTGGTAAACCTGTTCGATG
AAATGCCTAGAGAAACTTGACCCATCCTTGTTGTAAATGACACTTATGCTATAATGTAAG
GTCTGTGGAAAGGACAGGATTTTGAAGTTTGAGGAATCAGGGAAAGAGGGGGAGCAAGTG
TTGTTTTTTACTTGTAACGACAGTAGCATGATTCGACTCTTACTATATTCTTTTCGTTCT
TTGATTTTCCTTTTAACACCAGTATGTACATATGAGTTTATCATTTCTGCAT

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3ED31JQ 809 0 0
GAAGGCGGAGATCGATTGACCT*CTTTGCGCTTTTACATATCATCTTTGTCCATTCGAAT
GAGTTTGGGTTATAGAGGTTGTTTCATTAAGTTATAGTTTCCGATTAGAAAAAAAGTGTT
TTCATGAATTCATTAGAGTTAGGACTAGAGAACTGTATGATGGTGCAGAGAGAGGGAGAG
AGCAAATGATGGGATACACTTGATCTCTGAATTTTAATAGGTAAGTTCTTGTTGATAACT
ATTCATATGCTGATGCTCTCTCAGACTCTCACTCTGCACCCGATTGATTTTTTTGTGTGT
TGCCTTGCTTTGAGCCTCTTGACTAAGTGATGTGATATAAGAAACTGAAGTCTAGTTTGA
GTCTAAGTTTAGACTATACTAAGCATGACTAAAGATCAGTTGAATGATTAATTGTACATG
AAATTATCCAAAATGTATTAGGATAGGATATTTATAAAATGTGGTAAACCTGTTCGATGA
AATGCCTAGAGAAACTTGACCCATCCTTGTTGTAAATGACACTTATGCTATAATGTAAGG
TCTGTGGAAAGGACAGGATTTTGAAGTTTGAGGAATCAGGGAAAGAGGGGGAGCAAGTGT
TGTTTTTTACTTGTAACGACAGTAGCATGATTCGACTCTTACTATATTCTTTTCGTTCTT
TGATTTTCCTTTTAACACCAGTATGTACATATGAGTTTATCATTTCTGCATTTGTTTCGT
ATTCCATATTTAGTTCAAGCTACGATGTAATTGATGTGCTACTCTGAGAAGCTGTTCTTT
TGTATTTCAGAAATTAGTTCTTTTGTAGT

QA 1 809 1 809
DS 



AS 1 2

CO CL9533Contig1 1216 2 2 U
GGAAAGGAGATAAACCTACTTCCTTCCTGCTTCAGCAGCTCCCCCCAGTTTCTCCTTATC
CGCTTTGCTTCTTCTCCGCTTCAATTATCTTGAAAAAAAATGGCATCAACTTTCACTGCG
ACGTCTTCCATTGGTTCCATGGTTGCTCCAAATGGCCACAAAGCGGATAAGAAGCTCATG
AACAAGCTGTCTTCAAGCTCTTTCGGGAGAAGGCAGAACGTGTTCCCCAGGCTCAGAAGA
TCCACTCCTGCTATTGTATGCGCAGCCAAGGAGTTGCATTTCAACAAAGACGGGACTACC
ATCAGGAAGCTTCAAGCTGGTGTCAACAAGCTTGCAGACCTAGTTGGTGTTACACTTGGA
CCTAAGGGGAGAAATGTTGTTCTTGAGAGCAAGTATGGATCACCTAGAATTGTTAATGAT
GGTGTCACTGTTGCTAGGGAGGTTGAACTGGAAGACCCGGTTGAGAACATTGGTGCTAAA
CTTGTGAGGCAAGCAGCTGCCAAGACCAATGACTTGGCCGGTGATGGTACCACAACATCT
GTGGTTCTTGCACAAGGTTTTATTGCTGAGGGTGTCAAGGTGGTGGCTGCTGGTGCAAAC
CCTGTATTGATCACTAGAGGCATTGAGAAGACAGCAAAGGCTTTGGTTGCCGAGCTCAAA
AAAATGTCTAAGGAGGTTGAAGACAGTGAGCTTGCGGATGTGGCTGCTGTTAGTGCGGGT
AACAATGATGAAGAAAAGGTTGGAGCGGATATCGTGAAAAGAGCACTGAGTTACCCTCTG
AAACTGATTGCCAAGAACGCCGGAGTCAATGGAAGCGTAGTTAGCGAGAAGGTGCTTTCT
AACGATAATGTGAAGTACGGTTACAATGCTGCAACCGGCAAGTACGAGGATCTAATGGCT
GCAGGAATCATCGATCCAACTAAGGTTGTGAGATGTTGCTTGGAACACGCAGCTTCGGTT
GCAAAGACATTCTTGATGTCTGACTGTGTCGTTGTTGAGATCAAGGAGCCTGAGCCAGTT
CCTGTAGGCAGCCCAATGGACAACTCAGGTTATGGATACTGAGGTGATAGGGGAATAAAG
TAACACTGCCAGAAACTTTGATTCCTTTTAGCTTTGTAATGGATGAGCAAGTGTAATGAT
TTTGAACAAGAGAATGTGCTTTGTACTGAAAATTTTGAACCGGTCATATGAATAAATCAT
GATTCCTTAGTAAACG


BQ
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AAA

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DS 



AS 1 2

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BQ
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GAAAGATATATAGGTTTTGAAGAGATCAGATTATTCAATGTCTAGTGATTGAAGTGTTGT
TTATACTTTGTTTCTAAAAAACCTTTTAATGGAAATAAAAGTGTAATTTTAGGTATTGTC
AAATAAGTTTTTCAATGCCTTTCTTCAGACAAGTTTGAGTATGTGTTTGAATTTAACTCG
CTTTCATTGTCGCTTTTCTGGTATTGGGATACTGCAGATTGTTAAGATAGATTGAAAAGA
AATAACCTTTTCACCTGCAGGTTGCTTGTCTAGTTGCTTGAGGCTTTTTGGTTTGGTAGA
GAACTGAACTAGGGTTATGAGAAGAGGTAGAGGGAAAGGCAAGAGGCAGAATGCTACAGC
TAGAGA

QA 1 486 1 486
DS 

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AGACAAGTTTGAGTATGTGTTTGAATTTAACTCGCTTTCATTGTCGCTTTTCTGGTATTG
GGATACTGCAGATTGTTAAGATAGATTGAAAAGAAATAACCTTTTCACCTGCAGGTTGCT
TGTCTAGTTGCTTGAGGCTTTTTGGTTTGGTAGAGAACTGAACTAGGGTTATGAGAAGAG
GTAGAGGGAAAGGCAAGAGGCAGAATGCTACAGCTAGAGAAGATCGTGGAAGCGGTGAAG
AAGAAGAAGAAAAGATTCCAGCTTACAAGAGAAGAGGGAGGCCACAGAAGCCGGTGAAAG
ATGAAGCCGAAGGAGAAGAAGAGATCTTGGAGAAGGATGATGATACAAATGGTTCTTTAA
CAAGTAAGGAAGATGTGACTGAGCAATGTAACCGAAGAGGAGAATGTGTTAGGTTCAAAA
TTAAGCACAGATGATTCAGTGAAGTCATCTTTGTCGATAGGGTTTAGACAAGTGGGGAGC
AGAAGGAAGAACAAACCAAGACGAGCTGCAGAAGCTGTTGTTGAATGTCATGGGTTTTGA
AAAAAAGAGGTTCTTAAAACGCTTTTGAAACCCGCCCTTTTGGGTTTTTTTATTGTTCAC
TTGAATCACTTTTGTTGTTAGGACCCCGAGTTTGATGCGGATTGCGTTTCTGTTTCATAT
ACATGGAATCGTAATTTTGGATTATTCATAACAGCACTGCCCTTTGTCTGATTTTTCATT
GAGTTTTTGTTTTATGAAACTAAAAG

QA 1 806 1 806
DS 



AS 1 2

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AAGACTGAGCGGTGTGGCGTCATGGATCATGGGCAGAAACGGCGTCGTATCCCGATCTGG
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AGAGCCATAGAGACTTACTCAAGTGATTTGCTCCTCAAACTTAAGCGTGTTTTTTTCTTC
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AAAAGATAACTTTTGTTTTTTATTGTGTGTGTCTCTGTATTTAACAGTGTGACCTTTTGG
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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3CW61JQ C 1
AF RR3CW61TF U 1
BS 1 672 RR3CW61TF
BS 673 673 RR3CW61JQ
BS 674 708 RR3CW61TF

RD RR3CW61JQ 708 0 0
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QA 1 708 1 708
DS 

RD RR3CW61TF 708 0 0
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AAGACTGAGCGGTGTGGCGTCATGGATCATGGGCAGAAACGGCGTCGTATCCCGATCTGG
CGCCTCTTCTCTCCGCCAACGCGCCGGCATGGGTCTCCCCGTCGGCAAACACATCGTCCC
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GCCTTGCATTGATCGGATCGCTGATACCGTCGGGAAGTATGAAGCATTGGGGTGGTTGTG
TGGCGGTTTAGGGTTCTTTGCGACTTTTGGTATGCTCGCTGTTGTGAACGATAAAGCTTC
AAAGGTTCCTTTTACACCACGAGTGTATCCGTATGACAACCTGAGAGTGGAGCTTGGAGG
AGAGCCATAGAGACTTACTCAAGTGATTTGCTCCTCAAACTTAAGCGTGTTTTTTTCTTC
ACCTGCCTTGCTTCTTTGAGATGTTATAATTTCCTGCTCAGAACTTGGAGACAAGGGAAT
AAAAGATAACTTTTGTTTTTTATTGTGTGTGTCTCTGTATTTAACAGTGTGACCTTTTGG
GTGTATTCCTATGAGAAGCCATCTGATTTTACAGCAGATCTAAACTTGTGTCCGACATGT
GTCCCTTAAAAA*TTTAGCCAAAGTTCAATCAAATAATTCTTTTGTGG

QA 1 708 1 708
DS 



AS 1 2

CO CL9536Contig1 681 2 16 U
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GTATTCCCGCATTCCCTCATC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 0 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 

AF RR3E936JQ U 1
AF RR3G987JQ U 41
BS 1 108 RR3E936JQ
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BS 678 681 RR3G987JQ

RD RR3E936JQ 677 0 0
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GTATTCTCGCATTCCCT

QA 1 677 1 677
DS 

RD RR3G987JQ 641 0 0
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QA 1 641 1 641
DS 



AS 1 2

CO CL9537Contig1 854 2 6 U
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TATCATATGATTTCAAAGTGGAATCTGATGAATACTTTTTATGAAAATATAATTGTTTAA
AGTAAAAAGAGTTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3H205TF U 1
AF RR3H205JQ C 84
BS 1 560 RR3H205TF
BS 561 561 RR3H205JQ
BS 562 633 RR3H205TF
BS 634 634 RR3H205JQ
BS 635 680 RR3H205TF
BS 681 854 RR3H205JQ

RD RR3H205TF 681 0 0
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TGGAGGGAAAGTTGGTGGTTGGATCGATTCTTTCGGCTGTACATGTGTATTGTGTGGTAG
AGCAGACGCGAGTAGTACCAATCAACACACTGAATCCACAGAGAACCGCTTTGATTGTGG
CTAATTTTCTGAAGACTGGTAAAGTCCCGAGACCTCCTGATCTAAGATTCCAAGAAAACC
TACTGTTCCCGGAGAGACCAATCCAAGATGCAGGAAACGTGAGAATAGGAAGAGCTCTGC
ACAAAGCTGTGAAGCCTTCTCAGGTGCAGAAACTAAAAGAGGTGTTTGTAGAAGAGAAGT
TTCTATTGAGTCAAGGCAAATCATGGACCGATATGGTCTTGGAGCACGATGCAACAGGTG
AAGACGCATTGCGAGGGTGGTTAGTTGCAGCGTATGCCAAGACAATGGGAAAGACATACA
ATGACCCTGATGATGTAATATTGCAAGACGCGTATGACAAGATGAACGATGTCTTCGGTT
CATTTTTGTCTCAAGTGCAG*CTAAAGGATGGTATACCGATAGATTTTTGGATGGCACGG
GAACAAGATTTGCTTGGTAGCTCTGTGTTTCAG*TGTAGACACAATCTAGTGGTTGAAGA
CTATAGAGTCAGATTGTTAG
T

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3H205JQ 771 0 0
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AACACACTGAATCCACAGAGAACCGCTTTGATTGTGGCTAATTTTCTGAAGACTGGTAAA
GTCCCGAGACCTCCTGATCTAAGATTCCAAGAAAACCTACTGTTCCCGGAGAGACCAATC
CAAGATGCAGGAAACGTGAGAATAGGAAGAGCTCTGCACAAAGCTGTGAAGCCTTCTCAG
GTGCAGAAACTAAAAGAGGTGTTTGTAGAAGAGAAGTTTCTATTGAGTCAAGGCAAATCA
TGGACCGATATGGTCTTGGAGCACGATGCAACAGGTGAAGACGCATTGCGAGGGTGGTTA
GTTGCAGCGTATGCCAAGACAATGGGAAAGACATACAATGACCCTGATGATGTAATATTG
CAAGACGCGTATGACAAGATGAACGATGTCTTCGGTTCATTTTTGTCTCAAGTGCAGGCT
AAAGGATGGTATACCGATAGATTTTTGGATGGCACGGGAACAAGATTTGCTTGGTAGCTC
TGTGTTTCAGGTGTAGACACAATCTAGTGGTTGAAGACTATAGAGTCAGATTGTTAGGTG
AAACCAAAGTGTTGTGGAGAAAAGTTTGAAGGTACGGTTCTTGTCCTCGTTTGTACTTCT
TTTTGGGAGGGTCGTTGTTAGGTCTACTACAATATATTATCATATGATTTCAAAGTGGAA
TCTGATGAATACTTTTTATGAAAATATAATTGTTTAAAGTAAAAAGAGTTG

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL9538Contig1 1000 2 2 U
GGCAGATCAAGACTTGGATTCAGTCTAGTGAGATCAAAGATGAAAAAAAAGATTAGTGCA
TCATATGAGCAATCCCTGGTTGACGCTCGGAAGCTCATTGAGCGAGAAATGGAGAGGTTT
AAGATCTGTGAAAAAGAGACCAAGACAAAAGCCTTCTCTAAGGAAGGACTCTGGGTCAGC
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TGGTGAGTGAACTCGAGCCACAGATTGATAGCTTTGAAGCTCAGTTGGAAGGACTGTCTG
TCAAGAAAGGAAAGACAATGCCGCCCAGATTGATAATCTCTACACATCTTGAGACACAAG
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CCAGAGCAAGTAAACGACATCAAAGATTTTCTAGATGATTATGTTGAAAGAAATCAGGTA
GGATGATTTTGACGAATTCAGTGATGTTGATGAGCTCTATAGCAGGTTGCCACTAGATGA
GGTGGAGGGTCTTGACGATCTAGTTACTGCTGGCCCCCTTGCCAAGATGTAGATCATGTG
GGAAATGATGATCAGCTGCAGCAAAACTTACCTGATGATTCAACTTCCATAACAGCTTCA
AAAGCTATTTCAAGCGAGGGTGATTCTAAAGGTCTGTTTGATACCTCGCAGCAAAAGAGC
TGAAGAAACAGTCATGGAGAGACCACAGAGAATTCAACACTTGGTTTCAGAGGCATAAAG
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GTTTTTCTTTGTAGCCGAAGATGATATAACGGTACTGTTTCTGTGTAGCAGTGTAGGTGT
CAAAAGATCAAAAACGTATTCACATTTGACTTGAAGATGA


BQ
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AF RR3GV83TF U 1
AF RR3GV83JQ C 297
BS 1 684 RR3GV83TF
BS 685 1000 RR3GV83JQ

RD RR3GV83TF 684 0 0
GGCAGATCAAGACTTGGATTCAGTCTAGTGAGATCAAAGATGAAAAAAAAGATTAGTGCA
TCATATGAGCAATCCCTGGTTGACGCTCGGAAGCTCATTGAGCGAGAAATGGAGAGGTTT
AAGATCTGTGAAAAAGAGACCAAGACAAAAGCCTTCTCTAAGGAAGGACTCTGGGTCAGC
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TGGTGAGTGAACTCGAGCCACAGATTGATAGCTTTGAAGCTCAGTTGGAAGGACTGTCTG
TCAAGAAAGGAAAGACAATGCCGCCCAGATTGATAATCTCTACACATCTTGAGACACAAG
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CCAGAGCAAGTAAACGACATCAAAGATTTTCTAGATGATTATGTTGAAAGAAATCAGGTA
GGATGATTTTGACGAATTCAGTGATGTTGATGAGCTCTATAGCAGGTTGCCACTAGATGA
GGTGGAGGGTCTTGACGATCTAGTTACTGCTGGCCCCCTTGCCAAGATGTAGATCATGTG
GGAAATGATGATCAGCTGCAGCAAAACTTACCTGATGATTCAACTTCCATAACAGCTTCA
AAAGCTATTTCAAGCGAGGGTGAT

QA 1 684 1 684
DS 

RD RR3GV83JQ 704 0 0
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TTCAAAAGCTATTTCAAGCGAGGGTGATTCTAAAGGTCTGTTTGATACCTCGCAGCAAAA
GAGCTGAAGAAACAGTCATGGAGAGACCACAGAGAATTCAACACTTGGTTTCAGAGGCAT
AAAGAGCCGAAGATTGCAACTGATGAGTATGAACAAGGAGCCTATGTTTACTTTGATTTC
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ATCGGTTTTTCTTTGTAGCCGAAGATGATATAACGGTACTGTTTCTGTGTAGCAGTGTAG
GTGTCAAAAGATCAAAAACGTATTCACATTTGACTTGAAGATGA

QA 1 704 1 704
DS 



AS 0 0

AS 0 0

AS 1 2

CO CL9541Contig1 930 2 2 U
GGAAATAAAAAGGTCAAACAAAAAAAACCCTAATGGTTTCTTCTTCTTCCTCTTTTGGCT
CGCCGTCTTACTGATTGAATCATTTACTCTGTTTGTTTGGTTTACTCGCGCGCTTCCGAG
CTCCGATTTTGGCAGAGAAGGAGAGATGGGCTCACGACAAGGACCACCGAAGCATCAGAA
CAAATTCGCATGGGTACCCAACGCCGGCGTGAAGATCAACGAAACCGAATTGGGCGGGAG
ATTCAGACCGCTCTCGGAGATAACCGGAGTTTGCCTTCGCTGTCGGGAGCAGATCGCTTG
GAAACGCAAATACGGAAAATACAAAAAGCTAACCGAACCCGCCAAATGTCAGAAGTGTAC
GAAGCGTAATGTTCGTCAAGCGTATCACAAGTTATGCTCTGGCTGTGCCAAGGAGCAGAA
AGTGTGTGCCAAGTGTTATTCTTCTACTGAGCAAATCATGGGAAGAGATATTTATGAGGT
AGAGGCTGAACAGAAGCTGCTTGATGAGACTATCAAGAATGCTAGGGAAAGAGATAGAAG
GACACTTTTGCGTGCTATGAACAAAGATAACAACCCAAAGAAATCAGATGAAGGAGCAGC
AACAAGGAGCGATAGCAGCAAGGTTGGTGATGTGTTTCCATCCACATCTCTTGAAGAATA
TGCAAACAAGTCTGGAAAAGTTAGCGGGATTGTTGGTCATGGTAGTGTGCCTGATCATGT
CCATGTTGTTGAGGATGAAGAAGAAGATGATGATGATGATGTTGGTAGTGAACCTGAATT
AGATGAAGATCACTGTGGTGATGATGATGATGATGAACTCGAGAAGTGAATGTAACTTTG
GTTGTTGGTTCTGTCAATTTTGATAGTTTTGTGAGATTTTACAAAACTGATTATCCTTCT
TGTTTTAATACACTTCACTCTGTTATGGCT


BQ
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AF RR3AO77TF U 1
AF RR3AO77JQ C 156
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BS 743 930 RR3AO77JQ

RD RR3AO77TF 742 0 0
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CTCCGATTTTGGCAGAGAAGGAGAGATGGGCTCACGACAAGGACCACCGAAGCATCAGAA
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ATTCAGACCGCTCTCGGAGATAACCGGAGTTTGCCTTCGCTGTCGGGAGCAGATCGCTTG
GAAACGCAAATACGGAAAATACAAAAAGCTAACCGAACCCGCCAAATGTCAGAAGTGTAC
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AGTGTGTGCCAAGTGTTATTCTTCTACTGAGCAAATCATGGGAAGAGATATTTATGAGGT
AGAGGCTGAACAGAAGCTGCTTGATGAGACTATCAAGAATGCTAGGGAAAGAGATAGAAG
GACACTTTTGCGTGCTATGAACAAAGATAACAACCCAAAGAAATCAGATGAAGGAGCAGC
AACAAGGAGCGATAGCAGCAAGGTTGGTGATGTGTTTCCATCCACATCTCTTGAAGAATA
TGCAAACAAGTCTGGAAAAGTTAGCGGGATTGTTGGTCATGGTAGTGTGCCTGATCATGT
CCATGTTGTTGAGGATGAAGAA

QA 1 742 1 742
DS 

RD RR3AO77JQ 775 0 0
GACAAGGACCACCGAAGCATCAGAACAAATTCGCATGGGTACCCAACGCCGGCGTGAAGA
TCAACGAAACCGAATTGGGCGGGAGATTCAGACCGCTCTCGGAGATAACCGGAGTTTGCC
TTCGCTGTCGGGAGCAGATCGCTTGGAAACGCAAATACGGAAAATACAAAAAGCTAACCG
AACCCGCCAAATGTCAGAAGTGTACGAAGCGTAATGTTCGTCAAGCGTATCACAAGTTAT
GCTCTGGCTGTGCCAAGGAGCAGAAAGTGTGTGCCAAGTGTTATTCTTCTACTGAGCAAA
TCATGGGAAGAGATATTTATGAGGTAGAGGCTGAACAGAAGCTGCTTGATGAGACTATCA
AGAATGCTAGGGAAAGAGATAGAAGGACACTTTTGCGTGCTATGAACAAAGATAACAACC
CAAAGAAATCAGATGAAGGAGCAGCAACAAGGAGCGATAGCAGCAAGGTTGGTGATGTGT
TTCCATCCACATCTCTTGAAGAATATGCAAACAAGTCTGGAAAAGTTAGCGGGATTGTTG
GTCATGGTAGTGTGCCTGATCATGTCCATGTTGTTGAGGATGAAGAAGAAGATGATGATG
ATGATGTTGGTAGTGAACCTGAATTAGATGAAGATCACTGTGGTGATGATGATGATGATG
AACTCGAGAAGTGAATGTAACTTTGGTTGTTGGTTCTGTCAATTTTGATAGTTTTGTGAG
ATTTTACAAAACTGATTATCCTTCTTGTTTTAATACACTTCACTCTGTTATGGCT

QA 1 775 1 775
DS 



AS 1 2

CO CL9542Contig1 1061 2 2 U
GGATTGCAAATTGCAATCAACCACATCAATGGCATCATCATCCATTATCATCCCTCCGTT
CCTCTCAGCTTCCATCAGCCGTCGCAACCTCCTCCTCTCCACCACCACAATCGCCACCGT
ATCTCCCTCCCCTCAGATCCCTTCCCCACCAGACGTAACAATCACCGACCGCGTCTTCCT
AGATTTCTCCCTCTGCCCAACTTACTTCCGCTCTGATCCCTCCGCCACACTCTCCTCAAC
CACTCCTTGCCCCGACTCCACCCCTCTCGGCCGCGTCGTTCTCGGACTATACGGCCGTCA
TGTTCCTCTCACTGTCTCCACTTTCAAACTCATGTGCACTTCCTCCTCTACTTCTCACAA
GAACACTCCCATCCACAAAATCTTCCCCGGTCAGTTTTTTCTCGCCGGAAGACAAGGATT
ACGGCGAGACACGGCGGAGGTCGGTCCTCTTCTGAAGAGTTTGCCTCGAAACACCGACGT
CGTCAATTCCAAGTCGTTCCTCATCCCTCACGCTCGTCCTGGACTCGTCTCTCTTTGCTT
GTCTGAAAACGACGACGACGATGAGACCAGACTCGATCCTGAGTACAGAAATGTCGAGTT
CTTGATCACTACGGGACCTGGTCCTTGTCCGCAGCTCGACGGTGGCAACATTGTCTTCGG
TACTGTTCTCGAAGGGTTAGATGTGGTGACGAGTATAGCTGCGGTGCCGACGTTTAAGCC
GTCGGAGAAGATTCGACATTTCAACGATTTCGCAGAGTTTCTGGGAGACGAAAGAGCTCA
GAACGCAAGATCATTGTGGAACAGACCTCTTAAGACGGTTTTCATTAGTGACTGTGGAGA
ACTTAAGGTCACTAAGCCTTCTCTCTCTCCTTCTCTGCCTTAAGTATATATGAATGTATA
TGTGTGTTTATAGTAAGCATCTACTTCTTCTTCTCTCAACCGTTATAATTCAATTCTACT
CGAGAGTTCTTCGGCTGGTTGCTAAAGACTAAGAGATGTACAAGAGCTTGTAATCAAAAC
AACTTGTTATATAAATCTGAACATGGCTAAAATGTCAGGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3BD16TF U 1
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BS 1 682 RR3BD16TF
BS 683 1061 RR3BD16JQ

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CCTCTCAGCTTCCATCAGCCGTCGCAACCTCCTCCTCTCCACCACCACAATCGCCACCGT
ATCTCCCTCCCCTCAGATCCCTTCCCCACCAGACGTAACAATCACCGACCGCGTCTTCCT
AGATTTCTCCCTCTGCCCAACTTACTTCCGCTCTGATCCCTCCGCCACACTCTCCTCAAC
CACTCCTTGCCCCGACTCCACCCCTCTCGGCCGCGTCGTTCTCGGACTATACGGCCGTCA
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ACGGCGAGACACGGCGGAGGTCGGTCCTCTTCTGAAGAGTTTGCCTCGAAACACCGACGT
CGTCAATTCCAAGTCGTTCCTCATCCCTCACGCTCGTCCTGGACTCGTCTCTCTTTGCTT
GTCTGAAAACGACGACGACGATGAGACCAGACTCGATCCTGAGTACAGAAATGTCGAGTT
CTTGATCACTACGGGACCTGGTCCTTGTCCGCAGCTCGACGGTGGCAACATTGTCTTCGG
TACTGTTCTCGAAGGGTTAGAT

QA 1 682 1 682
DS 

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TCTTCCCCGGTCAGTTTTTTCTCGCCGGAAGACAAGGATTACGGCGAGACACGGCGGAGG
TCGGTCCTCTTCTGAAGAGTTTGCCTCGAAACACCGACGTCGTCAATTCCAAGTCGTTCC
TCATCCCTCACGCTCGTCCTGGACTCGTCTCTCTTTGCTTGTCTGAAAACGACGACGACG
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GTCCTTGTCCGCAGCTCGACGGTGGCAACATTGTCTTCGGTACTGTTCTCGAAGGGTTAG
ATGTGGTGACGAGTATAGCTGCGGTGCCGACGTTTAAGCCGTCGGAGAAGATTCGACATT
TCAACGATTTCGCAGAGTTTCTGGGAGACGAAAGAGCTCAGAACGCAAGATCATTGTGGA
ACAGACCTCTTAAGACGGTTTTCATTAGTGACTGTGGAGAACTTAAGGTCACTAAGCCTT
CTCTCTCTCCTTCTCTGCCTTAAGTATATATGAATGTATATGTGTGTTTATAGTAAGCAT
CTACTTCTTCTTCTCTCAACCGTTATAATTCAATTCTACTCGAGAGTTCTTCGGCTGGTT
GCTAAAGACTAAGAGATGTACAAGAGCTTGTAATCAAAACAACTTGTTATATAAATCTGA
ACATGGCTAAAATGTCAGGAT

QA 1 741 1 741
DS 



AS 1 2

CO CL9543Contig1 737 2 4 U
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CGTTACTTGTGTAACCAAAGAATCAATGGCTCTCAAGTTCGTCTCTGGAGCTATTTTCTT
TCTACTCACAATATTTCCTTCTTTCTCGTCATCCAGTTTCATTTCAGATGGCGTGTTCGG
ATCTCAGGCTTTAGTTAATGGAAGAAACCTACTTCAGACCAAGAAAACATGTCCGGTGAA
CTTTGAATTTATGAACTACACAATCATAACAAGCCAGTGCAAAGGTCCCAAATTCCCACC
AAAGGAATGCTGCTCCGCTTTTTTGGACTTTGCGTGTCCTTACACCGATGAGCTCAACGA
CCTGAGCAATGACTGTGCTACCACTATGTTCAGTTACATCAACCTCTATGGGAAATACCC
GCCTGGACTTTTCGCTAACCAGTGCAAAGGAAGTAAAGAAGGTCTCGAGTGCCCTGCTAC
GTCTCCCGCTTCAGCCGCAGACGTAAACGCAGCCATCACCACCGCTTCTTCTCCACTTTG
GCTGACCATTTTTGCAGCTTTCTTGGTTTTTGTTAAATTGTTATGAGGCCATGAAAGCTA
TTGCAATGTACTAGTAACAACCTGAGGAAGGGTGTGTGTTTGTGTGCCCCACGATTTGTT
TTATTTGTATCATTCTTTTGATCTTAGGAAACTTCAAAACCTTGTAATTGATAATCCATA
TGAATTTTGTGTGTCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 

AF RR3G961TF U 1
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BS 732 737 RR3G961JQ

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AAAGGAATGCTGCTCCGCTTTTTTGGACTTTGCGTGTCCTTACACCGATGAGCTCAACGA
CCTGAGCAATGACTGTGCTACCACTATGTTCAGTTACATCAACCTCTATGGGAAATACCC
GCCTGGACTTTTCGCTAACCAGTGCAAAGGAAGTAAAGAAGGTCTCGAGTGCCCTGCTAC
GTCTCCCGCTTCAGCCGCAGACGTAAACGCAGCCATCACCACCGCTTCTTCTCCACTTTG
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TTGCAATGTACTAGTAACAACCTGAGGAAGGGTGTGTGTTTGTGTGCCCCACGATTTGTT
TTATTTGTATCATTCTTTTGATCTTAG*AAACTTCAAAACCTTGTAATTGATAATCCATA
TGAATTTTGTG

QA 1 731 1 731
DS 

RD RR3G961JQ 714 0 0
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CAATGGCTCTCAAGTTCGTCTCTGGAGCTATTTTCTTTCTACTCACAATATTTCCTTCTT
TCTCGTCATCCAGTTTCATTTCAGATGGCGTGTTCGGATCTCAGGCTTTAGTTAATGGAA
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TGGACTTTGCGTGTCCTTACACCGATGAGCTCAACGACCTGAGCAATGACTGTGCTACCA
CTATGTTCAGTTACATCAACCTCTATGGGAAATACCCGCCTGGACTTTTCGCTAACCAGT
GCAAAGGAAGTAAAGAAGGTCTCGAGTGCCCTGCTACGTCTCCCGCTTCAGCCGCAGACG
TAAACGCAGCCATCACCACCGCTTCTTCTCCACTTTGGCTGACCATTTTTGCAGCTTTCT
TGGTTTTTGTTAAATTGTTATGAGGCCATGAAAGCTATTGCAATGTACTAGTAACAACCT
GAGGAAGGGTGTGTGTTTGTGTGCCCCACGATTTGTTTTATTTGTATCATTCTTTTGATC
TTAGGAAACTTCAAAACCTTGTAATTGATAATCCATATGAATTTTGTGTGTCTC

QA 1 714 1 714
DS 



AS 1 2

CO CL9544Contig1 1085 2 6 U
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TGGGGGAGCAGAAGCTGTGGCAGATGCGAAGAAAGCTATTGAGTTGGATCCTTCATTGAC
CAAAGCTTACTTAAGAAAAAGAACTGCCTGTATGAAGCTTGAAGAGTACCGAACTGCGAA
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TGATGAATGTGATCTTCGAATCTCAGAAGAAGAGAAAGATTTGGTTCAACAGCCAGTAAA
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CCAAAGGCCAGAAGAAGTTGTGGTAACTGTATTTGCAAAAGGGATACAGAAGCAGAATGT
TAATATTGACTTTGGTGAACAGATTCTGAGTGTTGTGATTGATGTTCCTGGAGAAGAAGC
TTATCATCTCCAACCGAGACTGTTTGGAAAGATAGTACCAGAGAAGTGCAGATATGAAGT
AATGTCAACCAAGATTGAGATCCGTCTAGCAAAAGCAGAGATCATCACATGGGCCTCTCT
TGAACACGGAAAAGGGCCAGCCGTTTTGCCAAAGCCTAATGTCTCAACAGAGGTTTCAAT
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GTGCTCTTAAGGGTTTTGCTTTCTCTTCTTTTTATGGACTTGGATTCTTTTGTATTTGCC
TTAAAACTTTCATATTGTTTATACACAAACAACTGAAGTTTTAAATTTAAATGTTCTGAT
TCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3FX58TF U 1
AF RR3FX58JQ C 262
BS 1 652 RR3FX58TF
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RD RR3FX58TF 724 0 0
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CAAAGCTTACTTAAGAAAAAGAACTGCCTGTATGAAGCTTGAAGAGTACCGAACTGCGAA
AACAGCTCTTGAAAAGGGTGCTTCCATTGCACCAAATGAATCCAAATTCAAGAAGTTGAT
TGATGAATGTGATCTTCGAATCTCAGAAGAAGAGAAAGATTTGGTTCAACAGCCAGTAAA
AGTTGATCAGACCCCTGTGCCTGCAGAACCGTCCAAACCAAAGTTCAGACATGAATACTA
CCAAAGGCCAGAAGAAGTTGTGGTAACTGTATTTGCAAAAGGGATACAGAAGCAGAATGT
TAATATTGACTTTGGTGAACAGATTCTGAGTGTTGTGATTGATGTTCCTGGAGAAGAAGC
TTATCATCTCCAACCGAGACTGTTTGGAAAGATAGTACCAGAGAAGTGCAGATATGAAGT
AATGTCAACCAAGATTGAGATCCGTCTAGCAAAAGCAGAGATCATCACATGGGCCTCTCT
TGAACACGGAAAAGGGCCAGCCGTTTTGCCAAAGCCTAATGTCTCAACAGAG*TTTCAAT
GATACCGGCTTATCCTTCTTCCAAGAGAGTTAAG*ACTGGGACAAGCTTGAAGCAGAAGT
GA
GA

QA 1 722 1 722
DS 

RD RR3FX58JQ 824 0 0
TCTCAGAA
AAGAGAAAGATTTG*TTCAACAGCCAGTAAAAGTTGATCAGACCCCTGTGCCTGCAGAAC
CGTCCAAACCAAAGTTCAGACATGAATACTACCAAAGGCCAGAAGAAGTTGTGGTAACTG
TATTTGCAAAAGGGATACAGAAGCAGAATGTTAATATTGACTTTGGTGAACAGATTCTGA
GTGTTGTGATTGATGTTCCTGGAGAAGAAGCTTATCATCTCCAACCGAGACTGTTTGGAA
AGATAGTACCAGAGAAGTGCAGATATGAAGTAATGTCAACCAAGATTGAGATCCGTCTAG
CAAAAGCAGAGATCATCACATGGGCCTTTCTTGAACACGGAAAAGGGCCAGCCGTTTTGC
CAAAGCCTAATGTCTCAACAGAGGTTTCAATGATACCGGCTTATCCTTCTTCCAAGAGAG
TTAAGGACTGGGACAAGCTTGAAGCAGAAGTGAAGAAACAGGAGAAGGATGAGAAGCTGG
AAGGAGACGCGGCTTTGAACAAGTTCTTCCGTGAGATATATTCAAATGCTGATGAGGATA
TGCGGCGTGCAATGAGCAAATCATTTGTGGAGTCTAATGGGACAGTGCTCTCAACAGACT
GGAAAGAGGTTGGAGCTAAGAAGATCGAGAGCACTCCTCCTGATGGTATGGAGCTCAAGA
AATGGGAGATCTGATCTCATGTAATATGTTTGTGCTCTTAAGGGTTTTGCTTTCTCTTCT
TTTTATGGACTTGGATTCTTTTGTATTTGCCTTAAAACTTTCATATTGTTTATACACAAA
CAACTGAAGTTTTAAATTTAAATGTTCTGATTCTTT

QA 9 824 9 824
DS 



AS 1 2

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TGGTTTTTATCCGCCTGGTTTATGTCTGAATCGGTTTACCATCT


BQ
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AF RR3AI80TF U 1
BS 1 704 RR3AI80TF

RD RR3AI80JQ 704 0 0
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CGGAGAGCTCGCGAAACACGCCGTTTCTGAGGGGACCAAGGCGGTTACCAAATTCACAAG
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TCTTGTTAATGAATATCGATTTTCTAGTAATATAATTTGGGGGTTCAGATTTGATTCTAC
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QA 1 704 1 704
DS 

RD RR3AI80TF 704 0 0
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CGGAGAGCTCGCGAAACACGCCGTTTCTGAGGGGACCAAGGCGGTTACCAAATTCACAAG
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TCTTGTTAATGAATATCGATTTTCTAGTAATATAATTTGGGGGTTCAGATTTGATTCTAC
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TGGTTTTTATCCGCCTGGTTTATGTCTGAATCGGTTTACCATCT

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

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CGAACCGTGTGTGTGAACCAGCACCAAGTTGCTAACTGGAATGACATTTGTCTTAGGAGG
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BQ
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AF RR3G205JQ C 1
AF RR3G205TF U 1
BS 1 590 RR3G205TF

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DS 

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GACACTTGTGTTACCGTCTGCGGCGTGTCTGAGCTCGACGCTTGCTCTGATGCTTGTACT
CGAACCGTGTGTGTGAACCAGCACCAAGTTGCTAACTGGAATGACATTTGTCTTAGGAGG
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AGAGTTTGTTTTTAAGTTTGAGTCTGAATGCTATGATTGGTTCCTTTTGAATCTGAATTT
TTTTTGTAAGTTGAATAACAAACATTATAAGCAAATCTTTGGTGGATTTT

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

CO CL9547Contig1 563 2 1 U
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BQ
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3FC83JQ C 1
AF RR3FC83TF U 1
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CAAAACCATTCCATGTGATGATG

QA 1 563 1 563
DS 

RD RR3FC83TF 563 0 0
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GATGAGCGAGTCACAGATTCTCAAGTCTCTTGAAGACCTTGTCAAAGCCGGAGGAGCTAC
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CAAAACCATTCCATGTGATGATG

QA 1 563 1 563
DS 



AS 1 2

CO CL9548Contig1 845 2 6 U
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TCGCCATCATCTTGATCATCTCATACAAGCTTTCTCATTGATTAATATACTCAAAACCAT
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TGCAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 

AF RR3FH50TF U 1
AF RR3FH50JQ C 62
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GAAGTTTGCAGCCGAGTGCTAAAGCTGTCTGTCTTTCCAAACTAAGAGAGTATAAATCTG
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TCGCCATCATCTTGATCATCTCATACAAGCTTTCTCATTGATTAATATACTCAAAACCAT
ATGAATTCATCGTGATCGTGTGTATATAGGATGGTTGATTCCTTTGTA*TGGGCCCAA
TGTTT

QA 1 658 1 658
DS 

RD RR3FH50JQ 784 0 0
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CTTTAAGCTTCAGGGTGTGGATGATGCCATTGACAAGAGTAAGAAAGTGTTGACTGCTAT
GTCTAGAAGAATGTCGAGGAACAAATGGATCGTTGGTTCCGTCATCGTGGCTCTCATTCT
CGCCATCATCTTGATCATCTCATACAAGCTTTCTCATTGATTAATATACTCAAAACCATA
TGAATTCATCGTGATCGTGTGTATATAGGATGGTTGATTCCTTTGTAATGGGCCCAAATG
TTTTTACTTGTGTGTGTATTGGAGTGCAATTACTTCAAACACATGGACAGGTCCTCGTCG
TCCTTGTGAAAACTAGATTACTAAACACTTCATTGTTGTTAGAGCATTGAAAAAGTGTAA
ACATAAAATAACAAGTCAACAACGTATAAGATGGATAGTTATATCAACCATCATTATGCT
GCAC

QA 1 784 1 784
DS 



AS 1 2

CO CL9549Contig1 562 2 2 U
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AAGAGCAATAATACAAGCTCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DG03TF C 1
AF RR3DG03JQ U 28
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BS 28 562 RR3DG03JQ

RD RR3DG03TF 562 0 0
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GTCTCTGATTATGAGGTTTCATCTTTAAGAAGAAGAATTGTTTTGTACCCACTCAACGAG
TGTCGCAACTCCAAACCCGGTCGCAGCTTTCTTCTTCTCGTTCCACACAGGTCCAGCCAT
ATCTATGTGCATCCACTCTACCTTCTCGTCCACAAACTGTTTCAAGAAGAGAGCCGCGGT
GATTGATCCACCTGCACGGCCTCCAGTGTTAACCATATCTGCAACACCTGATTTCATCAT
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AAGAGCAATAATACAAGCTCCC

QA 1 562 1 562
DS 

RD RR3DG03JQ 535 0 0
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GTCCACAAACTGTTTCAAGAAGAGAGCCGCGGTGATTGATCCACCTGCACGGCCTCCAGT
GTTAACCATATCTGCAACACCTGATTTCATCATCTCCCAGTAACTCTCTTCCATCGGCAT
TCTCCATAGCTTCTCCCCGCTTCTTTCAGATGCAGCAATTACCTCCTTTGCAAGCTCATC
ACTAGGGGTATATATGCCTGCCATGGAATTTCCAAGAGCAATAATACAAGCTCCC

QA 1 535 1 535
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9551Contig1 757 2 2 U
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CTTTGGCAATGTGGTCAAGCTCATGAATGGCATACAAAATGTTCAGCAACTTTCCTTCAC
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TAAGAACTGTCCACGTCTAGAAACTATAATCCTTGAGGGTCTGTTACACTATGAAACAGA
TAAGTGTGGGGATGCTTGTCCATGCATTTCTCGGGAAGACAAAGGTCGTTCACTCAGGTC
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GATAAAGCATTTCTTGGACTATTTTCCAAGTCTAAAGAGGCTTGACGTCCTCATTGAAGA
CAATTAACCTACGCAGCTGAGAAACCCGGAGTTGTCTAACTGTGTCAAGGAGATGTTCAA
ACTCTACAACCAGTTGTATCCGAGTTGCAGTGTCGAGCTCATGGTTAGTCCTTTCTTGGA
AAATAAGTGGCGTGCACAAGGACATATCTGAAAAAGAACAAAACTTCCCTTGCTTTTAGA
TTTGCCTTGTTTGACTTCTTCCTGTTTTGTTTTTGTTTAGTTGGCTTTTGTAAACTGTCT
GCAGACCAGATCAATGGCTAATCCTGAATCTGCTTCC


BQ
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AF RR3DP58TF U 1
AF RR3DP58JQ C 11
BS 1 597 RR3DP58TF
BS 598 757 RR3DP58JQ

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CTTTGGCAATGTGGTCAAGCTCATGAATGGCATACAAAATGTTCAGCAACTTTCCTTCAC
CGCTGACACTCTCGAGGTGCTTTCCCAATGCTGTAATACATTGCCGGCTTTCAACAACCT
CAAGTTCTTAGGTATTACAAGTGAAGAAGGTCGAGGATGGCAAGCAATGCCAGCTCTTCT
TAAGAACTGTCCACGTCTAGAAACTATAATCCTTGAGGGTCTGTTACACTATGAAACAGA
TAAGTGTGGGGATGCTTGTCCATGCATTTCTCGGGAAGACAAAGGTCGTTCACTCAGGTC
TTGTCCAGTGAACAGGTTGGAGATTCAAGGGTTTTGAGCAACGATGAAAGAGATGAACAT
GATAAAGCATTTCTTGGACTATTTTCCAAGTCTAAAGAGGCTTGACGTCCTCATTGAAGA
CAATTAACCTACGCAGCTGAGAAACCCGGAGTTGTCTAACTGTGTCAAGGAGATGTTCAA
ACTCTACAACCAGTTGTATCCGAGTTGCAGTGTCGAGCTCATGGTTAGTCCTTTCTT

QA 1 597 1 597
DS 

RD RR3DP58JQ 747 0 0
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GTGGTCAAGCTCATGAATGGCATACAAAATGTTCAGCAACTTTCCTTCACCGCTGACACT
CTCGAGGTGCTTTCCCAATGCTGTAATACATTGCCGGCTTTCAACAACCTCAAGTTCTTA
GGTATTACAAGTGAAGAAGGTCGAGGATGGCAAGCAATGCCAGCTCTTCTTAAGAACTGT
CCACGTCTAGAAACTATAATCCTTGAGGGTCTGTTACACTATGAAACAGATAAGTGTGGG
GATGCTTGTCCATGCATTTCTCGGGAAGACAAAGGTCGTTCACTCAGGTCTTGTCCAGTG
AACAGGTTGGAGATTCAAGGGTTTTGAGCAACGATGAAAGAGATGAACATGATAAAGCAT
TTCTTGGACTATTTTCCAAGTCTAAAGAGGCTTGACGTCCTCATTGAAGACAATTAACCT
ACGCAGCTGAGAAACCCGGAGTTGTCTAACTGTGTCAAGGAGATGTTCAAACTCTACAAC
CAGTTGTATCCGAGTTGCAGTGTCGAGCTCATGGTTAGTCCTTTCTTGGAAAATAAGTGG
CGTGCACAAGGACATATCTGAAAAAGAACAAAACTTCCCTTGCTTTTAGATTTGCCTTGT
TTGACTTCTTCCTGTTTTGTTTTTGTTTAGTTGGCTTTTGTAAACTGTCTGCAGACCAGA
TCAATGGCTAATCCTGAATCTGCTTCC

QA 1 747 1 747
DS 



AS 1 2

CO CL9552Contig1 543 2 1 U
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CTCTTCCTGAGGAGCCAGAGCCTAAGAGACAAAAATTCGACGAGTCAGCTCTCGTTCCAG
AAGAACAGTTCCTTGCTCAGCATCTGGGTGCTGCTACAATCAGGGTCTCTGTTCCAAACG
TGGATGATGGGCAAGTCATTGAGATCACAGTGCAGTCATTATCAGAAAACGTGGGAAGTT
TGAAAGAGAAGATAGCCGGTGAGACACAAATCCCAGCAAACAAACAGAAGTTGAGTGGAA
AAGCTGGGTTCTTAAAGGACAACATGTCACTGGCACATTACAATGTCGGAGCAGGTGAAA
TCTTAACACTGTCTTTGAGAGAGCGTGGTGGGAGAAAGAGATAGAGAGTCAGCTGGTGGA
TGCAGAGAAATGCATTTGATTTCTTCTTTAGATGTTTTCAAAACTTGGTGGCCAAAACTA
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TTG


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20 20 20 

AF RR3GZ45JQ C 1
AF RR3GZ45TF U 1
BS 1 543 RR3GZ45TF

RD RR3GZ45JQ 543 0 0
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TGAAAGAGAAGATAGCCGGTGAGACACAAATCCCAGCAAACAAACAGAAGTTGAGTGGAA
AAGCTGGGTTCTTAAAGGACAACATGTCACTGGCACATTACAATGTCGGAGCAGGTGAAA
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TTTGTACTGCTATCTTTTTTACTCTTGGCCCATCGCATCTAGTATCTATTGAAGTTTAGA
TTG

QA 1 543 1 543
DS 

RD RR3GZ45TF 543 0 0
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TGGATGATGGGCAAGTCATTGAGATCACAGTGCAGTCATTATCAGAAAACGTGGGAAGTT
TGAAAGAGAAGATAGCCGGTGAGACACAAATCCCAGCAAACAAACAGAAGTTGAGTGGAA
AAGCTGGGTTCTTAAAGGACAACATGTCACTGGCACATTACAATGTCGGAGCAGGTGAAA
TCTTAACACTGTCTTTGAGAGAGCGTGGTGGGAGAAAGAGATAGAGAGTCAGCTGGTGGA
TGCAGAGAAATGCATTTGATTTCTTCTTTAGATGTTTTCAAAACTTGGTGGCCAAAACTA
TTTGTACTGCTATCTTTTTTACTCTTGGCCCATCGCATCTAGTATCTATTGAAGTTTAGA
TTG

QA 1 543 1 543
DS 



AS 1 2

CO CL9553Contig1 827 2 4 U
GGAAACCAAACAAAAAAAACGAAATCTATCAGCAGCCGCATCACGCCGAATCCTTTGTCT
CCACTCTCCCGTGAGAAGAGGCGGCAAGCACCACCACCACGCCGTACCTCCTCTGTCTTC
AAGCTAATGACAAGCAGCTCTGCTCACGACCCACCTTCATGAATAAAGATGCGCAACAGA
TCCGGAGTGGCCAAGGTGGAGTAGATGACGGCATCAACTCCGAGGCTTGTTGGTGGTAGA
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TAGATCGAGATGAGTTCGTGAAGGTTAGAGGCGAGTTAGATCTGAGGGTGGGGAGGTTCG
TTAGAGCTTCTCCGGGGAGCCTCTTCGAGGAGAGGTGGTACTTGATAGAGAGAAGCAAGG
TTGTGCAGATTCGTAGAAAGCTCGATCGAAAGGAGGGAAGATGGTGAGTTCTTGCCAATC
GTCTAGGCGTAGATCTCTGTTGGCGAGCTTTAGAGTTAGTCCCATGGAGAATAGCCGGAA
ACAAGGTAGAGTAATAGGATAAAGAAGGAAATAAGAAGATTCGACGCCATTGATTCCGTT
CTCTAGCTCTCTCGCTCTCTCCTCTATCTTTGAGAAATTGAGATTTGGAGAAGATACAAG
TCGTATAGGAGAAGATCAAAGAAAAAGAGAGAGAACTAATTAAATTGTGATCTTCGAGAA
AAACAATTAACTAATGAAAAAAAAGGTCGAAGATTGACATAAGAATAGTTTTGAGTCTTT
TGACCCTTACATTAGAATCAAAATCAATATAAAAAGGCAATAAAATT


BQ
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AF RR3AV66TF U 1
AF RR3AV66JQ C 384
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AAACAATTAACTAATG

QA 1 736 1 736
DS 

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CTATCTTTGAGAAATTGAGATTTGGAGAAGATACAAGTCGTATAGGAGAAGATCAAAGAA
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TCAATATAAAAAGGCAATAAAATT

QA 1 444 1 444
DS 



AS 1 2

CO CL9554Contig1 587 2 1 U
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BQ
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AF RR3G324JQ C 1
AF RR3G324TF U 1
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QA 1 587 1 587
DS 

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TACATTCATGACAAGAACACAAGGAAGAAGAAGAAGAAATATGGGATTGTGTTTAGTAAG
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GAGCTTAGCAGAAGCTGGTCTTGTCGAAATCTCCGGCCTTGGTGCACACGAGAAGTTTCT
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AAAAATAATACAAGTGAAAATGAATAGTCCATCACTTGTGACTTGAT

QA 1 587 1 587
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3CL11TF U 1
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BS 1 587 RR3CL11TF
BS 588 659 RR3CL11JQ

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QA 1 587 1 587
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QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

CO CL9556Contig1 600 2 2 U
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BQ
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DS 

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GGGAAAACGACATAGAGATGCTGGAACTAGCGTCGTTCGGAGTCGCTATGAGCAACGGTG
CAGAAAAGACAAAGGCCGTGGCTGATGTGATCGGTGTGAGTAACGACGAAGACGGGGTTG
CTGATGCCATATACCGATACGCTTTCTGAGTCTACACTCGACTCAAGCTTTACTACAAGA
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QA 1 599 1 599
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3AW46TF U 178
AF RR3AW46JQ C 1
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DS 

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CCTTTTAGGGTTCGTGCTAAACGCGGCTGTGCAACTCATCCTCGTAGCATTGCTGAGCGG
GTGAGGAGAACGCGGATAAGTGACCGGATCAGGAGGCTGCAAGAACTTGTTCCTAACATG
GATAAGCAAACCAACACTGCAGACATGTTAGACGAAGCTTTGCAGTATGTGAAAGCTCTT
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TTCGAGAACAAATAAGTATGGCAAGGAACAATGATAAGTAACAGAAAACTATTAATTTTA
TATTGTTTTGTATGGATTCAGGAGTTGACAGAGCAGCAGAAGAGGTGCAGATGCAAACCT
AAGGAAGAAAAATAATGTTTCCTTTAGGATTGATATAATATAAAATGTATTTTTTGTGGT
TTTTTATTCTATGAATGGTGATGATCTGTTCG

QA 1 872 1 872
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AS 1 2

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GAG


BQ
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10 10 10 

AF RR3E328TF U 1
AF RR3E328JQ C 34
BS 1 702 RR3E328TF
BS 703 703 RR3E328JQ
BS 704 725 RR3E328TF
BS 726 726 RR3E328JQ
BS 727 735 RR3E328TF
BS 736 737 RR3E328JQ
BS 738 743 RR3E328TF
BS 744 744 RR3E328JQ
BS 745 763 RR3E328TF
BS 764 843 RR3E328JQ

RD RR3E328TF 763 0 0
GGGTTCTGCAGGATCTACAAGCAAAAAGCCCTCTCTATTTTCACTGTCTTCAATGCAGTG
ACTCTATTTCTCTCTCTCTCTCTTTACCCACAACTCTTTGTTAGCTTCAAAACCTTCTCT
TCTCTCTTCCATTCTCTCTCTCTCACAGAGCAACAAGCTGCATCCAAATCCTGTGCTTAG
CTCTGGTGCAACACTATGGCTGTCGTTGTTCTTGCTGTGATTTTGTTGGCTATGGTTGGT
CACTCAAGTGGGACATGGTGTGTATGCAGAGAAGGATTAAGCGAAGCAATGCTGCAGAAG
ACACTAGACTACGCATGTGGTGCAGGAGCTGACTGTGGACCCATTCACCAGAACGGACCT
TGTTTCAACCCAAACACCGTCAAGTCTCACTGCTCCTACGCCGTCAACAGCTTCTTCCAG
AAGAAAGGTCAGTCTCAGGGAACTTGTGACTTTGCCGGCACAGCCACCGTCTCAGCCTCT
GATCCCAGCTACACTTCTTGTGCTTTTCCTGCAAGTGCCAGTGGAAGTGGGACAATGACA
CCAGTGACGACAACACCATCGACAAGAGTCCCTACGACAACAAATACAAGACCCTACACA
GTCACACCTCCAACAGGAGGAGGTTTGGGGATTCCAGCTGGTGGTTTCAACCCAGACTAC
ACAGATCCATCCTATTCCTTTGGATCCAAACTCCAGAACCCA*GAGCTCTACCACTTTAT
TTTTT*ATCTGGATC**TCTACT*GTTGATCTAGTAGTAGACA

QA 1 763 1 763
DS 

RD RR3E328JQ 810 0 0
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CTCTTTGTTAGCTTCAAAAC*TTCTCTTCTCTCTTCCATTCTCTCTCTCTCACAGAGCAA
CAAGCTGCATCCAAATCCTGTGCTTAGCTCTGGTGCAACACTATGGCTGTCGTTGTTCTT
GCTGTGATTTTGTTGGCTATGGTTGGTCACTCAAGTGGGACATGGTGTGTATGCAGAGAA
GGATTAAGCGAAGCAATGCTGCAGAAGACACTAGACTACGCATGTGGTGCAGGAGCTGAC
TGTGGACCCATTCACCAGAACGGACCTTGTTTCAACCCAAACACCGTCAAGTCTCACTGC
TCCTACGCCGTCAACAGCTTCTTCCAGAAGAAAGGTCAGTCTCAGGGAACTTGTGACTTT
GCCGGCACAGCCACCGTCTCAGCCTCTGATCCCAGCTACACTTCTTGTGCTTTTCCTGCA
AGTGCCAGTGGAAGTGGGACAATGACACCAGTGACGACAACACCATCGACAAGAGTCCCT
ACGACAACAAATACAAGACCCTACACAGTCACACCTCCAACAGGAGGAGGTTTGGGGATT
CCAGCTGGTGGTTTCAACCCAGACTACACAGATCCATCCTATTCCTTTGGATCCAAACTC
CAGAACCCAAGAGCTCTACCACTTTATTTTTTTATCTGGATTCTTCTACTTGTTGATCTA
GTAGTAGACAACAACAACTAAGTTGGACTGTGGATCATGTGAATGTGGGTCTCTCTCTCT
CTCTCTCTCACTAATGGAATCTTTTGAGAG

QA 1 810 1 810
DS 



AS 1 2

CO CL9559Contig1 958 2 2 U
GTGACTGTTCTTGATTTGTCGTACACTTTCTTGATGAATTTGGAGCCTGTCTTCAAGTCC
TGTACTCGACTGAAGGTGCTCAAATTACAAGCCTGCAAATATCTCACTGACACATCACTG
GAGCCTCTATACAAAGAAGGTGCTTTACCTGCACTTGAAGAGTTGGACTTGTCTTATGGA
ACTCTCTGTCAGACTGCCATAGATGATCTACTTGCGTGCTGCACACACTTGACCCATCTG
AGCTTGAACGGCTGTGTTAATATGCATGACCTTGATTGGGGTTCAACCAATGTACATCTA
TTTGATTACTTCGGTGTAAACAGTTCTAGTGAGAGTACTCAAGAACCAGCTGAAACAGCC
AACCGGTTACTGCAAAACCTCAATTGTGTGGGTTGTCCCAATATCAGAAAAGTGCTGATA
CCACCTGCAGCTCGGTTTTATCATCTATCAACACTGAACCTTTCACTATCGGTCAATTTA
AAGGAGGTTGATCTTGCCTGTTCCAACCTGGTCTTGCTTAATCTAAGCAACTGTTGCTCT
CTGGAAGTCCTGAAGCTTGCCTGCCCAAGATTGGCTAGTCTCTTTCTTCAGTCTTGTAAC
ATGGATGAAGCAGGAGTTGAAGCAGCTATATCAGGATGCTGCTCACTAGAGACACTGGAT
CTCCGTTTCTGTCCGAAGATATCCTCGGTGAGCATGGCGAGGTTCCGAGCAGTGTGTCCT
AGTTTTAAGCGAGTCTTCAGCAGTCCAAATCTTGCAGATTAGGGATTTGCGCATGGGAAT
GTTTTATTATATACTAGTATTGAGCATGGGAATACTTTTTTTTATAAATGACAATTTTCA
GTTTTGTGACAAAATGTTATGTATAAAATAACTTCGATCTATAAGAAGGAGATGTGTGTA
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BQ
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AF RR3BD13TF U 1
AF RR3BD13JQ C 188
BS 1 774 RR3BD13TF
BS 775 958 RR3BD13JQ

RD RR3BD13TF 774 0 0
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ACTCTCTGTCAGACTGCCATAGATGATCTACTTGCGTGCTGCACACACTTGACCCATCTG
AGCTTGAACGGCTGTGTTAATATGCATGACCTTGATTGGGGTTCAACCAATGTACATCTA
TTTGATTACTTCGGTGTAAACAGTTCTAGTGAGAGTACTCAAGAACCAGCTGAAACAGCC
AACCGGTTACTGCAAAACCTCAATTGTGTGGGTTGTCCCAATATCAGAAAAGTGCTGATA
CCACCTGCAGCTCGGTTTTATCATCTATCAACACTGAACCTTTCACTATCGGTCAATTTA
AAGGAGGTTGATCTTGCCTGTTCCAACCTGGTCTTGCTTAATCTAAGCAACTGTTGCTCT
CTGGAAGTCCTGAAGCTTGCCTGCCCAAGATTGGCTAGTCTCTTTCTTCAGTCTTGTAAC
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CTCCGTTTCTGTCCGAAGATATCCTCGGTGAGCATGGCGAGGTTCCGAGCAGTGTGTCCT
AGTTTTAAGCGAGTCTTCAGCAGTCCAAATCTTGCAGATTAGGGATTTGCGCAT

QA 1 774 1 774
DS 

RD RR3BD13JQ 771 0 0
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ACGGCTGTGTTAATATGCATGACCTTGATTGGGGTTCAACCAATGTACATCTATTTGATT
ACTTCGGTGTAAACAGTTCTAGTGAGAGTACTCAAGAACCAGCTGAAACAGCCAACCGGT
TACTGCAAAACCTCAATTGTGTGGGTTGTCCCAATATCAGAAAAGTGCTGATACCACCTG
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TTGATCTTGCCTGTTCCAACCTGGTCTTGCTTAATCTAAGCAACTGTTGCTCTCTGGAAG
TCCTGAAGCTTGCCTGCCCAAGATTGGCTAGTCTCTTTCTTCAGTCTTGTAACATGGATG
AAGCAGGAGTTGAAGCAGCTATATCAGGATGCTGCTCACTAGAGACACTGGATCTCCGTT
TCTGTCCGAAGATATCCTCGGTGAGCATGGCGAGGTTCCGAGCAGTGTGTCCTAGTTTTA
AGCGAGTCTTCAGCAGTCCAAATCTTGCAGATTAGGGATTTGCGCATGGGAATGTTTTAT
TATATACTAGTATTGAGCATGGGAATACTTTTTTTTATAAATGACAATTTTCAGTTTTGT
GACAAAATGTTATGTATAAAATAACTTCGATCTATAAGAAGGAGATGTGTGTACCGAGAA
CAAAAACTTCAATACATTGAAAATATATAGAAAATCGTTGACGAATTTGAT

QA 1 771 1 771
DS 



AS 1 2

CO CL9560Contig1 979 2 4 U
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AAGCAAGAAGCTTTAGCCATCGAACTCATAAGCCAACACCTTCTCACAGATGTTGCTTCC
ATGGAAACCAAAGTTTCCAATATTACCTTTCACGACGCTGACTCATCTCTAAACCAAACT
CTACTCTTAACCGTCGTAAACCGCCCTTACCGAACATATCCGTTCCAAGAACGGTCTCTT
GTACGATAAAGAAGGCAGAGGAAGAGGAGGAGACAAGGCACTACCGAGGAGTGAGGAGGA
GGCCATGGGGAAAATATGCGGCGGAGATTAGGGATCCGAATAAAAAGGGTTCTAGGCTTT
GGCTTGGGACTTACGACACCGCCGTGGAAGCTGCAAGAGCTTACGACCAAGCGGCGTTTG
AGTTGCGTGGGAGAAAAGCAATCTTGAATTTCCCTCTGGAAGTGAGGGCTACGTCCGACA
GTTGTTTAGTCGGATTAGGGAAACGAAAGCGGCTTAAGAGCTTCCCCGCGGTGGATGAGG
AAGAGGAGGAGAAGGCAGTACCAGTTAGGGTTAAAGATGAGGAGAAAGAGAGAGAGACCA
CGGTGGCTGAGGTTGAAGCGGTGCCTTTGACGCCGTCAAGTTGGATGGGGGTTTGGGATG
TGGGAGGAGCAGGAGACGGGATCTTCAGTGTTCCTCCGTTAACTCCGACGTCTCCCAACT
CCGTTGTCTCCGTTACTTGAACTTCTGAATTGTCAACGGTTGGTGACGTTTCCACCTGCT
TCACTCACATAATTTCTTAATTTTTTATAGTAGTATAGCGGTAGTGTACAAACATCAAAT
TAGTATTTTAGTACCAATCATTTTATTCGTTAATCTTTATAGGAAAAGCATGGATGTTGC
AAAGTTTAGATGATAATTTGTATTTGTTGATGTTCATGTAAATTCGTTGATTGTATAAAA
TTTCTTGTTCATTATTGGT


BQ
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AF RR3EY76TF U 1
AF RR3EY76JQ C 213
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RD RR3EY76TF 667 0 0
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ATGGAAACCAAAGTTTCCAATATTACCTTTCACGACGCTGACTCATCTCTAAACCAAACT
CTACTCTTAACCGTCGTAAACCGCCCTTACCGAACATATCCGTTCCAAGAACGGTCTCTT
GTACGATAAAGAAGGCAGAGGAAGAGGAGGAGACAAGGCACTACCGAGGAGTGAGGAGGA
GGCCATGGGGAAAATATGCGGCGGAGATTAGGGATCCGAATAAAAAGGGTTCTAGGCTTT
GGCTTGGGACTTACGACACCGCCGTGGAAGCTGCAAGAGCTTACGACCAAGCGGCGTTTG
AGTTGCGTGGGAGAAAAGCAATCTTGAATTTCCCTCTGGAAGTGAGGGCTACGTCCGACA
GTTGTTTAGTCGGATTAGGGAAACGAAAGCGGCTTAAGAGCTTCCCCGCGGTGGATGAGG
AAGAGGAGGAGAAGGCAGTACCAGTTAGGGTTAAAGATGAGGAGAAAGAGAGAGAGACCA
CGGTGGCTGAG*TTGAAGCGGTGCCTTTGACGCCGTCAAGTTGGATGGGGGTTTGGGATG
TGGGAGG

QA 1 667 1 667
DS 

RD RR3EY76JQ 767 0 0
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ACAAGGCACTACCGAGGAGTGAGGAGGAGGCCATGGGGAAAATATGCGGCGGAGATTAGG
GATCCGAATAAAAAGGGTTCTAGGCTTTGGCTTGGGACTTACGACACCGCCGTGGAAGCT
GCAAGAGCTTACGACCAAGCGGCGTTTGAGTTGCGTGGGAGAAAAGCAATCTTGAATTTC
CCTCTGGAAGTGAGGGCTACGTCCGACAGTTGTTTAGTCGGATTAGGGAAACGAAAGCGG
CTTAAGAGCTTCCCCGCGGTGGATGAGGAAGAGGAGGAGAAGGCAGTACCAGTTAGGGTT
AAAGATGAGGAGAAAGAGAGAGAGACCACGGTGGCTGAGGTTGAAGCGGTGCCTTTGACG
CCGTCAAGTTGGATGGGGGTTTGGGATGTGGGAGGAGCAGGAGACGGGATCTTCAGTGTT
CCTCCGTTAACTCCGACGTCTCCCAACTCCGTTGTCTCCGTTACTTGAACTTCTGAATTG
TCAACGGTTGGTGACGTTTCCACCTGCTTCACTCACATAATTTCTTAATTTTTTATAGTA
GTATAGCGGTAGTGTACAAACATCAAATTAGTATTTTAGTACCAATCATTTTATTCGTTA
ATCTTTATAGGAAAAGCATGGATGTTGCAAAGTTTAGATGATAATTTGTATTTGTTGATG
TTCATGTAAATTCGTTGATTGTATAAAATTTCTTGTTCATTATTGGT

QA 1 767 1 767
DS 



AS 1 2

CO CL9561Contig1 713 2 3 U
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AGACAAAAACCTGAGCAATCATATCTAACATACTAAAGTTTTCACTATTCATCATTGAAA
ACATACAAAACAACTGGTAAGGAAACAGCACCACCAGCGTTATAGCATATCATAACTGTG
GATCGACGTCATCCTCTTTGTTTAAGAACCGGAAACCCATAATATATCTGTACTCTCCAG
TGCCAAGACAGCGAGAGCATTCACATAACCCACTCCCTCCACAGCTCCTGCACCTCTTGG
AAGCATCTCCATATCCACGAAATTAGTCCTCCCTTTCCCGCTACAATTGAAACAGTCCAC
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BQ
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AF RR3EV53JQ U 8
AF RR3EV53TF C 1
BS 1 7 RR3EV53TF
BS 8 592 RR3EV53JQ
BS 593 713 RR3EV53TF

RD RR3EV53JQ 585 0 0
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ACAAATCAAGATCCAAAAGTGTTTACATCATCTTCCAAAAGGACTTGTGGGCTCAAAGGA
CACAGGATGTGTTGATTTCTCTTCGTATGCAACATGATGAGCATTAAGGTTGAAGACAAA
AACCTGAGCAATCATATCTAACATACTAAAGTTTTCACTATTCATCATTGAAAACATACA
AAACAACTGGTAAGGAAACAGCACCACCAGCGTTATAGCATATCATAACTGTGGATCGAC
GTCATCCTCTTTGTTTAAGAACCGGAAACCCATAATATATCTGTACTCTCCAGTGCCAAG
ACAGCGAGAGCATTCACATAACCCACTCCCTCCACAGCTCCTGCACCTCTTGGAAGCATC
TCCATATCCACGAAATTAGTCCTCCCTTTCCCGCTACAATTGAAACAGTCCACTCTTCCA
GTTCCATGGCAGATTACGCATCGACCCTTCTCCTTTCTCCTCGTCTTAGCGCCACACTGA
GTTGTGACTATCCATGAAGGTTTGTTGAGATAAAGTCTCGTTTTT

QA 1 585 1 585
DS 

RD RR3EV53TF 713 0 0
TTTTTTTGCAGATCCAACCATTT*GCAAATCAAGATTCACAAGCGTTTACATCATCTTCC
AAAAGGAACAAATCAAGATCCAAAAGTGTTTACATCATCTTCCAAAAGGACTTGTGGGCT
CAAAGGACACAGGATGTGTTGATTTCTCTTCGTATGCAACATGATGAGCATTAAGGTTGA
AGACAAAAACCTGAGCAATCATATCTAACATACTAAAGTTTTCACTATTCATCATTGAAA
ACATACAAAACAACTGGTAAGGAAACAGCACCACCAGCGTTATAGCATATCATAACTGTG
GATCGACGTCATCCTCTTTGTTTAAGAACCGGAAACCCATAATATATCTGTACTCTCCAG
TGCCAAGACAGCGAGAGCATTCACATAACCCACTCCCTCCACAGCTCCTGCACCTCTTGG
AAGCATCTCCATATCCACGAAATTAGTCCTCCCTTTCCCGCTACAATTGAAACAGTCCAC
TCTTCCAGTTCCATGGCAGATTACGCATCGACCCTTCTCCTTTCTCCTCGTCTTAGCGCC
ACACTGAGTTGTGACTATCCATGAAGGTTTGTTGAGATAAAGTCTCGTTTTTTCCTGCGT
GGACTTCGAATTCGGAACTCCTTCCTCTCGCCGGACAGACATCGCCGCCGGCAGCCGCAG
ACACGCGCTCGCCGCCATCTGTGTGCTGCTTCTTCAGCCTACACAACTGACCC

QA 1 713 1 713
DS 



AS 1 2

CO CL9562Contig1 763 2 6 U
GGGAGCTTTATAGAGAGAGAAAGAGAAGCAGAGATGGCTAGTGGAATCGCTCGTGGTCGT
TTAGCGGAGGAGAGGAAATCGTGGAGGAAGAATCATCCTCATGGTTTTGTGGCGAAGCCG
GAGACTGGGCCTGATGGGTCGGTGAATCTAATGGTGTGGCATTGCACTATTCCTGGTAAA
GCCGGTACTGATTGGGAAGGTGGGTTCTTTCCATTAACGATGCACTTCAGCGAGGACTAT
CCGAGCAAGCCTCCCAAATGCAAATTCCCACCTGGCTTTTTCCACCCTAATGTCTATCCA
TCAGGGACAGTCTGTCTCTCAATCCTTAACGAGGATTCCGGGTGGAGACCAGCCATCACT
GTGAAGCAGATTCTTGTCGGTATTCAGGATTTACTTGACACGCCTAATCCAGCTGACCCT
GCACAGACTGATGGGTATCATCTCTTCATTCAGGATGCAGTTGAGTACAAGAAAAGGGTT
AAGCTGCAGTCCAAGCAGTATCCTCCCATTGTCTAGAAACCTTCCAAGGGAACATCAAAA
TCTGATGACAAACCTCTGAATCTTTTGTGGTCTTTGTGTCTTTGTGATTGTGTGTTTAAA
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ATTATTTTCGAAAAAAAACTGATTTTTTTTTCTCTCTGTTAACTGTTAATATTCCTTGGT
ACTGATTCAGTTGGTGTTCGCTTCGATATATTATACATTGATT


BQ
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AF RR3E655TF U 1
AF RR3E655JQ C 136
BS 1 677 RR3E655TF
BS 678 678 RR3E655JQ
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TTAGCGGAGGAGAGGAAATCGTGGAGGAAGAATCATCCTCATGGTTTTGTGGCGAAGCCG
GAGACTGGGCCTGATGGGTCGGTGAATCTAATGGTGTGGCATTGCACTATTCCTGGTAAA
GCCGGTACTGATTGGGAAGGTGGGTTCTTTCCATTAACGATGCACTTCAGCGAGGACTAT
CCGAGCAAGCCTCCCAAATGCAAATTCCCACCTGGCTTTTTCCACCCTAATGTCTATCCA
TCAGGGACAGTCTGTCTCTCAATCCTTAACGAGGATTCCGGGTGGAGACCAGCCATCACT
GTGAAGCAGATTCTTGTCGGTATTCAGGATTTACTTGACACGCCTAATCCAGCTGACCCT
GCACAGACTGATGGGTATCATCTCTTCATTCAGGATGCAGTTGAGTACAAGAAAAGGGTT
AAGCTGCAGTCCAAGCAGTATCCTCCCATTGTCTAGAAACCTTCCAAGGGAACATCAAAA
TCTGATGACAAACCTCTGAATCTTTTGTGGTCTTTGTGTCTTTGTGATTGTGTGTTTAAA
TGTCATCGGGTGAATGAAAACTCCTCATTTTGGCACCTTTGAGACACTACTAGAATCTCT
ATTATTTTCGAAAAAAA*CTGATTTTTTTTTCTCTCTGTTAACTGT*AATATTCCTTGGT
ACTG

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3E655JQ 628 0 0
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GAAGGTGGGTTCTTTCCATTAACGATGCACTTCAGCGAGGACTATCCGAGCAAGCCTCCC
AAATGCAAATTCCCACCTGGCTTTTTCCACCCTAATGTCTATCCATCAGGGACAGTCTGT
CTCTCAATCCTTAACGAGGATTCCGGGTGGAGACCAGCCATCACTGTGAAGCAGATTCTT
GTCGGTATTCAGGATTTACTTGACACGCCTAATCCAGCTGACCCTGCACAGACTGATGGG
TATCATCTCTTCATTCAGGATGCAGTTGAGTACAAGAAAAGGGTTAAGCTGCAGTCCAAG
CAGTATCCTCCCATTGTCTAGAAACCTTCCAAGGGAACATCAAAATCTGATGACAAACCT
CTGAATCTTTTGTGGTCTTTGTGTCTTTGTGATTGTGTGTTTAAATGTCATCGGGTGAAT
GAAAACTCCTCATTTTGGCACCTTTGAGACACTACTAGAATCTCTATTATTTTCGAAAAA
AAACTGATTTTTTTTTCTCTCTGTTAACTGTTAATATTCCTTGGTACTGATTCAGTTGGT
GTTCGCTTCGATATATTATACATTGATT

QA 1 628 1 628
DS 



AS 1 2

CO CL9563Contig1 914 2 2 U
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ATTCAAAAACTCAGATTTAGAACCCGGGTCTCTAATTCGTTTCCGTCTTTGTCACGGGCC
ACGTCTAAAGATTCGAACTTTTGGTTTGGTGTGAGTCAGAGTCAGAGGAAGACTCTCGTC
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AAGCTTTATATTGTGGAAAGCTTTACTTCTCTTATATCTACTCCAAGTATAGTACTCTAT
GTTTTTCTGTTTCAACTTCTAGTACATGTAGAAACATACATGTAGATATTAAATTTTATA
ATTACCAGAATTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FP23TF U 1
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BS 701 914 RR3FP23JQ

RD RR3FP23TF 700 0 0
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TTTCTGGGTTCGGCGATTGAAGTGATGAGCAACCTTAGAGCTATCTGTAGACCACACACG
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ACGTCTAAAGATTCGAACTTTTGGTTTGGTGTGAGTCAGAGTCAGAGGAAGACTCTCGTC
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CTTGGATGGAATGGCTGATGAAAAAGCGTAAAGCATTTGATCAGAGAGGCGACATGGCTG
TTGCAGCTTGGGCCGAGCAACAACAGCTTGAGATTAACCTGCGTGCTCGTCGTCTTTCTC
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GAGAGTTGTTTAACAGTACTCTGAAGAGACACACGCTGGTATTGAAGAAAAGAGATTTGA
TGCGAAAGAAAGCAGAGGAGGATAAGAAGAAGCTCATTAC

QA 1 700 1 700
DS 

RD RR3FP23JQ 785 0 0
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GAAGAGAGTATGATATGGATAACCGAGTGAATCCAATGAAGGCATCACAAGCTTGGATGG
AATGGCTGATGAAAAAGCGTAAAGCATTTGATCAGAGAGGCGACATGGCTGTTGCAGCTT
GGGCCGAGCAACAACAGCTTGAGATTAACCTGCGTGCTCGTCGTCTTTCTCGTTCCAAGG
TGGATCCGGAAGAAGAGAGGAAGATACTGGAGAAAGAGAAGAAAGCATCGAGAGAGTTGT
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AAGCAGAGGAGGATAAGAAGAAGCTCATTACTCAGCTGTTAGCAGCAGAAGGTCTCGAGC
TTGATACTGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAAGCAGCCAAGTGATCAATGTGGAAAGCTTTAT
ATTGTGGAAAGCTTTACTTCTCTTATATCTACTCCAAGTATAGTACTCTATGTTTTTCTG
TTTCAACTTCTAGTACATGTAGAAACATACATGTAGATATTAAATTTTATAATTACCAGA
ATTTC

QA 1 785 1 785
DS 



AS 1 2

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AAGATGTGTTCTTGCTCCTGTAAAGCTTCAGACTGTTGAGCTCCCTTGCTTCTGATCGAG
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GAAAAAAGTGAAAATTAAACCCAAAAAAGAAGAATTAGAGATGCAGGAGGCCTGTGCTAA
AAGAGAATATCCAACCCATCAGATGGCATCATCATGCTAATATGATTAGATTGAGTGTCT
GGTGGGGACTAAGTTTTAAGTGGTGAAGCTGTCATCATAGTTCCTAATGGGGGTGAGGTA
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TGGCTCTCTGATTTTTCGTTAAAGGATATTATTACGTTGCATACAGAGTGTGTCATACTC
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AATCATTTATTTGTG


BQ
10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

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TGG

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AAAAAAGTGAAAATTAAACCCAAAAAAGAAGAATTAGAGATGCAGGAGGCCTGTGCTAAA
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GTGGGGACTAAGTTTTAAGTGGTGAAGCTGTCATCATAGTTCCTAATGGGGGTGAGGTAC
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CTTGGAATCAAGTAAGCGTTGATATAAGGTCATTCTCTGTATCAAACACTGGTTGATGAT
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ATCATTTATTTGTG

QA 1 854 1 854
DS 



AS 1 2

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TCTTCTTCGCCAAGAGCTTCGAACTGAGCGATCC


BQ
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AF RR3EV45TF C 1
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TGCGCTCAAGGTTCTTCCTAGCGAGAACCTTCTTCTCCGAGTTTTTTATGTGATGCGTCT
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TCTTCTTCGCCAAGAGCTTCGAACTGAGCGATCC

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DS 

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CTCGCTTCGCTATCGCGTTCATCTTCTTCGCCAAGAGCTT

QA 1 580 1 580
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9567Contig1 707 2 2 U
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TGTTTTTCATTCTTTTGTAGGTTTGTTTCTACTCTTTTATGGGTTCC


BQ
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3BV89TF C 1
AF RR3BV89JQ U 4
BS 1 3 RR3BV89TF
BS 4 707 RR3BV89JQ

RD RR3BV89TF 707 0 0
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TAAAGAACAAGTGAACAACTTATGGTATCAAAAGATGGCAATTAAATTGGTAGAATTAGG
TAACTGAAGAGATACCATATCTTGGACCATGAAACAAGTCCAACCCCAAAAAGAAGAGAC
GACCTCTCATTTCTTAACAGAGAATGATGGCAAACGCAAGCAGGGGAACTGAGAAAAACC
CAACACAATGGCGAAAACTAAGCTGCCGGGCTGAAGCAGAGCTAACACAATTTGTAGTAG
TAAAACACAGAACCACACGGTCACACACATCTTCCAAACGCTAACAAGGATGCAATGATG
AAACACAGAATCAAGATTGAAGCTATCCTGCACGTCAAACCAGAGAAAAAGCCAAACCAA
AACCACTTCCAAGAATTCTCAAAATCAACACGAATAAGCAACACAAGAAGCAATTCTCAA
AACCAACAATAACTCACAAACATATTTTAAAGCGATTTTATACCCTTGTAGTAGAATTTT
GTTGGGCAGTATCTTGATCTCGGACCTCAAACTATCTCATTCCAATAGGCAGCTTTGTTT
ACATCTCTATATGAGAAATGTGTTATATCTTTTTATGAGTGTTTCTTTACATTTTTTGTG
TGTTTTTCATTCTTTTGTAGGTTTGTTTCTACTCTTTTATGGGTTCC

QA 1 707 1 707
DS 

RD RR3BV89JQ 704 0 0
AATCAACTGTTTCTATTAGTAAGATTTGAATTAATAACAACATGAAAAGGTACACAATAA
AGAACAAGTGAACAACTTATGGTATCAAAAGATGGCAATTAAATTGGTAGAATTAGGTAA
CTGAAGAGATACCATATCTTGGACCATGAAACAAGTCCAACCCCAAAAAGAAGAGACGAC
CTCTCATTTCTTAACAGAGAATGATGGCAAACGCAAGCAGGGGAACTGAGAAAAACCCAA
CACAATGGCGAAAACTAAGCTGCCGGGCTGAAGCAGAGCTAACACAATTTGTAGTAGTAA
AACACAGAACCACACGGTCACACACATCTTCCAAACGCTAACAAGGATGCAATGATGAAA
CACAGAATCAAGATTGAAGCTATCCTGCACGTCAAACCAGAGAAAAAGCCAAACCAAAAC
CACTTCCAAGAATTCTCAAAATCAACACGAATAAGCAACACAAGAAGCAATTCTCAAAAC
CAACAATAACTCACAAACATATTTTAAAGCGATTTTATACCCTTGTAGTAGAATTTTGTT
GGGCAGTATCTTGATCTCGGACCTCAAACTATCTCATTCCAATAGGCAGCTTTGTTTACA
TCTCTATATGAGAAATGTGTTATATCTTTTTATGAGTGTTTCTTTACATTTTTTGTGTGT
TTTTCATTCTTTTGTAGGTTTGTTTCTACTCTTTTATGGGTTCC

QA 1 704 1 704
DS 



AS 1 2

CO CL9568Contig1 844 2 7 U
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CCGCCGCAAGGAGGAAAGCCGGGATGGGCGGCGTTGCCAAGCCCTAGAATTGGTCCGTGG
CTTCGTCTTCTGAAGAAGTTGGCTGAAGCTCATAGCTTAGTTCCTGAGTTTGAGATAACA
TTGGAAGGTACTCATCATGGACCAATCACTAGTAAACCAACCATGTTTTTGGAGATTGGT
AGTACAGAGGAATACTGGAAGAGACAAGACGCTGCTCAGGTCATGGCTCTTTTAATGTGG
GAAGGACTTGGGCTTGGAAGTGGTGAAGCTGTGGGGAACTGGAACAGTGAAAAGGGAAAG
AGGAAAGTTCTTCTGGGGATTGGAGGTGGACATTATGCTCCTCGTCACATGGATGTAGTT
TTGAAAGATGATGTTTGGGTAGGCCATTTGCTTTCTGGATACTCATTGCCAATGGAAGAA
CCTAAACCTGGAGAGAATCACATTGGTGGGACTTGGAAACAATCAATCCAAGCAGCATTT
GAAGCTACTAAAGCATCATTCCCTGGAGGCGAGATCGTAGCTCATCTTGATCACAAGAGC
TTCAAAGGATGGCAAAAGAAAGCCATAACAGAGTTCTTGGCAGAACAGAACATCAATGTC
GGGAAGCCAAACGATTTCACATAAACCTTGAGAACCATAAAGACATGATTTGAGTTTTTG
TTTATTTACCACTGAAATACATCTATAAGCTTTCTTTAGATTATTTTCTTTAAGTTCAAA
GCAAATGTTTAAAGATCTATAAACATGTTATTCAACATCCAGTGATCTACACAACGTTTA
ATCG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 0 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 

AF RR3CM28TF U 73
AF RR3CM28JQ C 1
BS 1 72 RR3CM28JQ
BS 73 620 RR3CM28TF
BS 621 623 RR3CM28JQ
BS 624 644 RR3CM28TF
BS 645 645 RR3CM28JQ
BS 646 662 RR3CM28TF
BS 663 844 RR3CM28JQ

RD RR3CM28TF 592 0 0
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AAGAAGTTGGCTGAAGCTCATAGCTTAGTTCCTGAGTTTGAGATAACATTGGAAGGTACT
CATCATGGACCAATCACTAGTAAACCAACCATGTTTTTGGAGATTGGTAGTACAGAGGAA
TACTGGAAGAGACAAGACGCTGCTCAGGTCATGGCTCTTTTAATGTGGGAAGGACTTGGG
CTTGGAAGTGGTGAAGCTGTGGGGAACTGGAACAGTGAAAAGGGAAAGAGGAAAGTTCTT
CTGGGGATTGGAGGTGGACATTATGCTCCTCGTCACATGGATGTAGTTTTGAAAGATGAT
GTTTGGGTAGGCCATTTGCTTTCTGGATACTCATTGCCAATGGAAGAACCTAAACCTGGA
GAGAATCACATTGGTGGGACTTGGAAACAATCAATCCAAGCAGCATTTGAAGCTACTAAA
GCATCATTCCCTGGAGGCGAGATCGTAGCTCATCTTGATCACAAGAGCTTCAAAGGATGG
CAAAAGAAG**CATAACAGAGTTCTTGGCAGA*CAGAACATCAATGTCGG
AA

QA 1 590 1 590
DS 

RD RR3CM28JQ 844 0 0
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CCGCCGCAAGGAGGAAAGCCGGGATGGGCGGCGTTGCCAAGCCCTAGAATTGGTCCGTGG
CTTCGTCTTCTGAAGAAGTTGGCTGAAGCTCATAGCTTAGTTCCTGAGTTTGAGATAACA
TTGGAAGGTACTCATCATGGACCAATCACTAGTAAACCAACCATGTTTTTGGAGATTGGT
AGTACAGAGGAATACTGGAAGAGACAAGACGCTGCTCAGGTCATGGCTCTTTTAATGTGG
GAAGGACTTGGGCTTGGAAGTGGTGAAGCTGTGGGGAACTGGAACAGTGAAAAGGGAAAG
AGGAAAGTTCTTCTGGGGATTGGAGGTGGACATTATGCTCCTCGTCACATGGATGTAGTT
TTGAAAGATGATGTTTGGGTAGGCCATTTGCTTTCTGGATACTCATTGCCAATGGAAGAA
CCTAAACCTGGAGAGAATCACATTGGTGGGACTTGGAAACAATCAATCCAAGCAGCATTT
GAAGCTACTAAAGCATCATTCCCTGGAGGCGAGATCGTAGCTCATCTTGATCACAAGAGC
TTCAAAGGATGGCAAAAGAAAGCCATAACAGAGTTCTTGGCAGAACAGAACATCAATGTC
GGGAAGCCAAACGATTTCACATAAACCTTGAGAACCATAAAGACATGATTTGAGTTTTTG
TTTATTTACCACTGAAATACATCTATAAGCTTTCTTTAGATTATTTTCTTTAAGTTCAAA
GCAAATGTTTAAAGATCTATAAACATGTTATTCAACATCCAGTGATCTACACAACGTTTA
ATCG

QA 1 844 1 844
DS 



AS 1 2

CO CL9569Contig1 853 2 4 U
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CATTTTTACGGATCTGCCTTTGGGACAAGAGAAAACAGAAGATTTTCCTTTAGCGCACCG
GTCAATCTACGAGGTGGATCTAACAGAATCGCGCTACTAAGCATAGCAGTTGGTTTGCCG
AATGTTGGACCACATTTTGAGACGTGGGCCACGGGGATTGTCGGGTCTGTTGCGCTTCAC
GGCCTTGACGGGGGTAGCAAAGACTTGAGTCGACATAGATGGACCTATCAGGTTGGTCTC
CGAGGTGAAGCAATGAACTTGATCTCTCCTTCAGAAGCTTCCTCTGTTGATTGGATCAAA
GGCTCATTAGCAAAGCAAAACAAACAGCCTTTGACCTGGTACAAGGCCTTCTTTGACGCT
CCTAGAGGGAACGAGCCGGTGGCTTTGTATCTGAGAAGTATGGGGAAAGGACAAGCTTGG
ATAAACGGACAAAGTTTAGGGAGATACTGGATGGCTTTCGCCAAAGGAAACTGTGGGAGT
TGCAACTACGCAGGAACATACAGAGAAGCCAAATGCCAATCTGGTTGTGGCGAACCAACA
CAAAGATGGTATCATGTTCCGCGTTCGTGGTTAAAACCAAGAGGGAACTTGTTAGTGCTC
TTTGAAGAACTTGGTGGAGACGTCTCAAAAGTCTCTGTTGTAAAGAGATCAGTACACTAA
AAAGAAACAAAAACTCAATCCTGTGTTTTTCATTACACAACAGCATTCCTCATGCTGCTC
TTAAGTTATCAATCCATGTTTTGTAATCATAACAAGATAAGTTTATAAATACCAAATTTG
CATCAGTTTTATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3E646TF U 1
AF RR3E646JQ C 56
BS 1 553 RR3E646TF
BS 554 554 RR3E646JQ
BS 555 643 RR3E646TF
BS 644 853 RR3E646JQ

RD RR3E646TF 643 0 0
GAATGGCCGAGTCTTACGGTGGATTCAGCAGGGCATGCGGTTCATGTGTTTGTTAATGGA
CATTTTTACGGATCTGCCTTTGGGACAAGAGAAAACAGAAGATTTTCCTTTAGCGCACCG
GTCAATCTACGAGGTGGATCTAACAGAATCGCGCTACTAAGCATAGCAGTTGGTTTGCCG
AATGTTGGACCACATTTTGAGACGTGGGCCACGGGGATTGTCGGGTCTGTTGCGCTTCAC
GGCCTTGACGGGGGTAGCAAAGACTTGAGTCGACATAGATGGACCTATCAGGTTGGTCTC
CGAGGTGAAGCAATGAACTTGATCTCTCCTTCAGAAGCTTCCTCTGTTGATTGGATCAAA
GGCTCATTAGCAAAGCAAAACAAACAGCCTTTGACCTGGTACAAGGCCTTCTTTGACGCT
CCTAGAGGGAACGAGCCGGTGGCTTTGTATCTGAGAAGTATGGGGAAAGGACAAGCTTGG
ATAAACGGACAAAGTTTAGGGAGATACTGGATGGCTTTCGCCAAAGGAAACTGTGGGAGT
TGCAACTACGCAG*AACATACAGAGAAGCCAAATGCCAATCTGGTTGTGGCGAACCAACA
CAAAGATGGTATCATGTTCCGCGTTCGTGGTTAAAACCAAGAG

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3E646JQ 798 0 0
AATGGACA
TTTTACGGATCTGCCTTTGGGACAAGAGAAAACAGAAGATTTTCCTTTAGCGCACCGGTC
AATCTACGAGGTGGATCTAACAGAATCGCGCTACTAAGCATAGCAGTTGGTTTGCCGAAT
GTTGGACCACATTTTGAGACGTGGGCCACGGGGATTGTCGGGTCTGTTGCGCTTCACGGC
CTTGACGGGGGTAGCAAAGACTTGAGTCGACATAGATGGACCTATCAGGTTGGTCTCCGA
GGTGAAGCAATGAACTTGATCTCTCCTTCAGAAGCTTCCTCTGTTGATTGGATCAAAGGC
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AGAGGGAACGAGCCGGTGGCTTTGTATCTGAGAAGTATGGGGAAAGGACAAGCTTGGATA
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AACTACGCAGGAACATACAGAGAAGCCAAATGCCAATCTGGTTGTGGCGAACCAACACAA
AGATGGTATCATGTTCCGCGTTCGTGGTTAAAACCAAGAGGGAACTTGTTAGTGCTCTTT
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CAGTTTTATT

QA 9 798 9 798
DS 



AS 1 2

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GTTGGAGAAGAATCTTTTACCAGATGTTGTCATAAGGCGGTTGACGCGTCTGCTTCTCGC
CGGTCGACTTCGTTCCGGTTACAGCCACGGCGGATCTGCAACTTTCCGATCTCCTCCGTT
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ACTATGAATTACCAACAGCTTTCTTCGAGCTTGTTCTTGGAAGAAACATGAAATACAGCT
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TATATTGCCAGAGGGCTAAAGTGGAAGATGGACAGAGTGTTCTTGATGTCGGATGTGGCT
GGGGATCTTTGTCCTTGTACATTGCCCGCAAGTACAGCAACTGCAAGATAACAGGTCTCT
GCAACTCAAAAACACAGAAAGCATTCATCGAGGAGCAATGCTGGAAACGTGGGATTCAAA
ATATCGAAATAATGGTTGGAGATATTAGCAAATTTGAGCATGAAGGGACATACGACCGAG
TATTCTCCATCGAAATGTTCGAGCATATGAAAAACTATGGGGAGCTTCTGAAGAAAATTG
GAAAGTGGATGAAGGAAGATGGTCTTCTGTTTGTTCACTATTTCTGCCATAAGACATTTG
CTTACCACTTTGAGGATGTGAATGACGATGACTGGATCACAAGACACTTCTTCAGTGGAG
GAACAATGCCATCAGCAAATCTTCTCCTCTACTTCCAAGAAGATGTTGCGATTGTGGATC
ATTGGCTACTAAATGGGAAGCATTATGCAAATACCAGTGAAGAGTGGCTGAAAAGAATGG
ACAAGGAGAGAGTTGCGATAAAGGAGATAATGGAAATGACTTATGGGAAAGAGGAGGCAG
TGAAGTGGACGGTTTACTGGAGAACCTTCTTCATCGCGGTTGCTGAGCTTTTTGGATACA
ACAATGGAGAAGAGTGGATGGTTTCACACTTCTTGTTCAAGAAGAAGTGATTACATTTCT
TCCTTCTCTTATTTATCAGTTCTTGAAATTTCGTGTGCCAAAAATAAAGAATACTACAAC
ATTCTGCTTCTAGTATGTTTTCCTATTTTTTTTTTTTAAAAAAGTTGCTCAATTTGGGAT
C


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 

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ATATCGAAATAATGGTTGGAGATATTAGCAAATTTGAGCATG

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DS 

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GTACAGCAACTGCAAGATAACAGGTCTCTGCAACTCAAAAACACAGAAAGCATTCATCGA
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ATTTGAGCATGAAGGGACATACGACCGAGTATTCTCCATCGAAATGTTCGAGCATATGAA
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GGAAATGACTTATGGGAAAGAGGAGGCAGTGAAGTGGACGGTTTACTGGAGAACCTTCTT
CATCGCGGTTGCTGAGCTTTTTGGATACAACAATGGAGAAGAGTGGATGGTTTCACACTT
CTTGTTCAAGAAGAAGTGATTACATTTCTTCCTTCTCTTATTTATCAGTTCTTGAAATTT
CGTGTGCCAAAAATAAAGAATACTACAACATTCTGCTTCTAGTATGTTTTCCTATTTTTT
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QA 1 870 1 870
DS 



AS 1 2

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ACGCGACCATTTATGTTTACAAAGCTAATGAACATAATAAAAACGATCCTGTCGCTCTAA
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BQ
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AF RR3FZ03TF U 1
AF RR3G765TF U 6
BS 1 588 RR3FZ03TF
BS 589 656 RR3G765TF

RD RR3FZ03TF 588 0 0
GGGATTTGATATTTGTTTTACATTTATAAACTTGGTATAAGATGTCAAACCAAACAACAC
GGAACCTTCCTCTATTACTCGAAATGAAACAAACTGAACTTATTACACCCTCAAAGCACA
CTCCTCGTGAAGTCCTATCCCTTTCTACTCTAGACAGCGATGTTCTCAATGAAGACATGT
ACGCGACCATTTATGTTTACAAAGCTAATGAACATAATAAAAACGATCCTGTCGCTCTAA
TTAGGAAAGCTTTGTCCGAGCTTCTTGTGTATTATTATCCACTTTCAGGCAAGCTAGTGA
GAGGAGAGAGTGGCCGAAAGCCTCAGCTAGTTTGCCAGGGCGAGGGTGTCCCATTCACCG
TCGCTACGGCATCACTCGACCTCACTTCTCTAGACTATTTGGAAAAACTTGACGATGAAG
TTGCTTTGCGTCTTGTGCCTGAGATTGAAATTGACTATGATACTGATTTTTGTTATCATC
CTCTAGCTTTGCAAGTGACCAAGTTTGCTTGCGGAGGGTTCACCATTGGCACTGCACTGA
CGCATGTTGTGTGTGATGGATTTGGTGTGGCTCAGATCATCCATGCTT

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3G765TF 651 0 0
GG
GATATTTGTTTTACATTTATAAACTTGGTATAAGATGTCAAACCAAACAACACGGAACCT
TCCTCTATTACTCGAAATGAAACAAACTGAACTTATTACACCCTCAAAGCACACTCCTCG
TGAAGTCCTATCCCTTTCTACTCTAGACAGCGATGTTCTCAATGAAGACATGTACGCGAC
CATTTATGTTTACAAAGCTAATGAACATAATAAAAACGATCCTGTCGCTCTAATTAGGAA
AGCTTTGTCCGAGCTTCTTGTGTATTATTATCCACTTTCAGGCAAGCTAGTGAGAGGAGA
GAGTGGCCGAAAGCCTCAGCTAGTTTGCCAGGGCGAGGGTGTCCCATTCACCGTCGCTAC
GGCATCACTCGACCTCACTTCTCTAGACTATTTGGAAAAACTTGACGATGAAGTTGCTTT
GCGTCTTGTGCCTGAGATTGAAATTGACTATGATACTGATTTTTGTTATCATCCTCTAGC
TTTGCAAGTGACCAAGTTTGCTTGCGGAGGGTTCACCATTGGCACTGCACTGACGCATGT
TGTGTGTGATGGATTTGGTGTGGCTCAGATCATCCATGCTTTAACCGAGTTCGCTGCAGA
AAGTGTGAACCATCGGTGGTGCCGGTGTGGCAGAGGTAACGGCTTGTCG

QA 3 651 3 651
DS 



AS 1 2

CO CL9572Contig1 1170 2 2 U
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AAGGCGAAGATGAGCCCTGTGGATGACGTTAAACCGGAAGTGGAAGAAGCTGAGAAAGCA
GAGGTAGTTGAAGAACAGAGAGACGGCGGAGAAGTAGAAGAAGAAGAGGCAGAGAAAGAT
CAGAGCTTTGAGGAGCTAGGGCTTGATCCTCGTCTCATTCGCGCTTTATCCAAAAAGGGT
ATAGAGAAACCAACTCCTATTCAGCAAACAGCCATTCCTTACATCCTGGAAGGAAAAGAT
GTGGTTGCTAGGGCTAAGACTGGCTCAGGGAAGACATCAGCTTACCTTCTGCCGTTGCTT
CAGAAGCTGTTTTCAGATTCTGGGAGGAAGGAGAAGAAGCCTGCTCCTTGTGCTTTTGTT
CTCGTTCCTTCTCGTGAGTTGTGTCAGCAGGTCTACACTGAGGTTTCTTGGCTTATCGAG
TTGTGTCGTGTTCAGCTTAAAGCTGTGCAGTTGACTAGTAGCATGCCTGTGTCTGCTATG
CGTAACGCATTGGCCAGCTTGCCTGAGATTCTAGTCACTACACCTGCTTGTATTCCTAAA
TGTTTTGCCGATGGGGTTTTAGATCCCGCAGCTATCAGTGAGTCGCTTGAGATTTTGGCT
CTTGATGAGGCAGATCTTTTGTTGTCGTATGGATATGAGGATAATCTAAGGTCGGTAACT
TCCATTGTCCCAAGACGTTGCCAATGCCTCCTTATGTCTGCTACCACAAGTTCTGATGTC
GAGAAACTGAAGAAATTGATTTTGCACAACCCGGTAGTCTTGACCTTGCAAGAAGGTTCT
GACAAGGAAGAGCCCGTCCCAAGTAATGTTCAGCAGTTTTGGATTTCTTGCAGTGCTCAG
GATAAACTACTTAACATTCTTGCTCTCCTGAAGCTAGAAGTTGTTCAGAAGAAAATTTTG
ATATTCATCAATACTATTGACATGGGTTTCAAGCTGAAACTATTCTTGGAAAAGTTTGGA
ATCAAAACTGCAATCTTAAACGGGGAATTGCCTCAGAATTTTCGGCTTCATATCCTTGAG
CAATTCAATGCAGATCTTTTTGATTATTTGATTGCAACGGATGATAATAACCAGACTAAA
GAAAAGGAAGAGGCTAAAGGTGATGATGAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GK72TF U 1
AF RR3GK72JQ C 411
BS 1 674 RR3GK72TF
BS 675 1170 RR3GK72JQ

RD RR3GK72TF 674 0 0
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CAGAGCTTTGAGGAGCTAGGGCTTGATCCTCGTCTCATTCGCGCTTTATCCAAAAAGGGT
ATAGAGAAACCAACTCCTATTCAGCAAACAGCCATTCCTTACATCCTGGAAGGAAAAGAT
GTGGTTGCTAGGGCTAAGACTGGCTCAGGGAAGACATCAGCTTACCTTCTGCCGTTGCTT
CAGAAGCTGTTTTCAGATTCTGGGAGGAAGGAGAAGAAGCCTGCTCCTTGTGCTTTTGTT
CTCGTTCCTTCTCGTGAGTTGTGTCAGCAGGTCTACACTGAGGTTTCTTGGCTTATCGAG
TTGTGTCGTGTTCAGCTTAAAGCTGTGCAGTTGACTAGTAGCATGCCTGTGTCTGCTATG
CGTAACGCATTGGCCAGCTTGCCTGAGATTCTAGTCACTACACCTGCTTGTATTCCTAAA
TGTTTTGCCGATGGGGTTTTAGATCCCGCAGCTATCAGTGAGTCGCTTGAGATTTTGGCT
CTTGATGAGGCAGA

QA 1 674 1 674
DS 

RD RR3GK72JQ 760 0 0
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GTCGGTAACTTCCATTGTCCCAAGACGTTGCCAATGCCTCCTTATGTCTGCTACCACAAG
TTCTGATGTCGAGAAACTGAAGAAATTGATTTTGCACAACCCGGTAGTCTTGACCTTGCA
AGAAGGTTCTGACAAGGAAGAGCCCGTCCCAAGTAATGTTCAGCAGTTTTGGATTTCTTG
CAGTGCTCAGGATAAACTACTTAACATTCTTGCTCTCCTGAAGCTAGAAGTTGTTCAGAA
GAAAATTTTGATATTCATCAATACTATTGACATGGGTTTCAAGCTGAAACTATTCTTGGA
AAAGTTTGGAATCAAAACTGCAATCTTAAACGGGGAATTGCCTCAGAATTTTCGGCTTCA
TATCCTTGAGCAATTCAATGCAGATCTTTTTGATTATTTGATTGCAACGGATGATAATAA
CCAGACTAAAGAAAAGGAAGAGGCTAAAGGTGATGATGAT

QA 1 760 1 760
DS 



AS 1 2

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GTTGAGAGTGAATTGTGAGAAAGTTGTGTGTTTTCTCATTAGCCAACACCACATTATATA
GTGGTTTGTACAAGGGTTTACAAATGCTTTACAAGGAAGTAA


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3D829JQ C 1
AF RR3D829TF U 1
BS 1 582 RR3D829TF

RD RR3D829JQ 582 0 0
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AACACATCTCCTGATTGCTTGCTATATAAATATTTTCTCCTTGAAAAGTGGGCCAACAAC
GAGAGAGTTCGCAAATCTCTTCATGTTAAAAAGGGGAGTATAAGGGAATGGAAGCAATGT
AATTTTGATGGTATTTCGTATAATTACGACATTCAGAGCACCGTACCATACCACAAAAAT
AACAGCATCAATGGTTTCCGATCTCTTATCTTCAGTGATCACGATATGACGGTGCCTTTT
ATTGCAACTCAAGCCTGGATAAGATCTCTCAATTACTCCATCATTGATGACTGGAGGCCT
TGGATGATAAACGATCAAATTGCTGGGTATAAATTATTTTTGTTATAAACTAAAGAGAAT
GTTGAGAGTGAATTGTGAGAAAGTTGTGTGTTTTCTCATTAGCCAACACCACATTATATA
GTGGTTTGTACAAGGGTTTACAAATGCTTTACAAGGAAGTAA

QA 1 582 1 582
DS 

RD RR3D829TF 582 0 0
GCTGCAAAGGAAGTTATGGAAATGTGGACTCACGTAACACAGAATGCTTGAAACTCACTG
AAATTTACCAAAATTGTACCGACAGATTGAATAAGTACCATATATTACTACCGGATTGCG
AACACATCTCCTGATTGCTTGCTATATAAATATTTTCTCCTTGAAAAGTGGGCCAACAAC
GAGAGAGTTCGCAAATCTCTTCATGTTAAAAAGGGGAGTATAAGGGAATGGAAGCAATGT
AATTTTGATGGTATTTCGTATAATTACGACATTCAGAGCACCGTACCATACCACAAAAAT
AACAGCATCAATGGTTTCCGATCTCTTATCTTCAGTGATCACGATATGACGGTGCCTTTT
ATTGCAACTCAAGCCTGGATAAGATCTCTCAATTACTCCATCATTGATGACTGGAGGCCT
TGGATGATAAACGATCAAATTGCTGGGTATAAATTATTTTTGTTATAAACTAAAGAGAAT
GTTGAGAGTGAATTGTGAGAAAGTTGTGTGTTTTCTCATTAGCCAACACCACATTATATA
GTGGTTTGTACAAGGGTTTACAAATGCTTTACAAGGAAGTAA

QA 1 582 1 582
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9575Contig1 953 2 8 U
GCGAATCTCTTTGTTTTCAACTCTCTAATCAAAGGCTTCCTCGCCGGCAACGACATGGAT
GGAGTTGGCGAGGTGGTGAACCTGATGGAAGAGTTCGGAGTAAGACCTGACGTGGTCACA
TTCAGCACACTAATGAACGCGTGGAGCTCTGTGGGAGATATGAAAAGATGCGAGGAGATC
TATGGAGATATGTTGGAAGGAGGAATAGACCCGGACATTCATGCATTTAGCATCCTAGCC
AAAGGGTACACTCGAGCTAGAGAGCCAGAGAAGGCGGAGCAAGTCTTGAATCAGATGAAG
AAGTTCGGTGTAAGGCCAAACGTGGTGATCTACACGACGATCATAAGCGGTTGGTGCAGC
GCAGGCGAGATGAAGAAAGCGATGCAGGTGTATAACAAAATGTGTGGAACGGTTGGTTTG
TCGCCAAACTTGACTACTTACGAGACTCTCATGTGGGGGTTTGGAGAAGCGAAGCAGCCA
TGGAAAGCTGAGGAGCTTCTGAAAGATATGGAAAAGAAGAAGGTCGTTCCCACGAGGAAA
ACTATGCAACTGATAGCATGGATGGAAAGCTATCGGTGTTTCTAACAGTAGTGACGCCAA
TACGTTAGGCTCTTCTTCTTTCTCAGCTTCCTCCTCCAAGCTCAGTATCCCTAATCATAT
CGTCCCGGCGAGGAGTACGGTGTTTTTAAAGGGAATGCCTGAGAAACCAAAGCTATGCAT
CAAGTCACAGTTTGGTTTGAGGCAGAAGGTTTTGGTGGTGTTGTGCAGAGACCAGATTAG
AGAAGCTGGGAGGTTTGCAAATCCATGTAGAGTTGTTTGTCTGTAGAGATGAAGCCAAGT
TCAAGGGTGTGAAATGCTAACGAAAGGTTGAAGAAGCAAAGTAGCAAACAAAATACATTT
TCCTGTACAATAACATTTTTTGTACATTTTTGTTATATTTTTTTACTCCCTAC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3CJ80TF U 1
AF RR3CJ80JQ C 138
BS 1 679 RR3CJ80TF
BS 680 680 RR3CJ80JQ
BS 681 694 RR3CJ80TF
BS 695 695 RR3CJ80JQ
BS 696 705 RR3CJ80TF
BS 706 706 RR3CJ80JQ
BS 707 737 RR3CJ80TF
BS 738 953 RR3CJ80JQ

RD RR3CJ80TF 737 0 0
GCGAATCTCTTTGTTTTCAACTCTCTAATCAAAGGCTTCCTCGCCGGCAACGACATGGAT
GGAGTTGGCGAGGTGGTGAACCTGATGGAAGAGTTCGGAGTAAGACCTGACGTGGTCACA
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TATGGAGATATGTTGGAAGGAGGAATAGACCCGGACATTCATGCATTTAGCATCCTAGCC
AAAGGGTACACTCGAGCTAGAGAGCCAGAGAAGGCGGAGCAAGTCTTGAATCAGATGAAG
AAGTTCGGTGTAAGGCCAAACGTGGTGATCTACACGACGATCATAAGCGGTTGGTGCAGC
GCAGGCGAGATGAAGAAAGCGATGCAGGTGTATAACAAAATGTGTGGAACGGTTGGTTTG
TCGCCAAACTTGACTACTTACGAGACTCTCATGTGGGGGTTTGGAGAAGCGAAGCAGCCA
TGGAAAGCTGAGGAGCTTCTGAAAGATATGGAAAAGAAGAAGGTCGTTCCCACGAGGAAA
ACTATGCAACTGATAGCATGGATGGAAAGCTATCGGTGTTTCTAACAGTAGTGACGCCAA
TACGTTAGGCTCTTCTTCTTTCTCAGCTTCCTCCTCCAAGCTCAGTATCCCTAATCATAT
CGTCCCGGCGAGGAGTACG*TGTTTTTAAAGGGA*TGCCTGAGAA*CCAAAGCTATGCAT
CAAGTCACAGTTTGGTT

QA 1 737 1 737
DS 

RD RR3CJ80JQ 816 0 0
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TAGAGAGCCAGAGAAGGCGGAGCAAGTCTTGAATCAGATGAAGAAGTTCGGTGTAAGGCC
AAACGTGGTGATCTACACGACGATCATAAGCGGTTGGTGCAGCGCAGGCGAGATGAAGAA
AGCGATGCAGGTGTATAACAAAATGTGTGGAACGGTTGGTTTGTCGCCAAACTTGACTAC
TTACGAGACTCTCATGTGGGGGTTTGGAGAAGCGAAGCAGCCATGGAAAGCTGAGGAGCT
TCTGAAAGATATGGAAAAGAAGAAGGTCGTTCCCACGAGGAAAACTATGCAACTGATAGC
ATGGATGGAAAGCTATCGGTGTTTCTAACAGTAGTGACGCCAATACGTTAGGCTCTTCTT
CTTTTTCAGCTTCCTCCTCCAAGCTCAGTATCCCTAATCATATCGTCCCGGCGAGGAGTA
CGGTGTTTTTAAAGGGAATGCCTGAGAAACCAAAGCTATGCATCAAGTCACAGTTTGGTT
TGAGGCAGAAGGTTTTGGTGGTGTTGTGCAGAGACCAGATTAGAGAAGCTGGGAGGTTTG
CAAATCCATGTAGAGTTGTTTGTCTGTAGAGATGAAGCCAAGTTCAAGGGTGTGAAATGC
TAACGAAAGGTTGAAGAAGCAAAGTAGCAAACAAAATACATTTTCCTGTACAATAACATT
TTTTGTACATTTTTGTTATATTTTTTTACTCCCTAC

QA 1 816 1 816
DS 



AS 1 2

CO CL9576Contig1 143 2 1 U
GGCTGTGATCTCATTCACGAGATATTCTGTCAAACAAATACCATAAACTGGGGTAAAACC
TATCGCTCCAACCTCTCTCTAAGTTCTGTGACAAACCCTAGCTCCGGCCCGGGGAATCCG
GTGCCGGAGGCGTCTCTCCTTCC


BQ
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AF RR3FP66JQ C 1
AF RR3FP66TF U 1
BS 1 143 RR3FP66TF

RD RR3FP66JQ 143 0 0
GGCTGTGATCTCATTCACGAGATATTCTGTCAAACAAATACCATAAACTGGGGTAAAACC
TATCGCTCCAACCTCTCTCTAAGTTCTGTGACAAACCCTAGCTCCGGCCCGGGGAATCCG
GTGCCGGAGGCGTCTCTCCTTCC

QA 1 143 1 143
DS 

RD RR3FP66TF 143 0 0
GGCTGTGATCTCATTCACGAGATATTCTGTCAAACAAATACCATAAACTGGGGTAAAACC
TATCGCTCCAACCTCTCTCTAAGTTCTGTGACAAACCCTAGCTCCGGCCCGGGGAATCCG
GTGCCGGAGGCGTCTCTCCTTCC

QA 1 143 1 143
DS 



AS 1 2

CO CL9577Contig1 564 2 1 U
GGCTAACGGTATGAAGTTAGAAACGCACGCTTTGACGGGTCCTTACGGGAAAAAAAGGTG
TTGTGAGCTTCACATATAGGTTTCTTGCGGAACAACTTAGGGTTTCAAAGGTTCCAACAC
CGTCGACAACATCCCAACCATATATCATGTATCTACCGGTCTCGCCCCATTCATACGCGT
CATCAGATCCGATACAGTTGACCTCAAGTTATGTGACTGTTCAACAAGGTACAAATGCTG
CGCCGAGTAACGGACTAGTACCAATATATATGTCACCTCAATATCAATCACATGGATATC
AACAATATTCACCACGAAATCTGCAGCCACCACCACAACATTCGCAACTTAAACCACTAC
CTCAGCAGCCGTTCTCTCAATCAGTGCCGGATACACAAGAAGCATAAACTTGTTGCACCC
GTCTACAATATTGCGTGGAAAATAAAATGAATCTCAGTTTGATATGTATTTTTAAATGCT
TGGACTAATTTTCCTTCTTTTACTTCCAGCTCATCTGTGTTGTTGATCTCTCCATTATCT
TGAAACTTAATTCATTACGTTTCT


BQ
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AF RR3FC91JQ C 1
AF RR3FC91TF U 1
BS 1 564 RR3FC91TF

RD RR3FC91JQ 564 0 0
GGCTAACGGTATGAAGTTAGAAACGCACGCTTTGACGGGTCCTTACGGGAAAAAAAGGTG
TTGTGAGCTTCACATATAGGTTTCTTGCGGAACAACTTAGGGTTTCAAAGGTTCCAACAC
CGTCGACAACATCCCAACCATATATCATGTATCTACCGGTCTCGCCCCATTCATACGCGT
CATCAGATCCGATACAGTTGACCTCAAGTTATGTGACTGTTCAACAAGGTACAAATGCTG
CGCCGAGTAACGGACTAGTACCAATATATATGTCACCTCAATATCAATCACATGGATATC
AACAATATTCACCACGAAATCTGCAGCCACCACCACAACATTCGCAACTTAAACCACTAC
CTCAGCAGCCGTTCTCTCAATCAGTGCCGGATACACAAGAAGCATAAACTTGTTGCACCC
GTCTACAATATTGCGTGGAAAATAAAATGAATCTCAGTTTGATATGTATTTTTAAATGCT
TGGACTAATTTTCCTTCTTTTACTTCCAGCTCATCTGTGTTGTTGATCTCTCCATTATCT
TGAAACTTAATTCATTACGTTTCT

QA 1 564 1 564
DS 

RD RR3FC91TF 564 0 0
GGCTAACGGTATGAAGTTAGAAACGCACGCTTTGACGGGTCCTTACGGGAAAAAAAGGTG
TTGTGAGCTTCACATATAGGTTTCTTGCGGAACAACTTAGGGTTTCAAAGGTTCCAACAC
CGTCGACAACATCCCAACCATATATCATGTATCTACCGGTCTCGCCCCATTCATACGCGT
CATCAGATCCGATACAGTTGACCTCAAGTTATGTGACTGTTCAACAAGGTACAAATGCTG
CGCCGAGTAACGGACTAGTACCAATATATATGTCACCTCAATATCAATCACATGGATATC
AACAATATTCACCACGAAATCTGCAGCCACCACCACAACATTCGCAACTTAAACCACTAC
CTCAGCAGCCGTTCTCTCAATCAGTGCCGGATACACAAGAAGCATAAACTTGTTGCACCC
GTCTACAATATTGCGTGGAAAATAAAATGAATCTCAGTTTGATATGTATTTTTAAATGCT
TGGACTAATTTTCCTTCTTTTACTTCCAGCTCATCTGTGTTGTTGATCTCTCCATTATCT
TGAAACTTAATTCATTACGTTTCT

QA 1 564 1 564
DS 



AS 1 2

CO CL9578Contig1 580 2 1 U
GAGGCTGTTCAAGAAGAGAAGTTACCTGCCAGCCAGCTTCAATACTATTAAGATCAGAGT
TAAAGTTTCCACCTAAAACCCAGATCTGAGCCAAGCTAAACTCATTAGGCATCTCCACAT
TCGGTTTCCATACATTGATCTTCGCTTTAGCCCCGTAGAAAACCCCATCTTCAACATACA
TTATCGCATGCTACATCAAAATACAAATATACGTAGAAAAGTTGTTAATGAAACACACAC
CACAACAACAAGGGTCAAAACTAATGAATGCATAAAGAAATGTATATTACCTGATGGCCA
TTTTGTGTAAGGACACTAGCTGGCTCATAAGATTTACGCTTAAAAATACTTTTCTGATTC
TTCATACCGAACTTCTCAACGGAACTCGCTCGATAAAGATCTTGCTTTGTCGTTCTTCTG
ATTGGAACTGTGTTCTCTGGGCATTTCCCATTCACATGCCAAAGCTGAGATATAGCACTA
GACTTCTGATTCTTAGTGTTTGATGAAACTTTACTCTCGCTAAAGACACTCTCTGGGTTG
ACACTTGGAATCATCTATAAACAAACCCATTAACATTGTC


BQ
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AF RR3D504JQ C 1
AF RR3D504TF U 1
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DS 

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TAAAGTTTCCACCTAAAACCCAGATCTGAGCCAAGCTAAACTCATTAGGCATCTCCACAT
TCGGTTTCCATACATTGATCTTCGCTTTAGCCCCGTAGAAAACCCCATCTTCAACATACA
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CACAACAACAAGGGTCAAAACTAATGAATGCATAAAGAAATGTATATTACCTGATGGCCA
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TTCATACCGAACTTCTCAACGGAACTCGCTCGATAAAGATCTTGCTTTGTCGTTCTTCTG
ATTGGAACTGTGTTCTCTGGGCATTTCCCATTCACATGCCAAAGCTGAGATATAGCACTA
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ACACTTGGAATCATCTATAAACAAACCCATTAACATTGTC

QA 1 580 1 580
DS 



AS 1 2

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TATCAAAACCTCTTTGTTGTCGTACATCGACGTCACAGGCCTGCTATAGACACCCTTCTC
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GAATATGTATGTATTAACACAAAGTGTATGGTTGTTGCTCTTGCCTGTTAGGTTGTGTGA
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BQ
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AF RR3ET54TF U 1
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DS 

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TGCCTGTTAGGTTGTGTGAAAGACCGGTTGATAATAAAGTCTCGGGGCCTTTGAATT

QA 1 597 1 597
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3F658TF U 1
AF RR3F658JQ C 130
BS 1 693 RR3F658TF
BS 694 863 RR3F658JQ

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AAGTTTTTAAAGCAGGGACCTGCATTGTCGGTGCCAATCCCAGGAACGCATCATGGGACA
AACTTGCTTGCACTCGCCCTCTATCGAACCTCGGATGTTTGAGAAACAACAGTTCTCTTC
CAACTTCTAAAAAGAGTTTTTCCTTTTCAACAAAGGCAATGTCTGAATCCAGCCAGAACA
GCGCTTCTTCTGGACTTCCTATTGATTTGAGAGGGAAAAGGGCTTTCATTGCTGGTATTG
CTGATGATAATGGATATGGTTGGGCCATAGCCAAATCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAAA
TATTGGTTGGGACATGGGTTCCTGCACTTAACATTTTTGAGACGAGCCTGAGACGTGGAA
AATTTGACCAGTCACGCGTGCTGCCTGACGGGTCATTGATGGAGATTAAAAAGGTCTATC
CTTTGGATGCTGTGTTTTGACAATCCTGAAGATGTGCCTGAGGATGTGAAAGCGAATAAG
CGATATGCTGGTATCTCCATTGGCTTCTGCCATAACTGGTGCGACCATCTATGTTGACAA
TGGCTTGAATTCAATGGGTGTTGCCATCGACAG

QA 1 693 1 693
DS 

RD RR3F658JQ 734 0 0
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GCACTCGCCCTCTATCGAACCTCGGATGTTTGAGAAACAACAGTTCTCTTCCAACTTCTA
AAAAGAGTTTTTCCTTTTCAACAAAGGCAATGTCTGAATCCAGCCAGAACAGCGCTTCTT
CTGGACTTCCTATTGATTTGAGAGGGAAAAGGGCTTTCATTGCTGGTATTGCTGATGATA
ATGGATATGGTTGGGCCATAGCCAAATCTCTTGCTGCTGCTGGTGCTGAAATATTGGTTG
GGACATGGGTTCCTGCACTTAACATTTTTGAGACGAGCCTGAGACGTGGAAAATTTGACC
AGTCACGCGTGCTGCCTGACGGGTCATTGATGGAGATTAAAAAGGTCTATCCTTTGGATG
CTGTGTTT*GACAATCCTGAAGATGTGCCTGAGGATGTGAAAGCGAATAAGCGATATGCT
GGTATCTCCATTGGCTTCTGCCATAACTGGTGCGACCATCTATGTTGACAATGGCTTGAA
TTCAATGGGTGTTGCCATCGACAGTCCGGTTTTCAAAGACCTCAAATAGAGACTTTTAAG
TAACTGCGGAAACTCTTTTTCTTGTGTTGCATTTGTTTTTTTTGTCTCAGTTGAGAATGT
TTTTTTTTTCGAACAACCTTGTTTCTAGAACAAAATATCTAATCTATTAAAACTGAAAGA
CATTTAATACTTAG

QA 1 734 1 734
DS 



AS 1 2

CO CL9581Contig1 863 2 6 U
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AAGGAAAAACATGAGAACGATCATAAGTGAAGTCATGGCGAATGTCGCTAAAGCACAAAT
GTCTTGGAACACAAAACTTTTGTTACAGGCTGTTGATCTCAAGATTCTGTTTATACAGCA
GCTTTTACACTTTGTGGCGTTGTTGAAGCTGGACTTTCGACCTTAGCTGCTTTAAACAGT
TCGTCTACAACTTCAAATAAAGTTGGATGTGCATGAACTGCAAGTTTTATGTCCTGAATG
CGTGTTCCCAATGCGATGGCGTTGGATGCTTCATGGATAAAATCAGCTGCATGCAACCCG
AAAATATGAACTCCTAGGATTTCACCATTGTCAGGTCTGTATATCATCTTAGCGAGTCCT
TCACCCTCATTTTCGGCAAGAGCCTTTGTGTTTGCCTTGAAACTTGTCTTGGCAACACTT
ACTTTAAATCCCTCTTTCTCAGCTTTCTCTCTCGCTTGAGGCTCTGTGAATCCCACCATG
CCGATTTCAGGATGAGTAAAACAAGCGGCTGGGATGCTAAGATGATTCAGCACATGATCT
CTACCTGTTACTTGCTCCACCACAGAAATTCCTTGGGCACTGGCTGCATGAGCAAGCATC
AGTTTACCATTGGCATCACCGATGCAGTACAAGTGCGGAACCAGCTTTCCATTTCCATCG
ATAACACGCATTCGCTCATCAACTGGTATAAAACCTCTCTGCGTAGCTACATTGATGTTT
TCCAGGCCAAGACCATTGGTGAAGGGGGCTCTTCCTGTAGCAATAAGAGCAGTGTCCACC
TACAAAGTATCTTTGGGTGCCTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3EK34JQ U 1
AF RR3E502TF C 166
BS 1 236 RR3EK34JQ
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RD RR3EK34JQ 777 0 0
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AAGGAAAAACATGAGAACGATCATAAGTGAAGTCATGGCGAATGTCGCTAAAGCACAAAT
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GCTTTTACACTTTGTGGCGTTGTTGAAGCTGGACTTTCGACCTTAGCTGCTTTAAATAGT
TCGTCTACAACTTCAAATAAAGTTGGATGTGCATGAACTGCAAGTTTTATGTCCTGAATG
CGTGTTCCCAATGCGATGGCGTTGGATGCTTCATGGATAAAATCAGCTGCATGCAACCCG
AAAATATGAACTCCTAGGATTTCACCATTGTCAGGTCTGTATATCATCTTAGCGAGTCCT
TCACCCTCATTTTCGGCAAGGGCCTTTGTGTTTGCCTTGAAACTTGTCTTGGCAACACTT
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CCGATTTCAGGATGAGTAAAACAAGCGGCTGGGATGCTAAGATGATTCAGCACATGATCT
CTACCTGTTACTTGCTCCACCACAGAAATTCCTTGGGCACTGGCTGCATGAGCAAGCATC
AGTTTACCATTGGCATCACCGATGCAGTACAAGTGCGGAACCAGCTTTCCATTTCCATCG
ATAACACGCATTCGCTCATCAACTGGTATAAAACCTCTCTGCGTAGCTACATTGATG

QA 1 777 1 777
DS 

RD RR3E502TF 698 0 0
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GCTGCATGCAACCCGAAGATATGAACTCCTAGGATTTCACCATTGTCAGGTCTGTATATC
ATCTTAGCGAGTCCTTCACCCTCATTTTCGGCAAGAGCCTTTGTGTTTGCCTTGAAACTT
GTCTTGGCAACACTTACTTTAAATCCCTCTTTCTCAGCTTTCTCTCTCGCTTGAGGCTCT
GTGAATCCCACCATGCTGATTTCAGGATGAGTAAAACAAGCGGCTGGGATGCTAAGATGA
TTCAGCACATGATCTCTACCTGTTACTTGCTCCACCACAGAAATTCCTTGGGCACTGGCT
GCATGAGCAAGCATCAGTTTACCATTGGCATCACCGATGCAGTACAAGTGCGGAACCAGC
TTTCCATTTCCATCGATAACACGCATTCGCTCATCAACTGGTATAAAACCTCTCTGCGTA
GCTACATTGATGTTTTCCAGGCCAAGACCATTGGTGAAGGGGGCTCTTCCTGTAGCAATA
AGAGCAGTGTCCACCTACAAAGTATCTTTGGGTGCCTC

QA 1 698 1 698
DS 



AS 1 2

CO CL9582Contig1 1180 2 2 U
GTAATATTATTAGTTTGCTTACACTCCAGCAATGGTTTTACCGATTTTAGTTGTTGGTGA
CAAAGGGGTTGGTAAATCATCATTGATTGCAGGTTTGTTAATCGTGAGCTTACGGCTGAG
ATTGATGGCGCTCTGGTAAGACGGATGAAAATTGATGATAAGATCTGGAAGTTGAAGATT
TGCGAGGATAGTGTGTGTCCTTATCCACTTGATCGAATCTGCTGCTGTGTGCTTGTTTTT
GATGTCAACGACAGAGCATCGTTTGACAGTCTCAACAGGCATATTGACCAGTTCGTTTGT
GAGGCTCTACCAGATGCCTATACGTTCAAGTATGTTGTTTTGGGAAACAAGGTTGACATT
CAGCGTCCACGGGCTGTTACGGAATCAGAAGCACGTGAATGGTGTTACTTGAACAGAGAT
GCACTTTATTTTGAGACATCCGCCATAGAAAATCACAATCTGGATGTGGCTTTATTGCAA
ATAGCAAGTTCTGCCATCGGATACGCCCCTCATGCACCTGCACCACTCTTCAATTTGCAG
GATGTTGTTCTCGAAAATGATCTGAGTCCGTTGAATGTAGTTTTCTTTTTATCCCGCGAA
CGGTTGCTGAAAGCATCTGAAGTTCATCTTATTCAAGATCATTTACATTTCCTATACGAA
TATCAATCAACGACCCCAAAGCTGACCCCAGGACTTTTCCTTACAAAAAGAAAGTATTGG
AATCAGGATGTTGCAGACATCATGCATGGTCACAACTGGTTTGCTCCGTTTGATGACACG
ACTACGTATGATCAATTGCAGAACGATGACGGCAGAGTTCCCGTGGAAGTAAGTTTTGCA
TCGTGGAAACGTGACGCTCATTCACCCACGATGGATAGGTATATCTACCTTCTCACAAAC
CCAGACCTAGACGCAGACCCAGACGTAGACCCAGACCCAGACGATGACATGTGTCTCGTC
CACTACTTGAGCCGTAACTAACTGGCGGAATAAGAGTATTATGTAAAAACTTGTTATGCG
TTGAACAGAGTCTGTCGGAAAGAGTCTTAGCTAAGCATCTACTAACTATTTTTATGCTAA
AATGATACGACGCTCTTTTTAAACAAAACAAAAAAGAAGACTGAATCGTTATATTCGTTA
GACAGTCTTTTGAAAAAAAAGAAGACTGAATCTTGTTGCT


BQ
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TGCGAGGATAGTGTGTGTCCTTATCCACTTGATCGAATCTGCTGCTGTGTGCTTGTTTTT
GATGTCAACGACAGAGCATCGTTTGACAGTCTCAACAGGCATATTGACCAGTTCGTTTGT
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GCACTTTATTTTGAGACATCCGCCATAGAAAATCACAATCTGGATGTGGCTTTATTGCAA
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GATGTTGTTCTCGAAAATGATCTGAGTCCGTTGAATGTAGTTTTCTTTTTATCCCGCGAA
CGGTTGCTGAAAGCATCTGAAGTTCATCTTATTCAAGATCATTT

QA 1 644 1 644
DS 

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TATCTACCTTCTCACAAACCCAGACCTAGACGCAGACCCAGACGTAGACCCAGACCCAGA
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CTAACTATTTTTATGCTAAAATGATACGACGCTCTTTTTAAACAAAACAAAAAAGAAGAC
TGAATCGTTATATTCGTTAGACAGTCTTTTGAAAAAAAAGAAGACTGAATCTTGTTGCT

QA 1 659 1 659
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3HA15JQ C 1
AF RR3HA15TF U 1
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DS 

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QA 1 578 1 578
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9585Contig1 921 2 2 U
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GTTCTTGGTCTTGCCCCTGCCCCAGAATATACTTTCCTTGTCTATGTTTCTCCTGTTGGA
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GCACAGTCGATTGCGAAATCTAAAGGATATTCTGATGTTTTGTACCTTGATTGCGTTTTC
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TCTACTCCTGAAATAAAAGGAACCATTTTACCTGGGATTACGCGGAAAAGCATAATCGAT
GTGGCTCGTACCCAAGGCTTTAAGGTGGAGGAACGGGATGTGACAGTGGACGAGTTACTA
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GTGAATCTGAGTTAGATAAAACCTCTACACCGGTGTTTCCGGTTTTATTTTTTTGTTCTC
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TCGATCTTAAAAGTTGACCCC


BQ
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AF RR3BY33TF U 1
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BS 691 921 RR3BY33JQ

RD RR3BY33TF 690 0 0
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GTTCTTGGTCTTGCCCCTGCCCCAGAATATACTTTCCTTGTCTATGTTTCTCCTGTTGGA
AACTACTTCAAGGAAGGTGTCTCACCAATCAATTTGATTGTGGAAAGTGAATTTCACCGT
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GCACAGTCGATTGCGAAATCTAAAGGATATTCTGATGTTTTGTACCTTGATTGCGTTTTC
AAACGATATCTTGAAGAGGTCTCCTCTTGCAATATCTTCATTGTTAAGGACAATGTGATA
TCTACTCCTGAAATAAAAGGAACCATTTTACCTGGGATTACGCGGAAAAGCATAATCGAT
GTGGCTCGTACCCAAGGCTTTAAGGTGGAGGAACGGGATGTGACAGTGGACGAGTTACTA
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ACACACAAAGGCAAAAGAGTATCTTATGGA

QA 1 690 1 690
DS 

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TTAGC
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TCTCCTGTTGGAAACTACTTCAAGGAAGGTGTCTCACCAATCAATTTGATTGTGGAAAGT
GAATTTCACCGTGCAACACCTGGTGGTACTGGAGGTGTTAAGACCATTGGCAATTACGCT
GCAGTACTAAAAGCACAGTCGATTGCGAAATCTAAAGGATATTCTGATGTTTTGTACCTT
GATTGCGTTTTCAAACGATATCTTGAAGAGGTCTCCTCTTGCAATATCTTCATTGTTAAG
GACAATGTGATATCTACTCCTGAAATAAAAGGAACCATTTTACCTGGGATTACGCGGAAA
AGCATAATCGATGTGGCTCGTACCCAAGGCTTTAAGGTGGAGGAACGGGATGTGACAGTG
GACGAGTTACTAGAAGCAGATGAAGTTTTCTGCACAGGAACCGCCGTGGTTGTTTCTCCA
GTTGGAAGCATTACACACAAAGGCAAAAGAGTATCTTATGGAGAAGGTAGCTTTGGACCT
GTCTCGGAGAAACTCTACACCGTTCTGACAAGCTTACAGATGGGTCTGAGCGAGGACAAC
ATGAACTGGACTGTGAATCTGAGTTAGATAAAACCTCTACACCGGTGTTTCCGGTTTTAT
TTTTTTGTTCTCATATAAGTCTGTGATTCTTATTCGTGAAACTACAAGTTGGATTGTTTT
AAAAAACTTTGTTCGATCTTAAAAGTTGACCCC

QA 6 818 6 818
DS 



AS 1 2

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GCGAAGATGCTGCGAGTTGCAGGGAGGAGGCTTTTGTCTGTTCAGCAGAGATCATCGACT
GCGACCTCCTTTGTCCTTTCTCGAGATCAAACCGTCTCCAATGGTGGTGACTCCTCTTCC
ACCCACAGATCCGTCCCCTCTGCAGATCTTTCATCTTTCAATTCTTACCACCGGAGCCTT
ATAAGAGGTTTCTCATCTCAAGTCATTACTCAAGGGAACGAGATAGGTTTTGCCTCGGAA
GTCCCAGCCACCGTGGAGGCTGTCAAAACACCTAACTCAAAGATTATCTATGATGACCAT
AACCATGGGCGTTACCCGCCTGGTGACCCTAGCAAGCGTGCATTCGCTTACTTTGTCTTA
TCAGGCGGGAGGTTTGTCTACGCCTCTGTTCTCCGCCTTCTTGTTCTGAAGCTCATTGTC
AGCATGTCCGCAACTAAAGACGTCCTTGCCCTTGCATCCCTCGAGGTCGACCTCGGGAGC
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AGAACAGAAGATGACATCAAGCTGGCCAATAGCGTGGATCTTGGTTCTCTGAGAGACCCT
CAAGAAGACTCGGTCAGGGTCAAGAATCCCGAGTGGTTAGTGGTTGTTGGAGTCTGCACT
CACTTGGGGTGCATCCCTTTACCGAATGCTGGTGACTACGGTGGTTGGTTTTGTCCGTGT
CACGGTTCGCATTACGACATCTCTGGAAGGATTAGGAAAGGTCCTGCACCGTATAACCTG
GAAGTACCGACCCACAGCTTCTTGGAAGATAACAAGTTACTCATTGGTTGATGATGATGA
ATAAAAAAACACAGACAACAGACTGTCTGTGTCTGAAAGATCCTCATATGTTTTTTTAAA
TATATTTTCAACGCTAAAGTATTAGCGGTTTACCTCACACTTTTGGTCTCAGCAAGTAAA
AGATTGTCTTGGGTTTTGCTCAATAATACTCTAC


BQ
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AF RR3AE27TF U 1
AF RR3AE27JQ C 242
BS 1 760 RR3AE27TF
BS 761 761 RR3AE27JQ
BS 762 807 RR3AE27TF
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BS 809 820 RR3AE27TF
BS 821 821 RR3AE27JQ
BS 822 838 RR3AE27TF
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RD RR3AE27TF 838 0 0
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GCGAAGATGCTGCGAGTTGCAGGGAGGAGGCTTTTGTCTGTTCAGCAGAGATCATCGACT
GCGACCTCCTTTGTCCTTTCTCGAGATCAAACCGTCTCCAATGGTGGTGACTCCTCTTCC
ACCCACAGATCCGTCCCCTCTGCAGATCTTTCATCTTTCAATTCTTACCACCGGAGCCTT
ATAAGAGGTTTCTCATCTCAAGTCATTACTCAAGGGAACGAGATAGGTTTTGCCTCGGAA
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AACCATGGGCGTTACCCGCCTGGTGACCCTAGCAAGCGTGCATTCGCTTACTTTGTCTTA
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AGAACAGAAGATGACATCAAGCTGGCCAATAGCGTGGATCTTGGTTCTCTGAGAGACCCT
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CACTTGGGGTGCATCCCTTTACCGAATGCTGGTGACTACG*TGGTTGGTTTTGTCCGTGT
CACGGTTCGCATTACGACATCTCTGGA*GGATTAGGAAAG*TCCTGCACCGTATAACC

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DS 

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TCCCAGCCACCGTGGAGGCTGTCAAAACACCTAACTCAAAGATTATCTATGATGACCATA
ACCATGGGCGTTACCCGCCTGGTGACCCTAGCAAGCGTGCATTCGCTTACTTTGTCTTAT
CAGGCGGGAGGTTTGTCTACGCCTCTGTTCTCCGCCTTCTTGTTCTGAAGCTCATTGTCA
GCATGTCCGCAACTAAAGACGTCCTTGCCCTTGCATCCCTCGAGGTCGACCTCGGGAGCA
TCGAACCGGGAACCACTGTGACCGTCAAGTGGCGTGGTAAGCCCGTGTTCATCAGGAGGA
GAACAGAAGATGACATCAAGCTGGCCAATAGCGTGGATCTTGGTTCTCTGAGAGACCCTC
AAGAAGACTCGGTCAGGGTCAAGAATCCGGAGTGGTTAGTGGTTGTTGGAGTCTGCACTC
ACTTGGGGTGCATCCCTTTACCGAATGCTGGTGACTACGGTGGTTGGTTTTGTCCGTGTC
ACGGTTCGCATTACGACATCTCTGGAAGGATTAGGAAAGGTCCTGCACCGTATAACCTGG
AAGTACCGACCCACAGCTTCTTGGAAGATAACAAGTTACTCATTGGTTGATGATGATGAA
TAAAAAAACACAGACAACAGACTGTCTGTGTCTGAAAGATCCTCATATGTTTTTTTAAAT
ATATTTTCAACGCTAAAGTATTAGCGGTTTACCTCACACTTTTGGTCTCAGCAAGTAAAA
GATTGTCTTGGGTTTTGCTCAATAATACTCTAC

QA 1 813 1 813
DS 



AS 1 2

CO CL9587Contig1 1281 2 8 U
GAAATAGGAGTCGTACTCCCAAATCCAAATCCAAATCTGATGCTAAGAAAAAAACTGATA
AGAAAAGTGTATCTAAGGATGATGAAGAGTCAAAGCCTGTCTCCTCATCTTCTGATAGGC
TCCTTTACTCATCCAAGGATATCCCTAGTGGAGGAATCATAGCACTTGCGGATTCAGATG
CATCAACCTCTGGTTCAAAAGCTGCTGCTTGTGGTCTTCTTGCATCTTTAGCAGCAGCCT
CTACTAGAGTGGAGAGCGAGAACGGAGTTCCAGCATCATTCAAGGTTCCAGCTGGAGTTG
TCATACCTTTCGGATCAATGGAGTTAGCTTTAAAGCAAAGCAACTCAGAAGAAAAGTTTG
CATCTCTGTTAGACAAGTTAGAAACAGCCAGACCTGAAGGCGGTGAGCTAGACAACATAT
GTGACCAGATCCACGAAGTGATGAAGTCACTGCAAGTGCCTAAAGAAACAATCAACACCA
TAAGCAAAGCCTTTCCCCAAGACGCCGCTCGTCTCATCGTTCGTTCAAGCGCCAACGTCG
AGGACTTAGCAGGGATGTCAGCAGCAGGACTCTACGAATCAATCCCCAACGTGAGCCCCT
CGGATCCTTCAGTGTTTTCAGATTCCGTTTGCCAAGTTTGGGCTTCTCTCTACACGAGAA
GAGCTGTTCTAAGCCGTAGAGCTGCTGGTGTCTCTCAGAGAGAAGCTACAATGGCGGTTC
TTGTTCAAGAGATGCTGTCTCCTGACTTATCTTTCGTTCTTCACACGGTGAGTCCAGCTG
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CGGGGACGAGAGGAACACCGTGGAGACTTGCTTCGGGTAAGCTCGACGGGGTTGTGGAGA
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GAAAATACGTTCGGTTGACCGTTGACTATAGCAAGAAACGGTTAACGGTTGACTCAGTGT
TTAGACAGAAGCTCGGTCAGAGACTTGGTTCGGTTGGTTTCTTCTTGGAAAGGAACTTTG
GATGTGCACAAGATGTTGAAGGTTGTTTGGTTGGTGAGGATGTCTACATCGTTCAGTCAA
GGCCACAACCTCTGTAGAATCTTTTTTTTTTATGTTCTATAAAGCGAATAATAACAAAAA
TGTTAAAATAAAATCTGCAGTTATGTCATTATCATATGTGAAGTATGTTTAATAATGATA
TACATATATATTAATTACTAC


BQ
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AF RR3DW73TF U 1
AF RR3DW73JQ C 612
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RD RR3DW73TF 810 0 0
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CTACTAGAGTGGAGAGCGAGAACGGAGTTCCAGCATCATTCAAGGTTCCAGCTGGAGTTG
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ATCCGGACAGCA*CCTGGTCGA
GCTGAGAT

QA 1 802 1 802
DS 

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CTCGGTCAGAGACTTGGTTCGGTTGGTTTCTTCTTGGAAAGGAACTTTGGATGTGCACAA
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TAATTACTAC

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DS 



AS 1 2

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ATTTGGTGTCTTGTGAGTGAAGAATGTGTTTGATCTGC


BQ
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AF RR3EI81JQ C 1
AF RR3EI81TF U 1
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QA 1 578 1 578
DS 

RD RR3EI81TF 578 0 0
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GAACGTTGGTGAGGTAATTCGATGGTGCTCCAAGGGAAACAATTCTCGTCCTCTTACTTG
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GCATCGAAACAAAAAACTCCAGGAGACATGATCTTGCTTTAGAAGAGAGACACCGCATGG
CAGCGAGTGAAGTAAACTCTGTATCTTTACCTATGTGTTTATGTGATTTTACCAGTAGTA
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ATTTGGTGTCTTGTGAGTGAAGAATGTGTTTGATCTGC

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

CO CL9589Contig1 640 2 1 U
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CGTAGATGGAGAACACTCAAGAATACTCGCCGCCGCACATGGACGCTTCTCGACCGTCAC
TAGGATTCCCTCTAGGCACGGCTCTGCTTCTCATAATCATTTTCAGTCTCTCGGGAATAT
TCTCTTGCTGTTACCATTGGGACAAACATCGCTCTCTCCGCCGCTCTTTGGCCAATGCCT
CCGGTCATCCCTCCGCCGCCTCTGCTGACATAGAGTCCTCTCCGTTCAAACCTAGACTCC
CTTTTCCGGATTTGAAGAAAAACAAGAATCTGAGCGTTACAGTGTTGATGCCTGGAGATA
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CCGTCGATGTTCAAAGTCCGCCGCACTCACCTCCTGTCAAGCCGCCGCGTTTTCCTGTTC
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GATCATAAATTTTCATTTAAATTTTATTCACTGATTATCC


BQ
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AF RR3GL38TF U 1
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TCTCTTGCTGTTACCATTGGGACAAACATCGCTCTCTCCGCCGCTCTTTGGCCAATGCCT
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CTTTTCCGGATTTGAAGAAAAACAAGAATCTGAGCGTTACAGTGTTGATGCCTGGAGATA
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CTCTGTATTAGATTTAATTTAGCTAAAAGATAACAAAAATCTTGGTTTGATGTACATATG
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DS 

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CGTCACTAGGATTCCCTCTAGGCACGGCTCTGCTTCTCATAATCATTTTCAGTCTTTCGG
GAATATTCTCTTGCTGTTACCATTGGGACAAACATCGCTCTTTCCGCCGCTCTTTGGCCA
ATGCCTCCGGTCATCCCTCCGCCGCCTCTGCTGACATAGAGTCCTCTCCGTTCAAACCTA
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GAGATAATACGCCGAAGTTTATAGCATTGCCGTGTCCTTGTGCACCGCCTCGTCCGGAGA
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CATATGGATCATAAATTTTCATTTAAATTTTATTCACTGATTATCC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

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AAAGGAATAAGCTTAACAGATGAACAATGGTCAACGTTCAAGAAAAATATTCCAGCCATC
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ACGAAGCCATTATCATCAGTAGTAGTATCCAATATCGGTTTAACCGTTTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GM60TF U 1
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TCATCAGTAGTAGTATCCAATATCGGTTTAACCGTTTC

QA 1 578 1 578
DS 



AS 1 2

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BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3H959JQ C 1
AF RR3H959TF U 1
BS 1 47 RR3H959TF
BS 48 48 RR3H959JQ
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RD RR3H959JQ 583 0 0
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QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3H959TF 583 0 0
GGGCGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGCAATGGCTCGTACGAAGCAGAC*GCTAGAAAATCA
ACCGGAGGTAAAGCTCCCAGGAAGCAGCTCGCCACCAAGGCGGCGAGGAAATCGGCGCCG
ACCACCGGAGGTGTCAAGAAGCCTCACCGTTACCGTCCCGGAACCGTCGCTCTCCGTGAG
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GTTCGTGAAATCGCACAGGATTTCAAGACGGATCTGAGGTTCCAGAGCCACGCGGTGTTG
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GCTATTCACGCCAAGAGAGTCACCATCATGCCTAAGGATATTCAGTTGGCTAGGCGTATT
CGTGGAGAGCGTGCTTAGAAGATTATCTCATCTCGGGTGCTTTTGATTTCTTGTTTTTTT
AGTTGTCTTAATGCTTTTTTGGTGTTATAAAACTCTCTTTGAAGCTTAAGAACATATATG
GATTTGGTTGTTTATGTTATGAGCTAATGACAAATTGTTTGGT

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

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TCATTGTCTCTGCTCCTTCAGCTAAAGACCTTGTCAAGAAACTTGAGGAATATGTACCAA
AGCATGAGAAAGTCGCCTCAAAGAAAAGTTGGGAGATGGAGCAAATCGGGCTGAGTCCCA
CTTGTGAAATCTCAAGATGAAGATGGACTAACTTTCTTAATTAGGATAAGCCCAATTGGA
TGTTTCTCCAAATTGGGCTCCTTTTTATTGATTGTTAACTTAGTCCCAGCAACCGGAAAA
CATAAGCTGGCTCTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTAGTTGACTGTGCCCTACAACTTTTATC
CTATTTGCATTCCCTACTTTATTTTTCTTCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3AC93JQ C 1
AF RR3AC93TF U 1
BS 1 391 RR3AC93TF

RD RR3AC93JQ 391 0 0
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TCATTGTTTCTGCTCCTTCAGCTAAAGACCTTGTCAAGAAACTTGAGGAATATGTACCAA
AGCATGAGAAAGTCGCCTCAAAGAAAAGTTGGGAGATGGAGCAAATCGGGCTGAGTCCCA
CTTGTGAAATCTCAAGATGAAGATGGACTAACTTTCTTAATTAGGATAAGCCCAATTGGA
TGTTTCTCCAAATTGGGCTCCTTTTTATTGATTGTTAACTTAGTCCCAGCAACCGGAAAA
CATAAGCTGGCTCTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTAGTTGACTGTGCCCTACAACTTTTATC
CTATTTGCATTCCCTACTTTATTTTTCTTCC

QA 1 391 1 391
DS 

RD RR3AC93TF 391 0 0
GGTTATCATTCATAGACAAAGCAGTCGAAGAAGGTTTCATTACACCAACTGCTCGTCATA
TCATTGTCTCTGCTCCTTCAGCTAAAGACCTTGTCAAGAAACTTGAGGAATATGTACCAA
AGCATGAGAAAGTCGCCTCAAAGAAAAGTTGGGAGATGGAGCAAATCGGGCTGAGTCCCA
CTTGTGAAATCTCAAGATGAAGATGGACTAACTTTCTTAATTAGGATAAGCCCAATTGGA
TGTTTCTCCAAATTGGGCTCCTTTTTATTGATTGTTAACTTAGTCCCAGCAACCGGAAAA
CATAAGCTGGCTCTTTTTTTTCTCTTTTTTTTTAGTTGACTGTGCCCTACAACTTTTATC
CTATTTGCATTCCCTACTTTATTTTTCTTCC

QA 1 391 1 391
DS 



AS 1 2

CO CL9593Contig1 1062 2 2 U
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TTTTGCTACTGGAGTTGTGCTTGGAAGCTACCTAGCCATCATGACTGTTGTTTTCTTCTG
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TGAGCACGAGCTAATGAGTGCGGTGTATCTGCAAGTTAGTATAATTAGTCAAGCTCTAAT
CTTCGTCACAAGATCAAGGAGCTGGTCCTTTGTTGAACGTCCTGGAGCGTTGCTGATGAT
TGCTTTCCTCATTGCACAACTGGTTGCCACTGTGATTGCGGTCTACGCCAACTGGGAGTT
CGCTGAGGTTAAAGGTATTGGATGGGGATGGGCTGGGGTGATATGGCTATACAGTATTAT
AACATACTTCCCACTGGACGTTCTCAAGTTTGCCATTCGCTACACCTTGTCTGGAAAGGC
TTGGCTCAACATGACTGAGAACAGGACTGCTTTAACGACCAAGAAAGATTTCGGAAAAGA
AGAGAGGGAGGCTCAATGGGCAGTTGCTCAGAGGACACTTCACGGTCTACAGCCAAAAGA
ACCTGTTCGCATCATTCCTGAGCAAGGAACTTACAGAGAAATGTCTGAGATTGCAGAGCA
AGCCAAGAGAAGAGCTGAGATCGCTCGGCTTAGGGAGCTGCACACACTCAAGGGACATGT
GGAATCAGTAGCGAAGCTAAAGGGCTTGGACATTGAAACTCCAGGACACTACACTGTCTA
GTCACGAAAAGAAGAACAAACCAAACCAAACATATGATTGATCTTTTTCCGTTGTTGTTT
TCTAGTATTTTTTTTTCCTTTTCTTCACGACCGCTTGAGGTTATTGTGAAAGAACTTGCT
ATGTTTAGCAAGAGAAGTCTATTAAATTCAAGTTTGCAAGAGAATAAATTCTTGAACCCG
CCAAAAAAGTAATATTTTGAAACTTTTATATATGAAATTGTTTTTTTTTAATGTACGTGG
TCATTTGACTCATTTTGTGTATGCTTCCTACTTTTTCCCTTT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3H904TF U 1
AF RR3H904JQ C 184
BS 1 789 RR3H904TF
BS 790 1062 RR3H904JQ

RD RR3H904TF 791 0 0
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GTTGGCAAACGAGACCGACTTTTTCTCGGACAAGTTTGGTGTAAGGTCCATCAGGGGTAA
TGAGCACGAGCTAATGAGTGCGGTGTATCTGCAAGTTAGTATAATTAGTCAAGCTCTAAT
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TGCTTTCCTCATTGCACAACTGGTTGCCACTGTGATTGCGGTCTACGCCAACTGGGAGTT
CGCTGAGGTTAAAGGTATTGGATGGGGATGGGCTGGGGTGATATGGCTATACAGTATTAT
AACATACTTCCCACTGGACGTTCTCAAGTTTGCCATTCGCTACACCTTGTCTGGAAAGGC
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AGAGAGGGAGGCTCAATGGGCAGTTGCTCAGAGGACACTTCACGGTCTACAGCCAAAAGA
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AGCCAAGAGAAGAGCTGAGATCGCTCGGCTTAGGGAGCTGCACACACTCAAGGGACATGT
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GTCACGAAA
GA

QA 1 789 1 789
DS 

RD RR3H904JQ 879 0 0
GCACGAGCTA*TGAGTGCGGTGTATCTGCAAGTTAGTATA*TTAGTCAAGCTCTA*TCT*
CGTCACAAGATCAAGGAGCTGT**CTTTGTTGAACGTCCTGGAGCGTTGCTGATGATTGC
TTTCCTCATTGCACAACTGGTTGCCACTGTGATTGCGGTCTACGCCAACTGGGAGTTCGC
TGAGGTTAAAGGTATTGGATGGGGATGGGCTGGGGTGATATGGCTATACAGTATTATAAC
ATACTTCCCACTGGACGTTCTCAAGTTTGCCATTCGCTACACCTTGTCTGGAAAGGCTTG
GCTCAACATGACTGAGAACAGGACTGCTTTAACGACCAAGAAAGATTTCGGAAAAGAAGA
GAGGGAGGCTCAATGGGCAGTTGCTCAGAGGACACTTCACGGTCTACAGCCAAAAGAACC
TGTTCGCATCATTCCTGAGCAAGGAACTTACAGAGAAATGTCTGAGATTGCAGAGCAAGC
CAAGAGAAGAGCTGAGATCGCTCGGCTTAGGGAGCTGCACACACTCAAGGGACATGTGGA
ATCAGTAGCGAAGCTAAAGGGCTTGGACATTGAAACTCCAGGACACTACACTGTCTAGTC
ACGAAAAGAAGAACAAACCAAACCAAACATATGATTGATCTTTTTCCGTTGTTGTTTTCT
AGTATTTTTTTTTCCTTTTCTTCACGACCGCTTGAGGTTATTGTGAAAGAACTTGCTATG
TTTAGCAAGAGAAGTCTATTAAATTCAAGTTTGCAAGAGAATAAATTCTTGAACCCGCCA
AAAAAGTAATATTTTGAAACTTTTATATATGAAATTGTTTTTTTTTAATGTACGTGGTCA
TTTGACTCATTTTGTGTATGCTTCCTACTTTTTCCCTTT

QA 1 879 1 879
DS 



AS 1 2

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GCGGTGAAGTCGAGTGCGAAGAAGAAGGGAGTGGCGTTCGTGATTGACTGCTCTAAACCA
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GTCGGAGGCAAACCCGCCTCTCTCGGTGACGCCGTTTCCATCACAACCGCCAAGGGAAAA
ATCACCGTCACCGCCGATTCCAACTTCTCCAAACGGTACTTGAAGTATCTGACGAAGAAG
TATTTGAAGAAGTACAATGTCCGTGATTGGCTCCGCGTGATTGCGTCGAACAAAGACAGA
AACCTGTATGAGCTAAGGTACTTCAACATCGAAGACGATGCAGCTGGTGAGGAGGACGAT
TAAGATACTCTCTTCTTCATATTTTTTTTTTCATACATTTGTTAGAGATTTTTGTGGTGT
TATTTGAAATGGTTTGATGTTTGAATTTATGGGTGGCTTAAGTTTCATTTTACACCTCTG
ATACAAAAGAACATTTGATAACCACTCGTTTGGAACCGG


BQ
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AF RR3FR93JQ C 1
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QA 1 579 1 579
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B882TF U 63
AF RR3B882JQ C 1
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DS 

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QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

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BQ
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AF RR3B891JQ C 1
AF RR3B891TF U 23
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DS 

RD RR3B891TF 424 0 0
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ATAG

QA 1 424 1 424
DS 



AS 1 2

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BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FS20TF U 1
AF RR3FS20JQ C 331
BS 1 722 RR3FS20TF
BS 723 723 RR3FS20JQ
BS 724 758 RR3FS20TF
BS 759 1127 RR3FS20JQ

RD RR3FS20TF 758 0 0
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TCCCAATTCCAAGCCCTAAAAATTTCGACCTCGCTTCACCACAGTAGCCGAGTGAGAGAG
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AAGGCGCCGCCGCCGCCGCGGAAGACGAGGAGGAGCTAGAGCCAGGCTCTGCTTCTAGGG
ATTTAGAGGAGATGAAGAAACGAATTAAGGAGATCGAGGAAGAGGCTAGTGCTTTGCGTG
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CGATTCTGACGGATAAGTTTGGCCAACCCAAAGGTTTTGCGTACGTGGAATTCGTTGAAG
AAGAAGCCGTTCAGAATTCTCTTGTTTTGAACGAGACAGAACTGCATGGTCGTCAGATAA
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QA 1 758 1 758
DS 

RD RR3FS20JQ 797 0 0
GA
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ATCGAGGAAGAGGCTAGTGCTTTGCGTGAAATGCAAGCCAAAGCTGAGAACGATATGGCT
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TCTATATATGTTGGCAATGTGGACTACGCATGTACGCCAGAGGAAGTCCAGCAGCATTTT
CAATCCTGTGGGACGGTCAATAGGGTTACGATTCTGACGGATAAGTTTGGCCAACCCAAA
GGTTTTGCGTACGTGGAATTCGTTGAAGAAGAAGCCGTTCAGAATTCTCTTGTTTTGAAC
GAGACAGAACTGCATGGTCGTCAGATAAAGGTATCTGCAAAGAGGACTAACGTCCCCGGG
ATGAGGCAATTCCGAGGAAGGCGACCCTTCAGACCCATGAGGGGCTTCATGCCCGGACCT
CCATTTTATCCTCCATATGCTTATGGGAGAGTTCCCAGGTTCAGACGGCCAATGCGCTAC
AGACCATACTGATTGAAGCAAATTTGGTGGTTCAAAAAAGTAGCAGCTGCCTTTTGTTTG
AGGAAGGCTATTTTTACCAACCTGGTTCATCAGGAGCAAAGTTGCTTCGCTTAAACAGAG
ATGGGTTTAAGAATTTTATGGAAGAGTGGGGCAAAGGAGGGAACTGTGTTTAGATTTCTG
TAACAATATTTGATTTTCTTTTTCATTTGTCATAAAACTCAAAGCTTTCTATTGAGAATG
ACCTTCACGTTACTG

QA 3 797 3 797
DS 



AS 1 2

CO CL9598Contig1 865 2 6 U
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AGGTTATGATCTGCCTGGATCCAAGCCTAACCGGGGCAGGCCCATTATCCGGACCAAAAG
CCTCAGCATAGCCCCAACTGGGAGGAGCTTTGCAGCTGCAACAACGGAAGGAGTCCTCAT
CTTTTCTTCGACGAATCTTTCATCTTTGATCCAACTGATCTTGACATAGATGTGACACCA
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CGTTTGAACGAAGACAGCTTCATAAAGAAATGCATCTTTGCTGTAGCCCCTGCAGACTTA
AAGGAGGTTGCAATCTCTGTCCCTCAGAAATACATAGAAAGGCTTATGGAAGCTTTGGTG
GATTTGCTAGAGAACTGTCCTCATCTCGAGTTCTTACTTCACTGGTGTCAGGAGATCTGC
AAGGCACACGGAAGCTCCATTCAGAGAAACTACAGAAATCTACTACCTTCGCTGAAGTCA
CTGCAGAAGGCAATCACCAGAGCCCACCAGGATCTGGCGGATATGTGTTCTTCCAACGAG
TACACACTTCGCTACCTGTGTTCTGTACCAAACAATCATTGATTTTGTTTTTATGCAAAC
TCATCAGACGCCACTCTTTTTGTAACTTAAAATTCTCTTTCTTCCTTTTGGTCGAAACAT
TTTTGATCTATTAGTTCTGAATGCA


BQ
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AF RR3GO09TF U 1
AF RR3GO09JQ C 72
BS 1 748 RR3GO09TF
BS 749 749 RR3GO09JQ
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BS 780 788 RR3GO09TF
BS 789 865 RR3GO09JQ

RD RR3GO09TF 788 0 0
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CTTTTCTTCGACGAATCTTTCATCTTTGATCCAACTGATCTTGACATAGATGTGACACCA
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AAGGAGGTTGCAATCTCTGTCCCTCAGAAATACATAGAAAGGCTTATGGAAGCTTTGGTG
GATTTGCTAGAGAACTGTCCTCATCTCGAGTTCTTACTTCACTGGTGTCAGGAGATCTGC
AAGGCACACGGAAGCTCCATTCAGAGAAACTACAGAAATCTACTACCTTCGCTGAAGTCA
CTGCAGAAGGCAATCACCAGAGCCCACCAGGATCTGGCGGATATGTGTTCTTCCAACGAG
TACACACTTCGCTACCTGTGTTCTGTAC*AAACAATCATTGATTTTGTTTTTATGCAA*C
TCATCAGA

QA 1 788 1 788
DS 

RD RR3GO09JQ 794 0 0
CTTGACTT
CTGAACTCCAAGAAGATGACAGAAGCAGGACCAATGGATCTGATTGAAGATGAAAACAGC
GATGAAGAAGATGGCATTGACAAACAGTCTCGTGGGAATTTAGGTTATGATCTGCCTGGA
TCCAAGCCTAACCGGGGCAGGCCCATTATCCGGACCAAAAGCCTCAGCATAGCCCCAACT
GGGAGGAGCTTTGCAGCTGCAACAACGGAAGGAGTCCTCATCTTTTCTTCGACGAATCTT
TCATCTTTGATCCAACTGATCTTGACATAGATGTGACACCAGATGCGGTTGAGGATGCGC
TAAAGAAGGGTGAAGTGGTCAGAGCACTGGCTTTGAGTATGCGTTTGAACGAAGACAGCT
TCATAAAGAAATGCATCTTTGCTGTAGCCCCTGCAGACTTAAAGGAGGTTGCAATCTCTG
TCCCTCAGAAATACATAGAAAGGCTTATGGAAGCTTTGGTGGATTTGCTAGAGAACTGTC
CTCATCTCGAGTTCTTACTTCACTGGTGTCAGGAGATCTGCAAGGCACACGGAAGCTCCA
TTCAGAGAAACTACAGAAATCTACTACCTTCGCTGAAGTCACTGCAGAAGGCAATCACCA
GAGCCCACCAGGATCTGGCGGATATGTGTTCTTCCAACGAGTACACACTTCGCTACCTGT
GTTCTGTACCAAACAATCATTGATTTTGTTTTTATGCAAACTCATCAGACGCCACTCTTT
TTGTAACTTAAAATTCTCTTTCTTCCTTTTGGTCGAAACATTTTTGATCTATTAGTTCTG
AATGCA

QA 9 794 9 794
DS 



AS 1 2

CO CL9599Contig1 712 2 1 U
GGATCATATTCACCAACTATATCTTTCTCTCTTCTACAATAAACCCTGATAATTCCGAAT
AATGGAAGCCACCATCTTCAAGAAAACAAGAAGCTCATCATCAACCCTGGCGGTGCACAA
ACATTCACACTCAATAACCAAAACAAAGCCAAAGATCCGTATAATTCACATATTTGCACC
TGAGATCATCAAGACCGACGTTGCCAACTTCCGTGAGCTCGTCCAAAGCCTATCAGGCAA
ACCAGAAGACCATGGCGTTTCAAGGACAAAACCAAGAAGAGGTACTCATCGTCAAGTCCA
AGACATGATCAACATGGAGAAACTAAGACAAGTCCAGCGTTGTGAAGACCAAGGGTTCTG
CTCAAACTCAGAGATTGAAGAGATGTCGATGACTTGGAATGGTGGTGAGAGCTCAGGAGG
GTTCTTAAATGGTTTGGGAGATTTTGGAGGGTTTATTCAAGAACTTGGTGAATTTCCCTA
TTTGCCCTTGTCCTCCATGGATGCTTCTGCTTCATCTAACTCGTCTTCTTCGTCCCATTT
ACATGGTGGATCAATTTTCTCAGATTCTCATCACCAATTCTAACTCTTGTCTCTTGAACA
AAAGAGTTCTTTTTCCTTTATAAATGGTGTTTATTATTTTCTTTATTAGGGTTTTGTGGA
AATAATTTTTATTTGTATTTGTTTAGTACAATTAATTGATTTTATGTAGAGC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3FC64JQ C 1
AF RR3FC64TF U 1
BS 1 712 RR3FC64TF

RD RR3FC64JQ 712 0 0
GGATCATATTCACCAACTATATCTTTCTCTCTTCTACAATAAACCCTGATAATTCCGAAT
AATGGAAGCCACCATCTTCAAGAAAACAAGAAGCTCATCATCAACCCTGGCGGTGCACAA
ACATTCACACTCAATAACCAAAACAAAGCCAAAGATCCGTATAATTCACATATTTGCACC
TGAGATCATCAAGACCGACGTTGCCAACTTCCGTGAGCTCGTCCAAAGCCTATCAGGCAA
ACCAGAAGACCATGGCGTTTCAAGGACAAAACCAAGAAGAGGTACTCATCGTCAAGTCCA
AGACATGATCAACATGGAGAAATTAAGACAAGTCCAGCGTTGTGAAGACCAAGGGTTCTG
CTCAAACTCAGAGATTGAAGAGATGTCGATGACTTGGAATGGTGGTGAGAGCTCAGGAGG
GTTCTTAAATGGTTTGGGAGATTTTGGAGGGTTTATTCAAGAACTTGGTGAATTTCCCTA
TTTGCCCTTGTCCTCCATGGATGCTTCTGCTTCATCTAACTCGTCTTCTTCGTCCCATTT
ACATGGTGGATCAATTTTTTCAGATTCTCATCACCAATTCTAACTCTTGTCTCTTGAACA
AAAGAGTTCTTTTTCCTTTATAAATGGTGTTTATTATTTTCTTTATTAGGGTTTTGTGGA
AATAATTTTTATTTGTATTTGTTTAGTACAATTAATTGATTTTATGTAGAGC

QA 1 712 1 712
DS 

RD RR3FC64TF 712 0 0
GGATCATATTCACCAACTATATCTTTCTCTCTTCTACAATAAACCCTGATAATTCCGAAT
AATGGAAGCCACCATCTTCAAGAAAACAAGAAGCTCATCATCAACCCTGGCGGTGCACAA
ACATTCACACTCAATAACCAAAACAAAGCCAAAGATCCGTATAATTCACATATTTGCACC
TGAGATCATCAAGACCGACGTTGCCAACTTCCGTGAGCTCGTCCAAAGCCTATCAGGCAA
ACCAGAAGACCATGGCGTTTCAAGGACAAAACCAAGAAGAGGTACTCATCGTCAAGTCCA
AGACATGATCAACATGGAGAAACTAAGACAAGTCCAGCGTTGTGAAGACCAAGGGTTCTG
CTCAAACTCAGAGATTGAAGAGATGTCGATGACTTGGAATGGTGGTGAGAGCTCAGGAGG
GTTCTTAAATGGTTTGGGAGATTTTGGAGGGTTTATTCAAGAACTTGGTGAATTTCCCTA
TTTGCCCTTGTCCTCCATGGATGCTTCTGCTTCATCTAACTCGTCTTCTTCGTCCCATTT
ACATGGTGGATCAATTTTCTCAGATTCTCATCACCAATTCTAACTCTTGTCTCTTGAACA
AAAGAGTTCTTTTTCCTTTATAAATGGTGTTTATTATTTTCTTTATTAGGGTTTTGTGGA
AATAATTTTTATTTGTATTTGTTTAGTACAATTAATTGATTTTATGTAGAGC

QA 1 712 1 712
DS 



AS 1 2

CO CL9600Contig1 893 2 4 U
GCTCTCTAGACATATCAGACGACGACGTCTCCGCTCAGATCCCTCCTGAAGTCGGTGACT
TACCGTATCTACAATACCTCACACTCCGCAAACTCCCTAACCTCACCGGTGAAATCCCAC
CCACCATCGCCAAGCTCAAGTATCTCAAATTTCTCTGGCTCAGCTGGAACAGCCTGACCG
GCCTTGTTCCTGAATTTCTGAGTCAGCTCAAGAATCTAGAGTACATTAACCTTTCCTTCA
ATAAACTCTCCGGTTCCATACCCGGTTCACTCTCTTTGTTACCTAAGCCGGCTACACTTG
AGCTCAGCAGGAACAAGCTTACAGGTACGATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTAAAGCAG
AGGTATATGGGATTTACCTATCGCACAACCAGCTGTCCGGTTCTGTACCAAAATCACTAG
GCAACCTCAACTTTAACACCATTGATCTTTCCCGGAACAAGTTTGAAGGTGATGCGTCGA
TGTTGTTTGGAACCAAAAAGACGACATGGCACATTGACATATCTAGAAACATGTTCCAGT
TCGATATCTCCAAGGTTAAGGTCGCTAAGACGGTTAATTTCTTGGACTTGAATCACGACA
GCCTCACAGGGAGTATCCCCGATCAATGGACCCAGCTTGATCTTCAGACTTTCAACGTTA
GCTATAACAGACTGTGTGGACGCATCCCCCAGGGAGGTGACCTTCAGACTTTTGATGCTT
ATGCGTATTTACACAACAAGTGCTTGTGTGGTGCACCTCTTCCGAGTTGCAACGTGAAGA
TTCAAGCAACCGATCTTTATCTAAACTTACCATCAGAATAAAATCATGTATAAGGACATC
TGTATGTTCCATTCCGTATGATGAATAAAAAATGAATCATATTTCGTTTGATG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GI47TF U 1
AF RR3GI47JQ C 178
BS 1 696 RR3GI47TF
BS 697 697 RR3GI47JQ
BS 698 761 RR3GI47TF
BS 762 893 RR3GI47JQ

RD RR3GI47TF 761 0 0
GCTCTCTAGACATATCAGACGACGACGTCTCCGCTCAGATCCCTCCTGAAGTCGGTGACT
TACCGTATCTACAATACCTCACACTCCGCAAACTCCCTAACCTCACCGGTGAAATCCCAC
CCACCATCGCCAAGCTCAAGTATCTCAAATTTCTCTGGCTCAGCTGGAACAGCCTGACCG
GCCTTGTTCCTGAATTTCTGAGTCAGCTCAAGAATCTAGAGTACATTAACCTTTCCTTCA
ATAAACTCTCCGGTTCCATACCCGGTTCACTCTCTTTGTTACCTAAGCCGGCTACACTTG
AGCTCAGCAGGAACAAGCTTACAGGTACGATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTAAAGCAG
AGGTATATGGGATTTACCTATCGCACAACCAGCTGTCCGGTTCTGTACCAAAATCACTAG
GCAACCTCAACTTTAACACCATTGATCTTTCCCGGAACAAGTTTGAAGGTGATGCGTCGA
TGTTGTTTGGAACCAAAAAGACGACATGGCACATTGACATATCTAGAAACATGTTCCAGT
TCGATATCTCCAAGGTTAAGGTCGCTAAGACGGTTAATTTCTTGGACTTGAATCACGACA
GCCTCACAGGGAGTATCCCCGATCAATGGACCCAGCTTGATCTTCAGACTTTCAACGTTA
GCTATAACAGACTGTGTGGACGCATCCCCCAGGGAG*TGACCTTCAGACTTTTGATGCTT
ATGCGTATTTACACAACAAGTGCTTGTGTGGTGCACCTCTT

QA 1 761 1 761
DS 

RD RR3GI47JQ 716 0 0
CCGGCCTTGTTCCTGAATTTCTGAGTCAGCTCAAGAATCTAGAGTACATTAACCTTTCCT
TCAATAAACTCTCCGGTTCCATACCCGGTTCACTCTCTTTGTTACCTAAGCCGGCTACAC
TTGAGCTCAGCAGGAACAAGCTTACAGGTACGATACCAGAGTCATTTGGATCGTTTAAAG
CAGAGGTATATGGGATTTACCTATCGCACAACCAGCTGTCCGGTTCTGTACCAAAATCAC
TAGGCAACCTCAACTTTAACACCATTGATCTTTCCCGGAACAAGTTTGAAGGTGATGCGT
CGATGTTGTTTGGAACCAAAAAGACGACATGGCACATTGACATATCTAGAAACATGTTCC
AGTTCGATATCTCCAAGGTTAAGGTCGCTAAGACGGTTAATTTCTTGGACTTGAATCACG
ACAGCCTCACAGGGAGTATCCCCGATCAATGGACCCAGCTTGATCTTCAGACTTTCAACG
TTAGCTATAACAGACTGTGTGGACGCATCCCCCAGGGAGGTGACCTTCAGACTTTTGATG
CTTATGCGTATTTACACAACAAGTGCTTGTGTGGTGCACCTCTTCCGAGTTGCAACGTGA
AGATTCAAGCAACCGATCTTTATCTAAACTTACCATCAGAATAAAATCATGTATAAGGAC
ATCTGTATGTTCCATTCCGTATGATGAATAAAAAATGAATCATATTTCGTTTGATG

QA 1 716 1 716
DS 



AS 1 2

CO CL9601Contig1 825 2 2 U
GCTACAAGTTAGTATCATCAGTCAAGCGCTTATCTTCGTCACAAGGTCAAGGAGCTGGTC
GTTCGTTGAACGTCCTGGGGCGCTTCTGATGATTGCATTCGTCATTGCACAACTTGTTGC
GACTTTGATTGCAGTGTACGCTGACTGGACATTTGCAAAGGTGAAGGGTATCGGTTGGGG
ATGGGCTGGTGTGATTTGGGTTTACAGCATTGTTACATACTTCCCACAAGACCTTTTGAA
GTTTGCCACCCGATACATCTTGAGTGGAAAGGCATGGACCAGCTTGTTCGACAACAGGAC
TGCTTTCACGACCAAGAAGGATTACGGTATTGGAGAAAGAGAAGCTCAGTGGGCTCAAGC
TCAGAGGACACTGCACGGTCTCCAGCCTAAAGAAGAGGTTAACATCTTCCCAGAGAAAGG
AGGTTACAGAGAGCTGTCTGAGATCGCCGAGCAAGCTAAGAGAAGGGCCGAGATAGCAAG
GCTTAGGGAGCTTCACACATTGAAGGGACATGTTGAATCAGTCGCAAAGCTGAAGGGCTT
GGACATTGACACAGCTGGTCATCACTACACTGTGTAATTGCAGTTGCACAAACGTTTTAC
CAAAACCAACCCATCATGACTCCTCTTCGTTTTTTTTTTCTTCTGAAGTCGCAAATAGAG
GGAAGAGAACTCTGTGTATTGCCATAACTCTTCCAAAAACTCGTTTTATTGTTAGTCATT
TGTACCTCTAAACTTGTACTCTGAGCTTAAGAAACAAGGCTTTTCTGCCTTGGTGGTTTG
TCACTTCGGCTACAACCTGTTTTAATGGCTTAATATGAGCTTCTT


BQ
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AF RR3H583TF U 1
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GGACATTGACACAGCTGGTCATCACTACACTGTGTAATTGCAGTTGCACAAACGTTTTAC
CAAAACCAACCCATCATGACTCCTCTTCGTTTTTTTTTTCTTCTGAAGTCGCAAATAGAG
GGAAGAGAACTCTGTGTATT

QA 1 680 1 680
DS 

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TCCCACAAGACCTTTTGAAGTTTGCCACCCGATACATCTTGAGTGGAAAGGCATGGACCA
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GAAGGGCCGAGATAGCAAGGCTTAGGGAGCTTCACACATTGAAGGGACATGTTGAATCAG
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AGTTGCACAAACGTTTTACCAAAACCAACCCATCATGACTCCTCTTCGTTTTTTTTTTCT
TCTGAAGTCGCAAATAGAGGGAAGAGAACTCTGTGTATTGCCATAACTCTTCCAAAAACT
CGTTTTATTGTTAGTCATTTGTACCTCTAAACTTGTACTCTGAGCTTAAGAAACAAGGCT
TTTCTGCCTTGGTGGTTTGTCACTTCGGCTACAACCTGTTTTAATGGCTTAATATGAGCT
TCTT

QA 1 724 1 724
DS 



AS 0 0

AS 1 2

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AF RR3EF75JQ C 1
AF RR3EF75TF U 1
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ATAGGGTTCTTTATGGCTTACTTTGTTGATAGTCTTACTGGAGTAGGACTTGTCGATCAA
ACGGGGAACTTCTTCTGTAAAACGCTCTTGTTCGTGGCTGTGGCTGGAGTTCTCTTCATC
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AAACAATGGCAAGCAGCCTGGAAAGATGGTGAGGAGGACTCATCAAAGAAGTGAAAAGCG
GAAACAGAGAGTCTTGCTTCTTCTCTTTTTTTTTTGTTATATGATGATGTAATTAGGCAC
AAAGAGATAAGTCTTTATAATATGAAGAGAGTTTAAGGTGTCTT

QA 1 584 1 584
DS 

RD RR3EF75TF 584 0 0
GGGATGCGAGGTGGGTTAAGGGAACATGGGATCTGAAACAGTTCGAGAAAGATGGGAAAA
*CAGACTGGGATGACGTCATCGTTTCTGAGGCCAAGAGAAGAAAATGGCTGGAAGAGAAT
CCAGAGACTACGAGTAACGACGAACCTGTGGTCTTCGATACGTCGATAATCCCATGGTGG
GCTTGGATGAAGAGATACCATTTACCCGAAGCTGAGCTCCTTAACGGCCGTGCTGCGATG
ATAGGGTTCTTTATGGCTTACTTTGTTGATAGTCTTACTGGAGTAGGACTTGTCGATCAA
ACGGGGAACTTCTTCTGTAAAACGCTCTTGTTCGTGGCTGTGGCTGGAGTTCTCTTCATC
CGCAAGAATGAGGATGTTGATAAGTTGAAGAAGTTGTTTGATGAGACGATGTTATATGAT
AAACAATGGCAAGCAGCCTGGAAAGATGGTGAGGAGGACTCATCAAAGAAGTGAAAAGCG
GAA*CAGAGAGTCTTGCTTCTTCTCTTTTTTTTTTGTTATATGATGATGTAATTAGGCAC
AAAGAGATAAGTCTTTATAATATGAAGAGAGTTTAAAGTGTCTT

QA 1 584 1 584
DS 



AS 1 2

CO CL9604Contig1 651 2 1 U
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CAAGGACACAGCTTTTCTTCATCTTCTTTCTCTGTCACCGACTCTCCCACCAAGTCTACC
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BQ
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QA 1 591 1 591
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AS 1 2

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BQ
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AF RR3EG74JQ C 1
AF RR3EG74TF U 1
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AS 0 0

AS 1 2

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BQ
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AF RR3DT34TF U 1
AF RR3DT34JQ C 352
BS 1 643 RR3DT34TF
BS 644 1005 RR3DT34JQ

RD RR3DT34TF 643 0 0
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AGGTTTTTTCAGTTAAGCTAGATGAGTGGACAGATGAGCAAGTTGATATGCTTGTAGGGT
ACGGTGGAAACACTGTAGTGAACCAGAGATTCGAAGCTTGCAACATGGACCAGTCAAAGA
AACCTAAACCTGATTCTAATAATGAGGAACGCAATGATTTCATTAGAAAGAAATATGAGC
TGCACCAGTTTACGGATCCAAAAGATGGTGCTTTGTGCATTTATCAGGAGCCTAGCAGAA
TAAATAATACATCACGGTCTTTATGTTCTGCTAGTGGTAGCCACCGTTCTGCAAAAAACC
GCATTGGTCATGCATTTAGGAATAGCTGGGGAAGAAGAGAATCTGATCACAAATGCCCCA
AGAAGAGCAACTCTATGGAACAAATCTTGCGGTTCGAGATGTGATGACAAGCGATCCTTA
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TCCCGTGTGGAATGAGACGCTTATGCTTTCGATACCTGAGCAGATGCCTCCTCTCAAAGT
GCTAGTGTACGACAAGGATACATTCACGACATATGATTTCATG

QA 1 643 1 643
DS 

RD RR3DT34JQ 654 0 0
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AATGCCCCAAGAAGAGCAACTCTATGGAACAAATCTTGCGGTTCGAGATGTGATGACAAG
CGATCCTTATGTTATCCTTTCTCTTGGACAACAATCGGTGAAAACACGGGTGATAAAGAA
CAATTTGAATCCCGTGTGGAATGAGACGCTTATGCTTTCGATACCTGAGCAGATGCCTCC
TCTCAAAGTGCTAGTGTACGACAAGGATACATTCACGACATATGATTTCATGGGGGAGGC
TGAGATAGACATACAACCGTTGGTGAGTGCAGCAAAAGCTTACGAGACATCAAGCATAAA
AGAACCGATGCAGCTGGGGAGTTGGGTGGCGAGCAAAGAGAACACATTGGTGAGTGATGG
GATAATCTCACAGGAAGAAGGAAAAGTGAAACAAGACATATCGCTCAGTCTTCAAAAAGT
GGAGAGAGGTGTTCTTGAGATACAACTTGAATGTCTTCCTCTTACTCAATGATGTTAACA
CTCTCCTTTCTGCCTCCTTTTTTGTTGTATTTATTAGAGATGCTACTTTCTTCTTGATCC
ACCTCAAAACATATGTAAAAAGAACCCATAACTTGATTTAAGATTCAGAAAAAA

QA 1 654 1 654
DS 



AS 1 2

CO CL9609Contig1 744 2 2 U
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TCACAATCTCTCGAAGCTTCAGCATGCTCCTAGTGTGCCGTTTCAGGAAAGGCCACCGGA
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ACGTTATGTATTTATTCGTTGCAG


BQ
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AF RR3H254TF U 1
AF RR3H254JQ C 1
BS 1 588 RR3H254TF
BS 589 744 RR3H254JQ

RD RR3H254TF 588 0 0
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TGTAGCTCGGTGCTGGTGCTACGAGACTGGAGTTGCACTTGGAATCGAAGTTGAGGACAA
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TCACAATCTCTCGAAGCTTCAGCATGCTCCTAGTGTGCCGTTTCAGGAAAGGCCACCGGA
TACAGAGACTCCTGAGGTAGATGAAGACCAAGAGGATGGAGATAAAAGATGGGATGCTGA
TTCTGACATGGATTGATGATGATCGTAAACCTATACCGAGCAGAGTGAAAAGAGAAGCTG
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GTTTTGAGATGGGGGGTATGGGAGGAGAGTGGAAGCACCACCAAGGTAACAAACTCAGTG
GGAATTGAGGAAGCAGGTGTGAAAATGGAAGAGGATGGCACAAACAAG

QA 1 588 1 588
DS 

RD RR3H254JQ 744 0 0
GATGAGATCGTTTAATGTTCCGTTACTTCTCCTGGGTGGTGGTGGTTACACTATCCGTAA
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GAGTAACATGGAGAACAAGAACTCTCGGCAGATGCTTGAAGTGATTCGCAATGACCTGCT
TCACAATCTCTCGAAGCTTCAGCATGCTCCTAGTGTGCCGTTTCAGGAAAGGCCACCGGA
TACAGAGACTCCTGAGGTAGATGAAGACCAAGAGGATGGAGATAAAAGATGGGATGCTGA
TTCTGACATGGATTGATGATGATCGTAAACCTATACCGAGCAGAGTGAAAAGAGAAGCTG
TTGAATCTGATGCAAAGGACAAGGATGGAGGACTGAAAGGAGTAATGGAGCGTATGAAAG
GTTTTGAGATGGGGGGTATGG*AGGAGAGTGGAAGCACCACCAAGGTAACAAACTCAGTG
GGAATTGAGGAAGCAGGTGTGAAAATGGAAGAGGATGGCACAAACAAGTCAGGTGCTGCA
TCAGATCAAGTGTTTCCTAAAACATAAAAAAAAGCCTTTGGAGGCGTCTCATTTCTTGTT
GCCCTTCCTAGTCTTTCAAATCTTTTTTTTTTTAGTGTGTTATTGATAAATGAACACGTT
ACGTTATGTATTTATTCGTTGCAG

QA 1 744 1 744
DS 



AS 1 2

CO CL9610Contig1 843 2 2 U
GTATCAATAAGGTGTTGAGGTACTTCTCTTATGAGCATTTCTATGTCATATACTGCAAGT
TCTGGGAGCTGGATACAGACCATGATTTCTTGATCGACAAAGAGAATCTCATCAGATACA
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TGGAATGCATGGCGCAAGAGGCGGTGCTGTTTGAGGATATTTTGTGCCAATTATTTGATA
TGGTCAAACCAGAAGACGAAGGGTACATTTGTCTGAATGATTTGAAGGGTTCTAAACTTT
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CTCATAGGGAATACATTAGGCTATCTATGGAAGAAGACGTCGAAGATGCTTCTAACGGAA
GCGCTGAAGCATGGGACGACTCGCTTGAGGTCTCCTTTTGAGCGAATTAATATGGTAAAA
GAGTGACGGCTGGTTTAAAAACAATTCAGGTTATGAGATATATGAGGGAACTGAAACTGC
AAGCTATTATTGATACTGTTTTGATTTTGATCTGGATTCAGTTTGACATAAACAATAATC
TCT


BQ
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10 10 10 

AF RR3G261TF U 1
AF RR3G261JQ C 33
BS 1 615 RR3G261TF
BS 616 843 RR3G261JQ

RD RR3G261TF 615 0 0
GTATCAATAAGGTGTTGAGGTACTTCTCTTATGAGCATTTCTATGTCATATACTGCAAGT
TCTGGGAGCTGGATACAGACCATGATTTCTTGATCGACAAAGAGAATCTCATCAGATACA
GTAACCATGCTCTCACCTACAGGATTGTCGACCGAATATTTTCTCAGGTACCAAGGAAGT
TTACTAGTAAAACCGAAGGAAAGATGTGTTATGAGGATTTTGTTTATTTCATTTTGGCTG
AAGAAGACAAGTCATCAGAACCTAGTCTAGAGTATTGGTTCAAGTGCATAGATTTGGATG
CAAATGGAGTCTTGACACGGAATGAGCTGCAATTCTTTTATGAGGAGCAGCTGCATAGAA
TGGAATGCATGGCGCAAGAGGCGGTGCTGTTTGAGGATATTTTGTGCCAATTATTTGATA
TGGTCAAACCAGAAGACGAAGGGTACATTTGTCTGAATGATTTGAAGGGTTCTAAACTTT
CCGGAAATGTTTTCAATATACTTTTCAACCTTAACAAGTTCATGGCGTTTGAAACTCGTG
ATCCATTCCTCATTCGCCAGGAGCGCGCAAATCCTACATGGACCGAATGGGATCGTTTTG
CTCATAGGGAATACA

QA 1 615 1 615
DS 

RD RR3G261JQ 811 0 0
GAGCATTTCTATGTCATATACTGCAAGTTCTGGGAGCTGGATACAGACCATGATTTCTTG
ATCGACAAAGAGAATCTCATCAGATACAGTAACCATGCTCTCACCTACAGGATTGTCGAC
CGAATATTTTCTCAGGTACCAAGGAAGTTTACTAGTAAAACCGAAGGAAAGATGTGTTAT
GAGGATTTTGTTTATTTCATTTTGGCTGAAGAAGACAAGTCATCAGAACCTAGTCTAGAG
TATTGGTTCAAGTGCATAGATTTGGATGCAAATGGAGTCTTGACACGGAATGAGCTGCAA
TTCTTTTATGAGGAGCAGCTGCATAGAATGGAATGCATGGCGCAAGAGGCGGTGCTGTTT
GAGGATATTTTGTGCCAATTATTTGATATGGTCAAACCAGAAGACGAAGGGTACATTTGT
CTGAATGATTTGAAGGGTTCTAAACTTTCCGGAAATGTTTTCAATATACTTTTCAACCTT
AACAAGTTCATGGCGTTTGAAACTCGTGATCCATTCCTCATTCGCCAGGAGCGCGCAAAT
CCTACATGGACCGAATGGGATCGTTTTGCTCATAGGGAATACATTAGGCTATCTATGGAA
GAAGACGTCGAAGATGCTTCTAACGGAAGCGCTGAAGCATGGGACGACTCGCTTGAGGTC
TCCTTTTGAGCGAATTAATATGGTAAAAGAGTGACGGCTGGTTTAAAAACAATTCAGGTT
ATGAGATATATGAGGGAACTGAAACTGCAAGCTATTATTGATACTGTTTTGATTTTGATC
TGGATTCAGTTTGACATAAACAATAATCTCT

QA 1 811 1 811
DS 



AS 1 2

CO CL9611Contig1 909 2 2 U
GACGCGTCGTATCTATACTCGTGAATCTTTCTTTGTCTTCTTCTTCGAGCTTTCTCACAT
CAATCGCAATGGGGATCTGTGTGTCATTTAACCGGAGAAGAGACTCCAACTCTCCCCCGA
CGGTGAAGATCGTCGGTCAACGGCGATCTACGGGAATACCACGTTCCGGTGCTAGCTTCT
CAGGTCCTGGAAGCGGAATCAGCTGCCGCTTCGTCGTCGTCTTCTTCCTCCAGACCTTCC
TCCTACTTCCTCTCCGATTCGGACTCTCTTCTCTACGACGACTTCATACCGGCGATCAAG
CTCGAAGAGCCGCTCCAGGCCGAGCAGATCTACTTCGTTCTTCCCGTCTCTAAACGGCAG
AACCGTCTAACGGCGTCGGACATGGCGGCTCTCGCCGTTAAAGCGAGCGTCGCGATACAG
AACTCCGTTGGCGGGAAAGAGTCTCGCAGCAGGCGTAACAAGAAAGTTAGAATCTCTCCG
ATCATGATGCTGACTCAGCAGCCTGACGATAACGGTGCCGCTGTTAACGGAAAAGCAAGC
GAATCGACGGTTCGTAAGGGGAGGCCGTTACTGAATAAAACGGCTCCGTTCAAGGCTTCC
AGCAGTGGTTATAACCGGTCCGGTTCGGTACGTAGCTTGAGGAGATATACTTCTAACCGA
GCGAAGTTGGCGGTTCGATCTTTTAGGCTCAAACTTTCGACGATCTACGAAGGCACCGTG
GTGTAGCTTTTTAGTTTTTGCGAGGAACAAACAAATAATCAGTATTTGAAGCATAATAGT
TTTTTGCAGTGTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTACAAACTGATGATATAATCTTTTTCCTTT
TTGCTACTTTGTTTGTTTGAATATTGTATATTTTATGTCACGTATATGTTACCAAACTAA
TTGAATATG


BQ
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AF RR3AB62TF U 1
AF RR3AB62JQ C 99
BS 1 681 RR3AB62TF
BS 682 909 RR3AB62JQ

RD RR3AB62TF 681 0 0
GACGCGTCGTATCTATACTCGTGAATCTTTCTTTGTCTTCTTCTTCGAGCTTTCTCACAT
CAATCGCAATGGGGATCTGTGTGTCATTTAACCGGAGAAGAGACTCCAACTCTCCCCCGA
CGGTGAAGATCGTCGGTCAACGGCGATCTACGGGAATACCACGTTCCGGTGCTAGCTTCT
CAGGTCCTGGAAGCGGAATCAGCTGCCGCTTCGTCGTCGTCTTCTTCCTCCAGACCTTCC
TCCTACTTCCTCTCCGATTCGGACTCTCTTCTCTACGACGACTTCATACCGGCGATCAAG
CTCGAAGAGCCGCTCCAGGCCGAGCAGATCTACTTCGTTCTTCCCGTCTCTAAACGGCAG
AACCGTCTAACGGCGTCGGACATGGCGGCTCTCGCCGTTAAAGCGAGCGTCGCGATACAG
AACTCCGTTGGCGGGAAAGAGTCTCGCAGCAGGCGTAACAAGAAAGTTAGAATCTCTCCG
ATCATGATGCTGACTCAGCAGCCTGACGATAACGGTGCCGCTGTTAACGGAAAAGCAAGC
GAATCGACGGTTCGTAAGGGGAGGCCGTTACTGAATAAAACGGCTCCGTTCAAGGCTTCC
AGCAGTGGTTATAACCGGTCCGGTTCGGTACGTAGCTTGAGGAGATATACTTCTAACCGA
GCGAAGTTGGCGGTTCGATCT

QA 1 681 1 681
DS 

RD RR3AB62JQ 811 0 0
AGAGACTCCAACTCTCCCCCGACGGTGAAGATCGTCGGTCAACGGCGATCTACGGGAATA
CCACGTTCCGGTGCTAGCTTCTCAGGTCCTGGAAGCGGAATCAGCTGCCGCTTCGTCGTC
GTCTTCTTCCTCCAGACCTTCCTCCTACTTCCTCTCCGATTCGGACTCTCTTCTCTACGA
CGACTTCATACCGGCGATCAAGCTCGAAGAGCCGCTCCAGGCCGAGCAGATCTACTTCGT
TCTTCCCGTCTCTAAACGGCAGAACCGTCTAACGGCGTCGGACATGGCGGCTCTCGCCGT
TAAAGCGAGCGTCGCGATACAGAACTCCGTTGGCGGGAAAGAGTCTCGCAGCAGGCGTAA
CAAGAAAGTTAGAATCTCTCCGATCATGATGCTGACTCAGCAGCCTGACGATAACGGTGC
CGCTGTTAACGGAAAAGCAAGCGAATCGACGGTTCGTAAGGGGAGGCCGTTACTGAATAA
AACGGCTCCGTTCAAGGCTTCCAGCAGTGGTTATAACCGGTCCGGTTCGGTACGTAGCTT
GAGGAGATATACTTCTAACCGAGCGAAGTTGGCGGTTCGATCTTTTAGGCTCAAACTTTC
GACGATCTACGAAGGCACCGTGGTGTAGCTTTTTAGTTTTTGCGAGGAACAAACAAATAA
TCAGTATTTGAAGCATAATAGTTTTTTGCAGTGTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTACAAACT
GATGATATAATCTTTTTCCTTTTTGCTACTTTGTTTGTTTGAATATTGTATATTTTATGT
CACGTATATGTTACCAAACTAATTGAATATG

QA 1 811 1 811
DS 



AS 1 2

CO CL9612Contig1 583 2 1 U
GGATTGAATAACCTAAAGAGAGAGAGAGGAAGAAGAAGATAGATTCGATTCGATTCAGAT
CAGAGAATTGTAGATTGATCGAAGAAGATGAACACTGACATCACTGCCTTAGAGAAGCAC
CAATACCCCGTCGTCGATCGGAATCCACCATTCACAAAAGTCGTCGGAAACTTCAGCGTA
CTCGATTACCTCCGTTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTCGGCTATCTATCA
GGGATTAAGCCTGGGATCAAAGGACCGTCAATGGTGACGGGAGGACTGATCGGACTCATG
GGTGGGTTCATGTATGCGTATCAGAACTCGGCGGGGAGGCTCATGGGTTTCTTCCCTAAC
GAAGGCGAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCGCGGTGTGTTCTCCAAATGAGAGTCTATTGCT
GGATCTCTGGGTTCCAATTCGAAAATGAACTCTTTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTT
GTTACAACTTATGATGTTGATGATCAATAAATATTTGAGCTTGCTCAAAAATTGTTTGTT
ATGACTTATGATGCTGACACCAGTAAAGATTTGAGCTTTGCTT


BQ
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AF RR3F352JQ C 1
AF RR3F352TF U 1
BS 1 583 RR3F352TF

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QA 1 583 1 583
DS 

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CAATACCCCGTCGTCGATCGGAATCCACCATTCACAAAAGTCGTCGGAAACTTCAGCGTA
CTCGATTACCTCCGTTTCTCCACCATCACCGGCGTTTCCGTCACCGTCGGCTATCTATCA
GGGATTAAGCCTGGGATCAAAGGACCGTCAATGGTGACGGGAGGACTGATCGGACTCATG
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GAAGGCGAGGTCGCTAGTTACCAGAAGCGCGGTGTGTTCTCCAAATGAGAGTCTATTGCT
GGATCTCTGGGTTCCAATTCGAAAATGAACTCTTTTTGAGGATAATGTTTGCCTCTGTTT
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ATGACTTATGATGCTGACACCAGTAAAGATTTGAGCTTTGCTT

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

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ATTCTTAGTTCTTTC


BQ
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AF RR3FT53TF U 1
AF RR3FT53JQ C 26
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GA

QA 1 612 1 612
DS 

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ATCTTCAATGTCTCGGCTTGCGAGATTGATTATCCACTGGATGCAGTTCATATCAGTGAC
AGCGACGATGACGTGATGGACGTTACAGACGAAGGGTTTCTTGGAACCCAAGGTGCTAGG
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GTTGTGTAGTGTAAAATATTGTACTTCCTTAATGAAAACTCAAAAAACTTGGAACTGTAA
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QA 1 770 1 770
DS 



AS 1 2

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TGTAGTCAGAATGTTATTCTCTGGATCTTCTCTGTGATGCATTTTATCTCTTTTTCCTTT
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GACATGCATTTTGGTGAATTGTAACTTATTTCTCCAATAGCATATTTCAATCCTAGTG


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB19TF U 1
AF RR3CB19JQ C 110
BS 1 628 RR3CB19TF
BS 629 958 RR3CB19JQ

RD RR3CB19TF 628 0 0
GGAGGTCTCCGTCTCTCGCGGTTCCGCACAGCGCAGCTTCCAAAGGCGAACGTCTTCGTC
TCCGGCGAGCTGTTAACTTCCCGATTTTTATTTTCCGGAAAATTTATCGATATCTTATCG
TACACGGGTTTCGTTCTCAAAAATGTCAGAAGCTTCTAGGCGGAGTAGGGTCACTATTAC
TCTAGGTCGTAGCGGCCAGGTGGTGAGTCGAGATGGGACTGATGTAGATGAGTTGCCTAG
AGTTGGGACCAAGCGGTCTGTCAAAGAAAGACTAGGGAACCAGTTGGATGTGTCTGCTTA
CGGAAGTGATGCGGTCAGTAAAAGGCAAAGAGGGGAAGCAATTTTCAGTGGAAATGATTT
GCAGATCAGCCAAAATGATCTACGTTTCAAACTGTTGCAAAAAAATGCACAGAGACGAGC
TCAGAGCGAGGAAGGCAGCACTGTGGATCTTCGTGAAAAGCTGCTCTCCAAGTCCAAGAG
TGAGCAGCTTCCTCGTAGCTTTGATACTCGACCTCGTATGTCTGACCCGAGGGATGACCC
GTTGCCTTTAAGAGAGAGGAAGTGGACATGACGACGATAAAGCAGATGAAAGAAAGTGAT
CTAAAAGATCTCATCATACCAATGGGTC

QA 1 628 1 628
DS 

RD RR3CB19JQ 849 0 0
GATATC
TATCGTACACGGGTTTCGT*CTCAAAA*TGTCAGAAGCT*CTAGGCGGAGTAGGGTCACT
ATTACTCTAGGTCGTAGCGGCCAGGTGGTGAGTCGAGATGGGACTGATGTAGATGAGTTG
CCTAGAGTTGGGACCAAGCGGTCTGTCAAAGAAAGACTAGGGAACCAGTTGGATGTGTCT
GCTTACGGAAGTGATGCGGTCAGTAAAAGGCAAAGAGGGGAAGCAATTTTCAGTGGAAAT
GATTTGCAGATCAGCCAAAATGATCTACGTTTCAAACTGTTGCAAAAAAATGCACAGAGA
CGAGCTCAGAGCGAGGAAGGCAGCACTGTGGATCTTCGTGAAAAGCTGCTCTCCAAGTCC
AAGAGTGAGCAGCTTCCTCGTAGCTTTGATACTCGACCTCGTATGTCTGACCCGAGGGAT
GACCCGTTGCCTTTAAGAGAGAGGAAGTGGACATGACGACGATAAAGCAGATGAAAGAAA
GTGATCTAAAAGATCTCATCATACCAATGGGTCCAAGGAAGAAGATTCTCCAGGCAATAG
CGTGTCTTCCAAAACGGTAGCAGCGGTGAAAAACCGGTTTGGCCTCTTGCTGATTCTTAC
TCTTGTGGTCATAATTGGCCTTTTTGCGGATCAAAACTAAGAAGAAACTCTTCTCTCTGG
ATGATTGTAGTCAGAATGTTATTCTCTGGATCTTCTCTGTGATGCATTTTATCTCTTTTT
CCTTTAGACAAGTTGTCGACCGAATCAGCTTAGTCGTGTCAGGGTTCGTGTCTATTTTGA
AACGTGACATGCATTTTGGTGAATTGTAACTTATTTCTCCAATAGCATATTTCAATCCTA
GTG

QA 7 849 7 849
DS 



AS 0 0

AS 1 2

CO CL9616Contig1 880 2 6 U
GGACTCAAAAACCACACAGCGGAAGCGTTTTGGGGTTTTAGCGGCGAGATCTCTTTGTTC
TCTTGTAGCTTAGCGATGGCCTTCTCTTCCCTTCTCAGATCTGCCGCCACTTCCGCAGCC
GCTCCTCGTCTCGAGCTCTATACATCTCCGTCGACTTACGACCATTTTCAGGTCACGTCA
AGTCTTGGATTCAGTCACAGCCTGACCTCTTCCAAATTCTCGGTTTCAACTAAGTCATCT
TCACAAAAATGCAGTGCGAGAAGTGTTCAGCCTATCAAGGCGACAGCTACAGAAGCACCT
CCTGCTGTTCACAGGTCAAGGAGCAGTGGCAAGACAAAGGTTAGGATCAATGGTTTTGGT
CGGATTGGAAGGTTGGTCCTTCGCATTGCAACTTTCAGAGATGATATTGAGGTTGTAGCA
GTCAACGACCCATTCATAGACGCCAAGTACATGGCTTACATGTTCAAGTATGATTCTACT
CATGGAAATTACAAAGGAACCATCAATGTAATTGACGATTCCACTTTGGAGATCAACGGA
AAAGAGATCAAAGTTGTCAGCAAGAGAGACCCAGCTGAGATCCCGTGGGCTGATCTTGGA
GCTGATTATGTTGTTGAATCTTTCCGGAGTCTTCACCACCCTTGCAAAAGCTTCGTCACA
TTTGAAAGGGTGGCGCCAAGAAAGTCATCATTTCTGCACCTTCAGCGGACGCACCAATGT
TTGTTGTTGGAGTTAATGAGAGGACATACAAACCTAACATGGATATAGTCTCTAATGCAA
GCTGCACCACCAATTGTCTCGCACTCTTGCTAAGTGGTACATGAGAATTTGGAATTCTTG
AAGCTTGATGACACAGTTCATGCGACCACAGCACTCAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GK15TF U 1
AF RR3AH77TF U 376
BS 1 622 RR3GK15TF
BS 623 623 RR3AH77TF
BS 624 666 RR3GK15TF
BS 667 667 RR3AH77TF
BS 668 787 RR3GK15TF
BS 788 880 RR3AH77TF

RD RR3GK15TF 787 0 0
GGACTCAAAAACCACACAGCGGAAGCGTTTTGGGGTTTTAGCGGCGAGATCTCTTTGTTC
TCTTGTAGCTTAGCGATGGCCTTCTCTTCCCTTCTCAGATCTGCCGCCACTTCCGCAGCC
GCTCCTCGTCTCGAGCTCTATACATCTCCGTCGACTTACGACCATTTTCAGGTCACGTCA
AGTCTTGGATTCAGTCACAGCCTGACCTCTTCCAAATTCTCGGTTTCAACTAAGTCATCT
TCACAAAAATGCAGTGCGAGAAGTGTTCAGCCTATCAAGGCGACAGCTACAGAAGCACCT
CCTGCTGTTCACAGGTCAAGGAGCAGTGGCAAGACAAAGGTTAGGATCAATGGTTTTGGT
CGGATTGGAAGGTTGGTCCTTCGCATTGCAACTTTCAGAGATGATATTGAGGTTGTAGCA
GTCAACGACCCATTCATAGACGCCAAGTACATGGCTTACATGTTCAAGTATGATTCTACT
CATGGAAATTACAAAGGAACCATCAATGTAATTGACGATTCCACTTTGGAGATCAACGGA
AAAGAGATCAAAGTTGTCAGCAAGAGAGACCCAGCTGAGATCCCGTGGGCTGATCTTGGA
GCTGATTATGTTGTTGAATCTT*CCGGAGTCTTCACCACCCTTGCAAAAGCTTCGTCACA
TTTGAA*GGGTGGCGCCAAGAAAGTCATCATTTCTGCACCTTCAGCGGACGCACCAATGT
TTGTTGTTGGAGTTAATGAGAGGACATACAAACCTAACATGGATATAGTCTCTAATGCAA
GCTGCAC

QA 1 787 1 787
DS 

RD RR3AH77TF 505 0 0
GTCCTTCGCATTGCAACTTTCATA**TGATATTGAGGTTGTAGCAGTCAACGACCCATTC
ATAGACGCCAAGTACATGGCTTACATGTTCAAGTATGATTCTACTCATGGAAATTACAAA
GGAACCATCAATGTAATTGACGATTCCACTTTGGAGATCAACGGAAAAGAGATCAAAGTT
GTCAGCAAGAGAGACCCAGCTGAGATCCCGTGGGCTGATCTTGGAGCTGATTATGTTGTT
GAATCTTTCCGGAGTCTTCACCACCCTTGCAAAAGCTTCGTCACATTTGAAAGGGTGGCG
CCAAGAAAGTCATCATTTCTGCACCTTCAGCGGACGCACCAATGTTTGTTGTTGGAGTTA
ATGAGAGGACATACAAACCTAACATGGATATAGTCTCTAATGCAAGCTGCACCACCAATT
GTCTCGCACTCTTGCTAAGTGGTACATGAGAATTTGGAATTCTTGAAGCTTGATGACACA
GTTCATGCGACCACAGCACTCAGAA

QA 1 505 1 505
DS 



AS 1 2

CO CL9617Contig1 969 2 4 U
GGGGAAAATCGAAGCTGAAGTAAAACTTACTGGTATCCTCAGTTTAGGAGCGCTGCAGCC
AGGAGAAACTCGAAAGTACGGTACTACTATTGCCCCTGGGTTGTACGCACCGGTCAACAT
TTCTTTATCGCTCGTATGGATATGTCTGTTGACTGTAAACCTGGTGAAGCTTTTAATCAG
GTAGTTGAGGTAAATGCCAGAGTTGACGAGCCCGGTGAGAACAATATCCACAACAATGCG
TTTTATGCGGAAGAGAAGTTACTTAGATCTGAGGCAGAGGCGATGCGTGACTGTGACCCT
TTTAGTGCTCGGCATTGGATTGTACGGAACACAAGGACAGTAAACAGGACGGGGCAATTA
ACGGGATACAAACTTGTTCCGGGCTCAAACTGTTTGCCATTAGCTCGACCCGAGGCCAAG
TTTCTAAGAAGAGCAGCGTTCCTGAAGCATAATCTTTGGGTTACCCGTTATGACCCTGAA
GAGAAGTTTCCAGGGGGAGAGTTCCCAAACCAAAACCCACGTTCTGGTGAAGGTCTCGCT
ACATGGGTGAAACAGAACCGTTCCTTGGAAGAATCTGACGTCGTGCTTTGGTATGTATTT
GGGATCATACATGTTCCTAGACTTGAAGATTGGCCAGTTATGCCAGTTGAACATATTGGT
TTCACACTGATGCCACATGGATTTTTCAACTGCTCACCAGCCGTGGATGTTCCACCGAAT
CCAGCATGCGAACCGGAGACCAAGGACAGTGAGGTCAAAGAGGTCGTAGCACCCAAGCCT
GGTTTACTTTCAAAGCTTTGAACATGATAAGACGTTTTTATAAGTTGGAGACACTGCTGT
TGCTTTATTCATTTTCGGATTGGAACCGTTGTATTTGGCGTGTGTTTGTTGAAAACTAAA
AACACATTTGTTCTTTGCTTTTCTCAAACATTATCGTTTTTATGTCAATAACAAATGTCA
TTACTAAGC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CK61TF U 1
AF RR3CK61JQ C 107
BS 1 688 RR3CK61TF
BS 689 689 RR3CK61JQ
BS 690 714 RR3CK61TF
BS 715 969 RR3CK61JQ

RD RR3CK61TF 714 0 0
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AGGAGAAACTCGAAAGTACGGTACTACTATTGCCCCTGGGTTGTACGCACCGGTCAACAT
TTCTTTATCGCTCGTATGGATATGTCTGTTGACTGTAAACCTGGTGAAGCTTTTAATCAG
GTAGTTGAGGTAAATGCCAGAGTTGACGAGCCCGGTGAGAACAATATCCACAACAATGCG
TTTTATGCGGAAGAGAAGTTACTTAGATCTGAGGCAGAGGCGATGCGTGACTGTGACCCT
TTTAGTGCTCGGCATTGGATTGTACGGAACACAAGGACAGTAAACAGGACGGGGCAATTA
ACGGGATACAAACTTGTTCCGGGCTCAAACTGTTTGCCATTAGCTCGACCCGAGGCCAAG
TTTCTAAGAAGAGCAGCGTTCCTGAAGCATAATCTTTGGGTTACCCGTTATGACCCTGAA
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ACATGGGTGAAACAGAACCGTTCCTTGGAAGAATCTGACGTCGTGCTTTGGTATGTATTT
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TTCACACTGATGCCACATGGATTTTTCA*CTGCTCACCAGCCGTGGATGTTCCA

QA 1 714 1 714
DS 

RD RR3CK61JQ 863 0 0
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ATGCGGAAGAGAAGTTACTTAGATCTGAGGCAGAGGCGATGCGTGACTGTGACCCTTTTA
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GATACAAACTTGTTCCGGGCTCAAACTGTTTGCCATTAGCTCGACCCGAGGCCAAGTTTC
TAAGAAGAGCAGCGTTCCTGAAGCATAATCTTTGGGTTACCCGTTATGACCCTGAAGAGA
AGTTTCCAGGGGGAGAGTTCCCAAACCAAAACCCACGTTCTGGTGAAGGTCTCGCTACAT
GGGTGAAACAGAACCGTTCCTTGGAAGAATCTGACGTCGTGCTTTGGTATGTATTTGGGA
TCATACATGTTCCTAGACTTGAAGATTGGCCAGTTATGCCAGTTGAACATATTGGTTTCA
CACTGATGCCACATGGATTTTTCAACTGCTCACCAGCCGTGGATGTTCCACCGAATCCAG
CATGCGAACCGGAGACCAAGGACAGTGAGGTCAAAGAGGTCGTAGCACCCAAGCCTGGTT
TACTTTCAAAGCTTTGAACATGATAAGACGTTTTTATAAGTTGGAGACACTGCTGTTGCT
TTATTCATTTTCGGATTGGAACCGTTGTATTTGGCGTGTGTTTGTTGAAAACTAAAAACA
CATTTGTTCTTTGCTTTTCTCAAACATTATCGTTTTTATGTCAATAACAAATGTCATTAC
TAAGC

QA 19 863 19 863
DS 



AS 1 2

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TTGATCAGGGAAGTTGCTGGGTTTGCTCCATACGAGAAGAGAATCACTGAGCTTCTCAAG
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GGTGTTACTGAGAAGAAGAAGTAATCATCTTTTAAGTCTGATTTGTTGTCTGAGCTTTGT
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BQ
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AF RR3FC50JQ C 1
AF RR3FC50TF U 1
BS 1 527 RR3FC50TF

RD RR3FC50JQ 527 0 0
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GTTGGTAAAGACAAGAGGGCTCTTAAGGTTGCTAAGAGGAAGCTTGGTACCCACAAGAGA
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TGCTTTTTGGAACTCATTAAGTTTTGGTTAACTCTTTCAAATTAGCTTATATGCTCAAAC
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QA 1 527 1 527
DS 

RD RR3FC50TF 527 0 0
GGGCTTCTCCTCCGAGGTCGAACCCAAGAAGAAGAAGAGAAAACAATGGCAGCAACACAA
GTGAAGACTGGTCTGTTCGTTGGATTGAACAAAGGACACGTCGTCACAAGACGCGAGCTA
GCTCCTCGTCCCAACCCTCGCAAAGGGAAAACGAGCAAGAGGACGTTGTTCATCAGATCT
TTGATCAGGGAAGTTGCTGGGTTTGCTCCATACGAGAAGAGAATCACTGAGCTTCTCAAG
GTTGGTAAAGACAAGAGGGCTCTTAAGGTTGCTAAGAGGAAGCTTGGTACCCACAAGAGA
GCCAAGCGAAAGAGAGAGGAGATGTCTAGTGTTCTCCGCAAGATGAGGTCTGGTGGTGGT
GGTGTTACTGAGAAGAAGAAGTAATCATCTTTTAAGTCTGATTTGTTGTCTGAGCTTTGT
TGCTTTTTGGAACTCATTAAGTTTTGGTTAACTCTTTCAAATTAGCTTATATGCTCAAAC
AATCTTTGTGCTGTGTTTTGTTATTAATATGGATTAATGTTTGTTTC

QA 1 527 1 527
DS 



AS 1 2

CO CL9619Contig1 757 2 2 U
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AAAACTCAGCTCAACCCTCCATCCGATCAGCTCAACCAGGGTCATCGCTTTCTTCCTCTT
TAAGGTACTGATCGAATCATCACCATGGCTAAGAACTCATTCAAGCTCTCTAATCCTCTT
GGACTATGTGCCTACTGTGTTTGATAATTTTCAGCGGCAATGTGATTGTGGATGGAAACA
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CTGAATATTTTGCTCTGCAGAGAGAGAGTGAGTCGTTTGTTTATTTGTTTTGGACTCTGG
ATGAAACATGACAAGAAGACTACAATAGACTAAGGCCTTTGAGCTATCGAGGTTCAGATG
TCTTCTTACTTGCCTTCTCACATTCAGTTTCGGTTAAGTTGATGGTGTTTATGTGAATAA
ATGGTTTAAATTTGCAGCAAGCTTACTTCAATTTTGC


BQ
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AF RR3AA29TF U 1
AF RR3AA29JQ C 1
BS 1 689 RR3AA29TF
BS 690 757 RR3AA29JQ

RD RR3AA29TF 689 0 0
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GGACTATGTGCCTACTGTGTTTGATAATTTTCAGCGGCAATGTGATTGTGGATGGAAACA
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CTGAATATTTTGCTCTGCAGAGAGAGAGTGAGTCGTTTGTTTATTTGTTTTGGACTCTGG
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TCTTCTTACTTGCCTTCTCACATTCAGTT

QA 1 689 1 689
DS 

RD RR3AA29JQ 757 0 0
CAATAGATTCTCCTCCCCTTTTTTGTCACTGACGGTGATCACTCCAGCTACACGTATCGC
GCCGCAGCTTCACTGATCCTTTAACCACCGATTGACACTCCCCTCCGCCTCTAAGAAACT
CCTCTTCCTCAGAAACCCCACTCCCAGCCCCACGTTCGTCGCCGTCCGGTGCCAGAAACC
TTACTCCGATCGGCTCAACGGAATCCACGAACCATGCCTTTTCTGCTTCGTTCAAGCGGC
CTCACCTTCAAGCTCCACCCTCTCGTGATGCTCAATATCTCCGATCACTTCACCAGGGTC
AAAACTCAGCTCAACCCTCCATCCGATCAGCTCAACCAGGGTCATCGCTTTCTTCCTCTT
TAAGGTACTGATCGAATCATCACCATGGCTAAGAACTCATTCAAGCTCTCTAATCCTCTT
GGACTATGTGCCTACTGTGTTTGATAATTTTCAGCGGCAATGTGATTGTGGATGGAAACA
CTATCAACTTGATTGTGGGATACTGCAGGCAAGCTACCTTTTCATTTCATCATTCTCTTT
CTGAATATTTTGCTCTGCAGAGAGAGAGTGAGTCGTTTGTTTATTTGTTTTGGACTCTGG
ATGAAACATGACAAGAAGACTACAATAGACTAAGGCCTTTGAGCTATCGAGGTTCAGATG
TCTTCTTACTTGCCTTCTCACATTCAGTTTCGGTTAAGTTGATGGTGTTTATGTGAATAA
ATGGTTTAAATTTGCAGCAAGCTTACTTCAATTTTGC

QA 1 757 1 757
DS 



AS 1 2

CO CL9620Contig1 1217 2 8 U
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AAAAATGGGTAGATCACCGTGCTGCGAAAAATTGGGTTTGAAGAAAGGGCCTTGGACACC
AGAAGAAGACCATAAACTTTTGGCTTATATTGAAGAACATGGACATGGAAGTTGGCGTCC
ATTGCCTGAAAAAGCTGGTCTCCGTCGATGCGGGAAGAGTTGCAGACTAAGATGGACTAA
CTACTTGAGACCTGACATCAAAAGAGGCAAATTCAACTTGCAAGAAGAACAAACCATCAT
TCAGCTCCATGCTCTCTTAGGAAACAGGTGGTCGGCGATAGCAACTCATTTGCCAAAGAG
AACAGACAACGAGATCAAGAACTATTGGAACACTCATTTGAAGAAACGGTTAGTTAAAAT
GGGGATTGATCCAGTGACTCATAAACGCAAAAACGAGACTCCTCTTGGTTTATCCAAGAA
CGCAGCCACACTTAGCCACATGGCCCAGTGGGAAAGTGCTAGGCTTGAAGCTGAAGCAAG
GCTTGCTAGGGAATCAAAGCTTCTTCACTACCAAACCAAAGCTACATCCCATCATGGATT
CACTCATAAGACGTGGACAACAAAAACAAACCAAGGCAATGCAGATCAACAACAACAACT
TGAATCTCCGACATCAACAGTTTCATTCTCGGACATGAAGGAACAATCGACCGCGAAGAT
GGAGTTCACTAGGTCATCATCATCCACGGGTCTGACTCTGATGAAAGAACCAGAGAACGA
CTGGATCAGTACAACGATTTTCGAAGCTGCGCAGATGGCGGAAGGAGTCGAAGAAGGCTT
CACGGGTCTGTTGCTAGGAGGAGGCGATACACTAGGACGGAGTTTCGCCGCCGATAAAAA
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CAAGAACTATTTGGACAGCATTTTCAACTTTGTTGATCCTTCACCCTCGTCCGATTCTCA
GCCCATATTCTAAGTCAAAGGTTGATTTTCTCTGGGAATGTTTTTGATTCTTTTACATAG
TTACTTGGTAGTTGTATGAACCAATCATATGATCGATCTTTCATATGAGAACTTTCAGAA
GAAAGAATACAGTTCAT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BB11TF U 1
AF RR3BB11JQ C 381
BS 1 792 RR3BB11TF
BS 793 793 RR3BB11JQ
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BS 855 875 RR3BB11TF
BS 876 1217 RR3BB11JQ

RD RR3BB11TF 875 0 0
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QA 1 875 1 875
DS 

RD RR3BB11JQ 837 0 0
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TTCTTCACTACCAAACCAAAGCTACATCCCATCATGGATTCACTCATAAGACGTGGACAA
CAAAAACAAACCAAGGCAATGCAGATCAACAACAACAACTTGAATTTCCGACATCAACAG
TTTCATTTTCGGACATGAAGGAACAATCGACCGCGAAGATGGAGTTCACTAGGTCATCAT
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CCAATCATATGATCGATCTTTCATATGAGAACTTTCAGAAGAAAGAATACAGTTCAT

QA 1 837 1 837
DS 



AS 1 2

CO CL9621Contig1 707 2 2 U
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AAGTCCTCTTTAGAGATTGCCCGTATGTTGTAATATCTACTGACACTCGTTGTTATCTAT
CAACCTTCGTTTCCTTTTGTTTTCCATTTGCTGAAACAGTAATCTCAGATCAAGAAGATA
GATGAGGTTAGTCAAGTTTAGAACCGTCAGGGAGGTTTGAGATTAGTTAAAGTTTTCCGA
AAATGCACCATCTTGATTGTACGCTTACTAGTTGGGTTTGTTTCTAC


BQ
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AF RR3G182TF U 1
AF RR3G182JQ C 118
BS 1 705 RR3G182TF
BS 706 707 RR3G182JQ

RD RR3G182TF 705 0 0
GGCTCCCCTAATTGACATCTTTCTAGGGTTTCGTATTTCGCTGCTCCTCGAGGAATCGAT
CTTGTGCAATAACAGCAATGGGGAAGAGGAAGTCAAGGGTAAAGCCTGCTACAACGAAGC
GAATGGACAAGCTTGACACTGTCTTTAGCTGTCCTTTTTGCAATCACGGCTCTAGTGTCG
AATGCCAAATTAATATGAAGGAGATGATTGGTATTGCCACTTGTAGGATCTGTGAGGAAA
GCTTTAGCACTACTATCACAGCTTTGAGTGAAGCTATAGACATCTATAGCGAGTGGATTG
ATGAGTGCGAGAGGGTCAATACTGTGGAGGACGATGTTGAGCAAGAAGAGGGAGTGGAGG
AAGAAGAGGTATATGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAGGAAGATGATGTTGAAGATGAAC
GTGCGTCCACTAAAAGGAAGTTTAACTACCGAGACGATTGATATGTATCGAAAACCATGC
AAGTCCTCTTTAGAGATTGCCCGTATGTTGTAATATCTACTGACACTCGTTGTTATCTAT
CAACCTTCGTTTCCTTTTGTTTTCCATTTGCTGAAACAGTAATCTCAGATCAAGAAGATA
GATGAGGTTAGTCAAGTTTAGAACCGTCAGGGAGGTTTGAGATTAGTTAAAGTTTTCCGA
AAATGCACCATCTTGATTGTACGCTTACTAGTTGGGTTTGTTTCT

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3G182JQ 590 0 0
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TCGAATGCCAAATTAATATGAAGGAGATGATTGGTATTGCCACTTGTAGGATCTGTGAGG
AAAGCTTTAGCACTACTATCACAGCTTTGAGTGAAGCTATAGACATCTATAGCGAGTGGA
TTGATGAGTGCGAGAGGGTCAATACTGTGGAGGACGATGTTGAGCAAGAAGAGGGAGTGG
AGGAAGAAGAGGTATATGAAGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAGGAAGATGATGTTGAAGATG
AACGTGCGTCCACTAAAAGGAAGTTTAACTACCGAGACGATTGATATGTATCGAAAACCA
TGCAAGTCCTCTTTAGAGATTGCCCGTATGTTGTAATATCTACTGACACTCGTTGTTATT
TATCAACCTTCGTTTCCTTTTGTTTTCCATTTGCTGAAACAGTAATCTCAGATCAAGAAG
ATAGATGAGGTTAGTCAAGTTTAGAACCGTCAGGGAGGTTTGAGATTAGTTAAAGTTTTC
CGAAAATGCACCATCTTGATTGTACGCTTACTAGTTGGGTTTGTTTCTAC

QA 1 590 1 590
DS 



AS 1 2

CO CL9622Contig1 1011 2 6 U
GACAAAAAAAAAAAACTCAGTTTCTCTCTCCAATGACGGCGACACTAGGTAGAGACCAGT
ATGTGTACATGGCGAAGCTCGCCGAGCAGGCGGAGCGTTACGAGGAGATGGTCCAGTTCA
TGGAGCAGCTCGTCACATCCGCCGCTCCATCATCCTCAGAACTCACCGTGGAGGAGCGCA
ACCTCCTCTCGGTCGCGTACAAGAACGTGATCGGATCTCTGCGCGCCGCGTGGAGGATCG
TCTCGTCGATCGAGCAGAAGGAAGAGAGCAGGAAGAACGAGGAGCACGCGGCGCTGGTCA
AGGACTACAGATCCAAGGTGGAGGCGGAGCTCTCGTCGGTTTGCTCGGGGATCCTCAGGC
TCCTGGACTCGCACCTGATCCCGTCGGCGGCGGGGAGCGAGTCGAAGGTGTTTTACATGA
AGATGAAGGGGGATTATCATAGGTACATGGCGGAGTTTAAGGCCGGCGAGGAGAGGAAAG
CTGCTGCTGAAGATACCATGCTCGCTTACAAGGCTGCTCAGGATATTGCAGCGGCTGAGA
TGGCGCCTACTCATCCGATAAGGCTTGGTCTTGCGTTGAATTTCTCTGTGTTTTACTATG
AGATCCTCAATTCTTCCGACAAAGCTTGTAACATGGCCAAACAGGCATTTGAAGAAGCCA
TAGCTGAGCTTGACACACTGGGAGAAGAATCCTACAAAGACAGCACTCTCATTATGCAGT
TGCTCAGGGACAATCTTACCCTCTGGACCTCCGATATGCAGGAGCAGATGGACGAGCCCT
AATGATCTTTGATGGAAAAAGGGAGAGAGTTATGCTGCCATGTTTCTGGTCTCAAGATCC
TTTTAACATCGGCTTGAAAAATATTATTCTTTTAAAAGTGTTTTATGATGAGTATGTGCA
CAGCTTGATGATTTGTCTACTCTTATCTTAAAAGTCTAAAACTATGTGCTCTAAAACTTG
TAATCTCTTAGACTTTGATGAAGCCTTGAAAACCTCTTTATCCTTTTACTC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3AJ61TF U 1
AF RR3AJ61JQ C 266
BS 1 761 RR3AJ61TF
BS 762 762 RR3AJ61JQ
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BS 800 800 RR3AJ61JQ
BS 801 843 RR3AJ61TF
BS 844 1011 RR3AJ61JQ

RD RR3AJ61TF 843 0 0
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TGGAGCAGCTCGTCACATCCGCCGCTCCATCATCCTCAGAACTCACCGTGGAGGAGCGCA
ACCTCCTCTCGGTCGCGTACAAGAACGTGATCGGATCTCTGCGCGCCGCGTGGAGGATCG
TCTCGTCGATCGAGCAGAAGGAAGAGAGCAGGAAGAACGAGGAGCACGCGGCGCTGGTCA
AGGACTACAGATCCAAGGTGGAGGCGGAGCTCTCGTCGGTTTGCTCGGGGATCCTCAGGC
TCCTGGACTCGCACCTGATCCCGTCGGCGGCGGGGAGCGAGTCGAAGGTGTTTTACATGA
AGATGAAGGGGGATTATCATAGGTACATGGCGGAGTTTAAGGCCGGCGAGGAGAGGAAAG
CTGCTGCTGAAGATACCATGCTCGCTTACAAGGCTGCTCAGGATATTGCAGCGGCTGAGA
TGGCGCCTACTCATCCGATAAGGCTTGGTCTTGCGTTGAATTTCTCTGTGTTTTACTATG
AGATCCTCAATTCTTCCGACAAAGCTTGTAACATGGCCAAACAGGCATTTGAAGAAGCCA
TAGCTGAGCTTGACACACTGGGAGAAGAATCCTACAAAGACAGCACTCTCATTATGCAGT
TGCTCAGGGACAATCTTACCCTCTGGACCTCCGATATGCAG*AGCAGATGGACGAGCCCT
AATGATCTTTGATGGAAAA*GGGAGAGAGTTATGCTGCCATGTTTCTGGTCTCAAGATCC
TTT

QA 1 843 1 843
DS 

RD RR3AJ61JQ 746 0 0
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GGAGCTCTCGTCGGTTTGCTCGGGGATCCTCAGGCTCCTGGACTCGCACCTGATCCCGTC
GGCGGCGGGGAGCGAGTCGAAGGTGTTTTACATGAAGATGAAGGGGGATTATCATAGGTA
CATGGCGGAGTTTAAGGCCGGCGAGGAGAGGAAAGCTGCTGCTGAAGATACCATGCTCGC
TTACAAGGCTGCTCAGGATATTGCAGCGGCTGAGATGGCGCCTACTCATCCGATAAGGCT
TGGTCTTGCGTTGAATTTCTCTGTGTTTTACTATGAGATCCTCAATTCTTCCGACAAAGC
TTGTAACATGGCCAAACAGGCATTTGAAGAAGCCATAGCTGAGCTTGACACACTGGGAGA
AGAATCCTACAAAGACAGCACTCTCATTATGCAGTTGCTCAGGGACAATCTTACCCTCTG
GACCTCCGATATGCAGGAGCAGATGGACGAGGCCTAATGATCTTTGATGGAAAAAGGGAG
AGAGTTATGCTGCCATGTTTCTGGTCTCAAGATCCTTTTAACATCGGCTTGAAAAATATT
ATTCTTTTAAAAGTGTTTTATGATGAGTATGTGCACAGCTTGATGATTTGTCTACTCTTA
TCTTAAAAGTCTAAAACTATGTGCTCTAAAACTTGTAATCTCTTAGACTTTGATGAAGCC
TTGAAAACCTCTTTATCCTTTTACTC

QA 1 746 1 746
DS 



AS 1 2

CO CL9623Contig1 688 2 7 U
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AATGAGCTGAGGCCAGGAACCAATGGCCACTCACTCAACGTGAAAGTTGTCAGCACGAAG
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CAAGTGGATTTGATGAAAGAAGGCAAGATAGTGACGCTGCGCAATGCAAAGATCGACATG
TACAAGGGATCTATGAGGCTTGCTGTTGATAGACGGGGTCGCGTTGAAGTTGCTGAGGAG
CCCACTGACATCACTGTCAAGGAAGATAACAATCTTTCTCTCATCGAGTATGAGCTTGTG
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AGAAGACCCCCATTTTCTAGTTTGAGTTTTGCTTATCATAATTTGTAGTCTTTAATGTAT
TCTCCAAGCTTAACTCTCTTCCCGTTTT


BQ
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FE12TF U 1
AF RR3AL69TF U 1
BS 1 107 RR3AL69TF
BS 108 108 RR3FE12TF
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GAATTGAAGAGAACCCTGGCTTTCTTGTTCAATTCGATATTCCATGAATCTATGGAGTCA
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AATGAGCTGAGGCCAGGAACCAATGGCCACTCACTCAACGTGAAAGTTGTCAGCACGAAG
ACGGTGATGCAGAGAGGTGGTGGAGGTCGTCCTAGTGGTCCTCAGGCTCGTCAGATGAGG
ATTGCTGAATGTTTAGTTGGTGATGAGACTGCTATCATTATCTTTACTGCCAGAAACGAT
CAAGTGGATTTGATGAAAGAAGGCAAGATAGTGACGCTGCGCAATGCAAAGATCGACATG
TACAAGGGATCTATGAGGCTTGCTGTTGATAGACGGGGTCGCGTTGAAGTTGCTGAGGAG
CCCACTGACATCACTGTCAAGGAAGATAACAATCTTTCTCTCATCGAGTATGAGCTTGTG
AGCGTCGAAGCTTGATTTGTTTCAGCCTGCCCACCACCAAAAGTAAGCAGAGTGAGACTC

QA 1 600 1 600
DS 

RD RR3AL69TF 688 0 0
GGGCCTCGATAGATCTAATCAGGAAGTCTTCTCTCTCTTCTCCCAAACCAAAACGTAAGT
GAATTGAAGAGAACCCTGGCTTTCTTGTTCAATTCGATATTCCATGAGTCTATGGAGTCA
AACAAGAAGATTATGGCTGAGGCATCACCTGCTTTGAGGAAGCCTGTGTTCACAAAGGTT
AATGAGCTGAGGCCAGGAACCAATGGCCACTCACTCAACGTGAGAGTTGTCAGCACGAAG
ACGGTGATGCAGAGAGGTGGTGGAGGTCGTCCTAGTGGTCCTCAGGCTCGTCAGATGAGG
ATTGCTGAATGTTTAGTTGGTGATGAGACTGCTATCATTATCTTTACTGCCAGAAACGAT
CAAGTGGATTTGATGAAAGAAGGCAAGATAGTGACGCTGCGCAATGCAAAGATCGACATG
TACAAGGGATCTATGAGGCTTGCTGTTGATAGATGGGGTCGCGTTGAAGTTGCTGAGGAG
CCCACTGACATCACTGTCAAGGAAGATAACAATCTTTCTCTCATCGAGTATGAGCTTGTG
AGCGTCGAAGCTTGATTTGTTTCAACCTGCCCACCACCAAAAGTAAGCAGAGTGAGACTC
AGAAGACCCCCATTTTCTAGTTTGAGTTTTGCTTATCATAATTTGTAGTCTTTAATGTAT
TCTCCAAGCTTAACTCTCTTCCCGTTTT

QA 1 688 1 688
DS 



AS 1 2

CO CL9624Contig1 814 2 2 U
AGGCTTTCTGTGTATATTAAAAATCAAAAATGAGAAAAGATGGATTATGGAACTCTAGTT
TATAATCCTATAATACATTTCGTTACATCAATGTGTTTTAGAAGAAATTTCATTTATTTT
GTAGATTAAAGAAATCCCATAAAATTTGGCATTATCTATGTCTAAGGTTTCATATAATGA
CAAAAATCGTTTGATAAACATAGTGTTCTGGATGAATTTTTATTTCATTATATACAAAAT
GTTAACTACGCAAACGTTTTCAGTTAGTAGCAGGACTTTTAGGAGTAGAATCAGGTCAGG
ACGCTGTGATAAGAACAATGCTATATGCGAGGGCGACACATATAGTTCATCCTTATGGTA
TCACGGTTGCGGCTTTCACTGATAGGATCTCGTGTCTAAGGAACAAATTGGGGAAAATGG
GTGTGAAAGATGAGGGGTTAGTAGTGCCTAAAGCCATGGGTGCGGAGGGACATGTGGCCG
GGAATGTATTGGTTGGTGACGAGTTATCGCTTGCGTTTGATCGAACTCCGGAGGATATTC
TGCGGATTGTGTATGGAAGTGGAAATGAAAGGGTGCCCGGTGGATTTTACCCTAAAGGAG
CTGATGGAGAAATTGCTAAGTCTTATTTGGCTTAGTAATGATGTTGTTGACAATGAGGTT
TAGTGTTAGTTGGAGTTTAACTTCCTTTGTAGTTGTTAGCTTTTTCGGTTTATAGAGCAA
AATAATTTTCATGTTAATGTAATAAATCCTATGGAGATATTTCCACAGTGTAAAAAGAAA
AGATCTAAAAAGTATACAGTAGTTGTTTGAAATT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DE74TF U 1
AF RR3DE74JQ C 20
BS 1 607 RR3DE74TF
BS 608 814 RR3DE74JQ

RD RR3DE74TF 607 0 0
AGGCTTTCTGTGTATATTAAAAATCAAAAATGAGAAAAGATGGATTATGGAACTCTAGTT
TATAATCCTATAATACATTTCGTTACATCAATGTGTTTTAGAAGAAATTTCATTTATTTT
GTAGATTAAAGAAATCCCATAAAATTTGGCATTATCTATGTCTAAGGTTTCATATAATGA
CAAAAATCGTTTGATAAACATAGTGTTCTGGATGAATTTTTATTTCATTATATACAAAAT
GTTAACTACGCAAACGTTTTCAGTTAGTAGCAGGACTTTTAGGAGTAGAATCAGGTCAGG
ACGCTGTGATAAGAACAATGCTATATGCGAGGGCGACACATATAGTTCATCCTTATGGTA
TCACGGTTGCGGCTTTCACTGATAGGATCTCGTGTCTAAGGAACAAATTGGGGAAAATGG
GTGTGAAAGATGAGGGGTTAGTAGTGCCTAAAGCCATGGGTGCGGAGGGACATGTGGCCG
GGAATGTATTGGTTGGTGACGAGTTATCGCTTGCGTTTGATCGAACTCCGGAGGATATTC
TGCGGATTGTGTATGGAAGTGGAAATGAAAGGGTGCCCGGTGGATTTTACCCTAAAGGAG
CTGATGG

QA 1 607 1 607
DS 

RD RR3DE74JQ 795 0 0
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TCGTTACATCAATGTGTTTTAGAAGAAATTTCATTTATTTTGTAGATTAAAGAAATCCCA
TAAAATTTGGCATTATCTATGTCTAAGGTTTCATATAATGACAAAAATCGTTTGATAAAC
ATAGTGTTCTGGATGAATTTTTATTTCATTATATACAAAATGTTAACTACGCAAACGTTT
TCAGTTAGTAGCAGGACTTTTAGGAGTAGAATCAGGTCAGGACGCTGTGATAAGAACAAT
GCTATATGCGAGGGCGACACATATAGTTCATCCTTATGGTATCACGGTTGCGGCTTTCAC
TGATAGGATCTCGTGTCTAAGGAACAAATTGGGGAAAATGGGTGTGAAAGATGAGGGGTT
AGTAGTGCCTAAAGCCATGGGTGCGGAGGGACATGTGGCCGGGAATGTATTGGTTGGTGA
CGAGTTATCGCTTGCGTTTGATCGAACTCCGGAGGATATTTTGCGGATTGTGTATGGAAG
TGGAAATGAAAGGGTGCCCGGTGGATTTTACCCTAAAGGAGCTGATGGAGAAATTGCTAA
GTCTTATTTGGCTTAGTAATGATGTTGTTGACAATGAGGTTTAGTGTTAGTTGGAGTTTA
ACTTCCTTTGTAGTTGTTAGCTTTTTCGGTTTATAGAGCAAAATAATTTTCATGTTAATG
TAATAAATCCTATGGAGATATTTCCACAGTGTAAAAAGAAAAGATCTAAAAAGTATACAG
TAGTTGTTTGAAATT

QA 1 795 1 795
DS 



AS 1 2

CO CL9625Contig1 952 2 2 U
GCTCGTACGGTTCATAGAAGCGTATGATCAACTCGTTGATTGTTGGTAACTTGAACTCCT
CTATATTCGAAATATGCCTTTCTAGGAGCATTACGATCTGCAGCTCAAATGGTCTCTTAT
GAAGTCTCTATTGGTCTTATTCTTATTACTGTACTAATATGTGTAGGTTCTTGTAATTTG
AGTGAGATTGTCATGGCGCAAAAGCAGATATGGTCTGGTATTCCCCTGTTCCCTGTATTG
GTTATGTTCTTTATTTCTTGTCTAGCAGAAACTAATCGAGCTCCGTTTGATCTCCCAGAA
GCGGAAGCTGAATTAGTTGCAGGCTATAATGTAGAATATGCGCGGGATGCGATCCTTAAT
AGTCCACTGTTGGCGGAAGCCAATGTCCCGGGGTCCCGGGGACTCATTCTGACTGAAACT
AGGGGTGGGTCTTTACCAACTCAAAAATATTCGATTTTTGGGAAGACAAAAAACGTGATC
GCCTAGCGCGAGTCTTATTGAAAAGGTCCCTTACTATAGATGCCCCTTATTGAAAACTCA
AGGAAAGGTTTATATATATATATTTTATTAATGCGTAATGCGCTCAAGCATGCGAAGAAA
GCCGGCCTTACCTTTAGCAACAAGGGCGCTTAGGCTTTACTAAGAAGTGCGAAAGGGCTT
TTCTTGCTTGTTTAGTAAAGTCACGCTTTTTTATTTAGAATTGAGTAGGTGCTTGCTGGG
GCAGGGCACTCTTCATTCTTCATTCGAAACTTTTGAATGTCGGGTCGGAGGTTTCTGCCT
TGTTATCAAAAAGGAAGTTGGGTAAAGCAAACTCCCTCCTTGGACGAGCACGGGGCTTAG
TCAAGTAGAACCGGGTTGCGTTGCTTGATGCTCCGATCGAAAACAAATCAGTGGGGCCAT
GCCGGTACGACTGAATATGCGTTAGAAAGGTCAATCCCTCCCCTACGACACC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EL88TF U 1
AF RR3EL88JQ C 91
BS 1 692 RR3EL88TF
BS 693 952 RR3EL88JQ

RD RR3EL88TF 692 0 0
GCTCGTACGGTTCATAGAAGCGTATGATCAACTCGTTGATTGTTGGTAACTTGAACTCCT
CTATATTCGAAATATGCCTTTCTAGGAGCATTACGATCTGCAGCTCAAATGGTCTCTTAT
GAAGTCTCTATTGGTCTTATTCTTATTACTGTACTAATATGTGTAGGTTCTTGTAATTTG
AGTGAGATTGTCATGGCGCAAAAGCAGATATGGTCTGGTATTCCCCTGTTCCCTGTATTG
GTTATGTTCTTTATTTCTTGTCTAGCAGAAACTAATCGAGCTCCGTTTGATCTCCCAGAA
GCGGAAGCTGAATTAGTTGCAGGCTATAATGTAGAATATGCGCGGGATGCGATCCTTAAT
AGTCCACTGTTGGCGGAAGCCAATGTCCCGGGGTCCCGGGGACTCATTCTGACTGAAACT
AGGGGTGGGTCTTTACCAACTCAAAAATATTCGATTTTTGGGAAGACAAAAAACGTGATC
GCCTAGCGCGAGTCTTATTGAAAAGGTCCCTTACTATAGATGCCCCTTATTGAAAACTCA
AGGAAAGGTTTATATATATATATTTTATTAATGCGTAATGCGCTCAAGCATGCGAAGAAA
GCCGGCCTTACCTTTAGCAACAAGGGCGCTTAGGCTTTACTAAGAAGTGCGAAAGGGCTT
TTCTTGCTTGTTTAGTAAAGTCACGCTTTTTT

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3EL88JQ 862 0 0
A
TACGATCTGCAGCTCAAATG*TCTCTTATGAAGTCTCTATTGGTCTT*TTCTTATTACTG
TACTAATATGTGTAGGTTCTTGTAATT*GAGTGAGATTGTCATGGCGCAAAAGCAGATAT
GGTCTGGTATTCCC*TGTTCCCTGTATTGGTTATGTTCTTTATTTCTTGTCTAGCAGAAA
CTAATCGAGCTCCGTTTGATCTCCCAGAAGCGGAAGCTGAATTAGTTGCAGGCTATAATG
TAGAATATGCGCGGGATGCGATCCTTAATAGTCCACTGTTGGCGGAAGCCAATGTCCCGG
GGTCCCGGGGACTCATTCTGACTGAAACTAGGGGTGGGTCTTTACCAACTCAAAAATATT
CGATTTTTGGGAAGACAAAAAACGTGATCGCCTAGCGCGAGTCTTATTGAAAAGGTCCCT
TACTATAGATGCCCCTTATTGAAAACTCAAGGAAAGGTTTATATATATATATTTTATTAA
TGCGTAATGCGCTCAAGCATGCGAAGAAAGCCGGCCTTACCTTTAGCAACAAGGGCGCTT
AGGCTTTACTAAGAAGTGCGAAAGGGCTTTTCTTGCTTGTTTAGTAAAGTCACGCTTTTT
TATTTAGAATTGAGTAGGTGCTTGCTGGGGCAGGGCACTCTTCATTCTTCATTCGAAACT
TTTGAATGTCGGGTCGGAGGTTTCTGCCTTGTTATCAAAAAGGAAGTTGGGTAAAGCAAA
CTCCCTCCTTGGACGAGCACGGGGCTTAGTCAAGTAGAACCGGGTTGCGTTGCTTGATGC
TCCGATCGAAAACAAATCAGTGGGGCCATGCCGGTACGACTGAATATGCGTTAGAAAGGT
CAATCCCTCCCCTACGACACC

QA 2 862 2 862
DS 



AS 1 2

CO CL9626Contig1 701 2 1 U
GGAATCCAAAAGCACAAGCGCCGACGCCGCATCACAAGGAGGAGAAGGAGGAGAAGAAGC
AACAATGACAGGCAAGACGGTGAAGGATGTCTCTCCACACGAGTTCGTCAAGGCTTACGC
TGCCCATCTCAAGCGTTCCGGCAAGATTGAGTTGCCAGCGTGGACAGACATAGTGAAGAC
TGGTAAGCTTAAGGAGCTTGCTCCATATGACCCTGACTGGTACTACATCAGAGCTGCATC
CATGGCGAGGAAAGTGTACCTGAGAGGTGGACTTGGAGTCGGTGCTTTCCGCAGGATCTA
CGGAGGAAGCAAGAGGAACGGAAGCCGTCCACCTCATTTCTGCAAGAGCAGTGGTGGTGT
TGCTCGTCACATTCTTCAGCAGCTTCAGACCATGAACATTGTCGACCTTGACACCAAGGG
GGGAAGGAAGATAACATCAAGTGGTTGGAGAGATCTTGACCAAGTCGCTGGAAGGATCGC
AGCAGAAGCCATCTAAATCAAGATCCTCATCACAATTGCTCCAGAGTTTTTGTGTGTTTT
GAGTTTAGTTATATGTATTGAAATATTTTGCATTTGAAAACATTACTGGATGGAATTCCT
CTCATTTTGGTTTTGATAAGATTTTTTTTTCCCCACTTTTCTGCTTCTTTTTTTTCTTTA
ATTCTCAGCGACTTCTGGCTTTATGTTTGATATTATCCACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3DU74TF U 1
AF RR3DU74JQ C 104
BS 1 701 RR3DU74TF

RD RR3DU74TF 701 0 0
GGAATCCAAAAGCACAAGCGCCGACGCCGCATCACAAGGAGGAGAAGGAGGAGAAGAAGC
AACAATGACAGGCAAGACGGTGAAGGATGTCTCTCCACACGAGTTCGTCAAGGCTTACGC
TGCCCATCTCAAGCGTTCCGGCAAGATTGAGTTGCCAGCGTGGACAGACATAGTGAAGAC
TGGTAAGCTTAAGGAGCTTGCTCCATATGACCCTGACTGGTACTACATCAGAGCTGCATC
CATGGCGAGGAAAGTGTACCTGAGAGGTGGACTTGGAGTCGGTGCTTTCCGCAGGATCTA
CGGAGGAAGCAAGAGGAACGGAAGCCGTCCACCTCATTTCTGCAAGAGCAGTGGTGGTGT
TGCTCGTCACATTCTTCAGCAGCTTCAGACCATGAACATTGTCGACCTTGACACCAAGGG
GGGAAGGAAGATAACATCAAGTGGTTGGAGAGATCTTGACCAAGTCGCTGGAAGGATCGC
AGCAGAAGCCATCTAAATCAAGATCCTCATCACAATTGCTCCAGAGTTTTTGTGTGTTTT
GAGTTTAGTTATATGTATTGAAATATTTTGCATTTGAAAACATTACTGGATGGAATTCCT
CTCATTTTGGTTTTGATAAGATTTTTTTTTCCCCACTTTTCTGCTTCTTTTTTTTCTTTA
ATTCTCAGCGACTTCTGGCTTTATGTTTGATATTATCCACT

QA 1 701 1 701
DS 

RD RR3DU74JQ 598 0 0
TTCGTCAAGGCTTACGCTGCCCATCTCAAGCGTTCCGGCAAGATTGAGTTGCCAGCGTGG
ACAGACATAGTGAAGACTGGTAAGCTTAAGGAGCTTGCTCCATATGACCCTGACTGGTAC
TACATCAGAGCTGCATCCATGGCGAGGAAAGTGTACCTGAGAGGTGGACTTGGAGTCGGT
GCTTTCCGCAGGATCTACGGAGGAAGCAAGAGGAACGGAAGCCGTCCACCTCATTTTTGC
AAGAGCAGTGGTGGTGTTGCTCGTCACATTCTTCAGCAGCTTCAGACCATGAACATTGTC
GACCTTGACACCAAGGGGGGAAGGAAGATAACATCAAGTGGTTGGAGAGATCTTGACCAA
GTCGCTGGAAGGATCGCAGCAGAAGCCATTTAAATCAAGATCCTCATCACAATTGCTCCA
GAGTTTTTGTGTGTTTTGAGTTTAGTTATATGTATTGAAATATTTTGCATTTGAAAACAT
TACTGGATGGAATTCCTCTCATTTTGGTTTTGATAAGATTTTTTTTTCCCCACTTTTTTG
CTTCTTTTTTTTCTTTAATTTTCAGCGACTTCTGGCTTTATGTTTGATATTATCCACT

QA 1 598 1 598
DS 



AS 1 2

CO CL9627Contig1 760 2 2 U
GGAGTTCTCTTCTGACGACACTATACTCTTGTCTGTCTCCAGAGATCGTCACTTCTCAGT
GTTCTCTATCCAAAGAACAGAAAATGGCGAGGTTAGTCACAAACTCATGGCAAAGGTTGA
AGCACACAAGAGGATCATCTGGGCATGCTCATGGAACCCATTTGGCCACCAGTTCGCAAC
TTCATCAAGAGACAAGACTGTGAAGATCTGGTCCATTGAGAAAGACGCTCGCGTCAAACA
GGTTCTTGCCTTGCCTCAGTTTGGGAGCAGTGTCACTGCCGTGGCTTGGACGGGACTAGA
CCAGAAGGAGAAGACCGGGTGCGTAGCGGTTGGGATGGAGAGTGGACTGATTGAGCTGTG
GAACATAAAGGTTAAAGAAACAGAGGAAGGGACAACAGCAACAGCAGCTCTTGCTCTGAA
GCTTGAACCGTTCATGTGTCATGTCTCGGCCGTGAACAGGTTAGCGTGGAGACCATCCGA
GAAATCCGAGAGTAACCAGAGCTTGCTGAGGTTAACTTCTTGTGGGGATGATAATTGCGT
TAGAGTTTTTGACTTCAAGTTCTGAGCAACACAAAACACCTTAGAAAAGATCATGTCTTA
AACTCTCTTTCCTTATACTTTCATTGTACTGTTTATTCAAATTTTGGTAGCCAAGTTGAG
ACATGTCAACATATCATAGCAAGTTGAAACATGTCAACATATCATAACCTTCATAGTTGT
CCGGTTGATAAAAAAGACAATTTACTGTTTTTCTTCAACT


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3EJ24TF U 1
AF RR3EJ24JQ C 111
BS 1 653 RR3EJ24TF
BS 654 760 RR3EJ24JQ

RD RR3EJ24TF 653 0 0
GGAGTTCTCTTCTGACGACACTATACTCTTGTCTGTCTCCAGAGATCGTCACTTCTCAGT
GTTCTCTATCCAAAGAACAGAAAATGGCGAGGTTAGTCACAAACTCATGGCAAAGGTTGA
AGCACACAAGAGGATCATCTGGGCATGCTCATGGAACCCATTTGGCCACCAGTTCGCAAC
TTCATCAAGAGACAAGACTGTGAAGATCTGGTCCATTGAGAAAGACGCTCGCGTCAAACA
GGTTCTTGCCTTGCCTCAGTTTGGGAGCAGTGTCACTGCCGTGGCTTGGACGGGACTAGA
CCAGAAGGAGAAGACCGGGTGCGTAGCGGTTGGGATGGAGAGTGGACTGATTGAGCTGTG
GAACATAAAGGTTAAAGAAACAGAGGAAGGGACAACAGCAACAGCAGCTCTTGCTCTGAA
GCTTGAACCGTTCATGTGTCATGTCTCGGCCGTGAACAGGTTAGCGTGGAGACCATCCGA
GAAATCCGAGAGTAACCAGAGCTTGCTGAGGTTAACTTCTTGTGGGGATGATAATTGCGT
TAGAGTTTTTGACTTCAAGTTCTGAGCAACACAAAACACCTTAGAAAAGATCATGTCTTA
AACTCTCTTTCCTTATACTTTCATTGTACTGTTTATTCAAATTTTGGTAGCCA

QA 1 653 1 653
DS 

RD RR3EJ24JQ 650 0 0
CAAAGGTTGAAGCACACAAGAGGATCATCTGGGCATGCTCATGGAACCCATTTGGCCACC
AGTTCGCAACTTCATCAAGAGACAAGACTGTGAAGATCTGGTCCATTGAGAAAGACGCTC
GCGTCAAACAGGTTCTTGCCTTGCCTCAGTTTGGGAGCAGTGTCACTGCCGTGGCTTGGA
CGGGACTAGACCAGAAGGAGAAGACCGGGTGCGTAGCGGTTGGGATGGAGAGTGGACTGA
TTGAGCTGTGGAACATAAAGGTTAAAGAAACAGAGGAAGGGACAACAGCAACAGCAGCTC
TTGCTCTGAAGCTTGAACCGTTCATGTGTCATGTCTCGGCCGTGAACAGGTTAGCGTGGA
GACCATCCGAGAAATCCGAGAGTAACCAGAGCTTGCTGAGGTTAACTTCTTGTGGGGATG
ATAATTGCGTTAGAGTTTTTGACTTCAAGTTCTGAGCAACACAAAACACCTTAGAAAAGA
TCATGTCTTAAACTCTCTTTCCTTATACTTTCATTGTACTGTTTATTCAAATTTTGGTAG
CCAAGTTGAGACATGTCAACATATCATAGCAAGTTGAAACATGTCAACATATCATAACCT
TCATAGTTGTCCGGTTGATAAAAAAGACAATTTACTGTTTTTCTTCAACT

QA 1 650 1 650
DS 



AS 1 2

CO CL9628Contig1 761 2 3 U
CAATACAAATGCATAACTAATATTAAAATTCAAGGGCTTAAAAACAGAATCTTTTTTTAC
AAACTGAAGTTAGATTACAACACCAACAGAGATCATTTTAGCATCTGAGCATCCTAATGC
TTTGACTTTGTGCTTGCTTTCTTCATGTTTTCTACCTTGTTACCACTATCTCCTTTAACC
ATTTTAGAGGTTCCCTTAGGCTTTTTTGATGATTCTTGAATTCATTCATCAGGACACATA
TGATTTCGTGGCCTTTTTCTGCTTAAAGTCATTGGAGAGCAAGGTGGTAAATCATTTGCA
TTTGCTTCTGAAGATGTATTGTCAACCTGCATTGCAGAACATGTACTTGAACTTATAGCT
AAATCTGAACGTGTATCAACCTCCATTGTTACAGTATCTTGAAACTTATGGATCACTTCA
GGCTTATCAGTGAGTTTGACAACTTTAAAACTTGGTTGCTGGTAATTGCTCTCTGTACCC
TTGACACGAATTATGGAAACAATCTTTCTTCCTTCCAAATCAATCAATTCTCGAGGAATT
TCATTCTCACGGTCAACCTGCACTTGTTGTTCAAGCAATTCATATGCAGATTTATGGATG
AGTTGTATGACTTCTCTATCAAATAATATAAAAGATGTACTTCCAGTATGATCAGCTACT
TTGACTTGCACTTTGTACCTTATACTTGTGGTGGTTTCATTCTTGTCGCAAGTATAGCAT
GAATATTTATTGGCCTCTATTTCCTCAGTCCCTGGGTTGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
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15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3ET71JQ U 1
AF RR3EN36JQ U 25
BS 1 468 RR3ET71JQ
BS 469 469 RR3EN36JQ
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RD RR3ET71JQ 761 0 0
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DS 

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QA 1 715 1 715
DS 



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GGAAAATCATTCCCCAGTTTGATT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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AF RR3EA63TF U 1
AF RR3EA63JQ C 99
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BS 681 684 RR3EA63JQ

RD RR3EA63TF 680 0 0
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GGAAAATCATTCCCCAGTTT

QA 1 680 1 680
DS 

RD RR3EA63JQ 586 0 0
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CAGTGAAGGAGGTGATACAGGAAACCGTCAAGACAAGATCAACGATCTCATCATCAAAAT
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TATTGCAATTTTGATTAAAATAGGAAAATCATTCCCCAGTTTGATT

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

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BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3H967JQ C 1
AF RR3H967TF U 61
BS 1 60 RR3H967JQ
BS 61 642 RR3H967TF

RD RR3H967JQ 642 0 0
TCTCCGCGGTGCTGAGGAAGTGACGAGAAGAGAGAGAGGGGTTTTCTCGATCTGCTAGGG
TTTTTTCAAGGAGTTAAAAAGGAGAATCTAAATGGCGGGAGTTGGAACATCGATGCTCGG
ATCTATTCTTCTCTTCACAGTGGTGCTCTCGCTGCAAGAAGTGTACCGAGGGAAACTAGC
TTCTTCGGAGCTGTTCACGATCCTTGGAGGCTTCACTAGCTCCCTCCTCTTTCTCTTCTC
TCTCACTTTCATTGGGAATCTCCAAGAGTCTTCTGGTGGGAAGAGTAGCTGGGGTGCTGT
GATTGTTGCGGAAATCATAGCCCTTGTTACTGCTAGCACGGTGCATCGAGTTTGTATTAC
AACCTGTTTCTTGTTCTCTGCGGGGCTGTTGTACGAGATGAACAAGATCTCAGGATACAT
GCTCTCCAAAACTGAGTCCAAATCTAAAAGGCACTGAATCAGAAGAGCATGGGGTTACTA
AAAACATGGGATTATCTTCTTTGTTTAGCACTAAAAGACTCAAAAATACTTCCTACTTCA
TGAACTATGAATTTTAGAATTTTCCTCAACTTATTTGGACTCGACTTTGTAGCTGTGTGT
AATGACTTTGTGGTTCTTAGACGAATGGTCAGATTTAGATCC

QA 1 642 1 642
DS 

RD RR3H967TF 582 0 0
TTTTTTCAAGGAGTTAAAAAGGAGAATCTAAATGGCGGGAGTTGGAACATCGATGCTCGG
ATCTATTCTTCTCTTCACAGTGGTGCTCTCGCTGCAAGAAGTGTACCGAGGGAAACTAGC
TTCTTCGGAGCTGTTCACGATCCTTGGAGGCTTCACTAGCTCCCTCCTCTTTCTCTTCTC
TCTCACTTTCATTGGGAATCTCCAAGAGTCTTCTGGTGGGAAGAGTAGCTGGGGTGCTGT
GATTGTTGCGGAAATCATAGCCCTTGTTACTGCTAGCACGGTGCATCGAGTTTGTATTAC
AACCTGTTTCTTGTTCTCTGCGGGGCTGTTGTACGAGATGAACAAGATCTCAGGATACAT
GCTCTCCAAAACTGAGTCCAAATCTAAAAGGCACTGAATCAGAAGAGCATGGGGTTACTA
AAAACATGGGATTATCTTCTTTGTTTAGCACTAAAAGACTCAAAAATACTTCCTACTTCA
TGAACTATGAATTTTAGAATTTTCCTCAACTTATTTGGACTCGACTTTGTAGCTGTGTGT
AATGACTTTGTGGTTCTTAGACGAATGGTCAGATTTAGATCC

QA 1 582 1 582
DS 



AS 1 2

CO CL9631Contig1 881 2 4 U
AGAGTCCTCTCCCGAAAACCCTAGTTCAGAGTGATTTCACCGGCGGCCGCCACCTTCTAT
GTGCGGTCGCCGGGATTCTGATTTACTGTCTTATCTCTTGTCTTTTCTGTTTTCCTATAT
CATCTATTGTCGTCTTCTGCTCTATTACGGTGGCCTTGCGAAGCTCGTCGTGGTCCAATC
CAATAGATGTTGAGTAGTTATGGTGGTTTCGATGGCTGTTGTTGGTGGCGTATGTTACGG
TTTGGTGATTTCGTCTGTCCAGACGGAGGAGTTCTGTCTCCTAGATCTTGTTTTTCTCTG
TTATGTTTTGTTTCTTTAGAGTGTAGCGGCTAGTTGGTCGCCAACATTTCCCCTCGTGAC
TCTCGTCTTCTAACCTATCTGTCCGGCGTGGTGGGCTGGTGGTTATGTCAAGCTCGAGTG
TGGGTTGGGGTTGGAGTTTTATAGCATGTGTGGCACACTGTCTTTTCCGTGCAGATCAAT
AGATCTTAGCCTTGGTGATGAAGAAGTGTCCGCTCATCAGTTTGTGAGGAGAAATATATT
GTCTCTTGTCGTGAGCATCAGACATGTATCAAACAAGGACTTTACTTGGTTGGTTGTGCT
ATTGCTGCCGTAGTTGAGATTCAATGCGAGAGAAGTTGAAAAGCAATTACATGGGTTTTG
CTTTGTGTGTTTGTTCTTTCTTACAATCTCATGATTCTCATTTGCTTTTACTATTACCCA
TAGGTGTATGGGATTAATTTACGAAGCCTACTGGTTTCTTTTCTTTTGTGTTTTTGTTGC
TAGACTGTTTGTCTCAACATTGTAACGATACTCTTGAATGAATAACAAGCGTTAAAAAAA
GAATAAATTTCTTCATGATATTTATTTATTTATTTTCCACG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 0 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3GM15TF U 1
AF RR3GM15JQ C 119
BS 1 645 RR3GM15TF
BS 646 646 RR3GM15JQ
BS 647 705 RR3GM15TF
BS 706 881 RR3GM15JQ

RD RR3GM15TF 705 0 0
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GTGCGGTCGCCGGGATTCTGATTTACTGTCTTATCTCTTGTCTTTTCTGTTTTCCTATAT
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CAATAGATGTTGAGTAGTTATGGTGGTTTCGATGGCTGTTGTTGGTGGCGTATGTTACGG
TTTGGTGATTTCGTCTGTCCAGACGGAGGAGTTCTGTCTCCTAGATCTTGTTTTTCTCTG
TTATGTTTTGTTTCTTTAGAGTGTAGCGGCTAGTTGGTCGCCAACATTTCCCCTCGTGAC
TCTCGTCTTCTAACCTATCTGTCCGGCGTGGTGGGCTGGTGGTTATGTCAAGCTCGAGTG
TGGGTTGGGGTTGGAGTTTTATAGCATGTGTGGCACACTGTCTTTTCCGTGCAGATCAAT
AGATCTTAGCCTTGGTGATGAAGAAGTGTCCGCTCATCAGTTTGTGAGGAGAAATATATT
GTCTCTTGTCGTGAGCATCAGACATGTATCAAACAAGGACTTTACTTGGTTGGTTGTGCT
ATTGCTGCCGTAGTTGAGATTCAATGCGAGAGAAGTTGAAAAGCA*TTACATGGGTTTTG
CTTTGTGTGTTTGTTCTTTCTTACAATCTCATGATTCTCATTTGC

QA 1 705 1 705
DS 

RD RR3GM15JQ 763 0 0
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TCCAATAGATGTTGAGTAGTTATGGTGGTTTCGATGGCTGTTGTTGGTGGCGTATGTTAC
GGTTTGGTGATTTCGTCTGTCCAGACGGAGGAGTTCTGTCTCCTAGATCTTGTTTTTCTC
TGTTATGTTTTGTTTCTTTAGAGTGTAGCGGCTAGTTGGTCGCCAACATTTCCCCTCGTG
ACTCTCGTCTTCTAACCTATCTGTCCGGCGTGGTGGGCTGGTGGTTATGTCAAGCTCGAG
TGTGGGTTGGGGTTGGAGTTTTATAGCATGTGTGGCACACTGTCTTTTCCGTGCAGATCA
ATAGATCTTAGCCTTGGTGATGAAGAAGTGTCCGCTCATCAGTTTGTGAGGAGAAATATA
TTGTCTCTTGTCGTGAGCATCAGACATGTATCAAACAAGGACTTTACTTGGTTGGTTGTG
CTATTGCTGCCGTAGTTGAGATTCAATGCGAGAGAAGTTGAAAAGCAATTACATGGGTTT
TGCTTTGTGTGTTTGTTCTTTCTTACAATCTCATGATTCTCATTTGCTTTTACTATTACC
CATAGGTGTATGGGATTAATTTACGAAGCCTACTGGTTTCTTTTCTTTTGTGTTTTTGTT
GCTAGACTGTTTGTCTCAACATTGTAACGATACTCTTGAATGAATAACAAGCGTTAAAAA
AAGAATAAATTTCTTCATGATATTTATTTATTTATTTTCCACG

QA 1 763 1 763
DS 



AS 1 2

CO CL9632Contig1 690 2 1 U
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ACAGGGTGCTGAAATACTCTTTTATCCAACTGCCATTGGCTCTGAGCCTCAAGACCAGGG
GTTGGATTCGCGTGATCATTGGAAGAGAGTCATGCAAGGGCATGCTGGAGCTAATGTGGT
GCCTCTAGTAGCTTCGAACCGCATAGGGAAGGAAGTAATTGAAACCGAGCATGGACCGAG
TCAGATCACTTTCTATGGAAACTCCTTCATTACCGGACCGACGGGTGAAATTGTGGCCGA
GGCCGATGACAAAACGGAAGCTGTTCTCGTGGCGCAGTTTGATCTTGACAAGATCAAGTC
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TACAATGGACGGTAACCTTTGATTCTTATTATGCTGTTGAAACCGTTGTTCCGTAAGATG
ACACTGGGAAACATTGTATTTCCATAAGACCTTTACAGTAAGTTTTATTTCTATTTTCTT
CAATAAATAGAGCTCTAAATTTGCTGGCTC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
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20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3B293JQ C 1
AF RR3B293TF U 1
BS 1 690 RR3B293TF

RD RR3B293JQ 690 0 0
GGGAACTGATCTCGGGATTTATAGGAAGTCCCATATTCCTGATGGACCAGGGTATCAAGA
GAAATTTTATTTCAATCCTGGAGACACTGGCTTTAAGGTTTTCCAGACAAAGTTTGCAAA
AATCGGAGTTGCTATATGTTGGGATCAATGGTTTCCTGAGGCAGCTCGAGCTATGGTTCT
ACAGGGTGCTGAAATACTCTTTTATCCAACTGCCATTGGCTCTGAGCCTCAAGACCAGGG
GTTGGATTCGCGTGATCATTGGAAGAGAGTCATGCAAGGGCATGCTGGAGCTAATGTGGT
GCCTCTAGTAGCTTCGAACCGCATAGGGAAGGAAGTAATTGAAACCGAGCATGGACCGAG
TCAGATCACTTTCTATGGAAACTCCTTCATTACCGGACCGACGGGTGAAATTGTGGCCGA
GGCCGATGACAAAACGGAAGCTGTTCTCGTGGCGCAGTTTGATCTTGACAAGATCAAGTC
GAAGAGGCAAAGCTGGGGAGTGTTTCGTGACCGCCGTCCGGATTTGTACAAGGTGCTTCT
TACAATGGACGGTAACCTTTGATTCTTATTATGCTGTTGAAACCGTTGTTCCGTAAGATG
ACACTGGGAAACATTGTATTTCCATAAGACCTTTACAGTAAGTTTTATTTCTATTTTCTT
CAATAAATAGAGCTCTAAATTTGCTGGCTC

QA 1 690 1 690
DS 

RD RR3B293TF 690 0 0
GGGAACTGATCTCGGGATTTATAGGAAGTCCCATATTCCTGATGGACCAGGGTATCAAGA
GAAATTTTATTTCAATCCTGGAGACACTGGCTTTAAGGTTTTCCAGACAAAGTTTGCAAA
AATCGGAGTTGCTATATGTTGGGATCAATGGTTTCCTGAGGCAGCTCGAGCTATGGTTCT
ACAGGGTGCTGAAATACTCTTTTATCCAACTGCCATTGGCTCTGAGCCTCAAGACCAGGG
GTTGGATTCGCGTGATCATTGGAAGAGAGTCATGCAAGGGCATGCTGGAGCTAATGTGGT
GCCTCTAGTAGCTTCGAACCGCATAGGGAAGGAAGTAATTGAAACCGAGCATGGACCGAG
TCAGATCACTTTCTATGGAAACTCCTTCATTACCGGACCGACGGGTGAAATTGTGGCCGA
GGCCGATGACAAAACGGAAGCTGTTCTCGTGGCGCAGTTTGATCTTGACAAGATCAAGTC
GAAGAGGCAAAGCTGGGGAGTGTTTCGTGACCGCCGTCCGGATTTGTACAAGGTGCTTCT
TACAATGGACGGTAACCTTTGATTCTTATTATGCTGTTGAAACCGTTGTTCCGTAAGATG
ACACTGGGAAACATTGTATTTCCATAAGACCTTTACAGTAAGTTTTATTTCTATTTTCTT
CAATAAATAGAGCTCTAAATTTGCTGGCTC

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL9633Contig1 798 2 2 U
GGATCGACGATTTGCAGAGCGTCTCTTCCTTTCCTGCTACAGCCATGCGTGACGCCTGAG
CTTCCTCTCCCTGTCTGAAACGGGCGATTAATATAATTGACGAAGCTATTCCTCTCCCTG
TCATTAACGCTTCCATTAACGCTTCCATTAACGCCATTAGTTACTTCCTTCCACGAGTTT
CTTCTCTTCCCTGCATTGACTAAGATCGTCAGGACTCTCGGTCACAAATCCCAATCCTTC
GAAACTCTTTCAGGCTCTCTCAAATCGAGGATTTCAGGAGAAACTTGATAATCTTAAAAT
TGCTGCGAAGCTTTGCGTTGAAAGGATACACTATCTTTAATGGGCAATAACTGGTACTGA
AACAACTTCAGTTTGGCTAGAGTTCAACAGGAAGGTCACAACTATCCTGGAGGTGATGTG
CCTTCTGCCACATGTAGCTCATGCAACTGCTCAGATGGTTATGAAACAGCTACTGACCAG
ATCACCGGAGGTGACGGCAATCTCTCAAAACGACCCCGGTGCATCGGATTCAACAGCTGC
TGCTGAGCAGCCCACTTCTGGCGGAGGCAATGCAAAGAAACAACTGGTTACAGCAGCAGG
AAACACACTCTTTAAAGCACTAACAACTGCACACTCTGTGATGGAGAGCTTGATTAGTAT
TGATACAGAAACTGCAACACTAACATCAGTTAAAGTTATTATTTTGTCTTCTTGGTATCA
TGCATTATTATTATGCTAATAGTAATAACTTTGGTGTAAAAAACCTCAAAAAAATCTAAA
ACTTTGGTAATTTTATTC


BQ
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AF RR3GN47TF U 1
AF RR3GN47JQ C 176
BS 1 757 RR3GN47TF
BS 758 798 RR3GN47JQ

RD RR3GN47TF 757 0 0
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CTTCCTCTCCCTGTCTGAAACGGGCGATTAATATAATTGACGAAGCTATTCCTCTCCCTG
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CTTCTCTTCCCTGCATTGACTAAGATCGTCAGGACTCTCGGTCACAAATCCCAATCCTTC
GAAACTCTTTCAGGCTCTCTCAAATCGAGGATTTCAGGAGAAACTTGATAATCTTAAAAT
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AACAACTTCAGTTTGGCTAGAGTTCAACAGGAAGGTCACAACTATCCTGGAGGTGATGTG
CCTTCTGCCACATGTAGCTCATGCAACTGCTCAGATGGTTATGAAACAGCTACTGACCAG
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TGCTGAGCAGCCCACTTCTGGCGGAGGCAATGCAAAGAAACAACTGGTTACAGCAGCAGG
AAACACACTCTTTAAAGCACTAACAACTGCACACTCTGTGATGGAGAGCTTGATTAGTAT
TGATACAGAAACTGCAACACTAACATCAGTTAAAGTTATTATTTTGTCTTCTTGGTATCA
TGCATTATTATTATGCTAATAGTAATAACTTTGGTGT

QA 1 757 1 757
DS 

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CCTTCGAAACTCTTTCAGGCTCTCTCAAATCGAGGATTTCAGGAGAAACTTGATAATCTT
AAAATTGCTGCGAAGCTTTGCGTTGAAAGGATACACTATCTTTAATGGGCAATAACTGGT
ACTGAAACAACTTCAGTTTGGCTAGAGTTCAACAGGAAGGTCACAACTATCCTGGAGGTG
ATGTGCCTTCTGCCACATGTAGCTCATGCAACTGCTCAGATGGTTATGAAACAGCTACTG
ACCAGATCACCGGAGGTGACGGCAATCTCTCAAAACGACCCCGGTGCATCGGATTCAACA
GCTGCTGCTGAGCAGCCCACTTCTGGCGGAGGCAATGCAAAGAAACAACTGGTTACAGCA
GCAGGAAACACACTCTTTAAAGCACTAACAACTGCACACTCTGTGATGGAGAGCTTGATT
AGTATTGATACAGAAACTGCAACACTAACATCAGTTAAAGTTATTATTTTGTCTTCTTGG
TATCATGCATTATTATTATGCTAATAGTAATAACTTTGGTGTAAAAAACCTCAAAAAAAT
CTAAAACTTTGGTAATTTTATTC

QA 1 623 1 623
DS 



AS 1 2

CO CL9634Contig1 602 2 1 U
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GAAACAACCTGGCATCGCCATTGGGAGATTGTGCGAGAAATGTGATGGCAAGTGCGTGGT
CTGCGATTCCTACGTGCGCCCCTGTACGCTGGTTCGGATTTGCGACGAATGCAACTACGG
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TGTTTGATTATTACTCGGGGTATTCATTTATTGTCCTAGGTAAAGTGTCTGTACTTGTCT
GTGTTTAGACATTGATTCAAAGAAAAGACCATTGTTTGTTACTCTTTGTGGCTTTATCGA
TTAGACGAACGTGATAACTTTGTTATGGTTGTTTAATGTCTAGAATGTGATTGTTCCTCT
GC


BQ
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20 20 

AF RR3GA62TF U 1
AF RR3GA62JQ C 17
BS 1 602 RR3GA62TF

RD RR3GA62TF 602 0 0
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GACCAAGAGCCTTGCTTCAGCAGCCATGGCCAAGCATCATCCTGATTTGATCATGTGCCG
GAAACAACCTGGCATCGCCATTGGGAGATTGTGCGAGAAATGTGATGGCAAGTGCGTGGT
CTGCGATTCCTACGTGCGCCCCTGTACGCTGGTTCGGATTTGCGACGAATGCAACTACGG
TTCGTTCCAAGGACGGTGCGTCATATGCGGAGGGGTTGGAATCTCAGATGCTTACTACTG
CAAAGAGTGTACACAGCAGGAGAAAGATCGAGATGGTTGTTCCAAGATTGTTAATCTCGG
GAGTGCCAAGACTGATCTGTTCTATGAACGTAAGAAGTATGGATTTAAGAAACGATAGAT
TGTTTGATTATTACTCGGGGTATTCATTTATTGTCCTAGGTAAAGTGTCTGTACTTGTCT
GTGTTTAGACATTGATTCAAAGAAAAGACCATTGTTTGTTACTCTTTGTGGCTTTATCGA
TTAGACGAACGTGATAACTTTGTTATGGTTGTTTAATGTCTAGAATGTGATTGTTCCTCT
GC

QA 1 602 1 602
DS 

RD RR3GA62JQ 586 0 0
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TCAGCAGCCATGGCCAAGCATCATCCTGATTTGATCATGTGCCGGAAACAACCTGGCATC
GCCATTGGGAGATTGTGCGAGAAATGTGATGGCAAGTGCGTGGTCTGCGATTCCTACGTG
CGCCCCTGTACGCTGGTTCGGATTTGCGACGAATGCAACTACGGTTCGTTCCAAGGACGG
TGCGTCATATGCGGAGGGGTTGGAATTTCAGATGCTTACTACTGCAAAGAGTGTACACAG
CAGGAGAAAGATCGAGATGGTTGTTCCAAGATTGTTAATCTCGGGAGTGCCAAGACTGAT
CTGTTCTATGAACGTAAGAAGTATGGATTTAAGAAACGATAGATTGTTTGATTATTACTC
GGGGTATTCATTTATTGTCCTAGGTAAAGTGTCTGTACTTGTCTGTGTTTAGACATTGAT
TCAAAGAAAAGACCATTGTTTGTTACTCTTTGTGGCTTTATCGATTAGACGAACGTGATA
ACTTTGTTATGGTTGTTTAATGTCTAGAATGTGATTGTTCCTCTGC

QA 1 586 1 586
DS 



AS 1 2

CO CL9635Contig1 690 2 3 U
GGCTTGTAGATTTGCTTATTTCTTCATCACATACTGAAGTCGTTTGATTTTTTTTTTTTT
AAAAACAATGGCAGCAAGTGCATCTCCAATGGCGAGCCAGCTAAGGAGCAGCTTATCCTC
CGCTGCAATTGCTAGGCGTCTAGCCGTCCCTAAGGGAATCTCCGGCCCTTCTTTCGGCGT
ATATCCGACCAAGAGAATCTCTTCCTTCACCGTCCGAGCTGCTCAGACCGAGAAGCCAAC
GTTTCAAGTGATCCAACCAATCAACGGCGATCCATTCATCGGAAGTTTGGAGACTCCCGT
AACGTCAAGCCCTCGATTGCTCCGAGTTTGACGTTGACTGGGCGGAAGAAGCAGCCTGAC
CAGCTTCAGACAGCTGAGGGATGGGCAAAATTTACGGGAGGGTTCTTCTTCGGAGGGATC
TCTGGTGTTACTTGGGCTTACTTTCTCCTCTACGTTCTTGACCTTCCCTATTTCGTCAAG
TGAATGTAGTACAAAATATGAGCTTTCACCAGTATTCTACCAATAAATACTCTCCAGTAC
AATTGTTTCTTTTTCCTTTTTAATTTACTTTTGTCTGATCAAGAATCCTGAATCTCAGGA
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ATGTGTTGTTGACATCTGAAAATTTCTTTG


BQ
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AF RR3EI29TF U 1
AF RR3BF68TF U 1
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BS 58 59 RR3EI29TF
BS 60 690 RR3BF68TF

RD RR3EI29TF 595 0 0
GGCTTGTAGATTTGCTTATTTCTTCATCACATACTGAAGTCGTTTGATTTTTTTTTTTTT
AAAAACAATGGCAGCAAGTGCATCTCCAATGGCGAGCCAGCTAAGGAGCAGCTTATCCTC
CGCTGCAATTGCTAGGCGTCTAGCCGTCCCTAAGGGAATCTCCGGCCCTTCTTTCGGCGT
ATATCCGACCAAGAGAATCTCTTCCTTCACTGTCCGAGCTGCTCAGACCGAGAAGCCAAC
GTTTCAAGTGATCCAACCAATCAACGGCGATCCATTCATCGGAAGTTTGGAGACTCCCGT
AACGTCAAGCCCTCGATTGCTCCGAGTTTGACGTTGACTGGGCGGAAGAAGCAGCCTGAC
CAGCTTCAGACAGCTGAGGGATGGGCAAAATTTACGGGAGGGTTCTTCTTCGGAGGGATC
TCTGGTGTTACTTGGGCTTACTTTCTCCTCTACGTTCTTGACCTTCCCTATTTCGTCAAG
TGAATGTAGTACAAAATATGAGCTTTCACCAGTATTCTACCAATAAATACTCTCCAGTAC
AATTGTTTCTTTTTCCTTTTTAATTTACTTTTGTCTGATCAAGAATCCTGAATCT

QA 1 595 1 595
DS 

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GGCTTGTAGATTTGCTTATTTCTTCATCACATACTGAAGTCGTTTGATTTTTTTTTT**T
AAAAACAATGGCAGCAAGTGCATCTCCAATGGCGAGCCAGCTAAGGAGCAGCTTATCCTC
CGCTGCAATTGCTAGGCGTCTAGCCGTCCCTAAGGGAATCTCCGGCCCTTCTTTCGGCGT
ATATCCGACCAAGAGAATCTCTTCCTTCACCGTCCGAGCTGCTCAGACCGAGAAGCCAAC
GTTTCAAGTGATCCAACCAATCAACGGCGATCCATTCATCGGAAGTTTGGAGACTCCCGT
AACGTCAAGCCCTCGATTGCTCCGAGTTTGACGTTGACTGGGCGGAAGAAGCAGCCTGAC
CAGCTTCAGACAGCTGAGGGATGGGCAAAATTTACGGGAGGGTTCTTCTTCGGAGGGATC
TCTGGTGTTACTTGGGCTTACTTTCTCCTCTACGTTCTTGACCTTCCCTATTTCGTCAAG
TGAATGTAGTACAAAATATGAGCTTTCACCAGTATTCTACCAATAAATACTCTCCAGTAC
AATTGTTTCTTTTTCCTTTTTAATTTACTTTTGTCTGATCAAGAATCCTGAATCTCAGGA
TCGTTTATGCATAATACTGTGCATCTTCTCTTAACTATTTCTTGGTCTTTATTTCACATA
ATGTGTTGTTGACATCTGAAAATTTCTTTG

QA 1 690 1 690
DS 



AS 1 2

CO CL9636Contig1 408 2 1 U
GGAAGAGAAGTTAGGGTTCCTTACTTGCACGAGAGATTATCCTTCCAACGTCGGTGGTTA
AATATAATTCTCGTTCTGTAAGTATGGCGGCAGAGCAGAAGGCGACGACAGAAGAAGTAA
AGATGGATCTGTTCGAGGATGATGATGAGTTCGAGGAGTTTGAAATCAACCAAGATTGGG
TGGAGAACGAAGAGCAGGTGAAGGACGTTGGTCTGCAATGGGAAGATGACTGGGACGATG
ATGATGTCAATGACGACTTCTCGCATCAGCTGAGGAAGGAACTTGAGACCATTTCTGCTG
ATAAGAAATGAGGTGTTCATTTGAATCGCTACTTTACTCCTTACCCTGAACATTTTACTC
TTGGATGCTAGTTCCCATCTTTGAAGATAATAAATCCCAACTTTTATT


BQ
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AF RR3AS83JQ C 1
AF RR3AS83TF U 1
BS 1 408 RR3AS83TF

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GGAAGAGAAGTTAGGGTTCCTTACTTGCACGAGAGATTATCCTTCCAACGTCGGTGGTTA
AATATAATTCTCGTTCTGTAAGTATGGCGGCAGAGCAGAAGGCGACGACAGAAGAAGTAA
AGATGGATCTGTTCGAGGATGATGATGAGTTCGAGGAGTTTGAAATCAACCAAGATTGGG
TGGAGAACGAAGAGCAGGTGAAGGACGTTGGTCTGCAATGGGAAGATGACTGGGACGATG
ATGATGTCAATGACGACTTCTCGCATCAGCTGAGGAAGGAACTTGAGACCATTTCTGCTG
ATAAGAAATGAGGTGTTCATTTGAATCGCTACTTTACTCCTTACCCTGAACATTTTACTC
TTGGATGCTAGTTCCCATCTTTGAAGATAATAAATCCCAACTTTTATT

QA 1 408 1 408
DS 

RD RR3AS83TF 408 0 0
GGAAGAGAAGTTAGGGTTCCTTACTTGCACGAGAGATTATCCTTCCAACGTCGGTGGTTA
AATATAATTCTCGTTCTGTAAGTATGGCGGCAGAGCAGAAGGCGACGACAGAAGAAGTAA
AGATGGATCTGTTCGAGGATGATGATGAGTTCGAGGAGTTTGAAATCAACCAAGATTGGG
TGGAGAACGAAGAGCAGGTGAAGGACGTTGGTCTGCAATGGGAAGATGACTGGGACGATG
ATGATGTCAATGACGACTTCTCGCATCAGCTGAGGAAGGAACTTGAGACCATTTCTGCTG
ATAAGAAATGAGGTGTTCATTTGAATCGCTACTTTACTCCTTACCCTGAACATTTTACTC
TTGGATGCTAGTTCCCATCTTTGAAGATAATAAATCCCAACTTTTATT

QA 1 408 1 408
DS 



AS 1 2

CO CL9637Contig1 1295 2 2 U
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TGGTCGATGATTTTACTCACTATTCACAGAATGGTGTACCACCAAACATTGCTCCCCACT
TGCTGGTAGAGCCTAGCACGGGGAATTACTATCCTACAATTTACTTCAATGAGTTTTGGC
TGCTAAGGGACAAGATGATTCAAATGAATGAGACAGTCTCAGAAGTACCACTTGAACTTG
AAATAAGCCCCATAAGCATGATGAAGTGGCAACTGTTTCAGCAAGTTGATCAGTCTTTCC
AGATGCAGCGTAGCTATGGAAGCATGCTTGATGGTGAATCTGACGAACTAAAGAGGGTGT
TTTTGGAAGGAAATCCCTATCTGTTGGGCATAACGATGTTTGTTTCGATGCTTCATTCTG
TGTTCGACTTCTTGGCATTCAAAAATGATATCCAGTTCTGGAACAAAAACAAATCTATGG
AAGGACTGTCTGCAAAGTCTGTTGTACTGAACTTTATCTGTCAGTTTGTCATCTTCCTCT
ACCTGCTTGACAACGACACTTCATGGATGATACTGGCCAGTTCCGGAGTTGGTGTCTGCA
TTGAATTCTGGAAAATAGGGAAAGCCATGCGCATAGAGGTTGATCGAAGTGGAATGATTC
CAAGGTTGAGGTTCCACGATCGCGAGTCCTATGCAAGCAATAAAACCAAAGAGTATGATG
ACATTGCCATCAAATTCTTATCCTATGTGCTCCTCCTCCTTGTCGTGGGATTATCAATAT
ATTCTCTCGCTTACGAACGCCACAAGAGCTGGTATTCGTGGATCCTGTCTTCACTAACAA
GCTGTGTCTACATGTTCGGTTTCATCATGATGTGTCCTCAGCTATTCATCAACTATAAGC
TAAAATCAGTGGCACATTTACCATGGAGACAGATGACTTACAAGTTCCTCAACACCATTA
TCGATGATCTCTTTGCCTTCGTCATCAAAATGCCGCTTTTGCATCGGCTTTCTGTATTCC
GAGATGATGTGATATTCTTGATATACTTATACCAAAGGTGGGTCTACCCTGTGGATAAGA
CGCGTGTTAACGAGTTTGGTTTTGGAGGTGAGGATGAAACTGCAGAGAAGAAGTTGATCA
CTGAGAAAGAAGAAGAAGAGAACAAGAAAACAAACTAATCTTCTCCCTTCTTCCTTCTAT
TTATGTGATAGTGTTACAGTTTCTTAAATTTTTTGTTTTGTTTTTGCTTTTACTTTGTTT
ATGTTTAATGTTAACATTCATTAAAACATTATAAG


BQ
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AF RR3BO35TF U 1
AF RR3BO35JQ C 488
BS 1 634 RR3BO35TF
BS 635 1295 RR3BO35JQ

RD RR3BO35TF 634 0 0
GCAAGGAAGAAGTCCCTGTGGAGTGGGTATCCCTCTGGAAACCCAATGTCACCATTAACC
TGGTCGATGATTTTACTCACTATTCACAGAATGGTGTACCACCAAACATTGCTCCCCACT
TGCTGGTAGAGCCTAGCACGGGGAATTACTATCCTACAATTTACTTCAATGAGTTTTGGC
TGCTAAGGGACAAGATGATTCAAATGAATGAGACAGTCTCAGAAGTACCACTTGAACTTG
AAATAAGCCCCATAAGCATGATGAAGTGGCAACTGTTTCAGCAAGTTGATCAGTCTTTCC
AGATGCAGCGTAGCTATGGAAGCATGCTTGATGGTGAATCTGACGAACTAAAGAGGGTGT
TTTTGGAAGGAAATCCCTATCTGTTGGGCATAACGATGTTTGTTTCGATGCTTCATTCTG
TGTTCGACTTCTTGGCATTCAAAAATGATATCCAGTTCTGGAACAAAAACAAATCTATGG
AAGGACTGTCTGCAAAGTCTGTTGTACTGAACTTTATCTGTCAGTTTGTCATCTTCCTCT
ACCTGCTTGACAACGACACTTCATGGATGATACTGGCCAGTTCCGGAGTTGGTGTCTGCA
TTGAATTCTGGAAAATAGGGAAAGCCATGCGCAT

QA 1 634 1 634
DS 

RD RR3BO35JQ 808 0 0
GTCTGCAAAGTCTGTTGTACTGAACTTTATCTGTCAGTTTGTCATCTTCCTCTACCTGCT
TGACAACGACACTTCATGGATGATACTGGCCAGTTCCGGAGTTGGTGTCTGCATTGAATT
CTGGAAAATAGGGAAAGCCATGCGCATAGAGGTTGATCGAAGTGGAATGATTCCAAGGTT
GAGGTTCCACGATCGCGAGTCCTATGCAAGCAATAAAACCAAAGAGTATGATGACATTGC
CATCAAATTCTTATCCTATGTGCTCCTCCTCCTTGTCGTGGGATTATCAATATATTCTCT
CGCTTACGAACGCCACAAGAGCTGGTATTCGTGGATCCTGTCTTCACTAACAAGCTGTGT
CTACATGTTCGGTTTCATCATGATGTGTCCTCAGCTATTCATCAACTATAAGCTAAAATC
AGTGGCACATTTACCATGGAGACAGATGACTTACAAGTTCCTCAACACCATTATCGATGA
TCTCTTTGCCTTCGTCATCAAAATGCCGCTTTTGCATCGGCTTTCTGTATTCCGAGATGA
TGTGATATTCTTGATATACTTATACCAAAGGTGGGTCTACCCTGTGGATAAGACGCGTGT
TAACGAGTTTGGTTTTGGAGGTGAGGATGAAACTGCAGAGAAGAAGTTGATCACTGAGAA
AGAAGAAGAAGAGAACAAGAAAACAAACTAATCTTCTCCCTTCTTCCTTCTATTTATGTG
ATAGTGTTACAGTTTCTTAAATTTTTTGTTTTGTTTTTGCTTTTACTTTGTTTATGTTTA
ATGTTAACATTCATTAAAACATTATAAG

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL9638Contig1 691 2 5 U
GGACGAGTTCTAGATCTAACTCTCTTAGATCTGACTTCATGGATTGCTCTCTTTTTCTTC
TTCTAATCTCTCTCTTACTCACACTTTCTTCAAGTTTCGTCTCTTCTTCCACATACGTAG
AAGAACAAAAGAGAGACAGGATCACCCAGTTACCTGGACAACCTAGTAACGTTGATTTCA
GACAGTACTCAGGTTACGTCACTGTGAACGAAGAACGTGGAAGAGGCTTTGTTCTACTGG
CTGGTCGAGTCTCCAACGACCCGTGACCCAAAGTCTCGACCTTTGGTCCTGTGGCTCAAC
GGAGGTCCAGGTTGTTCTTCTGTTGCTTATGGTGGTGCTGAAGAAGTTGGTCCTTTTCGT
GTTGGGTCTGATGGGAAAACTCTGCATCCTAAACTCTACGCTTGGAACAAATTGGCGAAC
TTGCTTTTCTTGGAGTCTCCAGCTGGAGTTGGTTTCTCATATACAAACTCATCTTCAGAT
CTTTACACAACCGGTGATCAAAGAACTGCTGAAGATTCATATAGATTTCTTGTCAACTGG
TTTGAGAGGTTTCCACAGTACAAACATAGGGACTTTTACATTGTTGGAGAAAGCTATGCA
GGTCATTTTGTTCCTCAGCTGTCTAAACTTGTCCATGAAAGAAACAAAGGATTCAAGAAC
CCAGCTATAAACCTCAAAGGTTTTATGGTGG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 0 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 
15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 15 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3BD26TF U 1
AF RR3AX82TF U 76
BS 1 223 RR3BD26TF
BS 224 224 RR3AX82TF
BS 225 599 RR3BD26TF
BS 600 600 RR3AX82TF
BS 601 691 RR3BD26TF

RD RR3BD26TF 691 0 0
GGACGAGTTCTAGATCTAACTCTCTTAGATCTGACTTCATGGATTGCTCTCTTTTTCTTC
TTCTAATCTCTCTCTTACTCACACTTTCTTCAAGTTTCGTCTCTTCTTCCACATACGTAG
AAGAACAAAAGAGAGACAGGATCACCCAGTTACCTGGACAACCTAGTAACGTTGATTTCA
GACAGTACTCAGGTTACGTCACTGTGAACGAAGAACGTGGAAG*GGCTTTGTTCTACTGG
CTGGTCGAGTCTCCAACGACCCGTGACCCAAAGTCTCGACCTTTGGTCCTGTGGCTCAAC
GGAGGTCCAGGTTGTTCTTCTGTTGCTTATGGTGGTGCTGAAGAAGTTGGTCCTTTTCGT
GTTGGGTCTGATGGGAAAACTCTGCATCCTAAACTCTACGCTTGGAACAAATTGGCGAAC
TTGCTTTTCTTGGAGTCTCCAGCTGGAGTTGGTTTCTCATATACAAACTCATCTTCAGAT
CTTTACACAACCGGTGATCAAAGAACTGCTGAAGATTCATATAGATTTCTTGTCAACTGG
TTTGAGAGGTTTCCACAGTACAAACATAGGGACTTTTACATTGTTGGAGAAAGCTATGCG
GGTCATTTTGTTCCTCAGCTGTCTAAACTTGTCCATGAAAGAAACAAAGGATTCAAGAAC
CCAGCTATAAACCTCAAAGGTTTTATGGTGG

QA 1 691 1 691
DS 

RD RR3AX82TF 600 0 0
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ACGTCACTGTGAACGAAGAACGTGGAAGAGGCTTTGTTCTACTGGCTGGTCGAGTCTCCA
ACGACCCGTGACCCAAAGTCTCGACCTTTGGTCCTGTGGCTCAACGGAGGTCCAGGTTGT
TCTTCTGTTGCTTATGGTGGTGCTGAAGAAGTTG*TCCTTTTCGTGTTGGGTCTGATGGG
AAAACTCTGCATCCTAAACTCTACGCTTGGAACAAATTGGCGAACTTGCTTTTCTTGGAG
TCTCCAGCTGGAGTTGGTTTCTCATATACAAACTCATCTTCAGATCTTTACACAACCGGT
GATCAAAGAACTGCTGAAGATTCATATAGATTTCTTGTCAACTGGTTTGAGAGGTTTCCA
CAGTACAAACATAGGGACTTTTACATTGTTGGAGAAAGCTATGCAGGTCATTTTGTTCCT
CAGCTGTCTAAACTTGTCCATGAAAGAAACAAAGGATTCAAGAACCCAGCTATAAACCTC

QA 1 600 1 600
DS 



AS 1 2

CO CL9639Contig1 583 2 1 U
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GGATAATCTTGGATTAGATGTTCAGCAAGCCGTGATCAGCTGTTTCAACGGGTTTGCCTT
GGATGTTTTCCGGGCTGAGCAATGCCAAGAAGGACAGGAGATATTGCCTGATCAAATCAA
AGCAGTGCTTTTCGATACAGCGGGTTACGCCGGTATGATCTGAGCTGATCCTGAGTCAAG
GTCCTTAAGCATCTGACGAAGCAGGAGGCTAGAAGAACTAAAAGCCTTCAAAATCTGCAA
TTTTCTTCTATGTTTTCTTTTTATTTACTAAACCTGTTTGAACTAAGCATGACTTCAAAC
CCTTTTTTTTTAGCAATGTTAACTTTATTATGTTTCATCTCCC


BQ
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 
20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 

AF RR3A165JQ C 1
AF RR3A165TF U 1
BS 1 583 RR3A165TF

RD RR3A165JQ 583 0 0
GGAACTTGAGTCAACTCCAAATGGATCTTTGCCTCCAACTTCATCAAGCTTCCATCCGTT
AACACCTACACCTCAGACTCTTTCTTGCCGTGTTAAGGAAGAGTTATGTCCCTCTTCTTT
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GAACATTCACATGTTTTGTGGTCGTAGACCTGGTCTTTTGCTAGCTACCATGAAGGCCTT
GGATAATCTTGGATTAGATGTTCAGCAAGCCGTGATCAGCTGTTTCAACGGGTTTGCCTT
GGATGTTTTCCGGGCTGAGCAATGCCAAGAAGGACAGGAGATATTGCCTGATCAAATCAA
AGCAGTGCTTTTCGATACAGCGGGTTACGCCGGTATGATCTGAGCTGATCCTGAGTCAAG
GTCCTTAAGCATCTGACGAAGCAGGAGGCTAGAAGAACTAAAAGCCTTCAAAATCTGCAA
TTTTCTTCTATGTTTTCTTTTTATTTACTAAACCTGTTTGAACTAAGCATGACTTCAAAC
CCTTTTTTTTTAGCAATGTTAACTTTATTATGTTTCATCTCCC

QA 1 583 1 583
DS 

RD RR3A165TF 583 0 0
GGAACTTGAGTCAACTCCAAATGGATCTTTGCCTCCAACTTCATCAAGCTTCCATCCGTT
AACACCTACACCTCAGACTCTTTCTTGCCGTGTTAAGGAAGAGTTATGTCCCTCTTCTTT
GCCAAGCCCTAAAGGCCAGCAAGCAAGAGTTGAGGTTAGACTAAGGGAAGGAAGAGCAGT
GAACATTCACATGTTTTGTGGTCGTAGACCTGGTCTTTTGCTAGCTACCATGAAGGCCTT
GGATAATCTTGGATTAGATGTTCAGCAAGCCGTGATCAGCTGTTTCAACGGGTTTGCCTT
GGATGTTTTCCGGGCTGAGCAATGCCAAGAAGGACAGGAGATATTGCCTGATCAAATCAA
AGCAGTGCTTTTCGATACAGCGGGTTACGCCGGTATGATCTGAGCTGATCCTGAGTCAAG
GTCCTTAAGCATCTGACGAAGCAGGAGGCTAGAAGAACTAAAAGCCTTCAAAATCTGCAA
TTTTCTTCTATGTTTTCTTTTTATTTACTAAACCTGTTTGAACTAAGCATGACTTCAAAC
CCTTTTTTTTTAGCAATGTTAACTTTATTATGTTTCATCTCCC

QA 1 583 1 583
DS 



AS 1 2

CO CL9640Contig1 935 2 12 U
GCTCATCAAATGGAAGGGCTTTCTGAGAAGCAGCAAGAGCTTCAAAATTTGTGCGCAGAA
CAAGCAGCCAAAATTGAGCAGCTAACGCGCCTGGTTGAACAACACAAACAACAAACTGTG
AATGAAACTGAACAGTTTTCTTCAGCCAACGAAACTCAGCTTCTCAGCTGTAACGATGTT
GTTGAGCTTGACCAAGCAAAACAAATCTCAAATGAAGACTCCAAAAAGACAAACATTGAT
ATTGGCGAGAAGGAGGCATTACTTAAAGAAATTGAAGATCTGAAAAGCAAATTGCAGAAA
CCTGTAACCATGTCCACCAACGAACTGAGATCATCTTTGTTGGCCCGTTCGTTTCAACTA
CGCAACAAGAACGCTGAAAAAGATATTGAGGAAGAACGACTCAAGTGCACAGAAATGGAG
AGCGAGTGGATATCACTGACCGACGAACTCAGAGTCGAGATTGAAACACAACGTTCACGC
GCAGAGAAAGCTGAAACACAGCTTAAACAAGAGAAATTATCTACTGAGGAGTTAGAGGAT
GCACTTCAAAGAGCTGTTCTTGGTCATGCCAGGTTTGTTGAGCACTACACAGAGTTACAA
TAGAAGTACAACGACCTAGGCTCAAGGTATAAAGCAACGGGGGAATGGATAACAGAGTTG
AAGAAGGCAGTAGCAAAGGCTGGAAAGAAAGGTTGTGGTTCCCGTTTCGCTAAATCACTT
GCTACTGAGCTCTCTGCACTCCGAGTAGAAAAAGAAAGGGAAAGAGATTTGTTGAAGAAG
GAGAACGTAAGCCTCAAGATTCAACTAAGGGATACTGCTGAAGCTGTTCATACTGCTGGA
GAAGTTCTTGTCAGACTCAGAGAAGCCGAACAATCAGCATCAGTTGCTAAGGAAATGTTT
GATGAAGTGGAAGAAGAAAACGAGAAGCTAAAGAA


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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AF RR3GG27TF U 1
AF RR3GG27JQ C 153
BS 1 666 RR3GG27TF
BS 667 667 RR3GG27JQ
BS 668 678 RR3GG27TF
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BS 693 706 RR3GG27TF
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BS 715 752 RR3GG27TF
BS 753 935 RR3GG27JQ

RD RR3GG27TF 768 0 0
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CAAGCAGCCAAAATTGAGCAGCTAACGCGCCTGGTTGAACAACACAAACAACAAACTGTG
AATGAAACTGAACAGTTTTCTTCAGCCAACGAAACTCAGCTTCTCAGCTGTAACGATGTT
GTTGAGCTTGACCAAGCAAAACAAATCTCAAATGAAGACTCCAAAAAGACAAACATTGAT
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CCTGTAACCATGTCCACCAACGAACTGAGATCATCTTTGTTGGCCCGTTCGTTTCAACTA
CGCAACAAGAACGCTGAAAAAGATATTGAGGAAGAACGACTCAAGTGCACAGAAATGGAG
AGCGAGTGGATATCACTGACCGACGAACTCAGAGTCGAGATTGAAACACAACGTTCACGC
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GCACTTCAAAGAGCTGTTCTTGGTCATGCCAGGTTTGTTGAGCACTACACAGAGTTACAA
TAGAAGTACAACGACCTAGGCTCAAGGTATAAAGCAACGGGGGAATGGATAACAGAGTTG
AAGAAG*CAGTAGCAAAG*CTGGAAAGAAAG*TTGTGGTTCCCGTT*CGCTAA*TCACTT
GCTACTGAGCTCTCTGCACTCCGAGTAGAAAA
GAAGGAAAGAGATTTG

QA 1 752 1 752
DS 

RD RR3GG27JQ 783 0 0
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TGAAGACTCCAAAAAGACAAACATTGATATTGGCGAGAAGGAGGCATTACTTAAAGAAAT
TGAAGATCTGAAAAGCAAATTGCAGAAACCTGTAACCATGTCCACCAACGAACTGAGATC
ATCTTTGTTGGCCCGTTCGTTTCAACTACGCAACAAGAACGCTGAAAAAGATATTGAGGA
AGAACGACTCAAGTGCACAGAAATGGAGAGCGAGTGGATATCACTGACCGACGAACTCAG
AGTCGAGATTGAAACACAACGTTCACGCGCAGAGAAAGCTGAAACACAGCTTAAACAAGA
GAAATTATCTACTGAGGAGTTAGAGGATGCACTTCAAAGAGCTGTTCTTGGTCATGCCAG
GTTTGTTGAGCACTACACAGAGTTACAATAGAAGTACAACGACCTAGGCTCAAGGTATAA
AGCAACGGGGGAATGGATAACAGAGTTGAAGAAGGCAGTAGCAAAGGCTGGAAAGAAAGG
TTGTGGTTCCCGTTTCGCTAAATCACTTGCTACTGAGCTCTCTGCACTCCGAGTAGAAAA
AGAAAGGGAAAGAGATTTGTTGAAGAAGGAGAACGTAAGCCTCAAGATTCAACTAAGGGA
TACTGCTGAAGCTGTTCATACTGCTGGAGAAGTTCTTGTCAGACTCAGAGAAGCCGAACA
ATCAGCATCAGTTGCTAAGGAAATGTTTGATGAAGTGGAAGAAGAAAACGAGAAGCTAAA
GAA

QA 1 783 1 783
DS 



AS 1 2

CO CL9641Contig1 912 2 4 U
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GACCCGCAGAAACATGTGTTGCAATATTGCAAAGAATGTCCTTTGGAGAAAGGTAAAAAC
GAAGAGACTCTTGAACCATGCAAGGGGCATTTAAAGAGGAAGGTCATTAAAGAATGTTGG
ATCAATTGTGGCTGTATCAACAACTGTGGCAACCGAGTCGTCCAACATGGCATTCATAAC
AAGCTGCAGGTATTTTTCACGCCCAATGGGACAGGTTGGGGACTTAGGACTCTAGAAAAG
CTGCCTAAAGGAGCATTTGTCTGTGAGTTTGCCGGAGAAATATTGACCATGTCGGAGTTG
AGCAAGCGTAGCTCTGAGAAGCTTACCTTTCCGGTAATATTGGATGCACACTGGGGTTCT
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TCCAGGTTCATTAATCACAGATGCTCAGATGCAAATTTGATTGACATCCCAGTGCATGTG
GAGAATATGGACTTTAACTACTATCATCTTGCGTTCTTCGCAACAAGAGACATCGAGGCT
ATGGAGGAACTAACATGGGATTACGGCGTTGAGTTCAACGATCATGTTTATCCCACGCTT
CCGTTCCACTGTCAATGTGGCAGCGAGTTCTGTCGGAATGTTAAGCGGACAAGTAAAAGC
AAGAAGGCGAAGAAGAGAGCATGAGAGCTTACAGTGGTTTTTTTTTGTCTCGAACTCTTT
TTGTGAAAGAATTGGCAGCTTTTCCTAAAAACTTTCGTATTGTCAATTCCATAAGGCAAA
TAAGCAAACAAGGGTCTCGTGTATATCTTTTTAACTTGGGTTATAATAGCTATGGCTTTG
GTTTGACCATCT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CJ54TF U 1
AF RR3CJ54JQ C 105
BS 1 674 RR3CJ54TF
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RD RR3CJ54TF 692 0 0
GACACTAAAGATGGCCTCCTGCAGAAAGATTTCCTTGAAGATTGTATAGCTGAGGCACGT
GACCCGCAGAAACATGTGTTGCAATATTGCAAAGAATGTCCTTTGGAGAAAGGTAAAAAC
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ATCAATTGTGGCTGTATCAACAACTGTGGCAACCGAGTCGTCCAACATGGCATTCATAAC
AAGCTGCAGGTATTTTTCACGCCCAATGGGACAGGTTGGGGACTTAGGACTCTAGAAAAG
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AGCAAGCGTAGCTCTGAGAAGCTTACCTTTCCGGTAATATTGGATGCACACTGGGGTTCT
GAAGAAGCTTCAGGTGTCGACAATGCTCTTTGCCTTGATGGAATGCATTATGGAAATATT
TCCAGGTTCATTAATCACAGATGCTCAGATGCAAATTTGATTGACATCCCAGTGCATGTG
GAGAATATGGACTTTAACTACTATCATCTTGCGTTCTTCGCAACAAGAGACATCGAGGCT
ATGGAGGAACTAACATGGGATTACGGCGTTGAGTTCAACGATCATGTTTATCCCACGCTT
CCGTTCCACTGTCA*TGTGGCAGCGAGTTCTG

QA 1 692 1 692
DS 

RD RR3CJ54JQ 808 0 0
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ACATGGCATTCATAACAAGCTGCAGGTATTTTTCACGCCCAATGGGACAGGTTGGGGACT
TAGGACTCTAGAAAAGCTGCCTAAAGGAGCATTTGTCTGTGAGTTTGCCGGAGAAATATT
GACCATGTCGGAGTTGAGCAAGCGTAGCTCTGAGAAGCTTACCTTTCCGGTAATATTGGA
TGCACACTGGGGTTCTGAAGAAGCTTCAGGTGTCGACAATGCTCTTTGCCTTGATGGAAT
GCATTATGGAAATATTTCCAGGTTCATTAATCACAGATGCTCAGATGCAAATTTGATTGA
CATCCCAGTGCATGTGGAGAATATGGACTTTAACTACTATCATCTTGCGTTCTTCGCAAC
AAGAGACATCGAGGCTATGGAGGAACTAACATGGGATTACGGCGTTGAGTTCAACGATCA
TGTTTATCCCACGCTTCCGTTCCACTGTCAATGTGGCAGCGAGTTCTGTCGGAATGTTAA
GCGGACAAGTAAAAGCAAGAAGGCGAAGAAGAGAGCATGAGAGCTTACAGTGGTTTTTTT
TTGTCTCGAACTCTTTTTGTGAAAGAATTGGCAGCTTTTCCTAAAAACTTTCGTATTGTC
AATTCCATAAGGCAAATAAGCAAACAAGGGTCTCGTGTATATCTTTTTAACTTGGGTTAT
AATAGCTATGGCTTTGGTTTGACCATCT

QA 1 808 1 808
DS 



AS 1 2

CO CL9642Contig1 856 2 2 U
CAAGAAGAATGGTTTCGGTCGAATTTTCCGATCCCCCTTTCTCTTTGAAGATATGGTGAA
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AAGAAAGCGAGTAGTACTCAAAGAAACAAAGAAAAGTTCCAAGAAAGAAGCAGGAGGAAA
CTTCCCTAGTGCAAAGGAAATAGCTAGCCTTGACAAAGAGTTGATAAACGAGCACTGTAA
ACTCGGGTACAGAGCAAATTGGATCGTTAAATTAGCAAAGATGGTCGAAAGCGGGAAACT
GAATCTTGAAGAGATGGAAAGGAGAGATATGACAGCAGAACAAGTGTCTGAGAAACTGAA
AAAGTTGTCAGGCTTTGGTGCTTTTGTAACTGCAACAGTGCTTATGTGTATTGGTTATTA
CCATCTTGTTCCATCTGATACCGAGACCCTAAGACTTTTCCGAGAGGCGCATGGAAATGA
GGAATGTTCGAAAGAGACGCTAGAGACAGCAGCACAATCATTTTACGACAGATTCTCTCC
ATTCCAGTCTTTAGCCTACTGGTTTGATCTAATCCAAAACTACGAAACAAAACTTGGAAA
GCTTAGCGAGTTGAGTCAGCTTGACTACAAGAGTGTTAGCGGATGCTCTCACATGAAGCA
ACTCAAGGGAGACTAGATGAATATCCATCTCTCTCTCTAAATGAAACTCGTTTTTTTATG
TTTTTTTTTTCTTTTGAATTTTTGGCTTTTTGTGTTTTACGTTACAGCTTTTAACATTTC
ATTTTCATGATCTTAG


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3CB07TF U 1
AF RR3CB07JQ C 134
BS 1 724 RR3CB07TF
BS 725 856 RR3CB07JQ

RD RR3CB07TF 724 0 0
CAAGAAGAATGGTTTCGGTCGAATTTTCCGATCCCCCTTTCTCTTTGAAGATATGGTGAA
ATCCATCTTGTTGTGTAACACGACTTGGGAGAGGACACTAGGTATGGCTTCTAACCTCTG
CGTATTGCAATCTAAGCTAGCTGACGGAACAGTTAGGCCTAGTAGTCAAAATAATAATAA
AAGAAAGCGAGTAGTACTCAAAGAAACAAAGAAAAGTTCCAAGAAAGAAGCAGGAGGAAA
CTTCCCTAGTGCAAAGGAAATAGCTAGCCTTGACAAAGAGTTGATAAACGAGCACTGTAA
ACTCGGGTACAGAGCAAATTGGATCGTTAAATTAGCAAAGATGGTCGAAAGCGGGAAACT
GAATCTTGAAGAGATGGAAAGGAGAGATATGACAGCAGAACAAGTGTCTGAGAAACTGAA
AAAGTTGTCAGGCTTTGGTGCTTTTGTAACTGCAACAGTGCTTATGTGTATTGGTTATTA
CCATCTTGTTCCATCTGATACCGAGACCCTAAGACTTTTCCGAGAGGCGCATGGAAATGA
GGAATGTTCGAAAGAGACGCTAGAGACAGCAGCACAATCATTTTACGACAGATTCTCTCC
ATTCCAGTCTTTAGCCTACTGGTTTGATCTAATCCAAAACTACGAAACAAAACTTGGAAA
GCTTAGCGAGTTGAGTCAGCTTGACTACAAGAGTGTTAGCGGATGCTCTCACATGAAGCA
ACTC

QA 1 724 1 724
DS 

RD RR3CB07JQ 723 0 0
AAGCTAGCTGACGGAACAGTTAGGCCTAGTAGTCAAAATAATAATAAAAGAAAGCGAGTA
GTACTCAAAGAAACAAAGAAAAGTTCCAAGAAAGAAGCAGGAGGAAACTTCCCTAGTGCA
AAGGAAATAGCTAGCCTTGACAAAGAGTTGATAAACGAGCACTGTAAACTCGGGTACAGA
GCAAATTGGATCGTTAAATTAGCAAAGATGGTCGAAAGCGGGAAACTGAATCTTGAAGAG
ATGGAAAGGAGAGATATGACAGCAGAACAAGTGTTTGAGAAACTGAAAAAGTTGTCAGGC
TTTGGTGCTTTTGTAACTGCAACAGTGCTTATGTGTATTGGTTATTACCATCTTGTTCCA
TCTGATACCGAGACCCTAAGACTTTTCCGAGAGGCGCATGGAAATGAGGAATGTTCGAAA
GAGACGCTAGAGACAGCAGCACAATCATTTTACGACAGATTCTCTCCATTCCAGTCTTTA
GCCTACTGGTTTGATTTAATCCAAAACTACGAAACAAAACTTGGAAAGCTTAGCGAGTTG
AGTCAGCTTGACTACAAGAGTGTTAGCGGATGCTCTCACATGAAGCAACTCAAGGGAGAC
TAGATGAATATCCATCTCTCTCTCTAAATGAAACTCGTTTTTTTATGTTTTTTTTTTCTT
TTGAATTTTTGGCTTTTTGTGTTTTACGTTACAGCTTTTAACATTTCATTTTCATGATCT
TAG

QA 1 723 1 723
DS 



AS 1 2

CO CL9643Contig1 548 2 5 U
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TTTCACTATAACAAATTGTAGGGACGTAGGTCAACAAACACAAGCACGACATTAGCTTCT
TGATTCCAAGATCAAAATTCAACAAAACTAAAATTCAGAGAAGGTAAAGTTTGCCATAAG
ATTTAAAAAAAAAAATAACTTAACGTCTCCTCATACCACGGCCACGGCCTCCACCGCGTC
CTCTTCCCATAGCACCTGCAGCACCATCTCCCTGTGCGCTCTCAGATTTAGGGTTCTTCA
CAGTTTCGTCCACGCTGAGAATTAGGCAAGCTGCTTCAGTCGCAGCGTTTATAGCATTAA
TCTTCACAACTGCTGGTTCCCAGACAAAGTTAGCATAGGAATCAGCGATTCCACCAGTGT
TAATGTCCACTCCATAAGAAGCTCCTTCACCGCTTTGCATGGCGTGTTTTTGTCTAATTT
ATTTAGGACATCAGTGGCATCAAATCCAGCATTGTCACATAATTGTCGTGGAATAACCTC
CAAGGCCC


BQ
10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 
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10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3FX93JQ U 163
AF RR3FX93TF C 1
BS 1 164 RR3FX93TF
BS 165 265 RR3FX93JQ
BS 266 266 RR3FX93TF
BS 267 311 RR3FX93JQ
BS 312 548 RR3FX93TF

RD RR3FX93JQ 149 0 0
GC
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CGGCCTCCACCGCGTCCTCTTCCCATAGCACCTGCAGCACCCTCTCCCTGTGCGCTCTCA
GATTTAGGGTTCTTCACAGTTTCGTCC

QA 3 149 3 149
DS 

RD RR3FX93TF 548 0 0
TGTTCGTCTTGATCCACATAATTAAATGTAGTATCTCAAGTAACAAAAACCACACTGAAA
TTTCACTATAACAAATTGTAGGGACGTAGGTCAACAAACACAAGCACGACATTAGCTTCT
TGATTCCAAGATCAAAATTCAACAAAACTAAAATTCAGAGAAGGTAAAGTTTGCCATAAG
ATTTAAAAAAAAAAATAACTTAACGTCTCCTCATACCACGGCCACGGCCTCCACCGCGTC
CTCTTCCCATAGCACCTGCAGCAGCATCTCCCTGTGCGCTCTCAGATTTAGGGTTCTTCA
CAGTTTCGTCCACGCTGAGAATTAGGCAAGCTGCTTCAGTCGCAGCGTTTATAGCATTAA
TCTTCACAACTGCTGGTTCCCAGACAAAGTTAGCATAGGAATCAGCGATTCCACCAGTGT
TAATGTCCACTCCATAAGAAGCTCCTTCACCGCTTTGCATGGCGTGTTTTTGTCTAATTT
ATTTAGGACATCAGTGGCATCAAATCCAGCATTGTCACATAATTGTCGTGGAATAACCTC
CAAGGCCC

QA 1 548 1 548
DS 



AS 1 2

CO CL9644Contig1 271 2 1 U
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GTTGCTAGTAAAGAGACCGTTTTGGAATTGTTGAGGCAATCGGGGCACCTTCAAGACAAA
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CAACTGCAAGATGATTTGTAATAAGAGTAAGATAGATTTAGATCTGGCTGTAAAAGAGGA
ACCTGAATCAAAATGATCCCCCCTAAATTGC


BQ
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AF RR3EM61JQ C 1
AF RR3EM61TF U 1
BS 1 271 RR3EM61TF

RD RR3EM61JQ 271 0 0
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GTTGCTAGTAAAGAGACCGTTTTGGAATTGTTGAGGCAATCGGGGCACCTTCAAGACAAA
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CAACTGCAAGATGATTTGTAATAAGAGTAAGATAGATTTAGATCTGGCTGTAAAAGAGGA
ACCTGAATCAAAATGATCCCCCCTAAATTGC

QA 1 271 1 271
DS 

RD RR3EM61TF 271 0 0
GGGAGGCCCAAGGTGTTGGTGCTCTCAGGCTTCTTCAAGCTCTGTGAAGAGGAGTCGAAT
GTTGCTAGTAAAGAGACCGTTTTGGAATTGTTGAGGCAATCGGGGCACCTTCAAGACAAA
TCTTACCAAGCTCTTATTGATGCAGCAGAAGAAAATGATGAGACTGATGTACTTGTTACG
CAACTGCAAGATGATTTGTAATAAGAGTAAGATAGATTTAGATCTGGCTGTAAAAGAGGA
ACCTGAATCAAAATGATCCCCCCTAAATTGC

QA 1 271 1 271
DS 



AS 1 2

CO CL9645Contig1 669 2 8 U
GGAGAGGAACTAAACTGAACTGAGTCAGAGAAACAAAAGAAGGTACAACAAAGAGAGAGA
GACATGGATGTTCCTTTTCTTACCTCAAGATCAATCTCTGGTGTCAAAGAGCTTGTCCCC
CCATTCATCAAAACCAGAATCTTTTCTTGTTACCCAAGGAGAAACTCCTGCCAGTTTCAC
ACCAGGAAGGTTGCTTCTCCAATCTCTGTGAATTGTTCTCTTTCGGATTCATGGAAGCCA
CTGGAGGATGATGCTGATCTCTTCAAGGATAGTGTTAACAACAGTTCTACATCAGATGCT
GCGGACTGGAGAGAGTTCAGGGCAAGGCTCGTAGCTGGTGAGCAAGCTGCAACCCCTGAG
AAGGACTCGTCACTATCATCATCACTGATCACAACTGGGAACAAATGGGCACACAAGATA
CTAGAGCCAGAGACAGGATGTCTCCTGATAGCAACAGAGAAGCTAGATGGAGTCCACATC
TTCGAAAAGACGGTGATCCTCCTCCTCTCTGTTGGACCCTCAGGTCCTATAGGAGTCATC
CTCAACCGTCCCTCGCTCATGTCAATCAAAGAGACCACCAAATCAACGGTCCTAGACATG
GCGGGAACATTTTCAGACACAAGCCTCTTCTTTGGTGGACCTTTGGAAGAAGAGTTGTTC
CTGGTGAGT


BQ
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10 10 10 10 10 10 10 10 10 

AF RR3DX06TF U 1
AF RR3CE10TF U 10
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DS 

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QA 3 660 3 660
DS 



AS 1 2

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G


BQ
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10 

AF RR3DE40TF U 1
AF RR3DE40JQ C 4
BS 1 68 RR3DE40TF
BS 69 69 RR3DE40JQ
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G
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TGCTATGCTTGGTAGTTTTTGATGAGCACTTTGAAATGATTCGAGAAATTTGCTATG

QA 2 778 2 778
DS 



